TW202028232A

TW202028232A - 針對金黃色葡萄球菌白血球毒素的抗體

Info

Publication number: TW202028232A
Application number: TW108136342A
Authority: TW
Inventors: 克里絲汀塔卡茲克; 布里特希爾曼; 群杜; 梅麗莎丹舒羅德; 大衛蔻迪; 安卓雅米恩歐拉
Original assignee: 美商麥迪紐有限責任公司; 瑞士商漢貝斯生物醫藥公司
Priority date: 2018-10-09
Filing date: 2019-10-08
Publication date: 2020-08-01
Also published as: US11059884B2; CA3115765A1; WO2020076790A1; EP3864040A1; KR20210080411A; CN113015745A; MX2021004114A; JP7459075B2; JP2022512646A; US20210363229A1; US11578119B2; BR112021006704A2; US20200109190A1; AU2019359207A1

Abstract

本發明係關於白血球毒素結合抗體及其抗原結合片段。該等抗體及片段可用於例如偵測白血球毒素及/或治療及預防金黃色葡萄球菌感染之方法中。

Description

針對金黃色葡萄球菌白血球毒素的抗體

耐抗菌劑(AMR)細菌病原體引起之感染對公眾健康之威脅增加。經驗性廣譜抗生素療法部分刺激了AMR持續流行。此已引起對包括單株抗體(mAb)之特定病原體方法的探索以預防或治療嚴重細菌感染。一些單株抗體目前正在研發用於預防或治療耐抗生素細菌感染(參見例如DiGiandomenico, A.及B.R. Sellman,Curr. Opin. Microbiol .,27 : 78-85 (2015))。此類被動免疫策略提供針對目標病原體之即時及有效的免疫球蛋白反應。

金黃色葡萄球菌為細菌病原體，其引起多種疾病，包括皮膚及軟組織感染、心內膜炎、骨髓炎、肺炎及菌血症(Lowy, F.D.,N. Engl. J. Med .,339 (8): 520-32 (1998))。臨床前研究指示基於單株抗體之方法具有針對金黃色葡萄球菌感染之預防及輔助療法的前景(參見例如Hazenbos 等人,PLoS Pathog .,9 (10):e1003653. doi: 10.1371/ journal.ppat.10036532013 (2013); Rouha, H.,MAbs ,7 (1): 243-254 (2015); Foletti 等人,J. Mol. Biol .,425 (10): 1641-1654 (2013); Karauzum 等人,J Biol Chem .,287 (30): 25203-15 (2012); 及Hua 等人,Antimicrob Agents Chemother .,58 (2): 1108-17 (2014))。然而，仍需要適用於治療金黃色葡萄球菌感染，尤其對目前市售抗生素具抗性之感染的抗體。本發明提供此類抗體。

本發明提供結合至金黃色葡萄球菌(Staphylococcus aureus/S. aureus )白血球毒素之抗體及其抗原結合片段。

在某些情況下，特異性結合至至少一種金黃色葡萄球菌白血球毒素之抗體或其抗原結合片段包含可變重鏈(variable heavy chain，VH)互補決定區(complementarity determining region，CDR) 1、VH CDR2、VH CDR3、可變輕鏈(variable light chain，VL) CDR1、VL CDR2及VL CDR3，其中該VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2及VL CDR3包含選自由以下組成之群的序列：(a)分別為SEQ ID NO:1、2、3、12、5及6；(b)分別為SEQ ID NO:1-6；(c)分別為SEQ ID NO:1、2、17、4、5及6；(d)分別為SEQ ID NO:1、2、17、12、5及6，及(e)分別為SEQ ID NO:1、20、3、4、5及6。

在某些情況下，特異性結合至至少一種金黃色葡萄球菌白血球毒素之抗體或其抗原結合片段包含SAN481-SYT-YTE之VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2及VL CDR3。在某些情況下，CDR為Kabat定義之CDR、Chothia定義之CDR或AbM定義之CDR。

在某些情況下，抗體或其抗原結合片段包含VH及VL，其中VH包含SEQ ID NO:7、15、18、21或23之胺基酸序列。在某些情況下，抗體或其抗原結合片段包含VH及VL，其中VL包含SEQ ID NO:8或13之胺基酸序列。在某些情況下，抗體或其抗原結合片段包含VH及VL，其中VH及VL包含選自由以下組成之群的序列：(a)分別為SEQ ID NO:15及13；(b)分別為SEQ ID NO:7及8；(c)分別為SEQ ID NO:7及13；(d)分別為SEQ ID NO:15及8；(e)分別為SEQ ID NO:18及8；(f)分別為SEQ ID NO:18及13；(g)分別為SEQ ID NO:21及8；(h)分別為SEQ ID NO:23及13。在某些情況下，抗體或其抗原結合片段包含含SEQ ID NO:15之序列的VH及含SEQ ID NO:13之序列的VL。在某些情況下，抗體或抗原結合片段包含有包含SEQ ID NO:16、9、11、22或24之序列的重鏈。在某些情況下，抗體或抗原結合片段包含含SEQ ID NO:14或10之序列的輕鏈。在某些情況下，抗體包含重鏈及輕鏈，其中重鏈及輕鏈包含選自由以下組成之群的序列：(a)分別為SEQ ID NO:16及14；(b)分別為SEQ ID NO:9及10；(c)分別為SEQ ID NO:11及10；(d)分別為SEQ ID NO:11及14；(e)分別為SEQ ID NO:16及10；(f)分別為SEQ ID NO:19及10；(g)分別為SEQ ID NO:19及14；(h)分別為SEQ ID NO:22及10；及(i)分別為SEQ ID NO:24及14。在某些情況下，抗體包含含SEQ ID NO:16之序列的重鏈及含SEQ ID NO:14之序列的輕鏈。

在某些情況下，本文所提供之抗體或其抗原結合片段與包含含SEQ ID NO:15之胺基酸序列之VH及含SEQ ID NO:13之胺基酸序列之VL的抗體，結合至相同的金黃色葡萄球菌白血球毒素抗原決定基。

在某些情況下，本文所提供之抗體或其抗原結合片段競爭性地抑制包含含SEQ ID NO:15之胺基酸序列之VH及含SEQ ID NO:13之胺基酸序列之VL的抗體與金黃色葡萄球菌白血球毒素之結合。

在某些情況下，抗體或抗原結合片段結合至LukF、LukD或HlgB及/或抗體或抗原結合片段中和LukF、LukD或HlgB。在某些情況下，抗體或抗原結合片段(a)結合至LukF、LukD及HlgB及/或(b)中和LukF、LukD及HlgB。

在某些情況下，抗體或抗原結合片段進一步包含重鏈恆定區。在某些情況下，重鏈恆定區係選自由以下組成之群：人類免疫球蛋白IgG₁ 、IgG₂ 、IgG₃ 、IgG₄ 、IgA₁ 及IgA₂ 重鏈恆定區。在某些情況下，重鏈恆定區為人類IgG₁ 恆定區。

在某些情況下，抗體或抗原結合片段進一步包含輕鏈恆定區。在某些情況下，輕鏈恆定區係選自由以下組成之群：人類免疫球蛋白IgGκ及IgGλ輕鏈恆定區。在某些情況下，輕鏈恆定區為人類IgGκ輕鏈恆定區。

在某些情況下，抗體或其抗原結合片段為IgG抗體或其抗原結合片段。

在某些情況下，抗體或抗原結合片段包含已經工程改造以改良半衰期之Fc區。在某些情況下，抗體或其抗原結合片段包含具有YTE突變之Fc區。

在某些情況下，抗體或抗原結合片段為單株抗體或抗原結合片段。

在某些情況下，抗體或抗原結合片段為全長抗體。在某些情況下，抗體或抗原結合片段為抗原結合片段。在某些情況下，抗原結合片段包含Fab、Fab'、F(ab')₂ 、單鏈Fv(scFv)、二硫鍵連接之Fv、胞內抗體、IgGΔCH2、微型抗體、F(ab')₃ 、四功能抗體、三功能抗體、雙功能抗體、DVD-Ig、Fcab、mAb² 、(scFv)₂ 或scFv-Fc。

在某些情況下，抗體或其抗原結合片段對於金黃色葡萄球菌LukF、LukD及HlgB之親和力小於75 pM。在某些情況下，抗體或其抗原結合片段對於LukF、LukD及HIgB具有類似結合親和力。

在某些情況下，抗體或其抗原結合片段進一步包含可偵測標記。

本文亦提供包含本文所提供之抗體或其抗原結合片段及視情況選用之醫藥學上可接受之載劑的組合物。

本文亦提供使用本文所提供之抗體的方法。在某些情況下，治療或預防個體之金黃色葡萄球菌(Staphylococcus aureus/S. aureus)感染的方法包含向個體投與本文所提供之抗體或抗原結合片段或本文所提供之組合物。在某些情況下，金黃色葡萄球菌感染為敗血症。在某些情況下，金黃色葡萄球菌感染為菌血症。在某些情況下，金黃色葡萄球菌感染為肺炎。在某些情況下，金黃色葡萄球菌感染為ICU肺炎。在某些情況下，金黃色葡萄球菌感染為皮膚或軟組織感染(SSTI)。在某些情況下，金黃色葡萄球菌感染為糖尿病下肢感染。在某些情況下，金黃色葡萄球菌感染為糖尿病性足潰瘍(DFU)。在某些情況下，DFU未感染。在某些情況下，DFU經感染。在某些情況下，DFU為1級、2級或3級DFU。在某些情況下，金黃色葡萄球菌感染為骨或關節感染。在某些情況下，金黃色葡萄球菌感染為關節感染、裝置感染、傷口感染、手術部位感染或骨髓炎。

在某些情況下，個體為手術個體。

在某些情況下，金黃色葡萄球菌感染包含耐抗生素金黃色葡萄球菌。

在某些情況下，個體患有糖尿病。

在某些情況下，個體為人類。

在某些情況下，治療或預防金黃色葡萄球菌感染包含毒素中和、抑制細胞溶解、抑制多器官功能失常、抑制金黃色葡萄球菌相關之敗血症或前述之任何組合。

本文亦提供聚核苷酸。在某些情況下，經分離之聚核苷酸包含編碼本文所提供之抗體或其抗原結合片段之VH或重鏈的核酸分子。在某些情況下，經分離之聚核苷酸包含編碼本文所提供之抗體或其抗原結合片段之VL或輕鏈的核酸分子。

本文亦提供載體。在某些情況下，本文提供聚核苷酸。

本文亦提供宿主細胞。在某些情況下，宿主細胞包含本文所提供之聚核苷酸、本文所提供之載體或含本文所提供之聚核苷酸的第一載體及含本文所提供之聚核苷酸的第二載體。在某些情況下，宿主細胞係選自由以下組成之群：CHO、NS0、PER-C6、HEK-293及HeLa細胞。在某些情況下，分離宿主細胞。

本文亦提供產生抗體或抗原結合片段之方法。在某些情況下，產生抗體或其抗原結合片段之方法包含培養本文所提供之宿主細胞以使得產生抗體或其抗原結合片段。

本文亦提供用於偵測金黃色葡萄球菌或金黃色葡萄球菌白血球毒素之方法。在某些情況下，偵測樣品中金黃色葡萄球菌或金黃色葡萄球菌白血球毒素之方法包含使該樣品與本文所提供之抗體或其抗原結合片段接觸。

本發明提供結合至金黃色葡萄球菌白血球毒素之抗體及其抗原結合片段(例如單株抗體及其抗原結合片段)。本發明亦提供在例如偵測金黃色葡萄球菌白血球毒素中及治療或預防金黃色葡萄球菌感染中使用此類抗體及抗原結合片段之方法。 I. 定義

如本文所用，術語「白血球毒素」係指細菌白血球毒素多肽，包括(但不限於)天然白血球毒素多肽及白血球毒素多肽之同功異型物。「白血球毒素」包涵未經處理之全長白血球毒素多肽以及由細胞內處理產生之白血球毒素多肽形式。白血球毒素包括LukSF、白血球毒素ED (LukED)、HlgAB、HlgCB)及白血球毒素AB (LukAB，亦稱為LukGH)。如本文所用，術語「金黃色葡萄球菌LukF」係指包含SEQ ID NO:25之胺基酸序列的多肽。如本文所用，術語「金黃色葡萄球菌LukD」係指包含SEQ ID NO:26之胺基酸序列的多肽。如本文所用，術語「金黃色葡萄球菌HIgB」係指包含SEQ ID NO:27之胺基酸序列的多肽。(參見圖3)A 「白血球毒素聚核苷酸」、「白血球毒素核苷酸」、或「白血球毒素核酸」係指編碼白血球毒素之聚核苷酸。

術語「抗體」意謂經由免疫球蛋白分子之可變區內的至少一個抗原識別位點，識別且特異性結合至目標，諸如蛋白質、多肽、肽、碳水化合物、聚核苷酸、脂質或上述各者之組合的免疫球蛋白分子。如本文所用，只要抗體呈現所需生物活性，則術語「抗體」包涵完整多株抗體、完整單株抗體、嵌合抗體、人類化抗體、人類抗體、包含抗體之融合蛋白及任何其他經修飾之免疫球蛋白分子。抗體可基於其重鏈恆定域(分別稱為α、δ、ε、γ及µ)之一致性而具有任何五個主要類別之免疫球蛋白：IgA、IgD、IgE、IgG及IgM，或其子類(同型) (例如，IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1及IgA2)。免疫球蛋白之不同類別具有不同且熟知之次單元結構及三維組態。抗體可為裸抗體或與諸如毒素、放射性同位素等其他分子結合。

如本文所用之術語「單株抗體」係指由B細胞之單一純系產生且結合至相同的抗原決定基之抗體。對比而言，術語「多株抗體」係指由不同B細胞產生且結合至相同的抗原之不同抗原決定基之抗體群。

術語「抗體片段」係指完整抗體之一部分。「抗原結合片段」、「抗原結合域」、或「抗原結合區」係指結合至抗原之完整抗體的部分。抗原結合片段可含有完整抗體之抗原決定區(例如互補決定區(CDR))。抗體之抗原結合片段之實例包括(但不限於) Fab、Fab'、F(ab')2及Fv片段、線性抗體及單鏈抗體。抗體之抗原結合片段可源於任何動物物種，諸如嚙齒動物(例如小鼠、大鼠或倉鼠)及人類或可人工產生。

完整的抗體通常由四個多肽組成：重(H)鏈多肽之兩個一致複本及輕(L)鏈多肽之兩個一致複本。重鏈中之各者含有一個N端可變 (VH)區及三個C端恆定(CHI、CH2及CH3)區，且各輕鏈含有一個N端可變(VL)區及一個C端恆定(CL)區。每對輕鏈及重鏈之可變區形成抗體之抗原結合位點。VH區及VL區具有相同通式結構，其中各區包含四個構架區，其序列相對保守。如本文所用，術語「構架區」係指位於高變區或互補決定區(CDR)之間的可變區內相對保守的胺基酸序列。在各可變域中存在四個構架區，稱為FR1、FR2、FR3及FR4。構架區形成提供可變區之結構構架之β片狀結構(參見例如C.A. Janeway 等人(編),Immunobiology , 第5版, Garland Publishing, New York, NY (2001))。已知為CDR1、CDR2及CDR3的三個CDR形成抗體之「高變區」，其負責抗原結合。

術語「VL」及「VL域」可互換地用於指抗體之輕鏈可變區。

術語「VH」及「VH域」可互換地用於指抗體之重鏈可變區。

術語「Kabat編號」及類似術語在此項技術中得到認可，且係指編號抗體或其抗原結合片段之重鏈及輕鏈可變區中之胺基酸殘基的系統。在某些態樣中，CDR可根據Kabat編號系統確定(參見例如Kabat EA & Wu TT (1971) Ann NY Acad Sci 190: 382-391 及Kabat EA 等人, (1991) Sequences of Proteins of Immunological Interest, Fifth Edition, U.S. Department of Health and Human Services, NIH Publication 第91-3242頁)。使用Kabat編號系統，抗體重鏈分子內之CDR通常存在於胺基酸位置31至35處，其視情況在35之後可包括一或兩個額外胺基酸(在Kabat編號方案中稱為35A及35B)(CDR1)；胺基酸位置50至65處(CDR2)；及胺基酸位置95至102處(CDR3)。使用Kabat編號系統，抗體輕鏈分子內之CDR通常存在於胺基酸位置24至34處(CDR1)、胺基酸位置50至56處(CDR2)及胺基酸位置89至97處(CDR3)。在一特定實施例中，本文所述抗體之CDR根據Kabat編號方案確定。

而Chothia提及結構環之位置(Chothia及Lesk, J. Mol. Biol. 196:901-917 (1987))。在使用Kabat編號規約進行編號時，Chothia CDR-H1環末端在H32與H34之間變化，此視環的長度而定(此係因為Kabat編號方案將插入置於H35A及H35B處；若既不存在35A，亦不存在35B，則環末端位於32處；若僅存在35A，則環末端位於33處；若35A與35B皆存在，則環末端位於34處)。AbM高變區代表Kabat CDR與Chothia結構環之間的折衷，且用於Oxford Molecular的AbM抗體模型化軟體中。

環	Kabat	AbM	Chothia
L1	L24-L34	L24-L34	L24-L34
L2	L50-L56	L50-L56	L50-L56
L3	L89-L97	L89-L97	L89-L97
H1	H31-H35B	H26-H35B	H26-H32..34
		(Kabat 編號 )
H1	H31-H35	H26-H35	H26-H32
		(Chothia 編號 )
H2	H50-H65	H50-H58	H52-H56
H3	H95-H102	H95-H102	H95-H102

如本文所用，術語「恆定區」或「恆定域」為可互換的且具有其在此項技術中之共同含義。恆定區為抗體部分，例如不與抗體與抗原之結合直接有關但可展現各種效應功能(諸如與Fc受體之相互作用)之輕及/或重鏈之羧基端部分。免疫球蛋白分子之恆定區之胺基酸序列一般比免疫球蛋白可變域較保守。

如本文所用，術語「重鏈」當在關於抗體使用時，基於恆定域之胺基酸序列，可指任何不同類型，例如阿爾法(alpha，α)、德耳塔(delta，δ)、伊普西隆(epsilon，ε)、伽瑪(gamma，γ)及謬(mu，µ)，其分別產生抗體之IgA、IgD、IgE、IgG及IgM類別，包括IgG之子類，例如IgG₁ 、IgG₂ 、IgG₃ 及IgG₄ 。重鏈胺基酸序列為此項技術中熟知的。在特定實施例中，重鏈為人類重鏈。

如本文所用，術語「輕鏈」當在關於抗體使用時，基於恆定域之胺基酸序列，可指任何不同類型，例如卡帕(kappa，κ)或拉姆達(lambda，λ)。輕鏈胺基酸序列為此項技術中所熟知的。在特定實施例中，輕鏈為人類輕鏈。

「嵌合」抗體係指包含人類及非人類域兩者之抗體或其片段。「人類化」抗體為包含人類抗體骨架及至少一個獲自或源於非人類抗體之CDR的抗體。非人類抗體包括自任何非人類動物、諸如嚙齒動物(例如小鼠或大鼠)分離之抗體。人類化抗體可包含獲自或源於非人類抗體之一個、兩個或三個CDR。完全人類抗體不含有任何獲自或源於非人類動物之胺基酸殘基。應瞭解，與小鼠或嵌合抗體相比，完全人類及人類化抗體在人類中誘導免疫反應之風險較低(參見例如Harding等人,mAbs , 2(3): 256-26 (2010))。

如本文所用，「抗原決定基」為此項技術中之術語且係指抗體或其抗原結合片段可特異性結合之抗原的局部區。抗原決定基可為例如多肽之相鄰胺基酸(線性或相鄰抗原決定基)，或抗原決定基可例如由一或多個多肽之兩個或更多個非相鄰區域聚集在一起得到(構形、非線性、非連續或非相鄰抗原決定基)。在某些實施例中，抗體或其抗原結合片段結合之抗原決定基可藉由例如NMR光譜分析、X射線繞射晶體學研究、ELISA分析、氫/氘交換與質譜分析(例如液相層析電噴霧質譜分析)耦合、基於陣列之寡肽掃描分析，及/或突變誘發定位(例如定點突變誘發定位)來確定。對於X射線晶體學，晶體可使用此項技術中已知之方法中任一者實現(例如Giegé R 等人, (1994) Acta Crystallogr D Biol Crystallogr 50(Pt 4): 339-350; McPherson A (1990) Eur J Biochem 189: 1-23; Chayen NE (1997) Structure 5: 1269-1274; McPherson A (1976) J Biol Chem 251: 6300-6303)。抗體/其抗原結合片段：抗原晶體可使用熟知X射線繞射技術研究且可使用電腦軟體，諸如X-PLOR(Yale University, 1992, 由Molecular Simulations, Inc.發佈; 參見例如Meth Enzymol (1985) 第114 & 115卷, Wyckoff HW等人編; U.S. 2004/0014194)及BUSTER (Bricogne G (1993) Acta Crystallogr D Biol Crystallogr 49(Pt 1): 37-60; Bricogne G (1997) Meth Enzymol 276A: 361-423, ed Carter CW; Roversi P等人, (2000) Acta Crystallogr D Biol Crystallogr 56(Pt 10): 1316-1323)精化。突變誘發定位研究可使用熟習此項技術者已知之任何方法來實現。參見例如Champe M等人, (1995) J Biol Chem 270: 1388-1394 及Cunningham BC & Wells JA (1989) Science 244: 1081-1085關於突變誘發技術之描述，包括丙胺酸掃描突變誘發技術。

作為參考抗體「結合至相同的抗原決定基」之抗體係指作為參考抗體結合至相同的胺基酸殘基之抗體。抗體作為參考抗體結合至相同的抗原決定基的能力可藉由氫/氘交換分析(見Coales等人 Rapid Commun. Mass Spectrom. 2009; 23: 639-647)或x射線晶體學來確定。

如本文所用，術語「免疫特異性結合」、「免疫特異性識別」、「特異性結合」及「特異性識別」為在抗體或其抗原結合片段之上下文中的類似術語。此等術語指示抗體或其抗原結合片段經由其抗原結合域結合至抗原決定基，且該結合需要抗原結合域與抗原決定基之間的一些互補性。因此，舉例而言，如藉由例如放射免疫分析(radioimmunoassay，RIA)、酶聯免疫吸附分析(enzyme-linked immunosorbent assay，ELISA)、BiaCore或八位元組結合分析所量測，「特異性結合」至第一金黃色葡萄球菌白血球毒素之抗體亦可結合至其他金黃色葡萄球菌白血球毒素，但與無關的非白血球毒素蛋白質之結合程度小於抗體與第一金黃色葡萄球菌白血球毒素之結合的約10%。

若抗體以一種致使抗體在某種程度上阻斷參考抗體與抗原決定基之結合的程度優先結合至抗原決定基或重疊抗原決定基，則該抗體稱為「競爭性地抑制」參考抗體與給定抗原決定基之結合。競爭性地抑制可藉由此項技術中已知之任何方法，例如競爭ELISA分析來確定。抗體可稱為競爭性地抑制參考抗體與給定抗原決定基之結合至少90%、至少80%、至少70%、至少60%或至少50%。

術語「核酸序列」意欲包涵DNA或RNA之聚合物，亦即聚核苷酸，其可為單股或雙股的且可含有非天然或改變的核苷酸。如本文所用，術語「核酸」及「聚核苷酸」係指任何長度之核苷酸，核糖核苷酸(RNA)或去氧核糖核苷酸(DNA)的聚合形式。此等術語係指分子之一級結構，且因此包括雙股及單股DNA以及雙股及單股RNA。該等術語包括由核苷酸類似物及經修飾之聚核苷酸(諸如但不限於甲基化及/或封端聚核苷酸)製成之RNA或DNA類似物作為等效物。儘管此項技術中已知許多其他鍵(例如硫代磷酸酯、硼烷磷酸酯及其類似物)，但核酸通常經由磷酸酯鍵連接以形成核酸序列或聚核苷酸。

金黃色葡萄球菌感染可例如以皮膚或軟組織感染(SSTI)或菌血症發生。金黃色葡萄球菌細菌可穿過血流且感染體內部位，引起肺炎、ICU肺炎、糖尿病下肢感染、糖尿病性足潰瘍(DFU)、骨或關節感染、裝置感染、傷口感染、手術部位感染或骨髓炎。

如本文所用，「轉染」、「轉型」或「轉導」係指藉由使用物理或化學方法將一或多種外源聚核苷酸引入宿主細胞中。許多轉染技術為此項技術中已知且包括例如磷酸鈣DNA共沈澱(參見例如Murray E.J. (編),Methods in Molecular Biology, 第 7 卷 , Gene Transfer and Expression Protocols , Humana Press (1991))；DEAE-聚葡萄糖；電穿孔；陽離子脂質體介導之轉染；鎢粒子促進之微粒轟擊(Johnston,Nature ,346 : 776-777 (1990))；及磷酸鍶DNA共沈澱(Brash等人,Mol. Cell Biol. ,7 : 2031-2034 (1987))。在感染性顆粒在適合之包裝細胞中生長之後，可將噬菌體或病毒載體引入宿主細胞中，其中許多為市售可得。

如本文所用，術語「治療(treatment/treating)」及其類似者係指獲得所需藥理學及/或生理學作用。在一個實施例中，該作用為治療性，亦即該作用部分或完全地治癒疾病及/或可歸因於該疾病之不良症狀。

「治療有效量」係指在需要劑量及時間段內有效實現所需治療結果(例如治療金黃色葡萄球菌感染)之量。治療有效量可根據以下因素變化，諸如個體之疾病病況、年齡、性別及體重，及抗體或抗原結合片段在個體中引發所需反應之能力。

「預防有效量」係指在需要劑量及時間段內有效實現所需預防結果(例如預防金黃色葡萄球菌感染或疾病發作)之量。

如本文所用，術語「投與(administer/administering/ admini-stration)」及其類似者係指可用於使藥物(例如白血球毒素結合抗體或其抗原結合片段)能夠遞送至所需生物作用部位(例如靜脈內投與)的方法。可用本文所述之藥劑及方法使用之投與技術見於例如Goodman及Gilman,The Pharmacological Basis of Therapeutics , 現行版, Pergamon; 及Remington's,Pharmaceutical Sciences , 現行版, Mack Publishing Co., Easton, Pa中。

除非上下文另外清楚指出，否則如本發明及申請專利範圍中所用，單數形式「一(a/an)」及「該」包括複數形式。

除非上下文有特別規定或顯而易見，否則如本文所用，術語「或」應理解為包括性的。諸如本文「A及/或B」片語中所用之術語「及/或」意欲包括「A及B」兩者、「A或B」、「A」及「B」。同樣，諸如「A、B及/或C」片語中所用之術語「及/或」意欲包涵以下實施例中之每一者：A、B及C；A、B或C；A或C；A或B；B或C；A及C；A及B；B及C；A (單獨)；B (單獨)；及C (單獨)。 II. 抗白血球毒素抗體

本發明提供結合至至少一種金黃色葡萄球菌白血球毒素之抗體及其抗原結合片段。

白血球毒素為金黃色葡萄球菌毒性因子。白血球毒素靶向大範圍之免疫細胞進行破壞。白血球毒素包括潘頓-華倫丁(Panton-Valentine)殺白血球素(LukSF-PV，亦稱為LukSF)、白血球毒素ED (LukED)、γ溶血素(其以兩種毒素形式存在：HlgAB及HlgCB)及白血球毒素AB (LukAB，亦稱為LukGH)。在某些情況下，結合至至少一種白血球毒素之抗體或其抗原結合片段結合至LukF、LukD及/或HIgB。在某些情況下，結合至至少一種白血球毒素之抗體或其抗原結合片段結合至LukF、LukD及HIgB。

在一情況下，特異性結合至至少一種金黃色葡萄球菌白血球毒素之抗體或抗原結合片段(例如單株抗體或片段)包含以下、基本上由以下組成或由以下組成：(i)包含SEQ ID NO:1之CDR1胺基酸序列、SEQ ID NO:2之CDR2胺基酸序列及SEQ ID NO:3之CDR3胺基酸序列的重鏈多肽，及(ii)包含SEQ ID NO:12之CDR1胺基酸序列、SEQ ID NO:5之CDR2胺基酸序列及SEQ ID NO:6之CDR3胺基酸序列的輕鏈多肽。在另一情況下，特異性結合至至少一種金黃色葡萄球菌白血球毒素之抗體或抗原結合片段(例如單株抗體或片段)之重鏈多肽包含SEQ ID NO:15之可變區胺基酸序列、基本上由該可變區胺基酸序列組成或由該可變區胺基酸序列組成。在另一情況下，特異性結合至至少一種金黃色葡萄球菌白血球毒素之抗體或抗原結合片段(例如單株抗體或片段)之輕鏈多肽包含SEQ ID NO:13之可變區胺基酸序列、基本上由該可變區胺基酸序列組成或由該可變區胺基酸序列組成。在另一情況下，特異性結合至至少一種金黃色葡萄球菌白血球毒素之抗體或抗原結合片段(例如單株抗體或片段)包含以下、基本上由以下組成或由以下組成：包含SEQ ID NO:15之胺基酸序列、基本上由該胺基酸序列組成或由該胺基酸序列組成的可變重鏈，及包含SEQ ID NO:13之胺基酸序列、基本上由該胺基酸序列組成或由該胺基酸序列組成的可變輕鏈。在另一情況下，特異性結合至至少一種金黃色葡萄球菌白血球毒素之抗體或抗原結合片段(例如單株抗體或片段)包含以下、基本上由以下組成或由以下組成：包含SEQ ID NO:16之胺基酸序列、基本上由該胺基酸序列組成或由該胺基酸序列組成的可變重鏈，及/或包含SEQ ID NO:14之胺基酸序列、基本上由該胺基酸序列組成或由該胺基酸序列組成的可變輕鏈。

下文提供例示性抗白血球毒素抗體之序列。在某些情況下，本文所述之抗體或其抗原結合片段結合至至少一種白血球毒素且包含下表1及表2之六個CDR (亦即VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2及VL CDR3)。

SAN481-SYT-YTE抗體包含SEQ ID NO:1-3之VH CDR及SEQ ID NO:12、5及6之VL CDR。表 1 ： VH CDR 胺基酸序列

抗體名稱	VH CDR1 (SEQ ID NO:)	VH CDR2 (SEQ ID NO:)	VH CDR3 (SEQ ID NO:)
SAN481	TYAMH (SEQ ID NO:1)	VTSFDGSNEYYIDSVKG (SEQ ID NO:2)	DEYTGGWYSVGY (SEQ ID NO:3)
SAN481-TF	TYAMH (SEQ ID NO:1)	VTSFDGSNEYYIDSVKG (SEQ ID NO:2)	DEYTGGF YSVGY (SEQ ID NO:17)
SAN481-EG	TYAMH (SEQ ID NO:1)	VTSFE GSNEYYIDSVKG (SEQ ID NO:20)	DEYTGGWYSVGY (SEQ ID NO:3)

表 2 ： VL CDR 胺基酸序列

抗體	VL CDR1 (SEQ ID NO:)	VL CDR2 (SEQ ID NO:)	VL CDR3 (SEQ ID NO:)
SAN481	SGNSYNIGSNSVY (SEQ ID NO:4)	RSIQRPS (SEQ ID NO:5)	AAWDDSLRAWV (SEQ ID NO:6)
SAN481-SY	SGS SYNIGSNY VY (SEQ ID NO:12)	RSIQRPS (SEQ ID NO:5)	AAWDDSLRAWV (SEQ ID NO:6)

在某些情況下，本文所述之抗體或其抗原結合片段結合至至少一種白血球毒素且包含下表中列出之(例如)與VL組合之抗體VH。表 3 ：可變重鏈 (VH) 胺基酸序列

抗體	VH 胺基酸序列 (SEQ ID NO)
SAN481	QLQLVESGGGAVQPGRSLKLSCAASGFNFSTYAMHWVRQAPGRGLEWVAVTSFDGSNEYYIDSVKGRFTISRDNTKNTLYLQMTGLRVEDTALYFCARDEYTGGWYSVGYWGQGTLVTVSS (SEQ ID NO:7)
SAN481-T	QLQLVESGGGAVQPGRSLKLSCAASGFT FSTYAMHWVRQAPGRGLEWVAVTSFDGSNEYYIDSVKGRFTISRDNTKNTLYLQMTGLRVEDTALYFCARDEYTGGWYSVGYWGQGTLVTVSS (SEQ ID NO:15)
SAN481-TF	QLQLVESGGGAVQPGRSLKLSCAASGFT FSTYAMHWVRQAPGRGLEWVAVTSFDGSNEYYIDSVKGRFTISRDNTKNTLYLQMTGLRVEDTALYFCARDEYTGGF YSVGYWGQGTLVTVSS (SEQ ID NO:18)
SAN481-EG	QLQLVESGGGAVQPGRSLKLSCAASGFNFSTYAMHWVRQAPGRGLEWVAVTSFE GSNEYYIDSVKGRFTISRDNTKNTLYLQMTGLRVEDTALYFCARDEYTGGWYSVGYWGQGTLVTVSS (SEQ ID NO:21)
SAN481-QFS	QLQLVESGGGAVQPGRSLKLSCAASGFQ FSTYAMHWVRQAPGRGLEWVAVTSFDGSNEYYIDSVKGRFTISRDNTKNTLYLQMTGLRVEDTALYFCARDEYTGGWYSVGYWGQGTLVTVSS (SEQ ID NO:23)

在某些情況下，本文所述之抗體或其抗原結合片段結合至至少一種白血球毒素且包含下表列出之(例如)與VH，視情況與前述表中列出之VH組合之抗體VL。表 4 ：可變輕鏈 (VL) 胺基酸序列

抗體	VL 胺基酸序列 (SEQ ID NO)
SAN481	QSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGNSYNIGSNSVYWYQQFPGTAPKLLISRSIQRPSGVPDRFSGSKSVTSASLAISGLRSEDEADYYCAAWDDSLRAWVFGGGTKLTVL (SEQ ID NO:8)
SAN481-SY	QSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGS SYNIGSNY VYWYQQFPGTAPKLLISRSIQRPSGVPDRFSGSKSVTSASLAISGLRSEDEADYYCAAWDDSLRAWVFGGGTKLTVL (SEQ ID NO:13)

在某些情況下，本文所述之抗體或其抗原結合片段結合至至少一種白血球毒素且包含下表列出之(例如)與輕鏈組合之抗體重鏈。表 5 ：全長重鏈胺基酸序列

抗體	全長重鏈胺基酸序列 (SEQ ID NO)
SAN481	QLQLVESGGGAVQPGRSLKLSCAASGFNFSTYAMHWVRQAPGRGLEWVAVTSFDGSNEYYIDSVKGRFTISRDNTKNTLYLQMTGLRVEDTALYFCARDEYTGGWYSVGYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK (SEQ ID NO:9)
SAN481-YTE	QLQLVESGGGAVQPGRSLKLSCAASGFNFSTYAMHWVRQAPGRGLEWVAVTSFDGSNEYYIDSVKGRFTISRDNTKNTLYLQMTGLRVEDTALYFCARDEYTGGWYSVGYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLY IT RE PEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK (SEQ ID NO:11)
SAN481-T-YTE	QLQLVESGGGAVQPGRSLKLSCAASGF T FSTYAMHWVRQAPGRGLEWVAVTSFDGSNEYYIDSVKGRFTISRDNTKNTLYLQMTGLRVEDTALYFCARDEYTGGWYSVGYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLY IT RE PEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK (SEQ ID NO:16)
SAN481-TF-YTE	QLQLVESGGGAVQPGRSLKLSCAASGFT FSTYAMHWVRQAPGRGLEWVAVTSFDGSNEYYIDSVKGRFTISRDNTKNTLYLQMTGLRVEDTALYFCARDEYTGGF YSVGYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLYITREPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK (SEQ ID NO:19)
SAN481-EG-YTE	QLQLVESGGGAVQPGRSLKLSCAASGFNFSTYAMHWVRQAPGRGLEWVAVTSFE GSNEYYIDSVKGRFTISRDNTKNTLYLQMTGLRVEDTALYFCARDEYTGGWYSVGYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLY IT RE PEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK (SEQ ID NO:22)
SAN481-QFS-YTE	QLQLVESGGGAVQPGRSLKLSCAASGFQ FSTYAMHWVRQAPGRGLEWVAVTSFDGSNEYYIDSVKGRFTISRDNTKNTLYLQMTGLRVEDTALYFCARDEYTGGWYSVGYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLY IT RE PEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK (SEQ ID NO:24)
SAN481-T	QLQLVESGGGAVQPGRSLKLSCAASGF T FSTYAMHWVRQAPGRGLEWVAVTSFDGSNEYYIDSVKGRFTISRDNTKNTLYLQMTGLRVEDTALYFCARDEYTGGWYSVGYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK (SEQ ID NO:28)

在某些情況下，本文所述之抗體或其抗原結合片段結合至至少一種白血球毒素且包含下表列出之(例如)與重鏈、視情況與前述表中列出之重鏈組合之抗體輕鏈。表 6 ：全長輕鏈胺基酸序列

抗體	全長輕鏈胺基酸序列 (SEQ ID NO)
SAN481	QSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGNSYNIGSNSVYWYQQFPGTAPKLLISRSIQRPSGVPDRFSGSKSVTSASLAISGLRSEDEADYYCAAWDDSLRAWVFGGGTKLTVLGQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVKAGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS (SEQ ID NO:10)
SAN481-SY	QSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGS SYNIGSNY VYWYQQFPGTAPKLLISRSIQRPSGVPDRFSGSKSVTSASLAISGLRSEDEADYYCAAWDDSLRAWVFGGGTKLTVLGQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVKAGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS (SEQ ID NO:14)

以下實例中所用抗體之序列概述於表7中。表 7 ：抗體 CDR 、可變區及重鏈及輕鏈之 SEQ ID NO

抗體	H CDRs	L CDRs	VH	VL	H	L
SAN481	1-3	4-6	7	8	9	10
SAN481-YTE	1-3	4-6	7	8	11	10
SAN481-SY-YTE	1-3	12, 5, 6	7	13	11	14
SAN481-T-YTE	1-3	4-6	15	8	16	10
SAN481-TF-YTE	1, 2, 17	4-6	18	8	19	10
SAN481-SYT-YTE	1-3	12, 5, 6	15	13	16	14
SAN481-SY-TF-YTE	1, 2, 17	12, 5, 6	18	13	19	14
SAN481-EG-YTE	1, 20, 3	4-6	21	8	22	10
SAN481-SY-QFS-YTE	1-3	12, 5, 6	23	13	24	14
SAN481-SYT*	1-3	12, 5, 6	15	13	28	14

在某些態樣中，抗體或其抗原結合片段之CDR可根據Chothia編號方案確定，其係指免疫球蛋白結構環之位置(參見例如Chothia C & Lesk AM, (1987), J Mol Biol 196: 901-917; Al-Lazikani B等人, (1997) J Mol Biol 273: 927-948; Chothia C等人, (1992) J Mol Biol 227: 799-817; Tramontano A等人, (1990) J Mol Biol 215(1): 175-82; 及美國專利第7,709,226號)。通常，當使用Kabat編號規約時，Chothia CDR-H1環存在於重鏈胺基酸26至32、33或34處，Chothia CDR-H2環存在於重鏈胺基酸52至56處，且Chothia CDR-H3環存在於重鏈胺基酸95至102處，而Chothia CDR-L1環存在於輕鏈胺基酸24至34處，Chothia CDR-L2環存在於輕鏈胺基酸50至56處，且Chothia CDR-L3環存在於輕鏈胺基酸89至97處。在使用Kabat編號規約進行編號時，Chothia CDR-H1環末端在H32與H34之間變化，此視環的長度而定(此係因為Kabat編號方案將插入置於H35A及H35B處；若既不存在35A，亦不存在35B，則環末端位於32處；若僅存在35A，則環末端位於33處；若35A與35B皆存在，則環末端位於34處)。

在某些態樣中，本文提供包含SAN481或SAN481-SYT抗體之Chothia VH及VL CDR的抗體及其抗原結合片段。在某些實施例中，抗體或其抗原結合片段包含一或多個CDR，其中Chothia及Kabat CDR具有相同胺基酸序列。在某些實施例中，本文提供包含Kabat CDR及Chothia CDR之組合的抗體及其抗原結合片段。

在某些態樣中，抗體或其抗原結合片段之CDR可根據IMGT編號系統確定，如以下文獻中所述：Lefranc M-P, (1999) The Immunologist 7: 132-136及Lefranc M-P等人, (1999) Nucleic Acids Res 27: 209-212。根據IMGT編號方案，VH-CDR1在位置26至35處，VH-CDR2在位置51至57處，VH-CDR3在位置93至102處，VL-CDR1在位置27至32處，VL-CDR2在位置50至52處，且VL-CDR3在位置89至97處。在一特定實施例中，本文提供抗體及其抗原結合片段，其包含SAN481或SAN481-SYT-YTE抗體之IMGT VH及VL CDR，例如如以下中所述：Lefranc M-P (1999) 同上及Lefranc M-P 等人, (1999) 同上。

在某些態樣中，抗體或其抗原結合片段之CDR可根據MacCallum RM等人, (1996) J Mol Biol 262: 732-745確定。亦參見例如，Martin A., 「Protein Sequence and Structure Analysis of Antibody Variable Domains」, 在Antibody Engineering , Kontermann及Dübel編, 第31章, 第422-439頁, Springer-Verlag, Berlin (2001)中。在一特定實施例中，本文提供抗體或其抗原結合片段，其包含藉由MacCallum RM等人中之方法所確定的SAN481或SAN481-SYT-YTE抗體之VH及VL CDR。

在某些態樣中，抗體或其抗原結合片段之CDR可根據AbM編號方案確定，該AbM編號方案指代表Kabat CDR與Chothia結構環之間的折中的AbM高變區，且由牛津分子AbM抗體建模軟體(Oxford Molecular Group, Inc.)使用。在一特定實施例中，本文提供抗體或抗原結合片段，其包含如藉由AbM編號方案所確定的SAN481或SAN481-SYT-YTE抗體之VH及VL CDR。

在另一態樣中，本文所述之抗體或其抗原結合片段(例如單株抗體或片段)可包含任何適合之類別(例如IgG、IgA、IgD、IgM及IgE)的恆定區(Fc)，該任何適合之類別經修飾以便改良抗體或抗原結合片段(例如單株抗體或片段)之半衰期。舉例而言，本文所述之抗體或其抗原結合片段(例如單株抗體或片段)可包含Fc，該Fc相對於無突變之相同抗體包含延長半衰期之突變。

Fc區工程改造廣泛用於此項技術中以延長治療性抗體之半衰期且保護其免受活體內分解。在一些實施例中，IgG抗體或抗原結合片段之Fc區可經修飾以增加IgG分子對Fc新生受體(FcRn)之親和力，Fc新生受體介導IgG代謝且保護IgG分子免於分解。適合之Fc區胺基酸取代或修飾為此項技術中已知的且包括例如三重取代M252Y/S254T/T256E (稱為「YTE」) (參見例如美國專利7,658,921; 美國專利申請公開案2014/0302058; 及Yu等人,Antimicrob. Agents Chemother .,61 (1): e01020-16 (2017))。在某些態樣中，結合至至少一種金黃色葡萄球菌白血球毒素之抗體或抗原結合片段(例如單株抗體或片段)包含含YTE突變之Fc區。

本文所述之抗體或抗原結合片段(例如單株抗體或片段)可為或可獲自人類抗體、人類化抗體、非人類抗體或嵌合抗體。在一個態樣中，本文所述之抗體或其抗原結合片段為完全人類抗體。

人類抗體、非人類抗體、嵌合抗體或人類化抗體可藉由任何方式獲得，包括經由活體外來源(例如重組產生抗體之融合瘤或細胞株)及活體內來源(例如嚙齒動物、人類扁桃體)。用於產生抗體之方法為此項技術中已知的且描述於例如Köhler及Milstein,Eur. J. Immunol .,5 : 511-519 (1976); Harlow及Lane (編),Antibodies: A Laboratory Manual , CSH Press (1988); 及Janeway等人 (編),Immunobiology, 第 5 版 ., Garland Publishing, New York, N.Y. (2001))。在某些實施例中，人類抗體或嵌合抗體可使用轉殖基因動物(例如小鼠)產生，其中一或多個內源免疫球蛋白基因經一或多個人類免疫球蛋白基因置換。用人類抗體基因有效置換內源抗體基因的轉殖基因小鼠之實例包括(但不限於)Medarex HUMAB-MOUSE™、Kirin TC MOUSE™及Kyowa Kirin KM-MOUSE™ (參見例如Lonberg,Nat. Biotechnol .,23 (9): 1117-25 (2005)及Lonberg,Handb. Exp. Pharmacol .,181 : 69-97 (2008))。人類化抗體可使用此項技術中已知之任何適合方法產生 (參見例如An, Z. (編),Therapeutic Monoclonal Antibodies: From Bench to Clinic , John Wiley & Sons, Inc., Hoboken, N.J. (2009))，包括例如將非人類CDR移植至人類抗體骨架上(參見例如Kashmiri等人,Methods ,36 (1): 25-34 (2005); 及Hou等人,J. Biochem .,144 (1): 115-120 (2008))。在一個實施例中，人類化抗體可使用例如美國專利申請公開案2011/0287485 A1中所述之方法產生。

在某些態樣中，本文所提供之抗體或抗原結合片段對LukF、LukD及HIgB具有類似結合親和力。 III. 核酸、載體及宿主細胞

本文亦提供一或多種經分離之核酸序列，其編碼結合至至少一種白血球毒素之抗體或其抗原結合片段(其中視情況抗體或其抗原結合片段為單株抗體或片段)。

本發明進一步提供一或多種載體，其包含一或多種編碼結合至至少一種白血球毒素之抗體或其抗原結合片段的核酸序列(其中視情況抗體或其抗原結合片段中之一或多者為單株抗體或片段)。載體可為例如質體、游離基因體、黏質體、病毒載體(例如反轉錄病毒或腺病毒)或噬菌體。適合之載體及載體製備方法為此項技術中熟知的(參見例如Sambrook等人,Molecular Cloning, a Laboratory Manual, 第 3 版 , Cold Spring Harbor Press, Cold Spring Harbor, N.Y. (2001)及Ausubel等人,Current Protocols in Molecular Biology , Greene Publishing Associates and John Wiley & Sons, New York, N.Y. (1994))。

除編碼結合至至少一種白血球毒素(其中視情況抗體或其抗原結合片段為單株抗體或片段)之抗體或其抗原結合片段的核酸序列以外，載體宜包含表現控制序列，諸如啟動子、強化子、聚腺苷酸化信號、轉錄終止子、內部核糖體入口位點(internal ribosome entry site，IRES)及其類似物，該等表現控制序列提供宿主細胞中編碼序列之表現。示例性表現控制序列為此項技術中已知的且描述於例如Goeddel,Gene Expression Technology: Methods in Enzymology , 第185卷, Academic Press, San Diego, Calif. (1990)。

包含編碼結合至至少一種白血球毒素之抗體或其抗原結合片段(視情況其中抗體或其抗原結合片段中之一或多者為單株抗體或片段)之核酸的載體可引入至宿主細胞中，該宿主細胞包括任何適合之原核或真核細胞，能夠表現由此編碼之多肽。因此，本發明提供一種包含載體的經分離之細胞。可使用之宿主細胞包括可以容易且可靠地生長、具有合理的快速生長速率、具有良好特徵之表現系統且可容易及有效地轉型或轉染之宿主細胞。適合之原核細胞的實例包括但不限於來自芽孢桿菌屬(Bacillus) (諸如枯草芽孢桿菌(Bacillus subtilis)及短芽孢桿菌(Bacillus brevis))、埃希氏菌屬(Escherichia) (諸如大腸桿菌)、假單胞菌屬(Pseudomonas)、鏈黴菌屬(Streptomyces)、沙門氏菌屬(Salmonella)及伊文氏桿菌屬(Erwinia)之細胞。尤其有用的原核細胞包括各種大腸桿菌菌株(例如K12、HB101 (ATCC第33694號)、DH5a、DH10、MC1061 (ATCC第53338號)及CC102)。適合之真核細胞為此項技術中已知的且包括例如酵母細胞、昆蟲細胞及哺乳動物細胞。在一實施例中，載體於哺乳動物細胞中表現。許多適合之哺乳動物宿主細胞為此項技術中已知的，且許多可自美國菌種保藏中心(American Type Culture Collection；ATCC, Manassas, VA)獲得。適合哺乳動物細胞之實例包括(但不限於)中國倉鼠卵巢細胞(Chinese hamster ovary cell，CHO) (ATCC第CCL61號)、CHO DHFR細胞(Urlaub等人,Proc. Natl. Acad. Sci. USA ,97 : 4216-4220 (1980))、人類胚腎(human embryonic kidney，HEK) 293或293T細胞(ATCC第CRL1573號)及3T3細胞(ATCC第CCL92號)。其他適合之哺乳動物細胞株為猴COS-1 (ATCC第CRL1650號)及COS-7細胞株(ATCC第CRL1651號)以及CV-1細胞株(ATCC第CCL70號)。哺乳動物細胞宜為人類細胞。舉例而言，哺乳動物細胞可為人類淋巴或淋巴衍生細胞株，諸如前B淋巴細胞來源之細胞株、PER.C6®細胞株(Crucell Holland B.V., The Netherlands)或人類胚腎(HEK) 293或293T細胞(ATCC第CRL1573號)。

可藉由轉染、轉化或轉導將編碼本文所述之抗體或抗原結合片段(視情況為單株抗體或片段)中任一者之胺基酸的核酸序列引入細胞中。 IV. 使用抗金黃色葡萄球菌白血球毒素抗體之醫藥組合物及方法

本發明提供包含本文所述之抗體或其抗原結合片段及醫藥學上可接受之載劑的組合物。

本發明亦提供包含一或多種編碼本文所提供之抗體或其抗原結合片段之核酸序列或一或多種包含此等核酸序列之載體的組合物。

本文所提供之組合物(例如包含抗體或其抗原結合片段、一或多種核酸序列，或一或多種載體)可為醫藥學上可接受(例如生理學上可接受)之組合物，其包含載劑，諸如醫藥學上可接受(例如生理學上可接受)之載劑，及抗體或抗原結合片段、核酸序列或載體。

在本發明中可使用任何適合之載劑，且此等載劑為此項技術中熟知。載劑之選擇將部分由可投與該組合物之特定部位及用於投與該組合物之特定方法來決定。組合物視情況可為無菌的。組合物可冷凍或凍乾儲存且在使用之前在適合之無菌載劑中復原。可根據以下中所述之習知技術產生組合物，例如Remington: The Science and Practice of Pharmacy , 第21版, Lippincott Williams & Wilkins, Philadelphia, PA (2001)。

組合物理想包含可有效治療及/或預防金黃色葡萄球菌感染之量的抗體或抗原結合片段。為此目的，所揭示之方法包含投與治療有效量或預防有效量之白血球毒素結合抗體或其抗原結合片段或包含前述抗體或其抗原結合片段(包括單株抗體或片段)之組合物。

本發明提供一種治療或預防個體(例如人類)之金黃色葡萄球菌感染的方法，其包含向有需要其之個體投與本文所述之白血球毒素結合抗體或抗原結合片段，接著對該個體之金黃色葡萄球菌感染進行治療或預防。本發明亦提供本文所述之白血球毒素結合抗體或抗原結合片段或含本文所述之抗體或其片段的組合物之用途，其用於製造供治療或預防金黃色葡萄球菌感染用的藥劑。

如本文所論述，金黃色葡萄球菌為引起廣泛臨床感染的主要人類病原體。金黃色葡萄球菌為菌血症及感染性心內膜炎以及骨關節、皮膚及軟組織、胸膜肺及裝置相關感染之主要原因。約30%的人類群體受金黃色葡萄球菌定殖(Wertheim等人,Lancet Infect. Dis .,5 : 751-762 (2005))。金黃色葡萄球菌皮膚感染之症狀包括例如癤子、蜂窩組織炎及膿皰。金黃色葡萄球菌亦可引起食物中毒、血液中毒(亦稱為菌血症)、毒性休克症候群及敗血性關節炎。金黃色葡萄球菌感染之流行病學、病理生理學及臨床表現詳述於例如Tong等人,Clin. Microbiol. Rev .,28 (3): 603-661 (2015)，且已對若干不同金黃色葡萄球菌菌株之基因組測序(參見例如GenBank/EMBL寄存編號BX571856、BX571857、BX571858、FN433596、FN433597、FN433598、HE681097、FR821777、FR821778、FR821779及FR821780)。如本文所論述，個體(例如，人類個體)可患有糖尿病。

在某些情況下，白血球毒素結合抗體或抗原結合片段之治療有效量為抑制(例如人類中)金黃色葡萄球菌相關之敗血症、中和毒素、抑制細胞溶解、抑制多器官功能失常或前述之任何組合的量。

或者，藥理學及/或生理學效應可為預防性的，亦即該效應完全或部分預防疾病或其症狀。就此而言，所揭示之方法包含投與「預防有效量」之白血球毒素結合抗體或抗原結合片段(包括單株抗體或片段)。

可藉由定期評估所治療患者來監測治療或預防功效。對於經數天或更長時間之重複投與，視病況而定，可重複治療直至出現所期望之疾病症狀抑制。然而，其他給藥方案可為適用的且在本發明之範疇內。所需劑量可藉由單次快速投與組合物、藉由多次快速投與組合物或藉由連續輸注投與組合物來遞送。

包含有效量的本文所述之抗體或其抗原結合片段、編碼前述任一者之核酸序列或含核酸序列之載體的組合物可使用標準投與技術，包括靜脈內、腹膜內、皮下及肌肉內投與途徑向個體，諸如人類投與。組合物可適於非經腸投與。如本文所用，術語「非經腸」包括靜脈內、肌肉內、皮下及腹膜內投與。在一些實施例中，使用周邊全身性遞送，藉由靜脈內、腹膜內或皮下注射來向個體投與組合物。

白血球毒素結合抗體或抗原結合片段或包含其之組合物可單獨或與習知用於治療金黃色葡萄球菌感染之其他藥物(例如作為佐劑)組合投與。包含白血球毒素結合抗體或抗原結合片段之組合物可與例如一或多種抗生素(諸如青黴素酶-抗β-內醯胺抗生素(例如扼噻青黴素或氟氯扼噻青黴素))組合使用。慶大黴素可用於治療嚴重感染，諸如心內膜炎。然而，大部分金黃色葡萄球菌菌株現在對青黴素具有抗性，且每100人中有兩人攜帶耐二甲氧苯青黴素金黃色葡萄球菌菌株(MRSA)。MRSA感染通常用萬古黴素治療，且輕微皮膚感染可用三重抗生素軟膏治療。

除治療性及預防性用途以外，本文所述之任何抗體或其抗原結合片段均可用於診斷性或研究應用中。就此而言，白血球毒素結合抗體或抗原結合片段可用於分析中以監測個體之金黃色葡萄球菌感染。研究應用包括例如利用白血球毒素結合抗體或抗原結合片段及標記偵測樣品中(例如人類體液中或細胞或組織提取物中)之金黃色葡萄球菌的方法。白血球毒素結合抗體或抗原結合片段可在存在或不存在修飾之情況下使用，諸如對可偵測部分進行共價或非共價標記。舉例而言，可偵測部分可為放射性同位素(例如³ H、¹⁴ C、³² P、³⁵ S或¹²⁵ I)、螢光或化學發光化合物(例如螢光異硫氰酸鹽、若丹明(rhodamine)或螢光素)、酶(例如鹼性磷酸酶、β-半乳糖苷酶或辣根過氧化酶)或輔基。此項技術中已知的用於將抗體或其抗原結合片段分別結合至可偵測部分之任何方法均可用於本發明上下文中(參見例如Hunter 等人,Nature ,194 : 495-496 (1962); David 等人,Biochemistry ,13 : 1014-1021 (1974); Pain 等人,J. Immunol. Meth .,40 : 219-230 (1981); 及Nygren, J.,Histochem. And Cytochem .,30 : 407-412 (1982))。

本文所述之任何抗體或其抗原結合片段(例如單株抗體或片段)、編碼前述任一者之核酸序列、包含核酸序列之載體或包含前述任一者之組合物可以預定量與用於進行診斷分析之說明書一起提供於套組(亦即試劑之封裝組合)中。若白血球毒素結合抗體或抗原結合片段用酶標記，則套組宜包括酶所需之受質及輔因子(例如提供可偵測發色團或螢光團之受質前驅體)。另外，其他添加劑可包括於套組中，諸如穩定劑、緩衝劑(例如阻斷緩衝劑或溶解緩衝劑)及其類似物。可改變各種試劑之相對量以提供實質上使分析靈敏度最佳化之試劑溶液中的濃度。試劑可以乾燥粉末(通常凍乾)形式提供，包括在溶解時將提供具有適當濃度之試劑溶液的賦形劑。

以下實施例進一步說明本發明，但當然不應解釋為以任何方式限制其範疇。實例1

抗白血球毒素抗體SAN481包含具有胺基酸序列SEQ ID NO:9之重鏈及具有胺基酸序列SEQ ID NO:10之輕鏈。在此等序列中鑑別若干序列可靠性。舉例而言，觀測到重鏈W100a (VH-CDR3)及M256 (在Fc域中)之氧化。另外，可變重鏈中之糖基化位點(NFS)經70%糖基化。在VL-CDR1中鑑別出兩個NS去醯胺位點，且在VH-CDR2中鑑別出DG/DS異構化位點。此外，在1週CWLa-2kLux時，光敏感性致使SAN481之聚集增加3.5%。

為了實現經改良之SAN481抗體變異體，設計及測試一系列序列變異體。變異體經設計以去除此等可靠性且在不影響抗體之白血球毒素中和活性的情況下增加半衰期。(去除序列可靠性之初步嘗試引起LukSF結合及中和活性之損失。此等初步嘗試包括使含有N28T突變之構築體中之W102突變為F、Y、A、L、I、G及V。) YTE突變用於半衰期延長，且此相同突變亦去除Fc區中之甲硫胺酸氧化位點(殘基M256)。

接著測試此等變異體對LukSF之結合及中和效能、其光穩定性及其可顯影性。結果概述於下表8中，且額外資訊見於以下實例中。表8：SAN481及SAN481變異體

變異體	IC50 (LukSF) HL-60 μg/mL	IC50 (HIgAB) HL-60 μg/mL	Kd LukF M	Titer Mg/L	單體蛋白質A%	單體損失(穩定性)%	1週光穩定性聚集變化%
SAN481	0.16	0.57	1.63E-10		99.1%	2.19	3.54%
SAN481-YTE	0.15	0.54	1.48E-11	475	99.8%	-0.05	0.48%
SAN481-SY -YTE	0.18	0.55	1.01E-10	834	99.7%	0.18	0.00%
SAN481-T -YTE	0.17	0.54	＜1.0E-12	800	99.4%	-0.02	0.49%
SAN481-TF -YTE	0.81	0.44	1.21E-09	778	99.2%	3.92	未測試
SAN481-SYT -YTE	0.16	0.54	1.01E-10	694	99.5%	0.27	0.18%

「mon」=單體「agg.」=聚集

鑒於以下事實選擇SAN481-SYT-YTE作為尤其有利的變異體：SAN481-YTE與LukSF、LukED及HIgAB具有類似IC50，在曝光下最小聚集增加，不具有顯著CDR去醯胺且偵測到異構化(1.1%)，無穩定性問題，無自結合且無非特異性結合。實例2

此實例證實，不同於其他SAN481變異體，SAN481-SYT-YTE抗體維持SAN481之活體外活性。

進行活體外分析以便評估SAN481變異體之活性。如圖1所指示，在此等分析中，在37℃下將分化HL60人類單核球性細胞(2.5e4孔/25 μl)與50 μl LukSF (各100 ng/ml)或HIgAB (各400 ng/ml)之混合物及各mAb突變體(25 μl)之連續稀釋液一起培育2小時。使用Cell Glo分析來量測細胞活力之百分比且如下計算：100*[(OD450_細胞 ₊ _毒素 _+mAb )/(OD450_單獨細胞 )]。計算實現50%活力抑制(IC₅₀ )所需之mAb濃度，且報導於表9上。表9：SAN481變異體之LukSF及HIgAB活性

變異體	LukSF之IC₅₀ (μg/ml)	IC₅₀ 倍數損失vs. WT	HIgAB之IC₅₀ (μg/ml)	IC₅₀ 倍數損失vs. WT
SAN481-YTE (QD1)	0.1499	0.9375	0.5399	0.9497
SAN481-SY-YTE (QD2)	0.1826	1.1420	0.5513	0.9697
SAN481-T-YTE (QD3)	0.1656	1.0356	0.5388	0.9478
SAN481-TF-YTE (QD4)	0.8109	5.0713	0.4406	0.7750
SAN481-SYT-YTE (QD5)	0.1617	1.0113	0.5404	0.9506
SAN481-SYTF-YTE (QD6)	1.369	8.5616	0.4929	0.8670
SAN481-EG-YTE (QD11)	0.2006	1.2545	0.503	0.8848
SAN481-SY-QFS-YTE (QD12)	0.1579	0.9875	0.5513	0.9698
SAN481	0.1599		0.5685

與SAN481相比，SAN481-TF-YTE及SAN481-SYTF-YTE抗體針對LukSF分別損失5.07及8.56倍之效能。然而，SAN481-SYT-YTE抗體未損失。實例3

此實例證實，SAN481-SYT-YTE抗體具有與SAN481抗體類似之活體外白血球毒素中和。

藉由量測細胞活力之分析來測試活體外白血球毒素中和活性。更特定言之，如圖2指示，在37℃下將分化HL60人類單核球性細胞(2.5e4孔/25 μl)與50 μl LukSF (各自100 ng/ml)、LukED (各自2000 ng/ml)、HlgCB (各自200 ng/ml)或HIgAB (各自400 ng/ml)之混合物及SAN481或SAN481_SYT-YTE (25 μl)之連續稀釋液一起培育2小時。使用Cell Glo分析來量測細胞活力之百分比且如下計算：100*[(OD450細胞+毒素+mAb)/(OD450單獨細胞)]，且圖示於圖2上。

結果展示於圖2中，證實SAN481-SYT-YTE及SAN481針對所有LukSF、HIgAB、HIgBC及LukED具有類似活體外中和活性。實例4

此實例證實SAN481-SYT-YTE顯示優良的光穩定性。

測試SAN481變異體之光穩定性。在此等分析中，mAb變異體與重組抗原之結合親和力在Octet384儀器(ForteBio，Menlo Park，CA)上藉由生物層干涉術來量測。為了確定固有結合親和力，藉由抗人類IgG Fc生物感測器(ForteBio)捕捉在PBS pH 7.2、3 mg/mL BSA、0.05% (v/v) tween 20 (1×動力學緩衝液，ForteBio)中之2 μg/mL抗體。洗滌後，使用抗原蛋白質之連續稀釋液進行締合及解離量測。解離常數(dissociation constant，KD)使用Octet384軟體v.7.2.推導為自資料之非線性擬合的兩個速率常數(koff/kon)之比率。

結果展示於下表10及11中。表10：SAN481變異體之一週光穩定性

變異體		聚集%	單體%	片段%	IC₅₀ (LukSF) HL-60 (μg/mL)	IC₅₀ (HIgAB) HL-60 (μg/mL)
SAN481	亮處	4.18	94.96	0.84
SAN481	暗處	0.70	98.76	0.52	0.16	0.569
SAN481-YTE (QD1)	亮處	0.7	98.46	0.83	0.233	0.821
SAN481-YTE (QD1)	暗處	0.22	99.24	0.53	0.209	0.704
SAN481-SY-YTE (QD2)	亮處	0.46	99.2	0.32	0.241	0.736
SAN481-SY-YTE (QD2)	暗處	0.47	99.19	0.33	0.221	0.721
SAN481-T-YTE (QD3)	亮處	1.32	98.04	0.62	0.205	0.624
SAN481-T-YTE (QD3)	暗處	0.83	98.71	0.44	0.193	0.707
SAN481-SYT-YTE (QD5)	亮處	0.37	99.23	0.39	0.184	0.645
SAN481-SYT-YTE (QD5)	暗處	0.19	99.47	0.33	0.163	0.576

表11：光應力SAN481、SAN481-YTE及SAN481-SYT-YTE之八位位組結合活性

抗原	抗體/條件	KD (M)	Kon (1/Ms)	koff (1/s)
LukD	SAN481	＜1.0E-12	3.48E+05	＜1.0E-07
SAN481-YTE (QD1)/暗處	＜1.0E-12	2.77E+05	＜1.0E-07
SAN481-YTE (QD1)/亮處	＜1.0E-12	294200	＜1.0E-07
SAN481-SYT-YTE (QD5)/暗處	＜1.0E-12	2.79E+05	＜1.0E-07
SAN481-SYT-YTE (QD5)/亮處	＜1.0E-12	2.63E+05	＜1.0E-07
Luk F	SAN481	9.93E-11	4.02E+05	3.99E-05
SAN481-YTE (QD1)/暗處	2.32E-10	2.83E+05	6.55E-05
SAN481-YTE (QD1)/亮處	2.26E-10	2.87E+05	6.47E-06
SAN481-SYT-YTE (QD5)/暗處	1.01E-10	3.65E+05	3.69E-05
SAN481-SYT-YTE (QD5)/亮處	＜1.0E-12	2.57E+05	＜1.0E-07
HIgB	SAN481	1.51E-10	2.90E+05	4.38E-05
SAN481-YTE (QD1)/暗處	＜1.0E-12	2.40E+05	＜1.0E-07
SAN481-YTE (QD1)/亮處	＜1.0E-12	2.65E+05	＜1.0E-07
SAN481-SYT-YTE (QD5)/暗處	1.91E-11	2.55E+05	4.88E-06
SAN481-SYT-YTE (QD5)/亮處	＜1.0E-12	2.44E+05	＜1.0E-07

結果證實SAN481-SYT-YTE之優良光穩定性且對SAN481-SYT-YTE之光應力樣品不存在結合損失。

本文所引用之所有參考文獻(包括公開案、專利申請案及專利)均以引用的方式併入本文中，該引用程度如同各參考文獻單獨地且特定地指示以引用的方式併入且全文闡述於本文中。

除非本文中另外指示或與上下文明顯矛盾，否則在描述本發明之上下文中(尤其在以下申請專利範圍之上下文中)使用術語「一(a/an)」及「該」及「至少一個」及類似參照物應解釋為涵蓋單數及複數兩者。除非本文中另外指示或與上下文明顯矛盾，否則應將後接一或多個項目之清單(例如「A及B中之至少一者」)之術語「至少一個」的使用理解為意謂選自所列項目之一個項目(A或B)或所列項目中之兩者或兩者以上之任何組合(A及B)。除非另外指出，否則術語「包含」、「具有」、「包括」及「含有」應理解為開端式術語(亦即，意謂「包括(但不限於)」)。除非另外指示，否則本文中值範圍之列舉僅意欲充當單獨提及屬於該範圍內之各獨立值的簡寫方法，且各獨立值併入至本說明書中，如同在本文中單獨列舉一般。除非本文另外指示或另外與上下文明顯矛盾，否則本文所述之所有方法均可以任何適合次序進行。除非另外主張，否則使用本文所提供之任何及所有實例或例示性語言(例如，「諸如」)僅意欲較好地闡明本發明而不對本發明之範圍造成限制。本說明書中之語言不應理解為指示實踐本發明所必需之任何未主張要素。

本發明之較佳實施例描述於本文中，包括本發明人已知用於實施本發明之最佳模式。在閱讀前文描述之後，彼等較佳實施例之變化對於一般技術者可變得顯而易見。本發明人期望熟習此項技術者適當時採用該等變化，且本發明人意欲以不同於本文中特定描述之其他方式來實施本發明。因此，若適用法律允許，則本發明包含在隨附於本文之申請專利範圍中所敍述之標的物之所有修改及等效物。此外，除非本文另外指示或另外與上下文明顯矛盾，否則本發明包涵上述要素在其所有可能變化中之任何組合。

圖1提供展示多個SAN481變異體相較於SAN481之活體外活性的圖式。QD1=SAN481-YTE；QD2=SAN481VL26S32Y-YTE；QD3=SAN481VH28T-YTE；QD4=SAN481-VH28T100F-YTE；QD5=SAN481-SY-T-YTE；QD6=SAN481-SY-TF-YTE；QD11=SAN481-EG-YTE；及QD12=SAN481-SY-QFS-YTE。(參見實例2)

圖2提供證實SAN481-SYT-YTE具有與SAN481類似之活體外白血球毒素中和活性的圖式。(參見實例3)

圖3提供HIgB (SEQ ID NO:27)、LukF (SEQ ID NO:25)及LukD (SEQ ID NO:26)之序列比對。

Claims

一種特異性結合至至少一種金黃色葡萄球菌白血球毒素之抗體或其抗原結合片段，其中該抗體或抗原結合片段包含可變重鏈(variable heavy chain，VH)互補決定區(complementarity determining region，CDR) 1、VH CDR2、VH CDR3、可變輕鏈(variable light chain，VL) CDR1、VL CDR2及VL CDR3，其中該VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2及VL CDR3包含選自由以下組成之群的序列：(a)分別為SEQ ID NO:1、2、3、12、5及6；(b)分別為SEQ ID NO:1至6；(c)分別為SEQ ID NO:1、2、17、4、5及6；(d)分別為SEQ ID NO:1、2、17、12、5及6，及(e)分別為SEQ ID NO:1、20、3、4、5及6。
一種特異性結合至至少一種金黃色葡萄球菌白血球毒素之抗體或其抗原結合片段，其中該抗體或抗原結合片段包含SAN481-SYT-YTE之VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2及VL CDR3。
如請求項2之抗體或其抗原結合片段，其中該等CDR為Kabat定義之CDRs、Chothia定義之CDRs或AbM定義之CDRs。
如請求項1至3中任一項之抗體或其抗原結合片段，其中該抗體或其抗原結合片段包含VH及VL，其中該VH包含SEQ ID NO:7、15、18、21或23之胺基酸序列。
如請求項1至4中任一項之抗體或其抗原結合片段，其中該抗體或其抗原結合片段包含VH及VL，其中該VL包含SEQ ID NO:8或13之胺基酸序列。
如請求項1至5中任一項之抗體或其抗原結合片段，其中該抗體或其抗原結合片段包含VH及VL，其中該VH及VL包含選自由以下組成之群的序列：(a)分別為SEQ ID NO:15及13；(b)分別為SEQ ID NO:7及8；(c)分別為SEQ ID NO:7及13；(d)分別為SEQ ID NO:15及8；(e)分別為SEQ ID NO:18及8；(f)分別為SEQ ID NO:18及13；(g)分別為SEQ ID NO:21及8；及(h)分別為SEQ ID NO:23及13。
如請求項1至5中任一項之抗體或其抗原結合片段，其中該抗體或其抗原結合片段包含含有SEQ ID NO:15之序列的VH及含有SEQ ID NO:13之序列的VL。
如請求項1至7中任一項之抗體或其抗原結合片段，其中該抗體或抗原結合片段包含含有SEQ ID NO:16、9、11、22或24之序列的重鏈。
如請求項1至8中任一項之抗體或其抗原結合片段，其中該抗體或抗原結合片段包含含有SEQ ID NO:14或10之序列的輕鏈。
如請求項1至9中任一項之抗體或其抗原結合片段，其中該抗體包含重鏈及輕鏈，其中該重鏈及輕鏈包含選自由以下組成之群的序列：(a)分別為SEQ ID NO:16及14；(b)分別為SEQ ID NO:9及10；(c)分別為SEQ ID NO:11及10；(d)分別為SEQ ID NO:11及14；(e)分別為SEQ ID NO:16及10；(f)分別為SEQ ID NO:19及10；(g)分別為SEQ ID NO:19及14；(h)分別為SEQ ID NO:22及10；及(i)分別為SEQ ID NO:24及14。
如請求項1至9中任一項之抗體或其抗原結合片段，其中該抗體包含含有SEQ ID NO:16之序列的重鏈及含有SEQ ID NO:14之序列的輕鏈。
一種抗體或其抗原結合片段，其結合至與包含含有SEQ ID NO:15之胺基酸序列之VH及含有SEQ ID NO:13之胺基酸序列之VL的抗體相同的金黃色葡萄球菌白血球毒素抗原決定基。
一種抗體或其抗原結合片段，其競爭性地抑制包含含有SEQ ID NO:15之胺基酸序列之VH及含有SEQ ID NO:13之胺基酸序列之VL的抗體與金黃色葡萄球菌白血球毒素之結合。
如請求項1至13中任一項之抗體或其抗原結合片段，其中(a)該抗體或抗原結合片段結合至LukF、LukD或HlgB及/或(b)該抗體或抗原結合片段中和LukF、LukD或HlgB。
如請求項1至14中任一項之抗體或其抗原結合片段，其中該抗體或抗原結合片段(a)結合至LukF、LukD及HlgB及/或(b)中和LukF、LukD及HlgB。
如請求項1至15中任一項之抗體或其抗原結合片段，其中該抗體或抗原結合片段進一步包含重鏈恆定區。
如請求項16之抗體或其抗原結合片段，其中該重鏈恆定區係選自由以下組成之群：人類免疫球蛋白IgG₁ 、IgG₂ 、IgG₃ 、IgG₄ 、IgA₁ 及IgA₂ 重鏈恆定區。
如請求項17之抗體或其抗原結合片段，其中該重鏈恆定區為人類IgG₁ 恆定區。
如請求項1至18中任一項之抗體或其抗原結合片段，其中該抗體或抗原結合片段進一步包含輕鏈恆定區。
如請求項19之抗體或其抗原結合片段，其中該輕鏈恆定區選自由以下組成之群：人類免疫球蛋白IgGκ及IgGλ輕鏈恆定區。
如請求項20之抗體或其抗原結合片段，其中該輕鏈恆定區為人類IgGκ輕鏈恆定區。
如請求項1至21中任一項之抗體或其抗原結合片段，其中該抗體或其抗原結合片段為IgG抗體或其抗原結合片段。
如請求項1至22中任一項之抗體或其抗原結合片段，其中該抗體或其抗原結合片段包含已經工程改造以改良半衰期之Fc區。
如請求項1至23中任一項之抗體或其抗原結合片段，其中該抗體或其抗原結合片段包含具有YTE突變之Fc區。
如請求項1至24中任一項之抗體或其抗原結合片段，其中該抗體或抗原結合片段為單株抗體或抗原結合片段。
如請求項1至25中任一項之抗體或其抗原結合片段，其中該抗體或抗原結合片段為全長抗體。
如請求項1至9及12至26中任一項之抗體或其抗原結合片段，其中該抗體或抗原結合片段為抗原結合片段。
如請求項27之抗原結合片段，其中該抗原結合片段包含Fab、Fab'、F(ab')₂ 、單鏈Fv(scFv)、二硫鍵連接之Fv、胞內抗體(intrabody)、IgGΔCH2、微型抗體(minibody)、F(ab')₃ 、四功能抗體(tetrabody)、三功能抗體(triabody)、雙功能抗體(diabody)、DVD-Ig、Fcab、mAb² 、(scFv)₂ 或scFv-Fc。
如請求項1至28中任一項之抗體或其抗原結合片段，其中該抗體或其抗原結合片段對金黃色葡萄球菌LukF、LukD及HlgB之親和力小於75 pM。
如請求項1至29中任一項之抗體或其抗原結合片段，其中該抗體或其抗原結合片段對LukF、LukD及HIgB具有類似結合親和力。
如請求項1至30中任一項之抗體或其抗原結合片段，其進一步包含可偵測標記。
一種組合物，其包含如請求項1至31中任一項之抗體或其抗原結合片段及視情況醫藥學上可接受之載劑。
一種治療或預防個體之金黃色葡萄球菌(Staphylococcus aureus/S. aureus )感染的方法，其包含向該個體投與如請求項1至31中任一項之抗體或抗原結合片段或如請求項32之組合物。
如請求項33之方法，其中該金黃色葡萄球菌感染為敗血症。
如請求項33之方法，其中該金黃色葡萄球菌感染為菌血症。
如請求項33之方法，其中該金黃色葡萄球菌感染為肺炎。
如請求項33之方法，其中該金黃色葡萄球菌感染為ICU肺炎。
如請求項33之方法，其中該金黃色葡萄球菌感染為皮膚或軟組織感染(SSTI)。
如請求項33之方法，其中該金黃色葡萄球菌感染為糖尿病下肢感染。
如請求項33之方法，其中該金黃色葡萄球菌感染為糖尿病性足潰瘍(DFU)。
如請求項40之方法，其中未感染該DFU。
如請求項40之方法，其中感染該DFU。
如請求項40之方法，其中該DFU為1級、2級或3級DFU。
如請求項33之方法，其中該金黃色葡萄球菌感染為骨或關節感染。
如請求項33之方法，其中該金黃色葡萄球菌感染為關節感染、裝置感染、傷口感染、手術部位感染或骨髓炎。
如請求項33至45中任一項之方法，其中該個體為手術個體。
如請求項33至46中任一項之方法，其中該金黃色葡萄球菌感染包含耐抗生素金黃色葡萄球菌。
如請求項33至47中任一項之方法，其中該個體患有糖尿病。
如請求項33至48中任一項之方法，其中該個體為人類。
如請求項33至49中任一項之方法，其中該治療或預防金黃色葡萄球菌感染包含毒素中和、抑制細胞溶解、抑制多器官功能失常、抑制金黃色葡萄球菌相關之敗血症，或前述之任何組合。
一種經分離之聚核苷酸，其包含編碼如請求項1至30中任一項之抗體或其抗原結合片段之VH或重鏈的核酸分子。
一種經分離之聚核苷酸，其包含編碼如請求項1至30中任一項之抗體或其抗原結合片段之VL或輕鏈的核酸分子。
一種經分離之載體，其包含如請求項51及/或請求項52之聚核苷酸。
一種宿主細胞，其包含如請求項51及/或52之聚核苷酸，如請求項53之載體，或包含如請求項51之聚核苷酸的第一載體及包含如請求項52之聚核苷酸的第二載體。
如請求項54之宿主細胞，其中該宿主細胞係選自由以下組成之群：CHO、NS0、PER-C6、HEK-293及HeLa細胞。
如請求項54或55之宿主細胞，其中分離該宿主細胞。
一種產生抗體或其抗原結合片段之方法，其包含培養如請求項54至56中任一項之宿主細胞，以產生該抗體或其抗原結合片段。
一種用於偵測樣品中金黃色葡萄球菌或金黃色葡萄球菌白血球毒素之方法，其包含使該樣品與如請求項1至31中任一項之抗體或其抗原結合片段接觸。