TW201625272A - 藉由使用反義寡核苷酸創造提前終止密碼子抑制或下調肝醣合成酶 - Google Patents

藉由使用反義寡核苷酸創造提前終止密碼子抑制或下調肝醣合成酶 Download PDF

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Abstract

本案係關於反義寡核苷酸(AON)用於調節肝醣合成酶之表現。本案之AON可用於治療與調節酵素肝醣合成酶表現有關的疾病，例如龐貝氏症(Pompe disease)。本案亦提供包括AON之組成物，以及下調編碼肝醣合成酶之mRNA的方法、降低骨骼肌和心肌中肝醣合成酶的方法以及治療龐貝氏症之方法。

Description

藉由使用反義寡核苷酸創造提前終止密碼子抑制或下調肝醣合成酶 相關申請案之相互參照
本申請案係主張2014年5月23日申請的美國臨時專利申請案第62/002,294號之優先權利益，該專利係以全文引用的方式併入本文中。
本案係關於反義寡核苷酸(AON)用於調節肝醣合成酶之表現。本案之AON可用於治療與調節酵素肝醣合成酶表現有關的疾病，例如龐貝氏症(Pompe disease)。本案亦提供包括AON之組成物，以及下調編碼肝醣合成酶之mRNA的方法、降低骨骼肌和心肌中肝醣合成酶的方法以及治療龐貝氏症之方法。
龐貝氏症為一種因肝醣堆積在體細胞內所造成的遺傳性病症。此體內肝醣的蓄積，特別是在骨骼肌和心肌中，影響身體器官和組織正常運作的能力。
有三種已知的龐貝氏症類型，包括典型嬰兒型、非典型嬰兒型和晚發型。典型嬰兒型係在出生數個月內開始，且患有此病症的嬰兒會經歷肌肉病變、張力減退、肝腫大及心臟缺損，且若不治療，典型地在1歲內會因心衰竭結果而死亡。非典型嬰兒型通常係在1歲內發生，且患有此病症的孩童會經歷運動技能發展延遲、漸進式肌肉無力並可能具有擴大的心 臟。可能發生嚴重的呼吸問題且患有此類型龐貝氏症的孩童無法活過幼年期。最後一型的龐貝氏症晚發型，可能要到稍後才會出現，包括甚至進入成年期。晚發型龐貝氏症通常比嬰兒型輕微且典型地不涉及心臟。然而，患有此類型疾病的人會經歷漸進式肌肉無力，其可能導致呼吸問題及最後可能導致呼吸衰竭。
龐貝氏症係由GAA基因中的突變所造成。GAA基因係編碼酸性α-葡萄糖苷酶，其為一種將肝醣分解成單糖葡萄糖之酵素。GAA基因中的突變導致酸性α-葡萄糖苷酶的基因刪除。因此，肝醣蓄積在細胞中並導致龐貝氏症相關症候群。
龐貝氏症目前係使用重組GAA藉由酵素置換療法來治療。然而，此治療方法並非總是全然有效的，且因此，需要另外的龐貝氏症之療法。
抑制肝醣的生物合成為另一種治療龐貝氏症病患之有潛力的方法。所謂的受質減少療法係以抑制骨骼肌中負責建構肝醣聚合物之主要同功酶肝醣合成酶1為基礎。已提出有3種方法達到抑制龐貝氏症小鼠中肝醣合成酶1：投予小的干擾RNA(Douillard-Guilloux等人2008)；基因減弱(knock down)小鼠中GSY1基因然後與龐貝氏症小鼠交配(Douillard-Guilloux等人2010)；及藉由投予雷帕黴素(rapamycin)抑制mTORC1(Ashe等人2010)。所有此三種方法係抑制肝醣堆積在龐貝氏症小鼠中。然而，在Ashe等人2010的報告中亦提出，投予雷帕黴素和重組的人類GAA在降低肝醣堆積在肌肉組織上比使用任一單獨試劑更明顯有效。Ashe等人亦揭露，肝醣合成酵素活性在龐貝氏症小鼠中大大升高，其顯示缺乏GAA和堆積肝醣干擾了此酵素經由磷酸化之正常調節。降低肝醣所需之雷帕黴素的劑量係與免疫抑制所需相同，表示其無法用作為控管龐貝氏症之藥理試劑。
因此本案之主要目的係調節肝醣合成酶表現，對患有肝醣蓄積在體細胞相關症候群之哺乳動物產生有利效應。
肝醣合成酶為一種涉及將葡萄萄轉變成肝醣之酵素。在人類中，有二種不同的形式稱為同功酶或同功型肝醣合成酶1和肝醣合成酶2，其分別係由GYS1和GYS2基因所編碼。肝醣合成酶1係表現在肌肉和其他組織，而肝醣合成酶2係表現在肝臟。GYS1係編碼具有16個外顯子之前-mRNA。例示性人類GYS1序列可參見NCBI參考序列：NM_002103.4亦如SEQ ID NO.：1(DNA/RNA)和SEQ ID NO.：2(CDS)或經由人類基因命名委員會中HGNC：4706(參見圖1)所示。例示性小鼠GYS1序列可參見NCBI參考序列：NM_030678.3亦如SEQ ID NO.：3(DNA/RNA)和SEQ ID NO.：4(CDS)或經由人類基因命名委員會中MGI：101805(參見圖2)所示。
根據本案，調節由GYS1轉錄的前-mRNA或mRNA可能造成骨骼肌和心肌中肝醣合成酶蛋白下調及降低肝醣合成酶酵素活性，以及治療及/或預防與肝糖蓄積在肌肉有關的症候群。
在一實施例中，本案係關於下調編碼肝醣合成酶之mRNA的方法，其包括將一有效量之反義寡核苷酸投予一動物，其中該反義寡核苷酸形成一與編碼肝醣合成酶之核酸序列互補的序列，且其中反義寡核苷酸與編碼肝醣合成酶之核酸序列的雜交引發外顯子跳躍。在一實施例中，本案係關於下調編碼肝醣合成酶之mRNA的方法，其包括將一有效量之反義寡核苷酸投予一動物，其中該反義寡核苷酸形成一與編碼肝醣合成酶之核酸序列互補的序列，且其中反義寡核苷酸與編碼肝醣合成酶之核酸序列的雜交引發轉譯抑制。在一實施例中，本案係關於下調編碼肝醣合成酶之mRNA的方法，其包括將一有效量之反義寡核苷酸投予一動物，其中該反義寡核苷酸形成一與編碼肝醣合成酶之核酸序列互補的序列，且其中反義寡核苷酸與編碼肝醣合成酶之核酸序列的雜交引發聚腺苷酸化抑制。
本發明之一實施例為下調編碼肝醣合成酶之mRNA的方法，其包括將一有效量之反義寡核苷酸投予一動物，其中該反義寡核苷酸係包括一與編碼肝醣合成酶之核酸序列互補的序列，且其中反義寡核苷酸與編碼肝醣合成酶之核酸序列的雜交引發外顯子跳躍。本發明另一實施例為下調編碼肝醣合成酶之mRNA的方法，其包括將一有效量之反義寡核苷酸 投予一動物，其中該反義寡核苷酸係包括一與編碼肝醣合成酶之核酸序列互補的序列，且其中反義寡核苷酸與編碼肝醣合成酶之核酸序列的雜交引發外顯子跳躍，其中反義寡核苷酸為一磷醯二胺嗎福啉代寡核苷酸(亦稱為“PMO”或“嗎福啉基”)或其中反義寡核苷酸為一連接細胞穿透胜肽(“CPP”)之PMO。
本發明另一實施例為下調編碼肝醣合成酶之mRNA的方法，其包括將一有效量之反義寡核苷酸投予一動物，其中該反義寡核苷酸係包括一與編碼肝醣合成酶之核酸序列互補的序列，且其中反義寡核苷酸與編碼肝醣合成酶之核酸序列的雜交引發外顯子跳躍，其中編碼肝醣合成酶之mRNA係下降高達80%，高達90%或高達95%。
本案之另外的目的和優點部份將於下列說明中列出，且部份將自然地由說明中流出，或可藉由揭示實施例之施行得知。本案之目的和優點將藉由特別是所附的申請專利範圍中所指出之要素和組合而了解及獲知。
應了解，如宣稱，前述的一般說明和下列詳細說明二者僅為例示性和說明性並非本發明之限制。
伴隨的圖式，其係併入及構成此說明書之部份，乃說明本發明之一(數個)實施例，並與該說明書共同用於解釋本發明之原理。
定義
肝醣合成酶為一種涉及將葡萄糖轉變成肝醣之酵素。在人類中，有二種不同的形式稱為同功酶或同功型，肝醣合成酶1和肝醣合成酶2，其分別係由GYS1和GYS2基因所編碼。肝醣合成酶1係表現在肌肉和其他組織，而肝醣合成酶2僅在肝臟中發現。GYS1係編碼具有16個外顯子之前-mRNA。例示性人類GYS1序列可參見NCBI參考序列：NM_002103.4亦如SEQ ID NO.：1(DNA/RNA)和SEQ ID NO.：2(CDS)或經由人類基因命名委員會中HGNC：4706(參見圖1)所示。例示性小鼠GYS1序列可參見NCBI參考序列：NM_030678.3亦如SEQ ID NO.：3(DNA/RNA)和SEQ ID NO.：4(CDS)或經由人類基因命名委員會中MGI：101805(參見圖2)所示。
術語「RNA目標」係指一RNA轉錄至以序列專一方式結合之嗎福啉基。在某些實施例中，RNA目標為一或多個GSY1 mRNA或前-mRNA分子。
「嗎福啉基」或「嗎福啉基反義寡核苷酸」係指由嗎福啉基亞單位結構所組成之寡核苷酸類似物，其中(i)該結構係藉由，一至三個原子長，較佳的二個原子長，及較佳地未帶電或陽離子之含磷連接鏈共同連接，將一亞單位的嗎福啉基氮原子與相鄰亞單位之5'環外碳相連接，及(ii)各嗎福啉基環帶有一嘌呤或嘧啶鹼基-配對基團，藉由鹼基特異性氫鍵，有效與聚核苷酸中的一鹼基結合。在某些實施例中，嗎福啉基係與RNA目標結合，其阻斷了RNA目標轉譯成蛋白。在其他的實施例中，嗎福啉基防止RNA目標本身或與其他細胞的RNA、蛋白或核蛋白聚集，例如(但不限於)RNA、蛋白及與細胞mRNA剪接基體有關的核蛋白。
一「個體」可為一哺乳動物，例如任何常見的實驗室模型生物體，或任何其他哺乳動物。哺乳動物包括(但不限於)人類和非人類靈長類、農用動物、運動動物、寵物、小鼠、大鼠和其他嚙齒類。
如文中所用，「治療(treatment)」(及其語法規則上的變化例如治療(treat或treating))係指設計在臨床病理時程期間，用於改變所治療的個體或細胞之自然時程的臨床干預。所欲的治療效應包括(但不限於)降低疾病進行速率、改善或減緩疾病狀態以及預後之減輕或改善。
如文中所用，「防止」包括提供預防有關疾病或與個體疾病相關症候群之發生和再發生。一個體可能為易罹患、傾向於或處於發生一疾病風險，但尚未診斷出該疾病。
一「有效量」或「治療上有效量」係指投予哺乳動物患者之治療化合物，例如反義寡聚物的量，為單一劑量或為部份的連續劑量，其可有效產生所欲的治療效用。就反義寡聚物，此效用典型地係藉由抑制一選擇目標序列之轉譯或天然剪接程序所產生。
如文中所用，除非另有指出，否則單數形式「一」、「此」亦包括複數參照物。
請了解，文中所述之本發明的態樣和實施例包括此態樣和實施例之「包含」、「組成」、「基本上組成」。
希望在整個說明書中所給予的每個最大數值限制係包括每個較低的數值限制，如同此較低數值限制係明確寫在本文中。整個說明書中所給予的每個最小數值限制將包括每個較高的數值限制，如同此較高數值限制係明確寫在本文中。整個說明書中所給予的每個數值範圍將包括每個落在此較廣泛數值範圍內的較窄數值範圍，如同此較窄數值範圍全部係明確寫在本文中。
本發明之詳細說明
酸性麥芽糖酶或α-葡萄糖苷酶(GAA)為一種催化肝醣分解成葡萄糖之溶酶體酵素。GAA基因的突變導致該酵素之量或活性降低係為龐貝氏症之分子基礎(第II型肝醣儲積症)。此體染色體隱性代謝性肌病變係因為降解的肝醣累進式堆積之結果，主要係在心肌和骨骼肌的溶酶體中。患有龐貝氏症的病患(發生率大約為4萬分之1)表現出廣譜性的嚴重度，其係與殘存的酵素活性量成反比。完全喪失酵素活性導致嬰兒型表徵(所謂的趴趴熊寶貝(floppy babies))其中罹病的個體鮮少活過2歲。不同程度的殘存酵素活性導致在青年以及較年長個體中進行性肌病變，其常常為致命性的。
龐貝氏症係藉由定期輸注於2006年獲法規核准之重組酵素(rhGAA)製劑來控管。全身性的rhGAA輸注在臨床試驗中已顯現改善孩童的心肌症及延長存活並改善行走能力以及安定成人的肺功能。然而，從長期的存活者中證明，儘管可取得酵素治療，但病患仍出現某方面的疾病。例如，殘餘的肌肉衰竭及聽力喪失仍為明顯的，及發生心律不整、吞咽困難和骨質疏鬆症的風險仍未減少。這些殘餘的缺陷可能部份係由於遞送到某些作用組織的酵素不足或宿主對投予蛋白的免疫反應。就回應這些未滿足的醫療需求，已開發出帶有甘露糖-6-磷酸寡糖或工程化表現一部份IGF-1之修改形式的rhGAA接合物，其在動物研究中顯示促進遞送至肌肉及生物活性。此外，據報導改善酵素的穩定性並在龐貝氏症小鼠中促進肝醣清除之小分子半護子(chaperone)，正在進行臨床試驗。以編碼龐貝氏症缺乏的酵素 之重組AAV載體的基因治療亦正在進行評估，作為另一種治療形式。
減低肝醣產生之受質減少(substrate reduction)又代表另一潛在的治療策略。此概念之優點已在溶酶體儲積病高雪氏症和法布瑞氏症中驗證。細胞質肝糖聚合物係經由肝醣合成酶的作用所合成，其活性係在一由mTORC1路徑所控制的過程中受到絲胺酸641和645之磷酸化所抑制。最近的臨床前數據已顯示，在龐貝氏症小鼠中肝醣合成酶酵素活性大大升高且此增加的活性可被雷帕黴素治療所抑制。以雷帕黴素治療的龐貝氏症小鼠，有效降低肝醣蓄積在骨骼肌，且當用於與rhGAA輸注組合時，降低了骨骼肌和橫隔膜中的酐醣量。雷帕黴素治療並不會影響心臟(一個已完全被rhGAA滿足的器官)中肝醣的清除，可能係由於心組織中相對高量的陽離子-依賴甘露糖-6-磷酸寡糖受體。雷帕黴素作為受質減少療法的優點為其對肝醣合成酶的影響局限在肌肉，對於肝臟酵素同功酶無效用。然而，缺點為有效降低肝醣蓄積之雷帕黴素的最低劑量亦具有免疫抑制力。
本發明係關於在龐貝氏症小鼠中供降低肌肉肝醣量之替代方法。骨骼肌肝醣合成酶活性為Gys1基因轉錄之結果。相反的，肝臟合成酶活性多半係藉由表現Gys2基因所產生且其編碼酵素產生肝醣作為容易的葡萄糖儲存供全身代謝作用。在開發裘馨氏肌肉失養症療法之最近的進程上已驗證，遞送一治療上相關劑量的磷醯二胺嗎福啉基-基底的反義寡核苷酸(PMO)作為跳躍突變的外顯子之目的並產生一截斷但功能性肌縮蛋白(dystrophin)為可能的。恢復肌縮蛋白合成所需的PMO劑量可大大的減少，若其與一細胞穿透胜肽(PPMO)接合。利用遞送一治療上相關劑量的磷醯二胺嗎福啉基-基底的反義寡核苷酸(PMO)作為跳躍突變的外顯子之目的引發Gys1 mRNA外顯子跳躍作為降低其轉錄量之目的，推測上及不受限於理論，經由無義介導的降解，伴隨著骨骼肌酵素減低。以瞄準特定序列在Gys1 mRNA(GS-PPMO)之外顯子6的PPMO治療龐貝氏症小鼠係以劑量依賴的方式降低了骨骼肌和心肌中的Gys1轉錄但未降低肝臟中的Gys2轉錄。同樣的，骨骼肌和心肌中肝醣合成酶蛋白量下降且合成酶活性恢復。結果，骨骼肌中的肝醣堆積完全減緩；此影響在心臟中較低。這些結果顯示，由反 義寡核苷酸(ASO)-介導的骨骼肌肝醣合成酶減弱之受質減少為一種用於龐貝氏症之療法或酵素替代的輔助療法。
本發明係關於寡聚性反義化合物，亦即AON，例如磷醯二胺嗎福啉基(PMO)化合物、胜肽核酸(PNA)、2'-O烷基(例如甲基)反義寡核苷酸及三環-DNA反義核苷酸供用於調節前-mRNA和mRNA從GYS1轉錄。本案亦包括由其他的核苷酸修飾所產生的其他的AON，例如修飾磷酸二酯連接鏈中一或多個非橋接氧。此等修飾產生，例如硫代磷酸酯。本案係關於任何AON其係專一與一或多個從GYS1轉錄之前-mRNA或mRNA雜交並引發疾病狀態中肝醣堆積減少。預期用於本發明之AON包括該等連接一細胞穿透胜肽(CPP)用以促進遞送之AON。AON-CP可包括多重的AON，包括PMO AON，與單一的CPP相連接。在至少一本案之實施例中，此多重的AON-CPP接合物進一步係包括一組織蛋白可裂解連接子。組織蛋白酶可裂解連接子可發生在AON和CPP之間或其可發生在一序列中，例如AON-組織蛋白酶連接子-AON-組織蛋白酶連接子-CPP。在另外的實施例中，此多重PMO-CPP接合物進一步係包括一組織蛋白酶可裂解連接子。組織蛋白酶可裂解連接子可發生在PMO和CPP之間或其可發生在一序列中，例如PMO-組織蛋白酶連接子-PMO-組織蛋白酶連接子-CPP。
如文中所用，當多重AON於生理條件下與目標雜交時，AON係專一與一目標聚核苷例如前-mRNA或mRNA雜交。在本案的內文中，雜交係經由氫鍵鍵結發生，其可為介於互補的嘌呤和嘧啶鹼基間之Watson-Crick、Hoogsteen或反Hoogsteen氫鍵。例如，腺嘌呤(A)和胸腺嘧啶(T)為互補的核鹼基，係經由形成氫鍵來配對。
當雜交係根據一般可接受的鹼基配對規則發生時，例如腺嘌呤(A)-胸腺嘧啶(T)，胞嘧啶(C)-鳥嘌呤(G)，腺嘌呤(A)-尿嘧啶(U)，本案之AON，例如PMO化合物係與目標前-mRNA或mRNA互補。特言之，「互補」如文中所用係指二個核鹼基間精確配對的能力。例如，若在AON特定位置的一鹼基(B)能與一核苷酸在前-mRNA或mRNA分子之相同位置以氫鍵結合，則此AON和此前-mRNA或mRNA係視為在該位置為彼此互補的。當在 各分子中足夠數量的對應位置係被可以氫鍵彼此鍵結之鹼基佔據時，則此AON和此前-mRNA或mRNA目標為彼此互補的。因此，「專一可雜交」和「互補的」為可用於表示足夠程度的互補性或精確配對，而使得AON，例如PMO和前-mRNA或mRNA目標之間發生安定或專一結合。絕對互補性，亦即100%互補鹼基配對，其並非必需的，只要在目標前-mRNA或mRNA和AON間形成的異源雙股具有足夠的安定性以帶來所欲的效應，例如降低肝醣堆積即可。
根據本案，AON，例如PMO係專一可雜交的，當AON與目標前-mRNA或mRNA分子之結合干擾目標前-mRNA或mRNA分子之正常功能時，及/或其帶來所欲的效應，且具有足夠的互補程度以避免AON與非目標序列之不可耐受的非專一結合，其中該專一性結合為所欲的，例如於生理條件下供活體內應用或於其中分析進行之條件供活體外應用。
此AON和前-mRNA或mRNA間的雜交干擾其正常功能，例如從mRNA轉譯蛋白或剪接前-mRNA產生一或多種類的mRNA。在至少一本案之實施例中，AON和前-mRNA間的雜交造成前-mRNA剪接而形成穩定的RNA。在另外的實施例中，此雜交造成從mRNA轉譯肝醣合成酶。
根據本案AON係包括PMO化合物以及PNA化合物，胺基磷酸酯化合物、伸甲基甲基亞胺基(“MMI”)化合物、2-O-甲基化合物和2-甲氧基乙基化合物，其中各亞單位之寡核鹼基係列於圖1中。寡核苷酸化合物為天然核酸之合成的類似物。特言之，替代去氧核糖環和磷酸-連接鏈，此寡核苷酸化合物係包括由如下所示之個別的寡核苷酸亞單位所組成的亞單位：
在式1-VI之各情況下，B為一核苷酸鹼基。主要的核鹼基有胞嘧啶(DNA和RNA)、鳥嘌呤(DNA和RNA)、腺嘌呤(DNA和RNA)、胸腺嘧啶(DNA)和尿嘧啶(RNA)，縮寫分別為C、G、A、T和U。A、G、C和T出現在DNA中，這些分子稱為DNA-鹼基；A、G、C和U稱為RNA-鹼基。尿嘧啶在RNA中替代胸腺嘧啶。除了尿嘧啶缺乏5'甲基基團外，這二個鹼基為相同的。腺嘌呤和鳥嘌呤係屬於雙環類分子稱為嘌呤(縮寫為R)。胞嘧啶、胸腺嘧啶和尿嘧啶皆為嘧啶類(縮寫為Y)。
AON組成物可包括嗎福啉基寡核苷酸組成物。嗎福啉基為 合成的分子，具有近似天然生成核酸之結構。這些核酸係藉由標準的核酸鹼基配對，與互補的RNA結合。結構上，嗎福啉基與DNA或RNA不同，其中這些分子具有與嗎福啉環而非去氧核糖或核糖環結合的核酸鹼基。此外，嗎福啉基的骨架結構係由非離子或陽離子連接鏈基團所組成，而非磷酸。例如，以未帶電的磷醯二胺基團替代陰離子磷酸，消除了一般生理pH範圍中的離子化，使得嗎福啉基在生物體或細胞中為不帶電的分子。雖然嗎福啉基股和互補的DNA股之異源雙鏈可用於與陽離子細胞溶質遞送試劑組合，但嗎福啉基最常用作單股寡聚物。
與某些其他的反義結構類型不同(例如硫代磷酸)，嗎福啉基不會降解其目標RNA分子。反之，嗎福啉基係藉由「立體阻斷」來作用，亦即在RNA內與目標序列結合且立體位阻分子其可能另外與RNA交互作用。與信使RNA之5'-未轉譯的區域結合，嗎福啉基可能干擾核醣體起始複合物從5'帽端前進至起始密碼子。此項防止了目標轉錄之編碼區轉譯(稱為「減弱」基因表現)。某些嗎福啉基減弱表現係如此有效使其在既存的蛋白降解後，此目標蛋白便無法被西方墨點所偵測。
嗎福啉基亦可干擾前-mRNA進行步驟，通常係藉由防止剪接-導向snRNP複合物與其目標在前-RNA一股上的內含子邊界結合。防止U1(在供體位置)或U2/U5(在聚嘧啶部份及受體位置)結合可產生修改的剪接，常常導致外顯子被成熟的mRNA轉錄排除在外。剪接修改方便上可能係藉由逆向-轉錄酶聚合酶連鎖反應(RT-PCR)來分析並在RT-PC產物凝膠電泳後可看到為一條帶移位。
嗎福啉基已用於阻斷內含子的剪接沉默子和剪接增強子。U2和U12 snRNP功能已被嗎福啉基抑制。以蛋白編碼區內「滑動」mRNA序列為目標之嗎福啉可能引發轉譯框移位。嗎福啉基對此抗目標的各種活性顯示，嗎福啉基可用作多種用途工具供阻斷蛋白或核酸與mRNA的相互作用。
在特定的實施例中，本發明之組成物係由一至三個原子以未帶電含磷連接鏈相連接的嗎福啉基亞單位所組成，將一亞單位的嗎福啉基 氮與相鄰亞單位的5'環外碳相連，其中與嗎福啉基基團相連接的鹼基為嘌呤或嘧啶鹼基-配對部份，其藉由鹼基-特異性氫鍵與聚核苷酸中的鹼基有效結合。嘌呤或嘧啶鹼基-配對部份典型地為腺嘌呤、胞嘧啶、鳥嘌呤、尿嘧啶或胸腺嘧啶。製備此等寡聚物係詳細描述於美國專利案第5,185,444號中，其係以全文引用的方式併入本文中。此連接鏈可作改變，只要其不會干擾結合或活性即可。例如，與磷連接的氧可經硫取代(硫代磷酸醯二胺酯)。5'氧可經胺基或經低碳烷基取代的胺基取代。與磷相連之旁側氮可為未取代、經低碳烷基單取代或雙取代(視需要經取代)。嘌呤或嘧啶鹼基-配對部份典型地為腺嘌呤、胞嘧啶、鳥嘌呤、尿嘧啶、胸腺嘧啶或肌苷。嗎福啉基之合成、結構和結合特性係相述於美國專利案號5,698,685、5,217,866、5,142,047、5,034,506、5,166,315、5,521,063、5,506,337及國際專利申請公開案號WO 2008/036127，其全部係以引用的方式併入本文中。
在某些方面，本發明之嗎福啉基反義寡核苷酸可與源自GSY1基因座之轉錄中的前mRNA序列互補。在某些實施例中，此嗎福啉基反義寡核苷酸為至少任何約90%、95%或100%，包含任何介於這些值之間的百分比，與mRNA目標相同。在另外的實施例中，此嗎福啉基反義寡核苷酸係以序列專一的方式與GSY1 mRNA轉錄結合。在某些實施例中，此嗎福啉基反義寡核苷酸係包括5’胺修飾。在另外的實施例中，此嗎福啉基反義寡核苷酸可為一磷醯二胺酯陽離子胜肽連接的嗎福啉基反義寡核苷酸。
文中所述的嗎福啉基反義寡核苷酸係與促進全身性遞送嗎福啉基反義寡核苷酸至肌肉細胞的陽離子胜肽相連接。一般而言，如文中所述之陽離子胜肽可為長度8至30個胺基酸殘基的子序列，其係由下列組成之群中選出：RXR、RX、RB和RBR；其中R為精胺酸(其可包括D-精胺酸)，B為β-丙胺酸，及各X獨立地為-NH-(CHR1)n-C(O)-，其中n為4-6及各R1獨立地為H或甲基，使得最多二個R1為甲基。在某些實施例中，各R1為氫。在其他的實施例中，此陽離子胜肽長度可為任何8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30個胺基酸殘基。在另外的實施例中，變數n為5，例如為6-胺基己酸。在一實施 例中，此陽離子胜肽係包括胺基酸序列Ac(RXRRBR)2XB-，其中Ac為乙醯基。在另外的實施例中，此陽離子胜肽係包括胺基酸序列Ac(RXR)4XB-，其中Ac為乙醯基基團。有關陽離子細胞穿透胜肽之合成和結構的進一步資料可參見美國專利申請公開案第2009/0099066號，其揭示文係以全文引用的方式併入本文中。
在一方面，此陽離子胜肽係直接與嗎福啉基反義寡核苷酸相連。在其他的實施例中，此陽離子胜肽係經由連接嗎福啉基反義寡核苷酸5'端的間隔鏈(spacer)基團與嗎福啉基反義寡核苷酸相連接。間隔鏈基團可在陽離子胜肽合成期間併入胜肽中。例如，當間隔鏈含有一游離的胺基基團及一能與另外的分子部份結合之第二功能基(例如羧基基團或胺基基團)時，此間隔鏈可與用於胜肽合成之固體載體接合。之後，此陽離子胜肽可直接在間隔鏈的游離胺基基團上藉由標準的固相技術來合成。在某些實施例中，此AON-CPP化合物可包括多重AON，包括PMO AON，與單一陽離子胜肽(CPP)相連接。在至少一本案之實施例中，此多重AON-CPP接合物進一步係包括一組織蛋白酶可裂解連接子。此組織蛋白酶可裂解連接子可發生在AON和CPP之間或其可發生在一序列中，例如AON-組織蛋白酶連接子-AON-組織蛋白酶連接子-CPP。在另外的實施例中，此多重PMO-CPP接合物進一步係包括一組織蛋白酶可裂解連接子。組織蛋白酶可裂解連接子可發生在PMO和CPP之間或其可發生在一序列中，例如PMO-組織蛋白酶連接子-PMO-組織蛋白酶連接子-CPP。
在另外的實施例中，間隔鏈基團可在胜肽合成後與此陽離子胜肽接合。此接合可藉由本項技術中已完整建立的方法來進行。在一實施例中，此連接子係含有至少一個適合與合成的陽離子胜肽之目標功能基相連接的功能基。例如，帶有一游離胺基團之間隔鏈可與陽離子胜肽的C-端羧基基團反應。在某些實施例中，此間隔鏈基團係包括：
在一實施例中，此陽離子胜肽連接的嗎福啉基反義寡核苷酸係具有下列結構： 其中R2為一陽離子胜肽(例如任何文中所揭示的陽離子胜肽)，R3為H，CH3或CH2CONH2，而R4為一包括5'-(AGC)n-3'(SEQ ID NO.：5)，5'-(GCA)n-3'(SEQ ID NO.：6)或5'-(CAG)n-3'(SEQ ID NO.：7)序列之嗎福啉基反義寡核苷酸，其中n為約5-25中任一。在另外的實施例中，此陽離子胜肽連接的嗎福啉基反義寡核苷酸，在寡核苷酸的5'及/或3'端上可進一步包括1至2個另外的嗎福啉基核苷酸。
在另外方面，此陽離子胜肽連接的嗎福啉基反義寡核苷酸係包括 其中Ac為乙醯基，R為精胺酸(其可包括D-精胺酸)，B為β-丙胺酸，各X獨立地為-NH-(CHR1)n-C(O)-，其中n為4-6及各R1為H，而R4為一包括治療序列的嗎福啉基反義寡核苷酸。
在另外方面，此陽離子胜肽連接的嗎福啉基反義寡核苷酸係包括 其中Ac為乙醯基，R為精胺酸(其可包括D-精胺酸)，B為β-丙胺酸，各X獨立地為-NH-(CHR1)n-C(O)-，其中n為4-6及各R1為H，而R4為一包括治療序列的嗎福啉基反義寡核苷酸。
在某些實施例中，化合物可包括一根據任何表2或表3之序列的可變序列-間隔鏈-連接子；其中R為L-精胺酸或精胺酸；X為3-順式-環己胺或1,3順式-環己胺羧酸；而Z為順式-2-環戊胺-1-羰基或順式-(1R,2S)-2-環戊胺羧酸。在某些實施例中，X可為任何0、1或更多個為R、X和Z殘基之組合。在某些實施例中，X亦可包括其他類型的殘基，例如脯胺酸、甘胺酸或丙胺酸，或另外修飾的或非標準的胺基酸。在某些實施例中，可變序列係包括α、β、γ或δ胺基酸，或環烷結構。在某些實施例中，連接子係包括FS序列(SEQ ID NO.：8)。在某些實施例中，連接子係包括FSQ(SEQ ID NO.：9)或FSQK序列(SEQ ID NO.：10)，其中F為苯丙胺酸，S為絲胺酸，K為離胺酸而Q為麩醯胺酸。在某些實施例中，連接子係包括FxyB序列(SEQ ID NO.：11)，其中x為任何標準或非標準的胺基酸，y為麩胺酸(E)、天門冬胺酸(D)及離胺酸(K)、絲胺酸(S)或蘇胺酸(T)，而B為β-丙胺酸或β-甘胺酸。
在另外的實施例中，與嗎福啉基反義寡核苷酸相連的陽離子胜肽連接為表3其中之一。
當用作為醫藥時，此反義寡核苷酸，包括文中所揭示之陽離子胜肽連接的嗎福啉基反義寡核苷酸，可與醫藥上可接受的賦形劑或載劑調配，調配成醫藥組成物。
當用作為醫藥時，此反義寡核苷酸，包括陽離子胜肽連接的嗎福啉基反義寡核苷酸，可以醫藥組成物的形式來給藥。這些化合物可藉由各種路徑來給藥，包括口服、直腸、經皮、皮下、靜脈內、肌肉內和鼻內。當作為可注射和口服組成物二者時這些化合物為有效的。此等組成物係以醫藥技術中熟知的方式所製備並包括至少一種活性化合物。
本發明亦包括醫藥組成物，其含有作為活性成份之一或多種的反義寡核苷酸，包括陽離子胜肽連接的嗎福啉基反義寡核苷酸，與一或多種醫藥上可接受賦形劑或載劑結合。在製造本發明組成物中，活性成份通常係與一賦形劑或載劑混合，以賦形劑或載劑稀釋或包含在此一賦形劑或載劑中，其可為膠囊、袋劑、紙或其他容器之形式。當賦形劑或載劑係作為稀釋劑時，其可為固體、半固體或液體物質，其係作為活性成份之媒劑、載劑或介質。因此，組成物可為錠劑、藥丸、散劑、口含錠、袋劑、藥包、酏劑、懸浮液、乳液、溶液、糖漿、噴霧(或固體或於液體媒劑中)、含有例如至高10%重量比活性化合物之軟膏，軟式和硬式膠囊、栓劑、無菌可注射溶液及無菌包裝散劑之形式。
就製備調配物，在與其他的活性成份組合之前，可能需要研磨活性化合物以提供適當的顆粒大小。若活性化合物實質上為不溶性的，其一般係研磨成200網孔以下的顆粒大小。若活性化合物實質上為水溶性 的，此顆粒大小一般可藉由研磨來調整，以提供實質上均勻的調配物分布，例如約40網孔。
某些適合的賦形劑或載劑之實例包括乳糖、右旋糖、蔗糖、山梨醇、甘露醇、澱粉、阿拉伯膠、磷酸鈣、藻酸鹽、黃蓍膠、明膠、矽酸鈣、微晶纖維素、聚乙烯吡咯酮、纖維素、無菌水、糖漿和甲基纖維素。調配物可另外包括：潤滑劑例如滑石、硬脂酸鎂和礦物油；濕潤劑；乳化劑和懸浮劑；防腐劑例如甲基-和丙基羥基-苯甲酸酯；及甜味劑和調味劑。本發明組成物可藉由使用本項技術中已知的程序調配，以便於在投予病患後，提供快速、持續或延遲釋放活性成份。
組成物較佳地係調配成單位劑型，各劑量含有從約5mg至約100mg或更多，例如任何約5mg至約10mg，約5mg至約20mg，約5mg至約30mg，約5mg至約40mg，約5mg至約50mg，約5mg至約60mg，約5mg至約70mg，約5mg至約80mg，或約5mg至約90mg，包含在內的，包括這些值之間任何範圍的活性成份。術語「單位劑型」係指適合作為個體單位劑量之物理上離散單位，各單位含有經計算用以產生所欲治療效用之預定量的活性物質與適合的醫藥賦形劑或載劑組合。
陽離子胜肽連接的嗎福啉基反義寡核苷酸在一廣泛的劑量範圍內為有效的，且一般係以治療上有效量來給藥。然而，應了解，實際上投予之陽離子胜肽連接的嗎福啉基反義寡核苷酸之量將由醫師，依照相關的情況，包括所欲治療的症狀、所選的給藥路徑、實際投予的化合物、個別病患之年齡、重量和反應、病患癥狀之嚴重度等等來決定。
就製備固體組成物例如錠劑，係將主要活性成份/陽離子胜肽連接的嗎福啉基反義寡核苷酸與醫藥賦形劑或載劑混合，形成一含有本發明化合物均質混合物之固體預調配組成物。當指出這些預調配組成物為均質時，係指此活性成份平均地分散在整個組成物，使得組成物可容易地細分成相等有效的單位劑型，例如錠劑、藥丸和膠囊。
本發明之錠劑或藥丸可經塗膜或另外經化合，以提供給予延長作用利益之劑型。例如，錠劑或藥丸可包括一內部劑量及外部劑量組份， 後者可為覆蓋前者上之封套形式。二種組份可被作為在胃中抗崩解並讓內部組份完整通過進入十二指腸或延遲釋放之腸衣層分開。各種物質可用於此腸衣層或塗膜，此等物質包括許多聚合酸及聚合酸與此等物質如蟲膠、鲸蠟醇和乙酸纖維素之混合物。
其中可併入本發明新穎組成物供口服或注射給藥之液體形式包括水溶液、適當調味的糖漿、水性或油性懸浮液及含有食用油類例如玉米油、棉籽油、芝麻油、椰子油或花生油之調味乳液，以及酏劑及類似醫藥媒劑。
供吸入或吹入之組成物包括溶於醫藥上可接受水性或有機溶劑或其混合物中之溶液和懸浮液以及粉末。液體或固體組成物可含有如前文所述之適合的醫藥上可接受賦形劑。組成物可藉由口部或鼻內呼吸路徑給藥供局部或全身作用。溶於醫藥上可接受溶劑之組成物可藉由使用惰性氣體加以霧化。霧化溶液可直接由霧化裝置吸入或此霧化裝置可連接一面罩吸入器或間歇式正壓呼吸機。溶液、懸浮液或粉末組成物亦可從遞送此調配物之裝置以適合的方式以口部或鼻內給藥。
此等干擾目標前-mRNA和mRNA從GYS1轉錄之整體效應為選擇性調節GYS1表現及改變肝醣堆積。在本案的內文中，「調節」係指增加(刺激)或降低(抑制)一基因表現。根據本案，抑制為較佳的調節基因表現之形式。根據本案，調節GYS1表現選擇性係超過調節GYS2，因為係以從GYS1轉錄的前-mRNA和RNA為目標而不是從GYS2轉錄的前-mRNA和RNA為目標。
在至少一實施例中，ASO化合物具有15-25個亞單位之由式(I)-(VI)選出的亞單位。在另外的實施例中，此ASO化合物具有20-25個亞單位之由式(I)-(VI)選出的亞單位。又在另外的ASO中，此ASO化合物具有約25個亞單位之由式(I)-(VI)選出的亞單位，例如24-26個亞單位。
在一特定的實施例中，此ASO，包括PMO，具有表4序列中一核鹼基序列：設計以Gys1為目標之活性磷醯二胺嗎福啉代寡聚物(PMO)序列之鑑定。
如材料和方法中所述，於注射個別PMO之C57Bl/6小鼠的脛骨前肌中評估Gys1 mRNA量。以供跳躍之外顯子6為目標之PMO序列(在第10列)和文中所指GS-PMO，如半定量PCR所評估，對Gys1 mRNA量產生最大影響並選擇用於子序列研究。
AON，例如PMO化合物，根據本案，其係在或靠近一由GYS1轉錄之前-mRNA的剪接位置專一與目標序列雜交，可造成mRNA中包括一內含子或在靠近剪接位置目標跳過內含子和外顯子。任一事件可造成導入提早終止密碼子，或框架位移產生無義mRNA。包括一外顯子通常造成在該內含子的閱讀框中包括一終止密碼子。由外顯子跳躍所導致的框架位移亦常常在框架位移的外顯子中產生一提早終止密碼子。提早終止密碼子係由無義-介導的機制所辨識和降解，導致外切和內切核酸性mRNA降解(Bhuvanagiri等人，2010)。由GYS1轉錄的mRNA之降解可能導致編碼肝醣合成酶之mRNA下調，肝醣合成酶1之量減少及最後減緩與肝醣堆積在細胞有關的症候群。
因此，本案包括下調編碼肝醣合成酶1之方法，其包括將一根據本案之AON，例如PMO投予一動物。
本案亦包括降低骨骼肌和心肌中肝醣合成酶1之方法，其包括將一根據本案之AON，例如PMO投予一動物。
圖1為例示的人類GYS1序列，如參見NCBI參考序列NM_002103.4亦如SEQ ID NO.：1(DNA/RNA)和SEQ ID NO.：2(CDS)中所示。
圖2為例示的小鼠GYS1序列，如參見NCBI參考序列：NM_030678.3亦如SEQ ID NO.：3(DNA/RNA)和SEQ ID NO.：4(CDS)中所示。
圖3：以重複的GS-PPMO靜脈內注射治療的龐貝氏症小鼠之骨骼肌和心肌中Gys1 mRNA量下降。(A)於製自野生型和接受所示治療之龐貝氏症小鼠之組織的匯集RNA樣本上進行半定量PCR分析以測定Gys1轉錄量。測量(B)四頭肌、(C)橫膈肌及(D)心臟組織中的Gys1 mRNA量(正常化至β-肌動蛋白mRNA量)。(E)檢查肝臟GS-PPMO對Gys2 mRNA量的影響。數據係代表平均±SEM，n=每組4-5隻小鼠。P<0.05，(*)相較於WT，(^)相較於媒劑組，(#)相較於rhGAA，($)相較於15mg/kg之GS-PPMO。
圖4：以重複的GS-PPMO靜脈注射治療之龐貝氏症小鼠的骨骼肌和心肌中Gys1蛋白量下降。(A)於組合的蛋白解離物樣本中進行西方墨點分析以評估野生型和接受所示治療之龐貝氏症小鼠中GYS1蛋白量。測量(B)四頭肌，(C)橫膈膜和(D)心組織中GYS1蛋白量(正常化至gapdh蛋白量)。(E)檢查肝臟GS-PPMO對Gys1/2蛋白量的影響。數據係代表平均±SEM，n=每組4-5隻小鼠。P<0.05，(*)相較於WT，(^)相較於媒劑組，(#)相較於rhGAA，($)相較於15mg/kg之GS-PPMO。
圖5：在經GS-PPMO治療的龐貝氏症小鼠之四頭肌和心肌中肝醣合成酶活性下降。如材料和方法中所述分析野生型和龐貝氏症小鼠的(A)四頭肌和(B)心臟之肝醣合成酶活性。數據係代表平均±SEM，n=每組4-5隻小鼠。P<0.05，(*)相較於WT，(^)相較於媒劑組，(#)相較於rhGAA，($)相較於15mg/kg之GS-PPMO。
圖6：經GS-PPMO治療的龐貝氏症小鼠的骨骼肌中溶酶體 肝醣堆積減少。使用材料和方法中所述的amplex紅色分析測量龐貝氏症和野生型小鼠之(A)四頭肌，(B)橫膈肌，(C)心臟和(D)肝臟中肝醣量。數據係代表±SEM，n=每組4-5隻小鼠。P<0.05，(*)相較於WT，(^)相較於媒劑組，(#)相較於rhGAA，($)相較於15mg/kg之GS-PPMO。
圖7：研究終了時所測量的動物體重。數據係以平均±SEM表示，n=每組9-10隻小鼠。
圖8：相較於對照組動物，經GS-PPMO治療的龐貝氏症小鼠之血清化學。(A-F)於最終給劑後24小時所收集的ALT、AST、LDH、CK、BUN、CrK(需清楚寫出所有的縮寫)之量。數據係以平均±SEM表示，n=每組9-10隻小鼠。P<0.05，(*)相較於WT，(^)相較於媒劑。
圖9：龐貝氏症和野生型小鼠之腎臟和肝臟的組織病理學分析。由經任一如所示之GS-PPMO媒劑治療之小鼠中所製備的蘇木素和伊紅染色玻片。(A)經GS-PPMO治療的龐貝氏症小鼠的腎臟切片顯示正常的近曲小管和腎小球結構。(B)GS-PPMO-治療的龐貝氏症小鼠之肝臟顯示在肝細胞中有庫佛氏細胞(Kupffer cell)存在。放大倍數=40x。
實例 方法和材料 磷醯二胺嗎福啉代寡聚物之設計
磷醯二胺嗎福啉代寡聚物(PMO)係設計用來與Gys1 mRNA雜交，以引發如Morcos所述之外顯子跳躍或轉譯抑制。設計用來跳躍Gys1 mRNA中的外顯子之序列係如下：PMO 1(5’-TCAGGGTTGTGGACTCAATCATGCC-3’)(SEQ ID NO.：54)以靠近內含子7之剪接受體位置的內含子序列為目標；PMO 2(5’-AAGGACCAGGGTAAGACTAGGGACT-3’)(SEQ ID NO.：55)以靠近內含子4之剪接受體位置的內含子序列為目標； PMO 3(5’-GTCCTGGACAAGGATTGCTGACCAT-3’)(SEQ ID NO.：56)以外顯子8之外顯子-內含子邊界為目標；PMO 4(5’-CTGCTTCCTTGTCTACATTGAACTG-3’)(SEQ ID NO.：57)以外顯子5之內含子-外顯子邊界為目標；PMO 5(5’-ATACCCGGCCCAGGTACTTCCAATC-3’)(SEQ ID NO.：58)以外顯子14之外顯子-內含子邊界為目標；PMO 6(5’-CTGGACAAGGATTGCTGACCATAGT-3’)(SEQ ID NO.：59)，類似PMO 3亦以外顯子8之外顯子-內含子邊界為目標；PMO 7(5’-AATTCATCCTCCCAGTCTTCCAATC-3’)(SEQ ID NO.：60)係藉由將一3’序列瞄準Gys1之起始密碼子，設計用來抑制轉譯啟動；PMO 8(5’-TCCCACCGAGCAGGCCTTACTCTGA-3’)(SEQ ID NO.：61)以外顯子7之外顯子-內含子邊界為目標；PMO 9(5’-GACCACAGCTCAGACCCTACCTGGT-3’)(SEQ ID NO.：62)以外顯子5之外顯子-內含子邊界為目標；PMO 10(5’-TCACTGTCTGGCTCACATACCCATA-3’)(SEQ ID NO.：63)以外顯子6之外顯子-內含子邊界為目標。
細胞穿透胜肽與嗎福啉基寡核苷酸之接合
PPMO接合係如前面Abes等人J Control Release.Dec 1 2006；116(3)：304-313所述以修飾作用來進行。將胜肽B(Ac(RXRRBR)2XB-OH)(SEQ ID NO.：64)，於每莫耳胜肽1：2比例之含O-(6-氯苯并三唑-1-基)-N,N,N,N'-四甲基六氟磷酸(HCTU)/二異丙基乙基胺(DIEA)的二甲基甲醯胺中在室溫(RT)下活化。將嗎福啉基，GS1-ES6，(5’-TCACTGTCTGGCTCACATACCCATA-3’)(SEQ ID NO.：63)帶有5’初級胺修飾，溶於二甲基亞碸並以1.2-1.5：1莫耳比之胜肽：ASO加到活化的胜肽中及於RT下反應2h；當反應完全時，以水終止反應。藉由於羧甲基瓊脂糖上分離及以2M胍-HCl,1M NaCl,pH 7.5,20%乙腈溶離，將PPMO接合物與未結合的PMO分離。將溶離液於含3,000Da分子量截斷之透析匣中以數種0.1mM NaHCO3的緩衝劑交換進行透析。以分光光度吸收於0.1N HCl中以 265nm定量透析的PPMO，冷凍及凍乾。以MALDI質譜確認接合的GS1-ES6 PPMO之分子量。
活體內實驗
依照實驗動物管理與使用指南(美國健康與人類服務部，NIH Publication No.86-23)及由Genzyme’s IACUC委員會進行動物實驗。
肌肉內TA注射
將六週大的C57BL/6小鼠以異氟烷(isoflurane)麻醉並如之前所述注射脛骨前肌(TA)肌肉[Wheeler TM等人，J Clin Invest.Dec 2007；117(12)：3952-3957]。在PMO注射及電穿孔2小時前，以12uL的0.4U/μL牛玻尿酸酶注射TA肌肉。一TA係注射20μg(1μg/μl)之各種PMO(表4)而對側TA係注射20μl磷酸鹽緩衝食鹽水(PBS)。在注射後立刻使用100V/cm，10個脈衝1Hz及每次20ms時間之參數，將肌肉進行電穿孔。在電穿孔後2週將小鼠無痛致死並收集TA肌肉及快速冷凍直到分析。
全身性給藥
使用六週大雄性和雌性GAA-/-及C57BL/6小鼠評估胜肽連接 的嗎福啉基之受質抑制效力。在研究開始時從動物組中收集組織，作為肝醣堆積分析之基線參照(n=10)。將GS-PPMO溶於PBS並以15或30mg/kg體重藉由尾靜脈注射每2週給藥一次，總計12週(n=9-10)。正性對照rhGAA，係以由25mM磷酸鈉pH 6.2、2%甘露醇及0.005%聚山梨醇酯80所組成的緩衝液重建並藉由尾靜脈注射每2週一次投予20mg/kg，共計12週(緩衝液，n=10；rhGAA,n=10)。為了將rhGAA之過敏反應的可能性減至最低，係於第三個rhGAA劑量開始將小鼠用5mg/kg苯海拉明(diphenhydramine)以腹腔內作預處理。最終劑量後2週，將小鼠無痛致死，收集組織並於液態氮中快速冷凍供活體外分析或固定於10%中性緩衝福馬林供組織學分析。
活體外實驗 RNA分析
使用帶有選擇性DNA消化之市售套組，從冷凍組織分離總RNA。使用用於cDNA分析及PCR增幅之客製引子進行RT-PCR。引子序列： Gys1正向，5’-CTGGCGCTGTGGACTTCTA-3’(SEQ ID NO.：65),Gys1反向，5’-ACACTGGTGGGAAAGACTGC-3’(SEQ ID NO.：66),Gys2正向，5’-CCAGCTTGACAAGTTCGACA-3’(SEQ ID NO.：67),Gys2反向，5’-AAACACCCCAAGGTGACAAC-3’(SEQ ID NO.：68),b-肌動蛋白正向，5’-AGCCATGTACGTAGCCATCC-3’(SEQ ID NO.：69)及b-肌動蛋白反向，5’-CTCTCAGCTGTGGTGGTGAA-3’(SEQ ID NO.：70)。於含溴化乙錠(ethidium bromide)之2%瓊脂凝膠上分離RT-PCR產物(25個循環)並於生物造影系統上掃描。使用Image J軟體定量譜帶的強度。測定相對於β-肌動蛋白之Gys1和Gys2 mRNA之量。
製備組織均質液
將含有冷凍組織與設計用於抑制磷酸酶和蛋白酶之6x(體積/重量)均質緩衝液(20mM Tris/HCL,pH 7.5,150mM NaCl,25mM B-甘油磷酸酯，20mM氟化鈉，1mM正釩酸鈉，2mM焦磷酸鈉，2mM EDTA和完全蛋白酶抑制劑混合液之試管均質。將解離液於-80℃冷凍24小時。將融解的解離液於4℃離心(16.1rcf)15分鐘；將上清液分成等份並儲存於-80℃。以Micro BCA套組進行解離液之蛋白測定。
組織解離液之西方墨點分析
將50-100μg的組織均質液置於含二硫蘇糖醇的2x樣本緩衝液中沸騰。然後將解離液塗覆至4-15%預製的Tris/HCl-聚丙烯醯胺凝膠上。將蛋白以乾式墨漬裝置(dry blot apparatus)轉移到硝基纖維素。將此墨漬以3%牛奶和以0.02-0.08ng/ml最終濃度添加並在室溫培養1hr的適當抗體中阻斷至隔夜。然後將墨點以HRP-接合的第二抗體於室溫培養1hr並以ECL受質偵測套組如製造商所述進行處理。使用Image J軟體定量蛋白譜帶強度。測定相對於GAPDH之肝醣合成酶1和2蛋白的量。
肝醣合成酶活性分析
如前述使用凝膠過濾放射活性分析測量組織溶離液中肝醣合成酶活性[Niederwanger A等人.,J of Chromatography B,2005；820：143-145]。將由10μg蛋白解離液(2ng/μL)、4%肝醣、30mM UDP-葡萄糖、4.5mM 葡萄糖-6-磷酸鹽、均質緩衝液(如上述)和標定的二磷酸尿核苷葡萄糖[Glucose-14C-U]所組成的60μL反應溶液於37℃水浴中培養1h，以0.6N過氯酸停止反應並將50μL的反應液裝入快速離心(G-50)sephadex管柱並以1000 x g離心4min。將溶離的放射液加到LSC混合液中並使用閃爍計數器測量放射性。藉由測定每分鐘每毫克蛋白併入肝醣之UDP-[U-14C]-葡萄糖的量來計算酵素活。
測量組織肝醣
如前述測定組織肝醣量[Ziegler RJ等人，Hum Gene Ther.Jun 2008；19(6)：609-21]。使用微盤判讀儀，530nm激發光及590nm發射光，以採集及分析軟體偵測及分析螢光。使用兔肝臟肝醣來建構標準曲線。藉由從消化樣本中的肝醣量減去未消化樣本中的肝醣量來測定肝醣量。
血清化學
在GS-PPMO最後給劑1小時後，從麻醉小鼠的眼窩後靜脈叢收集全血，置於血清分離器試管中。讓血液凝集30分鐘及然後以1300 x g離心15分鐘。將血清分成等份並於-20℃冷凍直到進行分析。以光度分光測定法於37℃進行血清中化學分析物之活體外診斷定量測定。
組織學
在無痛致死後從小鼠中收集腎臟和肝臟，以10%中性緩衝馬福林固定72h並進行石蠟包埋。產生連續的5μm-厚切片並以蘇木精(hemotoxylin)和伊紅(eosin)溶液染色。對治療為盲性的一組認證之獸醫病理學家，評估此等切片進行定性分析。
統計分析
數據係以平均±SEM來表示。使用單因子ANOVA及Newman-Keuls事後檢定(post-hoc)進行數據分析。P<0.05之概率值視為統計上顯著的。
PMO-基底的反義寡核苷酸賦予選擇性減弱鼠科肌肉中之Gys1 mRNA。
一批PMO反義寡核苷酸係設計用於選擇性降低主要在骨骼 肌和心臟中所發現的肝醣合成酶之同功酶的表現，其具有引發同源Gys1而非Gys2轉錄中之外顯子跳躍之可能性。外顯子跳躍係設計用於將一提早終止密碼子導入Gys1轉錄中，產生一傾向於無義-介導衰變的不穩定mRNA。在轉譯後，併入無義密碼子預期亦應可產生一無功能酵素。
首先將候選ASO以直接注射至小鼠的TA肌肉進行試驗，接著電穿孔。1週後定量出Gys1 mRNA量。試驗12種ASO而2種產生顯露實質的Gys1 mRNA降低(表4)。一PMO序列特別係以外顯子6之跳躍為目標(表4第10列)並進一步評估。
以5’初級胺合成所選擇的PMO以幫助完整定性之富含精胺酸的細胞穿透序列接合，該序列先前已顯示促進肌肉遞送。將接合的PMO(GS-PPMO)經由尾靜脈每二週一次注射至龐貝氏症小鼠中，共計12週。將年齡相符的龐貝氏症小鼠以相同的時程投予食鹽水媒劑或20mg/kg重組α-葡萄糖苷酶(rhGAA)作為治療對照組。年齡相符的野生型(C57Bl/6)小鼠作為未治療對照組。在研究結束時龐貝氏症小鼠之組織萃取物的分析顯示，以15或30mg/kg GS-PPMO治療顯著降低四頭肌和橫隔肌中Gys1 mRNA量(圖3A、3B和3C)。心臟中Gys1 mRNA量亦大大降低，但僅在以較高的劑量治療後(圖3D)。在肝臟穩態的Gys2 mRNA量中可看出無顯著變化，其表示GS-PPMO-介導的減弱對於肌肉肝醣合成酶之同功酶為專一的(圖3E)。如預期，以rhGAA治療動物對於骨骼肌或心臟中的Gys1 mRNA量或肝臟中的Gys2 mRNA量無影響。
GS-PPMO全身性投予龐貝氏症小鼠，選擇性降低肝醣合成酶1量
使用西方墨點評估Gys1 mRNA降低導致肌肉和肝臟中伴隨的肝醣合成酶蛋白下降之程度。相較於C57Bl/6對照動物，在龐貝氏症小鼠中發現，在骨骼肌和心臟中肝醣合成酶蛋白實質上為升高的(圖4 A-E)。此增加並非由於較高量的mRNA(圖3)且因此可能係與此酵素在這些龐貝氏症組織中的穩定度增加有關。然而，相較於野生型對照動物，龐貝氏症小鼠肝臟中肝醣合成酶的量並無差異。
以GS-PPMO(15或30mg/kg)治療龐貝氏症小鼠降低了四頭 肌和橫隔肌中肝醣合成酶的量達到野生型的量(圖4A、4B和4C)。治療亦降低了龐貝氏症小鼠心臟中升高的肝醣合成酶之量，並在較高劑量(30mg/kg)時達到完全矯正(圖4D)。任何的GS-PPMO劑量皆未影響肝臟中總肝醣合成酶的量(圖4E)。以rhGAA治療龐貝氏症小鼠亦未顯著改變受試組織中肝醣合成酶的量。
全身性投予GS-PPMO降低了龐貝氏症小鼠骨骼肌和心臟的肝醣合成酶活性
以GS-PPMO治療龐貝氏症小鼠使得四頭肌中升高的肝醣合成酶活性完全矯正(圖5A)。僅在以30mg/kg GS-PPMO較高劑量治療的龐貝氏症小鼠中觀察到心臟中的酵素活性降低(圖5B)，而在較低的劑量有表觀的活性增加。一般而言，這些發現係與上述mRNA和蛋白測量相符。以rhGAA治療龐貝氏症小鼠(以試驗的劑量)對骨骼肌中肝醣合成酶活性無效用，但降低心臟中的量降至正常量。對於以重組酵素治療的不同反應係與之前龐貝氏症小鼠的報告相符。
GS-PPMO之全身性治療減緩龐貝氏症小鼠中組織肝醣的堆積
將組織萃取物進行定量肝醣分析用以測定在經GS-PPMO-治療的龐貝氏症小鼠中是否肝醣合成酶蛋白量和活性顯著下降亦會產生伴隨的溶酶體肝醣堆積下降。以GS-PPMO治療的龐貝氏症小鼠於四頭肌和心臟之肝醣堆積上產生劑量依賴的下降(圖6A和6C)，且就二種試驗的劑量係下降至正常對照小鼠四頭肌中所發現的量(圖6B)。在以30mg/kg GS-PPMO治療的龐貝氏症小鼠之四頭肌和橫隔肌中，肝醣的量下降至野生型C57Bl/6小鼠中所發現的量。如預期的，以20mg/kg rhGAA治療龐貝氏症小鼠顯示四頭肌、橫隔肌的肝醣量部份下降而心臟中有較大的下降(圖6)。以rhGAA或GS-PPMO(15mg/kg)治療對於肝臟中肝醣量皆無影響。然而，以較高劑量(30mg/kg)的GS-PPMO治療，造成肝臟中肝醣量部分下降(圖6D)。GS-PPMO全身性給藥不會引起明顯的組織病理學和血液化學之改變。
評估GS-PPMO治療和減弱GYS1 mRNA的潛在毒性影響，用以評定與對龐貝氏症投予PMO-基底ASO相關治療指標。以任一劑量的GS-PPMO治療之龐貝氏症小鼠，在體重增加上與對照組並未展現顯著的差 異(圖7)。檢查肝臟、肌肉和腎臟損害的血液生物標記亦未顯露任何偏離對照小鼠中所提出的(圖8)。最後，經GS-PPMO-治療的龐貝氏症小鼠之腎臟和肝臟組織學分析顯示正常的結構及無可辨別的病灶(圖9)。這些數據顯示，全身性投予GS-PPMO，就所試驗的劑量，為完全耐受的。
GS-PPMO能以劑量依賴的方式引起四頭肌、橫隔肌和心臟中Gys1 mRNA下降。在心臟中所看到的生物活性僅在試驗較高劑量時為顯著的，與PPMO對肌縮蛋白之外顯子跳躍試驗(數據未顯示)的發現一致。GS-PPMO活性在mRNA層級似乎為專一性序列，因為對肝臟同功酶Gys2無影響。此發現預期得到GS-PPMO與內含子序列在Gys1中為互補的。GS-PPMO顯示對肌肉酵素專一的事實顯示，其作用在龐貝氏症病患中將不會干擾全身性葡萄糖動員，其係由Gys2基因編碼之佔優勢的肝臟酵素所管理。亦如預期，投予rhGAA在試驗的任何組織中對於穩態的Gys1或Gys2mRNA量皆無影響。
在二種試驗劑量下GS-PPMO介導的Gys1 mRNA減弱，大大的降低四頭肌和橫隔肌中Gys1蛋白的量，心臟則在較高劑量時。考慮到相較於對照動物，在龐貝氏症小鼠所見到的這些組織中升高的蛋白，這些發現為可觀的。肝臟Gys2蛋白之量並無變化，其係與GS-PPMO計畫趨向Gys1 mRNA之專一性相符。進一步評估GS-PPMO治療在四頭肌和心臟中對肝醣合成酶酵素活性之效應並在二種組織中發現實質的下降以及顯著的差異。肝醣合成酶活性在龐貝氏症小鼠的四頭肌和心臟中相當高；此發現與上文引述和之前報告的蛋白量一致。以GS-PPMO治療龐貝氏症小鼠，在試驗的二種劑量下降低這些組織中的活性達到非常接近在C57Bl/6小述中所發現的野生型之量。此項在心臟中亦是如此，但僅在使用較高劑量下。值得注意的，即使在未治療的龐貝氏症心臟中具有升高量的GS-活性，投予GS-PPMO(15mg/kg)進一步增加GS-活性200-倍。肝醣合成酶活性係在蛋白磷酸化層級上調節，其係藉由環境條件透過mTOR路徑來控制。
亦評估rhGAA和GS-PPMO治療對於肝醣堆積在龐貝氏症小鼠中的效應。在以20mg/kg之rhGAA治療後分析四頭肌和橫隔肌，相較於媒 劑治療的龐貝氏症小鼠，二處顯示肝醣小幅下降。以GS-PPMO治療在減緩肝醣堆積在四頭肌和橫隔肌上明顯地更有效，後者組織對於任一劑量的治療為同樣可治好的。以rhGAA治療，心臟顯現完全減緩肝醣堆積達到甚至低於在未治療C57Bl/6對照小鼠中所發現的量以下。此項與前文所提的GS活性增加相反且可能係由於已明瞭心臟中有CI-M6P受體存在，造成該組織中rhGAA的較大效力。GS-PPMO治療造成心臟中小幅劑量依賴的肝醣堆積下降。
從考量文中所揭示的本發明說明和施行，本發明之其他的實施例對於熟習本項技術者為顯而易見的。希望，此等說明和實施例僅視為例示性，本發明真正的範圍及精神係如下列申請專利範圍所示。

Claims (15)

  1. 一種下調編碼肝醣合成酶之mRNA的方法，其包括將有效量之反義寡核苷酸投予動物，其中該反義寡核苷酸係包括與編碼肝醣合成酶之核酸序列互補的序列，且其中該反義寡核苷酸與編碼肝醣合成酶之核酸序列的雜交引發外顯子跳躍。
  2. 如申請專利範圍第1項之方法，其中該反義寡核苷酸為PMO。
  3. 如申請專利範圍第1項之方法，其中該反義寡核苷酸為連接CPP之PMO。
  4. 如申請專利範圍第1項之方法，其中該反義寡核苷酸係選自包括式I-VI其中一個亞單位的寡核苷酸。
  5. 如申請專利範圍第1項之方法，其中編碼肝醣合成酶之mRNA係減少80%。
  6. 如申請專利範圍第1項之方法，其中編碼肝醣合成酶之mRNA係減少90%。
  7. 如申請專利範圍第1項之方法，其中編碼肝醣合成酶之mRNA係減少95%。
  8. 如申請專利範圍第1項之方法，其中該有效量範圍為每劑量從5至500mg。
  9. 如申請專利範圍第1項之方法，其中該化合物係以靜脈內給藥。
  10. 如申請專利範圍第1項之方法，其中編碼肝醣合成酶之mRNA的下調係發生骨骼肌和心肌中。
  11. 如申請專利範圍第1項之方法，其中該反義寡核苷酸與編碼肝醣合成酶的核酸序列有至少85%互補。
  12. 如申請專利範圍第1項之方法，其中該反義寡核苷酸與編碼肝醣合成酶的核酸序列有至少90%互補。
  13. 如申請專利範圍第1項之方法，其中該反義寡核苷酸與編碼肝醣合成酶的核酸序列有至少95%互補。
  14. 一種降低骨骼肌和心肌中肝醣合成酶之方法，其包括投予動物有效量 之反義寡核苷酸，其中該反義寡核苷酸係包括與編碼肝醣合成酶之核酸序列互補的序列，且其中該反義寡核苷酸與編碼肝醣合成酶之核酸序列的雜交引發外顯子跳躍。
  15. 一種治療龐貝氏症之方法，其包括投予動物有效量之反義寡核苷酸，其中該反義寡核苷酸係包括與編碼肝醣合成酶之核酸序列互補的序列，且其中該反義寡核苷酸與編碼肝醣合成酶之核酸序列的雜交引發外顯子跳躍。
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