TW201529596A

TW201529596A - 微生物之ｎｍｅ

Info

Publication number: TW201529596A
Application number: TW103136428A
Authority: TW
Inventors: Cynthia Bamdad; Benoit Smagghe
Original assignee: Minerva Biotechnologies Corp
Priority date: 2013-10-22
Filing date: 2014-10-22
Publication date: 2015-08-01

Abstract

本申請案揭示內源性地表現於微生物中之NME蛋白之合成肽片段，及其治療或預防疾病之用途。

Description

微生物之NME

本申請案係關於微生物NME、衍生自微生物NME蛋白之肽及自其肽產生之抗體或藉助於其結合於該等肽之能力選擇之抗體或抗體片段。本申請案亦關於治療或預防與患者中存在之微生物NME相關之疾病。

多年以來，研究人員及臨床醫師已積累大量顯示患有癌症之人群亦比非癌症群體具有更高微生物感染發生率之證據。然而，尚不清楚是否癌症患者由於健康下降而更易受到所有類型之感染或是否微生物感染獨立地起致使作用。尚未展示關於致使作用有說服力的作用機制。最近，研究人員(Yamamoto等人，2013年7月15日，Cancer research,「Intestinal a Modify Lymphoma Incidence and Latency by Affecting Systemic Inflammatory State,Oxidative Stress,and Leukocyte Genotoxicity」)顯示減少氧化應激之細菌增加自發產生淋巴瘤之轉殖基因小鼠之預期壽命。

研究人員亦顯示細菌具有與結合於黏膜之另一蛋白具有同源性之蛋白。作者提出之機制為在轉殖基因小鼠中延長壽命之細菌藉由減少氧化應激而如此。然而，作者提出之機制為若真實，則可由投予抗氧化劑作為癌症治療或預防手段(其似乎不完全合理)糾正之一般氧化應激論點。

該研究之另一複雜情況為該研究係在小鼠而非人類中進行。在小鼠與人類NME蛋白之間的同源性低至40%之情況下，作者可能已鑑別對小鼠具有有益影響但對人類完全無作用之細菌。更重要的是，未表明能夠鑑別何等細菌引起或增加罹患癌症、疾病之風險或減少預期壽命及並不如此之彼等細菌或為預防性之彼等細菌之方法，缺少在人類中之試誤法。因此，將為相對於目前先進技術之巨大改進的是闡明細菌、真菌或寄生蟲感染(在本文中全部稱為微生物)與促進癌症、罹患癌症或疾病之增加之風險之間的因果關係或作用機制，用於鑑別具有此作用之特定微生物之方法，及最佳地，預防或治療由於此等微生物感染而出現或加劇之癌症或疾病之方法。若至少部分藉由微生物感染使得治療或預防癌症或疾病之方法包含藉由「不良」細菌群體外之不同細菌使個體感染，則必須設計一種鑑別「良好」細菌或微生物及「不良」細菌或微生物之方法。

在一個態樣中，本發明係關於一種選自具有SEQ ID NO：1-807之胺基酸序列之彼等肽的肽。肽可由SEQ ID NO：1-256表示。或者，肽可具有SEQ ID NO：603-802。肽亦可選自具有SEQ ID NO：803-807之彼等肽。

在另一態樣中，本發明係關於一種衍生自微生物NME之肽，其中在同源重疊區域內，肽序列與具有SEQ ID NO：803-807之5種人類NME7抑制肽中之一者比對。就此而言，微生物NME肽可由SEQ ID NO：257-602之胺基酸序列組成。肽可由SEQ ID NO：603-802中顯示之胺基酸序列組成。

在另一態樣中，本發明係關於一種包含選自具有如由SEQ ID NO：1-256或SEQ ID NO：603-802表示之胺基酸序列之肽且與載體蛋白、佐劑混合或耦合至載體蛋白、佐劑或附接至免疫原性藥劑之肽之疫苗。肽可選自具有SEQ ID NO：603-802之肽。疫苗可包含選自具有由SEQ ID NO：257-602或SEQ ID NO：803-807表示之胺基酸序列之肽且與載體蛋白、佐劑混合或耦合至載體蛋白、佐劑或附接至免疫原性藥劑之肽。

在另一態樣中，本發明係關於一種預防微生物NME相關疾病之方法，其包含用序列存在於微生物NME中，視情況與載體蛋白、佐劑混合或耦合至載體蛋白、佐劑或附接至免疫原性藥劑之肽對個體接種疫苗。微生物NME可為細菌、真菌、寄生或病毒性NME。肽可選自由具有如SEQ ID NO：1-256闡述之胺基序列之肽組成之群。或者，肽之序列可與序列比對之重疊區域中之人類NME1具有低一致性。與人類NME1之低一致性可小於40%一致性、30%一致性或20%一致性。或者，肽之序列可不存在於人類NME1或NME2中。

或者，在以上方法之實踐中，肽之序列可選自微生物NME 中之肽，其中在同源重疊區域內，肽序列與具有SEQ ID NO：803-807之5種人類NME7抑制肽中之一者比對。獲得之微生物肽可選自由具有如SEQ ID NO：257-602中給出之胺基序列之肽組成之群。肽可與人類NME1具有低序列一致性。肽可為選自具有SEQ ID NO：603-802之肽的肽。在如上文所述之方法中，疾病可為癌症或轉移性癌症。

在另一態樣中，本發明係關於一種結合於微生物NME或其片段之抗體，其中抗體抑制微生物NME與其同源結合搭配物之結合。結合搭配物可為MUC1、MUC1*或肽PSMGFR。抗體可選擇性地結合於具有胺基酸序列SEQ ID NO：1-807之肽，特定言之，具有胺基酸序列SEQ ID NO：257-602或SEQ ID NO：603-802或SEQ ID NO：803-807之肽。在一個態樣中，抗體可以對於微生物NME比對於人類NME1具有較高特異性結合。抗體可大於其抑制人類NME與PSMGFR之結合而抑制微生物NME與PSMGFR肽之結合。人類NME可為人類NME1或人類NME7或NME7-AB。抗體可比其抑制人類NME與PSMGFR之結合大25%或25%以上，或30%或30%以上來抑制微生物NME與PSMGFR肽之結合。

在另一態樣中，本發明係關於一種產生及選擇針對微生物NME蛋白或其片段之抗體之方法，其中相比於人類NME1，該抗體優先結合於微生物NME，該方法包含以下步驟：(i)藉由以下各者使動物免疫：包含與NME1具有低序列一致性之肽序列之微生物NME片段，或微生物NME肽，其中在同源重疊區域內，肽序列與具有SEQ ID NO：803-807之5種人類NME7抑制肽中之一者比對，或微生物NME肽，其中在同源重疊區域內，肽序列與具有SEQ ID NO：803-807之5種人類NME7抑制肽中之一者比對，但與人類NME1具有低序列一致性；及(i)篩選相比於人類NME，優先結合於微生物NME之抗體。

在以上方法中，微生物NME片段可與NME7具有高序列一致性。特定言之，微生物NME可為細菌、真菌、寄生或病毒性NME。NME片段可為選自具有SEQ ID NO：1-802之胺基酸序列之肽之群的肽。抗體可結合於NME7，但不結合於NME1。

在以上方法中，該方法可進一步包含篩選抗體抑制微生物 NME、人類NME1或人類NME7或NME7-AB與MUC1*之結合之能力，其包含：在試管內PSMGFR肽存在下混合抗體與微生物NME、人類NME1或人類NME7或NME7-AB，其中微生物NME、人類NME1或人類NME7或NME7-AB與PSMGFR在抗體存在下之結合表明抗體不為該特定NME之抑制劑，且其中抑制微生物NME、人類NME1或人類NME7或NME7-AB與PSMGFR在抗體存在下之結合表明相對於其他NME，抗體為該特定NME之抑制劑。

在另一態樣中，本發明係關於一種選擇針對微生物NME蛋白或其片段之抗體之方法，其中相比於人類NME1，該抗體優先結合於微生物NME，該方法包含以下步驟：(1)獲得抗體或抗體片段之庫；(2)使該庫與微生物NME蛋白或其片段接觸；(3)選擇結合於微生物NME蛋白片段之抗體；(4)使選擇之抗體與人類NME1接觸；(5)選擇不結合於NME1之抗體。

在另一態樣中，本發明係關於一種治療罹患已知或疑似由身體中存在之微生物造成之疾病之患者的方法，其包含向患者投予根據上文之抗體。在一個態樣中，疾病可為癌症。

在另一態樣中，本發明係關於一種編碼融合肽之核酸，其包含將其導引至膜之傳信序列、NME肽、間隔子或連接子、跨膜域及產生活化可包括溶細胞活性、細胞激素活性及/或細胞增殖之免疫細胞反應之信號之細胞質域。NME肽可衍生自微生物NME蛋白。或者，NME肽可衍生自人類NME蛋白。微生物NME肽可具有SEQ ID NO：1-802之胺基酸序列。微生物NME肽可具有SEQ ID NO：1-256或SEQ ID NO：257-602或SEQ ID NO：603-802之胺基酸序列。人類NME肽可具有SEQ ID NO：803-807之胺基酸序列。另外，核酸可編碼衍生自微生物NME之肽，其中在同源重疊區域內，肽序列與具有SEQ ID NO：803-807之5種人類NME7抑制肽中之一者比對。

在另一態樣中，本發明係關於一種包含如上文所述之核酸之宿主細胞，其中宿主細胞在細胞外域中呈現微生物或人類NME肽部分。宿主細胞可為免疫細胞或抗原呈現細胞或其前驅體。宿主細胞可為T細胞。宿主細胞可為白血球或其前驅體。

在另一態樣中，本發明係關於一種生產嵌合抗原受體細胞之方法，其包含允許如上文所述之宿主細胞表現細胞外域包含NME肽之跨膜分子。NME肽可結合於MUC1*受體。

在另一態樣中，本發明係關於一種鑑別增加患病風險之微生物之方法，其包含以下步驟：a. 測定在微生物NME與人類NME1或人類NME7 A或B域之間的指示重疊區域中之百分比序列一致性，其中若重疊區域中之同源性等於或大於25%，則將微生物視為引起疾病之媒介；或b. 測試微生物NME刺激幹細胞生長或維持幹細胞中之多能性之能力，其中若微生物NME刺激幹細胞生長或維持幹細胞中之多能性，則將微生物視為引起疾病之媒介；或c. 測試微生物NME刺激癌細胞生長或維持癌細胞之癌性表型之能力，其中若微生物NME刺激癌細胞生長或維持癌細胞之癌性表型，則將微生物視為引起癌症之媒介；或d. (i)獲得將微生物感染與罹患進一步罹患疾病或癌症之增加之風險相關聯之資料；(ii)自資料檢驗鑑別微生物；(iii)測定微生物中之NME之胺基酸序列；(iv)測定微生物NME與人類NME1或NME7-A或NME7-B之間的序列一致性；(v)若在微生物NME與人類NME1或NME7之間存在至少25%序列同源性，則確定微生物導致促進疾病；(vi)自(v)中測定之微生物鑑別獨特微生物NME序列；(vii)產生針對獨特微生物NME序列之抗體；及(viii)使用對於治療或預防疾病具治療或預防性之抗體或產生(vi)中鑑別之肽、耦合至載體蛋白且以疫苗形式向人類投予。微生物可為細菌、真菌、病毒或寄生蟲。資料可為流行病研究資料。疾病可為癌症。

在另一態樣中，本發明係關於一種診斷患者之癌症或罹患癌症之風險之方法，其包含測定患者是否經表現與指示重疊區域之人類NME1或人類NME7具有至少25%序列一致性之NME之微生物感染。微生物可為細菌、真菌、病毒或寄生蟲。

在另一態樣中，本發明係關於一種治療診斷患有癌症之患者之方法，其包含以下步驟：測定患者是否攜有表現與人類NME1或人類NME7具有大於25%同源性之NME之微生物及向該患者投予足夠量抑制微生物增殖之藥劑。微生物可為細菌、真菌、病毒或寄生蟲。

在另一態樣中，本發明係關於一種治療診斷患有癌症之患者之方法，其包含以下步驟：測定患者是否攜有表現與人類NME1或人類NME7域A或B具有大於25%同源性之NME蛋白之微生物，及向該患者投予不引起癌症或增加罹患癌症之風險之微生物。微生物可為細菌、真菌、酵母菌、病毒或寄生蟲。

在另一態樣中，本發明係關於一種治療或預防人類之癌症之方法，其包含產生識別SEQ ID NO：1-802之微生物肽序列中之一或多者之抗體，及向人類投予有效量之該抗體。抗體可進一步抑制微生物NME與MUC1*或PSMGFR肽之結合。

在另一態樣中，本發明係關於一種鑑別消除微生物之致癌風險之藥劑之方法，其包含將如SEQ ID NO：1-802闡述之肽中之一或多者暴露至候選藥物及測定何種候選藥物阻止肽與人類MUC1*或PSMGFR肽之結合，其中阻止肽與人類MUC1*或PSMGFR肽之結合之候選藥物為消除微生物之致癌風險之藥劑。

在另一態樣中，本發明係關於一種治療患者之方法，其包含：(1)測定患者經具有與同源重疊區域中之人類NME1或NME7A或NME7B域具有至少25%同源性之NME蛋白之微生物感染；(2)向該患者投予(i)選自具有SEQ ID NO：257-807之肽之結合於PSMGFR序列之肽，或(ii)使用具有SEQ ID NO：1-802之肽作為免疫原產生或選擇之抗體，或(iii)經工程改造以表現跨膜蛋白之細胞外域中之SEQ ID NO：1-807之肽中之一者之序列之抗原呈現細胞。

在一較佳具體實例中，可經佐劑強化之肽用作抗癌疫苗以藉由誘導患者產生針對細菌或微生物NME，但理想地不針對人類NM23-H1或H2(亦稱NME1或NME2)之抗體而免疫癌症。在本發明之另一態樣中，產生識別能夠模擬人類NME且由此促進癌症之彼等微生物NME蛋白之治療抗體。向具有癌症之患者投予此等治療抗體，其中抗體靶向細菌或微生物NME蛋白。在本發明之另一態樣中，揭示可偵測表現具有結合於諸如MUC1*之分子以活化癌症途徑之能力之NME蛋白的微生物之存在之診斷分析。在本發明之另一態樣中，揭示用於測定何等微生物構成癌症風險及何等微生物不構成該風險之分析，以及用於鑑別可為癌症預防物之微生物之方法。本發明進一步包含使用結合於MUC1*之細菌性NM23在試管內或測試動物中培養人類幹細胞或癌細胞之方法。

自下文中給出之實施方式及僅以說明方式給出且因此不限制本發明之隨附圖式，本發明將變得更充分理解，且在隨附圖式中：圖1顯示來自細菌牙齦卟啉單胞菌(Porphyromonasgingivalis)W83之NME之聚丙烯醯胺凝膠。

圖2顯示鹽單胞菌屬(Halomonas Sp)593細菌NME與人類NME-H1之序列比對。

圖3顯示鹽單胞菌屬593細菌NME與人類NME7-A域之序列比對。

圖4顯示鹽單胞菌屬953細菌NME與人類NME7-B域之序列比對。

圖5A至圖5B.圖5A顯示來自細菌鹽單胞菌屬593之NME之聚丙烯醯胺凝膠，該細菌表現於大腸桿菌中且表現為可溶蛋白及天然二聚體.圖5B 顯示在ELISA分析中，來自鹽單胞菌屬593之NME結合於MUC1*細胞外域之PSMGFR肽。

圖6顯示具有多能性形態之人類胚胎幹細胞之相片，其中已在將重組人類NME1二聚體作為添加之唯一生長因子之情況下於無血清基本培養基中培養幹細胞。

圖7顯示具有多能性形態之人類胚胎幹細胞之相片，其中已在將重組人類NME7-AB作為添加之唯一生長因子之情況下於無血清基本培養基中培養幹細胞。

圖8顯示具有多能性形態之人類胚胎幹細胞之相片，其中已在將重組HSP593細菌性NME1二聚體作為添加之唯一生長因子之情況下於無血清基本培養基中培養幹細胞。

圖9為在含有人類NME7-AB、人類NME1二聚體或來自鹽單胞菌屬593之細菌性NME之無血清培養基中培養人類纖維母細胞之後量測幹/癌細胞標記物OCT4之表現之RT-PCR資料之圖示。

圖10顯示在含有二聚體形式之人類NME1的無血清培養基中培養18日之後的人類纖維母細胞之4×放大率相片。

圖11顯示在含有二聚體形式之人類NME1的無血清培養基中培養18日之後的人類纖維母細胞之20×放大率相片。

圖12顯示在含有來自鹽單胞菌屬593之細菌性NME的無血清培養基中培養18日之後的人類纖維母細胞之4×放大率相片。

圖13顯示在含有來自鹽單胞菌屬593之細菌性NME的無血清培養基中培養18日之後的人類纖維母細胞之20×放大率相片。

圖14顯示在含有人類NME-AB之無血清培養基中培養18日之後的人類纖維母細胞之4×放大率相片。

圖15顯示在含有人類NME7-AB之無血清培養基中培養18日之後的人類纖維母細胞之20×放大率相片。

圖16顯示在無NME蛋白之標準培養基中培養18日之後的人類纖維母細胞之4×放大率相片。

圖17顯示在無NME蛋白之標準培養基中培養18日之後的人類纖維母細胞之20×放大率相片。

圖18為已在人類NME7-AB、人類NME1或來自鹽單胞菌屬593『HSP593』之細菌性NME存在下培養之纖維母細胞中之幹/癌症基因OCT4及NANOG之表現量之RT-PCR量測值之圖示。在某些情況下，添加ρ激酶抑制劑『ROCi』以使非黏附細胞(變為幹樣/癌樣之彼等細胞)黏附至表面。

圖19為當纖維母細胞恢復至誘發之多能狀態時經抑制之染色質重排因子(其他染色質重排因子抑制於未經處理幹細胞及一些癌細胞中)之表現量之RT-PCR量測值之圖。在已在人類NME7-AB、人類NME1或來自鹽單胞菌屬593『HSP 593』之細菌性NME存在下培養之纖維母細胞中量測染色質重排基因Brd4、JMJD6、Mbd3及CHD4之表現量。在某些情況下，添加ρ激酶抑制劑『ROCi』以使非黏附細胞(變為幹樣/癌樣之彼等細胞)黏附至表面。

圖20為已在人類NME7-AB、人類NME1或來自鹽單胞菌屬593『HSP 593』之細菌性NME存在下培養之纖維母細胞中之幹/癌基因之表現量之 RT-PCR量測值之複合圖。在某些情況下，添加ρ激酶抑制劑『ROCi』以使非黏附細胞(變為幹樣/癌樣之彼等細胞)黏附至表面。

圖21為已在人類NME7-AB、人類NME1或來自鹽單胞菌屬593『HSP 593』之細菌性NME存在下培養之纖維母細胞中之幹/癌基因之表現量之RT-PCR量測值之複合圖，其中Y軸經壓縮以較好顯示具有較小變化之基因中之差異。在某些情況下，添加ρ激酶抑制劑『ROCi』以使非黏附細胞(變為幹樣/癌樣之彼等細胞)黏附至表面。

圖22顯示據報導在一些癌症幹細胞或轉移性癌細胞中，在正常RPMI生長培養基或無血清基本培養基(向其中添加人類重組NM23(亦稱作NME1)二聚體或NME7-AB作為單一生長因子)中培養之MUC1陽性T47D乳癌細胞中過度表現之一組基因之表現的RT-PCR量測值之圖。『漂浮物』係指變得非黏附且經收集之彼等細胞，而『+Ri』係指添加至一些細胞以使其黏附至表面之ρ激酶抑制劑。

圖23顯示據報導在一些癌症幹細胞或轉移性癌細胞中，在正常RPMI生長培養基或無血清基本培養基(向其中添加來自物種HSP593之重組細菌性NME1二聚體)中培養之MUC1陽性T47D乳癌細胞中過度表現之一組基因之表現的RT-PCR量測值之圖。『漂浮物』係指變得非黏附且經收集，隨後進行分析之彼等細胞。

圖24顯示在DU145前列腺癌細胞於重組人類NME7-AB、細菌性HSP593 NME1或人類NME1/NM23二聚體中培養9或10個繼代之後的一組基因之表現之RT-PCR量測值之圖。該圖顯示在藥劑中之延長培養之後，前列腺癌症標記物CDH1/E-鈣黏素及幹細胞標記物之表現增加。

圖25顯示植入50個首先在人類NME7-AB中培養7天之人類T47D乳癌細胞之免疫缺陷nu/雌性小鼠之相片，在該植入之後，RT-PCR顯示癌轉移標記物CXCR4之160倍增加。此小鼠並非每日注射重組人類NME7-AB。如影像所顯示，小鼠在無可見遠端癌轉移之情況下生長人類腫瘤。

圖26顯示植入50個首先在人類NME7-AB中培養7天之人類T47D乳癌細胞之免疫缺陷nu/雌性小鼠之相片，在該植入之後，RT-PCR顯示癌轉移標記物CXCR4之160倍增加。此小鼠並非每日注射重組人類NME7-AB。如影像所顯示，小鼠在無可見遠端癌轉移之情況下生長人類腫瘤。

圖27顯示植入50個首先在人類NME7-AB中培養7天之人類T47D乳癌細胞之免疫缺陷nu/雌性小鼠之相片，在該植入之後，RT-PCR顯示癌轉移標記物CXCR4之160倍增加。此小鼠每日注射32nM重組人類NME7-AB。如影像所顯示，小鼠生長人類腫瘤加上多個遠端癌轉移。

圖28顯示植入50個首先在人類NME7-AB中培養7天之人類T47D乳癌細胞之免疫缺陷nu/雌性小鼠之相片，在該植入之後，RT-PCR顯示癌轉移標記物CXCR4之160倍增加。此小鼠每日注射32nM重組人類NME7-AB。如影像所顯示，小鼠生長人類腫瘤加上多個遠端癌轉移。

圖29顯示植入50個首先在人類NME7-AB中培養7天之人類T47D乳癌細胞之免疫缺陷nu/雌性小鼠之相片，在該植入之後，RT-PCR顯示癌轉移標記物CXCR4之160倍增加。此小鼠每日注射32nM重組人類NME7-AB。如影像所顯示，小鼠生長人類腫瘤加上多個遠端癌轉移。

圖30顯示植入1,000個首先在人類NME7-AB中培養7天之人類T47D乳癌細胞之免疫缺陷nu/雌性小鼠之相片，在該植入之後，RT-PCR顯示癌轉移標記物CXCR4之160倍增加。此小鼠每日注射32nM重組人類NME7-AB。如影像所顯示，小鼠生長人類腫瘤加上多個遠端癌轉移。

圖31顯示植入1,000個首先在人類NME7-AB中培養7天之人類T47D乳癌細胞之免疫缺陷nu/雌性小鼠之相片，在該植入之後，RT-PCR顯示癌轉移標記物CXCR4之160倍增加。此小鼠並非每日注射重組人類NME7-AB。如影像所顯示，小鼠在無可見遠端癌轉移之情況下生長人類腫瘤。

圖32顯示植入10,000個首先在人類NME7-AB中培養7天之人類T47D乳癌細胞之免疫缺陷nu/雌性小鼠之相片，在該植入之後，RT-PCR顯示癌轉移標記物CXCR4之160倍增加。此小鼠每日注射重組人類NME7-AB。如影像所顯示，小鼠在無可見遠端癌轉移之情況下生長人類腫瘤。

圖33顯示植入10,000個首先在人類NME7-AB中培養7天之人類T47D乳癌細胞之免疫缺陷nu/雌性小鼠之相片，在該植入之後，RT-PCR顯示癌轉移標記物CXCR4之160倍增加。此小鼠並非每日注射重組人類NME7-AB。如影像所顯示，小鼠在無可見遠端癌轉移之情況下生長人類腫瘤。

圖34顯示概述來自包括圖25至圖33中顯示之小鼠之此實驗中之所有小鼠之資料之表。

圖35為顯示選自人類NME7蛋白的具有SEQ ID NO：803-807之5種肽能夠競爭性地抑制人類NME7-AB與相互結合搭配物，MUC1*之PSMGFR細胞外域肽之結合，但不能抑制人類NME1與其之結合之ELISA實驗之圖。

圖36顯示人類NME-H1與NME7 A及B域之序列比對。NME7之帶下劃線的序列為當表現為分離肽時，能夠結合於MUC1*細胞外域之PSMGFR肽，且亦能夠抑制人類NME1及NME7-AB與PSMGFR肽之結合之彼等序列。

定義

如本文所使用，術語「抗體樣」意謂可經工程改造以使其含有抗體之一部分但不為將天然地存在於自然界中之抗體之分子。實例包括(但不限於)CAR(嵌合抗原受體)T細胞技術及Ylanthia^®技術。CAR技術使用稠合至T細胞的一部分以使得身體之免疫系統指向於攻擊特異性靶蛋白或細胞之抗體抗原決定基。Ylanthia^®技術由為一批合成人類fab之「抗體樣」庫組成，該等fab隨後經篩選以結合於來自靶蛋白之肽抗原決定基。選擇之Fab區域可隨後經工程改造為骨架或框架以使其類似於抗體。

如本文所用，「抑制NME家族成員蛋白之有效量藥劑」係指阻礙NME家族成員蛋白與其同源受體(諸如MUC1或MUC1*)之間的活化相互作用之有效量藥劑。

如本文所用，「微生物」係指細菌、真菌、病毒或寄生蟲。如本文所用，術語微生物係指微生物分子或微生物效應。

如本文所用，「微生物NME」係指內源性地發現於微生物中之NME蛋白。

如本文所用，「人類NME」係指內源性地發現於人類中之NME蛋白。

如本文所用，「微生物NME片段」或「微生物NME肽」係指微生物NME蛋白之片段。

如本文所用，「人類NME片段」或「人類NME肽」係指人類NME蛋白之片段。

如本文所用，「微生物NME衍生片段」或「微生物NME衍生肽」係指為微生物NME之片段或與為微生物NME之片段之肽序列高度同源之肽序列。

如本文所用，「人類NME衍生片段」或「人類NME衍生肽」係指為人類NME之片段或與為人類NME之片段之肽序列高度同源之肽序列。

如本文所用，「MUC1*」細胞外域主要藉由PSMGFR序列 (GTINVHDVETQFNQYKTEAASRYNLTISD VSVSDVPFPFSAQSGA(SEQ ID NO：813))定義。由於MUC1裂解之精確位點取決於夾持其之酶，且裂解酶取決於細胞類型、組織類型或細胞演化時間而變化，MUC1*胞外結構域之精確序列可在N-端變化。

如本文所使用，術語「PSMGFR」為闡述為 GTINVHDVETQFNQYKTEAASRYNLTISDVSVSDVPFPFSAQSGA(SEQ ID NO：813)之MUC1生長因子受體之一級序列的縮寫字。就此而言，如在「N-10 PSMGFR」、「N-15 PSMGFR」或「N-20 PSMGFR」中之「N-數目」係指已於PSMGFR之N端缺失之胺基酸殘基數目。同樣，如在「C-10 PSMGFR」、「C-15 PSMGFR」或「C-20 PSMGFR」中之「C-數目」係指已於PSMGFR之C端缺失之胺基酸殘基數目。

如本文所用，「MUC1*之細胞外域」係指缺少串聯重複域之 MUC1蛋白之細胞外部分。在大多數情況下，MUC1*為一種裂解產物，其中MUC1*部分由缺少串聯重複之短細胞外域、跨膜域及細胞質尾區組成。 MUC1裂解之精確定位尚未知曉，可能由於似乎其可藉由一種以上的酶裂解。MUC1*之細胞外域將包括大部分PSMGFR序列，但可具有額外10-20種N端胺基酸。

如本文所用，編號為1-10之「NME家族蛋白」或「NME家族成員蛋白」為由於其全部具有至少一個NDPK(核苷酸二磷酸酯激酶)域而分組在一起的蛋白。在某些情況下，就能夠催化ATP轉化為ADP而言，NDPK域不為官能性的。NME蛋白先前被稱為NM23蛋白，編號為H1及H2。最近，已鑑別多達十(10)個NME家族成員。在本文中，術語NM23及NME為可互換的。在本文中，術語NME1、NME2、NME5、NME6、NME7、NME8及NME9用於指天然蛋白以及NME變異體。在某些情況下，此等變異體在大腸桿菌中更可溶、表現更佳或比天然序列蛋白更可溶。舉例而言，用於本說明書中之NME7可意謂天然蛋白或變異體，諸如NME7-AB，其由於變異允許在大腸桿菌中可溶、恰當摺疊之蛋白之高產表現而具有優良商業適用性。NME7-AB主要由NME7 A及B域組成，但不含大部分DM10域(SEQ ID NO：892)，該域位於天然蛋白之N-端處。如本文中所提及之「NME1」可與「NM23-H1」互換。亦預期本發明不受限於NME蛋白之精確序列。突變體NME1-S120G，亦稱作NM23-S120G，在整個本申請案中可互換使用。 S120G突變體及該P96S突變體由於其對於二聚體形成之偏好而為較佳的，但可在本文中被稱作NM23二聚體、NME1二聚體或二聚NME1或二聚NM23。

如本文中所提及之NME7欲意謂具有約42kDa之分子量之天然NME7、具有約33kDa之分子量之裂解形式或具有約25kDa之分子量之裂解形式、不含DM10前導序列之變異體、NME7-AB或重組NME7蛋白或其變異體，其序列可經改變以容許有效表現或增加產量、溶解度或使NME7更有效或商業上更可行之其他特徵。

如本文所用，「將幹細胞維持於未經處理狀態或將預致敏幹細胞恢復至未經處理狀態下之藥劑」係指單獨或以組合形式將幹細胞維持於未經處理狀態之蛋白、小分子或核酸，類似於胚胎之內細胞團之細胞。實例包括(但不限於)與人類NME蛋白，尤其NME1、NME7、NME7-AB、NME6、2i(Silva J等人，2008；Hanna等人，2010)、5i(Theunissen TW等人，2014)具有高序列一致性之人類NME1二聚體、細菌、真菌、酵母菌、病毒或寄生NME蛋白，抑制MBD3、CHD4(Rais Y1等人，2013)、BRD4或JMJD6(Liu W等人2013)之表現之核酸，諸如siRNA。

如本文所用，「促進多能性之藥劑」或「將體細胞恢復至幹樣或癌樣狀態」係指單獨或以組合形式誘發某些基因之表現或抑制其表現以使基因簽名轉移至更密切地類似於幹細胞或癌細胞之基因簽名之蛋白、小分子或核酸。實例包括(但不限於)NME1二聚體；NME7；NME7-AB；2i；5i；抑制MBD3、CHD4、BRD4或JMJD6之表現之核酸，諸如siRNA；與人類NME1、NME2、NME5、NME6、NME7、NME8或NME9具有高序列同源性之微生物NME蛋白，較佳具有容納NDPK域之區域。

如本文所用，關於稱為「小分子」之藥劑，其可為具有50Da 與2000Da之間、更佳150Da與1000Da之間、更佳200Da與750Da之間的分子量之合成化學物質或基於化學之分子。

如本文所用，關於稱為「自然產物」之藥劑，其可為化學分子或生物分子，只要該分子在自然界中存在。

如本文所用，FGF、FGF-2或bFGF係指纖維母細胞生長因子(Xu RH等人，2005；Xu C等人，2005)。

如本文所用，「ρ相關激酶抑制劑」可為小分子、肽或蛋白 (Rath N，等人，2012)。ρ激酶抑制劑在本文中及他處縮寫為ROCi或ROCKi或Ri。使用特定ρ激酶抑制劑意欲為例示性的且可以任何其他ρ激酶抑制劑取代。

如本文所使用，術語「癌症幹細胞」或「腫瘤起始細胞」係指表現已與更具轉移性狀態或更具侵襲性癌症有關之基因之含量的癌細胞。術語「癌症幹細胞」或「腫瘤起始細胞」亦可係指當移植至動物中時，需要少得多的細胞以產生腫瘤之癌細胞。癌症幹細胞及腫瘤起始細胞通常對化學治療藥物具抗性。

如本文所用，術語「幹細胞/癌症」、「癌樣」、「幹樣」係指細胞獲得幹細胞或癌細胞之特徵、共用幹細胞、癌細胞或癌症幹細胞之基因表現特徵之重要要素的狀態。幹樣細胞可為經歷誘導至較不成熟狀態，諸如增加多能性基因之表現之體細胞。幹樣細胞亦指已經歷一些去分化或處於介穩定狀態下之細胞，該等細胞可自該狀態改變其終末分化。癌樣細胞可為尚未完全表徵但顯示癌細胞之形態及特徵，諸如能夠錨定非依賴性生長或能夠於動物中產生腫瘤之癌細胞。

如本文所用，「微生物NME相關疾病」為由微生物之存在、藉由微生物表現NME(其大概引起MUC1*之活化)引起之疾病。

序列表自由本文

此並非揭示於本申請案中之序列之完整清單。關於使用除a、g、c、t以外的核苷酸符號，其遵循WIPO Standard ST.25，附錄2，表1中闡述之慣例，其中k表示t或g；n表示a、c、t或g；m表示a或c；r表示a或g；s表示c或g；w表示a或t且y表示c或t。

ASANL(SEQ ID NO：808)描述全長MUC1受體(黏蛋白1前驅體，基因庫寄存編號：P15941)。

MTPGTQSPFFLLLLLTVLT(SEQ ID NO：809)

MTPGTQSPFFLLLLLTVLT VVTA(SEQ ID NO：810)

MTPGTQSPFFLLLLLTVLT VVTG(SEQ ID NO：811)

SEQ ID NO：809、810及811描述用於將MUC1受體及截短同功異型物導引至細胞膜表面之N端MUC-1傳信序列。如SEQ ID NO：809、810及811中之變異體所指示，可在C端不存在至多3個胺基酸殘基。

(SEQ ID NO：812)描述一種在其N-端具有nat-PSMGFR且包括全長MUC1 受體之跨膜及細胞質序列之截短MUC1受體同功異構物。

GTINVHDVETQFNQYKTEAASRYNLTISDVSVSDVPFPFSAQSGA(SEQ ID NO：813)描述MUC1生長因子受體之天然一級序列(nat-PSMGFR-「PSMGFR」之實例)之細胞外域。

TINVHDVETQFNQYKTEAASRYNLTISDVSVSDVPFPFSAQSGA(SEQ ID NO：814)描述在SEQ ID NO：813之N-端具有單一胺基酸缺失的MUC1生長因子受體之天然一級序列(nat-PSMGFR-「PSMGFR」之實例)之細胞外域)。

GTINVHDVETQFNQYKTEAASPYNLTISDVSVSDVPFPFSAQSGA(SEQ ID NO：815)描述具有增強的穩定性之MUC1生長因子受體之天然一級序列之「SPY」功能變異體(var-PSMGFR-「PSMGFR」之實例)之細胞外域。

TINVHDVETQFNQYKTEAASPYNLTISDVSVSDVPFPFSAQSGA(SEQ ID NO：816)描述在SEQ ID NO：815之C-端具有單一胺基酸缺失的具有增強的穩定性之MUC1生長因子受體之天然一級序列之「SPY」功能變異體(var-PSMGFR-「PSMGFR」之實例)之細胞外域)。

(SEQ ID NO：817)描述MUC1細胞質域核苷酸序列。

(SEQ ID NO：818)描述MUC1 細胞質域胺基酸序列。

(SEQ ID NO：819)描述NME7核苷酸序列(NME7：基因庫寄存號AB209049)。

(SEQ ID NO：820)描述NME7 胺基酸序列(NME7：基因庫寄存號AB209049)。

(SEQ ID NO：821) 描述NM23-H1核苷酸序列(NM23-H1：基因庫寄存號AF487339)。

(SEQ ID NO：822)NM23-H1 描述胺基酸序列(NM23-H1：基因庫寄存號AF487339)。

(SEQ ID NO：823) 描述NM23-H1 S120G突變核苷酸序列(NM23-H1：基因庫寄存號AF487339)。

(SEQ ID NO：824)描述 NM23-H1 S120G突變胺基酸序列(NM23-H1：基因庫寄存號AF487339)。

(SEQ ID NO：825)描述NM23-H2核苷酸序列(NM23-H2：基因庫寄存號AK313448)。

(SEQ ID NO：826)描述NM23-H2胺基酸序列(NM23-H2：基因庫寄存號AK313448)。

關於大腸桿菌表現最佳化之人類NM23-H7-2序列：(DNA) (SEQ ID NO：827)

(胺基酸) (SEQ ID NO：828)

人類NME7-A：(DNA) (SEQ ID NO：829)

(胺基酸) (SEQ ID NO：830)

人類NME7-A1：(DNA) (SEQ ID NO：831)

(胺基酸) (SEQ ID NO：832)

人類NME7-A2： (DNA) (SEQ ID NO：833)

(胺基酸) (SEQ ID NO：834)

人類NME7-A3：(DNA) (SEQ ID NO：835)

(胺基酸) (SEQ ID NO：836)

人類NME7-B： (DNA) (SEQ ID NO：837)

(胺基酸) (SEQ ID NO：838)

人類NME7-B1： (DNA) (SEQ ID NO：839)

(胺基酸) (SEQ ID NO：840)

人類NME7-B2：(DNA) (SEQ ID NO：841)

(胺基酸) (SEQ ID NO：842)

人類NME7-B3：(DNA) (SEQ ID NO：843)

(胺基酸) (SEQ ID NO：844)

人類NME7-AB：(DNA) (SEQ ID NO：845)

(胺基酸) (SEQ ID NO：846)

人類NME7-AB1：(DNA) (SEQ ID NO：847)

(胺基酸) (SEQ ID NO：848)

關於大腸桿菌表現最佳化之人類NME7-A序列：(DNA) (SEQ ID NO：849)

(胺基酸) (SEQ ID NO：850)

關於大腸桿菌表現最佳化之人類NME7-A1序列：(DNA) (SEQ ID NO：851)

(胺基酸) (SEQ ID NO：852)

關於大腸桿菌表現最佳化之人類NME7-A2序列：(DNA) (SEQ ID NO：853)

(胺基酸) (SEQ ID NO：854)

關於大腸桿菌表現最佳化之人類NME7-A3序列：(DNA) (SEQ ID NO：855)

(胺基酸) (SEQ ID NO：856)

關於大腸桿菌表現最佳化之人類NME7-B序列：(DNA) (SEQ ID NO：857)

(胺基酸) (SEQ ID NO：858)

關於大腸桿菌表現最佳化之人類NME7-B1序列：(DNA) (SEQ ID NO：859)

(胺基酸) (SEQ ID NO：860)

關於大腸桿菌表現最佳化之人類NME7-B2序列：(DNA) (SEQ ID NO：861)

(胺基酸) (SEQ ID NO：862)

關於大腸桿菌表現最佳化之人類NME7-B3序列：(DNA) (SEQ ID NO：863)

(胺基酸) (SEQ ID NO：864)

關於大腸桿菌表現最佳化之人類NME7-AB序列：(DNA) (SEQ ID NO：865)

(胺基酸) (SEQ ID NO：866)

關於大腸桿菌表現最佳化之人類NME7-AB1序列：(DNA) (SEQ ID NO：867)

(胺基酸) (SEQ ID NO：868)

人類NME5

(DNA) (SEQ ID NO：869)

(胺基酸) (SEQ ID NO：870)

人類NME6：(DNA) (SEQ ID NO：871)

(胺基酸) ID NO：872)

人類NME6 1： (DNA) (SEQ ID NO：873)

(胺基酸) (SEQ ID NO：874)

人類NME6 2：(DNA) (SEQ ID NO：875)

(胺基酸) (SEQ ID NO：876)

人類NME6 3：(DNA) (SEQ ID NO：877)

(胺基酸) (SEQ ID NO：878)

關於大腸桿菌表現最佳化之人類NME6序列： (DNA) (SEQ ID NO：879)

(胺基酸) (SEQ ID NO：880)

關於大腸桿菌表現最佳化之人類NME6 1序列：(DNA) (SEQ ID NO：881)

(胺基酸) (SEQ ID NO：882)

關於大腸桿菌表現最佳化之人類NME6 2序列：(DNA) (SEQ ID NO：883)

(胺基酸) (SEQ ID NO：884)

關於大腸桿菌表現最佳化之人類NME6 3序列： (DNA) (SEQ ID NO：885)

(胺基酸) (SEQ ID NO：886)

人類NME8

(DNA) (SEQ ID NO：887)

(胺基酸) (SEQ ID NO：888)

人類NME9

(DNA) (SEQ ID NO：889)

(胺基酸) (SEQ ID NO：890)

人類NME7 DM10域

(DNA) (SEQ ID NO：891)

(胺基酸) (SEQ ID NO：892)

組胺酸標籤

(ctcgag)caccaccaccaccaccactga(SEQ ID NO：893)

N-10肽：QFNQYKTEAASRYNLTISDVSVSDVPFPFSAQSGA(SEQ ID NO：894)

C-10肽

GTINVHDVETQFNQYKTEAASRYNLTISDVSVSDV(SEQ ID NO：895)

NME蛋白

藉由幹細胞及癌細胞分泌人類NME1(NM23)及NME7。二聚體形式之NME7及NME1促進幹細胞及癌細胞生長且可將細胞恢復至較不成熟狀態。然而，六聚體形式之NME1誘發分化。結合於MUC1*之NM23二聚體或NME7保持多能性且促進幹細胞生長。吾人先前顯示在MUC1*細胞外域之PSMGFR序列處或其附近之配位體誘發之MUC1之二聚化促進癌細胞生長、存活及遷移(Mahanta等人，2008；Fessler等人2009)。吾人先前展示能夠二聚合MUC1之PSMGFR部分之NM23(亦稱作NME)家族蛋白介導人類幹細胞及癌細胞之生長(Hikita等人，2008；Smagghe等人，2013)。在幹細胞生長中，NME7單體或NM23二聚體結合於MUC1之裂解形式(稱作MUC1*)且使其二聚化。吾人發現在人類胚胎發育中，NME7比NME1表現較早。NME7為單體但具有兩個關於MUC1*受體細胞外域之PSMGFR序列之結合位點且使幹細胞或癌細胞上之MUC1*二聚化。如此，NME7或NME7-AB單體維持不成熟、多能或幹樣狀態，因此促進多能幹細胞、癌細胞及腫瘤起始癌細胞(稱作癌症幹細胞)之生長(Clarke MF等人，2006，Chen K等人2013)。另一方面，若NME1呈二聚體形式，則其僅促進多能或幹樣/癌症生長。NME1(NM23-H1)可以單體、二聚體、四聚體或六聚體之形式存在，此取決於濃度且部分取決於其序列，因為C端截斷偏好二聚體形成及穩定化。有趣的是，NME1(NM23)六聚體不結合於MUC1*之PSMGFR序列且不促進生長或維持多能性。添加NME1六聚體至人類幹細胞培養物誘發分化(Smagghe等人，2013)。添加NME1六聚體至人類癌細胞培養物抑制生長及遷移。NME7表現於極早期或未經處理幹細胞中，因為其自然地表現於早期胚胎發生中。隨後，其表現經BRD4抑制，而相關因子JMJD6開始表現自我調節NME1，其具有促進多能性之二聚體，但在較高幹細胞濃度下，形成藉由誘發分化限制自我複製之六聚體。因此，NME7始終活化幹/癌型生長，因為其將MUC1*二聚化為單體。相反，NME1取決於其多聚化狀態而發揮相反作用。因此，NME1為自調節多能性/致癌基因。為證明此點，已自癌症分離突變體NME1之該偏好二聚體形式，諸如S120G及P96S。另外，NME1之C端截斷增加二聚體群體且抵抗形成高階多聚體。細菌性及其他微生物NME蛋白亦具有截短之C端且亦在低奈莫耳範圍中形成穩定二聚體，該低奈莫耳範圍為人類NME1及人類NME7-AB促進多能性之濃度範圍。因此，得出如下結論：與人類NME蛋白具有高同源性(尤其在容納NDPK域之區域內)之微生物NME蛋白結合於人類NME之結合搭配物，諸如MUC1*，且與人類NME蛋白發揮相同作用，亦即其模擬人類NME。

微生物NME

細菌性NME蛋白形成穩定二聚體且可結合於人類細胞上之MUC1*以促進幹細胞及癌細胞生長。由於細菌及微生物並不分化或成熟，細菌或微生物NME蛋白不限制哺乳動物中之幹樣/癌樣生長。NME(亦稱為NM23或NDPK)家族蛋白表現於幾乎所有存活物種中，包括細菌、真菌、酵母菌、寄生蟲、病原體及病毒。在高等生物體中，其調節自多能性至分化之過渡。二聚體促進多能性但六聚體誘發分化。然而，一些低等生物不需要成熟或分化。其以簡單狀態存在，其中其生命週期僅由複製組成。細菌及微生物為此類物種。因此，得出如下結論：在此等生物體中，NME蛋白不需要調節分化且因此可僅起繼續複製過程之作用而存在。因此，細菌性NME或微生物蛋白將不必形成誘發分化之六聚體，且可主要以二聚體形式存在或具有相比於需要分化之高階物種，形成更穩定二聚體之序列。細菌性或微生物NME蛋白可以二聚體狀態或以能夠使其標靶二聚化或以促進自我複製之方式結合於核DNA或調節RNA之形式存在。細菌性或微生物NME蛋白具有較大C端截斷且因此可能以二聚體形式存在(前已述及，人類NME1之C端截斷引起二聚體形成及穩定性之增加)。

吾人已發現細菌性及微生物NME蛋白確實形成穩定二聚體且亦能夠結合於人類細胞上之MUC1*且使其二聚合。由於人類NME二聚體藉由結合於細胞上之MUC1*且使其二聚合而促進癌症生長，吾人提出可使人類感染且產生模擬人類NME，尤其NME1及NME7，以及NME5、NME6、NME8及NME9之NME蛋白之細菌、真菌、酵母菌、寄生蟲、病毒(在本文中被稱作微生物)及其他低等生物體為促進癌症或增加罹患癌症風險，或在某些情況下引起其他疾病或不健康狀況之病原體。與人類NME具有高同源性之微生物NME蛋白藉由以人類NME蛋白之方式結合於MUC1*或結合於核酸模擬該等人類NME以使其促進幹樣或癌樣生長。如在本文中進一步詳述，本發明包含衍生自彼等微生物之NME蛋白之細菌、真菌及寄生肽，其中可向攜有該等微生物中之一者之患者投予或向未感染之患者投予該等肽，其中該等肽以疫苗形式使患者對未來感染免疫，或肽用於在宿主中產生抗體，隨後向攜有細菌、真菌、病毒或寄生蟲(在本文中統稱為微生物)中之一者之患者投予該等抗體。另外，可使用嵌合抗原受體T細胞(CAR T)技術(Porter D等人(2011)Chimeric antigen receptor-modified T cells in chronic lymphoid leukemia.N Engl J Med 365：725-733 DOI：10.1056/ NEJMoa1103849)之方法將微生物肽工程改造至T細胞或抗原呈現細胞或其前驅體中，該技術為熟知技術，其中微生物肽表現於細胞及跨膜表面上且細胞質部分為用於CAR T技術中之彼等部分或其他變異體。

肽之選擇

微生物NME蛋白可在人體中誘發或加重癌症以及其他嚴重疾病。NME家族蛋白均含有至少一個NDPK域，其具有催化功能，因此亦必須在所有NME家族成員中具有略微保守的同源性。然而，研究人員已顯示即使在NME1之NDPK域經突變以破壞催化功能時，其仍在白血病及淋巴瘤中起作用(Okabe-Kado等人，「A new function of Nm23/NDP kinase as a differentiation inhibitory factor,which does not require it's kinase activity」,FEBS Letters 363：311-315,1995)。該發現表明NDPK域外部之NME蛋白的一部分在促進癌症中起一定作用且必須結合於亦涉及促進癌症之一些標靶。彼時，尚未知曉NME1如何涉及白血病或何為其結合搭配物。一些研究報導NME1促進癌症，而其他研究報導其抑制癌症(參考Lombardi等人)。吾人發現測定NME1是否促進幹樣或癌樣生長的為NME1之多聚化狀態。作為二聚體，NME1促進多能性及癌樣生長，但作為六聚體，其抑制多能性及癌樣生長。吾人亦發現NME1藉由結合於MUC1*生長因子受體且使其活化而發揮其多能性促進及癌症促進作用(Mahanta等人，Fessler等人，Smagghe等人)。最近，吾人發現NME7為MUC1*之關鍵結合搭配物，因為該單體NME7誘發MUC1*細胞外域之二聚化，且促進幹細胞中之多能性及癌細胞中之癌轉移。因此，鑑別NME1或NME7之何等部分結合於MUC1*細胞表面受體將為有利的。隨後，藉由與人類NME1或NME7之彼等部分之序列同源性及比對，鑑別微生物NME之類似區域，因為此等區域可能為介導與MUC1*之結合之區域。可以分離肽形式分別表現或合成彼等部分，可向患者投予該等肽以競爭性地抑制完全NME蛋白與MUC1*之結合，其將緩解症狀及抑制癌症或其他微生物NME相關疾病之進展。或者，肽可用於產生或選擇將結合於NME之結合位點且抑制與MUC1*受體之結合之抗體。可向患者投予該等抗體以治療或預防癌症或微生物NME相關疾病。此等肽亦可用於對個體接種疫苗以預防NME誘發之癌症或NME相關疾病。編碼此等肽之核酸可為稠合至編碼免疫反應傳信要素，接著轉染至免疫細胞，諸如T細胞或抗原呈現細胞或其前驅體中之核酸。吾人已以實驗方式鑑別當表現為個別肽時，可抑制人類NME7(圖35A)及人類NME1(圖35B)與其結合搭配物MUC1*之相互作用的具有胺基酸SEQ ID NO：803-807之人類NME7內之肽序列。本文中，此等5種肽稱為NME7抑制肽且編號為A1、A2、B1、B2及B3，SEQ ID NO：803-807，其中A表明其來自A域且B表明來自B域(圖36中帶下劃線的區域)。此等5種NME7肽結合於MUC1*之細胞外域，且特定言之結合於合成PSMGFR肽。鑑別微生物NME蛋白中之類似肽將為有利的，因為此等5個區域似乎對於結合於MUC1*至關重要，該相互作用促進幹細胞中之多能性且促進癌細胞之癌轉移。為鑑別類似微生物肽，在NME7與各種微生物NME蛋白之間進行序列同源性比對。在同源性重疊區域內，鑑別與5種NME7抑制肽(SEQ ID NO：803-807)比對之微生物序列且列為SEQ ID NO：257-602。在某些情況下，選擇NME肽以使得其產生之肽或抗體將不抑制人類NME1與MUC1*之間的相互作用，因為認為此相互作用與健康細胞以及一些疾病狀況有關。與5種NME7抑制肽比對且與人類 NME1具有最低序列一致性之微生物肽列為SEQ ID NO：1-256及603-802。包含SEQ ID NO：1-256之序列之肽不與5種NME7抑制肽比對，但由於其與人類NME1之低序列同源性而可用作疫苗或可產生藉由位阻干擾NME之疾病相關功能的抗體。

使用5種NME7抑制肽(SEQ ID NO：803-807)產生之抗體結合於NME7且抑制其與MUC1*及其他結合搭配物之相互作用。因此，較佳地，用於抗體產生或選擇之微生物NME肽為來源於與發現MUC1*抑制肽序列之NME7之區域同源或比對之彼等區域之彼等肽。在某些情況下，期望選擇鄰接於NME7同源序列及/或僅為其片段之微生物序列以避免產生將抑制人類NME7與除靶向微生物NME以外的MUC1*之相互作用之肽或抗體。在其他情況下，期望選擇產生抑制人類NME7以及靶向微生物NME與MUC1*之相互作用之肽及抗體的微生物肽序列。較佳地，選擇微生物肽序列以使其與人類NME1具有最低同源性，因為其在健康細胞中起作用。適合之低序列一致性為與人類NME1小於40%之一致性，更佳與人類NME1小於30%之一致性，更佳與人類NME1小於20%之一致性。可視需要藉由產生所選微生物肽序列產生之肽及抗體，接著測試其抑制人類NME1、NME7或NME7-AB與MUC1*或MUC1*細胞外域之PSMGFR序列之相互作用之能力進一步測試所選微生物肽序列對NME1或NME7之潛在抑制。

在一個較佳具體實例中，選擇微生物肽，其將抑制微生物 NME與MUC1*之相互作用，但不抑制人類NME1與MUC1*之相互作用，或產生將抑制微生物NME與MUC1*之相互作用，但不抑制人類NME1與MUC1*之相互作用之抗體。

鑑別增加罹患癌症風險之細菌之方法

可藉由將增加罹患癌症或其他微生物NME相關疾病之風險之細菌及其他微生物之NME蛋白特性化而鑑別該等細菌及其他微生物。鑑別攜有能夠引起或增加罹患癌症風險之NME蛋白之細菌或微生物之第一種方法為藉由測定該微生物是否與人類NME1或人類NME7具有高程度之序列一致性或同源性，其中將在指定重疊區域中至少25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%或97%之序列一致性視為高同源性。對於NME蛋白而言，同源性之指定重疊區域為容納NDPK域之區域及周圍區域。與人類NME1或NME7具有25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%或97%或97%以上序列一致性之微生物NME將可能能夠起到與人類NME1或NME7類似的作用且將能夠誘發幹樣或癌細胞生長。除NME蛋白與人類NME之序列同源性以外，增加罹患癌症風險之微生物可藉助於其NME蛋白能夠刺激人類幹細胞或癌細胞生長，或誘發體細胞之基因簽名至類似幹細胞或癌細胞之簽名之變化，例如OCT4、NANOG、SOX2、MUC1、CXCR4或E-鈣黏素之表現之增加來鑑別(Darash-Yahana等人，2004；Kumar等人，2012；Liu K等人，2013；Wang ML等人，2013；Miki J等人，2007；Jeter CR等人，2011；Faber A等人，2013；Mukherjee D等人，2013；Herreros-Villanueva M等人，2013)。能夠誘發疾病或癌症之微生物之另一指示為表現分泌自細胞，或能夠結合於MUC1*或能夠結合於促進幹樣或癌樣生長之人類NME之其他標靶之NME蛋白之指示。存在癌症風險或疾病風險之微生物可藉助於其NME蛋白能夠誘使體細胞恢復至較不成熟、幹樣狀態或誘使癌細胞恢復至癌症幹細胞狀態，例如增加OCT4、NANOG、SOX2、MUC1、CXCR4或E-鈣黏素之表現來鑑別。

存在癌症風險或疾病風險之細菌及微生物可鑑別為表現能夠試管內結合於PSMGFR肽或結合於活細胞上之MUC1*細胞外域之NME蛋白之彼等細菌及微生物。使用天然、非變性凝膠之凝膠電泳將展示何種細菌表現形成穩定二聚體之蛋白。標準ELISA分析將展示NME蛋白是否結合於MUC1*生長因子受體之PSMGFR部分且夾心ELISA將分辨NME蛋白是否可同時結合於兩個PSMGFR肽，表明使活細胞上之MUC1*二聚化之能力。表現與人類NME7同源且另外能夠結合於MUC1*細胞外域之NME蛋白之細菌及微生物亦將因此鑑別為對受其感染之感染者造成癌症或疾病風險之微生物。表現與不結合於MUC1*細胞外域之PSMGFR部分或不使細胞上之MUC1*二聚化之NME1或NME7具有低同源性之NME1樣或NME7樣蛋白之細菌及微生物因此鑑別為對受其感染之感染者不存在癌症風險之細菌及微生物且分類為「良好」細菌或微生物。在某些情況下，宜向攜有不良細菌或微生物之患者投予良好細菌或微生物。

一些細菌性NME1可結合於人類NM23及NME7在促進癌症及腫瘤發生時結合於之相同人類標靶。圖1顯示來自細菌牙齦卟啉單胞菌W83之NME1之聚丙烯醯胺凝膠。

以下意欲為例示性且決不為限制性的。藉由序列比對，顯示在同源性重疊區域內，細菌鹽單胞菌屬593(「HSP 593」)與人類NME1具有41.4%一致性、與人類NME7-A域具有40.6%一致性且與人類NME7-B域具有34.1%一致性(參見圖2至圖4)。吾人選殖細菌性鹽單胞菌屬593(在本文中亦被稱作HSP 593)且將其表現於大腸桿菌中，其中其表現為可溶蛋白，在奈莫耳濃度下大多處於二聚體狀態下(圖5A)。隨後在功能分析中測試重組細菌性NME HSP 593模擬人類NME1二聚體或NME7之功能之能力。在ELISA分析中，其中對應於MUC1*之細胞外域之肽(PSMGFR肽)固定於盤上且藉由顯示細菌性NME與人類MUC1*細胞外域肽之間的特異性結合之MUC1*肽表面培育鹽單胞菌NME(圖5B)。在功能分析中，測試鹽單胞菌NME刺激人類胚胎幹細胞之生長及多能性之能力。將人類胚胎幹細胞HES-3接種至塗佈有識別幹細胞上之MUC1*受體之單株抗體之表面上。進行此以使得幹細胞黏附至表面，因為幹細胞為非黏附的。在除了低奈莫耳濃度下之鹽單胞菌NME(其中4-16nM最佳，該NME藉由FPLC呈二聚形式)外不含任何生長因子或細胞激素之基本幹細胞培養基中培養細胞。細胞未顯示分化、如同正常人類幹細胞生長、具有高晶核與細胞質比(其為幹細胞之特性)且具有與正常胚胎幹細胞一致之基因表現特徵。在連續繼代中，鹽單胞菌NME完全支持人類幹細胞之生長且維持人類幹細胞之多能性。吾人先前已顯示人類NME1二聚體或人類NME7可結合於幹細胞及癌細胞上之MUC1*且使其二聚合且因此分別促進多能性及癌性生長。來自鹽單胞菌屬593之細菌性NME亦在不存在血清或任何其他生長因子之情況下完全支持人類幹細胞之生長及多能性(參見圖6)且產生與使用人類NME1二聚體或人類NME7-AB生長之彼等幹細胞具有一致性之人類幹細胞(圖7及圖8)。另外，與人類NME1或人類NME7具有高同源性之微生物NME蛋白誘發或增加罹患癌症之風險。人類及細菌性NME1以及人類NME7將體細胞恢復至較不成熟狀態，其中其表現幹細胞及癌細胞之標記物。在人類NME7、二聚體形式之人類NME1或細菌性NME1(在此狀況下為來自HSP 593之NME1)存在下培養人類體細胞。不存在血清、抑制劑或其他生長因子。正如同人類NME7或人類NME二聚體，微生物NME誘使成熟細胞開始表現諸如OCT4之多能性因子。在諸如圖9中所顯示之RT-PCR實驗中，在人類NME7-AB、人類NME1二聚體或來自鹽單胞菌屬593之NME中培養之後，人類纖維母細胞中之Oct4表現增加多達4倍。當相比於圖16及圖17中顯示之正常纖維母細胞生長培養基中培養之纖維母細胞時，此等細胞之形態亦顯著改變，如圖10至圖15中可見。微生物NME蛋白中之擴大培養造成多種多能性標記物之顯著增加，其中Oct4增加4倍以上且Nanog增加7倍以上(圖18)。存在染色質重排因子BRD4、JMJD6、MBD3及CHD4之表現之對應減少，其亦下調未經處理幹細胞及極具侵襲性癌症(圖19)。人類NME7-AB、人類NME1或微生物NME中之正常纖維母細胞之擴大培養造成與癌症相關之基因及癌症幹細胞之表現的顯著增加。圖20及圖21顯示在人類NME7-AB、人類NME1或來自鹽單胞菌屬593之細菌性NME中之擴大培養之後的幹樣或癌樣狀態之多個標記物之RT-PCR量測值。

先前報導當連同Yamanaka多能性因子OCT4、SOX2、KLF4 及c-Myc使用時，使用sh-或siRNA之MBD3或CHD4之有意下調極大增加恢復至誘發之多能幹(iPS)細胞狀態之體細胞之數目(Takahashi K及Yamanaka S,2006)。然而，在吾人之實驗中，無異位表現之基因。因此，來自鹽單胞菌屬593之細菌性NME能夠如同二聚體形式之人類NME7及NME1一樣將體細胞恢復至較不成熟幹樣/癌樣狀態。在某些情況下，添加ρ激酶抑制劑(『ROCKi』或『Ri』)以幫助維持細胞與表面之黏附。儘管 ROCKi增加細胞之黏附性，其產生混合群體，其中浮起之細胞具有顯示其已恢復至比保持附接至表面之彼等細胞較不成熟得多的狀態之基因表現特徵。幹細胞及癌症幹細胞之特徵中之一者為其為非黏附的。吾人表明與人類NME1或NME7具有高序列同源性之細菌、真菌或寄生蟲(在本文中全部稱為微生物)改變體細胞之形態以及基因表現模式，使其更緊密地類似於幹細胞或癌細胞。當將此等高度同源NME1及NME7蛋白添加至常規癌細胞時，其將該等癌細胞轉化為癌症幹細胞，其為轉移性癌細胞。在NME7、二聚體形式之人類NME1或來自HSP 593之細菌性NME存在下於無血清培養基中培養乳癌細胞及前列腺癌細胞。不存在血清、抑制劑或其他生長因子。同樣，NME7、二聚體形式之人類NME1及來自HSP 593之細菌性NME增加多能性標記物OCT4及NANOG之表現、增加癌症幹細胞標記物E-鈣黏素及CXCR4之表現且減少轉錄因子及染色質重排因子，其促進分化、BRD4、JMJD6、MBD3及CHD4。上文所述之分析中之任一者或組合表明微生物NME(在此狀況下為HSP 593)可如同人類NME1二聚體或NME7或NME7-AB起作用且表明微生物為可於人體中產生癌症或加速癌症之癌症誘發、疾病誘發微生物。

多種細菌始終存在於人類消化道及身體之其他部分中，包括(但不限於)口、眼、尿道、腸及腸道。可改變存在於人體中之細菌之組成。舉例而言，某些藥物殺死「良好」細菌，導致關於消化之問題。通常建議患者食用優格(yogurt)或其他食品以重建細菌之恰當平衡。此意謂一些細菌能夠超過其他細菌之群體。因此，向患者投予一類「良好」細菌以超過或消除「不良」細菌應為可能的。進行研究以鑑別何等無害細菌為可超過或生長超過人類宿主中之有害細菌之彼等細菌；隨後向人類投予該等無害細菌以減少或消除造成癌症風險之細菌群體。或者，存活在人體內之諸如酵母菌之原始生物體確實在較小程度上分化。此等分化生物體可引入人體中以超過細菌群體且因此引入能夠誘發分化之NME蛋白，諸如NME1之高階多聚體。投予途徑可包括任何途徑，包括吸入、口服、局部及注射。可用對具有能夠活化MUC1及癌樣/幹樣生長之NME(NM23)蛋白之細菌有效之抗生素治療攜有增加癌症風險或進展之細菌之患者。

抗微生物NME疫苗

產生識別已測定為可結合於刺激人類或哺乳動物中之促癌途徑之分子之類型或與人類NME1或NME7具有高序列同源性之細菌性NME蛋白之抗體的免疫肽可用於對人類或哺乳動物接種針對癌症之疫苗以預防癌症或使罹患癌症之風險最小化。在本發明之一個態樣中，免疫肽具有包含在表現於細菌或其他微生物中之NME家族蛋白內之序列，其中該NME蛋白能夠結合於MUC1*細胞外域且使其二聚合。在本發明之另一態樣中，免疫肽具有存在於自然地表現於細菌或其他微生物中之NME家族蛋白中之序列，其中該NME蛋白能夠結合於MUC1*細胞外域且使其二聚和，且該肽序列亦存在於人類NME7中。在本發明之另一態樣中，免疫肽具有存在於天然表現於細菌或其他微生物中之NME家族蛋白中之序列，其中該NME蛋白能夠結合於MUC1*細胞外域且使其二聚合，且該肽序列亦存在於人類NME7中但不存在於NME-H1或NME-H2中。免疫肽序列可進一步選自在表現結合於MUC1*細胞外域且使其二聚合之NME家族蛋白之彼等細菌中具有高同源性之肽群。

免疫肽可在引入宿主(其可為人類)中以作出針對細菌性 NME之免疫反應之適合之佐劑或載劑之上下文中，其可用於治療或預防癌症。或者，可藉由以刺激產生針對表現能夠活化促癌途徑之NME蛋白之彼等細菌之抗體的該方式向宿主中引入活細菌或死細菌對人類接種疫苗。適合於針對由微生物NME誘發或加劇之癌症或疾病對個體接種疫苗之微生物肽為免疫原性且產生抑制微生物NME之功能之抗體的彼等肽。在一較佳具體實例中，其與人類NME1具有低同源性且如SEQ ID NO：1-802所列。更佳在SEQ ID NO：1-256及603-802中，因為其由於與人類NME1之低同源性而經選擇。在一更佳具體實例中，適合於疫苗之肽為序列包含SEQ ID NO：257-602及603-802中所列之彼等序列之彼等肽，因為其產生抑制NME與MUC1*之結合之抗體。在一最佳具體實例中，適合於疫苗之肽為序列包含SEQ ID NO：603-802中所列之彼等序列之彼等肽，因為其產生抑制NME與MUC1*之結合之抗體且另外與NME1具有低同源性。

可在適合之佐劑之上下文中之免疫肽可選自包括以下之群：a)基於與人類NME1、NME2、NME6、NME7、NME8或NME9或任何其他NME家族成員中存在之序列具有高同源性選擇之細菌性肽序列；或b)與人類NME蛋白不具有高同源性之細菌性序列；或c)與人類NME蛋白具有高同源性但與人類NME1(NM23-H1)或NME2(NM23-H2)不具有高同源性之細菌性序列；或d)與表現於人類未經處理幹細胞中但不隨後表現於成年體中之NME家族蛋白具有高同源性之細菌性肽序列，諸如與NME6或NME7蛋白具有同源性但與成人骨髓中發現之NME1或NME2蛋白或NME蛋白不具有同源性之肽。

如本文所用，將「高同源性」視為在任何兩個多肽之間的指示重疊區域中之至少30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%或97%一致性。特定言之，兩個比較之多肽可為相比於人類NME1或人類NME7之候選微生物或細菌性NME。

佐劑增強及導引疫苗抗原之免疫反應。藉由疫苗活化之程度及反應將藉由佐劑調變。能夠將抗原截留於注射位點(儲藏處)且釋放緩慢抗原以持續刺激免疫系統之佐劑適用於本發明之方法。活化抗原呈現細胞且藉由主要組織相容錯合物刺激抗原呈現或刺激先天免疫之佐劑亦為適合的。適用於以本文所述之微生物肽接種疫苗之佐劑包括(但不限於)礦物鹽、乳液、微生物衍生之礬、鋁鹽、磷酸鹽或氫氧化物、弗氏不完全佐劑(Freund's Incomplete Adjuvant)、MF59、ASO3、Fluad®、單磷醯基脂質A(MPLA)、細菌性脂多醣(LPS)。

本文所述之免疫肽可用於引入至宿主(其可為人類)中以作出針對NME形式之免疫反應以治療或預防癌症。

因此，在一較佳具體實例中，可使用生理學上活性且無毒的微生物NME肽。投予該等疫苗肽更詳細地描述於下文中。開發針對諸如癌症之NME相關疾病之有效疫苗需要保留對免疫原性重要之結構特徵。從實用角度看，此藉由首先產生保留結構特徵之重組分子，接著經選擇性修飾以消除毒性及引入治療效用而最容易地達成。因此，在一較佳具體實例中，本發明之疫苗為生理學上活性且無毒的微生物NME肽，諸如具有SEQ ID NO：1-802之肽中所顯示。

無毒微生物NME肽可以候選疫苗形式及針對NME相關疾病或癌症進行測試。首先測試非經腸投予途徑，接著將口服及吸入途徑評估為可適用的。藉由於小鼠中之免疫原性及激發研究測定作為疫苗之效用。測試有效試管內拮抗劑。創造一系列無毒衍生物及融合蛋白且系統地編錄其生物活性。此等表徵良好基因構築體及肽衍生物之可用性使得能夠合理設計新穎治療劑。針對活性肽之劑量-反應分析及激發研究提供允許選擇最佳候選疫苗以用於進一步開發之資料。

本發明之另一態樣係關於使個體對諸如癌症之微生物NME 相關疾病免疫之方法。此方法包含在可有效地使個體對疾病之毒性作用免疫之條件下向個體投予本發明之疫苗。投予疫苗之個體可進一步在可有效地增強個體免疫之條件下投予疫苗之輔助劑。

本發明之另一態樣係關於一種治療個體之微生物NME肽之毒性作用之方法。此方法包含在可有效地治療個體之NME相關疾病之條件下向個體投予包含分離、生理學上活性、無毒的本發明微生物NME肽的NME相關疾病之「解毒劑」形式之本發明之肽。

可經口、非經腸，例如皮下、靜脈內、肌肉內、腹膜內、藉由鼻內滴注或藉由塗覆至黏膜，諸如鼻黏膜、喉黏膜及支氣管黏膜而向個體投予本發明之疫苗或「解毒劑」。可單獨或與適合之醫藥載劑一起，且可以固體或液體形式，諸如錠劑、膠囊、散劑、溶液、懸浮液或乳液投予疫苗或解毒劑。

可經口投予本發明之疫苗或解毒劑，例如藉由惰性稀釋劑，或藉由可吸收的食用性載劑，或可封閉於硬殼膠囊或軟殼膠囊中，或可壓縮為錠劑，或可直接併入飲食食物。就口服治療劑投予而言，疫苗或解毒劑可併入賦形劑且以錠劑、膠囊、酏劑、懸浮液、糊漿及其類似者之形式使用。該等組成物及製劑應含有至少0.1%之活性化合物。化合物於此等組成物中之百分比當然可改變且可便利地在單元重量之約2%與約60%之間。該等治療上適用之組成物中之活性化合物之量為使得將獲得適合劑量之量。製備根據本發明之較佳組成物以使得口服劑量單位含有約1與250mg之間的活性化合物。

錠劑、膠囊及其類似物亦可含有諸如黃蓍膠、阿拉伯膠、玉米澱粉或明膠之黏合劑；諸如磷酸二鈣之賦形劑；諸如玉米澱粉、馬鈴薯澱粉、褐藻酸之崩解劑；諸如硬脂酸鎂之潤滑劑；及諸如蔗糖、乳糖或糖精之甜味劑。當單位劑型為膠囊時，除以上類型之材料之外，其可含有液體載劑，諸如脂肪油。

各種其他材料可以包衣形式存在或用以改變劑量單位之物理形式。舉例而言，錠劑可塗佈有蟲膠、糖或二者。除活性成分以外，糖漿可含有作為甜味劑之蔗糖、作為防腐劑之對羥基苯甲酸甲酯及對羥基苯甲酸丙酯、染料及諸如櫻桃或橘子香精之調味劑。

亦可非經腸投予疫苗或解毒劑。可在與諸如羥丙基纖維素之界面活性劑適當混合之水中製備溶液或懸浮液。亦可在甘油、液態聚乙二醇及其混合物中於油中製備分散液。說明性油為石油、動物、植物或合成來源之彼等油，例如花生油、大豆油或礦物油。一般而言，水、生理鹽水、右旋糖及相關糖水溶液及諸如丙二醇或聚乙二醇之二醇為較佳液體載劑，尤其對於可注射溶液而言。在一般儲存及使用條件下，此等製劑含有防腐劑以防止微生物生長。

適合於可注射用途之醫藥形式包括無菌水溶液或分散液及用於臨時製備無菌可注射溶液或分散液之無菌粉末。在所有情況下，形式必須為無菌的且必須在存在易於注射性之程度上為流體。其必須在製造及儲存條件下穩定，且必須保護其免遭微生物(諸如細菌及真菌)之污染作用。載劑可為含有例如水、乙醇、多元醇(例如甘油、丙二醇及液態聚乙二醇)、其適合之混合物及植物油之溶劑或分散液介質。

本發明之疫苗或解毒劑亦可以氣溶膠形式直接投予至呼吸道。就用作氣溶膠而言，在溶液或懸浮液中之本發明之疫苗或解毒劑可連同適合之推進劑，例如烴推進劑，如丙烷、丁烷或異丁烷以及習知佐劑封裝於加壓氣溶膠容器中。亦可以非加壓形式，諸如在噴霧器或霧化器中投予本發明之疫苗或解毒劑。

治療學

可用阻斷微生物、細菌性或真菌性NME蛋白、抑制其與其結合搭配物相互作用之能力之藥劑治療，或用將破壞NME或破壞在表面上表現NME之結合搭配物之細胞作為治療或預防疾病之目標之藥劑治療測定攜有具有與人類NME1或NME7具有高序列同源性之NME蛋白之微生物、細菌、寄生蟲、病毒或真菌的患者，該患者可進一步在其體液中或在生檢標本中具有較高位準之NME蛋白。在某些情況下，微生物可誘發或加重癌症，而在其他情況下，微生物誘發諸如阿狄森氏病或達林氏病、腦膜炎及其類似者之疾病。治療或預防攜有與人類NME1或NME7具有高序列同源性之微生物、細菌或真菌之患者之疾病的治療劑包括(但不限於)針對微生物NME、人類NME1、人類NME7或其同源受體MUC1*之抗體。治療或預防NME相關疾病之治療劑包括可為合成的或可經載劑或佐劑或傳遞實體修飾之肽，其序列衍生自微生物NME、人類NME或人類NME7或MUC1*。在一個態樣中，向已攜有微生物之患者投予肽以競爭性地抑制微生物NME與其同源標靶(包括MUC1*)之間的相互作用。在另一態樣中，投予肽以用作用於疫苗之免疫原。在另一態樣中，肽用作於宿主中產生抗體之免疫原。在另一態樣中，肽用於篩選抗體或抗體片段之庫以鑑別可有效地及選擇性地結合靶NME蛋白之抗體或抗體片段。治療抗體為能夠結合於微生物NME蛋白之彼等抗體。在一較佳具體實例中，抗體能夠結合於微生物NME蛋白且抑制其與MUC1*或PSMGFR肽之相互作用。

任何特異性地減少促進癌症或增加患癌風險之細菌或其 NME蛋白或使其失能之藥劑可充當有效抗癌治療劑或預防劑。在本發明之一個態樣中，治療劑可為結合於細菌性NME或NME7且阻止其結合於人類NME1或NME7將結合之標靶，包括(但不限於)MUC1*之小分子。

抗微生物NME抗體

在本發明之另一態樣中，治療劑可為huNME1、細菌性NME或NME7特異性抗體。結合於人類NME1且阻止其二聚化或阻止其結合於MUC1*之抗體為治療抗癌劑。在一較佳具體實例中，結合於人類NME7之抗體為治療抗癌劑。由於NME7在成體細胞中不高度表現，但在早期胚胎幹細胞及癌細胞中高度表現，此等抗體為較佳的。在另一較佳具體實例中，結合於人類NME7且阻止其結合於MUC1*之抗體為治療抗癌劑。結合於細菌性NME之抗體亦可為用於攜有表現與人類NME1或人類NME7具有高序列同源性之NME蛋白之細菌之患者的強力治療劑且因此能夠結合於人類 NME1二聚體或人類NME7結合於之標靶，包括(但不限於)其結合於MUC1*或PSMGFR肽且使其二聚化之能力。

可在治療上使用以治療或預防患者中之癌症或其他微生物 NME相關疾病之抗體可選自滿足以下標準中之任一者或其組合之群：1)能夠結合於細菌性或微生物NME或人類NME7；或2)能夠結合於細菌性或微生物NME或人類NME7，但不結合於人類NME1或NME2；或3)能夠抑制微生物NME或人類NME7與人類細胞之結合；或4)能夠抑制微生物NME或人類NME7與MUC1*之結合；或5)當結合於微生物NME或人類NME7時，抑制微生物NME或人類NME7與MUC1*或PSMGFR肽之結合；或6)能夠抑制微生物NME蛋白之二聚化。

在本發明之一個態樣中，治療抗體藉由殺死由身體中之外來生物體表現之NME或使其失能，但不殺死內源性人類NME或使其失能而用於治療或預防癌症。在本發明之另一態樣中，關於治療抗體結合於某些NME或NME7肽序列但不結合於其他者之能力產生或選擇治療抗體。在一較佳具體實例中，結合於序列與人類NME7及微生物NME相同，或與人類NME7及微生物NME相同但與人類NME1不相同之肽之抗體為用於治療或預防癌症或其他NME相關疾病之抗體。在另一較佳具體實例中，預防微生物NME之二聚化但不預防人類NME1之二聚化之抗體為用於治療或預防癌症或其他NME相關疾病之抗體。

如先前所述，吾人發現與人類NME蛋白，尤其為NME1或人類NME7，且特定言之NDPK域中及周圍之該等蛋白具有高序列同源性之細菌性及微生物NME蛋白可模擬人類NME1及人類NME7且可與其起相同作用。舉例而言，微生物NME蛋白可如同其人類同系物地促進多能性、將體細胞恢復至幹樣或癌樣之較不成熟狀態且可將癌細胞轉化為高度轉移性癌症幹細胞。因此，疑似藉助於微生物NME蛋白與疾病(包括一些類型之癌症)中所涉及之人類NME之同源性開發結合於微生物NME蛋白之藥劑將為治療上適用的。結合於微生物NME之藥劑包括抗體。抗NME抗體結合於NME且抑制其與其結合搭配物之相互作用。在一較佳具體實例中，NME之結合搭配物為MUC1*之細胞外域，其包含於PSMGFR肽之序列之大部分中。可藉由熟習此項技術者已知之標準方法產生用於治療或預防癌症之抗NME抗體，其中彼等方法用於產生識別揭示於本申請案中之各種NME肽之抗體或抗體樣分子。抗體可為多株、單株或雙特異性、單鏈抗體片段，諸如scFv、IgG、IgM。抗體可為人類化、嵌合或全人類抗體。

抗體或其片段可共軛至其他分子。抗體片段所稠合之分子可為毒劑、免疫系統之分子或將補充患者之免疫系統之分子。用於產生抗體之免疫原或抗原可為衍生自NME蛋白之肽片段。該等肽為合成的且較佳在C-端經半胱胺酸或其他允許肽耦合於刺激宿主產生將結合於肽之抗體之佐劑或載劑之試劑封端。或者，衍生自微生物NME蛋白之肽片段用作自庫選擇抗體或抗體片段之餌。在一較佳具體實例中，抗體結合於微生物NME且抑制其與其標靶之相互作用，該等標靶包括MUC1*細胞外域之PSMGFR區域。在一更佳具體實例中，其結合於微生物NME但不結合於人類NME。產生或選擇之抗體或抗體片段之選擇性將取決於選擇用於抗體產生或選擇之肽。在本發明之一個態樣中，結合於微生物NME之抗體為所需的，其中相比於人類NME，其偏好結合於微生物NME。在此狀況下，由SEQ ID NO：1-256及603-802內含有之序列組成之肽較佳，因為其由於其與人類NME1之低同源性而經選擇。對於治療抗體產生而言更佳的是序列包含在微生物與NME7之間的同源性重疊區域內與5種NME7抑制肽(SEQ ID NO：803-807)比對之胺基酸之微生物肽。自其產生之5種NME7抑制肽及抗體抑制NME1及NME7與其標靶MUC1*之結合且其微生物對應物可能產生抑制微生物NME與其標靶(包括MUC1*)之結合之抗體。滿足此目標之微生物肽包括(但不限於)SEQ ID NO：257-602及603-802。在另一態樣中，需要產生結合於微生物NME且不結合於人類NME1之抗體。在此狀況下，選擇與人類NME具有極小序列同源性或無序列同源性之肽用於抗體產生或抗體選擇。用於此目的之微生物肽列於SEQ ID NO：603-802中。在另一態樣中，需要產生結合於微生物NMEs以及人類NME7之抗體且由於NME7在除了睪丸之外的成體組織(或除非該組織為癌性的)中不表現，因此結合於人類NME7為可接受的。在此狀況下，選擇與人類NME7具有高同源性之微生物肽用於抗體產生或抗體選擇。此種微生物肽列於SEQ ID NO：257-602中。5種NME7抑制肽(SEQ ID NO：803-807)及其產生之抗體或由於與該等肽結合之能力而經選擇之抗體亦為適合的。在另一態樣中，需要產生結合於微生物NME之抗體，但不需要結合於NME7，因為其表現於睪丸中，因此不需要結合於人類NME7。在此狀況下，選擇鄰接於或側接SEQ ID NO：603-802中所列之肽之微生物肽，其中側接序列與人類NME7具有低同源性。

嵌合抗原受體移植NME肽之用途

隨後向患者投予NME肽呈現細胞以使得肽將免疫細胞靶向至MUC1*表現腫瘤細胞。嵌合抗原受體(CAR)為表現於免疫效應細胞，典型地T細胞，但亦可為抗原呈現細胞或抗原呈現細胞之前驅體(其可為白血球)之表面上之工程改造受體。第一代CAR由抗原結合域組成，其通常為衍生自單株抗體之單鏈抗體片段(例如scFV)，但可為肽，該肽稠合至跨膜域，後接CD3-ξ傳信域。scFv或靶向肽與其標靶結合搭配物之結合起始T細胞活化信號之轉導，導致靶細胞死亡。若所用細胞為抗原呈現細胞或其前驅體，則靶向抗體片段或肽之結合轉導該特定免疫細胞之傳信且將呈現結合搭配物之細胞靶向至免疫攻擊。跨膜結構域及傳信細胞質尾不必限制於CD3-ξ。最近，已製得含有衍生自共刺激蛋白受體之額外域之CAR，該額外域包括(但不限於)CD28、4-1BB(CD137)或OX40(CD134)。最近，已顯示當CAR包括另一額外共刺激域時，其為有效的。視需要，為建構CAR，將以下各者併入單分子中：1)將受體導引至細胞膜以表現於細胞表面上之信號肽；舉例而言，可使用T細胞表面醣蛋白CD8α鏈之信號肽；此外，可使用導引分子通過膜以用於表面表現之若干真核傳信肽中之任一者；2)抗原結合域，其可為細菌性或微生物NME肽或衍生自產生NME肽(在一較佳具體實例中，在MUC1*細胞外域之PSMGFR部分之情況下)之標靶之單株抗體之scFv的序列；許多將形成一類scFv之構築體為熟習此項技術者已知的，例如輕鏈及重鏈可變區與(GGGGS)x3連接子或類似物連接在一起；3)可視情況在scFv與跨膜區之間添加間隔子或連接子以促進有效抗原識別之靈活性，例如可使用CD8α鉸鏈域、IgG鉸鏈區、其他鉸鏈區或其他可撓性連接子；4)跨膜域，其通常衍生自包含諸如CD3-ξ之細胞內域之第一部分之相同蛋白；或者，跨膜域亦可衍生自CD8 α、CD28、 4-1BB(CD137)、OX40(CD134)或類似者；5)細胞內域為下一個，且CAR構築體之此部分產生活化例如T細胞之免疫細胞、包括溶細胞活性及/或細胞激素分泌之反應的特異性信號；細胞內域可由以下組成：CD3-ξ傳信域(溶細胞活性)；共刺激劑域，例如CD28、4-1BB(CD137)、OX40(CD134)或類似者及其組合；總體而言，細胞內域包含引發溶細胞活性、細胞激素活性及細胞增殖之域。例如T細胞、白血球抗原呈現細胞前驅體細胞或抗原呈現細胞之所用免疫細胞可來源於接受者或來自供體且例如藉由清除術(apheresis)、經PERCOLL梯度之離心或藉由陰性選擇分離。在分離及富集之後，使用諸如反轉錄病毒載體或豆狀病毒載體系統之多種方法使T細胞或抗原呈現細胞或其前驅體經遺傳修飾以表現CAR。T細胞或其他免疫細胞活化及擴增可在T細胞修飾之前或之後發生。在本發明的此態樣中，呈現於CAR免疫細胞上之NME肽結合於其結合搭配物，其可為位於另一細胞之表面上且將該細胞靶向至免疫系統攻擊之MUC1*之PSMGFR部分。在本發明之一態樣中，肽為對標靶比對人類NME具有較低結合親和力之微生物肽。以該種方式，微生物肽可在靶受體(其可為PSMGFR)與微生物NME之間競爭性地抑制結合，但將不抑制人類NME1之結合或至少將在較低程度上進行抑制。在此狀況下，SEQ ID NO：1-256中所列之微生物肽為適合的。 SEQ ID NO：257-602中所列之微生物肽為更適合的。SEQ ID NO：603-802中所列之微生物肽為更適合的。在另一態樣中，需要CAR細胞在關於其將抑制何種NME蛋白無偏見之情況下有效地阻斷靶受體。在此狀況下，與人類NME1或更佳與人類NME7具有最高同源性之微生物肽用作嵌合抗原受體之細胞外域的一部分。由於經證實的結合於MUC1*之能力而尤佳的為來源於人類NME7之肽，包括(但不限於)SEQ ID NO：803-807中所列之彼等肽序列。

診斷學

某些細菌、真菌、寄生蟲及其他微生物可引起或增加罹患癌症、不佳健康狀況或其他疾病(諸如阿狄森氏病(Addison's disease))之風險。吾人之研究表明一些微生物賦予此等不良作用之重要機制為其NME蛋白與人類NME蛋白具有高同源性。此允許微生物NME模擬人類NME且與人類NME之結合搭配物相互作用，其可誘發或加重癌症及其他疾病。任何將鑑別患者中之微生物、細菌、真菌或病原體之存在之測試將分辨患者是否經感染。若感染微生物具有與人類NME或更佳人類NME1或NME7具有高序列同源性之NME，則本發明之肽、抗體及其他治療組成物適合於治療攜有微生物之患者。測定以本發明之治療組成物治療患者之適合性之診斷測試可包括關於循環中較高位準之NME之測試。關於循環NME之較高位準之測試可偵測任何NME蛋白，或可對微生物NME具有特異性或可測試與NME1或NME7具有高同源性之微生物NME蛋白之存在。使用具有SEQ ID NO：1-802之胺基酸序列中之任一者之微生物NME肽產生之抗體可用於診斷分析。患者中較高位準之微生物、真菌或細菌性NME蛋白表明患者已罹患由模擬人類NME蛋白之微生物NME蛋白導致之疾病或有罹患該疾病之風險。在一較佳具體實例中，該疾病為癌症。在其他情況下，諸如經真菌組織漿菌(histoplasma)感染，該疾病為組織漿菌病(Histoplasmosis)，亦稱作達林氏病(Darling's disease)或阿狄森氏病。

癌症可經作用於宿主內之人類標靶且劫持在成年體中應經調節或靜止之生長/生存機制之細菌性蛋白煽動。在一較佳具體實例中，細菌性蛋白活化之生長/生存機制為幹細胞生長或生存機制。因此，具有存在於體內之細菌性蛋白之人將患有癌症或具有罹患癌症之較大風險。可引起癌症之細菌性蛋白為能夠活化NME-MUC1傳信途徑之彼等蛋白。

觸發宿主中之致癌途徑之細菌性蛋白包括(但不限於)能夠引起MUC1裂解；能夠造成MUC1之聚集，包括經由其鏈間結合區(IBR)之自聚集之損失；能夠二聚裂解MUC1，其中MUC1之一些或所有PSMGFR序列為可接近的；能夠結合於MUC1*及/或引起其二聚化，特定言之經由對於MUC1之串聯重複序列基元為C端之MUC1之區域；能夠結合於人類NME1或NME7標靶，包括MUC1*、細胞內蛋白及核酸之核酸或蛋白。

在某些情況下，細菌性蛋白為與MUC1之IBR區域聚集且在此情況下破壞MUC1之IBR之自聚集之蛋白，其中IBR之該破壞可將一部分MUC1暴露於結合配位體。在更佳具體實例中，當破壞MUC1自聚集時變得暴露之區域含有一些或所有PSMGFR序列。在更佳具體實例中，引起或增加癌症風險之細菌性蛋白為人類NME(NM23)蛋白之同系物，其能夠執行人類NME蛋白之一些或所有功能。在最佳具體實例中，細菌性NME蛋白可起到與人類NME-H1或NME7類似的作用或結合於MUC1之PSMGFR區域。在最佳具體實例中，能夠引起、促進或增加罹患癌症風險之細菌性蛋白為以下NME蛋白：其可形成二聚體且可結合於MUC1*(其中MUC1*區域係藉由一些或所有PSMGFR序列定義)，然而，能夠在N-端擴展達12個胺基酸且能夠耐受5個或5個以上胺基酸取代，同時仍能夠結合於人類NME-H1或NME7。

因此，表明存在癌症或罹患癌症風險之診斷分析為能夠在患者樣品中偵測本文中描述為能夠引起、促進或增加罹患癌症風險之細菌性蛋白或核酸中之任一者之彼等分析。在較佳具體實例中，偵測存在癌症或癌症風險之分析將偵測能夠結合於MUC1之聚集部分之細菌性NME蛋白。或者，該分析可偵測編碼細菌性NME蛋白之核酸或編碼能夠結合於MUC1之聚集部分之蛋白之核酸的存在。

用於分析中之患者樣品可為患者之任何組織或體液樣品，包括(但不限於)血液、細胞、尿液、唾液、眼部流體、乳汁、糞便、組織、組織標本、針刺活檢體、頰部刮擦物、來自口部之刮片及其類似物。

細菌性NME蛋白用於試管內幹細胞培養之用途

儘管起到與人類NME蛋白類似的作用之細菌性NME蛋白可引起癌症風險，但其由於其二聚體形式之增強之穩定性而對於試管內培養幹細胞為理想的。因此，能夠結合於人類MUC1*且使其二聚化之細菌性NME或NME7可用於培養人類幹細胞或癌細胞，包括迄今為止無法在試管內長期培養的來自患者之原生癌細胞。

細菌性與人類NME蛋白之間的序列同源性

在本發明之一個態樣中，衍生自細菌性NME之肽用於使宿主免疫以產生識別細菌性NME且由此抑制其致癌活性或促疾病活性之抗體。

在本發明之另一態樣中，細菌性肽序列與人類NME1具有低同源性且因此，自該等肽產生之抗體偏好結合於細菌性NME(SEQ ID NO：1-256)。

如本文所用，將「低同源性」考慮為在任何兩個多肽之間的指示重疊區域中之一致性低於25%、30%、25%、20%、15%、10%或5%。特定言之，兩個比較之多肽可為相比於人類NME1之候選微生物或細菌性NME。

在本發明之另一態樣中，細菌性肽序列與人類NME7-A或 NME7-B具有高同源性，且因此，自該等肽產生之抗體偏好結合於細菌性NME及人類NME7，其應於成體組織中具有有限(若存在)作用，除了在癌性組織中，在此情況下，需要抑制其活性(SEQ ID NO：257-602)。

如本文所用，將「高同源性」考慮為在任何兩個多肽之間的指示重疊區域中之序列一致性高於25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%或97%。

在本發明之另一態樣中，微生物肽序列與人類NME1具有低同源性但與人類NME7-A或NME7-B具有高同源性，且因此，自該等肽產生之抗體偏好結合於細菌性NME或人類NME7，其應於成體組織中具有有限(若存在)作用，除了在癌性組織中，在此情況下，需要抑制其活性(SEQ ID NO：603-802)。

在本發明之另一態樣中，人類肽序列與人類NME1具有低同源性但與人類NME7-A或NME7-B具有高同源性，且因此，自該等肽產生之抗體偏好結合於細菌性NME及人類NME7，其應於成體組織中具有有限(若存在)作用，除了在癌性組織中，在此情況下，需要抑制其活性(SEQ ID NO：803-807)。基於人類NME7、人類NME1及某些微生物NME之序列同源性比對，已鑑別在將人類NME7結合於其結合標靶MUC1*中起重要作用之NME7肽。試管內實驗表明此等肽阻止NME1及NME7與MUC1*細胞外域之PSMGFR肽之結合(圖35)。因此，此等肽適用於在微生物NME中搜尋類似肽。另外，此等肽適用於比對及定位存在與此等肽之高同源性之微生物NME中之區域以使得對應肽序列或側接序列可經鑑別且可用作治療性肽或免疫原以產生用於治療之抗體，或用作治療微生物NME相關疾病之疫苗，或用於併入至嵌合抗原受體中以表現於T細胞、免疫細胞或抗原呈現細胞或其前驅體中：NME7A肽1：MLSRKEALDFHVDHQS(SEQ ID NO：803)

NME7A肽2：SGVARTDASES(SEQ ID NO：804)

NME7B肽1：DAGFEISAMQMFNMDRVNVE(SEQ ID NO：805)

NME7B肽2：EVYKGVVTEYHDMVTE(SEQ ID NO：806)

NME7B肽3：AIFGKTKIQNAVHCTDLPEDGLLEVQYFF(SEQ ID NO：807)

可較佳於羧基端添加半胱胺酸「C」胺基酸以促進肽與另一分子之共價結合。除半胱胺酸以外，可添加能夠以任何方式促進肽之使用之其他胺基酸，諸如甲硫胺酸。另外，即使在羧基端或N-端無添加之胺基酸的情況下，肽亦可出於任何生化目的而經另一分子實體共價或非共價修飾。

鑑別免疫原性肽序列

在本發明之一個態樣中，以下肽中之一或多者用於產生選擇性地抑制細菌性NME但不抑制人類NME之藥劑。在本發明之另一態樣中，肽中之一或多者用於抑制細菌性及人類NME7。在本發明之另一態樣中，肽中之一或多者用於抑制人類NME7。在一種情況下，此等肽用於產生用於癌症預防或治療之藥劑。在本發明之一個態樣中，肽或來自肽之至少六(6)個鄰近胺基酸中之一或多者用於使人類對癌症免疫，其中肽可附接至如熟習此項技術者已知之佐劑或與其混合以產生較大免疫反應。在本發明之另一態樣中，肽或來自肽之至少六(6)個鄰近胺基酸中之一或多者用於產生隨後向人類投予以治療或預防癌症之抗體。抗體可為雙特異性、二價、單價IgG或IgM抗體或工程改造抗體樣肽。在本發明之另一態樣中，肽或來自肽之至少六(6)個鄰近胺基酸中之一或多者用於藥物篩選以鑑別結合於標靶NME蛋白且抑制該蛋白之化學或生物藥劑。

以下肽序列經鑑別為產生靶向細菌性NME但不靶向人類 NME1之抗體之免疫原性肽。緊接著跟隨之序列由於缺乏與人類NME1之序列同源性而經選擇。在各情況下，首先列舉衍生其之細菌之名稱，接著列舉最不同於人類NME1中之序列的肽序列。

細菌性鹽單胞菌屬HSP 593 NME1(與人類NME1具有41.4%一致性)

KAGLKIVAAKMLQLSQEQAEGFYAEH(SEQ ID NO：1)

KAGLKIVAAKMLQLSQ(SEQ ID NO：2)

GENAIAANRDLMGAT(SEQ ID NO：3)

ENAIAANRDLM(SEQ ID NO：4)

ADYAQSIDANAVHGS(SEQ ID NO：5)

YAQSIDA(SEQ ID NO：6)

PESAAREIAYFFEESEI(SEQ ID NO：7)

AREIAYFFEES(SEQ ID NO：8)

幽門螺旋桿菌(Helicobacter pylori)(與人類NME9具有42.2%一致性)

SNGLEVVAMKRLHLSVKDAENFYAIHRE(SEQ ID NO：9)

AMKRLHLSVKDAENFYAIHRE(SEQ ID NO：10)

KDAVVKNRELM(SEQ ID NO：11)

AESIDANAV(SEQ ID NO：12)

RNEIAFFFAAR(SEQ ID NO：13)

腸道沙門氏菌(Salmonella enterica)亞種鼠傷寒沙門菌(enterica serovar Typhi)菌株Ty2(與人類NME1具有42.4%一致性)

NAVAKNVIGSIFA(SEQ ID NO：14)

MLHLTVEQARGFYAEHDGK(SEQ ID NO：15)

YADSLTENGT(SEQ ID NO：16)

AFFFGEGEVCPR(SEQ ID NO：17)

腸道沙門氏菌亞種A型副傷寒沙門菌(enterica serovar Paratyphi A)菌株ATCC 9150(與人類NME1具有42.4%一致性

NAVAKNVI(SEQ ID NO：18)

MLHLTVEQARGFYAEHDGK(SEQ ID NO：19)

YADSLTENGT(SEQ ID NO：20)

AFFFGEGEVCPRTR(SEQ ID NO：21)

牛鏈球菌(Streptococcus bovis)(與人類NME1具有51.1%一致性)

TIEKLEMRMATPE(SEQ ID NO：22)

ITGVMSGNEVITSW(SEQ ID NO：23)

YAQAPDESGATFN(SEQ ID NO：24)

肺炎衣原體(與人類NME1具有43.8%一致性)

QTEAEGFYFVHRE(SEQ ID NO：25)

SKIEVVNASKPLV(SEQ ID NO：26)

毛氏黴形體(Mycoplasma moatsii)(與人類NME1具有47.1%一致性)

LEINALKIIL(SEQ ID NO：27)

DIHQNK(SEQ ID NO：28)

KRSIDKHTFTK(SEQ ID NO：29)

沙眼衣原體(與人類NME1具有43.1%一致性；)

AAMKMVHLSVKEAEGF(SEQ ID NO：30)

LQGENAVARNRELMGA(SEQ ID NO：31)

GESIGVNAV(SEQ ID NO：32)

大腸桿菌(Escherichia coli)(與人類NME1具有43.9%一致性)

NAVAKNVI(SEQ ID NO：33)

MLHLTVEQARGFYAEHDGK(SEQ ID NO：34)

YADSLTENGT(SEQ ID NO：35)

AYFFGEGEVCPR(SEQ ID NO：36)

口腔鏈球菌(Streptococcus oralis)(與人類NME1具有48.5%一致性)

KIEKLELLSKV(SEQ ID NO：37)

VGKSFYPPIRQF(SEQ ID NO：38)

AKAAGDNQAIQNVV(SEQ ID NO：39)

脆弱擬桿菌(Bacteroides fragilis)(與人類NME1具有41.5%一致性)

EKTLVILKPCTL(SEQ ID NO：40)

GMKMVQLTDEVLS(SEQ ID NO：41)

SHLSSKL(SEQ ID NO：42)

KDSMMTAPVIVCCFEGVDAIQAVRALAGPTNGRLAA(SEQ ID NO：43)

YSMSFQE(SEQ ID NO：44)

副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)(與人類NME1具有39.3%一致性)

IIAAKMVHLTEEQASGFYAEHEGKE(SEQ ID NO：45)

MVQVLEGEN(SEQ ID NO：46)

ARYRELMGKTNPEEA(SEQ ID NO：47)

AAGTLRADYALSMRHNSVHGS(SEQ ID NO：48)

海洋分支桿菌(Mycobacterium marinum)(與人類NME1具有43.5%一致性)

GLAIAALELRNVTEELASQ(SEQ ID NO：49)

PRAIAAFRQLAGGTDPVEKAT(SEQ ID NO：50)

海豚鏈球菌(Streptococcus iniae)(與人類NME1具有46.8% 一致性)

QVLERIERRGFVIEKLELR(SEQ ID NO：51)

DAAILRKHYDFLVDK(SEQ ID NO：52)

LLIGVLSGNRVVSSW(SEQ ID NO：53)

GQAPGDDGGIQNVV(SEQ ID NO：54)

嗜水氣單胞菌(Aeromonas hydrophila)(與人類NME1具有38.5%一致性)

LKVIAAKMLHMSSEQAAGFYAEHQGK(SEQ ID NO：55)

EEAIRRHREIMGA(SEQ ID NO：56)

KEALAGTLRACYAESID(SEQ ID NO：57)

炭疽芽孢桿菌(Bacillus Anthracis)(與人類NME1具有55.3%一致性)

ASEDLLKEHYVDLKDR(SEQ ID NO：58)

馬爾他布魯氏菌(Brucella melitensis)(與人類NME1具有43.1%一致性)

ASKRVWMSRREAEGFYAVH(SEQ ID NO：59)

AIAKNREVM(SEQ ID NO：60)

流產布魯氏菌(Brucella abortus)S19(與人類NME1具有42.1%一致性)

RVWMSRREAEGFYAVH(SEQ ID NO：61)

AIAKNREVM(SEQ ID NO：62)

KTFALSIGENSV(SEQ ID NO：63)

豬布魯氏菌生物2型(Brucella suis bv.2)(與人類NME1具有43.1%一致性)

ASKRVWMSRREAEGFYAVH(SEQ ID NO：64)

ENAIAKNREVM(SEQ ID NO：65)

KTFALSIGENSV(SEQ ID NO：66)

羊布魯氏菌(Brucella ovis)(與人類NME1具有42.1%一致性)

ASKRVWMSRREAEGFYTVH(SEQ ID NO：67)

AIAKNREVM(SEQ ID NO：68)

KTFALSIGENSV(SEQ ID NO：69)

鼻疽伯克霍爾德氏菌(Burkholderia mallei)ATCC 10399(與人類NME1具有36.2%一致性)

NAGLKIVAARMAHLSRADAEKFYAVHAE(SEQ ID NO：70)

EDAILKNRDLMGATDPKKAEK(SEQ ID NO：71)

ADSIDANAV(SEQ ID NO：72)

類鼻疽伯克霍爾德氏菌(Burkholderia pseudomallei)(與人類NME1具有36.2%一致性)

NAGLKIVAARMAHLSRADAEKFYAVHAE(SEQ ID NO：73)

MIQVLEGEDAILKNRDLMGATDPKKAEK(SEQ ID NO：74)

ADSIDANAV(SEQ ID NO：75)

鸚鵡熱衣原體(Chlamydia psittaci)6BC(與人類NME1具有41.4%一致性)

IAAMKMLHLSVKEAEGFYAVHKS(SEQ ID NO：76)

DNAVARNREIM(SEQ ID NO：77)

AQFGESIGINAV(SEQ ID NO：78)

霍亂弧菌(Vibrio cholera)(與人類NME1具有37.5%一致性)

KAGLQIIAAKMVHLSEEQASGFYAEHEGK(SEQ ID NO：79)

ENAIARYRELM(SEQ ID NO：80)

ADYALSMRYNSV(SEQ ID NO：81)

肉毒梭菌(Clostridium botulinum)(與人類NME1具有34.2%一致性)

SCYEANGLKVVEIKMMKATREIAEQHYSQHKGKD(SEQ ID NO：82)

EELIEFITGSPLCAMILTGEDAINKVRKIN(SEQ ID NO：83)

HRYARSKTENCV (SEQ ID NO：84)

產氣莢膜芽胞梭菌(Clostridium perfringens)(與人類NME1具有36.2%一致性)

LEVYEGAGLKIKAMEMKQINKDFAEKHYEEHRDKQ(SEQ ID NO：85)

EDAIDKIRSLNGA(SEQ ID NO：86)

RRFALSGTENSV(SEQ ID NO：87)

PKVFYEEICG(SEQ ID NO：88)

貝氏克柯斯體(Coxiella burnetii)(與人類NME1具有40.1%一致性)

AKNVIGQIYS(SEQ ID NO：89)

KAGLKIIAAKMCHLSKPQAEKFYAVH(SEQ ID NO：90)

AIVKNREIMGA(SEQ ID NO：91)

大腸桿菌O157：H7菌株SS17(與人類NME1具有41.1%一致性)

NAVAKNVIGNIFA(SEQ ID NO：92)

TKMLHLTVEQARGFYAEHDGK(SEQ ID NO：93)

ADYADSLTENGT(SEQ ID NO：94)

AYFFGEGEVCPRTR(SEQ ID NO：95)

土拉熱弗朗西斯氏菌(Francisella tularensis)(與人類NME1具有38.8%一致性)

KAGLRIIAAKMKHLSKAEAERFYAVH(SEQ ID NO：96)

AIAKNRELMGA(SEQ ID NO：97)

ADSIDANAV(SEQ ID NO：98)

RYFFSDTEIFG(SEQ ID NO：99)

普氏立克次體(Rickettsia prowazekii)(與人類NME1具有34.9%一致性)

VIKRNKIGQVNTYL(SEQ ID NO：100)

AQKMKFLTKYEAECFYDEHRA(SEQ ID NO：101)

LQVLKGEDAITLN(SEQ ID NO：102)

KDLGESIEANS(SEQ ID NO：103)

腸道沙門氏菌亞種鼠傷寒沙門菌(與人類NME1具有40.1% 一致性)

NAVAKNVIGSIFA(SEQ ID NO：104)

MLHLTVEQARGFYAEHDGK(SEQ ID NO：105)

YADSLTENGT(SEQ ID NO：106)

AFFFGEGEVCPRTR(SEQ ID NO：107)

弗氏志賀菌(Shigella flexneri)2002017(與人類NME1具有41.4%一致性)

NAVAKNVIGNIFA(SEQ ID NO：108)

TKMLHLTVEQARGFYAEHDGK(SEQ ID NO：109)

YADSLTENGT(SEQ ID NO：110)

AYFLRRRRSVPAHPLIIS(SEQ ID NO：111)

鮑氏志賀菌(Shigella boydii)Sb227(與人類NME1具有41.4%一致性)

NAVAKNVIGNIFA(SEQ ID NO：112)

TKMLHLTVEQARGFYAEHDGK(SEQ ID NO：113)

YADSLTENGT(SEQ ID NO：114)

AYFFGEGEVCPRTR(SEQ ID NO：115)

痢疾志賀菌(Shigella dysenteriae)Sd197(與人類NME1具有41.4%一致性)

NAVAKNVIGNIFA(SEQ ID NO：116)

MLHLTVEQARGFYAEHDGK(SEQ ID NO：117)

YADSLTENGT(SEQ ID NO：118)

AYFFGEGEVCPRTR(SEQ ID NO：119)

索氏志賀菌(Shigella sonnei)Ss046(與人類NME1具有41.4%一致性)

NAVAKNVIGNIFA(SEQ ID NO：120)

MLHLTVEQARGFYAEHDGK(SEQ ID NO：121)

YADSLTENGT(SEQ ID NO：122)

AYFFGEGEVCPRTR(SEQ ID NO：123)

金黃色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)亞種金色類群N315(與人類NME1具有51.3%一致性)

VPMELAETHYGEHQGK(SEQ ID NO：124)

YNDLISFITSA(SEQ ID NO：125)

EDAVNVSRHII(SEQ ID NO：126)

NENEITSYASPRDA(SEQ ID NO：127)

鼠疫耶爾森菌(Yersinia pestis)(與人類NME1具有38.8%一致性)

NAVANNDIGAIYA(SEQ ID NO：128)

KIIAAKMLHLTKEQAEGFYAEH(SEQ ID NO：129)

SDSFTANAV(SEQ ID NO：130)

AYFFAADEIFPRS(SEQ ID NO：131)

肺炎鏈球菌(Streptococcus pneumonia)(與人類NME1具有43.7%一致性)

TIEKLEFRS(SEQ ID NO：132)

VGQSFYPPIREFMT(SEQ ID NO：133)

LVGVISGTKVIEIW(SEQ ID NO：134)

AKAAEENEVIQ(SEQ ID NO：135)

奈瑟氏腦膜炎菌(Neisseria meningitides)(與人類NME1具有42.8%一致性)

GKNVIGKIYS(SEQ ID NO：136)

ENGLKIVAAKMKQLTLKEAQEFYAVH(SEQ ID NO：137)

LKNRELMGA(SEQ ID NO：138)

ATSVSINAV(SEQ ID NO：139)

流感嗜血桿菌(Haemophilus influenza)(與人類NME1具有40.1%一致性)

KIIASKMVRLTREQAEGFYAEHQGKE(SEQ ID NO：140)

ALSQRENSV(SEQ ID NO：141)

AYFFTDSEIFER(SEQ ID NO：142)

單核球增多性李氏菌(Listeria monocytogenes)(與人類NME1具有46.7%一致性)

IDRELAEKHYAEHIGKS(SEQ ID NO：143)

DEILSYQKAVDT(SEQ ID NO：144)

結核分支桿菌(Mycobacterium tuberculosis)H37Rv(與人類NME1具有40.5%一致性)

LTIAALQLRTVSAE(SEQ ID NO：145)

GSLLEFIT(SEQ ID NO：146)

TRAIAAVRQLA(SEQ ID NO：147)

ALETQFNLV(SEQ ID NO：148)

鮑氏不動桿菌(Acinetobacter baumannii)(與人類NME1具有42.8%一致性)

KAGLKIVATKMKHLSQADAEGFYAEH(SEQ ID NO：149)

AVSIDENAA(SEQ ID NO：150)

AYFFADNEICPRTR(SEQ ID NO：151)

溶組織內阿米巴(Entamoeba histolytica)(與人類NME1具有20.8%一致性)

CIRQAPITAVETLLKSINGGKLLCFEHHVVPTELAEQ(SEQ ID NO：152)

PKLLNFICNPNGVIV(SEQ ID NO：153)

EVFGPTFVEKAIQVECL(SEQ ID NO：154)

DYFKIELNEEKAKKAFDEYKAKYDGKYKCDVSKVRDIVKKIRADSGEYVNAMKELSD(SEQ ID NO：155)

薰煙色麴菌(Aspergillus fumigatus)變種RP-2014(與人類NME1具有46.5%一致性)

MSVERALVLAKPDAVCIRQAPITAVETLLKSINGGKLLCFEHHVVPTELAEQHYEEHKGK(SEQ ID NO：156)

AMKLVSPPQSQLEQ(SEQ ID NO：157)

肺炎嗜衣原體(Chlamydophila pneumoniae)TW-183(與人類NME1具有40.1%一致性)

IAAMKMMHLSQTEAEGFYFVHRE(SEQ ID NO：158)

SRNRELMGA(SEQ ID NO：159)

GESIGVNAV(SEQ ID NO：160)

SKIEVVNASKPLV(SEQ ID NO：161)

嗜肺性退伍軍人桿菌(Legionella pneumophila)(與人類NME1具有41.4%一致性)

KAGLDIVAAKMAQLSREQAENFYDIHRA(SEQ ID NO：162)

ADSIDANAV(SEQ ID NO：163)

麻風分支桿菌(Mycobacterium leprae)(與人類NME1具有39.9%一致性)

LTIAALELRQVGEELASQHYAEHESK(SEQ ID NO：164)

PRAVAAVRQLT(SEQ ID NO：165)

LALETQFNLV(SEQ ID NO：166)

伯氏疏螺旋體(Borrelia burgdorferi)(與人類NME1具有32%一致性)

SMLLQKTLCIV(SEQ ID NO：167)

RVGLKMVAAKMLIVD(SEQ ID NO：168)

IVFRHSEAVWNS(SEQ ID NO：169)

VESIEVVRKLC(SEQ ID NO：170)

SYHSFKYSNEKGFSIY(SEQ ID NO：171)

KDNEILNYKRDDECEHYYC(SEQ ID NO：172)

肺炎克雷伯氏桿菌(Klebsiella pneumoniae)909957(與人類 NME1具有42.1%一致性)

NAVAKNVIGSIFS(SEQ ID NO：173)

MLHLTVEQARGFYAEHEG(SEQ ID NO：174)

YADSFTENGT(SEQ ID NO：175)

AFFFAEGEVCPRTR(SEQ ID NO：176)

屎腸球菌(Enterococcus faecium)(與人類NME1具有46.1%一致性)

LAIAEMKFETMTPE(SEQ ID NO：177)

LVGEEVIDIV(SEQ ID NO：178)

YALPGTE(SEQ ID NO：179)

ARFFPPFDINKPSEKAAK(SEQ ID NO：180)

綠膿桿菌(Pseudomonas aeruginosa)(與人類NME1具有40.1%一致性)

REAGGFYAEH(SEQ ID NO：181)

EDAIAKNRELMGATDPKKADA(SEQ ID NO：182)

AVSIDENAV(SEQ ID NO：183)

EIAYFFAATEVCERIR(SEQ ID NO：184)

莢膜阿耶羅菌(Ajellomyces capsulatus)(菌株H143)(與人類NME1具有64.5%一致性)

SRGYKLAAIKLVTPSKEHLEK(SEQ ID NO：185)

莢膜組織胞漿菌(Histoplasma capsulatum)(與人類NME1具有63.8%一致性)

SRGYKLAAIKLVTPSKEHLEK(SEQ ID NO：186)

新型隱球菌(Cryptococcus neoformans)變種格盧必(grubii)H99(與人類NME1具有62.1%一致性)

LHTPTKEHLEK(SEQ ID NO：187)

GINQYKLSSQA(SEQ ID NO：188)

新型隱球菌變種新生隱球菌(neoformans)JEC21(與人類NME1具有23.3%一致性)

MFANSLRQGLRTASRSSARAFSTIPARAPRTNVVGALALGTAVAGYALYETTRSPVMLEGARTIAGEKGTVTERSFVMIKPDGVSRQLVGKASPTLPVSLVALGRSDETGSSPALRVCAF(SEQ ID NO：189)

LGPITDIHPPFPAFATPKNSIKSLTP(SEQ ID NO：190)

粗球孢子菌(Coccidioides immitis)RS(與人類NME1具有61.4%一致性)

LVSPSKEHLEK(SEQ ID NO：191)

SEGELIKYKHSQH(SEQ ID NO：192)

白色念珠菌(Candida albicans)WO-1(與人類NME1具有63.8%一致性)

ISSILG(SEQ ID NO：193)

EYKPALFG(SEQ ID NO：194)

黃麴菌(Aspergillus flavus)NRRL3357(與人類NME1具有64.3%一致性)

LCSPSKEHLEQ(SEQ ID NO：195)

QKYKHSQFD(SEQ ID NO：196)

泰國肝吸蟲(Opisthorchis viverrini)(與人類NME1具有17.6%一致性)

MGNNACAAMRELVGGPSGPEKGTNLVSSKDLLVFATDPESSSTQAEMIFGNPGGPRFRGSPRLKGT(SEQ ID NO：197)

IGSVWTAIRER(SEQ ID NO：198)

CISAARLYRLSKADAAEFLEVYKGVAHEYPEMLDQLA(SEQ ID NO：199)

NLRVWGRKWRRVKGASLGLAGNLTNQGMPSFGPCPARDIRPND(SEQ ID NO：200)

SVWTAIRERGFCISAARLYRLSKADAAEFLEVYKGVAHEYPEMLDQLA(SEQ ID NO：201)

LEIATME(SEQ ID NO：202)

PVDPEIAKFLR(SEQ ID NO：203)

泰國肝吸蟲(與人類NME1具有62.5%一致性)NDPk_I

RKHYEAHVNK(SEQ ID NO：204)

KQTSKPWLHE(SEQ ID NO：205)

在含133個胺基酸之重疊部分(495-625：5-134)中一致性為35.3%之泰國肝吸蟲TXNDC3及TXNDC6(NME8，NME9)；評分：229 E(10000)：HVAARKDTQLDEKLAAQLYENV(SEQ ID NO：206)

LTREDAIAGWRKLM(SEQ ID NO：207)

DKAAEEAPAS(SEQ ID NO：208)

在含138個胺基酸之重疊部分(182-318：5-138)中一致性為30.4%之泰國肝吸蟲TXNDC3及TXNDC6(NME8，NME9)；評分：168 E(10000)：ISIIRRISHTFTKQEAE(SEQ ID NO：209)

SEILLCAKGA(SEQ ID NO：210)

VIGELKGLVGPAISETLVKE(SEQ ID NO：211)

AKYASDKI(SEQ ID NO：212)

在含125個胺基酸之重疊部分(371-495：24-137)中一致性為27.2%之泰國肝吸蟲TXNDC3及TXNDC6(NME8，NME9)；評分：12

VVASQKEITL(SEQ ID NO：213)

KEQAEDYYKEHRGETY(SEQ ID NO：214)

CLALLLARQDA(SEQ ID NO：215)

ATAPESLRAQYVSEDEEDMAD(SEQ ID NO：216)

在含134個胺基酸之重疊部分(99-230：5-135)中一致性為30.6%之泰國肝吸蟲；評分：209 E(10000)：NQFFIIQKRRVHLTPEQASELYAEHYGKM(SEQ ID NO：217)

MSWQKLIGPANSVKARSLVPTSLRALYGTDDQQNAL(SEQ ID NO：218)

在含131個胺基酸之重疊部分(934-1064：7-129)中一致性為28.2%之華支睾吸蟲(Clonorchis sinensis)；評分：119 E(10000)：CISAARLYRLSKADAAEFLEVYKGVAHEYPEMLDQLAC(SEQ ID NO：219)

FREFVGPLDPEIAKFLR(SEQ ID NO：220)

AKFGVDKIHNAV(SEQ ID NO：221)

在含146個胺基酸之重疊部分(157-301：1-141)中一致性為27.4%之華支睾吸蟲；評分：156 E(10000)：IVQYVEQRMREADLSILCQGVFRMSRSQAESF(SEQ ID NO：222)

IGVYVLRGVDAIARWRAL(SEQ ID NO：223)

KVYRAVVSEPDSL(SEQ ID NO：224)

QFFFPSLRIND(SEQ ID NO：225)

埃及血吸蟲(Schistosoma haematobium)(14.9%)NME5

KRRVHLTPEQASEFYAEHYGKI(SEQ ID NO：226)

IEVLVIARENAISILHELIGPQNSFKAKATAPASLRAIYGTDDQQ(SEQ ID NO：227)

RFFFPDMIVAPIPVRLAAKDYLVRNVNPTLLKGLTELCKQKPKDPVLWLADWLLENNPNKPHPIDMVTS(SEQ ID NO：228)

埃及血吸蟲(23.9%)NME6

FINYRKYVESVMSDAQLQIIHNEEVFMTRDRAQV(SEQ ID NO：229)

LGVYILSGNDAISVWRSL(SEQ ID NO：230)

KVYRTVVFEPNSL(SEQ ID NO：231)

KFFFPNFNCESILSDL(SEQ ID NO：232)

在含137個胺基酸之重疊部分(116-252：7-135)中一致性為724.8%之埃及血吸蟲NME；評分：118 E(10000)： SVTAASLHRLSKADSADFLEVYKGVVQEYPEMLDHLS(SEQ ID NO：233)

IALEIDIPDPNVDVHQAFREFAGPIDPEIAKYLR(SEQ ID NO：234)

ARFGVNKVK(SEQ ID NO：235)

埃及血吸蟲(與人類NME1具有59.9%一致性)NME1/2

RRGYK(SEQ ID NO：236)

RKVIEN(SEQ ID NO：237)

CQYKQAVDP(SEQ ID NO：238)

在含133個胺基酸之重疊部分(12-142：5-134)中一致性為529.3%之日本血吸蟲(Schistosoma japonicum)；評分：179 E(10000)：IIHYADKIEEFILG(SEQ ID NO：239)

SIIQKRHVHLTPEQASEFYAEHYGKISFPTI(SEQ ID NO：240)

IEVLIIARENAISIWREL(SEQ ID NO：241)

PQNVLKAKVIAPESLRAVYGTDDQQNGL(SEQ ID NO：242)

在含133個胺基酸之重疊部分(469-599：5-134)中一致性為32.3%之日本血吸蟲；評分：208 E(10000)：1e-

HVAARKETTLTRDMAKKL(SEQ ID NO：243)

LTRRDAISGWRQLMGP(SEQ ID NO：244)

NESSDESSESIRSIYGRDIL(SEQ ID NO：245)

SNPEDVQRIQNLL(SEQ ID NO：246)

在含136個胺基酸之重疊部分(157-292：5-134)中一致性為 25.7%之日本血吸蟲；評分：176 E(10000)：EELKKRGIEILEKQEHLFTTEEAEIFYENVR(SEQ ID NO：247)

CALKDKQGIIEELKALIGPSISESDLDENKE(SEQ ID NO：248)

AKYATGLVKNA(SEQ ID NO：249)

在含149個胺基酸之重疊部分(325-472：5-140)中一致性為28.2%之日本血吸蟲

VAVLRPQAYELYKDK(SEQ ID NO：250)

LSKKQAEEYYKEHVGQ(SEQ ID NO：251)

LLLAREDAVAKWRE(SEQ ID NO：252)

NASAEMRSKQTEEINLL(SEQ ID NO：253)

ADEHEVERDVNMFFPV(SEQ ID NO：254)

日本血吸蟲(60.5%)

RRGYKLIAVKMIH(SEQ ID NO：255)

CRYEQGINT(SEQ ID NO：256)

將以下肽序列鑑別為產生靶向細菌NME之抗體之免疫原性肽。緊接著跟隨之序列與MUC1*結合中所牽涉之人類NME7肽同源。在各情況下，首先列舉衍生其之細菌之名稱，接著列舉肽序列。

腸道沙門氏菌亞種鼠傷寒沙門菌菌株Ty2 LHLTVEQARGFYAEHDGK(SEQ ID NO：257)

ATNPANALAGTL(SEQ ID NO：258)

KIVGTKMLHLTVEQARG(SEQ ID NO：259)

AEHDGKPFFDGLVEF(SEQ ID NO：260)

DYADSLTENGTHGSDSLESAQREIAF(SEQ ID NO：261)

腸道沙門氏菌亞種A型副傷寒沙門菌菌株ATCC 9150

LHLTVEQARGFYAEHDGK(SEQ ID NO：262)

ATNPANALAGTL(SEQ ID NO：263)

KIVGTKMLHLTVEQARG(SEQ ID NO：264)

AEHDGKPFFDGLVEF(SEQ ID NO：265)

ADYADSLTENGTHGSDSLESAQREIAF(SEQ ID NO：266)

牛鏈球菌ATCC 700338

MATPELLEKHYADLVD(SEQ ID NO：267)

PKEALPGTIRGDY(SEQ ID NO：268)

ERRGFTIEKLEMRMATPELLEKH(SEQ ID NO：269)

ADLVDR-PFFPLIVDF(SEQ ID NO：270)

GDYAQAPDESGATFNIV(SEQ ID NO：271)

HGSDSPESVEREIALWF(SEQ ID NO：272)

肺炎衣原體

HLSQTEAEGFYFVHRE(SEQ ID NO：273)

PAEA---ASGT(SEQ ID NO：274)

SIFEQSGLRIAAMKMMHLSQTEAEG(SEQ ID NO：275)

FVHRER-PFFQELVDF(SEQ ID NO：276)

AKFGESIGVNAVHGSDTLENAAVEIA(SEQ ID NO：277)

毛氏黴形體

IILASKEQAKKHYDIHQNK(SEQ ID NO：278)

TDPTKSQPGT(SEQ ID NO：279)

ERKGLEINALKIILASKEQAKKH(SEQ ID NO：280)

DIHQNK-PFFEDLVKYIC(SEQ ID NO：281)

GDFSSDVRLNLIHTADAIERAKYEISIYF(SEQ ID NO：282)

沙眼衣原體

VHLSVKEAEGFYVVHKE(SEQ ID NO：283)

PKEA---AEG(SEQ ID NO：284)

IAIFEKSGLRIAAMKMVHLSVKEAEG(SEQ ID NO：285)

VVHKER-PFFQELVDF(SEQ ID NO：286)

LFGESIGVNAVHGSDSLENAAIEVS(SEQ ID NO：287)

大腸桿菌

LHLTVEQARGFYAEHDGK(SEQ ID NO：288)

PANA---LAGTL(SEQ ID NO：289)

FARFEAAGFKIVGTKMLHLTVEQARGFYAEHD(SEQ ID NO：290)

AEHDGK-PFFDGLVEF(SEQ ID NO：291)

DYADSLTENGTHGSDSVESAAREIA(SEQ ID NO：292)

口腔鏈球菌ATCC 49296

ELLSKVSKDLIDQHYQDLVGKS(SEQ ID NO：293)

ATRPEEALPGTIRGDFAK(SEQ ID NO：294)

QRMEQRGFKIEKLELLSKVSKDLIDQH(SEQ ID NO：295)

QDLVGK-SFYPPIRQF(SEQ ID NO：296)

GDFAKAAGDNQAIQNVVHGSDSEASAKREIALWF(SEQ ID NO：297)

脆弱擬桿菌

VQLTDEVLSEHYSHLSSKL(SEQ ID NO：298)

GRLA---APGT(SEQ ID NO：299)

TRRFERKGLRLAGMKMVQLTDEVLS(SEQ ID NO：300)

SHLSSKLF-FQRVKDS(SEQ ID NO：301)

GDYSMSFQENIVHTSDSPETAAVELNR(SEQ ID NO：302)

副溶血弧菌

VHLTEEQASGFYAEHEGKE(SEQ ID NO：303)

PEEA---AAGTL(SEQ ID NO：304)

EKAGLRIIAAKMVHLTEEQASG(SEQ ID NO：305)

AEHEGK-EFFQPLKEF(SEQ ID NO：306)

DYALSMRHNSVHGSDSPESAAREIEF(SEQ ID NO：307)

海洋分支桿菌

ELRNVTEELASQHYAEHEGK(SEQ ID NO：308)

GTDPVEKATPGT(SEQ ID NO：309)

ERKGLAIAALELRNVTEELASQH(SEQ ID NO：310)

AEHEGKPF-FGSLLEFIT(SEQ ID NO：311)

GDFGLETQFNLVHGSDSAESAQREIALWF(SEQ ID NO：312)

海豚鏈球菌

ELRQADAAILRKHYDFLVDK(SEQ ID NO：313)

PKDALPGTIRGDFGQ(SEQ ID NO：314)

ERRGFVIEKLELRQADAAILRKH(SEQ ID NO：315)

D-FLVDKPFFPEIEAY(SEQ ID NO：316)

GDFGQAPGDDGGIQNVVHGSDSIDAARREIDIWF(SEQ ID NO：317)

嗜水氣單胞菌

LHMSSEQAAGFYAEHQGK(SEQ ID NO：318)

PKEA---LAGTL(SEQ ID NO：319)

YNRFESAGLKVIAAKMLHMSSEQAAG(SEQ ID NO：320)

AEHQGK-PFYDGLVSF(SEQ ID NO：321)

CYAESIDRNAVHGSDAPASAAREIA(SEQ ID NO：322)

炭疽芽孢桿菌

QVTPEIAGQHYAEHEEK(SEQ ID NO：323)

KTRPHEA---APGT(SEQ ID NO：324)

VARFEKKGFQLVGAKLMQVTPEIAGQH(SEQ ID NO：325)

AEHEEK-PFFGELVDFIT(SEQ ID NO：326)

GDFGVTVAKNIIHGSDSLESAEREIGI(SEQ ID NO：327)

馬爾他布魯氏菌生物變型1菌株16M

RVWMSRREAEGFYAVHKD(SEQ ID NO：328)

ATNPANADEG---T(SEQ ID NO：329)

IAKLEEAGLRVVASKRVWMSRREAEG(SEQ ID NO：330)

AVHKDR-PFFGELVEF(SEQ ID NO：331)

KAFALSIGENSVHGSDAPETAAEEIAYWF(SEQ ID NO：332)

流產布魯氏菌S19

RVWMSRREAEGFYAVHKD(SEQ ID NO：333)

ATNPANADEG---T(SEQ ID NO：334)

IAKLEEAGLRVVASKRVWMSRREAEG(SEQ ID NO：335)

AVHKDR-PFFGELVEF(SEQ ID NO：336)

KTFALSIGENSVHGSDAPETAAEEIAYWF(SEQ ID NO：337)

豬布魯氏菌生物變型2

RVWMSRREAEGFYAVHKD(SEQ ID NO：338)

ATNPANADEG---T(SEQ ID NO：339)

IAKLEEAGLRVVASKRVWMSRREAEG(SEQ ID NO：340)

AVHKDR-PFFGELVEF(SEQ ID NO：341)

KTFALSIGENSVHGSDAPETAAEEIAYWF(SEQ ID NO：342)

羊布魯氏菌

RVWMSRREAEGFYTVHKD(SEQ ID NO：343)

ATNPANADEG---T(SEQ ID NO：344)

IAKLEEAGLRVVASKRVWMSRREAEG(SEQ ID NO：345)

TVHKDR-PFFGELVEF(SEQ ID NO：346)

KTFALSIGENSVHGSDAPETAAEEIAYWF(SEQ ID NO：347)

鼻疽伯克霍爾德氏菌ATCC 10399

VAARMAHLSRADAEKFYAVHAE(SEQ ID NO：348)

ATDPKKAEKG---T(SEQ ID NO：349)

YSRFENAGLKIVAARMAHLSRADAEK(SEQ ID NO：350)

AVH-AERPFFKDLVDF(SEQ ID NO：351)

ADFADSIDANAVHGSDAPETARAEVAF(SEQ ID NO：352)

類鼻疽伯克霍爾德氏菌

VAARMAHLSRADAEKFYAVHAE(SEQ ID NO：353)

ATDPKKAEKG---T(SEQ ID NO：354)

YSRFENAGLKIVAARMAHLSRADAEK(SEQ ID NO：355)

AVH-AERPFFKDLVDF(SEQ ID NO：356)

ADFADSIDANAVHGSDAPETARAEVAF(SEQ ID NO：357)

鸚鵡熱衣原體6BC

LHLSVKEAEGFYAVHKS(SEQ ID NO：358)

ATNPQEA---AQGT(SEQ ID NO：359)

IAIFEKSGFRIAAMKMLHLSVKEAEG(SEQ ID NO：360)

AVHKSR-PFFQELVDF(SEQ ID NO：361)

AQFGESIGINAVHGSDSLENAAIEIN(SEQ ID NO：362)

霍亂弧菌

VHLSEEQASGFYAEHEGK(SEQ ID NO：363)

KTNPEEA---ACGTL(SEQ ID NO：364)

EKAGLQIIAAKMVHLSEEQASG(SEQ ID NO：365)

AEHEGK-PFFEPLKEF(SEQ ID NO：366)

ADYALSMRYNSVHGSDSPASAAREIEF(SEQ ID NO：367)

肉毒梭菌

KATREIAEQHYSQHKGKD(SEQ ID NO：368)

ATSPDDAEEG---T(SEQ ID NO：369)

ISCYEANGLKVVEIKMMKATREIAEQH(SEQ ID NO：370)

SQHKGK-DFFEELIEFITGS(SEQ ID NO：371)

HRYARSKTENCVHASDNAESAEAELKLWF(SEQ ID NO：372)

產氣莢膜芽胞梭菌

KQINKDFAEKHYEEHRDKQ(SEQ ID NO：373)

ATNPEKAEFG---T(SEQ ID NO：374)

EVYEGAGLKIKAMEMKQINKDFAEKH(SEQ ID NO：375)

EEHRDK-QFFNSLIKYITRS(SEQ ID NO：376)

RRFALSGTENSVHASDSIESAEKEIKLWFPKVFY(SEQ ID NO：377)

貝氏克柯斯體

HLSKPQAEKFYAVHKD(SEQ ID NO：378)

ATNPKEALPG---T(SEQ ID NO：379)

YSRFEKAGLKIIAAKMCHLSKPQAE(SEQ ID NO：380)

AVHKDR-PFYPDLVKF(SEQ ID NO：381)

ADFADSIDANAVHGSDGPETAKEEIAF(SEQ ID NO：382)

大腸桿菌O157：H7菌株SS17

LHLTVEQARGFYAEHDGK(SEQ ID NO：383)

PANA---LAGTL(SEQ ID NO：384)

(SEQ ID NO：385)

AEHDGK-PFFDGLVEF(SEQ ID NO：386)

ADYADSLTENGTHGSDSVESAAREIA(SEQ ID NO：387)

土拉熱弗朗西斯氏菌

KHLSKAEAERFYAVHKD(SEQ ID NO：388)

ATNPKEAKAG---T(SEQ ID NO：389)

YSRFEKAGLRIIAAKMKHLSKAEAER(SEQ ID NO：390)

AVHKDR-PFFSALVEF(SEQ ID NO：391)

ADFADSIDANAVHGSDAEDTAAQEIR(SEQ ID NO：392)

普氏立克次體

KFLTKYEAECFYDEHRA(SEQ ID NO：393)

ATNPAEAKEG---T(SEQ ID NO：394)

QVNTYLENAGLKIVAQKMKFLTKYEAEC(SEQ ID NO：395)

DEHRAR-PFFNSLVEYIT(SEQ ID NO：396)

KDLGESIEANSIHGSDSENSAKREIKF(SEQ ID NO：397)

腸道沙門氏菌亞種鼠傷寒沙門菌

LHLTVEQARGFYAEHDGK(SEQ ID NO：398)

ATNPANA---LAGTL(SEQ ID NO：399)

FARFEAAGFKIVGTKMLHLTVEQARG(SEQ ID NO：400)

AEHDGK-PFFDGLVEF(SEQ ID NO：401)

ADYADSLTENGTHGSDSLESAQREIAF(SEQ ID NO：402)

弗氏志賀菌2002017

LHLTVEQARGFYAEHDGK(SEQ ID NO：403)

ATNPANALAG---TL(SEQ ID NO：404)

FARFEAAGFKIVGTKMLHLTVEQARG(SEQ ID NO：405)

AEHDGK-PFFDGLVEF(SEQ ID NO：406)

ADYADSLTENGTHGSDSVESAAREIAYFL(SEQ ID NO：407)

鮑氏志賀菌Sb227

LHLTVEQARGFYAEHDGK(SEQ ID NO：408)

ATNPANA---LAGTL(SEQ ID NO：409)

FARFEAAGFKIVGTKMLHLTVEQARG(SEQ ID NO：410)

AEHDGK-PFFDGLVEF(SEQ ID NO：411)

ADYADSLTENGTHGSDSVESAAREIA(SEQ ID NO：412)

痢疾志賀菌Sd197

LHLTVEQARGFYAEHDGK(SEQ ID NO：413)

ATNPANA---LAGTL(SEQ ID NO：414)

FARFEAAGFKIVGTKMLHLTVEQARG(SEQ ID NO：415)

AEHDGK-PFFDGLVEF(SEQ ID NO：416)

ADYADSLTENGTHGSDSVESAAREIA(SEQ ID NO：417)

索氏志賀菌Ss046

LHLTVEQARGFYAEHDGK(SEQ ID NO：418)

ATNPANA---LAGTL(SEQ ID NO：419)

FARFEAAGFKIVGTKMLHLTVEQARG(SEQ ID NO：420)

AEHDGK-PFFDGLVEF(SEQ ID NO：421)

ADYADSLTENGTHGSDSVESAAREIA(SEQ ID NO：422)

金黃色葡萄球菌亞種金色類群N315

QVPMELAETHYGEHQG(SEQ ID NO：423)

STNPSEA---SPGS(SEQ ID NO：424)

ERKGLKLVGGKLMQVPMELAETH(SEQ ID NO：425)

GEHQGK-PFYNDLISFIT(SEQ ID NO：426)

GDLGLTVGRNIIHGSDSLESAEREINLWF(SEQ ID NO：427)

鼠疫耶爾森菌

LHLTKEQAEGFYAEHKG(SEQ ID NO：428)

ATNPDNA---LAGTL(SEQ ID NO：429)

YARFERAGFKIIAAKMLHLTKEQAEG(SEQ ID NO：430)

AEHKGR-PFFDGLVEF(SEQ ID NO：431)

ADFSDSFTANAVGSDAVESAQREIA(SEQ ID NO：432)

肺炎鏈球菌

EFRSQVSEELIDQHYQDLVGQS(SEQ ID NO：433)

ATRPEEALPGTIRGDFAK(SEQ ID NO：434)

EQRGFTIEKLEFRS--QVSEE(SEQ ID NO：435)

QHYQDLVGQSFYPPIREF(SEQ ID NO：436)

GDFAKAAEENEVIQNVVHGSDSEESAKREIALWF(SEQ ID NO：437)

奈瑟氏腦膜炎菌

KQLTLKEAQEFYAVHKD(SEQ ID NO：438)

ATNPSEA---AEGT(SEQ ID NO：439)

YSRFEENGLKIVAAKMKQLTLKEAQ(SEQ ID NO：440)

AVHKDR-PFYAGLVEF(SEQ ID NO：441)

ADFATSVSINAVHGSDSVENAALEIA(SEQ ID NO：442)

流感嗜血桿菌

VRLTREQAEGFYAEHQGKE(SEQ ID NO：443)

IGTTNP---ETAAEGT(SEQ ID NO：444)

TRFEQNGFKIIASKMVRLTREQAEG(SEQ ID NO：445)

AEHQGK-EFFAPLVEY(SEQ ID NO：446)

KDFALSQRENSVHGSDSIENANREIA(SEQ ID NO：447)

單核球增多性李氏菌

QIDRELAEKHYAEHIGKS(SEQ ID NO：448)

KTNPLEADPG---T(SEQ ID NO：449)

VTRIEKKGLKIVAGKLMQIDRELAEKH(SEQ ID NO：450)

AEHIGK-SFFEDLIGFIT(SEQ ID NO：451)

ADYAIHTNRNVIHGSDSPESAQREIQL(SEQ ID NO：452)

結核分支桿菌H37Rv

QLRTVSAELASQHYAEHEGK(SEQ ID NO：453)

GTDP-VQAAAPGT(SEQ ID NO：454)

ERKGLTIAALQLRTVSAELASQH(SEQ ID NO：455)

AEHEGK-PFFGSLLEFIT(SEQ ID NO：456)

GDFALETQFNLVHGSDSAESAQREIALWF(SEQ ID NO：457)

鮑氏不動桿菌

KHLSQADAEGFYAEHKE(SEQ ID NO：458)

ATNPKEA---APGT(SEQ ID NO：459)

FARFEKAGLKIVATKMKHLSQADAEG(SEQ ID NO：460)

AEHKER-GFFGDLVAF(SEQ ID NO：461)

ADFAVSIDENAAHGSDSVASAEREIA(SEQ ID NO：462)

溶組織內阿米巴

VVPTELAEQHYEEHKG(SEQ ID NO：463)

TFVEKAIQVECL(SEQ ID NO：464)

SINGGKLLCFEHHVVPTELAE(SEQ ID NO：465)

EEHKGKGFF(SEQ ID NO：466)

GKFGSCGGINCFHSSDSAESGARETKLWVDYF(SEQ ID NO：467)

薰煙色麴菌變種RP-2014

LVSPPQSQLEQHYADLSDK(SEQ ID NO：468)

ATNPLAS---APGT(SEQ ID NO：469)

ISRFENRGFKLVAMKLVSPPQSQLEQH(SEQ ID NO：470)

ADLSDK-PFFKGLVSY(SEQ ID NO：471)

GDFAIDVGRNVCHGSDSVENAKKEIALWF(SEQ ID NO：427)

肺炎嗜衣原體TW-183

HLSQTEAEGFYFVHRE(SEQ ID NO：473)

ATNPAEA---ASGT(SEQ ID NO：474)

SIFEQSGLRIAAMKMMHLSQTEAEG(SEQ ID NO：475)

FVHRER-PFFQELVDF(SEQ ID NO：476)

AKFGESIGVNAVHGSDTLENAAVEIA(SEQ ID NO：477)

嗜肺性退伍軍人桿菌

AQLSREQAENFYDIHRA(SEQ ID NO：478)

ATNPKEA---APGT(SEQ ID NO：479)

YTRFEKAGLDIVAAKMAQLSREQAEN(SEQ ID NO：480)

DIHRAR-PFFKDLVNF(SEQ ID NO：481)

ADFADSIDANAVHGSDSLENAAREIAF(SEQ ID NO：482)

麻風分支桿菌

ELRQVGEELASQHYAEHESK(SEQ ID NO：483)

GTDP--VEKAAPGT(SEQ ID NO：484)

AEHESK-PFFGSLLEF(SEQ ID NO：485)

GDLALETQFNLVH(SEQ ID NO：486)

GSDSTASAQREIALWF(SEQ ID NO：487)

伯氏疏螺旋體

LIVDESLAKKHYLYDDIVFRHS(SEQ ID NO：488)

IPGTIRGDFSYHS(SEQ ID NO：489)

SRFERVGLKMVAAKMLIVDESLAKKH(SEQ ID NO：490)

LYDDIVFRHSEAVWNSLIKF(SEQ ID NO：491)

GDFSYHSFKYSNEKGFSIYNVIHASANEADAMREIPIWF(SEQ ID NO：492)

肺炎克雷伯氏桿菌909957

LHLTVEQARGFYAEHEG(SEQ ID NO：493)

ATNPANA---LAGTL(SEQ ID NO：494)

FSRFEAAGFKIVGTKMLHLTVEQARG(SEQ ID NO：495)

AEHEGR-PFFDGLVEF(SEQ ID NO：496)

ADYADSFTENGTHGSDSVESAAREIAF(SEQ ID NO：497)

屎腸球菌

FETMTPELAKEHYQHLTE(SEQ ID NO：498)

ATKAADA---VPGT(SEQ ID NO：499)

IQRFEAKGLAIAEMKFETMTPELAKEH(SEQ ID NO：500)

Q-HLTERSFFDELIVY(SEQ ID NO：501)

GDYALPGTENIIHASDSRDAAVKEIAR(SEQ ID NO：502)

綠膿桿菌

VQLSEREAGGFYAEHKE(SEQ ID NO：503)

ATDP--KKADAG-T(SEQ ID NO：504)

TRFEKAGLRVVAAKMVQLSEREAGG(SEQ ID NO：505)

AEHKER-PFFKDLVSF(SEQ ID NO：506)

ADFAVSIDENAVHGSDSEASAAREIA(SEQ ID NO：507)

莢膜組織胞漿菌

LVTPSKEHLEKHYEDLSSK(SEQ ID NO：508)

PLAS---APGT(SEQ ID NO：509)

ISRFESRGYKLAAIKLVTPSKEHLEKH(SEQ ID NO：510)

EDLSSK-PFFKGLVTY(SEQ ID NO：511)

GDFAIDVGRNVCHGSDSVENAKKEIALWF(SEQ ID NO：512)

新型隱球菌變種格盧必H99

LHTPTKEHLEKHYSDLSSK(SEQ ID NO：513)

PLAS---APGT(SEQ ID NO：514)

IGRFEKRGFKLVALKLHTPTKEHLEKH(SEQ ID NO：515)

SDLSSK-PFFPRLVEY(SEQ ID NO：516)

GDYALQVGMNVCHGSDSVENGQKEIALWF(SEQ ID NO：517)

新型隱球菌變種新生隱球菌JEC21

SLTPSDALAKEHYADLSA(SEQ ID NO：518)

PLDA--DAG-S(SEQ ID NO：519)

AFATPKNSIKSLTPSDALAK(SEQ ID NO：520)

ADLSAR-PFYPSLVKYIT(SEQ ID NO：521)

GQYAVSVGRNLIHASDAFESATKEIGLWF(SEQ ID NO：522)

粗球孢子菌RS

LVSPSKEHLEKHYADLSDK(SEQ ID NO：523)

PLAS---APGT(SEQ ID NO：524)

ISRFENRGYKLVAMKLVSPSKEHLEKH(SEQ ID NO：525)

ADLSDK-PFFKGLVTY(SEQ ID NO：526)

GDYAIDVGRNVCHGSDSVENAKKEIALWF(SEQ ID NO：527)

白色念珠菌WO-1

LVQPTESLLRTHYEDLQSK(SEQ ID NO：528)

P---LQSAPGT(SEQ ID NO：529)

GRFEQRGFKLVGIKLVQPTESLLRTH(SEQ ID NO：530)

EDLQSK-PFFPSLLSY(SEQ ID NO：531)

GDFAIDMGRNVCHGSDSVESANKEIDLWF(SEQ ID NO：532)

黃麴菌NRRL3357

LCSPSKEHLEQHYADLSSK(SEQ ID NO：533)

ATNPLAS---APGT(SEQ ID NO：534)

ISRFENRGFKLAALKLCSPSKEHLEQH(SEQ ID NO：535)

ADLSSK-PFFPGLVSY(SEQ ID NO：536)

GDFAIDVGRNVCHGSDSVENAKKEIALWF(SEQ ID NO：537)

泰國肝吸蟲(NME7B)

SAARLYRLSKADAAEFLEVYKGVAHEYP(SEQ ID NO：538)

VDPEIAKFLRPQTL(SEQ ID NO：539)

ERGFCISAARLYRLSKADAA(SEQ ID NO：540)

EVYKGVAHEYPEMLDQ(SEQ ID NO：541)

AKFGIDKIRNAVHCTDLPEDAELENLRVW(SEQ ID NO：542)

泰國肝吸蟲(NME1)

HASDELLRKHYEAHVNK(SEQ ID NO：543)

ATKP---EESEPGS(SEQ ID NO：544)

FEQRGYKLVGMKLMHASDELLRKH(SEQ ID NO：545)

EAHVNK-PFFAGLSAY(SEQ ID NO：546)

GDFCQMVGRNLVHGSDSVESAQKEISLWF(SEQ ID NO：547)

泰國肝吸蟲(NME8/NME9)

EITLSKEQAEDYYKEHRGET(SEQ ID NO：548)

KDVAEAKATAPESL(SEQ ID NO：549)

SAGFHVAARKDTQLDEKLAA(SEQ ID NO：550)

ENVKDK-PFFDDLVKQ(SEQ ID NO：551)

ATFGRSILENAVHGSSNAQQASAAIQLIF(SEQ ID NO：552)

泰國肝吸蟲

RVHLTPEQASELYAEHYGKM(SEQ ID NO：553)

SVKARSLVPTS(SEQ ID NO：554)

QNQFFIIQKRRVHLTPEQAS(SEQ ID NO：555)

AEHYGKMF-FPSLVSY(SEQ ID NO：556)

ALYGTDDQQNALHGSDSIASAEKEIRF(SEQ ID NO：557)

華支睾吸蟲(NME7B)

SAARLYRLSKADAAEFLEVYKGVAHE(SEQ ID NO：558)

LDPEIAKFLRPQTL(SEQ ID NO：559)

EHGFCISAARLYRLSKADAA(SEQ ID NO：560)

EVYKGVAHEYPEMLDQ(SEQ ID NO：561)

AKFGVDKIHNAVHCTDLPEDTELE(SEQ ID NO：562)

華支睾吸蟲

GVFRMSRSQAESFYGDHKGKF(SEQ ID NO：563)

TKVYRAVVSEPDSL(SEQ ID NO：564)

EADLSILCQGVFRMSRSQAES(SEQ ID NO：565)

GDHKGKFY-YDRLVNH(SEQ ID NO：566)

GLLGLTDTRNGFHGSDSDATALREIQF(SEQ ID NO：567)

埃及血吸蟲(NME5)

VHLTPEQASEFYAEHYGKI(SEQ ID NO：568)

SFKAKATAPAS(SEQ ID NO：569)

KRRVHLTPEQAS(SEQ ID NO：570)

AEHYGKIF-YATLIAYI(SEQ ID NO：571)

AIYGTDDQQNGIHGSDSFTSAEREIRF(SEQ ID NO：572)

埃及血吸蟲(NME6)

VFMTRDRAQVFYAEHEG(SEQ ID NO：573)

VYRTVVFEPNS(SEQ ID NO：574)

DAQLQIIHNEEVFMTRDRAQV(SEQ ID NO：575)

AEHEG(SEQ ID NO：576)

GRFGLTDTRNGFHGSDSQENAFKEIKF(SEQ ID NO：577)

埃及血吸蟲(NME7B)

LHRLSKADSADFLEVYKGVV(SEQ ID NO：578)

IDPEIAKYLRPDTL(SEQ ID NO：579)

EKGFSVTAASLHRLSKADSA(SEQ ID NO：580)

EVYKGVVQEYPEMLDH(SEQ ID NO：581)

ARFGVNKVKNGIHCTDLPEDTEREVNYFF(SEQ ID NO：582)

埃及血吸蟲(NME2)

HASEQLLQIHYEALKSL(SEQ ID NO：583)

P---EASCPGS(SEQ ID NO：584)

RRGYKLVAIKMMHASEQLLQI(SEQ ID NO：585)

EALKSL-PFFPKLVAY(SEQ ID NO：586)

GDYCQDVGRNVVHGSDS TESANREINLWF(SEQ ID NO：587)

日本血吸蟲(NME5)

VHLTPEQASEFYAEHYG(SEQ ID NO：588)

VLKAKVIAPE(SEQ ID NO：589)

GKGFSIIQKRHVHLTPEQAS(SEQ ID NO：590)

AEHYGKIS-FPTIVSYI(SEQ ID NO：591)

AVYGTDDQQNGLHGSDSFTSAEREIRF(SEQ ID NO：592)

日本血吸蟲

QLSKKQAEEYYKEHVG(SEQ ID NO：593)

VTEAKATAPES(SEQ ID NO：594)

AAGFHVAARKETTLTRDMAK(SEQ ID NO：595)

EDCSDK-PFYDDLVNH(SEQ ID NO：596)

SIYGRDILRNAVHGSSNPEDVQRIQNLLF(SEQ ID NO：597)

日本血吸蟲(NME1)

IHASEQLLQTHYEALKSL(SEQ ID NO：598)

MLGATRP---EASCPGS(SEQ ID NO：599)

IQRFERRGYKLIAVKMIHASEQLLQTH(SEQ ID NO：600)

EALKSL-PFFTNLVAY(SEQ ID NO：601)

GDFCQDVGRNVVHGSDSVESANREINLWF(SEQ ID NO：602)

將以下肽序列鑑別為產生靶向細菌NME及人類NME7但不靶向人類NME1之抗體之免疫原性肽。由於序列與人類NME7之序列同源性及缺乏與人類NME1之序列同源性而選擇序列。在各情況下，首先列舉衍生其之細菌之名稱，接著列舉對於細菌性NME及人類NME7最常見但最不同於人類NME1中之序列之肽序列。

細菌性鹽單胞菌屬HSP 593 NME1(與人類NME1具有41.4%一致性)

KAGLKIVAAKMLQLS(SEQ ID NO：603)

幽門螺旋桿菌(與人類NME1具有42.2%一致性)

SNGLEVVAMKRLHLSVKDAENFYAIHRE(SEQ ID NO：604)

RNEIAFFFAAR(SEQ ID NO：605)

EFMVSGPVVVMVLEG(SEQ ID NO：606)

腸道沙門氏菌亞種鼠傷寒沙門菌菌株Ty2

MLHLTVEQARGFYAEHDGK(SEQ ID NO：607)

MLHLTVEQARG(SEQ ID NO：608)

YADSLTENGT(SEQ ID NO：609)

腸道沙門氏菌亞種A型副傷寒沙門菌菌株ATCC 9150

MLHLTVEQARGFYAEHDGK(SEQ ID NO：610)

MLHLTVEQARG(SEQ ID NO：611)

YADSLTENGT(SEQ ID NO：612)

牛鏈球菌ATCC 700338

TIEKLEMRMATPE(SEQ ID NO：613)

YAQAPDESGATF(SEQ ID NO：614)

肺炎衣原體

HLSQTEAEGFYFVHRE(SEQ ID NO：615)

SGLRIAAMKMMHLSQTEAEG(SEQ ID NO：616)

AKFGESIGVNAV(SEQ ID NO：617)

毛氏黴形體

IILASKEQA(SEQ ID NO：618)

LEINALKIIL(SEQ ID NO：619)

沙眼衣原體

MVHLSVKEAEGF(SEQ ID NO：620)

IAAMKMVHLSVKEAEG(SEQ ID NO：621)

GESIGVNAV(SEQ ID NO：622)

大腸桿菌

MLHLTVEQARGFYAEHDGK(SEQ ID NO：623)

YADSLTENGT(SEQ ID NO：624)

口腔鏈球菌ATCC 49296

KIEKLELLSKV(SEQ ID NO：625)

VGKSFYPPIRQF(SEQ ID NO：626)

AAGDNQAIQNVV(SEQ ID NO：627)

脆弱擬桿菌

VQLTDEVLS(SEQ ID NO：628)

SHLSSKL(SEQ ID NO：629)

YSMSFQE(SEQ ID NO：630)

副溶血弧菌

VHLTEEQASGFYAEHEGKE(SEQ ID NO：631)

IIAAKMVHLTEEQASG(SEQ ID NO：632)

AEHEGKE(SEQ ID NO：633)

YALSMRHNSV(SEQ ID NO：634)

海洋分支桿菌

ELRNVTEELASQ(SEQ ID NO：635)

DPVEKAT(SEQ ID NO：636)

LAIAALELRNVT(SEQ ID NO：637)

GLETQFNLV(SEQ ID NO：638)

海豚鏈球菌

DAAILRK(SEQ ID NO：639)

VIEKLELR(SEQ ID NO：640)

GQAPGDDGGIQNVV(SEQ ID NO：641)

嗜水氣單胞菌

LHMSSEQAAGFYAEHQGK(SEQ ID NO：642)

LKVIAAKMLHMSSEQAAG(SEQ ID NO：643)

AEHQGKPFYDGL(SEQ ID NO：644)

CYAESIDRNAV(SEQ ID NO：645)

炭疽芽孢桿菌

VTPEIAGQ(SEQ ID NO：646)

馬爾他布魯氏菌生物變型1菌株16M

RVWMSRREAEGFYAVH(SEQ ID NO：647)

KTFALSIGENSV(SEQ ID NO：648)

流產布魯氏菌S19

RVWMSRREAEGFYAVH(SEQ ID NO：649)

KTFALSIGENSV(SEQ ID NO：650)

豬布魯氏菌生物變型2

RVWMSRREAEGFYAVH(SEQ ID NO：651)

KTFALSIGENSV(SEQ ID NO：652)

羊布魯氏菌

RVWMSRREAEGFYTVH(SEQ ID NO：653)

KTFALSIGENSV(SEQ ID NO：654)

鼻疽伯克霍爾德氏菌ATCC 10399

AARMAHLSRADAEKFYAVHAE(SEQ ID NO：655)

EDAILKNRDLMGATDPKKAEK(SEQ ID NO：656)

NAGLKIVAARMAHLSRADAEK(SEQ ID NO：657)

ADFADSIDANAV(SEQ ID NO：658)

類鼻疽伯克霍爾德氏菌

AARMAHLSRADAEKFYAVHAE(SEQ ID NO：659)

EDAILKNRDLMGATDPKKAEK(SEQ ID NO：660)

NAGLKIVAARMAHLSRADAEK(SEQ ID NO：661)

ADSIDANAV(SEQ ID NO：662)

鸚鵡熱衣原體6BC

LHLSVKEAEGFYAVHKS(SEQ ID NO：663)

IAAMKMLHLSVKEAEG(SEQ ID NO：664)

AQFGESIGINAV(SEQ ID NO：665)

霍亂弧菌

VHLSEEQASGFYAEHEGK(SEQ ID NO：666)

KAGLQIIAAKMVHLSEEQASG(SEQ ID NO：667)

AEHEGK(SEQ ID NO：668)

ADYALSMRYNSV(SEQ ID NO：669)

肉毒梭菌

KATREIAEQHYSQHKGKD(SEQ ID NO：670)

SCYEANGLKVVEIKMMKATREIAEQ(SEQ ID NO：671)

SQHKGKDFFEELIEFITGS(SEQ ID NO：672)

HRYARSKTENCV(SEQ ID NO：673)

產氣莢膜芽胞梭菌

KQINKDFAEKHYEEHRDKQ(SEQ ID NO：674)

EVYEGAGLKIKAMEMKQINKDFAEKH(SEQ ID NO：675)

RRFALSGTENSV(SEQ ID NO：676)

貝氏克柯斯體

HLSKPQAEKFYAVH(SEQ ID NO：677)

KAGLKIIAAKMCHLSKPQAE(SEQ ID NO：678)

ADFADSIDANAV(SEQ ID NO：679)

大腸桿菌O157：H7菌株SS17

LHLTVEQARGFYAEHDGK(SEQ ID NO：680)

KIVGTKMLHLTVEQARG(SEQ ID NO：681)

ADYADSLTENGT(SEQ ID NO：682)

土拉熱弗朗西斯氏菌

KHLSKAEAERFYAVH(SEQ ID NO：683)

KAGLRIIAAKMKHLSKAEAER(SEQ ID NO：684)

ADFADSIDANAV(SEQ ID NO：685)

普氏立克次體

KFLTKYEAECFYDEHRA(SEQ ID NO：686)

QVNTYLENAGLKIVAQKMKFLTKYEAEC(SEQ ID NO：687)

KDLGESIEANS(SEQ ID NO：688)

腸道沙門氏菌亞種鼠傷寒沙門菌

LHLTVEQARGFYAEHDGK(SEQ ID NO：689)

AAGFKIVGTKMLHLTVEQARG(SEQ ID NO：690)

ADYADSLTENGT(SEQ ID NO：691)

弗氏志賀菌2002017

LHLTVEQARGFYAEHDGK(SEQ ID NO：692)

TKMLHLTVEQARG(SEQ ID NO：693)

ADYADSLTENGT(SEQ ID NO：694)

鮑氏志賀菌Sb227

LHLTVEQARGFYAEHDGK(SEQ ID NO：695)

TKMLHLTVEQARG(SEQ ID NO：696)

ADYADSLTENGT(SEQ ID NO：697)

痢疾志賀菌Sd197

LHLTVEQARGFYAEHDGK(SEQ ID NO：698)

MLHLTVEQARG(SEQ ID NO：699)

ADYADSLTENGT(SEQ ID NO：700)

索氏志賀菌Ss046

LHLTVEQARGFYAEHDGK(SEQ ID NO：701)

MLHLTVEQARG(SEQ ID NO：702)

ADYADSLTENGT(SEQ ID NO：703)

金黃色葡萄球菌亞種金色類群N315

VPMELAETHYGEHQGK(SEQ ID NO：704)

VPMELAETH(SEQ ID NO：705)

鼠疫耶爾森菌

LHLTKEQAEGFYAEH(SEQ ID NO：706)

KIIAAKMLHLTKEQAEG(SEQ ID NO：707)

SDSFTANAV(SEQ ID NO：708)

肺炎鏈球菌

TIEKLEFRS(SEQ ID NO：709)

VGQSFYPPIREF(SEQ ID NO：710)

AKAAEENEVIQNVV(SEQ ID NO：711)

奈瑟氏腦膜炎菌

KQLTLKEAQEFYAVH(SEQ ID NO：712)

ENGLKIVAAKMKQLTLKEAQ(SEQ ID NO：713)

ATSVSINAV(SEQ ID NO：714)

流感嗜血桿菌

VRLTREQAEGFYAEHQGKE(SEQ ID NO：715)

KIIASKMVRLTREQAEG(SEQ ID NO：716)

AEHQGKE(SEQ ID NO：717)

ALSQRENSV(SEQ ID NO：718)

單核球增多性李氏菌

IDRELAEKHYAEHIGKS(SEQ ID NO：719)

AEHIGKS(SEQ ID NO：720)

結核分支桿菌H37Rv

QLRTVSAE(SEQ ID NO：721)

GTDPVQAAA(SEQ ID NO：722)

LTIAALQLRTVSAELASQH(SEQ ID NO：723)

ALETQFNLV(SEQ ID NO：724)

鮑氏不動桿菌

KHLSQADAEGFYAEH(SEQ ID NO：725)

KAGLKIVATKMKHLSQADAEG(SEQ ID NO：726)

AVSIDENAA(SEQ ID NO：727)

溶組織內阿米巴

VVPTELAEQ(SEQ ID NO：728)

FVEKAIQVECL(SEQ ID NO：729)

SINGGKLLCFEHHVVPTELAEQ(SEQ ID NO：730)

KFGSCGGINCF(SEQ ID NO：731)

薰煙色麴菌變種RP-2014

LVSPPQSQLEQ(SEQ ID NO：732)

AMKLVSPPQSQLEQH(SEQ ID NO：733)

肺炎嗜衣原體TW-183

HLSQTEAEGFYFVHRE(SEQ ID NO：734)

IAAMKMMHLSQTEAEG(SEQ ID NO：735)

AKFGESIGVNAV(SEQ ID NO：736)

嗜肺性退伍軍人桿菌

AQLSREQAENFYDIHRA(SEQ ID NO：737)

KAGLDIVAAKMAQLSREQAEN(SEQ ID NO：738)

ADFADSIDANAVH(SEQ ID NO：739)

麻風分支桿菌

ELRQVGEELASQHYAEHESK(SEQ ID NO：740)

LALETQFNLV(SEQ ID NO：741)

伯氏疏螺旋體

RVGLKMVAAKMLIVD(SEQ ID NO：742)

LYDDIVFRHSEAVWNS(SEQ ID NO：743)

SYHSFKYSNEKGFSIY(SEQ ID NO：744)

肺炎克雷伯氏桿菌909957

LHLTVEQARGFYAEHEG(SEQ ID NO：745)

MLHLTVEQARG(SEQ ID NO：746)

ADYADSFTENGT(SEQ ID NO：747)

屎腸球菌

ETMTPELA(SEQ ID NO：748)

LAIAEMKFETMTPE(SEQ ID NO：749)

綠膿桿菌

REAGGFYAEH(SEQ ID NO：750)

ATDPKKADA(SEQ ID NO：751)

AVSIDENAV(SEQ ID NO：752)

莢膜組織胞漿菌

LVTPSKEHLEK(SEQ ID NO：753)

SRGYKLAAIKLVTPSKEHLEK(SEQ ID NO：754)

新型隱球菌變種格盧必H99

LHTPTKEHLEK(SEQ ID NO：755)

新型隱球菌變種新生隱球菌JEC21

AFATPKNSIKSLTP(SEQ ID NO：756)

粗球孢子菌RS

LVSPSKEHLEK(SEQ ID NO：757)

AMKLVSPSKEHLEK(SEQ ID NO：758)

白色念珠菌WO-1

N/A

黃麴菌NRRL3357

LCSPSKEHLEQ(SEQ ID NO：759)

泰國肝吸蟲(NME7B)

SAARLYRLSKADAAEFLEVYKGVAHEYP(SEQ ID NO：760)

CISAARLYRLSKADAA(SEQ ID NO：761)

EVYKGVAHEYPEMLDQ(SEQ ID NO：762)

泰國肝吸蟲(NME1)

RKHYEAHVNK(SEQ ID NO：763)

泰國肝吸蟲(NME8/NME9)

EITLSKEQAEDYYKEHRGET(SEQ ID NO：764)

KDVAEAKATAPESL(SEQ ID NO：765)

ATFGRSILENAV(SEQ ID NO：766)

泰國肝吸蟲

RVHLTPEQASELYAEHYGKM(SEQ ID NO：767)

SVKARSLVPTS(SEQ ID NO：768)

NQFFIIQKRRVHLTPEQAS(SEQ ID NO：769)

AEHYGKM(SEQ ID NO：770)

ALYGTDDQQNAL(SEQ ID NO：771)

華支睾吸蟲(NME7B)

SAARLYRLSKADAAEFLEVYKGVAHE(SEQ ID NO：772)

CISAARLYRLSKADAA(SEQ ID NO：773)

EVYKGVAHEYPEMLDQ(SEQ ID NO：774)

AKFGVDKIHNAV(SEQ ID NO：775)

華支睾吸蟲

GVFRMSRSQAESF(SEQ ID NO：776)

TKVYRAVVSE(SEQ ID NO：777)

EADLSILCQGVFRMSRSQAES(SEQ ID NO：778)

埃及血吸蟲(NME5)

VHLTPEQASEFYAEHYGKI(SEQ ID NO：779)

SFKAKATAPAS(SEQ ID NO：780)

KRRVHLTPEQAS(SEQ ID NO：781)

AEHYGKIFY(SEQ ID NO：782)

AIYGTDDQQNG(SEQ ID NO：783)

埃及血吸蟲(NME6)

VFMTRDRAQV(SEQ ID NO：784)

KVYRTVVFEPNSL(SEQ ID NO：785)

DAQLQIIHNEEVFMTRDRAQV(SEQ ID NO：786)

埃及血吸蟲(NME7B)

LHRLSKADSADFLEVYKGVV(SEQ ID NO：787)

IDPEIAKYLR(SEQ ID NO：788)

SVTAASLHRLSKADSA(SEQ ID NO：789)

EVYKGVVQEYPEMLDH(SEQ ID NO：790)

ARFGVNKVKNG(SEQ ID NO：791)

埃及血吸蟲(NME2)

N/A

日本血吸蟲(NME5)

VHLTPEQASEFYAEHYG(SEQ ID NO：792)

VLKAKVIAPE(SEQ ID NO：793)

SIIQKRHVHLTPEQAS(SEQ ID NO：794)

AEHYGKISFPTI(SEQ ID NO：795)

AVYGTDDQQNGL(SEQ ID NO：796)

日本血吸蟲

QLSKKQAEEYYKEHVG(SEQ ID NO：797)

VTEAKATAPES(SEQ ID NO：798)

HVAARKETTLTRDMAK(SEQ ID NO：799)

SIYGRDIL(SEQ ID NO：800)

日本血吸蟲(NME1)

RRGYKLIAVKMIH(SEQ ID NO：801)

RRGYKLIAVKMIH(SEQ ID NO：802)

經化學修飾之肽

多肽或抗體治療可遭受短循環半衰期及蛋白分解降解及低溶解度。為改良本發明生物製藥之藥物動力學及藥效動力學特性，可進行諸如操縱胺基酸序列之方法以減少或增加免疫原性及降低蛋白分解裂解；可進行肽與免疫球蛋白及血清蛋白(諸如白蛋白)之融合或共軛；亦可併入用於諸如本發明肽及抗體之生物製藥之藥物傳遞媒劑以用於保護及緩釋；且亦涵蓋共軛至天然或合成聚合物。特定言之，就合成聚合物共軛而言，亦涵蓋聚乙二醇化或醯化，諸如N-醯化、S-醯化等。

因此，本發明涵蓋關於NME7的增加NME7表現之替代基因及基因產物。類似地，本發明涵蓋關於NME7的NME7之替代下游效應子。舉例而言，抑制MBD3、CHD4、BRD4或JMJD6的單獨或組合形式之藥劑可以本文所述之方法中之任一者替代吾人已顯示抑制MBD3、CHD4、BRD4或JMJD6之NME7。

實施例

實施例1.細菌性NME蛋白之選殖及表現

可進行以下程序以表現來自細菌、真菌、寄生蟲及其類似物之任何NME蛋白。吾人選殖及表現來自多種細菌之NME1。NME1蛋白中的一些在不溶包涵體中但可易於再摺疊，接著，一些形成穩定二聚體且結合於MUC1*細胞外域之PSMGFR部分。來自鹽單胞菌屬593(HSP593)及牙齦卟啉單胞菌W83(pGW83)之NME cDNA經密碼子最佳化以表現於大腸桿菌中且藉由GenScript,NJ按吾人之要求進行合成。將各NME之cDNA經聚合酶鏈反應(PCR)擴增且選殖至pET21b載體(Novagen)中。亦將pGW83 cDNA選殖至pGEX 6P1(GE Healthcare：Life Sciences)中。藉由表現載體轉化BL21(DE3)細胞(New England Biolabs)。在LB培養液中培養細胞且藉由IPTG誘發蛋白表現。藉由SDS-PAGE在可溶及不溶(包涵體)部分中測試細胞等分試樣之蛋白表現。僅在包涵體中偵測到pGW83 NME之表現(圖1)。然而，吾人在可溶部分中觀測到HSP593 NME之極高表現。藉由親和性(NiNTA)及尺寸排阻(Superdex 200)層析法純化HSP593 NME。

藉由組胺酸標籤選殖來自鹽單胞菌屬593之NME1，表現於大腸桿菌中，隨後經NTA-Ni管柱純化。圖5A顯示來自細菌鹽單胞菌屬593之NME(NM23)之聚丙烯醯胺凝膠，其表現為可溶蛋白及天然二聚體。圖5B顯示來自結合於MUC1*細胞外域之PSMGFR肽之鹽單胞菌屬593之NM23之ELISA分析。

實施例2.HSP 593結合分析

測試重組HSP 593結合於MUC1*受體之細胞外域之能力。目的為查看與人類NME具有高同源性之細菌性NME是否亦可與人類NME結合於相同標靶且賦予相同功能。耦合於白蛋白之PSMGFR肽固定於ELISA盤上。藉由MUC1*肽表面以0.1至20μg/mL之濃度培育HSP 593。如圖5B中所顯示，HSP 593 NME以濃度依賴性方式結合於MUC1*之細胞外域肽。

實施例3.使用細菌性NME蛋白生長人類幹細胞

吾人通常藉由在以二聚體形式之人類NME1或人類NME7-AB作為唯一生長因子之情況下於基本無血清培養基中培養人類胚胎及人類iPS幹細胞而生長該等細胞。不添加其他生長因子或細胞激素。此方法在無自發分化(其中細胞保持多能性)之情況下使人類幹細胞增殖。用於人類二聚NME1及人類NME7-AB之濃度為4-32nM，較佳濃度分別為8nM及4nM。添加至相同無血清基本培養基中之HSP 593 NME能夠在以4nM-32nM添加時使人類幹細胞增殖、抵抗分化及保持多能性。幹細胞與在人類 NME1及人類NME7-AB中培養之彼等細胞相同地生長。圖6至圖8顯示培養於人類NME1(圖6)、人類NME7-AB(圖7)或細菌性HSP 593(圖8)中之HES-3人類胚胎幹細胞。RT-PCR顯示相比於人類，在細菌性NME中培養之幹細胞之基因表現中無差異。

實施例4.細菌性NME蛋白將正常體細胞轉化至幹樣或癌樣狀態.

在正常纖維母細胞培養基或基本幹細胞培養基中培養來自健康供體之正常纖維母細胞，向該等培養基中添加人類NME1二聚體、細菌性HSP 593 NME或人類NME7-AB。圖9顯示幹細胞標記物OCT4中之增加，其隨時間推移而增加。圖10至圖15顯示記錄相比於在正常纖維母細胞培養基中培養之彼等纖維母細胞(其顯示於圖16及圖17中)的NME蛋白中培養之纖維母細胞之細胞形態改變之相片。圖18顯示相比於添加ρ激酶抑制劑(ROCi或Ri)以使細胞黏附至表面時，當收集漂浮細胞時之幹細胞標記物OCT4及NANOG之RT-PCR量測值。如可見，開始漂浮之細胞展現較高含量之幹/癌症標記物。圖19顯示RT-PCR資料，其中量測在幹細胞及癌細胞中經短暫抑制之染色質重排因子。圖20及圖21概述NME蛋白中培養之纖維母細胞之PCR量測值。

實施例5.微生物NME蛋白將人類癌細胞轉化為轉移性癌症幹細胞(CSC)，亦稱作腫瘤起始細胞

概述：在基本幹細胞培養基(「MM」，參見下文中之配方)中之人類或微生物NME中生長癌細胞約7天，小心地收集漂浮細胞-此等為CSC。在基本培養基(MM)中之人類NME1(亦稱為NM23)、細菌性HSP 593 NME或人類NME7-AB中培養7天之後，大致10%-15%之細胞將漂浮。收集「漂浮物」且藉由RT-PCR進行分析以量測諸如CXCR4、CHD1(亦稱為E-鈣黏素)、OCT4、NANOG、SOX2及其他者之轉移性標記物之含量。

在添加細菌性或人類NME蛋白之情況下於基本幹細胞培養基中培養T47D乳癌細胞。在RPMI培養基中生長對照細胞，該培養基為關於此細胞系之習知條件。圖22顯示據報導為CSC標記物之基因之RT-PCR量測值之圖，其中細胞在MM中在二聚體形式之人類NME7-AB或人類NME1中生長。在某些情況下，添加ρ激酶抑制劑(ROCi或Ri)以使所有細胞黏附至表面且不浮起。在此等情況下，轉移性標記物之量測值較低，因為此樣品為已轉化為CSC之細胞及尚未轉化之彼等細胞之混合物。如圖中所顯示，轉移性標記物CXCR4之表現增加44-182倍。圖23顯示在細菌性HSP 593 NME中培養相同時段之相同細胞之RT-PCR量測值之圖。如圖中所顯示，相比於對照細胞，轉移性標記物CXCR4、NANOG、OCT4及SOX2之表現增加50-300倍，表明其已轉化成癌症幹細胞。

圖24顯示在人類NME1、人類NME7-AB或細菌性HSP 593 NME中生長的DU145前列腺癌細胞上進行之類似實驗之RT-PCR量測值之圖。同樣，轉移性CSC標記物之標記物表現存在較大增加。應注意如藉由其他所報導，在前列腺癌症中，CHD1升高。

實例6.測試藉由在NME7-AB中培養轉化至轉移狀態之癌症幹細胞之轉移潛能

概述：癌細胞在以上實施例中所述之程序中轉化為CSC。在接種之後大致一週，出現漂浮細胞且在同一天進行收集且植入至動物中。將懸浮於NME7-AB/PBS溶液中之50、100、1,000或10,000個T47D細胞與生長因子減少基質膠以1：2混合至100μl之最終體積，接著植入至攜有雌激素球粒之無胸腺雌性nu/nu小鼠之側腹中。對一半小鼠在植入位點之任一側每日注射兩(2)次32nM NME7-AB之100μl注射液。在約第28天開始，接受NME7-AB每日注射液之小鼠開始獲得證明是原腫瘤之癌轉移的遠端凸塊。RT-PCR亦顯示向一些器官之癌轉移。小鼠相片顯示於圖25至圖33中。概述結果之表顯示於圖34中。如所顯示，幾乎所有小鼠自小數目之植入人類癌細胞具有成功腫瘤移植。少至50個癌細胞產生生長腫瘤，其中相同癌細胞系T47D乳癌細胞需要至少5百萬個細胞以成功地移植，其中僅25%-40%之小鼠成功地移植。圖及表顯示接受NME7-AB之每日注射液之動物產生癌轉移，而未接受NME之彼等動物不產生癌轉移。

實施例7.選自結合於MUC1*細胞外域之蛋白之5個區域之NME7肽

合成來自NME7之肽片段且測試其結合於MUC1*細胞外域，PSMGFR肽之能力。ELISA顯示在彼等肽中，5種結合於固定於ELISA盤上之PSMGFR肽(圖35)。在此實驗中，PSMGFR肽固定於盤上。NME1(NM23)二聚體或NME7-AB與肽一起培育，接著暴露於PSMGFR表面。結果顯示所有肽抑制NME7-AB與NME1之結合。吾人得出NME蛋白之此等5個區域一般對於結合於MUC1*細胞外域重要之結論。結合於MUC1*之NME7肽來自NME7之指定域：NME7A肽1(A域)：MLSRKEALDFHVDHQS(SEQ ID NO：803)

NME7A肽2(A域)：SGVARTDASES(SEQ ID NO：804)

NME7B肽1(B域)：DAGFEISAMQMFNMDRVNVE(SEQ ID NO：805)

NME7B肽2(B域)：EVYKGVVTEYHDMVTE(SEQ ID NO：806)

NME7B肽3(B域)：AIFGKTKIQNAVHCTDLPEDGL LEVQYFF(SEQ ID NO：807)

所有引用之參考文獻以全文引用的方式併入本文中。

參考文獻清單

Clarke MF,Dick JE,Dirks PB,Eaves CJ,Jamieson CH,Jones DL,Visvader J,Weissman IL,Wahl GM.(2006)Cancer stem cells--perspectives on current status and future directions：AACR Workshop on cancer stem cell..Cancer Res.10月1日；66(19)：9339-44.電子版2006年9月21日.

Chen K,Huang YH,Chen JL.(2013)Understanding and targeting cancer stem cells：therapeutic implications and challenges.Acta Pharmacologica Sinica 34：732-740；Review

Darash-Yahana M,Pikarsky E,Abramovitch R,Zeira E,Pal B,Karplus R,Beider K,Avniel S,Kasem S,Galun E,Peled A(2004)Role of high expression levels of CXCR4 in tumor growth,vascularization,and metastasis.FASEB J 18(11)：1240-1242

Mahanta S,Fessler S,Park J,Bamdad C.A Minimal Fragment of MUC1 Mediates Growth of Cancer Cells,2008 PLoS ONE 3：e2054-2065.

Hikita S,Clegg O,Kosik K,Bamdad C.MUC1* Mediates the Growth of Human Pluripotent Stem Cells,2008 PLoS ONE 3：e3312-3325.

Kumar SM,Liu S,Lu H,Zhang H,Zhang PJ,Gimotty PA,Guerra M,Guo W,Xu X.(2012)Acquired cancer stem cell phenotypes through Oct4-mediated dedifferentiation.Oncogene.11月22日；31(47)：4898-911.

Liu K,Lin B,Zhao M,Yang X,Chen M,Gao A,Liu F,Que J,Lan X.(2013)The multiple roles for Sox2 in stem cell maintenance and tumorigenesis.Cellular Signaling 5月；25(5)：1264-71.Review

Wang ML,Chiou SH,Wu CW.(2013)Targeting cancer stem cells：emerging role of Nanog transcription factor.Onco targets and Therapy.9月4日；6：1207-20.Review.

Xu C,Rosler E,Jiang J,Lebkowski JS,Gold JD等人(2005)Basic Fibroblast Growth Factor Supports Undifferentiated Human Embryonic Stem Cell Growth Without Conditioned Medium.STEM CELLS 23：315-323.

Fessler S,Wotkowicz M,Mahanta S,Bamdad C(2009)MUC1* is a determinant of trastuzumab(Herceptin)resistance in breast cancer cells,Breast Cancer Res Treat 118：113-124 DOI 10.1007/s10549-009-0412-3

Miki J,Furusato B,Li H,Gu Y,Takahashi H,Egawa S,Sesterhenn IA,McLeod DG,Srivastava S,Rhim JS.Identification of putative stem cell markers,CD133 and CXCR4,in hTERT-immortalized primary nonmalignant and malignant tumor-derived human prostate epithelial cell lines and in prostate cancer specimens.Cancer Res.2007年4月1日；67(7)：3153-61.

Jeter CR,Liu B,Liu X,Chen X,Liu C,Calhoun-Davis T,Repass J,Zaehres H,Shen JJ,Tang DG.NANOG promotes cancer stem cell characteristics and prostate cancer resistance to androgen deprivation.Oncogene.2011年9月8日；30(36)：3833-45.PMCID：

Faber A,Goessler UR,Hoermann K,Schultz JD,Umbreit C,Stern-Straeter J. SDF-1-CXCR4 axis：cell trafficking in the cancer stem cell niche of head and neck squamous cell carcinoma.Oncol.Rep.2013年6月；29(6)：2325-31.

Mukherjee D,Zhao J.The Role of chemokine receptor CXCR4 in breast cancer metastasis.Am J Cancer Res.2013；3(1)：46-57.PMCID：PMC3555200

Herreros-Villanueva M,Zhang J-S,Koenig A,Abel EV,Smyrk TC,Bamlet WR,de Narvajas AA-M,Gomez TS,Simeone DM,Bujanda L,Billadeau DD.SOX2 promotes dedifferentiation and imparts stem cell-like features to pancreatic cancer cells.Oncogenesis.2013；2：e61.PMCID：PMC3759123

Hanna J,Cheng AW,Saha K,Kim J,Lengner CJ等人(2010)Human embryonic stem cells with biological and epigenetic characteristics similar to those of mouse ESCs.Proc Natl Acad Sci U S A 107：9222-9227.

Smagghe,B.J.Stewart A.K.,Carter M.G.,Shelton L.S.,Bernier K.J,,Hartman E.J.,Calhoun A.K.,Hatziioannou V.M.,Lillacci G.,Kirk B.A.,DiNardo B.A.,Kosik K.S.,Bamdad C.(2013)MUC1* Ligand,NM23-H1,Is a Novel Growth Factor That Maintains Human Stem Cells in a More Naïve State.PLoS ONE 8(3)：e58601

Theunissen TW,Powell BE,Wang H,Mitalipova M,Faddah DA,Reddy J,Fan ZP,Maetzel D,Ganz K,Shi L,Lungjangwa T,Imsoonthornruksa S,Stelzer Y,Rangarajan S,D'Alessio A,Zhang J,Gao Q,Dawlaty MM,Young RA,Gray NS,Jaenisch R.(2014)Systematic Identification of Culture Conditions for Induction and Maintenance of Naive Human Pluripotency.Cell Stem Cell.2014年7月24日，S1934-5909(14)00298-7.

Rais Y1,Zviran A,Geula S,Gafni O,Chomsky E,Viukov S,Mansour AA, Caspi I,Krupalnik V,Zerbib M,Maza I,Mor N,Baran D,Weinberger L,Jaitin DA,Lara-Astiaso D,Blecher-Gonen R,Shipony Z,Mukamel Z,Hagai T,Gilad S,Amann-Zalcenstein D,Tanay A,Amit I,Novershtern N,Hanna JH(2013).Deterministic direct reprogramming of somatic cells to pluripotency.,502(7469)：65-70.

Xu RH,Peck RM,Li DS,Feng X,Ludwig T，等人(2005)Basic FGF and suppression of BMP signaling sustain undifferentiated proliferation of human ES cells.Nat Methods 2：185-190.

Liu W,Ma Q,Wong K,Li W,Ohgi K,Zhang J,Aggarwal AK,Rosenfeld MG.Brd4 and JMJD6-Associated Anti-Pause Enhancers in Regulation of Transcriptional Pause Release.Cell.2013年12月9日；155(7)：1581-95.PMCID：PMC3886918.

Silva J,Barrandon O,Nichols J,Kawaguchi J,Theunissen TW,Smith A.Promotion of reprogramming to ground state pluripotency by signal inhibition.PLoS Biol.2008年10月21日；6(10)：e253.PMCID：PMC2570424

Takahashi K及Yamanaka S(2006)Induction of pluripotent stem cells from mouse embryonic and adult fibroblast cultures by defined factors.Cell 126(4)：663-676.

Porter D等人(2011)Chimeric antigen receptor-modified T cells in chronic lymphoid leukemia.N Engl J Med 365：725-733 DOI：10.1056/NEJMoa1103849

Tiller T等人(2013)A fully synthetic human Fab antibody library based on fixed VH/VL framework pairings with favorable biophysical properties.MABs 9：5(3)PMID：23571156

Webb PA,Perisic O,Mendola CE,Backer JM及Williams RL.The crystal structure of a human nucleoside diphosphate kinase,NM23-H2.J Mol Biol.1995,251：574-587.

Min K,Song HK,Chang C,Kim SY,Lee KJ及Suh SW.Crystal structure of human nucleoside diphosphate kinase A,a metastasis suppressor.Proteins.2002,46：340-342.

Okabe-Kado等人，「A new function of Nm23/NDP kinase as a differentiation inhibitory factor,which does not require t's kinase activity」,FEBS Letters 363：311-315,1995

Lombardi等人，「nm23：Unraveling Its Biological Function in Cell Differentiation」JOURNAL OF CELLULAR PHYSIOLOGY 182：144-149(2000)

*****

使用不超過常規實驗，熟習此項技術者將識別或能夠確定本文中特定描述之本發明之特定具體實例之多種等效形式。該等等效形式意欲包涵於申請專利範圍之範疇內。

Claims

一種肽，其具有SEQ ID NO：1-807之胺基酸序列。
如申請專利範圍第1項之肽，其具有SEQ ID NO：1-256。
如申請專利範圍第1項之肽，其具有SEQ ID NO：603-802。
一種衍生自微生物NME之肽，其中在同源重疊區域內，該肽序列與具有SEQ ID NO：803-807之五種人類NME7抑制肽中之一者對準。
如申請專利範圍第4項之肽，其中該肽包含SEQ ID NO：257-602之肽之胺基酸序列。
如申請專利範圍第4項之肽，其中該肽包含SEQ ID NO：603-802之肽之胺基酸序列。
一種疫苗，其包含肽，該肽係選自具有SEQ ID NO：1-256或SEQ ID NO：603-802之肽且與載體蛋白、佐劑混合或耦合至載體蛋白、佐劑或附接至免疫原性藥劑。
如申請專利範圍第7項之疫苗，其中該肽係選自具有SEQ ID NO：603-802之肽。
一種疫苗，其包含肽，該肽係選自具有SEQ ID NO：257-602或SEQ ID NO：803-807之肽且與載體蛋白、佐劑混合或耦合至載體蛋白、佐劑或附接至免疫原性藥劑。
一種預防微生物NME相關疾病之方法，其包含用序列存在於微生物NME中，視情況與載體蛋白、佐劑混合或耦合至載體蛋白、佐劑或附接至免疫原性藥劑之肽對個體接種疫苗。
如申請專利範圍第10項之方法，其中該微生物NME為細菌性NME。
如申請專利範圍第10項之方法，其中該微生物NME為真菌性NME。
如申請專利範圍第10項之方法，其中該微生物NME為寄生蟲性NME。
如申請專利範圍第10項之方法，其中該微生物NME為病毒性NME。
如申請專利範圍第10項之方法，其中該肽係選自由具有如SEQ ID NO：1-256闡述之胺基序列之肽組成之群。
如申請專利範圍第10項之方法，其中該肽之序列在序列比對之重疊區域中與人類NME1具有低一致性。
如申請專利範圍第16項之方法，其中該與人類NME1之低一致性為小於40%一致性。
如申請專利範圍第17項之方法，其中該與人類NME1之低一致性為小於30%一致性。
如申請專利範圍第18項之方法，其中該與人類NME1之低一致性為小於20%一致性。
如申請專利範圍第10項之方法，其中該肽之序列不存在於人類NME1或NME2中。
如申請專利範圍第10項之方法，其中該肽之序列係選自微生物NME中之肽，其中在同源重疊區域內，該肽序列與具有SEQ ID NO：803-807之五種人類NME7抑制肽中之一者對準。
如申請專利範圍第21項之方法，其中該肽係選自由具有如SEQ ID NO：257-602闡述之胺基序列之肽組成之群。
如申請專利範圍第21項之方法，其中該肽與人類NME1具有低序列一致性。
如申請專利範圍第23項之方法，其中該肽為具有SEQ ID NO：603-802之肽。
如申請專利範圍第10項之方法，其中該疾病為癌症。
如申請專利範圍第25項之方法，其中該癌症為轉移性癌症。
一種結合於微生物NME或其片段之抗體，其中該抗體抑制該微生物NME與其同源結合搭配物之結合。
如申請專利範圍第27項之抗體，其中該結合搭配物為MUC1。
如申請專利範圍第27項之抗體，其中該結合搭配物為MUC1*。
如申請專利範圍第27項之抗體，其中該結合搭配物為PSMGFR肽。
如申請專利範圍第27項之抗體，其中該抗體選擇性地結合於具有胺基酸序列SEQ ID NO：1-807之肽。
如申請專利範圍第31項之抗體，其中該肽具有胺基酸序列SEQ ID NO：257-602。
如申請專利範圍第31項之抗體，其中該肽具有胺基酸序列SEQ ID NO：603-802。
如申請專利範圍第31項之抗體，其中該肽具有胺基酸序列SEQ ID NO：803-807。
如申請專利範圍第27項之抗體，其中與人類NME1相比，該抗體以較高特異性結合於微生物NME。
如申請專利範圍第27項之抗體，其中與該抗體抑制人類NME與PSMGFR之結合相比，該抗體更大程度地抑制該微生物NME與PSMGFR肽之結合。
如申請專利範圍第36項之抗體，其中該人類NME為人類NME1。
如申請專利範圍第36項之抗體，其中該人類NME為人類NME7或NME7-AB。
如申請專利範圍第36項之抗體，其中該抗體抑制該微生物NME與PSMGFR肽之結合比其抑制人類NME與PSMGFR之結合大25%或25%以上。
如申請專利範圍第39項之抗體，其中該抑制為30%或30%以上。
一種產生及選擇針對微生物NME蛋白或其片段之抗體之方法，其中相比於人類NME1，該抗體優先結合於微生物NME，該方法包含以下步驟：(i)藉由以下者使動物免疫：包含與NME1具有低序列一致性之肽序列之微生物NME片段，或微生物NME肽，其中在同源重疊區域內，該肽序列與具有SEQ ID NO：803-807之五種人類NME7抑制肽中之一者對準，或微生物NME肽，其中在同源重疊區域內，該肽序列與具有SEQ ID NO：803-807之五種人類NME7抑制肽中之一者對準，但與人類NME1具有低序列一致性；及(i)篩選相比於人類NME，優先結合於微生物NME之抗體。
如申請專利範圍第41項之方法，其中該微生物NME片段與NME7具有高序列一致性。
如申請專利範圍第41項之方法，其中該微生物NME為細菌性NME。
如申請專利範圍第41項之方法，其中該微生物NME為真菌性NME。
如申請專利範圍第41項之方法，其中該微生物NME為寄生蟲性NME。
如申請專利範圍第41項之方法，其中該微生物NME為病毒性NME。
如申請專利範圍第41項之方法，其中該NME片段為選自具有SEQ ID NO：1-802之胺基酸序列之肽之群的肽。
如申請專利範圍第42項之方法，其中該抗體結合於NME7，但不結合於NME1。
如申請專利範圍第41項之方法，其包含進一步篩選該抗體抑制該微生物NME、人類NME1或人類NME7或NME7-AB與MUC1*之結合之能力，其包含：在試管內在PSMGFR肽存在下混合該抗體與微生物NME、人類NME1或人類NME7或NME7-AB，其中該微生物NME、人類NME1或人類NME7或NME7-AB與PSMGFR在該抗體存在下之結合表明該抗體不為該特定NME之抑制劑，且其中該微生物NME、人類NME1或人類NME7或NME7-AB與PSMGFR之結合在該抗體存在下之抑制表明相對於其他NME，該抗體為該特定NME之抑制劑。
一種選擇針對微生物NME蛋白或其片段之抗體之方法，其中相比於人類NME1，該抗體優先結合於微生物NME，該方法包含以下步驟：(1)獲得抗體或抗體片段之文庫(library)；(2)使該文庫與微生物NME蛋白或其片段接觸；(3)選擇結合於該微生物NME蛋白片段之抗體；(4)使該所選擇之抗體與人類NME1接觸；(5)選擇不結合於NME1之抗體。
一種治療罹患已知或疑似由身體中存在之微生物造成之疾病之患者之方法，其包含向該患者投予如申請專利範圍第27項之抗體。
如申請專利範圍第51項之方法，其中該疾病為癌症。
一種編碼融合肽之核酸，該融合肽包含將其引導至膜之信號傳導序列、NME肽、間隔子或連接子、跨膜域及產生活化免疫細胞反應(可包括溶細胞活性、細胞激素活性及/或細胞增殖)之信號之細胞質域。
如申請專利範圍第53項之核酸，其中該NME肽係衍生自微生物NME蛋白。
如申請專利範圍第53項之核酸，其中該NME肽係衍生自人類NME蛋白。
如申請專利範圍第54項之核酸，其中該微生物NME肽具有SEQ ID NO：1-802之胺基酸序列。
如申請專利範圍第56項之核酸，其中該微生物NME肽具有SEQ ID NO：1-256之胺基酸序列。
如申請專利範圍第56項之核酸，其中該微生物NME肽具有SEQ ID NO：257-602之胺基酸序列。
如申請專利範圍第56項之核酸，其中該微生物NME肽具有SEQ ID NO：603-802之胺基酸序列。
如申請專利範圍第55項之核酸，其中該人類NME肽具有SEQ ID NO：803-807之胺基酸序列。
如申請專利範圍第54項之核酸，其中肽係衍生自微生物NME，其中在同源重疊區域內，該肽序列與具有SEQ ID NO：803-807之五種人類 NME7抑制肽中之一者對準。
一種包含如申請專利範圍第53項之核酸之宿主細胞，其中該宿主細胞在細胞外域中呈現微生物或人類NME肽部分。
如申請專利範圍第62項之宿主細胞，其為免疫細胞或抗原呈現細胞或其前驅體。
如申請專利範圍第63項之宿主細胞，其為T細胞。
如申請專利範圍第63項之宿主細胞，其為白血球或其前驅體。
一種生產嵌合抗原受體細胞之方法，其包含允許如申請專利範圍第62項之宿主細胞表現細胞外域包含NME肽之跨膜分子。
如申請專利範圍第66項之方法，其中該NME肽結合於MUC1*受體。
一種鑑別增加患病風險之微生物之方法，其包含以下步驟：a. 測定在微生物NME與人類NME1或人類NME7 A或B域之間的指定重疊區域中之序列一致性百分比，其中若該重疊區域中之同源性等於或大於25%，則將該微生物視為疾病引發媒介；或b. 測試微生物NME刺激幹細胞生長或維持幹細胞中之多能性之能力，其中若該微生物NME刺激幹細胞生長或維持幹細胞中之多能性，則將該微生物視為疾病引發媒介；或c. 測試該微生物NME刺激癌細胞生長或維持癌細胞之癌性表型之能力，其中若該微生物NME刺激癌細胞生長或維持癌細胞之癌性表型，則將該微生物視為引起癌症之媒介；或d. (i)獲得將微生物感染與罹患進一步罹患該疾病或癌症之增加之風險相關聯之資料；(ii)由該資料檢驗來鑑別該微生物；(iii)測定該微生物中之NME之胺基酸序列；(iv)測定該微生物NME與人類NME1或NME7-A或NME7-B之間的序列一致性；(v)若在該微生物NME與該人類NME1或NME7之間存在至少25%序列同源性，則確定該微生物為促進該疾病之原因；(vi)由(v)中確定之該微生物鑑別獨特微生物NME序列；(vii)產生針對該獨特微生物NME序列之抗體；及(viii)使用對於治療或預防該疾病具治療或預防性之抗體或產生(vi)中鑑別之肽、耦合至載體蛋白且作為疫苗向人類投予。
如申請專利範圍第68項之方法，其中該微生物為細菌。
如申請專利範圍第68項之方法，其中該資料為流行病研究資料。
如申請專利範圍第68項之方法，其中該疾病為癌症。
一種診斷患者之癌症或罹患癌症之風險之方法，其包含測定該患者是否受表現在指定重疊區域與人類NME1或人類NME7具有至少25%序列一致性之NME之微生物感染。
如申請專利範圍第72項之方法，其中該微生物為細菌。
一種治療經診斷患有癌症之患者之方法，其包含以下步驟：測定該患者是否帶有表現與人類NME1或人類NME7具有大於25%同源性之NME之微生物及向該患者投予足夠量的抑制該微生物增殖之藥劑。
如申請專利範圍第74項之方法，其中該微生物為細菌。
一種治療經診斷患有癌症之患者之方法，其包含以下步驟：測定該患者是否帶有表現與人類NME1或人類NME7域A或B具有大於25%同源性之NME蛋白之微生物，及向該患者投予不會引起癌症或增加罹患癌症之風險之微生物。
如申請專利範圍第76項之方法，其中該微生物為真菌。
如申請專利範圍第77項之方法，其中該微生物為酵母菌。
如申請專利範圍第78項之方法，其中該微生物為細菌。
一種治療或預防人類之癌症之方法，其包含產生識別SEQ ID NO：1-802之微生物肽序列中之一或多者之抗體，及向該人類投予有效量之該抗體。
如申請專利範圍第80項之方法，其中該抗體進一步抑制該微生物NME與MUC1*或PSMGFR肽之結合。
一種鑑別消除微生物之致癌風險之藥劑之方法，其包含將如SEQ ID NO：1-802闡述之該等肽中之一或多者暴露於候選藥物並測定何種候選藥物阻止該肽與人類MUC1*或PSMGFR肽之結合，其中阻止該肽與人類MUC1*或PSMGFR肽之結合之候選藥物為消除該微生物之致癌風險之藥劑。
一種治療患者之方法，其包含：(1)確定患者經具有在同源重疊區域中與人類NME1或NME7A或NME7B域具有至少25%同源性之NME蛋白之微生物感染；(2)向該患者投予(i)選自具有SEQ ID NO：257-807之肽之結合於PSMGFR序列之肽，或(ii)使用具有SEQ ID NO：1-802之肽作為免疫原產生或選擇之抗體，或(iii)經工程改造以在跨膜蛋白之細胞外域中表現SEQ ID NO：1-807之肽中之一者之序列的抗原呈現細胞。