TW201402594A - 核苷類似物的製造中間體及其製造方法 - Google Patents

核苷類似物的製造中間體及其製造方法 Download PDF

Info

Publication number
TW201402594A
TW201402594A TW102121335A TW102121335A TW201402594A TW 201402594 A TW201402594 A TW 201402594A TW 102121335 A TW102121335 A TW 102121335A TW 102121335 A TW102121335 A TW 102121335A TW 201402594 A TW201402594 A TW 201402594A
Authority
TW
Taiwan
Prior art keywords
group
protected
carbon atoms
amine
compound
Prior art date
Application number
TW102121335A
Other languages
English (en)
Inventor
Makoto Koizumi
Koji Morita
Miho Sato
Original Assignee
Daiichi Sankyo Co Ltd
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Daiichi Sankyo Co Ltd filed Critical Daiichi Sankyo Co Ltd
Publication of TW201402594A publication Critical patent/TW201402594A/zh

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H23/00—Compounds containing boron, silicon, or a metal, e.g. chelates, vitamin B12
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07F—ACYCLIC, CARBOCYCLIC OR HETEROCYCLIC COMPOUNDS CONTAINING ELEMENTS OTHER THAN CARBON, HYDROGEN, HALOGEN, OXYGEN, NITROGEN, SULFUR, SELENIUM OR TELLURIUM
    • C07F7/00—Compounds containing elements of Groups 4 or 14 of the Periodic Table
    • C07F7/02—Silicon compounds
    • C07F7/08—Compounds having one or more C—Si linkages
    • C07F7/10—Compounds having one or more C—Si linkages containing nitrogen having a Si-N linkage
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H19/00—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof
    • C07H19/02—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof sharing nitrogen
    • C07H19/04—Heterocyclic radicals containing only nitrogen atoms as ring hetero atom
    • C07H19/16—Purine radicals
    • Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
    • Y02P—CLIMATE CHANGE MITIGATION TECHNOLOGIES IN THE PRODUCTION OR PROCESSING OF GOODS
    • Y02P20/00—Technologies relating to chemical industry
    • Y02P20/50—Improvements relating to the production of bulk chemicals
    • Y02P20/55—Design of synthesis routes, e.g. reducing the use of auxiliary or protecting groups

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Saccharide Compounds (AREA)
  • Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)

Abstract

本發明發現不論核酸鹼基之種類，能以良好產率製造穩定且有優良之反股或反基因(antigene)活性、或具有作為特定基因之檢測劑(探針)或起始增幅之引子的優良活性的寡核苷酸類似物之製造中間體即化合物(III)之方法。□[式中，X、Y及Z為相同或不同，表示羥基之保護基，A表示碳數1至4個之伸烷基，R表示矽基系保護基，B表示嘌呤-9-基或具有選自於α群之取代基的取代嘌呤-9-基。α群為包含羥基、經保護的羥基、碳數1至4個之烷氧基、巰基、經保護的巰基、碳數1至4個之烷硫基、胺基、經保護的胺基、經碳數1至4個之烷基取代之胺基、碳數1至4個之烷基、及鹵素原子之群。]係使通式(II)表示之化合物及其鹽與由(IVb)獲得之三甲基矽基化化合物反應，而製造通式(III)表示之化合物及其鹽之方法。

Description

核苷類似物的製造中間體及其製造方法
本發明係關於安定且具有優良之反股或反基因(antigene)活性、或具有作為特定基因之檢測劑(探針)或起始增幅之引子之優良活性的寡核苷酸類似物之製造中間體，即核苷類似物之新穎製造中間體，及其製造方法。
專利文獻1中記載了安定且具有優良之反股或反基因活性、或具有作為特定基因之檢測劑(探針)或起始增幅之引子的優良活性的寡核苷酸類似物及其製造中間體即核苷類似物， 就此核苷類似物之製造方法，記載A-3步驟及A-4步驟。
但是專利文獻1中有具體記載的僅有R7為對 甲苯磺醯氧基的例子，沒有關於矽基系保護基之記載。專利文獻1記載之製造方法，尤其是核酸鹼基為2-異丁醯基胺基-6-羥基嘌呤-9-基時，會有反應產率顯著下降的缺點(參考例15及實施例24之兩個步驟，產率為6%)。又，其他的核酸鹼基，例如為6-苯甲醯胺基嘌呤-9-基的情形，A-3步驟之產率為52%之低，不能算得上滿足工業上的需求。
專利文獻2中記載2’位及4’位經以NHCOCH2基經交聯之核苷類似物，實施例5(6)揭示從化合物39合成化合物40的步驟。
[先前技術文獻] [專利文獻]
[專利文獻1]日本特開2000-297097號公報
[專利文獻2]國際公開編號WO2011/052436A1號小冊
本案發明人等為了解決上述問題進行了各種研究，結果發現藉由使用具有特定保護基之製造中間體 ，能夠無論核酸鹼基之種類，提高反應產率，並完成了本發明。
本發明之製造方法係製造以下列通式(III)表示之化合物或其鹽之方法，係使以下列通式(IVb)表示之化合物與三甲基矽基化劑反應而得之三甲基矽基化化合物，與下列通式(II)表示之化合物或其鹽反應；
[式中，R4、R5及R6為相同或不同，表示氫原子、羥基、經保護的羥基、碳數1至4個之烷氧基、巰基、經保護的巰基、碳數1至4個之烷硫基、胺基、經保護的胺基、經碳數1至4個之烷基取代之胺基、碳數1至4個之烷基或鹵素原子]
[式中，X、Y及Z為相同或不同，表示羥基之保護基，A表示碳數1至4個之伸烷基，R表示矽基系保護基]、
[式中，X、Y、Z、A、及R表示與前述為相同意義，B表示嘌呤-9-基或具有選自下列α群之取代基的取 代嘌呤-9-基]。
α群，係包含羥基、經保護的羥基、碳數1至4個之烷氧基、巰基、經保護的巰基、碳數1至4個之烷硫基、胺基、經保護的胺基、經碳數1至4個之烷基取代之胺基、碳數1至4個之烷基、及鹵素原子之群組。
本發明之化合物，係上述通式(III)表示之化合物及其鹽。
又，本發明之製造方法，係製造下列通式(I)表示之化合物或其鹽之方法，包含以下步驟：使下列通式(IVb)表示之化合物與三甲基矽基化劑反應而得之三甲基矽基化化合物，與下列通式(II)表示之化合物反應，而製造下列通式(III)表示之化合物或其鹽；
[式中，R4、R5及R6表示與前述為相同意義。]
[式中，X、Y、Z、A及R表示與前述為相同意義。]
[式中，X、Y、Z、A、R及B表示與前述為相 同意義。]
[式中，X、Y、A及B表示與前述為相同意義]。
本發明中，A之「碳數1至4個之伸烷基」，例如：亞甲基、伸乙基、三亞甲基或四亞甲基，較佳為亞甲基或伸乙基，更理想為亞甲基。
本發明中，X、Y及Z之「羥基之保護基」、及α群之「經保護的羥基」之保護基，係指可能因加氫分解、水解、電分解及光分解之類的化學方法或於人體內水解等之生物學的方法而開裂之保護基，如此之保護基，例如：甲醯基、乙醯基、丙醯基、丁醯基、異丁醯基、戊醯基(pentanoyl)、三甲基乙醯基、戊醯基(valeryl)、異戊醯基、辛醯基、壬醯基、癸醯基、3-甲基壬醯基、8-甲基壬醯基、3-乙基辛醯基、3,7-二甲基辛醯基、十一醯基、十二醯基、十三醯基、十四醯基、十五醯基、十六醯基、1-甲基十五醯基、14-甲基十五醯基、13,13-二甲基十四醯基、十七醯基、15-甲基十六醯基、十八醯基、1-甲基十七醯基、十九醯基、二十醯基、二十一醯基之類的烷基羰基、丁二醯基、戊二醯基、己二醯基之類的羧基化烷基羰基、氯乙醯基、二氯乙醯基、三氯乙醯基、三氟乙醯基之類的鹵代低級烷基羰基、甲氧基乙 醯基之類的低級烷氧基低級烷基羰基、如(E)-2-甲基-2-丁烯醯基的不飽和烷基羰基之類的「脂肪族醯基」；苯甲醯基、α-萘甲醯基、β-萘甲醯基之類的芳基羰基、2-溴苯甲醯基、4-氯苯甲醯基之類的鹵代芳基羰基、2,4,6-三甲基苯甲醯基、4-甲苯甲醯基之類的低級烷基化芳基羰基、4-甲氧苯甲醯基之類的低級烷氧基化芳基羰基、2-羧基苯甲醯基、3-羧基苯甲醯基、4-羧基苯甲醯基之類的羧基化芳基羰基、4-硝基苯甲醯基、2-硝基苯甲醯基之類的硝基化芳基羰基；2-(甲氧羰基)苯甲醯基之類的低級烷氧基羰基化芳基羰基、如4-苯基苯甲醯基之芳基化芳基羰基之類的「芳香族醯基」；四氫哌喃-2-基、3-溴四氫哌喃-2-基、4-甲氧基四氫哌喃-4-基、四氫噻哌喃-2-基、4-甲氧基四氫噻哌喃-4-基之類的「四氫哌喃基或四氫噻哌喃基」；四氫呋喃-2-基、四氫硫呋喃-2-基之類的「四氫呋喃基或四氫硫呋喃基」；甲氧基甲基、1,1-二甲基-1-甲氧基甲基、乙氧基甲基、丙氧基甲基、異丙氧基甲基、丁氧基甲基、三級丁氧基甲基之類的「低級烷氧基甲基」；2-甲氧基乙氧基甲基之類的「低級烷氧基化低級烷氧基甲基」；2,2,2-三氯乙氧基甲基、雙(2-氯乙氧基)甲基之類的「鹵代低級烷氧基甲基」；1-乙氧基乙基、1-(異丙氧基)乙基之類的「低級烷氧基化乙基」；2,2,2-三氯乙基之類的「鹵化乙基」；苄基、α-萘基甲基、β-萘基甲基、二苯基甲基、三苯基甲基、α-萘基二苯基甲基、9-蒽甲基之類的「經1至3個芳基取代之甲基」；4-甲基苄基、2,4,6-三甲基苄基、3,4,5-三甲基苄基、 4-甲氧基苄基、4-甲氧基苯基二苯基甲基、4,4’-二甲氧基三苯基甲基、2-硝基苄基、4-硝基苄基、4-氯苄基、4-溴苄基、4-氰基苄基之類的「芳基環有低級烷基、低級烷氧基、鹵素、氰基取代之經1至3個芳基取代之甲基」；甲氧基羰基、乙氧基羰基、三級丁氧基羰基、異丁氧基羰基之類的「低級烷氧基羰基」；2,2,2-三氯乙氧基羰基之類的「經鹵素取代之低級烷氧基羰基」；乙烯氧基羰基、芳氧基羰基之類的「烯氧基羰基」或苄氧基羰基、4-甲氧基苄氧基羰基、3,4-二甲氧基苄氧基羰基、2-硝基苄氧基羰基、4-硝基苄氧基羰基之類的1或2個「芳基環也可有低級烷氧基或硝基取代之芳烷氧基羰基」，X及Y之「羥基之保護基」，宜為「經1至3個芳基取代之甲基」或「芳基環有低級烷基、低級烷氧基、鹵素、氰基取代之經1至3個芳基取代之甲基」，更理想為苄基、β-萘基甲基、對甲氧基苄基、二甲氧基三苯甲基或單甲氧基三苯甲基，此Z之「羥基之保護基」，宜為碳數2至4個之脂肪族醯基(例如：乙醯基、丙醯基或丁醯基)，更理想為乙醯基，α群之「經保護的羥基」，宜為「經硝基化芳基取代之乙基」或「芳基化胺基羰基」，更理想為1-(4-硝基苯基)乙基或二苯胺基羰基。
本發明中，R之「矽基系保護基」，可為三甲基矽基、三乙基矽基、異丙基二甲基矽基、三級丁基二甲基矽基、甲基二異丙基矽基、甲基二三級丁基矽基、三異丙基矽基之類的三低級烷基矽基；或二苯基甲基矽基、二苯基丁基矽基、二苯基異丙基矽基、三級丁基 二苯基矽基、苯基二異丙基矽基之類的單芳基二低級烷基矽基或二芳基單低級烷基矽基之類的「矽基系保護基」，較佳為單芳基二低級烷基矽基或二芳基單低級烷基矽基，更理想為三級丁基二苯基矽基。
本發明中，α群之「碳數1至4個之烷氧基」，例如：甲氧基、乙氧基、正丙氧基、異丙氧基、正丁氧基、異丁氧基、二級丁氧基或三級丁氧基，宜為甲氧基或乙氧基。
本發明中，α群之「經保護的巰基」之保護基，例如：上述作為羥基之保護基列舉者，此外可為甲硫基、乙硫基、三級丁硫基之類的烷硫基、苄硫基之類的芳硫基等之「形成二硫化物(disulfide)之基」，宜為「脂肪族醯基」或「芳香族醯基」，更佳為苯甲醯基。
本發明中，α群之「碳數1至4個之烷硫基」，例如：甲硫基、乙硫基、丙硫基、異丙硫基、丁硫基、異丁硫基、二級丁硫基或三級丁基硫基，較佳為甲硫基或乙硫基。
本發明中，α群之「經保護的胺基」之保護基，例如：甲醯基、乙醯基、丙醯基、丁醯基、異丁醯基、戊醯基(pentanoyl)、三甲基乙醯基、戊醯基(valeryl)、異戊醯基、辛醯基、壬醯基、癸醯基、3-甲基壬醯基、8-甲基壬醯基、3-乙基辛醯基、3,7-二甲基辛醯基、十一醯基、十二醯基、十三醯基、十四醯基、十五醯基、十六醯基、1-甲基十五醯基、14-甲基十五醯基、13,13-二甲基十四醯基、十七醯基、15-甲基十六醯基、十八醯 基、1-甲基十七醯基、十九醯基、二十醯基及二十一醯基之類的烷基羰基、丁二醯基、戊二醯基、己二醯基之類的羧基化烷基羰基、氯乙醯基、二氯乙醯基、三氯乙醯基、三氟乙醯基之類的鹵代低級烷基羰基、甲氧基乙醯基之類的低級烷氧基低級烷基羰基、苯氧基乙醯基之類的芳氧基低級烷基羰基、4-(三級丁基)苯氧基乙醯基之類的芳氧基低級烷基羰基、(E)-2-甲基-2-丁烯醯基之類的不飽和烷基羰基等之「脂肪族醯基」；苯甲醯基、α-萘甲醯基、β-萘甲醯基之類的芳基羰基、2-溴苯甲醯基、4-氯苯甲醯基之類的鹵代芳基羰基、2,4,6-三甲基苯甲醯基、4-甲苯甲醯基之類的低級烷基化芳基羰基、4-甲氧苯甲醯基之類的低級烷氧基化芳基羰基、2-羧基苯甲醯基、3-羧基苯甲醯基、4-羧基苯甲醯基之類的羧基化芳基羰基、4-硝基苯甲醯基、2-硝基苯甲醯基之類的硝基化芳基羰基、2-(甲氧羰基)苯甲醯基之類的低級烷氧基羰基化芳基羰基、4-苯基苯甲醯基之類的芳基化芳基羰基等之「芳香族醯基」；甲氧基羰基、乙氧基羰基、三級丁氧基羰基、異丁氧基羰基之類的「低級烷氧基羰基」；2,2,2-三氯乙氧基羰基、2-三甲基矽基乙氧基羰基之類的「經鹵素或三低級烷基矽基取代之低級烷氧基羰基」；乙烯氧基羰基、芳氧基羰基之類的「烯氧基羰基」；苄氧基羰基、4-甲氧基苄氧基羰基、3,4-二甲氧基苄氧基羰基、2-硝基苄氧基羰基、4-硝基苄氧基羰基之類的1或2個之「芳基環也可有低級烷氧基或硝基取代之芳烷氧基羰基」，較佳為「脂肪族醯基」或、「芳香族醯基」 ，更理想為異丁醯基或苯甲醯基，最理想為異丁醯基。
本發明中，α群之「經碳數1至4個之烷基取代之胺基」，例如：甲胺基、乙胺基、丙胺基、異丙胺基、丁胺基、異丁胺基、二級丁胺基、三級丁胺基、二甲胺基、二乙胺基、二丙胺基、二異丙胺基、二丁胺基、二異丁胺基、二(二級丁基)胺基或二(三級丁基)胺基，較理想為甲胺基、乙胺基、二甲胺基、二乙胺基或二異丙胺基。
本發明中，α群之「碳數1至4個之烷基」，例如：甲基、乙基、丙基、異丙基、丁基、異丁基、二級丁基或三級丁基，較理想為甲基或乙基。
本發明中，α群之「鹵素原子」，為氟原子、氯原子、溴原子或碘原子，較理想為氟原子或氯原子。
本發明中，B之「嘌呤-9-基」及「取代嘌呤-9-基」全體，較理想的基團為6-胺基嘌呤-9-基(亦即，腺嘌呤基)、胺基經保護的6-胺基嘌呤-9-基、2,6-二胺基嘌呤-9-基、2-胺基-6-氯嘌呤-9-基、胺基經保護的2-胺基-6-氯嘌呤-9-基、2-胺基-6-氟嘌呤-9-基、胺基經保護的2-胺基-6-氟嘌呤-9-基、2-胺基-6-溴嘌呤-9-基、胺基經保護的2-胺基-6-溴嘌呤-9-基、2-胺基-6-羥基嘌呤-9-基(亦即，鳥嘌呤基)、胺基經保護的2-胺基-6-羥基嘌呤-9-基、胺基及羥基經保護的2-胺基-6-羥基嘌呤-9-基、6-胺基-2-甲氧基嘌呤-9-基、6-胺基-2-氯嘌呤-9-基、6-胺基-2-氟嘌呤-9-基、2,6-二甲氧基嘌呤-9-基、2,6-二氯嘌呤-9-基或6-巰基嘌呤-9-基，更理想為6-苯甲醯胺基嘌呤-9-基 、腺嘌呤基、2-異丁醯基胺基-6-羥基嘌呤-9-基或鳥嘌呤基。
本發明中，「其鹽」，係因化合物(II)及(III)可成鹽故稱為其鹽，如此之鹽宜為鈉鹽、鉀鹽、鋰鹽之類的鹼金屬鹽、鈣鹽、鎂鹽之類的鹼土金屬鹽、鋁鹽、鐵鹽、鋅鹽、銅鹽、鎳鹽、鈷鹽等之金屬鹽；銨鹽之類的無機鹽、三級辛胺鹽、二苄胺鹽、啉鹽、葡萄糖胺鹽、苯基甘胺酸烷酯鹽、乙二胺鹽、N-甲基還原葡萄糖胺鹽(N-methylglucamine salt)、胍鹽、二乙胺鹽、三乙胺鹽、二環己胺鹽、N,N’-二苄基乙二胺鹽、氯普魯卡因鹽、普魯卡因鹽、二乙醇胺鹽、N-苄基-苯乙胺鹽、哌鹽、四甲基銨鹽、參(羥基甲基)胺基甲烷鹽之類的有機鹽等之胺鹽；氫氟酸鹽、鹽酸鹽、氫溴酸鹽、氫碘酸鹽之類的鹵素原子化氫酸鹽、硝酸鹽、過氯酸鹽、硫酸鹽、磷酸鹽等之無機酸鹽；甲烷磺酸鹽、三氟甲烷磺酸鹽、乙烷磺酸鹽之類的低級烷磺酸鹽、苯磺酸鹽、對甲苯磺酸鹽之類的芳基磺酸鹽、乙酸鹽、蘋果酸鹽、富馬酸鹽、琥珀酸鹽、檸檬酸鹽、酒石酸鹽、草酸鹽、馬來酸鹽等之有機酸鹽；或甘胺酸鹽、離胺酸鹽、精胺酸鹽、鳥胺酸鹽、麩胺酸鹽、天冬胺酸鹽之類的胺基酸鹽。
本發明之製造方法宜如下述。
(1)X為經1至3個芳基取代之甲基、或芳基環有低級烷基、低級烷氧基、鹵素或氰基取代之經1至3個芳基取代之甲基之製造方法。
(2)X為苄基、對甲氧基苄基、二甲氧基三苯甲基或 單甲氧基三苯甲基之製造方法。
(3)Y為經1至3個芳基取代之甲基、或芳基環有低級烷基、低級烷氧基、鹵素或氰基取代之經1至3個芳基取代之甲基之製造方法。
(4)Y為苄基、β-萘基甲基或對甲氧基苄基之製造方法。
(5)Z為碳數2至4個之脂肪族醯基之製造方法。
(6)Z為乙醯基之製造方法。
(7)A為亞甲基或伸乙基之製造方法。
(8)A為亞甲基之製造方法。
(9)B為6-胺基嘌呤-9-基(亦即，腺嘌呤基)、胺基經保護的6-胺基嘌呤-9-基、2,6-二胺基嘌呤-9-基、2-胺基-6-氯嘌呤-9-基、胺基經保護的2-胺基-6-氯嘌呤-9-基、2-胺基-6-氟嘌呤-9-基、胺基經保護的2-胺基-6-氟嘌呤-9-基、2-胺基-6-溴嘌呤-9-基、胺基經保護的2-胺基-6-溴嘌呤-9-基、2-胺基-6-羥基嘌呤-9-基(亦即，鳥嘌呤基)、胺基經保護的2-胺基-6-羥基嘌呤-9-基、胺基及羥基經保護的2-胺基-6-羥基嘌呤-9-基、6-胺基-2-甲氧基嘌呤-9-基、6-胺基-2-氯嘌呤-9-基、6-胺基-2-氟嘌呤-9-基、2,6-二甲氧基嘌呤-9-基、2,6-二氯嘌呤-9-基或6-巰基嘌呤-9-基之製造方法。
(10)B為6-苯甲醯胺基嘌呤-9-基、腺嘌呤基、2-異丁醯基胺基-6-羥基嘌呤-9-基或鳥嘌呤基之製造方法。
(11)R為三低級烷基矽基或單芳基二低級烷基矽基或二芳基單低級烷基矽基之製造方法。
(12)R為單芳基二低級烷基矽基或二芳基單低級烷基矽基之製造方法。
(13)R為三級丁基二苯基矽基之製造方法。
上述(1)及(2)、(3)及(4)、(5)及(6)、(7)及(8)、(9)及(10)、或(11)至(13)，隨著編號變大，代表更理想的製造方法，本發明之製造方法中，X從(1)及(2)任意選擇，Y從(3)及(4)任意選擇，Z從(5)及(6)任意選擇，A從(7)及(8)任意選擇，B從(9)及(10)任意選擇，R從(11)至(13)任意選擇，及將此等任意組合而得之製造方法亦為理想。
本發明化合物(III)，宜為如下。
(1)X為經1至3個芳基取代之甲基、或芳基環有低級烷基、低級烷氧基、鹵素或氰基取代之經1至3個芳基取代之甲基之化合物及其鹽。
(2)X為苄基、對甲氧基苄基、二甲氧基三苯甲基或單甲氧基三苯甲基之化合物及其鹽。
(3)Y為經1至3個芳基取代之甲基、或芳基環有低級烷基、低級烷氧基、鹵素或氰基取代之經1至3個芳基取代之甲基之化合物及其鹽。
(4)Y為苄基、β-萘基甲基或對甲氧基苄基之化合物及其鹽。
(5)Z為碳數2至4個之脂肪族醯基之化合物及其鹽。
(6)Z為乙醯基之化合物及其鹽。
(7)A為亞甲基或伸乙基之化合物及其鹽。
(8)A為亞甲基之化合物及其鹽。
(9)B為6-胺基嘌呤-9-基(亦即，腺嘌呤基)、胺基經保護的6-胺基嘌呤-9-基、2,6-二胺基嘌呤-9-基、2-胺基-6-氯嘌呤-9-基、胺基經保護的2-胺基-6-氯嘌呤-9-基、2-胺基-6-氟嘌呤-9-基、胺基經保護的2-胺基-6-氟嘌呤-9-基、2-胺基-6-溴嘌呤-9-基、胺基經保護的2-胺基-6-溴嘌呤-9-基、2-胺基-6-羥基嘌呤-9-基(亦即，鳥嘌呤基)、胺基經保護的2-胺基-6-羥基嘌呤-9-基、胺基及羥基為經保護的2-胺基-6-羥基嘌呤-9-基、6-胺基-2-甲氧基嘌呤-9-基、6-胺基-2-氯嘌呤-9-基、6-胺基-2-氟嘌呤-9-基、2,6-二甲氧基嘌呤-9-基、2,6-二氯嘌呤-9-基或6-巰基嘌呤-9-基之化合物及其鹽。
(10)B為6-苯甲醯胺基嘌呤-9-基、腺嘌呤基、2-異丁醯基胺基-6-羥基嘌呤-9-基或鳥嘌呤基之化合物及其鹽。
(11)R為三低級烷基矽基或單芳基二低級烷基矽基或二芳基單低級烷基矽基之化合物及其鹽。
(12)R為單芳基二低級烷基矽基或二芳基單低級烷基矽基之化合物及其鹽。
(13)R為三級丁基二苯基矽基之化合物及其鹽。
上述(1)及(2)、(3)及(4)、(5)及(6)、(7)及(8)、(9)及(10)、或(11)至(13)，隨編號增大，代表更理想的化合物，本發明之製造中間體中，X從(1)及(2)任意選擇，Y從(3)及(4)任意選擇，Z從(5)及(6)任意選擇，A從(7)及(8)任意選擇，B從(9)及(10)任意選擇，R從(11)至(13)任意選擇，及將此等任意組合而得之化合物及其鹽亦為理想，尤理想為2’-O-乙醯基-3’,5’-二-O-苄基-4’-(2-三級 丁基二苯基矽氧基乙基)-6-N-苯甲醯基腺苷、2’-O-乙醯基-3’,5’-二-O-苄基-4’-(2-三級丁基二苯基矽氧基乙基)-2-N-異丁醯基鳥苷及其鹽。最理想為2’-O-乙醯基-3’,5’-二-O-苄基-4’-(2-三級丁基二苯基矽氧基乙基)-2-N-異丁醯基鳥苷及其鹽。
化合物(IVb)，為嘌呤，或也可具有選自包含羥基、經保護的羥基、碳數1至4個之烷氧基、巰基、經保護的巰基、碳數1至4個之烷硫基、胺基、經保護的胺基、經碳數1至4個之烷基取代之胺基、碳數1至4個之烷基、及鹵素原子之群組中之取代基的取代嘌呤，宜為從下列群組中選擇之化合物及其鹽。
(化合物群)
胺基經保護的腺嘌呤、胺基經保護的鳥嘌呤及其鹽，宜為胺基經「脂肪族醯基」或「芳香族醯基」保護的腺嘌呤、胺基經「脂肪族醯基」或「芳香族醯基」保護的鳥嘌呤及其鹽，更理想為N6-苯甲醯基腺嘌呤、N6-乙醯基腺嘌呤、N6-苯氧基乙醯基腺嘌呤、N6-(三級丁基)苯氧基乙醯基腺嘌呤、N2-異丁醯基鳥嘌呤、N2-乙醯基鳥嘌呤、N2-苯氧基乙醯基鳥嘌呤、N2-(三級丁基)苯氧基乙醯基鳥嘌呤、及其鹽，又更理想為N6-苯甲醯基腺嘌呤、N2-異丁醯基鳥嘌呤、及其鹽。
本發明中，三甲基矽基化化合物，係使化合物(IVb)與三甲基矽基化劑反應而製造之化合物，係將位於化合物(IVb)中之胺基或雜環上之氮原子所鍵結之氫原子、及/或羥基上之氧原子所鍵結之氫原子代換為鍵結 三甲基矽基者。三甲基矽基化化合物較不安定，所以不單離而用在下一反應。理想地，為胺基經「脂肪族醯基」或「芳香族醯基」保護的腺嘌呤、或胺基經「脂肪族醯基」或「芳香族醯基」保護的鳥嘌呤中之胺基或雜環上之氮原子所鍵結之氫原子、及/或羥基上之氧原子所鍵結之氫原子代換為鍵結三甲基矽基的化合物及其鹽，更理想為N6-苯甲醯基腺嘌呤、N6-乙醯基腺嘌呤、N6-苯氧基乙醯基腺嘌呤、N6-(三級丁基)苯氧基乙醯基腺嘌呤、N2-異丁醯基鳥嘌呤、N2-乙醯基鳥嘌呤、N2-苯氧基乙醯基鳥嘌呤、或N2-(三級丁基)苯氧基乙醯基鳥嘌呤中之胺基或雜環上之氮原子所鍵結之氫原子、及/或羥基上之氧原子所鍵結之氫原子代換為鍵結三甲基矽基之化合物及其鹽，尤理想為N6-苯甲醯基腺嘌呤、或N2-異丁醯基鳥嘌呤中之胺基或雜環上之氮原子所鍵結之氫原子、及/或羥基上之氧原子所鍵結之氫原子代換為鍵結三甲基矽基的化合物及其鹽。
例如：N6-苯甲醯基-N6，N9-雙(三甲基矽基)腺嘌呤或O6,N2,N9-參(三甲基矽基)-N2-異丁醯基鳥嘌呤。
本發明中，化合物(III)、化合物(IVb)、或化合物(IVb)之三甲基矽基化化合物，有時具有互變異構性。該等化合物之中之下列次結構為任一互變異構性之結構，也包括在本發明。
[式中，R7表示氫、羥基之保護基、胺基之保護基、或三甲基矽基。]
依本發明，能不論核酸鹼基之種類，以良好產率製造安定且具有優良反股或反基因活性、或具有作為特定基因之檢測劑(探針)或起始增幅之引子的優良活性的寡核苷酸類似物及其製造中間體即核苷類似物化合物(I)之製造中間體，即化合物(III)。
[實施發明之形態]
本發明之製造方法，係使化合物(IVb)與三甲基矽基化劑反應後，使獲得之三甲基矽基化化合物與化合物(II)反應，而製造化合物(III)之方法。
[式中，R4、R5、R6、X、Y、Z、A、R及B表示與前述為相同意義。]
(1)化合物(II)之製造步驟
此步驟之起始物質即化合物(II)，可使矽基系保護化 劑，於鈍性溶劑中，鹼觸媒存在下，與日本特開2000-297097號公報記載之A法之(3)之化合物反應而製造。
使用之矽基系保護化劑，為三甲基矽基氯、三乙基矽基氯、異丙基二甲基矽基氯、三級丁基二甲基矽基氯、甲基二異丙基矽基氯、甲基二三級丁基矽基氯、三異丙基矽基氯之類的三低級烷基矽基氯類；二苯基甲基矽基氯、二苯基丁基矽基氯、二苯基異丙基矽基氯、三級丁基二苯基矽基氯、苯基二異丙基矽基氯之類的單芳基二低級烷基矽基或二芳基單低級烷基矽基氯類。
使用之溶劑，例如：苯、甲苯、二甲苯之類的芳香族烴類；二氯甲烷、氯仿、四氯化碳、1,2-二氯乙烷、氯苯、二氯苯之類的鹵化烴類；乙腈、異丁腈之類的腈類；甲醯胺、N,N-二甲基甲醯胺、N,N-二甲基乙醯胺、N-甲基-2-吡咯啶酮、N-甲基吡咯啶酮(N-methylpyrrolidinone)、六甲基磷酸三胺之類的醯胺類；或硫化碳，較佳為N,N-二甲基甲醯胺。
使用之鹼觸媒，例如：三乙胺、吡啶、N-甲基啉、DBU及咪唑之類的有機鹼類，較佳為咪唑。
反應溫度，取決於使用之原料化合物、溶劑、鹼觸媒而有所不同，通常為0℃至100℃，宜為0℃至50℃。
反應時間，取決於使用之原料化合物、溶劑、鹼觸媒、反應溫度而有所不同，通常為0.5小時至24小時，宜為1小時至8小時。
反應結束後，本反應之目的化合物(II)，可藉由例如將反應混合物濃縮，加入水與乙酸乙酯之類的不互混之有機溶劑，水洗後，分離含有目的化合物之有機層並以無水硫酸鎂等乾燥後，將溶劑餾去以獲得。
獲得之化合物，若有必要，可依常法例如：再結晶、矽膠管柱層析等進一步精製。
(2)三甲基矽基化化合物之製造步驟
此步驟使用之三甲基矽基化化合物，可以使化合物(IVb)與三甲基矽基化劑反應而製造。
使用之三甲基矽基化劑，可為三甲基矽基氯、N,O-雙(三甲基矽基)乙醯胺(BSA)、N,O-雙(三甲基矽基)三氟乙醯胺、N-甲基-N-(三甲基矽基)三氟乙醯胺、1,1,1,3,3,3-六甲基二矽氮烷(HMDS)、或三甲矽基三氟甲烷磺酸酯(trimethylsily trifluoromethanesulfonate)，較佳為三甲基矽基氯、或N,O-雙(三甲基矽基)乙醯胺(BSA)。
使用之三甲基矽基化劑，相對於化合物(IVb)中之N-H基上之氮原子或羥基上之氧原子所鍵結之1至4個氫原子的1個反應點，通常使用1至100當量，更理想為使用2至50當量，尤理想為使用5至30當量。
使用之溶劑，例如：苯、甲苯、二甲苯之類的芳香族烴類；二氯甲烷、氯仿、四氯化碳、1,2-二氯乙烷、氯苯、二氯苯之類的鹵化烴類；乙腈、異丁腈之類的腈類；甲醯胺、N,N-二甲基甲醯胺、N,N-二甲基乙醯胺、N-甲基-2-吡咯啶酮、N-甲基吡咯啶酮、六甲基磷酸三胺之類的醯胺類；1,1,1,3,3,3-六甲基二矽氮烷 (HMDS)；或硫化碳，較理想為甲苯、或乙腈、或HMDS。
此步驟中，視需要也可使用例如：三乙胺、吡啶、N-甲基啉、DBU及咪唑之類的有機鹼類作為鹼觸媒，宜為三乙胺。
反應溫度，取決於使用之原料化合物、溶劑、鹼觸媒而有所不同，通常為0℃至180℃，較理想為20℃至120℃。
反應結束後，本反應之目的化合物，可例如將反應混合物濃縮並於減壓下乾燥後，直接用在下一步驟。
(3)化合物(III)之製造步驟
此步驟，係於鈍性溶劑中，酸觸媒存在下，使前述三甲基矽基化化合物與前述化合物(II)反應，而製造化合物(III)之步驟。
使用之溶劑，例如：苯、甲苯、二甲苯之類的芳香族烴類；二氯甲烷、氯仿、四氯化碳、1,2-二氯乙烷、氯苯、二氯苯之類的鹵化烴類；乙腈、異丁腈之類的腈類；甲醯胺、N,N-二甲基甲醯胺、N,N-二甲基乙醯胺、N-甲基-2-吡咯啶酮、N-甲基吡咯啶酮、六甲基磷酸三胺之類的醯胺類；或硫化碳，較理想為芳香族烴類或腈類，更理想為甲苯或乙腈。
使用之酸觸媒，例如：氯化鋁、四氯化錫、四氯化鈦、三氟硼、三甲矽基三氟甲烷磺酸酯之類的路易士酸觸媒，較理想為三甲矽基三氟甲烷磺酸酯。
反應溫度，取決於使用之原料化合物、溶劑、酸觸媒而有所不同，通常為0℃至150℃，較理想為70℃至120℃。
反應時間，取決於使用之原料化合物、溶劑、酸觸媒、反應溫度而有所不同，通常為0.5小時至24小時，較理想為1小時至8小時。
反應結束後，本反應之目的化合物(III)，可藉由例如將反應混合物濃縮，加入水與乙酸乙酯之類的不互混之有機溶劑，水洗後，分離含有目的化合物之有機層，並以無水硫酸鎂等乾燥後，將溶劑餾去以獲得。
獲得之化合物，視須要可依常法例如：再結晶、矽膠管柱層析等予以進一步精製。
於製造化合物(III)之此步驟，也可使反應系中存在化合物(IVb)與三甲基矽基化劑，生成經三甲基矽基化之化合物，不單離三甲基矽基化化合物而於單一容器(one pot)中使其與化合物(II)反應。
於單一容器反應使用之三甲基矽基化劑，有：N,O-雙(三甲基矽基)乙醯胺(BSA)、或1,1,1,3,3,3-六甲基二矽氮烷(HMDS)等，理想為N,O-雙(三甲基矽基)乙醯胺。
[實施例]
以下舉實施例及參考例對於本發明更詳加說明。
(實施例1)
2’-O-乙醯基-3’,5’-二-O-苄基-4’-(2-三級丁基二苯 基矽氧基乙基)-6-N-苯甲醯基腺苷
(1)3,5-二-O-苄基-4-(2-三級丁基二苯基矽氧基乙基)-1,2-O-亞異丙基-α-D-赤式五碳呋喃糖(3,5-di-O-benzyl-4-(2-t-butyldiphenylsiloxyethyl)-1,2-O-isopropylidene-α-D-erythropentafuranose)
將3,5-二-O-苄基-4-(2-羥基乙基)-1,2-O-亞異丙基-α-D-赤式五碳呋喃糖(18.3g，44.2mmol)溶於乾燥二甲基甲醯胺(DMF，55mL)，於氮氣流下於此溶液中加入咪唑(15.7g，218mmol)，冷卻至0℃，加入三級丁基二苯基氯矽烷(23.0mL，88.4mmol)，攪拌15分鐘。反應結束後將反應液以醚(約3mL)稀釋，加入飽和碳酸氫鈉水溶液(約50mL)，進行減壓濃縮並將醚及DMF餾去。於殘渣中加入水(約10mL)後，以乙酸乙酯(30mL×3)萃取。將有機層以飽和食鹽水洗滌，以無水硫酸鎂乾燥後，進行減壓濃縮。將殘渣以矽膠管柱層析(溶出溶劑：己烷/乙酸乙酯=5/1)精製，獲得標題化合物(28.8g)。
(2)3,5-二-O-苄基-4-(2-三級丁基二苯基矽氧基乙基)-1,2-二-O-乙醯基-α-D-赤式五碳呋喃糖
將(1)獲得之化合物(28.8g，含有相當於44.2mmol之 量)溶於乙酸(150mL)，將此溶液冷卻至0℃，加入乙酸酐(82.2mL，871mmol)及濃硫酸(約10μL)後，進行30分鐘攪拌。反應結束後，將反應液加入冰水(50mL)中，進行1小時攪拌，並於其中加入飽和食鹽水(約50mL)，以乙酸乙酯(50mL×3)萃取。將有機層依序以飽和碳酸氫鈉水溶液及飽和食鹽水洗滌，以無水硫酸鎂乾燥後，進行減壓濃縮。將殘渣以矽膠管柱層析(溶出溶劑：己烷/乙酸乙酯=10/1)精製，獲得標題化合物(α體與β體之混合物、26.0g，產率：84%(2步驟))。以下顯示將獲得之化合物的一部分進一步精製所得之α體之NMR數據。
1H-NMR(400MHz,CDCl3)δ(ppm)：1.02(9H,s),1.84(3H,s),1.93(3H,s),1.95-2.18(2H,m),3.40(1H,d),3.50(1H,d),3.80-3.93(2H,m),4.35-4.60(5H,m),5.29(1H,d),6.03(1H,s),7,20-7.40(16H,m),7.60-7.70(4H,m)。
(3)2’-O-乙醯基-3’,5’-二-O-苄基-4’-(2-三級丁基二苯基矽氧基乙基)-6-N-苯甲醯基腺苷
於N6-苯甲醯基腺嘌呤(268mg，1.12mmol)加入HMDS(20mL)及三甲基矽基氯(4mL)，進行一晚回流，並減壓濃縮、乾燥，獲得經三甲基矽基化之N6-苯甲醯基腺嘌呤。
將(2)獲得之化合物(521mg，0.748mmol)溶於乾燥甲苯(10mL)，於氮氣流下，在此溶液中加入前述經三甲基矽基化之N6-苯甲醯基腺嘌呤及三甲矽基三氟甲烷磺酸酯(TMSOTf，166μL，0.901mmol)並攪拌，5分鐘 後以TLC(薄層層析)確認原料已消失，之後進行2小時加熱回流。反應結束後於反應液中加入飽和碳酸氫鈉水溶液(約2mL)，以矽藻土過濾。將濾液以二氯甲烷(約10mL)萃取，將有機層依序以飽和碳酸氫鈉溶液及飽和食鹽水洗滌，以無水硫酸鎂乾燥後進行減壓濃縮。將殘渣以矽膠管柱層析(溶出溶劑：二氯甲烷/甲醇=100/1)精製，獲得標題化合物(482mg，產率：74%)。
1H-NMR(400MHz,CDCl3)δ(ppm)：1.02(9H,s),1.88-1.97(1H,m),2.02(3H,s),2.15-2.25(1H,s),3.44(1H,d),3.75-3.90(3H,m),4.37-4.61(5H,m),5.86(1H,t),6.26(1H,d),7.20-7.65(23H,m),8.03(2H,d),8.31(1H,s),8.77(1H,s),9.04(1H,s)。
(實施例2)
3’,5’-二-O-苄基-2’-O-4’-C-伸乙基-6-N-苯甲醯基腺苷
(1)2’-O-乙醯基-3’,5’-二-O-苄基-4’-(2-羥基乙基)-6-N-苯甲醯基腺苷
將實施例1(3)獲得之化合物(475mg，0.542mmol)溶於乾燥四氫呋喃(THF，5mL)，於此溶液中加入四丁基氟化銨之THF溶液(1mol/L，705μL，0.705mmol)，並於室溫進行12小時攪拌。反應結束後將反應液減壓濃縮，並將殘渣以矽膠管柱層析(溶出溶劑：二氯甲烷/甲醇=50/1)精製，獲得標題化合物(269mg，產率：78%)。
1H-NMR(400MHz,CDCl3)δ(ppm)：1.88-1.95(1H,m),2.08(3H,s),2.20-2.30(2H,m),3.47(1H,d), 3.74(1H,d),3.76-3.85(2H,m),4.42-4.68(5H,m),5.97(1H,t),6.35(1H,d),7.24-7.65(13H,m),8.03(2H,d),8.26(1H,s),8.76(1H,s),9.06(1H,s)。
(2)3’,5’-二-O-苄基-2’-O-4’-C-伸乙基-6-N-苯甲醯基腺苷
於氮氣流下，將(1)獲得之化合物(102mg，0.106mmol)溶於乾燥二氯甲烷(2mL)，於此溶液中加入吡啶(100μL)及甲烷磺醯氯(36μL，0.465mmol)，於室溫進行12小時攪拌。之後加入水(約1mL)，以二氯甲烷(5mL)萃取。將有機層以飽和食鹽水洗滌，以無水硫酸鎂乾燥後，進行減壓濃縮。將殘渣溶於吡啶(3mL)及甲醇(2mL)之混合溶劑。將此溶液冷卻至0℃，加入5mol/L之氫氧化鈉水溶液(5mL)，進行10分鐘攪拌。反應結束後，將反應液以二氯甲烷(5mL×3)萃取，並將有機層依序以磷酸緩衝液(pH6.86，0.025M)及飽和食鹽水洗滌，以無水硫酸鎂乾燥，並減壓濃縮。將獲得之殘渣以矽膠管柱層析(溶出溶劑：二氯甲烷/甲醇=50：1)精製，獲得標題化合物(84.3mg，產率：91%)。此化合物，依1H-NMR進行分析的結果，與日本特開2000-297097號公報中以實施例10記載之化合物係完全一致。
(實施例3)
2’-O-乙醯基-3’,5’-二-O-苄基-4’-(2-三級丁基二苯基矽氧基乙基)-2-N-異丁醯基鳥苷
於N2-異丁醯基鳥嘌呤(7.14g，32.3mmol)中加入HMDS(500mL)及三甲基矽基氯(125mL)，進行一晚回流並減壓濃縮、乾燥，獲得經三甲基矽基化之N2-異丁醯基鳥嘌呤。
將實施例1(2)獲得之化合物(15.0g，21.5mmol)溶於乾燥甲苯(200mL)，於氮氣流下，於此溶液中加入前述經三甲基矽基化之N2-異丁醯基鳥嘌呤及TMSOTf(4.80mL，26.1mmol)並攪拌，5分鐘後以TLC確認原料已消失，之後進行2小時加熱回流。反應結束後，於反應液中加入飽和碳酸氫鈉水溶液(約50mL)，以矽藻土過濾。將濾液以二氯甲烷(約300mL)萃取並將有機層依序以飽和碳酸氫鈉溶液及飽和食鹽水洗滌，以無水硫酸鎂乾燥後進行減壓濃縮。將殘渣以矽膠管柱層析(溶出溶劑：二氯甲烷/甲醇=100/1.5)精製，獲得標題化合物(16.0g，產率：86%，包括鳥嘌呤7位經醣化的異構物的混合物)。
(實施例4)
2’-O-乙醯基-3’,5’-二-O-苄基-4’-(2-三級丁基二苯基矽氧基乙基)-2-N-異丁醯基鳥苷
將實施例1(2)獲得之化合物(6.18g，8.87mmol)溶於乾燥甲苯(120mL)，於氮氣流下，在此溶液中 加入N2-異丁醯基鳥嘌呤(2.83g，13.3mmol)及N,O-雙(三甲基矽基)乙醯胺(BSA，9.60mL，38.8mmol)，進行1小時加熱回流。然後，於反應液中加入TMSOTf(3.40mL，18.5mmol)，再進行45分鐘加熱回流。反應結束後，與實施例3同樣進行，獲得標題化合物(6.44g，產率：85%，包括鳥嘌呤7位經醣化之異構物的混合物)。
(實施例5)
3’,5’-二-O-苄基-2’-O-4’-C-伸乙基-2-N-異丁醯基鳥苷
(1)2’-O-乙醯基-3’,5’-二-O-苄基-4’-(2-羥基乙基)-2-N-異丁醯基鳥苷
將實施例3獲得之化合物(16.0g，18.6mmol)溶於THF(160mL)，並於此溶液中加入四丁基氟化銨之THF溶液(1mol/L，25mL，25.0mmol)，於室溫進行12小時攪拌。反應結束後將反應液減壓濃縮，並將殘渣以矽膠管柱層析(溶出溶劑：二氯甲烷/甲醇=20/1)精製，獲得標題化合物(9.97g，產率：75%，包括鳥嘌呤7位經醣化之異構物的混合物)。
(2)3’,5’-二-O-苄基-2’-O-4’-C-伸乙基-2-N-異丁醯基鳥苷
將(1)獲得之化合物(3.00g，4.84mmol)溶於乾燥二氯甲烷(25mL)，於氮氣流下，於此溶液中加入吡啶(4mL)及甲烷磺醯氯(750μL，9.69mmol)，並於室溫進行12小時攪拌。反應結束後加入水(約5mL)，以二氯甲烷(約30mL)萃取。將有機層以飽和食鹽水洗滌，以無水硫酸鎂乾燥 後減壓濃縮。將殘渣溶於吡啶(25mL)及甲醇(10mL)之混合溶劑，冷卻至0℃。於此溶液中加入氫氧化鈉水溶液(5mol/L，25mL)，進行30分鐘攪拌後，將反應液以二氯甲烷(約50mL×3)溶液萃取。將有機層以飽和食鹽水洗滌，以無水硫酸鎂乾燥，減壓濃縮後，將殘渣以矽膠管柱層析(溶出溶劑：二氯甲烷/甲醇=100/1.5)，與鳥嘌呤7位經醣化之異構物完全地分離精製，獲得標題化合物(1.81g，產率：43%(4步驟))。此化合物，利用1H-NMR進行分析的結果，與日本特開2000-297097號公報中以實施例24記載之化合物係完全一致。
(參考例1)
2’-O-乙醯基-3’,5’-二-O-苄基-4’-(2-三級丁基二苯基矽氧基乙基)-5-甲基尿苷
將實施例1(2)獲得之化合物(206mg，0.336mmol)溶於乾燥乙腈(4mL)，於氮氣流下，於此溶液中加入胸腺嘧啶(62.8mg，0.498mmol)及N,O-雙(三甲基矽基)乙醯胺(BSA，0.37mL，1.5mmol)，進行1小時加熱回流。然後，於反應液中加入TMSOTf(0.125mL，0.678mmol)，再進行40分鐘加熱回流。反應結束後，於反應液中加入飽和碳酸氫鈉水溶液，以二氯甲烷萃取，並將有機層 以飽和食鹽水洗滌，以無水硫酸鎂乾燥後，進行減壓濃縮。將殘渣以矽膠管柱層析(溶出溶劑：己烷/乙酸乙酯=1/2)精製，獲得標題化合物(190mg，產率：74%)。
1H-NMR(400MHz,CDCl3)δ(ppm)：1.04(9H,s),1.47(3H,s),1.74-1.85(1H,m),2.02(3H,s),2.03-2.08(1H,m),3.39(1H,d,J=10.3Hz),3.69-3.83(2H,m),3.86(1H,d,J=11Hz),4.32-4.56(5H,m),5.33(1H,t),6.06(1H,d,J=5.1Hz),7.19-7.61(20H,m),7.93(1H,s)。
(參考例2)
3’,5’-二-O-苄基-2’-O-4’-C-伸乙基-5-甲基尿苷
(1)2’-O-乙醯基-3’,5’-二-O-苄基-4’-(2-羥基乙基)-5-甲基尿苷
將參考例1獲得之化合物(185mg，0.242mmol)溶於THF(2mL)，並於此溶液中加入四丁基氟化銨之THF溶液(1mol/L，0.34mL，0.34mmol)，於室溫進行一夜攪拌。反應結束後將反應液減壓濃縮，並將殘渣以矽膠管柱層析(溶出溶劑：己烷/乙酸乙酯=1/4)精製，獲得標題化合物(121mg，產率：95%)。
1H-NMR(400MHz,CDCl3)δ(ppm)：1.49(3H,s),1.73-1.80(1H,m),2.06(3H,s),2.11-2.17(1H,m),3.24-3.28(1H,m),3.41(1H,d,J=10.3Hz),3.72-3.75(2H,m),3.77(1H,d,J=10.3Hz),4.34-4.62(5H,m),5.39(1H,t),6.16(1H,d,J=5.1Hz),7.20-7.41(11H,m)。
(2)3’,5’-二-O-苄基-2’-O-4’-C-伸乙基-5-甲基尿苷
將(1)獲得之化合物(55.4mg，0.106mmol)溶於乾燥二氯甲烷(1mL)，於氮氣流下，在此溶液中加入吡啶(0.1mL)及甲烷磺醯氯(16.5μL，0.213mmol)，於室溫進行3小時攪拌。反應結束後加水，以二氯甲烷進行萃取。將有機層以飽和食鹽水洗滌，以無水硫酸鎂乾燥後，進行減壓濃縮。將殘渣溶於吡啶(0.5mL)及甲醇(0.5mL)之混合溶劑，冷卻至0℃。於此溶液中加入氫氧化鈉水溶液(5mol/L，1mL)，進行5分鐘攪拌後，將反應液以二氯甲烷溶液萃取。將有機層以飽和食鹽水洗滌，以無水硫酸鎂乾燥，減壓濃縮後，將殘渣以矽膠管柱層析(溶出溶劑：二氯甲烷/甲醇=100/1.5→100/2)精製，獲得標題化合物(40.1mg，產率：82%)。此化合物，利用1H-NMR之分析，與日本特開2000-297097號公報中以實施例6記載之化合物係完全一致。
[產業上之可利用性]
依本發明，能無論核酸鹼基之種類，以良好產率製造係安定且具有優良之反股或反基因活性、或具有作為特定基因之檢測劑(探針)或起始增幅之引子的優良活性的寡核苷酸類似物及其製造中間體，即係核苷類似物化合物(Ia)或(I)之製造中間體的化合物(III)。

Claims (16)

  1. 一種通式(III)表示之化合物或其鹽之製造方法，係使通式(IVb)表示之化合物與三甲基矽基化劑反應而得之三甲基矽基化化合物，與通式(II)表示之化合物或其鹽反應，而製造通式(III)表示之化合物或其鹽； [式中，R4、R5及R6為相同或不同，表示氫原子、羥基、經保護的羥基、碳數1至4個之烷氧基、巰基、經保護的巰基、碳數1至4個之烷硫基、胺基、經保護的胺基、經碳數1至4個之烷基取代之胺基、碳數1至4個之烷基或鹵素原子] [式中，X、Y及Z為相同或不同，表示羥基之保護基，A表示碳數1至4個之伸烷基，R表示矽基系保護基] [式中，X、Y、Z、A及R表示與前述為相同意義，B表示嘌呤-9-基或具有選自於下列α群中之取代基之取代嘌呤-9-基]；α群係包含羥基、經保護的羥基、碳數1至4個之烷氧基、巰基、經保護的巰基、碳數1至4個之烷硫基、 胺基、經保護的胺基、經碳數1至4個之烷基取代之胺基、碳數1至4個之烷基、及鹵素原子之群組。
  2. 如申請專利範圍第1項之製造方法，其中X係經1至3個芳基取代之甲基、或芳基環有低級烷基、低級烷氧基、鹵素或氰基取代之經1至3個芳基取代之甲基。
  3. 如申請專利範圍第1項之製造方法，其中X係苄基、對甲氧基苄基、二甲氧基三苯甲基或單甲氧基三苯甲基。
  4. 如申請專利範圍第1至3項中任一項之製造方法，其中Y係經1至3個芳基取代之甲基、或芳基環有低級烷基、低級烷氧基、鹵素或氰基取代之經1至3個芳基取代之甲基。
  5. 如申請專利範圍第1至3項中任一項之製造方法，其中Y係苄基、β-萘基甲基或對甲氧基苄基。
  6. 如申請專利範圍第1至5項中任一項之製造方法，其中Z係碳數2至4個之脂肪族醯基。
  7. 如申請專利範圍第1至5項中任一項之製造方法，其中Z係乙醯基。
  8. 如申請專利範圍第1至7項中任一項之製造方法，其中A係亞甲基或伸乙基。
  9. 如申請專利範圍第1至7項中任一項之製造方法，其中A係亞甲基。
  10. 如申請專利範圍第1至9項中任一項之製造方法，其中B係6-胺基嘌呤-9-基、胺基經保護的6-胺基嘌呤-9-基、2,6-二胺基嘌呤-9-基、2-胺基-6-氯嘌呤-9-基、胺基經 保護的2-胺基-6-氯嘌呤-9-基、2-胺基-6-氟嘌呤-9-基、胺基經保護的2-胺基-6-氟嘌呤-9-基、2-胺基-6-溴嘌呤-9-基、胺基經保護的2-胺基-6-溴嘌呤-9-基、2-胺基-6-羥基嘌呤-9-基、胺基經保護的2-胺基-6-羥基嘌呤-9-基、胺基及羥基經保護的2-胺基-6-羥基嘌呤-9-基、6-胺基-2-甲氧基嘌呤-9-基、6-胺基-2-氯嘌呤-9-基、6-胺基-2-氟嘌呤-9-基、2,6-二甲氧基嘌呤-9-基、2,6-二氯嘌呤-9-基或6-巰基嘌呤-9-基。
  11. 如申請專利範圍第1至9項中任一項之製造方法，其中B係6-苯甲醯胺基嘌呤-9-基、腺嘌呤基、2-異丁醯基胺基-6-羥基嘌呤-9一基或鳥嘌呤基。
  12. 如申請專利範圍第1至11項中任一項之製造方法，其中R係三低級烷基矽基或單芳基二低級烷基矽基或二芳基單低級烷基矽基。
  13. 如申請專利範圍第1至11項中任一項之製造方法，其中R係單芳基二低級烷基矽基或二芳基單低級烷基矽基。
  14. 如申請專利範圍第1至11項中任一項之製造方法，其中R係三級丁基二苯基矽基。
  15. 一種通式(III)表示之化合物或其鹽； [式中，X、Y及Z為相同或不同，表示羥基之保護基，A表示碳數1至4個之伸烷基，R表示矽基系保護基，B表示嘌呤-9-基或具有選自下列α群中之取代基之取代嘌呤-9-基] α群，係包含羥基、經保護的羥基、碳數1至4個之烷氧基、巰基、經保護的巰基、碳數1至4個之烷硫基、胺基、經保護的胺基、經碳數1至4個之烷基取代之胺基、碳數1至4個之烷基、及鹵素原子之群組。
  16. 一種通式(I)表示之化合物或其鹽之製造方法，包含以下步驟：使通式(IVb)表示之化合物與三甲基矽基化劑反應而得之三甲基矽基化化合物，與通式(II)表示之化合物或其鹽反應，而製造通式(III)表示之化合物或其鹽； [式中，R4、R5及R6，係相同或不同，代表氫原子、羥基、經保護的羥基、碳數1至4個之烷氧基、巰基、經保護的巰基、碳數1至4個之烷硫基、胺基、經保護的胺基、經碳數1至4個之烷基取代之胺基、碳數1至4個之烷基或鹵素原子] [式中，X、Y及Z，係相同或不同，表示羥基之保護基，A表示碳數1至4個之伸烷基，R表示矽基系保護基] [式中，X、Y、Z、A及R表示與前述為相同意義，B表 示嘌呤-9-基或具有選自於下列α群中之取代基之取代嘌呤-9-基] [式中，X、Y、A及B表示與前述為相同意義]α群，係包含羥基、經保護的羥基、碳數1至4個之烷氧基、巰基、經保護的巰基、碳數1至4個之烷硫基、胺基、經保護的胺基、經碳數1至4個之烷基取代之胺基、碳數1至4個之烷基、及鹵素原子之群組。
TW102121335A 2012-06-18 2013-06-17 核苷類似物的製造中間體及其製造方法 TW201402594A (zh)

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
JP2012137049 2012-06-18

Publications (1)

Publication Number Publication Date
TW201402594A true TW201402594A (zh) 2014-01-16

Family

ID=49768725

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
TW102121335A TW201402594A (zh) 2012-06-18 2013-06-17 核苷類似物的製造中間體及其製造方法

Country Status (6)

Country Link
US (1) US9738681B2 (zh)
EP (1) EP2862868B1 (zh)
JP (1) JP6150440B2 (zh)
ES (1) ES2798301T3 (zh)
TW (1) TW201402594A (zh)
WO (1) WO2013191129A1 (zh)

Families Citing this family (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2018009466A1 (en) 2016-07-05 2018-01-11 Aduro Biotech, Inc. Locked nucleic acid cyclic dinucleotide compounds and uses thereof
TW202128704A (zh) 2019-10-18 2021-08-01 日商第一三共股份有限公司 雙環亞磷醯胺之製造方法

Family Cites Families (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP1152009B2 (en) * 1999-02-12 2017-09-06 Daiichi Sankyo Company, Limited Novel nucleosides and oligonucleotide analogues
TWI347948B (en) * 2002-11-19 2011-09-01 Sankyo Co Novel 2',5'-oligoadenylic acid compositions
EP2530156B1 (en) * 2002-11-25 2015-11-18 Masafumi Matsuo ENA nucleic acid drugs modifying splicing in mRNA precursor
EP1688493B1 (en) * 2003-11-07 2008-08-13 Daiichi Sankyo Company, Limited Method of detecting genetic polymorphism
US8278425B2 (en) 2007-05-30 2012-10-02 Isis Pharmaceuticals, Inc. N-substituted-aminomethylene bridged bicyclic nucleic acid analogs
CN102596983B (zh) 2009-10-29 2016-06-15 国立大学法人大阪大学 交联型人工核苷和核苷酸

Also Published As

Publication number Publication date
US20160068561A9 (en) 2016-03-10
EP2862868B1 (en) 2020-04-08
WO2013191129A1 (ja) 2013-12-27
JP6150440B2 (ja) 2017-06-21
US9738681B2 (en) 2017-08-22
US20150152132A1 (en) 2015-06-04
ES2798301T3 (es) 2020-12-10
JPWO2013191129A1 (ja) 2016-05-26
EP2862868A1 (en) 2015-04-22
EP2862868A4 (en) 2015-10-28

Similar Documents

Publication Publication Date Title
KR20170073649A (ko) 치환된 뉴클레오시드 유사체의 제조 방법
JP6270742B2 (ja) 架橋型核酸誘導体の製造方法
KR20070042155A (ko) 보호된 3'-아미노 뉴클레오시드 단량체의 합성
CN108424433B (zh) 一种α核苷合成方法
JP6204223B2 (ja) チオピラノース化合物等の製造方法
WO2006095359A1 (en) Synthesis of 2-deoxy-2, 2-di fluoro-d-ribo furanose-3, 5 di(4-methy/4-nitro-chloro)benzoate and its conversion to gemcitabine hydrochloride thereof
US6936720B2 (en) Method for preparing benzisoxazole methane sulfonyl chloride and its amidation to form zonisamide
TW201402594A (zh) 核苷類似物的製造中間體及其製造方法
CA2798163A1 (en) Inosine derivatives and production methods therefor
US20030236397A1 (en) Process for preparing beta-L-2'deoxy-thymidine
US6822090B2 (en) Process for the preparation of cytidine derivatives
CN105820082A (zh) 一种5-[3-（2,5-二乙氧基-4-甲磺酰基-苄基）-脲基]-2-乙氧基-n-异丙基-苯甲酰胺新化合物、制备方法及用途
US8168766B2 (en) Process of making 2-deoxy-2,2-difluoro-D-ribofuranosyl nucleosides and intermediates therefor
US8252919B2 (en) 2′-hydroxy-protected ribonucleoside derivative and production method thereof
US10421728B2 (en) Peptide nucleic acid monomer and a preparation method
CN105820081A (zh) 一种5-[3-（2,5-二乙氧基-4-甲磺酰基-苄基）-脲基]-2-乙氧基-n-丙基-苯甲酰胺新化合物、制备方法及用途
KR101354692B1 (ko) 올리고머 및 그 제조 방법
CN105837476A (zh) 一种n-{4-[3-（3-溴-苯基）-脲基甲基]-2,5-二乙氧基-苯基}-甲磺酰胺新化合物、制备方法及用途
KR100317615B1 (ko) 8-클로로아데노신 3',5'-사이클릭 모노포스페이트 또는 그 염의 제조방법
CN115246791A (zh) 一种合成6-三氟甲基尿嘧啶的方法及其中间体
CN113603615A (zh) 一种5-卤代-2[（烷氧基羰基）氨基]-3-甲基苯甲酸的制备方法
WO2006095740A1 (ja) 置換カルバモイル基を保護基とした核酸の合成方法
WO2002051852A1 (fr) Procede de production d'un derive de saccharide non naturel
JPS609036B2 (ja) ウラシル誘導体の製法
JP2001354692A (ja) シチジン誘導体の製造法