TW200908987A - RNA antagonist compounds for the modulation of HER3 - Google Patents

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Description

200908987 九、發明說明： 【發明所屬之技術領域】 本發明係關於募聚化合物（寡聚物），其靶向細胞中之 HER3 mRNA，使得HER3之表現降低。HER3表現之降低對 於眾多醫學病症（諸如過度增生性疾病，包括癌症）有益。 本發明提供包含募聚物之治療組合物及使用該等寡聚物來 調節HER3表現之方法，包括治療方法。 本申請案主張2007年5月11曰申請之美國臨時申請案第 60/917,392號及2008年1月24曰申請之美國臨時申請案第 61/023,250號之35 U.S.C. § 119(e)之權利，該等文獻之揭 示内容係以引用的方式全部併入本文中。 【先前技術】 HER3屬於ErbB家族之受體酪胺酸激酶，該家族包括四 種不同受體：ErbB-l(EGFR、HER1)、ErbB-2(neu、 HER2)、ErbB-3(HER3)及 ErbB-4(HER4)(Yarden 等人，Nat. Rev· Mol. Cell. Biol, 2001，2(2):127-137)。此家族之受體 蛋白包含細胞外配位體結合域、疏水性跨膜域及含酪胺酸 激酶之細胞質域。EGF家族之生長因子與大多數ErbB受體 結合且將其活化。HER3(ErbB3)之特徵在於缺乏酪胺酸激 酶活性。EGFR、HER2及近來HER3與腫瘤形成有關。舉 例而言，近來研究已展示EGFR與其正常組織對應物相比 過度表現於眾多惡性人類組織中。在腦腫瘤之活組織檢查 中已發現編碼EGFR之基因之過度表現、擴增、缺失及結 構重排之高發生率。多形性膠質母細胞腫瘤中EGFR基因 131385.doc 200908987 之擴增為大部分已知一致基因改變中之一者。在人類乳癌 中已偵測到升高含量之HER3 mRNA。近來，已展示使用 絡胺酸激酶抑制劑對Her2及EGFR酪胺酸激酶活性之抑制 作用因HER3表現之補償性增加及經由pj3K/Akt路徑之隨 後信號轉導而展示對HER2驅動乳癌之有限影響（Sergina等 人 ’ Nature, 2007, 445:437-441)。
Bennett等人之美國專利第6,277,640號揭示用於抑制 HER3表現之反義化合物、組合物及方法。 需要能夠有效抑制HER3功能之藥劑。 【發明内容】 本發明提供一種10-50個單體（諸如1〇_3〇個單體）之寡聚 物，其包含一 10-5〇個單體或1〇_3〇個單體之第一區域，其 中該第一區域之序列與哺乳動物HER3基因或mRNA(諸如 SEQ ID NO: 197)或其天然存在變異體之目標區域之反向 互補序列有至少80°/。一致。 本發明提供10-50個單體之募聚物，其包含一 1〇_5〇個單 體之第一區域，其中該第一區域之序列與如SEQ m ΝΟ··200-226或227中所示之募聚物之序列有至少8〇% 一 致。 本發明提供一種10·50個單體之寡聚物，其包含一 10_50
個單體之帛區域’其中該第__區域之該序列與如ID NOH40、228_232或233中所示之寡聚物之序列有至少 80%—致。 本發明it 一步提供一種包含根據本發明之寡聚物之結合 131385.doc 200908987 物，其與一或多種自 共價連接。該結人部八為核酸或單體之部分（"結合部分”） 進進入細胞中之其他::::固醇基團(諸如膽固醇)或促 本發明提供一種包含 τ ^ ^ 3根據本發明之寡聚物之結合物，其 ，、3有帶正電基團之 丘僧锉脾-Λ- σ π δ部分（諸如聚乙二醇（peg)) 兴價鍵聯，亦即根掳夫 化。 發明之募聚物可視情況經聚乙二醇 本發明提供一種醫韹 並社人从 ’、，，、5物，其包含本發明之寡聚物或 八、··口 &物及醫藥學上 ,^ j接又之稀釋劑、載劑、鹽或佐劑。 本發明提供本發明之定取1 川 寡聚物或其結合物之用途，其係用 作用於治療一劣 症）之藥物Ί β 疾病（諸如過度增生性疾病，諸如癌 本發明進一步提供適用於藥物中之根據本發明之寡聚 物0 本發明提供本發明之寡聚物或其結合物之用途，其係用 於製備或製造用於治瘁 麽過度乓生性疾病（諸如癌症）之藥 拍7 0 八 、本發明提供一種治療過度增生性疾病（諸如癌症）之方 —U方法包3向有此需要之患者投與有效量之本發明之 募聚物或根據本發明之結合物或醫藥組合物。 本發月提七、種抑制（例如，下調）表現HER3之細胞中 之表現的方法’該方法包含向該細胞中投與有效量 之根據本發明之寡聚物或其結合物以實現該細胞中HER3 表現之抑制。 131385.doc 200908987 進一步提供抑制（例如 EGFR及/或HER2之表現的方法 ’下調）細胞或組織中HER3及/或 在活體外或活體内與有效 其結合物或組合物接觸 HER2之表現之下調。 其包含使該等細胞或組織 量之一或多種本發明之寡聚物或 ’以實現HER3及/或EGFR及/或 亦揭示…療疑似患有或傾向於患上與(及/或 及/或HER2)表ί見或過度表現相關之疾病或病狀之非人動物 或人的方法包含向該非人動物或人投與治療或預防有 效量之一或多種本發明之寡聚物或其結合物或組合物。 亦提供使用-或多種本發明之募聚物來抑制祖…或 EGFR及/或HER2之表現的方法’及治療與HER3(及/或 EGFR及/或HER2)之活性相關之疾病的方法。 本發明提供一種於細胞或組織（諸如癌細胞）中引發細胞 凋亡之方法，該方法包含以下步驟：使該細胞或組織與有 效量之本發明券聚物或其結合物或醫藥組合物接觸，以使 得HER3及/或EGFR及/或HER2之表現得以抑制或降低且細 胞凋亡得以引發。 本發明進一步提供一種募聚物’其包含一第一區域或由 一第一區域組成，其中該第一區域之序列與具有選自由 SEQ ID NO: 1-140、200-232及233組成之群之序列（諸如選 自由SEQ ID NO: 200、211、54及1組成之群之序列）的募 聚物之區域之序列有至少80%—致。 本發明進一步提供一種募聚物，其包含一第—區域或由 一第一區域組成’其中該第一區域之序列同樣存在於耳有 131385.doc 200908987 選自由SEQ ID NO 169-196 及 234(諸如 SEQ ID NO: 169 或 SEQ ID NO: 180)組成之群之序列的寡聚物中。 本發明進一步提供一種寡聚物，其具有選自*SEQ ID NO: 169-196及234組成之群之序列（諸如SEQ m N〇: 169或 180之序列），或其包含一第一區域或由一第一區域組成， 該第一區域之序列同樣存在於選自由SEQ出N〇: 169_196 及234組成之群之募聚物中。 【實施方式】 在一些實施例中，本發明提供用於調節HEr3(及/或 EGFR及/或HER2)之表現之序列、組合物及方法。詳言 之，本發明係關於HER3基因中之目標序列，在一些實施 例中其序列資訊係用於產生能夠下調HER3表現之互補反 義寡核苷酸。在各種實施例中，本發明進一步提供在細胞 内條件下與編碼HER3之核酸特異性雜交之寡核苷酸（募聚 物），及其治療或預防與HER3過度表現相關之疾病（例如癌 症）之用途。在一些實施例中，本發明之寡核苷酸下調 HER3之表現。在其他實施例中，本發明之寡核苷酸下調 HER3、HER2及/或EGFR之表現。 術語"HER3"在本文中可與術語”ErbB3"互換使用。 募聚物 在第一態樣中，提供寡聚化合物（在本文中稱作寡聚 物），其適用於例如調節編碼哺乳動物HER3之核酸分子（諸 如SEQ ID No: 197中所示之HER3核酸）及編碼哺乳動物 HER3之此等核酸分子之天然存在對偶基因變異體的功 131385.doc 200908987 月b。本發明之寡聚物包含共價鍵聯之單體。 術語||單體"包括天然存在於核酸中且不含經修飾之糖或 經修飾之核鹼基的核皆與去氧核皆（統稱為”核芽"），亦即 核糖類或去氧核糖類與天然存在之未經修飾之核鹼基、(鹼 基）部分（亦即，嘌呤及嘧啶雜環腺嘌呤、鳥嘌呤、胞嘧 啶、胸嘧啶或尿嘧啶）共價鍵結之化合物及”核芽類似物"， 其為確實天然存在於核酸中或不天然存在於核酸中之核 苷，其中該糖部分不為核糖或去氧核糖類（諸如雙環糖或 修•糖’諸如2,取代糖)’ <該驗基部細多飾(例如：5_ 曱基胞鳴咬），或兩者皆有。 "R N A單體”為含有核糖類及未經修飾之核鹼基的核苷。 "DNA單體”為含有纟氧核_及未經修飾之核驗基的核 苦。 如下文中進—步描述，，，鎖定核酸單體”、，，鎖定單體"或 LNA單體”為具有雙環糖之核苷類似物。 術語”相應核普類似物"及，，相應核苦”顯示核皆類似物中 之鹼基部分與核苷中之鹼基部分相同。舉例而言，當”核 芽’，含有與腺嗓吟鍵聯之2_去氧核糖類時，”相應核二二 物1含有（例如）與腺嘌呤鹼基部分鍵聯之經修飾之糖。 術語，，寡聚物”、|，寡聚化合物，，及”寡#皆酸"在本發明之 下文中可互換使用，且係指兩個或兩個以上連續單體， 例如由麟酸醋基團(在核*之間形成磷酸二酿鍵)或硫代 填酸醋基團=核*之間形成硫代賴賴）共價鍵聯而形 成之分子。S聚物係由10_5〇個單體（諸如1〇_3〇個單體）組 13i385.doc 200908987 成或包含10-50個單體（（諸如1〇_3〇個單體）。 在些實施例中’寡聚物包含如本文中所提及之核苷或 核苷類似物或其混合物。，，LNA募聚物"或"lna募核苷酸" 係指含有一或多個LNA單體之寡核苷酸。 視情況包括於寡聚物中之核苦類似物可與相應核皆具類 似功能，或可具有特定改良功能。其中一些或全部單體為 核苷類似物之募聚物通常優於天然形式，其係因為該等募 聚物之右干所需性質，（諸如穿透細胞膜之能力、對細胞 外及/或細胞内核酸酶之良好抵抗力及對核酸目標之高親 和力及特異性）。舉例而言，就上述性質之若干者而言， LNA單體尤其較佳。 在各種實施例中’养聚物内存在之一或多種核苷類似物 為"沉默的”或在功能上與相應天然核苷"等效"，亦即對寡 聚物用於抑制目標基因表現之方式不具有功能影響。然 而例如虽此等”等效”核苷類似物更易於製造或更廉價， 或在儲存或製造條件下更穩定，或可併有標錢或標記時， 其為有用#。然而，通常，該等類似物將對寡聚物用於抑 制表見^方式具有功能影響；舉例而$，藉由對目標核酸 丁區域產生增加之結合親和力及/或對細胞内核酸酶 之抵抗力增加及/或更易於輸送至細胞中。 因此，在各種實施例中，根據本發明之寡聚物包含核苷 單體及至少-個核苦類似物單體，諸如lna單體或其他核 苷類似物單體^ 術語"至少一個"包含大於或等於1之整數，諸如卜2、 13J385.doc 200908987 3 8、9、10、U、12、13、I4、15、 16 、6、7、 17、 18、 19、 2〇裳楚 等。在各種實施例中，諸如s提及本發 月之化合物之核 文或蛋白質目標時，術語”至少一個”包括 術語"至少兩個" 杆于 至 >、二個”及”至少四個”。同樣，在— 些實施例中，術达, °°至少兩個”包含術語"至少三個”及”至少 四個··。 在一些實施例中 τ 养聚物係由10_5〇個連續單體，諸如 ίο ' 11' 12 > η ,,. 14、、16、17、18、19、20、21、 22 、 23 、 24 ' 25 、 26、27、28、29或3 0個連續單體組成。 實知例中，寡聚物係由10-25個單體，較佳1 〇_ 1 6 個單體且更佳12_16個單體組成。 在各種實施例中，寡聚物包含以下各物或由以下各物組 成· 1〇_24個連續單體，10·25個連續單體，12-25個或12-24個或1〇·22個連續單體，諸如12_18個連續單體，諸如a 17個或12-16個連續單體’諸如13、14、15、⑹固連續單 體。 在各種實施例中’寡聚物包含以下各物或由以下各物組 成：10-22個連續單體’或10_18個’諸如丨㈣個或丨Η? 個或12-16個，諸如13、14、15或16個連續單體 在一些實施例中，寡聚純含10_16個或12_16個或ι2_ΐ4 個連續單體或由1(Μ6個或12-16個或12_14個連續單體組 成。在其他實施例中’寡聚物包含144 8個或ΐ4ΐ6個連續 單體或由14-18個或14-16個連續單體組成。 在各種實施例中，寡聚物包含ίο、u、12、13或14個連 131385.doc 200908987 續單體或由10、11、12、13或14個連續單體組成。 、2各種實施例中，&據本發明之募聚物係，由不大於則 早體，諸如不大於20個連續單體，諸如不大於18個連 續早體，諸如15、16或17個連續單體組成。在某些實施例 中，本發明之募聚物包含小於20個連續單體。 在各種實施例十，本發明之寡聚物不包含單體。 根據本發明之寡聚物較佳為線性分子或經合成為線性 的。在此等實施例中，寡聚物為單鏈分子，且通常不包含 (例如）至少3、4或5個連續單體之短區域，其與同一寡聚物 内之另一區域互補以使得該寡聚物形成内部雙鏈體。在各 種實轭例中，寡聚物大體上不為雙鏈，亦即不為siRNA。 在一些實施例中，本發明之募聚物係由一段連續單體組 成’其序列係由本文中所揭示之SEq ID NO鑑別（例如參見 表丨·4) ^在其他實施例中，寡聚物包含第一區域，該區域 係由一段連續單體組成；及一或多個其他區域，其係由至 少一個其他單體組成。在一些實施例中，第一區域之序列 \ ^ 係由本文中所揭示之SEQ ID NO鑑別。 間陳聚合物（Gapmer)設言十 通常’本發明之募聚物為間隙聚合物。 ”間隙聚合物”為包含能夠募集如下文中進一步所述之 RNAse(例如RNAseH)之一段連續單體（諸如至少6或7個 DNA單體之區域’在本文中稱作區域B)的募聚物，其中區 域B在其5'端與3’端上由分別稱作區域a及區域C之區域側 接’區域A及區域C各自包含以下各物或由以下各物組 131385.doc 200908987 成：核苷類似物，諸如增強鉬 強親和力之核苷類似物，諸如1 - 6個核苷類似物。 通常’該間隙聚合物自51至]| 4人广j 曰至3包含區域A-B-C或視情況A_ B-C-D 或 D-A-B-C，J: φ . π u A " 八甲.&域A係由以下各物組成或包含 以下各物：至少一個核苦類似物，諸如至少一個LNA單 體，諸如卜6個核皆類似物，諸如LNA單體；且區域b係由 以下各物組成或包含以下各物：能夠募集舰“之至少五 個連續單體（當與目標RNA分子（諸如⑽财目標）之互補目 標區域形成雙鏈體時），諸如亀單體；且區域c係由以下 各物組成或包含以下各物：至少一個核苦類似物，諸如至 v個LNA單體，諸如J _6個核苦類似物，諸如單 體且區域D(若存在）係由以下各物組成或包含以下各 物：1、2或3個單體，諸如〇ΝΑ單體。 在各種實施例中，區域A係由丨、2、3、4、5或6個核苷 類似物，諸如LNA單體，諸如2_5個核苷類似物，諸如2_5
個LNA單體，諸如3或4個核苷類似物，諸如3或4個a單 體組成；及/或區域C係由1、2、3、4、5或6個核苷類似 物，諸如LNA單體，諸如2-5個核苷類似物，諸如2_5個 LNA單體’諸如3或4個核苷類似物，諸如3或4個lna單體 組成。 在某些實施例中’區域B係由以下各物組成或包含以下 各物.能夠募集RNAse之5、6、7、8、9、10、11或12個 連續早體’或此夠募集RN A s e之6-10個或7-9個、諸如8個 連續單體。在某些實施例中，區域B係由以下各物組成或 I31385.doc •14- 200908987 包含以下各物：至少一個DNA單體，諸如卜⑴固腿八單 體，較佳4-!2個DNA單體，更佳6_1〇個DNA單體，諸如7_ 10個DNA單體’最佳8、9或l(^DNA單體。 在某些實施例中，區域A係由3或4個核苷類似物（諸如 LNA單體）組成，區域B係由7、8、9或1〇個⑽a單體組 成，且區域C係由3或4個核苷類似物（諸單體）組 成。此等設計包括（A-B-C) 3-10-3、3_10_4、4_1〇_3、3 9_ 3 ^3-9-4. 4-9-3 ^3-8-3. 3-8-4. 4-8-3 >3-7-3. 3-7-4 >4- 7_3’且可進一步包括區域D，纟可具有以2個單體（諸如 DNA單體）。 其他間隙聚合物設計係揭示於w〇 2〇〇4/〇4616〇中該文 獻係以引用的方式併入本文中。 美國臨時"案6〇/977,4()9(其係以引料方式併入本文 中）涉及”短聚合物（shortmer)"間隙聚合物寡聚&。在一些 實施例中，本文中呈現之寡聚物可為此等短聚合物間隙聚 合物。 f某些實施例中，寡聚物係由1〇、u、12、i3_個連
續單體組成’其t該寡聚物之區域具有類型（5，_3，）A_B_C 或視情況A-B-C_I^D_A_B_C，其中：區域a係由卜之或3 個核苦類似物單體（諸如LNA單體）組成；區域㈣由在與 互補RNA刀子（諸如mRNA目標）形成雙鏈體時能夠募集 謝財7、8或9個連續單體組成；且區域C係由卜… 個核芽類似物單體（諸如LNA單體）組成。若存在，則區域 D係由單一DNA單體組成。 131385.doc 15 200908987 在某些實施例中，區域A係由丨個[^^八單體組成。在某些 實施例中，區域A係由2個LNA單體組成。在某些實施例 中，區域A係由3個LNA單體組成。在某些實施例中，區域 C係由1個LNA單體組成。在某些實施例中，區域c係由之個 LNA單體組成。在某些實施例中，區域c係由3個1^^入單體 組成。在某些實施例中，區域B係由7個核苷單體組成。在 某些實施例中，區域B係由8個核苷單體組成。在某些實施 例中，區域B係由9個核苷單體組成。在某些實施例中，區 域B包含i-9個DNA單體，諸如2、3、4、5、6、7或8個 DNA單體。在某些實施例中，區域B係由DNA單體組成。 在某些實施例中，區域B包含至少一個呈a_L構型之LNA單 體諸如2、3、4、5、6、7、8或9個呈〇1-1^構型之1^八單 體。在某些實施例中，區域B包含至少一個a_L-氧基LNA 單體。在某些實施例中，呈a_L構型之區域B中之所有LNA 單體均為a-L-氧基LNA單體。在某些實施例中，寡聚物之 A-B-C區域中存在之單體的數目係選自由以下（核苷酸類似 物單體-區域B-核苷類似物單體）組成之群：、ι_8_2、 2 8 1 、 2-8-2 、 3-8-3 、 2-8-3 、 3-8-2 、 4-8-1 、 4-8-2 、 1-8_ 4、2-8-4 ;或 1_9-1、1-9-2、2-9-1、2-9-2、2-9-3、3-9-2、 1-9-3、3-9-1、4-9-1、1-9-4 ;或 1_1〇_1、1_1〇_2、2-10-1、 2 10-2、Ι-ίο」及3-1 〇-1。在某些實施例中，本發明募聚物 之A-B-C區域中存在之單體的數目係選自由2-7-1、1-7-2、 2'7_2、3-7-3、2-7-3、3-7-2、3-7-4 及 4-7-3 組成之群。在 某些實施例中，區域A及區域C各自由兩個LNA單體組 131385.doc -16- 200908987 成，且區域B係由8或9個核苷單體、較佳DNA單體組成。 在各種實施例中，其他間隙聚合物設計包括以下設計： 其中區域A及/或區域C係由3、4、5或6個核普類似物，諸 如含有2'-0-曱氧基乙基、核糖糖（2,M〇E)之單體或含有& 氟-去氧核糖糖之單體組成，且區域B係由8、9、1〇、^或 12個核苷（諸如DNA單體）組成，其中區域AB_C具有5_i〇_5 或4-12-4個單體。其他間隙聚合物設計係揭示於w〇 2007/1465 11A2中，該文獻係以引用的方式併入本文中。 鍵聯基團 本文中所述之寡聚物之單體係經由鍵聯基團偶合在一 起。各單體適宜地經由鍵聯基團與3,相鄰單體鍵聯。 術語"鍵聯基團”或”核苷間鍵”意謂能夠將兩個連續單體 共價偶合在一起之基團。特定及較佳實例包括磷酸酯基團 (在相鄰核苷單體之間形成磷酸二酯）及硫代磷酸酯基團（在 相鄰核苷單體之間形成硫代磷酸酯鍵）。 適合鍵聯基團包括WO 2007/031091中所列出之鍵聯基 團’例如WO 2007/03 1091(其係以引用的方式併入本文中） 之第34頁之第一段中列出的鍵聯基團。 在各種實施例中，較佳將鍵聯基團自其正常磷酸二酯修 询為更抵抗核酸酶攻擊者（諸如硫代磷酸酿或棚烧麟酸 酿）’可由RNase Η裂解之該兩者允許RNase介導之目標基 因表現之反義抑制。 在一些實施例中，如本文中所提供之適合含硫（S)鍵聯 基團較佳。在各種實施例中，硫代磷酸酯鍵聯基團較佳， 131385.doc 17 200908987 尤其對於間隙聚合物之間隙區域（B)而言。在某些實施例 中’硫代磷酸酯鍵係用於將側接區域（A及C)中之單體鍵聯 在一起。在各種實施例中，使用硫代磷酸酯鍵將區域A或 區域C與區域D鍵聯，且將區域D内之單體鍵聯在一起。 在各種實施例中，區域A、B及C包含除硫代鱗酸酯外之 鍵聯基團（諸如磷酸二酯鍵），尤其例如當使用核苷類似物 保護區域A及區域C中之鍵聯基團免於核酸内切酶降解 時，諸如當區域A及區域C包含LNA單體時。 在各種實施例中，寡聚物之相鄰單體藉由硫代磷酸酯基 團彼此鍵聯。 認識到在具有硫代磷酸酯主鏈、尤其在核苷類似物單體 之間或與核苷類似物單體相鄰（通常在區域A及/或區域C 中）具有硫代填酸酯鍵聯基團之寡聚物中包括構酸二酯鍵 (諸如一或兩個鍵）可修飾寡聚物之生物可用性及/或生物分 布，參見WO 2008/053314，其係以引用的方式併入本文 中。 在一些實施例（諸如上文提及之實施例）中，若適合且未 特定說明’則所有剩餘鍵聯基團為磷酸二酯或硫代磷酸酯 或其混合物。 在一些實施例中，所有核苷間鍵聯基團為硫代磷酸酯。 當提及特定間隙聚合物寡核苷酸序列（諸如本文中所提 供之間隙聚合物寡核苷酸序列）時，應瞭解，在各種實施 例中，當鍵為硫代磷酸酯鍵時，可使用替代性鍵（諸如本 文中所揭示之鍵），例如可使用磷酸酯（磷酸二酯）鍵，尤其 131385.doc •18· 200908987 對於核苷類似物（諸如LNA單體）之間的鍵而言。 目標核酸 術語·•核酸"及"聚核苷酸"在本文中可互換使用， 義為由兩個或兩個以上如上文所述之單體共價鍵聯所形成 之分子。包括2個或2個以上單體’，，核酸”可為任何長度， 且術語統稱為，，募聚物"，其具有本文中所述之長度。術笋 "核酸"及"聚核苷酸”包括單鏈、雙鏈、部分雙鏈及環狀分 子。 在各種實施例中，如本文中所用，術語"目標核酸”係指 編碼哺乳動物HER3多肽之核酸（諸如DNA或RNA)(例如， 具有SEQ ID NO 197之序列之人類HER3 mRNA，或具有 GenBank寄存編號NM—001005915、ΝΜ_00 1982及交替剪接 形式 NP_001973.2 及 NP—OOIOOMUj(人類）；nm_〇17218 (大鼠）；NM_010153(小鼠）；NM_001103 105(牛）之哺乳動 物mRNA ;或具有GenBank寄存編號ΧΜ_001491896(馬）、 XM—001169469 及 XM_509131(黑猩猩）之預測 mRNA 序 列）。 在各種實施例中，"目標核酸"亦包括編碼哺乳動物 HER2多肽之核酸（例如，具有GenBank寄存編號NM_ 001005862 及 NM_004448(人類）；NM_017003 及 NM—017218 (大鼠）；NM一001003817(小鼠）；NM_001003217(犬）；及 NM_00l048163(貓）之此等哺乳動物rnRNA)。 在各種實施例中’ ”目標核酸"亦包括編碼哺乳動物 EGFR多肽之核酸（例如，具有GenBank寄存編號 131385.doc •19- 200908987 NM—201284、NM—201283、NM—201282 及 NM_005228(人 類）；NM—007912 及 NM—207655(小鼠）；NM_031507(大 鼠）’及NM_2140〇7(猪）之哺乳動物mRNA)。 公認上文揭示之GenBank寄存編號係指cDNA序列且並非 指mRNA序列本身。成熟mRNA之序列可直接衍生自相應 cDNA序列’其中胸嘧啶鹼基（τ)係由尿嘧啶鹼基（U)置換。 在各種實施例中，，，目標核酸||亦包括編碼HER3(或HER2 或EGFR)之核酸或其天然存在之變異體，及自其衍生之 RNA核酸’較佳為mRNA，諸如mRNA前體，但成熟mRNA 較佳。在各種實施例中，例如當用於研究或診斷中時， ”目標核酸”為cDNA或自上述DNA或RNA目標核酸衍生之 合成寡核苷酸。根據本發明之募聚物通常能夠與目標核酸 雜交。 術語"其天然存在之變異體"係指天然存在於指定分類學 群組（諸如哺乳動物，諸如小鼠、猴及較佳人）中之 HER3(或HER2或EGFR)多肽或核酸序列之變異體。通常， 當提及聚核苷酸之”天然存在之變異體”時，該術語亦可涵 蓋編碼HER3(或HER2或EGFR)之基因組DNA(其藉由染色 體易位或複製而存在於染色體Chr 12: 5冬76 - 54.78 Mb處） 及RNA(諸如自其衍生之mRNA)的任何對偶基因變異體。 當提及特定多肽序列時，例如，該術語亦包括蛋白質之天 然存在形式，其因此可例如藉由共轉譯修飾或轉譯後修飾 (諸如信號肽斷裂、蛋白水解斷裂、糖基化等）來加工。 在某些實施例中，本文中所述之募聚物藉由寡聚物單體 131385.doc • 20- 200908987 與目標核酸單體之間的沃森_克里克（Watson_Crick)鹼基配 對、霍氏氫鍵（H00gSteen hydrogen bonding)或反向霍氏氫 鍵與目標核酸之區域（，，目標區域"）結合。此結合亦稱作”雜 父"。除非另外說明，否則結合係藉由互補鹼基（亦即，腺 嘌呤與胸嘧啶（DNA)或尿嘧啶（RNA)，及鳥嘌呤與胞嘧啶） 之沃森-克里克配對進行，且由於寡聚物之序列與目標區 域之反向互補序列一致或部分一致，募聚物與目標區域結 &，就本文中之目的而言，據稱寡聚物與目標區域"互補" 或邻刀互補，且寡聚物序列與目標區域之序列的，，互補 性"百分比為與目標區域之反向互補序列的，| 一致性”百分 比。 除非上下文另外明確說明’否則本文中"目標區域"將為 目^核酸之區域’其具有使用下文所述之比對程式及參數 與指定募聚物（或其區域）之反向互補序列最佳比對之序 列0
在測定本發明之寡聚物（或其區域）與編碼哺乳動物 腿3(或HER2或EGFR)之㈣（諸如本文中所揭示之核旬 之目標區域之間的"互補性”程度時’該”互補性"（亦為"同 源性”)程度表示為寡聚物(或其區域)之序列與其所最佳比 對=目標區域之反向互補序列之間的—致性百分比。藉由 計^個序列之間—致的比對驗基之數目，除以寡聚物中 :績：體之總數’且乘以1〇〇來計算該百分比。在此比較 之-體f在間隙，則較佳此等間隙僅錯配，而並非間隙内 體數在本發明之寡聚物與目標區域之間不同的區域。 131385.doc 200908987 就本發明之目的而言可使用ClustalW算法使用標準設定 來測定胺基酸及聚核苷酸比對、序列一致性百分比及互補 性程度：參見http://www.ebi.ac.uk/emboss/align/index.html， 方法：EMBOSS :水（局部）：間隙打開=10.0，間隙延伸 = 0·5，使用Blosum 62(蛋白質），或DNAfull(對於核苷酸/核 驗基序列而言）。 如將瞭解，視上下文而定，"錯配"係指序列之非一致性 (例如，寡聚物之核鹼基序列與其所結合之目標區域之反 向互補序列之間；例如，兩個經比對之編碼HER3之核酸 的鹼基序列之間），或序列之非互補性（例如，募聚物與其 所結合之目標區域之間）。 適宜地，寡聚物（或結合物，如下文進一步描述）能夠抑 制（諸如，下調）HER3(或HER2或EGFR)基因之表現。 在各種實施例中，與正常表現量相比，本發明之募聚物 實現抑制HER3(或HER2或EGFR)mRNA表現至少10%、至 少 20%、更佳至少 30%、40%、50% ' 60%、70%、80%、 90%或95%。在各種實施例中，與正常表現量相比，本發 明之募聚物實現抑制HER3(或HER2或EGFR)蛋白質表現至 少 10%、至少 20%、更佳至少 30%、40%、50%、60%、 70%、80%、90°/〇或95%。在一些實施例中，當使用1 nM本 發明之寡聚物或結合物時，可見此抑制作用。在各種實施 例中，當使用25 nM寡聚物或結合物時，可見此抑制作 用。 在各種實施例中，mRNA表現之抑制小於100%(亦即， 131385.doc -22- 200908987 小於完全表現抑制），諸如小於98%抑制、小於95%抑制、 小於90%抑制、小於80%抑制、諸如小於70%抑制。在各 種實施例中，蛋白質表現之抑制小於100%(亦即，小於完 全表現抑制），諸如小於98%抑制、小於95%抑制、小於 90%抑制、小於80%抑制、諸如小於70%抑制。 或者，可例如藉由北方墨點法（northern blotting)或定量 RT-PCR量測mRNA之含量來測定表現量之調節。當經由 mRNA含量來量測時，在各種實施例中，在使用適當劑量 (諸如1 nM及25 nM)時之抑制量通常為不存在本發明化合 物之情況下正常含量之1 0%-20%之量。 亦可例如藉由諸如SDS-PAGE之方法、接著西方墨點法 (western blotting)，使用對抗目標蛋白而產生之適當抗 體，藉由量測蛋白質含量來測定表現量之調節（亦即，抑 制或增加）。 在一些實施例中，本發明提供抑制（例如，下調）HER3 mRNA及/或自其衍生之蛋白質之一或多種交替剪接的同功 異型物之表現的寡聚物。在一些實施例中，本發明提供抑 制HER3之一或多種交替剪接的蛋白質同功異型物 (GenBank寄存編號 ΝΡ_001973.2及 ΝΡ_00 1005915.1)之表現 及/或編碼HER3蛋白質同功異型物（GenBank寄存編號 NM_001982及NM_001005915.1)之核酸之表現的寡聚物。 在一些實施例中，編碼HER3同功異型物1之mRNA為目標 核酸。在其他實施例中，編碼HER3同功異型物2之mRNA 為目標核酸。在某些實施例中，編碼HER3同功異型物1及 131385.doc -23 - 200908987 HER3同功異型物2之核酸為目標核酸，例如具有SEQ ID NO: 180之序列之寡聚物。 在各種實施例中，本發明提供寡聚物或其第一區域，其 具有與HER3核酸中目標區域之序列互補的鹼基序列，該 等寡聚物下調HER3 mRNA及/或HER3蛋白質表現且下調一 或多種其他ErbB受體酪胺酸激酶家族成員（諸如HER2及/或 EGFR)之mRNA及/或蛋白質之表現。與兩種不同ErbB受體 家族核酸（例如，HER2及HER3 mRNA)之目標區域有效結 合且下調兩種目標之mRNA及/或蛋白質表現之寡聚物或其 第一區域稱為”雙特異性”。與三種不同ErbB受體家族成員 之目標區域結合且能夠有效下調所有三種基因之寡聚物或 其第一區域稱為"三特異性”。在各種實施例中，本發明之 反義寡核苷酸可具有多特異性，亦即能夠與ErbB家族之受 體酪胺酸激酶之多個成員的目標核酸之目標區域結合且下 調其表現。如本文中所用，應瞭解術語"雙特異性'’及"三 特異性π並非以任何方式限制。舉例而言，'’雙特異性寡聚 物"可對第三目標核酸具有一些影響，而"三特異性寡聚物" 可對其三種目標核酸之一者具有極弱且因此不顯著之影 響。 在各種實施例中，雙特異性寡聚物或其第一區域能夠與 HER3核酸中之目標區域及HER2目標核酸中之目標區域結 合且有效下調HER3及HER2 mRNA及/或蛋白質之表現。在 某些實施例中，雙特異性寡聚物不在相同程度上下調 HER3 mRNA及/或蛋白質及HER2 mRNA及/或蛋白質之表 131385.doc -24- 200908987 現。在其他較佳實施例中，本發明之雙特異性寡聚物或其 第一區域能夠與HER3目標核酸中之目標區域及EGFR目標 核酸中之目標區域結合且有效下調HER3 mRNA及/或蛋白 質及EGFR mRNA及/或蛋白質之表現。在各種實施例中， 雙特異性募聚物不在相同程度上下調HER3 mRNA及/或蛋 白質及EGFR mRNA及/或蛋白質之表現。在其他實施例 中，三特異性寡聚物或其第一區域能夠與HER3目標核酸 中之目標區域及兩個其他ErbB家族之受體酪胺酸激酶目標 核酸之目標區域結合且有效下調HER3 mRNA及/或蛋白質 及ErbB家族之受體酪胺酸激酶之兩個其他成員的mRNA及/ 或蛋白質之表現。在各種較佳實施例中，三特異性寡聚物 或其第一區域能夠有效下調HER3 mRNA及/或蛋白質之表 現、HER2 mRNA及/或蛋白質之表現，及EGFR mRNA及/ 或蛋白質之表現。在各種實施例中，三特異性寡聚物不在 相同程度上下調HER3 mRNA及/或蛋白質、HER2 mRNA及/ 或蛋白質及EGFR mRNA及/或蛋白質之表現。 在各種實施例中，本發明因此提供一種抑制（例如下調） 表現HER3蛋白質及/或mRNA之細胞中HER3蛋白質及/或 mRNA之表現的方法，該方法包含使該細胞與有效抑制（例 如下調）該細胞中HER3蛋白質及/或mRNA之表現之量的根 據本發明之募聚物或結合物接觸。該細胞適宜地為哺乳動 物細胞，諸如人類細胞。在某些實施例中，該接觸可發生 於活體外。在其他實施例中，可藉由向哺乳動物投與本發 明之化合物或結合物而在活體内實現接觸。在各種實施例 131385.doc •25- 200908987 中，本發明提供一種抑制（例如下調）細胞中HER3蛋白質及/ 或mRNA之表現及HER2蛋白質及/或mRNA之表現的方法。 人類HER2 mRNA之序列展示於SEQ ID NO: 199中。在其 他實施例中，本發明提供一種抑制（例如下調）細胞中HER3 蛋白質及/或mRNA之表現及EGFR蛋白質及/或mRNA之表 現的方法。人類EGFR mRNA之序列展示於SEQ ID NO: 198中。在其他實施例中，本發明提供一種抑制（例如下調） 細胞中HER3、HER2及EGFR mRNA及/或蛋白質之表現的 方法。 本發明之寡聚物通常與人類HER3及/或人類HER2及/或 人類EGFR mRNA之目標區域結合，且同樣包含具有與（例 如）SEQ ID NO 197、SEQ ID NO: 198及/或 SEQ ID NO: 199 之鹼基序列互補或部分互補之鹼基序列的區域或由具有與 (例如）SEQ ID NO 197、SEQ ID NO: 198及/或 SEQ ID NO: 199之鹼基序列互補或部分互補之鹼基序列的區域組成。 在某些實施例中，與SEQ ID NO: 197、198或199之最佳比 對之目標區域之序列相比，本發明之寡聚物之序列可視情 況包含1、2、3、4或4個以上鹼基錯配。 在一些實施例中，本發明之寡聚物具有與選自由SEQ ID NO: 200-227、1-140及228-233組成之群之序列一致的序列 (參見下文表1)。在其他實施例中，與選自由SEQ ID NO: 200-227、1-140及228-233組成之群之序列相比，本發明之 寡聚物具有一個、兩個或三個鹼基不同之序列。在一些實 施例中，寡聚物係由10-16個連續單體組成或包含10-16個 131385.doc -26- 200908987 連續單體。由16個連續單體組成之募聚物之序列的實例為 SEQ ID NO: 1、16、17、18、19 ' 34、49、50 ' 51 ' 52、 53、54、55、56、57、58、59、74、75、76、91、92 ' 1〇7、122、137、138、139及140。可自其衍生較短序列， 例如，較短寡聚物之序列可同樣存在於選自具有SEQ m 〇· 200-227、1-140及228-233之驗基序列者之寡聚物的區 域中 車乂長养·聚物可包括具有至少10個連續單體之序列 (其同樣存在於 SEQ ID NO: 200-227、1-140 及 228-233 中） 的區域。 進一步提供目標核酸（例如’編碼HER3之DNA或 mRNA) ’其含有與SEq ID N0: ^40之寡聚物之一或多者 互補或部分互補的目標區域’其中該等寡聚物能夠抑制 (例如下調）HER3蛋白質或mRNA之表現。舉例而言，與具 有 SEQ ID NO: 1、16、17、18、19、34、49、50、51、 52、53、54、55、56、57、58、59、74、75、76、91、 92、1〇7、122、137、138、139及140之序列之反義寡聚物 互補的人類HER3 mRNA之目標區域展示於圖1中（粗體且 加下劃線，其中相應寡聚物SEQ ID NO如上文所示）。 在各種實施例中，寡聚物具有SEQ ID NO: 141-168中所 示之鹼基序列。在某些實施例中，寡聚物為LNA募聚物， 例如，具有 SEQ ID NO: 169、170、173、174、180、 181、183、185、187、188、189、190、191、192及 194 中 所示之鹼基序列之寡聚物。在各種實施例中，募聚物為 LNA 募聚物，諸如具有 SEQ ID NO: 169、170、172、 131385.doc •27- 200908987 174、175、176及179之鹼基序列之募聚物。在一些實施例 中’券聚物或其區域係由如SEQ ID NO: 169、180或234中 所示之驗基序列組成或包含如SEQ ID NO: 169、180或234 中所不之驗基序列。在一些實施例中，本發明之結合物包 括具有如SEQ ID NO: 169、180或234中所示之鹼基序列之 寡聚物。 在某些實施例中，本發明之寡聚物可適宜地包含具有特 定序列（諸如選自SEQ ID NO: 200-227之序列，其同樣存在 於本發明之較短寡聚物中）之區域。該區域較佳包含1〇·16 個單體。舉例而言，具有SEq m NO: 200-227之鹼基序列 之养聚物各自包含一區域，其中該區域之序列同樣存在於 分別具有 SEQ ID NO: 1、16、17、18、19、34、49、50、 51、52、53、54、55、56、57、58、59、74、75、76、 91、92、107、122、137、138、139及 14〇之序列之較短寡 聚物中。在一些實施例中，具有少於16個單體（諸如1〇、 11、12、13、14或15個單體）之寡聚物具有至少8個、至少 9個、至少1〇個、至少^個 '至少12個、至少13個、至少 14個或15個連續單體之區域，其序列同樣存在於具有SEQ ID NO: 1、16、17、18、19、34、49、5〇、51、52、53、 54 、 55 、 56 、 57 、 58 、 59 、 74 、 75 、 76 、 91 、 92 、 107 、 122、137、138、139或140之序列之寡聚物中。因此，在 各種實施例中’較短募聚物之序列係衍生自較長募聚物之 序列。在一些實施例中，具有本文中所揭示之SEQ ID N〇 之募聚物的序列或其至少10個連續單體之序列同樣存在於 131385.doc -28* 200908987 較長寡聚物中。通常本發明之寡聚物包含一第一區域，其 具有同樣存在於 SEQ ID NO: 1、16、17、18、19、34、 49、50、51、52、53、54 ' 55、56、57、58、59、74、 75、76、91、92、107、122、137、138、139 或 140 中之序 列，且若該寡聚物比同樣存在於SEQ ID NO: 1、16、17、 18、19、34、49、50、51、52、53、54、55、56、57、 58、59、74、75、76、91、92、107、122、137、138、 139或140中之第一區域長，則寡聚物之側接區域具有與側 接目標核酸之目標區域之序列互補的序列。此兩種寡聚物 為 SEQ ID NO: 1 及 SEQ ID NO: 54。 在各種實施例中’寡聚物包含與編碼哺乳動物HER3之 目標核酸之目標區域完全互補的單體之序列或由與編碼哺 乳動物HER3之目標核酸之目標區域完全互補的單體之序 列組成。 然而，在一些實施例中’與HER3目標核酸之最佳比對 之目標區域相比，寡聚物之序列包括丨、2、3或4個（或4個 以上）錯配，且仍足以與該目標區域結合以實現heR3 mRNA或蛋白質表現之抑制。錯配對經沃森·克里克氫鍵鍵 結之雙鏈體之失穩影響可（例如）由寡聚物之長度增加及/或 寡聚物中存在之核苷類似物（諸如LNA單體）之數目增加來 補償。 在各種實施例中，與（例如）編碼哺乳動物之目標核 酸之最佳比對之目標區域的驗基序列相比，寡聚物驗基序 列包含不大於3個、諸如不大於2個錯配。 131385.doc •29· 200908987 本發明之养聚物或其區域之驗基序列較佳與選自由seq ID NO: 200-227、1_14〇及228-233組成之群之序列有至少 80% —致’諸如至少85%、至少9〇%、至少91%、至少 920/。、至少93%、至少94%、至少95% '至少96%、至少 97%、至少98%、至少99%、甚至100%—致。 本發明之养聚物或其第一區域之驗基序列較佳與Seq id NO: 197、198及/或199中存在之目標區域之序列至少8〇% 互補，諸如至少85%、至少90°/。、至少91%、至少92%、至 少93%、至少94%、至少95%、至少96°/。、至少97❶/。、至少 98%、至少99%、甚至100%互補。 在各種實施例中，募聚物（或其第一區域）之序列係選自 由 SEQ ID NO: 200-227、1-140 及 228-233 組成之群，或選 自由 SEQ ID NO: 200-227、1-140 及 228-233 之至少 10 個連 續單體組成之群。在其他實施例中，當與該所選序列或其 區域最佳比對時，本發明之寡聚物或其第一區域之序列視 情況包含1、2或3個與具有SEq ID NO: 200_227、卜14〇及 228-233之序列或其至少1〇個連續單體之序列之寡聚物中 的鹼基部分不同之鹼基部分。 在某些實施例中’單體區域係由丨丨、1 2、u、14、1 5、 16 、 17 、 18 、 19 、 20 、 21 、 22 、 23 、 24 、 25 、 26 、 27 、 28 或29個連續單體，諸如1(M5個、個、12_22個、諸如 12-1 8個單體組成。在各種實施例中，該區域適宜地與本 發明之寡聚物具有相同長度。 在一些實施例中，募聚物在5,或3,端包含其他單體，諸 131385.doc •30- 200908987 如，在寡聚物之5,端或3,端獨立地包含丨、2、3、4或5個其 他單體’其與目標區域之序列不互補。在各種實施例中， 本發明之寡聚物包含與目標互補之區域，其5ι及,或3，端側 接有其他單體。在各種實施財，區域之3·端、_個 DNA或RNA單體側接。在寡聚物之固態合成期間頻繁使用 3’ DNA單體。在各種實施例申’其可相同或不同，寡聚物 之5’端由i、2或3個DNA或RNA單體側接。在某些實施例 中，其他5,或3,單體為核苦，諸如DNA或rna單體。在各 種實施例中’5,或3,單體可表示如本文中間隙聚合物寡聚 物之情況中所提及之區域D。 在某些實施例中，根據本發明之募聚物係由且有根據 SEQ m勵2〇〇或根據其一區域之核㉟基序列之連續單體 組成或包含具有《SEQ ID NO:200或根據其區域之核驗 基序列之連續單體。 隹杲些貫 Λ ^〜豕承柳你宙具有根據
SEQ ID NO:201或根據其一區域之枋队|广η 芡核鹼基序列之連續單體 組成或包含具有根據SEQ ID NO 基序列之連續單體。 :2〇1或根據其區域之核鹼 在某些實施例中，根據本發明之宏取 如乃之养聚物係由具有根據 SEQ ID NO:202或根據其一區域 A <核驗基序列之連續單體 組成或包含具有根據SEQ ID NO.20? 4 4日祕廿 U·202或根據其區域之核鹼 基序列之連續單體。 在某些實施例中，根據本發明夕宣取&及， 个赞明之养聚物係由具有根據 SEQ ID ΝΟ:203或根據其一區域 匕竦之核鹼基序列之連續單體
131385.doc -3U 200908987 組成或包含具有根據SEQ ID N〇:2〇3或根據其區域之核鹼 基序列之連續單體。 在某些實施例中，根據本發明之寡聚物係由具有根據 SEQ ID NO:204或根據其一區域之核鹼基序列之連續單體 組成或包含具有根據SEQ ID N〇:2〇4或根據其區域之核鹼 基序列之連續單體。 在某些實施例中，根據本發明之寡聚物係由具有根據 SEQ ID NO:205或根據其—區域之核鹼基序列之連續單體 組成或包含具有根據SEQ ID N〇:2〇5或根據其區域之核鹼 基序列之連續單體。 在某些實施例中，根據本發明之寡聚物係由具有根據 SEQ ID NO:206或根據其—區域之核鹼基序列之連續單體 組成或包含具有根據SEQ ID N〇:2〇6或根據其區域之核鹼 基序列之連續單體。 在某些實施例中，根據本發明之寡聚物係由且有根據 SEQ ID ·:2〇7«據其-區域之㈣基序狀連續單體 組成或包含具有根據SEQ ID N〇:2〇7或根據其區域之核驗 基序列之連續單體。 在某些實施例中，根據本發明之寡聚物係由具有根據 SEQ ID NO:2G8或根據其—區域之核驗基序列之連續單體 組成或包含具有根據SEQ ID N〇:2〇8或根據其區域之核驗 基序列之連續單體。 在某些實施例中，根據本發明之寡聚物係由具有根據 SEQ ID NO:2〇9或根據其—區域之核驗基序列之連續單體 131385.doc -32· 200908987 組成或包含具有根據SEQ ID NO:2〇9或根據其區域之核鹼 基序列之連續單體。 在某些實把例中，根據本發明之寡聚物係由具有根據 SEQ ID NO:210或根據其—區域之核鹼基序列之連續單體 組成或包含具有根據SEQ ID n〇:21〇或根據其區域之核驗 基序列之連續單體。 在某些實施例中，根據本發明之寡聚物係由具有根據 SEQ ID ΝΟ:211或根據其—區域之核驗基序列之連續單體 組成或包含具有根據SEQ ID N〇:211或根據其區域之核驗 基序列之連續單體。 在某些實施例中，根據本發明之募聚物係由具有根據 SEQ ID NO:212或根據其—區域之核鹼基序列之連續單體 組成或包含具有根據SEQ ID N〇:212或根據其區域之核驗 基序列之連續單體。 在某些實施例中，根據本發明之寡聚物係由具有根據 SEQ ID勵⑴或根據其—區域之核驗基序列之連續單體 組成或包含具有根據SEQ ID耻213或根據其區域之核驗 基序列之連續單體。 在某些實施例中，根據本發明之募聚物係由里有根據 SEQ ID紙214或根據其—區域之核驗基序列之連續單體 組成或包含具有根據SEQ ID耻214或根據其區域之核驗 基序列之連續單體。 在某些實施例中，根據本發明之寡聚物係由且有祀據 SEQ m紙215或根據其_區域之㈣基序列之連續單體 131385.doc 33 - 200908987 組成或包含具有根據SEQ ID NO:215或根據其區域之核驗 基序列之連續單體。 在某些實施例中’根據本發明之寡聚物係由具有根據 SEQ ID NQ:216或根據其—區域之核驗基序列t連續單體 組成或包含具有根據SEQ ID N〇:216或根據其區域之核驗 基序列之連續單體。 在某些實施例中，根據本發明之募聚物係由具有根據 SEQ ID NO:2i7或根據其—區域之核驗基序列之連續單體 組成或包含具有根據SEQ ID N〇:217或根據其區域之核驗 基序列之連續單體。 在某些實施例中，根據本發明之募聚物係由具有根據 SEQ ID NO:218或根據其—區域之核鹼基序列之連續單體 組成或包含具有根據SEQ ID N〇:218或根據其區域之核驗 基序列之連續單體。 在某些實施例中，根據本發明之寡聚物係由具有根據 SEQ ID NO:219或根據其—區域之核鹼基序列之連續單體 組成或包含具有根據SEQ Π) NO:219或根據其區域之核鹼 基序列之連續單體。 在某些實施例中，根據本發明之募聚物係由具有根據 SEQ ID NO:220或根據其一區域之核鹼基序列之連續單體 組成或包含具有根據SEQ ID NO:220或根據其區域之核驗 基序列之連續單體。 在某些實施例中，根據本發明之寡聚物係由具有根據 SEQ ID NO:221或根據其一區域之核鹼基序列之連續單體 131385.doc -34- 200908987 組成或包含具有根據SEQ id n〇:221或根據其區域之核鹼 基序列之連續單體。 在某些實施例中，根據本發明之募聚物係由具有根據 SEQ ID NO:222或根據其—區域之核鹼基序列之連續單體 組成或包含具有根據SEQ ID N〇:222或根據其區域之核鹼 基序列之連續單體。 在某些實施例中，根據本發明之寡聚物係由具有根據 SEQ ID NO:223或根據其—區域之核鹼基序列之連續單體 組成或包含具有根據SEQ ID N〇:223或根據其區域之核鹼 基序列之連續單體。 在某些實施例中，根據本發明之寡聚物係由具有根據 SEQ ID NO:224或根據其—區域之核鹼基序列之連續單體 組成或包含具有根據SEQ iD N〇:224或根據其區域之核鹼 基序列之連續單體。 在某些實施例中，根據本發明之寡聚物係由具有根據 SEQ ID NO:225或根據其—區域之核鹼基序列之連續單體 組成或包含具有根據SEQ iD Ν〇··225或根據其區域之核鹼 基序列之連續單體。 在某些實施例中，根據本發明之寡聚物係由具有根據 SEQ ID ΝΟ:226或根據其—區域之核鹼基序列之連續單體 組成或包含具有根據SEQ ID Ν〇:226或根據其區域之核鹼 基序列之連續單體。 在某些實施例中，根據本發明之募聚物係由具有根據 SEQ ID ΝΟ:227或根據其—區域之核鹼基序列之連續單體 131385.doc -35- 200908987 組成或包含具有根據SEQ ID NO:227或根據其區域之核鹼 基序列之連續單體。 序列比對（諸如上述者）可用於鑑別來自人類及一或多種 不同哺乳動物物種（諸如猴、小鼠及/或大鼠）之編碼 HER3(或HER2或EGFR)之核酸的區域’其中在該等物種之 間存在足夠核酸段一致性以允許設計靶向（亦即，在充分 特異性下結合以抑制其表現）人類HER3(或HER2或EGFR) 目標核酸與不同哺乳動物物種中存在之相應核酸之寡核苷 酸。 在一些實施例中’此等寡聚物係由以下區域組成或包含 以下區域：至少1 〇個’諸如至少丨2個，諸如至少丨4個，諸 如至少16個，諸如至少18個，諸如丨丨、12、13、14、15、 16、1 7或1 8個連續單體之區域，其序列與編碼來自人類之 HER3(或HER2或EGFR)之核酸及編碼來自不同哺乳動物物 種之HER3(或HER2或EGFR)之核酸的目標區域之序列 100°/。互補。 在一些實施例中，本發明之寡聚物包含具有以下序列之 連續單體之區域或由具有以下序列之連續單體之區域組 成：該序列與編碼人類HER3(或HER2或EGFR)之核酸及編 碼來自不同哺乳動物物種之HER3(或HER2或EGFR)之核酸 (諸如編碼HER3(或HER2或EGFR)之小鼠核酸）的目標區域 之序列至少80%、諸如至少85%、諸如至少90%、諸如至 少95%、諸如至少98%或1〇〇%互補。寡聚物之連續核鹼基 序列較佳與人類HER3(或HER2或EGFR)mRNA之目標區域 131385.doc •36- 200908987 100%互補。 在一些實施例中，本發明之寡聚物與HER3目標核酸之 目標區域結合且下調HER3 mRNA及/或蛋白質之表現。在 各種實施例中，與HER3核酸之目標區域結合之本發明之 寡聚物具有（例如）SEQ ID ΝΟΠ69-196及234中所示之序 列。 在一些實施例中，本發明之雙特異性寡聚物之第一區域 與HER3核酸之目標區域結合且雙特異性寡聚物之第二區 域與HER2核酸之目標區域結合且該寡聚物下調HER3及 HER2之表現。在各種實施例中，雙特異性寡聚物在不同 程度上下調HER3及HER2之表現。在一些實施例中，寡聚 物之第一區域與第二區域相同。在各種實施例中，寡聚物 之第一區域與第二區域重疊。在某些實施例中，與HER3 核酸之目標區域及HER2核酸之目標區域結合之本發明之 雙特異性寡聚物具有（例如）SEQ ID NO:177及178中所示之 序列。在其他實施例中，本發明之雙特異性寡聚物與 HER3核酸之目標區域及EGFR核酸之目標區域結合且下調 HER3及EGFR之表現。在一些實施例中，與HER3核酸之 目標區域及EGFR核酸之目標區域結合之本發明之雙特異 性寡聚物具有（例如）SEQ ID NO: 171及173中所示之序列。 在一些實施例中，本發明之雙特異性寡聚物之第一區域與 HER3核酸之目標區域結合且雙特異性寡聚物之第二區域 與EGFR核酸之目標區域結合且該寡聚物下調HER3及 EGFR之表現。在各種實施例中，雙特異性寡聚物在不同 131385.doc -37- 200908987 程度上下調HER3及EGFR之表現。在一些實施例中，寡聚 物之第一區域與第二區域相同。在各種實施例中，寡聚物 之第一區域與第二區域重疊。在其他實施例中，本發明之 三特異性寡聚物與HER3核酸之目標區域、HERw^酸之目 標區域及EGFR核酸之目標區域結合，且下調所有三種基 因之表現。在一些實施例中，與hER3、肪们及EGFIU# 合之本發明之三特異性寡聚物具有（例如）SEQ m NO:169、170、172、Π4-176及179中所示之序列。在一些 實施例中，本發明之三特異性募聚物之第一區域與her3 核酸之目標區域結合，三特異性寡聚物之第二區域與 EGFR核酸之目標區域結合，且三特異性募聚物之第三區 域與HER2核酸之目標區域結合，且該等寡聚物下調 HER3、HER2及EGFR之表現。在各種實施例中，三特異 性寡聚物在不同程度上下調HER3、HER2及EGFR之表 現。在一些實施例中，寡聚物之第一區域、第二區域及第 三區域相同。在各種實施例中，募聚物之第一區域、第二 區域及第三區域重疊。在各種實施例中，與（例如）具有 SEQ ID NO: 197、198及/或199中所示之序列之目標核酸 的最佳比對之目標區域相比’雙特異性寡聚物或三特異性 养聚物具有1、2、3、4、5或5個以上錯配。 核苷及核苷類似物 在各種實施例中’寡聚物中存在之單體之至少—者為含 有經修飾之鹼基（諸如選自5-甲基胞嘧啶、異胞嘧咬、假異 胞嘧啶、5-溴尿嘧啶、5-丙炔基尿嘧啶、6_胺基嘌呤、2_ 131385.doc •38- 200908987 胺基嘌呤、肌苷、二胺基嘌呤、2_氣_6_胺基嘌呤、黃嘌呤 及次黃嘌呤之鹼基）的核苷類似物。 在各種實施例中，寡聚物中存在之單體之至少一者為含 有經修飾之糖之核苷類似物。 在一些實施例中，寡聚物之至少2個連續單體之間的鍵 不為磷酸二酯鍵。 在某些實施例中，寡聚物包括至少一個具有經修飾之驗 基之單體、至少一個具有經修飾之糖之單體（其可為同一 單體）及至少一個非天然存在之單體間鍵。 適用於本文中所述之寡聚物中之核苷類似物的特定實例 係由（例如）Freier及 Altmann; A/wc/· dcW 及以.，1997，25, 4429_4443及 Uhlmann; Cwrr. h z^ve/opw⑽， 2000, 3(2)，293-2 13所述且描述於流程丨（其中一些核苷類似 物展示為核苦酸）及2中：
B
¥ 0=P-S' 0_W 0 〇-0=Ρ-〇· Ο Ofο=ρ-σ 〇=?-〇' 硫代磷酸酯
2’-0-曱基
HNA 2，-M0E 2匕氟
H CeNA PNA 131385.doc -39- 200908987
°TBh3 硼烷磷酸酯
流程1 為 組 on 早
寡聚物因此可包含枯# 匕3核皆（較佳DNA單體，但亦可能 RNA單體）之簡單序列戋枋 4核+與一或多種核苷類似物之 合或由料（較佳DNA單體，但亦可能為通單體）之簡 序列或核苷與一或多種核苷類似物之組合組成。在一些 施例中’此等核^:類似物適宜地增強募聚物對目標核酸之 目標區域的親和力。 適合且較佳之核苷類似物之實例係描述於w〇 2007/031091中，該文獻係以引用的方式全部併入本文中 或於其中提及。 在一些實施例中’核苷類似物包含經修飾以提供2，_取代 基之糖部分，諸如2，-〇_烷基-核糖糖、2，_胺基_去氧核糖糖 及2'-氟-去氧核糖糖。 在一些實施例中，核苷類似物包含其中存在產生雙環糖 (LNA)之橋接結構之糖，其增強結合親和力且亦可提供一 些增加之核酸酶抵抗力。在各種實施例中’ LN A單體係選 131385.doc •40· 200908987 自氧基-LNA(諸如β-D-氧基-LNA及α-L-氧基-LNA)及/或胺 基-LNA(諸如β-D-胺基-LNA及cx-L-胺基-LNA)及/或硫基 LNA(諸如β-D-硫基_LNA及α-L-硫基-LNA)及/或ΕΝΑ(諸如 β-D-ENA及a-L-ENA)。在某些實施例中，LNA單體為p_D_ 氧基-LNA。LNA單體在下文進一步描述。 在各種實施例中，在募聚物中併入增強親和力之核苷類 似物（諸如LNA單體或含有2，-取代糖之單體）或併入經修飾 之鍵聯基團提供增加之核酸酶抵抗力。在各種實施例中， 併入此等增強親和力之核苷類似物允許寡聚物之尺寸減 小’且在發生非特異性或異常結合之前亦將上限降至募聚 物之尺寸。 在某些實施例中，募聚物包含至少2個核苷類似物。在 一些實施例中’寡聚物包含3_8個核苷類似物，例如6或7 個核苷類似物。在較佳實施例中，核苷類似物之至少一者 為鎖定核酸（LNA)單體；例如至少3個或至少4個或至少5個 或至少6個或至少7個或8個核苷類似物為LNA單體。在一 些實施例中’所有核苷類似物均為LN A單體。 將認識到當提及較佳寡聚物鹼基序列時，在某些實施例 中寡聚物包含相應核苷類似物（諸如相應LNA單體）或其他 相應核苦類似物，其提高寡聚物/目標區域雙鏈體之雙鏈 體穩定性（Tm)(亦即增強親和力之核苷類似物）。
在各種較佳實施例中，募聚物之鹼基序列與目標區域之 驗基序列之間的任何錯配（亦即非互補性）（若存在）位於除 含有增強親和力之核苷類似物之寡聚物的區域（例如區域A 131385.doc •41 - 200908987 或區域C)之外的區域中，諸如在如本文中所提及的區域b 内及/或在如本文中所提及的區域D内，及/或在與目標 區域互補之募聚物區域之5，或3，的區域中。 在一些實施例中，本發明之寡聚物中(諸如在本文中提 及之區域A及區域C中）存在之核苷類似物獨立地選自（例 如）：含有2，-〇-烷基-核糖糖之單體、含有2，_胺基-去氧核 糖糖之單體、含有2，-氟-去氧核糖糖之單體、LNA單體、 含有阿拉伯糖糖之單體（"ANA單體”）、含有2|_氟-阿拉伯糖 糖之單體、含有d-阿拉伯糖_己糖醇糖之單體（"HNA單體"）、 如 Christensen, Nucl. Acids. Res. 30: 4918-4925 (2002)(其 係以引用的方式併入本文中）中所定義之插入單體及含有 2·ΜΟΕ糖之單體。在某些實施例中，僅存在本發明之募聚 物或其區域中存在之上述類型核苷類似物中的一者。 在某些實施例中’核苷類似物含有曱氧基乙基_核 糖糖（2'ΜΟΕ)或2’-氟-去氧核糖糖或LNA糖，且同樣本發明 之养核苷酸可包含獨立地選自此三種類型之核苷類似物。 在含有核苷類似物之某些募聚物實施例中，該等核苷類似 物之至少一者含有2，-ΜΟΕ-核糖糖，諸如2、3、4、5、6、 7、8、9或10個核苷類似物含有2ι_Μ〇Ε_核糖糖。在某些實 施例中，該等核苷類似物之至少一者含有2，_氟-去氧核糖 糖，諸如2、3、4、5、ό、7、8、9或1〇個核苷類似物含有 2'-氟-去氧核糖糖。
在各種實施例中，根據本發明之寡聚物包含至少—個鎖 疋核酸（LNA)單體，諸如1、2、3、4、5、6、7或8個LNA 131385.doc •42- 200908987 單體’諸如3-7或4-8個LNA單體，或3、4、5、6或7個LNA 單體。在各種實施例中，所有核苷類似物均為LNA單體。 在一些實施例中，寡聚物包含p_D_氧基_LNA單體及以下 LNA單體之一或多者：硫*_LNA單體、胺基_lna單體、 氧基-LNA單體及/或呈p_D或a_L構型之ENA單體或其組 合。在某些實施例中’寡聚物中所有LNA單體之胞嘧啶鹼 基部分均為5-甲基胞嘴咬。在本發明之某些實施例中，募 聚物包含LNA單體與DNA單體。通常，祕單體與DNA單 體之合併總數為10 · 2 5、較佳兔〗〇 〇 η甘：s « 干乂住馮10-20、甚至更佳為12_16 個。在本發明之某些實施例中，s聚物或其區域係由至少 -個LNA單體組成，且剩餘單體為疆單體。在某此實施 例中，募聚物僅包含視情汉偽e ^以 〇、，，里修飾之鍵聯基團（諸如硫 代磷酸酯基）鍵聯之LNA單髀命分叶，& 平體與核苷（諸如RNA或DNA單 體，最佳為DNA單體）。 在各種實施例中，募聚物φ古 甲存在之核皆類似物之至少— 者具有選自由5-曱基胞嘧啶、里 異胞嘴啶、假異胞嘧啶、5· 溴尿嘧啶、5-丙炔基尿嘧啶、 胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、 肌苦、一胺基D票吟及氯·6 -胺其士 妝基* °々組成之群的經修飾之 驗基。
LNA 術語"LNA單體"係指含有替 巧又％糖（"LNA糖"）之核苷類似 物。術語"LNA寡核苷酸”及”Ln 人LNA寡聚物"係指含有一或多 種LNA單體之寡聚物。 本發明之募核苷酸化合物中 啊1P所用之LNA較佳具有通式j -43. 131385.doc 200908987 之結構： R5
其中 X係選自-〇_、_s_、-N(RN*)_、·QW*)·; B係選自氫、視情況經取代之cm烷氧基、視情況經取 代之〜燒基、視情況經取代之^禮氧基、核驗基、 DNA欲入劑、光化學活性基團、熱化學活性基團、餐合基 團、報導體基團及配位體； P表不連接至後續單體之核苷間鍵或5、末端基團之基團 位置，此核普間鍵或5，·末端基團視情況包括取代基R5或同 樣可用之取代基R5* ; P表示連接至别接單體之核苦間鍵或3，_末端基團； R4·與 R”一起表示由"個選自 _C(RaRb) _'_c(Ra) = c(Rb)_ 、-C(R>N-、-〇、_Si(Ra)2…_s_、_s〇2、_N(Ra)及 >C=Z之基團/原子組成之雙基團； 其中Z係選自-Ο-、-s-及-N(Ra)-，且…及…各自獨立地 選自氫、視情況經取代之c M 2院基、視情況經取代之c2- ^ 2 烯基、視情況經取代之(：2_!2炔基、羥基、（^…烷氧基、c2 烷氧基烷基、Cm烯氧基、羧基、Cl-U烷氧基羰基、Ci i2 烧基幾基、甲酿基、方基、芳氧基-幾基、芳氧基、芳基 羰基、雜芳基、雜芳氧基-羰基、雜芳氧基、雜芳基羰 131385.doc -44· 200908987 基、胺基、單（C!·6烷基）胺基及二（Cw烷基）胺基、胺曱醯 基、單（C]·6烷基）-胺基_幾基及二（Cu烷基）胺基-数基、胺 基-C!_6院基-胺基羰基、單（C!-6烷基）胺基-(^_6烷基-胺基羰 基及二（Cl-6烷基）胺基-Ci-6烷基·胺基羰基、Cw烷基·羰基 胺基、胺甲醯胺基、C!.6烷醯基氧基、砜基、Cl_6烷基磺醯 基氧基、硝基、疊氮基、硫基、CN6烷硫基、鹵素、DNA 嵌入劑、光化學活性基團、熱化學活性基團、螯合基團、 報導體基團及配位體’其中芳基及雜芳基可視情況經取代 且其中兩個成對取代基Ra及Rb—起可表示視情況經取代之 亞曱基（=CH2)，且 存在之取代基W、R2、R3、 R5、r5*、“及^*之每一 者獨立地選自氫、視情況經取代之C]_12烷基、視情況經取 代之（：2-丨2烯基、視情況經取代之c2.12炔基、羥基、Cl 12烷 氧基、Cm烧氧基烧基、Cm烯氧基、羧基、（^.12烧氧基 幾基、C!^2烧基獄基、曱酿基、芳基、芳氧基-徵基、芳 氧基、芳基羰基、雜芳基、雜芳氧基-羰基、雜芳氧基、 雜芳基羰基、胺基、單（Cw烷基）胺基及二（Cl_6烷基）胺 基、胺甲醯基、單（Cw烷基）-胺基-羰基及二（(；：1_6烷基）_胺 基-羰基、胺基-C!-6烧基-胺基羰基、單（Cw烧基）胺基_(^_6 烧基-胺基数基及二（C!_6烧基）胺基-C】_6烧基-胺基数基、 Cl-6烧基-羰基胺基、胺曱醯胺基、Ck烧醯基氧基、；6風 基、c】·6烧基續酿基氧基、确基、疊氮基、硫基、c16燒琉 基、鹵素、DNA^入劑、光化學活性基團、熱化學活性基 團、螯合基團、報導體基團及配位體，其中芳基及雜芳基 13l385.doc -45- 200908987 可視情況經取代，且其中兩個成對取代基一起可表示側氧 基、硫酮基、亞胺基或視情況經取代之亞曱基，或一起可 形成由1-5個碳原子伸烷基鏈組成之螺雙基團，該伸烷基 鏈視情況穿插有一或多個選自_〇_、_§_及_(1^1^)_之雜原子/ 基團及/或由一或多個選自_〇_、_s_&_(nrN)_2雜原子/基 團、、S止，其中R係選自氫及烷基，且其中兩個相鄰（非 成對）取代基可表示產生雙鍵之另一鍵；且妙*(當存在且不 /歩及於雙基團中時）係選自氫及C"烧基；及其驗性鹽及酸 加成鹽。 在某些實施例中，R”係選自H、_Ch3、_CH2-CH3、 -CH2-〇-CH3及-CH=CH2。 在各種實施例中，一起表示選自以下各基團之 C(RcRd)-C(ReRf).〇- . -C(RaRb).〇-C(RcRd)- . -C(RaRb)-0-C(RcRd)-〇_、-C(RaRb)_c(ReRd) 、_c(RaRb)c(RC的_ C(ReRf)- , -C(Ra)=C(Rb)-C(RcRd). , -C(RaRb)-N(Rc)- > -C(RaKb)-C(RcRd)-^{K^. , -C(RaRb)-N(Rc)-〇- ^ -C(RaRb)-S-、-C(RaRb)_C(ReRd)-S ，其中 Ra、Rb、rC、Rd、 各自獨立地選自氫、視情況經取代之Cii2烧基、視情況經 取代之C^2烯基、視情況經取代之C212炔基、羥基、C1.丨2 烷氧基、C2_丨2烷氧基烷基、C2.丨2烯氧基、羧基、Cl·丨2烷氧 基羰基、c^2烷基羰基、甲醯基、芳基、芳氧基-羰基、 芳氧基、芳基Μ基、雜芳基、雜芳氧基·幾基、雜芳氧 基、雜芳基羰基、胺基、單（C16烷基）胺基及二（C16烷基） 131385.doc -46* 200908987 胺基、胺甲醯基、單（C〗·6烷基）-胺基-羰基及二（Cl_6烷基）_ 胺基-羰基、胺基-Cw烷基-胺基羰基、單（Cm烷基）胺基_ Cl·6烧基-胺基幾基及二（Cl 烧基）胺基-C!_6燒基-胺基罗炭 基、Ci.6烧基-幾基胺基、胺甲醯胺基、C!_6烧醯基氧基、 硬基、C】·6烧基續醯基氧基、硝基、疊氮基、硫基、Cl_6院 硫基、鹵素、DNA^入劑、光化學活性基團、熱化學活性 基團、螯合基團、報導體基團及配位體，其中芳基及雜芳 基可視情況經取代且其中兩個成對取代基…及Rb 一起可表 示視情況經取代之亞甲基（ = CH2)。 在其他實施例中’ R4及R2* —起表示選自以下基團之雙 基團：-CH2-〇-、-CH2-S-、_CH2-NH_、_CH2-N(CH3)_、 -ch2-ch2-o- ' -ch2-ch(ch3)- ' -ch2-ch2-s- ' -ch2-ch2-NH-、-CH2-CH2-CH2-、-CH2-CH2-CH2-0-、-CH2-CH2-CH(CH3)- ^ -ch=ch-ch2- ^ -ch2-o-ch2-o- > -ch2-nh-0-、-ch2-n(ch3)-o-、-CH2-0-CH2·、-CH(CH3)-0-、 -CH(CH2-0-CH3)-0-。 對於所有對掌性中心而言，不對稱基團可見於沢或^取向中。 本發明之募聚物中所用之LNA單體較佳包含至少一個根 據下式之任一者之LNA單體：
其中 Y 為-〇-、-O-CH2·、-S-、-NH-或 N(Rh)
B Z及Z*獨立 131385.doc -47- 200908987 地選自核苷間鍵、末端基團或保護基；B構成天然存在於 核酸中或不天然存在於核酸中之未經修飾之鹼基部分或經 修飾之鹼基部分，且RH係選自氫及C!_4烷基。 尤其較佳之LNA單體展示於流程2中：
P-D-氧基-LNA
P-D-胺基-LNA 流程2 術語”硫基-LNA”係指上文通式中之Y係選自S或-CH2-S-之LNA單體。硫基-LNA可為β-D或α-L構型。 術語''胺基-LNA"係指上文通式中之Y係選自-N(H)-、 N(R)-、CH2-N(H)-及-CH2-N(R)-之 LNA單體，其中 R係選 自氫及Cw烷基。胺基-LNA可為β-D或α-L構型。 術語"乳基- LNA"係指上文通式中之Y表不_〇_或-CH2-O-之LNA單體。氧基-LNA可為β-D或α-L構型。 131385.doc -48 · 200908987 術語"ΕΝΑ”係指上文通式中之γ為_CH2_〇_之[να單體 (其中-CHrO-之氧原子連接至相對於鹼基b之2,位上）。 在一較佳實施例中’ LNA單體係選自β-D-氧基_lna單 體、a-L-氧基-LNA單體、β-D-胺基-LNA單體及(3_D_硫基_ LNA單體，尤其p_D_氧基_lna單體。 在本發明之上下文中，術語”Cl·4烷基，，意謂直鏈或支鏈 飽和烴鏈’其中該鏈具有1至4個碳原子，諸如甲基、乙 基、正丙基、異丙基、正丁基、異丁基、第二丁基及第三 丁基。 RNAse Η募集 在一些實施例中，募聚物經由目標mRNA之非RNase介 導之降解（諸如藉由轉譯之空間位阻或其他機制）起作用； 然而’在各種實施例中’本發明之募聚物能夠募集核糖核 酸内切酶 RNase(RNase)，諸如 RNase Η。 通常，寡聚物包含至少6個，諸如至少7個連續單體，諸 如至少8個或至少9個連續單體（包括7、8、9、10、11、 12、13、14、15或16個連續單體）之區域，當與目標rNA 之目標區域形成雙鏈體時，其能夠募集RNase。能夠募集 RNas e之券聚物之區域可為區域B，如本文中所述之間隙 聚合物之情況中所提及。在某些實施例中，能夠募集 RNase之寡聚物之區域（諸如區域B)係由1〇、11、12、13、 14、15、16、17、18、19或 20個單體組成。 EP 1 222 309提供測定RNaseH活性之活體外方法，其可 用於測定本發明之寡聚物募集RNaseH之能力。若滿足以 131385.doc -49· 200908987 下條件則認為寡聚物能夠募集RNase H :使用Ep ^ 3〇9(其係=引用的方式併入本文中）之實例pm所提供之 方法，當募聚物與RNA目標之互補目標區域接觸時，其具 有擁有相同鹼基序列但僅含有DNA單體之募核苦酸（寡核 苷酸中之所有單體之間不具有2,取代，具有硫代磷酸醋鍵 聯基團）之至少1%、諸如至少5%、諸如至少1〇%或小於 20%之初始速率（如以pin〇i/1/niinm量測）。 在各種實施例中，若滿足以下條件則認為寡聚物基本上 不能募集RNaseH :使用EP ! 222 3〇9之實例9i_9s所提供之 方法，當寡聚物與RNA目標之互補目標區域及⑽灿接 觸時，RNaseH初始速率（如以pm〇1/i/min所量測）小於使用 具有相同鹼基序列但僅含有DNA單體之寡核苷酸（寡核苷 酸中之所有單體之間不具有2，取代，&有硫代磷酸醋鍵聯 基團）測定之初始速率的1%、諸如小於5%、諸如小於1〇% 或小於20%。 在其他實施例中，若滿足以下條件則認為寡聚物能夠募 集尺他8611:使用£? 1 222 3 09之實例91-95所提供之方法， 當寡聚物與RNA目標之互補目標區域及RNaseH接觸時， RNaseH初始速率（如以pm〇1/1/min量測）為使用具有相同鹼 基序列但僅含有DNA單體之寡核苷酸（募核苷酸中之所有 單體之間不具有2,取代，具有硫代磷酸酯鍵聯基團）測定之 初始速率的至少20%、諸如至少40%、諸如至少6〇%、諸 如至少8 0 %。 通常，與目標RNA之互補目標區域形成雙鏈體且能夠募 131385.doc -50- 200908987 集RNase之募聚物之區域含有dna單體及LNA單體且與目 標區域形成DNA/RNA樣雙鏈體。LNA單體較佳為a_L構 型，尤其較佳為α-L-氧基LNA。 在各種實施例中，本發明之募聚物包含核苷與核苷類似 物，且為如上文所定義之間隙聚合物、頭聚合物（headmer) 或混合聚合物（miXmer)之形式。 "頭聚合物”係定義為包含第一區域及與其連續之第二區 域的寡聚物，其中該第二區域之5,端單體與該第一區域之 3端單體鍵聯。該第一區域包含一段連續之非RNase募集 之核苷類似物’且該第二區域包含一段連續（諸如至少7個 連續單體）之DNA單體或可由RNase識別及裂解之核苷類似 物單體。 ••尾聚合物（tailmer)"係定義為包含第一區域及與其連續 之第二區域的募聚物’其中該第二區域之5,端單體與該第 一區域之3'端單體鍵聯。該第一區域包含一段連續（諸如至 少7個此等單體）之DNA單體或可由RNase識別及裂解之核 苷類似物單體，且該第二區域包含一段連續之非RNase募 集之核苷類似物單體。 其他’’嵌合"寡聚物（稱作"混合聚合物"）係由（i)DNA單體 或可由RNaSe識別及裂解之核苷類似物單體及（π)非RNase 募集之核苷類似物單體之交替組合物組成。 在—些實施例中’除增強寡聚物對目標區域之親和力之 外’—些核苷類似物亦介導RNase(例如，RNaseH)結合及 裂解。在一些實施例中，因為α-L-LNA單體在特定程度上 131385.doc •51 · 200908987 恢復RNase活性，所以含有α-L-LNA單體之寡聚物之間隙 區域（例如，如下文中所提及之區域B)係由較少可由RNase 識別及裂解之單體組成，且在混合聚合物結構中引入更大 靈活性。 結合物 在本發明之上下文中，術語"結合物”指示藉由如本文中 所述之寡聚物與一或多種自身不為核酸或單體之部分結 合部分”）之共價連接（"結合"）形成的化合物。此等結合部 刀之實例包括大分子化合物，諸如蛋白質、脂肪酸鏈、糖 殘基、糖蛋白、聚合物或其組合。通常，&白質可為目標 蛋白之抗體。典型聚合物可為聚乙二醇。w〇 2〇〇7/〇3ι〇9ι 提供適合部分及結合物，該文獻係以引用的方式併入本文 中。 因此’本文中提供結合物，其包含如本文中所述之寡聚 人個與邊寡聚物共價連接之不為核酸或單體之結 Ρ刀ID此，在某些實施例中，若本發明之寡聚物係由 具有如本文中所揭示之指 I知疋驗基序列之連續單體組成，則 該結合物亦可包含？，丨 八 V —個與該寡聚物共價連接之結合部 分。 募聚物與增加寡聚化合物之細胞攝取 在某些實施例中 的部分結合。
在各種實施例中，沾A ^ ύ 、° 〇物可增強本發明募聚物之活性、 、、、田胞分布或細胞攝取。 肽；脂質部分，諸如臉 括（但不限於）抗體；多 ' s固醇部分、膽酸；硫醚，例如己 131385.doc -52- 200908987 基-S-三苯甲基硫醇、硫代膽固醇；脂族鏈，例如十二烷二 醇或十-烧基殘基脂’例如二_十六録_跡甘油或 1’2 一-鄰十/、烷基_rac_甘油基膦酸三乙銨丨多元胺或 聚乙二醇鏈’·金剛烷乙酸；棕櫚基部分；十八烷基胺或己 基胺基-羰基-氧基膽固醇部分。 在某些實施例中’本發明之寡聚物與活性藥物物質“列 如’阿司匹林（aSpiHn)、布洛芬（ib—ofen)、績胺藥物 ㈣临drug)、抗糖尿病藥物、抗菌劑或抗生素）結合。 在某些實施例中，結合部分為固醇，諸如膽固醇。 在各種實施例中，結合部分包含帶正電聚合物或由帶正 電聚合物組成，諸如長度為例如㈣、諸如2_2〇、諸如3· 1〇個胺基酸殘基之帶正電肽，及/或聚㈣（諸如聚乙二醇 (PEG)或聚丙二醇）’參見W0 2〇〇8/〇34123，其係以引用的 式併入本文中帶正電聚合物（諸如聚貌驗）可適宜地姐 由連接子（諸如編㈣123中所述之可釋放連接子）: 本發明之寡聚物連接。 活化募聚物 如本文中所用，術語"活化寡聚物"係指與至少一個允許 寡聚物與一或多個結合部分(亦即，自身不為核酸或單體 之部分)共價鍵聯之官能部分共價鍵聯(亦即官能化)形成本 文中所述之結合物的本發明寡聚物。$常，官能部分將包 含能夠經由（例如）3’m或腺^驗基之環外冊2基團盘 寡聚物共價鍵結之化學基團、在—些實施例中具親水性^ 間隔基及能夠與結合部分（例如，胺基、騎基或經基斤人 131385.doc •53· 200908987 之末端基團。在一些實施例中，此末端基團未經保護，例 如為NH2基團。在其他實施例中，末端基團係由（例如）任 何適合保護基（諸如Theodora W Greene及Peter G M Wuts之 "Protective Groups in Organic Synthesis"，第 3 版（j〇hn
Wiley & Sons，1999)中所述之保護基）保護。適合羥基保護 基之實例包括酯，諸如乙酸酯；芳烷基，諸如节基、二苯 基曱基或三苯基甲基及四氫哌喃基。適合胺基保護基之實 例包括苄基、α-甲基苄基、二苯基甲基、三苯基甲基、节 氧獄基、第三丁氧羰基及醯基（諸如三氯乙醯基或三氟乙 醯基）。 在一些實施例中，官能部分係自裂解。在其他實施例 中，官能部分可經生物降解。例如參見美國專利第 7,087,229號，其係以引用的方式全部併入本文中。 在一些實施例中，本發明之寡聚物在5，端經官能化以允 許結合部分與寡聚物之51端共價連接。在其他實施例中， 本發明之寡聚物可在3,端處經官能化。在其他實施例中， 本發明之寡聚物可沿主鏈或在雜環驗基部分上經官能化。 在其，實施例中’本發明之寡聚物可在—個以上獨立地選 自5端、3’端、主鏈及鹼基之位置上經官能化。 在些實施例中’本發明之活化寡聚物係藉由在合成期 間併入-或多個與官能部分共價連接之單體來合成。在其 他實施例Φ，士 2父 毛月之活化寡聚物係以未經官能化之單體 且寡聚物係在合成完成後經官能化。 二實施例巾’寡聚物係以含有胺基燒基連接子之位 131385.doc .54- 200908987 阻酯來：能化，其中烷基部分具有式(CH2)w，纟中w為在! 立^範圍内之整數，較佳為約6，其中烷基胺基之烷基 刀可為直鏈或支鏈，且其中官能基係經由酯基（-〇-C(0)_ (CH2)wNH)與寡聚物連接。 在其他實施例中，寡聚物係以含有（CH2)W-巯基（SH)連接 子之位阻s|來官能化，其為在1至10之範圍内之整數， 較佳為約6’#中烷基胺基之烷基部分可為直鏈或支鏈， 且其中官能基係經由酯基（_〇_c(〇HCH2)wSH)與募聚物連 接在一些實施例中，巯基活化之寡核苷酸係與諸如聚乙 二醇之聚合物部分或肽（經由形成二硫鍵）結合。 與至少一個官能部分共價鍵聯之活化寡聚物可藉由此項 技術中已知之任何方法且尤其藉由美國專利公開案第 2004/0235773號（其係以引用的方式全部併入本文中）及 ao 專人（2007) J, Controlled Release 1 19:143-1 52 ;及 Zha〇等人，（2005) Bioconjugate Chem. 16:758-766 中所揭 示之方法來合成。 在其他實施例中，本發明之募聚物係藉助於大體上如美 國專利第4,962,029號及第4,914,210號中所述之官能化試劑 (亦即，在經由親水性間隔基鏈與相對端鍵聯之一端上具 有胺基磷酸酯之大體上線性試劑，其包含經保護或未經保 護之酼基、胺基或羥基）藉由將巯基、胺基或羥基引入寡 聚物中來官能化。此等試劑主要與募聚物之羥基反應。在 一些實施例中，此等活化募聚物具有與募聚物之5，_羥基偶 合之官能化試劑。在其他實施例中，活化寡聚物具有與3，_ 131385.doc -55- 200908987 2基偶合之官能化試劑。在其他實施例中，本發明之活化 寡聚物具有與寡聚物主鍵上之經基偶合之官能化試劑在 其他實施例中，本發明之寡聚物係經一種以上如美國專利 第4,962,029號及第4,914,21〇號（其係以引用的方式全部併 入本文中）中所述之官能化試劑官能化。合成此等官能化 試劑且將其併入單體或寡聚物中之方法係揭示於美國專利 第 4,962,029 號及第 4,914,210 號中。 在-些實施例中，固相結合之寡聚物之5,末端係經二烯 基胺基磷酸酯衍生物官能化，接著去保護募聚物經由狄爾 斯-阿爾德（Diels-Alder)環加成反應與（例如）胺基酸或肽結 合。 在各種實施例中，將含有2，·糖修飾之單體（諸如2,_胺基 甲酸醋取代糖或2，-(0-戊基-N-鄰苯二醯亞胺基）_去氧核糖 糖）併入寡聚物中有助於結合部分與寡聚物之糖之共價連 接。在其他實施例中，使用諸如5'-二甲氧基三苯甲美_2, 0-(e-鄰苯二酿亞胺基胺基戊基）_2’-去氧腺皆_3'_n，N-二異 V 丙基-氰基乙氧基胺基磷酸酯之試劑來製備在一或多個單 體之2'-位置處具有含胺基之連接子的寡聚物。例如參見 Manoharan等人，Tetrahedron Letters, 1991，34, 7171 〇 在其他實施例中’本發明之寡聚物在核鹼基上（包括在 N6嘌呤胺基上，在鳥嘌呤之環外N2上或在胞嘧啶之\4或5 位置上）具有含胺之官能部分。在一些實施例中，可藉由 使用已在养聚物合成中經s能化之商業試劑來達成此官能 化0 131385.doc •56· 200908987 一些官能部分可購得，例如，異雙官能及同雙官能鍵聯 部分係獲自Pierce Co.(Rockford，IU.)。其他市售鍵聯基團 為5’-胺基-修飾劑C6及3，_胺基_修飾劑試劑，兩者均獲自 Glen Research C〇rporati〇n(SterIing，Va)。5，_ 胺基 _ 修飾劑 C6 亦以 Aminolink-2 獲自 ABI(APPIied Bi〇systems Inc ,
Foster City，Calif·)，且 3，_ 胺基 _修飾劑亦獲自 a〇ntech
Laboratories Inc_(Palo Alto, Calif.)。 組合物 在各種實施例中，本發明之募聚物係以醫藥調配物及組 合物形式使用。此等組合物適宜地包含醫藥學上可接受之 稀釋劑、載劑、鹽或佐劑。WO 2007/03 1091提供適合且較 佳之醫藥學上可接受之稀釋劑、載劑及佐劑，該文獻係以 引用的方式併入本文中。適合劑量、調配物、投藥途徑、 組δ物、劑型、與其他治療劑之組合、前藥調配物亦提供 於W0 2007/031091中，其亦係以引用的方式併入本文中。 關於調配及投藥技術之細節亦可見於最新版之 "REMINGTON'S PHARMACEUTICAL SCIENCES "(Maack Publishing Co, Easton Pa.)中。 在一些實施例中，本發明之寡聚物與結合部分共價鍵聯 以輔助傳遞寡聚物穿過細胞膜。辅助傳遞寡聚物穿過細胞 膜之結合部分之一實例為親脂性部分，諸如膽固醇。在各 種實施例中，本發明之寡聚物係與形成脂質體之脂質調配 物（諸如 Lipofectamine 2000 或 Lipofectamine RNAiMAX) — 起調配’兩者均購自Invitr〇gen。在一些實施例申本發 131385.doc -57- 200908987 明之寡聚物係與-或多個脂f樣非天然存在之小分子（”類 脂質（llpid〇1d)")的混合物一起調配。可藉由習知合成化學 方法來合成類脂質之文庫且可檢定類脂質之各種量及組合 以形成^劑以藉由所選投藥途徑向目標組織有效傳遞特定 尺寸之养聚物。適合類脂質文庫及組合物可見於（例 如）Akinc等人’（2〇08) Nature則…仏⑽中可自…P··" www.nature.c〇m/„bt/journal/va〇p/ncurr€nt/abs/nbtl4〇2htini 獲得，該文獻係以引用的方式併入本文中。 如本文中所用，術語，，醫藥學上可接受之鹽"係指保持本 文中所鑑別化合物之所需生物活性且顯示可接受程度之非 所而毋丨生效應之鹽。此等鹽之非限制性實例可由有機胺基 酸及由以下各物形成之鹼加成鹽形成：金屬陽離子，諸如 鋅、1弓、鉍、鋇、鎂、鋁、銅、鈷、鎳、鎘、鈉、鉀及其 類似物；或由氨、N，N，_二苄基伸乙基_二胺、D_葡糖胺、 四乙^或伸乙基二胺形成之陽離子；或（e)(a)與（b)之組 合，例如，丹寧酸辞或其類似物。 應用 T本文中所用之術語"治療”係指現有疾病（例如，如下文 所提及之疾病或病症）之治療或疾病之預防（亦即預防）。因 此將…戠到’在某些實施例中，"治療"包括預防。 在各種實施例中’本發明之募聚物可用作用於（例如）診 斷、治療及預防之研究試劑。 在些實施例中’此等募聚物可用於研究目的以特定抑 制細胞及汽驗動物中HER3(及/或或egfr)蛋白之 131385.doc -58- 200908987 表現（通常’藉由降解或抑制HER3(及/或HER2及/咬 EGFR)mRNA且進而防止蛋白質形成），進而促進目標之功 能分析或其作為治療干預之目標之有效性的評價。 在某些實施例中，寡聚物可用於診斷學中以藉由北方墨 點法、原位雜交或類似技術來偵測及定量細胞及組織中之 HER3(及/或HER2及/或EGFR)表現。 :各種治療實施例中，可藉由投與有效量之根據本發明 之寡聚物（或其結合物）來治療疑似患有T藉由調節 臟3(及視情況HER2及/或EGFR)之表現來治療之疾病或 病症的非人動物或人。進—步提供藉由投與治療或預防有 效量之-或多種本發明之寡聚物或組合物來治療疑似患有 或傾向於患上與HER3(及/或職2及/或egfr)之表現相關 之疾病或病狀之哺乳動物（諸如人）的方法。 在某些實施例中， 物或結合物的用途， 之病症用的樂物，或 法中。
本發明亦提供如所述之本發明之化合 其係用於製造供治療如本文中所提及 用於治療ht中所提及之病症的方 在各種實施例中’本發明亦提供—種治療 及之病症的方法，嗲方沐^^ + 入丫所扠 文中所、… °亥方法包含向有此需要之患者投與如本 文中所述之根據本發明 物;5/之化口物及/或根據本發明之結合 物及/或根據本發明之醫藥組合物。 聚：各Γ:施例中’本發明係關於-種如本文中所述之寡 、、且口物或其結合物’其係用作藥物。 在各種實施例令，本發明 種/σ療如本文_所提及 l313S5.doc -59- 200908987 之病症的方法’該方法包含向有此需要之患者投與有效量 之如本文中所述之根據本發明之化合物及/或有效量之根 據本發明之結合物及/或根據本發明之醫藥組合物。 在各種實施例中’寡聚物或其結合物經由（例如）與目標 核酸氫鍵結而在人類中誘導所需治療作用。寡聚物經由與 目標之mRNA氫鍵結（例如，雜交）而使目標之表現降低（例 如，抑制）’進而使得基因表現降低。 本發明之化合物極佳能夠藉由沃森_克里克鹼基配對而 與目標核酸（諸如HER3 mRNA)雜交。 在某些治療實施例中，待治療之病症係選自由過度增生 性病症（諸如癌症）組成之群，該癌症係諸如選自由以下各 疾病組成之群的癌症：淋巴瘤及白血病（例如非霍奇金氏 淋巴瘤（non_Hodgkin’s lymphoma)、霍奇金氏淋巴瘤 (Hodgkin's lymphoma)、急性白血病（諸如急性淋巴細胞性 白血病、急性髓細胞性白血病、慢性骨髓白血病、慢性淋 巴細胞性白血病）、多發性骨髓瘤）、結腸癌、直腸癌、胰 腺癌、乳癌、卵巢癌、前列腺癌、腎細胞癌、肝癌、膽管 癌、絨膜癌、子宮頸癌、睾丸癌、肺癌、膀胱癌、黑素 瘤、頭頸癌、腦癌、未知原發部位之癌症、贅瘤、周圍神 經系統癌症、中樞神經系統癌症、纖維肉瘤、黏液肉瘤' 脂肪肉瘤、軟骨肉瘤、骨肉瘤、脊索瘤、血管肉瘤、内皮 肉瘤、淋巴管肉瘤、淋巴管内皮肉瘤、滑膜瘤、間皮瘤、 尤文氏瘤（Ewing’s tumour)、平滑肌肉瘤、橫紋肌肉瘤、鱗 131385.doc -60- 200908987 、細胞癌_、基底細胞癌、腺癌、汗腺癌、皮脂腺癌、乳頭 狀癌礼碩狀腺癌、囊腺癌、髓性癌、支氣管癌、精原細 胞瘤、胚月台癌、威爾姆瘤（Wilms，tumour)'小細胞肺癌、 上皮癌#經膠質瘤、星形細胞瘤、成神經管細胞瘤、顧 咽管瘤 '室管臈瘤、松果體瘤、成血管細胞瘤、聽神經 瘤、寡樹突膠質瘤、脊膜瘤、神經母細胞瘤及視網膜母細 胞瘤、重鏈病、癌轉移或特徵為不受控制或異常細胞生長 之任何疾病或病症。 一在某些實施例中，疾病為選自由乳，癌、肺癌、印巢癌、 前列腺癌、結腸癌及腦癌組成之群的癌症。 在某些其他實施例中，疾病為乳癌。 在各種實施例中，根據本發明之此疾病或病狀之治療可 與一或多種其他抗癌治療（諸如放射療法、化學療法或免 疫療法）組合。
在某些實施例中，疾病或病症與HER3基因（及/或her2 基因及/或EGFR基因）或其蛋白產物與1^113相關或與 相互作用之基因的突變有關。因此，在各種實施例中，目 標mRNA為HER3序列之突變形式；舉例而言，其包含一或 多個單點突變，諸如與癌症相關之SnP。 在某些實施例中，疾病或病症與HER3之突變形式之異 常含量相Μ。在某些實施例中，疾病或病症與職3之野 生型形式之異常含量相關。本發明之一態樣係關於一種治 療罹患或易患上與HER3之異常含量相關之病狀的哺乳動 物之方法，其包含向該哺乳動物投與治療有效量之靶向 131385.doc • 61 - 200908987 HER3或其各種結合物之本發明之寡聚物。在一些實施例 中，寡聚物包含一或多個LNA單元。 在各種實施例中，本發明係關於一種治療罹患或易患上 與HER〗之突變形式之異常含量或HER2之野生型形式之異 常含量相關的病狀之哺乳動物的方法，其包含向該哺乳動 物投與治療有效量之靶向HER3(及/或HER2及/或EGFR)或 其各種結合物之本發明之寡聚物。在一些實施例中，寡聚 物包含一或多個LNA單元。 在其他實施例中，本發明係關於一種治療罹患或易患上 與突變EGFR之異常含量或野生型EGFR之異常含量相關的 病狀之哺乳動物的方法，其包含向該哺乳動物投與治療有 效量之靶向HER3(及/或HER2及/或EGFR)之本發明之寡聚 物。在一些實施例中，寡聚物包含一或多個LNA單元。 適合劑量、調配物、投藥途徑、組合物、劑型、與其他 治療劑之組合、前藥調配物亦提供於WO 2007/031091中， 該文獻係以引用的方式併入本文中。本發明亦提供一種醫 藥組合物，其包含如本文中所述之化合物或結合物或結合 物及醫藥學上可接受之稀釋劑、載劑或佐劑。WO 2007/031091提供適合且較佳之醫藥學上可接受之稀釋 劑、載劑及佐劑，該文獻係以引用的方式併入本文中。 在各種實施例中，本文中所述之本發明涵蓋一種預防或 治療疾病之方法，其包含向需要此療法之人投與治療有效 量之調節HER3之寡聚物（及/或調節HER2之寡聚物及/或調 節EGFR之寡聚物）。本發明進一步涵蓋短期投與調節HER3 131385.doc -62· 200908987 之募核苷酸化合物（寡聚物或結合物）（及/或調節HER2之寡 聚物及/或調節EGFR之寡聚物）的用途。 與其他反義募聚物組合 在一些實施例中，本發明之寡聚物係靶向HER3、HER2 及/或EGFR核酸。因此，在一些實施例中’本發明係關於 一種以上募聚物靶向兩種或甚至所有三種目標核酸之用 途。在各種實施例中，把向HER3之寡聚物係與把向EGFR 或HER2之第二寡聚物一起投與。在各種其他實施例中， ， 靶向耶113之寡聚物係與靶向耶112之第二募聚物及靶向 EGFR之第三寡聚物一起投與。此等寡聚物可同時或依次 投與。 在各種實施例中，本發明係關於一種醫藥組合物’其包 含乾向HER3之寡聚物及把向HER2且下調HER2表現之另一 治療劑（諸如把向HER2 mRNA之反義募聚物）° 在其他實施例中，其可相同或不同’本發明係關於一種 醫藥組合物，其包含靶向HER3之寡聚物及靶向EGFR且下 調EGFR表現之另一治療劑（諸如把向EGFR mRNA之反義 寡聚物）。 在一些實施例中，靶向HER2及/或EGFR mRNA之募聚物 (或其結合物）具有與輕向HER3之寡聚物相同之設計（例 如，間隙聚合物、頭聚合物、尾聚合物）。在各種實施例 中，輕向HER2及/或EGFR mRNA之寡聚物（或其結合物）具 有與輕向HER3之募聚物不同的設計。 套組 131385.doc -63· 200908987 本發明亦提供& a & & '種匕含第一組份及第二組份之套組。在 各種實施例中，續笛_ 4 ^ °乐—、·且伤包含能夠抑制（例如下調）HER3 之表現的本發明夕宣& & <券I物’或其結合物及/或醫藥組合 物。在其他實施例中 只也捫〒，該第二組份包含第二活性成份。在 一些實施例中，第-έ日々、达， 币一組伤為如本文中所述之寡核苷酸之治 =知在其他實施例中治療劑不為募核苦酸（例如，小 刀子’口療㉝’諸如紫杉酚)。纟_些實施例巾，本發明之 套、、且係用於冶療過度增生性病症（諸如癌症）之方法中，其 3向有此而要之患者投與有效量之該套組之第一組份及 第一組份。在各種實施例中，該第一組份與第二組份係同 時&與。在其他實施例中’該第—組份及第二組份係依次 且以任何次序投與。 在些實施例中，套組包含第一組份，其包含能夠抑制 (例如下調）HER3之表現的本發明之募聚物或其結合物及/ 或醫藥組合物；及第二組份，其為如本文中所述之能夠抑 制（例如下調）HER2表現及/或EGFR表現之反義募核苷酸或 其結合物及/或醫藥組合物。 其他實施例 以下實施例亦係關於本發明之描述及概述，且可與其中 提及之本發明實施例（包括申請專利範圍中提及之實施例） 組合： I一種反義募核苷酸，其能夠與SEQ ID NO: 197之HER3基 因或其對偶基因之目標序列結合且下調HER3之表現，該 寡核普酸包含對應於該目標序列之1〇_5〇個核鹼基之序 131385.doc -64- 200908987 列。 2. 如實施例1之反義养核普酸’其中該目標序列係選自由 SEQ ID NO: 1-140表示之HER3基因或其對偶基因變異體之 區域。 3. 如實施例1或實施例2之寡核苷酸，其包含SEQ ID N〇: 1、16、17、18、19、34、49、50、51、52、53、54、 55 、 56 、 57 、 58 、 59 、 74 、 75 、 76 、 91 、 92 、 1〇7 ' 122 、 137、138、139及140中所示之ι〇_16個核鹼基之序列或其 對偶基因變異體。 4. 如實施例1-3中任一者之募核苷酸，其包含如SEQ m NO: 1-140中所示之序列之任一者。 5·如前述實施例中任一者之寡核苷酸，其係*SEQ m no: 141-196表示。 6.如實施例1之寡核苷酸，其中該寡核苷酸此外能夠下調 SEQ ID NO: 199之HER2基因或其對偶基因變異體及/或 SEQ ID NO: 198之EGFR基因或其對偶基因變異體之表現。
1 7.如實施例6之寡核苷酸’其中該寡核苷酸能夠下調SEQ ID NO: 199之HER2基因或其對偶基因變異體之表現，且其 中該募核苷酸係由SEQ ID NO: 177或178表示。 8. 如實施例6之寡核苷酸，其中該募核苷酸能夠下調seq ID NO: 198之EGFR基因或其對偶基因變異體之表現，且 其中該养核皆酸係由SEQ ID NO: 171或173表示。 9. 如實施例6之寡核苷酸，其中該寡核苷酸能夠下調seq ID NO: 199之HER2基因或其對偶基因變異體及Seq ι〇 131385.doc -65- 200908987 NO: 198之EGFR基因或其對偶基因變異體之表現。 10.如實施例9之寡核苷酸，其中該寡核苷酸係由兕卩ι〇 NO: 169、17〇、172、174、175、m 及 179 之任一者表 示0 Π.如前述實施例中任一者之募核普酸，其中該核鹼基序 列包含獨立地選自磷酸二酯、硫代磷酸酯及硼烷磷酸酯之 核驗基間鍵。 12. 如前述實施例中任一者之寡核苷酸，其中該等核鹼基 之至少兩者為核苷酸類似物。 13. 如實施例5之寡核苷酸，其中該核鹼基序列在5,至3，方 向上包含⑴區域A: 一段2_4個核苷酸類似物接著（丨丨）區 域B . —段6-11個不同於區域A之核苷酸或核苷酸類似物， 接著（ui)區域C : 一段2-4個核苷酸類似物，及視情況接著 (iv)區域D : —或兩個核苷酸。 1 4.如實靶例13之券核苷酸，其中該區域a在兩個核苷酸類 似物單元及/或一核苷酸類似物單元與區域B之一核鹼基單 元之間包含至少一個鱗酸二酯鍵。 15.如實施例13或實施例14之募核苷酸，其中區域c在兩個 核苷酸類似物單元及/或一核苷酸類似物單元與區域B之一 核驗基單元之間包含至少一個磷酸二酯鍵。 16·如實施例1至11中任一者之募核苷酸，其中所有該等核 驗基間鍵為硫代磷酸酯。 7·如實施例12至16中任一者之寡核皆酸，其中該等核普 酸類似物單元獨立地選自2，_〇·烷基_RNa、2，-胺基_DNA、 131385.doc -66- 200908987 2 ·既-DNA、鎖定核酸（LNA)、阿拉伯糖核酸（ANA)'2，-氟-ANA、HNA、插入核酸（INA)及 2，-M〇E。 18.如實施例17之寡核苷酸，其中該等核苷酸類似物獨立 地選自 2，-MOE-RNA、2'·氟-DNA 及 LNA。 19·如實施例18之寡核苷酸，其中該等核苷酸類似物之至 少一者為鎖定核酸（LNA)。 20. 如實施例19之寡核苷酸，其中所有該等核苷酸類似物 為 LNA 〇 21. 如實施例丨7至20中任一者之募核苷酸，其中LNA係選自 β-D-氧基-LNA、α-L-氧基-LNA、β-D-胺基-LNA 及 β-D-硫 基-LNA。 22. —種結合物，其包含如前述實施例中任一者之寡核苷 I及至少一個與該募核苷酸共價連接之非核苷酸或非聚核 苷酸部分。 23·如實施例22之結合物，其中該非核苷酸或非聚核苷酸 邓刀係由例如膽固醇之固醇基團組成或包含例如膽固醇之 % 固醇基團。 24. —種醫藥組合物，其包含如實施例丨至以中任一者之募 核芽酸或如實施例22或實施例23之結合物，及醫藥學上可 接受之稀釋劑、載劑或佐劑。 25. 如實施例1至23中任一者之寡核苷酸或結合物，其係用 作藥物。 26. —種如實施例！至23中任一者之寡核苷酸或結合物之用 途，其係用於製造供治療異常含量之HER3及/!HER2及/ 131385.doc -67· 200908987 或EGFR或HER3及/或HER2及/或EGFR表現下調所指示之 疾病或病狀用的藥物。 27. 如實施例26之用途，其中該疾病或病狀為癌症。 28. —種治療罹患癌症之個體的方法，該方法包含以下步 驟：向有此需要之該個體投與如實施例1至24中任一者之 醫藥組合物、寡核苷酸或結合物。 29·如實施例27或28之用途或方法，其中該癌症係選自乳 癌、肺癌、卵巢癌、前列腺癌、結腸癌及腦癌。 30.—種HER3基因内之目標序列，其中對應於該目標序列 之反義募核苷酸能夠下調HER3之表現。 3!.如實施例30之目標序列，其中該目標序列係選自與剛 ID NO hMO互補之HER3基因或其對偶基因變異體之區 域。 32. —種下調細胞中HER3之表現的方法，其包含使該細胞 與如實施例1-21中任一實者之募核苷酸接觸。 實例 實例1 :單體合成 根據公開程序來製備LNA單體架構基塊及其衍生物。參 見WO 07/03 1081及其中引用之參考文獻。 實例2:寡核苷酸合成 根據WO 07/031081中所述之方法來合成募核苷酸。表1 展示本發明之反義募核苷酸基元之實例。 實例3:募核苷酸之設計
根據本發明，設計一系列募核苷酸來靶向人類EGFR 131385.doc -68- 200908987 (GenBank寄存編號NM_005228，SEQ ID NO: 198)及人類 HER2(GenBank寄存編號NM_004448，SEQ ID NO: 199)以 及人類HER3(GenBank寄存編號NM_001982，SEQ ID NO: 197)之不同區域。 在下文表1中所示之序列中，設計SEQ ID NO: 1 -5〇、 53、139及140來靶向人類EGFR及人類HER2以及人類 HER3。指示HER3、EGFR及HER2之序列同源性百分比。 與EGFR之最佳比對之目標區域的序列相比，寡聚物之序 列含有0-2個錯配，且與HER2之最佳比對之目標區域的序 列相比，寡聚物之序列含有1 -2個錯配。 反義寡核苷酸序列 SEQ TD NO 序列(5W) 長度 (驗基） 目標位點 HER3 互補 EGFR 寻補 HER2, SEQ ID NO: 1 GCTCCAGACATCACTC 16 2866-2881 100% 87.5% SEQ ID NO: 2 GCTCCAGACATCACT 15 SEQ ID NO: 3 CTCCAGACATCACTC 15 SEQ ID NO: 4 GCTCCAGACATCAC 14 SEQ ID NO: 5 CTCCAGACATCACT 14 SEQ ID NO: 6 TCCAGACATCACTC 14 SEQ ID NO: 7 GCTCCAGACATCA 13 SEQ ID NO: 8 CTCCAGACATCAC 13 SEQ ID NO: 9 TCCAGACATCACT 13 SEQ ID NO: 10 CCAGACATCACTC 13 SEQ ID NO: 11 GCTCCAGACATC 12 SEQ ID NO: 12 CTCCAGACATCA 12 SEQ ID NO: 13 TCCAGACATCAC 12 SEQ ID NO: 14 CCAGACATCACT 12 SEQ ID NO: 15 CAGACATCACTC 12 SEQ ID NO: 16 CTCCAGACATCACTCT 16 2865-2880 100% 93.8% SEQ ID NO: 17 CAGACATCACTCTGGT 16 2862-2877 100% 93.8% I31385.doc -69- 200908987 表1 反義募核苷酸序列 SEQ ID NO 長度 (驗基） 目標位點 1IF.R3 互補 KC；FR 互補 HER2 SEQIDNO: 18 AGACATCACTCTGGTG 16 2861-2876 100% 93.8% SEQ ID NO: 19 ATAGCTCCAGACATCA 16 2869-2884 93.8% 87.5% SEQ ID NO: 20 ATAGCTCCAGACATC 15 SEQ ID NO: 21 TAGCTCCAGACATCA 15 SEQ ID NO: 22 ATAGCTCCAGACAT 14 SEQ ID NO: 23 TAGCTCCAGACATC 14 SEQ ID NO: 24 AGCTCCAGACATCA 14 SEQ ID NO: 25 ATAGCTCCAGACA 13 SEQ ID NO: 26 TAGCTCCAGACAT 13 SEQ ID NO: 27 AGCTCCAGACATC 13 SEQ ID NO: 28 GCTCCAGACATCA 13 SEQ ID NO: 29 ATAGCTCCAGAC 12 SEQ ID NO: 30 TAGCTCCAGACA 12 SEQ ID NO: 31 AGCTCCAGACAT 12 SEQ ID NO: 32 GCTCCAGACATC 12 SEQ ID NO: 33 CTCCAGACATCA 12 SEQ ID NO: 34 TCACACCATAGCTCCA 16 2876-2891 87.5% 93.8% SEQ ID NO: 35 TCACACCATAGCTCC 15 SEQ ID NO: 36 CACACCATAGCTCCA 15 SEQ ID NO: 37 TCACACCATAGCTC 14 SEQ ID NO: 38 CACACCATAGCTCC 14 SEQ ID NO: 39 ACACCATAGCTCCA 14 SEQ ID NO: 40 TCACACCATAGCT 13 SEQ ID NO: 41 CACACCATAGCTC 13 SEQ ID NO: 42 ACACCATAGCTCC 13 SEQ ID NO: 43 CACCATAGCTCCA 13 SEQ ID NO: 44 TCACACCATAGC 12 SEQ ID NO: 45 CACACCATAGCT 12 SEQ ID NO: 46 ACACCATAGCTC 12 SEQ ID NO: 47 CACCATAGCTCC 12 SEQ ID NO: 48 ACCATAGCTCCA 12 SEQ ID NO: 49 CATCCAACACTTGACC 16 3025-3040 93.8% 93.8% SEQ ID NO: 50 ATCCAACACTTGACCA 16 3024-3039 93.8% 93.8% 131385.doc -70- 200908987
次:；：! 長度 目標位點 互補 互補| SKQ ID NO 序列(5'-3D (驗基） HF.R3 EGFR IJER2 SEQIDNO: 51 CAATCATCCAACACTT 16 3029-3044 87.5% 93.8% SEQ ID NO: 52 TCAATCATCCAACACT 16 3030-3045 87.5% 93.8% SEQIDNO: 53 CATGTAGACATCAATT 16 3004-3019 87.5% 93.8% SEQ ID NO: 54 TAGCCTGTCACTTCTC 16 435-450 68.8% 75% SEQ ID NO: 228 TAGCCTGTCACTTCT 15 SEQ ID NO: 229 AGCCTGTCACTTCTC 15 SEQ ID NO: 230 TAGCCTGTCACTTC 14 SEQ ID NO: 231 AGCCTGTCACTTCT 14 SEQ ID NO: 232 TAGCCTGTCACTT 13 SEQ ID NO: 233 TAGCCTGTCACT 12 SEQ ID NO: 55 AGATGGCAAACTTCCC 16 530-545 68.8% 68.8% SEQ ID NO: 56 CAAGGCTCACACATCT 16 1146-1161 75% 68.8% SEQ ID NO: 57 AAGTCCAGGTTGCCCA 16 1266-1281 75% 75% SEQ ID NO: 58 CATTCAAGTTCTTCAT 16 1490-1505 75% 68.8% SEQ ID NO: 59 CACTAATTTCCTTCAG 16 1529-1544 81.3% 68.8% SEQ ID NO: 60 CACTAATTTCCTTCA 15 SEQ ID NO: 61 ACTAATTTCCTTCAG 15 SEQ ID NO: 62 CACTAATTTCCTTC 14 SEQ ID NO: 63 ACTAATTTCCTTCA 14 SEQ ID NO: 64 CTAATTTCCTTCAG 14 SEQ ID NO: 65 CACTAATTTCCTT 13 SEQ ID NO: 66 ACTAATTTCCTTC 13 SEQ ID NO: 67 CTAATTTCCTTCA 13 SEQ ID NO: 68 TAATTTCCTTCAG 13 SEQ ID NO: 69 CACTAATTTCCT 12 SEQ ID NO: 70 ACTAATTTCCTT 12 SEQ ID NO: 71 CTAATTTCCTTC 12 SEQ ID NO: 72 TAATTTCCTTCA 12 SEQ ID NO: 73 AATTTCCTTCAG 12 SEQ ID NO: 74 GCCCAGCACTAATTTC 16 1535-1550 75% 68.8% SEQ ID NO: 75 CTTTGCCCTCTGCCAC 16 1673-1688 75% 75% SEQ ID NO: 76 CACACACTTTGCCCTC 16 1679-1694 68.8% 75% SEQ ID NO :77 CACACACTTTGCCCT 15 131385.doc -71 - 200908987 ώ： 1 * 圍 se^no 1 \森y纖 二— ^ _ »»M 讎 EGER：： 5HER2 - SEQ ID NO: 78 ACACACTTTGCCCTC 15 SEQ ID NO: 79 CACACACTTTGCCC 14 SEQ ID NO: 80 ACACACTTTGCCCT 14 SEQ ID NO: 81 CACACTTTGCCCTC 14 SEQ ID NO: 82 CACACACTTTGCC 13 SEQ ID NO: 83 ACACACTTTGCCC 13 SEQ ID NO: 84 CACACTTTGCCCT 13 SEQ ID NO: 85 ACACTTTGCCCTC 13 SEQ ID NO: 86 CACACACTTTGC 12 SEQ ID NO: 87 ACACACTTTGCC 12 SEQ ID NO: 88 CACACTTTGCCC 12 SEQ ID NO: 89 ACACTTTGCCCT 12 SEQ ID NO: 90 CACTTTGCCCTC 12 SEQ ID NO: 91 CAGTTCCAAAGACACC 16 2345-2360 75% 68.8% SEQ ID NO: 92 TGGCAATTTGTACTCC 16 2636-2651 75% 68.8% SEQ ID NO: 93 TGGCAATTTGTACTC 15 SEQ ID NO: 94 GGCAATTTGTACTCC 15 SEQ ID NO: 95 TGGCAATTTGTACT 14 SEQ ID NO: 96 GGCAATTTGTACTC 14 SEQ ID NO: 97 GCAATTTGTACTCC 14 SEQ ID NO: 98 TGGCAATTTGTAC 13 SEQ ID NO: 99 GGCAATTTGTACT 13 SEQ ID NO: 100 GCAATTTGTACTC 13 SEQ ID NO: 101 CAATTTGTACTCC 13 SEQ ID NO: 102 TGGCAATTTGTA 12 SEQ ID NO: 103 GGCAATTTGTAC 12 SEQ ID NO: 104 GCAATTTGTACT 12 SEQ ID NO: 105 CAATTTGTACTC 12 SEQ ID NO: 106 AATTTGTACTCC 12 SEQ ID NO: 107 GTGTGTGTATTTCCCA 16 2848-2863 75% 68.8% SEQ ID NO: 108 GTGTGTGTATTTCCC 15 SEQ ID NO·· 109 TGTGTGTATTTCCCA 15 SEQ ID NO: 110 GTGTGTGTATTTCC 14 131385.doc •72- 200908987 反義募核苷酸序列 SKQ II) NO 序列(5’-3〇 長度 (驗基> 目標位點 互補 l:(i FK 互補 HER2 SEQIDNO: 111 TGTGTGTATTTCCC 14 SEQIDNO: 112 GTGTGTATTTCCCA 14 SEQ ID NO: 113 GTGTGTGTATTTC 13 SEQIDNO: 114 TGTGTGTATTTCC 13 SEQ ID NO: 115 GTGTGTATTTCCC 13 SEQ ID NO: 116 TGTGTATTTCCCA 13 SEQ ID NO: 117 GTGTGTGTATTT 12 SEQ ID NO: 118 TGTGTGTATTTC 12 SEQ ID NO: 119 GTGTGTATTTCC 12 SEQ ID NO: 120 TGTGTATTTCCC 12 SEQ ID NO: 121 GTGTATTTCCCA 12 SEQ ID NO: 122 CCCTCTGATGACTCTG 16 3474-3489 68.8% 68.8% SEQ ID NO: 123 CCCTCTGATGACTCT 15 SEQ ID NO: 124 CCTCTGATGACTCTG 15 SEQ ID NO: 125 CCCTCTGATGACTC 14 SEQ ID NO: 126 CCTCTGATGACTCT 14 SEQ ID NO: 127 CTCTGATGACTCTG 14 SEQ ID NO: 128 CCCTCTGATGACT 13 SEQ ID NO: 129 CCTCTGATGACTC 13 SEQ ID NO: 130 CTCTGATGACTCT 13 SEQ ID NO: 131 TCTGATGACTCTG 13 SEQ ID NO: 132 CCCTCTGATGAC 12 SEQ ID NO: 133 CCTCTGATGACT 12 SEQ ID NO: 134 CTCTGATGACTC 12 SEQ ID NO: 135 TCTGATGACTCT 12 SEQ ID NO: 136 CTGATGACTCTG 12 SEQ ID NO: 137 CATACTCCTCATCTTC 16 3770-3785 81.3% 81.3% SEQ ID NO: 138 CCACCACAAAGTTATG 16 1067-1082 81.3% 68.8% SEQ ID NO: 139 CATCACTCTGGTGTGT 16 2858-2873 93.8% 93.8% SEQ ID NO: 140 GACATCACTCTGGTGT 16 2860-2875 93.8% 87.5% 在表2中，粗體字母表示表1中所示之較短序列。 131385.doc -73 - 200908987
^PS 113 24¾物序列S 戈、: 16聚物SEQ ID 包备16聚物之相應24聚物序列 24聚物SEQ ID SEQ ID NO: 1 catasctccasacatcactctggt SEQ ID NO: 200 SEQ ID NO: 16 ata^ctccasacatcactctsotR SEQ ID NO: 201 SEQ ID NO: 17 £〇tcca&acatcactctsstgtgt SEQ ID NO: 202 SEQ ID NO: 18 ctccaeacatcactctcetstgtg SEQ ID NO: 203 SEQ ID NO: 19 caccataectccasacatcactct SEQ ID NO: 204 SE〇 ID NO: 34 actgtcacaccataectccasaca SEQ ID NO: 205 SE〇 ID NO: 49 caatcatccaacacttcaccatca SEQ ID NO: 206 SEQ ID NO: 50 aatcatccaacacttsaccatcac SE〇 ID NO: 207 SEQ ID NO: 51 tcatcaatcatccaacactt&acc SEQ ID NO: 208 SEQ ID NO: 52 ctcatcaatcatccaacacttgac SE〇 ID NO: 209 SE〇 ID NO: 53 tcaccatctasacatcaattstsc SEQ ID NO: 210 SE〇 ID NO: 54 gacataccctstcacttctc&aat SE〇 ID NO: 211 SEQ ID NO: 55 acgaasatsscaaacttcccatcg SE〇 ID NO: 212 SEQ ID NO: 56 cccacaassctcacacatctt^ag SEQ ID NO: 213 SEQ ID NO: 57 caeaaastccassttgcccassat SEQ ID NO: 214 SEQ ID NO: 58 gtsacattcaasttcttcatsatc SEQ ID NO: 215 SEQ ID NO: 59 ccagcactaatttccttcagggat SE〇 ID NO: 216 SEQ ID NO: 74 atac&cccascactaatttccttc SEQ ID NO: 217 SEQ ID NO: 75 cacactttgccctcteccacecag SEQ ID NO: 218 SE〇 ID NO: 76 gggtcacacacttteccctctgcc SEQ ID NO: 219 SEO ID NO:91 tgcacagttccaaasacaccc&as SEQ ID NO: 220 SEQ ID NO:92 ccctteecaatttctactccccae SEQ ID NO: 221 SE〇 ID NO: 107 tcteetetstetatttcccaaaet SEQ ID NO: 222 SE〇 ID NO: 122 atgcccctctgateactctsatec SEQ ID NO: 223 SE〇 ID NO: 137 tattcatactcctcatcttcatct SEQ ID NO: 224 SEQ ID NO:138 tRatccaccacaaasttatssgea SEQ ID NO: 225 SEQ ID NO: 139 caeacatcactctgstetetstat SEQ ID NO: 226 SEQ ID NO :140 tccaeacatcactctsststetet SEQ ID NO: 227 在表3中所示之SEQ ID NO: 141-168中，大寫字母指示 核苷類似物單體且下標”s"表示硫代磷酸酯鍵。小寫字母 表示DNA單體。單體（若存在）之間不存在” s”指示磷酸二酯 鍵0 131385.doc -74· 200908987 131385.doc
表3 募核苷酸間陈聚合物 SI'QIDM) 序列（ST-31) SEQIDNO: 141 ^s^s^'scscsas^sascsas^scsas^sr^s^ SEQIDNO: 142 CsTsCscsasgsascsastscsascsTsCsT SEQIDNO: 143 ^s^s^sascsas^scsascs^scs^s^s^s^ SEQIDNO: 144 ^s^sJ^scsastscsascstscsts^s^s^'s^ SEQ ID NO: 145 ^'s^s^s^scs^scscsas^sascsasr^s^s^ SEQ ID NO: 146 ^'s^s^scsascscsastsas^scsts^s^s^ SEQ ID NO: 147 CsAsTscscsasascsascststsgsAsCsC SEQ ID NO: 148 J^s^'s^scsasascsascsts^s^sas^s^s^ SEQ ID NO: 149 ^sJ^s^s^scsas^scscsasascsas^s^'s^' SEQ ID NO: 150 ^'s^s^sastscsastscscsasascs^s^s^ SEQ ID NO: 151 ^s^s^'s^sas^sascsas^scsas^s^s^ SEQ ID NO: 152 TsAsGsWtsgstsWsVsCsTsC SEQ ID NO: 153 AsGsAstsgsgscsasasascststsCsCsC SEQ ID NO; 154 ^s^s^s^s^scs^scsascsascsas^s^s^ SEQ ID NO: 155 AsAsGstscscsasgsgststsgscsCsCsA SEQ ID NO: 156 ^s^s^s^scsasas^s^scs^s^s^s^s^ SEQ ID NO: 157 ^sAs^stsasastststscscststsi"sAs^： SEQ ID NO: 158 ^s^s^scsas^scsascstsasasts^，s^s^ SEQ ID NO: 159 ^S^S^StS^SCSCSCS^：SCStS®SCS^S^'S^ SEQ ID NO: 160 ^s^s^sascsascstststs^scscs^s^s^ SEQ ID NO: 161 ^s^s^sVscscsasasas^sascs^s^s^ SEQ ID NO: 162 TsGsGscsasastststsgstsascsTsCsC -75- 200908987
j SEQ ID NO 序 W (S，.3V —':："---一 SEQ ID NO: 163 SEQ ID NO: 164 ___________ sCsCstscsts8sasts8sascstsCsTsG ^ SEQ ID NO: 165 S sTsascstscscstscsastscsTsTsC ----—___ SEQ ID NO: 166 -----一… sCsAsCsCsVsVsasgststsAsTsG SEQ ID NO: 167 CsASTScsWscstsgsgstsgsTsGsT—~~^- SEQ ID NO: 168 GsAsCsastscsascstscsts8s8sTsGsT 實例4:活體外模型：細胞培養物 可於多種細胞類型之任一者中測試反義寡核細目標 核酸表現之影響’其限制條件為存在可量測之量的目標核 酸。可内源性表現目標或藉由瞬間或穩定轉染編碼該目標 之核酸來表現該目標。可使用（例如）北方墨點分析、即時 PCR或核糖核酸酶保護檢定來常規測定目標核酸之表現 量。出於說明性目的可提供以下細胞類型，但常規可使用 其他細胞類型，其限制條件為目標係於所選細胞類型中表 現。 將細胞於如下文所述之適當培養基中培養且保持在37。〇 下、95%-98%濕度及5°/。C〇2下。細胞常規每週傳代2-3 次。 15PC3 :將人類前列腺癌細胞株15PC3於DMEM(Sigma)+ 10%胎牛血清（FBS)+2 mM Glutamax 1+健他黴素 (gentamicin)(25 pg/ml)中培養。 131385.doc • 76- 200908987 HUH7 :將人類肝癌細胞株於DMEM(Sigma)+10%胎牛血 清（FBS) + 2 mM Glutamax 1 +健他黴素（25 pg/ml)+lx非必需 胺基酸中培養。 實例5:活體外模型：用反義募核苷酸處理 使用陽離子脂質體調配物LipofectAMINE 2000(Gibco)作 為轉染媒劑，用寡核苷酸來處理細胞。將細胞於6孔細胞 培養盤（NUNC)中接種且在80%-90%長滿時進行處理。寡 聚物濃度係在1 nM至25 nM最終濃度之範圍内。使用不含 血清之OptiMEM(Gibco)及最終脂質濃度為5 pg/mL之 LipofectAMINE 2000，基本上如製造商所述進行寡聚物· 脂質複合物之調配。將細胞在3 7 °C下培育4小時且藉由移 除含募聚物之培養基來停止處理。洗滌細胞且添加含血清 之培養基。在寡聚物處理後’回收細胞歷時20小時’隨後 將其收集以進行RNA分析。 實例6 :活體外模型：RNA之萃取及cDNA合成 自如上文所述經轉染之細胞且使用Qiagen RNeasy套組 (Qiagen目錄號74104)根據製造商說明書來萃取總RNA。使 用來自Ambion之逆轉錄酶試劑根據製造商說明書來進行第 一鏈合成。 對於各樣品而言，將0.5 pg總RNA用不含RNase之Ηβ調 節至10.8 μΐ且與2 μΐ無規十聚體（50 μΜ)及4 μΐ dNTP混合物 (2.5 mM各dNTP)混合且將其加熱至70°C歷時3分鐘’隨後 將該等樣品於冰上迅速冷卻。在於冰上冷卻樣品之後，將 2 μΐ l〇x 緩衝液 RT、1 μΐ MMLV 逆轉錄酶（1〇〇 U/μΙ)及 0.25 μΐ 131385.doc -77- 200908987 RNase抑制劑（10 U/μΙ)添加至各樣品中，接著在42°C下培 育60分鐘，在95°C下將酶熱滅活1〇分鐘，且隨後將樣品冷 卻至4°C。 實例7 :活體外模型：藉由即時PCR分析HER3、EGFR及 HER2表現之寡核苷酸抑制作用 可以此項技術中已知之多種方式來檢定HER3、EGFR及 HER2表現之反義調節。舉例而言，可藉由（例如）北方墨點 分析、競爭性聚合酶鏈反應（PCR)或即時PCR來定量 HER3、EGFR及HER2 mRNA含量。目前較佳為即時定量 PCR。可對全細胞RNA或mRNA進行RNA分析。 RNA分離及RNA分析之方法（諸如北方墨點分析）為此項 技術中之常規方法且係教示於（例如）Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons 中 0 可使用獲自Applied Biosystem之市售多色即時PCR偵測 系統（Multi-Color Real Time PCR Detection System)來便利 實現即時定量PCR。 HER3、EGFR及HER2 mRNA含量之即時定量PCR分析 使用人類 HER3、EGFR 及 HER2 ABI Prism Pre-Developed TaqMan檢定試劑（Applied Biosystems 目錄號 Hs00951444_ml(HER3) 、 Hs00193306_ml(EGFR)及
Hs00170433—ml(HER2))根據製造商說明書來定量人類 HER3、EGFR及HER2 mRNA之樣品含量。 使用甘油醛-3-磷酸酯脫氫酶（GAPDH)mRNA量作為内源 性對照物以正規化樣品製備中之任何方差。 131385.doc -78- 200908987 使用人類 GAPDH ABI Prism Pre-Developed TaqMan檢定 試劑（Applied Biosystems目錄號43 1 0884E)根據製造商說明 書來定量人類GAPDH mRNA之樣品含量。 即時定量PCR為此項技術中熟知之技術且教示於（例 如）Heid 等人，Real time quantitative PCR, Genome Research (1996)，6: 986-994 中。
即時PCR 將來自如實例5中所述進行之第一鏈合成之cDNA稀釋2-20 次，且使用來自 Applied Biosystems 之 Taqman 7500 FAST或7900 FAST藉由即時定量PCR來分析。將引子及探 針與 2><Taqman Fast Universal PCR母混合液（2x)(Applied Biosystems目錄號4364103)混合且添加至4 μΐ cDNA中至最 終體積為1 〇 μΐ。一式兩份分析各樣品。檢定自表現所關注 RNA之細胞株純化之物質上製備的cDNA之2倍稀釋液，產 生用於檢定之標準曲線。使用無菌H20替代cDNA作為無模 板對照物。PCR程式：95°C下30秒；接著40個週期之95°C 下 3 秒、60°C 下 20-30 秒。使用 Applied Biosystems Fast System SDS軟體1.3.1.21版或SDS軟體2.3版，自所計算之 臨限週期來測定目標mRNA序列之相對量。 實例8:活體外分析：募核苷睃化合物對人類HER3、 EGFR及HER2表現之反義抑制 對濃度為1 nM、5 nM及25 nM之表4中呈現之募核苷酸 評估其在15PC3細胞（或HUH-7，如由*所示）中下調HER3、 EGFR及HER2 mRNA之能力（參見圖2、圖3、圖4及圖5)。 131385.doc -79- 200908987 SEQ ID NO: 235及236係用作雜亂對照物。 表4中之資料係以在25 nM下mRNA相對於模擬物轉染之 細胞之下調百分比形式呈現。小寫字母表示DNA單體，粗 體大寫字母表示β-D-氧基-LNA單體。LNA單體中之所有胞 ’咬均為5-曱基胞嘧啶。下標”s”表示硫代磷酸酯鍵。 5« 气丨， 測試物質_
GsCsTscscsas^sascsastscsasCsTsC CsTsCscsasgsascsastscsascsTsCsT CsAs^sascsastscsascstscsts^sGsT ^scsastscsascstscsts®s^'s^s^ AsTsAsgscstscscsas^sascsasTsCsA TsCsAscsascscsastsasgscstsCsCsA ^s^s^scscsasascsascsVs^s^s^s^ Alsr^s^scsasascsascststs^sas^s^'s'^ ^s^si^s^scsastscscsasascsas^s^s^ ^s^sAsastscsastscscsasascsJ^s^sT CsAsTsgstsasgsascsastscsasAsTsT ^s^s^'scscsts^stscsascststs^s^s^ ^s^s^sts^s^scsasasascsVs^s^s^· CsAsAs^sgscstscsascsascsasTsCsT AsAsGstscscsasgsgststsgscsCsCsA CsAsTstscsasasgststscststsCsAsT ^s^s^stsasastststscscststs^s^s^
acg4 -80 -
StiQ ID NO: 169 SEQ ID NO: 170 SEQ ID NO: 171 SEQ ID NO: 172 SEQ ID NO: 173 SEQ ID NO: 174 SEQ ID NO: 175 SEQ ID NO: 176 SEQ ID NO: 177 SEQ ID NO: 178 SEQ ID NO: 179 SEQ ID NO: 180 SEQ ID NO: 181 SEQ ID NO: 182 SEQ ID NO: 183 SEQ ID NO: 184 SEQ ID NO: 185 13l385.doc 200908987 纖癱 m | I ¢... ·> 表4. 、、 \ ^ -突對人類ΗΕώ、K0FR友丨丨ER2表現之抑制作用 ；/ 測試物 1 — Ei；FR * « > - - —Γ'ΐ HER2 SEQ ID NO: 186 GsCsCscsasgscsascstsasastsTsTsC 79.9% N.D. N.D. SEQ ID NO: 187 90.4% N.D. N.D. SEQ ID NO: 188 ^s^'s^sascsascstsVs^scscs^s^，s^ 96.1% N.D. N.D. SEQ ID NO: 189 88.9% N.D. N.D. SEQ ID NO: 190 TsGsGscsasastststsgstsascsTsCsC 95.7% N.D. N.D. SEQ ID NO: 191 ^s^s^sts^sts^stsastststscs^s^sJ^ 97.7% N.D. N.D. SEQ ID NO: 192 CsCsCstscstsgsastsgsascstsCsTsG 92.3% N.D. N.D, SEQ ID NO: 193 ^sy^s^sascstscscstscsastscs^s^s^ 64% N.D. N.D. SEQ ID NO: 194 ^s^s^scscsascsasasas^sVsAs^s^ 87.5% N.D. N.D. SEQ ID NO: 195 ^s^s^scsascstscsts^s^sts^s^s^s^ 64.4%* N.D. N.D, SEQ ID NO: 196 ^s^s^sastscsascstscsts^s^s^'s®s^' 77.0%* N.D. N.D, SEQ ID NO: 234 ，rsAs®scscsts^stscsas^s，^s^ SEQ ID NO: 235 CsGsTsWstsastsgscsgsAsAsTsc SEQ ID NO: 236 CsGsCsAsgsaststsasgsasasAsCsCst SEQ ID NO: 249 ^'sAs^scscstststs^sascscsts^s^s^ 如表4中所示，具有 SEQ ID NO: 169、170、173、174、 180 、 181 、 183 、 185 、 187 、 188 、 189 、 190 、 191 、 192及 194中所示之序列之寡核苷酸在25 nM下在三個實驗中在 15PC3細胞中顯示約85%或更大之HER3 mRNA表現之抑 制，且因此較佳。 亦較佳為基於所說明反義寡聚物序列之寡核苷酸，例如 改變長度（較短或較長）及/或單體含量（例如，核苷類似物 131385.doc -81 · 200908987 單體之類型及/或比例），其亦提供HER3表現之良好抑制。 實例9 : LNA寡核苷酸之細胞凋亡誘導
在轉染前一天將HUH7細胞以每孔2.5X105個細胞之密度 接種於6孔培養盤（NUNC)中。當75%_90。/〇長滿時，使用陽 離子脂質體調配物UpofectAMINE 2000(Gibc〇)作為轉染媒 劑，用寡核苷酸來處理細胞。所用寡聚物濃度為5 ηΜ& Μ nM(於孔中之最終濃度）。使用不含血清之〇ptiMEM (Gibco)及最終脂質濃度為5 pg/mL之Lip〇fectAMiNE 2000，基本上如製造商所述進行寡聚物-脂質複合物之調 配。將細胞在37t 了培育4小時且藉由#除含冑聚物之培 養基來停止處理。在用0ptimem洗滌後，將3〇〇 胰蛋白 酶添加至各孔_，直至細胞自孔脫離。藉由向孔中添加3 ml _培養基將胰蛋白酶滅活且藉由輕輕上下抽吸細胞 懸泮液來製成單-細胞懸浮液。使用雜亂寡聚物剛⑴ NO: 235作為對照物。 此後’將100 μ1細胞料液添加至來自(目錄號 1361〇1)之白色96孔培養盤之各孔中（準備四個培養盤，用 於在不同時間點量測）。隨後將該等培養盤在抓、％ 度及5% C〇2下培育，直至實施檢定。 卡斯蛋白酶檢定：使用發光卡斯蛋白酶-Gl〇 3/7受質檢定 (目錄號G8G91 ’來自pn)mega)來量測細胞計特異性卡斯 =扭3及7之活性。將待分析之培養盤平衡至室溫歷時15 蛋_.G1°②3/7緩衝液與卡斯蛋白酶_Gl0 又質混δ，形成卡斯蛋白酶_G1〇⑧工作溶液，將宜平 131385.doc •82· 200908987 衡至室溫。隨後，將100 μ1卡斯蛋白酶_G1〇⑧工作溶液小 心添加至96孔培養盤之各孔中之培養基中（避免氣泡及孔 之間的污染）。將培養盤小心震盪丨分鐘，隨後將其在室溫 下培育1小時，保護其免受光照，用Lumin〇scan Aseent儀 器（Thermo Labsystems)以相對光單位/秒（RLU/S)來量測卡 斯蛋白酶活性。使資料相關且相對於模擬物樣品之平均值 繪圖，將其設定為1。參見圖6。 實例10 ·使用LNA募核苷酸對增殖之活體外抑制作用 將HUH7細胞轉染且收集至如實例9中所述之單一細胞懸 浮液中SEQ ID NO. 235充當雜亂對照物。在收集後，將 100 μΐ細胞懸浮液添加至96孔培養盤（"〇range Scientific") 之各孔中以進行MTS檢定（準備四個培養盤，用於在不同 k間點I測）。隨後將該等培養盤在37。〇、95%濕度及5〇/〇 C〇2下培育’直至實施檢定。 量測增殖活細胞（MTS檢定） 對於增殖檢定而言，將10 μ1 CeuTiter 96®水性單溶液 細胞增殖檢定（AQUeous 〇ne Soluti〇n cell Proliferation Assay)(Promega，G3582)添加至96孔培養盤之各孔之培養 基t，將培養盤小心震盪’且在量測前在37。〇、95%濕度 及5% C〇2下培育1小時。用分光光度計在49〇 nrn下量測吸 光度’且自僅含有培養基之孔中減去檢定背景。對於模擬 物轉染之細胞及用寡聚物轉染之細胞而言，在49〇 nm下之 吸光度與活細胞數目成比例且隨時間來繪圖。參見圖7。 實例11 :評估活體内目標mRNA敲除 131385.doc -83 - 200908987 為評估HER3寡聚化合物在活體内之敲除功效，以各種 劑量及注射時程（亦即單一劑量、qd、q3 d、q4d)向藉由向 右腋窩侧中皮下注射每隻小鼠5x 106個細胞而形成之具有 1 5PC3異種移植物之雌性裸小鼠靜脈内注射寡聚物。雜亂 募聚物SEQ ID NO: 236充當陰性對照物。在最後一次注射 24小時後，將小鼠處死且將肝臟及腫瘤組織收集於 RNAlater溶液（Ambion)中。自組織純化總RNA且使用 QuantiTect 探針 RT-PCR套組（目錄號：204443 ; Qiagen)， 藉由定量逆轉錄-即時PCR(qRT-PCR)來測定HER3 mRNA之 含量。GAPDH mRNA充當内部對照物。 小鼠HER3 :探針：cca cac ctg gtc ata gcg gtg a，引子-1 : ctg ttt agg cca age aga gg，弓| 子-2 : att ctg aat cct gcg tcc ac ° 人類 HER3 :探針：cat tgc cca acc tcc gcg tg，引子-1 : tgc agt gga ttc gag aag tg，引子-2 : ggc aaa ett ccc ate gta ga 0 人類 GAPDH :探針：act ggc get gee aag get gt，引子-1 : cca ccc aga aga ctg tgg at，弓1 子-2 : ttc age tea ggg atg acc tt。 小鼠 GAPDH :探針：age tgt ggc gtg atg gee gt，引子-1 : aac ttt ggc att gtg gaa gg，弓丨子-2 ; gga tgc agg gat gat gtt ct o 將200 ng總RNA用於PCR反應中。藉由使用包括軟體之 ABI-75 00 PCR快速系統來進行資料分析。參見表5。 131385.doc -84- 200908987 表5中之資料呈現在用所示劑量之寡核苷酸連續5天對動 物靜脈内給藥後在肝臟及腫瘤樣品中相對於經生理食鹽水 處理之對照物的HER3 mRNA含量°/〇。
小鼠肝臟及腫瘤中HER3 mRNA之抑制作用 剤量(nis/k， 靜脈内，（丨(1 5> 川⑽mKNA 肝臟(生理食鹽 水對照物之％) 腫痛(％> SEQ ID NO: 236 76.3 78-H7 100士丨 0 5 60 86.5士9.9 95.5±12.7 30 87.6士19 101.2±21.1 22.9 81.4 土 6.5 119.3 士 24.9 SEQ ID NO: 180 85.3 1±0.3 25.8±4.1 66 6±5.3 32,3±9.7 31.3 1.6士0.3 37±5.8 25.6 3±0.3 65±20.2 19.8 1.7±0.6 83.1±19.5 SEQ ID NO: 169 37.7 20.7±9.8 77±10 11.3 10.2士5.5 ND SEQ ID NO: 172 32.4 7.4±5.2 78_1 士 15.3 9.7 12.2±5.9 ND 實例12 :評估腫瘤生長抑制 對具有1 5PC3異種移植物之雌性裸小鼠評估在活體内 HER3特異性LNA抑制腫瘤生長之能力。藉由向右腋窩側 皮下注射每隻小鼠5xl06個細胞而形成15PC3人類前列腺腫 瘤模型。藉由用卡尺量測兩個維度且使用下式計算來測定 腫瘤體積：腫瘤體積=(長度X寬度2)/2。當腫瘤達到70 mm3-100 mm3之平均體積時，將具有腫瘤之小鼠分為治療 組及對照組。用q3dx 10時程，分別向小鼠中靜脈内注射25 mg/kg及50 mg/kg之SEQ ID NO: 1 80。生理食鹽水或具有 SEQ ID NO: 236之雜亂募核苷酸充當對照物。每週兩次量 測小鼠之體重及腫瘤大小。藉由臨床觀測、臨床化學及組 131385.doc -85- 200908987 織病理學檢查來評估毒性。藉由如實例11中所述之QPCR 來量測腫瘤HER3 mRNA。參見圖8A及圖8B。 實例13 :小鼠肝臟中HER3 mRNA之抑制作用 連續三天靜脈内向NMRI小鼠投與1 mg/kg或5 mg/kg寡核 苷酸（組大小為5隻小鼠）。將反義寡核苷酸（SEQ ID NO: 180及SEQ ID NO: 234)溶解於0.9%生理食鹽水（NaCl)中。 在最後一次給藥24小時後將動物處死，且對肝臟組織取樣 且將其儲存於RNA later(Ambion)中，直至RNA萃取及 QPCR分析。萃取總RNA且使用小鼠HER3 QPCR檢定（目錄 號 Mm01 159999_ml，Applied Biosystems)，藉由如實例 7 中所述之QPCR來量測肝臟樣品中之HER3 mRNA表現。將 結果正規化為小鼠GAPDH(目錄號4352339E，Applied Biosystems)且相對於生理食鹽水處理之對照物來繪圖（參 見圖9)。 實例14:具有如SEQ ID NO: 141及152所示之序列之募聚 物與聚乙二醇之結合物的製備及具有如SEQ ID NO: 169、 180及234所示之序列之募聚物的結合物之結構 具有如SEQ ID NO: 141或SEQ ID NO: 152所示之序列之 寡聚物分別藉由使用常規胺基磷酸酯化學將胺基烷基（諸 如經諸如Fmoc之阻斷基團阻斷之己-1-胺）與寡聚物之5'磷 酸酯基團連接，氧化所得化合物，將其去保護且將其純化 以達成官能化募聚物而於5'末端上經官能化，該等官能化 募聚物具有式（IA)及（IB): 131385.doc -86 - 200908987
〇-Ρ-ο-GsC^TjC^asftjasCsagteCsasCsTjC-OH O' (ΙΑ)
-Ρ-Ο-TsAsGsCgCstsgstsCs^CstgtsCsTsC-OH O' (IB) 其中粗體大寫字母表示核苷類似物單體，小寫字母表示 DNA單體，且下標"s”表示硫代磷酸酯鍵。 將活化PEG(諸如式（II)中所示之活化PEG):
(Π) 其中該PEG部分具有12,000之平均分子量，及各式（IA)及 (IB)之化合物於PBS緩衝液中之溶液在室溫下在單獨容器 中攪拌12小時。將反應溶液用二氯甲烷萃取三次且將經合 併之有機層經硫酸鎂乾燥且過濾，且在減壓下蒸發溶劑。 將所得殘餘物溶解於雙蒸餾水中且裝載至陰離子交換管柱 上。將未反應之PEG連接子用水溶離且將產物用NH4HC03 溶液溶離。將含有純產物之溶離份彙集且凍乾，得到結合 物SEQ ID NO: 141及152，分別如式（IIIA)及（IIIB)中所 示： 131385.doc -87- 200908987
其中SEQ ID NO: 141及152之寡聚物各自經由可釋放連接 子與平均分子量為12,000之PEG聚合物連接。 可使用上述方法由具有SEQ ID NO: 169、180及234中所 示之序列之寡聚物製備的PEG聚合物結合物之化學結構分 別展示於式（IVA)、（IVB)及（IVC)中：
υ \ υ 〇
mPE^〇^0-/V" p—0-TsAtgiCsCstsgstsCsas'^C.T.T—OH \=/ H O'
Me’ （TVC) 其中粗體大寫字母表示β-D-氧基-LNA單體，小寫字母表示 DNA單體，下標”s”表示硫代磷酸酯鍵且MeC表示5-曱基胞 嘴。定。 實例15:用不同給藥週期評估活體内目標mRNA敲除 使用與上文實例11中所述類似之方案在具有衍生自 15PC3細胞或A549細胞（NSCLC)或N87細胞（胃癌）之異種移 植腫瘤的裸小鼠中活體内評估寡聚物之敲除功效。藉由每 三天注射2-4個劑量來投與寡聚物。在最後一次注射後3或 4天收集組織。 131385.doc -88- 200908987 表6及表7中之資料呈現在向動物靜脈内投與所示寡聚物 後在肝臟及腫瘤樣品中相對於生理食鹽水處理之對照物的 HER3 mRNA或 HIF-Ια mRNA%。
ErbIM mRNA在小鼠肝喊及^^自脱〇細16之異種移;作用(每 __组3-5隻小鼠) 處理 (mg/kg) 腫痗 肝臟 HER3(%) HER3(%) 生理食鹽水 0x4 100±10 100±8 100±18 SEQ ID No: 236 76.3x4 106±6.6 101±13.8 115.9±26.3 SEOIDNo: 169 37.7x4 81.6±12.7 94.6±19.6 39±4.6 SEQ ID No: 172 32.4x4 107.3±17 100_3±7.5 44.3±10.6 SEQ ID No: 180 60.2x2 或 3 47.1±2.2 101±7_3 6.9±3.6 60.2x4 54.2±9.1 ND 31.8±5 具有SEQ ID NO: 169及SEQ ID NO: 180之序列之募聚物 的所觀測敲除作用並非為15PC3腫瘤細胞所特有，此係因 為在衍生自A549(NSCLC)及N87(胃癌）細胞之腫瘤中觀測 到類似作用。參見下文表7。
ErbB3 mRNA在小鼠旰臟及衍生自N87細胞之異種移植腫瘤中之抑制作用 、…· „,(每 &3 隻小鼠 ' — _ I — 1 **~~Γ " 異種移植物模型 、處理 m mg/kg HER3(生理^里水對照物 %) -腫瘤 肝臟 生理食鹽水 0x3 100±20.9 100±4.8 A549 SEQ ID No: 236 35 ， q4dx3 87.6±11.9 97.5±21.2 SEQ ID No: 180 35 ， q4dx3 54.6±15.2 .31.8±5.7 生理食鹽水 0x5 100±8·2 100±9.4 N87 SEQ ro No: 249 25 ， q3dx5 99.0±8.9 123±4.5 SEQ ID No: 180 25 > q3dx5 46.6±13.4 24.7±3.1 特定實施例，參考文獻之引用 131385.doc -89 - 200908987 本發明之範疇並不受本文中所述之特定實施例限制。實 際上，根據前述描述及隨附圖式，除本文中所述者之外的 對本發明之各種修改對於熟習此項技術者而言將變得顯而 易見。此等修改意欲處於隨附申請專利範圍之範疇内。 包括專利申請案、專利及科學公開案之各種參考文獻係 引用於本文中；各參考文獻之揭示内容係以引用的方式全 部併入本文中。 【圖式簡單說明】 1 圖 1 :由分別具有 SEQ ID NO: 1、16、17、18、19、 34、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、 74 、 75 、 76 、 91 、 92 、 107 、 122 、 137 、 138 、 139及140之 序列之寡聚物靶向的HER3目標序列係以粗體且加下劃線 形式展示’指示其在HER3轉錄物（GenBank寄存編號 NM_〇〇1982-SEQIDNO:197)中之位置。 圖2 :轉染後24小時，於15PC3中之HER3 mRNA表現， SEQ ID NO:169-179 1 圖3 :轉染後24小時，於15PC3中之EGFR mRNA表現， SEQ ID NO:169-179 圖4 :轉染後24小時’於15PC3中之HER-2 mRNA表現， SEQ ID NO:169-179 圖5 :轉染後24小時，於15PC3中之HER3 mRNA表現， SEQ ID NO:180-194 圖6 :資料展示在不同時間點在經濃度為5 nM及25 nM 之寡核苷酸轉染之HUH7細胞中以活化卡斯蛋白酶3/7 131385.doc -90- 200908987 (Caspase 3/7)形式量測之細胞祠亡誘導。相對於用具有 SEQ ID NO: 235之雜亂對照募核苷酸處理之細胞模擬物來 繪製結果。 圖7 :資料展示在不同時間點在經濃度為5 nM及25 nM 之寡核苷酸轉染之HUH-7細胞中使用MTS檢定以OD490形 式量測之活細胞。SEQ ID NO: 235為雜亂對照寡核苷酸。 圖8A :資料展示用SEQ ID NO: 180以25 mg/kg及50 mg/kg q3d X 1 0靜脈内治療的經移植於雌性裸小鼠上之 1 5PC3異種移植腫瘤的腫瘤體積之變化百分比。經生理食 鹽水處理之小鼠係用作對照物。 圖8B :資料展示用SEQ ID NO: 180以25 mg/kg及50 mg/kg q3 d X 1 0靜脈内治療的經移植於雌性裸小鼠上之 15PC3異種移植腫瘤的HER3 mRNA表現。結果經正規化為 GAPDH且以經生理食鹽水處理之對照物之百分比形式呈 現。 圖9 :資料展示在用1 mg/kg或5 mg/kg具有SEQ ID NO: 180或SEQ ID NO: 234中所示之序列之寡核苷酸連續三天 靜脈内治療後小鼠肝臟中之HER3 mRNA表現。結果經正 規化為GAPDH且以經生理食鹽水處理之對照物之百分比 形式呈現。 131385.doc -91 - 200908987 序列表 <110>丹麥商聖塔莉斯製藥公司 <120> 用於調節HER3之RNA拮抗劑化合物 <130> 17207PCT00 <140> 097117351 <141> 2008-05-09 <150> 60/917,392; 61/023,250 <151> 2007-05-11; 2008-01-24 <160> 248 <170> Patentln version 3.5 <210> 1 <211> 16 <212> 腿 <213>人造 <220> <223〉反義寡核苷酸 <400> 1 gctccagaca tcactc 16 <210> 2 <211> 15 <212> DNA <213>人造 <220> <223>反義募核苷酸 <400> 2 gctccagaca tcact 15 <210> 3 <211> 15 <212> DNA <213>人造 <220> <223>反義募核苷酸 <400> 3 ctccagacat cactc 15 <210> 4 <211> 14 <212> DNA <213〉人造 <220> <223>反義寡核苷酸 <400> 4 gctccagaca tcac Η <2i0> 5 <211> 14 <212> DNA <213>人造 <220> <223>反義募核苷酸 <400> 5 ctccagacat cact 14
<210> 6 <211> 14 <212> DNA 131385-序列表.doc 200908987 <213> 人造 <220> <223>反義寡核苷酸 <400> 6 tccagacatc actc <210> 7 <211> 13 <212> DNA <213>人造 <220> <223>反義寡核苷酸 <400> 7 gctccagaca tea 13 <210> 8 <211> 13 <212> DNA <213>人造 <220> <223>反義募核苷酸 <400> 8 ctccagacat cac 13 <210> 9 <211> 13 <212> DNA <213>人造 <220> <223>反義寡核苷酸 <400> 9 tccagacatc act 13 <210> <211> <212> <213> SDDNAi <220> <223>反義寡核苷酸 <400> 10 ccagacatca etc 13 <210> 11 <211> 12 <212> DNA <213>人造 <220> <223>反義寡核苷酸 <400> 11 gctccagaca tc <210> 12 <211> 12 <212> DNA <213>人造 <220> 131385-序列表.doc 200908987 <223>反義募核苷酸 <400> 12 ctccagacat ca <210> 13 <211> 12 <212> DNA <213>人造 <220> <223>反義寡核苷酸 <400> 13 tccagacatc ac 12 <210> 14 <2]]> ]2 <212> DNA <2Π>人造 <220> <223>反義募核苷酸 <400〉 14 ccagacatca ct 12 <210〉 15 <211〉 12 <212> DNA <213>人造 <220> <223>反義寡核苷酸 <400> 15 cagacatcac tc 12 <21Q> 16 <211> 16 <212> DNA <2]3>人造 <220> <223>反義募核苷酸 <400> 16 ctccagacat cactct 16 A造 ,716g人 > > > > 012 3 22 2 2 < < < < <220> <223>反義寡核苷酸 <400> 17 cagacatcac tctggt <210> 18 <211> 16 <212> DNA <213> 人造 <220> <223>反義募核苷酸 <400> 18 131385-序列表.doc 16 200908987 agacatcact ctggtg <210> 19 <211> 16 <212〉 DNA <213>人造 <220> <223>反義寡核苷酸 <400> 19 atagctccag acatca A造 2015DN人 > > > > 012 3 2 2 2 2 < < < < <220〉 <223〉反義寡核苷酸 <400> 20 atagctccag acatc 15 <210> 21 <211> 15 <212> DNA <213〉人造 <220> <223>反義寡核苷酸 <400> 21 tagctccaga catca 15 <210> <211> <212> <213〉 S2DNA5 <220〉 <223>反義寡核苷酸 <400> 22 atagctccag acat 14 <210> v <211> <212> <213〉 ssdnam <220〉 <223>反義募核苷酸 <400> 23 tagctccaga catc 14 <210> <21 ]> <212> <213> sDNAAjt <220> <223>反義寡核苷酸 <400〉 24 agctccagac atca 131385-序列表.doc 4- 200908987 <210> 25 <211> 13 <212> DNA <213>人造 <220〉 <223>反義寡核苷酸 <400> 25 atagctccag aca <210〉 26 <2I1> 13 <212> DNA <213>人造 <220> <223>反義寡核苷酸 <40〇> 26 tagctccaga cat <210> 27 <211> 13 <212> 舰 <2】3>人造 <220> <223>反義寡核苷酸 <400> 27 agctccagac ate <210> 28 <211> 13 <212> DNA <213>人造 <220> <223>反義寡核苷酸 <400> 28 gctccagaca tea <210> 29 <211> 12 <212> DNA <213>人造 <220> <223>反義寡核苷酸 <400> 29 atagctccag ac <210> 30 <211> 12 <212> 眺 <213〉人造 <220〉 <223>反義寡核苷酸 <400〉 30 tagciccaga ca
<210> 31 <211〉 12 <212> DNA 131385-序列表,doc 200908987 <213>人造 <220〉 <223>反義募核苷酸 <400> 31 agctccagac at <210> 32 <211> 12 <212> DNA <213>人造 <220> <223>反義寡核苷酸 <400> 32 gctccagaca tc 12 <210> 33 <211〉 12 <212> DNA <213>人造 <220> <223>反義寡核苷酸 <400> 33 ctccagacat ca 12 <210> <211> <212> <213〉 msdnam <220> <223>反義寡核苷酸 <400> 34 tcacaccata gctcca 16 <210> 35 <211> 15 <212> DNA <213>人造 <220> <：223>反義寡核苷酸 <400> 35 tcacaccata gctcc 15 <210> 36 <211> 15 <212> DNA <213>人造 <220> <223>反義寡核苷酸 <400> 36 cacaccatag ctcca <210> 37 <211〉 14 <212> DNA <2]3>人造 <220> 131385·序列表.doc 6- 200908987 <223>反義寡核苷酸 <400> 37 tcacaccata gctc <2I0> 38 <2\}> 34 <212> DNA <213>人造 <220> <223>反義寡核苷酸 <400> 38 cacaccatag ctcc 14 <210> 39 <211> 14 <212> DNA <213>人造 <220> <223>反義寡核苷酸 <400> 39 acaccatagc tcca 14 <210> 40 <211> 13 <212> DNA <213>人造 <220> <223>反義寡核苷酸 <400> 40 tcacaccata get 13 <210> 41 <211> 13 <212> DNA <213>人造 <220> <223>反義募核苷酸 <400> 41 cacaccatag etc 13 <210> <211> <212> <213> gSAAit <220〉 <223>反義寡核苷酸 <400> 42 acaccatagc tcc <210〉 <211> <212〉 <213〉 <220> <223>反義寡核苷酸 <400> 43 131385-序列表.doc 13200908987 caccatagct cca <210> 44 <211> 12 <212> 瞧 <213>人造 <220> <223>反義寡核苷酸 <400> 44 tcacaccata gc 12 <210> 45 <211> 12 <212> DNA <213>人造 <220> <223>反義寡核苷酸 <400〉 45 cacaccatag ct 12 <210> 46 <211> 12 <212> DNA <213>人造 <220> <223>反義寡核苷酸 <400> 46 acaccatagc tc 12 <2)0> 47 <211> 12 <212> DNA <213>人造 <220> <223>反義募核苷酸 <400> 47 caccatagct cc 12 <210> 48 <211> 12 <212> DNA <213> 人造 <220> <223>反義寡核苷酸 <400> 48 accatagctc ca 12 <210> <211> <212> <213>
49isAA-A <220> <223>反義寡核苷酸 <400> 49 catccaacac ttgacc 16 131385-序列表.doc 200908987 <210> 50 <211> 16 <212> 腿 <213>人造 <220> <223>反義寡核苷酸 <400> 50 atccaacact tgacca <210> 51 <2]1> 16 <212> DNA <2丨3>人造 <220> <223>反義寡核苷酸 <400> 51 caatcatcca acactt <210> 52 <211> 16 <212> DNA <213>人造 <220> <223>反義募核苷酸 <400> 52 tcaatcatcc aacact <210> 53 <211> 16 <212〉脆 <213>人造 <220〉 <223>反義募核苷酸 <400> 53 catgtagaca tcaatt <210> 54 <211> 16 <212> DNA <213>人造 <220> <223〉反義寡核苷酸 <400> 54 tagcctgtca cttctc <210> 55 <211> 16 <212> DNA <213>人造 <220> <223>反義募核苷酸 <400> 55 agatggcaaa cttccc
<210〉 56 <211> 16 <212> DNA 131385-序列表,doc 16200908987 <213>人造 <220> <223>反義募核苷酸 <400> 56 caaggctcac acatct <210> 57 <211> 16 <212> DNA <213>人造 <220> <223>反義寡核苷酸 <400> 57 aagtccaggt tgccca 16 <210> 58 <211> 16 <212> DNA <213>人造 <220> <223>反義寡核苷酸 <400> 58 cattcaagtt cttcat 16 <210> 59 <211> 16 <212> DNA <213>人造 <220> <223>反義寡核苷酸 <400> 59 cactaatttc cttcag 16 <2I0> 60 <211> 15 <212> 脱 <2】3>人造 <220> <223>反義寡核苷酸 <400> 60 cactaatttc cttea 15 <210> 61 <211> 15 <212> DNA <213>人造 <220> <223>反義寡核苷酸 <400> 6! actaatttcc ttcag <210> <211> <212> <213> <220> 131385·序列表.doc .10- 15 200908987 <223>反義寡核苷酸 <400> 62 cactaatttc ette <210> 63 <211> 14 <212> DNA <2]3>人造 <220> <223>反義寡核苷酸 <400> 63 actaatttcc ttca 14 <210> 64 <231> 14 <212> DNA <213>人造 <220> <223>反義寡核苷酸 <400> 64 ctaatttcct tcag 14 <210> <211> <212> <213〉 Α造 53w、 Αν 1 ο Α^. <220> <223>反義寡核苷酸 <400> 65 cactaatttc ett 13 <210> <211> <212> <213> 66η- <220〉 <223>反義寡核苷酸 <400> 66 actaatttcc ttc 13 <210〉 67 <211> 13 <212> DNA <213>人造 <220> <223>反義募核苷酸 <400> 67 ctaatttcct tea <210> 68 <211> 13 <212> DNA <213>人造 <220> <223>反義寡核苷酸 <400> 68 131385-序列表.doc -11 - 12200908987 taaittcctt cag <210> 69 <211> 12 <212> DNA <2]3>人造 <220> <223>反義寡核苷酸 <400> 69 cactaatttc ct <210> 70 <211> 12 <212> DNA <213>人造 <220> <223>反義寡核苷酸 <400> 70 actaatttcc it 12 <210> <211> <212〉 <213> wSAAii <220〉 <223>反義寡核苷酸 <400> 71 ctaatttcct tc 12 <210> 72 <211> 12 c212> 眺 <213>人造 <220> <223>反義寡核苷酸 <400> 72 taatttcctt ca 12 <210〉 <211〉 <212> <2!3>
73SAP <220> <223>反義寡核苷酸 <400> 73 aatttccttc ag 12 <210> 74 <211> 16 <212> DNA <213>人造 <220> <223>反義寡核苷酸 <400> 74 gcccagcact aatttc 131385-序列表.doc 12- 200908987 <210> 75 <211> 16 <212> DNA <213>人造 <220> <223>反義寡核苷酸 <400> 75 ctttgccctc tgccac <210> 76 <211> 16 <212> DNA <213>人造 <220> <223>反義寡核苷酸 <400> 76 cacacact 11 gccctc
<210> 77 <211> 15 <212> DNA <2丨3>人造 <220> <223>反義募核苷酸 <400> 77 cacacacttt gccct <210> 78 <211> 15 <212〉陳 <213>人造 <220> <223>反義寡核苷酸 <400> 78 acacactttg ccctc <2】0> 79 <211> 14 <212> mk <2丨3>人造 <220> <223>反義寡核苷酸 <400> 79 cacacacttt gccc <210> 80 <211〉 14 <212> DNA <213>人造 <220> <223>反義募核苷酸 <400> 80 acacactttg ccct
<210> 81 <211〉 14 <212> DNA 131385-序列表.doc 200908987 <213> 人造 <220> <223>反義寡核苷酸 <400> 81 cacactttgc cctc <210〉 <211> <212> <213>
A造 23¾^ 8 ] D <220〉 <223>反義寡核苷酸 <400> 82 cacacacttt gcc 13 <210> 83 <211> 13 <212> DNA <213>人造 <220> <223>反義寡核苷酸 <400> 83 acacactttg ccc 13 <210> 84 <211> 13 <212> mk <2】3>人造 <220> <223>反義寡核苷酸 <400> 84 cacactttgc cct 13 <210> <211> <212> <2】3> Α造 53^ IV 8 10/ <220> <223>反義寡核苷酸 <400> 85 acactttgcc etc 13 <21()> 86 <211> 12 <212> mk <213>人造 <220> <223>反義寡核苷酸 <400> 86 cacacacttt gc <210> 87 <211> 12 <212> DNA <213>人造 <220> 131385-序列表.doc -14- 200908987 <223>反義寡核苷酸 <400> 87 acacactttg cc <210> 88 <211> 12 <212> 脆 <213>人造 <220> <223>反義寡核苷酸 <400> 88 cacactttgc cc 12 <210> S9 <211> 12 <212> _ <2丨3>人造 <220> <223>反義寡核苷酸 <400> 89 acactttgcc ct 12 <210〉 <211> <212> <213> 90SA5 <220> <223>反義募核苷酸 <400〉 90 cactttgccc tc 12 <210> <211> <212> <213> s^DNAAii <220> <223>反義寡核苷酸 <400> 91 cagttccaaa gacacc 16 A造 26 w V 9 1 D Λ > > > > 0 12 3 2 2 2 2<vv < <220> <223>反義寡核苷酸 <400> 92 tggcaatttg tactcc ο 1 213 2 2 2 <v << A造 35wv <220> <223〉反義募核苷酸 <400> 93 -15- 131385·序列表.doc 15200908987 tggcaatttg tactc <210> 94 <211> 15 <212> DNA <213>人造 <220> <223>反義募核苷酸 <400> 94 ggcaatttgt actcc <210> 95 <211> 14 <212> DNA <213>人造 <220> <223>反義寡核苷酸 <400> 95 tggcaatttg tact 14 <210> <211> <212> <213> 96KA? <220> <223>反義寡核苷酸 <400> 96 ggcaatttgt actc 14 <210> 97 <211> 14 <212> Wk <213> 人造 <220> <223>反義寡核苷酸 <400> 97 gcaatttgta ctcc 14 <2I0> 98 <211> 13 <212> m <213>人造 <220> <223>反義寡核苷酸 <400> 98 tggcaatttg tac 13 <210> 99 <211> 13 <212> DNA <213>人造 <220> <223>反義寡核苷酸 <400> 99 ggcaatttgt act 131385-序列表.doc -16- 13 200908987
<210〉 100 <211> 13 <212> DNA <213> 人造 <220> <223〉 反義募核苷酸 <400〉 100 gcaatttgta etc <210> 101 <211> 13 <212> DNA <213> 人造 <220> <223> 反義寡核苷酸 <400> 101 caatttgtac tee <210> 102 <211> 12 <212> DNA <213> 人造 <220> <223> 反義寡核苷酸 <400> 102 tggcaatttg ta <210〉 103 <211> 12 <212> DNA <213> 人造 <220> <223> 反義寡核苷酸 <400> 103 ggcaatttgt ac <210> 104 <2Π> 12 <212> DNA <213> 人造 <220> <223> 反義寡核苷酸 <400> 104 gcaatttgta ct <210> 105 <211> 12 <212〉 DNA <213〉 人造 <220> <223> 反義募核苷酸 <400> 105 caatttgtac tc <210> 106 <211> 12 <212> DNA 13 12 12 12 131385-序列表.doc 17- 12 12 200908987 <213> 人造 <220> <223> 反義寡核苷酸 <400> 106 aatttgtact cc <210〉 107 <211> 16 <212> DNA <213> 人造 <220> <223> 反義寡核苷酸 <400> 107 gtgtgtgtat ttccca <210〉 108 <211> 15 <212> DNA <213> 人造 <220> <223> 反義募核苷酸 <400> 108 gtgtgtgtat ttccc <210> 109 <211> 15 <212> DNA <213> 人造 <220> <223> 反義募核苷酸 <400> 109 tgtgtgtatt tccca <210> 110 <211> 14 <212> DNA <213> 人造 <220> <223> 反義寡核苷酸 <400> 110 gtgtgtgtat ttcc <210> 111 <211> 14 <212> DNA <213> 人造 <220> <223> 反義募核苷酸 <400> 111 tgtgtgtatt tccc <210> 112 <211> 14 <212> DNA <213> <220> 人造 16 15 15 14 131385-序列表.doc 18- 14 14 200908987 <223〉反義寡核苷酸 <400> 112 gtgtgtattt ccca <210> 113 <211> 13 <212> DNA <213> 人造 <220> <223> 反義寡核苷酸 <400> 113 gtgtgtgtat ttc <210> 114 <2Π> 13 <212> DNA <213> 人造 <220> <223> 反義寡核苷酸 <400> 114 tgtgtgtatt tcc <210> Π5 <211> 13 <212> DNA <213> 人造 <220〉 <223> 反義寡核苷酸 <400> 115 gtgtgtattt ccc <210> 116 <211> 13 <212> DNA <213> 人造 <220> <223> 反義寡核苷酸 <400> 116 tgtgtatttc cca <210〉 117 <2il> 12 <212> DNA <213> 人造 <220> <223> 反義寡核苷酸 <400> 317 gtgtgtgtat tt <210> 118 <211> 12 <212> DNA <213> 人造 <220> <223> 反義寡核苷酸 <400> 118 13 13 13 13 12 131385-序列表.doc 19- 12 200908987 tgtgtgtatt tc <210> 119 <211> 12 <212> DNA <213> 人造 <220> <223> 反義寡核苷酸 <400〉 119 gtgtgtattt cc <210> 120 <211〉 12 <212> DNA <213〉 人造 <220> <223> 反義寡核苷酸 <400> 120 tgtgtatttc cc <210> 121 <2U> 12 <212> DNA <213> 人造 <220〉 <223> 反義募核苷酸 <400〉 121 gtgtat ttcc ca <210> 122 <211> 16 <212> DNA <213> 人造 <220> <223> 反義募核苷酸 <400> 122 ccctctgatg actctg <210> 123 <211> 15 <212> DNA <213> 人造 <220> <223> 反義寡核苷酸 <400> 123 ccctctgatg actct <210> 124 <211> 15 <212> DNA <213> 人造 <220> <223> 反義寡核苷酸 <400> 124 cctctgatga ctctg 12 12 12 16 15 131385-序列表.doc 20 · 15 200908987 <210> 125 <211> 14 <212〉 DNA <213> 人造 <220> <223> 反義募核苷酸 <400〉 125 ccctctgatg actc <210〉 126 <211> Μ <212> DNA <213> 人造 <220> <223> 反義寡核苷酸 <400> 126 cctctgatga ctct <210> 127 <211> 14 <212> DNA <213> 人造 <220> <223> 反義募核苷酸 <400> 127 ctctgatgac tetg <210> 128 <211> 13 <212> DNA <213> 人造 <220> <223>反義寡核苷酸 <400> 128 ccctctgatg act 9 A造 > > > > 012 3 2 22 2 < < < < <220> <223>反義寡核苷酸 <400> 129 cctctgatga etc <210> 130 <211> 13 <212> DNA <213>人造 <220> <223>反義寡核苷酸
<400> 130 ctctgatgac tet <210> 131 <211> 13 <212> DNA 131385-序列表.doc 200908987 <213> 人造 <220> <223> 反義寡核苷酸 <400> 131 tctgatgact ctg <210> 132 <211> 12 <212> DNA <213> 人造 <220> <223> 反義寡核苷酸 <400> 132 ccctctgatg ac <210> 133 <211> 12 <212> DNA <213> 人造 <220> <223> 反義寡核苷酸 <400> 133 cctctgatga ct <210> 134 <211> 12 <212> DNA <213> 人造 <220> <223> 反義募核苷酸 <400> 134 ctctgatgac tc <210〉 135 <211> 12 <2]2> DNA <213> 人造 <220> <223> 反義募核苷酸 <400> 135 tctgatgact ct <210> 136 <211> 12 <212〉 DNA <213> 人造 <220> <223> 反義募核苷酸 <400> 136 ctgatgactc tg <210> 137 <211> 16 <2\2> DNA <213> <220> 人造 131385-序列表.doc 16 200908987 <223>反義寡核苷酸 <400> 137 catactcctc atcttc <210> 138 <211> 16 <212> DNA <213> 人造 <220> <223> 反義寡核苷酸 <400> 138 ccaccacaaa gttatg <210> 139 <21]> 16 <212> DNA <213> 人造 <220> <223> 反義寡核苷酸 <400> 139 catcactctg gtgtgt <210> 140 <211> 16 <212> DNA <213> 人造 <220> <223> 反義寡核苷酸 <400> 140 gacatcactc tggtgt <210> 141 <211> 16 <212> DNA <213> 人造 <220> <223> 寡核苷酸設計 <220> <221> phosphorothiate 1inkage <222> (1)..(15) <220> <221〉 nucleotide analogues <222> (1)..(3) <220〉 <221> nucleotide analogues <222> (14)..(16) <400〉 141 gctccagaca tcactc <210> 142 <211> 16 <212> mk <213> 人造 <220> <223〉 寡核苷酸設計 16 16 16 131385-序列表.doc 23- 16 200908987 <220> <22I> phosphorothiate i i nkage <222> (D..U5) <220> <221> nucleotide analogues <222> (1)..(3) <220> <221> nucleotide analogues <222> (14)..(16) <400> 142 ctccagacat cactct <210> 143 <2Π> 16 <2]2> DNA <213> 人造 <220> <223> 寡核苷酸設計 <220> <221 > phosphorothiate linkage <222> (1)..(15) <220> <221> nucleotide analogues <222> (1)..(3) <220> <221> nucleotide analogues <222> (14)..(16) <400> 143 cagacatcac tctggt <210> 144 <2Π> 16 <2】2> DNA <213> 人造 <220> <223> 寡核苷酸設計 <220> <221> phosphorothiate 1inkage <222> (1)..(15) <220> <221> nucleotide analogues <222> (1)..(3) <220> <221> nucleotide analogues <222> (14)..(16) <400> 144 agacatcact ctggtg <210〉 145 <211> 16 <2】2> DNA <213> 人造 <220> <223> 募核苷酸設計 16 16 131385-序列表.doc -24- 200908987 <220> <221> phosphorothiate linkage <222> (1)..(15) <220> <221> nucleotide analogues <222> (1)..(3) <220> <221> nucleotide analogues <222〉 （14)..(16) <400> 145 atagctccag acatca <210> 146 <211> 16 <212> DNA <213>人造 <220> <223>寡核苷酸設計 <220> <221> phosphorothiate linkage <222> (1)..(15) <220> <221> nucleotide analogues <222> (1)..(3) <220〉 <221> nucleotide analogues <222〉 （14)..(16) <400> 146 tcacaccata gctcca <210> 147 <211> 16 <212> DNA <213>人造 <220> <223>募核苷酸設計 <220> <221> phosphorothiate linkage <222> (1)..(15) <220> <221> nucleotide analogues <222> (1)..(3) <220> <221> nucleotide analogues <222> (14)..(16) <400> 147 catccaacac ttgacc <210> 148 <211> 16 <212> DNA <213>人造 <220> <223>募核苷酸設計 131385-序列表.doc 200908987 <220> <22]> phosphorothiate linkage <222〉 （1)..(15) <220> <221> nucleotide analogues <222> (1)..(3) <220> <221> nucleotide analogues <222> (14)..(16) <400> 148 atccaacact tgacca <21〇> 149 <211> 16 <212> DNA <2Π>人造 <220> <223>寡核苷酸設計 <220> <221> phosphorothiate 1inkage <222> (1)..(15) <220> <221> nucleotide analogues <222> (1)..(3) <220〉 nucleotide analogues <222> (14)..(16) <400> 149 caatcatcca acactt <210> 150 <211> 16 <212〉 DNA <213>人造 <220> <223>募核苷酸設計 <220> <221> phosphorothiate 1inkage <222> (1)..(15) <220> <221> nucleotide analogues <222> (1)..(3) <220> <221> nucleotide analogues <222> (14)..(16) <400> 150 tcaatcatcc aacact <210> 151 <211> 16 <212> DNA <213>人造 <220> <223>寡核苷酸設計 131385-序列表.doc 200908987 <220> <221> phosphorothiate linkage <222> (1)..(15) <220〉 <221〉 nucleotide analogues <222> (1)..(3) <220〉 <221> nucleotide analogues <222> (14)..(16) <400> 151 catgtagaca tcaatt <210> 152 <211> 16 <212> 脆 <213> 人造 <220> <223> 募核苷酸設計 <220〉 <221> phosphorothiate linkage <222> (1)..(15) <220> <221> nucleotide analogues <222> (1)..(3) <220> <221> nucleotide analogues <222> (14)..(16) <400> 152 tagcctgtca cttctc <210> 153 <211> 16 <212> 腿 <213> 人造 <220> <223> 寡核苷酸設計 <220> <221> phosphorothiate linkage <222> (1)..(15) <220> <221> nucleotide analogues <222> (1)..(3) <220> <221> nucleotide analogues <222> (14)..(16) <400> 153 agatggcaaa cttccc <210> 154 <211> 16 <212> DNA <213> 人造 <220> <223> 募核苷酸設計 16 16 131385-序列表.doc ·27· 200908987 <220> <221> phosphorothiate linkage <222> (1)..(15) <220> <221> nucleotide analogues <222> (1)..(3) <220> <221> nucleotide analogues <222> (14)..(16) <400> 154 caaggctcac acatct <210> 155 <211> 16 <212> DNA <213> 人造 <220> <223> 寡核苷酸設計 <220> <221> phosphorothiate linkage <222> (1)..(15) <220> <221> nucleotide analogues <222> (1)..(3) <220> <221> nucleotide analogues <222> (14)..(16) <400> 155 aagtccaggt tgccca <210> 156 <211> 16 <212> DNA <213> 人造 <220> <223> 寡核苷酸設計 <220> <221> phosphorothiate linkage <222> (1)..(15) <220〉 <221> nucleotide analogues <222> (1)..(3) <220> <221〉 nucleotide analogues <222> (14)..(16) <400〉 156 cattcaagtt cttcat <210> 157 <211> 16 <212> DNA <213> 人造 <220> <223> 寡核苷酸設計 16 16 131385-序列表.doc •28- 200908987 <220> <221> phosphorothiate linkage <222> (1)..(15) <220> <221> nucleotide analogues <222> (1)..(3) <220> <221> nucleotide analogues <222> (14)..(16) <400> 157 cactaatttc cttcag <210〉 158 <211> 16 <212> DNA <213> 人造 <220> <223> 寡核苷酸設計 <220> <221> phosphorothiate linkage <222> (1)..(15) <220〉 <221> nucleotide analogues <222> (1)..(3) <220> <221> nucleotide analogues <222> (14)..(16) <400> 158 gcccagcact aatttc <210> 159 <211> 16 <212> DNA <213> 人造 <220> <223〉 寡核苷酸設計 <220> <221> phosphorothiate linkage <222> (1)..(15) <220> <221> nucleotide analogues <222> (1)..(3) <220> <221> nucleotide analogues <222> (14)..(16) <400> 159 ctttgccctc tgccac <210> 160 <211> 16 <212> DNA <213> 人造 <220> <223> 寡核苷酸設計 16 131385·序列表.doc -29- 16 200908987 <220〉 <221> phosphorothiate linkage <222> (1)..(15) <220> <221> nucleotide analogues <222> (1)..(3) <220> <221> nucleotide analogues <222> (14)..(16) <400> 160 cacacacttt gccctc <210> 161 <211> 16 <212> DNA <213> 人造 <220> <223> 寡核苷酸設計 <220〉 <221> phosphorothiate linkage <222> (1)..(15) <220> <221> nucleotide analogues <222> (1)..(3) <220> <221> nucleotide analogues <222> (14)..(16) <400> 161 cagttccaaa gacacc <210> 162 <211> 16 <212> DNA <213> 人造 <220> <223> 寡核苷酸設計 <220> <221> phosphorothiate linkage <222> (1)..(15) <220> <221> nucleotide analogues <222> (1)..(3) <220> <221> nucleotide analogues <222> (14)..(16) <400> 162 tggcaatttg tactcc <210> 163 <211> 16 <212> DNA <213> 人造 <220> <223> 募核苷酸設計 16 16 131385-序列表.doc •30- 200908987 <220> <221> phosphorothiate linkage <222> (1)..(15) <220> <221> nucleotide analogues <222> (1)..(3) <220> <221> nucleotide analogues <222> 04)..(16) <400> 163 gtgtgtgtat ttccca <210〉 164 <211> 16 <212> DNA <213> 人造 <220> <223> 寡核苷酸設計 <220> <221> phosphorothiate linkage <222> (1)..(15) <220> <221> nucleotide analogues <222> (1)..(3) <220> <221> nucleotide analogues <222> (14)..(16) <400> 164 ccctctgatg actctg <210> 165 <211> 16 <212> DNA <213> 人造 <220> <223> 寡核苷酸設計 <220> <221> phosphorothiate linkage <222> (1)..(15) <220> <221> nucleotide analogues <222> (1)..(3) <220> <221> nucleotide analogues <222> (14)..(16) <400> 165 catactcctc atcttc <210> 166 <211> 16 <212> DNA <213> 人造 <220> <223> 寡核苷酸設計 131385-序列表.doc 200908987 <220> <221> phosphorothiate linkage <222> (1)..(15) <220〉 <221> nucleoiide analogues <222> (1)..(3) <220> <221> nucleotide analogues <222> (14)..(16) <400〉 166 ccaccacaaa gttatg <210> 167 <211> 16 <212> DNA <213> 人造 <220> <223> 寡核苷酸設計 <220> <221> phosphorothiate linkage <222> (1)..(15) <220> <221> nucleotide analogues <222> (1)..(3) <220> <221> nucleotide analogues <222> (14)..(16) <400> 167 catcactctg gtgtgt <210> 168 <211> 16 <212> DNA <213> 人造 <220> <223> 募核苷酸設計 <220> <221> phosphorothiate linkage <222> (1)..(15) <220> <221> nucleotide analogues <222> (1)..(3) <220> <221> nucleotide analogues <222> (14)..(16) <400> 168 gacatcactc tggtgt <210> 169 <211> 16 <212> DNA <213〉 人造 <220> <223> LNA寡聚物 131385-序列表.doc 16 200908987 <220> <221> phosphorothiate linkage <222〉 (1)..(15) <220> <221> LNA nucleobases <222> (1)..(3) <220> <221> LNA nucleobases <222> (14)..(16) <400> 169 gctccagaca tcactc <210〉 170 <21 ]> 16 <212> DNA <213> 人造 <220> <223> LNA寡聚物 <220> <221> phosphorothiate linkage <222〉 (1)..(15) <220> <221> LNA nucleobases <222> (1)..(3) <220〉 <221> LNA nucleobases <222> (14)..(16) <400> 170 ctccagacat cactct <210> 171 <21 ]> 16 <212> DNA <213> 人造 <220> <223> LNA寡聚物 <220> <221> phosphorothiate linkage <222> (1)..(15) <220> <221> LNA nucleobases <222> (1)..(3) <220> <221> LNA nucleobases <222> (14)..(16) <400> 171 cagacatcac tctggt <210> 172 <211> 16 <212> DNA <213> 人造 <220> <223> LNA寡聚物 16 16 131385-序列表.doc •33- 200908987 <220> <221> phosphorothiate linkage <222> (1)..(15) <220> <221> LNA nucleobases <222> (1)..(3) <220> <221> LNA nucleobases <222> (14)..(16) <400> 172 agacatcact ctggtg <210> 173 <211> 16 <212> DNA <213>人造 <220> <223> LNA寡聚物 <220> <221> phosphorothiate 1inkage <222> (1)..(15) <220> <221> LNA nucleobases <222> (1)..(3) <220> <221> LNA nuc1eobases <222> (14)..(16) <400〉 173 atagctccag acatca <210> 174 <211> 16 <212> DNA <213>人造 <220> <223> LNA寡聚物 <220> <221> phosphorothiate 1inkage <222> (1)..(15) <220> <221> LNA nuc1eobases <222> (1)..(3) <220> <221> LNA nucleobases <222> (14)..(16) <400> 174 tcacaccata gctcca <210> 175 <211> 16 <212> DNA <213>人造 <220〉 <223> LNA寡聚物 -34· 16 131385-序列表.doc 16 200908987 <220> <221> phosphorothiate linkage <222> (1)..(15) <220> <221> LNA nucleobases <222> (1)-.(3) <220> <221> LNA nucleobases <222> (14)..(16) <400> 175 catccaacac ttgacc <210> 176 <211> 16 <212> DNA <213> 人造 <220> <223> LNA寡聚物 <220> <221> phosphorothiate linkage <222> (1)..(15) <220> <221> LNA nucleobases <222> (1)..(3) <220> <221> LNA nucleobases <222> (14)..(16) <400> 176 atccaacact tgacca <210> 177 <211> 16 <212> DNA <213> 人造 <220> <223> LNA寡聚物 <220> <221> phosphorothiate linkage <222> (1)..(15) <220> <221> LNA nucleobases <222> (3)..(3) <220> <221> IM nucleobases <222> (14)..(16) <400> 177 caatcatcca acactt <210> 178 <211> 16 <212> DNA <213〉 人造 <220> <223> LM募聚物 16 16 131385-序列表.doc -35- 16 200908987 <220> <221> phosphorothiate linkage <222> (1)..(15) <220> <221> LNA nucleobases <222> (1)..(3) <220> <221> LNA nucleobases <222> (14)..(16) <400> 178 tcaatcatcc aacact <210> 179 <211> 16 <212> DNA <213> 人造 <220> <223> LNA寡聚物 <220> <221> phosphorothiate linkage <222> (1)..(15) <220〉 <221> LNA nucleobases <222> (1)..(3) <220> <221> LNA nucleobases <222> (14)..(16) <400> 179 catgtagaca tcaatt <210> 180 <211> 16 <212> DNA <213> 人造 <220> <223> LNA寡聚物 <220> <221> phosphorothiate linkage <222> (1)..(15) <220> <221> LNA nucleobases <222> (1).-(3) <220> <221> LNA nucleobases <222〉 (14)..(16) <400> 180 tagcctgtca cttctc <210> 181 <211> 16 <212> DNA <213> 人造 <220> <223> LNA寡聚物 16 16 131385-序列表.doc 36- 200908987 <220〉 <221> phosphorothiate linkage <222> (1)..(15) <220> <221> LNA nucleobases <222> (1)..(3) <220> <221> LNA nucleobases <222〉 (14)..(16) <400> 181 agatggcaaa cttccc <210> 182 <2H> 16 <212> DNA <213> 人造 <220> <223> LNA募聚物 <220> <221> phosphorothiate linkage <222> (1)..(15) <220> <221> LNA nucleobases <222> (1)..(3) <220> <221> LNA nucleobases <222> (14)..(16) <400> 182 caaggctcac acatct <210> 183 <211> 16 <212〉 DNA <213> 人造 <220> <223> LNA寡聚物 <220> <221> phosphorothiate linkage <222> (1)..(15) <220> <221 > LNA nucleobases <222> (1)..(3) <220> <221> LNA nucleobases <222> (14)..(16) <400> 183 aagtccaggt tgccca tdnam LNA募聚物 <210> <211> <212> <213> <220> <223> 131385-序列表.doc 200908987 <220> <221> phosphorothiate linkage <222> (1)..(15) <220> <221> LNA nucleobases <222> (1)..(3) <220> <221> LNA nucleobases <222> (14)..(16) <400> 184 cattcaagtt cttcat <210〉 185 <211> 16 <212> DNA <213> 人造 <220> <223> LNA募聚物 <220> <221> phosphorothiate linkage <222> (1)..(15) <220> <221> LNA nucleobases <222> ⑴..（3) <220〉 <221> LNA nucleobases <222> (14)..(16) <400> 185 cactaatttc cttcag <210> 186 <211> 16 <212> DNA <213> 人造 <220> <223> LNA寡聚物 <220> <221> phosphorothiate linkage <222> (1)..(15) <220> <221> LNA nucleobases <222> (1)--(3) <220> <221> LNA nucleobases <222> (14)..(16) <400> 186 gcccagcact aatttc <210> 187 <211> 16 <212> DNA <2]3> 人造 <220> <223> LNA寡聚物 16 16 131385-序列表.doc -38- 200908987 <220> <221> phosphorothiate 1inkage <222> (1)..(15) <220> <221> LNA nucleobases <222> (1)..(3) <220> <221> LNA nucleobases <222〉 （14)..(16) <400〉 187 ctttgccctc tgccac <210> 188 <211> 16 <212> DNA <213> 人造 <220> <223> LNA寡聚物 <220> <221> phosphorothiate linkage <222> (1)..(15) <220> <221> LNA nucleobases <222> (1)..(3) <220> <221> LNA nucleobases <222> (14)..(16) <400〉 188 cacacacttt gccctc <210> 189 <211> 16 <212> DNA <213> 人造 <220> <223> LNA寡聚物 <220> <221> phosphorothiate linkage <222> (1)..(15) <220> <221> LNA nucleobases <222> (1)..(3) <220> <221> LNA nucleobases <222> (14)..(16) <400〉 189 cagttccaaa gacacc <210> 190 <211> 16 <212> DNA <213> 人造 <220> <223> LNA寡聚物 131385-序列表.doc 200908987 <220〉 <22i> phosphorothiate linkage <222> (1)..(15) <220> <221> LNA nucleobases <222> (1)..(3) <220> <221> LNA nucleobases <222> (14)..(16) <400> 190 tggcaatttg tactcc <210> 191 <211〉 16 <212> DNA <213> 人造 <220〉 <223> LNA寡聚物 <220> <221> phosphorothiate linkage <222> (1)..(15) <220> <221> LNA nucleobases <222> (1)..(3) <220> <221> LNA nucleobases <222> (14)..(16) <400> 191 gtgtgtgtat ttccca <210> 192 <211> 16 <212> DNA <213> 人造 <220> <223> LNA寡聚物 <220> <221> phosphorothiate linkage <222> (1)..(15) <220〉 <221> LNA nucleobases <222> (1)..(3) <220> <221> LNA nucleobases <222> (14)..(16) <400> 192 ccctctgatg actctg <210> 193 <211> 16 <212> DNA <213> 人造 <220> <223> LNA寡聚物 131385-序列表.doc 200908987 <220〉 <221> phosphorothiate ]inkage <222> (1)..(15) <220> <221> LNA nucleobases <222> (1)..(3) <220〉 <221> LNA nucIeobases <222> (14)..(16) <400> 193 catactcctc atcttc <210> 194 <211> 16 <212> DNA <213> 人造 <220> <223> LNA寡聚物 <220〉 <221> phosphorothiate linkage <222> (1)..(15) <220> <221> LNA nucleobases <222> (1),.(3) <220> <221> LNA nucleobases <222> (14),.(16) <400> 194 ccaccacaaa gttatg <210> 195 <211> 16 <212> DNA <2]3>人造 <220> <223> LNA募聚物 <220> <221> phosphorothiate linkage <222> (1)..(15) <220> <221> LNA nucleobases <222〉 （1)..(3) <220> <221> LNA nuc1eobases <222> (14)..(16) <400> 195 catcactctg gtgtgt <210> 196 <211> 16 <212> DNA <213> 人造 <220> <223> LNA寡聚物 131385-序列表 _doc 16 200908987 <220> <221> phosphorothiatc linkage <222> (1)..(15) <220> <221> LNA nuclcobases <222〉 （1)..(3) <220> <221> LNA nucleobases <222> (14)..(16) <400> 196 gacatcactc tggtgt <210> 197 <2II> 5511 <212> DNA <213〉智人 <400> 197 acacacacac acccctcccc tgccatccct atttgcaacc tccgctgccg tcgccgcagc / tcttgcctcg atgtcctagc ctaggggccc cctctgcgga gicatgaggg cgaacgacgc ggcccggggc tccgaggtgg gcaactctca gagtgtgacc ggcgatgctg agaaccaata tgaggtggtg atggggaacc ttgagattgt cctgcagtgg attcgagaag tgacaggcta tctaccattg cccaacctcc gcgtggtgcg catcttcgtc atgttgaact ataacaccaa gactcagctc accgagattc tgtcaggggg tcacatggac acaattgact ggagggacat gaaggacaat ggcagaagct gtcccccctg tcctggatca gaagactgcc agacattgac tcactgcttt gggcccaacc ccaaccagtg ^ aggccctcag gacacagact gctttgcctg acctcgctgt ccacagcctc ttgtctacaa ccacaccaag tatcagtatg gaggagtttg ggatcaaaca tcctgtgtca gggcctgtcc gctcaagatg tgtgagcctt gtgggggact tgggagccgc ttccagacig tggactcgag gatcctgggc aacctggact ttctgatcac ccctgccctg gacccagaga agctcaatgt cctgaacatc cagtcctggc cgccccacat aaccattgga ggcagaagcc tctacaaccg gaatgtcaca tctctgggct tccgatccct ccccggactc cggctccggc tccgattgca 60 agccaccaat tcgccagcgg ttcaggtggc 120 ccgggccgga cttggctggg ctcccttcac 180 tctgcaggtg ctgggcttgc ttttcagcct 240 ggcagtgtgt cctgggactc tgaatggcct 300 ccagacactg tacaagctct acgagaggtg 360 gctcacggga cacaatgccg acctctcctt 420 tgtcctcgtg gccatgaatg aattctctac 480 agggacccag gtctacgatg ggaagtttgc 540 ctccagccac gctctgcgcc agctccgctt 600 tgtttatatt gagaagaacg ataagctttg 660 cgtgagggac cgagatgctg agatagtggt 720 tcatgaggtt tgcaaggggc gatgctgggg 780 caagaccatc tgtgctcctc agtgtaatgg 840 ctgccatgat gagtgtgccg ggggctgctc 900 ccggcacttc aaigacagtg gagcctgtgt 960 caagctaact ttccagctgg aacccaatcc 1020 tgtagccagc tgtccccata actttgtggt 1080 tcctgacaag atggaagtag ataaaaatgg 1140 atgtcccaaa gcctgtgagg gaacaggctc 1200 caacattgat ggatttgtga actgcaccaa 1260 cggcctcaat ggagacccct ggcacaagat 1320 cttccggaca gtacgggaga tcacaggtta 1380 gcacaacttc agtgtttttt ccaatttgac 1440 gggcttctca ttgttgatca tgaagaactt 1500 gaaggaaatt agtgctgggc gtatctatat 1560 •42- 131385·序列表,doc 200908987 aagtgccaat gcctacggaa gggcaaagtg gtgcttgtcc gaatggggag ccaacccatg tgcccatttt caagggccca ctgcacccag gatcggcaaa catgatgctg tatgaggcga taacaaagtc / ctcgggtgtc gattccagtc gacagatcat actatgccca ggatcatgtg acaaattgcc tgcccgaaac tgacctgctg gtggatggcc ctatggtgtg attggctgaa cacaattgat aacctttaaa ggtcataaag aaacaagaag agcagaggag aacacttaat catgaaccag acggtgcccc atcagagggg gagccggagc ccacagtctg caacggttat cctttcttca gtatgaatac aggcagctct gctaccacca gagcgactag acatcaagca tgtgacccac tgtgctcctc tgtcgaaatt atagccgagg cctcgagaat ttgcccatga gagggcactg ccacatgcaa cgagatgggc cccactgtgt atctacaagt acccagatgt gggtgtaaag gaccagagct acccatctga caatggcttl ggcggcactt ttctctactg 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tggatgctga 3300 gcgctggggg 3360 acctgacact 3420 ccgaaggggc 3480 •48- 131385-序列表.doc 200908987 tggctccgat gtatttgatg gtgacctggg aatgggggca gccaaggggc tgcaaagcct 3540 ccccacacat gaccccagcc ctctacagcg gtacagtgag gaccccacag tacccctgcc 3600 ctctgagact gatggctacg ttgcccccct gacctgcagc ccccagcctg aatatgtgaa 3660 ccagccagat gttcggcccc agcccccttc gccccgagag ggccctctgc ctgctgcccg 3720 acctgctggt gccactctgg aaaggcccaa gactctctcc ccagggaaga atggggtcgt 3780 caaagacgtt tttgcctttg ggggtgccgt ggagaacccc gagtaettga caccccaggg 3840 aggagctgcc cctcagcccc accctcctcc tgccttcagc ccagccttcg acaacctcta 3900 ttactgggac caggacccac cagagcgggg ggctccaccc agcaccttca aagggacacc 3960 tacggcagag aacccagagt acctgggtct ggacgtgcca gtgtgaacca gaaggccaag 4020 tccgcagaag ccctgatgtg tcctcaggga gcagggaagg cctgacttct gctggcatca 4080 agaggtggga gggccctccg accacttcca ggggaacctg ccatgccagg aacctgtcct 4140 aaggaacctt ccttcctgct tgagttccca gatggctgga aggggtccag cctcgttgga 4200 agaggaacag cactggggag tctttgtgga ttctgaggcc ctgcccaatg agactctagg 4260 gtccagtgga tgccacagcc cagcttggcc ctttccttcc agatcctggg tactgaaagc 4320 cttagggaag ctggcctgag aggggaagcg gccctaaggg agtgtctaag aacaaaagcg 4380 acccattcag agactgtccc tgaaacctag lactgccccc catgaggaag gaacagcaat 4440 ggtgtcagta tccaggcttt gtacagagtg cttttctgtt tagtttttac tttttttgtt 4500 ttgttttttt aaagatgaaa taaagaccca gggggagaat gggtgttgta tggggaggca 4560 agtgtggggg gtccttctcc acacccactt tgtccatttg caaatatatt ttggaaaaca 4620 get a 4624 012 3 <21<21<21<21 ο A壶 0 4w、4 22°人 <220> <223> 24聚體序列基元 <400> 200 catagctcca gacatcactc tggt 24 <210> 201 <211> 24 <212> DNA <213>人造 <220> <223> 24聚體序列基元 <400> 201 aiagctccag acatcactct ggt£ 24 <210> 202 <211> 24 <212> DNA <213>人造 <220> <223> 24聚體序列基元 <400> 202 gctccagaca tcactctggt gtgt 131385-序列表.doc • 49· 24 24200908987 <210> 203 <211> 24 <212> DNA <213>人造 <220> <223> 24聚體序列基元 <400> 203 ctccagacat cactctggtg tgtg <210> 204 <211> 24 <212> DNA <213>人造 <220> <223> 24聚體序列基元 <400> 204 caccatagct ccagacatca ctct 24 <210> 205 <211> 24 <2】2>腿 <213>人造 <220> <223> 24聚體序列基元 <400〉 205 actgtcacac catagctcca gaca 24 <210> 206 <211> 24 <212> DNA <2]3>人造 <220> <223> 24聚體序列基元 <400> 206 caatcatcca acactigacc atca 24 <210> 207 <211> 24 <212> DNA <213>人造 <220> <223> 24聚體序列基元 <400> 207 aatcatccaa cacttgacca tcac 24 <210> 208 <2Π> 24 <212> DNA <213>人造 <220> <223> 24聚體序列基元 <400> 208 tcatcaatca tccaacactt gacc <210> 209 131385-序列表.doc 50- 24 24200908987 <211> 24 <212> DNA <213>人造 <220> <223> 24聚體序列基元 <400> 209 ctcatcaatc atccaacact tgac <210> 210 <211> 24 <212> DNA <213>人造 <220> <223> 24聚體序列基元 <400> 210 tcaccatgta gacatcaatt gtgc 24 <210> 211 <211> 24 <212> DNA <213>人造 <220> <223> 24聚體序列基元 <400> 211 gacatagcct gtcacttctc gaat 24 <210> 212 <211> 24 <212> DNA 人造 <220> <223> 24聚體序列基元 <400> 212 acgaagatgg caaacttccc atcg 24 <210> 213 <2Π> 24 <212> DNA <213>人造 <220> <223> 24聚體序列基元 <400> 213 cccacaaggc tcacacatct tgag 24 <210> 214 <211> 24 <212〉眺 <213>人造 <220> <223> 24聚體序列基元 <400> 214 cagaaagtcc aggttgccca ggat <210> 215 <2Π> 24 <212> DNA <213>人造 131385·序列表.doc -51 - 24 24200908987 <220> <223> 24聚體序列基元 <400> 215 gtgacattca agttcttcat gate <210> <2Π> <212> <213〉 216 24 DNA 人造 <220> <223> 24聚體序列基元 <400> 216 ccagcactaa tttccttcag ggat 24 <210> 217 <211> 24 <212> DNA <213>人造 <220> <223> 24聚體序列基元 <400> 217 atacgcccag cactaatttc ette 24 <2】0> <211> <212> <213> 21S 24 DNA 人造 <220> <223> 24聚體序列基元 <400> 218 cacactttgc cctctgccac gcag 24 <210> 219 <211> 24 <212> DNA <213>人造 <220> <223> 24聚體序列基元 <400> 219 gggtcacaca ctttgccctc tgee 24 <210> 220 <211> 24 <212> 腺 <213〉人造 <220> <223> 24聚體序列基元 <400> 220 tgcacagttc caaagacacc egag <210> 221 <211> 24 <212> DNA <213> 人造 <220> <223> 24聚體序列基元 131385-序列表.doc 52- 24 200908987 <400> 221 cccttggcaa tttgtactcc ccag <210> 222 <211> 24 <212> DNA <213>人造 <220> <223> 24聚體序列基元 <400> 222 tctggtgtgt gtatttccca aagt <210> 223 <211> 24 <212> DNA <213〉 人造 <220> <223> 24聚體序列基元 <400> 223 atgcccctct gatgactctg atgc <210> 224 <211> 24 <212> DNA <213> 人造 <220> <223> 24聚體序列基元 <400> 224 tattcatact cctcatcttc atct <210> 225 <211> 24 <212> DNA <2】3>人造 <220> <223> 24聚體序列基元 <400> 225
tgatccacca caaagttatg ggga <210> 226 <211> 24 <212> DNA <213>人造 <220> <223> 24聚體序列基元 <400> 226 cagacatcac tctggtgtgt gtat <210> 227 <211> 24 <212> DNA <213>人造 <220> <223> 24聚體序列基元 <400> 227 tccagacatc actctggtgt gtgt 131385·序列表.doc 15 200908987 <210> 228 <211> 15 <212> 陳 <213> 人造 <220〉 <223> 反義募核苷酸 <400> 228 tagcctgtca cttct <210> 229 <211> 15 <212> DNA <213> 人造 <220> <223> 反義寡核苷酸 <400> 229 agcctgtcac ttctc <210> 230 <211> 14 <212> DNA <213> 人造 <220> <223> 反義寡核苷酸 <400> 230 tagcctgtca cttc <210> 231 <211> 14 <212> DNA <213> 人造 <220> <223> 反義寡核苷酸 <400〉 231 agcctgtcac ttct <210> 232 <211> 13 <212> DNA <213> 人造 <220> <223〉 反義寡核苷酸 <400> 232 tagcctgtca ctt <210> 233 <211> 12 <212〉 DNA <213> 人造 <220> <223> 反義寡核苷酸 <400> 233 tagcctgtca ct <210> 234 15 14 14 13 131385-序列表.doc 54- 12 200908987 <211> 13 <212> DNA <213>人造 <220> <223> LNA寡聚物 <221>硫代磷酸酯鍵 <222> (1)..(12) <22丨> LNA核鹼基 <222> (1)..(2) <^21> LNA核鹼基 <222> (11)..(13) <400> 234 tagcctgtca ctt 13 <210〉 235 <211〉 16 / <212> DNA t <213>人造 <220> <223> LNA寡聚物 <221>硫代磷酸酯鍵 <222> (1)..(15) <221> LNA核鹼基 <222> (1)..(3) <220> <221〉LNA核鹼基 <222> ¢13)..(15) <400> 235 cgtcagtatg cgaatc 16 <210> 236 <211> 16 <212> DNA <213>人造 LNA寡聚物 <221>硫代磷酸酯鍵 <222> (1)..(15) <220> <221> LNA核鹼基 <222> (1)..(4) <22〗> 核驗基 <222〉 （13),.(15) <400〉 236 cgcagattag aaacct <210> 237 131385-序列表.doc 55- 22 200908987 <211> 22 <212> DNA <213> 人造 <220> <223> 探針序列 <400> 237 ccacacctgg tcatagcggt ga <210> 238 <211> 20 <212> DNA <213>人造 <220> <223>探針序列 <400> 238 ctgtttaggc caagcagagg <210> 239 <211> 20 <212> mk 〆 <2丨3>人造 <220> <223>探針序列 <400> 239 attctgaatc ctgcgtccac <210> 240 <211> 20 <212> DNA <213>人造 <220〉 <223>探針序列 <400> 240 cattgcccaa cctccgcgtg <210> 241 <211> 20 <212> DNA <2]3>人造 \ <220〉 <223>探針序列 <400〉 241 tgcagtggat tcgagaagtg <210> 242 <211> 20 <212> m <213>人造 <220> <223>探針序列 <400> 242 ggcaaacttc ccatcgtaga <210> 243 <211> 20 <212> DNA <213>人造 56- 131385-序列表.doc 20 200908987 <220> <223>探針序列 <400> 243 actggcgctg ccaaggctgt <210> 244 <211> 20 <212> DNA <213〉 人造 <220> <223〉 探針序列 <400〉 244 ccacccagaa gactgtggat <210〉 245 <211> 20 <212> DNA <213> 人造 <220> <223>探針序列 <400> 245 ttcagctcag ggatgacctt <210> 246 <211> 20 <212> DNA <213> 人造 <220> <223> 探針序列 <400> 246 agctgtggcg tgatggccgt <210> 247 <211> 20 <212〉 DNA <213> 人造 <220> <223> 探針序列 <400〉 247 aactttggca ttgtggaagg <210> 248 <211> 20 <212> DNA <213> 人造 <220> <223> 探針序列 <400> 248 ggatgcaggg atgatgttct <210> 249 <211> 16 <212> DNA <213> 人造 <220> <223> LNA寡聚物 57- 131385-序列表.doc 200908987 <220> <22I> phosphorothiate linkage <222> (1)..(15) <220> <221> LNA nucleobases <222> (1)..(3) <220> <221> LNA nucleobases <222> (14)..(16) <400> 249 tagcctttga cctctc -58 131385-序列表.doc

Claims (2)

  1. 200908987 十、申請專利範圍： 1. 一種由10至50個連續單體組成之寡聚物，其中相鄰單體 係藉由鱗酸酯基或硫代填酸酯基共價鍵聯， 其中該募聚物包含一至少10個連續單體之第一區域； 其中該第一區域之至少一個單體為核苷類似物； 其中該第一區域之該序列與哺乳動物HER3基因或哺乳 動物HER3 mRNA之最佳比對之目標區域的反向互補序列 有至少80%—致。 2. 如叫求項1之募聚物，其中該第一區域之該序列與seq ID NO: 1-140及169-234中存在之一至少1〇個連續單體之 區域的序列有至少80%—致。 3. 如請求項2之寡聚物，其中該第一區域之該序列與SEq ID NO: 1、54 ' 200或211中存在之一至少1〇個連續單體 之區域的序列有至少80%—致。 4. 如請求項2之募聚物’其中該第一區域之該序列與SEQ ID NO: 169或180中存在之一至少1〇個連續單體之區域的 序列有至少80%—致。 5. 如請求項1或2之募聚物，其中與哺乳動物HER3基因或哺 乳動物HER3 mRNA之反向互補之最佳比對區域的序列相 比’該第一區域之該序列包含0至2個錯配。 6. 如請求項1-4中任一項之寡聚物，其中該寡聚物之該第一 區域係由1 〇至1 8個連續單體組成。 7 ·如請求項6之寡聚物，其中該寡聚物之該第一區域係由 16個連續單體組成。 131385.doc 200908987 8·如請求項i-4中任—馆夕舍 ^ , τ 之暴聚物，其中各核苷類似物獨立 地選自由LNA單艚、人士… 3有2 -〇-烷基-核糖類之單體、含 甲基-核糖類之單體、 單體及含有2,氟去^ $有2_胺基_去軋核糖類之 ▲、 軋去氧核糖類之單體組成之群。 9.如請求項8之募聚物，盆 ，、甲3亥核苷類似物為LNA單體。 知求項1之募聚物’其中該募聚物為間隙聚合物 ㈣崎)’且其中該間隙聚合物自5.端至3,端包含： (口:)-區域A’其係由1-6個連續單體組成，其中至少一 個單體為核苷類似物， 乂 ⑴）一區域β，其5’端與區域A之3,踹丘俨 、u磲八之j端共饧鍵聯且其係由 5-12個連續單體組成’其中至少一個單體為核苦；及 ㈣-區域C’其5,端與區域⑴，端共價鍵聯且直係 由Μ個連續單體組成，其中至少—個單體為核芽類似 物。 11·如請求項H)之寡聚物，其中該寡聚物為間隙聚合物，且 其中該間隙聚合物自5,端至3'端包含： ⑴一區域A，其係由2-5個連續單體組成，其中所有單 體均為核苷類似物， 12 (Π)—區域B，其5’端與區域A之3,端共價鍵聯且其係由 L10個連續單體組成，其中所有單體均為核苷；及、“ (iii)一區域C ’其5’端與區端共價鍵聯且其係 由2-5個連續單體組成，其中所有單體均為核苷類似物/ 如請求項10或11之寡聚物 LNA單體。 其中所有核*類似物均為 I31385.doc 200908987 13. 如請求項1之寡聚物，其中該寡聚物係選自：
  2. 5,-GsMeCsTscscsasgsascsastscsasMeCsTsMeC-3'(SEQ ID NO： 169);及 5'-TsAsGscscstsgstscsascststsMeCsTsMeCs-3'(SEQ ID NO： 180)， 其中大寫字母表示β-D -氧基- LNA單體且小寫字母表示 DNA單體，下標"S"表示硫代磷酸酯鍵，且表示含有 5-曱基胞嘧啶鹼基之β-D-氧基-LNA單體。 14. 如請求項1_4、1〇、11及13中任一項之募聚物，其抑制在 細胞中表現HER3之人類HER3基因或mRNA之表現。 15. —種結合物，其包含如請求項卜13中任一項之募聚物， 其與不為核酸或單體之至少一個部分共價連接。 16· —種醫藥組合物’其包含如請求項丨_13中任一項之寡聚 物或如請求項15之結合物，及醫藥學上可接受之稀釋 劑、载劑、鹽或佐劑。 17. —種抑制細胞中HER3之表現的活體外方法，其包含使該 細胞與有效量之由10至50個連續單體組成之寡聚物接 觸，其中相鄰單體係由磷酸酯基或硫代磷酸酯基共價鍵 聯， 其中該寡聚物包含一至少10個連續單體之第一區域； 其中該第一區域之至少一個單體為核苷類似物； 其中該第一區域之該序列與哺乳動物HER3基因或哺乳 動物HER3mRNA之最佳比對之目標區域的反向互補序列 有至少80%—致。 13I385.doc 200908987 18, —種抑制細胞中HER3之表現的活體外方法，其包含使該 細胞與有效量之如請求項15之結合物接觸。 19· 一種抑制哺乳動物之組織中HER3之表現的活體外方法， 其包含使该組織與有效量之由i 〇至5 〇個連續單體組成之 寡聚物接觸， 其中相鄰單體係由磷酸酯基或硫代磷酸酯基共價鍵 聯， 其中該募聚物包含一至少10個連續單體之第一區域； 其中該第一區域之至少一個單體為核苷類似物； 其中該第一區域之該序列與哺乳動物HER3基因或哺乳 動物HER3 mRNA之最佳比對之目標區域的反向互補序列 有至少80%—致。 20. —種抑制哺乳動物之組織中hER3之表現的活體外方法， 其包含使該組織與有效量之如請求項1 5之結合物接觸。 21 · 一種抑制哺乳動物之細胞或組織中HER3之表現及HER2 之表現的活體外方法，其包含使該細胞或組織與有效量 之由10至50個連續單體組成之寡聚物接觸， 其中相鄰單體係由碗酸酯基或硫代填酸酯基共價鍵 聯， 其中該募聚物包含一至少10個連續單體之第一區域及 一至少10個連續單體之第二區域，其中該第一區域與該 第一區域相同或不同； 其中該第一區域之至少一個單體及該第二區域之至少 一個單體為核苷類似物； 131385.doc 200908987 其中該第一區域之該序列與哺乳動物HER3基因或哺乳 動物HER3 mRNA之最佳比對之目標區域的反向互補序列 有至少80%—致且該第二區域之該序列與哺乳動物hER2 基因或哺乳動物HER2 mRNA之最佳比對之目標區域的反 向互補序列有至少80%—致。 22. 種抑制哺乳動物之細胞或組織中HER3之表現及EGFR 之表現的活體外方法，其包含使該細胞或組織與有效量 之由10至50個連續單體組成之募聚物接觸， 其中相鄰單體係由磷酸酯基或硫代磷酸酯基共價鍵 聯， 其中該募聚物包含一至少1〇個連續單體之第一區域及 —至少10個連續單體之第二區域，其中該第一區域與該 第二區域相同或不同； 其中該第一區域之至少一個單體及該第二區域之至少 個早體為核苦類似物； 其中該第一區域之該序列與哺乳動物HER3基因或哺乳 動物HER3 mRNA之最佳比對之目標區域的反向互補序列 有至少80% —致且該第二區域之該序列與哺乳動物E(3Fr 基因或哺乳動物EGFR mRNA之最佳比對之目標區域的 反向互補序列有至少80%—致。 23. 一種抑制哺乳動物之細胞或組織中HER3之表現、HER2 之表現及EGFR之表現的活體外方法，其包含使該細胞 或組織與有效量之由10至50個連續單體組成之寡聚物接 觸， 131385.doc 200908987 其中相鄰單體係由磷酸酯基或硫代磷酸酯基共價鍵 聯， 其中該寡聚物包含一至少10個連續單體之第一區域、 一至少10個連續單體之第二區域及一至少10個連續單體 之第三區域，其中該第一區域、該第二區域及該第三區 域相同或不同； 其中該第一區域之至少一個單體、該第二區域之至少 一個單體及該第三區域之至少一個單體為核苷類似物； 其中該第一區域之該序列與哺乳動物HER3基因或哺乳 動物HER3 mRNA之最佳比對之目標區域的反向互補序列 有至少80% —致，該第二區域之該序列與哺乳動物HER2 基因或哺乳動物HER2 mRNA之最佳比對之目標區域的反 向互補序列有至少80% —致，且該第三區域之該序列與 哺乳動物EGFR基因或哺乳動物EGFR mRNA之最佳比對 之目標區域的反向互補序列有至少8〇% 一致。 24. —種由1〇至50個連續單體組成之寡聚物之用途，其係用 於製造供治療哺乳動物之癌症用的藥物，其中該寡聚物 之相鄰單體係由磷酸酯基或硫代磷酸酯基共價鍵聯， 其中該寡聚物包含一至少10個連續單體之第一區域； 其中該第一區域之至少一個單體為核苷類似物； 其中該第一區域之該序列與哺乳動物HER3基因或哺乳 動物HER3 mRNA之最佳比對之目標區域的反向互補序列 有至少80°/。一致。 25·如請求項24之用途，其中該癌症係選自非霍奇金氏淋巴 131385.doc 200908987 瘤（non-Hodgkin’s lymphoma)、霍奇金氏淋巴瘤 (Hodgkin’s lymphoma)、急性白血病（諸如急性淋巴細胞 性白血病、急性髓細胞性白血病、慢性骨髓白血病、慢 性淋巴細胞性白血病、多發性骨髓瘤）、結腸癌、直腸 癌、胰腺癌、乳癌、卵巢癌、前列腺癌、腎細胞癌、肝 癌、膽管癌、絨膜癌、子宮頸癌、睾丸癌、肺癌、膀胱 癌、黑素瘤、頭頸癌、腦癌、未知原發部位之癌症、贅 瘤、周圍神經系統癌症、中樞神經系統癌症、纖維肉 瘤、黏液肉瘤、脂肪肉瘤、軟骨肉瘤' 骨肉瘤、脊索 瘤、血管肉瘤、内皮肉瘤、淋巴管肉瘤、淋巴管内皮肉 瘤、滑膜瘤、間皮瘤、尤文氏瘤（Ewingis tum〇ur)、平滑 肌肉瘤、橫紋肌肉瘤、鱗狀細胞癌、基底細胞癌、腺 癌、汗腺癌、皮脂腺癌、乳頭狀癌、乳頭狀腺癌、囊腺 癌、髓性癌、支氣管癌、精原細胞瘤、胚胎癌、威爾姆 瘤（Wilms’ tumour)、小細胞肺癌、上皮癌、神經膠質 瘤、星形細胞瘤、成神經管細胞瘤、顱咽管瘤、室管膜 瘤、松果體瘤、成血管細胞瘤、聽神經瘤、寡樹突膠質 瘤、脊膜瘤、神經母細胞瘤及視網膜母細胞瘤。 26. —種由1〇至50個連續單體組成之活化寡聚物，其中相鄰 單體係由磷酸酯基或硫代磷酸酯基共價鍵聯，其中該活 化募聚物包含至少一個在一或多個位置上與其共價連接 之官能基’該或該等位置獨立地選自5,端、3,端、核糖 之2'-OH及鹼基。 27. —種由10-25個連續單體組成之募聚物，其中相鄰單體係 131385.doc 200908987 由磷酸酯基或硫代磷酸酯基共價鍵聯， 其中該募聚物包含一由10-24個單體組成之第一區域， 其中该第一區域之該序列同樣存在於Μ。出n〇: 2〇〇 或 SEQIDNo:211 中，或其中當與 SEQIDN〇:2〇〇 或 SEq ID No: 211之最佳比對區域相比時，該第一區域之該序 列包含不大於一個錯配。
    131385.doc
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