SK57999A3 - Nucleic acid and amino acid sequences relating to helicobacter pylori and vaccine compositions thereof - Google Patents

Description

Nukleovékyseliny a aminokyselinové sekvencie týkajúce sa Helicobacter pylorí a vakcinové kompozície s ich obsahom

Doterajší stav techniky

Helicobacter pylón je gramnegatívna, mikroaerofilná baktéria esovitého tvaru, ktorá bola objavená a kultivovaná z bioptickej vzorky ľudského žalúdka. (Warren, J. R. a B. Marshall, (1983) Lancet 1: 1273-1275; a Marshall et al., (1984) Microbios Lett. 25:83-88). H. pylón bol pevne spojený s chronickou gastritídou a chorobou dvanástnikových vredov. (Rathbone et. al., (1986) Gut 27: 635-641). Navyše sa zhromažďujú dôkazy o etiologickej úlohe H. pylorí pri nevredovej dyspepsii, chorobe žalúdočných vredov a gastrickom adenokarcinóme. (Blaser M. J., (1993) Trends Microbiol. 1: 255-260). Prenos baktérie nastáva orálnou cestou a riziko infekcie sa zvyšuje s vekom. (Taylor, D. N. a M. J. Blaser, (1991) Epidemiol. Rev 13: 42-50). H. pylorí kolonizuje sliznicu ľudského žalúdka a vytvorí infekciu, ktorá zvyčajne pretrváva desaťročia. Infekcia H. pylorí je rozšírená po celom svete. Infekcia v rozvinutých krajinách dosahuje viac ako 50 % dospelej populácie, zatiaľ čo infekcia v rozvojových krajinách zasahuje 90 % dospelých vo veku nad 20 rokov. (Hopkins R. J. a J. G. Morris (1994) Am. J. Mes. 97: 265-277).

Bakteriálne faktory, ktoré sú nevyhnutné pre kolonizáciu žalúdočného prostredia a pre virulenciu patogéna, sú slabo objasnené. Príklady údajných virulentných faktorov zahŕňajú nasledujúce: ureáza, enzým, ktorý môže hrať úlohu pri neutralizovaní žalúdočného kyslého pH (Eaton et al., (1991) Infect. Immunol. 59: 2470-2475; Ferrero, R. L. a A. Lee (1991) Microb. Ecol. Hlth. Dis. 4: 121-134; Labigne et al., (1991) J. Bacteríol. 173: 1920-1931); bakteriálne bičíkové proteíny zodpovedné za pohybovanie sa cez vrstvu sliznice (Hazeil et al., (1986) J. Inf. Dis. 153: 658-663; Leying et al., (1992) Mol. Microbiol. 6: 2863-2874; a Haas et al., (1993( Mol. Microbiol. 8: 753-760); Vac A, bakteriálny toxín, ktorý indukuje vytváranie vnútrobunkových vakuol v epitelových bunkách (Schmitt, W a R. Haas, (1994) Molecular Microbiol. 12(2): 307-319); a niekoľko žalúdočných, tkanivovo špecifických adhezínov. (Boren et al., (1993) Science 262:1892-1895; Evans et al., (1993) J. Bacteriol. 175: 674-683; a Falk et al., (1993) Proc. Natl. Acad. Sci USA 90: 2035-203).

V súčasnosti je dostupných množstvo terapeutických činidiel, ktoré ničia infekcie H. pylón in vitro. (Huesca et. al., (1993) Zbi. Bakt. 280: 244-252; Hopkins, R. J. a J. G. Morris, vyššie). Avšak mnohé z týchto liečiv sú menej ako optimálne účinné in vivo, v dôsledku bakteriálnej rezistencie, zmenenej distribúcie liečiva, kvôli nesúladu s pacientom alebo slabej dostupnosti liečiva. (Hopkins, R. J. a J. G. Morris, vyššie). Časťou štandardného režimu použitého na liečbu infekcie H. pylón je liečba antibiotikami v kombinácii s bizmutom. (Malfertheiner, P. a J. E. Dominguez-Munoz (1993) Clinical Therapeutics 15 Supp. B: 37-48). V súčasnosti sa ukázalo, že kombinácie inhibítorov protónovej pumpy a jedného antibiotika zlepšujú chorobu dvanástníkových vredov. (Malfertheiner, P. a J. E. DominguezMunoz, vyššie). Avšak spôsoby používajúce antibiotické činidlá môžu spôsobiť problém objavenia sa bakteriálnych kmeňov, ktoré sú rezistentné na tieto činidlá. (Hopkins, R. J. a J. G. Morris, vyššie). Tieto obmedzenia demonštrujú, že sú potrebné nové účinnejšie spôsoby na ničenie infekcií H. pylorí in vivo. Veľmi žiaducim je hlavne navrhnutie nových vakcín, ktoré môžu zabrániť infekcii baktériou.

Podstata vynálezu

Tento vynález sa týka nových génov, napr. génov kódujúcich polypeptidy ako napríklad bakteriálne povrchové proteíny, z organizmu Helicobacter pylorí (H. pylorí), a iných príbuzných génov, ich produktov a ich použitia. Nukleové kyseliny a peptidy podľa predloženého vynálezu sú použiteľné na diagnostiku a terapiu H. pylorí a iných druhov Helicobacter. Možno ich tiež použiť na detekciu prítomnosti H. pylorí a iných druhov Helicobacter vo vzorke; a na vyhľadávanie zlúčenín so schopnosťou zasahovať do životného cyklu H. pylorí alebo inhibovať infekciu H. pylorí. Konkrétnejšie, predmetom tohto vynálezu sú kompozície nukleových kyselín zodpovedajúce celej kódujúcej sekvencii proteínov H. pylorí, vrátane povrchových alebo vylučovaných proteínov alebo ich častí, nukleové kyseliny schopné viazať mRNA z proteínov H. pylorí, na blokovanie proteínovej translácie, a spôsoby výroby proteínov H. pylorí alebo ich častí využívajúce techniky peptidových syntéz a techniky rekombinantnej DNA. Tento vynález sa tiež týka protilátok a nukleových kyselín, ktoré sa dajú použiť ako sondy na detekciu infekcie H. pylorí. Do rozsahu tohto vynálezu navyše spadajú vakcínové kompozície a spôsoby ochrany alebo liečby infekcie H. pylorí.

Prehľad obrázkov na výkresoch

Obrázok 1 zobrazuje usporiadanie aminokyselinovej sekvencie piatich proteínov H. pylorí (zobrazené jednopísmenovým aminokyselinovým kódom a označené svojimi identifikačnými číslami aminokyselinových sekvencií; uvedené od N konca po C koniec, zľava doprava).

Obrázok 2 zobrazuje časť N konca troch proteínov H. pylorí (zobrazené jednopísmenovým aminokyselinovým kódom a označené svojimi identifikačnými číslami aminokyselinových sekvencií; uvedené od N konca po C koniec, zľava doprava).

Podrobný popis vynálezu

V jednom aspekte sa vynález týka rekombinantného alebo v podstate čistého prípravku polypeptidu H. pylorí so sekvenciou č. 98. Vynález tiež zahŕňa v podstate čistú nukleovú kyselinu kódujúcu polypeptid H. pylorí so sekvenciou č. 98, pričom takáto nukleová kyselina je obsiahnutá v sekvencii č. 1. Tu popísané polypeptidové sekvencie H. pylorí sú obsiahnuté v Zozname sekvencií a tiež nukleové kyseliny kódujúce polypeptidy H. pylorí podľa vynálezu sú obsiahnuté v Zozname sekvencií.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylorí majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 99 ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 2.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylorí majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 100, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 3.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylori majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 101, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 4.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylori majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 102, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 5.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylori majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 103, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 6.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylori majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 104, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 7.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. py/orí majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 105, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 8.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. py/orí majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 106, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 9.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylori majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 107, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 10.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylori majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 108, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 11.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylori majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 109, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 12.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. py/orí majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 110, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 13.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylori majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 111, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 14.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylori majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 112, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 15.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. py/orí majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 113, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 16.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylori majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 114, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 17.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylori majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 115, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 18.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. py/orí majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 116, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 19.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylori majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 117, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 20.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylori majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 118, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 21.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. py/orí majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 119, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 22.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylori majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 120, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 23.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylori majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 121, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 24.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylori majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 122, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 25.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylori majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 123, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 26.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylori majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 124, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 27.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylori majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 125, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 28.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylori majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 126, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 29.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylori majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 127, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 30.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylón majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 128, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 31.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylón majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 129, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 32.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylón majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 130, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 33.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylón majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 131, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 34.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylori majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 132, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 35.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylori majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 133, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 36.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylori majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 134, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 37.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylori majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 135, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 38.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylori majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 136, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 39.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylón majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 137, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu £. 40.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylón majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 138, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 41.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. py/orí majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 139, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 42.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylorí majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 140, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 43.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. py/orz majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 141, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 44.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylorí majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 142, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 45.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylorí majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 143, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 46.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylorí majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 144, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 47.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylorí majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 145, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 43.

g

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylón majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 146, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 49.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylori majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 147, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 50.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. py/ori majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 148, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 51.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. py/ori majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 149, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 52.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylori majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 150, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 53.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylori majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 151, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 54.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylori majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 152, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 55.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylori majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 153, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 56.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. py/ori majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 154, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 57.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. py/orí majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 155, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 58.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. py/orí majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 156, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 59.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylorí majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 157, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 60.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. py/orí majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 158, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 61.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. py/orí majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 159, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 62.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pyforí majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 160, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 63.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pyforí majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 161, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 64.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylorí majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 162, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 65.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. py/orí majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 163, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 66.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylón majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 164, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 67.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylori majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 165, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 68.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylori majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 166, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 69.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylori majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 167, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 70.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylori majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 168, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 71.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylori majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 169, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 72.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylori majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 170, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 73.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylori majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 171, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 74.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylori majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 172, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 75.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylorí majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 173, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 76.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylorí majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 174, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 77.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylorí majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 175, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 78.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylorí majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 176, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 79.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylorí majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 177, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 80.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylorí majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 178, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 81.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylorí majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 179, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 82.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylorí majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 180, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 83.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylorí majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 181, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 84.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. py/οπ majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 182, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 85.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylorí majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 183, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 86.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylorí majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 184, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 87.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylorí majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 185, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 88.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylorí majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 186, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 89.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylorí majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 187, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 90.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylorí majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 188, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 91.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylorí majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 189, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 92.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylorí majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 190, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 93.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylori majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 191, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 94.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylori majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 192, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 95.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. py/orí majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 193, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 96.

V ďalšom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylori majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 194, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 97.

V ďalšom aspekte sa vynález týka izolovanej nukleovej kyseliny s nukleotidovou sekvenciou, ktorá kóduje polypeptid H. pylori, najmenej približne 60 % homologickou s aminokyselinovou sekvenciou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 98 až 194. Vo výhodnom uskutočnení izolovaná nukleová kyselina zahŕňa nukleotidovú sekvenciu vybranú zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 1 až 97 alebo ich doplnkov.

V ďalšom aspekte sa vynález týka izolovanej nukleovej kyseliny s nukleotidovou sekvenciou, ktorá kóduje polypeptid H. pylori, vybranou zo ski -)iny pozostávajúcej zo sekvencií č. 98 až 194.

V ďalšom aspekte sa vynález týka izolovanej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylori, s nukleotidovou sekvenciou najmenej približne 60 % homologickou s nukleotidovou sekvenciou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 1 až 97 alebo ich doplnkom.

V ďalšom aspekte sa vynález týka izolovanej molekuly nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylori, s nukleotidovou sekvenciou, ktorá hybridizuje za prísnych hybridizačných podmienok na molekulu nukleovej kyseliny s nukleotidovou sekvenciou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 1 až 97 alebo ich doplnku.

V ďalšom aspekte sa vynález týka izolovanej nukleovej kyseliny s nukleotidovou sekvenciou dĺžky najmenej 8 nukleotidov, pričom táto sekvencia hybridizuje za prísnych hybridizačných podmienok na nukleovú kyselinu s nukleotidovou sekvenciou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 1 až 97 alebo ich doplnku.

Osobitne výhodná je izolovaná nukleová kyselina s nukleotidovou sekvenciou kódujúcou bunkový obalový polypeptid H. pylori alebo jeho fragment, pričom nukleová kyselina je vybraná zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 63, č. 7, č. 8, č. 9, č. 13, č. 14, č. 23, č. 24, č. 27, č. 28, č. 50, č. 51, č. 61, č. 79, č. 80,

č. 84, č. 85, č. 91, č. 94, č. 5, č. 11, č. 26, č. 36, č. 42, č. 52, č. 22, č. 29, č. 30, č. 65, č. 66, č. 48, č. 49, č. 17, č. 18, č. 19, č. 43, č. 44, č. 38, č. 39, č. 1, č. 2, č. 6, č.

34, č. 35, č. 60, č. 69 a č. 83, alebo ich doplnkov.

V jednom uskutočnení polypeptid bunkového obalu H. pylori alebo jeho fragment je polypeptid spojený s bičíkmi H. pylori alebo jeho fragment kódovaný nukleovou kyselinou s nukleotidovou sekvenciou č. 63 alebo jeho doplnok.

V ďalšom uskutočnení je polypeptid bunkového obalu H. pylori alebo jeho fragment polypeptid vnútornej membrány H. pylori alebo jeho fragment kódovaný nukleovou kyselinou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 48, č.49, č. 17, č. 18, č. 19, č.43, č.44, č.38 a č.39, alebo ich doplnku.

V ďalšom uskutočnení je polypeptid vnútornej membrány H. pylori alebo jeho fragment polypeptid H. pylori alebo jeho fragment zapojený do transportu kódovaný nukleovou kyselinou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 48, č.49, č. 17, č. 18, č. 19, č.43 a č.44 alebo ich doplnku.

V ďalšom uskutočnení polypeptid bunkového obalu H. pylori alebo jeho fragment je polypeptid vonkajšej membrány H. pylori alebo jeho fragment kódovaný nukleovou kyselinou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 7, č. 8, č. 9, č. 13, č. 14, č. 23, č. 24, č. 27, č. 28, č. 50, č. 51, č. 61, č. 79, č. 80, č. 84, č. 85,

č. 91, č. 94, č. 5, č. 11, č. 26, č. 36, č. 42, č. 52, č. 22, č. 29, č. 30, č. 65 a č. 66 alebo ich doplnkom.

V ďalšom uskutočnení polypeptid vonkajšej membrány H. pylori alebo jeho fragment je polypeptid H. pylori s koncovým fenylalanínovým zvyškom alebo jeho fragment kódovaný nukleovou kyselinou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 7, č. 8, č. 9, č. 11, Č. 13, č. 14, č. 23, č. 24, č. 26, č. 27, č. 28, č. 36, č. 42, č. 50, č. 51, č. 52, č. 61, č. 79, č. 80, č. 84, č. 85, č. 91 a č. 94 alebo ich doplnku.

V ďalšom uskutočnení polypeptid vonkajšej membrány H. pylori alebo jeho fragment je polypeptid H. pylori s koncovým fenylalanínovým zvyškom a Ckoncovým tyrozínovým klastrom alebo jeho fragment kódovaný nukleovou kyselinou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 11, č. 26, č. 36, č. 42 a č. 52 alebo ich doplnku.

Osobitne výhodná je izolovaná nukleová kyselina s nukleotidovou sekvenciou kódujúcou bunkový obalový polypeptid H. pylori alebo jeho fragment, pričom nukleová kyselina je vybraná zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 160, č. 104, č. 105, č. 106, č. 110, č. 111, č. 120, č. 121, č. 124, č. 125, č. 147, č. 148, č. 158, č. 176, č. 177, č. 181, č. 182, č. 188, č. 191, č. 102, č. 108, č. 123, č. 133, č. 139, č. 149, č. 119, č. 126, č. 127, č. 162, č. 163, č. 145, č. 146, č. 114, č. 115, č. 116, č. 140, č. 141, č. 135, č. 136, č. 98, č. 99, č. 103, č. 131, č. 132, č. 157, č. 166 a č. 180.

V ďalšom uskutočnení polypeptid bunkového obalu H. pylori alebo jeho fragment je polypeptid spojený s bičíkmi H. pylori alebo jeho fragment s aminokyselinovou sekvenciou č. 160.

V ďalšom uskutočnení je polypeptid bunkového obalu H. pylori alebo jeho fragment polypeptid vnútornej membrány H. pylori alebo jeho fragment vybraný zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 145, č. 146, č. 114, č. 115, č. 116, č. 140, č. 141, č. 135 a č. 136.

V ďalšom uskutočnení je polypeptid vnútornej membrány H. pylori alebo jeho fragment polypeptid H. pylori alebo jeho fragment zapojený do transportu vybraný zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 145, č. 146, č. 114, č. 115, č. 116, č. 140 a č. 141.

V ďalšom uskutočnení polypeptid bunkového obalu H. pylori alebo jeho fragment je polypeptid vonkajšej membrány H. pylori alebo jeho fragment vybraný zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 104, č. 105, č. 106, č. 110, č. 111, č. 120, č. 121, č. 124, č. 125, č. 147, č. 148, č. 158, č. 176, č. 177, č. 181, č. 182, č. 188, č. 191, č. 102, č. 108, č. 123, č. 133, č. 139, č. 149, č. 119, č. 126, č. 127, č. 162 a č. 163.

V ďalšom uskutočnení polypeptid vonkajšej membrány H. pylori alebo jeho fragment je polypeptid H. pylori s koncovým fenylalanínovým zvyškom alebo jeho fragment vybraný zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 104, č. 105, č. 106, č. 108, č. 110, č. 111, č. 120, č. 121, č. 123, č. 124, č. 125, č. 133, č. 139, č. 147, č. 148, č. 149, č. 158, č. 176, č. 177, č. 181, č. 182, č. 188 a č. 191.

V ďalšom uskutočnení polypeptid vonkajšej membrány H. pylori alebo jeho fragment je polypeptid H. pylori s koncovým fenylalanínovým zvyškom a Ckoncovým tyrozínovým klastrom alebo jeho fragment vybraný zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 108, č. 123, č. 133, č. 139 a č. 149.

Osobitne výhodná je izolovaná nukleová kyselina s nukleotidovou sekvenciou kódujúcou cytoplazmatický polypeptid H. pylori alebo jeho fragment, kde nukleová kyselina je vybraná zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 57, č. 58, č. 86, č. 87, č. 88, č. 89, č. 92 a č. 93, alebo ich doplnku.

V jednom uskutočnení je cytoplazmatický polypeptid H. pylori alebo jeho fragment polypeptid H. pylori alebo jeho fragment zúčastňujúci sa na translácii mRNA, pričom nukleová kyselina je vybraná zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 57 a č. 58 alebo ich doplnku.

V ďalšom uskutočnení je cytoplazmatický polypeptid H. pylori alebo jeho fragment polypeptid H. pylori alebo jeho fragment zúčastňujúci sa na genómovej replikácii, transkripcii, rekombinácii a oprave, pričom nukleová kyselina je vybraná zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 86 a č. 87 alebo ich doplnku.

Osobitne výhodná je izolovaná nukleová kyselina s nukleotidovou sekvenciou kódujúcou cytoplazmatický polypeptid H. pylori alebo jeho fragment vybraná zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 154, č. 155, č. 183, č. 184, č. 185, č. 186, č. 189 a č. 190.

V jednom uskutočnení je cytoplazmatický polypeptid H. pylori alebo jeho fragment polypeptid H. pylori alebo jeho fragment zúčastňujúci sa na translácii mRNA vybraný zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 154 a č. 155.

V ďalšom uskutočnení je cytoplazmatický polypeptid H. pylori alebo jeho fragment polypeptid H. pylori alebo jeho fragment zúčastňujúci sa na genómovej replikácii, transkripcii, rekombinácii a oprave vybraný zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 183 a č. 184.

Osobitne výhodná je izolovaná nukleová kyselina s nukleotidovou sekvenciou kódujúcou polypeptid vylučovaný H. pylori alebo jeho fragment, pričom táto nukleová kyselina je vybraná zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 3, č. 4, č. 10, č. 12, č. 20, č. 25, č. 31, č. 32, č. 45, č. 46, č. 53 č. 64, č. 67, č. 70, č. 77, č. 78, č. 81, č. 82, č. 90, č. 95 a č. 97 alebo ich doplnku.

Osobitne výhodná je izolovaná nukleová kyselina s nukleotidovou sekvenciou kódujúcou polypeptid vylučovaný H. pylori alebo jeho fragment vybraný zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 100, č. 101, č. 107, č. 109, č. 117, č. 122, č. 128, č. 129, č. 142, č. 143, č. 150 č. 161, č. 164, č. 167, č. 174, č. 175, č. 178, č. 179, č. 187, č. 192 a č. 194.

Osobitne výhodná je izolovaná nukleová kyselina s nukleotidovou sekvenciou kódujúcou bunkový polypeptid H. pylori alebo jeho fragment, pričom táto nukleová kyselina je vybraná zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 15, č. 16, č. 21, č. 33, č. 37, č. 40, č. 41, č. 47, č. 54, č. 55, č. 56 č. 59, č. 62, č. 68, č. 71, č. 72, č. 73, č. 74, č. 75, č. 76 a č. 96 alebo ich doplnku.

Osobitne výhodná je izolovaná nukleová kyselina s nukleotidovou sekvenciou kódujúcou bunkový polypeptid H. pylori alebo jeho fragment vybraný zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 112, č. 113, č. 118, č. 130, č. 134, č. 137, č. 138, c. 144, č. 151, č. 152, č. 153 č. 156, č. 159, ó. 165, č. 168, ó. 169, č. 170, č. 171, č. 172, č. 173 a č. 193.

V ďalšom aspekte sa vynález týka sondy s nukleotidovou sekvenciou pozostávajúcou z najmenej 8 nukleotidov s nukleotidovou sekvenciou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 1 - č. 97 alebo ich doplnku.

V ďalšom aspekte sa vynález týka izolovaného polypeptídu H. pylori s aminokyselinovou sekvenciou najmenej približne 60 % homologickou s polypeptidom H. pylori vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 98 až č. 194.

V ďalšom aspekte sa vynález týka izolovaného polypeptídu H. pylori, ktorý je kódovaný nukleovou kyselinou s nukleotidovou sekvenciou najmenej asi na 60 % homologickou s nukleotidovou sekvenciou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 1 až č. 97. V jednom uskutočnení je izolovaný polypeptid H. pylori kódovaný nukleotidovou sekvenciou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 1 až č. 97.

V ďalšom aspekte sa vynález týka izolovaného polypeptídu H. pylori, ktorý je kódovaný nukleovou kyselinou, ktorá hybridizuje pod prísnymi hybridizačnými podmienkami na nukleovú kyselinu vybranú zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 1 až 97 alebo ich doplnkov.

V ďalšom aspekte sa vynález týka izolovaného polypeptídu H. pylori s aminokyselinovou sekvenciou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 97 až 194.

Osobitne výhodný je izolovaný polypeptid bunkového obalu H. pylori alebo jeho fragment, kde polypeptid je vybraný zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 160, č. 104, č. 105, č. 106, č. 110, č. 111, č. 120, č. 121, č. 124, č. 125, č. 147, č. 148, č. 158, č. 176, č. 177, č. 181, č. 182, č. 188, č. 191, č. 102, č. 108, č. 123, č.

133, č. 139, č. 149, č. 119, č. 126, č. 127, č. 162, č. 163, č. 145, č. 146, č. 114, č. 115, č. 116, č. 140, č. 141, č. 135, č. 136, č. 98, č. 99, č. 103, č. 131, č. 132, č. 157, č. 166 a č. 180.

V jednom uskutočnení polypeptid bunkového obalu H. pylori alebo jeho fragment je polypeptid spojený s bičíkmi H. pylori alebo jeho fragment s aminokyselinovou sekvenciou č. 160.

V ďalšom uskutočnení je polypeptid bunkového obalu H. pylori alebo jeho fragment polypeptid vnútornej membrány H. pylori alebo jeho fragment vybraný zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 145, č. 146, č. 114, č. 115, č. 116, č. 140, č. 141, č. 135 a č. 136.

V ďalšom uskutočnení je polypeptid vnútornej bunkovej membrány H. pylori alebo jeho fragment polypeptid H. pylori alebo jeho fragment zúčastňujúci sa transportu vybraný zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 145, č. 146, č. 114, č. 115, č. 116, č. 140, č. 141, č. 135 a č. 136.

V ďalšom uskutočnení polypeptid bunkového obalu H. pylori alebo jeho fragment je polypeptid vonkajšej membrány H. pylori alebo jeho fragment vybraný zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 104, č. 105, č. 106, č. 110, č. 111, č. 120, č. 121, č. 124, č. 125, č. 147, č. 148, č. 158, č. 176, č. 177, č. 181, č. 182, č. 188, č. 191, č. 102, č. 108, č. 123, č. 133, č. 139, č. 149, č. 119, č. 126, č. 127, č. 162 a č. 163.

V ďalšom uskutočnení polypeptid vonkajšej membrány H. pylori alebo jeho fragment je polypeptid H. pylori s koncovým fenylalanínovým zvyškom alebo jeho fragment vybraný zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 104, č. 105, č. 106, č. 108, č. 110, č. 111, č. 120, č. 121, č. 123, č. 124, č. 125, č. 133, č. 139, č. 147, č. 148, č. 149, č. 158, č. 176, č. 177, č. 181, č. 182, č. 188 a č. 191.

V ďalšom uskutočnení polypeptid vonkajšej membrány H. pylori alebo jeho fragment je polypeptid H. pylori s koncovým fenylalanínovým zvyškom a Ckoncovým tyrozínovým klastrom alebo jeho fragment vybraný zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 108, č. 123, č. 133, č. 139 a č. 149.

Osobitne výhodný je izolovaný polypeptid bunkového obalu H. pylori alebo jeho fragment, pričom tento polypeptid je kódovaný nukleovou kyselinou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 63, č. 7, č. 8, č. 9, č. 13, č. 14, č. 23, č. 24, č. 27, č. 28, č. 50, č. 51, č. 61, č. 79, č. 80, č. 84, č. 85, č. 91, č. 94, č. 5, č. 11, č. 26, č. 36, č. 42, č. 52, č. 22, č. 29, č. 30, č. 65, č. 66, č. 48, č. 49, č. 17, č. 18, č. 19, č. 43, č. 44, č. 38, č. 39, č. 1, č. 2, č. 6, č. 34, č. 35, č. 60, č. 69 a č. 83.

V jednom uskutočnení polypeptid bunkového obalu H. pylori alebo jeho fragment je polypeptid spojený s bičíkmi H. pylori alebo jeho fragment kódovaný nukleovou kyselinou s nukleotidovou sekvenciou č. 63.

V ďalšom uskutočnení je polypeptid bunkového obalu H. pylori alebo jeho fragment polypeptid vnútornej membrány H. pylori alebo jeho fragment kódovaný nukleovou kyselinou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 48, č. 49, č. 17, č. 18, č. 19, č. 43, č. 44, č. 38 a č. 39.

V ďalšom uskutočnení je polypeptid vnútornej membrány H. pylori alebo jeho fragment polypeptid H. pylori alebo jeho fragment zapojený do transportu kódovaný nukleovou kyselinou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 48, č. 49, č. 17, č. 18, č. 19, č. 43 a č. 44.

V ďalšom uskutočnení polypeptid bunkového obalu H. pylori alebo jeho fragment je polypeptid vonkajšej membrány H. pylori alebo jeho fragment kódovaný nukleovou kyselinou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 7, č. 8, č. 9, č. 13, č. 14, č. 23, č. 24, č. 27, č. 28, č. 50, č. 51, č. 61, č. 79, č. 80, č. 84, č. 85, č. 91, č. 94, č. 5, č. 11, č. 26, č. 36, č. 42, č. 52, č. 22, č. 29, č. 30, č. 65 a č. 66.

V ďalšom uskutočnení polypeptid vonkajšej membrány H. pylori alebo jeho fragment je polypeptid H. pylori s koncovým fenylalanínovým zvyškom alebo jeho fragment kódovaný nukleovou kyselinou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 7, č. 8, č. 9, č. 11, č. 13, č. 14, č. 23, č. 24, č. 26, č. 27, č. 28, č. 36, č. 42, č. 50, č. 51, č. 52, č. 61, č. 79, č. 80, č. 84, č. 85, č. 91 a č. 94.

V ďalšom uskutočnení polypeptid vonkajšej membrány H. pylori alebo jeho fragment je polypeptid H. pylori s koncovým fenylalanínovým zvyškom a C22 koncovým tyrozínovým klastrom alebo jeho fragment kódovaný nukleovou kyselinou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencii č. 11, č. 26, č. 36, č. 42 a č. 52.

Osobitne výhodný je izolovaný cytoplazmatický polypeptid H. pylorí alebo jeho fragment, kde polypeptid je vybraný zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencii č. 154, č. 155, č. 183, č. 184, č. 185, č. 186, č. 189 a č. 190.

V ďalšom uskutočnení je cytoplazmatický polypeptid H. pylorí alebo jeho fragment polypeptid H. pylorí alebo jeho fragment zúčastňujúci sa na translácii mRNA vybraný zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencii č. 154 a č. 155.

V ďalšom uskutočnení je cytoplazmatický polypeptid H. pylorí alebo jeho fragment polypeptid H. pylorí alebo jeho fragment zúčastňujúci sa na genómovej replikácii, transkripcii, rekombinácii a oprave vybraný zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencii č. 183 a č. 184.

Osobitne výhodný je izolovaný cytoplazmatický polypeptid H. pylorí alebo jeho fragment, kde polypeptid je kódovaný nukleovou kyselinou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencii č. 57, č. 58, č. 86, č. 87, č. 88, č. 89, č. 92 a č. 93.

V jednom uskutočnení cytoplazmatický polypeptid H. pylorí alebo jeho fragment je polypeptid H. pylorí alebo jeho fragment zúčastňujúci sa na translácii mRNA, pričom tento polypeptid je vybraný zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencii č. 57 a č. 58.

V ďalšom uskutočnení cytoplazmatický polypeptid H. pylorí alebo jeho fragment je polypeptid H. pylorí alebo jeho fragment zúčastňujúci sa na genómovej replikácii, transkripcii a oprave, pričom tento polypeptid je kódovaný nukleovou kyselinou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencii č. 86 a č. 87.

Osobitne výhodný je izolovaný bunkový polypeptid H. pylorí alebo jeho fragment, kde tento polypeptid je vybraný zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencii č.

112, č. 113, č. 118, č. 130, č. 134, č. 137, č. 138, č. 144, č. 151, č. 152, č. 153 č. 156, č. 159, č. 165, č. 168, č. 169, č. 170, č. 171, č. 172, č. 173 a č. 193.

Osobitne výhodný je izolovaný bunkový polypeptid H. pylorí alebo jeho fragment, pričom tento polypeptid je kódovaný nukleovou kyselinou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 15, č. 16, č. 21, č. 33, č. 37, č. 40, č. 41, č. 47, č. 54, č. 55, č. 56 č. 59, č. 62, č. 68, č. 71, č. 72, č. 73, č. 74, č. 75, č. 76 a č. 96.

Osobitne výhodný je izolovaný polypeptid vylučovaný H. pylorí alebo jeho fragment, kde tento polypeptid je vybraný zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 100, č. 101, č. 107, č. 109, č. 117, č. 122, č. 128, č. 129, č. 142, č. 143, č. 150 č. 161, č. 164, č. 167, č. 174, č. 175, č. 178, č. 179, č. 187, č. 192 a č. 194.

Osobitne výhodný je izolovaný polypeptid vylučovaný H. pylorí alebo jeho fragment, pričom tento polypeptid je kódovaný nukleovou kyselinou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 3, č. 4, č. 10, č. 12, č. 20, č. 25, č. 31, č. 32, č. 45, č. 46, č. 53 č. 64, č. 67, č. 70, č. 77, č. 78, č. 81, č. 82, č. 90, č. 95 a č. 97.

V ďalšom aspekte sa vynález týka chimérického polypeptid u H. pylorí pozostávajúceho z najmenej dvoch polypeptidov H. pylorí alebo ich fragmentov, kde tieto polypeptidy sú kódované sekvenciami nukleovej kyseliny vybranými zo skupiny sekvencií č. 1 až č. 97.

V ďalšom aspekte sa vynález týka chimérického polypeptid u H. pylorí pozostávajúceho z najmenej dvoch polypeptidov H. pylorí alebo ich fragmentov, kde tieto polypeptidy sú vybrané zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 98 až č. 194.

V ďalšom aspekte sa vynález týka fúzneho proteínu pozostávajúceho z polypeptidu H. pylorí, ktorý obsahuje aminokyselinovú sekvenciu vybranú zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 98 až č. 194 operatívne prepojenú na polypeptid, ktorý nepochádza z H. pylorí.

V ďalšom aspekte sa vynález týka vakcínového prípravku na profylaktickú alebo terapeutickú liečbu infekcie H. pylori obsahujúceho účinné množstvo najmenej jednej izolovanej nukleovej kyseliny podľa vynálezu.

V ďalšom aspekte sa vynález týka vakcínového prípravku na profylaktickú alebo terapeutickú liečbu infekcie H. pylori obsahujúcej účinné množstvo najmenej jedného polypeptidu H. pylori podfa vynálezu.

Vakcínový prípravok podľa vynálezu s výhodou ďalej obsahuje farmaceutický prijateľný nosič. V jednom uskutočnení farmaceutický prijateľný nosič zahŕňa adjuvans. V ďalšom uskutočnení tento farmaceutický prijateľný nosič zahŕňa dodávací systém, napr. živý vektor, napr. baktériu alebo vírus. V ďalšom uskutočnení farmaceutický prijateľný nosič zahŕňa adjuvans aj dodávací systém.

V ďalšom aspekte sa vynález týka spôsobu liečenia alebo zníženia rizika infekcie H. pylori u subjektu. Spôsob zahŕňa podanie subjektu vakcínového prípravku podľa vynálezu tak, že dôjde k liečbe alebo zníženiu rizika infekcie H. pylori.

V ďalšom aspekte sa vynález týka spôsobu výroby vakcínového prípravku podľa vynálezu. Spôsob zahŕňa skombinovanie aspoň jedného izolovaného polypeptidu H. pylori alebo jeho fragmentu vybraného zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencie č. 98 až č. 194 s farmaceutický prijateľným nosičom, čím sa vytvorí vakcínový prípravok.

V ďalšom aspekte sa vynález týka spôsobu výroby vakcínového prípravku podľa vynálezu. Tento spôsob zahŕňa kultivovanie bunky v podmienkach, ktoré umožňujú expresiu polypeptidu H. pylori alebo jeho fragmentu vybraného zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 98 až č. 194, izolovanie polypeptidu II. pylori z bunky a skombinovanie aspoň jedného izolovaného polypeptidu H. pylori alebo jeho fragmentu s farmaceutický prijateľným nosičom, čím sa vytvorí vakcínový prípravok.

V ďalšom aspekte sa vynález týka akéhokoľvek jednotlivého člena polypeptidu H. pylorí alebo nukleovej kyseliny kódujúcej taký člen z vyššie identifikovaných skupín polypeptidov H. pylorí.

V ďalšom aspekte sa vynález týka nukleových kyselín schopných viazať mRNA z H. pylorí. Taká nukleová kyselina je schopná pôsobiť ako antisense nukleová kyselina na kontrolu transiácie mRNA z H. pylorí. Ďalší aspekt sa týka nukleovej kyseliny, ktorá je schopná viazať sa špecificky na nukleovú kyselinu H. pylorí. Tieto nukleové kyseliny sa tu označujú aj ako doplnky a majú použitie ako sondy a záchytné činidlá.

V inom aspekte sa vynález týka systému expresie, ktorý obsahuje otvorený čítací rámec zodpovedajúci nukleovej kyseline H. pylorí. Nukleová kyselina ďalej obsahuje riadiacu sekvenciu kompatibilnú so zamýšľaným hostiteľom. Systém expresie je použiteľný na výrobu polypeptidov zodpovedajúcich nukleovej kyseline H. pylorí.

V inom aspekte sa vynález týka bunky transformovanej systémom expresie na produkciu polypeptidov H. pylorí.

V inom aspekte sa vynález týka spôsobu generovania protilátok proti polypeptidom H. pylorí, ktoré sú schopné viazať sa špecificky na polypeptidy H. pylorí. Takéto protilátky sa používajú ako reakčné činidlá v imunotestoch na vyhodnotenie množstva a distribúcie antigénov špecifických pre H. pylorí.

V ďalšom aspekte sa vynález týka spôsobu vytvárania vakcín na imunizáciu jedincov proti H. pylorí. Spôsob vakcinácie zahŕňa: imunizáciu subjektu aspoň jedným polypeptidom H. pylorí podľa predloženého vynálezu, napr. povrchovým alebo sekrečným polypeptidom, alebo jeho aktívnou časťou, a farmaceutický prijateľným nosičom. Takáto vakcína má terapeutický a/alebo profylaktický úžitok.

V inom aspekte vynález poskytuje spôsob tvorby vakcíny, ktorá obsahuje modifikovaný imunogénny polypeptid H. pylorí, napr. povrchový alebo sekrečný polypeptid, alebo jeho aktívnu časť a farmakologicky prijateľný nosič.

V inom aspekte sa vynález týka spôsobu vyhodnotenia schopnosti zlúčeniny napr. poiypeptidu, napr. fragmentu polypeptidu hostiteľskej bunky, viazať polypeptid H. pylori. Spôsob zahŕňa: uvedenie testovanej zlúčeniny do kontaktu s polypeptidom H. pylori a určenie, či sa zlúčenina viaže alebo iným spôsobom interaguje s polypeptidom H. pylori. Zlúčeniny, ktoré viažu H. pylori, sú kandidátmi ako aktivátory alebo inhibítory bakteriálneho životného cyklu. Tieto testy môžu byť uskutočňované in vitro alebo in vivo.

V inom aspekte sa vynález týka spôsobu vyhodnotenia schopnosti zlúčeniny napr. polypeptidu, napr. fragmentu polypeptidu hostiteľskej bunky, viazať nukleovú kyselinu H. pylori, napr. DNA alebo RNA. Spôsob zahŕňa: uvedenie testovanej zlúčeniny do kontaktu s nukleovou kyselinou H. pylori a určenie, či sa zlúčenina viaže alebo iným spôsobom interaguje s polypeptidom H. pylori. Zlúčeniny, ktoré viažu H. pylori, sú kandidátmi ako aktivátory alebo inhibítory bakteriálneho životného cyklu. Tieto testy môžu byť uskutočňované in vitro alebo in vivo.

Vynález sa týka polypeptidov H. pylori, výhodne v podstate čistého prípravku polypeptidu H. pylori alebo rekombinantného polypeptidu H. pylori. Vo výhodných uskutočneniach: polypeptid má biologickú aktivitu; polypeptid má aminokyselinovú sekvenciu aspoň na 60 %, 70 %, 80 %, 90 %, 95 %, 98 % alebo 99 % zhodnú alebo homologickú s aminokyselinovou sekvenciou podľa vynálezu obsiahnutou v Zozname sekvencií, výhodne má približne 65 % sekvenčnú zhodnosť s aminokyselinovou sekvenciou podľa vynálezu obsiahnutou v Zozname sekvencií, a najvýhodnejšia má približne 92 % až 99 % sekvenčnú zhodnosť s aminokyselinovou sekvenciou podľa vynálezu obsiahnutou v Zozname sekvencií; polypeptid má aminokyselinovú sekvenciu v podstate rovnakú ako aminokyselinová sekvencia podľa vynálezu, ktorá je obsiahnutá v Zozname sekvencií; polypeptid je dlhý aspoň 5, 10, 20, 50, 100 alebo 150 aminokyselinových zvyškov; polypeptid obsahuje aspoň 5, výhodne aspoň 10, výhodnejšie aspoň 20, výhodnejšie aspoň 50, 100 alebo 150 po sebe nasledujúcich aminokyselinových zvyškov podľa vynálezu, ktoré sú obsiahnuté v Zozname sekvencií. V ešte ďalšom výhodnom uskutočnení vynález zahŕňa aminokyselinovú sekvenciu, ktorá sa líši v sekvenčnej identite približne 7 % až približne 8 % od aminokyselinových sekvencií H. pylori podľa vynálezu, ktoré sú obsiahnuté v Zozname sekvencií.

Vo výhodných uskutočneniach: polypeptid H. pylorí je kódovaný nukleovou kyselinou obsiahnutou v Zozname sekvencii alebo nukleovou kyselinou, ktorá má aspoň 60 %, 70 %, 80 %, 90 %, 95 %, 98 % alebo 99 % homológiu s nukleovou kyselinou podľa vynálezu obsiahnutou v zozname sekvencii.

Vo výhodnom uskutočnení sa predmetný polypeptid H. pylorí líši aminokyselinovou sekvenciou v 1, 2, 3, 5, 10 alebo viacerých zvyškoch od sekvencie podľa vynálezu, ktorá je obsiahnutá v Zozname sekvencii. Avšak rozdiely sú iba také, že polypeptid H. pylorí vykazuje biologickú aktivitu H. pylorí, napr. polypeptid H. pylorí zachováva biologickú aktivitu prirodzene sa vyskytujúceho polypeptidu H. pylorí.

Vo výhodných uskutočneniach polypeptid zahŕňa všetky alebo fragmenty aminokyselinových sekvencii podľa vynálezu, ktoré sú obsiahnuté v Zozname sekvencii; fúzované v čítacom rámci k ďalšiemu aminokyselinovému zvyšku, výhodne ku zvyšku kódovanému genomickou DNA 5' alebo 3' na genomickú DNA, ktorá kóduje sekvenciu podľa vynálezu obsiahnutú v Zozname sekvencii.

V ešte iných výhodných uskutočneniach je polypeptid H. pylorí rekombinantný fúzny proteín, ktorý obsahuje prvú časť polypeptidu H. pylorí a druhú polypeptidovú časť, pričom napr. druhá polypeptidová časť má aminokyselinovú sekvenciu, ktorá sa nevzťahuje na H. pylorí. Druhou polypeptidovou časťou môže byť napr. glutatión-S-transferáza, DNA viažuca doména alebo polymerázu aktivujúca doména. Vo výhodnom uskutočnení môže byť fúzny proteín použitý v dvojhybridom teste.

Polypeptidy podľa vynálezu zahŕňajú tie, ktoré vznikajú ako výsledok alternatívnej transkripcie, alternatívneho spájania RNA a alternatívnych translačných a posttranslačných udalostí.

Vynález tiež zahŕňa imunogénny komponent, ktorý obsahuje aspoň jeden polypeptid H. pylorí v imunogénnom prípravku. Imunogénny komponent je schopný vyvolať imunitnú odpoveď, ktorá je špecifická pre polypeptid H. pylorí, napr. hormonálnu odpoveď, protilátkovú odpoveď alebo bunkovú odpoveď. Vo výhodných uskutočneniach obsahuje imunogénny komponent aspoň jeden antigénny determinant z polypeptidu podľa vynálezu, ktorý je obsiahnutý v Zozname sekvencií.

V inom aspekte vynález poskytuje v podstate čistú nukleovú kyselinu majúcu nukleotidovú sekvenciu, ktorá kóduje polypeptid H. pylori. Vo výhodných uskutočneniach: kódovaný polypeptid má biologickú aktivitu; kódovaný polypeptid má aminokyselinovú sekvenciu aspoň na 60 %, 70 %, 80 %, 90 %, 95 %, 98 % alebo 99 % homologickú s aminokyselinovou sekvenciou podľa vynálezu obsiahnutou v Zozname sekvencií; kódovaný polypeptid má aminokyselinovú sekvenciu v podstate rovnakú ako aminokyselinová sekvencia podľa vynálezu, ktorá je obsiahnutá v Zozname sekvencií; kódovaný polypeptid je dlhý aspoň 5, 10, 20, 50, 100 alebo 150 aminokyselinových zvyškov; kódovaný polypeptid obsahuje aspoň 5, výhodne aspoň 10, výhodnejšie aspoň 20, výhodnejšie aspoň 50, 100 alebo 150 po sebe nasledujúcich aminokyselinových zvyškov podľa vynálezu, ktoré sú obsiahnuté v Zozname sekvencií.

Vo výhodných uskutočneniach: nukleová kyselina podľa vynálezu je obsiahnutá v Zozname sekvencií; nukleová kyselina má aspoň 60 %, 70 %, 80 %, 90 %, 95 %, 98 % alebo 99 % homológiu s nukleovou kyselinou podľa vynálezu obsiahnutou v Zozname sekvencií.

Vo výhodnom uskutočnení sa kódovaný polypeptid H. pylori líši (napr. substitúciou aminokyseliny, adíciou alebo deléciou aspoň jedného aminokyselinového zvyšku) v aminokyselinovej sekvencií v 1, 2, 3, 5, 10 alebo viacerých zvyškoch, od sekvencie podľa vynálezu, ktorá je obsiahnutá v Zozname sekvencií. Avšak rozdiely sú iba také, že: polypeptid kódovaný H. pylori vykazuje biologickú aktivitu H. pylori, napr. enzým kódovaný H. pylori zachováva biologickú aktivitu prirodzene sa vyskytujúceho H. pylori.

Vo výhodných uskutočneniach kódovaný polypeptid zahŕňa všetky alebo fragment aminokyselinových sekvencií podľa vynálezu, ktoré sú obsiahnuté v Zozname sekvencií; fúzované v čítacom rámci k ďalším aminokyselinovým zvyškom, výhodne ku zvyškom kódovaným genomickou DNA 5’ alebo 3’ na genomickú DNA, ktorá kóduje sekvenciu podľa vynálezu obsiahnutú v Zozname sekvencií.

Vo výhodných uskutočneniach bude predmetná nukleová kyselina H. pylorí obsahovať transkripčnú regulačnú sekvenciu, napr. aspoň jeden transkripčný promótor alebo transkripčný zosilňovač, operatívne spojený s génovou sekvenciou H. pylorí, napr. na uspôsobenie génovej sekvencie H. pylorí tak, aby bola vhodná na expresiu v rekombinantnej hostiteľskej bunke.

V ešte ďalšom výhodnom uskutočnení nukleová kyselina, ktorá kóduje poiypeptid H. pylorí podľa vynálezu, hybridizuje v prísnych podmienkach so sondou z nukleovej kyseliny, ktorá zodpovedá aspoň 8 po sebe nasledujúcim nukleotidom podľa vynálezu, ktoré sú obsiahnuté v Zozname sekvencií; výhodnejšie aspoň 12 po sebe nasledujúcim nukleotidom podľa vynálezu, ktoré sú obsiahnuté v Zozname sekvencií; výhodnejšie aspoň 20 po sebe nasledujúcim nukleotidom podľa vynálezu, ktoré sú obsiahnuté v Zozname sekvencií; výhodnejšie aspoň 40 po sebe nasledujúcim nukleotidom podľa vynálezu, ktoré sú obsiahnuté v Zozname sekvencií.

Vo výhodnom uskutočnení nukleová kyselina kóduje peptid, ktorý sa líši aspoň jedným aminokyselinovým zvyškom od sekvencií podľa vynálezu, ktoré sú obsiahnuté v Zozname sekvencií.

Vo výhodnom uskutočnení sa nukleová kyselina líši aspoň jedným nukleotidom od nukleotidových sekvencií podľa vynálezu, ktoré sú obsiahnuté v Zozname sekvencií.

V inom aspekte vynález zahŕňa: vektor obsahujúci nukleovú kyselinu, ktorá kóduje poiypeptid H. pylorí alebo variant polypeptidu H. pylorí ako je tu popísané; hostiteľskú bunku transfikovanú vektorom; a spôsob tvorby rekombinantného polypeptidu H. pylorí alebo variantu polypeptidu H. pylorí·, vrátane kultivácie buky, napr. v bunkovom kultivačnom médiu, a izolovania H. pylorí alebo variantu polypeptidu H. pylorí napr. z bunky alebo z bunkového kultivačného média.

V inom aspekte sa vynález týka purifikovanej rekombinantnej nukleovej kyseliny, ktorá má aspoň 50 %, 60 %, 70 %, 80 %, 90 %, 95 %, 98 % alebo 99 % homológiu so sekvenciou podľa vynálezu obsiahnutou v Zozname sekvencií.

Vynález tiež poskytuje sondu alebo primér, ktorý zahŕňa v podstate purifikovaný oligonukleotid. Oligonukleotid zahŕňa oblasť nukleotidovej sekvencie, ktorá hybridizuje v prísnych podmienkach s aspoň 8 po sebe nasledujúcimi nukleotidmi sense alebo antisense sekvencie podľa vynálezu, ktorá je obsiahnutá v Zozname sekvencií, alebo ich prirodzene sa vyskytujúcimi mutantami. Vo výhodných uskutočneniach sonda alebo primér ďalej obsahuje pripojenú označovaciu skupinu. Označovacou skupinou môže byť napr. rádioizotop, fluorescenčná zlúčenina, enzým a/a(ebo enzýmový kofaktor. Výhodne je oligonukleotid dlhý aspoň 8 a menej ako 10, 20, 30, 50, 100 alebo 150 nukleotidov.

Vynález tiež poskytuje izolovaný polypeptid H. pylorí, ktorý je kódovaný nukleovou kyselinou, ktorá hybridizuje v prísnych podmienkach s nukleovou kyselinou obsiahnutou v Zozname sekvencií.

Vynález ďalej poskytuje nukleové kyseliny, napr. RNA alebo DNA, kódujúce polypeptid podľa vynálezu. Tieto zahŕňajú dvojvláknové nukleové kyseliny ako aj kódujúce a antisense jednotlivé vlákna.

Kmeň H. pylorí, z ktorého bola sekvenovaná genomická sekvencia, bol uložený v American Type Culture Collection (ATCC č. 55679; uložený prostredníctvom Genome Therapeutics Corporation, 100 Beaver Street, Waltham, MA 02154) ako kmeň HP-J99.

Vo vynáleze sú zahrnuté; alelické variácie; prirodzené mutanty; indukované mutanty; proteíny kódované DNA, ktorá hybridizuje vo veľmi alebo málo prísnych podmienkach s nukleovou kyselinou, ktorá kóduje polypeptid podľa vynálezu obsiahnutý v Zozname sekvencií (definícia veľmi a málo prísnych podmienok je uvedená v Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, New York, 1989, 6.3.1-6.3.6 a 6.4.1-6.4.10, tu uvedená ako citácia); a polypeptidy, ktoré sú špecificky viazané antisérami k polypeptidom H. pylorí, hlavne antisérami k aktívnym miestam alebo väzobným doménam polypeptidu H. pylorí. Vynález tiež zahŕňa fragmenty, výhodne biologicky aktívne fragmenty. Tieto a ďalšie polypeptidy sú tu tiež označované ako analógy alebo varianty polypeptidu H. pylori.

V tabuľke 1 sú uvedené možné funkcie, ktoré boli určené pre niekoľko polypeptidov H. pylori podľa vynálezu.

Ďalej predložený vynález zahŕňa polypeptidy H. pylori charakterizované ako je uvedené v nižšie uvedenej tabuľke 1 vrátane; proteínov bunkového obalu H. pylori, sekrečných proteínov H. pylori, cytoplazmatických proteínov H. pylori a bunkových proteínov H. pylori. Členy týchto skupín boli identifikované vyhľadávaniami homológie BLAST a prostredníctvom vyhľadávania sekrečného signálu alebo transmembránových proteínových motívov. Polypeptidy príbuzné významnou homoiógiou polypeptidom v tabuľke 1 sú tiež považované za klasifikované rovnakým spôsobom ako homológy uvedené v tabuľke 1.

Tabuľka 1

	NT sekv. č. [PCT]	AK sekv. č. [PCT]
A. BUNKOVÝ OBAL
A.1 Spojené s bičíkmi
hp 1 p13939_24322162_f3_17	63	160
A.2 Vonkajšia membrána
A.2.1 Koncový Phe zvyšok
02ge10116_23462_f2_43	7	104
02ge10116_804550_f2_44	8	105
02ge41622_14875000_c2_65	9	106
01cp20708_214843_c2_49	13	110
01cp20708_4960952_c1_43	14	111
06ae11016_4729625_c3_68	23	120
06ep10615_49068_c2_87	24	121
06gp71906_35158328_f3_85	27	124

06gp71906_3941642_f2_70	28	125
13ae10610_156411_c3_33	50	147
13ae10610_6522827_c3_37	51	148
hp4e53394_11798952_c2_101	61	158
06ge20501_4298568_c3_53	79	176
11ae12004_3367666_c2_41	80	177
hp7e10433_5345837_c3_13	84	181
14ce61516_24609816_f2_9	85	182
11ap20714_2077_c3_103	91	188
02cp10615_21908138_f1_4	94	191
A.2.2 Žiadny koncový Phe zvyšok
07gp11909_26460892_f2_6	5	102
A.2.3 Phe a Tyr klaster na Ckonci
02ge41622_34176513_c1_50	11	108
06gp71906_20486556_f2_65	26	123
hp7e10520_14728137_f1_1	36	133
02ae31010_417818_f3_29	42	139
13ae10610_26855313_f3_15	52	149
A.2.4 Cez homológiu
hp5p15212_13729635_c3_35	22	119
07ee11402_1046877_c3_100	29	126
14ee41924_1046877_c3_104	30	127
hp1p13939_21641016_f1_1	65	162
hp4p62853_4766691_f3_23	66	163
A.3 Vnútorná membrána
A.3.1 Proteíny zúčastňujúce sa na transporte

06cp30603_664083_c1_94	48	145
09cp10713_36359687_c1_119	49	146
04ep41903_16667055_c1_37	17	114
04ep41903_19689182_c1_43	18	115
14ce31519_24650009_c1_17	19	116
09ce10413_26734687_f3_23	43	140
hp6p10904_6726062_f3_13	44	141
A.3.2 Iné proteíny vnútornej membrány
02ae31010_16679640_f2_21	38	135
07ee50709_16679640_f3_60	39	136
A.4 Iné proteíny bunkového obalu
01ce61016_1056562_c3_123	1	98
09cp61003_16619192_c2_83	2	99
02ge10116_15632000_c2_114	6	103
04ae61517_12345837J2_4	34	131
04ae61517_21744091_f3_5	35	132
hp4e13394_26750068_c3_113	60	157
hp5p15575_1053590_c1_35	69	166
hp7e10433_5345837_c2_8	83	180
B. CYTOPLAZMATICKÉ PROTEÍNY
B.1. Proteíny zúčastňujúce sa na translácii mRNA
hp3e10946_32609412_f3_4	57	154
hp3e10946_34175837_f3_3	58	155
B.2 Proteíny zúčastňujúce sa na genómovej replikácii, transkripcii, rekombinácii a oprave

14ce-61516_12600937_f2_11	86	183
14cp11908_25402267_c3_104	87	184
B.3 Iné cytoplazmatické proteíny
05ce10910_23712780_c1_4	88	185
hp7e10192_23712780_f2_5	89	186
11 ap20714_34663910_f3_29	92	189
hp8e10065_4962812_f2__18	93	190
C. VYLUČOVANÉ PROTEÍNY
01ce61016_23593955_c3_140	3	100
09cp61003_23593955_c1_79	4	101
02ge41622_20730462_f1_19	10	107
01cp20708_10628177_c2_50	12	109
05ae30220_24415693_c3_175	20	117
06gp10409_4015687_f2_11	25	122
hp2e10911_10213593_c1_73	31	128
hp2e10911_35567005_c2_88	32	129
09ze10333_1457137_f3_11	45	142
06cp30603_10744075_c3_136	46	143
12ae10622_30273255_f1_13	53	150
05ce10208_4707035_c2_17	64	161
06ep30223_176437_c2_134	67	164
hp5p15575_26016387_f2_16	70	167
hp6p12244_4881375_c3_97	77	174
06ce20610_34647187_c2_33	78	175
hp7e10433_36339535_f3_3	81	178
hp7e10433_36339535_f3_3	82	179
hp7e10420_24391078_f1_3	90	187
02ce71018_35720091_c3_4	95	192

hp6e10363_30517031_f3_3	97	194
D. INÉ BUNKOVÉ PROTEÍNY
01ae11010_26437877_c2_52	15	112
hp4p33322_5891077_c2_45	16	113
hp3p21118_54628_c3_3	21	118
02ae31010_1064125_f1_11	33	130
hp2e10911_15680337_c3_105	37	134
hp2e10911_24804577_c3_104	40	137
hp2e10911_32234750_c1_68	41	138
06cp30603_26070252_c3_140	47	144
03ae10804_235286_f3_19	54	151
09ge11604_4804692_c1_8	55	152
hp2p10610_21987687_c2_5	56	153
hp4e13394_26182793_f2_45	59	156
hp4e53394_2082126_c2_102	62	159
06ep30223_25402187_c1_112	68	165
hp6e10491_12712706_f3_12	71	168
hp6p12129_12542880_c3_29	72	169
hp6p12129_17067265_c3_29	73	170
hp6p12129_214055_f1_2	74	171
hp6p12129_214055_f3_17	75	172
hp6p12244_33492712_c3_88	76	173
hp1 e13054_22360653_f2_4	96	193

V tabuľke 1 „NT“ znamená identifikačné číslo nukleotidovej sekvoncie a „AK znamená identifikačné číslo aminokyselinovej sekvencie.

Definície

Výrazy „purifikovaný polypeptid“ a „izolovaný polypeptid“ a „v podstate čistý prípravok polypeptidu“ sú tu používané zameniteľné, a znamenajú bez iných proteínov, lipidov a nukleových kyselín, s ktorými sa prirodzene vyskytujú. Výhodne sú tiež polypeptidy oddelené od látok, napr. protilátok alebo gélovej matrix, napr. polyakrylamidu, ktoré sú použité na ich purifikáciu. Výhodne polypeptidy predstavujú aspoň 10, 20, 50, 70, 80 alebo 95 % suchej hmotnosti purifikovaného prípravku. Výhodne prípravok obsahuje: dostatočný polypeptid na umožnenie sekvenovania proteínu; aspoň 1, 10, alebo 100 pg polypeptidu; aspoň 1,10 alebo 100 mg polypeptidu. Navyše termíny „purifikovaný polypeptid a „izolovaný polypeptid“ a „v podstate čistý prípravok polypeptidu“ tak, ako sú použité tu, sa vzťahujú tak k polypeptidu získanému z prirodzene ako aj k polypeptidu produkovanému rekombinantnými DNA technikami, ako je tu popísané.

Napríklad „izolovaný alebo „purifikovaný“ proteín alebo jeho biologicky aktívna časť je v podstate bez bunkového materiálu alebo iných kontaminujúcich proteínov z bunkového alebo tkanivového zdroja, z ktorého je proteín H. pylori odvodený, alebo v podstate bez chemických prekurzorov alebo iných chemikálií, ak je chemicky syntetizovaný. Výraz „v podstate bez bunkového materiálu“ zahŕňa prípravky proteínu H. pylori, v ktorých je proteín oddelený od bunkových komponentov z buniek, z ktorých je izolovaný alebo rekombinantne produkovaný. V jednom uskutočnení výraz „v podstate bez bunkového materiálu“ zahŕňa prípravky proteínu H. pylori, ktoré majú menej ako približne 30 % (suchej hmotnosti) iného proteínu ako H. pylori (tu tiež označovaný ako „kontaminujúci proteín), výhodnejšie menej ako približne 20 % iného proteínu ako H. pylori, ešte výhodnejšie menej ako približne 10 % iného proteínu ako H. pylori a najvýhodnejšie menej ako približne 5 % iného proteínu ako H. pylori. Ak je proteín H. pylori alebo jeho biologicky aktívna časť produkovaný rekombinantne, je tiež výhodne v podstate bez kultivačného média, to znamená, že kultivačné médium predstavuje menej ako približne 20 %, výhodnejšie menej ako približne 10 % a najvýhodnejšie menej ako približne 5 % objemu proteínového prípravku.

Výraz „v podstate bez chemických prekurzorov alebo iných chemikálií zahŕňa prípravky proteínu H. pylorí, v ktorých je proteín oddelený od chemických prekurzorov alebo iných chemikálií, ktoré sú zahrnuté v syntéze proteínu. V tomto uskutočnení výraz „v podstate bez chemických prekurzorov alebo iných chemikálií“ zahŕňajú prípravky proteínu H. pylorí, ktorý má menej ako približne 30 % (suchej hmotnosti) chemických prekurzorov alebo iných chemikálií ako H. pylorí, výhodnejšie menej ako približne 20 % chemických prekurzorov alebo iných chemikálií ako H. pylorí, ešte výhodnejšie menej ako približne 10% chemických prekurzorov alebo iných chemikálií ako H. pylorí, a najvýhodnejšie menej ako približne 5 % chemických prekurzorov alebo iných chemikálií ako H. pylorí.

Purifikovaný bunkový prípravok znamená v prípade rastlinných alebo živočíšnych buniek in vitro bunkový prípravok a nie celú rastlinu alebo živočícha. V prípade kultivovaných buniek alebo mikrobiálnych buniek pozostáva z prípravku s aspoň 10 % a výhodnejšie 50 % predmetných buniek.

Purifikovaná alebo izolovaná alebo v podstate čistá nukleová kyselina, to znamená v podstate čistá DNA (termíny sú tu používané zameniteľné), je nukleová kyselina s jednou alebo oboma nasledujúcimi vlastnosťami: nie je priamo napojená na obe kódujúce sekvencie, na ktoré je priamo napojená (to znamená na jednu na 5’ konci a na jednu na 3' konci) v prirodzene sa vyskytujúcom genóme organizmu, z ktorého je nukleová kyselina odvodená; alebo ktorá je v podstate bez nukleovej kyseliny, s ktorou sa vyskytuje v organizme, z ktorého bola nukleová kyselina odvodená. Termín zahŕňa napríklad rekombinantnú DNA, ktorá je začlenená do vektora, napr. do autonómne sa replikujúceho plazmidu alebo vírusu, alebo do genomickej DNA prokaryota alebo eukaryota, alebo ktorá existuje ako oddelená molekula (napr. cDNA alebo fragment genomickej DNA vyrobený prostredníctvom PCR alebo ošetrením reštrikčnou endonukleázou) nezávisle od iných DNA sekvencii. V podstate čistá DNA tiež zahŕňa rekombinantnú DNA, ktorá je časťou hybridného génu kódujúceho ďalšiu sekvenciu DNA H. pylorí.

„Kontig“ ako je tu použitý, je nukleová kyselina, ktorá predstavuje kontinuálny rozsah genomickej sekvencie organizmu.

„Otvorený čítací rámec“, tu označovaný tiež ako ORF, je oblasť nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid. Táto oblasť môže predstavovať časť kódujúcej sekvencie alebo celú sekvenciu a môže byť určená od stop do stop kodónu alebo od štartovacieho do stop kodónu.

„Kódujúca sekvencia, tak ako je použitá tu, predstavuje nukleovú kyselinu, ktorá je transkribovaná do mediátorovej RNA a/alebo translatovaná do polypeptidu, keď sa umiestni pod kontrolu vhodných regulačných sekvencií. Hranice kódujúcej sekvencie sú určené translačným štartovacím kodónom na 5' konci a translačným stop kodónom na 3' konci. Kódujúca sekvencia môže zahŕňať, ale nie je obmedzená na mediátorovú RNA, syntetickú DNA a rekombinantné sekvencie nukleových kyselín.

„Doplnok“ nukleovej kyseliny tak, ako je použitý tu, znamená antiparalelnú alebo antisense sekvenciu, ktorá zodpovedá Watson-Crick bázovému párovaniu s originálnou sekvenciou.

„Génový produkt“ je proteín alebo štruktúrna RNA, ktoré sú špecificky kódované génom.

Výraz „sonda“ tak, ako je použitý tu, znamená nukleovú kyselinu, peptid alebo inú chemickú entitu, ktorá sa špecificky viaže k cieľovej molekule. Sondy sú často spojené alebo schopné spojiť sa so značkou. Značka je chemická časť, ktorú je možné detegovať. Typické značky zahŕňajú farbivá, rádioizotopy, luminiscenčné a chemiluminiscenčné časti, fluorofóry, enzýmy, precipitačné činidlá, amplifikačné sekvencie a podobne. Podobne nukleové kyseliny, peptidy alebo iné chemické entity, ktoré sa špecificky viažu cieľovú molekulu a imobilizujú takúto molekulu, sú tu označované ako „zachytávači ligand“. Zachytávacie ligandy sú typicky spojené alebo sú schopné spojiť sa s podkladom ako napríklad s nitrocelulózou, sklom, nylonovými membránami, guličkami, časticami a podobne. Špecifickosť hybridizácie je závislá na podmienkach, ako napríklad na zložení bázových párov nukleotidov, a teplote a koncentrácii solí v reakčnej zmesi. Tieto podmienky odborník v oblasti bežne určí rutinnými experimentmi.

Homológia znamená sekvenčnú podobnosť alebo sekvenčnú zhodnosť medzi dvoma polypeptidmi alebo medzi dvoma molekulami nukleových kyselín. Ak je v určitej polohe v oboch z dvoch porovnávaných sekvencií umiestnená rovnaká bázová alebo aminokyselinová monomérna podjednotka, napr. ak je v určitej polohe každej z dvoch DNA molekúl umiestnený adenín, potom je molekula v tejto polohe homologická. Percento homológie medzi dvoma sekvenciami je funkciou počtu zhodných alebo homologických polôh zdieraných dvoma sekvenciami vydelené počtom porovnávaných polôh x 100. Napríklad ak 6 z 10 polôh v dvoch sekvenciách je zhodných alebo homologických, potom dve sekvencie sú na 60 % homologické. Napríklad DNA sekvencie ATTGCC a TATGGC zdieľajú 50 % homológiu. Vo všeobecnosti sa porovnávanie uskutočňuje, keď sú dve sekvencie zoradené tak, aby vykazovali maximálnu homológiu.

Nukleové kyseliny sú schopné vzájomnej hybridizácie, keď aspoň jedno vlákno nukleovej kyseliny môže anelovať na inú nukleovú kyselinu v definovaných prísnych podmienkach. Prísnosť hybridizácie je určovaná; (a) teplotou, pri ktorej sa uskutočňuje hybridizácia a/aiebo premývanie; a b) iónovou silou a polaritou hybridizačných a premývacích roztokov. Hybridizácia vyžaduje, aby dve nukleové kyseliny obsahovali komplementárne sekvencie; avšak v závislosti na prísnosti hybridizácie môžu byť niektoré nezhody tolerované. Typicky hybridizácia dvoch sekvencií pri vysokej prísnosti (napríklad v roztoku 0,5 x SSC pri 65 °C) vyžaduje, aby sekvencie boli v podstate úplne homologické. V podmienkach strednej prísnosti (ako napríklad 2 x SSC pri 65 °C) a nízkej prísnosti (ako napríklad 2 x SSC pri 55 °C) je požadovaná zodpovedajúco nižšia celková komplementarita medzi hybridizujúcimi sekvenciami. (1 x SSC je 0,15 M NaCI, 0,015 M Na citrát). Výhodným, neobmedzujúcim príkladom prísnych hybridizačných podmienok je hybridizácia v 6 x chlorid sodný/citrát sodný (SSC) pri približne 45 °C, s následným jedným alebo viacerými premývaniami v 0,2 x SSC, 0,1 % SDS pri 50 až 65 °C.

Výrazy peptidy, proteíny a polypeplidy sú tu používané zameniteľné.

Výraz „povrchový proteín“ tak, ako je tu použitý, znamená všetky povrchovo prístupné proteíny, napr. proteíny vnútornej a vonkajšej membrány, proteíny adherujúce na bunkovú stenu a sekrečné proteíny.

Polype /tid má biologickú aktivitu H. pylori, ak má jednu, dve alebo výhodne viacero z nasledujúcich vlastnosti: (1) ak keď je exprimovaný v prípade infekcie H. pylori, môže zabezpečovať alebo sprostredkovať pripojenie H. pylori na bunku; (2) má enzymatickú aktivitu, štruktúrnu alebo regulačnú funkciu charakteristickú pre proteín H. pylori·, (3) gén, ktorý ho kóduje, môže vyliečiť letálnu mutáciu v géne H. pylori·, (4) alebo je imunogénny v subjekte. Polypeptid má biologickú aktivitu, ak je antagonistom, agonistom alebo super agonistom polypeptidu majúceho jednu z vyššie uvedených vlastností.

Biologicky aktívny fragment alebo analóg má in vivo alebo in vitro aktivitu, ktorá je charakteristická pre polypeptidy H. pylori podľa vynálezu obsiahnuté v Zozname sekvencií alebo iné prirodzene sa vyskytujúce polypeptidy H. pylori, napr. jednu alebo viacero tu popísaných biologických aktivít. Výhodné sú najmä fragmenty, ktoré existujú in vivo, napr. fragmenty, ktoré vznikajú z posttranskripčného spracovania, alebo ktoré vznikajú transláciou alternatívne zostrihanej RNA. Fragmenty zahŕňajú tie, ktoré sú exprimované v prirodzených alebo endogénnych bunkách, ako aj tie, ktoré sú vyrobené v expresných systémoch, napr. CHO bunkách. Pretože proteiny ako napríklad polypeptidy H. pylori často vykazujú rôzne fyziologické vlastnosti a pretože takéto vlastnosti môžu byť prisúdené rôznym častiam molekuly, užitočným fragmentom H. pylori alebo analógom H. pylori je ten, ktorý vykazuje biologickú aktivitu v akomkoľvek biologickom teste na aktivitu H. pylori. Najvýhodnejšie má fragment alebo analóg 10%, výhodne 40%, výhodnejšie 60%, 70%, 80% alebo 90% alebo vyššiu aktivitu H. pylori, v in vivo alebo in vitro testoch.

Analógy sa môžu líšiť od prirodzene sa vyskytujúcich polypeptidov H. pylori v aminokyselinovej sekvencií alebo spôsobom, ktorý nezahŕňa sekvenciu, alebo oboma spôsobmi. Nesekvenčné modifikácie zahŕňajú zmeny v acetylácii, metylácii, fosforylácii, karboxylácii alebo glykozylácii. Výhodné analógy zahŕňajú polypeptidy H. pylori (alebo ich aktívne fragmenty), ktorých sekvencie sa líšia od prirodzene sa vyskytujúcich sekvencií jednou alebo viacerými konzervatívnymi aminokyselinovými substitúciami alebo jednou alebo viacerými nekonzervatívnymi aminokyselinovými substitúciami, deléciami alebo inzerciami, ktoré v podstate nezmenšujú biologickú aktivitu polypeptidu H. pylori. Konzervatívne substitúcie typicky zahŕňajú substitúciu jednej aminokyseliny druhou s podobnými vlastnosťami, napr. substitúcie v rámci nasledujúcich skupín: valín, glycín; glycín, alanín; valín, izoleucín, leucin; kyselina asparágová, kyselina glutámová; asparagín, glutamín; serín, treonín; lyzín, arginín; a fenylalanín, tyrozín. Iné konzervatívne substitúcie môžu byť uskutočnené podľa tabuľky uvedenej nižšie.

Tabuľka 2

Konzervatívne aminokyselinové substitúcie

Za aminokyselinu	Kód	Zámena za ktorúkoľvek z
Alanín	A	D-Ala, Gly, beta-Ala, L-Cys, D-Cys
Arginín	R	D-Arg, Lys, D-Lys, homo-Arg, D-homo-Arg, Met, íle, D-Met, D-lle, Orn, D-Orn
Asparagín	N	D-Asn, Asp, D-Asp, Glu, D-Glu, Gin, D-GIn
Kyselina asparágová	D	D-Asp, D-Asn, Asn, Glu, D-Glu, Gin, D-GIn
Cysteín	C	D-Cys, S-Me-Cys, Met, D-Met, Thr, D-Thr
Glutamín	Q	D-GIn, Asn, D-Asn, Glu, D-Glu, Asp, D-Asp
Kyselina glutámová	E	D-Glu, D-Asp, Asp, Asn, D-Asn, Gin, D-GIn
Glycín	G	Ala, D-Ala, Pro, D-Pro, β-Ala, Acp
Izoleucín	I	D-lle, Val, D-Val, Leu, D-Leu, Met, D-Met
Leucin	L	D-Leu, Val, D-Val, Leu, D-Leu, Met, D-Met
Lyzín	K	D-Lys, Arg, D-Arg, homo-Arg, D-homo-Arg, Met, D-Met, lle, D-lle, Orn, D-Om
Metionín	M	D-Met, S-Me-Cys, lle, D-lle, Leu, D-Leu, Val, DVal
Fenylalanín	F	D-Phe, Tyr, D-Thr, L-Dopa, His, D-His, Trp, DTrp, Trans-3,4, or 5-fenylprolín, cis-3,4, alebo 5-fenylprolín
Prolín	P	D-Pro, L-l-tioazolidín-4-karboxylová kyselina, Dalebo L-1-oxazolidín-4-karboxylová kyselina

Za aminokyselinu	Kód	Zámena za ktorúkoľvek z
Serín	S	D-Ser, Thr, D-Thr, allo-Thr, Met, D-Met, Met(O), D-Met(O), L-Cys, D-Cys
Treonín	T	D-Thr, Ser, D-Ser, allo-Thr, Met, D-Met, Met(O), D-Met(O), Val, D-Val
Tyrozín	Y	D-Tyr, Phe, D-Phe, L-Dopa, His, D-His
Valín	v	D-Val, Leu, D-Leu, lle, D-lle, Met, D-Met

Inými analógmi podfa vynálezu sú tie, ktoré obsahujú modifikácie, ktoré zvyšujú stabilitu peptidu; takéto analógy môžu obsahovať napríklad jednu alebo viacero nepeptidových väzieb (ktoré nahrádzajú peptidové väzby) v peptidovej sekvencií. Zahrnuté sú tiež: analógy, ktoré obsahujú iné zvyšky ako prirodzene sa vyskytujúce L-aminokyseliny, napr., D-aminokyseliny alebo nie prirodzene sa vyskytujúce alebo syntetické aminokyseliny, napr. β alebo γ aminokyseliny; a cyklické analógy.

Výraz „fragment“ tak, ako je použitý tu pre analóg H. pylorí, bude zvyčajne dlhý aspoň približne 20 zvyškov, typickejšie aspoň približne 40 zvyškov, výhodne aspoň približne 60 zvyškov. Fragmenty polypeptidov H. pylorí môžu byť generované spôsobmi známymi odborníkovi v oblasti. Zahrnuté sú tiež polypeptidy H. pylorí obsahujúce zvyšky, ktoré nie sú nevyhnutné pre biologickú aktivitu peptidu, alebo ktoré sú výsledkom alternatívneho zostrihu mRNA alebo výsledkom postupov alternatívneho spracovania proteínu.

„Imunogénny komponent“ tak, ako je použitý tu, je entita, ako napríklad polypeptid, analóg alebo fragment H. pylorí, ktorý je schopný vyvolať humorálnu a/alebo bunkovú imunitnú odpoveď hostiteľského živočícha, buď samostatne, alebo s adjuvans.

„Antigénny komponenť' tak, ako je použitý tu, je entita, ako napríklad polypeptid, analóg alebo fragment H. pylorí, ktorý je schopný viazať sa na špecifickú protilátku s dostatočne vysokou afinitou, a vytvoriť detegovateľný komplex antigén-protilátka.

Výraz „transgén“ tak, ako je použitý tu, znamená nukleovú kyselinu (kódujúcu napr. jeden alebo viacero polypeptidov), ktorá je sčasti alebo celá heterológna, to znamená cudzia, pre transgénneho živočícha alebo bunku, do ktorej je začlenená, ale ktorá je navrhnutá na to, aby bola včlenená, alebo je včlenená do bunkového genómu takým spôsobom, že mení genóm bunky, do ktorej bola včlenená (napr. je včlenená do polohy, ktorá sa odlišuje od polohy prirodzeného génu alebo výsledkom jej včlenenia je zrušenie génu). Transgén môže zahŕňať jednu alebo viacero transkripčných regulačných sekvencií a akúkoľvek inú nukleovú kyselinu, ako napríklad intróny, ktoré môžu byť nevyhnutné pre optimálnu expresiu vybranej nukleovej kyseliny, pričom sú všetky operačne spojené s vybranou nukleovou kyselinou, a môžu zahŕňať zosilňovaciu sekvenciu.

Výraz „transgénna bunka“ tak, ako je použitý tu, znamená bunku obsahujúcu transgén.

„Transgénny živočích“ tak, ako je použitý tu, je akýkoľvek živočích, v ktorom jedna alebo viacero a výhodne v podstate všetky bunky obsahujú transgén. Transgén môže byť do bunky začlenený priamo alebo nepriamo začlenením do bunkového prekurzora spôsobom uvoľnenej genetickej manipulácie, ako napríklad transformáciou kompetentných buniek alebo mikrainjekciou alebo infekciou rekombinantným vírusom. Táto molekula môže byť integrovaná do vnútra chromozómu, alebo môže byť extrachromozomálne sa replikujúcou DNA.

Výraz „protilátka“ tak, ako je použitý tu, je mienený tak, že zahŕňa jej fragmenty, ktoré špecificky reagujú s polypeptidmi H. pylori.

Výraz „bunkovo špecifický promótor tak, ako je použitý tu, znamená DNA sekvenciu, ktorá slúži ako promótor, to znamená, že reguluje expresiu vybranej sekvencie DNA, ktorá je operačne spojená s promótorom, a ktorá ovplyvňuje expresiu vybranej sekvencie DNA v špecifických bunkách alebo tkanive. Výraz tiež pokrýva takzvané „prepúšťajúce promótory, ktoré primárne regulujú expresiu vybranej DNA v jednom tkanive, ale spúšťajú aj expresiu v iných tkanivách.

„Misexpresia“, tak ako je použitá tu, znamená neprirodzený typ spôsobu génovej expresie. Zahŕňa: expresiu v hladinách neprirodzeného typu, tzn. nadalebo podexpresiu; spôsob expresie, ktorý sa líši od prirodzeného typu z hľadiska času alebo štádia, v ktorom sa gén exprimuje, napr. zvýšenie alebo zníženie expresie (v porovnaní s prirodzeným typom) vo vopred určenej vývojovej perióde alebo štádiu; spôsob expresie, ktorý sa líši od prirodzeného typu z hľadiska zníženej expresie (v porovnaní s prirodzeným typom) vo vopred určenom type bunky alebo tkaniva; spôsob expresie, ktorý sa líši od prirodzeného typu z hľadiska zostrihnutej veľkosti, aminokyselinovej sekvencie, posttranzičných modifikácií, alebo biologickej aktivity exprimovaného proteínu; spôsob expresie, ktorý sa líši od prirodzeného typu z hľadiska účinku podnetov prostredia alebo mimobunkových podnetov na expresiu génu, napr. spôsob zvýšenia alebo zníženia expresie (v porovnaní s prirodzeným typom) pri zvýšení alebo znížení sily podnetov.

Výraz „hostiteľské bunky tak, ako je použitý tu, a iné takéto výrazy, označujú mikroorganizmy alebo línie vyšších eukaryotických buniek kultivovaných ako jednobunkové entity, a znamená bunky, ktoré sa môžu stať, alebo ktoré možno použiť ako recipienty rekombinantného vektora alebo inej prenášanej DNA, a zahŕňajú potomka pôvodnej bunky, ktorá bola transfikovaná. Pre odborníka v oblasti je zrejmé, že potomok jedinej rodičovskej bunky nemusí byť nevyhnutne úplne identický v genóme alebo v obsahu celkovej DNA s pôvodným rodičom, v dôsledku náhodnej alebo cielenej mutácie.

Výraz „riadiaca sekvencia tak, ako je použitý tu, znamená nukleovú sekvenciu so sekvenciou báz, ktorá je rozoznávaná hostiteľským organizmom, tak, že ovplyvňuje expresiu kódujúcej sekvencie, s ktorou je ligovaná. Povaha takejto riadiacej sekvencie sa líši v závislosti od hostiteľského organizmu; v prokaryotoch takáto riadiaca sekvencia vo všeobecnosti zahŕňa promótor, ribozóm viažuce miesto, terminátory, a v niektorých prípadoch zosilňovače. Výraz riadiaca sekvencia je mienený tak, že zahŕňa minimálne všetky komponenty, ktorých prítomnosť je nevyhnutná pre expresiu, a môže tiež zahŕňať ďalšie komponenty, ktorých prítomnosť je výhodná, napr. vedúce sekvencie.

Výraz „operačne spojený tak, ako je použitý tu, znamená spojenie alebo zligovanie sekvencii tak, aby fungovali zamýšľaným spôsobom. Napríklad riadiaca sekvencia je operačne spojená s kódujúcou sekvenciou takým spôsobom, aby sa dosiahla expresia kódujúcej sekvencie v podmienkach kompatibilných s riadiacou sekvenciou a hostiteľskou bunkou.

„Metabolizmus látky tak, ako je použitý tu, znamená akýkoľvek aspekt expresie, funkcie, činnosti alebo regulácie látky. Metabolizmus látky zahŕňa modifikácie, napr. kovalentné alebo nekovalentné modifikácie látky. Metabolizmus látky zahŕňa modifikácie, napr. kovalentné alebo nekovalentné modifikácie, ktoré látka indukuje v iných látkach. Metabolizmus látky tiež zahŕňa zmeny v distribúcii látky. Metabolizmus látky tiež zahŕňa zmeny, ktoré látka indukuje v distribúcii iných látok.

Výraz „vzorka tak, ako je použitý tu, znamená biologickú vzorku, ako napríklad tkanivo alebo tekutinu izolovanú z jedinca (vrátane, bez obmedzenia, plazmy, séra, cerebrospináinej tekutiny, lymfy, sĺz, slín a tkanivových sekcií) alebo z in vitro bunkových kultúr, ako aj zo vzoriek z prostredia.

Uskutočňovanie podľa vynálezu bude používať, ak nebude uvedené inak, bežné techniky chémie, molekulárnej biológie, mikrobiológie, rekombinantných DNA, a imunológie, ktoré sú známe z doterajšieho stavu techniky. Takéto techniky sú úplne vysvetlené v literatúre. Pozri napr. Sambrook, Fritsch, a Maniatis, Molecular Cloning; Laboratory Manual 2. vyd. (1989); DNA Cloning, Zväzok I a II (D. N Glover vyd. 1985); Oligonucleotide Synthesis (M. J. Gait vyd, 1984); Nucleic Acid Hybridization (B. D. Hames & S. J. Higgins vyd. 1984); série, Methods in Enzymology (Academic Press, Inc.), hlavne Zv. 154 a Zv. 155 (Wu a Grossman, vyd.) a PCR-A Practical Approach (McPherson, Quirke, a Taylor, vyd., 1991).

I. Izolácia nukleových kyselín z H. pylorí a ich použitie

Genomická sekvencia H. pylorí

Tento vynález poskytuje nukleotidové sekvencie genómu H. pylorí, a tak zahŕňa DNA sekvenčnú knižnicu genomickej DNA H. pylorí. Podrobný popis, ktorý nasleduje, poskytuje nukleotidovú sekvenciu H. pylorí a tiež popisuje, ako bola táto sekvencia získaná a ako boli identifikované ORF a protein kódujúce sekvencie. Tiež sú popísané spôsoby použitia nárokovaných H. pylorí sekvencií, pričom sú v nich zahrnuté diagnostické a terapeutické aplikácie. Knižnicu možno navyše použiť ako databázu na identifikáciu a porovnávanie medicínsky dôležitých sekvencií v tomto a iných kmeňoch H. pylorí.

Na určenie genomickej sekvencie H. pylorí bola izolovaná DNA z kmeňa H. pylorí (ATCC č. 55679; uložený prostredníctvom Genome Therapeutics Corporation, 100 Beaver Street, Waitham, MA 02154) a mechanicky postrihaná nebulizáciou na strednú veľkosť 2 kb. Po rozdelení do veľkostných frakcií gélovou elektroforézou boli fragmenty zatupené, boli naligované adaptorové nukleotidy a fragmenty boli klonované do každého z 20 rôznych pMPX vektorov (Rice et al., abstracts of Meeting of Genome Mapping and Sequencing, Cold Spring Harbor, NY, 5/11-5/15, 1994, str. 225), čím sa skonštruovala séria „shotgun“ subklonových knižníc.

DNA sekvenovanie bolo dosiahnuté použitím multiplexných sekvenčných postupov, v podstate tak, ako je popísané v Church et al., 1988, Science 240:185: U.S. Patent č. 4 942 124 a 5 149 625). DNA bola extrahovaná zo zozbieraných kultúr a bola chemicky alebo enzymaticky sekvenovaná. Sekvenačné reakčné zmesi boli znovu rozpustené elektroforézou a produkty boli prenesené a kovalentne naviazané na nylonové membrány. Nakoniec sa membrány postupne hybridizovali so sériami značených oligonukleotidov komplementárnych k „príveskovým“ sekvenciám, ktoré boli v rôznych shotgun klonovacích vektoroch. Týmto spôsobom sa mohlo získať veľké množstvo sekvencií z jedného súboru sekvenčných reakčných zmesí. Klonovacie a sekvenčné postupy sú popísané podrobnejšie v príkladoch.

Jednotlivé sekvenčné záznamy získané týmto spôsobom boli zostavené použitím programu FALCON™ (Church et al., 1994, Automated DNA Sequencing and Analysis, J. C. Venter, vyd., Academic Press) a PHRAP (P. Green, Abstracts of DOE Human Genome Program Contractor-Grantee Workshop V, jan. 1996, str. 157). Priemerná dĺžka kontigu bola približne 3 až 4 kb.

Na získanie kontigov obsahujúcich kontinuálnu sekvenciu reprezentujúcu celý genóm H. pylori boli použité rôzne prístupy. Syntetické oligonukleotidy sú navrhnuté tak, aby boli komplementárne k sekvenciám na konci každého kontigu. Na identifikáciu klonov, ktoré obsahujú spojovacie oblasti medzi jednotlivými kontigmi, môžu byť tieto oligonuklotidy hybridizované s knižnicou genomickej DNA H. pylori, napríklad v lambda fágových vektoroch alebo v plazmidových vektoroch. Takéto klony sú potom použité na izoláciu tempiátovej DNA a rovnaké oligonukleotidy sú potom použité ako priméry v polymerázovej reťazovej reakcii (PCR) na amplifikáciu spojovacích fragmentov, a potom je určovaná nukleotidová sekvencia týchto fragmentov.

Sekvencie H. pylori boli analyzované na prítomnosť otvorených čítacích rámcov (ORF) obsahujúcich aspoň 180 nukleotidov. Treba tomu rozumieť tak, že výsledok analýzy ORF založenej na stop-stop kodónových čítaniach nemusí zodpovedať ORF prirodzene sa vyskytujúceho polypeptidu H. pylori. Tieto ORF môžu obsahovať štartovacie kodóny, ktoré označujú iniciáciu proteínovej syntézy prirodzene sa vyskytujúceho polypeptidu H. pylori. Takýto štartovací kodón vo vnútri tu poskytnutého ORF môže byť identifikovaný priemerným odborníkom v relevantnej oblasti a výsledný ORF a kódovaný polypeptid H. pylori spadá do rozsahu tohto vynálezu. Napríklad, vo vnútri ORF môžu byť identifikované kodóny AUG alebo GUG (kódujúce metionín alebo valín), ktoré sú časťou iniciačného signálu pre syntézu proteínu, a ORF môže byť modifikovaný na zodpovedajúci prirodzene sa vyskytujúci polypeptid H. pylori. Predpokladané kódujúce oblasti boli definované zhodnotením kódujúceho potenciálu takýchto sekvencií programom GENEMARK™ (Borodovsky a Mclninch, 1993, Comp. Chem. 17:123).

Iné nukleové kyseliny H. pylori

Nukleové kyseliny podľa tohto vynálezu môžu byť získané priamo z DNA vyššie uvedeného kmeňa H. pylori použitím polymerázovej reťazovej reakcie (PCR). Pozri „PCR, A Practícal Approach“ (McPherson, Quirke, a Taylor, vyd., IRL Press, Oxford, UK, 1991), kde je podrobnejšie popísaná PCR. PCR s vysokou presnosťou môže byť použitá na zaistenie totožnosti kópie DNA pred expresiou. Navyše, autenticita amplifikovaných produktov môže byť kontrolovaná bežnými sekvenčnými metódami. Klony nesúce želateľné sekvencie popísané v tomto vynáleze môžu byť tiež získané prehľadávaním knižníc prostredníctvom PCR alebo hybridizáciou syntetických oligonukleotidových sond na filtrové lifty knižnicových kolónií alebo plakov, ako je známe z doterajšieho stavu techniky (viď. napr. Sambrook et al., Molecular Cloning, A Laboratory Manual 2. vydanie, 1989, Cold Spring Harbor Press, NY).

Podľa tu popísaných protokolov je možné tiež získať nukleové kyseliny kódujúce polypeptidy H. pylori z cDNA knižnice. cDNA kódujúcu polypeptid H. pylori možno získať izoláciou celkovej mRNA z príslušného kmeňa. Z celkovej mRNA môžu byť potom pripravené dvojvláknové cDNA. Následne môžu byť cDNA začlenené do vhodného plazmidového alebo vírusového (napr. bakteriofágového) vektora použitím akejkoľvek z množstva známych techník. Gény kódujúce polypeptidy H. pylori môžu byť tiež klonované použitím zavedených techník poiymerázovej reťazovej reakcie v súlade s nukleotidovou sekvenčnou informáciou podľa vynálezu. Nukleové kyseliny podľa vynálezu môžu byť DNA alebo RNA. Výhodné nukleové kyseliny podľa vynálezu sú uvedené v Zozname sekvencií.

Nukleové kyseliny podľa vynálezu môžu byť tiež chemicky syntetizované použitím štandardných techník. Sú známe rôzne spôsoby chemickej syntézy polydeoxynukleotidov, vrátane syntézy s pevnou fázou, ktorá podobne ako peptidová syntéza je plne automatizovaná v komerčne dostupných DNA syntetizéroch (pozrite napr. Itakura et al· U.S. Patent č. 4 598 049; Caruthers et al· U.S. Patent č. 4 458 066; a itakura U.S. Patenty č. 4 401 796 a 4 373 071, tu zahrnuté ako citácia).

Nukleové kyseliny izolované alebo syntetizované podľa znakov predloženého vynálezu sú užitočné napríklad bez obmedzenia ako sondy, priméry, zachytávacie ligandy, antisense gény a na vývoj expresných systémov na syntézy proteínov a peptidov zodpovedajúcich týmto sekvenciám. Ako sondy, priméry, zachytávacie ligandy a antisense činidlá nukleové kyseliny normálne pozostávajú zo všetkých alebo z časti (približne dvadsiatich alebo viacerých nukleotidov na zabezpečenie špecifickosti ako aj pre schopnosti vytvárať stabilné hybridizačné produkty) nukleových kyselín podľa vynálezu, ktoré sú obsiahnuté v Zozname sekvencií. Tieto použitia sú popísané podrobnejšie nižšie.

Sondy

Nukleová kyselina izolovaná alebo syntetizovaná v súlade so sekvenciou podľa vynálezu, ktorá je uvedená v Zozname sekvencií, môže byť použitá ako sonda na špecifickú detekciu H. pylori. Informácie o sekvenciách v tejto prihláške identifikujú sekvencie dvadsiatich alebo viacerých nukleotidov, ktoré poskytujú požadovanú inkluzivitu a exkluzivitu vzhľadom na H. pylori a cudzie nukleové kyseliny, ktoré sa môžu vyskytnúť pri hybridizačných podmienkach. Výhodnejšie bude sekvencia obsahovať aspoň dvadsať až tridsať nukleotidov na zaistenie stability hybridizačného produktu vytvoreného medzi sondou a zamýšľanými cieľovými molekulami.

Je ťažké syntetizovať sekvencie dlhšie ako 1000 nukleotidov, ale tieto môžu byť generované technikami rekombinantných DNA. Odborníci v oblasti sa ľahko dovtípia, že nukleové kyseliny na použitie ako sondy, môžu byť vybavené značkou na uľahčenie detekcie hybridizačného produktu.

Nukleová kyselina izolovaná alebo syntetizovaná v súlade so sekvenciou podľa vynálezu, ktorá je uvedená v Zozname sekvencií, môže byť tiež použitá ako sonda na detekciu homologických oblastí (hlavne homologických génov) iných kmeňov Helicobacter použitím vhodných prísnych hybridizačných podmienok, ako je tu popísané.

Zachytávači ligand

Pri použití vo funkcii zachytávacieho ligandu môže byť nukleová kyselina vybraná vyššie popísaným spôsobom pre sondy bežne spojená s podkladom. Spôsob, ktorým je nukleová kyselina spojená s podkladmi, je dobre známy. Nukleová kyselina obsahujúca dvadsať a viac nukleotidov v sekvencií podľa vynálezu, ktorá je obsiahnutá v Zozname sekvencií, môže byť použitá na oddelenie nukleovej kyseliny H. pylori od inej nukleovej kyseliny toho istého a iných organizmov. Nukleová kyselina obsahujúca dvadsať a viac nukleotidov v sekvencii podľa vynálezu, ktorá je obsiahnutá v Zozname sekvencií, môže byť tiež použitá na vzájomné oddelenie druhov Helicobacter a na ich oddelenie od iných organizmov. Výhodne bude sekvencia obsahovať aspoň dvadsať nukleotidov na zaistenie stability hybridizačného produktu vytvoreného medzi sondou a zamýšľanými cieľovými molekulami. Je ťažké syntetizovať sekvencie dlhšie ako 1000 nukleotidov, ale tieto môžu byť generované technikami rekombinantných DNA.

Priméry

Nukleová kyselina izolovaná alebo syntetizovaná v súlade so sekvenciou podľa vynálezu, ktorá je uvedená v Zozname sekvencií, môže byť použitá ako primér na amplifikáciu nukleovej kyseliny H. pylón. Tieto nukleové kyseliny môžu byť tiež použité ako priméry na amplifikáciu nukleových kyselín v iných druhoch Helicobacter. Vzhľadom na techniky polymerázovej reťazovej reakcie (PCR) môže byť nukleová sekvencia obsahujúca 10 až 15 nukleotidov podľa vynálezu, ktorá je obsiahnutá v Zozname sekvencií, použitá spolu s vhodnými enzýmami a reakčnými činidlami na vytváranie kópií nukleovej kyseliny H. pylorí. Výhodnejšie bude sekvencia obsahovať aspoň dvadsať a viac nukleotidov na zaistenie stability hybridizačného produktu vytvoreného medzi primérom a zamýšľanými cieľovými molekulami. Je ťažké kontrolovať väzobné podmienky primárov dlhších ako 100 nukleotidov a dosiahnuť ich použitím špecifickosť. Na zaistenie totožnosti DNA kópie pred expresiou môže byť použitá vysoko presná PCR. Navyše amplifikované produkty môžu byť skontrolované bežnými sekvenačnými metódami.

Kópie môžu byť použité v diagnostických testoch na detekciu špecifických sekvencií vrátane génov z H. pylorí a/alebo iných druhov Helicobacter. Kópie môžu byť tiež začlenené do klonovacích a expresných vektorov na vytváranie poiypeptidov zodpovedajúcich nukleovej kyseline syntetizovanej PCR, ako je tu popísané podrobnejšie.

Antisense

Nukleová kyselina alebo hybridizačné deriváty nukleovej kyseliny izolované alebo syntetizované v súlade s tu popísanou sekvenciou môžu byť použité ako antisense činidlá na zabránenie expresii génov H. pylorí. Tieto sekvencie môžu byť tiež použité ako antisense činidlá na zabránenie expresie génov iných druhov Helicobacter.

V jednom uskutočnení vynálezu sú nukleové kyseliny alebo deriváty zodpovedajúce nukleovým kyselinám H. pylorí naložené do vhodného nosiča, ako napríklad lipozómu alebo bakteriofága, na začlenenie do bakteriálnych buniek. Napríklad nukleová kyselina s dvadsiatimi alebo viacerými nukleotidmi je schopná viazať sa na bakteriálnu nukleovú kyselinu alebo mediátorovú RNA. Výhodne antisense nukleová kyselina obsahuje 20 alebo viac nukleotidov na poskytnutie nevyhnutnej stability hybridizačného produktu neprirodzene sa vyskytujúcej nukleovej kyseliny a bakteriálnej nukleovej kyseliny a/aiebo mediátorovej RNA. Je ťažké syntetizovať sekvencie dlhšie ako 1000 nukleotidov, ale tieto môžu byť generované technikami rekombinantných DNA. Spôsoby nakladania nukleovej kyseliny do lipozómov sú známe z doterajšieho stavu techniky, a príkladom je U.S. Patent 4 241 046 vydaný 23.12.1980 v mene Papahadjopoulos et al.

II. Expresia nukleových kyselín H. pylorí

Nukleová kyselina, ktorá je izolovaná alebo syntetizovaná v súlade s tu popísanými sekvenciami, môže byť použitá na generovanie polypeptidov. Nukleová kyselina podľa vynálezu, ktorej príklady sú uvedené v Zozname sekvencii, alebo fragmenty tejto nukleovej kyseliny, ktoré kódujú aktívne časti polypeptidov H. pylorí, môžu byť klonované do vhodných vektorov alebo použité na izoláciu nukleovej kyseliny. Izolovaná nukleová kyselina je kombinovaná s vhodnými DNA linkermi a klonovaná do vhodného vektora.

Expresiou v bakteriálnom kmeni, v podmienkach, v ktorých môže byť špecificky meraná aktivita génových produktov určovaných testovaným génom alebo operónom, môže byť upresnená funkcia konkrétneho génu alebo operónu. Alternatívne môže byť v expresnom kmeni vytvárané veľké množstvo génového produktu na použitie ako antigén, ako priemyselný reaktant, na štrukturálne štúdie a pod. Táto expresia sa môže uskutočňovať v mutantnom kmeni, v ktorom gén, ktorý má byť testovaný, nie je aktívny, alebo v kmeni, ktorý nevytvára rovnaký génový produkt. To zahŕňa, ale nie je obmedzené na iné kmene Helicobacter, alebo iné bakteriálne kmene, ako napríklad E. coli, Norcardia, Corynebacterium, Campylobacter, a Streptomyces. V niektorých prípadoch hostiteľ expresie bude využívať prirodzený promótor Helicobacter, zatiaľ čo v iných bude nevyhnutné riadiť gén promótorovou sekvenciou odvodenou od exprimujúceho organizmu (napr. E. coli β-galaktozidázový promótor pre expresiu v E. coli).

Na expresiu génového produktu využívajúceho prirodzený promótor H. pylori môže byť použitý napríklad nasledujúci postup. Reštrikčný fragment, ktorý obsahuje študovaný gén, spolu s jeho asociovaným prirodzeným promótorovým elementom a regulačnými sekvenciami (identifikované prostredníctvom údajov o DNA sekvencií), sa klonuje do vhodného rekombinantného plazmidu, ktorý obsahuje počiatok replikácie, ktorý funguje v hostiteľskom organizme, a príslušný selekčný marker. Toto môže byť uskutočnené prostredníctvom množstva spôsobov, ktoré sú známe odborníkovi v oblasti. Najvýhodnejšie je uskutočňovanie štiepením plazmidu a fragmentu, ktorý má byť klonovaný, rovnakou reštrikčnou endonukleázou na vytváranie kompatibilných koncov, ktoré môžu byť ligované, čím sa spoja dva kusy spolu. Rekombinantný plazmid je začlenený do hostiteľského organizmu napríklad prostredníctvom elektroporácie a bunky obsahujúce rekombinantný plazmid sú identifikované selekciou na marker v plazmide. Expresia požadovaného génového produktu sa deteguje použitím testov špecifických pre génový produkt.

V prípade, že vyžaduje odlišný promótor, je telo génu (kódujúca sekvencia) špecificky vystrihnuté a klonované do príslušného expresného plazmidu. Toto subklonovanie sa môže uskutočniť niekoľkými spôsobmi, ale najjednoduchší je prostredníctvom PCT amplifikácie špecifického fragmentu, ktorý sa po ošetrení PCR produktu s reštrikčným enzýmom alebo exonukleázou, čím sa vytvoria vhodné konce na klonovanie, liguje do expresného plazmidu.

Vhodnou hostiteľskou bunkou na expresiu génu môže byť akákoľvek prokaryotická alebo eukaryotická bunka. Napríklad polypeptid H. pylori môže byť exprimovaný v bakteriálnych bunkách ako napríklad v E. coli, hmyzích bunkách (baculovírus), kvasinkách alebo bunkách cicavcov, napríklad v ovariálnych bunkách čínskeho škrečka (CHO). Iné vhodné hostiteľské bunky sú známe odborníkom v oblasti.

Expresia v eukaryotických bunkách, ako napríklad v cicavčích, kvasinkových alebo hmyzích bunkách, môže viesť k čiastočnej alebo kompletnej glykozylácii a/alebo k vytváraniu relevantných medzi- alebo vnútroreťazcových disulfidických väzieb v rekombinantnom peptidovom produkte. Príklady vektorov na expresiu v kvasinke S. cerívisae zahŕňajú pYepSed (Baldari. et al., (1987) Embo J. 6:229234), pMFa (Kurjan a Herskowitz, (1982) Celí 30: 933-943), pJEY88 (Schultz et al., (1987) Gene 54: 113-123) a pYES2 (Invitrogen Corporation, San Diego, CA). Baculovírusové vektory prístupné na expresiu proteínov v kultivovaných hmyzích bunkách (SF 9 bunkách) zahŕňajú sériu pAc (Smith et al., (1983) Mol. Celí Biol. 3:2156-2165) a sériu pVL (Lucklow, V. A., a Summers, M. D., (1989) Virology 170:31-39). Vo všeobecnosti sú bunky COS (Gluzman, Y., (1981) Celí 23:175-182) použité v spojení s takými vektormi ako pCDM 8 (Aruffo, A a Seed, B., (1987) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 84:8573-8577) na krátkodobú amplifikáciu/expresiu v cicavčích bunkách, zatiaľ čo bunky CHO (dhfr Chinese Hamster Ovary) sa používajú s vektormi, ako napríklad pMT2PC (Kaufman et al. (1987), EMBO J. 6:187-195), na stabilnú amplifikáciu/expresiu v cicavčích bunkách. DNA vektor môže byť začlenený do cicavčích buniek prostredníctvom bežných techník, ako napríklad spoluzrážaním s fosforečnanom vápenatým alebo chloridom vápenatým, DEAE-dextrán sprostredkovanou transfekciou alebo elektroporáciou. Vhodné spôsoby transformácie hostiteľských buniek možno nájsť v Sambrook et. al. (Molecuiar Cloninq: A Laboratorv Manual, druhé vydanie, Cold Spring Harbor Laboratory press (1989)), a iných laboratórnych učebniciach.

Expresia v prokaryotoch je najčastejšie uskutočňovaná v E. coli buď s fúzovanými alebo s nefúzovanými indukovateľnými expresnými vektormi. Fúzované vektory zvyčajne pridávajú niekoľko NH₂ koncových aminokyselín na exprimovaný cieľový gén. Tieto NH₂ koncové aminokyseliny sa často označujú ako reportérová skupina. Takéto reportérové skupiny zvyčajne slúžia na dva účely: 1) zvýšenie rozpustnosti cieľového rekombinantného proteínu; a 2) pomáhajú purifikovať cieľový rekombinantný proteín tým, že účinkujú ako ligand v afinitnej purifikácii. Často je do fúzovaných expresných vektorov začlenené protoolytické štiepne miesto do spojenia reportérovej skupiny a cieľového rekombinantného proteínu, čo umožňuje oddelenie cieľového rekombinantného proteínu od reportérovej skupiny následne po purŕfikácii fúzovaného proteínu. Takéto enzýmy a ich príbuzné rozoznávacie sekvencie zahŕňajú Faktor Xa, trombín a enterokinázu. Typické fúzne expresné vektory zahŕňajú pGEX (Amrad Corp., Melbourne, Austrália), pMAL (New England Biolabs, Beverly, MA) a pRIT5 (Pharmacia, Piscataway, NJ), ktoré fúzujú glutatión-S-transferázu, maltózu E viažuci proteín, respektíve proteín A, na cieľový rekombinantný proteín. Výhodnou reportérovou skupinou je poly(His), ktorý môže byť fúzovaný na karboxy koniec proteínu, a ktorý činí rekombinantný fúzny proteín ľahko purifikovateľným kovovou chelátovou chromatografiou.

Indukovateľné nefúzované expresné vektory zahŕňajú pTrc (Amann et al., (1988) Gene 69:301-315) a pET11d (Studier et al., Gene Expression Technology: Methods in Enzvmology 185. Academic Press, San Diego, California (1990) 60-89). Zatiaľ čo v pTrc expresia cieľového génu závisí na transkripcii hostiteľskou RNA polymerázou z hybridného trp-lac fúzovaného promótora, expresia cieľových génov začlenených do pET11d závisí od transkripcie zT7 gn10-lac 0 fúzovaného promótora, ktorá je sprostredkovaná koexprimovanou vírusovou RNA polymerázou (T7 gnl). Táto vírusová polymeráza je dodávaná hostiteľskými kmeňmi BL21(DE3) alebo HMS174(DE3) z v nich žijúceho λ profága, ktorý nesie T7 gnl pod transkrípčnou kontrolou laclIV 5 promótora.

Napríklad hostiteľská bunka transfikovaná vektorom nukleovej kyseliny, ktorý je určený na expresiu nukleovej sekvencie kódujúcej polypeptid H. pylorí, môže byť kultivovaná v príslušných podmienkach, ktoré umožňujú, aby sa mohla uskutočniť expresia polypeptidu. Polypeptid môže byť vylučovaný a izolovaný zo zmesi buniek a média obsahujúceho peptid. Alternatívne môže byť polypeptid držaný v cytoplazme a potom sa bunky zozbierajú, lýzujú a izoluje sa polypeptid. Bunková kultúra zahŕňa hostiteľské bunky, médium a iné vedľajšie produkty. Vhodné médiá pre bunkovú kultúru sú známe zo stavu techniky. Polypeptidy podľa vynálezu môžu byť izolované z bunkového kultivačného média, z hostiteľských buniek, alebo z oboch, použitím techník na purifikáciu proteínov známych zo stavu techniky, vrátane iónovýmennej chromatografie, gólovej filtračnej chromatografie, ultrafiltrácie, elektroforézy a imunoafinitnej purifikácie s protilátkami špecifickými pre takéto polypeptidy. Navyše v mnohých situáciách môžu byť polypeptidy vyrábané chemickými štiepením prirodzeného proteínu (napr. triptickým štiepením) a produkty štiepenia môžu byť potom purifikované štandardnými technikami.

V prípade proteínov viazaných na membrány môžu byť tieto izolované z hostiteľskej bunky tak, že sa uvedie do kontaktu frakcia proteínu asociovaného s membránou a detergent, pričom sa vytvára solubilizovaný komplex, kde proteín asociovaný s membránou už nie je dlhšie začlenený do membránovej frakcie a je rozpustený aspoň v rozsahu, ktorý umožňuje chromatograficky ho izolovať z membránovej frakcie. Niekoľko rôznych kritérií je použitých na výber detergentu, ktorý je vhodný na solubilizáciu týchto komplexov. Napríklad jedna vlastnosť, ktorá je braná do úvahy, je schopnosť detergentu rozpustiť proteín H. pylori vo vnútri membránovej frakcie pri minimálnej denaturácii proteínu asociovaného s membránou, tak, aby bol umožnený návrat k aktivite alebo funkčnosti proteínu asociovaného s membránou pri rekonštitúcii proteínu. Inou vlastnosťou, ktorá je braná do úvahy pri výbere detergentu, je kritická micelárna koncentrácia (CMC) detergentu, pričom vybraný detergent má výhodne vyššiu CMC hodnotu, ktorá umožňuje ľahké odstránenie po rekonštitúcii. Treťou vlastnosťou branou do úvahy pri výbere detergentu je hydrofóbnosť detergentu. Typicky sú proteíny asociované s membránou veľmi hydrofóbne, takže detergenty, ktoré sú tiež hydrofóbne, napr. tritónová séria, by boli použiteľné na rozpustenie hydrofóbnych proteínov. Inou vlastnosťou dôležitou pre detergent môže byť schopnosť detergentu odstrániť proteín H. pylori s minimálnou proteín-proteín interakciou, čo uľahčuje ďalšiu purífikáciu. Ďalšou vlastnosťou detergentu, ktorá by mala byť braná do úvahy je náboj detergentu. Napríklad ak je žiaduce v purifikačnom procese použiť iónové výmenné živice, potom by výhodný detergent nemal mať náboj. Chromatografické techniky, ktoré môžu byť použité v konečnom purifikačnom kroku, sú známe zo stavu techniky a zahŕňajú hydrofóbnu interakciu, lektínovú afinitu, iónovú výmenu, afinitu k farbivám a imunoafinitu.

Jednou stratégiou na maximalizáciu expresie rekombinatného H. pylori peptidu v E. coli je exprimovať proteín v hostiteľskej baktérii s oslabenou schopnosťou proteolyticky štiepiť rekombinantný proteín (Gottesman, S., Gene

Expression Technology: Methods in Enzvmology 185. Academic Press, San Diego, California (1990) 119-128). Inou stratégiou by mohlo byť zmeniť nukleovú kyselinu kódujúcu peptid H. pylori, ktorý má byť začlenený do expresného vektora tak, že jednotlivé kodóny každej aminokyseliny by boli tie, ktoré sú výhodne používané vo vysoko exprimovaných E. coli proteínoch (Wada et al., (1992) Nuc. Acids Res. 20:2111-2118). Takáto zmena nukleových kyselín podľa vynálezu sa môže uskutočniť štandardnými technikami syntézy DNA.

Nukleové kyseliny podľa vynálezu môžu byť tiež chemicky syntetizované použitím štandardných techník. Sú známe rôzne spôsoby chemickej syntézy polydeoxynukleotidov, vrátane syntézy na pevnej fáze, ktorá, podobne ako peptidová syntéza, môže byť plne automatizovaná v komerčne dostupných DNA syntetizéroch (pozrite napr. Itakura et al., U.S. patent č. 4 598 049; Caruthers et al. US patent č. 4 458 066; a Itakura U.S. patent č. 4 401 796 a 4 373 071, ktoré sú tu zahrnuté odkazom).

III. Polypeptidy H. pylori

Tento vynález zahŕňa izolované polypeptidy H. pylori kódované nárokovanými genomickými sekvenciami H. pylori, vrátane polypeptidov podľa vynálezu, ktoré sú obsiahnuté v Zozname sekvencií. Polypeptidy podľa vynálezu majú výhodne dĺžku aspoň 5 aminokyselín. Použitie tu poskytnutej DNA sekvenčnej informácie o aminokyselinových sekvenciách polypeptidov podľa vynálezu môže byť odvodené prostredníctvom spôsobov známych zo stavu techniky. Treba tomu rozumieť tak, že sekvencia celej nukleovej kyseliny kódujúcej polypeptidy H. pylori môže byť izolovaná a identifikovaná na základe ORF, ktorý kóduje len fragment príbuznej, proteín kódujúcej oblasti. To možno dosiahnuť napríklad použitím izolovanej nukleovej kyseliny kódujúcej ORF alebo jej fragmentov, na iniciovanie polymerázovej reťazovej reakcie s genomickou nukleovou kyselinou H. pylori ako templátom; a potom nasleduje sekvenovanie amplifikovaného produktu.

Polypeptidy podľa vynálezu môžu byť izolované z prírodného typu alebo z mutantných buniek H. pylori alebo z heterológnych organizmov alebo buniek (vrátane, ale bez obmedzenia, bakteriálnych, kvasinkových, hmyzích, rastlinných a cicavčích buniek), do ktorých bola začlenená, a v ktorých bola exprimovaná nukleová kyselina H. pylorí. Navyše polypeptidy môžu byť časťou rekombinantných fuzovaných proteínov.

Polypeptidy H. pylorí podľa vynálezu môžu byť chemicky syntetizované použitím komerčne automatizovaných postupov, napríklad tých, ktoré boli uvedené vyššie.

Polypeptidy H. pylorí podľa vynálezu zahŕňajú aj chimérické proteíny a skrátené proteíny podľa popisu.

Chimérické proteíny H. pylorí

Chimérické proteíny H. pylorí obsahujú jeden alebo viacero polypeptidov H. pylorí navzájom fúzovaných. Tieto kombinované sekvencie možno pripraviť kombináciou dvoch alebo viacerých génov, alebo dvoch alebo viacerých sekvencií kódujúcich polypeptidy, alebo aspoň jedného génu a aspoň jednej sekvencie kódujúcej polypeptid v tandeme a následnou expresiou kódovaných proteínov konvenčnými technikami molekulárnej biológie. Spojené nukleotidové sekvencie môžu pozostávať z kombinácie buď nukfeotidových sekvencií H. pylorí v plnej dĺžke alebo z fragmentov takých sekvencií, napr. fragmentov, ktoré obsahujú imunologický relevantné časti kódovaného proteínu H. pylorí. Tieto chimérické proteíny H. pylorí potom obsahujú spojený alebo synergický potenciál vakcíny pre každú jednotlivú proteínovú sekvenciu H. pylorí a možno ich použiť vo vakcínovom prípravku podľa vynálezu.

Expresia skrátených génov a produkcia proteínov

Proteíny H. pylorí kódované danou sekvenciou nukleotidov možno použiť aj v biologicky aktívnej skrátenej forme. Také skrátenie možno dosiahnuť napríklad elimináciou oblastí 5' a/alebo 3' kódujúcej sekvencie nukleotidov. Tieto skrátenia môžu ovplyvniť rekombinantnú expresiu kódovaného proteínu a/alebo následné čistenie proteínu. Napríklad skrátenie nukleotidovej sekvencie kódujúcej predikovanú exportnú sekvenciu špecifického proteínu môže zmeniť expresiu proteínu. Alternatívne môže skrátenie C-konca polypeptid u H. pylori elimináciou 3’ konca oblasti kódovania nukleovej kyseliny tiež zlepšiť expresiu proteínu a následné čistenie a používanie, ako to naznačuje nižšie uvedený príklad VIII. Delécia oblastí nukleovej kyseliny kódujúcich interný proteín H. pylori môže tiež mať za následok zlepšenú expresiu, čistenie a/alebo účinnosť proteínu ako kandidáta na vakcínu.

IV. Identifikovanie nukleových kyselín, ktoré kódujú vakcínové komponenty a ciele pre činidlá účinné proti H. pylori

Nárokovaná genomická sekvencia H. pylori zahŕňa segmenty, ktoré riadia syntézu ríbonukleových kyselín a polypeptidov, ako aj počiatky replikácie, promótory, iné typy regulačných sekvencií a medzigénových nukleových kyselín. Vynález zahŕňa nukleové kyseliny kódujúce imunogénne komponenty vakcín a ciele pre činidlá účinné proti H. pylori. Identifikácia uvedených imunogénnych komponentov zahrnutá v určení funkcie nárokovaných sekvencií môže byť dosiahnutá použitím rôznych prístupov. Nižšie sú stručne popísané neobmedzujúce príklady týchto prístupov.

Homológia ku známym sekvenciám: Na identifikáciu funkčných nukleovokyselinových a polypeptidových sekvencií H. pylori je užitočné porovnávanie, pomocou počítača, nárokovaných H. pylori sekvencií s predtým publikovanými sekvenciami, ktoré sú vo verejne dostupných databázach. Je zrejmé, že proteín kódujúce sekvencie môžu byť porovnávané napríklad ako celok, a že vysoký stupeň sekvenčnej homológie medzi dvoma proteínmi (ako napríklad viac ako 80 až 90 %) na aminokyselinovej úrovni indikuje, že dva proteíny tiež vykazujú určitý stupeň funkčnej homológie, ako napríklad medzi enzýmami zúčastňujúcimi sa metabolizmu, syntézy DNA alebo syntézy bunkovej steny, a medzi proteínmi zúčastňujúcimi sa na transporte, delení buniek, atď. Navyše možno identifikovať mnoho štruktúrnych znakov konkrétnych proteínových tried a uvádzať ich do súladu so špecifickými konsenzuálnymi sekvenciami, ako napríklad väzobné domény nukleotidov, DNA, kovových iónov a iných malých molekúl; miesta kovalentných modifikácií, ako napríklad fosforylácie, acylácie a podobne; miesta interakcií proteín-proteín atď. Tieto konsenzuálne sekvencie môžu byť dosť krátke, a teda môžu predstavovať (en frakciu celej sekvencie kódujúcej proteín. Identifikácia takýchto znakov v sekvencii H. pylori je preto užitočná pri určovaní funkcie kódovaného proteínu a pri identifikácii užitočných cieľov antibakteriálnych liekov.

Veľmi významné pre predložený vynález sú štrukturálne znaky, ktoré sú spoločné pre sekrečné, transmembránové a povrchové proteíny, vrátane sekrečných signálnych peptidov a hydrofóbnych transmembránových domén. Proteíny H. pylori, pri ktorých sa určilo, že obsahujú pravdepodobné signálne sekvencie a/alebo transmembránové domény, sú veľmi užitočné ako imunogénne komponenty vakcín.

Identifikácia esenciálnych génov: Ako ciele liečiv sú výhodné nukleové kyseliny, ktoré kódujú proteíny, ktoré sú nevyhnutné pre rast alebo životaschopnosť H. pylori. Gény H. pylori môžu byť testované z hľadiska ich biologického významu pre organizmus prostredníctvom skúmania účinku delécie a/alebo prerušenia génu, to znamená takzvaného génového „knock-outu“, použitím techník známych odborníkovi v príslušnej oblasti. Týmto spôsobom môžu byť identifikované esenciálne gény.

Kmeňovo špecifické sekvencie: Verí sa, že kvôli evolučnej príbuznosti medzi rôznymi kmeňmi H. pylori môžu byť v súčasnosti popísané sekvencie H. pylori užitočné pri identifikácii a/alebo odlišovaní medzi predtým známymi a novými kmeňmi H. pylori. Verí sa, že iné kmene H. pylori budú vykazovať aspoň 70 % sekvenčnú homológiu s tu popísanou sekvenciou. Systematická a rutinná analýza sekvencií DNA odvodených od vzoriek obsahujúcich kmene H. pylori a porovnanie s predloženou sekvenciou umožňuje identifikáciu sekvencií, ktoré môžu byť použité na odlíšenie medzi kmeňmi, ako aj tých, ktoré sú spoločné pre všetky kmene H. pylori. V jednom uskutočnení vynález poskytuje nukleové kyseliny vrátane sond, a peptidových a polypeptidových sekvencií, ktoré odlišujú rôzne kmene H. pylori. Kmeňovo špecifické elementy môžu byť tiež identifikované funkčne prostredníctvom ich schopnosti vyvolať reakciu alebo reagovať s protilátkami, ktoré selektívne rozoznávajú jeden alebo viacero kmeňov H. pylori.

Vínom uskutočnení vynález poskytuje nukleové kyseliny vrátane sond a peptidových a polypeptidových sekvencií, ktoré sú spoločné pre všetky kmene H. pylori, ale nenachádzajú sa v iných bakteriálnych druhoch.

Konkrétny príklad: Určenie kandidátov na proteínové antigény pre protilátky a vývoj vakcíny

Výber kandidátov na proteínové antigény pre vývoj vakcíny môže byť odvodený od nukleových kyselín kódujúcich polypeptidy H. pylori. Najprv môžu byť ORF analyzované z hľadiska homológie k iným známym exportovaným alebo membránovým proteínom a analyzované použitím diskriminačnej analýzy popísanej Kleinom, et al. (Klein, P., Kanehsia, M., a DeLisi, C. (1985) Biochimica et Biophysica Acta 815, 468-476) na predpovedanie exportovaných a membránových proteínov.

Prieskum na homológiu sa môže uskutočňovať použitím BLAST algoritmu obsiahnutého vo Wisconsin Sequence Analysis Package (Genetics Computer Group, University Research Park, 575 Science Drive, Madison, Wl 53711), pričom sa porovnáva každá predpokladaná aminokyselinová sekvencia ORF so všetkými sekvenciami nachádzajúcimi sa v aktuálnej databáze GenBank, SWISS-PROT a PIR. BLAST uskutočňuje prieskum na lokálne zhody medzi ORF a databázovými sekvenciami a oznamuje pravdepodobné skóre, ktoré označuje pravdepodobnosť náhodného nájdenia tejto sekvencie v databáze. ORF s významnou homológiou (napr. s pravdepodobnosťou, že homológia je len náhodná, nižšou ako 1x10'⁶) k membránovým alebo exportovaným proteínom predstavuje proteínové antigény na vývoj vakcíny. Na základe sekvenčnej homológie ku génom klonovaným v iných organizmoch môžu byť génom H. pylori priradené možné funkcie.

Na prieskum aminokyselinových sekvencií ORF možno použiť diskriminačnú analýzu (Klein, et al. vyššie). Tento algoritmus používa vlastnú informáciu obsiahnutú v ORF aminokyselinovej sekvencií a porovnáva ju s informáciou odvodenou od vlastností známych membránových a exportovaných proteínov. Toto porovnanie predpovedá, ktoré proteiny budú exportované, asociované s membránou alebo cytoplazmatické. Aminokyselinové sekvencie ORF identifikované týmto algoritmom ako exportované alebo asociované s membránou sú pravdepodobne proteínové antigény na vývoj vakcíny.

Proteíny vonkajšej membrány exponované na povrchu predstavujú pravdepodobne najlepšie antigény na poskytnutie ochrannej imunitnej odpovede proti H. pylori. Medzi algoritmami, ktoré môžu pomôcť pri predpovedaní týchto vonkajších membránových proteínov, je zahrnutá prítomnosť amfipatickej oblasti beta skladaného listu na ich C-konci. Táto oblasť, ktorá bola detegovaná vo veľkom množstve vonkajších membránových proteínov v gramnegatívnych baktériách sa často vyznačuje hydrofóbnymi rezíduami (Phe alebo Tyr) približne v polohách 1, 3, 5, 7 a 9 od C-konca (pozrite napríklad obrázok 1, blok F). Dôležité je, že tieto sekvencie neboli detegované na C-konci periplazmatických proteínov, takže umožňujú predbežne rozlíšiť tieto triedy proteínov na základe primárnych sekvenčných údajov. Tento fenomén bol popísaný Struyveom et al. (J. Mol. Biol. 218:141-148, 1991).

Na obrázku 1 sú tiež znázornené ďalšie motívy aminokyselinových sekvencií, ktoré boli nájdené v mnohých vonkajších membránových proteínoch H. pylori. Zoradenie aminokyselinových sekvencií na obrázku 1 zobrazuje časti sekvencií piatich proteínov H. pylori (vyznačených v jednopísmenovom aminokyselinovom kóde), ktoré sú označené ich identifikačnými číslami sekvencie, a sú znázornené od N-konca ku C-koncu, zľava doprava. Bolo nájdených šesť oddelených blokov (označených A až F) s podobnými aminokyselinovými zvyškami, ktoré obsahujú príznačné hydrofóbne zvyšky (Phe alebo Tyr; F alebo Y v jednopísmenovom kóde aminokyselinových zvyškov), ktoré sa často vyskytujú v polohách neďaleko C-koncov vonkajších membránových proteínov. Prítomnosť niekoľkých spoločných motívov jasne dokazuje podobnosť medzi členmi tejto skupiny proteínov.

Okrem toho proteíny vonkajšej bunkovej steny izolované z H. pylori majú často spoločný motív blízko vyzretého N-konca (t.j. po spracovaní na odstránenie sekrečného signálu), ako je ilustrované na blokovaných aminokyselinových zvyškoch na obrázku 2. Obrázok 2 zobrazuje N-koncovú časť troch proteínov H.

pylorí (označené svojimi aminokyselinovými sekvenčnými identifikačnými číslami a zobrazené od N-konca po C-koniec zľava doprava).

Odborník so skúsenosťami v danej oblasti bude vedieť, že tieto spoločné sekvenčné motívy sú vysoko signifikantné a stanovujú podobnosť v rámci tejto skupiny proteínov.

Niekedy nie je možné rozlíšiť medzi viacerými možnými nukleotidmi v danej polohe v sekvencií nukleovej kyseliny. V týchto prípadoch sa nejednoznačnosti označujú rozšírenou abecedou nasledovne:

Nasledujú oficiálne jednopísmenové kódy báz podľa IUPAC-IUB.

Kód	Popis bázy
G	Guanín
A	Adenín
T	Tymín
C	Cytozíň
R	Purín	(A alebo G)
Y	Pyrimidín	(C alebo T alebo U)
M	Amino	(A alebo C)
K	Ketón	(G alebo T)
S	silná interakcia	(C alebo G)
W	slabá interakcia	(A alebo T)
H	Nie-G	(A alebo C alebo T)
B	Nie-A	(C alebo G alebo T)
V	Nie-T (nie-U)	(A alebo C alebo G)
D	Nie-C	(A alebo G alebo T)
N	akýkoľvek	(A alebo C alebo G alebo T)

Translatovaný dvojvýznamový kodón je v aminokyselinových transláciách podľa vynálezu, ktoré zahŕňajú dvojvýznamové nukleové kyseliny, označovaný ako písmeno „X“. Vo všetkých prípadoch sú možné aminokyselinové zvyšky v určitej polohe zrejmé z prieskumu sekvencie nukleovej kyseliny na základe štandardného genetického kódu.

V. Produkcia fragmentov a analógov nukleových kyselín a polypeptidov H. pylori

Na základe objavu génových produktov H. pylori podľa vynálezu, ktoré sú poskytnuté v Zozname sekvencií, môže odborník v oblasti meniť nárokované štruktúry (gény H. pylori), napr. vytváraním ich fragmentov alebo analógov, a môže tieto novo vytvorené štruktúry testovať z hľadiska aktivity. Príklady techník, ktoré sú známe odborníkom v príslušnej oblasti, a ktoré umožňujú vytváranie a testovanie fragmentov a analógov, sú diskutované nižšie. Tieto alebo analogické metódy môžu byť použité na vytváranie a prehľadávanie knižníc polypeptidov, napr. knižníc náhodných peptidov alebo knižníc fragmentov alebo analógov bunkových proteínov, z hľadiska schopnosti viazať polypeptidy H. pylori. Takéto prehľadávania sú užitočné na identifikáciu inhibítorov H. pylori.

Generovanie fragmentov:

Fragmenty proteínov môžu byť vytvárané niekoľkými spôsobmi, napr. rekombinantne, proteolytickým štiepením alebo chemickou syntézou. Vnútorné alebo koncové fragmenty polypeptidu môžu byť generované odstránením jedného alebo viacerých nukleotidov z jedného (pre koncový fragment) alebo z oboch koncov (pre vnútorný fragment) nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid. Expresia mutovanej DNA vytvára polypeptidové fragmenty. Štiepenie „end-nibbling“ - z konca ukrajujúcimi endonukleázami tak môže generovať DNA, ktoré kódujú rad fragmentov. DNA, ktoré kódujú fragmenty proteínu, môžu byť tiež generované náhodným strihaním, reštrikčným štiepením alebo kombináciou vyššie uvedených metód.

Fragmenty tiež môžu byť chemicky syntetizované použitím techník známych zo stavu techniky, ako napríklad bežnou Merrifield f-Moc alebo t-Boc chémiou spevnou fázou. Napríklad peptidy podľa predloženého vynálezu môžu byť ľubovolne rozdelené na fragmenty požadovanej dĺžky bez toho, aby sa fragmenty prekrývali, alebo môžu byť rozdelené na prekrývajúce sa fragmenty požadovanej dĺžky.

Zmena nukleových kyselín a polypeptidov: náhodné metódy

Varianty aminokyselinovej sekvencie proteínu môžu byť pripravené náhodnou mutagenézou DNA, ktorá kóduje proteín alebo určitú doménu alebo oblasť proteínu. Užitočné spôsoby zahŕňajú PCR mutagenézu a saturačnú mutagenézu. Knižnica náhodných aminokyselinových sekvenčných variantov môže byť tiež vytvorená syntézou súboru degenerovaných oligonukleotidových sekvencii. (Spôsob vyhľadávania proteínov v knižnici variantov je tu tiež uvedený).

(A) PCR mutagenéza

Pri PCR mutagenéze je na zavedenie náhodných mutácií do klonovaného fragmentu DNA znížená presnosť Taq polymerázy (Leung et al., 1989, Technique 1:11-15). Oblasť DNA, ktorá má byť mutovaná, je amplifikovaná použitím polymerázovej reťazovej reakcie (PCR) v podmienkach, ktoré znižujú presnosť syntézy DNA Taq DNA polymerázou, napr. použitím pomeru dGTP/dATP 5 a pridaním Mn²⁺ do reakčnej zmesi PCR. Zásoba amplifikovaných fragmentov DNA je potom začlenená do príslušných klonovacích vektorov, čím vzniknú knižnice náhodných mutantov.

(B) Saturačná mutagenéza

Saturačná mutagenéza umožňuje rýchle začlenenie veľkého množstva jednobázových substitúcií do klonovaných DNA fragmentov (Mayers et al., 1985, Science 229:242). Táto technika zahŕňa vytváranie mutácií napr. chemickým pôsobením alebo ožarovaním jednovláknovej DNA in vitro, a syntézu komplementárneho DNA vlákna. Frekvencia mutácií môže byť modulovaná modulovaním tvrdosti ošetrenia, a v podstate sa dajú získať všetky možné bázové substitúcie. Pretože tento proces nezahŕňa genetickú selekciu na mutantné fragmenty, získajú sa tak neutrálne substitúcie, ako aj tie, ktoré menia funkciu. Distribúcia bodových mutácií nie je zameraná na konzervatívne sekvenčné elementy.

(C) Degenerované oligonukleotidy

Knižnica homológov môže byť vytvorená aj zo súboru degenerovaných oligonukleotidových sekvencii. Chemická syntéza degenerovaných sekvencii sa môže uskutočňovať v automatickom syntetizérí DNA a syntetické gény môžu byť ligované do príslušného expresného vektora. Syntéza degenerovaných oligonukleotidov je známa zo stavu techniky (pozrite napríklad Narang, SA (1983) Tetrahedmn 39:3; Itakura et al. (1981) Recombinant DNA, Proc 3rd Cleveland Sympos. Macmmolecules, ed. AG Walton, Amsterdam: Elsevier str. 273-289; Itakura et al. (1984) Annu. Rev. Biochem. 53:323; itakura et al. (1984) Science 198:1056; Ike et al. (1983) Nucleic Acid Res. 11:477. Tieto techniky môžu byť použité v riadenej evolúcii iných proteínov (pozri napríklad Scott et al. (1990) Science 249:386-390; Roberts et al. (1992) PNAS 89:2429-2433; Devlin et al. (1990) Science 249: 404-406; Cwiria et al. (1990) PNAS 87: 6378-6382; ako aj U.S. patenty č. 5 223 409, 5 198 346 a 5 096 815).

Zmena nukleových kyselín a polypeptidov: Spôsoby riadenej mutagenézy

Techniky nie náhodnej alebo riadenej mutagenézy môžu byť použité na poskytnutie špecifických sekvencii alebo mutácií v špecifických oblastiach. Tieto techniky môžu byť použité na vytváranie variantov, ktoré zahŕňajú napr. delécie, inzercie aiebo substitúcie zvyškov známej aminokyselinovej sekvencie proteínu. Miesta mutácie môžu byť modifikované jednotlivo alebo v sériách, napr. (1) substitúcia konzervatívnymi aminokyselinami, a potom radikálnejšie možnosti závislé na dosiahnutých výsledkoch (2) delécia cieľového zvyšku, alebo (3) inzercia zvyškov rovnakej alebo rôznej triedy na určené miesto, alebo kombinácie možností 1 až 3.

(A) Alanínová skenovacia mutagenéza

Alanínová skenovacia mutagenéza je užitočný spôsob na identifikáciu určitých zvyškov alebo oblastí požadovaného proteínu, ktoré sú výhodnými miestami alebo doménami na mutagenézu, Cunningham a Wells (Science 244:1081-1085, 1989). Pri alanínovom skenovaní sa identifikuje zvyšok alebo skupina cieľových zvyškov (napr. zvyšky s nábojom, ako napríklad Arg, Asp, His, Lys a Glu) a zamenia sa neutrálnou alebo negatívne nabitou aminokyselinou (najvýhodnejšie alanínom alebo polyalanínom). Zámena aminokyseliny môže ovplyvniť interakciu aminokyselín s vodným prostredím, ktoré ich obklopuje, alebo s vonkajškom bunky. Tie domény, ktoré vykazujú funkčnú citlivosť voči substitúciám sú potom vylepšované zavedením ďalších alebo iných variantov do miest substitúcie. Takže zatiaľ čo miesto zavedenia aminokyselinovej sekvenčnej variácie je vopred určené, povaha mutácie sama osebe nemusí byť vopred určená. Napríklad na optimalizáciu priebehu mutácie na danom mieste sa môže uskutočňovať alanínové skenovanie alebo náhodná mutagenéza v cieľovom kodóne alebo oblasti, a exprimované želané proteínové podjednotkové varianty sa prešetrujú z hľadiska optimálnej kombinácie požadovanej aktivity.

(B) Oligonukleotidom sprostredkovaná mutagenéza

Oligonukleotidom sprostredkovaná mutagenéza je užitočný spôsob na prípravu substitučných, delečných a inzerčných variantov DNA, pozri napr. Adelman et al., (DNA 2:183, 1983). V stručnosti požadovaná DNA je menená hybridizáciou oligonukleotidu kódujúceho mutáciu k tempiátu DNA, pričom templátom je jednovláknová forma plazmidu alebo bakteriofagu, ktorý obsahuje nezmenenú alebo prirodzenú sekvenciu DNA požadovaného proteínu. Po hybridizácii je použitá DNA polymeráza na syntetizovanie celého druhého komplementárneho vlákna tempiátu, ktorá tak obsahuje oligonukleotidový primér, a bude tak kódovať vybranú zmenu v DNA požadovaného proteínu. Vo všeobecnosti sa používajú oligonukleotidy s dĺžkou aspoň 25 nukleotidov. Optimálny oligonukleotid bude mať od 12 do 15 nukleotidov, ktoré sú úplne komplementárne s templátom na každej strane nukleotidov, ktoré kódujú mutáciu. To zaisťuje, že oligonukleotid bude správne hybridizovať k jednovláknovej templátovej molekule

DNA. Oligonukleotidy sú bežne syntetizované použitím techník známych zo stavu techniky, ako napríklad popisuje Crea et al. (Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 75: 5765[1978j).

(C) Kazetová mutagenéza

Iný spôsob prípravy variantov - kazetová mutagenéza - je založený na technike popísanej Welísom et al. (Gene, 34:315[1985]). Východiskovou látkou je plazmid (alebo iný vektor), ktorý obsahuje DNA proteínovej podjednotky, ktorá má byť mutovaná. Identifikuje sa kodón DNA proteínovej podjednotky, ktorý má byť mutovaný. Na každej strane určeného mutačného miesta (alebo miest) musí byť unikátne miesto pre reštrikčnú endonukleázu. Ak také miesta neexistujú, môžu byť vytvorené použitím vyššie popísaného spôsobu oligonukleotidom riadenej mutagenézy na ich zavedenie do príslušných miest DNA požadovanej proteínovej podjednotky. Po zavedení reštrikčných miest do plazmidu sa plazmid linearizuje štiepením v týchto miestach. Dvojvláknový oligonukleotid, ktorý kóduje sekvenciu DNA medzi reštrikčnými miestami, ale obsahuje požadované mutácie), sa syntetizuje použitím štandardných postupov. Dve vlákna sú syntetizované oddelene a potom sú spolu hybridizované použitím štandardných techník. Tento dvojvláknový oligonukleotid je označovaný ako kazeta. Táto kazeta je vytvorená tak, aby jej 3’ a 5* konce boli kompatibilné s koncami linearizovaného plazmidu, aby mohla byť priamo ligovaná do plazmidu. Tento plazmid teraz obsahuje mutovanú sekvenciu DNA požadovanej proteínovej podjednotky.

(D) Kombinačná mutagenéza

Na vytváranie mutantov môže byť tiež použitá kombinačná mutagenéza (Ladner et al., WO 88/06630). Pri tomto spôsobe sú aminokyselinové sekvencie skupiny homológov alebo iných príbuzných proteínov zoradené výhodne tak, aby bola dosiahnutá najvyššia možná homológia. Všetky aminokyseliny, ktoré sa nachádzajú v danej polohe zoradených sekvencií, môžu byť vybrané na vytvorenie degenerovaného súboru kombinačných sekvencií. Kombinačnou mutagenézou je vytvorená pestrá knižnica variantov na úrovni nukleovej kyseliny a je kódovaná pestrou génovou knižnicou. Napríklad zmes syntetických oligonukleotidov môže byť enzymaticky ligovaná do génových sekvencií tak, že degenerovaný súbor potencionálnych sekvencií je exprimovateľný vo forme jednotlivých peptidov alebo alternatívne vo forme súboru väčších fúzovaných proteínov, ktoré obsahujú súbor degenerovaných sekvencií.

Iné modifikácie nukleových kyselín a polypeptidov H. pylori

Je možné modifikovať štruktúry polypeptidu H. pylori s cieľom zvýšenia rozpustnosti, zosilnenia stability (napr. skladovacieho času ex vivo a odolnosti voči proteolytickej degradácii in vivo). Ako je tu popísané, môže byť vytvorený modifikovaný proteín alebo peptid H. pylori, v ktorom bola zmenená aminokyselinová sekvencia, napríklad aminokyselinovou substitúciou, deléciou alebo adíciou.

Peptid H. pylori môže byť tiež modifikovaný substitúciou cysteínových zvyškov výhodne aíanínovými, serínovými, treonínovými, leucínovými alebo zvyškami kyseliny glutámovej, čím sa minimalizuje dimerizácia prostredníctvom disulfidických väzieb. Navyše aminokyselinové bočné reťazce fragmentov proteínu podľa vynálezu môžu byť chemicky modifikované. Inou modifikáciou je cyklizácia peptidu.

S cieľom zvýšenia stability a/alebo reaktivity polypeptidu H. pylori možno tento modifikovať začlenením jedného alebo viacerých poiymorfizmov do aminokyselinovej sekvencie proteínu, ktoré sú výsledkom akejkoľvek prirodzenej alelickej variácie. Navyše, v rámci rozsahu tohto vynálezu, môžu byť na vytvorenie modifikovaného proteínu substituované alebo pridané D-aminokyseliny, neprirodzené aminokyseliny alebo neaminokyselinové anaiógy. Ďalej môže byť polypeptid H. pylori modifikovaný použitím polyetylénglykolu (PEG) podľa spôsobu A. Sehon a spolupracovníci (Wie et al., vyššie) na vytvorenie proteínu konjugovaného s PEG. Navyše PEG môže byť pridaný počas chemickej syntézy proteínu. Iné modifikácie proteínov H. pylori zahŕňajú redukciu/alkyláciu (Tarr, Methods of Protein Microcharacterization, J. E. Silver ed., Humana Press, Clifton NJ 155-194 (1986)); acyláciu (Tarr, vyššie); chemické spájanie s príslušným nosičom (Mishell a Shiigi, vyd, Selected Methods in Cellular Immunology, W. H.

Freeman, San Francisco, CA (1980), U.S. patent 4 939 239; alebo jemné ošetrenie formalínom (Marsh, (1971) Int. Árch. ofAllergy a Appl. Immunol., 41; 199 - 215).

Na uľahčenie purifikácie a na potenciálne zvýšenie rozpustnosti proteínu alebo peptidu H. pylori je možné pridať aminokyselinovú fúzovanú časť do peptidovej kostry. Napríklad, hexa-histidín môže byť pridaný do proteínu pre purifikáciu imobilizovanou kovovou iónovou afinitnou chromatografiou (Hochuli, E. et al., (1988) Bio/Technology, 6: 1321 - 1325). Navyše na uľahčenie izolácie peptidov bez irelevantných sekvencií môžu byť medzi sekvenciu fúzovanej časti a peptid umiestnené špecifické štiepne miesta pre endoproteázu.

Na to, aby sa potencionálne pomohlo správnemu antigénovému spracovaniu epitopov vo vnútri polypeptidu H. pylori, môžu byť medzi oblasti, z ktorých každá obsahuje aspoň jeden epitop, zaprojektované kanonické na proteázu citlivé miesta prostredníctvom rekombinantných alebo syntetických metód. Napríklad medzi oblasti vo vnútri proteínu alebo fragmentu môžu byť začlenené nabité páry aminokyselín, ako napríklad KK alebo RR, počas ich rekombinantnej konštrukcie. Výsledný peptid môže byť citlivý na štiepenie katepsínom a/aiebo inými trypsínu podobnými enzýmami, ktoré môžu vytvárať časti proteínu obsahujúce jeden alebo viacero epitopov. Navyše takéto nabité aminokyselinové zvyšky môžu spôsobiť zvýšenie rozpustnosti peptidu.

Primárne spôsoby na prehľadávanie polypeptidov a analógov

Zo stavu techniky sú známe rôzne techniky na prehľadávanie vytvorených mutantných génových produktov. Techniky na prehľadávanie veľkých génových knižníc často zahŕňajú klonovanie génovej knižnice do expresných vektorov, ktoré sú schopné sa replikovať, transformovanie príslušných buniek výslednou knižnicou vo vektoroch, a exprímovanie génov v podmienkach, v ktorých detekcia požadovanej aktivity, napr. v tomto prípade viazanie polypeptidu alebo interagujúceho proteínu H. pylori, uľahčuje relatívne jednoduchú izoláciu vektora kódujúceho gén, ktorého produkt bol detegovaný. Každá z techník popísaných nižšie je adaptovateľná na vysoko výkonnú analýzu na prehľadávanie veľkého množstva sekvencií vytvorených napr. technikami náhodnej mutagenézy.

(A) Dvojhybridný systém

Dvojhybridný test ako napríklad systém popísaný vyššie (aj s inými tu popísanými prehľadávacími metódami) môže byť použitý na identifikáciu peptidov, napr. fragmentov alebo analógov prirodzene sa vyskytujúceho polypeptidu H. pylorí, napr. bunkových proteínov alebo náhodne generovaných polypeptidov, ktoré viažu protein H. pylorí. (Doména H. pylorí je použitá ako návnadový protein a knižnica variantov je exprimovaná vo forme zachytávaných fúzovaných proteínov). Analogickým spôsobom môže byť dvojhybridný test (aj s inými tu popísanými prehľadávacími metódami) použitý na nájdenie polypeptidov, ktoré viažu polypeptid H. pylorí.

(B) Displejové knižnice

V jednom z prehľadávacích postupov sú kandidátske peptidy vystavené na povrchu bunkovej alebo vírusovej častice, a schopnosť určitých bunkových alebo vírusových častíc viazať príslušný receptorový protein prostredníctvom vystaveného produktu je detegovaná „platovaním“. Napríklad génová knižnica môže byť klonovaná do génu pre povrchový membránový protein bakteriálnej bunky a výsledný fúzovaný protein môže byť detegovaný platovaním (Ladner et al., WO 88/06630; Fuchs et al. (1991) Biofľechnology 9:1370-1371; a Goward et al. (1992) TIBS 18:136-140). V podobnom spôsobe môže byť na zachytenie potencionálne funkčných peptidových homológov použitý detegovateľne značený ligand. Fluorescenčné značené ligandy, napr. receptory, môžu byť použité na detekciu homológov, ktoré si zachovávajú aktivitu viazania ligandov. Použitie fluorescenčné značených ligandov umožňuje, aby boti bunky preskúmané vizuálne a oddelené pod fluorescenčným mikroskopom, alebo ak to dovoľuje morfológia bunky, oddelené fluorescenčné aktivovaným bunkovým triedičom.

Génová knižnica môže byť exprimovaná ako fúzovaný protein na povrchu vírusovej častice. Napríklad v systéme vláknitého fága môžu byť cudzie peptidové sekvencie exprimované na povrchu infekčného fága, z čoho plynú dve významné výhody. Po prvé, keďže tieto fágy môžu byť použité ako afinitné matrice v koncentrácii dobre nad 10¹³ fágov na mililiter, môže byť naraz prehľadávané veľké množstvo fágov. Po druhé, keďže každý infekčný fag nesie na svojom povrchu génový produkt, ak je určitý fág získaný z afinitnej matrix s nízkym výťažkom, môže byť amplifikovaný v inom infekčnom cykle. Vo fágových displejových knižniciach je najčastejšie používaná skupina skoro identických E. coli vláknitých fágov M13, fd a f1. Obalový fágový proteín glll aj gVIII môže byť použitý na vytváranie fúzovaných proteínov bez toho, aby sa narušilo nevyhnutné zbaľovanie vírusovej častice. Cudzie epitopy môžu byť exprimované na NH₂-konci pili a fág nesúci takéto epitopy sa dá získať z veľkého nadbytku fágov bez tohto epitopu (Ladner et al. PCT zverejnenie WO 90/02909; Garrard et al., PCT zverejnenie WO 92/09690; Marks et al. (1992) J. Biol. Chem. 267:16007-16010; Griffiths et al. (1993) EMBO J 12:725-734; Clackson et al. (1991) Náture 352:624628; a Barbas et al. (1992) PNAS 89:4457-4461).

Bežné prístupy používajú ako partnera na peptidovú fúziu maltózový receptor E. coli (vonkajší membránový proteín, LamB) (Charbit et al. (1986) EMBO 5, 3029-3037). Oligonukleotidy bolí začlenené do plazmidov kódujúcich gén LamB na vytvorenie peptidov fúzovaných do jednej z extracelulámych slučiek proteínu. Tieto peptidy sú dostupné pre viazanie s ligandami, napr. protilátkami, a môžu vyvolať imunitnú odpoveď, keď sú bunky podávané zvieratám. Iné bunkové povrchové proteíny, napr. OmpA (Schorr et al. (1991) Vaccines 91, str. 387-392), PhoE (Agterberg, et al. (1990) Gene 88, 37-45), a PAL (Fuchs et al. (1991) Bio/Tech 9, 1369-1372), ako aj veľké bakteriálne povrchové štruktúry, slúžili ako vehikulá na vystavenie peptidu. Peptidy môžu byť fúzované s pilínom, proteínom, ktorý polymerizuje za účelom vytvorenia pilusu, čo je trubica na medzibakteriálnu výmenu genetického materiálu (Thiry et al. (1989) Appl. Environ. Microbiol. 55, 984-993). Keďže hrá úlohu pri interakcii s inými bunkami, poskytuje pilus užitočný nosič na prezentáciu peptidov do extracelulárneho prostredia. Inou veľkou povrchovou štruktúrou použitou na peptidový displej je bakteriálny pohybový orgán, bičík. Fúzia peptidov na podjednotku flagelínového proteínu poskytuje hustý rad mnohých peptidových kópií na hostiteľských bunkách (Kuwajima et al. (1988) Bio/Tech. 6, 1080-1083). Povrchové proteíny iných bakteriálnych druhov tiež slúžili ako partneri pre peptidovú fúziu. Príklady zahŕňajú proteín A zo Staphylococcus a vonkajšiu membránovú IgA proteázu Neisseria (Hansson et al. (1992) J. Bacteriol. 174, 4239-4245 a Klauser et al. (1990) EMBO J. 9,1991-1999).

V systémoch vláknitých fágov a v La m B systéme, ktoré sú popísané vyššie, dochádza k fyzickému spojeniu medzi peptidom a jeho kódujúcou DNA prostredníctvom obsahu DNA vo vnútri častice (bunky alebo fága), ktorá nesie peptid na svojom povrchu. Zachytením peptidu dochádza k zachyteniu častíc, s DNA v jej vnútri. Alternatívny spôsob používa na vytvorenie spojenia medzi peptidom a DNA, DNA-viažuci proteín Lacl (Cull et al. (1992) PNAS USA 89:18651869). Tento systém používa plazmid, ktorý obsahuje gén Lacl s oligonukleotidovým klonovacím miestom na 3’ konci. Proteín fúzovaný s peptidom Lacl je produkovaný riadenou indukciou arabinózou. Táto ftizia si zachováva prirodzenú schopnosť Lacl viazať sa na krátku DNA sekvenciu známu ako operátor LacO (LacO). Tým, že sa zavedú dve kópie LacO do expresného plazmidu, sa dosiahne, že Lacl-peptid fúzia sa viaže pevne na plazmid, ktorý ho kóduje. Keďže plazmidy v každej bunke obsahujú len jednu oligonukleotidovú sekvenciu a každá bunka exprimuje len jednu peptidovú sekvenciu, peptidy sú špecificky a stabilne asociované so sekvenciou DNA, ktorá riadi ich syntézu. Bunky knižnice sú jemne lýzované a komplexy peptid-DNA sú vystavené matrixu imobilizovaných receptorov, aby sa získali komplexy obsahujúce aktívne peptidy. Asociovaná DNA je potom znova zavedená do buniek na amplifikáciu a kvôli určeniu identity peptidových ligandov je DNA sekvenovaná. Ako demonštrácia praktickej využiteľnosti tohto spôsobu bola vyrobená veľká knižnica náhodných dodekapeptidov a bola selektovaná na monokionálnej protilátke proti ópioidnému peptidu dynorfínu B. Bola získaná skupina peptidov, ktoré boli všetky príbuzné tým, že obsahovali konsenzus sekvenciu zodpovedajúcu šesť zvyškovej časti dynorfínu B (Cull et al. (1992) Preč. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 89-1869).

Tento systém, niekedy označovaný ako peptidy na plazmidoch, sa líši od metód fágového displeja v dvoch smeroch. Po prvé, peptidy sú pripojené na Ckoniec fúzovaného proteínu, čoho výsledkom je, že členy knižnice sú vystavené ako peptidy s voľným karboxylovým koncom. Oba obalové proteíny vláknitého fágu, tak pili ako aj pVlil, sú zakotvené do fágu ich C-koncom a hostiteľské proteíny sú umiestnené tak, že ich N-koncové domény smerujú von. V niektorých návrhoch sú na fágu vystavené proteíny prítomné priamo na amino konci fúzovaného proteínu (Cwirla, et al. (1990) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 87, 6378-6382). Druhým rozdielom je súbor biologických sklonov, ktoré ovplyvňujú populáciu peptidov v skutočnosti prítomných v knižniciach. Lacl fúzované molekuly sú uväznené v cytoplazme hostiteľských buniek. Fágové obalové fúzie sú v rýchlosti vystavené cytoplazme počas translácie, ale rýchlo sú vylučované cez vnútornú membránu do periplazmatického kompartmentu, pričom zostávajú ukotvené v membráne ich Ckoncovými hydrofóbnymi doménami, s N-koncami, ktoré obsahujú peptidy vyčnievajúce do períplazmy počas čakania na zostavenie do fágových častíc. Peptidy v Lacl a fágových knižniciach sa môžu významne líšiť v dôsledku ich vystavenia rôznym proteolytickým aktivitám. Fágové obalové proteíny vyžadujú transport cez vnútornú membránu a spracovanie signálnou peptidázou ako úvod pred zakomponovaním do fága. Určité peptidy majú na tieto procesy škodlivý účinok a menej sa vyskytujú v knižniciach (Gallop et al. (1994) J. Med. Chem. 37(9):1233-1251). Tieto konkrétne sklony nehrajú rolu v Lacl displejovom systéme.

Počet malých peptidov dostupných v rekombinantných náhodných knižniciach je enormný. Rutinne sa pripravujú knižnice s 10⁷ až 10⁹ nezávislých klonov. Boli vytvorené knižnice s veľkosťou 10¹¹ rekombinantov, ale táto veľkosť sa blíži k praktickému limitu klonových knižníc. Toto obmedzenie veľkosti knižnice nastáva v kroku transformácie DNA, ktorá obsahuje náhodné segmenty, do hostiteľských bakteriálnych buniek. Aby sa obišlo toto obmedzenie, bol v súčasnosti vyvinutý in vitro systém založený na vystavení vznikajúcich peptidov v polyzómových komplexoch. Táto metóda dispiejovej knižnice má potenciál vytvárať knižnice, ktoré sú o 3 až 6 rádov väčšie ako v súčasnosti dostupné fágové/fagemidové alebo plazmidové knižnice. Navyše konštrukcia knižníc, expresia peptidov a prehľadávanie sa uskutočňujú v úplne bezbunkovom formáte.

Pri inom použití tohto spôsobu (Gallop et al. (1994) J. Med. Chem. 37(9):1233-1251) bola skonštruovaná molekulárna DNA knižnica kódujúca 10¹² dekapeptidov a knižnica bola exprimovaná v E. coli S30 in vitro spojenom transkripčnom/translačnom systéme. Podmienky boli vybrané tak, aby ribozómy boli zadržiavané na mRNA, čím sa akumulovala podstatná časť RNA v polyzómoch a výťažkom boli komplexy obsahujúce vznikajúce peptidy ešte spojené s ich kódujúcou RNA. Polyzómy boli dostatočne robustné na to, aby boli afinitne purifikované na imobilizovaných receptoroch, poväčšine rovnakým spôsobom, ako sú prehľadávané bežné rekombinantné peptidové displejové knižnice. RNA zo zviazaných komplexov sa vyberie, konvertuje na cDNA a amplifikuje prostredníctvom PCR, čím vzniká tempiát pre ďalšie kolo syntézy a prehľadávania. Polyzómová displejová metóda môže byť spojená s fágovým displejovým systémom. Po niekoľkých kolách prehľadávania bola cDNA z obohatenej zásoby polyzómov klonovaná do fagemidového vektora. Tento vektor slúži aj ako peptidový expresný vektor, ktorý vystavuje peptidy fúzované k obalovým proteínom, aj ako DNA sekvenačný vektor na identifikáciu peptidu. Exprimovaním od polyzómu odvodených peptidov na fágu, môže buď pokračovať afinitná selekčná procedúra týmto spôsobom, alebo sa môžu testovať peptidy v jednotlivých klonoch z hľadiska väzobnej aktivity vo fágovej ELISA, alebo z hľadiska väzobnej špecifickosti v kompletnej fágovej ELISA (Bairet, et al. (1992) Anál. Biochem 204, 357-364). DNA vytvorené fagemidovým hostiteľom sú sekvenované, aby sa určili sekvencie aktívnych peptidov.

Sekundárne prehľadávanie polypeptidov a analógov

Po vysoko účinných postupoch popísaných vyššie môžu nasledovať sekundárne prehľadávania na identifikáciu ďalších biologických aktivít, ktoré napr. umožňujú odborníkovi v oblasti odlíšiť agonistov od antagonistov. Typ použitého sekundárneho prehľadávania bude závisieť od požadovanej aktivity, ktorú je potrebné testovať. Napríklad môže byť vyvinutý postup, v ktorom schopnosť inhibovať interakciu medzi cieľovým proteínom a jeho korešpondujúcim iigandom môže byť použitá na určenie antagonistov v skupine peptidových fragmentov, ktoré boli izolované v jednom z primárnych prehľadávaní popísaných vyššie.

Takže spôsoby generovania fragmentov a analógov a ich testovania z hľadiska ich aktivity sú známe zo stavu techniky. Keď je identifikované jadro cieľovej sekvencie, získanie analógov a fragmentov je pre odborníka v oblasti rutinou.

Peptidové mimetiky polypeptidov H. pylorí

Vynález tiež poskytuje zmenšenie proteín viažucich domén predmetných polypeptidov H. pylorí, a tým generovanie mimetík, napr. peptidových alebo nepeptidových činidiel. Peptidové mimetiky sú schopné narušiť viazanie polypeptidu na jeho náprotivný ligand, napr. v prípade polypeptidu H. pylori viažuceho prirodzene sa vyskytujúci ligand. Je možné určiť rozhodujúce zvyšky v predmetnom polypeptide H. pylori, ktoré sa podieľajú na molekulárnom rozoznávaní polypeptidu, a môžu byť použité na vytvorenie od H. pylori odvodených peptidomimetík, ktoré kompetitívne alebo nekompetitívne inhibujú viazanie polypeptidu H. pylori s interagujúcim polypeptidom (pozri napríklad európske prihlášky vynálezu EP-412 762A a EP-B31 080A).

Napríklad na mapovanie aminokyselinových zvyškov určitého polypeptidu H. pylori, ktoré sa podieľajú na viazaní interagujúceho polypeptidu, môže byť použitá skenovacia mutagenéza. Môžu byť vytvorené peptidomimetické zlúčeniny (napr. diazepínové alebo izochinoiínové deriváty), ktoré imitujú tieto zvyšky pri viazaní sa na interagujúci polypeptid, a ktoré tak môžu inhibovať väzbu polypeptidu H. pylori na interagujúci polypeptid, a tak ovplyvniť funkciu polypeptidu H. pylori. Napríklad peptidové analógy takýchto zvyškov, ktoré nemožno hydrolyzovať, môžu byť vytvorené použitím benzodiazepínu (napr. pozrite Freidinger et al. v Peptides: Chemistry and Biology, G. R. Marshall ed., ESCOM Publisher: Leiden, Netherlands, 1988), azepínu (napr. pozrite Huffman et al. v Peptides: Chemistry and Biology, G. R. Marshall ed., ESCOM Publisher: Leiden, Netherlands, 1988), substituovaných gama laktámových kruhov (Garvey et al. v Peptides: Chemistry and Biology, G. R. Marshall ed., ESCOM Publisher: Leiden, Netherlands, 1988), keto-metylénových pseudopeptidov (Ewenson et al. (1986) J Med Chem 29:295; a Ewenson et al. v Peptides: Structure and Function (Proceedings of the 9th American Peptide Symposium) Pierce Chemical Co. Rockland, IL, 1985), βzávitnicových dipeptidových jadier (Nagai et al. (1985) Tetrahedron Lett 26:647; a Sato et al. (1986) J Chem Soc Perkin Trans 1:1231), a β-aminoalkoholov (Gordon et al. (1985) Biochem Biophys Res Commun 126:419; a Dann et al. (1986) Biochem Biophys Res Commun 134:71).

VI. Vakcínové prípravky H. pylori nukleových kyselín a polypeptidov

Tento vynález sa tiež týka vakcínových kompozícií alebo prípravkov (tu používané zameniteľné) na ochranu proti infekcii H. pylori alebo na liečbu infekcie

H. pylori. Výraz „liečba infekcie H. pyloď tak, ako je použitý tu, znamená terapeutické ošetrenie existujúcej alebo zavedenej infekcie H. pylori. Výrazy „ochrana proti infekcii H. pyloď alebo „preventívne ošetrenie“ znamenajú použitie vakcínového prípravku H. pylori na zníženie rizika alebo na predchádzanie infekcii v prípade rizika infekcie H. pylori. V jednom uskutočnení vakcínové kompozície obsahujú jeden alebo viacero imunogénnych komponentov, ako napríklad povrchový proteín z H. pylori, alebo jeho časť, a farmaceutický prijateľný nosič. Napríklad v jednom uskutočnení vakcínové prípravky podľa vynálezu obsahujú aspoň jeden polypeptid H. pylori alebo ich kombináciu alebo ich fragmenty z rovnakých alebo rôznych antigénov H. pylori. Nukleové kyseliny a polypeptidy H. pylori na použitie vo vakcínových prípravkoch podľa vynálezu zahŕňajú nukleové kyseliny a polypeptidy uvedené v Zozname sekvencií, výhodne tie nukleové kyseliny H. pylori, ktoré kódujú povrchové proteíny alebo ich fragmenty. Napríklad, výhodná nukleová kyselina a polypeptid H. pylori na použitie vo vakcínovej kompozícii podľa vynálezu je vybraná zo skupiny nukleových kyselín, ktoré kódujú bunkové obalové proteíny a bunkové obalové proteíny H. pylori uvedené v tabuľke

I. Avšak v predloženom vynáleze môže byť použitá akákoľvek nukleová kyselina kódujúca imunogénny proteín H. pylori a polypeptid H. pylori, alebo ich časť. Tieto vakcíny majú terapeutické a/alebo profylaktické využitie.

Jeden aspekt vynálezu poskytuje vakcínovú kompozíciu na ochranu proti H. pylori, ktorá obsahuje aspoň jeden imunogénny fragment proteínu H. pylori a farmaceutický prijateľný nosič. Výhodné fragmenty zahŕňajú peptidy s dĺžkou aspoň približne 10 aminokyselinových zvyškov, výhodne približne 10 až 12 aminokyselinových zvyškov, a výhodnejšie približne 12 až 16 aminokyselinových zvyškov.

Imunogénne komponenty podľa vynálezu sa môžu získať napríklad prostredníctvom prehľadávania polypeptidov, ktoré boli rekombinantne vytvorené z príslušných fragmentov nukleovej kyseliny, ktorá kóduje celý proteín H. pylori. Navyše fragmenty môžu byť chemicky syntetizované použitím techník známych zo stavu techniky, ako napríklad bežnou Merrifield f-Moc alebo t-Boc chémiou na pevnej fáze.

V inom uskutočnení sú imunogénne komponenty identifikované prostredníctvom schopnosti peptidu stimulovať T bunky. Peptidy, ktoré stimulujú T bunky, čo sa zistí prostredníctvom determinácie napríklad proliferácie T buniek alebo vylučovania cytokínu, sú tu definované ako peptidy obsahujúce aspoň jeden T bunkový epitop. Predpokladá sa, že T bunkové epitopy sa zúčastňujú na iniciácii a udržiavaní imunitnej odpovede na proteínový alergén, ktorý je zodpovedný za klinické symptómy alergie. Tieto T bunkové epitopy sú považované za také, ktoré spúšťajú skoré deje na úrovni T pomocných buniek viazaním príslušnej HLA molekuly na povrch antigén prezentujúcej bunky, a tým stimulujú T bunkovú subpopuláciu s príslušným T bunkovým receptorom pre epitop. Tieto deje vedú k proliferácii T buniek, sekrécii lymfokínov, lokálnym zápalovým reakciám, zhromažďovaniu ďalších imunitných buniek na mieste interakcie antigénu s T bunkou a aktivácii B bunkovej kaskády, ktorá vedie k tvorbe protilátok. T bunkový epitop je základným elementom, alebo najmenšou jednotkou, ktorá je rozoznávaná T bunkovým receptorom, pričom epitop zahŕňa aminokyseliny nevyhnutné na rozoznanie receptorom (napr. približne 6 alebo 7 aminokyselinových zvyškov). Aminokyseiinové sekvencie, ktoré imitujú tieto T bunkové epitopy, spadajú do rozsahu tohto vynálezu.

V inom uskutočnení sú imunogénne komponenty podľa vynálezu identifikované cez genomickú vakcináciu. Základný protokol je založený na myšlienke, že expresia knižníc pozostávajúcich zo všetkých častí genómu patogéna, napr. H. pylori genómu, môže sprostredkovať ochranu, keď je použitá na genetickú imunizáciu hostiteľa. Táto imunizácia expresnou knižnicou (ELI) je analogická s expresným klonovaním a zahŕňa začlenenie genomickej expresnej knižnice patogéna, napr. H. pylori, do plazmidov, ktoré účinkujú ako genetické vakcíny. Plazmidy môžu byť tiež navrhnuté tak, že kódujú genetický adjuvans, ktorý môže výrazne stimulovať humorálnu odpoveď. Tieto genetické adjuvans môžu byť začlenené na oddelených miestach, a môžu účinkovať tak extracelulárne ako aj intraceluiárne.

Je to nový prístup vo výrobe vakcín, ktorý má mnohé výhody živých/oslabených patogénov, ale nenesie žiadne riziko infekcie. Expresná knižnica patogénovej DNA je použitá na imunizáciu hostiteľa a tým spôsobuje bezrizikovú prezentáciu antigénu živej vakcíny. Napríklad v predloženom vynáleze môžu byť na imunizáciu hostiteľa použité náhodné fragmenty genómu H. pylori alebo kozmidových alebo plazmidových klonov, ako aj PCR produkty génov identifikovaných sekvenovaním genómu. Uskutočniteľnosť tohto spôsobu bola demonštrovaná na Mycoplasma pulmonis (Bány et al., Náture 377:632-635,1995), kde aj keď len čiastočná expresia knižníc Mycoplasma pulmonis, prirodzeného patogéna hlodavcov, poskytla ochranu proti patogénovi.

ELI je technika, ktorá umožňuje vytváranie neinfekčných multipartitných vakcín, aj keď je málo známe o biológii patogéna, pretože ELI používa imunitný systém na prehľadávanie génových kandidátov. Keď sú tieto gény izolované, môžu byť použité ako genetické vakcíny alebo na vývoj rekombinantných proteínových vakcín. Takže ELI umožňuje produkciu vakcín systematicky, poväčšine mechanizovaným spôsobom.

Prehľadávanie imunogénnych komponentov sa môže uskutočňovať použitím jedného alebo viacerých rôznych spôsobov. Napríklad, in vitro peptidová T bunková stimulačná aktivita je testovaná tak, že sa uvedie do kontaktu peptid, o ktorom je známe, alebo sa predpokladá, že je imunogénny, s antigén prezentujúcou bunkou, ktorá prezentuje príslušné MHC molekuly, v kultúre T buniek. Prezentácia imunogénneho peptidu H. pylori spojeného s príslušnými MHC molekulami T bunkám spolu s nevyhnutnou stimuláciou spôsobuje prenos signálu do T bunky, ktorý indukuje zvýšenú tvorbu cytokínov, hlavne interleukínu-2 a interleukínu-4. Môže sa odobrať supernatant kultúry a môže byť testovaný na interleukín-2 alebo na iné známe cytokíny. Napríklad môže byť použitá akákoľvek z niekoľkých bežných metód pre interleukín-2, ako napríklad test popísaný v Proc. Natl. Acad. Sci USA, 86: 1333 (1989), ktorého dôležité časti sú tu uvedené ako citácia. Kit na testovanie produkcie interferónu je tiež dostupný od Genzyme Corporation (Cambridge, MA).

Alternatívne bežný test na T bunkovú proliferáciu vyžaduje meranie začleňovania tríciovaného tymidínu. Proliferácia T buniek môže byť meraná in vitro určením množstva ³H-značeného tymidínu, ktorý je začlenený do replikujúcej sa

DNA kultivovaných buniek. Takže je možné kvantifikovať rýchlosť DNA syntézy a teda aj rýchlosť bunkového delenia.

Vakcínové kompozície alebo prípravky podľa vynálezu obsahujúce jeden alebo viacero imunogénnych komponentov (napr. polypeptid H. pylorí alebo jeho fragment alebo nukleovú kyselinu kódujúcu polypeptid H. pylorí alebo jeho fragment), výhodne zahŕňajú farmaceutický prijateľný nosič. Výraz „farmaceutický prijateľný nosič“ je mienený tak, že zahŕňa ktorékoľvek a všetky rozpúšťadlá, dispergačné médiá, obaľovacie činidlá, antibakteriálne a antihubové činidlá, izotonické a absorpciu odďaľujúce činidlá a podobne, ktoré sú kompatibilné s farmaceutickým podávaním. Vhodné farmaceutický prijateľné nosiče zahŕňajú napríklad jeden alebo viacero z nasledujúcich: voda, fyziologický roztok, fyziologický roztok tlmený fosfátom, dextróza, glycerol, etanol a podobne, ako aj ich kombinácie. Farmaceutický prijateľné nosiče môžu ďalej obsahovať minoritné množstvá prídavných látok, ako napríklad zmáčacích alebo emulzifikačných činidiel, konzervačných činidiel a tlmivých roztokov, ktoré zvyšujú skladovaciu dobu a účinnosť nukleovej kyseliny H. pylorí alebo polypeptidu. Pre vakcínové prípravky podľa vynálezu obsahujúce polypeptidy H. pylorí sú polypeptidy výhodne podávané spolu s vhodným adjuvans a/alebo tu popísaným dodávacím systémom.

Odborníkovi v oblasti bude zrejmé, že terapeuticky účinné množstvo DNA alebo proteínu podľa tohto vynálezu bude závisieť inter alia na režime podávania, dávkovej jednotke podávanej nukleovej kyseliny alebo polypeptidu H. pylorí, na tom, či je proteín alebo nukleová kyselina podávaná v kombinácii s inými terapeutickými činidlami, na imunitnom stave a zdraví pacienta a na terapeutickej aktivite konkrétneho proteínu alebo nukleovej kyseliny.

Vakcínové prípravky sú bežne podávané parenterálne, napr. injekciou buď subkutánne alebo intramuskuláme. Spôsoby intramuskulárnej imunizácie sú popísané vo Wolff et al. (1990) Science 247: 1465-1468 a Sedegah et al. (1994) Immunology 91: 9866-9870. Iné spôsoby podávania zahŕňajú orálne a pulmonálne prípravky, čipky a transdermálne aplikácie. Na indukciu ochrany proti infekcii H. pylorí je výhodnejšia orálna imunizácia ako parenterálne metódy Czinn et. al. (1993) Vaccine 11: 637-642. Orálne prípravky obsahujú normálne používané excipienty, ako napríklad farmaceutické stupne manitolu, laktózy, škrobu, stearanu horečnatého, sodného sacharínu, celulózy, uhličitanu horečnatého a podobne.

Vjednom uskutočnení vakcínový prípravok obsahuje ako farmaceutický prijateľný nosič adjuvans. Príklady vhodných adjuvans na použitie vo vakcínových prípravkoch podľa vynálezu zahŕňajú, ale nie sú obmedzené na hydroxid hlinitý; Nacetyl-muramyl-L-treonyl-D-izoglutamín (thr-MDP); N-acetyl-nor-muramyl-L-alanylD-izoglutamín (CGP 11637, označovaný ako nor-MDP); N-acetylmuramyl-L-alanylD-izoglutaminyl-L-alanín-2-(ľ-2’-dipalmitoyl-sn-glycero-3-hydroxyfosforyl-oxy)etylamín (CGP 19835A, označovaný ako MTP-PE); RIBI, ktorý obsahuje tri komponenty z baktérie; monofosforyl lipid A; trehalóza dimykoloát; skelet bunkovej steny (MPL + TDM + CWS) v 2 % squalén/Tween 80 emulzii; a cholera toxín. Iné, ktoré môžu byť použité, sú netoxické deriváty cholera toxínu, vrátane jeho B podjednotky, a/alebo konjugáty alebo geneticky konštruované fúzie polypeptidu H. pylori s cholera toxínom alebo s jeho B podjednotkou, procholeragenoid, hubové polysacharidy, vrátane schizofýlánu, muramylový dipeptid, deriváty muramylového dipeptidu, forbolové estery, labilné toxíny E. coli, nie-H. pylori bakteriálne lyzáty, blokové polyméry alebo saponíny.

V inom uskutočnení vakcínový prípravok obsahuje ako farmaceutický prijateľný nosič dodávací systém. Vhodné dodávacie systémy na použitie vo vakcínových prípravkoch podľa vynálezu zahŕňajú biodegradovateľné mikrokapsule alebo imunostimulačné komplexy (ISCOMs), kochleáty alebo lipozómy, geneticky konštruované oslabené živé vektory, ako napríklad vírusy alebo baktérie, a rekombinantné (chimerické) vírusu podobné častice, napr. „bluetongue. V inom uskutočnení vynálezu vakcínový prípravok obsahuje tak dodávací systém ako aj adjuvans.

Dodávací systém u ľudí môže zahŕňať entericky uvoľňujúce kapsule, ktoré chránia antigén pred kyslým prostredím žalúdka, a obsahujú polypeptid H. pylori v nerozpustnej forme ako fúzovaný proteín. Vhodné nosiče pre vakcíny podľa vynálezu sú kapsule s enterosolvatačným obalom a polyaktín-glykolidové mikrosféry. Vhodnými riedidlami sú 0,2 N NaHCO₃ a/alebo fýziologický roztok.

Vakcíny podľa vynálezu môžu byť podávané ako primárne profylaktické činidlo dospelým alebo deťom, ako sekundárna prevencia po úspešnej eradikácii H. pylorí v infikovanom hostiteľovi, alebo ako terapeutické činidlo na indukciu imunitnej odpovede vo vnímavom hostiteľovi na zabránenie infekcie H. pylorí. Vakcíny podľa vynálezu sú podávané v množstvách, ktoré odborník v oblasti ľahko určí. Takže vhodná dávka pre dospelých bude v rozmedzí od 10 pg do 10 g, výhodne od 10 pg do 100 mg, napríklad od 50 pg do 50 mg. Vhodná dávka pre dospelých bude tiež v rozmedzí od 5 pg do 500 mg. Podobné rozmedzia dávok sa budú dať použiť pre deti.

Množstvo použitého adjuvans bude závisieť od typu použitého adjuvans. Napríklad keď je slizničným adjuvans cholera toxín, je vhodne použitý v množstve od 5 pg do 50 pg, napríklad v množstve 10 pg až 35 pg. Keď je použitý vo forme mikrokapsúl, bude množstvo použité s cieľom dosiahnutia požadovanej dávky závisieť na množstve nachádzajúcom sa vmatrixe mikrokapsuiy. Určenie tohto množstva spadá do rozsahu schopností priemerného odborníka v oblasti.

Odborníci v oblasti si budú vedomí toho, že optimálna dávka bude viac či menej závisieť na pacientovej telesnej hmotnosti, chorobe, spôsobe podávania a iných faktoroch. Odborníci v oblasti si tiež budú vedomí toho, že príslušné hladiny dávok môžu byť získané na základe výsledkov týkajúcich sa známych orálnych vakcín, ako napríklad vakcín založených na E. coli lyzáte (6 mg dávka denne až do celkového množstva 540 mg) a na enterotoxínovom purifikovanom antigéne E. coli (4 dávky po 1 mg) (Schulman et al., J. Urol. 150:917-921 (1993)); Boedecker et al., American Gastroenterological Assoc. 999.A-222 (1993)). Počet dávok bude závisieť od choroby, prípravku, a údajov o účinnosti z klinických prípadov. Bez úmyslu akokoľvek obmedzovať spôsob liečby, liečenie môže byť poskytované viac ako 3 až 8 dávkami v režime primárnej imunizácie dlhšie ako 1 mesiac (Boedeker, American Gastroenterological Assoc. 888:A-222 (1993)).

Vo výhodnom uskutočnení môže byť vakcínová kompozícia podľa vynálezu založená na prípravku obsahujúcom celé zabité E. coli s imunogénnym fragmentom proteínu H. pylorí podľa vynálezu, ktorý je exprimovaný na jeho povrchu, alebo môže byť založená na lyzáte E. coli, v ktorom zabité E. coli slúžia ako nosič alebo adjuvans.

Pre odborníkov v oblasti bude zrejmé, že niektoré vakcínové kompozície podľa vynálezu sú užitočné len na prevenciu infekcie H. pylori, niektoré sú užitočné len na liečbu infekcie H. pylori, a niektoré sú užitočné tak na prevenciu, ako aj na liečbu infekcie H. pylori. \fo výhodnom uskutočnení poskytuje vakcínová kompozícia podľa vynálezu ochranu proti infekcii H. pylori stimuláciou humorálnej a/alebo bunkami sprostredkovanej imunity proti H. pylori. Je samozrejmé, že požadovaným klinickým cieľom je zlepšovanie akýchkoľvek symptómov infekcie H. pylori, zahŕňajúc zmenšovanie dávok liečiv použitých na liečbu H. pylori spôsobenej choroby, alebo zvyšovanie produkcie protilátok v sére alebo v sliznici pacientov.

VII. Protilátky reagujúce s polypeptidmi H. pylori

Vynález tiež zahŕňa protilátky špecificky reagujúce s predmetným polypeptidom H. pylori. Anti-proteínové/anti-peptidové antiséra alebo monoklonálne protilátky môžu byť vyrobené štandardnými postupmi (pozrite napríklad Antibodies: A Laboratory Manual ed. by Harlow a Lane (Cold Spring Harbor Press: 1988)). Cicavce, ako napríklad myši, škrečky a králiky, môžu byť imunizované imunogénnou formou peptidu. Techniky zabezpečujúce imunogenitu proteínu alebo peptidu, ktoré zahŕňajú konjugáciu s nosičmi, alebo iné techniky, sú známe zo stavu techniky. Imunogénna časť predmetného polypeptidu H. pylori môže byť podávaná v prítomnosti adjuvans. Postup imunizácie môže byť monitorovaný prostredníctvom detekcie titrov protilátok v plazme alebo sére. Štandardná ELISA alebo iné imunotesty s imunogénom ako antigénom môžu byť použité na zistenie hladín protilátok.

Vo výhodnom uskutočnení sú predmetné protilátky imunošpecifické pre antigénové determinanty polypeptidov H. pylori podľa vynálezu, napr. antigénové determinanty polypeptidu podľa vynálezu, ktorý je obsiahnutý v Zozname sekvencií alebo pre blízko príbuzný ľudský alebo nie ľudský cicavčí homológ (napr. s 90 % homológiou, výhodnejšie aspoň s 95 % homológiou). V ešte ďalšom výhodnom uskutočnení vynálezu anti-H. pylori protilátky v podstate nereagujú krížovo (to znamená reagujú špecificky) s proteínom, ktorý je napríklad menej ako na 80 % homologický so sekvenciou podľa vynálezu obsiahnutou v Zozname sekvencií. Výrazom „v podstate nereagujú krížovo“ sa mieni, že väzobná afinita protilátky k nehomologickému proteínu predstavuje menej ako 10 %, výhodnejšie menej ako 5 % a ešte výhodnejšie menej ako 1 % väzobnej afinity k proteínu podľa vynálezu, ktorý je obsiahnutý v zozname sekvencií. V najvýhodnejšom uskutočnení neexistuje žiadna krížová reakcia medzi bakteriálnymi a cicavčími antigénmi.

Tu použitý výraz protilátka je mienený tak, že zahŕňa jej fragmenty, ktoré tiež špecificky reagujú s polypeptidmi H. pylori. Protilátky môžu byť fragmentované použitím bežných techník a fragmenty môžu byť prehľadávané z hľadiska použiteľnosti rovnakým spôsobom, aký je popísaný vyššie pre celé protilátky. Napríklad F(ab')2 môžu byť vytvárané ošetrením protilátky pepsínom. Výsledný F(ab')2 fragment môže byť ošetrený tak, aby sa redukovali disulfidové mostíky, a tak vznikli Fab' fragmenty. Protilátky podľa vynálezu sú navyše mienené tak, že zahŕňajú bišpecifické a chimerické molekuly, ktoré majú anti-H. pylori časť.

Tak monoklonálne ako aj polyklonálne protilátky (Ab) nasmerované proti polypeptidom H. pylori alebo polypeptidovým variantom H. pylori, a fragmenty protilátok ako napríklad Fab'a F(ab’)₂, môžu byť použité na blokovanie účinku polypeptidu H. pylori a umožňujú, prostredníctvom mikroinjekcie anti-H. pylori polypeptidových protilátok podľa predloženého vynálezu, štúdium úlohy určitého polypeptidu H. pylori podľa vynálezu v aberantnej alebo nechcenej vnútrobunkovej signalizácii, ako aj pri normálnej bunkovej funkcii H. pylori.

Protilátky, ktoré špecificky viažu epitopy H. pylori, môžu byť tiež použité na imunohistochemické farbenie tkanivových vzoriek, na zhodnotenie množstva a typu expresie H. pylori antigénov. Anti H. pylori polypeptidové protilátky môžu byť použité na diagnostiku, v imunoprecipitáciách a v imunoblotingoch na detekciu a vyhodnotenie hladín H. pylori v tkanive alebo v telovej tekutine ako súčasť klinickej testovacej procedúry. Podobným spôsobom schopnosť monitorovať hladiny polypeptidu H. pylori v jedincovi môže umožniť určenie účinnosti daného liečebného režimu na jedinca, ktorý je postihnutý takouto poruchou. Hladina polypeptidu H. pylori môže byť meraná v bunkách nachádzajúcich sa v telovej tekutine, napríklad vo vzorkách moču, alebo môže byť meraná v tkanivách získaných napríklad gastrickou biopsiou. Diagnostické testy používajúce anti-tf. pylorí protilátky môžu zahŕňať napríklad imunotesty navrhnuté na včasné diagnostikovanie infekcií H. pylorí. Predložený vynález môže byť tiež použitý ako spôsob na detekciu protilátok, ktoré sú obsiahnuté vo vzorkách z jedincov, ktorí sú infikovaní touto baktériou, použitím špecifických antigénov H. pylorí.

Anti-H. pylorí polypeptidové protilátky podľa vynálezu sa môžu použiť aj na imunologické prehľadávania cDNA knižníc, ktoré sú začlenené v expresných vektoroch, ako napríklad v Xgt11, λ18-23, λΖΑΡ a XORF8. Mediátorové knižnice tohto typu, ktorých kódujúca sekvencia je začlenená do správneho čítacieho rámca a v správnej orientácii, môžu vytvárať fúzované proteíny. Napríklad Xgt11 bude vytvárať fúzované proteíny, ktorých aminokonce budú pozostávať z βgalaktozidázových aminokyseiinových sekvencií, a ktorých karboxy konce budú pozostávať z cudzieho polypeptidu. Antigénne epitopy predmetného polypeptidu H. pylorí môžu byť potom detegované protilátkami, ako napríklad, reakciou s nitrocelulózovými filtrami odobranými z infikovaných platní s anti-/7. pylorí polypeptidovými protilátkami. Fágy zachytené týmto spôsobom môžu byť potom izolované z infikovaných platní. Takže je možné detegovať prítomnosť H. pylorí génových homológov a klonovať ich z iných druhov, a je možné detegovať a klonovať alternatívne izoformy (vrátane zostrihových variantov).

VIII. Kity obsahujúce nukleové kyseliny, polypeptidy alebo protilátky podľa vynálezu

Nukleová kyselina, polypeptidy a protilátky podľa vynálezu môžu byť kombinované s inými reakčnými činidlami a tovarom na vytváranie kitov. Kity na diagnostické účely typicky obsahujú nukleovú kyselinu, polypeptidy alebo protilátky v (iekovkách alebo v iných vhodných nádobách. Kity typicky obsahujú iné reakčné činidlá na uskutočňovanie hybridizačných reakcií, na polymerázovú reťazovú reakciu (PCR), alebo na rekonštitúciu lyofilizovaných komponentov, ako napríklad vodné médiá, soli, tlmivé roztoky a podobne. Kity môžu tiež obsahovať činidlá na spracovanie vzorky, ako napríklad detergenty, chaotropické soli a podobne. Kity môžu tiež obsahovať imobilizačné prostriedky, ako napríklad častice, nosiče, jamky, odmerky a podobne. Kity môžu tiež obsahovať značkovacie prostriedky, ako napríklad farbičky, vývojové činidlá, rádioizotopy, fluorescenčné činidlá, luminiscenčné alebo chemiluminiscenčné činidlá, enzýmy, interkalačné činidlá a podobne. Využitím tu poskytnutých informácií o nukleovokyselinovej sekvencií môže odborník v oblasti ľahko zostaviť kity, ktoré budú slúžiť na určitý účel. Kity ďalej môžu obsahovať inštrukcie na použitie.

IX. Spôsoby vyhľadávania liekov použitím polypeptidov H. pylorí

Sprístupnením purifikovaných a rekombinantných polypeptidov H. pylorí predložený vynález poskytuje spôsoby, ktoré môžu byť použité na vyhľadávanie liečiv, ktoré sú buď agonistami alebo antagonistami normálnej bunkovej funkcie, v tomto prípade predmetných polypeptidov H. pylorí, alebo na určovanie ich úlohy vo vnútrobunkovej signalizácii. Takéto inhibítory alebo aktivátory môžu byť užitočné ako nové terapeutické činidlá na potlačenie infekcií H. pylorí u ľudí. Budú vhodné rôzne druhy testov a v súlade s predloženým vynálezom sú známe odborníkovi v oblasti.

V mnohých programoch na vyhľadávanie liečiv, ktoré testujú knižnice zlúčenín a prirodzených extraktov, sú popísané vysoko účinné spôsoby na získanie maximálneho počtu zlúčenín v danom časovom rozsahu. Spôsoby, ktoré sa uskutočňujú v bezbunkových systémoch, ktoré môžu byť odvodené napríklad od purifikovaných alebo semi-purífikovaných proteínov, sú často označované ako primáme prehľadávanie, pretože môžu byť vytvorené tak, že umožňujú vývoj a relatívne ľahkú detekciu zmeny v molekulárnom cieli, ktorá je sprostredkovaná testovanou zlúčeninou. Navyše v in vitro systéme v podstate môžu byť ignorované účinky bunkovej toxicity a/alebo biodostupnosti testovanej zlúčeniny. Spôsob je namiesto toho primárne zameraný na účinok liečiva na molekulárny cieľ, ktorý sa môže prejaviť zmenou väzobnej afinity k iným proteínom alebo zmenou enzymatických vlastností molekulárneho cieľa. V súlade s tým v príkladnom spôsobe prehľadávania podľa predloženého vynálezu sa cieľová zlúčenina uvedie do kontaktu s izolovaným a purifikovaným polypeptidom H. pylorí.

Prehľadávacie testy môžu byť konštruované in vitro s purifikovaným polypeptidom H. pylorí alebo jeho fragmentom, ako napríklad polypeptidom H.

pylorí, ktorý má enzymatickú aktivitu, napríklad schopnosť vytvárať detegovateľný reakčný produkt. Účinnosť zlúčeniny je možné vyhodnotiť tak, že sa vytvoria dávkové odpoveďové krivky z údajov získaných použitím rôznych koncentrácií testovanej zlúčeniny. Navyše sa môže uskutočniť aj kontrolný test, ktorý poskytne základ na porovnávanie. Vhodné produkty zahŕňajú tie, ktoré majú odlišné napríklad absorbčné, fluorescenčné alebo chemiluminiscenčné vlastnosti, pretože detekcia môže byť jednoducho automatizovaná. Rôzne syntetické alebo prirodzene sa vyskytujúce zlúčeniny môžu byť testované postupom na identifikáciu takých, ktoré inhibujú alebo zlepšujú aktivitu polypeptidu H. pylorí. Niektoré z týchto aktívnych zlúčenín môžu priamo, alebo po chemických zmenách napomáhať membránovej priepustnosti alebo rozpustnosti, môžu tiež inhibovať alebo zlepšovať určitú aktivitu (napr. enzymatickú činnosť) v celých živých bunkách H. pylorí.

Príklady uskutočnenia vynálezu

Tento vynález bude ďalej ilustrovaný nasledujúcimi príkladmi, ktoré by nemali byť považované za obmedzujúce. Obsahy všetkých citácií a publikovaných prihlášok vynálezu, ktoré sú v tejto prihláške uvedené, sú tu začlenené ako citácie.

I. Klonovanie a sekvenovanie DNA H. pylorí

Chromozomálna DNA H. pylorí bola izolovaná podľa základného DNA protokolu uvedeného v Schleif R. F. a Wensink P. C., Practical Methods in Molecular Biology, str. 98, Springer-Verlag, NY., 1981, s minimálnymi modifikáciami. V stručnosti, bunky boli peletované, resuspendované v TE (10 mM Tris, 1 mM EDTA, pH 7,6) a bol pridaný GES lyzačný tlmivý roztok (5,1 M guanídium tiokyanát, 0,1 M EDTA, pH 8,0, 0,5 % N-laurylsarkozín). Suspenzia sa schladila a bol pridaný acetát amónny (NH4AC) do finálnej koncentrácie 2,0 M. DNA bola extrahovaná, najprv chloroformom, potom fenol-chloroformom, a reextrahovaná chloroformom. DNA sa vyzrážala izopropanoiom, dva krát sa premyla 70 % EtOH, vysušila sa a resuspendovala sa v TE.

Po izolácii bola celková genomická DNA H. pylorí rozptýlená (Bodenteich et al., AutomatedDNA Sequencing and Analysis (J. C. Venter, ed.), Academic Press,

1994) na strednú veľkosť 2000 bp. Po rozptýlení sa DNA koncentrovala a rozdelila na štandardnom 1 % agarózovom géle. Niekoľko frakcií, zodpovedajúcich približným veľkostiam 900-1300 bp, 1300-1700 bp, 1700-2200 bp, 2200-2700 bp, sa vyrezalo z gélu a purifikovalo GeneClean postupom (Bio101, Inc.).

Purifikovaným DNA fragmentom sa potom zatupili konce použitím T4 DNA polymerázy. Ošetrená DNA sa potom ligovala s unikátnymi BstXI-linker adaptérmi v 100 až 1000 násobnom molárnom nadbytku. Tieto vektory sú komplementárne ku BstXI-cut pMPX vektorom, zatiaľ čo pretŕčajúce konce nie sú navzájom komplementárne. Takže linkery nebudú vytvárať konkataméry, ani poštiepený vektor nebude ľahko spätne ligovať sám so sebou. Linkermi upravené inzerty boli v 1 % agarózovom géle oddelené od nezačlenených linkerov a bolí purifikované použitím GeneCleanu. Linkerom upravené inzerty boli potom ligované do každého z 20 pMPX vektorov, čím sa skonštruovala séria „shotgun“ subklonových knižníc. Vektory obsahujú lacZ gén mimo čítacieho rámca v klonovacom mieste, ktorý sa dostáva do čítacieho rámca, v prípade, že je klonovaný adaptér-dimér, čo umožňuje získať modré sfarbenie.

Všetky ďalšie kroky sú založené na multiplex DNA sekvenačných protokoloch uvedených v Church G. M. and Kiefľer-Higgins S., Science 240:185188, 1988. Zvýraznené sú len hlavné modifikácie protokolov. V stručnosti, každý z 20 vektorov bol potom transformovaný do DH5a kompetentných buniek (Gibco/BRL, DH5a transformačný protokol). Knižnice boli zhodnotené prostredníctvom platovania na antibiotikové platne obsahujúce ampicilín, meticilín a IPTG/Xgal. Platne sa inkubovali cez noc pri 37 °C. Úspešné transformanty boli potom umiestnené na platne a na zhromažďovanie do viacnásobných zásob. Klony boli odpichnuté do 40 ml kultúr rastového média. Kultúry rástli cez noc pri 37 °C. DNA bola purífikovaná použitím kitov Qiagen Midi-prep a kolón Tip-100 (Qiagen, Inc.). Týmto spôsobom sa získalo 100 mg DNA na zásobu. Pätnásť 96 jamkových platní DNA bolo vytvorených na získanie 5 až 10 násobného riedenia sekvencie predpokladajúc 250-300 bázovú priemernú dĺžku.

Tieto purifikované vzorky DNA boli potom sekvenované použitím multiplex DNA sekvenovania založeného na chemických degradačných metódach (Church

G. M. a Kieffer-Higgins S., Science 240:185-188, 1988) alebo Sequithrem (Epicenter Technologies) dideoxy sekvenačnými postupmi. Sekvenačné reakčné zmesi sa podrobili elektroforéze a boli prenesené na nylonové membrány priamym transferom elektroforézy z 40 cm gélov (Richterich P. a Church G. M., Methods in Enzymology 218:187-222, 1993) alebo elektroblotingom (Church, vyššie). Na jednom géle bežalo 24 vzoriek. 45 pozitívnych membrán bolo vytvorených chemickým sekvenovaním a 8 dideoxy sekvenovaním. DNA bola kovalentne naviazaná na membrány tým, že boli vystavené ultrafialovému žiareniu a DNA hybridizovala so značenými oligonukleotidmi komplementárnymi ku príveskovým sekvenciám vektorov (Church, vyššie). Membrány sa premyli, aby sa odmyli nešpecifický naviazané sondy, a boli exponované na rôntgenový film, aby sa vizualizovali jednotlivé sekvenčné rebríky. Po autorádiografii sa odstránila hybridizovaná sonda inkubovaním pri 65 °C a hybridizačný cyklus sa opakoval s inou príveskovou sekvenciou, až kým membrána nebola preverená sondami 38 krát pre chemické sekvenačné membrány a 10 krát pre dideoxy sekvenačné membrány. Takže z každého gélu sa vytvorilo veľké množstvo filmov, z ktorých každý obsahoval novú sekvenčnú informáciu. Kedykoľvek bol spracovávaný nový blot, vždy bol najprv sondovaný na vnútornú štandardnú sekvenciu, ktorá bola pridaná do každej zásoby.

Boli vytvárané digitálne obrazy filmov použitím laserového skenovacieho denzitometra (Molecular Dynamics, Sunnyvale, CA). Digitalizované obrazy boli spracovávané na počítačových pracovných staniciach (VaxStation 4000’s) použitím programu REPLICA™ (Church et al., Automated DNA Sequencing and Analysis (J. C. Venter, ed.), Academic Press, 1994). Spracovanie obrazu zahŕňalo vyrovnávanie línií, nastavenie kontrastu tak, aby sa vyrovnali rozdiely intenzity, a zosilnenie rozlišovania prostredníctvom mnohonásobnej gausovej dekonvolúcie. Sekvencie boli potom automaticky vybrané v REPLICA™ a podrobené interaktívnemu preverovaciemu čítaniu pred tým, ako boli uskladnené v projektovej databáze. Preverovacie čítanie sa uskutočňovalo rýchlym vizuálnym skenovaním filmového obrazu, a potom nasledovalo klikanie myšou na pásy na zobrazenom obraze, aby sa modifikovali záznamy báz. Bolo možné detegovať a opraviť mnohé sekvenčné chyby, pretože mnohonásobné sekvenčné čítania pokrývajúce rovnakú časť genomickej DNA poskytujú adekvátny sekvenčný nadbytok pre editovanie.

Každej sekvencií sa automaticky priradilo identifikačné číslo (zodpovedajúce mikrotitračnej platni, sondovej informácii a číslu súpravy). Toto číslo slúži ako trvalý identifikátor sekvencie, takže je vždy možné identifikovať pôvod akejkoľvek konkrétnej sekvencie bez návratu do špecializovanej databázy.

Rutinné zostavovanie sekvencií H. pylorí sa uskutočňovalo použitím programu FALCON (Church, Church et al., Automated DNA Sequenicng and Analysis (J. C. Venter, ed.), Academic Press, 1994). Bolo overené, že tento program je rýchly a spoľahlivý pre väčšinu sekvencií. Zostavené kontigy boli zobrazené použitím modifikovanej verzie GelAssemble, vyvinutej Genetics Computer Group (GCG) (Devereux et al., Nucleic Acid Res. 12:387-95, 1984), ktorá interaguje s REPLICA™. To poskytlo integrovaný editor, ktorý umožňuje, aby obrazy mnohonásobných sekvenčných gélov boli okamžite vyvolané z databázy REPLICA™ a zobrazené, čo umožňuje rýchle skenovanie kontigov a preverovacie čítanie gélových stôp, keď nastane nezrovnalosť medzi rôznymi sekvenčnými záznamami v zostave.

II. Identifikácia, kionovanie a expresia rekombinantných sekvencií DNA H. pylorí

Aby sa uľahčilo kionovanie, expresia a purifikácia membránových a vylučovaných proteínov z H. pylorí, bol vybraný silný génový expresný systém pET Systém (Novagen) na kionovanie a expresiu rekombinantných proteínov v E. coli. Aby sa uľahčilo čistenie rekombinantných proteínových produktov, bola tiež na 3' koniec DNA cieľovej sekvencie fúzovaná DNA sekvencia kódujúca peptidový prívesok, His-prívesok. 3' koniec bol vybraný na fúziu preto, aby sa zabránilo zmene akejkoľvek 5' terminálnej signálnej sekvencie. Výnimkou z vyššie uvedeného bol ppiB, gén klonovaný na použitie ako kontrola v testoch expresie. V tomto teste sekvencia H. pylorí ppiB obsahuje sekvenciu DNA kódujúcu Hisprívesok fúzovaný na 5’ koniec celého génu, pretože proteínový produkt tohto génu neobsahuje signálnu sekvenciu a je exprimovaný ako cytoplazmický proteín.

PCR amplifikácia a klonovanie sekvencií DNA obsahujúcich ORF membránových a vylučovaných proteínov z kmeňa Helicobacter pylorí J99

Vybrané sekvencie (zo zoznamu DNA sekvencií podľa vynálezu) na klonovanie z kmeňa H. pylorí J99 boli pripravené amplifikačným klonovaním prostredníctvom polymerázovej reťazovej reakcie (PCR). Boli navrhnuté a kúpené syntetické oligonukleotidové priméry (tabuľka 3) špecifické pre 5’ a 3' konce otvorených čítacích rámcov (ORF) (GibcoBRL Life Technologies, Gaithersburg, MD, USA). Všetky priame priméry (špecifické pre 5' koniec sekvencie) boli navrhnuté tak, aby zahŕňali Ncol klonovacie miesto na úplnom 5* konci, s výnimkou HpSeq. 4821082 kde bolo použité Ndel. Tieto priméry boli navrhnuté tak, aby umožňovali iniciáciu proteínovej transiácie na metionínovom zvyšku, za ktorým nasleduje valínový zvyšok a kódujúca sekvencia zvyšnej prirodzenej sekvencie DNA H. pylorí. Výnimkou je sekvencia H. pylorí 4821082, kde po iniciátorovom metioníne okamžite nasleduje zvyšok prirodzenej sekvencie DNA H. pylorí. Všetky reverzné priméry (špecifické pre 3’ koniec akéhokoľvek H. pylorí ORF) obsahovali EcoRI miesto na úplnom 5' konci, čo umožnilo klonovanie každej sekvencie H. pylorí do čítacieho rámca pET-28b. pET-28b vektor poskytuje sekvenciu kódujúcu ďalších 20 karboxyterminálnych aminokyselín (len 19 aminokyselín pri HpSeq. 26380318 a HpSeq. 14640637) vrátane 6 histidínových zvyškov (na úplnom Ckonci), ktoré tvoria His-prívesok. Výnimkou s vyššie uvedeného, ako už bolo poznamenané, je vektor konštruovaný pre ppiB gén. Syntetický oligonukleotidový primér špecifický pre 5* koniec ppiB génu kódoval BamHI miesto na svojom úplnom 5' konci, a primér pre 3’ koniec ppiB génu kódoval Xhol miesto na svojom úplnom 5* konci.

Tabuľka 3

Oligonukleotidové priméry použité na PCR amplifikáciu sekvencií DNA H. pylorí

Proteíny vonkajšej membrány

Priamy primér 5’ až 3'

Reverzný primér 5’ až 3’

Proteíny vonkajšej membrány	Priamy primér 5’ až 3’	Reverzný primér 5' až 3’
Proteín 16225006	5-TATACCATGGTGGG	5-ATGAATTCGAGTA
	CGCTAA-3' (sekvencia č. 195)	AGGATTTTTG-3* (sekvencia č. 196)
Proteín 26054702	5’-TTAACCATGGTGA	5’-TAGAATTCGCATA
	AAAGCGATA-3' (sekvencia č. 197)	ACGATCAATC-3’ (sekvencia č. 198)
Proteín 7116626	5’-ATATCCATGGTGA	5’-ATGAATTCAATTT
	GTTTGATGA-3' (sekvencia č. 199)	TTTATTTTGCCA-3’ (sekvencia č. 200)
Proteín 29479681	5'-AATTCCATGGTGG	5'-ATGAATTCTCGAT
	GGGCTATG-3' (sekvencia č. 201)	AGCCAAAATC-3' (sekvencia č. 202)
I Proteín 14640637	5’-AATTCCATGGTG	5’-AAGAATTCTCTA
	CATAACTTCCATT-3' (sekvencia č. 203)	GCATCCAAATGGA-3' (sekvencia č. 204)
Periplazmatické/vylu čované proteíny
Proteín 30100332	5'-ATTTCCATGGTCATG	5’-ATGAATTCCATC
	TCTCATATT-3' (sekvencia č. 205)	TTTTATTCCAC-3’ (sekvencia č. 206)
I Proteín 4721061	5'-AACCATGGTGATTT TAAGCATTGAAAG-3’ (sekvencia č. 207)	5'-AAGAATTCCAC
	TCAAAAl 1 111 IAACA G-3’ (sekvencia č. 208)
Iné povrchové proteíny

Proteíny vonkajšej membrány	Priamy primér 5’ až 3’	Reverzný primér 5' až 3'
Proteín 4821082	5'-GATCATCCATATGTT	5'-TGAATTCAACCA
	ATCTTCTAAT-3’ (sekvencia č. 209)	TTTTAACCCTG-3’ (sekvencia č. 210)
Proteín 978477	5-TATACCATGGTGAA	5-AGAATTCAATT
	ATTTT ľ ľCTTTTA-3’ (sekvencia č. 211)	GCGTCTTGTAAAAG-3’ (sekvencia č. 212)
Proteín vnútornej membrány
Proteín 26380318	5-TATACCATGGTGAT	5’-ATGAATTCCCACTT
	GGACAAACTC-3’ (sekvencia č. 213)	GGGGCGATA-3’ (sekvencia č. 214)
Cytoplazmatický proteín
ppi	5’-TTATGGATCCAAAC	5'-TATCTCGAGTTATA
	CAATTAAAACT-3’ (sekvencia č. 215)	GAGAAGGGC-3' (sekvencia č. 216)

Genomická DNA pripravená z kmeňa H. pylori J99 (ATCC č. 55679; uloženého prostredníctvom Genome Therapeutics Corporation, 100 Beaver Street, Waitham, MA 02154) bola použitá ako zdroj templátovej DNA pre PCR amplifikačné reakcie (Current Protocois in Molecular Biofogy, John Wiley a Sons, Inc., F. Ausubel et al., vyd., 1994). Na amplifikáciu sekvencie DNA obsahujúcej ORF H. pylori bola genomická DNA (50 nanogramov) umiestnená do reakčnej nádoby obsahujúcej 2 mM MgCfe, 1 mikromoláme syntetické oligonukleotidové priméry (priame a reverzné priméry) komplementárne k ORF H. pylori a ohraničujúce ho, 0,2 mM z každého deoxynukleotid trifosfátu; dATP, dGTP, dCTP, dTTP a 2,5 jednotky termostabilnej DNA polymerázy (Amplitaq, Roche Molecular

Systems, Inc., Branchburg, NJ, USA) do konečného objemu 100 mikrolitrov. Na získanie produktov amplifikovaných DNA boli použité nasledujúce podmienky termálneho cyklovania; pre každý ORF bol použitý Perkin Elmer Cetus/ GeneAmp PCR System 9600 termálneho cyklovania:

Proteín 26054702, Proteín 7116626, Proteín 29479681, Proteín 30100332, a Proteín 4821082;

Denaturácia pri 94 °C - 2 min, cykly pri 94 °C-15 s, 30 °C -15 s a 72 °C -1,5 min 23 cyklov pri 94 °C -15 s, 55 °C -15 s a 72 °C -1,5 min Reakcie boli ukončené pri 72 “C - 6 minút.

Proteín 16225006;

Denaturácia pri 94 °C - 2 min, cyklov pri 95 °C -15 s, 55 °C -15 s a 72 °C -1,5 min

Reakcia bola ukončená pri 72 °C - 6 minút.

Proteín 4721061;

Denaturácia pri 94 °C - 2 min, cykly pri 94 °C -15 s, 36 °C -15 s a 72 °C -1,5 min cyklov pri 94 °C -15 s, 60 °C -15 s a 72 °C -1,5 min

Reakcie boli ukončené pri 72 °C - 6 minút.

Proteín 26380318;

Denaturácia pri 94 °C - 2 min, cykly pri 94 °C -15 s, 38 °C -15 s a 72 °C -1,5 min cyklov pri 94 °C -15 s, 62 °C -15 s a 72 °C -1,5 min

Reakcie boli ukončené pri 72 °C - 6 minút.

Proteín 14640637;

Denaturácia pri 94 “C - 2 min, cykly pri 94 ^eC -15 s, 33 °C -15 s a 72 ^eC -1,5 min cyklov pri 94 °C -15 s, 55 °C -15 s a 72 °C -1,5 min

Reakcie boli ukončené pri 72 °C - 6 minút.

Podmienky amplifikácie H. pylori ppiB;

Denaturácia pri 94 °C - 2 min, cykly pri 94 °C -15 s, 32 ’C -15 s a 72 C -1,5 min cyklov pri 94 ’C - 15 s, 56 ’C -15 s a 72 ’C -1,5 min

Reakcie boli ukončené pri 72 °C - 6 minút

Po ukončení termálnych cyklovacích reakcií bola každá vzorka amplifikovanej DNA premytá a purifikovaná použitím purifikačného kitu Qiaquick Spin PCR (Qiagen, Gaithersburg, MD, USA). Všetky amplifikované vzorky DNA sa štiepili reštrikčnými endonukleázami, Ncol a EcoRI (New England BioLabs, Beverly, MA, USA), alebo v prípade HpSeq. 4821082 (sekv. č.: 1309), s Ndel a EcoRI (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, Inc., F. Ausubel et al., vyd., 1994). Vzorky DNA boli podrobené elektroforéze na 1,0 % NuSeive (FMC BioProducts, Rockland, ME USA) agarózovom géle. DNA bola vizualizovaná vystavením etídium bromidu a UV žiareniu s veľkou vlnovou dĺžkou. DNA obsiahnutá v pásikoch izolovaných z agarózového gélu bola purifikovaná použitím Bio 101 GeneClean Kit protokolu (Bio 101 Vista, CA, USA).

Klonovanie sekvencií DNA H. pylori do prokaryotického expresného vektora pET28b

Vektor pET-28b bol pripravený na klonovanie tak, že sa poštiepil s Ncol a EcoRI, alebo v prípade H. pylori proteínu 4821082 s Ndel a EcoRI (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, Inc., F. Ausubel et al., vyd., 1994). V prípade kionovania ppiB bol použitý pET-28a vektor, ktorý kóduje Hisprívesok tak, že môže byť fúzovaný na 5* koniec začleneného génu, a klonovacie miesto pre klonovanie ppiB génu bolo pripravené štiepením s BamHI a Xhol reštrikčnými endonukleázami.

Po poštiepení boli DNA inzerty kionované (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, Inc., F. Ausubel et al., vyd., 1994) do predtým poštiepeného pET-28b expresného vektora, s výnimkou amplifikovaného inzertu ppiB, ktorý bol klonovaný do pET-28a expresného vektora. Produkty ligačnej reakcie boli potom použité na transformáciu BL21 kmeňa E. coli (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, Inc., F. Ausubel et al., vyd., 1994) ako je popísané nižšie.

Transformácia kompetentných baktérií rekombinantnými plazmidmi

Kompetentné baktérie, kmeň E coliBL2A alebo kmeň E. coli BL21(DE3), boli štandardnými spôsobmi transformované rekombinantnými pET expresnými plazmidmi nesúcimi klonované sekvencie H. pylori (Current Protocols in Molecular, John Wiley and Sons, Inc., F. Ausubel et al., vyd., 1994). V stručnosti, 1 mikroliter ligačnej reakcie sa zmiešal s 50 mikrolitrami elektrokompetentných buniek a boli podrobené impulzu vysokého napätia, po ktorom sa vzorky inkubovali v 0,45 mililitroch SOC média (0,5 % kvasnicový extrakt, 2,0 % tryptón, 10 mM NaCl, 2,5 mM KCI, 10 mM MgCI₂, 10 mM MgSO₄ a 20 mM glukóza) pri 37 °C s miešaním počas 1 hodiny. Vzorky boli potom vysiate na LB agarové platne obsahujúce 25 mikrogramovZml kanamycín sulfátu, kde rástli cez noc. Transformované kolónie BL21 boli odpichnuté a analyzované na zhodnotenie klonovaných inzertov, ako je popísané nižšie.

Identifikácia rekombinantných pET expresných plazmidov nesúcich sekvencie H. pylori

Individuálne BL21 transformované rekombinantnými pET-28b-H. pylori ORF boli analyzované prostredníctvom PCR amplifikáde klonovaných inzertov použitím rovnakých priamych a reverzných primérov špecifických pre každú sekvenciu H. pylori, ktoré boli použité v pôvodných PCR amplifikačných klonovacích reakciách. Úspešná amplifikácia potvrdila integráciu sekvencií H. pylori do expresného vektora (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, Inc., F. Ausubel et al., vyd., 1994).

Izolácia a príprava plazmidovej DNA z BL21 transformantov

Individuálne klony rekombinantných pET-28b vektorov nesúcich správne klonované ORF H. pylori sa odobrali a inkubovali v 5 ml LB média s 25 mikrogramami/ml kanamycín sulfátu cez noc. Na nasledujúci deň bola izolovaná plazmidová DNA a purífikovala sa použitím Qiagen plazmidového purifikačného protokolu (Qiagen Inc., Chatsworth, CA, USA).

Expresia rekombinantných sekvencií H. pylori v E. coli pET vektor sa môže rozmnožovať v akomkoľvek kmeni E. coli K-12 napr. HMS174, HB101, JM109, DH5, a pod., za účelom kionovania alebo prípravy plazmidu. Hostitelia pre expresiu zahŕňajú kmene E. coli obsahujúce chromozomálnu kópiu génu pre T7 RNA polymerázu. Títo hostitelia sú lyzogénmi bakteriofága DE3, lambda derivátu, ktorý nesie lacl gén, lacUV5 promótor a gén pre T7 RNA polymerázu. T7 RNA polymeráza sa indukuje pridaním izopropyl-B-Dtiogalaktozidu (IPTG), a T7 RNA polymeráza transkribuje akýkoľvek cieľový plazmid, ako napríklad pET-28b, nesúci T7 promótor a cieľový gén. Použité kmene zahŕňajú: BL21(DE3) (Studier, F. W., Rosenberg, A. H., Dunn, J. J., a Dubendorff, J. W. (1990) Meth. Enzymol. 185, 60-89).

Za účelom expresie rekombinantných sekvencií H. pylori bolo 50 nanogramov plazmidovej DNA, izolovanej ako je popísané vyššie, použitých na transformáciu kompetentných BL21(DE3) baktérií, ako je popísané vyššie (poskytnuté Novagenom ako časť kitu pre pET expresný systém). LacZ gén (βgalaktozidáza) bol exprimovaný v pET-Systéme, ako je popísané pre rekombinantné konštrukty H. pylori. Transformované bunky boli kultivované v médiu SOC 1 hodinu, a kultúra sa potom platovafa na LB platne obsahujúce 25 mikrogramov/ml kanamycín sulfátu. Na nasledujúci deň sa bakteriálne kolónie zozbierali a rástli v LB médiu obsahujúcom kanamycín sulfiát (25 mikrogramov/ml) do optickej hustoty pri 600 nM rovnej 0,5 až 1,0 O.D. jednotiek. V tomto bode sa dodalo 1 mílimolárne IPTG do kultúry na 3 hodiny na indukciu génovej expresie rekombinantných konštruktov DNA H. pylori.

Po indukcii génovej expresie s IPTG sa baktérie usadili centrifugáciou vSorvall RC-3B centrifúge pri 3500 x g počas 15 minút pri 4°C. Pelety sa suspendovali v 50 mililitroch chladeného 10 mM Tris-HCI, pH 8,0, 0,1 M NaCI a 0,1 mM EDTA (STE tlmivý roztok). Bunky sa potom centrifugovali pri 2000 x g počas min pri 4°C. Mokré pelety sa odvážili a zmrazili pri -80 “C, kým neboli pripravené na proteínovú purifikáciu.

III. Purifikácia rekombinantných proteínov z E. coli

Analytické metódy

Koncentrácie purifikovaných proteínových prípravkov sa kvantifikovali spektrofotometricky použitím absorpčného koeficientu vypočítaného z obsahu aminokyselín (Perkins, S. J. 1986 Eur. J. Biochem. 157, 169-180). Proteínové koncentrácie boli tiež merané spôsobom podľa Bradford, M. M. (1976) Anál. Biochem. 72, 248-254, a Lowry, O. H., Rosebrough, N., Farr, A. L. & Randall, R. J. (1951) J. Biol. Chem. 193, strany 265-275, s použitím hovädzieho sérového albumínu ako štandardu.

SDS-polyakrylamidové gély (12 % alebo gély s 4,0 až 25 % akrylamidovým gradientom) sa kúpili od BioRad (Hercules, CA, USA), a boli farbené Coomassie modrou. Markery molekulovej hmotnosti zahŕňali králičí skeletálno-svalový myozín (200 kDa), E. coli β-galaktozidázu (116 kDa), králičiu svalovú fosforyiázu B (97,4 kDa), hovädzí sérový albumín (66,2 kDa), ovalbumín (45 kDa), hovädziu karbonickú anhydrázu (31 kDa), sójový trypsínový inhibítor (21,5 kDa), lyzozým vaječného bielka (14,4 kDa) a hovädzí aprotinín (6,5 kDa).

1. Purifikácia rozpustných proteínov

Všetky kroky sa uskutočňovali pri 4 °C. Zmrazené bunky sa roztopili, resuspendovaii v 5 objemoch lyzačného tlmivého roztoku (20 mM Tris, pH 7,9, 0,5 M NaCI, 5 mM imidazol s 10 % glycerolom, 0,1 % 2-merkaptoetanol, 200 mg/ml lyzozým, 1 mM fenylmetylsulfonyl fluorid (PMSF), a 10 gg/ml každého z leupeptínu, aprotinínu, pepstatínu, L-1-chlór-3-[4-tozylamido]-7-amino-2-heptanónu (TLCK), L1-chlór-3-[4-tozylamido]-4-fenyl-2-butanónu (TPCK) a sójového trypsínového inhibitora), a boli rozdrvené niekoľkými prechodmi cez maloobjemový mikrofluidizér (Model M-110S, Microfluidics International Corporation, Newton, MA). Bol vyrobený výsledný 0,1 % Brij 35 homogenát, ktorý sa centrifugoval pri 100 000 x g 1 hodinu, aby sa získal čistý supernatant (surový extrakt).

Po filtrácii cez 0,8 mm Super filter (Gelman Sciences, FRG) sa surový extrakt naniesol priamo na Ni²⁺-nitrilotriacetát-agarózu (NTA) s 5 mililitrovým nanášacím objemom (Hochuli, E., Dbeli, H., a Schacheer, A. (1987) J. Chromatography 411, 177-184), ktorá bola pre-ekvilibrovaná vlyzačnom tlmivom roztoku obsahujúcom 10 % glycerol, 0,1 % Brij 35 a 1 mM PMSF. Kolóna sa premyla 250 ml (50 nanášacích objemov) lyzačného tlmivého roztoku obsahujúceho 10 % glycerol, 0,1 % Brij 35, a bola eluovaná následnými krokmi: lyzačným tlmivým roztokom obsahujúcim 10% glycerol, 0,05% Brij 35, 1 mM PMSF, a postupne 20, 100, 200, a 500 mM imidazolu. Frakcie boli monitorované prostredníctvom absorbancie pri OD280 nm, a vrcholové frakcie sa analyzovali prostredníctvom SDS-PAGE. Frakcie obsahujúce rekombinantný proteín sa eluovali pri 100 mM imidazole.

Rekombinantný proteín 14640637 a proteíny β-galaktozidáza (IacZ) a peptidylprolyl cis-trans izomeráza (ppiB)

Frakcie obsahujúce rekombinantné proteíny z Ni²⁺-NTA-agarózových kolón sa zozbierali a boli koncentrované do približne 5 ml centrífugačnou filtráciou (Centriprep-10, Amicon, MA), a priamo sa naniesli na 180 mi kolónu (1,6 x 91 cm) so Sephacryl S-100 HR gélovým filtračným médiom ekvilibrovaným v tlmivom roztoku A (10 mM Hepes, pH 7,5,150 mM NaCl, 0,1 mM EGTA) a bežali v tlmivom roztoku A pri 18 ml/h. Frakcie obsahujúce rekombinantný proteín sa identifikovali prostredníctvom absorbancie pri 280 nm a analyzovali sa na SDS-PAGE. Frakcie sa zozbierali a boli koncentrované centrífugačnou filtráciou.

Rekombinantný proteín 7116626

Frakcie obsahujúce rekombinantný proteín z Ni²⁺-NTA-agarózovej kolóny sa zozbierali a cez noc sa dialyzovali oproti 1 litru dialyzačného tlmivého roztoku (10 mM MOPS, pH 6,5, 50 mM NaCl, 0,1 mM EGTA, 0,02 % Brij 35 a 1 mM PMSF). Ráno sa biela zrazenina odstránila centrifugáciou a výsledný supernatant bol nanesený na 8 ml (8 x 75 mm) MonoS vysoko účinnú kvapalnú chromatografickú kolónu (Pharmacia Biotechnology, Inc., Piscataway, NJ, USA) ekvilibrovanú vtlmivom roztoku B (10 mM MOPS, pH 6,5, 0,1 mM EGTA) obsahujúcom 50 mM NaCI. Kolóna sa premyla 10 nanášacími objemami tlmivého roztoku B obsahujúceho 50 mM NaCI, a vyvíjala sa 50 ml lineárnym gradientom zvyšujúceho sa NaCI (50 až 500 mM). Rekombinantný proteín 7116626 sa eluoval ako ostrý pík pri 300 mM NaCI.

2. Purifikácia nerozpustných proteínov z inklúznych teliesok

Nasledujúce kroky sa uskutočňovali pri 4 °C. Bunkové pelety boli suspendované v lyzačnom tlmivom roztoku s 10% glycerolom, 200 mg/ml lyzozýmom, 5 mM EDTA, 1 mM PMSF a 0,1 % merkaptoetanolom. Po prechode cez rozrušovač buniek bol vytvorený výsledný homogenát miešaný s 0,2 % deoxychofátom 10 minút, potom sa centrifugoval pri 20 000 x g počas 30 min. Pelety sa premyli lyzačným tlmivým roztokom obsahujúcim 10 % glycerol, 10 mM EDTA, 1 % Triton X-100, 1 mM PMSF a 0,1 % merkaptoetanol, a potom nasledovalo niekoľko premývaní lyzačným tlmivým roztokom obsahujúcim 1 M močovinu, 1 mM PMSF a 0,1 % 2-merkaptoetanol. Výsledný biely pelet sa skladal primárne s inklúznych teliesok bez nerozbitých buniek a membránového materiálu.

Rekombinantné proteíny 26054702,16225006, 30100332,4721061

Nasledujúce kroky sa uskutočňovali pri laboratórnej teplote. Purifikované inklúzne telieska boli rozpustené v 20 ml 8,0 M močoviny v lyzačnom tlmivom roztoku s 1 mM PMSF a 0,1 % 2-merkaptoetanolom a inkubovali sa pri laboratórnej teplote 1 hodinu. Materiály, ktoré sa nerozpustili, boli odstránené centrifugáciou. Čistý supernatant sa prefiltroval a potom sa naniesol na Ni²⁺-NTA agarózovú kolónu pre-ekvilibrovanú v 8,0 M močovine v lyzačnom tlmivom roztoku. Kolóna sa premyla 250 ml (50 nanášacích objemov) lyzačného tlmivého roztoku obsahujúceho 8 M močovinu, 1,0 mM PMSF a 0,1 % 2-merkaptoetanol a vyvíjala sa následnými krokmi lyzačného tlmivého roztoku obsahujúceho 8 M močovinu, 1 mM PMSF, 0,1 % 2-merkaptoetanol a postupne 20, 100, 200, a 500 mM imidazol. Frakcie sa monitorovali absorbanciou pri OD₂bo nm a pikové frakcie sa analyzovali

100 na SDS-PAGE. Frakcie obsahujúce rekombinantný proteín sa eluovali pri 100 mM imidazole.

Rekombinantné proteíny 29479681,26380318

Pelet obsahujúci inklúzne telieska bol rozpustený v tlmivom roztoku B, ktorý obsahuje 8 M močovinu, 1 mM PMSF a 0,1 % 2-merkaptoetanol, a bol inkubovaný 1 hodinu pri laboratórnej teplote. Nerozpustné materiály sa odstránili centrifugáciou pri 20 000 x g počas 30 min a vyčistený supernatant sa naniesol na 15 ml (1,6 x 7,5 cm) SP-Sepharose kolónu pre-ekvilibrovanú v tlmivom roztoku B, 6 M močovina, 1 mM PMSF, 0,1 % 2-merkaptoetanol. Po premytí 10 nanášacími objemami bola kolóna vyvinutá lineárnym gradientom od 0 do 500 mM NaCI.

Dialýza a koncentrácia proteínových vzoriek

Močovina bola pomaly odstránená z proteínových vzoriek dialýzou oproti fyziologickému roztoku tlmenému Tris (TBS; 10 mM Tris pH 8,0, 150 mM NaCI) obsahujúcemu 0,5 % deoxychoiát (DOC) s postupne sa znižujúcou koncentráciou močoviny, nasledovne: 6 M, 4 M, 3 M, 2 M, 1 M, 0,5 M a nakoniec TBS bez močoviny. Každý dialyzačný krok sa uskutočňoval minimálne 4 hodiny pri laboratórnej teplote.

Po dialýze sa vzorky koncentrovali tlakovou filtráciou použitím miešaných buniek Amicon. Koncentrácie proteínov boli merané použitím spôsobov podľa Perkins (1986 Eur. J. Biochem. 157,169-180), Bradford ((1976) Anál. Biochem. 72, 248-254) a Lowry ((1951) J. Biol. Chem. 193, strany 265-275).

Rekombinantné proteíny purifikované vyššie popísanými spôsobmi sú zhrnuté v nižšie uvedenej tabuľke 4.

101

Tabuľka 4

J99 identifik. sekvencie	Homológ identif. protred. BLAST	Génový symbol homoló- ga	Bakt. bunk. frakcia použitá na purifikáciu rekombinant. proteínu	Spôsob purifikácie	Relatívna mol. hmotn na SDSPAGE géle	Konečná kone. puríf. proteínu	Zloženie tlmivého roztoku

Vonkajšie membránové proteíny

I
116225006	P28635	YEAC	Inklúzne telieska	His-Tag	18 kDa	5 mg/ml	B
I26054702	P15929	flgH	Inklúzne telieska	His-Tag	37 kDa	1.18 mg/ml	B
						—	suchý pelet
Iľ116626	P26093	e(P4)	Rozpustná frakcia	His-Tag	29 kDa	0.8 mg/ml	A
						1.85 mg/ml	C
I2947968I	P13036	fecA	Inklúzne telieska	SP- Sepharose	23 kDa	2.36 mg/ml	B
						0.5 mg ml	B
						—	ako suchý pelet
14640637	P16665	TPF1	Rozpustná frakcia	His-Tag	17 kDa	2.4 mg/ml	A
				gélová filtrácia S100 HR

Periplazmatické/vylučované proteíny

102

3010032	P23847	dppA	Inklúzne telieska	His-Tag	11 kDa	2.88 mg/ml	B
4721061	P36175	GCP	Inklúzne telieska	His-Tag	38 kDa	2.8 mg/ml	B

Iné povrchové proteíny

4821082	P08089	M proteín	Inklúzne telieska	His-Tag	20 kOa	1.16 mg/ml	B
978477	L28919	FBP54	Inklúzne telieska	SP- Sepharose	44 kDa	2.56 mg/ml	B
						0.3 mg/ml	B

Vnútorné membránové proteíny

26380318	P15933	fliG	Inklúzne telieska	SP- Sepharose	11 kDa	22 mg/ml	B

J99	Homológ	génový	Bakt. bunk.	Spôsob	Relatívna	Konečná	Zloženie
Identifik.	identif.	symbol	frakcia použitá	purifikácie	Mol.	kone. purif.	tlmivého
sekvencie	protred. BLAST	homológ a	na purifikáciu rekombinant. proteínu		Hmotn na SDSPAGE géli	proteínu	roztoku

Kontrolné proteíny s His-príveskom

I
	P00722	lacZ	Rozpustná frakcia	His-Tag	116 kDa	10 mg/ml	A
				gélová filtrácia S200 HR
		ppiB	Rozpustná frakcia	His-Tag	21 kDa	4.4 mg/ml	A
				gélová filtrácia S100 HR

103

|- Zloženie tlmivých roztokov:
A=10 mM Hepes pH 7,5,150 mM NaCI, 0,1 mM EGTA
B= 10 mM Tris pH 8,0,150 mM NaCI, 0,5 % DOC
C= 10 mM MOPS pH 6,5, 300 mM NaCI, 0,1 EGTA

IV. Analýza proteínov H. pylorí ako vakcínových kandidátov

S cieľom analyzovať proteíny H. pylorí na použitie vo vakcínovom prípravku podľa vynálezu sa niekoľko proteínov H. pylorí exprimovalo, imunologický charakterizovalo a testovalo v štúdiách účinnosti na zvieratách, ako je načrtnuté nižšie. Špecificky sa vyšetrovali imunomodulačné účinky proteínov H. pylorí na modeli myš/H pylorí, ktorý napodobňuje infekciu ľudským H. pylorí u ľudí. V týchto štúdiách sa určoval účinok orálnej imunizácie vybraných polypeptidov H. pylorí u myší infikovaných H. pylorí.

Identifikácia, klonovanie a expresia rekombinantných sekvencií Helicobacter pylorí

Na uľahčenie klonovania, expresie a purifikácie membránových a/alebo vylučovaných proteínov z H. pylorí sa vybral systém expresie génu pET (Novagen) na klonovanie a expresiu rekombinantných proteínov v Escherichia coli. Ďalej pre proteíny, ktoré majú signálovú sekvenciu na svojom amino-konci, sa fúzovala sekvencia DNA kódujúca peptidový prívesok (His-tag) na 5' koniec zaujímavých sekvencií DNA H. pylorí, aby sa uľahčilo čistenie rekombinantných proteínových produktov.

Amplifikácia PCR a klonovanie sekvencií DNA obsahujúcich ORF pre membránové a vylučované proteíny z kmeňa Helicobacter pylorí J99.

Sekvencie vybrané (zo zoznamu sekvencií DNA podľa vynálezu) na klonovanie z kmeňa H. pylorí J99 sa pripravili na amplifikačné klonovanie polymerázovou reťazovou reakciou (PCR). Všetky vybrané sekvencie kódujú proteíny vonkajšej membrány H. pylorí, pričom sekvencie vac9 (sekvencia č. 125),

104 vac10 (sekvencia č. 147), vac22 (sekvencia č. 121) a vac41 (sekvencia č. 176) všetky majú koncový fenylalanínový zvyšok. Podobne sekvencie vac32 (sekvencia č. 108), vac36 (sekvencia č. 149) a vac37 (sekvencia č. 139) všetky majú koncový fenylalanínový zvyšok a tyrozínový klaster na C-konci. Syntetické oligonukleotidové priméry pre každý predmetný ORF (tabuľka 5) špecifické pre predpovedaný zrelý 5’ koniec ORF a smerom nadol (3') od predpovedaného translačného terminačného kodónu boli navrhnuté a kúpené (GibcoBRL Life Technologies, Gaithersburg, MD, USA). Všetky priame priméry (špecifické pre 5’ koniec predmetnej oblasti ORF) boli navrhnuté tak, aby zahŕňali reštrikčné miesto Samlll nasledované reštrikčným miestom Ndel. Tieto priméry boli navrhnuté tak, aby umožnili iniciáciu proteínovej translácie na metionínovom zvyšku kódujúcom v rámci sekvencie miesta reštrikcie Ndel (v prípade produkcie nie His-príveskového rekombinantného proteínu) alebo prífúzovanie rámca so sekvenciou DNA kódujúcou His-tag (na produkciu Hispríveskového rekombinantného proteínu), nasledovanou kódovacou sekvenciou na zvyšok natívnej DNA H. pylorí. Všetky reverzné oligonukleotidové priméry (špecifické pre smer nadol (3') od predpovedaného translačného terminačného kodónu ORF) boli navrhnuté tak, aby zahŕňali miesto reštrikcie EcoRI na konci 5*. Táto kombinácia primérov by umožnila kionovanie každého predmetného ORF do pET28b (na produkovanie His-príveskového rekombinantného proteínu) alebo pET30a (na produkciu nie His-príveskového alebo natívneho rekombinantného proteínu). Vektor pET28b poskytuje sekvenciu kódujúcu ďalších 20 aminokoncových aminokyselín (plus metionín v reštrikčnom mieste Ndel) vrátane úseku šiestich histidínových zvyškov, ktoré tvoria His prívesok.

Genomická DNA pripravená z kmeňa H. pylorí J99 (ATCC 55679) sa použila ako zdroj templátovej DNA pre amplifikačné reakcie PCR (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, Inc., F. Ausubel eŕ al., eds., 1994). Na zosilnenie sekvencie DNA obsahujúcej špecifický ORF H. pylorí sa zaviedla genomická DNA (50 nanogramov) do reakčnej skúmavky obsahujúcej 200 nanogramov priameho aj reverzného syntetického oligonukleotidového priméra špecifického pre predmetný ORF a 45 mikrolitrov kúpeného PCR SuperMix (GibcoBRL Life Technologies, Gaithersburg, MD, USA) v celkovom objeme 50 mikrolitrov. PCR SuperMix sa dodáva v koncentráciách 1,1 X a obsahuje 22 mM Tris-HCI (pH 8,4), 55 mM KCI, 1,65 mM MgCk, 220 mikromólov každého

105 z nasledujúcich: dATP, dCTP, dGTP a dTTP, 22 jednotiek rekombinantnej Taq polymerázy/ml a stabilizátory. Nasledujúce termálne cyklovacie podmienky sa použili na získanie amplifikovaných DNA produktov pre každý ORF pomocou termálneho cykiovača Perkin Elmer Cetus/Gene Amp PCR System.

Tabuľka 5: Oiigonukleotidové priméry

Gén	Priamy primér	Reverzný primér
vac9 (nt sekvencia č. 28) (aa sekvencia č. 125)	CGCGGATCCATATGGCTGAAA AAACGCCTTTTTTTAAAACTAA AAACCAC (SEKVENCIA Č. 257)	CCGGAATTCATCAGTATTCAA TGGGAATAAAGCC (SEKVENCIA Č. 258)
vac10 (nt sekvencia č. 50) (aa sekvencia č. 147)	CGCGGATCCATATGAAAGAAG AAGAAAAAGAAGAAAAAAAGA CAGAAAGG (SEKVENCIA Č. 259)	CCGGAATTCGCTTAAAAGAAA ATAGTCCCCCAAACGC (SEKVENCIA Č. 260)
vac22 (nt sekvencia č. 24) (aa sekvencia č. 121)	CGCCGGATCCATATGAAAGAG GTCATTCCACCCCTTCAACCC C (SEKVENCIA Č. 261)	CCGGAATTCATATAAATATCA TATAGGCAGAAAAAC (SEKVENCIA Č. 262)
vac32 (nt sekvencia č. 11) (aa sekvencia č. 108)	CGCGGATCCATATGGAGGCA GAGCTTGATGAAAAATC (SEKVENCIA Č. 263)	CCGGAATTCGATTGATTTTGT CAAATCTAAAATCCC (SEKVENCIA Č. 264)

106

vac36 (hop B) (nt sekvencia č. 52) (aa sekvencia č. 149)	TATTATACATATGGAAGAAGAT GGG (SEKVENCIA Č. 265)	TAATCTCGAGTTTAGAAGGCG TA (SEKVENCIA Č. 266)
vac37 (i-hop) (nt sekvencia č. 42) (aa sekvencia č. 139)	TTATATTCATATGGAAGACGAT GGC (SEKVENCIA Č. 267)	AATTCTCGAGCCTCTTTATAA GCC (SEKVENCIA Č. 268)
vac41 (nt sekvencia č. 79) (aa sekvencia č. 176)	CGCGGATCCATATGGTAGAAG CCTTTCAAAAACACCAAAAAGA CGG (SEKVENCIA Č. 269)	CCGGAATTCGGAGCCAATAG GGAGCTAAAGCC (SEKVENCIA Č. 270)

Sekvencie pre Vac32, Vac9 a Vac22

Denaturácia pri 94 °C počas 30 s cyklov pri 94 ’C počas 15 s, 55 °C počas 15 s a 72 °C počas 1,5 min Reakcie boli ukončené pri 72 °C počas 8 minút

Sekvencie pre Vac10 a Vac41

Denaturácia pri 94 °C počas 30 s cyklov pri 94 °C počas 15 s, 55 “C počas 15 s a 72 °C počas 2,5 min Reakcie boli ukončené pri 72 °C počas 8 minút

Sekvencie pre Vac36 a Vac37

Denaturácia pri cykloch pri 94 ’C počas 15 s, 30 °C počas 15 s a 72 °C počas 1,5 min 23 cykloch pri 94 ’C počas 15 s, 55 °C počas 15 s a 72 ’C počas 1,5 min

107

Reakcie boli ukončené pri 72 °C počas 6 minút

Po skončení termálnych cyklovacích reakcií sa každá vzorka amplifikovanej DNA podrobila elektroforéze na 1,0% agarózových géloch. DNA sa vizualizovala expozíciou etídium bromidom a dlhovlnným UV žiarením a vyrezala sa v gólových rezoch. DNA sa vyčistila pomocou Wizard PCR Preps Kit (Promega Corp., Madison, Wl, USA), a potom sa podrobila štiepeniu s SamHI a EcoRI (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, Inc., F. Ausubel eŕ al., eds., 1994). Štiepený PCR amplikón sa potom znova podrobil elektroforéze a čisteniu ako v predchádzajúcom prípade.

Ligácia sekvencií DNA H. pylori do klonovacích vektorov

Vektor pOK12 (J. Vieira a J. Messing, Gene 100:189-194, 1991) sa pripravil na klonovanie štiepením s SamHI a EcoRI v prípade Vac9, 10, 22, 31 a 32, zatiaľ čo vektor pSU21 (B. Bartolome eŕ al., Gene 102:75-78, 1991) sa pripravil na klonovanie štiepením s SamHI a EcoRI v prípade Vac 41 (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, Inc., F. Ausubel eŕ al., eds., 1994). Vektory sa podrobili elektroforéze na 1,0% agarózových géloch a vyčistili sa pomocou kitu Wizard PCR Preps (Promega Corp., Madison, Wl, USA). Po ligácii vyčisteného štiepeného vektoru a vyčisteného štiepeného amplifikovaného ORF H. pylori sa produkty ligačnej reakcie transformovali na kompetentné bunky E. coli JM109 podľa štandardných metód (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, Inc., F. Ausubel etal., eds., 1994). Jednotlivé bakteriálne kolónie sa skrínovali na tie, ktoré obsahovali správne rekombinantné plazmidy inkubáciou v tekutom roztoku kultúry LB cez noc (plus 25 ug/ml kanamycin sulfátu pre plazmidy na báze pOK12 alebo 25 ug/ml chloramfenikolu pre plazmidy na báze pSU21), po čom nasledovala príprava plazmidovej DNA pomocou systému Mágie Minipreps (Promega Corp., Madison, Wl, USA) a potom sa analyzovali reštrikčným štiepením (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, Inc., F. Ausubel etal., eds., 1994).

108

Klonovanie sekvencií DNA H. pylori do prokaryotických expresných vektorov pET28b a pET30a

Expresné vektory pET28b a pET30a boli pripravené na klonovanie štiopením s Ndel a EcoRI (Current Protocols in Molecular Bioiogy, John Wiley and Sons, Inc., F. Ausubel et al., eds., 1994). Sekvencie DNA H. pylori sa odstránili z plazmidových reťazcov pOK12 (Vac9, 10, 23, 31 a 32) alebo pSU21 (Vac41) štiepením s Ndel a EcoRI (Current Protocols in Molecular Bioiogy, John Wiley and Sons, Inc., F. Ausubel eŕ al., eds., 1994). Sekvencie DNA pET28b, pET30a a H. pylori sa podrobili elektroforéze na 1 % agarózovom géle a vyčistili sa pomocou kitu Wizard PCR Preps (Promega Corp., Madison Wl, USA). Po ligácii vyčisteného štiepeného expresného vektoru a vyčistených štiepených sekvencií DNA H. pylori sa produkty ligačnej reakcie transformovali na kompetentné bunky E. coli JM109 (Current Protocols in Molecular Bioiogy, John Wiley and Sons, inc., F. Ausubel eŕ al., eds., 1994). Jednotlivé bakteriálne kolónie sa skrínovali na tie, ktoré obsahovali správne rekombinantné piazmidy prípravou plazmidovej DNA podľa vyššie uvedeného popisu s nasledujúcou analýzou reštrikčnými štiepnymi profilmi a sekvenovaním DNA (Current Protocols in Molecular Bioiogy, John Wiley and Sons, Inc., F. Ausubel etal., eds., 1994). Tieto rekombinantné piazmidy sa potom použili na transformáciu špecifických expresných kmeňov E. coli.

Transformácia kompetentných baktérií s rekombinantnými expresnými plazmidmi

Kompetentné bakteriálne kmene (BL21(DE3), BL21(DE3)pLyS, HMS174(DE3) a HMS174(DE3)pLysS sa pripravili a transformovali s rekombinantnými expresnými plazmidmi nesúcimi klonované sekvencie H. pylori podľa štandardných metód (Current Protocols in Molecular Bioiogy, John Wiley and Sons, Inc., F. Ausubel eŕ al., eds., 1994). Tieto expresné hostiteľské kmene obsahujú chromozomálnu kópiu génu pre T7 RNA polymerázu. Títo hostitelia sú lyzogény bakteriofágu DE3, lambda derivát, ktorý nesie gén lacl, promótor lacUV5 a gén pre T7 RNA polymerázu. Expresia T7 RNA polymerázy sa indukuje pridaním izopropyl-Q-D-tiogalaktozidu (1PTG) a T7 RNA poiymeráza potom transkribuje akýkoľvek cieľový plazmid, napríklad pET28b, ktorý nesie sekvenciu promótora T7 a predmetný gén.

109

Expresia rekombinantných sekvencií H. pylori v E. coli

Transformanty sa zozbierali zLB agarových platničiek obsahujúcich 25 ug/ml kanamycín sulfátu (zabezpečuje udržiavanie rekombinantných plazmidov na báze pET28b) a použili sa na naočkovanie roztoku kultúry obsahujúceho 25 ug/ml kanamycín sulfátu a kultivovali sa na optickú hustotu 0,5 až 1,0 OD jednotiek pri 600 nm, kedy sa do kultúry pridával 1 mM 1PTG počas jednej až troch hodín, aby sa indukovala génová expresia rekombinantných konštrukcií DNA H. pylori. Po indukovaní génovej expresie pomocou 1PTG sa baktérie peletovali centrifugáciou a resuspendovali sa v solubilizačnom tlmivom roztoku SDS-PAGE a podrobili sa SDS-PAGE (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, inc., F. Ausubel et al., eds., 1994). Proteíny sa vizualizovali vyvolaním pomocou Coomassie brilantnej modrej alebo sa detegovali pomocou Western immunoblotting s použitím špecifickej anti-His príveskovej monoklonálnej protilátky (Clontech, Palo Alto, CA, USA) pomocou štandardných metód (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, Inc., F. Ausubel et al., eds., 1994). Hostiteľský kmeň, ktorý poskytol najvyššiu úroveň produkcie rekombinantného proteínu sa potom vybral na použitie v indukcii vo veľkom meradle s cieľom čistenia rekombinantného proteínu. Všetky nasledujúce uvedené proteíny boli exprimované rekombinantné a kmeň dávajúci najvyššie úrovne expresie bol zaznamenaný: BL21(DE3) (vac31, vac26, vac37); BL21(DE3) pLysS (vac 9, 32); HMS174(DE3) (vac10,11).

Čistenie rekombinantných proteínov a generovanie špecifického antiséra

Kultúry vo veľkom meradle sa očkovali a pestovali podľa vyššie uvedeného postupu a indukovali sa pomocou 1 mM 1PTG počas 3 hodín. Po indukcii sa baktérie peletovali centrifugovaním v centrifúge Sorvall pri 3500 x g počas 15 min pri 4 °C. Všetky exprimované rekombinantné proteíny boli prítomné v nerozpustnej frakcii inklúznych teliesok. Inklúzne telieska sa čistili podľa štandardných protokolov (Antibodies, Cold Spring Harbor Laboratory Press, E. Harlow a D. Lane, eds., 1988). Rekombinantný proteín produkovaný vac32 sa solubilizoval v 8 M močovine a čiastočne sa vyčistil niklovou chromatografiou (odkaz). Denaturované rekombinantné proteíny sa čistili elektroforézou na géloch SDS-PAGE a po

110 vizualizácii pomocou Coomassie brilantnej modrej sa proteín z gélu vyrezal a gélové rezy sa homogenizovali. Tento materiál sa použil na vyvolanie tvorby špecifických polyklonálnych protilátok v myšiach alebo králikoch podľa štandardných protokolov (Antibodies, Cold Spring Harbor Laboratory Press, E. Harlow and D. Lane, eds., 1988).

Imunologická charakterizácia rekombinantných proteínov

Vo všetkých prípadoch pokusov o vyvolanie tvorby protilátky sa generovalo antisérum vysokého titra, čo potvrdzovalo imunogenicitu rekombinantných proteínov. Ďalej sa tieto špecifické antiséra použili na analýzu, či sa proteín kódovaný klonovaným génom exprimoval v H. pylori. Analýza Western Immunoblot pomocou štandardných protokolov (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, Inc., F. Ausubel et al., eds., 1994) potvrdila, že kmeň H. pylori J99 skutočne exprimoval proteiny očakávanej molekulovej hmotnosti , ktoré reagovali santisérom vac10, vac32, vac31 a vac36. Špecifické antisérum sa použilo aj na určenie úrovne antigénovej konzervácie medzi veľkým počtom izolátov H. pylori, ktoré sa získali z rozličných zemepisných miest po celom svete a zo všetkých typov klinických prejavov vrátane gastritídy, vredu duodena, žalúdočných vredov a rakoviny žalúdka. Zistilo sa, že každý kmeň produkoval proteín, ktorý reagoval špecificky s každým antisérom.

Ďalej sa bunky H. pylori z kmeňov J99, 17874, AH244 a SS1 frakcionovali do rôznych bunkových kompartmentov (Doig a Trust 1994 Infect. Immun. 62:45264533: O’Toole eŕ al. 1995 J. Bacteriol. 177:6049-6057). Špecifické antisérum sa použilo na sondovanie týchto frakcií pomocou Western Immunobiot na identifikovanie frakcie, v ktorej sa nachádzal proteín. Vo všetkých prípadoch bol imunoreaktívny proteín prítomný vo vonkajšej membráne, ako bolo predpovedané vlastnosťami sekvencií a prehľadávaním motívov tu opísanými.

111

Demonštrácia účinnosti proteínu ako vakcíny

Čistenie vac36 na štúdie účinnosti

Všetky nasledujúce kroky sa uskutočnili pri 4 °C. Bunkové pelety sa resuspendovali v 5 objemoch lýzneho tlmivého roztoku na gram buniek (50 mM fosfátu sodného pH 8,0, 0,5 M NaCl, 5mM imidazolu) s 10 mM EDTA, 1 mM fenylmetylsulfonyl fluoridu (PMSF) a 0,1 % β-merkaptoetanolu, a rozbité niekoľkými prechodmi cez maloobjemový mikrofluidizér (Model M-110S, Microfluidics International Corporation, Newton, MA). Výsledný homogenát sa pripravil s 0,2 % deoxycholátu sodného (DOC), miešal sa 20 minút a potom sa centrifugoval (10 000 g x 30 min). Pelety sa premyli dvakrát lýznym tlmivým roztokom obsahujúcim 10 mM EDTA, 1 % Triton X-100, 1 mM PMSF a 0,1 % β-merkaptoetanolom, potom lýznym tlmivým roztokom obsahujúcim 1 M močoviny, 1 mM PMSF a 0,1 % βmerkaptoetanolu. Získaná biela peleta je zložená predovšetkým z inklúznych teliesok bez nerozbitých buniek a membránových látok.

Inklúzne telieska sa rozpustili v 20 ml 6 M guanidín-HCI v lýznom tlmivom roztoku s 1 mM PMSF a 0,1 % β-merkaptoetanolu a inkubovali sa na ľade 1 hodinu. Látky, ktoré sa nerozpustili, sa odstránili centrifugovaním (100 000 g x 30 min.) Priezračný matečný roztok sa prefiltroval cez 0,8 pm Supor filter (Gelman Sciences, SRN) a potom sa naniesol priamo na 10 ml Ni²⁺ - NTA agarózovú kolónu (Hochuli et al. 1987) pre-ekvilibrovanú v 6M guanidín-HCI v lýznom tlmivom roztoku obsahujúcom 1 mM PMSF a 0,1 % β-merkaptoetanol. Kolóna sa premyla 20 ml (2 nanášacie objemy) lýzneho tlmivého roztoku obsahujúceho 6 M guanidínHCI, 1 mM PMSF a 0,1 % β-merkaptoetanolu, potom sa zmes guanidín-HCI pomaly odstránila pomocou 100 ml lineárneho gradientu (od 6 M do 0 M guanidínHCI) lýzneho tlmivého roztoku obsahujúceho 0,5 % Brij 35, 1 mM PMSF, 0,1 % βmerkaptoetanolu. Potom sa kolóna vyvinula s 25 ml lineárneho gradientu vzrastajúcej koncentrácie imidazolu (5 až 500 mM) v lýznom tlmivom roztoku obsahujúcom 0,5 % Brij 35, 1 mM PMSF a 0,1 % β-merkaptoetanolu. Rekombinantné proteíny sa eluujú ako pík s centrom pri 100 mM imidazolu.

112

Frakcie obsahujúce rekombinantné proteíny sa spojili, nakoncentrovali na približne 8 ml centrífúgovou filtráciou (Centriprep-10, Amicon, MA) a naniesli priamo na 350 ml kolónu (2,2 x 91 cm) Sephacyl S-100 HR gélovofiltračné médium ekviiibrované v tlmivom roztoku A (50 mM fosfát sodný, pH 8,0, 500 mM NaCI, 0,1 mM EGTA, 1 mM PMSF, 0,1 % β-merkaptoetanolu, 0,5 % Brij 35) a eluovali sa vtimivom roztoku A pri 30 ml/h. Frakcie obsahujúce rekombinantný proteín sa identifikovali absorbanciou pri 280 nm a analyzovali pomocou SDS-PAGE. Frakcie sa spojili, nakoncentrovali na 1,5 až 2 mg/mi a dialyzovali cez noc oproti 10 mM fosfátu sodného pH 7,5, 150 mM NaCI, 0,1 mM EGTA a 0,5% Brij 35. Koncentrácia proteínu vdialyzáte sa kvantifikovala a potom alikvotovala pred zmrazením na -20 ’C.

Myšací model infekcie Heticobacter pylorí

Myší model infekcie H. pylorí sa získal infekciou myší C57BL/6 kmeňom H. pylorí Sydney SS1 a použil sa na vyhodnotenie účinnosti rekombinantnej H. pylorí vac36. Tento na myši adaptovaný kmeň H. pylorí je cagA+ vacA+, vykazuje kolonizačné úrovne u myší C57BL/6 ekvivalentné úrovniam pozorovaným u ľudí, tvorí adhézne piedestály, kolonizuje najmenej 8 mesiacov a vyvoláva chronickoaktívnu gastritídu a mukotickú atrofiu (Lee etal., Gastroenterology, 112:1386-1397, 1997). Štúdie reakcie na dávky ukázali 100 % miery infekcie na príbuzensky plemenených myšiach C57BL/6 a Balb/C pri 8 týždňov po napadnutí jediným očkovaním 10® organizmami.

Vyhodnotenie žalúdočnej infekcie H. pylorí

Prítomnosť organizmov H. pylorí v žalúdočnom tkanive sa určila kultivovaním žalúdočného tkaniva a kvantitatívnou ureázovou skúškou. V tejto druhej metóde sa pozdĺžny segment antra predstavujúci približne 1/4 celkovej antrálnej oblasti umiestnil do 1 ml močovinového roztoku kultúry. Po 4 hodinách sa kvantifikoval rozsah zmeny farby v dôsledku hydrolýzy močoviny a zvýšeného pH pomocou spektrofotometríckého merania Α₅₅₀ (Fox eŕ al., Immunol. 88:400-406, 1996). Citlivosť skúšky je ~ 10³ organizmov H. pylorí. Pozitívne (infikované H. pylorí) žalúdočné tkanivo bolo definované ako vzorka vykazujúca 2 štandardné odchýlky

113 nad strednou hodnotou A550 získanou zo skupiny nenapadnutých neinfikovaných vekovo zhodných kontrolných myší.

Vyhodnotenie lokálnej imunitnej reakcie na imunizáciu v žalúdočnom tkanive

Pozdĺžne sekcie žalúdočného tkaniva z pažerákovej až duodenálnej oblasti sa obalili OCT obaľovacou zmesou, zmrazili sa v kvapalnom dusíku a kryosekcie sa imunologický vyvolali monoklonálnymi protilátkami rozoznávajúcimi bunky CD4+ alebo CD8+T alebo antisérom proti myšaciemu IgA na identifikáciu IgA obsahujúceho (IgACC) plazmové bunky (Pappo et al., Infect. Immun. 63:12461252, 1995). Stupeň lokálnej žalúdočnej imunitnej reakcie sa vyjadril kvantitatívne ako počet buniek CD4*· CD8* alebo IgACC na mm² skúmanej žalúdočnej oblasti.

Ochranná aktivita čisteného rekombinantného antigénu H. pylori vac36

Schopnosť čisteného rekombinantného antigénu vac36 odvodeného od H. pylori zasahovať do zavedenia infekcie H. pylori sa skúmala na myšiach. Skupiny (n=10) 6-8 týždňov starých samíc myší C57BL/6 sa imunizovali orálne 4 krát v týždňových intervaloch nasledovne: 1) 100 pg rekombinantného antigénu vac36 a 10 μg adjuvans cholera toxínu (CT), 2) 1 mg lyzátových antigénov H. pylori a 10 μg CT, a 3) 0,2 M bikarbonátového tlmivého roztoku a 10 ug CT adjuvans. Myši boli pokusne infikované o 2 týždne neskôr 3 po sebe nasledujúce dni orálnym podávaním 10⁸ organizmov H. pylori. Experiment sa ukončil 2 týždne po pokusnom infikovaní a hladina infekcie H. pylori sa vyhodnotila počtami bakteriálnych kolónií a kvantitatívnymi ureázovými skúškami.

Orálna imunizácia antigénom vac36 interferovala so zavedením infekcie H. pylori pri pokusnej infekcii živými organizmami H. pylori. Myši imunizované čisteným rekombinantným antigénom vac36 vykazovali signifikantne nižšiu úroveň kolonizácie H. pylori podľa vyhodnotenia na základe aktivity žalúdočnej ureázy a počtov baktérií (tabuľka 6). Orálna imunizácia antigénom vac36 mala tiež za následok generovanie lokálnej ochrannej žalúdočnej imunitnej odozvy. Vyššie počty buniek CD4+T a IgACC sa získali v žalúdočných tkanivách myší

114 imunizovaných pomocou vac36 v porovnaní s neimunizovanými myšami infikovanými H. pylori (tabuľka 7).

Tabuľka 6

Rekombinantný antigén vac36 chráni myši pred pokusným infikovaním H. pylori

Očkovaná skupina	Aktivita ureázy8	Pb	Bremeno H. pylori®	pb
vac36	0,199±0,080	0,0022	55 800112 599	0,0125
lyzát H. pylori	0,05710,007	0,0002	2 3601955	0,0002
tlmivý roztok	1,65510,420	-	131 000118 391	-

a Aktivita ureázy je vyjadrená ako stredná hodnota A₅so± SEM duplicitných antrálnych vzoriek z n=10 myší/skupinu.

b podľa Wilcoxon Rank Sum Test v porovnaní s myšami imunizovanými samotným CT adjuvans c Hladina H. pylori v žalúdočnom tkanive bola vyhodnotená na základe počtov baktérií a je uvedená ako stredné kolónie tvoriace jednotky ± SEM

115

Tabuľka 7

Myši imunizované vac36 generujú lokálnu gastrickú imunitnú odozvu pri pokusnej infekcii H. pylorí

Očkovaná skupina	CD4+	CD8+	IgACC
vac36	kardia	korpus	antrum	kardia	korpus	antrum	kardia	korpus	antrum
33±9a	54 ±8*	31 ±8	3±2	0	1 ± 1	24 ±12	79 ±16	67 ±13
LyzátH. pylorí	31 ±13	36 ±19	24±8	4±2	2±1	2±1	31 ±9	73 ± 13*	79 ±15
tlmivý roztok	12±2	27±8	18±4	1 ±1	0	0	4±2	30 ±13	46 ±14

^a Stredný počet buniek/mm² žalúdočnej oblasti ± SEM p < 0,05 podľa Wilcoxon Rank Sum Test v porovnaní s neimunizovanými myšami infikovanými

H. pylorí

V. Analýza sekvenčnej odchýlky génov kmeňov Helicobacter pylorí

Aby sa porovnala DNA a odvodená aminokyselinová sekvencia, boli klonované a sekvenované štyri gény z niekoľkých kmeňov H. pylorí. Táto informácia bola použitá na určenie sekvenčnej odchýlky medzi kmeňom H. pylorí J99, a inými kmeňmi H. pylorí izolovanými z ľudských pacientov.

Príprava chromozomálnej DNA

Kultúry kmeňov H. pylorí (uvedené v tabuľke 10) rástli v BLBB (1 % Tryptón, 1 % peptamín 0,1 % glukóza, 0,2% kvasničný extrakt 0,5% chlorid sodný, 5% fetálne hovädzie sérum) do 0,2 pri OD₆₀₀. Bunky sa centrifugovali v Sorvall RC-3B pri 3500 x g pri 4 ’C počas 15 minút a pelet sa suspendoval v 0,95 ml 10 mM TrisHCI, 0,1 mM EDTA (TE). Pridal sa lyzozým do konečnej koncentrácie 1 mg/ml spolu s SDS do 1 % a RNAáza A + T1 do 0,5 mg/ml a 5 jednotiek/ml a reakčná zmes sa inkubovala pri 37 °C jednu hodinu. Potom sa pridala proteináza K do konečnej koncentrácie 0,4 mg/ml a vzorka sa inkubovala pri 55 °C viac ako jednu hodinu. Do vzorky sa pridal NaCI do koncentrácie 0,65 M, tá sa potom opatrne

116 premiešala a pridalo sa 0,15 ml 10% CTAB v 0,7 M NaCI (finálne 1% CTAB/70 mM NaCI), nasledovala inkubácia pri 65 °C 20 minút V tomto bode sa vzorky extrahovali zmesou chloroformu a izoamylalkoholu, extrahovali sa s fenolom a extrahovali sa znova zmesou chloroformu a izoamylalkoholu. DNA sa precipitovala buď EtOH (1,5-násobok objemu) alebo izopropanoiom (0,6-násobok objemu) pri -70 °C počas 10 minút, premyla sa v 70 % EtOH a suspendovala sa v TE.

PCR amplifikácia a klonovanie.

Ako zdroj templátovej DNA na PCR amplifikačné reakcie bola použitá genomická DNA pripravená z dvanástich kmeňov Helicobacter pylori (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, Inc., F. Ausubel et al., vyd, 1994). Na amplifikáciu sekvencie DNA obsahujúcej ORF H. pylori sa genomická DNA (10 nanogramov) umiestnila do reakčnej nádoby obsahujúcej 2 mM MgCI₂, 1 mikromolárne syntetické oligonukleotidové priméry (priame a reverzné priméry, pozrite tabuľku 8) komplementárne s okrajmi ORF H. pylori, 0,2 mM každého z deoxynukleotid trifosfátov; dATP, dGTP, dCTP, dTTP a 0,5 jednotky termostabilnej DNA polymerázy (Amplitaq, Roche Molecular Systems, Inc., Branchburg, NJ, USA) do konečného objemu 20 mikrolitrov v duplicitných reakciách.

Tabuľka 8

Oligonukleotidové priméry použité na PCR amplifikáciu sekvencií DNA H. pylori

I Proteíny vonkajšej membrány	Priamy primár 5' až 3’	Reverzný primár 5’ až 3'
Proteín 26054702	5-TTAACCATGGTGAAAA	5*-TAGAATTCGCCTCTAA
(pre kmene AH4, AH 15, AH61, 5294, 5640, AH18 a AH244)	GCGATA-3* (sekvencia č. 217)	AACTTTAG-3* (sekvencia č. 218)
Proteín 26054702	5*-TTAACCATGGTGAAAA	5*-TAGAATTCGCATAA
(pre kmene AH5, 5155, 7958, AH24 a J99)	GCGATA-3* (sekvencia č. 219)	CGATCAATC-3* (sekvencia δ. 220)
Proteín 7116626	5*-ATATCCATGGTGAGTT	5*-ATGAATTCAATTTT
	TGATGA-3’ (sekvencia č. 221)	TTATTTTGCCA-3’ (sekvencia č. 222)

117

I Proteín 29479681	5-AATTCCATGGCTATC CAAATCCG-3' (sekvencia δ. 223)	5-ATGAATTCGCCAAAA TCGTAGTATT-3' (sekvencia č. 224)
Proteín 346	5'-GATACCATGGAATTT	5'-TGAATTCGAAAAAGTG
	ATGAAAAAG-3' (sekvencia	TAGTTATAC-3’ (sekvencia č.
	č. 225)	226)

Nasledujúce podmienky termálneho cyklovania boli použité na získanie amplifikovaných DNA produktov pre každý ORF použitím Perkin Elmer Cetus/ GeneAmp PCR System 9600 termálneho cyklovača:

Proteín 7116626 a proteín 346;

Denaturácia pri 94 °C - 2 min, cykly pri 94 °C -15 s, 30 °C -15 s a 72 ’C -1,5 min cyklov pri 94 ’C -15 s, 55 °C pri 15 s a 72 °C -1,5 min

Reakcie boli ukončené pri 72 °C - 6 minút.

Proteín 26054702 pre kmene AH5, 5155, 7958, AH24 a J99;

Denaturácia pri 94 C - 2 min, cykly pri 94 °C -15 s, 30 °C -15 s a 72 °C -1,5 min cyklov pri 94 ’C -15 s, 55 ’C -15 s a 72 ’C -1,5 min

Reakcia bola ukončená pri 72 ’C - 6 minút.

Proteín 26054702 a proteín 294796813 - kmene AH4, AH15, AH61, 5294, 5640, AH18aHp244;

Denaturácia pri 94 ’C - 2 min, cykly pri 94 ’C -15 s, 30 ’C - 20 s a 72 C - 2 min cyklov pri 94 ’C -15 s, 55 ’C - 20 s a 72 ’C - 2 min

Reakcie boli ukončené pri 72 ’C - 8 minút.

Po ukončení termálnych cyklických reakcií sa každý pár vzoriek zlúčil a bol použitý priamo na klonovanie do pCR klonovacieho vektora, ako je popísané nižšie.

118

Klonovanie sekvencii DNA H. pylorí do klonovacieho vektora pCR TA

Všetky amplifikované inzerty boli klonované do vektora pCR 2.1 spôsobom popísaným v originálnom klonovacom kite TA (Invitrogen, San Diego, CA). Produkty ligačnej reakcie boli potom použité na transformáciu TOP10F* (INVaF’ v prípade H. pylorí sekvencie 350) kmeňa E. coli, ako je popísané nižšie.

Transformácia kompetentných buniek rekombinantnými plazmidmi

Kompetentné baktérie E coli kmeňa TOP10F' alebo E. coli kmeňa INVaF' boli transformované rekombinantnými pCR expresnými plazmidmi nesúcimi klonované sekvencie H. pylorí podľa štandardných metód (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, Inc., F. Ausubel et al., editors, 1994). V stručnosti, 2 mikrolitre 0,5 mikromolárneho BME sa pridalo do každej skúmavky s 50 mikrolitrami kompetentných buniek. Následne sa 2 mikrolitre ligačnej reakčnej zmesi primiešali ku kompetentným bunkám a inkubovali sa na ľade 30 minút. Bunky a ligačná zmes boli potom vystavené „tepelnému šoku“ pri 42 °C počas 30 sekúnd a následne boli umiestnené na ľad na ďalšie 2 minúty, po ktorých sa vzorky inkubovali v 0,45 mililitra SOC média (0,5 % kvasničný extrakt, 2,0 % tryptón, 10 mM NaCl, 2,5 mM KCI, 10 mM MgCfe, 10 mM MgSO4 a 20 mM glukóza) pri 37 °C s premiešavaním počas jednej hodiny. Vzorky sa potom vysiali na LB agarové platne obsahujúce 25 mikrogramov/ml kanamycín sulfátu alebo 100 mikrogramov/ml ampicilínu a rástli cez noc. Transformované kolónie TOP10F' alebo INVaF* sa potom odobrali a analyzovali na zhodnotenie klonovaných inzertov, ako je popísané nižšie.

Identifikácia rekombinantných PCR plazmidov nesúcich sekvencie H. pylorí

Jednotlivé klony TOP10F* alebo INVaF' transformované rekombinantnými pCR-Η. pylorí ORF sa analyzovali PCR amplifikáciou klonovaných inzertov použitím rovnakých priamych a reverzných primérov špecifických pre každú sekvenciu H. pylorí, ktoré boli použité v pôvodných PCR amplifikačných reakciách. Úspešná amplifikácia potvrdila začlenenie sekvencii H. pylorí do klonovacieho vektora

119 (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, inc., F. Ausubel et al., vyd., 1994).

Jednotlivé klony rekombinantných pCR vektorov nesúcich správne klonované ORF H. pylorí boli odobraté na sekvenčnú analýzu. Sekvenčná analýza sa uskutočňovala na ABI Sekvenátore použitím štandardných protokolov (Perkin Elmer), použitím vektor špecifických primérov (nachádzajúcich sa v PCRII alebo pCR2.1, Invitrogen, San Diego, CA), a sekvenačných primérov špecifických pre ORF, ktoré sú uvedené v tabuľke 9 nižšie.

Tabuľka 9

Oiigonukleotidové priméry použité na sekvenovanie sekvencií DNA H. pylorí

I Proteíny V vonkajšej I membrány	Priame priméry 5’ až 3’	Reverzné priméry 5’ až 3'
Proteín 26054702	5'CCCTrCATTTTAGAAAT CG-3' (sekvencia č. 227) S’ATTTCAACCAATTCAAT GCG-3’ (sekvencia č. 228) S’GCCCCTTTTGATTTGAA GCT-3’ (sekvencia č. 229) 5’TCGCTCCAAGATACCAA GAAGT-3' (sekvencia č. 230) 5’CTTGAATTAGGGGCAAA GATCG-3' (sekvencia č. 231) 5’ATGCGTTTTTACCCAAA GAAGT-3’ (sekvencia č. 232) 5’ATAACGCCACTTCCTTA TTGGT-3’ (sekvencia č. 233)	5'CTTTGGGTAAAAACGCAT C-3' (sekvencia č. 234) S’CGATCTTTGATCCTAATTC A-3’ (sekvencia č. 235) 5'ATCAAGTTGCCTATGCTG A-3* (sekvencia č. 236)

120

I Proteín 7116626	5’TTGAACACTTTTGATTA TGCGG-3’ (sekvencia č. 237) 5'GGATTATGCGATTGTTT TACAAG-3' (sekvencia č. 238)	S'GTCTTTAGCAAAAATGGC GTC-3' (sekvencia č. 239) 5’AATGAGCGTAAGAGAGCC TTC-3’ (sekvencia č. 240)
Proteín 29479681	5'CTTATGGGGGTATTGTC A-3’ (sekvencia č. 241)	5'AGGTTGTTGCCTAAAGAC T-3’ (sekvencia č. 243)
	5'AGCATGTGGGTATCCA GC-3' (sekvencia č. 242)	5'- CTGCCTCCACCTTTGATC-3’ (sekvencia č. 244)
Proteín 346	5'ACCAATATCAATTGGCA CT-3’ (sekvencia č. 245)	5'CTTGCTTGTCATATCTAG C-3' (sekvencia č. 247)
	5'ACTTGGAAAAGCTCTGC A-3* (sekvencia č. 246)	5'- GTTGAAGTGTTGGTGCTA-3’ (sekvencia δ. 248)
	5’CAAGCAAGTGGTTTGG TTTTAG-3' (sekvencia č. 249) 5'TGGAAAGAGCAAATCAT TGAAG-3' (sekvencia č. 250)	5'GCCCATAATCAAAAAGCC CAT-3’ (sekvencia δ. 251) 5'CTAAAACCAAACCACTTG CTTGTC-3' (sekvencia ô. 252)
Vektorové priméry	5'- GTAAAACGACGGCCAG-3' (sekvencia δ. 253)	5-CAGGAAACAGCTATGAC3' (sekvencia δ. 254)

121

Výsledky

Na stanovenie množstva chýb PCR v týchto experimentoch bolo sekvenovaných päť individuálnych klonov proteínu 26054702 pripraveného z piatich oddelených PCR reakčných zmesí z kmeňa H. pylori J99 v celkovej dĺžke 897 nukleotidov, po sčítaní celkovo 4485 báz sekvencie DNA. Sekvencia DNA piatich klonov bola porovnaná so sekvenciou DNA získanou predtým odlišným spôsobom, to znamená náhodným shotgun klonovanim a sekvenovaním. Bolo určené, že množstvo chýb PCR v tu popísaných experimentoch je 2 bázové zmeny na 4485 báz, čo zodpovedá odhadovanému množstvu chýb PCR, ktoré je menšie alebo rovné 0,04 %.

DNA sekvenčná analýza sa uskutočňovala v štyroch rôznych otvorených čítacích rámcoch, ktoré boli identifikované ako gény, a boli amplifikované spôsobmi PCR z dvanástich odlišných kmeňov baktérie Helicobacter pylori. Odvodené aminokyselinové sekvencie troch zo štyroch otvorených čítacích rámcov, ktoré boli vybrané na preskúmanie, vykazovali štatisticky významnú BLAST homológiu s definovanými proteínmi prítomnými v iných bakteriálnych kmeňoch. Tieto ORF zahŕňali: proteín 26054702, homologický s val A & B génmi kódujúcimi ABC transportér v F. novicida; proteín 7116626, homologický s lipoproteínom e (P4) prítomným vo vonkajšej membráne H. influenzae; proteín 29479681, homologický s fecA, vonkajším membránovým receptorom v železito dicitrátovom transporte v E. coli. Proteín 346 bol označený ako neznámy otvorený čítací rámec, pretože vykazoval nízku homológiu so sekvenciami vo verejných databázach.

Na zhodnotenie rozsahu konzervatívnosti alebo výchyliek v ORF medzi rôznymi kmeňmi H. pylori boli zmeny v DNA sekvencií a v odvodenej proteínovej sekvencií porovnávané s DNA a odvodenými proteínovými sekvenciami nájdenými v kmeni J99 H. pylori (pozrite nižšie uvedenú tabuľku 10). Výsledky sú uvedené ako percento zhodnosti s kmeňom J99 H. pylori sekvenovaným náhodným shotgun klonovanim. Kvôli kontrole akýchkoľvek odchýlok v sekvencií J99 každý zo štyroch otvorených čítacích rámcov bol klonovaný a sekvenovaný znova z bakteriálneho kmeňa J99 a táto sekvenčná informácia bola porovnaná so sekvenčnou

122 informáciou, ktorá bola získaná zinzertov klonovaných náhodným shotgun sekvenovaním kmeňa J99. Údaje demonštrujú, že výchylka sekvencie DNA je v malom rozsahu, ktorý predstavuje 0,12% rozdiel (proteín 346, kmeň J99) až približne 7 % zmenu (proteín 26054702, kmeň AH5). Odvodené proteínové sekvencie buď nevykazovali žiadnu odchýlku (proteín 346, kmene AH 18 a AH24) alebo vykazovali odchýlku s veľkosťou 7,66 % aminokyselinových zmien (proteín 26054702, kmeň AH5).

Tabuľka 10

Mnohonásobná kmeňová DNA sekvenčná analýza kandidátov vakcíny H. pylori

J99 Proteín č:	2605470 2	260547 02	711662 6	711662 6	2947968 1	294796 81	346	346
Dĺžka sekvenovanej oblasti:	248 ak.	746 nt	232 ak.	96 nt.	182 ak.	548 nt.	273 ak.	819 nt.

Testovaný kmeň

	identita AK	identita nuk.	identita AK	identita nuk.	identita AK	identita nuk.	identita AK	identita nuk.
J99	100,00 %	100,00 %	100,00 %	100,00 %	100,00 %	100,00 %	99,63 %	99,88 %
AH244	95,16%	95,04 %	n.d.	n.d.	99,09 %	96,71 %	98,90 %	96,45 %
AH4	95,97 %	95,98 %	97,84 %	95,83 %	n.d.	n.d.	97,80 %	95,73 %
AH5	92,34 %	93,03 %	98,28 %	96,12 %	98,91 %	96,90 %	98,53 %	95,73 %
AH15	95,16%	94,91 %	97,41 %	95,98 %	99,82 %	97,99 %	99,63 %	96,09 %
AH61	n.d.	n.d.	97,84 %	95,98 %	99,27 %	97,44%	n.d.	n.d.
5155	n.d.	n.d.	n.d.	n.d.	99,45 %	97,08 %	98,53 %	95,60 %
5294	94,35 %	94,37 %	98,28 %	95,40 %	99,64 %	97,26 %	97,07 %	95,48 %
7958	94,35 %	94,10 %	97,84 %	95,40 %	n.d.	n.d.	99,63 %	96,46 %

123

5640	95,16 %	94,37 %	97,41 %	95,69 %	99,09 %	97,63 %	98,53 %	95,48 %
AH18	n.d.	n.d.	98,71 %	95,69 %	99,64 %	97,44 %	100,00 %	95,97 %
AH24	94,75%	95,04 %	97,84 %	95,40 %	99,27 %	96,71 %	100,00 %	96,46 %

n.d. = neuskutočnil sa

VI. Experimentálny knock-out protokol na určenie esenciálnych génov H. pylorí ako potencionálnych terapeutických cieľov

Terapeutické ciele boli vybrané z génov, v prípade ktorých sa zdalo, že ich proteínové produkty hrajú kľúčovú rolu v esenciálnych bunkových dráhach, ako napríklad v syntéze bunkového obalu, DNA syntéze, transkripcii, translácii, regulácii a kolonizácii/virulencii.

Postup na deléciu častí génov alebo ORF H. pylorí a na inzerčnú mutagenézu kazety kanamycínovej rezistencie bol za účelom identifikácie génov, ktoré sú esenciálne pre bunku, modifikovaný oproti predtým publikovaným metódam (Labigne-Roussel et al., 1988, J. Bacteriology 170, str. 1704-1708; Cover et al., 1994, J. Biological Chemistry 269, str. 10566-10573; Reyrat et al., 1995, Proc. Natl. Acad. Sci. 92, str. 8768-8772). Výsledkom je génový „knock-out.“

Identifikácia a klonovanie génových sekvencii H. pylorí

Sekvencie génov alebo ORF (otvorených čítacích rámcov) vybraných ako knock-out ciele, boli identifikované z genomickej sekvencie H. pylorí a boli použité na navrhnutie primérov na špecifickú amplifikáciu génov/ORF. Všetky syntetické oligonukleotidové priméry boli navrhnuté pomocou programu OLIGO (National Biosciences, Inc., Plymouth, MN 55447, USA), a mohli sa kúpiť od Gibco/BRL Life Technologies (Gaithersburg, MD, USA). Ak je ORF menší ako 800 až 1000 bázových párov, ohraničujúce priméry sú vybrané zvonku otvoreného čítacieho rámca.

124

Genomická DNA pripravená z kmeňa Helicobacter pylorí HpJ99 (ATCC 55679; uloženého prostredníctvom Genome Therapeutics Corporation, 100 Beaver Street, Waitham, MA 02154) je použitá ako zdroj templátovej DNA na amplifikáciu ORF prostredníctvom PCR (polymerázovej reťazovej reakcie) (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, Inc., F. Ausubel et al., editora, 1994). Prípravu genomickej DNA z H. pylorí pozrite v príklade I. PCR amplifikácia je uskutočňovaná umiestnením 10 nanogramov genomickej DNA HpJ99 do reakčnej skúmavky obsahujúcej 10 mM Tris pH 8,3, 50 mM KCI, 2 mM MgCfe, 2 mikromolárne syntetické oligonukleotidové priméry (priamy = F1 a reverzný = R1), 0,2 mM každého z deoxynukleotid trifosfátov (dATP, dGTP, dCTP, dTTP), a 1,25 jednotky termostabilnej DNA polymerázy (Amplitaq, Roche Molecular Systems, Inc., Branchburg, NJ, USA) do konečného objemu 40 mikrolitrov. PCR sa uskutočňuje v termálnom cyklovači Perkin Elmer Cetus/GeneAmp PCR System 9600.

Po ukončení termálnych cyklických reakcií sa každá vzorka amplifikovanej DNA vizualizuje na 2 % TAE agarózovom géle farbenom etídium bromidom (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, Inc., F. Ausubel et al., editora, 1994), čím sa overí, že výsledkom reakcie je jeden produkt očakávanej veľkosti. Amplifikovaná DNA sa potom premyje a purifikuje použitím purifikačného kŕtu Qiaquick Spin PCR (Qiagen, Gaithersburg, MD, USA).

Produkty PCR sa klonujú do pT7Blue T-vektora (katalógové č. 69820-1, Novagen, Inc., Madison, Wl, USA) použitím klonovacej stratégie TA (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, Inc., F. Ausubel et al., vyd., 1994). Ligácia PCR produktu do vektora sa uskutočňuje zmiešaním 6 násobného molárneho nadbytku produktu PCR, 10 ng vektora pT7Blue-T (Novagen), 1 mikrolitra DNA ligázového tlmivého roztoku T4 (New England Biolabs, Beverly, MA, USA), a 200 jednotiek DNA ligázy T4 (New England Biolabs) do konečného reakčného objemu 10 mikrolitrov. Ligácia prebiehala 16 hodín pri 16 °C.

Ligačné produkty sa elektroporovali (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, Inc., F. Ausubel et al., editora, 1994) do elektroporačne kompetentných buniek XL-1 Blue alebo DH5-a E. coli (Clontech Lab., Inc. Palo

125

Alto, CA, USA). V stručnosti,. 1 mikroliter ligačnej reakčnej zmesi sa zmieša so 40 mikrolitrami elektrokompetentných buniek a tie sa vystavia vysokonapäťovému impulzu (25 pF, 2,5 kV, 200 Ω), a potom sa vzorky inkubujú v 0,45 ml SOC média (0,5 % kvasnicový extrakt, 2,0 % tryptón, 10 mM NaCI, 2,5 mM KCI, 10 mM MgCb, 10 mM MgSO₄ a 20 mM glukóza) pri 37 °C s miešaním počas 1 hodiny. Vzorky sa potom vysejú na LB (10 g/l bakto tryptón, 5 g/l bakto kvasničný extrakt, 10 g/l chlorid sodný) platne obsahujúce 100 mikrogramov/ml ampicilínu, 0,3 % X-gal, a 100 mikrogramov/ml IPTG. Tieto platne sa inkubujú cez noc pri 37 °C. Vyberú sa na ampicilín rezistentné kolónie s bielou farbou, nechajú sa rásť v 5 ml kvapalného LB obsahujúceho 100 mikrogramov/ml ampicilínu a izoluje sa plazmidová DNA použitím protokolu Qiagen miniprep (Qiagen, Gaithersburg, MD, USA).

Na overenie toho, že boli klonované správne inzerty DNA H. pylori, sú tieto pT7Blue plazmidové DNA použité ako templáty pre PCR ampiifikáciu kionovaných inzertov použitím rovnakých priamych a reverzných primérov, ktoré boli použité na začiatočnú ampiifikáciu sekvencie J99 H. pylori. Potvrdením, že boli klonované správne inzerty, je objavenie sa primérov a PCR produktu so správnou veľkosťou po vizualizácii na 2 % TAE, etídium bromidom značenom agarózovom géle. Dva zo šiestich takto overených klonov sú odobraté pre každý cieľ a zmrazené pri -70 °C a uskladnené. Na minimalizáciu chýb v dôsledku PCR sa zozbiera plazmidová DNA z týchto overených kionov a je použitá v nasledujúcich klonovacích krokoch.

Tieto sekvencie génov/ORF sú znova použité na navrhnutie druhého páru primérov, ktoré ohraničujú oblasť DNA H. pylori, ktorá má byť buď prerušená alebo deletovaná (do 250 bázových párov), vo vnútri ORF, ale sú orientované smerom od seba. Zásoby kruhových plazmidových DNA z predtým izolovaných klonov sú použité ako templáty pre toto kolo PCR. Keďže orientácia amplifikácie z tohto páru delečných primérov je od seba, časť ORF medzi primérmi nie je zahrnutá vo výslednom produkte PCR. Produkt PCR je lineárny kus DNA s DNA H. pylori na každom konci a vektorovou spojnicou pT7Blue medzi nimi, čo v podstate vyúsťuje do delécie časti ORF. Produkt PCR sa vizualizuje na 1 % TAE, etídium bromidom značenom géle, aby sa potvrdilo, že boi amplifikovaný len jeden produkt so správnou veľkosťou.

126

Do produktu PCR sa liguje kazeta kanamycínovej rezistencie (LabigneRoussel et al., 1988 J. Bacteriology 170,1704-1708) predtým použitým klonovacím spôsobom TA (Current Protocols in Moiecular Biology, John Wiley and Sons, Inc., F. Ausubel et al., vyd., 1994). Kanamycínová kazeta obsahujúca gén kanamycínovej rezistencie Campylobacter sa získa EcoRI štiepením rekombinantného plazmidu pCTB8:kan (Cover et al., 1994, J. Biological Chemistry 269, str. 10566-10573). Správny fragment (1.4 kb) sa oddelí na 1 % TAE géle a izoluje sa použitím QIAquick gélového extrakčného kitu (Qiagen, Gaithersburg, MD, USA). Na fragmente sa opravia konce použitím Klenowovho vyplňovacieho protokolu, ktorý zahŕňa zmiešanie 4 pg DNA fragmentu, 1 mikrolitra dATP, dGTP, dCTP, dTTP v koncentrácii 0,5 mM, 2 mikrolitrov Klenowovho tlmivého roztoku (New England Biolabs) a 5 jednotiek veľkého fragmentu Klenow DNA Polymerázy I (Klenow) (New England Biolabs) do 20 mikrolitrovej reakčnej zmesi, inkubovanie pri 30 ’C počas 15 min a inaktiváciu enzýmu zahriatím na 75 ’C počas 10 minút. Táto kanamycínová kazeta so zatupenými koncami sa potom purifikuje cez kolónu Qiaquick (Qiagen, Gaithersburg, MD, USA), aby sa eliminovali nukleotidy. Potom sa vytvoria „T* presahujúce konce zmiešaním 5 mikrogramov kanamycínovej kazety só zatupenými koncami, 10 mM Tris pH 8,3, 50 mM KCI, 2 mM MgCI₂, 5 jednotiek DNA polymerázy (Amplitaq, Roche Moiecular Systems, Inc., Branchburg, NJ, USA), 20 mikrolitrov 5 mM dTTP, v 100 mikrolitroch reakčnej zmesi a inkubovaním reakčnej zmesi počas 2 hodín pri 37 °C. „Kan-T“ kazeta sa purifikuje použitím kolóny QIAquick (Qiagen, Gaithersburg, MD, USA). Produkt PCR delečných primérov (F2 a R2) sa liguje do Kan-T kazety zmiešaním 10 až 25 ng produktu PCR delečných primérov, 50 až 75 ng Kan-T kazetovej DNA, 1 mikrolitra 10x T4 DNA figázovej reakčnej zmesi, 0,5 mikrolitra T4 DNA ligázy (New England Biolabs, Beverly, MA, USA) v 10 mikrolitrovej reakčnej zmesi a inkubovaním počas 16 hodín pri 16 °C.

Ligačné produkty sa transformujú do buniek XL-1 Blue alebo DH5-a E. coli elektroporáciou, ako je popísané vyššie. Po obnovení v SOC sa bunky platujú na LB platne obsahujúce 100 mikrogramov/ml ampicilínu a rastú cez noc pri 37 °C. Z týchto platní sú potom urobené repliky na platne obsahujúce 25 mikrogramov/ml kanamycínu a rastú cez noc. Výsledné kolónie obsahujú tak gén ampicilínovej rezistencie, ktorý je prítomný vo vektore pT7Blue, ako aj novozavedený gén

127 kanamycínovej rezistencie. Kolónie sa odoberú do LB obsahujúceho 25 mikrogramov/ml kanamycínu a z kultivovaných buniek sa izoluje plazmidová DNA použitím protokolu Qiagen miniprep (Qiagen, Gaithersburg, MD, USA).

Na overenie toho, že kanamycín je začlenený do génov/ORF H. pylori a na určenie orientácie inzercie génu kanamycínovej rezistencie vzhľadom na gény/ORF H. pylori sa uskutočňuje niekoľko testov PCR amplifikáciou na týchto plazmidoch. Aby sa overilo, že kanamycínová kazeta bola začlenená do sekvencie H. pylori, sú plazmidové DNA použité ako templáty pre PCR amplifikáciu so súborom primérov, ktoré boli pôvodne použité na klonovanie génov/ORF H. pylori. Správny produkt PCR má veľkosť deletovaného génu/ORF, ale zväčšenú o veľkosť pridanej 1,4 kilobázovej kanamycínovej kazety. Aby sa zabránilo potencionálnym polárnym účinkom kazety kanamycínovej rezistencie na génovú expresiu H. pylori, určí sa orientácia génu kanamycínovej rezistencie vzhľadom na knock-out gén/ORF a obe orientácie sa nakoniec použijú v transformáciách H. pylori (pozrite ďalej). Na určenie orientácie inzercie génu kanamycínovej rezistencie sú navrhnuté priméry z koncov génu kanamycínovej rezistencie („Kan-1“ 5’ATCTTACCTATCACCTCAAAT-3’ (SEKV. Č. 255)), a „Kan-2 5’AGACAGCAACATCTTTGTGAA-3’ (SEKV. č. 256)). Orientácia kanamycínovej kazety vzhľadom na sekvenciu H. pylori sa určí použitím každého z klonovacích primérov v spojení s každým z Kan primérov (4 kombinácie primérov). Pozitívne klony sú označované buď ako Λ“ orientované (rovnaký smer transkripcie tak H. pylori ako aj génu kanamycínovej rezistencie), alebo „B“ orientované (smer transkripcie génu H. pylori je opačný ku smeru transkripcie kanamycínového génu). Klony s rovnakou orientáciou (A alebo B) sa zhromaždia pre nasledujúce experimenty a nezávisle sa transformujú do H. pylori.

Transformácia plazmidovej DNA do buniek H. pylori

Dva kmene H. pylori sú použité na transformáciu: ATCC 55679, klinický izolát, ktorý poskytol DNA na získanie sekvenčnej databázy H. pylori, a AH244, izolát, ktorý bol pasážovaný a má schopnosť kolonizovať myšací žalúdok. Bunky pre transformáciu rástli pri 37 °C, 10% CO2, 100% vlhkosti, buď na agarových platniach s ovčou krvou alebo v kvapalnom médiu Bruceila. Bunky rastú do

128 exponenciálnej fázy a sú preskúmané mikroskopom, či sú „zdravé“ (aktívne sa pohybujú) a či nie sú kontaminované. Ak bunky rastú na platniach, sú pozbierané zoškrabaním z platne pomocou sterilnej slučky, suspendujú sa v 1 ml Brucella média, usadia sa (1 minúta, najvyššia rýchlosť v Eppendorfovej mikrocentrifúge) a suspendujú sa v 200 mikrolitroch Brucella média. Ak rastú v kvapalnom Brucella médiu, scentrifugujú sa (15 minút pri 3000 ot./min v centrifúge Beckman TJ6) a bunkový pelet sa suspenduje v 200 mikrolitroch Brucella média. Alikvotná časť buniek sa odoberie na určenie optickej hustoty pri 600 nm, aby sa vypočítala koncentrácia buniek. Alikvotná časť (1 až 5 OD₆₀₀ jednotiek/25 mikrolitrov) rozsuspendovaných buniek sa umiestni na predhríaté agarové platne s ovčou krvou a platne sa ďalej inkubujú pri 37 °C, 6 % CO₂, 100 % vlhkosti, 4 hodiny. Po tejto inkubácii sa na tieto bunky nanesie 10 mikrolitrov plazmidovej DNA (100 mikrogramov na mikroliter). Paralelne sa urobí pozitívna kontrola (plazmidová DNA s génom ríbonukleázy H prerušeným génom kanamycínovej rezistencie) a negatívna kontrola (bez plazmidovej DNA). Tieto platne sú vrátené do 37 °C, 6 % CO₂ na ďalšie 4 hodiny na inkubáciu. Bunky sa potom vysejú na platne použitím špongie namočenej v Brucella médiu a rastú 20 hodín pri 37 °C, 6 % CO₂. Bunky sa potom prenesú na agarové platne s ovčou krvou obsahujúce 25 mikrogramov/ml kanamycinu a rastú 3 až 5 dní pri 37 °C, 6 % CO₂, 100 % vlhkosti. Ak sa objavia kolónie, sú odobraté a znova rastú ako fľaky na čerstvých agarových platniach s ovčou krvou, ktoré obsahujú 25 mikrogramov/ml kanamycinu.

Urobia sa tri súbory PCR testov na overenie, že kolónie transformantov vznikli homologickou rekombináciou správnych chromozomálnych miest. Templát pre PCR (DNA z kolónie) sa získa metódou rýchleho povarenia DNA nasledovne. Alikvota kolónie (napichnutie kolónie špáradlom) sa dá do 100 mikrolitrov 1 % Triton X-100, 20 mM Tris, pH 8,5, a povarí sa 6 minút. Pridá sa rovnaký objem zmesi fenolu a chloroformu (1:1) a vortexuje sa. Zmes sa centrifuguje na mikrocentrifúge 5 minút a supernatant sa použije ako DNA templát pre PCR spolu s nasledujúcimi primérmi, aby sa overila homologická rekombinácia na správnom mieste chromozómu.

TEST 1. PCR sklonovacími primérmi pôvodne použitými na amplifikáciu génu/ORF. Pozitívny výsledok homologickej rekombinácie v správnom mieste na

129 chromozóme by mal byť vidieť ako jeden PCR produkt, ktorého veľkosť sa rovná veľkosti deletovaného génu/ORF, ktorá je ale zväčšená o veľkosť pridanej 1,4 kilobázovej kanamycínovej kazety. PCR produkt, ktorý má presnú veľkosť génu/ORF dokazuje, že gén nebol knock-outovaný, a že transformant nie je výsledkom homologickej rekombinácie v správnom mieste na chromozóme.

TEST 2. PCR s F3 (primér navrhnutý pre sekvencie smerom hore od génu/ORF a nie je prítomný v plazmide), a buď primérom Kan-1 alebo Kan-2 (priméry navrhnuté od koncov génu kanamycínovej rezistencie), v závislosti od toho, či je použitá plazmidová DNA s „A“ alebo „B orientáciou. Výsledkom homologickej rekombinácie v správnom mieste na chromozóme bude jeden PCR produkt s očakávanou veľkosťou (to znamená od miesta F3 po inzerčné miesto génu kanamycínovej rezistencie). Žiadny produkt PCR alebo produkt(y) PCR s nesprávnou veľkosťou budú dôkazom toho, že plazmid sa neintegroval na správnom mieste, a že gén nebol knock-outovaný.

TEST 3. PCR s R3 (primér navrhnutý od sekvencií smerom dolu od génu/ORF a nie je prítomný v plazmide) a buď s primérom Kan-1 alebo Kan-2, v závislosti na tom, či je použitá plazmidová DNA s ,A“ alebo „B orientáciou. Výsledkom homologickej rekombinácie v správnom mieste na chromozóme bude jeden produkt PCR s očakávanou veľkosťou (to znamená., od miesta inzercie génu kanamycínovej rezistencie po umiestnenie R3 smerom dolu). Znova, žiadny produkt PCR alebo produkt(y) PCR s nesprávnou veľkosťou budú dôkazom toho, že plazmid sa neintegroval na správnom mieste, a že gén nebol knock-outovaný.

Transformanty vykazujúce pozitívne výsledky vo všetkých troch testoch indikovali, že gén nie je nevyhnutný pre prežívanie in vitro.

Negatívny výsledok v ktoromkoľvek z troch vyššie uvedených testov pre každý transformant indikoval, že gén nebol prerušený, a že gén je nevyhnutný pre prežívanie in vitro.

V prípade, že z dvoch nezávislých transformácií nevznikne žiadna kolónia, zatiaľ čo pozitívna kontrola s prerušenou ribonukleázovou H plazmidovou DNA vytvára transformanty, plazmidová DNA sa ďalej analyzuje prostredníctvom PCR

130 na DNA z transformovanej populácie pred platovaním na vytvorenie kolónií. Tým sa overí, že plazmid môže vstúpiť do bunky a podrobiť sa homologickej rekombinácii v správnom mieste. V stručnosti, plazmidová DNA sa inkubuje v súlade s transformačným protokolom popísaným vyššie. DNA sa extrahuje z buniek H. pylori okamžite po inkubovaní s plazmidovými DNA a DNA je použitá ako templát pre vyššie uvedený test 2 a test 3. Pozitívne výsledky v teste 2 a teste 3 by overili, že plazmidová DNA by mohla vstúpiť do bunky a podrobiť sa homologickej rekombinácii v správnom mieste chromozómu. Ak je test 2 a test 3 pozitívny, potom neschopnosť získať životaschopné transformanty indikuje, že gén je esenciálny, a bunka, v ktorej je tento gén porušený, nie je schopná vytvoriť kolóniu.

VII. Vysoko účinný test na prehľadávanie liečiv

Klonovanie, expresia a purifikácia proteínu

Kionovanie, transformácia, expresia a purifikácia cieľového génu H. pylori a jeho proteínového produktu, napr. enzýmu H. pylori, ktorý má byť použitý vo vysoko účinnom teste na prehľadávanie liečiv, sa uskutočňuje v podstate rovnako ako je popísané v príkladoch II a III vyššie. Ako špecifický príklad je nižšie popísaný vývoj a použitie prehľadávacieho testu pre konkrétny génový produkt H. pylori - peptidylpropyl cis-trans izomerázu.

Enzymatický test

Test je v podstate popísaný Fisherom (Fischer, G., et. al. (1984) Biomed. Biochim. Acta 43:1101-1111). Test meria cis-trans izomeráciu Ala-Pro väzby v testovacom peptide N-sukcinyl-Ala-Ala-Pro-Phe-p-nitroanilide (Sigma č. S-7388, šarža č. 84H5805). Test je spojený s α-chymotrypsínom, pričom proteáza je schopná štiepiť testovací peptid len vtedy, ak Ala-Pro väzba je trans. Konverzia testovacieho peptidu na trans izomér je v teste sledovaná pri 390 nm na spektrofotometri Beckman Model DU-650. Údaje sú zhromažďované každú sekundu s priemerným skenovacím časom 0,5 sekundy. Testy sa uskutočňujú v 35 mM Hepes, pH 8,0, v konečnom objeme 400 μΙ, s 10 μΜ α-chymotrypsínom (typ 15 z hovädzieho pankreasu, Sigma č. C-7762, šarža 23H7020) a 10 nM PPIázou.

131

Na iniciáciu reakcie sa pridáva 10 μΙ substrátu (2 mM N-sukcinyl-Ala-Ala-Pro-Phep-nitroanilid v DMSO) do 390 μΙ reakčnej zmesi pri laboratórnej teplote.

Enzymatický test v surovom bakteriálnom extrakte ml kultúra Helicobacter pylori (kmeň J99) v Brucella médiu sa odoberie v strednej logaritmickej fáze (ODgoo nm ~ 1) a suspenduje sa vlyzačnom tlmivom roztoku s nasledujúcimi inhibítormi proteáz: 1 mM PMSF, a 10 pg/ml každého z aprotinín, leupeptin, pepstatín, TLCK, TPCK, a sójový trypsínový inhibítor. Suspenzia sa v 3 cykloch zmrazí a rozmrazí (15 minút pri -70 °C, potom 30 minút pri laboratórnej teplote), nasleduje sonifikácia (tri krát po 20 sekúnd). Lyzát sa scentrifuguje (12 000 g x 30 minút) a supernatant sa analyzuje z hľadiska enzymatickej aktivity, ako je popísané vyššie.

Mnohé enzýmy H. pylori môžu byť vo vysokých hladinách a v aktívnej forme exprimované v E. coli. Takéto vysoké výťažky purifikovaných proteínov sa používajú v rôznych vysoko účinných testoch na vyhľadávanie liečiv.

Vili. Expresia skrátených génov a produkcia proteínov

Identifikácia, klonovanie a expresia rekombinantných sekvencií Helicobacter pylori

Na uľahčenie klonovania, expresie a purifikácie membránových proteínov z H. pylori sa vybral systém expresie génu pET (Novagen) na klonovanie a expresiu rekombinantných proteínov v Escherichia coli. Ďalej pre proteíny, ktoré majú signálovú sekvenciu na svojom amino-konci, sa fúzovala sekvencia DNA kódujúca peptidový prívesok (His-tag) na 5' koniec zaujímavých sekvencií DNA H. pylori, aby sa uľahčilo čistenie rekombinantných proteínových produktov. V niektorých prípadoch bola sekvencia DNA klonovaná v rámci s glutatión-S-transferázovým proteínom za vzniku GST-fúzneho proteínu. Vektory používané v tomto prípade boli séria pGEX od Pharmacia LKB (Uppsala, Švédsko).

132

Amplifikácia PCR a klonovanie sekvencií DNA obsahujúcich ORF pre membránové a vylučované proteíny z kmeňa Helicobacter pylori J99.

Sekvencie vybrané (zo zoznamu sekvencií DNA podľa vynálezu) na klonovanie z kmeňa H. pylori J99 sa pripravili na amplifikačné klonovanie polymerázovou reťazovou reakciou (PCR). Syntetické oligonukleotidové priméry pre každý predmetný ORF (tabuľka 11) špecifické pre predpovedaný zrelý 5' koniec ORF a smerom nadol (3*) od predpovedaného translačného terminačného kodónu alebo v špecifických bodoch v rámci kódovacej oblasti boli navrhnuté a kúpené (GibcoBRL Life Technologies, Gaithersburg, MD, USA). Všetky priame priméry (špecifické pre 5' koniec predmetnej oblasti ORF) boli navrhnuté tak, aby zahŕňali buď reštrikčné miesto SamHI alebo Nde\. Tieto priméry v rámci sekvencie miesta reštrikcie Nde\ boli navrhnuté tak, aby umožnili iniciáciu proteínovej translácie na metionínovom zvyšku (kódovanom v rámci reštrikčného miesta NDe\ sekvenciu v prípade produkcie nie His-príveskového rekombinantného proteínu) alebo prifúzovanie rámca so sekvenciou DNA kódujúcou His-tag (na produkciu Hispríveskového rekombinantného proteínu), nasledovanou kódovacou sekvenciou na zvyšok natívnej DNA H. pylori. Primér s reštrikčným miestom fíamHI bol produkovaný, aby sa fúzovala sekvencia špecifická pre H. pylori v rámci s Ckoncom glutatión-S-transferázového génu vo vektoroch pGEX (Pharmacia LKB, Uppsala, Švédsko). Všetky reverzné oligonukleotidové priméry boli konštruované tak, aby zahŕňali reštrikčné miesto EcoRI na 5* konci. Bolo vybraných niekoľko reverzných oligonukleotidových primérov, ktoré by spôsobili skrátenie polypeptidu, aby sa odstránili niektoré časti C-konca a v týchto prípadoch reštrikčné miesto EcoRI na 5' konci bolo nasledované translačným terminačným kodónom. Táto kombinácia primérov by umožnila, aby sa predmetný ORF (alebo časti predmetného ORF) dal klonovať do pET28b (za vzniku His-príveskového rekombinantného proteínu), pET30a (za vzniku nie His príveskového alebo natívneho rekombinantného proteínu) alebo série pGEX-4T alebo pGEX-5X (za vzniku GST fuzneho proteínu). Vektor pET28b poskytuje kódovanie ďalších 20 aminokoncových aminokyselín (plus metionínu na reštrikčnom mieste Nde\) vrátane úseku šiestich histidínových zvyškov, ktoré tvoria His-prívesok, zatiaľ čo vektory pGEX fuzujú proteín H. pylori na 26 000 Da glutatión-S-transferázový proteín.

133

Genomická DNA pripravená z kmeňa H. pylori J99 (ATCC 55679) sa použila ako zdroj templátovej DNA pre amplifikačné reakcie PCR (Current Protocois in Molecular Biology, John Wiley and Sons, Inc., F. Ausubel et al., eds., 1994). Na zosilnenie sekvencie DNA obsahujúcej špecifický ORF H. pylori sa zaviedla genomická DNA (50 nanogramov) do reakčnej skúmavky obsahujúcej 200 nanogramov priameho aj reverzného syntetického oligonukleotidového priméra špecifického pre predmetný ORF a 45 mikrolitrov kúpeného PCR SuperMix (GibcoBRL Life Technologies, Gaithersburg, MD, USA) v celkovom objeme 50 mikrolitrov. PCR SuperMix sa dodáva v koncentráciách 1,1 X a obsahuje 22 mM Tris-HCI (pH 8,4), 55 mM KCI, 1,65 mM MgCb, 220 mikromólov každého z nasledujúcich: dATP, dCTP, dGTP a dTTP, 22 jednotiek rekombinantnej Taq polymerázy/mi a stabilizátory. Nasledujúce termálne cyklovacie podmienky sa použili na získanie amplifikovaných DNA produktov pre každý ORF pomocou termálneho cyklovača Perkin Elmer Cetus/Gene Amp PCR System.

Tabuľka 11: Oligonukleotidové priméry

Gén a umiestnenie	Sekvencia
Vac38- BamHI post signálová sekvencia	CGGGATCCGAAGGTGATGGTGTTTAT ATAGG (sekvencia č. 271)
Vac38- Ndel post signálová sekvencia	CGCATATGGAAGGTGATGGTGTTTAT ATAGGG (sekvencia č. 272)
Vac38- EcoRI/stop kodón (odstraňuje Ckoncovú tretinu proteínu)	GCGAATTCTCACTCTTTCCAATAGTTT GCTGCAGAGC (sekvencia č. 273)
Vac38- EcoRI/stop kodón (odstraňuje Ckoncových 11 aminokyselín)	CCGGAATTCTTAATCCCGTTTCAAAT GGTAATAAAGG (sekvencia č. 274)
Vac38- EcoRI nadol od natívneho stop kodónu	GCGAATTCCCTTTTATTTAAAAAGTGT AGTTATACC (sekvencia č. 275)

Sekvencie pre Vac38 (s plnou dĺžkou alebo skrátené)

Denaturácia pri 94 °C počas 30 s cyklov pri 94 °C počas 15 s, 55 °C počas 15 s a 72 °C počas 1,5 min Reakcie sa ukončili pri 72 °C počas 8 minút

134

Po skončení termálnych cyklovacích reakcií sa každá vzorka amplifikovanej DNA podrobila elektroforéze na 1,0 % agarózových géloch. DNA sa vizualizovala expozíciou etídium bromidom a dlhovlnným UV žiarením a vyrezala sa v gélových rezoch. DNA sa vyčistila pomocou Wizard PCR Preps Krt (Promega Corp., Madison, Wl, USA), a potom sa podrobila štiepeniu s SamHI a EcoRI (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, Inc., F. Ausubel eŕ al., eds., 1994). Štiepený PCR amplikón sa potom znova podrobil elektroforéze a čisteniu ako v predchádzajúcom prípade.

Ligácia sekvencií DNA H. pylorí do klonovacích vektorov

Vektor pOK12 (J. Vieira a J. Messing, Gene 100:189-194,1991) sa pripravil na klonovanie štiepením s SamHI a EcoRI alebo Ndei a EcoRI v prípade Vac41 (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, Inc., F. Ausubel eŕ al., eds., 1994). Vektory sa podrobili elektroforéze na 1,0 % agarózových géloch a vyčistili sa pomocou kitu Wizard PCR Preps (Promega Corp., Madison, Wl, USA). Po ligácii vyčisteného štiepeného vektoru a vyčisteného štiepeného amplifikovaného ORF H. pylorí sa produkty ligačnej reakcie transformovali na kompetentné bunky E. coli JM109 podľa štandardných metód (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, Inc., F. Ausubel eŕ al., eds., 1994). Jednotlivé bakteriálne kolónie sa skrínovali na tie, ktoré obsahovali správne rekombinantné plazmidy inkubáciou v tekutom roztoku kultúry LB cez noc (plus 25 ug/ml kanamycín sulfátu), po čom nasledovala príprava plazmidovej DNA pomocou systému Mágie Minipreps (Promega Corp., Madison, Wl, USA) a potom sa analyzovali reštrikčným štiepením (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, Inc., F. Ausubel eŕ al., eds., 1994).

Klonovanie sekvencií DNA H. pylorí do prokaryotických expresných vektorov pET28b a pGEX4Ta

Expresné vektory pET28b a pET30a boli pripravené na klonovanie štiepením s Ndei a EcoRI a vektor pGEX4T-3 sa pripravil na klonovanie štiepením s SamHI a EcoRI (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, Inc., F. Ausubel eŕ al., eds., 1994). Sekvencie DNA H. pylorí sa odstránili z

135 plazmidových reťazcov pOK12 štiepením s Ndel a EcoRI alebo SamHI a EcoRI (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, Inc., F. Ausubel et al., eds., 1994). Sekvencie DNA pET28b, pET30a, pGEX4T-3 a H. pylori sa podrobili elektroforéze na 1 % agarózovom géle a vyčistili sa pomocou kitu Wizard PCR Preps (Promega Corp., Madison Wl, USA). Po ligácii vyčisteného štiepeného expresného vektoru a vyčistených štiepených sekvencií DNA H. pylori sa produkty ligačnej reakcie transformovali na kompetentné bunky E. coli JM109 (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, Inc., F. Ausubel et al., eds., 1994). Jednotlivé bakteriálne kolónie sa skrínovali na tie, ktoré obsahovali správne rekombinantné plazmidy prípravou plazmidovej DNA podľa vyššie uvedeného popisu s nasledujúcou analýzou reštrikčnými štiepnymi profilmi a sekvenovaním DNA (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, Inc., F. Ausubel eŕ al., eds., 1994). Tieto rekombinantné plazmidy sa potom použili na transformáciu špecifických expresných kmeňov E. coli.

Transformácia kompetentných baktérií s rekombinantnými expresnými plazmidmi

Kompetentné bakteriálne kmene (BL21(DE3), BL21(DE3)pLyS, HMS174(DE3) a HMS174(DE3)pLysS sa pripravili a transformovali s rekombinantnými expresnými plazmidmi nesúcimi klonované sekvencie H. pylori podľa štandardných metód (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, Inc., F. Ausubel eŕ al., eds., 1994). Tieto expresné hostiteľské kmene obsahujú chromozomálnu kópiu génu pre T7 RNA polymerázu. Títo hostitelia sú lyzogény bakteriofágu DE3, lambda derivát, ktorý nesie gén lacl, promótor lacUV5 a gén pre T7 RNA polymerázu. Expresia T7 RNA polymerázy sa indukuje pridaním izopropyl-p-D-tiogalaktozidu (IPTG) a T7 RNA polymeráza potom transkribuje akýkoľvek cieľový plazmid, napríklad pET28b, ktorý nesie sekvenciu promótora T7 a predmetný gén.

Kompetentné bakteriálne kmene JM109 a DH5a sa pripravili a transformovali s rekombinantnými expresnými plazmidmi pGEX4T-3 nesúcimi klonované sekvencie H. pylori podľa štandardných metód (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, Inc., F. Ausubel eŕ al., eds., 1994).

136

Expresia rekombinantných sekvencií H. pylori v E. coli

Transfiormanty sa zozbierali zLB agarových platničiek obsahujúcich 25 ug/ml kanamycin sulfátu (zabezpečuje udržiavanie rekombinantných plazmidov na báze pET28b) alebo 100 ug/ml ampicilínu (zabezpečuje udržiavanie rekombinantných plazmidov pGEX4T-3) a použili sa na naočkovanie roztoku kultúry obsahujúceho 25 ug/ml kanamycin sulfátu alebo 100 ug/ml ampicilínu a kultivovali sa na optickú hustotu 0,5 až 1,0 OD jednotiek pri 600 nm, kedy sa do kultúry pridával 1 mM IPTG počas jednej až troch hodín, aby sa indukovala génová expresia rekombinantných konštrukcií DNA H. pylori. Po indukovaní génovej expresie pomocou IPTG sa baktérie peletovali centrifugáciou a resuspendovali sa v solubilizačnom tlmivom roztoku SDS-PAGE a podrobili sa SDS-PAGE (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, Inc., F. Ausubel eŕ al., eds., 1994/ Proteíny sa vizualizovali vyvolaním pomocou Coomassie brilantnej modrej alebo sa detegovali pomocou Western Immunoblotting s použitím špecifickej antiHis príveskovej monoklonálnej protilátky (Clontech, Palo Alto, CA, USA) alebo antiGST príveskovej protilátky (Pharmacia LKB) pomocou štandardných metód (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, Inc., F. Ausubel et al., eds., 1994). Hostiteľský kmeň, ktorý poskytol najvyššiu úroveň produkcie rekombinantného proteínu sa potom vybral na použitie v indukcii vo veľkom meradle s cieľom čistenia rekombinantného proteínu. Použitými kmeňmi boli HMS174(DE3) (konštrukty na báze pET28b) a DH5a (konštrukty na báze pGEX4T3).

Zdá sa, že odstránenie C-koncových oblastí v oboch systémoch zlepšilo úroveň expresie, hoci toto zvýšenie bolo oveľa výraznejšie v GST-fúznom systéme. Všetky produkované rekombinantné proteíny mali predpovedanú molekulovú hmotnosť na báze sekvencie DNA plus, v prípade potreby, veľkosť fúzneho prívesku. Skrátená časť proteínu H. pylori obsahuje niektoré extrémne hydrofóbne úseky a ich odstránenie môže byť dôvodom pre zvýšenú expresiu.

137

Ekvivalenty

Pre odborníkov v oblasti budú zrejmé, alebo budú schopní určiť použitím iba rutinných experimentov, mnohé ekvivalenty tu popísaných špecifických uskutočnení a spôsobov. Tieto ekvivalenty spadajú do rozsahu nasledujúcich nárokov.

138

ZOZNAM SEKVENCIÍ

1) VŠEOBECNÉ INFORMÁCIE:

(i) PRIHLASOVATEĽ:

(A) MENO: Astra Aktiebolag (B) ULICA: S-151 85 (C) MESTO: Sodertalje (D) ŠTÁT:

(E) KRAJINA: Švédsko (F) POŠTOVÉ SMEROVÉ ČÍSLO (ZIP) (ii) NÁZOV VYNÁLEZU: Nukleovokyselinové a aminokyselinové sekvencie týkajúce sa Helicobacter pylori a vakcinové kompozície s ich obsahom (iii) POČET SEKVENCIÍ: 275 (iv) POČÍTAČOM ČÍTATEĽNÁ FORMA:

(A) TYP MÉDIA: CD/ROM ISO9660 (B) POČÍTAČ (C) OPERAČNÝ SYSTÉM:

(D) SOFTVÉR:

(v) ÚDAJE O PREDLOŽENEJ PRIHLÁŠKE:

(A) ČÍSLO PRIHLÁŠKY (B) DÁTUM PODANIA:

(vi) ÚDAJE 0 PREDCHÁDZAJÚCEJ PRIHLÁŠKE:

(A) ČÍSLO PRIHLÁŠKY: US 08/759,625 (B) DÁTUM PODANIA: 05-DEC-1996 (vii) ÚDAJE O PREDCHÁDZAJÚCEJ PRIHLÁŠKE:

(A) ČÍSLO PRIHLÁŠKY: US 08/823,745 (B) DÁTUM PODANIA: 25-MAR-1997 (viii) ÚDAJE O PREDCHÁDZAJÚCEJ PRIHLÁŠKE:

(A) ČÍSLO PRIHLÁŠKY: US 08/891,928 (B) DÁTUM PODANIA: 14-JULY-1997 (ix) KOREŠPONDENČNÁ ADRESA:

(A) ADRESÁT: LAHIVE & COCKFIELD (B) ULICA: 28 State Street

139 (C) MESTO: Boston (D) ŠTÁT: Massachusetts (E) KRAJINA: USA (F) ZIP: 02109-1875 (x) INFORMÁCIE O ZÁSTUPCOVI:

(A) MENO: Mandragouras, Amy E.

(B) REGISTRAČNÉ ČÍSLO: 36,207 (C) ZNAČKA: GTN-011CP2PC (xi) TELEKOMUNIKAČNÉ INFORMÁCIE:

(A) Telefón: (617)227-7400 (B) TELEFAX: (617)227-5941 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 1:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 687 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 687 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKVENCIA Č. 1:

ATGAGATTTA AGGGTTCAAG AGTGGAAGCG TTTTTAGGAG CGTTAGAATT TCAAGAGAAT GAATATGAAG AGTTTAAAGA GCTTTATGAG AGCTTAAAAA CCAAGCAAAA GCCCCACACT TTGTTCATTT CTTGCGTGGA TTCACGAGTC GTGCCTAATT TAATCACAGG CACCCAACCG GGCGAATTGT ATGTGATCCG CAACATGGGC AATGTGATCC CCCCTAAAAC AAGCTATAAA GAATCCCTTT CTACCATTGC GAGCGTTGAA TACGCTATCG CGCATGTGGG CGTTCAAAAC TTAATCATTT GCGGGCATAG CGATTGTGGG GCTTGCGGGA GCATTCATTT AATCCATGAT GAAACCACCA AAGCTAAAAC CCCTTACATT GCAAACTGGA TACAATTTTT AGAGCCTATT

120

180

240

300

360

420

140

AAAGAAGAAT TAAAAAACCA CCCGCAATTC AGCAACCATT TCGCCAAGCG TTCATGGCTT 480 ACAGAGCGTT TGAATGCGCG CTTGCAACTC AACAACCTCT TAAGCTATGA TTTCATTCAA 540 GAAAGAGTAA TAAATAACGA ATTAAAAATT TTTGGTTGGC ACTATATCAT AGAAACAGGC 600 AGGATTTATA ATTATAATTT TGAAAGCCAT TTTTTTGAGC CGATTGAAGA AACCATTAAA 660 CAAAGGATAA GTCATGAAAA CTTCTAA 687 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 2:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 666 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 666 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKVENCIA Č. 2:

GTGGAAGCGT TTTTAGGAGC GTTAGAATTT CAAGAGAATG AATATGAAGA GTTTAAAGAG 60 CTTTATGAGA GCTTAAAAAC CAAGCAAAAG CCCCACACTT TGTTCATTTC TTGCGTGGAT 120 TCACGAGTCG TGCCTAATTT AATCACAGGC ACCCAACCGG GCGAATTGTA TGTGATCCGC 180 AACATGGGCA ATGTGATCCC CCCTAAAACA AGCTATAAAG AATCCCTTTC TACCATTGCG 240 AGCGTTGAAT ACGCTATCGC GCATGTGGGC GTTCAAAACT TAATCATTTG CGGGCATAGC 300 GATTGTGGGG CTTGCGGGAG CATTCATTTA ATCCATGATG AAACCACCAA AGCTAAAACC 360 CCTTACATTG CAAACTGGAT ACAATTTTTA GAGCCTATTA AAGAAGAATT AAAAAACCAC 420 CCGCAATTCA GCAACCATTT CGCCAAGCGT TCATGGCTTA CAGAGCGTTT GAATGCGCGC 480 TTGCAACTCA ACAACCTCTT AAGCTATGAT TTCATTCAAG AAAGAGTAAT AAATAACGAA 540 TTAAAAATTT TTGGTTGGCA CTATATCATA GAAACAGGCA GGATTTATAA TTATAATTTT 600 GAAAGCCATT TTTTTGAGCC GATTGAAGAA ACCATTAAAC ÄAAGGATÄAG TCATGAAAAC 660 TTCTAA 666 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 3:

141 (i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 1008 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLĎGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylorí (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 1008 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKVENCIA Č. 3:

ATGTTAGTTA CTCGTTTTAA AAAAGCCTTC ATTTCTTATT CTTTAGGCGT GCTTGTTGTT 60

TCATTATTAT TGAATGTGTG CAACGCTTCA GCACAAGAAG TCAAAGTCAA GGATTATTTT 120

GGGGAGCAAA CCATAAAGCT TCCTGTTTCC AAAATAGCCT ATATAGGGAG TTATGTAGAA 180

GTGCCTGCCA TGCTTAATGT TTGGGATAGG GTTGTAGGCG TTTCTGATTA TGCCTTTAAG 240

GATGACATTG TCAAAGCCAC TCTCAAAGGC GAGGATCTTA ÄACGAGTCAA ACACATGAGC 300

ACCGATCATA CAGCCGCGTT GAATGTGGAA TTATTAAAAA AGCTTAGCCC TGATCTTGTG 360

GTAACCTTTG TGGGTAACCC TAAAGCGGTA GAGCATGCGA AAAAATTTGG GATTTCATTC 420

CTTTCTTTCC AAGAGACAAC GATTGCAGAG GCCATGCAAG CTATGCAAGC TCAAGCCACG 480

GTCTTAGAAA TTGACGCTTC CAAAAAATTC GCCAAAATGC AAGAAACTTT GGACTTTATT 540

GCTGAGCGTT TGAAGGGCGT TAAAAAGAAA AAGGGGGTGG AGCTTTTCCA TAAAGCCAAT 600

AAAATCAGCG GCCATCAAGC CATTAGCTCA GACATTTTAG AAAAAGGGGG TATAGATAAT 660

TTTGGCTTGA AATACGTTAA GTTTGGACGC GCTGACATTA GTGTGGAAAA AATCGTTAAA 720

GAAAACCCTG AAATCATTTT CATTTGGTGG GTAAGCCCAC TCACTCCTGA AGACGTGTTG 780

AACAACCCTA AATTTTCCAC TATCAAAGCC ATTAAAAATA AGCAAGTCTA TAAGCTCCCC 840

ACGATGGATA TTGGCGGTCC TAGAGCCCCA CTCATTAGTC TTTTTATCGC TTTAAAAGCC 900

CACCCTGAAG CCTTTAAAGG CGTGGATATT AATGCGATAG TCAAAGATTA TTATAAAGTG 960

GTCTTTGATT TGAATGATGC GGAAATTGAG CCATTCTTAT GGCACTGA 1008 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 4:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 825 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina

142 (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 825 (xi) POPIS SEKVENCIE: sekvencia č. 4:

ATGTTAGTTA CTCGTTTTAA AAAAGCCTTC ATTTCTTATT CTTTAGGCGT GCTTGTTGTT TCATTATTAT TGAATGTGTG CAACGCTTCA GCACAAGAAG TCAAAGTCAA GGATTATTTT GGGGAGCAAA CCATAAAGCT TCCTGTTTCC AAAATAGCCT ATATAGGGAG TTATGTAGAA GTGCCTGCCA TGCTTAATGT TTGGGATAGG GTTGTAGGCG TTTCTGATTA TGCCTTTAAG GATGACATTG TCAAAGCCAC TCTCAAAGGC GAGGATCTTA AACGAGTCAA ACACATGAGC ACCGATCATA CAGCCGCGTT GAATGTGGAA TTATTAAAAA AGCTTAGCCC TGATCTTGTG GTAACCTTTG TGGGTAACCC TAÄAGCGGTA GAGCATGCGÄ AAÄAATTTGG GATTTCATTC CTTTCTTTCC AAGAGACAAC GATTGCAGAG GCCATGCAAG CTATGCAAGC TCAAGCCACG GTCTTAGAAA TTGACGCTTC CAAAAAATTC GCCAAAATGC AAGAAACTTT GGACTTTATT GCTGATCGTT TGAAGGGCGT TAAAAAGAAA AAGGGGGTGG AGCTTTTCCA TAAAGCCAAT AAAATCAGCG GCCATCAAGC CATTAACTCA GACATTTTAC AACAAGGGGG TATTGATAAT TTTGGCTTGA AATACGTCAA GTTTGGACGC GCTGACATTA GTGTGGAAAA AATCGTTAAA GAAAACCCTG AAATCATTTT CATTAGGTGG GTAACCCCAC TCACTCCTGA TTACGTGTTG AACÄACCCAA AATTTTCTAC TATCAATGCC ATTAAAAACA TATAA (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 5:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 1287 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická)

120

180

240

300

360

420

480

540

600

660

720

780

825 (iii) HYPOTETICKÁ: NIE

143

(iv) ANTI-SENSE: NIE
(vi)	PÔVODNÝ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS:	Helicobacter pylori
(ix)	ZNAK: (A) NÁZOV/KĽÚČ: (B) UMIESTNENIE	rôzne znaky 1 ... 1287
(xi)	POPIS SEKVENCIE:	SEKVENCIA Č. 5:

ATGAAGAAAA	AATTTCTGTC	ATTAACCTTA	GGTTCGCTTT	TAGTTTCCGC	TTTAAGCGCT	60
GAAGACAACG	GCTTTTTTGT	GAGCGCCGGC	TATCAAATCG	GTGAATCCGC	TCAAATGGTG	120
AAAAACACCA	AAGGCATTCA	AGATCTTTCA	GACAGCTATG	AAAGATTGAA	CAACCTTTTA	180
ACGAATTATA	GCGTCCTAAA	CGCTCTCATC	AGGCAGTCCG	CCGACCCCAA	CGCCATCAAT	240
AACGCAAGGG	GCAATTTGAA	CGCGAGCGCG	AAGAATTTGA	TCAATGATAA	AAAGAATTCC	300
CCGGCGTATC	AAGCCGTGCT	TTTAGCCTTG	AATGCGGCAG	CGGGGTTGTG	GCAAGTCATG	360
AGCTATGCGA	TCAGCCCTTG	TGGTCCCGGT	AAAGACACAA	GCAAAAATGG	GGGCGTTCAA	420
ACTTTCCACA	ACACGCCTTC	AAATCAATGG	GGAGGCACTA	CCATTACTTG	TGGCACTACT	480
GGTTATGAAC	CAGGACCATA	CAGCATTTTA	TCCACTGAAA	ATTACGCGAA	AATCAATAAA	540
GCTTATCAAA	TCATCCAAAA	GGCTTTTGGG	AGCAGCGGAA	AAGATATTCC	TGCCTTAAGC	600
GACACCAACA	CAGAACTCAA	ATTCACAATC	AATAAAAATA	ATGGAAACAC	GAATACGAAT	660
AATAATGGAG	AAGAAATTGT	TACAAAAAAT	AACGCTCAAG	TTCTTTTAGA	ACAGGCTAGC	720
ACCATTATAA	CTACCCTTAA	TAGCGCATGC	CCATGGATCA	ACAATGGTGG	TGCAGGTGGT	780
GCGAGTAGTG	GTAGTTTATG	GGAAGGAATA	TATTTGAAAG	GCGATGGGAG	CGCTTGCGGG	840
ATTTTTAAAA	ATGAAATCAG	CGCGATTCAA	GACATGATCA	AAAACGCTGC	AATAGCCGTA	900
GAGCAATCCA	AGATCGTTGC	TGCAAACGCG	CAAAACCAGC	GCAACCTAGA	CACCGGGAAG	960
ACATTCAACC	CCTATAAAGA	CGCCAACTTC	GCCCAAAGCA	TGTTCGCTAA	CGCCAAAGCG	1020
CAAGCGGAGA	TTTTAAACCG	CGCCCAAGCA	GTGGTGAAAG	ACTTTGAAAG	AATCCCTGCA	1080
GAGTTCGTAA	AAGACTCTTT	AGGGGTGTGC	CATGAAGTGC	AAAACGGCCA	TCTCCGTGGC	1140
ACGCCATCCG	GCACGGTAAC	TGATAACACT	TGGGGAGCCG	GTTGCGCGTA	TGTGGGAGAG	1200
ACCGTAACGA	ATCTAAAAGA	CAGCATCGCT	CATTTTGGCG	ACCAAGCCGA	GCGAATCCAT	1260
AACGCGCGCA	ACCTCGCTAC	ACTTTAG				1287

(2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 6:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DÍiŽKA: 537 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická)

144 (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 537 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKVENCIA Č. 6:

ATGAACCCCT TATTGCAAGA TTATGCGCGC ATCCTTTTAG AATGGAATCA AACGCACAAC TTGAGCGGCG CGAGAAATTT AAGCGAATTA GAACCCCAGA TCACAGACGC TCTAAAGCCC TTAGAATTTG TCAAAGATTT TAAAAGCTGC TTGGATATTG GGAGCGGGGC GGGACTTCCT GCTATCCCTT TAGCCCTTGA AAAACCTGAA GCGCAATTCA TTCTTTTAGA GCCAAGGGTA AAAAGAGCGG CTTTTTTAAA CTACCTTAAA AGCGTTTTGC CTTTAAACAA CATTGAAATC ATTAAAAAGC GTTTAGAAGA TTATCAAAAT CTTTTACAAG TGGATTTAAT CACTTCTAGA GCGGTCGCTA GCTCTTCTTT TTTGATAGAA AAAAGCCAAC GCTTCCTAAA AGATAAGGGG TATTTTTTAT TCTATAAAGG CGAGCAGTTA AAGAATGAAA TCGCTTATAA AACCACTGAA TGCTTTATGC ATCAAAAGCG CGTTTATTTT TACAAATCAA AGGAAAGTTT ATGTTAA (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 7:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 723 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori

120

180

240

300

360

420

480

537 (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 723

145 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKVENCIA Č. 7:

TTGGGTCTTA	AAAAACGAGC	TATTTTATGG	TCTTTAATGG	GATTTTGTGC	AGGATTGAGC	60
GCGCTTGATT	ATGACACCCT	AGACCCAAAA	TATTACAAAT	ATATCAAGTA	TTATAAGGCT	120
TATGAAGATA	AAGAAGTTGA	AGAATTGATC	AGAGACTTGA	AAAGGGCGAA	CGCTAAAAGC	180
GGGCTTATTT	TAGGGATCAA	TACCGGTTTT	TTTTATAACC	ATGAAATCAT	GGTCAAAACC	240
AATAGCTCCA	GTATCACCGG	GAATATTTTA	AATTATTTGT	TCGCCTATGG	CTTGCGTTTT	300
GGCTATCAAA	CTTTCAGGCC	GTCGTTTTTT	GCGCGCTTGG	TTAAGCCCAA	TATCATTGGC	360
AGGCGCATCT	ATATTCAATA	TTATGGAGGA	GCTCCTAAGA	AAGCGGGCTT	TGGGAGCGTG	420
GGGTTTCAAT	CGGTCATGTT	GAATGGGGAT	TTTTTATTAG	ACTTTCCTTT	GCCCTTTGTG	480
GGGAAATACC	TTTATATGGG	GGGGTATATG	GGTTTAGGCT	TGGGGGTTGT	GGCGCATGGG	540
GTGAATTATA	CGGCGGAATG	GGGGATGTCT	TTTAACGCAG	GATTGGCTCT	AACGGTATTA	600
GAAAAAAACC	GCATTGAATT	TGAATTTAAA	ATTTTGAATA	ATTTCCCTTT	TTTGCAATCT	660
AATTCTTCAA	AAGAGACTTG	GTGGGGAGCT	ATAGCAAGCA	TTGGGTATCA	ATATGTGTTC	720
TAA						723

(2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 8:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 942 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PČVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 942 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKVENCIA Č. 8:

TTGAAACTCA AATACTGGTT AGTTTATCTG GCGTTCATTA TAGGACTTCA AGCGACAGAT 60

TATGACAATT TAGAAGAAGA AAACCAACAA TTAGACGAAA AAATAAACAA TTTAAAGCGA 120

CAGCTCACCG AAAAAGGGGT TTCACCCAAA GAGATGGATA AGGATAAGTT TGAAGAAGAA 180

TATTTAGAGC GAACTTACCC AAAGATTTCT TCAAAGAAAA GAAAAAAATT GCTCAAATCT 240

146

TTTTCCATAG CCGATGATAA GAGTGGGGTG TTTTTAGGGG GCGGGTATGC TTATGGGGAA CTTAACTTGT CTTATCAAGG GGAGATGTTA GACAGGTATG GCGCAAATGC CCCTAGCGCG TTTAAAAACA ATATCAATAT TAACGCTCCT GTTTCTATGA TTAGCGTTAA ATTTGGGTAT CAAAAATACT TCGTGCCTTA TTTTGGGACA CGATTTTATG GGGATTTGTT GCTTGGGGGA GGGGCGTTAA AAGAGAACGC GCTCAAGCAG CCTGTAGGCT CGTTTTTTTA TGTTTTAGGG GCTATGAATA CCGATTTATT GTTTGACATG CCTTTAGATT TTAAGACTAA AAAGCATTTT TTAGGCGTTT ATGCGGGTTT TGGGATAGGG CTTATGCTTT ATCAAGACAA GCCTAATCAA AACGGGAGGA ATTTGATAGT AGGGGGTTAT TCAAGCCCTA ATTTTTTATG GAAATCTTTG ATTGAAGTGG ATTACACTTT TAATGTGGGC GTGAGTTTAA CGCTTTATAG GAAACACCGC TTAGAGATTG GCACAAAATT ACCGATTAGC TATTTGAGGA TGGGAGTAGA AGAGGGAGCG ATTTATCACA ATAAAGAAAA TGATGAACGA TTGTTGATTT CGGCTAACAA CCAGTTCAAA CGATCCAGTT TTTTATTAGT GAATTATGCG TTCATTTTTT GA (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 9:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 1182 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A)	ORGANIZMUS:	Helicobacter pylori
(ix) ZNAK
(A)	NÁZOV/KĽÚČ:	rôzne znaky
(B)	UMIESTNENIE	1 ... 1182

(xi) POPIS SEKVENCIE: SEKVENCIA Č. 9:

ATGACTTCAG CTTCAAGCCA TTCTTTTAAA GAACAAGATT TTCATATTCC TATCGCTTTC GCTTTTGATA AGAATTATCT CATTCCTGCG GGCGCATGCA TTTATTCCTT GCTAGAAAGC ATCGCTAAAG CCAATAAAAA AATCCGTTAC ACCTTACACG CTTTAGTGGT AGGCTTGAAT GAAGAAGATA AAACAAAACT TAACCAAATC ACAGAGCCTT TTAAAGAATT TGCTGTTTTA GAAGTAAAAG ATATTGAACC TTTTTTAGAC ACTATCCCTA ACCCTTTTGA TGAGGATTTC ACCAAGCGTT TTTCTAAAAT GGTGTTAGTG AAGTATTTTC TAGCGGATTT ATTCCCCAAA TATTCTAAAA TGGTGTGGAG CGATGTGGAT GTTATCTTTT GTAATGAATT TAGCGCTGAT TTCTTAAACA TTAAAGAAGA TGATGAGAAT TATTTTTATG GGGTTTATGA CAAAATATAC

300

360

420

480

540

600

660

720

780

840

900

942

120

180

240

300

360

420

480

147

CCGTATGAAG GCTTTTTTTA TTGCAACTTA ACTTACCAGC GAAAAAATCA ATTTTGTAAA AAAATATTAG AAATCATACG CGCACAAAAA ATAGATAAAG AACCGCAATT GACAGAATTT TGTCGTTCAA AGATCGCGCC ATTAAAAATA GAGTATTGTA TTTTCCCACA CTATTATAGC CTTTCTGAAG AGCATTTAAA GGGCGTGGCC AATGCAATTT ATCATAACAC CATTAAACAA GCCCTAAGAG AACCTATCGT TATACAATAT GACTCTCATC CTTATTTTCA AATCAAGCCT TGGACATATC CTTTTGGTTT GAAAGCGGAT TTATGGCTGA ACGCTTTGGC TAAAACCCCA TTTATGAGCG ATTGGTCTTA TTTGATCACA GGGGGTGGGG GGATAGGTGG AGAAAAATGG CATTACTACC ATGGCATTGC CGCTTATCAT TACTACTTTC CTTTATGGAA AGCAGAAGAA CAGATTGCCC ATGACGCTCT TAAGACATTT TTAAAACATT ATTTTTTGCA CATTCATGAG ATTCCCCAAA ACGCAAGGCG AAGACTATTC AAATACTGCA TTTCAATACC GCTTAAGAGC TTTATTAGTA AAACCCTTAA ATTTCTAAAA CTCCATGCAT TGGTGAAAAA AATCCTAATC CAACTCAAGC TCTTAAAAAA GAACCAGAGC CAAAACTTTT AA (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 10:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 1308 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

	(A)	ORGANIZMUS;	Helicobacter pylori
(ix)	ZNAK:
	(A)	NÁZOV/KĽÚČ:	rôzne znaky
	(B)	UMIESTNENIE	1 ... 1308
(Xi)	POPIS	! SEKVENCIE:	SEKVENCIA Č. 10:

TTGATTTTCT TAAAAAAATC TCTTTGCGCG TTGTTAATTT CAGGTTTTTT CATACCACCC TTAATGAAAG CGGCTAGTTT TGTCTATGAC TTGAAGTTTA TGAGCTTTAA TTTCAATCTG GCTTCCCCTC CAAATAACCC CTATTGGAAT AGCCTAACCA AAATGCAAGG TCGTCTCATG CCTCAAATTG GCGTCCAATT AGACAAAAGA CAGGCCTTGA TGTTTGGGGC GTGGTTCATT CAAAATTTGC ACACGCATTA TAGCTATTTC CCTTATTCGT GGGGGGTTAC CATGTATTAC CAATACATAG GGAAAAATTT GAGATTTTTT TTAGGCATTG TGCCACGAAG CTATCAAATA GGGCATTACC CTTTAAGCGC TTTTAAAAAA CTTTTCTGGT TTATAGACCC TACTTTTAGG GGAGGAGCGT TCCAATTCAA ACCGGCTTAT GATCCCAATC GTTGGTGGAA TGGGTGGTTT

540

600

660

720

780

840

900

960

1020

1080

1140

1182

120

180

240

300

360

420

480

148

GAGGGCGTTG TGGATTGGTA TGGGGGGCGT AATTGGAACA ACCAGCCCAA AAAGAAAAAT TACGATTTTG ATCAATTCTT GTATTTTGTT TCTTCAGAAT TTCAGTTTCT TAÄAGGGTAT TTAGGTTTGG GGGGACAGCT TGTCATTTTT CATAACGCCA ACTCTCATAG TATGGGGGAT AACTACCCTT ATGGCGGGAA TTCCTACTTA AAACCAGGCG ATGCAACCCC ACAATGGCCT AATGGCTACC CTTATTTCAG CCAAAAAGAT AACCCACAAG GCGGAGAAAT AGGGAAATAC TCTAACCCTA CCATTTTAGA CAGGGTTTAT TACCATGCTT ATTTAAAAGC AGATTTTAAA AATCTCATGC CTTATATGGA CAATATTTTC ATGACCTTTG GCACGCAGTC GTCTCAAACC CATTATTGCG TGCGTTATGC TAGCGAGTGT AAAAACGCCC GATTTTATAA CAGCTTTGGG GGGGAATTTT ACGCTCAAGC GCAATACAAA GGCTTTGGGA TCTTTAACAG ATACTATTTT TCCAACAAAC CCCAAATGCA TTTTTATGCC ACTTATGGCC AATCCCTTTA TACCGGATTG CCATGGTATA GAGCCCCTAA TTTTGACATG ATAGGGCTTT ATTATCTTTA TAAAAACAAA TGGTTAAGCG TGCGAGCGGA TGCGTTTTTT AGCTTTGTGG GTGGGGGCGA TGGGTACCAT TTGTATGGCA AGGGGGGTAA GTGGTTTGTG ATGTATCAGC AATTTTTAAC CCTAACCATA GACACAAGAG AGTTGATTGA TTTTGTCAAA TCTAAAATCC CTAAATAA (2, INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 11:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 663 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A)	ORGANIZMUS:	Helicobacter pylori
(ix) ZNAK
(A)	NÁZOV/KĽÚČ:	rôzne znaky
(B)	UMIESTNENIE	1 ... 663

(xi) POPIS SEKVENCIE: SEKVENCIA Č. 11:

ATGAATAAAA CAACAATTAA AATATTAATG GGCATGGCGT TATTATCATC GCTTCAAGCC GCAGAGGCAG AGCTTGATGA AAAATCAAAA AAACCTAAAT TTGCGGATAG GAATACGTTT TATTTAGGGG TTGGGTATCA GCTTAGCGCG ATCAACACGT CTTTTAGCAC CAGTTCTATA GATAAATCGT ATTTCATGAC CGGCAATGGT TTTGGCGTGG TGTTGGGGGG GAAATTTGTG GCTAAAACGC AAGCTGTAGA GCATGTGGGT TTTCGTTACG GGTTGTTTTA TGATCAGACC TTTTCTTCTC ACAAATCCTA TATTTCTACC TATGGTTTAG AATTTAGCGG TTTGTGGGAC

540

600

660

720

780

840

900

960

1020

1080

1140

1200

1260

1308

120

180

240

300

360

149

GCTTTCAATT CGCCAAAGAT GTTTTTGGGG TTGGAGTTTG GCTTAGGCAT CGCTGGGGCG 420 ACTTACATGC CAGGAGGGGC CATGCATGGG ATTATCGCTC AATATTTAGG CAAAGAAAAT 480 TCGCTTTTCC AATTGCTTGT GAAAGTGGGT TTTCGTTTTG GCTTTTTCCA CAATGAAATC 540 ACCTTTGGGT TGAAATTCCC TGTCATTCCT AACAAAAAAA CGGAAATCGT TGATGGCTTG 600 AGCGCGACCA CTTTATGGCA ACGCTTGCCG GTAGCCTATT TCAATTATAT CTATAATTTT 660 TAG 663 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 12:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 351 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 351 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKVENCIA Č. 12:

TTGAATCTCC ATTTTATGAA AGGATTTGTT ATGAGTGGAT TAAGAACATT TAGTTGTGTA 60

GTGGTTTTAT GCGGTGCAAT GGTTAATGTA GCTGTAGCTG GTCCTAAAAT AGAGGCAAGG 120

GGTGAATTAG GCAAATTTGT AGGGGGAGCT GTTGGAAATT TTGTTGGTGA TAAAATGGGC 180

GGATTTGTTG GTGGTGCAAT AGGAGGATAT ATTGGGTCTG AAGTAGGCGA TAGGGTAGAA 240

GATTATATCC GTGGCGTTGA TAGAGAGCCA CAAAACAAAG AACCACAAAC CCCAAGAGAA 300

CCTATCCGTG ATTTTTATGA TTACGGCTAT AGTTTTGGGC ATGCTTGGTG A 351 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 13:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 1311 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová

150 (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 1311 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKVENCIA Č. 13:

ATGTCAAGGG	ATTTTAAATT	TGATTCTAAC	TATTTAAATG	TCAATACCAA	TCCTAAATTA	60
GGCCCCGTTT	ATACCAATCA	AAATTATCCA	GGATTTTTTA	TCTTTGATCA	TTTAAGGCGT	120
TATGTGATGA	ACGCTTTTGA	GCCTAATTTG	AACTTAGTTG	TCAATACCAA	TAAAGTTAAG	180
CAAACTTTTA	ATGTGGGCAT	GCGTTTTATG	ACAATGGATA	TGTTCATTAG	ATCCGATCAA	240
AGCACATGCG	AAAAAACAGA	TATTATCAAT	GGGGTGTGCC	ACATGCCTCC	TTATGTCCTT	300
TCTAAAACGC	CTAACAATAA	TCAAGAAATG	TTTAATAACT	ATACAGCGGT	ATGGTTGAGC	360
GATAAAATAG	AGTTTTTTGA	TTCTAAATTG	GTGATAACTC	CAGGGCTTAG	ATACACTTTT	420
TTGAACTATA	ACAACAAAGA	GCCAGAAAAG	CATGATTTTT	CCGTATGGAC	CAGTAAAAAA	480
CAGCGTCAAA	ACGAATGGAG	TCCTGCCCTT	AATATTGGCT	ATAAACCTAT	GGAAAATTGG	540
ATATGGTATG	CGAACTACCG	CCGCAGTTTT	ATCCCCCCAC	AACACACAAT	GGTAGGCATT	600
ACTAGGACTA	ATTACAACCA	AATTTTTAAT	GAAATTGAAG	TGGGGCAGCG	CTATAGTTAT	660
AAAAATCTAT	TGAGTTTTAA	CACCAATTAT	TTTGTGATTT	TTGCCAAGCG	TTACTATGCG	720
GGAGGCTATA	GCCCACAGCC	TGTGGATGCC	AGAAGTCAAG	GGGTGGAATT	GGAATTGTAT	780
TACGCGCCGA	TTAGGGGTTT	GCAATTCCAT	GTGGCTTACA	CTTATATTGA	TGCGCGCATC	840
ACTTCTAACG	CTGATGATAT	TGCTTATTAT	TTTACAGGCA	TTGTCAATAA	ACCCTTTGAC	900
ATTAAAGGGA	AGCGCTTGCC	CTATGTGAGT	CCTAACCAAT	TCATATTTGA	CATGATGTAT	960
ACTTACAAGC	ACACGACTTT	TGGTATCAGC	AGCTATTTTT	ATAGCCGCGC	TTATAGTTCC	1020
ATGCTCAATC	AAGCCAAAGA	TCAAACCGTA	TGCCTGCCCT	TAAACCCAGA	ATACACAGGG	1080
GGGTTAAAGT	ATGGTTGTAA	TTCAGTGGGG	TTATTGCCCT	TGTATTTTGT	GTTGAATGTC	1140
CAAGTAAGCT	CAATCTTATG	GCAAAGCGGT	AGGCATAAAA	TCACAGGGAG	TTTGCAAATC	1200
AATAACCTTT	TTAACATGAA	GTATTATTTT	AGGGGGATTG	GCACAAGCCC	TACAGGGAGA	1260
GAACCCGCGC	CAGGGAGATC	CATTACAGCG	TATTTGAATT	ATGAGTTTTA	A	1311

(2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 14:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 2304 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina

151 (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 2304 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKVENCIA Č. 14:

ATGAAAAGAA	TTTTAGTTTC	TTTGGCTGTT	TTGAGTCATA	GCGCGCATGC	TGTCAAAACT	60
CATAATTTGG	AAAGGGTGGA	AGCTTCAGGG	GTGGCTAACG	ATAAAGAAGC	GCCTTTAAGC	120
TGGAGGAGCA	AGGAAGTTAG	AAATTATATG	GGTTCTCGCA	CGGTGATTTC	TAACAAGCAA	180
CTCACTAAAA	GCGCCAATCA	AAGCATTGAA	GAAGCTTTGC	AAAATGTGCC	AGGCGTGCAT	240
ATTAGAAACT	CTACCGGTAT	TGGAGCTGTG	CCTAGCATTT	CCATTAGGGG	GTTTGGTGCT	300
GGAGGCCCAG	GGCATTCTAA	TACGGGAATG	ATTCTAGTCA	ATGGGATTCC	TATTTATGTC	360
GCGCCCTATG	TTGAAATTGG	CACGGTTATT	TTTCCTGTAA	CCTTTCAGTC	TGTGGATAGA	420
ATCAGCGTAA	CTAAGGGTGG	GGAGAGCGTG	CGTTATGGCC	CTAACGCTTT	TGGCGGTGTG	480
ATCAACATCA	TCACCAAAGG	CATTCCTACC	AATTGGGAAA	GTCAGGTGAG	CGAGAGGACC	540
ACTTTTTGGG	GCAAGTCTGA	AAACGGGGGC	TTTTTCAATC	AAAATTCTAA	AAACATTGAT	600
AAAAGCTTAG	TTAATAACAT	GCTTTTTAAC	ACCTATTTAA	GAACGGGGGG	TATGATGAAT	660
AAGCATTTTG	GAATCCAAGC	TCAAGTCAAT	TGGCTCAAAG	GGCAAGGGTT	TAGATACAAC	720
AGCCCTACGG	ATATTCAAAA	TTACATGTTA	GATTCATTGT	ATCAAATCAA	TGATAGCAAT	780
AAAATCACCG	CTTTTTTTCA	ATATTATAGT	TATTTCTTGA	CAGACCCTGG	ATCTTTAGGC	840
ATAGCCGCTT	ACAATCAAAA	TCGTTTTCAA	AACAACCGCC	CCAATAACGA	TAAAAGCGGG	900
AGAGCGAAGC	GATGGGGAGC	TGTGTATCAA	AACTTTTTTG	GGGACACGGA	TAGGGTAGGG	960
GGGGATTTCA	CTTTTAGCTA	CTATGGGCAT	GACATGTCAA	GGGATTTTAA	ATTTGATTCT	1020
AACTATTTAA	ATGTCAATAC	CAATCCTAAA	TTAGGCCCCG	TTTATACCAA	TCAAAATTAT	1080
CCAGGATTTT	TTATCTTTGA	TCATTTAAGG	CGTTATGTGA	TGAACGCTTT	TGAGCCTAAT	1140
TTGAACTTAG	TTGTCAATAC	CAATAAAGTT	AAGCAAACTT	TTAATGTGGG	CATGCGTTTT	1200
ATGACAATGG	ATATGTTCAT	TAGATCCGAT	CAAAGCACAT	GCGAAAAAAC	AGATATTATC	1260
AATGGGGTGT	GCCACATGCC	TCCTTATGTC	CTTTCTAAAA	CGCCTAACAA	TAATCAAGAA	1320
ATGTTTAATA	ACTATACAGC	GGTATGGTTG	AGCGATAAAA	TAGAGTTTTT	TGATTCTAAA	1380
TTGGTGATAA	CTCCAGGGCT	TAGATACACT	TTTTTGAACT	ATAACAACAA	AGAGCCAGAA	1440
AAGCATGATT	TTTCCGTATG	GACCAGTAAA	AAACAGCGTC	AAAACGAATG	GAGTCCTGCC	1500
CTTAATATTG	GCTATAAACC	TATGGAAAAT	TGGATATGGT	ATGCGAACTA	CCGCCGCAGT	1560

152

TTTATCCCCC CACAACACAC AATGGTAGGC ATTACTAGGA CTAATTACAA CCAAATTTTT 1620 AATGAAATTG AAGTGGGGCA GCGCTATAGT TATAAAAATC TATTGAGTTT TAACACCAAT 1680 TATTTTGTGA TTTTTGCCAA GCGTTACTAT GCGGGAGGCT ATAGCCCACA GCCTGTGGAT 1740 GCCAGAAGTC AAGGGGTGGA ATTGGAATTG TATTACGCGC CGATTAGGGG TTTGCAATTC 1800 CATGTGGCTT ACACTTATAT TGATGCGCGC ATCACTTCTA ACGCTGATGA TATTGCTTAT 1860 TATTTTACAG GCATTGTCAA TAAACCCTTT GACATTAAAG GGAAGCGCTT GCCCTATGTG 1920 AGTCCTAACC AATTCATATT TGACATGATG TATACTTACA AGCACACGAC TTTTGGTATC 1980 AGCAGCTATT TTTATAGCCG CGCTTATAGT TCCATGCTCA ATCAAGCCAA AGATCAAACC 2040 GTATGCCTGC CCTTAAACCC AGAATACACA GGGGGGTTAA AGTATGGTTG TAATTCAGTG 2100 GGGTTATTGC CCTTGTATTT TGTGTTGAAT GTCCAAGTAA GCTCAATCTT ATGGCAAAGC 2160 GGTAGGCATA AAATCACAGG GAGTTTGCAA ATCAATAACC TTTTTAACAT GAAGTATTAT 2220 TTTAGGGGGA TTGGCACAAG CCCTACAGGG AGAGAACCCG CGCCAGGGAG ATCCATTACA 2280 GCGTATTTGA ATTATGAGTT TTAA 2304 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 15:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 348 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 348 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKVENCIA Č. 15:

TTGCACCCTC TATGCGCACA CGGCCAATGT GGAAGCGAAG CGATTGCGTG TTTAGAAGCC 60 ATTAGCGTGG GGATTGTGCC TGTTATCGCT AATAGCCCTT TAAGCGCGAC CAGGCAATTC 120 GCGCTAGATG AACGATCGTT ATTTGAGCCT AATAACGCTA AAGATTTGAG CGCTAAAATA 180 GACTGGTGGT TAGAAAACAA ACTTGAAAGA GAAAGAATGC AAAACGAATA CGCTAAAAGC 240 GCTTTAAACT ACACTTTAGA AAATTCAGTC ATTCAAATTG AAAAAGTTTA TGAAGAAGCG 300 ATCAAAGATT TTAAAAACAA CCCCAACCTC TTTAAAACCT TATCGTAA 348

153 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 16:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 1170 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 1170 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKVENCIA Č. 16:

ATGGTTATTG	TTTTAGTCGT	GGATAGCTTT	AAAGACACCA	GTAATGGCAC	TTCTATGACA	60
GCGTTTCGTT	TTTTTGAAGC	GCTGAAAAAA	AGAGGGCATG	CGATGAGAGT	GGTCGCCCCT	120
CATGTGGATA	ATTTAGGGAG	TGAAGAAGAG	GGGTATTACA	ACCTTAAAGA	GCGCTATATC	180
CCCCTAGTTA	CAGAAATTTC	ACACAAGCAA	CACATTCTTT	TTGCCAAACC	GGATGAAAAA	240
ATTCTACGAA	AGGCTTTTAA	GGGAGCGGAT	ATGATCCATA	CTTACTTGCC	TTTTTTGCTA	300
GAAAAAACAG	CCGTAAAAAT	CGCGCGAGAA	ATGCGAGTGC	CTTATATTGG	CTCTTTCCAT	360
TTACAGCCAG	AGCATATTTC	TTATAACATG	AAATTGGGGC	ÄATTTTCTTG	GCTAAATACC	420
ATGCTTTTTT	CATGGTTTAA	ATCTTCGCAT	TACCGCTATA	TCCACCATAT	CCATTGCCCA	480
TCAAAATTCA	TTGTAGAAGA	ATTGGAAAAA	TACAACTATG	GAGGAAAAAA	ATACGCTATC	540
TCTAACGGCT	TTGATCCCAT	GTTTAAGTTT	GAGCACCCGC	AAAAAAGCCT	TTTTGACACC	600
ACGCCCTTTA	AAATCGCTAT	GGTAGGGCGC	TATTCTAATG	AAAAAAATCA	AAGCGTTCTC	660
ATTAAAGCGG	TTGCTTTAAG	CCGATACAAA	CAAGACATTG	TATTATTACT	CAAAGGCAAG	720
GGGCCTGATG	AGAAAAAAAT	CAAACTTCTA	GCCCAAAAAC	TAGGCGTAAA	AACGGAGTTT	780
GGGTTTGTCA	ATTCCCATGA	ATTGTTAGAG	ATTTTAAAAA	CTTGCACCCT	CTATGCGCAC	840
ACGGCCAATG	TGGAAAGCGA	AGCGATTGCG	TGTTTAGAAG	CCATTAGCGT	GGGGATTGTG	900
CCTGTTATCG	CTAATAGCCC	TTTAAGCGCG	ACCAGGCAAT	TCGCGCTAGA	TGAACGATCG	960
TTATTTGAGC	CTAATAACGC	TAAAGATTTG	AGCGCTAAAA	TAGACTGGTG	GTTAGAAAAC	1020
AAACTTGAAA	GAGAAAGAAT	GCAAAACGAA	TACGCTAAAA	GCGCTTTAAA	CTACACTTTA	1080
GAAAATTCAG	TCATTCAÄAT	TGAAAAAGTT	TATGAAGAAG	CGATCAAAGA	TTTTAAAAAC	1140
AACCCCAACC	TCTTTAAAAC	CTTATCGTAA				1170

154 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 17:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 939 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

	(A)	ORGANIZMUS:	Helicobacter	pylori
(ix)	ZNAK:
	(A)	NÁZOV/KĽÚČ:	rôzne znaky
	(B)	UMIESTNENIE	1 ... 939
(Xi)	POPIS	i SEKVENCIE:	SEKVENCIA Č.	17:

TTGGCTTCTT	ACGGGTTTTT	TTTAGGAGCG	TTGTTTATTT	TAGCGAGCGG	GATCGTGTGC	60
TTACAGACTG	CCGGTAATCC	CTTTGTAACC	TTGCTTTCTA	AAGGTAAAGA	AGCCAGAAAC	120
TTGGTTTTAG	TCCAGGCGTT	CAATTCGCTT	GGCACGACTT	TAGGGCCTAT	TTTTGGGAGC	180
TTGTTGATTT	TTAGCGCGAC	CAAAACGAGC	GATAATTTAA	GCCTGATAGA	CAAGTTAGCG	240
GACGCTAAAA	GCGTTCAAAT	GCCTTATTTG	GGTTTAGCGG	TGTTTTCGCT	TCTTTTAGCG	300
CTTGTGATGT	ATCTTTTAAA	ATTGCCTGAT	GTGGAAAAAG	AAATGCCCAA	AGAAACGACG	360
CAAAAAAGCC	TGTTTTCGCA	CAAACACTTT	GTTTTTGGGG	CTTTAGGGAT	CTTTTTCTAT	420
GTGGGGGGAG	AAGTGGCGAT	TGGATCATTC	TTGGTGCTAA	GCTTTGAAAA	GCTTTTGAAT	480
TTAGACGCTC	AATCAAGCGC	GCATTACTTG	GTGTATTATT	GGGGCGGCGC	GATGGTAGGG	540
CGTTTCTTAG	GCAGCGCTTT	GATGAATAAA	ATCGCTCCTA	ATAAATACCT	GGCTTTCAAC	600
GCCTTAAGCT	CTATCATTCT	TATCGCTTTG	GCTATTCTTA	TTGGAGGCAA	GATCGCTTTA	660
TTCGCTCTGA	CTTTTGTGGG	CTTTTTCAAC	TCTATCATGT	TCCCTACAAT	CTTTTCTTTG	720
GCTACGCTCA	ATTTAGGGCA	TCTCACTTCT	AAGGCTTCTG	GAGTGATTAG	CATGGCGATT	780
GTGGGAGGGG	CGTTAATCCC	CCCCATTCAA	GGCGTGGTTA	CAGACATGCT	CACAGCAACC	840
GAATCGAATC	TGCTCTACGC	TTATAGCGTG	CCGTTGTTGT	GCTATTTTTA	TATCCTCTTC	900
TTTGCACTTA	AGGGGTATAA	ACAAGAAGAA	AACTCCTAA			939

(2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 18:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 1224 bázových párov

155 (ii) (iii) (iv) (Vi) (ix) (xi) (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová

TYP MOLEKULY: DNA (genomická)

HYPOTETICKÁ: NIE

ANTI-SENSE: NIE

PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori

ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 1224

POPIS SEKVENCIE: SEKVENCIA Č. 18:

ATGCAAAAAA	CTTCTAACAC	TTTAGCGCTG	GGGAGTTTGA	CGGCGCTATT	CTTTCTAATG	60
GGTTTTATCA	CGGTTTTAAA	CGACATTTTG	ATCCCGCATT	TAAAGCCCAT	TTTTGACTTG	120
ACCTATTTTG	AAGCTTCGCT	CATTCAATTT	TGCTTTTTTG	GGGCGTATTT	CATCATGGGG	180
GGAGTCTTTG	GGAACGTGAT	CAGTAAAATC	GGCTACCCTT	TTGGCGTGGT	GCTTGGTTTT	240
GTGATCACAG	CGAGCGGGTG	CGCGTTGTTT	TATCCGGCGG	CGCATTTTGG	CTCTTACGGG	300
TTTTTTTTAG	GAGCGTTGTT	TATTTTAGCG	AGCGGGATCG	TGTGCTTACA	GACTGCCGGT	360
AATCCCTTTG	TAACCTTGCT	TTCTAAAGGT	AAAGAAGCCA	GAAACTTGGT	TTTAGTCCAG	420
GCGTTCAATT	CGCTTGGCAC	GACTTTAGGG	CCTATTTTTG	GGAGCTTGTT	GATTTTTAGC	480
GCGACCAAAA	CGAGCGATAA	TTTAAGCCTG	ATAGACAAGT	TAGCGGACGC	TAÄAAGCGTT	540
CAAATGCCTT	ATTTGGGTTT	AGCGGTGTTT	TCGCTTCTTT	TAGCGCTTGT	GATGTATCTT	600
TTAAAATTGC	CTGATGTGGA	AAAAGAAATG	CCCAAAGAAA	CGACGCAAAA	AAGCCTGTTT	660
TCGCACAAAC	ACTTTGTTTT	TGGGGCTTTA	GGGATCTTTT	TCTATGTGGG	GGGAGAAGTG	720
GCGATTGGAT	CATTCTTGGT	GCTAAGCTTT	GAAAAGCTTT	TGAATTTAGA	CGCTCAATCA	780
AGCGCGCATT	ACTTGGTGTA	TTATTGGGGC	GGCGCGATGG	TAGGGCGTTT	CTTAGGCAGC	840
GCTTTGATGA	ATAAAATCGC	TCCTAATAAA	TACCTGGCTT	TCAACGCCTT	AAGCTCTATC	900
ATTCTTATCG	CTTTGGCTAT	TCTTATTGGA	GGCAAGATCG	CTTTATTCGC	TCTGACTTTT	960
GTGGGCTTTT	TCAACTCTAT	CATGTTCCCT	ACAATCTTTT	CTTTGGCTAC	GCTCAATTTA	1020
GGGCATCTCA	CTTCTAAGGC	TTCTGGAGTG	ATTAGCATGG	CGATTGTGGG	AGGGGCGTTA	1080
ATCCCCCCCA	TTCAAGGCGT	GGTTACAGAC	ATGCTCACAG	CAACCGAATC	GAATCTGCTC	1140
TACGCTTATA	GCGTGCCGTT	GTTGTGCTAT	TTTTATATCC	TCTTCTTTGC	ACTTAAGGGG	1200
TATAAACAAG	AAGAAAACTC	CTAA				1224

(2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 19:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE

156 (A) DĹŽKA: 378 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix) ZNAK:
(A)	NÁZOV/KĽÚČ:	rôzne znaky
(B)	UMIESTNENIE	1 ... 378

(xi) POPIS SEKVENCIE: SEKVENCIA Č. 19:

ATGAATAAAA TCGCTCCTAA TAAATACCTG GCTTTCGGCG CCTTAAGCTC TATCATTCTT ATCGCTTTGG CTATTCTTAT TGGAGGCAAG ATCGCTTTAT TCGCTCTGAC TTTTGTGGGC TTTTTCAACT CTATCATGTT CCCTACAATC TTTTCTTTGG CTACGCTCAA TTTAGGCATC TCACTTCTAA TGGCTTCTGG AGTGATTAGC ATGGCGATTG TGGGAGGGGC GTTAATCCCC CCCATTCAAG GCGTGGTTAC AGACATGCTC ACAGCAACCG AATCGAATCT GCTCTACGCT TATAGCGTGC CGTTGTTGTG CTATTTTTAT ATCCTCTTCT TTGCACTTAA GGGGTATAAA CAAGAAGAAA ACTCCTAA (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 20:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 993 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori

120

180

240

300

360

378

157 (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 993 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKVENCIA Č. 20:

TTGAAAAAAA TATTACCGGC TTTGTTAATG GGGTTTGTGG GATTGAATGC TAGTGATCGT 60

TTGTTAGAAA TCATGCGCCT TTATCAAAAA CAAGGCTTGG AAGTGGTGGG TCAAAAATTG 120

GATTCTTATT TAGCGGATAA GTCTTTTTGG GCAGAAGAGC TTCAAAACAA GGACACGGAT 180

TTTGGCTATT ATCAAAACAA GCAGTTTTTA TTTGTGGCGG ATAAATCCAA GCCCAGTTTG 240

GAGTTTTATG AAATAGAAAA TAACATGCTT AAAAAAATCA ACAGCTCTAA AGCCCTTGTA 300

GGCTCTAAAA AGGGCGATAA AACTTTAGAG GGCGATTTGG CCACGCCTAT TGGAGTGTAT 360

CGTATCACGC AGAAATTAGA GCGTTTGGAT CAATATTATG GCGTTTTGGC TTTTGTAACG 420

AATTACCCTA ATTTGTATGA CACTTTGAAA AAACGCACCG GGCATGGCAT TTGGGTGCAT 480

GGAATGCCTT TAAATGGCGA TAGGAATGAA TTGAACACTA AGGGTTGCAT TGCGATTGAA 540

AACCCTATTC TAAGCTCTTA TGACAAAGTG TTAAAAGGCG AAAAAGCGTT CCTTATCACT 600

TATGAAGACA AGTTTTCCCC TAGCACTAAA GAAGAATTGA GCATGATTTT AAGCTCCCTT 660

TTCCAATGGA AAGAAGCTTG GGCTAGGGGC GATTTTGAAC GCTACATGCG TTTTTATAAC 720

CCCAATTTCA CTCGCTATGA CGGCATGAGT TTTAACGCTT TTAAAGAGTA TAAAAAAAGG 780

GTGTTTGCAA AAAATGAAAA AAAGAATATC GCTTTTTCCT CTATCAATGT GATCCCTTAC 840

CCCAACTCTC AAAACAAACG CTTGTTTTAT GTGGTATTTG ACCAAGATTA CAAAGCCTAC 900

CAGCAAAACA AGCTCTCTTA TAGCTCCAAT TCTCAAAAAG AACTCTATGT AGAGATTGAA 960

AACAATCAAG CGTCTATTAT AATGGAAAAA TAA 993 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 21:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 510 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky

158 (B) UMIESTNENIE 1 ... 510 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 21:

TTGTTTGAGA AATGGATTGG TCTGACCTTA CTCCTTAGTT CCTTAGGCTA TCCATGCCAA AAGGTAAGTA TTAGTTTCAA GCAATACGAA AATCTTATCC ATATCCATCA AAAAGGTTGC AACAATGAAG TGGTGTGCAG AACGCTCATC TCTATCGCTT TACTAGAAAG CTCTCTAGGG TTGAACAACA AGCGAGAAAA ATCCCTTAAA GACACTTCTT ACTCCATGTT CCATATCACC TTAAACACCG CTAAAAAGTT CTACCCTACC TATTCTAAAA CGCTCCTCAA AACCAAATTG TTAAATGATG TGGGTTTTGC GATCCAATTA GCCAAACAAA TTTTAAÄAGA AAATTTTGAT TATTACCACC AAAAACACCC CAACAAAAGC GTGTATCAAT TAGTACAAAT GGCCATAGGC GCTTACAATG GGGGAATGAA ACACAACCCT AATGGCGCTT ACATGAAGAA GTTTCGTTGC ATTTATTCTC AAGTGCGATA CAACGAATAA (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 22:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 648 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 648 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 22:

ATGAAAAAAC CCTACAGAAA GATTTCTGAT TATGCGATCG TGGGTGGTTT GAGCGCGTTA GTGATGGTAA GCATTGTGGG GTGTAAGAGC AATGCCGATG ACAAACCAAA AGAGCAAAGC TCTTTAAGTC AAAGCGTTCA AAAAGGCGCG TTTGTGATTT TAGAAGAGCA AAAGGATAAA TCTTACAAGG TTGTTGAAGA ATACCCCAGC TCAAGAACCC ACATTGTAGT GCGCGATTTG CAAGGCÁÁTG ÁACGCGTGTT GAGCAATGAA GAGATTCAAA AGCTCATCAA AGAAGAAGAA GCCAAAATTG ATAACGGCAC GAGCAAGCTT GTCCAGCCTA ATAATGGAGG GAGTAATGAA GGATCAGGCT TTGGCTTGGG AAGCGCGATT TTAGGGAGCG CGGCGGGGGC GATTTTAGGG

120

180

240

300

360

420

480

510

120

180

240

300

360

420

159

AGTTATATTG GCAATAAGCT TTTTAATAAC CCTAATTATC AGCAAAACGC CCAACGGACC 480

TACAAATCCC CACAAGCTTA CCAACGCTCT CAAAATTCTT TTTCTAAAAG CGCACCCAGC 540

GCTTCAAGCA TGGGCACAGC GAGTAAGGGA CAGAGCGGGT TTTTTGGCTC TAGTAGGCCT 600

ACTAGTTCGC CTGCAATAAG CTCTGGGACA AGGGGCTTTA ACGCATAA 648 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 23:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 762 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 762 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 23:

TTGAAAACTC TATTTAGTGT TTATCTCTTT TTGTCGTTGA ATCCACTCTT TTTAGAAGCT 60 AAAGAAATCA CTTGGTCTCA ATTCTTGGAA AATTTTAAAA ACAAGAATGA AGACGACAAA 120 CCTAAACCCC TAACCATTGA CAAAAACAAT GAAAAACAGC AAATCCTAGA CAAAAACCAG 180 CAAATCTTAA AAAGGGCTTT AGAAAAAAGC CTTAAATTTT TCTTTATTTT TGGATACAAC 240 TATTCGCAAG CCGCTTATTC AACCACTAAT CAAAACTTGA CTCTTACGGC GAATAGCATA 300 GGGTTTAACA CCGCTACAGG CTTGGAGCAT TTTTTAAGAA ACCACCCTAA AGTCGGTTTT 360 AGAATCTTTA GCGTCTATAA CTATTTCCAT TCCGTTTCGC TCTCCCAGCC TCAAATCCTA 420 ATGGTGCAAA ATTACGGAGG CGCGTTAGAT TTTTCTTGGA TTTTTGTGGA TAAAAAAACC 480 TATCGCTTTA GGAGTTATTT AGGAATCGCT TTAGAGCAAG GGGTGTTGTT AGTGGATACG 540 ATTAAAACCG GCTCTTTCAC AACCATCATC CCAAGAACCA AGAAAACCTT TTTTCAAGCC 600 CCTTTGCGTT TTGGTTTTAT CGTGGATTTT ATCGGCTATT TGTCTTTGCÄ ATTAGGGATT 660 GAAATGCCCT TAGTGAGGAA TGTTTTTTAC ACCTACAATA ACCATCAAGA AAGATTCAAA 720 CCACGATTTA ACGCTAATCT TTCTTTAATC GTTTCGTTTT AG 762 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 24

160 (i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 1011 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 1011 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 24:

TTGTTTTTCA AATTTATTTT ATGTTTATCA TTAGGAATAT TTGCATGGGC AAAAGAGGTC 60

ATTCCCACCC CTTCAACCCC ATTAACGCCC TCTAAACGCT ATTCTATCAA TTTGATGACT 120

GAAAATGATG GTTATATCAA TCCTTACATT GATGAGTATT ACACGGCAGG CAATCAAATA 180

GGCTTTTCTA CTAAAGAGTT TGATTTTTCT AAAAATAAAG CGATGAAATG GTCTTCGTAT 240

TTAGGGTTTT TCAATAAAAG CCCTAGGGTT ACTCGTTTTG GCATTTCTCT CGCCCAAGAC 300

ATGTATACCC CCTCACTTGC AAACAGAAAA CTGGTGCATT TGCATGACAA CCACCCTTAT 360

GGGGGGTATT TGAGGGTGAA TTTGAACGTG TATAACCGCC ATCAAACTTT CATGGAGTTA 420

TTCACGATTT CTTTAGGCAC GACAGGGCAA GATTCTTTGG CCGCTCAAAC GCAGCGTCTC 480

ATTCATAAAT GGGGTCATGA TCCCCAATTT TATGGCTGGA ACACGCAGCT CAAAAACGAA 540

TTTATCTTTG AACTGCACTA CCAATTGCTT AAAAAAGTCC CCCTTTTAAA GACTCGTTTT 600

TTTTCTATGG AGTTGATGCC TGGGTTTAAT GTGGAACTGG GTAATGCGAG GGATTATTTC 660

CAACTCGGCT CGCTCTTTAG GGCTGGGTAT AACTTGGACG CTGATTATGG GGTCAATAAG 720

GTCAATACCG CTTTTGATGG GGGCATGCCT TATAGCGATA AGTTTTCCAT CTATTTTTTT 780

GCAGGGGCTT TTGGGCGCTT CCAACCCCTT AACATCTTCA TTCAAGGCAA TAGCCCTGAA 840

ACTAGGGGCA TTGCCAATTT GGAATACTTT GTTTATGCCA GTGAAATAGG AGCGGCTATG 900

ATGTGGCGTA GCCTCAGGGT GGCTTTTACA ATCACTGATA TTAGTAAAAC CTTTCAGTCC 960

CAGCCTAAGC ACCATCAGAT CGGCACCTTA GAATTGAATT TCGCCTTTTG A 1011 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 25:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 327 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina

161 (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A)	ORGANIZMUS:	Helicobacter pylori
(ix) ZNAK:
(A,	NÁZOV/KĽÚČ:	rôzne znaky
(B)	UMIESTNENIE	1 ... 327

(xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 25:

ATGAAACCAA TCTTTAGCCT CTTTTTCCTC CTTATTGTTT TAAAAGCGCA CCCCATAAAC CCCTTATTAG AGCCGTTATA TTTCCCCAGT TACACGCAAT TTTTAGATTT AGAACCTCAT TTTGTCATTA AAAAAAAGCG CGCTTACAGG CCTTTTCAAT GGGGGAACAC TATTATTATC AAACGCCATG ATTTAGAAGA GCGCCAGAGC AACCAACCAA GCGATATTTT CCGCCAGAAC GCTGAAATCA ATGTGTCTTC TCAAACTTTT TTAAGAGGAA TCAGCAGCGC TTCTTCACGC ATAGTGATCG ATTCGGTCGC TCAGTAA

120

180

240

300

327 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 26:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 588 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky

162 (B) UMIESTNENIE 1 ... 588 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 26:

ATGAGCAATA ACCCCTTTAA AAAAGTGGGC ATGATCAGCT CTCAAAACAA TAACGGCGCT TTGAACGGGC TTGGCGTGCA AGTGGGTTAT AAACAATTCT TTGGCGAAAG CAAAAGATGG GGGTTAAGGT ATTATGGTTT CTTTGATTAC AACCACGGCT ATATCAAATC CAGCTTTTTT AATTCTTCTT CTGATATATG GACTTATGGC GGTGGGAGCG ATTTGTTAGT GAATTTTATC AACGATAGCA TCACAAGAAA GAACAACAAG CTTTCTGTGG GTCTTTTTGG TGGTATCCAA CTAGCAGGGA CTACATGGCT TAATTCTCAA TACATGAATT TAACAGCGTT CAATAACCCT TACAGCGCGA AAGTCAATGC TTCCAATTTC CAATTTTTGT TCAATCTCGG CTTGAGGACG AATCTCGCTA CAGCTAAGAA AAAAGACAGC GAACGTTCCG CGCAACATGG CGTTGAACTG GGCATTAAAA TCCCTACCAT TAACACCAAT TATTATTCTT TTCTAGGCAC TAAGCTAGAA TACAGAAGGC TTTATAGCGT GTATCTCAAT TATGTGTTTG CTTATTAA (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 27:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 684 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 684 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 27:

GTGCGTTTTG GTAAAATTGA TTATTTGAAC ATGCTCCCTT TTGATGTGTT TATCAAATCC TACCCCACCC CTTGTTATTT CAAACAATTC TTACGGCTTA AAAAAACCTA CCCCTCCAAA CTCAATGAGA GTTTTTTATT CAGGCGCATT GATGCGGGGT TTATTTCTTC TATCGCTGGC TATCCATTCG CTCTTTGTTC TTATTCTCTA GGCATTGTCG CTTATAAGGA AGTTTTAAGC GTGTTGGTTG TAAATAGAGA AAACGCTTTT GACAAAGAAA GCGCTTCTTC AAACGCCCTC TCTAAAGTGT TAGGGTTAAA AGGCGAGGTC TTAATCGGCA ATAAAGCGCT GCAATTTTAT

120

180

240

300

360

420

480

540

588

120

180

240

300

360

163

TATTCCAACC CTAAAAAAGA TTTTATAGAT TTAGCCGCTC TGTGGTATGA AAAAAAACGC TTGCCGTTTG TTTTTGGGCG TCTGTGCTAT TATCAAAACA AGGATTTTTA CAAACGCTTG TCTTTAGCCT TCAAACATCA AAAAACAAAA ATCCCTCACT ACATCCTTAA AGAAGCCGCT TTGAAAACCA ACTTGAAACG CCAAGATATT CTAAACTACT TGCAAAAAAT TTACTACACT TTAGGCAAAA AGGAACAATC AGGCCTTAAA GCGTTCTATC GTGAATTGTT GTTCAAACGC ATCCAAAAAC CCAAGCGGTT TTAG (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 28:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 918 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 918 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 28:

ATGGGTAGAA TTGAATCAAA AAAGCGTTTG AÄAGCACTCA TTTTTTTAGC GAGTTTGGGG GTGTTGTGGG GCAATGCGGC TGAAAAAACG CCTTTTTTTA AAACTAAAAA CCACATTTAT TTGGGTTTTA GGCTAGGCAC AGGGGCTACT ACGCGCACAA GCATGTGGCA ACAAGCCTAT AAAGACAACC CCACTTGCCC TAGCAGCGTG TGTTATGGCG AGAAATTAGA AGCCCATTAT AAGGGGGGTA AAAACTTATC TTATACCGGG CAAATAGGCG ATGAAATAGC TTTTGATAAA TACCATATTT TAGGCTTAAG GGTGTGGGGG GATGTAGAAT ACGCTAAGGC TCAATTAGGT CAAAAAGTGG GGGGTAACAC CCTTTTATCC CAAGCGAATT ATAACCCAAG CGCGATTAAA ACCTACGATC CTACTTCAAA CGCTCAAGGC TCTTTAGTTT TGCAAAAAAC CCCAAGCCCC CAAGATTTCC TTTTCAATAA CGGGCATTTC ATGGCGTTTG GTTTGAACGT GÄACATGTTT GTCAATCTCC CTATAGACAC CCTTTTAAAA CTCGCTTTÄA AAACGGAAAA AATGCTGTTT TTTAAAATAG GCGTGTTTGG TGGGGGTGGG GTGGAATACG CAATCTTGTG GAGTCCTCAA TATAAAAATC AAAATACCCA TCAAGACGAT AAATTTTTTG CCGCAGGTGG GGGGTTTTTT GTGAATTTTG GAGGCTCTTT GTATATAGGC AAGCGCAACC GCTTCAATGT GGGGCTAAAA ATCCCTTATT ATAGCTTGAG CGCGCAAAGT TGGAAAAATT TTGGCTCTAG CAATGTGTGG

420

480

540

600

660

684

120

180

240

300

360

420

480

540

600

660

720

780

840

164

CAGCAACAAA CGATCCGACA AAACTTCAGC GTTTTTAGGA ATAAAGAAGT TTTTGTCAGC TACGCGTTCT TGTTTTAG (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 29:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 777 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 777 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia £. 29:

ATGTTTTTAA GATCATACCC AAAGCTTAGA TACGCTTTAT GTTTACCCCT ACTCACTGAG ACTTGCTATA GCGAGGAGCG CACTTTAAAT AAGGTTACCA CCCAAGCTAA AAGGATTTTC ACTTACAATA ATGAGTTTAA GGTTACTTCT AAAGAATTGG ATCAACGCCA AAGCAATGAA GTCAAAGACC TGTTTAGGAC TAACCCTGAT GTGAATGTGG GCGGAGGGAG CGTGATGGGG CAGAAAATCT ACGTGAGAGG CATTGAAGAC AGGCTTTTAA GGGTTACGGT GGATGGGGCT GCGCAAAATG GCAACATCTA CCACCACCAA GGCAACACCG TGATTGACCC TGGCATGCTC AAAAGCGTGG AAGTTACTAA AGGCGCGGCG AATGCGAGCG CGGGGCCAGG AGCGATCGCG GGAGTGATTA AAATGGAGAC TAAAGGAGCG GCTGATTTTA TCCCTAGGGG GAAAAATTAT GCAGCGAGTG GGGCGGTGAG TTTTTATACC AATTTTGGGG ACAGAGAGAC TTTTAGATCG GCCTATCAAA GCGCGCATTT TGATATTATC GCTTACTACA CGCACCAAAA TATTTTCTAT TATAGGAGCG GCGCCACAGT GATGAAAAAC CTTTTCAAAC CCACACAAGC CGATAAAGAG CCAGGAACTC CCAGCGAGCA AAACAACGCT TTGATTAAAA TGAATGGCTA TTTGAGCGAC AGAGACACGC TCACTTTCAG CTGGAACATG ACACGAGATA ACGCCACACG CCTTTAA (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 30:

900

918

120

180

240

300

360

420

480

540

600

660

720

777 (i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 579 bázových párov

165 (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 579 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 30:

ATGTTTTTAA GATCATACCC AAAGCTTAGA TACGCTTTAT GTTTACCCCT ACTCACTGAG 60

ACTTGCTATA GCGAGGAGCG CACTTTAAAT AAGGTTACCA CCCAAGCTAA AAGGATTTTC 120

ACTTACAATA ATGAGTTTAA GGTTACTTCT AAAGAATTGG ATCAACGCCA AAGCAATGAA 180

GTCAAAGACC TGTTTAGGAC TAACCCTGAT GTGAATGTGG GCGGAGGGAG CGTGATGGGG 240

CAGAAAATCT ACGTGAGAGG CATTGAAGAC AGGCTTTTAA GGGTTACGGT GGATGGGGCT 300

GCGCAAAATG GCAACATTTA CCACCACCAA GGCAACACCG TGATTGACCC TGGCATGCTC 360

AAAAGCGTGG AAGTTACTAA AGGCGCGGCG AATGCGAGCG CGGGGCCAGG AGCGATCGCG 420

GGAGTGATTA AAATGGAGAC TAAAGGAGCG GCTGATTTTA TCCCTAGGGG GAAAAATTAT 480

GCAGCGAGTG GGGCGGTGAG TTTTTATACC AATTTTGGGG ACAGAGAGAC TTTTAGATCG 540

GCCTATCAAA GCGCGCATTT TGATATTATC GCTTACTAG 579 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 31:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 381 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE

166

(vi) PÔVODNÝ ZDROJ:	Helicobacter pylori
	(A) ORGANIZMUS:
(ix)	ZNAK: (A) NÁZOV/KĽÚČ: (B) UMIESTNENIE	rôzne znaky 1 ... 381
(xi)	POPIS SEKVENCIE:	Sekvencia č. 31:

GTGCCCTTGA GTTTGGGAGG CAACCTCTTA AACCCTAACA ACAGTAGCGT GCTGAATTTA 60

AAAAACAGCC AGCTTGTTTT TAGCGATCAA GGGAGCTTGA ATATCGCTAA CATTGATTTA 120

CTAAGCGATC TGAATGGTAA TAAAAATCGT GTGTATAACA TCATTCAAGC GGACATGAAT 180

GGTAATTGGT ATGAGCGTAT CAACTTCTTT GGCATGCGCA TTAATGATGG GATTTATGAC 240

GCTAAAAACC AAACTTATAG TTTCACTAAC CCTCTCAATA ACGCCGTAAA ATTCACCGAG 300

AGCTTTTTCA TACACCGCCT GTGCGGTTCG CTCTCTCAAA TACAAAAAAA AAAAAACACA 360

ATAGTCTCAC CTCGGCTCTG A 381 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 32:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 1698 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 1698 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia ô. 32:

GTGTATTCTT ATAGCGATGA CGCACAAGGC GTGTTTTATC TCACGAGCAG CGTGAAAGGC 60

TATTACAACC CCAACCAATC CTATCAAGCC AGCGGCAGCA ATAACACCAC GAAAAATAAC 120

AATCTAACCT CTGAATCTTC TGTCATTTCG CAAACCTATA ACGCGCAAGG CAACCCTATC 180

AGCGCGTTAC ACGTCTATAA CAAGGGCTAT AATTTCAGTA ATATCAAAGC GTTAGGGCAA 240

167

ATGGCGCTCA	AACTCTACCC	TGAAATCAAA	AAGATATTAG	GGAATGATTT	TTCGCTTTCA	300
AGTTTGAGCA	ATTTAAAAGG	CGATGCGCTA	AACCAGCTTA	CCAAGCTCAT	CACGCCTAGC	360
GATTGGAAAA	ACATTAACGA	GTTGATTGAT	AACGCAAACA	ATTCGGTCGT	GCAAAATTTC	420
AATAACGGCA	CTTTGATTAT	AGGAGCGACT	AAAATAGGGC	AAACAGACAC	CAATAGTGCG	480
GTGGTTTTTG	GGGGCTTGGG	CTATCAAAAG	CCTTGCGATT	ACACTGATAT	TGTGTGCCAA	540
AAATTTAGAG	GCACTTATTT	GGGGCAGCTT	TTGGAGTCCA	ACTCCGCTGA	TTTGGGCTAT	600
ATTGACACGA	CTTTTAACGC	TAAAGAAATT	TATCTTACCG	GCACTTTAGG	GAGCGGGAAC	660
GCATGGGGGA	CTGGGGGGAG	TGCGAGCGTA	ACTTTTAACA	GCCAAACTTC	GCTCATTCTC	720
AACCAAGCGA	ATATCGTAAG	CTCGCAAACC	GATGGGATTT	TTAGCATGCT	GGGTCAAGAG	780
GGCATCAATA	AGGTTTTCAA	TCAAGCCGGG	CTCGCTAATA	TTTTGGGCGA	AGTGGCAATG	840
CAATCCATTA	ACAAAGCCGG	GGGATTAGGG	AATTTGATAG	TAAATACGCT	AGGGAGTGAT	900
AGCGTGATTG	GGGGGTATTT	AACGCCTGAG	CAAAAAAATC	AAACCCTAAG	CCAGCTTTTG	960
GGGCAGAATA	ATTTTGATAA	CCTCATGAAC	GATAGCGGTT	TGAACACGGC	GATTAAGGAT	1020
TTGATCAGAC	AAAAATTAGG	CTTTTGGACC	GGGCTAGTGG	GGGGATTAGC	CGGACTGGGG	1080
GGCATTGATT	TGCAAAACCC	TGAAAAGCTT	ATAGGCAGCA	TGTCCATCAA	TGATTTATTG	1140
AGTAAAAAGG	GGTTGTTCAA	TCAGATCACC	GGCTTTATTT	CCGCTAACGA	TATAGGGCAA	1200
GTCATAAGCG	TGATGCTGCA	AGATATTGTC	AAGCCGAGCG	ACGCTTTAAA	AAACGATGTA	1260
GCCGCTTTGG	GCAAGCAAAT	GATTGGCGAA	TTTTTAGGCC	AAGACACGCT	CAATTCTTTA	1320
GAAAGCTTGC	TGCAAAACCA	GCAGATTAAA	AGCGTTTTAG	ACAAAGTCTT	AGCGGCTAAA	1380
GGATTAGGGT	CTATTTATGA	ACAAGGTTTG	GGGGATTTGA	TCCCTAATCT	TGGTAAAAAG	1440
GGGATTTTCG	CTCCCTATGG	CTTGAGTCAA	GTGTGGCAAA	AAGGGGATTT	TAGTTTCAAC	1500
GCGCAAGGCA	ATGTTTTTGT	GCAAAATTCC	ACTTTCTCTA	ACGCTAATGG	AGGCACGCTC	1560
AGTTTTAACG	CAGGAAATTC	GCTCATTTTT	GCCGGAAACA	ACCACATCGC	TTTCACTAAC	1620
CATTCTGGAA	CGCTCAATTT	GTTGTCTAAT	CAAGTTTCTA	ACATTAACGT	CACCATGCTT	1680
AACGCAGCAA	CGGCCTAA					1698

(2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 33:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 519 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

168 (A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 519 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 33:

GTGTTTGGAT

TACCCTGAGC

AATCATAAAA

GCCAGACAAG

TTAAAAGATT

AAGCGCATTA

TATAGCGTTT

GCGATTTTAT

ATTAAAACTT

TGAGTTTGGC

CTTACAAGTT

TGAACGATTA

GCTTTGTCAG

TTTGTATTAA

ATGGCGAATT

TACCCGATAT

CGGTAAAAAA

TTGCAATCGC

GGATATGATT

TTTACAGGTT

TATCAAGCAA

CGTAATTGGA

AAACAATGTA

AGATAAGGTC

TATTCTTTAT

TTCGTTTAGA

CTGTAACTTC

TTAGAGCGTT

TTTTACGCGC

AATAAGAGCA

AGAGCGTTAG

AAAATGACGA

AAACGGGCTT

CAAACCAACA

GAGCGTTTCA

TCACATTAA

TTAAAGATTT

AAGAAAAAGA

AGGAAGAGGC

AAAAAATCAT

ACGATAAAAC

TATTGGTGCA

AAGATAATAT

CAAAAGACGC

TATGAGAGAA

ACGCTTCTTA

TAGTATTTTG

AGAACTTTTA

CTTAAGGGCT

TTTTGGAGGA

CAAAATCCTA

CTTATTGGAA

120

180

240

300

360

420

480

519 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 34:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 996 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 996 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 34:

ATGAAAAGAT TTGTTTTATT CTTGTTATTC GCTGAGCAAG ATTACTTTTT TAGGGATTTT CTTGATAAAA AGCTCTCCCA AACAATACAG TACACTGCTA CTGGGGTTAG AGAGCCTGAT ATGGTTTCCT ATGATTTAGC GCTAGGCTAT AAAGCTATAG AGATTTTAAA CGCTTGGGCT

ATATGTGTTT GCGTTTGCGT TCAAGCTTAC AAATCTATAG ATTTGCCCCA AAAACTCCAC CCATGCGCGC AACTTAACGC ATCAAAACAC GCCTGCACCA AGAGTTTTAA AAAATCCGCT TTAGTGAGCC AAAACAÄACC ATACGGCTTA AATGAGCTTC AAAGCGTGGA TACTTATCAA

120

180

240

300

360

169

AGCGAGGACA ATATCAATTT TTACATGCCT TATATGAACA TGGCTTATTG GTTTGTCAAA 420 AAAGAATTTC CTAGCCCAGA ATATGAAGAT TTCATTAGGC GGATGCGTCA GTATTCTCAA 480 TCAGCTCTTA ACACTAACCA TGGGGCGTGG GGGATTCTCT TTGATGTGAG CTCTGCACTA 540 GCGCTAGATG ATCATGCCCT TTTGCAAAGT AGCGCTAATC GGTGGCAGGA GTGGGTGTTT 600 AAAGCCATAG ATGAGAACGG GGTTATTGCT AGCGCGATCA CTAGGAGCGA TACGAGCGAT 660 TATCATGGCG GCCCTACAAA GGGCATTAAG GGGATAGCTT ATACCAATTT TGCGCTTCTT 720 GCGATAACTA TATCAGGCGA ATTGCTTTTT GAGAACGGGT ATGATTTGTG GGGTAGTGGA 780 GCCGGGCAAA GGCTCTCTGT GGCGTATAAC AAAGCCGCAA CATGGATTCT AAACCCTGAA 840 ACTTTCCCCT ATTTTCAGCC TAACCTCATT GGGGTGCATA ACAACGCCTA TTTCATTATT 900 TTAGCCAAAC ATTATTCTAG CCCTAGCGCG GATGAGCTTT TAGAGCAAGG CGATTTGCAT 960 GAAGATGGCT TCAGGCTGAA ACTCCGATCG CCATGA 996 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 35:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 384 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 384 (xi, POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 35:

ATGCGTCAGT ATTCTCAATC AGCTCTTAAC ACTAACCATG GGGCGTGGGG GATTCTCTTT 60

GATGTGAGCT CTGCACTAGC GCTAGATGAT CATGCCCTTT TGCAAAGTAG CGCTAATCGG 120

TGGCAGGAGT GGGTGTTTAA AGCCATAGAT GAGAACGGGG TTATTGCTAG CGCGATCACT 180

AGGAGCGATA CGAGCGATTA TCATGGCGGC CCTACAAAGG GCATTAAGGG GATAGCTTAT 240

ACCAATTTTG CGCTTCTTGC GATAACTATA TCAGGCGAAT TGCTTTTTGA GAACGGGTAT 300

GATTTGTGGG GTAGTGGAGC CGGGCAAAGG CTCTCTGTGG CGTATAACAA AGCCGCAACA 360 TGGATTCTAA ACCCTGAAAC TTTC 384 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 36:

170 (i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 738 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 738 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 36:

TTGAGAACCT TGTTAAAAAT GTTGGTTGGT GTGAGCTTAC TAACACACGC TTTAATGGCT 60

ACAGAAGAAA GCGCTGCCCC TTCTTGGACA AAAAATTTGT ATATGGGATT CAATTACCAA 120

ACAGGTTCTA TCAATTTAAT GACTAATATT CATGAAGTTA GAGAAGTTAC TAGCTATCAA 180

ACCGGTTACA CCAATGTAAT GACTAGCATT AATAGCGTTA AAAAACTCAC TAACATGGGT 240

TCTAATGGGA TTGGCTTAGT CATGGGCTAT AACCACTTTT TCCATCCGGA TAAAGTCTTG 300

GGTTTGCGCT ATTTTGCTTT TTTAGATTGG CAAGGCTATG GCATGAGATA CCCTAAAGGC 360

TATTATGGGG GCAATAACAT GATCACTTAT GGCGTGGGCG TGGATGCGAT ATGGAATTTC 420

TTCCAAGGGA GTTTTTATCA AGATGATATT GGCGTGGATA TTGGCGTTTT TGGGGGGATT 480

GCGATTGCTG GGAATAGCTG GTATATTGGC AATAAAGGGC AGGAATTATT AGGCATCACC 540

AATAGTAGTG CGGTTGATAA CACCTCTTTT CAATTCCTCT TTAACTTTGG TTTCAAAGCT 600

TTATTTGTAG ATGAACATGA ATTTGÄAATT GGGTTTAAAT TCCCCACTCT TAACAACAAA 660

TACTACACCA CCGACGCGCT CAAGGTTCAA ATGCGTAGGG TCTTTGCCTT TTATGTGGGG 720 TATAATTACC ACTTCTAA 738 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 37:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 873 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová

171 (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 873 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia £. 37:

ATGTTTGAAG AAATTACCCT AGCGCATAAG GACTTGTTTT CAAGGTTTTT ACAAACTCAA 60

AAAATCGTTT TATCGGATGT GAGTTTTACC AATTGCTTTT TATGGCAGCA CGCAAGGCTC 120

ATTCAAGTGG CTGTGATTAG GGATTGTTTG GTGATTCAAA CCACTTATGA AAACCAAAAA 180

CCCTTTTATT TCTATCCTAT CGGTAAGAGG CCGCATGAAT GCGTGAAAGA GCTTTTGGAA 240

TTAGAAAAAA ATTTAAGATT CCACTCCCTG ACTTTAGAGC AAAAAGACGA TTTGAAAGAC 300

AATTTTGTAG GGGTGTTTGA TTTCACTTAC AACCGAGACA GGAGCGATTA TGTTTATTCT 360

ATTGAAGAAC TAATCGCGCT CAAAGGGAAA AAATACCATA AGAAAAAAAA CCACTTAAAC 420

CAGTTTTTAA CCAATCATGC GAATTTTGTT TATGAAAAAA TTTCTCCTCA AAACAGAAAG 480

GAAGTTTTAG AAGCCTCTAA AGCGTGGTTT TTAGAAAGCC AGACCGATGA TATAGGGTTA 540

ATCAACGAÄA ATAAGGGCAT TCAAAGCGTT TTAGAAAATT ATGAAAGCTT GGATTTAAAG 600

GGGGGGCTTA TTAGGGTTAA TGGGGAAATA GTCTCGTTTA GTTTTGGGGA AGTTTTAAAC 660

GAAGAGAGCG CGCTCATCCA CATTGAAAAA GCCCGCACAG ATATTGCAGG CGCGTATCAA 720

ATCATCAACC AACAATTGCT TTTGAATGAA TTTAGCCATT TAACTTACGC TAACAGAGAA 780

GAAGATCTAG GATTAGAGGG CTTAAGAAGG TCTAAAATGA GCTATAACCC GGTGTTTTTG 840

ATAGACAAAT ACGAAGCGGT TGCTAGAAAT TAA 873 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 38:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 333 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE

172 (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

	(A) ORGANIZMUS:	Helicobacter pylori
(ix)	ZNAK: (A) NÁZOV/KĽÚČ: (B) UMIESTNENIE	rôzne znaky 1 ... 333
(xi)	POPIS SEKVENCIE:	Sekvencia č. 38:

ATGATGTTCA TTGTAGCGGT TTTGATGCTG GCGTTTTTGA TCTTTGTCCA TGAGTTAGGG 60

CATTTCATTA TCGCTAGGAT TTGTGGGGTG AAAGTGGAAG TGTTTAGCAT TGGTTTTGGT 120

AAAAAACTCT GGTTTTTCAA GCTTTTTGGC ACGCAATTCG CTCTGTCTTT GATCCCGCTT 180

GGGGGCTATG TGAAATTAAA GGGCATGGAT AAAGAAGAAA ATGAAGAAAA ΤΑΑΑΑΤΤΑΑΤ 240

CAAGCGAATG ATAGCTACGC CAAAAAAGCC CTTTCCAAAA GCTATGGATA TTGTTTGGTG 300

GGGCGTTTTT TAATTTTCTT TTTGCGGTTT TAG 333 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 39:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 1056 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 1056 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 39:

ATGATGTTCA TTGTAGCGGT TTTGATGCTG GCGTTTTTGA TCTTTGTCCA TGAGTTAGGG 60

CATTTCATTA TCGCTAGGAT TTGTGGGGTG AAAGTGGAAG TGTTTAGCAT TGGTTTTGGT 120

AAAAAACTCT GGTTTTTCAA GCTTTTTGGC ACGCAATTCG CTCTGTCTTT GATCCCGCTT 180

GGGGGCTATG TGAAATTAAA GGGCATGGAT AAAGAAGAAA ATGAAGAAAA ΤΑΑΑΑΤΤΑΑΤ 240

173

CAAGCGAATG	ATAGCTACGC	GCAAAAAAGC	CCTTTCCAAA	AGCTATGGAT	ATTGTTTGGT	300
GGGGCGTTTT	TTAATTTTCT	TTTTGCGGTT	TTAGTGTATT	TTTTTCTGGC	ATTGAGCGGG	360
GAAAAAGTCT	TACTGCCCGT	CATTGGCGGT	TTAGAAAAAA	ACGCGCTAGA	AGCCGGGCTG	420
TTAAAGGGGG	ATAGAATCCT	TTCTATCAAC	CATCAAAAAA	TAGCGAGTTT	TAGAGAGATT	480
AGAGAGATAG	TGGCGCGTTC	TCAAGGCGAG	TTAATTTTAG	AAATAGAGCG	AAACAATCAG	540
ATTTTAGAAA	AACGACTGAC	CCCCAAAATC	GTGGCGGTGA	TAAGCGAGTC	TAATGATCCT	600
AATGAAATCA	TCAAGTATAA	AATAATAGGC	ATTAAACCGG	ACATGCAAAA	AATGGGCGTT	660
GTCTCTTATT	CCGTGTTTCA	AGCGTTTGAA	AAGGCTTTGA	GTCGGTTTAA	AGAGGGCGTT	720
GTTTTGATTG	TGGATTCTTT	AAGGCGTTTG	ATTATGGGGA	GCGCTTCAGT	TAAAGAATTG	780
AGTGGGGTAA	TAGGCATTGT	GGGGGCGTTA	AGCCATGCCA	ATAGCGTGAG	CATGCTTTTG	840
TTGTTTGGGG	CGTTTTTATC	TATCAATCTA	GGGATTTTAA	ATTTATTACC	CATTCCAGCC	900
TTAGATGGGG	CGCAAATGCT	AGGGGTCGTT	TTTAAAAATA	TTTTTCATAT	CGCTTTGCCA	960
ACGCCCATAC	AAAATGCGTT	GTGGCTAGTG	GGGGTGGGGT	TTTTGGTTTT	TGTCATGTTT	1020
TTAGGGCTTT	TTAATGACAT	TACTCGTTTG	CTATAA			1056

(2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 40:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 303 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

	(A)	ORGANIZMUS:	Helicobacter pylori
(ix)	ZNAK: (A)	NÁZOV/KĽÚČ:	rôzne znaky
	(B)	UMIESTNENIE	1 ... 303
(xi)	POPIS	i SEKVENCIE:	Sekvencia £. 40:

ATGCAAAAGA ATTTGGATAG TCTTTTAGAA AATTTAAGGG CTGAAATTGA TGCGTTGGAT 60 AATGAATTGA GCGATCTTTT AGACAAACGC TTAGGAATCG CTTTAAAAAT CGCTCTCATC 120 AAACAAGAAA GCCCCCAAGA AAACCCCATT TATTGCCCTA AAAGAGAGCA AGAGATTTTA 180 AAACGACTCA GCCAAAGGGG TTTCAAGCAT TTGAATGGAG AAATCCTTGC AAGTTTTTAT 240 GCAGAGGTTT TTAAGATTTC TAGAAATTTT CAAGAAAACG CCCTAAAAGA GTTAAAAAAA 300 TAA 303

174 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 41:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 525 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 525 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 41:

GTGAAAATGC GTTTTTTTAG TGGTTTTGGG TTTGTTAATG AAAGCGTTTT GTTTGAAGAG TGGCTTTTAA AAGGGGCTTA TGATGTGTCA GGCTTTTCTA TGGGGGCGAT TAAGGCGATA GAATACGCCT ATAATGAAGT CTTGCAACAA CGGCGCATCC ATTCCTTATT GTTGTTTTCG CCTTGCATGC TAGCGCATAA GAGTTTGGCG TTCAAACGCT TGCAACTTTT CTTGTTTCAA AAAGATCCGC AAAGCTACAT GGATAACTTT TATAAGGAAG TGGGATTGGA CGCTCAATTG GAGCGTTTTA AAAAAGAGGG TTCTTTAGAA GAATTGGAAT TTTTATTGGA TTACAAGTAT AGTGATTCTA TAATTAGATT TTTATTGGAA AAGGGCGTGA AGATTGAAGT GTTTATCGGT TTAAAAGATA GAATCACTGA CATTCAAGCC CTTTTAGAAT TTTTTATGCC CTTAGTTCAA GTGTGGCAGT TTAAGGATTG TAACCATTTG TTGCAAAAAT CTTAA (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 42:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 1416 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová

120

180

240

300

360

420

480

525 (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická)

175

(iii)	HYPOTETICKÁ: NIE
(iv)	ANTI-SENSE: NIE
(vi)	PÔVODNÝ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS:	Helicobacter pylori
(ix)	ZNAK: (A) NÁZOV/KĽÚČ: (B) UMIESTNENIE	rôzne znaky 1 ... 1416
(xi)	POPIS SEKVENCIE:	Sekvencia £. 42:

ATGAAAAATA	CCAATACAAA	AGAGATAAAG	AATACAAGGA	TGAAAAAAGG	TTATAGTCAA	60
TACCACACGC	TCAAAAAAGG	GCTTTTAAAA	ACCGCTCTGC	TTTTTAGCCT	TCCTTTAAGC	120
GTGGCGTTAG	CTGAAGACGA	TGGCTTTTAT	ATGGGAGTGG	GCTATCAAAT	CGGCGGCGCG	180
CAACAAAACA	TCAACAACAA	AGGCAGCACC	CTAAGGAATA	ATGTCATTGA	TGATTTCCGC	240
CAAGTGGGCG	TGGGTATGGC	AGGGGGTAAT	GGGCTTTTAG	CTTTAGCGAC	AAACACGACC	300
ATGGACGCTC	TTTTAGGGAT	AGGCAACCAA	ATTGTCAATA	CTAATACAAC	TGTTGGCAAC	360
AACAACGCAG	AGTTAACCCA	GTTTAAAAAA	ATACTCCCCC	AAATTGAACA	ACGCTTTGAG	420
ACGAATAAAA	ACGCTTATAG	CGTTCAAGCC	TTGCAAGTGT	ATTTGAGTAA	TGTGCTTTAT	480
AACTTGGTTA	ATAATAGTAA	TAATGGTAGC	AATAATGGAG	TCGTTCCTGA	ATATGTAGGG	540
ATTATAAAAG	TTCTCTATGG	TTCTCAAAAT	GAATTCAGTC	TCTTAGCCAC	GGAGAGTGTG	600
GCGCTTTTAA	ACGCGCTCAC	GAGAGTGAAT	CTGGATAGTA	ATTCGGTGTT	TTTAAAAGGG	660
CTATTAGCCC	AAATGCAGCT	TTTTAATGAC	ACTTCTTCAG	CAAAGCTAGG	TCAGATCGCA	720
GAAAACTTGA	AGAACGGTGG	TGCAGGGGCC	ATGCTTCAAA	AGGATGTGAA	AACCATCTCG	780
GATCGAATCG	CTACTTACCA	AGAGAATCTA	AAACAGCTAG	GAGGGATGTT	AAAGAATTAC	840
GATGAGCCAT	ACCTACCCCA	ATTTGGGCCA	GGCACAAGCT	CTCAGCATGG	GGTTATTAAT	900
GGCTTTGGCA	TTCAAGTGGG	CTATAAGCAA	TTTTTTGGGA	GCAAGAAGAA	TATAGGCTTA	960
CGATATTACG	CTTTCTTTGA	TTATGGCTTT	ACGCAATTGG	GCAGTCTTAA	CAGTGCTGTT	1020
AAAGCGAACA	TCTTTACTTA	TGGTGCTGGC	ACGGACTTTT	TATGGAATAT	CTTTAGAAGG	1080
GTTTTTAGCG	ATCAGTCCTT	GAATGTGGGG	GTGTTTGGGG	GCATTCAAAT	AGCGGGTAAC	1140
ACTTGGGATA	GCTCTTTAAG	AGGTCAAATT	GAAAACTCGT	TTAAAGAATA	CCCCACTCCC	1200
ACGAATTTCC	AATTTTTGTT	TAATTTGGGC	TTAAGGGCTC	ATTTTGCCAG	CACCATGCAC	1260
CGCCGGTTTT	TGAGCGCGTC	TCAAAGCATT	CAGCATGGTA	TGGAATTTGG	CGTGAAAATC	1320
CCAGCTATCA	ATCAAAGGTA	TTTGAAAGCG	AATGGGGCTG	ATGTGGATTA	CAGGCGTTTG	1380
TATGCGTTCT	ATATCAATTA	CACGATAGGT	TTTTAA			1416

(2)INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 43:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 390 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve

176 (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 390 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 43:

ATGAAAAGCA TCAGAAGAGG CGATGGGCTG AATGTTGTCC CTTTCATTGA TATTATGCTC GTCTTACTAG CGATTGTGTT GAGTATTTCT ACTTTTATCG CGCAAGGTAA GATTAAAGTC AGTCTCCCTA ACGCTAAAAA TGCGGAAAAA TCCCAGCCAA ACGATCAAAA AGTGGTGGTC ATCTCTGTGG ATGAGCATGA CAATATTTTC GTAGATGACA AACCGACGAA TTTAGAAGCT TTGAGCGCTG TAGTCAAGCA AACAGACCCT AAAACCCTTA TAGATTTAAA AAGCGACAAG AGCTCTCGTT TTGAAACTTT TATCAGCATT ATGGATATTT TAAAAGAGCA TAATCATGAA AATTTCTCCA TCTCCACGCA AGCTCAGTAA

120

180

240

300

360

390 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 44:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 225 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky

177 (B) UMIESTNENIE 1 ... 225 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia £. 44:

ATGCTCGTCT TACTAGCGAT TGTGTTGAGT ATTTCTACTT TTATCGCGCA AGGTAAGATT 60 AAAGTCAGTC TCCCTAACGC TAAAAATGCG GAAAAATCCC GACCAAACGA TCAAAAAGTG 120 GTGGTCATCT CTGTGGATGA GCATGACAAT ATTTTCGTAG ATGACAAACC GACGAATTTA 180 GAAGCTTTGA GCGCTGTAGT CAAGCAAACA GACCCTAAAA CCCTT 225 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 45:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 672 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 672 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 45:

ATGTTTTCAC TTTCTTATGT TTCCAAGAAA TTTTTAAGCG TGTTGCTATT GATTTCGCTG 60 TTTTTAAGCG CTTGCAAATC CAACAATAAA GACAAATTGG ATGAAAATCT TTTAAGCTCC 120 GGCACTCAAA GCTCCAAAGA ATTAAACGAC AAGCGAGACA ATATAGACAA AAAGAGCTAC 180 GCTGGTTTAG AAGATGTTTT TTTAGACAAC AAGTCCATTA GCCCTAATGA TAAATACATG 240 CTTTTAGTTT TTGGCCGTAA TGGTTGCTCC TATTGTGAAA GGCTTAAAAA AGATCTCAAA 300 AATGTCAAAG AATTGCGCAA CTATATTAAA GAGCATTTTA GTGCTTACTA TGTCAATATC 360

AGCTATTCTA AAGAGCATAA TTTTAAAGTC GGCGATAAGG ATAAAAATGA TGAAAAAGAA 420 ATCAAAATGT CCACAGAAGA ATTAGCGCAA ATTTATGCCG TCCAATCCAC CCCTACGATT 480 GTTTTATCCG ATAAAACCGG CAAAACCATC TATGAATTGC CGGGCTATAT GCCTTCTGTG 540 CAATTTTTAG CCGTGTTAGA ATTTATCGGC GATGGGAAGT ATCAAGACAC GAAAAACGAT 600 GAGGATCTCA CTAAAAAATT AAAGGCTTAC ATCAAGTATA AAACCAACCT TTCTAAGAGC 660 AAGTCCAGCT AG 672

178 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 46:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 351 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 351 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 46:

TTGATGAAAT CTAAAATCAC TCATTTTATC GCCTGCAAAG ATGAGCCTAA AAAATCGTCC CAAAACAATC AAATCAATCA ACCTAATAAG GATGAAAAAG TCACCAAAGA AGTGAATGAT ATCAATAATG AAGAAAACGC TGATCCTTCG GCCACTAACC ACCAAGACAA TCTCAGTTCC

GTTATCTCTT TTGTTTTAAG CGTGTTGAGC CAATCGCACC AAAACAACAC TAAAACCACT GATATAAAAA AGATTGAGCA TGAAGAAGAA CTGATCAATA ACGAAAATAA AATTGATGAA CAAAAAAGAA CGAACAATGT TTTGCAACGA CCACTCAACA GGAAGTATTA A

120

180

240

300

351 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 47:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 240 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE

179 (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 240 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 47:

ATGTTTGAAA AAATACGCAA GATTTTAGCG GATATTGAAG ATTCGCAAAA TGAAATTGAA 60

ATGCTTTTAA AATTAGCGAA TTTGAGTTTG GGGGATTTTA TTGAGATTAA AAGAGGGAGC 120

ATGGACATGC CAAAGGGCGT GAATGAAGCG TTTTTTACGC AATTAAGCGA AGAAGTGGAG 180

CGCCTAAAGG AGCTTATCAA CGCTTTGAAT AAAATCAAAA AAGGGTTATT GGTGTTTTAA 240 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 48:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 156 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 156 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 48:

ATGTCTATGT TCATTTCTAA TCTGGCTTTC ACGAGCGAAC ATAAGGACGC TATGGAAGTG 60 GCAAAAATTG CGATTTTACT CGGATCTTTG ATTTCTGGGA TCATAGGGGC TTTATATTTA 120 TTCGCACTAG ATAAAAGAGC GGCTTTAAAG AAATAG 156 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 49

180 (i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 1350 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 1350 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 49:

ATGGGTTTGA AAATAAAAAT CTCAGTTTGA CGCTTAAAAA TTGAACGCCG TTTTAGCGAT CTATGGCACA CCCCTTTTGG AACTGGATTG ATGATGTCTT CGAGAATTGT TGTTTGGGGA GCCATAGGGG GCATGATAGC TCTCAGCATG GTTTTGGGAT ATGCTTTTAG GCAAGAGGGT GCTGATGACT TAGGGGCTAT GCATGGCTTT TAGGGGCTTT ATCCGATCGC TCATCCCTTA AGCGGTATCC ATGCGACGAT CCTAAAGATT CTAAAAATGT TCAGGAGTGC TTTTAACCAA AGTGCTTTAC AAAGCCCCTT TTCATCATGC CCTTATTCGC TTAGAAGTGG ATAAGGTGCT GGGATTTTCT TAATCACTTT ATCGGCTGGT GGCATATTTT ATGTTCATTT CTAATCTGGC ATTGCGATTT TACTCGGATC CTAGATAAAA GAGCGGCTTT

TTTAAGGTTG TCTATGAATC CTTCATTAAA AGCGAGTCTT GGTGGTGGCT AATTCGTTTT GTTTCAAGTA GGGGATTTTT AATGGCGTTA TTCTTTTTAA ATTATCCAGT TTTAAAAAAG TCCAGGATTG ATTTATTTTT CCCTATGGCA ACGGATATTG GCCAACCGCC TTAAAGGTTT TGTGGTGATC GCGCTCTTTT AGGGGTGGTT CTTGTTTTAG CTTGCTTTTA GGGGTGTTGC CGCTGCGGTG GTTCTAGCTT AGAGCTTTTG GAATTAGGCA AGAGCAGCAA GAAATCTTGC AGAAAGATTG GAGCATTTTC GTTTGCAAAC GCTGGGGTGA TTTAGGGGTT ATTTTAGGGC CATAAGCGAA AAGCTTAAAA AGGGGCTGGG CTTTTAGCAG TTTCACGAGC GAACATAAGG TTTGATTTCT GGGATCATAG AAAGAAATAG

TCAAAAAAAC AGAAAACGCG TTGGAGGGAT TTTCCTCTTT TAAAAGAAAG TTATTTTGCG TTATCGGCTT TAGTTTGCAC TGATAGGCTT AGAGATCAAG CTTCTTTCCC TGTGATCGCA TTCTTAACGC CAACACGCCC CGTTCGCTTT AGGCGTGATC TTTTAATCAC TCTAGCGGTG ATACCACGAA TTTAAAATTC CCATATTGAA CCGCCTGAAT TTTGGTTTTG CGTGCATCAA TTATGATACC GGTGAAAATC AACGATACGC AGAGACGAGT ATTCTATTGA AGAAAAAGCG TAGCCCCCAT CAGCGGGTAT GCGTTGATTC TAGCATCAAT TTTGTTTGGG CAAGCCTTTA TCACTGCGCG CCCTAAAGGC GGATTGGCTT TACCATGTCT ACGCTATGGA AGTGGCAAAA GGGCTTTATA TTTATTCGCA

120

ISO

240

300

360

420

480

540

600

660

720

780

840

900

960

1020

1080

1140

1200

1260

1320

1350

181 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 50:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 2448 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 2448 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia £. 50:

ATGAATGACA	AGCGTTTTAG	AAAATATTGT	AGTTTTTCTA	TTTTTTTGTC	CTTATTAGGA	60
ACGTTTGAAT	TAGAGGCTAA	AGAAGAAGAA	AAAGAAGAAA	AAAAGACAGA	AAGGAACAAA	120
GATAAAGAAA	AGAACGCCCA	ACACACTTTG	GGTAAAGTTA	CCACTCAAGC	GGCTAAAATC	180
TTTAATTACA	ACAACCAGAC	AACCATTTCA	AGTAAAGAAT	TAGAAAGAAG	GCAAGCCAAC	240
CAAATCAGCG	ACATGTTTAG	AAGAAACCCC	AATATCAATG	TGGGCGGTGG	TGCGGTGATA	300
GCGCAAAAAA	TTTACGTGCG	CGGTATTGAA	GACAGATTGG	CTAGGGTTAC	GGTGGATGGC	360
GTGGCGCAAA	TGGGCGCAAG	CTATGGGCAT	CAAGGCAATA	CAATCATTGA	CCCTGGAATG	420
CTCAAAAGCG	TGGTGGTTAC	CAAGGGGGCG	GCTCAAGCGA	GCGCGGGGCC	TATGGCTTTA	480
ATTGGCGCGA	TCAAAATGGA	GACTAGGAGC	GCGAGCGATT	TTATCCCTAA	AGGCAAAGAC	540
TACGCCATAA	GTGGGGCTGC	CACTTTTTTA	ACCAACTTTG	GGGATAGGGA	AACCATTATG	600
GGCGCTTATC	GTAACCATCA	TTTTGATGCG	CTTTTGTATT	ACACGCACCA	AAATATTTTT	660
TATTATCGTG	ATGGGGATAA	CGCGATGAAA	AATCTTTTTG	ACCCTAAAGC	GGATAATAAA	720
GTTACAGCAA	GCCCTAGCGA	ACAAAACAAT	GTGATGGCTA	AGATCAATGG	TTATTTGAGC	780
GAAAGGGATA	CCTTAACGCT	CAGTTATAAC	ATGACTAGAG	ATAACGCCAA	TCGCCCTTTA	840
AGAGCGAATT	TTACCGGCAC	TTTTTTACCC	TATTCTTGTG	GTGATTTCAA	CGCTTTCCCT	900
AACGAGAAAA	ACCCTAGCGA	TTGTTTGTTT	GAAAATGACG	CCAGTTTGTT	TAAAACTTAT	960
AGCGTCAATT	TAGTGCATAA	CGTGAGCTTG	AATTATGAAA	GGGAAGGGGG	GAGTCGCTTT	1020
GGCGATCCTA	AATTAAAAAT	CAATGGCTAC	ACGAGCATTA	GGAATGTCCA	AATTGATCCG	1080
CTTTTCAGAC	CTAGCGATAT	AGCGACTACC	ATTCCTTTCA	CCCCAAACCC	GCAGCTCTCT	1140
CAAGGCGAAG	AAAATCAATG	CGTGGCGCAA	GGGGGCATTT	ATGACGCTCT	TAAACAAACT	1200

182

TGCTCCATCA CTTTTAAAAG CCTTGGAGGG GGTTCTGTTG TCGCTAATAA AAATTTATTC ATCATCAATT CTGGGTTTAA TGCGAACGTG ATCCACACCA TAGACCACAA GAATGACAAT CTTTTGGAAT ACGGGTTGAA TTACCAGAAT TTAACCACTT TTGATAAAGC GATCCCTGAT AGCGAATTAG TCAAGCCCGG CGATGCCCCT GATGCGTGCT TAAGAGTTAC AGGACCTGAT GATCCTAACA TGAACGGGCG CTGCCAACGG AATGGCGCTA CGGCGAATGT GGTTGGGGTG TATGCGCAAG CGAATTACAC CTTGCACCCT ATGGTAACTT TAGGGGCAGG GACTCGTTAT GACGTTTATA CTTTAGTGGA TAAAGACTGG CAATTGCACG TAACTCAAGG GTTTAGCCCT AGCGCGGCTT TAAACGTCTC GCCTTTAGAA AATTTGAATT TCAGGCTTTC TTACGCGTAT GTAACTAGAG GCCCTATGCC TGGAGGTTTG GTGTGGATGC GTCAAGACAA TTTGCGCTAT AACCGCAATT TAAAGCCAGA AATTGGGCAA AATGCGGAAT TTAACACCGA ATACAGCAGT CAGTATTTTG ATTTCAGAGC CGCCGGTTTT GTCCAATTGA TTTCTAATTA CATCAATCAA TTTTCTTCAA CGCTTTTTGT CACCAACTTG CCCGCACAAG ATATTATTTA TGTGCCTGGC TATGAAGTTT CAGGGACGGC TAAATACAAG GGTTTTTCTT TAGGCTTGAG CGTGGCGCGA TCATGGCCTT CTTTAAAAGG GCGTTTGATC GCTGACGTGT ATGAATTGGC GGCTACGACA GGCAATGTGT TTATTTTAAC GGCAAGCTAT ACAATCCCAC GCACCGGCCT TAGCATCACT TGGCTTTCAC GCTTTGTTAC TAATTTGAGT TATTGCTCTT ATAGCCCTTA TCGTAACGGC CCTACGGATA TTGACAGAAG GCCTAGTAAT TGCCCTAAAA CGCCCGGGAT TTTTCATGTG CATAAACCCG GCTATGGGGT GAGCAGTTTC TTTATCACTT ACAAGCCTAC TTATAAGAAA CTCAAAGGGT TGAGCCTGAA CGCGGTGTTT AATAATGTTT TTAACCAACA ATATATTGAT CAAGCAAGCC CGGTGATGAG CCCTGATGAA CCCAATCAAG ACAAATACGC AAGGGGCATG GCAGAGCCTG GCTTTAACGC TAGGTTTGAA ATTTCTTATA AGTTTTAA (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 51:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 2445 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 2445 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 51:

1260

1320

1380

1440

1500

1560

1620

1680

1740

1800

1860

1920

1980

2040

2100

2160

2220

2280

2340

2400

2448

183

ATGACAAGCG	TTTTAGAAAA	ATATTGTAGT	TTTTCTATTT	TTTTGTCCTT	ATTAGGAACG	60
TTTGAATTAG	AGGCTAAAGA	AGAAGAAAAA	GAAGAAAAAA	AGACAGAAAG	GAACAAAGAT	120
AAAGAAAAGA	ACGCCCAACA	CACTTTGGGT	AAAGTTACCA	CTCAAGCGGC	TAAAATCTTT	180
AATTACAACA	ACCAGACAAC	CATTTCAAGT	AAAGAATTAG	AAAGAAGGCA	AGCCAACCAA	240
ATCAGCGACA	TGTTTAGAAG	AAACCCCAAT	ATCAATGTGG	GCGGTGGTGC	GGTGATAGCG	300
CAAAAAATTT	ACGTGCGCGG	TATTGAAGAC	AGATTGGCTA	GGGTTACGGT	GGATGGCGTG	360
GCGCAAATGG	GCGCAAGCTA	TGGGCATCAA	GGCAATACAA	TCATTGACCC	TGGAATGCTC	420
AAAAGCGTGG	TGGTTACCAA	GGGGGCGGCT	CAAGCGAGCG	CGGGGCCTAT	GGCTTTAATT	480
GGCGCGATCA	AAATGGAGAC	TAGGAGCGCG	AGCGATTTTA	TCCCTAAAGG	CAAAGACTAC	540
GCCATAAGTG	GGGCTGCCAC	TTTTTTAACC	AACTTTGGGG	ATAGGGAAAC	CATTATGGGC	600
GCTTATCGTA	ACCATCATTT	TGATGCGCTT	TTGTATTACA	CGCACCAAAA	TATTTTTTAT	660
TATCGTGATG	GGGATAACGC	GATGAAAAAT	CTTTTTGACC	CTAAAGCGGA	TAATAAAGTT	720
ACAGCAAGCC	CTAGCGAACA	AAACAATGTG	ATGGCTAAGA	TCAATGGTTA	TTTGAGCGAA	780
AGGGATACCT	TAACGCTCAG	TTATAACATG	ACTAGAGATA	ACGCCAATCG	CCCTTTAAGA	840
GCGAATTTTA	CCGGCACTTT	TTTACCCTAT	TCTTGTGGTG	ATTTCAACGC	TTTCCCTAAC	900
GAGAAAAACC	CTAGCGATTG	TTTGTTTGAA	AATGACGCCA	GTTTGTTTAA	AACTTATAGC	960
GTCAATTTAG	TGCATAACGT	GAGCTTGAAT	TATGAAAGGG	AAGGGGGGAG	TCGCTTTGGC	1020
GATCCTAAAT	TAAAAATCAA	TGGCTACACG	AGCATTAGGA	ATGTCCAAAT	TGATCCGCTT	1080
TTCAGACCTA	GCGATATAGC	GACTACCATT	CCTTTCACCC	CAÄACCCGCA	GCTCTCTCAA	1140
GGCGAAGAAA	ATCAATGCGT	GGCGCAAGGG	GGCATTTATG	ACGCTCTTAA	ACAAACTTGC	1200
TCCATCACTT	TTAAAAGCCT	TGGAGGGGGT	TCTGTTGTCG	CTAATAAAAA	TTTATTCATC	1260
ATCAATTCTG	GGTTTAATGC	GAACGTGATC	CACACCATAG	ACCACAAGAA	TGACAATCTT	1320
TTGGAATACG	GGTTGAATTA	CCAGAATTTA	ACCACTTTTG	ATAAAGCGAT	CCCTGATAGC	1380
GAATTAGTCA	AGCCCGGCGA	TGCCCCTGAT	GCGTGCTTAA	GAGTTACAGG	ACCTGATGAT	1440
CCTAACATGA	ACGGGCGCTG	CCAACGGAAT	GGCGCTACGG	CGÄATGTGGT	TGGGGTGTAT	1500
GCGCAAGCGA	ATTACACCTT	GCACCCTATG	GTAACTTTAG	GGGCAGGGAC	TCGTTATGAC	1560
GTTTATACTT	TAGTGGATAA	AGACTGGCAA	TTGCACGTAA	CTCAAGGGTT	TAGCCCTAGC	1620
GCGGCTTTAA	ACGTCTCGCC	TTTAGAAAAT	TTGAATTTCA	GGCTTTCTTA	CGCGTATGTA	1680
ACTAGAGGCC	CTATGCCTGG	AGGTTTGGTG	TGGATGCGTC	AAGACAATTT	GCGCTATAAC	1740
CGCAATTTAA	AGCCAGAAAT	TGGGCAAAAT	GCGGAATTTA	ACACCGAATA	CAGCAGTCAG	1800
TATTTTGATT	TCAGAGCCGC	CGGTTTTGTC	CAATTGATTT	CTAATTACAT	CAATCAATTT	1860
TCTTCAACGC	TTTTTGTCAC	CAACTTGCCC	GCACAAGATA	TTATTTATGT	GCCTGGCTAT	1920
GAAGTTTCAG	GGACGGCTAA	ATACAAGGGT	TTTTCTTTAG	GCTTGAGCGT	GGCGCGATCA	1980
TGGCCTTCTT	TAAAAGGGCG	TTTGATCGCT	GACGTGTATG	AATTGGCGGC	TACGACAGGC	2040
AATGTGTTTA	TTTTAACGGC	AAGCTATACA	ATCCCACGCA	CCGGCCTTAG	CATCACTTGG	2100
CTTTCACGCT	TTGTTACTAA	TTTGAGTTAT	TGCTCTTATA	GCCCTTATCG	TAACGGCCCT	2160
ACGGATATTG	ACAGAAGGCC	TAGTAATTGC	CCTAÄAACGC	CCGGGATTTT	TCATGTGCAT	2220
AAACCCGGCT	ATGGGGTGAG	CAGTTTCTTT	ATCACTTACA	AGCCTACTTA	TAAGAAACTC	2280
AAAGGGTTGA	GCCTGAACGC	GGTGTTTAAT	AATGTTTTTA	ACCAACAATA	TATTGATCAA	2340
GCAAGCCCGG	TGATGAGCCC	TGATGAACCC	AATCAAGACA	AATACGCAAG	GGGCATGGCA	2400
GAGCCTGGCT	TTAACGCTAG	GTTTGAAATT	TCTTATAAGT	TTTAA		2445

(2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 52

184 (i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 1584 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 1584 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 52:

ATGAAACAAA	ATTTAAAGCC	ATTCAAAATG	ATTAAGGAAA	ATTTAATGAC	ACAATCTCAA	60
AAAGTAAGAT	TCTTAGCCCC	TTTGAGCCTA	GCGTTAAGCT	TGAGCTTCAA	TCCAGTGGGC	120
GCTGAAGAAG	ATGGGGGCTT	TATGACCTTT	GGGTATGAAT	TAGGTCAGGT	GGTCCAGCAA	180
GTGAAAAACC	CGGGTAAAAT	CAAAGCCGAA	GAATTAGCGG	GCCTGTTAAA	CTCTACCACG	240
ACAAACAACA	CCAATATCAA	TATTGCAGGC	ACAGGAGGGA	ATGTCGCCGG	GACTTTGGGC	300
AACCTTTTTA	TGAACCAATT	GGGCAATTTG	ATTGATTTGT	ATCCTACTTT	GAAAACTAAT	360
AATCTTCACC	AATGCGGTAG	CACTAATAGC	GGTAATGGCG	CTACTGCTGC	CGCTGCTACT	420
AACAATAGCC	CTTGTTTCCA	AGGTAACCTG	GCTCTTTATA	ACGAAATGGT	TGACTCTATC	480
AAAACTTTGA	GTCAAAACAT	CAGCAAGAAC	ATCTTTCAAG	GCGACAACAA	CACCACGAGC	540
GCTAATCTCT	CCAACCAGCT	CAGTGAGTTG	AACACCGCTA	GCGTTTATTT	GACTTACATG	600
AACTCGTTCT	TAAACGCCAA	CAACCAAGCG	GGTGGGATTT	TTCAAAACAA	CACCAATCAA	660
GCTTACGAGA	ATGGTGTTAC	CGCTCAACAA	ATCGCTTATG	TCCTAAAGCA	AGCTTCAATC	720
ACTATGGGGC	CAAGCGGTGA	TAGTGGGGCT	GCGGGAGCGT	TTTTAGACGC	CGCTTTAGCC	780
CAACATGTTT	TCAACTCGGC	TAACGCTGGG	AACGATTTGA	GCGCTAAGGA	ATTCACTAGC	840
TTGGTGCAAA	ACATCGTCAA	TAATTCTCAA	AACGCTTTAA	CGCTAGCCAA	CAACGCTAAC	900
ATCAGCAATT	CAACAGGCTA	TCAAGTGAGC	TATGGTGGGA	ATATTGATCA	AGCGCGCTCT	960
ACCCAACTGT	TAAACAACAC	CACAAACACT	TTGGCTAAAG	TTACCGCTCT	AAACAACGAG	1020
CTTAAAGCTA	ACCCATGGCT	TGGGAATTTC	GCTGCTGGTA	ACAGCTCTCA	AGTGAATGCG	1080
TTTAACGGGT	TTATCACTAA	AATCGGTTAT	AAGCAATTCT	TCGGGGAAAA	CAAGAATGTG	1140
GGCTTACGCT	ACTACGGGTT	CTTCAGCTAT	AACGGCGCGG	GCGTGGGTAA	TGGCCCCACT	1200
TACAATCAAG	TCAATCTGCT	CACTTATGGG	GTGGGGACTG	ATGTGCTTTA	CAATGTGTTT	1260
AGCCGCTCTT	TTGGCAGTAG	GAGTCTTAAT	GCGGGCTTCT	TTGGGGGGAT	CCAACTCGCA	1320

185

GGGGACACTT ACATCAGCAC GCTAAGAAAC AGCCCTCAGC TTGCGAGCAG ACCTACAGCG ACAAAATTCC AATTCTTGTT TGATGTGGGC TTACGCATGA ACTTTGGTAT CTTGAAAAAA GACCTAAAAA GCCATAACCA GCATTCTATA GAAATCGGTG TGCAAATCCC TACGATTTAC AACACTTACT ATAAAGCTGG TGGCGCTGAA GTGAAATACT TCCGCCCTTA TAGCGTGTAT TGGGTCTATG GCTACGCCTT CTAA (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 53:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 1380 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 1380 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 53:

GTGGTGTTAT TAACAATGAC AAAACGACTT TTTAAAGGGT TGTTAGCGAT TTCTCTTGCG GTGAGTTTGC ATGGTGGTGA AGTTAAGGAA AAAAAGCCGG TCAAGCCGGT CAAAGAAGAT CCGCAAGAAT TAGCGGCTAA AAGGGTGGAA GCGTTCAGTC GTTTCTCTAA TGTGGTTACA GAAATTGAAA AAAAGTATGT GGATAAGATC AGTATTTCTG AGATCATGAC TAAAGCGATT GAAGGCTTAC TCTCTAATTT GGACGCGCAT TCAGCGTATT TGAATGAAAA GAAGTTTAAG GAATTTCAGG CCCAAACCGA GGGCGAATTT GGGGGGCTTG GGATCACGGT GGGCATGCGC GATGGCGTTT TGACCGTTAT TGCACCTTTA GAGGGCACTC CAGCTTACAA GGCTGGGGTT AAATCAGGCG ATAGCATTTT AAAAATCAAT AACGAAAGCA CGCTGAGCAT GAGCATTGAT GATGCGGTTA ATCTCATGCG CGGCAAGCCA AAAACCTCTA TTCAGATCAC TGTTGTTAGG AAAAATGAGC CAAAACCCTT GGTATTTAAT ATCGTTAGGG ATATTATCAA GATCCCCTCT GTCTATGTGA AAAAGATTAA AGACACACCT TATTTGTACG TGAGAGTCAA TTCTTTTGAT AAAAATGTTA CCAAATCGGT TTTAGACGGC TTGAAGGCTA ACCCTAACAT TAAGGGCGTT GTGTTGGATT TGAGGGGGAA TCCTGGAGGG CTATTAAACC AGGCGGTAGG CTTGTCTAAC CTTTTCATTA AAGAGGGGGT TTTAGTCTCT CAAAGAGGCA AAAATAAGGA GGAAAACTTA GAATACAAGG CTAATGGCAG AGCCCCTTAT ACCAATTTAC CTGTTGTGGT GTTAGTCAAT

1380

1440

1500

1560

1584

120

180

240

300

360

420

480

540

600

660

720

780

840

900

186 ggcggttcag cgagcgcgag cgagatcgtc gcaggggcac tgcaagatca caagcgagcc ATCATTATCG GTGAAAAAAC CTTTGGTAAG GGAAGCGTGC AAGTGTTGCT CCCTGTCAAT AAAGACGAAG CCATTAAAAT CACGACCGCG CGCTATTATT TGCCGAGCGG GCGCACCATT CAAGCTAAGG GGATCACGCC TGATATTGTG ATTTATCCGG GTAAAGTGCC AGAAAATGAA AATAAATTCA GTTTGAAAGA AGCGGATTTA AAACACCATT TAGAGCAAGA GCTTAAAAAA CTTGATGATA AAACCCCTAT TTCCAAAGAG GCGGATAAAG ACAAGAAAAG CGAAGAGGAA AAAGAGGTTA CTCCTAAAAT GATCAATGAT GATATTCAGC TAAAAACCGC TATTGACAGC TTGAAAACCT GGTCTATCGT AGATGAGAAA ATGGATGAAA AAGTGCCTAA GAAGAAATAA (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 54:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 315 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 315 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 54:

TTGCTTTTGC ACCCCTTGCA TGCTCATGCA CAAGTGCTTG GCTTCACAAA CCACGATCAC GCCCCTTGGC TCTATGATTT CATCAAAAGT TTCTGCAATT TGAGTGGTCA GCCTTTCTTG GATTTGCAGG CGTTTGCTAT AAATTTCAAT GAGTTTAGCG ATCGCGCTAA TGCCTACAAT CTTTTCCTTA GGGATATATC CCACGCTAAT ATTCCCAAAA AAAGGGAGCA AATGGTGCTC GCAAGTGGAG TAAAATTCAA TGTTTTGAGC CACTATCATT TCATCGCAAA CGCCTTGAAA ATACGCGCTT TTTAA

960

1020

1080

1140

1200

1260

1320

1380

120

180

240

300

315 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 55:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 498 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina

187 (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 498 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 55:

ATGATTGAAC TAATCTTACA CAATAAGTCC ATACAAATTG ATGAAACATT GCTGAATGTA 60 AAAGAGCATT TAGAAAAGTT TTATTCAAAC AAAGAACAAG AGACAATCGC AAAAACCTTA 120 GAGAGCCAAA CAGAGCTTAC TTGCAGTTAT TTATTGGATA AAGATTTTTC ATTGCTAGAA 180 AAGCATTTAG AAAATAGCTT AGGGCATTTT ACTTTTGAGA GTGAGTTTGC CCTACTAAAA 240 GACAAAGAGC CTTTGAATTT AGCTCAAATC AAACAAATCG GTGTTTTAAA GGTTATTACC 300 TATGAAATGA CACAAGCCTT AAAAAATCAA ATCATTCATT TAACGCAAAT TGTCAATGAA 360 GAAAATTTAG AGTTTGATGA AGAACTTGTT ATTTATCACT TAAATTTTAA GCTCAATCAA 420 AATACTTACA AAGTGTTAGC GAAATTTTGC GTATTAAAAA AGAAAGGAAC ATTGCATGAA 480 AAATTTAAGG CATTTTAG 498 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 56:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 642 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori

188 (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 642 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 56:

ATGGATACCG AAACACAAGA AAAGTTTTTA GCGTATTTGT TTGAAAAAGC TTTACAAAAA 60

AATCTACAAG CTTATTGGAT AACAACAACT GAAACTAAGA ATGAATTAAC AAGAGAAGAG 120

TTTTCAAATT TAATAAGAAA AACAATGATT GAACTAATCT TACACAATAA GTCCATACAA 180

ATTGATGAAA CATTGCTGAA TGTAAAAGAG CATTTAGAAA AGTTTTATTC AAACAAAGAA 240

CAAGAGACAA TCGCAAAAAC CTTAGAGAGC CAAACAGAGC TTACTTGCAG TTATTTATTG 300

GATAAAGATT TTTCATTGCT AGAAAAGCAT TTAGAAAATA GCTTAGGGCA TTTTACTTTT 360

GAGAGTGAGT TTGCCCTACT AAAAGACAAA GAGCCTTTGA ATTTAGCTCA AATCAAACAA 420

ATCGGTGTTT TAAAGGTTAT TACCTATGAA ATGACACAAG CCTTAAAAAA TCAAATCATT 480

CATTTAACGC AAATTGTCAA TGAAGAAAAT TTAGAGTTTG ATGAAGAACT TGTTATTTAT 540

CACTTAAATT TTAAGCTCAA TCAAAATACT TACAAAGTGT TAGCGAAATT TTGCGTATTA 600

AAAAAGAAAG GAACATTGCA TGAAAAATTT AAGGCATTTT AG 642 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 57:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 762 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 762 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 57:

ATGGCGATCT CTATTAAAAG CCCAAAAGAA ATCAAAGCCC TAAGAAAAGC CGGGGAATTA 60 ACCGCTCAAG CGTTAGCCCT TTTAGAGCGA GAAGTAAGGC CTGGGGTTTC ACTTTTAGAG 120

189

CTGGATAAAA TGGCTGAAGA TTTTATCAAA TCCTCGCATG CTAGGCCTGC TTTTAAGGGG CTCTATGGTT TCCCTAACTC TGTGTGCATG TCCTTAAATG AGGTGGTTAT TCATGGTATT CCTACGGATT ATGTTTTACA AGAAGGGGAT ATTATAGGCT TGGATTTGGG GGTGGAGGTG GATGGCTATT ATGGCGATTC AGCCCTCACG CTTCCCATAG GCGCGATAAG CCCGCAAGAT GAAAAATTGC TCGCTTGCTC TAAAGAGAGC TTGATGCATG CCATTAGCTC AATTAGAGTG GGCATGCATT TTAAAGAGTT GAGTCAGATT TTAGAGGGCG CTATTACAGA AAGGGGCTTT GTGCCTTTGA AGGGATTTTG CGGGCATGGC ATTGGTAAAA AGCCCCATGA AGAGCCAGAA ATCCCCAACT ACCTAGAAAA AGGCGTCAAA GCTAATAGCG GCCCTAAAAT CAAAGAGGGC ATGGTGTTTT GTTTAGAGCC TATGGTGTGT CAAAAACAAG GCGAGCCTAA AATACTAGCG GATAAGTGGA GCGTGGTTTC AGTGGATGGA CTTAACACAA GCCACCATGA GCATACTATC GCCATAGTTG GCAATAAAGC AGTGATTCTT ACGGAGCGTT AA (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 58:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 744 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix) ZNAK:
(A)	NÁZOV/KĽÚČ:	rôzne znaky
(B)	UMIESTNENIE	1 ... 744

(xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 58:

AAGCCCAAAA GAAATCAAAG CCCTAAGAAA AGCCGGGAAT TAACCGCTCA AGCGTTAGCC CTTTTAGAGC GAGAAGTAAG GCCTGGGGTT TCACTTTTAG AGCTGGATAA AATGGCTGAA GATTTTATCA AATCCTCGCA TGCTAGGCCT GCTTTTAAGG GGCTCTATGG TTTCCCTAAC TCTGTGTGCA TGTCCTTAAA TGAGGTGGTT ATTCATGGTA TTCCTACGGA TTATGTTTTA CAAGAAGGGG ATATTATAGG CTTGGATTTG GGGGTGGAGG TGGATGGCTA TTATGGCGAT TCAGCCCTCA CGCTTCCCAT AGGCGCGATA AGCCCGCAAG ATGAAAAATT GCTCGCTTGC TCTAAAGAGA GCTTGATGCA TGCCATTAGC TCAATTAGAG TGGGCATGCA TTTTAAAGAG TTGAGTCAGA TTTTAGAGGG CGCTATTACA GAAAGGGGCT TTGTGCCTTT GAAGGGATTT TGCGGGCATG GCATTGGTAA AAAGCCCCAT GAAGAGCCAG AAATCCCCAA CTACCTAGAA

180

240

300

360

420

480

540

600

660

720

762

120

180

240

300

360

420

480

540

190

AAAGGCGTCA AAGCTAATAG CGGCCCTAAA ATCAAAGAGG GCATGGTGTT TTGTTTAGAG 600

CCTATGGTGT GTCAAAAACA AGGCGAGCCT AAAATACTAG CGGATAAGTG GAGCGTGGTT 660

TCAGTGGATG GACTTAACAC AAGCCACCAT GAGCATACTA TCGCCATAGT TGGCAATAAA 720

GCAGTGATTC TTACGGAGCG TTAA 744 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 59:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 1023 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A)	ORGANIZMUS:	Helicobacter pylori
(ix) ZNAK:
(A)	NÁZOV/KĽÚČ:	rôzne znaky
(B)	UMIESTNENIE	1 ... 1023

(xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 59:

ATGTATCGTA	AAGATTTGGA	TAATTACTTA	AAACAGCGCC	TCCCTAAAGC	GGTGTTTTTG	60
TATGGGGAGT	TTGATTTTTT	CATCCATTAT	TATATTCAAA	CGATTAGCGC	GCTTTTTAAA	120
GGCAATAACC	CTGACACAGA	AACTTCGCTT	TTTTATGCGA	GCGATTATGA	AAAAAGCCAG	180
ATTGCGACCC	TTTTAGAGCA	GGATTCTTTA	TTTGGAGGGA	GCAGTTTAGT	tattttaaaa	240
CTGGATTTTG	CATTGCATAA	GAAATTTAAG	GAAAATGATA	TCAATCCTTT	TTTAAAAGCT	300
TTAGAGCGGC	CTAGCCATAA	TAGGCTTATC	ATAGGGCTTT	ATAATGCTAA	AAGCGACACC	360
ACAAAATACA	AATACACTAG	CGAAATTATC	GTTAAATTTT	TCCAAAAAAG	CCCCTTGAAA	420
GATGAAGCCA	TTTGCGTGCG	CTTTTTTACC	CCTAAAGCGT	GGGAGAGTTT	GAAATTCTTG	480
CAAGAAAGGG	CTAATTTTTT	GCATTTAGAC	ATCAGCGGCC	ATCTTTTAAA	CGCTCTTTTT	540
GAAATTAATA	ACGAAGATTT	AAGCGTTTCG	TTTAACGATT	TAGACAAGCT	AGCGGTTTTA	600
AACGCGCCCA	TCACTTTAGA	AGACATTCAA	GAATTAAGCT	CCAATGCGGG	GGATATGGAT	660
TTGCAAAAGC	TCATTTTAGG	GCTTTTTTTG	AAAAAAAGCG	TCCTTGATAT	TTATGATTAT	720
TTGTTAAAAG	AGGGCAAAAA	GGATGCGGAT	ATTTTAAGGG	GGTTAGAGCG	CTATTTTTAC	780
CAGCTTTTTT	TATTTTTCGC	CCACATTAAA	ACGACCGGTT	TAATGGACGC	TAAAGAGGTC	840
TTAGGCTACG	CTCCTCCTAA	AGAGATTGTA	GAAAATTACG	CTAAAAACGC	CCTGCGTTTG	900
AAAGAAGCCG	GCTATAAGAG	GGTTTTTGAA	ATTTTTAGGT	TATGGCACCT	TCAAAGCATG	960

191

CAAGGGCAAA AGGAATTGGG CTTTTTGTAT TTGACCCCCA TTCAAAAAAT CATTAACCCT 1020 TGA 1023 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 60:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 603 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii, HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A)	ORGANIZMUS:	Helicobacter pylori
(ix) ZNAK:
(A)	NÁZOV/KĽÚČ:	rôzne znaky
(B)	UMIESTNENIE	1 ... 603

(xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 60:

GTGTTTATGA CAAGCGCTCT GTTAGGCTTA GTGGTTTTGT TGCAAAAAAG TTCTAGCATC TCTTTATTTG GCGCTAAAGG GCCCGCAAGC TTATTGTTTG TCATCAACAC CATCGCTTTG AGCGTTTTAG ATGAAACTAA AACCAATAAA ACGCTCAACC CTACGCTTAA TCCCACATTA CCCACTAATC CTTTAATGCC TACACAAACG ACGCCTTTTG TTGAAAGCCC CAAACAGAAT AATGGTATAA AGGGTGTTGA AAAAAACAAA CAAAAGCCTA AAACGCATGC GACAACCAAC TAA

CAAATTGTTT TAGCGGTATT GATTGTGGTG	60
GGCTTAGGGG CTTATAGCGG AAGCAACGAT	120
TTTATGGCGA AATTGACCAT GTTTTTAGGT	180
GGCTATTTTT ACAACAAAGA ATACGGCAAG	240
GAGCTTTCGC CCTTAGTCCC TGCCACCGGC	300
AACCCAACGC TCAACCCTTT AGAGCAAGCC	360
CCTAAAGAGC TTCCTAAAGA GCCAGCCAAA	420
GAAAAGAATG AAAAGAATGA TGCCAAAGAA	480
GAGAACGCCA AAACGCCCCC AACCACCCAC	540
GCCCATACCA ACCAAAAAAA GGATGAAAAA	600 603

(2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 61:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 480 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve

192 (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix) ZNAK:
(A)	NÁZOV/KĽÚČ:	rôzne	znaky
(B)	UMIESTNENIE	1 . . .	480

(xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 61:

ATGCGTTCTC CAAATTTAGA AAAAGAAGAA ACTGAAATCA TAGAAACGCT TCTTGTGCGT GAAAAAATGC GTTTATGCCC CTTGTATTGG CGCATCTTAG CGTTTTTAAT CGATAGTTTA TTGGTGGCGT TTTTATTGAG CGATCTTTTA AGGGCATGCG CTTTTTTACA TTCTTTATAT TGGCTGACTA ACCCCATTTA TTACAGCGCG TTTGTTGTGA TGGGTTTTAT CATCTTGTAT GGCGTTTATG AAATCTTTTT TGTGTGTTTG TGCAAGATGA GTTTGGCTAA ACTGGTTTTT AGGATTAAGA TCATTGATAT TTATTTAGCG GATTGCCCCA GTAGGGCTAT TTTATTGAAG CGTTTAGGGT TAAAAATCGT GGTTTTTCTA TGCCCCTTTT TATGGTTTGT GGTGTTTAAA AACCCCTATC ATAGGGCATG GCATGAAGAA AAÄAGCAAAA GTCTTTTGGT GTTGTTTTAA (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 62:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 705 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori

120

180

240

300

360

420

480 (ix) ZNAK:

193 (A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 705 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 62:

TTGAATACGG ACTTTAGCCA TATCACCGAT ATTGAGGGCA TGCGTTTTGT TAATGAAGAA 60

GACGCTTTAA ACAAATTGAT TAATGAAATC CACACGCGCC ACATTGATTT AAAAGATTCC 120

ATCATGCTCG CTTTGAGTTT TAACGCCTTG TATTTAGCTA ACGCTTTAGC GCAAAAATTT 180

GGGGCGACTT ATGATATACT TTTTTTAGAA CCTATCTTAG CCCCTTTAAA CTCAAAGTGT 240

GAAATCGCTT TAGTGAGTGA AAGCATGGAT ATAGTGATGA ATGAAAGTTT AATCAATTCC 300

TTTGACATCG CTTTAGACTA TGTTTATGGG GAAGCCAAGC GGGCTTATGA AGAAGACATT 360

CTGTCTCACA TCTATCAGTA TCGCAAAGGC AATGCGATCA AAAGCCTAAA AGATAAAAAT 420

ATTTTTATCG TAGATAGGGG GATTGAGACC GGGTTTAGAG CAGGGTTAGG CGTGCAAACT 480

TGTTTGAAAA AAGAATGCCA AGACATTTAT ATTTTAACCC CCATTCTCGC GCAAAATGTC 540

GCTCAAGGCT TAGAAAGCTT GTGCGATGGG GTGATTAGCG TGTATCGCCC TGAATGTTTT 600

GTCTCTGTGG AACACCATTA TAAAGAACTC AAGCGATTAA GCAATGAAGA AATTGAAAAA 660

TACTTGGGCG CTAACAACGC GCCCAATCTC AAAAAGGAAC ATTAA 705 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 63:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 864 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A)	ORGANIZMUS:	Helicobacter pylori
(ix) ZNAK:
(A)	NÁZOV/KĽÚČ:	rôzne znaky
(B)	UMIESTNENIE	1 ... 864

(xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 63:

TTGAAACAAA GCGAAATGGC CATGGAATTT AATGATCCTA GGATGCGTTT TTTTATTGGC 60 GATGTCAGGG ATTTAGAACG CTTGAATTAC GCTTTAGAGG GCGTGGATAT TTGTATCCAT 120 GCGGCCGCGC TCAAGCATGT GCCTATCGCT GAATACAACC CCCTAGAATG CATTAAAACT 180

194

AACATCATGG GAGCGAGCAA TGTGATTAAC GCATGCTTAA AAAATGAAAT CAGCCAGGTT ATTGCCCTAA GCACCGATAA AGCCGCTAAC CCCATTAACC TCTACGGCGC AACCAAATTG TGCAGCGACA AGCTCTTTGT GAGCGCGAAC AACTTTAAAG GCCCTTCTCA AACGCAATTT GGCGTGGTGC GTTATGGTAA TGTGGTGGGG AGTCGTGGGA GCGTGGTGCC GTTTTTTAAA AAATTAGTCC AAAACAAAGC GAGTGAAATC CCCATTACCG ATATTCGCAT GACACGATTT TGGATCACCT TAGATGAGGG GGTTTCTTTT GTGCTTAAAA GCTTGAAAAG AATGCATGGG GGGGAAATTT TTGTGCCTAA AATCCCCAGC ATGAAAATGA TTGATCTCGC CAAAGCCCTA GCCCCCAATA TCCCTACTAA AATCATAGGG ATTCGCCCGG GCGAAAAACT CCATGAAGTG ATGATCCCTA AAGATGAAAG CCATTTAGCC CTAGAATTTG AAGACTTTTT TATTATTCAG CCCACTATAA GCTTCCAAAC GCCTAAAGAT TACACGCTCA CCAAACTCCA TGAAAAAGGC CAAAAAGTCG CCCCTGATTT TGAATACAGC AGCCATACTA ATAACCAATG GCTAGAGCCT GATGATTTGT TAAAATTATT ATGA (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 64:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 606 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 606 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 64:

ATGCGTTTGC ACACTGCCTT TTTTGGTATT AATTCGTTGC TTGTCGCCAC TCTTTTGATA AGCGGTTGCA GTCTCTTTAA AAAGCGTAAC ACTAACGCTC AGCTAATCCC CCCTTCAGCT AACGGGTTGC AAGCCCCCAT TTATCCCCCA ACCAATTTCA CCCCCAGAAA GAGCATTCAG CCTCTCCCAA GCCCTCGCCT TGAGAATAAC GATCAGCCCA TCATTAGCTC TAATCCCACT AACGCTATCC CTAACACCCC CATTCTCACG CCCAATAATG TCATTGAGTT GAATGCGGTG GGCATGGGTG TGGCTCCAGA ATCCACCATT TCGCCCTCTC AAGCTCTAGC TTTAGCTAAG CGAGCGGCTA TTGTTGATGG CTACCGCCAG TTGGGTGAAA AAATGTATGG CATCAGAGTG AACGCTCAAG ACACCGTCAA AGACATGGTT TTACAAAATT CCGTGATTAA AACGAGAGTG

240

300

360

420

480

540

600

660

720

780

840

864

120

180

240

300

360

420

480

195

AATGCCCTCA TTCGTAACGC TGAAATCACT GAGACTATCT ATAAAGACGG CTTGTGCCAG 540 GTAAGCATGG AGCTTAAATT AGACGGCAGG ATTTGGTATC GTATTTTGAG CGGATCGAGA 600 GGATAA 606 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 65:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 1068 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv, ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 1068 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia ô. 65:

ATGAGTTATA	CTATTAATAA	ACGCTTTTCT	GTGGGTGTGG	GTTTAAGGGG	GCTTTATGCG	60
ACCGGGAGCT	TTAATAACAC	CGTTTATGTG	CCTTTAGAGG	GCGCTTCAGT	TTTGAGCGCG	120
GAGCAAATCT	TAAACTTACC	CAACAATGTT	TTTGCCGATC	AAGTGCCAAG	TAACATGATG	180
ACTTTATTAG	GCAATATTGG	CTACCAACCA	GCGCTTAATT	GCCAAAAAGC	CGGTGGGGAC	240
ATGAGTGATC	AGAGCTGTCA	AGAGTTTTAC	AACGGCTTGA	AAAAAATCAT	GGGTTATAGC	300
GGTTTAATCA	AAGCGAGCGC	GAATCTTTAT	GGCACGACTC	AAGTCGTGCA	AAAATCTAAC	360
GGACAAGGCG	TATCGGGGGG	GTATAGAGTG	GGTTCGAGTT	TGCGTGTGTT	TGATCATGGC	420
ATGTTTTCTG	TGGTGTATAA	TTCTTCAGTT	ACCTTTAACA	TGAAAGGCGG	TTTGGTGGCT	480
ATCACAGAGC	TTGGCCCTTC	TTTAGGGAGC	GTTTTGACTA	AAGGCAGCTT	GAATATCAAT	540
GTTTCACTCC	CCCAAACTTT	AAGCTTAGCC	TACGCCCACC	AATTTTTTAA	AGATCGCCTA	600
AGGGTTGAAG	GGGTGTTTGA	GCGCACTTTT	TGGAGTCAAG	GGAATAAATT	TTTAGTCACC	660
CCTGATTTTG	CGAACGCCAC	TTACAAGGGC	TTGAGCGGGA	CGGTGGCTTC	CTTGGACTCT	720
GAAACGCTTA	AAAAAATGGT	AGGCCTAGCG	AATTTTAAAA	GCGTGATGAA	CATGGGGGCT	780
GGCTGGAGGG	ACACCAACAC	CTTTAGATTA	GGGGTAACTT	ACATGGGTAA	AAGCTTGCGT	840
TTAATGGGCG	CTATTGATTA	TGATCAAGCC	CCAAGCCCCC	AAGACGCGAT	AGGCATTCCG	900
GACTCTAATG	GCTATACCGT	GGCTTTTGGG	ACTAAATACA	ATTTTAGGGG	CTTTGATTTG	960
GGCGTAGCGG	GGAGTTTCAC	TTTTAAGAGC	AACCGCTCCA	GTTTGTATCA	ATCCCCAACT	1020

196

ATTGGGCAAT TGAGAATCTT TAGCGCCTCT TTAGGCTATC GCTGGTAA 1068 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 66:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 1764 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A)	ORGANIZMUS:	Helicobacter pylori
(ix) ZNAK:
(A)	NÁZOV/KĽÚČ:	rôzne znaky
(B)	UMIESTNENIE	1 ... 1764

(xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 66:

ATGAAAAACT	TTTCCCCACT	CTATTGTCTT	AAAAAGCTCA	AAAAACGCCA	TTTAATCGCT	60
CTGAGTCTGC	CCTTGCTTTC	TTATGCGAAT	GGCTTTAAAA	TCCAAGAGCA	AAGCTTGAAT	120
GGCACGGCTT	TAGGCTCGGC	GTATGTCGCT	GGGGCTAGGG	GTGCTGACGC	TTCTTTTTAC	180
AACCCGGCTA	ACATGGGCTT	TACTAACGAT	TGGGGCGAAA	ACAGAAGCGA	ATTTGAAATG	240
ACCACCACCG	TGATCAATAT	CCCGGCCTTT	AGCTTTAAAG	TCCCTACGAC	CAATCAAGGC	300
TTATATTCGG	TAACAAGTTT	AGAAATTGAT	AAAAGCCAAC	AAAATATTTT	AGGCATCATC	360
AACACTATAG	GGTTAGGCAA	TATCCTTAAA	GCGCTTGGCA	ATACGGCCGC	TACCAATGGC	420
TTATCACAAG	CTATCAATCG	TGTTCAAGGG	CTTATGAACT	TAACCAATCA	AAAAGTCGTA	480
ACCCTCGCTT	CAAAACCTGA	CACTCAAATC	GTGAATGGCT	GGACAGGCAC	GACTAATTTT	540
GTTTTACCTA	AATTCTTTTA	TAAAACGCGC	ACGCATAACG	GCTTCACTTT	TGGGGGGAGT	600
TTTACCGCTC	CTAGTGGGTT	GGGTATGAAA	TGGAATGGTA	AGGGGGGGGA	ATTTTTGCAT	660
GACGTGTTTA	TCATGATGGT	AGAGCTTGCC	CCTAGCATGA	GTTATACTAT	TAATAAACGC	720
TTTTCTGTGG	GTGTGGGTTT	AAGGGGGCTT	TATGCGACCG	GGAGCTTTAA	TAACACCGTT	780
TATGTGCCTT	TAGAGGGCGC	TTCAGTTTTG	AGCGCGGAGC	AAATCTTAAA	CTTACCCAAC	840
AATGTTTTTG	CCGATCAAGT	GCCAAGTAAC	ATGATGACTT	TATTAGGCAA	TATTGGCTAC	900
CAACCAGCGC	TTAATTGCCA	AAAAGCCGGT	GGGGACATGA	GTGATCAGAG	CTGTCAAGAG	960
TTTTACAACG	GCTTGAAAAA	AATCATGGGT	TATAGCGGTT	TAATCAAAGC	GAGCGCGAAT	1020
CTTTATGGCA	CGACTCAAGT	CGTGCAAAAA	TCTAACGGAC	AAGGCGTATC	GGGGGGGTAT	1080
AGAGTGGGTT	CGAGTTTGCG	TGTGTTTGAT	CATGGCATGT	TTTCTGTGGT	GTATAATTCT	1140

197

TCAGTTACCT TTAACATGAA AGGCGGTTTG GTGGCTATCA CAGAGCTTGG CCCTTCTTTA GGGAGCGTTT TGACTAAAGG CAGCTTGAAT ATCAATGTTT CACTCCCCCA AACTTTAAGC TTAGCCTACG CCCACCAATT TTTTAAAGAT CGCCTAAGGG TTGAAGGGGT GTTTGAGCGC ACTTTTTGGA GTCAAGGGAA TAAATTTTTA GTCACCCCTG ATTTTGCGAA CGCCACTTAC AAGGGCTTGA GCGGGACGGT GGCTTCCTTG GACTCTGAAA CGCTTAAAAA AATGGTAGGC CTAGCGAATT TTAAAAGCGT GATGAACATG GGGGCTGGCT GGAGGGACAC CAACACCTTT AGATTAGGGG TAACTTACAT GGGTAAAAGC TTGCGTTTAA TGGGCGCTAT TGATTATGAT CAAGCCCCAA GCCCCCAAGA CGCGATAGGC ATTCCGGACT CTAATGGCTA TACCGTGGCT TTTGGGACTA AATACAATTT TAGGGGCTTT GATTTGGGCG TAGCGGGGAG TTTCACTTTT AAGAGCAACC GCTCCAGTTT GTATCAATCC CCAACTATTG GGCAATTGAG AATCTTTAGC GCCTCTTTAG GCTATCGCTG GTAA (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 67:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 618 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 618 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 67:

TTGATTTTTA GATTTTTCTT AATCTTAAGC CTTTTAAAAG GGGTTTTACT GGCCAAAAAG GATTGGAATT TTTTCAAACC TTTAGAGCCT ACTAAAAAAT ATTTTGGCTC TTTTAAAATC GGCTATCTTT ACCAACATGC AGAAACGACT AAAAGATTCC CCATCCGCCC TAAAAACCGC CCGCCTATTT TAATGGATAA AATTTACCAT GACGCTTCTT TGGGTTTTGA CGCAGGGTAT GTTTTGAAAA AGAAAGCTTT ATTGGGGGGG TATTTGGATG CAGGAATGGG CGATTCGTAT TTCATGAGCG CTGGGCTAGT CGCTGGGGTG AGGCTTTTTA AGGGGTGGGT TATCCCTAAA ATCGCCTTAG GCTATCAGCT TCAAATTTTA GGGGCTAAGA TTGATAAGTA TCAATTCAAT ATCCAATCAG CGGTGGGGAG TGTGGGCTTG TTTTTCAATG CGGCTAAAAA TTTTGGCTTG AGTATAGAAG CAAGGGGCGG TATCCCTTTT TATTTCATTC AGAGCAGGTT TTCTAAGGCT

1200

1260

1320

1380

1440

1500

1560

1620

1680

1740

1764

120

180

240

300

360

420

480

540

198

TTCGGCACGC CACGATTGAA TATCTATTCT GTTGGTATCA CATTCACTTT TTATGACTTT 600 ACGAGATTTT TAGGGTAA 618 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 68:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 762 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 762 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia fi. 68:

TTGTGGCATG CTGCCTTTAG CGTTGGCGAG TGGGGATGGA ACGGCGATGA AATCCCCTAT 60 AGGGATTGCG ATGAGTGGGG GCTTGATGAT TTCTATGGTG TTAAGCCTAC TGATTGTGCC 120 GGTGTTTTAT CGTTTGCTCG CTCCCATAGA CGACAAAATC AAGCGGTTTT ATCAAAACCA 180 AAAAGCTTTA GAATGAAAAA AATTGCTTTC ATTTTGGCTT TATGGGTGGG CTTGTTAGGG 240 GCGTTTGAGC CTAAAAAAAG TCATATTTAT TTTGGGGCTA TGGTGGGTTT AGCCCCTGTT 300 AAAATAACCC CAAAACCGGC TAGTGATTCT TCTTATACGG CTTTTTTATG GGGGGCTAAA 360 GGGGGGTATC AATTCGCTTT TTTTAAAGCT CTAGCGTTAA GGGGTGAATT TTCCTACCTT 420 ATGGCGATCA AACCCACCGC ACTGCACACG ATTAACACTT CTTTATTGAG TTTAAATATG 480 GATGTGTTGA GCGATTTTTA CACTTATAAA AÄATACAGCT TTGGGGTGTA TGGGGGGCTT 540 GGGATAGGGT ATTTTTATCA AAGCAACCAT TTAGGCATGA AAAATAGTTC GTTTATGGGT 600 TATAACGGCT TGTTTAATGT GGGGCTTGGC AGCACGATCG ATCGCCACCA CCGCGTAGAG 660 CTTGGGGCTA AGATCCCTTT TTCAAAGACT AGAAATTCTT TTAAAAATTC TTATTTTTTA 720 GAGAGCGTTT TTATCCATGC GGCTTATAGT TATATGTTTT AA 762 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 69:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 1239 bázových párov

199 (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 1239 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia £. 69:

ATGGAATCAG	TAAAAACAGT	AAAAACAAAT	AAAGTTGGCA	AAAACACAGA	GACAGCTAAC	60
ACAGAGGCAA	GTAAAGAGAC	TCATTTTAAA	CAAGCGAGTG	CCATTACAAA	TACGCTCCGA	120
TCAATTGGTG	GGATTTTTAC	AAAAATTGCA	AAGAAAGTTA	GAGAACTTGT	GAAAAAACAT	180
CCCAAGAAAA	GCAGTGTGGC	ATTAGTAGTA	TTGACCCATA	TTGCGTGCAA	GAGGGCAAAA	240
GAATTGGACG	ATAAAGTCCA	AGATAAATCC	AAACAAGCTG	AAAAAGAAAA	TCAAATCAAT	300
TGGTGGAAAT	ATTCAGGATT	AACÄATAGCG	GCAAGTTTAT	TATTAGCCGC	TTGTAGCACT	360
GGTGATATTG	ATAAACAAAT	AGAACTAGAA	CAAGAAAAAA	AGGAAGCAAA	TAAGAGTGGG	420
ATAAAGTTAG	AACAAGAAAG	ACAGAAAACA	GAACAAGAAA	GACAGAAGAC	AAATAAGAGT	480
GAGATAGAGT	TAGAACAAGA	AAGACAAAAA	ACAAACAAGA	GTGGGATAGA	ACTCGCTAAT	540
AGTCAAATAA	AAGCAGAACA	AGAAAGACAA	AAGACAGAAC	AAGAAAAACA	AAAAGCAAAT	600
AAGAGTGAGA	TAGAGTTAGA	ACAGCAAAAA	CAAAAGACAA	TTAATACACA	AAGAGATTTG	660
ATTAAAGAAC	AGAAAGATTT	CATTAAAGAA	ACAGAACAAA	ATTGCCAAGA	AAAACATGGC	720
CAATTGTTTA	TTAAAAAAGC	AAGAATTAAG	ACCGGTATTA	CTACTGGTAT	TGCCATAGAA	780
ATAGAAGCTG	AATGCAAAAC	CCCTAAACCT	GCAAAAACCA	ATCAAACCCC	TATCCAGCCA	840
AAACACCTCC	CAAACTCTAA	ACAACCCCGC	TCTCAAAGAG	GATCAAAAGC	GCAAGAGCTT	900
ATCGCTTATT	TGCAAAAAGA	GCTAGAATCT	CTGCCCTATT	CGCAAAAAGC	TATCGCTAAA	960
CAAGTGGATT	TTTATAAACC	AAGTTCTATC	GCTTATTTAG	AACTAGACCC	TAGAGATTTT	1020
AAGGTTACAG	AAGAATGGCA	AAAAGAAAAT	TTAAAAATAC	GCTCTAAAGC	TCAAGCTAAA	1080
ATGCTTGAAA	TGAGAAACCC	ACAAGCCCAC	CTTCCAACCT	CTCAAAGCCT	TTTGTTCGTT	1140
CAAAAAATAT	TTGCTGATAT	TAATAAAGAA	ATAGAAGCAG	TTGCTAATAC	TGAAAAGAAA	1200
ACAGAAAAAG	CGGGTTATGG	TTATAGTAAA	AGGATGTAG			1239

(2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 70:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

200 (A) DĹŽKA: 450 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix) ZNAK:
(A)	NÁZOV/KĽÚČ:	rôzne znaky
(B)	UMIESTNENIE	1 ... 450

(xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 70:

TTGAATTGGG AGCATTTGAT GAAAAAATTA GCGTTTTCTT TATTATTTAC AGGGACTTTT TTGGGGCTTT TTTTGAATGC GAGTGATTTT AAGAGCATGG ATAACAAGCA ACTATTAGAG CAAGCAGGGA AAGTCGCTCC TAGCGAAGTT CCAGAGTTTC GCACAGAAGT CAATAAACGA TTAGAAGCGA TGAAAGAAGA AGAGCGTCAA AAATATAAAG CGGATTTTAA GAAAGCGATG GATAAGAATT TGGCTTCTTT AAGCCAAGAA GATCGCAACA AGCGTAAAAA AGAAATCCTT GAAGTCATTG CTAACAAAAA GAAAÄCAATG ACCATGAÄAG AGTATCGTGA AGAGGGGTTG GATTTGCATG ATTGCGCATG CGAAGGCCCT TTTCATGATC ATGAAAAAAA GGGGCAAAAA GGGAAAAAAC CAAGCCATCA TAAGCATTAG (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 71:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 615 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

120

180

240

300

360

420

450

201 (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 .. . 615 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 71:

ATGCAAGCAG	TGATTTTAGC	GAATGGGGAG	TTTCCTAAAT	CTAAAAAATG	CTTAGACATT	60
TTACAAAACG	CTCCCTTTTT	AATCGCATGC	GATGGGGCTG	TTATATCATT	GCATGCGCTT	120
CAATTCAAAC	CCAGCGTTGT	TATAGGCGAT	TTGGATAGCA	TTGATTCGCA	TTTGAAAGCC	180
TTGTATAACC	CTATACGCGT	GAGCGAACAA	GACAGCAACG	ATTTGTCCAA	AGCCTTTTTT	240
TATGCTTTGA	ATAGGGGTTG	TGATGATTTT	ATTTTTTTAG	GGTTGAATGG	CAAGCGAGAA	300
GACCACGCTT	TAGCGAACAC	TTTTTTATTG	TTGGAGTATT	TTAAATTTTG	CAAAAAAATC	360
CAATCCGTAA	GCGATTATGG	CCTTTTTAGG	GTGTTAGAAA	CCCCTTTTAC	TTTGCCCAGT	420
TTTAAGGGGG	AGCAAATCTC	GCTTTTTAGC	TTGGATCTTA	AAGCCCGATT	CACTTCTAAA	480
AACCTCAAAT	ACCCCTTAAA	AGACTTGCGT	CTAÄAAACGC	TCTTTTCCGG	CTCGCTCAAT	540
GAAGCCACTA	ATCATTGTTT	TAGCCTTAGC	TCTGAACCTA	AATCGGTGGT	GCTAGTGTAT	600
CAAAAATTCT	CATGA					615

(2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 72:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 843 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

	(A)	ORGANIZMUS:	Helicobacter pylori
(ix)	ZNAK:
	(A)	NÁZOV/KĽÚČ:	rôzne znaky
	(B)	UMIESTNENIE	1 ... 843
(xi)	POPIS	1 SEKVENCIE:	Sekvencia £. 72:

GTGTTTGACT CATTGGGCGG ATTTTTGGGG TATAAAACTT TTAAGCCGAT AGTGGATAAG 60

202

GTTAAAAATA	TAAACGCTTG	GATAAAAAAT	TACGATAATA	AAAAAGCTCA	AGAGATTATG	120
GGTTTTATAG	AAAATCCTAC	GCCTGATTTC	CAAAATAATA	AGTTTTTGTG	TGTTTTAAAC	180
CGACAAGGAA	CAAGGCACAA	CAATTATCTT	GGTTTAACCT	CTACAAACCT	TCTAATCGGC	240
GCGATCTATT	TCTCCATCCG	CCATTGCATC	AAAGCCACAT	GGCAAAACGA	TAGGGATCAA	300
TTCTACGCCC	CTTATGATGA	CGCTTTCCAA	GACGACAGCG	AGTTTAAAAA	CAATTGTTTG	360
GCGTTCATGC	TTTTTCACAC	CCAAAACCGC	ATCACTGCCA	CTCAAGGGAC	TAACCATTTT	420
ATCCCCTTTA	GCGAAGATGA	AGTTGATTCT	AAAGAAAGGT	ATTTGAGCCA	TGCTTTATTA	480
GACTTTTTAA	AAGGCGAAAT	CAAAGAACCT	AAAAAGAGCG	ATAGCCTCTT	TTTAAACGCC	540
AAAAAAGAAA	ACAAGCCCCT	AAAATTCAGC	TCGAGCGCTT	CAAAGGTGTT	TGACGCTGGC	600
AGAGAGATTT	ATCGCTATTA	CCACACACAA	GATTTCATCC	ACACCCCCTA	TAACGCTAAC	660
GCAAGCCTTT	ATGACATCAA	AGAATTTTTT	CAAGGCCGTA	ACAAGCAAGG	CAGATTAAAC	720
TCACCCACCA	AAGCCAAAGA	TGAATATTAC	AAACAGCTTT	ACGCTAACTT	GCAATACGCC	780
CTAAAAGATC	TCGCCAAAGA	AATACAGCCT	AAAGTCTATG	AATACGGATT	TTTAAGGGAG	840
TAG						843

(2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 73:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 930 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori

(ix) ZNAK:
(A) NÁZOV/KĽÚČ:	rôzne	znaky
(B) UMIESTNENIE	1 ...	930

(xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 73:

TGTGACAGGG CAATTCCCCA TTGGCTTTTT AGTCTGGGAT ACCGCTACCC CCCCCCCTTA 60 AAACCAACCA ACGCGTTCAA TTTAGAAGTG TTTGACTCAT TGGGCGGATT TTTGGGGTAT 120 AAÄACTTTTA AGCCGATAGT GGATAAGGTT AAAAATATAA ACGCTTGGAT AAAAAATTAC 180 GATAATAAAA AAGCTCAAGA GATTATGGGT TTTATAGAAA ATCCTACGCC TGATTTCCAA 240 AATAATAAGT TTTTGTGTGT TTTAAACCGA CAAGGAACAA GGCACAACAA TTATCTTGGT 300 TTAACCTCTA CAAACCTTCT AATCGGCGCG ATCTATTTCT CCATCCGCCA TTGCATCAAA 360

203

GCCACATGGC AAAACGATAG GGATCAATTC TACGCCCCTT ATGATGACGC TTTCCAAGAC 420 GACAGCGAGT TTAAAAACAA TTGTTTGGCG TTCATGCTTT TTCACACCCA AAACCGCATC 480 ACTGCCACTC AAGGGACTAA CCATTTTATC CCCTTTAGCG AAGATGAAGT TGATTCTAAA 540 GAAAGGTATT TGAGCCATGC TTTATTAGAC TTTTTAAAAG GCGAAATCAA AGAACCTAAA 600 AAGAGCGATA GCCTCTTTTT AAACGCCAAA AAAGAAAACA AGCCCCTAAA ATTCAGCTCG 660 AGCGCTTCAA AGGTGTTTGA CGCTGGCAGA GAGATTTATC GCTATTACCA CACACAAGAT 720 TTCATCCACA CCCCCTATAA CGCTAACGCA AGCCTTTATG ACATCAAAGA ATTTTTTCAA 780 GGCCGTAACA AGCAAGGCAG ATTAAACTCA CCCACCAAAG CCAAAGATGA ATATTACAAA 840 CAGCTTTACG CTAACTTGCA ATACGCCCTA AAAGATCTCG CCAAAGAAAT ACAGCCTAAA 900 GTCTATGAAT ACGGATTTTT AAGGGAGTAG 930 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 74:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 564 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 564 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 74:

TTGGAAACTT ATATCATTGA TGCAGATAAT ATAGATGGGG ATTTATTTTT CTATAATCTT 60 ACTAGAAACA GCAATGATTT TTCCATGTTG CCCGTTTTTG AACTCGATCG CATTGCCCAA 120 AAAATTAGAA ATATTCTTAA AAAACATGGC AGTAGAAAAG ACATTATTTT AAAACACAAT 180 GAÄATTAAAG AAGCCTTTTT TAGCCCGTTC AAACCGCAGC TAAAAACCGT TCAAGTGTTC 240 CTCTCGCACT CGCATGCGGA TAAAAATAAG GCTTTAGGGG TTAAGGACTA TTTGGAAAGC 300 AAAACAAAAC GCAAAGTGTT TATCGATTCG CTTTTTTGGG ATTATAAAGA CGATGTTTTA 360 AACAAATTGG CAAAACACGA TGATATAAGC AAGATTGAAG ACGCTTTCAC GCTCATTCTC 420 AGAAAATCTT TACAAGATAT GATTGAAAAA TGCCCTTATT TTGTGTTTTT ACAAAGCAAG 480 AACAGCGTTT CTAATCAAGG GCTATCACGC ATCACTTATT CCGCATGGAT TTATGAAGAA 540 TTAAAAATCG CTTCATTCTA TTAG 564

204 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 75:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 597 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A)	ORGANIZMUS:	Helicobacter pylori
(ix) ZNAK:
(A)	NÁZOV/KĽÚČ:	rôzne znaky
(B)	UMIESTNENIE	1 ... 597

(xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 75:

TTGGAAACTT ATATCATTGA TGCAGATAAT ATAGATGGGG ATTTATTTTT CTATAATCTT ACTAGAAACA GCAATGATTT TTCCATGTTG CCCGTTTTTG AACTCGATCG CATTGCCCAA AAAATTAGAA ATATTCTTAA AAAACATGGC AGTAGAAAAG ACATTATTTT AAAACACAAT GAAATTAAAG AAGCCTTTTT TAGCCCGTTC AAACCGCAGC TAAAAACCGT TCAAGTGTTC CTCTCGCACT CGCATGCGGA TAAAAATAAG GCTTTAGGGG TTAAGGACTA TTTGGAAAGC AAAACAAAAC GCAAAGTGTT TATCGATTCG CTTTTTTGGG ATTATAAAGA CGATGTTTTA AACAAATTGG CAAAACACGA TGATATAAGC AAGATTGAAG ACGCTTTCAC GCTCATTCTC AGAAAATCTT TACAAGATAT GATTGÄAAAA TGCCCTTATT TTGTGTTTTT ACAAAGCAAG AACAGCGTTT CTAATCAAGG GCTATCACGC ATCACTTATT CCGCATGGAT TTATGAAGAA TTAAAAATCG CTTCATTTCT ATTAGCGCTA TTAACGAGAG TCGCCCAATT CCAATGA (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 76:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 570 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová

120

180

240

300

360

420

480

540

597 (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická)

205 (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 570 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 76:

ATGATGACTA AGAACGCTTA TGCGTTTGTC GTGATTGAAA AAAGTATTAT GGTGTTTAAA 60

TGCGCCAAAG ACAAGGGGCT AATCCCTATC ACTGAAGGCT TTGTGCCGTT AAAAGAGGGC 120

TTTTTGAGAA GTTTTAAAGA GCGTTGCAAT CTGGATTTTT TAGAAAATTT AGACCTTTTG 180

TTTTTGTATG ACTACCAATT TCCAAGCGAG GTTTTTTCAT TGTGTAAGGA TTTGAAAAAT 240

TCCATTTGGG ACAGAAAGCT TGTGGTAGTG CTAGTGGAGG CTTTGGAGGG TTTTAAGGGT 300

TTGAATTTGT CTCTTAAGAT AGAAGATAGG CATTCTAATA GCTTGGGTAA TGGCGTTCAA 360

AAATTGCTCA CCAACGCTGA TTTGGGGAGC AACCACAAAC CAATCGTAAT AGACAGCATG 420

AAAACATACC ACCAAAGCCA GCAAGAAAAA TACAAAAGAG AAAGAGGCGA AACGCTAGAG 480

GTTCGCCCCA CAACACCCCC TAGCTATGGG GGTGGGAGCA TTAGAATCAG CGGCGATAAA 540 AAGCCTGATT CCAATGAAGA AAATTTTTAA 570 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 77:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 1773 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky

206 (B) UMIESTNENIE 1 ... 1773 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 77:

ATGAAAGCGA	TAAAAATACT	TCTTATAATG	ACACTCAGTT	TAAACGCTAT	CAGCGTGAAT	60
AGGGCGTTGT	TTGATTTAAA	AGATTCGCAA	TTAAAAGGGG	AATTAACGCC	AAAAATAGTG	120
GATTTTGGGG	GTTATAAAAG	CAACACCACA	GAGTGGGGAG	CTACGGCTTT	AAACTATATC	180
AATGCGGCTA	ATGGCGATGC	GAAAAAATTC	AGCGCGTTAG	TGGAAAAAAT	GCGTTTTAAC	240
TCTGGTATCT	TGGGGAATTT	TAGAGCGCAT	GCACATTTGA	GGCAAGCCCT	AAÄATTGCAA	300
AAGAATTTGA	AATATTGCCT	TAAAATCATC	GCTAGGGATT	CTTTTTATAG	TTACCGCACC	360
GGTATTTATA	TCCCCTTAGG	CATTTCTTTA	AAAGATCAAA	AAACGGCTCA	AAAAATGCTC	420
GCTGATTTGA	GCGTGGTAGG	GGCGTATCTT	AAAAAGCAAC	AGGAGAATGA	AAAGGCTCAA	480
AGCCCTTATT	ACAGGAGCAA	CAACTATTAC	AACTCCTACT	ATAGCCCTTA	TTATGGCATG	540
TATGGCATGT	ATGGAATGGG	CATGTATGGA	ATGTATGGCA	TGGGCATGTA	TGATTTTTAT	600
GACTTTTATG	ATGGCATGTA	TGGGTTCTAC	CCTAACATGT	TTTTCATGAT	GCAAGTTCAA	660
GACTACTTGA	TGTTAGAAAA	TTACATGTAT	GCACTCGATC	AAGAAGAGAT	TTTAGACCAT	720
GACGCTTCCA	TCAACCAACT	TGATACGCCT	ACTGATGATG	ACAGAGACGA	TAAAGACGAT	780
AAATCTTCGC	AACCAGCGAA	TCTCATGAGC	TTTTATCGTG	ATCCCAAATT	CAGCAAAGAC	840
ATTCAAACCA	ACCGCTTGAA	TAGCGCCTTA	GTCAATTTAG	ACAACAGCCA	CATGCTCAAA	900
GACAATTCGC	TCTTCCACAC	TAAAGCCATG	CCCACTAAAA	GCGTGGATGC	GATCACTTCT	960
CAAGCTAAAG	AGCTTAACCA	TTTGGTGGGG	CAAATCAAAG	AGATGAAGCA	AGACGGGGCG	1020
AGTCCTAATA	AGATTGATTC	AGTGGTCAAT	AAAGCTATGG	AGGTTAGGGA	CAAATTAGAC	1080
AACAACCTCA	ACCAACTAGA	CAATGACTTA	AAAGATCAAA	AAGGGCTTTC	AAGCGAGCAG	1140
CAAGCCCAAG	TGGATAAAGC	CTTAGACAGC	GTGCAACAAT	TAAGCCATAG	CAGCGATGTG	1200
GTAGGGAATT	ATTTAGACGG	GAGTTTGAAA	ATTGATGGCG	ATGACAGAGA	CGATTTGAAT	1260
GATGCGATCA	ATAACCCTAT	GCAACAACCT	GCGCAACAAA	CGCCTATTAA	CAACATGGAC	1320
AACACCCATG	CAAATGACAG	CAAAGATCAA	GGGGGTAACG	CGCTCATAAA	CCCTAACAAC	1380
GCCACCAACG	ATGATCACAA	CGATGATCAC	ATGGACACTA	ACACCACTGA	CACTAGCAAC	1440
GCAAACGACA	CCCCCACTGA	TGATAAAGAT	GCTAGCGGCA	ACAATACCGG	CGATATGAAT	1500
AACACCGACA	CCGGCAATAC	GGACACTGGC	AACACCGACA	CCGGTAACAC	TGATGATATG	1560
AGCAACATGA	ACAACGGCAA	CGATGATACG	GGTAACACTA	ACGACGACAT	GGGTAATAGC	1620
AACGACATGG	GCGATGACAT	GAATAACGCG	AACGACATGA	ACGACGACAT	GGGTAACAGC	1680
AACGATGACA ATGGGGGATA	TGGGCGATAT TGGGTGGCGA	GGGGGACATG TATGGGGAAT	AACGATGACA TGA	TGGGTGGCGA	TATGGGAGAC	1740 1773

(2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 78:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 588 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická)

207 (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 588 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 78:

TTGAATTTAC GATTGGCTGG AGCAAGCGTT TTAACGGCTT GTGTCTTTTC GGGGTGTTTT 60

TTTTTAAAAA TGTTTGACAA AAAACTTTCT AGCAACGATT GGCATATCCA AAAAGTAGAA 120

ATGAACCATC AAGTGTATGA CATTGAAACC ATGCTCGCTG ATAGCGCTTT TAGAGAGCAT 180

GAAGAAGAGC AAGACTCCTC TTTAAATACC GCTTTGCCTG AAGATAAAAC AGCGATTGAA 240

GCCAAAGAGC AAGAGCAAAA AGAAAAAAGG AAACACTGGT ATGAGCTTTT TAAAAAGAAG 300

CCAAAGCCCA AAAGCTCTAT GGGAGAGTTT GTGTTTGATC AAAAAGAAAA TCGTATTTAT 360

GGGAAAGGCT ATTGCAACCG GTATTTTGCT AGCTACACAT GGCAGGGCGA TAGGCACATC 420

GCAATTGAAG ATAGCGGGAT TTCAAGAAAA GTGTGTAGAG ATGAGCATTT GATGGCGTTT 480

GAATTGGAAT TTATGGAGAA TTTTAAGGGT AATTTTGCGG TAACTAAGGG CAAGGACACG 540

CTCATTTTAG ACAACCAAAA AATGAAAATT TATTTGAAAA CGCCATGA 588 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 79:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 2235 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky

208 (B) UMIESTNENIE 1 ... 2235 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 79:

ATGTTAAAAC	TCGCCAGTAA	AACGATTTGT	TTGTCCCTAA	TCAGCTCATT	CACGGCTGTA	60
GAAGCCTTTC	AAAAACACCA	AAAAGACGGC	TTTTTCATAG	AAGCCGGCTT	TGAAACCGGG	120
CTATTACAAG	GCACACAAAC	CCAAGAACAA	ACCATAGCCA	CCACTCAAGA	AAAACCCAAA	180
CCCAAACCCA	AACCAAAACC	CATTACCCCT	CAAAGCACCT	ATGGGAAATA	CTACATCTCC	240
CAAAGCACCA	TTTTAAAGAA	TGCGACTGAG	TTGTTTGCAG	AGGATAATAT	CACCAACTTA	300
ACCTTTTACT	CTCAAAACCC	TGTGTATGTA	ACCGCTTATA	ACCAAGAAAG	CGCTGAAGAA	360
GCTGGCTATG	GTAATAACAG	CTTGATTATG	ATACAAAACT	TCTTGCCTTA	TAACTTGAAC	420
AACATTGAGC	TGAGTTACAC	GGACGATCAA	GGCAATGTGG	TCAGTTTGGG	CGTGATAGAG	480
ACTATCCCTA	AACAATCTCA	AATCATTCTG	CCCGCAAGCT	TGTTTAACGA	CCCACAGCTT	540
AACGCCGATG	GCTTCCAACA	ACTCCAAACC	AACACCACAC	GATTTTCTGA	TGCCAGCACG	600
CAGAATCTGT	TTAACAAGCT	CAGCAAGGTT	ACAACCAATC	TTCAAATGAC	TTATATCAAT	660
TACAACCAAT	TTTCTAGCGG	TAACGGCAGT	GGCTCTAAAC	CCCCATGCCC	CCCATACGAA	720
AACCAAGCAA	ATTGTGTGGC	TAAAGTGCCG	CCTTTCACCT	CTCAAGACGC	TAAAAATTTG	780
ACCAATTTAA	TGCTGAACAT	GATGGCGGTG	TTTGATTCTA	AATCTTGGGA	AGACGCCGTC	840
TTAAACGCTC	CTTTCCAATT	CAGCGACAAC	AACCTGTCAG	CGCCATGTTA	TTCTGATTAC	900
CTTACATGCG	TGAATCCTTA	CAACGATGGG	CTTGTTGATC	CTAAATTGAT	CGCCAAAAAT	960
AAAGGAGATG	AATACAATAT	AGAAAACGGG	CAAACAGGCT	CAGTGATATT	AACGCCGCAA	1020
GATGTTATCT	ATAGCTATAG	AGTCGCTAAT	AATATTTATG	TGAATCTCTT	GCCCACAAGA	1080
GGAGGGGATT	TAGGGTTAGG	GTCTCAATAT	GGTGGCCCGA	ATGGCCCAGG	CGATGATGGC	1140
ACCAATTTTG	GCGCTTTAGG	GATATTGTCC	CCTTTCTTAG	ACCCTGAAAT	ATTGTTTGGC	1200
AAAGAATTGA	ATAAAGTCGC	CATCATGCAA	TTAAGAGACA	TCATCCATGA	ATACGGCCAT	1260
ACTTTAGGCT	ATACGCATAA	CGGGAACATG	ACTTATCAAA	GAGTGCGCAT	GTGCGAAGAA	1320
AACAATGGGC	CAGAAGAGCG	CTGTCAGGGC	GGAAGGATAG	AGCAAGTGGA	TGGGAAAGAA	1380
GTGCAAGTGT	TTGACAACGG	GCATGAAGTG	CGAGACACCG	ATGGCTCTAC	CTATGATGTG	1440
TGTTCTCGTT	TTAAAGATAA	GCCCTATACA	GCGGGCAGCT	ATCCTAATTC	CATCTATACC	1500
GATTGCTCTC	AAGTCCCCGC	TGGGCTTATA	GGCGTTACCA	GCGCTGTTTG	GCÄACAACTC	1560
ATTGATCAAA	ACGCCCTACC	GGTGGATTTT	ACTAATTTGA	GCAGCCAAAC	CAACTATTTG	1620
AACGCCAGCT	TGAACACGCA	AGACTTTGCG	ACCACCATGC	TTAGCGCGAT	CAGTCAAAGC	1680
CTTTCATCTT	CTAAATCTAG	CGCCACTACT	TATCGCACTT	CAAAAACCTC	ACGGCCCTTT	1740
GGAGCCCCCC	TATTAGGCGT	TAATCTTAAA	ATGGGCTATC	AAAAATATTT	TAATGATTAT	1800
CTAGGGTTGT	CTTCTTATGG	CATTATCAAA	TACAACTACG	CTCAAGCCAA	CAACGAAAAA	1860
ATCCAGCAAT	TAAGCTATGG	CGTGGGAATG	GATGTGCTGT	TTGATTTCAT	CACCAATTAC	1920
ACTAACGAAA	AGAACCCCAA	AAGCAATCTA	ACCAAGAAAG	TTTTCACTTC	CTCTCTTGGG	1980
GTGTTTGGGG	GGTTAAGGGG	CTTATACAAC	AGCTATTATT	TGTTGAACCA	ATACAAAGGG	2040
AGCGGTAATT	TAAATGTGAC	CGGTGGGTTG	AATTACCGCT	ACAAGCATTC	CAAATATTCT	2100
ATAGGCATTA	GCGTTCCTTT	GGTCCAGTTG	AAATCTAGGA	TCGTTTCTAG	CGATGGTGCT	2160
TATACCAATT GGGTGGATTT	CTATCACCCT TCTAA	CAATGAAGGG	GGCAGTCATT	TTAAAGTGTT	TTTTAATTAC	2220 2235

(2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 80

209 (i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 1590 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 1590 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia £. 80:

ATGACTTATA TCAATTACAA CCAATTTTCT TGCCCCCCAT ACGAAAACCA AGCAAATTGT GACGCTAAAA ATTTGACCAA TTTAATGCTG TGGGAAGACG CCGTCTTAAA CGCTCCTTTC TGTTATTCTG ATTACCTTAC ATGCGTGAAT TTGATCGCCA ÄAAATAAAGG AGATGAATAC ATATTAACGC CGCAAGATGT TATCTATAGC CTCTTGCCCA CAAGAGGAGG GGATTTAGGG CCAGGCGATG ATGGCACCAA TTTTGGCGCT GAAATATTGT TTGGCAAÄGA ATTGAATAAA CATGAATACG GCCATACTTT AGGCTATACG CGCATGTGCG AAGAAAACAA TGGGCCAGAA GTGGATGGGA AAGAAGTGCA AGTGTTTGAC TCTACCTATG ATGTGTGTTC TCGTTTTAAA AATTCCATCT ATACCGATTG CTCTCAAGTC GTTTGGCAAC AACTCATTGA TCAAAACGCC CAAACCAACT ATTTGAACGC CAGCTTGAAC GCGATCAGTC AAAGCCTTTC ATCTTCTAAA ACCTCACGGC CCTTTGGAGC CCCCCTATTA TATTTTAATG ATTATCTAGG GTTGTCTTCT GCCAACAACG AAAAAATCCA GCAATTAAGC TTCATCACCA ATTACACTAA CGAAAAGAAC

AGCGGTAACG GCAGTGGCTC TAAACCCCCA GTGGCTAAAG TGCCGCCTTT CACCTCTCAA AACATGATGG CGGTGTTTGA TTCTAAATCT CAATTCAGCG ACAACAACCT GTCAGCGCCA CCTTACAACG ATGGGCTTGT TGATCCTAAA AATATAGAAA ACGGGCAAAC AGGCTCAGTG TATAGAGTCG CTAATAATAT TTATGTGAAT TTAGGGTCTC AATATGGTGG CCCGAATGGC TTAGGGATAT TGTCCCCTTT CTTAGACCCT GTCGCCATCA TGCAATTAAG AGACATCATC CATAACGGGA ACATGACTTA TCAAAGAGTG GAGCGCTGTC AGGGCGGAAG GATAGAGCAA AACGGGCATG AAGTGCGAGA CACCGATGGC GATAAGCCCT ATACAGCGGG CAGCTATCCT CCCGCTGGGC TTATAGGCGT TACCAGCGCT CTACCGGTGG ATTTTACTAA TTTGAGCAGC ACGCAAGACT TTGCGACCAC CATGCTTAGC TCTAGCGCCA CTACTTATCG CACTTCAAAA GGCGTTAATC TTAAAATGGG CTATCAAAAA TATGGCATTA TCAAATACAA CTACGCTCAA TATGGCGTGG GAATGGATGT GCTGTTTGAT CCCAAAAGCA ATCTAACCAA GAAAGTTTTC

120

180

240

300

360

420

480

540

600

660

720

780

840

900

960

1020

1080

1140

1200

1260

1320

210

ACTTCCTCTC TTGGGGTGTT AACCAATACA AAGGGAGCGG CATTCCAAAT ATTCTATAGG TCTAGCGATG GTGCTTATAC GTGTTTTTTA ATTACGGGTG

TGGGGGGTTA AGGGGCTTAT TAATTTAAAT GTGACCGGTG CATTAGCGTT CCTTTGGTCC CAATTCTATC ACCCTCAATG GATTTTCTAA

ACAACAGCTA TTATTTGTTG GGTTGAATTA CCGCTACAAG AGTTGAAATC TAGGATCGTT AAGGGGGCAG TCATTTTAAA

1380

1440

1500

1560

1590 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 81:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 564 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 564 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia £. 81:

TTGGGTTGCG TATCAATGAC TCTAGGTATT GATGAAGCGG GGAGGGGGTG TTTGGCCGGT TCGCTTTTTG TGGCGGGGGT GGTGTGTAAT GAAAAAATAG CCTTAGAATT TCTAAAAATG GGTCTTAAGG ATAGCAAGAA GCTCAGCCCC AAAAAGCGCT TTTTCTTAGA AGATAAAATC AAAACGCATG GTGAGGTGGG GTTTTTCGTG GTTAAAAAAA GCGCGAATGA AATTGATCAT TTGGGCTTAG GGGCGTGTTT GAAACTCGCT ATTGAAGAAA TTGTAGAAAA TGGTTGCTCT TTAGCCAATG AAATAAAAAT AGATGGCAAC ACGGCGTTTG GCTTGAACAA ACGCTACCCC AACATACAAA CCATCATCAA GGGCGATGAA ACAATCGCTC AAATCGCTAT GGCGTCTGTT TTGGCGAAAG CTTCTAAGGA TAGGGAAATG TTAGAACTGC ACGCTTTGTT TAAGGAATAC GGCTGGGATA AGAATTGCGG GTATGGGACT AAACAACATA TAGAAGCGAT CAATAAGCTA GGGGCTACGC TTTCATCGGC ATAG

120

180

240

300

360

420

480

540

564 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 82:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 615 bázových párov

211 (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 615 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 82:

ATGACTCTAG GTATTGATGA AGCGGGGAGG GGGTGTTTGG CCGGTTCGCT TTTTGTGGCG 60

GGGGTGGTGT GTAATGAAAA AATAGCCTTA GÄATTTCTAA AAATGGGTCT TAAGGATAGC 120

AAGAAGCTCA GCCCCAAAAA GCGCTTTTTC TTAGAAGATA AAATCAAAAC GCATGGTGAG 180

GTGGGGTTTT TCGTGGTTAA AAAAAGCGCG AATGAAATTG ATCATTTGGG CTTAGGGGCG 240

TGTTTGAAAC TCGCTATTGA AGAAATTGTA GAAAATGGTT GCTCTTTAGC CAATGAAATA 300

AAAATAGATG GCAACACGGC GTTTGGCTTG AACAAACGCT ACCCCAACAT ACAAACCATC 360

ATCAAGGGCG ATGAAACAAT CGCTCAAATC GCTATGGCGT CTGTTTTGGC GAAAGCTTCT 420

AAGGATAGGG AAATGTTAGA ACTGCACGCT TTGTTTAAGG AATACGGCTG GGATAAGAAT 480

TGCGGGTATG GGACTAAACA ACATATAGAA GCGATCAATA AGCTAGGGGC TACGCCTTTT 540

CATCGGCATA GCTTCACGCT TAAAAACCGC ATCTTAAATC CCAAACTCTT AGAGGTGGAA 600 CAACGCCTTG TTTAA 615 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 83:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 579 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE

212 (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

	(A)	ORGANIZMUS:	Helicobacter pylori
(ix)	ZNAK:
	(A)	NÁZOV/KĽÚČ:	rôzne znaky
	(B)	UMIESTNENIE	1 ... 579
(xi)	POPIS	i SEKVENCIE:	Sekvencia £. 83:

ATGAATGCAT TGAAAAAATT AAGTTTTTGC GCCTTGTTAT CCCTAGGCCT CTTCGCTCAA ACAGTGCATG CTCAGCATTT AAAGGACACG ATTAACTATC CTGATTGGCT TAAAATCAAT CTTTTTGATA AAAAGAACCC GCCCAATCAA TATGTCGGAT CGGCTTCAAT TTCTGGTAAA AGGAACGATT TTTATTCCAA TTACATCCCC TATGATGACA AATTGCCCCC TGAAAAGAAC GCTGAAGAAA TCGCTCTTTT AAGGGCCAGA ATGAACGCTT ACAGCACTTT AGAAAGCGCT TTACTCACTA AAATGTGCAA TCGCATTGTT AAAGCGCTTC AAGTTAAAAA TAATGTTATC AGCCATTTAT TCGGGTTTGT TGATTTTTTA ACGTCTAAAT CCATTTTGGC TAAAAGGTTC GTGGATACCA CCAACCATCG TGTGTATGTC ATGGTGCAAT TCCCTTTCAT TCAGCCTGAA GACTTAATCG CTTACTTTAA AGCCAAACGC ATCGACCTTT CTTTAGCGAG CGCTACCAAT CTCAGCGCCA TTTTAAACAA GGCGTTGTTC CACCTCTAA (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU C. 84:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 261 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 261

120

180

240

300

360

420

480

540

579 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia £. 84:

213

ATGAATGCAT TGAAAAAATT AAGTTTTTGC GCCTTGTTAT CCCTAGGCCT CTTCGCTCAA 60 ACAGTGCATG CTCAGCATTT AAAGGACACG ATTAACTATC CTGATTGGCT TAAAATCAAT 120 _CTTTTTGATA AAAAGAACCC GCCCAATCAA TATGTCGGAT CGGCTTCAAT TTCTGGTAAA 180 AGGAACGATT TTTATTCCAA TTACATCCCC TATGATGACA AATTGCCCCC TGAAAGAACG 240 CTGAAGAAAT CGCTCTTTTA A 261 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 85:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 228 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 228 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia £. 85:

TTGAAAATTT TAACCCTTTT TTTGATAGGT TTAAACGCAT TGTTCGCCCT AGATTTGAAC 60 GCGCTTAAAA CAGAAATCAA AGAAACCTAT CTCAAAGAAT ACAAAGACTT AAAATTGGAA 120 ATTGAAACAA TTAATTTAGA AATCCCAGAG CGTTTTTCTC ACGCTTCCAT TTTAAGCTAT 180 GAATTGAACG CTTCTAACAA GCTTAAAAAA GATGGGTCGT GTTTTTAA 228 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 86:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 636 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická)

214 (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 636 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia £. 86:

ATGTTTTCAA TAATTCTGGG GGGGGGGGGG GGTAATACCC CATGCGGCTT GACATGGCAA 60

CACTTCAAAT TAGGGGATTT GTTTGAAATT GAAAAAACCT TAAGCTTTAA TAAAGACGCT 120

TTAACGCAAG GACAAGATTA CGATTATATT ACAAGAACTT CGCAAAATCA AGGCGTTTTG 180

CAAACTACAG GATTTGTCAA TGCAGAAAAT TTAAACCCAC CATTTACTTG GAGTTTAGGG 240

CTTTTGCAAA TGGATTTTTT CTATCGTAAA ÄAGTCATGGT ATGCGGGACA ATTCATGCGA 300

AAAATCACAC CAAAAACTGA AATTAAAAAT AAAATTAATT CACGCATAGC CCACTATTTC 360

ACAACGCTTT TAAACGCCTT AAAACGCCCT TTATTGAGTG TATTAGTTAG GGATATTGAT 420

AAAACTTTTA GGGAGCAAAA AATCCAACTA CCCCTAAAAC CCACCGCTAA AACTCAAAGC 480

CTTGATGGTA TTGATTTTGA TTTCATGCAC ACCCTAATCA ACGCCCTGAT GAAGCAAACC 540

ATTCAAGGCG TGGTTCAATA CTGCGACGCT AAAATACAGG CTACAAAAGA AGTTATCAGC 600

CAAGAAACGC CTATTCAAAA AGACTCGTTA TTTTGA 636 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 87:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 1221 bázových párov (B, TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D, TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická, (iii, HYPOTETICKÁ: NIE (iv, ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky

215 (B) UMIESTNENIE 1 ... 1221 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 87:

GTGATTGGCC	CCCTTAGCAG	CCAACTCAAC	GCTATTAAGT	GGGGCGAGTT	CAAATTAGGG	60
GATTTGTTTG	AAGCGAGTAA	CGGCGATTTT	GACATTCAAA	AACGCCACAT	CAATCATAAG	120
GGCGAATTTG	TCATCACCGC	AGGGCTTAGC	AATAATGGCG	TTTTAGGGCA	AAGCGATATA	180
AAAGCAAAAG	TTTTTGAAAG	CCATACCATT	ACTATTGACA	TGTTTGGTTG	CGCGTTTTAT	240
CGCAGTTTTG	CTTATAAAAT	GGTAACACAT	GCTAGGGTAT	TTTCTCTCAA	ACCTAAATTT	300
GAAATCAACC	ATAAAATCGG	CTTGTTTTTA	TCCACGCTAT	TTTTTGGTTA	CCATAAAAAA	360
TTCGGCTATG	AAAACATGTG	TTCATGGGCA	AAAATTAAAA	ACGATAAAGT	CATTCTACCC	420
CTAAAACCCA	CCGCTAACAC	TCAAACCCTT	GAGGGTATTG	ATTTTGATTT	CATGGAAAAA	480
TTCATAGCCG	AACTTGAGCA	GTGTCGGCTC	GCCGAACTTC	AGGCTTATTT	AAAAGCTACA	540
GGGCTAGAAA	ACACCACCCT	TTCTAACGAT	GAAGAAAATG	CCCTTAATGT	TTTCAATAAT	600
TCTGGGGGGG	GGGGGGGTAA	TACCCCATGC	GGCTTGACAT	GGCAACACTT	CAAATTAGGG	660
GATTTGTTTG	AAATTGAAAA	AACCTTAAGC	TTTAATAAAG	ACGCTTTAAC	GCAAGGACAA	720
GATTACGATT	ATATTACAAG	AACTTCGCAA	AATCAAGGCG	TTTTGCAAAC	TACAGGATTT	780
GTCAATGCAG	AAAATTTAAA	CCCACCATTT	ACTTGGAGTT	TAGGGCTTTT	GCAAATGGAT	840
TTTTTCTATC	GTAAAAAGTC	ATGGTATGCG	GGACAATTCA	TGCGAAAAAT	CACACCAAAA	900
ACTGAAATTA	AAAATAAAAT	TAATTCACGC	ATAGCCCACT	ATTTCACAAC	GCTTTTAAAC	960
GCCTTAAAAC	GCCCTTTATT	GAGTGTATTA	GTTAGGGATA	TTGATAAAAC	TTTTAGGGAG	1020
CAAAAAATCC	AACTACCCCT	AAAACCCACC	GCTAAAACTC	AAAGCCTTGA	TGGTATTGAT	1080
TTTGATTTCA	TGCACACCCT	AATCAACGCC	CTGATGAAGC	AAACCATTCA	AGGCGTGGTT	1140
CAATACTGCG	ACGCTAAAAT	ACAGGCTACA	AAAGAAGTTA	TCAGCCAAGA	AACGCCTATT	1200
CAAAAAGACT	CGTTATTTTG	A				1221

(2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 88:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 828 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

216 (A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 828 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 88:

ATGAGTAAGA	GTTTATACCA	AACTTTAAAC	GTGAGCGAAA	ACGCCAGCCA	AGATGAAATC	60
AAAAAATCCT	ACCGCCGTTT	AGCCAGGCAA	TACCACCCGG	ATTTGAATAA	AACCAAAGAA	120
GCCGAAGAGA	AATTCAAAGA	AATCAACGCC	GCTTATGAAA	TTTTGAGCGA	TGAAGAAAAA	180
CGCCGCCAAT	ACGATCAATT	TGGCGACAAC	ATGTTTGGCG	GGCAGAATTT	CAGCGATTTT	240
GCCAGAAGCC	GTGGTCCTAG	TGAAGATTTA	GATGATATTT	TAAGCTCTAT	TTTTGGGAAA	300
GGAGGCTTTT	CGCAAAGATT	TTCTCAAAAT	TCGCAAGGCT	TTTCTGGCTT	TAATTTTTCC	360
AATTTCGCCC	CTGAAAATTT	AGATGTAACC	GCTATTTTAA	ATGTCTCTGT	TTTAGACACC	420
CTTTTAGGCA	ATAAAAAACA	AGTGAGCGTC	AATAATGAGA	CTTTTAGCCT	TAAAATCCCT	480
ATCGGCGTGG	AAGAGGGCGA	AAAGATTAGG	GTTCGCAACA	AAGGGAAAAT	GGGGCGAACG	540
GGTAGGGGCG	ATTTGCTCTT	ACAGATCCAT	ATTGAAGAAG	ATGAAATGTA	TAGGCGCGAA	600
AAAGACGATA	TTATCCAAAT	CTTTGATTTA	CCCTTAAAAA	CGGCTCTTTT	TGGAGGGAAA	660
ATTGAAATCG	CTACTTGGCA	TAAAACCTTA	ACCCTAACCA	TTCCCCCTAA	CACCAAAGCC	720
ATGCAAAAAT	TCCGCATCAA	AGACAAAGGG	ATCAAÄAGCA	GAAAAACTTC	GCATGTGGGG	780
GATTGTATTG	CAAGCTCGTT	TGATCTGCTA	AAATTGAAAC	GCTTCTAA		828

(2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 89:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 837 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 837 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 89:

ATGAGTAAGA GTTTATACCA AACTTTAAAC GTGAGCGAAA ACGCCAGCCA AGATGAAATC 60

217

AAAAAATCCT ACCGCCGTTT AGCCAGGCAA TACCACCCGG ATTTGAATAA AACCAAAGAA GCCGAAGAGA AATTCAAAGA AATCAACGCC GCTTATGAAA TTTTGAGCGA TGAAGAAAAA CGCCGCCAAT ACGATCAATT TGGCGACAAC ATGTTTGGCG GGCAGAATTT CAGCGATTTT GCCAGAAGCC GTGGTCCTAG TGAAGATTTA GATGATATTT TAAGCTCTAT TTTTGGGAAA GGAGGCTTTT CGCAAAGATT TTCTCAAAAT TCGCAAGGCT TTTCTGGCTT TAATTTTTCC AATTTCGCCC CTGAAAATTT AGATGTAACC GCTATTTTAA ATGTCTCTGT TTTAGACACC CTTTTAGGCA ATAAAAAACA AGTGAGCGTC AATAATGAGA CTTTTAGCCT TAAAATCCCT ATCGGCGTGG AAGAGGGCGA AAAGATTAGG GTTCGCAACA AAGGGAAAAT GGGGCGAACG GGTAGGGGCG ATTTGCTCTT ACAGATCCAT ATTGAAGAAG ATGAAATGTA TAGGCGCGAA AAAGACGATA TTATCCAAAT CTTTGATTTA CCCTTAAAAA CGGCTCTTTT TGGAGGGAAA ATTGAAATCG CTACTTGGCA TAAAACCTTA ACCCTAACCA TTCCCCCTAA CACCAAAGCC ATGCAAAAAT TCCGCATCAA AGACAAAGGG ATCAAAAGCA GAAAAACTTC GCATGTGGGG GATTGTATTG CAAGCTCGTT TGATCTGCCT AAAATTGAAA CGCTTCTAAT GAGTTGA (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 90:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 699 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 699 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 90:

GTGGTTCAAA AATTTAATTT TTATAAGACA GGTGGCATGC GTTTAAAACA TTTTAAGACA TTCCTTTTTA TCACAATGGC GGTGATTGTG ATAGGCACTG GTTGTGCGAA TAAAAAGAAA AAAAAAGATG AATACAACAA ACCGGCGATC TTTTGGTATC AAGGGATTTT GAGAGAAATT CTTTTTGCTA ATTTAGAAAC AGCGGACAAT TACTATTCTT CCTTACAGAG CGAACACATC AATTCCCCCC TTGTCCCAGA AGCTATGCTA GCTTTAGGGC AAGCGCACAT GAAAAAGAAA GAGTATGTTT TAGCGTCTTT TTACTTTGAT GAATACATCA AGCGCTTTGG GACGAAGGAC AATGTGGATT ATTTGACCTT TTTGAAACTG CAATCGCATT ATTACGCTTT CAAAAACCAT

120

180

240

300

360

420

480

540

600

660

720

780

837

120

180

240

300

360

420

218

TCTAAAGACC AGGAATTTAT CTCTAATTCT ATTGTGAGTT TAGGCGAATT TATAGAAAAA 480 TACCCTAACA GCCGTTACCG CCCCTATGTA GAATACATGC AAATCAAATT CATTTTAGGG 540 CAAAATGAGC TCAATCGCGC GATCGCGAAT GTCTATAAAA AACGCCACAA GCCCGAGGGC 600 GTGAAACGCT ATTTAGAAAG GATAGATGAG ACTTTAGAAA AAGAGACTAA ACCCAAACCA 660 TCGCACATGC CTTGGTATGT GTTAATTTTT GATTGGTAG 699 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 91:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 345 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 345 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 91:

ATGCGTTTTT TGAATAACAA ACATAGAGAA AAGGGCTTAA AGGCTGAAGA AGAAGCTTGC 60 GGGTTTTTAA AAACGCTGGG TTTTGAAATG ATAGAGAGGA ACTTTTTTTC ACAATTTGGT 120 GAAATTGATA TTATCGCTTT GAAAAAAGGG GTTTTGCATT TCATTGAAGT CAAAAGCGGG 180 GAAAATTTTG ATCCCATTTA TGCGATCACG CCGAGCAAAT TAAAAAAGAT GATTAAAACG 240 ATCCGCTGTT ATTTGTCTCA AAAAGATCCC AATAGCGATT TTTGCATTGA CGCTCTTATT 300 GTGAAAAATG GTAAATTTGA GCTTTTAGAA AATATCACTT TTTAG 345 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 92:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 306 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová

219 (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 306 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 92:

ATGGGCAGCA TTGGGGCTAT GACTAAAGGG AGCTCTGATA GGTATTTTCA AGAGGGCGTG GCGAGTGAAA AATTAGTCCC AGAAGGCATT GAGGGGCGTG TGCCTTATCG TGGTAAGGTT TCGGATATGA TTTTCCAATT AGTAGGGGGC GTGCGTTCTT CTATGGGGTA TCAGGGGGCG AAGAATATTT TGGAATTGTA TCAAAACGCT GAATTTGTAG AAATCACTAG CGCGGGGTTA AAAAAAAGCC ATGTGCATGG CGTGGATATT ACTAAAGAAG CCCCTAATAT TATGGGTGAA TTTTAA (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 93:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 1446 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE

120

180

240

300

306 (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix) ZNAK:
(A)	NÁZOV/KĽÚČ:	rôzne znaky
(B)	UMIESTNENIE	1 . . . 1446

(xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 93:

220

ATGAGAATTT	TACAAAGGGC	TTTGACTTTT	GAAGACGTGT	TGATGGTGCC	TAGAAAATCC	60
AGCGTTTTAC	CTAAAGATGT	GAGCTTAAAG	TCTCGCCTAA	CCAAAAACAT	TGGTTTGAAT	120
ATCCCTTTTA	TTAGTGCGGC	TATGGATACG	GTTACAGAGC	ATAAAACCGC	TATCGCTATG	180
GCGCGCCTTG	GGGGTATTGG	CATCGTGCAT	AAAAACATGG	ATATTCAAAC	GCAAGTCAAA	240
GAAATCACTA	AAGTTAAAAA	AAGCGAGAGC	GGGGTGATTA	ATGATCCTAT	TTTTATCCAT	300
GCGCACAGGA	CGCTAGCGGA	CGCTAAAGTC	ATAACGGATA	ATTATAAGAT	TTCAGGCGTG	360
CCTGTGGTAG	ATGATAAGGG	GTTGTTGATT	GGGATTTTAA	CCAACAGAGA	CGTGCGTTTT	420
GAAACCGATT	TGAGTAAAAA	AGTGGGCGAT	GTGATGACTA	ÄAATGCCTTT	AGTTACCGCT	480
CATGTGGGCA	TTAGCTTAGA	TGAAGCGAGC	GATTTGATGC	ACAAGCATAA	GATTGAAAAA	540
TTGCCCATTG	TGGATAAAGA	TAATGTTTTA	AAAGGCTTGA	TCACGATCAA	AGACATTCAA	600
AAACGCATTG	AATACCCTGA	GGCCAATAAA	GATGATTTTG	GGAGGTTGAG	AGTGGGGGCG	660
GCTATTGGAG	TGGGGCAGTT	GGATAGGGCT	GAAATGTTAG	TTAAAGCGGG	GGTGGATGCG	720
TTGGTGTTAG	ACAGCGCGCA	TGGGCATTCA	GCCAATATTT	TACACACTTT	AGAAGAGATT	780
AAAAAAAGCT	TGGTAGTGGA	TGTGATTGTG	GGGAATGTGG	TTACTAAAGA	AGCCACAAGC	840
GATTTGATTA	GCGCGGGAGC	GGACGCTGTT	AAAGTGGGTA	TTGGGCCAGG	AAGCATTTGC	900
ACCACTAGGA	TTGTGGCCGG	GGTGGGAATG	CCCCAAGTGA	GCGCAATTGA	TAATTGCGTG	960
GAAGTGGCGT	CTAAATTTGA	TATTCCTGTG	ATTGCCGATG	GAGGGATCCG	CTATTCAGGC	1020
GATGTGGCTA	AGGCTCTAGC	TTTAGGAGCA	TCAAGCGTGA	TGATAGGCTC	TTTACTCGCT	1080
GGCACAGAAG	AATCTCCAGG	GGATTTTATG	ATTTACCAAG	GGAGGCAATA	TAAAAGCTAT	1140
AGGGGCATGG	GCAGCATTGG	GGCTATGACT	AAAGGGAGCT	CTGATAGGTA	TTTTCAAGAG	1200
GGCGTGGCGA	GTGAAAAATT	AGTCCCAGAA	GGCATTGAGG	GGCGTGTGCC	TTATCGTGGT	1260
AAGGTTTCGG	ATATGATTTT	CCAATTAGTA	GGGGGCGTGC	GTTCTTCTAT	GGGGTATCAG	1320
GGGGCGAAGA	ATATTTTGGA	ATTGTATCAA	AACGCTGAAT	TTGTAGAAAT	CACTAGCGCG	1380
GGGTTAAAAG	AAAGCCATGT	GCATGGCGTG	GATATTACTA	AAGAAGCCCC	TAATTATTAT	1440
GGGTGA						1446

(2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 94:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(Ά) DĹŽKA: 615 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori

221 (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 615 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia £. 94:

ATGCAAGGGT	TTCTTTTACA	AACACAAAGC	ATAAGAGATG	AAGATTTGAT	CGTGCACGTT	60
TTAACCAAAA	ACCAGCTCAA	AACCCTCTAT	CGTTTCTATG	GCAAACGCCA	CAGCGTGCTG	120
AATGTGGGTC	GTAAAATTGA	TTTTGAAGAA	GAAAACGATG	ATAAATTTTT	ACCCAAGTTA	180
AGGAATATTT	TGCATTTAGG	CTATATTTGG	GAAAGAGAAA	TGGAGCGCTT	GTTTTTTTGG	240
CAACGCTTTT	GCGCTCTTTT	GTTCAAGCAT	TTAGAGGGCG	TGCATTCTTT	AGATAGCATC	300
TATTTTGACA	CTTTAGATGA	TGGGGCTAGC	AAACTCTCCA	AACAGCACCC	CTTAAGAGTG	360
ATTTTAGAAA	TGTATGCAGT	CCTTTTGAAT	TTTGAAGGGC	GCTTGCAAAG	TTACAATTCT	420
TGTTTTTTAT	GCGATGCAAA	ATTAGAGCGT	TCTGTCGCTT	TAGCGCAAGG	GTTTATTTTA	480
GCGCACCCCT	CTTGCTTGAA	AGCTAAAAGC	TTGGATTTAG	AAAAAATCCA	AGCTTTTTTC	540
CGCACTCAAA	GCACGATTGA	TCTAGAAACA	GAAGAAGTGG	AAGAATTATG	GCGCACGCTG	600
AATTTAGGGT	TTTGA					615

(2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 95:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 249 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 249 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 95:

ATGGGCGTCG GACGGGTCGG CAATATGGCA CTGTTGGCGT GTGCAGGTCC GATGGGCATC 60

GGCGCTATTG CTATCGCCAT TAACGGCGGC AGACAACGGT CGCGGATGTT GGTGGTCGAT 120

ATAGACGACA AACGTCTGGA GCAGGTACAG AAGATGCTGC CGGGGAATTG GCGGCCAGTA 180

222

ACGGCATTGA GCTGGTGTCT GTGCATACCA AAGCGAGGAG CGATCCGTGC CAGATGCTGC 240 GAGCGCTGA 249 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 96:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 204 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi, PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 204 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 96:

TTGTCCGGTA CAGCCGTGAG TTGCCGGTGC ACATGCCGCA TACAGTTGGT ATTGGTGCGC 60 ACCAGCATCC CGGTTGTTAT CGGGTGCTCA TGCCCATTCC TTTCCAGTAT TGGGTTCACA 120 ACGGGAACCC ACCAATCACC CGTTAAACGC TGCGGGGTTA ACGCCGGAAA AACACCGTCA 180 AAAAAACATT TGCATTTAAA CTAA 204 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 97:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 345 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE

223 (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

	(A)	ORGANIZMUS:
(ix)	ZNAK: (A) (B)	NÁZOV/KĽÚČ: UMIESTNENIE
(xi)	POPIS SEKVENCIE:

Helicobacter pylori rôzne znaky 1 ... 345

Sekvencia č. 97:

GTGTGGCTGG

ATCGCCCTGG

CCGGCGGCCT

GCACCGCCAC

CGGCGCTGTT

CCGGTCGCCT

CGGCGCTGGG

CCAAGGTCGG

GCTGGCGGCG

GGTGTCCTTC

CGTCTACAGC

GCTGGACACC

CTTCCTGATC

CGGTTCGTCG

GTCTGCTACC

GAAGGTCAGC

CTGGCGTACT

GTCGGACGCT

ACCGCGGTGG

ACGCCCTCAG

TGGCGGTCGG

GTGGTGCCGC

TCCTCCTCGC

TCCTCGCCCC

GGCTGCCGGT GATCACCGTG CCATCCGATC GGCAGGTATG CCCGCTGTTC GCCATTCCGC TGCTCGGCGA AGAAGCGGCA CCTGGCCATC TCCCTCTACC GCTGA

120

180

240

300

345 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 98:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 228 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 228 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 98:

Met

Arg

Phe

Lys

Gly

Ser

Arg

Val

Glu

Ala

Phe

Leu

Gly

Ala

Leu

Glu

1

5

10

15

Phe

Gin

Glu

Asn

Glu

Tyr

Glu

Glu

Phe

Lys

Glu

Leu

Tyr

Glu

Ser

Leu

20

25

30

Lys

Thr

Lys

Gin

Lys

Pro

His

Thr

Leu

Phe

íle

Ser

Cys

Val

Asp

Ser

35

40

45

Arg

Val

Val

Pro

Asn

Leu

íle

Thr

Gly

Thr

Gin

Pro

Gly

Glu

Leu

Tyr

224

50

55

60

Val

íle

Arg

Asn

Met

Gly

Asn

Val

íle

Pro

Pro

Lys

Thr

Ser

Tyr

Lys

65

70

75

80

Glu

Ser

Leu

Ser

Thr

íle

Ala

Ser

Val

Glu

Tyr

Ala

íle

Ala

His

Val

85

90

95

Gly

Val

Gin

Asn

Leu

íle

íle

Cys

Gly

His

Ser

Asp

Cys

Gly

Ala

Cys

100

105

110

Gly

Ser

íle

His

Leu

íle

His

Asp

Glu

Thr

Thr

Lys

Ala

Lys

Thr

Pro

115

120

125

Tyr

íle

Ala

Asn

Trp

íle

Gin

Phe

Leu

Glu

Pro

íle

Lys

Glu

Glu

Leu

130

135

140

Lys

Asn

His

Pro

Gin

Phe

Ser

Asn

His

Phe

Ala

Lys

Arg

Ser

Trp

Leu

145

150

155

160

Thr

Glu

Arg

Leu

Asn

Ala

Arg

Leu

Gin

Leu

Asn

Asn

Leu

Leu

Ser

Tyr

165

170

175

Asp

Phe

íle

Gin

Glu

Arg

Val

íle

Asn

Asn

Glu

Leu

Lys

íle

Phe

Gly

180

185

190

Trp

His

Tyr

íle

íle

Glu

Thr

Gly

Arg

íle

Tyr

Asn

Tyr

Asn

Phe

Glu

195

200

205

Ser

His

Phe

Phe

Glu

Pro

íle

Glu

Glu

Thr

íle

Lys

Gin

Arg

íle

Ser

210

215

220

His Glu Asn Phe

225 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 99:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 221 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ Z DROJ:

(A)	ORGANIZMUS:	Helicobacter pylori
(ix) ZNAK
(A)	NÁZOV/KĽÚČ:	rôzne	znaky
(B)	UMIESTNENIE	1 . . .	221

(xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 99:

225

Val

Glu

Ala

Phe

Leu

Gly

Ala

Leu

Glu

Phe

Gin

Glu

Asn

Glu

Tyr

Glu

1

5

10

15

Glu

Phe

Lys

Glu

Leu

Tyr

Glu

Ser

Leu

Lys

Thr

Lys

Gin

Lys

Pro

His

20

25

30

Thr

Leu

Phe

íle

Ser

Cys

Val

Asp

Ser

Arg

Val

Val

Pro

Asn

Leu

íle

35

40

45

Thr

Gly

Thr

Gin

Pro

Gly

Glu

Leu

Tyr

Val

íle

Arg

Asn

Met

Gly

Asn

50

55

60

Val

íle

Pro

Pro

Lys

Thr

Ser

Tyr

Lys

Glu

Ser

Leu

Ser

Thr

íle

Ala

65

70

75

80

Ser

Val

Glu

Tyr

Ala

íle

Ala

His

Val

Gly

Val

Gin

Asn

Leu

íle

íle

85

90

95

Cys

Gly

His

Ser

Asp

Cys

Gly

Ala

Cys

Gly

Ser

íle

His

Leu

íle

His

100

105

110

Asp

Glu

Thr

Thr

Lys

Ala

Lys

Thr

Pro

Tyr

íle

Ala

Asn

Trp

íle

Gin

115

120

125

Phe

Leu

Glu

Pro

íle

Lys

Glu

Glu

Leu

Lys

Asn

His

Pro

Gin

Phe

Ser

130

135

140

Asn

His

Phe

Ala

Lys

Arg

Ser

Trp

Leu

Thr

Glu

Arg

Leu

Asn

Ala

Arg

145

150

155

160

Leu

Gin

Leu

Asn

Asn

Leu

Leu

Ser

Tyr

Asp

Phe

íle

Gin

Glu

Arg

Val

165

170

175

íle

Asn

Asn

Glu

Leu

Lys

íle

Phe

Gly

Trp

His

Tyr

íle

íle

Glu

Thr

180

185

190

Gly Arg

íle

Tyr

Asn

Tyr

Asn

Phe

Glu

Ser

His

Phe

Phe

Glu

Pro

íle

195

200

205

Glu

Glu

Thr

íle

Lys

Gin

Arg

íle

Ser

His

Glu

Asn

Phe

210 215 220 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 100:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 335 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

226 (A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 335 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 100:

Met

Leu

Val

Thr

Arg

Phe

Lys

Lys

Ala

Phe

íle

Ser

Tyr

Ser

Leu

Gly

1

5

10

15

Val

Leu

Val

Val

Ser

Leu

Leu

Leu

Asn

Val

Cys

Asn

Ala

Ser

Ala

Gin

20

25

30

Glu

Val

Lys

Val

Lys

Asp

Tyr

Phe

Gly

Glu

Gin

Thr

íle

Lys

Leu

Pro

35

40

45

Val

Ser

Lys

íle

Ala

Tyr

íle

Gly

Ser

Tyr

Val

Glu

Val

Pro

Ala

Met

50

55

60

Leu

Asn

Val

Trp

Asp

Arg

Val

Val

Gly

Val

Ser

Asp

Tyr

Ala

Phe

Lys

65

70

75

80

Asp

Asp

íle

Val

Lys

Ala

Thr

Leu

Lys

Gly

Glu

Asp

Leu

Lys

Arg

Val

85

90

95

Lys

His

Met

Ser

Thr

Asp

His

Thr

Ala

Ala

Leu

Asn

Val

Glu

Leu

Leu

100

105

110

Lys

Lys

Leu

Ser

Pro

Asp

Leu

Val

Val

Thr

Phe

Val

Gly

Asn

Pro

Lys

115

120

125

Ala

Val

Glu

His

Ala

Lys

Lys

Phe

Gly

íle

Ser

Phe

Leu

Ser

Phe

Gin

130

135

140

Glu

Thr

Thr

íle

Ala

Glu

Ala

Met

Gin

Ala

Met

Gin

Ala

Gin

Ala

Thr

145

150

155

160

Val

Leu

Glu

íle

Asp

Ala

Ser

Lys

Lys

Phe

Ala

Lys

Met

Gin

Glu

Thr

165

170

175

Leu

Asp

Phe

íle

Ala

Glu

Arg

Leu

Lys

Gly

Val

Lys

Lys

Lys

Lys

Gly

180

185

190

Val

Glu

Leu

Phe

His

Lys

Ala

Asn

Lys

íle

Ser

Gly

His

Gin

Ala

íle

195

200

205

Ser

Ser

Asp

íle

Leu

Glu

Lys

Gly

Gly

íle

Asp

Asn

Phe

Gly

Leu

Lys

210

215

220

Tyr

Val

Lys

Phe

Gly

Arg

Ala

Asp

íle

Ser

Val

Glu

Lys

íle

Val

Lys

225

230

235

240

Glu

Asn

Pro

Glu

íle

íle

Phe

íle

Trp

Trp

Val

Ser

Pro

Leu

Thr

Pro

245

250

255

Glu

Asp

Val

Leu

Asn

Asn

Pro

Lys

Phe

Ser

Thr

íle

Lys

Ala

íle

Lys

260

265

270

Asn

Lys

Gin

Val

Tyr

Lys

Leu

Pro

Thr

Met

Asp

íle

Gly

Gly

Pro

Arg

275

280

285

Ala

Pro

Leu

íle

Ser

Leu

Phe

íle

Ala

Leu

Lys

Ala

His

Pro

Glu

Ala

290

295

300

Phe

Lys

Gly

Val

Asp

íle

Asn

Ala

íle

Val

Lys

Asp

Tyr

Tyr

Lys

Val

227

305 310 315 320

Val Phe Asp Leu Asn Asp Ala Glu íle Glu Pro Phe Leu Trp His

325 330 335 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 101:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 274 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

	(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAK: (A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 274
(xi)	POPIS SEKVENCIE: Sekvencia £. 101:

Met

Leu

Val

Thr

Arg

Phe

Lys

Lys

Ala

Phe

íle

Ser

Tyr

Ser

Leu

Gly

1

5

10

15

Val

Leu

Val

Val

Ser

Leu

Leu

Leu

Asn

Val

Cys

Asn

Ala

Ser

Ala

Gin

20

25

30

Glu

Val

Lys

Val

Lys

Asp

Tyr

Phe

Gly

Glu

Gin

Thr

íle

Lys

Leu

Pro

35

40

45

Val

Ser

Lys

íle

Ala

Tyr

íle

Gly

Ser

Tyr

Val

Glu

Val

Pro

Ala

Met

50

55

60

Leu

Asn

Val

Trp

Asp

Arg

Val

Val

Gly

Val

Ser

Asp

Tyr

Ala

Phe

Lys

65

70

75

80

Asp

Asp

íle

Val

Lys

Ala

Thr

Leu

Lys

Gly

Glu

Asp

Leu

Lys

Arg

Val

85

90

95

Lys

His

Met

Ser

Thr

Asp

His

Thr

Ala

Ala

Leu

Asn

Val

Glu

Leu

Leu

100

105

110

Lys

Lys

Leu

Ser

Pro

Asp

Leu

Val

Val

Thr

Phe

Val

Gly

Asn

Pro

Lys

115

120

125

Ala

Val

Glu

His

Ala

Lys

Lys

Phe

Gly

íle

Ser

Phe

Leu

Ser

Phe

Gin

130

135

140

Glu

Thr

Thr

íle

Ala

Glu

Ala

Met

Gin

Ala

Met

Gin

Ala

Gin

Ala

Thr

145

150

155

160

228

Val Leu Glu íle Asp 165	Ala Ser Lys Lys	Phe Ala Lys Met Gin Glu Thr
170	175
Leu Asp Phe íle Ala	Asp Arg Leu Lys	Gly	Val Lys Lys Lys Lys Gly
180	185		190
Val Glu Leu Phe His	Lys Ala Asn Lys	íle	Ser Gly His Gin Ala íle
195	200		205
Asn Ser Asp íle Leu	Gin Gin Gly Gly	íle	Asp Asn Phe Gly Leu Lys
210	215		220
Tyr Val Lys Phe Gly	Arg Ala Asp íle	Ser	Val Glu Lys íle Val Lys
225	230		235 240
Glu Asn Pro Glu íle	íle Phe íle Arg	Trp	Val Thr Pro Leu Thr Pro
245		250	255
Asp Tyr Val Leu Asn	Asn Pro Lys Phe	Ser	Thr íle Asn Ala íle Lys
260	265		270
Asn íle
(2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 102:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 428 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 428 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 102:

Met

Lys

Lys

Lys

Phe

Leu

Ser

Leu

Thr

Leu

Gly

Ser

Leu

Leu

Val

Ser

1

5

10

15

Ala

Leu

Ser

Ala

Glu

Asp

Asn

Gly

Phe

Phe

Val

Ser

Ala

Gly

Tyr

Gin

20

25

30

íle

Gly

Glu

Ser

Ala

Gin

Met

Val

Lys

Asn

Thr

Lys

Gly

íle

Gin

Asp

35

40

45

Leu

Ser

Asp

Ser

Tyr

Glu

Arg

Leu

Asn

Asn

Leu

Leu

Thr

Asn

Tyr

Ser

229

Val

Leu

Asn

Ala

Leu

íle

Arg

Gin

Ser

Ala

Asp

Pro

Asn

Ala

íle

Asn

65

70

75

80

Asn

Ala

Arg

Gly

Asn

Leu

Asn

Ala

Ser

Ala

Lys

Asn

Leu

íle

Asn

Asp

85

90

95

Lys

Lys

Asn

Ser

Pro

Ala

Tyr

Gin

Ala

Val

Leu

Leu

Ala

Leu

Asn

Ala

100

105

110

Ala

Ala

Gly

Leu

Trp

Gin

Val

Met

Ser

Tyr

Ala

íle

Ser

Pro

Cys

Gly

115

120

125

Pro

Gly

Lys

Asp

Thr

Ser

Lys

Asn

Gly

Gly

Val

Gin

Thr

Phe

His

Asn

130

135

140

Thr

Pro

Ser

Asn

Gin

Trp

Gly

Gly

Thr

Thr

íle

Thr

Cys

Gly

Thr

Thr

145

150

155

160

Gly

Tyr

Glu

Pro

Gly

Pro

Tyr

Ser

íle

Leu

Ser

Thr

Glu

Asn

Tyr

Ala

165

170

175

Lys

íle

Asn

Lys

Ala

Tyr

Gin

íle

íle

Gin

Lys

Ala

Phe

Gly

Ser

Ser

180

185

190

Gly

Lys

Asp

íle

Pro

Ala

Leu

Ser

Asp

Thr

Asn

Thr

Glu

Leu

Lys

Phe

195

200

205

Thr

íle

Asn

Lys

Asn

Asn

Gly

Asn

Thr

Asn

Thr

Asn

Asn

Asn

Gly

Glu

210

215

220

Glu

íle

Val

Thr

Lys

Asn

Asn

Ala

Gin

Val

Leu

Leu

Glu

Gin

Ala

Ser

225

230

235

240

Thr

íle

íle

Thr

Thr

Leu

Asn

Ser

Ala

Cys

Pro

Trp

íle

Asn

Asn

Gly

245

250

255

Gly

Ala

Gly

Gly

Ala

Ser

Ser

Gly

Ser

Leu

Trp

Glu

Gly

íle

Tyr

Leu

260

265

270

Lys

Gly

Asp

Gly

Ser

Ala

Cys

Gly

íle

Phe

Lys

Asn

Glu

íle

Ser

Ala

275

280

285

íle

Gin

Asp

Met

íle

Lys

Asn

Ala

Ala

íle

Ala

Val

Glu

Gin

Ser

Lys

290

295

300

íle

Val

Ala

Ala

Asn

Ala

Gin

Asn

Gin

Arg

Asn

Leu

Asp

Thr

Gly

Lys

305

310

315

320

Thr

Phe

Asn

Pro

Tyr

Lys

Asp

Ala

Asn

Phe

Ala

Gin

Ser

Met

Phe

Ala

325

330

335

Asn

Ala

Lys

Ala

Gin

Ala

Glu

íle

Leu

Asn

Arg

Ala

Gin

Ala

Val

Val

340

345

350

Lys

Asp

Phe

Glu

Arg

íle

Pro

Ala

Glu

Phe

Val

Lys

Asp

Ser

Leu

Gly

355

360

365

Val

Cys

His

Glu

Val

Gin

Asn

Gly

His

Leu

Arg

Gly

Thr

Pro

Ser

Gly

370

375

380

Thr

Val

Thr

Asp

Asn

Thr

Trp

Gly

Ala

Gly

Cys

Ala

Tyr

Val

Gly

Glu

385

390

395

400

Thr

Val

Thr

Asn

Leu

Lys

Asp

Ser

íle

Ala

His

Phe

Gly Asp

Gin

Ala

230

405 410 415

Glu Arg íle His Asn Ala Arg Asn Leu Ala Thr Leu

420 425 (2, INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 103:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 178 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

	(A)	ORGANIZMUS:	Helicobacter pylori
(ix)	ZNAK:
	(A)	NÁZOV/KĽÚČ:	rôzne znaky
	(B)	UMIESTNENIE	1 ... 178
(xi,	POPIS	1 SEKVENCIE:	Sekvencia ô. 103:

Met

Asn

Pro

Leu

Leu

Gin

Asp

Tyr

Ala

Arg

íle

Leu

Leu

Glu

Trp

Asn

1

5

10

15

Gin

Thr

His

Asn

Leu

Ser

Gly

Ala

Arg

Asn

Leu

Ser

Glu

Leu

Glu

Pro

20

25

30

Gin

íle

Thr

Asp

Ala

Leu

Lys

Pro

Leu

Glu

Phe

Val

Lys

Asp

Phe

Lys

35

40

45

Ser

Cys

Leu

Asp

íle

Gly

Ser

Gly

Ala

Gly

Leu

Pro

Ala

íle

Pro

Leu

50

55

60

Ala

Leu

Glu

Lys

Pro

Glu

Ala

Gin

Phe

íle

Leu

Leu

Glu

Pro

Arg

Val

65

70

75

80

Lys

Arg

Ala

Ala

Phe

Leu

Asn

Tyr

Leu

Lys

Ser

Val

Leu

Pro

Leu

Asn

85

90

95

Asn

íle

Glu

íle

íle

Lys

Lys

Arg

Leu

Glu

Asp

Tyr

Gin

Asn

Leu

Leu

100

105

110

Gin

Val

Asp

Leu

íle

Thr

Ser

Arg

Ala

Val

Ala

Ser

Ser

Ser

Phe

Leu

115

120

125

íle

Glu

Lys

Ser

Gin

Arg

Phe

Leu

Lys

Asp

Lys

Gly

Tyr

Phe

Leu

Phe

130

135

140

Tyr

Lys

Gly

Glu

Gin

Leu

Lys

Asn

Glu

íle

Ala

Tyr

Lys

Thr

Thr

Glu

145

150

155

160

231

Cys	Phe Met His	Gin Lys Arg Val	Tyr	Phe Tyr Lys	Ser Lys Glu Ser
		165		170	175
Leu	Cys
(2,	INFORMÁCIE	PRE SEKVENCIU Č.	104:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 240 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 240 (xi, POPIS SEKVENCIE: Sekvencia £. 104:

Leu

Gly

Leu

Lys

Lys

Arg

Ala

íle

Leu

Trp

Ser

Leu

Met

Gly

Phe

Cys

1

5

10

15

Ala

Gly

Leu

Ser

Ala

Leu

Asp

Tyr

Asp

Thr

Leu

Asp

Pro

Lys

Tyr

Tyr

20

25

30

Lys

Tyr

íle

Lys

Tyr

Tyr

Lys

Ala

Tyr

Glu

Asp

Lys

Glu

Val

Glu

Glu

35

40

45

Leu

íle

Arg

Asp

Leu

Lys

Arg

Ala

Asn

Ala

Lys

Ser

Gly

Leu

íle

Leu

50

55

60

Gly

íle

Asn

Thr

Gly

Phe

Phe

Tyr

Asn

His

Glu

íle

Met

Val

Lys

Thr

65

70

75

80

Asn

Ser

Ser

Ser

íle

Thr

Gly

Asn

íle

Leu

Asn

Tyr

Leu

Phe

Ala

Tyr

85

90

95

Gly

Leu

Arg

Phe

Gly

Tyr

Gin

Thr

Phe

Arg

Pro

Ser

Phe

Phe

Ala

Arg

100

105

110

Leu

Val

Lys

Pro

Asn

íle

íle

Gly

Arg

Arg

íle

Tyr

íle

Gin

Tyr

Tyr

115

120

125

Gly

Gly

Ala

Pro

Lys

Lys

Ala

Gly

Phe

Gly

Ser

Val

Gly

Phe

Gin

Ser

130

135

140

Val

Met

Leu

Asn

Gly Asp

Phe

Leu

Leu

Asp

Phe

Pro

Leu

Pro

Phe

Val

232

145

150

155

160

Gly

Lys

Tyr

Leu

Tyr

Met

Gly

Gly

Tyr

Met

Gly

Leu

Gly

Leu

Gly

Val

165

170

175

Val

Ala

His

Gly

Val

Asn

Tyr

Thr

Ala

Glu

Trp

Gly

Met

Ser

Phe

Asn

180

185

190

Ala

Gly

Leu

Ala

Leu

Thr

Val

Leu

Glu

Lys

Asn

Arg

íle

Glu

Phe

Glu

195

200

205

Phe

Lys

íle

Leu

Asn

Asn

Phe

Pro

Phe

Leu

Gin

Ser

Asn

Ser

Ser

Lys

210

215

220

Glu

Thr

Trp

Trp

Gly

Ala

íle

Ala

Ser

íle

Gly

Tyr

Gin

Tyr

Val

Phe

225

230

235

240

(2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 105:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 313 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix) ZNAK:
(A)	NÁZOV/KĽÚČ:	rôzne	znaky
(B)	UMIESTNENIE	1 . . .	313

(xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 105:

Leu

Lys

Leu

Lys

Tyr

Trp

Leu

Val

Tyr

Leu

Ala

Phe

íle

íle

Gly

Leu

1

5

10

15

Gin

Ala

Thr

Asp

Tyr

Asp

Asn

Leu

Glu

Glu

Glu

Asn

Gin

Gin

Leu

Asp

20

25

30

Glu

Lys

íle

Asn

Asn

Leu

Lys

Arg

Gin

Leu

Thr

Glu

Lys

Gly

Val

Ser

40

Pro Lys Glu Met Asp Lys Asp Lys
	50	55
Thr	Tyr	Pro	Lys	íle	Ser	Ser	Lys
65					70
Phe	Ser	íle	Ala	Asp	Asp	Lys	Ser
				85

Phe Glu Glu Glu Tyr Leu Glu Arg
	60
Lys	Arg	Lys	Lys	Leu	Leu	Lys	Ser
		75					80
Gly	Val	Phe	Leu	Gly	Gly	Gly	Tyr
	90					95

233

Ala Tyr Gly Glu

Leu

Asn Leu Ser

Tyr Gin Gly Glu Met Leu Asp Arg

100

105

110

Tyr

Gly

Ala

Asn

Ala

Pro

Ser

Ala

Phe

Lys

Asn

Asn

íle

Asn

íle

Asn

115

120

125

Ala

Pro

Val

Ser

Met

íle

Ser

Val

Lys

Phe

Gly

Tyr

Gin

Lys

Tyr

Phe

130

135

140

Val

Pro

Tyr

Phe

Gly

Thr

Arg

Phe

Tyr

Gly

Asp

Leu

Leu

Leu

Gly

Gly

145

150

155

160

Gly

Ala

Leu

Lys

Glu

Asn

Ala

Leu

Lys

Gin

Pro

Val

Gly

Ser

Phe

Phe

165

170

175

Tyr

Val

Leu

Gly

Ala

Met

Asn

Thr

Asp

Leu

Leu

Phe

Asp

Met

Pro

Leu

180

185

190

Asp

Phe

Lys

Thr

Lys

Lys

His

Phe

Leu

Gly

Val

Tyr

Ala

Gly

Phe

Gly

195

200

205

íle

Gly

Leu

Met

Leu

Tyr

Gin

Asp

Lys

Pro

Asn

Gin

Asn

Gly

Arg

Asn

210

215

220

Leu

lle

Val

Gly

Gly

Tyr

Ser

Ser

Pro

Asn

Phe

Leu

Trp

Lys

Ser

Leu

225

230

235

240

íle

Glu

Val

Asp

Tyr

Thr

Phe

Asn

Val

Gly

Val

Ser

Leu

Thr

Leu

Tyr

245

250

255

Arg

Lys

His

Arg

Leu

Glu

íle

Gly

Thr

Lys

Leu

Pro

íle

Ser

Tyr

Leu

260

265

270

Arg

Met

Gly

Val

Glu

Glu

Gly

Ala

íle

Tyr

His

Asn

Lys

Glu

Asn

Asp

275

280

285

Glu

Arg

Leu

Leu

íle

Ser

Ala

Asn

Asn

Gin

Phe

Lys

Arg

Ser

Ser

Phe

290

295

300

Leu

Leu

Val

Asn

Tyr

Ala

Phe

íle

Phe

305 310 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 106:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 393 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

234 (A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 393 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 106:

Met Thr Ser Ala Ser Ser His Ser Phe Lys Glu Gin Asp Phe His íle 15 10 15

Pro íle Ala Phe Ala Phe Asp Lys Asn Tyr Leu íle Pro Ala Gly Ala

25 30

Cys íle Tyr Ser Leu Leu Glu Ser íle Ala Lys Ala Asn Lys Lys íle

40 45

Arg Tyr Thr Leu His Ala Leu Val Val Gly Leu Asn Glu Glu Asp Lys

55 60

Thr Lys Leu Asn Gin íle Thr Glu Pro Phe Lys Glu Phe Ala Val Leu

70 75 80

Glu Val Lys Asp íle Glu Pro Phe Leu Asp Thr íle Pro Asn Pro Phe

90 95

Asp Glu Asp Phe Thr Lys Arg Phe Ser Lys Met Val Leu Val Lys Tyr

100 105 110

Phe Leu Ala Asp Leu Phe Pro Lys Tyr Ser Lys Met Val Trp Ser Asp

115 120 125

Val Asp Val íle Phe Cys Asn Glu Phe Ser Ala Asp Phe Leu Asn íle

130 135 140

Lys Glu Asp Asp Glu Asn Tyr Phe Tyr Gly Val Tyr Asp Lys íle Tyr

145 150 155 160

Pro Tyr Glu Gly Phe Phe Tyr Cys Asn Leu Thr Tyr Gin Arg Lys Asn

165 170 175

Gin Phe Cys Lys Lys íle Leu Glu íle íle Arg Ala Gin Lys íle Asp

180 185 190

Lys Glu Pro Gin Leu Thr Glu Phe Cys Arg Ser Lys íle Ala Pro Leu

195 200 205

Lys íle Glu Tyr Cys íle Phe Pro His Tyr Tyr Ser Leu Ser Glu Glu

210 215 220

His Leu Lys Gly Val Ala Asn Ala íle Tyr His Asn Thr íle Lys Gin

225 230 235 240

Ala Leu Arg Glu Pro íle Val íle Gin Tyr Asp Ser His Pro Tyr Phe

245 250 255

Gin íle Lys Pro Trp Thr Tyr Pro Phe Gly Leu Lys Ala Asp Leu Trp

260 265 270

Leu Asn Ala Leu Ala Lys Thr Pro Phe Met Ser Asp Trp Ser Tyr Leu

275 280 285 íle Thr Gly Gly Gly Gly íle Gly Gly Glu Lys Trp His Tyr Tyr His

290 295 300

Gly íle Ala Ala Tyr His Tyr Tyr Phe Pro Leu Trp Lys Ala Glu Glu

235

305 310 315 320

Gin

íle

Ala His Asp Ala Leu Lys Thr Phe Leu Lys His Tyr Phe Leu

325

330

335

His

íle

His

Glu

íle

Pro

Gin

Asn

Ala

Arg

Arg

Arg

Leu

Phe

Lys

Tyr

340

345

350

Cys

íle

Ser

íle

Pro

Leu

Lys

Ser

Phe

íle

Ser

Lys

Thr

Leu

Lys

Phe

355

360

365

Leu

Lys

Leu

His

Ala

Leu

Val

Lys

Lys

íle

Leu

íle

Gin

Leu

Lys

Leu

370

375

380

Leu

Lys

Lys

Asn

Gin

Ser

Gin

Asn

Phe

385 390 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 107:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 435 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A)	ORGANIZMUS:	Helicobacter pylori
(ix) ZNAK
(A)	NÁZOV/KĽÚČ:	rôzne znaky
(B,	UMIESTNENIE	1 ... 435

(xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 107:

Leu

íle

Phe

Leu

Lys

Lys

Ser

Leu

Cys

Ala

Leu

Leu

íle

Ser

Gly

Phe

1

5

10

15

Phe

íle

Pro

Pro

Leu

Met

Lys

Ala

Ala

Ser

Phe

Val

Tyr

Asp

Leu

Lys

20

25

30

Phe

Met

Ser

Phe

Asn

Phe

Asn

Leu

Ala

Ser

Pro

Pro

Asn

Asn

Pro

Tyr

35

40

45

Trp

Asn

Ser

Leu

Thr

Lys

Met

Gin

Gly

Arg

Leu

Met

Pro

Gin

íle

Gly

50

55

60

Val

Gin

Leu

Asp

Lys

Arg

Gin

Ala

Leu

Met

Phe

Gly

Ala

Trp

Phe

íle

65

70

75

80

Gin

Asn

Leu

His

Thr

His

Tyr

Ser

Tyr

Phe

Pro

Tyr

Ser

Trp

Gly

Val

85

90

95

236

Thr

Met Tyr Tyr 100

Gin Tyr Íle Gly Lys Asn Leu Arg Phe Phe Leu Gly

105

110

íle

Val

Pro

Arg

Ser

Tyr

Gin

íle

Gly

His

Tyr

Pro

Leu

Ser

Ala

Phe

115

120

125

Lys

Lys

Leu

Phe

Trp

Phe

íle

Asp

Pro

Thr

Phe

Arg

Gly

Gly

Ala

Phe

130

135

140

Gin

Phe

Lys

Pro

Ala

Tyr

Asp

Pro

Asn

Arg

Trp

Trp

Asn

Gly

Trp

Phe

145

150

155

160

Glu

Gly

Val

Val

Asp

Trp

Tyr

Gly

Gly

Arg

Asn

Trp

Asn

Asn

Gin

Pro

165

170

175

Lys

Lys

Lys

Asn

Tyr

Asp

Phe

Asp

Gin

Phe

Leu

Tyr

Phe

Val

Ser

Ser

180

185

190

Glu

Phe

Gin

Phe

Leu

Lys

Gly

Tyr

Leu

Gly

Leu

Gly

Gly

Gin

Leu

Val

195

200

205

íle

Phe

His

Asn

Ala

Asn

Ser

His

Ser

Met

Gly

Asp

Asn

Tyr

Pro

Tyr

210

215

220

Gly

Gly

Asn

Ser

Tyr

Leu

Lys

Pro

Gly

Asp

Ala

Thr

Pro

Gin

Trp

Pro

225

230

235

240

Asn

Gly

Tyr

Pro

Tyr

Phe

Ser

Gin

Lys

Asp

Asn

Pro

Gin

Gly

Gly

Glu

245

250

255

íle

dy

Lys

Tyr

Ser

Asn

Pro

Thr

íle

Leu

Asp

Arg

Val

Tyr

Tyr

His

260

265

270

Ala

Tyr

Leu

Lys

Ala

Asp

Phe

Lys

Asn

Leu

Met

Pro

Tyr

Met

Asp

Asn

275

280

285

íle

Phe

Met

Thr

Phe

Gly

Thr

Gin

Ser

Ser

Gin

Thr

His

Tyr

Cys

Val

290

295

300

Arg

Tyr

Ala

Ser

Glu

Cys

Lys

Asn

Ala

Arg

Phe

Tyr

Asn

Ser

Phe

Gly

305

310

315

320

Gly

Glu

Phe

Tyr

Ala

Gin

Ala

Gin

Tyr

Lys

Gly

Phe

Gly

íle

Phe

Asn

325

330

335

Arg

Tyr

Tyr

Phe

Ser

Asn

Lys

Pro

Gin

Met

His

Phe

Tyr

Ala

Thr

Tyr

340

345

350

Gly

Gin

Ser

Leu

Tyr

Thr

Gly

Leu

Pro

Trp

Tyr

Arg

Ala

Pro

Asn

Phe

355

360

365

Asp

Met

íle

Gly

Leu

Tyr

Tyr

Leu

Tyr

Lys

Asn

Lys

Trp

Leu

Ser

Val

370

375

380

Arg

Ala

Asp

Ala

Phe

Phe

Ser

Phe

Val

Gly

Gly

Gly

Asp

Gly

Tyr

His

385

390

395

400

Leu

Tyr

Gly

Lys

Gly

Gly

Lys

Trp

Phe

Val

Met

Tyr

Gin

Gin

Phe

Leu

405

410

415

Thr

Leu

Thr

íle

Asp

Thr

Arg

Glu

Leu

íle

Asp

Phe

Val

Lys

Ser

Lys

420

425

430

íle

Pro

Lys

435

237 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 108:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 220 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 220 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 108:

Met

Asn

Lys

Thr

Thr

íle

Lys

íle

Leu

Met

Gly

Met

Ala

Leu

Leu

Ser

1

5

10

15

Ser

Leu

Gin

Ala

Ala

Glu

Ala

Glu

Leu

Asp

Glu

Lys

Ser

Lys

Lys

Pro

20

25

30

Lys

Phe

Ala

Asp

Arg

Asn

Thr

Phe

Tyr

Leu

Gly

Val

Gly

Tyr

Gin

Leu

35

40

45

Ser

Ala

íle

Asn

Thr

Ser

Phe

Ser

Thr

Ser

Ser

íle

Asp

Lys

Ser

Tyr

50

55

60

Phe

Met

Thr

Gly

Asn

Gly

Phe

Gly

Val

Val

Leu

Gly

Gly

Lys

Phe

Val

65

70

75

80

Ala

Lys

Thr

Gin

Ala

Val

Glu

His

Val

Gly

Phe

Arg

Tyr

Gly

Leu

Phe

85

90

95

Tyr

Asp

Gin

Thr

Phe

Ser

Ser

His

Lys

Ser

Tyr

íle

Ser

Thr

Tyr

Gly

100

105

110

Leu

Glu

Phe

Ser

Gly

Leu

Trp

Asp

Ala

Phe

Asn

Ser

Pro

Lys

Met

Phe

115

120

125

Leu

Gly

Leu

Glu

Phe

Gly

Leu

Gly

íle

Ala

Gly

Ala

Thr

Tyr

Met

Pro

130

135

140

Gly

Gly

Ala

Met

His

Gly

íle

íle

Ala

Gin

Tyr

Leu

Gly

Lys

Glu

Asn

145

150

155

160

Ser

Leu

Phe

Gin

Leu

Leu

Val

Lys

Val

Gly

Phe

Arg

Phe

Gly

Phe

Phe

165

170

175

His

Asn

Glu

íle

Thr

Phe

Gly

Leu

Lys

Phe

Pro

Val

íle

Pro

Asn

Lys

238

180

185

190

Lys

Thr

Glu

íle

Val

Asp Gly

Leu

Ser

Ala

Thr

Thr

Leu

Trp

195

200

205

Leu

Pro

Val

Ala

Tyr

Phe Asn

Tyr

íle

Tyr

Asn

Phe

210

215

220

(2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 109:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 116 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix) ZNAK:
(A)	NÁZOV/KĽÚČ:	rôzne	znaky
(B)	UMIESTNENIE	1 ...	116

(xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 109:

Leu

Asn

Leu

His

Phe

Met

Lys

Gly

Phe

Val

Met

Ser

Gly

Leu

Arg

1

5

10

15

Phe

Ser

Cys

Val

Val

Val

Leu

Cys

Gly

Ala

Met

Val

Asn

Val

Ala

20

25

30

Ala

Gly

Pro

Lys

íle

Glu

Ala

Arg

Gly

Glu

Leu

Gly

Lys

Phe

Val

35

40

45

Gly

Ala

Val

Gly

Asn

Phe

Val

Gly

Asp

Lys

Met

Gly

Gly

Phe

Val

50

55

60

Gly

Ala

íle

Gly

Gly

Tyr

íle

Gly

Ser

Glu

Val

Gly

Asp

Arg

Val

65

70

75

Asp

Tyr

íle

Arg

Gly

Val

Asp

Arg

Glu

Pro

Gin

Asn

Lys

Glu

Pro

85

90

95

Thr

Pro

Arg

Glu

Pro

íle

Arg

Asp

Phe

Tyr

Asp

Tyr

Gly

Tyr

Ser

100

105

110

Thr

Val

Gly

Gly

Glu

Gin

Phe

Gly His Ala Trp 115 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 110

239 (i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 436 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 436 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 110:

Met

Ser

Arg

Asp

Phe

Lys

Phe

Asp

Ser

Asn

Tyr

Leu

Asn

Val

Asn

Thr

1

5

10

15

Asn

Pro

Lys

Leu

Gly

Pro

Val

Tyr

Thr

Asn

Gin

Asn

Tyr

Pro

Gly

Phe

20

25

30

Phe

íle

Phe

Asp

His

Leu

Arg

Arg

Tyr

Val

Met

Asn

Ala

Phe

Glu

Pro

35

40

45

Asn

Leu

Asn

Leu

Val

Val

Asn

Thr

Asn

Lys

Val

Lys

Gin

Thr

Phe

Asn

50

55

60

Val

Gly

Met

Arg

Phe

Met

Thr

Met

Asp

Met

Phe

íle

Arg

Ser

Asp

Gin

65

70

75

80

Ser

Thr

Cys

Glu

Lys

Thr

Asp

íle

íle

Asn

Gly

Val

Cys

His

Met

Pro

85

90

95

Pro

Tyr

Val

Leu

Ser

Lys

Thr

Pro

Asn

Asn

Asn

Gin

Glu

Met

Phe

Asn

100

105

110

Asn

Tyr

Thr

Ala

Val

Trp

Leu

Ser

Asp

Lys

íle

Glu

Phe

Phe

Asp

Ser

115

120

125

Lys

Leu

Val

íle

Thr

Pro

Gly

Leu

Arg

Tyr

Thr

Phe

Leu

Asn

Tyr

Asn

130

135

140

Asn

Lys

Glu

Pro

Glu

Lys

His

Asp

Phe

Ser

Val

Trp

Thr

Ser

Lys

Lys

145

150

155

160

Gin

Arg

Gin

Asn

Glu

Trp

Ser

Pro

Ala

Leu

Asn

íle

Gly

Tyr

Lys

Pro

165

170

175

Met

Glu

Asn

Trp

íle

Trp

Tyr

Ala

Asn

Tyr

Arg

Arg

Ser

Phe

íle

Pro

180

185

190

Pro

Gin

His

Thr

Met

Val

Gly

íle

Thr

Arg

Thr

Asn

Tyr

Asn

Gin

íle

240

Phe	Asn	195 Glu	íle	Glu	Val	Gly	200 Gin
Ser	210 Phe	Asn	Thr	Asn	Tyr	215 Phe	Val
225 Gly	Gly	Tyr	Ser	Pro	230 Gin	Pro	Val
Leu	Glu	Leu	Tyr	245 Tyr	Ala	Pro	íle
Tyr	Thr	Tyr	260 íle	Asp	Ala	Arg	íle
Tyr	Tyr	275 Phe	Thr	Gly	íle	Val	280 Asn
Arg	290 Leu	Pro	Tyr	Val	Ser	295 Pro	Asn
305 Thr	Tyr	Lys	His	Thr	310 Thr	Phe	Gly
Ala	Tyr	Ser	Ser	325 Met	Leu	Asn	Gin
Pro	Leu	Asn	340 Pro	Glu	Tyr	Thr	Gly
Val	Gly	355 Leu	Leu	Pro	Leu	Tyr	360 Phe
íle	370 Leu	Trp	Gin	Ser	Gly	375 Arg	His
385 Asn	Asn	Leu	Phe	Asn	390 Met	Lys	Tyr
Pro	Thr	Gly	Arg	405 Glu	Pro	Ala	Pro

420

Asn Tyr Glu Phe 435 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č.

(i)

205

Arg Tyr Ser Tyr Lys Asn Leu Leu 220 íle Phe Ala Lys Arg Tyr Tyr Ala 235 240

Asp Ala Arg Ser Gin Gly Val Glu

250 255

Arg Gly Leu Gin Phe His Val Ala 265 270

Thr Ser Asn Ala Asp Asp íle Ala

285

Lys Pro Phe Asp íle Lys Gly Lys 300

Gin Phe íle Phe Asp Met Met Tyr 315 320 íle Ser Ser Tyr Phe Tyr Ser Arg

330 335

Ala Lys Asp Gin Thr Val Cys Leu 345 350

Gly Leu Lys Tyr Gly Cys Asn Ser

365

Val Leu Asn Val Gin Val Ser Ser 380

Lys íle Thr Gly Ser Leu Gin íle 395 400

Tyr Phe Arg Gly íle Gly Thr Ser

410 415

Gly Arg Ser íle Thr Ala Tyr Leu 425 430

111:

CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE: (A) DĹŽKA (ii) (iii)

767 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna

TYP MOLEKULY: proteín

HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

241 (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 767 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 111:

Met

Lys

Arg

íle

Leu

Val

Ser

Leu

Ala

Val

Leu

Ser

His

Ser

Ala

His

1

5

10

15

Ala

Val

Lys

Thr

His

Asn

Leu

Glu

Arg

Val

Glu

Ala

Ser

Gly

Val

Ala

20

25

30

Asn

Asp

Lys

Glu

Ala

Pro

Leu

Ser

Trp

Arg

Ser

Lys

Glu

Val

Arg

Asn

35

40

45

Tyr

Met

Gly

Ser

Arg

Thr

Val

íle

Ser

Asn

Lys

Gin

Leu

Thr

Lys

Ser

50

55

60

Ala

Asn

Gin

Ser

íle

Glu

Glu

Ala

Leu

Gin

Asn

Val

Pro

Gly

Val

His

65

70

75

80

íle

Arg

Asn

Ser

Thr

Gly

íle

Gly

Ala

Val

Pro

Ser

íle

Ser

íle

Arg

85

90

95

Gly

Phe

Gly

Ala

Gly

Gly

Pro

Gly

His

Ser

Asn

Thr

Gly

Met

íle

Leu

100

105

110

Val

Asn

Gly

Íle

Pro

íle

Tyr

Val

Ala

Pro

Tyr

Val

Glu

íle

Gly

Thr

115

120

125

Val

íle

Phe

Pro

Val

Thr

Phe

Gin

Ser

Val

Asp

Arg

íle

Ser

Val

Thr

130

135

140

Lys

Gly

Gly

Glu

Ser

Val

Arg

Tyr

Gly

Pro

Asn

Ala

Phe

Gly

Gly

Val

145

150

155

160

íle

Asn

íle

íle

Thr

Lys

Gly

íle

Pro

Thr

Asn

Trp

Glu

Ser

Gin

Val

165

170

175

Ser

Glu

Arg

Thr

Thr

Phe

Trp

Gly

Lys

Ser

Glu

Asn

Gly

Gly

Phe

Phe

180

185

190

Asn

Gin

Asn

Ser

Lys

Asn

íle

Asp

Lys

Ser

Leu

Val

Asn

Asn

Met

Leu

195

200

205

Phe

Asn

Thr

Tyr

Leu

Arg

Thr

Gly

Gly

Met

Met

Asn

Lys

His

Phe

Gly

210

215

220

íle

Gin

Ala

Gin

Val

Asn

Trp

Leu

Lys

Gly

Gin

Gly

Phe

Arg

Tyr

Asn

225

230

235

240

Ser

Pro

Thr

Asp

íle

Gin

Asn

Tyr

Met

Leu

Asp

Ser

Leu

Tyr

Gin

íle

245

250

255

Asn

Asp

Ser

Asn

Lys

íle

Thr

Ala

Phe

Phe

Gin

Tyr

Tyr

Ser

Tyr

Phe

260

265

270

Leu

Thr

Asp

Pro

Gly

Ser

Leu

Gly

íle

Ala

Ala

Tyr

Asn

Gin

Asn

Arg

275

280

285

242

Phe

Gin

Asn

Asn

Arg

Pro

Asn

Asn

Asp

Lys

Ser

Gly

Arg

Ala

Lys

Arg

290

295

300

Trp

Gly

Ala

Val

Tyr

Gin

Asn

Phe

Phe

Gly

Asp

Thr

Asp

Arg

Val

Gly

305

310

315

320

Gly

Asp

Phe

Thr

Phe

Ser

Tyr

Tyr

Gly

His

Asp

Met

Ser

Arg

Asp

Phe

325

330

335

Lys

Phe

Asp

Ser

Asn

Tyr

Leu

Asn

Val

Asn

Thr

Asn

Pro

Lys

Leu

Gly

340

345

350

Pro

Val

Tyr

Thr

Asn

Gin

Asn

Tyr

Pro

Gly

Phe

Phe

íle

Phe

Asp

His

355

360

365

Leu

Arg

Arg

Tyr

Val

Met

Asn

Ala

Phe

Glu

Pro

Asn

Leu

Asn

Leu

Val

370

375

380

Val

Asn

Thr

Asn

Lys

Val

Lys

Gin

Thr

Phe

Asn

Val

Gly

Met

Arg

Phe

385

390

395

400

Met

Thr

Met

Asp

Met

Phe

íle

Arg

Ser

Asp

Gin

Ser

Thr

Cys

Glu

Lys

405

410

415

Thr

Asp

íle

íle

Asn

Gly

Val

Cys

His

Met

Pro

Pro

Tyr

Val

Leu

Ser

420

425

430

Lys

Thr

Pro

Asn

Asn

Asn

Gin

Glu

Met

Phe

Asn

Asn

Tyr

Thr

Ala

Val

435

440

445

Trp

Leu

Ser

Asp

Lys

íle

Glu

Phe

Phe

Asp

Ser

Lys

Leu

Val

íle

Thr

450

455

4 60

Pro

Gly

Leu

Arg

Tyr

Thr

Phe

Leu

Asn

Tyr

Asn

Asn

Lys

Glu

Pro

Glu

465

470

475

480

Lys

His

Asp

Phe

Ser

Val

Trp

Thr

Ser

Lys

Lys

Gin

Arg

Gin

Asn

Glu

485

490

4 95

Trp

Ser

Pro

Ala

Leu

Asn

íle

Gly

Tyr

Lys

Pro

Met

Glu

Asn

Trp

íle

500

505

510

Trp

Tyr

Ala

Asn

Tyr

Arg

Arg

Ser

Phe

íle

Pro

Pro

Gin

His

Thr

Met

515

520

525

Val

Gly

íle

Thr

Arg

Thr

Asn

Tyr

Asn

Gin

íle

Phe

Asn

Glu

íle

Glu

530

535

540

Val

Gly

Gin

Arg

Tyr

Ser

Tyr

Lys

Asn

Leu

Leu

Ser

Phe

Asn

Thr

Asn

545

550

555

560

Tyr

Phe

Val

íle

Phe

Ala

Lys

Arg

Tyr

Tyr

Ala

Gly

Gly

Tyr

Ser

Pro

565

570

575

Gin

Pro

Val

Asp

Ala

Arg

Ser

Gin

Gly

Val

Glu

Leu

Glu

Leu

Tyr

Tyr

580

585

590

Ala

Pro

íle

Arg

Gly

Leu

Gin

Phe

His

Val

Ala

Tyr

Thr

Tyr

íle

Asp

595

600

605

Ala

Arg

íle

Thr

Ser

Asn

Ala

Asp

Asp

íle

Ala

Tyr

Tyr

Phe

Thr

Gly

610

615

620

íle

Val

Asn

Lys

Pro

Phe

Asp

íle

Lys

Gly

Lys

Arg

Leu

Pro

Tyr

Val

625

630

635

640

243

Ser Pro

Asn Gin Phe 645

íle

Phe

Asp

Met Met Tyr Thr Tyr Lys His Thr

650

655

Thr

Phe

Gly

íle

Ser

Ser

Tyr

Phe

Tyr

Ser

Arg

Ala

Tyr

Ser

Ser

Met

660

665

670

Leu

Asn

Gin

Ala

Lys

Asp

Gin

Thr

Val

Cys

Leu

Pro

Leu

Asn

Pro

Glu

675

680

685

Tyr

Thr

Gly

Gly

Leu

Lys

Tyr

Gly

Cys

Asn

Ser

Val

Gly

Leu

Leu

Pro

690

695

700

Leu

Tyr

Phe

Val

Leu

Asn

Val

Gin

Val

Ser

Ser

íle

Leu

Trp

Gin

Ser

705

710

715

720

Gly

Arg

His

Lys

íle

Thr

Gly

Ser

Leu

Gin

íle

Asn

Asn

Leu

Phe

Asn

725

730

735

Met

Lys

Tyr

Tyr

Phe

Arg

Gly

íle

Gly

Thr

Ser

Pro

Thr

Gly

Arg

Glu

740

745

750

Pro

Ala

Pro

Gly

Arg

Ser

íle

Thr

Ala

Tyr

Leu

Asn

Tyr

Glu

Phe

755

760

765

(2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 112:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 115 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 115 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 112:

Leu

His

Pro

Leu

Cys

Ala

His

Gly

Gin

Cys

Gly

Ser

Glu

Ala

íle

Ala

1

5

10

15

Cys

Leu

Glu

Ala

íle

Ser

Val

Gly

íle

Val

Pro

Val

íle

Ala

Asn

Ser

20

25

30

Pro

Leu

Ser

Ala

Thr

Arg

Gin

Phe

Ala

Leu

Asp

Glu

Arg

Ser

Leu

Phe

35

40

45

Glu

Pro

Asn

Asn

Ala

Lys

Asp

Leu

Ser

Ala

Lys

íle

Asp

Trp

Trp

Leu

244

50

55

60

Glu

Asn

Lys

Leu

Glu

Arg

Glu

Arg

Met

Gin

Asn

Glu

Tyr

Ala

Lys

Ser

65

70

75

80

Ala

Leu

Asn

Tyr

Thr

Leu

Glu

Asn

Ser

Val

íle

Gin

íle

Glu

Lys

Val

85

90

95

Tyr

Glu

Glu

Ala

íle

Lys

Asp

Phe

Lys

Asn

Asn

Pro

Asn

Leu

Phe

Lys

100

105

110

Thr Leu Ser 115 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 113:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 389 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 389 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 113:

Met Val íle Val Leu Val Val Asp Ser Phe Lys Asp Thr Ser Asn Gly 15 10 15

Thr Ser Met Thr Ala Phe Arg Phe Phe Glu Ala Leu Lys Lys Arg Gly

25 30

His Ala Met Arg Val Val Ala Pro His Val Asp Asn Leu Gly Ser Glu

40 45

Glu Glu Gly Tyr Tyr Asn Leu Lys Glu Arg Tyr íle Pro Leu Val Thr

55 60

Glu íle Ser His Lys Gin His íle Leu Phe Ala Lys Pro Asp Glu Lys

70 75 80 íle Leu Arg Lys Ala Phe Lys Gly Ala Asp Met íle His Thr Tyr Leu

90 95

Pro Phe Leu Leu Glu Lys Thr Ala Val Lys íle Ala Arg Glu Met Arg

100 105 110

245

Val Pro Tyr íle	Gly Ser Phe His Leu Gin Pro Glu His	íle Ser Tyr
	115	120	125
Asn	Met Lys Leu	Gly Gin Phe Ser	Trp Leu Asn Thr Met	Leu Phe Ser
	130	135	140
Trp	Phe Lys Ser	Ser His Tyr Arg	Tyr íle His His íle	His Cys Pro
145		150	155	160
Ser	Lys Phe íle	Val Glu Glu Leu	Glu Lys Tyr Asn Tyr	Gly Gly Lys
		165	170	175
Lys	Tyr Ala íle	Ser Asn Gly Phe	Asp Pro Met Phe Lys	Phe Glu His
	180		185	190
Pro	Gin Lys Ser	Leu Phe Asp Thr	Thr Pro Phe Lys íle	Ala Met Val
	195	200	205
Gly	Arg Tyr Ser	Asn Glu Lys Asn	Gin Ser Val Leu íle	Lys Ala Val
	210	215	220
Ala	Leu Ser Arg	Tyr Lys Gin Asp	íle Val Leu Leu Leu	Lys Gly Lys
225		230	235	240
Gly	Pro Asp Glu	Lys Lys íle Lys	Leu Leu Ala Gin Lys	Leu Gly Val
		245	250	255
Lys	Thr Glu Phe	Gly Phe Val Asn	Ser His Glu Leu Leu	Glu íle Leu
	260		265	270
Lys	Thr Cys Thr	Leu Tyr Ala His	Thr Ala Asn Val Glu	Ser Glu Ala
	275	280	285
íle	Ala Cys Leu	Glu Ala íle Ser	Val Gly íle Val Pro	Val íle Ala
	290	295	300
Asn	Ser Pro Leu	Ser Ala Thr Arg	Gin Phe Ala Leu Asp	Glu Arg Ser
305		310	315	320
Leu	Phe Glu Pro	Asn Asn Ala Lys	Asp Leu Ser Ala Lys	íle Asp Trp
		325	330	335
Trp	Leu Glu Asn	Lys Leu Glu Arg	Glu Arg Met Gin Asn	Glu Tyr Ala
	340		345	350
Lys	Ser Ala Leu	Asn Tyr Thr Leu	Glu Asn Ser Val íle	Gin íle Glu
	355	360	365
Lys	Val Tyr Glu	Glu Ala íle Lys	Asp Phe Lys Asn Asn	Pro Asn Leu
	370	375	380
Phe	Lys Thr Leu	Ser
385
(2)	INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č.	114:

(i, CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 312 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna

246 (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A)	ORGANIZMUS:	Helicobacter pylori
(ix) ZNAK
(A)	NÁZOV/KĽÚČ:	rôzne znaky
(B)	UMIESTNENIE	1 ... 312

(xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 114:

Leu Ala 1

Ser Tyr Gly Phe Phe Leu Gly Ala Leu Phe íle Leu Ala

Ser

5

10

15

Gly

íle

Val

Cys

Leu

Gin

Thr

Ala

Gly

Asn

Pro

Phe

Val

Thr

Leu

Leu

20

25

30

Ser

Lys

Gly

Lys

Glu

Ala

Arg

Asn

Leu

Val

Leu

Val

Gin

Ala

Phe

Asn

35

40

45

Ser

Leu

Gly

Thr

Thr

Leu

Gly

Pro

íle

Phe

Gly

Ser

Leu

Leu

íle

Phe

50

55

60

Ser

Ala

Thr

Lys

Thr

Ser

Asp

Asn

Leu

Ser

Leu

íle

Asp

Lys

Leu

Ala

65

70

75

80

Asp

Ala

Lys

Ser

Val

Gin

Met

Pro

Tyr

Leu

Gly

Leu

Ala

Val

Phe

Ser

85

90

95

Leu

Leu

Leu

Ala

Leu

Val

Met

Tyr

Leu

Leu

Lys

Leu

Pro

Asp

Val

Glu

100

105

110

Lys

Glu

Met

Pro

Lys

Glu

Thr

Thr

Gin

Lys

Ser

Leu

Phe

Ser

His

Lys

115

120

125

His

Phe

Val

Phe

Gly

Ala

Leu

Gly

íle

Phe

Phe

Tyr

Val

Gly

Gly

Glu

130

135

140

Val

Ala

íle

Gly

Ser

Phe

Leu

Val

Leu

Ser

Phe

Glu

Lys

Leu

Leu

Asn

145

150

155

160

Leu

Asp

Ala

Gin

Ser

Ser

Ala

His

Tyr

Leu

Val

Tyr

Tyr

Trp

Gly

Gly

165

170

175

Ala

Met

Val

Gly

Arg

Phe

Leu

Gly

Ser

Ala

Leu

Met

Asn

Lys

íle

Ala

180

185

190

Pro

Asn

Lys

Tyr

Leu

Ala

Phe

Asn

Ala

Leu

Ser

Ser

íle

íle

Leu

íle

195

200

205

Ala

Leu

Ala

íle

Leu

íle

Gly

Gly

Lys

íle

Ala

Leu

Phe

Ala

Leu

Thr

210

215

220

Phe

Val

Gly

Phe

Phe

Asn

Ser

íle

Met

Phe

Pro

Thr

íle

Phe

Ser

Leu

225

230

235

240

Ala

Thr

Leu

Asn

Leu

Gly

His

Leu

Thr

Ser

Lys

Ala

Ser

Gly

Val

íle

247

245 250 255

Ser Met Ala íle Val Gly Gly Ala Leu íle Pro Pro íle Gin Gly Val

260

265

270

Val

Thr

Asp

Met

Leu

Thr

Ala

Thr

Glu

Ser

Asn

Leu

Leu

Tyr

Ala

Tyr

275

280

285

Ser

Val

Pro

Leu

Leu

Cys

Tyr

Phe

Tyr

íle

Leu

Phe

Phe

Ala

Leu

Lys

290

295

300

Gly

Tyr

Lys

Gin

Glu

Glu

Asn

Ser

305

310

(2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 115:

(1) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 407 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix) ZNAK:
(A)	NÁZOV/KĽÚČ:	rôzne znaky
(B)	UMIESTNENIE	1 ... 407

(xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 115:

Met

Gin

Lys

Thr

Ser

Asn

Thr

Leu

Ala

Leu

Gly

Ser

Leu

Thr

Ala

Leu

1

5

10

15

Phe

Phe

Leu

Met

Gly

Phe

íle

Thr

Val

Leu

Asn

Asp

íle

Leu

íle

Pro

20

25

30

His

Leu

Lys

Pro

íle

Phe

Asp

Leu

Thr

Tyr

Phe

Glu

Ala

Ser

Leu

íle

35

40

45

Gin

Phe

Cys

Phe

Phe

Gly

Ala

Tyr

Phe

íle

Met

Gly

Gly

Val

Phe

Gly

50

55

60

Asn

Val

íle

Ser

Lys

íle

Gly

Tyr

Pro

Phe

Gly

Val

Val

Leu

Gly

Phe

65

70

75

80

Val

íle

Thr

Ala

Ser

Gly

Cys

Ala

Leu

Phe

Tyr

Pro

Ala

Ala

His

Phe

85

90

95

Gly

Ser

Tyr

Gly

Phe

Phe

Leu

Gly

Ala

Leu

Phe

íle

Leu

Ala

Ser

Gly

100

105

110

248 íle Val Cys Leu Gin Thr Ala Gly Asn Pro Phe Val Thr Leu Leu Ser 115 120 125

Lys Gly Lys Glu Ala Arg Asn Leu Val Leu Val Gin Ala Phe Asn Ser

130 135 140

Leu Gly Thr Thr Leu Gly Pro íle Phe Gly Ser Leu Leu íle Phe Ser

145 150 155 160

Ala Thr Lys Thr Ser Asp Asn Leu Ser Leu íle Asp Lys Leu Ala Asp

165 170 175

Ala Lys Ser Val Gin Met Pro Tyr Leu Gly Leu Ala Val Phe Ser Leu

180 185 190

Leu Leu Ala Leu Val Met Tyr Leu Leu Lys Leu Pro Asp Val Glu Lys

195 200 205

Glu Met Pro Lys Glu Thr Thr Gin Lys Ser Leu Phe Ser Hls Lys His

210 215 220

Phe Val Phe Gly Ala Leu Gly íle Phe Phe Tyr Val Gly Gly Glu Val

225 230 235 240

Ala íle Gly Ser Phe Leu Val Leu Ser Phe Glu Lys Leu Leu Asn Leu

245 250 255

Asp Ala Gin Ser Ser Ala His Tyr Leu Val Tyr Tyr Trp Gly Gly Ala

260 265 270

Met Val Gly 275

Arg Phe Leu Gly Ser Ala Leu Met Asn Lys

íle

Ala

Pro

280

285

Asn

Lys

Tyr

Leu

Ala

Phe

Asn

Ala

Leu

Ser

Ser

íle

íle

Leu

íle

Ala

290

295

300

Leu

Ala

íle

Leu

íle

Gly

Gly

Lys

íle

Ala

Leu

Phe

Ala

Leu

Thr

Phe

305

310

315

320

Val

Gly

Phe

Phe

Asn

Ser

íle

Met

Phe

Pro

Thr

íle

Phe

Ser

Leu

Ala

325

330

335

Thr

Leu

Asn

Leu

Gly

His

Leu

Thr

Ser

Lys

Ala

Ser

Gly

Val

íle

Ser

340

345

350

Met

Ala

íle

Val

Gly

Gly

Ala

Leu

íle

Pro

Pro

íle

Gin

Gly

Val

Val

355

360

365

Thr

Asp

Met

Leu

Thr

Ala

Thr

Glu

Ser

Asn

Leu

Leu

Tyr

Ala

Tyr

Ser

370

375

380

Val

Pro

Leu

Leu

Cys

Tyr

Phe

Tyr

íle

Leu

Phe

Phe

Ala

Leu

Lys

Gly

385

390

395

400

Tyr

Lys

Gin

Glu

Glu

Asn

Ser

405

(2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 116:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 125 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina

249 (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 125 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 116:

Met 1	Asn	Lys	íle	Ala 5	Pro	Asn	Lys
Ser	íle	íle	Leu 20	íle	Ala	Leu	Ala
Leu	Phe	Ala 35	Leu	Thr	Phe	Val	Gly 40
Thr	íle 50	Phe	Ser	Leu	Ala	Thr 55	Leu
Ala 65	Ser	Gly	Val	íle	Ser 70	Met	Ala
Pro	íle	Gin	Gly	Val 85	Val	Thr	Asp
Leu	Leu	Tyr	Ala 100	Tyr	Ser	Val	Pro
Phe	Phe	Ala 115	Leu	Lys	Gly	Tyr	Lys 120

Tyr Leu Ala Phe Gly Ala Leu Ser 10 15 íle Leu íle Gly Gly Lys íle Ala

30

Phe Phe Asn Ser íle Met Phe Pro

Asn Leu Gly íle Ser Leu Leu Met 60 íle Val Gly Gly Ala Leu íle Pro 75 80

Met Leu Thr Ala Thr Glu Ser Asn 90 95

Leu Leu Cys Tyr Phe Tyr íle Leu 105 110

Gin Glu Glu Asn Ser

125 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 117:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 330 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

250 (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 330 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 117:

Leu

Lys

Lys

íle

Leu

Pro

Ala

Leu

Leu

Met

Gly

Phe

Val

Gly

Leu

Asn

1

5

10

15

Ala

Ser

Asp

Arg

Leu

Leu

Glu

íle

Met

Arg

Leu

Tyr

Gin

Lys

Gin

Gly

20

25

30

Leu

Glu

Val

Val

Gly

Gin

Lys

Leu

Asp

Ser

Tyr

Leu

Ala

Asp

Lys

Ser

35

40

45

Phe

Trp

Ala

Glu

Glu

Leu

Gin

Asn

Lys

Asp

Thr

Asp

Phe

Gly

Tyr

Tyr

50

55

60

Gin

Asn

Lys

Gin

Phe

Leu

Phe

Val

Ala

Asp

Lys

Ser

Lys

Pro

Ser

Leu

65

70

75

80

Glu

Phe

Tyr

Glu

íle

Glu

Asn

Asn

Met

Leu

Lys

Lys

íle

Asn

Ser

Ser

85

90

95

Lys

Ala

Leu

Val

Gly

Ser

Lys

Lys

Gly

Asp

Lys

Thr

Leu

Glu

Gly

Asp

100

105

110

Leu

Ala

Thr

Pro

íle

Gly

Val

Tyr

Arg

íle

Thr

Gin

Lys

Leu

Glu

Arg

115

120

125

Leu

Asp

Gin

Tyr

Tyr

Gly

Val

Leu

Ala

Phe

Val

Thr

Asn

Tyr

Pro

Asn

130

135

140

Leu

Tyr

Asp

Thr

Leu

Lys

Lys

Arg

Thr

Gly

His

Gly

íle

Trp

Val

His

145

150

155

160

Gly

Met

Pro

Leu

Asn

Gly

Asp

Arg

Asn

Glu

Leu

Asn

Thr

Lys

Gly

Cys

165

170

175

íle

Ala

íle

Glu

Asn

Pro

íle

Leu

Ser

Ser

Tyr

Asp

Lys

Val

Leu

Lys

180

185

190

Gly

Glu

Lys

Ala

Phe

Leu

íle

Thr

Tyr

Glu

Asp

Lys

Phe

Ser

Pro

Ser

195

200

205

Thr

Lys

Glu

Glu

Leu

Ser

Met

íle

Leu

Ser

Ser

Leu

Phe

Gin

Trp

Lys

210

215

220

Glu

Ala

Trp

Ala

Arg

Gly

Asp

Phe

Glu

Arg

Tyr

Met

Arg

Phe

Tyr

Asn

225

230

235

240

Pro

Asn

Phe

Thr

Arg

Tyr

Asp

Gly

Met

Ser

Phe

Asn

Ala

Phe

Lys

Glu

245

250

255

Tyr

Lys

Lys

Arg

Val

Phe

Ala

Lys

Asn

Glu

Lys

Lys

Asn

íle

Ala

Phe

260

265

270

Ser

Ser

íle

Asn

Val

íle

Pro

Tyr

Pro

Asn

Ser

Gin

Asn

Lys

Arg

Leu

275

280

285

251

Phe Tyr Val

Val

Phe

Asp Gin Asp Tyr Lys Ala Tyr Gin Gin Asn Lys

290

295

300

Leu

Ser

Tyr

Ser

Ser

Asn

Ser

Gin

Lys

Glu

Leu

Tyr

Val

Glu

íle

Glu

305

310

315

320

Asn

Asn

Gin

Ala

Ser

íle

íle

Met

Glu

Lys

325

330

(2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 118:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 169 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 169 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 118:

Leu

Phe

Glu

Lys

Trp

íle

Gly

Leu

Thr

Leu

Leu

Leu

Ser

Ser

Leu

Gly

1

5

10

15

Tyr

Pro

Cys

Gin

Lys

Val

Ser

íle

Ser

Phe

Lys

Gin

Tyr

Glu

Asn

Leu

20

25

30

íle

His

íle

His

Gin

Lys

Gly

Cys

Asn

Asn

Glu

Val

Val

Cys

Arg

Thr

35

40

45

Leu

íle

Ser

íle

Ala

Leu

Leu

Glu

Ser

Ser

Leu

Gly

Leu

Asn

Asn

Lys

50

55

60

Arg

Glu

Lys

Ser

Leu

Lys

Asp

Thr

Ser

Tyr

Ser

Met

Phe

His

íle

Thr

65

70

75

80

Leu

Asn

Thr

Ala

Lys

Lys

Phe

Tyr

Pro

Thr

Tyr

Ser

Lys

Thr

Leu

Leu

85

90

95

Lys

Thr

Lys

Leu

Leu

Asn

Asp

Val

Gly

Phe

Ala

íle

Gin

Leu

Ala

Lys

100

105

110

Gin

íle

Leu

Lys

Glu

Asn

Phe

Asp

Tyr

Tyr

His

Gin

Lys

His

Pro

Asn

115

120

125

Lys

Ser

Val

Tyr

Gin

Leu

Val

Gin

Met

Ala

íle

Gly

Ala

Tyr

Asn

Gly

252

130 135 140

Gly Met Lys His Asn Pro Asn Gly Ala Tyr Met Lys Lys Phe Arg Cys 145 150 155 160 íle Tyr Ser Gin Val Arg Tyr Asn Glu

165 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 119:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 215 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky

(B) UMIESTNENIE 1

215

(xi)

POPIS SEKVENCIE: Sekvencia

č. 119:

Met

Lys

Lys

Pro

Tyr

Arg

Lys

íle

Ser

Asp

Tyr

Ala

íle

Val

Gly

Gly

1

5

10

15

Leu

Ser

Ala

Leu

Val

Met

Val

Ser

íle

Val

Gly

Cys

Lys

Ser

Asn

Ala

20

25

30

Asp

Asp

Lys

Pro

Lys

Glu

Gin

Ser

Ser

Leu

Ser

Gin

Ser

Val

Gin

Lys

35

40

45

Gly

Ala

Phe

Val

íle

Leu

Glu

Glu

Gin

Lys

Asp

Lys

Ser

Tyr

Lys

Val

50

55

60

Val

Glu

Glu

Tyr

Pro

Ser

Ser

Arg

Thr

His

íle

Val

Val

Arg

Asp

Leu

65

70

75

80

Gin

Gly

Asn

Glu

Arg

Val

Leu

Ser

Asn

Glu

Glu

íle

Gin

Lys

Leu

íle

85

90

95

Lys

Glu

Glu

Glu

Ala

Lys

íle

Asp

Asn

Gly

Thr

Ser

Lys

Leu

Val

Gin

100

105

110

Pro

Asn

Asn

Gly

Gly

Ser

Asn

Glu

Gly

Ser

Gly

Phe

Gly

Leu

Gly

Ser

115

120

125

Ala

íle

Leu

Gly

Ser

Ala

Ala

Gly

Ala

íle

Leu

Gly

Ser

Tyr

íle

Gly

130

135

140

253

Asn

Lys

Leu

Phe

Asn

Asn

Pro

Asn

Tyr

Gin

Gin

Asn

Ala

Gin

Arg

Thr

145

150

155

160

Tyr

Lys

Ser

Pro

Gin

Ala

Tyr

Gin

Arg

Ser

Gin

Asn

Ser

Phe

Ser

Lys

165

170

175

Ser

Ala

Pro

Ser

Ala

Ser

Ser

Met

Gly

Thr

Ala

Ser

Lys

Gly

Gin

Ser

180

185

190

Gly

Phe

Phe

Gly

Ser

Ser

Arg

Pro

Thr

Ser

Ser

Pro

Ala

íle

Ser

Ser

195

200

205

Gly

Thr

Arg

Gly

Phe

Asn

Ala

210

215

(2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU č. 120:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 253 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 253 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 120:

Leu

Lys

Thr

Leu

Phe

Ser

Val

Tyr

Leu

Phe

Leu

Ser

Leu

Asn

Pro

Leu

1

5

10

15

Phe

Leu

Glu

Ala

Lys

Glu

íle

Thr

Trp

Ser

Gin

Phe

Leu

Glu

Asn

Phe

20

25

30

Lys

Asn

Lys

Asn

Glu

Asp

Asp

Lys

Pro

Lys

Pro

Leu

Thr

íle

Asp

Lys

35

40

45

Asn

Asn

Glu

Lys

Gin

Gin

íle

Leu

Asp

Lys

Asn

Gin

Gin

íle

Leu

Lys

50

55

60

Arg

Ala

Leu

Glu

Lys

Ser

Leu

Lys

Phe

Phe

Phe

íle

Phe

Gly

Tyr

Asn

65

70

75

80

Tyr

Ser

Gin

Ala

Ala

Tyr

Ser

Thr

Thr

Asn

Gin

Asn

Leu

Thr

Leu

Thr

85

90

95

Ala

Asn

Ser

íle

Gly

Phe

Asn

Thr

Ala

Thr

Gly

Leu

Glu

His

Phe

Leu

254

100

Arg	Asn	His 115	Pro	Lys	Val	Gly	Phe 120
Phe	His 130	Ser	Val	Ser	Leu	Ser 135	Gin
Tyr 145	Gly	Gly	Ala	Leu	Asp 150	Phe	Ser
Tyr	Arg	Phe	Arg	Ser 165	Tyr	Leu	Gly
Leu	Val	Asp	Thr 180	íle	Lys	Thr	Gly
Thr	Lys	Lys 195	Thr	Phe	Phe	Gin	Ala 200
Asp	Phe 210	íle	Gly	Tyr	Leu	Ser 215	Leu
Val 225	Arg	Asn	Val	Phe	Tyr 230	Thr	Tyr
Pro	Arg	Phe	Asn	Ala 245	Asn	Leu	Ser

105 Arg	íle	Phe	Ser	Val	110 Tyr	Asn	Tyr
Pro	Gin	íle	Leu	125 Met	Val	Gin	Asn
Trp	íle	Phe	140 Val	Asp	Lys	Lys	Thr
íle	Ala	155 Leu	Glu	Gin	Gly	Val	160 Leu
Ser	170 Phe	Thr	Thr	íle	íle	175 Pro	Arg
185 Pro	Leu	Arg	Phe	Gly	190 Phe	íle	Val
Gin	Leu	Gly	íle	205 Glu	Met	Pro	Leu
Asn	Asn	His	220 Gin	Glu	Arg	Phe	Lys
Leu	íle	235 Val	Ser	Phe			240

250 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č.

(i)

121:

CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA:

(B) (ii) (iii) (vi) (ix) (Xi)

336 aminokyselín TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna

TYP MOLEKULY: proteín

HYPOTETICKÁ: ÁNO

PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori

ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 336

POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 121:

Leu	Phe	Phe Lys	Phe	íle Leu Cys Leu Ser Leu Gly	íle	Phe Ala	Trp
1			5	10		15
Ala	Lys	Glu Val	íle	Pro Thr Pro Ser Thr Pro Leu	Thr	Pro Ser	Lys
		20		25		30

255

Arg

Tyr

Ser 35

íle Asn Leu Met Thr Glu Asn Asp Gly Tyr íle Asn Pro

40

45

Tyr

íle

Asp

Glu

Tyr

Tyr

Thr

Ala

Gly

Asn

Gin

íle

Gly

Phe

Ser

Thr

50

55

60

Lys

Glu

Phe

Asp

Phe

Ser

Lys

Asn

Lys

Ala

Met

Lys

Trp

Ser

Ser

Tyr

65

70

75

80

Leu

Gly

Phe

Phe

Asn

Lys

Ser

Pro

Arg

Val

Thr

Arg

Phe

Gly

íle

Ser

85

90

95

Leu

Ala

Gin

Asp

Met

Tyr

Thr

Pro

Ser

Leu

Ala

Asn

Arg

Lys

Leu

Val

100

105

110

His

Leu

His

Asp

Asn

His

Pro

Tyr

Gly

Gly

Tyr

Leu

Arg

Val

Asn

Leu

115

120

125

Asn

Val

Tyr

Asn

Arg

His

Gin

Thr

Phe

Met

Glu

Leu

Phe

Thr

íle

Ser

130

135

140

Leu

Gly

Thr

Thr

Gly

Gin

Asp

Ser

Leu

Ala

Ala

Gin

Thr

Gin

Arg

Leu

145

150

155

160

íle

His

Lys

Trp

Gly

His

Asp

Pro

Gin

Phe

Tyr

Gly

Trp

Asn

Thr

Gin

165

170

175

Leu

Lys

Asn

Glu

Phe

íle

Phe

Glu

Leu

His

Tyr

Gin

Leu

Leu

Lys

Lys

180

185

190

Val

Pro

Leu

Leu

Lys

Thr

Arg

Phe

Phe

Ser

Met

Glu

Leu

Met

Pro

Gly

195

200

205

Phe

Asn

Val

Glu

Leu

Gly

Asn

Ala

Arg

Asp

Tyr

Phe

Gin

Leu

Gly

Ser

210

215

220

Leu

Phe

Arg

Ala

Gly

Tyr

Asn

Leu

Asp

Ala

Asp

Tyr

Gly

Val

Asn

Lys

225

230

235

240

Val

Asn

Thr

Ala

Phe

Asp

Gly

Gly

Met

Pro

Tyr

Ser

Asp

Lys

Phe

Ser

245

250

255

íle

Tyr

Phe

Phe

Ala

Gly

Ala

Phe

Gly

Arg

Phe

Gin

Pro

Leu

Asn

íle

260

265

270

Phe

íle

Gin

Gly

Asn

Ser

Pro

Glu

Thr

Arg

Gly

íle

Ala

Asn

Leu

Glu

275

280

285

Tyr

Phe

Val

Tyr

Ala

Ser

Glu

íle

Gly

Ala

Ala

Met

Met

Trp

Arg

Ser

290

295

300

Leu

Arg

Val

Ala

Phe

Thr

íle

Thr

Asp

íle

Ser

Lys

Thr

Phe

Gin

Ser

305

310

315

320

Gin

Pro

Lys

His

His

Gin

íle

Gly

Thr

Leu

Glu

Leu

Asn

Phe

Ala

Phe

325

330

335

(2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 122:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 108 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina

256 (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A)	ORGANIZMUS:	Helicobacter pylori
(ix) ZNAK
(A)	NÁZOV/KĽÚČ:	rôzne znaky
(B)	UMIESTNENIE	1 ... 108

(xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia £. 122:

Met 1

Lys

Pro íle Phe Ser Leu Phe Phe Leu Leu íle Val Leu Lys Ala

5

10

15

His

Pro

íle

Asn

Pro

Leu

Leu

Glu

Pro

Leu

Tyr

Phe

Pro

Ser

Tyr

Thr

20

25

30

Gin

Phe

Leu

Asp

Leu

Glu

Pro

His

Phe

Val

íle

Lys

Lys

Lys

Arg

Ala

35

40

45

Tyr

Arg

Pro

Phe

Gin

Trp

Gly

Asn

Thr

íle

íle

íle

Lys

Arg

His

Asp

50

55

60

Leu

Glu

Glu

Arg

Gin

Ser

Asn

Gin

Pro

Ser

Asp

íle

Phe

Arg

Gin

Asn

65

70

75

80

Ala

Glu

íle Asn

Val 85

Ser Ser Gin Thr

Phe 90

Leu Arg Gly íle

Ser Ser 95

Ala

Ser

Ser

Arg

íle

Val

íle

Asp

Ser

Val

Ala

Gin

100

105

(2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 123:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 195 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori

257 (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 195 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia £. 123:

Met 1

Ser

Asn Asn

Pro 5

Phe Lys

Lys Val Gly Met 10

íle Ser Ser

Gin 15

Asn

Asn

Asn

Gly

Ala

Leu

Asn

Gly

Leu

Gly

Val

Gin

Val

Gly

Tyr

Lys

Gin

20

25

30

Phe

Phe

Gly

Glu

Ser

Lys

Arg

Trp

Gly

Leu

Arg

Tyr

Tyr

Gly

Phe

Phe

35

40

45

Asp

Tyr

Asn

His

Gly

Tyr

íle

Lys

Ser

Ser

Phe

Phe

Asn

Ser

Ser

Ser

50

55

60

Asp

íle

Trp

Thr

Tyr

Gly

Gly

Gly

Ser

Asp

Leu

Leu

Val

Asn

Phe

íle

65

70

75

80

Asn

Asp

Ser

íle

Thr

Arg

Lys

Asn

Asn

Lys

Leu

Ser

Val

Gly

Leu

Phe

85

90

95

Gly

Gly

íle

Gin

Leu

Ala

Gly

Thr

Thr

Trp

Leu

Asn

Ser

Gin

Tyr

Met

100

105

110

Asn

Leu

Thr

Ala

Phe

Asn

Asn

Pro

Tyr

Ser

Ala

Lys

Val

Asn

Ala

Ser

115

120

125

Asn

Phe

Gin

Phe

Leu

Phe

Asn

Leu

Gly

Leu

Arg

Thr

Asn

Leu

Ala

Thr

130

135

140

Ala

Lys

Lys

Lys

Asp

Ser

Glu

Arg

Ser

Ala

Gin

His

Gly

Val

Glu

Leu

145

150

155

160

Gly

íle

Lys

íle

Pro

Thr

Íle

Asn

Thr

Asn

Tyr

Tyr

Ser

Phe

Leu

Gly

165

170

175

Thr

Lys

Leu

Glu

Tyr

Arg

Arg

Leu

Tyr

Ser

Val

Tyr

Leu

Asn

Tyr

Val

180

185

190

Phe

Ala

Tyr

195 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 124:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 227 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO

258 (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

	(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAK: (A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B, UMIESTNENIE 1 ... 227
(xi)	POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 124:

Val

Arg

Phe

Gly

Lys

íle

Asp

Tyr

Leu

Asn

Met

Leu

Pro

Phe

Asp

Val

1

5

10

15

Phe

íle

Lys

Ser

Tyr

Pro

Thr

Pro

Cys

Tyr

Phe

Lys

Gin

Phe

Leu

Arg

20

25

30

Leu

Lys

Lys

Thr

Tyr

Pro

Ser

Lys

Leu

Asn

Glu

Ser

Phe

Leu

Phe

Arg

35

40

45

Arg

íle

Asp

Ala

Gly

Phe

íle

Ser

Ser

íle

Ala

Gly

Tyr

Pro

Phe

Ala

50

55

60

Leu

Cys

Ser

Tyr

Ser

Leu

Gly

íle

Val

Ala

Tyr

Lys

Glu

Val

Leu

Ser

65

70

75

80

Val

Leu

Val

Val

Asn

Arg

Glu

Asn

Ala

Phe

Asp

Lys

Glu

Ser

Ala

Ser

85

90

95

Ser

Asn

Ala

Leu

Ser

Lys

Val

Leu

Gly

Leu

Lys

Gly

Glu

Val

Leu

íle

100

105

110

Gly

Asn

Lys

Ala

Leu

Gin

Phe

Tyr

Tyr

Ser

Asn

Pro

Lys

Lys

Asp

Phe

115

120

125

íle

Asp

Leu

Ala

Ala

Leu

Trp

Tyr

Glu

Lys

Lys

Arg

Leu

Pro

Phe

Val

130

135

140

Phe

Gly

Arg

Leu

Cys

Tyr

Tyr

Gin

Asn

Lys

Asp

Phe

Tyr

Lys

Arg

Leu

145

150

155

160

Ser

Leu

Ala

Phe

Lys

His

Gin

Lys

Thr

Lys

íle

Pro

His

Tyr

íle

Leu

165

170

175

Lys

Glu

Ala

Ala

Leu

Lys

Thr

Asn

Leu

Lys

Arg

Gin

Asp

íle

Leu

Asn

180

185

190

Tyr

Leu

Gin

Lys

íle

Tyr

Tyr

Thr

Leu

Gly

Lys

Lys

Glu

Gin

Ser

Gly

195

200

205

Leu

Lys

Ala

Phe

Tyr

Arg

Glu

Leu

Leu

Phe

Lys

Arg

íle

Gin

Lys

Pro

210

215

220

Lys

Arg

Phe

225 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 125:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 305 aminokyselín

259 (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi, PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 305 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 125:

Met 1	Gly	Arg	íle	Glu 5	Ser	Lys	Lys
Ala	Ser	Leu	Gly 20	Val	Leu	Trp	Gly
Phe	Lys	Thr 35	Lys	Asn	His	íle	Tyr 40
Ala	Thr 50	Thr	Arg	Thr	Ser	Met 55	Trp
Thr 65	Cys	Pro	Ser	Ser	Val 70	Cys	Tyr
Lys	Gly	Gly	Lys	Asn 85	Leu	Ser	Tyr
Ala	Phe	Asp	Lys 100	Tyr	His	íle	Leu
Glu	Tyr	Ala 115	Lys	Ala	Gin	Leu	Gly 120
Leu	Ser 130	Gin	Ala	Asn	Tyr	Asn 135	Pro
Thr 145	Ser	Asn	Ala	Gin	Gly 150	Ser	Leu
Gin	Asp	Phe	Leu	Phe 165	Asn	Asn	Gly
Val	Asn	Met	Phe 180	Val	Asn	Leu	Pro
Leu	Lys	Thr 195	Glu	Lys	Met	Leu	Phe 200
Gly	Gly 210	Val	Glu	Tyr	Ala	íle 215	Leu

Arg	Leu 10	Lys	Ala	Leu	íle	Phe 15	Leu
Asn 25	Ala	Ala	Glu	Lys	Thr 30	Pro	Phe
Leu	Gly	Phe	Arg	Leu 45	Gly	Thr	Gly
Gin	Gin	Ala	Tyr 60	Lys	Asp	Asn	Pro
Gly	Glu	Lys 75	Leu	Glu	Ala	His	Tyr 80
Thr	Gly 90	Gin	íle	Gly	Asp	Glu 95	íle
Gly 105	Leu	Arg	Val	Trp	Gly 110	Asp	Val
Gin	Lys	Val	Gly	Gly 125	Asn	Thr	Leu
Ser	Ala	íle	Lys 140	Thr	Tyr	Asp	Pro
Val	Leu	Gin 155	Lys	Thr	Pro	Ser	Pro 160
His	Phe 170	Met	Ala	Phe	Gly	Leu 175	Asn
íle 185	Asp	Thr	Leu	Leu	Lys 190	Leu	Ala
Phe	Lys	íle	Gly	Val 205	Phe	Gly	Gly
Trp	Ser	Pro	Gin 220	Tyr	Lys	Asn	Gin

260

Asn

Thr

His

Gin

Asp

Asp

Lys

Phe

Phe

Ala

Ala

Gly

Gly

Gly

Phe

Phe

225

230

235

240

Val

Asn

Phe

Gly

Gly

Ser

Leu

Tyr

íle

Gly

Lys

Arg

Asn

Arg

Phe

Asn

245

250

255

Val

Gly

Leu

Lys

íle

Pro

Tyr

Tyr

Ser

Leu

Ser

Ala

Gin

Ser

Trp

Lys

260

265

270

Asn

Phe

Gly

Ser

Ser

Asn

Val

Trp

Gin

Gin

Gin

Thr

íle

Arg

Gin

Asn

275

280

285

Phe

Ser

Val

Phe

Arg

Asn

Lys

Glu

Val

Phe

Val

Ser

Tyr

Ala

Phe

Leu

290

295

300

Phe

305

(2)

INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č.

126:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 258 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix) ZNAK
(A)	NÁZOV/KĽÚČ:	rôzne znaky
(B)	UMIESTNENIE	1 ... 258

(xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 126:

Met

Phe

Leu

Arg

Ser

Tyr

Pro

Lys

Leu

Arg

Tyr

Ala

Leu

Cys

Leu

Pro

1

5

10

15

Leu

Leu

Thr

Glu

Thr

Cys

Tyr

Ser

Glu

Glu

Arg

Thr

Leu

Asn

Lys

Val

20

25

30

Thr

Thr

Gin

Ala

Lys

Arg

íle

Phe

Thr

Tyr

Asn

Asn

Glu

Phe

Lys

Val

35

40

45

Thr

Ser

Lys

Glu

Leu

Asp

Gin

Arg

Gin

Ser

Asn

Glu

Val

Lys

Asp

Leu

50

55

60

Phe

Arg

Thr

Asn

Pro

Asp

Val

Asn

Val

Gly

Gly

Gly

Ser

Val

Met

Gly

65

70

75

80

Gin

Lys

íle

Tyr

Val

Arg

Gly

íle

Glu

Asp

Arg

Leu

Leu

Arg

Val

Thr

261

	85	90	95
Val Asp Gly Ala	Ala Gin	Asn Gly Asn íle Tyr His His Gin	Gly Asn
100		105 110
Thr Val íle Asp	Pro Gly	Met Leu Lys Ser Val Glu Val Thr	Lys Gly
115		120 125
Ala Ala Asn Ala	Ser Ala	Gly Pro Gly Ala íle Ala Gly Val	íle Lys
130		135 140
Met Glu Thr Lys	Gly Ala	Ala Asp Phe íle Pro Arg Gly Lys	Asn Tyr
145	150	155	160
Ala Ala Ser Gly	Ala Val	Ser Phe Tyr Thr Asn Phe Gly Asp	Arg Glu
	165	170	175
Thr Phe Arg Ser	Ala Tyr	Gin Ser Ala His Phe Asp íle íle	Ala Tyr
180		185 190
Tyr Thr His Gin	Asn íle	Phe Tyr Tyr Arg Ser Gly Ala Thr	Val Met
195		200 205
Lys Asn Leu Phe	Lys Pro	Thr Gin Ala Asp Lys Glu Pro Gly	Thr Pro
210		215 220
Ser Glu Gin Asn	Asn Ala	Leu íle Lys Met Asn Gly Tyr Leu	Ser Asp
225	230	235	240
Arg Asp Thr Leu	Thr Phe	Ser Trp Asn Met Thr Arg Asp Asn	Ala Thr
	245	250	255
Arg Leu
(2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 127:
(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 192 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 192 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 127:

262

Met

Phe

Leu

Arg

Ser

Tyr

Pro

Lys

Leu

Arg

Tyr

Ala

Leu

Cys

Leu

Pro

1

5

10

15

Leu

Leu

Thr

Glu

Thr

Cys

Tyr

Ser

Glu

Glu

Arg

Thr

Leu

Asn

Lys

Val

20

25

30

Thr

Thr

Gin

Ala

Lys

Arg

íle

Phe

Thr

Tyr

Asn

Asn

Glu

Phe

Lys

Val

35

40

45

Thr

Ser

Lys

Glu

Leu

Asp

Gin

Arg

Gin

Ser

Asn

Glu

Val

Lys

Asp

Leu

50

55

60

Phe

Arg

Thr

Asn

Pro

Asp

Val

Asn

Val

Gly

Gly

Gly

Ser

Val

Met

Gly

65

70

75

80

Gin

Lys

íle

Tyr

Val

Arg

Gly

íle

Glu

Asp

Arg

Leu

Leu

Arg

Val

Thr

85

90

95

Val

Asp

Gly

Ala

Ala

Gin

Asn

Gly

Asn

íle

Tyr

His

His

Gin

Gly

Asn

100

105

110

Thr

Val

íle

Asp

Pro

Gly

Met

Leu

Lys

Ser

Val

Glu

Val

Thr

Lys

Gly

115

120

125

Ala

Ala

Asn

Ala

Ser

Ala

Gly

Pro

Gly

Ala

íle

Ala

Gly

Val

íle

Lys

130

135

140

Met

Glu

Thr

Lys

Gly

Ala

Ala

Asp

Phe

íle

Pro

Arg

Gly

Lys

Asn

Tyr

145

150

155

160

Ala

Ala

Ser

Gly

Ala

Val

Ser

Phe

Tyr

Thr

Asn

Phe

Gly Asp

Arg

Glu

165

170

175

Thr

Phe

Arg

Ser

Ala

Tyr

Gin

Ser

Ala

His

Phe

Asp

íle

íle

Ala

Tyr

180

185

190

(2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 128:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 126 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A)	ORGANIZMUS:	Helicobacter pylori
(ix) ZNAK
(A)	NÁZOV/KĽÚČ:	rôzne znaky
(B)	UMIESTNENIE	1 ... 126

(xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 128:

263

Val

Pro

Leu

Ser

Leu

Gly

Gly

Asn

Leu

Leu

Asn

Pro

Asn

Asn

Ser

Ser

1

5

10

15

Val

Leu

Asn

Leu

Lys

Asn

Ser

Gin

Leu

Val

Phe

Ser

Asp

Gin

Gly

Ser

20

25

30

Leu

Asn

íle

Ala

Asn

Íle

Asp

Leu

Leu

Ser

Asp

Leu

Asn

Gly

Asn

Lys

35

40

45

Asn

Arg

Val

Tyr

Asn

íle

íle

Gin

Ala

Asp

Met

Asn

Gly

Asn

Trp

Tyr

50

55

60

Glu

Arg

íle

Asn

Phe

Phe

Gly

Met

Arg

íle

Asn

Asp

Gly

íle

Tyr

Asp

65

70

75

80

Ala

Lys

Asn

Gin

Thr

Tyr

Ser

Phe

Thr

Asn

Pro

Leu

Asn

Asn

Ala

Val

85

90

95

Lys

Phe

Thr

Glu

Ser

Phe

Phe

íle

His

Arg

Leu

Cys

Gly

Ser

Leu

Ser

100

105

110

Gin

íle

Gin

Lys

Lys

Lys

Asn

Thr

íle

Val

Ser

Pro

Arg

Leu

115

120

125

(2)

INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č.

129:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 565 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 565 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 129:

Val

Tyr

Ser

Tyr

Ser

Asp

Asp

Ala

Gin

Gly

Val

Phe

Tyr

Leu

Thr

Ser

1

5

10

15

Ser

Val

Lys

Gly

Tyr

Tyr

Asn

Pro

Asn

Gin

Ser

Tyr

Gin

Ala

Ser

Gly

20

25

30

Ser

Asn

Asn

Thr

Thr

Lys

Asn

Asn

Asn

Leu

Thr

Ser

Glu

Ser

Ser

Val

35

40

45

264

íle

Ser

Gin

Thr

Tyr

Asn

Ala

Gin

Gly

Asn

Pro

íle

Ser

Ala

Leu

His

50

55

60

Val

Tyr

Asn

Lys

Gly

Tyr

Asn

Phe

Ser

Asn

íle

Lys

Ala

Leu

Gly

Gin

65

70

75

80

Met

Ala

Leu

Lys

Leu

Tyr

Pro

Glu

íle

Lys

Lys

íle

Leu

Gly

Asn

Asp

85

90

95

Phe

Ser

Leu

Ser

Ser

Leu

Ser

Asn

Leu

Lys

Gly

Asp

Ala

Leu

Asn

Gin

100

105

110

Leu

Thr

Lys

Leu

íle

Thr

Pro

Ser

Asp

Trp

Lys

Asn

íle

Asn

Glu

Leu

115

120

125

íle

Asp

Asn

Ala

Asn

Asn

Ser

Val

Val

Gin

Asn

Phe

Asn

Asn

Gly

Thr

130

135

140

Leu

íle

íle

Gly

Ala

Thr

Lys

íle

Gly

Gin

Thr

Asp

Thr

Asn

Ser

Ala

145

150

155

160

Val

Val

Phe

Gly

Gly

Leu

Gly

Tyr

Gin

Lys

Pro

Cys

Asp

Tyr

Thr

Asp

165

170

175

íle

Val

Cys

Gin

Lys

Phe

Arg

Gly

Thr

Tyr

Leu

Gly

Gin

Leu

Leu

Glu

180

185

190

Ser

Asn

Ser

Ala

Asp

Leu

Gly

Tyr

íle

Asp

Thr

Thr

Phe

Asn

Ala

Lys

195

200

205

Glu

íle

Tyr

Leu

Thr

Gly

Thr

Leu

Gly

Ser

Gly

Asn

Ala

Trp

Gly

Thr

210

215

220

Gly

Gly

Ser

Ala

Ser

Val

Thr

Phe

Asn

Ser

Gin

Thr

Ser

Leu

íle

Leu

225

230

235

240

Asn

Gin

Ala

Asn

íle

Val

Ser

Ser

Gin

Thr

Asp

Gly

íle

Phe

Ser

Met

245

250

255

Leu

Gly

Gin

Glu

Gly

íle

Asn

Lys

Val

Phe

Asn

Gin

Ala

Gly

Leu

Ala

260

265

270

Asn

íle

Leu

Gly

Glu

Val

Ala

Met

Gin

Ser

íle

Asn

Lys

Ala

Gly

Gly

275

280

285

Leu

Gly

Asn

Leu

íle

Val

Asn

Thr

Leu

Gly

Ser

Asp

Ser

Val

íle

Gly

290

295

300

Gly

Tyr

Leu

Thr

Pro

Glu

Gin

Lys

Asn

Gin

Thr

Leu

Ser

Gin

Leu

Leu

305

310

315

320

Gly

Gin

Asn

Asn

Phe

Asp

Asn

Leu

Met

Asn

Asp

Ser

Gly

Leu

Asn

Thr

325

330

335

Ala

íle

Lys

Asp

Leu

íle

Arg

Gin

Lys

Leu

Gly

Phe

Trp

Thr

Gly

Leu

340

345

350

Val

Gly

Gly

Leu

Ala

Gly

Leu

Gly

Gly

íle

Asp

Leu

Gin

Asn

Pro

Glu

355

360

365

Lys

Leu

íle

Gly

Ser

Met

Ser

íle

Asn

Asp

Leu

Leu

Ser

Lys

Lys

Gly

370

375

380

Leu

Phe

Asn

Gin

íle

Thr

Gly

Phe

íle

Ser

Ala

Asn

Asp

íle

Gly

Gin

385

390

395

400

265

Val

íle

Ser

Val Met 405

Leu

Gin Asp

íle

Val Lys 410

Pro Ser

Asp Ala Leu 415

Lys

Asn

Asp

Val

Ala

Ala

Leu

Gly

Lys

Gin

Met

íle

Gly

Glu

Phe

Leu

420

425

430

Gly

Gin

Asp

Thr

Leu

Asn

Ser

Leu

Glu

Ser

Leu

Leu

Gin

Asn

Gin

Gin

435

440

445

íle

Lys

Ser

Val

Leu

Asp

Lys

Val

Leu

Ala

Ala

Lys

Gly

Leu

Gly

Ser

450

455

460

íle

Tyr

Glu

Gin

Gly

Leu

Gly

Asp

Leu

íle

Pro

Asn

Leu

Gly

Lys

Lys

465

470

475

480

Gly

íle

Phe

Ala

Pro

Tyr

Gly

Leu

Ser

Gin

Val

Trp

Gin

Lys

Gly

Asp

485

4 90

495

Phe

Ser

Phe

Asn

Ala

Gin

Gly

Asn

Val

Phe

Val

Gin

Asn

Ser

Thr

Phe

500

505

510

Ser

Asn

Ala

Asn

Gly

Gly

Thr

Leu

Ser

Phe

Asn

Ala

Gly

Asn

Ser

Leu

515

520

525

íle

Phe

Ala

Gly

Asn

Asn

His

íle

Ala

Phe

Thr

Asn

His

Ser

Gly

Thr

530

535

540

Leu

Asn

Leu

Leu

Ser

Asn

Gin

Val

Ser

Asn

íle

Asn

Val

Thr

Met

Leu

545

550

555

560

Asn

Ala

Ala

Thr

Ala

565 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 130:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 172 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

	(A)	ORGANIZMUS:	Helicobacter pylori
(ix)	ZNAK:
	(A)	NÁZOV/KĽÚČ:	rôzne znaky
	(B)	UMIESTNENIE	1 ... 172
(xi)	POPIS	i SEKVENCIE:	Sekvencia č. 130:

Val Phe Gly Leu Ser Leu Ala Asp Met íle Leu Glu Arg Phe Lys Asp

266

10 15

Phe Met Arg Glu

Tyr

Pro Glu Pro Tyr Lys 25

Phe Leu Gin

Val 30

Phe

Tyr

20

Ala

Gin

Glu

Lys

Glu

Arg

Phe

Leu

Asn

His

Lys

Met

Asn

Asp

Tyr

íle

35

40

45

Lys

Gin

Asn

Lys

Ser

Lys

Glu

Glu

Ala

Ser

íle

Leu

Ala

Arg

Gin

Gly

50

55

60

Phe

Val

Ser

Val

íle

Gly

Arg

Ala

Leu

Glu

Lys

íle

íle

Glu

Leu

Leu

65

70

75

80

Leu

Lys

Asp

Phe

Cys

íle

Lys

Asn

Asn

Val

Lys

Met

Thr

Asn

Asp

Lys

85

90

95

Thr

Leu

Arg

Ala

Lys

Arg

íle

Asn

Gly

Glu

Leu

Asp

Lys

Val

Lys

Arg

100

105

110

Ala

Leu

Leu

Val

His

Phe

Gly

Gly

Tyr

Ser

Val

Leu

Pro

Asp

íle

íle

115

120

125

Leu

Tyr

Gin

Thr

Asn

Lys

Asp

Asn

íle

Lys

íle

Leu

Ala

íle

Leu

Ser

130

135

140

Val

Lys

Asn

Ser

Phe

Arg

Glu

Arg

Phe

Thr

Lys

Asp

Ala

Leu

Leu

Glu

145

150

155

160

íle

Lys

Thr

Phe

Ala

íle

Ala

Cys

Asn

Phe

Ser

His

165 170 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 131:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 331 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 331

	(xi)	POPIS	SEKVENCIE: Sekvencia	č.	131:
Met	Lys	Arg Phe	Val Leu Phe Leu Leu	Phe	íle Cys	Val Cys Val Cys
1			5	10		15

267

Val

Gin

Ala Tyr Ala 20

Glu Gin Asp

Tyr Phe Phe Arg Asp Phe Lys Ser

25

30

íle

Asp

Leu

Pro

Gin

Lys

Leu

His

Leu

Asp

Lys

Lys

Leu

Ser

Gin

Thr

35

40

45

íle

Gin

Pro

Cys

Ala

Gin

Leu

Asn

Ala

Ser

Lys

His

Tyr

Thr

Ala

Thr

50

55

60

Gly

Val

Arg

Glu

Pro

Asp

Ala

Cys

Thr

Lys

Ser

Phe

Lys

Lys

Ser

Ala

65

70

75

80

Met

Val

Ser

Tyr

Asp

Leu

Ala

Leu

Gly

Tyr

Leu

Val

Ser

Gin

Asn

Lys

85

90

95

Pro

Tyr

Gly

Leu

Lys

Ala

íle

Glu

íle

Leu

Asn

Ala

Trp

Ala

Asn

Glu

100

105

110

Leu

Gin

Ser

Val

Asp

Thr

Tyr

Gin

Ser

Glu

Asp

Asn

íle

Asn

Phe

Tyr

115

120

125

Met

Pro

Tyr

Met

Asn

Met

Ala

Tyr

Trp

Phe

Val

Lys

Lys

Glu

Phe

Pro

130

135

140

Ser

Pro

Glu

Tyr

Glu

Asp

Phe

íle

Arg

Arg

Met

Arg

Gin

Tyr

Ser

Gin

145

150

155

160

Ser

Ala

Leu

Asn

Thr

Asn

His

Gly

Ala

Trp

Gly

íle

Leu

Phe

Asp

Val

165

170

175

Ser

Ser

Ala

Leu

Ala

Leu

Asp

Asp

His

Ala

Leu

Leu

Gin

Ser

Ser

Ala

180

185

190

Asn

Arg

Trp

Gin

Glu

Trp

Val

Phe

Lys

Ala

íle

Asp

Glu

Asn

Gly

Val

195

200

205

íle

Ala

Ser

Ala

íle

Thr

Arg

Ser

Asp

Thr

Ser

Asp

Tyr

His

Gly

Gly

210

215

220

Pro

Thr

Lys

Gly

íle

Lys

Gly

íle

Ala

Tyr

Thr

Asn

Phe

Ala

Leu

Leu

225

230

235

240

Ala

íle

Thr

íle

Ser

Gly

Glu

Leu

Leu

Phe

Glu

Asn

Gly

Tyr

Asp

Leu

245

250

255

Trp

Gly

Ser

Gly

Ala

Gly

Gin

Arg

Leu

Ser

Val

Ala

Tyr

Asn

Lys

Ala

260

265

270

Ala

Thr

Trp

íle

Leu

Asn

Pro

Glu

Thr

Phe

Pro

Tyr

Phe

Gin

Pro

Asn

275

280

285

Leu

íle

Gly

Val

His

Asn

Asn

Ala

Tyr

Phe

íle

íle

Leu

Ala

Lys

His

290

295

300

Tyr

Ser

Ser

Pro

Ser

Ala

Asp

Glu

Leu

Leu

Glu

Gin

Gly

Asp

Leu

His

305

310

315

320

Glu

Asp

Gly

Phe

Arg

Leu

Lys

Leu

Arg

Ser

Pro

325 330 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 132:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

268 (A) DĹŽKA: 128 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A)	ORGANIZMUS:	Helicobacter pylori
(ix) ZNAK:
(A)	NÁZOV/KĽÚČ:	rôzne znaky
(B)	UMIESTNENIE	1 ... 128

(xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 132:

Met

Arg

Gin

Tyr

Ser

Gin

Ser

Ala

Leu

Asn

Thr

Asn

His

Gly

Ala

Trp

1

5

10

15

Gly

íle

Leu

Phe

Asp

Val

Ser

Ser

Ala

Leu

Ala

Leu

Asp

Asp

His

Ala

20

25

30

Leu

Leu

Gin

Ser

Ser

Ala

Asn

Arg

Trp

Gin

Glu

Trp

Val

Phe

Lys

Ala

35

40

45

íle

Asp

Glu

Asn

Gly

Val

íle

Ala

Ser

Ala

íle

Thr

Arg

Ser

Asp

Thr

50

55

60

Ser

Asp

Tyr

His

Gly

Gly

Pro

Thr

Lys

Gly

íle

Lys

Gly

íle

Ala

Tyr

65

70

75

80

Thr

Asn

Phe

Ala

Leu

Leu

Ala

íle

Thr

íle

Ser

Gly

Glu

Leu

Leu

Phe

85

90

95

Glu

Asn

Gly

Tyr

Asp

Leu

Trp

Gly

Ser

Gly

Ala

Gly

Gin

Arg

Leu

Ser

100

105

110

Val

Ala

Tyr

Asn

Lys

Ala

Ala

Thr

Trp

íle

Leu

Asn

Pro

Glu

Thr

Phe

115

120

125

(2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 133:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 245 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO

269 (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix) ZNAK
(A)	NÁZOV/KĽÚČ:	rôzne znaky
(B)	UMIESTNENIE	1 ... 245

(xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 133:

Leu Arg Thr Leu Leu

Lys

Met Leu Val

Gly Val Ser Leu Leu Thr His

1

5

10

15

Ala

Leu

Met

Ala

Thr

Glu

Glu

Ser

Ala

Ala

Pro

Ser

Trp

Thr

Lys

Asn

20

25

30

Leu

Tyr

Met

Gly

Phe

Asn

Tyr

Gin

Thr

Gly

Ser

íle

Asn

Leu

Met

Thr

35

40

45

Asn

íle

His

Glu

Val

Arg

Glu

Val

Thr

Ser

Tyr

Gin

Thr

Gly

Tyr

Thr

50

55

60

Asn

Val

Met

Thr

Ser

íle

Asn

Ser

Val

Lys

Lys

Leu

Thr

Asn

Met

Gly

65

70

75

80

Ser

Asn

Gly

íle

Gly

Leu

Val

Met

Gly

Tyr

Asn

His

Phe

Phe

His

Pro

85

90

95

Asp

Lys

Val

Leu

Gly

Leu

Arg

Tyr

Phe

Ala

Phe

Leu

Asp

Trp

Gin

Gly

100

105

110

Tyr

Gly

Met

Arg

Tyr

Pro

Lys

Gly

Tyr

Tyr

Gly

Gly

Asn

Asn

Met

íle

115

120

125

Thr

Tyr

Gly

Val

Gly

Val

Asp

Ala

íle

Trp

Asn

Phe

Phe

Gin

Gly

Ser

130

135

140

Phe

Tyr

Gin

Asp

Asp

íle

Gly

Val

Asp

íle

Gly

Val

Phe

Gly

Gly

íle

145

150

155

160

Ala

íle

Ala

Gly

Asn

Ser

Trp

Tyr

íle

Gly

Asn

Lys

Gly

Gin

Glu

Leu

165

170

175

Leu

Gly

íle

Thr

Asn

Ser

Ser

Ala

Val

Asp

Asn

Thr

Ser

Phe

Gin

Phe

180

185

190

Leu

Phe

Asn

Phe

Gly

Phe

Lys

Ala

Leu

Phe

Val

Asp

Glu

His

Glu

Phe

195

200

205

Glu

íle

Gly

Phe

Lys

Phe

Pro

Thr

Leu

Asn

Asn

Lys

Tyr

Tyr

Thr

Thr

210

215

220

Asp

Ala

Leu

Lys

Val

Gin

Met

Arg Ärg

Val

Phe

Ala

Phe

Tyr

Val

Gly

225

230

235

240

Tyr

Asn

Tyr

His

Phe

245

(2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 134:

270 (i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 290 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 290 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia £. 134:

Met	Phe	Glu	Glu	íle	Thr	Leu	Ala
1 Leu	Gin	Thr	Gin	5 Lys	íle	Val	Leu
Phe	Leu	Trp	20 Gin	His	Ala	Arg	Leu
Cys	Leu	35 Val	íle	Gin	Thr	Thr	40 Tyr
Tyr	50 Pro	íle	Gly	Lys	Arg	55 Pro	His
65 Leu	Glu	Lys	Asn	Leu	70 Arg	Phe	His
Asp	Leu	Lys	Asp	85 Asn	Phe	Val	Gly
Asp	Arg	Ser	100 Asp	Tyr	Val	Tyr	Ser
Gly	Lys	115 Lys	Tyr	His	Lys	Lys	120 Lys
Asn	130 His	Ala	Asn	Phe	Val	135 Tyr	Glu
145 Glu	Val	Leu	Glu	Ala	150 Ser	Lys	Ala
Asp	íle	Gly	Leu	165 íle	Asn	Glu	Asn
Asn	Tyr	Glu	180 Ser	Leu	Asp	Leu	Lys

His	Lys 10	Asp	Leu	Phe	Ser	Arg 15	Phe
Ser 25	Asp	Val	Ser	Phe	Thr 30	Asn	Cys
íle	Gin	Val	Ala	Val 45	íle	Arg	Asp
Glu	Asn	Gin	Lys 60	Pro	Phe	Tyr	Phe
Glu	Cys	Val 75	Lys	Glu	Leu	Leu	Glu 80
Ser	Leu 90	Thr	Leu	Glu	Gin	Lys 95	Asp
Val 105	Phe	Asp	Phe	Thr	Tyr 110	Asn	Arg
íle	Glu	Glu	Leu	íle 125	Ala	Leu	Lys
Asn	His	Leu	Asn 140	Gin	Phe	Leu	Thr
Lys	íle	Ser 155	Pro	Gin	Asn	Arg	Lys 160
Trp	Phe 170	Leu	Glu	Ser	Gin	Thr 175	Asp
Lys 185	Gly	íle	Gin	Ser	Val 190	Leu	Glu
Gly	Gly	Leu	íle	Arg	Val	Asn	Gly

271

195

200

205

Glu

íle

Val

Ser

Phe

Ser

Phe

Gly

Glu

Val

Leu

Asn

Glu

Glu

Ser

Ala

210

215

220

Leu

íle

His

íle

Glu

Lys

Ala

Arg

Thr

Asp

íle

Ala

Gly

Ala

Tyr

Gin

225

230

235

240

íle

íle

Asn

Gin

Gin

Leu

Leu

Leu

Asn

Glu

Phe

Ser

His

Leu

Thr

Tyr

245

250

255

Ala

Asn

Arg

Glu

Glu

Asp

Leu

Gly

Leu

Glu

Gly

Leu

Arg

Arg

Ser

Lys

260

265

270

Met

Ser

Tyr

Asn

Pro

Val

Phe

Leu

íle

Asp

Lys

Tyr

Glu

Ala

Val

Ala

275

280

285

Arg

Asn

290

(2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 135:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 110 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 110 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 135:

Met

Met

Phe

íle

Val

Ala

Val

Leu

Met

Leu

Ala

Phe

Leu

íle

Phe

Val

1

5

10

15

His

Glu

Leu

Gly

His

Phe

íle

íle

Ala

Arg

íle

Cys

Gly

Val

Lys

Val

20

25

30

Glu

Val

Phe

Ser

íle

Gly

Phe

Gly

Lys

Lys

Leu

Trp

Phe

Phe

Lys

Leu

35

40

45

Phe

Gly

Thr

Gin

Phe

Ala

Leu

Ser

Leu

íle

Pro

Leu

Gly

Gly

Tyr

Val

50

55

60

Lys

Leu

Lys

Gly

Met

Asp

Lys

Glu

Glu

Asn

Glu

Glu

Asn

Lys

íle

Asn

65

70

75

80

272

Gin	Ala Asn Asp	Ser Tyr Ala	Lys	Lys	Ala	Leu	Ser	Lys	Ser	Tyr Gly
		85			90					95
Tyr	Cys Leu Val	Gly Arg Phe	Leu	íle	Phe	Phe	Leu	Arg	Phe
	100			105					110
(2)	INFORMÁCIE j	PRE SEKVENCIU Č.	136

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 351 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix) ZNAK
(A,	NÁZOV/KĽÚČ:	rôzne znaky
(B)	UMIESTNENIE	1 ... 351

(xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 136:

Met

Met

Phe

íle

Val

Ala

Val

Leu

Met

Leu

Ala

Phe

Leu

íle

Phe

Val

1

5

10

15

His

Glu

Leu

Gly

His

Phe

íle

íle

Ala

Arg

íle

Cys

Gly

Val

Lys

Val

20

25

30

Glu

Val

Phe

Ser

íle

Gly

Phe

Gly

Lys

Lys

Leu

Trp

Phe

Phe

Lys

Leu

35

40

45

Phe

Gly

Thr

Gin

Phe

Ala

Leu

Ser

Leu

íle

Pro

Leu

Gly

Gly

Tyr

Val

50

55

60

Lys

Leu

Lys

Gly

Met

Asp

Lys

Glu

Glu

Asn

Glu

Glu

Asn

Lys

íle

Asn

65

70

75

80

Gin

Ala

Asn

Asp

Ser

Tyr

Ala

Gin

Lys

Ser

Pro

Phe

Gin

Lys

Leu

Trp

85

90

95

íle

Leu

Phe

Gly

Gly

Ala

Phe

Phe

Asn

Phe

Leu

Phe

Ala

Val

Leu

Val

100

105

110

Tyr

Phe

Phe

Leu

Ala

Leu

Ser

Gly

Glu

Lys

Val

Leu

Leu

Pro

Val

íle

115

120

125

Gly

Gly

Leu

Glu

Lys

Asn

Ala

Leu

Glu

Ala

Gly

Leu

Leu

Lys

Gly

Asp

130

135

140

Arg

íle

Leu

Ser

íle

Asn

His

Gin

Lys

íle

Ala

Ser

Phe

Arg

Glu

íle

273

145 150 155 160

Arg

Glu

íle Val

Ala Arg Ser Gin Gly Glu Leu íle Leu Glu íle

Glu

165

170

175

Arg

Asn

Asn

Gin

íle

Leu

Glu

Lys

Arg

Leu

Thr

Pro

Lys

íle

Val

Ala

180

185

190

Val

íle

Ser

Glu

Ser

Asn

Asp

Pro

Asn

Glu

íle

íle

Lys

Tyr

Lys

íle

195

200

205

íle

Gly

íle

Lys

Pro

Asp

Met

Gin

Lys

Met

Gly

Val

Val

Ser

Tyr

Ser

210

215

220

Val

Phe

Gin

Ala

Phe

Glu

Lys

Ala

Leu

Ser

Arg

Phe

Lys

Glu

Gly

Val

225

230

235

240

Val

Leu

íle

Val

Asp

Ser

Leu

Arg

Arg

Leu

íle

Met

Gly

Ser

Ala

Ser

245

250

255

Val

Lys

Glu

Leu

Ser

Gly

Val

íle

Gly

íle

Val

Gly

Ala

Leu

Ser

His

260

265

270

Ala

Asn

Ser

Val

Ser

Met

Leu

Leu

Leu

Phe

Gly

Ala

Phe

Leu

Ser

íle

275

280

285

Asn

Leu

Gly

íle

Leu

Asn

Leu

Leu

Pro

íle

Pro

Ala

Leu

Asp

Gly

Ala

290

295

300

Gin

Met

Leu

Gly

Val

Val

Phe

Lys

Asn

íle

Phe

His

íle

Ala

Leu

Pro

305

310

315

320

Thr

Pro

íle

Gin

Asn

Ala

Leu

Trp

Leu

Val

Gly

Val

Gly

Phe

Leu

Val

325

330

335

Phe

Val

Met

Phe

Leu

Gly

Leu

Phe

Asn

Asp

íle

Thr

Arg

Leu

Leu

340 345 350 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 137:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 100 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi, PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B, UMIESTNENIE 1 ... 100

274 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 137:

Met

Gin

Lys

Asn

Leu

Asp

Ser

Leu

Leu

Glu

Asn

Leu

Arg

Ala

Glu

íle

1

5

10

15

Asp

Ala

Leu

Asp

Asn

Glu

Leu

Ser

Asp

Leu

Leu

Asp

Lys

Arg

Leu

Gly

20

25

30

íle

Ala

Leu

Lys

íle

Ala

Leu

íle

Lys

Gin

Glu

Ser

Pro

Gin

Glu

Asn

35

40

45

Pro

íle

Tyr

Cys

Pro

Lys

Arg

Glu

Gin

Glu

íle

Leu

Lys

Arg

Leu

Ser

50

55

60

Gin

Arg

Gly

Phe

Lys

His

Leu

Asn

Gly

Glu

íle

Leu

Ala

Ser

Phe

Tyr

65

70

75

80

Ala

Glu

Val

Phe

Lys

íle

Ser

Arg

Asn

Phe

Gin

Glu

Asn

Ala

Leu

Lys

85

90

95

Glu Leu Lys Lys 100 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 138:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 174 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 174 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 138:

Val

Lys

Met

Arg

Phe

Phe

Ser

Gly

Phe

Gly

Phe

Val

Asn

Glu

Ser

Val

1

5

10

15

Leu

Phe

Glu

Glu

Trp

Leu

Leu

Lys

Gly

Ala

Tyr

Asp

Val

Ser

Gly

Phe

20

25

30

Ser

Met

Gly

Ala

íle

Lys

Ala

íle

Glu

Tyr

Ala

Tyr

Asn

Glu

Val

Leu

35

40

45

Gin

Gin

Arg

Arg

íle

His

Ser

Leu

Leu

Leu

Phe

Ser

Pro

Cys

Met

Leu

275

55 60

Ala

His

Lys

Ser

Leu

Ala

Phe

Lys

Arg

Leu

Gin

Leu

Phe

Leu

Phe

Gin

65

70

75

80

Lys

Asp

Pro

Gin

Ser

Tyr

Met

Asp

Asn

Phe

Tyr

Lys

Glu

Val

Gly

Leu

85

90

95

Asp

Ala

Gin

Leu

Glu

Arg

Phe

Lys

Lys

Glu

Gly

Ser

Leu

Glu

Glu

Leu

100

105

110

Glu

Phe

Leu

Leu

Asp

Tyr

Lys

Tyr

Ser

Asp

Ser

íle

íle

Arg

Phe

Leu

115

120

125

Leu

Glu

Lys

Gly

Val

Lys

íle

Glu

Val

Phe

íle

Gly

Leu

Lys

Asp

Arg

130

135

140

íle

Thr

Asp

íle

Gin

Ala

Leu

Leu

Glu

Phe

Phe

Met

Pro

Leu

Val

Gin

145

150

155

160

Val

Trp

Gin

Phe

Lys

Asp

Cys

Asn

His

Leu

Leu

Gin

Lys

Ser

165

170

(2)

INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č.

139:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 471 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna

	(ii)	TYP MOLEKULY: proteín
	(iii)	HYPOTETICKÁ: ÁNO
	(vi)	PÔVODNÝ ZDROJ:
		(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
	(ix)	ZNAK:
		(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne	znaky
		(B) UMIESTNENIE 1 ...	471
	(xi)	POPIS SEKVENCIE: Sekvencia	č.	L39:
Met	Lys	Äsn Thr Asn Thr Lys Glu	íle	Lys	Asn	Thr	Arg	Met	Lys	Lys
1		5		10					15
Gly	Tyr	Ser Gin Tyr His Thr Leu	Lys	Lys	Gly	Leu	Leu	Lys	Thr	Ala
		20	25					30
Leu	Leu	Phe Ser Leu Pro Leu Ser	Val	Ala	Leu	Ala	Glu	Asp	Asp	Gly
		35 40					45
Phe	Tyr	Met Gly Val Gly Tyr Gin	íle	Gly	Gly	Ala	Gin	Gin	Asn	íle
	50	55				60

276

Asn

Asn

Lys

Gly

Ser

Thr

Leu

Arg

Asn

Asn

Val

íle

Asp

Asp

Phe

Arg

65

70

75

80

Gin

Val

Gly

Val

Gly

Met

Ala

Gly

Gly

Asn

Gly

Leu

Leu

Ala

Leu

Ala

85

90

95

Thr

Asn

Thr

Thr

Met

Asp

Ala

Leu

Leu

Gly

íle

Gly

Asn

Gin

íle

Val

100

105

110

Asn

Thr

Asn

Thr

Thr

Val

Gly

Asn

Asn

Asn

Ala

Glu

Leu

Thr

Gin

Phe

115

120

125

Lys

Lys

íle

Leu

Pro

Gin

íle

Glu

Gin

Arg

Phe

Glu

Thr

Asn

Lys

Asn

130

135

140

Ala

Tyr

Ser

Val

Gin

Ala

Leu

Gin

Val

Tyr

Leu

Ser

Asn

Val

Leu

Tyr

145

150

155

160

Asn

Leu

Val

Asn

Asn

Ser

Asn

Asn

Gly

Ser

Asn

Asn

Gly

Val

Val

Pro

165

170

175

Glu

Tyr

Val

Gly

íle

íle

Lys

Val

Leu

Tyr

Gly

Ser

Gin

Asn

Glu

Phe

180

185

190

Ser

Leu

Leu

Ala

Thr

Glu

Ser

Val

Ala

Leu

Leu

Asn

Ala

Leu

Thr

Arg

195

200

205

Val

Asn

Leu

Asp

Ser

Asn

Ser

Val

Phe

Leu

Lys

Gly

Leu

Leu

Ala

Gin

210

215

220

Met

Gin

Leu

Phe

Asn

Asp

Thr

Ser

Ser

Ala

Lys

Leu

Gly

Gin

íle

Ala

225

230

235

240

Glu

Asn

Leu

Lys

Asn

Gly

Gly

Ala

Gly

Ala

Met

Leu

Gin

Lys

Asp

Val

245

250

255

Lys

Thr

íle

Ser

Asp

Arg

íle

Ala

Thr

Tyr

Gin

Glu

Asn

Leu

Lys

Gin

260

265

270

Leu

Gly

Gly

Met

Leu

Lys

Asn

Tyr

Asp

Glu

Pro

Tyr

Leu

Pro

Gin

Phe

275

280

285

Gly

Pro

Gly

Thr

Ser

Ser

Gin

His

Gly

Val

íle

Asn

Gly

Phe

Gly

íle

290

295

300

Gin

Val

Gly

Tyr

Lys

Gin

Phe

Phe

Gly

Ser

Lys

Lys

Asn

íle

Gly

Leu

305

310

315

320

Arg

Tyr

Tyr

Ala

Phe

Phe

Asp

Tyr

Gly

Phe

Thr

Gin

Leu

Gly

Ser

Leu

325

330

335

Asn

Ser

Ala

Val

Lys

Ala

Asn

íle

Phe

Thr

Tyr

Gly

Ala

Gly

Thr

Asp

340

345

350

Phe

Leu

Trp

Asn

íle

Phe

Arg

Arg

Val

Phe

Ser

Asp

Gin

Ser

Leu

Asn

355

360

365

Val

Gly

Val

Phe

Gly

Gly

íle

Gin

íle

Ala

Gly

Asn

Thr

Trp

Asp

Ser

370

375

380

Ser

Leu

Arg

Gly

Gin

íle

Glu

Asn

Ser

Phe

Lys

Glu

Tyr

Pro

Thr

Pro

385

390

395

400

Thr

Asn

Phe

Gin

Phe

Leu

Phe

Asn

Leu

Gly

Leu

Arg

Ala

His

Phe

Ala

405

410

415

277

Ser	Thr Met	His Arg 420	Arg Phe	Leu
Gly	Met	Glu	Phe	Gly	Val	Lys	íle
		435					440
Lys	Ala	Asn	Gly	Ala	Asp	Val	Asp
	450					455
íle	Asn	Tyr	Thr	íle	Gly	Phe
465					470

Ser	Ala	Ser	Gin	Ser	íle	Gin	His
425					430
Pro	Ala	íle	Asn	Gin	Arg	Tyr	Leu
				445
Tyr	Arg	Arg	Leu	Tyr	Ala	Phe	Tyr
			460

(2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č.

140:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 129 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix) ZNAK
(A)	NÁZOV/KĽÚČ:	rôzne	znaky
(B)	UMIESTNENIE	1 . . .	129

(xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 140:

Met

Lys

Ser

íle

Arg

Arg

Gly Asp

Gly

Leu

Asn

Val

Val

Pro

Phe

íle

1

5

10

15

Asp

íle

Met

Leu

Val

Leu

Leu

Ala

íle

Val

Leu

Ser

íle

Ser

Thr

Phe

20

25

30

íle

Ala

Gin

Gly

Lys

íle

Lys

Val

Ser

Leu

Pro

Asn

Ala

Lys

Asn

Ala

35

40

45

Glu

Lys

Ser

Gin

Pro

Asn

Asp

Gin

Lys

Val

Val

Val

íle

Ser

Val

Asp

50

55

60

Glu

His

Asp

Asn

íle

Phe

Val

Asp

Asp

Lys

Pro

Thr

Asn

Leu

Glu

Ala

65

70

75

80

Leu

Ser

Ala

Val

Val

Lys

Gin

Thr

Asp

Pro

Lys

Thr

Leu

íle

Asp

Leu

85

90

95

Lys

Ser

Asp

Lys

Ser

Ser

Arg

Phe

Glu

Thr

Phe

íle

Ser

íle

Met

Asp

100

105

110

íle

Leu

Lys

Glu

His

Asn

His

Glu

Asn

Phe

Ser

íle

Ser

Thr

Gin

Ala

278

115 120 125

Gin (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 141:

(1) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 75 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 75 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 141:

Met

Leu

Val

Leu

Leu

Ala

íle

Val

Leu

Ser

íle

Ser

Thr

Phe

íle

Ala

1

5

10

15

Gin

Gly

Lys

íle

Lys

Val

Ser

Leu

Pro

Asn

Ala

Lys

Asn

Ala

Glu

Lys

20

25

30

Ser

Arg

Pro

Asn

Asp

Gin

Lys

Val

Val

Val

íle

Ser

Val

Asp

Glu

His

35

40

45

Asp

Asn

íle

Phe

Val

Asp

Asp

Lys

Pro

Thr

Asn

Leu

Glu

Ala

Leu

Ser

50

55

60

Ala

Val

Val

Lys

Gin

Thr

Asp

Pro

Lys

Thr

Leu

65

70

75

(2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 142:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 223 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín

279

(iii)	HYPOTETICKÁ: ÁNO
(vi)	PÔVODNÝ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS:	Helicobacter pylori
(ix)	ZNAK: (A) NÁZOV/KĽÚČ: (B) UMIESTNENIE	rôzne znaky 1 ... 223
(xi)	POPIS SEKVENCIE:	Sekvencia č. 142:

Met

Phe

Ser

Leu

Ser

Tyr

Val

Ser

Lys

Lys

Phe

Leu

Ser

Val

Leu

Leu

1

5

10

15

Leu

íle

Ser

Leu

Phe

Leu

Ser

Ala

Cys

Lys

Ser

Asn

Asn

Lys

Asp

Lys

20

25

30

Leu

Asp

Glu

Asn

Leu

Leu

Ser

Ser

Gly

Thr

Gin

Ser

Ser

Lys

Glu

Leu

35

40

45

Asn

Asp

Lys

Arg

Asp

Asn

íle

Asp

Lys

Lys

Ser

Tyr

Ala

Gly

Leu

Glu

50

55

60

Asp

Val

Phe

Leu

Asp

Asn

Lys

Ser

íle

Ser

Pro

Asn

Asp

Lys

Tyr

Met

65

70

75

80

Leu

Leu

Val

Phe

Gly

Arg

Asn

Gly

Cys

Ser

Tyr

Cys

Glu

Arg

Leu

Lys

85

90

95

Lys

Asp

Leu

Lys

Asn

Val

Lys

Glu

Leu

Arg

Asn

Tyr

íle

Lys

Glu

His

100

105

110

Phe

Ser

Ala

Tyr

Tyr

Val

Asn

íle

Ser

Tyr

Ser

Lys

Glu

His

Asn

Phe

115

120

125

Lys

Val

Gly

Asp

Lys

Asp

Lys

Asn

Asp

Glu

Lys

Glu

íle

Lys

Met

Ser

130

135

140

Thr

Glu

Glu

Leu

Ala

Gin

íle

Tyr

Ala

Val

Gin

Ser

Thr

Pro

Thr

íle

145

150

155

160

Val

Leu

Ser

Asp

Lys

Thr

Gly

Lys

Thr

íle

Tyr

Glu

Leu

Pro

Gly

Tyr

165

170

175

Met

Pro

Ser

Val

Gin

Phe

Leu

Ala

Val

Leu

Glu

Phe

íle

Gly

Asp

Gly

180

185

190

Lys

Tyr

Gin

Asp

Thr

Lys

Asn

Asp

Glu

Asp

Leu

Thr

Lys

Lys

Leu

Lys

195

200

205

Ala

Tyr

íle

Lys

Tyr

Lys

Thr

Asn

Leu

Ser

Lys

Ser

Lys

Ser

Ser

210

215

220

(2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 143:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 116 aminokyselín

280 (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 116 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia £. 143:

Leu Met Lys Ser 1

Lys 5

íle Thr His

Phe

íle 10

Val

íle Ser Phe

Val Leu 15

Ser

Val

Leu

Ser

Ala

Cys

Lys

Asp

Glu

Pro

Lys

Lys

Ser

Ser

Gin

Ser

20

25

30

His

Gin

Asn

Asn

Thr

Lys

Thr

Thr

Gin

Asn

Asn

Gin

íle

Asn

Gin

Pro

35

40

45

Asn

Lys

Asp

íle

Lys

Lys

íle

Glu

His

Glu

Glu

Glu

Asp

Glu

Lys

Val

50

55

60

Thr

Lys

Glu

Val

Asn

Asp

Leu

íle

Asn

Asn

Glu

Asn

Lys

íle

Asp

Glu

65

70

75

80

íle

Asn

Asn

Glu

Glu

Asn

Ala

Asp

Pro

Ser

Gin

Lys

Arg

Thr

Asn

Asn

85

90

95

Val

Leu

Gin

Arg

Ala

Thr

Asn

His

Gin

Asp

Asn

Leu

Ser

Ser

Pro

Leu

100 105 110

Asn Arg Lys Tyr

115 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 144:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 79 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO

281 (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

	(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAK: (A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 79
(xi)	POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 144:

Met

Phe

Glu

Lys

íle

Arg

Lys

íle

Leu

Ala

Asp

íle

Glu

Asp

Ser

Gin

1

5

10

15

Asn

Glu

íle

Glu

Met

Leu

Leu

Lys

Leu

Ala

Asn

Leu

Ser

Leu

Gly

Asp

20

25

30

Phe

íle

Glu

íle

Lys

Arg

Gly

Ser

Met

Asp

Met

Pro

Lys

Gly

Val

Asn

35

40

45

Glu

Ala

Phe

Phe

Thr

Gin

Leu

Ser

Glu

Glu

Val

Glu

Arg

Leu

Lys

Glu

50

55

60

Leu

íle

Asn

Ala

Leu

Asn

Lys

íle

Lys

Lys

Gly

Leu

Leu

Val

Phe

65

70

75

(2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 145:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 51 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix) ZNAK:
(A)	NÁZOV/KĽÚČ:	rôzne	znaky
(B)	UMIESTNENIE	1 ...	51

(xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 145:

Met Ser Met Phe íle Ser Asn Leu Ala Phe Thr Ser Glu His Lys Asp 15 10 15

Ala Met Glu Val Ala Lys íle Ala íle Leu Leu Gly Ser Leu íle Ser

25 30

282

Gly íle íle Gly Ala Leu Tyr Leu Phe Ala Leu Asp Lys Arg Ala Ala 35 40 45

Leu Lys Lys 50 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 146:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 449 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A)	ORGANIZMUS:	Helicobacter pylori
(ix) ZNAK
(A)	NÁZOV/KĽÚČ:	rôzne znaky
(B)	UMIESTNENIE	1 ... 449

(xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 146:

Met

Gly

Leu

Lys

íle

Lys

íle

Leu

Arg

Leu

Ser

Met

Asn

Leu

Lys

Lys

1

5

10

15

Thr

Glu

Asn

Ala

Leu

Ser

Leu

Thr

Leu

Lys

Asn

Phe

íle

Lys

Ser

Glu

20

25

30

Ser

Phe

Gly

Gly

íle

Phe

Leu

Phe

Leu

Asn

Ala

Val

Leu

Ala

Met

Val

35

40

45

Val

Ala

Asn

Ser

Phe

Leu

Lys

Glu

Ser

Tyr

Phe

Ala

Leu

Trp

His

Thr

50

55

60

Pro

Phe

Gly

Phe

Gin

Val

Gly

Asp

Phe

Phe

íle

Gly

Phe

Ser

Leu

His

65

70

75

80

Asn

Trp

íle

Asp

Asp

Val

Leu

Met

Ala

Leu

Phe

Phe

Leu

Met

íle

Gly

85

90

95

Leu

Glu

íle

Lys

Arg

Glu

Leu

Leu

Phe

Gly

Glu

Leu

Ser

Ser

Phe

Lys

100

105

110

Lys

Ala

Ser

Phe

Pro

Val

íle

Ala

Ala

íle

Gly

Gly

Met

íle

Ala

Pro

115

120

125

Gly

Leu

íle

Tyr

Phe

Phe

Leu

Asn

Ala

Asn

Thr

Pro

Ser

Gin

His

Gly

130

135

140

Phe

Gly

íle

Pro

Met

Ala

Thr

Asp

íle

Ala

Phe

Ala

Leu

Gly

Val

íle

283

145
Met	Leu	Leu
Thr	Leu	Ala
Phe	Tyr	Thr
Val	Val	195 Leu
íle	210 Pro	Tyr
225 Ser	Gly	íle
Pro	Val	Lys
Gly	Lys	Arg
Gin	Gin	275 Glu
Ser	290 Pro	Leu
305 Phe	íle	Met
Ser	Ser	íle
Gly	Leu	Cys
Ser	Glu	355 Lys
His	370 íle	Leu
385 Met	Phe	íle
Glu	Val	Ala
íle	Gly	Ala

435

Gly	Lys	150 Arg
Val	165 Ala	Asp
180 Thr	Asn	Leu
Val	Leu	Ala
Leu	Leu	Leu
His	Ala	230 Thr
íle	245 Pro	Lys
260 Tyr	Ala	Glu
íle	Leu	His
Glu	Arg	Leu
Pro	Leu	310 Phe
Asn	325 Leu	Glu
340 Leu	Gly	Lys
Leu	Lys	íle
Gly	Ala	Gly
Ser	Asn	390 Leu
Lys	405 íle	Ala
420 Leu	Tyr	Leu

Val	Pro	Thr	Ala 170
Asp	Leu	Gly 185	Ala
Lys	Phe 200	Ala	Trp
íle 215	Leu	Asn	Arg
Gly	Val	Leu	Leu
íle	Ala	Ala	Val 250
Asp	Ser	Lys 265	Asn
Thr	Ser 280	Ser	Gly
Ser 295	íle	Glu	Glu
Glu	His	Phe	Leu
Ala	Phe	Ala	Asn 330
Val	Asp	Lys 345	Val
Pro	Leu 360	Gly	íle
Thr 375	Ala	Arg	Pro
Leu	Leu	Ala	Gly
Ala	Phe	Thr	Ser 410
íle	Leu	Leu 425	Gly
Phe	Ala 440	Leu	Asp

155 Leu	Lys	Val
íle	Val	Val
Leu	Leu	Gly 205
Leu	Asn 220	íle
Trp 235	Phe	Cys
Val	Leu	Ala
Val	Glu	Leu
Val	Leu	Leu 285
Lys	Ala 300	Ser
Ala 315	Pro	íle
Ala	Gly	Val
Leu	Leu	Gly
Phe	Leu	íle 365
Lys	Gly 380	íle
íle 395	Gly	Phe
Glu	His	Lys
Ser	Leu	íle
Lys	Arg	Ala 445

Phe	Leu	160 íle
íle	175 Ala	Leu
190 Ala	Leu	Gly
Arg	Ser	Leu
Val	His	Gin
Phe	Met	240 íle
Leu	255 Glu	Leu
270 Thr	Lys	Glu
Ala	Leu	Gin
Ser	Gly	Tyr
Ser	Val	320 Asp
Val	335 íle	Leu
350 Thr	Phe	íle
Gly	Trp	Trp
Thr	Met	Ser
Asp	Ala	400 Met
Ser	415 Gly	íle
430 Ala	Leu	Lys

Lys (2)

PRE

Č. 147:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 815 aminokyselín

284 (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix) ZNAK:
(A)	NÁZOV/KĽÚČ:	rôzne znaky
(B)	UMIESTNENIE	1 ... 815

(xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 147:

Met

Asn

Asp

Lys

Arg

Phe

Arg

Lys

Tyr

Cys

Ser

Phe

Ser

íle

Phe

Leu

1

5

10

15

Ser

Leu

Leu

Gly

Thr

Phe

Glu

Leu

Glu

Ala

Lys

Glu

Glu

Glu

Lys

Glu

20

25

30

Glu

Lys

Lys

Thr

Glu

Arg

Asn

Lys

Asp

Lys

Glu

Lys

Asn

Ala

Gin

His

35

40

45

Thr

Leu

Gly

Lys

Val

Thr

Thr

Gin

Ala

Ala

Lys

íle

Phe

Asn

Tyr

Asn

50

55

60

Asn

Gin

Thr

Thr

íle

Ser

Ser

Lys

Glu

Leu

Glu

Arg

Arg

Gin

Ala

Asn

65

70

75

80

Gin

íle

Ser

Asp

Met

Phe

Arg

Arg

Asn

Pro

Asn

íle

Asn

Val

Gly

Gly

85

90

95

Gly

Ala

Val

íle

Ala

Gin

Lys

íle

Tyr

Val

Arg

Gly

íle

Glu

Asp

Arg

100

105

110

Leu

Ala

Arg

Val

Thr

Val

Asp

Gly

Val

Ala

Gin

Met

Gly

Ala

Ser

Tyr

115

120

125

Gly

His

Gin

Gly

Asn

Thr

íle

íle

Asp

Pro

Gly

Met

Leu

Lys

Ser

Val

130

135

140

Val

Val

Thr

Lys

Gly

Ala

Ala

Gin

Ala

Ser

Ala

Gly

Pro

Met

Ala

Leu

145

150

155

160

íle

Gly

Ala

Íle

Lys

Met

Glu

Thr

Arg

Ser

Ala

Ser

Asp

Phe

íle

Pro

165

170

175

Lys

Gly

Lys

Asp

Tyr

Ala

íle

Ser

Gly

Ala

Ala

Thr

Phe

Leu

Thr

Asn

180

185

190

Phe

Gly Asp

Arg

Glu

Thr

íle

Met

Gly

Ala

Tyr

Arg

Asn

His

His

Phe

195

200

205

Asp

Ala

Leu

Leu

Tyr

Tyr

Thr

His

Gin

Asn

íle

Phe

Tyr

Tyr

Arg

Asp

210 215 220

285

Gly

Asp

Asn

Ala

Met

Lys

Asn

Leu

Phe

Asp

Pro

Lys

Ala

Asp

Asn

Lys

225

230

235

240

Val

Thr

Ala

Ser

Pro

Ser

Glu

Gin

Asn

Asn

Val

Met

Ala

Lys

íle

Asn

245

250

255

Gly

Tyr

Leu

Ser

Glu

Arg

Asp

Thr

Leu

Thr

Leu

Ser

Tyr

Asn

Met

Thr

260

265

270

Arg

Asp

Asn

Ala

Asn

Arg

Pro

Leu

Arg

Ala

Asn

Phe

Thr

Gly

Thr

Phe

275

280

285

Leu

Pro

Tyr

Ser

Cys

Gly Asp

Phe

Asn

Ala

Phe

Pro

Asn

Glu

Lys

Asn

290

295

300

Pro

Ser

Asp

Cys

Leu

Phe

Glu

Asn

Asp

Ala

Ser

Leu

Phe

Lys

Thr

Tyr

305

310

315

320

Ser

Val

Asn

Leu

Val

His

Asn

Val

Ser

Leu

Asn

Tyr

Glu

Arg

Glu

Gly

325

330

335

Gly

Ser

Arg

Phe

Gly

Asp

Pro

Lys

Leu

Lys

íle

Asn

Gly

Tyr

Thr

Ser

340

345

350

íle

Arg

Asn

Val

Gin

íle

Asp

Pro

Leu

Phe

Arg

Pro

Ser

Asp

íle

Ala

355

360

365

Thr

Thr

íle

Pro

Phe

Thr

Pro

Asn

Pro

Gin

Leu

Ser

Gin

Gly

Glu

Glu

370

375

380

Asn

Gin

Cys

Val

Ala

Gin

Gly

Gly

íle

Tyr

Asp

Ala

Leu

Lys

Gin

Thr

385

390

395

400

Cys

Ser

íle

Thr

Phe

Lys

Ser

Leu

Gly

Gly

Gly

Ser

Val

Val

Ala

Asn

405

410

415

Lys

Asn

Leu

Phe

íle

íle

Asn

Ser

Gly

Phe

Asn

Ala

Asn

Val

íle

His

420

425

430

Thr

íle

Asp

His

Lys

Asn

Asp

Asn

Leu

Leu

Glu

Tyr

Gly

Leu

Asn

Tyr

435

440

445

Gin

Asn

Leu

Thr

Thr

Phe

Asp

Lys

Ala

íle

Pro

Asp

Ser

Glu

Leu

Val

450

455

460

Lys

Pro

Gly

Asp

Ala

Pro

Asp

Ala

Cys

Leu

Arg

Val

Thr

Gly

Pro

Asp

465

470

475

480

Asp

Pro

Asn

Met

Asn

Gly

Arg

Cys

Gin

Arg

Asn

Gly

Ala

Thr

Ala

Asn

485

490

495

Val

Val

Gly

Val

Tyr

Ala

Gin

Ala

Asn

Tyr

Thr

Leu

His

Pro

Met

Val

500

505

510

Thr

Leu

Gly

Ala

Gly

Thr

Arg

Tyr

Asp

Val

Tyr

Thr

Leu

Val

Asp

Lys

515

520

525

Asp

Trp

Gin

Leu

His

Val

Thr

Gin

Gly

Phe

Ser

Pro

Ser

Ala

Ala

Leu

530

535

540

Asn

Val

Ser

Pro

Leu

Glu

Asn

Leu

Asn

Phe

Arg

Leu

Ser

Tyr

Ala

Tyr

545

550

555

560

Val

Thr

Arg

Gly

Pro

Met

Pro

Gly

Gly

Leu

Val

Trp

Met

Arg

Gin

Asp

565

570

575

286

Asn Leu Arg

Tyr 580

Asn Arg Asn

Leu Lys 585

Pro Glu íle Gly

Gin 590

Asn Ala

Glu

Phe

Asn

Thr

Glu

Tyr

Ser

Ser

Gin

Tyr

Phe

Asp

Phe

Arg

Ala

Ala

595

600

605

Gly

Phe

Val

Gin

Leu

íle

Ser

Asn

Tyr

íle

Asn

Gin

Phe

Ser

Ser

Thr

610

615

620

Leu

Phe

Val

Thr

Asn

Leu

Pro

Ala

Gin

Asp

íle

íle

Tyr

Val

Pro

Gly

625

630

635

640

Tyr

Glu

Val

Ser

Gly

Thr

Ala

Lys

Tyr

Lys

Gly

Phe

Ser

Leu

Gly

Leu

645

650

655

Ser

Val

Ala

Arg

Ser

Trp

Pro

Ser

Leu

Lys

Gly

Arg

Leu

íle

Ala

Asp

660

665

670

Val

Tyr

Glu

Leu

Ala

Ala

Thr

Thr

Gly

Asn

Val

Phe

íle

Leu

Thr

Ala

675

680

685

Ser

Tyr

Thr

íle

Pro

Arg

Thr

Gly

Leu

Ser

íle

Thr

Trp

Leu

Ser

Arg

690

695

700

Phe

Val

Thr

Asn

Leu

Ser

Tyr

Cys

Ser

Tyr

Ser

Pro

Tyr

Arg

Asn

Gly

705

710

715

720

Pro

Thr

Asp

íle

Asp

Arg

Arg

Pro

Ser

Asn

Cys

Pro

Lys

Thr

Pro

Gly

725

730

735

íle

Phe

His

Val

His

Lys

Pro

Gly

Tyr

Gly

Val

Ser

Ser

Phe

Phe

íle

740

745

750

Thr

Tyr

Lys

Pro

Thr

Tyr

Lys

Lys

Leu

Lys

Gly

Leu

Ser

Leu

Asn

Ala

755

760

765

Val

Phe

Asn

Asn

Val

Phe

Asn

Gin

Gin

Tyr

íle

Asp

Gin

Ala

Ser

Pro

770

775

780

Val

Met

Ser

Pro

Asp

Glu

Pro

Asn

Gin

Asp

Lys

Tyr

Ala

Arg

Gly

Met

785

790

795

800

Ala

Glu

Pro

Gly

Phe

Asn

Ala

Arg

Phe

Glu

íle

Ser

Tyr

Lys

Phe

805

810

815

(2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 148:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 814 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori

287 (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 814 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 148:

Met

Thr

Ser

Val

Leu

Glu

Lys

Tyr

Cys

Ser

Phe

Ser

íle

Phe

Leu

Ser

1

5

10

15

Leu

Leu

Gly

Thr

Phe

Glu

Leu

Glu

Ala

Lys

Glu

Glu

Glu

Lys

Glu

Glu

20

25

30

Lys

Lys

Thr

Glu

Arg

Asn

Lys

Asp

Lys

Glu

Lys

Asn

Ala

Gin

His

Thr

35

40

45

Leu

Gly

Lys

Val

Thr

Thr

Gin

Ala

Ala

Lys

íle

Phe

Asn

Tyr

Asn

Asn

50

55

60

Gin

Thr

Thr

íle

Ser

Ser

Lys

Glu

Leu

Glu

Arg

Arg

Gin

Ala

Asn

Gin

65

70

75

80

íle

Ser

Asp

Met

Phe

Arg

Arg

Asn

Pro

Asn

íle

Asn

Val

Gly

Gly

Gly

85

90

95

Ala

Val

íle

Ala

Gin

Lys

íle

Tyr

Val

Arg

Gly

íle

Glu

Asp

Arg

Leu

100

105

110

Ala

Arg

Val

Thr

Val

Asp

Gly

Val

Ala

Gin

Met

Gly

Ala

Ser

Tyr

Gly

115

120

125

His

Gin

Gly

Asn

Thr

íle

íle

Asp

Pro

Gly

Met

Leu

Lys

Ser

Val

Val

130

135

140

Val

Thr

Lys

Gly

Ala

Ala

Gin

Ala

Ser

Ala

Gly

Pro

Met

Ala

Leu

íle

145

150

155

160

Gly

Ala

íle

Lys

Met

Glu

Thr

Arg

Ser

Ala

Ser

Asp

Phe

íle

Pro

Lys

165

170

175

Gly

Lys

Asp

Tyr

Ala

íle

Ser

Gly

Ala

Ala

Thr

Phe

Leu

Thr

Asn

Phe

180

185

190

Gly

Asp

Arg

Glu

Thr

íle

Met

Gly

Ala

Tyr

Arg

Asn

His

His

Phe

Asp

195

200

205

Ala

Leu

Leu

Tyr

Tyr

Thr

His

Gin

Asn

íle

Phe

Tyr

Tyr

Arg

Asp

Gly

210

215

220

Asp

Asn

Ala

Met

Lys

Asn

Leu

Phe

Asp

Pro

Lys

Ala

Asp

Asn

Lys

Val

225

230

235

240

Thr

Ala

Ser

Pro

Ser

Glu

Gin

Asn

Asn

Val

Met

Ala

Lys

íle

Asn

Gly

245

250

255

Tyr

Leu

Ser

Glu

Arg

Asp

Thr

Leu

Thr

Leu

Ser

Tyr

Asn

Met

Thr

Arg

260

265

270

Asp

Asn

Ala

Asn

Arg

Pro

Leu

Arg

Ala

Asn

Phe

Thr

Gly

Thr

Phe

Leu

275

280

285

Pro

Tyr

Ser

Cys

Gly

Asp

Phe

Asn

Ala

Phe

Pro

Asn

Glu

Lys

Asn

Pro

288

290

295

300

Ser

Asp

Cys

Leu

Phe

Glu

Asn

Asp

Ala

Ser

Leu

Phe

Lys

Thr

Tyr

Ser

305

310

315

320

Val

Asn

Leu

Val

His

Asn

Val

Ser

Leu

Asn

Tyr

Glu

Arg

Glu

Gly

Gly

325

330

335

Ser

Arg

Phe

Gly

Asp

Pro

Lys

Leu

Lys

íle

Asn

Gly

Tyr

Thr

Ser

íle

340

345

350

Arg

Asn

Val

Gin

íle

Asp

Pro

Leu

Phe

Arg

Pro

Ser

Asp

íle

Ala

Thr

355

360

365

Thr

íle

Pro

Phe

Thr

Pro

Asn

Pro

Gin

Leu

Ser

Gin

Gly

Glu

Glu

Asn

370

375

380

Gin

Cys

Val

Ala

Gin

Gly

Gly

íle

Tyr

Asp

Ala

Leu

Lys

Gin

Thr

Cys

385

390

395

400

Ser

íle

Thr

Phe

Lys

Ser

Leu

Gly

Gly

Gly

Ser

Val

Val

Ala

Asn

Lys

405

410

415

Asn

Leu

Phe

íle

íle

Asn

Ser

Gly

Phe

Asn

Ala

Asn

Val

íle

His

Thr

420

425

430

íle

Asp

His

Lys

Asn

Asp

Asn

Leu

Leu

Glu

Tyr

Gly

Leu

Asn

Tyr

Gin

435

440

445

Asn

Leu

Thr

Thr

Phe

Asp

Lys

Ala

íle

Pro

Asp

Ser

Glu

Leu

Val

Lys

450

455

4 60

Pro

Gly

Asp

Ala

Pro

Asp

Ala

Cys

Leu

Arg

Val

Thr

Gly

Pro

Asp

Asp

465

470

475

480

Pro

Asn

Met

Asn

Gly

Arg

Cys

Gin

Arg

Asn

Gly

Ala

Thr

Ala

Asn

Val

485

490

495

Val

Gly

Val

Tyr

Ala

Gin

Ala

Asn

Tyr

Thr

Leu

His

Pro

Met

Val

Thr

500

505

510

Leu

Gly

Ala

Gly

Thr

Arg

Tyr

Asp

Val

Tyr

Thr

Leu

Val

Asp

Lys

Asp

515

520

525

Trp

Gin

Leu

His

Val

Thr

Gin

Gly

Phe

Ser

Pro

Ser

Ala

Ala

Leu

Asn

530

535

540

t

Val

Ser

Pro

Leu

Glu

Asn

Leu

Asn

Phe

Arg

Leu

Ser

Tyr

Ala

Tyr

Val

545

550

555

560

Thr

Arg

Gly

Pro

Met

Pro

Gly

Gly

Leu

Val

Trp

Met

Arg

Gin

Asp

Asn

565

570

575

Leu

Arg

Tyr

Asn

Arg

Asn

Leu

Lys

Pro

Glu

Íle

Gly

Gin

Asn

Ala

Glu

580

585

590

Phe

Asn

Thr

Glu

Tyr

Ser

Ser

Gin

Tyr

Phe

Asp

Phe

Arg

Ala

Ala

Gly

595

600

605

Phe

Val

Gin

Leu

íle

Ser

Asn

Tyr

íle

Asn

Gin

Phe

Ser

Ser

Thr

Leu

610

615

620

Phe

Val

Thr

Asn

Leu

Pro

Ala

Gin

Asp

íle

íle

Tyr

Val

Pro

Gly

Tyr

625

630

635

640

Glu

Val

Ser

Gly

Thr

Ala

Lys

Tyr

Lys

Gly

Phe

Ser

Leu

Gly

Leu

Ser

289

645

650

655

Val

Ala

Arg

Ser

Trp

Pro

Ser

Leu

Lys

Gly

Arg

Leu

íle

Ala

Asp

Val

660

665

670

Tyr

Glu

Leu

Ala

Ala

Thr

Thr

Gly

Asn

Val

Phe

íle

Leu

Thr

Ala

Ser

675

680

685

Tyr

Thr

íle

Pro

Arg

Thr

Gly

Leu

Ser

íle

Thr

Trp

Leu

Ser

Arg

Phe

690

695

700

Val

Thr

Asn

Leu

Ser

Tyr

Cys

Ser

Tyr

Ser

Pro

Tyr

Arg

Asn

Gly

Pro

705

710

715

720

Thr

Asp

íle

Asp

Arg

Arg

Pro

Ser

Asn

Cys

Pro

Lys

Thr

Pro

Gly

íle

725

730

735

Phe

His

Val

His

Lys

Pro

Gly

Tyr

Gly

Val

Ser

Ser

Phe

Phe

íle

Thr

740

745

750

Tyr

Lys

Pro

Thr

Tyr

Lys

Lys

Leu

Lys

Gly

Leu

Ser

Leu

Asn

Ala

Val

755

760

765

Phe

Asn

Asn

Val

Phe

Asn

Gin

Gin

Tyr

íle

Asp

Gin

Ala

Ser

Pro

Val

770

775

780

Met

Ser

Pro

Asp

Glu

Pro

Asn

Gin

Asp

Lys

Tyr

Ala

Arg

Gly

Met

Ala

785

790

795

800

Glu

Pro

Gly

Phe

Asn

Ala

Arg

Phe

Glu

íle

Ser

Tyr

Lys

Phe

805

810

(2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 149:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 527 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii, TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 527 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 149:

Met Lys Gin Asn Leu Lys Pro Phe Lys Met íle Lys Glu Asn Leu Met 15 10 15

290

Thr

Ser

Thr

Gly

Thr

Gly

Leu

Asn

Cys

145

Lys

Asn

Ala

Gin

Gly

225

Thr

Ala

Leu

Ser

Thr

305

Thr

Leu

Gly

Gin

Ser

Gin

Lys

Val

Arg

Phe

Leu

Ala

Pro

Leu

Ser

Leu

Ala

Leu

20

25

30

Leu

Ser

Phe

Asn

Pro

Val

Gly

Ala

Glu

Glu

Asp

Gly

Gly

Phe

Met

35

40

45

Phe

Gly

Tyr

Glu

Leu

Gly

Gin

Val

Val

Gin

Gin

Val

Lys

Asn

Pro

50

55

60

Lys

íle

Lys

Ala

Glu

Glu

Leu

Ala

Gly

Leu

Leu

Asn

Ser

Thr

Thr

70

75

80

Asn

Asn

Thr

Asn

íle

Asn

íle

Ala

Gly

Thr

Gly

Gly

Asn

Val

Ala

85

90

95

Thr

Leu

Gly

Asn

Leu

Phe

Met

Asn

Gin

Leu

Gly

Asn

Leu

íle

Asp

100

105

110

Tyr

Pro

Thr

Leu

Lys

Thr

Asn

Asn

Leu

His

Gin

Cys

Gly

Ser

Thr

115

120

125

Ser

Gly

Asn

Gly

Ala

Thr

Ala

Ala

Ala

Ala

Thr

Asn

Asn

Ser

Pro

130

135

140

Phe

Gin

Gly

Asn

Leu

Ala

Leu

Tyr

Asn

Glu

Met

Val

Asp

Ser

íle

150

155

160

Thr

Leu

Ser

Gin

Asn

íle

Ser

Lys

Asn

íle

Phe

Gin

Gly

Asp

Asn

165

170

175

Thr

Thr

Ser

Ala

Asn

Leu

Ser

Asn

Gin

Leu

Ser

Glu

Leu

Asn

Thr

180

185

190

Ser

Val

Tyr

Leu

Thr

Tyr

Met

Asn

Ser

Phe

Leu

Asn

Ala

Asn

Asn

195

200

205

Ala

Gly

Gly

íle

Phe

Gin

Asn

Asn

Thr

Asn

Gin

Ala

Tyr

Glu

Asn

210

215

220

Val

Thr

Ala

Gin

Gin

íle

Ala

Tyr

Val

Leu

Lys

Gin

Ala

Ser

íle

230

235

240

Met

Gly

Pro

Ser

Gly

Asp

Ser

Gly

Ala

Ala

Gly

Ala

Phe

Leu

Asp

245

250

255

Ala

Leu

Ala

Gin

His

Val

Phe

Asn

Ser

Ala

Asn

Ala

Gly

Asn

Asp

260

265

270

Ser

Ala

Lys

Glu

Phe

Thr

Ser

Leu

Val

Gin

Asn

íle

Val

Asn

Asn

275

280

285

Gin

Asn

Ala

Leu

Thr

Leu

Ala

Asn

Asn

Ala

Asn

íle

Ser

Asn

Ser

290

295

300

Gly

Tyr

Gin

Val

Ser

Tyr

Gly

Gly

Asn

íle

Asp

Gin

Ala

Arg

Ser

310

315

320

Gin

Leu

Leu

Asn

Asn

Thr

Thr

Asn

Thr

Leu

Ala

Lys

Val

Thr

Ala

325

330

335

Asn

Asn

Glu

Leu

Lys

Ala

Asn

Pro

Trp

Leu

Gly

Asn

Phe

Ala

Ala

340

345

350

Asn

Ser

Ser

Gin

Val

Asn

Ala

Phe

Asn

Gly

Phe

íle

Thr

Lys

íle

355

360

365

291

Gly Tyr Lys Gin Phe 370	Phe	Gly Glu Asn Lys Asn Val Gly Leu Arg Tyr
375	380
Tyr Gly Phe Phe Ser	Tyr	Asn Gly Ala Gly	Val Gly Asn Gly Pro Thr
385	390		395 400
Tyr Asn Gin Val Asn	Leu	Leu Thr Tyr Gly	Val Gly Thr Asp Val Leu
405		410	415
Tyr Asn Val Phe Ser	Arg	Ser Phe Gly Ser	Arg Ser Leu Asn Ala Gly
420		425	430
Phe Phe Gly Gly íle	Gin	Leu Ala Gly Asp	Thr Tyr íle Ser Thr Leu
435		440	445
Arg Asn Ser Pro Gin	Leu	Ala Ser Arg Pro	Thr Ala Thr Lys Phe Gin
450		455	4 60
Phe Leu Phe Asp Val	Gly	Leu Arg Met Asn	Phe Gly íle Leu Lys Lys
465	470		475 480
Asp Leu Lys Ser His	Asn	Gin His Ser íle	Glu íle Gly Val Gin íle
485		4 90	495
Pro Thr íle Tyr Asn	Thr	Tyr Tyr Lys Ala	Gly Gly Ala Glu Val Lys
500		505	510
Tyr Phe Arg Pro Tyr	Ser	Val Tyr Trp Val	Tyr Gly Tyr Ala Phe
515		520	525
(2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 150:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 459 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 459 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 150:

Val

Val

Leu

Leu

Thr

Met

Thr

Lys

Arg

Leu Phe

Lys

Gly

Leu

Leu

Ala

1

5

10

15

íle

Ser

Leu

Ala

Val

Ser

Leu

His

Gly

Gly Glu

Val

Lys

Glu

Lys

Lys

292

Pro

Val

Lys

Pro

Val

Lys

Glu

Asp

Pro

Gin

Glu

Leu

Ala

Ala

Lys

Arg

35

40

45

Val

Glu

Ala

Phe

Ser

Arg

Phe

Ser

Asn

Val

Val

Thr

Glu

íle

Glu

Lys

50

55

60

Lys

Tyr

Val

Asp

Lys

íle

Ser

íle

Ser

Glu

íle

Met

Thr

Lys

Ala

íle

65

70

75

80

Glu

Gly

Leu

Leu

Ser

Asn

Leu

Asp

Ala

His

Ser

Ala

Tyr

Leu

Asn

Glu

85

90

95

Lys

Lys

Phe

Lys

Glu

Phe

Gin

Ala

Gin

Thr

Glu

Gly

Glu

Phe

Gly

Gly

100

105

110

Leu

Gly

íle

Thr

Val

Gly

Met

Arg

Asp

Gly

Val

Leu

Thr

Val

íle

Ala

115

120

125

Pro

Leu

Glu

Gly

Thr

Pro

Ala

Tyr

Lys

Ala

Gly

Val

Lys

Ser

Gly

Asp

130

135

140

Ser

íle

Leu

Lys

íle

Asn

Asn

Glu

Ser

Thr

Leu

Ser

Met

Ser

íle

Asp

145

150

155

160

Asp

Ala

Val

Asn

Leu

Met

Arg

Gly

Lys

Pro

Lys

Thr

Ser

íle

Gin

íle

165

170

175

Thr

Val

Val

Arg

Lys

Asn

Glu

Pro

Lys

Pro

Leu

Val

Phe

Asn

íle

Val

180

185

190

Arg

Asp

Íle

íle

Lys

íle

Pro

Ser

Val

Tyr

Val

Lys

Lys

íle

Lys

Asp

195

200

205

Thr

Pro

Tyr

Leu

Tyr

Val

Arg

Val

Asn

Ser

Phe

Asp

Lys

Asn

Val

Thr

210

215

220

Lys

Ser

Val

Leu

Asp

Gly

Leu

Lys

Ala

Asn

Pro

Asn

íle

Lys

Gly

Val

225

230

235

240

Val

Leu

Asp

Leu

Arg

Gly

Asn

Pro

Gly

Gly

Leu

Leu

Asn

Gin

Ala

Val

245

250

255

Gly

Leu

Ser

Asn

Leu

Phe

íle

Lys

Glu

Gly

Val

Leu

Val

Ser

Gin

Arg

260

265

270

Gly

Lys

Asn

Lys

Glu

Glu

Asn

Leu

Glu

Tyr

Lys

Ala

Asn

Gly Arg

Ala

275

280

285

Pro

Tyr

Thr

Asn

Leu

Pro

Val

Val

Val

Leu

Val

Asn

Gly

Gly

Ser

Ala

290

295

300

Ser

Ala

Ser

Glu

íle

Val

Ala

Gly

Ala

Leu

Gin

Asp

His

Lys

Arg

Ala

305

310

315

320

íle

íle

íle

Gly

Glu

Lys

Thr

Phe

Gly

Lys

Gly

Ser

Val

Gin

Val

Leu

325

330

335

Leu

Pro

Val

Asn

Lys

Asp

Glu

Ala

íle

Lys

íle

Thr

Thr

Ala

Arg

Tyr

340

345

350

Tyr

Leu

Pro

Ser

Gly

Arg

Thr

íle

Gin

Ala

Lys

Gly

íle

Thr

Pro

Asp

355

360

365

íle

Val

íle

Tyr

Pro

Gly

Lys

Val

Pro

Glu

Asn

Glu

Asn

Lys

Phe

Ser

293

370

375

380

Leu

Lys

Glu

Ala

Asp

Leu

Lys

Hls

His

Leu

Glu

Gin

Glu

Leu

Lys

Lys

385

390

395

400

Leu

Asp

Asp

Lys

Thr

Pro

íle

Ser

Lys

Glu

Ala

Asp

Lys

Asp

Lys

Lys

405

410

415

Ser

Glu

Glu

Glu

Lys

Glu

Val

Thr

Pro

Lys

Met

íle

Asn

Asp

Asp

íle

420

425

430

Gin

Leu

Lys

Thr

Ala

íle

Asp

Ser

Leu

Lys

Thr

Trp

Ser

íle

Val

Asp

435

440

445

Glu

Lys

Met

Asp

Glu

Lys

Val

Pro

Lys

Lys

Lys

450

455

(2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 151:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 104 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 104 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 151:

Leu 1

Leu

Leu

His

Pro 5

Leu His Ala

His Ala Gin Val Leu Gly Phe

Thr

10

15

Asn

His

Asp

His

Ala

Pro

Trp

Leu

Tyr

Asp

Phe

íle

Lys

Ser

Phe

Cys

20

25

30

Asn

Leu

Ser

Gly

Gin

Pro

Phe

Leu

Asp

Leu

Gin

Ala

Phe

Ala

íle

Asn

35

40

45

Phe

Asn

Glu

Phe

Ser

Asp

Arg

Ala

Asn

Ala

Tyr

Asn

Leu

Phe

Leu

Arg

50

55

60

Asp

íle

Ser

His

Ala

Asn

íle

Pro

Lys

Lys

Arg

Glu

Gin

Met

Val

Leu

65

70

75

80

Ala

Ser

Gly

Val

Lys

Phe

Asn

Val

Leu

Ser

His

Tyr

His

Phe

íle

Ala

85

90

95

294

Asn Ala Leu Lys íle Arg Ala Phe 100 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 152:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 165 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori

(ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky

(B) UMIESTNENIE 1 ... 165

(xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 152:

Met

íle

Glu

Leu

íle

Leu

His

Asn

Lys

Ser

íle

Gin

íle

Asp

Glu

Thr

1

5

10

15

Leu

Leu

Asn

Val

Lys

Glu

His

Leu

Glu

Lys

Phe

Tyr

Ser

Asn

Lys

Glu

20

25

30

Gin

Glu

Thr

íle

Ala

Lys

Thr

Leu

Glu

Ser

Gin

Thr

Glu

Leu

Thr

Cys

35

40

45

Ser

Tyr

Leu

Leu

Asp

Lys

Asp

Phe

Ser

Leu

Leu

Glu

Lys

His

Leu

Glu

50

55

60

Asn

Ser

Leu

Gly

His

Phe

Thr

Phe

Glu

Ser

Glu

Phe

Ala

Leu

Leu

Lys

65

70

75

80

Asp

Lys

Glu

Pro

Leu

Asn

Leu

Ala

Gin

íle

Lys

Gin

íle

Gly

Val

Leu

85

90

95

Lys

Val

íle

Thr

Tyr

Glu

Met

Thr

Gin

Ala

Leu

Lys

Asn

Gin

íle

íle

100

105

110

His

Leu

Thr

Gin

íle

Val

Asn

Glu

Glu

Asn

Leu

Glu

Phe

Asp

Glu

Glu

115

120

125

Leu

Val

íle

Tyr

His

Leu

Asn

Phe

Lys

Leu

Asn

Gin

Asn

Thr

Tyr

Lys

130

135

140

Val

Leu

Ala

Lys

Phe

Cys

Val

Leu

Lys

Lys

Lys

Gly

Thr

Leu

His

Glu

145

150

155

160

Lys

Phe

Lys

Ala

Phe

295

165 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 153:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 213 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 213 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 153:

Met 1

Asp Thr

Glu

Thr 5

Gin

Glu Lys

Phe Leu Ala Tyr Leu Phe Glu Lys

10

15

Ala

Leu

Gin

Lys

Asn

Leu

Gin

Ala

Tyr

Trp

íle

Thr

Thr

Thr

Glu

Thr

20

25

30

Lys

Asn

Glu

Leu

Thr

Arg

Glu

Glu

Phe

Ser

Asn

Leu

íle

Arg

Lys

Thr

35

40

45

Met

íle

Glu

Leu

íle

Leu

His

Asn

Lys

Ser

íle

Gin

íle

Asp

Glu

Thr

50

55

60

Leu

Leu

Asn

Val

Lys

Glu

His

Leu

Glu

Lys

Phe

Tyr

Ser

Asn

Lys

Glu

65

70

75

80

Gin

Glu

Thr

íle

Ala

Lys

Thr

Leu

Glu

Ser

Gin

Thr

Glu

Leu

Thr

Cys

85

90

95

Ser

Tyr

Leu

Leu

Asp

Lys

Asp

Phe

Ser

Leu

Leu

Glu

Lys

His

Leu

Glu

100

105

110

Asn

Ser

Leu

Gly

His

Phe

Thr

Phe

Glu

Ser

Glu

Phe

Ala

Leu

Leu

Lys

115

120

125

Asp

Lys

Glu

Pro

Leu

Asn

Leu

Ala

Gin

íle

Lys

Gin

íle

Gly

Val

Leu

130

135

140

Lys

Val

íle

Thr

Tyr

Glu

Met

Thr

Gin

Ala

Leu

Lys

Asn

Gin

íle

íle

145

150

155

160

His

Leu

Thr

Gin

íle

Val

Asn

Glu

Glu

Asn

Leu

Glu

Phe

Asp

Glu

Glu

165 170 175

296

Leu Val

íle Tyr His 180

Leu Asn

Phe Lys Leu Asn Gin Asn Thr Tyr Lys

185

190

Val

Leu

Ala

Lys

Phe

Cys

Val

Leu

Lys

Lys

Lys

Gly

Thr

Leu

His

Glu

195

200

205

Lys

Phe

Lys

Ala

Phe

210 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 154:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 253 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 253 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 154:

Met

Ala

íle

Ser

íle

Lys

Ser

Pro

Lys

Glu

íle

Lys

Ala

Leu

Arg

Lys

1

5

10

15

Ala

Gly

Glu

Leu

Thr

Ala

Gin

Ala

Leu

Ala

Leu

Leu

Glu

Arg

Glu

Val

20

25

30

Arg

Pro

Gly

Val

Ser

Leu

Leu

Glu

Leu

Asp

Lys

Met

Ala

Glu

Asp

Phe

35

40

45

íle

Lys

Ser

Ser

His

Ala

Arg

Pro

Ala

Phe

Lys

Gly

Leu

Tyr

Gly

Phe

50

55

60

Pro

Asn

Ser

Val

Cys

Met

Ser

Leu

Asn

Glu

Val

Val

íle

His

Gly

íle

65

70

75

80

Pro

Thr

Asp

Tyr

Val

Leu

Gin

Glu

Gly

Asp

íle

íle

Gly

Leu

Asp

Leu

85

90

95

Gly

Val

Glu

Val

Asp

Gly

Tyr

Tyr

Gly

Asp

Ser

Ala

Leu

Thr

Leu

Pro

100

105

110

íle

Gly

Ala

íle

Ser

Pro

Gin

Asp

Glu

Lys

Leu

Leu

Ala

Cys

Ser

Lys

115

120

125

Glu

Ser

Leu

Met

His

Ala

íle

Ser

Ser

íle

Arg

Val

Gly

Met

His

Phe

297

130

135

140

Lys

Glu

Leu

Ser

Gin

íle

Leu

Glu

Gly

Ala

íle

Thr

Glu

Arg

Gly

Phe

145

150

155

160

Val

Pro

Leu

Lys

Gly

Phe

Cys

Gly

His

Gly

íle

Gly

Lys

Lys

Pro

His

165

170

175

Glu

Glu

Pro

Glu

íle

Pro

Asn

Tyr

Leu

Glu

Lys

Gly

Val

Lys

Ala

Asn

180

185

190

Ser

Gly

Pro

Lys

íle

Lys

Glu

Gly

Met

Val

Phe

Cys

Leu

Glu

Pro

Met

195

200

205

Val

Cys

Gin

Lys

Gin

Gly

Glu

Pro

Lys

íle

Leu

Ala

Asp

Lys

Trp

Ser

210

215

220

Val

Val

Ser

Val

Asp

Gly

Leu

Asn

Thr

Ser

His

His

Glu

His

Thr

íle

225

230

235

240

Ala

íle

Val

Gly

Asn

Lys

Ala

Val

íle

Leu

Thr

Glu

Arg

245

250

(2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 155:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 247 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix) ZNAK:
(A)	NÁZOV/KĽÚČ:	rôzne znaky
(B)	UMIESTNENIE	1 ... 247

(xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 155:

Lys

Pro

Lys

Arg

Asn

Gin

Ser

Pro

Lys

Lys

Ser

Arg

Glu

Leu

Thr

Ala

1

5

10

15

Gin

Ala

Leu

Ala

Leu

Leu

Glu

Arg

Glu

Val

Arg

Pro

Gly

Val

Ser

Leu

20

25

30

Leu

Glu

Leu

Asp

Lys

Met

Ala

Glu

Asp

Phe

Íle

Lys

Ser

Ser

His

Ala

35

40

45

Arg

Pro

Ala

Phe

Lys

Gly

Leu

Tyr

Gly

Phe

Pro

Asn

Ser

Val

Cys

Met

50

55

60

298

Ser

Leu

Asn

Glu

Val

Val

íle

His

Gly

íle

Pro

Thr

Asp

Tyr

Val

Leu

65

70

75

80

Gin

Glu

Gly

Asp

íle

íle

Gly

Leu

Asp

Leu

Gly

Val

Glu

Val

Asp

Gly

85

90

95

Tyr

Tyr

Gly

Asp

Ser

Ala

Leu

Thr

Leu

Pro

íle

Gly

Ala

íle

Ser

Pro

100

105

110

Gin

Asp

Glu

Lys

Leu

Leu

Ala

Cys

Ser

Lys

Glu

Ser

Leu

Met

His

Ala

115

120

125

íle

Ser

Ser

íle

Arg

Val

Gly

Met

His

Phe

Lys

Glu

Leu

Ser

Gin

íle

130

135

140

Leu

Glu

Gly

Ala

íle

Thr

Glu

Arg

Gly

Phe

Val

Pro

Leu

Lys

Gly

Phe

145

150

155

160

Cys

Gly

His

Gly

íle

Gly

Lys

Lys

Pro

His

Glu

Glu

Pro

Glu

íle

Pro

165

170

175

Asn

Tyr

Leu

Glu

Lys

Gly

Val

Lys

Ala

Asn

Ser

Gly

Pro

Lys

íle

Lys

180

185

190

Glu

Gly

Met

Val

Phe

Cys

Leu

Glu

Pro

Met

Val

Cys

Gin

Lys

Gin

Gly

195

200

205

Glu

Pro

Lys

íle

Leu

Ala

Asp

Lys

Trp

Ser

Val

Val

Ser

Val

Asp

Gly

210

215

220

Leu

Asn

Thr

Ser

His

His

Glu

His

Thr

íle

Ala

íle

Val

Gly

Asn

Lys

225

230

235

240

Ala

Val

íle

Leu

Thr

Glu

Arg

245 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 156:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 340 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A)	ORGANIZMUS:	Helicobacter pylori
(ix) ZNAK:
(A)	NÁZOV/KĽÚČ:	rôzne znaky
(B)	UMIESTNENIE	1 ... 340

(xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 156:

299

Met

Tyr

Arg

Lys

Asp

Leu

Asp

Asn

Tyr

Leu

Lys

Gin

Arg

Leu

Pro

Lys

1

5

10

15

Ala

Val

Phe

Leu

Tyr

Gly

Glu

Phe

Asp

Phe

Phe

íle

His

Tyr

Tyr

íle

20

25

30

Gin

Thr

íle

Ser

Ala

Leu

Phe

Lys

Gly

Asn

Asn

Pro

Asp

Thr

Glu

Thr

35

40

45

Ser

Leu

Phe

Tyr

Ala

Ser

Asp

Tyr

Glu

Lys

Ser

Gin

íle

Ala

Thr

Leu

50

55

60

Leu

Glu

Gin

Asp

Ser

Leu

Phe

Gly

Gly

Ser

Ser

Leu

Val

íle

Leu

Lys

65

70

75

80

Leu

Asp

Phe

Ala

Leu

His

Lys

Lys

Phe

Lys

Glu

Asn

Asp

íle

Asn

Pro

85

90

95

Phe

Leu

Lys

Ala

Leu

Glu

Arg

Pro

Ser

His

Asn

Arg

Leu

íle

íle

Gly

100

105

110

Leu

Tyr

Asn

Ala

Lys

Ser

Asp

Thr

Thr

Lys

Tyr

Lys

Tyr

Thr

Ser

Glu

115

120

125

íle

íle

Val

Lys

Phe

Phe

Gin

Lys

Ser

Pro

Leu

Lys

Asp

Glu

Ala

íle

130

135

140

Cys

Val

Arg

Phe

Phe

Thr

Pro

Lys

Ala

Trp

Glu

Ser

Leu

Lys

Phe

Leu

145

150

155

160

Gin

Glu

Arg

Ala

Asn

Phe

Leu

His

Leu

Asp

íle

Ser

Gly

His

Leu

Leu

165

170

175

Asn

Ala

Leu

Phe

Glu

íle

Asn

Asn

Glu

Asp

Leu

Ser

Val

Ser

Phe

Asn

180

185

190

Asp

Leu

Asp

Lys

Leu

Ala

Val

Leu

Asn

Ala

Pro

íle

Thr

Leu

Glu

Asp

195

200

205

íle

Gin

Glu

Leu

Ser

Ser

Asn

Ala

Gly

Asp

Met

Asp

Leu

Gin

Lys

Leu

210

215

220

íle

Leu

Gly

Leu

Phe

Leu

Lys

Lys

Ser

Val

Leu

Asp

Íle

Tyr

Asp

Tyr

225

230

235

240

Leu

Leu

Lys

Glu

Gly

Lys

Lys

Asp

Ala

Asp

íle

Leu

Arg

Gly

Leu

Glu

245

250

255

Arg

Tyr

Phe

Tyr

Gin

Leu

Phe

Leu

Phe

Phe

Ala

His

íle

Lys

Thr

Thr

260

265

270

Gly

Leu

Met

Asp

Ala

Lys

Glu

Val

Leu

Gly

Tyr

Ala

Pro

Pro

Lys

Glu

275

280

285

íle

Val

Glu

Asn

Tyr

Ala

Lys

Asn

Ala

Leu

Arg

Leu

Lys

Glu

Ala

Gly

290

295

300

Tyr

Lys

Arg

Val

Phe

Glu

íle

Phe

Arg

Leu

Trp

His

Leu

Gin

Ser

Met

305

310

315

320

Gin

Gly

Gin

Lys

Glu

Leu

Gly

Phe

Leu

Tyr

Leu

Thr

Pro

íle

Gin

Lys

325

330

335 íle íle Asn Pro

300

340 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 157:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 200 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix) ZNAK:
(A)	NÁZOV/KĽÚČ:	rôzne znaky
(B)	UMIESTNENIE	1 ... 200

(xi, POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 157:

Val

Phe

Met

Thr

Ser

Ala

Leu

Leu

Gly

Leu

Gin

íle

Val

Leu

Ala

Val

1

5

10

15

Leu

íle

Val

Val

Val

Val

Leu

Leu

Gin

Lys

Ser

Ser

Ser

íle

Gly

Leu

20

25

30

Gly

Ala

Tyr

Ser

Gly

Ser

Asn

Asp

Ser

Leu

Phe

Gly

Ala

Lys

Gly

Pro

35

40

45

Ala

Ser

Phe

Met

Ala

Lys

Leu

Thr

Met

Phe

Leu

Gly

Leu

Leu

Phe

Val

50

55

60

íle

Asn

Thr

íle

Ala

Leu

Gly

Tyr

Phe

Tyr

Asn

Lys

Glu

Tyr

Gly

Lys

65

70

75

80

Ser

Val

Leu

Asp

Glu

Thr

Lys

Thr

Asn

Lys

Glu

Leu

Ser

Pro

Leu

Val

85

90

95

Pro

Ala

Thr

Gly

Thr

Leu

Asn

Pro

Thr

Leu

Asn

Pro

Thr

Leu

Asn

Pro

100

105

110

Thr

Leu

Asn

Pro

Leu

Glu

Gin

Ala

Pro

Thr

Asn

Pro

Leu

Met

Pro

Thr

115

120

125

Gin

Thr

Pro

Lys

Glu

Leu

Pro

Lys

Glu

Pro

Ala

Lys

Thr

Pro

Phe

Val

130

135

140

Glu

Ser

Pro

Lys

Gin

Asn

Glu

Lys

Asn

Glu

Lys

Asn

Asp

Ala

Lys

Glu

145

150

155

160

Asn

Gly

íle

Lys

Gly

Val

Glu

Lys

Asn

Lys

Glu

Asn

Ala

Lys

Thr

Pro

165

170

175

301

Pro Thr Thr His 180	Gin Lys Pro Lys Lys Asp Glu Lys 200	Thr His Ala Thr Thr Asn Ala His
185	190
Thr Asn Gin	Lys
	195
(2)	INFORMÁCIE	PRE SEKVENCIU Č.	158:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 159 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A)	ORGANIZMUS:	Helicobacter pylori
(ix) ZNAK
(A)	NÁZOV/KĽÚČ:	rôzne znaky
(B)	UMIESTNENIE	1 ... 159

(xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia £. 158:

Met Arg Ser Pro Asn Leu Glu Lys Glu Glu Thr Glu íle íle Glu Thr

1

5

10

15

Leu

Leu

Val

Arg

Glu

Lys

Met

Arg

Leu

Cys

Pro

Leu

Tyr

Trp

Arg

íle

20

25

30

Leu

Ala

Phe

Leu

íle

Asp

Ser

Leu

Leu

Val

Ala

Phe

Leu

Leu

Ser

Asp

35

40

45

Leu

Leu

Arg

Ala

Cys

Ala

Phe

Leu

His

Ser

Leu

Tyr

Trp

Leu

Thr

Asn

50

55

60

Pro

íle

Tyr

Tyr

Ser

Ala

Phe

Val

Val

Met

Gly

Phe

íle

íle

Leu

Tyr

65

70

75

80

Gly

Val

Tyr

Glu

íle

Phe

Phe

Val

Cys

Leu

Cys

Lys

Met

Ser

Leu

Ala

85

90

95

Lys

Leu

Val

Phe

Arg

íle

Lys

íle

íle

Asp

íle

Tyr

Leu

Ala

Asp

Cys

100

105

110

Pro

Ser

Arg

Ala

íle

Leu

Leu

Lys

Arg

Leu

Gly

Leu

Lys

íle

Val

Val

115

120

125

Phe

Leu

Cys

Pro

Phe

Leu

Trp

Phe

Val

Val

Phe

Lys

Asn

Pro

Tyr

His

130

135

140

Arg

Ala

Trp

His

Glu

Glu

Lys

Ser

Lys

Ser

Leu

Leu

Val

Leu

Phe

302

145 150 155 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 159:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 234 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

	(A)	ORGANIZMUS:	Helicobacter	pylori
(ix)	ZNAK:
	(A)	NÁZOV/KĽÚČ:	rôzne znaky
	(B)	UMIESTNENIE	1 ... 234
(xi)	POPIS SEKVENCIE:	Sekvencia č.	159:

Leu

Asn

Thr

Asp

Phe

Ser

His

íle

Thr

Asp

íle

Glu

Gly

Met

Arg

Phe

1

5

10

15

Val

Asn

Glu

Glu

Asp

Ala

Leu

Asn

Lys

Leu

íle

Asn

Glu

íle

His

Thr

20

25

30

Arg

His

íle

Asp

Leu

Lys

Asp

Ser

íle

Met

Leu

Ala

Leu

Ser

Phe

Asn

35

40

45

Ala

Leu

Tyr

Leu

Ala

Asn

Ala

Leu

Ala

Gin

Lys

Phe

Gly

Ala

Thr

Tyr

50

55

60

Asp

íle

Leu

Phe

Leu

Glu

Pro

íle

Leu

Ala

Pro

Leu

Asn

Ser

Lys

Cys

65

70

75

80

Glu

íle

Ala

Leu

Val

Ser

Glu

Ser

Met

Asp

íle

Val

Met

Asn

Glu

Ser

85

90

95

Leu

íle

Asn

Ser

Phe

Asp

íle

Ala

Leu

Asp

Tyr

Val

Tyr

Gly

Glu

Ala

100

105

110

Lys

Arg

Ala

Tyr

Glu

Glu

Asp

íle

Leu

Ser

His

íle

Tyr

Gin

Tyr

Arg

115

120

125

Lys

Gly

Asn

Ala

íle

Lys

Ser

Leu

Lys

Asp

Lys

Asn

íle

Phe

íle

Val

130

135

140

Asp

Arg

Gly

íle

Glu

Thr

Gly

Phe

Arg

Ala

Gly

Leu

Gly

Val

Gin

Thr

145

150

155

160

Cys

Leu

Lys

Lys

Glu

Cys

Gin

Asp

íle

Tyr

íle

Leu

Thr

Pro

íle

Leu

165

170

175

303

Ala Gin Asn Val Ala Gin Gly Leu Glu Ser Leu Cys Asp Gly Val

íle

180

185

190

Ser

Val

Tyr

Arg

Pro

Glu

Cys

Phe

Val

Ser

Val

Glu

His

His

Tyr

Lys

195

200

205

Glu

Leu

Lys

Arg

Leu

Ser

Asn

Glu

Glu

íle

Glu

Lys

Tyr

Leu

Gly

Ala

210

215

220

Asn

Asn

Ala

Pro

Asn

Leu

Lys

Lys

Glu

His

225

230

(2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 160:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 287 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix) ZNAK
(A)	NÁZOV/KĽÚČ:	rôzne	znaky
(B)	UMIESTNENIE	1 . . .	287

(xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia £. 160:

Leu

Lys

Gin

Ser

Glu

Met

Ala

Met

Glu

Phe

Asn

Asp

Pro

Arg

Met

Arg

1

5

10

15

Phe

Phe

íle

Gly

Asp

Val

Arg

Asp

Leu

Glu

Arg

Leu

Asn

Tyr

Ala

Leu

20

25

30

Glu

Gly

Val

Asp

íle

Cys

íle

His

Ala

Ala

Ala

Leu

Lys

His

Val

Pro

35

40

45

íle

Ala

Glu

Tyr

Asn

Pro

Leu

Glu

Cys

íle

Lys

Thr

Asn

íle

Met

Gly

50

55

60

Ala

Ser

Asn

Val

íle

Asn

Ala

Cys

Leu

Lys

Asn

Glu

íle

Ser

Gin

Val

65

70

75

80

íle

Ala

Leu

Ser

Thr

Asp

Lys

Ala

Ala

Asn

Pro

íle

Asn

Leu

Tyr

Gly

85

90

95

Ala

Thr

Lys

Leu

Cys

Ser

Asp

Lys

Leu

Phe

Val

Ser

Ala

Asn

Asn

Phe

100

105

110

Lys

Gly

Pro

Ser

Gin

Thr

Gin

Phe

Gly

Val

Val

Arg

Tyr

Gly

Asn

Val

304

115

120

125

Val

Gly

Ser

Arg

Gly

Ser

Val

Val

Pro

Phe

Phe

Lys

Lys

Leu

Val

Gin

130

135

140

Asn

Lys

Ala

Ser

Glu

íle

Pro

íle

Thr

Asp

íle

Arg

Met

Thr

Arg

Phe

145

150

155

160

Trp

íle

Thr

Leu

Asp

Glu

Gly

Val

Ser

Phe

Val

Leu

Lys

Ser

Leu

Lys

165

170

175

Arg

Met

His

Gly

Gly

Glu

íle

Phe

Val

Pro

Lys

íle

Pro

Ser

Met

Lys

180

185

190

Met

íle

Asp

Leu

Ala

Lys

Ala

Leu

Ala

Pro

Asn

íle

Pro

Thr

Lys

íle

195

200

205

íle

Gly

íle

Arg

Pro

Gly

Glu

Lys

Leu

His

Glu

Val

Met

íle

Pro

Lys

210

215

220

Asp

Glu

Ser

His

Leu

Ala

Leu

Glu

Phe

Glu

Asp

Phe

Phe

íle

íle

Gin

225

230

235

240

Pro

Thr

íle

Ser

Phe

Gin

Thr

Pro

Lys

Asp

Tyr

Thr

Leu

Thr

Lys

Leu

245

250

255

His

Glu

Lys

Gly

Gin

Lys

Val

Ala

Pro

Asp

Phe

Glu

Tyr

Ser

Ser

His

260

265

270

Thr

Asn

Asn

Gin

Trp

Leu

Glu

Pro

Asp

Asp

Leu

Leu

Lys

Leu

Leu

275

280

285

(2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 161:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 201 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 201 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 161:

Met Arg Leu His Thr Ala Phe Phe Gly Íle Asn Ser Leu Leu Val Ala 15 10 15

305

Thr Leu Leu íle Ser Gly Cys Ser Leu Phe Lys Lys Arg Asn Thr Asn 20 25 30

Ala Gin Leu íle Pro Pro Ser Ala Asn Gly Leu Gin Ala Pro íle Tyr 35 40 45

Pro Pro Thr Asn Phe Thr Pro Arg Lys Ser íle Gin Pro Leu Pro Ser

55 60

Pro Arg Leu Glu Asn Asn Asp Gin Pro íle íle Ser Ser Asn Pro Thr

70 75 80

Asn Ala íle Pro Asn Thr Pro íle Leu Thr Pro Asn Asn Val íle Glu

90 95

Leu Asn Ala Val Gly Met Gly Val Ala Pro Glu Ser Thr íle Ser Pro

100 105 110

Ser Gin Ala Leu Ala Leu Ala Lys Arg Ala Ala íle Val Asp Gly Tyr

115 120 125

Arg Gin Leu Gly Glu Lys Met Tyr Gly íle Arg Val Asn Ala Gin Asp

130 135 140

Thr Val Lys Asp Met Val Leu Gin Asn Ser Val íle Lys Thr Arg Val

145 150 155 160

Asn Ala Leu íle Arg Asn Ala Glu íle Thr Glu Thr íle Tyr Lys Asp

165 170 175

Gly Leu Cys Gin Val Ser Met Glu Leu Lys Leu Asp Gly Arg íle Trp

180 185 190

Tyr Arg íle Leu Ser Gly Ser Arg Gly

195 200 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 162:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 355 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A)	ORGANIZMUS:	Helicobacter pylori
(ix) ZNAK:
(A)	NÁZOV/KĽÚČ:	rôzne znaky
(B)	UMIESTNENIE	1 ... 355

(xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 162:

306

Met

Ser

Tyr

Thr

íle

Asn

Lys

Arg

Phe

Ser

Val

Gly

Val

Gly

Leu

Arg

1

5

10

15

Gly

Leu

Tyr

Ala

Thr

Gly

Ser

Phe

Asn

Asn

Thr

Val

Tyr

Val

Pro

Leu

20

25

30

Glu

Gly

Ala

Ser

Val

Leu

Ser

Ala

Glu

Gin

íle

Leu

Asn

Leu

Pro

Asn

35

40

45

Asn

Val

Phe

Ala

Asp

Gin

Val

Pro

Ser

Asn

Met

Met

Thr

Leu

Leu

Gly

50

55

60

Asn

íle

Gly

Tyr

Gin

Pro

Ala

Leu

Asn

Cys

Gin

Lys

Ala

Gly

Gly

Asp

65

70

75

80

Met

Ser

Asp

Gin

Ser

Cys

Gin

Glu

Phe

Tyr

Asn

Gly

Leu

Lys

Lys

íle

85

90

95

Met

Gly

Tyr

Ser

Gly

Leu

íle

Lys

Ala

Ser

Ala

Asn

Leu

Tyr

Gly

Thr

100

105

110

Thr

Gin

Val

Val

Gin

Lys

Ser

Asn

Gly

Gin

Gly

Val

Ser

Gly

Gly

Tyr

115

120

125

Arg

Val

Gly

Ser

Ser

Leu

Arg

Val

Phe

Asp

His

Gly

Met

Phe

Ser

Val

130

135

140

Val

Tyr

Asn

Ser

Ser

Val

Thr

Phe

Asn

Met

Lys

Gly

Gly

Leu

Val

Ala

145

150

155

160

íle

Thr

Glu

Leu

Gly

Pro

Ser

Leu

Gly

Ser

Val

Leu

Thr

Lys

Gly

Ser

165

170

175

Leu

Asn

íle

Asn

Val

Ser

Leu

Pro

Gin

Thr

Leu

Ser

Leu

Ala

Tyr

Ala

180

185

190

His

Gin

Phe

Phe

Lys

Asp

Arg

Leu

Arg

Val

Glu

Gly

Val

Phe

Glu

Arg

195

200

205

Thr

Phe

Trp

Ser

Gin

Gly

Asn

Lys

Phe

Leu

Val

Thr

Pro

Asp

Phe

Ala

210

215

220

Asn

Ala

Thr

Tyr

Lys

Gly

Leu

Ser

Gly

Thr

Val

Ala

Ser

Leu

Asp

Ser

225

230

235

240

Glu

Thr

Leu

Lys

Lys

Met

Val

Gly

Leu

Ala

Asn

Phe

Lys

Ser

Val

Met

245

250

255

Asn

Met

Gly

Ala

Gly

Trp

Arg

Asp

Thr

Asn

Thr

Phe

Arg

Leu

Gly

Val

260

265

270

Thr

Tyr

Met

Gly

Lys

Ser

Leu

Arg

Leu

Met

Gly

Ala

íle

Asp

Tyr

Asp

275

280

285

Gin

Ala

Pro

Ser

Pro

Gin

Asp

Ala

íle

Gly

íle

Pro

Asp

Ser

Asn

Gly

290

295

300

Tyr

Thr

Val

Ala

Phe

Gly

Thr

Lys

Tyr

Asn

Phe

Arg

Gly

Phe

Asp

Leu

305

310

315

320

Gly

Val

Ala

Gly

Ser

Phe

Thr

Phe

Lys

Ser

Asn

Arg

Ser

Ser

Leu

Tyr

325

330

335

Gin

Ser

Pro

Thr

íle

Gly

Gin

Leu

Arg

íle

Phe

Ser

Ala

Ser

Leu

Gly

307

340	345	350
Tyr Arg Trp
355
(2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č.	163:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 587 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky

(B) UMIESTNENIE 1

. . .

587

(xi)

POPIS SEKVENCIE: Sekvencia

č. 163:

Met

Lys

Asn

Phe

Ser

Pro

Leu

Tyr

Cys

Leu

Lys

Lys

Leu

Lys

Lys

Arg

1

5

10

15

His

Leu

íle

Ala

Leu

Ser

Leu

Pro

Leu

Leu

Ser

Tyr

Ala

Asn

Gly

Phe

20

25

30

Lys

íle

Gin

Glu

Gin

Ser

Leu

Asn

Gly

Thr

Ala

Leu

Gly

Ser

Ala

Tyr

35

40

45

Val

Ala

Gly

Ala

Arg

Gly

Ala

Asp

Ala

Ser

Phe

Tyr

Asn

Pro

Ala

Asn

50

55

60

Met

Gly

Phe

Thr

Asn

Asp

Trp

Gly

Glu

Asn

Arg

Ser

Glu

Phe

Glu

Met

65

70

75

80

Thr

Thr

Thr

Val

íle

Asn

íle

Pro

Ala

Phe

Ser

Phe

Lys

Val

Pro

Thr

85

90

95

Thr

Asn

Gin

Gly

Leu

Tyr

Ser

Val

Thr

Ser

Leu

Glu

íle

Asp

Lys

Ser

100

105

110

Gin

Gin

Asn

íle

Leu

Gly

íle

íle

Asn

Thr

íle

Gly

Leu

Gly

Asn

íle

115

120

125

Leu

Lys

Ala

Leu

Gly

Asn

Thr

Ala

Ala

Thr

Asn

Gly

Leu

Ser

Gin

Ala

130

135

140

íle

Asn

Arg

Val

Gin

Gly

Leu

Met

Asn

Leu

Thr

Asn

Gin

Lys

Val

Val

145

150

155

160

308

Thr

Leu

Ala

Ser

Lys

Pro

Asp

Thr

Gin

íle

Val

Asn

Gly

Trp

Thr

Gly

165

170

175

Thr

Thr

Asn

Phe

Val

Leu

Pro

Lys

Phe

Phe

Tyr

Lys

Thr

Arg

Thr

His

180

185

190

Asn

Gly

Phe

Thr

Phe

Gly

Gly

Ser

Phe

Thr

Ala

Pro

Ser

Gly

Leu

Gly

195

200

205

Met

Lys

Trp

Asn

Gly

Lys

Gly

Gly

Glu

Phe

Leu

His

Asp

Val

Phe

íle

210

215

220

Met

Met

Val

Glu

Leu

Ala

Pro

Ser

Met

Ser

Tyr

Thr

íle

Asn

Lys

Arg

225

230

235

240

Phe

Ser

Val

Gly

Val

Gly

Leu

Arg

Gly

Leu

Tyr

Ala

Thr

Gly

Ser

Phe

245

250

255

Asn

Asn

Thr

Val

Tyr

Val

Pro

Leu

Glu

Gly

Ala

Ser

Val

Leu

Ser

Ala

260

265

270

Glu

Gin

íle

Leu

Asn

Leu

Pro

Asn

Asn

Val

Phe

Ala

Asp

Gin

Val

Pro

275

280

285

Ser

Asn

Met

Met

Thr

Leu

Leu

Gly

Asn

íle

Gly

Tyr

Gin

Pro

Ala

Leu

290

295

300

Asn

Cys

Gin

Lys

Ala

Gly

Gly

Asp

Met

Ser

Asp

Gin

Ser

Cys

Gin

Glu

305

310

315

320

Phe

Tyr

Asn

Gly

Leu

Lys

Lys

íle

Met

Gly

Tyr

Ser

Gly

Leu

íle

Lys

325

330

335

Ala

Ser

Ala

Asn

Leu

Tyr

Gly

Thr

Thr

Gin

Val

Val

Gin

Lys

Ser

Asn

340

345

350

Gly

Gin

Gly

Val

Ser

Gly

Gly

Tyr

Arg

Val

Gly

Ser

Ser

Leu

Arg

Val

355

360

365

Phe

Asp

His

Gly

Met

Phe

Ser

Val

Val

Tyr

Asn

Ser

Ser

Val

Thr

Phe

370

375

380

Asn

Met

Lys

Gly

Gly

Leu

Val

Ala

íle

Thr

Glu

Leu

Gly

Pro

Ser

Leu

385

390

395

400

Gly

Ser

Val

Leu

Thr

Lys

Gly

Ser

Leu

Asn

íle

Asn

Val

Ser

Leu

Pro

405

410

415

Gin

Thr

Leu

Ser

Leu

Ala

Tyr

Ala

His

Gin

Phe

Phe

Lys

Asp

Arg

Leu

420

425

430

Arg

Val

Glu

Gly

Val

Phe

Glu

Arg

Thr

Phe

Trp

Ser

Gin

Gly

Asn

Lys

435

440

445

Phe

Leu

Val

Thr

Pro

Asp

Phe

Ala

Asn

Ala

Thr

Tyr

Lys

Gly

Leu

Ser

450

455

460

Gly

Thr

Val

Ala

Ser

Leu

Asp

Ser

Glu

Thr

Leu

Lys

Lys

Met

Val

Gly

4 65

470

475

480

Leu

Ala

Asn

Phe

Lys

Ser

Val

Met

Asn

Met

Gly

Ala

Gly

Trp

Arg

Asp

485

490

495

Thr

Asn

Thr

Phe

Arg

Leu

Gly

Val

Thr

Tyr

Met

Gly

Lys

Ser

Leu

Arg

500

505

510

309

Leu Met Gly Ala

íle

Asp

Tyr

Asp Gin Ala Pro Ser Pro Gin Asp Ala

515

520

525

íle

Gly

íle

Pro

Asp

Ser

Asn

Gly

Tyr

Thr

Val

Ala

Phe

Gly

Thr

Lys

530

535

540

Tyr

Asn

Phe

Arg

Gly

Phe

Asp

Leu

Gly

Val

Ala

Gly

Ser

Phe

Thr

Phe

545

550

555

560

Lys

Ser

Asn

Arg

Ser

Ser

Leu

Tyr

Gin

Ser

Pro

Thr

íle

Gly

Gin

Leu

565

570

575

Arg

íle

Phe

Ser

Ala

Ser

Leu

Gly

Tyr

Arg

Trp

580

585

(2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 164:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 205 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(Á) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 205 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia £. 164:

Leu

íle

Phe

Arg

Phe

Phe

Leu

íle

Leu

Ser

Leu

Leu

Lys

Gly

Val

Leu

1

5

10

15

Leu

Ala

Lys

Lys

Asp

Trp

Asn

Phe

Phe

Lys

Pro

Leu

Glu

Pro

Thr

Lys

20

25

30

Lys

Tyr

Phe

Gly

Ser

Phe

Lys

íle

Gly

Tyr

Leu

Tyr

Gin

His

Ala

Glu

35

40

45

Thr

Thr

Lys

Arg

Phe

Pro

íle

Arg

Pro

Lys

Asn

Arg

Pro

Pro

íle

Leu

50

55

60

Met

Asp

Lys

íle

Tyr

His

Asp

Ala

Ser

Leu

Gly

Phe

Asp

Ala

Gly

Tyr

65

70

75

80

Val

Leu

Lys

Lys

Lys

Ala

Leu

Leu

Gly

Gly

Tyr

Leu

Asp

Ala

Gly

Met

85

90

95

Gly Asp

Ser

Tyr

Phe

Met

Ser

Ala

Gly

Leu

Val

Ala

Gly

Val

Arg

Leu

310

100

105

110

Phe

Lys

Gly

Trp

Val

íle

Pro

Lys

íle

Ala

Leu

Gly

Tyr

Gin

Leu

Gin

115

120

125

íle

Leu

Gly

Ala

Lys

íle

Asp

Lys

Tyr

Gin

Phe

Asn

íle

Gin

Ser

Ala

130

135

140

Val

Gly

Ser

Val

Gly

Leu

Phe

Phe

Asn

Ala

Ala

Lys

Asn

Phe

Gly

Leu

145

150

155

160

Ser

íle

Glu

Ala

Arg

Gly

Gly

íle

Pro

Phe

Tyr

Phe

íle

Gin

Ser

Arg

165

170

175

Phe

Ser

Lys

Ala

Phe

Gly

Thr

Pro

Arg

Leu

Asn

íle

Tyr

Ser

Val

Gly

180

185

190

íle

Thr

Phe

Thr

Phe

Tyr

Asp

Phe

Thr

Arg

Phe

Leu

Gly

195

200

205

(2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 165:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 253 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix) ZNAK:
(A)	NÁZOV/KĽÚČ:	rôzne znaky
(B)	UMIESTNENIE	1 ... 253

(xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 165:

Leu

Trp

His

Ala

Ala

Phe

Ser

Val

Gly

Glu

Trp

Gly

Trp

Asn

Gly

Asp

1

5

10

15

Glu

íle

Pro

Tyr

Arg

Asp

Cys

Asp

Glu

Trp

Gly

Leu

Asp

Asp

Phe

Tyr

20

25

30

Gly

Val

Lys

Pro

Thr

Asp

Cys

Ala

Gly

Val

Leu

Ser

Phe

Ala

Arg

Ser

35

40

45

His

Arg

Arg

Gin

Asn

Gin

Ala

Val

Leu

Ser

Lys

Pro

Lys

Ser

Phe

Arg

50

55

60

Met

Lys

Lys

íle

Ala

Phe

íle

Leu

Ala

Leu

Trp

Val

Gly

Leu

Leu

Gly

65

70

75

80

311

Ala Phe Glu	Pro	Lys Lys Ser His 85	íle Tyr Phe Gly Ala Met Val Gly
90	95
Leu Ala Pro	Val	Lys íle Thr Pro	Lys Pro Ala Ser Asp	Ser Ser Tyr
	100		105	110
Thr Ala Phe	Leu	Trp Gly Ala Lys	Gly Gly Tyr Gin Phe	Ala Phe Phe
115		120	125
Lys Ala Leu	Ala	Leu Arg Gly Glu	Phe Ser Tyr Leu Met	Ala íle Lys
130		135	140
Pro Thr Ala	Leu	His Thr íle Asn	Thr Ser Leu Leu Ser	Leu Asn Met
145		150	155	160
Asp Val Leu	Ser	Asp Phe Tyr Thr	Tyr Lys Lys Tyr Ser	Phe Gly Val
		165	170	175
Tyr Gly Gly	Leu	Gly íle Gly Tyr	Phe Tyr Gin Ser Asn	His Leu Gly
	180		185	190
Met Lys Asn	Ser	Ser Phe Met Gly	Tyr Asn Gly Leu Phe	Asn Val Gly
195		200	205
Leu Gly Ser	Thr	íle Asp Arg His	His Arg Val Glu Leu	Gly Ala Lys
210		215	220
íle Pro Phe	Ser	Lys Thr Arg Asn	Ser Phe Lys Asn Ser	Tyr Phe Leu
225		230	235	240
Glu Ser Val	Phe	íle His Ala Ala	Tyr Ser Tyr Met Phe
		245	250
(2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č.	166:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 412 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 412 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 166:

Met Glu Ser Val Lys Thr Val Lys Thr Asn Lys Val Gly Lys Asn Thr

312

Glu

Thr

Ala

Asn

Thr

Glu

Ala

Ser

Lys

Glu

Thr

His

Phe

Lys

Gin

Ala

20

25

30

Ser

Ala

íle

Thr

Asn

Thr

Leu

Arg

Ser

íle

Gly

Gly

íle

Phe

Thr

Lys

35

40

45

íle

Ala

Lys

Lys

Val

Arg

Glu

Leu

Val

Lys

Lys

His

Pro

Lys

Lys

Ser

50

55

60

Ser

Val

Ala

Leu

Val

Val

Leu

Thr

His

íle

Ala

Cys

Lys

Arg

Ala

Lys

65

70

75

80

Glu

Leu

Asp

Asp

Lys

Val

Gin

Asp

Lys

Ser

Lys

Gin

Ala

Glu

Lys

Glu

85

90

95

Asn

Gin

íle

Asn

Trp

Trp

Lys

Tyr

Ser

Gly

Leu

Thr

íle

Ala

Ala

Ser

100

105

110

Leu

Leu

Leu

Ala

Ala

Cys

Ser

Thr

Gly

Asp

íle

Asp

Lys

Gin

íle

Glu

115

120

125

Leu

Glu

Gin

Glu

Lys

Lys

Glu

Ala

Asn

Lys

Ser

Gly

íle

Lys

Leu

Glu

130

135

140

Gin

Glu

Arg

Gin

Lys

Thr

Glu

Gin

Glu

Arg

Gin

Lys

Thr

Asn

Lys

Ser

145

150

155

160

Glu

íle

Glu

Leu

Glu

Gin

Glu

Arg

Gin

Lys

Thr

Asn

Lys

Ser

Gly

íle

165

170

175

Glu

Leu

Ala

Asn

Ser

Gin

íle

Lys

Ala

Glu

Gin

Glu

Arg

Gin

Lys

Thr

180

185

190

Glu

Gin

Glu

Lys

Gin

Lys

Ala

Asn

Lys

Ser

Glu

íle

Glu

Leu

Glu

Gin

195

200

205

Gin

Lys

Gin

Lys

Thr

íle

Asn

Thr

Gin

Arg

Asp

Leu

íle

Lys

Glu

Gin

210

215

220

Lys

Asp

Phe

íle

Lys

Glu

Thr

Glu

Gin

Asn

Cys

Gin

Glu

Lys

His

Gly

225

230

235

240

Gin

Leu

Phe

íle

Lys

Lys

Ala

Arg

íle

Lys

Thr

Gly

íle

Thr

Thr

Gly

245

250

255

íle

Ala

íle

Glu

íle

Glu

Ala

Glu

Cys

Lys

Thr

Pro

Lys

Pro

Ala

Lys

260

265

270

Thr

Asn

Gin

Thr

Pro

íle

Gin

Pro

Lys

His

Leu

Pro

Asn

Ser

Lys

Gin

275

280

285

Pro

Arg

Ser

Gin

Arg

Gly

Ser

Lys

Ala

Gin

Glu

Leu

íle

Ala

Tyr

Leu

290

295

300

Gin

Lys

Glu

Leu

Glu

Ser

Leu

Pro

Tyr

Ser

Gin

Lys

Ala

íle

Ala

Lys

305

310

315

320

Gin

Val

Asp

Phe

Tyr

Lys

Pro

Ser

Ser

íle

Ala

Tyr

Leu

Glu

Leu

Asp

325

330

335

Pro

Arg

Asp

Phe

Lys

Val

Thr

Glu

Glu

Trp

Gin

Lys

Glu

Asn

Leu

Lys

340

345

350

íle

Arg

Ser

Lys

Ala

Gin

Ala

Lys

Met

Leu

Glu

Met

Arg

Asn

Pro

Gin

313

355

360

365

Ala

His

Leu

Pro

Thr

Ser

Gin

Ser

Leu

Leu

Phe

Val

Gin

Lys

íle

Phe

370

375

380

Ala

Asp

íle

Asn

Lys

Glu

íle

Glu

Ala

Val

Ala

Asn

Thr

Glu

Lys

Lys

385

390

395

400

Thr

Glu

Lys

Ala

Gly

Tyr

Gly

Tyr

Ser

Lys

Arg

Met

405

410

(2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 167:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 149 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 149 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 167:

Leu

Asn

Trp

Glu

His

Leu

Met

Lys

Lys

Leu

Ala

Phe

Ser

Leu

Leu

Phe

1

5

10

15

Thr

Gly

Thr

Phe

Leu

Gly

Leu

Phe

Leu

Asn

Ala

Ser

Asp

Phe

Lys

Ser

20

25

30

Met

Asp

Asn

Lys

Gin

Leu

Leu

Glu

Gin

Ala

Gly

Lys

Val

Ala

Pro

Ser

35

40

45

Glu

Val

Pro

Glu

Phe

Arg

Thr

Glu

Val

Asn

Lys

Arg

Leu

Glu

Ala

Met

50

55

60

Lys

Glu

Glu

Glu

Arg

Gin

Lys

Tyr

Lys

Ala

Asp

Phe

Lys

Lys

Ala

Met

65

70

75

80

Asp

Lys

Asn

Leu

Ala

Ser

Leu

Ser

Gin

Glu

Asp

Arg

Asn

Lys

Arg

Lys

85

90

95

Lys

Glu

íle

Leu

Glu

Val

íle

Ala

Asn

Lys

Lys

Lys

Thr

Met

Thr

Met

100

105

110

Lys

Glu

Tyr

Arg

Glu

Glu

Gly

Leu

Asp

Leu

His

Asp

Cys

Ala

Cys

Glu

115

120

125

314

Gly Pro Phe His Asp His Glu Lys Lys Gly Gin Lys Gly Lys Lys Pro 130 135 140

Ser His His Lys His

145 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 168:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 204 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A)	ORGANIZMUS:	Helicobacter pylori
(ix) ZNAK:
(A)	NÁZOV/KĽÚČ:	rôzne znaky
(B)	UMIESTNENIE	1 ... 204

(xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 168:

Met Gin Ala Val 1

íle 5

Leu Ala Asn

Gly

Glu 10

Phe Pro Lys Ser

Lys Lys 15

Cys

Leu

Asp

íle

Leu

Gin

Asn

Ala

Pro

Phe

Leu

íle

Ala

Cys

Asp

Gly

20

25

30

Ala

Val

íle

Ser

Leu

His

Ala

Leu

Gin

Phe

Lys

Pro

Ser

Val

Val

íle

35

40

45

Gly Asp

Leu

Asp

Ser

íle

Asp

Ser

His

Leu

Lys

Ala

Leu

Tyr

Asn

Pro

50

55

60

íle

Arg

Val

Ser

Glu

Gin

Asp

Ser

Asn

Asp

Leu

Ser

Lys

Ala

Phe

Phe

65

70

75

80

Tyr

Ala

Leu

Asn

Arg

Gly

Cys

Asp

Asp

Phe

íle

Phe

Leu

Gly

Leu

Asn

85

90

95

Gly

Lys

Arg

Glu

Asp

His

Ala

Leu

Ala

Asn

Thr

Phe

Leu

Leu

Leu

Glu

100

105

110

Tyr

Phe

Lys

Phe

Cys

Lys

Lys

íle

Gin

Ser

Val

Ser

Asp

Tyr

Gly

Leu

115

120

125

Phe

Arg

Val

Leu

Glu

Thr

Pro

Phe

Thr

Leu

Pro

Ser

Phe

Lys

Gly

Glu

130

135

140

Gin

íle

Ser

Leu

Phe

Ser

Leu

Asp

Leu

Lys

Ala

Arg

Phe

Thr

Ser

Lys

315

145

150

155

160

Asn

Leu

Lys

Tyr

Pro

Leu

Lys

Asp

Leu

Arg

Leu

Lys

Thr

Leu

Phe

Ser

165

170

175

Gly

Ser

Leu

Asn

Glu

Ala

Thr

Asn

His

Cys

Phe

Ser

Leu

Ser

Ser

Glu

180

185

190

Pro

Lys

Ser

Val

Val

Leu

Val

Tyr

Gin

Lys

Phe

Ser

195

200

(2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 169:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 280 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A)	ORGANIZMUS:	Helicobacter pylori
(ix) ZNAK:
(A)	NÁZOV/KĽÚČ:	rôzne znaky
(B)	UMIESTNENIE	1 ... 280

(xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 169:

Val

Phe

Asp

Ser

Leu

Gly

Gly

Phe

Leu

Gly

Tyr

Lys

Thr

Phe

Lys

Pro

1

5

10

15

íle

Val

Asp

Lys

Val

Lys

Asn

íle

Asn

Ala

Trp

íle

Lys

Asn

Tyr

Asp

20

25

30

Asn

Lys

Lys

Ala

Gin

Glu

íle

Met

Gly

Phe

íle

Glu

Asn

Pro

Thr

Pro

35

40

45

Asp

Phe

Gin

Asn

Asn

Lys

Phe

Leu

Cys

Val

Leu

Asn

Arg

Gin

Gly

Thr

50

55

60

Arg

His

Asn

Asn

Tyr

Leu

Gly

Leu

Thr

Ser

Thr

Asn

Leu

Leu

íle

Gly

65

70

75

80

Ala

íle

Tyr

Phe

Ser

íle

Arg

His

Cys

íle

Lys

Ala

Thr

Trp

Gin

Asn

85

90

95

Asp

Arg

Asp

Gin

Phe

Tyr

Ala

Pro

Tyr

Asp

Asp

Ala

Phe

Gin

Asp

Asp

100

105

110

Ser

Glu

Phe

Lys

Asn

Asn

Cys

Leu

Ala

Phe

Met

Leu

Phe

His

Thr

Gin

115

120

125

316

Asn Arg 130

íle

Thr

Ala Thr

Gin Gly Thr 135

Asn

His

Phe 140

íle

Pro

Phe Ser

Glu

Asp

Glu

Val

Asp

Ser

Lys

Glu

Arg

Tyr

Leu

Ser

His

Ala

Leu

Leu

145

150

155

160

Asp Phe Leu Lys Gly Glu íle Lys Glu Pro Lys Lys Ser Asp Ser Leu

165 170 175

Phe Leu Asn Ala Lys Lys Glu Asn Lys

Pro

Leu

Lys

Phe Ser 190

Ser

Ser

180

185

Ala

Ser

Lys

Val

Phe

Asp

Ala

Gly Arg

Glu

íle

Tyr

Arg

Tyr

Tyr

His

195

200

205

Thr

Gin

Asp

Phe

íle

His

Thr

Pro

Tyr

Asn

Ala

Asn

Ala

Ser

Leu

Tyr

210

215

220

Asp

íle

Lys

Glu

Phe

Phe

Gin

Gly

Arg

Asn

Lys

Gin

Gly

Arg

Leu

Asn

225

230

235

240

Ser

Pro

Thr

Lys

Ala

Lys

Asp

Glu

Tyr

Tyr

Lys

Gin

Leu

Tyr

Ala

Asn

245

250

255

Leu

Gin

Tyr

Ala

Leu

Lys

Asp

Leu

Ala

Lys

Glu

íle

Gin

Pro

Lys

Val

260

265

270

Tyr

Glu

Tyr

Gly

Phe

Leu

Arg

Glu

275

280

(2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 170:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 309 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix) ZNAK:
(A)	NÁZOV/KĽÚČ:	rôzne znaky
(B)	UMIESTNENIE	1 ... 309

(xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 170:

Cys Asp Arg Ala íle Pro His Trp Leu Phe Ser Leu Gly Tyr Arg Tyr 15 10 15

Pro Pro Pro Leu Lys Pro Thr Asn Ala Phe Asn Leu Glu Val Phe Asp

317

25 30

Ser Leu

Gly 35

Gly Phe Leu Gly Tyr Lys Thr Phe Lys 40

Pro 45

íle Val

Asp

Lys

Val

Lys

Asn

íle

Asn

Ala

Trp

íle

Lys

Asn

Tyr

Asp

Asn

Lys

Lys

50

55

60

Ala

Gin

Glu

íle

Met

Gly

Phe

íle

Glu

Asn

Pro

Thr

Pro

Asp

Phe

Gin

65

70

75

80

Asn

Asn

Lys

Phe

Leu

Cys

Val

Leu

Asn

Arg

Gin

Gly

Thr

Arg

His

Asn

85

90

95

Asn

Tyr

Leu

Gly

Leu

Thr

Ser

Thr

Asn

Leu

Leu

íle

Gly

Ala

íle

Tyr

100

105

110

Phe

Ser

íle

Arg

His

Cys

íle

Lys

Ala

Thr

Trp

Gin

Asn

Asp

Arg

Asp

115

120

125

Gin

Phe

Tyr

Ala

Pro

Tyr

Asp

Asp

Ala

Phe

Gin

Asp

Asp

Ser

Glu

Phe

130

135

140

Lys

Asn

Asn

Cys

Leu

Ala

Phe

Met

Leu

Phe

His

Thr

Gin

Asn

Arg

íle

145

150

155

160

Thr

Ala

Thr

Gin

Gly

Thr

Asn

His

Phe

íle

Pro

Phe

Ser

Glu

Asp

Glu

165

170

175

Val

Asp

Ser

Lys

Glu

Arg

Tyr

Leu

Ser

His

Ala

Leu

Leu

Asp

Phe

Leu

180

185

190

Lys

Gly

Glu

íle

Lys

Glu

Pro

Lys

Lys

Ser

Asp

Ser

Leu

Phe

Leu

Asn

195

200

205

Ala

Lys

Lys

Glu

Asn

Lys

Pro

Leu

Lys

Phe

Ser

Ser

Ser

Ala

Ser

Lys

210

215

220

Val

Phe

Asp

Ala

Gly

Arg

Glu

íle

Tyr

Arg

Tyr

Tyr

His

Thr

Gin

Asp

225

230

235

240

Phe

íle

His

Thr

Pro

Tyr

Asn

Ala

Asn

Ala

Ser

Leu

Tyr

Asp

íle

Lys

245

250

255

Glu

Phe

Phe

Gin

Gly

Arg

Asn

Lys

Gin

Gly

Arg

Leu

Asn

Ser

Pro

Thr

260

265

270

Lys

Ala

Lys

Asp

Glu

Tyr

Tyr

Lys

Gin

Leu

Tyr

Ala

Asn

Leu

Gin

Tyr

275

280

285

Ala

Leu

Lys

Asp

Leu

Ala

Lys

Glu

íle

Gin

Pro

Lys

Val

Tyr

Glu

Tyr

290

295

300

Gly

Phe

Leu

Arg

Glu

305 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 171:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 187 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna

318 (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(Á) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNÁK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 187 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia £. 171:

Leu

Glu

Thr

Tyr

íle

íle

Asp

Ala

Asp

Asn

íle

Asp

Gly

Asp

Leu

Phe

1

5

10

15

Phe

Tyr

Asn

Leu

Thr

Arg

Asn

Ser

Asn

Asp

Phe

Ser

Met

Leu

Pro

Val

20

25

30

Phe

Glu

Leu

Asp

Arg

íle

Ala

Gin

Lys

íle

Arg

Asn

íle

Leu

Lys

Lys

35

40

45

His

Gly

Ser

Arg

Lys

Asp

íle

íle

Leu

Lys

His

Asn

Glu

íle

Lys

Glu

50

55

60

Ala

Phe

Phe

Ser

Pro

Phe

Lys

Pro

Gin

Leu

Lys

Thr

Val

Gin

Val

Phe

65

70

75

80

Leu

Ser

His

Ser

His

Ala

Asp

Lys

Asn

Lys

Ala

Leu

Gly

Val

Lys

Asp

85

90

95

Tyr

Leu

Glu

Ser

Lys

Thr

Lys

Arg

Lys

Val

Phe

íle

Asp

Ser

Leu

Phe

100

105

110

Trp

Asp

Tyr

Lys

Asp

Asp

Val

Leu

Asn

Lys

Leu

Ala

Lys

His

Asp

Asp

115

120

125

íle

Ser

Lys

íle

Glu

Asp

Ala

Phe

Thr

Leu

íle

Leu

Arg

Lys

Ser

Leu

130

135

140

Gin

Asp

Met

íle

Glu

Lys

Cys

Pro

Tyr

Phe

Val

Phe

Leu

Gin

Ser

Lys

145

150

155

160

Asn

Ser

Val

Ser

Asn

Gin

Gly

Leu

Ser

Arg

íle

Thr

Tyr

Ser

Ala

Trp

165

170

175

íle

Tyr

Glu

Glu

Leu

Lys

íle

Ala

Ser

Phe

Tyr

180 185 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 172:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 198 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina

319 (D, TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix) ZNAK:
(A,	NÁZOV/KĽÚČ:	rôzne znaky
(B)	UMIESTNENIE	1 ... 198

(xi, POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 172:

Leu

Glu

Thr

Tyr

íle

íle

Asp

Ala

Asp

Asn

íle

Asp

Gly

Asp

Leu

Phe

1

5

10

15

Phe

Tyr

Asn

Leu

Thr

Arg

Asn

Ser

Asn

Asp

Phe

Ser

Met

Leu

Pro

Val

20

25

30

Phe

Glu

Leu

Asp

Arg

íle

Ala

Gin

Lys

íle

Arg

Asn

íle

Leu

Lys

Lys

35

40

45

His

Gly

Ser

Arg

Lys

Asp

íle

íle

Leu

Lys

His

Asn

Glu

íle

Lys

Glu

50

55

60

Ala

Phe

Phe

Ser

Pro

Phe

Lys

Pro

Gin

Leu

Lys

Thr

Val

Gin

Val

Phe

65

70

75

80

Leu

Ser

His

Ser

His

Ala

Asp

Lys

Asn

Lys

Ala

Leu

Gly

Val

Lys

Asp

85

90

95

Tyr

Leu

Glu

Ser

Lys

Thr

Lys

Arg

Lys

Val

Phe

íle

Asp

Ser

Leu

Phe

100

105

110

Trp

Asp

Tyr

Lys

Asp

Asp

Val

Leu

Asn

Lys

Leu

Ala

Lys

His

Asp

Asp

115

120

125

íle

Ser

Lys

íle

Glu

Asp

Ala

Phe

Thr

Leu

íle

Leu

Arg

Lys

Ser

Leu

130

135

140

Gin

Asp

Met

íle

Glu

Lys

Cys

Pro

Tyr

Phe

Val

Phe

Leu

Gin

Ser

Lys

145

150

155

160

Asn

Ser

Val

Ser

Asn

Gin

Gly

Leu

Ser

Arg

íle

Thr

Tyr

Ser

Ala

Trp

165

170

175

íle

Tyr

Glu

Glu

Leu

Lys

íle

Ala

Ser

Phe

Leu

Leu

Ala

Leu

Leu

Thr

180

185

190

Arg

Val

Ala

Gin

Phe

Gin

195

(2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 173

320 (i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 189 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A)	ORGANIZMUS:	Helicobacter pylori
(ix) ZNAK
(A)	NÁZOV/KĽÚČ:	rôzne znaky
(B)	UMIESTNENIE	1 ... 189

(xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 173:

Met 1

Met

Thr Lys

Asn Ala Tyr Ala Phe Val Val íle Glu Lys Ser íle

5

10

15

Met

Val

Phe

Lys

Cys

Ala

Lys

Asp

Lys

Gly

Leu

íle

Pro

íle

Thr

Glu

20

25

30

Gly

Phe

Val

Pro

Leu

Lys

Glu

Gly

Phe

Leu

Arg

Ser

Phe

Lys

Glu

Arg

35

40

45

Cys

Asn

Leu

Asp

Phe

Leu

Glu

Asn

Leu

Asp

Leu

Leu

Phe

Leu

Tyr

Asp

50

55

60

Tyr

Gin

Phe

Pro

Ser

Glu

Val

Phe

Ser

Leu

Cys

Lys

Asp

Leu

Lys

Asn

65

70

75

80

Ser

íle

Trp

Asp

Arg

Lys

Leu

Val

Val

Val

Leu

Val

Glu

Ala

Leu

Glu

85

90

95

Gly

Phe

Lys

Gly

Leu

Asn

Leu

Ser

Leu

Lys

íle

Glu

Asp

Arg

His

Ser

100

105

110

Asn

Ser

Leu

Gly

Asn

Gly

Val

Gin

Lys

Leu

Leu

Thr

Asn

Ala

Asp

Leu

115

120

125

Gly

Ser

Asn

His

Lys

Pro

íle

Val

íle

Asp

Ser

Met

Lys

Thr

Tyr

His

130

135

140

Gin

Ser

Gin

Gin

Glu

Lys

Tyr

Lys

Arg

Glu

Arg

Gly

Glu

Thr

Leu

Glu

145

150

155

160

Val

Arg

Pro

Thr

Thr

Pro

Pro

Ser

Tyr

Gly

Gly

Gly

Ser

íle

Arg

íle

165

170

175

Ser

Gly

Asp

Lys

Lys

Pro

Asp

Ser

Asn

Glu

Glu

Asn

Phe

180 185 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 174:

321 (i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 590 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 590 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 174:

Met	Lys	Ala	íle	Lys	íle	Leu	Leu
1 íle	Ser	Val	Asn	5 Arg	Ala	Leu	Phe
Gly	Glu	Leu	20 Thr	Pro	Lys	íle	Val
Thr	Thr	35 Glu	Trp	Gly	Ala	Thr	40 Ala
Gly	50 Asp	Ala	Lys	Lys	Phe	55 Ser	Ala
65 Ser	Gly	íle	Leu	Gly	70 Asn	Phe	Arg
Leu	Lys	Leu	Gin	85 Lys	Asn	Leu	Lys
Asp	Ser	Phe	100 Tyr	Ser	Tyr	Arg	Thr
Ser	Leu	115 Lys	Asp	Gin	Lys	Thr	120 Ala
Val	130 Val	Gly	Ala	Tyr	Leu	135 Lys	Lys
145 Ser	Pro	Tyr	Tyr	Arg	150 Ser	Asn	Asn
Tyr	Tyr	Gly	Met	165 Tyr	Gly	Met	Tyr
Gly	Met	Gly	180 Met	Tyr	Asp	Phe	Tyr

íle	Met 10	Thr	Leu	Ser	Leu	Asn 15	Ala
Asp 25	Leu	Lys	Asp	Ser	Gin 30	Leu	Lys
Asp	Phe	Gly	Gly	Tyr 45	Lys	Ser	Asn
Leu	Asn	Tyr	íle 60	Asn	Ala	Ala	Asn
Leu	Val	Glu 75	Lys	Met	Arg	Phe	Asn 80
Ala	His 90	Ala	His	Leu	Arg	Gin 95	Ala
Tyr 105	Cys	Leu	Lys	íle	íle 110	Ala	Arg
Gly	íle	Tyr	íle	Pro 125	Leu	Gly	íle
Gin	Lys	Met	Leu 140	Ala	Asp	Leu	Ser
Gin	Gin	Glu 155	Asn	Glu	Lys	Ala	Gin 160
Tyr	Tyr 170	Asn	Ser	Tyr	Tyr	Ser 175	Pro
Gly 185	Met	Gly	Met	Tyr	Gly 190	Met	Tyr
Asp	Phe	Tyr	Asp	Gly	Met	Tyr	Gly

322

195 200 205

Phe Tyr

Pro

Asn Met

Phe Phe Met Met Gin Val Gin Asp Tyr

Leu

Met

210

215

220

Leu

Glu

Asn

Tyr

Met

Tyr

Ala

Leu

Asp

Gin

Glu

Glu

íle

Leu

Asp

His

225

230

235

240

Asp

Ala

Ser

íle

Asn

Gin

Leu

Asp

Thr

Pro

Thr

Asp

Asp

Asp

Arg

Asp

245

250

255

Asp

Lys

Asp

Asp

Lys

Ser

Ser

Gin

Pro

Ala

Asn

Leu

Met

Ser

Phe

Tyr

260

265

270

Arg

Asp

Pro

Lys

Phe

Ser

Lys

Asp

íle

Gin

Thr

Asn

Arg

Leu

Asn

Ser

275

280

285

Ala

Leu

Val

Asn

Leu

Asp

Asn

Ser

His

Met

Leu

Lys

Asp

Asn

Ser

Leu

290

295

300

Phe

His

Thr

Lys

Ala

Met

Pro

Thr

Lys

Ser

Val

Asp

Ala

íle

Thr

Ser

305

310

315

320

Gin

Ala

Lys

Glu

Leu

Asn

His

Leu

Val

Gly

Gin

íle

Lys

Glu

Met

Lys

325

330

335

Gin

Asp

Gly

Ala

Ser

Pro

Asn

Lys

íle

Asp

Ser

Val

Val

Asn

Lys

Ala

340 345 350

Met Glu Val Arg Asp Lys Leu Asp Asn Asn Leu Asn Gin Leu Asp Asn 355 360 365

Asp Leu Lys Asp Gin Lys Gly Leu Ser Ser Glu Gin Gin Ala Gin Val 370 375 380

Asp Lys Ala Leu Asp Ser Val Gin Gin Leu Ser His Ser Ser Asp Val

385 390 395 400

Val Gly Asn Tyr Leu Asp Gly Ser Leu Lys íle Asp Gly Asp Asp Arg

405 410 415

Asp

Asp Leu Asn 420

Asp

Ala

íle Asn

Asn Pro Met Gin Gin Pro Ala

Gin

425

430

Gin

Thr

Pro

íle

Asn

Asn

Met

Asp

Asn

Thr

His

Ala

Asn

Asp

Ser

Lys

435

440

445

Asp

Gin

Gly

Gly

Asn

Ala

Leu

íle

Asn

Pro

Asn

Asn

Ala

Thr

Asn

Asp

450

455

4 60

Asp

His

Asn

Asp

Asp

His

Met

Asp

Thr

Asn

Thr

Thr

Asp

Thr

Ser

Asn

465

470

475

480

Ala

Asn

Asp

Thr

Pro

Thr

Asp

Asp

Lys

Asp

Ala

Ser

Gly

Asn

Asn

Thr

485

490

495

Gly

Asp

Met

Asn

Asn

Thr

Asp

Thr

Gly

Asn

Thr

Asp

Thr

Gly

Asn

Thr

500

505

510

Asp

Thr

Gly

Asn

Thr

Asp

Asp

Met

Ser

Asn

Met

Asn

Asn

Gly

Asn

Asp

515

520

525

Asp

Thr

Gly

Asn

Thr

Asn

Asp

Asp

Met

Gly

Asn

Ser

Asn

Asp

Met

Gly

530

535

540

Asp

Asp

Met

Asn

Asn

Ala

Asn

Asp

Met

Asn

Asp

Asp

Met

Gly

Asn

Ser

323

545 550 555 560

Asn Asp Asp Met Gly Asp Met Gly Asp Met Asn Asp Asp Met Gly Gly

565 570 575

Asp Met Gly Asp Met Gly Asp Met Gly Gly Asp Met Gly Asn

580 585 590 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 175:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 195 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky

	(B) UMIESTNENIE 1	...	195
(xi)	POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 175:
Leu Asn	Leu Arg Leu Ala Gly	Ala	Ser Val Leu Thr Ala Cys Val Phe
1	5		10 15
Ser Gly	Cys Phe Phe Leu Lys	Met	Phe Asp Lys Lys Leu Ser Ser Asn
	20		25 30
Asp Trp	His íle Gin Lys Val	Glu	Met Asn His Gin Val Tyr Asp íle
	35	40	45
Glu Thr	Met Leu Ala Asp Ser	Ala	Phe Arg Glu His Glu Glu Glu Gin
50	55		60
Asp Ser	Ser Leu Asn Thr Ala	Leu	Pro Glu Asp Lys Thr Ala íle Glu
65	70		75 80
Ala Lys	Glu Gin Glu Gin Lys	Glu	Lys Arg Lys His Trp Tyr Glu Leu
	85		90 95
Phe Lys	Lys Lys Pro Lys Pro	Lys	Ser Ser Met Gly Glu Phe Val Phe
	100		105 110
Asp Gin	Lys Glu Asn Arg íle	Tyr	Gly Lys Gly Tyr Cys Asn Arg Tyr
	115	120	125
Phe Ala	Ser Tyr Thr Trp Gin	Gly	Asp Arg His íle Ala íle Glu Asp
130	135		140

324

Ser

Gly

íle

Ser

Arg

Lys

Val

Cys

Arg

Asp

Glu

His

Leu

Met

Ala

Phe

145

150

155

160

Glu

Leu

Glu

Phe

Met

Glu

Asn

Phe

Lys

Gly

Asn

Phe

Ala

Val

Thr

Lys

165

170

175

Gly

Lys

Asp

Thr

Leu

íle

Leu

Asp

Asn

Gin

Lys

Met

Lys

íle

Tyr

Leu

180

185

190

Lys Thr Pro 195 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 176:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 744 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 744 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 176:

Met

Leu

Lys

Leu

Ala

Ser

Lys

Thr

íle

Cys

Leu

Ser

Leu

íle

Ser

Ser

1

5

10

15

Phe

Thr

Ala

Val

Glu

Ala

Phe

Gin

Lys

His

Gin

Lys

Asp

Gly

Phe

Phe

20

25

30

íle

Glu

Ala

Gly

Phe

Glu

Thr

Gly

Leu

Leu

Gin

Gly

Thr

Gin

Thr

Gin

35

40

45

Glu

Gin

Thr

íle

Ala

Thr

Thr

Gin

Glu

Lys

Pro

Lys

Pro

Lys

Pro

Lys

50

55

60

Pro

Lys

Pro

íle

Thr

Pro

Gin

Ser

Thr

Tyr

Gly

Lys

Tyr

Tyr

íle

Ser

65

70

75

80

Gin

Ser

Thr

íle

Leu

Lys

Asn

Ala

Thr

Glu

Leu

Phe

Ala

Glu

Asp

Asn

85

90

95

íle

Thr

Asn

Leu

Thr

Phe

Tyr

Ser

Gin

Asn

Pro

Val

Tyr

Val

Thr

Ala

100

105

110

Tyr

Asn

Gin

Glu

Ser

Ala

Glu

Glu

Ala

Gly

Tyr

Gly

Asn

Asn

Ser

Leu

325

íle

Met

íle

Gin

Asn

Phe

Leu

Pro

Tyr

Asn

Leu

Asn

Asn

íle

Glu

Leu

130

135

140

Ser

Tyr

Thr

Asp

Asp

Gin

Gly

Asn

Val

Val

Ser

Leu

Gly

Val

íle

Glu

145

150

155

160

Thr

íle

Pro

Lys

Gin

Ser

Gin

íle

íle

Leu

Pro

Ala

Ser

Leu

Phe

Asn

165

170

175

Asp

Pro

Gin

Leu

Asn

Ala

Asp

Gly

Phe

Gin

Gin

Leu

Gin

Thr

Asn

Thr

180

185

190

Thr

Arg

Phe

Ser

Asp

Ala

Ser

Thr

Gin

Asn

Leu

Phe

Asn

Lys

Leu

Ser

195

200

205

Lys

Val

Thr

Thr

Asn

Leu

Gin

Met

Thr

Tyr

íle

Asn

Tyr

Asn

Gin

Phe

210

215

220

Ser

Ser

Gly

Asn

Gly

Ser

Gly

Ser

Lys

Pro

Pro

Cys

Pro

Pro

Tyr

Glu

225

230

235

240

Asn

Gin

Ala

Asn

Cys

Val

Ala

Lys

Val

Pro

Pro

Phe

Thr

Ser

Gin

Asp

245

250

255

Ala

Lys

Asn

Leu

Thr

Asn

Leu

Met

Leu

Asn

Met

Met

Ala

Val

Phe

Asp

260

265

270

Ser

Lys

Ser

Trp

Glu

Asp

Ala

Val

Leu

Asn

Ala

Pro

Phe

Gin

Phe

Ser

275

280

285

Asp

Asn

Asn

Leu

Ser

Ala

Pro

Cys

Tyr

Ser

Asp

Tyr

Leu

Thr

Cys

Val

290

295

300

Asn

Pro

Tyr

Asn

Asp

Gly

Leu

Val

Asp

Pro

Lys

Leu

íle

Ala

Lys

Asn

305

310

315

320

Lys

Gly

Asp

Glu

Tyr

Asn

íle

Glu

Asn

Gly

Gin

Thr

Gly

Ser

Val

íle

325

330

335

Leu

Thr

Pro

Gin

Asp

Val

íle

Tyr

Ser

Tyr

Arg

Val

Ala

Asn

Asn

íle

340

345

350

Tyr

Val

Asn

Leu

Leu

Pro

Thr

Arg

Gly

Gly

Asp

Leu

Gly

Leu

Gly

Ser

355

360

365

Gin

Tyr

Gly

Gly

Pro

Asn

Gly

Pro

Gly

Asp

Asp

Gly

Thr

Asn

Phe

Gly

370

375

380

Ala

Leu

Gly

íle

Leu

Ser

Pro

Phe

Leu

Asp

Pro

Glu

íle

Leu

Phe

Gly

385

390

395

400

Lys

Glu

Leu

Asn

Lys

Val

Ala

íle

Met

Gin

Leu

Arg

Asp

íle

íle

His

405

410

415

Glu

Tyr

Gly

His

Thr

Leu

Gly

Tyr

Thr

His

Asn

Gly

Asn

Met

Thr

Tyr

420

425

430

Gin

Arg

Val

Arg

Met

Cys

Glu

Glu

Asn

Asn

Gly

Pro

Glu

Glu

Arg

Cys

435

440

445

Gin

Gly

Gly

Arg

íle

Glu

Gin

Val

Asp

Gly

Lys

Glu

Val

Gin

Val

Phe

450

455

460

Asp

Asn

Gly

His

Glu

Val

Arg

Asp

Thr

Asp

Gly

Ser

Thr

Tyr

Asp

Val

326

465 470 475 480

Cys Ser Arg Phe Lys Asp

Lys

Pro Tyr

Thr Ala Gly Ser Tyr Pro Asn

485

490

495

Ser

íle

Tyr

Thr

Asp

Cys

Ser

Gin

Val

Pro

Ala

Gly

Leu

íle

Gly

Val

500

505

510

Thr

Ser

Ala

Val

Trp

Gin

Gin

Leu

íle

Asp

Gin

Asn

Ala

Leu

Pro

Val

515

520

525

Asp

Phe

Thr

Asn

Leu

Ser

Ser

Gin

Thr

Asn

Tyr

Leu

Asn

Ala

Ser

Leu

530

535

540

Asn

Thr

Gin

Asp

Phe

Ala

Thr

Thr

Met

Leu

Ser

Ala

íle

Ser

Gin

Ser

545

550

555

560

Leu

Ser

Ser

Ser

Lys

Ser

Ser

Ala

Thr

Thr

Tyr

Arg

Thr

Ser

Lys

Thr

565

570

575

Ser

Arg

Pro

Phe

Gly

Ala

Pro

Leu

Leu

Gly

Val

Asn

Leu

Lys

Met

Gly

580

585

590

Tyr

Gin

Lys

Tyr

Phe

Asn

Asp

Tyr

Leu

Gly

Leu

Ser

Ser

Tyr

Gly

íle

595

600

605

íle

Lys

Tyr

Asn

Tyr

Ala

Gin

Ala

Asn

Asn

Glu

Lys

íle

Gin

Gin

Leu

610

615

620

Ser

Tyr

Gly

Val

Gly

Met

Asp

Val

Leu

Phe

Asp

Phe

íle

Thr

Asn

Tyr

625

630

635

640

Thr

Asn

Glu

Lys

Asn

Pro

Lys

Ser

Asn

Leu

Thr

Lys

Lys

Val

Phe

Thr

645

650

655

Ser

Ser

Leu

Gly

Val

Phe

Gly

Gly

Leu

Arg

Gly

Leu

Tyr

Asn

Ser

Tyr

660

665

670

Tyr

Leu

Leu

Asn

Gin

Tyr

Lys

Gly

Ser

Gly

Asn

Leu

Asn

Val

Thr

Gly

675

680

685

Gly

Leu

Asn

Tyr

Arg

Tyr

Lys

Hls

Ser

Lys

Tyr

Ser

íle

Gly

íle

Ser

690

695

700

Val

Pro

Leu

Val

Gin

Leu

Lys

Ser

Arg

íle

Val

Ser

Ser

Asp

Gly

Ala

705

710

715

720

Tyr

Thr

Asn

Ser

íle

Thr

Leu

Asn

Glu

Gly

Gly

Ser

His

Phe

Lys

Val

725

730

735

Phe

Phe

Asn

Tyr

Gly

Trp

íle

Phe

740 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 177:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 529 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín

327 (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO

(vi) PÔVODNÝ ZDROJ:	Helicobacter pylori
	(A) ORGANIZMUS:
(ix)	ZNAK: (A) NÁZOV/KĽÚČ:	rôzne znaky
	(B) UMIESTNENIE	1 ... 529

(xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 177:

Met

Thr

Tyr

íle

Asn

Tyr

Asn

Gin

Phe

Ser

Ser

Gly

Asn

Gly

Ser

Gly

1

5

10

15

Ser

Lys

Pro

Pro

Cys

Pro

Pro

Tyr

Glu

Asn

Gin

Ala

Asn

Cys

Val

Ala

20

25

30

Lys

Val

Pro

Pro

Phe

Thr

Ser

Gin

Asp

Ala

Lys

Asn

Leu

Thr

Asn

Leu

35

40

45

Met

Leu

Asn

Met

Met

Ala

Val

Phe

Asp

Ser

Lys

Ser

Trp

Glu

Asp

Ala

50

55

60

Val

Leu

Asn

Ala

Pro

Phe

Gin

Phe

Ser

Asp

Asn

Asn

Leu

Ser

Ala

Pro

65

70

75

80

Cys

Tyr

Ser

Asp

Tyr

Leu

Thr

Cys

Val

Asn

Pro

Tyr

Asn

Asp

Gly

Leu

85

90

95

Val

Asp

Pro

Lys

Leu

íle

Ala

Lys

Asn

Lys

Gly

Asp

Glu

Tyr

Asn

íle

100

105

110

Glu

Asn

Gly

Gin

Thr

Gly

Ser

Val

íle

Leu

Thr

Pro

Gin

Asp

Val

íle

115

120

125

Tyr

Ser

Tyr

Arg

Val

Ala

Asn

Asn

íle

Tyr

Val

Asn

Leu

Leu

Pro

Thr

130

135

140

Arg

Gly

Gly

Asp

Leu

Gly

Leu

Gly

Ser

Gin

Tyr

Gly

Gly

Pro

Asn

Gly

145

150

155

160

Pro

Gly

Asp

Asp

Gly

Thr

Asn

Phe

Gly

Ala

Leu

Gly

íle

Leu

Ser

Pro

165

170

175

Phe

Leu

Asp

Pro

Glu

íle

Leu

Phe

Gly

Lys

Glu

Leu

Asn

Lys

Val

Ala

180

185

190

íle

Met

Gin

Leu

Arg

Asp

íle

íle

His

Glu

Tyr

Gly

His

Thr

Leu

Gly

195

200

205

Tyr

Thr

His

Asn

Gly

Asn

Met

Thr

Tyr

Gin

Arg

Val

Arg

Met

Cys

Glu

210

215

220

Glu

Asn

Asn

Gly

Pro

Glu

Glu

Arg

Cys

Gin

Gly

Gly

Arg

íle

Glu

Gin

225

230

235

240

Val

Asp

Gly

Lys

Glu

Val

Gin

Val

Phe

Asp

Asn

Gly

His

Glu

Val

Arg

245 250 255

328

Asp

Thr

Asp

Gly 260

Ser

Thr Tyr Asp Val Cys Ser Arg Phe Lys Asp Lys

265

270

Pro

Tyr

Thr

Ala

Gly

Ser

Tyr

Pro

Asn

Ser

íle

Tyr

Thr

Asp

Cys

Ser

275

280

285

Gin

Val

Pro

Ala

Gly

Leu

íle

Gly

Val

Thr

Ser

Ala

Val

Trp

Gin

Gin

290

295

300

Leu

íle

Asp

Gin

Asn

Ala

Leu

Pro

Val

Asp

Phe

Thr

Asn

Leu

Ser

Ser

305

310

315

320

Gin

Thr

Asn

Tyr

Leu

Asn

Ala

Ser

Leu

Asn

Thr

Gin

Asp

Phe

Ala

Thr

325

330

335

Thr

Met

Leu

Ser

Ala

íle

Ser

Gin

Ser

Leu

Ser

Ser

Ser

Lys

Ser

Ser

340

345

350

Ala

Thr

Thr

Tyr

Arg

Thr

Ser

Lys

Thr

Ser

Arg

Pro

Phe

Gly

Ala

Pro

355

360

365

Leu

Leu

Gly

Val

Asn

Leu

Lys

Met

Gly

Tyr

Gin

Lys

Tyr

Phe

Asn

Asp

370

375

380

Tyr

Leu

Gly

Leu

Ser

Ser

Tyr

Gly

íle

íle

Lys

Tyr

Asn

Tyr

Ala

Gin

385

390

395

400

Ala

Asn

Asn

Glu

Lys

íle

Gin

Gin

Leu

Ser

Tyr

Gly

Val

Gly

Met

Asp

405

410

415

Val

Leu

Phe

Asp

Phe

íle

Thr

Asn

Tyr

Thr

Asn

Glu

Lys

Asn

Pro

Lys

420

425

430

Ser

Asn

Leu

Thr

Lys

Lys

Val

Phe

Thr

Ser

Ser

Leu

Gly

Val

Phe

Gly

435

440

445

Gly

Leu

Arg

Gly

Leu

Tyr

Asn

Ser

Tyr

Tyr

Leu

Leu

Asn

Gin

Tyr

Lys

450

455

460

Gly

Ser

Gly

Asn

Leu

Asn

Val

Thr

Gly

Gly

Leu

Asn

Tyr

Arg

Tyr

Lys

465

470

475

480

His

Ser

Lys

Tyr

Ser

íle

Gly

íle

Ser

Val

Pro

Leu

Val

Gin

Leu

Lys

485

490

495

Ser

Arg

íle

Val

Ser

Ser

Asp

Gly

Ala

Tyr

Thr

Asn

Ser

íle

Thr

Leu

500

505

510

Asn

Glu

Gly

Gly

Ser

His

Phe

Lys

Val

Phe

Phe

Asn

Tyr

Gly

Trp

íle

515

520

525

Phe (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 178:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 187 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna

329 (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 187 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 178:

Leu

Gly

Cys

Val

Ser

Met

Thr

Leu

Gly

íle

Asp

Glu

Ala

Gly

Arg

Gly

1

5

10

15

Cys

Leu

Ala

Gly

Ser

Leu

Phe

Val

Ala

Gly

Val

Val

Cys

Asn

Glu

Lys

20

25

30

íle

Ala

Leu

Glu

Phe

Leu

Lys

Met

Gly

Leu

Lys

Asp

Ser

Lys

Lys

Leu

35

40

45

Ser

Pro

Lys

Lys

Arg

Phe

Phe

Leu

Glu

Asp

Lys

íle

Lys

Thr

His

Gly

50

55

60

Glu

Val

Gly

Phe

Phe

Val

Val

Lys

Lys

Ser

Ala

Asn

Glu

íle

Asp

His

65

70

75

80

Leu

Gly

Leu

Gly

Ala

Cys

Leu

Lys

Leu

Ala

íle

Glu

Glu

íle

Val

Glu

85

90

95

Asn

Gly

Cys

Ser

Leu

Ala

Asn

Glu

íle

Lys

íle

Asp

Gly

Asn

Thr

Ala

100

105

110

Phe

Gly

Leu

Asn

Lys

Arg

Tyr

Pro

Asn

íle

Gin

Thr

íle

íle

Lys

Gly

115

120

125

Asp

Glu

Thr

íle

Ala

Gin

íle

Ala

Met

Ala

Ser

Val

Leu

Ala

Lys

Ala

130

135

140

Ser

Lys

Asp

Arg

Glu

Met

Leu

Glu

Leu

His

Ala

Leu

Phe

Lys

Glu

Tyr

145

150

155

160

Gly

Trp

Asp

Lys

Asn

Cys

Gly

Tyr

Gly

Thr

Lys

Gin

His

íle

Glu

Ala

165

170

175

íle

Asn

Lys

Leu

Gly

Ala

Thr

Leu

Ser

Ser

Ala

180 185 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 179:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 204 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna

330

(ii)	TYP MOLEKULY: proteín
(iii)	HYPOTETICKÁ: ÁNO
(Vi)	PÔVODNÝ ZDROJ:
	(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAK:
	(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky
	(B) UMIESTNENIE 1 ... 204
(xi)	POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 179:

Met

Thr

Leu

Gly

íle

Asp

Glu

Ala

Gly

Arg

Gly

Cys

Leu

Ala

Gly

Ser

1

5

10

15

Leu

Phe

Val

Ala

Gly

Val

Val

Cys

Asn

Glu

Lys

íle

Ala

Leu

Glu

Phe

20

25

30

Leu

Lys

Met

Gly

Leu

Lys

Asp

Ser

Lys

Lys

Leu

Ser

Pro

Lys

Lys

Arg

35

40

45

Phe

Phe

Leu

Glu

Asp

Lys

íle

Lys

Thr

His

Gly

Glu

Val

Gly

Phe

Phe

50

55

60

Val

Val

Lys

Lys

Ser

Ala

Asn

Glu

íle

Asp

His

Leu

Gly

Leu

Gly

Ala

65

70

75

80

Cys

Leu

Lys

Leu

Ala

íle

Glu

Glu

íle

Val

Glu

Asn

Gly

Cys

Ser

Leu

85

90

95

Ala

Asn

Glu

íle

Lys

íle

Asp

Gly

Asn

Thr

Ala

Phe

Gly

Leu

Asn

Lys

100

105

110

Arg

Tyr

Pro

Asn

íle

Gin

Thr

íle

íle

Lys

Gly

Asp

Glu

Thr

íle

Ala

115

120

125

Gin

íle

Ala

Met

Ala

Ser

Val

Leu

Ala

Lys

Ala

Ser

Lys

Asp

Arg

Glu

130

135

140

Met

Leu

Glu

Leu

His

Ala

Leu

Phe

Lys

Glu

Tyr

Gly

Trp

Asp

Lys

Asn

145

150

155

160

Cys

Gly

Tyr

Gly

Thr

Lys

Gin

His

Íle

Glu

Ala

íle

Asn

Lys

Leu

Gly

165

170

175

Ala

Thr

Pro

Phe

His

Arg

His

Ser

Phe

Thr

Leu

Lys

Asn

Arg

íle

Leu

180

185

190

Asn

Pro

Lys

Leu

Leu

Glu

Val

Glu

Gin

Arg

Leu

Val

195

200

(2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 180:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE

331 (A) DĹŽKA: 192 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 192 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 180:

Met 1	Asn	Ala	Leu	Lys 5	Lys	Leu	Ser
Leu	Phe	Ala	Gin 20	Thr	Val	His	Ala
Tyr	Pro	Asp 35	Trp	Leu	Lys	íle	Asn 40
Asn	Gin 50	Tyr	Val	Gly	Ser	Ala 55	Ser
Tyr 65	Ser	Asn	Tyr	íle	Pro 70	Tyr	Asp
Ala	Glu	Glu	íle	Ala 85	Leu	Leu	Arg
Leu	Glu	Ser	Ala 100	Leu	Leu	Thr	Lys
Leu	Gin	Val 115	Lys	Asn	Asn	Val	íle 120
Phe	Leu 130	Thr	Ser	Lys	Ser	íle 135	Leu
Asn 145	His	Arg	Val	Tyr	Val 150	Met	Val
Asp	Leu	íle	Ala	Tyr 165	Phe	Lys	Ala
Ser	Ala	Thr	Asn	Leu	Ser	Ala	íle

180 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č.

Phe	Cys 10	Ala	Leu	Leu	Ser	Leu 15	Gly
Gin 25	His	Leu	Lys	Asp	Thr 30	íle	Asn
Leu	Phe	Asp	Lys	Lys 45	Asn	Pro	Pro
íle	Ser	Gly	Lys 60	Arg	Asn	Asp	Phe
Asp	Lys	Leu 75	Pro	Pro	Glu	Lys	Asn 80
Ala	Arg 90	Met	Asn	Ala	Tyr	Ser 95	Thr
Met 105	Cys	Asn	Arg	íle	Val 110	Lys	Ala
Ser	His	Leu	Phe	Gly 125	Phe	Val	Asp
Ala	Lys	Arg	Phe 140	Val	Asp	Thr	Thr
Gin	Phe	Pro 155	Phe	íle	Gin	Pro	Glu 160
Lys	Arg 170	íle	Asp	Leu	Ser	Leu 175	Ala
Leu 185 181:	Asn	Lys	Ala	Leu	Phe 190	His	Leu

332 (i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 86 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 86 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 181:

Met

Asn

Ala

Leu

Lys

Lys

Leu

Ser

Phe

Cys

Ala

Leu

Leu

Ser

Leu

Gly

1

5

10

15

Leu

Phe

Ala

Gin

Thr

Val

His

Ala

Gin

His

Leu

Lys

Asp

Thr

íle

Asn

20

25

30

Tyr

Pro

Asp

Trp

Leu

Lys

íle

Asn

Leu

Phe

Asp

Lys

Lys

Asn

Pro

Pro

35

40

45

Asn

Gin

Tyr

Val

Gly

Ser

Ala

Ser

íle

Ser

Gly

Lys

Arg

Asn

Asp

Phe

50

55

60

Tyr

Ser

Asn

Tyr

íle

Pro

Tyr

Asp

Asp

Lys

Leu

Pro

Pro

Glu

Arg

Thr

65

70

75

80

Leu

Lys

Lys

Ser

Leu

Phe

85

(2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 182:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 75 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori

333 (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 75 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia £. 182:

Leu

Lys

íle

Leu

Thr

Leu

Phe

Leu

íle

Gly

Leu

Asn

Ala

Leu

Phe

Ala

1

5

10

15

Leu

Asp

Leu

Asn

Ala

Leu

Lys

Thr

Glu

íle

Lys

Glu

Thr

Tyr

Leu

Lys

20

25

30

Glu

Tyr

Lys

Asp

Leu

Lys

Leu

Glu

íle

Glu

Thr

íle

Asn

Leu

Glu

íle

35

40

45

Pro

Glu

Arg

Phe

Ser

His

Ala

Ser

íle

Leu

Ser

Tyr

Glu

Leu

Asn

Ala

50

55

60

Ser

Asn

Lys

Leu

Lys

Lys

Asp

Gly

Ser

Cys

Phe

65

70

75

(2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 183:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 211 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix) ZNAK
(A)	NÁZOV/KĽÚČ:	rôzne znaky
(B)	UMIESTNENIE	1 ... 211

(xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 183:

Met

Phe

Ser

íle

íle

Leu

Gly

Gly

Gly

Gly

Gly

Asn

Thr

Pro

Cys

Gly

1

5

10

15

Leu

Thr

Trp

Gin

His

Phe

Lys

Leu

Gly

Asp

Leu

Phe

Glu

íle

Glu

Lys

20

25

30

Thr

Leu

Ser

Phe

Asn

Lys

Asp

Ala

Leu

Thr

Gin

Gly

Gin

Asp

Tyr

Asp

35

40

45

334

Tyr íle Thr Arg Thr Ser Gin Asn Gin Gly Val Leu Gin Thr Thr

50

55

60

Phe

Val

Asn

Ala

Glu

Asn

Leu

Asn

Pro

Pro

Phe

Thr

Trp

Ser

Leu

65

70

75

Leu

Leu

Gin

Met

Asp

Phe

Phe

Tyr

Arg

Lys

Lys

Ser

Trp

Tyr

Ala

85

90

95

Gin

Phe

Met

Arg

Lys

íle

Thr

Pro

Lys

Thr

Glu

íle

Lys

Asn

Lys

100

105

110

Asn

Ser

Arg

íle

Ala

His

Tyr

Phe

Thr

Thr

Leu

Leu

Asn

Ala

Leu

115

120

125

Arg

Pro

Leu

Leu

Ser

Val

Leu

Val

Arg

Asp

íle

Asp

Lys

Thr

Phe

130

135

140

Glu

Gin

Lys

íle

Gin

Leu

Pro

Leu

Lys

Pro

Thr

Ala

Lys

Thr

Gin

145

150

155

Leu

Asp

Gly

íle

Asp

Phe

Asp

Phe

Met

His

Thr

Leu

íle

Asn

Ala

165

170

175

Met

Lys

Gin

Thr

íle

Gin

Gly

Val

Val

Gin

Tyr

Cys

Asp

Ala

Lys

180

185

190

Gin

Ala

Thr

Lys

Glu

Val

íle

Ser

Gin

Glu

Thr

Pro

íle

Gin

Lys

200

205

Gly

Gly

Gly íle

Lys

Arg

Ser

160

Leu íle

Asp

195

Ser Leu Phe

210 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 184:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 406 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix) ZNAK
(A)	NÁZOV/KĽÚČ:	rôzne znaky
(B)	UMIESTNENIE	1 ... 406

(xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 184:

Val íle Gly Pro Leu Ser Ser Gin Leu Asn Ala íle Lys Trp Gly Glu

335 ίο

Phe

Lys

Leu

Gly

Asp

Leu

Phe

Glu

Ala

Ser

Asn

Gly

Asp

Phe

Asp

íle

20

25

30

Gin

Lys

Arg

His

íle

Asn

His

Lys

Gly

Glu

Phe

Val

íle

Thr

Ala

Gly

35

40

45

Leu

Ser

Asn

Asn

Gly

Val

Leu

Gly

Gin

Ser

Asp

íle

Lys

Ala

Lys

Val

50

55

60

Phe

Glu

Ser

His

Thr

íle

Thr

íle

Asp

Met

Phe

Gly

Cys

Ala

Phe

Tyr

65

70

75

80

Arg

Ser

Phe

Ala

Tyr

Lys

Met

Val

Thr

His

Ala

Arg

Val

Phe

Ser

Leu

85

90

95

Lys

Pro

Lys

Phe

Glu

íle

Asn

His

Lys

íle

Gly

Leu

Phe

Leu

Ser

Thr

100

105

110

Leu

Phe

Phe

Gly

Tyr

His

Lys

Lys

Phe

Gly

Tyr

Glu

Asn

Met

Cys

Ser

115

120

125

Trp

Ala

Lys

íle

Lys

Asn

Asp

Lys

Val

íle

Leu

Pro

Leu

Lys

Pro

Thr

130

135

140

Ala

Asn

Thr

Gin

Thr

Leu

Glu

Gly

íle

Asp

Phe

Asp

Phe

Met

Glu

Lys

145

150

155

160

Phe

íle

Ala

Glu

Leu

Glu

Gin

Cys

Arg

Leu

Ala

Glu

Leu

Gin

Ala

Tyr

165

170

175

Leu

Lys

Ala

Thr

Gly

Leu

Glu

Asn

Thr

Thr

Leu

Ser

Asn

Asp

Glu

Glu

180

185

190

Asn

Ala

Leu

Asn

Val

Phe

Asn

Asn

Ser

Gly

Gly

Gly

Gly

Gly

Asn

Thr

195

200

205

Pro

Cys

Gly

Leu

Thr

Trp

Gin

His

Phe

Lys

Leu

dy

Asp

Leu

Phe

Glu

210

215

220

íle

Glu

Lys

Thr

Leu

Ser

Phe

Asn

Lys

Asp

Ala

Leu

Thr

Gin

Gly

Gin

225

230

235

240

Asp

Tyr

Asp

Tyr

íle

Thr

Arg

Thr

Ser

Gin

Asn

Gin

Gly

Val

Leu

Gin

245

250

255

Thr

Thr

Gly

Phe

Val

Asn

Ala

Glu

Asn

Leu

Asn

Pro

Pro

Phe

Thr

Trp

260

265

270

Ser

Leu

Gly

Leu

Leu

Gin

Met

Asp

Phe

Phe

Tyr

Arg

Lys

Lys

Ser

Trp

275

280

285

Tyr

Ala

Gly

Gin

Phe

Met

Arg

Lys

íle

Thr

Pro

Lys

Thr

Glu

íle

Lys

290

295

300

Asn

Lys

íle

Asn

Ser

Arg

íle

Ala

His

Tyr

Phe

Thr

Thr

Leu

Leu

Asn

305

310

315

320

Ala

Leu

Lys

Arg

Pro

Leu

Leu

Ser

Val

Leu

Val

Arg

Asp

íle

Asp

Lys

325

330

335

Thr

Phe

Arg

Glu

Gin

Lys

íle

Gin

Leu

Pro

Leu

Lys

Pro

Thr

Ala

Lys

340

345

350

Thr

Gin

Ser

Leu

Asp

Gly

íle

Asp

Phe

Asp

Phe

Met

His

Thr

Leu

íle

336

355

360

365

Asn

Ala

Leu

Met

Lys

Gin

Thr

íle

Gin

Gly

Val

Val

Gin

Tyr

Cys

Asp

370

375

380

Ala

Lys

íle

Gin

Ala

Thr

Lys

Glu

Val

íle

Ser

Gin

Glu

Thr

Pro

íle

385

390

395

400

Gin

Lys

Asp

Ser

Leu

Phe

405 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 185:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 275 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

	(A)	ORGANIZMUS:	Helicobacter	pylori
(ix)	ZNAK:
	(A)	NÁZOV/KĽÚČ:	rôzne znaky
	(B)	UMIESTNENIE	1 ... 275
(xi)	POPIS	i SEKVENCIE:	Sekvencia £.	185:

Met

Ser

Lys

Ser

Leu

Tyr

Gin

Thr

Leu

Asn

Val

Ser

Glu

Asn

Ala

Ser

1

5

10

15

Gin

Asp

Glu

íle

Lys

Lys

Ser

Tyr

Arg

Arg

Leu

Ala

Arg

Gin

Tyr

His

20

25

30

Pro

Asp

Leu

Asn

Lys

Thr

Lys

Glu

Ala

Glu

Glu

Lys

Phe

Lys

Glu

íle

35

40

45

Asn

Ala

Ala

Tyr

Glu

íle

Leu

Ser

Asp

Glu

Glu

Lys

Arg

Arg

Gin

Tyr

50

55

60

Asp

Gin

Phe

Gly

Asp

Asn

Met

Phe

Gly

Gly

Gin

Asn

Phe

Ser

Asp

Phe

65

70

75

80

Ala

Arg

Ser

Arg

Gly

Pro

Ser

Glu

Asp

Leu

Asp

Asp

íle

Leu

Ser

Ser

85

90

95

íle

Phe

Gly

Lys

Gly

Gly

Phe

Ser

Gin

Arg

Phe

Ser

Gin

Asn

Ser

Gin

100

105

110

Gly

Phe

Ser

Gly

Phe

Asn

Phe

Ser

Asn

Phe

Ala

Pro

Glu

Asn

Leu

Asp

115

120

125

337

Val Thr Ala

íle

Leu Asn Val Ser Val Leu Asp Thr Leu Leu Gly Asn

130

135

140

Lys

Lys

Gin

Val

Ser

Val

Asn

Asn

Glu

Thr

Phe

Ser

Leu

Lys

íle

Pro

145

150

155

160

íle

Gly

Val

Glu

Glu

Gly

Glu

Lys

íle

Arg

Val

Arg

Asn

Lys

Gly

Lys

165

170

175

Met

Gly

Arg

Thr

Gly

Arg

Gly

Asp

Leu

Leu

Leu

Gin

íle

His

íle

Glu

180

185

190

Glu

Asp

Glu

Met

Tyr

Arg

Arg

Glu

Lys

Asp

Asp

íle

íle

Gin

íle

Phe

195

200

205

Asp

Leu

Pro

Leu

Lys

Thr

Ala

Leu

Phe

Gly

Gly

Lys

íle

Glu

íle

Ala

210

215

220

Thr

Trp

His

Lys

Thr

Leu

Thr

Leu

Thr

íle

Pro

Pro

Asn

Thr

Lys

Ala

225

230

235

240

Met

Gin

Lys

Phe

Arg

íle

Lys

Asp

Lys

Gly

íle

Lys

Ser

Arg

Lys

Thr

245

250

255

Ser

His

Val

Gly

Asp

Cys

íle

Ala

Ser

Ser

Phe

Asp

Leu

Leu

Lys

Leu

260

265

270

Lys

Arg

Phe

275

(2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU č. 186:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 278 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A)	ORGANIZMUS:	Helicobacter pylori
(ix) ZNAK
(A)	NÁZOV/KĽÚČ:	rôzne znaky
(B)	UMIESTNENIE	1 ... 278

(xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 186:

Met Ser Lys Ser Leu Tyr Gin Thr Leu Asn Val Ser Glu Asn Ala Ser 15 10 15

Gin Asp Glu íle Lys Lys Ser Tyr Arg Arg Leu Ala Arg Gin Tyr His

338

Pro Asp Leu Asn Lys	Thr	Lys	Glu 40
	35
Asn	Ala	Ala	Tyr	Glu	íle	Leu	Ser
	50					55
Asp	Gin	Phe	Gly	Asp	Asn	Met	Phe
65					70
Ala	Arg	Ser	Arg	Gly	Pro	Ser	Glu
				85
íle	Phe	Gly	Lys	Gly	Gly	Phe	Ser
			100
Gly	Phe	Ser	Gly	Phe	Asn	Phe	Ser
		115					120
Val	Thr	Ala	íle	Leu	Asn	Val	Ser
	130					135
Lys	Lys	Gin	Val	Ser	Val	Asn	Asn
145					150
íle	Gly	Val	Glu	Glu	Gly	Glu	Lys
				165
Met	Gly	Arg	Thr	Gly	Arg	Gly	Asp
			180
Glu	Asp	Glu	Met	Tyr	Arg	Arg	Glu
		195					200
Asp	Leu	Pro	Leu	Lys	Thr	Ala	Leu
	210					215
Thr	Trp	His	Lys	Thr	Leu	Thr	Leu
225					230
Met	Gin	Lys	Phe	Arg	íle	Lys	Asp
				245
Ser	His	Val	Gly	Asp	Cys	íle	Ala
			260
Glu	Thr	Leu	Leu	Met	Ser

25 Ala	Glu	Glu	Lys	Phe	30 Lys	Glu	íle
Asp	Glu	Glu	Lys	45 Arg	Arg	Gin	Tyr
Gly	Gly	Gin	60 Asn	Phe	Ser	Asp	Phe
Asp	Leu	75 Asp	Asp	íle	Leu	Ser	80 Ser
Gin	90 Arg	Phe	Ser	Gin	Asn	95 Ser	Gin
105 Asn	Phe	Ala	Pro	Glu	110 Asn	Leu	Asp
Val	Leu	Asp	Thr	125 Leu	Leu	Gly	Asn
Glu	Thr	Phe	140 Ser	Leu	Lys	íle	Pro
íle	Arg	155 Val	Arg	Asn	Lys	Gly	160 Lys
Leu	170 Leu	Leu	Gin	íle	His	175 íle	Glu

185 190

Lys Asp Asp íle íle Gin íle Phe

205

Phe Gly Gly Lys íle Glu íle Ala 220

Thr íle Pro Pro Asn Thr Lys Ala 235 240

Lys Gly íle Lys Ser Arg Lys Thr 250 255

Ser Ser Phe Asp Leu Pro Lys íle

265 270

275 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č.

187:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 232 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii, HYPOTETICKÁ: ÁNO

339

(vi) PÔVODNÝ ZDROJ:	Helicobacter pylori
	(A) ORGANIZMUS:
(ix)	ZNAK: (A) NÁZOV/KĽÚČ: (B) UMIESTNENIE	rôzne znaky 1 ... 232
(xi)	POPIS SEKVENCIE:	Sekvencia č. 187:

Val

Val

Gin

Lys

Phe

Asn

Phe

Tyr

Lys

Thr

Gly

Gly

Met

Arg

Leu

1

5

10

15

His

Phe

Lys

Thr

Phe

Leu

Phe

íle

Thr

Met

Ala

Val

íle

Val

íle

20

25

30

Thr

Gly

Cys

Ala

Asn

Lys

Lys

Lys

Lys

Lys

Asp

Glu

Tyr

Asn

Lys

35

40

45

Ala

íle

Phe

Trp

Tyr

Gin

Gly

íle

Leu

Arg

Glu

íle

Leu

Phe

Ala

50

55

60

Leu

Glu

Thr

Ala

Asp

Asn

Tyr

Tyr

Ser

Ser

Leu

Gin

Ser

Glu

His

65

70

75

Asn

Ser

Pro

Leu

Val

Pro

Glu

Ala

Met

Leu

Ala

Leu

Gly

Gin

Ala

85

90

95

Met

Lys

Lys

Lys

Glu

Tyr

Val

Leu

Ala

Ser

Phe

Tyr

Phe

Asp

Glu

100

105

110

íle

Lys

Arg

Phe

Gly

Thr

Lys

Asp

Asn

Val

Asp

Tyr

Leu

Thr

Phe

115

120

125

Lys

Leu

Gin

Ser

His

Tyr

Tyr

Ala

Phe

Lys

Asn

His

Ser

Lys

Asp

130

135

140

Glu

Phe

íle

Ser

Asn

Ser

íle

Val

Ser

Leu

Gly

Glu

Phe

íle

Glu

145

150

155

Tyr

Pro

Asn

Ser

Arg

Tyr

Arg

Pro

Tyr

Val

Glu

Tyr

Met

Gin

íle

165

170

175

Phe

íle

Leu

Gly

Gin

Asn

Glu

Leu

Asn

Arg

Ala

íle

Ala

Asn

Val

180

185

190

Lys

Lys

Arg

His

Lys

Pro

Glu

Gly

Val

Lys

Arg

Tyr

Leu

Glu

Arg

195

200

205

Asp

Glu

Thr

Leu

Glu

Lys

Glu

Thr

Lys

Pro

Lys

Pro

Ser

His

Met

210

215

220

Trp

Tyr

Val

Leu

íle

Phe

Asp

Trp

Lys

Gly

Pro

Asn íle

His

Tyr

Leu

Gin

Lys

160

Lys

Tyr íle

Pro

225 230 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 188:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

340 (A) DĹŽKA: 114 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 114 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia £. 188:

Met

Arg

Phe

Leu

Asn

Asn

Lys

His

Arg

Glu

Lys

Gly

Leu

Lys

Ala

Glu

1

5

10

15

Glu

Glu

Ala

Cys

Gly

Phe

Leu

Lys

Thr

Leu

Gly

Phe

Glu

Met

íle

Glu

20

25

30

Arg

Asn

Phe

Phe

Ser

Gin

Phe

Gly

Glu

íle

Asp

íle

íle

Ala

Leu

Lys

35

40

45

Lys

Gly

Val

Leu

His

Phe

íle

Glu

Val

Lys

Ser

Gly

Glu

Asn

Phe

Asp

50

55

60

Pro

íle

Tyr

Ala

íle

Thr

Pro

Ser

Lys

Leu

Lys

Lys

Met

íle

Lys

Thr

65

70

75

80

íle

Arg

Cys

Tyr

Leu

Ser

Gin

Lys

Asp

Pro

Asn

Ser

Asp

Phe

Cys

íle

85

90

95

Asp

Ala

Leu

íle

Val

Lys

Asn

Gly

Lys

Phe

Glu

Leu

Leu

Glu

Asn

íle

100

105

110

Thr

Phe

(2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 189:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 101 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO

341 (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A)	ORGANIZMUS:	Helicobacter pylori
(ix) ZNAK
(A)	NÁZOV/KĽÚČ:	rôzne znaky
(B)	UMIESTNENIE	1 ... 101

(xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 189:

Met

Gly

Ser

íle

Gly

Ala

Met

Thr

Lys

Gly

Ser

Ser

Asp

Arg

Tyr

Phe

1

5

10

15

Gin

Glu

Gly

Val

Ala

Ser

Glu

Lys

Leu

Val

Pro

Glu

Gly

íle

Glu

Gly

20

25

30

Arg

Val

Pro

Tyr

Arg

Gly

Lys

Val

Ser

Asp

Met

íle

Phe

Gin

Leu

Val

35

40

45

Gly

Gly

Val

Arg

Ser

Ser

Met

Gly

Tyr

Gin

Gly

Ala

Lys

Asn

íle

Leu

50

55

60

Glu

Leu

Tyr

Gin

Asn

Ala

Glu

Phe

Val

Glu

íle

Thr

Ser

Ala

Gly

Leu

65

70

75

80

Lys

Lys

Ser

His

Val

His

Gly

Val

Asp

íle

Thr

Lys

Glu

Ala

Pro

Asn

85

90

95

íle

Met

Gly

Glu

Phe

100

(2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 190:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 481 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix) ZNAK:
(A)	NÁZOV/KĽÚČ:	rôzne znaky
(B)	UMIESTNENIE	1 ... 481

(xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 190:

342

Met

Arg

íle

Leu

Gin

Arg

Ala

Leu

Thr

Phe

Glu

Asp

Val

Leu

Met

Val

1

5

10

15

Pro

Arg

Lys

Ser

Ser

Val

Leu

Pro

Lys

Asp

Val

Ser

Leu

Lys

Ser

Arg

20

25

30

Leu

Thr

Lys

Asn

íle

Gly

Leu

Asn

íle

Pro

Phe

íle

Ser

Ala

Ala

Met

35

40

45

Asp

Thr

Val

Thr

Glu

His

Lys

Thr

Ala

íle

Ala

Met

Ala

Arg

Leu

Gly

50

55

60

Gly

íle

Gly

íle

Val

His

Lys

Asn

Met

Asp

íle

Gin

Thr

Gin

Val

Lys

65

70

75

80

Glu

íle

Thr

Lys

Val

Lys

Lys

Ser

Glu

Ser

Gly

Val

íle

Asn

Asp

Pro

85

90

95

íle

Phe

íle

His

Ala

His

Arg

Thr

Leu

Ala

Asp

Ala

Lys

Val

íle

Thr

100

105

110

Asp

Asn

Tyr

Lys

íle

Ser

Gly

Val

Pro

Val

Val

Asp

Asp

Lys

Gly

Leu

115

120

125

Leu

íle

Gly

íle

Leu

Thr

Asn

Arg

Asp

Val

Arg

Phe

Glu

Thr

Asp

Leu

130

135

140

Ser

Lys

Lys

Val

Gly

Asp

Val

Met

Thr

Lys

Met

Pro

Leu

Val

Thr

Ala

145

150

155

160

His

Val

Gly

íle

Ser

Leu

Asp

Glu

Ala

Ser

Asp

Leu

Met

His

Lys

His

165

170

175

Lys

íle

Glu

Lys

Leu

Pro

íle

Val

Asp

Lys

Asp

Asn

Val

Leu

Lys

Gly

180

185

190

Leu

íle

Thr

íle

Lys

Asp

íle

Gin

Lys

Arg

íle

Glu

Tyr

Pro

Glu

Ala

195

200

205

Asn

Lys

Asp

Asp

Phe

Gly

Arg

Leu

Arg

Val

Gly

Ala

Ala

íle

Gly

Val

210

215

220

Gly

Gin

Leu

Asp

Arg

Ala

Glu

Met

Leu

Val

Lys

Ala

Gly

Val

Asp

Ala

225

230

235

240

Leu

Val

Leu

Asp

Ser

Ala

His

Gly

His

Ser

Ala

Asn

íle

Leu

His

Thr

245

250

255

Leu

Glu

Glu

íle

Lys

Lys

Ser

Leu

Val

Val

Asp

Val

íle

Val

Gly

Asn

260

265

270

Val

Val

Thr

Lys

Glu

Ala

Thr

Ser

Asp

Leu

íle

Ser

Ala

Gly

Ala

Asp

275

280

285

Ala

Val

Lys

Val

Gly

íle

Gly

Pro

Gly

Ser

íle

Cys

Thr

Thr

Arg

íle

290

295

300

Val

Ala

Gly

Val

Gly

Met

Pro

Gin

Val

Ser

Ala

íle

Asp

Asn

Cys

Val

305

310

315

320

Glu

Val

Ala

Ser

Lys

Phe

Asp

íle

Pro

Val

íle

Ala

Asp

Gly

Gly

íle

325

330

335

Arg

Tyr

Ser

Gly

Asp

Val

Ala

Lys

Ala

Leu

Ala

Leu

Gly

Ala

Ser

Ser

343

340

345

350

Val

Met

íle

Gly

Ser

Leu

Leu

Ala

Gly

Thr

Glu

Glu

Ser

Pro

Gly

Asp

355

360

365

Phe

Met

íle

Tyr

Gin

Gly

Arg

Gin

Tyr

Lys

Ser

Tyr

Arg

Gly

Met

Gly

370

375

380

Ser

íle

Gly

Ala

Met

Thr

Lys

Gly

Ser

Ser

Asp

Arg

Tyr

Phe

Gin

Glu

385

390

395

400

Gly

Val

Ala

Ser

Glu

Lys

Leu

Val

Pro

Glu

Gly

íle

Glu

Gly

Arg

Val

405

410

415

Pro

Tyr

Arg

Gly

Lys

Val

Ser

Asp

Met

íle

Phe

Gin

Leu

Val

Gly

Gly

420

425

430

Val

Arg

Ser

Ser

Met

Gly

Tyr

Gin

Gly

Ala

Lys

Asn

íle

Leu

Glu

Leu

435

440

445

Tyr

Gin

Asn

Ala

Glu

Phe

Val

Glu

íle

Thr

Ser

Ala

Gly

Leu

Lys

Glu

450

455

4 60

Ser

His

Val

His

Gly

Val

Asp

íle

Thr

Lys

Glu

Ala

Pro

Asn

Tyr

Tyr

465

470

475

480

Gly (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 191:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 204 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 204 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 191:

Met

Gin

Gly

Phe

Leu

Leu

Gin

Thr

Gin

Ser

íle

Arg

Asp

Glu

Asp

Leu

1

5

10

15

íle

Val

His

Val

Leu

Thr

Lys

Asn

Gin

Leu

Lys

Thr

Leu

Tyr

Arg

Phe

20

25

30

344

Tyr Gly Lys Arg His Ser Val Leu Asn Val Gly Arg Lys íle Asp Phe 35 40 45

Glu Glu Glu Asn Asp Asp Lys Phe Leu Pro Lys Leu Arg Asn íle Leu

55 60

His Leu Gly Tyr íle Trp Glu Arg Glu Met Glu Arg Leu Phe Phe Trp

70 75 80

Gin Arg Phe Cys Ala Leu Leu Phe Lys His Leu Glu Gly Val His Ser

90 95

Leu Asp Ser íle Tyr Phe Asp Thr Leu Asp Asp Gly Ala Ser Lys Leu

100 105 110

Ser Lys Gin His Pro Leu Arg Val íle Leu Glu Met Tyr Ala Val Leu

115 120 125

Leu Asn Phe Glu Gly Arg Leu Gin Ser Tyr Asn Ser Cys Phe Leu Cys

130 135 140

Asp Ala Lys Leu Glu Arg Ser Val Ala Leu Ala Gin Gly Phe íle Leu

145 150 155 160

Ala His Pro Ser Cys Leu Lys Ala Lys Ser Leu Asp Leu Glu Lys íle

165 170 175

Gin Ala Phe Phe Arg Thr Gin Ser Thr íle Asp Leu Glu Thr Glu Glu

180 185 190

Val Glu Glu Leu Trp Arg Thr Leu Asn Leu Gly Phe

195 200 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 192:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 82 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A)	ORGANIZMUS:	Helicobacter pylori
(ix) ZNAK:
(A)	NÁZOV/KĽÚČ:	rôzne znaky
(B)	UMIESTNENIE	1 ... 82

(xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 192:

Met Gly Val Gly Arg Val Gly Asn Met Ala Leu Leu Ala Cys Ala Gly

345

10 15

Pro

Met

Gly

íle

Gly

Ala

íle

Ala

íle

Ala

íle

Asn

Gly

Gly

Arg

Gin

20

25

30

Arg

Ser

Arg

Met

Leu

Val

Val

Asp

íle

Asp

Asp

Lys

Arg

Leu

Glu

Gin

35

40

45

Val

Gin

Lys

Met

Leu

Pro

Gly

Asn

Trp

Arg

Pro

Val

Thr

Ala

Leu

Ser

50

55

60

Trp

Cys

Leu

Cys

íle

Pro

Lys

Arg

Gly

Ala

íle

Arg

Ala

Arg

Cys

Cys

65

70

75

80

Glu

Arg

(2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 193:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 67 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

	(A)	ORGANIZMUS:	Helicobacter pylori
(ix)	ZNAK: (A)	NÁZOV/KĽÚČ:	rôzne znaky
	(B,	UMIESTNENIE	1 ... 67
(xi)	POPIS	i SEKVENCIE:	Sekvencia č. 193:

Leu Ser Gly Thr Ala Val Ser Cys Arg Cys Thr Cys Arg íle Gin Leu 15 10 15

Val Leu Val Arg Thr Ser íle Pro Val Val íle Gly Cys Ser Cys Pro

25 30

Phe Leu Ser Ser íle Gly Phe Thr Thr Gly Thr His Gin Ser Pro Val

40 45

Lys Arg Cys Gly Val Asn Ala Gly Lys Thr Pro Ser Lys Lys His Leu

	50	55	60
Hls	Leu Asn
65

(2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 194

346 (i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 114 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 114 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 194:

Val Trp Leu Ala Ala Leu Gly Phe Leu íle Thr Ala Val Gly Leu Pro 15 10 15

Val íle Thr Val íle Ala Leu Ala Lys Val Gly Gly Ser Ser Thr Pro

25 30

Ser Ala íle Arg Ser Ala Gly Met Pro Ala Ala Cys Trp Arg Arg Ser

40 45

Ala Thr Trp Arg Ser Ala Arg Cys Ser Pro Phe Arg Ala Pro Pro Arg

55 60

Cys Pro Ser Lys Val Ser Val Val Pro Leu Leu Gly Glu Glu Ala Ala

70 75 80

Arg Arg Cys Ser Ser Thr Ala Trp Arg Thr Ser Ser Ser Pro Trp Pro

90 95

Ser Pro Ser Thr Pro Val Ala Cys Trp Thr Pro Ser Asp Ala Ser Ser

100 105 110

Pro Arg (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 195:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 20 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová

347 (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 20 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 195:

TATACCATGG TGGGCGCTAA 20 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 196:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 23 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 23 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 196:

ATGAATTCGA GTAAGGATTT TTG 23 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 197:

348 (i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 22 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 22 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 197:

TTAACCATGG TGAAAAGCGA TA 22 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 198:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 23 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 23

349 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 198:

TAGAATTCGC ATAACGATCA ATC 23 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 199:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 22 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 22 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 199:

ATATCCATGG TGAGTTTGAT GA 22 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 200:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 25 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi, PÔVODNÝ ZDROJ:

350 (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 25 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 200:

ATGAATTCAA TTTTTTATTT TGCCA 25 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 201:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 21 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 21 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 201:

AATTCCATGG TGGGGGCTAT G 21 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 202:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 23 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická)

351 (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 23 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia £. 202:

ATGAATTCTC GATAGCCAAA ATC 23 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 203:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 25 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 25 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia £. 203:

AATTCCATGG TGCATAACTT CCATT 25 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 204:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

352 (A) DĹŽKA: 25 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 25 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 204:

AAGAATTCTC TAGCATCCAA ATGGA 25 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 205:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 24 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D, TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 24 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 205:

353

ATTTCCATGG TCATGTCTCA TATT 24 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 206:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 23 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 23 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 206:

ATGAATTCCA TCTTTTATTC CAC 23 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 207:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 27 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori

354 (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 27 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia £. 207:

AACCATGGTG ATTTTAAGCA TTGAAAG 27 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 208:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 28 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 28 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 208:

AAGAATTCCA CTCAAAATTT TTTAACAG 28 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 209:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 25 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická)

355

(iii)	HYPOTETICKÁ: NIE
(iv)	ANTI-SENSE: NIE
(Vi)	PÔVODNÝ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS:	Helicobacter	pylori
(ix)	ZNAK: (A) NÁZOV/KĽÚČ: (B) UMIESTNENIE	rôzne znaky 1 ... 25
(xi)	POPIS SEKVENCIE:	Sekvencia £.	209:

GATCATCCAT ATGTTATCTT CTAAT 25 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 210:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 23 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 23 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia ô. 210:

TGAATTCAAC CATTTTAACC CTG 23 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 211:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 27 bázových párov

356 (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 27 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia ô. 211:

TATACCATGG TGAAATTTTT TCTTTTA 27 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 212:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 25 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 25 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 212:

357

AGAATTCAAT TGCGTCTTGT AAAAG 25 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 213:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 24 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 24 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 213:

TATACCATGG TGATGGACAA ACTC 24 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 214:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 23 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori

358 (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 23 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 214:

ATGAATTCCC ACTTGGGGCG ATA 23 (2, INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 215:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 25 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii, HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 25 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia £. 215:

TTATGGATCC AAACCAATTA AAACT 25 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 216:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 23 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE

359

(iv) ANTI-SENSE: NIE
(vi)	PÔVODNÝ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS:	Helicobacter pylori
(ix)	ZNAK: (A) NÁZOV/KĽÚČ: (B) UMIESTNENIE	rôzne znaky 1 ... 23
(xi)	POPIS SEKVENCIE:	Sekvencia £. 216:

TATCTCGAGT TATAGAGAAG GGC 23 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 217:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 22 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 22 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 217:

TTAACCATGG TGAAAAGCGA TA 22 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 218:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 24 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina

360 (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 24 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia £. 218:

TAGAATTCGC CTCTAAAACT TTAG 24 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 219:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 22 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 22 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 219:

TTAACCATGG TGAAAAGCGA TA

361 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 220:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 23 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová {ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 23 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 220:

TAGAATTCGC ATAACGATCA ATC 23 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 221:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 22 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

362 (A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 22 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 221:

ATATCCATGG TGAGTTTGAT GA 22 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 222:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 25 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 25 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 222:

ATGAATTCAA TTTTTTATTT TGCCA 25 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 223:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 23 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE

363

(iv)	ANTI-SENSE: NIE
(vi)	PÔVODNÝ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS:	Helicobacter pylori
(ix)	ZNAK: (A) NÁZOV/KĽÚČ: (B) UMIESTNENIE	rôzne znaky 1 ... 23
(xi)	POPIS SEKVENCIE:	Sekvencia č. 223:

AATTCCATGG CTATCCAAAT CCG 23 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 224:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 25 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 25 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia £. 224:

ATGAATTCGC CAAAATCGTA GTATT 25 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 225:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 24 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve

364 (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 24 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 225:

GATACCATGG AATTTATGAA AAAG 24 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 226:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 25 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 25 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia £. 226:

TGAATTCGAA AAAGTGTAGT TATAC

365 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 227:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 19 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 19 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 227:

CCCTTCATTT TAGAAATCG 19 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 228:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 20 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky

366 (B) UMIESTNENIE 1 ... 20 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 228:

ATTTCAACCA ATTCAATGCG 20 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 229:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 20 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 20 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 229:

GCCCCTTTTG ATTTGAAGCT 20 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 230:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 22 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE

367 (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

	(A)	ORGANIZMUS:	Helicobacter pylori
(ix)	ZNAK: (A)	NÁZOV/KĽÚČ:	rôzne znaky
	(B)	UMIESTNENIE	1 ... 22
(xi)	POPIS	i SEKVENCIE:	Sekvencia £. 230:

TCGCTCCAAG ATACCAAGAA GT 22 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 231:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 22 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 22 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 231:

CTTGAATTAG GGGCAAAGAT CG 22 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 232:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 22 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová

368 (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 22 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 232:

ATGCGTTTTT ACCCAAAGAA GT 22 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 233:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 22 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 22 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia ô. 233:

ATAACGCCAC TTCCTTATTG GT 22 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 234:

369 (i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 19 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 19 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 234:

CTTTGGGTAA AAACGCATC 19 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 235:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 20 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 20

370 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 235:

CGATCTTTGA TCCTAATTCA (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 236:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 19 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová

(ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A)	ORGANIZMUS:	Helicobacter pylori
(ix) ZNAK:
(A)	NÁZOV/KĽÚČ:	rôzne znaky
(B)	UMIESTNENIE	1 ... 19

(xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia £. 236:

ATCAAGTTGC CTATGCTGA (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 237:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 22 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE

371 (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

	(A)	ORGANIZMUS:	Helicobacter pylori
(ix)	ZNAK: (A)	NÁZOV/KĽÚČ:	rôzne znaky
	(B)	UMIESTNENIE	1 ... 22
(xi)	POPIS	> SEKVENCIE:	Sekvencia č. 237:

TTGAACACTT TTGATTATGC GG 22 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 238:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 23 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 23 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia £. 238:

GGATTATGCG ATTGTTTTAC AAG 23 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 239:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 21 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová

372 (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 21 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia £. 239:

GTCTTTAGCA AAAATGGCGT C 21 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 240:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 21 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 21 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia £. 240:

AATGAGCGTA AGAGAGCCTT C 21 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 241:

373 (i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 18 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 18 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia £. 241:

CTTATGGGGG TATTGTCA 18 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 242:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 18 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 18

374 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 242:

AGCATGTGGG TATCCAGC 18 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 243:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 19 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 19 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia £. 243:

AGGTTGTTGC CTAAAGACT 19 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 244:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 18 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

375 (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 18 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 244:

CTGCCTCCAC CTTTGATC 18 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 245:

(i, CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 19 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi, PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 19 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 245:

ACCAATATCA ATTGGCACT 19 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 246:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 18 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická)

376

(iii)	HYPOTETICKÁ: NIE
(iv)	ANTI-SENSE: NIE
(Vi)	PÔVODNÝ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS:	Helicobacter pylori
(ix)	ZNAK: (A) NÁZOV/KĽÚČ: (B) UMIESTNENIE	rôzne znaky 1 ... 18
(xi)	POPIS SEKVENCIE:	Sekvencia £. 246:

ACTTGGAAAA GCTCTGCA 18 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 247:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 19 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 19 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 247:

CTTGCTTGTC ATATCTAGC 19 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 248:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

377 (A) DĹŽKA: 18 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 18 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 248:

GTTGAAGTGT TGGTGCTA 18 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 249:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 22 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 22 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 249:

378

CAAGCAAGTG GTTTGGTTTT AG 22 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 250:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 22 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 22 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 250:

TGGAAAGAGC AAATCATTGA AG 22 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 251:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 21 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori

379 (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 21 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 251:

GCCCATAATC AAAAAGCCCA T 21 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 252:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 24 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 24 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 252:

CTAAAACCAA ACCACTTGCT TGTC 24 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 253:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 16 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická)

380

(iii) HYPOTETICKÁ: NIE
(iv)	ANTI-SENSE: NIE
(vi)	PÔVODNÝ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS:	Helicobacter pylori
(ix)	ZNAK: (A) NÁZOV/KĽÚČ: (B) UMIESTNENIE	rôzne znaky 1 ... 16
(xi)	POPIS SEKVENCIE:	Sekvencia £. 253:

GTAAAACGAC GGCCAG 16 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 254:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 17 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 17 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 254:

CAGGAAACAG CTATGAC 17 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 255:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 21 bázových párov

381 (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 21 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 255:

ATCTTACCTA TCACCTCAAA T (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 256:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 21 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 21 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia £. 256:

382

AGACAGCAAC ATCTTTGTGA A 21 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 257:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 50 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 50 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia £. 257:

CGCGGATCCA TATGGCTGAA AAAACGCCTT TTTTTAAAAC TAAAAACCAC 50 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 258:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 34 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori

383 (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 34 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 258:

CCGGAATTCA TCAGTATTCA ATGGGAATAA AGCC 34 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 259:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 50 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 50 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 259:

CGCGGATCCA TATGAAAGAA GAAGAAAAAG AAGAAAAAAA GACAGAAAGG 50 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 260:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 37 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE

384

(iv) ANTI-SENSE: NIE
(vi)	PÔVODNÝ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS:	Helicobacter pylori
(ix)	ZNAK: (A) NÁZOV/KĽÚČ: (B) UMIESTNENIE	rôzne znaky 1 ... 37
(xi)	POPIS SEKVENCIE:	Sekvencia £. 260:

CCGGAATTCG CTTAAAAGAA AATAGTCCCC CAAACGC 37 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 261:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 43 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D, TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 43 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia £. 261:

CGCGGATCCA TATGAAAGAG GTCATTCCCA CCCCTTCAAC CCC 43 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 262:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 36 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina

385 (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 36 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 262:

CCGGAATTCA TATAAATATC ATATAGGCAG AAAAAC 36 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 263:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 37 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 37 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 263:

CGCGGATCCA TATGGAGGCA GAGCTTGATG AAAAATC

386 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 264:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 36 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 36 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia C. 264:

CCGGAATTCG ATTGATTTTG TCAAATCTAÄ AATCCC 36 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 265:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 25 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

387 (A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 25 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 265:

TATTATACAT ATGGAAGAAG ATGGG 25 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 266:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 23 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 23 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 266:

TAATCTCGAG TTTAGAAGGC GTA 23 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 267:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 25 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE

388

(iv) ANTI-SENSE: NIE
(vi)	PÔVODNÝ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS:	Helicobacter pylori
(ix)	ZNAK: (A) NÁZOV/KĽÚČ: (B) UMIESTNENIE	rôzne znaky 1 ... 25
(xi)	POPIS SEKVENCIE:	Sekvencia £. 267:

TTATATTCAT ATGGAAGACG ATGGC 25 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 268:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 24 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 24 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia £. 268:

AATTCTCGAG CCTCTTTATA AGCC 24 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 269:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 46 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve

389 (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 46 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 269:

CGCGGATCCA TATGGTAGAA GCCTTTCAAA AACACCAAAA AGACGG 46 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 270:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 32 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 32 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 270:

CCGGAATTCG GAGCCAATAG GGAGCTAAAG CC

390 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 271:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 31 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 31 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 271:

CGGGATCCGA AGGTGATGGT GTTTATATAG G 31 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 272:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 32 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky

391 (B) UMIESTNENIE 1 ... 32 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 272:

CGCATATGGA AGGTGATGGT GTTTATATAG GG 32 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 273:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 37 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 37 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia ô. 273:

GCGAATTCTC ACTCTTTCCA ATAGTTTGCT GCAGAGC 37 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 274:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 37 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE

392 (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

	(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAK: (A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 37
(xi)	POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 274:

CCGGAATTCT TAATCCCGTT TCAAATGGTA ATAAAGG 37 (2) INFORMÁCIE PRE SEKVENCIU Č. 275:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCIE:

(A) DĹŽKA: 36 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:

(A) NÁZOV/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1 ... 36 (xi) POPIS SEKVENCIE: Sekvencia č. 275:

GCGAATTCCC TTTTATTTAA AAAGTGTAGT TATACC

7ÍZ

393

Claims (108)

1. Izolovaná nukleová kyselina obsahujúca nukleotidovú sekvenciu kódujúcu polypeptid H. pylori najmenej na asi 60 % homologická s aminokyselinovou sekvenciou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencii č. 102, 108, 111,121, 123,125, 133, 139, 148,149,176 a 177.

2. Izolovaná nukleová kyselina podľa nároku 1 obsahujúca nukleotidovú sekvenciu vybranú zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencii č. 5, 11, 14, 26, 28, 36,42, 51, 52 a 79 alebo ich doplnku.

3. izolovaná nukleová kyselina s nukleotidovou sekvenciou, ktorá kóduje polypeptid H. pylori, najmenej približne na 60 % homologická s aminokyselinovou sekvenciou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencii č. 98 až 194.

4. Izolovaná nukleová kyselina s nukleotidovou sekvenciou, ktorá kóduje polypeptid H. pylori, vybraná zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencii č. 98 až 194.

5. Izolovaná nukleová kyselina, ktorá kóduje polypeptid H. pylori, s nukleotidovou sekvenciou najmenej približne na 60 % homologickou s nukleotidovou sekvenciou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencii č. 1 až 97 alebo ich doplnku.

6. Izolovaná nukleová kyselina podľa nároku 3 zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu vybranú zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencii č. 1 až 97 alebo ich doplnkov.

7. Izolovaná molekula nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid H. pylori, s nukleotidovou sekvenciou, ktorá hybridizuje za prísnych hybridizačných podmienok na molekulu nukleovej kyseliny s nukleotidovou sekvenciou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencii č. 1 až 97 alebo ich doplnkov.

394

8. Izolovaná nukleová kyselina s nukleotidovou sekvenciou dĺžky najmenej 8 nukleotidov, pričom táto sekvencia hybridizuje za prísnych hybridizačných podmienok na nukleovú kyselinu s nukleotidovou sekvenciou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 1 až 97 alebo ich doplnku.

9. Izolovaná nukleová kyselina s nukleotidovou sekvenciou kódujúcou bunkový obalový polypeptid H. pylori alebo jeho fragment, pričom nukleotidová sekvencia je najmenej na 60 % homologická s nukleotidovou sekvenciou, ktorá je vybraná zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 63, č. 7, č. 8, č. 9, č. 13, č. 14, č. 23, č. 24, č. 27, č. 28, č. 50, č. 51, č. 61, č. 79, č. 80, č. 84, č. 85, č. 91, č. 94, č. 5, č. 11, č. 26, č. 36, č. 42, č. 52, č. 22, č. 29, č. 30, č. 65, č. 66, č. 48, č. 49, č. 17, č. 18, č. 19, č. 43, č. 44, č. 38, č. 39, č. 1, č. 2, č. 6, č. 34, č. 35, č. 60, č. 69 a č. 83 alebo ich doplnkov.

10. Izolovaná nukleová kyselina podľa nároku 9, pričom uvedený polypeptid bunkového obalu H. pylori alebo jeho fragment je polypeptid spojený s bičíkmi H. pylori alebo jeho fragment kódovaný nukleotidovou sekvenciou, ktorá je aspoň na 60% homologická so sekvenciou č. 63 alebo jej doplnok.

11. Izolovaná nukleová kyselina podľa nároku 9, pričom uvedený polypeptid bunkového obalu H. pylori alebo jeho fragment je polypeptid vnútornej membrány H. pylori alebo jeho fragment kódovaný nukleotidovou sekvenciou, ktorá je aspoň na 60% homologická s nukleotidovou sekvenciou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 48, č. 49, č. 17, č. 18, č. 19, č. 43, č. 44, č. 38 a č. 39 alebo ich doplnkov.

12. Izolovaná nukleová kyselina podľa nároku 11, pričom uvedený polypeptid bunkového obalu H. pylori alebo jeho fragment je polypeptid H. pylori alebo jeho fragment zúčastňujúci sa na transporte a kódovaný nukleotidovou sekvenciou, ktorá je aspoň na 60% homologická s nukleotidovou sekvenciou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 48, č. 49, č. 17, č. 18, č. 19, č. 43 a č. 44 alebo ich doplnkov.

13. Izolovaná nukleová kyselina podľa nároku 9, pričom uvedený polypeptid bunkového obalu H. pylori alebo jeho fragment je polypeptid vonkajšej

395 membrány H. pylori alebo jeho fragment kódovaný nukleotidovou sekvenciou, ktorá je aspoň na 60% homologická s nukleotidovou sekvenciou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 7, č. 8, č. 9, č. 13, č. 14, č. 23, č. 24, č. 27, č. 28, č. 50, č. 51, č. 61, č. 79, č. 80, č. 84, č. 85, č. 91, č. 94, č. 5, č. 11, č. 26, č. 36, č. 42, č. 52, č. 22, č. 29, č. 30, č. 65 a č. 66 alebo ich doplnkov.

14. Izolovaná nukleová kyselina podľa nároku 13, pričom uvedený polypeptid vonkajšej membrány H. pylori alebo jeho fragment je polypeptid H. pylori s koncovým fenylalanínovým zvyškom alebo jeho fragment kódovaný nukleotidovou sekvenciou, ktorá je aspoň na 60% homologická s nukleotidovou sekvenciou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 7, č. 8, č. 9, č. 11, č. 13, č. 14, č. 23, č. 24, č. 26, č. 27, č. 28, č. 36, č. 42, č. 50, č. 51, č. 52, č. 61, č. 79, č. 80, č. 84, č. 85, č. 91 a č. 94 alebo ich doplnkov.

15. Izolovaná nukleová kyselina podľa nároku 14, pričom uvedený polypeptid vonkajšej membrány H. pylori alebo jeho fragment je polypeptid H. pylori s koncovým fenylalaninovým zvyškom a C-koncovým tyrozínovým klastrom alebo jeho fragment kódovaný nukleotidovou sekvenciou, ktorá je aspoň na 60% homologická s nukleotidovou sekvenciou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 11, č. 26, č. 36, č. 42 a č. 52 alebo ich doplnkov.

16. izolovaná nukleová kyselina s nukleotidovou sekvenciou kódujúcou bunkový obalový polypeptid H. pylori alebo jeho fragment, pričom uvedený polypeptid zahŕňa aminokyselinovú sekvenciu, ktorá je aspoň na 60% homologická s aminokyselinovou sekvenciou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 160, č. 104, č. 105, č. 106, č. 110, č. 111, č. 120, č. 121, č. 124, č. 125, č. 147, č. 148, č. 158, č. 176, č. 177, č. 181, č. 182, č. 188, č. 191, č. 102, č. 108, č. 123, č. 133, č. 139, č. 149, č. 119, č. 126, č. 127, č. 162, č. 163, č. 145, č. 146, č. 114, č. 115, č. 116, č. 140, č. 141, č. 135, č. 136, č. 98, č. 99, č. 103, č. 131, č. 132, č. 157, č. 166 a č. 180.

17. Izolovaná nukleová kyselina podľa nároku 16, pričom uvedený polypeptid bunkového obalu H. pylori alebo jeho fragment je polypeptid spojený s bičíkmi

396

H. pylori alebo jeho fragment obsahujúci aminokyselinovú sekvenciu, ktorá je aspoň na 60% homologická so sekvenciou č. 160.

18. Izolovaná nukleová kyselina podľa nároku 16, pričom uvedený polypeptid bunkového obalu H. pylori alebo jeho fragment polypeptid vnútornej membrány H. pylori alebo jeho fragment obsahujúci aminokyselinovú sekvenciu, ktorá je aspoň na 60% homologická so sekvenciou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 145, č. 146, č. 114, č. 115, č. 116, č. 140, č. 141, č. 135 a č. 136.

19. Izolovaná nukleová kyselina podľa nároku 18, pričom uvedený polypeptid vnútornej membrány H. pylori alebo jeho fragment je polypeptid H. pylori alebo jeho fragment zúčastňujúci sa na transporte obsahujúci aminokyselinovú sekvenciu, ktorá je aspoň na 60% homologická so sekvenciou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 145, č. 146, č. 114, č. 115, č. 116, č. 140 a č. 141.

20. Izolovaná nukleová kyselina podľa nároku 16, pričom uvedený polypeptid bunkového obalu H. pylori alebo jeho fragment je polypeptid vonkajšej membrány H. pylori alebo jeho fragment obsahujúci aminokyselinovú sekvenciu, ktorá je aspoň na 60% homologická so sekvenciou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 104, č. 105, č. 106, č. 110, č. 111, č. 120, č. 121, č. 124, č. 125, č. 147, č. 148, č. 158, č. 176, č. 177, č. 181, č. 182, č. 188, č. 191, č. 102, č. 108, č. 123, č. 133, č. 139, č. 149, č. 119, č. 126, č. 127, č. 162 a č. 163.

21. Izolovaná nukleová kyselina podľa nároku 20, pričom uvedený polypeptid vonkajšej membrány H. pylori alebo jeho fragment je polypeptid H. pylori s koncovým fenylalanínovým zvyškom alebo jeho fragment obsahujúci aminokyselinovú sekvenciu, ktorá je aspoň na 60% homologická so sekvenciou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 104, č. 105, č. 106, č. 108, č. 110, č. 111, č. 120, č. 121, č. 123, č. 124, č. 125, č. 133, č. 139, č. 147, č. 148, č. 149, č. 158, č. 176, č. 177, č. 181, č. 182, č. 188 a č. 191.

397

22. Izolovaná nukleová kyselina podľa nároku 21, pričom uvedený polypeptid vonkajšej membrány H. pylori alebo jeho fragment je polypeptid H. pylori s koncovým fenylalanínovým zvyškom a C-koncovým tyrozínovým klastrom alebo jeho fragment obsahujúci aminokyselinovú sekvenciu, ktorá je aspoň na 60% homoiogická so sekvenciou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 108, č. 123, č. 133, č. 139 a č. 149.

23. Izolovaná nukleová kyselina s nukleotidovou sekvenciou kódujúcou cytoplazmatický polypeptid H. pylori alebo jeho fragment, pričom nukleotidová sekvencia je aspoň na 60 % homoiogická s nukleotidovou sekvenciou, ktorá je vybraná zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 57, č. 58, č. 86, č. 87, č. 88, č. 89, č. 92 a č. 93 alebo ich doplnku.

24. izolovaná nukleová kyselina podľa nároku 23, pričom uvedený cytoplazmatický polypeptid H. pylori alebo jeho fragment je polypeptid H. pylori alebo jeho fragment zúčastňujúci sa na translácii mRNA, pričom nukleotidová sekvencia je aspoň na 60 % homoiogická s nukleotidovou sekvenciou, ktorá je vybraná zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 57 a č. 58 alebo ich doplnku.

25. Izolovaná nukleová kyselina podľa nároku 23, pričom uvedený cytoplazmatický polypeptid H. pylori alebo jeho fragment je polypeptid H. pylori alebo jeho fragment zúčastňujúci sa na genómovej replikácii, transkripcii, rekombinácii a oprave, pričom nukleotidová sekvencia je aspoň na 60 % homoiogická s nukleotidovou sekvenciou, ktorá je vybraná zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 86 a č. 87 alebo ich doplnkov.

26. Izolovaná nukleová kyselina obsahujúca nukleotidovú sekvenciu kódujúcu cytoplazmatický polypeptid H. pylori alebo jeho fragment, pričom uvedený polypeptid obsahuje aminokyselinovú sekvenciu, ktorá je aspoň na 60% homoiogická so sekvenciou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 154, č. 155, č. 183, č. 184, č. 185, č. 186, č. 189 a č. 190.

27. Izolovaná nukleová kyselina podľa nároku 26, pričom uvedený cytoplazmatický polypeptid H. pylori alebo jeho fragment je polypeptid H.

398 pylori alebo jeho fragment zúčastňujúci sa na translácii mRNA obsahujúci aminokyselinovú sekvenciu, ktorá je aspoň na 60% homologická so sekvenciou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií Č. 154 a č. 155.

28. Izolovaná nukleová kyselina podľa nároku 26, pričom uvedený cytoplazmatický polypeptid H. pylori alebo jeho fragment je polypeptid H. pylori alebo jeho fragment zúčastňujúci sa na genómovej replikácii, transkripcii, rekombinácii a oprave, obsahujúci aminokyselinovú sekvenciu, ktorá je aspoň na 60% homologická so sekvenciou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 183 a č. 184.

29. Izolovaná nukleová kyselina obsahujúca nukleotidovú sekvenciu kódujúcu polypeptid vylučovaný H. pylori alebo jeho fragment, pričom nukleotidová sekvencia je aspoň na 60% homologická s nukleotidovou sekvenciou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 3, č. 4, č. 10, č. 12, č. 20, č. 25, č. 31, č. 32, č. 45, č. 46, č. 53 č. 64, č. 67, č. 70, č. 77, č. 78, č. 81, č. 82, č. 90, č. 95 a č. 97 alebo ich doplnkov.

30. Izolovaná nukleová kyselina s nukleotidovou sekvenciou kódujúcou polypeptid vylučovaný H. pylori alebo jeho fragment, pričom polypeptid obsahuje aminokyselinovú sekvenciu, ktorá je aspoň na 60% homologická s aminokyselinovou sekvenciou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 100, č. 101, č. 107, č. 109, č. 117, č. 122, č. 128, č. 129, č. 142, č. 143, č. 150 č. 161, č. 164, č. 167, č. 174, č. 175, č. 178, č. 179, č. 187, č. 192 a č. 194.

31. Izolovaná nukleová kyselina s nukleotidovou sekvenciou kódujúcou bunkový polypeptid H. pylori alebo jeho fragment, pričom nukleotidová sekvencia je aspoň na 60 % homologická s nukleotidovou sekvenciou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 15, č. 16, č. 21, č. 33, č. 37, č. 40, č. 41, č. 47, č. 54, č. 55, č. 56 č. 59, č. 62, č. 68, č. 71, č. 72, č. 73, č. 74, č. 75, č. 76 a č. 96 alebo ich doplnkov.

32. Izolovaná nukleová kyselina s nukleotidovou sekvenciou kódujúcou bunkový polypeptid H. pylori alebo jeho fragment, pričom uvedený polypeptid obsahuje

399 aminokyselinovú sekvenciu, ktorá je aspoň na 60% homologická s aminokyselinovou sekvenciou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 112, č. 113, č. 118, č. 130, č. 134, č. 137, č. 138, č. 144, č. 151, č. 152, č. 153 č. 156, č. 159, č. 165, č. 168, č. 169, č. 170, č. 171, č. 172, č. 173 a č. 193.

33. Izolovaná nukleová kyselina podľa ktoréhokoľvek z predchádzajúcich nárokov 1 až 32, pričom nukleotidová sekvencia obsiahnutá v nukleovej kyseline je aspoň na 70%, 80%, 90%, 95%, 98% alebo 99% homologická s vybranou nukleotidovou sekvenciou alebo je identická s vybranou nukleotidovou sekvenciou.

34. Sonda s nukleotidovou sekvenciou pozostávajúcou z najmenej 8 nukleotidov s nukleotidovou sekvenciou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 1 až č. 97 alebo ich doplnkov.

35. Rekombinantný expresný vektor obsahujúci nukleovú kyselinu podľa ktoréhokoľvek z nárokov 1 .až 33, ktorého nukleová kyselina zahŕňa transkripčný regulačný element operačne spojený s nukleotidovou sekvenciou obsiahnutou v nukleovej kyseline.

36. Bunka, vyznačujúca sa tým, že obsahuje rekombinantný expresný vektor podľa nároku 35.

37. Spôsob na výrobu polypeptidu H. pylori, vyznačujúci sa tým, že zahŕňa kultivovanie bunky podľa nároku 36 za podmienok, ktoré umožňujú expresiu polypeptidu.

38. Spôsob podľa nároku 37, vyznačujúci sa tým, že ďalej obsahuje čistenie polypeptidu z bunky.

39. Spôsob na detekciu prítomnosti nukleovej kyseliny Helicobacter vo vzorke, vyznačujúci sa tým, že obsahuje nasledujúce kroky:

400 (a) kontaktovanie vzorky s nukleovou kyselinou podľa ktoréhokoľvek z nárokov 1 až 34 tak, že sa môže vytvoriť hybrid medzi sondou a nukleovou kyselinou Helicobacter vo vzorke; a (b) detekcia hybridu vytvoreného v kroku (a), kde detekcia hybridu indikuje prítomnosť nukleovej kyseliny Helicobacter vo vzorke.

40. Izolovaný polypeptid H. pylori obsahujúci aminokyselinovú sekvenciu najmenej na asi 60 % homologickú s polypeptidom H. pylori vybraným zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 102, 108, 111, 121, 123, 125, 133, 139, 148, 149, 176 a 177.

41. Izolovaný polypeptid H. pylori, ktorý je kódovaný nukleovou kyselinou obsahujúcou nukleotidovú sekvenciu najmenej na asi 60 % homologickú s nukleotidovou sekvenciou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 5,11,14, 26, 28, 36,42, 51, 52 a 79.

42. Izolovaný polypeptid H. pylori s aminokyselinovou sekvenciou najmenej na asi 60 % homologickou s polypeptidom H. pylori vybraným zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 98 až č. 194.

43. Izolovaný polypeptid H. pylori, ktorý je kódovaný nukleovou kyselinou s nukleotidovou sekvenciou najmenej na asi 60 % homologickou s nukleotidovou sekvenciou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 1 až 97.

44. Izolovaný polypeptid H. pylori podľa nároku 43, pričom uvedený polypeptid je kódovaný nukleotidovou sekvenciou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 1 až č. 97.

45. Izolovaný polypeptid H. pylori, ktorý je kódovaný nukleovou kyselinou, ktorá hybridizuje pod prísnymi hybridizačnými podmienkami na nukleovú kyselinu vybranú zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 1 až 97 alebo ich doplnkov.

46. Izolovaný polypeptid H. pylori obsahujúci aminokyselinovú sekvenciu vybranú zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 97 až 194.

401

47. Izolovaný polypeptid bunkového obalu H. pylori alebo jeho fragment, pričom polypeptid zahŕňa aminokyselinovú sekvenciu, ktorá je aspoň na 60% homologická s aminokyselinovou sekvenciou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 160, č. 104, č. 105, č. 106, č. 110, č. 111, č.

120, č. 121, č. 124, č. 125, č. 147, č. 148, č. 158, č. 176, č. 177, č. 181, č.

182, č. 188, č. 191, č. 102, č. 108, č. 123, č. 133, č. 139, č. 149, č. 119, č.

126, č. 127, č. 162, č. 163, č. 145, č. 146, č. 114, č. 115, č. 116, č. 140, č.

141, č. 135, č. 136, č. 98, č. 99, č. 103, č. 131, č. 132, č. 157, č. 166 a č. 180.

48. Izolovaný polypeptid podľa nároku 47, pričom uvedený polypeptid bunkového obalu H. pylori alebo jeho fragment je polypeptid spojený s bičíkmi H. pylori alebo jeho fragment obsahujúci aminokyselinovú sekvenciu, ktorá je aspoň na 60% homologická so sekvenciou č. 160.

49. Izolovaný polypeptid podľa nároku 48, pričom uvedený polypeptid bunkového obalu H. pylori alebo jeho fragment je polypeptid vnútornej membrány H. pylori alebo jeho fragment a zahŕňa aminokyselinovú sekvenciu, ktorá je aspoň na 60% homologická s aminokyselinovou sekvenciou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 145, č. 146, č. 114, č. 115, č. 116, č. 140, č. 141, č. 135 a č. 136.

50. Izolovaný polypeptid podľa nároku 48, pričom uvedený polypeptid vnútornej membrány H. pylori alebo jeho fragment je polypeptid H. pylori alebo jeho fragment zúčastňujúci sa na transporte zahŕňajúci aminokyselinovú sekvenciu, ktorá je aspoň na 60% homologická s aminokyselinovou sekvenciou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 145, č. 146, č. 114, č. 115, č. 116, č. 140 a č. 141.

51. Izolovaný polypeptid podľa nároku 48, pričom uvedený polypeptid bunkového obalu H. pylori alebo jeho fragment je polypeptid vonkajšej membrány H. pylori alebo jeho fragment obsahujúci aminokyselinovú sekvenciu, ktorá je aspoň na 60% homologická s aminokyselinovou sekvenciou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 104, č. 105, č. 106, č. 110, č. 111, č. 120, č. 121, č. 124, č. 125, č. 147, č. 148, č. 158, č. 176, č. 177, ô. 181, č.

402

182, č. 188, č. 191, č. 102, č. 108, č. 123, č. 133, č. 139, č. 149, č. 119, č. 126, č. 127, č. 162 a č. 163.

52. Izolovaný polypeptid podľa nároku 51, pričom uvedený polypeptid vonkajšej membrány H. pylori alebo jeho fragment je polypeptid H. pylori s koncovým fenylalanínovým zvyškom alebo jeho fragment obsahujúci aminokyselinovú sekvenciu, ktorá je aspoň na 60% homologická s aminokyselinovou sekvenciou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 104, č. 105, č. 106, č. 108, č. 110, č. 111, č. 120, č. 121, č. 123, č. 124, č. 125, č. 133, č. 139, č. 147, č. 148, č. 149, č. 158, č. 176, č. 177, č. 181, č. 182, č. 188 a č. 191.

53. Izolovaný polypeptid podľa nároku 52, pričom uvedený polypeptid vonkajšej membrány H. pylori alebo jeho fragment je polypeptid H. pylori s koncovým fenylalanínovým zvyškom a C-koncovým tyrozínovým klastrom alebo jeho fragment obsahujúci aminokyselinovú sekvenciu, ktorá je aspoň na 60% homologická s aminokyselinovou sekvenciou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 108, č. 123, č. 133, č. 139 a č. 149.

54. Izolovaný polypeptid bunkového obalu H. pylori alebo jeho fragment, pričom tento polypeptid je kódovaný nukleovou kyselinou obsahujúcou nukleotidovú sekvenciu, ktorá je aspoň na 60% homologická s nukleotidovou sekveniou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 63, č. 7, č. 8, č. 9, č. 13, č. 14, č. 23, č. 24, č. 27, č. 28, č. 50, č. 51, č. 61, č. 79, č. 80, č. 84, č. 85, č. 91, č. 94, č. 5, č. 11, č. 26, č. 36, č. 42, č. 52, č. 22, č. 29, č. 30, č. 65, č. 66, č. 48, č. 49, č. 17, č. 18, č. 19, č. 43, č. 44, č. 38, č. 39, č. 1, č. 2, č. 6, č. 34, č. 35, č. 60, č. 69 a č. 83.

55. Izolovaný polypeptid podľa nároku 54, pričom uvedený polypeptid bunkového obalu H. pylori alebo jeho fragment je polypeptid spojený s bičíkmi H. pylori alebo jeho fragment kódovaný nukleovou kyselinou obsahujúcou nukleotidovú sekvenciu, ktorá je aspoň na 60% homologická so sekvenciou č. 63.

56. Izolovaný polypeptid podľa nároku 54, pričom uvedený polypeptid bunkového obalu H. pylori alebo jeho fragment je polypeptid vnútornej membrány H.

403 pylori alebo jeho fragment kódovaný nukleovou kyselinou obsahujúcou nukleotidovú sekvenciu, ktorá je aspoň na 60% homologická s nukleotidovou sekvenciou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 48, č. 49, č. 17, č. 18, č. 19, č. 43, č. 44, č. 38 a č. 39.

57. Izolovaný polypeptid podľa nároku 56, pričom polypeptid bunkového obalu H. pylori alebo jeho fragment je polypeptid H. pylori alebo jeho fragment zúčastňujúci sa na transporte a kódovaný nukleovou kyselinou obsahujúcou nukleotidovú sekvenciu, ktorá je aspoň na 60% homologická s nukleotidovou sekvenciou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 48, č. 49, č. 17, č. 18, 6.19, č. 43 a č. 44.

58. izolovaný polypeptid podľa nároku 54, pričom polypeptid bunkového obalu H. pylori alebo jeho fragment je polypeptid vonkajšej membrány H. pylori alebo jeho fragment kódovaný nukleovou kyselinou obsahujúcou nukleotidovú sekvenciu, ktorá je aspoň na 60% homologická s nukleotidovou sekvenciou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 7, č. 8, č. 9, č. 13, č. 14, č. 23, č. 24, č. 27, č. 28, č. 50, č. 51, č. 61, č. 79, č. 80, č. 84, č. 85, č. 91, č. 94, č. 5, č. 11, č. 26, č. 36, č. 42, č. 52, č. 22, č. 29, č. 30, č. 65 a č. 66.

59. Izolovaný polypeptid podľa nároku 58, pričom uvedený polypeptid vonkajšej membrány H. pylori alebo jeho fragment je polypeptid H. pylori s koncovým fenylalanfnovým zvyškom alebo jeho fragment kódovaný nukleovou kyselinou obsahujúcou nukleotidovú sekvenciu, ktorá je aspoň na 60% homologická s nukleotidovou sekvenciou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 7, č. 8, č. 9, č. 11, č. 13, č. 14, č. 23, č. 24, č. 26, č. 27, č. 28, č. 36, č. 42, č. 50, č. 51, č. 52, č. 61, č. 79, č. 80, č. 84, č. 85, č. 91 a č. 94.

60. Izolovaný polypeptid podľa nároku 59, pričom polypeptid vonkajšej membrány H. pylori alebo jeho fragment je polypeptid H. pylori s koncovým fenylalanínovým zvyškom a C-koncovým tyrozínovým klastrom alebo jeho fragment kódovaný nukleovou kyselinou obsahujúcou nukleotidovú sekvenciu, ktorá je aspoň na 60% homologická s nukleotidovou sekvenciou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 11, č. 26, č. 36, č. 42 a č. 52.

404

61. Izolovaný cytoplazmatický polypeptid H. pylori alebo jeho fragment, pričom uvedený polypeptid obsahuje aminokyselinovú sekvenciu, ktorá je aspoň na 60% homologická s aminokyseiinovou sekvenciou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 154, č. 155, č. 183, č. 184, č. 185, č. 186, č. 189 a č. 190.

62. Izolovaný polypeptid podľa nároku 61, pričom uvedený cytoplazmatický polypeptid H. pylori alebo jeho fragment je polypeptid H. pylori alebo jeho fragment zúčastňujúci sa na translácii mRNA obsahujúci aminokyselinovú sekvenciu, ktorá je aspoň na 60% homologická s aminokyseiinovou sekvenciou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 154 a č. 155.

63. Izolovaný polypeptid podľa nároku 61, pričom uvedený cytoplazmatický polypeptid H. pylori alebo jeho fragment je polypeptid H. pylori alebo jeho fragment zúčastňujúci sa na genómovej replikácii, transkripcii, rekombinácii a oprave obsahujúci aminokyselinovú sekvenciu, ktorá je aspoň na 60% homologická s aminokyseiinovou sekvenciou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 183 a č. 184.

64. Izolovaný cytoplazmatický polypeptid H. pylori alebo jeho fragment, pričom uvedený polypeptid je kódovaný nukleovou kyselinou obsahujúcou nukleotidovú sekvenciu, ktorá je aspoň na 60% homologická s nukleotidovou sekvenciou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 57, č. 58, č. 86, č. 87, č. 88, č. 89, č. 92 a č. 93.

65. Izolovaný polypeptid podľa nároku 64, pričom uvedený cytoplazmatický polypeptid H. pylori alebo jeho fragment je polypeptid H. pylori alebo jeho fragment zúčastňujúci sa na translácii mRNA, pričom uvedený polypeptid je kódovaný nukleovou kyselinou obsahujúcou nukleotidovú sekvenciu, ktorá je aspoň na 60% homologická s nukleotidovou sekvenciou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 57 a č. 58.

66. Izolovaný polypeptid podľa nároku 64, pričom uvedený cytoplazmatický polypeptid H. pylori alebo jeho fragment je polypeptid H. pylori alebo jeho fragment zúčastňujúci sa na genómovej replikácii, transkripcii a oprave,

405 pričom tento polypeptid je kódovaný nukleovou kyselinou obsahujúcou nukleotidovú sekvenciu, ktorá je aspoň na 60% homologická s nukleotidovou sekvenciou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 86 a č. 87.

67. Izolovaný bunkový polypeptid H. pylori alebo jeho fragment, pričom tento polypeptid obsahuje aminokyselinovú sekvenciu, ktorá je aspoň na 60% homologická s aminokyselinovou sekvenciou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 112, č. 113, č. 118, č. 130, č. 134, č. 137, č. 138, č. 144, č. 151, č. 152, č. 153 č. 156, č. 159, č. 165, č. 168, č. 169, č. 170, č. 171, č. 172, č. 173 a č. 193.

68. Izolovaný bunkový polypeptid H. pylori alebo jeho fragment, pričom tento polypeptid obsahuje aminokyselinovú sekvenciu, ktorá je aspoň na 60% homologická s aminokyselinovou sekvenciou, ktorá je kódovaná nukleovou kyselinou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 15, č. 16, č. 21, č. 33, č. 37, č. 40, č. 41, č. 47, č. 54, č. 55, č. 56 č. 59, č. 62, č. 68, č. 71, č. 72, č. 73, č. 74, č. 75, č. 76 a č. 96.

69. Izolovaný polypeptid vylučovaný H. pylori alebo jeho fragment, pričom tento polypeptid obsahuje aminokyselinovú sekvenciu, ktorá je aspoň na 60% homologická s aminokyselinovou sekvenciu vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 100, č. 101, č. 107, č. 109, č. 117, č. 122, č. 128, č. 129, č. 142, č. 143, č. 150 č. 161, č. 164, č. 167, č. 174, č. 175, č. 178, č. 179, č. 187, č. 192 a č. 194.

70. Izolovaný polypeptid vylučovaný H. pylori alebo jeho fragment, pričom tento polypeptid obsahuje aminokyselinovú sekvenciu, ktorá je aspoň na 60% homologická s aminokyselinovou sekvenciou, ktorá je kódovaná nukleovou kyselinou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 3, č. 4, č. 10, č. 12, č. 20, č. 25, č. 31, č. 32, č. 45, č. 46, č. 53 č. 64, č. 67, č. 70, č. 77, č. 78, č. 81, č. 82, č. 90, č. 95 a č. 97.

71. Izolovaný polypeptid podfa ktoréhokoľvek z nárokov 40 až 70, pričom aminokyselinová sekvencia obsiahnutá v izolovanom polypeptide je aspoň na 70%, 80%, 90%, 95%, 98% alebo 99% homologická s vybranou

406 aminokyselinovou sekvenciou alebo je identická s vybranou aminokyselinovou sekvenciou.

72. Fúzny proteín obsahujúci polypeptid H. pylori, ktorý obsahuje aminokyselinovú sekvenciu, ktorá je aspoň na 60% homologická s aminokyselinovou sekvenciou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 98 až č. 194 funkčne prepojenej s polypeptidom, ktorý nepochádza z H. pylori.

73. Vakcínový prípravok na profylaktickú alebo terapeutickú liečbu infekcie H. pylori, vyznačujúci sa tým, že obsahuje účinné množstvo najmenej jednej izolovanej nukleovej kyseliny podľa ktoréhokoľvek z nárokov 1 až 33.

74. Vakcínový prípravok na profylaktickú alebo terapeutickú liečbu infekcie H. pylori, vyznačujúci sa tým, že obsahuje účinné množstvo najmenej jednej izolovanej nukleovej kyseliny kódujúcej polypeptid vonkajšej membrány H. pylori alebo jeho fragment, pričom uvedená nukleová kyselina obsahuje nukleotidovú sekvenciu, ktorá je aspoň na 60% homologická s nukleotidovou sekvenciou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 28, č. 50, č. 24, č. 11, č. 52, č. 42 a č. 79.

75. Vakcínový prípravok podľa nároku 74, vyznačujúci sa tým, že uvedená nukleová kyselina obsahuje nukleotidovú sekvenciu, ktorá je aspoň na 60% homologická so sekvenciou č. 52.

76. Vakcínový prípravok podľa nároku 74 alebo 75, vyznačujúci sa tým, že nukleotidová sekvencia obsiahnutá v nukleovej kyseline je aspoň na 70%, 80%, 90%, 95%, 98% alebo 99% homologická s vybranou nukleotidovou sekvenciou alebo je identická s vybranou nukleotidovou sekvenciou.

77. Vakcínový prípravok podľa ktoréhokoľvek z nárokov 73 až 76, vyznačujúci sa tým, že obsahuje technikami genetického inžinierstva oslabené živé vírusy alebo baktérie alebo rekombinantné častice podobné vírusu.

407

78. Vakcínový prípravok na profylaktickú alebo terapeutickú liečbu infekcie H. pylori, vyznačujúci sa tým, že obsahuje účinné množstvo najmenej jedného polypeptidu H. pylori alebo jeho fragment podľa ktoréhokoľvek z nárokov 40 až 70.

79. Vakcínový prípravok na profylaktickú alebo terapeutickú liečbu infekcie H. pylori, vyznačujúci sa tým, že obsahuje účinné množstvo najmenej jedného polypeptidu vonkajšej membrány H. pylori alebo jeho fragmentu, pričom uvedený poiypeptid obsahuje aminokyselinovú sekvenciu, ktorá je aspoň na 60% homologická s aminokyselinovou sekvenciou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekvencií č. 125, č. 147, č. 121, č. 108, č. 149, č. 139 a č. 176.

80. Vakcínový prípravok podľa nároku 79, vyznačujúci sa tým, že uvedený poiypeptid obsahuje aminokyselinovú sekvenciu, ktorá je aspoň na 60% homologická so sekvenciou č. 149.

81. ‘Vakcínový prípravok podľa nároku 79 alebo 80, vyznačujúci sa tým, že uvedená aminokyselinová sekvencia obsiahnutá v izolovanom polypeptide je aspoň na 70%, 80%, 90%, 95%, 98% alebo 99% homologická s vybranou aminokyselinovou sekvenciou alebo je identická s vybranou aminokyselinovou sekvenciou.

82. Vakcínový prípravok podľa ktoréhokoľvek z nárokov 79 až 81, vyznačujúci sa tým, že obsahuje látku vybranú z cholera toxínu, netoxických derivátov cholera toxínu, procholeragenoidu, hubového polysacharidu, muramylového dipeptidu, derivátu muramylového dipeptidu, forbolesteru, E. coli labilného toxínu, lyzátu iných ako H. pylori baktérií, blokového polyméru, saponínu, biodegradovateľných mikrokapsúl, ISCOM, kochleátov, lipozómov, technikami genetického inžinierstva oslabených vírusov alebo baktérií a rekombinantných častíc podobných vírusu.

83. Vakcínový prípravok podľa ktoréhokoľvek z nárokov 73 až 82, vyznačujúci sa tým, že ďalej obsahuje farmaceutický prijateľný nosič.

408

84. Vakcínový prípravok podľa nároku 83, vyznačujúci sa tým, že farmaceutický prijateľný nosič obsahuje adjuvans.

85. Vakcínový prípravok podľa nároku 83 alebo 84, vyznačujúci sa tým, že farmaceutický prijateľný nosič obsahuje dodávací systém.

86. Vakcínový prípravok podľa nároku 85, vyznačujúci sa tým, že dodávací systém obsahuje živý vektor.

87. Vakcínový prípravok podľa nároku 86, vyznačujúci sa tým, že živým vektorom je baktéria alebo vírus.

88. Spôsob liečby alebo znižovania rizika infekcie H. pylorí u subjektu, vyznačujúci sa tým, že zahŕňa podanie vakcínového prípravku podľa ktoréhokoľvek z nárokov 73 až 87 tomuto subjektu tak, že dôjde k liečbe alebo zníženiu rizika infekcie H. pylori.

89. Spôsob výroby vakcínového prípravku, vyznačujúci sa tým, že zahŕňa * skombinovanie aspoň jedného izolovaného polypeptidú H. pylori podľa nároku 42 s farmaceutický prijateľným nosičom, čím sa vytvorí vakcínový prípravok.

90. Spôsob výroby vakcínového prípravku, vyznačujúci sa tým, že obsahuje nasledujúce kroky:

(a) kultivovanie bunky v podmienkach, ktoré umožňujú expresiu polypeptidu H. pylori podľa nároku 42;

(b) izolovanie uvedeného polypeptidu H. pylori alebo jeho fragmentu z uvedenej bunky; a (c) skombinovanie najmenej jedného uvedeného izolovaného polypeptidu H. pylori alebo jeho fragmentu s farmaceutický prijateľným nosičom, čím sa vytvorí vakcínový prípravok.

91. Chimérický polypeptid H. pylori obsahujúci aminokyselinové sekvencie najmenej dvoch polypeptidov H. pylori alebo ich fragmentov, vyznačujúci sa

409 tým, že uvedené polypeptidy sú kódované sekvenciami nukleových kyselín tak ako sú definované v nároku 5.

92. Chimérický polypeptid H. pylori obsahujúci najmenej dva polypeptidy H. pylori alebo ich fragmenty, vyznačujúci sa tým, že každý z uvedených poiypeptidov je v súlade s nárokom 42.

93. Použitie izolovanej nukleovej kyseliny podľa ktoréhokoľvek z nárokov 1 až 33 na výrobu vakcínovej kompozície na liečbu infekcie H. pylori u subjektu.

94. Použitie purifikovaného polypeptidu podľa ktoréhokoľvek z nárokov 40 až 71 na výrobu vakcínovej kompozície na liečbu infekcie H. pylori u subjektu.

95. Použitie podľa nároku 93 alebo 94, pričom liečba je profylaktickou liečbou.

96. Použitie podľa nároku 93 alebo 94, pričom liečba je terapeutickou liečbou.

97. Postup prehľadávania liečiv, vyznačujúci sa tým, že zahŕňa kontaktovanie testovanej zlúčeniny s purifikovaným polypeptidom obsahujúcim aminokyselinovú sekvenciu, ktorá je aspoň na 60% homologická s aminokyselinovou sekvenciou uvedenou v zozname sekvencií.

98. Postup podľa nároku 97, vyznačujúci sa tým, že zahŕňa určenie, či sa zlúčenina viaže na uvedenú aminokyselinovú sekvenciu purifikovaného polypeptidu.

99. Postup podľa nároku 97 alebo 98, vyznačujúci sa tým, že zahŕňa určenie, či testovaná zlúčenina mení väzobnú aktivitu uvedenej aminokyselinovej sekvencie purifikovaného polypeptidu k jeho ligandu.

100. Postup podľa nároku 99, vyznačujúci sa tým, že sa určuje, či testovaná zlúčenina inhibuje schopnosť uvedenej aminokyselinovej sekvencie viazať sa na ligand.

410

101. Postup podľa nároku 97 alebo 98, kde polypeptid má enzymatickú aktivitu, vyznačujúci sa tým, že zahŕňa určovanie, či testovaná zlúčenina mení enzymatickú aktivitu.

102. Postup podľa nároku 10, vyznačujúci sa tým, že enzymatická aktivita vytvára detekovateľný produkt s charakteristickými absorpčnými, fluorescenčnými alebo chemiluminiscenčnými vlastnosťami.

103. Postup podľa ktoréhokoľvek z nárokov 97 až 102, vyznačujúci sa tým, že je bezbunkový.

104. Postup podľa ktoréhokoľvek z nárokov 97 až 103, vyznačujúci sa tým, že aminokyselinová sekvencia obsiahnutá v purifikovanom polypeptide je aspoň na 70%, 80%, 90%, 95%, 98% alebo 99% homologická s aminokyselinovou sekvenciou uvedenou v zozname sekvencií alebo je identická s aminokyselinovou sekvenciou uvedenou v zozname sekvencií.

105. Postup prehľadávania liečiv, vyznačujúci sa tým, že zahŕňa krok kontaktovania testovanej zlúčeniny s izolovanou nukleovou kyselinou obsahujúcou nukleotidovú sekvenciu, ktorá je aspoň na 60% homologická s nukleotidovou sekvenciou uvedenou v zozname sekvencií.

106. Postup podľa nároku 105, vyznačujúci sa tým, že zahŕňa určovanie, či sa zlúčenina viaže na, alebo či interaguje s uvedenou nukleotidovou sekvenciou nukleovej kyseliny.

107. Postup podľa nároku 105, vyznačujúci sa tým, že je in vitro postupom.

108. Postup podľa ktoréhokoľvek z nárokov 105 až 107, vyznačujúci sa tým, že nukleotidová sekvencia obsiahnutá v nukleovej kyseline je aspoň na 70%, 80%, 90%, 95%, 98% alebo 99% homologická s nukleotidovou sekvenciou uvedenou v zozname sekvencií alebo je identická s nukleotidovou sekvenciou uvedenou v zozname sekvencií.