RU2733985C2 - Пептиды neil3 и включающие их вакцины - Google Patents
Пептиды neil3 и включающие их вакцины Download PDFInfo
- Publication number
- RU2733985C2 RU2733985C2 RU2016138428A RU2016138428A RU2733985C2 RU 2733985 C2 RU2733985 C2 RU 2733985C2 RU 2016138428 A RU2016138428 A RU 2016138428A RU 2016138428 A RU2016138428 A RU 2016138428A RU 2733985 C2 RU2733985 C2 RU 2733985C2
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- neil3
- peptides
- peptide
- cancer
- present
- Prior art date
Links
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 title claims abstract description 536
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 title claims description 291
- 229960005486 vaccine Drugs 0.000 title description 19
- 238000000034 method Methods 0.000 claims abstract description 188
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 claims abstract description 184
- 210000001151 cytotoxic T lymphocyte Anatomy 0.000 claims abstract description 184
- 210000000612 antigen-presenting cell Anatomy 0.000 claims abstract description 116
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 claims abstract description 75
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 claims abstract description 75
- 239000000427 antigen Substances 0.000 claims abstract description 72
- 108010075704 HLA-A Antigens Proteins 0.000 claims abstract description 67
- 102000011786 HLA-A Antigens Human genes 0.000 claims abstract description 67
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 claims abstract description 67
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 claims abstract description 67
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 claims abstract description 67
- 210000001808 exosome Anatomy 0.000 claims abstract description 41
- 239000013598 vector Substances 0.000 claims abstract description 38
- 230000028993 immune response Effects 0.000 claims abstract description 27
- 230000001939 inductive effect Effects 0.000 claims abstract description 24
- 239000008194 pharmaceutical composition Substances 0.000 claims abstract description 21
- 102100028773 Endonuclease 8-like 3 Human genes 0.000 claims abstract 6
- 101001123819 Homo sapiens Endonuclease 8-like 3 Proteins 0.000 claims abstract 6
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 claims description 197
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 claims description 165
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 claims description 93
- 150000001413 amino acids Chemical group 0.000 claims description 71
- 239000000203 mixture Substances 0.000 claims description 53
- 229940024606 amino acid Drugs 0.000 claims description 52
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 claims description 43
- 230000002265 prevention Effects 0.000 claims description 28
- 238000011282 treatment Methods 0.000 claims description 27
- 239000004480 active ingredient Substances 0.000 claims description 25
- 210000001744 T-lymphocyte Anatomy 0.000 claims description 24
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 claims description 23
- 238000001727 in vivo Methods 0.000 claims description 20
- 230000006698 induction Effects 0.000 claims description 19
- FFEARJCKVFRZRR-BYPYZUCNSA-N L-methionine Chemical compound CSCC[C@H](N)C(O)=O FFEARJCKVFRZRR-BYPYZUCNSA-N 0.000 claims description 12
- 229930182817 methionine Natural products 0.000 claims description 12
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 claims description 10
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims description 9
- ROHFNLRQFUQHCH-YFKPBYRVSA-N L-leucine Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(O)=O ROHFNLRQFUQHCH-YFKPBYRVSA-N 0.000 claims description 8
- QIVBCDIJIAJPQS-VIFPVBQESA-N L-tryptophane Chemical compound C1=CC=C2C(C[C@H](N)C(O)=O)=CNC2=C1 QIVBCDIJIAJPQS-VIFPVBQESA-N 0.000 claims description 8
- ROHFNLRQFUQHCH-UHFFFAOYSA-N Leucine Natural products CC(C)CC(N)C(O)=O ROHFNLRQFUQHCH-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 8
- QIVBCDIJIAJPQS-UHFFFAOYSA-N Tryptophan Natural products C1=CC=C2C(CC(N)C(O)=O)=CNC2=C1 QIVBCDIJIAJPQS-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 8
- COLNVLDHVKWLRT-QMMMGPOBSA-N L-phenylalanine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=CC=C1 COLNVLDHVKWLRT-QMMMGPOBSA-N 0.000 claims description 7
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims description 7
- COLNVLDHVKWLRT-UHFFFAOYSA-N phenylalanine Natural products OC(=O)C(N)CC1=CC=CC=C1 COLNVLDHVKWLRT-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 7
- 230000002980 postoperative effect Effects 0.000 claims description 7
- 239000003937 drug carrier Substances 0.000 claims description 5
- AGPKZVBTJJNPAG-WHFBIAKZSA-N L-isoleucine Chemical compound CC[C@H](C)[C@H](N)C(O)=O AGPKZVBTJJNPAG-WHFBIAKZSA-N 0.000 claims description 4
- OUYCCCASQSFEME-QMMMGPOBSA-N L-tyrosine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=C(O)C=C1 OUYCCCASQSFEME-QMMMGPOBSA-N 0.000 claims description 4
- 238000012258 culturing Methods 0.000 claims description 4
- 229960000310 isoleucine Drugs 0.000 claims description 4
- AGPKZVBTJJNPAG-UHFFFAOYSA-N isoleucine Natural products CCC(C)C(N)C(O)=O AGPKZVBTJJNPAG-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 4
- OUYCCCASQSFEME-UHFFFAOYSA-N tyrosine Natural products OC(=O)C(N)CC1=CC=C(O)C=C1 OUYCCCASQSFEME-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 4
- GOJUJUVQIVIZAV-UHFFFAOYSA-N 2-amino-4,6-dichloropyrimidine-5-carbaldehyde Chemical group NC1=NC(Cl)=C(C=O)C(Cl)=N1 GOJUJUVQIVIZAV-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 2
- 125000001433 C-terminal amino-acid group Chemical group 0.000 claims 1
- 230000000694 effects Effects 0.000 abstract description 50
- 239000000126 substance Substances 0.000 abstract description 50
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 abstract description 30
- 201000010099 disease Diseases 0.000 abstract description 28
- 238000002560 therapeutic procedure Methods 0.000 abstract description 3
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 109
- 235000018102 proteins Nutrition 0.000 description 61
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 61
- 230000027455 binding Effects 0.000 description 59
- 102100037850 Interferon gamma Human genes 0.000 description 55
- 108010074328 Interferon-gamma Proteins 0.000 description 55
- 235000001014 amino acid Nutrition 0.000 description 50
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 44
- 241000282414 Homo sapiens Species 0.000 description 40
- 125000003275 alpha amino acid group Chemical group 0.000 description 38
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 description 35
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 34
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 description 33
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 32
- 108091008874 T cell receptors Proteins 0.000 description 31
- 102000016266 T-Cell Antigen Receptors Human genes 0.000 description 30
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 30
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 30
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 28
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 28
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 26
- 101150096597 neil3 gene Proteins 0.000 description 26
- 208000031261 Acute myeloid leukaemia Diseases 0.000 description 23
- 206010006187 Breast cancer Diseases 0.000 description 23
- 201000009273 Endometriosis Diseases 0.000 description 23
- 206010041067 Small cell lung cancer Diseases 0.000 description 23
- 208000006990 cholangiocarcinoma Diseases 0.000 description 23
- 201000007270 liver cancer Diseases 0.000 description 23
- 208000014018 liver neoplasm Diseases 0.000 description 23
- 208000002154 non-small cell lung carcinoma Diseases 0.000 description 23
- 208000029729 tumor suppressor gene on chromosome 11 Diseases 0.000 description 23
- 208000026310 Breast neoplasm Diseases 0.000 description 22
- 208000033776 Myeloid Acute Leukemia Diseases 0.000 description 22
- 206010060862 Prostate cancer Diseases 0.000 description 22
- 208000007097 Urinary Bladder Neoplasms Diseases 0.000 description 22
- 201000010881 cervical cancer Diseases 0.000 description 22
- 230000001965 increasing effect Effects 0.000 description 22
- 201000005112 urinary bladder cancer Diseases 0.000 description 22
- 208000032791 BCR-ABL1 positive chronic myelogenous leukemia Diseases 0.000 description 21
- 208000010833 Chronic myeloid leukaemia Diseases 0.000 description 21
- 208000033761 Myelogenous Chronic BCR-ABL Positive Leukemia Diseases 0.000 description 21
- 206010068771 Soft tissue neoplasm Diseases 0.000 description 21
- 206010005003 Bladder cancer Diseases 0.000 description 20
- 206010008342 Cervix carcinoma Diseases 0.000 description 20
- 208000000236 Prostatic Neoplasms Diseases 0.000 description 20
- 208000006265 Renal cell carcinoma Diseases 0.000 description 20
- 208000006105 Uterine Cervical Neoplasms Diseases 0.000 description 20
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 20
- 206010038038 rectal cancer Diseases 0.000 description 20
- 206010009944 Colon cancer Diseases 0.000 description 19
- 206010038389 Renal cancer Diseases 0.000 description 19
- 210000001072 colon Anatomy 0.000 description 19
- 201000004101 esophageal cancer Diseases 0.000 description 19
- 239000000463 material Substances 0.000 description 19
- 201000008968 osteosarcoma Diseases 0.000 description 19
- 201000010174 renal carcinoma Diseases 0.000 description 19
- 206010030155 Oesophageal carcinoma Diseases 0.000 description 18
- 206010061902 Pancreatic neoplasm Diseases 0.000 description 18
- 208000015634 Rectal Neoplasms Diseases 0.000 description 18
- 208000029742 colonic neoplasm Diseases 0.000 description 18
- 208000015486 malignant pancreatic neoplasm Diseases 0.000 description 18
- 208000008443 pancreatic carcinoma Diseases 0.000 description 18
- 239000000047 product Substances 0.000 description 18
- 201000001275 rectum cancer Diseases 0.000 description 18
- 208000000461 Esophageal Neoplasms Diseases 0.000 description 17
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 17
- 201000002528 pancreatic cancer Diseases 0.000 description 17
- 108010074032 HLA-A2 Antigen Proteins 0.000 description 16
- 102000025850 HLA-A2 Antigen Human genes 0.000 description 16
- 108010013476 HLA-A24 Antigen Proteins 0.000 description 16
- 210000004443 dendritic cell Anatomy 0.000 description 16
- 101100221606 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) COS7 gene Proteins 0.000 description 15
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 15
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 15
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 14
- 230000002163 immunogen Effects 0.000 description 14
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 14
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 13
- 239000013604 expression vector Substances 0.000 description 13
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 13
- 125000000539 amino acid group Chemical group 0.000 description 12
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 12
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 12
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 12
- 230000006870 function Effects 0.000 description 12
- 238000002965 ELISA Methods 0.000 description 11
- 238000011510 Elispot assay Methods 0.000 description 11
- 241000588724 Escherichia coli Species 0.000 description 11
- 239000002609 medium Substances 0.000 description 11
- 238000010186 staining Methods 0.000 description 11
- 238000013519 translation Methods 0.000 description 11
- 241000124008 Mammalia Species 0.000 description 10
- 239000002671 adjuvant Substances 0.000 description 10
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 10
- 238000009169 immunotherapy Methods 0.000 description 10
- 230000000670 limiting effect Effects 0.000 description 10
- 230000003211 malignant effect Effects 0.000 description 10
- 210000003819 peripheral blood mononuclear cell Anatomy 0.000 description 10
- 241000282326 Felis catus Species 0.000 description 9
- 238000003114 enzyme-linked immunosorbent spot assay Methods 0.000 description 9
- 230000003053 immunization Effects 0.000 description 9
- -1 pain relievers Substances 0.000 description 9
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 description 9
- 230000000638 stimulation Effects 0.000 description 9
- 230000004936 stimulating effect Effects 0.000 description 8
- 108020004705 Codon Proteins 0.000 description 7
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 7
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 7
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 7
- 210000004408 hybridoma Anatomy 0.000 description 7
- 238000012286 ELISA Assay Methods 0.000 description 6
- MLSKFHLRFVGNLL-WDCWCFNPSA-N Gln-Leu-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O MLSKFHLRFVGNLL-WDCWCFNPSA-N 0.000 description 6
- 108010002350 Interleukin-2 Proteins 0.000 description 6
- 108700018351 Major Histocompatibility Complex Proteins 0.000 description 6
- 241000699666 Mus <mouse, genus> Species 0.000 description 6
- ZHQWPWQNVRCXAX-XQQFMLRXSA-N Val-Leu-Pro Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(=O)N1CCC[C@@H]1C(=O)O)NC(=O)[C@H](C(C)C)N ZHQWPWQNVRCXAX-XQQFMLRXSA-N 0.000 description 6
- 230000000890 antigenic effect Effects 0.000 description 6
- 238000010790 dilution Methods 0.000 description 6
- 239000012895 dilution Substances 0.000 description 6
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 6
- 238000009472 formulation Methods 0.000 description 6
- 230000001900 immune effect Effects 0.000 description 6
- 238000002649 immunization Methods 0.000 description 6
- 210000004698 lymphocyte Anatomy 0.000 description 6
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 6
- 108091005601 modified peptides Proteins 0.000 description 6
- 230000036961 partial effect Effects 0.000 description 6
- 230000008569 process Effects 0.000 description 6
- 230000004044 response Effects 0.000 description 6
- 238000003757 reverse transcription PCR Methods 0.000 description 6
- 230000020382 suppression by virus of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I Effects 0.000 description 6
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 6
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 6
- 108010051110 tyrosyl-lysine Proteins 0.000 description 6
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 5
- RIQBRKVTFBWEDY-RHYQMDGZSA-N Arg-Lys-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O RIQBRKVTFBWEDY-RHYQMDGZSA-N 0.000 description 5
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 5
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 5
- NSVOVKWEKGEOQB-LURJTMIESA-N Gly-Pro-Gly Chemical compound NCC(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)NCC(O)=O NSVOVKWEKGEOQB-LURJTMIESA-N 0.000 description 5
- 108010021625 Immunoglobulin Fragments Proteins 0.000 description 5
- 102000008394 Immunoglobulin Fragments Human genes 0.000 description 5
- 241000880493 Leptailurus serval Species 0.000 description 5
- IBSGMIPRBMPMHE-IHRRRGAJSA-N Leu-Met-Lys Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCSC)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(O)=O IBSGMIPRBMPMHE-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 5
- 241000700605 Viruses Species 0.000 description 5
- 238000007792 addition Methods 0.000 description 5
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 5
- 239000002585 base Substances 0.000 description 5
- 230000004071 biological effect Effects 0.000 description 5
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 5
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 description 5
- 230000037430 deletion Effects 0.000 description 5
- 238000012217 deletion Methods 0.000 description 5
- 229940088598 enzyme Drugs 0.000 description 5
- 210000002919 epithelial cell Anatomy 0.000 description 5
- 238000003018 immunoassay Methods 0.000 description 5
- 210000004185 liver Anatomy 0.000 description 5
- 201000005243 lung squamous cell carcinoma Diseases 0.000 description 5
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 5
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 5
- 210000000496 pancreas Anatomy 0.000 description 5
- 238000010647 peptide synthesis reaction Methods 0.000 description 5
- 230000000644 propagated effect Effects 0.000 description 5
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 description 5
- 230000008685 targeting Effects 0.000 description 5
- 210000004881 tumor cell Anatomy 0.000 description 5
- SAEVTQWAYDPXMU-KATARQTJSA-N Cys-Thr-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CS)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O SAEVTQWAYDPXMU-KATARQTJSA-N 0.000 description 4
- IAZDPXIOMUYVGZ-UHFFFAOYSA-N Dimethylsulphoxide Chemical compound CS(C)=O IAZDPXIOMUYVGZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- KCXUCYYZNZFGLL-SRVKXCTJSA-N Lys-Ala-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O KCXUCYYZNZFGLL-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 4
- DCRWPTBMWMGADO-AVGNSLFASA-N Lys-Glu-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O DCRWPTBMWMGADO-AVGNSLFASA-N 0.000 description 4
- KZNQNBZMBZJQJO-UHFFFAOYSA-N N-glycyl-L-proline Natural products NCC(=O)N1CCCC1C(O)=O KZNQNBZMBZJQJO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 4
- NPLGQVKZFGJWAI-QWHCGFSZSA-N Phe-Gly-Pro Chemical compound C1C[C@@H](N(C1)C(=O)CNC(=O)[C@H](CC2=CC=CC=C2)N)C(=O)O NPLGQVKZFGJWAI-QWHCGFSZSA-N 0.000 description 4
- 206010035226 Plasma cell myeloma Diseases 0.000 description 4
- 241000700159 Rattus Species 0.000 description 4
- BSXKBOUZDAZXHE-CIUDSAMLSA-N Ser-Pro-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O BSXKBOUZDAZXHE-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 4
- 229940022399 cancer vaccine Drugs 0.000 description 4
- 238000009566 cancer vaccine Methods 0.000 description 4
- 239000000969 carrier Substances 0.000 description 4
- 230000007910 cell fusion Effects 0.000 description 4
- 230000001472 cytotoxic effect Effects 0.000 description 4
- 238000011161 development Methods 0.000 description 4
- 230000018109 developmental process Effects 0.000 description 4
- 239000010432 diamond Substances 0.000 description 4
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 4
- XBGGUPMXALFZOT-UHFFFAOYSA-N glycyl-L-tyrosine hemihydrate Natural products NCC(=O)NC(C(O)=O)CC1=CC=C(O)C=C1 XBGGUPMXALFZOT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 108010077515 glycylproline Proteins 0.000 description 4
- 108010087823 glycyltyrosine Proteins 0.000 description 4
- 229910052739 hydrogen Inorganic materials 0.000 description 4
- 210000002865 immune cell Anatomy 0.000 description 4
- 230000005764 inhibitory process Effects 0.000 description 4
- 230000003834 intracellular effect Effects 0.000 description 4
- 238000002156 mixing Methods 0.000 description 4
- 210000001616 monocyte Anatomy 0.000 description 4
- 201000000050 myeloid neoplasm Diseases 0.000 description 4
- 210000005259 peripheral blood Anatomy 0.000 description 4
- 239000011886 peripheral blood Substances 0.000 description 4
- 108010073025 phenylalanylphenylalanine Proteins 0.000 description 4
- 229920000642 polymer Polymers 0.000 description 4
- 239000013641 positive control Substances 0.000 description 4
- 230000003389 potentiating effect Effects 0.000 description 4
- 238000011321 prophylaxis Methods 0.000 description 4
- 208000024891 symptom Diseases 0.000 description 4
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 4
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 description 4
- 108010073969 valyllysine Proteins 0.000 description 4
- NJPMYXWVWQWCSR-ACZMJKKPSA-N Ala-Glu-Asn Chemical compound C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O NJPMYXWVWQWCSR-ACZMJKKPSA-N 0.000 description 3
- HHRAXZAYZFFRAM-CIUDSAMLSA-N Ala-Leu-Asn Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O HHRAXZAYZFFRAM-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 3
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 description 3
- FLYANDHDFRGGTM-PYJNHQTQSA-N Arg-Ile-His Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC1=CN=CN1)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCCN=C(N)N)N FLYANDHDFRGGTM-PYJNHQTQSA-N 0.000 description 3
- HJDNZFIYILEIKR-OSUNSFLBSA-N Arg-Ile-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O HJDNZFIYILEIKR-OSUNSFLBSA-N 0.000 description 3
- VYLVOMUVLMGCRF-ZLUOBGJFSA-N Asn-Asp-Ser Chemical compound NC(=O)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O VYLVOMUVLMGCRF-ZLUOBGJFSA-N 0.000 description 3
- HSWYMWGDMPLTTH-FXQIFTODSA-N Asp-Glu-Gln Chemical compound [H]N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(O)=O HSWYMWGDMPLTTH-FXQIFTODSA-N 0.000 description 3
- UMHUHHJMEXNSIV-CIUDSAMLSA-N Asp-Leu-Ser Chemical compound OC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@@H](N)CC(O)=O UMHUHHJMEXNSIV-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 3
- 241000283690 Bos taurus Species 0.000 description 3
- 241000282693 Cercopithecidae Species 0.000 description 3
- 108010047041 Complementarity Determining Regions Proteins 0.000 description 3
- XELISBQUZZAPQK-CIUDSAMLSA-N Cys-His-Cys Chemical compound C1=C(NC=N1)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CS)N XELISBQUZZAPQK-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 3
- XZKJEOMFLDVXJG-KATARQTJSA-N Cys-Leu-Thr Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](CS)N)O XZKJEOMFLDVXJG-KATARQTJSA-N 0.000 description 3
- 150000008574 D-amino acids Chemical class 0.000 description 3
- 238000009007 Diagnostic Kit Methods 0.000 description 3
- 241000283073 Equus caballus Species 0.000 description 3
- YQAQQKPWFOBSMU-WDCWCFNPSA-N Glu-Thr-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O YQAQQKPWFOBSMU-WDCWCFNPSA-N 0.000 description 3
- ZQNCUVODKOBSSO-XEGUGMAKSA-N Glu-Trp-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC1=CNC2=C1C=CC=C2)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O ZQNCUVODKOBSSO-XEGUGMAKSA-N 0.000 description 3
- CQZDZKRHFWJXDF-WDSKDSINSA-N Gly-Gln-Ala Chemical compound OC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@H](CCC(N)=O)NC(=O)CN CQZDZKRHFWJXDF-WDSKDSINSA-N 0.000 description 3
- RYAOJUMWLWUGNW-QMMMGPOBSA-N Gly-Val-Gly Chemical compound NCC(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)NCC(O)=O RYAOJUMWLWUGNW-QMMMGPOBSA-N 0.000 description 3
- 102000004457 Granulocyte-Macrophage Colony-Stimulating Factor Human genes 0.000 description 3
- 108010017213 Granulocyte-Macrophage Colony-Stimulating Factor Proteins 0.000 description 3
- DCQMJRSOGCYKTR-GHCJXIJMSA-N Ile-Asp-Ser Chemical compound CC[C@H](C)[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O DCQMJRSOGCYKTR-GHCJXIJMSA-N 0.000 description 3
- AMSYMDIIIRJRKZ-HJPIBITLSA-N Ile-His-His Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC1=CN=CN1)C(=O)N[C@@H](CC2=CN=CN2)C(=O)O)N AMSYMDIIIRJRKZ-HJPIBITLSA-N 0.000 description 3
- PFPUFNLHBXKPHY-HTFCKZLJSA-N Ile-Ile-Ser Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)O)N PFPUFNLHBXKPHY-HTFCKZLJSA-N 0.000 description 3
- 108010050904 Interferons Proteins 0.000 description 3
- 102000014150 Interferons Human genes 0.000 description 3
- QNAYBMKLOCPYGJ-REOHCLBHSA-N L-alanine Chemical compound C[C@H](N)C(O)=O QNAYBMKLOCPYGJ-REOHCLBHSA-N 0.000 description 3
- SENJXOPIZNYLHU-UHFFFAOYSA-N L-leucyl-L-arginine Natural products CC(C)CC(N)C(=O)NC(C(O)=O)CCCN=C(N)N SENJXOPIZNYLHU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- KZSNJWFQEVHDMF-BYPYZUCNSA-N L-valine Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(O)=O KZSNJWFQEVHDMF-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 3
- IWWMPCPLFXFBAF-SRVKXCTJSA-N Lys-Asp-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O IWWMPCPLFXFBAF-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 3
- KYNNSEJZFVCDIV-ZPFDUUQYSA-N Lys-Ile-Asn Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O KYNNSEJZFVCDIV-ZPFDUUQYSA-N 0.000 description 3
- 206010027476 Metastases Diseases 0.000 description 3
- 241001467552 Mycobacterium bovis BCG Species 0.000 description 3
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 3
- 241000283973 Oryctolagus cuniculus Species 0.000 description 3
- 241000009328 Perro Species 0.000 description 3
- YVIVIQWMNCWUFS-UFYCRDLUSA-N Phe-Met-Tyr Chemical compound CSCC[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(C=C1)O)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC2=CC=CC=C2)N YVIVIQWMNCWUFS-UFYCRDLUSA-N 0.000 description 3
- CKJACGQPCPMWIT-UFYCRDLUSA-N Phe-Pro-Phe Chemical compound C([C@H](N)C(=O)N1[C@@H](CCC1)C(=O)N[C@@H](CC=1C=CC=CC=1)C(O)=O)C1=CC=CC=C1 CKJACGQPCPMWIT-UFYCRDLUSA-N 0.000 description 3
- 108010076504 Protein Sorting Signals Proteins 0.000 description 3
- 238000010240 RT-PCR analysis Methods 0.000 description 3
- 241000283984 Rodentia Species 0.000 description 3
- NRCJWSGXMAPYQX-LPEHRKFASA-N Ser-Arg-Pro Chemical compound C1C[C@@H](N(C1)C(=O)[C@H](CCCN=C(N)N)NC(=O)[C@H](CO)N)C(=O)O NRCJWSGXMAPYQX-LPEHRKFASA-N 0.000 description 3
- CDVFZMOFNJPUDD-ACZMJKKPSA-N Ser-Gln-Asn Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O CDVFZMOFNJPUDD-ACZMJKKPSA-N 0.000 description 3
- XXXAXOWMBOKTRN-XPUUQOCRSA-N Ser-Gly-Val Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O XXXAXOWMBOKTRN-XPUUQOCRSA-N 0.000 description 3
- PMCMLDNPAZUYGI-DCAQKATOSA-N Ser-Lys-Val Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O PMCMLDNPAZUYGI-DCAQKATOSA-N 0.000 description 3
- 108010090804 Streptavidin Proteins 0.000 description 3
- 101710120037 Toxin CcdB Proteins 0.000 description 3
- VMXLNDRJXVAJFT-JYBASQMISA-N Trp-Thr-Ser Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC1=CNC2=CC=CC=C21)N)O VMXLNDRJXVAJFT-JYBASQMISA-N 0.000 description 3
- VYTUETMEZZLJFU-IHRRRGAJSA-N Tyr-Pro-Cys Chemical compound C1C[C@H](N(C1)C(=O)[C@H](CC2=CC=C(C=C2)O)N)C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)O VYTUETMEZZLJFU-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 3
- YKBUNNNRNZZUID-UFYCRDLUSA-N Tyr-Val-Tyr Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(O)=O YKBUNNNRNZZUID-UFYCRDLUSA-N 0.000 description 3
- FRUYSSRPJXNRRB-GUBZILKMSA-N Val-Cys-Arg Chemical compound CC(C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(=O)O)N FRUYSSRPJXNRRB-GUBZILKMSA-N 0.000 description 3
- YQYFYUSYEDNLSD-YEPSODPASA-N Val-Thr-Gly Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)NCC(O)=O YQYFYUSYEDNLSD-YEPSODPASA-N 0.000 description 3
- KZSNJWFQEVHDMF-UHFFFAOYSA-N Valine Natural products CC(C)C(N)C(O)=O KZSNJWFQEVHDMF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 235000004279 alanine Nutrition 0.000 description 3
- 108010041407 alanylaspartic acid Proteins 0.000 description 3
- 210000003719 b-lymphocyte Anatomy 0.000 description 3
- 229960000190 bacillus calmette–guérin vaccine Drugs 0.000 description 3
- 238000001574 biopsy Methods 0.000 description 3
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 3
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 3
- 238000004587 chromatography analysis Methods 0.000 description 3
- 230000000052 comparative effect Effects 0.000 description 3
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 description 3
- 238000007796 conventional method Methods 0.000 description 3
- 108010060199 cysteinylproline Proteins 0.000 description 3
- 238000002405 diagnostic procedure Methods 0.000 description 3
- 239000003085 diluting agent Substances 0.000 description 3
- 238000013467 fragmentation Methods 0.000 description 3
- 238000006062 fragmentation reaction Methods 0.000 description 3
- 230000004927 fusion Effects 0.000 description 3
- 238000001415 gene therapy Methods 0.000 description 3
- 238000010353 genetic engineering Methods 0.000 description 3
- 108010050848 glycylleucine Proteins 0.000 description 3
- 108010015792 glycyllysine Proteins 0.000 description 3
- 238000004128 high performance liquid chromatography Methods 0.000 description 3
- 108010092114 histidylphenylalanine Proteins 0.000 description 3
- 238000003384 imaging method Methods 0.000 description 3
- 210000000987 immune system Anatomy 0.000 description 3
- 230000005847 immunogenicity Effects 0.000 description 3
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 3
- 229940079322 interferon Drugs 0.000 description 3
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 3
- 108010000761 leucylarginine Proteins 0.000 description 3
- 150000002632 lipids Chemical class 0.000 description 3
- 210000002540 macrophage Anatomy 0.000 description 3
- 230000001404 mediated effect Effects 0.000 description 3
- 230000009401 metastasis Effects 0.000 description 3
- 238000002493 microarray Methods 0.000 description 3
- 238000012544 monitoring process Methods 0.000 description 3
- 210000002433 mononuclear leukocyte Anatomy 0.000 description 3
- 210000000056 organ Anatomy 0.000 description 3
- 230000000144 pharmacologic effect Effects 0.000 description 3
- 239000013612 plasmid Substances 0.000 description 3
- 239000004033 plastic Substances 0.000 description 3
- 229920003023 plastic Polymers 0.000 description 3
- 230000037452 priming Effects 0.000 description 3
- 238000004393 prognosis Methods 0.000 description 3
- 230000035755 proliferation Effects 0.000 description 3
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 3
- 238000003127 radioimmunoassay Methods 0.000 description 3
- 108020003175 receptors Proteins 0.000 description 3
- 102000005962 receptors Human genes 0.000 description 3
- 210000000664 rectum Anatomy 0.000 description 3
- 238000012216 screening Methods 0.000 description 3
- 108010026333 seryl-proline Proteins 0.000 description 3
- 239000000439 tumor marker Substances 0.000 description 3
- 239000004474 valine Substances 0.000 description 3
- 230000003612 virological effect Effects 0.000 description 3
- INZOTETZQBPBCE-NYLDSJSYSA-N 3-sialyl lewis Chemical compound O[C@H]1[C@H](O)[C@H](O)[C@H](C)O[C@H]1O[C@H]([C@H](O)CO)[C@@H]([C@@H](NC(C)=O)C=O)O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](O[C@]2(O[C@H]([C@H](NC(C)=O)[C@@H](O)C2)[C@H](O)[C@H](O)CO)C(O)=O)[C@@H](O)[C@@H](CO)O1 INZOTETZQBPBCE-NYLDSJSYSA-N 0.000 description 2
- VIGKUFXFTPWYER-BIIVOSGPSA-N Ala-Cys-Pro Chemical compound C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)N1CCC[C@@H]1C(=O)O)N VIGKUFXFTPWYER-BIIVOSGPSA-N 0.000 description 2
- SOBIAADAMRHGKH-CIUDSAMLSA-N Ala-Leu-Ser Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O SOBIAADAMRHGKH-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 2
- VKKYFICVTYKFIO-CIUDSAMLSA-N Arg-Ala-Glu Chemical compound OC(=O)CC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@@H](N)CCCN=C(N)N VKKYFICVTYKFIO-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 2
- IIABBYGHLYWVOS-FXQIFTODSA-N Arg-Asn-Ser Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O IIABBYGHLYWVOS-FXQIFTODSA-N 0.000 description 2
- ZTKHZAXGTFXUDD-VEVYYDQMSA-N Arg-Asn-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O ZTKHZAXGTFXUDD-VEVYYDQMSA-N 0.000 description 2
- HJAICMSAKODKRF-GUBZILKMSA-N Arg-Cys-Arg Chemical compound NC(N)=NCCC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(O)=O HJAICMSAKODKRF-GUBZILKMSA-N 0.000 description 2
- JVMKBJNSRZWDBO-FXQIFTODSA-N Arg-Cys-Ser Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O JVMKBJNSRZWDBO-FXQIFTODSA-N 0.000 description 2
- NPAVRDPEFVKELR-DCAQKATOSA-N Arg-Lys-Ser Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O NPAVRDPEFVKELR-DCAQKATOSA-N 0.000 description 2
- ZRNWJUAQKFUUKV-SRVKXCTJSA-N Arg-Met-Met Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CCSC)C(=O)N[C@@H](CCSC)C(O)=O ZRNWJUAQKFUUKV-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 2
- HAJWYALLJIATCX-FXQIFTODSA-N Asn-Asn-Arg Chemical compound C(C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)N)NC(=O)[C@H](CC(=O)N)N)CN=C(N)N HAJWYALLJIATCX-FXQIFTODSA-N 0.000 description 2
- RRVBEKYEFMCDIF-WHFBIAKZSA-N Asn-Cys-Gly Chemical compound C([C@@H](C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)NCC(=O)O)N)C(=O)N RRVBEKYEFMCDIF-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 2
- ULRPXVNMIIYDDJ-ACZMJKKPSA-N Asn-Glu-Ala Chemical compound C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCC(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)N)N ULRPXVNMIIYDDJ-ACZMJKKPSA-N 0.000 description 2
- CTQIOCMSIJATNX-WHFBIAKZSA-N Asn-Gly-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](C)C(O)=O CTQIOCMSIJATNX-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 2
- OPEPUCYIGFEGSW-WDSKDSINSA-N Asn-Gly-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O OPEPUCYIGFEGSW-WDSKDSINSA-N 0.000 description 2
- YYSYDIYQTUPNQQ-SXTJYALSSA-N Asn-Ile-Ile Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(O)=O YYSYDIYQTUPNQQ-SXTJYALSSA-N 0.000 description 2
- GIQCDTKOIPUDSG-GARJFASQSA-N Asn-Lys-Pro Chemical compound C1C[C@@H](N(C1)C(=O)[C@H](CCCCN)NC(=O)[C@H](CC(=O)N)N)C(=O)O GIQCDTKOIPUDSG-GARJFASQSA-N 0.000 description 2
- COWITDLVHMZSIW-CIUDSAMLSA-N Asn-Lys-Ser Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O COWITDLVHMZSIW-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 2
- FTNRWCPWDWRPAV-BZSNNMDCSA-N Asn-Phe-Phe Chemical compound C([C@H](NC(=O)[C@H](CC(N)=O)N)C(=O)N[C@@H](CC=1C=CC=CC=1)C(O)=O)C1=CC=CC=C1 FTNRWCPWDWRPAV-BZSNNMDCSA-N 0.000 description 2
- GKKUBLFXKRDMFC-BQBZGAKWSA-N Asn-Pro-Gly Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)NCC(O)=O GKKUBLFXKRDMFC-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 2
- WLKVEEODTPQPLI-ACZMJKKPSA-N Asp-Gln-Asn Chemical compound [H]N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O WLKVEEODTPQPLI-ACZMJKKPSA-N 0.000 description 2
- GHODABZPVZMWCE-FXQIFTODSA-N Asp-Glu-Glu Chemical compound OC(=O)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O GHODABZPVZMWCE-FXQIFTODSA-N 0.000 description 2
- SPWXXPFDTMYTRI-IUKAMOBKSA-N Asp-Ile-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O SPWXXPFDTMYTRI-IUKAMOBKSA-N 0.000 description 2
- RPUYTJJZXQBWDT-SRVKXCTJSA-N Asp-Phe-Ser Chemical compound C1=CC=C(C=C1)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)O)N RPUYTJJZXQBWDT-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 2
- HRVQDZOWMLFAOD-BIIVOSGPSA-N Asp-Ser-Pro Chemical compound C1C[C@@H](N(C1)C(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H](CC(=O)O)N)C(=O)O HRVQDZOWMLFAOD-BIIVOSGPSA-N 0.000 description 2
- MGSVBZIBCCKGCY-ZLUOBGJFSA-N Asp-Ser-Ser Chemical compound [H]N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O MGSVBZIBCCKGCY-ZLUOBGJFSA-N 0.000 description 2
- OQMGSMNZVHYDTQ-ZKWXMUAHSA-N Asp-Val-Cys Chemical compound CC(C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)O)N OQMGSMNZVHYDTQ-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 2
- YRJICXCOIBUCRP-CIUDSAMLSA-N Cys-Asn-His Chemical compound C1=C(NC=N1)C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)N)NC(=O)[C@H](CS)N YRJICXCOIBUCRP-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 2
- NQSUTVRXXBGVDQ-LKXGYXEUSA-N Cys-Asn-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CS)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O NQSUTVRXXBGVDQ-LKXGYXEUSA-N 0.000 description 2
- VNLYIYOYUNGURO-ZLUOBGJFSA-N Cys-Asp-Ala Chemical compound C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)O)NC(=O)[C@H](CS)N VNLYIYOYUNGURO-ZLUOBGJFSA-N 0.000 description 2
- VKAWJBQTFCBHQY-GUBZILKMSA-N Cys-Gln-Lys Chemical compound C(CCN)C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCC(=O)N)NC(=O)[C@H](CS)N VKAWJBQTFCBHQY-GUBZILKMSA-N 0.000 description 2
- PQHYZJPCYRDYNE-QWRGUYRKSA-N Cys-Gly-Phe Chemical compound [H]N[C@@H](CS)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(O)=O PQHYZJPCYRDYNE-QWRGUYRKSA-N 0.000 description 2
- NMWZMKLDGZXRKP-BZSNNMDCSA-N Cys-Phe-Phe Chemical compound [H]N[C@@H](CS)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(O)=O NMWZMKLDGZXRKP-BZSNNMDCSA-N 0.000 description 2
- UBHPUQAWSSNQLQ-DCAQKATOSA-N Cys-Pro-His Chemical compound C1C[C@H](N(C1)C(=O)[C@H](CS)N)C(=O)N[C@@H](CC2=CN=CN2)C(=O)O UBHPUQAWSSNQLQ-DCAQKATOSA-N 0.000 description 2
- ALTQTAKGRFLRLR-GUBZILKMSA-N Cys-Val-Val Chemical compound CC(C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CS)N ALTQTAKGRFLRLR-GUBZILKMSA-N 0.000 description 2
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 2
- 230000033616 DNA repair Effects 0.000 description 2
- 206010059866 Drug resistance Diseases 0.000 description 2
- ZHNUHDYFZUAESO-UHFFFAOYSA-N Formamide Chemical compound NC=O ZHNUHDYFZUAESO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- YJIUYQKQBBQYHZ-ACZMJKKPSA-N Gln-Ala-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O YJIUYQKQBBQYHZ-ACZMJKKPSA-N 0.000 description 2
- MWLYSLMKFXWZPW-ZPFDUUQYSA-N Gln-Arg-Ile Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CCCN=C(N)N)NC(=O)[C@@H](N)CCC(N)=O MWLYSLMKFXWZPW-ZPFDUUQYSA-N 0.000 description 2
- RMOCFPBLHAOTDU-ACZMJKKPSA-N Gln-Asn-Ser Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O RMOCFPBLHAOTDU-ACZMJKKPSA-N 0.000 description 2
- OIIIRRTWYLCQNW-ACZMJKKPSA-N Gln-Cys-Asn Chemical compound NC(=O)CC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O OIIIRRTWYLCQNW-ACZMJKKPSA-N 0.000 description 2
- XWIBVSAEUCAAKF-GVXVVHGQSA-N Gln-His-Val Chemical compound CC(C)[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC1=CN=CN1)NC(=O)[C@H](CCC(=O)N)N XWIBVSAEUCAAKF-GVXVVHGQSA-N 0.000 description 2
- KHGGWBRVRPHFMH-PEFMBERDSA-N Gln-Ile-Asn Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)N)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCC(=O)N)N KHGGWBRVRPHFMH-PEFMBERDSA-N 0.000 description 2
- FTIJVMLAGRAYMJ-MNXVOIDGSA-N Gln-Ile-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H]([C@@H](C)CC)NC(=O)[C@@H](N)CCC(N)=O FTIJVMLAGRAYMJ-MNXVOIDGSA-N 0.000 description 2
- ZVQZXPADLZIQFF-FHWLQOOXSA-N Gln-Phe-Tyr Chemical compound C([C@H](NC(=O)[C@H](CCC(N)=O)N)C(=O)N[C@@H](CC=1C=CC(O)=CC=1)C(O)=O)C1=CC=CC=C1 ZVQZXPADLZIQFF-FHWLQOOXSA-N 0.000 description 2
- VNTGPISAOMAXRK-CIUDSAMLSA-N Gln-Pro-Ser Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O VNTGPISAOMAXRK-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 2
- RBSKVTZUFMIWFU-XEGUGMAKSA-N Gln-Trp-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC1=CNC2=C1C=CC=C2)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O RBSKVTZUFMIWFU-XEGUGMAKSA-N 0.000 description 2
- UBRQJXFDVZNYJP-AVGNSLFASA-N Gln-Tyr-Ser Chemical compound C1=CC(=CC=C1C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCC(=O)N)N)O UBRQJXFDVZNYJP-AVGNSLFASA-N 0.000 description 2
- OGMQXTXGLDNBSS-FXQIFTODSA-N Glu-Ala-Gln Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(O)=O OGMQXTXGLDNBSS-FXQIFTODSA-N 0.000 description 2
- RJONUNZIMUXUOI-GUBZILKMSA-N Glu-Asn-Lys Chemical compound C(CCN)C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)N)NC(=O)[C@H](CCC(=O)O)N RJONUNZIMUXUOI-GUBZILKMSA-N 0.000 description 2
- LXAUHIRMWXQRKI-XHNCKOQMSA-N Glu-Asn-Pro Chemical compound C1C[C@@H](N(C1)C(=O)[C@H](CC(=O)N)NC(=O)[C@H](CCC(=O)O)N)C(=O)O LXAUHIRMWXQRKI-XHNCKOQMSA-N 0.000 description 2
- QQLBPVKLJBAXBS-FXQIFTODSA-N Glu-Glu-Asn Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O QQLBPVKLJBAXBS-FXQIFTODSA-N 0.000 description 2
- APHGWLWMOXGZRL-DCAQKATOSA-N Glu-Glu-His Chemical compound N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](Cc1cnc[nH]1)C(O)=O APHGWLWMOXGZRL-DCAQKATOSA-N 0.000 description 2
- CLNSYANKYVMZNM-UWVGGRQHSA-N Gly-Lys-Arg Chemical compound NCCCC[C@H](NC(=O)CN)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCN=C(N)N CLNSYANKYVMZNM-UWVGGRQHSA-N 0.000 description 2
- BXICSAQLIHFDDL-YUMQZZPRSA-N Gly-Lys-Asn Chemical compound [H]NCC(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O BXICSAQLIHFDDL-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 2
- ZWRDOVYMQAAISL-UWVGGRQHSA-N Gly-Met-Lys Chemical compound CSCC[C@H](NC(=O)CN)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCCN ZWRDOVYMQAAISL-UWVGGRQHSA-N 0.000 description 2
- IBYOLNARKHMLBG-WHOFXGATSA-N Gly-Phe-Ile Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](NC(=O)CN)CC1=CC=CC=C1 IBYOLNARKHMLBG-WHOFXGATSA-N 0.000 description 2
- DHMQDGOQFOQNFH-UHFFFAOYSA-N Glycine Chemical compound NCC(O)=O DHMQDGOQFOQNFH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- ZVKDCQVQTGYBQT-LSJOCFKGSA-N His-Pro-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CNC=N1)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O ZVKDCQVQTGYBQT-LSJOCFKGSA-N 0.000 description 2
- YERBCFWVWITTEJ-NAZCDGGXSA-N His-Trp-Thr Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC1=CNC2=CC=CC=C21)NC(=O)[C@H](CC3=CN=CN3)N)O YERBCFWVWITTEJ-NAZCDGGXSA-N 0.000 description 2
- TZCGZYWNIDZZMR-UHFFFAOYSA-N Ile-Arg-Ala Natural products CCC(C)C(N)C(=O)NC(C(=O)NC(C)C(O)=O)CCCN=C(N)N TZCGZYWNIDZZMR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- SACHLUOUHCVIKI-GMOBBJLQSA-N Ile-Arg-Asp Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(=O)N[C@@H](CC(=O)O)C(=O)O)N SACHLUOUHCVIKI-GMOBBJLQSA-N 0.000 description 2
- AWTDTFXPVCTHAK-BJDJZHNGSA-N Ile-Cys-Lys Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)N AWTDTFXPVCTHAK-BJDJZHNGSA-N 0.000 description 2
- ZGGWRNBSBOHIGH-HVTMNAMFSA-N Ile-Gln-His Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCC(=O)N)C(=O)N[C@@H](CC1=CN=CN1)C(=O)O)N ZGGWRNBSBOHIGH-HVTMNAMFSA-N 0.000 description 2
- CSQNHSGHAPRGPQ-YTFOTSKYSA-N Ile-Ile-Lys Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)N CSQNHSGHAPRGPQ-YTFOTSKYSA-N 0.000 description 2
- FFAUOCITXBMRBT-YTFOTSKYSA-N Ile-Lys-Ile Chemical compound CC[C@H](C)[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(O)=O FFAUOCITXBMRBT-YTFOTSKYSA-N 0.000 description 2
- KCTIFOCXAIUQQK-QXEWZRGKSA-N Ile-Pro-Gly Chemical compound CC[C@H](C)[C@H](N)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)NCC(O)=O KCTIFOCXAIUQQK-QXEWZRGKSA-N 0.000 description 2
- JNLSTRPWUXOORL-MMWGEVLESA-N Ile-Ser-Pro Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N1CCC[C@@H]1C(=O)O)N JNLSTRPWUXOORL-MMWGEVLESA-N 0.000 description 2
- 108010063738 Interleukins Proteins 0.000 description 2
- 102000015696 Interleukins Human genes 0.000 description 2
- SITWEMZOJNKJCH-UHFFFAOYSA-N L-alanine-L-arginine Natural products CC(N)C(=O)NC(C(O)=O)CCCNC(N)=N SITWEMZOJNKJCH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 241000283953 Lagomorpha Species 0.000 description 2
- VCSBGUACOYUIGD-CIUDSAMLSA-N Leu-Asn-Asp Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O VCSBGUACOYUIGD-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 2
- WGNOPSQMIQERPK-GARJFASQSA-N Leu-Asn-Pro Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)N)C(=O)N1CCC[C@@H]1C(=O)O)N WGNOPSQMIQERPK-GARJFASQSA-N 0.000 description 2
- WGNOPSQMIQERPK-UHFFFAOYSA-N Leu-Asn-Pro Natural products CC(C)CC(N)C(=O)NC(CC(=O)N)C(=O)N1CCCC1C(=O)O WGNOPSQMIQERPK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- PPTAQBNUFKTJKA-BJDJZHNGSA-N Leu-Cys-Ile Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(O)=O PPTAQBNUFKTJKA-BJDJZHNGSA-N 0.000 description 2
- HVJVUYQWFYMGJS-GVXVVHGQSA-N Leu-Glu-Val Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O HVJVUYQWFYMGJS-GVXVVHGQSA-N 0.000 description 2
- LAPSXOAUPNOINL-YUMQZZPRSA-N Leu-Gly-Asp Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)NCC(=O)N[C@H](C(O)=O)CC(O)=O LAPSXOAUPNOINL-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 2
- VCHVSKNMTXWIIP-SRVKXCTJSA-N Leu-Lys-Ser Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O VCHVSKNMTXWIIP-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 2
- ZAVCJRJOQKIOJW-KKUMJFAQSA-N Leu-Phe-Asp Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 ZAVCJRJOQKIOJW-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 2
- MVVSHHJKJRZVNY-ACRUOGEOSA-N Leu-Phe-Tyr Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(O)=O MVVSHHJKJRZVNY-ACRUOGEOSA-N 0.000 description 2
- QMKFDEUJGYNFMC-AVGNSLFASA-N Leu-Pro-Arg Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(O)=O QMKFDEUJGYNFMC-AVGNSLFASA-N 0.000 description 2
- PWPBLZXWFXJFHE-RHYQMDGZSA-N Leu-Pro-Thr Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O PWPBLZXWFXJFHE-RHYQMDGZSA-N 0.000 description 2
- XOWMDXHFSBCAKQ-SRVKXCTJSA-N Leu-Ser-Leu Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC(C)C XOWMDXHFSBCAKQ-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 2
- XFIHDSBIPWEYJJ-YUMQZZPRSA-N Lys-Ala-Gly Chemical compound OC(=O)CNC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@@H](N)CCCCN XFIHDSBIPWEYJJ-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 2
- FUKDBQGFSJUXGX-RWMBFGLXSA-N Lys-Arg-Pro Chemical compound C1C[C@@H](N(C1)C(=O)[C@H](CCCN=C(N)N)NC(=O)[C@H](CCCCN)N)C(=O)O FUKDBQGFSJUXGX-RWMBFGLXSA-N 0.000 description 2
- AAORVPFVUIHEAB-YUMQZZPRSA-N Lys-Asp-Gly Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)NCC(O)=O AAORVPFVUIHEAB-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 2
- YFGWNAROEYWGNL-GUBZILKMSA-N Lys-Gln-Asn Chemical compound NCCCC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O YFGWNAROEYWGNL-GUBZILKMSA-N 0.000 description 2
- IMAKMJCBYCSMHM-AVGNSLFASA-N Lys-Glu-Lys Chemical compound NCCCC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCCN IMAKMJCBYCSMHM-AVGNSLFASA-N 0.000 description 2
- GQZMPWBZQALKJO-UWVGGRQHSA-N Lys-Gly-Arg Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(O)=O GQZMPWBZQALKJO-UWVGGRQHSA-N 0.000 description 2
- SQJSXOQXJYAVRV-SRVKXCTJSA-N Lys-His-Asn Chemical compound C1=C(NC=N1)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)N)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCCCN)N SQJSXOQXJYAVRV-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 2
- OIYWBDBHEGAVST-BZSNNMDCSA-N Lys-His-Tyr Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC1=CNC=N1)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(O)=O OIYWBDBHEGAVST-BZSNNMDCSA-N 0.000 description 2
- MXMDJEJWERYPMO-XUXIUFHCSA-N Lys-Ile-Arg Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(O)=O MXMDJEJWERYPMO-XUXIUFHCSA-N 0.000 description 2
- IVFUVMSKSFSFBT-NHCYSSNCSA-N Lys-Ile-Gly Chemical compound OC(=O)CNC(=O)[C@H]([C@@H](C)CC)NC(=O)[C@@H](N)CCCCN IVFUVMSKSFSFBT-NHCYSSNCSA-N 0.000 description 2
- XIZQPFCRXLUNMK-BZSNNMDCSA-N Lys-Leu-Phe Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCCCN)N XIZQPFCRXLUNMK-BZSNNMDCSA-N 0.000 description 2
- PYFNONMJYNJENN-AVGNSLFASA-N Lys-Lys-Gln Chemical compound C(CCN)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CCC(=O)N)C(=O)O)N PYFNONMJYNJENN-AVGNSLFASA-N 0.000 description 2
- YXPJCVNIDDKGOE-MELADBBJSA-N Lys-Lys-Pro Chemical compound C1C[C@@H](N(C1)C(=O)[C@H](CCCCN)NC(=O)[C@H](CCCCN)N)C(=O)O YXPJCVNIDDKGOE-MELADBBJSA-N 0.000 description 2
- MSSABBQOBUZFKZ-IHRRRGAJSA-N Lys-Pro-His Chemical compound C1C[C@H](N(C1)C(=O)[C@H](CCCCN)N)C(=O)N[C@@H](CC2=CN=CN2)C(=O)O MSSABBQOBUZFKZ-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 2
- PLOUVAYOMTYJRG-JXUBOQSCSA-N Lys-Thr-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O PLOUVAYOMTYJRG-JXUBOQSCSA-N 0.000 description 2
- IEIHKHYMBIYQTH-YESZJQIVSA-N Lys-Tyr-Pro Chemical compound C1C[C@@H](N(C1)C(=O)[C@H](CC2=CC=C(C=C2)O)NC(=O)[C@H](CCCCN)N)C(=O)O IEIHKHYMBIYQTH-YESZJQIVSA-N 0.000 description 2
- QFSYGUMEANRNJE-DCAQKATOSA-N Lys-Val-Cys Chemical compound CC(C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCCCN)N QFSYGUMEANRNJE-DCAQKATOSA-N 0.000 description 2
- HMZPYMSEAALNAE-ULQDDVLXSA-N Lys-Val-Tyr Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(O)=O HMZPYMSEAALNAE-ULQDDVLXSA-N 0.000 description 2
- KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N Lysine Natural products NCCCCC(N)C(O)=O KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000004472 Lysine Substances 0.000 description 2
- HLQWFLJOJRFXHO-CIUDSAMLSA-N Met-Glu-Ser Chemical compound [H]N[C@@H](CCSC)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O HLQWFLJOJRFXHO-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 2
- DJBCKVNHEIJLQA-GMOBBJLQSA-N Met-Ile-Asn Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)N)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCSC)N DJBCKVNHEIJLQA-GMOBBJLQSA-N 0.000 description 2
- KYXDADPHSNFWQX-VEVYYDQMSA-N Met-Thr-Asp Chemical compound CSCC[C@H](N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC(O)=O KYXDADPHSNFWQX-VEVYYDQMSA-N 0.000 description 2
- FSTWDRPCQQUJIT-NHCYSSNCSA-N Met-Val-Glu Chemical compound CC(C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCC(=O)O)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCSC)N FSTWDRPCQQUJIT-NHCYSSNCSA-N 0.000 description 2
- YBAFDPFAUTYYRW-UHFFFAOYSA-N N-L-alpha-glutamyl-L-leucine Natural products CC(C)CC(C(O)=O)NC(=O)C(N)CCC(O)=O YBAFDPFAUTYYRW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- XMBSYZWANAQXEV-UHFFFAOYSA-N N-alpha-L-glutamyl-L-phenylalanine Natural products OC(=O)CCC(N)C(=O)NC(C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 XMBSYZWANAQXEV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108010002311 N-glycylglutamic acid Proteins 0.000 description 2
- 108010046117 N-palmitoyl-5,6-dipalmitoyl-S-glycerylcysteinyl-seryl-serine Proteins 0.000 description 2
- 108010038807 Oligopeptides Proteins 0.000 description 2
- 102000015636 Oligopeptides Human genes 0.000 description 2
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 description 2
- HHOOEUSPFGPZFP-QWRGUYRKSA-N Phe-Asn-Gly Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)NCC(O)=O HHOOEUSPFGPZFP-QWRGUYRKSA-N 0.000 description 2
- JEBWZLWTRPZQRX-QWRGUYRKSA-N Phe-Gly-Asp Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O JEBWZLWTRPZQRX-QWRGUYRKSA-N 0.000 description 2
- QPVFUAUFEBPIPT-CDMKHQONSA-N Phe-Gly-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)NCC(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O QPVFUAUFEBPIPT-CDMKHQONSA-N 0.000 description 2
- ROOQMPCUFLDOSB-FHWLQOOXSA-N Phe-Phe-Gln Chemical compound C([C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC=1C=CC=CC=1)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(O)=O)C1=CC=CC=C1 ROOQMPCUFLDOSB-FHWLQOOXSA-N 0.000 description 2
- ILGCZYGFYQLSDZ-KKUMJFAQSA-N Phe-Ser-His Chemical compound N[C@@H](Cc1ccccc1)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](Cc1cnc[nH]1)C(O)=O ILGCZYGFYQLSDZ-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 2
- JXQVYPWVGUOIDV-MXAVVETBSA-N Phe-Ser-Ile Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(O)=O JXQVYPWVGUOIDV-MXAVVETBSA-N 0.000 description 2
- DXWNFNOPBYAFRM-IHRRRGAJSA-N Phe-Val-Cys Chemical compound CC(C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC1=CC=CC=C1)N DXWNFNOPBYAFRM-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 2
- 239000002202 Polyethylene glycol Substances 0.000 description 2
- 241000288906 Primates Species 0.000 description 2
- ZSKJPKFTPQCPIH-RCWTZXSCSA-N Pro-Arg-Thr Chemical compound [H]N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O ZSKJPKFTPQCPIH-RCWTZXSCSA-N 0.000 description 2
- WWAQEUOYCYMGHB-FXQIFTODSA-N Pro-Asn-Asn Chemical compound NC(=O)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(N)=O)NC(=O)[C@@H]1CCCN1 WWAQEUOYCYMGHB-FXQIFTODSA-N 0.000 description 2
- HFNPOYOKIPGAEI-SRVKXCTJSA-N Pro-Leu-Glu Chemical compound OC(=O)CC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@@H]1CCCN1 HFNPOYOKIPGAEI-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 2
- FXGIMYRVJJEIIM-UWVGGRQHSA-N Pro-Leu-Gly Chemical compound OC(=O)CNC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@@H]1CCCN1 FXGIMYRVJJEIIM-UWVGGRQHSA-N 0.000 description 2
- KDBHVPXBQADZKY-GUBZILKMSA-N Pro-Pro-Ala Chemical compound OC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@@H]1CCCN1C(=O)[C@H]1NCCC1 KDBHVPXBQADZKY-GUBZILKMSA-N 0.000 description 2
- 108010003201 RGH 0205 Proteins 0.000 description 2
- 108020004511 Recombinant DNA Proteins 0.000 description 2
- 206010070834 Sensitisation Diseases 0.000 description 2
- HRNQLKCLPVKZNE-CIUDSAMLSA-N Ser-Ala-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O HRNQLKCLPVKZNE-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 2
- LALNXSXEYFUUDD-GUBZILKMSA-N Ser-Glu-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O LALNXSXEYFUUDD-GUBZILKMSA-N 0.000 description 2
- VQBCMLMPEWPUTB-ACZMJKKPSA-N Ser-Glu-Ser Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O VQBCMLMPEWPUTB-ACZMJKKPSA-N 0.000 description 2
- OHKFXGKHSJKKAL-NRPADANISA-N Ser-Glu-Val Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O OHKFXGKHSJKKAL-NRPADANISA-N 0.000 description 2
- GZFAWAQTEYDKII-YUMQZZPRSA-N Ser-Gly-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)CNC(=O)[C@@H](N)CO GZFAWAQTEYDKII-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 2
- CRJZZXMAADSBBQ-SRVKXCTJSA-N Ser-Lys-Lys Chemical compound NCCCC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CCCCN)NC(=O)[C@@H](N)CO CRJZZXMAADSBBQ-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 2
- UPLYXVPQLJVWMM-KKUMJFAQSA-N Ser-Phe-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O UPLYXVPQLJVWMM-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 2
- ADJDNJCSPNFFPI-FXQIFTODSA-N Ser-Pro-Ala Chemical compound OC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@@H]1CCCN1C(=O)[C@@H](N)CO ADJDNJCSPNFFPI-FXQIFTODSA-N 0.000 description 2
- CKDXFSPMIDSMGV-GUBZILKMSA-N Ser-Pro-Val Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O CKDXFSPMIDSMGV-GUBZILKMSA-N 0.000 description 2
- OZPDGESCTGGNAD-CIUDSAMLSA-N Ser-Ser-Lys Chemical compound NCCCC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@@H](N)CO OZPDGESCTGGNAD-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 2
- BDMWLJLPPUCLNV-XGEHTFHBSA-N Ser-Thr-Val Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O BDMWLJLPPUCLNV-XGEHTFHBSA-N 0.000 description 2
- PMTWIUBUQRGCSB-FXQIFTODSA-N Ser-Val-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O PMTWIUBUQRGCSB-FXQIFTODSA-N 0.000 description 2
- SGZVZUCRAVSPKQ-FXQIFTODSA-N Ser-Val-Cys Chemical compound CC(C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CO)N SGZVZUCRAVSPKQ-FXQIFTODSA-N 0.000 description 2
- FKNQFGJONOIPTF-UHFFFAOYSA-N Sodium cation Chemical compound [Na+] FKNQFGJONOIPTF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- BNGDYRRHRGOPHX-IFFSRLJSSA-N Thr-Glu-Val Chemical compound CC(C)[C@H](NC(=O)[C@H](CCC(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)[C@@H](C)O)C(O)=O BNGDYRRHRGOPHX-IFFSRLJSSA-N 0.000 description 2
- FQPDRTDDEZXCEC-SVSWQMSJSA-N Thr-Ile-Ser Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O FQPDRTDDEZXCEC-SVSWQMSJSA-N 0.000 description 2
- VTVVYQOXJCZVEB-WDCWCFNPSA-N Thr-Leu-Glu Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O VTVVYQOXJCZVEB-WDCWCFNPSA-N 0.000 description 2
- FLPZMPOZGYPBEN-PPCPHDFISA-N Thr-Leu-Ile Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(O)=O FLPZMPOZGYPBEN-PPCPHDFISA-N 0.000 description 2
- KDGBLMDAPJTQIW-RHYQMDGZSA-N Thr-Met-Lys Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)N[C@@H](CCSC)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)N)O KDGBLMDAPJTQIW-RHYQMDGZSA-N 0.000 description 2
- BIBYEFRASCNLAA-CDMKHQONSA-N Thr-Phe-Gly Chemical compound C[C@@H](O)[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(=O)NCC(O)=O)CC1=CC=CC=C1 BIBYEFRASCNLAA-CDMKHQONSA-N 0.000 description 2
- AAZOYLQUEQRUMZ-GSSVUCPTSA-N Thr-Thr-Asn Chemical compound C[C@@H](O)[C@H](N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC(N)=O AAZOYLQUEQRUMZ-GSSVUCPTSA-N 0.000 description 2
- BBPCSGKKPJUYRB-UVOCVTCTSA-N Thr-Thr-Leu Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O BBPCSGKKPJUYRB-UVOCVTCTSA-N 0.000 description 2
- XVHAUVJXBFGUPC-RPTUDFQQSA-N Thr-Tyr-Phe Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(O)=O XVHAUVJXBFGUPC-RPTUDFQQSA-N 0.000 description 2
- BKVICMPZWRNWOC-RHYQMDGZSA-N Thr-Val-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](C(C)C)NC(=O)[C@@H](N)[C@@H](C)O BKVICMPZWRNWOC-RHYQMDGZSA-N 0.000 description 2
- IQFYYKKMVGJFEH-XLPZGREQSA-N Thymidine Chemical compound O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)C1 IQFYYKKMVGJFEH-XLPZGREQSA-N 0.000 description 2
- NJNCVQYFNKZMAH-JYBASQMISA-N Trp-Thr-Cys Chemical compound C1=CC=C2C(C[C@H](N)C(=O)N[C@@H]([C@H](O)C)C(=O)N[C@@H](CS)C(O)=O)=CNC2=C1 NJNCVQYFNKZMAH-JYBASQMISA-N 0.000 description 2
- CNNVVEPJTFOGHI-ACRUOGEOSA-N Tyr-Lys-Tyr Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(O)=O CNNVVEPJTFOGHI-ACRUOGEOSA-N 0.000 description 2
- SOAUMCDLIUGXJJ-SRVKXCTJSA-N Tyr-Ser-Asn Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O SOAUMCDLIUGXJJ-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 2
- COYSIHFOCOMGCF-WPRPVWTQSA-N Val-Arg-Gly Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(=O)NCC(O)=O)CCCN=C(N)N COYSIHFOCOMGCF-WPRPVWTQSA-N 0.000 description 2
- COYSIHFOCOMGCF-UHFFFAOYSA-N Val-Arg-Gly Natural products CC(C)C(N)C(=O)NC(C(=O)NCC(O)=O)CCCN=C(N)N COYSIHFOCOMGCF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- ZQGPWORGSNRQLN-NHCYSSNCSA-N Val-Asp-His Chemical compound CC(C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)O)C(=O)N[C@@H](CC1=CN=CN1)C(=O)O)N ZQGPWORGSNRQLN-NHCYSSNCSA-N 0.000 description 2
- ROLGIBMFNMZANA-GVXVVHGQSA-N Val-Glu-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCC(=O)O)NC(=O)[C@H](C(C)C)N ROLGIBMFNMZANA-GVXVVHGQSA-N 0.000 description 2
- AEMPCGRFEZTWIF-IHRRRGAJSA-N Val-Leu-Lys Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(O)=O AEMPCGRFEZTWIF-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 2
- BZOSBRIDWSSTFN-AVGNSLFASA-N Val-Leu-Met Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCSC)C(=O)O)NC(=O)[C@H](C(C)C)N BZOSBRIDWSSTFN-AVGNSLFASA-N 0.000 description 2
- SYSWVVCYSXBVJG-RHYQMDGZSA-N Val-Leu-Thr Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](C(C)C)N)O SYSWVVCYSXBVJG-RHYQMDGZSA-N 0.000 description 2
- OJOMXGVLFKYDKP-QXEWZRGKSA-N Val-Met-Asp Chemical compound CC(C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCSC)C(=O)N[C@@H](CC(=O)O)C(=O)O)N OJOMXGVLFKYDKP-QXEWZRGKSA-N 0.000 description 2
- GBIUHAYJGWVNLN-AEJSXWLSSA-N Val-Ser-Pro Chemical compound CC(C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N1CCC[C@@H]1C(=O)O)N GBIUHAYJGWVNLN-AEJSXWLSSA-N 0.000 description 2
- GBIUHAYJGWVNLN-UHFFFAOYSA-N Val-Ser-Pro Natural products CC(C)C(N)C(=O)NC(CO)C(=O)N1CCCC1C(O)=O GBIUHAYJGWVNLN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- RTJPAGFXOWEBAI-SRVKXCTJSA-N Val-Val-Arg Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCN=C(N)N RTJPAGFXOWEBAI-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 2
- ZHWZDZFWBXWPDW-GUBZILKMSA-N Val-Val-Cys Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H](CS)C(O)=O ZHWZDZFWBXWPDW-GUBZILKMSA-N 0.000 description 2
- 238000001042 affinity chromatography Methods 0.000 description 2
- 108010044940 alanylglutamine Proteins 0.000 description 2
- 108010070944 alanylhistidine Proteins 0.000 description 2
- 125000003277 amino group Chemical group 0.000 description 2
- 230000005809 anti-tumor immunity Effects 0.000 description 2
- 230000005975 antitumor immune response Effects 0.000 description 2
- 108010069926 arginyl-glycyl-serine Proteins 0.000 description 2
- 108010062796 arginyllysine Proteins 0.000 description 2
- 108010077245 asparaginyl-proline Proteins 0.000 description 2
- 108010069205 aspartyl-phenylalanine Proteins 0.000 description 2
- 108010047857 aspartylglycine Proteins 0.000 description 2
- 230000001580 bacterial effect Effects 0.000 description 2
- 102000015736 beta 2-Microglobulin Human genes 0.000 description 2
- 108010081355 beta 2-Microglobulin Proteins 0.000 description 2
- 210000001124 body fluid Anatomy 0.000 description 2
- 239000010839 body fluid Substances 0.000 description 2
- 238000004422 calculation algorithm Methods 0.000 description 2
- 238000002619 cancer immunotherapy Methods 0.000 description 2
- 229910052799 carbon Inorganic materials 0.000 description 2
- 125000003178 carboxy group Chemical group [H]OC(*)=O 0.000 description 2
- 238000004113 cell culture Methods 0.000 description 2
- 239000011651 chromium Substances 0.000 description 2
- 238000012790 confirmation Methods 0.000 description 2
- 230000034994 death Effects 0.000 description 2
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 2
- LOKCTEFSRHRXRJ-UHFFFAOYSA-I dipotassium trisodium dihydrogen phosphate hydrogen phosphate dichloride Chemical compound P(=O)(O)(O)[O-].[K+].P(=O)(O)([O-])[O-].[Na+].[Na+].[Cl-].[K+].[Cl-].[Na+] LOKCTEFSRHRXRJ-UHFFFAOYSA-I 0.000 description 2
- 208000035475 disorder Diseases 0.000 description 2
- 239000000975 dye Substances 0.000 description 2
- 239000012636 effector Substances 0.000 description 2
- 238000004520 electroporation Methods 0.000 description 2
- 229910052731 fluorine Inorganic materials 0.000 description 2
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 2
- 239000011521 glass Substances 0.000 description 2
- 230000013595 glycosylation Effects 0.000 description 2
- 238000006206 glycosylation reaction Methods 0.000 description 2
- 108010036413 histidylglycine Proteins 0.000 description 2
- 108010025306 histidylleucine Proteins 0.000 description 2
- 108010085325 histidylproline Proteins 0.000 description 2
- 230000002209 hydrophobic effect Effects 0.000 description 2
- FDGQSTZJBFJUBT-UHFFFAOYSA-N hypoxanthine Chemical compound O=C1NC=NC2=C1NC=N2 FDGQSTZJBFJUBT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000002991 immunohistochemical analysis Methods 0.000 description 2
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 2
- 230000037431 insertion Effects 0.000 description 2
- 238000010253 intravenous injection Methods 0.000 description 2
- 238000004255 ion exchange chromatography Methods 0.000 description 2
- 238000002372 labelling Methods 0.000 description 2
- 210000001821 langerhans cell Anatomy 0.000 description 2
- 108010083708 leucyl-aspartyl-valine Proteins 0.000 description 2
- 108010034529 leucyl-lysine Proteins 0.000 description 2
- 108010044056 leucyl-phenylalanine Proteins 0.000 description 2
- 239000002502 liposome Substances 0.000 description 2
- 210000005229 liver cell Anatomy 0.000 description 2
- 239000006166 lysate Substances 0.000 description 2
- 108010009298 lysylglutamic acid Proteins 0.000 description 2
- 108010064235 lysylglycine Proteins 0.000 description 2
- 208000029565 malignant colon neoplasm Diseases 0.000 description 2
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 description 2
- 229910052751 metal Inorganic materials 0.000 description 2
- 239000002184 metal Substances 0.000 description 2
- 230000003647 oxidation Effects 0.000 description 2
- 238000007254 oxidation reaction Methods 0.000 description 2
- 239000002245 particle Substances 0.000 description 2
- NRNCYVBFPDDJNE-UHFFFAOYSA-N pemoline Chemical compound O1C(N)=NC(=O)C1C1=CC=CC=C1 NRNCYVBFPDDJNE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108010051242 phenylalanylserine Proteins 0.000 description 2
- 239000002953 phosphate buffered saline Substances 0.000 description 2
- 229910052698 phosphorus Inorganic materials 0.000 description 2
- 230000026731 phosphorylation Effects 0.000 description 2
- 238000006366 phosphorylation reaction Methods 0.000 description 2
- 239000002504 physiological saline solution Substances 0.000 description 2
- 229920001223 polyethylene glycol Polymers 0.000 description 2
- 229910052700 potassium Inorganic materials 0.000 description 2
- 108010090894 prolylleucine Proteins 0.000 description 2
- 230000009467 reduction Effects 0.000 description 2
- 230000001105 regulatory effect Effects 0.000 description 2
- 230000001177 retroviral effect Effects 0.000 description 2
- 230000002441 reversible effect Effects 0.000 description 2
- 210000003296 saliva Anatomy 0.000 description 2
- 230000008313 sensitization Effects 0.000 description 2
- 108010048397 seryl-lysyl-leucine Proteins 0.000 description 2
- 108010071207 serylmethionine Proteins 0.000 description 2
- 229910001415 sodium ion Inorganic materials 0.000 description 2
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 2
- 238000010532 solid phase synthesis reaction Methods 0.000 description 2
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 2
- 241000894007 species Species 0.000 description 2
- 238000007920 subcutaneous administration Methods 0.000 description 2
- 229910052717 sulfur Inorganic materials 0.000 description 2
- 239000000725 suspension Substances 0.000 description 2
- 230000002194 synthesizing effect Effects 0.000 description 2
- 238000007910 systemic administration Methods 0.000 description 2
- 239000003053 toxin Substances 0.000 description 2
- 231100000765 toxin Toxicity 0.000 description 2
- 238000010361 transduction Methods 0.000 description 2
- 230000026683 transduction Effects 0.000 description 2
- 238000001890 transfection Methods 0.000 description 2
- 238000012546 transfer Methods 0.000 description 2
- 230000009261 transgenic effect Effects 0.000 description 2
- XVQKZSLOGHBCET-INVHGPFASA-N tripalmitoyl-S-glyceryl-cysteinyl-seryl-serine Chemical compound CCCCCCCCCCCCCCCC(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O)CSCC(OC(=O)CCCCCCCCCCCCCCC)COC(=O)CCCCCCCCCCCCCCC XVQKZSLOGHBCET-INVHGPFASA-N 0.000 description 2
- 229910052721 tungsten Inorganic materials 0.000 description 2
- 108010079202 tyrosyl-alanyl-cysteine Proteins 0.000 description 2
- 210000002700 urine Anatomy 0.000 description 2
- 108010000998 wheylin-2 peptide Proteins 0.000 description 2
- 229910052727 yttrium Inorganic materials 0.000 description 2
- UKAUYVFTDYCKQA-UHFFFAOYSA-N -2-Amino-4-hydroxybutanoic acid Natural products OC(=O)C(N)CCO UKAUYVFTDYCKQA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- LEBVLXFERQHONN-UHFFFAOYSA-N 1-butyl-N-(2,6-dimethylphenyl)piperidine-2-carboxamide Chemical compound CCCCN1CCCCC1C(=O)NC1=C(C)C=CC=C1C LEBVLXFERQHONN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- BFSVOASYOCHEOV-UHFFFAOYSA-N 2-diethylaminoethanol Chemical compound CCN(CC)CCO BFSVOASYOCHEOV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- XZKIHKMTEMTJQX-UHFFFAOYSA-N 4-Nitrophenyl Phosphate Chemical compound OP(O)(=O)OC1=CC=C([N+]([O-])=O)C=C1 XZKIHKMTEMTJQX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- TVZGACDUOSZQKY-LBPRGKRZSA-N 4-aminofolic acid Chemical compound C1=NC2=NC(N)=NC(N)=C2N=C1CNC1=CC=C(C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O)C=C1 TVZGACDUOSZQKY-LBPRGKRZSA-N 0.000 description 1
- 108010085238 Actins Proteins 0.000 description 1
- 102000007469 Actins Human genes 0.000 description 1
- 208000010507 Adenocarcinoma of Lung Diseases 0.000 description 1
- 102100027241 Adenylyl cyclase-associated protein 1 Human genes 0.000 description 1
- BYXHQQCXAJARLQ-ZLUOBGJFSA-N Ala-Ala-Ala Chemical compound C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O BYXHQQCXAJARLQ-ZLUOBGJFSA-N 0.000 description 1
- ZIWWTZWAKYBUOB-CIUDSAMLSA-N Ala-Asp-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O ZIWWTZWAKYBUOB-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- VHVVPYOJIIQCKS-QEJZJMRPSA-N Ala-Leu-Phe Chemical compound C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 VHVVPYOJIIQCKS-QEJZJMRPSA-N 0.000 description 1
- DHBKYZYFEXXUAK-ONGXEEELSA-N Ala-Phe-Gly Chemical compound OC(=O)CNC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@@H](N)C)CC1=CC=CC=C1 DHBKYZYFEXXUAK-ONGXEEELSA-N 0.000 description 1
- ARHJJAAWNWOACN-FXQIFTODSA-N Ala-Ser-Val Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O ARHJJAAWNWOACN-FXQIFTODSA-N 0.000 description 1
- 102000002260 Alkaline Phosphatase Human genes 0.000 description 1
- 108020004774 Alkaline Phosphatase Proteins 0.000 description 1
- HPKSHFSEXICTLI-CIUDSAMLSA-N Arg-Glu-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O HPKSHFSEXICTLI-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- KSUALAGYYLQSHJ-RCWTZXSCSA-N Arg-Met-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CCSC)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O KSUALAGYYLQSHJ-RCWTZXSCSA-N 0.000 description 1
- RYQSYXFGFOTJDJ-RHYQMDGZSA-N Arg-Thr-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O RYQSYXFGFOTJDJ-RHYQMDGZSA-N 0.000 description 1
- 239000004475 Arginine Substances 0.000 description 1
- 206010003445 Ascites Diseases 0.000 description 1
- PCKRJVZAQZWNKM-WHFBIAKZSA-N Asn-Asn-Gly Chemical compound NC(=O)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)NCC(O)=O PCKRJVZAQZWNKM-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 1
- OLVIPTLKNSAYRJ-YUMQZZPRSA-N Asn-Gly-Lys Chemical compound C(CCN)C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)CNC(=O)[C@H](CC(=O)N)N OLVIPTLKNSAYRJ-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 1
- SEKBHZJLARBNPB-GHCJXIJMSA-N Asn-Ile-Ser Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O SEKBHZJLARBNPB-GHCJXIJMSA-N 0.000 description 1
- VITDJIPIJZAVGC-VEVYYDQMSA-N Asn-Met-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CCSC)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O VITDJIPIJZAVGC-VEVYYDQMSA-N 0.000 description 1
- PIABYSIYPGLLDQ-XVSYOHENSA-N Asn-Thr-Phe Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(O)=O PIABYSIYPGLLDQ-XVSYOHENSA-N 0.000 description 1
- CBHVAFXKOYAHOY-NHCYSSNCSA-N Asn-Val-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O CBHVAFXKOYAHOY-NHCYSSNCSA-N 0.000 description 1
- POTCZYQVVNXUIG-BQBZGAKWSA-N Asp-Gly-Pro Chemical compound OC(=O)C[C@H](N)C(=O)NCC(=O)N1CCC[C@H]1C(O)=O POTCZYQVVNXUIG-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 1
- KGHLGJAXYSVNJP-WHFBIAKZSA-N Asp-Ser-Gly Chemical compound OC(=O)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)NCC(O)=O KGHLGJAXYSVNJP-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 1
- DCXYFEDJOCDNAF-UHFFFAOYSA-N Asparagine Natural products OC(=O)C(N)CC(N)=O DCXYFEDJOCDNAF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 101100136076 Aspergillus oryzae (strain ATCC 42149 / RIB 40) pel1 gene Proteins 0.000 description 1
- 241000020089 Atacta Species 0.000 description 1
- 208000023275 Autoimmune disease Diseases 0.000 description 1
- 241000271566 Aves Species 0.000 description 1
- 241000193738 Bacillus anthracis Species 0.000 description 1
- 244000063299 Bacillus subtilis Species 0.000 description 1
- 235000014469 Bacillus subtilis Nutrition 0.000 description 1
- DWRXFEITVBNRMK-UHFFFAOYSA-N Beta-D-1-Arabinofuranosylthymine Natural products O=C1NC(=O)C(C)=CN1C1C(O)C(O)C(CO)O1 DWRXFEITVBNRMK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010077333 CAP1-6D Proteins 0.000 description 1
- 102100035793 CD83 antigen Human genes 0.000 description 1
- 101100314454 Caenorhabditis elegans tra-1 gene Proteins 0.000 description 1
- UXVMQQNJUSDDNG-UHFFFAOYSA-L Calcium chloride Chemical compound [Cl-].[Cl-].[Ca+2] UXVMQQNJUSDDNG-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 241000283707 Capra Species 0.000 description 1
- 208000005623 Carcinogenesis Diseases 0.000 description 1
- 208000017897 Carcinoma of esophagus Diseases 0.000 description 1
- 241000282692 Catarrhini Species 0.000 description 1
- 241000700199 Cavia porcellus Species 0.000 description 1
- 241001227713 Chiron Species 0.000 description 1
- 241000282552 Chlorocebus aethiops Species 0.000 description 1
- 102000009016 Cholera Toxin Human genes 0.000 description 1
- 108010049048 Cholera Toxin Proteins 0.000 description 1
- VYZAMTAEIAYCRO-UHFFFAOYSA-N Chromium Chemical compound [Cr] VYZAMTAEIAYCRO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108091026890 Coding region Proteins 0.000 description 1
- 208000001333 Colorectal Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 241000699800 Cricetinae Species 0.000 description 1
- 244000019459 Cynara cardunculus Species 0.000 description 1
- 235000019106 Cynara scolymus Nutrition 0.000 description 1
- 102000004127 Cytokines Human genes 0.000 description 1
- 108090000695 Cytokines Proteins 0.000 description 1
- 108020001738 DNA Glycosylase Proteins 0.000 description 1
- 102000028381 DNA glycosylase Human genes 0.000 description 1
- 230000008265 DNA repair mechanism Effects 0.000 description 1
- 206010061818 Disease progression Diseases 0.000 description 1
- 101000846901 Drosophila melanogaster Fat-body protein 1 Proteins 0.000 description 1
- 108700034637 EC 3.2.-.- Proteins 0.000 description 1
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000196324 Embryophyta Species 0.000 description 1
- 102000004533 Endonucleases Human genes 0.000 description 1
- 108010042407 Endonucleases Proteins 0.000 description 1
- 108700039887 Essential Genes Proteins 0.000 description 1
- LMPBBFWHCRURJD-LAEOZQHASA-N Gln-Asn-Val Chemical compound CC(C)[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)N)NC(=O)[C@H](CCC(=O)N)N LMPBBFWHCRURJD-LAEOZQHASA-N 0.000 description 1
- ALUBSZXSNSPDQV-WDSKDSINSA-N Gln-Cys-Gly Chemical compound NC(=O)CC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)NCC(O)=O ALUBSZXSNSPDQV-WDSKDSINSA-N 0.000 description 1
- CKRUHITYRFNUKW-WDSKDSINSA-N Glu-Asn-Gly Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)NCC(O)=O CKRUHITYRFNUKW-WDSKDSINSA-N 0.000 description 1
- ZGKXAUIVGIBISK-SZMVWBNQSA-N Glu-His-Trp Chemical compound N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](Cc1c[nH]cn1)C(=O)N[C@@H](Cc1c[nH]c2ccccc12)C(O)=O ZGKXAUIVGIBISK-SZMVWBNQSA-N 0.000 description 1
- WHUUTDBJXJRKMK-UHFFFAOYSA-N Glutamic acid Natural products OC(=O)C(N)CCC(O)=O WHUUTDBJXJRKMK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- JXYMPBCYRKWJEE-BQBZGAKWSA-N Gly-Arg-Ala Chemical compound [H]NCC(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O JXYMPBCYRKWJEE-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 1
- PAWIVEIWWYGBAM-YUMQZZPRSA-N Gly-Leu-Ala Chemical compound NCC(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O PAWIVEIWWYGBAM-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 1
- SCJJPCQUJYPHRZ-BQBZGAKWSA-N Gly-Pro-Asn Chemical compound NCC(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O SCJJPCQUJYPHRZ-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 1
- 239000004471 Glycine Substances 0.000 description 1
- JBCLFWXMTIKCCB-UHFFFAOYSA-N H-Gly-Phe-OH Natural products NCC(=O)NC(C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 JBCLFWXMTIKCCB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 101001019450 Haloferax volcanii (strain ATCC 29605 / DSM 3757 / JCM 8879 / NBRC 14742 / NCIMB 2012 / VKM B-1768 / DS2) Isocitrate dehydrogenase [NADP] Proteins 0.000 description 1
- 241001554831 Hamadryas <angiosperm> Species 0.000 description 1
- 241000238631 Hexapoda Species 0.000 description 1
- MJUUWJJEUOBDGW-IHRRRGAJSA-N His-Leu-Met Chemical compound CSCC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@@H](N)CC1=CN=CN1 MJUUWJJEUOBDGW-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 1
- RNVUQLOKVIPNEM-BZSNNMDCSA-N His-Tyr-Lys Chemical compound C1=CC(=CC=C1C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC2=CN=CN2)N)O RNVUQLOKVIPNEM-BZSNNMDCSA-N 0.000 description 1
- 241000282412 Homo Species 0.000 description 1
- 101000946856 Homo sapiens CD83 antigen Proteins 0.000 description 1
- 101000914484 Homo sapiens T-lymphocyte activation antigen CD80 Proteins 0.000 description 1
- PMMYEEVYMWASQN-DMTCNVIQSA-N Hydroxyproline Chemical compound O[C@H]1CN[C@H](C(O)=O)C1 PMMYEEVYMWASQN-DMTCNVIQSA-N 0.000 description 1
- UGQMRVRMYYASKQ-UHFFFAOYSA-N Hypoxanthine nucleoside Natural products OC1C(O)C(CO)OC1N1C(NC=NC2=O)=C2N=C1 UGQMRVRMYYASKQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 210000002370 ICC Anatomy 0.000 description 1
- SYVMEYAPXRRXAN-MXAVVETBSA-N Ile-Cys-Phe Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)O)N SYVMEYAPXRRXAN-MXAVVETBSA-N 0.000 description 1
- GQKSJYINYYWPMR-NGZCFLSTSA-N Ile-Gly-Pro Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)NCC(=O)N1CCC[C@@H]1C(=O)O)N GQKSJYINYYWPMR-NGZCFLSTSA-N 0.000 description 1
- 108060003951 Immunoglobulin Proteins 0.000 description 1
- 108700005091 Immunoglobulin Genes Proteins 0.000 description 1
- 108010067060 Immunoglobulin Variable Region Proteins 0.000 description 1
- 102000017727 Immunoglobulin Variable Region Human genes 0.000 description 1
- 102100034343 Integrase Human genes 0.000 description 1
- 108010002586 Interleukin-7 Proteins 0.000 description 1
- 150000008575 L-amino acids Chemical class 0.000 description 1
- DCXYFEDJOCDNAF-REOHCLBHSA-N L-asparagine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC(N)=O DCXYFEDJOCDNAF-REOHCLBHSA-N 0.000 description 1
- CKLJMWTZIZZHCS-REOHCLBHSA-N L-aspartic acid Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC(O)=O CKLJMWTZIZZHCS-REOHCLBHSA-N 0.000 description 1
- UKAUYVFTDYCKQA-VKHMYHEASA-N L-homoserine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CCO UKAUYVFTDYCKQA-VKHMYHEASA-N 0.000 description 1
- LRQKBLKVPFOOQJ-YFKPBYRVSA-N L-norleucine Chemical compound CCCC[C@H]([NH3+])C([O-])=O LRQKBLKVPFOOQJ-YFKPBYRVSA-N 0.000 description 1
- UILIPCLTHRPCRB-XUXIUFHCSA-N Leu-Arg-Ile Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCCN=C(N)N)NC(=O)[C@H](CC(C)C)N UILIPCLTHRPCRB-XUXIUFHCSA-N 0.000 description 1
- QUAAUWNLWMLERT-IHRRRGAJSA-N Leu-Arg-Leu Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O QUAAUWNLWMLERT-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 1
- WRLPVDVHNWSSCL-MELADBBJSA-N Leu-His-Pro Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC1=CN=CN1)C(=O)N2CCC[C@@H]2C(=O)O)N WRLPVDVHNWSSCL-MELADBBJSA-N 0.000 description 1
- ORWTWZXGDBYVCP-BJDJZHNGSA-N Leu-Ile-Cys Chemical compound SC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H]([C@@H](C)CC)NC(=O)[C@@H](N)CC(C)C ORWTWZXGDBYVCP-BJDJZHNGSA-N 0.000 description 1
- FKQPWMZLIIATBA-AJNGGQMLSA-N Leu-Lys-Ile Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(O)=O FKQPWMZLIIATBA-AJNGGQMLSA-N 0.000 description 1
- WXZOHBVPVKABQN-DCAQKATOSA-N Leu-Met-Asp Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCSC)C(=O)N[C@@H](CC(=O)O)C(=O)O)N WXZOHBVPVKABQN-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- UCBPDSYUVAAHCD-UWVGGRQHSA-N Leu-Pro-Gly Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)NCC(O)=O UCBPDSYUVAAHCD-UWVGGRQHSA-N 0.000 description 1
- AMSSKPUHBUQBOQ-SRVKXCTJSA-N Leu-Ser-Lys Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)N AMSSKPUHBUQBOQ-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- 239000012097 Lipofectamine 2000 Substances 0.000 description 1
- 108090001030 Lipoproteins Proteins 0.000 description 1
- 102000004895 Lipoproteins Human genes 0.000 description 1
- QYOXSYXPHUHOJR-GUBZILKMSA-N Lys-Asn-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O QYOXSYXPHUHOJR-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- YVSHZSUKQHNDHD-KKUMJFAQSA-N Lys-Asn-Phe Chemical compound C1=CC=C(C=C1)C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)N)NC(=O)[C@H](CCCCN)N YVSHZSUKQHNDHD-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 1
- GUYHHBZCBQZLFW-GUBZILKMSA-N Lys-Gln-Cys Chemical compound C(CCN)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCC(=O)N)C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)O)N GUYHHBZCBQZLFW-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- YPLVCBKEPJPBDQ-MELADBBJSA-N Lys-Leu-Pro Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(=O)N1CCC[C@@H]1C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCCCN)N YPLVCBKEPJPBDQ-MELADBBJSA-N 0.000 description 1
- VHTOGMKQXXJOHG-RHYQMDGZSA-N Lys-Thr-Val Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O VHTOGMKQXXJOHG-RHYQMDGZSA-N 0.000 description 1
- 102000043129 MHC class I family Human genes 0.000 description 1
- 108091054437 MHC class I family Proteins 0.000 description 1
- 241000282567 Macaca fascicularis Species 0.000 description 1
- 241000282560 Macaca mulatta Species 0.000 description 1
- 241000699660 Mus musculus Species 0.000 description 1
- 241000699670 Mus sp. Species 0.000 description 1
- XZFYRXDAULDNFX-UHFFFAOYSA-N N-L-cysteinyl-L-phenylalanine Natural products SCC(N)C(=O)NC(C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 XZFYRXDAULDNFX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108091061960 Naked DNA Proteins 0.000 description 1
- 229930193140 Neomycin Natural products 0.000 description 1
- 238000000636 Northern blotting Methods 0.000 description 1
- 108700020796 Oncogene Proteins 0.000 description 1
- 108700026244 Open Reading Frames Proteins 0.000 description 1
- 241000282579 Pan Species 0.000 description 1
- 241000282577 Pan troglodytes Species 0.000 description 1
- 108090000526 Papain Proteins 0.000 description 1
- 241001504519 Papio ursinus Species 0.000 description 1
- 241001494479 Pecora Species 0.000 description 1
- 102000057297 Pepsin A Human genes 0.000 description 1
- 108090000284 Pepsin A Proteins 0.000 description 1
- 108091005804 Peptidases Proteins 0.000 description 1
- 102000035195 Peptidases Human genes 0.000 description 1
- 108010033276 Peptide Fragments Proteins 0.000 description 1
- 102000007079 Peptide Fragments Human genes 0.000 description 1
- UMKYAYXCMYYNHI-AVGNSLFASA-N Phe-Gln-Asn Chemical compound C1=CC=C(C=C1)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCC(=O)N)C(=O)N[C@@H](CC(=O)N)C(=O)O)N UMKYAYXCMYYNHI-AVGNSLFASA-N 0.000 description 1
- RLUMIJXNHJVUCO-JBACZVJFSA-N Phe-Gln-Trp Chemical compound C([C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC=1C2=CC=CC=C2NC=1)C(O)=O)C1=CC=CC=C1 RLUMIJXNHJVUCO-JBACZVJFSA-N 0.000 description 1
- ZZVUXQCQPXSUFH-JBACZVJFSA-N Phe-Glu-Trp Chemical compound C([C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC=1C2=CC=CC=C2NC=1)C(O)=O)C1=CC=CC=C1 ZZVUXQCQPXSUFH-JBACZVJFSA-N 0.000 description 1
- HBGFEEQFVBWYJQ-KBPBESRZSA-N Phe-Gly-Lys Chemical compound NCCCC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)CNC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=CC=C1 HBGFEEQFVBWYJQ-KBPBESRZSA-N 0.000 description 1
- KAJLHCWRWDSROH-BZSNNMDCSA-N Phe-Phe-Asp Chemical compound C([C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC=1C=CC=CC=1)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O)C1=CC=CC=C1 KAJLHCWRWDSROH-BZSNNMDCSA-N 0.000 description 1
- 241000235648 Pichia Species 0.000 description 1
- 208000002151 Pleural effusion Diseases 0.000 description 1
- FEPSEIDIPBMIOS-QXEWZRGKSA-N Pro-Gly-Ile Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)CNC(=O)[C@@H]1CCCN1 FEPSEIDIPBMIOS-QXEWZRGKSA-N 0.000 description 1
- DTQIXTOJHKVEOH-DCAQKATOSA-N Pro-His-Cys Chemical compound C1C[C@H](NC1)C(=O)N[C@@H](CC2=CN=CN2)C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)O DTQIXTOJHKVEOH-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- MCWHYUWXVNRXFV-RWMBFGLXSA-N Pro-Leu-Pro Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(=O)N1CCC[C@@H]1C(=O)O)NC(=O)[C@@H]2CCCN2 MCWHYUWXVNRXFV-RWMBFGLXSA-N 0.000 description 1
- OFGUOWQVEGTVNU-DCAQKATOSA-N Pro-Lys-Ala Chemical compound [H]N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O OFGUOWQVEGTVNU-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- CHYAYDLYYIJCKY-OSUNSFLBSA-N Pro-Thr-Ile Chemical compound [H]N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(O)=O CHYAYDLYYIJCKY-OSUNSFLBSA-N 0.000 description 1
- 239000004365 Protease Substances 0.000 description 1
- 108010092799 RNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 1
- 108010008281 Recombinant Fusion Proteins Proteins 0.000 description 1
- 102000007056 Recombinant Fusion Proteins Human genes 0.000 description 1
- 240000004808 Saccharomyces cerevisiae Species 0.000 description 1
- 241000607142 Salmonella Species 0.000 description 1
- 241000293871 Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi Species 0.000 description 1
- 229920002684 Sepharose Polymers 0.000 description 1
- HBOABDXGTMMDSE-GUBZILKMSA-N Ser-Arg-Val Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O HBOABDXGTMMDSE-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- GJFYFGOEWLDQGW-GUBZILKMSA-N Ser-Leu-Gln Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCC(=O)N)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CO)N GJFYFGOEWLDQGW-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- VZQRNAYURWAEFE-KKUMJFAQSA-N Ser-Leu-Phe Chemical compound OC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 VZQRNAYURWAEFE-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 1
- RWDVVSKYZBNDCO-MELADBBJSA-N Ser-Phe-Pro Chemical compound C1C[C@@H](N(C1)C(=O)[C@H](CC2=CC=CC=C2)NC(=O)[C@H](CO)N)C(=O)O RWDVVSKYZBNDCO-MELADBBJSA-N 0.000 description 1
- DINQYZRMXGWWTG-GUBZILKMSA-N Ser-Pro-Pro Chemical compound OC[C@H](N)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)N1[C@H](C(O)=O)CCC1 DINQYZRMXGWWTG-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- FZXOPYUEQGDGMS-ACZMJKKPSA-N Ser-Ser-Gln Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(O)=O FZXOPYUEQGDGMS-ACZMJKKPSA-N 0.000 description 1
- VGQVAVQWKJLIRM-FXQIFTODSA-N Ser-Ser-Val Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O VGQVAVQWKJLIRM-FXQIFTODSA-N 0.000 description 1
- UYLKOSODXYSWMQ-XGEHTFHBSA-N Ser-Thr-Met Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)N[C@@H](CCSC)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CO)N)O UYLKOSODXYSWMQ-XGEHTFHBSA-N 0.000 description 1
- MTCFGRXMJLQNBG-UHFFFAOYSA-N Serine Natural products OCC(N)C(O)=O MTCFGRXMJLQNBG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000282898 Sus scrofa Species 0.000 description 1
- 108010008038 Synthetic Vaccines Proteins 0.000 description 1
- 102100027222 T-lymphocyte activation antigen CD80 Human genes 0.000 description 1
- 101710137500 T7 RNA polymerase Proteins 0.000 description 1
- 239000004098 Tetracycline Substances 0.000 description 1
- JMZKMSTYXHFYAK-VEVYYDQMSA-N Thr-Arg-Asn Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(=O)N[C@@H](CC(=O)N)C(=O)O)N)O JMZKMSTYXHFYAK-VEVYYDQMSA-N 0.000 description 1
- DSLHSTIUAPKERR-XGEHTFHBSA-N Thr-Cys-Val Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O DSLHSTIUAPKERR-XGEHTFHBSA-N 0.000 description 1
- GMXIJHCBTZDAPD-QPHKQPEJSA-N Thr-Ile-Ile Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)O)NC(=O)[C@H]([C@@H](C)O)N GMXIJHCBTZDAPD-QPHKQPEJSA-N 0.000 description 1
- AYFVYJQAPQTCCC-UHFFFAOYSA-N Threonine Natural products CC(O)C(N)C(O)=O AYFVYJQAPQTCCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000004473 Threonine Substances 0.000 description 1
- UPODKYBYUBTWSV-BZSNNMDCSA-N Tyr-Phe-Cys Chemical compound C([C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC=1C=CC=CC=1)C(=O)N[C@@H](CS)C(O)=O)C1=CC=C(O)C=C1 UPODKYBYUBTWSV-BZSNNMDCSA-N 0.000 description 1
- OKDNSNWJEXAMSU-IRXDYDNUSA-N Tyr-Phe-Gly Chemical compound C([C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC=1C=CC=CC=1)C(=O)NCC(O)=O)C1=CC=C(O)C=C1 OKDNSNWJEXAMSU-IRXDYDNUSA-N 0.000 description 1
- 229910052770 Uranium Inorganic materials 0.000 description 1
- 206010046865 Vaccinia virus infection Diseases 0.000 description 1
- IRLYZKKNBFPQBW-XGEHTFHBSA-N Val-Cys-Thr Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CS)NC(=O)[C@H](C(C)C)N)O IRLYZKKNBFPQBW-XGEHTFHBSA-N 0.000 description 1
- 210000000683 abdominal cavity Anatomy 0.000 description 1
- 238000010521 absorption reaction Methods 0.000 description 1
- 125000002777 acetyl group Chemical group [H]C([H])([H])C(*)=O 0.000 description 1
- 230000004913 activation Effects 0.000 description 1
- 238000005377 adsorption chromatography Methods 0.000 description 1
- 239000000556 agonist Substances 0.000 description 1
- 108010005233 alanylglutamic acid Proteins 0.000 description 1
- 125000001931 aliphatic group Chemical group 0.000 description 1
- 229910052783 alkali metal Inorganic materials 0.000 description 1
- 230000000172 allergic effect Effects 0.000 description 1
- 229940037003 alum Drugs 0.000 description 1
- WNROFYMDJYEPJX-UHFFFAOYSA-K aluminium hydroxide Chemical compound [OH-].[OH-].[OH-].[Al+3] WNROFYMDJYEPJX-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- ILRRQNADMUWWFW-UHFFFAOYSA-K aluminium phosphate Chemical compound O1[Al]2OP1(=O)O2 ILRRQNADMUWWFW-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 150000001408 amides Chemical class 0.000 description 1
- 229960003896 aminopterin Drugs 0.000 description 1
- 238000012870 ammonium sulfate precipitation Methods 0.000 description 1
- 229960000723 ampicillin Drugs 0.000 description 1
- AVKUERGKIZMTKX-NJBDSQKTSA-N ampicillin Chemical compound C1([C@@H](N)C(=O)N[C@H]2[C@H]3SC([C@@H](N3C2=O)C(O)=O)(C)C)=CC=CC=C1 AVKUERGKIZMTKX-NJBDSQKTSA-N 0.000 description 1
- 230000033115 angiogenesis Effects 0.000 description 1
- 210000004102 animal cell Anatomy 0.000 description 1
- 239000005557 antagonist Substances 0.000 description 1
- 239000002260 anti-inflammatory agent Substances 0.000 description 1
- 229940121363 anti-inflammatory agent Drugs 0.000 description 1
- 230000000259 anti-tumor effect Effects 0.000 description 1
- 210000000628 antibody-producing cell Anatomy 0.000 description 1
- 230000030741 antigen processing and presentation Effects 0.000 description 1
- 239000002246 antineoplastic agent Substances 0.000 description 1
- ODKSFYDXXFIFQN-UHFFFAOYSA-N arginine Natural products OC(=O)C(N)CCCNC(N)=N ODKSFYDXXFIFQN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 235000016520 artichoke thistle Nutrition 0.000 description 1
- 125000003118 aryl group Chemical group 0.000 description 1
- 235000009582 asparagine Nutrition 0.000 description 1
- 229960001230 asparagine Drugs 0.000 description 1
- 235000003704 aspartic acid Nutrition 0.000 description 1
- 208000010668 atopic eczema Diseases 0.000 description 1
- 230000002238 attenuated effect Effects 0.000 description 1
- 230000033590 base-excision repair Effects 0.000 description 1
- 210000000227 basophil cell of anterior lobe of hypophysis Anatomy 0.000 description 1
- 239000011324 bead Substances 0.000 description 1
- IQFYYKKMVGJFEH-UHFFFAOYSA-N beta-L-thymidine Natural products O=C1NC(=O)C(C)=CN1C1OC(CO)C(O)C1 IQFYYKKMVGJFEH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- OQFSQFPPLPISGP-UHFFFAOYSA-N beta-carboxyaspartic acid Natural products OC(=O)C(N)C(C(O)=O)C(O)=O OQFSQFPPLPISGP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000012620 biological material Substances 0.000 description 1
- 238000001815 biotherapy Methods 0.000 description 1
- 238000009395 breeding Methods 0.000 description 1
- 229960003150 bupivacaine Drugs 0.000 description 1
- 210000004900 c-terminal fragment Anatomy 0.000 description 1
- 239000001110 calcium chloride Substances 0.000 description 1
- 229910001628 calcium chloride Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000001506 calcium phosphate Substances 0.000 description 1
- 229910000389 calcium phosphate Inorganic materials 0.000 description 1
- 235000011010 calcium phosphates Nutrition 0.000 description 1
- 230000005880 cancer cell killing Effects 0.000 description 1
- 230000036952 cancer formation Effects 0.000 description 1
- 125000004432 carbon atom Chemical group C* 0.000 description 1
- UHBYWPGGCSDKFX-UHFFFAOYSA-N carboxyglutamic acid Chemical compound OC(=O)C(N)CC(C(O)=O)C(O)=O UHBYWPGGCSDKFX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 150000001732 carboxylic acid derivatives Chemical class 0.000 description 1
- 231100000504 carcinogenesis Toxicity 0.000 description 1
- 230000010261 cell growth Effects 0.000 description 1
- 230000006037 cell lysis Effects 0.000 description 1
- 230000007969 cellular immunity Effects 0.000 description 1
- 210000003679 cervix uteri Anatomy 0.000 description 1
- 230000008859 change Effects 0.000 description 1
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 1
- 229960005091 chloramphenicol Drugs 0.000 description 1
- WIIZWVCIJKGZOK-RKDXNWHRSA-N chloramphenicol Chemical compound ClC(Cl)C(=O)N[C@H](CO)[C@H](O)C1=CC=C([N+]([O-])=O)C=C1 WIIZWVCIJKGZOK-RKDXNWHRSA-N 0.000 description 1
- 229910052804 chromium Inorganic materials 0.000 description 1
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 description 1
- 238000003501 co-culture Methods 0.000 description 1
- 238000004440 column chromatography Methods 0.000 description 1
- 230000001268 conjugating effect Effects 0.000 description 1
- 230000021615 conjugation Effects 0.000 description 1
- 239000013068 control sample Substances 0.000 description 1
- 239000012228 culture supernatant Substances 0.000 description 1
- 210000004748 cultured cell Anatomy 0.000 description 1
- 235000018417 cysteine Nutrition 0.000 description 1
- XUJNEKJLAYXESH-UHFFFAOYSA-N cysteine Natural products SCC(N)C(O)=O XUJNEKJLAYXESH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229940127089 cytotoxic agent Drugs 0.000 description 1
- 230000003013 cytotoxicity Effects 0.000 description 1
- 231100000135 cytotoxicity Toxicity 0.000 description 1
- 230000003247 decreasing effect Effects 0.000 description 1
- 238000002716 delivery method Methods 0.000 description 1
- 238000004925 denaturation Methods 0.000 description 1
- 230000036425 denaturation Effects 0.000 description 1
- 238000013461 design Methods 0.000 description 1
- 230000000368 destabilizing effect Effects 0.000 description 1
- 238000000502 dialysis Methods 0.000 description 1
- 229910003460 diamond Inorganic materials 0.000 description 1
- 206010013023 diphtheria Diseases 0.000 description 1
- 230000005750 disease progression Effects 0.000 description 1
- 238000010494 dissociation reaction Methods 0.000 description 1
- 230000005593 dissociations Effects 0.000 description 1
- PMMYEEVYMWASQN-UHFFFAOYSA-N dl-hydroxyproline Natural products OC1C[NH2+]C(C([O-])=O)C1 PMMYEEVYMWASQN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000002552 dosage form Substances 0.000 description 1
- 230000003828 downregulation Effects 0.000 description 1
- 239000000839 emulsion Substances 0.000 description 1
- 210000003038 endothelium Anatomy 0.000 description 1
- 230000002708 enhancing effect Effects 0.000 description 1
- 201000005619 esophageal carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 210000003238 esophagus Anatomy 0.000 description 1
- 239000003797 essential amino acid Substances 0.000 description 1
- 235000020776 essential amino acid Nutrition 0.000 description 1
- 238000010195 expression analysis Methods 0.000 description 1
- 238000001914 filtration Methods 0.000 description 1
- 238000000684 flow cytometry Methods 0.000 description 1
- GNBHRKFJIUUOQI-UHFFFAOYSA-N fluorescein Chemical compound O1C(=O)C2=CC=CC=C2C21C1=CC=C(O)C=C1OC1=CC(O)=CC=C21 GNBHRKFJIUUOQI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000000524 functional group Chemical group 0.000 description 1
- 238000002523 gelfiltration Methods 0.000 description 1
- 235000013922 glutamic acid Nutrition 0.000 description 1
- 239000004220 glutamic acid Substances 0.000 description 1
- ZDXPYRJPNDTMRX-UHFFFAOYSA-N glutamine Natural products OC(=O)C(N)CCC(N)=O ZDXPYRJPNDTMRX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010078144 glutaminyl-glycine Proteins 0.000 description 1
- 108010049041 glutamylalanine Proteins 0.000 description 1
- 102000006602 glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase Human genes 0.000 description 1
- 108020004445 glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase Proteins 0.000 description 1
- JYPCXBJRLBHWME-UHFFFAOYSA-N glycyl-L-prolyl-L-arginine Natural products NCC(=O)N1CCCC1C(=O)NC(CCCN=C(N)N)C(O)=O JYPCXBJRLBHWME-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010089804 glycyl-threonine Proteins 0.000 description 1
- 108010037850 glycylvaline Proteins 0.000 description 1
- 239000008187 granular material Substances 0.000 description 1
- 230000036541 health Effects 0.000 description 1
- 108060003552 hemocyanin Proteins 0.000 description 1
- 230000006801 homologous recombination Effects 0.000 description 1
- 238000002744 homologous recombination Methods 0.000 description 1
- 239000001257 hydrogen Substances 0.000 description 1
- 125000004435 hydrogen atom Chemical group [H]* 0.000 description 1
- 125000002887 hydroxy group Chemical group [H]O* 0.000 description 1
- 229960002591 hydroxyproline Drugs 0.000 description 1
- 230000036039 immunity Effects 0.000 description 1
- 238000003317 immunochromatography Methods 0.000 description 1
- 238000010166 immunofluorescence Methods 0.000 description 1
- 230000002998 immunogenetic effect Effects 0.000 description 1
- 102000018358 immunoglobulin Human genes 0.000 description 1
- 229940027941 immunoglobulin g Drugs 0.000 description 1
- 238000010324 immunological assay Methods 0.000 description 1
- 230000001024 immunotherapeutic effect Effects 0.000 description 1
- 238000000126 in silico method Methods 0.000 description 1
- 239000004615 ingredient Substances 0.000 description 1
- 230000002401 inhibitory effect Effects 0.000 description 1
- 238000002347 injection Methods 0.000 description 1
- 239000007924 injection Substances 0.000 description 1
- 238000011998 interferon-gamma release assay Methods 0.000 description 1
- 238000010988 intraclass correlation coefficient Methods 0.000 description 1
- 239000007928 intraperitoneal injection Substances 0.000 description 1
- 229960000318 kanamycin Drugs 0.000 description 1
- 229930027917 kanamycin Natural products 0.000 description 1
- SBUJHOSQTJFQJX-NOAMYHISSA-N kanamycin Chemical compound O[C@@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CN)O[C@@H]1O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](O[C@@H]2[C@@H]([C@@H](N)[C@H](O)[C@@H](CO)O2)O)[C@H](N)C[C@@H]1N SBUJHOSQTJFQJX-NOAMYHISSA-N 0.000 description 1
- 229930182823 kanamycin A Natural products 0.000 description 1
- 230000002147 killing effect Effects 0.000 description 1
- 101150066555 lacZ gene Proteins 0.000 description 1
- 210000000265 leukocyte Anatomy 0.000 description 1
- 125000003473 lipid group Chemical group 0.000 description 1
- 238000001638 lipofection Methods 0.000 description 1
- 239000007791 liquid phase Substances 0.000 description 1
- 210000004072 lung Anatomy 0.000 description 1
- 201000005249 lung adenocarcinoma Diseases 0.000 description 1
- 238000006977 lyase reaction Methods 0.000 description 1
- 125000003588 lysine group Chemical group [H]N([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])(N([H])[H])C(*)=O 0.000 description 1
- 238000004949 mass spectrometry Methods 0.000 description 1
- 201000001441 melanoma Diseases 0.000 description 1
- 238000002844 melting Methods 0.000 description 1
- 230000008018 melting Effects 0.000 description 1
- 239000000693 micelle Substances 0.000 description 1
- 238000002715 modification method Methods 0.000 description 1
- 238000001823 molecular biology technique Methods 0.000 description 1
- 238000010369 molecular cloning Methods 0.000 description 1
- 210000005087 mononuclear cell Anatomy 0.000 description 1
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 1
- 210000004898 n-terminal fragment Anatomy 0.000 description 1
- 229920005615 natural polymer Polymers 0.000 description 1
- 239000013642 negative control Substances 0.000 description 1
- 229960004927 neomycin Drugs 0.000 description 1
- 208000025402 neoplasm of esophagus Diseases 0.000 description 1
- 229910052757 nitrogen Inorganic materials 0.000 description 1
- 230000003287 optical effect Effects 0.000 description 1
- 238000005457 optimization Methods 0.000 description 1
- 201000008482 osteoarthritis Diseases 0.000 description 1
- 230000002018 overexpression Effects 0.000 description 1
- 229940124641 pain reliever Drugs 0.000 description 1
- IPCSVZSSVZVIGE-UHFFFAOYSA-N palmitic acid group Chemical group C(CCCCCCCCCCCCCCC)(=O)O IPCSVZSSVZVIGE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229940055729 papain Drugs 0.000 description 1
- 235000019834 papain Nutrition 0.000 description 1
- 230000001575 pathological effect Effects 0.000 description 1
- 230000007170 pathology Effects 0.000 description 1
- 230000037361 pathway Effects 0.000 description 1
- 101150040383 pel2 gene Proteins 0.000 description 1
- 101150050446 pelB gene Proteins 0.000 description 1
- 229940111202 pepsin Drugs 0.000 description 1
- 210000005105 peripheral blood lymphocyte Anatomy 0.000 description 1
- 210000001322 periplasm Anatomy 0.000 description 1
- 239000008177 pharmaceutical agent Substances 0.000 description 1
- 239000000546 pharmaceutical excipient Substances 0.000 description 1
- 239000008363 phosphate buffer Substances 0.000 description 1
- BZQFBWGGLXLEPQ-REOHCLBHSA-N phosphoserine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)COP(O)(O)=O BZQFBWGGLXLEPQ-REOHCLBHSA-N 0.000 description 1
- 239000002985 plastic film Substances 0.000 description 1
- 229920006255 plastic film Polymers 0.000 description 1
- 238000007694 polyacrylamide gel isoelectric focusing Methods 0.000 description 1
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 1
- 239000003755 preservative agent Substances 0.000 description 1
- 238000009117 preventive therapy Methods 0.000 description 1
- 125000002924 primary amino group Chemical group [H]N([H])* 0.000 description 1
- 230000009862 primary prevention Effects 0.000 description 1
- 108010061031 pro-gastrin-releasing peptide (31-98) Proteins 0.000 description 1
- 108010004914 prolylarginine Proteins 0.000 description 1
- 108010031970 prostasin Proteins 0.000 description 1
- 210000002307 prostate Anatomy 0.000 description 1
- 235000019833 protease Nutrition 0.000 description 1
- 238000000159 protein binding assay Methods 0.000 description 1
- 238000012514 protein characterization Methods 0.000 description 1
- 238000002331 protein detection Methods 0.000 description 1
- 238000001742 protein purification Methods 0.000 description 1
- 238000011002 quantification Methods 0.000 description 1
- 239000003642 reactive oxygen metabolite Substances 0.000 description 1
- 238000010188 recombinant method Methods 0.000 description 1
- 229940124551 recombinant vaccine Drugs 0.000 description 1
- 230000006798 recombination Effects 0.000 description 1
- 230000000717 retained effect Effects 0.000 description 1
- 238000004366 reverse phase liquid chromatography Methods 0.000 description 1
- 238000004007 reversed phase HPLC Methods 0.000 description 1
- 238000012552 review Methods 0.000 description 1
- 210000003705 ribosome Anatomy 0.000 description 1
- 238000005185 salting out Methods 0.000 description 1
- 230000007017 scission Effects 0.000 description 1
- 230000028327 secretion Effects 0.000 description 1
- 239000006152 selective media Substances 0.000 description 1
- 238000002415 sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 239000007790 solid phase Substances 0.000 description 1
- 210000000952 spleen Anatomy 0.000 description 1
- 239000003381 stabilizer Substances 0.000 description 1
- 210000000130 stem cell Anatomy 0.000 description 1
- 238000010254 subcutaneous injection Methods 0.000 description 1
- 239000007929 subcutaneous injection Substances 0.000 description 1
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 1
- 150000003462 sulfoxides Chemical class 0.000 description 1
- 125000004434 sulfur atom Chemical group 0.000 description 1
- 230000001629 suppression Effects 0.000 description 1
- 239000004094 surface-active agent Substances 0.000 description 1
- 238000001356 surgical procedure Methods 0.000 description 1
- 230000004083 survival effect Effects 0.000 description 1
- 238000010189 synthetic method Methods 0.000 description 1
- 229920001059 synthetic polymer Polymers 0.000 description 1
- 229960002180 tetracycline Drugs 0.000 description 1
- 229930101283 tetracycline Natural products 0.000 description 1
- 235000019364 tetracycline Nutrition 0.000 description 1
- 150000003522 tetracyclines Chemical class 0.000 description 1
- 229940124597 therapeutic agent Drugs 0.000 description 1
- 229940126622 therapeutic monoclonal antibody Drugs 0.000 description 1
- 229940104230 thymidine Drugs 0.000 description 1
- 230000009258 tissue cross reactivity Effects 0.000 description 1
- FGMPLJWBKKVCDB-UHFFFAOYSA-N trans-L-hydroxy-proline Natural products ON1CCCC1C(O)=O FGMPLJWBKKVCDB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000011830 transgenic mouse model Methods 0.000 description 1
- QORWJWZARLRLPR-UHFFFAOYSA-H tricalcium bis(phosphate) Chemical compound [Ca+2].[Ca+2].[Ca+2].[O-]P([O-])([O-])=O.[O-]P([O-])([O-])=O QORWJWZARLRLPR-UHFFFAOYSA-H 0.000 description 1
- 238000000108 ultra-filtration Methods 0.000 description 1
- 241000701447 unidentified baculovirus Species 0.000 description 1
- 241001515965 unidentified phage Species 0.000 description 1
- 241001430294 unidentified retrovirus Species 0.000 description 1
- 230000003827 upregulation Effects 0.000 description 1
- 238000002255 vaccination Methods 0.000 description 1
- 208000007089 vaccinia Diseases 0.000 description 1
- 229910052720 vanadium Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000013603 viral vector Substances 0.000 description 1
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 1
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000037303 wrinkles Effects 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K7/00—Peptides having 5 to 20 amino acids in a fully defined sequence; Derivatives thereof
- C07K7/04—Linear peptides containing only normal peptide links
- C07K7/06—Linear peptides containing only normal peptide links having 5 to 11 amino acids
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
- C07K14/46—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates
- C07K14/47—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates from mammals
- C07K14/4701—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates from mammals not used
- C07K14/4748—Tumour specific antigens; Tumour rejection antigen precursors [TRAP], e.g. MAGE
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
- A61K39/0005—Vertebrate antigens
- A61K39/0011—Cancer antigens
- A61K39/001154—Enzymes
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
- A61K39/39—Medicinal preparations containing antigens or antibodies characterised by the immunostimulating additives, e.g. chemical adjuvants
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P35/00—Antineoplastic agents
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P37/00—Drugs for immunological or allergic disorders
- A61P37/02—Immunomodulators
- A61P37/04—Immunostimulants
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
- C07K16/18—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
- C12N9/88—Lyases (4.)
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
- C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
- G01N33/57484—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer involving compounds serving as markers for tumor, cancer, neoplasia, e.g. cellular determinants, receptors, heat shock/stress proteins, A-protein, oligosaccharides, metabolites
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
- A61K2039/51—Medicinal preparations containing antigens or antibodies comprising whole cells, viruses or DNA/RNA
- A61K2039/53—DNA (RNA) vaccination
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
- A61K2039/57—Medicinal preparations containing antigens or antibodies characterised by the type of response, e.g. Th1, Th2
- A61K2039/572—Medicinal preparations containing antigens or antibodies characterised by the type of response, e.g. Th1, Th2 cytotoxic response
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K38/00—Medicinal preparations containing peptides
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/158—Expression markers
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Y—ENZYMES
- C12Y402/00—Carbon-oxygen lyases (4.2)
- C12Y402/99—Other carbon-oxygen lyases (4.2.99)
- C12Y402/99018—DNA-(apurinic or apyrimidinic site)lyase (4.2.99.18)
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2333/00—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature
- G01N2333/435—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature from animals; from humans
- G01N2333/46—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature from animals; from humans from vertebrates
- G01N2333/47—Assays involving proteins of known structure or function as defined in the subgroups
-
- Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
- Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
- Y02A—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE
- Y02A50/00—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE in human health protection, e.g. against extreme weather
- Y02A50/30—Against vector-borne diseases, e.g. mosquito-borne, fly-borne, tick-borne or waterborne diseases whose impact is exacerbated by climate change
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Immunology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Pharmacology & Pharmacy (AREA)
- Veterinary Medicine (AREA)
- Public Health (AREA)
- Animal Behavior & Ethology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Oncology (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Epidemiology (AREA)
- Mycology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Pathology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Hematology (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Gastroenterology & Hepatology (AREA)
- Toxicology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
- Hospice & Palliative Care (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
Abstract
Настоящая группа изобретений относится к биологии. Предложен выделенный пептид, обладающий способностью в присутствии антигенпредставляющей клетки (APC), несущей HLA-A*240, индуцировать цитотоксические T лимфоциты (CTL) против антигена NEIL3. Кроме того, предложены: кодирующий полинуклеотид, вектор, фармацевтическая композиция, способы индукции APC и CTL, а также выделенная APC, экзосома, способ индукции иммунного ответа против злокачественной опухоли, экспрессирующей NEIL3, и применение пептида, APC или экзосомы по настоящему изобретению в производстве фармацевтической композиции. Данная группа изобретений может найти дальнейшее применение в терапии заболеваний, связанных с NEIL3. 11 н. и 3 з.п. ф-лы, 9 ил., 3 табл.
Description
Область техники
По настоящей заявке испрашивается приоритет Предварительной заявки США № 61/210512, поданной 18 марта 2009 г., полное содержание которой приведено в настоящем документе в качестве ссылки.
Настоящее изобретение относится к области биологической науки, более конкретно - к области терапии злокачественных опухолей. В частности, настоящее изобретение относится к новым пептидам, являющимся чрезвычайно эффективными в качестве противораковых вакцин и лекарственных средств для лечения и предотвращения опухолей.
Предпосылки изобретения
Показано, что CD8-положительные CTL узнают пептиды-эпитопы, происходящие из опухолеассоциированных антигенов (TAA), на молекуле главного комплекса гистосовместимости (MHC) класса I, и затем уничтожают клетки опухолей. Со времени открытия семейства антигенов меланомы (MAGE) как первого примера TAA множество других TAA открыто иммунологическими способами (NPL 1/Boon T, Int J Cancer 1993 May 8, 54(2):177-80; NPL 2/Boon T & van der Bruggen P, J Exp. Med. 1996 Mar 1, 183(3):725-9), и некоторые из TAA в настоящее время находятся в процессе клинической разработки в качестве иммунотерапевтических мишеней.
Идентификация новых TAA, индуцирующих сильные и специфические противоопухолевые иммунные ответы, обеспечивает дальнейшее развитие клинического применения способа пептидной вакцинации при различных типах злокачественных опухолей (NPL 3/Harris C.C, J Natl. Cancer Inst 1996 Oct 16, 88(20):1442-55; NPL 4/Butterfield L.H. et al., Cancer Res 1999 Jul 1, 59(13): 3134-42; NPL 5/Vissers J.L. et al., Cancer Res 1999 Nov 1, 59(21):5554-9; NPL 6/van der Burg S.H. et al., J Immunol. 1996 May 1, 156(9):3308-14; NPL 7/Tanaka F. et al., Cancer Res 1997 Oct 15, 57(20):4465-8; NPL 8/Fujie T. et al., Int J Cancer 1999 Jan 18, 80(2):169-72; NPL 9/Kikuchi M. et al., Int J Cancer 1999 May 5, 81(3):459-66; NPL 10/Oiso M. et al., Int J Cancer 1999 May 5, 81(3):387-94). До настоящего времени опубликовано несколько клинических исследований с использованием этих пептидов, происходящих из опухолеассоциированных антигенов. К сожалению, только низкую частоту объективных ответов можно наблюдать в этих исследованиях противораковых вакцин до настоящего времени (NPL 11/Belli F et al., J Clin. Oncol. 2002 Oct 15, 20(20):4169-80; NPL 12/Coulie PG et al., Immunol. Rev 2002 Oct, 188:33-42; NPL 13/Rosenberg SA et al., Nat. Med. 2004 Sep, 10(9):909-15).
Преимущественные в качестве мишени для иммунотерапии TAA являются необходимыми для пролиферации и выживаемости клеток злокачественных опухолей, поскольку применение таких TAA может минимизировать хорошо описанный риск ускользания от иммунного ответа клеток злокачественных опухолей, связанного с делецией, мутацией или понижающей регуляцией TAA в качестве последствия терапевтически направляемого иммунного отбора.
С другой стороны, подобный эндонуклеазе Nei VIII белок 3 (NEIL3) выделили в качестве члена, принадлежащего к классу ДНК-гликозилаз, гомологичных семейству бактериальных Fpg/Nei (NPL 14/Bandaru et al., DNA Repair (Amst). 2002 Jul 17; 1(7):517-29). Эти гликозилазы инициируют первую стадию в эксцизионной репарации оснований посредством расщепления оснований, поврежденных реакционноспособными видами кислорода, и введения разрыва цепи ДНК посредством ассоциированной лиазной реакции. NEIL3, по-видимому, играет роль в механизме репарации ДНК, однако его связь с канцерогенезом не выяснена.
Список ссылок
Непатентная литература
[NPL 1] Boon T, Int J Cancer 1993 May 8, 54(2):177-80
[NPL 2] Boon T. & van der Bruggen P, J Exp. Med. 1996 Mar 1, 183(3):725-9
[NPL 3] Harris C.C, J Natl. Cancer Inst 1996 Oct 16, 88(20):1442-55
[NPL 4] Butterfield L.H et al., Cancer Res 1999 Jul 1, 59(13):3134-42
[NPL 5] Vissers J.L. et al., Cancer Res 1999 Nov 1, 59(21):5554-9
[NPL 6] van der Burg S.H. et al., J Immunol. 1996 May 1, 156(9):3308-14
[NPL 7] Tanaka F. et al., Cancer Res 1997 Oct 15, 57(20):4465-8
[NPL 8] Fujie T. et al., Int J Cancer 1999 Jan 18, 80(2):169-72
[NPL 9] Kikuchi M. et al., Int J Cancer 1999 May 5, 81(3):459-66
[NPL 10] Oiso M. et al., Int J Cancer 1999 May 5, 81(3):387-94
[NPL 11] Belli F. et al., J Clin. Oncol. 2002 Oct 15, 20(20):4169-80
[NPL 12] Coulie P.G. et al., Immunol. Rev 2002 Oct, 188:33-42
[NPL 13] Rosenberg S.A. et al., Nat Med 2004 Sep, 10(9):909-15
[NPL 14] Bandaru et al., DNA Repair (Amst). 2002 Jul 17; 1(7):517-29
Краткое изложение сущности изобретения
Настоящее изобретение основано, по меньшей мере, частично на открытии применимых мишеней для иммунотерапии. Поскольку TAA в основном узнаются иммунной системой как «свое», и, таким образом, часто не обладают иммуногенностью, открытие подходящих мишеней обладает чрезвычайной важностью. Как указано выше, NEIL3 (SEQ ID NO:45, кодируемый геном с инвентарным № в GenBank NM_018248 (например, SEQ ID NO:44)) идентифицирован как обладающий повышающей регуляцией в злокачественных опухолях, таких как злокачественная опухоль мочевого пузыря, злокачественная опухоль молочной железы, злокачественная опухоль шейки матки, холангиоцеллюлярная карцинома, злокачественная опухоль ободочной и прямой кишки, эндометриоз, злокачественная опухоль пищевода, злокачественная опухоль печени, немелкоклеточный рак легкого (NSCLC), остеосаркома, злокачественная опухоль поджелудочной железы, злокачественная опухоль предстательной железы, карцинома почки, мелкоклеточный рак легкого (SCLC), опухоль мягких тканей, острый миелоидный лейкоз (AML) и хронический миелоидный лейкоз (CML). Таким образом, NEIL3 является кандидатом на мишень для иммунотерапии злокачественных опухолей/опухолей.
Настоящее изобретение основано, по меньшей мере, частично на идентификации специфических пептидов-эпитопов продуктов генов NEIL3, обладающих способностью индуцировать CTL, специфические для NEIL3. Как подробно обсуждают ниже, мононуклеарные клетки периферической крови (PBMC), полученные от здорового донора, стимулировали с использованием связывания HLA-A*2402 или HLA-A*0201 с пептидами-кандидатами, происходящими из NEIL3. Получены линии CTL со специфической цитотоксичностью против положительных по HLA-A24 или HLA-A2 клеток-мишеней, сенсибилизированных каждым из пептидов-кандидатов. Эти результаты показывают, что эти пептиды представляют собой рестриктированные по HLA-A24 или HLA-A2 пептиды-эпитопы, которые могут индуцировать сильные и специфические иммунные ответы против клеток, экспрессирующих NEIL3. Кроме того, они показывают, что NEIL3 является сильно иммуногенным, и его эпитопы представляют собой эффективные мишени для иммунотерапии злокачественных опухолей/опухолей.
Соответственно, настоящее изобретение относится к выделенным пептидам, связывающимся с антигеном HLA, состоящим из NEIL3 (SEQ ID NO:45) или его иммунологически активных фрагментов. Ожидают, что эти пептиды обладают способностью индуцировать CTL, и их можно использовать для индукции CTL ex vivo или для введения субъекту для индукции иммунных ответов против злокачественных опухолей, таких как злокачественная опухоль мочевого пузыря, злокачественная опухоль молочной железы, злокачественная опухоль шейки матки, холангиоцеллюлярная карцинома, эндометриоз, злокачественная опухоль печени, NSCLC, остеосаркома, злокачественная опухоль поджелудочной железы, SCLC и AML. Предпочтительно, эти пептиды представляют собой нонапептид или декапептид и, более предпочтительно, состоят из аминокислотной последовательности, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO:1-43. В частности, для пептидов, состоящих из аминокислотной последовательности, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO:3, 4, 5, 6, 11, 15, 17, 21, 22, 24, 33, 35, 41 и 43, показали сильную способность индуцировать CTL.
Пептиды по настоящему изобретению включают в себя пептиды, в которых одна, две или более аминокислот заменены, делетированы или добавлены, при условии, что модифицированные пептиды сохраняют исходную способность индуцировать CTL.
Кроме того, настоящее изобретение относится к выделенным полинуклеотидам, кодирующим любые пептиды по настоящему изобретению. Эти полинуклеотиды можно использовать для индукции или получения APC со способностью индуцировать CTL или с возможностью введения субъекту для индукции иммунных ответов против злокачественных опухолей, также как настоящие пептиды.
При введении субъекту настоящие пептиды являются представленными на поверхности APC и затем индуцируют CTL, нацеленные на соответствующие пептиды. Таким образом, один из аспектов настоящего изобретения относится также к композициям или веществам, включающим любые пептиды или полинуклеотиды по настоящему изобретению, для индукции CTL. Более того, композиции или вещества, включающие любые пептиды или полинуклеотиды, можно использовать для лечения и/или профилактики злокачественных опухолей, таких как злокачественная опухоль мочевого пузыря, злокачественная опухоль молочной железы, злокачественная опухоль шейки матки, холангиоцеллюлярная карцинома, злокачественная опухоль ободочной и прямой кишки, эндометриоз, злокачественная опухоль пищевода, злокачественная опухоль печени, NSCLC, остеосаркома, злокачественная опухоль поджелудочной железы, злокачественная опухоль предстательной железы, карцинома почки, SCLC, опухоль мягких тканей, AML и CML, и/или предотвращения их послеоперационного рецидива. Таким образом, настоящее изобретение также относится к фармацевтическим композициям или веществам для лечения и/или профилактики злокачественных опухолей, и/или предотвращения их послеоперационного рецидива, включающим любые пептиды или полинуклеотиды по настоящему изобретению. Настоящие фармацевтические композиции или вещества могут включать APC или экзосомы, представляющие любой из настоящих пептидов, вместо/помимо настоящих пептидов или полинуклеотидов в качестве активных ингредиентов.
Пептиды или полинуклеотиды по настоящему изобретению могут индуцировать APC, представляющие на своей поверхности комплекс антигена HLA и настоящего пептида, например, посредством приведения APC, полученных от субъекта, в контакт с пептидом или введения полинуклеотида, кодирующего пептид по настоящему изобретению, в APC. Такие APC обладают сильной способностью индуцировать CTL против пептидов-мишеней и находят применение в иммунотерапии злокачественных опухолей. Таким образом, настоящее изобретение относится к способам индукции APC со способностью индуцировать CTL и к APC, полученным этими способами.
Настоящее изобретение также относится к способу индукции CTL, включающему в себя стадию совместного культивирования CD8-положительных клеток с APC или экзосомами, представляющими пептид по настоящему изобретению на своей поверхности, или стадию введения гена, включающего полинуклеотид, кодирующий полипептид субъединицы T-клеточного рецептора (TCR), связывающей настоящий пептид. CTL, полученные этими способами, могут находить применение для лечения и/или профилактики злокачественных опухолей, таких как злокачественная опухоль мочевого пузыря, злокачественная опухоль молочной железы, злокачественная опухоль шейки матки, холангиоцеллюлярная карцинома, злокачественная опухоль ободочной и прямой кишки, эндометриоз, злокачественная опухоль пищевода, злокачественная опухоль печени, NSCLC, остеосаркома, злокачественная опухоль поджелудочной железы, злокачественная опухоль предстательной железы, карцинома почки, SCLC, опухоль мягких тканей, AML и CML. Таким образом, настоящее изобретение относится к CTL, полученным настоящими способами.
Более того, настоящее изобретение относится к способам индукции иммунного ответа против злокачественных опухолей, где способы включают в себя стадию введения композиций или веществ, включая полипептиды NEIL3 или их иммунологически активные фрагменты, полинуклеотиды, кодирующие полипептиды NEIL3, экзосомы или APC, представляющие полипептиды NEIL3.
Настоящее изобретение также относится к способу диагностики злокачественной опухоли, включая, в качестве неограничивающих примеров, злокачественную опухоль мочевого пузыря, злокачественную опухоль молочной железы, злокачественную опухоль шейки матки, холангиоцеллюлярную карциному, злокачественную опухоль ободочной и прямой кишки, эндометриоз, злокачественную опухоль пищевода, злокачественную опухоль печени, NSCLC, остеосаркому, злокачественную опухоль поджелудочной железы, злокачественную опухоль предстательной железы, карциному почки, SCLC, опухоль мягких тканей, AML и CML.
Настоящее изобретение можно применять для любых заболеваний, связанных со сверхэкспрессией NEIL3, таких как злокачественная опухоль, где примеры злокачественных опухолей включают в себя злокачественную опухоль мочевого пузыря, злокачественную опухоль молочной железы, злокачественную опухоль шейки матки, холангиоцеллюлярную карциному, злокачественную опухоль ободочной и прямой кишки, эндометриоз, злокачественную опухоль пищевода, злокачественную опухоль печени, NSCLC, остеосаркому, злокачественную опухоль поджелудочной железы, злокачественную опухоль предстательной железы, карциному почки, SCLC, опухоль мягких тканей, AML и CML.
Краткое описание фигур
[Фиг.1] На фиг.1 изображены фотографии, изображающие результаты анализа ELISPOT IFN-гамма для CTL, индуцированных с помощью пептидов, происходящих из NEIL3. Для CTL в лунке номер №8, стимулированных с помощью NEIL3-A2-9-585 (SEQ ID NO:3) (a), №2 - с помощью NEIL3-A2-9-127 (SEQ ID NO:4) (b), №4 и 5 - с помощью NEIL3-A2-9-416 (SEQ ID NO:5) (c), №3 - с помощью NEIL3-A2-9-71 (SEQ ID NO:6) (d), №1 - с помощью NEIL3-A2-9-271 (SEQ ID NO:11) (e), №3 - с помощью NEIL3-A2-10-198 (SEQ ID NO:15) (f), №1 - с помощью NEIL3-A2-10-340 (SEQ ID NO:17) (g), №2 и 3 - с помощью NEIL3-A2-10-590 (SEQ ID NO:21) (h), №6 - с помощью NEIL3-A2-10-378 (SEQ ID NO:22) (i) и №9, 10, 12 и 13 - с помощью NEIL3-A2-9-416 (SEQ ID NO:5) (для HLA-A0206) (j), показали сильную продукцию IFN-гамма по сравнению с контролем, соответственно. Квадрат на лунке на этих фигурах показывает, что клетки из соответствующей лунки размножали для получения линий CTL. На фигурах «+» обозначает продукцию IFN-гамма против клеток-мишеней, сенсибилизированных соответствующим пептидом, и «-» обозначает продукцию IFN-гамма против клеток-мишеней, не сенсибилизированных никакими пептидами.
[Фиг.2-1] На фиг.2-1 изображены линейные графики, показывающие продукцию IFN-гамма для линий CTL, стимулированных с помощью NEIL3-A2-585 (SEQ ID NO:3) (a), NEIL3-A2-9-127 (SEQ ID NO:4) (b), NEIL3-A2-9-416 (SEQ ID NO:5) (c)(d) и NEIL3-A2-9-71 (SEQ ID NO:6) (e), детектированную посредством анализа ELISA IFN-гамма. Они показывают, что для линий CTL, полученных стимуляцией с помощью каждого пептида, показали сильную продукцию IFN-гамма по сравнению с контролем. На фигурах «+» указывает на продукцию IFN-гамма против клеток-мишеней, сенсибилизированных соответствующим пептидом, и «-» указывает на продукцию IFN-гамма против клеток-мишеней не сенсибилизированных никакими пептидами.
[Фиг.2-2] На фиг.2-2 изображены линейные графики, показывающие продукцию IFN-гамма линий CTL, стимулированных с помощью NEIL3-A2-9-271 (SEQ ID NO:11) (f), NEIL3-A2-10-198 (SEQ ID NO:15) (g), NEIL3-A2-10-590 (SEQ ID NO:21) (h)(i) и NEIL3-A2-9-416 (SEQ ID NO:5) (для HLA-A0206) (j)(k), детектированную посредством анализа ELISA IFN-гамма. Показано, что для линий CTL, полученных стимуляцией с помощью каждого пептида, показали сильную продукцию IFN-гамма по сравнению с контролем. На фигурах «+» обозначает продукцию IFN-гамма против клеток-мишеней, сенсибилизированных соответствующим пептидом, и «-» обозначает продукцию IFN-гамма против клеток-мишеней, не сенсибилизированных никакими пептидами.
[Фиг.3] На фиг.3 показана продукция IFN-гамма клонов CTL, полученных предельным разведением из линий CTL, стимулированных с помощью NEIL3-A2-9-416 (SEQ ID NO:5) (a), NEIL3-A2-9-71 (SEQ ID NO:6) (b), NEIL3-A2-10-198 (SEQ ID NO:15) (c), NEIL3-A2-10-590 (SEQ ID NO:21) (d) и NEIL3-A2-9-416 (SEQ ID NO:5) (e) (для HLA-A0206). Показано, что для клонов CTL, полученных стимуляцией с помощью NEIL3-A2-9-416 (SEQ ID NO:5) (a), NEIL3-A2-9-71 (SEQ ID NO:6) (b), NEIL3-A2-10-198 (SEQ ID NO:15) (c), NEIL3-A2-10-590 (SEQ ID NO:21) (d) и NEIL3-A2-9-416 (SEQ ID NO:5) (e) (для HLA-A0206), показали сильную продукцию IFN-гамма по сравнению с контролем. На фигуре «+» обозначает продукцию IFN-гамма против клеток-мишеней, сенсибилизированных NEIL3-A2-9-416 (SEQ ID NO:5) (a), NEIL3-A2-9-71 (SEQ ID NO:6) (b), NEIL3-A2-10-198 (SEQ ID NO:15) (c), NEIL3-A2-10-590 (SEQ ID NO:21) (d) и NEIL3-A2-9-416 (SEQ ID NO:5) (для HLA-A0206) (e), и «-» обозначает продукцию IFN-гамма против клеток-мишеней, не сенсибилизированных никакими пептидами.
[Фиг.4-1] На фиг.4 показаны линейные графики, показывающие специфическую активность CTL против клеток-мишеней с экзогенной экспрессией NEIL3 и HLA-A*0201 или HLA-A*0206. Клетки COS7, трансфицированные геном HLA-A*0201, HLA-A*0206 или полноразмерного NEIL3, получали в качестве контроля. Для клонов CTL, полученных с помощью NEIL3-A2-9-416 (SEQ ID NO:5) (a), NEIL3-A2-9-71 (SEQ ID NO:6) (b) и NEIL3-A2-10-198 (SEQ ID NO:15) (c), показана специфическая активность CTL против клеток COS7, трансфицированных как NEIL3, так и HLA-A*0201 (черные ромбы). С другой стороны, не детектировали значительной специфической активности CTL против клеток-мишеней, экспрессирующих либо HLA (треугольники), либо NEIL3 (круги).
[Фиг.4-2] На фиг.4 изображены линейные графики, показывающие специфическую активность CTL против клеток-мишеней с экзогенной экспрессией NEIL3 и HLA-A*0201 или HLA-A*0206. Клетки COS7, трансфицированные геном HLA-A*0201, HLA-A*0206 или полноразмерного NEIL3, получали в качестве контроля. Для клонов CTL, полученных с помощью NEIL3-A2-9-416 (SEQ ID NO:5) (d) (для HLA-A0206), показана специфическая активность CTL против клеток COS7, трансфицированных как NEIL3, так и HLA-A*0206 (черные ромбы). С другой стороны, не детектировали значительной специфической активности CTL против клеток-мишеней, экспрессирующих либо HLA (треугольники), либо NEIL3 (круги).
[Фиг.5] На фиг.5 показаны фотографии, показывающие экспрессию NEIL3 при раке печени. На части A показана экспрессия NEIL3 в тканях при клиническом раке печени, оцененная полуколичественной RT-PCR. На части B показана экспрессия NEIL3 в линиях клеток HCC, оцененная полуколичественной RT-PCR.
[Фиг.6] На фиг.6 изображены фотографии, изображающие результаты анализа ELISPOT IFN-гамма для CTL, индуцированных с помощью пептидов, происходящих из NEIL3. Для CTL в лунке номер №7, стимулированных с помощью NEIL3-A24-9-545 (SEQ ID NO:24) (a), №6 - с помощью NEIL3-A24-9-362 (SEQ ID NO:33) (b), №2 и №8 - с помощью NEIL3-A24-10-320 (SEQ ID NO:35) (c), №8 - с помощью NEIL3-A24-10-544 (SEQ ID NO:41) (d), №1 и №4 - с помощью NEIL3-A24-10-87 (SEQ ID NO:43) (e), показали сильную продукцию IFN-гамма по сравнению с контролем, соответственно. Квадрат на лунке на этих фигурах показывает, что клетки из соответствующей лунки размножали для получения линии CTL. В отличие от этого, в качестве типичного случая отрицательных данных, не показана специфическая продукция IFN-гамма из CTL, стимулированных с помощью NEIL3-A24-9-364 (SEQ ID NO:25) (f), против активированных пептидом клеток-мишеней. На фигурах «+» обозначает продукцию IFN-гамма против клеток-мишеней, сенсибилизированных соответствующим пептидом, и «-» обозначает продукцию IFN-гамма против клеток-мишеней, не сенсибилизированных никакими пептидами.
[Фиг.7] На фиг.7 изображены линейные графики, показывающие продукцию IFN-гамма для линий CTL, стимулированных с помощью NEIL3-A24-9-545 (SEQ ID NO:24) (a), NEIL3-A24-9-362 (SEQ ID NO:33) (b), NEIL3-A24-10-320 (SEQ ID NO:35) (c), NEIL3-A24-10-544 (SEQ ID NO:41) (d) и NEIL3-A24-10-87 (SEQ ID NO:43) (e), детектированную посредством анализа ELISA IFN-гамма. Показано, что для линий CTL, полученных стимуляцией с помощью каждого пептида, показали сильную продукцию IFN-гамма по сравнению с контролем. На фигурах «+» обозначает продукцию IFN-гамма против клеток-мишеней, сенсибилизированных соответствующим пептидом, и «-» обозначает продукцию IFN-гамма против клеток-мишеней, не сенсибилизированных никакими пептидами.
[Фиг.8] На фиг.8 изображены линейные графики, показывающие продукцию IFN-гамма для клонов CTL, полученных предельным разведением из линий CTL, стимулированных с помощью NEIL3-A24-9-545 (SEQ ID NO:24) (a), NEIL3-A24-10-320 (SEQ ID NO:35) (b) и NEIL3-A24-10-544 (SEQ ID NO:41) (c). Они показывают, что для клонов CTL, полученных стимуляцией с помощью каждого пептида, показали сильную продукцию IFN-гамма по сравнению с контролем. На фигуре «+» обозначает продукцию IFN-гамма против клеток-мишеней, сенсибилизированных соответствующим пептидом, и «-» обозначает продукцию IFN-гамма против клеток-мишеней, не сенсибилизированных никакими пептидами.
[Фиг.9] На фиг.9 изображен линейный график, показывающий специфическую активность CTL против клеток-мишеней с экзогенной экспрессией NEIL3 и HLA-A*2402. Клетки COS7, трансфицированные геном HLA-A*2402 или полноразмерного NEIL3, получали в качестве контрольных. Для клона CTL, полученного с помощью NEIL3-A24-9-545 (SEQ ID NO:24), показана специфическая активность CTL против клеток COS7, трансфицированных как NEIL3, так и HLA-A*2402 (черные ромбы). С другой стороны, не детектировали значительной специфической активности CTL против клеток-мишеней, экспрессирующих либо HLA-A*2402 (треугольники), либо NEIL3 (круги).
Описание вариантов осуществления
Хотя любые способы и материалы, подобные или эквивалентные описанным в настоящем документе, можно использовать для практического осуществления или тестирования вариантов осуществления настоящего изобретения, в настоящее время описаны предпочтительные способы, устройства и материалы. Однако, до описания настоящих материалов и способов, следует понимать, что настоящее изобретение не является ограниченным конкретными размерами, формами, измерениями, материалами, способами, протоколами и т.д., описанными в настоящем документе, поскольку их можно менять, в соответствии с общепринятыми экспериментами и/или оптимизацией. Понятно также, что терминология, применяемая в описании, предназначена только для описания конкретных версий или вариантов осуществления и не предназначена для ограничения объема настоящего изобретения, который ограничен только прилагаемой формулой изобретения.
I. Определения
Варианты слов в единственном числе, как применяют в настоящем документе, означают «по меньшей мере один», если конкретно не указано иначе.
Термины «полипептид», «пептид» и «белок» используют в настоящем документе взаимозаменяемо, и они относятся к полимеру из остатков аминокислот. Термины применяют к аминокислотным полимерам, в которых один или более остаток(остатков) аминокислот могут представлять собой модифицированный остаток(остатки), или неприродный остаток(остатки), такой как искусственный химический миметик(и) соответствующей природной аминокислоты(аминокислот), также как к природным аминокислотным полимерам.
Термин «аминокислота», как применяют в настоящем документе, относится к природным и синтетическим аминокислотам, также как к аналогам аминокислот и миметикам аминокислот с функцией, сходной с функцией природных аминокислот. Аминокислота может представлять собой L-аминокислоту или D-аминокислоту. Природными аминокислотами являются аминокислоты, кодируемые генетическим кодом, также как аминокислоты, модифицированные после трансляции в клетках (например, гидроксипролин, гамма-карбоксиглутамат и O-фосфосерин). Словосочетание «аналог аминокислоты» относится к соединениям, обладающим такой же основной химической структурой (альфа-углеродный атом, связанный с водородом, карбокси-группой, аминогруппой и R-группой), как природная аминокислота, но обладающим одной или более модифицированной R группой(группами) или модифицированными остовами (например, гомосерин, норлейцин, метионин, сульфоксид, метионин-метил-сульфоний). Словосочетание «миметик аминокислоты» относится к химическим соединениям, обладающим различными структурами, но сходными функциями с главными аминокислотами.
Аминокислоты можно обозначать в настоящем документе их общеизвестными трехбуквенными символами или буквенными символами, рекомендованными Комиссией по Биохимической номенклатуре IUPAC-IUB.
Термины «ген», «полинуклеотиды», «нуклеотиды» и «нуклеиновые кислоты» используют взаимозаменяемо в настоящем документе и, если конкретно не указано иначе, они являются сходными с аминокислотами, обозначаемыми их общепринятыми однобуквенными кодами.
Если не определено иначе, термин «злокачественная опухоль» относится к злокачественным опухолям со сверхэкспрессией гена NEIL3, неограничивающие примеры которых включают в себя злокачественную опухоль мочевого пузыря, злокачественную опухоль молочной железы, злокачественную опухоль шейки матки, холангиоцеллюлярную карциному, злокачественную опухоль ободочной и прямой кишки, эндометриоз, злокачественную опухоль пищевода, злокачественную опухоль печени, NSCLC, остеосаркому, злокачественную опухоль поджелудочной железы, злокачественную опухоль предстательной железы, карциному почки, SCLC, опухоль мягких тканей, AML и CML.
Если не определено иначе, термины «цитотоксический T-лимфоцит», «цитотоксическая T-клетка» и «CTL» используют взаимозаменяемо в настоящем документе, и если конкретно не указано иначе, они относятся к подгруппе T-лимфоцитов, способных узнавать не свои клетки (например, клетки опухолей/злокачественных опухолей, инфицированные вирусом клетки) и индуцировать гибель таких клеток.
Если не определено иначе, термин «HLA-A24» относится к типу HLA-A24, содержащему подтипы, такие как HLA-A*2402.
Если не определено иначе, термин «HLA-A2», как применяют в настоящем документе, относится к репрезентативным подтипам, таким как HLA-A*0201 и HLA-A*0206.
Если не определено иначе, термин «набор», как применяют в настоящем документе, используют для обозначения комбинации реагентов и других материалов. В настоящем документе предусмотрено, что набор может включать в себя микромассив, чип, маркер и т.д. Не предусмотрено, что термин «набор» является ограниченным конкретной комбинацией реагентов и/или материалов.
Если не определено иначе, все технические и научные термины, применяемые в настоящем документе, обладают таким же значением, какое является общепринятым для специалиста в области, к которой относится настоящее изобретение.
II. Пептиды
Чтобы показать, что пептиды, происходящие из NEIL3, функционируют как антиген, узнаваемый CTL, пептиды, происходящие из NEIL3 (SEQ ID NO:45), анализировали, чтобы определить, являются ли они антигенными эпитопами, рестриктированными по HLA-A24 или A2, которые являются часто встречающимися аллелями HLA (Date Y et al., Tissue Antigens 47:93-101, 1996; Kondo A. et al., J Immunol. 155:4307-12, 1995; Kubo R.T. et al., J Immunol. 152:3913-24, 1994).
Кандидатов на связывающие HLA-A2 пептиды, происходящие из NEIL3, идентифицировали с использованием информации об аффинности их связывания с HLA-A2. Пептиды-кандидаты представляют собой пептиды, выбранные из группы, состоящей из SEQ ID NO:1-23.
Более того, после стимуляции T-клеток in vitro дендритными клетками (DC), сенсибилизированными (нагруженными) этими пептидами, CTL успешно получали с использованием каждого из следующих пептидов;
NEIL3-A2-9-585 (SEQ ID NO:3),
NEIL3-A2-9-127 (SEQ ID NO:4),
NEIL3-A2-9-416 (SEQ ID NO:5),
NEIL3-A2-9-71 (SEQ ID NO:6),
NEIL3-A2-9-271 (SEQ ID NO:11),
NEIL3-A2-10-198 (SEQ ID NO:15),
NEIL3-A2-10-340 (SEQ ID NO:17),
NEIL3-A2-10-590 (SEQ ID NO:21) и
NEIL3-A2-10-378 (SEQ ID NO:22).
Кандидатов на связывающие HLA-A24 пептиды, происходящие из NEIL3, идентифицировали на основании аффинности их связывания с HLA-A24. Пептиды-кандидаты представляют собой пептиды, выбранные из группы, состоящей из SEQ ID NO:24-43.
Более того, после стимуляции T-клеток in vitro дендритными клетками (DC), сенсибилизированными (нагруженными) этими пептидами, CTL успешно получали с использованием каждого из следующих пептидов;
NEIL3-A24-9-545 (SEQ ID NO:24),
NEIL3-A24-9-362 (SEQ ID NO:33),
NEIL3-A24-10-320 (SEQ ID NO:35),
NEIL3-A24-10-544 (SEQ ID NO:41) и
NEIL3-A24-10-87 (SEQ ID NO:43).
Для этих полученных CTL показали сильную специфическую активность CTL против клеток-мишеней, сенсибилизированных соответствующим пептидами. Эти результаты показывают, что NEIL3 является антигеном, узнаваемым CTL, и что тестированные пептиды представляют собой пептиды-эпитопы из NEIL3, рестриктированные по HLA-A24 или HLA-A2.
Поскольку ген NEIL3 сверхэкспрессирован в клетках злокачественных опухолей, таких как злокачественная опухоль мочевого пузыря, злокачественная опухоль молочной железы, злокачественная опухоль шейки матки, холангиоцеллюлярная карцинома, злокачественная опухоль ободочной и прямой кишки, эндометриоз, злокачественная опухоль пищевода, злокачественная опухоль печени, NSCLC, остеосаркома, злокачественная опухоль поджелудочной железы, злокачественная опухоль предстательной железы, карцинома почки, SCLC, опухоль мягких тканей, AML и CML, и не экспрессирован в большинстве нормальных органов, он является хорошей мишенью для иммунотерапии злокачественных опухолей. Таким образом, настоящее изобретение относится к нонапептидам (пептидам, состоящим из девяти аминокислотных остатков) и декапептидам (пептидам, состоящим из десяти аминокислотных остатков) из узнаваемых CTL эпитопов из NEIL3. Альтернативно, настоящее изобретение относится к выделенным пептидам, которые связывают антигены HLA и индуцируют цитотоксические T лимфоциты (CTL), где пептид состоит из аминокислотной последовательности из SEQ ID NO:45 или представляет собой ее иммунологически активный фрагмент. Более конкретно, в некоторых вариантах осуществления, настоящее изобретение относится к пептидам, состоящим из аминокислотной последовательности, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO:3, 4, 5, 6, 11, 15, 17, 21, 22, 24, 33, 35, 41 и 43.
Как правило, программное обеспечение, доступное в настоящее время, например, в Интернет, такое как описанное в Parker K.C. et al., J Immunol. 1994 Jan 1, 152(1):163-75 и Nielsen M. et al., Protein Sci 2003; 12:1007-17, можно использовать для расчета аффинностей связывания между различными пептидами и антигенами HLA in silico. Аффинность связывания с антигенами HLA можно измерять, как описано, например, в Parker K.C. et al., J Immunol. 1994 Jan 1, 152(1):163-75, Kuzushima K. et al., Blood 2001, 98(6):1872-81, Larsen M.V. et al. BMC Bioinformatics. 2007 Oct 31; 8:424, Buus S. et al. Tissue Antigens., 62:378-84, 2003, Nielsen M. et al., Protein Sci 2003; 12:1007-17 и Nielsen M. et al. PLoS ONE 2007; 2: e796, которые обобщены, например, в Lafuente E.M. et al., Current Pharmaceutical Design, 2009, 15, 3209-3220. Способы определения аффинности связывания описаны, например, в Journal of Immunological Methods, 1995, 185:181-190; Protein Science, 2000, 9:1838-1846. Таким образом, можно выбирать фрагменты, происходящие из NEIL3, обладающие высокой аффинностью связывания с антигенами HLA, с использованием такого программного обеспечения. Таким образом, настоящее изобретение относится к пептидам, состоящим из любых фрагментов, происходящих из NEIL3, которые можно определить как связывающиеся с антигенами HLA посредством таких известных программ. Более того, такие пептиды могут включать в себя пептид, состоящий из полноразмерного NEIL3.
Пептиды по настоящему изобретению могут быть фланкированы дополнительными аминокислотными остатками, при условии, что пептиды сохраняют свою способность индуцировать CTL. Дополнительные аминокислотные остатки могут состоять из любых видов аминокислот, при условии, что они не нарушают способность исходного пептида индуцировать CTL. Таким образом, настоящее изобретение относится к пептидам с аффинностью связывания с антигенами HLA, включая пептиды, происходящие из NEIL3. Такие пептиды составляют, например, менее приблизительно 40 аминокислот, часто менее приблизительно 20 аминокислот, обычно менее приблизительно 15 аминокислот.
В основном, известно, что модификации одной или нескольких аминокислот в пептиде не влияют на функцию пептида, или, в некоторых случаях, усиливают желаемую функцию исходного белка. Фактически, известно, что модифицированные пептиды (т.е. пептиды, состоящие из аминокислотной последовательности, модифицированной посредством замены, делеции или добавления одного, двух или более аминокислотных остатков к исходной контрольной последовательности) сохраняют биологическую активность исходного пептида (Mark et al., Proc. Natl. Acad. Sci USA 1984, 81:5662-6; Zoller and Smith, Nucleic Acids Res 1982, 10: 6487-500; Dalbadie-McFarland et al., Proc. Natl. Acad Sci USA 1982, 79:6409-13). Таким образом, в одном из вариантов осуществления настоящего изобретения, пептид, обладающий способностью индуцировать CTL по настоящему изобретению, может состоять из пептида, состоящего из аминокислотной последовательности, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO:3, 4, 5, 6, 11, 15, 17, 21, 22, 24, 33, 35, 41 и 43, где одна, две или даже более аминокислот добавлены, делетированы и/или заменены.
Специалисту в данной области понятно, что отдельные добавления, делеции или замены в аминокислотной последовательности, изменяющие отдельную аминокислоту или небольшой процент аминокислот, приводят к сохранению исходных свойств боковых цепей аминокислот; их, таким образом, обозначают как «консервативная замена» или «консервативная модификация», где изменение белка приводит к белку со сходными функциями. Таблицы консервативных замен, предоставляющие функционально сходные аминокислоты, хорошо известны в данной области. Примеры свойств боковых цепей аминокислот представляют собой гидрофобные аминокислоты (A, I, L, M, F, P, W, Y, V), гидрофильные аминокислоты (R, D, N, C, E, Q, G, H, K, S, T) и боковые цепи, обладающие следующими общими функциональными группами или характеристиками: алифатическая боковая цепь (G, A, V, L, I, P); содержащая гидроксильную группу боковая цепь (S, T, Y); содержащая атом серы боковая цепь (C, M); содержащая карбоновую кислоту и амид боковая цепь (D, N, E, Q); содержащая основание боковая цепь (R, K, H); и содержащая ароматическую группу боковая цепь (H, F, Y, W). Кроме того, каждая из следующих восьми групп содержит аминокислоты, представляющие собой консервативные замены друг для друга:
1) Аланин (A), Глицин (G);
2) Аспарагиновая кислота (D), Глутаминовая кислота (E);
3) Аспарагин (N), Глутамин (Q);
4) Аргинин (R), Лизин (K);
5) Изолейцин (I), Лейцин (L), Метионин (M), Валин (V);
6) Фенилаланин (F), Тирозин (Y), Триптофан (W);
7) Серин (S), Треонин (T); и
8) Цистеин (C), Метионин (M) (см., например, Creighton, Proteins 1984).
Такие пептиды с консервативной модификацией также рассматривают как пептиды по настоящему изобретению. Однако пептиды по настоящему изобретению не являются ограниченными ими и могут включать в себя неконсервативные модификации, при условии, что пептид сохраняет способность индуцировать CTL. Более того, модифицированные пептиды не исключают способные индуцировать CTL пептиды из полиморфных вариантов, межвидовых гомологов и аллелей NEIL3.
Для сохранения необходимой способности индуцировать CTL можно модифицировать (добавлять или заменять) небольшое число (например, 1, 2 или более) или небольшой процент аминокислот. В настоящем документе термин «несколько» означает 5 или менее аминокислот, например, 3 или менее. Процент подлежащих модификации аминокислот может составлять 20% или менее, например, 15% или менее, например, 10% или 1-5%.
Более того, в пептидах можно заменять или добавлять такие аминокислотные остатки, чтобы достигать более высокой аффинности связывания. При применении в иммунотерапии злокачественных опухолей, настоящие пептиды представлены на поверхности клетки или экзосомы в форме комплекса с антигеном HLA. В дополнение к пептидам, экспонированным естественным образом, поскольку закономерности последовательностей пептидов, экспонируемых посредством связывания с антигенами HLA, уже известны (J Immunol. 1994, 152:3913; Immunogenetics 1995, 41:178; J Immunol. 1994, 155:4307), модификации на основании этих закономерностей можно вводить в иммуногенные пептиды по настоящему изобретению.
Например, пептиды, для которых показана высокая аффинность связывания HLA-A2, обладающие второй аминокислотой с N-конца, замененной на лейцин или метионин, и пептиды, с аминокислотой на C-конце, замененной на валин или лейцин, также можно преимущественно использовать. Таким образом, пептиды, обладающие аминокислотными последовательностями, выбранными из группы, состоящей из SEQ ID NO:3, 4, 5, 6, 11, 15, 17, 21 и 22, где вторая аминокислота с N-конца аминокислотной последовательности из SEQ ID NO заменена на лейцин или метионин, и/или пептиды, где C-конец аминокислотной последовательности из SEQ ID NO заменен на валин или лейцин, относятся к настоящему изобретению.
С другой стороны, пептиды, обладающие высокой аффинностью связывания HLA-A24, обладают второй аминокислотой с N-конца, замененной на фенилаланин, тирозин, метионин или триптофан, и аминокислотой на C-конце, замененной на фенилаланин, лейцин, изолейцин, триптофан или метионин. Таким образом, пептиды, обладающие аминокислотными последовательностями из SEQ ID NO:24, 33, 35, 41 и 43, где вторая аминокислота с N-конца заменена на фенилаланин, тирозин, метионин или триптофан, и/или где C-конец заменен на фенилаланин, лейцин, изолейцин, триптофан или метионин, относятся к настоящему изобретению.
Замены можно вводить не только в концевые аминокислоты, но также в положение потенциального узнавания пептидов T-клеточным рецептором (TCR). В нескольких исследованиях показали, что пептид с аминокислотными заменами может обладать эквивалентной или лучшей функцией, чем исходный, например, CAP1, p53 (264-272), Her-2/neu (369-377) или gp100 (209-217) (Zaremba et al. Cancer Res. 57, 4570-4577, 1997, T. K. Hoffmann et al. J Immunol. (2002) Feb 1;168(3):1338-47, S. O. Dionne et al. Cancer Immunol immunother. (2003) 52:199-206 и S. O. Dionne et al. Cancer Immunology, Immunotherapy (2004) 53, 307-314).
Более того, одну, две или более аминокислот можно также добавлять к N и/или C-концу настоящих пептидов. Такие модифицированные пептиды с высокой аффинностью связывания антигенов HLA и сохраненной способностью индуцировать CTL также включены в настоящее изобретение.
Однако, когда пептидная последовательность является идентичной части аминокислотной последовательности эндогенного или экзогенного белка, обладающего отличной функцией, могут быть индуцированы побочные эффекты, такие как аутоиммунные нарушения или аллергические симптомы против конкретных веществ. Таким образом, можно проводить поиски гомологии с использованием доступных баз данных, чтобы избежать ситуаций, в которых последовательность пептида совпадает с аминокислотной последовательностью другого белка. Когда из поисков гомологии становится ясно, что не существует даже пептида с отличиями 1 или 2 аминокислот от целевого пептида, целевой пептид можно модифицировать для увеличения аффинности его связывания с антигенами HLA и/или увеличения его способности индуцировать CTL без какой-либо опасности таких побочных эффектов.
Хотя ожидают, что пептиды, обладающие высокой аффинностью связывания с антигенами HLA, как описано выше, являются высокоэффективными, пептиды-кандидаты, выбранные в соответствии с присутствием высокой аффинности связывания в качестве показателя, дополнительно исследуют на присутствие способности индуцировать CTL. В настоящем документе словосочетание «способность индуцировать CTL» указывает на способность пептида индуцировать CTL при представлении на антигенпредставляющих клетках (APC). Кроме того, «способность индуцировать CTL» включает в себя способность пептида индуцировать активацию CTL, пролиферацию CTL, стимулировать лизис клеток-мишеней посредством CTL и увеличивать продукцию в CTL IFN-гамма.
Подтверждение способности индуцировать CTL осуществляют посредством индукции APC, несущих антигены MHC человека (например, B-лимфоциты, макрофаги и дендритные клетки (DC)), или более конкретно - DC, происходящих из мононуклеарных лейкоцитов периферической крови человека, и после стимуляции пептидами, смешивания с CD8-положительными клетками, и затем измерения продуцированного и высвобожденного посредством CTL IFN-гамма против клеток-мишеней. В качестве реакционной системы можно использовать трансгенных животных, полученных для экспрессии антигена HLA человека (например, животных, описанных в BenMohamed L, Krishnan R, Longmate J, Auge C, Low L, Primus J, Diamond D.J, Hum Immunol. 2000 Aug, 61(8):764-79, Related Articles, Books, Linkout Induction of CTL response by a minimal эпитоп вакцина in HLA A*0201/DR1 transgenic mice: dependent on MHC (HLA) class II restricted T(H) response). Например, клетки-мишени можно подвергать радиоактивному мечению с помощью 51Cr и т.п., и цитотоксическую активность можно рассчитывать по радиоактивности, высвобождаемой из клеток-мишеней. Альтернативно, ее можно исследовать посредством измерения IFN-гамма, продуцированного и высвобожденного посредством CTL в присутствии APC, несущих иммобилизованные пептиды, и визуализации зоны ингибирования в среде с использованием моноклональных антител против IFN-гамма.
В результате оценки способности пептидов индуцировать CTL, как описано выше, для нонапептидов или декапептидов, выбранных из пептидов, состоящих из аминокислотных последовательностей, указанных на SEQ ID NO:3, 4, 5, 6, 11, 15, 17, 21, 22, 24, 33, 35, 41 и 43, показали особенно высокую способность индуцировать CTL, также как высокую аффинность связывания с антигеном HLA. Таким образом, эти пептиды представляют собой примеры вариантов осуществления настоящего изобретения.
Более того, результат анализа гомологии показал, что эти пептиды не обладают значительной гомологией с пептидами, происходящими из любых других известных продуктов генов человека. Это снижает возможность неизвестных или нежелательных иммунных ответов при применении для иммунотерапии. Таким образом, также в этом аспекте, эти пептиды находят применение для пациентов со злокачественными опухолями против NEIL3. Таким образом, пептиды по настоящему изобретению, предпочтительно, представляют собой пептиды, состоящие из аминокислотной последовательности, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO:3, 4, 5, 6, 11, 15, 17, 21, 22, 24, 33, 35, 41 и 43.
В дополнение к модификации настоящих пептидов, обсуждаемой выше, пептиды по настоящему изобретению можно связывать с другими пептидами, при условии, что они сохраняют способность индуцировать CTL. Примеры других пептидов включают в себя: пептиды по настоящему изобретению или способные индуцировать CTL пептиды, происходящие из других TAA. Линкеры между пептидами хорошо известны в данной области, например, AAY (P. M. Daftarian et al., J Trans Med 2007, 5:26), AAA, NKRK (R. P. M. Sutmuller et al., J Immunol. 2000, 165:7308-7315) или K (S. Ota et al., Can Res. 62, 1471-1476, K. S. Kawamura et al., J Immunol. 2002, 168:5709-5715).
Например, не относящиеся к NEIL3 опухолеассоциированные антигенные пептиды также можно использовать по существу одновременно для увеличения иммунного ответа через HLA класса I и/или класса II. Точно установлено, что клетки злокачественных опухолей могут экспрессировать более одного опухолеассоциированного гена. В объем общепринятых для обычного специалиста в данной области экспериментов входит определение, экспрессируются ли у конкретного субъекта дополнительные опухолеассоциированные гены, и затем включение связывающих HLA класса I и/или HLA класса II пептидов, происходящих из продуктов экспрессии таких генов, в композиции или вакцины с NEIL3 по настоящему изобретению.
Примеры связывающих HLA класса I и HLA класса II пептидов известны обычному специалисту в данной области (например, см. Coulie, Stem Cells 13:393-403, 1995), и их можно использовать по изобретению способом, подобным описанным в настоящем документе. Обычный специалист в данной области может получать полипептиды, включающие один или более пептидов NEIL3 и один или более не относящихся к NEIL3 пептидов, или нуклеиновые кислоты, кодирующие такие полипептиды, согласно общепринятым способам молекулярной биологии.
Таким образом, такие «политопы» представляют собой группу из двух или более потенциально иммуногенных или стимулирующих иммунный ответ пептидов, которые можно соединять вместе в различных расположениях (например, конкатенированные, перекрывающиеся). Политоп (или нуклеиновую кислоту, кодирующую политоп) можно вводить общепринятым способом иммунизации, например, животным, для тестирования эффективности политопа для стимуляции, усилении и/или вызова иммунного ответа.
Пептиды можно соединять вместе напрямую или посредством использования фланкирующих последовательностей для образования политопов, и применение политопов в качестве вакцин хорошо известно в данной области (см., например, Thomson et al., Proc. Natl. Acad. Sci USA 92(13):5845-5849, 1995; Gilbert et al., Nature Biotechnol. 15(12):1280-1284, 1997; Thomson et al., J Immunol. 157(2):822-826, 1996; Tarn et al., J Exp. Med. 171(1):299-306, 1990). Политопы, содержащие различные количества и сочетания эпитопов, можно получать и тестировать по узнаванию посредством CTL и по эффективности для увеличения иммунного ответа.
Более того, пептиды по настоящему изобретению можно дополнительно связывать с другими веществами, при условии, что они сохраняют способность индуцировать CTL. Такие вещества могут включать в себя: пептиды, липиды, сахар и сахарные цепи, ацетильные группы, природные и синтетические полимеры и т.д. Пептиды могут содержать модификации, такие как гликозилирование, окисление боковой цепи или фосфорилирование; при условии, что модификации не нарушают биологическую активность пептидов, как описано в настоящем описании. Эти виды модификаций можно осуществлять для придания дополнительных функций (например, функция нацеливания и функция доставки) или для стабилизации полипептида.
Например, для увеличения стабильности полипептида in vivo, в данной области известно введение D-аминокислот, миметиков аминокислот или неприродных аминокислот; эту концепцию можно принимать также для настоящих полипептидов. Стабильность полипептида можно анализировать рядом способов. Например, пептидазы и различные биологические среды, такие как плазма и сыворотка человека, можно использовать для тестирования стабильности (см., например, Verhoef et al., Eur J Drug Metab. Pharmacokin 1986, 11:291-302).
Более того, как указано выше, среди модифицированных пептидов, в которых заменены, делетированы или добавлены один, два или более аминокислотных остатков, можно проводить скрининг или отбор пептидов, обладающих одинаковой или более высокой активностью по сравнению с исходными пептидами. Настоящее изобретение, таким образом, относится также к способу скрининга или отбора пептидов, обладающих одинаковой или более высокой активностью по сравнению с исходными пептидами. Например, способ может включать в себя стадии:
a: замены, делеции или добавления, по меньшей мере, одного аминокислотного остатка пептида по настоящему изобретению,
b: определения активности пептида, и
c: отбора пептида, обладающего одинаковой или более высокой активностью по сравнению с исходным пептидом.
В настоящем документе активность может включать в себя активность связывания MHC, способность индуцировать APC или CTL и цитотоксическую активность.
В настоящем документе пептиды по настоящему изобретению можно описывать также как «NEIL3 пептид(ы)» или «NEIL3 полипептид(ы)».
III. Получение пептидов NEIL3
Пептиды по настоящему изобретению можно получать с использованием хорошо известных способов. Например, пептиды можно получать синтетически, посредством способа рекомбинантной ДНК или химического синтеза. Пептиды по настоящему изобретению можно синтезировать по отдельности или в форме более длинных полипептидов, включая два или более пептидов. Пептиды можно выделять, т.е. очищать или выделять по существу свободными от других встречающихся в природе белков клетки-хозяина и их фрагментов, или любых других химических веществ.
Пептиды по настоящему изобретению могут содержать модификации, такие как гликозилирование, окисление боковых цепей или фосфорилирование; при условии, что модификации не нарушают биологическую активность пептидов, как описано в настоящем описании. Другие модификации включают в себя включение D-аминокислот или других миметиков аминокислот, которые можно использовать, например, для увеличения времени полужизни пептидов в сыворотке.
Пептид по настоящему изобретению можно получать посредством химического синтеза на основе выбранной аминокислотной последовательности. Например, общепринятые способы синтеза пептидов, которые можно принимать для синтеза, включают в себя:
(i) Peptide Synthesis, Interscience, New York, 1966;
(ii) The Proteins, Vol.2, Academic Press, New York, 1976;
(iii) Peptide Synthesis (in Japanese), Maruzen Co., 1975;
(iv) Basics and Experiment of Peptide Synthesis (in Japanese), Maruzen Co., 1985;
(v) Development of Pharmaceuticals (second volume) (in Japanese), Vol.14 (peptide synthesis), Hirokawa, 1991;
(vi) WO99/67288; и
(vii) Barany G. & Merrifield R.B., Peptides Vol.2, «Solid Phase Peptide Synthesis», Academic Press, New York, 1980, 100-118.
Альтернативно, настоящие пептиды можно получать, принимая любые известные способы генной инженерии для получения пептидов (например, Morrison J, J Bacteriology 1977, 132:349-51; Clark-Curtiss & Curtiss, Methods in Enzymology (eds. Wu et al.) 1983, 101:347-62). Например, сначала получают подходящий вектор, несущий полинуклеотид, кодирующий целевой пептид в поддающейся экспрессии форме (например, на 3’-конце от регуляторной последовательности, соответствующей промоторной последовательности), и трансформируют подходящую клетку-хозяина. Такие векторы и клетки-хозяева также относятся к настоящему изобретению. Затем клетку-хозяина культивируют для получения интересующего пептида. Пептид можно также получать in vitro, принимая систему трансляции in vitro.
IV. Полинуклеотиды
Настоящее изобретение относится к полинуклеотидам, кодирующим любой из вышеупомянутых пептидов по настоящему изобретению. Они включают в себя полинуклеотиды, полученные из встречающегося в природе гена NEIL3 (инвентарный № в GenBank NM_018248 (например, SEQ ID NO:44)), и полинуклеотиды, обладающие консервативно модифицированными нуклеотидными последовательностями из них. В настоящем документе фраза «консервативно модифицированная нуклеотидная последовательность» относится к последовательности, кодирующей идентичные или по существу идентичные аминокислотные последовательности. Из-за вырожденности генетического кода большое число функционально идентичных нуклеиновых кислот кодирует любой данный белок. Например, кодоны GCA, GCC, GCG и GCU - все кодируют аминокислоту аланин. Таким образом, в каждом положении, где аланин определен кодоном, кодон можно заменять любым из описанных соответствующих кодонов без изменения кодируемого полипептида. Такие варианты нуклеиновой кислоты представляют собой «молчащие варианты», которые являются одним из видов консервативно модифицированных вариантов. Любая последовательность нуклеиновой кислоты в настоящем документе, которая кодирует пептид, описывает также любой возможный молчащий вариант нуклеиновой кислоты. Специалисту в данной области понятно, что каждый кодон в нуклеиновой кислоте (за исключением AUG, который обычно является единственным кодоном для метионина, и TGG, который обычно является единственным кодоном для триптофана) можно модифицировать для получения функционально идентичной молекулы. Соответственно, каждый молчащий вариант нуклеиновой кислоты, кодирующей пептид, в неявной форме описан в каждой описанной последовательности.
Полинуклеотид по настоящему изобретению может состоять из ДНК, РНК или их производных. Как это хорошо известно в данной области, молекула ДНК состоит из оснований, таких как природные основания A, T, C и G, и T заменен на U в РНК. Специалисту в данной области понятно, что неприродные основания также включают в полинуклеотиды.
Полинуклеотид по настоящему изобретению может кодировать множество пептидов по настоящему изобретению в присутствии или в отсутствие вставленных аминокислотных последовательностей. Например, вставленная аминокислотная последовательность может обеспечивать участок расщепления (например, последовательность узнавания фермента) полинуклеотида или пептидов после трансляции. Более того, полинуклеотид может включать любые дополнительные последовательности в кодирующую последовательность, кодирующую пептид по настоящему изобретению. Например, полинуклеотид может представлять собой рекомбинантный полинуклеотид, включающий регуляторные последовательности, необходимые для экспрессии пептида, или может представлять собой экспрессирующий вектор (плазмиду) с маркерными генами и т.д. Как правило, такие рекомбинантные полинуклеотиды можно получать посредством манипуляции с полинуклеотидами посредством общепринятых рекомбинантных способов с использованием, например, полимераз и эндонуклеаз.
Как рекомбинантные способы, так и способы химического синтеза можно использовать для получения полинуклеотидов по настоящему изобретению. Например, полинуклеотид можно получать посредством вставки в подходящий вектор, который можно экспрессировать при трансфекции в компетентную клетку. Альтернативно, полинуклеотид можно использовать с использованием способов PCR или экспрессии в подходящих хозяевах (см., например, Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, New York, 1989). Альтернативно, полинуклеотид можно синтезировать с использованием твердофазных способов, как описано в Beaucage S.L. & Iyer R.P, Tetrahedron 1992, 48:2223-311; Matthes et al., EMBO J 1984, 3:801-5.
V. Экзосомы
Кроме того, настоящее изобретение относится к внутриклеточным носителям, называемым экзосомами, с настоящими комплексами, сформированными между пептидами по настоящему изобретению и антигенами HLA, на их поверхности. Экзосомы можно получать, например, с использованием способов, подробно описанных в публикациях японских патентных заявок Kohyo № Hei 11-510507 и WO99/03499, и их можно получать с использованием APC, полученных от пациентов, подвергаемых лечению и/или профилактике. Экзосомы по настоящему изобретению можно вводить в виде вакцин, сходным образом с пептидами по настоящему изобретению.
Тип антигенов HLA, включенных в комплексы, должен совпадать с типом антигенов HLA субъекта, нуждающегося в лечении и/или предотвращении. Например, для японцев, HLA-A24 и HLA-A2, в частности, HLA-A*2402 и HLA-A*0201 и HLA-A*0206, часто являются подходящими. Применение типа A24 или типа A2, экспрессия которых является высокой у японцев и кавказоидов, является преимущественной для получения эффективных результатов, и такие подтипы, как A*2402, A*0201 и A*0206, находят применение. Как правило, в клинике, тип антигена HLA пациента, нуждающегося в лечении, исследуют заранее, что позволяет соответствующий выбор пептидов, обладающих высоким уровнем аффинности связывания с этим антигеном, или обладающих способностью индуцировать CTL посредством представления антигена. Более того, для получения пептидов, обладающих высокой аффинностью связывания и способностью индуцировать CTL, можно осуществлять замену, делецию или добавление 1, 2 или более аминокислот на основании аминокислотной последовательности встречающегося в природе частичного пептида NEIL3.
В случае использования антигена HLA типа A2 для экзосомы по настоящему изобретению пептиды, включающие последовательность из SEQ ID NO:3, 4, 5, 6, 11, 15, 17, 21 и 22, находят применение.
Альтернативно, в случае использования антигена HLA типа A24 для экзосомы по настоящему изобретению, пептиды, обладающие последовательностью из любого из SEQ ID NO:24, 33, 35, 41 и 43 и 61, находят применение.
VI. Антигенпредставляющие клетки (APC)
Настоящее изобретение также относится к выделенным APC, представляющим комплексы, сформированные с антигенами HLA и пептидами по настоящему изобретению, на их поверхности. APC можно получать от пациентов, подвергаемых лечению и/или профилактике, и их можно вводить в качестве вакцин отдельно или в сочетании с другими лекарственными средствами, включая пептиды по настоящему изобретению, экзосомы или CTL.
APC не являются ограниченными конкретным видом клеток и включают в себя DC, клетки Лангерганса, макрофаги, B-клетки и активированные T-клетки, которые, как известно, представляют белковые антигены на их клеточной поверхности, так чтобы они были узнаваемыми лимфоцитами. Поскольку DC является репрезентативной APC, обладающей самой сильной активностью индукции CTL из APC, DC находят применение в качестве APC по настоящему изобретению.
Например, APC по настоящему изобретению можно получать индукцией DC из моноцитов периферической крови и затем приведением их в контакт (стимуляцией) пептидами по настоящему изобретению in vitro, ex vivo или in vivo. Когда пептиды по настоящему изобретению вводят субъектам, APC, представляющие пептиды по настоящему изобретению, подвергаются индукции в организме субъекта. Таким образом, APC по настоящему изобретению можно получать сбором APC от субъекта после введения субъекту пептидов по настоящему изобретению. Альтернативно, APC по настоящему изобретению можно получать приведением APC, собранных от субъекта, в контакт с пептидом по настоящему изобретению.
APC по настоящему изобретению можно вводить субъекту для индукции иммунного ответа против злокачественной опухоли у субъекта отдельно или в сочетании с другими лекарственными средствами, включая пептиды, экзосомы или CTL по настоящему изобретению. Например, введение ex vivo может включать в себя стадии:
a: сбора APC от первого субъекта,
b: приведения APC со стадии a в контакт с пептидом, и
c: введения APC со стадии b второму субъекту.
Первый субъект и второй субъект могут являться одним и тем же индивидуумом, или могут являться разными индивидуумами. APC, полученные на стадии b, могут представлять собой вакцину для лечения и/или предотвращения злокачественной опухоли, такой как злокачественная опухоль мочевого пузыря, злокачественная опухоль молочной железы, злокачественная опухоль шейки матки, холангиоцеллюлярная карцинома, злокачественная опухоль ободочной и прямой кишки, эндометриоз, злокачественная опухоль пищевода, злокачественная опухоль печени, NSCLC, остеосаркома, злокачественная опухоль поджелудочной железы, злокачественная опухоль предстательной железы, карцинома почки, SCLC, опухоль мягких тканей, AML и CML.
Согласно аспекту настоящего изобретения, APC обладают высоким уровнем способности индуцировать CTL. В термине «высокий уровень способности индуцировать CTL» уровень является высоким по сравнению с уровнем для APC, не контактировавших с пептидом или контактировавших с пептидами, которые не могут индуцировать CTL. Такие APC, обладающие высоким уровнем способности индуцировать CTL, можно получать способом, включающим в себя стадию переноса полинуклеотида, кодирующего пептид по настоящему изобретению, в APC in vitro, так же как способом, упомянутым выше. Вводимые гены могут присутствовать в форме ДНК или РНК. Примеры способов для введения включают в себя, без конкретных ограничений, различные способы, общепринятые в данной области, такие как липофекция, электропорация или способ с фосфатом кальция. Более конкретно, их можно осуществлять, как описано в Cancer Res 1996, 56:5672-7; J Immunol. 1998, 161:5607-13; J Exp. Med. 1996, 184:465-72; Опубликованном переводе Международной публикации № 2000-509281 на японский. Посредством переноса гена в APC ген подвергается транскрипции, трансляции и т.д. в клетке, и затем полученный белок процессируется посредством MHC класса I или класса II и проходит через путь представления для представления частичных пептидов.
VII. Цитотоксические T-лимфоциты (CTL)
CTL, индуцированный против любого из пептидов по настоящему изобретению, усиливает иммунный ответ, нацеленный на клетки злокачественных опухолей in vivo и, таким образом, его можно использовать в качестве вакцин сходным с пептидами образом. Таким образом, настоящее изобретение относится к выделенным CTL, специфически индуцированным или активированным посредством любого из настоящих пептидов.
Такие CTL можно получать посредством (1) введения пептида(пептидов) по настоящему изобретению субъекту или (2) приведения в контакт (стимуляции) полученных от субъекта APC, и CD8-положительных клеток, или мононуклеарных лейкоцитов периферической крови in vitro с пептидом(пептидами) по настоящему изобретению или (3) приведения в контакт CD8-положительных клеток или мононуклеарных лейкоцитов периферической крови in vitro с APC или экзосомами, представляющими комплекс из антигена HLA и пептида на их поверхности, или (4) введения гена, включающего полинуклеотид, кодирующий субъединицу T-клеточного рецептора (TCR), связывающую пептид по настоящему изобретению. Такие APC или экзосомы можно получать способами, описанными выше, и способ из (4) подробно описан ниже в разделе «VIII. T-клеточный рецептор (TCR)».
CTL по настоящему изобретению можно получать от пациентов, подвергаемых лечению и/или профилактике, и их можно вводить отдельно или в сочетании с другими лекарственными средствами, включая пептиды по настоящему изобретению или экзосомы, с целью регуляции эффектов. Полученные CTL специфически действуют против клеток-мишеней, представляющих пептиды по настоящему изобретению, например, те же самые пептиды, применяемые для индукции. Клетки-мишени могут представлять собой клетки с эндогенной экспрессией NEIL3, такие как клетки злокачественных опухолей, или клетки, трансфицированные геном NEIL3; и клетки, представляющие пептид по настоящему изобретению на клеточной поверхности, благодаря стимуляции пептидом, также могут служить мишенями для атаки активированных CTL.
VIII. T-клеточный рецептор (TCR)
Настоящее изобретение также относится к композиции, включающей в себя нуклеиновые кислоты, кодирующие полипептиды, способные формировать субъединицу T-клеточного рецептора (TCR), и к способам ее применения. Субъединицы TCR обладают способностью формировать TCR, который придает специфичность T-клеткам против клеток опухолей, представляющих NEIL3. С использованием известных в данной области способов можно идентифицировать нуклеиновые кислоты альфа- и бета-цепей в качестве субъединиц TCR из CTL, индуцированных одним или более пептидами по настоящему изобретению (WO2007/032255 и Morgan et al., J Immunol, 171, 3288 (2003)). Например, способ PCR является предпочтительным для анализа TCR. Праймеры для PCR для анализа могут представлять собой, в качестве неограничивающих примеров, 5'-R праймеры (5'-gtctaccaggcattcgcttcat-3') в качестве 5'-концевых праймеров (SEQ ID NO:48), и 3-TRa-C праймеры (5'-tcagctggaccacagccgcagcgt-3'), специфические для C-области альфа-цепи TCR (SEQ ID NO:49), 3-TRb-C1 праймеры (5'-tcagaaatcctttctcttgac-3'), специфические для C1-области бета-цепи TCR (SEQ ID NO:50) или праймеры 3-TRbeta-C2 (5'-ctagcctctggaatcctttctctt-3'), специфические для C2-области бета-цепи TCR (SEQ ID NO:51), в качестве 3'-концевых праймеров. Производные TCR могут связывать клетки-мишени, экспонирующие пептид NEIL3 с высокой авидностью, и, необязательно, опосредовать эффективное уничтожение клеток-мишеней, представляющих пептид NEIL3 in vivo и in vitro.
Нуклеиновые кислоты, кодирующие субъединицы TCR, можно включать в подходящие векторы, например, ретровирусные векторы. Эти векторы хорошо известны в данной области. Нуклеиновые кислоты или включающие их векторы можно практично переносить в T-клетку, например, T-клетку от пациента. Преимущественно, настоящее изобретение относится к готовой композиции, позволяющей быструю модификацию собственных T-клеток пациента (или T-клеток другого млекопитающего) для быстрого и простого получения модифицированных T-клеток, обладающих отличными свойствами уничтожения клеток злокачественных опухолей.
Специфический TCR представляет собой рецептор, способный специфически узнавать комплекс из пептида по настоящему изобретению и молекулы HLA, придающий T-клетке специфическую активность против клетки-мишени, когда TCR присутствует на поверхности T-клетки. Специфическое узнавание вышеуказанного комплекса можно подтверждать любыми известными способами, и предпочтительные способы включают в себя, например, анализ окрашивания мультимеров HLA с использованием молекул HLA и пептидов по настоящему изобретению и анализ ELISPOT. Посредством проведения анализа ELISPOT можно подтверждать, что T-клетка, экспрессирующая TCR на клеточной поверхности, узнает клетку посредством TCR, и затем сигнал переносится внутри клетки. Подтверждение, что вышеупомянутый комплекс может придавать T-клетке цитотоксическую активность, когда комплекс существует на поверхности T-клетки, также можно осуществлять известным способом. Предпочтительный способ включает в себя, например, определение цитотоксической активности против положительной по HLA клетки-мишени, например, анализ высвобождения хрома.
Настоящее изобретение относится также к CTL, полученным посредством трансдукции с помощью нуклеиновых кислот, кодирующих полипептиды субъединиц TCR, связывающих пептид NEIL3, например, из SEQ ID NO:3, 4, 5, 6, 11, 15, 17, 21 и 22 в контексте HLA-A2, а также пептиды из SEQ ID NO:24, 33, 35, 41 и 43 в контексте HLA-A24.
Трансдуцированные CTL являются способными к хомингу клеток злокачественных опухолей in vivo, и их можно размножать хорошо известными способами культивирования in vitro (например, Kawakami et al., J Immunol., 142, 3452-3461 (1989)). CTL по настоящему изобретению можно использовать для формирования иммуногенной композиции, применимой для лечения или предотвращения злокачественной опухоли у пациента, нуждающегося в терапии или профилактике (WO2006/031221).
IX. Фармацевтические вещества или композиции
Предотвращение и профилактика включают в себя любую активность, уменьшающую нагрузку смертности или заболеваемости в отношении заболевания. Предотвращение и профилактику можно проводить «на первичном, вторичном и третичном уровнях предотвращения». В то время как первичное предотвращение и профилактика не допускают развития заболевания, вторичные и третичные уровни предотвращения и профилактики включают в себя активности, нацеленные на предотвращение и профилактику прогрессирования заболевания и появления симптомов, также как на уменьшение отрицательного вклада уже возникшего заболевания посредством восстановления функций и уменьшения связанных с заболеванием осложнений. Альтернативно, предотвращение и профилактика включают в себя широкий ряд видов профилактической терапии, нацеленной на облегчение тяжести конкретного нарушения, например, уменьшение пролиферации и метастазирования опухолей, уменьшение ангиогенеза.
Обработка для профилактики злокачественной опухоли и/или предотвращение ее послеоперационного рецидива включают в себя(включает в себя) любую из следующих стадий, таких как хирургическое удаление клеток злокачественных опухолей, ингибирование роста злокачественных клеток, сокращение или регрессию опухоли, индукцию ремиссии и супрессию возникновения злокачественной опухоли, регрессию опухоли и уменьшение или ингибирование метастазирования. Эффективное лечение и/или профилактика злокачественной опухоли уменьшает смертность и улучшает прогноз для индивидуумов, страдающих злокачественной опухолью, уменьшает уровни маркеров опухоли в крови и облегчает поддающиеся детекции симптомы, сопровождающие злокачественную опухоль. Например, уменьшение или улучшение симптомов включает в себя эффективное лечение и/или профилактику, включая уменьшение на 10%, 20%, 30% или более, или стабильное заболевание.
Поскольку экспрессия NEIL3 специфически повышена при злокачественной опухоли, такой как злокачественная опухоль мочевого пузыря, злокачественная опухоль молочной железы, злокачественная опухоль шейки матки, холангиоцеллюлярная карцинома, злокачественная опухоль ободочной и прямой кишки, эндометриоз, злокачественная опухоль пищевода, злокачественная опухоль печени, NSCLC, остеосаркома, злокачественная опухоль поджелудочной железы, злокачественная опухоль предстательной железы, карцинома почки, SCLC, опухоль мягких тканей, AML и CML, по сравнению с нормальной тканью, пептиды или полинуклеотиды по настоящему изобретению можно использовать для лечения и/или для профилактики злокачественной опухоли, и/или предотвращения ее послеоперационного рецидива. Таким образом, настоящее изобретение относится к фармацевтическому веществу или композиции для лечения и/или для профилактики злокачественной опухоли, и/или предотвращения ее послеоперационного рецидива, включающим в себя один или более пептидов или полинуклеотидов по настоящему изобретению в качестве активного ингредиента. Альтернативно, настоящие пептиды могут быть экспрессированы на поверхности любой из вышеуказанных экзосом или клеток, таких как APC, для применения в качестве фармацевтических веществ или композиций. Кроме того, вышеупомянутые CTL, нацеленные на любые из пептидов по настоящему изобретению, можно использовать также в качестве активного ингредиента настоящих фармацевтических веществ или композиций.
Настоящие фармацевтические вещества или композиции находят применение в качестве вакцины. По настоящему изобретению термин «вакцина» (обозначаемая также как иммуногенная композиция) относится к веществу, обладающему функцией индукции противоопухолевого иммунитета при введении животным.
Фармацевтические средства или композиции по настоящему изобретению можно использовать для лечения и/или предотвращения злокачественных опухолей, и/или предотвращения их послеоперационного рецидива у субъектов или пациентов, включая человека и любого другого млекопитающего, в качестве неограничивающих примеров, мышь, крысу, морскую свинку, кролика, кошку, собаку, овцу, козу, свинью, крупный рогатый скот, лошадь, мартышку, бабуина и шимпанзе, в частности, коммерчески важное животное или домашнее животное.
В другом варианте осуществления настоящее изобретение также относится к применению активного ингредиента, выбранного из:
(a) пептида по настоящему изобретению;
(b) нуклеиновой кислоты, кодирующей такой пептид, как описано в настоящем документе, в поддающейся экспрессии форме;
(c) APC или экзосомы, представляющей пептид по настоящему изобретению на поверхности; и
(d) цитотоксической T-клетки по настоящему изобретению,
в изготовлении фармацевтической композиции или вещества для лечения или предотвращения злокачественной опухоли или опухоли.
Альтернативно, настоящее изобретение, кроме того, относится к активному ингредиенту, выбранному из:
(a) пептида по настоящему изобретению;
(b) нуклеиновой кислоты, кодирующей такой пептид, как описано в настоящем документе, в поддающейся экспрессии форме;
(c) APC или экзосомы, представляющей пептид по настоящему изобретению на поверхности; и
(d) цитотоксической T-клетки по настоящему изобретению,
для применения в лечении или предотвращении злокачественной опухоли или опухоли.
Альтернативно, настоящее изобретение, кроме того, относится к способу или процессу изготовления фармацевтической композиции или вещества для лечения или предотвращения злокачественной опухоли или опухоли, где способ или процесс включает в себя стадию составления фармацевтически или физиологически пригодного носителя с активным ингредиентом, выбранным из:
(a) пептида по настоящему изобретению;
(b) нуклеиновой кислоты, кодирующей такой пептид, как описано в настоящем документе, в поддающейся экспрессии форме;
(c) APC или экзосомы, представляющей пептид по настоящему изобретению на поверхности; и
(d) цитотоксической T-клетки по настоящему изобретению,
в качестве активных ингредиентов.
В другом варианте осуществления настоящее изобретение также относится к способу или процессу для изготовления фармацевтической композиции или вещества для лечения или предотвращения злокачественной опухоли или опухоли, где способ или процесс включает в себя стадии смешивания активного ингредиента с фармацевтически или физиологически пригодным носителем, где активный ингредиент выбран из:
(a) пептида по настоящему изобретению;
(b) нуклеиновой кислоты, кодирующей такой пептид, как описано в настоящем документе, в поддающейся экспрессии форме;
(c) APC или экзосомы, представляющей пептид по настоящему изобретению на поверхности; и
(d) цитотоксической T-клетки по настоящему изобретению.
В соответствии с настоящим изобретением, обнаружено, что пептиды, включающие аминокислотную последовательность из SEQ ID NO:3, 4, 5, 6, 11, 15, 17, 21, 22, 24, 33, 35, 41 и 43, являются рестриктированными по HLA-A24 или HLA-A2 пептидами-эпитопами или кандидатами, которые могут индуцировать сильный и специфический иммунный ответ. Таким образом, настоящие фармацевтические вещества или композиции, включающие любой из этих пептидов с аминокислотными последовательностями из SEQ ID NO:3, 4, 5, 6, 11, 15, 17, 21, 22, 24, 33, 35, 41 и 43, являются особенно подходящими для введения субъектам, антиген HLA которых представляет собой HLA-A24 или HLA-A2. То же самое относится к фармацевтическим веществам или композициям, включающим полинуклеотиды, кодирующие любые из этих пептидов (т.е. полинуклеотиды по настоящему изобретению).
Злокачественные опухоли, подлежащие лечению посредством фармацевтических веществ или композиций по настоящему изобретению, не являются ограниченными и включают в себя любую злокачественную опухоль, в которую вовлечен NEIL3 (например, является сверхэкспрессированным), например, злокачественная опухоль мочевого пузыря, злокачественная опухоль молочной железы, злокачественная опухоль шейки матки, холангиоцеллюлярная карцинома, злокачественная опухоль ободочной и прямой кишки, эндометриоз, злокачественная опухоль пищевода, злокачественная опухоль печени, NSCLC, остеосаркома, злокачественная опухоль поджелудочной железы, злокачественная опухоль предстательной железы, карцинома почки, SCLC, опухоль мягких тканей, AML и CML.
Настоящие фармацевтические вещества или композиции могут включать в себя, в дополнение к вышеупомянутым активным ингредиентам, другие пептиды, обладающие способностью индуцировать CTL против злокачественных клеток, другие полинуклеотиды, кодирующие другие пептиды, другие клетки, представляющие другие пептиды, или т.п. В настоящем документе в качестве неограничивающих примеров других пептидов, обладающих способностью индуцировать CTL против злокачественные клеток, приведены специфические для злокачественных опухолей антигены (например, идентифицированные TAA).
При необходимости фармацевтические вещества или композиции по настоящему изобретению могут, необязательно, включать в себя другие терапевтические вещества в качестве активного ингредиента, при условии, что вещество не ингибирует противоопухолевый эффект активного ингредиента, например, любого из настоящих пептидов. Например, составы могут включать в себя противовоспалительные вещества или композиции, обезболивающие средства, химиотерапевтические средства и т.п. В дополнение к другим терапевтическим средствам в самом лекарственном средстве, лекарственные средства по настоящему изобретению можно вводить также последовательно или одновременно с одним или несколькими другими фармакологическими веществами или композициями. Количество лекарственного средства и фармакологического вещества или композиции зависит, например, от того, какой тип фармакологического вещества(веществ) или композиции(композиций) использован/использованы, заболевания, подлежащего лечению, и от расписания и способов введения.
Следует понимать, что в дополнение к ингредиентам, конкретно упомянутым в настоящем документе, фармацевтические вещества или композиции по настоящему изобретению могут включать в себя другие вещества или композиции, общепринятые в данной области, учитывая тип рассматриваемого состава.
В одном варианте осуществления настоящего изобретения настоящие фармацевтические вещества или композиции можно включать в изделия и наборы, содержащие материалы, применимые для лечения патологических состояний заболевания, подлежащего лечению, например, злокачественной опухоли. Изделие может включать в себя контейнер любого из настоящих фармацевтических веществ или композиций с этикеткой. Пригодные контейнеры включают в себя бутыли, флаконы и пробирки. Контейнеры могут быть изготовлены из множества материалов, таких как стекло или пластик. На этикетке на контейнере должно быть указано, что вещество или композицию используют для лечения или предотвращения одного или нескольких состояний заболевания. На этикетке могут быть указаны также инструкции для введения и т.д.
В дополнение к вышеописанному контейнеру, набор, включающий фармацевтическое вещество или композицию по настоящему изобретению, может, необязательно, дополнительно включать второй контейнер, содержащий фармацевтически пригодный разбавитель. Он может дополнительно включать другие материалы, желательные с коммерческой и пользовательской точки зрения, включая другие буферы, разбавители, фильтры, иглы, шприцы и вкладыши в упаковку с инструкциями для применения.
Фармацевтические композиции можно, если желательно, представлять в упаковке или устройстве для распределения, которые могут содержать одну или более единичных дозированных форм, содержащих активный ингредиент. Упаковка может, например, включать металлическую или полимерную пленку, например, блистерная упаковка. Упаковку или устройство для распределения можно сопровождать инструкциями для введения.
(1) Фармацевтические вещества или композиции, содержащие пептиды в качестве активного ингредиента
Пептиды по настоящему изобретению можно вводить непосредственно в качестве фармацевтического вещества или композиции, или, при необходимости, их составляют общепринятыми способами составления. В последнем случае, в дополнение к пептидам по настоящему изобретению, носители, наполнители и т.д., которые обычно используют для лекарственных средств, можно включать соответствующим образом, без конкретных ограничений. Примеры таких носителей представляют собой стерилизованную воду, физиологический солевой раствор, фосфатный буфер, культуральную жидкость и т.п. Более того, фармацевтические вещества или композиции могут содержать, по необходимости, стабилизаторы, суспензии, консерванты, поверхностно-активные вещества и т.п. Фармацевтические вещества или композиции по настоящему изобретению можно использовать против злокачественных опухолей.
Пептиды по настоящему изобретению можно получать в комбинации, включающей два или более из пептидов по настоящему изобретению, для индукции CTL in vivo. Пептиды могут присутствовать в коктейле, или их можно конъюгировать друг с другом с использованием общепринятых способов. Например, пептиды можно соединять химически или экспрессировать в форме одной слитой полипептидной последовательности, которая может обладать одной или более аминокислотой(аминокислотами) в качестве линкера (например, лизиновый линкер: K. S. Kawamura et al. J. Immunol. 2002, 168:5709-5715). Пептиды в комбинации могут являться одинаковыми или различными. Посредством введения пептидов по настоящему изобретению пептиды являются представленными с высокой плотностью посредством антигенов HLA на APC, затем CTL, специфически узнающие комплекс, сформированный между экспонированным пептидом и антигеном HLA, подвергаются индукции. Альтернативно, APC (например, DC) удаляют у субъектов и затем стимулируют пептидами по настоящему изобретению для получения APC, представляющих любой из пептидов по настоящему изобретению на их клеточной поверхности. Эти APC повторно вводят субъектам для индукции CTL у субъектов, и, в результате, можно увеличивать агрессивность против ассоциированного с опухолью эндотелия.
Фармацевтические вещества или композиции для лечения и/или предотвращения злокачественной опухоли, включающие любой из пептидов по настоящему изобретению в качестве активного ингредиента, могут включать адъювант, так что можно эффективно вызывать клеточный иммунитет, или их можно вводить с другими активными ингредиентами, и их можно вводить посредством составления в гранулы. Адъювант относится к любому соединению, веществу или композиции, усиливающим иммунный ответ против белка при введении вместе (или последовательно) с белком, обладающим иммунологической активностью. Адъювант, который можно применять, включает в себя адъюванты, описанные в литературе (Clin. Microbiol. Rev 1994, 7:277-89). Адъюванты включают в себя в качестве неограничивающих примеров фосфат алюминия, гидроксид алюминия, квасцы, холерный токсин, токсин сальмонеллы, неполный адъювант Фрейнда (IFA), полный адъювант Фрейнда (CFA), ISCOMatrix, GM-CSF, CpG, эмульсию O/W и т.п.
Более того, можно удобно использовать липосомные составы, гранулярные составы, в которых пептид является связанным с бусинами диаметром несколько микрометров, и составы, в которых липид является связанным с пептидом.
В другом варианте осуществления настоящего изобретения пептиды по настоящему изобретению можно вводить также в форме фармацевтически приемлемой соли. Предпочтительные примеры солей включают в себя соли со щелочным металлом, соли с металлом, соли с органическим основанием, соли с органической кислотой и соли с неорганической кислотой.
В некоторых вариантах осуществления фармацевтические вещества или композиции по настоящему изобретению включают в себя компонент, примирующий CTL. Липиды идентифицированы как вещества или композиции, способные примировать CTL in vivo против вирусных антигенов. Например, остатки пальмитиновой кислоты можно присоединять к эпсилон- и альфа-аминогруппам остатка лизина и затем связывать с пептидом по настоящему изобретению. Липидированный пептид можно затем вводить либо напрямую в мицелле или частице, включенным в липосому, либо эмульгированным в адъюванте. В качестве другого примера липида, примирующего ответы CTL, липопротеины E. coli, такие как трипальмитоил-S-глицерил-цистеинил-серил-серин (P3CSS), можно использовать для примирования CTL при ковалентном связывании с соответствующим пептидом (см., например, Deres et al., Nature 1989, 342:561-4).
Способ введения может представлять собой пероральный, внутрикожный, подкожный, внутривенную инъекцию или т.п., и системное введение или местное введение поблизости от намеченных участков. Введение можно осуществлять посредством однократного введения или проводить бустер-введение посредством множественных введений. Дозу пептидов по настоящему изобретению можно регулировать подходящим образом, в соответствии с заболеванием, подлежащим лечению, возрастом пациента, массой, способом введения и т.п., и она обычно составляет 0,001 мг - 1,000 мг, например, 0,001 мг - 1,000 мг, например, 0,1 мг - 10 мг, и ее можно вводить один раз в несколько суток - несколько месяцев. Специалист в данной области может подходящим образом выбирать подходящую дозу.
(2) Фармацевтические вещества или композиции, содержащие полинуклеотиды в качестве активного ингредиента
Фармацевтические вещества или композиции по настоящему изобретению могут включать также нуклеиновые кислоты, кодирующие пептид(ы), описанные в настоящем документе, в поддающейся экспрессии форме. В настоящем документе фраза «в поддающейся экспрессии форме» означает, что полинуклеотид, при введении в клетку, экспрессируется in vivo в качестве полипептида, индуцирующего противоопухолевый иммунитет. В иллюстративном варианте осуществления последовательность нуклеиновой кислоты интересующего полинуклеотида включает в себя элементы, необходимые для экспрессии полинуклеотида. Полинуклеотид(ы) можно комплектовать так, чтобы достигать стабильной вставки в геном клетки-мишени (см., например, в Thomas K.R. & Capecchi M.R, Cell 1987, 51:503-12 описание векторов с кассетами для гомологичной рекомбинации. См. также, например, Wolff et al., Science 1990, 247:1465-8; патенты США № 5580859; 5589466; 5804566; 5739118; 5736524; 5679647; и WO 98/04720). Примеры основанных на ДНК способов доставки включают в себя «голую ДНК», облегченную (бупивакаином, полимерами, опосредованную пептидом) доставку, катионные липидные комплексы и опосредованную частицами («генная пушка») или опосредованную давлением доставку (см., например, патент США № 5922687).
Пептиды по настоящему изобретению можно экспрессировать также посредством вирусных или бактериальных векторов. Примеры экспрессирующих векторов включают в себя ослабленных вирусных хозяев, таких как осповакцина или оспа-дифтерит птиц. Этот способ включает в себя применение вакцинного вируса, например, в качестве вектора для экспрессии нуклеотидных последовательностей, кодирующих пептид. При введении хозяину рекомбинантный вакцинный вирус экспрессирует иммуногенный пептид и, таким образом, вызывает иммунный ответ. Вакцинные векторы и способы, применимые в протоколах иммунизации, описаны, например, в патенте США № 4722848. Другим вектором является BCG (бацилла Кальмета-Герена). Векторы BCG описаны в Stover et al., Nature 1991, 351:456-60. Широкое множество других векторов, применимых для терапевтического введения или иммунизации, например, адено- и аденоассоциированные вирусные векторы, ретровирусные векторы, векторы Salmonella typhi, векторы с детоксифицированным токсином сибирской язвы и т.п., является очевидным. См., например, Shata et al., Mol. Med. Today 2000, 6:66-71; Shedlock et al., J Leukoc Biol. 2000, 68:793-806; Hipp et al., In Vivo 2000, 14:571-85.
Доставка полинуклеотида пациенту может являться прямой - в этом случае пациента подвергают прямому воздействию несущего полинуклеотид вектора, или опосредованной - в этом случае клетки сначала трансформируют интересующим полинуклеотидом in vitro, затем клетки трансплантируют пациенту. Эти два способа известны, соответственно, как in vivo и ex vivo генотерапия.
Общие обзоры способов генотерапии см. в Goldspiel et al., Clinical Pharmacy 1993, 12:488-505; Wu and Wu, Biotherapy 1991, 3:87-95; Tolstoshev, Ann Rev Pharmacol. Toxicol. 1993, 33:573-96; Mulligan, Science 1993, 260:926-32; Morgan & Anderson, Ann Rev Biochem 1993, 62:191-217; Trends in Biotechnology 1993, 11(5):155-215). Способы, общеизвестные в данной области технологии рекомбинантной ДНК, которые также можно применять по настоящему изобретению, описаны в eds. Ausubel et al., Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, NY, 1993; и Krieger, Gene Transfer and Expression, A Laboratory Manual, Stockton Press, NY, 1990.
Способ введения может представлять собой пероральный, внутрикожный, подкожный, внутривенную инъекцию или т.п., и системное введение или местное введение поблизости от намеченных участков находят применение. Введение можно осуществлять посредством однократного введения или проводить бустер-введение посредством множественных введений. Дозу полинуклеотида в подходящем носителе или клеток, трансформированных полинуклеотидом, кодирующим пептиды по настоящему изобретению, можно регулировать подходящим образом, в соответствии с заболеванием, подлежащим лечению, возрастом пациента, массой, способом введения и т.п., и она обычно составляет 0,001 мг - 1000 мг, например, 0,001 мг - 1000 мг, например, 0,1 мг - 10 мг, и ее можно вводить один раз в несколько суток - несколько месяцев. Специалист в данной области может подходящим образом выбирать подходящую дозу.
X. Способы с использованием пептидов, экзосом, APC и CTL
Пептиды и полинуклеотиды по настоящему изобретению можно использовать для получения или индукции APC и CTL. Экзосомы и APC по настоящему изобретению также можно использовать для индукции CTL. Пептиды, полинуклеотиды, экзосомы и APC можно использовать в сочетании с любыми другими соединениями при условии, что соединения не ингибируют их способность индуцировать CTL. Таким образом, любое из вышеупомянутых фармацевтических веществ или композиций по настоящему изобретению можно использовать для индукции CTL, и в дополнение к этому, фармацевтические вещества или композиции, включающие пептиды и полинуклеотиды, можно использовать также для индукции APC, как объяснено ниже.
(1) Способ индукции антигенпредставляющих клеток (APC)
Настоящее изобретение относится к способам индукции APC с высокой способностью индуцировать CTL с использованием пептидов или полинуклеотидов по настоящему изобретению.
Способы по настоящему изобретению включают в себя стадию приведения APC в контакт с пептидами по настоящему изобретению in vitro, ex vivo или in vivo. Например, способ приведения APC в контакт с пептидами ex vivo может включать в себя стадии:
a: сбора APC от субъекта; и
b: приведения APC со стадии a в контакт с пептидом.
APC не являются ограниченными конкретным видом клеток и включают в себя DC, клетки Лангерганса, макрофаги, B-клетки и активированные T-клетки, которые, как известно, представляют белковые антигены на их клеточной поверхности, так чтобы их узнавали лимфоциты. Предпочтительно, можно использовать DC, поскольку они обладают наиболее сильной способностью индуцировать CTL среди APC. Любые пептиды по настоящему изобретению можно использовать отдельно или с другими пептидами по настоящему изобретению.
С другой стороны, когда пептиды по настоящему изобретению вводят субъекту, APC вступают в контакт с пептидами in vivo, затем APC с высокой способностью индуцировать CTL подвергаются индукции в организме субъекта. Таким образом, настоящее изобретение относится к введению пептидов субъекту по настоящему изобретению. Подобным образом, когда полинуклеотиды по настоящему изобретению вводят субъекту в поддающейся экспрессии форме, пептиды по настоящему изобретению экспрессируются и вступают в контакт с APC in vivo, в результате чего APC с высокой способностью индуцировать CTL подвергаются индукции в организме субъекта. Таким образом, настоящее изобретение может относиться также к введению полинуклеотидов субъекту по настоящему изобретению. «Поддающаяся экспрессии форма» описана выше в разделе «IX. Фармацевтические вещества или композиции, (2) Фармацевтические вещества или композиции, содержащие полинуклеотиды в качестве активного ингредиента».
Более того, настоящее изобретение может относиться к введению полинуклеотида по настоящему изобретению в APC для индукции APC со способностью индуцировать CTL. Например, способ может включать в себя стадии:
a: сбора APC от субъекта; и
b: введения полинуклеотида, кодирующего пептид по настоящему изобретению.
Стадию b можно осуществлять, как описано выше в разделе «VI. Антигенпредставляющие клетки».
Альтернативно, настоящее изобретение относится к способу получения антигенпредставляющей клетки (APC), которая специфически индуцирует активность CTL против NEIL3, где способ может включать в себя одну из следующих стадий:
(a) приведения APC в контакт с пептидом по настоящему изобретению in vitro, ex vivo или in vivo; и
(b) введения полинуклеотида, кодирующего пептид по настоящему изобретению, в APC.
(2) Способ индукции CTL
Более того, настоящее изобретение относится к способам индукции CTL с использованием пептидов, полинуклеотидов, экзосом или APC по настоящему изобретению.
Настоящее изобретение также относится к способам индукции CTL с использованием полинуклеотида, кодирующего полипептид, способный формировать субъединицу T-клеточного рецептора (TCR), узнающего комплекс пептидов по настоящему изобретению и антигенов HLA. Предпочтительно, способы индукции CTL могут включать в себя по меньшей мере одну стадию, выбранную из группы, состоящей из:
a) приведения CD8-положительной T-клетки в контакт с антигенпредставляющей клеткой и/или экзосомой, представляющей на ее поверхности комплекс из антигена HLA и пептида по настоящему изобретениию; и
b) введения полинуклеотида, кодирующего полипептид, способный формировать субъединицу TCR, узнающую комплекс из пептида по настоящему изобретению и антигена HLA, в CD8-положительную клетку.
Когда пептиды, полинуклеотиды, APC или экзосомы по настоящему изобретению вводят субъекту, CTL подвергаются индукции в организме субъекта, и сила иммунного ответа, нацеленного на клетки злокачественных опухолей, увеличивается. Таким образом, способы по настоящему изобретению включают в себя стадию введения пептидов, полинуклеотидов, APC или экзосом субъекту по настоящему изобретению.
Альтернативно, CTL можно также индуцировать с использованием их ex vivo, и после индукции CTL активированные CTL можно возвращать субъекту. Например, способ может включать в себя стадии:
a: сбора APC от субъекта;
b: приведения APC со стадии a в контакт с пептидом; и
c: совместного культивирования APC со стадии b с CD8-положительными клетками.
APC для совместного культивирования с CD8-положительными клетками на вышеуказанной стадии c можно также получать посредством переноса гена, включающего полинуклеотид по настоящему изобретению, в APC, как описано выше в разделе «VI. Антигенпредставляющие клетки»; но они не являются ограниченными ими, и любые APC, эффективно представляющие на их поверхности комплекс из антигена HLA и пептида по настоящему изобретению, можно использовать по настоящему способу.
Вместо таких APC можно использовать также экзосомы, представляющие на их поверхности комплекс из антигена HLA и пептида по настоящему изобретению. А именно, настоящее изобретение может включать в себя стадию совместного культивирования экзосом, представляющих на их поверхности комплекс из антигена HLA и пептида по настоящему изобретению. Такие экзосомы можно получать способами, описанными выше в разделе «V. Экзосомы».
Более того, CTL можно индуцировать посредством введения гена, включающего полинуклеотид, кодирующий субъединицу TCR, связывающую пептид по настоящему изобретению, в CD8-положительные клетки. Такую трансдукцию можно проводить, как описано выше в разделе «VIII. T-клеточный рецептор (TCR)».
Кроме того, настоящее изобретение относится к способу или процессу для изготовления фармацевтического вещества или композиции, индуцирующих CTL, где способ включает в себя стадию смешивания или составления пептида по настоящему изобретению с фармацевтически приемлемым носителем.
(3) Способ индукции иммунного ответа
Более того, настоящее изобретение относится к способам индукции иммунного ответа против заболеваний, связанных с NEIL3. Подходящие заболевания могут включать в себя злокачественную опухоль, например, в качестве неограничивающих примеров, злокачественную опухоль мочевого пузыря, злокачественную опухоль молочной железы, злокачественную опухоль шейки матки, холангиоцеллюлярную карциному, злокачественную опухоль ободочной и прямой кишки, эндометриоз, злокачественную опухоль пищевода, злокачественную опухоль печени, NSCLC, остеосаркому, злокачественную опухоль поджелудочной железы, злокачественную опухоль предстательной железы, карциному почки, SCLC, опухоль мягких тканей, AML и CML.
Способы могут включать в себя стадию введения вещества(веществ) или композиции(композиций), содержащих любой из пептидов по настоящему изобретению или кодирующих их полинуклеотидов. Способ по настоящему изобретению может включать в себя также введение экзосом или APC, представляющих любой из пептидов по настоящему изобретению. Подробности см. в разделе «IX. Фармацевтические вещества или композиции», в частности, в части, описывающей применение фармацевтических веществ или композиций по настоящему изобретению в качестве вакцин. Кроме того, экзосомы и APC, которые можно применять в настоящих способах для индукции иммунного ответа, подробно описаны в разделах «V. Экзосомы», «VI. Антигенпредставляющие клетки (APC)», и (1) и (2) из «X. Способы с использованием пептидов, экзосом, APC и CTL», выше.
Настоящее изобретение также относится к способу или процессу для изготовления фармацевтического вещества или композиции, индуцирующих иммунный ответ, где способ может включать в себя стадию смешивания или составления пептида по настоящему изобретению с фармацевтически приемлемым носителем.
Альтернативно, способ по настоящему изобретению может включать в себя стадию введения вакцины или фармацевтической композиции, содержащих:
(a) пептид по настоящему изобретению;
(b) нуклеиновую кислоту, кодирующую такой пептид, как описано в настоящем документе, в поддающейся экспрессии форме;
(c) APC или экзосому, представляющую пептид по настоящему изобретению на поверхности; или
(d) цитотоксическую T-клетку по настоящему изобретению.
По настоящему изобретению злокачественную опухоль со сверхэкспрессией NEIL3 можно обрабатывать этими активными ингредиентами. Злокачественная опухоль включает в себя в качестве неограничивающих примеров злокачественную опухоль мочевого пузыря, злокачественную опухоль молочной железы, злокачественную опухоль шейки матки, холангиоцеллюлярную карциному, злокачественную опухоль ободочной и прямой кишки, эндометриоз, злокачественную опухоль пищевода, злокачественную опухоль печени, NSCLC, остеосаркому, злокачественную опухоль поджелудочной железы, злокачественную опухоль предстательной железы, карциному почки, SCLC, опухоль мягких тканей, AML и CML. Соответственно, перед введением вакцин или фармацевтических композиций, включающих активные ингредиенты, является предпочтительным подтверждать, является ли уровень экспрессии NEIL3 в клетках или тканях, подлежащих обработке, увеличенным по сравнению с нормальными клетками из того же самого органа. Таким образом, в одном варианте осуществления, настоящее изобретение относится к способу лечения злокачественной опухоли, (сверх)экспрессирующей NEIL3, где способ может включать в себя стадии:
i) определения уровня экспрессии NEIL3 в клетках или ткани(тканях), полученных от субъекта со злокачественной опухолью, подлежащей лечению;
ii) сравнения уровня экспрессии NEIL3 с нормальным контролем; и
iii) введения по меньшей мере одного компонента, выбранного из группы, состоящей из (a)-(d), описанных выше, субъекту со злокачественной опухолью со сверхэкспрессией NEIL3 по сравнению с контролем.
Альтернативно, настоящее изобретение также относится к вакцине или фармацевтической композиции, включающей по меньшей мере один компонент, выбранный из группы, состоящей из (a)-(d), описанных выше, для применения для введения субъекту со злокачественной опухолью со сверхэкспрессией NEIL3. Иными словами, настоящее изобретение, кроме того, относится к способу идентификации субъекта, подлежащего лечению с помощью полипептида NEIL3 по настоящему изобретению, где способ может включать в себя стадию определения уровня экспрессии NEIL3 в полученных от субъекта клетках или ткани(тканях), где увеличение уровня по сравнению с нормальным контролем указывает на то, что субъект может обладать злокачественной опухолью, которую можно лечить с помощью полипептида NEIL3 по настоящему изобретению. Способ лечения злокачественной опухоли по настоящему изобретению более подробно описан ниже.
В контексте настоящего изобретения контрольный уровень, определенный из биологического образца, как известно, не относящегося к злокачественной опухоли, обозначают как «нормальный контрольный уровень». С другой стороны, если контрольный уровень определяют по биологическому образцу из злокачественной опухоли, его определяют как «контрольный уровень для злокачественной опухоли».
Субъект, подлежащий лечению по настоящему способу, предпочтительно представляет собой млекопитающее. Млекопитающие включают в себя в качестве неограничивающих примеров человека, не относящегося к человеку примата, мышь, крысу, собаку, кошку, лошадь и корову.
В соответствии с настоящим изобретением, можно определять уровень экспрессии NEIL3 в клетках или тканях, полученных от субъекта. Уровень экспрессии можно определять на уровне продукта транскрипции (нуклеиновой кислоты), с использованием способов, известных в данной области. Например, мРНК NEIL3 можно оценивать количественно с использованием зондов способами гибридизации (например, Нозерн-гибридизации). Детекцию можно осуществлять на чипе, массиве или как таковую. Применение массива может являться предпочтительным для детекции уровня экспрессии NEIL3. Специалисты в данной области могут получать такие зонды с использованием информации о последовательности NEIL3. Например, кДНК NEIL3 можно использовать в качестве зондов. При необходимости зонды можно метить подходящей меткой, такой как красители, флуоресцентные вещества и изотопы, и уровень экспрессии гена можно детектировать как интенсивность прогибридизовавшихся меток.
Более того, продукт транскрипции NEIL3 (например, SEQ ID NO:45) можно оценивать количественно с использованием праймеров посредством основанных на амплификации способов детекции (например, RT-PCR). Такие праймеры можно получать на основе доступной информации о последовательности гена.
Конкретно, зонд или праймер, применяемый по настоящему способу, гибридизуется в условиях строгости, умеренной строгости или низкой строгости, с мРНК NEIL3. Как применяют в настоящем документе, фраза «строгие условия (гибридизации)» относится к условиям, при которых зонд или праймер гибридизуются с их последовательностью-мишенью, но не с другими последовательностями. Строгие условия являются зависимыми от последовательности и являются различными в различных условиях. Специфическую гибридизацию более длинных последовательностей наблюдают при более высоких температурах, чем для более коротких последовательностей. Как правило, температуру для строгих условий выбирают приблизительно на 5°C ниже, чем термическая температура плавления (Tm) для специфической последовательности при определенной ионной силе и pH. Tm представляет собой температуру (при определенной ионной силе, pH и концентрации нуклеиновой кислоты), при которой 50% зондов, комплементарных их последовательности-мишени, гибридизуются с последовательностью-мишенью в равновесии. Поскольку последовательности-мишени, как правило, присутствуют в избытке, при Tm, 50% зондов заняты при равновесии. Как правило, строгие условия являются такими, при которых концентрация соли составляет менее приблизительно 1,0 M ион натрия, как правило, приблизительно 0,01-1,0 M ион натрия (или другие соли) при pH 7,0-8,3, и температура составляет по меньшей мере приблизительно 30°C для коротких зондов или праймеров (например, 10-50 нуклеотидов) и по меньшей мере приблизительно 60°C для более длинных зондов или праймеров. Строгих условий можно достигать также с помощью добавления дестабилизирующих веществ, таких как формамид.
Альтернативно, продукт трансляции можно детектировать для диагностики по настоящему изобретению. Например, можно определять количество белка NEIL3 (SEQ ID NO:45) или его иммунологически активного фрагмента. Способы определения количества белка как продукта трансляции включают в себя способы иммуноанализа, в которых применяют антитело, специфически узнающее белок. Антитело может являться моноклональным или поликлональным. Более того, любой фрагмент или модификацию (например, химерное антитело, scFv, Fab, F(ab')2, Fv и т.д.) антитела можно использовать для детекции, при условии, что фрагмент или модифицированное антитело сохраняет способность связывания с белком NEIL3. Такие антитела против пептидов по настоящему изобретению и их фрагменты также относятся к настоящему изобретению. Способы для получения этих видов антител для детекции белков хорошо известны в данной области, и любой способ можно применять по настоящему изобретению для получения таких антител и их эквивалентов.
В качестве другого способа детекции уровня экспрессии гена NEIL3 на основании продукта его трансляции, интенсивность окрашивания можно измерять посредством иммуногистохимического анализа с использованием антитела против белка NEIL3. А именно, при этом измерении, сильное окрашивание указывает на увеличенные присутствие/уровень белка и в то же самое время на высокий уровень экспрессии гена NEIL3.
Уровень экспрессии гена-мишени, например, гена NEIL3, в клетках злокачественных опухолей можно определять как увеличенный, если уровень увеличивается по сравнению с контрольным уровнем (например, уровнем в нормальных клетках) гена-мишени, например, на 10%, 25% или 50%; или увеличивается более чем в 1,1 раза, более чем в 1,5 раза, более чем в 2,0 раза, более чем в 5,0 раз, более чем в 10,0 раз, или более.
Контрольный уровень можно определять в одно и то же время с клетками злокачественных опухолей с использованием образца(образцов), ранее собранных и сохраненных от субъекта(субъектов), состояние(состояния) заболевания которых (наличие злокачественной опухоли или отсутствие злокачественной опухоли) известно/известны. Кроме того, нормальные клетки, полученные из не относящихся к злокачественной опухоли областей органа, обладающего злокачественной опухолью, подлежащей лечению, можно использовать в качестве нормального контроля. Альтернативно, контрольный уровень можно определять статистическим способом на основании результатов, полученных анализом ранее определенного уровня(уровней) экспрессии гена NEIL3 в образцах от субъектов, состояния заболевания которых известны. Более того, контрольный уровень можно выводить из базы данных картин экспрессии ранее тестированных клеток. Более того, в аспекте настоящего изобретения, уровень экспрессии гена NEIL3 в биологическом образце можно сравнивать с множеством контрольных уровней, определенных из множества контрольных образцов. Является предпочтительным использовать контрольный уровень, определенный из сравнительного образца, происходящего из типа ткани, сходного с типом ткани происходящего из субъекта биологического образца. Более того, является предпочтительным использовать стандартное значение уровней экспрессии гена NEIL3 в популяции с известным состоянием заболевания. Стандартное значение можно получать любым способом, известным в данной области. Например, диапазон среднее +/- 2 S.D. или среднее +/- 3 S.D. можно использовать в качестве стандартного значения.
Когда уровень экспрессии гена NEIL3 является увеличенным по сравнению с нормальным контрольным уровнем, или является сходным/эквивалентным с контрольным уровнем для злокачественной опухоли, у субъекта можно диагностировать злокачественную опухоль, подлежащую лечению.
Более конкретно, настоящее изобретение относится к способу (i) диагностики, обладает ли предполагаемый субъект злокачественной опухолью, подлежащей лечению, и/или (ii) выбора субъекта для лечения злокачественной опухоли, где способ может включать в себя стадии:
a) определения уровня экспрессии NEIL3 в клетках или ткани(тканях), полученных от субъекта, как предполагают, обладающего злокачественной опухолью, подлежащей лечению;
b) сравнения уровня экспрессии NEIL3 с нормальным контрольным уровнем;
c) диагностирования субъекта как обладающего злокачественной опухолью, подлежащей лечению, если уровень экспрессии NEIL3 является увеличенным по сравнению с нормальным контрольным уровнем; и
d) выбора субъекта для лечения злокачественной опухоли, если субъект диагностирован как обладающий злокачественной опухолью, подлежащей лечению, на стадии c).
Альтернативно, такой способ может включать в себя стадии:
a) определения уровня экспрессии NEIL3 в клетках или ткани(тканях), полученных от субъекта, как предполагают, обладающего злокачественной опухолью, подлежащей лечению;
b) сравнения уровня экспрессии NEIL3 с контрольным уровнем для злокачественной опухоли;
c) диагностирования субъекта как обладающего злокачественной опухолью, подлежащей лечению, если уровень экспрессии NEIL3 является сходным или эквивалентным с контрольным уровнем для злокачественной опухоли; и
d) выбора субъекта для лечения злокачественной опухоли, если субъект диагностирован как обладающий злокачественной опухолью, подлежащей лечению, на стадии c).
Настоящее изобретение также относится к диагностическому набору для диагностики или определения субъекта, который страдает или, как предполагают, страдает от злокачественной опухоли, которую можно лечить с помощью полипептида NEIL3 по настоящему изобретению, который может также находить применение в оценке и/или мониторинге эффективности или применимости в иммунотерапии злокачественных опухолей. Предпочтительно, злокачественная опухоль включает в себя в качестве неограничивающих примеров злокачественную опухоль мочевого пузыря, злокачественную опухоль молочной железы, злокачественную опухоль шейки матки, холангиоцеллюлярную карциному, злокачественную опухоль ободочной и прямой кишки, эндометриоз, злокачественную опухоль пищевода, злокачественную опухоль печени, NSCLC, остеосаркому, злокачественную опухоль поджелудочной железы, злокачественную опухоль предстательной железы, карциному почки, SCLC, опухоль мягких тканей, AML и CML. Более конкретно, набор, предпочтительно, может включать в себя по меньшей мере один реагент для детекции экспрессии гена NEIL3 в происходящей из субъекта клетке, где реагент может являться выбранным из группы из:
(a) реагента для детекции мРНК гена NEIL3;
(b) реагента для детекции белка NEIL3 или его иммунологического фрагмента; и
(c) реагента для детекции биологической активности белка NEIL3.
Подходящие реагенты для детекции мРНК гена NEIL3 могут включать в себя нуклеиновые кислоты, которые специфически связывают или идентифицируют мРНК NEIL3, такие как олигонуклеотиды, обладающие последовательностью, комплементарной части мРНК NEIL3. В качестве примеров этих видов олигонуклеотидов можно привести праймеры и зонды, специфические для мРНК NEIL3. Эти виды олигонуклеотидов можно получать на основании способов, хорошо известных в данной области. При необходимости реагент для детекции мРНК NEIL3 можно иммобилизовывать на твердом матриксе. Более того, в набор можно включать более одного реагента для детекции мРНК NEIL3.
С другой стороны, подходящие реагенты для детекции белка NEIL3 или его иммунологически активного фрагмента могут включать в себя антитела против белка NEIL3 или его иммунологически активного фрагмента. Антитело может являться моноклональным или поликлональным. Более того, любой фрагмент или модификацию (например, химерное антитело, scFv, Fab, F(ab')2, Fv и т.д.) антитела можно использовать в качестве реагента, при условии, что фрагмент или модифицированное антитело сохраняет способность связывания с белком NEIL3 или его иммунологически активным фрагментом. Способы получения этих видов антител для детекции белков хорошо известны в данной области, и любой способ можно применять по настоящему изобретению для получения таких антител и их эквивалентов. Более того, антитело можно метить с помощью образующих сигнал молекул посредством способа прямого связывания или непрямого мечения. Метки и способы для мечения антител и детекции связывания антител с их мишенями хорошо известны в данной области, и любые метки и способы можно применять по настоящему изобретению. Более того, в набор можно включать более одного реагента для детекции белка NEIL3.
Набор может содержать более одного из вышеупомянутых реагентов. Например, образцы тканей, полученные от субъектов без злокачественной опухоли или страдающих от злокачественной опухоли, могут служить применимыми контрольными реагентами. Набор по настоящему изобретению может дополнительно включать другие материалы, желательные с коммерческой и пользовательской точки зрения, включая буферы, разбавители, фильтры, иглы, шприцы и вкладыши в упаковку (например, записи, пленка, CD-ROM и т.д.) с инструкциями для применения. Эти реагенты и т.п. можно сохранять в контейнере с этикеткой. Подходящие контейнеры могут включать в себя бутыли, флаконы и пробирки. Контейнеры можно изготавливать из множества материалов, таких как стекло или пластик.
В одном из вариантов осуществления настоящего изобретения, когда реагент представляет собой зонд против мРНК NEIL3, реагент можно иммобилизовывать на твердом матриксе, таком как пористая полоса, для формирования по меньшей мере одного участка детекции. Область измерения или детекции пористой полосы может включать в себя множество участков, каждый из которых содержит нуклеиновую кислоту (зонд). Тестовая полоса может также содержать участки для отрицательного и/или положительного контроля. Альтернативно, контрольные участки могут быть локализованы на полосе, отдельной от тестовой полосы. Необязательно, различные участки детекции могут содержать различные количества иммобилизованных нуклеиновых кислот, т.е. более высокое количество в первом участке детекции и меньшие количества в последующих участках. При добавлении тестируемого образца число участков, для которых показан поддающийся детекции сигнал, предоставляет количественный показатель количества мРНК NEIL3, присутствующей в образце. Участкам детекции можно придавать любую поддающуюся детекции форму, и они, как правило, имеют форму полосы или точки, перекрывающей ширину тестовой полосы.
Набор по настоящему изобретению может дополнительно включать образец положительного контроля или стандартный образец NEIL3. Образец положительного контроля по настоящему изобретению можно получать сбором положительных по NEIL3 образцов и затем анализом уровней NEIL3. Альтернативно, очищенный белок или полинуклеотид NEIL3 можно добавлять к клеткам, не экспрессирующим NEIL3, для получения положительного образца или стандартного образца NEIL3. По настоящему изобретению очищенный NEIL3 может представлять собой рекомбинантный белок. Уровень NEIL3 в образце положительного контроля составляет, например, более пороговой величины.
В одном варианте осуществления настоящее изобретение, кроме того, относится к диагностическому набору, включающему белок или частичный белок из него, способный к специфическому узнаванию антитела по настоящему изобретению или его фрагмента.
Примеры частичного пептида белка по настоящему изобретению включают в себя полипептиды, состоящие по меньшей мере из 8, предпочтительно 15 и более предпочтительно 20 непрерывных аминокислот в аминокислотной последовательности белка по настоящему изобретению. Злокачественную опухоль можно диагностировать посредством детекции антитела в образце (например, крови, ткани) с использованием белка или пептида (полипептида) по настоящему изобретению. Способ получения белка по настоящему изобретению и пептидов является таким, как описано выше.
Диагностический способ для злокачественной опухоли можно осуществлять посредством определения различий между количеством антитела против NEIL3 и этим количеством в соответствующем контрольном образце, как описано выше. Подозревают, что субъект страдает от злокачественной опухоли, если клетки или ткани субъекта содержат антитела против продуктов экспрессии (NEIL3) гена, и определено, что количество антитела против NEIL3 больше, чем пороговая величина на уровне, сравнимом с уровнем в нормальном контроле.
В другом варианте осуществления диагностический набор по настоящему изобретению может включать пептид по настоящему изобретению и связывающуюся с ним молекулу HLA. Способ детекции специфических для антигена CTL с использованием антигенных пептидов и молекул HLA уже разработан (например, Altman J.D. et al., Science. 1996, 274(5284): 94-6). Таким образом, комплекс пептида по настоящему изобретению и молекулы HLA можно применять в способе детекции для детекции специфических для антигена CTL, таким образом, позволяя более раннюю детекцию злокачественной опухоли, рецидива и/или метастазирования злокачественной опухоли. Кроме того, его можно применять для отбора субъектов, для которых можно применять лекарственные средства, включающие пептид по настоящему изобретению в качестве активного ингредиента, или для оценки эффекта лекарственных средств.
В частности, согласно известному способу (см., например, Altman J.D. et al., Science. 1996, 274(5284):94-6), можно получать олигомерный комплекс, такой как тетрамер, радиоактивно меченной молекулы HLA и пептида по настоящему изобретению. С использованием комплекса диагностику можно проводить, например, посредством количественного определения специфических для антигенного пептида CTL в лимфоцитах периферической крови, полученных от субъекта, как подозревают, страдающего от злокачественной опухоли.
Настоящее изобретение, кроме того, относится к способу или диагностическим средствам для оценки иммунологического ответа субъекта с использованием пептидных эпитопов, как описано в настоящем описании. В одном варианте осуществления по изобретению рестриктированные по HLA пептиды, как описано в настоящем описании, можно использовать в качестве реагентов для оценки или предсказания иммунного ответа субъекта. Иммунный ответ, подлежащий оценке, можно индуцировать посредством приведения иммуногена в контакт с иммунокомпетентными клетками in vitro или in vivo. В некоторых вариантах осуществления любые вещества или композиции, которые могут приводить к продукции специфических для антигена CTL, узнающих и связывающих пептидный эпитоп (эпитопы), можно применять в качестве реагента. Пептидные реагенты необязательно использовать в качестве иммуногена. Системы анализа, которые используют для такого анализа, включают в себя относительно недавние технические разработки, такие как тетрамеры, окрашивание по внутриклеточным лимфокинам и анализы высвобождения интерферона, или анализы ELISPOT. В предпочтительном варианте осуществления иммунокомпетентные клетки, подлежащие приведению в контакт с пептидным реагентом, могут представлять собой антигенпредставляющие клетки, включая дендритные клетки.
Например, пептиды по настоящему изобретению можно использовать в анализе окрашивания тетрамеров для оценки присутствия в мононуклеарных клетках периферической крови специфических для антигена CTL после воздействия антигена или иммуногена клеток опухоли. Тетрамерный комплекс HLA можно использовать для непосредственной визуализации специфических для антигена CTL (см., например, Ogg et al., Science 279:2103-2106, 1998; и Altman et al, Science 174:94-96, 1996) и определения популяции специфических для антигена CTL в образце мононуклеарных клеток периферической крови. Тетрамерный реагент с использованием пептида по изобретению можно получать, как описано ниже.
Пептид, связывающий молекулу HLA, подвергают повторному сворачиванию в присутствии тяжелой цепи соответствующего HLA и бета-2-микроглобулина для получения тримолекулярного комплекса. В комплексе C-конец тяжелой цепи является биотинилированным в участке, предварительно вставленном в белок с помощью генной инженерии. Затем стрептавидин добавляют к комплексу для формирования тетрамера, состоящего из тримолекулярного комплекса и стрептавидина. Посредством флуоресцентно меченного стрептавидина, тетрамер можно использовать для окрашивания специфических для антигена клеток. Затем клетки можно идентифицировать, например, посредством проточной цитометрии. Такой анализ можно использовать для диагностических или прогностических целей. Клетки, идентифицированные этим способом, также можно использовать для терапевтических целей.
Настоящее изобретение также относится к реагентам для оценки вызова иммунного ответа (см., например, Bertoni et al, J. Clin. Invest. 100:503-513, 1997 и Penna et al., J Exp. Med. 174:1565-1570, 1991), включающим пептиды по настоящему изобретению. Например, в образцах PBMC пациента от индивидуумов со злокачественной опухолью, подлежащей лечению, можно анализировать присутствие специфических для антигена CTL с использованием специфических пептидов. Образец крови, содержащий мононуклеарные клетки, можно оценивать посредством культивирования PBMC и стимуляции клеток с помощью пептида по изобретению. После соответствующего периода культивирования размноженную популяцию клеток можно анализировать, например, по активности CTL.
Пептиды можно также использовать в качестве реагентов для оценки эффективности вакцины. PBMC, полученные от пациента, вакцинированного с помощью иммуногена, можно анализировать с использованием, например, любого из способов, описанных выше. Пациента типируют по HLA, и реагенты с пептидным эпитопом, узнающим аллелеспецифические молекулы, присутствующие у пациента, выбирают для анализа. Иммуногенность вакцины можно показывать по присутствию специфических для эпитопа CTL в образце PBMC. Пептиды по изобретению можно также использовать для получения антител с использованием способов, хорошо известных в данной области (см., например, CURRENTPROTOCOLSINIMMUNOLOGY, Wiley/Greene, NY; и Antibodies A Laboratory Manual, Harlow and Lane, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989), и они могут находить применение в качестве реагентов для диагностики, детекции или мониторирования злокачественной опухоли. Такие антитела могут включать в себя антитела, узнающие пептид в контексте молекулы HLA, т.е. антитела, связывающие комплекс пептид-MHC.
Альтернативно, изобретение относится также к ряду применений, некоторые из которых описаны в настоящем документе. Например, настоящее изобретение относится к способу диагностики или детекции нарушения, характеризующегося экспрессией иммуногенного полипептида NEIL3. Эти способы включают в себя определение экспрессии связывающего HLA пептида NEIL3 или комплекса связывающего HLA пептида NEIL3 и молекулы HLA класса I в биологическом образце. Экспрессию пептида или комплекса пептида и молекулы HLA класса I можно определять или детектировать посредством анализа с помощью партнера по связыванию пептида или комплекса. В предпочтительном варианте осуществления партнер по связыванию для пептида или комплекса может представлять собой антитело, узнающее и специфически связывающее пептид. Экспрессию NEIL3 в биологическом образце, таком как биоптат опухоли, также можно тестировать общепринятыми способами амплификации PCR с использованием праймеров NEIL3. Пример экспрессии в опухоли представлен в настоящем документе, и дополнительное описание иллюстративных условий и праймеров для амплификации NEIL3 можно найти в WO2003/27322.
Предпочтительно, диагностические способы включают в себя приведение биологического образца, выделенного от субъекта, в контакт со связывающим HLA пептидом NEIL3 для детекции присутствия связывающего HLA пептида NEIL3 в биологическом образце. Как применяют в настоящем документе, «приведение в контакт» означает помещение биологического образца достаточно близко к средству и в соответствующих условиях, например, концентрации, температуры, времени, ионной силы, чтобы позволять специфическое взаимодействие между средством и связывающим HLA пептидом NEIL3, присутствующим в биологическом образце. Как правило, условия для приведения средства в контакт с биологическим образцом представляют собой условия, известные специалисту в данной области для облегчения специфического взаимодействия между молекулой и узнаваемой ею молекулой (например, белок и узнаваемый им рецептор, антитело и узнаваемый им белковый антиген, нуклеиновая кислота и узнаваемая ею комплементарная последовательность) в биологическом образце. Иллюстративные условия для облегчения специфического взаимодействия между молекулой и узнаваемой ею молекулой описаны в патенте США № 5108921, выданном Low et al.
Диагностический способ по настоящему изобретению можно осуществлять in vivo или in vitro, или и in vivo, и in vitro. Соответственно, биологический образец может быть локализован in vivo или in vitro по настоящему изобретению. Например, биологический образец может представлять собой ткань in vivo, и средство, специфическое для иммуногенного полипептида NEIL3, можно использовать для детекции присутствия таких молекул в ткани. Альтернативно, биологический образец можно собирать или выделять in vitro (например, образец крови, биоптат опухоли, экстракт ткани). В особенно предпочтительном варианте осуществления биологический образец может являться содержащим клетки образцом, более предпочтительно, содержащим клетки опухоли образцом, собранным от субъекта, подлежащего диагностике или лечению.
Альтернативно, диагностику можно проводить способом, позволяющим прямое количественное определение специфических для антигена T-клеток посредством окрашивания с помощью меченных флуоресцеином мультимерных комплексов HLA (например, Altman, J. D. et al., 1996, Science 274:94; Altman, J. D. et al., 1993, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90:10330). Предоставлены также окрашивание внутриклеточных лимфокинов и анализы высвобождения интерферона-гамма или анализы ELISPOT. Окрашивание мультимеров, окрашивание внутриклеточных лимфокинов и анализы ELISPOT - все, по-видимому, являются по меньшей мере в 10 раз более чувствительными, чем более общепринятые анализы (Murali-Krishna, K. et al., 1998, Immunity 8:177; Lalvani, A. et al., 1997, J. Exp. Med. 186:859; Dunbar, P. R. et al., 1998, Curr. Biol. 8:413). Можно использовать также пентамеры (например, US 2004-209295A), декстрамеры (например, WO 02/072631) и стрептамеры (например, Nature medicine 6. 631-637 (2002)).
XI. Антитела
Кроме того, настоящее изобретение относится к антителам, связывающим пептид по настоящему изобретению. Предпочтительные антитела связываются с пептидом по настоящему изобретению и не связываются (или слабо связываются) с пептидом, не относящимся к настоящему изобретению. Альтернативно, антитела связываются с пептидом по изобретению, также как с его гомологами. Антитела против пептида по изобретению могут находить применение в диагностических и прогностических анализах злокачественных опухолей и способах визуализации. Подобным образом, такие антитела могут находить применение в лечении, диагностике и/или прогнозировании других злокачественных опухолей в тех случаях, когда NEIL3 также экспрессирован или сверхэкспрессирован у пациента со злокачественной опухолью. Более того, экспрессированные внутри клеток антитела (например, одноцепочечные антитела) могут находить терапевтическое применение для лечения злокачественных опухолей, в которые вовлечена экспрессия NEIL3, например, таких как злокачественная опухоль мочевого пузыря, злокачественная опухоль молочной железы, злокачественная опухоль шейки матки, холангиоцеллюлярная карцинома, злокачественная опухоль ободочной и прямой кишки, эндометриоз, злокачественная опухоль пищевода, злокачественная опухоль печени, NSCLC, остеосаркома, злокачественная опухоль поджелудочной железы, злокачественная опухоль предстательной железы, карцинома почки, SCLC, опухоль мягких тканей, AML и CML.
Настоящее изобретение также относится к различным иммунологическим анализам для детекции и/или количественного определения белка NEIL3 (SEQ ID NO:45) или его фрагментов, включая полипептид, состоящий из аминокислотных последовательностей, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO:3, 4, 5, 6, 11, 15, 17, 21, 22, 24, 33, 35, 41 и 43. Такие анализы могут включать в себя одно или более антител против NEIL3, способных узнавать и связывать белок NEIL3 или его фрагменты соответствующим образом. По настоящему изобретению антитела против NEIL3, связывающие полипептид NEIL3, предпочтительно узнают полипептид, состоящий из аминокислотных последовательностей, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO:3, 4, 5, 6, 11, 15, 17, 21, 22, 24, 33, 35, 41 и 43. Специфичность связывания антитела можно подтверждать с помощью теста ингибирования. То есть, когда связывание между антителом, подлежащим анализу, и полноразмерным полипептидом NEIL3 является ингибированным в присутствии любого фрагмента полипептидов, состоящих из аминокислотной последовательности из SEQ ID NO:3, 4, 5, 6, 11, 15, 17, 21, 22, 24, 33, 35, 41 и 43, показано, что антитело специфически связывается с фрагментом. По настоящему изобретению такие иммунологические анализы проводят в пределах различных форматов иммунологического анализа, хорошо известных в данной области, включая в качестве неограничивающих примеров, различные типы радиоиммунного анализа, способ иммунохроматографии, твердофазные иммуноферментные анализы (ELISA), твердофазные иммунофлуоресцентные ферментные анализы (ELIFA) и т.п.
Родственные иммунологические, но не связанные с антителами анализы по изобретению могут включать в себя также анализы иммуногенности T-клеток (ингибирующие или стимулирующие), также как анализы связывания MHC. Кроме того, изобретение относится также к иммунологическим способам получения изображений, способным детектировать злокачественные опухоли, экспрессирующие NEIL3, включая, в качестве неограничивающих примеров, радиосцинтиграфические способы получения изображений с использованием меченых антител по настоящему изобретению. Такие анализы могут находить клиническое применение для детекции, мониторирования и прогнозирования экспрессирующих NEIL3 злокачественных опухолей, таких как злокачественная опухоль мочевого пузыря, злокачественная опухоль молочной железы, злокачественная опухоль шейки матки, холангиоцеллюлярная карцинома, злокачественная опухоль ободочной и прямой кишки, эндометриоз, злокачественная опухоль пищевода, злокачественная опухоль печени, NSCLC, остеосаркома, злокачественная опухоль поджелудочной железы, злокачественная опухоль предстательной железы, карцинома почки, SCLC, опухоль мягких тканей, AML и CML.
Настоящее изобретение также относится к антителу, связывающему пептид по изобретению. Антитело по изобретению можно использовать в любой форме, такой как моноклональные или поликлональные антитела, и они включают в себя антисыворотку, полученную посредством иммунизации животного, такого как кролик, с помощью пептида по изобретению, все классы поликлональных и моноклональных антител, человеческие антитела и гуманизированные антитела, полученные посредством генетической рекомбинации.
Пептид по изобретению, применяемый в качестве антигена для получения антитела, может происходить из любого вида животных, но предпочтительно происходит из такого животного, как человек, мышь или крыса, более предпочтительно - из человека. Происходящий из человека пептид может быть получен из нуклеотидных или аминокислотных последовательностей, описанных в настоящем документе.
В соответствии с настоящим изобретением, пептид, подлежащий использованию в качестве антигена для иммунизации, может представлять собой полный белок или частичный пептид белка. Частичный пептид может включать в себя, например, амино (N)-концевой или карбокси (C)-концевой фрагмент пептида по настоящему изобретению.
В настоящем документе антитело определяют как белок, узнающий либо полноразмерный пептид NEIL3, либо фрагмент пептида NEIL3. В предпочтительном варианте осуществления антитело по настоящему изобретению может узнавать фрагменты пептидов NEIL3, состоящие из аминокислотной последовательности, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO:3, 4, 5, 6, 11, 15, 17, 21, 22, 24, 33, 35, 41 и 43. Способы синтеза олигопептидов хорошо известны в данной области. После синтеза пептиды, необязательно, можно очищать перед использованием в качестве иммуногена. По настоящему изобретению олигопептид (например, 9- или 10-членник) можно конъюгировать или связывать с носителями для усиления иммуногенности. Гемоцианин морского блюдечка (KLH) является хорошо известным в качестве носителя. Способы конъюгации KLH и пептида также хорошо известны в данной области.
Альтернативно, ген, кодирующий пептид по изобретению или его фрагмент, можно вставлять в известный экспрессирующий вектор, который затем используют для трансформации клетки-хозяина, как описано в настоящем описании. Желаемый пептид или его фрагмент можно выделять из внешнего или внутреннего пространства клеток-хозяев любым общепринятым способом, и затем можно использовать в качестве антигена. Альтернативно, целые клетки, экспрессирующие пептид, или их лизаты, или химически синтезированный пептид можно использовать в качестве антигена.
Любого млекопитающего животного можно иммунизировать с помощью антигена, но предпочтительно совместимость с родительскими клетками, используемыми для слияния клеток, принимают во внимание. Как правило, можно использовать животных из Rodentia, Lagomorpha или Primates. Животные из Rodentia включают в себя, например, мышь, крысу и хомяка. Животные из Lagomorpha включают в себя, например, кролика. Животные из Primates включают в себя, например, обезьян из Catarrhini (обезьян старого света), таких как Macaca fascicularis, макак-резус, гамадрила и шимпанзе.
Способы иммунизации животных с помощью антигенов известны в данной области. Внутрибрюшинная инъекция или подкожная инъекция антигенов является общепринятым способом иммунизации млекопитающих. Более конкретно, антигены можно разводить и суспендировать в соответствующем количестве фосфатно-солевого буфера (PBS), физиологического солевого раствора и т.д. Если желательно, суспензию антигена можно смешивать с соответствующим количеством общепринятого адъюванта, такого как полный адъювант Фрейнда, переводить в эмульсию и затем вводить млекопитающим животным. Предпочтительно, за этим следует несколько введений антигена, смешанного с соответствующим количеством неполного адъюванта Фрейнда, каждые 4-21 сутки. Подходящий носитель также можно использовать для иммунизации. После иммунизации, как выше, в сыворотке можно оценивать общепринятым способом увеличение количества желаемых антител.
Поликлональные антитела против пептидов по настоящему изобретению можно получать посредством сбора крови от иммунизированного млекопитающего, оценки увеличения уровня желаемых антител в сыворотке и отделения сыворотки от крови любым общепринятым способом. Поликлональные антитела, включая сыворотку, содержащую поликлональные антитела, также как фракцию, содержащую поликлональные антитела, можно выделять из сыворотки. Иммуноглобулин G или M можно получать из фракции, узнающей только пептид по настоящему изобретению, с использованием, например, аффинной колонки с присоединенным пептидом по настоящему изобретению, и дополнительно очищая эту фракцию с использованием колонки с белком A или белком G.
Для получения моноклональных антител иммунные клетки собирают от млекопитающего, иммунизированного антигеном, и проверяют увеличенный уровень желательных антител в сыворотке, как описано выше, и подвергают слиянию клеток. Иммунные клетки, применяемые для слияния клеток, можно предпочтительно получать из селезенки. Другие предпочтительные родительские клетки для слияния с вышеуказанным иммуноцитом включают в себя, например, клетки миеломы млекопитающих и, более предпочтительно, клетки миеломы, обладающие приобретенным свойством для отбора слитых клеток посредством лекарственных средств.
Вышеупомянутые иммуноцит и клетки миеломы можно подвергать слиянию известными способами, например, способ Milstein et al. (Galfre and Milstein, Methods Enzymol. 73:3-46 (1981)).
Полученные в результате гибридомы, полученные слиянием клеток, можно отбирать посредством их культивирования в общепринятой селективной среде, такой как среда HAT (среда, содержащая гипоксантин, аминоптерин и тимидин). Культивирование клеток, как правило, продолжают в среде HAT в течение нескольких суток - нескольких недель, времени, достаточного, чтобы позволить гибель всех других клеток, за исключением желательной гибридомы (не слитых клеток). Затем можно проводить общепринятое предельное разведение для скрининга и клонирования клетки гибридомы, продуцирующей желаемое антитело.
В дополнение к вышеуказанному способу, в котором не относящегося к человеку животного иммунизируют антигеном для получения гибридомы, лимфоциты человека, такие как инфицированные вирусом EB, можно иммунизировать пептидом, экспрессирующими пептид клетками или их лизатами in vitro. Затем иммунизированные лимфоциты сливают с происходящими из человека клетками миеломы, способными к неограниченному делению, такими как U266, для получения гибридомы, продуцирующей желаемое человеческое антитело, способное связываться с пептидом (не рассмотренная опубликованная патентная заявка Японии № Sho 63-17688).
Затем полученные гибридомы трансплантируют в брюшную полость мыши и выделяют асциты. Полученные моноклональные антитела можно очищать, например, посредством осаждения сульфатом аммония, колонки с белком A или белком G, ионообменной хроматографии на DEAE или аффинной колонки, с которой связан пептид по настоящему изобретению. Антитело по настоящему изобретению можно использовать не только для очистки и детекции пептида по настоящему изобретению, но также в качестве кандидата на агонисты и антагонисты пептида по настоящему изобретению.
Альтернативно, иммунную клетку, такую как иммунизированный лимфоцит, продуцирующую антитела, можно подвергать иммортализации посредством онкогена и использовать для получения моноклональных антител.
Моноклональные антитела, полученные таким образом, можно также получать рекомбинантным способом с использованием способов генной инженерии (см., например, Borrebaeck and Larrick, Therapeutic Monoclonal Antibodies, published in the United Kingdom by MacMillan Publishers LTD (1990)). Например, ДНК, кодирующую антитело, можно клонировать из иммунной клетки, такой как гибридома или иммунизированный лимфоцит, продуцирующей антитело, вставлять в подходящий вектор и вводить в клетки-хозяева для получения рекомбинантного антитела. Настоящее изобретение также относится к рекомбинантным антителам, полученным, как описано выше.
Более того, антитело по настоящему изобретению может представлять собой фрагмент антитела или модифицированное антитело, при условии, что оно связывается с одним или более из пептидов по изобретению. Например, фрагмент антитела может представлять собой Fab, F(ab')2, Fv или одноцепочечное Fv (scFv), в котором Fv фрагменты из H и L цепей лигированы посредством подходящего линкера (Huston et al., Proc. Natl. Acad. Sci USA 85:5879-83 (1988)). Более конкретно, фрагмент антитела можно получать обработкой антитела ферментом, таким как папаин или пепсин. Альтернативно, ген, кодирующий фрагмент антитела, можно конструировать, вставлять в экспрессирующий вектор и экспрессировать в подходящей клетке-хозяине (см., например, Co et al., J Immunol. 152:2968-76 (1994); Better and Horwitz, Methods Enzymol 178:476-96 (1989); Pluckthun and Skerra, Methods Enzymol 178:497-515 (1989); Lamoyi, Methods Enzymol 121:652-63 (1986); Rousseaux et al., Methods Enzymol 121:663-9 (1986); Bird and Walker, Trends Biotechnol 9:132-7 (1991)).
Антитело можно модифицировать посредством конъюгации с множеством молекул, таких как полиэтиленгликоль (PEG). Настоящее изобретение относится к таким модифицированным антителам. Модифицированное антитело можно получать химической модификацией антитела. Эти способы модификации являются общепринятыми в данной области.
Альтернативно, антитело по настоящему изобретению можно получать в форме химерного антитела, между вариабельной областью, происходящей из не относящегося к человеку антитела, и константной областью, происходящей из антитела человека, или в форме гуманизированного антитела, включающего определяющую комплементарность область (CDR), происходящую из не относящегося к человеку антитела, каркасную область (FR) и константную область, происходящую из антитела человека. Такие антитела можно получать известным способом. Гуманизацию можно проводить посредством замены последовательностями нескольких CDR или одной CDR грызунов соответствующих последовательностей из антитела человека (см., например, Verhoeyen et al., Science 239:1534-1536 (1988)). Соответственно, такие гуманизированные антитела представляют собой химерные антитела, где по существу менее чем интактный вариабельный домен человека заменен на соответствующую последовательность из не относящихся к человеку видов.
Можно использовать также полностью человеческие антитела, включающие человеческие вариабельные области в дополнение к человеческим каркасным и константным областям. Такие антитела можно получать с использованием различных способов, известных в данной области. Например, способы in vitro включают в себя использование рекомбинантных библиотек фрагментов антител человека, экспонированных на бактериофаге (например, Hoogenboom & Winter, J. Mol. Biol. 227:381 (1991). Подобным образом, человеческие антитела можно получать введением локусов иммуноглобулинов человека трансгенным животным, например, мышам, у которых эндогенные гены иммуноглобулинов частично или полностью инактивированы. Этот способ описан, например, в патентах США №№ 6150584, 5545807; 5545806; 5569825; 5625126; 5633425; 5661016.
Антитела, полученные, как изложено выше, можно очищать до гомогенности. Например, выделение и очистку антитела можно осуществлять способами выделения и очистки, применяемыми для обычных белков. Например, антитело можно отделять и выделять посредством соответствующим образом выбранного и комбинированного использования видов хроматографии на колонках, таких как аффинная хроматография, фильтрация, ультрафильтрация, высаливание, диализ, SDS-полиакриламидный гель-электрофорез и изоэлектрическая фокусировка (Antibodies: A Laboratory Manual. Ed Harlow and David Lane, Cold Spring Harbor Laboratory (1988)), но не ограниченных ими. Колонку с белком A и колонку с белком G можно использовать в качестве аффинной колонки. Иллюстративные колонки с белком A, подлежащие использованию, включают в себя, например, Hyper D, POROS и Sepharose F.F. (Pharmacia).
Иллюстративная хроматография, за исключением аффинной, включает в себя, например, ионообменную хроматографию, гидрофобную хроматографию, гель-фильтрацию, обращеннофазовую хроматографию, адсорбционную хроматографию и т.п. (Strategies for Protein Purification and Characterization: A Laboratory Course Manual. Ed Daniel R. Marshak et al., Cold Spring Harbor Laboratory Press (1996)). Способы хроматографии можно осуществлять посредством жидкофазной хроматографии, такой как HPLC и FPLC.
Например, измерение абсорбции, твердофазный иммуноферментный анализ (ELISA), ферментный иммуноанализ (EIA), радиоиммунный анализ (RIA) и/или иммунофлуоресценцию можно использовать для измерения активности связывания антигена для антитела по изобретению. В ELISA антитело по настоящему изобретению иммобилизуют на планшете, пептид по изобретению наносят на планшет, и затем наносят образец, содержащий желаемое антитело, такой как культуральный супернатант продуцирующих антитело клеток, или очищенные антитела. Затем наносят вторичное антитело, которое узнает первичное антитело и является меченым ферментом, таким как щелочная фосфатаза, и планшет инкубируют. Затем, после промывки, субстрат для фермента, такой как п-нитрофенилфосфат, добавляют в планшет и измеряют оптическую плотность для оценки активности связывания антигена из образца. Фрагмент пептида, такой как C-концевой или N-концевой фрагмент, можно использовать в качестве антигена для оценки активности связывания антитела. BIAcore (Pharmacia) можно использовать для оценки активности антитела в соответствии с настоящим изобретением.
Вышеуказанные способы позволяют детекцию или измерение пептида по изобретению посредством подвергания антитела по изобретению воздействию образца, предположительно, содержащего пептид по изобретению, и детекции или измерения иммунного комплекса, сформированного антителом и пептидом.
Поскольку способом детекции или измерения пептида по изобретению можно специфически детектировать или измерять пептид, способ может находить применение во множестве экспериментов, в которых используют пептид.
XII. Векторы и клетки-хозяева
Настоящее изобретение также относится к вектору и клетке-хозяину, в которые введен нуклеотид, кодирующий пептид по настоящему изобретению. Вектор по настоящему изобретению может находить применение для сохранения нуклеотида, особенно ДНК, по настоящему изобретению в клетке-хозяине для экспрессии пептида по настоящему изобретению или для введения нуклеотида по настоящему изобретению для генотерапии.
Когда E. coli является клеткой-хозяином, и вектор амплифицируют и продуцируют в большом количестве в E. coli (например, JM109, DH5 альфа, HB101 или XL1Blue), вектор должен обладать «ori» для амплификации в E. coli и маркерным геном для отбора трансформированной E. coli (например, ген устойчивости к лекарственному средству для селекции посредством лекарственного средства, такого как ампициллин, тетрациклин, канамицин, хлорамфеникол или т.п.). Например, можно использовать векторы M13-серий, векторы pUC-серий, pBR322, pBluescript, PCR-Script и т.д. Кроме того, pGEM-T, pDIRECT и pT7 также можно использовать для субклонирования и выделения кДНК, также как векторы, описанные выше. Когда вектор используют для получения белка по настоящему изобретению, экспрессирующий вектор может находить применение. Например, экспрессирующий вектор для экспрессии в E. coli должен обладать вышеуказанными характеристиками для амплификации в E. coli. Когда E. coli, такую как JM109, DH5 альфа, HB101 или XL1 Blue используют в качестве клетки-хозяина, вектор должен обладать промотором, например, промотором lacZ (Ward et al., Nature 341:544-6 (1989); FASEB J 6:2422-7 (1992)), промотором araB (Better et al., Science 240:1041-3 (1988)), промотором T7 или т.п., которые могут эффективно экспрессировать желательный ген в E. coli. В этом отношении pGEX-5X-1 (Pharmacia), «QIAexpress system» (Qiagen), pEGFP и pET (в этом случае хозяин предпочтительно представляет собой BL21, экспрессирующий T7 РНК-полимеразу), например, можно использовать вместо вышеуказанных векторов. Кроме того, вектор может также содержать сигнальную последовательность для секреции пептида. Иллюстративной сигнальной последовательностью, направляющей подлежащий секреции пептид в периплазму E. Coli, является сигнальная последовательность pelB (Lei et al., J Bacteriol. 169:4379 (1987)). Способы введения векторов в намеченные клетки-хозяева включают в себя, например, способ с хлоридом кальция и способ электропорации.
В дополнение к E. coli, например, экспрессирующие векторы, полученные из млекопитающих (например, pcDNA3 (Invitrogen) и pEGF-BOS (Nucleic Acids Res 18(17):5322 (1990)), pEF, pCDM8), экспрессирующие векторы, полученные из клеток насекомых (например, «Bac-to-BAC baculovirus expression system» (GIBCO BRL), pBacPAK8), экспрессирующие векторы, полученные из растений (например, pMH1, pMH2), экспрессирующие векторы, полученные из вирусов животных (например, pHSV, pMV, pAdexLcw), экспрессирующие векторы, полученные из ретровирусов (например, pZIpneo), экспрессирующий вектор, полученный из дрожжей (например, «Pichia Expression Kit» (Invitrogen), pNV11, SP-Q01), и экспрессирующие векторы, полученные из Bacillus subtilis (например, pPL608, pKTH50), можно использовать для получения полипептида по настоящему изобретению.
Для экспрессии вектора в клетках животных, таких как клетки CHO, COS или NIH3T3, вектор должен обладать промотором, необходимым для экспрессии в таких клетках, например, промотором SV40 (Mulligan et al., Nature 277:108 (1979)), промотором MMLV-LTR, промотором EF1 альфа (Mizushima et al., Nucleic Acids Res 18:5322 (1990)), промотором CMV и т.п. и предпочтительно маркерным геном для отбора трансформантов (например, ген устойчивости к лекарственному средству для селекции посредством лекарственного средства (например, неомицин, G418)). Примеры известных векторов с этими характеристиками включают в себя, например, pMAM, pDR2, pBK-RSV, pBK-CMV, pOPRSV и pOP13.
XIII. Способ диагностики злокачественных опухолей:
Настоящее изобретение также относится к способу диагностики злокачественных опухолей. Обнаружено, что экспрессия NEIL3 специфически повышена в нескольких видах клеток злокачественных опухолей (таблица 1 и фиг.5). Таким образом, гены, идентифицированные в настоящем документе, также как продукты их транскрипции и трансляции, находят диагностическое применение в качестве маркеров злокачественных опухолей, и посредством измерения экспрессии NEIL3 в биологическом образце (например, образце клеток) можно диагностировать злокачественную опухоль. Конкретно, настоящее изобретение относится к способу диагностики злокачественной опухоли посредством определения уровня экспрессии NEIL3 у субъекта. Злокачественные опухоли, которые можно диагностировать настоящим способом, включают в себя в качестве неограничивающих примеров злокачественную опухоль мочевого пузыря, злокачественную опухоль молочной железы, злокачественную опухоль шейки матки, холангиоцеллюлярную карциному, злокачественную опухоль ободочной и прямой кишки, эндометриоз, злокачественную опухоль пищевода, злокачественную опухоль печени, NSCLC, остеосаркому, злокачественную опухоль поджелудочной железы, рак предстательной железы, карциному почки, SCLC, опухоль мягких тканей, AML и CML. Более того, NSCLC, включая аденокарциному легких и плоскоклеточную карциному легких (SCC), также можно диагностировать или детектировать по настоящему изобретению.
В соответствии с настоящим изобретением, можно предоставлять промежуточный результат для оценки состояния субъекта. Такой промежуточный результат можно объединять с дополнительной информацией, чтобы помогать врачу, медицинской сестре или другому практикующему специалисту в постановке диагноза, что субъект страдает заболеванием. Альтернативно, настоящее изобретение можно использовать для детекции злокачественных клеток в полученной от субъекта ткани и обеспечения врача полезной информацией для постановки диагноза, что субъект страдает заболеванием.
Конкретно, настоящее изобретение относится к следующим способам [1]-[10]:
[1] Способ диагностики злокачественной опухоли, где указанный способ включает в себя стадии:
(a) детекции уровня экспрессии гена, кодирующего аминокислотную последовательность NEIL3, в биологическом образце; и
(b) корреляции детектированного уровня экспрессии по сравнению с нормальным контрольным уровнем гена с присутствием заболевания.
[2] Способ по [1], где уровень экспрессии по меньшей мере на 10% более нормального контрольного уровня.
[3] Способ по [1], где уровень экспрессии детектируют способами, выбранными из:
(a) детекции мРНК, включающей последовательность NEIL3,
(b) детекции белка, включающего аминокислотную последовательность NEIL3, и
(c) детекции биологической активности белка, включающего аминокислотную последовательность NEIL3.
[4] Способ по [1], где злокачественная опухоль выбрана из группы из злокачественной опухоли мочевого пузыря, злокачественной опухоли молочной железы, злокачественной опухоли шейки матки, холангиоцеллюлярной карциномы, злокачественной опухоли ободочной и прямой кишки, эндометриоза, злокачественной опухоли пищевода, злокачественной опухоли печени, NSCLC, остеосаркомы, злокачественной опухоли поджелудочной железы, злокачественной опухоли предстательной железы, карциномы почки, SCLC, опухоли мягких тканей, AML и CML.
[5] Способ по [3], где уровень экспрессии определяют посредством детекции гибридизации зонда с генным транскриптом гена.
[6] Способ по [3], где уровень экспрессии определяют посредством детекции связывания антитела против белка, кодируемого геном, в качестве уровня экспрессии гена.
[7] Способ по [1], где биологический образец включает в себя биоптат, слюну, кровь, плевральный выпот или мочу.
[8] Способ по [1], где полученный от субъекта биологический образец включает в себя эпителиальную клетку.
[9] Способ по [1], где полученный от субъекта биологический образец включает в себя клетку злокачественной опухоли.
[10] Способ по [1], где полученный от субъекта биологический образец включает в себя злокачественную эпителиальную клетку.
Альтернативно, настоящее изобретение относится к способу детекции или идентификации клеток злокачественных опухолей в полученном от субъекта образце ткани, где указанный способ включает в себя стадию определения уровня экспрессии гена NEIL3 в полученном от субъекта биологическом образце, где увеличение указанного уровня экспрессии по сравнению с нормальным контрольным уровнем указанного гена указывает на присутствие или подозрение на присутствие клеток злокачественных опухолей в ткани.
Такой результат можно объединять с дополнительной информацией, чтобы помогать врачу, медицинской сестре или другому практикующему специалисту в постановке диагноза, что субъект страдает заболеванием. Иными словами, настоящее изобретение может обеспечивать врача полезной информацией для постановки диагноза, что субъект страдает заболеванием. Например, в соответствии с настоящим изобретением, когда присутствуют сомнения относительно присутствия клеток злокачественных опухолей в ткани, полученной от субъекта, клинические заключения можно получать с учетом уровня экспрессии гена NEIL3, плюс различных аспектов заболевания, включая патологию тканей, уровни известного маркера(маркеров) опухоли в крови и течение заболевания у субъекта и т.д.
Например, некоторые хорошо известные диагностические маркеры в крови злокачественной опухоли мочевого пузыря, злокачественной опухоли молочной железы, злокачественной опухоли шейки матки, холангиоцеллюлярной карциномы, злокачественной опухоли ободочной и прямой кишки, эндометриоза, злокачественной опухоли пищевода, злокачественной опухоли печени, NSCLC, остеосаркомы, злокачественной опухоли поджелудочной железы, злокачественной опухоли предстательной железы, карциномы почки, SCLC, опухоли мягких тканей, AML и CML являются следующими:
злокачественная опухоль мочевого пузыря; SCC, TPA или IAP
злокачественная опухоль молочной железы; BCA225, TPA, CEA, IAP или CA15-3
злокачественная опухоль шейки матки; SCC, TPA или CA125
холангиоцеллюлярная карцинома; CA19-9 или CEA
злокачественная опухоль ободочной и прямой кишки; CEA
эндометриоз; CA125
злокачественная опухоль пищевода; CEA, DUPAN-2, IAP, NSE, SCC, SLX или Span-1
злокачественная опухоль печени; AFP или ICDH
NSCLC; CEA
остеосаркома; ALP
злокачественная опухоль поджелудочной железы; BFP, CA19-9, CA125 или CEA
злокачественная опухоль предстательной железы; PSA или PAP
почечноклеточный рак; IAP
SCLC; ProGRP или NSE
AML; активность TK
CML; активность TK
А именно, в этом конкретном варианте осуществления настоящего изобретения результат анализа экспрессии гена служит промежуточным результатом для дальнейшей диагностики состояния заболевания субъекта.
В другом варианте осуществления настоящее изобретение относится к способу детекции диагностического маркера злокачественной опухоли, где указанный способ включает в себя стадию детекции экспрессии гена NEIL3 в полученном от субъекта биологическом образце в качестве диагностического маркера злокачественной опухоли пузыря, злокачественной опухоли молочной железы, злокачественной опухоли шейки матки, холангиоцеллюлярной карциномы, злокачественной опухоли ободочной и прямой кишки, эндометриоза, злокачественной опухоли пищевода, злокачественной опухоли печени, NSCLC, остеосаркомы, злокачественной опухоли поджелудочной железы, злокачественной опухоли предстательной железы, карциномы почки, SCLC, опухоли мягких тканей, AML и CML, но ограниченных ими.
Способ диагностики злокачественной опухоли более подробно описан ниже.
Субъект, подлежащий диагностике по настоящему способу, предпочтительно является млекопитающим. Млекопитающие включают в себя в качестве неограничивающих примеров, например, человека, не относящегося к человеку примата, мышь, крысу, собаку, ковку, лошадь и корову.
Является предпочтительным отбирать биологический образец у субъекта, подлежащего диагностике, для проведения диагностики. Любой биологический материал можно использовать в качестве биологического образца для определения, при условии, что он включает целевой продукт транскрипции или трансляции NEIL3. Биологические образцы включают в себя, в качестве неограничивающих примеров, ткани и жидкости организма, такие как кровь, слюна и моча. В некоторых вариантах осуществления биологический образец содержит популяцию клеток, содержащую эпителиальную клетку, более предпочтительно - злокачественную эпителиальную клетку или эпителиальную клетку, происходящую из ткани, предположительно, злокачественной. Кроме того, при необходимости, клетку можно очищать из полученных тканей и жидкостей организма, и затем использовать в качестве биологического образца.
В соответствии с настоящим изобретением, определяют уровень экспрессии NEIL3 в полученном от субъекта биологическом образце. Уровень экспрессии можно определять на уровне продукта транскрипции (нуклеиновой кислоты) с использованием способов, известных в данной области. Например, мРНК NEIL3 можно количественно оценивать с использованием способов гибридизации с зондами (например, Нозерн-гибридизация). Детекцию можно осуществлять на чипе или массиве. Применение массива может являться предпочтительным для детекции уровня экспрессии множества генов (например, различных специфических для злокачественных опухолей генов), включая NEIL3. Специалисты в данной области могут получать такие зонды с использованием информации о последовательности NEIL3 (SEQ ID NO:44; инвентарный номер в GenBank: NM_018248). Например, кДНК NEIL3 можно использовать в качестве зондов. При необходимости зонд можно метить подходящей меткой, такой как красители, флуоресцентные вещества и изотопы, и уровень экспрессии гена можно детектировать как интенсивность прогибридизовавшихся меток.
Более того, продукт транскрипции NEIL3 можно оценивать количественно с использованием праймеров посредством основанных на амплификации способов детекции (например, RT-PCR). Такие праймеры можно также получать на основе доступной информации о последовательности гена. Например, праймеры (SEQ ID NO:46 и 47), используемые в примере, можно применять для детекции посредством RT-PCR или Нозерн-блоттинга, однако настоящее изобретение не является ограниченным этим.
Конкретно, зонд или праймер, применяемый по настоящему способу, гибридизуется в условиях строгости, умеренной строгости или низкой строгости с мРНК NEIL3.
Альтернативно, продукт трансляции можно детектировать для диагностики по настоящему изобретению. Например, можно определять количество белка NEIL3. Способ определения количества белка как продукта трансляции включает в себя способы иммуноанализа, в которых применяют антитело, специфически узнающее белок. Антитело может являться моноклональным или поликлональным. Более того, любой фрагмент или модификацию (например, химерное антитело, scFv, Fab, F(ab')2, Fv и т.д.) антитела можно использовать для детекции, при условии, что фрагмент или модифицированное антитело сохраняет способность связывания с белком NEIL3. Способы для получения этих видов антител для детекции белков хорошо известны в данной области, и любой способ можно применять по настоящему изобретению для получения таких антител и их эквивалентов.
В качестве другого способа детекции уровня экспрессии гена NEIL3 на основании продукта его трансляции интенсивность окрашивания можно измерять посредством иммуногистохимического анализа с использованием антитела против белка NEIL3. А именно, наблюдение сильного окрашивания указывает на присутствие белка и в то же самое время на высокий уровень экспрессии гена NEIL3.
Более того, в дополнение к уровню экспрессии гена NEIL3, уровень экспрессии других опухолеассоциированных генов, например, генов с известной дифференциальной экспрессией при злокачественной опухоли, также можно определять для улучшения точности диагностики.
Уровень экспрессии маркерного гена злокачественных опухолей, включая ген NEIL3, в биологическом образце можно рассматривать как увеличенный, если он увеличен по сравнению с контрольным уровнем соответствующего маркерного гена злокачественных опухолей, например, на 10%, 25% или 50%; или увеличен более чем в 1,1 раза, более чем в 1,5 раза, более чем в 2,0 раза, более чем в 5,0 раз, более чем в 10,0 раз или более.
Контрольный уровень можно определять в одно и то же время с тестируемым биологическим образцом с использованием образца(образцов), ранее собранных и сохраненных от субъекта/субъектов, состояние заболевания которых (наличие злокачественной опухоли или отсутствие злокачественной опухоли) известно/известны. Альтернативно, контрольный уровень можно определять статистическим способом на основании результатов, полученных анализом ранее определенного уровня(уровней) экспрессии гена NEIL3 в образцах от субъектов, состояние заболевания которых известно. Более того, контрольный уровень может представлять собой базу данных картин экспрессии ранее тестированных клеток. Более того, в аспекте настоящего изобретения, уровень экспрессии гена NEIL3 в биологическом образце можно сравнивать с множеством контрольных уровней, определенных из множества контрольных образцов. Является предпочтительным использовать контрольный уровень, определенный из сравнительного образца, происходящего из типа ткани, сходного с типом ткани, происходящего из субъекта биологического образца. Более того, является предпочтительным использовать стандартное значение уровней экспрессии гена NEIL3 в популяции с известным состоянием заболевания. Стандартное значение можно получать любым способом, известным в данной области. Например, диапазон среднее +/- 2 S.D. или среднее +/- 3 S.D. можно использовать в качестве стандартного значения.
Когда уровень экспрессии гена NEIL3 является увеличенным по сравнению с нормальным контрольным уровнем, или является сходным с контрольным уровнем для злокачественной опухоли, субъекта можно диагностировать как страдающего злокачественной опухолью или подверженного риску развития злокачественной опухоли. Более того, в случае, когда сравнивают уровни экспрессии множества связанных со злокачественной опухолью генов, сходство картины экспрессии гена между образцом и сравнительным образцом, являющимся злокачественным, указывает на то, что субъект является страдающим злокачественной опухолью или подверженным риску развития злокачественной опухоли.
Разницу между уровнями экспрессии тестируемого биологического образца и контрольным уровнем можно нормализовать по уровню экспрессии контрольных нуклеиновых кислот, например, генов домашнего хозяйства, уровни экспрессии которых, как известно, не изменяются в зависимости от злокачественного или незлокачественного состояния клетки. Контрольные гены включают в себя в качестве неограничивающих примеров, бета-актин, глицеральдегид-3-фосфатдегидрогеназу и рибосомальный белок P1.
Хотя способы и материалы, сходные или эквивалентные с описанными в настоящем документе, можно использовать в практическом осуществлении или тестировании настоящего изобретения, подходящие способы и материалы описаны ниже. Полное содержание всех публикаций, патентных заявок, патентов и других документов, упомянутых в настоящем документе, приведено в качестве ссылки. В случае конфликта настоящее описание, включая определения, имеет преимущество. Кроме того, материалы, способы и примеры являются только иллюстративными и не предназначены для ограничения.
Изобретение далее описано в следующих примерах, не ограничивающих объем изобретения, описанный в формуле изобретения.
Примеры
Материалы и методы
Линии клеток
T2 (HLA-A2), линия B-лимфобластных клеток человека, и COS7, линия клеток африканской зеленой мартышки, закуплены в ATCC, и PSCCA0922 (HLA-*A0206) закуплена в Japan Health Sciences Foundation. TISI, HLA-A*2402-положительная линия B-лимфобластных клеток закуплена в IHWG Cell and Gene Bank (Seattle, WA).
Отбор кандидатов из пептидов, происходящих из NEIL3
9-членные и 10-членные пептиды, происходящие из NEIL3, связывающиеся с молекулой HLA-A*0201, предсказывали с использованием программного обеспечения для предсказания связывания «BIMAS» (www-bimas.cit.nih.gov/molbio/hla_bind) (Parker et al. (J Immunol. 1994, 152(1):163-75), Kuzushima et al. (Blood 2001, 98(6):1872-81)). 9-членные и 10-членные пептиды, происходящие из NEIL3, связывающиеся с молекулой HLA-A*2402, предсказывали с использованием сервера для предсказания связывания «NetMHC3.0» (www.cbs.dtu.dk/services/NetMHC/) (Buus et al. (Tissue Antigens., 62:378-84, 2003), Nielsen et al. (Protein Sci., 12:1007-17, 2003, Bioinformatics, 20(9):1388-97, 2004)). Эти пептиды синтезировали в Biosynthesis Inc. (Lewisville, TX) общепринятым способом твердофазного синтеза и очищали обращеннофазовой высокоэффективной жидкостной хроматографией (HPLC). Чистоту (>90%) и идентичность пептидов определяли аналитической HPLC и анализом масс-спектрометрии, соответственно. Пептиды растворяли в диметилсульфоксиде (DMSO) при 20 мг/мл и сохраняли при -80°C.
Индукция CTL
in vitro
Происходящие из моноцитов дендритные клетки (DC) использовали в качестве антигенпредставляющих клеток (APC) для индукции ответов цитотоксических T-лимфоцитов (CTL) против пептидов, представляемых на лейкоцитарном антигене человека (HLA). DC получали in vitro, как описано в другом месте (Nakahara S. et al., Cancer Res 2003 Jul 15, 63(14):4112-8). Конкретно, мононуклеарные клетки периферической крови (PBMC), выделенные от нормального добровольца (положительного по HLA-A*0201 или HLA-A*0206) посредством раствора Ficoll-Plaque (Pharmacia), разделяли посредством адгезии к пластиковой чашке для культивирования клеток (Becton Dickinson), так чтобы обогатить их как фракцию моноцитов. Обогащенную моноцитами популяцию культивировали в присутствии 1000 ед./мл гранулоцитарно-макрофагального колониестимулирующего фактора (GM-CSF) (R&D System) и 1000 ед./мл интерлейкина (IL)-4 (R&D System) в среде AIM-V (Invitrogen), содержащей 2% инактивированную нагреванием аутологичную сыворотку (AS). Через 7 суток культивирования индуцированные цитокином DC активировали 20 микрограмм/мл каждого из синтезированных пептидов в присутствии 3 микрограмм/мл бета-2-микроглобулина в течение 3 час при 37°C в среде AIM-V. Полученные клетки, по-видимому, экспрессируют DC-ассоциированные молекулы, такие как CD80, CD83, CD86 и HLA класса II, на их клеточных поверхностях (данные не представлены). Затем эти сенсибилизированные пептидом DC инактивировали облучением рентгеновскими лучами (20 Гр) и смешивали в соотношении 1:20 с аутологичными CD8+ T-клетками, полученными положительным отбором с помощью набора для выделения положительных по CD8 клеток (Dynal). Эти культуры организовывали в 48-луночных планшетах (Corning); где каждая лунка содержит 1,5×104 сенсибилизированных пептидом DC, 3×105 CD8+ T-клеток и 10 нг/мл IL-7 (R&D System) в 0,5 мл среды AIM-V/2% AS. Через трое суток эти культуры дополняли IL-2 (CHIRON) до конечной концентрации 20 ИЕ/мл. На сутки 7 и 14 T-клетки дополнительно стимулировали с помощью сенсибилизированных аутологичным пептидом DC. DC каждый раз получали одним и тем же способом, как описано выше. CTL тестировали против сенсибилизированных пептидом клеток T2 или PSCCA0922 после 3-го цикла стимуляции пептидом на сутки 21 (Tanaka H. et al., Br J Cancer 2001 Jan 5, 84(1):94-9; Umano Y. et al., Br J Cancer 2001 Apr 20, 84(8):1052-7; Uchida N. et al., Clin. Cancer Res 2004 Dec 15, 10(24):8577-86; Suda T. et al., Cancer Sci 2006 May, 97(5):411-9; Watanabe T. et al., Cancer Sci 2005 Aug, 96(8):498-506).
Способ размножения CTL
CTL размножали в культуре с использованием способа, сходного со способом, описанным в Riddell et al. (Walter E.A. et al., N Engl. J Med. 1995 Oct 19, 333(16):1038-44; Riddell S.R. et al., Nat. Med. 1996 Feb, 2(2):216-23). Всего 5×104 CTL суспендировали в 25 мл среды AIM-V/5% AS с 2 видами линий B-лимфобластных клеток человека, инактивированных посредством MMC, в присутствии 40 нг/мл моноклонального антитела против CD3 (Pharmingen). Через одни сутки после начала культивирования 120 ИЕ/мл IL-2 добавляли к культурам. Культуры подпитывали свежей средой AIM-V/5% AS, содержащей 30 ИЕ/мл IL-2 на сутки 5, 8 и 11 (Tanaka H. et al., Br J Cancer 2001 Jan 5, 84(1):94-9; Umano Y. et al., Br J Cancer 2001 Apr 20, 84(8):1052-7; Uchida N. et al., Clin. Cancer Res 2004 Dec 15, 10(24):8577-86; Suda T. et al., Cancer Sci 2006 May, 97(5):411-9; Watanabe T. et al., Cancer Sci 2005 Aug, 96(8):498-506).
Получение клонов CTL
Проводили разведения для получения 0,3, 1 и 3 CTL/лунку в 96-луночном круглодонном планшете для микротитрования (Nalge Nunc International). CTL культивировали с 1×104 клеток/лунку 2 видов линий B-лимфобластных клеток человека, 30 нг/мл антитела против CD3 и 125 ед./мл IL-2 всего в 150 микролитров/лунку среды AIM-V, содержащей 5%AS. 50 микролитров/лунку IL-2 добавляли к среде через 10 суток для достижения конечной концентрации 125 ед./мл IL-2. Активность CTL тестировали на 14-е сутки, и клоны CTL размножали с использованием такого же способа, как описано выше (Uchida N. et al., Clin. Cancer Res 2004 Dec 15, 10(24):8577-86; Suda T. et al., Cancer Sci 2006 May, 97(5):411-9; Watanabe T. et al., Cancer Sci 2005 Aug, 96(8):498-506).
Специфическая активность CTL
Для оценки специфической активности CTL проводили точечный иммуноферментный анализ (ELISPOT) интерферона (IFN)-гамма и твердофазный иммуноферментный анализ (ELISA) IFN-гамма. Конкретно, сенсибилизированные пептидом T2 (1×104/лунку) получали в качестве стимулирующих клеток. Культивированные клетки в 48 лунках использовали в качестве отвечающих клеток. Анализ ELISPOT IFN-гамма и анализ ELISA IFN-гамма проводили по способу производителя.
Трансфекция плазмидой
кДНК, кодирующую открытую рамку считывания генов-мишеней, HLA-A*0201, HLA-A*0206 или HLA-A*2402, амплифицировали посредством PCR. Амплифицированный продукт PCR клонировали в вектор. Плазмидами трансфицировали COS7, представляющие собой линию клеток, отрицательную по генам-мишеням и HLA-A2- и A24-, с использованием липофектамина 2000 (Invitrogen), согласно рекомендованным производителем способам. Через 2 суток после трансфекции трансфицированные клетки собирали с помощью раствора Версена (Invitrogen) и использовали в качестве клеток-мишеней (5×104 клеток/лунку) для анализа активности CTL.
Полуколичественный анализ RT-PCR
Тотальную РНК выделяли с помощью набора Qiagen RNeasy (Qiagen) или реагента тризола (Life Technologies, Inc.) согласно способам производителя. Аликвоты по десять микрограмм тотальной РНК подвергали обратной транскрипции до одноцепочечных кДНК с использованием поли-dT12-18-праймера (Amersham Pharmacia Biotech) с помощью обратной транскриптазы Superscript II (Life Technologies). Каждый препарат одноцепочечной кДНК разводили для последующей амплификации PCR посредством общепринятых экспериментов RT-PCR, проводимых в объемах по 12 микролитров буфера для PCR (TAKARA). Амплификацию проводили в течение 4 мин при 94°C для денатурации, с последующими 28 циклами 94°C в течение 30 с, 60°C в течение 30 с и 72°C в течение 60 с в системе для PCR GeneAmp 9700 (Perkin-Elmer, Foster City, CA). Последовательности праймеров представляли собой для NEIL3: прямой, 5'-TTGGTCCTCCTCTGTTTCATAGA-3' (SEQ ID NO:46) и обратный, 5'-GCTTCTCCCCAGTTACAAGAGAC-3' (SEQ ID NO:47).
Результаты
Увеличенная экспрессия NEIL3 в злокачественных опухолях
Данные общей картины экспрессии генов, полученные для различных злокачественных опухолей с использованием кДНК-микромассивов, выявили, что экспрессия NEIL3 (инвентарный № в GenBank NM_018248; SEQ ID NO:44) являлась повышенной. Экспрессия NEIL3 являлась воспроизводимо повышенной в 4 из 20 AML, 5 из 6 видов злокачественной опухоли мочевого пузыря, 10 из 11 видов злокачественной опухоли молочной железы, 8 из 8 видов злокачественной опухоли шейки матки, 1 из 1 холангиоцеллюлярной карциномы, 12 из 12 CML, 3 из 6 видов злокачественной опухоли ободочной и прямой кишки, 1 из 1 эндометриоза, 4 из 8 злокачественных опухолей пищевода, 6 из 10 видов злокачественной опухоли печени, 7 из 7 NSCLC, 16 из 16 остеосарком, 1 из 1 злокачественной опухоли поджелудочной железы, 10 из 10 видов злокачественной опухоли предстательной железы, 2 из 2 карцином почки, 12 из 12 SCLC и 12 из 12 опухолей мягких тканей по сравнению с соответствующей нормальной тканью (таблица 1).
Таблица 1 Соотношение наблюдаемой повышающей регуляции NEIL3 в злокачественной ткани по сравнению с соответствующей нормальной тканью |
|
Злокачественные опухоли | Соотношение |
AML | 4/20 |
Рак мочевого пузыря | 5/6 |
Рак молочной железы | 10/11 |
Рак шейки матки | 8/8 |
Холангиоцеллюлярная карцинома | 1/1 |
CML | 12/12 |
Рак ободочной и прямой кишки | 3/6 |
Эндометриоз | 1/1 |
Рак пищевода | 4/8 |
Рак печени | 6/10 |
NSCLC | 7/7 |
Остеосаркома | 16/16 |
Рак поджелудочной железы | 1/1 |
Рак предстательной железы | 10/10 |
Карцинома почки | 2/2 |
SCLC | 12/12 |
Опухоль мягких тканей | 12/12 |
(Эксперимент 1)
Предсказание связывающих HLA-A2 пептидов, происходящих из NEIL3
В таблице 2 показаны связывающие HLA-A2 пептиды из NEIL3 в порядке высоты аффинности связывания. Всего 23 пептида с потенциальной способностью связывания HLA-A2 выбраны и оценены для определения пептидов-эпитопов (таблица 2).
Стартовое положение указывает номер аминокислотного остатка от N-конца NEIL3.
Баллы связывания получены из «BIMAS».
Индукция CTL с помощью предсказанных пептидов из NEIL3, рестриктированных по HLA-A*0201 или 0206, и получение линий CTL, стимулированных с помощью полученных из NEIL3 пептидов
CTL для этих пептидов, происходящих из NEIL3, получали согласно способам, как описано в разделе «Материалы и методы». Специфическую для пептида активность CTL определяли посредством анализа ELISPOT IFN-гамма (фиг.1a-j). На них показано, что для лунки №8, стимулированной с помощью NEIL3-A2-9-585 (SEQ ID NO:3) (a), №2 - с помощью NEIL3-A2-9-127 (SEQ ID NO:4) (b), №4 и 5 - с помощью NEIL3-A2-9-416 (SEQ ID NO:5) (c), №3 - с помощью NEIL3-A2-9-71 (SEQ ID NO:6) (d), №1 - с помощью NEIL3-A2-9-271 (SEQ ID NO:11) (e), №3 - с помощью NEIL3-A2-10-198 (SEQ ID NO:15) (f), №1 - с помощью NEIL3-A2-10-340 (SEQ ID NO:17) (g), №2 и 3 - с помощью NEIL3-A2-10-590 (SEQ ID NO:21) (h) и №6 - с помощью NEIL3-A2-10-378 (SEQ ID NO:22) (i), показали сильную продукцию IFN-гамма по сравнению с контрольными лунками. Кроме того, для лунок №9, 10, 12 и 13 с помощью NEIL3-A2-9-416 (SEQ ID NO:5) (j) показали сильную продукцию IFN-гамма против сенсибилизированных пептидом положительных по A0206 клеток PSCCA0922. Более того, клетки в положительной лунке №8, стимулированные с помощью NEIL3-A2-9-585 (SEQ ID NO:3), №2 - с помощью NEIL3-A2-9-127 (SEQ ID NO:4), №4 и 5 - с помощью NEIL3-A2-9-416 (SEQ ID NO:5), №3 - с помощью NEIL3-A2-9-71 (SEQ ID NO:6), №1 - с помощью NEIL3-A2-9-271 (SEQ ID NO:11), №3 - с помощью NEIL3-A2-10-198 (SEQ ID NO:15) и, №2 и 3 - с помощью NEIL3-A2-10-590 (SEQ ID NO:21), размножали и получали линии CTL, и №10 и 12 - с помощью NEIL3-A2-9-416 для A0206 (SEQ ID NO:5) также размножали и получали линии CTL. Активность CTL этих линий CTL определяли анализом ELISA IFN-гамма (фиг.2a-k). На них показано, что для всех линий CTL показали сильную продукцию IFN-гамма против клеток-мишеней, сенсибилизированных соответствующим пептидом, по сравнению с клетками-мишенями без сенсибилизации пептидом. С другой стороны, не удалось получить линии CTL стимуляцией с помощью других пептидов, показанных в таблице 2, несмотря на то, что эти пептиды обладали возможной активностью связывания с HLA-A*0201 (данные не представлены). В результате, показано, что 7 пептидов, происходящих из NEIL3, отобраны при скрининге в качестве пептидов, которые могут индуцировать активные CTL.
Получение клонов CTL против специфических пептидов NEIL3
Клоны CTL получали предельным разведением из линий CTL, как описано в разделе «Материалы и методы», и продукцию IFN-гамма клонов CTL против клеток-мишеней, сенсибилизированных пептидом, определяли анализом ELISA IFN-гамма. Определили сильную продукцию IFN-гамма клонами CTL, стимулированными с помощью SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:15 и SEQ ID NO:21 на фиг.3.
Специфическая активность CTL против клеток-мишеней с экзогенной экспрессией NEIL3 и HLA-A*0201 или HLA-A*0206
Полученные линии CTL, стимулированные против этих пептидов, оценивали по их способности узнавать клетки-мишени с эндогенной экспрессией NEIL3 и молекулы HLA-A*0201 или HLA-A*0206. Специфическую активность CTL против клеток COS7, трансфицированных геном как полноразмерного NEIL3, так и молекулы HLA-A*0201 или HLA-A*0206 (специфическая модель для клеток-мишеней с экзогенной экспрессией гена NEIL3 и HLA-A*0201 или HLA-A*0206), тестировали с использованием линий CTL, стимулированных соответствующим пептидом, в качестве эффекторных клеток. Клетки COS7, трансфицированные геном либо полноразмерного NEIL3, либо HLA-A* 0201 или HLA-A*0206, получали в качестве контроля. На фиг.4 для CTL, стимулированных с помощью SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6 и SEQ ID NO:15, показали сильную активность CTL против клеток COS7, экспрессирующих как NEIL3, так и HLA-A* 0201, и для CTL, стимулированных с помощью SEQ ID NO:5, также показали сильную активность CTL против клеток COS7, экспрессирующих как NEIL3, так и HLA-A* 0206. С другой стороны, не детектировали значительной специфической активности CTL против контроля. Таким образом, эти данные ясно показывают, что NEIL3-A2-9-416 (SEQ ID NO:5), NEIL3-A2-9-71 (SEQ ID NO:6) и NEIL3-A2-10-198 (SEQ ID NO:15) являлись естественным образом экспрессированными на клетках-мишенях с молекулой HLA-A*0201 и являлись узнаваемыми CTL, и NEIL3-A2-9-416 (SEQ ID NO:5) также являлся естественным образом экспрессированным на клетках-мишенях с молекулой HLA-A*0206 и являлся узнаваемым CTL. Эти результаты показывают, что эти пептиды, происходящие из NEIL3, могут являться доступными для применения в противораковых вакцинах для пациентов с экспрессирующими NEIL3 опухолями.
Анализ гомологии антигенных пептидов
Для CTL, стимулированных с помощью NEIL3-A2-9-585 (SEQ ID NO:3), NEIL3-A2-9-127 (SEQ ID NO:4), NEIL3-A2-9-416 (SEQ ID NO:5), NEIL3-A2-9-71 (SEQ ID NO:6), NEIL3-A2-9-271 (SEQ ID NO:11), NEIL3-A2-10-198 (SEQ ID NO:15), NEIL3-A2-10-340 (SEQ ID NO:17), NEIL3-A2-10-590 (SEQ ID NO:21) и NEIL3-A2-10-378 (SEQ ID NO:22), показали значительную и специфическую активность CTL. Этот результат может быть обусловлен тем фактом, что последовательности NEIL3-A2-9-585 (SEQ ID NO:3), NEIL3-A2-9-127 (SEQ ID NO:4), NEIL3-A2-9-416 (SEQ ID NO:5), NEIL3-A2-9-71 (SEQ ID NO:6), NEIL3-A2-9-271 (SEQ ID NO:11), NEIL3-A2-10-198 (SEQ ID NO:15), NEIL3-A2-10-340 (SEQ ID NO:17), NEIL3-A2-10-590 (SEQ ID NO:21) и NEIL3-A2-10-378 (SEQ ID NO:22) являются гомологичными пептидам, происходящим из других молекул, известных как сенсибилизирующие иммунную систему человека. Для исключения этой возможности для этих пептидных последовательностей в качестве запросов проводили анализы гомологии с использованием алгоритма BLAST (www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/blast.cgi), которые не выявили последовательностей со значительной гомологией. Результаты анализов гомологии показывают, что последовательности NEIL3-A2-9-585 (SEQ ID NO:3), NEIL3-A2-9-127 (SEQ ID NO:4), NEIL3-A2-9-416 (SEQ ID NO:5), NEIL3-A2-9-71 (SEQ ID NO:6), NEIL3-A2-9-271 (SEQ ID NO:11), NEIL3-A2-10-198 (SEQ ID NO:15), NEIL3-A2-10-340 (SEQ ID NO:17), NEIL3-A2-10-590 (SEQ ID NO:21) и NEIL3-A2-10-378 (SEQ ID NO:22) являются уникальными, и, таким образом, существует небольшая возможность, насколько известно авторам настоящего изобретения, что эти молекулы стимулируют непредусмотренный иммунологический ответ на какую-либо неродственную молекулу.
В заключение, идентифицированы новые пептиды-эпитопы для HLA-A2, полученные из NEIL3. Более того, показано, что пептиды-эпитопы из NEIL3 могут являться применимыми для иммунотерапии злокачественных опухолей.
Повышенная экспрессия NEIL3 в широком множестве злокачественных опухолей человека
Последующий полуколичественный анализ RT-PCR выявил увеличенную экспрессию NEIL3 в 7 из 8 ICC, которые подвергали анализу на микромассивах (фиг.5a).
Для подтверждения картины экспрессии этого гена при раке печени авторы настоящего изобретения проводили полуколичественный анализ RT-PCR с использованием клинических образцов рака печени и нормальных тканей человека, включая нормальные клетки печени. В результате авторы настоящего изобретения обнаружили, что NEIL3, для которого показана повышенная экспрессия в 7 из 8 клинических образцов рака печени (слабо дифференцированные очаги) по сравнению с нормальными клетками печени (фиг.5a), являлся сверхэкспрессированным в 5 из 5 линий клеток HCC и не экспрессировался в других нормальных тканях (фиг.5b).
(Эксперимент 2)
Предсказание связывающих HLA-A24 пептидов, происходящих из NEIL3
В таблицах 3a и 3b показаны связывающие HLA-A24 9-членные и 10-членные пептиды из NEIL3 в порядке высоты аффинности связывания. Всего 21 пептид с потенциальной способностью связывания HLA-A24 выбран и оценен для определения пептидов-эпитопов.
Стартовое положение указывает номер аминокислотного остатка от N-конца NEIL3.
Константы диссоциации [Kd (нМ)] получены из «NetMHC3.0».
Индукция CTL с помощью предсказанных пептидов из NEIL3, рестриктированных по HLA-A*2402
CTL для этих пептидов, происходящих из NEIL3, получали согласно способам, как описано в разделе «Материалы и методы». Специфическую для пептида активность CTL определяли посредством анализа ELISPOT IFN-гамма (фиг.6a-e). На них показано, что для лунки № 7, стимулированной с помощью NEIL3-A24-9-545 (SEQ ID NO:24) (a), №6, стимулированной с помощью NEIL3-A24-9-362 (SEQ ID NO:33) (b), №2 и №8, стимулированных с помощью NEIL3-A24-10-320 (SEQ ID NO:35) (c), №8 стимулированной с помощью NEIL3-A24-10-544 (SEQ ID NO:41) (d), и №1 и №4, стимулированных с помощью NEIL3-A24-10-87 (SEQ ID NO:43) (e), показали сильную продукцию IFN-гамма по сравнению с контрольными лунками. С другой стороны, не определили специфической активности CTL при стимуляции другими пептидами, показанными в таблицах 3a и 3b, несмотря на то, что эти пептиды обладали возможной активностью связывания с HLA-A*2402. Например, типичные отрицательные данные ответа CTL, стимулированного с помощью NEIL3-A24-9-364 (SEQ ID NO:25), против сенсибилизированных пептидом клеток-мишеней (f). В результате, показано, что 5 пептидов, происходящих из NEIL3, отобраны при скрининге в качестве пептидов, которые могут индуцировать активные CTL.
Получение линий и клонов CTL против происходящих из NEIL3 пептидов
Клетки, для которых показана специфическая для пептида активность CTL, детектированная анализом ELISPOT IFN-гамма в лунке № 7 с помощью NEIL3-A24-9-545 (SEQ ID NO:24) (a), №6 - с помощью NEIL3-A24-9-362 (SEQ ID NO:33) (b), №8 - с помощью NEIL3-A24-10-320 (SEQ ID NO:35) (c), №8 - с помощью NEIL3-A24-10-544 (SEQ ID NO:41) (d) и №1 - с помощью NEIL3-A24-10-87 (SEQ ID NO:43) (e), размножали и получали линии CTL. Активность CTL этих линий CTL определяли анализом ELISA IFN-гамма (фиг.7a-e). На них показано, что для всех линий CTL показали сильную продукцию IFN-гамма против клеток-мишеней, активированных соответствующим пептидом, по сравнению с клетками-мишенями без сенсибилизации пептидом. Более того, клоны CTL получены предельным разведением из линий CTL, и продукцию IFN-гамма из клонов CTL против клеток-мишеней, сенсибилизированных пептидом, определяли анализом ELISA IFN-гамма. Сильную продукцию IFN-гамма определили для клонов CTL, стимулированных с помощью NEIL3-A24-9-545 (SEQ ID NO:24) (a), NEIL3-A24-10-320 (SEQ ID NO:35) (b) и NEIL3-A24-10-544 (SEQ ID NO:41) (c) на фиг.8.
Специфическая активность CTL против клеток-мишеней с экзогенной экспрессией NEIL3 и HLA-A*2402
Полученные линии и клоны CTL, стимулированные против каждого из пептидов, оценивали по их способности узнавать клетки-мишени с эндогенной экспрессией гена NEIL3 и HLA-A*2402. Специфическую активность CTL против клеток COS7, трансфицированных геном как полноразмерного NEIL3, так и HLA-A*2402 (специфическая модель для клеток-мишеней с экзогенной экспрессией гена NEIL3 и HLA-A*2402), тестировали с использованием линий и клонов CTL, стимулированных соответствующим пептидом, в качестве эффекторных клеток. Клетки COS7, трансфицированные геном либо полноразмерного NEIL3, либо HLA-A* 2402, получали в качестве контрольных. На фиг.9 для CTL, стимулированных с помощью NEIL3-A24-9-545 (SEQ ID NO:24), показали сильную активность CTL против клеток COS7, экспрессирующих как NEIL3, так и HLA- A*2402. С другой стороны, не детектировали значительной специфической активности CTL против контроля. Таким образом, эти данные ясно показывают, что NEIL3-A24-9-545 (SEQ ID NO:24) являлся естественным образом экспрессированным на клетках-мишенях с молекулой HLA-A*2402 и являлся узнаваемым CTL. Эти результаты показывают, что этот пептид, происходящий из NEIL3, может являться доступным для применения в противораковых вакцинах для пациентов с экспрессирующими NEIL3 опухолями.
Анализ гомологии антигенных пептидов
Для CTL, стимулированных с помощью NEIL3-A24-9-545 (SEQ ID NO:24), NEIL3-A24-9-362 (SEQ ID NO:33), NEIL3-A24-10-320 (SEQ ID NO:35), NEIL3-A24-10-544 (SEQ ID NO:41) и NEIL3-A24-10-87 (SEQ ID NO:43), показали значительную и специфическую активность CTL. Этот результат может быть обусловлен тем фактом, что последовательности NEIL3-A24-9-545 (SEQ ID NO:24), NEIL3-A24-9-362 (SEQ ID NO:33), NEIL3-A24-10-320 (SEQ ID NO:35), NEIL3-A24-10-544 (SEQ ID NO:41) и NEIL3-A24-10-87 (SEQ ID NO:43) являются гомологичными пептидам, происходящим из других молекул, известных как сенсибилизирующие иммунную систему человека. Для исключения этой возможности для этих пептидных последовательностей в качестве запросов проводили анализы гомологии с использованием алгоритма BLAST (www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/blast.cgi), которые не выявили последовательностей со значительной гомологией. Результаты анализов гомологии показывают, что последовательности NEIL3-A24-9-545 (SEQ ID NO:24), NEIL3-A24-9-362 (SEQ ID NO:33), NEIL3-A24-10-320 (SEQ ID NO:35), NEIL3-A24-10-544 (SEQ ID NO:41) и NEIL3-A24-10-87 (SEQ ID NO:43) являются уникальными, и, таким образом, существует небольшая возможность, насколько известно авторам настоящего изобретения, что эти молекулы стимулируют непредусмотренный иммунологический ответ на какую-либо неродственную молекулу.
В заключение, идентифицированы новые пептиды-эпитопы для HLA-A*2402, полученные из NEIL3. Более того, показано, что NEIL3 может являться применимым для иммунотерапии злокачественных опухолей.
Промышленная применимость
Настоящее изобретение относится к новым TAA, в частности, полученным из NEIL3, которые могут индуцировать сильные и специфические противоопухолевые иммунные ответы и обладать применимостью для широкого множества типов злокачественных опухолей. Такие TAA могут находить применение в диагностике и лечении злокачественных опухолей.
--->
СПИСОК ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ
<110> ONCOTHERAPY SCIENCE, INC.
<120> ПЕПТИДЫ NEIL3 И ВКЛЮЧАЮЩИЕ ИХ ВАКЦИНЫ
<130> ONC-A0905P
<150> US 61/210,512
<151> 2009-03-18
<160> 51
<170> PatentIn версии 3.5
<210> 1
<211> 9
<212> PRT
<213> Искусственная
<220>
<223> искусственно синтезированная пептидная последовательность
<400> 1
Val Leu Ser Leu Phe Asn Gly Tyr Val
1 5
<210> 2
<211> 9
<212> PRT
<213> Искусственная
<220>
<223> искусственно синтезированная пептидная последовательность
<400> 2
Phe Met Tyr Phe Gly Pro Lys Ala Leu
1 5
<210> 3
<211> 9
<212> PRT
<213> Искусственная
<220>
<223> искусственно синтезированная пептидная последовательность
<400> 3
Lys Gln Cys Asn Phe Phe Gln Trp Ala
1 5
<210> 4
<211> 9
<212> PRT
<213> Искусственная
<220>
<223> искусственно синтезированная пептидная последовательность
<400> 4
Leu Ile Cys Phe Phe Asp Ser Ser Val
1 5
<210> 5
<211> 9
<212> PRT
<213> Искусственная
<220>
<223> искусственно синтезированная пептидная последовательность
<400> 5
Phe Gln Asn Ser Pro Pro Ala Ser Val
1 5
<210> 6
<211> 9
<212> PRT
<213> Искусственная
<220>
<223> искусственно синтезированная пептидная последовательность
<400> 6
Tyr Val Tyr Ser Gly Val Glu Thr Leu
1 5
<210> 7
<211> 9
<212> PRT
<213> Искусственная
<220>
<223> искусственно синтезированная пептидная последовательность
<400> 7
Arg Leu Ala Ala Ser Thr Val Val Val
1 5
<210> 8
<211> 9
<212> PRT
<213> Искусственная
<220>
<223> искусственно синтезированная пептидная последовательность
<400> 8
Ser Leu Gln Gly Arg Ala Leu Arg Leu
1 5
<210> 9
<211> 9
<212> PRT
<213> Искусственная
<220>
<223> искусственно синтезированная пептидная последовательность
<400> 9
Ile Ile Ser Trp Thr Ser Ser Arg Val
1 5
<210> 10
<211> 9
<212> PRT
<213> Искусственная
<220>
<223> искусственно синтезированная пептидная последовательность
<400> 10
Lys Leu Pro Thr Arg Asn Thr Ile Ile
1 5
<210> 11
<211> 9
<212> PRT
<213> Искусственная
<220>
<223> искусственно синтезированная пептидная последовательность
<400> 11
Arg Met Thr Tyr Phe Cys Pro His Cys
1 5
<210> 12
<211> 9
<212> PRT
<213> Искусственная
<220>
<223> искусственно синтезированная пептидная последовательность
<400> 12
Asn Met Thr Asp Gly Pro Arg Thr Leu
1 5
<210> 13
<211> 10
<212> PRT
<213> Искусственная
<220>
<223> искусственно синтезированная пептидная последовательность
<400> 13
Val Leu Pro Gly Gln Ala Val Thr Gly Val
1 5 10
<210> 14
<211> 10
<212> PRT
<213> Искусственная
<220>
<223> искусственно синтезированная пептидная последовательность
<400> 14
Gln Leu Thr Asp Glu Gln Ile His His Leu
1 5 10
<210> 15
<211> 10
<212> PRT
<213> Искусственная
<220>
<223> искусственно синтезированная пептидная последовательность
<400> 15
Ala Leu Phe Asp Ser Gly Leu His Pro Ala
1 5 10
<210> 16
<211> 10
<212> PRT
<213> Искусственная
<220>
<223> искусственно синтезированная пептидная последовательность
<400> 16
Leu Met Asp Gln Asn Val Leu Pro Gly Val
1 5 10
<210> 17
<211> 10
<212> PRT
<213> Искусственная
<220>
<223> искусственно синтезированная пептидная последовательность
<400> 17
Cys Leu Thr Ser Arg Pro Ile Asp Ser Val
1 5 10
<210> 18
<211> 10
<212> PRT
<213> Искусственная
<220>
<223> искусственно синтезированная пептидная последовательность
<400> 18
Gly Leu Ala Leu Ser Lys His Tyr Lys Val
1 5 10
<210> 19
<211> 10
<212> PRT
<213> Искусственная
<220>
<223> искусственно синтезированная пептидная последовательность
<400> 19
Ala Leu Asn Asn Asp Ser Ser Gln Asn Val
1 5 10
<210> 20
<211> 10
<212> PRT
<213> Искусственная
<220>
<223> искусственно синтезированная пептидная последовательность
<400> 20
Asn Val Leu Ser Leu Phe Asn Gly Tyr Val
1 5 10
<210> 21
<211> 10
<212> PRT
<213> Искусственная
<220>
<223> искусственно синтезированная пептидная последовательность
<400> 21
Phe Gln Trp Ala Glu Asn Gly Pro Gly Ile
1 5 10
<210> 22
<211> 10
<212> PRT
<213> Искусственная
<220>
<223> искусственно синтезированная пептидная последовательность
<400> 22
Lys Ile Asn Arg Lys Thr Ala Phe Gly Thr
1 5 10
<210> 23
<211> 10
<212> PRT
<213> Искусственная
<220>
<223> искусственно синтезированная пептидная последовательность
<400> 23
Gly Pro Asn Asn Gly Lys Asn Phe Phe Val
1 5 10
<210> 24
<211> 9
<212> PRT
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> искусственно синтезированная пептидная последовательность
<400> 24
Glu Trp Ala Asp Leu Ser Phe Pro Phe
1 5
<210> 25
<211> 9
<212> PRT
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> искусственно синтезированная пептидная последовательность
<400> 25
Lys Tyr Pro Cys Asn Thr Phe Gly Lys
1 5
<210> 26
<211> 9
<212> PRT
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> искусственно синтезированная пептидная последовательность
<400> 26
His Trp Thr Cys Val Val Cys Thr Leu
1 5
<210> 27
<211> 9
<212> PRT
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> искусственно синтезированная пептидная последовательность
<400> 27
Tyr Phe Gly Pro Lys Ala Leu Arg Ile
1 5
<210> 28
<211> 9
<212> PRT
<213> Вирус морщинистой мозаики артишока
<400> 28
Ser Ser Gln Asn Val Leu Ser Leu Phe
1 5
<210> 29
<211> 9
<212> PRT
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> искусственно синтезированная пептидная последовательность
<400> 29
Gln Trp Ala Glu Asn Gly Pro Gly Ile
1 5
<210> 30
<211> 9
<212> PRT
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> искусственно синтезированная пептидная последовательность
<400> 30
Ser Thr Met Lys Thr Val Leu Lys Ile
1 5
<210> 31
<211> 9
<212> PRT
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> искусственно синтезированная пептидная последовательность
<400> 31
Asn Ile Ile Lys Asn Glu Ala Leu Phe
1 5
<210> 32
<211> 9
<212> PRT
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> искусственно синтезированная пептидная последовательность
<400> 32
Val Leu Pro Gly Val Gly Asn Ile Ile
1 5
<210> 33
<211> 9
<212> PRT
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> искусственно синтезированная пептидная последовательность
<400> 33
Leu Met Lys Tyr Pro Cys Asn Thr Phe
1 5
<210> 34
<211> 9
<212> PRT
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> искусственно синтезированная пептидная последовательность
<400> 34
Ser Lys Val Asn Ile Ser Pro Thr Ile
1 5
<210> 35
<211> 10
<212> PRT
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> искусственно синтезированная пептидная последовательность
<400> 35
His Trp Thr Cys Val Val Cys Thr Leu Ile
1 5 10
<210> 36
<211> 10
<212> PRT
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> искусственно синтезированная пептидная последовательность
<400> 36
His Leu Met Lys Tyr Pro Cys Asn Thr Phe
1 5 10
<210> 37
<211> 10
<212> PRT
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> искусственно синтезированная пептидная последовательность
<400> 37
Cys His Cys Arg Ile Thr Val Cys Arg Phe
1 5 10
<210> 38
<211> 10
<212> PRT
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> искусственно синтезированная пептидная последовательность
<400> 38
Glu His Trp Thr Cys Val Val Cys Thr Leu
1 5 10
<210> 39
<211> 10
<212> PRT
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> искусственно синтезированная пептидная последовательность
<400> 39
Ile Gly Pro Asn Asn Gly Lys Asn Phe Phe
1 5 10
<210> 40
<211> 10
<212> PRT
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> искусственно синтезированная пептидная последовательность
<400> 40
Gln Leu Thr Lys Asp Leu Ile Cys Phe Phe
1 5 10
<210> 41
<211> 10
<212> PRT
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> искусственно синтезированная пептидная последовательность
<400> 41
Phe Glu Trp Ala Asp Leu Ser Phe Pro Phe
1 5 10
<210> 42
<211> 10
<212> PRT
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> искусственно синтезированная пептидная последовательность
<400> 42
Pro Leu Pro Arg Glu Ala Gln Cys Gly Phe
1 5 10
<210> 43
<211> 10
<212> PRT
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> искусственно синтезированная пептидная последовательность
<400> 43
Phe Gly Pro Lys Ala Leu Arg Ile His Phe
1 5 10
<210> 44
<211> 2402
<212> ДНК
<213> Homo sapiens
<220>
<221> CDS
<222> (118)..(1935)
<400> 44
gacgcgcgcg agatttgaat ttcctctgcg tgcggtcagt gcccgcgcag cgttgagttg 60
cacagcggta ttctcaccag gccctgcaat cggtgggcca cagtgccggc cacagag 117
atg gtg gaa gga cca ggc tgt act ctg aat gga gag aag att cgc gcg 165
Met Val Glu Gly Pro Gly Cys Thr Leu Asn Gly Glu Lys Ile Arg Ala
1 5 10 15
cgg gtg ctc ccg ggc cag gcg gtg acc ggc gtg cgg gga agc gct ctg 213
Arg Val Leu Pro Gly Gln Ala Val Thr Gly Val Arg Gly Ser Ala Leu
20 25 30
cgg agt ctg cag ggc cgc gcc ttg cgg ctc gca gcc tcc acg gtt gtg 261
Arg Ser Leu Gln Gly Arg Ala Leu Arg Leu Ala Ala Ser Thr Val Val
35 40 45
gtc tcc ccg cag gct gct gca ctg aat aat gat tcc agc cag aat gtc 309
Val Ser Pro Gln Ala Ala Ala Leu Asn Asn Asp Ser Ser Gln Asn Val
50 55 60
ttg agc ctg ttt aat gga tat gtt tac agt ggc gtg gaa act ttg ggg 357
Leu Ser Leu Phe Asn Gly Tyr Val Tyr Ser Gly Val Glu Thr Leu Gly
65 70 75 80
aag gag ctc ttt atg tac ttt gga cca aaa gct tta cgg att cat ttc 405
Lys Glu Leu Phe Met Tyr Phe Gly Pro Lys Ala Leu Arg Ile His Phe
85 90 95
gga atg aaa ggc ttc atc atg att aat cca ctt gag tat aaa tat aaa 453
Gly Met Lys Gly Phe Ile Met Ile Asn Pro Leu Glu Tyr Lys Tyr Lys
100 105 110
aat gga gct tct cct gtt ttg gaa gtg cag ctc acc aaa gat ttg att 501
Asn Gly Ala Ser Pro Val Leu Glu Val Gln Leu Thr Lys Asp Leu Ile
115 120 125
tgt ttc ttt gac tca tca gta gaa ctc aga aac tca atg gaa agc caa 549
Cys Phe Phe Asp Ser Ser Val Glu Leu Arg Asn Ser Met Glu Ser Gln
130 135 140
cag aga ata aga atg atg aaa gaa tta gat gta tgt tca cct gaa ttt 597
Gln Arg Ile Arg Met Met Lys Glu Leu Asp Val Cys Ser Pro Glu Phe
145 150 155 160
agt ttc ttg aga gca gaa agt gaa gtt aaa aaa cag aaa ggc cgg atg 645
Ser Phe Leu Arg Ala Glu Ser Glu Val Lys Lys Gln Lys Gly Arg Met
165 170 175
cta ggt gat gtg cta atg gat cag aac gta ttg cct gga gta ggg aac 693
Leu Gly Asp Val Leu Met Asp Gln Asn Val Leu Pro Gly Val Gly Asn
180 185 190
atc atc aaa aat gaa gct ctc ttt gac agt ggt ctc cac cca gct gtt 741
Ile Ile Lys Asn Glu Ala Leu Phe Asp Ser Gly Leu His Pro Ala Val
195 200 205
aaa gtt tgt caa tta aca gat gaa cag atc cat cac ctc atg aaa atg 789
Lys Val Cys Gln Leu Thr Asp Glu Gln Ile His His Leu Met Lys Met
210 215 220
ata cgt gat ttc agc att ctc ttt tac agg tgc cgt aaa gca gga ctt 837
Ile Arg Asp Phe Ser Ile Leu Phe Tyr Arg Cys Arg Lys Ala Gly Leu
225 230 235 240
gct ctc tct aaa cac tat aag gtt tac aag cgt cct aat tgt ggt cag 885
Ala Leu Ser Lys His Tyr Lys Val Tyr Lys Arg Pro Asn Cys Gly Gln
245 250 255
tgc cac tgc aga ata act gtg tgc cgc ttt ggg gac aat aac aga atg 933
Cys His Cys Arg Ile Thr Val Cys Arg Phe Gly Asp Asn Asn Arg Met
260 265 270
aca tat ttc tgt cct cac tgt caa aaa gaa aat cct caa cat gtt gac 981
Thr Tyr Phe Cys Pro His Cys Gln Lys Glu Asn Pro Gln His Val Asp
275 280 285
ata tgc aag cta ccg act aga aat act ata atc agt tgg aca tct agc 1029
Ile Cys Lys Leu Pro Thr Arg Asn Thr Ile Ile Ser Trp Thr Ser Ser
290 295 300
agg gtg gat cat gtt atg gac tcc gtg gct cgg aag tcg gaa gag cac 1077
Arg Val Asp His Val Met Asp Ser Val Ala Arg Lys Ser Glu Glu His
305 310 315 320
tgg acc tgt gtg gtg tgt act tta atc aat aag ccc tct tct aag gca 1125
Trp Thr Cys Val Val Cys Thr Leu Ile Asn Lys Pro Ser Ser Lys Ala
325 330 335
tgt gat gct tgc ttg acc tca agg cct att gat tca gtg ctc aag agt 1173
Cys Asp Ala Cys Leu Thr Ser Arg Pro Ile Asp Ser Val Leu Lys Ser
340 345 350
gaa gaa aat tct act gtc ttt agc cac tta atg aag tac ccg tgt aat 1221
Glu Glu Asn Ser Thr Val Phe Ser His Leu Met Lys Tyr Pro Cys Asn
355 360 365
act ttt gga aaa cct cat aca gaa gtc aag atc aac aga aaa act gca 1269
Thr Phe Gly Lys Pro His Thr Glu Val Lys Ile Asn Arg Lys Thr Ala
370 375 380
ttt gga act aca act ctt gtc ttg act gat ttt agc aat aaa tcc agt 1317
Phe Gly Thr Thr Thr Leu Val Leu Thr Asp Phe Ser Asn Lys Ser Ser
385 390 395 400
act ttg gaa aga aaa aca aag caa aac cag ata cta gat gag gag ttt 1365
Thr Leu Glu Arg Lys Thr Lys Gln Asn Gln Ile Leu Asp Glu Glu Phe
405 410 415
caa aac tct cct cct gct agt gtt tgt ttg aat gat ata cag cac ccc 1413
Gln Asn Ser Pro Pro Ala Ser Val Cys Leu Asn Asp Ile Gln His Pro
420 425 430
tcc aag aag aca aca aac gat ata act caa cca tcc agc aaa gta aac 1461
Ser Lys Lys Thr Thr Asn Asp Ile Thr Gln Pro Ser Ser Lys Val Asn
435 440 445
ata tca cct aca atc agt tca gaa tct aaa tta ttt agt cca gca cat 1509
Ile Ser Pro Thr Ile Ser Ser Glu Ser Lys Leu Phe Ser Pro Ala His
450 455 460
aaa aaa ccg aaa aca gcc caa tac tca tca cca gag ctt aaa agc tgc 1557
Lys Lys Pro Lys Thr Ala Gln Tyr Ser Ser Pro Glu Leu Lys Ser Cys
465 470 475 480
aac cct gga tat tct aac agt gaa ctt caa att aat atg aca gat ggc 1605
Asn Pro Gly Tyr Ser Asn Ser Glu Leu Gln Ile Asn Met Thr Asp Gly
485 490 495
cct cgt acc tta aat cct gac agc cct cgc tgc agt aaa cac aac cgc 1653
Pro Arg Thr Leu Asn Pro Asp Ser Pro Arg Cys Ser Lys His Asn Arg
500 505 510
ctc tgc att ctc cga gtt gtg agg aag gat ggg gaa aac aag ggc agg 1701
Leu Cys Ile Leu Arg Val Val Arg Lys Asp Gly Glu Asn Lys Gly Arg
515 520 525
cag ttt tat gcc tgt cct cta cct aga gaa gca caa tgt gga ttt ttt 1749
Gln Phe Tyr Ala Cys Pro Leu Pro Arg Glu Ala Gln Cys Gly Phe Phe
530 535 540
gaa tgg gca gat ttg tcc ttc cca ttc tgc aac cat ggc aag cgt tcc 1797
Glu Trp Ala Asp Leu Ser Phe Pro Phe Cys Asn His Gly Lys Arg Ser
545 550 555 560
acc atg aaa aca gta ttg aag att gga cct aac aat gga aag aat ttt 1845
Thr Met Lys Thr Val Leu Lys Ile Gly Pro Asn Asn Gly Lys Asn Phe
565 570 575
ttt gtg tgt cct ctt ggg aag gaa aaa caa tgc aat ttt ttc cag tgg 1893
Phe Val Cys Pro Leu Gly Lys Glu Lys Gln Cys Asn Phe Phe Gln Trp
580 585 590
gca gaa aat ggg cca gga ata aaa att att cct gga tgc taa 1935
Ala Glu Asn Gly Pro Gly Ile Lys Ile Ile Pro Gly Cys
595 600 605
tatctgtaga ttctctggca tttagtctct tcaaactgtg tataatgttt ggtcctcctc 1995
tgtttcatag aaaagtcata gaatatctat gatacattga aaagttactg caatatttga 2055
gaactgttct ttttttttct tgtgtgtgcc atctttccat tgttggctac gtcttttctt 2115
ttgccttgat gaacgttcta tgtatttcat cggatataca gcatattcca tttaggatgt 2175
gtatttaatg catttagtaa tgacgataaa gtgtttttag tatgctttta gtctcttgta 2235
actggggaga agcagtgttt tttttttagg aaaggattat gcgacacaat aaaataagat 2295
attctgtctg tagtgaatac atttctcatg tactaacact atttataata tatgattaaa 2355
gatatttctt gttttattaa ataataagaa ataagatctc ctttatg 2402
<210> 45
<211> 605
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 45
Met Val Glu Gly Pro Gly Cys Thr Leu Asn Gly Glu Lys Ile Arg Ala
1 5 10 15
Arg Val Leu Pro Gly Gln Ala Val Thr Gly Val Arg Gly Ser Ala Leu
20 25 30
Arg Ser Leu Gln Gly Arg Ala Leu Arg Leu Ala Ala Ser Thr Val Val
35 40 45
Val Ser Pro Gln Ala Ala Ala Leu Asn Asn Asp Ser Ser Gln Asn Val
50 55 60
Leu Ser Leu Phe Asn Gly Tyr Val Tyr Ser Gly Val Glu Thr Leu Gly
65 70 75 80
Lys Glu Leu Phe Met Tyr Phe Gly Pro Lys Ala Leu Arg Ile His Phe
85 90 95
Gly Met Lys Gly Phe Ile Met Ile Asn Pro Leu Glu Tyr Lys Tyr Lys
100 105 110
Asn Gly Ala Ser Pro Val Leu Glu Val Gln Leu Thr Lys Asp Leu Ile
115 120 125
Cys Phe Phe Asp Ser Ser Val Glu Leu Arg Asn Ser Met Glu Ser Gln
130 135 140
Gln Arg Ile Arg Met Met Lys Glu Leu Asp Val Cys Ser Pro Glu Phe
145 150 155 160
Ser Phe Leu Arg Ala Glu Ser Glu Val Lys Lys Gln Lys Gly Arg Met
165 170 175
Leu Gly Asp Val Leu Met Asp Gln Asn Val Leu Pro Gly Val Gly Asn
180 185 190
Ile Ile Lys Asn Glu Ala Leu Phe Asp Ser Gly Leu His Pro Ala Val
195 200 205
Lys Val Cys Gln Leu Thr Asp Glu Gln Ile His His Leu Met Lys Met
210 215 220
Ile Arg Asp Phe Ser Ile Leu Phe Tyr Arg Cys Arg Lys Ala Gly Leu
225 230 235 240
Ala Leu Ser Lys His Tyr Lys Val Tyr Lys Arg Pro Asn Cys Gly Gln
245 250 255
Cys His Cys Arg Ile Thr Val Cys Arg Phe Gly Asp Asn Asn Arg Met
260 265 270
Thr Tyr Phe Cys Pro His Cys Gln Lys Glu Asn Pro Gln His Val Asp
275 280 285
Ile Cys Lys Leu Pro Thr Arg Asn Thr Ile Ile Ser Trp Thr Ser Ser
290 295 300
Arg Val Asp His Val Met Asp Ser Val Ala Arg Lys Ser Glu Glu His
305 310 315 320
Trp Thr Cys Val Val Cys Thr Leu Ile Asn Lys Pro Ser Ser Lys Ala
325 330 335
Cys Asp Ala Cys Leu Thr Ser Arg Pro Ile Asp Ser Val Leu Lys Ser
340 345 350
Glu Glu Asn Ser Thr Val Phe Ser His Leu Met Lys Tyr Pro Cys Asn
355 360 365
Thr Phe Gly Lys Pro His Thr Glu Val Lys Ile Asn Arg Lys Thr Ala
370 375 380
Phe Gly Thr Thr Thr Leu Val Leu Thr Asp Phe Ser Asn Lys Ser Ser
385 390 395 400
Thr Leu Glu Arg Lys Thr Lys Gln Asn Gln Ile Leu Asp Glu Glu Phe
405 410 415
Gln Asn Ser Pro Pro Ala Ser Val Cys Leu Asn Asp Ile Gln His Pro
420 425 430
Ser Lys Lys Thr Thr Asn Asp Ile Thr Gln Pro Ser Ser Lys Val Asn
435 440 445
Ile Ser Pro Thr Ile Ser Ser Glu Ser Lys Leu Phe Ser Pro Ala His
450 455 460
Lys Lys Pro Lys Thr Ala Gln Tyr Ser Ser Pro Glu Leu Lys Ser Cys
465 470 475 480
Asn Pro Gly Tyr Ser Asn Ser Glu Leu Gln Ile Asn Met Thr Asp Gly
485 490 495
Pro Arg Thr Leu Asn Pro Asp Ser Pro Arg Cys Ser Lys His Asn Arg
500 505 510
Leu Cys Ile Leu Arg Val Val Arg Lys Asp Gly Glu Asn Lys Gly Arg
515 520 525
Gln Phe Tyr Ala Cys Pro Leu Pro Arg Glu Ala Gln Cys Gly Phe Phe
530 535 540
Glu Trp Ala Asp Leu Ser Phe Pro Phe Cys Asn His Gly Lys Arg Ser
545 550 555 560
Thr Met Lys Thr Val Leu Lys Ile Gly Pro Asn Asn Gly Lys Asn Phe
565 570 575
Phe Val Cys Pro Leu Gly Lys Glu Lys Gln Cys Asn Phe Phe Gln Trp
580 585 590
Ala Glu Asn Gly Pro Gly Ile Lys Ile Ile Pro Gly Cys
595 600 605
<210> 46
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная
<220>
<223> искусственно синтезированная пептидная последовательность
праймера
<400> 46
ttggtcctcc tctgtttcat aga 23
<210> 47
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная
<220>
<223> искусственно синтезированная пептидная последовательность
праймера
<400> 47
gcttctcccc agttacaaga gac 23
<210> 48
<211> 22
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Искусственная последовательность
<400> 48
gtctaccagg cattcgcttc at 22
<210> 49
<211> 24
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Искусственная последовательность
<400> 49
tcagctggac cacagccgca gcgt 24
<210> 50
<211> 21
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Искусственная последовательность
<400> 50
tcagaaatcc tttctcttga c 21
<210> 51
<211> 24
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Искусственная последовательность
<400> 51
ctagcctctg gaatcctttc tctt 24
<---
Claims (24)
1. Выделенный пептид по пункту (a) или (b) ниже, где указанный пептид обладает способностью индуцировать цитотоксические T лимфоциты (CTL) в присутствии антигенпредставляющей клетки (APC), несущей HLA-A*2402:
(a) выделенный пептид, состоящий из аминокислотной последовательности, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NOs: 24, 33, 35, 41 и 43; или
(b) выделенный пептид, состоящий из аминокислотной последовательности, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NOs: 24, 33, 35, 41 и 43, в котором 1 или 2 аминокислоты заменены,
где указанная замена представляет собой одну или более из приведенных ниже:
(i) вторая аминокислота с N-конца аминокислотной последовательности SEQ ID NOs: 24, 33, 35, 41 или 43 заменена на аминокислоту, выбранную из группы, состоящей из фенилаланина, тирозина, метионина и триптофана; и
(ii) C-концевая аминокислота аминокислотной последовательности SEQ ID NOs: 24, 33, 35, 41 или 43 заменена на аминокислоту, выбранную из группы, состоящей из фенилаланина, лейцина, изолейцина, триптофана и метионина.
2. Выделенный полинуклеотид, кодирующий пептид по п.1.
3. Композиция для индукции CTL в присутствии APC, несущей HLA-A*2402, где композиция содержит один или более пептидов по п.1 в подходящей дозе в качестве активного ингредиента и фармацевтически приемлемый носитель.
4. Фармацевтическая композиция для лечения или профилактики злокачественных опухолей, экспрессирующих NEIL3, и/или предотвращения их послеоперационного рецидива, в присутствии APC, несущей HLA-A*2402, где композиция содержит один или более пептидов по п.1 в подходящей дозе в качестве активного ингредиента и фармацевтически приемлемый носитель.
5. Фармацевтическая композиция по п.4, предназначенная для введения субъекту, антиген HLA которого представляет собой HLA-A*2402.
6. Фармацевтическая композиция по п.4 или 5, предназначенная для лечения злокачественной опухоли.
7. Способ индукции антигенпредставляющей клетки (APC) со способностью индуцировать CTL, включающий стадию, выбранную из группы, состоящей из:
приведения APC, несущей HLA-A*2402, в контакт с пептидом по п.1 in vitro, ex vivo или in vivo.
8. Способ индукции CTL способом, включающим стадию, выбранную из группы, состоящей из:
(a) совместного культивирования CD8-положительной T-клетки с APC, представляющей на своей поверхности комплекс HLA-A*2402 и пептида по п.1; и
(b) совместного культивирования CD8-положительной T-клетки с экзосомой, представляющей на своей поверхности комплекс HLA-A*2402 и пептида по п.1.
9. Выделенная APC, обладающая способностью индуцировать CTL, представляющая на поверхности комплекс HLA-A*2402 и пептида по п.1.
10. APC по п.9, индуцированная способом по п.7.
11. Способ индукции иммунного ответа против злокачественной опухоли, экспрессирующей NEIL3, у субъекта, в присутствии APC, несущей HLA-A*2402, включающий введение субъекту композиции, содержащей пептид по п.1 в подходящей дозе в качестве активного ингредиента и фармацевтически приемлемый носитель.
12. Экзосома для инцуцирования CTL, представляющая комплекс, содержащий пептиды по п.1 и HLA-A*2402.
13. Вектор, содержащий нуклеотидную последовательность, кодирующую пептид по п.1, для экспрессии указанного пепетида в клетке-хозяине.
14. Применение по меньшей мере одного компонента, выбранного из группы, состоящей из (a)-(b), в подходящей дозе в качестве активного ингредиента, в производстве фармацевтической композиции для лечения или предотвращения рака или опухоли, экспрессирующих NEIL3 в присутствии APC, несущей HLA-A*2402:
(a) пептид по п.1;
(b) APC или экзосома, представляющие пептид по п.1.
Applications Claiming Priority (2)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US21051209P | 2009-03-18 | 2009-03-18 | |
US61/210,512 | 2009-03-18 |
Related Parent Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
RU2011142036/10A Division RU2600888C2 (ru) | 2009-03-18 | 2010-03-15 | Пептиды neil3 и включающие их вакцины |
Publications (3)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
RU2016138428A RU2016138428A (ru) | 2018-12-12 |
RU2016138428A3 RU2016138428A3 (ru) | 2020-03-27 |
RU2733985C2 true RU2733985C2 (ru) | 2020-10-09 |
Family
ID=42739437
Family Applications (2)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
RU2011142036/10A RU2600888C2 (ru) | 2009-03-18 | 2010-03-15 | Пептиды neil3 и включающие их вакцины |
RU2016138428A RU2733985C2 (ru) | 2009-03-18 | 2010-03-15 | Пептиды neil3 и включающие их вакцины |
Family Applications Before (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
RU2011142036/10A RU2600888C2 (ru) | 2009-03-18 | 2010-03-15 | Пептиды neil3 и включающие их вакцины |
Country Status (20)
Country | Link |
---|---|
US (4) | US9045557B2 (ru) |
EP (1) | EP2408913B1 (ru) |
JP (3) | JP5799394B2 (ru) |
KR (1) | KR101744514B1 (ru) |
CN (2) | CN102356155B (ru) |
BR (1) | BRPI1009301A2 (ru) |
CA (1) | CA2755342C (ru) |
DK (1) | DK2408913T3 (ru) |
ES (1) | ES2617434T3 (ru) |
HU (1) | HUE030856T2 (ru) |
IL (2) | IL214130A (ru) |
MX (1) | MX2011007963A (ru) |
NZ (1) | NZ594198A (ru) |
PL (1) | PL2408913T3 (ru) |
PT (1) | PT2408913T (ru) |
RU (2) | RU2600888C2 (ru) |
SG (2) | SG174120A1 (ru) |
TW (2) | TWI568444B (ru) |
WO (1) | WO2010106770A1 (ru) |
ZA (1) | ZA201107356B (ru) |
Families Citing this family (9)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
TWI469791B (zh) | 2009-02-18 | 2015-01-21 | Oncotherapy Science Inc | Foxm1胜肽以及含此胜肽之疫苗 |
RU2570560C2 (ru) * | 2010-03-11 | 2015-12-10 | Онкотерапи Сайенс, Инк. | Пептиды hjurp и содержащие их вакцины |
WO2012073459A1 (en) | 2010-12-02 | 2012-06-07 | Oncotherapy Science, Inc. | Tomm34 peptides and vaccines including the same |
US20150359864A1 (en) | 2012-03-09 | 2015-12-17 | Oncotherapy Science, Inc. | Pharmaceutical composition containing peptides |
JP6078844B2 (ja) * | 2012-09-26 | 2017-02-15 | 公立大学法人大阪市立大学 | 癌免疫療法のためのペプチド及びその利用 |
US11338026B2 (en) | 2014-09-10 | 2022-05-24 | The University Of Connecticut | Identification of immunologically protective neo-epitopes for the treatment of cancers |
US20170224799A1 (en) * | 2014-09-10 | 2017-08-10 | The University Of Connecticut | Identification of immunologically protective neo-epitopes for the treatment of cancers |
JP6426486B2 (ja) * | 2015-01-29 | 2018-11-21 | 京セラ株式会社 | 太陽電池素子の製造方法 |
US11920202B2 (en) | 2020-04-09 | 2024-03-05 | University Of Connecticut | Unbiased identification of tumor rejection mediating neoepitopes |
Citations (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US20050048646A1 (en) * | 2003-08-25 | 2005-03-03 | Medinet Co., Ltd. | Method for inducing cytotoxic T lymphocyte |
Family Cites Families (38)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US4722848A (en) | 1982-12-08 | 1988-02-02 | Health Research, Incorporated | Method for immunizing animals with synthetically modified vaccinia virus |
EP0239102A3 (en) | 1986-03-28 | 1989-07-12 | Tsuji, Kimiyoshi | Process for the formation of human-human hybridoma |
GB8823869D0 (en) | 1988-10-12 | 1988-11-16 | Medical Res Council | Production of antibodies |
US5703055A (en) | 1989-03-21 | 1997-12-30 | Wisconsin Alumni Research Foundation | Generation of antibodies through lipid mediated DNA delivery |
US5108921A (en) | 1989-04-03 | 1992-04-28 | Purdue Research Foundation | Method for enhanced transmembrane transport of exogenous molecules |
US6150584A (en) | 1990-01-12 | 2000-11-21 | Abgenix, Inc. | Human antibodies derived from immunized xenomice |
US5633425A (en) | 1990-08-29 | 1997-05-27 | Genpharm International, Inc. | Transgenic non-human animals capable of producing heterologous antibodies |
US5661016A (en) | 1990-08-29 | 1997-08-26 | Genpharm International Inc. | Transgenic non-human animals capable of producing heterologous antibodies of various isotypes |
US5545806A (en) | 1990-08-29 | 1996-08-13 | Genpharm International, Inc. | Ransgenic non-human animals for producing heterologous antibodies |
US5625126A (en) | 1990-08-29 | 1997-04-29 | Genpharm International, Inc. | Transgenic non-human animals for producing heterologous antibodies |
KR100272077B1 (ko) | 1990-08-29 | 2000-11-15 | 젠팜인터내셔날,인코포레이티드 | 이종 항체를 생산할 수 있는 전이유전자를 가진 인간이외의 동물 |
US6222012B1 (en) * | 1992-08-31 | 2001-04-24 | Ludwig Institute For Cancer Research | Isolated nonapeptides presented by HLA molecules, and uses thereof |
US5679647A (en) | 1993-08-26 | 1997-10-21 | The Regents Of The University Of California | Methods and devices for immunizing a host against tumor-associated antigens through administration of naked polynucleotides which encode tumor-associated antigenic peptides |
US5804566A (en) | 1993-08-26 | 1998-09-08 | The Regents Of The University Of California | Methods and devices for immunizing a host through administration of naked polynucleotides with encode allergenic peptides |
US5739118A (en) | 1994-04-01 | 1998-04-14 | Apollon, Inc. | Compositions and methods for delivery of genetic material |
US5736524A (en) | 1994-11-14 | 1998-04-07 | Merck & Co.,. Inc. | Polynucleotide tuberculosis vaccine |
US5922687A (en) | 1995-05-04 | 1999-07-13 | Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Intracellular delivery of nucleic acids using pressure |
ATE319477T1 (de) | 1995-08-03 | 2006-03-15 | Univ Leiden | Antigen presentierende bläschen, die von zellen ableiten |
US5853719A (en) | 1996-04-30 | 1998-12-29 | Duke University | Methods for treating cancers and pathogen infections using antigen-presenting cells loaded with RNA |
WO1998004720A1 (en) | 1996-07-26 | 1998-02-05 | Sloan-Kettering Institute For Cancer Research | Method and reagents for genetic immunization |
FR2766205B1 (fr) | 1997-07-16 | 2002-08-30 | Inst Nat Sante Rech Med | Nouveau procede de sensibilisation de cellules presentatrices d'antigene et nouveaux moyens pour la mise en oeuvre du procede |
AU749544B2 (en) | 1998-06-25 | 2002-06-27 | Dainippon Sumitomo Pharma Co., Ltd. | Tumor antigen peptides originating in cyclophilin B |
US6914128B1 (en) * | 1999-03-25 | 2005-07-05 | Abbott Gmbh & Co. Kg | Human antibodies that bind human IL-12 and methods for producing |
CA2384713A1 (en) * | 1999-09-29 | 2001-04-05 | Human Genome Sciences, Inc. | Colon and colon cancer associated polynucleotides and polypeptides |
US6436703B1 (en) * | 2000-03-31 | 2002-08-20 | Hyseq, Inc. | Nucleic acids and polypeptides |
EP1325120A4 (en) * | 2000-10-12 | 2005-05-25 | Nuvelo Inc | NUCLEIC ACIDS AND POLYPEPTIDES |
EP2336167B1 (en) | 2001-03-14 | 2019-05-29 | Dako Denmark A/S | MHC molecule constructs and their uses for diagnosis and therapy |
US20040142325A1 (en) * | 2001-09-14 | 2004-07-22 | Liat Mintz | Methods and systems for annotating biomolecular sequences |
CA2399569A1 (en) | 2001-09-25 | 2003-03-25 | Yusuke Nakamura | Diagnostic markers and drug targets for treatment of cancer |
CN100532549C (zh) | 2002-06-06 | 2009-08-26 | 肿瘤疗法科学股份有限公司 | 与人结肠癌相关的基因和多肽 |
GB2392158B (en) | 2002-08-21 | 2005-02-16 | Proimmune Ltd | Chimeric MHC protein and oligomer thereof |
EP2267023B1 (en) * | 2002-09-12 | 2015-02-11 | Oncotherapy Science, Inc. | KDR peptides and vaccines comprising the same |
JP4628208B2 (ja) | 2004-08-10 | 2011-02-09 | オンコセラピー・サイエンス株式会社 | Cxadrl1またはgcud1タンパク質を発現する胃癌または結腸直腸癌の治療のためのペプチドワクチン |
CA2580412A1 (en) | 2004-09-13 | 2006-03-23 | Government Of The United States Of America, Represented By The Secretary , Department Of Health And Human Services | Compositions comprising t cell receptors and methods of use thereof |
US8003770B2 (en) | 2005-09-13 | 2011-08-23 | Mie University | T-cell receptor and nucleic acid encoding the receptor |
AU2006304605A1 (en) * | 2005-10-17 | 2007-04-26 | Institute For Systems Biology | Tissue-and serum-derived glycoproteins and methods of their use |
CA2638912A1 (en) * | 2006-02-20 | 2007-08-30 | Phylogica Limited | Method of constructing and screening libraries of peptide structures |
WO2008156827A2 (en) * | 2007-06-20 | 2008-12-24 | Government Of The United States Of America, As Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services | Molecular grading methods for ductal carcinoma in situ |
-
2010
- 2010-03-15 WO PCT/JP2010/001808 patent/WO2010106770A1/en active Application Filing
- 2010-03-15 SG SG2011051448A patent/SG174120A1/en unknown
- 2010-03-15 CN CN201080012575.5A patent/CN102356155B/zh active Active
- 2010-03-15 NZ NZ594198A patent/NZ594198A/xx not_active IP Right Cessation
- 2010-03-15 PL PL10753267T patent/PL2408913T3/pl unknown
- 2010-03-15 RU RU2011142036/10A patent/RU2600888C2/ru active
- 2010-03-15 BR BRPI1009301A patent/BRPI1009301A2/pt not_active IP Right Cessation
- 2010-03-15 MX MX2011007963A patent/MX2011007963A/es active IP Right Grant
- 2010-03-15 EP EP10753267.3A patent/EP2408913B1/en active Active
- 2010-03-15 PT PT107532673T patent/PT2408913T/pt unknown
- 2010-03-15 CN CN201610055891.XA patent/CN105601725B/zh active Active
- 2010-03-15 ES ES10753267.3T patent/ES2617434T3/es active Active
- 2010-03-15 HU HUE10753267A patent/HUE030856T2/en unknown
- 2010-03-15 SG SG2014013148A patent/SG2014013148A/en unknown
- 2010-03-15 US US13/256,580 patent/US9045557B2/en active Active
- 2010-03-15 CA CA2755342A patent/CA2755342C/en active Active
- 2010-03-15 DK DK10753267.3T patent/DK2408913T3/en active
- 2010-03-15 JP JP2011539822A patent/JP5799394B2/ja active Active
- 2010-03-15 KR KR1020117024281A patent/KR101744514B1/ko active IP Right Grant
- 2010-03-15 RU RU2016138428A patent/RU2733985C2/ru active
- 2010-03-17 TW TW099107777A patent/TWI568444B/zh not_active IP Right Cessation
- 2010-03-17 TW TW104130737A patent/TWI608844B/zh not_active IP Right Cessation
-
2011
- 2011-07-18 IL IL214130A patent/IL214130A/en active IP Right Grant
- 2011-10-07 ZA ZA2011/07356A patent/ZA201107356B/en unknown
-
2013
- 2013-12-17 IL IL229926A patent/IL229926A/en active IP Right Grant
-
2015
- 2015-04-17 US US14/689,302 patent/US9446106B2/en active Active
- 2015-05-26 JP JP2015106037A patent/JP2015227334A/ja active Pending
-
2016
- 2016-08-04 US US15/228,785 patent/US9975935B2/en active Active
-
2017
- 2017-03-14 JP JP2017047970A patent/JP2017132786A/ja active Pending
-
2018
- 2018-03-22 US US15/928,582 patent/US10597431B2/en active Active
Patent Citations (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US20050048646A1 (en) * | 2003-08-25 | 2005-03-03 | Medinet Co., Ltd. | Method for inducing cytotoxic T lymphocyte |
Non-Patent Citations (5)
Also Published As
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
US10597431B2 (en) | NEIL3 peptides and vaccines including the same | |
RU2612905C2 (ru) | Пептиды mphosph1 и вакцины, включающие их | |
JP2013523084A (ja) | Cdca5ペプチドおよびそれを含むワクチン | |
US9585948B2 (en) | TOMM34 peptides and vaccines including the same | |
WO2010100878A1 (en) | Vangl1 peptides and vaccines including the same | |
JP5838482B2 (ja) | Hjurpペプチドおよびそれを含むワクチン | |
WO2012032764A1 (en) | Ttll4 peptides and vaccines containing the same | |
CA2782977A1 (en) | Tmem22 peptides and vaccines including the same | |
JP2014504146A (ja) | Wdhd1ペプチドおよびそれを含むワクチン | |
JP2014500001A (ja) | C18orf54ペプチドおよびそれを含むワクチン | |
AU2010225997B2 (en) | NEIL3 peptides and vaccines including the same |