RU2694728C2 - Антитела со встроенным в легкие цепи гистидином и генетически модифицированные отличные от человека животные для их получения - Google Patents
Антитела со встроенным в легкие цепи гистидином и генетически модифицированные отличные от человека животные для их получения Download PDFInfo
- Publication number
- RU2694728C2 RU2694728C2 RU2016114306A RU2016114306A RU2694728C2 RU 2694728 C2 RU2694728 C2 RU 2694728C2 RU 2016114306 A RU2016114306 A RU 2016114306A RU 2016114306 A RU2016114306 A RU 2016114306A RU 2694728 C2 RU2694728 C2 RU 2694728C2
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- human
- light chain
- sequence
- gene
- histidine
- Prior art date
Links
- HNDVDQJCIGZPNO-UHFFFAOYSA-N histidine Natural products OC(=O)C(N)CC1=CN=CN1 HNDVDQJCIGZPNO-UHFFFAOYSA-N 0.000 title claims abstract description 423
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 title claims abstract description 28
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 title description 87
- 241000282414 Homo sapiens Species 0.000 claims abstract description 1204
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims abstract description 685
- 108020004705 Codon Proteins 0.000 claims abstract description 345
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 claims abstract description 221
- 108010065825 Immunoglobulin Light Chains Proteins 0.000 claims abstract description 176
- 102000013463 Immunoglobulin Light Chains Human genes 0.000 claims abstract description 171
- 239000000427 antigen Substances 0.000 claims abstract description 170
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 claims abstract description 168
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 claims abstract description 168
- 210000004602 germ cell Anatomy 0.000 claims abstract description 136
- 238000009739 binding Methods 0.000 claims abstract description 108
- 230000027455 binding Effects 0.000 claims abstract description 107
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 claims abstract description 80
- 238000000034 method Methods 0.000 claims abstract description 70
- 241000283984 Rodentia Species 0.000 claims abstract description 64
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 claims abstract description 64
- 239000013598 vector Substances 0.000 claims abstract description 47
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims abstract description 29
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims abstract description 29
- 235000014304 histidine Nutrition 0.000 claims description 462
- HNDVDQJCIGZPNO-YFKPBYRVSA-N L-histidine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC1=CN=CN1 HNDVDQJCIGZPNO-YFKPBYRVSA-N 0.000 claims description 368
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 claims description 158
- 210000003719 b-lymphocyte Anatomy 0.000 claims description 147
- 125000000487 histidyl group Chemical group [H]N([H])C(C(=O)O*)C([H])([H])C1=C([H])N([H])C([H])=N1 0.000 claims description 125
- 108060003951 Immunoglobulin Proteins 0.000 claims description 108
- 102000018358 immunoglobulin Human genes 0.000 claims description 108
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 claims description 90
- 101001008255 Homo sapiens Immunoglobulin kappa variable 1D-8 Proteins 0.000 claims description 69
- 101001047628 Homo sapiens Immunoglobulin kappa variable 2-29 Proteins 0.000 claims description 69
- 101001008321 Homo sapiens Immunoglobulin kappa variable 2D-26 Proteins 0.000 claims description 69
- 101001047619 Homo sapiens Immunoglobulin kappa variable 3-20 Proteins 0.000 claims description 69
- 101001008263 Homo sapiens Immunoglobulin kappa variable 3D-15 Proteins 0.000 claims description 69
- 108010019476 Immunoglobulin Heavy Chains Proteins 0.000 claims description 61
- 102000006496 Immunoglobulin Heavy Chains Human genes 0.000 claims description 59
- 235000001014 amino acid Nutrition 0.000 claims description 39
- 230000002378 acidificating effect Effects 0.000 claims description 38
- 125000003275 alpha amino acid group Chemical group 0.000 claims description 35
- 230000007935 neutral effect Effects 0.000 claims description 34
- 230000008707 rearrangement Effects 0.000 claims description 27
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 claims description 22
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 claims description 22
- 229910052739 hydrogen Inorganic materials 0.000 claims description 22
- 238000010494 dissociation reaction Methods 0.000 claims description 16
- 230000005593 dissociations Effects 0.000 claims description 16
- 230000004044 response Effects 0.000 claims description 16
- 239000013604 expression vector Substances 0.000 claims description 14
- 102000009786 Immunoglobulin Constant Regions Human genes 0.000 claims description 13
- 108010009817 Immunoglobulin Constant Regions Proteins 0.000 claims description 13
- 101100370002 Mus musculus Tnfsf14 gene Proteins 0.000 claims description 13
- 101000998953 Homo sapiens Immunoglobulin heavy variable 1-2 Proteins 0.000 claims description 9
- 230000003053 immunization Effects 0.000 claims description 9
- 102100036887 Immunoglobulin heavy variable 1-2 Human genes 0.000 claims description 7
- -1 histidine amino acids Chemical class 0.000 claims description 7
- 238000002649 immunization Methods 0.000 claims description 5
- 210000001671 embryonic stem cell Anatomy 0.000 claims description 2
- 239000004744 fabric Substances 0.000 claims description 2
- 150000002411 histidines Chemical group 0.000 claims 12
- 102100022949 Immunoglobulin kappa variable 2-29 Human genes 0.000 claims 1
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 abstract description 4
- 239000000126 substance Substances 0.000 abstract description 3
- 230000000694 effects Effects 0.000 abstract description 2
- 241000699666 Mus <mouse, genus> Species 0.000 description 362
- 241000699670 Mus sp. Species 0.000 description 102
- 102100022964 Immunoglobulin kappa variable 3-20 Human genes 0.000 description 60
- 210000000952 spleen Anatomy 0.000 description 55
- 101100112922 Candida albicans CDR3 gene Proteins 0.000 description 53
- 102000025171 antigen binding proteins Human genes 0.000 description 50
- 108091000831 antigen binding proteins Proteins 0.000 description 50
- 241000700159 Rattus Species 0.000 description 48
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 45
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 45
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 44
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 44
- 210000001185 bone marrow Anatomy 0.000 description 43
- 108010047041 Complementarity Determining Regions Proteins 0.000 description 38
- 102100024222 B-lymphocyte antigen CD19 Human genes 0.000 description 37
- 101000980825 Homo sapiens B-lymphocyte antigen CD19 Proteins 0.000 description 37
- 102000023732 binding proteins Human genes 0.000 description 24
- 108091008324 binding proteins Proteins 0.000 description 24
- 108010067060 Immunoglobulin Variable Region Proteins 0.000 description 22
- 102000017727 Immunoglobulin Variable Region Human genes 0.000 description 22
- 101000878605 Homo sapiens Low affinity immunoglobulin epsilon Fc receptor Proteins 0.000 description 20
- 102100038007 Low affinity immunoglobulin epsilon Fc receptor Human genes 0.000 description 20
- 230000002441 reversible effect Effects 0.000 description 19
- 229940024606 amino acid Drugs 0.000 description 18
- 102100032768 Complement receptor type 2 Human genes 0.000 description 17
- 101000941929 Homo sapiens Complement receptor type 2 Proteins 0.000 description 17
- 230000003325 follicular Effects 0.000 description 17
- 210000003519 mature b lymphocyte Anatomy 0.000 description 16
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 14
- 239000003623 enhancer Substances 0.000 description 14
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 description 13
- 210000001948 pro-b lymphocyte Anatomy 0.000 description 13
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 description 13
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 description 13
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 description 13
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 12
- 210000003297 immature b lymphocyte Anatomy 0.000 description 12
- 230000002829 reductive effect Effects 0.000 description 12
- 102100025877 Complement component C1q receptor Human genes 0.000 description 11
- 101000933665 Homo sapiens Complement component C1q receptor Proteins 0.000 description 11
- 230000002163 immunogen Effects 0.000 description 11
- 238000002703 mutagenesis Methods 0.000 description 11
- 231100000350 mutagenesis Toxicity 0.000 description 11
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 11
- 235000018102 proteins Nutrition 0.000 description 10
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 9
- 230000006798 recombination Effects 0.000 description 9
- 238000005215 recombination Methods 0.000 description 9
- 108700005091 Immunoglobulin Genes Proteins 0.000 description 8
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 8
- 238000011161 development Methods 0.000 description 8
- 230000018109 developmental process Effects 0.000 description 8
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 8
- 230000002998 immunogenetic effect Effects 0.000 description 8
- 241000699800 Cricetinae Species 0.000 description 7
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 7
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 7
- 101000608935 Homo sapiens Leukosialin Proteins 0.000 description 7
- 102100039564 Leukosialin Human genes 0.000 description 7
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 7
- 210000001163 endosome Anatomy 0.000 description 7
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 description 7
- 230000000392 somatic effect Effects 0.000 description 7
- 210000004408 hybridoma Anatomy 0.000 description 6
- 230000008569 process Effects 0.000 description 6
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 description 5
- 241000282693 Cercopithecidae Species 0.000 description 5
- 241000238631 Hexapoda Species 0.000 description 5
- 101710189008 Immunoglobulin kappa light chain Proteins 0.000 description 5
- 241001529936 Murinae Species 0.000 description 5
- 210000001744 T-lymphocyte Anatomy 0.000 description 5
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 5
- 238000012217 deletion Methods 0.000 description 5
- 230000037430 deletion Effects 0.000 description 5
- 238000001727 in vivo Methods 0.000 description 5
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 5
- 230000002093 peripheral effect Effects 0.000 description 5
- 102000005962 receptors Human genes 0.000 description 5
- 108020003175 receptors Proteins 0.000 description 5
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 description 5
- 210000004988 splenocyte Anatomy 0.000 description 5
- 210000004881 tumor cell Anatomy 0.000 description 5
- 108010087819 Fc receptors Proteins 0.000 description 4
- 102000009109 Fc receptors Human genes 0.000 description 4
- 102100026120 IgG receptor FcRn large subunit p51 Human genes 0.000 description 4
- 101710177940 IgG receptor FcRn large subunit p51 Proteins 0.000 description 4
- 102100029567 Immunoglobulin kappa light chain Human genes 0.000 description 4
- QNAYBMKLOCPYGJ-REOHCLBHSA-N L-alanine Chemical compound C[C@H](N)C(O)=O QNAYBMKLOCPYGJ-REOHCLBHSA-N 0.000 description 4
- 241000124008 Mammalia Species 0.000 description 4
- 241000699729 Muridae Species 0.000 description 4
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 description 4
- 102000016971 Proto-Oncogene Proteins c-kit Human genes 0.000 description 4
- 108010014608 Proto-Oncogene Proteins c-kit Proteins 0.000 description 4
- 108700005077 Viral Genes Proteins 0.000 description 4
- 238000007792 addition Methods 0.000 description 4
- 235000004279 alanine Nutrition 0.000 description 4
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 4
- 230000001580 bacterial effect Effects 0.000 description 4
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 4
- 230000006870 function Effects 0.000 description 4
- 210000005260 human cell Anatomy 0.000 description 4
- 210000001161 mammalian embryo Anatomy 0.000 description 4
- 230000001404 mediated effect Effects 0.000 description 4
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 4
- 238000003753 real-time PCR Methods 0.000 description 4
- 238000004064 recycling Methods 0.000 description 4
- 230000002207 retinal effect Effects 0.000 description 4
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 4
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 4
- NHBKXEKEPDILRR-UHFFFAOYSA-N 2,3-bis(butanoylsulfanyl)propyl butanoate Chemical compound CCCC(=O)OCC(SC(=O)CCC)CSC(=O)CCC NHBKXEKEPDILRR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 206010069754 Acquired gene mutation Diseases 0.000 description 3
- 101150107439 CDR3 gene Proteins 0.000 description 3
- 102000000844 Cell Surface Receptors Human genes 0.000 description 3
- 108010001857 Cell Surface Receptors Proteins 0.000 description 3
- 241000196324 Embryophyta Species 0.000 description 3
- 108700028146 Genetic Enhancer Elements Proteins 0.000 description 3
- 241000282412 Homo Species 0.000 description 3
- 102000012745 Immunoglobulin Subunits Human genes 0.000 description 3
- 108010079585 Immunoglobulin Subunits Proteins 0.000 description 3
- 125000000174 L-prolyl group Chemical group [H]N1C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])[C@@]1([H])C(*)=O 0.000 description 3
- KZSNJWFQEVHDMF-BYPYZUCNSA-N L-valine Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(O)=O KZSNJWFQEVHDMF-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 3
- 102000016266 T-Cell Antigen Receptors Human genes 0.000 description 3
- KZSNJWFQEVHDMF-UHFFFAOYSA-N Valine Natural products CC(C)C(N)C(O)=O KZSNJWFQEVHDMF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 239000000654 additive Substances 0.000 description 3
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 3
- 230000001747 exhibiting effect Effects 0.000 description 3
- 238000012239 gene modification Methods 0.000 description 3
- 230000005017 genetic modification Effects 0.000 description 3
- 235000013617 genetically modified food Nutrition 0.000 description 3
- 230000028993 immune response Effects 0.000 description 3
- 229940072221 immunoglobulins Drugs 0.000 description 3
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 3
- 230000006674 lysosomal degradation Effects 0.000 description 3
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 description 3
- 239000002609 medium Substances 0.000 description 3
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 3
- 238000002823 phage display Methods 0.000 description 3
- 239000002243 precursor Substances 0.000 description 3
- 230000000717 retained effect Effects 0.000 description 3
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 3
- 238000012216 screening Methods 0.000 description 3
- 230000037439 somatic mutation Effects 0.000 description 3
- 238000011287 therapeutic dose Methods 0.000 description 3
- 239000003053 toxin Substances 0.000 description 3
- 231100000765 toxin Toxicity 0.000 description 3
- 108700012359 toxins Proteins 0.000 description 3
- 238000012546 transfer Methods 0.000 description 3
- 239000004474 valine Substances 0.000 description 3
- 239000004475 Arginine Substances 0.000 description 2
- DCXYFEDJOCDNAF-UHFFFAOYSA-N Asparagine Natural products OC(=O)C(N)CC(N)=O DCXYFEDJOCDNAF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 241000193830 Bacillus <bacterium> Species 0.000 description 2
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 description 2
- 241000283690 Bos taurus Species 0.000 description 2
- 108091026890 Coding region Proteins 0.000 description 2
- 102100030886 Complement receptor type 1 Human genes 0.000 description 2
- 238000007400 DNA extraction Methods 0.000 description 2
- 241000588724 Escherichia coli Species 0.000 description 2
- 241000206602 Eukaryota Species 0.000 description 2
- 241000699694 Gerbillinae Species 0.000 description 2
- DHMQDGOQFOQNFH-UHFFFAOYSA-N Glycine Chemical compound NCC(O)=O DHMQDGOQFOQNFH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 101000727061 Homo sapiens Complement receptor type 1 Proteins 0.000 description 2
- 241000235058 Komagataella pastoris Species 0.000 description 2
- ODKSFYDXXFIFQN-BYPYZUCNSA-P L-argininium(2+) Chemical compound NC(=[NH2+])NCCC[C@H]([NH3+])C(O)=O ODKSFYDXXFIFQN-BYPYZUCNSA-P 0.000 description 2
- DCXYFEDJOCDNAF-REOHCLBHSA-N L-asparagine Chemical group OC(=O)[C@@H](N)CC(N)=O DCXYFEDJOCDNAF-REOHCLBHSA-N 0.000 description 2
- CKLJMWTZIZZHCS-REOHCLBHSA-N L-aspartic acid Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC(O)=O CKLJMWTZIZZHCS-REOHCLBHSA-N 0.000 description 2
- WHUUTDBJXJRKMK-VKHMYHEASA-N L-glutamic acid Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CCC(O)=O WHUUTDBJXJRKMK-VKHMYHEASA-N 0.000 description 2
- AGPKZVBTJJNPAG-WHFBIAKZSA-N L-isoleucine Chemical compound CC[C@H](C)[C@H](N)C(O)=O AGPKZVBTJJNPAG-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 2
- ROHFNLRQFUQHCH-YFKPBYRVSA-N L-leucine Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(O)=O ROHFNLRQFUQHCH-YFKPBYRVSA-N 0.000 description 2
- COLNVLDHVKWLRT-QMMMGPOBSA-N L-phenylalanine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=CC=C1 COLNVLDHVKWLRT-QMMMGPOBSA-N 0.000 description 2
- OUYCCCASQSFEME-QMMMGPOBSA-N L-tyrosine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=C(O)C=C1 OUYCCCASQSFEME-QMMMGPOBSA-N 0.000 description 2
- ROHFNLRQFUQHCH-UHFFFAOYSA-N Leucine Natural products CC(C)CC(N)C(O)=O ROHFNLRQFUQHCH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 102100029193 Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor III-A Human genes 0.000 description 2
- KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N Lysine Natural products NCCCCC(N)C(O)=O KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000004472 Lysine Substances 0.000 description 2
- 102000043129 MHC class I family Human genes 0.000 description 2
- 108091054437 MHC class I family Proteins 0.000 description 2
- 241000398750 Muroidea Species 0.000 description 2
- 241001452677 Ogataea methanolica Species 0.000 description 2
- 241000283973 Oryctolagus cuniculus Species 0.000 description 2
- 206010035226 Plasma cell myeloma Diseases 0.000 description 2
- 108010076504 Protein Sorting Signals Proteins 0.000 description 2
- 206010070834 Sensitisation Diseases 0.000 description 2
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- 241000187747 Streptomyces Species 0.000 description 2
- 108091008874 T cell receptors Proteins 0.000 description 2
- IQFYYKKMVGJFEH-XLPZGREQSA-N Thymidine Chemical compound O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)C1 IQFYYKKMVGJFEH-XLPZGREQSA-N 0.000 description 2
- 241000255993 Trichoplusia ni Species 0.000 description 2
- 230000003213 activating effect Effects 0.000 description 2
- OIRDTQYFTABQOQ-KQYNXXCUSA-N adenosine Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H]1O OIRDTQYFTABQOQ-KQYNXXCUSA-N 0.000 description 2
- 125000000539 amino acid group Chemical group 0.000 description 2
- 101150010487 are gene Proteins 0.000 description 2
- ODKSFYDXXFIFQN-UHFFFAOYSA-N arginine Natural products OC(=O)C(N)CCCNC(N)=N ODKSFYDXXFIFQN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 235000009582 asparagine Nutrition 0.000 description 2
- 229960001230 asparagine Drugs 0.000 description 2
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 2
- 210000004899 c-terminal region Anatomy 0.000 description 2
- 238000004113 cell culture Methods 0.000 description 2
- 230000007910 cell fusion Effects 0.000 description 2
- 230000008859 change Effects 0.000 description 2
- 238000010367 cloning Methods 0.000 description 2
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 description 2
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 2
- 231100000433 cytotoxic Toxicity 0.000 description 2
- 230000001472 cytotoxic effect Effects 0.000 description 2
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 2
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 2
- 239000012636 effector Substances 0.000 description 2
- 210000003527 eukaryotic cell Anatomy 0.000 description 2
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 2
- 108020005243 folate receptor Proteins 0.000 description 2
- 230000002538 fungal effect Effects 0.000 description 2
- 230000004927 fusion Effects 0.000 description 2
- ZDXPYRJPNDTMRX-UHFFFAOYSA-N glutamine Chemical group OC(=O)C(N)CCC(N)=O ZDXPYRJPNDTMRX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000000833 heterodimer Substances 0.000 description 2
- 239000000710 homodimer Substances 0.000 description 2
- 238000003018 immunoassay Methods 0.000 description 2
- 230000005847 immunogenicity Effects 0.000 description 2
- 230000001771 impaired effect Effects 0.000 description 2
- NOESYZHRGYRDHS-UHFFFAOYSA-N insulin Chemical compound N1C(=O)C(NC(=O)C(CCC(N)=O)NC(=O)C(CCC(O)=O)NC(=O)C(C(C)C)NC(=O)C(NC(=O)CN)C(C)CC)CSSCC(C(NC(CO)C(=O)NC(CC(C)C)C(=O)NC(CC=2C=CC(O)=CC=2)C(=O)NC(CCC(N)=O)C(=O)NC(CC(C)C)C(=O)NC(CCC(O)=O)C(=O)NC(CC(N)=O)C(=O)NC(CC=2C=CC(O)=CC=2)C(=O)NC(CSSCC(NC(=O)C(C(C)C)NC(=O)C(CC(C)C)NC(=O)C(CC=2C=CC(O)=CC=2)NC(=O)C(CC(C)C)NC(=O)C(C)NC(=O)C(CCC(O)=O)NC(=O)C(C(C)C)NC(=O)C(CC(C)C)NC(=O)C(CC=2NC=NC=2)NC(=O)C(CO)NC(=O)CNC2=O)C(=O)NCC(=O)NC(CCC(O)=O)C(=O)NC(CCCNC(N)=N)C(=O)NCC(=O)NC(CC=3C=CC=CC=3)C(=O)NC(CC=3C=CC=CC=3)C(=O)NC(CC=3C=CC(O)=CC=3)C(=O)NC(C(C)O)C(=O)N3C(CCC3)C(=O)NC(CCCCN)C(=O)NC(C)C(O)=O)C(=O)NC(CC(N)=O)C(O)=O)=O)NC(=O)C(C(C)CC)NC(=O)C(CO)NC(=O)C(C(C)O)NC(=O)C1CSSCC2NC(=O)C(CC(C)C)NC(=O)C(NC(=O)C(CCC(N)=O)NC(=O)C(CC(N)=O)NC(=O)C(NC(=O)C(N)CC=1C=CC=CC=1)C(C)C)CC1=CN=CN1 NOESYZHRGYRDHS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229960000310 isoleucine Drugs 0.000 description 2
- AGPKZVBTJJNPAG-UHFFFAOYSA-N isoleucine Natural products CCC(C)C(N)C(O)=O AGPKZVBTJJNPAG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 210000003734 kidney Anatomy 0.000 description 2
- 230000000670 limiting effect Effects 0.000 description 2
- 210000004698 lymphocyte Anatomy 0.000 description 2
- 230000002132 lysosomal effect Effects 0.000 description 2
- 210000004962 mammalian cell Anatomy 0.000 description 2
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 2
- 239000012528 membrane Substances 0.000 description 2
- 201000000050 myeloid neoplasm Diseases 0.000 description 2
- AEMBWNDIEFEPTH-UHFFFAOYSA-N n-tert-butyl-n-ethylnitrous amide Chemical compound CCN(N=O)C(C)(C)C AEMBWNDIEFEPTH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- COLNVLDHVKWLRT-UHFFFAOYSA-N phenylalanine Natural products OC(=O)C(N)CC1=CC=CC=C1 COLNVLDHVKWLRT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 125000002924 primary amino group Chemical group [H]N([H])* 0.000 description 2
- 230000010076 replication Effects 0.000 description 2
- 230000003248 secreting effect Effects 0.000 description 2
- 230000008313 sensitization Effects 0.000 description 2
- 210000000717 sertoli cell Anatomy 0.000 description 2
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 2
- 210000004989 spleen cell Anatomy 0.000 description 2
- 238000012453 sprague-dawley rat model Methods 0.000 description 2
- 238000010561 standard procedure Methods 0.000 description 2
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 description 2
- 238000002198 surface plasmon resonance spectroscopy Methods 0.000 description 2
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 2
- 230000008685 targeting Effects 0.000 description 2
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 2
- 230000010474 transient expression Effects 0.000 description 2
- 238000013519 translation Methods 0.000 description 2
- 230000014616 translation Effects 0.000 description 2
- OUYCCCASQSFEME-UHFFFAOYSA-N tyrosine Natural products OC(=O)C(N)CC1=CC=C(O)C=C1 OUYCCCASQSFEME-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 210000000689 upper leg Anatomy 0.000 description 2
- 210000003501 vero cell Anatomy 0.000 description 2
- 238000001262 western blot Methods 0.000 description 2
- 210000005253 yeast cell Anatomy 0.000 description 2
- 238000011714 129 mouse Methods 0.000 description 1
- JKMHFZQWWAIEOD-UHFFFAOYSA-N 2-[4-(2-hydroxyethyl)piperazin-1-yl]ethanesulfonic acid Chemical compound OCC[NH+]1CCN(CCS([O-])(=O)=O)CC1 JKMHFZQWWAIEOD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 4-amino-1-[(2r)-6-amino-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-amino-3-phenylpropanoyl]amino]-3-phenylpropanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]hexanoyl]piperidine-4-carboxylic acid Chemical compound C([C@H](C(=O)N[C@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](CCCCN)C(=O)N1CCC(N)(CC1)C(O)=O)NC(=O)[C@H](N)CC=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 0.000 description 1
- 241000699725 Acomys Species 0.000 description 1
- 101001073212 Arabidopsis thaliana Peroxidase 33 Proteins 0.000 description 1
- 108091008875 B cell receptors Proteins 0.000 description 1
- 102100025218 B-cell differentiation antigen CD72 Human genes 0.000 description 1
- 102100038080 B-cell receptor CD22 Human genes 0.000 description 1
- 102100022005 B-lymphocyte antigen CD20 Human genes 0.000 description 1
- 235000017166 Bambusa arundinacea Nutrition 0.000 description 1
- 235000017491 Bambusa tulda Nutrition 0.000 description 1
- DWRXFEITVBNRMK-UHFFFAOYSA-N Beta-D-1-Arabinofuranosylthymine Natural products O=C1NC(=O)C(C)=CN1C1C(O)C(O)C(CO)O1 DWRXFEITVBNRMK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000002126 C01EB10 - Adenosine Substances 0.000 description 1
- OYPRJOBELJOOCE-UHFFFAOYSA-N Calcium Chemical compound [Ca] OYPRJOBELJOOCE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000398949 Calomyscidae Species 0.000 description 1
- 241000700193 Calomyscus Species 0.000 description 1
- 241000282472 Canis lupus familiaris Species 0.000 description 1
- 241000283707 Capra Species 0.000 description 1
- 108010078791 Carrier Proteins Proteins 0.000 description 1
- 241000282994 Cervidae Species 0.000 description 1
- 208000035473 Communicable disease Diseases 0.000 description 1
- 241000398985 Cricetidae Species 0.000 description 1
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 1
- 230000006820 DNA synthesis Effects 0.000 description 1
- 241001095404 Dipodoidea Species 0.000 description 1
- 238000002965 ELISA Methods 0.000 description 1
- 102400001368 Epidermal growth factor Human genes 0.000 description 1
- 101800003838 Epidermal growth factor Proteins 0.000 description 1
- 108700024394 Exon Proteins 0.000 description 1
- 108010021468 Fc gamma receptor IIA Proteins 0.000 description 1
- 108010021472 Fc gamma receptor IIB Proteins 0.000 description 1
- 241000282326 Felis catus Species 0.000 description 1
- 241000233866 Fungi Species 0.000 description 1
- CEAZRRDELHUEMR-URQXQFDESA-N Gentamicin Chemical compound O1[C@H](C(C)NC)CC[C@@H](N)[C@H]1O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](O[C@@H]2[C@@H]([C@@H](NC)[C@@](C)(O)CO2)O)[C@H](N)C[C@@H]1N CEAZRRDELHUEMR-URQXQFDESA-N 0.000 description 1
- 229930182566 Gentamicin Natural products 0.000 description 1
- WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N Glucose Natural products OC[C@H]1OC(O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N 0.000 description 1
- WHUUTDBJXJRKMK-UHFFFAOYSA-N Glutamic acid Natural products OC(=O)C(N)CCC(O)=O WHUUTDBJXJRKMK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000004471 Glycine Substances 0.000 description 1
- 239000007995 HEPES buffer Substances 0.000 description 1
- 229920000209 Hexadimethrine bromide Polymers 0.000 description 1
- 101000934359 Homo sapiens B-cell differentiation antigen CD72 Proteins 0.000 description 1
- 101000884305 Homo sapiens B-cell receptor CD22 Proteins 0.000 description 1
- 101000897405 Homo sapiens B-lymphocyte antigen CD20 Proteins 0.000 description 1
- 101000854886 Homo sapiens Immunoglobulin iota chain Proteins 0.000 description 1
- 101001123325 Homo sapiens Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-beta Proteins 0.000 description 1
- 101000934341 Homo sapiens T-cell surface glycoprotein CD5 Proteins 0.000 description 1
- 101000914514 Homo sapiens T-cell-specific surface glycoprotein CD28 Proteins 0.000 description 1
- 206010020751 Hypersensitivity Diseases 0.000 description 1
- 108010073807 IgG Receptors Proteins 0.000 description 1
- 206010061598 Immunodeficiency Diseases 0.000 description 1
- 208000029462 Immunodeficiency disease Diseases 0.000 description 1
- 108700029227 Immunoglobulin Light Chain Genes Proteins 0.000 description 1
- 102100020744 Immunoglobulin iota chain Human genes 0.000 description 1
- 102000004877 Insulin Human genes 0.000 description 1
- 108090001061 Insulin Proteins 0.000 description 1
- 102100037792 Interleukin-6 receptor subunit alpha Human genes 0.000 description 1
- 101150008942 J gene Proteins 0.000 description 1
- XUJNEKJLAYXESH-REOHCLBHSA-N L-Cysteine Chemical compound SC[C@H](N)C(O)=O XUJNEKJLAYXESH-REOHCLBHSA-N 0.000 description 1
- ZDXPYRJPNDTMRX-VKHMYHEASA-N L-glutamine Chemical group OC(=O)[C@@H](N)CCC(N)=O ZDXPYRJPNDTMRX-VKHMYHEASA-N 0.000 description 1
- KDXKERNSBIXSRK-YFKPBYRVSA-N L-lysine Chemical compound NCCCC[C@H](N)C(O)=O KDXKERNSBIXSRK-YFKPBYRVSA-N 0.000 description 1
- FFEARJCKVFRZRR-BYPYZUCNSA-N L-methionine Chemical compound CSCC[C@H](N)C(O)=O FFEARJCKVFRZRR-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 1
- QIVBCDIJIAJPQS-VIFPVBQESA-N L-tryptophane Chemical compound C1=CC=C2C(C[C@H](N)C(O)=O)=CNC2=C1 QIVBCDIJIAJPQS-VIFPVBQESA-N 0.000 description 1
- 102100029204 Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor II-a Human genes 0.000 description 1
- 102100029205 Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor II-b Human genes 0.000 description 1
- 101710099301 Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor III-A Proteins 0.000 description 1
- 241000282560 Macaca mulatta Species 0.000 description 1
- FYYHWMGAXLPEAU-UHFFFAOYSA-N Magnesium Chemical compound [Mg] FYYHWMGAXLPEAU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010085220 Multiprotein Complexes Proteins 0.000 description 1
- 102000007474 Multiprotein Complexes Human genes 0.000 description 1
- 241001529466 Muscardinus avellanarius Species 0.000 description 1
- 241000282339 Mustela Species 0.000 description 1
- 229930193140 Neomycin Natural products 0.000 description 1
- 241000398990 Nesomyidae Species 0.000 description 1
- 238000000636 Northern blotting Methods 0.000 description 1
- 101710160107 Outer membrane protein A Proteins 0.000 description 1
- 229910019142 PO4 Inorganic materials 0.000 description 1
- 241001494479 Pecora Species 0.000 description 1
- 241000577979 Peromyscus spicilegus Species 0.000 description 1
- 102100028961 Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-beta Human genes 0.000 description 1
- 244000082204 Phyllostachys viridis Species 0.000 description 1
- 235000015334 Phyllostachys viridis Nutrition 0.000 description 1
- 241001338313 Platacanthomyidae Species 0.000 description 1
- 241000276498 Pollachius virens Species 0.000 description 1
- 241000288906 Primates Species 0.000 description 1
- 239000012980 RPMI-1640 medium Substances 0.000 description 1
- 241000700157 Rattus norvegicus Species 0.000 description 1
- 102000018120 Recombinases Human genes 0.000 description 1
- 108010091086 Recombinases Proteins 0.000 description 1
- 240000004808 Saccharomyces cerevisiae Species 0.000 description 1
- 108010084592 Saporins Proteins 0.000 description 1
- 108010052160 Site-specific recombinase Proteins 0.000 description 1
- 238000002105 Southern blotting Methods 0.000 description 1
- 241000398956 Spalacidae Species 0.000 description 1
- NINIDFKCEFEMDL-UHFFFAOYSA-N Sulfur Chemical compound [S] NINIDFKCEFEMDL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010018324 Surrogate Immunoglobulin Light Chains Proteins 0.000 description 1
- 102000002663 Surrogate Immunoglobulin Light Chains Human genes 0.000 description 1
- 241000282898 Sus scrofa Species 0.000 description 1
- 108010092262 T-Cell Antigen Receptors Proteins 0.000 description 1
- 102100025244 T-cell surface glycoprotein CD5 Human genes 0.000 description 1
- 102100027213 T-cell-specific surface glycoprotein CD28 Human genes 0.000 description 1
- 208000035199 Tetraploidy Diseases 0.000 description 1
- AYFVYJQAPQTCCC-UHFFFAOYSA-N Threonine Natural products CC(O)C(N)C(O)=O AYFVYJQAPQTCCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000004473 Threonine Substances 0.000 description 1
- 102000004338 Transferrin Human genes 0.000 description 1
- 108090000901 Transferrin Proteins 0.000 description 1
- 108700019146 Transgenes Proteins 0.000 description 1
- 229920004890 Triton X-100 Polymers 0.000 description 1
- 239000013504 Triton X-100 Substances 0.000 description 1
- QIVBCDIJIAJPQS-UHFFFAOYSA-N Tryptophan Natural products C1=CC=C2C(CC(N)C(O)=O)=CNC2=C1 QIVBCDIJIAJPQS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108091023045 Untranslated Region Proteins 0.000 description 1
- 101150117115 V gene Proteins 0.000 description 1
- 229940122803 Vinca alkaloid Drugs 0.000 description 1
- 108020005202 Viral DNA Proteins 0.000 description 1
- 230000002159 abnormal effect Effects 0.000 description 1
- 230000002730 additional effect Effects 0.000 description 1
- 229960005305 adenosine Drugs 0.000 description 1
- 239000002671 adjuvant Substances 0.000 description 1
- 125000001931 aliphatic group Chemical group 0.000 description 1
- 208000026935 allergic disease Diseases 0.000 description 1
- 230000007815 allergy Effects 0.000 description 1
- 150000001408 amides Chemical class 0.000 description 1
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 1
- 210000004102 animal cell Anatomy 0.000 description 1
- 239000003242 anti bacterial agent Substances 0.000 description 1
- 229940088710 antibiotic agent Drugs 0.000 description 1
- 230000000890 antigenic effect Effects 0.000 description 1
- 125000003118 aryl group Chemical group 0.000 description 1
- 229940009098 aspartate Drugs 0.000 description 1
- 235000003704 aspartic acid Nutrition 0.000 description 1
- 208000006673 asthma Diseases 0.000 description 1
- 239000011425 bamboo Substances 0.000 description 1
- 230000009286 beneficial effect Effects 0.000 description 1
- IQFYYKKMVGJFEH-UHFFFAOYSA-N beta-L-thymidine Natural products O=C1NC(=O)C(C)=CN1C1OC(CO)C(O)C1 IQFYYKKMVGJFEH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- OQFSQFPPLPISGP-UHFFFAOYSA-N beta-carboxyaspartic acid Natural products OC(=O)C(N)C(C(O)=O)C(O)=O OQFSQFPPLPISGP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000003115 biocidal effect Effects 0.000 description 1
- 230000004071 biological effect Effects 0.000 description 1
- 238000010241 blood sampling Methods 0.000 description 1
- 210000000988 bone and bone Anatomy 0.000 description 1
- 244000309464 bull Species 0.000 description 1
- 239000011575 calcium Substances 0.000 description 1
- 229910052791 calcium Inorganic materials 0.000 description 1
- 238000004422 calculation algorithm Methods 0.000 description 1
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 description 1
- 230000015556 catabolic process Effects 0.000 description 1
- 230000020411 cell activation Effects 0.000 description 1
- 230000011712 cell development Effects 0.000 description 1
- 239000002771 cell marker Substances 0.000 description 1
- 230000001413 cellular effect Effects 0.000 description 1
- 210000004978 chinese hamster ovary cell Anatomy 0.000 description 1
- 238000005352 clarification Methods 0.000 description 1
- 238000012875 competitive assay Methods 0.000 description 1
- 238000007796 conventional method Methods 0.000 description 1
- 238000012258 culturing Methods 0.000 description 1
- XUJNEKJLAYXESH-UHFFFAOYSA-N cysteine Natural products SCC(N)C(O)=O XUJNEKJLAYXESH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 235000018417 cysteine Nutrition 0.000 description 1
- 238000004163 cytometry Methods 0.000 description 1
- 230000003013 cytotoxicity Effects 0.000 description 1
- 231100000135 cytotoxicity Toxicity 0.000 description 1
- 238000006731 degradation reaction Methods 0.000 description 1
- 239000003599 detergent Substances 0.000 description 1
- 210000001840 diploid cell Anatomy 0.000 description 1
- 230000009977 dual effect Effects 0.000 description 1
- 238000004520 electroporation Methods 0.000 description 1
- 210000002257 embryonic structure Anatomy 0.000 description 1
- 229940116977 epidermal growth factor Drugs 0.000 description 1
- 238000010195 expression analysis Methods 0.000 description 1
- 239000003527 fibrinolytic agent Substances 0.000 description 1
- 210000002950 fibroblast Anatomy 0.000 description 1
- 238000002509 fluorescent in situ hybridization Methods 0.000 description 1
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 1
- 210000002980 germ line cell Anatomy 0.000 description 1
- 239000008103 glucose Substances 0.000 description 1
- 229930195712 glutamate Natural products 0.000 description 1
- 235000013922 glutamic acid Nutrition 0.000 description 1
- 239000004220 glutamic acid Substances 0.000 description 1
- 239000003102 growth factor Substances 0.000 description 1
- 239000001963 growth medium Substances 0.000 description 1
- 239000005556 hormone Substances 0.000 description 1
- 229940088597 hormone Drugs 0.000 description 1
- 238000003365 immunocytochemistry Methods 0.000 description 1
- 230000007813 immunodeficiency Effects 0.000 description 1
- 238000003364 immunohistochemistry Methods 0.000 description 1
- 238000001114 immunoprecipitation Methods 0.000 description 1
- 239000002596 immunotoxin Substances 0.000 description 1
- 230000002637 immunotoxin Effects 0.000 description 1
- 229940051026 immunotoxin Drugs 0.000 description 1
- 231100000608 immunotoxin Toxicity 0.000 description 1
- 238000000126 in silico method Methods 0.000 description 1
- 208000030603 inherited susceptibility to asthma Diseases 0.000 description 1
- 230000002401 inhibitory effect Effects 0.000 description 1
- 108091008042 inhibitory receptors Proteins 0.000 description 1
- 150000002484 inorganic compounds Chemical class 0.000 description 1
- 229910010272 inorganic material Inorganic materials 0.000 description 1
- 229940125396 insulin Drugs 0.000 description 1
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 1
- 108040006858 interleukin-6 receptor activity proteins Proteins 0.000 description 1
- 238000009940 knitting Methods 0.000 description 1
- 210000001165 lymph node Anatomy 0.000 description 1
- 239000006166 lysate Substances 0.000 description 1
- 239000011777 magnesium Substances 0.000 description 1
- 229910052749 magnesium Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000000463 material Substances 0.000 description 1
- 229930182817 methionine Natural products 0.000 description 1
- 238000000520 microinjection Methods 0.000 description 1
- 238000001823 molecular biology technique Methods 0.000 description 1
- 239000000178 monomer Substances 0.000 description 1
- 210000004160 naive b lymphocyte Anatomy 0.000 description 1
- 210000003739 neck Anatomy 0.000 description 1
- 229960004927 neomycin Drugs 0.000 description 1
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 1
- 239000002777 nucleoside Substances 0.000 description 1
- 125000003835 nucleoside group Chemical group 0.000 description 1
- 210000004940 nucleus Anatomy 0.000 description 1
- 210000000287 oocyte Anatomy 0.000 description 1
- NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-K phosphate Chemical compound [O-]P([O-])([O-])=O NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 239000010452 phosphate Substances 0.000 description 1
- 108010055896 polyornithine Proteins 0.000 description 1
- 229920002714 polyornithine Polymers 0.000 description 1
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 1
- 229940002612 prodrug Drugs 0.000 description 1
- 239000000651 prodrug Substances 0.000 description 1
- 230000009465 prokaryotic expression Effects 0.000 description 1
- 230000001737 promoting effect Effects 0.000 description 1
- 230000002797 proteolythic effect Effects 0.000 description 1
- 210000001938 protoplast Anatomy 0.000 description 1
- 238000002708 random mutagenesis Methods 0.000 description 1
- 238000010188 recombinant method Methods 0.000 description 1
- 230000009467 reduction Effects 0.000 description 1
- 230000037425 regulation of transcription Effects 0.000 description 1
- 230000001105 regulatory effect Effects 0.000 description 1
- 230000008439 repair process Effects 0.000 description 1
- 238000011160 research Methods 0.000 description 1
- 108091008146 restriction endonucleases Proteins 0.000 description 1
- 210000001525 retina Anatomy 0.000 description 1
- 239000011435 rock Substances 0.000 description 1
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 description 1
- 230000028327 secretion Effects 0.000 description 1
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 1
- 238000002864 sequence alignment Methods 0.000 description 1
- 230000003584 silencer Effects 0.000 description 1
- 238000002741 site-directed mutagenesis Methods 0.000 description 1
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 1
- 241000894007 species Species 0.000 description 1
- 230000000087 stabilizing effect Effects 0.000 description 1
- 230000000638 stimulation Effects 0.000 description 1
- 239000011593 sulfur Substances 0.000 description 1
- 229910052717 sulfur Inorganic materials 0.000 description 1
- 235000001508 sulfur Nutrition 0.000 description 1
- 230000002123 temporal effect Effects 0.000 description 1
- 229940124597 therapeutic agent Drugs 0.000 description 1
- 229960000103 thrombolytic agent Drugs 0.000 description 1
- 229940104230 thymidine Drugs 0.000 description 1
- 231100000419 toxicity Toxicity 0.000 description 1
- 230000001988 toxicity Effects 0.000 description 1
- 235000013619 trace mineral Nutrition 0.000 description 1
- 239000011573 trace mineral Substances 0.000 description 1
- 230000005030 transcription termination Effects 0.000 description 1
- 238000001890 transfection Methods 0.000 description 1
- 239000012581 transferrin Substances 0.000 description 1
- 241000701447 unidentified baculovirus Species 0.000 description 1
- VBEQCZHXXJYVRD-GACYYNSASA-N uroanthelone Chemical compound C([C@@H](C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC=1C=CC(O)=CC=1)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC=1C2=CC=CC=C2NC=1)C(=O)N[C@@H](CC=1C2=CC=CC=C2NC=1)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(O)=O)C(C)C)[C@@H](C)O)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H](CC(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H](CCC(O)=O)NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@H](CC=1NC=NC=1)NC(=O)[C@H](CCSC)NC(=O)[C@H](CS)NC(=O)[C@@H](NC(=O)CNC(=O)CNC(=O)[C@H](CC(N)=O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](CS)NC(=O)[C@H](CC=1C=CC(O)=CC=1)NC(=O)CNC(=O)[C@H](CC(O)=O)NC(=O)[C@H](CC=1C=CC(O)=CC=1)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H]1N(CCC1)C(=O)[C@H](CS)NC(=O)CNC(=O)[C@H]1N(CCC1)C(=O)[C@H](CC=1C=CC(O)=CC=1)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@@H](N)CC(N)=O)C(C)C)[C@@H](C)CC)C1=CC=C(O)C=C1 VBEQCZHXXJYVRD-GACYYNSASA-N 0.000 description 1
- 229960005486 vaccine Drugs 0.000 description 1
- 230000003612 virological effect Effects 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A01—AGRICULTURE; FORESTRY; ANIMAL HUSBANDRY; HUNTING; TRAPPING; FISHING
- A01K—ANIMAL HUSBANDRY; AVICULTURE; APICULTURE; PISCICULTURE; FISHING; REARING OR BREEDING ANIMALS, NOT OTHERWISE PROVIDED FOR; NEW BREEDS OF ANIMALS
- A01K67/00—Rearing or breeding animals, not otherwise provided for; New or modified breeds of animals
- A01K67/027—New or modified breeds of vertebrates
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A01—AGRICULTURE; FORESTRY; ANIMAL HUSBANDRY; HUNTING; TRAPPING; FISHING
- A01K—ANIMAL HUSBANDRY; AVICULTURE; APICULTURE; PISCICULTURE; FISHING; REARING OR BREEDING ANIMALS, NOT OTHERWISE PROVIDED FOR; NEW BREEDS OF ANIMALS
- A01K67/00—Rearing or breeding animals, not otherwise provided for; New or modified breeds of animals
- A01K67/027—New or modified breeds of vertebrates
- A01K67/0275—Genetically modified vertebrates, e.g. transgenic
- A01K67/0278—Knock-in vertebrates, e.g. humanised vertebrates
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
- C07K16/18—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans
- C07K16/28—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
- C12N15/79—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts
- C12N15/85—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for animal cells
- C12N15/8509—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for animal cells for producing genetically modified animals, e.g. transgenic
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A01—AGRICULTURE; FORESTRY; ANIMAL HUSBANDRY; HUNTING; TRAPPING; FISHING
- A01K—ANIMAL HUSBANDRY; AVICULTURE; APICULTURE; PISCICULTURE; FISHING; REARING OR BREEDING ANIMALS, NOT OTHERWISE PROVIDED FOR; NEW BREEDS OF ANIMALS
- A01K2207/00—Modified animals
- A01K2207/15—Humanized animals
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A01—AGRICULTURE; FORESTRY; ANIMAL HUSBANDRY; HUNTING; TRAPPING; FISHING
- A01K—ANIMAL HUSBANDRY; AVICULTURE; APICULTURE; PISCICULTURE; FISHING; REARING OR BREEDING ANIMALS, NOT OTHERWISE PROVIDED FOR; NEW BREEDS OF ANIMALS
- A01K2217/00—Genetically modified animals
- A01K2217/07—Animals genetically altered by homologous recombination
- A01K2217/072—Animals genetically altered by homologous recombination maintaining or altering function, i.e. knock in
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A01—AGRICULTURE; FORESTRY; ANIMAL HUSBANDRY; HUNTING; TRAPPING; FISHING
- A01K—ANIMAL HUSBANDRY; AVICULTURE; APICULTURE; PISCICULTURE; FISHING; REARING OR BREEDING ANIMALS, NOT OTHERWISE PROVIDED FOR; NEW BREEDS OF ANIMALS
- A01K2217/00—Genetically modified animals
- A01K2217/15—Animals comprising multiple alterations of the genome, by transgenesis or homologous recombination, e.g. obtained by cross-breeding
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A01—AGRICULTURE; FORESTRY; ANIMAL HUSBANDRY; HUNTING; TRAPPING; FISHING
- A01K—ANIMAL HUSBANDRY; AVICULTURE; APICULTURE; PISCICULTURE; FISHING; REARING OR BREEDING ANIMALS, NOT OTHERWISE PROVIDED FOR; NEW BREEDS OF ANIMALS
- A01K2227/00—Animals characterised by species
- A01K2227/10—Mammal
- A01K2227/105—Murine
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A01—AGRICULTURE; FORESTRY; ANIMAL HUSBANDRY; HUNTING; TRAPPING; FISHING
- A01K—ANIMAL HUSBANDRY; AVICULTURE; APICULTURE; PISCICULTURE; FISHING; REARING OR BREEDING ANIMALS, NOT OTHERWISE PROVIDED FOR; NEW BREEDS OF ANIMALS
- A01K2267/00—Animals characterised by purpose
- A01K2267/01—Animal expressing industrially exogenous proteins
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
- C07K2317/20—Immunoglobulins specific features characterized by taxonomic origin
- C07K2317/24—Immunoglobulins specific features characterized by taxonomic origin containing regions, domains or residues from different species, e.g. chimeric, humanized or veneered
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
- C07K2317/50—Immunoglobulins specific features characterized by immunoglobulin fragments
- C07K2317/51—Complete heavy chain or Fd fragment, i.e. VH + CH1
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
- C07K2317/50—Immunoglobulins specific features characterized by immunoglobulin fragments
- C07K2317/515—Complete light chain, i.e. VL + CL
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
- C07K2317/50—Immunoglobulins specific features characterized by immunoglobulin fragments
- C07K2317/56—Immunoglobulins specific features characterized by immunoglobulin fragments variable (Fv) region, i.e. VH and/or VL
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
- C07K2317/50—Immunoglobulins specific features characterized by immunoglobulin fragments
- C07K2317/56—Immunoglobulins specific features characterized by immunoglobulin fragments variable (Fv) region, i.e. VH and/or VL
- C07K2317/565—Complementarity determining region [CDR]
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
- C07K2317/90—Immunoglobulins specific features characterized by (pharmaco)kinetic aspects or by stability of the immunoglobulin
- C07K2317/92—Affinity (KD), association rate (Ka), dissociation rate (Kd) or EC50 value
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Immunology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Environmental Sciences (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Animal Behavior & Ethology (AREA)
- Animal Husbandry (AREA)
- Biodiversity & Conservation Biology (AREA)
- Veterinary Medicine (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Plant Pathology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Peptides Or Proteins (AREA)
- Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
- Preparation Of Compounds By Using Micro-Organisms (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
Изобретение относится к области биохимии, в частности к рекомбинантной нуклеиновой кислоте легкой цепи иммуноглобулина, содержащей по меньшей мере два нереаранжированных генных сегмента Vчеловека и по меньшей мере один нереаранжированный генный сегмент Jчеловека, функционально связанный с последовательностью константной области легкой цепи иммуноглобулина. Причем два нереаранжированных генных сегмента Vчеловека представляют собой генные сегменты Vκ1-39 и Vκ3-20 человека, каждый из которых содержит по меньшей мере один гистидиновый кодон, который не кодируется соответствующим генным сегментом Vκ1-39 и Vκ3-20 зародышевой линии человека. Также раскрыты грызун и, соответственно, способ его получения, вектор, клетка и ткань грызуна, содержащие вышеуказанную нуклеиновую кислоту. Изобретение также относится к способу получения антитела, которое проявляет зависимое от рН связывание с представляющим интерес антигеном, предусматривающему использование вышеуказанного грызуна. Изобретение позволяет эффективно получать антитело, которое проявляет зависимое от рН связывание с представляющим интерес антигеном. 8 н. и 57 з.п. ф-лы, 34 ил., 14 табл., 8 пр.
Description
Область техники, к которой относится настоящее изобретение
Предусмотрено генетически модифицированное отличное от человека животное (например, грызун, например, мышь или крыса), которое экспрессирует антитела, способные связываться с антигеном зависимым от рН образом. Предусмотрен способ получения модификаций последовательности вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина отличного от человека животного, причем модификации включают в себя мутагенез остатков в гене вариабельной области легкой цепи, например, нуклеотидах, которые кодируют одну или несколько аминокислот в определяющей комплементарность области (CDR), для облегчения in vivo экспрессии антител, содержащих домены легкой цепи, которые проявляют зависимое от рН связывание с антигенами. Также предусмотрены способы получения антител с зависимым от рН связыванием антигена.
Предшествующий уровень техники настоящего изобретения
Антитела, как правило, содержат гомодимерный компонент тяжелой цепи, причем каждый мономер тяжелой цепи связан с идентичной легкой цепью. Антитела, содержащие гетеродимерный компонент тяжелой цепи (например, биспецифические антитела), желательны в качестве терапевтических антител. Но получение биспецифических антител, содержащих подходящий компонент легкой цепи, который может удовлетворительно ассоциировать с каждой из тяжелых цепей биспецифического антитела, оказалось проблематичным.
Согласно одному подходу легкая цепь может быть выбрана с помощью обзора статистики использования всех вариабельных доменов легкой цепи, идентифицирующего наиболее часто используемую легкую цепь в антителах человека, и образования пары этой легкой цепи in vitro с двумя тяжелыми цепями различной специфичности.
Согласно другому подходу легкая цепь может быть выбрана путем наблюдения последовательностей легкой цепи в библиотеке фагового дисплея (например, библиотеке фагового дисплея, содержащей последовательности вариабельной области легкой цепи человека, например, библиотеке scFv человека) и выбора наиболее широко используемой вариабельной области легкой цепи из библиотеки. Легкая цепь может быть исследована на двух разных представляющих интерес тяжелых цепях.
Согласно другому подходу легкая цепь может быть выбрана путем анализа библиотеки фагового дисплея вариабельных последовательностей легкой цепи с использованием вариабельных последовательностей тяжелой цепи обеих представляющих интерес тяжелых цепей в качестве зондов. Легкая цепь, которая ассоциирует с обеими вариабельными последовательностями тяжелой цепи, может быть выбрана в качестве легкой цепи для тяжелых цепей.
Согласно другому подходу потенциальная легкая цепь может быть выровнена с родственными тяжелым цепям легкими цепями, и получают модификации в легкой цепи для более близкого соответствия характеристик последовательностей, общих для родственных легких цепей обеих тяжелых цепей. Если шансы иммуногенности должны быть сведены к минимуму, модификации предпочтительно приводят к последовательностям, которые присутствуют в известных последовательностях легкой цепи человека, таким образом, что протеолитический процессинг вряд ли будет производить эпитоп Т-клеток, основанный на параметрах и способах, известных в настоящей области техники для оценки вероятности иммуногенности (т.е. in silico, а также в мокрых анализах).
Все вышеперечисленные подходы основываются на способах in vitro, которые предусматривают ряд априорных ограничений, например, идентичность последовательности, способность ассоциировать со специфическими предварительно выбранными тяжелыми цепями и т.д. Существует необходимость в настоящей области техники в композициях и способах, которые не основываются на манипулировании условиями in vitro, но которые вместо этого применяют более биологически чувствительные подходы к созданию эпитопсвязывающих белков человека, которые включают в себя общую легкую цепь.
Кроме того, терапевтические антитела, например, биспецифические терапевтические антитела, характеризуются некоторыми ограничениями в том, что они часто требуют высоких доз для достижения желаемой эффективности. Отчасти это связано с тем фактом, что комплексы антитело-антиген поглощаются в эндосомы, и подвергаются лизосомальной деградации в процессе, называемом мишень-опосредованный клиренс. Таким образом, в настоящей области техники существует необходимость в способах и композициях, которые приводят к более эффективной рециркуляции антител, например, рециркуляции биспецифических антител, и предупреждают деградацию антител путем способствования диссоциации комплексов антитело-антиген в эндосомальном компартменте без снижения специфичности и аффинности антитела к антигену.
Краткое раскрытие настоящего изобретения
Согласно одному аспекту предусмотрена биологическая система для производства антитела или вариабельного домена антитела, который связывается с антигеном-мишенью при нейтральном значении рН, но проявляет сниженное связывание с тем же антигеном при кислом значении рН (например, рН 5,0-6,0). Биологическая система содержит отличное от человека животное, например, грызуна (например, мышь или крысу), которое содержит реаранжированную последовательность легкой цепи (например, реаранжированную V-J), которая содержит одну или несколько модификаций гистидина. Согласно различным аспектам одна или несколько модификаций гистидина находятся в ко доне CDR3 легкой цепи. Согласно различным аспектам отличное от человека животное содержит человеческий или гуманизированный локус тяжелой цепи иммуноглобулина. Согласно различным аспектам отличное от человека животное содержит замещение эндогенных вариабельных генных сегментов отличное от человеческой тяжелой цепи одним или несколькими сегментами VH, DH, и JH тяжелой цепи человека, причем человеческие сегменты функционально связаны с отличное от человеческой константной областью иммуноглобулина. Согласно различным аспектам предусмотрены отличные от человека животные с универсальными легкими цепями, содержащими вариабельные домены легкой цепи с заменами негистидиновых остатков на остатки гистидина. Согласно различным аспектам эти отличные от человека животные с универсальными легкими цепями с модификациями гистидинов (например, грызуны, например, мыши) относятся к мышам с гистидин-универсальной легкой цепью, гистидин-ULC мышам или HULC мышам.
Таким образом, согласно одному аспекту в настоящем документе предусмотрено генетически модифицированное отличное от человека животное, которое содержит в своей зародышевой линии локус легкой цепи иммуноглобулина, который содержит единственную реаранжированную генную последовательность вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина человека, содержащую последовательности сегментов VL и JL человека, причем единственная реаранжированная последовательность вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина человека содержит замену по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон. Согласно одному варианту осуществления единственная реаранжированная последовательность вариабельной области иммуноглобулина человека функционально связана с генной последовательностью константной области легкой цепи иммуноглобулина. Согласно одному варианту осуществления генная последовательность константной области легкой цепи иммуноглобулина представляет собой отличную от человеческой генную последовательность константной области легкой цепи иммуноглобулина. Согласно одному варианту осуществления отличная от человеческой генная последовательность константной области легкой цепи иммуноглобулина представляет собой эндогенную генную последовательность константной области легкой цепи иммуноглобулина. Согласно одному варианту осуществления отличное от человека животное не содержит функциональную нереаранжированную вариабельную область легкой цепи иммуноглобулина. Согласно одному варианту осуществления локус легкой цепи иммуноглобулина находится в эндогенном отличном от человеческого локусе легкой цепи иммуноглобулина.
Согласно одному варианту осуществления животное дополнительно содержит в своей зародышевой линии локус тяжелой цепи иммуноглобулина, который содержит нереаранжированную генную последовательность вариабельной области тяжелой цепи иммуноглобулина, содержащую сегменты VH, DH и JH человека, функционально связанные с генной последовательностью константной области тяжелой цепи иммуноглобулина. Согласно одному варианту осуществления генная последовательность константной области тяжелой цепи иммуноглобулина представляет собой отличную от человеческой генную последовательность константной области тяжелой цепи. Согласно одному варианту осуществления отличная от человеческой генная последовательность константной области тяжелой цепи представляет собой эндогенную генную последовательность константной области тяжелой цепи иммуноглобулина. Согласно одному варианту осуществления локус тяжелой цепи иммуноглобулина находится в эндогенном локусе тяжелой цепи иммуноглобулина.
Согласно одному варианту осуществления замена по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон происходит в нуклеотидной последовательности, кодирующей определяющую комплементарность область (CDR). Согласно одному варианту осуществления замена по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон происходит в нуклеотидной последовательности, кодирующей CDR3. Согласно одному варианту осуществления замена представляет собой замену одного, двух, трех, четырех или более кодонов CDR3. Согласно одному аспекту единственная реаранжированная последовательность вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина человека, находящаяся в локусе легкой цепи иммуноглобулина, происходит из генного сегмента Vκ1-39 или Vκ3-20 человека. Согласно одному варианту осуществления последовательность Vκ генного сегмента Vκ1-39 или Vκ3-20 человека представляет собой последовательность Vκ1-39 или Vκ3-20 зародышевой линии, но с гистидиновыми модификациями. Согласно одному варианту осуществления единственная реаранжированная вариабельная область легкой цепи иммуноглобулина человека происходит из реаранжированной генной последовательности Vκ1-39/Jκ5 или Vκ3-20/Jκ1. Согласно одному варианту осуществления единственная реаранжированная вариабельная область легкой цепи иммуноглобулина человека происходит из реаранжированной генной последовательности Vκ1-39/Jκ5, и генная последовательность Vκ1-39/Jκ5 содержит замену по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон, разработанный для экспрессии гистидина в положении, выбранном из 105, 106, 108, 111 и их комбинации. Согласно другому варианту осуществления единственная реаранжированная вариабельная область легкой цепи иммуноглобулина человека происходит из реаранжированной генной последовательности Vκ3-20/Jκ1, и генная последовательность Vκ3-20/Jκ1 содержит замену по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон, разработанный для экспрессии гистидина в положении, выбранном из 105, 106, 107, 109 и их комбинации.
Согласно одному аспекту описанное в настоящем документе отличное от человека животное содержит популяцию В-клеток в ответ на представляющий интерес антиген, которая обогащена антителами, которые проявляют снижение диссоциационного периода полувыведения (t1/2) при кислом значении рН, по сравнению с нейтральным значением рН по меньшей мере приблизительно в 2 раза, по меньшей мере приблизительно в 3 раза, по меньшей мере приблизительно в 4 раза, по меньшей мере приблизительно в 5 раз, по меньшей мере приблизительно в 10 раз, по меньшей мере приблизительно в 15 раз, по меньшей мере приблизительно в 20 раз, по меньшей мере приблизительно в 25 раз или по меньшей мере приблизительно в 30 раз. Согласно одному варианту осуществления снижение tm при кислом значении рН, по сравнению с нейтральным значением рН, происходит приблизительно в 30 или более раз. Согласно одному варианту осуществления такое обогащение составляет по меньшей мере приблизительно двукратное.
Согласно одному варианту осуществления животное экспрессирует антитело, содержащее вариабельный домен легкой цепи иммуноглобулина человека с заменой по меньшей мере одного негистидинового остатка на остаток гистидина в аминокислотном положении, кодируемом по меньшей мере одним кодоном, замененным в генной последовательности вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина. Согласно одному варианту осуществления животное экспрессирует антитело, которое сохраняет замену по меньшей мере одного негистидинового остатка на остаток гистидина в экспрессированном вариабельном домене легкой цепи иммуноглобулина человека, несмотря на соматические гипермутации.
Согласно одному варианту осуществления отличное от человека животное представляет собой млекопитающее. Согласно одному варианту осуществления млекопитающее представляет собой грызуна, например, крысу или мышь. Согласно одному варианту осуществления отличное от человека животное представляет собой мышь. Таким образом, согласно одному аспекту в настоящем документе предусмотрена генетически модифицированная мышь, содержащая в своей зародышевой линии локус легкой цепи иммуноглобулина, который содержит единственную реаранжированную генную последовательность вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина человека, содержащую последовательности сегментов VL и JL человека, причем единственная реаранжированная последовательность вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина человека содержит замену по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон. Согласно одному варианту осуществления мышь не содержит функциональную нереаранжированную вариабельную область легкой цепи иммуноглобулина.
Согласно одному варианту осуществления единственная реаранжированная генная последовательность вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина в зародышевой линии мыши функционально связана с генной последовательностью константной области легкой цепи иммуноглобулина. Согласно одному варианту осуществления генную последовательность константной области легкой цепи иммуноглобулина выбирают из генной последовательности константной области легкой цепи иммуноглобулина крысы или мыши. Согласно одному варианту осуществления генная последовательность константной области легкой цепи иммуноглобулина представляет собой последовательность мыши. Согласно одному варианту осуществления локус легкой цепи иммуноглобулина находится в эндогенном локусе легкой цепи иммуноглобулина мыши.
Согласно дополнительному варианту осуществления мышь также содержит в своей зародышевой линии локус тяжелой цепи иммуноглобулина, который содержит нереаранжированную последовательность вариабельной области тяжелой цепи иммуноглобулина, содержащую сегменты VH, DH и JH человека, функционально связанные с генной последовательностью константной области тяжелой цепи иммуноглобулина. Согласно одному аспекту генная последовательность константной области тяжелой цепи иммуноглобулина представляет собой генную последовательность константной области тяжелой цепи крысы или мыши. Согласно одному варианту осуществления генная последовательность константной области тяжелой цепи иммуноглобулина представляет собой последовательность мыши. Согласно одному варианту осуществления локус тяжелой цепи иммуноглобулина находится в эндогенном локусе тяжелой цепи иммуноглобулина мыши.
Согласно одному аспекту мышь содержит замену по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон, причем замена происходит в нуклеотидной последовательности, кодирующей CDR. Согласно одному варианту осуществления замена происходит в ко доне CDR3, например в одном, двух, трех, четырех или более кодонах CDR3. Согласно одному варианту осуществления локус легкой цепи иммуноглобулина мыши содержит единственную реаранжированную последовательность вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина человека, полученную из генного сегмента Vκ1-39 или Vκ3-20 человека, например единственная реаранжированная последовательность вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина происходит из реаранжированной генной последовательности Vκ1-39/Jκ5 или Vκ3-20/Jκ1. Согласно одному варианту осуществления единственная реаранжированная последовательность вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина происходит из реаранжированной генной последовательности Vκ1-39/Jκ5, и генная последовательность Vκ1-39/Jκ5 содержит замещение по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон, разработанное для экспрессии гистидина в положении, выбранном из 105, 106, 108, 111 и их комбинации. Согласно одному варианту осуществления такое замещение разрабатывается для замещения гистидинов в положениях 105, 106, 108 и 111. Согласно другому варианту осуществления такое замещение разрабатывается для замещения гистидинов в положениях 106, 108 и 111.
Согласно другому варианту осуществления единственная реаранжированная последовательность вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина происходит из реаранжированной генной последовательности Vκ3-20/Jκ1, и последовательность Vκ3-20/Jκ1 содержит замещение по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон, разработанное для экспрессии гистидина в положении, выбранном из 105, 106, 107, 109 и их комбинации. Согласно одному варианту осуществления такое замещение разрабатывается для замещения гистидинов в положениях 105, 106, 107 и 109 Согласно другому варианту осуществления такое замещение разрабатывается для замены гистидинов в положениях 105, 106 и 109.
Согласно одному варианту осуществления описанная в настоящем документе мышь содержит популяцию В-клеток в ответ на представляющий интерес антиген, которая обогащена антителами, которые проявляют сниженный диссоциационный период полувыведения (t1/2) при кислом значении рН, по сравнению с нейтральным значением рН по меньшей мере приблизительно в 2 раза, по меньшей мере приблизительно в 3 раза, по меньшей мере приблизительно в 4 раза, по меньшей мере приблизительно в 5 раз, по меньшей мере приблизительно в 10 раз, по меньшей мере приблизительно в 15 раз, по меньшей мере приблизительно в 20 раз, по меньшей мере приблизительно в 25 раз или по меньшей мере приблизительно в 30 раз. Согласно одному варианту осуществления уменьшение t1/2 при кислом значении рН, по сравнению с нейтральным значением рН, происходит приблизительно в 30 или более раз. Согласно одному варианту осуществления такое обогащение антител составляет по меньшей мере приблизительно двукратное.
Согласно одному варианту осуществления описанная в настоящем документе мышь экспрессирует популяцию антигенспецифических антител в ответ на представляющий интерес антиген, причем все антитела содержат (а) вариабельные домены легкой цепи иммуноглобулина, полученные из той же единственной реаранжированной генной последовательности вариабельной области легкой цепи человека, которая содержит замену по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон, и (b) вариабельные домены тяжелой цепи иммуноглобулина, полученные из репертуара сегментов V, D и J тяжелой цепи человека.
Также в настоящем документе предусмотрен отличный от человеческого локус, например, локус мыши, содержащий единственную реаранжированную генную последовательность вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина человека, содержащую последовательности сегментов VL и JL человека, причем единственная реаранжированная генная последовательность вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина человека содержит замену по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон. Согласно одному варианту осуществления локус содержится в зародышевой линии отличного от человека животного. Согласно одному варианту осуществления локус содержит единственную реаранжированную генную последовательность вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина человека, полученную из генных сегментов Vκ1-39 или Vκ3-20 человека, например, полученную из реаранжированных генных последовательностей Vκ1-39/Jκ5 или Vκ3-20/Jκ1. Согласно одному варианту осуществления, при котором присутствующая в локусе единственная реаранжированная генная последовательность вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина человека происходит из реаранжированной последовательности Vκ1-39/Jκ5, замена по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон разрабатывается для экспрессии гистидина в положении, выбранном из 105, 106, 108, 111 и их комбинации. Согласно другому варианту осуществления, при котором присутствующая в локусе единственная реаранжированная генная последовательность вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина человека происходит из реаранжированной последовательности Vκ3-20/Jκ1, замена по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон разрабатывается для экспрессии гистидина в положении, выбранном из 105, 106, 107, 109 и их комбинации. Согласно различным вариантам осуществления описанные в настоящем документе отличные от человеческого локусы могут быть получены с использованием описанных ниже способов для получения генетически модифицированного отличного от человека животного.
Согласно еще одному аспекту в настоящем документе предусмотрен способ получения отличного от человека животного, которое содержит генетически модифицированный локус легкой цепи иммуноглобулина в своей зародышевой линии, причем способ предусматривает модификацию генома отличного от человека животного для удаления или приведения в нефункциональное состояние эндогенных сегментов V и J легкой цепи иммуноглобулина в локусе легкой цепи иммуноглобулина и размещение в геноме единственной реанаржированной генной последовательности вариабельной области легкой цепи человека, содержащей замену по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон. Согласно одному варианту осуществления такой способ приводит к генетически модифицированному отличному от человека животному, которое содержит популяцию В-клеток, обогащенных антителами, обладающими зависимым от рН связыванием с представляющим интерес антигеном. Согласно одному варианту осуществления размещенная в геноме единственная реаранжированная последовательность вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина человека происходит из генной последовательности Vκ1-39 или Vκ3-20, например, реаранжированной Vκ1-39/Jκ5 или Vκ3-20/Jκ1 человека. Таким образом, согласно варианту осуществления, в котором единственная реаранжированная последовательность вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина человека происходит из реаранжированной Vκ1-39/Jκ5, замена по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон разрабатывается для экспрессии гистидина в положении, выбранном из 105, 106, 108, 111 и их комбинации. Согласно одному варианту осуществления, при котором единственная реаранжированная последовательность вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина человека происходит из реаранжированной Vκ3-20/Jκ1, замена по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон разрабатывается для экспрессии гистидина в положении, выбранном из 105, 106, 107, 109 и их комбинации.
Согласно другому аспекту в настоящем документе предусмотрен способ получения антитела, которое проявляет зависимое от рН связывание с представляющим интерес антигеном, предусматривающий (а) получение описанной в настоящем документе мыши (например, мыши, которая содержит в своей зародышевой линии локус легкой цепи иммуноглобулина, который содержит единственную реаранжированную последовательность вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина человека, содержащую последовательности сегментов VL и JL, и замену по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон в своей реаранжированной последовательности вариабельной области легкой цепи), (b) иммунизацию мыши представляющим интерес антигеном и (с) отбор антитела, которое связывается с представляющим интерес антигеном с требуемой аффинностью при нейтральном значении рН, при этом демонстрируя сниженное связывание с антигеном при кислом значении рН. Согласно одному варианту осуществления способ приводит к получению антитела, которое проявляет t1/2 при кислом значении рН и 37°С, составляющее приблизительно 2 минуты или менее.
Согласно одному варианту осуществления способ приводит к получению антитела, которое проявляет снижение в диссоциационном периоде полувыведения (t1/2) при кислом значении рН, по сравнению с нейтральным значением рН, по меньшей мере приблизительно в 2 раза, по меньшей мере приблизительно в 3 раза, по меньшей мере приблизительно в 4 раза, по меньшей мере приблизительно в 5 раз, по меньшей мере приблизительно в 10 раз, по меньшей мере приблизительно в 15 раз, по меньшей мере приблизительно в 20 раз, по меньшей мере приблизительно в 25 раз или по меньшей мере приблизительно в 30 раз.
Согласно другим аспектам в настоящем документе предусмотрены дополнительные способы получения антитела, которое проявляет зависимое от рН связывание с представляющим интерес антигеном. Один из таких способов предусматривает: (а) выбор первого антитела, которое связывается с представляющим интерес антигеном с требуемой аффинностью, (b) модификацию нуклеотидной последовательности легкой цепи иммуноглобулина первого антитела для получения замены по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон, (с) экспрессию тяжелой цепи иммуноглобулина первого антитела и модифицированной легкой цепи иммуноглобулина в клетке и (d) выбор второго антитела, экспрессированного в клетке, которое сохраняет требуемую аффинность к представляющему интерес антигену при нейтральном значении рН и отображает сниженное связывание с представляющим интерес антигеном при кислом значении рН. Согласно одному варианту осуществления нуклеотидная последовательность легкой цепи иммуноглобулина первого антитела содержит единственную реаранжированную последовательность вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина человека. Согласно одному варианту осуществления первое антитело получают от отличного от человека животного, например, мыши, содержащего последовательность легкой цепи иммуноглобулина, полученную из единственной реаранжированной последовательности вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина человека, и модификацию легкой цепи иммуноглобулина выполняют в единственной реаранжированной последовательности вариабельной области иммуноглобулина человека. Согласно одному варианту осуществления первое антитело получают от отличного от человека животного, например, мыши, дополнительно содержащего последовательность тяжелой цепи иммуноглобулина, полученную из репертуара сегментов VH, DH и JH человека. Согласно одному варианту осуществления единственную реаранжированную последовательность вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина человека выбирают из генной последовательности Vκ1-39/Jκ5 и Vκ3-20/Jκ1. Согласно одному варианту осуществления, в котором единственная реаранжированная последовательность вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина человека представляет собой Vκ1-39/Jκ5, модификацию в нуклеотидной последовательности легкой цепи иммуноглобулина первого антитела выполняют в кодоне CDR3 в положении, выбранном из 105, 106, 108, 111 и их комбинации. Согласно одному варианту осуществления, в котором единственная реаранжированная последовательность вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина человека представляет собой Vκ3-20/Jκ1, модификацию в нуклеотидной последовательности легкой цепи иммуноглобулина первого антитела выполняют в кодоне CDR3 в положении, выбранном из 105, 106, 107, 109 и их комбинации.
Согласно одному варианту осуществления способ получения антитела, которое проявляет зависимое от рН связывание с описанным в настоящем документе представляющим интерес антигеном приводит к антителу, которое проявляет снижение в диссоциационном периоде полувыведения (t1/2) при кислом значении рН, по сравнению с нейтральным значением рН, по меньшей мере приблизительно в 2 раза, по меньшей мере приблизительно в 3 раза, по меньшей мере приблизительно в 4 раза, по меньшей мере приблизительно в 5 раз, по меньшей мере приблизительно в 10 раз, по меньшей мере приблизительно в 15 раз, по меньшей мере приблизительно в 20 раз, по меньшей мере приблизительно в 25 раз или по меньшей мере приблизительно в 30 раз. Согласно одному варианту осуществления способ получения антител приводит к антителу, которое проявляет tm при кислом значении рН и 37°С, равный приблизительно 2 минуты или менее.
Согласно другим различным аспектам в настоящем документе предусмотрено генетически модифицированное отличное от человека животное, например, мышь, которое содержит ограниченный репертуар вариабельных генных сегментов легкой цепи, например, не более двух генных сегментов VL человека и один или несколько, например, два или более, генных сегментов JL человека, функционально связанных с константной областью легкой цепи мыши или крысы, и один или несколько генных сегментов VH человека, один или несколько генных сегментов DH человека и один или несколько генных сегментов JH человека, функционально связанных с отличной от человеческой константной областью; причем генные сегменты человека способны к реаранжировке и кодированию человеческих вариабельных доменов антитела, и, кроме того, причем мышь не содержит эндогенный генный сегмент VL, который способен к реаранжировке с образованием легкой цепи иммуноглобулина. Согласно одному варианту осуществления константная область легкой цепи представляет собой константную область крысы или мыши, например, константную область Сκ крысы или мыши. Согласно одному варианту осуществления мышь содержит пять человеческих генных сегментов Jκ, например, генные сегменты Jκ1, Jκ2, Jκ3, Jκ4 и Jκ5. Согласно одному варианту осуществления не более двух генных сегментов VL человека выбирают из Vκ1-39, Vκ3-20 человека и их комбинации, например, два генных сегмента VL человека представляют собой Vκ1-39 и Vκ3-20. Согласно одному варианту осуществления не более двух генных сегментов VL человека и один или несколько, например, два или более, генных сегментов JL человека присутствуют в эндогенном локусе легкой цепи, например, эндогенном локусе легкой цепи каппа. Согласно одному варианту осуществления мышь содержит функциональный локус легкой цепи λ. Согласно другому варианту осуществления мышь содержит нефункциональный локус легкой цепи λ. Согласно одному варианту осуществления один или несколько генных сегментов VH человека, один или несколько генных сегментов DH человека и один или несколько генных сегментов JH человека функционально связаны с последовательностью константной области тяжелой цепи мыши или крысы.
Согласно некоторым вариантам осуществления в настоящем документе также предусмотрен отличный от человеческого локус, содержащий ограниченный репертуар вариабельных генных сегментов человека, например, отличный от человеческого локус, содержащий не более двух генных сегментов VL человека и один или несколько, например, два или более, генных сегмента JL человека, функционально связанных с последовательностью константной области иммуноглобулина (например, отличной от человеческой последовательностью константной области иммуноглобулина, например, последовательностью крысы или мыши). Согласно одному варианту осуществления локус содержит пять генных сегментов Jκ человека, например, генные сегменты Jκ1, Jκ2, Jκ3, Jκ4 и Jκ5. Согласно одному варианту осуществления не более двух генных сегментов VL человека выбирают из Vκ1-39 и Vκ3-20 и их комбинации (например, не более двух генных сегментов VL человека представляют собой Vκ1-39 и Vκ3-20). Согласно различным вариантам осуществления описанные в настоящем документе отличные от человеческих локусы могут быть получены с использованием описанных в настоящей заявке способов получения генетически модифицированных отличных от человека животных. Таким образом, также предусмотрен способ получения генетически модифицированного отличного от человека животного, предусматривающий ограниченный репертуар вариабельных генных сегментов человека, например, предусматривающий не более двух генных сегментов VL человека и один или несколько, например, два или более, генных сегментов JL человека, функционально связанных с последовательностью константной области иммуноглобулина (например, отличной от человеческой последовательностью константной области иммуноглобулина, например, последовательностью крысы или мыши).
Согласно различным аспектам предусмотрена мышь, которая экспрессирует легкую цепь иммуноглобулина, полученную из реаранжировки одного из двух генных сегментов Vκ человека и одного из 1, 2, 3, 4 или 5 генных сегментов Jκ человека, причем мышь содержит замещение всех или практически всех эндогенных генных сегментов VH иммуноглобулина одним или несколькими генными сегментами VH, одним или несколькими генными сегментами DH и одним или несколькими генными сегментами JH иммуноглобулина человека, а мышь проявляет соотношение (а) В-клеток в костном мозге, которые экспрессируют иммуноглобулин, содержащий легкую цепь λ, к (b) В-клеткам в костном мозге, которые экспрессируют иммуноглобулин, содержащий легкую цепь κ, составляющее приблизительно от 1 до приблизительно 15. Согласно некоторым вариантам осуществления реаранжировка включает в себя генный сегмент Vκ1-39 человека. Согласно некоторым вариантам осуществления реаранжировка включает в себя генный сегмент Vκ3-20 человека. Согласно некоторым вариантам осуществления замещение эндогенных генных сегментов VH иммуноглобулина находится в эндогенном локусе VH иммуноглобулина. Согласно некоторым вариантам осуществления два генных сегмента Vκ человека находятся в эндогенном локусе Vκ иммуноглобулина и согласно некоторым вариантам осуществления два генных сегмента Vκ человека замещают все или по существу все генные сегменты Vκ иммуноглобулина мыши. Согласно некоторым вариантам осуществления два генных сегмента Vκ человека находятся в эндогенном локусе Vκ иммуноглобулина и согласно некоторым вариантам осуществления два генных сегмента Vκ человека замещают все или по существу все генные сегменты Vκ и Jκ иммуноглобулина мыши. Согласно различным вариантам осуществления два генных сегмента Vκ человека функционально связаны с двумя или более (например, 2, 3, 4, 5) генными сегментами Jκ человека.
Согласно некоторым вариантам осуществления мышь по настоящему изобретению экспрессирует легкую цепь, полученную посредством реаранжировки генного сегмента Vκ1-39 человека или генного сегмента Vκ3-20 человека и одного из двух или более (например, 2, 3, 4 или 5) генных сегментов Jκ человека, и отношение незрелых В-клеток в костном мозге, которые экспрессируют иммуноглобулин, содержащий легкую цепь λ, к незрелым В-клеткам, которые экспрессируют иммуноглобулин, содержащий легкую цепь κ, составляет от приблизительно 1 до приблизительно 13.
Согласно некоторым вариантам осуществления мышь по настоящему изобретению экспрессирует легкую цепь, полученную посредством реаранжировки генного сегмента Vκ1-39 человека или генного сегмента Vκ3-20 человека и одного из двух или более (например, 2, 3, 4, или 5) генных сегментов Jκ человека, и отношение зрелых В-клеток в костном мозге, которые экспрессируют иммуноглобулин, содержащий легкую цепь λ, к незрелым В-клеткам, которые экспрессируют иммуноглобулин, содержащий легкую цепь κ, составляет от приблизительно 1 до приблизительно 7.
Согласно некоторым вариантам осуществления мышь по настоящему изобретению экспрессирует легкую цепь, полученную посредством реаранжировки генного сегмента Vκ1-39 человека или генного сегмента Vκ3-20 человека и одного из двух или более (например, 2, 3, 4 или 5) генных сегментов Jκ человека, и содержит популяцию про-В-клеток в костном мозге в пределах диапазона от приблизительно 2,5×104 до приблизительно 1,5×105 клеток, включая в себя, например, приблизительно 2,5×104, 3,0×104, 3,5×104, 4,0×104, 4,5×104, 5,0×104, 5,5×104, 6,0×104, 6,5×104, 7,0×104, 7,5×104, 8,0×104, 8,5×104, 9,0×104, 9,5×104, 1,0×105 или 1,5×105 клеток; согласно некоторым вариантам осуществления мышь по настоящему изобретению содержит популяцию про-В-клеток в костном мозге, составляющую приблизительно 2,88×104 клеток; согласно некоторым вариантам осуществления мышь по настоящему изобретению содержит популяцию про-В-клеток в костном мозге, составляющую приблизительно 6,42×104 клеток; согласно некоторым вариантам осуществления мышь по настоящему изобретению содержит популяцию про-В-клеток в костном мозге, составляющую приблизительно 9,16×104 клеток; согласно некоторым вариантам осуществления мышь по настоящему изобретению содержит популяцию про-В-клеток в костном мозге, составляющую приблизительно 1,19×105 клеток. Иллюстративные про-В-клетки в костном мозге описанных в настоящем документе генетически модифицированных мышей характеризуются экспрессией CD19, CD43, c-kit и/или их комбинации (например, CD19+, CD43+, c-kit+).
Согласно некоторым вариантам осуществления мышь по настоящему изобретению экспрессирует легкую цепь, полученную посредством реаранжировки генного сегмента Vκ1-39 человека или генного сегмента Vκ3-20 человека и одного из двух или более (например, 2, 3, 4 или 5) генных сегментов Jκ человека, и содержит популяцию пре-В-клеток в костном мозге в пределах диапазона от приблизительно 1×106 до приблизительно 2×106 клеток, включая в себя, например, приблизительно 1,0×106, 1,1×106, 1,2×106, 1,3×106, 1,4×106, 1,5×106, 1,6×106, 1,7×106, 1,8×106, 1,9×106 или 2,0×106 клеток; согласно некоторым вариантам осуществления мышь по настоящему изобретению содержит популяцию пре-В-клеток в костном мозге, составляющую приблизительно 1,25×106 клеток; согласно некоторым вариантам осуществления мышь по настоящему изобретению содержит популяцию пре-В-клеток в костном мозге, составляющую приблизительно 1,46×106 клеток; согласно некоторым вариантам осуществления мышь по настоящему изобретению содержит популяцию пре-В-клеток в костном мозге, составляющую приблизительно 1,64×106 клеток; согласно некоторым вариантам осуществления мышь по настоящему изобретению содержит популяцию пре-В-клеток в костном мозге, составляющую приблизительно 2,03×106 клеток. Иллюстративные пре-В-клетки в костном мозге описанных в настоящем документе генетически модифицированных мышей характеризуются экспрессией CD19, CD43, с-kit и/или их комбинации (например, CD19+, CD43-, c-kit-).
Согласно некоторым вариантам осуществления мышь по настоящему изобретению экспрессирует легкую цепь, полученную посредством реаранжировки генного сегмента Vκ1-39 человека или генного сегмента Vκ3-20 человека и одного из двух или более (например, 2, 3, 4 или 5) генных сегментов Jκ человека, и содержит популяцию незрелых В-клеток в костном мозге в пределах диапазона от приблизительно 5×105 до приблизительно 7×105 клеток, включая в себя, например, приблизительно 5,0×105, 5,1×105, 5,2×105, 5,3×105, 5,4×105, 5,5×105, 5,6×105, 5,7×105, 5,8×105, 5,9×105, 6,0×105, 6,1×105, 6,2×105, 6,3×105, 6,4×105, 6,5×105, 6,6×105, 6,7×105, 6,8×105, 6,9×105 или 7,0×105 клеток; согласно некоторым вариантам осуществления мышь по настоящему изобретению содержит популяцию незрелых В-клеток в костном мозге, составляющую приблизительно 5,33×105 клеток; согласно некоторым вариантам осуществления мышь по настоящему изобретению содержит популяцию незрелых В-клеток в костном мозге, составляющую приблизительно 5,80×105 клеток; согласно некоторым вариантам осуществления мышь по настоящему изобретению содержит популяцию незрелых В-клеток в костном мозге, составляющую приблизительно 5,92×105 клеток; согласно некоторым вариантам осуществления мышь по настоящему изобретению содержит популяцию незрелых В-клеток в костном мозге, составляющую приблизительно 6,67×105 клеток. Иллюстративные незрелые В-клетки в костном мозге описанных в настоящем документе генетически модифицированных мышей характеризуются экспрессией IgM, В220 и/или их комбинации (например, IgM+, B220int).
Согласно некоторым вариантам осуществления мышь по настоящему изобретению экспрессирует легкую цепь, полученную посредством реаранжировки генного сегмента Vκ1-39 человека или генного сегмента Vκ3-20 человека и одного из двух или более (например, 2, 3, 4 или 5) генных сегментов Jκ человека, и содержит популяцию зрелых В-клеток в костном мозге в пределах диапазона от приблизительно 3×104 до приблизительно 1,5×105 клеток, включая в себя, например, приблизительно 3,0×104, 3,5×104, 4,0×104, 4,5×104, 5,0×104, 5,5×104, 6,0×104, 6,5×104, 7,0×104, 7,5×104, 8,0×104, 8,5×104, 9,0×104, 9,5×104, 1,0×105 или 1,5×105 клеток; согласно некоторым вариантам осуществления мышь по настоящему изобретению содержит популяцию зрелых В-клеток в костном мозге, составляющую приблизительно 3,11×104 клеток; согласно некоторым вариантам осуществления мышь по настоящему изобретению содержит популяцию зрелых В-клеток в костном мозге, составляющую приблизительно 1,09×105 клеток; согласно некоторым вариантам осуществления мышь по настоящему изобретению содержит популяцию зрелых В-клеток в костном мозге, составляющую приблизительно 1,16×105 клеток; согласно некоторым вариантам осуществления мышь по настоящему изобретению содержит популяцию зрелых В-клеток в костном мозге, составляющую приблизительно 1,44×105 клеток. Иллюстративные зрелые В-клетки в костном мозге описанных в настоящем документе генетически модифицированных мышей характеризуются экспрессией IgM, В220 и/или их комбинации (например, IgM+, B220hi).
Согласно некоторым вариантам осуществления мышь по настоящему изобретению экспрессирует легкую цепь, полученную посредством реаранжировки генного сегмента Vκ1-39 человека или генного сегмента Vκ3-20 человека и одного из двух или более (например, 2, 3, 4 или 5) генных сегментов Jκ человека, и содержит общую популяцию В-клеток в костном мозге в пределах диапазона от приблизительно 1×106 до приблизительно 3×106 клеток, включая в себя, например, приблизительно 1,0×106, 1,1×106, 1,2×106, 1,3×106, 1,4×106, 1,5×106, 1,6×106, 1,7×106, 1,8×106, 1,9×106, 2,0×106, 2,1×106, 2,2×106, 2,3×106, 2,4×106, 2,5×106, 2,6×106, 2,7×106, 2,8×106, 2,9×106 или 2,0×106 клеток; согласно некоторым вариантам осуществления мышь по настоящему изобретению содержит общую популяцию В-клеток в костном мозге, составляющую приблизительно 1,59×106 клеток; согласно некоторым вариантам осуществления мышь по настоящему изобретению содержит общую популяцию В-клеток в костном мозге, составляющую приблизительно 1,75×106 клеток; согласно некоторым вариантам осуществления мышь по настоящему изобретению содержит общую популяцию В-клеток в костном мозге, составляющую приблизительно 2,13×106 клеток; согласно некоторым вариантам осуществления мышь по настоящему изобретению содержит общую популяцию В-клеток в костном мозге, составляющую приблизительно 2,55×106 клеток. Иллюстративные все В-клетки в костном мозге описанных в настоящем документе генетически модифицированных мышей характеризуются экспрессией CD19, CD20 и/или их комбинации (например, CD19+).
Согласно некоторым вариантам осуществления предусмотрена генетически модифицированная мышь, которая экспрессирует легкую цепь иммуноглобулина, содержащую реаранжированную последовательность Vκ/Jκ иммуноглобулина человека, причем мышь содержит функциональный локус легкой цепи λ иммуноглобулина и причем мышь содержит популяцию В-клеток селезенки, которая характеризуется таким соотношением В-клеток Igλ+ к В-клеткам Igκ+, которое составляет от приблизительно 1 до приблизительно 8; согласно некоторым вариантам осуществления от приблизительно 1 до 5. Согласно некоторым вариантам осуществления реаранжированная последовательность Vκ/Jκ иммуноглобулина человека производится посредством реаранжировки одного из двух генных сегментов Vκ иммуноглобулина человека и одного из 1, 2, 3, 4 или 5 генных сегментов Jκ иммуноглобулина человека. Согласно некоторым вариантам осуществления реаранжированная последовательность Vκ/Jκ иммуноглобулина человека производится посредством реаранжировки генного сегмента Vκ1-39 иммуноглобулина человека и генного сегмента Jκ иммуноглобулина человека, выбранного из Jκ1, Jκ2, Jκ3, Jκ4, Jκ5 и их сочетания. Согласно некоторым вариантам осуществления реаранжированная последовательность Vκ/Jκ иммуноглобулина человека производится посредством реаранжировки генного сегмента Vκ3-20 иммуноглобулина человека и генного сегмента Jκ иммуноглобулина человека, выбранного из Jκ1, Jκ2, Jκ3, Jκ4, Jκ5 и их сочетания.
Согласно некоторым вариантам осуществления мышь по настоящему изобретению содержит CD19+-популяцию В-клеток селезенки в диапазоне от приблизительно 2×106 до приблизительно 7×106 клеток, включая в себя, например, приблизительно 2,0×106, 2,5×106, 3,0×106, 3,5×106, 4,0×106, 4,5×106, 5,0×106, 5,5×106, 6,0×106, 6,5×106 или 7,0×106 клеток; согласно некоторым вариантам осуществления мышь по настоящему изобретению содержит CD19+-популяцию В-клеток селезенки, составляющую приблизительно 2,74×106 клеток; согласно некоторым вариантам осуществления мышь по настоящему изобретению содержит CD19+-популяцию В-клеток селезенки, составляющую приблизительно 4,30×106 клеток; согласно некоторым вариантам осуществления мышь по настоящему изобретению содержит CD19+-популяцию В-клеток селезенки, составляющую приблизительно 5,53×106 клеток; согласно некоторым вариантам осуществления мышь по настоящему изобретению содержит CD19+-популяцию В-клеток селезенки, составляющую приблизительно 6,18×106 клеток.
Согласно некоторым вариантам осуществления мышь по настоящему изобретению содержит популяцию CD19+, IgDhi, IgMlo В-клеток селезенки в диапазоне от приблизительно 1×106 до приблизительно 4×106 клеток, включая в себя, например, приблизительно 1,0×106, 1,5×106, 2,0×106, 2,5×106, 3,0×106, 3,5×106, 4,0×106 клеток; согласно некоторым вариантам осуществления мышь по настоящему изобретению содержит популяцию CD19+, IgDhi, IgMlo В-клеток селезенки, составляющую приблизительно 1,30×106; согласно некоторым вариантам осуществления мышь по настоящему изобретению содержит популяцию CD19+, IgDhi, IgMlo В-клеток селезенки, составляющую приблизительно 2,13×106 клеток; согласно некоторым вариантам осуществления мышь по настоящему изобретению содержит популяцию CD19+, IgDhi, IgMlo В-клеток селезенки, составляющую приблизительно 3,15×106 клеток; согласно некоторым вариантам осуществления мышь по настоящему изобретению содержит популяцию CD19+, IgDhi, IgMlo В-клеток селезенки, составляющую приблизительно 3,93×106 клеток.
Согласно некоторым вариантам осуществления мышь по настоящему изобретению содержит популяцию CD19+, IgDlo, IgMhi В-клеток селезенки в диапазоне от приблизительно 9×105 до приблизительно 2×106 клеток, включая в себя, например, приблизительно 9,0×105, 9,25×105, 9,5×105, 9,75×105, 1,0×106, 1,25×106, 1,50×106, 1,75×106, 2,0×106 клеток; согласно некоторым вариантам осуществления мышь по настоящему изобретению содержит популяцию CD19+, IgDlo, IgMhi В-клеток селезенки, составляющую приблизительно 9,52×105; согласно некоторым вариантам осуществления мышь по настоящему изобретению содержит популяцию CD19+, IgDlo, IgMhi В-клеток селезенки, составляющую приблизительно 1,23×106 клеток; согласно некоторым вариантам осуществления мышь по настоящему изобретению содержит популяцию CD19+, IgDlo, IgMhi В-клеток селезенки, составляющую приблизительно 1,40×106 клеток; согласно некоторым вариантам осуществления мышь по настоящему изобретению содержит популяцию CD19+, IgDlo, IgMhi В-клеток селезенки, составляющую приблизительно 1,42×106 клеток.
Согласно некоторым вариантам осуществления предусмотрена генетически модифицированная мышь, причем мышь содержит локус легкой цепи κ иммуноглобулина, который содержит два нереаранжированных генных сегмента Vκ иммуноглобулина человека и два или более (например, 2, 3, 4 или 5) нереаранжированных генных сегмента Jκ человека, и причем мышь содержит периферическую популяцию В-клеток селезенки, содержащую переходную (например, T1, Т2 и Т3) популяцию В-клеток, которые приблизительно такие же, как и у мыши, которая содержит дополнение дикого типа генных сегментов V и J легкой цепи κ иммуноглобулина. Иллюстративные переходные популяции В-клеток (например, Т1, Т2 и Т3) в селезенке описанной в настоящем документе генетически модифицированной мыши характеризуются экспрессией IgM, CD23, CD93, В220 и/или их комбинации.
Согласно некоторым вариантам осуществления мышь по настоящему изобретению содержит популяцию Т1 В-клеток в селезенке (например, CD93+, В220+, IgMhi, CD23-) в диапазоне от приблизительно 2×106 до приблизительно 7×106 клеток, включая в себя, например, приблизительно 2,0×106, 2,5×106, 3,0×106, 3,5×106, 4,0×106, 4,5×106, 5,0×106, 5,5×106, 6,0×106, 6,5×106 или 7,0×106 клеток; согласно некоторым вариантам осуществления мышь по настоящему изобретению содержит популяцию Т1 В-клеток в селезенке, составляющую приблизительно 2,16×106 клеток; согласно некоторым вариантам осуществления мышь по настоящему изобретению содержит популяцию Т1 В-клеток в селезенке, составляющую приблизительно 3,63×106 клеток; согласно некоторым вариантам осуществления мышь по настоящему изобретению содержит популяцию Т1 В-клеток в селезенке, составляющую приблизительно 3,91×106; согласно некоторым вариантам осуществления мышь по настоящему изобретению содержит популяцию Т1 В-клеток в селезенке, составляющую приблизительно 6,83×106 клеток.
Согласно некоторым вариантам осуществления мышь по настоящему изобретению содержит популяцию Т2 В-клеток в селезенке (например, CD93+, В220+, IgMhi, CD23+) в диапазоне от приблизительно 1×106 до приблизительно 7×106 клеток, включая в себя, например, приблизительно 1,0×106, 1,5×106, 2,0×106, 2,5×106, 3,0×106, 3,5×106, 4,0×106, 4,5×106, 5,0×106, 5,5×106, 6,0×106, 6,5×106 или 7,0×106 клеток; согласно некоторым вариантам осуществления мышь по настоящему изобретению содержит популяцию Т2 В-клеток в селезенке, составляющую приблизительно 1,30×106 клеток; согласно некоторым вариантам осуществления мышь по настоящему изобретению содержит популяцию Т2 В-клеток в селезенке, составляющую приблизительно 2,46×106 клеток; согласно некоторым вариантам осуществления мышь по настоящему изобретению содержит популяцию Т2 В-клеток в селезенке, составляющую приблизительно 3,24×106; согласно некоторым вариантам осуществления мышь по настоящему изобретению содержит популяцию Т2 В-клеток в селезенке, составляющую приблизительно 6,52×106 клеток.
Согласно некоторым вариантам осуществления мышь по настоящему изобретению содержит популяцию Т3 В-клеток в селезенке (например, CD93+, В220+, IgMlo, CD23+) в диапазоне от приблизительно 1×106 до приблизительно 4×106 клеток, включая в себя, например, приблизительно 1,0×106, 1,5×106, 2,0×106, 2,5×106, 3,0×106, 3,5×106 или 4,0×106 клетки; согласно некоторым вариантам осуществления мышь по настоящему изобретению содержит популяцию Т3 В-клеток в селезенке, составляющую приблизительно 1,08×106 клеток; согласно некоторым вариантам осуществления мышь по настоящему изобретению содержит популяцию Т3 В-клеток в селезенке, составляющую приблизительно 1,35×106 клеток; согласно некоторым вариантам осуществления мышь по настоящему изобретению содержит популяцию Т3 В-клеток в селезенке, составляющую приблизительно 3,37×106; согласно некоторым вариантам осуществления мышь по настоящему изобретению содержит популяцию Т3 В-клеток в селезенке, составляющую приблизительно 3,63×106 клеток.
Согласно некоторым вариантам осуществления предусмотрена генетически модифицированная мышь, причем мышь содержит локус легкой цепи κ иммуноглобулина, который содержит два нереаранжированных генных сегмента Vκ иммуноглобулина человека и 1, 2, 3, 4 или 5 нереаранжированных генных сегментов Jκ иммуноглобулина человека, и причем мышь содержит периферическую популяцию В-клеток селезенки, содержащую популяции В-клеток маргинальной зоны и предшественников маргинальной зоны, которые приблизительно такие же, как у мыши, которая содержит комплемент дикого типа генных сегментов Vκ и Jκ иммуноглобулина. Иллюстративные популяции В-клеток маргинальной зоны в селезенке описанной в настоящем документе генетически модифицированной мыши характеризуются экспрессией IgM, CD21/35, CD23, CD93, В220 и/или их комбинации.
Согласно некоторым вариантам осуществления мышь по настоящему изобретению содержит популяцию В-клеток маргинальной зоны в селезенке (например, CD93-, В220+, IgMhi, CD21/35hi, CD23-) в диапазоне от приблизительно 1×106 до приблизительно 3×106 клеток, включительно, например, приблизительно 1,0×106, 1,5×106, 2,0×106, 2,5×106 или 3,0×106 клеток; согласно некоторым вариантам осуществления мышь по настоящему изобретению содержит популяцию В-клеток маргинальной зоны в селезенке, составляющую приблизительно 1,47×106 клеток; согласно некоторым вариантам осуществления мышь по настоящему изобретению содержит популяцию В-клеток маргинальной зоны в селезенке, составляющую приблизительно 1,49×106 клеток; согласно некоторым вариантам осуществления мышь по настоящему изобретению содержит популяцию В-клеток маргинальной зоны в селезенке, составляющую приблизительно 2,26×106 клеток; согласно некоторым вариантам осуществления мышь по настоящему изобретению содержит популяцию В-клеток маргинальной зоны в селезенке, составляющую приблизительно 2,33×106 клеток.
Согласно некоторым вариантам осуществления предусмотрена генетически модифицированная мышь, причем мышь содержит локус легкой цепи κ иммуноглобулина, который содержит два нереаранжированных генных сегмента Vκ иммуноглобулина человека и 1, 2, 3, 4 или 5 нереаранжированных генных сегментов Jκ иммуноглобулина человека, и причем мышь содержит периферическую популяцию В-клеток селезенки, содержащую фолликулярную (например, FO-I и FO-II) популяцию(и) В-клеток, которые приблизительно такие же, как у мыши, которая содержит комплемент дикого типа генных сегментов Vκ и Jκ иммуноглобулина. Иллюстративные фолликулярные популяции В-клеток (например, FO-I и FO-II) в селезенке описанной в настоящем документе генетически модифицированной мыши характеризуются экспрессией IgM, IgD, CD21/35, CD93, В220 и/или их комбинации.
Согласно некоторым вариантам осуществления мышь по настоящему изобретению содержит фолликулярную популяцию типа 1 В-клеток в селезенке (например, CD93-, В220+, CD21/35int, IgMlo, IgDhi) в диапазоне от приблизительно 3×106 до приблизительно 1,5×107 клеток включительно, например, приблизительно 3,0×10, 3,5×106, 4,0×106, 4,5×106, 5,0×106, 5,5×106, 6,0×106, 6,5×106, 7,0×106, 7,5×106, 8,0×106, 8,5×106, 9,0×106, 9,5×106, 1,0×107 или 1,5×107 клеток; согласно некоторым вариантам осуществления мышь по настоящему изобретению содержит фолликулярную популяцию типа 1 В-клеток в селезенке, составляющую приблизительно 3,57×106 клеток; согласно некоторым вариантам осуществления мышь по настоящему изобретению содержит фолликулярную популяцию типа 1 В-клеток в селезенке, составляющую приблизительно 6,31×106 клеток; согласно некоторым вариантам осуществления мышь по настоящему изобретению содержит фолликулярную популяцию типа 1 В-клеток в селезенке, составляющую приблизительно 9,42×106 клеток; согласно некоторым вариантам осуществления мышь по настоящему изобретению содержит фолликулярную популяцию типа 1 В-клеток в селезенке, составляющую приблизительно 1,14×107 клеток.
Согласно некоторым вариантам осуществления мышь по настоящему изобретению содержит фолликулярную популяцию типа 2 В-клеток в селезенке (например, CD93-, В220+, CD21/35int, IgMint, IgDhi) в диапазоне от приблизительно 1×106 до приблизительно 2×106 клеток включительно, например, 1,0×106, 1,25×106, 1,5×106, 1,75×106 или 2,0×106 клеток; согласно некоторым вариантам осуществления мышь по настоящему изобретению содержит фолликулярную популяцию типа 2 В-клеток в селезенке, составляющую приблизительно 1,14×106 клеток; согласно некоторым вариантам осуществления мышь по настоящему изобретению содержит фолликулярную популяцию типа 2 В-клеток в селезенке, составляющую приблизительно 1,45×106 клеток; согласно некоторым вариантам осуществления мышь по настоящему изобретению содержит фолликулярную популяцию типа 2 В-клеток в селезенке, составляющую приблизительно 1,80×106; согласно некоторым вариантам осуществления мышь по настоящему изобретению содержит фолликулярную популяцию типа 2 В-клеток в селезенке, составляющую приблизительно 2,06×106 клеток.
Согласно некоторым другим различным аспектам в настоящем документе также предусмотрено генетически модифицированное отличное от человека животное, содержащее в своей зародышевой линии локус легкой цепи иммуноглобулина, содержащий по меньшей мере один генный сегмент VL человека и по меньшей мере один генный сегмент JL человека, функционально связанный с последовательностью константной области легкой цепи иммуноглобулина, причем каждый из по меньшей мере одного генного сегмента VL человека содержит по меньшей мере один гистидиновый кодон, который не кодируется соответствующим генным сегментом VL зародышевой линии человека. Согласно одному варианту осуществления по меньшей мере один генный сегмент VL человека и по меньшей мере один генный сегмент JL человека способны к реаранжировке и кодированию человеческого вариабельного домена легкой цепи антитела. Согласно одному варианту осуществления отличное от человека животное не содержит эндогенный генный сегмент VL, который способен к реаранжировке с образованием легкой цепи иммуноглобулина. Согласно одному варианту осуществления последовательность константной области легкой цепи иммуноглобулина представляет собой отличную от человеческой последовательность константной области легкой цепи, например, эндогенную последовательности константной области легкой цепи иммуноглобулина, например, последовательность крысы или мыши. Согласно одному варианту осуществления животное дополнительно содержит в своей зародышевой линии локус тяжелой цепи иммуноглобулина, который содержит нереаранжированную последовательность вариабельной области тяжелой цепи, содержащую генные сегменты VH, DH и JH человека, функционально связанные с последовательностью константной области тяжелой цепи иммуноглобулина. Согласно одному варианту осуществления последовательность константной области тяжелой цепи иммуноглобулина представляет собой отличную от человеческой последовательность константной области тяжелой цепи иммуноглобулина, например, эндогенную отличную от человеческой последовательность константной области тяжелой цепи, например, последовательность крысы или мыши. Согласно одному варианту осуществления по меньшей мере один генный сегмент VL человека и по меньшей мере один генный сегмент JL человека присутствуют в эндогенном локусе легкой цепи иммуноглобулина. Согласно одному варианту осуществления константная область легкой цепи иммуноглобулина представляет собой область Сκ. Согласно одному варианту осуществления по меньшей мере один генный сегмент VL человека содержит замену по меньшей мере одного негистидинового кодона, кодируемого соответствующей последовательностью генного сегмента VL зародышевой линии человека, на гистидиновый кодон. Согласно одному варианту осуществления замена происходит в кодоне(ах) CDR3, например, трех или четырех негистидиновых ко донах. Согласно одному варианту осуществления по меньшей мере один генный сегмент VL человека представляет собой два генных сегмента VL человека, например, генные сегменты Vκ1-39 и Vκ3-20 человека. Согласно одному варианту осуществления животное представляет собой грызуна, например, крысу или мышь. Согласно одному варианту осуществления животное экспрессирует антитело, содержащее аминокислотную последовательность, кодируемую по меньшей мере одним генным сегментом VL человека, и антитело сохраняет по меньшей мере один остаток гистидина в аминокислотном положении, кодируемом по меньшей мере одним гистидиновым кодоном генного сегмента VL человека.
Согласно одному варианту осуществления в настоящем документе также предусмотрено генетически модифицированное отличное от человека животное, которое содержит в своей зародышевой линии локус легкой цепи иммуноглобулина, содержащий ограниченный репертуар генных сегментов вариабельной области легкой цепи человека, например, ограниченный репертуар генных сегментов VL и JL человека, причем ограниченный репертуар вариабельных генных сегментов легкой цепи человека содержит по меньшей мере один гистидиновый кодон, который не кодируется соответствующей последовательностью зародышевой линии человека. Согласно одному варианту осуществления в настоящем документе предусмотрено генетически модифицированное отличное от человека животное, содержащее в своей зародышевой линии локус легкой цепи иммуноглобулина, содержащий не более двух генных сегментов VL человека и один или несколько, например, два или более, генных сегментов JL человека, причем каждый из не более двух генных сегментов VL человека содержит по меньшей мере один гистидиновый кодон, который не кодируется соответствующим генным сегментом VL зародышевой линии человека. Согласно одному варианту осуществления не более двух генных сегментов VL человека и один или более, например, два или более, генных сегментов JL человека функционально связаны с последовательностью константной области легкой цепи иммуноглобулина. Согласно одному варианту осуществления не более двух генных сегментов VL человека и один или несколько, например, два или более, генных сегментов JL человека представляют собой генные сегменты Vκ и Jκ. Согласно различным вариантам осуществления генные сегменты VL человека и генные сегменты JL человека способны к реаранжировке и кодированию человеческого вариабельного домена легкой цепи антитела. Согласно одному варианту осуществления животное не содержит эндогенный генный сегмент VL, который способен к реаранжировке с образованием легкой цепи иммуноглобулина. Согласно одному варианту осуществления последовательность константной области легкой цепи иммуноглобулина представляет собой отличную от человеческой последовательность константной области иммуноглобулина, например, последовательность грызуна, например, последовательность мыши или крысы. Согласно одному варианту осуществления отличная от человеческой последовательность константной области легкой цепи иммуноглобулина представляет собой эндогенную последовательность. Согласно другому варианту осуществления последовательность константной области легкой цепи иммуноглобулина представляет собой последовательность человека. Согласно одному варианту осуществления последовательность константной области легкой цепи иммуноглобулина представляет собой последовательность Сκ. Согласно одному варианту осуществления отличное от человека животное дополнительно содержит в своей зародышевой линии локус тяжелой цепи иммуноглобулина, который содержит нереаранжированную последовательность вариабельной области тяжелой цепи иммуноглобулина, которая содержит генные сегменты VH, DH и JH человека, функционально связанные с последовательностью константной области тяжелой цепи иммуноглобулина. Согласно одному варианту осуществления последовательность константной области тяжелой цепи иммуноглобулина представляет собой отличную от человеческой последовательность константной области тяжелой цепи иммуноглобулина, например, последовательность грызуна, например, последовательность крысы или мыши. Согласно одному варианту осуществления отличная от человеческой последовательность константной области тяжелой цепи иммуноглобулина представляет собой эндогенную отличную от человеческой последовательность константной области тяжелой цепи иммуноглобулина. Согласно одному варианту осуществления последовательность константной области тяжелой цепи представляет собой последовательность константной области тяжелой цепи иммуноглобулина человека. Согласно одному варианту осуществления не более двух генных сегментов VL человека и один или несколько, например, два или более, генных сегментов JL человека присутствуют в эндогенном отличном от человеческого локусе легкой цепи иммуноглобулина.
Согласно одному варианту осуществления отличное от человека животное по настоящему изобретению содержит один или несколько, например, два или более, генных сегментов JL человека, и один или несколько, например, два или более, генных сегмента JL человека представляют собой пять сегментов Jκ человека, например, генные сегменты Jκ1, Jκ2, Jκ3, Jκ4 и Jκ5 человека. Согласно одному варианту осуществления не более двух генных сегментов VL человека выбирают из генных сегментов Vκ1-39 и Vκ3-20 человека, а также их комбинации. Согласно одному варианту осуществления не более двух генных сегментов VL человека представляют собой генные сегменты Vκ1-39 и Vκ3-20 человека. Согласно одному варианту осуществления каждый из не более двух генных сегментов VL содержит замену по меньшей мере одного негистидинового кодона, кодируемого соответствующей последовательностью сегмента VL зародышевой линии человека с гистидиновым кодоном. Согласно одному варианту осуществления замена представляет собой замену одного, двух, трех или четырех кодонов (например, трех или четырех кодонов). Согласно одному варианту осуществления замена происходит в кодоне(ах) CDR3. Согласно варианту осуществления, при котором не более двух генных сегментов VL человека представляют собой генные сегменты Vκ1-39 и Vκ3-20 человека, каждый из генных сегментов Vκ1-39 и Vκ3-20 человека содержит замену по меньшей мере одного негистидинового кодона, кодируемого соответствующим генным сегментом VL зародышевой линии человека, на гистидиновый кодон. Согласно одному варианту осуществления каждый из генных сегментов Vκ1-39 и Vκ3-20 человека содержит замену трех или четырех гистидиновых кодонов. Согласно одному варианту осуществления три или четыре замены находятся в области CDR3. Согласно одному варианту осуществления, при котором замена представляет собой замену трех негистидиновых кодонов генного сегмента Vκ1-39 человека, замена разрабатывается для экспрессии гистидинов в положениях 106, 108 и 111. Согласно другому варианту осуществления, при котором замена представляет собой замену четырех негистидиновых кодонов генного сегмента Vκ1-39 человека, замена разрабатывается для экспрессии гистидинов в положениях 105, 106, 108 и 111. Согласно другому варианту осуществления, при котором замена представляет собой замену трех негистидиновых кодонов генного сегмента Vκ3-20 человека, замена разрабатывается для экспрессии гистидинов в положениях 105, 106 и 109. Согласно еще одному варианту осуществления, при котором замена представляет собой замену четырех негистидиновых кодонов генного сегмента Vκ3-20 человека, замена разрабатывается для экспрессии гистидинов в положениях 105, 106, 107 и 109. Согласно одному варианту осуществления отличное от человека животное представляет собой грызуна, например, мышь или крысу. Согласно одному варианту осуществления отличное от человека животное представляет собой мышь. Согласно одному варианту осуществления животное экспрессирует антитело, содержащее аминокислотную последовательность, кодируемую одним из не более двух генных сегментов VL человека, и антитело сохраняет по меньшей мере один остаток гистидина в аминокислотном положении, кодируемом по меньшей мере одним гистидиновым кодоном, введенном в генный сегмент VL человека. Согласно одному варианту осуществления животное экспрессирует популяцию антигенспецифических антител в ответ на антиген, причем все антитела в популяции содержат (а) вариабельные домены легкой цепи иммуноглобулина, полученные из реаранжировки не более двух генных сегментов VL и одного или нескольких, например, двух или более, генных сегментов JL, причем каждый из не более двух генных сегментов VL человека содержит по меньшей мере один гистидиновый кодон, который не кодируется соответствующим генным сегментом VL зародышевой линии человека, и (b) тяжелые цепи иммуноглобулина, содержащие вариабельные домены тяжелой цепи человека, полученные из репертуара тяжелых сегментов V, D и J человека.
Согласно одному варианту осуществления описанное в настоящем документе животное содержит популяцию В-клеток в ответ на представляющий интерес антиген, которая обогащена антителами, которые проявляют снижение диссоциационного периода полувыведения (t1/2) при кислом значении рН, по сравнению с нейтральным рН по меньшей мере приблизительно в 2 раза, по меньшей мере приблизительно в 3 раза, по меньшей мере приблизительно в 4 раза, по меньшей мере приблизительно в 5 раз, по меньшей мере приблизительно в 10 раз, по меньшей мере приблизительно в 15 раз, по меньшей мере приблизительно 20 раз, по меньшей мере приблизительно в 25 раз или по меньшей мере приблизительно в 30 раз. Согласно одному варианту осуществления такое обогащение антителами, которые демонстрируют снижение в t1/2 составляет по меньшей мере приблизительно 2-кратное.
В настоящем документе также предусмотрен способ получения антитела, которое обладает зависимым от рН связыванием с представляющим интерес антигеном, предусматривающий получение описанного в настоящем документе отличного от человека животного (например, отличного от человека животного, содержащего по меньшей мере один генный сегмент VL человека и по меньшей мере один генный сегмент JL человека, например, отличного от человека животного, содержащего ограниченный репертуар генных сегментов вариабельной области легкой цепи человека; например, отличного от человека животного, содержащего в своей зародышевой линии локус легкой цепи иммуноглобулина, содержащий не более двух генных сегментов VL человека и один или несколько, например, два или более, генных сегментов JL человека - причем каждый из генных сегментов VL человека, присутствующих в зародышевой линии указанного животного, содержит по меньшей мере один гистидиновый кодон, который не кодируется соответствующим генным сегментом VL зародышевой линии человека), иммунизацию указанного животного представляющим интерес антигеном и выбор антитела, которое связывается с представляющим интерес антигеном с желаемой аффинностью при нейтральном рН, при этом демонстрируя уменьшенное связывание с представляющим интерес антигеном при кислом значении рН.
В настоящем документе также предусмотрен способ получения отличного от человека животного, которое содержит генетически модифицированный локус легкой цепи иммуноглобулина в своей зародышевой линии, причем указанный способ предусматривает (а) модификацию генома отличного от человека животного, чтобы удалить или привести в нефункциональное состояние эндогенные генные сегменты VL и JL легкой цепи иммуноглобулина в локусе легкой цепи иммуноглобулина, а также (b) размещение в геноме отличного от человека животного вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина, содержащей по меньшей мере один генный сегмент VL человека и по меньшей мере один генный сегмент JL человека, таким образом, чтобы последовательность вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина была функционально связана с последовательностью константной области иммуноглобулина; причем каждый из по меньшей мере одного генного сегмента VL человека содержит по меньшей мере один гистидиновый кодон, который не кодируется соответствующим генным сегментом VL зародышевой линии человека. Согласно одному варианту осуществления генный сегмент(ы) VL человека и генный сегмент(ы) JL человека способны к реаранжировке и кодированию человеческого вариабельного домена легкой цепи антитела. Согласно одному варианту осуществления вариабельная область легкой цепи иммуноглобулина находится в эндогенном отличном от человеческого локусе легкой цепи иммуноглобулина. Согласно одному варианту осуществления по меньшей мере один генный сегмент VL человека состоит из двух генных сегментов VL человека и при этом два генных сегмента VL человека представляют собой генные сегменты Vκ1-39 и Vκ3-20 человека. Согласно некоторым вариантам осуществления отличное от человека животное представляет собой грызуна, например, мышь или крысу. Согласно одному варианту осуществления этот способ приводит к получению отличного от человека животного, которое содержит популяцию В-клеток, обогащенных антителами, проявляющими зависимое от рН связывание с представляющим интерес антигеном.
Согласно некоторым вариантам осуществления в настоящем документе также предусмотрен отличный от человеческого локус легкой цепи иммуноглобулина, содержащий по меньшей мере один генный сегмент VL человека и по меньшей мере один генный сегмент JL человека, функционально связанный с последовательностью константной области иммуноглобулина, причем каждый из по меньшей мере одного генного сегмента VL человека содержит по меньшей мере один гистидиновый кодон, который не кодируется соответствующим генным сегментом VL зародышевой линии человека. Согласно некоторым вариантам осуществления в настоящем изобретении также предусмотрен отличный от человеческого локус легкой цепи иммуноглобулина, содержащий ограниченный репертуар вариабельных генных сегментов человека, например, отличный от человеческого локус, содержащий не более двух генных сегментов VL человека и один или несколько, например, два или более, генных сегментов JL человека, функционально связанных с последовательностью константной области иммуноглобулина (например, отличной от человеческой последовательностью константной области иммуноглобулина, например, последовательностью крысы или мыши), причем каждый из не более двух генных сегментов VL человека содержит по меньшей мере один гистидиновый кодон, который не кодируется соответствующим генным сегментом VL зародышевой линии человека. Согласно одному варианту осуществления локус содержит пять генных сегментов Jκ человека, например, генные сегменты Jκ1, Jκ2, Jκ3, Jκ4 и Jκ5. Согласно одному варианту осуществления не более двух генных сегментов VL человека с гистидиновыми модификациями представляют собой Vκ1-39 и Vκ3-20. Согласно различным вариантам осуществления описанные в настоящем документе отличные от человеческого локусы могут быть получены с использованием описанных в настоящей заявке способов для получения генетически модифицированных отличных от человека животных. Таким образом, также предусмотрены способы получения генетически модифицированных отличных от человека животных, содержащих по меньшей мере один генный сегмент VL и по меньшей мере один генный сегмент JL; содержащий ограниченный репертуар вариабельных генных сегментов человека или содержащий не более двух генных сегментов VL человека и один или несколько, например, два или более, генных сегментов JL человека, функционально связанных с последовательностью константной области иммуноглобулина (например, отличной от человеческой последовательностью константной области иммуноглобулина, например, последовательностью крысы или мыши), и причем каждый генный сегмент VL человека содержит по меньшей мере один гистидиновый кодон, который не кодируется соответствующим генным сегментом VL зародышевой линии человека.
Любые из описанных в настоящем документе вариантов осуществления и аспектов могут быть использованы в сочетании друг с другом, если не указано иное или иным образом не очевидно из контекста. Другие варианты осуществления станут очевидными для специалистов в настоящей области техники при рассмотрении нижеследующего описания.
Краткое описание графических материалов
На фиг. 1 показано выравнивание аминокислот полученных из Vκ1-39 легких цепей человека из различных антигенспецифических антител (антитела А-K, соответствующие SEQ ID NO: 136-146, соответственно). Гистидиновые (Н) остатки, расположенные в каждой последовательности легкой цепи, выделены жирным шрифтом. Различные области легкой цепи (каркасная область и CDR) указаны выше выравнивания.
На фиг. 2 показаны комбинации и расположение остатков гистидина, встроенных в область CDR3 человека полученных из Vκ1-39 легких цепей с помощью мутагенеза. Включены соответствующие последовательности нуклеиновых кислот. Гистидиновые остатки, введенные путем мутагенеза, и соответствующие остатки нуклеиновых кислот выделены жирным шрифтом. Аминокислотные положения (105, 106 и т.д.) основаны на уникальной нумерации, описанной в Lefranc et al. (2003) Dev. Comp. Immunol. 27: 55-77, а также ее можно увидеть на вебсайте Международной информационной системы иммуногенетики (IMGT).
На фиг. 3 показан уровень экспрессии антитела в нг/мл, обнаруженный в супернатантах клеток СНО, трансфицированных с нуклеиновыми кислотами, кодирующими пять (1-5) различных тяжелых цепей и полученные из Vκ1-39 легкие цепи, содержащие остатки гистидина, встроенные в указанных местах (смотрите ось X) в CDR3.
Фиг. 4 представляет собой вестерн-блот, на котором показана экспрессия отдельных антигенспецифических антител человека, содержащих легкие цепи со встроенным гистидином, в клеточных супернатантах СНО.
На фиг. 5А-5Е показана кинетика связывания для определенных тяжелых цепей (1-5) из антигенспецифических антител, спаренных с различными легкими цепями со встроенным гистидином при нейтральном (7,4) и кислом (5,75) значениях рН. Показаны различные кинетические параметры, включающие в себя ka, kd, KD и t1/2. NB = нет связывания.
На фиг. 6 показаны кинетические параметры (KD и t1/2) для антител, содержащих исходную универсальную легкую цепь или универсальную легкую цепь с модификациями гистидина, спаренную с указанными тяжелыми цепями (2, 3 и 6). Гистидиновые замены приводят к сильной зависимости от рН в нескольких антителах. Гистидиновые замены были сделаны в CDR3, чтобы преобразовать последовательность 105QQSYSTP111 (SEQ ID NO: 3) в последовательность CDR3 с модификациями гистидина. Обратите внимание, что NB = не обнаружено связывания (KD>10 мкмоль).
На фиг. 7 показаны последовательность и свойства (% содержания GC, N, % ошибочно спаренных оснований, Tm) выбранных праймеров мутагенеза, используемых для встраивания остатков гистидина в CDR3 реаранжированной последовательности легкой цепи Vκ1-39/Jκ5 человека. SEQ ID NO для этих праймеров, используемые в перечне последовательностей, включены в приведенную ниже таблицу. F = прямой праймер, R = обратный праймер.
На фиг. 8А-8В показана общая стратегия конструирования направленных векторов для встраивания остатков гистидина в реаранжированную последовательность вариабельной области легкой цепи человека, полученную из вариабельной области Vκ1-39/Jκ5, для получения генетически модифицированной мыши, которая экспрессирует антитела, содержащие модифицированную легкую цепь человека. На фиг. 8C-8D показано введение направленного вектора для замен ULC-H105/106/108/111 в ЭС клетки и получения с ними гетерозиготных мышей; в то время как на фиг. 8E-8F показано введение направленного вектора для замен ULC-H106/108/111 в ЭС клетки и получения с ними гетерозиготных мышей. Диаграммы представлены без соблюдения масштаба. Если не указано иное, закрашенные формы и сплошные линии представляют собой последовательность мыши, незакрашенные формы и двойные линии представляют собой последовательности человека.
На фиг. 9 показаны титры антисыворотки против иммуногена от мышей, гетерозиготных по гистидин-универсальной легкой цепи (HULC) (с 4 заменами гистидина - HULC 1927 мыши; с 3 заменами гистидина - HULC 1930 мыши) и животных дикого типа при вторичном заборе крови.
Фиг. 10 представляет собой сравнение количества всех антигенположительных клонов и количества антигенположительных клонов, проявляющих чувствительное к рН связывание антигенов, полученных из гибридомных слияний из гетерозиготных HULC (1927 против 1930) и мышей дикого типа. На фигуре приведены данные для двух мышей для каждого типа мыши ("мышь 1" и "мышь 2").
На фиг. 11А-11С показаны сенсограммы экспериментов связывания с помощью поверхностного плазмонного резонанса, в которых моноклональным антителам (АА, ВВ, СС, DD, НН, GG, NN и ОО) или от гетерозиготных HULC, или мышей дикого типа позволяли ассоциировать с иммуногеном при нейтральном значении рН (рН 7,4) с последующим переходом в буфер с рН 7,4 или 6,0 на стадии диссоциации. Отдельные линии в каждом графике отражают реакции связывания при различных концентрациях соответствующих антител. Все эксперименты проводили при 25°С. Значения диссоциационного периода полувыведения (t1/2) отмечены над соответствующими сенсограммами, и кратность изменения t1/2 представлена справа от каждой сенсограммы. Антитела АА, ВВ, СС, DD, НН и GG были от гетерозиготных HULC 1927 мышей с использованием His-замещенной легкой цепи, NN - от гетерозиготной HULC 1927 мыши с использованием легкой цепи WT, и OO - от мыши WT (смотрите таблицу 4 для уточнения).
На фиг. 12 показаны положения остатков гистидина, встроенных в область CDR3 человека полученных из Vκ3-20 легких цепей с помощью мутагенеза. Гистидиновые остатки вводили путем мутагенеза, и соответствующие иллюстративные остатки нуклеиновых кислот выделены жирным шрифтом. Аминокислотные положения (105, 106 и т.д.) основаны на уникальной нумерации, описанной в Lefranc et al. (2003) Dev. Соmр. Immunol. 27: 55-77, а также ее можно увидеть на вебсайте Международной информационной системы иммуногенетики (IMGT).
На фиг. 13 показаны последовательность и свойства (% содержания GC, N, % ошибочно спаренных оснований, Tm) выбранных праймеров мутагенеза, используемых для встраивания остатков гистидина в CDR3 реаранжированной последовательности легкой цепи Vκ3-20/Jκ1 человека. SEQ ID NO для этих праймеров, используемые в перечне последовательностей, включены в приведенную ниже таблицу. F = прямой праймер, R = обратный праймер.
На фиг. 14А-14В показана общая стратегия конструирования направленных векторов для встраивания остатков гистидина в реаранжированную последовательность вариабельной области легкой цепи человека, полученной из вариабельной области легкой цепи Vκ3-20/Jκ1 для получения генетически модифицированной мыши, которая экспрессирует антитела, содержащие модифицированную легкую цепь человека. На фиг. 14С показано введение направленного вектора для замен ULC-Q105H/Q106H/Y107H/S109H в ЭС клетки и получения с ними гетерозиготных мышей; в то время как на фиг. 14D показано введение направленного вектора для замен ULC-Q105H/Q106H/S109H в ЭС клетки и получения с ними гетерозиготных мышей. Диаграммы представлены без соблюдения масштаба. Если не указано иное, закрашенные формы и сплошные линии представляют собой последовательность мыши, незакрашенные формы и двойные линии представляют собой последовательности человека.
На фиг. 15 показана общая иллюстрация рекомбинации генного сегмента V и J аллеля легкой цепи κ иммуноглобулина в мыши и структура локуса легкой цепи до реаранжировки (вверху) и после реаранжировки (внизу). Показанная в настоящем документе реаранжировка представляет собой только одну из нескольких возможных событий реаранжировки. Диаграммы представлены без соблюдения масштаба.
Фиг. 16А представляет собой схематическое изображение двух локусов универсальной легкой цепи, один, содержащий реаранжированную последовательность вариабельной области Vκ1-39/Jκ5 человека (сверху), и один, содержащий реаранжированную последовательность вариабельной области Vκ3-20/Jκ1 человека (внизу). Диаграммы представлены без соблюдения масштаба. Если не указано иное, закрашенные формы представляют собой последовательность мыши, а незакрашенные формы представляют собой последовательность человека. На фиг. 16В показаны примеры двух генетически модифицированных локусов двойных легких цепей (DLC). Локус наверху (DLC-5J) содержит сконструированный фрагмент ДНК человека, содержащий два генных сегмента Vκ человека и пять генных сегментов Jκ человека. Локус внизу (DLC-1J) содержит сконструированный фрагмент ДНК человека, содержащий два генных сегмента Vκ человека и один генный сегмент Jκ человека. Каждый локус способен к реаранжировке для образования области Vκ человека, функционально связанной с эндогенной константной областью легкой цепи (например, Сκ). Показаны иммуноглобулиновые промотеры (Р, незакрашенная стрелка над локусом), лидерные экзоны (L, короткие незакрашенные стрелки) и два генных сегмента Vκ человека (длинные незакрашенные стрелки), все фланкированные выше относительно направления транскрипции (5') с помощью неомициновой кассеты, содержащей сайты рекомбинации FRT. Сигнальные последовательности рекомбинации, сконструированные с каждым из генных сегментов человека (Vκ и Jκ), обозначены незакрашенными овалами, расположенными рядом с каждым генным сегментом. Согласно большинству вариантов осуществления, если не указано иное, закрашенные формы и сплошные линии представляют собой последовательности мыши, и незакрашенные формы и двойные линии представляют собой человеческие последовательности. Диаграммы представлены без соблюдения масштаба.
На фиг. 17А-17С показана общая стратегия конструирования направленного вектора для получения локуса каппа иммуноглобулина, содержащего два сегмента Vκ человека (hVκ1-39 и hVκ3-20) и одного сегмента Jκ человека (Jκ5), а также энхансеров мыши и плеча IgκC. На фиг. 17D показано введение этого направленного вектора в ЭС клетки и получение с ним гетерозиготных мышей; а на фиг. 17Е показано удаление кассеты отбора в ЭС клетках с использованием фермента FLP. Согласно большинству вариантов осуществления, если не указано иное, закрашенные формы и сплошные линии представляют собой последовательности мыши, и незакрашенные формы и двойные линии представляют собой человеческие последовательности. Диаграммы представлены без соблюдения масштаба.
На фиг. 18A-18D показана нуклеотидная последовательность (SEQ ID NO: 82) сконструированной части локуса к иммуноглобулина, содержащего два сегмента Vκ человека (hVκ1-39 и hVκ3-20) и один сегмент Jκ человека; нуклеотидная последовательность охватывает сконструированную последовательность человека и содержащую приблизительно 100 пар оснований эндогенной последовательности мыши как на 5'-, так и 3'-конце. Внизу на фиг. 18D приведено объяснение различных шрифтов, используемых для отображения различных последовательностей.
На фиг. 19А-19В показана общая стратегия конструирования направленного вектора для получения локуса каппа иммуноглобулина, содержащего два сегмента Vκ человека (hVκ1-39 и hVκ3-20) и пяти сегментов Jκ человека, а также энхансеров мыши и плеча IgκC. На фиг. 19С показано введение этого направленного вектора в ЭС клетки и получение с ним гетерозиготных мышей; а на фиг. 19D показано удаление кассеты отбора в ЭС клетках с использованием фермента FLP. Согласно большинству вариантов осуществления, если не указано иное, закрашенные формы и сплошные линии представляют собой последовательности мыши, и незакрашенные формы и двойные линии представляют собой человеческие последовательности. Диаграммы представлены без соблюдения масштаба.
На фиг. 20A-20D показана нуклеотидная последовательность (SEQ ID NO: 83) сконструированной части локуса к иммуноглобулина, содержащего два сегмента Vκ человека (hVκ1-39 и hVκ3-20) и пять сегментов Jκ человека; нуклеотидная последовательность охватывает сконструированную последовательность человека и содержащую приблизительно 100 пар оснований эндогенной последовательности мыши как на 5'-, так и 3'-конце. Внизу на фиг. 20D приведено объяснение различных шрифтов, используемых для отображения различных последовательностей.
На фиг. 21А, в верхней части панели, показаны репрезентативные контурные графики костного мозга, окрашенного на В- и Т-клетки (CD19+ и CD3+, соответственно) от мыши дикого типа (WT) и мыши, гомозиготной по двум генным сегментам Vκ человека и пяти генным сегментам Jκ человека (DLC-5J). В нижней части панели показаны репрезентативные контурные графики костного мозга, гейтированного по CD19+ и окрашенного на ckit+ и CD43+, от мыши дикого типа (WT) и мыши, гомозиготной по двум генным сегментам Vκ человека и пяти генным сегментам Jκ человека (DLC-5J). Про- и пре-В-клетки отмечены на контурных графиках нижней части панели.
На фиг. 21В показано количество про- (CD19+CD43+ckit+) и пре-(CD19+CD43-ckit-) В-клеток в костном мозге, полученном из бедренных костей мышей дикого типа (WT) и мышей, гомозиготных по двум генным сегментам Vκ человека и пяти генным сегментам Jκ человека (DLC-5J).
На фиг. 22А показаны репрезентативные контурные графики костного мозга, гейтированного по синглетам, окрашенным на иммуноглобулин М (IgM) и В220 от мыши дикого типа (WT) и мыши, гомозиготной по двум генным сегментам Vκ человека и пяти генным сегментам Jκ человека (DLC-5J). Незрелые, зрелые и про/пре-В-клетки отмечены на каждом контурном графике.
На фиг. 22В показано общее число В-клеток (CD19+), незрелых В-клеток (B220intIgM+) и зрелых В-клеток (B220hiIgM+) в костном мозге, выделенном из бедренных костей мышей дикого типа (WT) и мышей, гомозиготных по двум генным сегментам Vκ человека и пяти генным сегментам Jκ человека (DLC-5J).
На фиг. 23А показаны репрезентативные контурные графики костного мозга, гейтированного по синглетам, окрашенным на иммуноглобулин М (IgM) и В220 от мыши дикого типа (WT) и мыши, гомозиготной по двум генным сегментам Vκ человека и пяти генным сегментам Jκ человека (DLC-5J). Незрелые, зрелые и про/пре-В-клетки отмечены на каждом контурном графике.
На фиг. 23В показаны репрезентативные контурные графики костного мозга, гейтированного по незрелым (B220intIgM+) и зрелым (B220hiIgM+) В-клеткам, окрашенным на экспрессию Igλ и Igκ, выделенным из бедренных костей мыши дикого типа (WT) и мыши, гомозиготной по двум генным сегментам Vκ человека и пяти генным сегментам Jκ человека (DLC-5J).
На фиг. 24А, в верхней части панели показаны репрезентативные контурные графики спленоцитов, гейтированных по синглетам и окрашенных на В- и Т-клетки (CD19+ и CD3+, соответственно) от мыши дикого типа (WT) и мыши, гомозиготной по двум генным сегментам Vκ человека и пяти генным сегментам Jκ человека (DLC-5J). На нижней части панели показаны репрезентативные контурные графики спленоцитов, гейтированных по CD19+ и окрашенных на иммуноглобулин D (IgD) и иммуноглобулин М (IgM) от мыши дикого типа (WT) и мыши, гомозиготной по двум генным сегментам Vκ человека и пяти генным сегментам Jκ человека (DLC-5J). Зрелые (54 для WT, 56,9 для DLC-5J) и переходные (23,6 для WT, 25,6 для DLC-5J) В-клетки отмечены на каждом из контурных графиков.
На фиг. 24В показано общее количество CD19+ В-клеток, переходных В-клеток (CD19+IgMhiIgDlo) и зрелых В-клеток (CD19+IgMloIgDhi) в собранных селезенках от мышей дикого типа (WT) и мышей, гомозиготных по двум генным сегментам Vκ человека и пяти генным сегментам Jκ человека (DLC-5J).
На фиг. 25А показаны репрезентативные контурные графики Igλ+ и Igκ+ спленоцитов, гейтированных по CD19+ от мыши дикого типа (WT) и мыши, гомозиготной по двум генным сегментам Vκ человека и пяти генным сегментам Jκ человека (DLC-5J).
На фиг. 25В показано общее количество В-клеток (CD19+), Igκ+ В-клеток (CD19+Igκ+) и Igλ+ В-клеток (CD19+Igλ+) в собранных селезенках мышей дикого типа (WT) и мышей, гомозиготных по двум генным сегментам Vκ человека и пяти генным сегментам Jκ человека (DLC-5J).
На фиг. 26А показано развитие периферических В-клеток у мышей, гомозиготных по двум генным сегментам Vκ человека и пяти генным сегментам Jκ человека. На первом (крайнем слева) контурном графике показаны CD93+ и В220+ спленоциты, гейтированные по CD19+, указывая на незрелые (39,6) и зрелые (57,8) В-клетки. На втором (верхнем среднем) контурном графике показана экспрессия IgM+ и CD23+ в незрелых В-клетках, указывая на популяции Т1 (33,7; IgD-IgM+CD21loCD23-), Т2 (21,2; IgDhiIgMhiCD21midCD23+) и Т3 (29,1) В-клеток. На третьем (нижнем среднем) контурном графике показана экспрессия CD21+ (CD35+) и IgM+ зрелых В-клеток, указывая на небольшую популяцию (14,8), которая приводит к образованию В-клеток маргинальной зоны, и вторую популяцию (70,5), которая приводит к образованию фолликулярных (FO) В-клеток. На четвертом (верхнем справа) контурном графике показана экспрессия В220+ и CD23+ в зрелых В-клетках, указывая на В-клеточные популяции маргинальной зоны (90,5; MZ) и предшественников маргинальной зоны (7,3; IgMhiIgDhiCD21hiCD23+). На пятом (нижнем справа) контурном графике показана экспрессия IgD+ и IgM+ в зрелых В-клетках, указывая на В-клеточные популяции FO-I (79,0; IgDhiIgMloCD21midCD23+) и FO-II (15,1; IgDhiIgMhiCD21midCD23+). Показан процент клеток в каждой гейтированной области.
На фиг. 26В показано развитие периферических В-клеток у мышей дикого типа. На первом (крайнем слева) контурном графике показаны CD93+ и В220+ спленоциты, гейтированные по CD19+, указывая на незрелые (31,1) и зрелые (64,4) В-клетки. На втором (верхнем среднем) контурном графике показана экспрессия IgM+ и CD23+ в незрелых В-клетках, указывая на популяции Т1 (28,5; IgD-IgM+CD21loCD23-), Т2 (28,7; IgDhiIgMhiCD21midCD23+) и Т3 (30,7) В-клеток. На третьем (нижнем среднем) контурном графике показана экспрессия CD21+ (CD35+) и IgM+ зрелых В-клеток, указывая на небольшую популяцию (7,69), которая приводит к образованию В-клеток маргинальной зоны, и вторую популяцию (78,5), которая приводит к образованию фолликулярных (FO) В-клеток. На четвертом (верхнем справа) контурном графике показана экспрессия В220+ и CD23+ в зрелых В-клетках, указывая на В-клеточные популяции маргинальной зоны (79,9; MZ) и предшественников маргинальной зоны (19,4; IgMhiIgDhiCD21hiCD23+). На пятом (нижнем справа) контурном графике показана экспрессия IgD+ и IgM+ в зрелых В-клетках, указывая на В-клеточные популяции FO-I (83,6; IgDhiIgMloCD21midCD23+) и FO-II (13,1; IgDhiIgMhiCD21midCD23+). Показан процент клеток в каждой гейтированной области.
На фиг. 27 показано общее количество переходных, маргинальной зоны и фолликулярных В-клеточных популяций в собранных селезенках мышей дикого типа (WT) и мышей, гомозиготных по двум генным сегментам Vκ человека и пяти генным сегментам Jκ человека (DLC-5J).
На фиг. 28 показана относительная экспрессия мРНК в костном мозге (ось y) полученных из Vκ3-20 и полученных из Vκ1-39 легких цепей в анализе количественной ПЦР с использованием зондов, специфических для генных сегментов Vκ3-20 или Vκ1-39 у мышей, гомозиготных по замещению эндогенных генных сегментов Vκ и Jκ генными сегментами Vκ и Jκ человека (Нκ) (легкая цепь человека мыши VELOCIMMUNE™), мышей дикого типа (WT), мышей, гомозиготных по двум генным сегментам Vκ человека и пяти генным сегментам Jκ человека (DLC-5J), и мышей, гомозиготных по двум генным сегментам Vκ человека и одному генному сегменту Jκ человека (DLC-1J). Сигналы нормированы к экспрессии Сκ мыши. ND: не обнаружено.
На фиг. 29 показана относительная экспрессия мРНК полученных из Vκ3-20 и полученных из Vκ1-39 легких цепей в целых селезенках (ось y) в анализе количественной ПЦР с использованием зондов, специфических для генных сегментов Vκ3-20 или Vκ1-39 у мышей, гомозиготных по замещению эндогенных генных сегментов Vκ и Jκ генными сегментами Vκ и Jκ человека (Нκ) (легкая цепь человека мыши VELOCIMMUNE™), мышей дикого типа (WT), мышей, гомозиготных по двум генным сегментам Vκ человека и пяти генным сегментам Jκ человека (DLC-5J), и мышей, гомозиготных по двум генным сегментам Vκ человека и одному генному сегменту Jκ человека (DLC-1J). Сигналы нормированы к экспрессии Сκ мыши. ND: не обнаружено.
На фиг. 30 показаны последовательность и свойства (% содержания GC, N, % ошибочно спаренных оснований, Tm) выбранных праймеров мутагенеза, используемых для встраивания четырех остатков гистидина в CDR3 последовательности легкой цепи Vκ1-39 и Vκ3-20 человека. SEQ ID NO для этих праймеров, используемые в перечне последовательностей, включены в приведенную ниже таблицу. F = прямой праймер, R = обратный праймер.
На фиг. 31А показано введение направленного вектора, содержащего два сегмента легкой цепи Vκ человека, каждый из которых заменен четырьмя остатками гистидина (****), и пять Jκ человека в ЭС клетки и получение с ними гетерозиготных мышей; а на фиг. 31В показано удаление кассеты отбора в ЭС клетках с использованием фермента FLPo. Согласно большинству вариантов осуществления, если не указано иное, закрашенные формы и сплошные линии представляют собой последовательности мыши, и незакрашенные формы и двойные линии представляют собой человеческие последовательности. Диаграммы представлены без соблюдения масштаба.
На фиг. 32 показаны последовательность и свойства (% содержания GC, N, % ошибочно спаренных оснований, Tm) выбранных праймеров мутагенеза, используемых для встраивания трех остатков гистидина в CDR3 последовательности легкой цепи Vκ1-39 и Vκ3-20 человека. SEQ ID NO для этих праймеров, используемые в перечне последовательностей, включены в приведенную ниже таблицу. F = прямой праймер, R = обратный праймер.
На фиг. 33А показано введение направленного вектора, содержащего два сегмента легкой цепи Vκ человека, каждый из которых заменен тремя остатками гистидина (***), и пять Jκ человека в ЭС клетки и получение с ними гетерозиготных мышей; а на фиг. 33В показано удаление кассеты отбора в ЭС клетках с использованием фермента FLPo. Согласно большинству вариантов осуществления, если не указано иное, закрашенные формы и сплошные линии представляют собой последовательности мыши, и незакрашенные формы и двойные линии представляют собой человеческие последовательности. Диаграммы представлены без соблюдения масштаба.
На фиг. 34А показано выравнивание аминокислотной последовательности, кодируемой последовательностью Vκ3-20 зародышевой линии человека (нижняя последовательность), с аминокислотной трансляцией иллюстративной вариабельной последовательности легкой каппа-цепи IgM, экспрессированной в мыши, содержащей два сегмента каппа V (Vκ3-20 и Vκ1-39), каждый из которых заменен 3 остатками гистидина в последовательности CDR3 (верхняя последовательность); на выравнивании показана вариабельная последовательность каппа-цепи IgM, экспрессированная в мыши, которая сохранила все три гистидиновые замены, введенные в последовательность зародышевой линии. На фиг. 34В показано выравнивание аминокислотной последовательности, кодируемой последовательностью Vκ1-39 зародышевой линии человека (нижняя последовательность в каждом выравнивании) с аминокислотной трансляцией иллюстративной вариабельной последовательности легкой каппа-цепи IgM, экспрессированной в мыши, содержащей два сегмента каппа V (Vκ3-20 и Vκ1-39), каждый из которых заменен 3 остатками гистидина в последовательности CDR3 (верхняя последовательность в каждом выравнивании); на верхнем выравнивании показана вариабельная последовательность каппа-цепи IgM, экспрессированная в мыши, которая сохранила все три гистидиновые замены, введенные в последовательность зародышевой линии, на нижнем выравнивании показана вариабельная последовательность каппа-цепи IgM, экспрессированная в мыши, которая сохранила две из трех гистидиновых модификаций, введенных в последовательность зародышевой линии. Согласно некоторым вариантам осуществления гистидин, введенный в последнее положение Vκ, может быть потерян во время реаранжировки V-J.
Подробное описание настоящего изобретения
Описания
В настоящем изобретении предусмотрены генетически модифицированные отличные от человека животные (например, мыши, крысы, кролики, хомяки и т.д.), которые содержат в своем геноме, например, в своей зародышевой линии, нуклеотидную последовательность(и), кодирующую молекулы антител человека, которые проявляют зависимое от рН связывание антигена, например, нуклеотидную последовательность легкой цепи иммуноглобулина, содержащую реаранжированную последовательность вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина, кодирующую антитела, которые проявляют зависимое от рН связывание антигена, например, нуклеотидную последовательность легкой цепи иммуноглобулина, содержащую ограниченный репертуар генных сегментов VL и JL человека, которые реаранжируют и кодируют антитела, которые проявляют зависимое от рН связывание антигена; содержащие их эмбрионы, клетки и ткани; способы их получения; а также способы их применения. Если не указано иное, все используемые в настоящем документе термины и фразы включают в себя те значения, которыми характеризуются термины и фразы в настоящей области техники, если иное прямо не указано или не очевидно из контекста, в котором используется этот термин или фраза.
Используемый в настоящем документе термин "антитело" включает в себя молекулы иммуноглобулина, содержащие четыре полипептидные цепи, две тяжелые (Н) цепи и две легкие (L) цепи, соединенные между собой дисульфидными связями. Каждая тяжелая цепь содержит вариабельный домен тяжелой цепи и константную область тяжелой цепи (CH). Константная область тяжелой цепи содержит три домена, CH1, CH2 и CH3. Каждая легкая цепь содержит вариабельный домен легкой цепи и константную область легкой цепи (CL). Вариабельные домены тяжелой цепи и легкой цепи могут быть дополнительно подразделены на области гипервариабельности, называемые определяющими комплементарность областями (CDR), чередующимися с областями, которые более консервативны, называемые каркасными областями (FR). Каждый вариабельный домен тяжелой и легкой цепи содержит три CDR и четыре FR, расположенные с амино-конца к карбокси-концу в следующем порядке: FR1, CDR1, FR2, CDR2, FR3, CDR3, FR4 (CDR тяжелой цепи могут быть сокращенно представлены в виде HCDR1, HCDR2 и HCDR3; CDR легкой цепи могут быть сокращенно представлены в виде LCDR1, LCDR2 и LCDR3). Термин "высокая аффинность" антитела относится к антителу, которое характеризуется KD по отношению к эпитопу-мишени равным приблизительно 10-9 М или ниже (например, приблизительно 1×10-9 М, 1×10-10 М, 1×10-11 М или приблизительно 1×10-12 М). Согласно одному варианту осуществления КD измеряется с помощью поверхностного плазмонного резонанса, например, BIACORE™; согласно другому варианту осуществления KD измеряется с помощью ELISA.
Термин "биспецифическое антитело" включает в себя антитело, способное селективно связываться с двумя или более эпитопами. Биспецифические антитела, как правило, содержат две неидентичные тяжелые цепи, каждая из тяжелых цепей специфически связывается с различным эпитопом - или на двух различных молекулах (например, различные эпитопы на двух различных иммуногенах), или на той же молекуле (например, различные эпитопы на том же иммуногене). Если биспецифическое антитело способно селективно связываться с двумя различными эпитопами (первый эпитоп и второй эпитоп), аффинность первой тяжелой цепи к первому эпитопу будет, как правило, составлять по меньшей мере от одного до двух или трех, или четырех или более порядков ниже, чем аффинность первой тяжелой цепи ко второму эпитопу, и наоборот. Эпитопы, специфически связанные биспецифическим антителом, могут быть на той же самой или другой мишени (например, на том же или другом белке). Иллюстративные биспецифические антитела включают в себя те, у которых первая тяжелая цепь специфична к опухолевому антигену и вторая тяжелая цепь специфична к цитотоксическому маркеру, например, Fc-рецептору (например, FcγRI, FcγRII, FcγRIII и т.д.) или Т-клеточному маркеру (например, CD3, CD28 и т.д.). Кроме того, второй вариабельный домен тяжелой цепи может быть заменен вариабельным доменом тяжелой цепи, характеризующимся другой требуемой специфичностью. Например, биспецифические антитела с первой тяжелой цепью, специфичной к опухолевому антигену, и второй тяжелой цепью, специфичной к токсину, могут быть спарены для того, чтобы доставить токсин (например, сапорин, алкалоид барвинка, и т.д.) к опухолевой клетке. Другие иллюстративные биспецифические антитела включают в себя те, у которых первая тяжелая цепь специфична к активирующему рецептору (например, В-клеточный рецептор, FcγRI, FcγRIIA, FcγRIIIA, FcαRI, Т-клеточный рецептор и т.д.) и вторая тяжелая цепь специфична к ингибирующему рецептору (например, FcγRIIB, CD5, CD22, CD72, CD300a и т.д.). Такие биспецифические антитела могут быть сконструированы для терапевтических состояний, связанных с активацией клеток (например, аллергия и бронхиальная астма). Биспецифические антитела могут быть получены, например, путем объединения тяжелых цепей, которые распознают различные эпитопы одного и того же иммуногена. Например, последовательности нуклеиновых кислот, кодирующие вариабельные последовательности тяжелой цепи, которые распознают различные эпитопы одного и того же иммуногена, могут быть слиты с последовательностями нуклеиновых кислот, кодирующими одинаковые или различные константные области тяжелой цепи, и такие последовательности могут быть экспрессированы в клетке, которая экспрессирует легкую цепь иммуноглобулина. Типичное биспецифическое антитело содержит две тяжелые цепи, каждая из которых содержит три CDR тяжелой цепи, с последующими (от N-конца к С-концу) доменом CH1, шарниром, доменом CH2 и доменом CH3, и легкую цепь иммуноглобулина, которая либо не придает эпитопсвязывающую специфичность, но которая может ассоциировать с каждой тяжелой цепью, либо которая может ассоциировать с каждой тяжелой цепью и которая может связываться с одним или несколькими эпитопами, связанными с эпитопсвязывающими областями тяжелой цепи, либо которая может ассоциировать с каждой тяжелой цепью и обеспечивать связывание одной или обеих тяжелых цепей с одним или обоими эпитопами. Сходным образом, термин "триспецифическое антитело" включает в себя антитело, способное селективно связываться с тремя и более эпитопами.
Термин "клетка" включает в себя любую клетку, которая подходит для экспрессии рекомбинантной последовательности нуклеиновой кислоты. Клетки включают в себя прокариоты и эукариоты (одноклеточные или многоклеточные), бактериальные клетки (например, штаммы E.coli, Bacillus spp., Streptomyces spp.и т.д.), клетки микобактерий, клетки грибов, дрожжевые клетки (например, S. cerevisiae, S. pombe, P. pastoris, P. methanolica и т.д.), растительные клетки, клетки насекомых (например, SF-9, SF-21, инфицированные бакуловирусом клетки насекомых, Trichoplusia ni и т.д.), клетки отличных от человека животных, клетки человека или клеточные слияния, такие как, например, гибридомы или квадромы. Согласно некоторым вариантам осуществления клетка представляет собой клетку человека, мартышки, обезьяны, хомячка, крысы или мыши. Согласно некоторым вариантам осуществления клетка представляет собой эукариотическую и ее выбирают из следующих клеток: СНО (например, СНО K1, DXB-11 СНО, Veggie-CHO), COS (например, COS-7), клетки сетчатки, Vero, CV1, почки (например, HEK293, 293 EBNA, MSR 293, MDCK, HaK, ВНК), HeLa, HepG2, WI38, MRC 5, Colo205, НВ 8065, HL-60, (например, ВНК21), Jurkat, Daudi, А431 (эпидермальные), CV-1, U937, 3Т3, клетки L, клетки С127, SP2/0, NS-0, ММТ 060562, клетки Сертоли, клетки BRL 3А, клетки НТ1080, клетки миеломы, клетки опухоли и полученной из вышеупомянутых клеток клеточной линии. Согласно некоторым вариантам осуществления клетка содержит один или несколько вирусных генов, например, клетка сетчатки, которая экспрессирует вирусный ген (например, клетка PER.C6™).
Термин "определяющая комплементарность область" или термин "CDR" включает в себя аминокислотную последовательность, кодируемую последовательностью нуклеиновой кислоты генов иммуноглобулинов организма, которая, как правило, (то есть, у животного дикого типа) появляется между двумя каркасными областями в вариабельной области легкой или тяжелой цепи молекулы иммуноглобулина (например, антитела или Т-клеточного рецептора). CDR могут кодироваться, например, последовательностью зародышевой линии или реаранжированной или нереаранжированной последовательностью и, например, наивной или зрелой В-клеткой или Т-клеткой. CDR может быть соматически мутировавшей (например, отличаться от последовательности, закодированной в зародышевой линии животного), гуманизированной и/или модифицированной аминокислотными заменами, добавками или делециями. В некоторых обстоятельствах (например, для CDR3) CDR могут кодироваться двумя или более последовательностями (например, последовательностями зародышевой линии), которые не представляют собой смежные (например, в нереаранжированной последовательности нуклеиновой кислоты), но представляют собой смежные в последовательности нуклеиновой кислоты В-клеток, например, в результате сплайсинга или соединения последовательностей (например, V-D-J рекомбинация с образованием CDR3 тяжелой цепи).
Используемый для описания консервативной замены аминокислот термин "консервативные" включает в себя замену аминокислотного остатка на другой аминокислотный остаток, содержащий боковую цепь группы R со сходными химическими свойствами (например, заряд или гидрофобность). Как правило, консервативная замена аминокислот не будет существенно изменять функциональные свойства представляющего интерес белка, например, способность вариабельной области специфически связываться с эпитопом-мишенью с требуемой аффинностью. Примеры групп аминокислот, которые характеризуются наличием боковых цепей со сходными химическими свойствами, включают в себя такие алифатические боковые цепи, как глицин, аланин, валин, лейцин, изолейцин, и такие алифатические-гидроксильные боковые цепи, как серии и треонин; такие содержащие амид боковые цепи, как аспарагин и глутамин; такие ароматические боковые цепи, как фенилаланин, тирозин и триптофан; такие основные боковые цепи, как лизин, аргинин, гистидин; и такие кислотные боковые цепи, как аспарагиновая кислота и глутаминовая кислота, и такие серосодержащие боковые цепи, как цистеин и метионин. Группы консервативных замен аминокислот включают в себя, например, валин/лейцин/изолейцин, фенилаланин/тирозин, лизин/аргинин, аланин/валин, глутамат/аспартат и аспарагин/глутамин. Согласно некоторым вариантам осуществления консервативная замена аминокислот может представлять собой замену любого нативного остатка в белке аланином, что применяется, например, в сканирующем аланином мутагенезе. Согласно некоторым вариантам осуществления полученная консервативная замена характеризуется положительным значением в логарифмической функции правдоподобия матрицы РАМ250, раскрытой в Gonnet et al. (1992) Exhaustive Matching of the Entire Protein Sequence Database, Science 256: 1443-45, включенной в настоящий документ посредством ссылки. Согласно некоторым вариантам осуществления замена представляет собой умеренную консервативную замену, причем замена характеризуется неотрицательным значением в логарифмической функции правдоподобия матрицы РАМ250.
Согласно некоторым вариантам осуществления положения остатков в легкой цепи или тяжелой цепи иммуноглобулина отличаются одной или несколькими консервативными заменами аминокислот. Согласно некоторым вариантам осуществления положения остатков в легкой цепи иммуноглобулина или его функционального фрагмента (например, фрагмента, который обеспечивает экспрессию и секрецию из, например, В-клеток) не идентичны легкой цепи, чья аминокислотная последовательность перечислена в настоящем документе, но отличается одной или несколькими консервативными заменами аминокислот.
Термин "связывающий эпитоп белок" включает в себя белок, который содержит по меньшей мере один CDR и который способен к избирательному распознаванию эпитопа, например, способен связываться с эпитопом с KD, составляющей приблизительно один мкмоль или меньше (например, KD, составляющей приблизительно 1×10-6 М, 1×10-7 М, 1×10-8 М, 1×10-9 М, 1×10-10 М, 1×10-11 М или приблизительно 1×10-12 М). Терапевтические связывающие эпитоп белки (например, терапевтические антитела) часто нуждаются в КD, которая находится в наномолярном или пикомолярном диапазоне.
Термин "функциональный фрагмент" включает в себя фрагменты связывающих эпитопы белков, которые могут экспрессироваться, секретироваться и специфически связываться с эпитопом с KD в микромолярном, наномолярном или пикомолярном диапазоне. Специфическое распознавания включает в себя характеризующееся KD, которая находится по меньшей мере в микромолярном диапазоне, наномолярном диапазоне или пикомолярном диапазоне.
Термин "зародышевая линия" по отношению к последовательности нуклеиновой кислоты иммуноглобулина включает в себя последовательность нуклеиновой кислоты, которая может быть передана потомству.
Термин "тяжелая цепь" или "тяжелая цепь иммуноглобулина" включает в себя последовательность тяжелой цепи иммуноглобулина, включающую в себя последовательность константной области тяжелой цепи иммуноглобулина из любого организма. Вариабельные домены тяжелой цепи включают в себя три CDR тяжелой цепи и четыре области FR, если не указано иное. Фрагменты тяжелых цепей включают в себя CDR, CDR и FR и их комбинации. Типичная тяжелая цепь содержит после вариабельного домена (от N-конца к С-концу) домен CH1, шарнир, домен CH2 и домен CH3. Функциональный фрагмент тяжелой цепи включает в себя фрагмент, который способен специфически распознавать эпитоп (например, распознавание эпитопа с KD в микромолярном, наномолярном или пикомолярном диапазоне), который способен экспрессировать и секретировать из клетки и который содержит по меньшей мере одну CDR. Вариабельный домен тяжелой цепи кодируется генной последовательностью вариабельной области, которая, как правило, содержит сегменты VH, DH и JH, полученные из репертуара присутствующих в зародышевой линии сегментов VH, DH и JH. Последовательности, расположение и номенклатура для сегментов тяжелой цепи V, D и J для различных организмов можно найти в базе данных IMGT, веб-сайте Международной информационной системы иммуногенетики.
Используемый в отношении последовательности термин "идентичность" включает в себя идентичность, определенную с помощью ряда различных известных в настоящей области алгоритмов, которые могут быть использованы для измерения идентичности последовательности нуклеотидов и/или аминокислот. Согласно некоторым описанным в настоящем документе вариантам осуществления идентичности определяют с использованием выравнивания ClustalW v.1.83 (медленно) с использованием штрафа за внесение пропуска в последовательности 10,0, штрафа за удлинение пропуска 0,1 и используя матрицу сходства Gonnet (MACVECTOR™ 10.0.2, MacVector Inc., 2008). Длина сравниваемых последовательностей по отношению к идентичности последовательностей будет зависеть от конкретных последовательностей, но в случае константного домена легкой цепи, длина должна содержать последовательность достаточной длины, чтобы сложиться в константный домен легкой цепи, который способен к самоассоциации для образования канонического константного домена легкой цепи, например, способен образовывать два бета-листа, содержащих бета-цепи, и способен взаимодействовать по меньшей мере с одним доменом CH1 человека или мыши. В случае домена CH1 длина последовательности должна содержать последовательность достаточной длины, чтобы сложиться в домен CH1, который способен образовывать два бета листа, содержащих бета-цепи, и способен взаимодействовать по меньшей мере с одним константным доменом легкой цепи мыши или человека.
Термин "молекула иммуноглобулина" включает в себя две тяжелые цепи иммуноглобулина и две легкие цепи иммуноглобулина. Тяжелые цепи могут быть одинаковыми или различными, и легкие цепи могут быть одинаковыми или различными.
Термин "легкая цепь" включает в себя последовательность легкой цепи иммуноглобулина от любого организма, и если не указано иное включает в себя человеческие легкие цепи каппа и лямбда и VpreB, а также суррогатные легкие цепи. Вариабельные домены легкой цепи, как правило, включают в себя три CDR легкой цепи и четыре каркасные (FR) области, если не указано иное. Как правило, полноразмерная легкая цепь включает в себя от амино-конца к карбокси-концу вариабельный домен, который включает в себя FR1-CDR1-FR2-CDR2-FR3-CDR3-FR4, и константную область легкой цепи. Вариабельный домен легкой цепи κодируется генной последовательностью вариабельной области легкой цепи, которая, как правило, содержит сегменты VL и JL, полученные из репертуара присутствующих в зародышевой линии сегментов V и J. Последовательности, расположение и номенклатуру для сегментов V и J легкой цепи для различных организмов можно найти в базе данных IMGT, www.imgt.org. Легкие цепи включают в себя, например, те, которые не селективно связываются или с первым, или со вторым эпитопом, селективно связанным связывающим эпитоп белком, в котором они появляются. Легкие цепи также включают в себя те, которые связывают и распознают или помогают тяжелой цепи со связыванием и распознаванием одного или нескольких эпитопов, селективно связанных связывающим эпитоп белком, в котором они появляются. Общие или универсальные легкие цепи включают в себя те, которые получены из гена Vκ1-39Jκ5 человека или гена Vκ3-20Jκ1 человека, и включают в себя соматически мутировавшие (например, с созревшей аффинностью) версии их же. Двойные легкие цепи (DLC) включают в себя цепи, полученные из локуса легкой цепи, содержащего не более двух сегментов Vκ человека, например, генный сегмент Vκ1-39 человека и генный сегмент Vκ3-20 человека, и включают в себя соматически мутировавшие (например, с созревшей аффинностью) версии их же.
Фраза "микромолярный диапазон" означает 1-999 микромоль; фраза "наномолярный диапазон" означает 1-999 наномоль; фраза "пикомолярный диапазон" означает 1-999 пикомоль.
Фраза "соматически мутировавший" включает в себя отношение к последовательности нуклеиновой кислоты из В-клетки, которая подверглась переключению класса, причем последовательность нуклеиновой кислоты вариабельной области иммуноглобулина (например, нуклеотидная последовательность, кодирующая вариабельный домен тяжелой цепи или включающая в себя последовательности CDR или FR тяжелой цепи) в В-клетке, которая подверглась переключению класса, не идентична последовательности нуклеиновой кислоты в В-клетке до переключения класса, например, различие в последовательности нуклеиновой кислоты CDR или каркасной области между В-клеткой, которая не подверглась переключению класса, и В-клеткой, которая подверглась переключению класса. "Соматически мутировавший" включает в себя отношение к последовательности нуклеиновых кислот из В-клеток с созревшей аффинностью, которые не идентичны соответствующим последовательностям вариабельных областей иммуноглобулина в В-клетках, которые не характеризуются созревшей аффинностью (т.е. последовательности в геноме клеток зародышевой линии). Фраза "соматически мутировавший" также включает в себя отношение к последовательности нуклеиновой кислоты вариабельной области иммуноглобулина из В-клетки после воздействия на В-клетку представляющего интерес эпитопа, причем последовательность нуклеиновой кислоты отличается от соответствующей последовательности нуклеиновой кислоты до воздействия на В-клетку представляющего интерес эпитопа. Фраза "соматически мутировавший" относится к последовательностям из антител, которые были получены от животного, например, мыши, содержащего последовательности нуклеиновых кислот вариабельных областей иммуноглобулина человека, в ответ на сенсибилизацию иммуногеном, и что представляет собой по своей сути результат процессов отбора, действующих в таком животном.
Термин "нереаранжированные" по отношению к последовательности нуклеиновой кислоты включает в себя последовательности нуклеиновых кислот, которые существуют в зародышевой линии клетки животного.
Термин "вариабельный домен" включает в себя аминокислотную последовательность легкой или тяжелой цепи иммуноглобулина (модифицированной по желанию), которая содержит следующие аминокислотные области в последовательности от N-конца к С-концу (если не указано иное): FR1, CDR1, FR2, CDR2, FR3, CDR3, FR4.
Термин "функционально связанный" относится к связи, в которой функционально связанные компоненты функционируют предназначенным образом. В одном случае последовательность кодирующей белок нуклеиновой кислоты может быть функционально связана с регуляторными последовательностями (например, последовательностью промотора, энхансера, сайленсера и т.п.) с тем, чтобы сохранить необходимое регулирование транскрипции. В одном случае последовательность нуклеиновой кислоты вариабельной области иммуноглобулина (или V(D)J сегменты) может быть функционально связана с последовательностью нуклеиновой кислоты константной области иммуноглобулина таким образом, чтобы обеспечить необходимую рекомбинацию между последовательностями в последовательности тяжелой или легкой цепи иммуноглобулина.
Термин "замещение" по отношению к замещению генов относится к размещению экзогенного генетический материала в эндогенном генетическом локусе, тем самым замещая все или часть эндогенного гена ортологичной или гомологичной последовательностью нуклеиновой кислоты.
Используемый в настоящем документе термин "функциональный", например, по отношению к функциональному полипептиду, включает в себя полипептид, который сохраняет по меньшей мере одну биологическую активность, как правило, связанную с нативным белком. В другом случае функциональный генный сегмент иммуноглобулина может включать в себя вариабельный генный сегмент, который способен к продуктивной реаранжировке, чтобы производить реаранжированную генную последовательность иммуноглобулина.
"Нейтральное значение рН" включает в себя значение рН от приблизительно 7,0 и до приблизительно 8,0, например, значение рН от приблизительно 7,0 и до приблизительно 7,4, например, от приблизительно 7,2 и до приблизительно 7,4, например, физиологическое значение рН. "Кислое значение рН" включает в себя значение рН 6,0 и ниже, например, значение рН от приблизительно 5,0 и до приблизительно 6,0, рН от приблизительно 5,75 и до приблизительно 6,0, например, рН эндосомальных или лизосомальных компартментов.
Встроенные остатки гистидина в генах легких цепей иммуноглобулина
Авторы настоящего изобретения обнаружили, что отличные от человека животные, которые экспрессируют антитела, способные связываться с антигеном зависимым от рН образом, могут быть получены путем модификации вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина в одном или нескольких положениях вдоль последовательности легкой цепи. Описаны способы внесения модификаций в зародышевую линию отличного от человека животного таким образом, что животное будет экспрессировать гистидины в CDR антител. В частности, описаны способы получения модификаций в вариабельной последовательности легкой цепи иммуноглобулина в зародышевой линии мыши. Последовательность вариабельной области, например, легких цепей, как правило, показывает соматическую гипермутацию вдоль последовательности вариабельной области, и, в некоторых случаях, такие мутации могут приводить к замене остатков гистидина (смотрите, например, фиг. 1). Такие мутации могут происходить даже в определяющих комплементарность областях (CDR), которые представляют собой области вариабельных доменов, ответственных за связывание антигена. В некоторых случаях такие мутации могут приводить к антителам, которые проявляют зависимое от рН связывание антигена, например, снижение связывания антигена при кислом значении рН, по сравнению со связыванием антигена при нейтральном значении рН. Такое зависимое от рН связывание антигена желательно, потому что это может позволить антителу связываться с антигеном за пределами клетки и, после захвата в эндосомы, высвобождать антиген и возвращаться обратно на поверхность, чтобы связать другой антиген, избегая опосредованного мишенью клиренса. Были зарегистрированы подходы для введения остатков гистидина для достижения этого эффекта с использованием случайного сканирующего гистидином мутагенеза для конструирования зависимых от рН связывающих свойств в антителах к IL-6R (США 2011/0111406 А1). Тем не менее случайный мутагенез остатков антитела может приводить к снижению аффинности антитела к антигену. Отличное от человека животное, генетически модифицированное, чтобы экспрессировать замену гистидина в последовательности антитела, делает возможным производство высокоаффинных антител в ответ на представляющий интерес антиген, благодаря модификации(ям) гистидина будет также показывать зависимое от рН связывание антигена.
Таким образом, согласно различным вариантах осуществления в настоящем документе предусмотрено генетически модифицированное отличное от человека животное (например, грызун, например, мышь или крыса), которое содержит в своем геноме, например, в своей зародышевой линии, последовательность вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина человека, содержащую модификации, которые приводят к получению животного, экспрессирующего антитела, способные связываться с антигенами зависимым от рН образом. Согласно одному варианту осуществления отличное от человека животное содержит модификации в последовательности вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина человека (например, последовательность сегмента VL и/или JL), которые содержат замены по меньшей мере одного негистидинового кодона (например, по меньшей мере одного негистидинового кодона, кодируемого соответствующей последовательностью сегмента VL и/или JL зародышевой линии человека) на гистидиновый кодон (в некоторых случаях, также может упоминаться как "замена гистидина", "замена гистидинового кодона" или тому подобное). Согласно одному варианту осуществления животное содержит модификацию зародышевой линии, которая позволяет гистидиновые замены в CDR1, CDR2, CDR3, N-конце, петле 4 и даже каркасных областей легкой цепи с целью повышения выхода зависимых от рН антител. Согласно одному варианту осуществления животное содержит по меньшей мере одну замену негистидинового кодона (например, по меньшей мере одного негистидинового кодона, кодируемого соответствующей последовательностью сегмента VL и/или JL зародышевой линии человека) на гистидиновый кодон в нуклеотидной последовательности определяющей комплементарность области (CDR; например, CDR1, CDR2 и/или CDR3) легкой цепи иммуноглобулина человека. Согласно одному варианту осуществления замена происходит в кодоне CDR3. Согласно одному варианту осуществления легкая цепь представляет собой легкую цепь κ. Согласно одному варианту осуществления животное экспрессирует легкую цепь иммуноглобулина, например, CDR легкой цепи, например, CDR3 легкой цепи, содержащую замену по меньшей мере одной аминокислоты на гистидин. Согласно другому варианту осуществления легкая цепь представляет собой легкую цепь λ. Согласно еще одному варианту осуществления мышь содержит замену по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон в обеих легких цепях κ и λ.
Остаток гистидина кодируется двумя различными кодонами, CAT и САС (остатки дезоксирибонуклеиновой кислоты). Таким образом, негистидиновый кодон может быть заменен CAT или САС. Замену встраивают в кодон, который в его конфигурации зародышевой линии (т.е. несоматически мутировавшем состоянии) не кодирует остаток гистидина. Таким образом, нуклеотидная последовательность содержит по меньшей мере один гистидиновый кодон, который не кодируется соответствующим вариабельным генным сегментом легкой цепи зародышевой линии человека (например, соответствующим генным сегментом VL и/или JL зародышевой линии человека).
Согласно различным вариантам осуществления модификации гистидина в последовательности легкой цепи генетически модифицированного отличного от человека животного могут быть разработаны различными путями. Согласно некоторым вариантам осуществления гистидиновые замены могут быть ограничены такими положениями, требующими только однонуклеотидное изменение. Согласно некоторым вариантам осуществления модификации гистидина могут быть получены в искусственных последовательностях (например, искусственных сегментах DH, добавлениях N определенных антител и т.п.) и эти искусственные последовательности могут быть вставлены в последовательность легкой цепи.
Согласно одному варианту осуществления легкая цепь представляет собой универсальную легкую цепь (также называемую общей легкой цепью). Как описано в заявке на патент США №13/022759, 13/093156, 13/412936, 13/488628 и 13/798310 (опубликованной заявке США №2011/0195454, 2012/0021409, 2012/0192300, 2013/0045492 и 2013/0185821, включенных в настоящий документ посредством ссылки), отличное от человека животное (например, мышь), которое выбирает общую легкую цепь для множества тяжелых цепей, характеризуется практической ценностью. Согласно различным вариантам осуществления антитела, экспрессируемые у отличного от человека животного, содержащего только общую легкую цепь, будут содержать тяжелые цепи, которые могут ассоциировать и экспрессировать с идентичной или по существу идентичной легкой цепью. Это особенно применимо при получении биспецифических антител. Например, такое животное может быть иммунизировано первым иммуногеном для производства В-клетки, которая экспрессирует антитело, которое специфически связывается с первым эпитопом. Животное (или генетически такое же животное) может быть иммунизировано вторым иммуногеном для производства В-клетки, которая экспрессирует антитело, которое специфически связывается со вторым эпитопом. Вариабельные области тяжелой цепи могут быть клонированы из В-клеток и экспрессированы с константной областью той же тяжелой цепи и той же легкой цепи (например, общей легкой цепи) в клетке, чтобы получить биспецифическое антитело, причем компонент тяжелой цепи биспецифического антитела был выбран животным, чтобы ассоциировать и экспрессировать с тем же компонентом легкой цепи. Согласно различным описанным вариантам осуществления вариабельные области генетически сконструированных мышей представляют собой вариабельные области человека.
Согласно другому варианту осуществления легкую цепь получают из рестриктированного (ограниченного) репертуара вариабельных сегментов легкой цепи, например, репертуара вариабельных сегментов легкой цепи, содержащего не более двух генных сегментов VL человека (например, двойная легкая цепь или "DLC"). Как описано более подробно в заявке на патент США №13/798455, опубликованной как публикация заявки на патент США №2013/0198880, такой ограниченный репертуар вариабельных сегментов легкой цепи приводит к получению ограниченного репертуара легких цепей, который также помогает в производстве компонентов антител, применимых для получения биспецифических или других мультиспецифических антител.
Согласно некоторым вариантам осуществления мышь с двойной легкой цепью может демонстрировать более разнообразный репертуар легких цепей. Согласно некоторым вариантам осуществления мышь с двойной легкой цепью позволяет получить больший выход связывающих антител, а также ограничение разнообразия в то же время увеличивает успешное образование пар с тяжелыми цепями, полученными в мыши, содержащей единственную реаранжированную вариабельную область легкой цепи, например, мыши с универсальной легкой цепью. Согласно некоторым вариантам осуществления легкие цепи сами по себе могут обладать антигенсвязывающими свойствами. Согласно некоторым вариантам осуществления у мышей может быть индуцировано производство антител, проявляющих антигенную специфичность, которая находится в их легкой цепи (например, путем ограничения репертуара тяжелых цепей иммуноглобулина мыши, например, путем замещения локуса тяжелой цепи мыши локусом, содержащим единственную реаранжированную вариабельную область тяжелой цепи). Согласно некоторым вариантам осуществления антитела, произведенные в таких животных, будут специфическими для конкретного первого эпитопа (например, эффекторных антигенов, цитотоксических молекул, Fc-рецепторов, токсинов, активирующих или ингибирующих рецепторов, Т-клеточных маркеров, иммуноглобулиновых транспортеров и т.д.) посредством связывания их легкой цепи. Такие эпитопспецифические человеческие легкие цепи, полученные из двойной легкой цепи мыши, могут быть совместно экспрессированы с человеческими тяжелыми цепями, полученных от мыши с ограниченным репертуаром легких цепей, например, мыши ULC, причем тяжелая цепь выбирается на основе ее способности связываться со вторым эпитопом (например, вторым эпитопом на другом антигене).
Таким образом, ранее были сконструированы мыши, которые способны производить легкие цепи иммуноглобулина, которые будут соответствующим образом образовывать пары с довольно разнообразным семейством тяжелых цепей, включающим в себя тяжелые цепи, чьи человеческие вариабельные области отклоняются от последовательностей зародышевой линии, например, с созревшей аффинностью или соматически мутировавшие вариабельные области. Согласно различным вариантам осуществления мышей разрабатывают для того, чтобы образовывать пары вариабельных доменов легкой цепи человека с вариабельными доменами тяжелой цепи человека, которые содержат соматические мутации, таким образом, делая возможным доступ к высокоаффинным связывающим белкам, пригодным для использования в качестве человеческих терапевтических средств.
Подвергнутая генной инженерии мышь через длительный и сложный процесс отбора антител в организме делает соответствующий биологический выбор в образовании пары разнообразной коллекции вариабельных доменов тяжелой цепи человека с ограниченным числом вариантов легкой цепи человека. Для того чтобы достичь этого, мышь конструируют так, чтобы представить ограниченное число вариантов вариабельных доменов легкой цепи человека в сочетании с широким разнообразием вариантов вариабельных доменов тяжелой цепи человека. После сенсибилизации иммуногеном мышь максимизирует число решений в своем репертуаре для получения антитела к иммуногену, ограничиваясь в основном или исключительно количеством или вариантами легкой цепи в своем репертуаре. Согласно различным вариантам осуществления это включает в себя возможность для мыши в достижении подходящих и совместимых соматических мутаций в вариабельном домене легкой цепи, которые будут тем не менее совместимы с относительно большим разнообразием вариабельных доменов тяжелой цепи человека, включающим в себя, в частности, соматически мутировавшие вариабельные домены тяжелой цепи человека.
Сконструированная мышь с общей легкой цепью или ограниченным репертуаром легких цепей, описанная в опубликованной заявке США №2011/0195454, 2012/0021409, 2012/0192300, 2013/0045492, 2013/0185821 и 2013/0198880, содержала последовательности нуклеиновых кислот, кодирующие ограниченный репертуар вариантов легкой цепи, например, общую или универсальную легкую цепь "ULC", которая содержала единственную реаранжированную последовательность вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина человека, например, легкую цепь, которая содержала не более двух сегментов VL человека, например, двойную легкую цепь "DLC", который содержала два сегмента VL человека. Для достижения такого ограниченного репертуара мышей конструировали для того, чтобы привести в нефункциональное или по существу в нефункциональное состояние их способность создавать или реаранжировать нативный вариабельный домен легкой цепи мыши. Согласно одному аспекту это было достигнуто, например, путем удаления генных сегментов вариабельной области легкой цепи мыши. Как описано ранее, эндогенный локус мыши может быть затем модифицирован с помощью выбранных экзогенных подходящих генных сегментов вариабельной области легкой цепи человека, функционально связанных с эндогенным константным доменом легкой цепи мыши, таким образом, чтобы экзогенные генные сегменты вариабельной области человека можно было комбинировать с эндогенным геном константной области легкой цепи мыши и образовывать реаранжированный обратный химерный ген легкой цепи (человеческий вариабельный, мышиный константный). Согласно различным вариантам осуществления вариабельная область легкой цепи может быть соматически мутировавшей. Согласно различным вариантам осуществления для того, чтобы максимизировать способность вариабельной области легкой цепи приобретать соматические мутации, соответствующий энхансер(ы) сохраняется в мыши. Согласно одному аспекту в модификации локуса легкой цепи κ мыши для замены эндогенных генных сегментов легкой цепи κ мыши генными сегментами легкой цепи κ человека, функционально поддерживаются или не разрушаются интронный энхансер κ мыши и 3' энхансер.
Таким образом, предусмотрена подвергнутая генной инженерии мышь, которая экспрессирует ограниченный репертуар обратных химерных (человеческая вариабельная, мышиная константная) легких цепей, ассоциированных с разнообразием обратных химерных (человеческая вариабельная, мышиная константная) тяжелых цепей. Согласно различным вариантам осуществления эндогенные генные сегменты легкой цепи κ мыши удаляют и заменяют одной (или двумя) реаранжированной областью легкой цепи человека, функционально связанной с эндогенным геном Сκ мыши. Согласно различным вариантам осуществления эндогенные генные сегменты легкой цепи κ мыши удаляют и замещают единственным сегментом VL человека, который способен к реаранжировке с сегментом J легкой цепи человека (выбранным из одного или множества сегментов JL) и кодированию человеческого вариабельного домена легкой цепи иммуноглобулина, причем единственный сегмент VL и один или несколько сегментов JL функционально связаны с эндогенным геном мыши Сκ. Согласно другим различным вариантам осуществления эндогенные генные сегменты легкой цепи κ мыши удаляют и замещают не более чем двумя сегментами VL человека, которые способны к реаранжировке с сегментом J легкой цепи человека (выбранным из одного или нескольких сегментов JL, например, двух или более сегментов JL) и кодированию человеческого вариабельного домена легкой цепи иммуноглобулина, причем не более чем два генных сегментов VL и один или множество сегментов JL функционально связаны с эндогенным геном мыши Сκ. Согласно другим вариантам осуществления генные сегменты легкой цепи каппа (например, генные сегменты VL и JL человека) функционально связаны с геном Сκ человека. Согласно вариантам осуществления для максимизации соматической гипермутации реаранжированной области легкой цепи человека, поддерживаются интронный энхансер κ мыши и 3' энхансер мыши. Согласно различным вариантам осуществления мышь также содержит нефункциональный локус легкой цепи λ или его делецию, или делецию, которая приводит локус в состояние не возможности производить легкую цепь λ. Согласно некоторым конкретным вариантам осуществления локус генетически сконструированных мышей с ограниченными репертуарами легких цепей по существу идентичен локусам, изображенным на фиг. 16А и 16В.
У подвергнутых генной инженерии мышей, которые содержат последовательности нуклеиновых кислот, кодирующие ограниченный репертуар вариантов легких цепей, например, мышей ULC, которые содержат единственную реаранжированную последовательность вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина человека, например, легкой цепи, которая содержит не более двух человеческих сегментов VL, например, мышей DLC, которые содержат два человеческих сегмента VL, локус легкой цепи иммуноглобулина отличается от локуса легкой цепи иммуноглобулина дикого типа.
Согласно некоторым вариантам осуществления структура локуса легкой цепи мыши, которая содержит последовательности нуклеиновых кислот, кодирующие ограниченный репертуар опций легкой цепи (например, мыши ULC, например, мыши DLC) отличается от эталонной структуры на фиг. 15, в которой по меньшей мере один, а согласно некоторым вариантам осуществления все генные сегменты VL мыши замещаются одним генным сегментом VL человека или не более чем двумя генными сегментами VL человека. Согласно некоторым вариантам осуществления единственный генный сегмент VL человека присутствует в зародышевой линии, реаранжированной до генного сегмента JL человека. Согласно некоторым вариантам осуществления человеческие генные сегменты VL мыши способны к реаранжировке с одним из двух или более генных сегментов JL человека для кодирования иммуноглобулинового домена VL антитела. Согласно некоторым вариантам осуществления человеческий генный сегмент(ы) VL локуса легкой цепи описанной в настоящем документе мыши функционально связан(ы) с двумя или более (например, двумя, тремя, четырьмя или пятью) генными сегментами JL человека.
Согласно некоторым вариантам осуществления структура локуса легкой цепи мыши, которая содержит последовательности нуклеиновых кислот, кодирующие ограниченный репертуар опций легкой цепи (например, мыши ULC, например, мыши DLC) отличается от эталонной структуры на фиг. 15 тем, что она не содержит нуклеотидную последовательность до реаранжировки, которая кодирует эндогенный генный сегмент VL. Согласно некоторым вариантам осуществления предусмотрена мышь, содержащая локус легкой цепи, структура которого отличается от эталонной структуры на фиг. 15 тем, что она не содержит нуклеотидную последовательность до реаранжировки, которая кодирует эндогенный генный сегмент JL. Согласно некоторым вариантам осуществления предусмотрена мышь, содержащая локус легкой цепи, структура которого отличается от эталонной структуры на фиг. 15 тем, что она не содержит нуклеотидную последовательность до реаранжировки, которая кодирует эндогенные генные сегменты VL и JL.
Согласно некоторым вариантам осуществления структура локуса легкой цепи мыши, которая содержит последовательности нуклеиновых кислот, кодирующие ограниченный репертуар опций легкой цепи (например, мыши ULC, например, мыши DLC) отличается от эталонной структуры на фиг. 15 тем, что она не содержит нуклеотидную последовательность после реаранжировки, которая кодирует эндогенный генный сегмент VL. Согласно некоторым вариантам осуществления структура локуса легкой цепи такой мыши отличается от эталонной структуры на фиг. 15 тем, что она не содержит нуклеотидную последовательность после реаранжировки, которая кодирует эндогенный генный сегмент JL. Согласно некоторым вариантам осуществления структура локуса легкой цепи такой мыши отличается от эталонной структуры на фиг. 15 тем, что он не содержит нуклеотидную последовательность после реаранжировки, которая кодирует эндогенные генные сегменты VL и JL.
Согласно некоторым вариантам осуществления структура локуса легкой цепи мыши, которая содержит последовательности нуклеиновых кислот, кодирующие ограниченный репертуар опций легкой цепи (например, мыши ULC, например, мыши DLC), отличается от эталонной структуры на фиг. 15 тем, что она содержит не более двух генных сегментов VL человека и два или более (например, два, три, четыре или пять) генных сегментов JL человека до реаранжировки. Согласно некоторым вариантам осуществления локус легкой цепи такой мыши отличается от эталонной структуры на фиг. 15 тем, что он содержит не более двух генных сегментов VL человека и пяти генных сегментов JL человека до реаранжировки.
Согласно некоторым вариантам осуществления структура локуса легкой цепи мыши, которая содержит последовательности нуклеиновых кислот, кодирующие ограниченный репертуар опций легкой цепи (например, мыши ULC, например, мыши DLC), отличается от эталонной структуры на фиг. 15 тем, что она содержит не более двух генных сегментов VL человека и пять или менее (например, 5, 4, 3, 2 или 1) генных сегментов JL человека после реаранжировки. Согласно некоторым вариантам осуществления локус легкой цепи такой мыши отличается от эталонной структуры на фиг. 15 тем, что он содержит не более двух генных сегментов VL человека и один, два, три, четыре или пять генных сегментов JL человека после реаранжировки. Согласно некоторым вариантам осуществления структура локуса легкой цепи мыши, которая содержит последовательности нуклеиновых кислот, кодирующие ограниченный репертуар опций легкой цепи (например, мыши ULC, например, мыши DLC) отличается от эталонной структуры на фиг. 15 тем, что она содержит один генный сегмент VL человека и пять или менее (например, 5, 4, 3, 2 или 1) генных сегментов JL человека после реаранжировки.
Согласно различным вариантам осуществления генные сегменты VL и JL человека представляют собой генные сегменты Vκ и Jκ человека. Согласно различным вариантам осуществления сегменты Vκ человека выбирают из генного сегмента Vκ1-39 человека и генного сегмента Vκ3-20 человека. Согласно некоторым вариантам осуществления сегменты Vκ человека представляют собой Vκ1-39 человека и Vκ3-20 человека. Согласно некоторым вариантам осуществления сегменты Jκ человека выбирают из генных сегментов Jκ1, Jκ2, Jκ3, Jκ4, Jκ5 и их комбинации. Согласно некоторым вариантам осуществления генные сегменты Jκ человека представляют собой Jκ1, Jκ2, Jκ3, Jκ4 и Jκ5 человека.
Согласно некоторым вариантам осуществления структура локуса легкой цепи мыши, которая содержит последовательности нуклеиновых кислот, кодирующие ограниченный репертуар опций легкой цепи (например, мыши ULC, например, мыши DLC), отличается от эталонной структуры на фиг. 15 тем, что она содержит структуру, которая представляет собой по существу такую же, как и у структуры на фиг. 16А и 16В перед реаранжировкой (например, структуры, показанные на фиг. 8С, 8Е, 14С, 14D, 17Е, 19D, 31 и 33). Согласно некоторым вариантам осуществления предусмотрена мышь, содержащая локус легкой цепи, структура которого идентична структуре на фиг. 16А и 16В перед реаранжировкой.
В настоящей области техники известны мыши, содержащие локусы иммуноглобулинов человека, вариабельные и константные области, случайным образом вставленные в геном мыши. Исходные линии таких мышей содержали ограниченное количество генных сегментов иммуноглобулина человека. В частности, несколько линий, содержащих генные сегменты легкой цепи иммуноглобулина человека, содержали один, три или четыре генных сегмента VL иммуноглобулина человека и пять генных сегментов JL иммуноглобулина человека (Taylor et al. 1992, Nucleic Acids Research 20(23): 6287-6295; Fishwild et al. 1996, Nature Biotechnology 14: 845-851; Lonberg et al. 1994, Nature 368: 856-859; Green et al. 1994, Nature Genetics 7: 13-21; Green and Jakobovits 1998, J. Exp.Med. 188(3): 483-495; Green 1999, J. Immunol. Methods 231: 11-23). Эти мыши, которые содержали только несколько генных сегментов VL иммуноглобулина человека в виде части полностью человеческих трансгенов, случайным образом вставленных в геном мыши, демонстрировали аномальные количества В-клеток, нарушенное развитие В-клеток и другие иммунодефицита. Экспрессия генов VL иммуноглобулина человека, что обнаружено с помощью поверхностной экспрессии Сκ человека на В-клетках, была ниже, чем эндогенной легкой цепи κ, по сравнению с диким типом. Неожиданно, мыши с ограниченным репертуаром опций легких цепей, такие как мыши, подвергнутые генной инженерии, чтобы содержать один или два генных сегмента Vκ иммуноглобулина человека, демонстрировали такие количества и развитие В-клеток, которые были близки мышам дикого типа (смотрите, например, публикацию патентной заявки США №2013/0198880 и представленные примеры). Кроме того, согласно некоторым вариантам осуществления эти мыши способны производить несколько высокоаффинных обратных химерных антител, содержащих вариабельные домены легкой и тяжелой цепей человека, в ответ на антиген, причем вариабельные домены легкой цепи каждый содержат по одному из двух возможных генных сегментов VL человека и один из пяти возможных генных сегментов JL человека (смотрите, например, публикацию патентной заявки США №2013/0198880 и представленные примеры). Таким образом, в отличие от предварительных линий мышей, сконструированных с минилокусами легкой цепи иммуноглобулина человека (т.е. ограниченным числом генных сегментов иммуноглобулинов человека), мыши, которые содержат ограниченное количество генных сегментов VL иммуноглобулина человека (один или два) и, согласно некоторым вариантам осуществления, два или более (например, 2, 3, 4 или 5) генных сегментов JL иммуноглобулина человека, на удивление, проявляют нормальные количества В-клеток, нормальную экспрессию легкой цепи иммуноглобулина и нормальное развитие В-клеток. Кроме того, такие мыши также не показывают сниженную или нарушенную способность поддерживать надежные иммунные ответы на множественные антигены как результат ограниченного репертуара легких цепей иммуноглобулина. Соответственно, согласно некоторым вариантам осуществления мыши, которые содержат гуманизированный локус вариабельной легкой цепи, содержащий не более двух нереаранжированных генных сегментов VL иммуноглобулина человека и два или более (например, 2, 3, 4 или 5) генных сегментов JL иммуноглобулина человека - или не более двух реаранжированных сегментов VLJL человека - проявляют популяции В-клеток дикого типа в количестве и проявляют развитие В-клеток дикого типа.
Антитела, производимые у мышей с универсальными легкими цепями или мышей с ограниченным репертуаром легких цепей (например, мышей с двойными легкими цепями) в ответ на различные антигены способны использовать разнообразный репертуар последовательностей вариабельных областей тяжелых цепей, содержащих разнообразный репертуар сегментов VH, DH и JH. Антитела, произведенные такими подвергнутыми генной инженерии мышами, применимы для разработки биспецифических терапевтических антител; однако, как с любым другим антителом, каждое биспецифическое антитело может связываться только с одной мишенью во время его жизни в плазме; антитело поглощается эндосомой и нацеливается на лизосомальную деградацию. Исследования показали, что FcRn рецептор Fcγ подобный МНС класса I способен спасти иммуноглобулины от лизосомальной деградации путем рециркулирования его обратно к клеточной поверхности из сортирующей эндосомы. Simister and Mostov (1989) An Fc receptor structurally related to MHC class I antigens. Nature 337: 184-87. Как описано выше, для повышения эффективности рециркулирования антител полезны дополнительные модификации последовательностей антител, например, модификации, которые приводят к снижению связывания антигена при кислом значении рН (например, рН эндосомы), при этом сохраняя аффинность и специфичность антиген-антитела при нейтральном значении рН (например, физиологическом значение рН). Описанные в настоящем документе отличные от человека животные, у которых остатки гистидина заменяют негистидиновые остатки в последовательности универсальной легкой цепи, полезны, так как они способны производить высокоаффинные антитела, основанные на формате универсальной легкой цепи или ограниченном репертуаре легких цепей (например, DLC), которые также отражают зависимое от рН связывание, например, отражают сниженное связывание с антигеном при кислом значении рН против нейтрального значения рН.
Таким образом, согласно одному варианту осуществления в настоящем документе предусмотрено отличное от человека животное (например, грызун, например, мышь или крыса), которое содержит в своем геноме, например, в своей зародышевой линии, ограниченный репертуар вариабельных областей легких цепей человека или единственную вариабельную область легкой цепи человека из ограниченного репертуара вариабельных генных сегментов легкой цепи человека, причем вариабельная область(и) легкой цепи человека содержит по меньшей мере одну замену негистидинового кодона на гистидиновый кодон. Согласно некоторым вариантам осуществления предусмотрены отличные от человека животные, которые подвергнуты генной инженерии, чтобы включить в себя единственный нереаранжированный генный сегмент вариабельной области легкой цепи человека (или два генных сегмента вариабельной области легкой цепи человека), который реаранжирует для того, чтобы образовать реаранжированный ген вариабельной области легкой цепи человека (или два реаранжированных гена вариабельной области легкой цепи), который экспрессирует единственную легкую цепь (или которые экспрессируют одну или обе из двух легких цепей), причем ген(ы) вариабельной области легкой цепи содержит замену по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон. Реаранжированные вариабельные домены легкой цепи человека, кодируемые этим гистидин-замененным геном(ами) вариабельной области легкой цепи способны образовывать пару с множеством тяжелых цепей человека с созревшей аффинностью, выбранных с помощью животных, причем вариабельные области тяжелой цепи специфически связываются с различными эпитопами. Согласно различным вариантам осуществления по меньшей мере одна замена негистидинового остатка на остаток гистидина приводит к реаранжированной легкой цепи человека, которая, при экспрессии с родственной тяжелой цепью, связывается со своим антигеном зависимым от рН образом.
Предусмотрены подвергнутые генной инженерии животные, которые экспрессируют ограниченный репертуар вариабельных доменов легкой цепи человека или единственный вариабельный домен легкой цепи человека из ограниченного репертуара генных последовательностей вариабельной области легкой цепи человека, причем генные последовательности вариабельной области содержат по меньшей мере одну замену негистидинового кодона на гистидиновый кодон. Согласно некоторым вариантам осуществления предусмотрены животные, которых подвергли генной инженерии, чтобы включить единственную V/J последовательность легкой цепи человека (или две последовательности V/J), которая содержит замену по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон и экспрессирует вариабельную область единственной легкой цепи (или которые экспрессируют одну или обе из двух вариабельных областей). Согласно одному аспекту содержащая вариабельную последовательность легкая цепь способна образовывать пару с множеством тяжелых цепей человека с созревшей аффинностью, клонально выбранных с помощью животного, причем вариабельные области тяжелой цепи специфически связываются с различными эпитопами. Согласно одному варианту осуществления антитело связывается со своим антигеном(ами) зависимым от рН образом. Согласно одному варианту осуществления единственную V/J последовательность легкой цепи человека выбирают из Vκ1-39Jκ5 и Vκ3-20Jκ1. Согласно одному варианту осуществления две последовательности V/J представляют собой Vκ1-39Jκ5 и Vκ3-20Jκ1. Согласно одному варианту осуществления последовательности Vκ1-39Jκ5 и Vκ3-20Jκ1 представляют собой реаранжированные последовательности V/J.
Согласно одному аспекту предусмотрено генетически модифицированное отличное от человека животное, которое содержит единственный генный сегмент VL легкой цепи иммуноглобулина человека, который способен к реаранжировке с генным сегментом JL человека (выбранного из одного или множества сегментов JL) и кодированию вариабельного домена легкой цепи иммуноглобулина человека, причем единственный генный сегмент VL легкой цепи иммуноглобулина человека и/или генный сегмент JL человека содержит замену по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон (например, замену по меньшей мере одного негистидинового кодона, кодируемого соответствующим генным сегментом VL и/или JL зародышевой линии человека на гистидин). Согласно другому аспекту предусмотрена генетически модифицированная мышь, которая содержит не более двух генных сегментов VL человека, каждый из которых способен к реаранжировке с генным сегментом JL человека (выбранным из одного или множества сегментов JL) и кодированию вариабельного домена человека легкой цепи иммуноглобулина, причем каждый из не более двух генных сегментов VL и/или генный сегмент JL содержат замену по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон (например, замену по меньшей мере одного негистидинового кодона, кодируемого соответствующим генным сегментом VL и/или JL зародышевой линии человека, на гистидин). Согласно некоторым определенным вариантам осуществления не более двух генных сегментов VL человека выбирают из группы, состоящей из генного сегмента Vκ1-39 человека, генного сегмента Vκ3-20 человека, а также их комбинации. Согласно некоторым определенным вариантам осуществления не более двух генных сегментов VL человека представляют собой генный сегмент Vκ1-39 человека и генный сегмент Vκ3-20 человека.
Согласно одному аспекту предусмотрена генетически модифицированная мышь, которая содержит единственную реаранжированную вариабельную область легкой цепи иммуноглобулина человека (V/J) (т.е. область VL/JL), которая кодирует вариабельный домен человека легкой цепи иммуноглобулина, причем единственная реаранжированная вариабельная область содержит замену по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон. Согласно другому аспекту мышь содержит не более двух реаранжированных вариабельных областей человека, которые способны кодировать человеческий вариабельный домен легкой цепи иммуноглобулина, причем каждая из не более двух реаранжированных вариабельных областей содержит замену по меньшей мере одного гистидинового кодона.
Таким образом, в настоящем документе предусмотрено генетически модифицированное отличное от человека животное, которое содержит в своем геноме, например, в своей зародышевой линии, единственную реаранжированную последовательность вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина человека, содержащую последовательности VL и JL человека, причем единственная реаранжированная вариабельная область легкой цепи иммуноглобулина человека содержит замену по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон (например, замену по меньшей мере одного негистидинового кодона, кодируемого соответствующим генным сегментом VL и/или JL зародышевой линии человека, на гистидин). Согласно одному аспекту единственная реаранжированная последовательность вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина человека происходит из генных последовательностей VL и JL зародышевой линии человека, но для гистидиновой замены(замен). Согласно одному варианту осуществления легкая цепь иммуноглобулина человека представляет собой цепь к иммуноглобулина человека. Таким образом, согласно одному варианту осуществления генную последовательность VL человека выбирают из Vκ1-39 и Vκ3-20. Согласно одному варианту осуществления единственная реаранжированная последовательность вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина человека содержит реаранжированную последовательность Vκ1-39/J или Vκ3-20/J. Согласно одному варианту осуществления генную последовательность JL человека выбирают из Jκ1, Jκ2, Jκ3, Jκ4 и Jκ5. Согласно одному варианту осуществления последовательность JL человека выбирают из Jκ1 и Jκ5. Согласно одному варианту осуществления единственную реаранжированную последовательность вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина человека выбирают из Vκ1-39Jκ5 и Vκ3-20Jκ1 (например, но до гистидиновой замены(замен)). Согласно альтернативному варианту осуществления легкая цепь иммуноглобулина человека представляет собой цепь λ человека.
Кроме того, согласно одному варианту осуществления в настоящем документе предусмотрено генетически модифицированное отличное от человека животное, которое содержит в своем геноме, например, в своей зародышевой линии, ограниченный репертуар, например, не более двух нереаранжированных генных сегментов VL человека и один или несколько, например, два или более (например, 2, 3, 4 или 5), нереаранжированных генных сегментов JL человека, причем каждый нереаранжированный генный сегмент VL человека и/или JL человека содержит замену по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон, например, по меньшей мере один негистидиновый кодон присутствует в последовательности зародышевой линии до гистидинового кодона. Согласно другому варианту осуществления в настоящем документе предусмотрено генетически модифицированное отличное от человека животное, которое содержит в своем геноме, например, в своей зародышевой линии, ограниченный репертуар, например, не более двух, нереаранжированных генных сегментов VL человека и один или несколько, например, два или более (например, 2, 3, 4, или 5), нереаранжированных генных сегментов JL человека, причем каждая нереаранжированная генная последовательность(и) VL человека и, необязательно, JL человека содержит замену по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон, например, по меньшей мере один негистидиновый кодон, присутствующий в соответствующей последовательности зародышевой линии человека, до гистидинового кодона. Таким образом, согласно одному аспекту последовательность вариабельного генного сегмента в зародышевой линии животного представляет собой генные последовательности VL и/или JL зародышевой линии человека, но до гистидиновой замены(замен). Гистидиновые замены расположены таким образом, что при реаранжировке реаранжированная последовательность легкой цепи разрабатывается таким образом, чтобы содержать замену по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон. Согласно одному варианту осуществления легкая цепь иммуноглобулина человека представляет собой цепь к иммуноглобулина человека. Таким образом, согласно одному варианту осуществления генную последовательность VL человека выбирают из Vκ1-39 и Vκ3-20. Таким образом, согласно одному варианту осуществления генетически модифицированное отличное от человека животное содержит в своем геноме, например, в своей зародышевой линии, нереаранжированные генные сегменты Vκ1-39 человека и нереаранжированные генные сегменты Vκ3-20 человека и один или несколько, например, два или более, нереаранжированных сегментов JL человека (например, генные сегменты Jκ1, Jκ2, Jκ3, Jκ4 и/или Jκ5), причем генные сегменты Vκ1-39 и Vκ3-20 способны к реаранжировке с указанными сегментами JL человека и причем каждая из последовательностей генных сегментов вариабельной области, присутствующих в зародышевой линии, содержит замену по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон, например, по меньшей мере один негистидиновый кодон, присутствующий в последовательности зародышевой линии, на гистидиновый кодон. Согласно другому варианту осуществления генетически модифицированное отличное от человека животное содержит в своем геноме, например, в своей зародышевой линии, нереаранжированные генные сегменты Vκ1-39 человека и нереаранжированные генные сегменты Vκ3-20 человека и один или несколько, например, два или более, нереаранжированных сегментов JL человека (например, генные сегменты Jκ1, Jκ2, Jκ3, Jκ4 и/или Jκ5), причем генные сегменты Vκ1-39 и Vκ3-20 способны к реаранжировке с указанными сегментами JL человека и причем каждый из генных сегментов Vκ1-39 и Vκ3-20 содержит замену по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон, и, необязательно, сегменты JL могут также содержать гистидиновую замену(ы). Согласно одному варианту осуществления генетически модифицированное отличное от человека животное содержит генные сегменты Jκ1, Jκ2, Jκ3, Jκ4 и Jκ5. Таким образом, согласно одному варианту осуществления последовательности VL и, необязательно, JL в локусе легкой цепи κ представляют собой, по существу, последовательности зародышевой линии, но до замены(замен) гистидина.
Согласно одному варианту осуществления замена по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон происходит в нуклеотидной последовательности, кодирующей определяющую комплементарность область (CDR) вариабельного домена легкой цепи. Согласно одному варианту осуществления замена по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон происходит в нуклеотидной последовательности, кодирующей CDR1, CDR2 или CDR3 вариабельного домена легкой цепи. Согласно одному конкретному варианту осуществления замена происходит в кодирующей CDR3 нуклеотидной последовательности.
Согласно одному аспекту замена представляет собой замену по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон в кодоне CDR3 генной последовательности вариабельной области легкой цепи человека. Согласно одному варианту осуществления замена представляет собой замену одного, двух, трех, четырех или более кодонов CDR3. Согласно варианту осуществления, при котором отличное от человека животное содержит единственную реаранжированную вариабельную область легкой цепи иммуноглобулина человека, которая представляет собой вариабельную область Vκ1-39Jκ5, или отличное от человека животное содержит не более двух нереаранжированных генных сегментов VL человека, один из которых представляет собой генный сегмент Vκ1-39, замещение в последовательности Vκ1-39 по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон содержит замещение в положении в генной последовательности легкой цепи иммуноглобулина, кодирующее CDR3, разработанное для экспрессии гистидина в положении, выбранном из 105, 106, 108, 111 и их комбинации. Согласно одному варианту осуществления замещение разрабатывают для экспрессии гистидинов в положениях 105 и 106. Согласно одному варианту осуществления замещение разрабатывают для экспрессии гистидинов в положениях 105 и 111 Согласно одному варианту осуществления замещение разрабатывают для экспрессии гистидинов в положениях 105 и 108. Согласно одному варианту осуществления замещение разрабатывают для экспрессии гистидинов в положениях 105, 108 и 111 Согласно одному варианту осуществления замещение разрабатывают для экспрессии гистидинов в положениях 105, 106 и 108 Согласно одному варианту осуществления замещение разрабатывают для экспрессии гистидинов в положениях 106 и 108. Согласно одному варианту осуществления замещение разрабатывают для экспрессии гистидинов в положениях 106 и 111 Согласно одному варианту осуществления замещение разрабатывают для экспрессии гистидинов в положениях 108 и 111 Согласно одному варианту осуществления замещение разрабатывают для экспрессии гистидинов в положениях 106, 108 и 111. Согласно еще одному варианту осуществления замещение разрабатывают для экспрессии гистидинов в положениях 106, 108 и 111 Согласно одному варианту осуществления замещение разрабатывают для экспрессии гистидинов в положениях 105, 106 и 111. Согласно одному варианту осуществления замещение разрабатывают для экспрессии гистидинов в положениях 105, 106, 108 и 111. Согласно одному варианту осуществления последовательности нуклеиновых кислот и аминокислот из областей CDR3 с заменами гистидина изображены на выравнивании последовательностей на фиг. 2 и приведены в SEQ ID NO: 4-33. Согласно одному варианту осуществления последовательности нуклеиновых кислот и аминокислот CDR3 дикого типа (изображенные на фиг. 2) приведены в SEQ ID NO: 2 и 3, соответственно. Другие варианты осуществления последовательностей нуклеиновых кислот и аминокислотных последовательностей CDR3 с заменами гистидина появляются в описании и в перечне последовательностей и должны быть понятны специалисту в настоящей области техники.
Согласно варианту осуществления, при котором отличное от человека животное содержит единственную реаранжированную вариабельную область легкой цепи иммуноглобулина человека, которая представляет собой вариабельную область Vκ3-20Jκ1, или отличное от человека животное содержит не более двух нереаранжированных генных сегментов VL человека, один из которых представляет собой генный сегмент Vκ3-20, замещение в последовательности Vκ3-20 по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон содержит замещение в положении в генной последовательности легкой цепи иммуноглобулина, кодирующей область CDR3, которое разрабатывают для экспрессии гистидина в положении, выбранном из 105, 106, 107, 109 и их комбинации. Согласно одному варианту осуществления замещение разрабатывают для экспрессии гистидинов в положениях 105 и 106. Согласно одному варианту осуществления замещение разрабатывают для экспрессии гистидинов в положениях 105 и 107. Согласно одному варианту осуществления замещение разрабатывают для экспрессии гистидинов в положениях 105 и 109. Согласно одному варианту осуществления замещение разрабатывают для экспрессии гистидинов в положениях 106 и 107. Согласно одному варианту осуществления замещение разрабатывают для экспрессии гистидинов в положениях 106 и 109. Согласно одному варианту осуществления замещение разрабатывают для экспрессии гистидинов в положениях 107 и 109. Согласно одному варианту осуществления замещение разрабатывают для экспрессии гистидинов в положениях 105, 106 и 107. Согласно одному варианту осуществления замещение разрабатывают для экспрессии гистидинов в положениях 105, 107 и 109. Согласно одному варианту осуществления замещение разрабатывают для экспрессии гистидинов в положениях 106, 108, и 111. Согласно одному варианту осуществления замещение разрабатывают для экспрессии гистидинов в положениях 105, 106 и 109. Согласно другому варианту осуществления замещение разрабатывают для экспрессии гистидинов в положениях 105, 106, 107, и 109. Последовательности нуклеиновых кислот и аминокислот иллюстративных областей CDR3 с заменами гистидина изображены на выравнивании последовательностей на фиг. 12 и приведены в SEQ ID NO: 76-79. Последовательности нуклеиновых кислот и аминокислот CDR3 дикого типа (изображенные на фиг. 12) приведены в SEQ ID NO: 74 и 75, соответственно. Другие варианты осуществления последовательностей нуклеиновых кислот и аминокислотных последовательностей CDR3 с заменами гистидина появляются в описании и в перечне последовательностей и должны быть понятны специалисту в настоящей области техники.
Положения аминокислот (105, 106 и т.д.) основаны на уникальной нумерации, описанной в Lefranc et al. (2003) Dev. Comp. Immunol. 27: 55-77, а также ее можно увидеть на www.imgt.org.
Согласно одному варианту осуществления генный сегмент VL человека функционально связан с человеческой или отличной от человеческой лидерной последовательностью. Согласно одному варианту осуществления лидерная последовательность представляет собой отличную от человеческой лидерную последовательность. Согласно конкретному варианту осуществления отличная от человеческой лидерная последовательность представляет собой лидерную последовательность Vκ3-7 мыши. Согласно конкретному варианту осуществления лидерная последовательность функционально связана с нереаранжированным генным сегментом VL человека. Согласно конкретному варианту осуществления лидерная последовательность функционально связана с реаранжированной последовательностью VL/JL человека. Таким образом, согласно одному конкретному варианту осуществления единственная реаранжированная генная последовательность вариабельной области Vκ1-39/Jκ5 или Vκ3-20/Jκ1, содержащая по меньшей мере одну замену гистидина, функционально связана с лидерной последовательностью Vκ3-7 мыши. Согласно другому конкретному варианту осуществления нереаранжированные генные сегменты Vκ1-39 и/или Vκ3-20 человека, содержащие по меньшей мере одну замену гистидина, функционально связаны с лидерной последовательностью Vκ3-7 мыши. Согласно еще одному варианту осуществления нереаранжированные генные сегменты Vκ1-39 и/или Vκ3-20 человека функционально связаны с лидерными последовательностями Vκ человека. Согласно одному варианту осуществления нереаранжированный генный сегмент Vκ1-39 человека, содержащий по меньшей мере одну замену гистидина, связан с лидерной последовательностью Vκ1-39 человека, а нереаранжированный генный сегмент Vκ3-20 человека, содержащий по меньшей мере одну замену гистидина, связан с лидерной последовательностью Vκ3-20 человека.
Согласно одному варианту осуществления генный сегмент VL функционально связан с последовательностью промотора иммуноглобулина. Согласно одному варианту осуществления промоторная последовательность представляет собой промоторную последовательность человека. Согласно конкретному варианту осуществления промотор иммуноглобулина человека представляет собой промотор Vκ3-15 человека. Согласно другому конкретному варианту осуществления промотор человеческого иммуноглобулина представляет собой промотор Vκ1-39 или Vκ3-20 человека. Согласно конкретному варианту осуществления промотор функционально связан с переаранжированным генным сегментом VL человека. Согласно конкретному варианту осуществления промотор функционально связан с реаранжированной последовательностью VL/JL человека. Таким образом, согласно одному конкретному варианту осуществления единственная реаранжированная генная последовательность вариабельной области Vκ1-39/Jκ5 или Vκ3-20/Jκ1, содержащая по меньшей мере одну замену гистидина, функционально связана с промотором Vκ3-15 человека. Согласно другому конкретному варианту осуществления нереаранжированные генные сегменты Vκ1-39 и/или Vκ3-20 человека, содержащие по меньшей мере одну замену гистидина, функционально связаны с промотором Vκ3-15 человека. Согласно другому конкретному варианту осуществления нереаранжированные генные сегменты Vκ1-39 и Vκ3-20 человека, содержащие по меньшей мере одну замену гистидина, связаны с промотором Vκ1-39 и Vκ3-20 человека, соответственно.
Согласно одному варианту осуществления локус легкой цепи содержит лидерную последовательность, (а) фланкированную со стороны 5' (по отношению к направлению транскрипции генного сегмента VL) промотором иммуноглобулина человека и (b) фланкированную со стороны 3' генным сегментом VL человека, который реаранжирует с сегментом JL человека и содержит замену по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон; и локус легкой цепи κодирует легкую цепь иммуноглобулина, содержащую вариабельный домен обратной химерной легкой цепи и эндогенную не относящуюся к человеку константную область (CL) легкой цепи. Согласно конкретному варианту осуществления генные сегменты VL и JL находятся в отличном от человеческого локусе Vκ, и отличная от человеческой CL представляет собой отличную от человеческой Сκ (например, Сκ мыши). Согласно одному конкретному варианту осуществления последовательность вариабельной области функционально связана с отличной от человеческой последовательностью константной области, например, отличной от человеческой генной последовательностью Сκ. Согласно одному варианту осуществления отличная от человеческой последовательность константной области легкой цепи иммуноглобулина представляет собой отличную от человеческой последовательность. Согласно одному варианту осуществления отличное от человека животное представляет собой мышь, и генная последовательность Сκ представляет собой мышиную генную последовательность Сκ. Согласно одному варианту осуществления генный сегмент VL человека, который реаранжирует с сегментом JL человека и содержит замену по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон, находится в эндогенном отличном от человеческого (например, мышином) локусе легкой цепи иммуноглобулина (локусе κ). Иллюстративные варианты осуществления локуса представлены на фиг. 31А и 33А.
Согласно одному варианту осуществления локус легкой цепи содержит лидерную последовательность, (а) фланкированную со стороны 5' (по отношению к направлению транскрипции генного сегмента VL) промотором иммуноглобулина человека и (b) фланкированную со стороны 3' реаранжированной последовательностью вариабельной области человека (последовательностью VL/JL), содержащей замену по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон; и локус легкой цепи кодирует легкую цепь иммуноглобулина, содержащую вариабельный домен обратной химерной легкой цепи и эндогенную отличную от человеческой константную область легкой цепи (CL). Согласно конкретному варианту осуществления реаранжированная последовательность человека VL/JL находится в отличном от человеческого локусе каппа (κ), и отличная от человеческой CL представляет собой отличную от человеческой Сκ. Согласно одному конкретному варианту осуществления реаранжированная последовательность вариабельной области человека, которая содержит замену по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон, функционально связана с отличной от человеческой последовательностью константной области легкой цепи иммуноглобулина, например, отличной от человеческой генной последовательностью Сκ. Согласно одному варианту осуществления отличная от человеческой последовательность константной области легкой цепи иммуноглобулина представляет собой эндогенную отличную от человеческой последовательность. Согласно одному варианту осуществления отличное от человека животное представляет собой мышь, и генная последовательность Сκ представляет собой генную последовательность Сκ мыши. Согласно одному варианту осуществления CL представляет собой CL человека. Согласно одному варианту осуществления реаранжированная последовательность вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина человека, содержащая замену по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон, представляет собой эндогенный отличный от человеческого (например, мышиный) локус легкой цепи иммуноглобулина (локус κ). Иллюстративные варианты осуществления локуса представлены на фиг. 8С, 8Е, 14С и 14D.
Согласно одному варианту осуществления генетически модифицированное отличное от человека животное представляет собой мышь, и локус вариабельной области мыши представляет собой локус легкой цепи κ, и локус легкой цепи κ содержит интронный энхансер κ мыши, 3' энхансер κ мыши или как интронный энхансер, так и 3 'энхансер.
Согласно одному варианту осуществления отличное от человека животное (например, грызун, например, крыса или мышь) содержит нефункциональный локус легкой цепи лямбда (λ) иммуноглобулина. Согласно конкретному варианту осуществления локус легкой цепи λ содержит делецию одной или нескольких последовательностей локуса, причем одна или несколько делеций делает локус легкой цепи λ, неспособным к реаранжированию для образования гена легкой цепи. Согласно другому варианту осуществления все или по существу все генные сегменты VL локуса легкой цепи λ удаляются. Согласно одному варианту осуществления отличное от человека животное (например, грызун, например, мышь или крыса) содержит реаранжированную последовательность вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина человека, содержащую замену по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон, и не содержит функциональную нереаранжированную вариабельную область легкой цепи иммуноглобулина, например, эндогенную нереаранжированную вариабельную область легкой цепи. Согласно одному варианту осуществления реаранжированная гистидин-замещенная генная последовательность вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина человека замещает эндогенную нереаранжированную генную последовательность вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина. Согласно другому варианту осуществления отличное от человека животное (например, грызун, например, мышь или крыса) содержит не более двух сегментов VL человека и один или несколько, например, два или более, сегментов JL человека, причем каждый из не более двух сегментов VL человека и, необязательно, один или несколько, например, два или более, сегментов JL человека содержит замену по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон, и причем животное не содержит функциональную эндогенную отличную от человеческой вариабельную область легкой цепи; согласно одному варианту осуществления последовательность с заменой гистидина замещает эндогенную нереаранжированную генную последовательность вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина. Согласно другому варианту осуществления отличное от человека животное (например, грызун, например, мышь или крыса) содержит не более двух сегментов VL человека и один или несколько, например, два или более, сегментов JL человека, причем каждый из не более двух сегментов VL человека и/или сегментов JL человека содержит замену по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон, и причем животное не содержит функциональную эндогенную отличную от человеческой вариабельную область легкой цепи; согласно одному варианту осуществления последовательность с заменой гистидина замещает эндогенную нереаранжированную генную последовательность вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина.
Согласно одному варианту осуществления животное производит легкую цепь, которая содержит соматически мутировавший вариабельный домен, полученный из последовательности вариабельной области человека, которая содержит замену по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон. Согласно одному варианту осуществления легкая цепь содержит соматически мутировавший вариабельный домен, полученный из последовательности вариабельной области человека, которая содержит замену по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон и отличную от человеческой или человеческую область Сκ. Согласно одному варианту осуществления отличное от человека животное не экспрессирует легкую цепь λ.
Специалисту в настоящей области техники будет понятно, что, хотя замена(ы) по меньшей мере одного негистидинового остатка на остаток гистидина генетически встраивается в вариабельную область легкой цепи иммуноглобулина человека в результате соматических гипермутаций, не все антитела, которые производятся в генетически модифицированном отличном от человека животном, будут содержать этот остаток(ки) гистидина во встроенном положении(ях). Тем не менее, поколение широкого репертуара антител в отличном от человека животном позволит выбирать для in vivo произведенные антигенспецифические антитела, которые показывают высокую аффинность к представляющему интерес антигену, при этом сохраняя модификации гистидина, введенного в зародышевую линию, и, предпочтительно, демонстрируя зависимое от рН связывание антигена.
Таким образом, согласно одному варианту осуществления животное сохраняет по меньшей мере одну аминокислоту гистидин, введенную путем замены по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон в ген вариабельной области. Согласно одному варианту осуществления животное сохраняет все или по существу все гистидиновые замены в своем соматически мутировавшем вариабельном домене легкой цепи, которые были введены в его ген вариабельной области.
Согласно одному варианту осуществления описанное в настоящем документе генетически модифицированное отличное от человека животное также содержит в своем геноме, например, в своей зародышевой линии, нереаранжированную вариабельную область тяжелой цепи иммуноглобулина, содержащую последовательности генных сегментов VH, DH и JH. Согласно одному варианту осуществления последовательности генных сегментов VH, DH и JH представляют собой последовательности генных сегментов VH, DH и JH человека, и нереаранжированная вариабельная область тяжелой цепи иммуноглобулина представляет собой вариабельную область тяжелой цепи человека. Согласно одному варианту осуществления последовательности генных сегментов VH, DH и JH человека функционально связаны с отличной от человеческой последовательностью константной области тяжелой цепи. Согласно одному варианту осуществления отличная от человеческой последовательность константной области тяжелой цепи представляет собой эндогенную отличную от человеческой последовательность константной области тяжелой цепи. Согласно другому варианту осуществления последовательность константной области тяжелой цепи представляет собой последовательность константной области тяжелой цепи человека. Согласно одному варианту осуществления последовательности генных сегментов тяжелой цепи человека находятся в эндогенном отличном от человеческого локусе тяжелой цепи иммуноглобулина. Согласно одному варианту осуществления последовательность вариабельной области тяжелой цепи иммуноглобулина человека, содержащаяся в отличном от человека животном, также содержит замену по меньшей мере одного негистидинового кодона, кодируемого соответствующей последовательностью зародышевой линии, на гистидиновый кодон.
Согласно одному варианту осуществления описанное в настоящем документе отличное от человека животное экспрессирует легкую цепь иммуноглобулина, которая содержит отличную от человеческой последовательность константной области легкой цепи. Согласно одному варианту осуществления отличное от человека животное экспрессирует легкую цепь иммуноглобулина, которая содержит последовательность константной области легкой цепи человека.
Согласно одному варианту осуществления описанное в настоящем документе не отличное от человека животное экспрессирует тяжелую цепь иммуноглобулина, которая содержит отличную от человеческой последовательность, выбранную из последовательности CH1, шарнирной последовательности, последовательности CH2, последовательности CH3 и их комбинации.
Согласно одному варианту осуществления отличное от человека животное экспрессирует тяжелую цепь иммуноглобулина, которая содержит человеческую последовательность, выбранную из последовательности CH1, шарнирной последовательности, последовательности CH2, последовательности CH3 и их комбинации.
Согласно варианту осуществления, при котором животное содержит единственную реаранжированную вариабельную область легкой цепи иммуноглобулина человека, содержащую замену по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон, или при котором животное содержит не более двух нереаранжированных генных сегментов VL человека и один или несколько, например, два или более (например, 2, 3, 4, или 5), нереаранжированных генных сегментов JL человека, причем каждая нереаранжированная генная последовательность(и) VL человека и, необязательно, генная последовательность(и) JL человека, содержит замену по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон (или причем каждая нереаранжированная генная последовательность VL человека и/или генная последовательность JL человека содержит замену по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон), указанные последовательность вариабельной области или сегменты VL и JL человека в зародышевой линии животного находятся в эндогенном отличном от человеческого локусе легкой цепи иммуноглобулина. Согласно конкретному варианту осуществления реаранжированная последовательность легкой цепи иммуноглобулина, содержащая замену по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон в зародышевой линии животного, замещает все или по существу все эндогенные отличные от человеческой последовательности сегментов V и J легкой цепи в эндогенном отличном от человеческого локусе легкой цепи иммуноглобулина. Согласно другому конкретному варианту осуществления не более двух нереаранжированных генных сегментов VL человека и один или несколько, например, два или более (например, 2, 3, 4, или 5), нереаранжированных генных сегментов JL человека, причем каждая нереаранжированная генная последовательность(и) VL человека и, необязательно, генная последовательность(и) JL человека содержит замену по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон (или причем каждая нереаранжированная генная последовательность VL человека и/или генная последовательность JL человека содержит замену по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон) в зародышевой линии животного, замещают все или по существу все эндогенные отличные от человеческой последовательности сегментов V и J легкой цепи в эндогенном отличном от человеческого локусе легкой цепи иммуноглобулина.
Согласно одному варианту осуществления отличное от человека животное содержит замещение эндогенных генных сегментов VH одним или несколькими генными сегментами VH человека, причем генные сегменты VH человека функционально связаны с отличным от человеческого геном области CH, так, что отличное от человека животное реаранжирует генные сегменты VH человека и экспрессирует обратную химерную тяжелую цепь иммуноглобулина, которая содержит домен VH человека и отличный от человеческого CH. Согласно одному варианту осуществления 90-100% нереаранжированных отличных от человеческих генных сегментов VH замещены по меньшей мере одним нереаранжированным генным сегментом VH человека. Согласно конкретному варианту осуществления все или по существу все (например, 90-100%) отличные от человеческих генные сегменты VH замещены по меньшей мере одним нереаранжированным генным сегментом VH человека. Согласно одному варианту осуществления замещение составляет по меньшей мере 19, по меньшей мере 39 или по меньшей мере 80 или 81 нереаранжированных генных сегментов VH человека. Согласно одному варианту осуществления замещение составляет по меньшей мере 12 функциональных нереаранжированных генных сегментов VH человека, по меньшей мере 25 функциональных нереаранжированных генных сегментов VH человека или по меньшей мере 43 функциональных нереаранжированных генных сегмента VH человека. Согласно одному варианту осуществления отличное от человека животное содержит замещение всех отличных от человеческих сегментов DH и JH по меньшей мере одним нереаранжированным сегментом DH человека и по меньшей мере одним нереаранжированным сегментом JH человека. Согласно одному варианту осуществления отличное от человека животное содержит замещение всех отличных от человеческих сегментов DH и JH всеми переаранжированными сегментами DH человека и всеми переаранжированными сегментами JH человека.
Отличное от человека животное, например, мышь, содержащее в своем геноме, например, в своей зародышевой линии, ограниченный репертуар вариабельных областей легкой цепи иммуноглобулина человека, например, единственную реаранжированную вариабельную область легкой цепи иммуноглобулина человека (например, Vκ1-39/Jκ5 или Vκ3-20/Jκ1), например, не более двух нереаранжированных генных сегментов VL человека и один или несколько (например, два или более) генных сегментов JL человека, с заменой(ами) по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон и разнообразным репертуаром описанных в настоящем документе нереаранжированных сегментов VH, DH и JH человека, способно производить антигенсвязывающие белки, кодируемые последовательностями вариабельной области тяжелой цепи, полученными из различных перестановок нереаранжированных сегментов VH, DH и JH человека, причем сегменты VH, DH и JH, присутствующие в вариабельных последовательностях тяжелой цепи, получают из всех или по существу всех функциональных сегментов VH, DH и JH человека, присутствующих в геноме животного. Различные доступные возможности для последовательностей вариабельных доменов тяжелой цепи, экспрессируемых в клетках, например, В-клетках, описанных в настоящем документе генетически модифицированных животных (то есть полученных из комбинации различных функциональных сегментов VH, DH и JH человека), описаны в опубликованной заявке США №2011/0195454, 2012/0021409, 2012/0192300 и 2013/0045492, 2013/0185821 и 2013/0198880, все из которых включены в настоящий документ посредством ссылки. Согласно различным вариантам осуществления реаранжированная последовательность вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина человека или не более двух нереаранжированных генных сегментов VL человека и один или несколько, например, два или более, генных сегментов JL человека, содержащие описанную в настоящем документе замену(ы) по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон, и нереаранжированная последовательность вариабельной области тяжелой цепи иммуноглобулина человека содержатся в зародышевой линии отличного от человека животного. Согласно некоторым вариантам осуществления описанные в настоящем документе отличные от человека животные способны к производству эпитопсвязывающих белков, кодируемых локусом их двойной легкой цепи.
Согласно одному варианту осуществления отличное от человека животное, содержащее гистидин-замещенные единственные реаранжированные последовательности вариабельных областей легкой цепи иммуноглобулина человека, содержит одну копию одной или обеих из единственной реаранжированной последовательности вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина человека, содержащей замену(ы) по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон, и нереаранжированной последовательности вариабельной области тяжелой цепи иммуноглобулина человека. Согласно другому варианту осуществления отличное от человека животное содержит две копии одной или обеих из реаранжированных последовательностей вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина человека, содержащей замену(ы) по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон, и нереаранжированной последовательности вариабельной области тяжелой цепи иммуноглобулина человека. Таким образом, отличное от человека животное может быть гомозиготным или гетерозиготным по одной или обеим реаранжированным последовательностям вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина человека, содержащей замену(ы) по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон, и нереаранжированной последовательности вариабельной области тяжелой цепи иммуноглобулина человека.
Согласно другому варианту осуществления отличное от человека животное, содержащее не более двух генных сегментов VL человека с заменами гистидина и один или множество сегментов JL (например, два или более сегментов JL), представляет собой такое, у которого два генных сегмента VL человека с заменами гистидина соседствуют в геноме животного. Согласно некоторым вариантам осуществления отличное от человека животное содержит одну копию локуса, причем два генных сегмента VL человека с заменами гистидина находятся рядом; согласно другим вариантам осуществления отличное от человека животное содержит две копии локуса, в котором два генных сегмента VL человека с заменами гистидина находятся рядом. Таким образом, согласно некоторым вариантам осуществления отличное от человека животное представляет собой либо гомозиготное, либо гетерозиготное по локусу легкой цепи иммуноглобулина, содержащему не более двух расположенных рядом генных сегментов VL человека. Согласно некоторым вариантам осуществления два генных сегмента VL человека с заменами гистидина находятся в различных локусах (например, гетерозигота, содержащая первый сегмент VL человека с заменами гистидина в первом аллеле легкой цепи, и второй сегмент VL человека с заменами гистидина во втором аллеле легкой цепи, причем первый и второй сегменты VL человека не идентичны) в геноме животного. Согласно некоторым вариантам осуществления животное также представляет собой гетерозиготное или гомозиготное по переаранжированному вариабельному локусу тяжелой цепи иммуноглобулина человека. Согласно некоторым вариантам осуществления два генных сегмента VL человека с заменами гистидина представляют собой генный сегмент Vκ1-39 человека и генный сегмент Vκ3-20 человека. Согласно одному варианту осуществления генный сегмент JL человека выбирают из группы, состоящей из Jκ1, Jκ2, Jκ3, Jκ4, Jκ5 и попарных их комбинаций. Согласно различным вариантам осуществления предусмотренное подвергнутое генной инженерии отличное от человека животное не способно экспрессировать легкую цепь иммуноглобулина, содержащую эндогенный генный сегмент VL. Например, согласно некоторым вариантам осуществления предусмотренное подвергнутое генной инженерии отличное от человека животное содержит генетическую модификацию, которая инактивирует и/или удаляет часть или весь эндогенный генный сегмент VL.
В дополнение к генетически модифицированным отличным от человека животным, содержащим в своем геноме генную последовательность вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина (например, последовательность вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина с ограниченным репертуаром вариабельных генных сегментов легкой цепи, например, единственную реаранжированную генную последовательность вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина, например, последовательность, содержащую не более двух генных сегментов VL и один или множество генных сегментов JL), содержащую замену(ы) по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон (например, в CDR3 легкой цепи), также в настоящем документе предусмотрены генетически модифицированные отличные от человека животные, содержащие генную последовательность вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина с одной или несколькими добавками/вставками гистидинового кодона(ов), таким образом, что экспрессируемый вариабельный домен содержит дополнительную аминокислоту(ы), которая, если не подлежит соматической гипермутации, представляет собой гистидин. Согласно одному варианту осуществления такие добавления гистидиновых кодонов могут быть введены путем вставки последовательности DH человека с заменами гистидина в человеческий локус легкой цепи мыши. Кроме того, описанные в настоящем документе животные, содержащие гистидиновые модификации в своих вариабельных доменах легкой цепи, могут также содержать гистидиновые модификации в своих вариабельных доменах тяжелой цепи, например, животные могут также содержать гистидиновые модификации в вариабельных доменах тяжелой цепи иммуноглобулина человека.
Описанное в настоящем документе генетически модифицированное отличное от человека животное, содержащее генную последовательность вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина человека с заменой по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон, может быть выбрано из группы, состоящей из мыши, крысы, кролика, свиньи, крупного рогатого скота (например, коровы, быка, буйвола), оленя, овцы, козы, курицы, кошки, собаки, хорька, примата (например, мартышки, макака-резуса). Для отличных от человека животных, для которых подходящие генетически модифицированные ЭС клетки не относятся к легко доступным, используют отличные от описанных в настоящем документе способы для получения отличного от человека животного, содержащего генетическую модификацию. Такие способы включают в себя, например, модификацию генома не-ЭС клетки (например, фибробластов или индуцированных плюрипотентных клеток) и использование способа переноса ядра для переноса модифицированного генома в подходящую клетку, например, яйцеклетку, и постепенное формирование модифицированной клетки (например, модифицированного ооцита) в отличном от человека животном при подходящих условиях с образованием эмбриона. Согласно другому варианту осуществления описанное в настоящем документе отличное от человека животное может быть получено с помощью тетраплоидной комплементации.
Согласно одному аспекту отличное от человека животное представляет собой млекопитающее. Согласно одному аспекту отличное от человека животное представляет собой мелкое млекопитающее, например, из надсемейства Dipodoidea или Muroidea. Согласно одному варианту осуществления генетически модифицированное животное представляет собой грызуна. Согласно одному варианту осуществления грызуна выбирают из мыши, крысы и хомяка. Согласно одному варианту осуществления грызуна выбирают из надсемейства Muroidea. Согласно одному варианту осуществления генетически модифицированные животное представляет собой животное из семейства, выбранного из Calomyscidae (например, мышевидные хомячки), Cricetidae (например, хомячок, крысы и мыши Нового Света, полевки), Muridae (истинные мыши и крысы, песчанки, колючие мыши, хохлатые крысы), Nesomyidae (рипидомисы, скальные мыши, белохвостые крысы, Малагасийские крысы и мыши), Platacanthomyidae (например, колючие соневидные хомяки) и Spalacidae (например, кроты, бамбуковые крысы и цокоры). Согласно конкретному варианту осуществления генетически модифицированного грызуна выбирают из истинной мыши или крысы (семейство Muridae), песчанки, колючей мыши и косматого хомяка. Согласно одному варианту осуществления генетически модифицированная мышь представляет собой представителя семейства Muridae. Согласно одному варианту осуществления животное представляет собой грызуна. Согласно конкретному варианту осуществления грызуна выбирают из мыши и крысы. Согласно одному варианту осуществления отличное от человека животное представляет собой мышь.
Согласно конкретному варианту осуществления отличное от человека животное представляет собой грызуна, который представляет собой мышь линии C57BL, выбранной из C57BL/A, C57BL/An, C57BL/GrFa, C57BL/KaLwN, C57BL/6, C57BL/6J, C57BL/6ByJ, C57BL/6NJ, C57BL/10, C57BL/10ScSn, C57BL/10Cr и C57BL/01a. Согласно другому варианту осуществления мышь представляет собой мышь линии 129, выбранной из группы, состоящей из линии, которая представляет собой 129Р1, 129Р2, 129РЗ, 129X1, 129S1 (например, 129S1/SV, 129Sl/SvIm), 129S2, 129S4, 129S5, 129S9/SvEvH, 129S6 (129/SvEvTac), 129S7, 129S8, 129Т1, 129Т2 (смотрите, например, Festing et al. (1999) Revised nomenclature for strain 129 mice, Mammalian Genome 10:836, смотрите также Auerbach et al. (2000) Establishment and Chimera Analysis of 129/SvEv-and C57BL/6-Derived Mouse Embryonic Stem Cell Lines). Согласно конкретному варианту осуществления генетически модифицированная мышь представляет собой сочетание вышеуказанной линии 129 и вышеуказанной линии C57BL/6. Согласно другому конкретному варианту осуществления мышь представляет собой сочетание вышеуказанных линий 129 или сочетание вышеуказанных линий BL/6. Согласно конкретному варианту осуществления линия 129 сочетания представляет собой линию 129S6 (129/SvEvTac). Согласно другому варианту осуществления мышь представляет собой линию BALB, например, линию BALB/C. Согласно еще одному варианту осуществления мышь представляет собой сочетание линии BALB и другой вышеуказанной линии.
Согласно одному варианту осуществления отличное от человека животное представляет собой крысу. Согласно одному варианту осуществления крысу выбирают из крысы линии Wistar, линии LEA, линии Sprague Dawley, линии Fischer, F344, F6 и Dark Agouti. Согласно одному варианту осуществления линия крысы представляет собой сочетание двух или более линий, выбранных из группы, состоящей из Wistar, Lea, Sprague Dawley, Fischer, F344, F6 и Dark Agouti.
Таким образом, согласно одному варианту осуществления генетически модифицированное отличное от человека животное представляет собой грызуна. Согласно одному варианту осуществления генетически модифицированное отличное от человека животное представляет собой крысу или мышь. Согласно одному варианту осуществления животное представляет собой мышь. Таким образом, согласно одному варианту осуществления в настоящем документе предусмотрена генетически модифицированная мышь, содержащая в своем геноме, например, в своей зародышевой линии, единственную реаранжированную вариабельную область легкой цепи иммуноглобулина человека, содержащую генные последовательности VL и JL человека, причем единственная реаранжированная вариабельная область легкой цепи иммуноглобулина человека содержит замену по меньшей мере одного негистидинового кодона, кодируемого соответствующей последовательностью зародышевой линии человека, на гистидиновый кодон. Согласно одному варианту осуществления мышь не содержит функциональную нереаранжированную вариабельную область легкой цепи иммуноглобулина (например, отсутствуют функциональные нереаранжированные последовательности генных сегментов V и J). Согласно одному варианту осуществления реаранжированная вариабельная область легкой цепи иммуноглобулина человека с гистидиновым замещением(ями) кодона представляет собой вариабельную область Vκ1-39/Jκ или Vκ3-20/Jκ. Согласно одному варианту осуществления последовательность сегмента J выбрирают из Jκ1, Jκ2, Jκ3, Jκ4 и Jκ5. Согласно одному варианту осуществления последовательность сегмента J представляет собой Jκ1 или Jκ5. Согласно одному варианту осуществления замена по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон происходит в нуклеотидной последовательности кодирующей области CDR3. Согласно одному варианту осуществления, в котором реаранжированная последовательность вариабельной области представляет собой последовательность Vκ1-39/Jκ5, замена(ы) гистидина разрабатывают для экспрессии в положении, выбранном из 105, 106, 108, 111 и их комбинации. Согласно другому варианту осуществления, в котором реаранжированная последовательность вариабельной области представляет собой последовательность Vκ3-20/Jκ1, замена(ы) гистидина разрабатывают для экспрессии в положении, выбранном из 105, 106, 107, 109 и их комбинации. Согласно одному варианту осуществления реаранжированная вариабельная область легкой цепи иммуноглобулина с замененным гистидиновым кодоном(ами) функционально связана с эндогенной генной последовательностью константной области иммуноглобулина мыши (например, генной последовательностью Сκ). Согласно одному варианту осуществления мышь дополнительно содержит в своем геноме, например, в своей зародышевой линии, нереаранжированную вариабельную область тяжелой цепи иммуноглобулина, содержащую сегменты VH, DH и JH человека. Согласно одному варианту осуществления сегменты VH, DH и JH человека функционально связаны с эндогенной генной последовательностью константной области иммуноглобулина мыши. Согласно различным вариантам осуществления реаранжированная последовательность вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина человека, содержащая замену(ы) по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон, и нереаранжированная последовательность вариабельной области тяжелой цепи иммуноглобулина человека содержатся в зародышевой линии мыши.
Кроме того, согласно некоторым вариантам осуществления в настоящем документе предусмотрена генетически модифицированный мышь, которая содержит в своем геноме, например, в своей зародышевой линии, ограниченный репертуар, например, не более двух, нереаранжированных генных сегментов VL человека и один или несколько, например, два или более (например, 2, 3, 4 или 5), нереаранжированных генных сегментов JL человека, причем каждый нереаранжированный генный сегмент VL человека и/или JL человека содержит замену по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон, например, по меньшей мере одного негистидинового кодона, присутствующего в соответствующей последовательности зародышевой линии человека, на гистидиновый кодон. Согласно некоторым вариантам осуществления в настоящем документе предусмотрена генетически модифицированный мышь, которая содержит в своем геноме, например, в своей зародышевой линии, ограниченный репертуар, например, не более двух, нереаранжированных генных сегментов VL человека и один или несколько, например, два или более (например, 2, 3, 4 или 5), нереаранжированных генных сегментов JL человека, причем каждый нереаранжированный генный сегмент(ы) VL человека и, необязательно, генный сегмент(ы) JL человека содержит замену по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон, например, по меньшей мере одного негистидинового кодона, присутствующего в соответствующей последовательности зародышевой линии человека, на гистидиновый кодон. Согласно одному варианту осуществления мышь не содержит функциональную нереаранжированную эндогенную вариабельную область легкой цепи иммуноглобулина мыши (например, не содержит функциональные нереаранжированные эндогенные последовательности генного сегмента V и J иммуноглобулина). Согласно одному варианту осуществления не более двух нереаранжированных генных сегментов VL человека представляют собой генные сегменты Vκ1-39 и Vκ3-20. Согласно одному варианту осуществления последовательность сегмента J выбирают из Jκ1, Jκ2, Jκ3, Jκ4, Jκ5 и их комбинации. Согласно одному варианту осуществления замена по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон происходит в нуклеотидной последовательности, кодирующей область CDR3. Согласно одному варианту осуществления, при котором нереаранжированный сегмент VL представляет собой генный сегмент Vκ1-39, замену(ы) гистидина разрабатывают таким образом, чтобы экспрессироваться в положении, выбранном из 105, 106, 108, 111 и их комбинации. Согласно другому варианту осуществления, при котором нереаранжированный сегмент VL представляет собой сегмент Vκ3-20, замену(ы) гистидина разрабатывают таким образом, чтобы экспрессироваться в положении, выбранном из 105, 106, 107, 109 и их комбинации. Согласно одному варианту осуществления последовательность вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина, содержащая не более двух генных сегментов VL человека и один или несколько, например, два или более, генных сегментов JL человека, содержащих замену(ы) гистидинового кодона(ов), функционально связаны с эндогенной генной последовательностью константной области иммуноглобулина мыши (например, генной последовательностью Сκ). Согласно одному варианту осуществления последовательность вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина, содержащая не более двух генных сегментов VL человека и один или несколько, например, два или более, генных сегментов JL человека, содержащих замену(ы) гистидинового кодона(ов), функционально связанного с генной последовательностью константной области иммуноглобулина человека (например, генной последовательностью Сκ). Согласно одному варианту осуществления мышь дополнительно содержит в своем геноме, например, в своей зародышевой линии, нереаранжированную вариабельную область тяжелой цепи иммуноглобулина, содержащую сегменты VH, DH и JH человека. Согласно одному варианту осуществления сегменты VH, DH и JH человека функционально связаны с эндогенной генной последовательностью константной области тяжелой цепи иммуноглобулина мыши. Согласно другому варианту осуществления сегменты VH, DH и JH человека функционально связаны с последовательностью константной области тяжелой цепи иммуноглобулина человека. Согласно различным вариантам осуществления последовательность вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина, содержащая не более двух генных сегментов VL человека и один или несколько, например, два или более, генных сегмента JL человека, содержащих замену(ы) гистидинового кодона(ов), а также нереаранжированную последовательность вариабельной области тяжелой цепи иммуноглобулина человека, содержится в зародышевой линии мыши.
Также в настоящем документе предусмотрены направленные векторы для создания описанных в настоящем документе генетически модифицированных отличных от человека животных, например мышей. Согласно одному аспекту предусмотрен направленный вектор, содержащий 5' плечо гомологии мыши, промотор иммуноглобулина человека или мыши, лидерную последовательность человека или мыши, вариабельную область человека, выбранную из реаранжированной Vκ1-39Jκ5 человека или реаранжированной Vκ3-20Jκ1 человека, и содержащую замену по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон, и 3' плечо гомологии мыши. Согласно одному варианту осуществления 5' и 3' плечи гомологии направляют вектор к 5' последовательности по отношению к энхансерной последовательности, которая присутствует на 5' и проксимальна гену Сκ мыши. Согласно другому варианту осуществления направленный вектор содержит 5' плечо гомологии мыши, за которым следует кассета отбора, к которой примыкают сайты рекомбинации, промотор иммуноглобулина человека или мыши, лидерная последовательность человека или мыши, вариабельная область человека, выбранная из реаранжированной Vκ1-39Jκ5 человека или реаранжированной Vκ3-20Jκ1 человека, и содержащая замену по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон, за которой следует 3' плечо гомологии мыши, которое содержит энхансеры и последовательности константной области (Сκ) мыши.
Согласно другому аспекту в настоящем документе предусмотрен направленный вектор, содержащий: 5' плечо гомологии мыши; вариабельную область человека, содержащую не более двух нереаранжированных генных сегментов VL человека, а также один или несколько (например, два или более, например, 2, 3, 4 или 5) нереаранжированных генных сегментов JL человека, причем каждая из нереаранжированных последовательностей генных сегментов VL человека и, необязательно, JL человека, содержит замену по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон, например, по меньшей мере один негистидиновый кодон, присутствующий в последовательности зародышевой линии человека, на гистидиновый кодон, и причем каждый нереаранжированный генный сегмент VL функционально связан с человеческой или мышиной лидерной последовательностью и человеческим или мышиным промотором; и 3' плечо гомологии мыши. Согласно одному варианту осуществления 5' и 3' плечи гомологии направляют вектор к последовательности 5' по отношению к энхансерной последовательности, которая присутствует 5' и проксимальна по отношению к гену Сκ мыши. Согласно другому варианту осуществления направленный вектор содержит: 5' плечо гомологии мыши, за которым следует кассета отбора, фланкированная сайтами рекомбинации; вариабельная область человека, содержащая не более двух нереаранжированных генных сегментов VL человека, а также один или несколько (например, два или более, например, 2, 3, 4 или 5) нереаранжированных генных сегментов JL человека, причем каждая из нереаранжированных последовательностей генных сегментов VL человека и, необязательно, JL человека, содержит замену по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон, например, по меньшей мере одного негистидинового кодона, присутствующего в последовательности зародышевой линии человека, на гистидиновый кодон, и причем каждый нереаранжированный генный сегмент VL функционально связан с человеческой или мышиной лидерной последовательностью и человеческим или мышиным промотором; за которыми следует 3' плечо гомологии мыши, которое содержит энхансерные последовательности и последовательности константной области (Сκ) мыши.
Кассета отбора представляет собой нуклеотидную последовательность, вставленную в направленный конструкт для облегчения отбора клеток (например, бактериальных клеток, ЭС клеток и т.п.), которую интегрировали в представляющий интерес конструкт. Некоторое количество подходящих кассет отбора известно в настоящей области техники. Как правило, кассета отбора дает возможность положительного отбора в присутствии определенного антибиотика (например, Neo, HYG, Pur, CM, Spec и т.д.). Кроме того, кассета отбора может быть окружена сайтами рекомбинации, которые позволяют удалять кассету отбора при обработке ферментами рекомбиназы. Обычно используются такие сайты рекомбинации, как LoxP и Frt, узнаваемые ферментами Cre и Flp, соответственно, но в настоящей области техники известны и другие.
Согласно одному варианту осуществления промотор представляет собой промотор генного сегмента вариабельной области иммуноглобулина человека. Согласно конкретному варианту осуществления промотор представляет собой промотор Vκ3-15 человека. Согласно другому варианту осуществления промотор представляет собой промотор Vκ1-39 или Vκ3-20 человека. Согласно одному варианту осуществления лидерная последовательность представляет собой лидерную последовательность мыши. Согласно конкретному варианту осуществления лидерная последовательность мыши представляет собой лидерную последовательность Vκ3-7 мыши. Согласно другому варианту осуществления лидерная последовательность представляет собой человеческую лидерную последовательность. Согласно конкретному варианту осуществления лидерная последовательность человека представляет собой лидерную последовательность Vκ1-39 или Vκ3-20 человека. Иллюстративные варианты осуществления направленных векторов, содержащих единственную реаранжированную вариабельную область человека, представлены на фиг. 8В и 14В. Иллюстративные варианты осуществления направленных векторов, содержащих вариабельную область человека, содержащую не более двух нереаранжированных генных сегментов VL человека и множество генных сегментов JL человека, представлены на фиг. 31А и 33А.
Согласно одному аспекту в настоящем документе предусмотрен описанный выше направленный вектор, но вместо 5' плеча гомологии мыши к промотору человека или мыши с 5' примыкает сайт узнавания сайт-специфической рекомбиназой (SRRS), а вместо 3' плеча гомологии мыши к области VL человека с 3' примыкает SRRS.
Также в настоящем документе предусмотрены способы получения описанных в настоящем документе генетически модифицированных отличных от человека животных (например, грызунов, например, мышей и крыс). Согласно одному аспекту в способе получения описанного в настоящем документе генетически модифицированного отличного от человека животного используют направленный вектор, полученный с использованием технологии VELOCIGENE®, который вносит конструкт в ЭС клетки, и вносит нацеленные клоны ЭС клеток в эмбрион мыши с использованием технологии VELOCIGENE®, как описано в примерах. Гистидиновые модификации могут быть введены в направленный вектор с использованием различных техник молекулярной биологии, например, с помощью сайт-направленного мутагенеза или синтеза ДНК de novo. После завершения нацеливания генов ЭС клетки генетически модифицированных отличных от человека животных подвергают скринингу для подтверждения успешного включения представляющей интерес экзогенной нуклеотидной последовательности или экспрессии экзогенного полипептида. Специалистам в настоящей области техники известны многочисленные техники, которые включают в себя (но без ограничения) Саузерн-блоттинг, длинную ПЦР, количественную ПЦР (например, ПЦР в реальном времени с использованием TAQMAN®), флуоресцентную гибридизацию in situ, Нозерн-блоттинг, проточную цитометрию, Вестерн анализ, иммуноцитохимию, иммуногистохимию и т.д. В одном примере отличные от человека животные (например, мыши), несущие представляющую интерес генетическую модификацию, могут быть идентифицированы путем скрининга уменьшения аллеля мыши и/или увеличения аллеля человека с использованием модификации анализа аллелей, описанной в Valenzuela et al. (2003) High-throughput engineering of the mouse genome coupled with high-resolution expression analysis, Nature Biotech. 21(6): 652-659. Другие анализы, которые идентифицируют специфическую нуклеотидную или аминокислотную последовательность у генетически модифицированных животных, известны специалистам в настоящей области техники.
Таким образом, согласно одному варианту осуществления способ получения генетически модифицированных отличных от человека животных предусматривает замещение генной последовательности вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина у животного генной последовательностью вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина человека (содержащей генные сегменты VL и JL человека), причем генная последовательность вариабельной области иммуноглобулина человека содержит замену по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон. Согласно одному варианту осуществления замена по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон происходит в нуклеотидной последовательности, кодирующей область CDR, например, область CDR3.
Согласно одному варианту осуществления способ получения описанных в настоящем документе генетически модифицированных отличных от человека животных предусматривает замещение генной последовательности вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина у животного единственной реаранжированной генной последовательностью вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина человека, содержащей последовательности генных сегментов VL и JL человека, причем единственная реаранжированная генная последовательностью вариабельной области иммуноглобулина человека содержит по меньшей мере один гистидин, который не кодируется соответствующей последовательностью зародышевой линии человека, например, причем единственная реаранжированная генная последовательность вариабельной области иммуноглобулина человека содержит замену по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон, например, по меньшей мере одного гистидинового кодона, кодируемого соответствующей последовательностью зародышевой линии человека, на гистидиновый кодон. Согласно одному варианту осуществления замена происходит в кодоне CDR. Согласно одному варианту осуществления замена происходит в одном, двух, трех, четырех или более кодонах CDR3. Согласно одному варианту осуществления единственная реаранжированная генная последовательность вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина человека основана на реаранжированной последовательности вариабельной области легкой цепи зародышевой линии человека, выбранной из Vκ1-39Jκ5 и Vκ3-20Jκ1. Таким образом, согласно одному варианту осуществления, где единственная реаранжированная генная последовательность вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина человека происходит из Vκ1-39Jκ5, замещение по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон разрабатывают для экспрессии гистидина в положениях, выбранных из 105, 106, 108, 111 и их комбинации. Согласно одному варианту осуществления, где единственная реаранжированная генная последовательность вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина человека происходит из Vκ3-20κ1, замещение по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон разрабатывают для экспрессии гистидина в положениях, выбранных из 105, 106, 107, 109 и их комбинации.
Согласно еще одному варианту осуществления способ получения описанных в настоящем документе генетически модифицированных отличных от человека животных предусматривает замещение генной последовательности вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина в животном на вариабельную генную последовательность легкой цепи иммуноглобулина, содержащую не более двух нереаранжированных генных сегментов VL человека и один или несколько (например, два или более, например, 2, 3, 4 или 5) нереаранжированных генных сегментов JL человека, причем каждая нереаранжированная генная последовательность(и) VL человека и, необязательно, JL человека содержит по меньшей мере один гистидин, который не кодируется соответствующими вариабельными генными сегментами зародышевой линии человека, например, причем каждая нереаранжированная генная последовательность(и) VL человека и, необязательно, JL человека содержит замену по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон, например, по меньшей мере одного негистидинового кодона, присутствующего в последовательности зародышевой линии человека, на гистидиновый кодон. Согласно одному варианту осуществления замена происходит в кодоне CDR. Согласно одному варианту осуществления замена представляет собой замену одного, двух, трех, четырех или более кодонов CDR3. Согласно одному варианту осуществления не более двух нереаранжированных генных сегментов VL человека представляют собой генные сегменты Vκ1-39 и Vκ3-20. Согласно одному варианту осуществления нереаранжированные сегменты JL человека выбирают из Jκ1, Jκ2, Jκ3, Jκ4, Jκ5 и их комбинации. Таким образом, согласно одному варианту осуществления, при котором нереаранжированный генный сегмент VL человека представляет собой Vκ1-39, замещение по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон разрабатывают для экспрессии гистидина в положениях, выбранных из 105, 106, 108, 111 и их комбинации. Согласно одному варианту осуществления, при котором нереаранжированный генный сегмент VL человека представляет собой Vκ3-20, замещение по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон разрабатывают для экспрессии гистидина в положениях, выбранных из 105, 106, 107, 109, и их сочетание.
Согласно другому варианту осуществления способ получения описанного в настоящем документе отличного от человека животного (т.е. содержащего описанный в настоящем документе генетически модифицированный локус легкой цепи иммуноглобулина) предусматривает модификацию генома отличного от человека животного для удаления или приведение в нефункциональное состояние эндогенных сегментов V и J легкой цепи иммуноглобулина в локусе легкой цепи иммуноглобулина, и размещение в геноме (1) единственной реаранжированной генной последовательности вариабельной области легкой цепи человека, содержащей замену по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон, или (2) вариабельной генной последовательности легкой цепи иммуноглобулина, содержащей не более двух нереаранжированных генных сегментов VL человека и один или множество (например, два или более, например, 2, 3, 4 или 5) нереаранжированных генных сегментов JL человека, причем каждая нереаранжированная генная последовательность(и) VL человека и, необязательно, JL человека содержит замену по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон (или причем каждая генная последовательность(и) VL человека и/или JL человека содержит замену по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон). Согласно одному варианту осуществления способ приводит к генетически модифицированному отличному от человека животному, которое содержит популяцию В-клеток, обогащенных антителами, проявляющими зависимое от рН связывание с представляющим интерес антигеном.
Согласно некоторым вариантам осуществления способы получения описанных в настоящем документе генетически модифицированных отличных от человека животных предусматривают замещение генной последовательности вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина генной последовательностью вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина человека, содержащей замену(ы) по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон у животного, которое также содержит замещение эндогенной отличной от человеческой генной последовательности вариабельной области тяжелой цепи иммуноглобулина генной последовательностью вариабельной области тяжелой цепи иммуноглобулина человека, содержащей по меньшей мере одну из каждой или репертуар описанных выше последовательностей VH, DH, и JH человека. Согласно одному варианту осуществления для того, чтобы получить отличное от человека животное, содержащее замещение эндогенной генной последовательности вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина генной последовательностью вариабельной области легкой цепи человека, содержащей замену по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон, и замещение эндогенной отличной от человеческой генной последовательности вариабельной области тяжелой цепи иммуноглобулина генной последовательностью вариабельной области тяжелой цепи иммуноглобулина человека, животное с замещением генной последовательности вариабельной области легкой цепи скрещивают с животным с замещением генной последовательности вариабельной области тяжелой цепи.
Авторы настоящего изобретения предусматривают подвергнутых генной инженерии отличных от человека животных (например, грызунов, например, крыс и мышей), которые экспрессируют антигенсвязывающие белки, например, антитела, которые содержат универсальную легкую цепь, например, универсальную легкую цепь человека (например, легкую цепь, полученную из единственной реаранжированной вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина человека) или легкую цепь с ограниченным или рестрикционным репертуаром вариабельных сегментов (например, содержащим не более двух нереаранжированных генных сегментов VL человека и один или несколько (например, два или более) нереаранжированных генных сегментов JL человека), которая содержит одну или несколько модификаций гистидина, причем антигенсвязывающие белки проявляют зависимое от рН связывание антигена-мишени. Согласно некоторым вариантам осуществления животных подвергают генной инженерии для того, чтобы включить CDR3 легкой цепи, которая содержит одну или несколько модификаций гистидина. Согласно различным вариантам осуществления CDR3 легкой цепи содержит два, три или четыре, или более остатков гистидина в кластере.
Согласно одному варианту осуществления в настоящем документе предусмотрено подвергнутое генной инженерии отличное от человека животное (например, мышь или крыса), которое содержит популяцию В-клеток, характеризующихся повышенным наличием гистидинов в легких цепях иммуноглобулинов, например, вариабельных доменов иммуноглобулинов, например, CDR иммуноглобулинов, по сравнению с животным дикого типа. Согласно одному варианту осуществления повышение наличия гистидина составляет от 2 до 4 раз. Согласно одному варианту осуществления повышение гистидинов составляет от 2 до 10 раз.
Согласно одному варианту осуществления в настоящем документе предусмотрено подвергнутое генной инженерии отличное от человека животное, которое содержит популяцию антигенспецифических антител, которые экспрессируют остаток(ки) гистидина в результате модификаций кодонов в генной последовательности вариабельной области легкой цепи, и отображают зависимое от рН связывание антигена-мишени. Согласно одному варианту осуществления эти животные содержат популяцию В-клеток, которые обогащены антителами, например, антигенспецифическими антителами, которые отображают зависимые от рН связывающие свойства (например, снижение диссоциационного периода полувыведения (t1/2) при кислом значении рН, по сравнению с нейтральным значением рН), по сравнению с популяцией антигенспецифических антител, производимых у животных, которые не содержат замену по меньшей мере одного негистидинового кодона, кодируемого последовательностью зародышевой линии, на гистидиновый кодон в описанной в настоящем документе вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина. Согласно одному варианту осуществления обогащение антигенспецифических антител, отображающих зависимые от рН антигенсвязывающие свойства, производимые у описанных в настоящем документе подвергнутых генной инженерии животных, по сравнению с аналогичными животными, которые содержат гистидиновые замены в вариабельной области легкой цепи, больше чем приблизительно в 2 раза, например, больше чем приблизительно в 5 раз, например, больше чем приблизительно в 10 раз. Согласно одному варианту осуществления обогащение составляет приблизительно 2-3-кратное. Таким образом, генетически модифицированные животные согласно настоящему изобретению обогащены антителами с улучшенными свойствами рециркуляции антител, которые желательны для уменьшения мишень-опосредованного клиренса, а также для снижения дозы и/или частоты приема терапевтического антигенсвязывающего белка, разработанного на основе такого полученного in vivo формата антител.
Таким образом, в настоящем документе предусмотрен антигенсвязывающий белок, произведенный у описанных в настоящем документе генетически модифицированных отличных от человека животных, причем антигенсвязывающий белок отображает зависимое от рН связывание антигена. Согласно одному варианту осуществления антигенсвязывающий белок представляет собой антитело, например, антигенспецифическое антитело. Согласно одному варианту осуществления антитело содержит легкую цепь, которая содержит вариабельный домен легкой цепи человека, полученный из реаранжировки генных сегментов вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина человека, где по меньшей мере один негистидиновый кодон заменен на гистидиновый кодон в генной последовательности зародышевой линии, и причем антитело сохраняет по меньшей мере одну замену гистидина в своем экспрессированном вариабельном домене легкой цепи человека. Согласно другому варианту осуществления антитело содержит легкую цепь, которая содержит вариабельный домен легкой цепи человека, полученный из единственной реаранжированной генной последовательности вариабельной области легкой цепи человека, причем единственная реаранжированная генная последовательность вариабельной области легкой цепи содержит замену по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон, и причем антитело сохраняет по меньшей мере одну замену гистидина в своем экспрессированном вариабельном домене легкой цепи. Согласно одному варианту осуществления антитело содержит легкую цепь, полученную из реаранжировки Vκ1-39/J или Vκ3-20/J человека (например, Vκ1-39Jκ5 или Vκ3-20Jκ1), причем генная последовательность Vκ1-39J или Vκ3-20J человека содержит замену по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон и причем указанное антитело сохраняет по меньшей мере одну гистидиновую замену в своем экспрессированном вариабельном домене легкой цепи. Согласно другому варианту осуществления антитело содержит легкую цепь, которая содержит вариабельный домен легкой цепи человека, полученный из реаранжировки генной последовательности вариабельной области легкой цепи, присутствующей в локусе зародышевой линии, причем генная последовательность вариабельной области легкой цепи, присутствующая в локусе зародышевой линии, содержит не более двух нереаранжированных генных сегментов VL человека, а также один или несколько (например, два или более) нереаранжированных генных сегментов JL человека, и каждый нереаранжированный генный сегмент VL человека и, необязательно, генный сегмент(ы) JL человека содержит замену по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон, и причем указанное антитело сохраняет по меньшей мере одну замену гистидина в своем экспрессированном вариабельном домене легкой цепи. Согласно одному варианту осуществления антитело содержит легкую цепь, полученную из человеческих Vκ1-39 или Vκ3-20, реаранжированных с сегментом J, причем такая реаранжированная генная последовательность Vκ1-39Jκ или Vκ3-20Jκ человека содержит замену по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон, и причем антитело сохраняет по меньшей мере одну замену гистидина в своем экспрессированном вариабельном домене легкой цепи. Согласно некоторым вариантам осуществления антитело сохраняет все или по существу все гистидиновые замены в своем экспрессированном вариабельном домене легкой цепи. Согласно одному варианту осуществления антитело сохраняет по меньшей мере 50%, по меньшей мере 66%, по меньшей мере 90%, по меньшей мере 95%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98%, по меньшей мере 99% всех гистидиновых замен в своем вариабельном домене легкой цепи. Согласно одному варианту осуществления замена представляет собой замену трех негистидиновых кодонов тремя кодонами гистидина в нуклеотидной последовательности, кодирующей CDR3 генной последовательности вариабельной области легкой цепи, и антитело сохраняет все три замены гистидина в своем экспрессированном вариабельном домене легкой цепи. Согласно другому варианту осуществления замена представляет собой замену трех негистидиновых кодонов тремя гистидиновыми кодонами в нуклеотидной последовательности, кодирующей CDR3 генной последовательности вариабельной области легкой цепи, и антитело сохраняет две или три гистидиновые замены в своем экспрессированном вариабельном домене легкой цепи. Согласно одному варианту осуществления замена представляет собой замену четырех негистидиновых кодонов четырьмя кодонами гистидина в нуклеотидной последовательности, кодирующей CDR3 генной последовательности вариабельной области легкой цепи, и антитело сохраняет все четыре замены гистидина в своем экспрессированном вариабельном домене легкой цепи. Согласно другим вариантам осуществления антитело сохраняет одну, две, три, четыре и вплоть до всех гистидиновых модификаций в своем экспрессированном вариабельном домене легкой цепи.
Согласно одному варианту осуществления легкая цепь антитела дополнительно содержит отличную от человеческой аминокислотную последовательность константной области легкой цепи, например, эндогенную аминокислотную последовательность константной области легкой цепи. Кроме того, антитело, например, антигенспецифическое антитело, производимое у описанного в настоящем документе генетически модифицированного отличного от человека животного, также содержит тяжелую цепь, которая содержит вариабельный домен тяжелой цепи человека, полученный из реаранжированных сегментов V, D и J тяжелой цепи человека. Сегменты V, D и J тяжелой цепи человека могут быть выбраны из репертуара сегментов тяжелых цепей человека, присутствующих в эндогенном отличном от человеческого локусе тяжелой цепи, например, по меньшей мере одного функционального сегмента V, по меньшей мере одного функционального сегмента D и по меньшей мере одного функционального сегмента J, например, до полного репертуара функциональных сегментов V, D и J человека. Иллюстративные возможные реаранжировки вариабельных сегментов тяжелой цепи человека можно почерпнуть из списка функциональных сегментов V, D, и J человека в базе данных IMGT, и из опубликованных заявок США №2011/0195454, 2012/0021409, 2012/0192309 и 2013/0045492, которые включены в настоящий документ посредством ссылки. Кроме того, согласно одному варианту осуществления тяжелая цепь антитела содержит отличную от человеческой аминокислотную последовательность константной области тяжелой цепи, например, эндогенную отличную от человеческой аминокислотную последовательность константной области тяжелой цепи. Согласно одному варианту осуществления отличная от человеческой константная область тяжелой цепи содержит домены CH1, шарнир, CH2 и CH3. Согласно одному варианту осуществления антитело представляет собой изотип IgG, IgE, IgD, IgM или IgA.
Таким образом, согласно одному варианту осуществления в настоящем документе предусмотрен связывающий белок, производимый в описанных в настоящем документе генетически модифицированных отличных от человеку животных, причем связывающий белок содержит обратную химерную легкую цепь, содержащую (а) вариабельный домен легкой цепи, полученный от реаранжировки Vκ1-39 с Jκ человека (например, реаранжировки Vκ1-39Jκ5), содержащий замену по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон, причем легкая цепь сохраняет по меньшей мере одну замену гистидина в своем экспрессированном вариабельном домене легкой цепи и (b) отличную от человеческой, например, мышиную, аминокислотную последовательность константной области легкой цепи, причем легкая цепь связана с обратной химерной тяжелой цепью, содержащей (а) вариабельный домен тяжелой цепи, полученный из реаранжированных сегментов V, D и J человека, причем сегменты V, D и J выбирают из репертуара сегментов V, D и J человека, присутствующих у животного, и (b) отличную от человеческой, например, мышиную, аминокислотную последовательность константной области тяжелой цепи. Согласно одному варианту осуществления репертуар сегментов V, D и J человека содержит по меньшей мере один функциональный сегмент V, по меньшей мере один функциональный сегмент D и по меньшей мере один функциональный сегмент J, например, до полного репертуара функциональных сегментов V, D и J человека. Согласно одному варианту осуществления константные домены тяжелой и легкой цепи представляют собой эндогенные константные домены тяжелой и легкой цепей. Согласно одному варианту осуществления вариабельные домены тяжелой и легкой цепи представляют собой соматически мутировавшие домены. Согласно одному варианту осуществления соматически мутировавший домен легкой цепи сохраняет по меньшей мере одну замену гистидина, введенную в последовательность зародышевой линии. Согласно некоторым вариантам осуществления соматически мутировавший домен легкой цепи сохраняет все или по существу все гистидиновые замены, введенные в последовательность зародышевой линии. Согласно одному варианту осуществления антигенсвязывающий белок отображает зависимые от рН антигенсвязывающие свойства.
Согласно другому варианту осуществления в настоящем документе предусмотрен связывающий белок, производимый в описанных в настоящем документе генетически модифицированных отличных от человека животных, причем связывающий белок содержит обратную химерную легкую цепь, содержащую (а) вариабельный домен легкой цепи, полученный от реаранжировки Vκ3-20 с Jκ человека (например, реаранжировки Vκ3-20Jκ1), содержащий замену по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон, причем легкая цепь сохраняет по меньшей мере одну замену гистидина в своем экспрессированном вариабельном домене легкой цепи и (b) отличную от человеческой, например, мышиную, аминокислотную последовательность константной области легкой цепи, причем легкая цепь связана с обратной химерной тяжелой цепью, содержащей (а) вариабельный домен тяжелой цепи, полученный из реаранжированных сегментов V, D и J человека, причем сегменты V, D и J выбирают из репертуара сегментов V, D и J человека, присутствующих у животного, и (b) отличную от человеческой, например, мышиную, аминокислотную последовательность константной области тяжелой цепи. Согласно одному варианту осуществления репертуар сегментов V, D и J человека содержит по меньшей мере один функциональный сегмент V, по меньшей мере один функциональный сегмент D и по меньшей мере один функциональный сегмент J, например, до полного репертуара функциональных сегментов V, D и J человека. Согласно одному варианту осуществления константные домены тяжелой и легкой цепи представляют собой эндогенные константные области тяжелой и легкой цепи. Согласно одному варианту осуществления вариабельные домены тяжелой и легкой цепи представляют собой соматически мутировавшие домены. Согласно одному варианту осуществления соматически мутировавший домен легкой цепи сохраняет по меньшей мере одну замену гистидина, введенного в последовательность зародышевой линии. Согласно некоторым вариантам осуществления соматически мутировавший домен легкой цепи сохраняет все или по существу все гистидиновые замены, введенные в последовательность зародышевой линии. Согласно одному варианту осуществления антигенсвязывающий белок отображает зависимые от рН антигенсвязывающие свойства.
Согласно одному варианту осуществления также в настоящем документе предусмотрена В-клетка описанного в настоящем документе генетически модифицированного животного, которое содержит в своей зародышевой линии последовательность вариабельной области легкой цепи человека с модифицированным гистидином, например, описанную в настоящем документе единственную реаранжированную последовательность вариабельной области легкой цепи человека с модифицированным гистидином или последовательность вариабельной области легкой цепи человека с модифицированным гистидином, содержащую не более двух нереаранжированных генных сегментов VL человека и один или множество (например, два или более) нереаранжированных генных сегментов JL человека, и экспрессирует описанный в настоящем документе антигенсвязывающий белок. Согласно одному варианту осуществления антигенсвязывающий белок, например, антитело, экспрессированный в В-клетке, сохраняет по меньшей мере один остаток гистидина, введенный в зародышевую линию, и отображает зависимые от рН антигенсвязывающие свойства. Согласно некоторым вариантам осуществления антигенсвязывающий белок, например, антитело, экспрессированный в В-клетке, сохраняет все или по существу все гистидиновые остатки, введенные в зародышевую линию, и отображает зависимые от рН антигенсвязывающие свойства.
Согласно различным вариантам осуществления описанное в настоящем документе генетически модифицированное отличное от человека животное содержит генную последовательность вариабельной области легкой цепи человека, например, единственную реаранжированную генную последовательность вариабельной области легкой цепи человека с модифицированным гистидином (например, последовательность Vκ1-39Jκ5 или Vκ3-20Jκ1) или последовательность вариабельной области легкой цепи человека с модифицированным гистидином, содержащую не более двух нереаранжированных генных сегментов VL человека и один или множество (например, два или более) нереаранжированных генных сегментов JL человека, которая содержит замену по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон (или добавление гистидинового кодона в последовательность зародышевой линии). Эти добавления или замены приводят к получению отличного от человека животного, которое содержит популяцию В-клеток, обогащенных антигенсвязывающими белками с зависимыми от рН связывающими свойствами к их антигенам. Согласно одному варианту осуществления антигенсвязывающие белки, например, антитела, производимые у описанных в настоящем документе отличных от человека животных, в ответ на антигенную стимуляцию проявляют зависимое от рН связывание антигена, при этом проявляя высокую аффинность в отношении антигена при нейтральном значении рН, например, рН от приблизительно 7,0 до приблизительно 8,0, например, рН от приблизительно 7,0 до приблизительно 7,4, например, рН от приблизительно 7,2 до приблизительно 7,4, например, при физиологическом значении рН. Согласно одному варианту осуществления аффинность антигенсвязывающего белка к своему антигену, выраженная в виде константы диссоциации (KD) при нейтральном значении рН составляет менее чем 10-6 М, например, менее чем 10-8 М, например, менее чем 10-9 М, например, менее чем 10-10 М, например, менее чем 10-11 М, например, менее чем 10-12 М.
Согласно одному варианту осуществления антигенсвязывающий белок, например, антитело, производимый в описанном в настоящем документе генетически модифицированном отличном от человека животном, проявляет сниженное связывание со своим антигеном при кислом значении рН (например, рН 6,0 или ниже, например, рН от приблизительно 5,0 до приблизительно 6,0, рН от приблизительно 5,75 до приблизительно 6,0, например, рН эндосомальных или лизосомальных компартментов), по сравнению с нейтральным значением рН. Согласно одному варианту осуществления антигенсвязывающий белок, например, антитело, производимый в описанном в настоящем документе генетически модифицированном отличном от человека животном, не проявляет связывание с антигеном при кислом значении рН, сохраняя при этом связывание с антигеном при нейтральном значении рН. Согласно одному варианту осуществления антигенсвязывающий белок, производимый в описанном в настоящем документе генетически модифицированном отличном от человека животном, характеризуется сниженным диссоциационным периодом полувыведения (t1/2) при кислом значении рН, по сравнению с диссоциационным периодом полувыведения (t1/2) антигенсвязывающего белка при нейтральном значении рН, по меньшей мере, приблизительно в 2 раза, по меньшей мере приблизительно в 3 раза, по меньшей мере приблизительно в 4 раза, по меньшей мере приблизительно в 5 раз, по меньшей мере приблизительно в 10 раз, по меньшей мере приблизительно в 15 раз, по меньшей мере приблизительно в 20 раз, по меньшей мере приблизительно в 25 раз или по меньшей мере приблизительно в 30 раз. Согласно одному варианту осуществления антигенсвязывающий белок, экспрессированный описанным в настоящем документе генетически модифицированным отличном от человека животным, характеризуется t1/2 при кислом значении рН и 37°С равным приблизительно 2 мин или менее. Согласно одному варианту осуществления антигенсвязывающий белок, экспрессированный описанным в настоящем документе генетически модифицированным отличным от человека животным, характеризуется t1/2 при кислом значении рН и 37°С равным менее чем приблизительно 1 мин. Согласно одному варианту осуществления антигенсвязывающий белок, экспрессированный описанным в настоящем документе генетически модифицированным отличным от человека животным, характеризуется t1/2 при кислом значении рН и 25°С, равным приблизительно 2 мин или менее. Согласно одному варианту осуществления антигенсвязывающий белок, экспрессированный описанным в настоящем документе генетически модифицированным отличным от человека животным, характеризуется t1/2 при кислом значении рН и 25°С, равным менее чем приблизительно 1 мин.
Такие кинетические параметры, как равновесные константы диссоциации (KD) и диссоциационные периоды полувыведения (t1/2) могут быть рассчитаны из кинетической константы скорости как: KD (М)=kd/ka; и 
(мин)=ln2/(60*kd).
Согласно одному варианту осуществления антигенсвязывающий белок, например, антитело, производимый в описанном в настоящем документе генетически модифицированном отличном от человека животном, проявляет повышенное связывание с молекулой FcRn. Как описано выше, FcRn представляет собой рецептор, присутствующий внутри эндосомального компартмента, который способен связывать иммуноглобулины при кислом значении рН и рециркулировать их обратно на поверхность. Скрининг молекул антитела в описанных в настоящем документе генетически модифицированных отличных от человека животных представляет собой уникальную возможность отбора антител с тремя полезными параметрами: высокая аффинность к антигену, зависимое от рН связывания антигена (с более слабым связыванием антигена при кислом значении рН) и увеличенным связыванием с FcRn.
Согласно одному варианту осуществления описанное в настоящем документе генетически модифицированное отличное от человека животное содержит популяцию В-клеток в ответ на антиген, которая производит и обогащена антигенсвязывающими белками, например, антителами, которые при преобразовании в лекарственные средства, проявляют увеличенный период полужизни в сыворотке при введении терапевтической дозы субъекту, по сравнению с эквивалентной В-клеточной популяцией, полученной в ответ на тот же антиген у отличных от человека животных, которые не содержат модификацию(и) гистидина в своих генных последовательностях вариабельных областей легкой цепи человека. Таким образом, согласно одному варианту осуществления антигенсвязывающий белок, например, антитело, произведенный в ответ на представляющий интерес антиген в описанном в настоящем документе генетически модифицированном животном при преобразовании в лекарственное средство, проявляют увеличенный период полужизни в сыворотке при введении терапевтической дозы субъекту, по сравнению с периодом полужизни в сыворотке антигенсвязывающего белка (при преобразовании в лекарственное средство в той же терапевтической дозе), который был произведен в ответ на тот же антиген в отличном от человека животном, который не содержит модификацию(и) гистидина в своей генной последовательности вариабельной области легкой цепи человека. Согласно некоторым вариантам осуществления происходит увеличение периода полужизни в сыворотке приблизительно в 2 раза, например, приблизительно в 5 раз, например, приблизительно в 10 раз, например, приблизительно в 15 раз, например, приблизительно в 20 раз или более.
Согласно одному аспекту предусмотрена плюрипотентная, индуцированная плюрипотентная или тотипотентная клетка, полученная из описанного в настоящем документе отличного от человека животного. Согласно конкретному варианту осуществления клетка представляет собой эмбриональную стволовую (ЭС) клетку.
Согласно одному аспекту предусмотрена ткань, полученная от описанного в настоящем документе отличного от человека животного. Согласно одному варианту осуществления ткань получают из селезенки, лимфатического узла или костного мозга описанного в настоящем документе отличного от человека животного.
Согласно одному аспекту предусмотрено ядро, полученное от описанного в настоящем документе отличного от человека животного. Согласно одному варианту осуществления ядро получают из диплоидной клетки, которая не представляет собой В-клетку.
Согласно одному аспекту предусмотрена отличная от человеческой клетка, которая изолирована от описанного в настоящем документе отличного от человека животного (например, грызуна, например, мыши или крысы). Согласно одному варианту осуществления клетка представляет собой ЭС клетку. Согласно одному варианту осуществления клетка представляет собой лимфоцит. Согласно одному варианту осуществления лимфоцит представляет собой В-клетку. Согласно одному варианту осуществления В-клетка экспрессирует химерную тяжелую цепь, содержащую вариабельный домен, полученный из генного сегмента тяжелой цепи человека; и легкую цепь, полученную из реаранжированной последовательности Vκ1-39/J человека с заменой по меньшей мере одного негистидинового кодона в зародышевой линии на гистидиновый кодон, реаранжированной последовательности Vκ3-20/J человека с заменой по меньшей мере одного негистидинового кодона в зародышевой линии на гистидиновый кодон или их комбинации, причем легкая цепь содержит замену по меньшей мере одной аминокислоты, кодируемой в зародышевой линии вместо гистидина; причем вариабельный домен тяжелой цепи сливают с отличной от человеческой или человеческой константной областью тяжелой цепи и вариабельный домен легкой цепи сливают с отличной от человеческой или человеческой константной областью легкой цепи. Согласно другому варианту осуществления В-клетка экспрессирует химерную тяжелую цепь, содержащую вариабельный домен, полученный из генного сегмента тяжелой цепи иммуноглобулина человека; и легкую цепь, полученную из реаранжировки последовательности Vκ1-39 человека с J человека с заменой по меньшей мере одного негистидинового кодона в зародышевой линии на гистидиновый кодон, или полученную из реаранжировки последовательности Vκ3-20 человека с J человека с заменой по меньшей мере одного негистидинового кодона в зародышевой линии на гистидиновый кодон, причем легкая цепь содержит замену по меньшей мере одной аминокислоты, закодированной в зародышевой линии, на гистидин; причем вариабельный домен тяжелой цепи сливают с отличной от человеческой или человеческой константной областью тяжелой цепи и вариабельный домен легкой цепи сливают с отличной от человеческой или человеческой константной областью легкой цепи.
Согласно одному аспекту предусмотрена гибридома, причем гибридому получают с В-клеткой описанного в настоящем документе отличного от человека животного. Согласно конкретному варианту осуществления В-клетку получают от описанной в настоящем документе мыши, которая была иммунизирована иммуногеном, содержащим представляющий интерес эпитоп, и В-клетка экспрессирует связывающий белок, который связывает представляющий интерес эпитоп, связывающий белок содержит соматически мутировавший вариабельный домен тяжелой цепи человека и CH мыши; и содержит вариабельный домен легкой цепи человека, полученный из (1) реаранжированного Vκ1-39Jκ5 человека, (2) реаранжировки Vκ1-39 человека с J человека, (3) реаранжированного Vκ3-20Jκ1 человека или (4) реаранжировки Vκ3-20 человека с J человека, каждого несущего замену по меньшей мере одного негистидинового кодона в зародышевой линии на гистидиновый кодон, и CL мыши; причем домен легкой цепи человека содержит замену по меньшей мере одной аминокислоты, кодируемой в зародышевой линии гистидином.
Кроме того, предусмотрена клетка, экспрессирующая антигенсвязывающий белок, производимая в описанных в настоящем документе отличных от человека животных. Согласно одному варианту осуществления клетку выбирают из СНО, COS, 293, HeLa и клетки сетчатки, экспрессирующих вирусную последовательность нуклеиновой кислоты (например, клетка PERC.6™).
Согласно одному аспекту предусмотрен отличный от человеческого эмбрион, причем эмбрион содержит ЭС клетку донора, которая происходит от описанного в настоящем документе отличного от человека животного.
Описанные в настоящем документе отличные от человека животные применимы для получения В-клеток, которые экспрессируют антитела, содержащие гистидины в CDR3. Животное, которое помещает гистидины в CDR3, применимо для создания антител в целом, и, в частности, применимо для разработки антител, которые связываются с мишенью с достаточной аффинностью в или в пределах нейтрального значения рН, но которые либо не связываются, либо связываются слабее с той же мишенью при кислом значении рН.
Отличное от человека животное применимо для получения вариабельных областей антител, которые могут быть использованы для получения, например, человеческих терапевтических связывающих белков, которые связывают свои мишени вариабельными доменами иммуноглобулина человека, которые содержат гистидины в CDR3. Измененное связывание при более низком значении рН будет при некоторых обстоятельствах позволять более быстрое обновление, потому что лекарственное средство будет связывать мишень на поверхности клетки, поглощаться в эндосому и легче и быстрее отделяться от мишени в эндосоме, так что лекарственное средство может рециркулировать, чтобы связать еще одну молекулу мишени (например, на другой клетке или той же клетке). В некоторых случаях это будет приводить к возможности введения лекарственного средства в более низкой дозе или снижения частоты приема лекарственного средства. Это особенно полезно, когда не желателен частый прием или введение выше определенной дозы по причине безопасности и токсичности. В результате, период полураспада в сыворотке терапевтического антитела при введении субъекту будет увеличен.
Отличное от человека животное, например, грызун, например, мышь или крыса, применимо в способе для увеличения количества В-клеток у животного, которое проявляет вариабельную область антитела, содержащую CDR3 с одним или несколькими гистидинами в ней. Отличное от человека животное применимо для производства последовательностей антител, которые будут проявлять зависимое от рН связывание антигена. Отличное от человека животное применимо для получения большего количества последовательностей антител, в результате однократной иммунизации, причем антитела будут проявлять зависимое от рН связывание антигена.
Антигенсвязывающие белки и способы их получения
Согласно одному аспекту также в настоящем документе предусмотрены способы получения человеческих антигенсвязывающих белков, например, антител, которые проявляют зависимое от рН связывание антигена, из описанных в настоящем документе генетически модифицированных отличных от человека животных с использованием стандартных способов, используемых в настоящей области техники.
Были описаны некоторые способы получения антител. Например, согласно различным вариантам осуществления химерные антитела продуцируют у мышей, как описано в настоящем документе. Антитела могут быть выделены непосредственно из В-клеток иммунизированной мыши (например, смотрите U.S. 2007/0280945 A1) и/или В-клетки иммунизированной мыши можно использовать для получения гибридом (Kohler and Milstein, 1975, Nature 256: 495-497). ДНК, кодирующую антитела (человеческие тяжелые и/или легкие цепи) из описанных в настоящем документе отличных от человека животных легко выделяют и секвенируют, используя обычные техники. Гибридома и/или В-клетки, полученные из описанных в настоящем документе отличных от человека животных, служат в качестве предпочтительного источника такой ДНК. После выделения ДНК может быть помещена в экспрессирующие векторы, которые затем трансфицируют в клетки-хозяева, которые в ином случае не продуцируют белок иммуноглобулина, для получения синтеза моноклональных антител в рекомбинантных клетках-хозяевах. ДНК также может быть модифицирована, например, путем замены кодирующей последовательности константных доменов тяжелой и легкой цепей человека вместо отличных от человеческих последовательностей. Таким образом, когда определяются последовательности нуклеиновых кислот антител с желаемыми характеристиками, например, аффинностью, эпитопом, зависимым от рН связыванием антигена и т.д., отличные от человеческой генные последовательности константных областей заменяют на требуемые последовательности константных областей человека для производства полностью человеческого антитела, содержащего изотип не-IgM, например, IgG1, IgG2, IgG3 или IgG4.
Таким образом, согласно одному варианту осуществления в настоящем документе предусмотрен способ получения антитела, которое проявляет зависимые от рН антигенсвязывающие свойства, предусматривающий получение описанного в настоящем документе отличного от человека животного (например, мыши), иммунизацию мыши представляющим интерес антигеном, что позволяет отличному от человека животному усиливать иммунный ответ на антиген, и отбор в отличном от человека животном антигенспецифического антитела, которое проявляет зависимые от рН антигенсвязывающие свойства, например, более слабое связывание с антигеном при кислом, по сравнению с нейтральным значением рН.
Также в настоящем документе предусмотрены способы получения мультиспецифических антигенсвязывающих белков, например, биспецифических или триспецифических антигенсвязывающих белков. Эти молекулы способны связываться более чем с одним эпитопом с высокой аффинностью. Преимущества настоящего изобретения включают в себя возможность выбирать соответствующие высокосвязывающие (например, с созревшей аффинностью) тяжелые цепи иммуноглобулина, каждая из которых будет ассоциировать с единственной легкой цепью. Кроме того, преимущества настоящего изобретения включают в себя способность производить мультиспецифический, например, биспецифический или триспецифический, антигенсвязывающий белок, который проявляет зависимое от рН связывание антигена. Различные аспекты использования биспецифических антител, описанные в настоящем документе ниже, также могут быть применимы к триспецифическим или другим мультиспецифическим антителам.
В связи с двойственной природой биспецифических антител (т.е. могут быть специфическими к различным эпитопам одного полипептида или могут содержать антигенсвязывающие домены, специфические к более чем одному полипептиду-мишени, смотрите, например, Tutt et al., 1991, J. Immunol. 147: 60-69; Kufer et al., 2004, Trends Biotechnol. 22: 238-244), они предлагают много полезных преимуществ для терапевтического применения. Например, биспецифические антитела могут быть использованы для перенаправленной цитотоксичности (например, чтобы уничтожать опухолевые клетки), в качестве адъюванта вакцины, для доставки тромболитических средств к сгусткам, для преобразования активируемых ферментами пролекарств в сайте-мишени (например, опухоли), для лечения инфекционных заболеваний, нацеливания иммунных комплексов на рецепторы клеточной поверхности или для доставки иммунотоксинов к опухолевым клеткам.
Описанные в настоящем документе биспецифические антитела могут также быть использованы в таких различных терапевтических и не терапевтических и/или диагностических способах анализа, как иммуноферментные анализы, двухсайтовые иммуноанализы, in vitro или in vivo иммунодиагностики различных заболеваний (например, злокачественной опухоли), анализы конкурентного связывания, прямые и косвенные сэндвич-анализы и анализы иммунопреципитации. Другие применения для биспецифических антител будут очевидны для специалистов в настоящей области техники.
Сообщалось о нескольких способах для получения фрагментов биспецифических антител из культуры рекомбинантных клеток. Однако синтез и экспрессия биспецифических связывающих белков были проблематичными, отчасти из-за вопросов, связанных с идентификацией подходящей легкой цепи, которая может ассоциировать и экспрессировать с двумя различными тяжелыми цепями, и отчасти из-за проблем выделения. Согласно различным вариантам осуществления описанные в настоящем документе композиции и способы предусматривают преимущество полноразмерных биспецифических антител, которые не требуют специальной модификацией), чтобы поддерживать традиционную структуру иммуноглобулина, увеличивая стабильность/взаимодействие компонентов. Согласно различным вариантам осуществления такая модификация(и) показала себя трудоемкой и служила в качестве препятствия для развития технологии биспецифических антител и их потенциального применения в лечении заболевания человека. Таким образом, согласно различным вариантам осуществления посредством обеспечения естественной структуры иммуноглобулина (т.е. полноразмерной), характеризующейся дополнительным свойством множественных специфичностей, полноразмерные биспецифические антитела поддерживают их критические эффекторные функции, которыми не характеризовались предыдущие биспецифические фрагменты, и дополнительно обеспечивают лекарственные средства, которые демонстрируют важный фармакокинетический параметр более длительного периода полужизни.
Описанные в настоящем документе способы и композиции позволяют генетически модифицированной мыши выбрать при естественных процессах подходящую легкую цепь, которая может ассоциировать и экспрессировать более чем с одной тяжелой цепью, включающей в себя тяжелые цепи, которые соматически мутировавшие (например, с созревшей аффинностью), причем легкая цепь дополнительно наделяет антигенсвязывающий белок его зависимым от рН антигенсвязывающим свойством. Последовательности вариабельной области тяжелой и легкой цепей человека из подходящих В-клеток описанных в настоящем документе иммунизированных мышей, которые экспрессируют антитела с созревшей аффинностью, содержащие обратные химерные тяжелые цепи (например, вариабельные человека и константные мыши), могут быть идентифицированы и клонированы в рамке считывания в векторе экспрессии с подходящей генной последовательность константной области человека (например, IgG1 человека). Могут быть получены два таких конструкта, причем каждый конструкт кодирует человеческий вариабельный домен тяжелой цепи, который связывает различные эпитопы. Один из вариабельных областей легкой цепи человека (например, Vκ1-39/J человека или Vκ3-20/J человека, например, Vκ1-39Jκ5 человека или Vκ3-20Jκ1 человека), содержащий замену по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон, может быть слит в рамке считывания с подходящим геном константной области легкой цепи человека (например, константным геном к человека). Эти три полностью человеческие тяжелые и легкие конструкты могут быть помещены в подходящую клетку для экспрессии. Клетка будет экспрессировать два основных вида: гомодимерную тяжелую цепь с идентичной легкой цепью и гетеродимерную тяжелую цепь с идентичной легкой цепью. Для обеспечения более легкого разделения этих основных видов одну из тяжелых цепей модифицируют, чтобы пропускать связывающую белок А детерминанту, приводя к дифференциальной аффинности гомодимерного связывающего белка из гетеродимерного связывающего белка. Композиции и способы решения этого вопроса описаны в USSN 12/832838, поданной 25 июня 2010 г., под названием "Readily Isolated Bispecific Antibodies with Native Immunoglobulin Format", опубликованной как US 2010/0331527 A1, включенной в настоящий документ посредством ссылки. После того, как вид, содержащий гетеродимерную тяжелую цепь с идентичной легкой цепью выбран, этот биспецифический антигенсвязывающий белок может быть подвергнут скринингу для подтверждения сохранения его зависимого от рН антигенсвязывающего свойства.
Альтернативно, биспецифические или триспецифические антитела могут быть получены с использованием антигенспецифической легкой цепи, полученной из мыши, содержащей локус двойной легкой цепи, например, локус легкой цепи, которая содержит не более двух последовательностей генных сегментов VL человека и один или множество (например, два или более) JL человека, и ограниченный репертуар тяжелых цепей человека (например, единственную реаранжированную вариабельную область тяжелой цепи человека). Такая антигенспецифическая обратная химерная (человеческая вариабельная/мышиная константная) легкая цепь с модифицированным гистидином может быть использована для получения антигенспецифической последовательности вариабельной области легкой цепи, которая может быть клонирована в рамке считывания в вектор экспрессии с подходящей последовательностью константной области легкой цепи человека. Антигенспецифическая вариабельная область(и) тяжелой цепи человека (специфическая для другого эпитопа на том же самом или другом антигене, чем антигенспецифическая легкая цепь) из мыши, содержащей локус универсальной легкой цепи, например, локус легкой цепи, содержащей единственную реаранжированную генную последовательность вариабельной области легкой цепи, может быть клонирована в рамку считывания в вектор экспрессии, содержащий последовательность константной области тяжелой цепи человека, и антигенспецифические легкие и тяжелые цепи человека могут быть совместно экспрессированы в подходящей клетке, чтобы получить биспецифическое или триспецифическое антитело человека. Альтернативно, предварительно выбранная антигенспецифическая тяжелая цепь, например, тяжелая цепь из антитела, которое содержит легкую цепь, полученную из того же генного сегмента вариабельной области, что и тот, который используется в локусе двойной легкой цепи мыши, может быть клонирована в рамке считывания в вектор экспрессии, содержащий последовательность константной области тяжелой цепи человека, и антигенспецифические легкие и тяжелые цепи человека могут быть совместно экспрессированы в подходящей клетке, чтобы получить биспецифическое или триспецифическое антитело человека. Согласно одному варианту осуществления такое антитело проявляет зависимое от рН связывание антигена, например, благодаря заменам гистидина в легкой цепи.
Согласно одному аспекту предусмотрен описанный в настоящем документе эпитопсвязывающий белок, причем последовательности вариабельной области легкой цепи и тяжелой цепи человека получают от описанных в настоящем документе животных, которые были иммунизированы содержащим представляющий интерес эпитоп антигеном.
Согласно одному варианту осуществления предусмотрен эпитопсвязывающий белок, который содержит первый и второй полипептид, первый полипептид, содержащий от N-конца к С-концу первую эпитопсвязывающую область, которая селективно связывает первый эпитоп, после которой следует константная область, которая содержит первую область CH3 IgG человека, выбранного из IgG1, IgG2, IgG4 и их комбинации; и второй полипептид, содержащий от N-конца к С-концу вторую эпитопсвязывающую область, которая селективно связывает второй эпитоп, после которой следует константная область, которая содержит вторую область CH3 IgG человека, выбранного из IgG1, IgG2, IgG4 и их комбинации, причем вторая область CH3 содержит модификацию, которая уменьшает или устраняет связывание второго домена CH3 с белком А. Различные такие модификации описаны, например, в опубликованной заявке US №2010/0331527 и 2011/0195454, включенной в настоящий документ посредством ссылки.
Один из способов получения эпитопсвязывающего белка, который связывается более чем с одним эпитопом и проявляет зависимое от рН эпитопсвязывающее свойство, состоит в иммунизации первой мыши в соответствии с настоящим изобретением антигеном, который содержит первый представляющий интерес эпитоп, причем мышь содержит (1) эндогенный локус вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина, который не содержит эндогенную генную последовательность вариабельной области легкой цепи мыши, которая способна к реаранжированию и образованию легкой цепи, причем в эндогенном локусе вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина мыши находится единственная реаранжированная вариабельная область легкой цепи человека, функционально связанная с эндогенным геном константной области легкой цепи мыши, и согласно некоторым вариантам осуществления реаранжированную вариабельную область легкой цепи человека выбирают из Vκ1-39Jκ5 человека и Vκ3-20Jκ1 человека, содержащих замену по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон, и (2) эндогенные генные сегменты VH мыши, замененные полностью или частично генными сегментами VH человека, таким образом, что полученные с помощью мыши тяжелые цепи иммуноглобулина представляют собой исключительно или по существу тяжелые цепи, которые содержат вариабельные домены человека и константные домены мыши. После иммунизации такая мышь будет производить обратное химерное антитело, содержащее только один из двух вариабельных доменов легкой цепи человека (например, один из Vκ1-39Jκ5 человека или Vκ3-20Jκ1 человека, например, содержащий замену по меньшей мере одной аминокислоты на гистидин). Как правило, по меньшей мере некоторые из замененных остатков гистидина, введенных в последовательность зародышевой линии, будут сохранены в обратном химерном антителе. После того, как идентифицируют В-клетку, которая кодирует вариабельный домен тяжелой цепи, который связывается с представляющим интерес эпитопом и экспрессирует антитело, которое проявляет зависимые от рН антигенсвязывающие свойства, нуклеотидная последовательность вариабельной области тяжелой цепи (и, возможно, вариабельная область легкой цепи) может быть получена (например, с помощью ПЦР) и клонирована в конструкт экспрессии в рамке считывания с подходящей последовательностью константной области тяжелой цепи иммуноглобулина человека. Этот процесс может быть повторен для идентификации второго вариабельного домена тяжелой цепи, который связывает второй эпитоп, и может быть получена вторая генная последовательность вариабельной области тяжелой цепи и клонирована в вектор экспрессии в рамке считывания для второй пригодной последовательности константной области тяжелой цепи иммуноглобулина человека. Первый и второй константные домены иммуноглобулина, кодируемые генной последовательностью константной области, могут быть одинакового или различного изотипа, и один из константных доменов иммуноглобулина (но не другой) может быть модифицирован, как описано в настоящем документе или в US 2010/0331527 A1, и эпитопсвязывающий белок может быть экспрессирован в подходящей клетке и выделен на основе своей дифференциальной аффинности к белку А, по сравнению с гомодимерным эпитопсвязывающий белком, например, как описано в US 2010/0331527 А1.
Таким образом, согласно различным вариантам осуществления после выделения ДНК и отбора первой и второй последовательностей нуклеиновых кислот, которые кодируют первый и второй вариабельные домены тяжелой цепи человека, характеризующихся желаемыми специфичностями/аффинностями, и третьей последовательности нуклеиновой кислоты, которая кодирует домен легкой цепи человека (реаранжированная последовательность зародышевой линии или последовательность легкой цепи, выделенная из описанного в настоящем документе отличного от человека животного) и содержит замену по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон, три последовательности нуклеиновых кислот, кодирующие молекулы, экспрессируются для образования биспецифического антитела с использованием рекомбинантных техник, которые широко доступны в настоящей области техники. Часто, экспрессионная система выбора будет включать в себя вектор экспрессии клетки млекопитающих и хозяина таким образом, что биспецифическое антитело соответствующим образом гликозилируют (например, в случае биспецифических антител, содержащих домены антител, которые гликозилированы). Тем не менее молекулы могут быть также получены в прокариотических экспрессионных системах. Как правило, клетка-хозяин будет трансформирована с ДНК, кодирующей как первый вариабельный домен тяжелой цепи человека, второй вариабельный домен тяжелой цепи человека, домен легкой цепи человека на единственном векторе, так и независимые векторы. Тем не менее можно экспрессировать как первый вариабельный домен тяжелой цепи человека, второй вариабельный домен тяжелой цепи человека и домен легкой цепи человека (компоненты биспецифических антител) в независимых системах экспрессии и объединить экспрессированные полипептиды in vitro. Согласно различным вариантам осуществления домен легкой цепи человека происходит от последовательности зародышевой линии, но вместо замены по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон, например, в кодоне CDR. Согласно различным вариантам осуществления домен легкой цепи человека содержит не более одного, не более двух, не более трех, не более четырех или не более пяти соматических гипермутаций внутри вариабельной последовательности легкой цепи домена легкой цепи. Согласно некоторым вариантам осуществления соматические гипермутации не изменяют наличие по меньшей мере одного остатка гистидина, введенного в последовательности зародышевой линии вариабельной области легкой цепи.
Согласно различным вариантам осуществления нуклеиновая кислота(ы) (например, кДНК или геномная ДНК), кодирующая две тяжелые цепи и одну легкую цепь человека с заменой по меньшей мере одного негистидина на гистидин, вставляется в вектор репликации для дальнейшего клонирования (амплификации ДНК) и/или для экспрессии. Многие векторы доступны и, как правило, включают в себя без ограничения один или несколько из следующих: сигнальную последовательность, точку начала репликации, один или несколько маркерных генов, энхансерный элемент, промотор и последовательность терминации транскрипции. Каждый компонент может быть выбран индивидуально или на основе выбора клетки-хозяина или других критериев, определенных экспериментально. Несколько примеров каждого компонента известно в настоящей области техники.
Векторы экспрессии и клонирования обычно содержат промотор, который распознается организмом-хозяином и функционально связан с последовательностями нуклеиновых кислот, которые кодируют каждый или все компоненты биспецифического антитела. Большое количество промоторов, узнаваемых различными потенциальными клетками-хозяевами, хорошо известны. Эти промоторы функционально связаны с биспецифической кодирующей антитела ДНК путем удаления промотора из источника ДНК с помощью фермента рестрикции, расщепляющего и вставляющего выделенную последовательность промотора в вектор.
Векторы экспрессии, используемые в эукариотических клетках-хозяевах (дрожжах, грибах, насекомых, растениях, животных, человека или ядерных клетках из других многоклеточных организмов), могут также содержать последовательности, необходимые для терминации транскрипции и для стабилизации мРНК. Такие последовательности обычно доступны из 5', а иногда 3', нетранслируемых областей эукариотических или вирусных ДНК или кДНК. Эти области содержат нуклеотидные сегменты, транскрибируемые в виде полиаденилированных фрагментов в нетранслируемой части мРНК, кодирующей компоненты биспецифических антител. Подходящие векторы экспрессии для различных вариантов осуществления включают в себя те, которые предусмотрены для временной экспрессии в клетках млекопитающих ДНК, кодирующей биспецифическое антитело. В общем, временная экспрессия включает в себя использование вектора экспрессии, который способен эффективно реплицироваться в клетке-хозяине, таким образом, что клетка-хозяин накапливает множество копий вектора экспрессии и, в свою очередь, синтезирует высокие уровни желаемого полипептида, кодируемого вектором экспрессии. Системы временной экспрессии, содержащие подходящий вектор экспрессии и клетку-хозяина, дают возможность удобной положительной идентификации полипептидов, кодируемых клонированными ДНК, а также быстрого скрининга биспецифических антител, обладающих желаемой специфичностью/аффинностью связывания или желаемой характеристикой пробега в геле, по отношению к исходным антителам, содержащим гомодимеры первого или второго вариабельных доменов тяжелой цепи человека.
Согласно различным вариантам осуществления, как только ДНК, кодирующие компоненты биспецифического антитела, собраны в нужном описанном выше векторе(ах), их вводят в подходящую клетку-хозяина для экспрессии и восстановления. Трансфекция клеток-хозяев может быть выполнена с использованием известных в настоящей области техники стандартных техник, подходящих для выбранной клетки-хозяина (например, электропорации, ядерной микроинъекции, слияния бактериальных протопластов с интактными клетками или поликатионов, например, полибрена, полиорнитин и т.д.).
Согласно различным вариантам осуществления клетку-хозяина выбирают ту, которая наилучшим образом соответствует вектору экспрессии, содержащему компоненты, и позволяет наиболее эффективно и благоприятно производить виды биспецифических антител. Иллюстративные клетки-хозяева для экспрессии включают в себя прокариоты и эукариоты (одноклеточные или многоклеточные), бактериальные клетки (например, штаммы E.coli, Bacillus spp., Streptomyces spp. и т.д.), клетки микобактерий, клетки грибов, дрожжевые клетки (например, S. cerevisiae, S. pombe, P. pastoris, P. methanolica и т.д.), растительные клетки, клетки насекомых (например, SF-9, SF-21, инфицированные бакуловирусом клетки насекомых, Trichoplusia ni, и т.д.), клетки отличных от человека животных, клетки человека или клеточные слияния, такие как, например, гибридомы или квадромы. Согласно различным вариантам осуществления клетка представляет собой клетку человека, мартышки, обезьяны, хомячка, крысы или мыши. Согласно различным вариантам осуществления клетка представляет собой эукариотическую клетку, выбранную из СНО (например, СНО K1, DXB-11 СНО, Veggie-CHO), COS (например, COS-7), клетки сетчатки, Vero, CV1, почек (например, HEK293, 293 EBNA, MSR 293, MDCK, HaK, ВНК), HeLa, HepG2, WI38, MRC 5, Colo205, НВ 8065, HL-60, (например, ВНК21), Jurkat, Daudi, А431 (эпидермальная), CV-1, U937, 3Т3, клетки L, клетки С127, SP2/0, NS-0, ММТ 060562, клетки Сертоли, клетки BRL 3А, клетки НТ1080, клетки миеломы, клетки опухоли и клеточной линии, полученной из вышеуказанной клетки. Согласно различным вариантам осуществления клетка содержит один или несколько вирусных генов, например, клетка сетчатки, которая экспрессирует вирусный ген (например, клетка PER.C6™).
Клетки-хозяева млекопитающих, используемые для производства биспецифического антитела, могут культивироваться в различных средах. Такие коммерчески доступные среды, как F10 Хэма (Sigma), минимальная поддерживающая среда ((MEM), Sigma), RPMI-1640 (Sigma) и среда Игла, модифицированная по способу Дульбекко среда Игла ((DMEM), Sigma), подходят для культивирования клеток-хозяев. Среды могут быть дополнены, при необходимости, гормонами и/или другими факторами роста (такими как инсулин, трансферрин или эпидермальный фактор роста), солями (например, хлоридом натрия, кальция, магния и фосфатом), буферами (такими как HEPES), нуклеозидами (такими как аденозин и тимидин), антибиотиками (например, GENTAMYCIN™), следовыми элементами (определенными как неорганические соединения, обычно присутствующие в конечных концентрациях в микромолярном диапазоне) и глюкозой или эквивалентным источником энергии. Любые другие добавки также могут быть включены в соответствующих концентрациях, известных специалистам в настоящей области техники. Такие условия культивирования, как температура, рН и т.п., согласно различным вариантам осуществления, представляют собой ранее использованные с клеткой-хозяином, выбранной для экспрессии, и будут очевидны специалистам в настоящей области техники.
Биспецифическое антитело может быть выделено из культуральной среды в виде секретируемого полипептида, хотя оно также может быть выделено из лизата клеток-хозяев, когда производится непосредственно без секреторного сигнала. Если биспецифическое антитело связано с мембраной, оно может быть высвобождено из мембраны с использованием подходящего раствора детергента (например, Triton X-100).
После выделения биспецифическое антитело, содержащее две тяжелые цепи человека и единственную легкую цепь человека, полученную из реаранжированной генной последовательности вариабельной области легкой цепи человека, выбранной из последовательностей Vκ1-39Jκ5 и Vκ3-20Jκ1, которые содержат замену по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон, подвергают скринингу на способность проявлять зависимое от рН связывание с одним, предпочтительно с обоими его антигенами. Способность биспецифических антител связывать свои антигены по-разному при нейтральном и кислом значении рН (например, их способность демонстрировать уменьшенный t1/2 при кислом значении рН, по сравнению с нейтральным значением рН) может быть определена с помощью различных техник, доступных в настоящей области техники и описанных в следующих примерах, например, анализ BIACORE™.
Аналогичный способ получения связывающего белка, который связывается более чем с одним эпитопом и проявляет зависимое от рН эпитопсвязывающее свойство, используя легкую цепь, полученную от мыши, содержащей не более двух генных сегментов VL человека и один или несколько, например, два или более, генных сегментов JL человека с модификациями гистидина, и тяжелую цепь(и), полученную из той же или другой мыши (например, мыши с универсальной легкой цепью), также предусмотрен и будет очевиден из настоящего раскрытия. Вкратце, описанные в настоящем документе мыши (например, мыши, содержащие локус двойной легкой цепи) могут быть гуманизированы с представляющим интерес антигеном, и может быть идентифицирован вариабельный домен легкой цепи и/или тяжелой цепи из В-клетки, который связывает представляющий интерес эпитоп, и нуклеотидная последовательность, клонированная в рамке считывания в вектор, содержащий подходящую константную область; тот же процесс повторяется для получения других представляющих интерес вариабельных доменов, и вариабельных доменов, совместно экспрессированных в подходящей клеточной линии, как описано более подробно выше.
Дополнительные способы получения антигенсвязывающих белков с зависимым от рН связыванием антигенов
Предусмотрены различные способы получения антигенсвязывающих белков с зависимыми от рН антигенсвязывающими свойствами у описанных в настоящем документе генетически модифицированных отличных от человека животных. Также предусмотрены способы получения антигенсвязывающих белков с зависимыми от рН антигенсвязывающими свойствами in vitro. Такие способы могут включать в себя получение различных компонентов антигенсвязывающих белков in vivo у генетически модифицированных отличных от человека животных, а затем их модификацию и сборку in vitro за пределами организма в виде белковых комплексов, экспрессированных в культуре клеток млекопитающих.
Согласно одному варианту осуществления способ получения антигенсвязывающих белков с зависимыми от рН антигенсвязывающими свойствами использует последовательность антигенсвязывающего белка, например, последовательность антитела, который производится в мыши, содержащей ограниченный репертуар сегментов V и J вариабельной области легкой цепи, например, сегменты V и J вариабельной области легкой цепи человека, мыши с "универсальной легкой цепью" или "общей легкой цепью" ("ULC" мыши), такой как мышь, описанная в опубликованных заявках U.S. №2011/0195454, 2012/0021409, 2012/0192300, 2013/0045492 и 2013/0185821, включенных в настоящий документ посредством ссылки. Согласно одному варианту осуществления способ получения антигенсвязывающих белков с зависимыми от рН антигенсвязывающими свойствами использует последовательность антигенсвязывающего белка, который производится в мыши, содержащей единственную реаранжированную генную последовательность вариабельной области легкой цепи человека. Согласно одному варианту осуществления в способе используется антигенсвязывающий белок, производимый в мыши, содержащей единственную реаранжированную генную последовательность вариабельной области легкой цепи человека, выбранную из Vκ1-39Jκ5 человека и Vκ3-20Jκ1 человека. Согласно одному варианту осуществления в способе получения антигенсвязывающих белков с зависимыми от рН антигенсвязывающими свойствами используется последовательность антигенсвязывающего белка, производимого мышью с ограниченным вариабельным генным сегментом, например мышью с двойной легкой цепью.
Согласно одному варианту осуществления способ получения антигенсвязывающего белка, например, антитела, с зависимыми от рН антигенсвязывающими свойствами предусматривает выбор первого антитела, которое связывается с представляющим интерес антигеном (например, связывается с представляющим интерес антигеном с требуемой аффинностью), модификацию нуклеотидной последовательности легкой цепи иммуноглобулина первого антитела для того, чтобы включить в себя замену по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон, экспрессию тяжелой цепи иммуноглобулина первого антитела и модифицированной легкой цепи иммуноглобулина в клетке и выбор второго антитела, экспрессированного в клетке, которое сохраняет связывание с представляющим интерес антигеном (например, сохраняет требуемую аффинность к представляющему интерес антигену) при нейтральном значении рН и отображает уменьшенное связывание с представляющим интерес антигеном при кислом значении рН.
Согласно одному варианту осуществления способ получения антигенсвязывающего белка, например, антитела, с зависимыми от рН антигенсвязывающими свойствами предусматривает выбор тяжелой цепи иммуноглобулина из антитела (например, полученного из отличного от человека животного, например, мыши, например, ULC мыши), которое содержит легкую цепь иммуноглобулина, содержащую единственную реаранжированную последовательность вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина человека, причем антитело связывается с представляющим интерес антигеном (например, связывается с представляющим интерес антигеном с требуемой аффинностью); модификацию последовательности нуклеиновой кислоты легкой цепи иммуноглобулина так, что единственная реаранжированная последовательность вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина человека содержит замену по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон; экспрессию выбранной тяжелой цепи иммуноглобулина и легкой цепи иммуноглобулина, содержащей замену по меньшей мере одной аминокислоты на гистидин в своем вариабельном домене; и выбор антитела, которое сохраняет связывание с представляющим интерес антигеном при нейтральном значении рН (например, сохраняет требуемую аффинность к представляющему интерес антигену), при этом отображая уменьшенное связывание с представляющим интерес антигеном при кислом значении рН. Согласно различным вариантам осуществления тяжелая цепь иммуноглобулина происходит от реаранжировки вариабельных генных сегментов (сегментов V, D и J человека) тяжелой цепи человека.
Согласно одному варианту осуществления способ получения антигенсвязывающего белка, например, антитела, с зависимыми от рН антигенсвязывающими свойствами предусматривает (1) иммунизацию отличного от человека животного, например, мыши, содержащей единственную реаранжированную генную последовательность вариабельной области легкой цепи человека и репертуар нереаранжированных вариабельных генных сегментов (сегментов V, D и J) тяжелой цепи человека, представляющим интерес антигеном и позволение мыши усиливать иммунный ответ на указанный антиген, (2) выбор у отличного от человека животного, например, у мыши, антитела, которое связывается с представляющим интерес антигеном с требуемой аффинностью, (3) выделение из отличного от человека животного, например, из мыши, нуклеотидной последовательности тяжелой цепи иммуноглобулина антитела, которое связывается с представляющим интерес антигеном с требуемой аффинностью, (4) определение нуклеотидной последовательности указанной тяжелой цепи, (5) модификацию нуклеотидной последовательности легкой цепи иммуноглобулина, содержащей единственную реаранжированную вариабельную область легкой цепи иммуноглобулина человека, чтобы включить замену по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон, (6) экспрессию тяжелой цепи иммуноглобулина антитела, которое связывается с представляющим интерес антигеном с требуемой аффинностью, и легкой цепи иммуноглобулина, содержащей модификацию гистидина, в клетке, и (7) определение того, сохраняет ли экспрессируемое в клетке антитело связывание с антигеном при нейтральном значении рН, при этом отображая сниженное связывание при кислом значении рН. Согласно одному варианту осуществления экспрессируемое в клетке антитело проявляет требуемую аффинность к антигену при нейтральном значении рН. Согласно различным вариантам осуществления тяжелая цепь иммуноглобулина происходит от реаранжировки вариабельных генных сегментов (сегментов V, D и J человека) тяжелой цепи человека. Согласно другому варианту осуществления в настоящем документе также предусмотрен аналогичный способ производства антигенсвязывающего белка с зависимыми от рН связывающими свойствами, при котором вместо того, чтобы иммунизировать мышь, содержащую единственную реаранжированную последовательность вариабельной области легкой цепи человека, способ предусматривает иммунизацию мыши, содержащей ограниченный репертуар вариабельных генных сегментов легкой цепи, например, мыши, содержащей не более двух генных сегментов VL человека и множество, например, два или более, генных сегментов JL человека.
Согласно одному варианту осуществления мышь, содержащая единственную реаранжированную генную последовательность вариабельной области легкой цепи человека, представляет собой мышь с универсальной легкой цепью или общей легкой цепью "ULC" мышь, описанную, например, в опубликованной заявке U.S. №2011/0195454, 2012/0021409, 2012/0192300, 2013/0045492 и 2013/0185821. Согласно одному варианту осуществления единственную реаранжированную генную последовательность вариабельной области легкой цепи человека выбирают из последовательности Vκ1-39Jκ5 человека и Vκ3-20Jκ1 человека.
Согласно одному варианту осуществления представляющий интерес антиген выбирают из растворимого антигена, антигена клеточной поверхности (например, опухолевого антигена) и рецептора клеточной поверхности. Согласно конкретному варианту осуществления рецептор клеточной поверхности представляет собой рецептор-иммуноглобулин. Согласно конкретному варианту осуществления рецептор-иммуноглобулин представляет собой Fc-рецептор.
Согласно одному варианту осуществления требуемая аффинность антитела к антигену, выраженная в виде константы диссоциации (KD) при нейтральном значении рН менее чем 10-6 М, например, менее чем 10-8 М, например, менее чем 10-9 М, например, менее чем 10-10 М, например, менее чем 10-11 М, например, менее чем 10-12 М.
Как описано выше, согласно одному варианту осуществления ULC мыши содержат единственную реаранжированную генную последовательность вариабельной области легкой цепи человека и экспрессируют антитела в ответ на антиген, где аффинность антител к антигену в первую очередь опосредована через тяжелые цепи их антител. Эти мыши содержат репертуар вариабельных сегментов (V, D и J) тяжелых цепей человека, которые реаранжируют для кодирования вариабельного домена тяжелой цепи антитела человека, которое также содержит легкую цепь, полученную из единственной реаранжированной вариабельной последовательности легкой цепи человека. Согласно одному варианту осуществления при воздействии антигена эти мыши используют разнообразный репертуар вариабельных сегментов (V, D и J) тяжелых цепей человека, чтобы производить антитело с аффинностью и специфичностью к антигену. Таким образом, при воздействии антигена нуклеотидная последовательность тяжелой цепи иммуноглобулина антитела, производимая в ULC мышах, может быть выделена и использована для получения требуемого связывающего белка, также содержащего легкую цепь иммуноглобулина, полученную из единственной реаранжированной последовательности вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина человека (например, единственной реаранжированной последовательности вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина человека с заменой по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон).
Согласно одному варианту осуществления ULC мышей 90-100% нереаранжированных отличных от человеческих генных сегментов VH замещают по меньшей мере одним нереаранжированным генным сегментом VH человека. Согласно конкретному варианту осуществления все или по существу все (например, 90-100%) эндогенные отличные от человеческих генные сегменты VH замещены по меньшей мере одним нереаранжированным генным сегментом VH человека. Согласно одному варианту осуществления замещение представляет собой замещение по меньшей мере 19, по меньшей мере 39 или по меньшей мере 80 или 81 нереаранжированных генных сегментов VH человека. Согласно одному варианту осуществления замещение представляет собой замещение по меньшей мере 12 функциональных нереаранжированных генных сегментов VH человека, по меньшей мере 25 функциональных нереаранжированных генных сегментов VH человека или по меньшей мере 43 функциональных нереаранжированных генных сегментов VH человека. Согласно одному варианту осуществления отличное от человека животное содержит замещение всех отличных от человеческих сегментов DH и JH по меньшей мере одним нереаранжированным сегментом DH человека и по меньшей мере одним нереаранжированным сегментом JH человека. Согласно одному варианту осуществления отличное от человека животное содержит замещение всех отличных от человеческих сегментов DH и JH всеми переаранжированными сегментами DH человека и всеми нереаранжированными сегментами JH человека. Таким образом, ULC мышь использует широкий репертуар генных сегментов вариабельных областей человека (V, D и J сегментов) для производства антитела в ответ на представляющий интерес антиген.
Как только тяжелая цепь антитела, которое связывается с представляющим интерес антигеном с желаемой аффинностью, определена, нуклеотидную последовательность тяжелой цепи выделяют и секвенируют. Последовательность клонируют в вектор для экспрессии в подходящих клетках-хозяевах, например, эукариотических клетках, например, клетках СНО. Согласно одному варианту осуществления последовательность константной области тяжелой цепи человека клонируют ниже по ходу транскрипции последовательности вариабельной области тяжелой цепи человека, выделенной из мыши (например, из ULC мыши).
Согласно одному варианту осуществления способ получения антигенсвязывающего белка с зависимыми от рН антигенсвязывающими свойствами предусматривает модификацию нуклеотидной последовательности легкой цепи иммуноглобулина, в частности, последовательности с единственной реаранжированной вариабельной областью легкой цепи иммуноглобулина человека, чтобы включить в себя замену по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон. В настоящей области техники известны различные техники модификации нуклеотидной последовательности, например, сайт-направленный мутагенез. Кроме того, нуклеотидная последовательность, содержащая требуемую замену гистидина, может быть синтезирована de novo.
Согласно одному варианту осуществления замена по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон предусматривает замену, приводящую к экспрессии одного, двух, трех, четырех или более остатков гистидина. Согласно одному варианту осуществления замена(ы) приводит к экспрессии трех или четырех остатков гистидина. Согласно одному варианту осуществления замена(ы) происходит в вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина. Согласно одному варианту осуществления замена(ы) происходит в кодоне CDR, например, кодоне CDR1, CDR2 и/или CDR3. Согласно одному варианту осуществления замена(ы) происходит в кодоне CDR3.
Согласно одному варианту осуществления, в котором последовательность нуклеиновой кислоты легкой цепи иммуноглобулина содержит генную последовательность Vκ1-39Jκ5, и замена(ы) происходит в кодоне CDR3, замена приводит к экспрессии гистидина в положении, выбранном из 105, 106, 108, 111, а также их комбинаций. Согласно одному варианту осуществления замены приводят к экспрессии гистидинов в положениях 105, 106, 108, и 111. Согласно одному варианту осуществления замены приводят к экспрессии гистидинов в положениях 105 и 106. Согласно одному варианту осуществления замены приводят к экспрессии гистидинов в положениях 105 и 108. Согласно одному варианту осуществления замены приводят к экспрессии гистидинов в положениях 105 и 111. Согласно одному варианту осуществления замены приводят к экспрессии гистидинов в положениях 106 и 108. Согласно одному варианту осуществления замены приводят к экспрессии гистидинов в положениях 106 и 111. Согласно одному варианту осуществления замены приводят к экспрессии гистидинов в положениях 108 и 111. Согласно одному варианту осуществления замены приводят к экспрессии гистидинов в положениях 105, 106 и 108. Согласно одному варианту осуществления замены приводят к экспрессии гистидинов в положениях 105, 106 и 111. Согласно одному варианту осуществления замены приводят к экспрессии гистидинов в положениях 105, 108 и 111. Согласно одному варианту осуществления замены приводят к экспрессии гистидинов в положениях 106, 108 и 111. Согласно одному варианту осуществления последовательности аминокислот и нуклеиновых кислот областей CDR3 Vκ1-39Jκ5, содержащие различные гистидиновые замены, изображены на фиг. 2 и включены в список последовательностей.
Согласно одному варианту осуществления, при котором последовательность нуклеиновой кислоты легкой цепи иммуноглобулина содержит генную последовательность Vκ3-20Jκ1, и замена(ы) происходит в кодоне CDR3, замена приводит к экспрессии гистидина в положении, выбранном из 105, 106, 107, 109, а также их комбинаций. Согласно одному варианту осуществления замены приводят к экспрессии гистидинов в положениях 105, 106, 107, и 109. Согласно одному варианту осуществления замены приводят к экспрессии гистидинов в положениях 105 и 106. Согласно одному варианту осуществления замены приводят к экспрессии гистидинов в положениях 105 и 107. Согласно одному варианту осуществления замены приводят к экспрессии гистидинов в положениях 105 и 109. Согласно одному варианту осуществления замены приводят к экспрессии гистидинов в положениях 106 и 107. Согласно одному варианту осуществления замены приводят к экспрессии гистидинов в положениях 106 и 109. Согласно одному варианту осуществления замены приводят к экспрессии гистидинов в положениях 107 и 109. Согласно одному варианту осуществления замены приводят к экспрессии гистидинов в положениях 105, 106 и 107. Согласно одному варианту осуществления замены приводят к экспрессии гистидинов в положениях 105, 106 и 109. Согласно одному варианту осуществления замены приводят к экспрессии гистидинов в положениях 105, 107 и 109. Согласно одному варианту осуществления замены приводят к экспрессии гистидинов в положениях 106, 107 и 109. Выбранные последовательности аминокислот и нуклеиновых кислот областей CDR3 Vκ3-20Jκ1, содержащие различные гистидиновые замены, изображены на фиг. 12 и включены в список последовательностей.
Как только последовательность легкой цепи иммуноглобулина, например, вариабельный домен легкой цепи иммуноглобулина человека, модифицируют, чтобы включить в себя остатки гистидина в требуемых положениях, нуклеотидную последовательность легкой цепи κлонируют в вектор для экспрессии в подходящих клетках-хозяевах, например, эукариотических клетках, например, клетках СНО. Согласно одному варианту осуществления последовательность константной области легкой цепи человека клонируют ниже по ходу транскрипции от модифицированной нуклеотидной последовательности вариабельной области человека.
Согласно одному варианту осуществления векторы, содержащие нуклеотидную последовательность, кодирующую модифицированную легкую цепь иммуноглобулина человека и выбранную тяжелую цепь иммуноглобулина человека, совместно экспрессируют в подходящей клетке-хозяине, например, эукариотической клетке-хозяине, например, клетке СНО для производства антигенсвязывающего белка. Различные клетки-хозяева, которые могут быть использованы для экспрессии, хорошо известны в настоящей области техники и упоминаются в настоящем документе.
Антигенсвязывающий белок, например, антитело, полученный в клетке-хозяине, может быть секретирован в клеточный супернатант, который подвергают скринингу на правильную экспрессию и аффинность к исходному антигену при нейтральном значении рН. Антигенсвязывающий белок также может быть выделен из лизата клеток или, если он связан с мембраной, освобожден от мембраны с использованием подходящего детергента (например, Тритон-Х). Антигенсвязывающий белок с требуемыми характеристиками может быть очищен.
Согласно одному варианту осуществления антигенсвязывающий белок, содержащий модификацию(и) гистидина, сохраняет аффинность к антигену, что сопоставимо с аффинностью к тому же антигену (исходному) антигенсвязывающего белка, который не содержит модификации(й) гистидина. Согласно одному варианту осуществления аффинность антигенсвязывающего белка с модифицированным гистидином к представляющему интерес антигену, выраженная как константа диссоциации (KD), при нейтральном значении рН менее чем 10-6 М, например, менее чем 10-8 М, например, менее чем 10-9 М, например, менее чем 10-10 М, например, менее чем 10-11 М, например, менее чем 10-12 М.
Согласно одному варианту осуществления антигенсвязывающий белок, например, антитело, содержащий описанные в настоящем документе модификации гистидина, проявляет зависимые от рН антигенсвязывающие свойства. Согласно одному варианту осуществления антигенсвязывающий белок, содержащий гистидиновые модификации, обладает усиленными зависимыми от рН свойствами, по сравнению с эквивалентным антигенсвязывающим белком без модификаций гистидина (антигенсвязывающим белком с той же аминокислотной последовательностью, но вместо модификаций гистидина). Согласно одному варианту осуществления описанный в настоящем документе антигенсвязывающий белок сохраняет связывание с антигеном при нейтральном значении рН (например, сохраняет требуемую аффинность к антигену при нейтральном значении рН), при этом отображая уменьшенное связывание при кислом значении рН. Согласно одному варианту осуществления описанный в настоящем документе антигенсвязывающий белок, например, антитело, не проявляет связывание с антигеном при кислом значении рН, сохраняя при этом связывание с антигеном при нейтральном значении рН. Согласно одному варианту осуществления описанный в настоящем документе антигенсвязывающий белок характеризуется уменьшением диссоциационного периода полувыведения (t1/2) при кислом значении рН, по сравнению с диссоциационным периодом полувыведения (t1/2) антигенсвязывающего белка при нейтральном значении рН по меньшей мере приблизительно в 2 раза, по меньшей мере приблизительно в 3 раза, по меньшей мере приблизительно в 4 раза, по меньшей мере приблизительно в 5 раз, по меньшей мере приблизительно в 10 раз, по меньшей мере приблизительно в 15 раз, по меньшей мере приблизительно в 20 раз, по меньшей мере приблизительно в 25 раз или по меньшей мере приблизительно в 30 раз. Согласно одному варианту осуществления описанный в настоящем документе антигенсвязывающий белок характеризуется t1/2 при кислом значении рН и 37°С равным приблизительно 2 мин или менее. Согласно одному варианту осуществления описанный в настоящем документе антигенсвязывающий белок характеризуется t1/2 при кислом значении рН и 37°С равным приблизительно 1 мин. Согласно одному варианту осуществления описанный в настоящем документе антигенсвязывающий белок характеризуется tm при кислом значении рН и 25°С равным приблизительно 2 мин или менее. Согласно одному варианту осуществления описанный в настоящем документе антигенсвязывающий белок характеризуется t1/2 при кислом значении рН и 25°С равным менее чем приблизительно 1 мин.
Согласно одному варианту осуществления антигенсвязывающий белок, например, антитело, содержащий описанные в настоящем документе модификации гистидина, проявляет повышенный период полужизни в сыворотке при введении терапевтической дозы субъекту, по сравнению с периодом полужизни в сыворотке при введении эквивалентной терапевтической дозы антигенасвязывающего белка, который не содержит модификации гистидина (например, исходный антигенсвязывающий белок, который не содержит гистидиновые модификации). Согласно некоторым вариантам осуществления увеличение периода полужизни в сыворотке при введении дозы антигенсвязывающего белка, содержащего описанные в настоящем документе модификации гистидина, превышает период полужизни в сыворотке при введении той же дозы антигенсвязывающего белка, не содержащего модификации гистидина, приблизительно в 2 раза, например, приблизительно в 5 раз, например, приблизительно в 10 раз, например, приблизительно в 15 раз, например, в 20 раз или более. Согласно одному варианту осуществления период полужизни в сыворотке составляет по меньшей мере приблизительно 1 день, например, по меньшей мере приблизительно 2 дня, например, по меньшей мере приблизительно 7 дней, например, по меньшей мере приблизительно 14 дней, например, по меньшей мере приблизительно 30 дней, например, по меньшей мере приблизительно 60 дней.
В дополнение к способам in vitro для получения описанных выше антигенсвязывающих белков с зависимыми от рН антигенсвязывающими свойствами также в настоящем документе предусмотрены антигенсвязывающие белки, например, антитела, получаемые указанным способом. Кроме того, указанный способ может быть использован для создания мультиспецифических, например, биспецифических, антигенсвязывающих белков, путем выбора двух различных тяжелых цепей иммуноглобулина человека, которые связываются с общей (универсальной) легкой цепью в мыши, определения нуклеотидных последовательностей тяжелых цепей, модификации универсальной легкой цепи для включения описанных выше замен гистидина и совместной экспрессии двух тяжелых цепей человека с единственной универсальной легкой цепью с модификациями гистидина в клетке-хозяине. Различные стадии получения описанного выше антигенсвязывающего белка могут быть применимы к способу получения биспецифического антигенсвязывающего белка. Биспецифический антигенсвязывающий белок, обладающий подтвержденной требуемой аффинностью к антигену(ам) и зависимыми от рН антигенсвязывающими свойствами, может быть очищен. Таким образом, предусмотрены биспецифические антитела, содержащие две тяжелые цепи человека и единственную легкую цепь человека, содержащую последовательность вариабельного домена легкой цепи человека, кодируемую геном вариабельной области человека, например, геном вариабельной области Vκ1-39Jκ5 или Vκ3-20Jκ1, содержащим замену по меньшей мере одного негистидинового кодона на гистидиновый кодон.
Кроме того, согласно некоторым вариантам осуществления в настоящем документе предусмотрены способы получения антигенсвязывающих белков с зависимыми от рН связывающими свойствами с использованием легких цепей, например, антигенспецифических легких цепей, образованных у мышей с двойными легкими цепями; а также антигенсвязывающих белков, например, антител, получаемых указанными способами. Такие способы и антитела, производимые с помощью указанных способов, будут очевидны из настоящего описания.
Кроме того, согласно некоторым вариантам осуществления предусмотрены конструкты, используемые для получения антигенсвязывающего белка, содержащего тяжелую цепь иммуноглобулина человека и легкую цепь иммуноглобулина человека, содержащую замены гистидина. Также предусмотрены клетки-хозяева, экспрессирующие описанные в настоящем документе антигенсвязывающие белки, например, антитела.
ПРИМЕРЫ
Следующие примеры приведены для того, чтобы описать специалистам в настоящей области техники, как выполнять и применять способы и композиции согласно настоящему изобретению, и не предназначены для ограничения объема того, что авторы изобретения считают своим изобретением. Были предприняты усилия, чтобы обеспечить точность в отношении используемых чисел (например, суммы, температуры и т.д.), но некоторые экспериментальные ошибки и отклонения должны учитываться. Примеры не включают в себя подробные описания обычных способов, которые хорошо известны специалистам в настоящей области техники (техники молекулярного клонирования и т.д.). Если не указано иное, части представляют собой массовые части, молекулярная масса представляет собой среднюю молекулярную массу, температура указана в градусах Цельсия, а давление равно или близко к атмосферному.
Пример 1. Идентификация остатков гистидина в антигенспецифических легких цепях человека
Получение мыши с общей легкой цепью (например, мыши с общей легкой цепью Vκ1-39 или Vκ3-20) и антигенспецифических антител у тех мышей, описано, например, в заявках на патент США №13/022759, 13/093156 и 13/412936 (публикация №2011/0195454, 2012/0021409 и 2012/0192300, соответственно), включенных полностью в настоящий документ посредством ссылки. Вкратце, нацеливающий вектор реаранжированной легкой цепи зародышевой линии человека получали с использованием технологии VELOCIGENE® (смотрите, например, патент США №6586251 и Valenzuela et al. (2003) High-throughput engineering of the mouse genome coupled with high-resolution expression analysis, Nature Biotech. 21(6): 652-659)), для модификации мышиных геномных клонов бактериальной искусственной хромосомы (ВАС), и геномные конструкты разрабатывали для включения единственной реаранжированной области легкой цепи зародышевой линии человека, и встраивали в эндогенный локус легкой цепи κ, который ранее модифицировали для удаления эндогенных генных сегментов вариабельных и соединяющих к. Нацеленные ДНК ВАС затем использовали для электропорации ЭС клеток мыши для создания модифицированных ЭС клеток для получения химерных мышей, которые экспрессируют реаранжированные области Vκ1-39Jκ5 или Vκ3-20Jκ1 зародышевой линии человека. Нацеленные ЭС клетки использовали в качестве донорских ЭС клеток и вводили в эмбриона мыши на стадии 8-клеток с помощью способа VELOCIMOUSE® (смотрите, например, патент США №7294754 и Poueymirou et al. (2007) F0 generation mice that are essentially fully derived from the donor gene-targeted ES cells allowing immediate phenotypic analyses Nature Biotech. 25(1): 91-99). VELOCIMICE® независимо несущие сконструированную область легкой цепи Vκ1-39Jκ5 или Vκ3-20Jκ1 зародышевой линии человека идентифицировали путем генотипирования с использованием анализа модификации аллеля (Valenzuela et al., смотрите выше), который обнаруживает наличие уникальной реаранжированной области легкой цепи зародышевой линии человека.
Мышей, несущих сконструированный локус легкой цепи зародышевой линии человека (ULC мышей), скрещивали с мышами, которые содержат замещение эндогенного локуса вариабельного гена тяжелой цепи мыши с локусом вариабельного гена тяжелой цепи человека (смотрите US 6596541; the VELOCIMMUNE® mouse, Regeneron Pharmaceuticals, Inc.).
VELOCIMMUNE® мышь, содержащая единственную реаранжированную область легкой цепи зародышевой линии человека сенсибилизируют представляющим интерес антигеном, и антитела, содержащие универсальную легкую цепь (например, Vκ1-39Jκ5), изолируют и секвенируют.
Выравнивали аминокислотные последовательности выбранных легких цепей (А-K, соответствующих SEQ ID NO: 136-146, соответственно), содержащих Vκ1-39, из антигенспецифических антител человека. Идентифицировали гистидиновые мутации в CDR полученных от Vκ1-39 легких цепей человека для выбранного числа антигенспецифических человеческих антител (фиг. 1). Аминокислотная последовательность Vκ1-39 зародышевой линии показана над выравниваниями и представлена в SEQ ID NO: 1, полная аминокислотная последовательность вариабельного домена для Vκ1-39Jκ5 представлена в SEQ ID NO: 80.
Пример 2. Конструирование и характеристика антител человека с универсальными легкими цепями с заменами гистидина
Пример 2.1. Встраивание остатков гистидина в реаранжированную легкую цепь зародышевой линии человека
Остатки гистидина встраивали в реаранжированную легкую цепь Vκ1-39Jκ5 человека с использованием праймеров сайт-направленного мутагенеза, специально разработанных для введения сконструированных остатков гистидина в положения Q105, Q106, Y108 и Р111 легкой цепи Vκ1-39Jκ5 человека. Сайт-направленный мутагенез проводили с использованием молекулярных техник, известных в настоящей области техники (например, QuikChange II XL Site Directed Mutagenesis Kit, Agilent Technologies). Положения встроенных остатков в CDR3 показаны на фиг. 2, последовательности нуклеиновых кислот CDR3 с заменами гистидинов, изображенные на фиг. 2, приведены в SEQ ID NO: 4, 6, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 28, 30 и 32 (соответствующие аминокислотные последовательности представлены в SEQ ID NO: 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17, 19, 21, 23, 25, 27, 29, 31 и 33). Последовательности нуклеиновых кислот и аминокислот CDR3 реаранжированных Vκ1-39Jκ5 зародышевой линии, представлены в SEQ ID NO: 2 и 3, соответственно.
Пример 2.2. Конструкция и экспрессия легких цепей с встроенными гистидинами
Полученные из Vκ1-39 легкие цепи человека, содержащие зародышевую линию со встроенными остатками гистидина, полученные в соответствии с примером 2, конструировали и спаривали с различными тяжелыми цепями человека (обозначены 1-5), специфичными к рецептору клеточной поверхности человека, для анализа экспрессии в клетках СНО. Пять тяжелых цепей человека, специфичных к рецептору клеточной поверхности человека, которые были спарены с полученными из Vκ1-39 легкими цепями с заменами гистидинов, получали от мышей, которые содержат единственную реаранжированную легкую цепь человека (реаранжированную легкую цепь Vκ1-39/Jκ5 человека; смотрите US 2011/0195454 А1).
Иммуноферментный анализ (ELISA): секрецию антител из клеток СНО обнаруживали с помощью Fc ELISA для легких цепей с указанными модификациями гистидина с пятью различными тяжелыми цепями. Последовательности легких и тяжелых цепей (но без модификаций) получали на мышах, которые содержат единственную реаранжированную легкую цепь человека (например, реаранжированную легкую цепь Vκ1-39/Jκ5 человека, смотрите US 2011/0195454 A1). Захватывающим антителом было козье к IgG человека и обнаруживающим антителом было козье к HRP человека (Fc гамма-специфическое). Результаты показаны на фиг. 3. ULC + тяжелая: специфическая тяжелая цепь и немодифицированная производная от Vκ1-39 легкая цепь человека. Как показано на фиг. 3, экспрессию обнаруживали приблизительно у всех мутантов.
Иммуноблоттинг белка. Экспрессию в супернатантах клеток СНО спаренных антигенспецифических тяжелых цепей с легкими цепями со встроенным гистидином дополнительно анализировали с помощью вестерн-блоттинга. Образцы подвергали электрофорезу на 4-12% трис-глициновом геле. Результаты использования выбранной тяжелой цепи (тяжелой цепи 3) показаны на фиг. 4. ULC относится к реаранжированной полученной из Vκ1-39 легкой цепи человека (как описано выше).
Пример 2.3. Определение аффинности связывания легких цепей со встроенным гистидином
Равновесные константы диссоциации (KD), диссоциационные периоды полувыведения (t1/2) и другие кинетические параметры для выбранных супернатантов антител определяли с помощью SPR (поверхностного плазмонного резонанса) с использованием прибора BIACORE™ Т200 (GE Healthcare). Кинетики измеряли при рН 7,4 и при рН 5,75. Результаты показаны на фиг. 5А-5Е.
Числовые значения для свойств кинетики связывания (например, ka, kd, KD, t1/2 и т.д.) антител, связывающихся с иммуногеном при нейтральном значении рН (рН 7,4) и при кислом значении рН (рН 5,75), получали с использованием биосенсора поверхностного плазмонного резонанса в реальном времени (Biacore Т200). Сенсорный чип Biacore СМ5 получали с использованием мышиного антитела к Fc человека для захвата антител из супернатанта. Одну концентрацию (50 нм) иммуногена затем вносили на поверхность с захваченными антителами при скорости потока 30 мкл/мин. Ассоциацию антитело-антиген наблюдали в течение 2,5 минут, а затем наблюдали диссоциацию антигена от захваченного антитела в течение 8 минут. Константы скорости кинетической ассоциации (ka) и диссоциации (kd) определяли путем обработки и подгонки данных связывания 1:1 с массовой транспортной моделью с использованием программного обеспечения Biacore Т200 Evaluation версии 1.0. Равновесные константы диссоциации (KD) и диссоциационные периоды полувыведения (t1/2) рассчитывали из констант кинетической скорости как: KD (М)=kd/ka; и t1/2 (мин)=(ln2/(60*kd).
Как показано на фиг. 5 в анализе связывания антитела с рецептором клеточной поверхности, двое из пяти антител с общими легкими цепями с модифицированными гистидинами (CDR3 легких цепей Vκ1-39/Jκ5 с модифицированными гистидинами), которые были спарены с антигенспецифическими тяжелыми цепями человека, проявляли связывание с антигеном (например, с рецептором клеточной поверхности) с различными аффинностями при рН 7,4 и рН 5,75. Желательны антитела с модификациями гистидина, которые сохраняют связывание при рН 7,4, но проявляют сниженное связывание или не обнаруживаемое связывание при рН 5,75. Желательны антитела с модификацией гистидина, которые демонстрируют сниженный t1/2 при рН 5,75, по сравнению с рН 7,4.
Данные связывания антигена для трех антител, содержащих общие легкие цепи с модифицированным гистидином и три антигенспецифические тяжелые цепи (обозначенные 2, 3 и 6) при различных значениях рН суммировали дополнительно на фиг. 6. Эти антитела проявляли значительное падение в связывании антигена при рН 5,75, по сравнению с рН 7,4, о чем свидетельствует, например, сокращение в t1/2 или не обнаруженное связывание при рН 5,75.
Пример 3. Конструирование и характеристика генетически модифицированной мыши, содержащей универсальную легкую цепь Vκ1-39Jκ5 человека с заменами гистидина
Пример 3.1. Конструкция направленного вектора для встраивания остатков гистидина в реаранжированную вариабельную область легкой цепи человека
Генетически модифицированную мышь, содержащую реаранжированный ген легкой цепи человека, содержащий остатки гистидина, встроенные в область CDR легкой цепи человека, получали с помощью направленных векторов, полученных с помощью стандартных техник молекулярного клонирования, известных в настоящей области техники.
Кратко, различные реаранжированные направленные векторы легкой цепи зародышевой линии человека получают с использованием технологии VELOCIGENE® (смотрите, например, патент США №6586251 и Valenzuela et al. (2003) High-throughput engineering of the mouse genome coupled with high-resolution expression analysis, Nature Biotech. 21(6): 652-659) для модификации геномной ДНК бактериальной искусственной хромосомы (ВАС) мыши для включения единственной реаранжированной области легкой цепи зародышевой линии человека и вставляют в эндогенный локус легкой цепи κ, который был ранее модифицирован для удаления эндогенных генных сегментов вариабельных и соединяющих κ. Реаранжированную область легкой цепи зародышевой линии человека модифицировали в одном или нескольких положениях нуклеотидов в последовательности легкой цепи для кодирования остатков гистидина, которые обычно не присутствуют в соответствующих положениях в последовательности зародышевой линии. Направленные векторы электропорировали в мышиные эмбриональные стволовые (ES) клетки и подтверждали с использованием анализа количественной ПЦР (например, TAQMAN™).
В частности, стратегия для конструирования этих направленных векторов показана на фиг. 8А-8F. Плазмиду, используемую для производства направленного вектора для мыши с общей (универсальной) легкой цепью ("ULC мыши", описанной, например, в US 2011/0195454 A1), содержащего pBS + FRT-Ub-Hyg-FRT + лидер Vκ3-7 мыши + Vκ1-39Jκ5 человека, модифицировали с помощью сайт-направленного мутагенеза (QuickChange II Kit XL) для замещения Q105, Q106, Y108 и P111 или Q106, Y108 и Р111 остатками гистидина в области CDR3 с использованием праймеров сайт-направленного мутагенеза, показанных на фиг. 7 (смотрите фиг. 8А для этой стадии встраивания). Результирующие векторы (Н105/106/108/111 и Н106/108/111) дополнительно модифицировали и лигировали в вектор, содержащий константную область Igκ мыши, энхансеры мыши, плечо гомологии 3' мыши и кассету SPEC (фиг. 8В). Дополнительная модификация включала в себя лигацию в вектор, несущий плечо 5' мыши и содержащий кассету Frt-Ub-NEO-Frt (фиг. 8В). Результирующие нацеливающие векторы электропорировали в ЭС клетки, содержащие делецию вариабельного локуса Igκ мыши (содержащего вариабельные и соединяющие генные сегменты к) (фиг. 8C-8F).
Позитивные клоны ЭС клеток подтверждали с использованием модификации аллельного анализа (Valenzuela et al.) с использованием зондов, специфичных к сконструированной области легкой цепи Vκ1-39Jκ5, вставленных в эндогенный локус легкой цепи κ. Используемые в анализе праймеры и зонды представлены в таблице 1 ниже и представлены в списке последовательностей; места расположения зондов изображены на фиг. 8C-8F.
Кассету отбора NEO, введенную с помощью направленных конструктов, удаляли с помощью трансфекции ЭС клеток с плазмидой, которая экспрессирует FLP (фиг. 8С и 8Е). Необязательно, неомициновая кассета может быть удалена путем скрещивания с мышами, которые экспрессируют рекомбиназу FLP (например, US 6774279). Необязательно, неомициновая кассета сохраняется у мышей.
Описанные выше нацеленные ЭС клетки использовали в качестве доноров ЭС клеток и вводили в эмбрион мыши на стадии 8-клеток способом VELOCIMOUSE® (смотрите, например, патент США №7294754 и Poueymirou et al. (2007) F0 generation mice that are essentially fully derived from the donor gene-targeted ES cells allowing immediate phenotypic analyses Nature Biotech. 25(1): 91-99). VELOCIMICE® независимо несущие сконструированный ген легкой цепи человека, который содержит остатки гистидина, мутировавшие в одном или нескольких положениях по последовательности, получали из описанных выше нацеленных ЭС клеток.
Детенышей генотипировали и выбирали детенышей, гетерозиготных по сконструированным легким цепям человека с модифицированным гистидином, для характеристики экспрессии легкой цепи и связывающих возможностей экспрессированных антител. Праймеры и зонды для генотипирования мышей, специфически содержащих универсальный ген легкой цепи либо с тремя (H106/108/111; "1930"), либо с четырьмя (Н105/105/108/111; "1927") модификациями гистидина, перечислены в таблице 2 ниже и приведены в списке последовательностей. Мыши, содержащие модификацию гистидина в своих универсальных легких цепях, называются в настоящем документе как "HULC" мыши (мыши с гистидин-универсальными легкими цепями).
Пример 3.2. Анализ иммунного ответа на антиген у мышей с универсальными легкими цепями с заменами гистидина
Рецептор клеточной поверхности ("антиген А") использовали в качестве иммуногена для иммунизации мышей, которые были либо гетерозиготными по экспрессии заранее подготовленной легкой цепи каппа человека, использующей Vκ1-39 и Jκ5, который содержит 4 гистидиновые замены в CDR3 (далее "HULC 1927"), либо гетерозиготными по экспрессии заранее подготовленной легкой цепи каппа человека, использующей Vκ1-39 и Jκ5, который содержит 3 гистидиновые замены в CDR3 (далее "HULC 1930"), либо гомозиготных мышей WT. Предварительно иммунную сыворотку собирали у мышей до начала иммунизации. Иммуноген вводили для начальной примированной иммунизации в количестве 2,35 мкг белка, смешанного с 10 мкг олигонуклеотида CpG в качестве адьюванта (Invivogen) в объеме 25 мкл через подушечку лапы (FP). Впоследствии, мышей повторно иммунизировали тем же путем в количестве 2,35 мкг антигена А вместе с 10 мкг CpG и 25 мкг Adju-Phos (Brenntag) в качестве адъювантов на 3, 6, 11, 13, 17, 20 день для достижения в общей сложности шести повторных иммунизаций. У мышей брали кровь на 15 и 22 дни после четвертой и шестой повторной иммунизации, соответственно, и антисыворотку оценивали на титры антител с антигеном А.
Титры антител сыворотки против иммуногена определяли с использованием стандартного анализа ELISA. Для выполнения ELISA 96-луночные планшеты для микротитрования (Thermo Scientific) покрывали 2 мкг/мл антигена А в фосфатном буфере (PBS, Irvine Scientific) в течение ночи при 4°С. На следующий день планшеты отмывали фосфатным буфером, содержащим 0,05% Tween 20 (PBS-T, Sigma-Aldrich) четыре раза, используя прибор для мойки планшетов (Molecular Devices). Затем планшеты блокировали с помощью 250 мкл 0,5% бычьего сывороточного альбумина (BSA, Sigma-Aldrich) в PBS и инкубировали в течение 1 часа при комнатной температуре. Затем планшеты отмывали четыре раза в PBS-T. Сыворотки от иммунизированных мышей и предварительно иммунные сыворотки серийно разводили в три раза в 0,5% BSA PBS-T, начиная с 1:300 или 1:1000, добавляли к блокированным планшетам в двух экземплярах и инкубировали в течение 1 часа при комнатной температуре. Последние две лунки оставляли пустыми для использования в качестве вторичного антитела контроля (фоновый контроль). Планшеты снова отмывали четыре раза PBS-T в машине для мойки планшетов. Козье антитело к мышиному конъюгированному вторичному антителу IgG-Fc-пероксидаза хрена (HRP, Jackson Immunoresearch) затем добавляли в планшеты в разведении 1:5000/1:10000 и инкубировали в течение одного часа при комнатной температуре. Планшеты снова отмывали восемь раз PBS-T и развивали с использованием в качестве субстрата ТМВ/Н2О2. Субстрат инкубировали в течение двадцати минут, и реакцию останавливали с помощью 2 N серной кислоты (H2SO4, VWR, кат. # BDH3500-1) или 1 N фосфорной кислоты (JT Baker, кат. # 7664-38-2). Планшеты считывали на спектрофотометре (Victor, Perkin Elmer) при 450 нм. Титры антител рассчитывали с использованием программного обеспечения Graphpad PRISM.
Индуцированный у мышей к введенному иммуногену иммунный ответ представляли как титры антител, которые определяются как величина, обратная наибольшему разведению сыворотки, при котором антигенсвязывающая абсорбция в два раза выше фоновой. Таким образом, чем больше число, тем больше гуморальный иммунный ответ на иммуноген. Индуцированные к иммуногену титры антител были очень высокими как в обеих линиях HULC мышей, так и у мышей дикого типа, без наблюдаемых существенных различий среди линий (фиг. 9).
Пример 3.3. Получение чувствительных к рН моноклональных антител
Когда требуемый иммунный ответ на иммуноген достигал как в обеих линиях HULC мышей, так и у мышей дикого типа, спленоциты из каждой линии мышей собирали и сливали с клетками миеломы мыши, чтобы производить гибридомные клетки, которые позволяли расти в 96-луночных планшетах. После 10 дней роста супернатанты от каждой содержащей клетки гибридомы лунки подвергали скринингу с помощью иммуноген-специфического анализа ELISA для идентификации позитивных антигенсвязывающих образцов. Для ELISA 96-луночные планшеты для микротитрования покрывали 1 мкг/мл поликлональным антителом к myc (Novus Biologicals, #NB600-34) в течение ночи при 4°С для иммобилизации myc-меченого антигена с последующим блокированием раствором 0,5% (вес/объем) БСА в PBS. Планшеты отмывали, растворы антигена добавляли в планшеты в концентрации 1 мкг/мл и позволяли связаться с покрытым планшетом в течение 1 часа при комнатной температуре. Затем супернатанты от гибридомных клеток добавляли к лункам при разведении 1:50 и оставляли для связывания в течение 1 часа при комнатной температуре. Связавшие антитела планшеты детектировали с использованием поликлональных антител к IgG мыши, конъюгированных с HRP (Jackson Immunoresearch, #115-035-164). ТМВ субстраты добавляли к планшетам (BD Biosciences, # 51-2606KC/51-2607KC), и колориметрические сигналы разрабатывали в соответствии с рекомендованным производителем протоколом. Абсорбцию записывали при 450 нм на планшетном ридере Victor Wallac. Образцы положительных антигенов, определенные как характеризующиеся OD равным или более чем 0,5 (с базовым OD приблизительно 0,1) подвергали скринингу на аффинность с использованием биосенсора поверхностного плазмонного резонанса в режиме реального времени (Biacore 4000).
Записывали кинетические параметры связывания (например, ka, kd, KD, t1/2 и т.д.) антител, связывающихся с иммуногеном при нейтральном значении рН (рН 7,4) и при кислом значении рН (рН 6,0). Сенсорный чип Biacore СМ4 получали с использованием поликлонального козьего антитела к Fc мыши для захвата антител из супернатанта. Одну концентрацию (100 нм) иммуногена затем вносили на поверхность с захваченными антителами при скорости потока 30 мкл/мин. Ассоциацию антитело-антиген наблюдали в течение 1,5 минут, а затем диссоциацию антигена от захваченного антитела наблюдали в течение 2,5 мин. Константы скорости кинетической ассоциации (ka) и диссоциации (kd) определяли путем обработки и подгонки данных к связыванию 1:1 с массовой транспортной моделью с использованием программного обеспечения Biacore Т200 Evaluation версии 1.0. Равновесные константы диссоциации (KD) и диссоциационные периоды полувыведения (t1/2) рассчитывали из констант кинетической скорости как: KD (М)=kd/ka; и (мин)=ln2/(60*kd). Набор образцов, которые отображали сниженное связывание при рН 6,0, по сравнению с тем же при рН 7,4 (чувствительность к рН), а также набор контрольных образцов, которые не отображали никаких существенных изменений скорости между рН 7,4 и рН 6,0 (не чувствительные к рН контроли) выбирали для клонального производства. На фиг. 10 изображено сравнение числа всех положительных антигенов и числа положительных антигенов, отображающих чувствительное к рН связывание антигена от HULC и WT мышей.
Среди положительных антигенов сделали моноклональными 18 и 7 клонов, выделенных из двух гетерозиготных HULC 1927 мышей и двух HULC 1930, соответственно, и 1 клон от мыши WT. Супернатанты из моноклональных гибридом подвергали анализу скорости диссоциации антигена при нейтральном и низком значении рН (скорость диссоциации), и клеточные осадки использовали для секвенирования ДНК вариабельного домена легкой цепи.
Пример 3.4. Секвенирование и соматические гипермутации в области CDR3 мышей с основанными на Vκ1-39Jκ5 человека гистидин-универсальными легкими цепями
Осадки клеток из моноклональных гибридом из HULC мышей и мышей дикого типа использовали для секвенирования ДНК вариабельного домена легкой цепи. Из 26 клонов, сделанных моноклональными (пример 3.3 выше) и подвергнутых секвенированию, 15 были подтверждены как с использованием легких цепей либо HULC, либо WT мышей (ММ и NN, смотрите таблицу 4). 14 клонов были получены из HULC гетерозиготных мышей (1927 или 1930) и 1 был получен из мыши WT (00, смотрите таблицу 4).
Из 14 антиген положительных образцов, полученных из HULC гетерозиготных мышей, 12 моноклональных антител использовали их соответствующую легкую цепь HULC, в то время как 2 использовали легкую цепь мыши WT. Все, кроме одного использующего HULC антитела, сохраняли все введенные мутации гистидина, как показано в таблице 3 (антитела курсивом). Секвенирование клона АА производило 2 разных последовательности HULC, что отражается двумя записями в таблице 3.
Пример 3.5. Зависимое от рН связывание моноклональных антител, полученных от мышей с основанными на Vκ1-39Jκ5 человека гистидин-универсальными легкими цепями
Для дальнейшей оценки зависимых от рН характеристик связывания моноклональных антител, выделенных из HULC мышей и мышей дикого типа, проводили эксперименты по связыванию, в которых фаза ассоциации антитела/антигена наблюдалась при нейтральном значении рН, а фаза диссоциации антитела/антигена наблюдалась как при нейтральных, так и при кислых значениях рН.
Сенсорный чип Biacore СМ4 получали с использованием поликлонального кроличьего антитела к Fc мыши. Супернатанты моноклональных антител захватывали на поверхности сенсора Fc мыши. Две концентрации, 50 нм (в двух повторах) и 16,7 нМ, иммуногена вводили на поверхность с захваченными моноклональными антителами при скорости потока 30 мкл/мин. Ассоциацию антитело-антиген наблюдали при рН 7,4 в течение 4 минут, а затем диссоциацию антигена из захваченного моноклонального антитела наблюдали в течение 15 минут как при рН 7,4, так и 6,0. Константы скорости диссоциации (kd) определяли с помощью обработки и подгонки данных с использованием программного обеспечения подгонки кривой Scrubber версии 2.0 и они показаны в таблице 4. Диссоциационный период полувыведения (t1/2) рассчитывали из констант скорости диссоциации, как: t1/2 (мин)=(ln2/kd)/60 и они показаны в таблице 4. Сенсограммы, изображающие характеристики ассоциации/диссоциации нескольких антител, перечисленные в таблице 4 при различных условиях рН, показаны графически на фиг. 11. Отдельные линии в каждом графике представляют собой связывающие реакции при различных концентрациях соответствующих антител. Все эксперименты проводились при 25°С. Значения диссоциационных периодов полувыведения (t1/2) отмечены выше соответствующих сенсограмм. Реакция измеряется в RU.
Пример 4. Конструирование генетически модифицированной мыши, содержащей универсальную легую цепь Vκ3-20Jκ1 человека с заменами гистидина
Мышь, содержащую общую легкую цепь Vκ3-20Jκ1, получали, как описано, например, в заявке на патент США №13/022759, 13/093156, 13/412936 и 13/488628 (публикации №2011/0195454, 2012/0021409, 2012/0192300 и 2013/0045492, соответственно), а также в примере 1 выше. Аминокислотная последовательность зародышевой линии из вариабельного домена универсальной легкой цепи Vκ3-20Jκ1 представлена в SEQ ID NO: 59.
Гистидиновые замены вводили в направленный вектор универсальной легкой цепи Vκ3-20Jκ1, и получали мышей, используя подобную описанной выше в примере 3 стратегию для мышей с универсальными легкими цепями Vκ1-39Jκ5 с модифицированным гистидином (HULC 1927 и 1930).
Вкратце, стратегия для получения направленного вектора универсальной легкой цепи Vκ3-20Jκ1 с модификациями гистидина представлена на фиг. 14A-14D. Плазмиду, используемую для производства направленного вектора для общей (универсальной) легкой цепи мыши ("ULC мыши", описанной, например, в US 2011/0195454 A1), содержащего pBS + FRT-Ub-Hyg-FRT + лидер Vκ3-7 мыши + Vκ3-20Jκ1 человека, модифицировали с помощью сайт-направленного мутагенеза (QuickChange II Kit XL) для замещения Q105, Q106, Y107 и S109 или Q105, Q106 и S109 (смотрите выравнивание на фиг. 12) остатками гистидина в области CDR3 с использованием праймеров сайт-направленного мутагенеза, показанных на фиг. 13 (смотрите фиг. 14А для этой стадии встраивания). Полученные в результате векторы (Н105/106/107/109 и H105/106/109) дополнительно модифицировали и лигировали в вектор, содержащий константную область Igκ мыши, энхансеры мыши, плечо гомологии 3' мыши и кассету SPEC (фиг. 14В). Дополнительная модификация включала в себя лигацию в вектор, несущий плечо 5' мыши и содержащий кассету Frt-Ub-NEO-Frt (фиг. 14В). Полученные в результате направленные векторы электропорировали в ЭС клетки, содержащие делецию вариабельного локуса Igκ мыши (содержащего вариабельные и соединяющие генные сегменты κ) (фиг. 14C-14D).
Положительные клоны ЭС клеток подтверждали с использованием модификации аллельного анализа (Valenzuela et al.) с использованием зондов, специфических к сконструированной области легкой цепи Vκ3-20Jκ1, вставленной в эндогенный локус легкой цепи κ. Используемые в анализе праймеры и зонды представлены в таблице 5 ниже и представлены в списке последовательностей; места расположения зондов изображены на фиг. 14C-14D.
Кассету отбора NEO, введенную с помощью направленных конструктов, удаляли с помощью трансфекции ЭС клеток с плазмидой, которая экспрессирует FLP (фиг. 14С и 14D). Необязательно, неомициновая кассета может быть удалена путем скрещивания с мышами, которые экспрессируют рекомбиназу FLP (например, US 6774279). Необязательно, неомициновая кассета сохраняется у мышей.
Описанные выше нацеленные ЭС клетки использовали в качестве доноров ЭС клеток и вводили в эмбрион мыши на стадии 8-клеток способом VELOCIMOUSE® (смотрите, например, патент США №7294754 и Poueymirou et al. (2007) F0 generation mice that are essentially fully derived from the donor gene-targeted ES cells allowing immediate phenotypic analyses Nature Biotech. 25(1): 91-99. VELOCIMICE®, независимо несущие сконструированный ген легкой цепи человека, который содержит остатки гистидина, мутировавшие в одном или нескольких положениях по последовательности, получали из описанных выше нацеленных ЭС клеток.
Детенышей генотипировали и выбирали детенышей, гетерозиготных по сконструированным легким цепям человека с модифицированным гистидином, для характеристики экспрессии легкой цепи и связывающих возможностей экспрессированных антител. Праймеры и зонды для генотипирования мышей, специфически содержащих универсальный ген легкой цепи либо с тремя (Н105/106/109; "6183"), либо с четырьмя (H105/105/108/111; "6181") модификациями гистидина, перечислены в таблице 6 ниже и приведены в списке последовательностей. Мыши, содержащие модификацию гистидина в своих универсальных легких цепях, называются в настоящем документе как "HULC" мыши (мыши с гистидин-универсальными легкими цепями).
Мышей иммунизировали представляющим интерес антигеном и исследовали на способность производить антитела с зависимым от рН связыванием.
Пример 5. Скрещивание мышей, содержащих универсальные легкие цепи человека (HULC) с заменами гистидина
В этом примере описаны несколько других генетически модифицированных линий мышей, которые могут быть скрещены с любой из описанных в настоящем документе мышей с HULC человека для создания множественных генетически модифицированных линий мышей, несущих множественные генетически модифицированные локусы иммуноглобулинов.
Эндогенный нокаут Igλ (KO). Чтобы оптимизировать использование сконструированного локуса легкой цепи, любое из описанных выше HULC животных (например, содержащее универсальную легкую цепь с заменами гистидина Vκ1-39Jκ5 или Vκ3-20Jκ1) может быть скрещено с другой мышью, содержащей делецию в эндогенном локусе легкой цепи λ. Таким образом, полученное потомство будет экспрессировать в качестве единственной легкой цепи реаранжированную область легкой цепи зародышевой линии человека с заменами гистидина, как описано в примерах 3 и 4 выше. Скрещивание выполняется с помощью стандартных техник, признанных в настоящей области техники и, в качестве альтернативы, коммерческим заводчиком (например, Jackson Laboratory). Линии мышей, несущие сконструированный локус легкой цепи с заменами гистидина и делецию эндогенного локуса легкой цепи λ, подвергают скринингу на присутствие области уникальной легкой цепи и отсутствие эндогенных легких цепей λ мыши.
Гуманизированный эндогенный локус тяжелой цепи. Мышей, несущих сконструированный локус легкой цепи зародышевой линии человека с заменами гистидина (HULC мыши), скрещивают с мышами, которые содержат замещение эндогенного локуса вариабельного гена тяжелой цепи мыши локусом вариабельного гена тяжелой цепи человека (смотрите US 6596541 и US 8502018; VELOCIMMUNE® мышь, Regeneron Pharmaceuticals, Inc.). VELOCIMMUNE® мыши содержат геном, содержащий вариабельные области тяжелой цепи человека, функционально связанные с эндогенными локусами константной области мыши таким образом, что мышь продуцирует антитела, содержащие вариабельный домен тяжелой цепи человека и константную область тяжелой цепи мыши в ответ на антигенную стимуляцию.
Получают мышей, несущих замещение эндогенного локуса вариабельной области тяжелой цепи мыши на локус вариабельной области тяжелой цепи человека и единственную реаранжированную вариабельную область легкой цепи человека с заменами гистидина в эндогенном локусе легкой цепи κ. Получают обратные химерные антитела, содержащие соматически мутировавшие тяжелые цепи (вариабельный домен тяжелой цепи человека и CH мыши) с единственной легкой цепью человека с заменами гистидина (HULC, вариабельный домен легкой цепи человека и CL мыши) при иммунизации с представляющим интерес антигеном. Идентифицируют полученные у таких мышей зависимые от рН антитела человека с использованием выделения и скрининга антител способами, известными в настоящей области техники или описанными выше. Идентифицируют нуклеотидные последовательности вариабельных областей легкой и тяжелой цепей экспрессирующих антитела В-клеток, например, чувствительные к рН антитела, и получают полностью человеческие антитела путем слияния нуклеотидных последовательностей вариабельных областей легкой и тяжелой цепей с нуклеотидными последовательностями CH и CL человека, соответственно, в подходящей системе экспрессии.
Пример 6: Зависимое от рН связывание антител, произведенных в мышах, содержащих человеческие универсальные легкие цепи (HULC) с заменами гистидина и вариабельные домены тяжелых цепей человека
Мышей, несущих сконструированные Vκ1-39/Jκ5 ULC (1633) или Vκ1-39/Jκ5, содержащие либо 4 гистидиновые замены (HULC 1927) или 3 гистидиновые замены (HULC 1930), подвергали селекции до получения мышей, содержащих замещение эндогенного локуса вариабельной области тяжелой цепи мыши человеческим локусом вариабельной области (смотрите US 6596541 и US 8502018, мышь VELOCIMMUNE®, Regeneron Pharmaceuticals, Inc.). Получали мышей, гомозиготных как по локусу вариабельной области тяжелой цепи человека, так и по либо сконструированным ULC (обозначенным как "ULC 1633ho/human heavy ho"), Vκ1-39/Jκ5, содержащим 4 гистидиновые замены (обозначенные как "HULC 1927ho/human heavy ho"), либо Vκ1-39/Jκ5, содержащим 3 гистидиновые замены (обозначенные как "HULC 1930ho/human heavy ho").
Впоследствии, подвергнутых генной инженерии мышей, гомозиготных по модификациям описанных выше локусов, как в легкой, так и тяжелой цепи, использовали для иммунизации цитокиновым рецептором ("Антиген В"). Мышей с тремя ULC 1633ho/human heavy ho, семью HULC 1927ho/human heavy ho и шестью HULC 193Oho/human heavy ho использовали для иммунизации.
Мышей умерщвляли и собирали спленоциты. Эритроциты удаляли посредством лизиса с последующим осаждением собранных спленоцитов. Ресуспендированные спленоциты инкубировали с коктейлем реагентов, которые могут позволить идентификацию и выделение антигенположительных В-клеток. Клетки анализировали с помощью проточной цитометрии. Все IgG-положительные, IgM-отрицательные и антигенположительные В-клетки сортировали и помещали в отдельную лунку 384-луночного планшета. Отдельные В-клетки подвергали ПЦР для амплификации антигенспецифических вариабельных доменов тяжелой и легкой цепи. Амплифицированные вариабельные домены тяжелой и легкой цепей клонировали в векторы антител, содержащие константную область тяжелой цепи IgG1 человека и константную область легкой цепи IgG1 человека, соответственно. Очищенные рекомбинантные плазмиды, содержащие вариабельную последовательность тяжелой и легкой цепи из той же В-клетки совместно трансфицировали и экспрессировали в линии клеток-хозяев СНО.
Экспрессированные антитела подвергали скринингу на аффинность с использованием биосенсора поверхностного плазмонного резонанса в режиме реального времени (Biacore 4000). Записывали кинетические параметры связывания (например, ka, kd, KD, и т.п.) для связывания антитела с иммуногеном при нейтральном значении рН (рН 7,4) и при кислом значении рН (рН 6,0). Сенсорный чип Biacore СМ4 дериватизировали с мышиным моноклональным антителом к Fc человека, чтобы захватить антитела из надосадочной жидкости. Одну концентрацию (100 нМ) иммуногена затем впрыскивали на поверхность с захваченными антителами при скорости потока 30 мкл/мин. Ассоциацию антитело-антиген контролировали в течение 1,5 мин, а затем диссоциацию антигена от захваченного антитела контролировали в течение 2,5 мин. Кинетические константы скорости ассоциации (ka) и диссоциации (kd) определяли путем обработки и подгонки данных связывания 1:1 с моделью массопереноса с использованием программного обеспечения Biacore 4000 Evaluation версии 1.0. Равновесные константы диссоциации (KD) и диссоциационный период полураспада (t1/2) рассчитывали из кинетических констант скоростей, как: KD (М)=kd/ka и t1/2 (мин)=ln2/(60*kd).
Связующие Biacore определяли как любые антитела, которые характеризуются измеримой KD. Зависимое от рН связующее в этом эксперименте определяли как любое антитело, которое характеризуется отношением при рН 7,4 к t1/2 при рН 6,0, составляющим более чем приблизительно 2.
Как показано в таблице 7 ниже наблюдалось 2-3-кратное увеличение в процентном отношении антител, которые отображали зависимое от рН связывание антигена в HULC 1927 и 1930 мышах, по сравнению с 1633 ULC мышами.
Пример 7: Создание и анализ мышей, содержащих два сегмента V человека
Пример 7.1: Построение направленного вектора для получения мышей, которые содержат два сегмента V человека
Создавали два сконструированных локуса легкой цепи, содержащих два генных сегмента Vκ человека (например, генный сегмент Vκ1-39 человека и Vκ3-20 человека) (фиг. 16В). Один сконструированный локус легкой цепи содержал два генных сегмента Vκ человека и пять генных сегментов Jκ человека в нереаранжированной конфигурации (DLC-5J). Второй сконструированный локус легкой цепи содержал два генных сегмента Vκ человека и один генный сегмент Jκ человека в нереаранжированной конфигурации (DLC-1J). Для каждого из двух дополнительных сконструированных локусов легкой цепи, генные сегменты человека фланкировали 3' с сигнальными последовательностями рекомбинации, чтобы обеспечить реаранжировку in vivo генных сегментов человека в В-клетках.
Конструирование и получение мышей DLC-1J. Стадии конструирования, которые приводят к получению локуса легкой цепи, содержащего два генных сегмента Vκ человека (Vκ1-39 и Vκ3-20) и один генный сегмент Jκ человека (Jκ5), иначе называмого как DLC-1J, изображены на фиг. 17. В частности, последовательности Vκ1-39 и Vκ3-20 человека амплифицировали с помощью ПЦР из шаблонов ВАС (Invitrogen), и вместе с амплифицированной последовательностью, содержащей последовательность сигнала рекомбинации (rss) и сегмент Jκ5 человека, клонировали с помощью четырехэтапного лигирования в плазмиду, содержащую UB-гигромициновую кассету отбора (фиг. 17а). 5' и 3' плечи прикрепляли, как изображено на фиг. 17В и 17С.
Полученный в результате направленный конструкт изображен на фиг. 16В (нижняя диаграмма, DLC-1J) с последовательностями сигнала рекомбинации (RSS) в незакрашенных овалах. Модифицированный клон ДНК ВАС сконструированного локуса легкой цепи DLC-1J, функционально связанный с последовательностями мыши (т.е. последовательностями выше и ниже относительно эндогенного локуса легкой цепи κ иммуноглобулина), подтверждали посредством ПЦР с использованием праймеров, расположенных на последовательностях в сконструированном локусе легкой цепи, содержащем два генных сегмента Vκ человека, с последующей электропорацией в ЭС клетки, содержащие делецию вариабельного локуса Igκ мыши (содержащего вариабельный к и соединяющий генные сегменты) (фиг. 17D), чтобы создать мышь, которая экспрессирует один из двух генных сегментов Vκ человека. Положительные клоны ЭС клеток, которые содержали сконструированный локус легкой цепи DLC-1J, подтверждали посредством скрининга TAQMAN™ и кариотипирования с использованием зондов, специфических к сконструированному локусу легкой цепи DLC-1J. Последовательности праймеров и зондов, используемые для скрининга ЭС клеток DLC-1J, приведены в таблице 8 ниже и включены в перечень последовательностей.
Подтвержденные ЭС клеточные клоны затем использовали для имплантации самкам мышей для получения помета детенышей, содержащих локус легкой цепи DLC-1J и экспрессирующих вариабельный домен легкой цепи человека, слитый с доменом Сκ мыши. Последовательности праймеров и зондов, используемые для генотипирования детенышей, приведены в таблице 8 выше. Последовательность сконструированного локуса DLC-1J, включающая в себя приблизительно 100 нуклеотидов последовательности мыши выше и ниже относительно хода транскрипции от вставленной сконструированной последовательности, показана на фиг. 18 и представлена в SEQ ID NO: 82.
ЭС клетки, несущие сконструированный локус легкой цепи, могут быть трансфицированы с конструктом, который экспрессирует FLP для того, чтобы удалить фланкированную FRT неомициновую кассету, введенную посредством направленного конструкта (смотрите фиг. 17Е). Необязательно, неомициновую кассету удаляют путем селекции мышей, которые экспрессируют FLP рекомбиназу (например, US 6774279). Необязательно, неомициновая кассета сохраняется у мышей.
Конструирование и получение мышей DLC-5J. Для создания локуса легкой цепи, содержащего два генных сегмента Vκ человека (Vκ1-39 и Vκ3-20) и пять генных сегментов Jκ человека (Jκ1, Jκ2, Jκ3, Jκ4 и Jκ5), иначе называемого как DLC-5J, амплифицированную последовательности размером 2000 пар оснований, содержащую все 5 Jκ человека, лигировали в вектор, содержащий два генных сегмента Vκ человека и один Jκ человека, изображенный на фиг. 17В (посередине) (смотрите фиг. 19А). Последующие стадии конструирования включали в себя присоединение 3' и 5' плечей, как показано на фиг. 19В.
Полученный в результате направленный конструкт изображен на фиг. 16В (верхняя диаграмма, DLC-5J) с последовательностями сигнала рекомбинации (RSS) в незакрашенных овалах. Модифицированный клон ДНК ВАС сконструированного локуса легкой цепи DLC-5J, функционально связанный с последовательностями мыши (т.е. последовательностями выше и ниже относительно эндогенного локуса легкой цепи κ иммуноглобулина), подтверждали посредством ПЦР с использованием праймеров, расположенных на последовательностях в сконструированном локусе легкой цепи, содержащем два генных сегмента Vκ человека, с последующей электропорацией в ЭС клетки, содержащие делецию вариабельного локуса Igκ мыши (содержащего вариабельный κ и соединяющий генные сегменты) (фиг. 19С), чтобы создать мышь, которая экспрессирует один из двух генных сегментов Vκ человека. Положительные клоны ЭС клеток, которые содержали сконструированный локус легкой цепи DLC-5J, подтверждали посредством скрининга TAQMAN™ и кариотипирования с использованием зондов, специфичных к сконструированному локусу легкой цепи DLC-5J. Последовательности праймеров и зондов, используемых для скрининга ЭС клеток DLC-1J, приведены в таблице 9 ниже, и они включены в перечень последовательностей.
Подтвержденные ЭС клеточные клоны затем использовали для имплантации самкам мышей для получения помета детенышей, содержащих локус легкой цепи DLC-5J и экспрессирующих вариабельный домен легкой цепи человека, слитый с доменом Сκ мыши. Последовательности праймеров и зондов, используемые для генотипирования детенышей, приведены в таблице 9 выше. Последовательность сконструированного локуса DLC-1J, включающая в себя приблизительно 100 нуклеотидов последовательности мыши выше и ниже относительно хода транскрипции от вставленной сконструированной последовательности, показана на фиг. 20 и представлена в SEQ ID NO: 83.
ЭС клетки, несущие сконструированный локус легкой цепи, могут быть трансфицированы с конструктом, который экспрессирует FLP, чтобы удалить фланкированную FRT неомициновую кассету, введенную с помощью направленного конструкта (смотрите фиг. 19D). Необязательно, неомициновую кассету удаляют путем селекции мышей, которые экспрессируют FLP рекомбиназу (например, патент США №6774279). Необязательно, неомициновую кассету сохраняют у мышей.
Пример 7.2: Характеристика мышей, которые содержат два сегмента V человека
Проточная цитометрия. Популяции В-клеток и развитие В-клеток у DLC мышей подтверждали с помощью анализа проточной цитометрией препаратов спленоцитов и костного мозга. Клеточные суспензии от мышей, гомозиготных по двум генным сегментам Vκ человека и пяти генным сегментам Jκ человека (n=4), мышей, гомозиготных по двум генным сегментам Vκ человека и одному генному сегменту Jκ человека (n=4), и мышей дикого типа (n=4) получали с использованием стандартных способов и окрашивали флуоресцентно мечеными антителами.
Вкратце, 1×106 клеток инкубировали с антителом к мышиному CD16/CD32 (клон 2.4G2, BD Pharmigen) на льду в течение 10 минут, после чего производили мечение со следующим коктейлем антител в течение 30 минут на льду: конъюгированным с АРС-Н7 антителом к мышиному CD19 (клон 1D3, BD Pharmigen), конъюгированным с Pacific Blue антителом к мышиному CD3 (клон 17А2, BioLegend), конъюгированным с FITC антителом к мышиному Igκ (клон 187,1, BD Pharmigen) или антителом к мышиному CD43 (клон 1В11, BioLegend), конъюгированным с РЕ антителом к мышиному Igλ (клон RML-42, BioLegend) или антителом к мышиному c-kit (клон 2В8, BioLegend), конъюгированным с PerCP-Cy5.5 антителом к мышиному IgD (BioLegend), конъюгированным с РЕ-Cy7 антителом к мышиному IgM (клон II/41, eBioscience), конъюгированным с АРС антителом к мышиному В220 (клон RA3-6B2, eBioscience). После окрашивания клетки промывали и фиксировали в 2% формальдегиде. Сбор данных выполняли на проточном цитометре LSRII и анализировали с помощью FlowJo (Tree Star, Inc.). Гейтирование: все В-клетки (CD19+CD3-), Igκ+ В-клетки (Igκ+Igλ-CD19+CD3-), Igλ+ В-клетки (Igκ-Igλ+CD19+CD3-). Результаты для компартмента костного мозга показаны на фиг. 21А-23В. Результаты по компартменту селезенки показаны на фиг. 24А27.
Как показано в этом примере, мыши DLC-5J демонстрируют нормальные популяции В-клеток в пределах компартментов селезенки и костного мозга (фиг. 21А-27). Мыши DLC-5J продемонстрировали популяции незрелых, зрелых и пре/про-В-клеток в компартменте костного мозга, которые по существу такие же, как наблюдались у однопометников дикого типа. В самом деле, локус DLC-5J был способен конкурировать с эндогенным локусом легкой цепи λ с образованием соотношения κ : λ, которое по существу такое же, как наблюдали у мышей дикого типа (фиг. 25В). Кроме того, мыши DLC-5J демонстрируют нормальное развитие периферических В-клеток, поскольку прогрессирование В-клеток через различные стадии в компартменте селезенки (например, незрелые, зрелые, T1, Т2 Т3, предшественники маргинальной зоны, маргинальной зоны, фолликулярные-I, фолликулярные-II и т.д.) происходит таким образом, который по существу такой же, как наблюдался у мышей дикого типа (фиг 26А-27). Напротив, мыши DLC-1J продемонстрировала низкое общее количество В-клеток и повышенную частоту использования легкой цепи λ, по сравнению со сконструированной легкой цепью κ (данные не показаны).
Экспрессия двойной легкой цепи. Экспрессию обоих генных сегментов Vκ человека анализировали в гомозиготных мышах с использованием анализа количественной ПЦР. Вкратце, CD19+ В-клетки очищали из костного мозга и целых селезенок мышей дикого типа, мышей, гомозиготных по замещению вариабельных локусов тяжелой цепи и легкой цепи κ мыши соответствующими вариабельными локусами тяжелой цепи и легкой цепи κ человека (Нκ), а также мышей, гомозиготных по сконструированным локусам легкой цепи κ, содержащим два генных сегмента Vκ человека и либо пять генных сегментов Jκ человека (DLC-5J), либо один генный сегмент Jκ человека (DLC-1J). Относительную экспрессию нормировали к экспрессии области Сκ мыши (n=3-5 мышей на группу). Результаты показаны на фиг. 28 и фиг. 29.
Экспрессию легких цепей, содержащих реаранжированный генный сегмент Vκ3-20 человека или генный сегмент Vκ1-39 человека, обнаруживали, как в костном мозге, так и в селезенке мышей DLC-5J и DLC-1J (фиг. 28 и фиг. 29). В компартменте костного мозга экспрессия как полученных из Vκ3-20 человека, так и полученных из Vκ1-39 человека легких цепей в обеих линиях DLC мышей была значительно выше, по сравнению с мышами, содержащими замещение генного сегмента Vκ и Jκ мыши соответствующими генными сегментами Vκ и Jκ человека (Нκ; фиг. 28). Наблюдаемая экспрессия полученной из Vκ3-20 легкой цепи человека превышала от приблизительно шести раз (DLC-5J) до пятнадцати раз (DLC-1J) таковую у мышей Нκ. DLC-1J мыши показали экспрессию полученных из Vκ3-20 легких цепей человека приблизительно в два раза более высокую, чем мыши DLC-5J, в компартменте костного мозга. Наблюдаемая экспрессия полученной из Vκ1-39 легкой цепи человека превышала от приблизительно шести раз (DLC-5J) до тринадцати раз (DLC-1J) таковую у мышей Нκ. DLC-1J мыши показали экспрессию полученных из Vκ1-39 легких цепей человека приблизительно в два раза более высокую, чем мыши DLC-5J, в компартменте костного мозга.
В компартменте селезенки экспрессия как полученных из Vκ3-20, так и полученных из Vκ1-39 легких цепей человека в обеих линиях DLC мышей была значительно выше, по сравнению с мышами Нκ (фиг. 29). Наблюдаемая экспрессия полученных из Vκ3-20 легких цепей человека приблизительно от четырех раз (DLC-5J) до восьми раз (DLC-1J) превышала таковую у мышей Нκ. DLC-1J мыши показали экспрессию полученных из Vκ3-20 легких цепей человека приблизительно в два раза более высокую, чем мыши DLC-5J, в компартменте селезенки. Наблюдаемая экспрессия полученных из Vκ1-39 легких цепей человека приблизительно от четырех раз (DLC-5J) до пяти раз (DLC-1J) превышала таковую у мышей Нκ. DLC-1J мыши показали аналогичную экспрессию полученных из Vκ1-39 легких цепей человека, по сравнению с DLC-5J мышами, в компартменте селезенки.
Частота использования VL/JL человека у DLC-5J мышей. Мышей, гомозиготных по двум нереаранжированным генным сегментам Vκ человека и пяти нереаранжированным генным сегментам Jκ человека (DLC-5J), анализировали на частоту использования генного сегмента Vκ/Jκ человека в В-клетках селезенки с помощью полимеразной цепной реакции с обратной транскриптазой (ОТ-ПЦР).
Вкратце, селезенки от гомозиготных DLC-5J мышей (n=3) и мышей дикого типа (n=2) собирали и сливали в 10 мл RPMI 1640 (Sigma), содержащем 10% инактивированную нагреванием фетальную бычью сыворотку, с использованием матовых стекол, чтобы создать отдельные клеточные суспензии. Спленоциты осаждали на центрифуге (1200 оборотов в минуту в течение пяти минут) и эритроциты крови лизировали в 5 мл лизирующего буфера АСК (GIBCO) в течение трех минут. Спленоциты разбавляли PBS (Irvine Scientific), фильтровали через клеточный фильтр 0,7 мкм и снова центрифугировали для осаждения клеток, после чего проводили ресуспендирование в 1 мл PBS.
РНК выделяли из осажденных спленоцитов с использованием мининабора ДНК/РНК AllPrep (Qiagen) в соответствии с требованиями производителя. ОТ-ПЦР проводили на РНК спленоцитов с использованием 5' системы RACE (быстрая амплификация концов кДНК) с праймерами, специфическими к гену Сκ мыши, в соответствии с инструкциями производителя (Invitrogen). Праймеры, специфические для гена Сκ мыши представляли собой 3' mIgκC RACE1 (AAGAAGCACA CGACTGAGGC AC; SEQ ID NO: 90) и mIgκC3'-1 (CTCACTGGAT GGTGGGAAGA TGGA; SEQ ID NO: 91). ПЦР-продукты очищали на геле и клонировали в вектор pCR®2.1-TOPO® (ТОРО® ТА Cloning® Kit, Invitrogen) и секвенировали с прямым М13 (GTAAAACGAC GGCCAG; SEQ ID NO: 92) и обратным М13 (CAGGAAACAG CTATGAC; SEQ ID NO: 93) праймерами, расположенными в векторе в местах, фланкирующих сайт клонирования. Секвенировали десять клонов из каждого образца селезенки. Последовательности сравнивали с мышиными и человеческими наборами иммуноглобулинов из набора эталонных IMGT/V-QUEST для определения частоты использования Vκ/Jκ. В таблице 10 представлены комбинации Vκ/Jκ для выбранных клонов, наблюдаемых в клонах ОТ-ПЦР из каждого образца спленоцитов. В таблице 11 представлена аминокислотная последовательность соединений человеческого Vκ/человеческого Jκ и человеческого Jκ/мышиного Сκ выбранных клонов ОТ-ПЦР из DLC-5J гомозиготных мышей. Строчные буквы указывают на мутации в аминокислотной последовательности вариабельной области или нешаблонных добавлениях, представляющих собой результат N и/или Р добавлений при рекомбинации.
Как показано в этом примере, мыши, гомозиготные по двум нереаранжированным генным сегментам Vκ человека и пяти нереаранжированным генным сегментам Jκ человека (DLC-5J), функционально связанными с мышиным геном Сκ, способны продуктивно рекомбинировать оба генных сегмента Vκ человека с несколькими генными сегментами Jκ человека, чтобы производить ограниченный репертуар легких цепей иммуноглобулина. Среди реаранжировок в DLC-5J гомозиготной мыши, представленной в таблице 10, уникальные реаранжировки Vκ/Jκ человека наблюдались для Vκ1-39/Jκ2 (1), Vκ1-39/Jκ3 (1), Vκ3-20/Jκ1 (7), Vκ3-20/Jκ2 (4) и Vκ3-20/Jκ3 (1). Кроме того, такие уникальные реаранжировки демонстрировали соединительное разнообразие благодаря наличию уникальных аминокислот в области CDR3 легкой цепи (таблица 11) в результате или мутации и/или рекомбинации генных сегментов Vκ и Jκ человека в процессе развития. Все реаранжировки показали функциональное прочитывание в Сκ мыши (таблица 11).
Взятые вместе, эти данные показывают, что мыши, сконструированные, чтобы представлять выбор не более двух генных сегментов VL человека, оба из которых способны к реаранжировке (например, с одним или несколькими и, согласно некоторым вариантам осуществления, до пяти генных сегментов JL человека) и кодированию домена VL человека легкой цепи иммуноглобулина, характеризуются количествами и развитием В-клеток, которые почти такие же, как у мышей дикого типа во всех аспектах. Такие мыши производят сбор антител, содержащих легкие цепи иммуноглобулинов, которые содержат один из двух возможных генных сегментов VL человека, присутствующих в наборе. Этот набор антител производится мышью в ответ на сенсибилизацию антигеном и связан с разнообразием обратных химерных (человеческих вариабельных/мышиных константных) тяжелых цепей.
Пример 8: Получение и определение характеристик мышей, содержащих две легкие цепи человека с заменами гистидина
Пример 8.1: Конструирование и получение мышей, содержащих два сегмента V каппа, каждый из которых содержит четыре замены гистидина
Замены гистидина вводили в локус двойной легкой цепи, как описано выше для Vκ1-39 и Vκ3-20 ULC мышей. Вкратце, последовательность DLC, изображенную на фиг. 19А (внизу), подвергали сайт-направленному мутагенезу, сначала модифицируя последовательность Vκ1-39, а затем модифицируя последовательность Vκ3-20, с использованием праймеров, изображенных на фиг. 30. Полученная в результате последовательность двойной легкой цепи содержала сегмент Vκ1-39 с гистидинами, введенными в последовательность зародышевой линии в положениях 105, 106, 108 и 111, сегмент Vκ3-20 с гистидинами, введенными в последовательность зародышевой линии в положениях 105, 106, 107 и 109, а также все пять сегментов Jκ (Jκ1, Jκ2, Jκ3, Jκ4 и Jκ5). Последующая стадия конструирования предусматривала прикрепление 5' плеча, несущего кассету FRT-UB-NEO-FRT, и 3' плеча, несущего энхансеры Igκ мыши и константную область. Этот направленный вектор подвергали электропорации в ЭС клетки, содержащие удаление вариабельного локуса Igκ мыши (содержащего вариабельные и соединительные генные сегменты κ), как показано на фиг. 31А (сигнальные последовательности рекомбинации, RSS, опущены на этой фигуре). Нацеленные ЭС клетки подвергали скринингу с помощью описанного выше анализа модификации аллелей с использованием праймеров и зондов, которые обнаруживали области, описанные выше в таблицах 1, 5, 8 и 9 (в частности, 1633h2, 1635h2, neo, Jxn 1-39/3-20, mIgKd2 и mIgKp15), а также два дополнительных набора праймеров и зондов, перечисленных в таблице 12, приведенной ниже. Последовательности этих двух дополнительных наборов праймеров и зондов включены в перечень последовательностей.
Подтвержденные ЭС клеточные клоны затем использовали для имплантации самкам мышей для получения помета детенышей, содержащих локус легкой цепи DLC-5J с четырьмя модификациями гистидина на каждой из двух присутствующих последовательностей сегмента VL и экспрессирующих вариабельный домен легкой цепи человека, слитый с доменом Сκ мыши. Некоторые из тех же самых последовательностей, которые используются для скрининга ЭС клеток, также используются для генотипирования детенышей.
ЭС клетки, несущие сконструированный локус легкой цепи, могут быть трансфицированы с конструктом, который экспрессирует FLP (например, FLPo), чтобы удалить фланкированную FRT неомициновую кассету, введенную с помощью направленного конструкта (смотрите фиг. 31В, RSS опущены на этой фигуре). Необязательно, неомициновую кассету удаляют путем селекции мышей, которые экспрессируют FLP рекомбиназу (например, патент США №6774279). Необязательно, неомициновую кассету сохраняют у мышей.
Пример 8.2: Конструирование и получение мышей, содержащих два сегмента каппа V, каждый из которых содержит три замены гистидина
Три замены гистидина вводили в каждый Vκ1-39 и Vκ3-20 мышей с двойной легкой цепью. Вкратце, последовательность DLC, изображенную на фиг. 19А (внизу), подвергали сайт-направленному мутагенезу, сначала модифицируя последовательность Vκ1-39, а затем модифицируя последовательность Vκ3-20, с использованием праймеров, изображенных на фиг. 32. Полученная в результате последовательность двойной легкой цепи содержала сегмент Vκ1-39 с гистидинами, введенными в последовательность зародышевой линии в положениях 106, 108 и 111, сегмент Vκ3-20 с гистидинами, введенными в последовательность зародышевой линии в положениях 105, 106 и 109, а также все пять сегментов Jκ (Jκ1, Jκ2, Jκ3, Jκ4 и Jκ5). Последующая стадия конструирования предусматривала прикрепление 5' плеча, несущего кассету FRT-UB-NEO-FRT, и 3' плеча, несущего энхансеры Igκ мыши и константную область. Этот направленный вектор подвергали электропорации в ЭС клетки, содержащие удаление вариабельного локуса Igκ мыши (содержащего κ вариабельные и соединительные генные сегменты), как показано на фиг. 33А (RSS, опущены на этой фигуре). Нацеленные ЭС клетки подвергали скринингу с помощью описанного выше анализа модификации аллелей с использованием праймеров и зондов, которые обнаруживали области, описанные выше в таблицах 1, 5, 8 и 9 (в частности, 1633h2, 1635h2, neo, Jxn 1-39/3-20, mIgKd2 и mIgKp15), а также два дополнительных набора праймеров и зондов, перечисленных в таблице 13, приведенной ниже. Последовательности этих двух дополнительных наборов праймеров и зондов включены в перечень последовательностей.
Подтвержденные ЭС клеточные клоны затем использовали для имплантации самкам мышей для получения помета детенышей, содержащих локус легкой цепи DLC-5J с четырьмя модификациями гистидина на каждой из двух присутствующих последовательностей сегмента VL, и экспрессирующих вариабельный домен легкой цепи человека, слитый с доменом Сκ мыши. Некоторые из тех же самых последовательностей, которые используются для скрининга ЭС клеток, также используются для генотипирования детенышей.
ЭС клетки, несущие сконструированный локус легкой цепи, могут быть трансфицированы с конструктом, который экспрессирует FLP (например, FLPo), чтобы удалить фланкированную FRT неомициновую кассету, введенную с помощью направленного конструкта (смотрите фиг. 33В, RSS опущены на этой фигуре). Необязательно, неомициновую кассету удаляют путем селекции мышей, которые экспрессируют FLP рекомбиназу (например, патент США №6774279). Необязательно, неомициновую кассету сохраняют у мышей.
Пример 8.3: Разведение мышей, содержащих двойные легкие цепи человека с заменами гистидина
Мышей, несущих сконструированный локус двойной легкой цепи человека с заменами гистидина, скрещивали с мышами, которые содержат делецию эндогенного локуса легкой цепи λ, чтобы получить потомство, которое экспрессирует, в качетсве их только легких цепей, полученные сконструированные легкие цепи с заменами гистидина, происходящими от локуса двойной легкой цепи.
Мышей, несущих сконструированный локус двойной легкой цепи человека с заменами гистидина, скрещивали с мышами, которые содержат замещение эндогенного вариабельного локуса тяжелой цепи мыши вариабельным локусом тяжелой цепи человека (смотрите US 6596541 и US 8502018, мышь VELOCIMMUNE®, Regeneron Pharmaceuticals, Inc.).
Подобные описанным в настоящем документе скрещивания производятся для мышей с двойными легкими цепями, описанными в примере 7 выше.
Дополнительные подробности этих способов селекции и получения полностью человеческих антител из вариабельных областей легких и тяжелых цепей человека, описаны в примере 5 выше.
Пример 8.4: Обнаружение модификаций гистидина в легких цепях иммуноглобулинов, полученных от мышей, содержащих два сегментов V каппа, каждый из которых содержит три замены гистидина
Ампликоны V каппа из мРНК В-клеток селезенки получали с использованием ПЦР с обратной транскриптазой (ОТ-ПЦР) и высокопроизводительного скрининга.
Вкратце, селезенки от пяти гетерозиготных мышей, содержащих два сегмента V каппа (Vκ1-39 и Vκ3-20), каждый из которых содержит три гистидиновые замены (мышей, чей локус каппа изображен на фиг. 33) и эндогенные тяжелые цепи мыши, собирали и гомогенизировали в 1×PBS (Gibco) с использованием стеклянных слайдов. Клетки осаждали в центрифуге (с ускорением 500 g в течение 5 минут), а эритроциты лизировали в буфера для лизиса АСК (Gibco) в течение 3-х минут. Клетки промывали 1-кратно PBS и фильтровали с использованием сетчатого фильтра для клеток 0,7 мкм. В-клетки выделяли из клеток селезенки с использованием магнитной положительной сепарации MACS для CD19 (Miltenyi Biotec). Общую РНК выделяли из осажденных В-клеток с использованием набора RNeasy Plus (Qiagen). Поли А + мРНК выделяли из общей РНК с использованием мини-набора Oligotex прямой мРНК (Qiagen).
Двухцепочечную кДНК получали из мРНК В-клеток селезенки с помощью 5' RACE с использованием набора синтеза кДНК SMARTer Pico (Clontech). Обратную транскриптазу и дНТФ Clontech заменяли Superscript II и дНТФ от Invitrogen. Репертуары легких цепей иммуноглобулина амплифицировали из кДНК с использованием праймера, специфического для константной области IgK и праймера 5' RACE SMARTer (таблица 14). ПЦР-продукты очищали с использованием набора для очистки ПЦР QIAquick (Qiagen). Второй раунд ПЦР осуществляли с использованием того же праймера 5' RACE и вложенного праймера 3', специфического к константной области IgK (таблица 15). Продукты второго раунда ПЦР очищали с использованием системы SizeSelect E-gel (Invitrogen). Третью ПЦР проводили с использованием праймеров, которые добавили 454 адаптеров и штрихкоды. Продукты третьего раунда ПЦР очищали с использованием гранул Agencourt AMPure ХР. Очищенные продукты ПЦР количественно определяли с помощью SYBR-кПЦР с использованием набора для количественной оценки библиотек KAPA (KAPA Biosystems). Обобщенные библиотеки подвергали эмульсионной ПЦР (emPCR) с использованием набора 454 GS Junior Titanium Series Lib-A emPCR (Roche Diagnostics) и двунаправленного секвенирования с использованием прибора Roche 454 GS Junior в соответствии с протоколами производителя.
Для биоинформационного анализа 454 прочтений последовательностей сортировали на основании идеального соответствия штрих-кода образца и поправляли по качеству. Последовательности аннотировали на основании выравнивания реаранжированных последовательностей Ig к базе данных сегментов V и J зародышевой линии человека с использованием локальной установки igblast (NCBI, v2.2.25+). Последовательность отмечали как неоднозначную и удаляли из анализа, когда обнаруживали несколько лучших хитов с одинаковыми баллами. Набор скриптов Perl разрабатывали для анализа результатов и сохранения данных в базе данных mysql. Область CDR3 легкой цепи каппа определяли между консервативным кодоном С и мотивом FGXG.
На фиг. 34 представлены выравнивания аминокислотной последовательности, кодируемой последовательностью IGKV3-20 (фиг. 34А) или IGKV1-39 (фиг. 34В) зародышевой линии человека с аминокислотными трансляциями иллюстративных последовательностей Vκ, полученных из продуктивно реаранжированных антител, полученных у мышей, содержащих DLC-5J с модификациями гистидина (содержащий вариабельный локус легкой цепи, содержащий генные сегменты Vκ1-39 и Vκ3-20, каждый сегмент с тремя модификациями гистидина, как описано выше). Риды последовательностей показали, что большинство продуктивно реаранжированных легких цепей сохраняли по меньшей мере один гистидин, внесенный в CDR3 зародышевой линии. В некоторых случаях, в большинстве всех продуктивно реаранжированных легких цепей человека, содержащих последовательность Vκ3-20, которая сохраняет по меньшей мере один остаток гистидина, все три модификации гистидина, помещенные в CDR3 зародышевой линии, сохраняются (смотрите фиг. 34А). В некоторых случаях в продуктивно реаранжированных легких цепях человека, содержащих последовательность Vκ1-39, которые сохраняют по меньшей мере один остаток гистидина, приблизительно 50% легких цепей сохраняют все три гистидина, помещенных в CDR3 зародышевой линии (смотрите фиг. 34В, верхнее выравнивание), в то время как приблизительно 50% легких цепей сохраняют два из трех гистидинов, помещенных в CDR3 зародышевой линии (смотрите фиг. 34В, нижнее выравнивание). В некоторых случаях гистидины в последнем положении последовательности сегмента V могут быть потеряны из-за реаранжировки V-J.
Пятьдесят девять описанных в настоящем документе неограничивающих вариантов осуществления настоящего изобретения представлены ниже.
1. Генетически модифицированный отличное от человека животное, содержащее в своей зародышевой линии локус легкой цепи иммуноглобулина, содержащий по меньшей мере один генный сегмент VL человека и по меньшей мере один генный сегмент JL человека, функционально связанный с последовательностью константной области легкой цепи иммуноглобулина,
причем каждый генный сегмент VL человек содержит по меньшей мере один гистидиновый кодон, который не кодируется соответствующим генным сегментом VL зародышевой линии человека, и
причем по меньшей мере один генный сегмент VL человека и по меньшей мере один генный сегмент JL человека способен к реаранжировке и кодированию человеческого вариабельного домена легкой цепи антитела.
2. Животное по варианту осуществления 1, причем животное не содержит эндогенный генный сегмент VL, который способен к реаранжировке с образованием легкой цепи иммуноглобулина.
3. Животное по варианту осуществления 1, у которого последовательность константной области легкой цепи иммуноглобулина представляет собой отличную от человеческой последовательности константной области легкой цепи иммуноглобулина.
4. Животное по варианту осуществления 3, у которого отличная от человеческой последовательность константной области легкой цепи иммуноглобулина представляет собой последовательность мыши или крысы.
5. Животное по варианту осуществления 3, у которого отличная от человеческой последовательность константной области легкой цепи иммуноглобулина представляет собой эндогенную последовательность константной области легкой цепи иммуноглобулина.
6. Животное по варианту осуществления 1, дополнительно содержащее в своей зародышевой линии локус тяжелой цепи иммуноглобулина, который содержит нереаранжированную последовательность вариабельной области тяжелой цепи иммуноглобулина, содержащую генные сегменты VH, DH и JH человека, функционально связанные с последовательностью константной области тяжелой цепи иммуноглобулина.
7. Животное по варианту осуществления 6, у которого последовательность константной области тяжелой цепи иммуноглобулина представляет собой отличную от человеческой последовательность константной области тяжелой цепи иммуноглобулина.
8. Животное по варианту осуществления 7, у которого отличная от человеческой последовательность константной области тяжелой цепи иммуноглобулина представляет собой последовательность мыши или крысы.
9. Животное по варианту осуществления 7, у которого отличная от человеческой последовательность константной области тяжелой цепи иммуноглобулина представляет собой эндогенную отличную от человеческой последовательность константной области тяжелой цепи иммуноглобулина.
10. Животное по варианту осуществления 1, у котором по меньшей мере один генный сегмент VL человека и по меньшей мере один генный сегмент JL человека присутствуют в эндогенном локусе легкой цепи иммуноглобулина.
11. Животное по варианту осуществления 1, у которого константная область легкой цепи иммуноглобулина представляет собой область Сκ.
12. Животное по варианту осуществления 1, у которого каждый генный сегмент VL человека содержит замену по меньшей мере одного негистидинового кодона, кодируемого соответствующей последовательностью генного сегмента VL зародышевой линии человека на гистидиновый кодон.
13. Животное по варианту осуществления 12, у которого замена представляет собой замену в кодоне(ах) CDR3.
14. Животное по варианту осуществления 13, у которого замена представляет собой замену трех или четырех негистидиновых кодонов на гистидиновый кодон.
15. Животное по варианту осуществления 1, у которого по меньшей мере один генный сегмент VL человека представляет собой два генных сегмента VL человека.
16. Животное по варианту осуществления 15, у которого два генных сегмента VL человека представляют собой генные сегменты Vκ1-39 и Vκ3-20 человека.
17. Животное по варианту осуществления 1, причем животное представляет собой грызуна.
18. Грызун по варианту осуществления 17, причем грызун представляет собой крысу или мышь.
19. Грызун по варианту осуществления 18, причем грызун представляет собой мышь.
20. Животное по варианту осуществления 1, причем животное экспрессирует антитело, содержащее аминокислотную последовательность, кодируемую по меньшей мере одним генным сегментом VL человека, и антитело сохраняет по меньшей мере один остаток гистидина в аминокислотном положении, кодируемом по меньшей мере одним гистидиновым кодоном генного сегмента VL человека.
21. Животное по варианту осуществления 1, причем животное содержит популяцию В-клеток в ответ на представляющий интерес антиген, которая обогащена антителами, которые демонстрируют снижение в диссоциационном периоде полураспада (t1/2) при кислом значении рН, по сравнению с нейтральным значение рН по меньшей мере приблизительно в 2 раза, по меньшей мере приблизительно в 3 раза, по меньшей мере приблизительно в 4 раза, по меньшей мере приблизительно в 5 раз, по меньшей мере приблизительно в 10 раз, по меньшей мере приблизительно в 15 раз, по меньшей мере приблизительно в 20 раз, по меньшей мере приблизительно в 25 раз или по меньшей мере приблизительно в 30 раз.
22. Животное по варианту осуществления 21, у которого обогащение антител, которые демонстрируют уменьшение в t1/2, составляет по меньшей мере приблизительно 2-кратное.
23. Генетически модифицированное отличное от человека животное, содержащее в своей зародышевой линии локус легкой цепи иммуноглобулина, содержащий не более двух генных сегментов VL человека и один или несколько генных сегментов JL человека, функционально связанные с последовательностью константной области легкой цепи иммуноглобулина,
причем каждый из не более двух генных сегментов VL человека содержит по меньшей мере один гистидиновый кодон, который не кодируется соответствующим генным сегментом VL зародышевой линии человека, и
причем генные сегменты VL и генные сегменты JL человека способны к реаранжировке и кодированию человеческого вариабельного домена легкой цепи антитела.
24. Животное по варианту осуществления 23, причем животное не содержит эндогенный генный сегмент VL, который способен к реаранжировке с образованием легкой цепи иммуноглобулина.
25. Животное по варианту осуществления 23, у которого последовательность константной области легкой цепи иммуноглобулина представляет собой отличную от человеческой последовательность константной области легкой цепи иммуноглобулина.
26. Животное по варианту осуществления 25, у которого отличная от человеческой последовательность константной области легкой цепи иммуноглобулина представляет собой последовательность мыши или крысы.
27. Животное по варианту осуществления 25, у которого отличная от человеческой последовательность константной области легкой цепи иммуноглобулина представляет собой эндогенную последовательность константной области легкой цепи иммуноглобулина.
28. Животное по варианту осуществления 23, дополнительно содержащее в своей зародышевой линии локус тяжелой цепи иммуноглобулина, который содержит нереаранжированную последовательность вариабельной области тяжелой цепи иммуноглобулина, содержащую генные сегменты VH, DH и JH человека, функционально связанные с последовательностью константной области тяжелой цепи иммуноглобулина.
29. Животное по варианту осуществления 28, у которого последовательность константной области тяжелой цепи иммуноглобулина представляет собой отличную от человеческой последовательности константной области тяжелой цепи иммуноглобулина.
30. Животное по варианту осуществления 29, у которого отличная от человеческой последовательность константной области тяжелой цепи иммуноглобулина представляет собой последовательность мыши или крысы.
31. Животное по варианту осуществления 29, у которого отличная от человеческой последовательность константной области тяжелой цепи иммуноглобулина представляет собой эндогенную отличную от человеческой последовательность константной области тяжелой цепи иммуноглобулина.
32. Животное по варианту осуществления 23, у котором не менее двух генных сегментов VL человека и один или несколько генных сегментов JL человека присутствуют в эндогенном локусе легкой цепи иммуноглобулина.
33. Животное по варианту осуществления 23, у которого константная область легкой цепи иммуноглобулина представляет собой область Сκ.
34. Животное по варианту осуществления 23, причем животное содержит пять сегментов Jκ человека, и пять сегментов Jκ человека представляют собой сегменты Jκ1, Jκ2, Jκ3, Jκ4 и Jκ5 человека.
35. Животное по варианту осуществления 23, у которого не более двух генных сегментов VL человека представляют собой генные сегменты Vκ1-39 и Vκ3-20 человека.
36. Животное по варианту осуществления 23, у которого каждый из не более двух генных сегментов VL человека содержит замену по меньшей мере одного негистидинового кодона, кодируемого соответствующей последовательностью генного сегмента VL зародышевой линии человека, на гистидиновый кодон.
37. Животное по варианту осуществления 36, у которого замена представляет собой замену в кодоне(ах) CDR3.
38. Животное по варианту осуществления 37, у которого замена представляет собой замену трех или четырех негистидиновых кодонов на гистидиновый кодон.
39. Животное по варианту осуществления 35, у которого каждый из генных сегментов Vκ1-39 и Vκ3-20 человека содержит замену по меньшей мере одного негистидинового кодона, кодируемого соответствующей последовательностью генного сегмента VL зародышевой линии человека, на гистидиновый кодон.
40. Животное по варианту осуществления 39, у которого каждый из генных сегментов Vκ1-39 и Vκ3-20 человека содержит замену трех или четырех негистидиновых кодонов на гистидиновый кодон.
41. Животное по варианту осуществления 40, у которого замена представляет собой замену трех негистидиновых кодонов генного сегмента Vκ1-39 человека, и замена разработана для экспрессии гистидинов в положениях 106, 108 и 111 генного сегмента Vκ 1-39 человека.
42. Животное по варианту осуществления 40, у которого замена представляет собой замену четырех негистидиновых кодонов генного сегмента Vκ1-39 человека, и замена разработана для экспрессии гистидинов в положениях 105, 106, 108 и 111 генного сегмента Vκ1-39 человека.
43. Животное по варианту 40, у которого замена представляет собой замену трех негистидиновых кодонов генного сегмента Vκ3-20 человека, и замена разработана для экспрессии гистидинов в положениях 105, 106 и 109 генного сегмента Vκ 3-20 человека.
44. Животное по варианту осуществления 40, у которого замена представляет собой замену четырех негистидиновых кодонов генного сегмента Vκ3-20 человека, и замена разработана для экспрессии гистидинов в положениях 105, 106, 107 и 109 генного сегмента Vκ3-20 человека.
45. Животное по варианту осуществления 23, причем животное представляет собой грызуна.
46. Грызун по варианту осуществления 45, причем грызун представляет собой крысу или мышь.
47. Грызун по варианту осуществления 46, причем грызун представляет собой мышь.
48. Животное по варианту осуществления 23, причем животное экспрессирует антитело, содержащее аминокислотную последовательность, кодируемую одной из не более двух генных сегментов VL человека и антитело сохраняет по меньшей мере один остаток гистидина в аминокислотном положении, кодируемом по меньшей мере одним гистидиновым кодоном генного сегмента VL человека.
49. Способ получения антитела, который проявляет зависимое от рН связывание с представляющим интерес антигеном, предусматривающий:
получение животного по варианту осуществления 1,
иммунизацию животного представляющим интерес антигеном и
выбор антитела, которое связывается с представляющим интерес антигеном с желаемой аффинностью при нейтральном значении рН, при этом демонстрируя снижение связывания с представляющим интерес антигеном при кислом значении рН.
50. Животное по варианту осуществления 23, причем животное экспрессирует популяцию антигенспецифических антител в ответ на антиген, причем все антитела в популяции содержат:
вариабельные домены легкой цепи иммуноглобулина, полученные из реаранжировки не более двух генных сегментов VL и одного или нескольких генных сегментов JL, причем каждый из не более двух генных сегментов VL человека содержит по меньшей мере один гистидиновый кодон, который не кодируется соответствующим генным сегментом VL зародышевой линии человека, а также
тяжелые цепи иммуноглобулина, содержащие вариабельные домены тяжелой цепи человека, полученные из репертуара сегментов V, D и J тяжелой цепи человека.
51. Животное по варианту осуществления 23, причем животное содержит популяцию В-клеток в ответ на представляющий интерес антиген, который обогащен антителами, которые демонстрируют снижение диссоциационного периода полураспада (t1/2) при кислом значении рН, по сравнению с нейтральным значением рН по меньшей мере приблизительно в 2 раза, по меньшей мере приблизительно в 3 раза, по меньшей мере приблизительно в 4 раза, по меньшей мере приблизительно в 5 раз, по меньшей мере приблизительно в 10 раз, по меньшей мере приблизительно в 15 раз, по меньшей мере приблизительно 20 раз, по меньшей мере приблизительно в 25 раз или по меньшей мере приблизительно в 30 раз.
52. Животное по варианту осуществления 51, у которого обогащение антител, которые проявляют уменьшение в t1/2, составляет по меньшей мере приблизительно 2-кратное.
53. Способ получения отличного от человека животное, которое содержит генетически модифицированный локус легкой цепи иммуноглобулина в своей зародышевой линии, причем способ предусматривает:
модификацию генома отличного от человека животного, чтобы удалить или привести в нефункциональное состояние эндогенные генные сегменты VL и JL легкой цепи иммуноглобулина в локусе легкой цепи иммуноглобулина, и
размещение в геноме отличного от человека животного вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина, содержащей по меньшей мере один генный сегмент VL человека и по меньшей мере один генный сегмент JL человека, таким образом, что последовательность вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина функционально связана с последовательностью константной области иммуноглобулина,
причем каждый генный сегмент VL человек содержит по меньшей мере один гистидиновый кодон, который не кодируется соответствующим генным сегментом VL зародышевой линии человека, и
причем по меньшей мере один генный сегмент VL человека и по меньшей мере один генный сегмент JL человека способен к реаранжировке и кодированию человеческого вариабельного домена легкой цепи антитела.
54. Способ по варианту осуществления 53, причем способ приводит к получению отличного от человека животного, которое содержит популяцию В-клеток, обогащенную антителами, проявляющими зависимое от рН связывание с представляющим интерес антигеном.
55. Способ по варианту осуществления 53, при котором вариабельная область легкой цепи иммуноглобулина находится в эндогенном отличном от человеческого локусе легкой цепи иммуноглобулина.
56. Способ по варианту осуществления 53, при котором животное представляет собой грызуна.
57. Способ по варианту осуществления 56, при котором грызун представляет собой мышь или крысу.
58. Способ по варианту осуществления 53, при котором по меньшей мере один генный сегмент VL человека представляет собой два генных сегмента VL человека.
59. Способ по варианту осуществления 58, при котором два генных сегмента VL человека представляют собой генный сегмент Vκ1-39 и генный сегмент Vκ3-20 человека.
Эквиваленты
Специалистам в настоящей области техники будет понятно или они будут в состоянии определить, используя не более чем рутинные эксперименты, многие эквиваленты описанных в настоящем документе конкретных вариантов осуществления настоящего изобретения. Предполагается, что такие эквиваленты охватываются прилагаемой формулой изобретения.
Полное содержание всех не патентных документов, заявок на патенты и патентов, указанных в настоящей заявке, полностью включено в настоящий документ посредством ссылки.
Claims (85)
1. Рекомбинантная нуклеиновая кислота легкой цепи иммуноглобулина для кодирования человеческого вариабельного домена легкой цепи антитела, содержащая по меньшей мере два нереаранжированных генных сегмента VL человека и по меньшей мере один нереаранжированный генный сегмент JL человека, функционально связанный с последовательностью константной области легкой цепи иммуноглобулина,
причем два нереаранжированных генных сегмента VL человека представляют собой генные сегменты Vκ1-39 и Vκ3-20 человека, каждый из которых содержит по меньшей мере один гистидиновый кодон, который не кодируется соответствующим генным сегментом Vκ1-39 и Vκ3-20 зародышевой линии человека, и
причем генные сегменты Vκ1-39 человека, Vκ3-20 человека и по меньшей мере один нереаранжированный JL человека способны к реаранжировке и кодированию человеческого вариабельного домена легкой цепи антитела, содержащего одну или несколько аминокислот гистидин, которые кодируются по меньшей мере одним гистидиновым кодоном в положении, выбранном из группы, состоящей из 105, 106, 107, 108, 109, 111 (согласно нумерации IMGT) и их комбинации.
2. Рекомбинантная нуклеиновая кислота легкой цепи иммуноглобулина по п. 1, в которой каждый генный сегмент VL человека содержит замену по меньшей мере одного негистидинового кодона, кодируемого соответствующей последовательностью генного сегмента VL зародышевой линии человека, на гистидиновый кодон.
3. Рекомбинантная нуклеиновая кислота легкой цепи иммуноглобулина по п. 1, в которой последовательность константной области легкой цепи иммуноглобулина представляет собой отличную от человеческой последовательность константной области легкой цепи иммуноглобулина.
4. Рекомбинантная нуклеиновая кислота легкой цепи иммуноглобулина по п. 3, в которой отличная от человеческой последовательность константной области легкой цепи иммуноглобулина представляет собой последовательность мыши или крысы.
5. Рекомбинантная нуклеиновая кислота легкой цепи иммуноглобулина по п. 1, в которой константная область легкой цепи иммуноглобулина представляет собой область Сκ.
6. Рекомбинантная нуклеиновая кислота легкой цепи иммуноглобулина по п. 2, в которой замена представляет собой замену в последовательности, кодирующей CDR3.
7. Рекомбинантная нуклеиновая кислота легкой цепи иммуноглобулина по п. 6, в которой замена представляет собой замену трех или четырех негистидиновых кодонов на гистидиновый кодон.
8. Рекомбинантная нуклеиновая кислота легкой цепи иммуноглобулина по п. 1, содержащая не более двух нереаранжированных генных сегмента VL человека.
9. Рекомбинантная нуклеиновая кислота легкой цепи иммуноглобулина по п. 1, в которой каждый из генных сегментов Vκ1-39 и Vκ3-20 человека содержит замену по меньшей мере одного негистидинового кодона, кодируемого соответствующей последовательностью генного сегмента VL зародышевой линии человека, на гистидиновый кодон.
10. Рекомбинантная нуклеиновая кислота легкой цепи иммуноглобулина по п. 9, в которой каждый из генных сегментов Vκ1-39 и Vκ3-20 человека содержит замену трех или четырех негистидиновых кодонов на гистидиновые кодоны.
11. Рекомбинантная нуклеиновая кислота легкой цепи иммуноглобулина по п. 10, в которой замена представляет собой замену трех негистидиновых кодонов генного сегмента Vκ1-39 человека, и замену разрабатывают для экспрессии гистидинов в положениях 106, 108 и 111 генного сегмента Vκ1-39 человека.
12. Рекомбинантная нуклеиновая кислота легкой цепи иммуноглобулина по п. 10, в которой замена представляет собой замену четырех негистидиновых кодонов генного сегмента Vκ1-39 человека, и замену разрабатывают для экспрессии гистидинов в положениях 105, 106, 108 и 111 генного сегмента Vκ1-39 человека.
13. Рекомбинантная нуклеиновая кислота легкой цепи иммуноглобулина по п. 10, в которой замена представляет собой замену трех негистидиновых кодонов генного сегмента Vκ3-20 человека, и замену разрабатывают для экспрессии гистидинов в положениях 105, 106 и 109 генного сегмента Vκ3-20 человека.
14. Рекомбинантная нуклеиновая кислота легкой цепи иммуноглобулина по п. 10, в которой замена представляет собой замену четырех негистидиновых кодонов генного сегмента Vκ3-20 человека, и замену разрабатывают для экспрессии гистидинов в положениях 105, 106, 107 и 109 генного сегмента Vκ3-20 человека.
15. Рекомбинантная нуклеиновая кислота легкой цепи иммуноглобулина по п. 1, содержащая пять генных сегментов Jκ человека, причем пять генных сегментов Jκ человека представляют собой сегменты Jκ1, Jκ2, Jκ3, Jκ4 и Jκ5.
16. Генетически модифицированный грызун для получения вариабельных доменов легкой цепи иммуноглобулина, имеющих аминокислоту гистидин, кодируемую из его зародышевой линии, при этом грызун содержит в своей зародышевой линии локус иммуноглобулина, содержащий рекомбинантную нуклеиновую кислоту легкой цепи иммуноглобулина по любому из пп. 1-15, где грызун представляет собой крысу или мышь.
17. Генетически модифицированный грызун по п. 16, причем грызун не содержит эндогенный генный сегмент VL, который способен к реаранжировке с образованием легкой цепи иммуноглобулина.
18. Генетически модифицированный грызун по п. 16, у которого рекомбинантная нуклеиновая кислота легкой цепи иммуноглобулина находится в эндогенном локусе легкой цепи иммуноглобулина.
19. Генетически модифицированный грызун по п. 18, у которого последовательность константной области легкой цепи иммуноглобулина представляет собой эндогенную последовательность константной области легкой цепи иммуноглобулина.
20. Генетически модифицированный грызун по п. 16, дополнительно содержащий в своей зародышевой линии локус тяжелой цепи иммуноглобулина, который содержит нереаранжированную последовательность вариабельной области тяжелой цепи иммуноглобулина, содержащую генные сегменты VH, DH и JH человека, функционально связанные с последовательностью константной области тяжелой цепи иммуноглобулина.
21. Генетически модифицированный грызун по п. 20, у которого последовательность константной области тяжелой цепи иммуноглобулина представляет собой отличную от человеческой последовательность константной области тяжелой цепи иммуноглобулина.
22. Генетически модифицированный грызун по п. 21, у которого отличная от человеческой последовательность константной области тяжелой цепи иммуноглобулина представляет собой последовательность мыши или крысы.
23. Генетически модифицированный грызун по п. 21, у которого отличная от человеческой последовательность константной области тяжелой цепи иммуноглобулина представляет собой эндогенную отличную от человеческой последовательность константной области тяжелой цепи иммуноглобулина.
24. Генетически модифицированный грызун по п. 16, причем грызун представляет собой мышь.
25. Генетически модифицированный грызун по любому из пп. 20-23, причем грызун экспрессирует антитело, содержащее аминокислотную последовательность, кодируемую одним из по меньшей мере двух генных сегментов VL человека, и антитело сохраняет по меньшей мере один остаток гистидина в аминокислотном положении, кодируемом по меньшей мере одним гистидиновым кодоном генного сегмента VL человека.
26. Генетически модифицированный грызун по любому из пп. 20-23, причем грызун экспрессирует популяцию антигенспецифических антител в ответ на антиген, причем все антитела в популяции содержат:
вариабельные домены легкой цепи иммуноглобулина, полученные из реаранжировок по меньшей мере двух генных сегментов VL и одного или нескольких генных сегментов JL, и
тяжелые цепи иммуноглобулина, содержащие вариабельные домены тяжелой цепи человека, полученные из репертуара сегментов тяжелой цепи V, D и J человека.
27. Генетически модифицированный грызун по п. 16, причем грызун содержит популяцию В-клеток в ответ на представляющий интерес антиген, которая обогащена антителами, которые демонстрируют снижение в диссоциационном периоде полураспада (t1/2) при кислом значении рН, по сравнению с нейтральным значением рН по меньшей мере приблизительно в 2 раза, по меньшей мере приблизительно в 3 раза, по меньшей мере приблизительно в 4 раза, по меньшей мере приблизительно в 5 раз, по меньшей мере приблизительно в 10 раз, по меньшей мере приблизительно в 15 раз, по меньшей мере приблизительно в 20 раз, по меньшей мере приблизительно в 25 раз или по меньшей мере приблизительно в 30 раз.
28. Грызун по п. 27, у которого обогащение антителами, которые демонстрируют уменьшение в t1/2, составляет по меньшей мере приблизительно 2-кратное.
29. Способ получения антитела, которое проявляет зависимое от рН связывание с представляющим интерес антигеном, предусматривающий:
иммунизацию грызуна в соответствии с любым из предыдущих пунктов 16-28 представляющим интерес антигеном и
выбор антитела или экспрессирующей его В-клетки, которое связывается с представляющим интерес антигеном с желаемой аффинностью при нейтральном значении рН, при этом демонстрируя снижение связывания с представляющим интерес антигеном при кислом значении рН.
30. Способ получения грызуна, который содержит генетически модифицированный локус легкой цепи иммуноглобулина в своей зародышевой линии, причем способ предусматривает:
модификацию генома грызуна, чтобы удалить или привести в нефункциональное состояние эндогенные генные сегменты VL и JL легкой цепи иммуноглобулина в локусе легкой цепи иммуноглобулина, и
размещение в геноме грызуна вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина, содержащей по меньшей мере два нереаранжированных генных сегмента VL человека и по меньшей мере один нереаранжированный генный сегмент JL человека, таким образом, что последовательность вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина функционально связана с последовательностью константной области иммуноглобулина,
причем два нереаранжированных генных сегмента VL человека представляют собой генные сегменты Vκ1-39 и Vκ3-20 человека, каждый из которых содержит по меньшей мере один гистидиновый кодон, который не кодируется соответствующим генным сегментом Vκ1-39 и Vκ3-20 зародышевой линии человека,
причем генные сегменты Vκ1-39 человека, Vκ3-20 человека и по меньшей мере один нереаранжированный JL человека способны к реаранжировке и кодированию человеческого вариабельного домена легкой цепи антитела, при этом такой человеческий вариабельный домен легкой цепи содержит одну или несколько аминокислот гистидин, которые кодируются по меньшей мере одним гистидиновым кодоном в положении, выбранном из группы, состоящей из 105, 106, 107, 108, 109, 111 (согласно нумерации IMGT) и их комбинации, и где грызун представляет собой крысу или мышь.
31. Способ по п. 30, причем способ приводит к получению грызуна, который содержит популяцию В-клеток, обогащенную антителами, проявляющими зависимое от рН связывание с представляющим интерес антигеном.
32. Способ по п. 30, при котором вариабельная область легкой цепи иммуноглобулина находится в эндогенном отличном от человеческого локусе легкой цепи иммуноглобулина.
33. Способ по п. 30, при котором вариабельная область легкой цепи иммуноглобулина содержит не более двух генных сегментов VL человека.
34. Способ по п. 33, при котором каждый из генных сегментов Vκ1-39 и Vκ3-20 человека содержит замену по меньшей мере одного негистидинового кодона, кодируемого соответствующей последовательностью генного сегмента VL зародышевой линии человека, на гистидиновый кодон.
35. Способ по п. 34, при котором каждый из генных сегментов Vκ1-39 и Vκ3-20 человека содержит замену трех или четырех негистидиновых кодонов на гистидиновый кодон.
36. Способ по п. 35, при котором замена представляет собой замену трех негистидиновых кодонов генного сегмента Vκ1-39 человека, и замену разрабатывают для экспрессии гистидинов в положениях 106, 108 и 111 генного сегмента Vκ1-39 человека.
37. Способ по п. 35, при котором замена представляет собой замену четырех негистидиновых кодонов генного сегмента Vκ1-39 человека, и замену разрабатывают для экспрессии гистидинов в положениях 105, 106, 108 и 111 генного сегмента Vκ1-39 человека.
38. Способ по п. 35, при котором замена представляет собой замену трех негистидиновых кодонов генного сегмента Vκ3-20 человека, и замену разрабатывают для экспрессии гистидинов в положениях 105, 106 и 109 генного сегмента Vκ3-20 человека.
39. Способ по п. 35, при котором замена представляет собой замену четырех негистидиновых кодонов генного сегмента Vκ3-20 человека, и замену разрабатывают для экспрессии гистидинов в положениях 105, 106, 107 и 109 генного сегмента Vκ3-20 человека.
40. Способ по п. 29, предусматривающий пять генных сегментов Jκ человека, причем пять генных сегментов Jκ человека представляют собой сегменты Jκ1, Jκ2, Jκ3, Jκ4 и Jκ5.
41. Выделенная клетка грызуна для получения вариабельных доменов легкой цепи иммуноглобулина, имеющих аминокислоту гистидин, кодируемую из его зародышевой линии, или для получения продуцирующего их грызуна, при этом клетка содержит в своем геноме рекомбинантную нуклеиновую кислоту легкой цепи иммуноглобулина по любому из пп. 1-15, где клетка грызуна представляет собой клетку крысы или клетку мыши.
42. Выделенная клетка по п. 41, причем клетка не содержит эндогенный генный сегмент VL, который способен к реаранжировке с образованием легкой цепи иммуноглобулина.
43. Выделенная клетка по п. 41, в которой рекомбинантная нуклеиновая кислота легкой цепи иммуноглобулина находится в эндогенном локусе легкой цепи иммуноглобулина.
44. Выделенная клетка по п. 43, в которой последовательность константной области легкой цепи иммуноглобулина представляет собой эндогенную последовательность константной области легкой цепи иммуноглобулина.
45. Выделенная клетка по п. 41, дополнительно содержащая в своем геноме локус тяжелой цепи иммуноглобулина, который содержит нереаранжированную последовательность вариабельной области тяжелой цепи иммуноглобулина, содержащую генные сегменты VH, DH и JH человека, функционально связанные с последовательностью константной области тяжелой цепи иммуноглобулина.
46. Выделенная клетка по п. 45, в которой последовательность константной области тяжелой цепи иммуноглобулина представляет собой отличную от человеческой последовательность константной области тяжелой цепи иммуноглобулина.
47. Выделенная клетка по п. 46, у которой отличная от человеческой последовательность константной области тяжелой цепи иммуноглобулина представляет собой последовательность мыши или крысы.
48. Выделенная клетка по п. 46, в которой отличная от человеческой последовательность константной области тяжелой цепи иммуноглобулина представляет собой эндогенную отличную от человеческой последовательность константной области тяжелой цепи иммуноглобулина.
49. Выделенная клетка по п. 41, причем клетка грызуна представляет собой клетку мыши.
50. Клетка, полученная из грызуна по любому из пп. 16-28 или полученная из грызуна, который получен по любому из пп. 30-40, для получения вариабельных доменов легкой цепи иммуноглобулина, имеющих аминокислоту гистидин, кодируемую из его зародышевой линии, где клетка содержит:
(i) по меньшей мере два нереаранжированных генных сегмента VL человека и по меньшей мере один нереаранжированный генный сегмент JL человека, функционально связанный с последовательностью константной области легкой цепи иммуноглобулина,
причем два нереаранжированных генных сегмента VL человека представляют собой генные сегменты Vκ1-39 и Vκ3-20 человека, каждый из которых содержит по меньшей мере один гистидиновый кодон, который не кодируется соответствующим генным сегментом Vκ1-39 и Vκ3-20 человека зародышевой линии человека, или
(ii) реаранжированный ген VL/JL человека, полученный из генных сегментов Vκ1-39, Vκ3-20 человека и по меньшей мере одного нереаранжированного JL человека, который кодирует человеческий вариабельный домен легкой цепи антитела человека, который содержит аминокислоту гистидин, которая кодируется по меньшей мере одним гистидиновым кодоном в положении, выбранном из группы, состоящей из 105, 106, 107, 108, 109, 111 (согласно нумерации IMGT) и их комбинации.
51. Клетка по п. 50, причем клетка представляет собой эмбриональную стволовую клетку или В-клетку.
52. Ткань, полученная из грызуна по любому из пп. 16-28 или полученная из грызуна, полученного по любому из пп. 30-40, ткань для получения вариабельных доменов легкой цепи иммуноглобулина, имеющих аминокислоту гистидин, кодируемую из его зародышевой линии, где ткань содержит:
(i) по меньшей мере два нереаранжированных генных сегмента VL человека и по меньшей мере один нереаранжированный генный сегмент JL человека, функционально связанный с последовательностью константной области легкой цепи иммуноглобулина,
причем два нереаранжированных генных сегмента VL человека представляют собой генные сегменты Vκ1-39 и Vκ3-20 человека, каждый из которых содержит по меньшей мере один гистидиновый кодон, который не кодируется соответствующим генным сегментом Vκ1-39 и Vκ3-20 зародышевой линии человека, или
(ii) реаранжированный ген VL/JL человека, полученный из генных сегментов Vκ1-39, Vκ3-20 человека и по меньшей мере одного нереаранжированного JL человека, который кодирует человеческий вариабельный домен легкой цепи антитела, который содержит аминокислоту гистидин, которая кодируется по меньшей мере одним гистидиновым кодоном в положении, выбранном из группы, состоящей из 105, 106, 107, 108, 109, 111 (согласно нумерации IMGT) и их комбинации.
53. Направленный вектор экспрессии, содержащий 5' плечо гомологии мыши; человеческую последовательность нуклеиновой кислоты вариабельной области, содержащую по меньшей мере два нереаранжированных генных сегмента VL человека и по меньшей мере один нереаранжированный генный сегмент JL человека, и 3' плечо гомологии мыши;
причем два нереаранжированных генных сегмента VL человека представляют собой генные сегменты Vκ1-39 и Vκ3-20 человека, каждый из которых содержит по меньшей мере один гистидиновый кодон, который не кодируется соответствующим генным сегментом Vκ1-39 и Vκ3-20 зародышевой линии человека,
причем генные сегменты Vκ1-39 человека, Vκ3-20 человека и по меньшей мере один нереаранжированный JL человека способны к реаранжировке и кодированию человеческого вариабельного домена легкой цепи антитела, содержащего одну или несколько аминокислот гистидин, которые кодируются по меньшей мере одним гистидиновым кодоном в положении, выбранном из группы, состоящей из 105, 106, 107, 108, 109, 111 (согласно нумерации IMGT) и их комбинации,
причем каждый нереаранжированный генный сегмент VL человека функционально связан с человеческой или мышиной лидерной последовательностью и человеческим или мышиным промотором,
и причем плечи гомологии направляют вектор к эндогенному мышиному локусу легкой цепи иммуноглобулина таким образом, что человеческая последовательность нуклеиновой кислоты вариабельной области функционально связана с эндогенной мышиной последовательностью константной области легкой цепи.
54. Направленный вектор по п. 53, в котором константная область легкой цепи иммуноглобулина представляет собой область Сκ.
55. Направленный вектор по п. 53, в котором каждый генный сегмент VL человека содержит замену по меньшей мере одного негистидинового кодона, кодируемого соответствующей последовательностью генного сегмента VL зародышевой линии человека, на гистидиновый кодон.
56. Направленный вектор по п. 53, в котором замена происходит в последовательности, кодирующей CDR3.
57. Направленный вектор по п. 55, в котором замена представляет собой замену трех или четырех негистидиновых кодонов на гистидиновый кодон.
58. Направленный вектор по п. 53, содержащий не более двух генных сегментов VL человека.
59. Направленный вектор по п. 58, в котором каждый из генных сегментов Vκ1-39 и Vκ3-20 человека содержит замену по меньшей мере одного негистидинового кодона, кодируемого соответствующей последовательностью генного сегмента VL зародышевой линии человека, на гистидиновый кодон.
60. Направленный вектор по п. 59, в котором каждый из генных сегментов Vκ1-39 и Vκ3-20 человека содержит замену трех или четырех негистидиновых кодонов на гистидиновые кодоны.
61. Направленный вектор по п. 60, в котором замена представляет собой замену трех негистидиновых кодонов генного сегмента Vκ1-39 человека, и замену разрабатывают для экспрессии гистидинов в положениях 106, 108 и 111 генного сегмента Vκ1-39 человека.
62. Направленный вектор по п. 60, в котором замена представляет собой замену четырех негистидиновых кодонов генного сегмента Vκ1-39 человека, и замену разрабатывают для экспрессии гистидинов в положениях 105, 106, 108 и 111 генного сегмента Vκ1-39 человека.
63. Направленный вектор по п. 60, в котором замена представляет собой замену трех негистидиновых кодонов генного сегмента Vκ3-20 человека, и замену разрабатывают для экспрессии гистидинов в положениях 105, 106 и 109 генного сегмента Vκ3-20 человека.
64. Направленный вектор по п. 60, в котором замена представляет собой замену четырех негистидиновых кодонов генного сегмента Vκ3-20 человека, и замену разрабатывают для экспрессии гистидинов в положениях 105, 106, 107 и 109 генного сегмента Vκ3-20 человека.
65. Направленный вектор по п. 53, содержащий пять генных сегментов Jκ человека, причем пять генных сегментов Jκ человека представляют собой сегменты Jκ1, Jκ2, Jκ3, Jκ4 и Jκ5.
Applications Claiming Priority (3)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US14/030,424 US20140013456A1 (en) | 2012-03-16 | 2013-09-18 | Histidine Engineered Light Chain Antibodies and Genetically Modified Non-Human Animals for Generating the Same |
| US14/030,424 | 2013-09-18 | ||
| PCT/US2014/056285 WO2015042250A1 (en) | 2013-09-18 | 2014-09-18 | Histidine engineered light chain antibodies and genetically modified non-human animals for generating the same |
Related Child Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2019121863A Division RU2019121863A (ru) | 2013-09-18 | 2014-09-18 | Антитела со встроенным в легкие цепи гистидином и генетически модифицированные отличные от человека животные для их получения |
Publications (3)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2016114306A RU2016114306A (ru) | 2017-10-23 |
| RU2016114306A3 RU2016114306A3 (ru) | 2018-04-26 |
| RU2694728C2 true RU2694728C2 (ru) | 2019-07-16 |
Family
ID=51663490
Family Applications (2)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2019121863A RU2019121863A (ru) | 2013-09-18 | 2014-09-18 | Антитела со встроенным в легкие цепи гистидином и генетически модифицированные отличные от человека животные для их получения |
| RU2016114306A RU2694728C2 (ru) | 2013-09-18 | 2014-09-18 | Антитела со встроенным в легкие цепи гистидином и генетически модифицированные отличные от человека животные для их получения |
Family Applications Before (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2019121863A RU2019121863A (ru) | 2013-09-18 | 2014-09-18 | Антитела со встроенным в легкие цепи гистидином и генетически модифицированные отличные от человека животные для их получения |
Country Status (25)
| Country | Link |
|---|---|
| EP (2) | EP3046412B1 (ru) |
| JP (3) | JP6621750B2 (ru) |
| KR (2) | KR20200103882A (ru) |
| CN (2) | CN111019953A (ru) |
| AU (2) | AU2014323527B2 (ru) |
| BR (1) | BR112016005912A2 (ru) |
| CA (1) | CA2922892C (ru) |
| CY (1) | CY1121798T1 (ru) |
| DK (1) | DK3046412T3 (ru) |
| ES (2) | ES2738679T3 (ru) |
| HK (1) | HK1225913A1 (ru) |
| HR (1) | HRP20191233T1 (ru) |
| HU (1) | HUE044747T2 (ru) |
| IL (2) | IL244226B (ru) |
| LT (1) | LT3046412T (ru) |
| MX (1) | MX362904B (ru) |
| MY (1) | MY191512A (ru) |
| PL (1) | PL3046412T3 (ru) |
| PT (1) | PT3046412T (ru) |
| RS (1) | RS59003B1 (ru) |
| RU (2) | RU2019121863A (ru) |
| SG (2) | SG10201810825YA (ru) |
| SI (1) | SI3046412T1 (ru) |
| TR (1) | TR201909967T4 (ru) |
| WO (1) | WO2015042250A1 (ru) |
Families Citing this family (16)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| MX352889B (es) | 2011-02-25 | 2017-12-13 | Chugai Pharmaceutical Co Ltd | Anticuerpo de fc especifico para fcyriib. |
| US20150050269A1 (en) | 2011-09-30 | 2015-02-19 | Chugai Seiyaku Kabushiki Kaisha | Antigen-binding molecule promoting disappearance of antigens having plurality of biological activities |
| MX358220B (es) | 2011-11-30 | 2018-08-10 | Chugai Pharmaceutical Co Ltd | Portador que contiene fármaco en la célula para formar el inmunocomplejo. |
| AU2013306700B2 (en) | 2012-08-24 | 2019-05-02 | Chugai Seiyaku Kabushiki Kaisha | FcgammaRIIb-specific Fc region variant |
| US10766960B2 (en) | 2012-12-27 | 2020-09-08 | Chugai Seiyaku Kabushiki Kaisha | Heterodimerized polypeptide |
| AU2014250434B2 (en) | 2013-04-02 | 2019-08-08 | Chugai Seiyaku Kabushiki Kaisha | Fc region variant |
| SG11201700841QA (en) | 2014-12-19 | 2017-03-30 | Chugai Pharmaceutical Co Ltd | Anti-myostatin antibodies, polypeptides containing variant fc regions, and methods of use |
| KR102605798B1 (ko) | 2015-02-05 | 2023-11-23 | 추가이 세이야쿠 가부시키가이샤 | 이온 농도 의존적 항원 결합 도메인을 포함하는 항체, Fc 영역 개변체, IL-8에 결합하는 항체, 및 그들의 사용 |
| US11359009B2 (en) | 2015-12-25 | 2022-06-14 | Chugai Seiyaku Kabushiki Kaisha | Anti-myostatin antibodies and methods of use |
| MX2019001448A (es) | 2016-08-05 | 2019-09-13 | Chugai Pharmaceutical Co Ltd | Composicion para profilaxis o tratamiento de enfermedades relacionadas con interleucina 8 (il-8). |
| CN111556895B (zh) | 2017-11-14 | 2024-09-13 | 中外制药株式会社 | 抗-c1s抗体及使用方法 |
| US20220090125A1 (en) * | 2018-12-21 | 2022-03-24 | Compass Therapeutics Llc | Transgenic mouse expressing common human light chain |
| CN114867345A (zh) * | 2019-12-18 | 2022-08-05 | 百时美施贵宝公司 | 具有共同前导序列的bcr转基因小鼠 |
| EP4211155A1 (en) | 2020-09-11 | 2023-07-19 | Regeneron Pharmaceuticals, Inc. | Identification and production of antigen-specific antibodies |
| IL303626A (en) | 2020-12-16 | 2023-08-01 | Regeneron Pharma | Mice expressing human FC alpha receptors |
| CN114568343B (zh) * | 2022-03-11 | 2023-04-07 | 成都合拓创展生物科技有限公司 | 制备眼病模型的头具及其应用 |
Citations (5)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US20020106629A1 (en) * | 2000-10-31 | 2002-08-08 | Murphy Andrew J. | Methods of modifying eukaryotic cells |
| WO2007117410A2 (en) * | 2006-03-31 | 2007-10-18 | Medarex, Inc. | Transgenic animals expressing chimeric antibodies for use in preparing human antibodies |
| WO2009125825A1 (ja) * | 2008-04-11 | 2009-10-15 | 中外製薬株式会社 | 複数分子の抗原に繰り返し結合する抗原結合分子 |
| RU2425880C2 (ru) * | 2009-07-30 | 2011-08-10 | Учреждение Российской академии наук Институт общей генетики им. Н.И. Вавилова РАН | Способ получения трансгенных мышей |
| WO2013046722A1 (ja) * | 2011-09-30 | 2013-04-04 | 中外製薬株式会社 | イオン濃度依存性結合分子ライブラリ |
Family Cites Families (18)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US6774279B2 (en) | 1997-05-30 | 2004-08-10 | Carnegie Institution Of Washington | Use of FLP recombinase in mice |
| US6586251B2 (en) | 2000-10-31 | 2003-07-01 | Regeneron Pharmaceuticals, Inc. | Methods of modifying eukaryotic cells |
| ES2463476T3 (es) | 2004-10-19 | 2014-05-28 | Regeneron Pharmaceuticals, Inc. | Método para generar un ratón homocigótico para una modificación genética |
| PL2041177T3 (pl) | 2006-06-02 | 2012-09-28 | Regeneron Pharma | Przeciwciała o wysokim powinowactwie przeciw ludzkiemu receptorowi IL 6 |
| EP2356154A4 (en) * | 2008-11-06 | 2012-12-19 | Alexion Pharma Inc | DEVELOPMENT OF REDUCED IMMUNOGENICITY ANTIBODIES AND METHODS OF MANUFACTURING THEREOF |
| EP3916011A1 (en) | 2009-06-26 | 2021-12-01 | Regeneron Pharmaceuticals, Inc. | Readily isolated bispecific antibodies with native immunoglobulin format |
| AU2010271586B2 (en) | 2009-07-16 | 2016-08-11 | Wageningen Universiteit | Regulation of zinc deficiency and tolerance in plants |
| SG182647A1 (en) * | 2010-01-21 | 2012-08-30 | Oxyrane Uk Ltd | Methods and compositions for displaying a poypeptide on a yeast cell surface |
| US20130045492A1 (en) | 2010-02-08 | 2013-02-21 | Regeneron Pharmaceuticals, Inc. | Methods For Making Fully Human Bispecific Antibodies Using A Common Light Chain |
| US20130185821A1 (en) | 2010-02-08 | 2013-07-18 | Regeneron Pharmaceuticals, Inc. | Common Light Chain Mouse |
| RU2724663C2 (ru) | 2010-02-08 | 2020-06-25 | Ридженерон Фармасьютикалз, Инк. | Мышь с общей легкой цепью |
| US20120021409A1 (en) * | 2010-02-08 | 2012-01-26 | Regeneron Pharmaceuticals, Inc. | Common Light Chain Mouse |
| US9796788B2 (en) | 2010-02-08 | 2017-10-24 | Regeneron Pharmaceuticals, Inc. | Mice expressing a limited immunoglobulin light chain repertoire |
| AU2011225716A1 (en) * | 2010-03-11 | 2012-09-27 | Pfizer Inc. | Antibodies with pH dependent antigen binding |
| JP6009441B2 (ja) * | 2010-06-22 | 2016-10-19 | リジェネロン・ファーマシューティカルズ・インコーポレイテッドＲｅｇｅｎｅｒｏｎ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ， Ｉｎｃ． | ハイブリッド軽鎖マウス |
| US8367586B2 (en) * | 2010-11-19 | 2013-02-05 | Morphosys Ag | Collection and methods for its use |
| US20140013456A1 (en) * | 2012-03-16 | 2014-01-09 | Regeneron Pharmaceuticals, Inc. | Histidine Engineered Light Chain Antibodies and Genetically Modified Non-Human Animals for Generating the Same |
| LT2840892T (lt) * | 2013-02-20 | 2018-07-25 | Regeneron Pharmaceuticals, Inc. | Nežmogaus tipo gyvūnai su modifikuotomis imunoglobulino sunkiųjų grandinių sekomis |
-
2014
- 2014-09-18 TR TR2019/09967T patent/TR201909967T4/tr unknown
- 2014-09-18 MY MYPI2016700599A patent/MY191512A/en unknown
- 2014-09-18 ES ES14781761T patent/ES2738679T3/es active Active
- 2014-09-18 ES ES19159475T patent/ES2962489T3/es active Active
- 2014-09-18 CN CN201911266988.5A patent/CN111019953A/zh active Pending
- 2014-09-18 KR KR1020207024599A patent/KR20200103882A/ko not_active Application Discontinuation
- 2014-09-18 EP EP14781761.3A patent/EP3046412B1/en active Active
- 2014-09-18 KR KR1020167009721A patent/KR102150414B1/ko active IP Right Grant
- 2014-09-18 AU AU2014323527A patent/AU2014323527B2/en active Active
- 2014-09-18 SI SI201431271T patent/SI3046412T1/sl unknown
- 2014-09-18 DK DK14781761.3T patent/DK3046412T3/da active
- 2014-09-18 EP EP19159475.3A patent/EP3549437B1/en active Active
- 2014-09-18 MX MX2016003638A patent/MX362904B/es active IP Right Grant
- 2014-09-18 WO PCT/US2014/056285 patent/WO2015042250A1/en active Application Filing
- 2014-09-18 CA CA2922892A patent/CA2922892C/en active Active
- 2014-09-18 SG SG10201810825YA patent/SG10201810825YA/en unknown
- 2014-09-18 HU HUE14781761 patent/HUE044747T2/hu unknown
- 2014-09-18 RU RU2019121863A patent/RU2019121863A/ru unknown
- 2014-09-18 PT PT14781761T patent/PT3046412T/pt unknown
- 2014-09-18 BR BR112016005912A patent/BR112016005912A2/pt not_active IP Right Cessation
- 2014-09-18 JP JP2016543984A patent/JP6621750B2/ja active Active
- 2014-09-18 CN CN201480061443.XA patent/CN105722387B/zh active Active
- 2014-09-18 RS RS20190873A patent/RS59003B1/sr unknown
- 2014-09-18 RU RU2016114306A patent/RU2694728C2/ru active
- 2014-09-18 SG SG11201601272YA patent/SG11201601272YA/en unknown
- 2014-09-18 PL PL14781761T patent/PL3046412T3/pl unknown
- 2014-09-18 LT LTEP14781761.3T patent/LT3046412T/lt unknown
-
2016
- 2016-02-22 IL IL244226A patent/IL244226B/en active IP Right Grant
- 2016-12-16 HK HK16114363A patent/HK1225913A1/zh unknown
-
2019
- 2019-01-16 JP JP2019004905A patent/JP2019068850A/ja not_active Withdrawn
- 2019-01-21 IL IL264358A patent/IL264358A/en unknown
- 2019-07-10 CY CY20191100728T patent/CY1121798T1/el unknown
- 2019-07-10 HR HRP20191233TT patent/HRP20191233T1/hr unknown
-
2020
- 2020-03-03 JP JP2020035905A patent/JP2020078350A/ja not_active Withdrawn
-
2021
- 2021-01-15 AU AU2021200228A patent/AU2021200228A1/en not_active Abandoned
Patent Citations (5)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US20020106629A1 (en) * | 2000-10-31 | 2002-08-08 | Murphy Andrew J. | Methods of modifying eukaryotic cells |
| WO2007117410A2 (en) * | 2006-03-31 | 2007-10-18 | Medarex, Inc. | Transgenic animals expressing chimeric antibodies for use in preparing human antibodies |
| WO2009125825A1 (ja) * | 2008-04-11 | 2009-10-15 | 中外製薬株式会社 | 複数分子の抗原に繰り返し結合する抗原結合分子 |
| RU2425880C2 (ru) * | 2009-07-30 | 2011-08-10 | Учреждение Российской академии наук Институт общей генетики им. Н.И. Вавилова РАН | Способ получения трансгенных мышей |
| WO2013046722A1 (ja) * | 2011-09-30 | 2013-04-04 | 中外製薬株式会社 | イオン濃度依存性結合分子ライブラリ |
Also Published As
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| JP7199398B2 (ja) | ヒスチジン操作された軽鎖抗体およびこれを作製するための遺伝子改変された非ヒト動物 | |
| RU2694728C2 (ru) | Антитела со встроенным в легкие цепи гистидином и генетически модифицированные отличные от человека животные для их получения | |
| US9332742B2 (en) | Histidine engineered light chain antibodies and genetically modified non-human animals for generating the same | |
| KR102295842B1 (ko) | 제한된 면역글로불린 경쇄 레퍼토리를 발현하는 마우스 |