RU2649064C1 - Набор синтетических олигонуклеотидов для определения последовательности 1 интрона, примыкающей ко 2 экзону, генов системы HLA I и II классов (HLA-A и HLA-DRB1) - Google Patents
Набор синтетических олигонуклеотидов для определения последовательности 1 интрона, примыкающей ко 2 экзону, генов системы HLA I и II классов (HLA-A и HLA-DRB1) Download PDFInfo
- Publication number
- RU2649064C1 RU2649064C1 RU2016148236A RU2016148236A RU2649064C1 RU 2649064 C1 RU2649064 C1 RU 2649064C1 RU 2016148236 A RU2016148236 A RU 2016148236A RU 2016148236 A RU2016148236 A RU 2016148236A RU 2649064 C1 RU2649064 C1 RU 2649064C1
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- hla
- genes
- exon
- intron
- sequence
- Prior art date
Links
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 title claims abstract description 22
- 108010039343 HLA-DRB1 Chains Proteins 0.000 title claims abstract description 6
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 title claims abstract description 5
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 title claims abstract description 4
- 102100028972 HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain Human genes 0.000 claims abstract description 5
- 102100040485 HLA class II histocompatibility antigen, DRB1 beta chain Human genes 0.000 claims abstract description 5
- 108010075704 HLA-A Antigens Proteins 0.000 claims abstract description 5
- 238000000246 agarose gel electrophoresis Methods 0.000 claims description 2
- 238000000034 method Methods 0.000 abstract description 5
- 239000000126 substance Substances 0.000 abstract 1
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 6
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 6
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 description 5
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 5
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 5
- 230000001850 reproductive effect Effects 0.000 description 5
- 210000001185 bone marrow Anatomy 0.000 description 4
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 4
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 4
- 238000007481 next generation sequencing Methods 0.000 description 4
- 108700024394 Exon Proteins 0.000 description 3
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 3
- 230000001363 autoimmune Effects 0.000 description 3
- 238000011161 development Methods 0.000 description 3
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 2
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 2
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 2
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 2
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 2
- 230000007170 pathology Effects 0.000 description 2
- 230000008569 process Effects 0.000 description 2
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 description 2
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 2
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 2
- QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol;hydron;chloride Chemical compound Cl.OCC(N)(CO)CO QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108091093088 Amplicon Proteins 0.000 description 1
- 206010002556 Ankylosing Spondylitis Diseases 0.000 description 1
- 208000023275 Autoimmune disease Diseases 0.000 description 1
- 208000015943 Coeliac disease Diseases 0.000 description 1
- 208000035473 Communicable disease Diseases 0.000 description 1
- 238000007399 DNA isolation Methods 0.000 description 1
- 238000001712 DNA sequencing Methods 0.000 description 1
- 208000031886 HIV Infections Diseases 0.000 description 1
- 208000037357 HIV infectious disease Diseases 0.000 description 1
- 208000005176 Hepatitis C Diseases 0.000 description 1
- 206010020751 Hypersensitivity Diseases 0.000 description 1
- 108091092195 Intron Proteins 0.000 description 1
- 206010024229 Leprosy Diseases 0.000 description 1
- 108700018351 Major Histocompatibility Complex Proteins 0.000 description 1
- 108010006785 Taq Polymerase Proteins 0.000 description 1
- 206010067584 Type 1 diabetes mellitus Diseases 0.000 description 1
- 229960004748 abacavir Drugs 0.000 description 1
- 238000009825 accumulation Methods 0.000 description 1
- 208000026935 allergic disease Diseases 0.000 description 1
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 1
- 239000000427 antigen Substances 0.000 description 1
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 description 1
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 description 1
- 238000011225 antiretroviral therapy Methods 0.000 description 1
- 230000005784 autoimmunity Effects 0.000 description 1
- 239000012620 biological material Substances 0.000 description 1
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 1
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 1
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 1
- 230000006378 damage Effects 0.000 description 1
- 239000005547 deoxyribonucleotide Substances 0.000 description 1
- -1 deoxyribonucleotide triphosphates Chemical class 0.000 description 1
- 208000035475 disorder Diseases 0.000 description 1
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 1
- 239000000839 emulsion Substances 0.000 description 1
- 102000054767 gene variant Human genes 0.000 description 1
- 102000054766 genetic haplotypes Human genes 0.000 description 1
- 239000011521 glass Substances 0.000 description 1
- PCHJSUWPFVWCPO-UHFFFAOYSA-N gold Chemical compound [Au] PCHJSUWPFVWCPO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000036541 health Effects 0.000 description 1
- 210000003958 hematopoietic stem cell Anatomy 0.000 description 1
- 208000002672 hepatitis B Diseases 0.000 description 1
- 238000012165 high-throughput sequencing Methods 0.000 description 1
- 208000033519 human immunodeficiency virus infectious disease Diseases 0.000 description 1
- 230000009610 hypersensitivity Effects 0.000 description 1
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 1
- 239000000463 material Substances 0.000 description 1
- 239000011859 microparticle Substances 0.000 description 1
- 239000002480 mineral oil Substances 0.000 description 1
- 235000010446 mineral oil Nutrition 0.000 description 1
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 1
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 1
- 150000007523 nucleic acids Chemical group 0.000 description 1
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 230000008520 organization Effects 0.000 description 1
- 239000012188 paraffin wax Substances 0.000 description 1
- 239000011535 reaction buffer Substances 0.000 description 1
- 238000003753 real-time PCR Methods 0.000 description 1
- 238000011160 research Methods 0.000 description 1
- 206010039073 rheumatoid arthritis Diseases 0.000 description 1
- 210000000130 stem cell Anatomy 0.000 description 1
- 230000020382 suppression by virus of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I Effects 0.000 description 1
- 238000002054 transplantation Methods 0.000 description 1
- 239000001226 triphosphate Substances 0.000 description 1
- 235000011178 triphosphate Nutrition 0.000 description 1
- 201000008827 tuberculosis Diseases 0.000 description 1
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
- C12Q1/686—Polymerase chain reaction [PCR]
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Immunology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
Изобретение относится к области биохимии и молекулярной биологии, в частности к набору синтетических олигонуклеотидов. Указанный набор предназначен для определения последовательности 1 интрона, примыкающей ко 2 экзону, генов системы HLA I и II классов (HLA-A и HLA-DRB1) методом ПЦР и состоит из следующих праймеров: dr1in6s 5’-GGATCCTCCTCCAGCTCCTG-3’, dr1in2a 5’-CCGCTCCGTCCCATTGAAGA-3’, A1in1s 5’-CTCCGAACCCTCCTCCTGCTA-3’, A1in2a 5’-GCTGTCGAACCGCACGGACTG-3’. Изобретение позволяет определять последовательности 1 интрона, примыкающей ко 2 экзону, генов системы HLA I и II классов. 1 ил.
Description
1. Область техники.
Предложенные синтетические олигонуклеотиды и их применение относятся к области медицины, биологии и биотехнологии и могут быть использованы для определения последовательности 1 интрона, примыкающей ко 2 экзону, генов системы HLA I и II классов (HLA-A и HLA-DRB1).
Гены главного комплекса тканевой совместимости (МНС - Major Histocompatibility Complex), в последствие названные HLA (Human Leucocyte Antigens), являются многофункциональными, их клиническое значение не ограничивается рамками трансплантологии, а связано также с рисками развития различных заболеваний и репродуктивных нарушений.
На современном этапе можно выделить несколько важных направлений практического использования типирования генов HLA.
1. Трансплантология.
Риск осложнений при пересадке значительно снижается при выборе донора с генетической структурой, сходной с генетическими характеристиками пациента. Подобрать донора, полностью совместимого с реципиентом по генам HLA, очень сложно, поскольку число комбинаций, составленных из генов этого семейства, чрезвычайно велико. Вероятность найти полностью совместимого неродственного донора составляет от 1:1000 до 1:1000000 в зависимости от распространенности того или иного гена HLA. Поэтому во всем мире уже созданы и активно создаются регистры доноров костного мозга (гемопоэтических стволовых клеток) - базы, содержащие данные о донорах: результаты тканевого типирования донора, личные и контактные данные. К этой базе обращаются, когда больному требуется пересадка стволовых клеток и начинается поиск неродственного генетически совместимого донора. Национальные регистры неродственных доноров объединены в Международную Ассоциацию Доноров Костного Мозга (WMDA).
2. Популяционные исследования.
Исследования полиморфизма HLA в различных этнических группах позволяют обнаружить особенности распределения специфичностей генов HLA и их гаплотипипов, а также новые аллельные варианты генов HLA. Эти данные имеют как чисто научное, так и прикладное значение. Знания об особенностях популяций важны для более прицельного подбора доноров костного мозга.
3. HLA и болезни.
В результате усилий ученых из разных стран мира получены данные о значении генов HLA для развития аутоиммунных заболеваний в разных популяционных группах. Установлены как положительно, так и отрицательно ассоциированные с развитием заболеваний варианты генов HLA. С одной стороны, гены HLA являются маркерами различной аутоиммунной патологии (сахарный диабет 1 типа, ревматоидный артрит, анкилозирующий спондилит, целиакия и др.), с другой стороны, маркерами чувствительности и устойчивости к разным инфекционным заболеваниям (лепра, туберкулез, гепатит В и С и др.). Также существует ассоциация генов HLA с чувствительностью к применяемым лекарственным средствам (гиперчувствительность к абакавиру (применяется в качестве антиретровирусной терапии при ВИЧ-инфекции I типа)).
4. HLA и репродукция.
Исследования роли системы HLA в вопросах репродукции идут по двум направлениям. Первое касается изучения связи аутоиммунной патологии с репродуктивными неудачами, а также поиском маркеров HLA аутоиммунного процесса и соответственно репродуктивных потерь, связанных с аутоиммунитетом, второе - значения совместимости партнеров по вариантам HLA для репродуктивного результата.
Развитие технологий привело к быстрому накоплению сведений о широчайшем полиморфизме этой системы.
На данный момент в базе данных Комитета имеются сиквенсы 3492 аллелей HLA-A и 1929 аллелей HLA-DRB1 (данные на 27.09.2016). Таким образом, база данных по вариантам HLA-генов не является окончательной, она продолжает постоянно увеличиваться.
К HLA типированию генов на высоким разрешении предъявляются следующие требования:
- для HLA I класса полное прочтение 2 и 3 экзонов, включая нулевые аллели и разрешение всех неоднозначностей;
- для HLA II класса полное прочтение 2 экзона, включая нулевые аллели и разрешение всех неоднозначностей.
Эти требования накладывают определенные рамки при создании системы для типирования генов HLA. Для полного прочтения экзона необходимо расположить праймеры на интроне. Однако если обратиться к базе данных последовательностей аллелей HLA, поддерживаемой Номенклатурным Комитетом Всемирной Организации Здравоохранения по факторам системы HLA, то обращает на себя внимание, что для HLA-A известно 3492 последовательности 2 экзона, в то время для 1 интрона известна всего 241 последовательность. И для HLA-DRB1 известно 1929 последовательности 2 экзона и всего 43 последовательности 1 интрона.
Поэтому для достижения требований к высокому разрешению необходимо изучение областей интронов, примыкающих к типируемым экзонам.
2. Уровень техники.
Для определения последовательности генов используются различные методики секвенирования (SBT - sequence-based typing) и NGS (next generation sequencing)).
Метод определения нуклеотидной последовательности ДНК по Сэнгеру (SBT) и его различные модификации являются золотым стандартом в области секвенирования ДНК. Однако появление технологий высокопроизводительного секвенирования (NGS) позволило не только увеличить производительность и скорость прочтения до миллиардов пар оснований, но и существенно снизить стоимость процесса.
Определение последовательности нуклеиновых кислот методами высокопроизводительного секвенирования, по сути, представляет собой одновременное (параллельное) прочтение последовательности нескольких миллионов разных (относительно коротких) фрагментов исходной ДНК. В настоящее время производительность достигает нескольких геномов человека за один запуск одного прибора и постоянно увеличивается.
Общая последовательность этапов высокопроизводительного секвенирования для наиболее популярных технологических вариантов:
1) разрушение ДНК с получением фрагментов определенной длины или амплификация продуктов определенной длины (таргетное секвенирование);
2) присоединение синтетических олигонуклеотидных адаптеров по краям фрагментов;
3) наработка (амплификация) каждого фрагмента ДНК в отдельном микрореакторе с микрочастицей (эмульсионная ПЦР) и/или непосредственно на поверхности предметного стекла (мостиковая ПЦР);
4) определение последовательности фрагментов ДНК-методами, предложенными производителями приборов;
5) биоинформационный анализ данных (коротких прочтений).
Предлагаемое изобретение с дальнейшим использованием технологии NGS делает определение последовательностей генов HLA более быстрым и удешевляет подобные исследования, что позволит в дальнейшем создать надежную систему для типирования генов HLA на высоком разрешении.
3. Раскрытие изобретения.
Техническим результатом, на достижение которого направлено предлагаемое изобретение, является изучение области 1 интрона, примыкающего к 2 экзону, с целью дальнейшего создание надежной системы для типирования генов HLA на высоком разрешении, что позволит использовать ее для создания регистра доноров костного мозга и проведения массовых исследований, связанных с ассоциациями с различными болезнями и репродукцией.
Для достижения указанного результата используется постановка ПЦР (таргетное секвенирование) с помощью специфичных праймеров, расположенных на константном регионе в области, примыкающей ко 2 экзону, следующего нуклеотидного состава:
dr 1 in6s 5'- GGATCCTCCTCCAGCTCCTG - 3'
dr 1 in2a 5'- CCGCTCCGTCCCATTGAAGA - 3'
A 1 in1s 5'- CTCCGAACCCTCCTCCTGCTA -3'
A 1 in2a 5'- GCTGTCGAACCGCACGGACTG -3'
Дополнительно в реакционную смесь включают следующие стандартные компоненты:
- смесь дезоксирибонуклеотидтрифосфатов четырех типов;
- реакционный буфер (100 мМ Tris-HCl (рН 8.8 при 25°С), 500 мМ KCl, 0.8% Р40, 20 мМ MgCl2);
- бидистилированная вода;
- Taq-полимераза;
- минеральное масло;
- парафин.
4. Осуществление изобретения.
В качестве материала для исследования рекомендуется использовать кровь человека. Выделение ДНК из биоматериала производится с использованием комплекта реагентов для выделения ДНК (не является предметом данного патента).
В данную реакционную смесь добавляют образец ДНК и проводят ПЦР, регистрацию сигнала осуществляют с помощью электрофореза в агарозном геле.
Наличие ампликона определяют после окончания программы амплификации по наличию продукта длиной 345 п.н. для первой пары праймеров и 301 п.н. для второй пары праймеров.
| Праймеры | Праймеры |
| dr 1 in6s | A 1 in1s |
| dr 1 in2a | A 1 in2a |
Список литературы:
1. Хаитов P.M. Физиология иммунной системы. - М.: ВИНИТИ РАН, 2001.
2. Болдырева М.Н. HLA (класс II) и естественный отбор. «Функциональный» генотип, гипотеза преимущества «функциональной» гетерозиготности. Диссертация на соискание ученой степени доктора медицинских наук, 2007.
3. Трофимов Д.Ю. Создание отечественной инновационной технологической платформы для решения актуальных фундаментальных и прикладных задач современной иммунологии на основе ПЦР в реальном времени. Диссертация на соискание ученой степени доктора медицинских наук, 2009.
4. Ребриков Д.В., Коростин Д.О., Шубина Е.С., Ильинский В.В. NGS: высокопроизводительное секвенирование. - М.: «БИНОМ. Лаборатории знаний», 2014.
5. Алексеев Л.П., Гусева И.А., Ульянова Л.И., Стрижаков А.Н., Тимохина Т.Ф. HLA-совместимость и привычное невынашивание беременности. // Иммунология. - 1986. - №2. - С. 76-77.
6. Болдырева М.Н., Хаитов Р.М., Барцева О.Б., Гузов И.И., Барко И.Ю., Померанцева Е.И., Богатова О.В., Гуськова И.А., Янкевич Т.Э., Хромова Н.А., Сергеев И.В., Филиппова Е.В., Алексеев Л.П. Исследование роли HLADRB1-генов при невынашивании беременности неясного генеза. // Иммунология. - 2004. - Том 25. - №1. - С. 4-8.
7. Болдырева М.Н., Хаитов P.M., Дедов И.И., Богатова О.В., Гуськова И.А., Янкевич Т.Э., Зилов А.В., Осокина И.В., Евсеева И.В., Ганичева Л.Л., Кашенин М.Н., Алексеев Л.П. Новый взгляд на механизм HLA ассоциированной предрасположенности к сахарному диабету 1 типа. Теоретические и прикладные аспекты. Иммунология. - 2005. - №6.
Claims (6)
- Набор синтетических олигонуклеотидов для определения последовательности 1 интрона, примыкающей ко 2 экзону, генов системы HLA I и II классов (HLA-A и HLA-DRB1) методом ПЦР, отличающийся тем, что в качестве специфичных праймеров используются:
- dr1in6s 5'-GGATCCTCCTCCAGCTCCTG-3',
- dr1in2a 5'-CCGCTCCGTCCCATTGAAGA-3',
- A1in1s 5'-CTCCGAACCCTCCTCCTGCTA-3',
- A1in2a 5'-GCTGTCGAACCGCACGGACTG-3',
- потом проводится электрофорез в агарозном геле с целью определения наличия продуктов определенной длины.
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| RU2016148236A RU2649064C1 (ru) | 2016-12-08 | 2016-12-08 | Набор синтетических олигонуклеотидов для определения последовательности 1 интрона, примыкающей ко 2 экзону, генов системы HLA I и II классов (HLA-A и HLA-DRB1) |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| RU2016148236A RU2649064C1 (ru) | 2016-12-08 | 2016-12-08 | Набор синтетических олигонуклеотидов для определения последовательности 1 интрона, примыкающей ко 2 экзону, генов системы HLA I и II классов (HLA-A и HLA-DRB1) |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2649064C1 true RU2649064C1 (ru) | 2018-04-02 |
Family
ID=61867385
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2016148236A RU2649064C1 (ru) | 2016-12-08 | 2016-12-08 | Набор синтетических олигонуклеотидов для определения последовательности 1 интрона, примыкающей ко 2 экзону, генов системы HLA I и II классов (HLA-A и HLA-DRB1) |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| RU (1) | RU2649064C1 (ru) |
Cited By (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| RU2703545C1 (ru) * | 2019-06-03 | 2019-10-21 | Общество с ограниченной ответственностью "ПАРСЕК ЛАБ" | Набор синтетических олигонуклеотидов для определения последовательности генов hla-a, hla-b, hla-c, hla-dqb1, hla-drb1 главного комплекса гистосовместимости |
Citations (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| EP2186911A1 (en) * | 1997-06-26 | 2010-05-19 | Biotest AG | A method for determining the Histocompatibility Locus Antigen Class II |
-
2016
- 2016-12-08 RU RU2016148236A patent/RU2649064C1/ru active
Patent Citations (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| EP2186911A1 (en) * | 1997-06-26 | 2010-05-19 | Biotest AG | A method for determining the Histocompatibility Locus Antigen Class II |
Non-Patent Citations (2)
| Title |
|---|
| CEREB N. et al., Dimorphic primers derived from intron 1 for use in the molecular typing of HLA-B alleles HLA, 1997. * |
| ЛОГИНОВА М.А. и др., Использование новых наборов реагентов для выявления и описания дополнительных аллелей, Вестник трансплантологии и искусственных органов, 2011. * |
Cited By (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| RU2703545C1 (ru) * | 2019-06-03 | 2019-10-21 | Общество с ограниченной ответственностью "ПАРСЕК ЛАБ" | Набор синтетических олигонуклеотидов для определения последовательности генов hla-a, hla-b, hla-c, hla-dqb1, hla-drb1 главного комплекса гистосовместимости |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| Schöfl et al. | 2.7 million samples genotyped for HLA by next generation sequencing: lessons learned | |
| CN105339508B (zh) | Hla基因的多重dna分型方法和试剂盒 | |
| CN108004312B (zh) | 检测心血管疾病相关基因多态性的引物组、试剂盒及方法 | |
| Bravo-Egana et al. | New challenges, new opportunities: Next generation sequencing and its place in the advancement of HLA typing | |
| CA3168485A1 (en) | Methods of spatially resolved single cell rna sequencing | |
| Nallamilli et al. | Detecting APC gene mutations in familial adenomatous polyposis (FAP) | |
| Koutsi et al. | Diagnostic molecular techniques in haematology: recent advances | |
| Fichou et al. | NGS and blood group systems: state of the art and perspectives | |
| CN110699446B (zh) | 一种与非综合征型唇腭裂诊断相关的SNP标志物rs3174298及其应用 | |
| Galbiati et al. | Fetal DNA in maternal plasma: a noninvasive tool for prenatal diagnosis of beta-thalassemia | |
| Simtong et al. | RHD 1227 A and hybrid Rhesus box analysis in Thai RhD+ and RhD-blood donors: prevalence, RHD zygosity, and molecular screening | |
| RU2649064C1 (ru) | Набор синтетических олигонуклеотидов для определения последовательности 1 интрона, примыкающей ко 2 экзону, генов системы HLA I и II классов (HLA-A и HLA-DRB1) | |
| Carracedo | Forensic genetics: history | |
| Dunn | Novel approaches and technologies in molecular HLA typing | |
| Moreira et al. | Influence of cytokine and cytokine receptor gene polymorphisms on the degree of liver damage in patients with chronic hepatitis C | |
| CN115679003A (zh) | 用于预测药物疗效的组合物、系统及用途 | |
| Jiao et al. | Gene identification of rare B (A) blood group | |
| US20220259670A1 (en) | Kit and method for analyzing single t cells | |
| Mellet et al. | HLA typing: Conventional techniques v. next-generation sequencing | |
| KR20150029810A (ko) | Hla-b＊5801 대립유전자 및 hla-b＊5701 대립유전자 동시 검출 방법 및 그 키트 | |
| CN113337598A (zh) | 用于孕期维生素b12缺乏风险评估检测试剂盒与应用方法 | |
| CN117925802B (zh) | 用于hla-i和hpa多重pcr的引物组合物、应用和基因分型方法 | |
| CN107446921B (zh) | Thsd7a基因序列及表达改变检测及其在冠心病预测中的应用 | |
| CN108660198B (zh) | 一种血小板膜蛋白cd36抗原基因分型的pcr-sbt方法及试剂 | |
| Kumari et al. | Correlation of the SNP’s of fgfr1 and fgf10 with non-syndromic cleft lip with or without cleft palate in Indian population by DNA sequencing method |