RU2426786C2 - СПОСОБ И УСТРОЙСТВО ДЛЯ АНАЛИЗА in vitro мPHK ГЕНОВ, УЧАСТВУЮЩИХ В РАЗВИТИИ ГЕМАТОЛОГИЧЕСКИХ НЕОПЛАЗИЙ - Google Patents
СПОСОБ И УСТРОЙСТВО ДЛЯ АНАЛИЗА in vitro мPHK ГЕНОВ, УЧАСТВУЮЩИХ В РАЗВИТИИ ГЕМАТОЛОГИЧЕСКИХ НЕОПЛАЗИЙ Download PDFInfo
- Publication number
- RU2426786C2 RU2426786C2 RU2008120600/10A RU2008120600A RU2426786C2 RU 2426786 C2 RU2426786 C2 RU 2426786C2 RU 2008120600/10 A RU2008120600/10 A RU 2008120600/10A RU 2008120600 A RU2008120600 A RU 2008120600A RU 2426786 C2 RU2426786 C2 RU 2426786C2
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- samples
- seq
- genes
- oligonucleotides
- cells
- Prior art date
Links
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 80
- 238000011161 development Methods 0.000 title claims description 36
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 title claims description 9
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 title abstract description 184
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 title description 93
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 title description 29
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 title description 24
- 230000002489 hematologic effect Effects 0.000 title description 16
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 claims abstract description 144
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 claims abstract description 85
- 208000032852 chronic lymphocytic leukemia Diseases 0.000 claims abstract description 71
- 208000010839 B-cell chronic lymphocytic leukemia Diseases 0.000 claims abstract description 66
- 208000031422 Lymphocytic Chronic B-Cell Leukemia Diseases 0.000 claims abstract description 64
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 claims abstract description 49
- 201000010099 disease Diseases 0.000 claims abstract description 48
- 239000000203 mixture Substances 0.000 claims abstract description 37
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 claims abstract description 18
- 239000008280 blood Substances 0.000 claims abstract description 18
- 101000878605 Homo sapiens Low affinity immunoglobulin epsilon Fc receptor Proteins 0.000 claims abstract description 13
- 101001000773 Homo sapiens POU domain, class 2, transcription factor 2 Proteins 0.000 claims abstract description 12
- 102100038007 Low affinity immunoglobulin epsilon Fc receptor Human genes 0.000 claims abstract description 12
- 101000592466 Homo sapiens Proteasome subunit beta type-4 Proteins 0.000 claims abstract description 10
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 113
- 102100035591 POU domain, class 2, transcription factor 2 Human genes 0.000 claims description 10
- 238000007619 statistical method Methods 0.000 claims description 8
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims description 3
- 102100033190 Proteasome subunit beta type-4 Human genes 0.000 abstract description 7
- 230000000694 effects Effects 0.000 abstract description 4
- 108020005187 Oligonucleotide Probes Proteins 0.000 abstract description 2
- 239000002751 oligonucleotide probe Substances 0.000 abstract description 2
- 239000000126 substance Substances 0.000 abstract description 2
- 239000003814 drug Substances 0.000 abstract 1
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 107
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 88
- 230000009826 neoplastic cell growth Effects 0.000 description 77
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 54
- 230000006870 function Effects 0.000 description 47
- 230000018109 developmental process Effects 0.000 description 32
- 208000032839 leukemia Diseases 0.000 description 32
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 29
- 210000003958 hematopoietic stem cell Anatomy 0.000 description 29
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 26
- 230000004069 differentiation Effects 0.000 description 25
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 23
- 238000011282 treatment Methods 0.000 description 22
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 21
- 230000008569 process Effects 0.000 description 21
- -1 SC5 Proteins 0.000 description 20
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 description 20
- 230000008859 change Effects 0.000 description 18
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 17
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 16
- 238000002493 microarray Methods 0.000 description 16
- 230000000750 progressive effect Effects 0.000 description 16
- IAZDPXIOMUYVGZ-UHFFFAOYSA-N Dimethylsulphoxide Chemical compound CS(C)=O IAZDPXIOMUYVGZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 15
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 15
- 239000013612 plasmid Substances 0.000 description 15
- 238000004393 prognosis Methods 0.000 description 15
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 15
- 208000031261 Acute myeloid leukaemia Diseases 0.000 description 14
- 201000003793 Myelodysplastic syndrome Diseases 0.000 description 14
- 230000035755 proliferation Effects 0.000 description 14
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 14
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 13
- 206010025323 Lymphomas Diseases 0.000 description 13
- 208000033776 Myeloid Acute Leukemia Diseases 0.000 description 13
- 210000001185 bone marrow Anatomy 0.000 description 13
- 238000010606 normalization Methods 0.000 description 13
- 238000002372 labelling Methods 0.000 description 12
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 12
- 238000001914 filtration Methods 0.000 description 11
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 11
- 102100027205 B-cell antigen receptor complex-associated protein alpha chain Human genes 0.000 description 10
- 101000914489 Homo sapiens B-cell antigen receptor complex-associated protein alpha chain Proteins 0.000 description 10
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 10
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 10
- 230000011132 hemopoiesis Effects 0.000 description 10
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 10
- 230000000877 morphologic effect Effects 0.000 description 10
- 235000018102 proteins Nutrition 0.000 description 10
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 description 9
- 239000011521 glass Substances 0.000 description 9
- HEDRZPFGACZZDS-UHFFFAOYSA-N Chloroform Chemical compound ClC(Cl)Cl HEDRZPFGACZZDS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- 101000653455 Homo sapiens Transcriptional and immune response regulator Proteins 0.000 description 8
- 208000015914 Non-Hodgkin lymphomas Diseases 0.000 description 8
- 238000004113 cell culture Methods 0.000 description 8
- 230000003394 haemopoietic effect Effects 0.000 description 8
- 239000012071 phase Substances 0.000 description 8
- 230000004044 response Effects 0.000 description 8
- 208000011580 syndromic disease Diseases 0.000 description 8
- 102100028186 ATP-binding cassette sub-family C member 5 Human genes 0.000 description 7
- 208000024893 Acute lymphoblastic leukemia Diseases 0.000 description 7
- 241000219195 Arabidopsis thaliana Species 0.000 description 7
- 108091059597 FAIM3 Proteins 0.000 description 7
- 102100037815 Fas apoptotic inhibitory molecule 3 Human genes 0.000 description 7
- 102100040505 HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain Human genes 0.000 description 7
- 102100040482 HLA class II histocompatibility antigen, DR beta 3 chain Human genes 0.000 description 7
- 108010086786 HLA-DQA1 antigen Proteins 0.000 description 7
- 108010067802 HLA-DR alpha-Chains Proteins 0.000 description 7
- 108010061311 HLA-DRB3 Chains Proteins 0.000 description 7
- 101000986622 Homo sapiens ATP-binding cassette sub-family C member 5 Proteins 0.000 description 7
- 208000006664 Precursor Cell Lymphoblastic Leukemia-Lymphoma Diseases 0.000 description 7
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 description 7
- 238000007477 logistic regression Methods 0.000 description 7
- 230000002071 myeloproliferative effect Effects 0.000 description 7
- 239000013641 positive control Substances 0.000 description 7
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 7
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 7
- 208000024891 symptom Diseases 0.000 description 7
- YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N (+)-Biotin Chemical compound N1C(=O)N[C@@H]2[C@H](CCCCC(=O)O)SC[C@@H]21 YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 6
- 101000993285 Homo sapiens Collagen alpha-1(III) chain Proteins 0.000 description 6
- 101001032345 Homo sapiens Interferon regulatory factor 8 Proteins 0.000 description 6
- 102100038069 Interferon regulatory factor 8 Human genes 0.000 description 6
- 206010035226 Plasma cell myeloma Diseases 0.000 description 6
- 238000004364 calculation method Methods 0.000 description 6
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 description 6
- 238000013461 design Methods 0.000 description 6
- 238000009826 distribution Methods 0.000 description 6
- 102000006602 glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase Human genes 0.000 description 6
- 108020004445 glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase Proteins 0.000 description 6
- PHTQWCKDNZKARW-UHFFFAOYSA-N isoamylol Chemical compound CC(C)CCO PHTQWCKDNZKARW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 210000001165 lymph node Anatomy 0.000 description 6
- 210000004698 lymphocyte Anatomy 0.000 description 6
- 206010028537 myelofibrosis Diseases 0.000 description 6
- 239000013642 negative control Substances 0.000 description 6
- 210000005259 peripheral blood Anatomy 0.000 description 6
- 239000011886 peripheral blood Substances 0.000 description 6
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 6
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 description 6
- 238000000528 statistical test Methods 0.000 description 6
- 230000004083 survival effect Effects 0.000 description 6
- 230000005945 translocation Effects 0.000 description 6
- 108010085238 Actins Proteins 0.000 description 5
- 206010000830 Acute leukaemia Diseases 0.000 description 5
- 208000014697 Acute lymphocytic leukaemia Diseases 0.000 description 5
- 102100022005 B-lymphocyte antigen CD20 Human genes 0.000 description 5
- 241000588724 Escherichia coli Species 0.000 description 5
- 102100036242 HLA class II histocompatibility antigen, DQ alpha 2 chain Human genes 0.000 description 5
- 101000897405 Homo sapiens B-lymphocyte antigen CD20 Proteins 0.000 description 5
- 101000596046 Homo sapiens Plastin-2 Proteins 0.000 description 5
- 101000665882 Homo sapiens Retinol-binding protein 4 Proteins 0.000 description 5
- 101000762938 Homo sapiens TOX high mobility group box family member 4 Proteins 0.000 description 5
- 208000031671 Large B-Cell Diffuse Lymphoma Diseases 0.000 description 5
- 102100038246 Retinol-binding protein 4 Human genes 0.000 description 5
- 102000006382 Ribonucleases Human genes 0.000 description 5
- 108010083644 Ribonucleases Proteins 0.000 description 5
- 101150093282 SG12 gene Proteins 0.000 description 5
- 102100026749 TOX high mobility group box family member 4 Human genes 0.000 description 5
- 230000002159 abnormal effect Effects 0.000 description 5
- 230000006907 apoptotic process Effects 0.000 description 5
- 210000000601 blood cell Anatomy 0.000 description 5
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 5
- 230000001684 chronic effect Effects 0.000 description 5
- 238000007405 data analysis Methods 0.000 description 5
- 206010012818 diffuse large B-cell lymphoma Diseases 0.000 description 5
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 5
- 230000003211 malignant effect Effects 0.000 description 5
- 201000000050 myeloid neoplasm Diseases 0.000 description 5
- 239000002243 precursor Substances 0.000 description 5
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 5
- 230000002441 reversible effect Effects 0.000 description 5
- 208000027390 severe congenital neutropenia 3 Diseases 0.000 description 5
- 208000027391 severe congenital neutropenia 6 Diseases 0.000 description 5
- 208000027396 severe congenital neutropenia 8 Diseases 0.000 description 5
- 239000002904 solvent Substances 0.000 description 5
- 210000000130 stem cell Anatomy 0.000 description 5
- 238000012549 training Methods 0.000 description 5
- 230000009466 transformation Effects 0.000 description 5
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- 108020004463 18S ribosomal RNA Proteins 0.000 description 4
- 102100037674 Bis(5'-adenosyl)-triphosphatase Human genes 0.000 description 4
- 102100031611 Collagen alpha-1(III) chain Human genes 0.000 description 4
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 4
- 108010053770 Deoxyribonucleases Proteins 0.000 description 4
- 102000016911 Deoxyribonucleases Human genes 0.000 description 4
- 206010058314 Dysplasia Diseases 0.000 description 4
- 102000005233 Eukaryotic Initiation Factor-4E Human genes 0.000 description 4
- 108060002636 Eukaryotic Initiation Factor-4E Proteins 0.000 description 4
- 102100033417 Glucocorticoid receptor Human genes 0.000 description 4
- 208000017604 Hodgkin disease Diseases 0.000 description 4
- 208000010747 Hodgkins lymphoma Diseases 0.000 description 4
- 101000926939 Homo sapiens Glucocorticoid receptor Proteins 0.000 description 4
- 101000585693 Homo sapiens Mitochondrial 2-oxodicarboxylate carrier Proteins 0.000 description 4
- 101001109282 Homo sapiens NudC domain-containing protein 1 Proteins 0.000 description 4
- 101001041245 Homo sapiens Ornithine decarboxylase Proteins 0.000 description 4
- 101000631760 Homo sapiens Sodium channel protein type 1 subunit alpha Proteins 0.000 description 4
- 101000934346 Homo sapiens T-cell surface antigen CD2 Proteins 0.000 description 4
- 101000946860 Homo sapiens T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain Proteins 0.000 description 4
- 101000934341 Homo sapiens T-cell surface glycoprotein CD5 Proteins 0.000 description 4
- 101100377226 Homo sapiens ZBTB16 gene Proteins 0.000 description 4
- 102100035405 Neutrophil gelatinase-associated lipocalin Human genes 0.000 description 4
- 102100022475 NudC domain-containing protein 1 Human genes 0.000 description 4
- 102100021079 Ornithine decarboxylase Human genes 0.000 description 4
- 108700003766 Promyelocytic Leukemia Zinc Finger Proteins 0.000 description 4
- 238000002123 RNA extraction Methods 0.000 description 4
- 208000009527 Refractory anemia Diseases 0.000 description 4
- 208000033501 Refractory anemia with excess blasts Diseases 0.000 description 4
- 206010072684 Refractory cytopenia with unilineage dysplasia Diseases 0.000 description 4
- 102100028910 Sodium channel protein type 1 subunit alpha Human genes 0.000 description 4
- 102100025237 T-cell surface antigen CD2 Human genes 0.000 description 4
- 102100035794 T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain Human genes 0.000 description 4
- 102100025244 T-cell surface glycoprotein CD5 Human genes 0.000 description 4
- 102100040314 Zinc finger and BTB domain-containing protein 16 Human genes 0.000 description 4
- 239000000427 antigen Substances 0.000 description 4
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 description 4
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 description 4
- 108010005713 bis(5'-adenosyl)triphosphatase Proteins 0.000 description 4
- 210000001772 blood platelet Anatomy 0.000 description 4
- 238000012937 correction Methods 0.000 description 4
- 230000002559 cytogenic effect Effects 0.000 description 4
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 description 4
- 238000006062 fragmentation reaction Methods 0.000 description 4
- 210000003563 lymphoid tissue Anatomy 0.000 description 4
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 4
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 4
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 4
- 208000016586 myelodysplastic syndrome with excess blasts Diseases 0.000 description 4
- 230000007170 pathology Effects 0.000 description 4
- 208000027409 severe congenital neutropenia 7 Diseases 0.000 description 4
- 230000006641 stabilisation Effects 0.000 description 4
- 238000011105 stabilization Methods 0.000 description 4
- 102100031585 ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 1 Human genes 0.000 description 3
- 102100022900 Actin, cytoplasmic 1 Human genes 0.000 description 3
- 208000032800 BCR-ABL1 positive blast phase chronic myelogenous leukemia Diseases 0.000 description 3
- 208000032791 BCR-ABL1 positive chronic myelogenous leukemia Diseases 0.000 description 3
- 244000063299 Bacillus subtilis Species 0.000 description 3
- 235000014469 Bacillus subtilis Nutrition 0.000 description 3
- 208000004860 Blast Crisis Diseases 0.000 description 3
- 208000010833 Chronic myeloid leukaemia Diseases 0.000 description 3
- 102100027829 DNA repair protein XRCC3 Human genes 0.000 description 3
- 101150112014 Gapdh gene Proteins 0.000 description 3
- 208000034951 Genetic Translocation Diseases 0.000 description 3
- 101000777636 Homo sapiens ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 1 Proteins 0.000 description 3
- 101000980814 Homo sapiens CAMPATH-1 antigen Proteins 0.000 description 3
- 101000628949 Homo sapiens Mitogen-activated protein kinase 10 Proteins 0.000 description 3
- 108060003951 Immunoglobulin Proteins 0.000 description 3
- 108010019476 Immunoglobulin Heavy Chains Proteins 0.000 description 3
- 102100026931 Mitogen-activated protein kinase 10 Human genes 0.000 description 3
- 208000033761 Myelogenous Chronic BCR-ABL Positive Leukemia Diseases 0.000 description 3
- ISWSIDIOOBJBQZ-UHFFFAOYSA-N Phenol Chemical compound OC1=CC=CC=C1 ISWSIDIOOBJBQZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 108091034057 RNA (poly(A)) Proteins 0.000 description 3
- 238000010802 RNA extraction kit Methods 0.000 description 3
- VMHLLURERBWHNL-UHFFFAOYSA-M Sodium acetate Chemical compound [Na+].CC([O-])=O VMHLLURERBWHNL-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 3
- 201000008736 Systemic mastocytosis Diseases 0.000 description 3
- 210000001744 T-lymphocyte Anatomy 0.000 description 3
- 241000700605 Viruses Species 0.000 description 3
- 108010074310 X-ray repair cross complementing protein 3 Proteins 0.000 description 3
- AVKUERGKIZMTKX-NJBDSQKTSA-N ampicillin Chemical compound C1([C@@H](N)C(=O)N[C@H]2[C@H]3SC([C@@H](N3C2=O)C(O)=O)(C)C)=CC=CC=C1 AVKUERGKIZMTKX-NJBDSQKTSA-N 0.000 description 3
- 229960000723 ampicillin Drugs 0.000 description 3
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 3
- 210000003719 b-lymphocyte Anatomy 0.000 description 3
- 238000001574 biopsy Methods 0.000 description 3
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 3
- 229960002685 biotin Drugs 0.000 description 3
- 235000020958 biotin Nutrition 0.000 description 3
- 239000011616 biotin Substances 0.000 description 3
- 238000002512 chemotherapy Methods 0.000 description 3
- 201000010902 chronic myelomonocytic leukemia Diseases 0.000 description 3
- 238000002405 diagnostic procedure Methods 0.000 description 3
- 239000006185 dispersion Substances 0.000 description 3
- 230000007613 environmental effect Effects 0.000 description 3
- 230000002349 favourable effect Effects 0.000 description 3
- 238000013467 fragmentation Methods 0.000 description 3
- 208000014951 hematologic disease Diseases 0.000 description 3
- 102000018358 immunoglobulin Human genes 0.000 description 3
- 238000011534 incubation Methods 0.000 description 3
- 108010053156 lipid transfer protein Proteins 0.000 description 3
- 230000000527 lymphocytic effect Effects 0.000 description 3
- 210000000440 neutrophil Anatomy 0.000 description 3
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 3
- 210000004180 plasmocyte Anatomy 0.000 description 3
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 3
- 238000007781 pre-processing Methods 0.000 description 3
- 239000002244 precipitate Substances 0.000 description 3
- 239000000047 product Substances 0.000 description 3
- 238000011002 quantification Methods 0.000 description 3
- 230000008707 rearrangement Effects 0.000 description 3
- 238000011160 research Methods 0.000 description 3
- 108091008146 restriction endonucleases Proteins 0.000 description 3
- 229930002330 retinoic acid Natural products 0.000 description 3
- 208000027392 severe congenital neutropenia 2 Diseases 0.000 description 3
- 239000001632 sodium acetate Substances 0.000 description 3
- 235000017281 sodium acetate Nutrition 0.000 description 3
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 3
- 229960001727 tretinoin Drugs 0.000 description 3
- WEVYNIUIFUYDGI-UHFFFAOYSA-N 3-[6-[4-(trifluoromethoxy)anilino]-4-pyrimidinyl]benzamide Chemical compound NC(=O)C1=CC=CC(C=2N=CN=C(NC=3C=CC(OC(F)(F)F)=CC=3)C=2)=C1 WEVYNIUIFUYDGI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 102100034273 Annexin A7 Human genes 0.000 description 2
- 102100021569 Apoptosis regulator Bcl-2 Human genes 0.000 description 2
- 102100038080 B-cell receptor CD22 Human genes 0.000 description 2
- 102100024222 B-lymphocyte antigen CD19 Human genes 0.000 description 2
- 102100032912 CD44 antigen Human genes 0.000 description 2
- 108010060313 Core Binding Factor beta Subunit Proteins 0.000 description 2
- 102000008147 Core Binding Factor beta Subunit Human genes 0.000 description 2
- 108050006400 Cyclin Proteins 0.000 description 2
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 2
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 2
- 208000032027 Essential Thrombocythemia Diseases 0.000 description 2
- 101000914063 Eucalyptus globulus Leafy/floricaula homolog FL1 Proteins 0.000 description 2
- 101150032536 FL1 gene Proteins 0.000 description 2
- 208000021519 Hodgkin lymphoma Diseases 0.000 description 2
- 101000756632 Homo sapiens Actin, cytoplasmic 1 Proteins 0.000 description 2
- 101000780144 Homo sapiens Annexin A7 Proteins 0.000 description 2
- 101000884305 Homo sapiens B-cell receptor CD22 Proteins 0.000 description 2
- 101000980825 Homo sapiens B-lymphocyte antigen CD19 Proteins 0.000 description 2
- 101000868273 Homo sapiens CD44 antigen Proteins 0.000 description 2
- 101000711004 Homo sapiens Cx9C motif-containing protein 4 Proteins 0.000 description 2
- 101000877395 Homo sapiens ETS-related transcription factor Elf-1 Proteins 0.000 description 2
- 101000898093 Homo sapiens Protein C-ets-2 Proteins 0.000 description 2
- 101000573199 Homo sapiens Protein PML Proteins 0.000 description 2
- 101000685726 Homo sapiens Protein S100-A2 Proteins 0.000 description 2
- 101001014035 Homo sapiens Protein p13 MTCP-1 Proteins 0.000 description 2
- 101000650863 Homo sapiens SH2 domain-containing protein 1A Proteins 0.000 description 2
- 101000884271 Homo sapiens Signal transducer CD24 Proteins 0.000 description 2
- 101000657845 Homo sapiens Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B' Proteins 0.000 description 2
- 101000914514 Homo sapiens T-cell-specific surface glycoprotein CD28 Proteins 0.000 description 2
- 101000881764 Homo sapiens Transcription elongation factor 1 homolog Proteins 0.000 description 2
- 101000979190 Homo sapiens Transcription factor MafB Proteins 0.000 description 2
- 101000652726 Homo sapiens Transgelin-2 Proteins 0.000 description 2
- 101000823316 Homo sapiens Tyrosine-protein kinase ABL1 Proteins 0.000 description 2
- 241000701044 Human gammaherpesvirus 4 Species 0.000 description 2
- 102000006496 Immunoglobulin Heavy Chains Human genes 0.000 description 2
- 102100034343 Integrase Human genes 0.000 description 2
- 101710203526 Integrase Proteins 0.000 description 2
- 206010033661 Pancytopenia Diseases 0.000 description 2
- 102100021890 Protein C-ets-2 Human genes 0.000 description 2
- 102100026375 Protein PML Human genes 0.000 description 2
- 102100023089 Protein S100-A2 Human genes 0.000 description 2
- 102100031352 Protein p13 MTCP-1 Human genes 0.000 description 2
- 208000035977 Rare disease Diseases 0.000 description 2
- 102100021269 Regulator of G-protein signaling 1 Human genes 0.000 description 2
- 101710140408 Regulator of G-protein signaling 1 Proteins 0.000 description 2
- 102100023606 Retinoic acid receptor alpha Human genes 0.000 description 2
- 108010044012 STAT1 Transcription Factor Proteins 0.000 description 2
- 102100038081 Signal transducer CD24 Human genes 0.000 description 2
- 102100029904 Signal transducer and activator of transcription 1-alpha/beta Human genes 0.000 description 2
- 102100034683 Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B' Human genes 0.000 description 2
- 108010090804 Streptavidin Proteins 0.000 description 2
- 102100027213 T-cell-specific surface glycoprotein CD28 Human genes 0.000 description 2
- 102100037116 Transcription elongation factor 1 homolog Human genes 0.000 description 2
- 102100023234 Transcription factor MafB Human genes 0.000 description 2
- 102100031016 Transgelin-2 Human genes 0.000 description 2
- 102100040247 Tumor necrosis factor Human genes 0.000 description 2
- 102100022596 Tyrosine-protein kinase ABL1 Human genes 0.000 description 2
- 208000033559 Waldenström macroglobulinemia Diseases 0.000 description 2
- 230000005856 abnormality Effects 0.000 description 2
- 238000002835 absorbance Methods 0.000 description 2
- 230000001133 acceleration Effects 0.000 description 2
- 238000009825 accumulation Methods 0.000 description 2
- 239000011543 agarose gel Substances 0.000 description 2
- SHGAZHPCJJPHSC-YCNIQYBTSA-N all-trans-retinoic acid Chemical compound OC(=O)\C=C(/C)\C=C\C=C(/C)\C=C\C1=C(C)CCCC1(C)C SHGAZHPCJJPHSC-YCNIQYBTSA-N 0.000 description 2
- 230000000692 anti-sense effect Effects 0.000 description 2
- 230000031018 biological processes and functions Effects 0.000 description 2
- 230000000903 blocking effect Effects 0.000 description 2
- 210000000988 bone and bone Anatomy 0.000 description 2
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 2
- 238000012512 characterization method Methods 0.000 description 2
- 239000007795 chemical reaction product Substances 0.000 description 2
- 238000010276 construction Methods 0.000 description 2
- 238000002790 cross-validation Methods 0.000 description 2
- 238000012217 deletion Methods 0.000 description 2
- 230000037430 deletion Effects 0.000 description 2
- 230000008021 deposition Effects 0.000 description 2
- 229940088598 enzyme Drugs 0.000 description 2
- 210000002950 fibroblast Anatomy 0.000 description 2
- 201000003444 follicular lymphoma Diseases 0.000 description 2
- 239000000499 gel Substances 0.000 description 2
- 210000000777 hematopoietic system Anatomy 0.000 description 2
- 230000002008 hemorrhagic effect Effects 0.000 description 2
- 206010019847 hepatosplenomegaly Diseases 0.000 description 2
- 230000000579 hyperploidy effect Effects 0.000 description 2
- 230000001900 immune effect Effects 0.000 description 2
- 238000007689 inspection Methods 0.000 description 2
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 2
- 101150043067 lcp1 gene Proteins 0.000 description 2
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 2
- 208000003747 lymphoid leukemia Diseases 0.000 description 2
- 210000005210 lymphoid organ Anatomy 0.000 description 2
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 2
- 238000002156 mixing Methods 0.000 description 2
- 210000000066 myeloid cell Anatomy 0.000 description 2
- 210000005170 neoplastic cell Anatomy 0.000 description 2
- 230000001613 neoplastic effect Effects 0.000 description 2
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 2
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 2
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 2
- 231100000590 oncogenic Toxicity 0.000 description 2
- 230000002246 oncogenic effect Effects 0.000 description 2
- 210000000056 organ Anatomy 0.000 description 2
- 210000004214 philadelphia chromosome Anatomy 0.000 description 2
- 230000008488 polyadenylation Effects 0.000 description 2
- 238000010837 poor prognosis Methods 0.000 description 2
- 238000001556 precipitation Methods 0.000 description 2
- 208000003476 primary myelofibrosis Diseases 0.000 description 2
- 238000003908 quality control method Methods 0.000 description 2
- 230000000306 recurrent effect Effects 0.000 description 2
- 230000009467 reduction Effects 0.000 description 2
- 108090000064 retinoic acid receptors Proteins 0.000 description 2
- 102000003702 retinoic acid receptors Human genes 0.000 description 2
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 description 2
- 241000894007 species Species 0.000 description 2
- 210000000952 spleen Anatomy 0.000 description 2
- 230000000087 stabilizing effect Effects 0.000 description 2
- 230000000638 stimulation Effects 0.000 description 2
- 238000003756 stirring Methods 0.000 description 2
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 description 2
- 210000004881 tumor cell Anatomy 0.000 description 2
- QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol;hydron;chloride Chemical compound Cl.OCC(N)(CO)CO QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- FDFPSNISSMYYDS-UHFFFAOYSA-N 2-ethyl-N,2-dimethylheptanamide Chemical compound CCCCCC(C)(CC)C(=O)NC FDFPSNISSMYYDS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102100036657 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 7 Human genes 0.000 description 1
- 102100036563 26S proteasome regulatory subunit 8 Human genes 0.000 description 1
- 108010083651 3-galactosyl-N-acetylglucosaminide 4-alpha-L-fucosyltransferase Proteins 0.000 description 1
- 102100027561 39S ribosomal protein L37, mitochondrial Human genes 0.000 description 1
- SXXLKZCNJHJYFL-UHFFFAOYSA-N 4,5,6,7-tetrahydro-[1,2]oxazolo[4,5-c]pyridin-5-ium-3-olate Chemical compound C1CNCC2=C1ONC2=O SXXLKZCNJHJYFL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102100033409 40S ribosomal protein S3 Human genes 0.000 description 1
- 102100023779 40S ribosomal protein S5 Human genes 0.000 description 1
- 102100033731 40S ribosomal protein S9 Human genes 0.000 description 1
- TVEXGJYMHHTVKP-UHFFFAOYSA-N 6-oxabicyclo[3.2.1]oct-3-en-7-one Chemical compound C1C2C(=O)OC1C=CC2 TVEXGJYMHHTVKP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102100023990 60S ribosomal protein L17 Human genes 0.000 description 1
- 102100023247 60S ribosomal protein L23a Human genes 0.000 description 1
- 102100035322 60S ribosomal protein L24 Human genes 0.000 description 1
- 102100031002 60S ribosomal protein L36a Human genes 0.000 description 1
- 102100036126 60S ribosomal protein L37a Human genes 0.000 description 1
- 102100040623 60S ribosomal protein L41 Human genes 0.000 description 1
- 102100026802 72 kDa type IV collagenase Human genes 0.000 description 1
- 102100037991 85/88 kDa calcium-independent phospholipase A2 Human genes 0.000 description 1
- 102100040193 ADP-ribosylation factor-binding protein GGA3 Human genes 0.000 description 1
- 208000002008 AIDS-Related Lymphoma Diseases 0.000 description 1
- 102100033793 ALK tyrosine kinase receptor Human genes 0.000 description 1
- 102000000872 ATM Human genes 0.000 description 1
- 102100021870 ATP synthase subunit O, mitochondrial Human genes 0.000 description 1
- 102100028162 ATP-binding cassette sub-family C member 3 Human genes 0.000 description 1
- 102100028187 ATP-binding cassette sub-family C member 6 Human genes 0.000 description 1
- 102100033350 ATP-dependent translocase ABCB1 Human genes 0.000 description 1
- 208000036762 Acute promyelocytic leukaemia Diseases 0.000 description 1
- 102100040069 Aldehyde dehydrogenase 1A1 Human genes 0.000 description 1
- 102100026448 Aldo-keto reductase family 1 member A1 Human genes 0.000 description 1
- 102100034163 Alpha-actinin-1 Human genes 0.000 description 1
- 102100033658 Alpha-globin transcription factor CP2 Human genes 0.000 description 1
- 102100022749 Aminopeptidase N Human genes 0.000 description 1
- USFZMSVCRYTOJT-UHFFFAOYSA-N Ammonium acetate Chemical compound N.CC(O)=O USFZMSVCRYTOJT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000005695 Ammonium acetate Substances 0.000 description 1
- 102100027153 Ankyrin repeat and sterile alpha motif domain-containing protein 1B Human genes 0.000 description 1
- 101710149294 Ankyrin repeat and sterile alpha motif domain-containing protein 1B Proteins 0.000 description 1
- 102100036818 Ankyrin-2 Human genes 0.000 description 1
- 102100034278 Annexin A6 Human genes 0.000 description 1
- 102100027308 Apoptosis regulator BAX Human genes 0.000 description 1
- 108050006685 Apoptosis regulator BAX Proteins 0.000 description 1
- 101000885513 Arabidopsis thaliana Alpha-(1,4)-fucosyltransferase Proteins 0.000 description 1
- 101000693933 Arabidopsis thaliana Fructose-bisphosphate aldolase 8, cytosolic Proteins 0.000 description 1
- 101100129499 Arabidopsis thaliana MAX2 gene Proteins 0.000 description 1
- 101001120734 Ascaris suum Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit alpha type I, mitochondrial Proteins 0.000 description 1
- 102100023927 Asparagine synthetase [glutamine-hydrolyzing] Human genes 0.000 description 1
- 108010004586 Ataxia Telangiectasia Mutated Proteins Proteins 0.000 description 1
- 108700024832 B-Cell CLL-Lymphoma 10 Proteins 0.000 description 1
- 108700009171 B-Cell Lymphoma 3 Proteins 0.000 description 1
- 102100027203 B-cell antigen receptor complex-associated protein beta chain Human genes 0.000 description 1
- 102100021570 B-cell lymphoma 3 protein Human genes 0.000 description 1
- 102100021631 B-cell lymphoma 6 protein Human genes 0.000 description 1
- 102100037598 B-cell lymphoma/leukemia 10 Human genes 0.000 description 1
- 101150074953 BCL10 gene Proteins 0.000 description 1
- 108091012583 BCL2 Proteins 0.000 description 1
- 241000701844 Bacillus virus phi29 Species 0.000 description 1
- 108700003785 Baculoviral IAP Repeat-Containing 3 Proteins 0.000 description 1
- 102100021662 Baculoviral IAP repeat-containing protein 3 Human genes 0.000 description 1
- 102100021663 Baculoviral IAP repeat-containing protein 5 Human genes 0.000 description 1
- 206010004173 Basophilia Diseases 0.000 description 1
- 102100023973 Bax inhibitor 1 Human genes 0.000 description 1
- 102000051485 Bcl-2 family Human genes 0.000 description 1
- 108700038897 Bcl-2 family Proteins 0.000 description 1
- 102100021971 Bcl-2-interacting killer Human genes 0.000 description 1
- 102100026596 Bcl-2-like protein 1 Human genes 0.000 description 1
- 102100021334 Bcl-2-related protein A1 Human genes 0.000 description 1
- 101150008012 Bcl2l1 gene Proteins 0.000 description 1
- 101150072667 Bcl3 gene Proteins 0.000 description 1
- 102100021251 Beclin-1 Human genes 0.000 description 1
- 102100026031 Beta-glucuronidase Human genes 0.000 description 1
- 101150104237 Birc3 gene Proteins 0.000 description 1
- 102100027058 Bleomycin hydrolase Human genes 0.000 description 1
- 102100037086 Bone marrow stromal antigen 2 Human genes 0.000 description 1
- 102100022525 Bone morphogenetic protein 6 Human genes 0.000 description 1
- 101000944273 Bos taurus Inward rectifier potassium channel 2 Proteins 0.000 description 1
- 102100026008 Breakpoint cluster region protein Human genes 0.000 description 1
- 102100024794 Breast cancer metastasis-suppressor 1 Human genes 0.000 description 1
- 102100036301 C-C chemokine receptor type 7 Human genes 0.000 description 1
- 102100025074 C-C chemokine receptor-like 2 Human genes 0.000 description 1
- 102100028990 C-X-C chemokine receptor type 3 Human genes 0.000 description 1
- 102100031650 C-X-C chemokine receptor type 4 Human genes 0.000 description 1
- 102100031658 C-X-C chemokine receptor type 5 Human genes 0.000 description 1
- 102100036170 C-X-C motif chemokine 9 Human genes 0.000 description 1
- FGUUSXIOTUKUDN-IBGZPJMESA-N C1(=CC=CC=C1)N1C2=C(NC([C@H](C1)NC=1OC(=NN=1)C1=CC=CC=C1)=O)C=CC=C2 Chemical compound C1(=CC=CC=C1)N1C2=C(NC([C@H](C1)NC=1OC(=NN=1)C1=CC=CC=C1)=O)C=CC=C2 FGUUSXIOTUKUDN-IBGZPJMESA-N 0.000 description 1
- 102100024217 CAMPATH-1 antigen Human genes 0.000 description 1
- 102100034808 CCAAT/enhancer-binding protein alpha Human genes 0.000 description 1
- 102100034798 CCAAT/enhancer-binding protein beta Human genes 0.000 description 1
- 102100034799 CCAAT/enhancer-binding protein delta Human genes 0.000 description 1
- 102100031168 CCN family member 2 Human genes 0.000 description 1
- 108010017009 CD11b Antigen Proteins 0.000 description 1
- 108010049990 CD13 Antigens Proteins 0.000 description 1
- 102000017420 CD3 protein, epsilon/gamma/delta subunit Human genes 0.000 description 1
- 108050005493 CD3 protein, epsilon/gamma/delta subunit Proteins 0.000 description 1
- 102000049320 CD36 Human genes 0.000 description 1
- 108010045374 CD36 Antigens Proteins 0.000 description 1
- 102100036008 CD48 antigen Human genes 0.000 description 1
- 102100022002 CD59 glycoprotein Human genes 0.000 description 1
- 102100027221 CD81 antigen Human genes 0.000 description 1
- 102100027217 CD82 antigen Human genes 0.000 description 1
- 101150116779 CD82 gene Proteins 0.000 description 1
- 102100035793 CD83 antigen Human genes 0.000 description 1
- 102100037904 CD9 antigen Human genes 0.000 description 1
- 102100027098 CMP-N-acetylneuraminate-beta-galactosamide-alpha-2,3-sialyltransferase 1 Human genes 0.000 description 1
- 102100030230 CUB and zona pellucida-like domain-containing protein 1 Human genes 0.000 description 1
- 101001039256 Caenorhabditis elegans Low-density lipoprotein receptor-related protein Proteins 0.000 description 1
- 102100036361 Calcium-binding and coiled-coil domain-containing protein 2 Human genes 0.000 description 1
- 102100024436 Caldesmon Human genes 0.000 description 1
- 108010052500 Calgranulin A Proteins 0.000 description 1
- 102100033040 Carbonic anhydrase 12 Human genes 0.000 description 1
- 102100038916 Caspase-5 Human genes 0.000 description 1
- 102100038918 Caspase-6 Human genes 0.000 description 1
- 102100038902 Caspase-7 Human genes 0.000 description 1
- 102100026548 Caspase-8 Human genes 0.000 description 1
- 102100026550 Caspase-9 Human genes 0.000 description 1
- 102100021633 Cathepsin B Human genes 0.000 description 1
- ZEOWTGPWHLSLOG-UHFFFAOYSA-N Cc1ccc(cc1-c1ccc2c(n[nH]c2c1)-c1cnn(c1)C1CC1)C(=O)Nc1cccc(c1)C(F)(F)F Chemical compound Cc1ccc(cc1-c1ccc2c(n[nH]c2c1)-c1cnn(c1)C1CC1)C(=O)Nc1cccc(c1)C(F)(F)F ZEOWTGPWHLSLOG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102000004360 Cofilin 1 Human genes 0.000 description 1
- 108090000996 Cofilin 1 Proteins 0.000 description 1
- 102000008186 Collagen Human genes 0.000 description 1
- 108010035532 Collagen Proteins 0.000 description 1
- 108010043471 Core Binding Factor Alpha 2 Subunit Proteins 0.000 description 1
- 102100023519 Cornifin-A Human genes 0.000 description 1
- 102100025278 Coxsackievirus and adenovirus receptor Human genes 0.000 description 1
- 102100033283 Creatine kinase U-type, mitochondrial Human genes 0.000 description 1
- 102000036364 Cullin Ring E3 Ligases Human genes 0.000 description 1
- 108091007045 Cullin Ring E3 Ligases Proteins 0.000 description 1
- 102000016736 Cyclin Human genes 0.000 description 1
- 108010058546 Cyclin D1 Proteins 0.000 description 1
- 102100025176 Cyclin-A1 Human genes 0.000 description 1
- 108010024986 Cyclin-Dependent Kinase 2 Proteins 0.000 description 1
- 108010025464 Cyclin-Dependent Kinase 4 Proteins 0.000 description 1
- 108010009356 Cyclin-Dependent Kinase Inhibitor p15 Proteins 0.000 description 1
- 102000009512 Cyclin-Dependent Kinase Inhibitor p15 Human genes 0.000 description 1
- 108010009392 Cyclin-Dependent Kinase Inhibitor p16 Proteins 0.000 description 1
- 108010009367 Cyclin-Dependent Kinase Inhibitor p18 Proteins 0.000 description 1
- 102000009503 Cyclin-Dependent Kinase Inhibitor p18 Human genes 0.000 description 1
- 108010016788 Cyclin-Dependent Kinase Inhibitor p21 Proteins 0.000 description 1
- 108010016777 Cyclin-Dependent Kinase Inhibitor p27 Proteins 0.000 description 1
- 102000000577 Cyclin-Dependent Kinase Inhibitor p27 Human genes 0.000 description 1
- 108010017222 Cyclin-Dependent Kinase Inhibitor p57 Proteins 0.000 description 1
- 102000004480 Cyclin-Dependent Kinase Inhibitor p57 Human genes 0.000 description 1
- 102100036239 Cyclin-dependent kinase 2 Human genes 0.000 description 1
- 102100036329 Cyclin-dependent kinase 3 Human genes 0.000 description 1
- 102100036252 Cyclin-dependent kinase 4 Human genes 0.000 description 1
- 102100026865 Cyclin-dependent kinase 5 activator 1 Human genes 0.000 description 1
- 102100033270 Cyclin-dependent kinase inhibitor 1 Human genes 0.000 description 1
- 102100024458 Cyclin-dependent kinase inhibitor 2A Human genes 0.000 description 1
- 102100032522 Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 2 Human genes 0.000 description 1
- 108090000395 Cysteine Endopeptidases Proteins 0.000 description 1
- 102000003950 Cysteine Endopeptidases Human genes 0.000 description 1
- 102100026846 Cytidine deaminase Human genes 0.000 description 1
- 108010031325 Cytidine deaminase Proteins 0.000 description 1
- 108010074918 Cytochrome P-450 CYP1A1 Proteins 0.000 description 1
- 102100031476 Cytochrome P450 1A1 Human genes 0.000 description 1
- 102100036194 Cytochrome P450 2A6 Human genes 0.000 description 1
- 102100021009 Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial Human genes 0.000 description 1
- 102100024810 DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B Human genes 0.000 description 1
- 101710123222 DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B Proteins 0.000 description 1
- 108010061982 DNA Ligases Proteins 0.000 description 1
- 102000012410 DNA Ligases Human genes 0.000 description 1
- 102000004594 DNA Polymerase I Human genes 0.000 description 1
- 108010017826 DNA Polymerase I Proteins 0.000 description 1
- 102100035186 DNA excision repair protein ERCC-1 Human genes 0.000 description 1
- 102100031867 DNA excision repair protein ERCC-6 Human genes 0.000 description 1
- 102100033215 DNA nucleotidylexotransferase Human genes 0.000 description 1
- 102100039606 DNA replication licensing factor MCM3 Human genes 0.000 description 1
- 102100033711 DNA replication licensing factor MCM7 Human genes 0.000 description 1
- 230000006820 DNA synthesis Effects 0.000 description 1
- 102100033587 DNA topoisomerase 2-alpha Human genes 0.000 description 1
- 102100037799 DNA-binding protein Ikaros Human genes 0.000 description 1
- 102100027642 DNA-binding protein inhibitor ID-2 Human genes 0.000 description 1
- 102100022204 DNA-dependent protein kinase catalytic subunit Human genes 0.000 description 1
- 102000016928 DNA-directed DNA polymerase Human genes 0.000 description 1
- 108010014303 DNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 1
- 102100039301 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 Human genes 0.000 description 1
- 108090000626 DNA-directed RNA polymerases Proteins 0.000 description 1
- 102000004163 DNA-directed RNA polymerases Human genes 0.000 description 1
- 102100038587 Death-associated protein kinase 1 Human genes 0.000 description 1
- 102100036727 Deformed epidermal autoregulatory factor 1 homolog Human genes 0.000 description 1
- 102100031817 Delta-type opioid receptor Human genes 0.000 description 1
- 102100029588 Deoxycytidine kinase Human genes 0.000 description 1
- 102100022878 Deoxyribonuclease-2-beta Human genes 0.000 description 1
- 101001046554 Dictyostelium discoideum Thymidine kinase 1 Proteins 0.000 description 1
- 101100226017 Dictyostelium discoideum repD gene Proteins 0.000 description 1
- 102100024746 Dihydrofolate reductase Human genes 0.000 description 1
- 101710162371 Dihydroxy-acid dehydratase 1 Proteins 0.000 description 1
- 206010061818 Disease progression Diseases 0.000 description 1
- 102100020977 DnaJ homolog subfamily A member 1 Human genes 0.000 description 1
- 102100037832 Docking protein 1 Human genes 0.000 description 1
- 102100039104 Dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycosyltransferase subunit DAD1 Human genes 0.000 description 1
- 101710178850 Dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycosyltransferase subunit DAD1 Proteins 0.000 description 1
- 101100286531 Drosophila melanogaster eIF4E1 gene Proteins 0.000 description 1
- 102100020767 Dystrophin-related protein 2 Human genes 0.000 description 1
- 108050002772 E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 Proteins 0.000 description 1
- 102000012199 E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 Human genes 0.000 description 1
- 102100037460 E3 ubiquitin-protein ligase Topors Human genes 0.000 description 1
- 102100024739 E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1 Human genes 0.000 description 1
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 101150020386 EFB1 gene Proteins 0.000 description 1
- 101150105460 ERCC2 gene Proteins 0.000 description 1
- 102100039247 ETS-related transcription factor Elf-4 Human genes 0.000 description 1
- 102100023226 Early growth response protein 1 Human genes 0.000 description 1
- 102100030801 Elongation factor 1-alpha 1 Human genes 0.000 description 1
- 102100040465 Elongation factor 1-beta Human genes 0.000 description 1
- 102100030808 Elongation factor 1-delta Human genes 0.000 description 1
- 102100023362 Elongation factor 1-gamma Human genes 0.000 description 1
- 102100032450 Endothelial differentiation-related factor 1 Human genes 0.000 description 1
- 102100031785 Endothelial transcription factor GATA-2 Human genes 0.000 description 1
- 108010044099 Ephrin-B1 Proteins 0.000 description 1
- 102000006397 Ephrin-B1 Human genes 0.000 description 1
- 101000823089 Equus caballus Alpha-1-antiproteinase 1 Proteins 0.000 description 1
- 102100031690 Erythroid transcription factor Human genes 0.000 description 1
- 102100029782 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I Human genes 0.000 description 1
- 102100029602 Eukaryotic translation initiation factor 4B Human genes 0.000 description 1
- 102100026761 Eukaryotic translation initiation factor 5A-1 Human genes 0.000 description 1
- 102100032837 Exportin-6 Human genes 0.000 description 1
- 102100026693 FAS-associated death domain protein Human genes 0.000 description 1
- 102100027267 FERM, ARHGEF and pleckstrin domain-containing protein 1 Human genes 0.000 description 1
- 102100030421 Fatty acid-binding protein 5 Human genes 0.000 description 1
- 102100023593 Fibroblast growth factor receptor 1 Human genes 0.000 description 1
- 101710182386 Fibroblast growth factor receptor 1 Proteins 0.000 description 1
- 102100027842 Fibroblast growth factor receptor 3 Human genes 0.000 description 1
- 101710182396 Fibroblast growth factor receptor 3 Proteins 0.000 description 1
- 102100027944 Flavin reductase (NADPH) Human genes 0.000 description 1
- 102100030334 Friend leukemia integration 1 transcription factor Human genes 0.000 description 1
- 102100023734 G protein-coupled receptor kinase 4 Human genes 0.000 description 1
- 102100021245 G-protein coupled receptor 183 Human genes 0.000 description 1
- 101710101406 G-protein coupled receptor 183 Proteins 0.000 description 1
- 102100024165 G1/S-specific cyclin-D1 Human genes 0.000 description 1
- 102100024185 G1/S-specific cyclin-D2 Human genes 0.000 description 1
- 102100037859 G1/S-specific cyclin-D3 Human genes 0.000 description 1
- 102100037858 G1/S-specific cyclin-E1 Human genes 0.000 description 1
- 102100032340 G2/mitotic-specific cyclin-B1 Human genes 0.000 description 1
- 102100035205 GA-binding protein subunit beta-1 Human genes 0.000 description 1
- 101150038592 GAPD gene Proteins 0.000 description 1
- 102100030708 GTPase KRas Human genes 0.000 description 1
- 102000000802 Galectin 3 Human genes 0.000 description 1
- 108010001517 Galectin 3 Proteins 0.000 description 1
- 102100039555 Galectin-7 Human genes 0.000 description 1
- 102100035695 Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein Human genes 0.000 description 1
- 102100021337 Gap junction alpha-1 protein Human genes 0.000 description 1
- 102100031885 General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB Human genes 0.000 description 1
- 102100035184 General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD Human genes 0.000 description 1
- 102100030479 Germinal center-associated signaling and motility protein Human genes 0.000 description 1
- 102100034009 Glutamate dehydrogenase 1, mitochondrial Human genes 0.000 description 1
- 102100030669 Glutamate receptor 3 Human genes 0.000 description 1
- 102100020972 Glutamine amidotransferase-like class 1 domain-containing protein 3, mitochondrial Human genes 0.000 description 1
- 102100030943 Glutathione S-transferase P Human genes 0.000 description 1
- 102100038055 Glutathione S-transferase theta-1 Human genes 0.000 description 1
- 102100040094 Glycogen phosphorylase, brain form Human genes 0.000 description 1
- 206010053240 Glycogen storage disease type VI Diseases 0.000 description 1
- 102100030386 Granzyme A Human genes 0.000 description 1
- 102100033067 Growth factor receptor-bound protein 2 Human genes 0.000 description 1
- 102100021185 Guanine nucleotide-binding protein-like 3 Human genes 0.000 description 1
- 102100028972 HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain Human genes 0.000 description 1
- 102100029966 HLA class II histocompatibility antigen, DP alpha 1 chain Human genes 0.000 description 1
- 108010075704 HLA-A Antigens Proteins 0.000 description 1
- 108010093061 HLA-DPA1 antigen Proteins 0.000 description 1
- 102100026973 Heat shock protein 75 kDa, mitochondrial Human genes 0.000 description 1
- 102100031573 Hematopoietic progenitor cell antigen CD34 Human genes 0.000 description 1
- 108010054147 Hemoglobins Proteins 0.000 description 1
- 102000001554 Hemoglobins Human genes 0.000 description 1
- 102100024001 Hepatic leukemia factor Human genes 0.000 description 1
- 102100033997 Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein H3 Human genes 0.000 description 1
- 102100028818 Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein L Human genes 0.000 description 1
- 102100021638 Histone H2B type 1-N Human genes 0.000 description 1
- 102100038970 Histone-lysine N-methyltransferase EZH2 Human genes 0.000 description 1
- 102100030339 Homeobox protein Hox-A10 Human genes 0.000 description 1
- 102100021090 Homeobox protein Hox-A9 Human genes 0.000 description 1
- 102100040229 Homeobox protein Hox-D1 Human genes 0.000 description 1
- 102100034858 Homeobox protein Hox-D8 Human genes 0.000 description 1
- 241000282412 Homo Species 0.000 description 1
- 101001136696 Homo sapiens 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 7 Proteins 0.000 description 1
- 101001136753 Homo sapiens 26S proteasome regulatory subunit 8 Proteins 0.000 description 1
- 101000650303 Homo sapiens 39S ribosomal protein L37, mitochondrial Proteins 0.000 description 1
- 101000656561 Homo sapiens 40S ribosomal protein S3 Proteins 0.000 description 1
- 101000622644 Homo sapiens 40S ribosomal protein S5 Proteins 0.000 description 1
- 101000657066 Homo sapiens 40S ribosomal protein S9 Proteins 0.000 description 1
- 101000694288 Homo sapiens 40S ribosomal protein SA Proteins 0.000 description 1
- 101000682512 Homo sapiens 60S ribosomal protein L17 Proteins 0.000 description 1
- 101001115494 Homo sapiens 60S ribosomal protein L23a Proteins 0.000 description 1
- 101000660926 Homo sapiens 60S ribosomal protein L24 Proteins 0.000 description 1
- 101001127203 Homo sapiens 60S ribosomal protein L36a Proteins 0.000 description 1
- 101001127258 Homo sapiens 60S ribosomal protein L36a-like Proteins 0.000 description 1
- 101001092424 Homo sapiens 60S ribosomal protein L37a Proteins 0.000 description 1
- 101000674326 Homo sapiens 60S ribosomal protein L41 Proteins 0.000 description 1
- 101000627872 Homo sapiens 72 kDa type IV collagenase Proteins 0.000 description 1
- 101001037079 Homo sapiens ADP-ribosylation factor-binding protein GGA3 Proteins 0.000 description 1
- 101000779641 Homo sapiens ALK tyrosine kinase receptor Proteins 0.000 description 1
- 101000970995 Homo sapiens ATP synthase subunit O, mitochondrial Proteins 0.000 description 1
- 101000986633 Homo sapiens ATP-binding cassette sub-family C member 3 Proteins 0.000 description 1
- 101000986621 Homo sapiens ATP-binding cassette sub-family C member 6 Proteins 0.000 description 1
- 101000890570 Homo sapiens Aldehyde dehydrogenase 1A1 Proteins 0.000 description 1
- 101000718007 Homo sapiens Aldo-keto reductase family 1 member A1 Proteins 0.000 description 1
- 101000799406 Homo sapiens Alpha-actinin-1 Proteins 0.000 description 1
- 101000800875 Homo sapiens Alpha-globin transcription factor CP2 Proteins 0.000 description 1
- 101000928344 Homo sapiens Ankyrin-2 Proteins 0.000 description 1
- 101000780137 Homo sapiens Annexin A6 Proteins 0.000 description 1
- 101000971171 Homo sapiens Apoptosis regulator Bcl-2 Proteins 0.000 description 1
- 101000975992 Homo sapiens Asparagine synthetase [glutamine-hydrolyzing] Proteins 0.000 description 1
- 101000929698 Homo sapiens Aspartate aminotransferase, cytoplasmic Proteins 0.000 description 1
- 101000914491 Homo sapiens B-cell antigen receptor complex-associated protein beta chain Proteins 0.000 description 1
- 101000971234 Homo sapiens B-cell lymphoma 6 protein Proteins 0.000 description 1
- 101000903937 Homo sapiens Bax inhibitor 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000970576 Homo sapiens Bcl-2-interacting killer Proteins 0.000 description 1
- 101000894929 Homo sapiens Bcl-2-related protein A1 Proteins 0.000 description 1
- 101000894649 Homo sapiens Beclin-1 Proteins 0.000 description 1
- 101000933465 Homo sapiens Beta-glucuronidase Proteins 0.000 description 1
- 101000984541 Homo sapiens Bleomycin hydrolase Proteins 0.000 description 1
- 101000740785 Homo sapiens Bone marrow stromal antigen 2 Proteins 0.000 description 1
- 101000899390 Homo sapiens Bone morphogenetic protein 6 Proteins 0.000 description 1
- 101000933320 Homo sapiens Breakpoint cluster region protein Proteins 0.000 description 1
- 101000761839 Homo sapiens Breast cancer metastasis-suppressor 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000761835 Homo sapiens Breast cancer metastasis-suppressor 1-like protein Proteins 0.000 description 1
- 101000716068 Homo sapiens C-C chemokine receptor type 6 Proteins 0.000 description 1
- 101000716065 Homo sapiens C-C chemokine receptor type 7 Proteins 0.000 description 1
- 101000916050 Homo sapiens C-X-C chemokine receptor type 3 Proteins 0.000 description 1
- 101000922348 Homo sapiens C-X-C chemokine receptor type 4 Proteins 0.000 description 1
- 101000922405 Homo sapiens C-X-C chemokine receptor type 5 Proteins 0.000 description 1
- 101000947172 Homo sapiens C-X-C motif chemokine 9 Proteins 0.000 description 1
- 101000945515 Homo sapiens CCAAT/enhancer-binding protein alpha Proteins 0.000 description 1
- 101000945963 Homo sapiens CCAAT/enhancer-binding protein beta Proteins 0.000 description 1
- 101000945965 Homo sapiens CCAAT/enhancer-binding protein delta Proteins 0.000 description 1
- 101000777550 Homo sapiens CCN family member 2 Proteins 0.000 description 1
- 101000716130 Homo sapiens CD48 antigen Proteins 0.000 description 1
- 101000897400 Homo sapiens CD59 glycoprotein Proteins 0.000 description 1
- 101000914479 Homo sapiens CD81 antigen Proteins 0.000 description 1
- 101000946856 Homo sapiens CD83 antigen Proteins 0.000 description 1
- 101000738354 Homo sapiens CD9 antigen Proteins 0.000 description 1
- 101000836774 Homo sapiens CMP-N-acetylneuraminate-beta-galactosamide-alpha-2,3-sialyltransferase 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000726720 Homo sapiens CUB and zona pellucida-like domain-containing protein 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000714579 Homo sapiens Calcium-binding and coiled-coil domain-containing protein 2 Proteins 0.000 description 1
- 101000910297 Homo sapiens Caldesmon Proteins 0.000 description 1
- 101000867855 Homo sapiens Carbonic anhydrase 12 Proteins 0.000 description 1
- 101000741072 Homo sapiens Caspase-5 Proteins 0.000 description 1
- 101000741087 Homo sapiens Caspase-6 Proteins 0.000 description 1
- 101000741014 Homo sapiens Caspase-7 Proteins 0.000 description 1
- 101000983528 Homo sapiens Caspase-8 Proteins 0.000 description 1
- 101000983523 Homo sapiens Caspase-9 Proteins 0.000 description 1
- 101000898449 Homo sapiens Cathepsin B Proteins 0.000 description 1
- 101000851684 Homo sapiens Chimeric ERCC6-PGBD3 protein Proteins 0.000 description 1
- 101000828732 Homo sapiens Cornifin-A Proteins 0.000 description 1
- 101000858031 Homo sapiens Coxsackievirus and adenovirus receptor Proteins 0.000 description 1
- 101001135413 Homo sapiens Creatine kinase U-type, mitochondrial Proteins 0.000 description 1
- 101000934314 Homo sapiens Cyclin-A1 Proteins 0.000 description 1
- 101000945639 Homo sapiens Cyclin-dependent kinase inhibitor 3 Proteins 0.000 description 1
- 101000942317 Homo sapiens Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 2 Proteins 0.000 description 1
- 101000875170 Homo sapiens Cytochrome P450 2A6 Proteins 0.000 description 1
- 101000643956 Homo sapiens Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial Proteins 0.000 description 1
- 101000876529 Homo sapiens DNA excision repair protein ERCC-1 Proteins 0.000 description 1
- 101000920783 Homo sapiens DNA excision repair protein ERCC-6 Proteins 0.000 description 1
- 101000800646 Homo sapiens DNA nucleotidylexotransferase Proteins 0.000 description 1
- 101000963174 Homo sapiens DNA replication licensing factor MCM3 Proteins 0.000 description 1
- 101001018431 Homo sapiens DNA replication licensing factor MCM7 Proteins 0.000 description 1
- 101000599038 Homo sapiens DNA-binding protein Ikaros Proteins 0.000 description 1
- 101001081582 Homo sapiens DNA-binding protein inhibitor ID-2 Proteins 0.000 description 1
- 101000619536 Homo sapiens DNA-dependent protein kinase catalytic subunit Proteins 0.000 description 1
- 101000669859 Homo sapiens DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 Proteins 0.000 description 1
- 101000956145 Homo sapiens Death-associated protein kinase 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000929421 Homo sapiens Deformed epidermal autoregulatory factor 1 homolog Proteins 0.000 description 1
- 101000992305 Homo sapiens Delta-type opioid receptor Proteins 0.000 description 1
- 101001053503 Homo sapiens Dihydropyrimidinase-related protein 2 Proteins 0.000 description 1
- 101000931227 Homo sapiens DnaJ homolog subfamily A member 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000805172 Homo sapiens Docking protein 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000931797 Homo sapiens Dystrophin-related protein 2 Proteins 0.000 description 1
- 101000662670 Homo sapiens E3 ubiquitin-protein ligase Topors Proteins 0.000 description 1
- 101000760417 Homo sapiens E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1 Proteins 0.000 description 1
- 101000813135 Homo sapiens ETS-related transcription factor Elf-4 Proteins 0.000 description 1
- 101001049697 Homo sapiens Early growth response protein 1 Proteins 0.000 description 1
- 101001024566 Homo sapiens Ecto-ADP-ribosyltransferase 4 Proteins 0.000 description 1
- 101000920078 Homo sapiens Elongation factor 1-alpha 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000967447 Homo sapiens Elongation factor 1-beta Proteins 0.000 description 1
- 101000920062 Homo sapiens Elongation factor 1-delta Proteins 0.000 description 1
- 101001050451 Homo sapiens Elongation factor 1-gamma Proteins 0.000 description 1
- 101001016384 Homo sapiens Endothelial differentiation-related factor 1 Proteins 0.000 description 1
- 101001066265 Homo sapiens Endothelial transcription factor GATA-2 Proteins 0.000 description 1
- 101000967216 Homo sapiens Eosinophil cationic protein Proteins 0.000 description 1
- 101001066268 Homo sapiens Erythroid transcription factor Proteins 0.000 description 1
- 101001012704 Homo sapiens Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I Proteins 0.000 description 1
- 101000840282 Homo sapiens Eukaryotic translation initiation factor 4B Proteins 0.000 description 1
- 101001054354 Homo sapiens Eukaryotic translation initiation factor 5A-1 Proteins 0.000 description 1
- 101000847050 Homo sapiens Exportin-6 Proteins 0.000 description 1
- 101000911074 Homo sapiens FAS-associated death domain protein Proteins 0.000 description 1
- 101000914701 Homo sapiens FERM, ARHGEF and pleckstrin domain-containing protein 1 Proteins 0.000 description 1
- 101001062855 Homo sapiens Fatty acid-binding protein 5 Proteins 0.000 description 1
- 101000935587 Homo sapiens Flavin reductase (NADPH) Proteins 0.000 description 1
- 101001062996 Homo sapiens Friend leukemia integration 1 transcription factor Proteins 0.000 description 1
- 101000829481 Homo sapiens G protein-coupled receptor kinase 4 Proteins 0.000 description 1
- 101000980741 Homo sapiens G1/S-specific cyclin-D2 Proteins 0.000 description 1
- 101000738559 Homo sapiens G1/S-specific cyclin-D3 Proteins 0.000 description 1
- 101000738568 Homo sapiens G1/S-specific cyclin-E1 Proteins 0.000 description 1
- 101000868643 Homo sapiens G2/mitotic-specific cyclin-B1 Proteins 0.000 description 1
- 101001022098 Homo sapiens GA-binding protein subunit beta-1 Proteins 0.000 description 1
- 101001022101 Homo sapiens GA-binding protein subunit beta-2 Proteins 0.000 description 1
- 101000584612 Homo sapiens GTPase KRas Proteins 0.000 description 1
- 101000608772 Homo sapiens Galectin-7 Proteins 0.000 description 1
- 101001001372 Homo sapiens Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein Proteins 0.000 description 1
- 101000894966 Homo sapiens Gap junction alpha-1 protein Proteins 0.000 description 1
- 101000920748 Homo sapiens General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB Proteins 0.000 description 1
- 101000862655 Homo sapiens Germinal center-associated signaling and motility protein Proteins 0.000 description 1
- 101000870042 Homo sapiens Glutamate dehydrogenase 1, mitochondrial Proteins 0.000 description 1
- 101001010434 Homo sapiens Glutamate receptor 3 Proteins 0.000 description 1
- 101001002170 Homo sapiens Glutamine amidotransferase-like class 1 domain-containing protein 3, mitochondrial Proteins 0.000 description 1
- 101001010139 Homo sapiens Glutathione S-transferase P Proteins 0.000 description 1
- 101001032462 Homo sapiens Glutathione S-transferase theta-1 Proteins 0.000 description 1
- 101000748183 Homo sapiens Glycogen phosphorylase, brain form Proteins 0.000 description 1
- 101001009599 Homo sapiens Granzyme A Proteins 0.000 description 1
- 101000871017 Homo sapiens Growth factor receptor-bound protein 2 Proteins 0.000 description 1
- 101001040748 Homo sapiens Guanine nucleotide-binding protein-like 3 Proteins 0.000 description 1
- 101000777663 Homo sapiens Hematopoietic progenitor cell antigen CD34 Proteins 0.000 description 1
- 101001017561 Homo sapiens Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein H3 Proteins 0.000 description 1
- 101000839078 Homo sapiens Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein L Proteins 0.000 description 1
- 101000898897 Homo sapiens Histone H2B type 1-N Proteins 0.000 description 1
- 101000882127 Homo sapiens Histone-lysine N-methyltransferase EZH2 Proteins 0.000 description 1
- 101001083164 Homo sapiens Homeobox protein Hox-A10 Proteins 0.000 description 1
- 101001037162 Homo sapiens Homeobox protein Hox-D1 Proteins 0.000 description 1
- 101001019776 Homo sapiens Homeobox protein Hox-D8 Proteins 0.000 description 1
- 101001081176 Homo sapiens Hyaluronan mediated motility receptor Proteins 0.000 description 1
- 101001046870 Homo sapiens Hypoxia-inducible factor 1-alpha Proteins 0.000 description 1
- 101000854886 Homo sapiens Immunoglobulin iota chain Proteins 0.000 description 1
- 101000978133 Homo sapiens Immunoglobulin lambda variable 6-57 Proteins 0.000 description 1
- 101001034652 Homo sapiens Insulin-like growth factor 1 receptor Proteins 0.000 description 1
- 101001044940 Homo sapiens Insulin-like growth factor-binding protein 2 Proteins 0.000 description 1
- 101001044927 Homo sapiens Insulin-like growth factor-binding protein 3 Proteins 0.000 description 1
- 101001078133 Homo sapiens Integrin alpha-2 Proteins 0.000 description 1
- 101000994378 Homo sapiens Integrin alpha-3 Proteins 0.000 description 1
- 101000994375 Homo sapiens Integrin alpha-4 Proteins 0.000 description 1
- 101000994369 Homo sapiens Integrin alpha-5 Proteins 0.000 description 1
- 101000994365 Homo sapiens Integrin alpha-6 Proteins 0.000 description 1
- 101001046683 Homo sapiens Integrin alpha-L Proteins 0.000 description 1
- 101001046668 Homo sapiens Integrin alpha-X Proteins 0.000 description 1
- 101000935043 Homo sapiens Integrin beta-1 Proteins 0.000 description 1
- 101000935040 Homo sapiens Integrin beta-2 Proteins 0.000 description 1
- 101000599852 Homo sapiens Intercellular adhesion molecule 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000598002 Homo sapiens Interferon regulatory factor 1 Proteins 0.000 description 1
- 101001011393 Homo sapiens Interferon regulatory factor 2 Proteins 0.000 description 1
- 101001011441 Homo sapiens Interferon regulatory factor 4 Proteins 0.000 description 1
- 101001128393 Homo sapiens Interferon-induced GTP-binding protein Mx1 Proteins 0.000 description 1
- 101000999377 Homo sapiens Interferon-related developmental regulator 1 Proteins 0.000 description 1
- 101001033249 Homo sapiens Interleukin-1 beta Proteins 0.000 description 1
- 101001055144 Homo sapiens Interleukin-2 receptor subunit alpha Proteins 0.000 description 1
- 101001033279 Homo sapiens Interleukin-3 Proteins 0.000 description 1
- 101000998120 Homo sapiens Interleukin-3 receptor subunit alpha Proteins 0.000 description 1
- 101000998139 Homo sapiens Interleukin-32 Proteins 0.000 description 1
- 101001033312 Homo sapiens Interleukin-4 receptor subunit alpha Proteins 0.000 description 1
- 101000599048 Homo sapiens Interleukin-6 receptor subunit alpha Proteins 0.000 description 1
- 101001046587 Homo sapiens Krueppel-like factor 1 Proteins 0.000 description 1
- 101001046564 Homo sapiens Krueppel-like factor 13 Proteins 0.000 description 1
- 101001023330 Homo sapiens LIM and SH3 domain protein 1 Proteins 0.000 description 1
- 101001042351 Homo sapiens LIM and senescent cell antigen-like-containing domain protein 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000868279 Homo sapiens Leukocyte surface antigen CD47 Proteins 0.000 description 1
- 101000608935 Homo sapiens Leukosialin Proteins 0.000 description 1
- 101000917858 Homo sapiens Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor III-A Proteins 0.000 description 1
- 101000917839 Homo sapiens Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor III-B Proteins 0.000 description 1
- 101001063392 Homo sapiens Lymphocyte function-associated antigen 3 Proteins 0.000 description 1
- 101000984710 Homo sapiens Lymphocyte-specific protein 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000899339 Homo sapiens Lymphoid-specific helicase Proteins 0.000 description 1
- 101001018100 Homo sapiens Lysozyme C Proteins 0.000 description 1
- 101000624625 Homo sapiens M-phase inducer phosphatase 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000624631 Homo sapiens M-phase inducer phosphatase 2 Proteins 0.000 description 1
- 101100238363 Homo sapiens MPRIP gene Proteins 0.000 description 1
- 101001030069 Homo sapiens Major vault protein Proteins 0.000 description 1
- 101000990912 Homo sapiens Matrilysin Proteins 0.000 description 1
- 101000990902 Homo sapiens Matrix metalloproteinase-9 Proteins 0.000 description 1
- 101001005728 Homo sapiens Melanoma-associated antigen 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000731000 Homo sapiens Membrane-associated progesterone receptor component 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000582631 Homo sapiens Menin Proteins 0.000 description 1
- 101001005605 Homo sapiens Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 12 Proteins 0.000 description 1
- 101001059991 Homo sapiens Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000896657 Homo sapiens Mitotic checkpoint serine/threonine-protein kinase BUB1 Proteins 0.000 description 1
- 101000969594 Homo sapiens Modulator of apoptosis 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000946889 Homo sapiens Monocyte differentiation antigen CD14 Proteins 0.000 description 1
- 101000593398 Homo sapiens Myb-related protein A Proteins 0.000 description 1
- 101001030211 Homo sapiens Myc proto-oncogene protein Proteins 0.000 description 1
- 101001090860 Homo sapiens Myeloblastin Proteins 0.000 description 1
- 101000577891 Homo sapiens Myeloid cell nuclear differentiation antigen Proteins 0.000 description 1
- 101001013158 Homo sapiens Myeloid leukemia factor 1 Proteins 0.000 description 1
- 101001013159 Homo sapiens Myeloid leukemia factor 2 Proteins 0.000 description 1
- 101001023043 Homo sapiens Myoblast determination protein 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000601616 Homo sapiens NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000581981 Homo sapiens Neural cell adhesion molecule 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000581961 Homo sapiens Neurocalcin-delta Proteins 0.000 description 1
- 101000990908 Homo sapiens Neutrophil collagenase Proteins 0.000 description 1
- 101000632154 Homo sapiens Ninjurin-1 Proteins 0.000 description 1
- 101000597417 Homo sapiens Nuclear RNA export factor 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000973200 Homo sapiens Nuclear factor 1 C-type Proteins 0.000 description 1
- 101000979342 Homo sapiens Nuclear factor NF-kappa-B p105 subunit Proteins 0.000 description 1
- 101000598160 Homo sapiens Nuclear mitotic apparatus protein 1 Proteins 0.000 description 1
- 101001103036 Homo sapiens Nuclear receptor ROR-alpha Proteins 0.000 description 1
- 101001109719 Homo sapiens Nucleophosmin Proteins 0.000 description 1
- 101001109512 Homo sapiens Nucleoplasmin-3 Proteins 0.000 description 1
- 101000812677 Homo sapiens Nucleotide pyrophosphatase Proteins 0.000 description 1
- 101001135738 Homo sapiens Parathyroid hormone-related protein Proteins 0.000 description 1
- 101001060736 Homo sapiens Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1B Proteins 0.000 description 1
- 101001031398 Homo sapiens Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP9 Proteins 0.000 description 1
- 101000955481 Homo sapiens Phosphatidylcholine translocator ABCB4 Proteins 0.000 description 1
- 101000583474 Homo sapiens Phosphatidylinositol-binding clathrin assembly protein Proteins 0.000 description 1
- 101001094827 Homo sapiens Phosphomannomutase 1 Proteins 0.000 description 1
- 101001129789 Homo sapiens Piezo-type mechanosensitive ion channel component 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000595923 Homo sapiens Placenta growth factor Proteins 0.000 description 1
- 101000596119 Homo sapiens Plastin-3 Proteins 0.000 description 1
- 101000872170 Homo sapiens Polycomb complex protein BMI-1 Proteins 0.000 description 1
- 101000610107 Homo sapiens Pre-B-cell leukemia transcription factor 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000919019 Homo sapiens Probable ATP-dependent RNA helicase DDX6 Proteins 0.000 description 1
- 101000711369 Homo sapiens Probable ribosome biogenesis protein RLP24 Proteins 0.000 description 1
- 101000611936 Homo sapiens Programmed cell death protein 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000945496 Homo sapiens Proliferation marker protein Ki-67 Proteins 0.000 description 1
- 101000611614 Homo sapiens Proline-rich protein PRCC Proteins 0.000 description 1
- 101001043564 Homo sapiens Prolow-density lipoprotein receptor-related protein 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000605122 Homo sapiens Prostaglandin G/H synthase 1 Proteins 0.000 description 1
- 101001124667 Homo sapiens Proteasome subunit alpha type-5 Proteins 0.000 description 1
- 101000743028 Homo sapiens Protein ABHD1 Proteins 0.000 description 1
- 101000718497 Homo sapiens Protein AF-10 Proteins 0.000 description 1
- 101000933601 Homo sapiens Protein BTG1 Proteins 0.000 description 1
- 101000876829 Homo sapiens Protein C-ets-1 Proteins 0.000 description 1
- 101001116548 Homo sapiens Protein CBFA2T1 Proteins 0.000 description 1
- 101000912957 Homo sapiens Protein DEK Proteins 0.000 description 1
- 101000979748 Homo sapiens Protein NDRG1 Proteins 0.000 description 1
- 101000781950 Homo sapiens Protein Wnt-16 Proteins 0.000 description 1
- 101000861454 Homo sapiens Protein c-Fos Proteins 0.000 description 1
- 101000900789 Homo sapiens Protein canopy homolog 2 Proteins 0.000 description 1
- 101000861587 Homo sapiens Protein farnesyltransferase subunit beta Proteins 0.000 description 1
- 101000893493 Homo sapiens Protein flightless-1 homolog Proteins 0.000 description 1
- 101000958299 Homo sapiens Protein lyl-1 Proteins 0.000 description 1
- 101000878540 Homo sapiens Protein-tyrosine kinase 2-beta Proteins 0.000 description 1
- 101000579425 Homo sapiens Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret Proteins 0.000 description 1
- 101001086862 Homo sapiens Pulmonary surfactant-associated protein B Proteins 0.000 description 1
- 101000979900 Homo sapiens Putative methyltransferase NSUN5C Proteins 0.000 description 1
- 101001120726 Homo sapiens Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit alpha, somatic form, mitochondrial Proteins 0.000 description 1
- 101000712530 Homo sapiens RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase Proteins 0.000 description 1
- 101000926083 Homo sapiens Rab GDP dissociation inhibitor beta Proteins 0.000 description 1
- 101000999079 Homo sapiens Radiation-inducible immediate-early gene IEX-1 Proteins 0.000 description 1
- 101000932478 Homo sapiens Receptor-type tyrosine-protein kinase FLT3 Proteins 0.000 description 1
- 101000738769 Homo sapiens Receptor-type tyrosine-protein phosphatase alpha Proteins 0.000 description 1
- 101000742859 Homo sapiens Retinoblastoma-associated protein Proteins 0.000 description 1
- 101001093899 Homo sapiens Retinoic acid receptor RXR-alpha Proteins 0.000 description 1
- 101001112293 Homo sapiens Retinoic acid receptor alpha Proteins 0.000 description 1
- 101001132698 Homo sapiens Retinoic acid receptor beta Proteins 0.000 description 1
- 101000752221 Homo sapiens Rho guanine nucleotide exchange factor 2 Proteins 0.000 description 1
- 101001111742 Homo sapiens Rhombotin-2 Proteins 0.000 description 1
- 101000825071 Homo sapiens Sclerostin domain-containing protein 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000643374 Homo sapiens Serrate RNA effector molecule homolog Proteins 0.000 description 1
- 101000587455 Homo sapiens Single-stranded DNA-binding protein, mitochondrial Proteins 0.000 description 1
- 101000628899 Homo sapiens Small ubiquitin-related modifier 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000629597 Homo sapiens Sterol regulatory element-binding protein 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000951145 Homo sapiens Succinate dehydrogenase [ubiquinone] cytochrome b small subunit, mitochondrial Proteins 0.000 description 1
- 101000648553 Homo sapiens Sushi domain-containing protein 6 Proteins 0.000 description 1
- 101000874179 Homo sapiens Syndecan-1 Proteins 0.000 description 1
- 101000914496 Homo sapiens T-cell antigen CD7 Proteins 0.000 description 1
- 101000934376 Homo sapiens T-cell differentiation antigen CD6 Proteins 0.000 description 1
- 101000800488 Homo sapiens T-cell leukemia homeobox protein 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000716102 Homo sapiens T-cell surface glycoprotein CD4 Proteins 0.000 description 1
- 101000946843 Homo sapiens T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain Proteins 0.000 description 1
- 101000653469 Homo sapiens T-complex protein 1 subunit zeta Proteins 0.000 description 1
- 101000727772 Homo sapiens Thiamine transporter 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000844686 Homo sapiens Thioredoxin reductase 1, cytoplasmic Proteins 0.000 description 1
- 101000799461 Homo sapiens Thrombopoietin Proteins 0.000 description 1
- 101000799466 Homo sapiens Thrombopoietin receptor Proteins 0.000 description 1
- 101000659879 Homo sapiens Thrombospondin-1 Proteins 0.000 description 1
- 101000945477 Homo sapiens Thymidine kinase, cytosolic Proteins 0.000 description 1
- 101000819111 Homo sapiens Trans-acting T-cell-specific transcription factor GATA-3 Proteins 0.000 description 1
- 101000891367 Homo sapiens Transcobalamin-1 Proteins 0.000 description 1
- 101000596772 Homo sapiens Transcription factor 7-like 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000666382 Homo sapiens Transcription factor E2-alpha Proteins 0.000 description 1
- 101000904152 Homo sapiens Transcription factor E2F1 Proteins 0.000 description 1
- 101000813738 Homo sapiens Transcription factor ETV6 Proteins 0.000 description 1
- 101001057127 Homo sapiens Transcription factor ETV7 Proteins 0.000 description 1
- 101001028730 Homo sapiens Transcription factor JunB Proteins 0.000 description 1
- 101000651211 Homo sapiens Transcription factor PU.1 Proteins 0.000 description 1
- 101000636213 Homo sapiens Transcriptional activator Myb Proteins 0.000 description 1
- 101000835093 Homo sapiens Transferrin receptor protein 1 Proteins 0.000 description 1
- 101001057681 Homo sapiens Translation initiation factor eIF-2B subunit beta Proteins 0.000 description 1
- 101000655155 Homo sapiens Transmembrane protein 158 Proteins 0.000 description 1
- 101000766349 Homo sapiens Tribbles homolog 2 Proteins 0.000 description 1
- 101000611183 Homo sapiens Tumor necrosis factor Proteins 0.000 description 1
- 101000610602 Homo sapiens Tumor necrosis factor receptor superfamily member 10C Proteins 0.000 description 1
- 101000801228 Homo sapiens Tumor necrosis factor receptor superfamily member 1A Proteins 0.000 description 1
- 101000679903 Homo sapiens Tumor necrosis factor receptor superfamily member 25 Proteins 0.000 description 1
- 101000611185 Homo sapiens Tumor necrosis factor receptor superfamily member 5 Proteins 0.000 description 1
- 101000611023 Homo sapiens Tumor necrosis factor receptor superfamily member 6 Proteins 0.000 description 1
- 101000850748 Homo sapiens Tumor necrosis factor receptor type 1-associated DEATH domain protein Proteins 0.000 description 1
- 101000912503 Homo sapiens Tyrosine-protein kinase Fgr Proteins 0.000 description 1
- 101000997835 Homo sapiens Tyrosine-protein kinase JAK1 Proteins 0.000 description 1
- 101000997832 Homo sapiens Tyrosine-protein kinase JAK2 Proteins 0.000 description 1
- 101001047681 Homo sapiens Tyrosine-protein kinase Lck Proteins 0.000 description 1
- 101001054878 Homo sapiens Tyrosine-protein kinase Lyn Proteins 0.000 description 1
- 101000777263 Homo sapiens UV radiation resistance-associated gene protein Proteins 0.000 description 1
- 101000807354 Homo sapiens Ubiquitin-conjugating enzyme E2 C Proteins 0.000 description 1
- 101001057508 Homo sapiens Ubiquitin-like protein ISG15 Proteins 0.000 description 1
- 101000638886 Homo sapiens Urokinase-type plasminogen activator Proteins 0.000 description 1
- 101000622304 Homo sapiens Vascular cell adhesion protein 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000904228 Homo sapiens Vesicle transport protein GOT1A Proteins 0.000 description 1
- 101000904204 Homo sapiens Vesicle transport protein GOT1B Proteins 0.000 description 1
- 101000666295 Homo sapiens X-box-binding protein 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000976393 Homo sapiens Zyxin Proteins 0.000 description 1
- 102100027735 Hyaluronan mediated motility receptor Human genes 0.000 description 1
- 208000037147 Hypercalcaemia Diseases 0.000 description 1
- 102100022875 Hypoxia-inducible factor 1-alpha Human genes 0.000 description 1
- 108091058560 IL8 Proteins 0.000 description 1
- 108010007666 IMP cyclohydrolase Proteins 0.000 description 1
- 108010013958 Ikaros Transcription Factor Proteins 0.000 description 1
- 102000017182 Ikaros Transcription Factor Human genes 0.000 description 1
- 102100020744 Immunoglobulin iota chain Human genes 0.000 description 1
- 102100023747 Immunoglobulin lambda variable 6-57 Human genes 0.000 description 1
- 102100020796 Inosine 5'-monophosphate cyclohydrolase Human genes 0.000 description 1
- 102100039688 Insulin-like growth factor 1 receptor Human genes 0.000 description 1
- 102100022710 Insulin-like growth factor-binding protein 2 Human genes 0.000 description 1
- 102100022708 Insulin-like growth factor-binding protein 3 Human genes 0.000 description 1
- 102100025305 Integrin alpha-2 Human genes 0.000 description 1
- 102100032819 Integrin alpha-3 Human genes 0.000 description 1
- 102100032818 Integrin alpha-4 Human genes 0.000 description 1
- 102100032817 Integrin alpha-5 Human genes 0.000 description 1
- 102100032816 Integrin alpha-6 Human genes 0.000 description 1
- 102100022339 Integrin alpha-L Human genes 0.000 description 1
- 102100022338 Integrin alpha-M Human genes 0.000 description 1
- 102100022297 Integrin alpha-X Human genes 0.000 description 1
- 102100025304 Integrin beta-1 Human genes 0.000 description 1
- 102100025390 Integrin beta-2 Human genes 0.000 description 1
- 108010064600 Intercellular Adhesion Molecule-3 Proteins 0.000 description 1
- 102100037877 Intercellular adhesion molecule 1 Human genes 0.000 description 1
- 102100037871 Intercellular adhesion molecule 3 Human genes 0.000 description 1
- 102100036981 Interferon regulatory factor 1 Human genes 0.000 description 1
- 102100029838 Interferon regulatory factor 2 Human genes 0.000 description 1
- 102100030126 Interferon regulatory factor 4 Human genes 0.000 description 1
- 102100031802 Interferon-induced GTP-binding protein Mx1 Human genes 0.000 description 1
- 102100036527 Interferon-related developmental regulator 1 Human genes 0.000 description 1
- 102100039060 Interleukin enhancer-binding factor 2 Human genes 0.000 description 1
- 102100039065 Interleukin-1 beta Human genes 0.000 description 1
- 108090000174 Interleukin-10 Proteins 0.000 description 1
- 102000003814 Interleukin-10 Human genes 0.000 description 1
- 108090000172 Interleukin-15 Proteins 0.000 description 1
- 102000003812 Interleukin-15 Human genes 0.000 description 1
- 102000000588 Interleukin-2 Human genes 0.000 description 1
- 108010002350 Interleukin-2 Proteins 0.000 description 1
- 102100026878 Interleukin-2 receptor subunit alpha Human genes 0.000 description 1
- 102100039064 Interleukin-3 Human genes 0.000 description 1
- 102100033493 Interleukin-3 receptor subunit alpha Human genes 0.000 description 1
- 102100033501 Interleukin-32 Human genes 0.000 description 1
- 102100039078 Interleukin-4 receptor subunit alpha Human genes 0.000 description 1
- 102000004889 Interleukin-6 Human genes 0.000 description 1
- 108090001005 Interleukin-6 Proteins 0.000 description 1
- 102100037792 Interleukin-6 receptor subunit alpha Human genes 0.000 description 1
- 102000004890 Interleukin-8 Human genes 0.000 description 1
- 108090001007 Interleukin-8 Proteins 0.000 description 1
- 108700032443 Kangai-1 Proteins 0.000 description 1
- 102100022248 Krueppel-like factor 1 Human genes 0.000 description 1
- 102100022254 Krueppel-like factor 13 Human genes 0.000 description 1
- 102000015335 Ku Autoantigen Human genes 0.000 description 1
- 108010025026 Ku Autoantigen Proteins 0.000 description 1
- 125000002066 L-histidyl group Chemical group [H]N1C([H])=NC(C([H])([H])[C@](C(=O)[*])([H])N([H])[H])=C1[H] 0.000 description 1
- 102100035118 LIM and SH3 domain protein 1 Human genes 0.000 description 1
- 102100021754 LIM and senescent cell antigen-like-containing domain protein 1 Human genes 0.000 description 1
- 102100038204 Large neutral amino acids transporter small subunit 1 Human genes 0.000 description 1
- 102100031775 Leptin receptor Human genes 0.000 description 1
- 102100032352 Leukemia inhibitory factor Human genes 0.000 description 1
- 108090000581 Leukemia inhibitory factor Proteins 0.000 description 1
- 102100032913 Leukocyte surface antigen CD47 Human genes 0.000 description 1
- 101001013149 Lithobates catesbeianus Interstitial collagenase Proteins 0.000 description 1
- 102100029193 Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor III-A Human genes 0.000 description 1
- 102100029185 Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor III-B Human genes 0.000 description 1
- 208000008771 Lymphadenopathy Diseases 0.000 description 1
- 102100030984 Lymphocyte function-associated antigen 3 Human genes 0.000 description 1
- 102100027105 Lymphocyte-specific protein 1 Human genes 0.000 description 1
- 208000028018 Lymphocytic leukaemia Diseases 0.000 description 1
- 206010052178 Lymphocytic lymphoma Diseases 0.000 description 1
- 102100022539 Lymphoid-specific helicase Human genes 0.000 description 1
- 206010025312 Lymphoma AIDS related Diseases 0.000 description 1
- 208000030289 Lymphoproliferative disease Diseases 0.000 description 1
- 102100033468 Lysozyme C Human genes 0.000 description 1
- 102100023326 M-phase inducer phosphatase 1 Human genes 0.000 description 1
- 102100023325 M-phase inducer phosphatase 2 Human genes 0.000 description 1
- 101150029107 MEIS1 gene Proteins 0.000 description 1
- 101150117406 Mafk gene Proteins 0.000 description 1
- 206010064912 Malignant transformation Diseases 0.000 description 1
- 102100030417 Matrilysin Human genes 0.000 description 1
- 102100030412 Matrix metalloproteinase-9 Human genes 0.000 description 1
- 102100025050 Melanoma-associated antigen 1 Human genes 0.000 description 1
- 108010047230 Member 1 Subfamily B ATP Binding Cassette Transporter Proteins 0.000 description 1
- 102100032399 Membrane-associated progesterone receptor component 1 Human genes 0.000 description 1
- 102100030550 Menin Human genes 0.000 description 1
- 206010027476 Metastases Diseases 0.000 description 1
- 101100500655 Methanopyrus kandleri (strain AV19 / DSM 6324 / JCM 9639 / NBRC 100938) ef1b gene Proteins 0.000 description 1
- 102100025180 Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 12 Human genes 0.000 description 1
- 102100028199 Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1 Human genes 0.000 description 1
- 102100021691 Mitotic checkpoint serine/threonine-protein kinase BUB1 Human genes 0.000 description 1
- 102100021440 Modulator of apoptosis 1 Human genes 0.000 description 1
- 206010060880 Monoclonal gammopathy Diseases 0.000 description 1
- 102100035877 Monocyte differentiation antigen CD14 Human genes 0.000 description 1
- 102100034256 Mucin-1 Human genes 0.000 description 1
- 108010008707 Mucin-1 Proteins 0.000 description 1
- 208000034578 Multiple myelomas Diseases 0.000 description 1
- 101100351020 Mus musculus Pax5 gene Proteins 0.000 description 1
- 102100034711 Myb-related protein A Human genes 0.000 description 1
- 102100038895 Myc proto-oncogene protein Human genes 0.000 description 1
- 102100034681 Myeloblastin Human genes 0.000 description 1
- 206010067387 Myelodysplastic syndrome transformation Diseases 0.000 description 1
- 108700041619 Myeloid Ecotropic Viral Integration Site 1 Proteins 0.000 description 1
- 102000047831 Myeloid Ecotropic Viral Integration Site 1 Human genes 0.000 description 1
- 102100027994 Myeloid cell nuclear differentiation antigen Human genes 0.000 description 1
- 102100029691 Myeloid leukemia factor 1 Human genes 0.000 description 1
- 102100029687 Myeloid leukemia factor 2 Human genes 0.000 description 1
- 208000033833 Myelomonocytic Chronic Leukemia Diseases 0.000 description 1
- 208000037538 Myelomonocytic Juvenile Leukemia Diseases 0.000 description 1
- 102100035077 Myoblast determination protein 1 Human genes 0.000 description 1
- 102100037183 Myosin phosphatase Rho-interacting protein Human genes 0.000 description 1
- 102100037508 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1 Human genes 0.000 description 1
- 108010018525 NFATC Transcription Factors Proteins 0.000 description 1
- 102000002673 NFATC Transcription Factors Human genes 0.000 description 1
- 102000003729 Neprilysin Human genes 0.000 description 1
- 108090000028 Neprilysin Proteins 0.000 description 1
- 102100027347 Neural cell adhesion molecule 1 Human genes 0.000 description 1
- 102100027348 Neurocalcin-delta Human genes 0.000 description 1
- 102000007530 Neurofibromin 1 Human genes 0.000 description 1
- 108010085793 Neurofibromin 1 Proteins 0.000 description 1
- 102100030411 Neutrophil collagenase Human genes 0.000 description 1
- 102100027894 Ninjurin-1 Human genes 0.000 description 1
- 108700031302 Nuclear Factor 45 Proteins 0.000 description 1
- 102100035402 Nuclear RNA export factor 1 Human genes 0.000 description 1
- 102100022162 Nuclear factor 1 C-type Human genes 0.000 description 1
- 102100023050 Nuclear factor NF-kappa-B p105 subunit Human genes 0.000 description 1
- 102100036961 Nuclear mitotic apparatus protein 1 Human genes 0.000 description 1
- 102100039614 Nuclear receptor ROR-alpha Human genes 0.000 description 1
- 108091005461 Nucleic proteins Proteins 0.000 description 1
- 102100022678 Nucleophosmin Human genes 0.000 description 1
- 102100022684 Nucleoplasmin-3 Human genes 0.000 description 1
- 102100039306 Nucleotide pyrophosphatase Human genes 0.000 description 1
- 108700020796 Oncogene Proteins 0.000 description 1
- 208000003076 Osteolysis Diseases 0.000 description 1
- 101710125553 PLA2G6 Proteins 0.000 description 1
- 101150040560 POU2F2 gene Proteins 0.000 description 1
- 108010011536 PTEN Phosphohydrolase Proteins 0.000 description 1
- 108090000526 Papain Proteins 0.000 description 1
- 102100036899 Parathyroid hormone-related protein Human genes 0.000 description 1
- 208000037273 Pathologic Processes Diseases 0.000 description 1
- 102100038809 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP9 Human genes 0.000 description 1
- 102100039032 Phosphatidylcholine translocator ABCB4 Human genes 0.000 description 1
- 102100032543 Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase and dual-specificity protein phosphatase PTEN Human genes 0.000 description 1
- 102100031014 Phosphatidylinositol-binding clathrin assembly protein Human genes 0.000 description 1
- 102100035367 Phosphomannomutase 1 Human genes 0.000 description 1
- 102100031693 Piezo-type mechanosensitive ion channel component 1 Human genes 0.000 description 1
- 102100035194 Placenta growth factor Human genes 0.000 description 1
- 102100035220 Plastin-3 Human genes 0.000 description 1
- 206010073391 Platelet dysfunction Diseases 0.000 description 1
- 102100030304 Platelet factor 4 Human genes 0.000 description 1
- 108090000778 Platelet factor 4 Proteins 0.000 description 1
- 108010051742 Platelet-Derived Growth Factor beta Receptor Proteins 0.000 description 1
- 102100026547 Platelet-derived growth factor receptor beta Human genes 0.000 description 1
- 102100037596 Platelet-derived growth factor subunit A Human genes 0.000 description 1
- 241000723784 Plum pox virus Species 0.000 description 1
- 102100033566 Polycomb complex protein BMI-1 Human genes 0.000 description 1
- 102100040171 Pre-B-cell leukemia transcription factor 1 Human genes 0.000 description 1
- 102100040169 Pre-B-cell leukemia transcription factor 3 Human genes 0.000 description 1
- 102100029480 Probable ATP-dependent RNA helicase DDX6 Human genes 0.000 description 1
- 102100040678 Programmed cell death protein 1 Human genes 0.000 description 1
- 102100036691 Proliferating cell nuclear antigen Human genes 0.000 description 1
- 102100034836 Proliferation marker protein Ki-67 Human genes 0.000 description 1
- 102100040829 Proline-rich protein PRCC Human genes 0.000 description 1
- 102100021923 Prolow-density lipoprotein receptor-related protein 1 Human genes 0.000 description 1
- 102100038277 Prostaglandin G/H synthase 1 Human genes 0.000 description 1
- 239000004365 Protease Substances 0.000 description 1
- 102100029270 Proteasome subunit alpha type-5 Human genes 0.000 description 1
- 102100038106 Protein ABHD1 Human genes 0.000 description 1
- 102100026286 Protein AF-10 Human genes 0.000 description 1
- 102100026036 Protein BTG1 Human genes 0.000 description 1
- 102100035251 Protein C-ets-1 Human genes 0.000 description 1
- 102100024952 Protein CBFA2T1 Human genes 0.000 description 1
- 102100026113 Protein DEK Human genes 0.000 description 1
- 108010015499 Protein Kinase C-theta Proteins 0.000 description 1
- 102100024980 Protein NDRG1 Human genes 0.000 description 1
- 102100032442 Protein S100-A8 Human genes 0.000 description 1
- 102100036587 Protein Wnt-16 Human genes 0.000 description 1
- 102100027584 Protein c-Fos Human genes 0.000 description 1
- 102100022050 Protein canopy homolog 2 Human genes 0.000 description 1
- 102100027569 Protein farnesyltransferase subunit beta Human genes 0.000 description 1
- 102100021566 Protein kinase C theta type Human genes 0.000 description 1
- 102100038231 Protein lyl-1 Human genes 0.000 description 1
- 108090000412 Protein-Tyrosine Kinases Proteins 0.000 description 1
- 102000004022 Protein-Tyrosine Kinases Human genes 0.000 description 1
- 102100037787 Protein-tyrosine kinase 2-beta Human genes 0.000 description 1
- 102000052575 Proto-Oncogene Human genes 0.000 description 1
- 108700020978 Proto-Oncogene Proteins 0.000 description 1
- 102100028286 Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret Human genes 0.000 description 1
- 102100029333 Pterin-4-alpha-carbinolamine dehydratase Human genes 0.000 description 1
- 101710184733 Pterin-4-alpha-carbinolamine dehydratase Proteins 0.000 description 1
- 102100032617 Pulmonary surfactant-associated protein B Human genes 0.000 description 1
- 102100024551 Putative methyltransferase NSUN5C Human genes 0.000 description 1
- 101710201301 Putative pterin-4-alpha-carbinolamine dehydratase Proteins 0.000 description 1
- 102100026067 Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit alpha, somatic form, mitochondrial Human genes 0.000 description 1
- 102000001195 RAD51 Human genes 0.000 description 1
- 102100033479 RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase Human genes 0.000 description 1
- 102000001183 RAG-1 Human genes 0.000 description 1
- 108060006897 RAG1 Proteins 0.000 description 1
- 239000013614 RNA sample Substances 0.000 description 1
- 102000003890 RNA-binding protein FUS Human genes 0.000 description 1
- 108090000292 RNA-binding protein FUS Proteins 0.000 description 1
- 102100034328 Rab GDP dissociation inhibitor beta Human genes 0.000 description 1
- 108010068097 Rad51 Recombinase Proteins 0.000 description 1
- 102100036900 Radiation-inducible immediate-early gene IEX-1 Human genes 0.000 description 1
- 102100020718 Receptor-type tyrosine-protein kinase FLT3 Human genes 0.000 description 1
- 208000001647 Renal Insufficiency Diseases 0.000 description 1
- 208000007660 Residual Neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 102100038042 Retinoblastoma-associated protein Human genes 0.000 description 1
- 102100035178 Retinoic acid receptor RXR-alpha Human genes 0.000 description 1
- 102100033909 Retinoic acid receptor beta Human genes 0.000 description 1
- 101710137011 Retinol-binding protein 4 Proteins 0.000 description 1
- 101150109676 Rgs1 gene Proteins 0.000 description 1
- 102100021707 Rho guanine nucleotide exchange factor 2 Human genes 0.000 description 1
- 102100023876 Rhombotin-2 Human genes 0.000 description 1
- 102100025373 Runt-related transcription factor 1 Human genes 0.000 description 1
- 108010005173 SERPIN-B5 Proteins 0.000 description 1
- 108091006232 SLC7A5 Proteins 0.000 description 1
- 108010017324 STAT3 Transcription Factor Proteins 0.000 description 1
- 101150063267 STAT5B gene Proteins 0.000 description 1
- 102100024544 SURP and G-patch domain-containing protein 1 Human genes 0.000 description 1
- 101100379220 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) API2 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100184049 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) MID2 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100189627 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) PTC5 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100082911 Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) ppp1 gene Proteins 0.000 description 1
- 102100022432 Sclerostin domain-containing protein 1 Human genes 0.000 description 1
- 102100031463 Serine/threonine-protein kinase PLK1 Human genes 0.000 description 1
- 102100030333 Serpin B5 Human genes 0.000 description 1
- 102100035712 Serrate RNA effector molecule homolog Human genes 0.000 description 1
- 102100024040 Signal transducer and activator of transcription 3 Human genes 0.000 description 1
- 102100024474 Signal transducer and activator of transcription 5B Human genes 0.000 description 1
- 102100029719 Single-stranded DNA-binding protein, mitochondrial Human genes 0.000 description 1
- 102100026940 Small ubiquitin-related modifier 1 Human genes 0.000 description 1
- 206010041660 Splenomegaly Diseases 0.000 description 1
- 102100026839 Sterol regulatory element-binding protein 1 Human genes 0.000 description 1
- 102100038014 Succinate dehydrogenase [ubiquinone] cytochrome b small subunit, mitochondrial Human genes 0.000 description 1
- 108010002687 Survivin Proteins 0.000 description 1
- 102100028858 Sushi domain-containing protein 6 Human genes 0.000 description 1
- 102100035721 Syndecan-1 Human genes 0.000 description 1
- 102000002154 T-Lymphoma Invasion and Metastasis-inducing Protein 1 Human genes 0.000 description 1
- 108010001288 T-Lymphoma Invasion and Metastasis-inducing Protein 1 Proteins 0.000 description 1
- 102100027208 T-cell antigen CD7 Human genes 0.000 description 1
- 102100025131 T-cell differentiation antigen CD6 Human genes 0.000 description 1
- 102100033111 T-cell leukemia homeobox protein 1 Human genes 0.000 description 1
- 102100036011 T-cell surface glycoprotein CD4 Human genes 0.000 description 1
- 102100034922 T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain Human genes 0.000 description 1
- 102100030664 T-complex protein 1 subunit zeta Human genes 0.000 description 1
- 108700012457 TACSTD2 Proteins 0.000 description 1
- 102000004399 TNF receptor-associated factor 3 Human genes 0.000 description 1
- 108090000922 TNF receptor-associated factor 3 Proteins 0.000 description 1
- 108010033711 Telomeric Repeat Binding Protein 1 Proteins 0.000 description 1
- 102100036497 Telomeric repeat-binding factor 1 Human genes 0.000 description 1
- 101000874827 Thermus thermophilus (strain ATCC 27634 / DSM 579 / HB8) Dephospho-CoA kinase Proteins 0.000 description 1
- 102100030104 Thiamine transporter 1 Human genes 0.000 description 1
- 102100036407 Thioredoxin Human genes 0.000 description 1
- 102100031208 Thioredoxin reductase 1, cytoplasmic Human genes 0.000 description 1
- 208000005485 Thrombocytosis Diseases 0.000 description 1
- 102100034195 Thrombopoietin Human genes 0.000 description 1
- 102100034196 Thrombopoietin receptor Human genes 0.000 description 1
- 102100036034 Thrombospondin-1 Human genes 0.000 description 1
- 102100034838 Thymidine kinase, cytosolic Human genes 0.000 description 1
- 102100032120 Toll/interleukin-1 receptor domain-containing adapter protein Human genes 0.000 description 1
- 102100021386 Trans-acting T-cell-specific transcription factor GATA-3 Human genes 0.000 description 1
- 102100038313 Transcription factor E2-alpha Human genes 0.000 description 1
- 102100024026 Transcription factor E2F1 Human genes 0.000 description 1
- 102100039580 Transcription factor ETV6 Human genes 0.000 description 1
- 102100027263 Transcription factor ETV7 Human genes 0.000 description 1
- 102100037168 Transcription factor JunB Human genes 0.000 description 1
- 102100039190 Transcription factor MafK Human genes 0.000 description 1
- 102100027654 Transcription factor PU.1 Human genes 0.000 description 1
- 102100030780 Transcriptional activator Myb Human genes 0.000 description 1
- 102100026144 Transferrin receptor protein 1 Human genes 0.000 description 1
- 101710204707 Transforming growth factor-beta receptor-associated protein 1 Proteins 0.000 description 1
- 102100027065 Translation initiation factor eIF-2B subunit beta Human genes 0.000 description 1
- 102100026394 Tribbles homolog 2 Human genes 0.000 description 1
- 108060008682 Tumor Necrosis Factor Proteins 0.000 description 1
- 108010091356 Tumor Protein p73 Proteins 0.000 description 1
- 102100040115 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 10C Human genes 0.000 description 1
- 102100033732 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 1A Human genes 0.000 description 1
- 102100022203 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 25 Human genes 0.000 description 1
- 102100040245 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 5 Human genes 0.000 description 1
- 102100040403 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 6 Human genes 0.000 description 1
- 102100033081 Tumor necrosis factor receptor type 1-associated DEATH domain protein Human genes 0.000 description 1
- 102100030018 Tumor protein p73 Human genes 0.000 description 1
- 102100027212 Tumor-associated calcium signal transducer 2 Human genes 0.000 description 1
- 108010046308 Type II DNA Topoisomerases Proteins 0.000 description 1
- 102100026150 Tyrosine-protein kinase Fgr Human genes 0.000 description 1
- 102100033438 Tyrosine-protein kinase JAK1 Human genes 0.000 description 1
- 102100033444 Tyrosine-protein kinase JAK2 Human genes 0.000 description 1
- 102100024036 Tyrosine-protein kinase Lck Human genes 0.000 description 1
- 102100026857 Tyrosine-protein kinase Lyn Human genes 0.000 description 1
- 102100022356 Tyrosine-protein kinase Mer Human genes 0.000 description 1
- 102100021125 Tyrosine-protein kinase ZAP-70 Human genes 0.000 description 1
- 102100031275 UV radiation resistance-associated gene protein Human genes 0.000 description 1
- 102100037256 Ubiquitin-conjugating enzyme E2 C Human genes 0.000 description 1
- 102100027266 Ubiquitin-like protein ISG15 Human genes 0.000 description 1
- 208000024675 Unclassified acute myeloid leukemia Diseases 0.000 description 1
- 102100031358 Urokinase-type plasminogen activator Human genes 0.000 description 1
- 108010019530 Vascular Endothelial Growth Factors Proteins 0.000 description 1
- 102000005789 Vascular Endothelial Growth Factors Human genes 0.000 description 1
- 102100023543 Vascular cell adhesion protein 1 Human genes 0.000 description 1
- 102100024010 Vesicle transport protein GOT1A Human genes 0.000 description 1
- 208000036142 Viral infection Diseases 0.000 description 1
- 102000040856 WT1 Human genes 0.000 description 1
- 108700020467 WT1 Proteins 0.000 description 1
- 101150084041 WT1 gene Proteins 0.000 description 1
- 208000016025 Waldenstroem macroglobulinemia Diseases 0.000 description 1
- 102100038151 X-box-binding protein 1 Human genes 0.000 description 1
- 101100351021 Xenopus laevis pax5 gene Proteins 0.000 description 1
- 108700031763 Xeroderma Pigmentosum Group D Proteins 0.000 description 1
- 108010046882 ZAP-70 Protein-Tyrosine Kinase Proteins 0.000 description 1
- 230000004913 activation Effects 0.000 description 1
- 239000012190 activator Substances 0.000 description 1
- 208000037402 acute myeloid leukemia by FAB classification Diseases 0.000 description 1
- 230000008578 acute process Effects 0.000 description 1
- 238000011256 aggressive treatment Methods 0.000 description 1
- 230000000735 allogeneic effect Effects 0.000 description 1
- 229940043376 ammonium acetate Drugs 0.000 description 1
- 235000019257 ammonium acetate Nutrition 0.000 description 1
- 239000004410 anthocyanin Substances 0.000 description 1
- 230000000340 anti-metabolite Effects 0.000 description 1
- 230000007503 antigenic stimulation Effects 0.000 description 1
- 229940100197 antimetabolite Drugs 0.000 description 1
- 239000002256 antimetabolite Substances 0.000 description 1
- 230000001640 apoptogenic effect Effects 0.000 description 1
- 238000003782 apoptosis assay Methods 0.000 description 1
- 230000009925 apoptotic mechanism Effects 0.000 description 1
- 239000008346 aqueous phase Substances 0.000 description 1
- 208000013130 autosomal recessive severe congenital neutropenia due to G6PC3 deficiency Diseases 0.000 description 1
- 108700041737 bcl-2 Genes Proteins 0.000 description 1
- 108700000711 bcl-X Proteins 0.000 description 1
- 108010056708 bcr-abl Fusion Proteins Proteins 0.000 description 1
- 230000009286 beneficial effect Effects 0.000 description 1
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 1
- 230000002902 bimodal effect Effects 0.000 description 1
- 239000003181 biological factor Substances 0.000 description 1
- 230000005540 biological transmission Effects 0.000 description 1
- 230000036765 blood level Effects 0.000 description 1
- 238000009534 blood test Methods 0.000 description 1
- 108010018804 c-Mer Tyrosine Kinase Proteins 0.000 description 1
- 239000000969 carrier Substances 0.000 description 1
- 230000024245 cell differentiation Effects 0.000 description 1
- 230000001413 cellular effect Effects 0.000 description 1
- 230000019522 cellular metabolic process Effects 0.000 description 1
- 238000003759 clinical diagnosis Methods 0.000 description 1
- 230000004186 co-expression Effects 0.000 description 1
- 230000001427 coherent effect Effects 0.000 description 1
- 229920001436 collagen Polymers 0.000 description 1
- 238000004590 computer program Methods 0.000 description 1
- 238000012790 confirmation Methods 0.000 description 1
- 208000018631 connective tissue disease Diseases 0.000 description 1
- 230000001276 controlling effect Effects 0.000 description 1
- 238000004132 cross linking Methods 0.000 description 1
- 208000024389 cytopenia Diseases 0.000 description 1
- 230000034994 death Effects 0.000 description 1
- 238000010908 decantation Methods 0.000 description 1
- 230000007547 defect Effects 0.000 description 1
- 108010002712 deoxyribonuclease II Proteins 0.000 description 1
- 238000003748 differential diagnosis Methods 0.000 description 1
- 108020001096 dihydrofolate reductase Proteins 0.000 description 1
- CZWHMRTTWFJMBC-UHFFFAOYSA-N dinaphtho[2,3-b:2',3'-f]thieno[3,2-b]thiophene Chemical compound C1=CC=C2C=C(SC=3C4=CC5=CC=CC=C5C=C4SC=33)C3=CC2=C1 CZWHMRTTWFJMBC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000005750 disease progression Effects 0.000 description 1
- 208000035475 disorder Diseases 0.000 description 1
- 230000008482 dysregulation Effects 0.000 description 1
- 101150114135 eIF4E gene Proteins 0.000 description 1
- 238000013399 early diagnosis Methods 0.000 description 1
- 230000008030 elimination Effects 0.000 description 1
- 238000003379 elimination reaction Methods 0.000 description 1
- 108010018033 endothelial PAS domain-containing protein 1 Proteins 0.000 description 1
- 102000052116 epidermal growth factor receptor activity proteins Human genes 0.000 description 1
- 108700015053 epidermal growth factor receptor activity proteins Proteins 0.000 description 1
- 210000003743 erythrocyte Anatomy 0.000 description 1
- 230000000925 erythroid effect Effects 0.000 description 1
- ZMMJGEGLRURXTF-UHFFFAOYSA-N ethidium bromide Chemical compound [Br-].C12=CC(N)=CC=C2C2=CC=C(N)C=C2[N+](CC)=C1C1=CC=CC=C1 ZMMJGEGLRURXTF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229960005542 ethidium bromide Drugs 0.000 description 1
- 230000003203 everyday effect Effects 0.000 description 1
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 1
- 238000010195 expression analysis Methods 0.000 description 1
- 238000000249 far-infrared magnetic resonance spectroscopy Methods 0.000 description 1
- 238000001413 far-infrared spectroscopy Methods 0.000 description 1
- 239000000835 fiber Substances 0.000 description 1
- 230000003325 follicular Effects 0.000 description 1
- 230000006650 fundamental cellular process Effects 0.000 description 1
- 238000010353 genetic engineering Methods 0.000 description 1
- 210000003714 granulocyte Anatomy 0.000 description 1
- 208000035474 group of disease Diseases 0.000 description 1
- 239000003102 growth factor Substances 0.000 description 1
- 230000036541 health Effects 0.000 description 1
- 210000003630 histaminocyte Anatomy 0.000 description 1
- 238000010562 histological examination Methods 0.000 description 1
- 108010027263 homeobox protein HOXA9 Proteins 0.000 description 1
- 230000013632 homeostatic process Effects 0.000 description 1
- 230000000148 hypercalcaemia Effects 0.000 description 1
- 208000030915 hypercalcemia disease Diseases 0.000 description 1
- 101150095658 ilf2 gene Proteins 0.000 description 1
- 230000028993 immune response Effects 0.000 description 1
- 230000036039 immunity Effects 0.000 description 1
- 229940072221 immunoglobulins Drugs 0.000 description 1
- 239000012535 impurity Substances 0.000 description 1
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 description 1
- 230000008595 infiltration Effects 0.000 description 1
- 238000001764 infiltration Methods 0.000 description 1
- 230000002757 inflammatory effect Effects 0.000 description 1
- 208000014674 injury Diseases 0.000 description 1
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 1
- 230000037431 insertion Effects 0.000 description 1
- 230000009545 invasion Effects 0.000 description 1
- 201000005992 juvenile myelomonocytic leukemia Diseases 0.000 description 1
- 201000006370 kidney failure Diseases 0.000 description 1
- 230000002045 lasting effect Effects 0.000 description 1
- 108010019813 leptin receptors Proteins 0.000 description 1
- 230000003902 lesion Effects 0.000 description 1
- 210000000265 leukocyte Anatomy 0.000 description 1
- 210000004185 liver Anatomy 0.000 description 1
- 230000004807 localization Effects 0.000 description 1
- 230000007762 localization of cell Effects 0.000 description 1
- 230000007774 longterm Effects 0.000 description 1
- 208000018555 lymphatic system disease Diseases 0.000 description 1
- 201000011649 lymphoblastic lymphoma Diseases 0.000 description 1
- 201000007919 lymphoplasmacytic lymphoma Diseases 0.000 description 1
- 208000029791 lytic metastatic bone lesion Diseases 0.000 description 1
- 230000036212 malign transformation Effects 0.000 description 1
- 230000005741 malignant process Effects 0.000 description 1
- 208000008585 mastocytosis Diseases 0.000 description 1
- 238000007620 mathematical function Methods 0.000 description 1
- 210000003593 megakaryocyte Anatomy 0.000 description 1
- 238000000125 metastable de-excitation spectroscopy Methods 0.000 description 1
- 230000009401 metastasis Effects 0.000 description 1
- 108010065059 methylaspartate ammonia-lyase Proteins 0.000 description 1
- 238000007479 molecular analysis Methods 0.000 description 1
- 239000003147 molecular marker Substances 0.000 description 1
- 210000005087 mononuclear cell Anatomy 0.000 description 1
- 230000000869 mutational effect Effects 0.000 description 1
- 210000001167 myeloblast Anatomy 0.000 description 1
- 210000003887 myelocyte Anatomy 0.000 description 1
- 208000025113 myeloid leukemia Diseases 0.000 description 1
- YOHYSYJDKVYCJI-UHFFFAOYSA-N n-[3-[[6-[3-(trifluoromethyl)anilino]pyrimidin-4-yl]amino]phenyl]cyclopropanecarboxamide Chemical compound FC(F)(F)C1=CC=CC(NC=2N=CN=C(NC=3C=C(NC(=O)C4CC4)C=CC=3)C=2)=C1 YOHYSYJDKVYCJI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 210000000822 natural killer cell Anatomy 0.000 description 1
- 108010064131 neuronal Cdk5 activator (p25-p35) Proteins 0.000 description 1
- 238000010899 nucleation Methods 0.000 description 1
- 210000004940 nucleus Anatomy 0.000 description 1
- 108091008796 oncogenic growth factors Proteins 0.000 description 1
- 230000008266 oncogenic mechanism Effects 0.000 description 1
- 230000000771 oncological effect Effects 0.000 description 1
- 102000027450 oncoproteins Human genes 0.000 description 1
- 108091008819 oncoproteins Proteins 0.000 description 1
- 230000003287 optical effect Effects 0.000 description 1
- 230000008520 organization Effects 0.000 description 1
- 210000002997 osteoclast Anatomy 0.000 description 1
- 230000002018 overexpression Effects 0.000 description 1
- 229940055729 papain Drugs 0.000 description 1
- 235000019834 papain Nutrition 0.000 description 1
- 230000008506 pathogenesis Effects 0.000 description 1
- 230000009054 pathological process Effects 0.000 description 1
- 210000003049 pelvic bone Anatomy 0.000 description 1
- 230000002093 peripheral effect Effects 0.000 description 1
- 108010017843 platelet-derived growth factor A Proteins 0.000 description 1
- 210000001778 pluripotent stem cell Anatomy 0.000 description 1
- 108010056274 polo-like kinase 1 Proteins 0.000 description 1
- 238000004321 preservation Methods 0.000 description 1
- 238000004886 process control Methods 0.000 description 1
- 230000005522 programmed cell death Effects 0.000 description 1
- 230000002250 progressing effect Effects 0.000 description 1
- 230000002062 proliferating effect Effects 0.000 description 1
- 238000011321 prophylaxis Methods 0.000 description 1
- 108010051009 proto-oncogene protein Pbx3 Proteins 0.000 description 1
- 101150110928 psmb4 gene Proteins 0.000 description 1
- NGVDGCNFYWLIFO-UHFFFAOYSA-N pyridoxal 5'-phosphate Chemical compound CC1=NC=C(COP(O)(O)=O)C(C=O)=C1O NGVDGCNFYWLIFO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000012797 qualification Methods 0.000 description 1
- 230000005855 radiation Effects 0.000 description 1
- 239000011535 reaction buffer Substances 0.000 description 1
- 238000003753 real-time PCR Methods 0.000 description 1
- 208000023933 refractory anemia with excess blasts in transformation Diseases 0.000 description 1
- 230000007363 regulatory process Effects 0.000 description 1
- 238000004153 renaturation Methods 0.000 description 1
- 239000004248 saffron Substances 0.000 description 1
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 description 1
- 208000034380 severe congenital 9 autosomal dominant neutropenia Diseases 0.000 description 1
- 208000027397 severe congenital neutropenia 4 Diseases 0.000 description 1
- 230000001568 sexual effect Effects 0.000 description 1
- 238000004904 shortening Methods 0.000 description 1
- FZHAPNGMFPVSLP-UHFFFAOYSA-N silanamine Chemical compound [SiH3]N FZHAPNGMFPVSLP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000003595 spectral effect Effects 0.000 description 1
- 238000010186 staining Methods 0.000 description 1
- 238000011255 standard chemotherapy Methods 0.000 description 1
- 210000001562 sternum Anatomy 0.000 description 1
- 230000004936 stimulating effect Effects 0.000 description 1
- 230000001629 suppression Effects 0.000 description 1
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 description 1
- 108060008226 thioredoxin Proteins 0.000 description 1
- 229940094937 thioredoxin Drugs 0.000 description 1
- 230000001732 thrombotic effect Effects 0.000 description 1
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 1
- 231100000331 toxic Toxicity 0.000 description 1
- 230000002588 toxic effect Effects 0.000 description 1
- 230000001988 toxicity Effects 0.000 description 1
- 231100000419 toxicity Toxicity 0.000 description 1
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 1
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 1
- 230000002103 transcriptional effect Effects 0.000 description 1
- 230000001131 transforming effect Effects 0.000 description 1
- 238000002054 transplantation Methods 0.000 description 1
- 230000008733 trauma Effects 0.000 description 1
- 238000011269 treatment regimen Methods 0.000 description 1
- PIEPQKCYPFFYMG-UHFFFAOYSA-N tris acetate Chemical compound CC(O)=O.OCC(N)(CO)CO PIEPQKCYPFFYMG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000005748 tumor development Effects 0.000 description 1
- 210000002700 urine Anatomy 0.000 description 1
- 238000010200 validation analysis Methods 0.000 description 1
- 230000002792 vascular Effects 0.000 description 1
- 238000012795 verification Methods 0.000 description 1
- 230000009385 viral infection Effects 0.000 description 1
- 239000011534 wash buffer Substances 0.000 description 1
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
- C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/112—Disease subtyping, staging or classification
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/118—Prognosis of disease development
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/158—Expression markers
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Immunology (AREA)
- Pathology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Hospice & Palliative Care (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Oncology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)
Abstract
Изобретение относится к области молекулярной биологии и может быть использовано в медицине при составлении прогноза развития заболевания у пациентов с хроническим лимфолейкозом. Описана композиция, включающая, по меньшей мере, три олигонуклеотидных зонда и обеспечивающая возможность одновременного определения уровня экспрессии генов PSMB4, FCER2 и POU2F2. Олигонуклеотидную композицию по изобретению предлагается использовать, в том числе и в составе микрочипа, в способе прогнозирования развития заболевания у субъекта, страдающего хроническим лимфолейкозом, основанном на анализе уровня экспрессии в образцах крови пациента, по меньшей мере, трех названных генов. 4 н. и 4 з.п. ф-лы, 16 табл., 5 ил.
Description
Область, к которой относится изобретение
Изобретение относится к технико-промышленному сектору экстракорпоральной диагностики in vitro биологических образцов методами генной инженерии, применяемыми для диагностики определенных типов неоплазий по типам экспрессии их генов и/или для прогноза их развития. Конкретнее, изобретение относится к идентификации неоплазий, происходящих из гематопоэтических клеток, по оценке уровней матричной РНК значимых генов в биологических образцах, таких как образцы периферической крови, предпочтительно посредством использования микрочипов. При этом можно идентифицировать образцы, соответствующие пациентам, страдающим CLL (хроническим лимфолейкозом), обеспечивая возможность его диагностики, и, кроме того, можно классифицировать образцы от пациентов, страдающих CLL, в образцах, которые принадлежат пациентам, у которых CLL имеет тенденцию к стабилизации или у которых он имеет тенденцию к прогрессированию, обеспечивая возможность прогноза будущего развития заболевания у этих пациентов.
Предпосылки изобретения
Ежедневно организм человека вырабатывает миллиарды новых лейкоцитов, эритроцитов и тромбоцитов, которые замещают гематопоэтические клетки, которые теряются вследствие нормального процесса обновления, заболевания или травмы. Организованный процесс выработки гематопоэтических клеток и гомеостаза известен под названием гематопоэз (Weissman I.L. et al., 2000; Leung A.Y.H. et al., 2005).
У человека гематопоэз ограничен костным мозгом (В.М.) большей части костей, и постепенно, с возрастом, он замещается жиром, так что у взрослых людей 70% костного мозга локализуется в тазовых костях, позвонках и грудине (Bernard et al., 1976).
Все зрелые клетки крови генерируются из относительно небольшого количества гематопоэтических клеток, известных как гематопоэтические стволовые клетки. Гематопоэтические стволовые клетки имеют 2 характеристики, которые представляют собой плюрипотентность, или способность вызывать развитие различных типов гематопоэтических клеток, и самообновление, или свойство постоянного самосохранения, генерирования клеток таких же, как они сами (Weissman I.L. et al., 2000). Эта способность существенна для поддержания гематопоэза в течение всей жизни, который без самообновления быстро истощил бы резерв имеющихся стволовых клеток. Гематопоэтические стволовые клетки способны генерировать различные типы зрелых гематопоэтических клеток через серию промежуточных клеток-предшественников. Эти клетки-предшественники подвергаются упорядоченной последовательности явлений, которые трансформируют их в зрелые клетки. Этот процесс известен под названием дифференциации (Lee M.F. et al., 2005). Дифференциация гематопоэтических клеток включает изменения, которые воздействуют, наряду с другими параметрами, на размер и форму клетки, экспрессию генов, белки, реакцию на сигналы и локализацию клеток.
Окончательно дифференцированные клетки утрачивают свою способность к делению и подвергаются апоптозу после периода времени, продолжающегося от нескольких часов для нейтрофилов, до десятилетий для некоторых лимфоцитов. Это значит, что В.М. должен постоянно обеспечивать клеточный обмен (Datta S.R. et al., 1999).
Процесс гематопоэза включает сложное взаимодействие между эндогенными генетическими явлениями в гематопоэтических клетках и в среде, где они обнаруживаются. Это взаимодействие таково, что оно определяет, должны ли гематопоэтические клетки-предшественники оставаться в покое, пролиферировать, подвергаться дифференцировке в одну или другую линию или вступать в апоптоз (Domen J. et al., 1999). Все генетические механизмы и механизмы окружающей среды, которые управляют продукцией клеток крови, действуют путем изменения относительного баланса этих фундаментальных клеточных процессов.
Генетические факторы и факторы окружающей среды играют решающую роль в гематопоэзе. Так, например, экспрессия генов, относящихся к семействам Rb (Bergh et al., 1999), циклинам (Della Ragione F. et al., 1997) или Hox (Magli M.C. et al., 1997), регулирует пролиферацию гематопоэтических клеток на ранних стадиях дифференциации. Гены семейства bcl-2 регулируют апоптоз гематопоэтических клеток (O'Gorman D.M. et al., 2001). Представляется, что большое разнообразие генов, среди которых обнаруживаются C/EBP (Tenen D.G. et al., 1997), Pax5 (Nutt S.L. et al., 1999) и Ikaros (Nichogiannopoulou A. еt al., 1998), участвуют в гематопоэтической дифференциации и компромиссе линий.
Гематологические неоплазии
Гематологические неоплазии представляют собой злокачественные процессы, которые поражают любой из типов клеток, относящихся к гематопоэтической системе. Как следствие этой трансформации, клетки блокируются на стадии дифференциации и начинают накапливаться вследствие неконтролируемой пролиферации, несостоятельности апоптозных механизмов или блокирования процесса их дифференциации.
Злокачественная трансформация гематопоэтических клеток во время различных стадий, которые они проходят при их дифференциации в зрелые клетки, вызывает большое количество различных неоплазий (Guttmacher A.E. et al., 2003). Поэтому данный тип неоплазий представляет собой очень разнородную группу заболеваний, которые имеют только общее гематопоэтическое происхождение трансформированного типа клеток.
Классификация гематологических неоплазий
Главным образом можно установить 2 группы: лимфоидные неоплазии, которые поражают клетки различных типов и степени зрелости и которые образуют лимфоидную линию (и В, и Т-клетки), и другую большую группу составляют миелоидные неоплазии, которые поражают различные типы клеток миелоидной линии. Однако эта упрощенная классификация в настоящее время является более развернутой, как в деталях описано ниже.
С клинической точки зрения лимфоматозные лейкозы были дифференцированы в произвольной форме, указывающей на лейкозы как на неоплазии, которые поражают костный мозг и имеют периферическое проявление, т.е. при них имеется циркуляция аномальных клеток в крови, а лимфомы - как неоплазии, которые остаются локализованными в лимфатических узлах или других лимфоидных тканях и которые, по меньшей мере, исходно лишены лейкозного поведения. В случае лейкозов острые процессы при хроническом течении первоначально дифференцировались морфоцитологическими характеристиками пролиферирующих клеток (незрелые и атипичные в первом случае и дифференцированные во втором) и клиническими проявлениями заболевания. В настоящее время знание иммунологических маркеров и генетических изменений, которые воздействуют на гематопоэтические клетки, может помочь более точно дифференцировать различные процессы.
В настоящее время известно, что гематологические неоплазии, как это происходит при других типах рака, имеют мультигенное происхождение. Значительная технологическая революция, произошедшая за последние годы, обеспечила возможность познания молекулярной основы нескольких неоплазий. Использование этих методик обеспечивает возможность идентификации релевантных генов при раке человека, подтверждения результатов, полученных в фундаментальных исследованиях на экспериментальных моделях, установления типов восприимчивости, точнее классификации неоплазий, улучшения диагностики заболевания, идентификации новых терапевтических мишеней и улучшения выбора лечения для каждого пациента.
Существующее разнообразие у различных индивидуумов также имеет значение и клиническое отражение на основании генетических различий: если обеспечена способность распознавания этих генетических различий, то появится также способность продвижения в обнаружении токсичности и различий реакций на лечение (Westbrock C.A. et al., 2005).
В 1995 г. Всемирная Организация Здравоохранения (ВОЗ) в сотрудничестве с Европейской Гематологической Ассоциацией и патологоанатомами, клиницистами и научными работниками во всем мире начали проект для получения согласованной классификации гематопоэтической ткани и лимфоидных органов. Этот проект привел к разработке системы для выявления, классификации и установления согласованных диагностических критериев миелоидной, лимфоидной и гистиоцитарной неоплазий (Jaffe E.S. et al., 2001). Критерии классификации ВОЗ те же, что используются в классификации REAL (пересмотренная Европейская Американская классификация лимфомы), опубликованная Международной Группой Изучения Лимфомы в 1994 г. (Harris N.L. et al., 1994). Система классификации REAL, в отличие от других предыдущих систем классификации, основана на определении «реальных» нозологий, а не морфологических подтипов. Вся имеющаяся информация используется для установления этих «реальных» нозологий, т.е. морфологические, иммунофенотипические и биологические данные объединяются с генетическими и клиническими характеристиками (Harris N.L. et al., 1999a).
Классификация ВОЗ, которая была представлена в 1997 г., стратифицирует нозологии в соответствии с пораженной клеточной линией: миелоидной, лимфоидной, гистиоцитарной/дендритной и мастоцитарной. В пределах каждой категории заболевание определяется в соответствии с морфологией, иммунофенотипом, генетическими и клиническими данными (Harris N.L. et al., 1999b). При многих неоплазиях стадия, на которой обнаруживаются накопившиеся опухолевые клетки, не совпадает со стадией, на которой произошло первоначальное трансформирующее явление. Таким образом, многие гематологические неоплазии происходят из исходных предшественников, и определенное генетическое изменение может определять, какая клетка продолжает продвижение в ее дифференцировке до прекращения и накопления на более поздних стадиях дифференциации (Shaffer A.L. et al., 2002). Напротив, другие неоплазии могут развиться на более поздних стадиях дифференциации, как происходит в клетках из фолликулярных центров, где генетические транслокации и перестройка вызывают активацию генов, которые участвуют в развитии опухоли. Классификация по каждой нозологии отражает наибольшую стимуляцию для ее линии клеток и стадии дифференциации, признавая, что имеющиеся в настоящее время знания несовершенны, и что по мере усовершенствования знаний могут произойти изменения в принадлежности к линии клеток и в классификации.
Современные критерии диагностики и классификация этих неоплазий основаны на комбинации следующих данных (Braziel R.M. et al., 2003):
- Морфологической оценки клетки: исследование под микроскопом вовлеченных клеток. Получают информацию по типу клетки и степени ее зрелости.
- Исследования иммунофенотипа: распознавание антигенов, экспрессированных на поверхности неопластической клетки. Эти антигены экспрессированы иначе и в иной степени, в соответствии с линией клетки и стадией, на которой находится клетка. Известна экспрессия поверхностных антигенов, характерных для линии и стадии дифференцировки клетки, например экспрессия CD19 и CD20 типична для линии В клеток, в то время как экспрессия CD3 типична для линии Т. Исследование CD23 является ключевым при дифференцировке NHLMC от CLL (Gong J.Z. et al., 2001).
Всегда предпринималась попытка связать различные типы неоплазий с их соответствующей популяцией нормальных клеток посредством их морфологических и иммунофенотипических характеристик. Поэтому многие неоплазии представляются «захваченными» на определенных стадиях развития, поскольку они имеют морфологические и иммунофенотипические характеристики, аналогичные характеристикам гематопоэтических клеток на стадии дифференциации (Shaffer A.L. et al., 2002).
- Клинические характеристики: признаки и симптомы у пациента во время диагностики.
- Определение молекулярных маркеров: измерение некоторых молекул, которые связаны с конкретными нозологиями, например присутствие PML/RARA при промиелоциарном лейкозе, или которые дают лучший или худший прогноз, такие как, например, экспрессия CD38 в клеточных маркерах CLL неблагоприятного прогноза (Durig J. et al., 2002).
- Цитогенетические исследования на основе поиска генетических изменений в ДНК в опухолевых клетках. Во многих случаях происходят определенные перестройки, которые характерны для типов опухоли или стадий (Mitelman F, et al., 1997). В соответствии с хромосомными транслокациями можно установить различные группы, имеющие клиническое значение, например, при LLA-B, где присутствие гибридных онкопротеинов встречается нечасто, присутствие t(2;21)/TEL1-AML1 и t(1;19)/E2A-PBX1 связано с реакцией на лечение, в то время как прогноз для пациентов с t(9;22)/BCR-ABL и t(4;11)/MLL-AF4 гораздо хуже (Arico M. et al., 2000). Обычно также проводится поиск специфических мутаций, делеций или инсерций в гене, который был связан с более благоприятным прогнозом, таким как, например, миелодисплазические синдромы, связанные с 5q- (Boultwood J. et al., 1994).
Как было ранее указано, ВОЗ устанавливает 4 большие группы гематологических неоплазий в соответствии с вовлеченной линией (миелоидной, лимфоидной, гистиоцитарной/дендритной и мастоцитарной линиями). Ниже детальнее описаны миелоидная линия и лимфоидная линия, поскольку они являются линиями, которые возникают с наибольшей частотой. Линии, соответствующие гистиоцитарной/дендритной и мастоцитарной линиям, представляют собой в настоящее время очень редкие нозологии.
1. Миелоидные неоплазии
Они объединяют все неоплазии, происходящие из миелоидной линии дифференциации; ВЗО различает 4 большие группы (Vardiman J.W. et al., 2002).
1.1. Миелопролиферативные синдромы (MPS)
Миелопролиферативные синдромы (MPS) представляют собой клональные изменения гематопоэтических стволовых клеток, характеризуемые эффективным гематопоэзом, который ведет к увеличению содержания в крови одной или более линий гематопоэза и гепатоспленомегалии. Они составляют группу нозологий, в которых существует увеличение предшественников миелоидного ряда или фиброза костного мозга (миелофиброза); эта группа также включает системный мастоцитоз. На первый план можно выдвинуть следующее:
- Хронические миелопролиферативные синдромы (CMPS). Клональное изменение гематопоэтических стволовых клеток, характеризуемое эффективным гематопоэзом, который вызывает увеличение в периферической крови одной или более линий клеток и часто гепатоспленомегалию, медуллярную гиперцеллюлярность со зрелостью, но без дисплазии.
- Хронический миелоидный лейкоз (CML). Он представляет собой клональный процесс, вызванный приобретенным генетическим изменением плюрипотентных клеток. Это заболевание характеризуется избыточной продукцией нейтрофилов и их предшественников. Он имеет 3 фазы: первую, называемую хронической фазой неопределенной продолжительности, за которой следует фаза ускорения и, наконец, бластный криз, который представляет собой действительный острый лейкоз.
CML имеет низкую частоту возникновения, составляющую 1 случай на 100000 жителей/год и чаще всего появляется в шестом и седьмом десятилетиях жизни. Его можно считать редким заболеванием.
Это - характерный лейкоз по своей сути, поскольку термин «лейкоз» впервые был применен к этой нозологии. 95% случаев имеют генетический маркер, филадельфийскую хромосому, полученную транслокацией фрагмента хромосомы 22, которая придерживается хромосомы 9 или t(9;22) (q34;q11). Эта транслокация вызывает гибридный ген bcr-abl. Белок, кодируемый этим химерным геном, BCR-ABL, имеет повышенную активность тирозинкиназы по сравнению с нормальной активностью abl в качестве онкогенного ростового фактора (Pane F. et al., 2002), хотя в действительности механизмы, которые вызывают избыточную продукцию миелоидных клеток, полностью не выяснены. Возможно, что другие фото-онкогены, такие как р-53, внедряются в процесс и в трансформацию хронической фазы в бластный криз. Несколько случаев, в которых выявляется филадельфийская хромосома, представляют атипичные миелопролиферативные симптомы и соответствуют варианту MDS, известному как хронический миеломоноцитарный лейкоз (CMML).
Диагностика основывается на большом количестве клеток для промежуточных серий, появлении морфологически нормальных миелоидных клеток и на всех стадиях дифференциации, но с большим количеством миелоцитов и нейтрофилов, в целом имеется базофилия и тромбоцитоз. На стадии ускорения происходит увеличение количества незрелых клеток в периферической крови, а при бластном кризе преобладающей клеткой является миелобласт (65%) или лимфобласт (35%).
- Болезнь Вакеза (VD). Это - миелопролиферативный синдром, характеризуемый увеличением массы красного ряда. Болезнь Вакеза представляет собой доброкачественное гематологическое заболевание, наличие которого не влияет на укорочение выживания. Однако это - клональное заболевание, которое у 15% пациентов может развиться в миелофиброз или острый лейкоз (5%).
- Эссенциальная тромбоцитемия (ЕТ). Миелопролиферативный синдром, характеризуемый продукцией тромбоцитов, в 15 раз большей, чем нормальная. Она может быть связана с тромботическими или геморрагическими осложнениями, вызванными дисфункцией тромбоцитов. Она появляется в возрасте примерно 60 лет при равной заболеваемости у представителей обоих полов.
- Миелофиброз (MF). Это - неопластическое клональное расстройство плюрипотентных стволовых клеток. Оно характеризуется большой продукцией аномальных мегакариоцитов. Эти клетки высвобождают молекулы (ростовой фактор, происходящий из тромбоцитов, тромбоцитарный фактор 4), которые стимулируют пролиферацию фибробластов и образуют коллагеновые волокна в костном мозге. Костный мозг неспособен нормально функционировать, и гематопоэтические клетки-предшественники транслируются в печень и селезенку, вызывая развитие экстрамедуллярного гематопоэза, характеризуемого фиброзом костного мозга и спленомегалией. Он появляется у людей в возрасте старше 50 лет и не имеет половых предпочтений.
- Мастоцитоз. Группа нозологий, характеризуемая пролиферацией мастоцитарных клеток в различных частях организма. Системный мастоцитоз (SM) представляет собой редкое заболевание, которое обычно поражает взрослых, и при котором имеются костные изменения у 70 % пациентов (Chen C.C. et al., 1994).
1.2. Миелодиспластические/миелопролиферативные синдромы (MDS/MPS)
ВОЗ установила несколько другую классификацию, отделяющую MDS/MPS как нозологии, дифференцированные от других MDS, поскольку они имеют общие характеристики с CMPS, которые их отличают. Эта группа включает 3 нозологические формы: хронический миеломоноцитарный лейкоз, хронический атипичный миелоид, лейкоз, ювенильный миеломоноцитарный лейкоз и не классифицируемые MDS/MPS. Миелодиспластические синдромы (MDS) представляют собой клональные пролиферации гематопоэтических стволовых клеток, которые во время диагностики имеют общие клинические, морфологические и аналитические данные, которые накладываются друг на друга между AML и CVPS. Они характеризуются гиперцеллюлярностью костного мозга вследствие пролиферации одной или более миелоидных линий (Heaney M.L., 1999). Присутствие дисплазии, по меньшей мере, в одной линии (миелоидной, эритроидной или мегакароцитарной-тромбоцитарной) является характерным для MDS. Частота является вариабельной, в зависимости от вида. По оценкам, заболеваемость составляет 3 случая × 100000 жителей в возрасте старше 60 лет. Классификация FAB устанавливает 4 диагностические категории (Bennett J.M. et al., 1984): простая рефракторная анемия (RA), рефракторная анемия с кольцевым сидеробластозом (ARS), рефракторная анемия с избытком бластов (RAEB) и рефракторная анемия с избытком бластов в трансформации (RAEB-T) и хронический миеломоноцитарный лейкоз (CMML).
В отношении MDS ВОЗ устанавливает 5 дифференцированных категорий (Harris N.L. et al., 1999): рефракторная анемия, рефракторная цитопения с мултилиновой дисплазией, рефракторная анемия с избытком бластов, не классифицируемый MDS и MDS, связанный с изолированным дефектом хромосомы 5 (5q) или синдром 5q-.
1.3. Острый миелобластный лейкоз (AML)
Клональная пролиферация незрелых клеток миелоидной линии. Они могут появляться вновь или вторично у пациентов с миелодиспластическим синдромом (MDS). Классификация, составленная Франко-американо-британской группой (FAB), рассматривает 8 разновидностей (М0-М7) на основании морфологических критериев и иммунофенотипа неопластических клеток (Bennett J.M. et al., 1976). Несмотря на то что эта классификация была принята в течение многих лет, обнаружение того, что многие генетические изменения имеют предсказуемую характеристику, и включение цитогенетического анализа в диагностику острых лейкозов (Bene M.C. et al., 2001) сделало возможным составление субклассификации заболевания и установления оценки прогноза, как происходит при транслокации t(15;17), которая характеризовала промиелоцитарную разновидность лейкоза, характеризуемую экспрессией рецептора ретиноевой кислоты (RAR), признака, который в большинстве случаев делает этот тип лейкоза чувствительным к лечению трансретиноевой кислотой (TRA).
ВОЗ классифицирует AML включением морфологических, иммунофенотипических, генетических и клинических данных для обеспечения возможности определения биологических однородных нозологий и с клинической релевантностью. Таким образом, AML классифицируется на 4 крупных категории: 1. - AML с рецидивирующими генетическими аномалиями. 2. - AML с мултилиновой дисплазией. 3. - AML, относящийся к лечению. 4. - Неклассифицируемый AML (по классификации ВОЗ). Первые 3 категории признают значение биологических факторов, которые прогнозируют развитие процесса. Цитогенный анализ представляет наиболее мощный фактор прогноза (Roumier C. et al., 2003). Он используется для идентификации подгрупп AML с различным прогнозом: низким риском с благоприятной реакцией на лечение (t(8;21), t(15;17) или inv(16)), промежуточным риском (нормальный кариотип или t(9;11) или высоким риском (inv(3), -5del(5q) или -7del(7q), или более чем тремя изменениями). Существует молекулярная неоднородность в пределах группы риска. В некоторых случаях у пациентов с нормальным кариотипом было обнаружено присутствие мутаций в гене FLT3 (Kottaridis P.D. et al., 2001) и MLL (Dohner K. et al., 2002).
Изображение костного мозга при микроскопическом исследовании аспирата в целом представляет собой инвазию клетками, аналогичными друг другу, с незрелыми морфологическими характеристиками, которые искажают нормальное распределение клеток, составляя листки аутентичных клеток. Состояния повышенной медуллярной продукции, в которые входят области неактивного костного мозга, снова представляют новый очаг гематопоэза во взрослом возрасте, в данном случае аномальных клеток.
Приблизительно 80-90% молодых пациентов с AML достигают полной ремиссии заболевания после химиотерапии. Однако у большинства возникают рецидивы, и излечение происходит у 30%. Онкогенный трансплантат костного мозга смог увеличить частоту излечения до 50%, но он ограничивается доступностью идентичного донора HLA. Поэтому он представляет собой группу неоплазий с разнообразными генетическими аномалиями и вариабельной реакцией на лечение (Giles F.J. et al., 2002).
2. Лимфоидные неоплазии
Классификация ВОЗ представляет собой уточнение классификации REAL (Harris N.L. et al., 1994). Выделяют 3 больших группы лимфоидных неоплазий: 1. - Лимфоидные неоплазии, происходящие из В-клеток. 2. - Лимфоидные неоплазии, происходящие из
T- и NK- (натуральных киллерных) клеток. 3. - Лимфома Ходжкина. Эта классификация включает солидные неоплазии и лимфоидные лейкозы, поскольку при многих из них происходит трансформация из одной фазы в другую и различие между ними может быть искусственным. Таким образом, хронический лимфолейкоз, лейкоз В и лимфоцитарный NHL происходят из одинаковых клеток и представляют различные проявления одной и той же неоплазии, то же самое происходит с лимфобластной лимфомой и лимфобластным лейкозом.
2.1. Неоплазии, происходящие из В-, Т- и NK-клеток
Классификация ВОЗ делит эти неоплазии в соответствии со стадией зрелости клеток на неоплазии из клеток-предшественников и неоплазии из зрелых клеток (Классификация ВОЗ «Опухоли гематопоэтической и лимфоидной тканей». E.S. Jaffe, N.L. Harris, H. Stein, J.W.Vardiman. IARC Press, Lyon, 2001). Ввиду большого количества описанных нозологическим форм, в первую очередь отмечаются следующие:
- Острый лимфобластный лейкоз (ALL): Клональная пролиферация лимфоидных предшественников. Приблизительно в 80% случаев предшественники относятся к лимфоидной линии В. Молекулярный анализ генетических изменений лейкозных клеток внес существенный вклад в понимание патогенеза и прогноза ALL (Ferrando A.A. et al., 2005). Несмотря на то, что частота генетических подтипов у детей и взрослых различается, общие механизмы, которые приводят к развитию ALL, представляют собой последствие аномальной экспрессии протоонкогенов ввиду транслокаций хромосом, которые создают гибридные гены или гиперплоидию. Это - первоначальное онкогенное явление, вероятно, недостаточно для того, чтобы вызвать лейкоз, и считают, что для определенного изменения пролиферации и выживания трансформированной клетки необходимы другие изменения, которые действуют совместно с первым изменением. Все эти изменения вносят вклад в лейкозную трансформацию гематопоэтических стволовых клеток или их предшественников, поскольку они воздействуют на ключевые регулирующие процессы, поддерживающие или увеличивающие их способность к самообновлению, избегают контролирующих механизмов нормальной пролиферации, блокирующих дифференциацию и стимулирующих устойчивость апоптозных сигналов (Hanahan D. et al., 2000).
Общий внешний вид костного мозга аналогичен таковому, описанному для миелоидного лейкоза. Исследование минимального остаточного заболевания важно, т.к. это - фактор, который обусловливает наличие и возможный рецидив заболевания. Классификация FAB определяет 3 стадии в соответствии с морфологией (L1-L3).
Это наиболее частый лейкоз в детском возрасте, и в клиническом течении и реакции на лечение он зависит от типа генетического изменения, например у пациентов с гиперплоидией имеется благоприятный прогноз, когда лейкоз лечат схемами лечения, которые включают антиметаболиты, но в целом детей излечивают стандартной химиотерапией и профилактикой по схеме CNS, а у взрослых - продление выживания при химиотерапии имеется лишь у 20% в случаях, расцениваемых как связанных с высоким риском, используется аллогенный аутологичный трансплантат.
- Хронический лимфолейкоз (CLL). CLL характеризуется клональной пролиферацией и накоплением лимфоцитов со зрелым внешним видом и устойчивостью к апоптозу в костном мозге, крови и лимфоидных органах (Galton D.A., 1966). Когда преобладает лимфоаденопатия, то клинические симптомы называются лимфоцитарной лимфомой. Пораженные лимфоциты относятся к линии В в 95% случаев и в 5% случаев поражают Т-лимфоциты.
Это наиболее часто встречающийся лейкоз в западных странах. Средний возраст пациентов с диагностированным хроническим лимфолейкозом составляет 65 лет, лишь 10-15% случаев возникают в возрасте до 50 лет (Jemal A. et al., 2003). Это - самая распространенная причина лейкоза у взрослых в западных странах и включает примерно 25% всех лейкозов. Заболеваемость составляет 3 случая на каждых 100000 жителей/год с преобладанием мужчин, при соотношении мужчин/женщин 1,7:1. В последние годы его все чаще диагностировали у молодых пациентов. Доля случаев, в которых был поставлен диагноз на ранних стадиях заболевания (Rai K.R. et al., 1975), возросла с 10 до 50%, вероятно, ввиду ранней диагностики благодаря обычному исследованию лимфоцитарной формулы. Заболевание поражает больше мужчин, чем женщин.
Прогноз и клиническое течение заболевания крайне вариабельно. У некоторых пациентов имеется быстро прогрессирующее развитие, и они умирают через 2-3 г. после диагностики, в то время как у других течение заболевания медленное, и они живут в течение 10-20 лет без проблем, связанных с CLL. У половины пациентов возникают промежуточные случаи.
Приблизительно у 20% пациентов нет симптомов заболевания во время диагностики, и диагноз ставится вследствие обычного анализа крови. Когда имеются симптомы, они неспецифичны и включают усталость, слабость и дискомфорт.
Классификация Binet (Binеt J.L. et al., 1981) определяет 3 стадии заболевания в соответствии с концентрацией гемоглобина, количеством тромбоцитов, количеством пораженных лимфоузлов и наличием висцеромегалии. В классификации Rai (Rai K.R. et al., 1975) используются те же индикаторы, но она классифицирует пациентов на 5 групп.
Эта неоплазия не характеризуется необычным и рецидивирующим изменением генома. Имеются некоторые маркеры, которые дают более неблагоприятный прогноз, такие как наличие делеций в хромосомах 17 и 11, и у тех пациентов, у которых отсутствуют мутации в генах IgVh (40% случаев) и высокая доля клеток, экспрессирующих CD38, характеризуется более агрессивным клиническим течением и худшей реакцией на лечение (Hamblin T.J. et al., 1999; Durig J. et al., 2002). Другой недавно описанный маркер представляет собой ZAP-70, независимый маркер прогноза, экспрессия которого косвенно связана с мутационным состоянием гена тяжелых цепей иммуноглобулинов (Crespo M. et al., 2003).
- Множественная миелома (ММ): ММ представляет собой злокачественное заболевание, при котором клон плазматических клеток (конечных клеток В лимфоидной линии) костного мозга подвергается неконтролируемой пролиферации. Она составляет 10-15% всех злокачественных заболеваний и характерна для пожилого возраста, только 2% случаев диагностируются в возрасте до 40 лет. По неизвестным причинам частота заболевания увеличивается.
Эти клетки продуцируют и секретируют моноклональный иммуноглобулин или фрагменты иммуноглобулинов, состоящих из класса тяжелой и легкой цепей (каппа или лямбда). Иногда миелома не может секретироваться или белок не выявляется в сыворотке или моче. Неопластическая плазматическая клетка продуцирует другие молекулы, такие как IL6, фактор опухолевого некроза или фактор-активатор остеокластов, который участвует в вызывании остеолизиса, гиперкальциемии и почечной недостаточности, являющихся характерными изменениями при этом заболевании.
Диагностика может быть случайной при выполнении анализа у пациентов без симптомологии или ограниченном заболевании (20% случаев). Заболевание у этих пациентов может оставаться стабильным в течение лет, и раннее лечение на бессимптомной фазе не обеспечивает никаких преимуществ.
Пациенты с моноклональным компонентом, но которые не соответствуют критериям диагностики ММ, считаются носителями моноклональной гаммапатии промежуточного значения (MGIM). У 10-20% этих пациентов через 10 лет развивается ММ (Kyle R.A., 1997; Zhan F. et al., 2002). Моноклональный компонент может быть также связан с другими заболеваниями, такими как лимфома, негематологические неоплазии и заболевания соединительной ткани.
- Лимфоплазмоцитоидная лимфома и макроглобулинемия Вальденстрема. Представляет собой клиническое проявление лимфопролиферативного заболевания низкой степени, характеризуемого инфильтрацией аномальных лимфоплазмоцитарных клеток в костном мозге, лимфоузлах и селезенке, сопровождающейся моноклональной продукцией иммуноглобулина М, причем эти состояния вызывают увеличение вязкости крови и появление геморрагических сосудистых проявлений и затруднение циркуляции в мелких сосудах.
Неходжкинская лимфома (HNL). HNL представляют собой солидные опухоли лимфоидной ткани, которые гораздо более гетерогенны, чем болезнь Ходжкина. Сложность и разнообразие HNL в отношении морфологии, генетики фенотипа и клинического поведения послужила основанием для существования множественных классификаций, ни одна из которых не является полностью удовлетворительной.
Это - самое часто встречающееся гематологические заболевание, и с точки зрения потерянных лет жизни это - четвертая по частоте самая важная неоплазия в западном мире, и представляется, что заболеваемость ею увеличивается.
Она может появляться во всех возрастах, но среднее появление приходится на возраст 50 лет. Причина заболевания не ясна. Были описаны специфические хромосомные транслокации, связанные с определенными типами лимфом, и по этой причине они широко используются при диагностике (Montoto S. et al., 2003). Большинство лимфом типа Буркитта представляют транслокацию t(8;14), при которой онкоген c-MYC хромосомы 8 переносится в следующую область в хромосоме 14, где кодируются тяжелые цепи иммуноглобулинов. 90% фолликулярных лимфом характеризуются транслокацией t(14;18), где ген bcl-2 хромосомы 18 передается в область тяжелых цепей иммуноглобулина. Хорошо известно, что избыточная экспрессия bcl-2 ингибирует апоптоз (запрограммированную гибель клеток). Это легко, потому что данная перестройка хромосомы требует другой стимуляции, такой как, например, совместная экспрессия второго фотоонкогена, или антигенной стимуляции для развития злокачественной пролиферации. Пример комбинации множественных комбинированных причин вызывает развитие лимфомы, связанной со СПИДом. Появление агрессивных внеузловых лимфом является результатом комбинации подавления иммунитета ВИЧ, нарушения регуляции фотоонкогена (c_MYC) и вторичной вирусной инфекции (вирусом Эпштейна-Барра). То же происходит у пациентов, подвергнутых трансплантации органов (Harris N.L. et al., 2001).
Клиническое проявление заболевания более разнообразное, чем при болезни Ходжкина. Оно может вести себя более вяло, не требуя немедленного лечения, или, напротив, вести себя агрессивно, что быстро приводит к смерти.
Чаще всего поражаются шейные лимфоузлы. Что касается внеузловых поражений, то их признаки и симптомы зависят от пораженного органа. Представляется, что костный мозг инфильтрируется чаще при NHL низкой степени и может вызвать панцитопению. Присутствие злокачественных клеток в периферической крови также часто встречается при NHL низкой степени, но свидетельствует об очень плохом прогнозе при NHL высокой степени.
Диагностика проводится гистологическим исследованием лимфатической ткани. Дополнительная информация получается моноклональными антителами, направленными против специфических лимфоцитарных антигенов (иммунофенотипа); это помогает идентифицировать степень зрелости злокачественной клетки и определить ее Т или В происхождение. Присутствие мутации в генах, которые кодируют Ig в NHL линии В, обычно используется для идентификации некоторых подтипов NHL (Kuppers R. et al., 1999).
2.2. Лимфома Ходжкина (LH)
Это нечастое заболевание и имеющее склонность поражать представителей мужского пола в пропорции 2/1. Она характеризуется присутствием больших клеток с двумя или множественными ядрами, именуемыми клетками Рид-Штернберга (Reed-Sternberg) (RS), и других более мелких и одноядерных клеток, которые появляются в маленьком количестве в опухоли; остальные клетки представляют собой лимфоциты, гранулоциты, фибробласты и плазматические клетки. Этот воспалительный инфильтрат, возможно, отражает иммунную реакцию хозяина на злокачественные клетки. Природа RS и клеток Ходжкина была в значительной степени изучена, но продолжает оспариваться. Они могут происходить из начальной стадии лимфоидных клеток.
В некоторых случаях в опухоли было выявлено существование ДНК вируса Эпштейна-Барра. Одна гипотеза заключается в том, что бимодальное распределение заболевания связано с инфекцией у молодых субъектов, а другой пик мог бы быть вызван средними причинами окружающей среды.
Диагностика достигается биопсией лимфатических узлов. Для планирования лечения необходимо определить степень заболевания (Kuppers R., 2002; Cossman J., 2001; Devilard E. et al., 2002).
Проблемы при классификации
Большое количество гематопоэтических клеток и множественные стадии дифференциации, через которые они проходят, дополнительно осложняют классификацию неоплазий, происходящих из этого типа клеток. Несмотря на усилия по установлению классификации, основанной на «действительных» нозологических формах, некоторые из категорий являются неопределенными и во многих случаях содержат очень разнородные группы в отношении реакции на клинический курс лечения. Эта неоднородность, с одной стороны, ответственна за непрекращающийся поиск маркеров, способных дифференцировать некоторые виды поведения от других, и, с другой стороны, за то, что оспариваемая классификация этого типа неоплазии подвергается постоянным пересмотрам.
Идеальная система классификации должна быть точной, воспроизводимой, легко используемой и должна, в частности, иметь биологическое и клиническое значение (Chan W.C. et al., 2005). Современные системы диагностики и классификация гематологических неоплазий основаны на признании гистологических и морфологических, иммунофенотипических и цитогенетических характеристик и исследовании молекулярного маркера, имеющего прогностическую ценность. Однако в некоторых из диагностических категорий, определенных таким образом, наблюдается следующее:
- Выраженная неоднородная реакция на лечение. В пределах одного и того же заболевания имеются пациенты, которые после определенного лечения достигают полной ремиссии, частичной ремиссии, не реагируют на него и у которых происходит рецидив. Возможность прогнозировать реакцию особенно важна при этом типе неоплазии, поскольку трансплантат стволовых клеток представляет собой эффективную, но токсичную альтернативную реакцию. Способность определить, какие пациенты будут реагировать на обычное лечение перед его проведением, может быть благоприятной для применения наиболее эффективного лечения у каждого пациента.
- Вариабельное клиническое поведение. В пределах категории имеются пациенты, у которых заболевание остается стабильным в течение длительных периодов времени, не нуждающиеся в лечении, и пациенты, у которых заболевание будет быстро прогрессировать, требуя активного лечения.
Эти различия указывают на существование молекулярной разнородности в пределах диагностических категорий, которые обычные способы диагностики не могут определить, и, следовательно, необходим поиск новых форм анализа, который обеспечивает большее разрешение в характеристике этого типа неоплазий.
В этом плане, использование чипов экспрессии продемонстрировало свою эффективность не только в расшифровке биологического и клинического разнообразия, которое обнаруживается при многих опухолях, но в понимании биологических и патологических процессов, которые воздействуют на многие симптомы и, в частности, гематопоэтическую систему. Чипы экспрессии представляют собой упорядоченные чипы последовательностей, связанные с твердой подложкой, комплементарные к мРНК или к ее соответствующей кДНК или кРНК, которые позволяют одновременно анализировать дифференциальную экспрессию сотен или тысяч генов. Одна из подложек, с которой они часто связаны, представляет собой прямоугольные фрагменты стекла, подобные предметным стеклам, формат, который часто упоминается терминами микроряд, микрочип или просто чип. Они все чаще используются для диагностики различных заболеваний или для разработки оценки восприимчивости к их развитию.
Первые работы по чипам и гематологическим неоплазиям
В 1999 г. группа Golub опубликовала одну из первых статей, относящихся к роли чипов в классификации гематологических неоплазий (Golub T.R. et al., 1999). Чип с 6817 представленными генами использовали для исследования профилей экспрессии при AML и ALL. Была выбрана группа из 50 генов со способностью прогнозирования типа лейкоза (прогнозист класса), и их использовали для классификации группы неизвестных образцов в правильных категориях. Исследование экспрессии этих 50 генов достаточно для классификации образца острого лейкоза при AML или ALL. Несмотря на то что дифференцировка между AML и ALL хорошо установлена современными диагностическими способами, исследование выявило существование специфических типов экспрессии, связанных с каждым типом острого лейкоза, и доказало возможность использования профилей экспрессии при классификации рака.
В 2000 г. группа Alizadeh опубликовала статью, в которой используется специализированный чип, лимфочип, который содержит гены, преимущественно экспрессируемые в лимфоидных клетках, или иммунологическое или онкологическое значение которых известно, с 17856 последовательностями (Alizadeh A.A. et al., 1999). Эта группа использовала «лимфочип» для исследования типов генной экспрессии, связанных с различиями клинического поведения при диффузной крупной В-клеточной лимфоме (DLCL) (Alizadeh A.A. et al., 2000). DLCL представляет собой HNL с очень неоднородным поведением и невозможной дифференцировкой при использовании обычных диагностических методов: 40% пациентов хорошо реагируют на лечение и имеют длительное выживание, хотя 60% умирают вследствие этого заболевания. Авторы обнаружили, что генная экспрессия может быть связана с клиническим поведением опухолей. Это была одна из первых статей, где речь шла о чипах для «субклассификации» гематологических неоплазий, т.е. использовании профилей экспрессии для идентификации двух различных групп DLCL с транскрипционной точки зрения, подтипов DLCL с клиническим поведением, которое невозможно прогнозировать обычными диагностическими критериями.
В настоящее время имеются множественные публикации, в которых прямо или косвенно появляются чипы, применяемые не только для классификации и субклассификации, но также для исследования, диагностики, прогноза, идентификации новых маркеров при гематологических заболеваниях (Greiner T.C., 2004; Alizadeh A.A. et al., 2000; Bea S. et al., 2005; Dave S.S. et al., 2004), а также патентные заявки, которые раскрывают использование этого типа устройства для дифференцировки между различными типами гематологических неоплазий. Так, например, в патентной заявке WO2003/008552 раскрывается использование в диагностических целях различий типа экспрессии генов для дифференцировки между лейкозом смешанной линии (MLL), острым лимфобластическим лейкозом (ALL) и острым миелогенным лейкозом (AML), защищая возможность проведения этой дифференциальной диагностики данными, полученными после диагноза по образцам от пациентов, пораженных каждым из этих типов лейкоза, путем использования имеющихся в продаже чипов от компании Affymetrix. Хотя гены указаны с вариациями экспрессии между тремя типами лейкозов, что могло бы обеспечить возможность дифференцировки между ними, специфические последовательности, кроме тех, которые присутствуют в чипе Affymetrix, которые можно было бы использовать для выявления этих генов устройствами, отличными от устройств указанной компании, не упоминаются, и в указанном документе не рассматривается конструкция устройств или способов, которые бы позволили диагностировать другие типы лейкозов или, в целом, неоплазий, происходящих из гематопоэтических клеток.
Патентная заявка WO2005/024043 частично также относится к области анализа экспрессии генов для более детального познания различий, существующих на молекулярном уровне между различными неоплазиями, происходящими из гематопоэтических клеток, в частности сосредотачиваясь на случае лимфом, для получения данных, помогающих в диагностике или в прогнозе развития лимфом. В частности, в документе раскрывается способ получения полезных функций для прогноза развития заболевания у индивидуумов, пораженных различными типами лимфом, по оценке биопсий лимфатических узлов с целью выяснения, в какой степени типы или генетические отпечатки вносят вклад в каждый из них, групп генов, которые экспрессированы координированным образом и которые связаны с клеточным происхождением неоплазии, различные типы незлокачественных клеток, присутствующие в биопсии, и онкогенные механизмы, ответственные за развитие рака. Различные типы или генетические отпечатки также устанавливаются в этом случае по данным, полученным с имеющимися в продаже чипами от компании Affymetrix. Кроме того, в заявке WO2005/024043 указано, что она предоставляет альтернативный микрочип, составленный из меньшего числа последовательностей, чем микрочипы Affymetrix, которые бы также позволили проводить анализ различий экспрессии генов между лимфомами и использовать их для установления функций прогноза или выживаемости и для дифференциации между различными типами лимфом. Хотя в документе указаны гены, анализ которых был бы возможен этим микрочипом, в описании заявки WO2005/024043 не указана последовательность зондов, которые могли бы составить микрочип, а лишь упоминается то, что они могли бы быть типа кДНК, и оставляя сомнения в том, что кДНК оказалась бы полной или анализ экспрессии соответствующих генов можно было бы провести, используя в качестве зонда только один фрагмент указанной кДНК, который бы еще нужно было определить.
Представляло бы интерес наличие специально предназначенных для этой группы неоплазий композиций и способов, которые бы позволили проводить дифференциацию между неоплазиями гематопоэтического происхождения на основании их различия на молекулярном уровне, где бы проводилась оценка экспрессии меньшего количества генов, чем в имеющихся в продаже микрочипах, использованных в исследованиях, описанных в указанных выше патентных заявках, и которые бы обеспечили возможность и диагностики определенных неоплазий, и прогноза их будущего развития, таким образом, помогая в назначении лечения, подходящего для каждого пациента, особенно интересной характеристики при таких неоплазиях, как CLL, где прогноз будущего развития патологии у пациента на основании имеющихся в настоящее время представлений и тестов является трудным. Кроме того, было бы особенно удобно, чтобы зонды, используемые для оценки экспрессии экспрессированных генов, были бы сконструированы определенным образом с тем, чтобы в дополнение к специфичности и четко определенной последовательности все они имели одинаковое поведение, что сделало бы их подходящими в целом для использования в комбинации в том же тесте и, в частности, для формирования части того же упорядоченного чипа, связанного с твердой подложкой, такого как чипы или микрочипы. Композиции и способы по настоящему изобретению удовлетворяют эту потребность.
Вместо имеющихся в продаже микрочипов для выявления генов, значимых для дифференцировки между неоплазиями или создающих функции, которые прогнозируют выживание индивидуума, страдающего ими, изобретение предоставляет новые олигонуклеотиды с четко определенной последовательностью, способные специфически выявлять гены, которые были выбраны, поскольку известно, что они значимы для биологии клеток крови или для патологии в виде различных неоплазий, олигонуклеотиды, которые также имеют признак конструирования таким образом, чтобы они разделяли общие характеристики и имели такое же поведение как олигонуклеотиды, используемые в качестве зондов при гибридизации, что делает их пригодными для использования в композициях, которые включают их комбинации. Указанные композиции и, в частности, те, в которых данные нуклеотиды расположены в упорядоченном виде на легко манипулируемой твердой подложке, такой как стекло, подобной предметным стеклам, подходят для проведения тестов с целью выявления статистически значимых генов или дифференциации образцов, взятых у индивидуумов, страдающих определенными типами неоплазий, происходящих из гематопоэтических клеток, от образцов, взятых у индивидуумов, не страдающих указанными неоплазиями, поскольку они представляют собой композиции, которые содержат количество нуклеотидов, меньшее, чем количество в имеющихся в продаже микрочипах, сконструированных для более общего назначения, специально предназначенных для анализа образцов от индивидуумов, страдающих неоплазиями, и составленных из известной последовательности зондов, превосходно воспроизводимых, которые предназначены для использования вместе в одном и том же тесте, поскольку они имеют одинаковое поведение. Дополнительное включение в микрочипы по изобретению олигонуклеотидов с низкой гомологией с человеческими генами, но выбранных так, чтобы их остальные характеристики были аналогичны характеристикам олигонуклеотидов по изобретению, предназначенных действовать в качестве зондов, способных распознавать человеческие гены с высокой специфичностью, обеспечивает возможность использования указанных микрочипов для идентификации статистически значимых генов при идентификации образцов, связанных с определенными неоплазиями гематопоэтического происхождения, путем использования тестов, в которых возможно установление контролей на всех их фазах. Как показано в примерах, которые представлены ниже в настоящем описании, использование микрочипов в комбинации с различными статистическими методиками обеспечивает возможность правильной классификации различных биологических образцов способом, который является точным, воспроизводимым, легко используемым и имеющим биологическое и клиническое значение, поскольку они основаны на различиях экспрессии генов, имеющих значение для анализируемых биологических процессов. В частности, использование микрочипа по изобретению в комбинации со способом по изобретению обеспечивает возможность идентификации образцов крови у пациентов, страдающих хроническим лимфолейкозом (изменение, не рассматриваемое в заявках WO2003/008552 и WO2005/024043, и диагностика которого не была описана путем использования имеющихся в продаже микрочипов), дифференцируя хронический лимфолейкоз и от образцов, полученных у здоровых индивидуумов, и от образцов, связанных с другими типами лейкозов, и от образцов, соответствующих клеткам Jurkat или U937, что облегчает диагностику CLL посредством анализа уровней экспрессии статистически значимых генов для осуществления этого, и даже обеспечивая возможность получения функций, которые позволяют производить математический подсчет вероятности того, что образец принадлежит индивидуумам, пораженным стабильным хроническим лимфолейкозом, и его дифференцировки от образцов, принадлежащих индивидуумам, пораженным прогрессирующим хроническим лимфолейкозом, дифференцировки, которую в настоящее время трудно проводить заведомо имеющимися методиками, что свидетельствует о том, что предлагаемые композиции и способ представляют собой полезный и новый инструмент для прогноза будущего развития патологии у индивидуумов, пораженных этим заболеванием, индивидуумов, диагностику у которых можно также проводить композициями и способом по настоящему изобретению, или диагноз у которых мог быть известен благодаря применению другого способа, но у которых, при наличии инструмента, который обеспечивает возможность прогнозирования того, как CLL, которым они страдают, будет развиваться позднее, было бы легче принять решение, подходит ли для них применение немедленного агрессивного лечения или нужно просто наблюдать для проверки того, что полученные у них данные экспрессии генов продолжают указывать на то, что заболевание будет оставаться стабильным в течение длительного период времени.
Краткое описание сущности изобретения
Изобретение предоставляет композиции, которые cодержат, по меньшей мере, один олигонуклеотид из группы, состоящей из:
SG1, SG2, SG3, SG4, SG5, SG6, SG7, SG8, SG9, SG10, SG11, SG12, SG13, SG14, SG15, SG16, SG17, SG18, SG19, SG20, SG21, SG22, SG23, SG24, SG25, SG26, SG27, SG28, SG29, SG30, SG31, SG32, SG33, SG34, SG35, SG36, SG37, SG38, SG39, SG40, SG41, SG42, SG43, SG44, SG45, SG46, SG47, SG48, SG49, SG50, SG51, SG52, SG53, SG54, SG55, SG56, SG57, SG58, SG59, SG60, SG61, SG62, SG63, SG64, SG65, SG66, SG67, SG68, SG69, SG70, SG71, SG72, SG73, SG74, SG75, SG76, SG77, SG78, SG79, SG80, SG81, SG82, SG83, SG84, SG85, SG86, SG87, SG88, SG89, SG90, SG91, SG92, SG93, SG94, SG95, SG96, SG97, SG98, SG99, SG100, SG101, SG102, SG103, SG104, SG105, SG106, SG107, SG108, SG109, SG110, SG111, SG112, SG113, SG114, SG115, SG116, SG117, SG118, SG119, SG120, SG121, SG122, SG123, SG124, SG125, SG126, SG127, SG128, SG129, SG130, SG131, SG132, SG133, SG134, SG135, SG136, SG137, SG138, SG139, SG140, SG141, SG142, SG143, SG144, SG145, SG146, SG147, SG148, SG149, SG150, SG151, SG152, SG153, SG154, SG155, SG156, SG157, SG158, SG159, SG160, SG161, SG162, SG163, SG164, SG165, SG166, SG167, SG168, SG169, SG170, SG171, SG172, SG173, SG174, SG175, SG176, SG177, SG178, SG179, SG180, SG181, SG182, SG183, SG184, SG185, SG186, SG187, SG188, SG189, SG190, SG191, SG192, SG193, SG194, SG195, SG196, SG197, SG198, SG199, SG200, SG201, SG202, SG203, SG204, SG205, SG206, SG207, SG208, SG209, SG210, SG211, SG212, SG213, SG214, SG215, SG216, SG217, SG218, SG219, SG220, SG221, SG222, SG223, SG224, SG225, SG226, SG227, SG228, SG229, SG230, SG231, SG232, SG233, SG234, SG235, SG236, SG237, SG238, SG239, SG240, SG241, SG242, SG243, SG244, SG245, SG246, SG247, SG248, SG249, SG250, SG251, SG252, SG253, SG254, SG255, SG256, SG257, SG258, SG259, SG260, SG261, SG262, SG263, SG264, SG265, SG266, SG267, SG268, SG269, SG270, SG271, SG272, SG273, SG274, SG275, SG276, SG277, SG278, SG279, SG280, SG281, SG282, SG283, SG284, SG285, SG286, SG287, SG288, SG289, SG290, SG291, SG292, SG293, SG294, SG295, SG296, SG297, SG298, SG299, SG300, SG301, SG302, SG303, SG304, SG305, SG306, SG307, SG308, SG309, SG310, SG311, SG312, SG313, SG314, SG315, SG316, SG317, SG318, SG319, SG320, SG321, SG322, SG323, SG324, SG325, SG326, SG327, SG328, SG329, SG330, SG331, SG332, SG333, SG334, SG335, SG336, SG337, SG338, SG339, SG340, SG341, SG342, SG343, SG344, SG345, SG346, SG347, SG348, SG349, SG350, SG351, SG352, SG353, SG354, SG355, SG356, SG357, SG358, SG359, SG360, SG361, SG362, SG363, SG364, SG365, SG366, SG367, SG368, SG369, SG370, SG371, SG372, SG373, SG374, SG375, SG376, SG377, SG378, SG379, SG380, SG381, SG382, SG383, SG384, SG385, SG386, SG387, SG388, SG389, SG390, SG391, SG392, SG393, SG394, SG395, SG396, SG397, SG398, SG399, SG400, SG401, SG402, SG403, SG404, SG405, SG406, SG407, SG408, SG409, SG410, SG411, SG412, SG413, SG414, SG415, SG416, SG417, SG418, SG419, SG420, SG421, SG422, SG423, SG424, SG425, SG426, SG427, SG428, SG429, SG430, SG431, SG432, SG433, SG434, SG435, SG436, SG437, SG438, SG439, SG440, SG441, SG442, SG443, SG444, SG445, SG446, SG447, SG448, SG449, SG450, SG451, SG452, SG453, SG454, SG455, SG456, SG457, SG458, SG459, SG460, SG461, SG462, SG465, SG468, SG469, SG470, SG471, SG472, SG473, SG474, SG475, SG476, SG477, SG478, SG479, SG480, SG481, SG482, SG483, SG484, SG485, SG486, SG487, SG488, SG489, SG490, SG491, SG492, SG493, SG494, SG495, SG496, SG497, SG498, SG499, SG500, SG501, SG502, SG503, SG504, SG505, SG506, SG507, SG508, SG509, SG510, SG511, SG512, SG513, SG514, SG515, SG516, SG517, SG518, SG519, SG520, SG521, SG522, SG523, SG524, SG525, SG526, SG527, SG428, SG529, SG530, SG531, SG532, SG533, SG534, SG535, SG536, SG537, SG538, SG539, SG540, SG541, SG542, SG543, SG544, SG545, SG546, SG547, SG548, SG549, SG550, SG551, SG552, SG553, SG554, SG555, SG556, SG557, SG558, SG559, SG560, SG561, SG562, SG563 или их комбинаций.
Указанные олигонуклеотиды были сконструированы так, что, в дополнение к специфичности по отношению к соответствующим генам, экспрессию которых желательно оценить, они имеют одинаковое поведение, поскольку они имеют одинаковую длину, и все они имеют GC в диапазоне от 40% до 60%, в дополнение к соответствию зонам, расположенным менее чем на 3000 нуклеотидов от конца 3' (поли(А)) мРНК, которую желательно выявить и оценить, и составлены последовательностями, которые совпадают по их смыслу с последовательностями соответствующей мРНК. Поэтому они подходят для использования в том же тесте или образования части композиции, которая содержит их комбинации. Определенный вариант осуществления изобретения представлен композициями, которые включают смеси нескольких из указанных олигонуклеотидов. Особенно предпочтительны те композиции, которые включают смеси олигонуклеотидов, соответствующих генам, значимым для классификации образца как связанного с определенной неоплазией и/или для определения их будущего развития. Особенно предпочтительные варианты осуществления изобретения представляют собой также те композиции, которые содержат полный набор олигонуклеотидов из группы, состоящей из:
SG1, SG2, SG3, SG4, SG5, SG6, SG7, SG8, SG9, SG10, SG11, SG12, SG13, SG14, SG15, SG16, SG17, SG18, SG19, SG20, SG21, SG22, SG23, SG24, SG25, SG26, SG27, SG28, SG29, SG30, SG31, SG32, SG33, SG34, SG35, SG36, SG37, SG38, SG39, SG40, SG41, SG42, SG43, SG44, SG45, SG46, SG47, SG48, SG49, SG50, SG51, SG52, SG53, SG54, SG55, SG56, SG57, SG58, SG59, SG60, SG61, SG62, SG63, SG64, SG65, SG66, SG67, SG68, SG69, SG70, SG71, SG72, SG73, SG74, SG75, SG76, SG77, SG78, SG79, SG80, SG81, SG82, SG83, SG84, SG85, SG86, SG87, SG88, SG89, SG90, SG91, SG92, SG93, SG94, SG95, SG96, SG97, SG98, SG99, SG100, SG101, SG102, SG103, SG104, SG105, SG106, SG107, SG108, SG109, SG110, SG111, SG112, SG113, SG114, SG115, SG116, SG117, SG118, SG119, SG120, SG121, SG122, SG123, SG124, SG125, SG126, SG127, SG128, SG129, SG130, SG131, SG132, SG133, SG134, SG135, SG136, SG137, SG138, SG139, SG140, SG141, SG142, SG143, SG144, SG145, SG146, SG147, SG148, SG149, SG150, SG151, SG152, SG153, SG154, SG155, SG156, SG157, SG158, SG159, SG160, SG161, SG162, SG163, SG164, SG165, SG166, SG167, SG168, SG169, SG170, SG171, SG172, SG173, SG174, SG175, SG176, SG177, SG178, SG179, SG180, SG181, SG182, SG183, SG184, SG185, SG186, SG187, SG188, SG189, SG190, SG191, SG192, SG193, SG194, SG195, SG196, SG197, SG198, SG199, SG200, SG201, SG202, SG203, SG204, SG205, SG206, SG207, SG208, SG209, SG210, SG211, SG212, SG213, SG214, SG215, SG216, SG217, SG218, SG219, SG220, SG221, SG222, SG223, SG224, SG225, SG226, SG227, SG228, SG229, SG230, SG231, SG232, SG233, SG234, SG235, SG236, SG237, SG238, SG239, SG240, SG241, SG242, SG243, SG244, SG245, SG246, SG247, SG248, SG249, SG250, SG251, SG252, SG253, SG254, SG255, SG256, SG257, SG258, SG259, SG260, SG261, SG262, SG263, SG264, SG265, SG266, SG267, SG268, SG269, SG270, SG271, SG272, SG273, SG274, SG275, SG276, SG277, SG278, SG279, SG280, SG281, SG282, SG283, SG284, SG285, SG286, SG287, SG288, SG289, SG290, SG291, SG292, SG293, SG294, SG295, SG296, SG297, SG298, SG299, SG300, SG301, SG302, SG303, SG304, SG305, SG306, SG307, SG308, SG309, SG310, SG311, SG312, SG313, SG314, SG315, SG316, SG317, SG318, SG319, SG320, SG321, SG322, SG323, SG324, SG325, SG326, SG327, SG328, SG329, SG330, SG331, SG332, SG333, SG334, SG335, SG336, SG337, SG338, SG339, SG340, SG341, SG342, SG343, SG344, SG345, SG346, SG347, SG348, SG349, SG350, SG351, SG352, SG353, SG354, SG355, SG356, SG357, SG358, SG359, SG360, SG361, SG362, SG363, SG364, SG365, SG366, SG367, SG368, SG369, SG370, SG371, SG372, SG373, SG374, SG375, SG376, SG377, SG378, SG379, SG380, SG381, SG382, SG383, SG384, SG385, SG386, SG387, SG388, SG389, SG390, SG391, SG392, SG393, SG394, SG395, SG396, SG397, SG398, SG399, SG400, SG401, SG402, SG403, SG404, SG405, SG406, SG407, SG408, SG409, SG410, SG411, SG412, SG413, SG414, SG415, SG416, SG417, SG418, SG419, SG420, SG421, SG422, SG423, SG424, SG425, SG426, SG427, SG428, SG429, SG430, SG431, SG432, SG433, SG434, SG435, SG436, SG437, SG438, SG439, SG440, SG441, SG442, SG443, SG444, SG445, SG446, SG447, SG448, SG449, SG450, SG451, SG452, SG453, SG454, SG455, SG456, SG457, SG458, SG459, SG460, SG461, SG462, SG465, SG468, SG470, SG472, SG473, SG474, SG475, SG476, SG477, SG478, SG479, SG480, SG481, SG482, SG483, SG484, SG485, SG486, SG487, SG488, SG489, SG490, SG491, SG492, SG493, SG494, SG495, SG496, SG497, SG498, SG499, SG500, SG501, SG502, SG503, SG504, SG505, SG506, SG507, SG508, SG509, SG510, SG511, SG512, SG513, SG514, SG515, SG516, SG517, SG518, SG519, SG520, SG521, SG522, SG523, SG524, SG525, SG526, SG527, SG428, SG529, SG530, SG531, SG532, SG533, SG534, SG535, SG536, SG537, SG538, SG539, SG540, SG541, SG542, SG543, SG544, SG545, SG546, SG547, SG548, SG549, SG550, SG551, SG552, SG553, SG554, SG555, SG556, SG557, SG558, SG559, SG560, SG561, SG562, SG563.
Кроме того, изобретение предоставляет олигонуклеотиды, которые можно использовать в качестве контролей в способе по изобретению. С одной стороны, в качестве контролей единства, предоставляются пары олигонуклеотидов SG463 и SG464 (комплементарные соответственно на концах 5' и 3' гена β-актина) и SG466 и SG467 ((комплементарные соответственно на концах 5' и 3' гена GAPD). Кроме того, предоставляются олигонуклеотиды SSPC1, SSPC2, SSPC3, SSPC4, SSPC5, SSPC6 и SSPC7, которые можно использовать в качестве экзогенных внутренних положительных контролей качества процесса после добавления к образцу, который содержит молекулы исходной мРНК полиаденилированных нуклеиновых кислот, которые содержат фрагменты, соответствующие по их последовательности фрагментам этих олигонуклеотидов (таких как транскрипты, соответствующие генам, из которых происходят указанные нуклеотиды) и которые подвергаются такой же обработке, как исходная мРНК, а также олигонуклеотиды SCN2, SCN3, SCN6, SCN8, SCN11, SCN12 и SCN13, сконструированные для использования в качестве положительных контролей гибридизации, и олигонуклеотиды SCN1, SCN5, SCN7, SCN10, SC1, SC2, SC3, SC4, SC5, SC6 и SC7, сконструированные для использования в качестве отрицательных контролей; они все соответствуют условиям наличия низкой гомологии с человеческими генами, в дополнение к соответствию таким же условиям наличия одинаковой длины для олигонуклеотидов, комплементарных человеческим генам, и наличию у всех их содержания GC в диапазоне от 40% до 60%, соответствия зонам, расположенным менее чем на 3000 нуклеотида от конца 3' (поли(А)) нечеловеческой мРНК, которые могли бы выявить и были бы составлены последовательностями, которые совпадают по своему смыслу с последовательностями соответствующей мРНК. Любая композиция, которая содержит, по меньшей мере, один из олигонуклеотидов SG463, SG464, SG466, SG467, SSPC1, SSPC2, SSPC3, SSPC4, SSPC5, SSPC6, SSPC7, SCN2, SCN3, SCN6, SCN8, SCN11, SCN12, SCN13, SCN1, SCN5, SCN7, SCN10, SC1, SC2, SC3, SC4, SC5, SC6 и SC7, в комбинации, по меньшей мере, с одним из олигонуклеотидов, комплементарных человеческим генам по изобретению, указанных выше, также представляет собой композицию, включенную в объем настоящего изобретения.
Особенно предпочтительно, чтобы олигонуклеотиды, которые составляют часть композиции по изобретению, были связаны с твердой подложкой. В частности, предпочтительны те из указанных композиций, в которых распределение олигонуклеотидов на твердой подложке имеет упорядоченную форму, ввиду чего твердая подложка представляет собой прямоугольный кусочек стекла, подобный предметному стеклу микроскопа, и чтобы олигонуклеотиды были связаны со стеклом ковалентными связями; композиции, которые соответствуют указанным характеристикам, в остальной части описания именуются словами «микрочип», «чип» или «микропанель». Среди этих композиций в форме микрочипа особое предпочтение отдается тем, которые содержат более чем одну копию каждого из олигонуклеотидов, которые образуют ее часть, причем особенно предпочтительно, чтобы количество копий каждого из присутствующих олигонуклеотидов составляло, по меньшей мере, 12.
Объем изобретения также включает любое диагностическое устройство, которое включает композицию по изобретению. Выражение «диагностическое устройство» относится не только к устройству, которое служит для определения того, страдает ли индивидуум заболеванием или нет, но также к тем устройствам, которые служат для классификации заболевания, имеющегося у индивидуума, как относящегося к подтипу, связанному с определенной формой будущего развития указанного заболевания, и которое поэтому также имеет прогностическую ценность в отношении будущего развития заболевания.
Изобретение также предоставляет способ диагностики неоплазии, происходящей из гематопоэтических клеток, и/или составления прогноза его развития, который включает выявление in vitro из биологического образца и статистический анализ уровня экспрессии, по меньшей мере, одного значимого гена для классификации образца как связанного или не связанного с указанной неоплазией, гена, который выбран из группы, состоящей из GABARAP, NPM3, ABCB1, ABCB4, ABCC3, ABCC5, ABCC6, ABHD1, ABL1, ACTN1, AF1q, AKR1A1, ALDH1A1, ALK, ANK2, ANPEP, ANXA6, ANXA7, APAF1, APEX, ARHGEF2, ARS2, ASNS, ATIC, ATM, ATP5O, BAX, BCL10, BCL2, BCL2A1, BCL2L1, BCL2LAA, BCL3, BCL6, BCL7A, BCL7b, BCR, BECN1, BIK, BIRC3, BIRC5, BLMH, BLR1, BLVRB, BMI1, BMP6, BRMS1, BST2, BTG1, BUB1, C21orf33, C5orfl3, CA12, CALD1, CANP2, CASC3, CASP1, CASP3, CASP4, CASP5, CASP6, CASP7, CASP8, CASP9, CAST, CATSD, CBFA2T1, CBFB, CCNA1, CCNB1, CCND1, CCND2, CCND3, CCNE1, CCR6, CCR7, CCT6A, CD14, CD19, CD2, CD22, CD24, CD28, CD33, CD34, CD36, CD38, CD3E, CD4, CD44, CD47, CD48, CD5, CD58, CD59, CD6, CD7, CD79A, CD79B, CD8, CD81, CD83, CD86, CD9, CDA, CDC25A, CDC25B, CDK2, CDK4, CDK5R1, CDKN1A, CDKN1B, CDKN1C, CDKN2A, CDKN2B, CDKN2C, CDKN3, CDW52, CEBPA, CEBPB, CEBPD, CFL1, CKMT1, CKS2, CML66, COL3A1, COL4A6, CR2, CREB1, CREBBP, CRYAB, CSF2, CSF3, CSRP2, CTGF, CTSB, CUZD1, CXADR, CXCL9, CXCR3, CXCR4, CYC1, CYP1A1, CYP2A6, DAD-1, DAPK1, DCK, DDX6, DEK, DHFR, DLAD, DNAJA1, DNMT3B, DNTT, DOK1, DPF2, DPP4, DRG1, DRP2, E2F1, EB-1, EBI2, EDF1, EEF1A1, EEF1B2, EEF1D, EEF1G, EFNB1, EGFR, EGR1, EIF2B2, EIF3S2, EIF4B, EIF4E, EIF5A, ELF1, ELF4, ENPP1, EphA3, EPOR, ERBB2, ERBB4, ERCC1, ERCC2, ERCC3, ERCC5, ERCC6, ETS1, ETS2, ETV6, ETV7, EZH2, FABP5, FADD, FAIM3, FAM38A, FARP1, FAT, FCER2, FCGR3A, FCGR3B, FGFR1, FGFR3, FGR, FHIT, FKBP9, FLI1, FLJ22169, FLT3, FN1, FNTB, FOS, FUS, G1P2, GABPB2, GATA1, GATA2, GATA3, GCET2, GDI2, GGA3, GJA1, GLUD1, GNL3, GOT1, GRB2, GRIA3, GRK4, GSTP1, GSTT1, GUSB, GZMA, H2AFX, H3F3A, HCK, HELLS, HIF1A, HIST1H2BN, HLA-A, HLA-DPA1, HLA-DQA1, HLA-DRA, HLA-DRB3, HLF, HMMR, HNRPH3, HNRPL, HOXA10, HOXA9, HOXD8, HOXD9, HRAS, HSD17B1, HSPB1, IBSP, ICAM1, ICAM3, ID2, IER3, IFRD1, IGFBP2, IGFBP3, IGFIR, IGLV6-57, IL10, IL15, IL1B, IL2, IL2RA, IL3, IL32, IL3RA, IL4R, IL6, IL6R, IL8, ILF2, IRF1, IRF2, IRF4, IRF8, ITGA2, ITGA3, ITGA4, ITGA5, ITGA6, ITGAL, ITGAM, ITGAX, ITGB1, ITGB2, JAK1, JAK2, JUNB, KAI1, KIAA0247, KIAA0864, KIT, KLF1, KLF13, KRAS2, KRT18, LADH, LAG3, LASP1, LCK, LCP1, LEPR, LGALS3, LGALS7, LIF, LIMS1, LMO2, LOC285148, LRP, LSP1, LYL1, LYN, LYZ, MAFB, MAFK, MAGEA1, MAL, MAP3K12, MAP4K1, MAPK10, MAZ, MBP1, MCL1, MCM3, MCM7, MDM2, MEIS1, MEN1, MERTK, MKI67, MLF1, MLF2, MLL, MLLT10, MME, MMP2, MMP7, MMP8, MMP9, MNDA, MPL, MPO, MRPL37, MS4A1, MTCP1, MUC-1, MX1, MYB, MYBL1, MYC, MYOD1, NCALD, NCAM1, NCL, NDP52, NDRG1, NDUFA1, NDUFB, NF1, NFATC1, NFIC, NFKB1, NFKB1A, NINJ1, NPM1, NR3C1, NUMA1, NXF1, ODC1, OGGI, OLIG2, OPRD1, p14ARF, P55CDC, PABPC1, PAX5, PAX6, PAX8, PBX1, PBX3, PCA1, PCD, PCNA, PDCD1, PDGFA, PDGFRB, PDHA1, PGF, PGRMC1, PICALM, PLA2G6, PLAU, PLK1, PLP, PLS3, PLZF, PML, PMM1, POLR2C, POU2F2, PPP1CC, PRAME, PRKCI, PRKCQ, PRKDC, PRL, PRTN3, PSMA5, PSMB4, PSMC5, PSMD7, PTEN, PTGS1, PTHLH, PTK2, PTK2B, PTN, PTPRCCD, PYGB, RAD51, RAF1, RAG1, RARA, RARB, RB1, RBBP4, RBBP6, RBBP8, RBP4, RET, RGS1, RGS1, RIS1, RORA, RPL17, RPL23A, RPL24, RPL36A, RPL37A, RPL41, RPS3, RPS5, RPS9, RUNX1, RXRA, S100A2, S100A8, SDC1, SDHD, SELE, SELL, SEPW1, SERPINA9, SERPINB5, SERPNINA9, SFTPB, SIAT4A, SLC7A5, SNRPB, SOSTDC1, SP1, SPI1, SPN, SPRR1A, SREBF1, SSBP1, STAT1, STAT3, STAT5B, SUMO1, TACSTD2, TAGLN2, TAL1, TBP, TCEB1, TCF1, TCF3, TCF7, TCL1A, TCRbeta, TEGT, TERF1, TERT, TFCP2, TFRC, THBS1, THPO, TIA-2, TIAM1, TK1, TLX1, TMEM4, TNF, TNFRSF10C, TNFRSF1A, TNFRSF25, TNFRSF5, TNFRSF6, TNFRSF8, TNFSF10, TNFSF5, TNFSF6, TOP2A, TOPORS, TP73, TRA@, TRADD, TRAF3, TRAP1, TRIB2, TXNRD1, UBE2C, UHRF1, UVRAG, VCAM1, VEGF, VPREB1, WBSCR20C, WNT16, WT1, XBP1, XPO6, XRCC3, XRCC5, ZAP70, ZFPL1, ZNF42, ZNFN1A1, ZYX, 18S рРНК, 28S рРНК, и уровень экспрессии которого определяется оценкой концентрации его соответствующей мРНК использованием, по меньшей мере, одного зонда, который имеет последовательность, комплементарную фрагменту нити указанного гена, причем зонд выбран из группы олигонуклеотидов, состоящей из:
SG1, SG2, SG3, SG4, SG5, SG6, SG7, SG8, SG9, SG10, SG11, SG12, SG13, SG14, SG15, SG16, SG17, SG18, SG19, SG20, SG21, SG22, SG23, SG24, SG25, SG26, SG27, SG28, SG29, SG30, SG31, SG32, SG33, SG34, SG35, SG36, SG37, SG38, SG39, SG40, SG41, SG42, SG43, SG44, SG45, SG46, SG47, SG48, SG49, SG50, SG51, SG52, SG53, SG54, SG55, SG56, SG57, SG58, SG59, SG60, SG61, SG62, SG63, SG64, SG65, SG66, SG67, SG68, SG69, SG70, SG71, SG72, SG73, SG74, SG75, SG76, SG77, SG78, SG79, SG80, SG81, SG82, SG83, SG84, SG85, SG86, SG87, SG88, SG89, SG90, SG91, SG92, SG93, SG94, SG95, SG96, SG97, SG98, SG99, SG100, SG101, SG102, SG103, SG104, SG105, SG106, SG107, SG108, SG109, SG110, SG111, SG112, SG113, SG114, SG115, SG116, SG117, SG118, SG119, SG120, SG121, SG122, SG123, SG124, SG125, SG126, SG127, SG128, SG129, SG130, SG131, SG132, SG133, SG134, SG135, SG136, SG137, SG138, SG139, SG140, SG141, SG142, SG143, SG144, SG145, SG146, SG147, SG148, SG149, SG150, SG151, SG152, SG153, SG154, SG155, SG156, SG157, SG158, SG159, SG160, SG161, SG162, SG163, SG164, SG165, SG166, SG167, SG168, SG169, SG170, SG171, SG172, SG173, SG174, SG175, SG176, SG177, SG178, SG179, SG180, SG181, SG182, SG183, SG184, SG185, SG186, SG187, SG188, SG189, SG190, SG191, SG192, SG193, SG194, SG195, SG196, SG197, SG198, SG199, SG200, SG201, SG202, SG203, SG204, SG205, SG206, SG207, SG208, SG209, SG210, SG211, SG212, SG213, SG214, SG215, SG216, SG217, SG218, SG219, SG220, SG221, SG222, SG223, SG224, SG225, SG226, SG227, SG228, SG229, SG230, SG231, SG232, SG233, SG234, SG235, SG236, SG237, SG238, SG239, SG240, SG241, SG242, SG243, SG244, SG245, SG246, SG247, SG248, SG249, SG250, SG251, SG252, SG253, SG254, SG255, SG256, SG257, SG258, SG259, SG260, SG261, SG262, SG263, SG264, SG265, SG266, SG267, SG268, SG269, SG270, SG271, SG272, SG273, SG274, SG275, SG276, SG277, SG278, SG279, SG280, SG281, SG282, SG283, SG284, SG285, SG286, SG287, SG288, SG289, SG290, SG291, SG292, SG293, SG294, SG295, SG296, SG297, SG298, SG299, SG300, SG301, SG302, SG303, SG304, SG305, SG306, SG307, SG308, SG309, SG310, SG311, SG312, SG313, SG314, SG315, SG316, SG317, SG318, SG319, SG320, SG321, SG322, SG323, SG324, SG325, SG326, SG327, SG328, SG329, SG330, SG331, SG332, SG333, SG334, SG335, SG336, SG337, SG338, SG339, SG340, SG341, SG342, SG343, SG344, SG345, SG346, SG347, SG348, SG349, SG350, SG351, SG352, SG353, SG354, SG355, SG356, SG357, SG358, SG359, SG360, SG361, SG362, SG363, SG364, SG365, SG366, SG367, SG368, SG369, SG370, SG371, SG372, SG373, SG374, SG375, SG376, SG377, SG378, SG379, SG380, SG381, SG382, SG383, SG384, SG385, SG386, SG387, SG388, SG389, SG390, SG391, SG392, SG393, SG394, SG395, SG396, SG397, SG398, SG399, SG400, SG401, SG402, SG403, SG404, SG405, SG406, SG407, SG408, SG409, SG410, SG411, SG412, SG413, SG414, SG415, SG416, SG417, SG418, SG419, SG420, SG421, SG422, SG423, SG424, SG425, SG426, SG427, SG428, SG429, SG430, SG431, SG432, SG433, SG434, SG435, SG436, SG437, SG438, SG439, SG440, SG441, SG442, SG443, SG444, SG445, SG446, SG447, SG448, SG449, SG450, SG451, SG452, SG453, SG454, SG455, SG456, SG457, SG458, SG459, SG460, SG461, SG462, SG465, SG468, SG469, SG470, SG471, SG472, SG473, SG474, SG475, SG476, SG477, SG478, SG479, SG480, SG481, SG482, SG483, SG484, SG485, SG486, SG487, SG488, SG489, SG490, SG491, SG492, SG493, SG494, SG495, SG496, SG497, SG498, SG499, SG500, SG501, SG502, SG503, SG504, SG505, SG506, SG507, SG508, SG509, SG510, SG511, SG512, SG513, SG514, SG515, SG516, SG517, SG518, SG519, SG520, SG521, SG522, SG523, SG524, SG525, SG526, SG527, SG428, SG529, SG530, SG531, SG532, SG533, SG534, SG535, SG536, SG537, SG538, SG539, SG540, SG541, SG542, SG543, SG544, SG545, SG546, SG547, SG548, SG549, SG550, SG551, SG552, SG553, SG554, SG555, SG556, SG557, SG558, SG559, SG560, SG561, SG562, SG563.
Гены, которые образуют часть указанной выше группы, представляют собой человеческие гены. Поэтому, когда ниже используются слова «субъект» или «индивидуум», они будут указывать на человека.
Особый случай настоящего способа представляет собой тот, который включает дополнительную предварительную стадию идентификации генов, значимых для классификации биологического образца, анализируемого как связанного или не связанного с определенным типом неоплазии, происходящей из гематопоэтических клеток, классификации, которая включает не только диагноз существования указанной неоплазии у индивидуума, у которого был взят образец, но который может также состоять, в дополнительной или альтернативной форме, из различения между определенными подтипами указанной неоплазии, которые соответствуют различным будущим формам развития указанной неоплазии, что составляет классификацию одного или другого подтипа развития неоплазии, рассматриваемой в будущем. В этом конкретном случае способа по изобретению, который включает предварительную стадию идентификации генов, значимых для составления желаемой классификации, указанная предварительная стадия включает стадии:
а) выявления возможных категорий, в которых может классифицироваться образец;
b) получения биологических образцов у индивидуумов, которые ранее были способом, отличным от заявляемого, отнесены к любой из возможных категорий классификации так, чтобы были образцы каждой из возможных категорий;
с) получения общей мРНК каждого из образцов;
d) получения соответствующей общей кРНК, меченной способом, который обеспечивает возможность последующего выявления, по меньшей мере, одной аликвоты каждого из образцов мРНК, в которую перед получением крДНК добавляется, по меньшей мере, одна последовательность полиаденилированных нуклеотидов с низкой гомологией с человеческими генами, для которых он действует в качестве внутреннего положительного контроля процесса;
е) добавления к одной из аликвот кРНК, которые подлежат использованию на стадии f), по меньшей мере, одного олигонукелеотида с низкой гомологией с человеческими генами, отличного от любой возможной последовательности нуклеотидов, которые были добавлены на стадии d), и не комплементарные им, для которых он действует в качестве положительного контроля гибридизации;
f) гибридизации в жестких условиях, по меньшей мере, одной аликвоты общей крДНК каждого из образцов, по меньшей мере, с одним микрочипом, который включает, по меньшей мере, 2 копии каждого из олигонуклеотидов из группы, состоящей из:
SG1, SG2, SG3, SG4, SG5, SG6, SG7, SG8, SG9, SG10, SG11, SG12, SG13, SG14, SG15, SG16, SG17, SG18, SG19, SG20, SG21, SG22, SG23, SG24, SG25, SG26, SG27, SG28, SG29, SG30, SG31, SG32, SG33, SG34, SG35, SG36, SG37, SG38, SG39, SG40, SG41, SG42, SG43, SG44, SG45, SG46, SG47, SG48, SG49, SG50, SG51, SG52, SG53, SG54, SG55, SG56, SG57, SG58, SG59, SG60, SG61, SG62, SG63, SG64, SG65, SG66, SG67, SG68, SG69, SG70, SG71, SG72, SG73, SG74, SG75, SG76, SG77, SG78, SG79, SG80, SG81, SG82, SG83, SG84, SG85, SG86, SG87, SG88, SG89, SG90, SG91, SG92, SG93, SG94, SG95, SG96, SG97, SG98, SG99, SG100, SG101, SG102, SG103, SG104, SG105, SG106, SG107, SG108, SG109, SG110, SG111, SG112, SG113, SG114, SG115, SG116, SG117, SG118, SG119, SG120, SG121, SG122, SG123, SG124, SG125, SG126, SG127, SG128, SG129, SG130, SG131, SG132, SG133, SG134, SG135, SG136, SG137, SG138, SG139, SG140, SG141, SG142, SG143, SG144, SG145, SG146, SG147, SG148, SG149, SG150, SG151, SG152, SG153, SG154, SG155, SG156, SG157, SG158, SG159, SG160, SG161, SG162, SG163, SG164, SG165, SG166, SG167, SG168, SG169, SG170, SG171, SG172, SG173, SG174, SG175, SG176, SG177, SG178, SG179, SG180, SG181, SG182, SG183, SG184, SG185, SG186, SG187, SG188, SG189, SG190, SG191, SG192, SG193, SG194, SG195, SG196, SG197, SG198, SG199, SG200, SG201, SG202, SG203, SG204, SG205, SG206, SG207, SG208, SG209, SG210, SG211, SG212, SG213, SG214, SG215, SG216, SG217, SG218, SG219, SG220, SG221, SG222, SG223, SG224, SG225, SG226, SG227, SG228, SG229, SG230, SG231, SG232, SG233, SG234, SG235, SG236, SG237, SG238, SG239, SG240, SG241, SG242, SG243, SG244, SG245, SG246, SG247, SG248, SG249, SG250, SG251, SG252, SG253, SG254, SG255, SG256, SG257, SG258, SG259, SG260, SG261, SG262, SG263, SG264, SG265, SG266, SG267, SG268, SG269, SG270, SG271, SG272, SG273, SG274, SG275, SG276, SG277, SG278, SG279, SG280, SG281, SG282, SG283, SG284, SG285, SG286, SG287, SG288, SG289, SG290, SG291, SG292, SG293, SG294, SG295, SG296, SG297, SG298, SG299, SG300, SG301, SG302, SG303, SG304, SG305, SG306, SG307, SG308, SG309, SG310, SG311, SG312, SG313, SG314, SG315, SG316, SG317, SG318, SG319, SG320, SG321, SG322, SG323, SG324, SG325, SG326, SG327, SG328, SG329, SG330, SG331, SG332, SG333, SG334, SG335, SG336, SG337, SG338, SG339, SG340, SG341, SG342, SG343, SG344, SG345, SG346, SG347, SG348, SG349, SG350, SG351, SG352, SG353, SG354, SG355, SG356, SG357, SG358, SG359, SG360, SG361, SG362, SG363, SG364, SG365, SG366, SG367, SG368, SG369, SG370, SG371, SG372, SG373, SG374, SG375, SG376, SG377, SG378, SG379, SG380, SG381, SG382, SG383, SG384, SG385, SG386, SG387, SG388, SG389, SG390, SG391, SG392, SG393, SG394, SG395, SG396, SG397, SG398, SG399, SG400, SG401, SG402, SG403, SG404, SG405, SG406, SG407, SG408, SG409, SG410, SG411, SG412, SG413, SG414, SG415, SG416, SG417, SG418, SG419, SG420, SG421, SG422, SG423, SG424, SG425, SG426, SG427, SG428, SG429, SG430, SG431, SG432, SG433, SG434, SG435, SG436, SG437, SG438, SG439, SG440, SG441, SG442, SG443, SG444, SG445, SG446, SG447, SG448, SG449, SG450, SG451, SG452, SG453, SG454, SG455, SG456, SG457, SG458, SG459, SG460, SG461, SG462, SG465, SG468, SG469, SG470, SG471, SG472, SG473, SG474, SG475, SG476, SG477, SG478, SG479, SG480, SG481, SG482, SG483, SG484, SG485, SG486, SG487, SG488, SG489, SG490, SG491, SG492, SG493, SG494, SG495, SG496, SG497, SG498, SG499, SG500, SG501, SG502, SG503, SG504, SG505, SG506, SG507, SG508, SG509, SG510, SG511, SG512, SG513, SG514, SG515, SG516, SG517, SG518, SG519, SG520, SG521, SG522, SG523, SG524, SG525, SG526, SG527, SG428, SG529, SG530, SG531, SG532, SG533, SG534, SG535, SG536, SG537, SG538, SG539, SG540, SG541, SG542, SG543, SG544, SG545, SG546, SG547, SG548, SG549, SG550, SG551, SG552, SG553, SG554, SG555, SG556, SG557, SG558, SG559, SG560, SG561, SG562, SG563, где микрочип дополнительно содержит:
а. по меньшей мере, 2 точки, которые соответствуют различным аликвотам растворителя, в котором нуклеотиды обнаруживаются во время их расположения на поверхности микрочипа, для которого они служат в качестве контроля;
b. по меньшей мере, 2 копии, по меньшей мере, одного олигонуклеотида для каждой из полиаденилированных последовательностей, добавленных на стадии d), последовательность которого будет соответствовать фрагменту, отличному от зоны полиаденилирования последовательности полиаденилированных нуклеотидов, развитие которого в процессе подлежит контролю;
с. для каждого из олигонуклеотидов, добавленных на стадии е), по меньшей мере, 2 копии олигонуклеотида, комплементарного им;
d. по меньшей мере, 2 копии каждого члена, по меньшей мере, одной пары олигонуклеотидов, где последовательность одного из членов соответствует последовательности зоны 5', а последовательность другого соответствует последовательности зоны 3' мРНК гена, который экспрессируется в конститутивной форме в любой клетке гематопоэтического происхождения;
е. по меньшей мере, 2 копии, по меньшей мере, одного олигонуклеотида с низкой гомологией с человеческими генами, отличного от любого из олигонуклеотидов, определенных в п.b, и отличного от любого из синтетических олигонуклеотидов, необязательно добавленных на стадии е);
g) выявления и количественного определения сигнала кРНК, гибридизированной с каждой из копий каждого из олигонуклеотидов, присутствующих в микрочипе, а также сигнала, соответствующего точкам растворителя;
h) расчета среднего уровня интенсивности гибридизации каждого из олигонуклеотидов микрочипа расчетом средней величины интенсивности копий каждого из олигонуклеотидов;
i) оценки гибридизации как состоявшейся, если выполняются следующие условия:
а. соотношение между средней интенсивностью и средним фоном всех олигонуклеотидов микрочипа составляет больше чем 10;
b. величина среднего коэффициента вариации всех повторений олигонуклеотидов должна быть менее чем 0,3;
с. средняя величина отрицательного контроля должна быть в 2,5 раза меньше, чем средняя величина точек, соответствующих растворителю;
d. имеется сигнал и в контролях гибридизации, и во внутренних положительных контролях, используемых в качестве контроля процесса;
j) нормализации данных;
k) устранения олигонуклеотидов с величинами средней интенсивности минус средний фоновый шум приблизительно в 2 раза меньше, чем средняя величина, полученная в точках, соответствующих растворителю, а также олигонуклеотидов с межквантильным диапазоном нормализованной интенсивности по образцам менее чем 0,3;
l) выполнения статистического анализа для обнаружения статистически значимых олигонуклеотидов с целью дифференциации между различными категориями и возможности классификации образца, который ранее не был отнесен к какой-либо категории, выбора указанных олигонуклеотидов среди олигонуклеотидов, которые не были устранены на предыдущих стадиях, до получения “n” олигонуклеотидов, которые или имеют величину р менее чем предел, который выбран из открытого интервала от 0 до 0,05, предпочтительно с использованием для этого способа, способного снизить ложно положительные результаты, или того, который лучше всего определяет установленную категорию;
m) проверки того, что группировка образцов в соответствии с различиями величин интенсивности между различными образцами, выявленными для статистически значимых олигонуклеотидов, обеспечивает получение образцов, классифицированных в те же категории, что и образцы, которые были ранее отнесены к ней другим способом.
Предпочтительно, чтобы средняя величина, рассчитанная в пункте h), представляла собой уравновешенную среднюю, и по этой причине предпочтительно, чтобы микрочип включал, по меньшей мере, 4 копии каждого из присутствующих в нем олигонуклеотидов.
Нормализацию можно проводить различными способами. Предпочтительно использование функций, содержащихся в свободно доступных пакетах в Интернете, предназначенных для обработки, расчета и графического представления данных, таких как пакеты, обозначенные на языке программирования R, доступные для загрузки из сайтов CRAN (http://cran.r-project.org/) или Bioconductor (http://www.bioconductor.org). Метод «стабилизации нормализации дисперсии» имеется в пакете “vsn” на языке программирования R.
Идентификацию статистически значимых олигонуклеотидов для дифференциации между различными категориями можно проводить, используя различные методы, с предпочтением тех, где определяется величина р, которая определяет порог вероятности, ниже которого все гены, чья разность экспрессии имеет величину, меньше чем р, считались бы значимыми, и среди них те, которые имеют способность проводить коррекции величины р, такие как, среди других, метод Bonferroni или критерий Welch. Величина р должна выбираться из открытого интервала от 0 до 0,05, отдавая, где возможно, предпочтение величине р, близкой к 0,001 и с коррекцией, причем она способна увеличить указанную величину максимум до 0,05 (величины, которая не включена в возможные величины), до которой обнаруживается, что статистически значимые олигонуклеотиды дифференцируются между категориями, среди которых желательна классификация образцов. Одной из возможностей проведения этих расчетов снова является использование функций, содержащихся в пакетах, свободно доступных через Интернет, предназначенных для обработки, расчета и графического представления данных. В частности, функцию mt.maxT пакета multtest на языке R можно использовать для идентификации статистически значимых олигонуклеотидов.
Другой возможностью для идентификации статистически значимых олигонуклеотидов, которая способна дифференцировать между категориями установленных образцов, является использование метода «ближайших сжатых центроидов» (Tibshirani et al., 2002), который идентифицирует группу генов, которые наилучшим образом характеризуют предварительно определенный класс, и использует эту группу генов для прогноза класса, к которому относятся новые образцы. Для этого можно снова обратиться к функциям, содержащимся в свободно доступных в Интернете пакетах, таких как пакет “pama” на языке R, где можно найти функции для проведения так называемого «Прогностического анализа для микрочипов (РАМ)», в котором используется метод «ближайших сжатых центроидов».
После идентификации статистически значимых генов для дифференцировки между категориями образцов, установленных по соответствующим олигонуклеотидам, эти гены можно использовать для классификации новых образцов ввиду подобия между профилем экспрессии этих генов в анализируемом образце и генов, соответствующих каждой из категорий классификации. Альтернативно, когда имеются только 2 возможные категории классификации (что будет нормально при желании диагностировать присутствие или отсутствие определенного типа лейкоза у индивидуума), то можно получить математическую функцию классификации образцов, которые определяют вероятность “pi” образца “i”, относящегося к одной или другой категории. Для этого выбирается субъединица образцов, которые ранее были отнесены к каждой одной из возможных категорий, методом, отличным от метода по изобретению, и величина 0 произвольно связывается с каждым из образцов одной из категорий “а” (обычно, категории, «не» связанной с лейкозом, который желательно диагностировать), относящимся к другой возможной категории, в то время как каждый из образцов субъединицы, относящейся к другой возможной категории “b” (обычно, категории, «связанной» с лейкозом, который желательно диагностировать), произвольно получает величину «1» за вероятность его отношения к его собственной категории. При этом для расчета используется логистическая регрессия, с помощью величин вероятности, отнесенных к каждому из образцов, и величины нормализованной упорядоченной средней интенсивности, полученной для каждого из образцов с каждым из “n” олигонуклеотидов, которые были идентифицированы в качестве статистически значимого олигонуклеотида на предыдущей стадии, коэффициенты для каждого из указанных олигонуклеотидов, которые обеспечивают возможность получения функции вероятности pi образца ”i”, относящегося к категории “b”, функция, которая будет типа
pi=1/(1+e-xi)
и которая получена в результате алгебраического преобразования выражения, которое уравнивает натуральный логарифм частного между вероятностью происходящего явления и вероятностью, что оно не произойдет при функции xi, которая включает в качестве переменных величин каждый из факторов, который может оказать влияние на явление, т.е.
функции xi, которая в настоящем случае будет зависеть от величин интенсивности, полученных для каждого из статистически значимых олигонуклеотидов и которая реагирует на выражение типа:
где
coeff_oligm представляет коэффициент, рассчитанный для определенного олигонуклеотида “m”;
Imni_oligm представляет среднюю величину нормализованной интенсивности, полученную при гибридизации образца i, рассчитанную для олигонуклеотида “m”;
“m” варьируется от 1 до “n”;
n представляет собой общее число олигонуклеотидов, которые считаются значимыми.
Функция pi, полученная после расчета логистической регрессией коэффициента, соответствующего каждому олигонуклеотиду, позволяет классифицировать образец “i” как относящийся к одной или другой категории, считая, что величины pi более 0,5 (и которые будут менее или равны 0) указывают на то, что образец относится к категории “b”, тогда как величины pi менее чем 0,5 указывают на то, что образец относится к категории «а». Указанная функция pi будет рассматриваться как имеющая силу, если после применения к образцам, из которых она была выведена, она способна правильно их классифицировать, и, кроме того, поскольку она применена к подгруппе образцов, которые не принимались во внимание для выведения этой функции, но чья категория, как известно, была ранее определена способом, отличным от способа по изобретению, она также способна правильно их классифицировать.
Альтернативно, когда идентификация статистически значимых генов выполнялась с использованием способа «Прогностического анализа для микрочипов», может быть получен классификатор с соответствующими функциями пакета “pamra” в R, который также начинается с отнесения величины вероятности 0 к подгруппе членов одной из категорий и величины вероятности 1 к подгруппе членов другой категории. И снова, расчет коэффициентов для статистически значимых олигонуклеотидов позволяет классифицировать величины вероятности принадлежности к одной или другой категории, также считая, что величины более 0,5 указывают на принадлежность к категории, членам которой произвольно присвоена величина 1, и величины менее чем 0,5 указывают на принадлежность к другой категории.
Особый случай способа по изобретению представляет собой тот, где желательна классификация образцов как связанных или не связанных с типом лейкоза. В этом случае предпочтительны образцы крови, в частности образцы периферической крови, в качестве биологических образцов для проведения способа in vitro по изобретению.
После того как были идентифицированы статистически значимые гены, связанные с определенным типом неоплазии как происходящей из гематопоэтических клеток, способ по изобретению можно использовать для классификации образцов в соответствии с уровнем экспрессии указанных генов в указанных образцах. Неоплазия может представлять собой, например, определенный тип лейкоза. Конкретный случай этого варианта осуществления способа по изобретению заключается в установлении связи с хроническим лимфолейкозом, таким образом, обеспечивая возможность диагностики заболевания способом по изобретению. Для этого значимыми генами считаются те гены, уровень экспрессии которых анализируется после применения способа по изобретению, по меньшей мере, генов групп CD79A, FAIM3, HLA-DRA, HLA-DRB3, HLA-DQA1, и анализ проводится на образцах крови. Способ можно, кроме того, применять, включая анализ уровня экспрессии, по меньшей мере, генов IRF8 и COL3A1. Предпочтительно анализ уровня экспрессии этих генов проводится оценкой уровня их соответствующих мРНК гибридизацией их соответствующих кРНК с олигонуклеотидами SG117, SG428, SG459, SG507, SG508, SG461 и SG493, которые предпочтительно должны быть связаны с твердой подложкой, образуя часть микрочипа. Когда оценка гибридизированной кРНК с каждым из этих олигонуклеотидов проводится, благодаря предшествующему мечению кРНК биотином, окрашиванием гибридизированного микрочипа, стрептавидином, сопряженно связанным с флуорофором, и выявлением сигнала, испускаемого указанным флуорофором, то предпочтительно, чтобы флуорофор представлял собой Су3, который позволяет диагностировать присутствие CLL у субъекта, у которого был взят образец, путем классификации образца “i”, анализированного как связанного с CLL, по расчету вероятности того, что указанный образец связан с CLL, по формуле pi=1/(1+e-xi), где xi рассчитывается по формуле
xi=-719,241486+(2,44756372*Imni_CD79A)+(7,38657611*Imni_FAIM3)+(23,1465464*Imni_HLA-DRA)+(43,6287742*Imni_IRF8)-(19,3978182*Imni_COL3A1)-(2,80282646*Imni_HLA-DRB3)+(49,5345672*Imni_HLA-DQA1),
формуле, где каждая из величин, обозначенных аббревиатурой “Imni”, с последующей аббревиатурой гена указывает среднюю величину нормализованной интенсивности, полученную после выявления сигнала гибридизации, соответствующего олигонуклеотиду, который используется в качестве зонда для оценки экспрессии указанного гена,
и которая позволяет классифицировать субъекта как субъекта, не страдающего CLL, если величина pi меньше, чем 0,5, и как субъекта, страдающего CLL, если величина pi больше чем 0,5.
Альтернативно значимыми генами можно считать гены, уровень экспрессии которых анализируется с применением способа по изобретению для диагностики CLL, по меньшей мере, гены группы CD79A, FAIM3, HLA-DRA, HLA-DRB3, HLA-DQA1, дополнительно включая анализ уровня экспрессии, по меньшей мере, гена CDW52. Предпочтительно анализ уровня экспрессии этих генов проводится оценкой уровня их соответствующей мРНК гибридизацией их соответствующей кРНК с олигонуклеотидами SG117, SG428, SG459, SG507, SG508 и SG237, которые предпочтительно связаны с твердой подложкой, образуя часть микрочипа.
Другой конкретный случай применения способа по изобретению для классификации образцов как связанных с определенным типом лейкоза в соответствии с уровнем экспрессии в указанных образцах статистически значимых генов составляет классификацию образца как связанного с определенным подтипом хронического лимфолейкоза, «стабильным» CLL или «прогрессирующим» CLL, что делает возможным использовать способ по изобретению для составления прогноза будущего развития заболевания у субъектов, у которых был диагностирован CLL. Если анализируемые образцы получены из периферической крови, то гены, которые считают статистически значимыми для выполнения классификации образцов, представляют собой, по меньшей мере, гены PSMB4, FCER2 и POU2F2. Причем возможен дополнительный анализ уровня экспрессии, по меньшей мере, одного гена, выбранного из группы, состоящей из ODC1, CD79A, CD2, CD3E, CD5, MS4A1, EIF4E, FHIT, NR3C1, LCP1, MAPK10, ABCC5, XRCC3, CML66, PLZF, RBP4 или их полностью.
Дополнительный аспект изобретения представляет собой использование устройств для оценки уровня экспрессии, по меньшей мере, одного из генов из группы, состоящей из PSMB4, FCER2, POU2F2, ODC1, CD79A, CD2, CD3E, CD5, MS4A1, EIF4E, FHIT, NR3C1, LCP1, MAPK10, ABCC5, XRCC3, CML66, PLZF, RBP4, CD79A, FAIM3, HLA-DRA, HLA-DRB3, HLA-DQA1, IRF8 и COL3A1, с целью диагностики присутствия CLL у индивидуума и/или составления прогноза развития у него/нее заболевания. Конкретный случай этого аспекта изобретения представляет собой использование устройств оценки уровня экспрессии, по меньшей мере, одного гена из группы, состоящей из CD79A, FAIM3, HLA-DRA, HLA-DRB3, HLA-DQA1, IRF8 и COL3A1, для диагностики присутствия CLL у индивидуума, где предпочтительно, чтобы устройство оценивало, по меньшей мере, уровень экспрессии генов CD79A, FAIM3, HLA-DRA, HLA-DRB3, HLA-DQA1, причем дополнительно возможна была оценка устройством уровня экспрессии, по меньшей мере, генов IRF8 и COL3A1 или, по меньшей мере, гена CDW52. Другим конкретным случаем этого аспекта изобретения является использование устройств оценки уровня экспрессии, по меньшей мере, одного гена из группы, состоящей из PSMB4, FCER2, POU2F2, ODC1, CD79A, CD2, CD3E, CD5, MS4A1, EIF4E, FHIT, NR3C1, LCP1, MAPK10, ABCC5, XRCC3, CML66, PLZF, RBP4, CD79A, FAIM3, HLA-DRA, HLA-DRB3, HLA-DQA1, IRF8 и COL3A1, для составления прогноза будущего развития CLL у индивидуума.
Детальное описание изобретения: конструкция устройства микрочипа
Гены, включенные в микрочип
Была выполнена ревизия научной литературы, и гены были выбраны ввиду их особого участия в биологии клеток крови или в патологии различных неоплазий. Выбранные гены можно включить в эти 4 большие группы:
а) Играющие важную роль в биологии гематопоэтических клеток:
- Гены, чей белок экспрессирован или репрессирован на различных стадиях, через которые эти клетки проходят при их дифференциации в зрелые формы.
- Гены, чей белок специфически экспрессирован в соответствии с линией, к которой относится клетка.
- Гены, которые кодируют адгезионные молекулы.
b) Участвуют в различных типах гематологических неоплазий:
- Гены, чья экспрессия (уровень мРНК или белка) изменена при различных типах неоплазий, или связанные с устойчивостью к химиотерапии.
с) Связанные с раком:
- Гены, которые кодируют белки, связанные с пролиферацией, метастазированием, или гены, чья экспрессия увеличена в большом количестве опухолей.
d) Описанные в публикациях, относящихся к неоплазиям:
- Гены, которые, не имея особого отношения к гематологическим неоплазиям или биологии клеток крови, появились в научной литературе как статистически связанные с типом неоплазии.
По характеристикам генов можно проконсультироваться, например, на сайте: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank, выбрав опцию «Ген» в «падающем» меню, которое появляется, и введя соответствующий идентификационный номер (GenID) в GenBank. Гены, чью экспрессию можно анализировать микрочипом, их соответствующий идентификационный номер в GenBank, а также олигонуклеотиды, присутствующие в микрочипе, которые предстоит использовать в качестве зондов для анализа экспрессии указанных генов, представлены ниже в таблице 1.
Зонды олигонуклеотидов, которые представляют каждый ген
Для каждого из 543 генов, связанных с гематологическими неоплазиями, а также для генов, соответствующих β-актину, глицеральдегид-3-фосфат-дегидрогеназе, 18S рРНК и 28S рРНК, последовательность мрРНК разыскивается в базе данных GenBank (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank). Олигонуклеотид сконструирован (зонд) из последовательности GenBank, специфичной для каждого из выбранных генов. В некоторых генах были сконструированы несколько олигонуклеотидов, расположенных в зонах 5' и 3' гена, для анализа целостности мРНК.
Для обеспечения специфичности конструкции зондов учитывали следующие критерии:
- Длину зонда для гарантии того, что все зонды будут иметь одинаковое поведение.
- Содержание GC в зонде от 40 до 60%. Эта характеристика также учитывается для обеспечения того, чтобы все зонды имели одинаковое поведение.
- Локализацию в гене. Были локализованы зонды, локализующиеся, по меньшей мере, на 3000 нуклеотида от зоны 3' (поли(А)) выбранной последовательности мРНК.
- Смысл зонда. Выбирали нить со «смыслом», т.е. последовательности олигонуклеотидов совпадают с последовательностями фрагментов соответствующей мРНК, вместо того чтобы представлять собой последовательности, комплементарные указанным фрагментам. Это решение включает то, что меченый генетический материал должен быть антисмысловым (комплементарным смыслу).
- Специфичность зонда. Во избежание неспецифической гибридизации выбирали зонды, которые имеют процентную долю гомологии, рассчитанную инструментом поиска BLAST (имеющимся на вебсайте (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank), менее чем 70%.
Данные по олигонуклеотидам, использованным в качестве зондов, идентификационный номер их соответствующей последовательности в прилагаемом списке, а также данные (идентификационный номер в GenBank, обычная аббревиатура и название) генов, для выявления экспрессии которых были сконструированы указанные олигонуклеотиды, показаны ниже в таблице 1.
Среди этих генов 4 из них (ACTB, GAPD, 18S рРНК и 28S рРНК) не имеют особого отношения к неоплазиям и были первоначально включены в микрочип, потому что в течение длительного времени считали, что их экспрессия оставалась постоянной, и их использовали при нормализации данного микрочипа: они представляют собой тип генов, которые упоминаются в других местах описания, когда речь идет о «конститутивных» генах. В настоящее время не считают, что существует ген, экспрессия которого остается постоянной в любых обстоятельствах, и по этой причине в настоящем исследовании с генами ACTB, GAPD, 18S рРНК и 28S рРНК такое же обращение, как с другими генами микрочипа, за исключением того, что первые 2 из них использовались в качестве контролей целостности, как описано ниже.
Из таблицы 1 видно, что имеются гены, которые представлены более чем одним олигонуклеотидом. Это связано с тем, что существование двух или более зондов можно использовать для измерения целостности синтезированной кPНК. Гены, для которых были сконструированы более чем один олигонуклеотид для действия в качестве зонда, каждый из которых гибридизируется с другой последовательностью, указаны ниже в таблице 2.
Таблица 2 Гены, представленные более чем одним олигонуклеотидом в качестве зонда |
|||
Обычная аббревиатура гена | Зонд 1 | Зонд 2 | Зонд 3 |
ABL1 | SG10 | SG180 | |
BCR | SG169 | SG170 | |
CBFB | SG189 | SG526 | |
CD28 | SG403 | SG404 |
EIF4E | SG293 | SG305 | |
ELF1 | SG512 | SG535 | SG502 |
ETS2 | SG95 | SG537 | |
GCET2 | SG504 | SG509 | |
MAFB | SG258 | SG545 | |
MTCP1 | SG358 | SG359 | |
POU2F2 | SG366 | SG367 | |
RGS1 | SG56 | SG409 | |
S100A2 | SG35 | SG71 | |
SNRPB | SG142 | SG143 | |
STAT1 | SG77 | SG559 | SG468 |
TIA-2 | SG7 | SG73 | |
TAGLN2 | SG24 | SG476 | |
TCF3 | SG277 | SG279 | |
XRCC5 | SG32 | SG330 | |
ZYX | SG97 | SG402 | |
CD44 | SG228 | SG229 | |
ACTB | SG463 | SG464 | |
GAPD | SG464 | SG467 |
Установление контрольных зондов
Для снижения вариабельности большое количество контролей было включено в каждый микрочип. Эти контроли предполагают объективное измерение качества процесса и, поэтому, качество полученных данных. Они относятся к нескольким типам и происхождениям:
а) Зонды, используемые в качестве контролей целостности
Эти зонды представляли собой 2 пары олигонуклеотидов, комплементарных концам 5' и 3' генов β-актина (код зондов SG463 и SG464) и глицеральдегид-3-фосфат дегидрогеназы (коды зондов SG466 и SG467). Соотношение между интенсивностями зонда, локализованного на конце 3' и 5', обеспечивает возможность проверки качества исходной РНК и функционирования реакции мечения. Детали по этим олигонуклеотидам представлены в таблице 3.
Таблица 3 Олигонуклеотиды, используемые в качестве контролей целостности |
||||
Олигонуклеотид | SEQ ID NO: | Ген-источник | Аббревиатура гена | Идентификационный № гена |
SG463 | SEQ ID NO:463 | β-актин | ACTB | 60 |
SG464 | SEQ ID NO:464 | β-актин | ACTB | 60 |
SG466 | SEQ ID NO:466 | Глицеральдегид-3-фосфат дегидрогеназа | GAPD | 2597 |
SG467 | SEQ ID NO:467 | Глицеральдегид-3-фосфат дегидрогеназа | GAPD | 2597 |
b) Зонды, используемые в качестве отрицательных контролей
Эти зонды, главным образом, образованы группой олигонуклеотидов из 50 нуклеотидов (50-членные), которые не являются комплементарными к какой-либо известной последовательности. Для них к этим зондам применяли инструмент BLAST, и наблюдали, что они не гибридизировались ни с какой человеческой последовательностью. Они идентифицируются кодами SC1 (SEQ ID NO:564), SC2 (SEQ ID NO:565), SC3 (SEQ ID NO:566), SC4 (SEQ ID NO:567), SC5 (SEQ ID NO:568), SC6 (SEQ ID NO:569) и SC7 (SEQ ID NO:570), и олигонуклеотиды SCN1 (SEQ ID NO:571), SCN5 (SEQ ID NO:575), SCN7 (SEQ ID NO:577) и SCN10 (SEQ ID NO:580) также используются в качестве отрицательных контролей. Они используются для определения оптимальных условий гибридизации, промывания и развития чипов или микрочипов. Появление сигнала, связанного с ними, указывает на существование неспецифической гибридизации.
с) Экзогенные зонды, используемые в качестве внутренних положительных контролей: «Пиковые контроли»
«Пиковые контроли» представляют собой синтетические олигонуклеотиды, чья последовательность совпадает с фрагментом транскрипта нечеловеческого гена или любой другой последовательности нуклеотидов низкой гомологии с транскриптами человеческих генов, которые полиаденилированы на конце 3', и используются в качестве положительного контроля при определении качества процесса, при нормализации данных и для установления линейного диапазона процесса (Benes V. et al., 2003). Для этого транскрипты или соответствующие полиаденилированные последовательности добавляют к общей исходной РНК перед началом процесса мечения, и поэтому они подвергаются некоторым реакциям (мечение, гибридизация и развитие) в качестве общей РНК образцов.
Используют 7 «Пиковых контролей». Для обеспечения низкой гомологии с человеческими генами используют 5 транскриптов генов Bacillus subtilis (dap, thr, trp, phe и lys) и 2 транскрипта генов вируса Sharkav, часто именуемых «Сливовый поксвирус» (Sppv), который представляет собой сливовый вирус. Детали этих олигонуклеотидов показаны ниже в таблице 4. Номера АТСС (Американской коллекции типовых культур), которые указаны после названия генов-источников, относятся к идентификационному номеру в АТСС штаммов E. Coli, содержащих рекомбинантные плазмиды, которые содержат последовательность генов, из которых получены транскрипты, добавляемые к РНК, и которые также используются для конструкции последовательностей соответствующих олигонуклеотидов, связанных с микрочипом.
Таблица 4 Олигонуклеотиды, используемые в качестве «Пиковых контролей» |
|||||
Олигонуклеотиды | SEQ ID NO: | Ген-источник | Код банка генов | Размер транкрипта (нт) | Концентрация (пМ) в растворе «пиковых контролей» |
SSPC1 | SEQ ID NO:584 | Dap (ATCC №87486) | L38424 | 1820 | 2000 |
SSPC2 | SEQ ID NO:585 | Lys (ATCC № 87482) | X17013 | 1000 | 1250 |
SSPC3 | SEQ ID NO:586 | Thr (ATCC № 87484) | X04603 | 1980 | 5 |
SSPC4 | SEQ ID NO:587 | Вирус скрытой мозаики сливы, изолированный PENN2 (Sppv1) | AF401296 | 100 | |
SSPC5 | SEQ ID NO:588 | Потивирус скрытой мозаики сливы, мРНК-покрытый белок (Sppv2) | X57975 | 750 | |
SSPC6 | SEQ ID NO:589 | Phe (ATCC № 87483) | M24537 | 1320 | 1000 |
SSPC7 | SEQ ID NO:590 | Trp (ATCC № 87485) | K01391 | 2500 | 500 |
с.1.: Получение 5 «Пиковых контролей» Bacillus subtilis
Бактерии E. coli с рекомбинантными плазмидами были приобретены в АТСС (Rockville M.D., USA). Плазмиды (pBluescript II-KS) содержали клонированную кДНК гена Bacillus subtilis с иссеченными сайтами для ферментов Notl на конце 5' и BamHI на конце 3' и поливыступающий конец (dA) перед иссеченным сайтом для BamHI.
После восстановления и предоставления клеткам возможности расти в течение ночи при 37°С в среде LB + ампициллин, плазмиду получали набором Midipreps (Jetstar) в соответствии с рекомендациями изготовителя. 10 мкг каждой из плазмид линеаризовали перевариванием 30 ЕД рестрикционного фермента Notl в присутствии буфера 1XNE3 и 1XBSA в течение 3 ч при 37°С. Линеаризованные плазмиды подвергали экстракции фенолом: хлороформом: изоамиловым спиртом (Ambion), осаждению 0,1 об. 3М ацетата натрия (Sigma) и 2,5 об. 100% этанола и удалению солей 80% этанолом, соблюдая указанную выше последовательность операций. Полученную ДНК ресуспендировали в 10 мкл воды, лишенной РНазы.
Затем транскрипты со смыслом синтезировали реакцией транскрипции in vitro (I.V.T.) из 1 мкг плазмиды, линеаризованной с использованием набора MegaScript T3 (Ambion), и соблюдая рекомендации изготовителя. Полученные плазмиды очищали набором выделения полной РНК RNeasy (QIAGEN), соблюдая рекомендации изготовителя.
Количественную характеристику, определение чистоты, качества и размера полученных транскриптов выполняли в соответствии с теми же способами, которые описаны ниже для общей РНК.
с.2. Получение 2 «Пиковых контролей», которые представляют гены CPPV
Рекомбинантные плазмиды (Progenika Biopharma) содержали клонированную кДНК двух генов sppv1 и sspv2, вставленных между двумя рестрикционными сайтами Pvull и Pstl. Конец 3' каждой вставки содержит выступающий конец полиаденилирования.
Клетки JM109 трансформировали плазмидами, которые содержали транскрипты. Клетки оставляли для роста в чашках со средой LB+ампициллин при 37°С, выбирали колонии с перенесенными клетками, и их выращивали в жидкой среде LB + ампициллин.
Извлечение плазмид выполняли набором очистки плазмид Midipreps Plasmid Purification (Qiagen), соблюдая рекомендации изготовителя. 10 мкг каждой плазмиды линеаризовали 30 ЕД рестрикционного фермента Pvull. Вставку экстрагировали хлороформом: изоамиловым спиртом (Ambion), осаждению 0,1 объемом 7,5 М ацетата натрия и 2,5 объемами 100% этанола. Соли удаляли двумя промываниями 80% этанолом. Полученную ДНК ресуспендировали в 10 мкл воды, лишенной РНазы.
Затем транскрипты со смыслом синтезировали 1 мкг плазмиды, линеаризованной с использованием набора MegaScript T7 (Ambion), и соблюдая рекомендации изготовителя. Продукт реакции очищали набором выделения полной РНК RNeasy (QIAGEN).
Затем выполняли количественное определение, измерение чистоты полученных транскриптов и верификацию их размера.
Раствор «Пиковых контролей» готовили из транскриптов, полученных при различных концентрациях каждого из «пиковых олигонуклеотидов» (см. таблицу 3), так что они покрывали весь диапазон интенсивностей «сканерного» считывающего устройства (величины интенсивности, которые составляют от 0 до 65535 в произвольных единицах). Этот раствор добавляли в одинаковом количестве к 5 мкг общей исходной РНК из каждого образца перед началом процесса.
с.3. Конструкция зондов, репрезентативных по каждому из транскриптов:
Так как поведение зондов было, насколько возможно, аналогичным поведению зондов, сконструированных для генов, подлежащих изучению программой Oligo 6.0 (M.B.I.), то для каждого из “Пиковых контролей» были выбраны те последовательности, которые соответствовали тем же требованиям, которые были установлены для зондов представленных генов (длина, содержание GC, «смысловая» нить и расстояние до конца 3'), и которые не образовывали устойчивых петель (энергия менее чем -7 ккал/моль). Инструмент BLAST применяли к последовательностям, которые отвечали этим требованиям, и были выбраны те, которые имели меньшую гомологию с человеческими последовательностями.
После осаждения и иммобилизации зонды, соответствующие “Пиковым контролям» на стекле, были верифицированы: а) что зонды не гибридизировались неспецифическим образом с образцами для анализа, b) что все зонды имели одинаковые характеристики гибридизации, и с) что сигнал интенсивности, полученный от каждого из них, мог быть связан с количеством транскрипта, добавленного к РНК.
d) Контроли гибридизации
Синтетические олигонуклеотиды ДНК с 70 нуклеотидами (70-членные) использовали в качестве контролей гибридизации, модифицированных на одном конце молекулой биотина. Эти молекулы добавляли в одинаковом количестве к образцу непосредственно перед гибридизацией, проявлением и захватом изображений микрочипа. Для каждого из этих 70-членных олигонуклеотидов на микрочипе было несколько копий олигонуклеотида с 50 нуклеотидами длиной (50-членных), комплементарного соответствующему 70-членному олигонуклеотиду, с которым он должен гибридизироваться. 50-членные олигонуклеотиды, которые образуют часть микрочипа и которые комплементарны 70-членным олигонуклеотидам, добавляемым к кРНК перед гибридизацией, имеют коды SCN2, SCN3, SCN6, SCN8, SCN11, SCN12 и SCN13. Для обеспечения низкой гомологии с человеческими последовательностями последовательности этих олигонуклеотидов получали из последовательностей Arabidopsis thaliana и Tripanosoma brucei. Их характеристики представлены в таблице 5.
Таблица 5 Олигонуклеотиды, использованные в микрочипe в качестве положительных контролей гибридизации |
||||
50-членные олигонуклеотиды, присутствующие в микрочипе | SEQ ID NO: | Ген-источник | Код генного банка | Комплементарный 70-членный олигонуклеотид |
SCN2 | SEQ ID NO:572 | Альфа-1,4-фукозилтрансфераза (FT4-M) из Arabidopsis thaliana | AY026941 | C2 |
SCN3 | SEQ ID NO:573 | мРНК тиоредоксина Tripanosoma brucei | AJ239128 | C3 |
SCN6 | SEQ ID NO:576 | мРНК из предполагаемого белка экспрессии RBP (полная CDS) из Arabidopsis thaliana | AY051079 | C6 |
SCN8 | SEQ ID NO:578 | мРНК из предполагаемого белка передачи липидов (At1g48750) (полная CDS) из Arabidopsis thaliana | AY045879 | C8 |
SCN11 | SEQ ID NO:581 | мРНК из предполагаемого белка передачи липидов (At1g48750) (полная CDS) из Arabidopsis thaliana | AY045879 | C11 |
SCN12 | SEQ ID NO:582 | мРНК из предполагаемого белка передачи липидов (At1g48750) (полная CDS) из Arabidopsis thaliana | AY045879 | C12 |
SCN13 | SEQ ID NO:583 | мРНК цистеин-эндопептидазы типа папаина ХСР2 (полная CDS) из Arabidopsis thaliana | AF191028 | C13 |
Для конструкции 50-членного олигонуклеотида было верифицировано способом, аналогичным способу, ранее описанному для «Пиковых контролей», что подлежащие использованию олигонуклеотиды не гибридизировались в неспецифической форме с подлежащими анализу образцами, что у всех зондов были одинаковые характеристики гибридизации, и что сигнал с интенсивностью, полученной от каждого из них, мог быть связан с количеством соответствующего 70-членного олигонуклеотида, добавленного в кРНК. Это обеспечило возможность взять как обоснованные олигонуклеотиды, указанные в таблице 5. Было видно, что олигонуклеотиды SCN4 (SEQ ID NO:574) и SCN9 (SEQ ID NO:579), сконструированные в принципе для действия в качестве контролей гибридизации, продуцируют специфическую гибридизацию при гибридизации с человеческой кРНК, и по этой причине они тоже появляются в микрочипе, как если бы они представляли собой зонды, которые представляют человеческий ген, но они не принимаются во внимание в качестве положительных контролей гибридизации. Со своей стороны, олигонуклеотиды SCN1 (SEQ ID NO:571), SCN5 (SEQ ID NO:575), SCN7 (SEQ ID NO:577) и SCN10 (SEQ ID NO:580), которые также не гибридизируются в специфической форме с образцами, также присутствуют в микрочипе в качестве отрицательных контролей гибридизации, поскольку в кРНК не были добавлены комплементарные им олигонуклеотиды.
Со своей стороны, раствор контроля гибридизации, который содержал 70-членные олигонуклеотиды, комплементарные 50-членным олигонуклеотидам, присутствующим в микрочипе в качестве положительных контролей гибридизации, получали из соответствующих биотинилированных 70-членных последовательностей, используя другую концентрацию для каждого из них, как показано в таблице 6:
Таблица 6 Состав раствора положительного контроля гибридизации |
|||
70-членный олигонуклеотид, добавленный в кРНК | SEQ ID NO: | Комплементарный 50-членный олигонуклеотид | Концентрация (пкМ) в растворе контроля гибридизации |
C2 | SEQ ID NO:591 | SCN2 | 750 |
C3 | SEQ ID NO:592 | SCN3 | 250 |
C6 | SEQ ID NO:593 | SCN6 | 1500 |
C8 | SEQ ID NO:594 | SCN8 | 1250 |
C11 | SEQ ID NO:595 | SCN11 | 2000 |
C12 | SEQ ID NO.596 | SCN12 | 4500 |
C13 | SEQ ID NO:597 | SCN13 | 2500 |
Контроли
Использовали диметилсульфоксид (DMSO) без какого-либо зонда, поскольку это растворитель, в котором олигонуклеотиды обнаруживаются во время осаждения на поверхности микрочипа.
Описание устройство микрочипа
12 реплик каждого зонда осаждались в различных участках на поверхности твердой подложки (стекло в форме, подобной предметному стеклу микроскопа) с использованием микрорешетки Microgrid II Spoter (Biorobotics). 12 реплик каждого зонда распределяли на подложке случайным методом: 6 в верхней области и 6 в нижней области. В качестве твердой подложки использовали аминосиланизированное стекло (Corning). Влажность и температуру регулировали посредством способа получения отпечатков.
Ковалентное связывание зондов с твердыми подложками проводили поперечной сшивкой ультрафиолетовым излучением, используя прибор “Stratalinker” (Stragene).
Контроль качества способа получения микрочипов был следующий: а) При каждом производственном цикле микрочип окрашивали бромидом этидия, который обеспечивал возможность анализа размера и формы отпечатанных точек. b) Другой чип каждого цикла гибридизировали с уже гибридизированной кРНК, анализируя сигнал гибридизации, фоновый шум и воспроизводимость реплик.
Характеристики чипа показаны ниже в таблице 7:
Таблица 7 Характеристики микрочипа |
|
Количество представленных генов | 538 |
Длина олигонуклеотидов | 22-55 мер |
Анализированная нить | Смысловая |
Количество олигонуклеотидов на ген | 1 (кроме 21 гена, которые представлены 2 или 3 различными олигонуклеотидами) |
Количество реплик каждого олигонуклеотида | 12 |
Контроль | DMSO |
Контроли целостности | 4 |
Пиковые контроли (внутренние положительные контроли) | 7 |
Положительные контроли гибридизации | 9 |
Отрицательные контроли | 11 |
Общее число точек | 8192 (32 области × 16×16) |
Размер микрочипа | 25×75 мм |
Область нанесения пятен | 16,38×17,82 мм |
Расстояние между точками | х-y - ось 360 мкм |
Обработка образцов
Клеточные культуры
Культуры клеток Jurkat (линия клеток из Т-лейкоза) и U937 (линия клеток из промоноцитарного лейкоза) центрифугировали в течение 10 мин при 1200 об/мин, и после декантации супернатанта преципитат ресуспендировали в RNAlater (Ambion Inc) и хранили при -80°С во время экстракции РНК. РНК экстрагировали TRIzol (Gibco-BRL Carlbad, CA, USA), следуя рекомендациям изготовителя.
Образцы крови
Образцы крови собирали прямо в пробирки PAXgene Blood RNA Tubes-PreAnalytix (Qiagen). 2,5 мл крови экстрагировали в каждой пробирке и двух пробирках на индивидуума. Пробирки переворачивали несколько раз для обеспечения возможности смешивания крови со стабилизирующей жидкостью, которая содержалась в пробирке, и их хранили при -20°С до ночи перед экстракцией РНК.
Экстракция общей РНК
Пробирки с образцом инкубировали при окружающей температуре в течение ночи, предшествующей экстракции РНК. Набор PAXgene Blood RNA (Qiagen) использовали для экстракции в соответствии с рекомендациями изготовителя, включая промежуточную стадию обработки ДНазой (лишенный РНазы набор ДНазы, Qiagen) в колонке. РНК каждой экстракционной пробирки элюировали в 80 мкл буфера BR5. РНК из двух пробирок, которые соответствовали каждому пациенту, собирали в одну пробирку.
Очистка общей РНК
Для обеспечения того, чтобы полученная РНК была свободна от примесей, которые могут препятствовать дальнейшим реакциям мечения, ее проводили следующим образом: 16 мкл (0,1 об.) 7,5 М ацетата натрия (Sigma) и 400 мкл (2,5 об.) 100% этанола добавляли к 160 мкл раствора общей РНК. Раствор смешивали в «вихревой» мешалке, и его инкубировали в течение 1 ч при -20°С. После 20 мин центрифугирования при 12000×g при 4°С осадок дважды промывали 500 мкл 80% этанола, и его ресуспендировали в 35 мкл воды без РНазы. Полученные РНК хранили при -80°С до их последующего использования.
Количественное определение общей РНК
Количественное определение общей РНК проводили измерением спектральной поглощательной способности при 260 нм в спектрофотометре (DU 65, Beckman Coulter). 2 мкл раствора общей РНК разбавляли в 98 мкл 1 мМ Tris-HCl при рН 7,5, и концентрацию оценивали (мкг/мл), принимая во внимание, что 1 единица оптической плотности при 260 нм соответствует концентрации РНК 44 мкг/мл.
Определение чистоты и качества РНК
Степень чистоты устанавливали по соотношению спектральной поглощательной способности А260/А280 (нуклеиновой кислоты/белков), считая, что РНК является подходящей, имеющей «хорошее качество», когда соотношение А260/А280 составляет от 1,9 до 2,1.
Качество общей РНК определяли осмотром РНК после электрофореза. 500 нг общей РНК подвергали электрофорезу в 1% агарозном геле (FMC) в буфере ТАЕ 1х с BrEt (0,5 мг/мл), в условиях разности потенциалов 100 В в течение 25 мин в кюветах электрофореза АС (BioRad). В качестве маркера молекулярных масс использовали фаг φ 29, переваренный рестрикционным ферментом BamH I. Гели осматривали в устройстве для просвечивания ультрафиолетовым светом Gel Doc (BioRad).
Мечение образца
Выбор нити со смыслом в качестве зонда ограничивали стратегию мечения при тех аппроксимациях, которые дают антисмысловой меченый продукт (комплементарный к зонду, иммобилизованному на твердой подложке).
Мечение кРНК
Этот тип мечения выполняли во время хода процесса амплификации, который состоит в использовании для синтеза однонитевой кДНК, олиго(dT) затравки, которая содержит промотер для фермента РНК полимеразы фага Т7, фермента, который должен использоваться на стадии амплификации образца.
а. - Синтез кДНК: стадия, на которой была синтезирована ДНК (кДНК), комплементарная к исходной мРНК. 5 мкг общей РНК инкубировали с 2 мкл раствора «Пиковых контролей» и 100 пкмоль затравки Т7-(dT)24 (Genset Corp) в конечном объеме 12 мкл в течение 10 мин при 70°С в термоблоке, смесь охлаждали на льду и добавляли 4 мкл 5Х Первого нитевого буфера (Gibco BRL Life Technologies), 0,1М 2 мкл DTT (Gibco BRL Life Technologies), 1 мкл смеси dNTP 10 мМ (Gibco BRL Life Technologies) и 1 мкл SuperScript II RNase H RT (200 OR/мкл) (Gibco BRL Life Technologies). После 1 ч инкубации в бане, оборудованной термостатом (Selecta), при 42°С, реакционную смесь охлаждали на льду.
b. Синтез ДНК с двойной цепью (дцДНК): двойную цепь ДНК синтезировали из кДНК, синтезированной на предыдущей стадии. К 20 мкл предыдущей реакционной смеси добавляли 91 мкл воды, лишенной РНазы, 30 мкл «Реакционного буфера второй нити» (Gibco B.R.L. Life Technologies), 3 мкл 10 мМ dNTPs (Gibco BRL Life Technologies), 10 Ед лигазы ДНК E. Coli (Gibco BRL Life Technologies), 40 ЕД полимеразы I ДНК E. Coli (Gibco BRL Life Technologies), 2 ЕД РНазы Н E. Coli (Gibco BRL Life Technologies), в конечном объеме 150 мкл. Реакционную смесь инкубировали в термоблоке при 16°С в течение 2 ч. Затем добавляли 10 ЕД полимеразы ДНК Т4 (Gibco BRL Life Technologies), и смесь инкубировали при 16°С в течение 5 мин. Для остановки реакции добавляли 10 мкл 0,5 М EDTA.
c. Очистка дцДНК: Для устранения возможных остатков продуктов реакции, которые могут препятствовать последующим реакциям мечения, полученную посредством экстракции фенолом/хлороформом, и затем осажденную ДНК очищали. К 162 мкл предыдущей реакционной смеси добавляли 162 мкл раствора фенола: хлороформа: изоамилового спирта (25:24:1) (Ambion). Ее центрифугировали в течение 2 мин при 12000×g в центрифуге при окружающей температуре, верхнюю водную фазу собирали. К этой верхней фазе добавляли 0,5 объемов 7,5 М ацетата аммония (Sigma Chemical) и 2,5 объема 100% этанола, охлажденного до -20°С. После перемешивания «вихревой» мешалкой для тщательного смешивания компонентов и центрифугирования в течение 20 мин при 12000×g при окружающей температуре, супернатант устраняли и осадок дважды промывали 80% этанолом. Полученную ДНК ресуспендировали в 10 мкл воды, лишенной РНазы, и ее концентрировали в концентраторе “Speed-Vac” до объема 2 мкл. Эту ДНазу хранили при -20°С до ее последующего использования.
d. Синтез и мечение кРНК: Реакцию проводили в объеме 20 мкл, и используя набор T7 Megascript (Ambion), выполняя инструкции изготовителя и включая нуклеотиды, модифицированные биотином, Bio-11-CTP и Bio-11 UTP (Perkin Elmer) при соотношении не модифицированного нуклеотида/модифицированного нуклеотида 1:3. Реакционную смесь инкубировали в течение 5 ч и 15 мин в бане с термостатом (Selecta) при 37°С, перемешивая реакционную смесь через каждые 45 мин. После этой инкубации добавляли 1 мкл ДНазы, и ее инкубировали в течение 30 мин при 37°С.
е. Очистка биотинилированной кРНК: Биотинилированную кРНК очищали набором для выделения общей РНК RNeasy (Qiagen), следуя рекомендациям изготовителя. Полученные биотинилированные кРНК элюировали в объеме 80 мкл, и их хранили при -80°С до их последующего использования.
Количество, чистоту и качество полученной кРНК определяли в соответствии с теми же способами, которые описаны для общей РНК.
кРНК хранили при -80°С до ее последующего использования.
Фрагментация биотинилированной кРНК
10 мкг биотинилированной кРНК фрагментировали в присутствии 5х (200 мМ Tris-ацетата, рН 8,1, 500 мМ HOAC, 150 мМ MgOAc) фрагментационного буфера в течение 35 мин при 94°С в термоблоке. То, что реакция фрагментации была проведена, верифицировали осмотром 1 мкл раствора фрагментации при электрофорезе на 1% агарозном геле.
Гибридизация кРНК, меченной зондами микрочипа
На этой стадии меченый генетический материал помещали в контакт с зондами, иммобилизованными на твердой подложке.
10 мкл контрольного раствора гибридизации добавляли к раствору биотинилированной и фрагментированной кРНК, и смесь инкубировали в течение 3 мин при 95°С для денатурации возможных вторичных структур. После инкубации смесь сразу переносили на лед для предотвращения возможной ренатурации образца.
Гибридизацию проводили в течение 6 ч при 42°С в установке автоматической гибридизации Ventana Discovery (Ventana Medical Systems). Буферы для гибридизации и промывания поставляла компания Ventana Medical System. Микрочипы автоматически окрашивались в установке гибридизации стрептавидином, сопряженно связанным с Cy3 (Amersham Biosciences), с использованием рекомендаций изготовителя.
Захват изображений и количественная характеристика микрочипов
После гибридизации и проявления изображения микрочипов идентифицировали и анализировали конфокальным флюоресцентным сканнером ScanArray 4000 (Perkin Elmer), оборудованным лазером для зеленого спектра (543 нм для иссечения флуорофора Cy3). Использованное «программное обеспечение» представляла собой ScanArray 3.1. Использование компьютерной программы QuantArray 3.0 (Perkin Elmer) предоставляло абсолютные величины интенсивности гибридизации и фонового шума, в соответствии со светом, испускаемым Cy3 в каждом зонде, в формате Excel.
Анализ данных: предварительная обработка
Сначала величину фонового шума вычитали из величин абсолютной интенсивности всех олигонуклеотидов. Для этого величины абсолютной интенсивности и величины фонового шума, которые программа использовала для превращения сигналов возвратов флуорофора, автоматически использовались для каждой из точек микрочипа: соответствующая величина интенсивности получается из зоны, которая была определена в виде точки, а величина фонового шума получается из зоны, расположенной вокруг точки.
Затем средний уровень интенсивности гибридизации каждого из олигонуклеотидов микрочипа рассчитывали по уравновешенной средней интенсивностей 12 реплик каждого из олигонуклеотидов. Для этого перед расчетом средней величины, необходимо устранить верхнюю и нижнюю величины точек распределения сигналов гибридизации, полученных с каждой из реплик одного и того же олигонуклеотида. Расчет выполняли, используя программу Excel от компании Microsoft, в частности ее функцию TRIMMEAN, где параметр «процентной доли» был установлен на 0,2, что предполагает фиксацию процентной доли устраненных величин в 20% верхних величин и 20% нижних величин; функция округляет исключенный ряд точек данных, до ближайшей величины умножения 2.
В конце и для обеспечения возможности определения достоверности гибридизации, необходимо, чтобы соблюдался ряд установленных критериев: 1) соотношение между средней интенсивностью и средним фоном всех олигонуклеотидов чипа должно составлять больше чем 10; 2) величина среднего коэффициента вариации (стандартное отклонение реплик, по сравнению со средней величиной реплик) всех реплик олигонуклеотидов чипа должна быть меньшей, чем 0,3; 3) средняя величина отрицательного контроля должна быть в 2,5 раза меньше величины среды DMSO; 4) сигнал должен быть получен и в контролях гибридизации, и в экзогенных внутренних положительных контролях (пиковые контроли).
Анализ данных выполняли на языке R, версии 1.9.1. R представляет собой язык программирования, где могут применяться и классические, и современные статистические методики (R Developmental Core Team, 2004; http://R-project.org), который имеет ряд функций, хранящихся в пакетах для манипулирования, расчета и графического представления данных (Venables et al., 2004). Существуют сотни пакетов, написанных различными авторами для R, со специальными статистическими функциями, или которые обеспечивают возможность доступа и манипулирования данными, и имеются для загрузки из сайтов Интернета CRAN (http:///) или Bioconductor (http://). В некоторых определенных случаях использовали программное обеспечение для статистического анализа SPSS (Chicago, USA).
ПРИМЕРЫ
Пример 1
Результаты, полученные при использовании устройства микрочипа с образцами U937 в сравнении с клетками Jurkat
Для определения того, позволяет ли устройство дифференцировать 2 линии клеток, гибридизированных в 10 микрочипах: 5 образцов биотинилированных кРНК, синтезированных в соответствии с оптимизированным рабочим протоколом, полученных из РНК клеток U937 (линия клеток из промоноцитарного лейкоза) и 5 образцов биотинилированных кРНК, полученных из РНК клеток Jurkat (линии клеток из Т-лейкоза).
Проводили первоначальные стадии предварительной обработки данных и подтверждение достоверности гибридизации, указанные ранее в разделе «Анализ данных: Предварительная обработка», и затем данные нормализовали и фильтровали:
- Нормализация данных. Использовали способ «нормализации стабилизации дисперсии», имеющийся в пакете “vsn” в языке программирования R. В Интернете имеются различные пакеты для R, со специальными статистическими функциями или которые обеспечивают возможность доступа и обработки данных, и доступны для загрузки из сайтов Интернета CRAN (http:///) или Bioconductor (http://).
- Фильтрация данных. Операции фильтрации проводили функцией “Filterfun” фильтра “Genefilter” в языке программирования R. Гены, которые не проводили через любой из этих двух фильтров, не использовали для анализа данных. Проведенные фильтры представляли собой:
- Фильтрацию для исключения генов с величиной интенсивности, близкой к DMSO.
Этот фильтр обеспечивал возможность работы с генами с величиной интенсивности минус средний фоновый шум более чем 550 произвольных единиц (приблизительно в 2 раза больше величины DMSO).
- Фильтрацию для исключения генов с минимальным изменением интенсивности по всем образцам. С генами работали в межквантильном диапазоне нормализованной интенсивности по образцам больше чем 0,3.
Фильтрация данных оставила 83 зонда, которые составили рабочий список. С ними проводили группировку не контролировавшихся образцов, которые представляют собой такие группировки, где структура данных ранее неизвестна, причем система узнает о том, как данные распределяются среди классов на основании функции расстояния. При группировке получали дерево иерархической группы, где образцы сгруппированы в соответствии с их сходством в экспрессии определенных генов, те, которые соответствуют олигонуклеотидов рабочего списка, так что самыми близкими образцами являются те, которые имеют одинаковый профиль экспрессии. Группировку выполняли функцией hclust пакета stats в R. Неконтролируемый анализ 10 образцов дал их разделение на 2 группы или основные ветви, в соответствии с типом клеток, к которому относятся образцы: группа содержит 5 гибридизаций, проведенных из клеток U937, а другая группа содержит 5 гибридизаций, проведенных из клеток Jurkat. Полученное дерево этой неконтролируемой группировки частично показано в части А фиг.1.
Затем, для выяснения, существовали ли статистически значимые различия между этими двумя группами образцов, использовали способ «Методов множественного тестирования maxT с пошаговым снижением» (метод maxT), который представляет собой применение функции mt.max T пакета множественного тестирования программного обеспечения в языке программирования R с сайта Bioconductor, который применяет статистический тест и проводит жесткий контроль над частотой ложно положительных результатов. Для этой функции должно быть обеспечено следующее:
а) Величины, к которым желательно применить статистические тесты, в данном случае к нормализованным величинам 83 олигонуклеотидов, которые прошли фильтры.
b) Группы, между которыми желательно выявление различий, в данном случае 5 образцов клеток Jurkat в сравнении с 5 образцами клеток U937.
c) Количество перестановок, которые желательно выполнить. В данном случае проводятся 100000 перестановок.
d) По умолчанию был выбран критерий Welch для определения статистического инструмента, подлежащего использованию для тестирования гипотезы отсутствия связи между переменными величинами и метками класса.
Применение этого анализа при величине p<0,001 предоставило перечень 69 статистически значимых зондов между этими двумя группами, которые являются следующими:
SG12, SG20, SG23, SG24, SG38, SG39, SG45, SG49, SG53, SG59,
SG60, SG62, SG76, SG78, SG89, SG92, SG94, SG102, SG474, SG478,
SG487, SG114, SG120, SG140, SG142, SG145, SG150, SG154, SG158,
SG174, SG175, SG194, SG195, SG211, SG230, SG231, SG235, SG260, SG264,
SG266, SG268, SG270, SG272, SG282, SG294, SG308, SG311, SG330, SG332,
SG333, SG339, SG344, SG364, SG403, SG423, SG434, SG456, SG506,
SG513, SG514, SG515, SG524, SG533, SG538, SG541, SG559.
После того как стали известны статистически значимые гены для различения между двумя группами образцов (которыми были бы гены, соответствующие зондам, идентифицированным как статистически значимыми), проводилась контролируемая группировка образцов в соответствии с интенсивностью сигнала 69 полученных статистически значимых зондов. Термин «контролируемая», применяемый к группировке, указывает на то, что структура данных предварительно известна, что обеспечивает возможность использования предшествующей информации; имея ее, после процесса тренировки, который позволяет системе научиться различать классы, можно использовать сеть для отнесения новых членов к предварительно определенным классам. В этом случае контролируемая группировка образцов в соответствии с интенсивностью сигнала, полученного с выявленными 69 статистически значимыми зондами, снова представляет собой дерево, которое делится на 2 основные ветви в соответствии с типом клеток, к которому относятся образцы. Полученное дерево при контролируемой группировке показано в части В фиг.1.
Пример 2
Результаты, полученные после использования «чипового» устройства с образцами от здоровых лиц, в сравнении с клетками U937 и Jurkat
Экспрессию 5 образцов клеток U937 и 5 образцов клеток Jurkat сравнивали с экспрессией 10 образцов из цельной крови от здоровых лиц. Методом, аналогичным проводившемуся в примере 1, проводили стадии обработки первоначальных данных, утверждение действительности гибридизации, нормализацию и фильтрование. Всего 180 генов прошли процессы фильтрования. Неконтролируемая группировка образцов (проводившаяся функцией hclust пакета stats R, применяя корреляцию Pearson) в соответствии с экспрессией 180 генов предоставила дерево с двумя основными ветвями: одна ветвь содержит все образцы их культуры клеток, а другая ветвь содержит все образцы из цельной крови здоровых лиц, которая демонстрирует, что этот инструмент способен найти различия экспрессии. Дерево, полученное после проведения неконтролируемой группировки, показано в части А фиг.2.
Выполняли тест maxT (p<0,001) для обнаружения генов со статистически значимыми различиями между образцами из культур клеток U937 и Jurkat и 10 образцами цельной крови от здоровых лиц. Статистический анализ предоставил список из 131 зонда со статистически значимыми различиями между обеими группами образцов. Они следующие:
SG1, SG4, SG7, SG8, SG10, SG13, SG15, SG16, SG17, SG18, SG19, SG20, SG26, SG29, SG30, SG34, SG36, SG39, SG42, SG44, SG49, SG51, SG52, SG58, SG64, SG65, SG67, SG76, SG77, SG80, SG84, SG86, SG89, SG92, SG93, SG94, SG98, SG99, SG101, SG102, SG107, SG463, SG464, SG474, SG475, SG485, SG487, SG466, SG467, SG471, SG472, SG473, SG120, SG129, SG138, SG141, SG144, SG145, SG147, SG158, SG163, SG164, SG176, SG185, SG186, SG197, SG207, SG208, SG217, SG227, SG231, SG265, SG266, SG277, SG278, SG283, SG285, SG299, SG307, SG308, SG311, SG313, SG318, SG319, SG328, SG333, SG336, SG342, SG344, SG357, SG361, SG376, SG384, SG389, SG395, SG398, SG403, SG404, SG407, SG416, SG420, SG423, SG430, SG436, SG446, SG455, SG461, SG489, SG491, SG492, SG493, SG498, SG500, SG504, SG505, SG506, SG514, SG516, SG517, SG520, SG526, SG530, SG533, SG538, SG545, SG547, SG554, SG555, SG558.
Группировка 20 образцов в соответствии с экспрессией статистически значимых зондов снова дала начало дереву с двумя основными ветвями, одной, соответствующей образцам из культур клеток, и другой, соответствующей образцам от здоровых индивидуумов. Указанная группировка представлена в части В фиг.2.
Пример 3
Результаты, полученные с образцами от пациентов с хроническим лимфолейкозом (CLL) в сравнении с клетками U937 и Jurkat
Сравнивали профили экспрессии образцов из культур клеток U937 и Jurkat с 26 образцами из цельной крови субъектов с CLL.
Образца были подвергнуты предварительной обработке данных, их нормализовали и фильтровали способом, аналогичным способам, использованным в примерах 1 и 2, и через фильтры прошли всего 236 зондов. Неконтролируемая группировка образцов в соответствии с экспрессией зондов, которые прошли через фильтры, выявила дерево с двумя основными ветвями: одной, которая содержала образцы культур клеток, а другая - образцы CLL. Указанное дерево показано в части А фиг.3.
Проводили тест maxT (p<0,001) для обнаружения генов со статистически значимыми различиями между двумя группами образцов. Этот анализ дал список из 120 зондов. Они следующие:
SG2, SG4, SG8, SG10, SG13, SG15, SG16, SG19, SG20, SG23, SG26, SG28, SG31, SG34, SG36, SG39, SG48, SG58, SG60, SG65, SG76, SG77, SG84, SG89, SG94, SG9, SG97, SG99, SG102, SG106, SG107, SG463, SG464, SG474, SG475, SG481, SG465, SG485, SG487, SG466, SG467, SG471, SG473, SG115, SG116, SG117, SG120, SG129, SG134, SG135, SG138, SG139, SG141, SG145, SG158, SG161, SG163, SG176, SG178, SG185, SG207, SG208, SG210, SG217, SG227, SG231, SG237, SG264, SG272, SG277, SG281, SG283, SG286, SG294, SG298, SG299, SG307, SG308, SG319, SG328, SG330, SG333, SG336, SG342, SG344, SG345, SG347, SG361, SG384, SG389, SG395, SG404, SG407, SG416, SG423, SG428, SG430, SG432, SG434, SG444, SG446, SG453, SG458, SG459, SG491, SG498, SG507, SG508, SG511, SG517, SG518, SG522, SG526, SG530, SG533, SG538, SG541, SG554, SG558, SG561.
Группировка 30 образцов в соответствии с экспрессией 120 статистически значимых зондов снова дала начало дереву с двумя основными ветвями, одной, соответствующей образцам из культур клеток, и другой, соответствующей образцам от здоровых индивидуумов. Указанная группировка представлена в части В фиг.3.
Пример 4
Результаты, полученные с образцами от здоровых лиц в сравнении с пациентами с хроническим лимфолейкозом (CLL)
68 гибридизаций, которые соответствовали критериям качества, из 68 образцов различных здоровых субъектов и с клиническим диагнозом CLL, делили на 2 группы: группу подготовки, использованную для получения функций классификатора, и тестируемую группу, использованную для испытания полученного классификатора. Группа подготовки состояла из 30 образцов (10 от здоровых субъектов и 20 от субъектов с CLL), а тестируемая группа состояла из 38 образцов (5 образцов от здоровых субъектов и 33 образца от субъектов с CLL).
Для получения функции классификации работали с результатами, полученными от гибридизации группы подготовки. Стадии, проводимые для получения функции классификации, были следующие:
- Нормализация данных. Использовали способ «нормализации стабилизации дисперсии», имеющийся в пакете “vsn” в языке программирования R.
- Фильтрация данных. Операции фильтрации проводили функцией “Filterfun” фильтра “Genefilter” в языке программирования R. Гены, которые не проходили через любой из этих двух фильтров, не использовали для анализа данных. Из 588 олигонуклеотидов чипа 224 прошли через 2 фильтра и составили рабочий список.
2. Фильтрация для исключения генов с величиной интенсивности, близкой к DMSO.
Этот фильтр обеспечивал возможность работы с генами с величиной интенсивности минус средний фоновый шум более чем 550 произвольных единиц (приблизительно в 2 раза больше величины DMSO) у более чем 25% из 30 образцов (7 образцов), которые составляют группу подготовки.
3. Фильтрация для исключения генов с минимальным изменением интенсивности по всем образцам. Работали с генами, у которых в межквантильном диапазоне нормализованная интенсивность по образцам была больше чем 0,3.
Использовали 2 системы классификации:
4.1. - Составление системы классификации РАМ
Для идентификации генов, которые наилучшим образом характеризуют каждый тип образца и верифицируют классификационный разряд этих групп генов, использовали Прогностический анализ для микрочипов (РАМ), доступный в виде пакета программ “pamra” в языке программирования R. Это - статистическая методика, которая идентифицирует группу генов, наилучшим образом характеризующую заданный класс, и использует эту группу генов для прогноза класса, к которому относятся новые образцы. РАМ использует модифицированную версию метода классификации «ближайшие центроиды» (Tibshirani et al., 2002), называемую «Ближайшие сжавшиеся центроиды». Проводили обоснование, называемое «10-кратное перекрестное обоснование», которое состоит в конструировании модели с 90% образцов и предпринятой попытке прогнозирования класса 10% образцов, которые не вмешивались в конструкцию модели. Этот метод повторяется 10 раз, и ошибка классификации 10% образцов прибавляется для расчета общей ошибки. Эта ошибка отражает число неудовлетворительно классифицированных образцов (Bullinger et al., 2005).
4.1.1. Построение модели. Из отфильтрованных и нормализованных данных по 30 образцам, которые составляют группу подготовки, относя в произвольной форме Здоровую группу к группе 0, а группу CLL к группе 1, выполняли 10 перекрестных обоснований при пороговой величине Дельта 3.1. Полученная модель была образована следующими олигонуклеотидами: SG459, SG428, SG507, SG508, SG117, SG237. Коэффициенты классификаторов, соответствующих каждому из этих олигонуклеотидов, показаны ниже в таблице 8.
Таблица 8 Коэффициенты классификаторов РАМ |
||
Идентификация | Величина 0 | Величина 1 |
[1,] SG459 | -0,4344 | 0,2172 |
[2,] SG428 | -0,146 | 0,073 |
[3,] SG507 | -0,1111 | 0,0555 |
[4,] SG508 | -0,1044 | 0,0522 |
[5,] SG117 | -0,1003 | 0,0502 |
[6,] SG237 | -0,0539 | 0,027 |
4.1.2. Обоснование классификатора РАМ. Перекрестное обоснование образцов, которые составляют группу подготовки, правильно классифицировало 28 из 30 образцов.
Из фильтрованных и нормализованных данных 38 образцов, которые составляют тестируемую группу, были получены величины р, относящиеся к группе 0 (здоровой группе) или группе 1 (группа CLL). Чем больше величина р, тем больше вероятность принадлежности этой группе. Величины р, полученные для каждого образца, указаны в таблице 9.
Таблица 9 Величины вероятности, полученные классификатором РАМ для тестируемой группы |
||
Образец | р (Группа 0) | р (Группа 1) |
S229 | 0,8031905 | 0,1968095 |
S231 | 0,7403173 | 0,2596827 |
S232 | 0,8810574 | 0,1189426 |
S233 | 0,7973159 | 0,2026841 |
S251 | 0,8714224 | 0,1285776 |
CLL166 | 0,3764637 | 0,6235363 |
CLL184 | 0,1278230 | 0,8721770 |
CLL132 | 0,2081423 | 0,7918577 |
CLL210 | 0,3248082 | 0,6751918 |
CLL213 | 0,3536033 | 0,6463967 |
CLL214 | 0,2705277 | 0,7294723 |
CLL221 | 0,3650277 | 0,6349723 |
CLL208 | 0,2323872 | 0,7676128 |
CLL225 | 0,4034316 | 0,5965684 |
CLL236 | 0,4893545 | 0,5106455 |
CLL240 | 0,3807527 | 0,6192473 |
CLL168 | 0,1616066 | 0,8383934 | |
CLL172 | 0,2002317 | 0,7997683 | |
CLL174 | 0,1601147 | 0,8398853 | |
CLL175 | 0,6009558 | 0,3990442: | → Единственный неудовлетворительно классифицированный образец |
CLL177 | 0,1634185 | 0,8365815 | |
CLL179 | 0,2300440 | 0,7699560 | |
CLL181 | 0,2177406 | 0,7822594 | |
CLL182 | 0,3450880 | 0,6549120 | |
CLL164 | 0,2590083 | 0,7409917 | |
CLL159 | 0,3688586 | 0,6311414 | |
CLL142R | 0,2111712 | 0,7888288 | |
CLL105 | 0,2962797 | 0,7037203 | |
CLL107 | 0,3764637 | 0,6235363 | |
CLL109 | 0,3525788 | 0,6474212 | |
CLL112 | 0,2059187 | 0,7940813 | |
CLL151 | 0,2951067 | 0,7048933 | |
CLL158 | 0,1932882 | 0,8067118 | |
CLL169 | 0,3525937 | 0,6474063 | |
CLL171 | 0,1495153 | 0,8504847 | |
CLL178 | 0,2260191 | 0,7739809 | |
CLL111 | 0,2951168 | 0,7048832 | |
CLL155 | 0,2832151 | 0,7167849 |
С помощью этой модели правильно классифицированы 37 из 38 образцов тестируемой группы: все образцы, соответствующие здоровым индивидуумам (те, чье название начинается с буквы “S”), имеют вероятность больше чем 0,5 принадлежности к группе 0, в то время как все образцы, соответствующие индивидуумам, страдающим CLL (которые представляют собой образцы, название которых начинается с букв “CLL”), кроме одного, имеют вероятность принадлежности к группе 1 больше чем 0,5.
4.2. Построение системы классификации логистической регрессией.
4.2.1. Отбор генов со статистически значимыми различиями среди здоровых лиц и страдающих CLL (группа подготовки). Как было ранее описано, по фильтрованным и нормализованным данным, способ «Методов множественного тестирования maxT с пошаговым снижением» (maxT) использовали для отбора генов со статистически значимыми различиями, который представляет собой применение функции mt.maxT пакета “multtest” в R из Bioconductor, который применяет статистический тест и проводит жесткий контроль над частотой ложноположительных результатов. Применение этого статистического теста при величине p<0,001 к 224 олигонуклеотидам, которые прошли через фильтры, дало список из 7 олигонуклеотидов: SG117, SG428, SG459, SG461, SG493, SG507, SG508.
Стадии, использованные для получения списка из 7 значимых генов среди здоровых и страдающих CLL индивидуумов, были следующие:
Метод, который проводит перестановки и регулирует величину р resT<-mt.maxT (эксперименты (224 олигонуклеотида, которые прошли через фильтры и нормализованы из группы подготовки, Типы образцов в группе подготовки, test=“t”, B-100000): функцию mt.maxT, которая посредством перестановки регулирует величины вероятности (получение значимости), что обеспечивает жесткий контроль над частотой ложно положительных результатов.
Для этой функции должно быть обеспечено следующее:
1. Величины, к которым желательно применение статистических тестов, в данном случае к нормализованным величинам 83 олигонуклеотидов, которые прошли через фильтры.
2. Группы, между которыми желательно выявление различий, в данном случае 5 образцов клеток Jurkat в сравнении с 5 образцами клеток U937.
3. Число перестановок, выполнение которых желательно. В данном случае проводятся 100000 перестановок.
4. По умолчанию, в качестве статистического теста был выбран критерий Welch.
Статистически значимые гены на уровне p<0,001 были отобраны этим критерием, и было получено число 7.
4.2.3. Получение классификационной функции SPSS. Путем логистической регрессии по нормализованным величинам 7 статистически значимых олигонуклеотидов, полученным по 30 образцам, которые составляют Группу подготовки, и произвольным образом относя группу 0 к здоровым образцам и группу 1 к образцам CLL, получали величины квалификационной функции. Коэффициенты, соответствующие каждому олигонуклеотиду, представляли собой те, которые показаны ниже в таблице 10.
Таблица 10 Коэффициенты классификационной функции, рассчитанные логистической регрессией |
|
Олигонуклеотид | Коэффициенты (коэфф.) |
SG117 | 2,44756372 |
SG428 | 7,38657611 |
SG459 | 23,1465464 |
SG461 | 43,6287742 |
SG493 | -19,3978182 |
SG507 | -2,80282646 |
SG508 | 49,5345672 |
Константа | -719,241486 |
По этим коэффициентам для каждого образца i величина xi рассчитывается следующим образом:
xi=константа+(коэффициент ohle0009*Imni SG117)+(коэффициент SG428*Imni SG428)+(коэффициент SG459*Imni SG459)+(коэффициент SG461*Imni SG461)+(коэффициент SG493*Imni SG493)+(коэффициент SG507*Imni SG507)+(коэффициент SG508*Imni SG508),
где Imni представляет собой среднюю величину нормализованной интенсивности образца i.
По величине xi рассчитывается величина вероятности (pi). Чем ближе величина р:0, тем больше вероятность принадлежности к группе здоровых субъектов (обозначенной как группа 0), и чем ближе величина р:1, тем больше вероятность того, что имеется образец, относящийся к группе субъектов с CLL (обозначенной как группа 1). Формула, использованная для определения величины р, представляет собой
Pi=1/(1+e-xi).
Как показано в таблице 11, полученная функция правильно классифицировала 30 образцов, относящихся к группе подготовки. Чем ближе к 0, тем больше вероятность того, что индивидуум здоров, а чем ближе к 1, тем больше вероятность CLL.
Таблица 11 Классификационная таблицаа |
|||||
Наблюдаемые | Прогноз | ||||
EVOL | Правильная процентная доля | ||||
0 | 1 | ||||
Стадия 1 | EVOL | 0 | 10 | 0 | 100,0 |
1 | 0 | 20 | 100 | ||
Общая процентная доля | 100,0 | ||||
а. Величина отсечки составляет 0,500 |
4.2.3. Обоснование классификатора системы. Подетально описанным выше фильтрованным и нормализованным данным были получены величины Imni 7 олигонуклеотидов, которые составляют классификатор каждого из 38 образцов, которые составляют тестируемую группу.
Результаты обоснования классификатора системы. Ниже показаны таблицы, где получена величина Imni каждого из 7 олигонуклеотидов, включенных в классификатор, и величины xi и pi, рассчитанные в соответствии с ранее описанными формулами, полученные для каждого из 38 образцов тестируемой группы. Образцы, которые начинаются с буквы S, соответствуют здоровым субъектам, а образцы, которые начинаются с CLL, получены от субъектов с CLL. Правильно классифицированы 37 из 38 образцов. Неправильно классифицирован только образец CLL175, для которого получена величина pi=0.
Таблица 12 Результаты, полученные в тестируемой группе классификационной функцией, полученной логистической регрессией |
|||||||||||
Imni | S229 | S231 | S232 | S233 | S251 | CLL166 | CLL184 | CLL132 | CLL210 | CLL213 | CLL214 |
SG117 | 4,89 | 5,17 | 5,14 | 5,33 | 5,37 | 6,17 | 7,45 | 7,05 | 7,06 | 6,88 | 6,86 |
SG428 | 4,82 | 4,80 | 4,52 | 4,69 | 4,52 | 5,74 | 6,97 | 6,46 | 6,66 | 6,08 | 6,49 |
SG459 | 6,50 | 6,95 | 6,10 | 6,59 | 5,96 | 8,11 | 9,04 | 8,71 | 8,13 | 8,15 | 8,40 |
SG461 | 6,47 | 6,41 | 6,44 | 6,43 | 6,05 | 6,35 | 7,22 | 6,99 | 6,75 | 6,75 | 7,04 |
SG493 | 7,20 | 7,31 | 7,02 | 7,16 | 6,83 | 7,53 | 7,69 | 7,35 | 7,43 | 7,35 | 7,57 |
SG507 | 8,32 | 7,82 | 7,26 | 7,77 | 7,47 | 9,11 | 9,82 | 9,32 | 9,19 | 8,49 | 9,18 |
SG508 | 6,67 | 6,82 | 6,34 | 6,82 | 6,81 | 7,79 | 8,71 | 7,80 | 7,55 | 7,66 | 7,68 |
xi | -71,35 | -56,83 | -93,68 | -61,26 | -86,57 | 17,23 | 129,51 | 70,11 | 33,93 | 38,26 | 55,19 |
pi | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 1,00 | 1,00 | 1,00 | 1,00 | 1,00 | 1,00 |
Imn i | CLL221 | CLL208 | CLL225 | CLL236 | CLL240 | CLL168 | CLL172 | CLL174 | CLL175 | CLL177 |
SG117 | 7,00 | 7,42 | 6,91 | 6,40 | 6,76 | 7,34 | 7,32 | 7,40 | 5,32 | 7,72 |
SG428 | 6,40 | 6,98 | 6,00 | 6,24 | 6,09 | 6,77 | 6,16 | 7,49 | 4,85 | 6,38 |
SG459 | 7,93 | 8,54 | 8,01 | 7,55 | 8,19 | 8,94 | 8,86 | 8,69 | 7,72 | 8,78 |
SG461 | 6,77 | 7,18 | 6,89 | 6,79 | 6,54 | 6,72 | 7,02 | 7,18 | 5,98 | 6,86 |
SG493 | 7,14 | 7,92 | 7,72 | 7,47 | 6,73 | 7,97 | 7,96 | 8,45 | 7,16 | 8,05 |
SG507 | 9,00 | 8,98 | 8,41 | 8,74 | 8,80 | 9,53 | 9,67 | 10,09 | 8,76 | 9,76 |
SG508 | 7,50 | 7,43 | 7,22 | 7,36 | 6,90 | 8,08 | 7,38 | 7,81 | 6,43 | 7,94 |
xi | 31,80 | 50,30 | 12,52 | 8,94 | 3,77 | 67,59 | 39,95 | 63,19 | -75,92 | 59,42 |
p i | 1,00 | 1,00 | 1,00 | 1,00 | 0,98 | 1,00 | 1,00 | 1,00 | 0,00 | 1,00 |
Imni | CLL179 | CLL181 | CLL182 | CLL164 | CLL159 | CLL142R | CLL105 | CLL107 | CLL109 | CLL112 |
SG117 | 6,89 | 6,92 | 6,14 | 8,03 | 6,98 | 6,80 | 6,52 | 6,17 | 6,79 | 7,31 |
SG428 | 6,32 | 6,22 | 5,64 | 5,40 | 5,55 | 5,94 | 6,05 | 5,74 | 5,81 | 6,52 |
SG459 | 8,52 | 8,71 | 8,35 | 8,54 | 8,00 | 8,87 | 8,32 | 8,11 | 8,20 | 8,77 |
SG461 | 6,83 | 6,95 | 6,87 | 6,96 | 6,63 | 7,07 | 6,72 | 6,35 | 6,66 | 6,80 |
SG493 | 7,99 | 7,92 | 7,71 | 7,73 | 7,49 | 7,96 | 7,79 | 7,53 | 7,70 | 7,99 |
SG507 | 9,40 | 9,53 | 9,37 | 8,86 | 9,34 | 9,49 | 9,49 | 9,11 | 8,89 | 9,41 |
SG508 | 8,17 | 8,18 | 7,37 | 7,80 | 7,81 | 7,97 | 7,75 | 7,79 | 7,46 | 7,69 |
xi | 62,78 | 73,52 | 19,76 | 53,03 | 28,34 | 68,92 | 33,36 | 17,23 | 16,00 | 45,86 |
p i | 1,00 | 1,00 | 1,00 | 1,00 | 1,00 | 1,00 | 1,00 | 1,00 | 1,00 | 1,00 |
Imni | CLL151 | CLL158 | CLL169 | CLL171 | CLL178 | CLL111 | CLL155 |
SG117 | 6,51 | 7,26 | 6,79 | 7,76 | 6,62 | 6,51 | 6,90 |
SG428 | 6,14 | 6,17 | 5,81 | 5,96 | 5,97 | 6,14 | 5,44 |
SG459 | 8,40 | 8,81 | 8,20 | 9,18 | 8,77 | 8,40 | 8,44 |
SG461 | 6,64 | 7,01 | 6,66 | 7,10 | 6,79 | 6,64 | 6,71 |
SG493 | 8,00 | 8,12 | 7,70 | 8,03 | 8,05 | 8,00 | 7,91 |
SG507 | 9,11 | 9,36 | 8,89 | 9,52 | 9,36 | 9,11 | 9,35 |
SG508 | 7,87 | 8,29 | 7,46 | 7,99 | 8,06 | 7,87 | 8,23 |
xi | 35,32 | 81,12 | 16,00 | 79,33 | 57,33 | 35,32 | 53,92 |
p i | 1,00 | 1,00 | 1,00 | 1,00 | 1,00 | 1,00 | 1,00 |
Была сформирована третья группа из 40 образцов. Для этого использовали реплики гибридизации или мечения (образцы, название которых начинается с S и Strans, представляют собой образцы от людей, считающихся здоровыми, а образцы, которые начинаются с CLL, представляют собой образцы от пациентов с хроническим лимфолейкозом). Эту группу образцов использовали для обоснования классификационной системы. Данные были нормализованы, как было ранее описано. Результаты классификации показаны в таблице 13. Правильно классифицированы 40 из 40 образцов.
Таблица 13 Результаты, полученные при обосновании классификационной функции, полученные логистической регрессией |
||||||||||
Imni | S120.7 | S120.14 | Strans.3 | Strans.4 | S150.2 | S228.6 | S229.7 | CLL142.8 | CLL147.9 | S120.7 |
SG117 | 5,22 | 5,40 | 5,41 | 4,95 | 5,47 | 6,05 | 5,34 | 7,06 | 5,39 | 5,22 |
SG428 | 4,95 | 4,64 | 4,29 | 4,20 | 5,01 | 3,89 | 5,07 | 6,31 | 5,59 | 4,95 |
SG459 | 6,39 | 6,14 | 5,46 | 4,98 | 7,14 | 5,72 | 6,23 | 9,01 | 8,56 | 6,39 |
SG461 | 5,73 | 6,16 | 6,23 | 6,38 | 6,72 | 6,01 | 6,39 | 7,02 | 7,05 | 5,73 |
SG493 | 6,78 | 7,05 | 5,03 | 5,15 | 6,95 | 6,37 | 6,22 | 7,87 | 8,07 | 6,78 |
SG507 | 7,83 | 7,62 | 5,83 | 5,78 | 8,17 | 7,26 | 7,85 | 9,74 | 8,82 | 7,83 |
SG508 | 6,42 | 6,46 | 6,90 | 4,56 | 6,62 | 6,70 | 6,71 | 8,19 | 8,17 | 6,42 |
xi | -107,44 | -99,01 | -48,21 | -172,85 | -40,21 | -93,50 | -56,20 | 85,27 | 64,43 | -107,44 |
p i | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 1,00 | 1,00 | 0,00 |
Imni | CLL148b.10 | CLL148c.11 | CLL111.12 | CLL163.13 | CLL108.15 | CLL160.1 | CLL160.2 | CLL187.5 | ||||||||
SG117 | 6,98 | 6,83 | 6,54 | 6,16 | 6,87 | 7,74 | 7,71 | 7,58 | ||||||||
SG428 | 6,64 | 6,63 | 6,17 | 5,61 | 6,56 | 5,92 | 5,69 | 7,24 | ||||||||
SG459 | 9,13 | 9,29 | 8,44 | 8,33 | 8,55 | 8,29 | 8,25 | 9,01 | ||||||||
SG461 | 7,16 | 7,48 | 6,67 | 6,61 | 6,86 | 7,21 | 7,25 | 7,35 | ||||||||
SG493 | 7,70 | 7,89 | 8,05 | 7,92 | 7,67 | 7,66 | 7,58 | 8,05 | ||||||||
SG507 | 9,90 | 10,02 | 9,16 | 9,16 | 9,66 | 8,88 | 8,93 | 9,99 | ||||||||
SG508 | 8,27 | 8,45 | 7,92 | 7,86 | 7,89 | 7,57 | 7,51 | 8,30 | ||||||||
xi | 102,70 | 125,01 | 39,43 | 28,30 | 58,29 | 51,63 | 48,76 | 109,23 | ||||||||
p i | 1,00 | 1,00 | 1,00 | 1,00 | 1,00 | 1,00 | 1,00 | 1,00 | ||||||||
Imni | CLL197.14 | CLL198.15 | CLL199.16 | CLL200.17 | CLL201.18 | CLL20_LE | CLL208.1 | CLL210.2 | ||||||||
SG117 | 6,66 | 6,13 | 7,14 | 7,58 | 7,97 | 6,67 | 7,40 | 7,11 | ||||||||
SG428 | 5,98 | 5,10 | 6,71 | 6,72 | 7,54 | 5,97 | 6,77 | 6,71 | ||||||||
SG459 | 8,35 | 7,97 | 8,34 | 8,99 | 9,30 | 8,26 | 8,34 | 8,19 | ||||||||
SG461 | 6,76 | 6,36 | 7,02 | 7,26 | 7,35 | 6,83 | 6,99 | 6,79 | ||||||||
SG493 | 7,80 | 7,27 | 7,96 | 8,09 | 8,39 | 7,53 | 7,44 | 7,48 | ||||||||
SG507 | 9,38 | 8,71 | 9,58 | 9,87 | 10,23 | 9,04 | 8,65 | 9,26 | ||||||||
SG508 | 8,00 | 7,48 | 7,72 | 8,64 | 8,76 | 7,17 | 7,09 | 7,61 | ||||||||
xi | 48,40 | 0,40 | 48,33 | 116,75 | 134,69 | 14,31 | 29,64 | 39,38 | ||||||||
p i | 1,00 | 0,60 | 1,00 | 1,00 | 1,00 | 1,00 | 1,00 | 1,00 |
Imni | CLL225.6 | CLL236.7 | CLL240.8 | CLL184b.9 | CLL184c.10 | CLL208.1 | CLL213.5 | CLL214.6 |
SG117 | 7.35 | 6,54 | 6,80 | 7,12 | 7,06 | 7,24 | 6,97 | 7,06 |
SG428 | 6,46 | 6,43 | 6,11 | 6,97 | 6,36 | 6,34 | 5,80 | 6,45 |
SG459 | 8,20 | 7,60 | 8,24 | 8,37 | 8,37 | 8,07 | 8,17 | 8,35 |
SG461 | 6,90 | 6,85 | 6,58 | 7,05 | 6,73 | 6,53 | 6,43 | 6,79 |
SG493 | 7,28 | 6,90 | 6,77 | 7,40 | 7,17 | 7,59 | 7,47 | 7,63 |
SG507 | 8,45 | 8,55 | 8,85 | 9,22 | 8,88 | 8,08 | 8,61 | 9,13 |
SG508 | 7,13 | 7,29 | 6,93 | 8,21 | 8,01 | 7,14 | 7,77 | 7,72 |
xi | 25,36 | 22,47 | 7,52 | 88,13 | 65,29 | 0,80 | 26,04 | 44,00 |
p i | 1,00 | 1,00 | 1,00 | 1,00 | 1,00 | 0,69 | 1,00 | 1,00 |
Imni | CLL221.7 | CLL193.1 | CLL193.2 | CLL197.1 | CLL197.2 |
SG117 | 6,97 | 6,76 | 6,73 | 6,22 | 6,00 |
SG428 | 6,47 | 7,26 | 7,22 | 5,81 | 5,71 |
SG459 | 7,98 | 8,28 | 8,27 | 8,26 | 8,07 |
SG461 | 6,60 | 7,18 | 7,17 | 6,78 | 6,62 |
SG493 | 7,66 | 7,95 | 7,93 | 7,79 | 7,85 |
SG507 | 9,23 | 9,01 | 9,04 | 8,86 | 8,72 |
SG508 | 7,74 | 7,68 | 7,77 | 7,55 | 7,64 |
xi | 27,46 | 56,71 | 60,37 | 23,63 | 14,87 |
p i | 1,00 | 1,00 | 1,00 | 1,00 | 1,00 |
Пример 5
Результаты, полученные с образцами «стабильных» клеток, по сравнению с образцами «прогрессирующего» CLL
Образцы «CLL-стабильного типа» (S) считаются те, которые получены у пациентов, имеющих стабильный CLL в течение 5 лет, а образцами «CLL-прогрессирующего типа» (Р) считаются образцы от пациентов, классифицированных как стабильные во время диагностики, и заболевание которых прогрессировали менее чем за один год.
Анализировали всего 6 образцов S и 6 образцов Р. 12 образцов брали во время диагностики, без клинических различий между ними, но через 1 год, у 6 из этих пациентов наблюдалось прогрессирование заболевания. 12 гибридизаций прошли указанные выше критерии качества.
Стабильные образцы: E142R, E148, E156, E163, E164, E193.
Прогрессирующие образцы: Р111, Р105, Р177, Р158, Р157 и Р197.
Анализ всех данных выполняли в версии 1.9.1. языка программирования R.
Нормализация данных. В этом случае и во избежание того, что значимые гены получены вследствие действительных различий между образцами, а не вследствие эффекта нормализации, данные нормализовали в двух различных формах («нормализация стабилизацией дисперсии» (vsn) и надежными квантилями), и при каждой нормализации выполняли одинаковый статистический анализ.
- Статистический анализ нормализованных данных «нормализацией стабилизации дисперсии». Список статистически значимых генов получали по критерию Welch функцией mt.maxT пакета множественного тестирования в языке программирования R, при величине p<0,05 без коррекции, т.е. без выполнения какого-либо контроля за ложно положительным результатам, и получили список из 29 генов со статистически значимыми различиями между группами CLL-стабильного типа и CLL-прогрессирующего типа.
Полученные статистически значимые олигонуклеотиды представляли собой:
SG26, SG31, SG70, SG98, SG177, SG194, SG195, SG208, SG213, SG216, SG272, SG293, SG301, SG309, SG321, SG333, SG343, SG352, SG357, SG366, SG368, SG405, SG426, SG439, SG447, SG452, SG521, SG555, SG556.
Образцы группировали, что выполнялось функцией hclust пакета stats в R, применяя корреляции Pearson. Полученное дерево показано в части А фиг.4.
Иерархическая группировка 12 образцов в соответствии с экспрессией полученных 29 статистически значимых генов правильно группировала образцы: дерево содержит 2 основные ветви, правая из которых содержит 6 стабильных образцов, а левая ветвь содержит 6 прогрессирующих образцов.
Статистический анализ нормализованных данных надежными квантилями. Список статистически значимых генов получали по критерию Welch функцией mt.maxT пакета множественного тестирования в языке программирования R, при величине p<0,05 без коррекции, т.е. без выполнения какого либо контроля за частотой ложно положительных результатов, и получили список из 19 генов со статистически значимыми различиями между группами CLL-стабильного типа и CLL-прогрессирующего типа.
SG26, SG31, SG177, SG194, SG195, SG197, SG213, SG216, SG293, SG301, SG309, SG333, SG343, SG357, SG366, SG439, SG452, SG555, SG556.
Контролируемая группировка из 12 образцов в соответствии с экспрессией полученных 19 статистически значимых генов предоставила дерево, которое показано в части В фиг.4, где также представлены правильно сгруппированные образцы.
Были отобраны 18 олигонуклеотидов, общих для обоих списков статистически значимых олигонуклеотидов, и рассчитывали среднюю интенсивность каждого из них в группе стабильных образцов и в группе прогрессирующих образцов, а также вариацию и среднюю интенсивность между стабильной и прогрессирующей группами. Полученные величины показаны в таблице 14.
Таблица 14 Величины, соответствующие интенсивности 18 значимых олигонуклеотидов для различения CLL-стабильных и CLL-прогрессирующих |
||||||
Зонд | Статистическая значимость (данные величины р) | Группа стабильного CLL | Группа прогрессирующего CLL | Изменение стабильный/прогрессирующий | ||
Средняя интенсивность | SD | Средняя интенсивность | SD | |||
SG177 | 0,001 | 14 | 1,71 | 21 | 4,84 | 0,7 |
SG366 | 0,001 | 18 | 2,33 | 14 | 1,80 | 1,3 |
SG309 | 0,004 | 20 | 2,76 | 15 | 3,58 | 1,4 |
SG26 | 0,005 | 97 | 19,20 | 70 | 13,24 | 1,4 |
SG452 | 0,010 | 16 | 2,19 | 12 | 3,08 | 1,3 |
SG216 | 0,012 | 46 | 14,64 | 31 | 7,13 | 1,5 |
SG333 | 0,013 | 36 | 7,28 | 53 | 16,25 | 0,7 |
SG357 | 0,014 | 134 | 6,50 | 175 | 38,67 | 0,8 |
SG213 | 0,014 | 26 | 5,51 | 41 | 17,20 | 0,6 |
SG31 | 0,014 | 69 | 32,50 | 30 | 10,57 | 1,8 |
SG301 | 0,014 | 21 | 5,02 | 16 | 3,10 | 1,4 |
SG194 | 0,019 | 37 | 9,52 | 50 | 9,95 | 0,7 |
SG456 | 0,022 | 11 | 2,06 | 14 | 2,08 | 0,8 |
SG293 | 0,029 | 17 | 1.88 | 21 | 3,72 | 0,8 |
SG343 | 0,033 | 27 | 7,43 | 21 | 1,61 | 1,3 |
SG439 | 0,038 | 18 | 2.00 | 20 | 1,74 | 0,9 |
SG195 | 0,041 | 21 | 3,56 | 25, | 4,60 | 0,8 |
SG555 | 0,049 | 163 | 23,55 | 137 | 20,69 | 1,2 |
Для обоснования результатов, полученных с микрочипом, были выбраны 5 общих статистически значимых зондов после сравнения данных экспрессии от субъектов со стабильным CLL по сравнению с субъектами с прогрессирующим CLL, и экспрессию изучали RT-PCR (полимеразной цепной реакцией обращенного типа) генов, представленных этими зондами. Использовали следующие критерии для отбора 5 зондов: интенсивность гибридизации, изменение интенсивности между стабильной и прогрессирующей группами и величина статистической значимости. Таким образом, были отобраны 5 зондов, которые представляют гены PSMB4, CD23A, LCP1, ABCC5 и POU2F2. Экспрессию этих 5 генов определяли в 11 из 12 образцов типа CLL, так как не было общей РНК образца 105. Величиной экспрессии генов в каждом образце определяли частоту изменения между стабильной и прогрессирующей группами и величину значимости этой вариации, и ее сравнивали с результатами, полученными микрочипами.
Методика, использованная для обоснования, представляла собой RT-PCR или PCR (полимеразную цепную реакцию) в реальном масштабе времени, с использованием LightCycler. Эта методика представляет собой методику выбора для обоснования чипов данных и как с микрочипами, и измеряет уровень мРНК.
Затравки были сконструированы для каждого из 5 генов, чей репрезентативный олигонуклеотид был выбран. Их детали показаны ниже в таблице 15.
Таблица 15 Затравки и продукты амплификации генов, выбранных для их обоснования RT-PCR |
||||
Ген | Последовательности затравки (5'-3') | SEQ ID NO: | Размер амплифицированного продукта | Tm |
PSMB4 | Прямая: PSMB4_F TTCTGGGAGATGGACACAGCTATA |
SEQ ID NO:598 | 95pb | 81°C |
Инверсная: PSMB4_R CCACAAAGGGTTCATCTTCGA |
SEQ ID NO:599 | |||
CD23A | Прямая: CD23A_F TGCCCTGAAAAGTGGATCAAT |
SEQ ID NO:600 | 97pb | 82°C |
Обратная: CD23A_R CCATGTCGTCACAGGCATACC |
SEQ ID NO:601 | |||
LCP1 | Прямая: LCP1_F CCAGGTACCCTTCTCGCTTTT |
SEQ ID NO:602 | 126pb | 77°C |
Обратная: LCP1_R CTCCTGGCCCTCATCTTGAA |
SEQ ID NO:603 | |||
ABCC5 | Прямая: ABCC5_F CCCTCAAAGTCTGCAACTTTAAGC |
SEQ ID NO:604 | 119pb | 82°C |
Обратная: ABCC5_R ACACACCAAACCACACAGCAA |
SEQ ID NO:605 | |||
POU2F2 | Прямая: POU2F2_F GAGGACCAGCATCGAGACAAA |
SEQ ID NO:606 | 136pb | 82°C |
Обратная: POU2F2_R AACCAGACGCGGATCACTTC |
SEQ ID NO:607 |
На фиг.5 показано распределение данных экспрессии, полученных RT-PCR (левый график) и микрочипом (правый график). Часть А соответствует гену PSMB4, часть В - гену CD23A и часть с - гену POU2F2.
Ниже в таблице 16 показаны полученные микрочипом RT-PCR результаты величин изменения 5 генов, выбранных в группе стабильных образцов, по сравнению с группой прогрессирующих образов, полученные в виде статистической значимости изменения. У 3 из 5 отобранных генов (PSMB4, CD23A и POU2F2) величины изменения, направление изменения и величины статистической значимости, полученные RT-PCR, согласуются с результатами, полученными микрочипом, и по этой причине эти 3 гена считаются обоснованными, т.е. результаты, полученные для этих 3 генов микрочипом, совпадают с результатами, полученными другими методиками, которые также измеряют уровень мРНК.
Таблица 16 Величины изменения и статистической значимости изменения, полученные микрочипом и RT-PCR |
|||||
Стабильное/прогрессирующее изменение | Статистическая значимость изменения | ||||
Зонды | Гены | Чип | RT-PCR | Чип | RT-PCR |
SG26 | PSBM4 | 1,3 | 1,5 | 0,04 | 0,15 |
SG216 | CD23A | 1,5 | 3,2 | 0,04 | 0,03 |
SG333 | LCP1 | 0,7 | 1 | 0,05 | 0,97 |
SG357 | ABCC5 | 0,8 | 1,3 | 0,10 | 0,28 |
SG366 | POU2F2 | 1,3 | 2,3 | 0,01 | 0,05 |
БИБЛИОГРАФИЧЕСКИЕ ССЫЛКИ
Краткое описание чертежей
На фиг.1 показана группировка образцов клеток U937 в сравнении с клетками Jurkat, в соответствии с различиями экспрессии гена между образцами. Часть А соответствует неконтролируемой группировке; часть В соответствует контролируемой группировке.
На фиг.2 показана группировка образцов здоровых субъектов по сравнению с клетками U937 и Jurkat, в соответствии с различиями экспрессии гена между образцами. Часть А соответствует неконтролируемой группировке; часть В соответствует контролируемой группировке.
На фиг.3 показана группировка образцов от пациентов с хроническим лимфолейкозом по сравнению с клетками U937 и Jurkat, в соответствии с различиями экспрессии гена между образцами. Часть А соответствует неконтролируемой группировке; часть В соответствует контролируемой группировке.
На фиг.4 показана группировка образцов от пациентов со «стабильным» хроническим лимфолейкозом по сравнению с образцами от пациентов с «прогрессирующим» хроническим лимфолейкозом, в соответствии с различиями экспрессии гена между образцами. Часть А соответствует группировке в соответствии с генами, идентифицированными как значимые, после нормализации “vsn” и использования функции mt.maxT в R; часть В соответствует группировке в соответствии с генами, идентифицированными как значимые надежными квантилями и использованием функции mt.maxT в R.
На фиг.5 показано распределение данных экспрессии, полученных RT-PCR (левый график) и по величинам интенсивности, полученным микрочипом (правый график) для генов PSMB4 (часть А: верхний график), CD23A (часть В: промежуточный график) и POU2F2 (часть С: нижние графики), в образцах от пациентов со «стабильным» хроническим лимфолейкозом (столбцы, отмеченные буквой «Е») и в образцах от пациентов с «прогрессирующим» хроническим лимфолейкозом (столбцы, отмеченные буквой «Р»).
Claims (8)
1. Композиция для прогнозирования in vitro развития заболевания у субъекта с хроническим лимфолейкозом, которая содержит, по меньшей мере, группу из трех олигонуклеотидов: SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:216 и SEQ ID NO:366 (или 367).
2. Композиция по п.1, дополнительно содержащая пару олигонуклеотидов SEQ ID NO:463 и SEQ ID NO:464 и/или пару олигонуклеотидов SEQ ID NO:466 и SEQ ID NO:467.
3. Композиция по п.1, дополнительно содержащая, по меньшей мере, один олигонуклеотид из группы: SEQ ID NO:584-590.
4. Композиция по п.1, дополнительно содержащая, по меньшей мере, один олигонуклеотид из группы: SEQ ID NO:572, SEQ ID NO:573, SEQ ID NO:576, SEQ ID NO:578, SEQ ID NO:581, SEQ ID NO:582 и SEQ ID NO:583.
5. Композиция по п.1, дополнительно содержащая, по меньшей мере, один олигонуклеотид из группы: SEQ ID NO:571, SEQ ID NO:575, SEQ ID NO:577, SEQ ID NO:580, SEQ ID NO:564, SEQ ID NO:565, SEQ ID NO:566, SEQ ID NO:567, SEQ ID NO:568, SEQ ID NO:569 и SEQ ID NO:570.
6. Микрочип, содержащий композицию по любому из пп.1-5.
7. Применение микрочипа по п.6 для прогнозирования in vitro развития заболевания у субъекта с хроническим лимфолейкозом.
8. Способ прогнозирования in vitro развития заболевания у субъекта, страдающего хроническим лимфолейкозом, с помощью композиции по любому из пп.1-5, в котором классификация субъектов проводится после выявления in vitro и статистического анализа уровня экспрессии в соответствующих образцах крови, по меньшей мере, генов PSMB4, FCER2 и POU2F2.
Applications Claiming Priority (2)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
ES200502618 | 2005-10-27 | ||
ES200502618A ES2324435B1 (es) | 2005-10-27 | 2005-10-27 | Procedimiento y dispositivo de analisis in vitro de mrna de genes implicados en neoplasias hematologicas. |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
RU2008120600A RU2008120600A (ru) | 2009-12-10 |
RU2426786C2 true RU2426786C2 (ru) | 2011-08-20 |
Family
ID=37967431
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
RU2008120600/10A RU2426786C2 (ru) | 2005-10-27 | 2006-05-08 | СПОСОБ И УСТРОЙСТВО ДЛЯ АНАЛИЗА in vitro мPHK ГЕНОВ, УЧАСТВУЮЩИХ В РАЗВИТИИ ГЕМАТОЛОГИЧЕСКИХ НЕОПЛАЗИЙ |
Country Status (8)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US20120157329A1 (ru) |
EP (1) | EP1947194A4 (ru) |
AU (1) | AU2006307849B2 (ru) |
BR (1) | BRPI0617889A2 (ru) |
CA (1) | CA2626513A1 (ru) |
ES (1) | ES2324435B1 (ru) |
RU (1) | RU2426786C2 (ru) |
WO (1) | WO2007048866A1 (ru) |
Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
RU2704445C2 (ru) * | 2012-03-12 | 2019-10-28 | Эпизайм, Инк. | Ингибиторы ezh2 человека и способы их применения |
Families Citing this family (17)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US8768629B2 (en) | 2009-02-11 | 2014-07-01 | Caris Mpi, Inc. | Molecular profiling of tumors |
EP3399450A1 (en) | 2006-05-18 | 2018-11-07 | Caris MPI, Inc. | System and method for determining individualized medical intervention for a disease state |
US20090076734A1 (en) | 2007-03-22 | 2009-03-19 | Torres-Roca Javier F | Gene Signature for the Prediction of Radiation Therapy Response |
WO2009106372A1 (en) * | 2008-02-29 | 2009-09-03 | Istituto Superiore Di Sanatà | Diagnostic method |
EP2329037B1 (en) * | 2008-08-15 | 2015-01-28 | Decode Genetics EHF | Genetic variants predictive of cancer risk |
CA2743211A1 (en) | 2008-11-12 | 2010-05-20 | Caris Life Sciences Luxembourg Holdings, S.A.R.L. | Methods and systems of using exosomes for determining phenotypes |
KR20130056855A (ko) | 2010-03-01 | 2013-05-30 | 카리스 라이프 사이언스 룩셈부르크 홀딩스 | 치료진단용 생물학적 지표들 |
BR112012025593A2 (pt) | 2010-04-06 | 2019-06-25 | Caris Life Sciences Luxembourg Holdings | biomarcadores em circulação para doença |
EP2385134A1 (en) * | 2010-05-07 | 2011-11-09 | Ludwig-Maximilians-Universität München | Risk prognosis method for chronic lymphocytic leukemia |
JP6017448B2 (ja) | 2010-12-22 | 2016-11-02 | ユニヴェルシテ フランソワ ラブレー ドゥ トゥールUniversite Francois Rabelais De Tours | 血液疾患の診断方法 |
CA2906752A1 (en) * | 2013-03-14 | 2014-09-25 | Children's Medical Center Corporation | Compositions and methods for reprogramming hematopoietic stem cell lineages |
WO2015178804A1 (ru) * | 2014-05-19 | 2015-11-26 | Общество С Ограниченной Ответственностью "Гамма Глобал Рд" | Способ определения вероятности рецидивирования рака молочной железы |
US10481158B2 (en) | 2015-06-01 | 2019-11-19 | California Institute Of Technology | Compositions and methods for screening T cells with antigens for specific populations |
US11008623B2 (en) | 2016-02-17 | 2021-05-18 | The Penn State Research Foundation | Comparing PIGN transcription and translation levels and sequencing to locate a PIGN mutation |
RU2614117C1 (ru) * | 2016-03-09 | 2017-03-22 | Федеральное государственное бюджетное научное "Всероссийский научно-исследовательский институт животноводства имени академика Л.К. Эрнста" (ВИЖ им. Л.К. Эрнста) | Способ определения полиморфизма apaf1, ассоциированного с гаплотипом фертильности голштинского скота hh1 |
KR20210028149A (ko) * | 2018-05-17 | 2021-03-11 | 투불 메디테라피 피.씨. | 진단적 혈액 검사 |
CN110221335B (zh) * | 2019-06-21 | 2022-07-01 | 南华大学 | 一种利用转铁蛋白受体1评价低剂量伽马射线辐射损伤的方法 |
Family Cites Families (8)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US20040002068A1 (en) * | 2000-03-01 | 2004-01-01 | Corixa Corporation | Compositions and methods for the detection, diagnosis and therapy of hematological malignancies |
WO2002070737A2 (en) * | 2001-02-28 | 2002-09-12 | Chondrogene Inc. | Compositions and methods relating to osteoarthritis |
AU2002354941A1 (en) | 2001-07-17 | 2003-03-03 | Dana-Farber Cancer Institute, Inc. | Mll translocations specify a distinct gene expression profile, distinguishing a unique leukemia |
EP1308522A1 (en) * | 2001-11-05 | 2003-05-07 | Haferlach, Torsten, PD Dr. Dr. | Novel genetic markers for leukemias |
US20040018513A1 (en) * | 2002-03-22 | 2004-01-29 | Downing James R | Classification and prognosis prediction of acute lymphoblastic leukemia by gene expression profiling |
US20070105105A1 (en) * | 2003-05-23 | 2007-05-10 | Mount Sinai School Of Medicine Of New York University | Surrogate cell gene expression signatures for evaluating the physical state of a subject |
AU2004271192B2 (en) * | 2003-09-03 | 2011-11-17 | Government Of The United States Of America, As Represented By Secretary, Department Of Health And Human Services | Methods for identifying, diagnosing, and predicting survival of lymphomas |
SG155968A1 (en) * | 2004-02-23 | 2009-10-29 | Univ Erasmus Medical Ct | Classification, diagnosis and prognosis of acute myeloid leukemia by gene expression profiling |
-
2005
- 2005-10-27 ES ES200502618A patent/ES2324435B1/es not_active Expired - Fee Related
-
2006
- 2006-05-08 AU AU2006307849A patent/AU2006307849B2/en not_active Ceased
- 2006-05-08 RU RU2008120600/10A patent/RU2426786C2/ru not_active IP Right Cessation
- 2006-05-08 EP EP06743492A patent/EP1947194A4/en not_active Withdrawn
- 2006-05-08 US US12/083,824 patent/US20120157329A1/en not_active Abandoned
- 2006-05-08 BR BRPI0617889-8A patent/BRPI0617889A2/pt not_active IP Right Cessation
- 2006-05-08 CA CA002626513A patent/CA2626513A1/en not_active Abandoned
- 2006-05-08 WO PCT/ES2006/070054 patent/WO2007048866A1/es active Application Filing
Non-Patent Citations (1)
Title |
---|
SCHWAENEN С. еt al. Proc. Nath. Acad. Sci. USA, v.101, no.4, 1039-1044, 2004. DURIG J. et al. Blood. 101(7), p.2748-2755, 2003. * |
Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
RU2704445C2 (ru) * | 2012-03-12 | 2019-10-28 | Эпизайм, Инк. | Ингибиторы ezh2 человека и способы их применения |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
AU2006307849A1 (en) | 2007-05-03 |
RU2008120600A (ru) | 2009-12-10 |
US20120157329A1 (en) | 2012-06-21 |
BRPI0617889A2 (pt) | 2011-08-09 |
AU2006307849B2 (en) | 2012-07-05 |
ES2324435A1 (es) | 2009-08-06 |
ES2324435B1 (es) | 2010-05-31 |
CA2626513A1 (en) | 2007-05-03 |
EP1947194A1 (en) | 2008-07-23 |
WO2007048866A1 (es) | 2007-05-03 |
EP1947194A4 (en) | 2010-01-20 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
RU2426786C2 (ru) | СПОСОБ И УСТРОЙСТВО ДЛЯ АНАЛИЗА in vitro мPHK ГЕНОВ, УЧАСТВУЮЩИХ В РАЗВИТИИ ГЕМАТОЛОГИЧЕСКИХ НЕОПЛАЗИЙ | |
US20220325348A1 (en) | Biomarker signature method, and apparatus and kits therefor | |
US20090253583A1 (en) | Hematological Cancer Profiling System | |
US20150315643A1 (en) | Blood transcriptional signatures of active pulmonary tuberculosis and sarcoidosis | |
US20230366034A1 (en) | Compositions and methods for diagnosing lung cancers using gene expression profiles | |
JP2009148269A (ja) | 微量胃癌細胞の検出法 | |
JP2024036563A (ja) | 筋痛性脳脊髄炎/慢性疲労症候群(me/cfs)のバイオマーカー | |
CA2767246A1 (en) | Tivozanib response prediction | |
US8530155B2 (en) | Methods for diagnosis of common acute lymphoblastic leukemia by determining the level of gene expression | |
Qi et al. | Anaplastic, plasmablastic, and plasmacytic plasmacytomas of mice: relationships to human plasma cell neoplasms and late-stage differentiation of normal B cells | |
JP2022536075A (ja) | 処置レジメンを調節する方法 | |
US20230125549A1 (en) | Methods and compositions for assessing immune response in murine tumor models | |
MX2008004462A (en) | Method and device for the in vitro analysis of mrna of genes involved in haematological neoplasias | |
WO2024009946A1 (ja) | 卵巣癌に対するparp阻害剤の有効性を検査する方法 | |
JPWO2015105191A1 (ja) | リンパ節腫脹病変の評価方法 | |
KR101802473B1 (ko) | TMEM57 또는 NudC 유전자를 이용한 백혈병 진단용 조성물 | |
Hadi et al. | Detection of 13q Deletion in Patients with Chronic Lymphocytic Leukemia and Its Correlation to Hematopathological Parameters | |
Vizkeleti et al. | Altered integrin expression patterns revealed by microarray in human cutaneous melanoma |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
MM4A | The patent is invalid due to non-payment of fees |
Effective date: 20130509 |