WO2024009946A1 - 卵巣癌に対するｐａｒｐ阻害剤の有効性を検査する方法 - Google Patents

卵巣癌に対するｐａｒｐ阻害剤の有効性を検査する方法 Download PDF

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WO2024009946A1
WO2024009946A1 PCT/JP2023/024608 JP2023024608W WO2024009946A1 WO 2024009946 A1 WO2024009946 A1 WO 2024009946A1 JP 2023024608 W JP2023024608 W JP 2023024608W WO 2024009946 A1 WO2024009946 A1 WO 2024009946A1
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WO
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ovarian cancer
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genes
gabra6
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PCT/JP2023/024608
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暁 横井
広明 梶山
良輔 植草
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国立大学法人東海国立大学機構
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    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N5/00—Undifferentiated human, animal or plant cells, e.g. cell lines; Tissues; Cultivation or maintenance thereof; Culture media therefor
    • C12N5/06—Animal cells or tissues; Human cells or tissues
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C12Q1/686—Polymerase chain reaction [PCR]
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
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    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing

Definitions

  • the present invention relates to a method for testing the effectiveness of a PARP inhibitor against ovarian cancer.
  • Non-Patent Document 1 MyChoiceTM diagnostic system
  • An object of the present invention is to provide a method for testing the effectiveness of PARP inhibitors against ovarian cancer.
  • the present inventors found that (1) four types of genes A, CTNNB1, GABRA6, MYC, and RB1, in biological samples collected from subjects with ovarian cancer; , and/or (B) selected from the group consisting of CTNNB1, GABRA6, MYC, RB1, ARID1A, BRAF, NOTCH3, PIK3CA, BRCA2, CSMD3, NF1, PTEN, PUM3, ELP4, JAG1, BARD1, MSH2, RPP2R1A, and MDM4
  • the inventors have found that the above problem can be solved by a method for testing the effectiveness of a PARP inhibitor against ovarian cancer, which includes the step of measuring the copy number of at least one gene B.
  • the present inventor conducted further research based on this knowledge and completed the present invention. That is, the present invention includes the following aspects.
  • Item 1 (1) In a biological sample collected from a subject with ovarian cancer, (A) four genes A, CTNNB1, GABRA6, MYC, and RB1, and/or (B) CTNNB1, GABRA6, MYC, RB1, ARID1A, BRAF, NOTCH3, PIK3CA, BRCA2, CSMD3, NF1, PTEN, PUM3, At least one gene B selected from the group consisting of ELP4, JAG1, BARD1, MSH2, RPP2R1A, and MDM4 A method for testing the effectiveness of a PARP inhibitor against ovarian cancer, comprising the step of measuring the copy number of.
  • Section 2 The method according to Item 1, wherein the gene whose copy number is measured in the step (A) includes the gene A.
  • Section 3 The method according to Item 1, wherein the gene whose copy number is measured in the step (A) includes the gene A and/or a gene B other than BRCA2.
  • Section 4 The method according to any one of Items 1 to 3, wherein the biological sample is an extracellular vesicle purified from a body fluid, a body fluid containing extracellular vesicles, or an ovarian cancer tissue.
  • the step (2) is performed against ovarian cancer of the subject when (2a) the copy number of the gene A and/or the gene B measured in the step (1) is equal to or higher than the cutoff value. 6.
  • the method according to item 5, comprising the step of determining that a PARP inhibitor is effective and/or determining to administer a PARP inhibitor to the subject.
  • Section 7 The method according to any one of Items 1 to 6, wherein the subject is a human.
  • Section 8 The method according to any one of Items 1 to 7, wherein the method for measuring the copy number of the gene A and/or the gene B is a digital PCR method.
  • Item 9 (A) four genes A, CTNNB1, GABRA6, MYC, and RB1, and/or (B) CTNNB1, GABRA6, MYC, RB1, ARID1A, BRAF, NOTCH3, PIK3CA, BRCA2, CSMD3, NF1, PTEN, PUM3, At least one gene B selected from the group consisting of ELP4, JAG1, BARD1, MSH2, RPP2R1A, and MDM4 A drug to test the effectiveness of PARP inhibitors against ovarian cancer, including a copy number detection agent.
  • Section 9A for use in testing the efficacy of PARP inhibitors against ovarian cancer; (A) four genes A, CTNNB1, GABRA6, MYC, and RB1, and/or (B) CTNNB1, GABRA6, MYC, RB1, ARID1A, BRAF, NOTCH3, PIK3CA, BRCA2, CSMD3, NF1, PTEN, PUM3, At least one gene B selected from the group consisting of ELP4, JAG1, BARD1, MSH2, RPP2R1A, and MDM4 Copy number detection agent.
  • Section 9B (A) four genes A, CTNNB1, GABRA6, MYC, and RB1, and/or (B) CTNNB1, GABRA6, MYC, RB1, ARID1A, BRAF, NOTCH3, PIK3CA, BRCA2, CSMD3, NF1, PTEN, PUM3, At least one gene B selected from the group consisting of ELP4, JAG1, BARD1, MSH2, RPP2R1A, and MDM4 Use of a copy number detection agent for the manufacture of a drug for testing the effectiveness of PARP inhibitors against ovarian cancer.
  • Section 9C (A) four genes A, CTNNB1, GABRA6, MYC, and RB1, and/or (B) CTNNB1, GABRA6, MYC, RB1, ARID1A, BRAF, NOTCH3, PIK3CA, BRCA2, CSMD3, NF1, PTEN, PUM3, At least one gene B selected from the group consisting of ELP4, JAG1, BARD1, MSH2, RPP2R1A, and MDM4 Use of a copy number detection agent for testing the efficacy of PARP inhibitors against ovarian cancer.
  • Section 10 The test agent according to Item 9, wherein the detection agent is a probe or primer for the gene.
  • a method for testing the effectiveness of PARP inhibitors against ovarian cancer can be provided.
  • Test Example 2 The results of Test Example 2 are shown.
  • the vertical axis shows the copy number, and the horizontal axis shows the gene to be measured. Tumor indicates the copy number in DNA extracted from ovarian cancer tissue, and others indicate the copy number in DNA extracted from ascites S-EV sample (volume indicates the amount of ascites extracted).
  • the ROC curve of Test Example 3 is shown. The gene used as an index is shown above. The gray area in the figure indicates the 95% confidence interval.
  • the ROC curve of Test Example 3 is shown. The gene used as an index is shown above. The gray area in the figure indicates the 95% confidence interval.
  • the ROC curve of Test Example 3 is shown. The gene used as an index is shown above. The gray area in the figure indicates the 95% confidence interval.
  • the ROC curve of Test Example 3 is shown. The gene used as an index is shown above. The gray area in the figure indicates the 95% confidence interval.
  • the ROC curve of Test Example 3 is shown.
  • the gene used as an index is shown above.
  • the gray area in the figure indicates the 95% confidence interval.
  • the ROC curve of Test Example 3 is shown.
  • the gene used as an index is shown above.
  • the gray area in the figure indicates the 95% confidence interval.
  • the ROC curve of Test Example 3 is shown.
  • the gene used as an index is shown above.
  • the gray area in the figure indicates the 95% confidence interval.
  • the ROC curve of Test Example 3 is shown.
  • the gene used as an index is shown above.
  • the gray area in the figure indicates the 95% confidence interval.
  • the ROC curve of Test Example 3 is shown.
  • the gene used as an index is shown above.
  • the gray area in the figure indicates the 95% confidence interval.
  • the ROC curve of Test Example 3 is shown.
  • the gene used as an index is shown above.
  • the gray area in the figure indicates the 95% confidence interval.
  • the ROC curve of Test Example 3 is shown. The gene used as an index is shown above. The gray area in the figure indicates the 95% confidence interval.
  • the ROC curve of Test Example 3 is shown. The gene used as an index is shown above.
  • the present invention provides (1) detection of four genes A, CTNNB1, GABRA6, MYC, and RB1, and/or (A) in a biological sample collected from a subject with ovarian cancer.
  • the present invention relates to a method for testing the effectiveness of a PARP inhibitor against ovarian cancer (herein sometimes referred to as the "testing method of the present invention"), which comprises the step of measuring the copy number of gene B of the present invention. This will be explained below.
  • Ovarian cancer is not particularly limited, and includes, for example, superficial, epithelial, and stromal malignant tumors (e.g., serous (cystic) adenocarcinoma, mucinous (cystic) adenocarcinoma, endometrioid adenocarcinoma, clear cell adenocarcinoma , adenocarcinoma fibroma (all types listed above), adenosarcoma, mesodermal mixed tumor, [Mullerian mixed tumor] [carcinosarcoma], malignant Brenner tumor, transitional cell carcinoma, undifferentiated carcinoma, etc.), sex cord stroma sexual tumors (e.g., fibrosarcoma, Sertoli stromal cell tumor (poorly differentiated type), etc.), germ cell tumors (e.g., undifferentiated germ cell types, yolk sac tumor [endodermal sinus tumor], embryonic carcinoma [fetal cancer], multiple embryomas
  • the subject is a target organism for the testing method of the present invention, and the species thereof is not particularly limited.
  • biological species to be tested include various mammals such as humans, monkeys, mice, rats, dogs, cats, and rabbits, with humans being preferred.
  • Samples include, for example, samples for which it is unclear whether a PARP inhibitor is effective, samples for which a PARP inhibitor has already been determined to be effective by another method, and samples for which it has already been determined by another method that a PARP inhibitor is not effective. Examples include samples that have been determined by
  • the biological sample is not particularly limited as long as it is derived from a living body and can contain genomic DNA derived from ovarian cancer.
  • biological samples include body fluids such as whole blood, serum, plasma, ascites, follicular fluid, menstrual blood, saliva, cerebrospinal fluid, joint fluid, urine, tissue fluid, sweat, tears, saliva, and samples derived from these body fluids.
  • body fluids such as whole blood, serum, plasma, ascites, follicular fluid, menstrual blood, saliva, cerebrospinal fluid, joint fluid, urine, tissue fluid, sweat, tears, saliva, and samples derived from these body fluids.
  • the biological sample can also be a biological tissue, preferably an ovarian cancer tissue, or a sample derived from these tissues.
  • Samples derived from body fluids/tissues are not particularly limited as long as they are samples prepared from body fluids/tissues, for example, by concentrating or purifying nucleic acids or extracellular vesicles contained in the body fluids/tissues. Examples include samples obtained by
  • Body fluids can be collected from a subject by methods known to those skilled in the art.
  • whole blood can be collected by blood collection using a syringe or the like.
  • Serum is a portion of whole blood from which blood cells and specific blood coagulation factors have been removed, and can be obtained, for example, as a supernatant after coagulating whole blood.
  • Plasma is a portion of whole blood from which blood cells have been removed, and can be obtained, for example, as a supernatant when whole blood is centrifuged under non-coagulating conditions.
  • Extracellular vesicles are not particularly limited as long as they are membrane vesicles that are secreted, released, etc. from cells.
  • Extracellular vesicles are normally defined as membrane vesicles that carry intracellular proteins and genetic information (mRNA, microRNA, etc.) to the outside of the cell, and are responsible for communication between cells locally and throughout the body. Ru.
  • Examples of extracellular vesicles include exosomes, microvesicles, apoptotic bodies, ectosomes, microparticles, secreted microvesicles, and the like. From the viewpoint of test accuracy, etc., the extracellular vesicle is particularly preferably an exosome.
  • Extracellular vesicles can be purified, separated, concentrated, etc. from body fluids according to or analogously to known methods.
  • methods for purifying, separating, and concentrating extracellular vesicles include ultracentrifugation (e.g., pellet down method, sucrose cushion method, density gradient centrifugation, etc.), methods using immunoaffinity carriers, gel filtration, field Examples include flow fractionation method and FACS method.
  • purification, separation, concentration, etc. of extracellular vesicles can also be performed using a commercially available kit. These methods may be used alone or in combination of two or more.
  • the biological sample can preferably be extracellular vesicles purified from body fluids, body fluids containing extracellular vesicles, ovarian cancer tissue, etc.
  • step (1) (A) four genes A, CTNNB1, GABRA6, MYC, and RB1, and/or (B) CTNNB1, GABRA6, MYC, RB1, ARID1A, BRAF, NOTCH3, PIK3CA, BRCA2, CSMD3, At least one gene B selected from the group consisting of NF1, PTEN, PUM3, ELP4, JAG1, BARD1, MSH2, RPP2R1A, and MDM4 (herein, gene A and gene B are collectively referred to as "target gene”) ) is measured.
  • the target gene includes gene A from the viewpoint of particularly high efficacy prediction ability.
  • gene A from the viewpoint of particularly high efficacy prediction ability.
  • gene B is preferred.
  • other genes may be genes whose CV score was 0.6 or less in Test Example 1 described below. Preferable examples of such genes include AKT2, CCND2, KRAS, RAD51, MLH1, and the like.
  • the target gene when the target gene includes gene A, the target gene further includes (BX) ARID1A, BRAF, NOTCH3, PIK3CA, BRCA2, CSMD3, NF1, PTEN, PUM3, ELP4, JAG1, BARD1, MSH2, RPP2R1A, and MDM4.
  • C at least one gene C selected from the group consisting of AKT2, CCND2, KRAS, RAD51, and MLH1; It is preferable to include.
  • the target gene may include gene A, BARD1, and RAD51.
  • genes B CTNNB1, GABRA6, MYC, RB1, ARID1A, BRAF, NOTCH3, PIK3CA, BRCA2, etc. are preferably mentioned, and more preferably Examples include CTNNB1, GABRA6, MYC, RB1, ARID1A, BRAF, NOTCH3, BRCA2, etc., and particularly preferred include CTNNB1, GABRA6, MYC, RB1, BRCA2, etc.
  • the target genes are a group consisting of CTNNB1, GABRA6, MYC, RB1, ARID1A, BRAF, NOTCH3, PIK3CA, and BRCA2 (preferably CTNNB1, GABRA6, At least two (preferably at least three, more preferably at least three) selected from the group consisting of MYC, RB1, ARID1A, BRAF, NOTCH3, and BRCA2, more preferably the group consisting of CTNNB1, GABRA6, MYC, RB1, and BRCA2. Contains at least 4 genes).
  • the target gene, gene B does not contain BRCA2.
  • PIK3CA among the target genes, PIK3CA, RB1, GABRA6, BRCA2, ARID1A, NOTCH3, CTNNB1, BRAF, MYC, etc. are preferable from the viewpoint of their high contribution to predicting the effectiveness of PARP inhibitors. Particularly preferred are PIK3CA, RB1, GABRA6, BRCA2, ARID1A, and the like.
  • the number of target genes whose copy number is measured in step (1) may be one or more, but from the viewpoint of test accuracy etc., preferably two or more, three or more, four or more, five or more, 6 or more types, 7 or more types, 8 or more types, 9 or more types, 10 or more types, 11 or more types, 12 or more types, 13 or more types, 14 or more types, 15 or more types, 16 or more types, 17 or more types, 18 types or more, or 19 or more types.
  • the number of target genes is preferably, for example, 10 or less, 8 or less, 6 or less, or 5 or less.
  • the PIK3CA gene is known, and in the case of humans, for example, the gene NCBIGene ID:5290 corresponds to this gene.
  • the base sequence of the gene can be determined based on known genetic information.
  • the gene includes genes that contain variations observed between individuals.
  • the RB1 gene is known, and in the case of humans, for example, the gene NCBIGene ID:5925 corresponds to this gene.
  • the base sequence of the gene can be determined based on known genetic information.
  • the gene includes genes that contain variations observed between individuals.
  • the GABRA6 gene is known, and in the case of humans, for example, the gene NCBIGene ID:2559 is applicable.
  • the base sequence of the gene can be determined based on known genetic information.
  • the gene includes genes that contain variations observed between individuals.
  • the BRCA2 gene is known, and in the case of humans, for example, the gene NCBIGene ID:675 corresponds to this gene.
  • the base sequence of the gene can be determined based on known genetic information.
  • the gene includes genes that contain variations observed between individuals.
  • the ARID1A gene is known, and in the case of humans, for example, the gene NCBIGene ID:8289 corresponds to this gene.
  • the base sequence of the gene can be determined based on known genetic information.
  • the gene includes genes that contain variations observed between individuals.
  • the NOTCH3 gene is known, and in the case of humans, for example, the gene NCBIGene ID:4854 corresponds to this gene.
  • the base sequence of the gene can be determined based on known genetic information.
  • the gene includes genes that contain variations observed between individuals.
  • the CTNNB1 gene is known, and in the case of humans, for example, the gene NCBIGene ID:1499 corresponds to this gene.
  • the base sequence of the gene can be determined based on known genetic information.
  • the gene includes genes that contain variations observed between individuals.
  • the BRAF gene is known, and in the case of humans, for example, the gene NCBIGene ID:673 corresponds to this gene.
  • the base sequence of the gene can be determined based on known genetic information.
  • the gene includes genes that contain variations observed between individuals.
  • the MYC gene is known, and in the case of humans, for example, the gene NCBIGene ID:4609 corresponds to this gene.
  • the base sequence of the gene can be determined based on known genetic information.
  • the gene includes genes that contain variations observed between individuals.
  • the CSMD3 gene is known, and in the case of humans, for example, the gene NCBIGene ID:114788 corresponds to this gene.
  • the base sequence of the gene can be determined based on known genetic information.
  • the gene includes genes that contain variations observed between individuals.
  • the NF1 gene is known, and in the case of humans, for example, the gene NCBIGene ID:578 corresponds to this gene.
  • the base sequence of the gene can be determined based on known genetic information.
  • the gene includes genes that contain variations observed between individuals.
  • the PTEN gene is known, and in the case of humans, for example, the gene NCBIGene ID:5278 corresponds to this gene.
  • the base sequence of the gene can be determined based on known genetic information.
  • the gene includes genes that contain variations observed between individuals.
  • the PUM3 gene is known, and in the case of humans, for example, the gene NCBIGene ID:9933 is applicable.
  • the base sequence of the gene can be determined based on known genetic information.
  • the gene includes genes that contain variations observed between individuals.
  • the ELP4 gene is known, and in the case of humans, for example, the gene NCBIGene ID:26610 corresponds to this gene.
  • the base sequence of the gene can be determined based on known genetic information.
  • the gene includes genes that contain variations observed between individuals.
  • the JAG1 gene is known, and in the case of humans, for example, the gene NCBIGene ID:182 is applicable.
  • the base sequence of the gene can be determined based on known genetic information.
  • the gene includes genes that contain variations observed between individuals.
  • the BARD1 gene is known, and in the case of humans, for example, the gene NCBIGene ID:580 corresponds to this gene.
  • the base sequence of the gene can be determined based on known genetic information.
  • the gene includes genes that contain variations observed between individuals.
  • the MSH2 gene is known, and in the case of humans, for example, the gene NCBIGene ID:4436 is applicable.
  • the base sequence of the gene can be determined based on known genetic information.
  • the gene includes genes that contain variations observed between individuals.
  • the RPP2R1A gene is known, and in the case of humans, for example, the gene NCBI Gene ID:5518 corresponds to this gene.
  • the base sequence of the gene can be determined based on known genetic information.
  • the gene includes genes that contain variations observed between individuals.
  • the MDM4 gene is known, and in the case of humans, for example, the gene NCBIGene ID:4194 is applicable.
  • the base sequence of the gene can be determined based on known genetic information.
  • the gene includes genes that contain variations observed between individuals.
  • the AKT2 gene is known, and in the case of humans, for example, the gene with NCBI Gene ID: 208 corresponds to this gene.
  • the base sequence of the gene can be determined based on known genetic information.
  • the gene includes genes that contain variations observed between individuals.
  • the CCND2 gene is known, and in the case of humans, for example, the gene NCBIGene ID: 894 corresponds to this gene.
  • the base sequence of the gene can be determined based on known genetic information.
  • the gene includes genes that contain variations observed between individuals.
  • the KRAS gene is known, and in the case of humans, for example, the gene with NCBI Gene ID: 3845 corresponds to this gene.
  • the base sequence of the gene can be determined based on known genetic information.
  • the gene includes genes that contain variations observed between individuals.
  • the RAD51 gene is known, and in the case of humans, for example, the gene NCBI Gene ID: 5888 is applicable.
  • the base sequence of the gene can be determined based on known genetic information.
  • the gene includes genes that contain variations observed between individuals.
  • the MLH1 gene is known, and in the case of humans, for example, the gene NCBIGene ID: 4292 corresponds to this gene.
  • the base sequence of the gene can be determined based on known genetic information.
  • the gene includes genes that contain variations observed between individuals.
  • the copy number of the target gene refers to the number of target genes in the genomic DNA.
  • the copy number of the gene is usually two.
  • the copy number of a target gene in ovarian cancer can be used as an index for predicting the effectiveness of PARP inhibitors.
  • the method for measuring the copy number of the target gene is not particularly limited, and any method used as a CNV analysis method can be adopted.
  • Specific examples of measurement methods include digital PCR, sequencing, real-time PCR, array comparative genomic hybridization, comparative genomic hybridization, fluorescence in situ hybridization, and the like.
  • digital PCR method is particularly preferred from the viewpoint of measurement accuracy and the like.
  • primers, probes, etc. for the target gene can be used as detection agents.
  • the detection agent may be modified as long as its function is not significantly impaired. Examples of modifications include addition of labels such as fluorescent dyes, enzymes, proteins, radioisotopes, chemiluminescent substances, biotin, and the like.
  • fluorescent dye used in the present invention those that are generally used to label nucleotides and detect or quantify nucleic acids can be suitably used.
  • HEX 4,7,2',4',5',7 '-hexachloro-6-carboxylfluorescein, a green fluorescent dye
  • fluorescein fluorescein
  • NED trade name, manufactured by Applied Biosystems, yellow fluorescent dye
  • 6-FAM trade name, manufactured by Applied Biosystems, yellow
  • examples include, but are not limited to, rhodamine (a green fluorescent dye), rhodamine or its derivatives (eg, tetramethylrhodamine (TMR)).
  • nucleotides with fluorescent dyes As a method for labeling nucleotides with fluorescent dyes, appropriate known labeling methods can be used [see Nature Biotechnology, 14, 303-308 (1996)]. Moreover, a commercially available fluorescent labeling kit can also be used (for example, Oligonucleotide ECL 3'-Oligo Labeling System manufactured by Amersham Pharmacia, etc.).
  • the detection agent can also be used by being immobilized on any solid phase.
  • the copy number can be measured using a substrate on which a detection agent is immobilized (for example, a microarray chip on which a probe is immobilized).
  • the solid phase used for immobilization is not particularly limited as long as it can immobilize polynucleotides, etc., and examples include glass plates, nylon membranes, microbeads, silicon chips, capillaries, and other substrates. Can be done. Immobilization of the detection agent on the solid phase is not particularly limited.
  • the immobilization method is well known in the technical field depending on the type of immobilized probe, such as using a commercially available spotter (such as Amersham) in the case of a microarray [for example, photolithographic technology (Affymetrix), In situ synthesis of oligonucleotides using inkjet technology (Rosetta Inpharmatics), etc.).
  • Primers, probes, etc. are not particularly limited as long as they selectively (specifically) recognize the target gene.
  • primers and probes include the polynucleotides listed in (a) below and the polynucleotides listed in (b) below: (a) A polynucleotide having at least 15 consecutive bases in the base sequence of the target gene and/or a polynucleotide complementary to the polynucleotide, and (b) A stringent polynucleotide for the base sequence of the target gene or a base sequence complementary thereto. At least one type selected from the group consisting of polynucleotides having at least 15 bases that hybridizes under certain conditions.
  • a complementary polynucleotide or a complementary base sequence is a full-length polynucleotide sequence consisting of the base sequence of the target gene, or has a base sequence of at least 15 consecutive bases in length in the base sequence.
  • a polynucleotide or base sequence that is complementary to its partial sequence herein, for convenience, these are also referred to as "positive strands" based on base pair relationships such as A:T and G:C. It means.
  • complementary strands do not necessarily have to form a completely complementary sequence to the base sequence of the target positive strand, but must also have a complementary relationship to the extent that they can hybridize with the target positive strand under stringent conditions. It may be something that you have.
  • the stringent conditions here refer to binding complexes or probes as taught by Berger and Kimmel (1987, Guide to Molecular Cloning Techniques Methods in Enzymology, Vol. 152, Academic Press, San Diego CA). It can be determined based on the melting temperature (Tm) of the nucleic acid.
  • Tm melting temperature
  • post-hybridization washing conditions typically include conditions such as "1x SSC, 0.1% SDS, 37°C”. It is preferable that the complementary strand maintains its hybridized state with the target positive strand even after washing under such conditions.
  • more severe hybridization conditions include cleaning conditions such as "0.5 ⁇ SSC, 0.1%SDS, 42°C", and even more severe hybridization conditions include cleaning conditions such as "0.1 ⁇ SSC, 0.1%SDS, 65°C”.
  • a complementary strand is a strand consisting of a base sequence that is completely complementary to the base sequence of the target positive strand, and at least 90%, preferably 95%, more preferably Examples include chains consisting of base sequences having an identity of 98% or more, more preferably 99% or more.
  • Primers, probes, etc. can be designed using various design programs, for example, based on the base sequence of the target gene. Specifically, candidate sequences for primers or probes obtained by subjecting the base sequence of the target gene to a design program, or sequences containing at least a portion of the sequences can be used as primers or probes.
  • the base length of primers, probes, etc. is not particularly limited as long as it has a length of at least 15 consecutive bases as described above, and can be set as appropriate depending on the application.
  • the base length can be, for example, 15 to 50 bases when used as a primer, and 15 to 150 bases when used as a probe.
  • step (1) it is possible to provide the copy number of the target gene, which is a testing index for the effectiveness of PARP inhibitors for ovarian cancer, thereby assisting the testing, etc. Can be done.
  • the testing method of the present invention further provides: (2) PARP inhibition against ovarian cancer of the subject based on the copy number of the gene A and/or the gene B measured in the step (1). It is preferable to include a step of determining the effectiveness of the agent.
  • the method may include determining that a PARP inhibitor is effective against ovarian cancer and/or determining to administer a PARP inhibitor to the subject.
  • the cutoff value is determined by preparing a database that tracks the copy number of the target gene and the effectiveness of the PARP inhibitor in the evaluation population, and then determining the target gene between the PARP inhibitor effective group and the PARP inhibitor non-effective group. It is preset based on statistical analysis or ROC analysis of copy number data. Alternatively, the cutoff value can be set each time. When the cutoff value is determined by statistical analysis, for example, the median, arithmetic mean, or other average value of the copy number data of the target gene in the evaluation population can be used.
  • the cutoff value based on ROC analysis is such that the vertical axis (sensitivity or true positivity) of the ROC curve graph is 1.0 and the horizontal axis (1 - specificity) is 1.0. ) can be the copy number of the gene of interest at the point on the ROC curve that has the minimum distance from the point 0.0, or can be derived from the Youden index of the ROC curve (Cancer 1950;3:32-35.) It can be a cutoff value.
  • the evaluation population database may be used for setting cutoff values without any changes.
  • a new ovarian cancer patient including the subject of the present invention, may be incorporated into the evaluation population, and the evaluation population database may be updated as appropriate and used to set the cutoff value.
  • the cutoff value for the copy number of the target gene can be, for example, as follows.
  • PIK3CA 2.05 ⁇ 0.20 (preferably ⁇ 0.10, more preferably ⁇ 0.05, even more preferably ⁇ 0.02)
  • RB1 1.33 ⁇ 0.20 (preferably ⁇ 0.10, more preferably ⁇ 0.05, even more preferably ⁇ 0.02)
  • GABRA6 1.68 ⁇ 0.20 (preferably ⁇ 0.10, more preferably ⁇ 0.05, even more preferably ⁇ 0.02)
  • BRCA2 1.81 ⁇ 0.20 (preferably ⁇ 0.10, more preferably ⁇ 0.05, even more preferably ⁇ 0.02)
  • ARID1A 1.68 ⁇ 0.20 (preferably ⁇ 0.10, more preferably ⁇ 0.05, even more preferably ⁇ 0.02)
  • NOTCH3 1.49 ⁇ 0.20 (preferably ⁇ 0.10, more preferably ⁇ 0.05, even more preferably ⁇ 0.02)
  • CTNNB1 1..99 ⁇ 0.20 (preferably ⁇ 0.10, more preferably ⁇ 0.05, even more preferably ⁇ 0.02)
  • BRAF 2.
  • the PARP inhibitor is not particularly limited as long as it is a drug that inhibits poly(ADP-ribose) polymerase (PARP).
  • PARP inhibitors include, for example, Olaparib, Rucaparib, Niraparib, Talazoparib, Atamparib, Capivasertib, Fluzoparib, Pamiparib, Stenoparib. ), Veliparib, Venadaparib, and the like.
  • AZD9574, CBX15, IMP4297 (JS109), OX401, KT-2000, KT-3000, KT-4000, RP12146, RBN012759 (RBN3143), OPAL0001 (OPL0001), etc. or the same structure as these.
  • Compounds may also be mentioned.
  • olaparib, niraparib, etc. are preferred, and olaparib is more preferred.
  • the PARP inhibitor can be administered to the subject for whom it has been determined in step (2) that the PARP inhibitor is effective and/or to whom it has been decided to administer the PARP inhibitor.
  • the method of administering the PARP inhibitor is not particularly limited, and an appropriate method for each PARP inhibitor (for example, the method described in the package insert) can be adopted.
  • test agent of the present invention provides a test agent for the effectiveness of PARP inhibitors against ovarian cancer (herein referred to as "test agent of the present invention"), which includes an agent for detecting the copy number of a target gene. ). This will be explained below.
  • the test agent of the present invention may be in the form of a composition containing a detection agent.
  • the composition may contain other components as necessary.
  • Other ingredients include, for example, bases, carriers, solvents, dispersants, emulsifiers, buffers, stabilizers, excipients, binders, disintegrants, lubricants, thickeners, humectants, colorants, and fragrances. , chelating agents, and the like.
  • the test agent of the present invention may be in the form of a kit containing a detection agent.
  • the kit may contain instruments, reagents, etc. that can be used to carry out the testing method of the present invention.
  • instruments include test tubes, microtiter plates, agarose particles, latex particles, purification columns, glass slides, and the like.
  • Examples of the reagent include a reference gene detection agent.
  • Test example 1 Testing the effectiveness of PARP inhibitors against ovarian cancer 1 ⁇ 1-1.
  • Hae III was used for other target genes. Mse I and Hae III were diluted 5 times with CutSmart and 10 times with nuclease-free water. DNA was at least 1 ng. The PCR reaction was performed under the following cycling conditions. 95°C, 10 minutes; 40 cycles (94°C, 30 seconds, 60°C, 1 minute); 98°C, 10 minutes; 12°C hold. Plates were read with a Bio-Rad QX200 droplet reader (Bio-Rad) and analyzed using Quanta Soft software (Bio-Rad).
  • PIK3CA PIK3CA, RB1, GABRA6, BRCA2, ARID1A, NOTCH3, CTNNB1, BRAF, MYC, CSMD3, NF1, PTEN, PUM3, ELP4, JAG1, BARD1, MSH2, RPP2R1A, in biological samples collected from subjects with ovarian cancer. It was found that the effectiveness of PARP inhibitors against ovarian cancer can be evaluated by measuring the copy number of at least one gene selected from the group consisting of MDM4 and MDM4.
  • Test example 2 Correlation between CNV in ovarian cancer tissues and CNV in EVs in body fluids
  • EVs extracellular vesicles
  • L-EV large EV
  • the supernatant was filtered through a 0.22 ⁇ m filter to remove remaining large vesicles.
  • the filtered medium was centrifuged using an ultracentrifuge at 100,600 x g and 4°C for 70 minutes.
  • the pellet was resuspended in PBS and centrifuged again at 100,600 x g for 70 min at 4°C.
  • the final pellet was resuspended in PBS and stored at 4 °C as small EVs containing exosomes (S-EVs).
  • Test example 3 Analysis of AUC based on copy number
  • the copy number of nine genes (CTNNB1, GABRA6, MYC, RB1, ARID1A, BRAF, NOTCH3, PIK3CA, and BRCA2) among the genes selected in Test Example 1 was used as an indicator.
  • ROC analysis was performed to distinguish between Responders and Non-responders in Example 1.
  • Figures 2 to 10 show ROC curves and AUC using the copy number of each gene as an index.
  • FIG. 11 shows the ROC curve and AUC when the copy numbers of 4 of the 9 genes are used as an index in combination.
  • FIG. 12 shows the ROC curve and AUC when the copy numbers of two additional genes (Test Example 1) are used as an index in combination in addition to the four genes. It was found that each gene alone yielded a relatively high AUC, and some genes alone yielded significantly high AUCs. It was also found that even higher AUCs could be obtained by combining genes.

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Abstract

卵巣癌に対するPARP阻害剤の有効性を検査する方法を提供することを課題とする。当該課題を、（1）卵巣癌を有する被検体から採取された生体試料における、PIK3CA、RB1、GABRA6、BRCA2、ARID1A、NOTCH3、CTNNB1、BRAF、MYC、CSMD3、NF1、PTEN、PUM3、ELP4、JAG1、BARD1、MSH2、RPP2R1A、及びMDM4からなる群より選択される少なくとも1種の遺伝子のコピー数を測定する工程を含む、卵巣癌に対するPARP阻害剤の有効性を検査する方法、により解決する。

Description

卵巣癌に対するＰＡＲＰ阻害剤の有効性を検査する方法
　本発明は、卵巣癌に対するPARP阻害剤の有効性を検査する方法等に関する。
　近年、日本においては卵巣癌治療薬としてPARP阻害剤が導入されている。現在、PARP阻害剤の選択基準は、遺伝性卵巣癌陽性であること、又はMyChoice（商標）診断システム（非特許文献１）陽性であること、である。しかしながら、70％前後の患者がいずれの選択基準も陰性であるし、また、myChoiceは乳癌患者データで作成されたアルゴリズムであり、陰性であってもPARP阻害剤が有効である患者や、陽性であってもPARP阻害剤が有効でない患者が存在することが報告されている。
myChoice 診断システム　添付文書　2020年11月24日（第2版）
　本発明は、卵巣癌に対するPARP阻害剤の有効性を検査する方法を提供することを課題とする。
　本発明者は上記課題に鑑みて鋭意研究を進めた結果、（1）卵巣癌を有する被検体から採取された生体試料における、（A）CTNNB1、GABRA6、MYC、及びRB1の4種の遺伝子A、及び／又は（B）CTNNB1、GABRA6、MYC、RB1、ARID1A、BRAF、NOTCH3、PIK3CA、BRCA2、CSMD3、NF1、PTEN、PUM3、ELP4、JAG1、BARD1、MSH2、RPP2R1A、及びMDM4からなる群より選択される少なくとも1種の遺伝子Bのコピー数を測定する工程を含む、卵巣癌に対するPARP阻害剤の有効性を検査する方法、であれば、上記課題が解決できることを見出した。本発明者はこの知見に基づいてさらに研究を進めた結果、本発明を完成させた。即ち、本発明は、下記の態様を包含する。
　項１．　（1）卵巣癌を有する被検体から採取された生体試料における、
（A）CTNNB1、GABRA6、MYC、及びRB1の4種の遺伝子A、及び／又は
（B）CTNNB1、GABRA6、MYC、RB1、ARID1A、BRAF、NOTCH3、PIK3CA、BRCA2、CSMD3、NF1、PTEN、PUM3、ELP4、JAG1、BARD1、MSH2、RPP2R1A、及びMDM4からなる群より選択される少なくとも1種の遺伝子B
のコピー数を測定する工程を含む、卵巣癌に対するPARP阻害剤の有効性を検査する方法。
　項２．　前記工程（A）においてコピー数を測定する遺伝子が前記遺伝子Aを含む、項１に記載の方法。
　項３．　前記工程（A）においてコピー数を測定する遺伝子が前記遺伝子A及び／又はBRCA2以外の遺伝子Bを含む、項１に記載の方法。
　項４．　前記生体試料が、体液から精製された細胞外小胞、細胞外小胞を含有する体液、又は卵巣癌組織である、項１～３のいずれかに記載の方法。
　項５．　さらに、（2）前記工程（1）で測定された前記遺伝子A及び／又は前記遺伝子Bのコピー数に基づいて、前記被検体の卵巣癌に対するPARP阻害剤の有効性を判定する工程、
を含む、項１～４のいずれかに記載の方法。
　項６．　前記工程（2）が、（2a）前記工程（1）で測定された前記遺伝子A及び／又は前記遺伝子Bのコピー数がカットオフ値以上である場合に、前記被検体の卵巣癌に対してPARP阻害剤が有効であると判定する及び／又は前記被検体に対してPARP阻害剤を投与することを決定する工程、を含む、項５に記載の方法。
　項７．　前記被検体がヒトである、項１～６のいずれかに記載の方法。
　項８．　前記遺伝子A及び／又は前記遺伝子Bのコピー数の測定方法がデジタルPCR法である、項１～７のいずれかに記載の方法。
　項９．　（A）CTNNB1、GABRA6、MYC、及びRB1の4種の遺伝子A、及び／又は
（B）CTNNB1、GABRA6、MYC、RB1、ARID1A、BRAF、NOTCH3、PIK3CA、BRCA2、CSMD3、NF1、PTEN、PUM3、ELP4、JAG1、BARD1、MSH2、RPP2R1A、及びMDM4からなる群より選択される少なくとも1種の遺伝子B
のコピー数の検出剤を含む、卵巣癌に対するPARP阻害剤の有効性の検査薬。
　項９Ａ．　卵巣癌に対するPARP阻害剤の有効性の検査における使用のための、
（A）CTNNB1、GABRA6、MYC、及びRB1の4種の遺伝子A、及び／又は
（B）CTNNB1、GABRA6、MYC、RB1、ARID1A、BRAF、NOTCH3、PIK3CA、BRCA2、CSMD3、NF1、PTEN、PUM3、ELP4、JAG1、BARD1、MSH2、RPP2R1A、及びMDM4からなる群より選択される少なくとも1種の遺伝子B
のコピー数の検出剤。
　項９Ｂ．　（A）CTNNB1、GABRA6、MYC、及びRB1の4種の遺伝子A、及び／又は
（B）CTNNB1、GABRA6、MYC、RB1、ARID1A、BRAF、NOTCH3、PIK3CA、BRCA2、CSMD3、NF1、PTEN、PUM3、ELP4、JAG1、BARD1、MSH2、RPP2R1A、及びMDM4からなる群より選択される少なくとも1種の遺伝子B
のコピー数の検出剤の、卵巣癌に対するPARP阻害剤の有効性の検査薬の製造のための使用。
　項９Ｃ．　（A）CTNNB1、GABRA6、MYC、及びRB1の4種の遺伝子A、及び／又は
（B）CTNNB1、GABRA6、MYC、RB1、ARID1A、BRAF、NOTCH3、PIK3CA、BRCA2、CSMD3、NF1、PTEN、PUM3、ELP4、JAG1、BARD1、MSH2、RPP2R1A、及びMDM4からなる群より選択される少なくとも1種の遺伝子B
のコピー数の検出剤の、卵巣癌に対するPARP阻害剤の有効性の検査のための使用。
　項１０．　前記検出剤が、前記遺伝子に対するプローブ又はプライマーである、項９に記載の検査薬。
　本発明によれば、卵巣癌に対するPARP阻害剤の有効性を検査する方法を提供することができる。
試験例2の結果を示す。縦軸はコピー数を示し、横軸に測定対象遺伝子を示す。tumorは卵巣癌組織から抽出したDNAにおけるコピー数を示し、その他は腹水S-EVサンプルから抽出したDNAにおけるコピー数を示す（容量は抽出した腹水量を示す。）。 試験例3のROC曲線を示す。上方に指標にした遺伝子を示す。図中のグレー領域は95％信頼区間を示す。 試験例3のROC曲線を示す。上方に指標にした遺伝子を示す。図中のグレー領域は95％信頼区間を示す。 試験例3のROC曲線を示す。上方に指標にした遺伝子を示す。図中のグレー領域は95％信頼区間を示す。 試験例3のROC曲線を示す。上方に指標にした遺伝子を示す。図中のグレー領域は95％信頼区間を示す。 試験例3のROC曲線を示す。上方に指標にした遺伝子を示す。図中のグレー領域は95％信頼区間を示す。 試験例3のROC曲線を示す。上方に指標にした遺伝子を示す。図中のグレー領域は95％信頼区間を示す。 試験例3のROC曲線を示す。上方に指標にした遺伝子を示す。図中のグレー領域は95％信頼区間を示す。 試験例3のROC曲線を示す。上方に指標にした遺伝子を示す。図中のグレー領域は95％信頼区間を示す。 試験例3のROC曲線を示す。上方に指標にした遺伝子を示す。図中のグレー領域は95％信頼区間を示す。 試験例3のROC曲線を示す。上方に指標にした遺伝子を示す。図中のグレー領域は95％信頼区間を示す。 試験例3のROC曲線を示す。上方に指標にした遺伝子を示す。
　本明細書中において、「含有」及び「含む」なる表現については、「含有」、「含む」、「実質的にからなる」及び「のみからなる」という概念を含む。
　1．検査方法
　本発明は、その一態様において、（1）卵巣癌を有する被検体から採取された生体試料における、（A）CTNNB1、GABRA6、MYC、及びRB1の4種の遺伝子A、及び／又は（B）CTNNB1、GABRA6、MYC、RB1、ARID1A、BRAF、NOTCH3、PIK3CA、BRCA2、CSMD3、NF1、PTEN、PUM3、ELP4、JAG1、BARD1、MSH2、RPP2R1A、及びMDM4からなる群より選択される少なくとも1種の遺伝子Bのコピー数を測定する工程を含む、卵巣癌に対するPARP阻害剤の有効性を検査する方法（本明細書において、「本発明の検査方法」と示すこともある。）に関する。以下、これについて説明する。
　1-1．工程（1）
　卵巣癌としては、特に制限されず、例えば表層・上皮性・間質性悪性腫瘍（例えば、漿液性（嚢胞）腺癌、粘液性（嚢胞）腺癌、類内膜腺癌、明細胞腺癌、腺癌線維腫（上記の各型）、腺肉腫、中胚葉性混合腫瘍、［ミューラー管混合腫瘍］［癌肉腫］、悪性ブレンナー腫瘍、移行上皮癌、未分化癌等）、性索間質性腫瘍（例えば、線維肉腫、セルトリ・間質細胞腫瘍（低分化型）等）、胚細胞腫瘍（例えば、未分化胚細胞種、卵黄嚢腫瘍［内胚葉洞腫瘍］、胎芽性癌［胎児性癌］、多胎芽腫、絨毛癌、悪性転化を伴う成熟嚢胞性奇形腫、未熟奇形腫（G3）等）、癌腫、肉腫、悪性リンパ腫（原発性）、二次性［転移性］腫瘍等が挙げられる。卵巣癌の進行度、状態等に関する各種分類基準における全てのクラス、グレード、ステージの卵巣癌が検査対象となり得る。
　被検体は、本発明の検査方法の対象生物であり、その生物種は特に制限されない。被検体の生物種としては、例えばヒト、サル、マウス、ラット、イヌ、ネコ、ウサギなどの種々の哺乳類動物が挙げられ、好ましくはヒトが挙げられる。
　被検体の状態は、卵巣癌を有する限り特に制限されない。被検体としては、例えばPARP阻害剤が有効であるかどうか不明な検体、PARP阻害剤が有効であると既に別の方法により判定されている検体、PARP阻害剤が有効ではないと既に別の方法により判定されている検体、PARP阻害剤の治療中の検体等が挙げられる。
　生体試料は、生体に由来し、且つ卵巣癌由来のゲノムDNAを含有し得るものであれば特に制限されない。生体試料としては、例えば全血、血清、血漿、腹水、卵胞液、経血、唾液、髄液、関節液、尿、組織液、汗、涙、唾液などの体液や、これらの体液由来の試料が挙げられる。また、生体試料としては、生体組織、好ましくは卵巣癌組織や、これらの組織由来の試料であることもできる。体液／組織由来の試料としては、体液／組織から調製される試料である限り特に制限されず、例えば体液／組織から、該体液／組織に含まれる核酸又は細胞外小胞を濃縮、精製などして得られる試料などが挙げられる。
　体液は、当業者に公知の方法で被検体から採取することができる。例えば、全血は、注射器などを用いた採血によって採取することができる。血清は、全血から血球及び特定の血液凝固因子を除去した部分であり、例えば、全血を凝固させた後の上澄みとして得ることができる。血漿は、全血から血球を除去した部分であり、例えば、全血を凝固させない条件下で遠心分離に供した際の上澄みとして得ることができる。
　細胞外小胞は、細胞から分泌、放出等される膜小胞である限り特に制限されない。細胞外小胞は、通常は、細胞内のタンパク質や遺伝情報（mRNA, microRNA等）を細胞外に運搬することにより、局所や全身における細胞間の情報伝達を担っている膜小胞として定義される。細胞外小胞としては、例えばエクソソーム、微小小胞体、アポトーシス小体、エクトソーム、マイクロパーティクル、分泌マイクロベシクル等が挙げられる。検査精度等の観点から、細胞外小胞は、特に好ましくはエクソソームである。
　細胞外小胞は、体液から、公知の方法に従って又は準じて、精製、分離、濃縮等することができる。細胞外小胞を精製、分離、濃縮等する方法としては、例えば超遠心法（例えばペレットダウン法、スクロースクッション法、密度勾配遠心法等）、イムノアフィニティー担体を用いる方法、ゲルろ過法、フィールド・フロー分画法、FACS法等が挙げられる。また、細胞外小胞の精製、分離、濃縮等は、市販のキットを用いて行うことも可能である。これらの方法は、1種単独で採用してもよいし、2種以上を組み合わせて採用してもよい。
　生体試料は、好ましくは体液から精製された細胞外小胞、細胞外小胞を含有する体液、卵巣癌組織等であることができる。
　工程（1）では、（A）CTNNB1、GABRA6、MYC、及びRB1の4種の遺伝子A、及び／又は（B）CTNNB1、GABRA6、MYC、RB1、ARID1A、BRAF、NOTCH3、PIK3CA、BRCA2、CSMD3、NF1、PTEN、PUM3、ELP4、JAG1、BARD1、MSH2、RPP2R1A、及びMDM4からなる群より選択される少なくとも1種の遺伝子B（本明細書において、遺伝子A及び遺伝子Bをまとめて「対象遺伝子」と示すこともある。）のコピー数を測定する。
　本発明の一態様において、有効性の予測能が特に高いという観点から、対象遺伝子は遺伝子Aを含むことが特に好ましい。この場合、遺伝子Aにさらに他の遺伝子を組み合わせることにより、有効性の予測能を高めることができる。他の遺伝子としては、遺伝子Bが好ましい。また、他の遺伝子としては、後述の試験例1において、CV scoreが0.6以下であった遺伝子でも良い。このような遺伝子としては、好ましくはAKT2、CCND2、KRAS、RAD51、MLH1等が挙げられる。
　対象遺伝子が遺伝子Aを含む場合、対象遺伝子は、さらに
（BX）ARID1A、BRAF、NOTCH3、PIK3CA、BRCA2、CSMD3、NF1、PTEN、PUM3、ELP4、JAG1、BARD1、MSH2、RPP2R1A、及びMDM4からなる群より選択される少なくとも1種の遺伝子BX、及び／又は
（C）AKT2、CCND2、KRAS、RAD51、及びMLH1からなる群より選択される少なくとも1種の遺伝子C、
を含むことが好ましい。好ましい一例として、対象遺伝子は、遺伝子AとBARD1及びRAD51とを含むことができる。
　本発明の一態様において、遺伝子Bの中でも、有効性の予測能が高いという観点から、好ましくはCTNNB1、GABRA6、MYC、RB1、ARID1A、BRAF、NOTCH3、PIK3CA、BRCA2等が挙げられ、より好ましくはCTNNB1、GABRA6、MYC、RB1、ARID1A、BRAF、NOTCH3、BRCA2等が挙げられ、特に好ましくはCTNNB1、GABRA6、MYC、RB1、BRCA2等が挙げられル。
　本発明の一態様において、有効性の予測能が高いという観点から、対象遺伝子は、CTNNB1、GABRA6、MYC、RB1、ARID1A、BRAF、NOTCH3、PIK3CA、及びBRCA2からなる群（好ましくはCTNNB1、GABRA6、MYC、RB1、ARID1A、BRAF、NOTCH3、及びBRCA2からなる群、より好ましくはCTNNB1、GABRA6、MYC、RB1、及びBRCA2からなる群）より選択される少なくとも2種（好ましくは少なくとも3種、より好ましくは少なくとも4種）の遺伝子を含む。
　本発明の一態様において、対象遺伝子、遺伝子Bは、BRCA2を含まない。
　本発明の一態様において、対象遺伝子の中でも、PARP阻害剤の有効性予測への寄与度が高いという観点から、好ましくはPIK3CA、RB1、GABRA6、BRCA2、ARID1A、NOTCH3、CTNNB1、BRAF、MYC等が挙げられ、特に好ましくはPIK3CA、RB1、GABRA6、BRCA2、ARID1A等が挙げられる。
　工程（1）でコピー数を測定する対象遺伝子の数は、1種以上であれば良いが、検査精度等の観点から、好ましくは2種以上、3種以上、4種以上、5種以上、6種以上、7種以上、8種以上、9種以上、10種以上、11種以上、12種以上、13種以上、14種以上、15種以上、16種以上、17種以上、18種以上、又は19種以上であることができる。また、効率性の観点からは、対象遺伝子の数は、例えば10種以下、8種以下、6種以下、又は5種以下であることが好ましい。
　PIK3CA遺伝子は公知であり、ヒトの場合であれば、例えばNCBIGene ID:5290の遺伝子が該当する。当該遺伝子の塩基配列は、公知の遺伝子情報に基づいて把握することができる。当該遺伝子は、個体間で認められる変異を含むものも包含される。
　RB1遺伝子は公知であり、ヒトの場合であれば、例えばNCBIGene ID:5925の遺伝子が該当する。当該遺伝子の塩基配列は、公知の遺伝子情報に基づいて把握することができる。当該遺伝子は、個体間で認められる変異を含むものも包含される。
　GABRA6遺伝子は公知であり、ヒトの場合であれば、例えばNCBIGene ID:2559の遺伝子が該当する。当該遺伝子の塩基配列は、公知の遺伝子情報に基づいて把握することができる。当該遺伝子は、個体間で認められる変異を含むものも包含される。
　BRCA2遺伝子は公知であり、ヒトの場合であれば、例えばNCBIGene ID:675の遺伝子が該当する。当該遺伝子の塩基配列は、公知の遺伝子情報に基づいて把握することができる。当該遺伝子は、個体間で認められる変異を含むものも包含される。
　ARID1A遺伝子は公知であり、ヒトの場合であれば、例えばNCBIGene ID:8289の遺伝子が該当する。当該遺伝子の塩基配列は、公知の遺伝子情報に基づいて把握することができる。当該遺伝子は、個体間で認められる変異を含むものも包含される。
　NOTCH3遺伝子は公知であり、ヒトの場合であれば、例えばNCBIGene ID:4854の遺伝子が該当する。当該遺伝子の塩基配列は、公知の遺伝子情報に基づいて把握することができる。当該遺伝子は、個体間で認められる変異を含むものも包含される。
　CTNNB1遺伝子は公知であり、ヒトの場合であれば、例えばNCBIGene ID:1499の遺伝子が該当する。当該遺伝子の塩基配列は、公知の遺伝子情報に基づいて把握することができる。当該遺伝子は、個体間で認められる変異を含むものも包含される。
　BRAF遺伝子は公知であり、ヒトの場合であれば、例えばNCBIGene ID:673の遺伝子が該当する。当該遺伝子の塩基配列は、公知の遺伝子情報に基づいて把握することができる。当該遺伝子は、個体間で認められる変異を含むものも包含される。
　MYC遺伝子は公知であり、ヒトの場合であれば、例えばNCBIGene ID:4609の遺伝子が該当する。当該遺伝子の塩基配列は、公知の遺伝子情報に基づいて把握することができる。当該遺伝子は、個体間で認められる変異を含むものも包含される。
　CSMD3遺伝子は公知であり、ヒトの場合であれば、例えばNCBIGene ID:114788の遺伝子が該当する。当該遺伝子の塩基配列は、公知の遺伝子情報に基づいて把握することができる。当該遺伝子は、個体間で認められる変異を含むものも包含される。
　NF1遺伝子は公知であり、ヒトの場合であれば、例えばNCBIGene ID:578の遺伝子が該当する。当該遺伝子の塩基配列は、公知の遺伝子情報に基づいて把握することができる。当該遺伝子は、個体間で認められる変異を含むものも包含される。
　PTEN遺伝子は公知であり、ヒトの場合であれば、例えばNCBIGene ID:5278の遺伝子が該当する。当該遺伝子の塩基配列は、公知の遺伝子情報に基づいて把握することができる。当該遺伝子は、個体間で認められる変異を含むものも包含される。
　PUM3遺伝子は公知であり、ヒトの場合であれば、例えばNCBIGene ID:9933の遺伝子が該当する。当該遺伝子の塩基配列は、公知の遺伝子情報に基づいて把握することができる。当該遺伝子は、個体間で認められる変異を含むものも包含される。
　ELP4遺伝子は公知であり、ヒトの場合であれば、例えばNCBIGene ID:26610の遺伝子が該当する。当該遺伝子の塩基配列は、公知の遺伝子情報に基づいて把握することができる。当該遺伝子は、個体間で認められる変異を含むものも包含される。
　JAG1遺伝子は公知であり、ヒトの場合であれば、例えばNCBIGene ID:182の遺伝子が該当する。当該遺伝子の塩基配列は、公知の遺伝子情報に基づいて把握することができる。当該遺伝子は、個体間で認められる変異を含むものも包含される。
　BARD1遺伝子は公知であり、ヒトの場合であれば、例えばNCBIGene ID:580の遺伝子が該当する。当該遺伝子の塩基配列は、公知の遺伝子情報に基づいて把握することができる。当該遺伝子は、個体間で認められる変異を含むものも包含される。
　MSH2遺伝子は公知であり、ヒトの場合であれば、例えばNCBIGene ID:4436の遺伝子が該当する。当該遺伝子の塩基配列は、公知の遺伝子情報に基づいて把握することができる。当該遺伝子は、個体間で認められる変異を含むものも包含される。
　RPP2R1A遺伝子は公知であり、ヒトの場合であれば、例えばNCBIGene ID:5518の遺伝子が該当する。当該遺伝子の塩基配列は、公知の遺伝子情報に基づいて把握することができる。当該遺伝子は、個体間で認められる変異を含むものも包含される。
　MDM4遺伝子は公知であり、ヒトの場合であれば、例えばNCBIGene ID:4194の遺伝子が該当する。当該遺伝子の塩基配列は、公知の遺伝子情報に基づいて把握することができる。当該遺伝子は、個体間で認められる変異を含むものも包含される。
　AKT2遺伝子は公知であり、ヒトの場合であれば、例えばNCBIGene ID: 208の遺伝子が該当する。当該遺伝子の塩基配列は、公知の遺伝子情報に基づいて把握することができる。当該遺伝子は、個体間で認められる変異を含むものも包含される。
　CCND2遺伝子は公知であり、ヒトの場合であれば、例えばNCBIGene ID: 894の遺伝子が該当する。当該遺伝子の塩基配列は、公知の遺伝子情報に基づいて把握することができる。当該遺伝子は、個体間で認められる変異を含むものも包含される。
　KRAS遺伝子は公知であり、ヒトの場合であれば、例えばNCBIGene ID: 3845の遺伝子が該当する。当該遺伝子の塩基配列は、公知の遺伝子情報に基づいて把握することができる。当該遺伝子は、個体間で認められる変異を含むものも包含される。
　RAD51遺伝子は公知であり、ヒトの場合であれば、例えばNCBIGene ID: 5888の遺伝子が該当する。当該遺伝子の塩基配列は、公知の遺伝子情報に基づいて把握することができる。当該遺伝子は、個体間で認められる変異を含むものも包含される。
　MLH1遺伝子は公知であり、ヒトの場合であれば、例えばNCBIGene ID: 4292の遺伝子が該当する。当該遺伝子の塩基配列は、公知の遺伝子情報に基づいて把握することができる。当該遺伝子は、個体間で認められる変異を含むものも包含される。
　対象遺伝子のコピー数とは、ゲノムDNA内の対象遺伝子の数を示す。遺伝子のコピー数は、通常は2である。本発明では、卵巣癌における対象遺伝子のコピー数がPARP阻害剤の有効性を予測するための指標になることを見出した。
　対象遺伝子のコピー数の測定方法は、特に制限されず、CNV解析手法として用いられている方法を採用することができる。測定方法としては、具体的には、例えばデジタルPCR法、シーケンシング法、リアルタイムPCR法、アレイ比較ゲノムハイブリダイゼーション法、比較ゲノムハイブリダイゼーション法、蛍光in situハイブリダイゼーション法等が挙げられる。これらの中でも、測定精度等の観点から、特に好ましくはデジタルPCR法が挙げられる。
　対象遺伝子のコピー数の測定方法には、検出剤として、対象遺伝子に対するプライマー、プローブ等を使用することができる。
　検出剤は、その機能が著しく損なわれない限りにおいて、修飾が施されていてもよい。修飾としては、例えば、標識物、例えば蛍光色素、酵素、タンパク質、放射性同位体、化学発光物質、ビオチン等の付加が挙げられる。
　本発明において用いられる蛍光色素としては、一般にヌクレオチドを標識して、核酸の検出や定量に用いられるものが好適に使用でき、例えば、HEX（4,7,2’,4’,5’,7’-hexachloro-6-carboxylfluorescein、緑色蛍光色素）、フルオレセイン（fluorescein）、NED（商品名、アプライドバイオシステムズ社製、黄色蛍光色素）、あるいは、6-FAM（商品名、アプライドバイオシステムズ社製、黄緑色蛍光色素）、ローダミン（rhodamin）またはその誘導体〔例えば、テトラメチルローダミン（TMR）〕を挙げることができるが、これらに限定されない。蛍光色素でヌクレオチドを標識する方法は、公知の標識法のうち適当なものを使用することができる〔Nature Biotechnology, 14, 303-308 (1996)参照〕。また、市販の蛍光標識キットを使用することもできる（例えば、アマシャム・ファルマシア社製、オリゴヌクレオチドECL 3’-オリゴラベリングシステム等）。
　検出剤は、任意の固相に固定化して用いることもできる。この場合、例えば、検出剤を固定化した基板（例えばプローブを固定化したマイクロアレイチップ等。）を用いてコピー数を測定することができる。
　固定化に使用される固相は、ポリヌクレオチド等を固定化できるものであれば特に制限されることなく、例えばガラス板、ナイロンメンブレン、マイクロビーズ、シリコンチップ、キャピラリーまたはその他の基板等を挙げることができる。固相への検出剤の固定は、特に制限されない。固定方法は、例えばマイクロアレイであれば、市販のスポッター（Amersham社製など）を利用するなど、固定化プローブの種類に応じて当該技術分野で周知である〔例えば、photolithographic技術(Affymetrix社)、インクジェット技術(Rosetta Inpharmatics社)によるオリゴヌクレオチドのin situ合成等〕。
　プライマーやプローブ等は、対象遺伝子を選択的に（特異的に）認識するものであれば、特に限定されない。
　プライマーやプローブの具体例としては、下記（a）に記載するポリヌクレオチド並びに下記（b）に記載するポリヌクレオチド：
　（a）対象遺伝子の塩基配列において連続する少なくとも15塩基を有するポリヌクレオチド及び／若しくは当該ポリヌクレオチドに相補的なポリヌクレオチド、並びに
　（b）対象遺伝子の塩基配列若しくはそれに相補的な塩基配列にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする、少なくとも15塩基を有するポリヌクレオチド
からなる群より選択される少なくとも１種が挙げられる。
　相補的なポリヌクレオチド又は相補的な塩基配列（相補鎖、逆鎖）とは、対象遺伝子の塩基配列からなるポリヌクレオチドの全長配列、または該塩基配列において少なくとも連続した15塩基長の塩基配列を有するその部分配列（ここでは便宜上、これらを「正鎖」ともいう）に対して、A:TおよびG:Cといった塩基対関係に基づいて、塩基的に相補的な関係にあるポリヌクレオチド又は塩基配列を意味するものである。ただし、かかる相補鎖は、対象とする正鎖の塩基配列と完全に相補配列を形成する場合に限らず、対象とする正鎖とストリンジェントな条件でハイブリダイズすることができる程度の相補関係を有するものであってもよい。なお、ここでストリンジェントな条件は、Berger and Kimmel (1987, Guide to Molecular Cloning Techniques Methods in Enzymology, Vol. 152, Academic Press, San Diego CA) に教示されるように、複合体或いはプローブを結合する核酸の融解温度(Tm)に基づいて決定することができる。例えばハイブリダイズ後の洗浄条件として、通常「1×SSC、0.1%SDS、37℃」程度の条件を挙げることができる。相補鎖はかかる条件で洗浄しても対象とする正鎖とハイブリダイズ状態を維持するものであることが好ましい。特に制限されないが、より厳しいハイブリダイズ条件として「0.5×SSC、0.1%SDS、42℃」程度、さらに厳しいハイブリダイズ条件として「0.1×SSC、0.1%SDS、65℃」程度の洗浄条件を挙げることができる。具体的には、このような相補鎖として、対象の正鎖の塩基配列と完全に相補的な関係にある塩基配列からなる鎖、並びに該鎖と少なくとも90％、好ましくは95％、より好ましくは98％以上、さらに好ましくは99％以上の同一性を有する塩基配列からなる鎖を例示することができる。
　プライマーやプローブ等は、例えば対象遺伝子の塩基配列をもとに、例えば各種設計プログラムを利用して設計することができる。具体的には前記対象遺伝子の塩基配列を設計プログラムにかけて得られる、プライマーまたはプローブの候補配列、若しくは少なくとも該配列を一部に含む配列を、プライマーまたはプローブとして使用することができる。
　プライマーやプローブ等の塩基長は、上述のように連続する少なくとも15塩基の長さを有するものであれば特に制限されず、用途に応じて適宜設定することができる。塩基長としては、例えばプライマーとして用いる場合であれば、例えば15塩基～50塩基が例示でき、例えばプローブとして用いる場合であれば、例えば15塩基～150塩基が例示できる。
　工程（1）を含む本発明の検査方法によれば、卵巣癌に対するPARP阻害剤の有効性の検査指標である対象遺伝子のコピー数を提供することができ、これにより当該検査などを補助することができる。
　1-2．工程（2）
　本発明の検査方法は、一態様として、さらに、（2）前記工程（1）で測定された前記遺伝子A及び／又は前記遺伝子Bのコピー数に基づいて、前記被検体の卵巣癌に対するPARP阻害剤の有効性を判定する工程、を含むことが好ましい。
　工程（2）は、より具体的には、（2a）前記工程（1）で測定された前記遺伝子A及び／又は前記遺伝子Bのコピー数がカットオフ値以上である場合に、前記被検体の卵巣癌に対してPARP阻害剤が有効であると判定する及び／又は前記被検体に対してPARP阻害剤を投与することを決定する工程、を含むことができる。
　カットオフ値は、評価用集団について、対象遺伝子のコピー数と、PARP阻害剤の有効性とについて追跡したデータベースを用意して、PARP阻害剤有効群とPARP阻害剤非有効群との対象遺伝子のコピー数のデータの統計解析又はROC解析に基づいて予め設定される。或いは、カットオフ値は、その都度設定することもできる。前記カットオフ値を統計解析により決定する場合には、例えば、前記評価用集団の対象遺伝子のコピー数のデータの、中央値、算術平均その他の平均値を用いることができる。前記カットオフ値をROC解析により決定する場合には、例えば、ROC解析に基づくカットオフ値は、ROC曲線グラフの縦軸（感度又は真の陽性度）が1.0で、横軸（1－特異度）が0.0の点との距離が最小となるROC曲線上の点の対象遺伝子のコピー数とすることができ、あるいは、ROC曲線のYoudenインデックス（Cancer 1950;3:32-35.）から導かれるカットオフ値とすることができる。評価用集団のデータベースは、一度確立した後は全く変更せずに、カットオフ値の設定に用いてもよい。あるいは、本発明の被検体を含む、新たな卵巣癌患者を前記評価用集団に組み込んで、評価用集団のデータベースを適宜更新しながら、カットオフ値の設定に用いてもよい。
　対象遺伝子のコピー数のカットオフ値は、例えば以下のとおりであることができる。PIK3CA：2.05±0.20（好ましくは±0.10、より好ましくは±0.05、さらに好ましくは±0.02）
RB1：1.33±0.20（好ましくは±0.10、より好ましくは±0.05、さらに好ましくは±0.02）
GABRA6：1.68±0.20（好ましくは±0.10、より好ましくは±0.05、さらに好ましくは±0.02）
BRCA2：1.81±0.20（好ましくは±0.10、より好ましくは±0.05、さらに好ましくは±0.02）
ARID1A：1.68±0.20（好ましくは±0.10、より好ましくは±0.05、さらに好ましくは±0.02）
NOTCH3：1.49±0.20（好ましくは±0.10、より好ましくは±0.05、さらに好ましくは±0.02）
CTNNB1：1.99±0.20（好ましくは±0.10、より好ましくは±0.05、さらに好ましくは±0.02）
BRAF：2.47±0.20（好ましくは±0.10、より好ましくは±0.05、さらに好ましくは±0.02）
MYC：2.82±0.20（好ましくは±0.10、より好ましくは±0.05、さらに好ましくは±0.02）
CSMD3：1.22±0.20（好ましくは±0.10、より好ましくは±0.05、さらに好ましくは±0.02）
NF1：1.15±0.20（好ましくは±0.10、より好ましくは±0.05、さらに好ましくは±0.02）
PTEN：1.77±0.20（好ましくは±0.10、より好ましくは±0.05、さらに好ましくは±0.02）
PUM3：1.46±0.20（好ましくは±0.10、より好ましくは±0.05、さらに好ましくは±0.02）
ELP4：1.46±0.20（好ましくは±0.10、より好ましくは±0.05、さらに好ましくは±0.02）
JAG1：1.45±0.20（好ましくは±0.10、より好ましくは±0.05、さらに好ましくは±0.02）
BARD1：2.15±0.20（好ましくは±0.10、より好ましくは±0.05、さらに好ましくは±0.02）
MSH2：1.45±0.20（好ましくは±0.10、より好ましくは±0.05、さらに好ましくは±0.02）
RPP2R1A：1.40±0.20（好ましくは±0.10、より好ましくは±0.05、さらに好ましくは±0.02）
MDM4：1.74±0.20（好ましくは±0.10、より好ましくは±0.05、さらに好ましくは±0.02）
AKT2：1.01±0.20（好ましくは±0.10、より好ましくは±0.05、さらに好ましくは±0.02）
CCND2：1.60±0.20（好ましくは±0.10、より好ましくは±0.05、さらに好ましくは±0.02）
KRAS：1.67±0.20（好ましくは±0.10、より好ましくは±0.05、さらに好ましくは±0.02）
RAD51：0.57±0.20（好ましくは±0.10、より好ましくは±0.05、さらに好ましくは±0.02）
MLH1：0.57±0.20（好ましくは±0.10、より好ましくは±0.05、さらに好ましくは±0.02）。
　PARP阻害剤としては、ポリ（ADP-リボース）ポリメラーゼ（PARP）を阻害する薬剤である限り、特に制限されない。PARP阻害剤としては、例えばオラパリブ（Olaparib）、ルカパリブ（Rucaparib）、ニラパリブ（Niraparib）、タラゾパリブ（Talazoparib）、アタムパリブ（Atamparib）、カピバセルチブ（Capivasertib）、フルゾパリブ（Fluzoparib）、パミパリブ（Pamiparib）、ステノパリブ（Stenoparib）、ベリパリブ（Veliparib）、ベナダパリブ（Venadaparib）等が挙げられる。また、これら以外にも、例えばAZD9574、CBX15、IMP4297（JS109）、OX401、KT-2000、KT-3000、KT-4000、RP12146、RBN012759（RBN3143）、OPAL0001（OPL0001）等又はこれらと同じ構造からなる化合物も挙げられる。上記PARP阻害剤の中でも、オラパリブ、ニラパリブ等が好ましく、オラパリブがより好ましい。
　工程（2）でPARP阻害剤が有効であると判定された被検体及び／又はPARP阻害剤を投与すると決定された被検体には、PARP阻害剤を投与することができる。PARP阻害剤の投与方法は、特に制限されず、各PARP阻害剤について適切な方法（例えば添付文書に記載されている方法）を採用することができる。
　2．検査薬
　本発明は、その一態様において、対象遺伝子のコピー数の検出剤を含む、卵巣癌に対するPARP阻害剤の有効性の検査薬（本明細書において、「本発明の検査薬」と示すこともある。）、に関する。以下、これについて説明する。
　対象遺伝子、検出剤等、前項で説明した内容については、その説明に従う。
　本発明の検査薬は、検出剤を含む組成物の形態であってもよい。該組成物には、必要に応じて他の成分が含まれていてもよい。他の成分としては、例えば基剤、担体、溶剤、分散剤、乳化剤、緩衝剤、安定剤、賦形剤、結合剤、崩壊剤、滑沢剤、増粘剤、保湿剤、着色料、香料、キレート剤等が挙げられる。
　本発明の検査薬は、検出剤を含むキットの形態であってもよい。該キットには、本発明の検査方法の実施に用いられ得る器具、試薬などが含まれていてもよい。
　器具としては、例えば試験管、マイクロタイタープレート、アガロース粒子、ラテックス粒子、精製用カラム、スライドガラスなどが挙げられる。
　試薬としては、例えばリファレンス遺伝子の検出剤などが挙げられる。
　以下に、実施例に基づいて本発明を詳細に説明するが、本発明はこれらの実施例によって限定されるものではない。
　試験例1．卵巣癌に対するPARP阻害剤の有効性の検査1
　＜1-1．患者の選択＞
　PARP阻害剤の有効性予測のため、2018年から2021年にPARP阻害剤（オラパリブ）を投与された卵巣癌患者（HGSC（high-grade serious carcinoma：高異型度漿液性癌）患者）を収集した（n=49）。1年以上継続して投与した7名を「Responder」、再発・病勢進行により6ヶ月以内に投与を中止した7名をPARP阻害剤の「Non-responder」と定義した。
　＜1-2．DNA抽出＞
　Responder及びNon-responderの卵巣癌組織（冷凍卵巣癌組織又はFFPE組織）から、冷凍卵巣癌組織についてはDNeasy Blood & Tissue Kits (Qiagen)を用いて、FFPE組織についてはQIAamp DNA FFPE Tissue Kit（Qiagen）を用いて、製造元のプロトコルにしたがって全DNAを抽出した。抽出したDNAの濃度はQubit 4.0 Fluorometer (Invitrogen)を用いて定量した。
　＜1-3．解析対象遺伝子の選定＞
　The Ovarian Cancer Moon Shot データベース（Cell Rep 31, 107502, doi:10.1016/j.celrep.2020.03.066 (2020).）、相同組換え修復に関する報告（Clin Cancer Res 24, 569-580, doi:10.1158/1078-0432.Ccr-17-1621 (2018).）、PARP阻害剤に対する反応に関する報告（Cancers (Basel) 13, doi:10.3390/cancers13061296 (2021).）に基づいて、30遺伝子をddPCRによる解析のためのオリジナルパネルとして選択した。
　＜1-4．ドロップレットデジタルPCR＞
　抽出したDNAについて、選択した30遺伝子のコピー数（CNV：copy number variation）を、QX200 Auto DG droplet digital PCR system（Bio-Rad）を用い、製造者の説明書に従って測定した。11 μL 2x ddPCR Supermix for Probes (Bio-Rad), 1.1 μL FAMラベル化標的プローブ, 1.1 μL HEX ラベル化リファレンスプローブ, 1 μL 制限酵素, 5 μL DNAテンプレート, 及びnuclease-free water を含む22 μL反応液をddPCRアッセイに使用した。リファレンス遺伝子には、ddPCRコピー数測定用RPP30プローブを使用した。ERBB2には制限酵素としてMse Iを用いた。他の標的遺伝子にはHae IIIを使用した。Mse I と Hae III はカットスマートで 5 倍に希釈し、ヌクレアーゼフリー水で 10 倍に希釈した。DNAは少なくとも1ngであった。PCR反応は以下のサイクリング条件で行った。95℃、10分；40サイクル（94℃、30秒、60℃、1分）；98℃、10分；12℃ホールド。Bio-Rad QX200 droplet reader (Bio-Rad) でプレートを読み取り、Quanta Soft software (Bio-Rad) を用いて解析した。
　ddPCRでCNV値を測定した後、その状態をCross Validation（CV）を用いた機械学習で解析し、PARP阻害剤反応の寄与度を評価した。Cross Validation（CV）スコアに基づいて30遺伝子をランク付けし、CVスコア＞0.6を有意でPARP阻害剤反応予測に寄与していると判断した。結果を表１に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000001
　卵巣癌を有する被検体から採取された生体試料における、PIK3CA、RB1、GABRA6、BRCA2、ARID1A、NOTCH3、CTNNB1、BRAF、MYC、CSMD3、NF1、PTEN、PUM3、ELP4、JAG1、BARD1、MSH2、RPP2R1A、及びMDM4からなる群より選択される少なくとも1種の遺伝子のコピー数を測定することにより、卵巣癌に対するPARP阻害剤の有効性を評価できることが分かった。
　試験例2．卵巣癌組織のCNVと体液中EVのCNVとの相関
　試験例1の卵巣癌患者（n=49）の腹水から細胞外小胞（EV）を単離するために、各患者の腹水サンプル1 mlを使用した。各サンプルは、500 x g、4℃で15分間遠心分離し、浮遊細胞をペレット化した。上清を10,000 x g、40分間、4℃で遠心分離した。ペレットを再懸濁し、再度10,000×g、4℃で40分間遠心分離した。ペレットをPBSに再懸濁し、ラージEV（L-EV）として4℃で保存した。上清を0.22μmフィルターでろ過し、残った大きなベシクルを除去した。ろ過後の培地を超遠心機で100,600×g、4℃、70分間遠心分離した。ペレットをPBSに再懸濁し、再度100,600×g、4℃で70分間遠心分離した。最終ペレットをPBSに再懸濁し、エクソソームを含む小型EV（S-EV）として4℃で保存した。
　得られた小型EVサンプル及び卵巣癌患者（n=49）の卵巣癌組織から、試験例1と同様にして、DNAを抽出し、ドロップレットデジタルPCRにより、選択した30遺伝子のコピー数を測定した。
　結果を図１に示す。卵巣癌組織におけるCNVと体液中EVにおけるCNVとは相関することが分かった。
　試験例3．コピー数に基づいたAUCの解析
　試験例1で選別された遺伝子の内の9つの遺伝子（CTNNB1、GABRA6、MYC、RB1、ARID1A、BRAF、NOTCH3、PIK3CA、及びBRCA2）のコピー数を指標として、試験例1のResponderとNon-responderとを判別するROC解析を行った。
　各遺伝子のコピー数を指標として用いた場合のROC曲線及びAUCを図２～１０に示す。上記9遺伝子の内の4遺伝子のコピー数を組み合わせて指標として用いた場合のROC曲線及びAUCを図１１に示す。当該4遺伝子に加えてさらに2遺伝子（試験例1）のコピー数を組み合わせて指標として用いた場合のROC曲線及びAUCを図１２に示す。
　各遺伝子単独でも比較的高いAUCが得られ、一部の遺伝子は単独でも顕著に高いAUCが得られることが分かった。また、遺伝子を組み合わせることにより、さらに高いAUCが得られることが分かった。

Claims (10)

  1. （1）卵巣癌を有する被検体から採取された生体試料における、
    （A）CTNNB1、GABRA6、MYC、及びRB1の4種の遺伝子A、及び／又は
    （B）CTNNB1、GABRA6、MYC、RB1、ARID1A、BRAF、NOTCH3、PIK3CA、BRCA2、CSMD3、NF1、PTEN、PUM3、ELP4、JAG1、BARD1、MSH2、RPP2R1A、及びMDM4からなる群より選択される少なくとも1種の遺伝子B
    のコピー数を測定する工程を含む、卵巣癌に対するPARP阻害剤の有効性を検査する方法。
  2. 前記工程（A）においてコピー数を測定する遺伝子が前記遺伝子Aを含む、請求項１に記載の方法。
  3. 前記工程（A）においてコピー数を測定する遺伝子が前記遺伝子A及び／又はBRCA2以外の遺伝子Bを含む、請求項１に記載の方法。
  4. 前記生体試料が、体液から精製された細胞外小胞、細胞外小胞を含有する体液、又は卵巣癌組織である、請求項１に記載の方法。
  5. さらに、（2）前記工程（1）で測定された前記遺伝子A及び／又は前記遺伝子Bのコピー数に基づいて、前記被検体の卵巣癌に対するPARP阻害剤の有効性を判定する工程、
    を含む、請求項１～４のいずれかに記載の方法。
  6. 前記工程（2）が、（2a）前記工程（1）で測定された前記遺伝子A及び／又は前記遺伝子Bのコピー数がカットオフ値以上である場合に、前記被検体の卵巣癌に対してPARP阻害剤が有効であると判定する及び／又は前記被検体に対してPARP阻害剤を投与することを決定する工程、
    を含む、請求項５に記載の方法。
  7. 前記被検体がヒトである、請求項１～４のいずれかに記載の方法。
  8. 前記遺伝子A及び／又は前記遺伝子Bのコピー数の測定方法がデジタルPCR法である、請求項１～４のいずれかに記載の方法。
  9. （A）CTNNB1、GABRA6、MYC、及びRB1の4種の遺伝子A、及び／又は
    （B）CTNNB1、GABRA6、MYC、RB1、ARID1A、BRAF、NOTCH3、PIK3CA、BRCA2、CSMD3、NF1、PTEN、PUM3、ELP4、JAG1、BARD1、MSH2、RPP2R1A、及びMDM4からなる群より選択される少なくとも1種の遺伝子B
    のコピー数の検出剤を含む、卵巣癌に対するPARP阻害剤の有効性の検査薬。
  10. 前記検出剤が、前記遺伝子A及び／又は前記遺伝子Bに対するプローブ又はプライマーである、請求項９に記載の検査薬。
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