RU2322507C2 - Способ и аналитический набор для демонстрации генетической идентичности - Google Patents

Способ и аналитический набор для демонстрации генетической идентичности Download PDF

Info

Publication number
RU2322507C2
RU2322507C2 RU2004126246/13A RU2004126246A RU2322507C2 RU 2322507 C2 RU2322507 C2 RU 2322507C2 RU 2004126246/13 A RU2004126246/13 A RU 2004126246/13A RU 2004126246 A RU2004126246 A RU 2004126246A RU 2322507 C2 RU2322507 C2 RU 2322507C2
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
nucleotide sequence
oligonucleotide
site
flanking
sequence
Prior art date
Application number
RU2004126246/13A
Other languages
English (en)
Other versions
RU2004126246A (ru
Inventor
Алан Хауард ШУЛЬМАН (FI)
Алан Хауард ШУЛЬМАН
Ларс Йеран ПАУЛИН (FI)
Ларс Йеран ПАУЛИН
Original Assignee
Бореал Плант Бридинг Лтд.
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Бореал Плант Бридинг Лтд. filed Critical Бореал Плант Бридинг Лтд.
Publication of RU2004126246A publication Critical patent/RU2004126246A/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2322507C2 publication Critical patent/RU2322507C2/ru

Links

Images

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)

Abstract

Изобретение относится к области молекулярной биологии и может быть использовано для генетического анализа. Демонстрацию генетической идентичности, генетического разнообразия, геномных вариаций или полиморфизмов и кодоминантную оценку в пределах определенного популяционного пула осуществляют с помощью способа, включающего получение и оценку результатов гибридизации фрагментированного образца ДНК с олигонуклеотидами, способными специфически идентифицировать присутствие и отсутствие мобильного генетического элемента в геномной позиции. Указанные олигонуклеотиды используют также в составе аналитического набора для демонстрации генетической идентичности, генетического разнообразия, геномных вариаций или полиморфизмов и кодоминантной оценки в пределах определенного популяционного пула. Данный аналитический набор, а также указанный способ применяют для различения индивидуумов, а также для гарантированной и ускоренной селекции растений или животных. Применение изобретения обеспечивает надежное воспроизводимое получение распределения маркеров с недорогой и технически простой системой детекции. 6 н. и 12 з.п. ф-лы, 28 ил., 2 табл.

Description

Текст описания приведен в факсимильном виде.
Figure 00000001
Figure 00000002
Figure 00000003
Figure 00000004
Figure 00000005
Figure 00000006
Figure 00000007
Figure 00000008
Figure 00000009
Figure 00000010
Figure 00000011
Figure 00000012
Figure 00000013
Figure 00000014
Figure 00000015
Figure 00000016
Figure 00000017
Figure 00000018
Figure 00000019
Figure 00000020
Figure 00000021
Figure 00000022
Figure 00000023
Figure 00000024
Figure 00000025
Figure 00000026
Figure 00000027
Figure 00000028
Figure 00000029
Figure 00000030
Figure 00000031
Figure 00000032
Figure 00000033
Figure 00000034
Figure 00000035
Figure 00000036
Figure 00000037
Figure 00000038
Figure 00000039
Figure 00000040
Figure 00000041
Figure 00000042
Figure 00000043
Figure 00000044
Figure 00000045
Figure 00000046
Figure 00000047
Figure 00000048
Figure 00000049
Figure 00000050
Figure 00000051
Figure 00000052
Figure 00000053

Claims (18)

1. Способ демонстрации генетической идентичности, генетического разнообразия, геномных вариаций или полиморфизмов, аллельных вариаций и кодоминантной оценки в пределах определенного популяционного пула, характеризующийся тем, что включает стадии:
(а) перевода фрагментированного образца ДНК, представляющего собой полную ДНК индивидуума, в одноцепочечную форму и гибридизацию его с одним или несколькими наборами парных или параллельных одноцепочечных олигонуклеотидов, в условиях, позволяющих одноцепочечному, фрагментированному образцу ДНК отжигаться с комплементарными олигонуклеотидами, где
каждый из олигонуклеотидов присоединен к определенному идентифицируемому местоположению на твердом носителе;
нуклеотидная последовательность каждого олигонуклеотида представляет собой стык последовательности конца мобильного генетического элемента (ME) и последовательности примыкающего фланкирующего участка сайта интеграции ME или стык последовательностей фланкирующих участков сайта интеграции ME, причем сайт интеграции ME расположен в полиморфном участке геномной ДНК, и фланкирующий участок является одинаковым для аллелей, содержащих ME;
набор парных олигонуклеотидов состоит из олигонуклеотида, характеризующегося нуклеотидной последовательностью, состоящей из нуклеотидной последовательности левого или правого фланкирующего участка сайта интеграции МБ и нуклеотидной последовательности примыкающего конца ME, и олигонуклеотида, характеризующегося нуклеотидной последовательностью, состоящей из последовательностей левого и правого фланкирующего участка сайта интеграции ME; a
набор параллельных олигонуклеотидов состоит из, по меньшей мере, одного олигонуклеотида, характеризующегося нуклеотидной последовательностью, состоящей из нуклеотидной последовательности левого фланкирующего участка сайта интеграции ME и нуклеотидной последовательности примыкающего конца ME, по меньшей мере, одного олигонуклеотида, характеризующегося нуклеотидной последовательностью, состоящей из нуклеотидной последовательности правого фланкирующего участка сайта интеграции ME и нуклеотидной последовательности примыкающего конца ME, и, по меньшей мере, одного олигонуклеотида, характеризующегося нуклеотидной последовательностью, состоящей из последовательностей левого и правого фланкирующего участка сайта интеграции ME;
(b) обеспечение продукта гибридизации регистрируемой меткой, создающей возможность регистрации картины гибридизации;
(c) регистрацию картины гибридизации;
(d) оценку результатов гибридизации, при которой присутствие ME в сайте интеграции определяют в случае регистрации гибридизационного комплекса образца ДНК и олигонуклеотида, чья последовательность состоит из последовательности конца ME и примыкающей к нему последовательности фланкирующего участка сайта интеграции ME, a отсутствие ME в сайте интеграции определяют в случае регистрации гибридизационного комплекса образца ДНК и олигонуклеотида, чья последовательность состоит из последовательностей фланкирующих участков сайта интеграции ME; и
демонстрацию генетической идентичности, генетического разнообразия, геномных вариаций или полиморфизмов, аллельных вариаций и кодоминантную оценку в пределах определенного популяционного пула на основе полученных данных о наличии или отсутствии ME в образце ДНК индивидуума.
2. Способ по п.1, характеризующийся тем, что после стадии гибридизации удаляют образец ДНК, который не связался с олигонуклеотидами, иммобилизованными на твердом носителе.
3. Способ по п.1, характеризующийся тем, что для кодоминантной оценки обеспечивают, по меньшей мере, один набор парных или параллельных олигонуклеотидных последовательностей для каждого гомолога, который подлежит оценке в популяционном пуле.
4. Способ по п.1, характеризующийся тем, что используют олигонуклеотид, характеризующийся нуклеотидной последовательностью, состоящей из последовательности участка, фланкирующего сайт интеграции ME, и последовательности примыкающего к нему конца ME, в котором последовательность фланкирующего участка последовательности длиннее последовательности конца ME.
5. Способ по п.1, характеризующийся тем, что используют твердый носитель, который может быть возвращен в его исходное состояние для повторного использования после стадии регистрации результатов картины гибридизации.
6. Способ по любому из пп.1-5, характеризующийся тем, что его стадии, начиная с гибридизации и заканчивая оценкой результатов гибридизации, являются автоматизированными.
7. Аналитический набор для демонстрации генетической идентичности, генетического разнообразия, геномных вариаций или полиморфизмов, аллельных вариаций и кодоминантной оценки в популяционном пуле, характеризующийся тем, что он содержит один или несколько наборов парных или параллельных одноцепочечных олигонуклеотидов, присоединенных к определенному идентифицируемому местоположению на твердом носителе, причем нуклеотидная последовательность каждого олигонуклеотида представляет собой стык последовательности конца мобильного генетического элемента (ME) и последовательности примыкающего фланкирующего участка сайта интеграции ME, расположенного в полиморфном участке геномной ДНК, или стык последовательностей фланкирующих участков указанного сайта интеграции ME, где
фланкирующий участок для аллелей, содержащих ME, является одинаковым;
набор парных олигонуклеотидов состоит из олигонуклеотида, характеризующегося нуклеотидной последовательностью, состоящей из нуклеотидной последовательности левого или правого фланкирующего участка сайта интеграции ME и нуклеотидной последовательности примыкающего конца ME, и олигонуклеотида, характеризующегося нуклеотидной последовательностью, состоящей из последовательностей левого и правого фланкирующего участка сайта интеграции ME; a
набор параллельных олигонуклеотидов состоит из, по меньшей мере, одного олигонуклеотида, характеризующегося нуклеотидной последовательностью, состоящей из нуклеотидной последовательности левого фланкирующего участка сайта интеграции ME и нуклеотидной последовательности примыкающего конца ME, по меньшей мере, одного олигонуклеотида, характеризующегося нуклеотидной последовательностью, состоящей из нуклеотидной последовательности правого фланкирующего участка сайта интеграции ME и нуклеотидной последовательности примыкающего конца ME, и, по меньшей мере, одного олигонуклеотида, характеризующегося нуклеотидной последовательностью, состоящей из последовательностей левого и правого фланкирующего участка сайта интеграции ME.
8. Аналитический набор по п.7, характеризующийся тем, что в олигонуклеотиде, состоящем из последовательности участка, фланкирующего сайт интеграции ME, и последовательности примыкающего к нему конца ME, последовательность фланкирующего участка длиннее последовательности конца ME.
9. Аналитический набор по п.7, характеризующийся тем, что содержит, по меньшей мере, одну пару олигонуклеотидных последовательностей, присоединенных к твердому носителю, причем одна из указанных олигонуклеотидных последовательностей представляет занятый сайт интеграции ME, и одна из указанных олигонуклеотидных последовательностей представляет свободный сайт интеграции ME, причем посредством этого создается возможность для кодоминантной оценки.
10. Аналитический набор по любому из пп.7-9, характеризующийся тем, что твердый носитель выбирают из группы, включающей мембрану, фильтр, предметное стекло, планшет, чип, чашку или микролунку, которые выполняют из материала, выбранного из группы, которую составляют стекло, пластики, нитроцеллюлоза, нейлон, полиакриловые кислоты или силиконы.
11. Аналитический набор по п.7, характеризующийся тем, что содержит необязательные реагенты, метки, буферы для промывки, реагенты для защиты концов и/или инструкции по применению.
12. Аналитический набор по п.7, характеризующийся тем, что содержит олигонуклеотиды, размер которых позволяет образовываться устойчивому гибридизационному комплексу между ними и образцом ДНК и составляет, по меньшей мере, 20 нуклеотидов.
13. Аналитический набор по п.7, характеризующийся тем, что содержит олигонуклеотиды, защищенные от действия нуклеаз по концам.
14. Аналитический набор по п.13, характеризующийся тем, что олигонуклеотиды иммобилизованы на твердом носителе, который может быть возвращен в исходное состояние для повторного использования после обработки для регистрации картины гибридизации олигонуклеотидов с образцом ДНК.
15. Применение способа по любому из пп.1-6 для различения индивидуумов, принадлежащих к определенному виду, отличающихся, по меньшей мере, одним сайтом интеграции, по меньшей мере, одного мобильного элемента (ME) в любой данной геномной позиции.
16. Применение способа по любому из пп.1-6 для гарантированной и ускоренной селекции растений или животных.
17. Применение аналитического набора по любому из пп.7-14 для различения индивидуумов, принадлежащих к определенному виду, отличающихся, по меньшей мере, одним сайтом интеграции, по меньшей мере, одного мобильного элемента (ME) в любой данной геномной позиции.
18. Применение аналитического набора по любому из пп.7-14 для гарантированной и ускоренной селекции растений или животных.
RU2004126246/13A 2002-01-30 2003-01-29 Способ и аналитический набор для демонстрации генетической идентичности RU2322507C2 (ru)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
FI20020176 2002-01-30
FI20020176A FI112093B (fi) 2002-01-30 2002-01-30 Menetelmä ja testipakkaus geneettisen identiteetin osoittamiseksi

Publications (2)

Publication Number Publication Date
RU2004126246A RU2004126246A (ru) 2005-04-20
RU2322507C2 true RU2322507C2 (ru) 2008-04-20

Family

ID=8562981

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2004126246/13A RU2322507C2 (ru) 2002-01-30 2003-01-29 Способ и аналитический набор для демонстрации генетической идентичности

Country Status (10)

Country Link
US (1) US20030170705A1 (ru)
EP (1) EP1468115A1 (ru)
JP (1) JP2005515789A (ru)
CN (1) CN100487135C (ru)
AU (1) AU2003201974B2 (ru)
CA (1) CA2472153A1 (ru)
FI (1) FI112093B (ru)
RU (1) RU2322507C2 (ru)
WO (1) WO2003064686A1 (ru)
ZA (1) ZA200405089B (ru)

Families Citing this family (22)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CA2610294C (en) 2005-05-09 2023-10-03 Theranos, Inc. Point-of-care fluidic systems and uses thereof
CN101365944B (zh) * 2005-12-02 2013-08-07 单倍体技术有限公司 基因作图和确定单倍型的方法
US11287421B2 (en) 2006-03-24 2022-03-29 Labrador Diagnostics Llc Systems and methods of sample processing and fluid control in a fluidic system
US8741230B2 (en) 2006-03-24 2014-06-03 Theranos, Inc. Systems and methods of sample processing and fluid control in a fluidic system
EP3181228B1 (en) 2007-10-02 2020-07-29 Labrador Diagnostics LLC Modular point-of-care devices and uses thereof
FR2954322A1 (fr) * 2009-12-23 2011-06-24 Agronomique Inst Nat Rech Puce a adn pour la detection de polymorphismes aux sites d'insertion d'elements transposables
RU2620922C2 (ru) 2011-01-21 2017-05-30 Теранос, Инк. Системы и методы оптимизации использования образца
US9664702B2 (en) 2011-09-25 2017-05-30 Theranos, Inc. Fluid handling apparatus and configurations
US20140170735A1 (en) 2011-09-25 2014-06-19 Elizabeth A. Holmes Systems and methods for multi-analysis
US9619627B2 (en) 2011-09-25 2017-04-11 Theranos, Inc. Systems and methods for collecting and transmitting assay results
US8435738B2 (en) 2011-09-25 2013-05-07 Theranos, Inc. Systems and methods for multi-analysis
US9632102B2 (en) 2011-09-25 2017-04-25 Theranos, Inc. Systems and methods for multi-purpose analysis
US8475739B2 (en) 2011-09-25 2013-07-02 Theranos, Inc. Systems and methods for fluid handling
US8840838B2 (en) 2011-09-25 2014-09-23 Theranos, Inc. Centrifuge configurations
US9268915B2 (en) 2011-09-25 2016-02-23 Theranos, Inc. Systems and methods for diagnosis or treatment
US8380541B1 (en) 2011-09-25 2013-02-19 Theranos, Inc. Systems and methods for collecting and transmitting assay results
US9810704B2 (en) 2013-02-18 2017-11-07 Theranos, Inc. Systems and methods for multi-analysis
US9250229B2 (en) 2011-09-25 2016-02-02 Theranos, Inc. Systems and methods for multi-analysis
US10012664B2 (en) 2011-09-25 2018-07-03 Theranos Ip Company, Llc Systems and methods for fluid and component handling
CN108490204A (zh) 2011-09-25 2018-09-04 赛拉诺斯知识产权有限责任公司 用于多重分析的系统和方法
CN104769134A (zh) 2012-09-11 2015-07-08 赛拉诺斯股份有限公司 使用生物签名的信息管理系统和方法
EP2956755A4 (en) 2013-02-18 2016-03-30 Theranos Inc SYSTEMS AND METHODS FOR COLLECTING AND TRANSMITTING ANALYSIS RESULTS

Family Cites Families (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
DE4344742A1 (de) * 1993-06-09 1994-12-15 Boehringer Mannheim Gmbh Verfahren zur Immobilisierung von Nukleinsäuren
US5871917A (en) * 1996-05-31 1999-02-16 North Shore University Hospital Research Corp. Identification of differentially methylated and mutated nucleic acids
US5830665A (en) * 1997-03-03 1998-11-03 Exact Laboratories, Inc. Contiguous genomic sequence scanning
CA2310808A1 (en) * 1997-11-25 1999-06-03 Vlaams Interuniversitair Instituut Voor Biotechnologie Vzw Method of parallel screening for insertion mutants and a kit to perform this method
US20020031776A1 (en) * 1999-05-28 2002-03-14 Tullis Richard H. Enzymatic labeling and detection of DNA hybridization probes

Non-Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
Flavell A.J. et al. Retrotransposon-based insertion polymorphisms (RBIP) for high throughput marker analysis. Plant J. 1998 Dec;16(5):643-50. STEINLEIN L.M. et al. Reverse dot blot assay (insertion site typing) for precise detection of sites ofIS6110 insertion in the Mycobacterium tuberculosis genome. J Clin Microbiol. 2001 Mar; 39(3):871-8. *

Also Published As

Publication number Publication date
ZA200405089B (en) 2005-06-20
FI112093B (fi) 2003-10-31
CN1646701A (zh) 2005-07-27
AU2003201974B2 (en) 2007-03-01
EP1468115A1 (en) 2004-10-20
RU2004126246A (ru) 2005-04-20
CN100487135C (zh) 2009-05-13
CA2472153A1 (en) 2003-08-07
FI20020176A0 (fi) 2002-01-30
US20030170705A1 (en) 2003-09-11
JP2005515789A (ja) 2005-06-02
FI20020176A (fi) 2003-07-31
WO2003064686A1 (en) 2003-08-07

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2322507C2 (ru) Способ и аналитический набор для демонстрации генетической идентичности
US10760123B2 (en) Sequential sequencing
JP6875998B2 (ja) 生物学的組織試料の分子プロファイルの空間マッピング
ES2490601T3 (es) Secuenciación multi-etiqueta y análisis ecogenómico
US6156502A (en) Arbitrary sequence oligonucleotide fingerprinting
Fortes et al. Analysis of whole mitogenomes from ancient samples
EP2647426A1 (en) Replication of distributed nucleic acid molecules with preservation of their relative distribution through hybridization-based binding
RU2003103771A (ru) Способ генотипирования на микрочипах множества образцов по множественным локусам
WO1996032504A3 (en) Solid phase sequencing of biopolymers
JP2013544498A5 (ru)
WO2005113822A3 (en) Dna profiling and snp detection utilizing microarrays
JP2017533709A5 (ru)
JP2020530270A (ja) ゲノム再編成検出のための配列決定方法
KR101353083B1 (ko) 돼지의 다산 개체 선발을 위한 ｓｎｐ 마커와 이를 이용한 평가방법
WO2000061801A2 (en) METHOD FOR THE DETECTION AND/OR ANALYSIS, BY MEANS OF PRIMER EXTENSION TECHNIQUES, OF SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISMS IN RESTRICTION FRAGMENTS, IN PARTICULAR IN AMPLIFIED RESTRICTION FRAGMENTS GENERATED USING AFLP$m(3)
EP1480155A3 (en) Information processing apparatus, information processing method, storage medium and program
Brolin et al. Simultaneous transcription of duplicated var2csa gene copies in individual Plasmodium falciparum parasites
US20110276525A1 (en) Reference markers for biological samples
Khodosevich et al. Large‐scale determination of the methylation status of retrotransposons in different tissues using a methylation tags approach
KR101351990B1 (ko) 한우 동일성검사를 위한 단일염기다형성 및 그의 용도
KR101766273B1 (ko) 미토콘드리아 dna의 snp 마커를 포함하는 개 품종 식별용 조성물 및 이를 이용한 개 품종 식별방법
CA2266750A1 (en) Cleaved amplified rflp detection methods
KR101945953B1 (ko) 고추 역병 저항성 품종의 구별을 위한 분자마커 및 이의 용도
Hue-Roye et al. Principles of PCR-based assays
WO2008088236A1 (ru) Способ генетической идентификации личности на основе анализа однонуклеотидного полиморфизма генома человека с использованием олигонуклеотидного биологического микрочипа (биочипа)

Legal Events

Date Code Title Description
MM4A The patent is invalid due to non-payment of fees

Effective date: 20130130