RU2021136912A - Набор, система и проточная кювета - Google Patents
Набор, система и проточная кювета Download PDFInfo
- Publication number
- RU2021136912A RU2021136912A RU2021136912A RU2021136912A RU2021136912A RU 2021136912 A RU2021136912 A RU 2021136912A RU 2021136912 A RU2021136912 A RU 2021136912A RU 2021136912 A RU2021136912 A RU 2021136912A RU 2021136912 A RU2021136912 A RU 2021136912A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- capture
- solid support
- enrichment
- target
- capture probes
- Prior art date
Links
Claims (56)
1. Набор, содержащий
текучую среду для получения библиотеки, включающую гранулы для получения библиотеки, причем каждая гранула для получения библиотеки включает первую твердую подложку; и
транспосому, прикрепленную к первой твердой подложке;
образец текучей среды, включающий геномную дезоксирибонуклеотидную последовательность; и
текучую среду для обогащения, содержащую целевые гранулы захвата, причем каждая целевая гранула захвата содержит
вторую твердую подложку; и
зонды захвата, прикрепленные ко второй твердой подложке, причем каждый из зондов захвата включает одноцепочечную дезоксирибонуклеотидную последовательность, которая комплементарна целевой области геномной дезоксирибонуклеиновой кислоты в образце текучей среды.
2. Набор по п. 1, в котором первая твердая подложка и вторая твердая подложка по отдельности выбраны из группы, включающей чувствительный к магниту материал, стекло, полимер и металл.
3. Набор по п. 1 или 2, в котором зонды захвата присоединены ко второй твердой подложке посредством связывающей пары.
4. Набор по любому из пп. 1-3, дополнительно содержащий блокирующую текучую среду, включающую блокирующие последовательности дезоксирибонуклеиновых кислот.
5. Набор по любому из пп. 1-4, в котором плотность зондов целевых гранул захвата находится в диапазоне от приблизительно 2⋅105 зондов захвата на твердой подложке до приблизительно 5⋅106 зондов захвата на твердой подложке.
6. Набор, содержащий
под набор для преобразования РНК в кДНК; и
текучую среду для обогащения, содержащую целевые гранулы захвата, причем каждая целевая гранула захвата содержит твердую подложку; и
зонды захвата, прикрепленные к твердой подложке, причем каждый из зондов захвата включает одноцепочечную дезоксирибонуклеотидную последовательность, которая комплементарна целевой области кДНК, полученной с использованием поднабора для преобразования РНК в кДНК.
7. Набор по п. 6, в котором зонды захвата присоединены к твердой подложке посредством связывающей пары.
8. Система, содержащая
подложку;
канал для получения, образованный в первой области на подложке, причем канал для получения включает сайты захвата для получения с целью иммобилизации гранул для получения библиотеки;
канал для обогащения, образованный во второй области подложки, расположенной ниже по потоку от канала для получения, причем канал для обогащения содержит: праймеры для амплификации; и
сайты захвата для обогащения для иммобилизации целевых гранул захвата; и
транспортный канал, селективно и по текучей среде соединяющий канал для получения и канал для обогащения.
9. Система по п. 8, в которой канал для получения не включает праймеры для амплификации.
10. Система по п. 8 или 9, дополнительно содержащая вторую подложку, прикрепленную к указанной подложке, причем вторая подложка включает:
второй канал для получения, включающий вторые сайты захвата для получения; и второй канал для обогащения, содержащий вторые праймеры для амплификации и вторые сайты захвата для обогащения.
11. Система по одному из пп. 8-10, дополнительно содержащая систему реагентов проточной кюветы, находящуюся в селективном сообщении текучей среды с каналом для обогащения.
12. Система по п. 11, в которой система реагентов включает резервуар; и
текучую среду для обогащения, содержащуюся в резервуаре, причем текучая среда содержит целевые гранулы захвата, причем каждая целевая гранула захвата содержит: твердую подложку; и
зонды захвата, прикрепленные к твердой подложке, причем каждый из зондов захвата включает одноцепочечную дезоксирибонуклеотидную последовательность, которая комплементарна целевой области геномной дезоксирибонуклеиновой кислоты или комплементарной дезоксирибонуклеиновой кислоты.
13. Система по любому из пп. 8-12, дополнительно содержащая целевые гранулы захвата, иммобилизованные на сайтах захвата для обогащения, причем каждая гранула для захвата мишени включает
твердую подложку; и
зонды захвата, прикрепленные к твердой подложке, причем каждый из зондов захвата включает одноцепочечную дезоксирибонуклеотидную последовательность, которая комплементарна целевой области геномной дезоксирибонуклеиновой кислоты или комплементарной дезоксирибонуклеиновой кислоты.
14. Система по п. 13, в которой сайт захвата для обогащения содержит первый элемент связывающей пары, а твердая подложка покрыта вторым элементом связывающей пары.
15. Система по любому из пп. 8-14, в которой канал для обогащения содержит углубления, разделенные промежуточными областями, и при этом праймеры для амплификации и сайты захвата для обогащения расположены внутри каждого из углублений.
16. Проточная кювета, содержащая
канал для обогащения, образованный между двумя поверхностями, содержащий праймеры для амплификации, прикрепленные по меньшей мере к одной из двух поверхностей; и
целевые гранулы захвата, иммобилизованные по меньшей мере на одной из двух поверхностей, причем каждая целевая гранула захвата включает твердую подложку; и
зонды захвата, прикрепленные к твердой подложке, причем каждый из зондов захвата включает одноцепочечную последовательность нуклеиновой кислоты, которая комплементарна целевой области геномной дезоксирибонуклеиновой кислоты или комплементарной дезоксирибонуклеиновой кислоты.
17. Проточная кювета по п. 16, в которой зонды захвата прикреплены к твердой подложке посредством связывающей пары.
18. Проточная кювета по п. 16 или 17, в которой каждая из двух поверхностей включает углубления, разделенные промежуточными областями, и при этом праймеры для амплификации и целевые гранулы захвата расположены внутри каждого из углублений.
19. Способ, включающий
введение целевых гранул захвата в канал для обогащения, включающий по меньшей мере одну поверхность, содержащую праймеры для амплификации и сайты захвата для обогащения, причем по меньшей мере некоторые целевые гранулы захвата иммобилизованы на сайтах захвата для обогащения, причем каждая из целевых гранул захвата включает твердую подложку; и
зонды захвата, прикрепленные к твердой подложке, причем каждый из зондов захвата включает одноцепочечную последовательность нуклеиновой кислоты, которая комплементарна целевой области геномной дезоксирибонуклеиновой кислоты или комплементарной дезоксирибонуклеиновой кислоты.
20. Способ по п. 19, в котором перед введением целевых гранул захвата способ дополнительно включает получение целевых гранул захвата посредством
синтеза зондов захвата с первым элементом связывающей пары, прикрепленным к концу каждого зонда захвата; и
инкубацию зондов захвата с твердой подложкой, причем твердая подложка покрыта вторым элементом связывающей пары.
21. Способ по п. 20, дополнительно включающий контроль плотности зондов захвата целевых гранул захвата посредством корректировки концентрации зондов захвата в смеси, применяемой для инкубации.
22. Способ по любому из пп. 19-21, дополнительно включающий
получение фрагментов библиотеки из геномной дезоксирибонуклеиновой кислоты или комплементарной дезоксирибонуклеиновой кислоты;
введение фрагментов библиотеки в канал для обогащения; и
инкубацию канала для обогащения при заданной температуре, при которой по меньшей мере некоторые из фрагментов библиотеки, включая целевую область, гибридизуются с зондами захвата.
23. Способ по п. 22, дополнительно включающий блокирование концов фрагментов библиотеки блокирующими олигонуклеотидами до введения фрагментов библиотеки в канал для обогащения.
24. Способ по п. 22 или 23, дополнительно включающий введение реагента для объединения с фрагментами библиотеки.
25. Способ по п. 22 или 23, дополнительно включающий приложение электрического поля во время инкубации.
26. Способ по п. 22 или 23, дополнительно включающий индуцирование перемещения текучей среды, содержащей фрагмент библиотеки, во время инкубации.
27. Способ по п. 22 или 23, дополнительно включающий применение электрофореза для предварительного концентрирования фрагментов библиотеки в канале для обогащения.
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US62/966,351 | 2020-01-27 |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2021136912A true RU2021136912A (ru) | 2023-06-14 |
Family
ID=
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| US8841116B2 (en) | Inline-injection microdevice and microfabricated integrated DNA analysis system using same | |
| KR101214270B1 (ko) | 마이크로제조된 통합된 ｄｎａ 분석시스템 | |
| US9493822B2 (en) | Devices and methods for microarray selection | |
| US9709469B2 (en) | Valveless microfluidic device | |
| AU2004315186B2 (en) | High throughput device for performing continuous-flow reactions | |
| JP5597633B2 (ja) | 化学的ターゲットと特異的に結合する核酸の迅速な確認のための装置 | |
| AU772213B2 (en) | Biochemical purification devices with immobilized capture probes and their uses | |
| EP1860198B1 (en) | Method and apparatus for concentrating and amplifying nucleic acid in single micro chamber | |
| EP1411340A2 (en) | Biochemical purification devices with immobilized capture probes and their uses | |
| CN105209639B (zh) | 在固相载体扩增核酸的方法 | |
| US7320862B2 (en) | Microfluidic extraction method | |
| Jung et al. | Extensible multiplex real-time PCR of MicroRNA using Microparticles | |
| JP2006514826A (ja) | 核酸を分析するためのラボ・オン・チップシステム | |
| CA2414329A1 (en) | Hybridization of target dna with immobilized nucleic acid analogs | |
| EP2535408B1 (en) | Microchip for nucleic acid amplification reaction and and process for production thereof | |
| Olsen et al. | Integrated microfluidic selex using free solution electrokinetics | |
| RU2021136912A (ru) | Набор, система и проточная кювета | |
| CN100590204C (zh) | 一种无需激发剂三维凝胶微阵列芯片的制备方法 | |
| KR101822881B1 (ko) | 노닐페놀에 특이적으로 결합하는 압타머 및 이를 이용하여 노닐페놀을 검출하는 방법 | |
| US20170335382A1 (en) | Isothermal Amplification Assay for the Detection of Short Nucleic Acid Sequences | |
| KR101909460B1 (ko) | 프라이머가 고정된 하이드로겔 미세입자 및 이를 이용한 핵산 증폭 방법 | |
| KR102400280B1 (ko) | 유전자 증폭 기술 기반 유전자 진단 시스템 | |
| JP2004016071A (ja) | ポリヌクレオチドの選択的吸着方法および判定方法 | |
| WO2023154305A2 (en) | Antibody protein product expression constructs for high throughput sequencing | |
| RU2005113706A (ru) | Вариация человеческого гормона роста и ее применения |