RU2019108573A - Мультипротеазный способ - Google Patents
Мультипротеазный способ Download PDFInfo
- Publication number
- RU2019108573A RU2019108573A RU2019108573A RU2019108573A RU2019108573A RU 2019108573 A RU2019108573 A RU 2019108573A RU 2019108573 A RU2019108573 A RU 2019108573A RU 2019108573 A RU2019108573 A RU 2019108573A RU 2019108573 A RU2019108573 A RU 2019108573A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- protease
- protein
- epitopes
- proteases
- sequence
- Prior art date
Links
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims 26
- 108091005804 Peptidases Proteins 0.000 claims 25
- 239000004365 Protease Substances 0.000 claims 25
- 102100037486 Reverse transcriptase/ribonuclease H Human genes 0.000 claims 16
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 claims 13
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims 13
- 102000035195 Peptidases Human genes 0.000 claims 9
- 230000017854 proteolysis Effects 0.000 claims 7
- 125000003275 alpha amino acid group Chemical group 0.000 claims 5
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 claims 4
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 claims 4
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 claims 3
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 claims 3
- 230000007017 scission Effects 0.000 claims 3
- -1 Arg-C Proteins 0.000 claims 2
- 108090000317 Chymotrypsin Proteins 0.000 claims 2
- 101001018085 Lysobacter enzymogenes Lysyl endopeptidase Proteins 0.000 claims 2
- 108090000284 Pepsin A Proteins 0.000 claims 2
- 102000057297 Pepsin A Human genes 0.000 claims 2
- 108090000631 Trypsin Proteins 0.000 claims 2
- 102000004142 Trypsin Human genes 0.000 claims 2
- 229960002376 chymotrypsin Drugs 0.000 claims 2
- 229940111202 pepsin Drugs 0.000 claims 2
- 239000003725 proteoliposome Substances 0.000 claims 2
- 239000012588 trypsin Substances 0.000 claims 2
- 230000005526 G1 to G0 transition Effects 0.000 claims 1
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 claims 1
- 238000012217 deletion Methods 0.000 claims 1
- 230000037430 deletion Effects 0.000 claims 1
- 238000004925 denaturation Methods 0.000 claims 1
- 230000036425 denaturation Effects 0.000 claims 1
- 238000004949 mass spectrometry Methods 0.000 claims 1
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 claims 1
Classifications
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/543—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor with an insoluble carrier for immobilising immunochemicals
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
- G01N33/6878—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids in eptitope analysis
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/34—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving hydrolase
- C12Q1/37—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving hydrolase involving peptidase or proteinase
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
- G01N33/6803—General methods of protein analysis not limited to specific proteins or families of proteins
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
- G01N33/6803—General methods of protein analysis not limited to specific proteins or families of proteins
- G01N33/6848—Methods of protein analysis involving mass spectrometry
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2560/00—Chemical aspects of mass spectrometric analysis of biological material
Landscapes
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Hematology (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Pathology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Spectroscopy & Molecular Physics (AREA)
- Peptides Or Proteins (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Enzymes And Modification Thereof (AREA)
- Other Investigation Or Analysis Of Materials By Electrical Means (AREA)
Claims (26)
1. Способ идентификации эпитопа на белке, с которым может связываться антитело, причем указанный способ включает:
(i) осуществление ограниченного или частичного протеолиза указанного белка с использованием одной первой протеазы или комбинации первых протеаз;
(ii) осуществление неограниченного протеолиза или осуществление ограниченного или частичного протеолиза указанного белка с использованием одной второй протеазы или комбинации вторых протеаз, причем указанная вторая протеаза или протеазы все отличаются от протеазы или протеаз, используемых на этапе (i);
(iii) анализ пептидов, которые высвободились из указанного белка на этапе (ii), для идентификации пептидов, в которых один конец был разрезан указанной первой протеазой, а другой конец был разрезан указанной второй протеазой;
(iv) исследование одного или нескольких эпитопов в области белка, содержащей или фланкирующей сайт разрезания указанной первой протеазы, как определено на этапе (iii), с помощью одного или более антител, направленных на указанные эпитопы, таким образом позволяя идентифицировать один или более эпитопов на белке, с которыми может связываться антитело.
2. Способ по п. 1, отличающийся тем, что на этапе (ii) осуществляют неограниченный протеолиз.
3. Способ по п. 1 или 2, отличающийся тем, что на этапе (i) используют одну первую протеазу.
4. Способ по любому из пп. 1-3, отличающийся тем, что на этапе (ii) используют одну вторую протеазу.
5. Способ по любому из пп. 1-4, отличающийся тем, что на этапе (ii) осуществляют неограниченный протеолиз, и при этом указанный способ дополнительно включает после этапа (i), но перед этапом (ii), дополнительный этап осуществления ограниченного или частичного протеолиза указанного белка с использованием указанной одной второй протеазы или комбинации вторых протеаз, которые используют на этапе (ii).
6. Способ по любому из пп. 1-5, отличающийся тем, что указанная одна первая протеаза или указанная комбинация первых протеаз выбрана из группы, состоящей из трипсина, Arg-С, Lys-C и Lys-N.
7. Способ по любому из пп. 1-5, отличающийся тем, что указанная одна первая протеаза или указанная комбинация первых протеаз выбрана из группы, состоящей из пепсина, химотрипсина и Glu-C.
8. Способ по любому из пп. 1-6, отличающийся тем, что указанная одна вторая протеаза или указанная комбинация вторых протеаз выбрана из группы, состоящей из пепсина, химотрипсина и Glu-C.
9. Способ по любому из пп. 1-5 или 7, отличающийся тем, что указанная одна вторая протеаза или указанная комбинация вторых протеаз выбрана из группы, состоящей из трипсина, Arg-C, Lys-C и Lys-N.
10. Способ по любому из пп. 1-9, отличающийся тем, что указанный способ дополнительно включает этап денатурации, который проводят до, во время или после этапа (ii).
11. Способ по любому из пп. 1-10, отличающийся тем, что указанные пептиды анализируют с применением масс-спектрометрии.
12. Способ по любому из пп. 1-11, отличающийся тем, что исследуют совокупность эпитопов.
13. Способ по любому из пп. 1-12, отличающийся тем, что указанный способ дополнительно включает перед этапом (iv) этап создания одного или более выделенных эпитопов, последовательности которых соответствуют одному или более эпитопам на указанном белке, которые находятся в области белка, содержащей или фланкирующей сайт разрезания указанной первой протеазы, как определено на этапе (iii), и создания антител, которые направлены на указанные выделенные эпитопы, и использование указанных антител на этапе (iv) для исследования одного или нескольких эпитопов на указанном белке.
14. Способ по любому из пп. 1-13, отличающийся тем, что указанный эпитоп находится в пределах 20 аминокислот от указанного сайта разрезания указанной первой протеазы.
15. Способ по любому из пп. 1-14, отличающийся тем, что исследуют совокупность эпитопов, и отличающийся тем, что указанная совокупность эпитопов представляет собой множество эпитопов, причем последовательность каждого эпитопа во множестве смещена по сравнению с другим эпитопом во множестве на 1, 2 или 3 аминокислоты.
16. Способ по любому из пп. 1-15, отличающийся тем, что указанный протеолиз на этапах (i) и (ii) осуществляют в отношении белка, который присутствует в протеолипосоме, полученной из клеток.
17. Способ по п. 16, отличающийся тем, что указанная протеолипосома иммобилизована в проточной ячейке для получения неподвижной фазы белка.
18. Способ по любому из пп. 1-17, отличающийся тем, что этап (iii) включает анализ пептидов, которые высвободились из указанного белка на этапе (i) и этапе (ii).
19. Способ по любому из пп. 1-18, отличающийся тем, что указанный способ также включает этап получения антитела против эпитопа, идентифицированного по любому из пп. 1-18.
20. Эпитоп, идентифицированный способом по любому из пп. 1-18.
21. Эпитоп, содержащий аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 82, 88, 90, 94, 95, 96, 98, 99, 102, 104, 107, 110, 114, 115, 121, 122, 126, 130, 132, 137, 138, 139, 140, 141, 142, 143, 144, 145, 146, 147, 149, 150, 151, 152, 153, 154, 155, 156, 157, 158, 159, 163, 165, 167, 168, 169, 171, 173, 174, 175, 176, 178, 180, 181 и 182, или последовательность, по существу гомологичную указанной последовательности, причем указанная по существу гомологичная последовательность представляет собой последовательность, содержащую 1, 2 или 3 замены или делеции аминокислот по сравнению с данной аминокислотной последовательностью, или представляет собой последовательность, которая характеризуется идентичностью последовательности по меньшей мере 70% данной аминокислотной последовательности, или представляет собой последовательность, которая характеризуется по меньшей мере 6 последовательными аминокислотами данной аминокислотной последовательности.
22. Антитело, которое связывается с эпитопом по п. 20 или 21.
Applications Claiming Priority (3)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| GB1617002.9 | 2016-10-06 | ||
| GBGB1617002.9A GB201617002D0 (en) | 2016-10-06 | 2016-10-06 | Multi-protease method |
| PCT/EP2017/075532 WO2018065599A1 (en) | 2016-10-06 | 2017-10-06 | Multi-protease method |
Publications (3)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2019108573A true RU2019108573A (ru) | 2020-11-06 |
| RU2019108573A3 RU2019108573A3 (ru) | 2021-01-21 |
| RU2774157C2 RU2774157C2 (ru) | 2022-06-15 |
Family
ID=
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| IL265612B1 (en) | 2023-12-01 |
| NZ752437A (en) | 2022-12-23 |
| KR102411384B1 (ko) | 2022-06-20 |
| US11408883B2 (en) | 2022-08-09 |
| MX2019003908A (es) | 2019-06-10 |
| MA46454A (fr) | 2019-08-14 |
| WO2018065599A1 (en) | 2018-04-12 |
| EP3523659A1 (en) | 2019-08-14 |
| IL265612A (en) | 2019-05-30 |
| AU2017339096A1 (en) | 2019-05-02 |
| CN109891247B (zh) | 2022-10-04 |
| IL265612B2 (en) | 2024-04-01 |
| AU2017339096B2 (en) | 2023-03-30 |
| JP2020502482A (ja) | 2020-01-23 |
| RU2019108573A3 (ru) | 2021-01-21 |
| US20200041499A1 (en) | 2020-02-06 |
| CN109891247A (zh) | 2019-06-14 |
| KR20190062504A (ko) | 2019-06-05 |
| GB201617002D0 (en) | 2016-11-23 |
| JP7046931B2 (ja) | 2022-04-04 |
| CA3039064A1 (en) | 2018-04-12 |
| BR112019006624A2 (pt) | 2019-07-02 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| D'Amato et al. | In-depth exploration of Hevea brasiliensis latex proteome and “hidden allergens” via combinatorial peptide ligand libraries | |
| ATE419379T1 (de) | Proteinphosphorylierung in c-src-signalwegen | |
| RU2011138060A (ru) | Средства и способы получения высокоочищенного нейротоксина | |
| Zerefos et al. | Characterization of the human urine proteome by preparative electrophoresis in combination with 2‐DE | |
| NZ752437A (en) | Multi-protease method | |
| CN109425662A (zh) | 一种鉴定蛋白的方法及系统 | |
| RU2012138298A (ru) | Способ определения вариантов последовательности полипептидов | |
| Dormeyer et al. | A practical guide for the identification of membrane and plasma membrane proteins in human embryonic stem cells and human embryonal carcinoma cells | |
| DE60028248D1 (de) | Methode zur reduzierung der immunogenizität von staphylokinase durch entfernen von t-zell epitopen | |
| RU2007124371A (ru) | Антитела и пептидные антигены для получения антител, имеющих селективную специфичность связывания с биологически активным интактным паратиреоидным гормоном (птг(ртн))1-84 | |
| RU2019105088A (ru) | Способы идентификации эпитопов | |
| CN101880316A (zh) | 一种人rbpms多肽及其抗体制备方法 | |
| BR112021002029A2 (pt) | métodos para sequenciação de proteínas de novo | |
| CN108132180B (zh) | 一种磷酸化肽段富集试剂盒及富集方法 | |
| JPWO2019178151A5 (ru) | ||
| Bousquet-Dubouch et al. | Purification and proteomic analysis of 20S proteasomes from human cells | |
| RU2010145185A (ru) | Селективное обогащение модифицированных по n-концу пептидов из сложных образцов | |
| Li et al. | Isolation of acetylated and free N-terminal peptides from proteomic samples based on tresyl-functionalized microspheres | |
| CN103033628A (zh) | 制备个体全蛋白质组芯片的方法及其应用 | |
| Alibardi et al. | Immunological characterization of a newly developed antibody for localization of a beta‐keratin in turtle epidermis | |
| JPWO2002027328A1 (ja) | 抗体分子の構造解析法 | |
| CN105277638A (zh) | 一种单克隆抗体IgG质谱测序方法 | |
| JP4216017B2 (ja) | タンパク質溶液の調製方法、当該タンパク質溶液、当該タンパク質溶液を利用したモノクローナル抗体の作製方法及び当該モノクローナル抗体 | |
| JP2018193372A (ja) | 抗ペプチド抗体の製造方法及び設計方法 | |
| CN101928333A (zh) | 一种人eif4h多肽及其抗体制备方法 |