RU2019105088A - Способы идентификации эпитопов - Google Patents

Способы идентификации эпитопов Download PDF

Info

Publication number
RU2019105088A
RU2019105088A RU2019105088A RU2019105088A RU2019105088A RU 2019105088 A RU2019105088 A RU 2019105088A RU 2019105088 A RU2019105088 A RU 2019105088A RU 2019105088 A RU2019105088 A RU 2019105088A RU 2019105088 A RU2019105088 A RU 2019105088A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
protein
caspase
epitopes
epitope
identified
Prior art date
Application number
RU2019105088A
Other languages
English (en)
Other versions
RU2771584C2 (ru
RU2019105088A3 (ru
Inventor
Уве ОРВАР
Каролина ТРКУЛЯ
Макс ДЭВИДСОН
Original Assignee
Облик Терапьютикс Аб
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Облик Терапьютикс Аб filed Critical Облик Терапьютикс Аб
Publication of RU2019105088A publication Critical patent/RU2019105088A/ru
Publication of RU2019105088A3 publication Critical patent/RU2019105088A3/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2771584C2 publication Critical patent/RU2771584C2/ru

Links

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K16/00Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K14/00Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/435Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • C07K14/705Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K16/00Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
    • C07K16/005Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies constructed by phage libraries
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K16/00Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
    • C07K16/18Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans
    • C07K16/28Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/34Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving hydrolase
    • C12Q1/37Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving hydrolase involving peptidase or proteinase
    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/68Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/68Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
    • G01N33/6854Immunoglobulins
    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/68Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
    • G01N33/6878Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids in eptitope analysis
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K2317/00Immunoglobulins specific features
    • C07K2317/30Immunoglobulins specific features characterized by aspects of specificity or valency
    • C07K2317/34Identification of a linear epitope shorter than 20 amino acid residues or of a conformational epitope defined by amino acid residues
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K2317/00Immunoglobulins specific features
    • C07K2317/70Immunoglobulins specific features characterized by effect upon binding to a cell or to an antigen
    • C07K2317/77Internalization into the cell
    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/68Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
    • G01N33/6803General methods of protein analysis not limited to specific proteins or families of proteins
    • G01N33/6848Methods of protein analysis involving mass spectrometry

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Urology & Nephrology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Food Science & Technology (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
  • Toxicology (AREA)
  • Gastroenterology & Hepatology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Spectroscopy & Molecular Physics (AREA)
  • Virology (AREA)
  • Peptides Or Proteins (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Medical Informatics (AREA)
  • Library & Information Science (AREA)
  • Other Investigation Or Analysis Of Materials By Electrical Means (AREA)
  • Theoretical Computer Science (AREA)
  • Evolutionary Biology (AREA)

Claims (36)

1. Способ идентификации эпитопа, с которым может связываться антитело, на белке, причем указанный способ включает
(i) осуществление протеолитического расщепления указанного белка in silico одной или несколькими протеазами для идентификации сайтов на белке, которые согласно прогнозу разрезаются указанной одной или несколькими протеазами;
(ii) осуществление ограниченного или частичного протеолиза указанного белка in vitro одной или несколькими протеазами;
(iii) идентификацию пептидов, высвободившихся из указанного белка в результате протеолитического расщепления in vitro на этапе (ii), и посредством этого - идентификацию сайтов разрезания;
(iv) сравнение спрогнозированных in silico сайтов разрезания, идентифицированных на этапе (i), с сайтами разрезания, идентифицированными на этапе (iii);
(v) исследование одного или нескольких эпитопов в области белка, содержащей или фланкирующей сайт разрезания, который представляет собой сайт разрезания протеазой, спрогнозированный in silico, идентифицированный на этапе (i), но который не является сайтом разрезания, идентифицированным на этапе (iii) с помощью одного или нескольких антител; и
(vi) определение того, связывается или нет указанное одно или более антител с указанным одним или несколькими эпитопами, и посредством этого идентификацию эпитопа на белке, с которым может связываться антитело.
2. Способ по п. 1, дополнительно включающий осуществление моделирования белков по гомологии для прогнозирования, какие спрогнозированные in silico сайты разрезания протеазой, вероятно, являются экспонированными.
3. Способ по п. 1 или 2, дополнительно включающий осуществление докинга фрагментов антитела или протеаз in silico для прогнозирования, какие спрогнозированные in silico сайты разрезания, вероятно, будут разрезаны in vitro.
4. Способ по любому из пп. 1-3, отличающийся тем, что применяют одну протеазу.
5. Способ по любому из пп. 1-3, отличающийся тем, что применяют несколько протеаз.
6. Способ по любому из пп. 1-5, отличающийся тем, что указанная протеаза выбрана из группы, состоящей из: трипсина, протеиназы Arg-C, эндопептидазы Asp-N, клострипаина, глутамилэндопептидазы, Lys-C, Lys-N, химотрипсина, протеиназы K, термолизина, пепсина, каспазы 1, каспазы 2, каспазы 3, каспазы 4, каспазы 5, каспазы 6, каспазы 7, каспазы 8, каспазы 9, каспазы 10, энтерокиназы, фактора Ха, гранзима В, нейтрофильной эластазы, пролинэндопептидазы, стафилококковой пептидазы I и тромбина.
7. Способ по любому из пп. 1-6, отличающийся тем, что указанная протеаза выбрана из группы, состоящей из: трипсина, эндопептидазы Asp-N, химотрипсина, пепсина и протеиназы K.
8. Способ по любому из пп. 1-7, отличающийся тем, что указанный белок представляет собой мембранный белок, который присутствует в протеолипосоме, полученной из клеток.
9. Способ по п. 8, отличающийся тем, что указанная протеолипосома иммобилизована в проточной ячейке для создания неподвижной фазы мембранных белков.
10. Способ по любому из пп. 1-9, отличающийся тем, что идентификацию пептидов, высвободившихся из указанного белка в результате протеолитического расщепления in vitro на этапе (ii), и посредством этого - идентификацию сайтов разрезания, осуществляют методом масс-спектрометрии.
11. Способ по любому из пп. 1-10, отличающийся тем, что указанный способ дополнительно включает до этапа (v) этап создания одного или нескольких выделенных эпитопов, последовательности которых соответствуют одному или более эпитопам на указанном белке, которые расположены в области белка, содержащей или фланкирующей сайт разрезания, который представляет собой сайт разрезания протеазой, спрогнозированный in silico, идентифицированный на этапе (i), но который не является сайтом разрезания, идентифицированным на этапе (iii), и образования антител, которые связываются с указанными выделенными эпитопами, и применения указанных антител на этапе (v) для исследования указанного одного или нескольких эпитопов указанного белка.
12. Способ по любому из пп. 1-11, отличающийся тем, что исследуют совокупность эпитопов.
13. Способ по любому из пп. 1-12, отличающийся тем, что указанный эпитоп находится в пределах 20 аминокислот от указанного сайта разрезания, который представляет собой сайт разрезания протеазой, спрогнозированный in silico, идентифицированный на этапе (i), но который не является сайтом разрезания, идентифицированным на этапе (iii).
14. Способ по любому из пп. 1-13, отличающийся тем, что исследуют совокупность эпитопов, и что указанная совокупность эпитопов представляет собой множество (группу) эпитопов, причем последовательность каждого эпитопа во множестве смещена по сравнению с другим эпитопом во множестве на 1, 2 или 3 аминокислоты.
15. Способ идентификации эпитопа, с которым может связываться антитело, на белке, причем указанный способ включает:
(i) идентификацию сайтов, в которых одна или более протеаз разрезали указанный белок после того, как указанный белок подвергся воздействию ограниченного или частичного протеолиза указанной одной или несколькими протеазами; и
(ii) исследование совокупности эпитопов на указанном белке, которые расположены между сайтами разрезания, которые перекрываются с сайтом разрезания или которые расположены в области, фланкирующей сайт разрезания, с помощью антител, направленных против указанных эпитопов, посредством этого идентифицируя один или несколько эпитопов, с которыми может связываться антитело.
16. Способ по п. 15, отличающийся тем, что применяют одну протеазу.
17. Способ по п. 15, отличающийся тем, что применяют несколько протеаз.
18. Способ по любому из пп. 15-17, отличающийся тем, что указанная протеаза выбрана из группы, состоящей из: трипсина, протеиназы Arg-C, эндопептидазы Asp-N, клострипаина, глутамилэндопептидазы, Lys-C, Lys-N, химотрипсина, протеиназы K, термолизина, пепсина, каспазы 1, каспазы 2, каспазы 3, каспазы 4, каспазы 5, каспазы 6, каспазы 7, каспазы 8, каспазы 9, каспазы 10, энтерокиназы, фактора Ха, гранзима В, нейтрофильной эластазы, пролинэндопептидазы, стафилококковой пептидазы I и тромбина.
19. Способ по любому из пп. 15-18, отличающийся тем, что указанная протеаза выбрана из группы, состоящей из: трипсина, эндопептидазы Asp-N, химотрипсина, пепсина и протеиназы K.
20. Способ по любому из пп. 15-19, отличающийся тем, что указанный белок представляет собой мембранный белок, который присутствует в протеолипосоме, полученной из клеток.
21. Способ по п. 20, отличающийся тем, что указанная протеолипосома иммобилизована в проточной ячейке для создания неподвижной фазы мембранных белков.
22. Способ по любому из пп. 15-21, отличающийся тем, что указанные сайты, в которых одна или более протеаз разрезали указанный белок, идентифицируют с применением масс-спектрометрии.
23. Способ по любому из пп. 15-22, отличающийся тем, что указанный способ дополнительно включает до этапа (ii) этап создания совокупности выделенных эпитопов, последовательности которых соответствуют эпитопам на указанном белке, которые расположены между сайтами разрезания, которые перекрываются с сайтом разрезания или которые расположены в области, фланкирующей сайт разрезания, и образования антител, которые связываются с указанными выделенными эпитопами, и применения указанных антител на этапе (ii) для исследования указанной совокупности эпитопов на указанном белке.
24. Способ по любому из пп. 15-23, отличающийся тем, что указанный эпитоп находится в пределах 20 аминокислот от указанного сайта разрезания.
25. Способ по любому из пп. 15-24, отличающийся тем, что указанная совокупность эпитопов представляет собой множество (группу) эпитопов, причем последовательность каждого эпитопа во множестве смещена по сравнению с другим эпитопом во множестве на 1, 2 или 3 аминокислоты.
26. Способ по любому из пп. 1-25, отличающийся тем, что указанный способ дополнительно включает этап получения антитела против эпитопа, идентифицированного по любому из пп. 1-25.
27. Эпитоп, идентифицированный способом по любому из пп. 1-25.
28. Антитело, которое связывается с эпитопом по п. 27.
RU2019105088A 2016-09-01 2017-09-01 Способы идентификации эпитопов RU2771584C2 (ru)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
GBGB1614884.3A GB201614884D0 (en) 2016-09-01 2016-09-01 Method
GB1614884.3 2016-09-01
PCT/EP2017/072001 WO2018042010A1 (en) 2016-09-01 2017-09-01 Methods of identifying epitopes

Publications (3)

Publication Number Publication Date
RU2019105088A true RU2019105088A (ru) 2020-10-01
RU2019105088A3 RU2019105088A3 (ru) 2020-12-21
RU2771584C2 RU2771584C2 (ru) 2022-05-06

Family

ID=57140094

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2019105088A RU2771584C2 (ru) 2016-09-01 2017-09-01 Способы идентификации эпитопов

Country Status (16)

Country Link
US (1) US20190194320A1 (ru)
EP (1) EP3507604A1 (ru)
JP (3) JP7032386B2 (ru)
KR (1) KR102441148B1 (ru)
CN (1) CN109791156B (ru)
AU (1) AU2017321032B2 (ru)
BR (1) BR112019004025A2 (ru)
CA (1) CA3035318A1 (ru)
GB (1) GB201614884D0 (ru)
IL (1) IL265123B1 (ru)
MA (1) MA46088A (ru)
MX (1) MX2019002455A (ru)
NZ (1) NZ752191A (ru)
RU (1) RU2771584C2 (ru)
SG (1) SG11201901603RA (ru)
WO (1) WO2018042010A1 (ru)

Families Citing this family (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CA3093699A1 (en) * 2018-03-13 2019-09-19 Amgen Inc. Methods for the preparation of trypsin-resistant polypeptides for mass spectrometric analysis

Family Cites Families (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2303264C2 (ru) * 2001-02-19 2007-07-20 Мерк Патент Гмбх Способ идентификации эпитопов т-клеток и его применение для получения молекул со сниженной иммуногенностью
SI1648509T1 (sl) * 2003-07-15 2012-12-31 Amgen Inc. Humana protitelesa, ki nevtralizirajo anti-ngf, kot selektivni inhibitorji poti nfg
MA41842A (fr) * 2015-03-31 2018-02-06 Oblique Therapeutics Ab Nouveaux procédés de sélection d'épitope

Also Published As

Publication number Publication date
KR20190045252A (ko) 2019-05-02
MA46088A (fr) 2019-07-10
WO2018042010A1 (en) 2018-03-08
JP2022033845A (ja) 2022-03-02
JP2024037751A (ja) 2024-03-19
BR112019004025A2 (pt) 2019-08-20
IL265123A (ru) 2024-04-01
GB201614884D0 (en) 2016-10-19
AU2017321032A1 (en) 2019-04-18
CA3035318A1 (en) 2018-03-08
KR102441148B1 (ko) 2022-09-06
US20190194320A1 (en) 2019-06-27
CN109791156B (zh) 2022-11-22
EP3507604A1 (en) 2019-07-10
AU2017321032B2 (en) 2024-05-30
MX2019002455A (es) 2019-05-30
NZ752191A (en) 2023-03-31
SG11201901603RA (en) 2019-03-28
JP2019536427A (ja) 2019-12-19
IL265123B1 (en) 2024-04-01
RU2771584C2 (ru) 2022-05-06
CN109791156A (zh) 2019-05-21
RU2019105088A3 (ru) 2020-12-21
JP7032386B2 (ja) 2022-03-08

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2017134875A (ru) Новые способы селекции эпитопов
RU2020110192A (ru) Предсказание иммуногенности т-клеточных эпитопов
RU2015153109A (ru) Содержащие суперспираль и/или привязку белковые комплексы и их применения
ATE495447T1 (de) Peptidantikörperdepletion und anwendung zur probenvorbereitung für massenspektrometrie
ATE344803T1 (de) Schimärische amyloid-beta peptide
SG153699A1 (en) Capture compounds, collections thereof and methods for analyzing the proteome and complex compositions
ATE417273T1 (de) Proteinphosphorylierung bei grosszellig- anaplastischem lymphom
UA95329C2 (ru) Собачий тимусный стромальный лимфопоэтин и его применение
JP2019507341A5 (ru)
WO2013020557A1 (en) Method and antibodies for the identification of ubiquitinated proteins and sites of ubiquitination
US12000840B2 (en) Methods for de novo protein sequencing
WO2005088303A3 (en) Identification and characterization of proteins using new database search modes
DK1904529T3 (da) Anvendelse af Stefin A som et scaffoldprotein
NZ752437A (en) Multi-protease method
RU2019105088A (ru) Способы идентификации эпитопов
ATE311404T1 (de) Verfahren zu identifizierung von hiv-epitopen, die durch zytotoxische t-zellen erkannt werden können
DK0960336T3 (da) Peptidreagens til påvisning af humant cytomelagovirus (CMV)
ATE288589T1 (de) Verfahren zur analyse von proteinen
DE60028248D1 (de) Methode zur reduzierung der immunogenizität von staphylokinase durch entfernen von t-zell epitopen
Bousquet-Dubouch et al. Purification and proteomic analysis of 20S proteasomes from human cells
RU2010145185A (ru) Селективное обогащение модифицированных по n-концу пептидов из сложных образцов
KR20200102035A (ko) 차세대 염기서열(ngs) 분석법을 이용한 치료학적 펩타이드 제조 방법 및 그를 이용하여 제조된 펩타이드의 판별 방법 및 판별 장치
DE602005020147D1 (de) Detektion von verkürzungsmutationen durch massenspektrometrie
JP2014066661A (ja) 汗腺細胞の検出方法
DK1541676T3 (da) Mod prothrombin-fragment F1 2 rettede abtistoffer, deres fremstilling og anvendelse