RU2018127636A - Композиции и способы лечения гемоглобинопатий - Google Patents
Композиции и способы лечения гемоглобинопатий Download PDFInfo
- Publication number
- RU2018127636A RU2018127636A RU2018127636A RU2018127636A RU2018127636A RU 2018127636 A RU2018127636 A RU 2018127636A RU 2018127636 A RU2018127636 A RU 2018127636A RU 2018127636 A RU2018127636 A RU 2018127636A RU 2018127636 A RU2018127636 A RU 2018127636A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- seq
- cell
- cells
- population
- nucleic acid
- Prior art date
Links
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims 37
- 239000000203 mixture Substances 0.000 title claims 25
- 208000034737 hemoglobinopathy Diseases 0.000 title claims 7
- 208000018337 inherited hemoglobinopathy Diseases 0.000 title 1
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 claims 107
- 108020005004 Guide RNA Proteins 0.000 claims 35
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 claims 32
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims 27
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims 27
- 108091033409 CRISPR Proteins 0.000 claims 15
- 102100031573 Hematopoietic progenitor cell antigen CD34 Human genes 0.000 claims 14
- 101000777663 Homo sapiens Hematopoietic progenitor cell antigen CD34 Proteins 0.000 claims 14
- 239000012634 fragment Substances 0.000 claims 9
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 claims 7
- 230000037396 body weight Effects 0.000 claims 6
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 claims 6
- 230000004048 modification Effects 0.000 claims 6
- 238000012986 modification Methods 0.000 claims 6
- 108010044495 Fetal Hemoglobin Proteins 0.000 claims 5
- 241000282414 Homo sapiens Species 0.000 claims 5
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 claims 5
- 210000000130 stem cell Anatomy 0.000 claims 5
- 101000903703 Homo sapiens B-cell lymphoma/leukemia 11A Proteins 0.000 claims 4
- 210000001185 bone marrow Anatomy 0.000 claims 4
- 210000004700 fetal blood Anatomy 0.000 claims 4
- 210000003958 hematopoietic stem cell Anatomy 0.000 claims 4
- 210000005259 peripheral blood Anatomy 0.000 claims 4
- 239000011886 peripheral blood Substances 0.000 claims 4
- 101000800116 Homo sapiens Thy-1 membrane glycoprotein Proteins 0.000 claims 3
- 102100033523 Thy-1 membrane glycoprotein Human genes 0.000 claims 3
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 claims 3
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims 3
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims 3
- 241000288906 Primates Species 0.000 claims 2
- 102000004389 Ribonucleoproteins Human genes 0.000 claims 2
- 108010081734 Ribonucleoproteins Proteins 0.000 claims 2
- ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N Uracil Chemical compound O=C1C=CNC(=O)N1 ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 2
- 208000005980 beta thalassemia Diseases 0.000 claims 2
- 239000006143 cell culture medium Substances 0.000 claims 2
- 230000010261 cell growth Effects 0.000 claims 2
- 229940125904 compound 1 Drugs 0.000 claims 2
- 229940125782 compound 2 Drugs 0.000 claims 2
- 229940126214 compound 3 Drugs 0.000 claims 2
- 238000005138 cryopreservation Methods 0.000 claims 2
- 239000003814 drug Substances 0.000 claims 2
- 238000004520 electroporation Methods 0.000 claims 2
- 239000003623 enhancer Substances 0.000 claims 2
- 210000005260 human cell Anatomy 0.000 claims 2
- 208000007056 sickle cell anemia Diseases 0.000 claims 2
- RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-K thiophosphate Chemical compound [O-]P([O-])([O-])=S RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-K 0.000 claims 2
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 claims 1
- WHUUTDBJXJRKMK-UHFFFAOYSA-N Glutamic acid Natural products OC(=O)C(N)CCC(O)=O WHUUTDBJXJRKMK-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- 108091005886 Hemoglobin subunit gamma Proteins 0.000 claims 1
- 102100038617 Hemoglobin subunit gamma-2 Human genes 0.000 claims 1
- 101000899111 Homo sapiens Hemoglobin subunit beta Proteins 0.000 claims 1
- ROHFNLRQFUQHCH-UHFFFAOYSA-N Leucine Natural products CC(C)CC(N)C(O)=O ROHFNLRQFUQHCH-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- 241000124008 Mammalia Species 0.000 claims 1
- 241000193996 Streptococcus pyogenes Species 0.000 claims 1
- 230000000925 erythroid effect Effects 0.000 claims 1
- 235000013922 glutamic acid Nutrition 0.000 claims 1
- 239000004220 glutamic acid Substances 0.000 claims 1
- 125000000291 glutamic acid group Chemical group N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)* 0.000 claims 1
- 125000001909 leucine group Chemical group [H]N(*)C(C(*)=O)C([H])([H])C(C([H])([H])[H])C([H])([H])[H] 0.000 claims 1
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 claims 1
- 239000002609 medium Substances 0.000 claims 1
- 230000008685 targeting Effects 0.000 claims 1
- 229940035893 uracil Drugs 0.000 claims 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
- C12N15/113—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K35/00—Medicinal preparations containing materials or reaction products thereof with undetermined constitution
- A61K35/12—Materials from mammals; Compositions comprising non-specified tissues or cells; Compositions comprising non-embryonic stem cells; Genetically modified cells
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K35/00—Medicinal preparations containing materials or reaction products thereof with undetermined constitution
- A61K35/12—Materials from mammals; Compositions comprising non-specified tissues or cells; Compositions comprising non-embryonic stem cells; Genetically modified cells
- A61K35/14—Blood; Artificial blood
- A61K35/15—Cells of the myeloid line, e.g. granulocytes, basophils, eosinophils, neutrophils, leucocytes, monocytes, macrophages or mast cells; Myeloid precursor cells; Antigen-presenting cells, e.g. dendritic cells
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
- A61K39/46—Cellular immunotherapy
- A61K39/461—Cellular immunotherapy characterised by the cell type used
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
- A61K39/46—Cellular immunotherapy
- A61K39/464—Cellular immunotherapy characterised by the antigen targeted or presented
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K48/00—Medicinal preparations containing genetic material which is inserted into cells of the living body to treat genetic diseases; Gene therapy
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P7/00—Drugs for disorders of the blood or the extracellular fluid
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
- C12N15/102—Mutagenizing nucleic acids
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/87—Introduction of foreign genetic material using processes not otherwise provided for, e.g. co-transformation
- C12N15/90—Stable introduction of foreign DNA into chromosome
- C12N15/902—Stable introduction of foreign DNA into chromosome using homologous recombination
- C12N15/907—Stable introduction of foreign DNA into chromosome using homologous recombination in mammalian cells
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N5/00—Undifferentiated human, animal or plant cells, e.g. cell lines; Tissues; Cultivation or maintenance thereof; Culture media therefor
- C12N5/06—Animal cells or tissues; Human cells or tissues
- C12N5/0602—Vertebrate cells
- C12N5/0634—Cells from the blood or the immune system
- C12N5/0647—Haematopoietic stem cells; Uncommitted or multipotent progenitors
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
- C12N9/14—Hydrolases (3)
- C12N9/16—Hydrolases (3) acting on ester bonds (3.1)
- C12N9/22—Ribonucleases RNAses, DNAses
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K35/00—Medicinal preparations containing materials or reaction products thereof with undetermined constitution
- A61K35/12—Materials from mammals; Compositions comprising non-specified tissues or cells; Compositions comprising non-embryonic stem cells; Genetically modified cells
- A61K2035/124—Materials from mammals; Compositions comprising non-specified tissues or cells; Compositions comprising non-embryonic stem cells; Genetically modified cells the cells being hematopoietic, bone marrow derived or blood cells
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K2239/00—Indexing codes associated with cellular immunotherapy of group A61K39/46
- A61K2239/31—Indexing codes associated with cellular immunotherapy of group A61K39/46 characterized by the route of administration
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K2239/00—Indexing codes associated with cellular immunotherapy of group A61K39/46
- A61K2239/38—Indexing codes associated with cellular immunotherapy of group A61K39/46 characterised by the dose, timing or administration schedule
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
- C12N2310/10—Type of nucleic acid
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
- C12N2310/10—Type of nucleic acid
- C12N2310/20—Type of nucleic acid involving clustered regularly interspaced short palindromic repeats [CRISPRs]
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
- C12N2310/30—Chemical structure
- C12N2310/31—Chemical structure of the backbone
- C12N2310/315—Phosphorothioates
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
- C12N2310/30—Chemical structure
- C12N2310/32—Chemical structure of the sugar
- C12N2310/321—2'-O-R Modification
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
- C12N2310/30—Chemical structure
- C12N2310/32—Chemical structure of the sugar
- C12N2310/322—2'-R Modification
Claims (147)
1. Молекула gРНК, содержащая tracr и crРНК, где crРНК содержит целевой домен, комплементарный целевой последовательности гена BCL11a человека, энхансера BCL11a человека или области HPFH человека.
2. Молекула gРНК по п.1, в которой:
a) целевая последовательность относится к гену BCL11A человека, а целевой домен содержит любую из последовательностей от SEQ ID NO: 1 до SEQ ID NO: 85 или от SEQ ID NO: 400 до SEQ ID NO: 1231, или их фрагменты;
b) целевая последовательность относится к энхансеру гена BCL11a человека, а целевой домен содержит любую из последовательностей от SEQ ID NO: 182 до SEQ ID NO: 277, или от SEQ ID NO: 278 до SEQ ID NO: 333, или от SEQ ID NO: 334 до SEQ ID NO: 341, или от SEQ ID NO: 1232 до SEQ ID NO: 1499, или от SEQ ID NO: 1596 до SEQ ID NO: 1691, или их фрагменты; или
(c) целевая последовательность относится к области HFPH человека, а целевой домен содержит любую из последовательностей от SEQ ID NO: 86 до SEQ ID NO: 181, от SEQ ID NO: 1500 до SEQ ID NO: 1595, или от SEQ ID NO: 1692 до SEQ ID NO: 1761, или их фрагменты.
3. Молекула gРНК по п.2, в которой:
(a) целевой домен содержит любую из SEQ ID NO: 338, SEQ ID NO: 248, SEQ ID NO: 253, SEQ ID NO: 341, SEQ ID NO: 246, SEQ ID NO: 248, SEQ ID NO: 247, SEQ ID NO: 245, SEQ ID NO: 249, SEQ ID NO: 244, SEQ ID NO: 199, SEQ ID NO: 251, SEQ ID NO: 250, SEQ ID NO: 334, SEQ ID NO: 185, SEQ ID NO: 186, SEQ ID NO: 335, SEQ ID NO: 336, или SEQ ID NO: 337, или их фрагменты; или
(b) целевой домен содержит любую из SEQ ID NO: 318, SEQ ID NO: 312, SEQ ID NO: 313, SEQ ID NO: 294, SEQ ID NO: 310, SEQ ID NO: 319, SEQ ID NO: 298, SEQ ID NO: 322, SEQ ID NO: 311, SEQ ID NO: 315, SEQ ID NO: 290, SEQ ID NO: 317, SEQ ID NO: 309, SEQ ID NO: 289, или SEQ ID NO: 281, или их фрагменты; или
(c) целевой домен содержит любую из SEQ ID NO: 1683, SEQ ID NO: 1638, SEQ ID NO: 1647, SEQ ID NO: 1609, SEQ ID NO: 1621, SEQ ID NO: 1617, SEQ ID NO: 1654, SEQ ID NO: 1631, SEQ ID NO: 1620, SEQ ID NO: 1637, SEQ ID NO: 1612, SEQ ID NO: 1656, SEQ ID NO: 1619, SEQ ID NO: 1675, SEQ ID NO: 1645, SEQ ID NO: 1598, SEQ ID NO: 1599, SEQ ID NO: 1663, SEQ ID NO: 1677, или SEQ ID NO: 1626, или их фрагменты; или
(d) целевой домен содержит любую из SEQ ID NO: 100, SEQ ID NO: 165, SEQ ID NO: 113, SEQ ID NO: 99, SEQ ID NO: 112, SEQ ID NO: 98, SEQ ID NO: 1505, SEQ ID NO: 1580, SEQ ID NO: 106, SEQ ID NO: 1503, SEQ ID NO: 1589, SEQ ID NO: 160, SEQ ID NO: 1537, SEQ ID NO: 159, SEQ ID NO: 101, SEQ ID NO: 162, SEQ ID NO: 104, SEQ ID NO: 138, SEQ ID NO: 1536, SEQ ID NO: 1539, SEQ ID NO: 1585, SEQ ID NO: 1700, или SEQ ID NO: 1750, или их фрагменты.
4. Молекула gРНК по любому из пп.1-3, содержащая от 5'до 3', [целевой домен]-:
(a) SEQ ID NO: 6601;
(b) SEQ ID NO: 6602;
(c) SEQ ID NO: 6603;
(d) SEQ ID NO: 6604;
(e) SEQ ID NO: 7811; или
(f) любую из вышеперечисленных (а)-(е), дополнительно содержащую на 3'-конце 1, 2, 3, 4, 5, 6 или 7 нуклеотидов урацила (U).
5. Молекула gРНК по любому из пп.1-4, где одна или более одной молекул нуклеиновой кислоты, составляющих молекулу gРНК, содержат:
(a) одну или несколько модификаций фосфоротиоата на 3'-конце указанной молекулы (или молекул) нуклеиновой кислоты;
(b) одну или несколько модификаций фосфоротиоата на 5'-конце указанной молекулы (или молекул) нуклеиновой кислоты;
(c) одну или несколько 2'-О-метил-модификаций на 3'- конце указанной молекулы (или молекул) нуклеиновой кислоты;
(d) одну или несколько 2'-O-метил-модификаций на 5'-конце указанной молекулы (или молекул) нуклеиновой кислоты;
(e) 2'-O-метильную модификацию на каждом из 4-ого от конца, 3-ого от конца и 2-ого от конца 3'-(нуклеотидных) остатков указанной молекулы (или молекул) нуклеиновой кислоты;
(f) 2'-метильную модификацию на каждом из: 4-ого от конца, 3-ого от конца и 2-ого от конца 5'-(нуклеотидных)остатков указанной молекулы (или молекул) нуклеиновой кислоты; или
(g) любую их комбинацию.
6. Молекула gРНК по п.1, содержащая:
(a) SEQ ID NO: 342;
(b) SEQ ID NO: 343;
(c) SEQ ID NO: 1762;
(d) crРНК, содержащую SEQ ID NO: 344, и tracr, содержащий SEQ ID NO: 6660;
(e) crРНК, содержащую SEQ ID NO: 344, и tracr, содержащий SEQ ID NO: 346;
(f) crРНК, содержащую SEQ ID NO: 345, и tracr, содержащий SEQ ID NO: 6660;
(g) crРНК, содержащую SEQ ID NO: 345, и tracr, содержащий SEQ ID NO: 346;
(h) SEQ ID NO: 347;
(i) SEQ ID NO: 348;
(j) SEQ ID NO: 1763;
(k) crРНК, содержащую SEQ ID NO: 349, и tracr, содержащий SEQ ID NO: 6660;
(l) crРНК, содержащую SEQ ID NO: 349, и tracr, содержащий SEQ ID NO: 346;
(m) crРНК, содержащую SEQ ID NO: 350, и tracr, содержащий SEQ ID NO: 6660; or
(n) crРНК, содержащую SEQ ID NO: 350, и tracr, содержащий SEQ ID NO: 346.
7. Композиция, включающая:
a) одну или несколько молекул gРНК по любому из пп.1-6 и молекулу Cas9;
b) одну или несколько молекул gРНК по любому из пп.1-6 и последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующей молекулу Cas9;
c) последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующей одну или несколько молекул gРНК по любому из пп.1-6 и молекулу Cas9;
d) последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующей одну или несколько молекул gРНК по любому из пп.1-6 и нуклеиновую кислоту, кодирующую молекулу Cas9;
e) любой из вышеперечисленных a)-d), и матричную нуклеиновую кислоту; или
f) любой из вышеперечисленных a)-d), и нуклеиновую кислоту, содержащую последовательность, кодирующую матричную нуклеиновую кислоту.
8. Композиция по п.7 или 8, где молекула Cas9 является активной или неактивной S.pyogenes Cas9.
9. Композиция по п.7 или 8, где молекула Cas9 содержит SEQ ID NO: 6611, или последовательность, гомологичную ей по меньшей мере на 95%.
10. Композиция по п.7, в которой молекула Cas9 содержит:
(a) SEQ ID NO: 7821;
(b) SEQ ID NO: 7822;
(c) SEQ ID NO: 7823;
(d) SEQ ID NO: 7824;
(e) SEQ ID NO: 7825;
(f) SEQ ID NO: 7825, далее содержащую лейцин в позиции 88 (C88L) в последовательности SEQ ID NO: 7825, и содержащую глутаминовую кислоту в позиции 582 (C582E) в последовательности SEQ ID NO: 7825;
(g) SEQ ID NO: 7826;
(h) SEQ ID NO: 7827;
(i) SEQ ID NO: 7828;
(j) SEQ ID NO: 7829;
(k) SEQ ID NO: 7830; или
(l) SEQ ID NO: 7831.
11. Композиция по любому из пп.7-10, в которой молекула gРНК и молекула Cas9 присутствуют в рибонуклеопротеиновом комплексе (RNP).
12. Композиция по любому из пп.7-11, дополнительно содержащая вторую молекулу gРНК, или вторую молекулу gРНК и третью молекулу gРНК, или вторую молекулу gРНК и третью молекулу gРНК и четвертую gРНК, где каждая молекула gРНК композиции комплементарна различной целевой последовательности-мишени.
13. Композиция по п.12, где каждая из указанных молекул gРНК находится в рибонуклеопротеиновом комплексе (RNP) с молекулой Cas9.
14. Композиция по любому из пп.7-13, содержащая матричную нуклеиновую кислоту, в которой матричная нуклеиновая кислота содержит последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующей:
(а) бета-глобин человека или его фрагменты; или
(b) гамма-глобин человека или его фрагмент.
15. Композиция по любому из пп.7-14, составленная в среде, пригодной для электропорации.
16. Композиция по любому из пп.7-15, где каждая из указанных молекул gРНК находится в RNP с молекулой Cas9, описанной здесь, и где каждый из указанных RNP находится в концентрации менее чем примерно 10 мкМ.
17. Последовательность нуклеиновой кислоты, которая кодирует одну или несколько молекул gРНК по любому из пп.1-6.
18. Вектор, содержащий нуклеиновую кислоту по п.17.
19. Способ изменения клетки внутри или вблизи целевой последовательности, на которую нацелена одна или несколько gРНК молекул в указанной клетке, включающий контактирование указанной клетки с:
(a) одной или несколькими молекулами gРНК по любому из пп.1-6 и молекулой Cas9;
(b) одной или несколькими молекулами gРНК по любому из пп.1-6 и нуклеиновой кислотой, кодирующей молекулу Cas9;
(c) нуклеиновой кислотой, кодирующей одну или несколько молекул gРНК по любому из пп.1-6 и молекулой Cas9;
(d) нуклеиновой кислотой, кодирующей одну или несколько молекул gРНК по любому из пп.1-6 и нуклеиновой кислотой, кодирующей молекулу Cas9;
(e) любым из вышеперечисленных (a)-(d) и матричной нуклеиновой кислотой;
(f) любым из вышеперечисленных (a)-(d) и нуклеиновой кислотой, содержащей последовательность, кодирующую матричную нуклеиновую кислоту;
(g) композицией по любому из пп.7-16; или
(h) вектором по п.18.
20. Способ по п.19, где клетка представляет собой клетку млекопитающего, примата или человека.
21. Способ по п.20, в котором клетка является гематопоэтической стволовой клеткой или клеткой-предшественником (HSPC).
22. Способ по любому из пп.19-21, в котором клетка представляет собой CD34+ клетку.
23. Способ по любому из пп.19-21, в котором клетка представляет собой CD34+CD90+ клетку.
24. Способ по любому из пп.19-23, в котором клетка находится в композиции, содержащей популяцию клеток, которая была обогащена клетками CD34+.
25. Способ по любому из пп.19-24, в котором клетка была выделена из костного мозга, мобилизованной периферической крови или пуповинной крови.
26. Способ по любому из пп.19-25, где изменение приводит к инделу внутри или вблизи целевой последовательности-мишени одной или нескольких молекул gРНК.
27. Способ по п.26, в котором индел представляет собой индел, представленный на Фиг. 25, Таблице 15, Таблице 26, Таблице 27 или в Таблице 37.
28. Способ по любому из пп.19-27, в котором способ приводит к популяции клеток, где по меньшей мере около 50%, по меньшей мере около 60%, по меньшей мере около 70%, по меньшей мере около 80%, по меньшей мере около 90%, по меньшей мере около 95%, по меньшей мере около 96%, по меньшей мере около 97%, по меньшей мере около 98% или по меньшей мере около 99%) клеток популяции изменены, содержат индел.
29. Способ по любому из пп.19-28, в котором изменение приводит к популяции клеток, которая способна дифференцироваться в дифференцированную популяцию эритроидной линии, и где указанная популяция дифференцированных клеток проявляет повышенный уровень фетального гемоглобина по сравнению с популяцией неизмененных клеток.
30. Способ по любому из пп.19-29, где указанная популяция дифференцированных клеток имеет увеличенную фракцию F клеток по сравнению с популяцией неизмененных клеток.
31. Способ по любому из пп.19-30, в котором дифференцированные клетки продуцирует по меньшей мере примерно 6 пикограмм (например, по меньшей мере примерно 7 пикограмм, по меньшей мере примерно 8 пикограмм, по меньшей мере примерно 9 пикограмм, по меньшей мере примерно 10 пикограмм, от примерно 8 до примерно 9 пикограмм, или от примерно 9 до примерно 10 пикограмм фетального гемоглобина на клетку.
32. Клетка, измененная способом по любому из пп.19-31.
33. Клетка, содержащая первую молекулу gРНК по любому из пп.1-6 или композицию по любому из пп.7-16, нуклеиновую кислоту по любому из п.17 или вектор по п.18.
34. Клетка по п.33, где экспрессия фетального гемоглобина увеличивается в указанной клетке или ее потомстве еепо сравнению с клеткой того же типа клеток или потомством такой клетки, которая не содержит молекулу gРНК или композицию, или нуклеиновую кислоту, или вектор.
35. Клетка по п.34, где клетка или ее потомство продуцирует, по меньшей мере, примерно 6 пикограмм (например, по меньшей мере примерно 7 пикограмм, по меньшей мере примерно 8 пикограмм, по меньшей мере примерно 9 пикограмм, по меньшей мере примерно 10 пикограмм, от примерно 8 до примерно 9 пикограмм или от примерно 9 до примерно 10 пикограмм) фетального гемоглобина.
36. Клетка по любому из пп.32-35, находившаяся в контакте с соединением, способствующим экспансии стволовых клеток.
37. Клетка по п.36, где соединение, способствующее экспансии стволовых клеток, представляет собой Соединение 1, Соединение 2, Соединение 3, Соединение 4 или их комбинацию.
38. Клетка, содержащая индел, представленный на Фиг. 25, в Таблице 15, Таблице 26, Таблице 27 или Таблице 37.
39. Клетка по любому из пп.33-38, где клетка представляет собой клетку млекопитающего, примата или человека.
40. Клетка по любому из пп.33-39, в котором клетка является гематопоэтической стволовой клеткой или клеткой-предшественником (HSPC).
41. Клетка по любому из пп.33-40, в котором клетка представляет собой CD34+ клетку.
42. Клетка по п.41, в котором клетка представляет собой CD34+CD90+ клетку.
43. Клетка по любому из пп.33-42, в котором клетка была выделена из костного мозга, мобилизованной периферической крови или пуповинной крови.
44. Популяция клеток, содержащая клетки по любому из пп.33-43.
45. Популяция клеток по п.44, где по меньшей мере примерно 50%, по меньшей мере примерно 60%, по меньшей мере примерно 70%, по меньшей мере, примерно 80%, по меньшей мере примерно 90%, по меньшей мере, примерно 95%, по меньшей мере примерно 96%, по меньшей мере примерно 97%, по меньшей мере примерно 98% или, по меньшей мере примерно 99% клеток популяции являются клетками по любому из пп.33-43.
46. Популяция клеток по любому из пп.44-45, где популяция клеток способна дифференцироваться в популяцию дифференцированных клеток и где указанная популяция дифференцированных клеток имеет увеличенную фракцию F клеток по сравнению с популяцией немодифицированных клеток того же типа.
47. Популяция клеток по п.46, где F клетки популяции дифференцированных клеток продуцируют в среднем по меньшей мере примерно 6 пикограмм, по меньшей мере примерно 7 пикограмм, по меньшей мере примерно 8 пикограмм, по меньшей мере примерно 9 пикограмм, по меньшей мере примерно 10 пикограмм, или от примерно 8 до примерно 9 пикограмм, от примерно 9 до примерно 10 пикограмм фетального гемоглобина на клетку.
48. Популяция клеток по любому из пп.44-47, включающая:
(a) по меньшей мере 1e6 CD34+ клеток/кг массы тела пациента, которому необходимо ввести клетки;
(b) по меньшей мере 2e6 CD34+ клеток/кг массы тела пациенту, которому необходимо ввести клетки;
(c) по крайней мере 3e6 CD34+ клеток/кг массы тела пациента, которому необходимо ввести клетки;
(d) по меньшей мере 4e6 CD34+ клеток/кг массы тела пациента, которому необходимо ввести клетки; или
(e) от 2e6 до 10e6 CD34+ клеток/кг массы тела пациента, которому необходимо ввести клетки.
49. Популяция клеток по любому из пп.44-48, где по меньшей мере примерно 40%, по меньшей мере примерно 50% по меньшей мере примерно 60%, по меньшей мере примерно 70%, по меньшей мере примерно 80% или по меньшей мере 90%) клеток популяции являются клетками CD34+.
50. Популяция клеток по п.49, где по меньшей мере примерно 10%, по меньшей мере примерно 15%, по меньшей мере примерно 20%, по меньшей мере примерно 30% клеток популяции являются клетками CD34+CD90+.
51. Популяция клеток по любому из пп.44-50, где популяция клеток выделена из костного мозга, мобилизованной периферической крови или пуповинной крови.
52. Популяция клеток по любому из пп.44-51, где популяция клеток выделена из пациента, страдающего гемоглобинопатией.
53. Композиция, содержащая популяцию клеток по любому из пп.44-52.
54. Композиция по п.53, содержащая фармацевтически приемлемую среду, пригодную для криоконсервации.
55. Способ лечения гемоглобинопатии, включающий введение пациенту, в этом нуждающемуся, терапевтически эффективного количества клеток по любому из пп.32-43, популяции клеток по любому из пп.44-52 или композиции по любому из пп.53-54.
56. Способ по п.55, где гемоглобинопатия представляет собой бета-талассемию или серповидно-клеточную болезнь.
57. Способ получения популяции клеток, включающий:
(a) предоставление популяции клеток;
(b) культивирование указанной популяции ex vivo в среде для культивирования клеток, содержащей соединение, способствующее экспансии стволовых клеток; и
(c) введение в клетки указанной популяции клеток первой молекулы gРНК по любому из пп.1-6, молекулы нуклеиновой кислоты, кодирующей первую молекулу gРНК по любому из пп.1-6, композиции по любому из пп.7-16, нуклеиновой кислоты по п.17 или вектора по п.18.
58. Способ по п.57, где соединение, способствующее экспансии стволовых клеток представляет собой Соединение 1, Соединение 2, Соединение 3, Соединение 4 или их комбинацию.
59. Способ по любому из пп.57-58, в котором среда для культивирования клеток содержит соединение, способствующее экспансии стволовых клеток, в концентрации от примерно 1 нМ до примерно 1 мМ.
60. Способ по любому из пп.57-59, в котором культивирование на стадии (b) включает период культивирования перед осуществлением стадии (с).
61. Способ по п.60, в котором период культивирования перед осуществлением стадии (с) составляет, по меньшей мере, 12 часов, является периодом примерно от 1 дня до примерно 3 дней, является периодом примерно от 1 дня до 2 дней, является периодом примерно 2 дней.
62. Способ по любому из пп.57-61, в котором культивирование на стадии (b) включает период культивирования после осуществления стадии (с).
63. Способ по п.62, в котором период культивирования после осуществления стадии (с) составляет по меньшей мере 12 часов, является периодом от примерно 1 дня до примерно 10 дней, является периодом от примерно 1 дня до примерно 5 дней, является периодом от примерно 2 дней до примерно 4 дней, является периодом примерно 2 дней, является периодом примерно 3 дней, или является периодом примерно 4 дней.
64. Способ по любому из пп.57-63, в котором популяция клеток увеличивает численность по меньшей мере в 4 раза, по меньшей мере в 5 раз, по меньшей мере в 10 раз, по сравнению с популяцией клеток, которая не была культивирована в соответствии со стадией (b).
65. Способ по любому из пп.57-64, в котором осуществление стадии (с) содержит электропорацию.
66. Способ по любому из пп.57-65, в котором популяция клеток, предоставленная на стадии (а), представляет собой популяцию клеток человека.
67. Способ по п.66, в котором популяция клеток, предоставленная на стадии (а), выделена из костного мозга, мобилизованной периферической крови или пуповинной крови.
68. Способ по п.67, в котором популяция клеток, предоставленная на стадии (а), выделена из пациента, страдающего гемоглобинопатией.
69. Способ по любому из пп.57-68, в котором популяция клеток, предоставленная на стадии (а), обогащена по клеткам CD34+.
70. Способ по любому из пп.57-69, в котором, после осуществления стадии (с), популяция клеток подвергается криоконсервации.
71. Способ по любому из пп.57-70, в котором, после осуществления стадии (с), по меньшей мере примерно 50%, по меньшей мере, примерно 60%, по меньшей мере примерно 70%, по меньшей мере примерно 80%, по меньшей мере примерно 90% по меньшей мере примерно 95%, по меньшей мере примерно 96%, по меньшей мере примерно 97%, по меньшей мере примерно 98% или по меньшей мере примерно 99% клеток популяции содержат индел внутри или вблизи последовательности геномной ДНК, комплементарной целевому домену первой молекулы gРНК композиции, причем необязательно индел представляет собой индел, представленный на Фиг. 25, в Таблице 15, Таблице 26, Таблице 27 или Таблице 37.
72. Популяция клеток, которую можно получить способом по любому из пп.57-71.
73. Способ лечения гемоглобинопатии, включающий введение пациенту-человеку, в этом нуждающемуся, композиции, содержащей популяцию клеток) по п.72.
74. Способ по п.73, в котором гемоглобинопатия представляет собой бета-талассемию или серповидно-клеточную болезнь.
75. Способ по любому из пп.73-74, в котором композиция содержит по меньшей мере приблизительно 1е6 CD34+ клеток по п.219 на кг массы тела пациента-человека.
76. Молекула gРНК по любому из пп.1-6, композиция по любому из пп.7-16 или 53-54, нуклеиновая кислота поп.17, вектор по п.18, клетка по любому из пп.32-43, или популяция клеток по любому из пп.44-52 или 72, для применения в качестве лекарственного средства.
77. Молекула gРНК по любому из пп.1-6, композиция по любому из пп.7-16 или 53-54, нуклеиновая кислота по п.17, вектор по п.18, клетка по любому из пп.32-43, или популяция клеток по любому из пп.44-52 или 72, для применения при изготовлении лекарственного средства.
Applications Claiming Priority (5)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US201562271968P | 2015-12-28 | 2015-12-28 | |
| US62/271,968 | 2015-12-28 | ||
| US201662347484P | 2016-06-08 | 2016-06-08 | |
| US62/347,484 | 2016-06-08 | ||
| PCT/IB2016/058007 WO2017115268A1 (en) | 2015-12-28 | 2016-12-26 | Compositions and methods for the treatment of hemoglobinopathies |
Publications (3)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2018127636A true RU2018127636A (ru) | 2020-02-03 |
| RU2018127636A3 RU2018127636A3 (ru) | 2020-10-23 |
| RU2812491C2 RU2812491C2 (ru) | 2024-01-30 |
Family
ID=
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| MX2018007987A (es) | 2019-01-10 |
| SG11201805217XA (en) | 2018-07-30 |
| AU2022202558A1 (en) | 2022-05-12 |
| WO2017115268A1 (en) | 2017-07-06 |
| JP2023159185A (ja) | 2023-10-31 |
| EP4053277A1 (en) | 2022-09-07 |
| EP3397767A1 (en) | 2018-11-07 |
| AU2016381313A1 (en) | 2018-07-12 |
| MY192848A (en) | 2022-09-12 |
| HK1258205A1 (zh) | 2019-11-08 |
| CA3009727A1 (en) | 2017-07-06 |
| AU2016381313B2 (en) | 2020-11-26 |
| BR112018013065A2 (pt) | 2018-12-11 |
| IL308706A (en) | 2024-01-01 |
| KR20180103923A (ko) | 2018-09-19 |
| AU2020223733A1 (en) | 2020-09-17 |
| US20190010495A1 (en) | 2019-01-10 |
| RU2018127636A3 (ru) | 2020-10-23 |
| JP2019500043A (ja) | 2019-01-10 |
| US20240002843A1 (en) | 2024-01-04 |
| CN108779462A (zh) | 2018-11-09 |
| PH12018501378A1 (en) | 2019-04-08 |
| AU2020223733B2 (en) | 2022-01-27 |
| IL260257B1 (en) | 2024-01-01 |
| MX2022009148A (es) | 2022-08-16 |
| JP2021166514A (ja) | 2021-10-21 |
| EA201891532A1 (ru) | 2019-01-31 |
| IL260257A (en) | 2018-07-31 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| US11441124B2 (en) | Mammalian cells enriched with functional mitochondria | |
| RU2019127919A (ru) | Композиции и способы, предназначенные для лечения гемоглобинопатий | |
| JP2019500043A5 (ru) | ||
| Kawada et al. | Administration of hematopoietic cytokines in the subacute phase after cerebral infarction is effective for functional recovery facilitating proliferation of intrinsic neural stem/progenitor cells and transition of bone marrow-derived neuronal cells | |
| KR101835018B1 (ko) | 엑소좀 또는 엑소좀 유래 리보핵산을 포함하는 간섬유증 예방 또는 치료용 조성물 | |
| CN112020558A (zh) | 治疗血红蛋白病的系统和方法 | |
| CN107893076A (zh) | CRISPR‑Cas9靶向敲除人乳腺癌细胞RASSF2基因及其特异性的sgRNA | |
| US20060247195A1 (en) | Method of altering cell properties by administering rna | |
| CN109843914A (zh) | 用于治疗疼痛相关病症的材料和方法 | |
| CN107354127B (zh) | LncRNA-TUG1在调控PDLSCs成骨分化及组织再生中的作用 | |
| US20210322485A1 (en) | Mitochondrial augmentation therapy with stem cells enriched with functional mitochondria | |
| CN110214149A (zh) | 用于治疗疼痛相关病症的材料和方法 | |
| WO2021216674A1 (en) | Improved cas 12a/nls mediated therapeutic gene editing platforms | |
| CN106148276A (zh) | 间充质干细胞在制备治疗神经退行性疾病的药物中的应用 | |
| RU2018127636A (ru) | Композиции и способы лечения гемоглобинопатий | |
| CN110423812A (zh) | Skiv2l2（MTR4）基因在肿瘤治疗中的用途 | |
| KR20230010617A (ko) | 산화스트레스 저항성을 갖는 중간엽줄기세포, 이의 제조방법 및 용도 | |
| Surtaieva et al. | Effects of transplanted mesenchymal stem cells on repair of the lung tissue of rats with experimental pulmonary fibrosis | |
| EP1115858A2 (de) | Antisense-sequenzen für die hemmung der expression des adhäsionsmoleküls icam-1 | |
| CN114934052B (zh) | 一种长链非编码rna aabr07017227的应用 | |
| ES2431117T3 (es) | Principios activos antiinflamatorios en el barro termal Euganeo | |
| CN108578701B (zh) | Lynx1在促进糖尿病患者种植体骨整合中的应用 | |
| Carvalho et al. | MITOCHONDRIA ISOLATED FROM MESENCHYMAL STROMAL CELLS REDUCE LUNGAND DISTAL ORGAN INJURY IN EXPERIMENTAL SEPSIS | |
| Fuzeta et al. | Scalable Production of Human Mesenchymal Stromal Cell (MSC)-Derived Extracellular Vesicles in Microcarrier-based Bioreactors under Xeno (geneic)-free Conditions | |
| Tarifi et al. | Рhage typing and its uses. Тhe exemple of phage therapy |