RU2018105835A - Способы амплификации последовательностей нуклеиновых кислот - Google Patents
Способы амплификации последовательностей нуклеиновых кислот Download PDFInfo
- Publication number
- RU2018105835A RU2018105835A RU2018105835A RU2018105835A RU2018105835A RU 2018105835 A RU2018105835 A RU 2018105835A RU 2018105835 A RU2018105835 A RU 2018105835A RU 2018105835 A RU2018105835 A RU 2018105835A RU 2018105835 A RU2018105835 A RU 2018105835A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- double
- stranded
- dna
- nucleic acid
- transposon
- Prior art date
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
- C12Q1/6865—Promoter-based amplification, e.g. nucleic acid sequence amplification [NASBA], self-sustained sequence replication [3SR] or transcription-based amplification system [TAS]
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Claims (85)
1. Способ амплификации нуклеиновой кислоты, включающий:
контактирование двухцепочечной нуклеиновой кислоты с транспозазами, связанными с ДНК транспозона, причем ДНК транспозона включает сайт связывания транспозазы и последовательность промотора РНК-полимеразы, а комплекс транспозазы/ДНК транспозона связывается с целевыми участками вдоль двухцепочечной геномной ДНК и расщепляет двухцепочечную нуклеиновую кислоту на множество двухцепочечных фрагментов, причем каждый двухцепочечный фрагмент содержит ДНК транспозона, связанную с каждым 5′-концом двухцепочечного фрагмента,
элонгацию двухцепочечных фрагментов вдоль ДНК транспозона с получением двухцепочечных продуктов элонгации, содержащих двухцепочечные последовательности промотора РНК-полимеразы на каждом конце,
контактирование двухцепочечных продуктов элонгации с РНК-полимеразой с получением множества РНК-транскриптов каждого двухцепочечного продукта элонгации,
обратную транскрипцию РНК-транскриптов в одноцепочечные ДНК-копии,
получение комплементарных нитей к одноцепочечным ДНК-копиям с образованием множества двухцепочечных ДНК-ампликонов, соответствующих каждому двухцепочечному фрагменту, причем двухцепочечные ДНК-ампликоны линейно амплифицированы из исходных двухцепочечных фрагментов.
2. Способ по п. 1, при этом двухцепочечная нуклеиновая кислота является выделенной двухцепочечной нуклеиновой кислотой, а транспозаза является выделенной транспозазой.
3. Способ по п. 1, при этом двухцепочечная нуклеиновая кислота представлена геномной ДНК.
4. Способ по п. 1, при этом двухцепочечная нуклеиновая кислота представлена геномной ДНК, полученной из отдельной клетки.
5. Способ по п. 1, при этом двухцепочечная нуклеиновая кислота представлена полным геномом из отдельной клетки.
6. Способ по п. 1, при этом транспозаза представлена транспозазой Tn5.
7. Способ по п. 1, при этом РНК-полимераза представлена РНК-полимеразой T7.
8. Способ по п. 1, при этом ДНК транспозона дополнительно включает последовательность-штрихкод.
9. Способ по п. 1, при этом ДНК транспозона дополнительно включает сайт инициации.
10. Способ по п. 1, при этом ДНК транспозона дополнительно включает последовательность-штрихкод и сайт инициации, а последовательность промотора РНК-полимеразы находится на 5′-конце ДНК транспозона.
11. Способ по п. 1, при этом ДНК транспозона включает двухцепочечный сайт связывания Tnp в 19 п.о. и выступающий конец, причем выступ включает участок-штрихкод, сайт инициации и последовательность сильного промотора T7.
12. Способ по п. 1, при этом ДНК транспозона включает двухцепочечный сайт связывания Tnp в 19 п.о. и петлеобразную структуру нуклеиновой кислоты, включающую последовательность сильного промотора T7.
13. Способ по п. 1, при этом ДНК транспозона включает двухцепочечный сайт связывания Tnp в 19 п.о. и петлеобразную структуру нуклеиновой кислоты, включающую участок-штрихкод, сайт инициации и последовательность сильного промотора T7.
14. Способ по п. 1, при этом из двухцепочечных фрагментов удаляют связавшиеся транспозазы перед элонгацией двухцепочечных фрагментов.
15. Способ по п. 1, при этом транспозазы представлены транспозазами Tn5, которые образуют комплексы с ДНК транспозона, причем ДНК транспозона включает двухцепочечный сайт связывания Tnp в 19 п.о. и выступающий конец, причем выступ включает участок-штрихкод, сайт инициации и последовательность сильного промотора T7, а комплекс транспозаза Tn5/ДНК транспозона связывается с целевыми участками вдоль двухцепочечной геномной ДНК, расщепляя двухцепочечную геномную ДНК на множество двухцепочечных фрагментов.
16. Способ по п. 1, при этом последовательность промотора РНК-полимеразы представлена последовательностью промотора T7, а двухцепочечные фрагменты подвергаются элонгации вдоль ДНК транспозона, образуя двухцепочечные продукты элонгации с промоторами T7 на каждом конце, а двухцепочечные продукты элонгации контактируют с РНК-полимеразой T7, образуя РНК-транскрипты двухцепочечных продуктов элонгации.
17. Способ по п. 1, дополнительно включающий стадию секвенирования двухцепочечных ДНК-ампликонов.
18. Способ по п. 1, дополнительно включающий стадию выявления однонуклеотидных вариаций в двухцепочечных ДНК-ампликонах.
19. Способ по п. 1, дополнительно включающий стадию выявления вариаций числа копий в двухцепочечных ДНК-ампликонах.
20. Способ по п. 1, дополнительно включающий стадию выявления структурных вариаций в двухцепочечных ДНК-ампликонах.
21. Способ по п. 1, при этом двухцепочечная нуклеиновая кислота представлена геномной ДНК из пренатальной клетки.
22. Способ по п. 1, при этом двухцепочечная нуклеиновая кислота представлена геномной ДНК из раковой клетки.
23. Способ по п. 1, при этом двухцепочечная нуклеиновая кислота представлена геномной ДНК из циркулирующей опухолевой клетки.
24. Способ по п. 1, при этом двухцепочечная нуклеиновая кислота представлена геномной ДНК из отдельной пренатальной клетки.
25. Способ по п. 1, при этом двухцепочечная нуклеиновая кислота представлена геномной ДНК из отдельной раковой клетки.
26. Способ по п. 1, при этом двухцепочечная нуклеиновая кислота представлена геномной ДНК из отдельной циркулирующей опухолевой клетки.
27. Способ амплификации и секвенирования полного генома одиночных клеток, включающий:
контактирование двухцепочечной геномной ДНК из отдельной клетки с транспозазами Tn5, образующими комплексы с ДНК транспозона, причем ДНК транспозона включает двухцепочечный сайт связывания Tnp в 19 п.о. и выступающий конец, причем выступ включает участок-штрихкод, сайт инициации и последовательность сильного промотора T7, а комплекс транспозаза Tn5/ДНК транспозона связывается с целевыми участками вдоль двухцепочечной геномной ДНК, расщепляя двухцепочечную геномную ДНК на множество двухцепочечных фрагментов, причем каждый двухцепочечный фрагмент содержит первый комплекс, присоединенный к верхней нити по сайту связывания Tnp, и второй комплекс, присоединенный к нижней нити по сайту связывания Tnp,
удаление транспозаз Tn5 из комплекса,
элонгацию двухцепочечных фрагментов вдоль ДНК транспозона с получением двухцепочечных продуктов элонгации, содержащих промоторы T7 на каждом конце,
контактирование двухцепочечных продуктов элонгации с РНК-полимеразой T7 с получением РНК-транскриптов двухцепочечных продуктов элонгации,
обратную транскрипцию РНК-транскриптов в одноцепочечные ДНК,
получение комплементарных нитей к одноцепочечным ДНК с образованием двухцепочечной ДНК, включающей последовательность геномной ДНК с штрихкодами на обоих концах верхней и нижней нити.
28. Способ амплификации нуклеиновой кислоты, включающий:
контактирование двухцепочечной нуклеиновой кислоты с транспозазами, связанными с ДНК транспозона, причем ДНК транспозона включает сайт связывания транспозазы, а комплекс транспозаза/ДНК транспозона связывается с целевыми участками вдоль двухцепочечной геномной ДНК и расщепляет двухцепочечную нуклеиновую кислоту на множество двухцепочечных фрагментов, причем каждый двухцепочечный фрагмент содержит ДНК транспозона, связанную с каждым 5′-концом двухцепочечного фрагмента,
элонгацию двухцепочечных фрагментов вдоль ДНК транспозона с получением двухцепочечных продуктов элонгации на каждом конце, и
амплификацию двухцепочечных продуктов элонгации.
29. Способ по п. 28, при этом двухцепочечная нуклеиновая кислота является выделенной двухцепочечной нуклеиновой кислотой, а транспозаза является выделенной транспозазой.
30. Способ по п. 28, при этом двухцепочечная нуклеиновая кислота представлена геномной ДНК.
31. Способ по п. 28, при этом двухцепочечная нуклеиновая кислота представлена геномной ДНК, полученной из отдельной клетки.
32. Способ по п. 28, при этом двухцепочечная нуклеиновая кислота представлена полным геномом из отдельной клетки.
33. Способ по п. 28, при этом транспозаза представлена транспозазой Tn5.
34. Способ по п. 28, при этом ДНК транспозона дополнительно включает последовательность-штрихкод.
35. Способ по п. 28, при этом ДНК транспозона дополнительно включает сайт инициации.
36. Способ по п. 28, при этом ДНК транспозона дополнительно включает последовательность-штрихкод и сайт инициации.
37. Способ по п. 28, при этом ДНК транспозона включает двухцепочечный сайт связывания Tnp в 19 п.о. и выступающий конец, причем выступ включает участок-штрихкод и сайт инициации.
38. Способ по п. 28, при этом ДНК транспозона включает двухцепочечный сайт связывания Tnp в 19 п.о. и петлеобразную структуру нуклеиновой кислоты, включающую участок-штрихкод и сайт инициации.
39. Способ по п. 28, при этом из двухцепочечных фрагментов удаляют связавшиеся транспозазы перед элонгацией двухцепочечных фрагментов.
40. Способ по п. 28, при этом транспозазы представлены транспозазами Tn5, которые образуют комплексы с ДНК транспозона, причем ДНК транспозона включает двухцепочечный сайт связывания Tnp в 19 п.о. и выступающий конец, причем выступ включает участок-штрихкод и сайт инициации, а комплекс транспозаза Tn5/ДНК транспозона связывается с целевыми участками вдоль двухцепочечной геномной ДНК, расщепляя двухцепочечную геномную ДНК на множество двухцепочечных фрагментов.
41. Способ по п. 28, дополнительно включающий стадию секвенирования двухцепочечных ДНК-ампликонов.
42. Способ по п. 28, дополнительно включающий стадию выявления однонуклеотидных вариаций в двухцепочечных ДНК-ампликонах.
43. Способ по п. 28, дополнительно включающий стадию выявления вариаций числа копий в двухцепочечных ДНК-ампликонах.
44. Способ по п. 28, дополнительно включающий стадию выявления структурных вариаций в двухцепочечных ДНК-ампликонах.
45. Способ по п. 28, при этом двухцепочечная нуклеиновая кислота представлена геномной ДНК из пренатальной клетки.
46. Способ по п. 28, при этом двухцепочечная нуклеиновая кислота представлена геномной ДНК из раковой клетки.
47. Способ по п. 28, при этом двухцепочечная нуклеиновая кислота представлена геномной ДНК из циркулирующей опухолевой клетки.
48. Способ по п. 28, при этом двухцепочечная нуклеиновая кислота представлена геномной ДНК из отдельной пренатальной клетки.
49. Способ по п. 28, при этом двухцепочечная нуклеиновая кислота представлена геномной ДНК из отдельной раковой клетки.
50. Способ по п. 28, при этом двухцепочечная нуклеиновая кислота представлена геномной ДНК из отдельной циркулирующей опухолевой клетки.
51. Способ получения фрагментов нуклеиновой кислоты из двухцепочечной нуклеиновой кислоты, включающий:
контактирование двухцепочечной нуклеиновой кислоты с транспозазами, связанными с ДНК транспозона, причем ДНК транспозона включает сайт связывания транспозазы, а комплекс транспозаза/ДНК транспозона связывается с целевыми участками вдоль двухцепочечной геномной ДНК и расщепляет двухцепочечную нуклеиновую кислоту на множество двухцепочечных фрагментов, причем каждый двухцепочечный фрагмент содержит ДНК транспозона, связанную с каждым 5′-концом двухцепочечного фрагмента,
элонгацию двухцепочечных фрагментов вдоль ДНК транспозона с получением двухцепочечных продуктов элонгации на каждом конце.
52. Способ по п. 51, при этом двухцепочечная нуклеиновая кислота является выделенной двухцепочечной нуклеиновой кислотой, а транспозаза является выделенной транспозазой.
53. Способ по п. 51, при этом двухцепочечная нуклеиновая кислота представлена геномной ДНК.
54. Способ по п. 51, при этом двухцепочечная нуклеиновая кислота представлена геномной ДНК, полученной из отдельной клетки.
55. Способ по п. 51, при этом двухцепочечная нуклеиновая кислота представлена полным геномом из отдельной клетки.
56. Способ по п. 51, при этом транспозаза представлена транспозазой Tn5.
57. Способ по п. 51, при этом ДНК транспозона дополнительно включает штрихкодовую последовательность.
58. Способ по п. 51, при этом ДНК транспозона дополнительно включает сайт инициации.
59. Способ по п. 51, при этом ДНК транспозона дополнительно включает штрихкодовую последовательность и сайт инициации.
60. Способ по п. 51, при этом ДНК транспозона включает двухцепочечный сайт связывания Tnp в 19 п.о. и выступающий конец, причем выступ включает участок-штрихкод и сайт инициации.
61. Способ по п. 51, при этом ДНК транспозона включает двухцепочечный сайт связывания Tnp в 19 п.о. и петлеобразную структуру нуклеиновой кислоты, включающую участок-штрихкод и сайт инициации.
62. Способ по п. 51, при этом из двухцепочечных фрагментов удаляют связавшиеся транспозазы перед элонгацией двухцепочечных фрагментов.
63. Способ по п. 51, при этом транспозазы представлены транспозазами Tn5, которые образуют комплексы с ДНК транспозона, причем ДНК транспозона включает двухцепочечный сайт связывания Tnp в 19 п.о. и выступающий конец, причем выступ включает участок-штрихкод и сайт инициации, а комплекс транспозаза Tn5/ДНК транспозона связывается с целевыми участками вдоль двухцепочечной геномной ДНК, расщепляя двухцепочечную геномную ДНК на множество двухцепочечных фрагментов.
64. Способ по п. 51, при этом двухцепочечная нуклеиновая кислота представлена геномной ДНК из пренатальной клетки.
65. Способ по п. 51, при этом двухцепочечная нуклеиновая кислота представлена геномной ДНК из раковой клетки.
66. Способ по п. 51, при этом двухцепочечная нуклеиновая кислота представлена геномной ДНК из циркулирующей опухолевой клетки.
67. Способ по п. 51, при этом двухцепочечная нуклеиновая кислота представлена геномной ДНК из отдельной пренатальной клетки.
68. Способ по п. 51, при этом двухцепочечная нуклеиновая кислота представлена геномной ДНК из отдельной раковой клетки.
69. Способ по п. 51, при этом двухцепочечная нуклеиновая кислота представлена геномной ДНК из отдельной циркулирующей опухолевой клетки.
Applications Claiming Priority (3)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US201562193733P | 2015-07-17 | 2015-07-17 | |
| US62/193,733 | 2015-07-17 | ||
| PCT/US2016/042394 WO2017015075A1 (en) | 2015-07-17 | 2016-07-15 | Methods of amplifying nucleic acid sequences |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2018105835A true RU2018105835A (ru) | 2019-08-19 |
Family
ID=57834769
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2018105835A RU2018105835A (ru) | 2015-07-17 | 2016-07-15 | Способы амплификации последовательностей нуклеиновых кислот |
Country Status (10)
| Country | Link |
|---|---|
| US (1) | US10894980B2 (ru) |
| EP (1) | EP3325665B1 (ru) |
| JP (1) | JP2018527947A (ru) |
| CN (1) | CN108026575B (ru) |
| AU (1) | AU2016297510B2 (ru) |
| CA (1) | CA2992717A1 (ru) |
| IL (1) | IL256905A (ru) |
| MX (1) | MX2018000729A (ru) |
| RU (1) | RU2018105835A (ru) |
| WO (1) | WO2017015075A1 (ru) |
Cited By (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| RU2752840C1 (ru) * | 2020-12-17 | 2021-08-09 | Общество с ограниченной ответственностью «ДНК-дисплей» | Способ штрихкодирования ампликонов при подготовке таргетных библиотек ДНК к массовому параллельному секвенированию |
Families Citing this family (67)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| BR112015003354A8 (pt) | 2012-08-14 | 2018-01-16 | 10X Genomics Inc | métodos e composições de microcápsula |
| US9951386B2 (en) | 2014-06-26 | 2018-04-24 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
| US9701998B2 (en) | 2012-12-14 | 2017-07-11 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
| US10273541B2 (en) | 2012-08-14 | 2019-04-30 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
| US10752949B2 (en) | 2012-08-14 | 2020-08-25 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
| US10221442B2 (en) | 2012-08-14 | 2019-03-05 | 10X Genomics, Inc. | Compositions and methods for sample processing |
| US11591637B2 (en) | 2012-08-14 | 2023-02-28 | 10X Genomics, Inc. | Compositions and methods for sample processing |
| US10400280B2 (en) | 2012-08-14 | 2019-09-03 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
| US10323279B2 (en) | 2012-08-14 | 2019-06-18 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
| US10533221B2 (en) | 2012-12-14 | 2020-01-14 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
| CA2894694C (en) | 2012-12-14 | 2023-04-25 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
| WO2014124336A2 (en) | 2013-02-08 | 2014-08-14 | 10X Technologies, Inc. | Partitioning and processing of analytes and other species |
| EP3470530B1 (en) | 2013-05-23 | 2020-11-25 | The Board of Trustees of the Leland Stanford Junior University | Transposition into native chromatin for analysis ofchromatin |
| US9824068B2 (en) | 2013-12-16 | 2017-11-21 | 10X Genomics, Inc. | Methods and apparatus for sorting data |
| DK3102722T3 (da) | 2014-02-04 | 2020-11-16 | Jumpcode Genomics Inc | Genom fraktionering |
| CN110548550B (zh) | 2014-04-10 | 2022-03-08 | 10X基因组学有限公司 | 用于封装和分割试剂的流体装置、系统和方法及其应用 |
| CA2953374A1 (en) | 2014-06-26 | 2015-12-30 | 10X Genomics, Inc. | Methods of analyzing nucleic acids from individual cells or cell populations |
| AU2015339148B2 (en) | 2014-10-29 | 2022-03-10 | 10X Genomics, Inc. | Methods and compositions for targeted nucleic acid sequencing |
| US9975122B2 (en) | 2014-11-05 | 2018-05-22 | 10X Genomics, Inc. | Instrument systems for integrated sample processing |
| US10900065B2 (en) | 2014-11-14 | 2021-01-26 | University Of Washington | Methods and kits for labeling cellular molecules |
| MX367432B (es) | 2015-01-12 | 2019-08-08 | 10X Genomics Inc | Procesos y sistemas para la preparación de bibliotecas de secuenciación de ácido nucleico y bibliotecas preparadas con estos. |
| EP4286516A3 (en) | 2015-02-24 | 2024-03-06 | 10X Genomics, Inc. | Partition processing methods and systems |
| CA2975958A1 (en) | 2015-02-24 | 2016-09-01 | 10X Genomics, Inc. | Methods for targeted nucleic acid sequence coverage |
| US10968536B2 (en) | 2015-02-25 | 2021-04-06 | Jumpcode Genomics, Inc. | Methods and compositions for sequencing |
| US11371094B2 (en) | 2015-11-19 | 2022-06-28 | 10X Genomics, Inc. | Systems and methods for nucleic acid processing using degenerate nucleotides |
| SG11201804086VA (en) | 2015-12-04 | 2018-06-28 | 10X Genomics Inc | Methods and compositions for nucleic acid analysis |
| CN108779491B (zh) | 2016-02-11 | 2021-03-09 | 10X基因组学有限公司 | 用于全基因组序列数据的从头组装的系统、方法和介质 |
| US11339427B2 (en) | 2016-02-12 | 2022-05-24 | Jumpcode Genomics, Inc. | Method for target specific RNA transcription of DNA sequences |
| WO2017197338A1 (en) | 2016-05-13 | 2017-11-16 | 10X Genomics, Inc. | Microfluidic systems and methods of use |
| CA3034959A1 (en) * | 2016-08-31 | 2018-03-08 | President And Fellows Of Harvard College | Methods of whole genome digital amplification |
| EP3510146A4 (en) | 2016-09-12 | 2020-08-05 | President and Fellows of Harvard College | TRANSCRIPTION FACTORS THAT REGULATE THE DIFFERENTIATION OF STEM CELLS |
| US10011872B1 (en) | 2016-12-22 | 2018-07-03 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
| US10815525B2 (en) | 2016-12-22 | 2020-10-27 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
| US10550429B2 (en) | 2016-12-22 | 2020-02-04 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
| EP4310183A3 (en) | 2017-01-30 | 2024-02-21 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for droplet-based single cell barcoding |
| US10995333B2 (en) | 2017-02-06 | 2021-05-04 | 10X Genomics, Inc. | Systems and methods for nucleic acid preparation |
| US20200002746A1 (en) * | 2017-02-14 | 2020-01-02 | Seqwell, Inc. | Compositions and methods for sequencing nucleic acids |
| WO2018217912A1 (en) * | 2017-05-23 | 2018-11-29 | President And Fellows Of Harvard College | Multiplex end-tagging amplification of nucleic acids |
| EP4230746A3 (en) | 2017-05-26 | 2023-11-01 | 10X Genomics, Inc. | Single cell analysis of transposase accessible chromatin |
| US20180340169A1 (en) | 2017-05-26 | 2018-11-29 | 10X Genomics, Inc. | Single cell analysis of transposase accessible chromatin |
| US10837047B2 (en) | 2017-10-04 | 2020-11-17 | 10X Genomics, Inc. | Compositions, methods, and systems for bead formation using improved polymers |
| WO2019084043A1 (en) * | 2017-10-26 | 2019-05-02 | 10X Genomics, Inc. | METHODS AND SYSTEMS FOR NUCLEIC ACID PREPARATION AND CHROMATIN ANALYSIS |
| CN111479631B (zh) | 2017-10-27 | 2022-02-22 | 10X基因组学有限公司 | 用于样品制备和分析的方法和系统 |
| EP3625361A1 (en) | 2017-11-15 | 2020-03-25 | 10X Genomics, Inc. | Functionalized gel beads |
| US10829815B2 (en) | 2017-11-17 | 2020-11-10 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for associating physical and genetic properties of biological particles |
| CN108052798B (zh) * | 2017-11-22 | 2020-08-07 | 辽宁科骏生物有限公司 | 处理高通量测序数据的方法、装置、存储介质及处理器 |
| WO2019108851A1 (en) | 2017-11-30 | 2019-06-06 | 10X Genomics, Inc. | Systems and methods for nucleic acid preparation and analysis |
| EP3752832A1 (en) | 2018-02-12 | 2020-12-23 | 10X Genomics, Inc. | Methods characterizing multiple analytes from individual cells or cell populations |
| US11639928B2 (en) | 2018-02-22 | 2023-05-02 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for characterizing analytes from individual cells or cell populations |
| WO2019195166A1 (en) | 2018-04-06 | 2019-10-10 | 10X Genomics, Inc. | Systems and methods for quality control in single cell processing |
| WO2019195675A1 (en) * | 2018-04-06 | 2019-10-10 | President And Fellows Of Harvard College | Methods of identifying combinations of transcription factors |
| CN112272710A (zh) | 2018-05-03 | 2021-01-26 | 贝克顿迪金森公司 | 高通量多组学样品分析 |
| US11932899B2 (en) | 2018-06-07 | 2024-03-19 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for characterizing nucleic acid molecules |
| US11703427B2 (en) | 2018-06-25 | 2023-07-18 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for cell and bead processing |
| KR20210024009A (ko) * | 2018-06-26 | 2021-03-04 | 더 브로드 인스티튜트, 인코퍼레이티드 | Crispr/cas 및 트랜스포사제 기반 증폭 조성물, 시스템 및 방법 |
| US20200032335A1 (en) | 2018-07-27 | 2020-01-30 | 10X Genomics, Inc. | Systems and methods for metabolome analysis |
| US11459607B1 (en) | 2018-12-10 | 2022-10-04 | 10X Genomics, Inc. | Systems and methods for processing-nucleic acid molecules from a single cell using sequential co-partitioning and composite barcodes |
| US11845983B1 (en) | 2019-01-09 | 2023-12-19 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for multiplexing of droplet based assays |
| WO2020168013A1 (en) | 2019-02-12 | 2020-08-20 | 10X Genomics, Inc. | Methods for processing nucleic acid molecules |
| US11851683B1 (en) | 2019-02-12 | 2023-12-26 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for selective analysis of cellular samples |
| US11467153B2 (en) | 2019-02-12 | 2022-10-11 | 10X Genomics, Inc. | Methods for processing nucleic acid molecules |
| US11655499B1 (en) | 2019-02-25 | 2023-05-23 | 10X Genomics, Inc. | Detection of sequence elements in nucleic acid molecules |
| US11920183B2 (en) | 2019-03-11 | 2024-03-05 | 10X Genomics, Inc. | Systems and methods for processing optically tagged beads |
| CN113025608A (zh) * | 2019-12-09 | 2021-06-25 | 深圳市真迈生物科技有限公司 | 细胞裂解液、试剂盒及应用 |
| US11851700B1 (en) | 2020-05-13 | 2023-12-26 | 10X Genomics, Inc. | Methods, kits, and compositions for processing extracellular molecules |
| AU2022227563A1 (en) | 2021-02-23 | 2023-08-24 | 10X Genomics, Inc. | Probe-based analysis of nucleic acids and proteins |
| WO2024003332A1 (en) | 2022-06-30 | 2024-01-04 | F. Hoffmann-La Roche Ag | Controlling for tagmentation sequencing library insert size using archaeal histone-like proteins |
Family Cites Families (49)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US2703908A (en) | 1954-05-12 | 1955-03-15 | Joseph J Stracker | Heat deflector for pot handle |
| JPS59131909A (ja) | 1983-01-19 | 1984-07-28 | Nec Corp | 光記録ヘツド |
| US4683195A (en) | 1986-01-30 | 1987-07-28 | Cetus Corporation | Process for amplifying, detecting, and/or-cloning nucleic acid sequences |
| US4683202A (en) | 1985-03-28 | 1987-07-28 | Cetus Corporation | Process for amplifying nucleic acid sequences |
| US4965188A (en) | 1986-08-22 | 1990-10-23 | Cetus Corporation | Process for amplifying, detecting, and/or cloning nucleic acid sequences using a thermostable enzyme |
| AU622104B2 (en) | 1987-03-11 | 1992-04-02 | Sangtec Molecular Diagnostics Ab | Method of assaying of nucleic acids, a reagent combination and kit therefore |
| IL86724A (en) | 1987-06-19 | 1995-01-24 | Siska Diagnostics Inc | Methods and kits for amplification and testing of nucleic acid sequences |
| DE68908054T2 (de) | 1988-01-21 | 1994-03-10 | Genentech Inc | Verstärkung und nachweis von nukleinsäuresequenzen. |
| CA1340807C (en) | 1988-02-24 | 1999-11-02 | Lawrence T. Malek | Nucleic acid amplification process |
| JPH04501468A (ja) | 1989-05-19 | 1992-03-12 | フェン，ジョン，ビー | 多重帯電イオンおよび大分子の分子量の決定方法 |
| US5541057A (en) | 1989-09-18 | 1996-07-30 | Biostar, Inc. | Methods for detection of an analyte |
| US5296375A (en) | 1992-05-01 | 1994-03-22 | Trustees Of The University Of Pennsylvania | Mesoscale sperm handling devices |
| US5304487A (en) | 1992-05-01 | 1994-04-19 | Trustees Of The University Of Pennsylvania | Fluid handling in mesoscale analytical devices |
| US5639423A (en) | 1992-08-31 | 1997-06-17 | The Regents Of The University Of Calfornia | Microfabricated reactor |
| US6291438B1 (en) | 1993-02-24 | 2001-09-18 | Jui H. Wang | Antiviral anticancer poly-substituted phenyl derivatized oligoribonucleotides and methods for their use |
| US5410808A (en) | 1993-02-24 | 1995-05-02 | G.P. Industries, Inc. | Method of making a double wall twist tube |
| US5858988A (en) | 1993-02-24 | 1999-01-12 | Wang; Jui H. | Poly-substituted-phenyl-oligoribo nucleotides having enhanced stability and membrane permeability and methods of use |
| US5547861A (en) | 1994-04-18 | 1996-08-20 | Becton, Dickinson And Company | Detection of nucleic acid amplification |
| US5681702A (en) | 1994-08-30 | 1997-10-28 | Chiron Corporation | Reduction of nonspecific hybridization by using novel base-pairing schemes |
| DE69535882D1 (de) | 1994-12-30 | 2008-12-18 | Univ Georgetown | Fluoreszenztest zum nachweis der spaltung einer nukleinsäure |
| US5856174A (en) | 1995-06-29 | 1999-01-05 | Affymetrix, Inc. | Integrated nucleic acid diagnostic device |
| US5736330A (en) | 1995-10-11 | 1998-04-07 | Luminex Corporation | Method and compositions for flow cytometric determination of DNA sequences |
| US5684143A (en) | 1996-02-21 | 1997-11-04 | Lynx Therapeutics, Inc. | Oligo-2'-fluoronucleotide N3'->P5' phosphoramidates |
| US5736303A (en) | 1996-06-07 | 1998-04-07 | Eastman Kodak Company | Color photographic paper with reduced interlayer effects |
| US5925545A (en) | 1996-09-09 | 1999-07-20 | Wisconsin Alumni Research Foundation | System for in vitro transposition |
| US5904824A (en) | 1997-03-07 | 1999-05-18 | Beckman Instruments, Inc. | Microfluidic electrophoresis device |
| US6485944B1 (en) | 1997-10-10 | 2002-11-26 | President And Fellows Of Harvard College | Replica amplification of nucleic acid arrays |
| US6511803B1 (en) | 1997-10-10 | 2003-01-28 | President And Fellows Of Harvard College | Replica amplification of nucleic acid arrays |
| US6432360B1 (en) | 1997-10-10 | 2002-08-13 | President And Fellows Of Harvard College | Replica amplification of nucleic acid arrays |
| US6638722B2 (en) | 2001-06-13 | 2003-10-28 | Invitrogen Corporation | Method for rapid amplification of DNA |
| DK2374900T3 (en) | 2003-03-07 | 2016-10-17 | Rubicon Genomics Inc | Polynucleotides for amplification and analysis of the total genomic and total transcription libraries generated by a DNA polymerization |
| WO2004092418A2 (en) | 2003-04-14 | 2004-10-28 | Nugen Technologies, Inc. | Global amplification using a randomly primed composite primer |
| JP2007526772A (ja) | 2004-02-27 | 2007-09-20 | プレジデント・アンド・フェロウズ・オブ・ハーバード・カレッジ | インサイチュー配列決定用ポロニー蛍光ビーズ |
| WO2005100585A2 (en) | 2004-03-30 | 2005-10-27 | Epicentre | Methods for obtaining directionally truncated polypeptides |
| DK1924704T3 (da) * | 2005-08-02 | 2011-09-05 | Rubicon Genomics Inc | Sammensætninger og fremgangsmåder til bearbejdning og mangfoldiggørelse af DNA, herunder ved anvendelse af flere enzymer i en enkelt reaktion |
| JP5073967B2 (ja) | 2006-05-30 | 2012-11-14 | 株式会社日立製作所 | 単一細胞の遺伝子発現定量方法 |
| EP3272879B1 (en) | 2008-10-24 | 2019-08-07 | Epicentre Technologies Corporation | Transposon end compositions and methods for modifying nucleic acids |
| US9080211B2 (en) * | 2008-10-24 | 2015-07-14 | Epicentre Technologies Corporation | Transposon end compositions and methods for modifying nucleic acids |
| FR2957821B1 (fr) | 2010-03-24 | 2014-08-29 | Inst Francais Du Petrole | Nouvelle zone de regeneration du catalyseur divisee en secteurs pour unites catalytiques regeneratives |
| CN103119439A (zh) * | 2010-06-08 | 2013-05-22 | 纽亘技术公司 | 用于多重测序的方法和组合物 |
| EP2635679B1 (en) * | 2010-11-05 | 2017-04-19 | Illumina, Inc. | Linking sequence reads using paired code tags |
| US8829171B2 (en) * | 2011-02-10 | 2014-09-09 | Illumina, Inc. | Linking sequence reads using paired code tags |
| US9074251B2 (en) * | 2011-02-10 | 2015-07-07 | Illumina, Inc. | Linking sequence reads using paired code tags |
| US20120258892A1 (en) | 2011-04-08 | 2012-10-11 | Yan Wang | Methods, Compositions, and Kits for Making Targeted Nucleic Acid Libraries |
| US9005935B2 (en) | 2011-05-23 | 2015-04-14 | Agilent Technologies, Inc. | Methods and compositions for DNA fragmentation and tagging by transposases |
| WO2012166425A2 (en) | 2011-05-27 | 2012-12-06 | President And Fellows Of Harvard College | Methods of amplifying whole genome of a single cell |
| WO2014143158A1 (en) * | 2013-03-13 | 2014-09-18 | The Broad Institute, Inc. | Compositions and methods for labeling of agents |
| US10968536B2 (en) | 2015-02-25 | 2021-04-06 | Jumpcode Genomics, Inc. | Methods and compositions for sequencing |
| USD883506S1 (en) | 2018-09-28 | 2020-05-05 | Jiro Takashima | Massage device for body cavities |
-
2016
- 2016-07-15 US US15/745,251 patent/US10894980B2/en active Active
- 2016-07-15 WO PCT/US2016/042394 patent/WO2017015075A1/en active Application Filing
- 2016-07-15 CA CA2992717A patent/CA2992717A1/en not_active Abandoned
- 2016-07-15 MX MX2018000729A patent/MX2018000729A/es unknown
- 2016-07-15 RU RU2018105835A patent/RU2018105835A/ru not_active Application Discontinuation
- 2016-07-15 AU AU2016297510A patent/AU2016297510B2/en not_active Ceased
- 2016-07-15 EP EP16828282.0A patent/EP3325665B1/en active Active
- 2016-07-15 JP JP2018521483A patent/JP2018527947A/ja active Pending
- 2016-07-15 CN CN201680054169.2A patent/CN108026575B/zh active Active
-
2018
- 2018-01-14 IL IL256905A patent/IL256905A/en unknown
Cited By (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| RU2752840C1 (ru) * | 2020-12-17 | 2021-08-09 | Общество с ограниченной ответственностью «ДНК-дисплей» | Способ штрихкодирования ампликонов при подготовке таргетных библиотек ДНК к массовому параллельному секвенированию |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| AU2016297510B2 (en) | 2021-09-09 |
| EP3325665B1 (en) | 2020-09-02 |
| IL256905A (en) | 2018-03-29 |
| WO2017015075A1 (en) | 2017-01-26 |
| AU2016297510A1 (en) | 2018-02-15 |
| CA2992717A1 (en) | 2017-01-26 |
| CN108026575A (zh) | 2018-05-11 |
| JP2018527947A (ja) | 2018-09-27 |
| MX2018000729A (es) | 2018-09-06 |
| US20190002967A1 (en) | 2019-01-03 |
| EP3325665A1 (en) | 2018-05-30 |
| EP3325665A4 (en) | 2019-02-27 |
| US10894980B2 (en) | 2021-01-19 |
| CN108026575B (zh) | 2022-08-19 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| RU2018105835A (ru) | Способы амплификации последовательностей нуклеиновых кислот | |
| RU2019108270A (ru) | Способы дискретной амплификации полного генома | |
| RU2019142713A (ru) | Мультиплексная амплификация нуклеиновых кислот с введением концевых меток | |
| JP2019533432A5 (ru) | ||
| JP2016531569A5 (ru) | ||
| JP6110297B2 (ja) | 高処理スクリーニング用の組合せ配列バーコード | |
| RU2014152883A (ru) | Способы и композиции для высокомультиплексной пцр | |
| JP2017532042A5 (ru) | ||
| FI3872187T3 (fi) | Koostumuksia ja menetelmiä näytteiden identifioinnin parantamiseksi indeksoiduissa nukleiinihappokirjastoissa | |
| JP2015156872A5 (ru) | ||
| JP2015521468A5 (ru) | ||
| WO2012003374A3 (en) | Targeted sequencing library preparation by genomic dna circularization | |
| JP2018514230A5 (ru) | ||
| JP2018529326A5 (ru) | ||
| FI3564394T3 (fi) | Menetelmä alukkeen polynukleotidien kirjastojen valmistamiseksi | |
| JP2014526899A5 (ru) | ||
| RU2017130143A (ru) | Гибридные днк/рнк-полинукдеотиды crispr и способы | |
| JP2016537990A5 (ru) | ||
| RU2019138698A (ru) | Способы и композиции для днк-профилирования | |
| WO2013003630A3 (en) | Methods and compositions for enrichment of nucleic acids in mixtures of highly homologous sequences | |
| JP2014504153A5 (ru) | ||
| WO2013032850A3 (en) | Compositions and methods for high fidelity assembly of nucleic acids | |
| JP2016508715A5 (ru) | ||
| CN107075513A (zh) | 分离的寡核苷酸及其在核酸测序中的用途 | |
| JP2012245004A5 (ru) |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| FA93 | Acknowledgement of application withdrawn (no request for examination) |
Effective date: 20190716 |