RU2016141811A - Способ и система для лизиса микроорганизмов с применением периодатов - Google Patents

Способ и система для лизиса микроорганизмов с применением периодатов

Info

Publication number
RU2016141811A
RU2016141811A RU2016141811A RU2016141811A RU2016141811A RU 2016141811 A RU2016141811 A RU 2016141811A RU 2016141811 A RU2016141811 A RU 2016141811A RU 2016141811 A RU2016141811 A RU 2016141811A RU 2016141811 A RU2016141811 A RU 2016141811A
Authority
RU
Grant status
Application
Patent type
Prior art keywords
species
characterized
method
periodate
mycobacterium
Prior art date
Application number
RU2016141811A
Other languages
English (en)
Inventor
Х. Чаим БИРНБОИМ
БРУИН Олле Маартен ДЕ
Original Assignee
ДиЭнЭй ГЕНОТЕК ИНК.
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date

Links

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09Recombinant DNA-technology
    • C12N15/10Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
    • C12N15/1003Extracting or separating nucleic acids from biological samples, e.g. pure separation or isolation methods; Conditions, buffers or apparatuses therefor
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N1/00Microorganisms, e.g. protozoa; Compositions thereof; Processes of propagating, maintaining or preserving microorganisms or compositions thereof; Processes of preparing or isolating a composition containing a microorganism; Culture media therefor
    • C12N1/06Lysis of microorganisms
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6806Preparing nucleic acids for analysis, e.g. for polymerase chain reaction [PCR] assay

Claims (47)

1. Композиция, содержащая окисляющий агент и буфер, причем указанный окисляющий агент представляет собой иодную кислоту, периодат или персульфат.
2. Композиция по п. 1, дополнительно содержащая соль лития, хелатор и денатурирующий агент.
3. Композиция по п. 2, отличающаяся тем, что указанная соль лития представляет собой LiCl.
4. Композиция по п. 2 или 3, отличающаяся тем, что указанный денатурирующий агент представляет собой анионный детергент, катионный детергент или неионный детергент.
5. Композиция по п. 4, отличающаяся тем, что указанный анионный детергент представляет собой додецилсульфат натрия (SDS), додецилсульфат лития (LDS) или лаурилсульфат натрия (SLS).
6. Композиция по п. 4, отличающаяся тем, что указанный катионный детергент представляет собой бромид цетилтриметиламмония, бромид цетилпиридина или хлорид алкилбензилдиметиламмония.
7. Композиция по п. 4, отличающаяся тем, что указанный неионный детергент представляет собой Tween, Triton X или Brij.
8. Композиция по любому из пп. 2-7, отличающаяся тем, что указанный хелатор представляет собой этиленгликоль тетрауксусную кислоту (EGTA), (2-гидроксиэтил)этилендиаминтриуксусную кислоту (HEDTA), диэтилентриаминпентауксусную кислоту (DTPA), нитрилотриуксусную кислоту (NTA), этилендиаминтриуксусную кислоту (EDTA), циклогександиаминтетрауксусную кислоту (CDTA), N,N-бис(карбоксиметил)глицин, безводный цитрат, цитрат натрия, цитрат кальция, цитрат аммония, бицитрат аммония, лимонную кислоту, цитрат диаммония, цитрат аммония железа, цитрат лития или любую комбинацию указанных веществ.
9. Композиция по любому из пп. 1-8, для экстракции нуклеиновой кислоты из микроорганизма или комбинации микроорганизмов и/или сохранения нуклеиновой кислоты микроорганизма или комбинации микроорганизмов.
10. Композиция по любому из пп. 1-9, отличающаяся тем, что указанная композиция имеет рН от приблизительно 6,5 до приблизительно 13 или от приблизительно 8 до приблизительно 10,5.
11. Композиция по любому из пп. 1-10, отличающаяся тем, что указанный периодат включает метапериодат, ортопериодат или комбинацию указанных веществ.
12. Композиция по любому из пп. 1-11, отличающаяся тем, что указанный периодат представляет собой периодат натрия, периодат калия или периодат лития.
13. Композиция по любому из пп. 1-12, отличающаяся тем, что указанный персульфат представляет собой персульфат натрия, персульфат калия или персульфат аммония.
14. Композиция по любому из пп. 1-13, отличающаяся тем, что указанный буфер представляет собой глицин.
15. Способ экстракции нуклеиновой кислоты из микроорганизма, включающий смешивание образца, предположительно содержащего указанный микроорганизм, с окисляющим агентом и нагревание полученной в результате смеси, причем указанный окисляющий агент представляет собой иодную кислоту, периодат или персульфат.
16. Способ по п. 15, отличающийся тем, что указанный периодат или персульфат находится в композиции, содержащей буфер, такой, что указаная композиция имеет рН от приблизительно 6,5 до приблизительно 13 или от приблизительно 8 до приблизительно 10,5.
17. Способ по п. 15 или 16, отличающийся тем, что указанную смесь нагревают до температуры приблизительно 50°C или выше, или от приблизительно 50°C до приблизительно 100°C, или от приблизительно 70°C до приблизительно 80°C.
18. Способ по любому из пп. 15-17, отличающийся тем, что указанную смесь нагревают в течение по меньшей мере 10 минут, по меньшей мере 15 минут, по меньшей мере 20 минут, от приблизительно 15 минут до приблизительно 60 минут или от приблизительно 15 минут до приблизительно 20 минут.
19. Способ по любому из пп. 15-18, отличающийся тем, что указанный периодат включает метапериодат, ортопериодат или комбинацию указанных веществ.
20. Способ по любому из пп. 15-19, отличающийся тем, что указанный периодат представляет собой периодат натрия, периодат калия или периодат лития.
21. Способ по любому из пп. 15-20, отличающийся тем, что указанный персульфат представляет собой персульфат натрия, персульфат калия или персульфат аммония.
22. Способ по любому из пп. 15-21, отличающийся тем, что концентрация периодата или персульфата в итоговой смеси составляет от приблизительно 0,1 мМ до приблизительно 300 мМ, от приблизительно 5 мМ до приблизительно 30 мМ или приблизительно 15 мМ.
23. Способ по любому из пп. 15-22, который дополнительно включает добавление к указанному образцу соли лития.
24. Способ по п. 23, отличающийся тем, что указанная соль лития представляет собой LiCl.
25. Способ по любому из пп. 15-24, который дополнительно включает добавление к указанному образцу денатурирующего агента.
26. Способ по п. 25, отличающийся тем, что указанный денатурирующий агент представляет собой анионный детергент, катионный детергент или неионный детергент.
27. Способ по п. 26, отличающийся тем, что указанный анионный детергент представляет собой додецилсульфат натрия (SDS), додецилсульфат лития (LDS) или лаурилсульфат натрия (SLS).
28. Способ по п. 26, отличающийся тем, что указанный катионный детергент представляет собой бромид цетилтриметиламмония, бромид цетилпиридина или хлорид алкилбензилдиметиламмония.
29. Способ по п. 26, отличающийся тем, что указанный неионный детергент представляет собой Tween, Triton X или Brij.
30. Способ по любому из пп. 15-29, отличающийся тем, что указанный микроорганизм представляет собой бактерию или гриб.
31. Способ по п. 30, отличающийся тем, что указанный микроорганизм представляет собой бактерию.
32. Способ по п. 31 отличающийся тем, что указанная бактерия представляет собой Mycobacterium tuberculosis, виды комплекса Mycobacterium tuberculosis, Mycobacterium smegmatis, Mycobacterium bovis, Mycobacterium africanum, Mycobacterium microti, Mycobacterium canetti, Mycobacterium caprae, Mycobacterium pinnipedi, Mycobacterium marinum, Mycobacterium leprae, Mycobacterium Lepromatosis, внутриклеточные Mycobacterium avium, Mycobacterium avium paratuberculosis, Mycobacterium ulcerans, Mycobacterium gordonae, виды Bacillus, Bacillus subtilis, Helicobacter pylori, Chlamydia pneumoniae, Chlamydia trachomatis, Toxoplasma gondii, виды Streptococcus, виды Staphylococcus, Dientamoeba fragilis, Borrelia burgdorferi и другие виды, виды Clostridia, Fusobacterium nucleatum, виды Salmonella, виды Campylobacter, бактерии Firmicutes, виды Bartonella, виды Rickettsia, виды Yersinia, виды Francisella, виды Brucella, виды Bordetella, виды Burkholderia, виды Pseudomonas, виды Shigella, виды Chlamydophila, виды Legionella, виды Listeria, виды Corynebacterium, виды Enterococcus, виды Escherichia, виды Haemophilus, виды Helicobacter, виды Leptospira, виды Mycoplasma, виды Neisseria, виды Treponema или виды Vibrio.
33. Способ по п. 30, отличающийся тем, что указанный микроорганизм представляет собой гриб.
34. Способ по п. 33, отличающийся тем, что указанный гриб относится к родам Saccharomyces, Candida, Aspergillus, Histoplasma, Pneumocystis, Stachybotrys или Cryptococcus.
35. Набор для экстракции нуклеиновой кислоты, причем указанный набор содержит (i) композицию для экстракции, содержащую периодат или персульфат в концентрации от приблизительно 5 мМ до приблизительно 300 мМ и буфер при рН от приблизительно 7 до приблизительно 13; и (ii) инструкции по применению.
36. Набор по п. 35, отличающийся тем, что указанная композиция для экстракции дополнительно содержит соль лития, денатурирующий агент и/или хелатор.
37. Набор по п. 35 или 36, отличающийся тем, что указанный набор также содержит контейнер для реактива и/или контейнер для приема образца.
38. Набор по п. 37, отличающийся тем, что указанный контейнер для реактива и/или контейнер для приема образца содержит емкость для приема композиции для экстракции и участок для приема образца.
39. Способ количественного определения общего количества нуклеиновой кислоты в образце, включающий
(i) обработку указанного образца кислотой и нагревание окисленного образца;
(ii) нейтрализацию указанного окисленного образца; и
(iii) анализ нейтрализованного образца способом ВЭЖХ с применением колонки с обращенной фазой и контроля элюирования способом УФ-спектроскопии для обнаружения пика, соответствующего аденину;
(iv) подсчет площадей под кривыми для пиков аденина как показателя общего количества нуклеиновой кислоты в образце.
40. Способ по п. 39, отличающийся тем, что на этапе (i) указанный образец окисляют с применением HCl.
41. Способ по п. 39 или 40, отличающийся тем, что на этапе (ii) окисленный образец нейтрализуют с применением NaOH.
42. Способ по любому из пп. 39-41, который дополнительно включает подсчет площадей под кривыми для пиков, соответствующих 2'- и 3'-АМФ.
43. Способ по любому из пп. 39-42, отличающийся тем, что указанный образец содержит микроорганизм или предположительно содержит микроорганизм.
RU2016141811A 2014-04-10 2015-04-10 Способ и система для лизиса микроорганизмов с применением периодатов RU2016141811A (ru)

Priority Applications (5)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201461977953 true 2014-04-10 2014-04-10
US61/977,953 2014-04-10
US201462014795 true 2014-06-20 2014-06-20
US62/014,795 2014-06-20
PCT/CA2015/050292 WO2015154189A1 (en) 2014-04-10 2015-04-10 Method and system for microbial lysis using periodates

Publications (1)

Publication Number Publication Date
RU2016141811A true true RU2016141811A (ru) 2018-05-10

Family

ID=54287060

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2016141811A RU2016141811A (ru) 2014-04-10 2015-04-10 Способ и система для лизиса микроорганизмов с применением периодатов

Country Status (7)

Country Link
US (1) US20170130219A1 (ru)
EP (1) EP3129482A4 (ru)
JP (1) JP2017510284A (ru)
CN (1) CN106255754A (ru)
CA (1) CA2947704A1 (ru)
RU (1) RU2016141811A (ru)
WO (1) WO2015154189A1 (ru)

Families Citing this family (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN106460030A (zh) * 2014-05-27 2017-02-22 Dna真诺泰克有限公司 用于稳定和维持顽强微生物的生存力的组合物和方法
WO2017150720A1 (ja) * 2016-03-04 2017-09-08 国立大学法人三重大学 線維症評価用バイオマーカ、線維症の評価方法および評価用細菌培地

Family Cites Families (16)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP0647849A3 (en) * 1986-04-30 1996-05-15 Igen Inc Detecting the presence of analytes in a sample.
US5849890A (en) * 1990-06-11 1998-12-15 Nexstar Pharmaceuticals, Inc. High affinity oligonucleotide ligands to chorionic gonadotropin hormone and related glycoprotein hormones
WO1994012881A3 (en) * 1992-12-02 1994-07-21 Denis F Hochstrasser A method for detecting growing cells using translationally controlled tumor protein p21
US6190875B1 (en) * 1997-09-02 2001-02-20 Insight Strategy & Marketing Ltd. Method of screening for potential anti-metastatic and anti-inflammatory agents using mammalian heparanase as a probe
GB9903767D0 (en) * 1999-02-18 1999-04-14 Univ Glasgow Receptor assay
FR2790005B1 (fr) * 1999-02-22 2004-01-30 Commissariat Energie Atomique Procede de fabrication de morpholino-nucleotides, et utilisation de ceux-ci pour l'analyse et le marquage de sequences d'acides nucleiques
WO2000078150A1 (en) * 1999-06-21 2000-12-28 Symbollon Corporation Iodine germicides that continuously generate free molecular iodine
US7482116B2 (en) * 2002-06-07 2009-01-27 Dna Genotek Inc. Compositions and methods for obtaining nucleic acids from sputum
US20050070109A1 (en) * 2003-09-30 2005-03-31 Feller A. Daniel Novel slurry for chemical mechanical polishing of metals
US20060206946A1 (en) * 2005-02-15 2006-09-14 University Of Maryland, College Park Method of disrupting heme transport in nematodes and of modelling and evaluating eukaryotic heme transport
DK1891232T3 (da) * 2005-06-14 2012-07-30 Statens Seruminstitut PCR-diagnostik af dermatophyter og andre patogene fungi
US20070092403A1 (en) * 2005-10-21 2007-04-26 Alan Wirbisky Compact apparatus, compositions and methods for purifying nucleic acids
EP2075824A4 (en) * 2006-07-28 2011-05-04 Showa Denko Kk Polishing composition
US20080026375A1 (en) * 2006-07-31 2008-01-31 Sigma Aldrich Co. Compositions and Methods for Isolation of Biological Molecules
EP2861259A1 (en) * 2012-06-14 2015-04-22 Ambrx, Inc. Anti-psma antibodies conjugated to nuclear receptor ligand polypeptides
CN106460030A (zh) * 2014-05-27 2017-02-22 Dna真诺泰克有限公司 用于稳定和维持顽强微生物的生存力的组合物和方法

Also Published As

Publication number Publication date Type
WO2015154189A1 (en) 2015-10-15 application
EP3129482A1 (en) 2017-02-15 application
JP2017510284A (ja) 2017-04-13 application
EP3129482A4 (en) 2017-12-13 application
US20170130219A1 (en) 2017-05-11 application
CA2947704A1 (en) 2015-10-15 application
CN106255754A (zh) 2016-12-21 application

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2015136684A (ru) Способ и устройство для создания рекомендуемого списка содержимого
RU2015132201A (ru) Способ нефропексии
RU2015148312A (ru) Способ усовершенствования технологии возделывания сафлора красильного в условиях степного крыма
RU2017101410A (ru) Способы лечения или облегчения мигрени
RU2016146158A (ru) Автоматизированный способ доставки сообщений и автоматизированный комплекс для его осуществления
JP2015130974A5 (ja) 偏光oct装置およびその調整方法
RU2015122359A (ru) Способ внепечной обработки стали
RU2016134025A (ru) Способ управления транспортным средством и транспортное средство
RU2016132304A (ru) Контроль трубопроводной системы
RU2015133549A (ru) Способ и устройство для управления зарядкой
JP2017522792A5 (ja) 復号方法
RU2016147263A (ru) Новый ген гликозилтрансферазы и его применение
RU2017101727A (ru) Способы и реагенты для очистки белков
DE102015008077A8 (de) Schneidvorrichtung
RU2016144330A (ru) Система и способ отображения онлайновых комментариев
DE112015000891A5 (de) Zugangs- und Überwachungssystem und Verfahren
DE112015003622A5 (de) Fahrerassistenzsystem
RU2016120612A (ru) Способ обработки естественного выражения, способ, устройство и система обработки и ответа
RU2015155813A (ru) Способ подводной связи
RU2016146552A (ru) Раствор галогенида магния и способ его получения и его применение
RU2015138806A (ru) Способ обработки гармонического сигнала
JP2016058410A5 (ja) 試験方法
RU2016148157A (ru) Способ децеллюляризации печени
RU2016139973A (ru) Система и способ стимулирования продаж продуктов и услуг пользователю мобильного устройства
RU2017101102A (ru) Способы лечения зуда