RU2015142618A - Способ обнаружения и количественного определения нуклеиновых кислот в пластичных полимерах - Google Patents

Способ обнаружения и количественного определения нуклеиновых кислот в пластичных полимерах Download PDF

Info

Publication number
RU2015142618A
RU2015142618A RU2015142618A RU2015142618A RU2015142618A RU 2015142618 A RU2015142618 A RU 2015142618A RU 2015142618 A RU2015142618 A RU 2015142618A RU 2015142618 A RU2015142618 A RU 2015142618A RU 2015142618 A RU2015142618 A RU 2015142618A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
polymer
microorganism
buffer solution
organic solvent
nucleic acids
Prior art date
Application number
RU2015142618A
Other languages
English (en)
Other versions
RU2679353C2 (ru
Inventor
Амарнат МАЙТРА
Дэвид МОРАНДО
Original Assignee
Вм. Ригли Джр. Компани
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Вм. Ригли Джр. Компани filed Critical Вм. Ригли Джр. Компани
Publication of RU2015142618A publication Critical patent/RU2015142618A/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2679353C2 publication Critical patent/RU2679353C2/ru

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
    • C12N15/1003—Extracting or separating nucleic acids from biological samples, e.g. pure separation or isolation methods; Conditions, buffers or apparatuses therefor
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
    • C12N15/1003—Extracting or separating nucleic acids from biological samples, e.g. pure separation or isolation methods; Conditions, buffers or apparatuses therefor
    • C12N15/1006—Extracting or separating nucleic acids from biological samples, e.g. pure separation or isolation methods; Conditions, buffers or apparatuses therefor by means of a solid support carrier, e.g. particles, polymers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6806—Preparing nucleic acids for analysis, e.g. for polymerase chain reaction [PCR] assay
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
    • C12Q1/689—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for bacteria
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158—Expression markers

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Crystallography & Structural Chemistry (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Claims (48)

1. Способ извлечения нуклеиновых кислот из полимера, являющегося пластичным в живом организме, включающий
a) осуществление контакта полимера с i) органическим растворителем и ii) буферным раствором, и
b) отделение органического растворителя от буферного раствора, при этом нуклеиновые кислоты, извлеченные из полимера, находятся в буферном растворе.
2. Способ по п. 1, включающий также стадию идентификации источника нуклеиновой кислоты, извлеченной из полимера.
3. Способ по п. 2, включающий также стадию количественного определения нуклеиновой кислоты, извлеченной из полимера.
4. Способ по п. 3, в котором стадию идентификации или стадию количественного определения осуществляют, применяя метод амплификации нуклеиновой кислоты.
5. Способ по п. 2, в котором источник нуклеиновой кислоты идентифицируют с помощью полимеразной цепной реакции.
6. Способ по п. 3, в котором нуклеиновую кислоту количественно определяют с применением количественной полимеразной цепной реакции.
7. Способ по п. 1, в котором полимер полностью растворяется в органическом растворителе или в котором полимер по меньшей мере частично растворяется в органическом растворителе.
8. Способ по п. 1, в котором нуклеиновые кислоты извлекаются с внутренней поверхности полимера.
9. Способ по п. 1, в котором извлекается по меньшей мере 90% нуклеиновых кислот, прикрепленных к полимеру или заключенных в полимер.
10. Способ по п. 1, в котором источник нуклеиновых кислот представляет собой микроорганизм.
11. Способ по п. 1, в котором источником нуклеиновых кислот, является клетка млекопитающего, при этом клетка, необязательно, представляет собой эпителиальную клетку, сквамозную (плоскую) клетку, фибробласт или кератиноцит.
12. Способ по п. 1, в котором источник нуклеиновых кислот представляет собой эпителиальную клетку, сквамозную (плоскую) клетку, фибробласт или кератиноцит и раковую клетку.
13. Способ обнаружения микроорганизма, прикрепленного к полимеру, пластичному в живом организме, или заключенного в этот полимер, включающий
a) растворение по меньшей мере части полимера в органическом растворителе и буферном растворе,
b) отделение органического растворителя от буферного раствора, при этом нуклеиновые кислоты, извлеченные из микроорганизмов, находятся в буферном растворе, и
c) амплификацию нуклеиновых кислот с использованием по меньшей мере одного олигонуклеотидного праймера, специфичного для микроорганизма.
14. Способ по п. 13, включающий также стадию количественного определения микроорганизмов, прикрепленных к полимеру или заключенных в полимер.
15. Способ по п. 4 и 13, в котором нуклеиновую кислоту амплифицируют с применением полимеразной цепной реакции, метода вытеснения цепи, лигазной цепной реакции, геликаза-зависимой амплификации, термофильной геликаза-зависимой изотермической амплификации с обратной транскрипцией, амплификации по типу катящегося кольца, петлевой изотермической амплификации или амплификации, основанной на последовательности нуклеиновых кислот (изотермической амплификации нуклеиновых кислот).
16. Способ по п. 13, в котором нуклеиновую кислоту амплифицируют с применением полимеразной цепной реакции.
17. Способ идентификации пластичных полимеров, резистентных к адгезии (прилипанию, прикреплению) микроорганизма, включающий
a) осуществление контакта пластичного полимера с микроорганизмом в условиях, которые способствуют связыванию,
b) растворение по меньшей мере части полимера в органическом растворителе и буферном растворе,
b) отделение органического растворителя от буферного раствора, при этом нуклеиновые кислоты, извлеченные из микроорганизмов, сцепленных с полимером (прикрепленных к полимеру), находятся в буферном растворе, и
с) обнаружение присутствия или отсутствия нуклеиновых кислот, специфичных для микроорганизма, в буферном растворе, при этом отсутствие нуклеиновых кислот в буферном растворе свидетельствует о том, что полимер устойчив к адгезии (связыванию) микроорганизма.
18. Способ по п. 17, в котором буферный раствор представляет собой Трис-буфер, ТВЕ или ТАЕ, предпочтительно, в котором буферный раствор представляет собой Трис-буфер.
19. Способ по п. 17, в котором органический растворитель выбран из группы, состоящей из хлороформа, ксилола и толуола, предпочтительно, в котором органический растворитель представляет собой хлороформ.
20. Способ создания микробного профиля полости рта субъекта-млекопитающего, включающий
a) осуществление контакта пластичного полимера с полостью рта субъекта,
b) детекцию (обнаружение) присутствия или отсутствия по меньшей мере одного микроорганизма, прикрепленного к пластичному полимеру или связанного с пластичным полимером после контактирования с полостью рта субъекта,
при этом присутствие или отсутствие по меньшей мере одного микроорганизма определяет микробный профиль полости рта субъекта;
необязательно включающий также стадии:
c) сравнения микробного профиля субъекта-млекопитающего с эталонным микробным профилем, при этом эталонный профиль является показателем повышенной восприимчивости к заболеванию, нарушению или патологическому состоянию полости рта, и
d) оценки микробного профиля с целью определения, действительно ли субъект обладает повышенной восприимчивостью к заболеванию или патологии полости рта.
21. Способ по п. 20, который включает также стадию количественного определения микроорганизмов, прикрепленных к полимеру или захваченных полимером (включенных в полимер).
22. Способ по п. 20, в котором микроорганизм относится к одному из видов, выбранному из группы, включающей бактерии, вирусы, грибы или простейшие, предпочтительно, в котором бактерии представляют собой Streptococcus mutans, Streptococcus oralis, Actinomyces naeslundii, Streptococcus sanguinis, Porphyromomas gingivalis, Porphymomas intermedia, Bacteroides forsythus, Tanneraella forsythia, Campylobacter rectus, Eubacerium nodatum, Peptostreptococcus micros, Streptococcus intermedius, Aggregetibacter actinomycetemcomitans,
Treponema denticola, Lactobacillus, Eikenella corrodens, Capnocytophaga gingivalis, Streptococcus gordonii, Veillonella parvula, Fusobacterium nucleatum и Streptococcus sobrinus.
23. Способ по п. 20, в котором микроорганизм заключен во внутреннюю поверхность полимера.
24. Способ по п. 20, в котором полимер представляет собой эластомер, предпочтительно, в котором эластомер представляет собой поливинилацетат, полибутилен, полиизобутилен, сополимер изобутилена с изопреном (бутилкаучук), сополимеры стирола с бутадиеном, полиизопрен, полиэтилен, сополимер винилацетата с виниллауратом, силикон, джелутонг, чикле, сорву и массарандубу балату или их комбинации.
25. Способ по п. 20, в котором полимер представляет собой жевательную резинку или гуммиоснову.
26. Способ по п. 20, в котором полимер находится в дентальном или периодентальном материале или устройстве, и, предпочтительно, полимер представляет собой метилметакрилат, полиметилметакрилат (РММА), полиэтилметакрилат (РЕМА), глицидилметакрилат (GMA), диметилакрилат триэтиленгликоля (TEGDMA), бисфенол А глицидилметакрилат (BIS-GMA), гуттаперчу и полибутилен, включая альфа-бутилен, цис-бутилен, бета-бутилен, транс-бета-бутилен, изобутилен, найлон, изобутилен или их комбинации.
27. Способ по п. 13, включающий также стадию диагностики микробной инфекции (инфекции микроорганизма) у субъекта-млекопитающего, причем полимер находился в контакте с полостью рта субъекта, а присутствие микроорганизма в полости рта является показателем наличия микробной инфекции.
28. In vitro способ диагностики инфекции в полости рта млекопитающего, или определения восприимчивости млекопитающего к развитию инфекции в полости рта, включающий обнаружение микроорганизма в соответствии со способом по п. 13, причем полимер находился в контакте с полостью рта млекопитающего, а присутствие микроорганизма в полости рта является признаком микробной инфекции или повышенной восприимчивости к микробной инфекции.
29. Набор для осуществления способов по п. 1.
30. Набор выполненный способом по п. 20 для обнаружения или количественного определения микроорганизма, прикрепленного к полимеру, пластичному в живом организме,
или заключенному в этот полимер, содержащий по меньшей мере, один праймер, специфичный для микроорганизма, органический растворитель и буферный раствор.
31. Набор выполненный способом по п. 30, в котором буферный раствор представляет собой Трис-буфер и/или в котором органический растворитель представляет собой хлороформ, и необязательно, содержащий также буферы для PCR (ПЦР)-амплификации, dNTP's (дНТФ, дезоксинуклеозидтрифосфаты) и буферы для загрузки образцов в гели.
RU2015142618A 2013-03-14 2014-03-13 Способ обнаружения и количественного определения нуклеиновых кислот в пластичных полимерах RU2679353C2 (ru)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201361783223P 2013-03-14 2013-03-14
US61/783,223 2013-03-14
PCT/US2014/025430 WO2014159901A2 (en) 2013-03-14 2014-03-13 Methods of detecting and quantifying nucleic acids within malleable polymers

Publications (2)

Publication Number Publication Date
RU2015142618A true RU2015142618A (ru) 2017-04-28
RU2679353C2 RU2679353C2 (ru) 2019-02-07

Family

ID=50489412

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2015142618A RU2679353C2 (ru) 2013-03-14 2014-03-13 Способ обнаружения и количественного определения нуклеиновых кислот в пластичных полимерах

Country Status (5)

Country Link
US (1) US10023919B2 (ru)
EP (1) EP2970950B1 (ru)
CN (1) CN105189745B (ru)
RU (1) RU2679353C2 (ru)
WO (1) WO2014159901A2 (ru)

Families Citing this family (9)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US10010704B2 (en) 2013-08-23 2018-07-03 Elwha Llc Systems, methods, and devices for delivering treatment to a skin surface
US9811641B2 (en) * 2013-08-23 2017-11-07 Elwha Llc Modifying a cosmetic product based on a microbe profile
US10152529B2 (en) 2013-08-23 2018-12-11 Elwha Llc Systems and methods for generating a treatment map
US9557331B2 (en) 2013-08-23 2017-01-31 Elwha Llc Systems, methods, and devices for assessing microbiota of skin
US9805171B2 (en) 2013-08-23 2017-10-31 Elwha Llc Modifying a cosmetic product based on a microbe profile
CA2936354C (en) * 2014-01-10 2019-04-23 Wm. Wrigley Jr. Company Methods of detecting and quantifying bacteria contained on or within chewing gum
WO2018088784A1 (en) * 2016-11-09 2018-05-17 Samsung Electronics Co., Ltd. Electronic apparatus and operating method thereof
CN113100347B (zh) * 2021-01-20 2022-09-27 江苏益宠生物科技有限公司 一种宠物饲料
CN114381535A (zh) * 2021-12-24 2022-04-22 天津科技大学 一种不基于测序的快速检测口腔生物膜中总细菌及5种主要属细菌数量的方法

Family Cites Families (7)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2002052043A1 (fr) * 2000-12-26 2002-07-04 Takara Bio Inc. Procede de detection d'un micro-organisme pathogene
RU2272072C1 (ru) * 2004-08-26 2006-03-20 Павел Петрович Лактионов Способ выделения нуклеиновых кислот
US20100029925A1 (en) * 2008-05-23 2010-02-04 Life Technologies Corporation, A Delaware Corporation Methods and kits for extraction of dna
DE102008057257A1 (de) * 2008-11-13 2010-05-20 Eucro European Contract Research Gmbh & Co. Kg Verfahren zum Sammeln von Mundschleimhautzellen und/oder -zellfragmenten
WO2010054639A2 (de) * 2008-11-13 2010-05-20 Eucro European Contract Research Gmbh & Co. Kg Verfahren zum sammeln von mundschleimhautzellen und/oder -zellfragmenten
WO2010115442A1 (de) * 2009-04-09 2010-10-14 Awenydd Diagnostic Gmbh Kaumasse für die gewinnung von nukleinsäuren zur bestimmung von sequenzvarianten
CN102533735B (zh) * 2012-02-22 2013-09-04 广东出入境检验检疫局检验检疫技术中心 一种从胶基中提取动植物基因组dna的方法

Also Published As

Publication number Publication date
EP2970950A2 (en) 2016-01-20
WO2014159901A3 (en) 2015-01-08
EP2970950B1 (en) 2019-08-14
RU2679353C2 (ru) 2019-02-07
CN105189745A (zh) 2015-12-23
US10023919B2 (en) 2018-07-17
US20160032365A1 (en) 2016-02-04
WO2014159901A2 (en) 2014-10-02
CN105189745B (zh) 2021-10-29

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2015142618A (ru) Способ обнаружения и количественного определения нуклеиновых кислот в пластичных полимерах
US20190040451A1 (en) Fully integrated hand-held device to detect specific nucleic acid sequences
CN102534011B (zh) 全密闭式靶核酸扩增产物快速荧光检测方法及装置
CN105039149B (zh) 一种快速鉴定核酸扩增产物的密闭实验系统装置及应用
Smith et al. Gene expression patterns that correlate with hepatitis C and early progression to fibrosis in liver transplant recipients
ATE552350T1 (de) Elektrokatalytischer nukleinsäurehybridisierungsnachweis
CA2369045A1 (en) Methods for improving sensitivity and specificity of screening assays
RU2013148806A (ru) Способы и наборы для обнаружения бесклеточных специфических для патогенов нуклеиновых кислот
HRP20150684T1 (hr) Identifikacija specifiäśnih mjesta nastanka - genetski loci - upalne bolesti crijeva kod djece i postupci njihove uporabe u takvoj dijagnozi te njihovo lijeäśenje
Luo et al. Digital CRISPR/Cas12b-based platform enabled absolute quantification of viral RNA
CN105199940A (zh) 一种防污染便携式基因检测方法及装置
EP3299474A1 (en) Method and kit for detecting target nucleic acid
Kobylak et al. Real-time PCR approach in dermatophyte detection and Trichophyton rubrum identification
CN103937884A (zh) 一种用于结核分枝杆菌检测的环介导等温扩增试剂盒及其使用方法
ATE293707T1 (de) Nukelinsäure primer und proben zum nachweis von tumorzellen
JP2003530118A5 (ru)
RU2016129534A (ru) Способ обнаружения и количественного определения бактерий, содержащихся на поверхности или внутри жевательной резинки
KR102551477B1 (ko) 표적 물질의 검출용 키트 및 이를 이용하여 표적 물질을 검출하는 방법
Paul et al. Rapid extraction of plant nucleic acids by microneedle patch for in-field detection of plant pathogens
CN106755291B (zh) 用于筛查克林霉素所致皮肤药物不良反应的人类白细胞抗原基因检测试剂盒
Huang et al. Biosensor-Based Multiple Cross Displacement Amplification for the Rapid Detection of Mycobacterium leprae
EP2999798A1 (en) Method for simultaneous detection of bacteria and fungi in a biological preparation by pcr, primers as well as bacteria and fungi detection kit
CN114807416A (zh) 热带念珠菌的rpa-lfs检测引物探针组合及其应用
CN106834498A (zh) 一种快速鉴定分枝杆菌的引物与方法
WO2013049822A2 (en) Diagnostic method for determining animals persistently infected (pi) with bovine viral diarrhea virus (bvdv)

Legal Events

Date Code Title Description
HE9A Changing address for correspondence with an applicant
QB4A Licence on use of patent

Free format text: LICENCE FORMERLY AGREED ON 20200129

Effective date: 20200129

QZ41 Official registration of changes to a registered agreement (patent)

Free format text: LICENCE FORMERLY AGREED ON 20200129

Effective date: 20211129