RU2013116589A - Зонд и способ детекции полиморфизма, используя таковой - Google Patents
Зонд и способ детекции полиморфизма, используя таковой Download PDFInfo
- Publication number
- RU2013116589A RU2013116589A RU2013116589/10A RU2013116589A RU2013116589A RU 2013116589 A RU2013116589 A RU 2013116589A RU 2013116589/10 A RU2013116589/10 A RU 2013116589/10A RU 2013116589 A RU2013116589 A RU 2013116589A RU 2013116589 A RU2013116589 A RU 2013116589A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- base
- oligonucleotide
- seq
- bases
- fluorescently labeled
- Prior art date
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
- C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/106—Pharmacogenomics, i.e. genetic variability in individual responses to drugs and drug metabolism
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Pathology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Hospice & Palliative Care (AREA)
- Oncology (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Investigating, Analyzing Materials By Fluorescence Or Luminescence (AREA)
Abstract
1. Зонд для детекции полиморфизма V600 в гене BRAF, причем зонд содержит следующий флуоресцентно меченый олигонуклеотид Р1:(Р1) олигонуклеотид, по меньшей мере, на 80% идентичный последовательности оснований длиной от 10 до 50 оснований, включающей основания 228-237 последовательности оснований, указанной в SEQ ID NO:1, где основание, соответствующее основанию 237, представляет собой цитозин, меченный флуоресцентным красителем, и олигонуклеотид распознает полиморфизм, по меньшей мере, в одном из оснований 228-230 последовательности основания, указанной в SEQ ID NO:1, при условии, что олигонуклеотид отличается от олигонуклеотида с последовательностью, приведенной в SEQ ID NO:7 или 19.2. Зонд по п.1, где флуоресцентно меченый олигонуклеотид Р1 представляет собой следующий флуоресцентно меченый олигонуклеотид Р1':(P1') олигонуклеотид, по меньшей мере, на 80% идентичный последовательности основания длиной от 10 до 50 основания, включающей основания 228-237 последовательности основания, указанной в SEQ ID NO:1, где основание, соответствующее основанию 237, представляет собой цитозин; по меньшей мере, два из основания, соответствующих основаниям 228-230 последовательности основания, указанной в SEQ ID NO:1, отличаются от указанных в SEQ ID NO:1; и цитозин, соответствующий основанию 237, метят флуоресцентным красителем.3. Зонд по п.1, где флуоресцентно меченый олигонуклеотид имеет основание, меченное флуоресцентным красителем по какому-либо из положений 1-3 от 3'-конца.4. Зонд по п.1, где флуоресцентно меченый олигонуклеотид имеет основание, меченное флуоресцентным красителем на 3'-конце.5. Зонд по п.1, где интенсивность флуоресценции флуоресцентно меченого олигонуклеотида при гибри
Claims (18)
1. Зонд для детекции полиморфизма V600 в гене BRAF, причем зонд содержит следующий флуоресцентно меченый олигонуклеотид Р1:
(Р1) олигонуклеотид, по меньшей мере, на 80% идентичный последовательности оснований длиной от 10 до 50 оснований, включающей основания 228-237 последовательности оснований, указанной в SEQ ID NO:1, где основание, соответствующее основанию 237, представляет собой цитозин, меченный флуоресцентным красителем, и олигонуклеотид распознает полиморфизм, по меньшей мере, в одном из оснований 228-230 последовательности основания, указанной в SEQ ID NO:1, при условии, что олигонуклеотид отличается от олигонуклеотида с последовательностью, приведенной в SEQ ID NO:7 или 19.
2. Зонд по п.1, где флуоресцентно меченый олигонуклеотид Р1 представляет собой следующий флуоресцентно меченый олигонуклеотид Р1':
(P1') олигонуклеотид, по меньшей мере, на 80% идентичный последовательности основания длиной от 10 до 50 основания, включающей основания 228-237 последовательности основания, указанной в SEQ ID NO:1, где основание, соответствующее основанию 237, представляет собой цитозин; по меньшей мере, два из основания, соответствующих основаниям 228-230 последовательности основания, указанной в SEQ ID NO:1, отличаются от указанных в SEQ ID NO:1; и цитозин, соответствующий основанию 237, метят флуоресцентным красителем.
3. Зонд по п.1, где флуоресцентно меченый олигонуклеотид имеет основание, меченное флуоресцентным красителем по какому-либо из положений 1-3 от 3'-конца.
4. Зонд по п.1, где флуоресцентно меченый олигонуклеотид имеет основание, меченное флуоресцентным красителем на 3'-конце.
5. Зонд по п.1, где интенсивность флуоресценции флуоресцентно меченого олигонуклеотида при гибридизации с последовательностью-мишенью снижается или возрастает по сравнению с отсутствием гибридизации с последовательностью-мишенью.
6. Зонд по п.1, где интенсивность флуоресценции флуоресцентно меченого олигонуклеотида при гибридизации с последовательностью-мишенью снижается по сравнению с отсутствием гибридизации с последовательностью-мишенью.
7. Зонд по п.1, где длина флуоресцентно меченого олигонуклеотида составляет 10-40 оснований.
8. Зонд по п.1, где длина флуоресцентно меченого олигонуклеотида составляет 10-30 оснований.
9. Зонд по п.1, который представляет собой зонд для анализа графика плавления.
10. Зонд по п.1, где основание, соответствующее основанию 228 последовательности оснований, указанной в SEQ ID NO:1, представляет собой гуанин или аденин; основание, соответствующее основанию 229 последовательности основания, указанной в SEQ ID NO:1, представляет собой аденин или гуанин; и основание, соответствующее основанию 230 последовательности основания, указанной в SEQ ID NO:1, представляет собой гуанин или тимин.
11. Способ определения полиморфизма в локусе V600 гена BRAF, который включает применение зонда по п.1.
12. Способ по п.11, включающий стадии:
(I) приведения зонда по п.1 в контакт с одноцепочечной нуклеиновой кислотой, содержащейся в образце, для гибридизации указанного флуоресцентно меченого олигонуклеотида с одноцепочечной нуклеиновой кислотой, таким образом, получая гибрид;
(II) диссоциации гибрида путем изменения температуры образца, содержащего гибрид, для измерения изменения флуоресцентного сигнала, вызванного диссоциацией гибрида;
(III) определения величины Tm, которая представляет собой температуру диссоциации гибрида, исходя из изменения флуоресцентного сигнала; и
(IV) определения, исходя из величины Tm, наличия мутации в локусе V600 гена BRAF.
13. Способ по п.11, дополнительно включающий амплификацию нуклеиновой кислоты перед или одновременно с получением гибрида.
14. Способ оценки эффективности лекарственного средства, включающий стадии:
определения мутации в локусе V600 гена BRAF с помощью способа по п.11; и
определения толерантности в отношении лекарственного средства или эффективности лекарственного средства на основе наличия или отсутствия детектированной мутации, где предпочтительно указанное лекарственное средство выбирают из молекулярно нацеленного терапевтического агента, лекарственного средства против злокачественной меланомы и противоракового агента.
15. Реагент для определения полиморфизма, причем реагент содержит зонд по п.1.
16. Набор для определения полиморфизма, причем набор содержит:
зонд по п.1; и
праймер, способный осуществить амплификацию, используя в качестве матрицы область последовательности оснований, указанную в SEQ ID NO:1, содержащий последовательность, с которой указанный зонд гибридизуется.
17. Набор по п.16, где указанный праймер способен осуществить амплификацию, используя в качестве матрицы область длиной 50-1000 оснований, включающую основания 228-230 последовательности оснований, указанной в SEQ ID NO:1.
18. Применение реагента или набора по п.15 или 16 для детекции полиморфизма в гене BRAF.
Applications Claiming Priority (4)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| JP2012096558 | 2012-04-20 | ||
| JP2012-096558 | 2012-04-20 | ||
| JP2013-081858 | 2013-04-10 | ||
| JP2013081858A JP6153758B2 (ja) | 2012-04-20 | 2013-04-10 | 多型検出用プローブ、多型検出方法、薬効判定方法及び多型検出用キット |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2013116589A true RU2013116589A (ru) | 2014-10-20 |
| RU2633506C2 RU2633506C2 (ru) | 2017-10-12 |
Family
ID=48141823
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2013116589A RU2633506C2 (ru) | 2012-04-20 | 2013-04-11 | Зонд и способ детекции полиморфизма, используя таковой |
Country Status (5)
| Country | Link |
|---|---|
| US (1) | US9255298B2 (ru) |
| EP (1) | EP2653560B1 (ru) |
| JP (1) | JP6153758B2 (ru) |
| AU (1) | AU2013204483B2 (ru) |
| RU (1) | RU2633506C2 (ru) |
Families Citing this family (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| GB201319180D0 (en) * | 2013-10-30 | 2013-12-11 | Mast Group Ltd | Nucleic acid probe |
| KR101595442B1 (ko) * | 2015-08-18 | 2016-02-18 | 대한민국 | 바이러스성 출혈성 패혈증 바이러스의 지역 특이적 유전형 판별용 프로브 및 그 용도 |
| JP7241634B2 (ja) * | 2019-07-29 | 2023-03-17 | アークレイ株式会社 | ヒトｂｒａｆのｖ６００変異検出用プローブ及びヒトｂｒａｆのｖ６００変異の検出方法 |
Family Cites Families (10)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| RU2258710C2 (ru) * | 1999-03-09 | 2005-08-20 | Займодженетикс, Инк. | Новый цитокин zalpha11-лиганд |
| EP1541695A1 (en) * | 2003-12-09 | 2005-06-15 | Nanogen Recognomics GmbH | Use of a mutation in the BRAF gene for the determination of the malignancy of melanoma cells |
| US7553625B2 (en) * | 2003-12-22 | 2009-06-30 | John Wayne Cancer Institute | Method and apparatus for in vivo collection of circulating biological components |
| US8232051B2 (en) * | 2007-03-26 | 2012-07-31 | Arkray, Inc. | Primer set for gene amplification, reagent for gene amplification including the same, and uses thereof |
| JP2009077712A (ja) * | 2007-09-11 | 2009-04-16 | F Hoffmann La Roche Ag | Ｂ−Ｒａｆキナーゼ阻害剤に対する感受性についての診断試験 |
| WO2009073513A1 (en) * | 2007-11-30 | 2009-06-11 | Schering Corporation | Braf biomarkers |
| WO2010065626A1 (en) * | 2008-12-02 | 2010-06-10 | Globeimmune, Inc. | Genotyping tools, methods and kits |
| AU2010282632A1 (en) * | 2009-08-11 | 2012-03-08 | Response Genetics, Inc. | Methods, primers, probes and kits useful for the detection of BRAF mutations |
| JP5399188B2 (ja) * | 2009-09-28 | 2014-01-29 | 三洋電機株式会社 | 非水電解質二次電池 |
| KR101372876B1 (ko) | 2009-12-07 | 2014-03-10 | 아크레이 가부시키가이샤 | 질환 관련 유전자의 다형 검출용 프로브 및 그 용도 |
-
2013
- 2013-04-10 JP JP2013081858A patent/JP6153758B2/ja active Active
- 2013-04-11 RU RU2013116589A patent/RU2633506C2/ru active
- 2013-04-12 AU AU2013204483A patent/AU2013204483B2/en active Active
- 2013-04-16 US US13/863,877 patent/US9255298B2/en active Active
- 2013-04-19 EP EP13164586.3A patent/EP2653560B1/en active Active
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| JP6153758B2 (ja) | 2017-06-28 |
| RU2633506C2 (ru) | 2017-10-12 |
| JP2013236625A (ja) | 2013-11-28 |
| AU2013204483B2 (en) | 2015-04-23 |
| EP2653560B1 (en) | 2016-06-29 |
| US20130280711A1 (en) | 2013-10-24 |
| US9255298B2 (en) | 2016-02-09 |
| AU2013204483A1 (en) | 2013-11-07 |
| EP2653560A1 (en) | 2013-10-23 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| Miotke et al. | High sensitivity detection and quantitation of DNA copy number and single nucleotide variants with single color droplet digital PCR | |
| US11225683B2 (en) | Photocoupling method using probe containing photoresponsive nucleic acids | |
| Andersson et al. | Properties of targeted preamplification in DNA and cDNA quantification | |
| Wegman et al. | Universal drag tag for direct quantitative analysis of multiple microRNAs | |
| TWI527905B (zh) | 透過利用基因檢測技術與微珠微流道結合進行單核苷酸多態性檢測之方法 | |
| ATE503024T1 (de) | Nachweis chromosomaler störungen | |
| JP2012040029A (ja) | 変異の検出方法およびそれに用いるキット | |
| KR102019800B1 (ko) | 리덕션 프로브를 이용한 유전자의 메틸화 검출 방법, 검출 키트 및 pcr 장치 | |
| RU2017113727A (ru) | Праймеры и зонды для полимеразной цепной реакции для обнаружения mycobacterium tuberculosis | |
| Treerattrakoon et al. | Rolling circle amplification and graphene-based sensor-on-a-chip for sensitive detection of serum circulating miRNAs | |
| CN105112540B (zh) | 一种基于链置换放大和DNAzyme放大的检测DNA甲基转移酶活性的方法 | |
| JP2013059319A (ja) | 標的核酸の検出方法 | |
| JP2013081450A (ja) | 多型検出用プローブ、多型検出方法、薬効判定方法及び多型検出用試薬キット | |
| Wegman et al. | Achieving single-nucleotide specificity in direct quantitative analysis of multiple MicroRNAs (DQAMmiR) | |
| Yang et al. | Simple and sensitive method for detecting point mutations of epidermal growth factor receptor using cationic conjugated polymers | |
| Goldman et al. | High affinity γPNA sandwich hybridization assay for rapid detection of short nucleic acid targets with single mismatch discrimination | |
| RU2013116589A (ru) | Зонд и способ детекции полиморфизма, используя таковой | |
| JP2013074888A (ja) | ＩＬ２８Ｂ（ｒｓ８０９９９１７）とＩＴＰＡ（ｒｓ１１２７３５４）の変異を検出する方法 | |
| JPWO2009011297A1 (ja) | Ｊａｋ２遺伝子の変異検出用プローブおよびその用途 | |
| Miotke et al. | Enzyme-free detection of mutations in cancer DNA using synthetic oligonucleotide probes and fluorescence microscopy | |
| Wei et al. | Detection of BRAFV600E mutation of thyroid cancer in circulating tumor DNA by an electrochemical-enrichment assisted ARMS-qPCR assay | |
| RU2552483C1 (ru) | Способ анализа соматических мутаций в генах egfr, kras и braf с использованием lna-блокирующей мультиплексной пцр и последующей гибридизацией с олигонуклеотидным биологическим микрочипом (биочипом) | |
| Long et al. | Sensitive and enzyme-free detection for single nucleotide polymorphism using microbead-assisted toehold-mediated strand displacement reaction | |
| US20180087096A1 (en) | Gene mutation detection method and fluorescence-labeled oligonucleotide used in same | |
| JP6205216B2 (ja) | 変異検出用プローブ、変異検出方法、薬効判定方法及び変異検出用キット |