RU2011129765A - Молекулярный тест, используемый для диагностики вич тропизма - Google Patents

Молекулярный тест, используемый для диагностики вич тропизма Download PDF

Info

Publication number
RU2011129765A
RU2011129765A RU2011129765/10A RU2011129765A RU2011129765A RU 2011129765 A RU2011129765 A RU 2011129765A RU 2011129765/10 A RU2011129765/10 A RU 2011129765/10A RU 2011129765 A RU2011129765 A RU 2011129765A RU 2011129765 A RU2011129765 A RU 2011129765A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
nucleic acid
acid sequence
seqidno
kit
primer
Prior art date
Application number
RU2011129765/10A
Other languages
English (en)
Inventor
Томас Г. ЛАФФЛЕР
Марк А. ХЕЙДЕН
Original Assignee
Эбботт Лэборетриз
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Эбботт Лэборетриз filed Critical Эбботт Лэборетриз
Publication of RU2011129765A publication Critical patent/RU2011129765A/ru

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813—Hybridisation assays
    • C12Q1/6816—Hybridisation assays characterised by the detection means
    • C12Q1/6818—Hybridisation assays characterised by the detection means involving interaction of two or more labels, e.g. resonant energy transfer

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Other Investigation Or Analysis Of Materials By Electrical Means (AREA)

Abstract

1. Способ идентификации подтипа ВИЧ в исследуемом образце, включающий:получение исследуемого образца;образование реакционной смеси, включающей:набор пар праймеров, выбранный из группы, состоящей из набора A, B, C, D, E и F, где:набор А включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 1, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 2;набор B включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 3, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 4;набор C включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 5, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 6;набор D включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 7, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 8;набор E включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 9, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 10; инабор F включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 11, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 12;помещение смеси в условия амплификации для создания продукта амплификации;определение молекулярной массы продукта амплификации исравнение молекулярной массы продукта амплификации с расчетными или измеренными значениями молекулярных масс целевых последовательностей в базе данных для идентификации подтипов ВИЧ.2. Способ идентификации подтипа ВИЧ в исследуемом образце, включающий:образов

Claims (24)

1. Способ идентификации подтипа ВИЧ в исследуемом образце, включающий:
получение исследуемого образца;
образование реакционной смеси, включающей:
набор пар праймеров, выбранный из группы, состоящей из набора A, B, C, D, E и F, где:
набор А включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 1, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 2;
набор B включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 3, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 4;
набор C включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 5, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 6;
набор D включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 7, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 8;
набор E включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 9, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 10; и
набор F включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 11, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 12;
помещение смеси в условия амплификации для создания продукта амплификации;
определение молекулярной массы продукта амплификации и
сравнение молекулярной массы продукта амплификации с расчетными или измеренными значениями молекулярных масс целевых последовательностей в базе данных для идентификации подтипов ВИЧ.
2. Способ идентификации подтипа ВИЧ в исследуемом образце, включающий:
образование исследуемого образца;
подготовку реакционной смеси, включающей:
набор пар праймеров, выбранный из группы, состоящей из набора A, B, C, D, E и F, где:
набор А включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 1, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 2;
набор B включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 3, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 4; и
набор C включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 5, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 6;
набор D включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 7, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 8;
набор E включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 9, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 10; и
набор F включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 11, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 12;
помещение смеси в условия амплификации для создания продукта амплификации;
определение состава оснований в продукте амплификации и
сравнение состава оснований в продукте амплификации с расчетными или измеренными вариантами состава оснований целевых последовательностей в базе данных для идентификации подтипов ВИЧ.
3. Способ по п.1 или 2, отличающийся тем, что идентификация целевой последовательности не включает секвенирование продукта амплификации.
4. Способ по п.1 или 2, отличающийся тем, что масс-спектрометрия представляет собой ионную циклотронную резонансную масс-спектрометрию с Фурье-преобразованием (FT-ICR-MS), времяпролетную резонансную масс-спектрометрию (TOF-MS) или времяпролетную спектроскопию с ионизацией электронапылением.
5. Способ по п.1 или 2, отличающийся тем, что указанный праймерный набор включает по меньшей мере один нуклеотидный аналог.
6. Способ по п. 5, отличающийся тем, что указанный нуклеотидный аналог выбирают из группы, состоящей из инозина, уридина, 2,6-диаминопурина, пропина С и пропина Т.
7. Способ по п.1 или 2, отличающийся тем, что в продукт амплификации включают метку, модифицирующую молекулярную массу.
8. Способ идентификации подтипа ВИЧ в исследуемом образце, включающий:
образование исследуемого образца;
подготовку реакционной смеси, включающей:
набор пар праймеров, выбранный из группы, состоящей из набора A, B, C, D, E и F, где:
набор А включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, характеризующуюся по меньшей мере 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 1, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, по меньшей мере с 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 2;
набор B включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, характеризующуюся по меньшей мере 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 3, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, по меньшей мере с 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 4;
набор C включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, характеризующуюся по меньшей мере 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 5, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, по меньшей мере с 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 6;
набор D включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 7, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 8;
набор E включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 9, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 10; и
набор F включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 11, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 12;
помещение смеси в условия амплификации для создания продукта амплификации;
определение молекулярной массы продукта амплификации и
сравнение молекулярной массы продукта амплификации с расчетными или измеренными значениями молекулярных масс целевых последовательностей в базе данных для идентификации подтипа ВИЧ.
9. Способ идентификации подтипа ВИЧ в исследуемом образце, включающий:
получение исследуемого образца;
образование реакционной смеси, включающей:
набор пар праймеров, выбранный из группы, состоящей из набора A, B, C, D, E и F, где:
набор А включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, характеризующуюся по меньшей мере 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 1, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, по меньшей мере с 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 2;
набор B включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, характеризующуюся по меньшей мере 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 3, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, по меньшей мере с 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 4;
набор C включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, характеризующуюся по меньшей мере 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 5, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, по меньшей мере с 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 6;
набор D включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 7, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 8;
набор E включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 9, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 10;
набор F включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 11, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 12;
помещение смеси в условия амплификации для создания продукта амплификации;
определение состава оснований в продукте амплификации и
сравнение состава оснований в продукте амплификации с расчетными или измеренными вариантами состава оснований целевых последовательностей в базе данных для идентификации подтипа ВИЧ.
10. Способ по п.8 или 9, отличающийся тем, что идентификация целевой последовательности не включает секвенирование продукта амплификации.
11. Способ по п.8 или 9, отличающийся тем, что масс-спектрометрия представляет собой ионную циклотронную резонансную масс-спектрометрию с Фурье-преобразованием (FT-ICR-MS), времяпролетную масс-спектрометрию (TOF-MS) или времяпролетную спектроскопию с ионизацией электронапылением.
12. Способ по п.8 или 9, отличающийся тем, что указанный праймерный набор включает по меньшей мере один нуклеотидный аналог.
13. Способ по п.12, отличающийся тем, что указанный нуклеотидный аналог выбирают из группы, состоящей из инозина, уридина, 2,6-диаминопурина, пропина С и пропина Т.
14. Способ по п.9, отличающийся тем, что в продукт амплификациивключают метку, модифицирующую молекулярную массу.
15. Набор, включающий набор пар праймеров, выбранный из группы, состоящей из набора A, B, C, D, E и F, где
набор А включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 1, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 2;
набор B включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 3, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 4;
набор C включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 5, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 6;
набор D включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 7, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 8;
набор E включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 9, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 10; и
набор F включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 11, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 12; и
реагенты для проведения амплификации.
16. Набор по п.15, дополнительно включающий средство для доступа в базу данных, включающую расчетные или определенные составы оснований или молекулярные массы целевых последовательностей в базе данных с целью идентификации подтипа ВИЧ.
17. Набор, включающий набор пар праймеров, выбранный из группы, состоящей из набора A, B, C, D, E и F, где:
набор А включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, характеризующуюся по меньшей мере 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 1, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, по меньшей мере с 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 2;
набор B включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, характеризующуюся по меньшей мере 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 3, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, по меньшей мере с 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 4;
набор C включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, характеризующуюся по меньшей мере 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 5, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, по меньшей мере с 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 6;
набор D включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, характеризующуюся по меньшей мере 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 7, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, по меньшей мере с 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 8;
набор E включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, характеризующуюся по меньшей мере 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 9, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, по меньшей мере с 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 10;
набор F включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, характеризующуюся по меньшей мере 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 11, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, по меньшей мере с 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 12; и
реагенты для амплификации.
18. Набор по п. 17, дополнительно включающий средство для доступа в базу данных, включающую расчетные или определенные составы оснований или молекулярные массы целевых последовательностей в базе данных с целью идентификации подтипа ВИЧ.
19. Способ идентификации по меньшей мере двух подтипов ВИЧ в исследуемом образце, включающий:
получение исследуемого образца;
образование реакционной смеси, включающей:
набор пар праймеров, выбранный из группы, состоящей из набора A, B, C, D, E и F, где:
набор А включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, характеризующуюся по меньшей мере 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 1, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, по меньшей мере с 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 2;
набор B включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, характеризующуюся по меньшей мере 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 3, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, по меньшей мере с 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 4;
набор C включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, характеризующуюся по меньшей мере 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 5, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, по меньшей мере с 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 6;
набор D включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, характеризующуюся по меньшей мере 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 7, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, по меньшей мере с 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 8;
набор E включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, характеризующуюся по меньшей мере 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 9, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, по меньшей мере с 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 10; и
набор F включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, характеризующуюся по меньшей мере 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 11, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, по меньшей мере с 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 12;
помещение смеси в условия амплификации для получения продукта амплификации;
определение молекулярной массы продукта амплификации и
сравнение молекулярной массы продукта амплификации с расчетными или измеренными значениями молекулярных масс целевых последовательностей в базе данных для идентификации по меньшей мере двух подтипов ВИЧ.
20. Способ идентификации по меньшей мере двух подтипов ВИЧ в исследуемом образце, включающий:
получение исследуемого образца;
образование реакционной смеси, включающей набор пар праймеров, выбранный из группы, состоящей из набора A, B, C, D, E и F, где:
набор А включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, характеризующуюся по меньшей мере 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 1, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, по меньшей мере с 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 2;
набор B включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, характеризующуюся по меньшей мере 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 3, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, по меньшей мере с 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 4;
набор C включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, характеризующуюся по меньшей мере 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 5, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, по меньшей мере с 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 6;
набор D включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, характеризующуюся по меньшей мере 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 7, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, по меньшей мере с 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 8;
набор E включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, характеризующуюся по меньшей мере 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 9, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, по меньшей мере с 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 10; и
набор F включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, характеризующуюся по меньшей мере 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 11, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, по меньшей мере с 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 12;
помещение смеси в условия амплификации для получения продукта амплификации;
определение состава оснований в продукте амплификации и
сравнение состава оснований в продукте амплификации с расчетными или измеренными вариантами состава оснований целевых последовательностей в базе данных для определения по меньшей мере двух подтипов ВИЧ.
21. Способ по п.19 или 20, отличающийся тем, что по меньшей мере два подтипа включают CCR5-связывающий подтип и CXCR4-связвающий подтип.
22. Способ по п. 21, отличающийся тем, что CXCR4-связывающий подтип составляет по меньшей мере 1% от общего содержания ВИЧ в исследуемом образце.
23. Способ по п. 22, отличающийся тем, что CXCR4-связывающий подтип составляет по меньшей мере 5% от общего содержания ВИЧ в исследуемом образце.
24. Способ по п. 22, отличающийся тем, что CXCR4-связывающий подтип составляет по меньшей мере 10% от общего содержания ВИЧ в исследуемом образце.
RU2011129765/10A 2008-12-19 2009-12-18 Молекулярный тест, используемый для диагностики вич тропизма RU2011129765A (ru)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US13941808P 2008-12-19 2008-12-19
US61/139,418 2008-12-19
PCT/US2009/068665 WO2010080582A2 (en) 2008-12-19 2009-12-18 Molecular assay for diagnosis of hiv tropism

Publications (1)

Publication Number Publication Date
RU2011129765A true RU2011129765A (ru) 2013-01-27

Family

ID=42075362

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2011129765/10A RU2011129765A (ru) 2008-12-19 2009-12-18 Молекулярный тест, используемый для диагностики вич тропизма

Country Status (7)

Country Link
US (1) US20110262924A1 (ru)
EP (1) EP2376651A2 (ru)
JP (1) JP2012512663A (ru)
AU (1) AU2009335688B2 (ru)
CA (1) CA2746098A1 (ru)
RU (1) RU2011129765A (ru)
WO (1) WO2010080582A2 (ru)

Families Citing this family (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
AR086925A1 (es) 2011-06-15 2014-01-29 Grifols Therapeutics Inc Metodos, composiciones y kits para determinar el virus de la inmunodeficiencia humana (vih)
WO2013006684A1 (en) * 2011-07-05 2013-01-10 The Gov. Of The U.S.A. As Represented By The Secretary Of The Dept. Of Health And Human Services. Hiv-1 genotyping assay for global surveillance of hiv-1 drug resistance
IL285049B (en) * 2012-10-18 2022-07-01 California Inst Of Techn Broad-spectrum neutralizing antibodies against the AIDS virus

Family Cites Families (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
GB8505174D0 (en) * 1985-02-28 1985-04-03 Versatile Eng Ltd Engraving tool holder
US5474895A (en) * 1990-11-14 1995-12-12 Siska Diagnostics Inc. Non-isotopic detection of nucleic acids using a polystyrene support-based sandwich hybridization assay and compositions useful therefor
JP3351773B2 (ja) * 1999-06-15 2002-12-03 学校法人慶應義塾 Ｈｉｖ−１のサブタイプ決定法
US7718356B2 (en) * 2000-09-26 2010-05-18 Health Research Inc. Heteroduplex tracking assay
US7344830B2 (en) * 2000-09-26 2008-03-18 Health Research Inc. Heteroduplex tracking assay
CA2600184A1 (en) * 2005-03-03 2006-09-08 Isis Pharmaceuticals, Inc. Compositions for use in identification of adventitious viruses

Also Published As

Publication number Publication date
JP2012512663A (ja) 2012-06-07
US20110262924A1 (en) 2011-10-27
CA2746098A1 (en) 2010-07-15
AU2009335688A1 (en) 2011-07-07
WO2010080582A2 (en) 2010-07-15
WO2010080582A3 (en) 2010-10-07
AU2009335688B2 (en) 2013-04-18
EP2376651A2 (en) 2011-10-19

Similar Documents

Publication Publication Date Title
US6613509B1 (en) Determination of base (nucleotide) composition in DNA oligomers by mass spectrometry
RU2003129269A (ru) Способ быстрой детекции и идентификации биоагентов
IS8314A (is) Ákvörðun fjölkirnisraðar
RU2018113795A (ru) Набор зондов для анализа образцов днк и способы их использования
WO2012083481A1 (zh) 用于hpa基因分型的方法及所用引物
RU2011129765A (ru) Молекулярный тест, используемый для диагностики вич тропизма
CN113817871B (zh) 冠状病毒的检测方法及试剂盒
CN103834747B (zh) 基于焦磷酸测序的检测甲型h1n1流感病毒致病力的方法
EP4219770A3 (en) Compositions and methods for detection of rsv b in samples
WO2007059348A2 (en) Compositions and methods for detecting an hcv-1 subtype
CN110093452B (zh) 基于定点基因质谱检测的鸭源病毒检测试剂盒及检测方法
CN108085421B (zh) 质谱法检测甲型流感病毒多重pcr产物的方法及其产品
CN110734986B (zh) 一种获得混合斑迹中个体来源未知的dna的dip-str基因座分型结果的方法和系统
JP6694635B2 (ja) マイクロｒｎａにおけるメチル化修飾部位を計測する方法
CN110616278B (zh) 检测fav-8和fav-11的特异性引物及试剂盒
Abdi et al. Validation of DNA sequences using mass spectrometry coupled with nucleoside mass tagging
CN113817870A (zh) 同时检测七种呼吸道相关病毒的引物组合物及其应用
CN108034769A (zh) 质谱检测甲型流感病毒h3n2多重pcr产物的方法及其产品
KR101746600B1 (ko) 복수의 miRNA의 정량적 동시 검출 방법
Silva et al. Current status of the diagnostic and genomics of Cryptococcus neoformans/C. gattii species complex
Calabrese Experimental platforms for extracting biological data: mass spectrometry, microarray, next generation sequencing
CN115725792B (zh) 一种通用型禽白血病病毒核酸检测试剂盒
WO2009038840A4 (en) Compositions for use in identification of adventitious contaminant viruses
Eveleigh et al. Using Armored RNA®/DNA as Reliable Molecular Controls in Infectious Disease Testing and Beyond
CN114686620A (zh) 新型冠状病毒多种变异株核酸质谱检测的引物组合、试剂盒及检测方法

Legal Events

Date Code Title Description
FA94 Acknowledgement of application withdrawn (non-payment of fees)

Effective date: 20140822