RU2011123897A - Способ специфичной детекции малопредстательнных фракций рнк в в биологическом образце - Google Patents
Способ специфичной детекции малопредстательнных фракций рнк в в биологическом образце Download PDFInfo
- Publication number
- RU2011123897A RU2011123897A RU2011123897/10A RU2011123897A RU2011123897A RU 2011123897 A RU2011123897 A RU 2011123897A RU 2011123897/10 A RU2011123897/10 A RU 2011123897/10A RU 2011123897 A RU2011123897 A RU 2011123897A RU 2011123897 A RU2011123897 A RU 2011123897A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- mycoplasma
- rna
- chaotropic agent
- interest
- biological sample
- Prior art date
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
- C12Q1/689—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for bacteria
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
- C12Q1/6848—Nucleic acid amplification reactions characterised by the means for preventing contamination or increasing the specificity or sensitivity of an amplification reaction
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
- C12Q1/6851—Quantitative amplification
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Immunology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
1. Способ детекции малопредставленных представляющих интерес фракций РНК в биологическом образце, включающий стадии:(a) обратной транскрипции РНК в кДНК с использованием обратной транскриптазы (ОТ);(b) инактивации ОТ и(с) детекции представляющей интерес кДНК посредством полимеразной цепной реакции (ПЦР).2. Способ по п.1, где биологический образец содержит большое фоновое количество клеточных компонентов.3. Способ по п.1, где биологический образец содержит большое фоновое количество суммарной РНК.4. Способ по п.1, где стадию (a) осуществляют в условиях “горячего старта”.5. Способ по п.1, дополнительно включающий после стадии (a) стадию амплификации представляющей интерес кДНК с использованием ОТ из стадии (a).6. Способ по п.1, где ОТ представляет собой рекомбинантную ДНК-полимеразу(rpol).7. Способ по п.1, где ОТ инактивируют на стадии (b) способом, выбранным из группы, состоящим из тепловой обработки, обработки фенолом, обработки протеиназой K и обработки хаотропным средством.8. Способ по п.7, где ОТ инактивируют обработкой хаотропным средством.9. Способ по п.8, дополнительно включающий, после стадии (b), стадию удаления хаотропного средства из реакционной смеси.10. Способ по п.8, где хаотропное средство выбрано из группы, состоящей из мочевины, перхлората лития и соли гуанидиния.11. Способ по п.10, где хаотропное средство представляет собой соль гуанидиния.12. Способ по п.1, где полимеразная цепная реакция (ПЦР) на стадии (c) представляет собой ПЦР в реальном времени.13. Способ по п.1, где представляющая интерес РНК происходит из микоплазмы.14. Способ по п.13, где микоплазму выбирают из группы, состоящей из,,,,,и.15. Способ по п.13, где представляющая инт�
Claims (23)
1. Способ детекции малопредставленных представляющих интерес фракций РНК в биологическом образце, включающий стадии:
(a) обратной транскрипции РНК в кДНК с использованием обратной транскриптазы (ОТ);
(b) инактивации ОТ и
(с) детекции представляющей интерес кДНК посредством полимеразной цепной реакции (ПЦР).
2. Способ по п.1, где биологический образец содержит большое фоновое количество клеточных компонентов.
3. Способ по п.1, где биологический образец содержит большое фоновое количество суммарной РНК.
4. Способ по п.1, где стадию (a) осуществляют в условиях “горячего старта”.
5. Способ по п.1, дополнительно включающий после стадии (a) стадию амплификации представляющей интерес кДНК с использованием ОТ из стадии (a).
6. Способ по п.1, где ОТ представляет собой рекомбинантную ДНК-полимеразу Thermus thermophilus (rTth-pol).
7. Способ по п.1, где ОТ инактивируют на стадии (b) способом, выбранным из группы, состоящим из тепловой обработки, обработки фенолом, обработки протеиназой K и обработки хаотропным средством.
8. Способ по п.7, где ОТ инактивируют обработкой хаотропным средством.
9. Способ по п.8, дополнительно включающий, после стадии (b), стадию удаления хаотропного средства из реакционной смеси.
10. Способ по п.8, где хаотропное средство выбрано из группы, состоящей из мочевины, перхлората лития и соли гуанидиния.
11. Способ по п.10, где хаотропное средство представляет собой соль гуанидиния.
12. Способ по п.1, где полимеразная цепная реакция (ПЦР) на стадии (c) представляет собой ПЦР в реальном времени.
13. Способ по п.1, где представляющая интерес РНК происходит из микоплазмы.
14. Способ по п.13, где микоплазму выбирают из группы, состоящей из Acholeplasma laidlawii, Mycoplasma gallisepticum, Mycoplasma hyorhinis, Mycoplasma hominis, Mycoplasma fermentans, Mycoplasma synoviae и Mycoplasma orale.
15. Способ по п.13, где представляющая интерес РНК представляет собой рибосомальную РНК 16S.
16. Способ детектирования микоплазменного загрязнения в биологическом образце, где способ включает стадии:
(a) выделения суммарной РНК из биологического образца;
(b) обратной транскрипции РНК в кДНК с использованием обратной транскриптазы (ОТ);
(с) амплификации кДНК, полученной на основе рибосомальной РНК 16S (рРНК 16S) микоплазмы посредством полимеразной цепной реакции (ПЦР) с использованием ОТ из стадии (b);
(d) инактивации ОТ посредством добавления хаотропного средства;
(e) удаления хаотропного средства из реакционной смеси и
(f) детекции кДНК, полученной на основе рРНК 16S микоплазмы посредством полимеразной цепной реакции (ПЦР).
17. Способ по п.16, где стадию (b) осуществляют в условиях “горячего старта”.
18. Способ по п.16, где ОТ представляет собой рекомбинантную ДНК-полимеразу Thermus thermophilus (rTth-pol).
19. Способ по п.16, где хаотропное средство выбрано из группы, состоящей из мочевины, перхлората лития и соли гуанидиния.
20. Способ по п.19, где хаотропное средство представляет собой соль гуанидиния.
21. Способ по п.16, где полимеразная цепная реакция (ПЦР) из стадии (f) представляет собой ПЦР в реальном времени.
22. Набор для детекции малопредставленных представляющих интерес фракций РНК в большом фоновом количестве РНК, содержащий по меньшей мере обратную транскриптазу (ОТ) и средства для инактивации ОТ.
23. Набор для детекции микоплазменного загрязнения в биологическом образце, содержащий, по меньшей мере, рекомбинантную ДНК-полимеразу Thermus thermophilus (rTth-pol), подходящие праймеры для обратной транскрипции рРНК 16S микоплазмы, подходящие праймеры для амплификации кДНК, полученной из рибосомальной РНК 16S (рРНК 16S) микоплазмы, хаотропное средство для инактивации rTth-pol, средства для удаления хаотропного средства из реакционной смеси и праймеры для детекции кДНК, полученной из рРНК 16S микоплазмы посредством ПЦР в реальном времени.
Applications Claiming Priority (3)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US11485808P | 2008-11-14 | 2008-11-14 | |
| US61/114,858 | 2008-11-14 | ||
| PCT/EP2009/008071 WO2010054819A1 (en) | 2008-11-14 | 2009-11-12 | Method for the specific detection of low abundance rna species in a biological sample |
Publications (3)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2011123897A true RU2011123897A (ru) | 2012-12-20 |
| RU2524115C2 RU2524115C2 (ru) | 2014-07-27 |
| RU2524115C9 RU2524115C9 (ru) | 2014-12-10 |
Family
ID=41508316
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2011123897/10A RU2524115C9 (ru) | 2008-11-14 | 2009-11-12 | Способ специфичной детекции малопредставленных фракций рнк в биологическом образце |
Country Status (13)
| Country | Link |
|---|---|
| US (2) | US8288101B2 (ru) |
| EP (1) | EP2347013B1 (ru) |
| JP (1) | JP5470400B2 (ru) |
| CN (1) | CN102209794A (ru) |
| AU (1) | AU2009315891B2 (ru) |
| BR (1) | BRPI0921147B1 (ru) |
| CA (1) | CA2743503A1 (ru) |
| DK (1) | DK2347013T3 (ru) |
| HK (1) | HK1159692A1 (ru) |
| IL (1) | IL212644A (ru) |
| RU (1) | RU2524115C9 (ru) |
| SG (1) | SG171735A1 (ru) |
| WO (1) | WO2010054819A1 (ru) |
Families Citing this family (4)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN105385676B (zh) * | 2015-11-05 | 2018-10-02 | 杭州易文赛生物技术有限公司 | 一种提取dna的方法和解离染色质的方法以及高氯酸盐的用途 |
| AU2019243332B2 (en) | 2018-03-26 | 2022-07-07 | Mitsui Chemicals, Inc. | Bacterial identification method using RNA of sample bacteria, and kit therefor |
| CN109055479A (zh) * | 2018-09-10 | 2018-12-21 | 山东省科学院生态研究所 | 一种地形逆温区域灰霾空气污染程度检测预警方法 |
| CN113999897B (zh) * | 2021-12-31 | 2022-04-01 | 北京金诺美生物技术有限公司 | 一种rt-pcr反应体系、rt-pcr方法及应用 |
Family Cites Families (10)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| EP0725799A1 (en) * | 1993-10-29 | 1996-08-14 | Dana-Farber Cancer Institute, Inc. | A novel tumor marker and novel method of isolating same |
| US5512462A (en) * | 1994-02-25 | 1996-04-30 | Hoffmann-La Roche Inc. | Methods and reagents for the polymerase chain reaction amplification of long DNA sequences |
| EP1477561B1 (en) * | 1996-10-17 | 2008-12-10 | Mitsubishi Chemical Corporation | Molecule assigning genotype to phenotype and use thereof |
| DE69939388D1 (de) * | 1998-09-24 | 2008-10-02 | Innogenetics Nv | Identizierung von microorganismen,die akute atemwegsinfektionen verursachen |
| US6132997A (en) * | 1999-05-28 | 2000-10-17 | Agilent Technologies | Method for linear mRNA amplification |
| US20030124654A1 (en) * | 2002-01-03 | 2003-07-03 | Reliance Life Sciences Private Limited | Method and device for the rapid clinical diagnosis of hepatitis C virus (HCV) infection in biological samples |
| JP2006505275A (ja) * | 2002-11-12 | 2006-02-16 | ジェノライフ | 工業製品において微生物を普遍的に検出するための一段階リアルタイムｒｔ−ｐｃｒキット |
| US20050250112A1 (en) * | 2004-05-07 | 2005-11-10 | Padmabandu Gothami A | Nucleic acids, compositions, methods, and kits for detecting mycoplasma and acholeplasma species |
| RU2274449C1 (ru) * | 2004-10-19 | 2006-04-20 | Кировская государственная медицинская академия (КГМА) | Способ повышения чувствительности метода пцр диагностики микоплазменной урогенитальной инфекции у больных с выраженным экссудативным воспалением |
| JP2009072062A (ja) * | 2006-04-07 | 2009-04-09 | Institute Of Physical & Chemical Research | 核酸の５’末端を単離するための方法およびその適用 |
-
2009
- 2009-11-12 SG SG2011035185A patent/SG171735A1/en unknown
- 2009-11-12 US US12/617,063 patent/US8288101B2/en active Active
- 2009-11-12 JP JP2011535919A patent/JP5470400B2/ja active Active
- 2009-11-12 AU AU2009315891A patent/AU2009315891B2/en active Active
- 2009-11-12 RU RU2011123897/10A patent/RU2524115C9/ru active
- 2009-11-12 BR BRPI0921147 patent/BRPI0921147B1/pt active IP Right Grant
- 2009-11-12 WO PCT/EP2009/008071 patent/WO2010054819A1/en active Application Filing
- 2009-11-12 EP EP09764180.7A patent/EP2347013B1/en active Active
- 2009-11-12 CN CN2009801456057A patent/CN102209794A/zh active Pending
- 2009-11-12 CA CA2743503A patent/CA2743503A1/en not_active Abandoned
- 2009-11-12 DK DK09764180.7T patent/DK2347013T3/da active
-
2011
- 2011-05-03 IL IL212644A patent/IL212644A/en active IP Right Grant
- 2011-12-29 HK HK11114057.8A patent/HK1159692A1/xx unknown
-
2012
- 2012-09-06 US US13/605,823 patent/US20130004958A1/en not_active Abandoned
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| BRPI0921147B1 (pt) | 2019-12-03 |
| EP2347013B1 (en) | 2014-06-18 |
| AU2009315891A1 (en) | 2010-05-20 |
| RU2524115C2 (ru) | 2014-07-27 |
| CA2743503A1 (en) | 2010-05-20 |
| BRPI0921147A2 (pt) | 2016-02-23 |
| US8288101B2 (en) | 2012-10-16 |
| HK1159692A1 (en) | 2012-08-03 |
| US20130004958A1 (en) | 2013-01-03 |
| JP5470400B2 (ja) | 2014-04-16 |
| IL212644A0 (en) | 2011-07-31 |
| US20100124748A1 (en) | 2010-05-20 |
| JP2012508567A (ja) | 2012-04-12 |
| CN102209794A (zh) | 2011-10-05 |
| WO2010054819A1 (en) | 2010-05-20 |
| DK2347013T3 (da) | 2014-08-11 |
| SG171735A1 (en) | 2011-07-28 |
| RU2524115C9 (ru) | 2014-12-10 |
| EP2347013A1 (en) | 2011-07-27 |
| AU2009315891B2 (en) | 2013-03-28 |
| IL212644A (en) | 2015-04-30 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| Rodrı́guez-Lázaro et al. | A rapid and direct real time PCR-based method for identification of Salmonella spp. | |
| Pallen | Diagnostic metagenomics: potential applications to bacterial, viral and parasitic infections | |
| Gensberger et al. | Evaluation of quantitative PCR combined with PMA treatment for molecular assessment of microbial water quality | |
| Gadkar et al. | New developments in quantitative real-time polymerase chain reaction technology | |
| AU2016252551B2 (en) | Multiplex detection of vulvovaginal candidiasis, trichomoniasis and bacterial vaginosis | |
| RU2011123897A (ru) | Способ специфичной детекции малопредстательнных фракций рнк в в биологическом образце | |
| AU2012249648A1 (en) | Compositions and methods for detecting and identifying nucleic acid sequences in biological samples | |
| DE112006002611A5 (de) | Rna-abhängige rna-polymerase, verfahren und kits zur amplifikation und / oder markierung von rna | |
| CN115605609A (zh) | 使用rt-pcr的病毒感染的快速检测 | |
| US20150275294A1 (en) | Nucleic Acid Amplification Controls and Kits and Methods of Use Thereof | |
| RU2013153505A (ru) | Способы, системы и композиции для детекции микробной днк при помощи пцр | |
| EP3450573A1 (en) | Compositions and methods for detecting nucleic acid from mollicutes | |
| Sunar et al. | Molecular techniques to characterize the invA genes of Salmonella spp. for pathogen inactivation study in composting | |
| ES2527684T3 (es) | Detección mejorada de contaminación bacteriana (mollicutes) | |
| Zhou et al. | Abundance and diversity of Sphingomonas in Shenfu petroleum-wastewater irrigation zone, China | |
| Persson et al. | Real-time TaqMan polymerase chain reaction–based genus-identification and pyrosequencing-based species identification of Campylobacter jejuni, C. coli, C. lari, C. upsaliensis, and C. fetus directly on stool samples | |
| Zhen et al. | Development of a dual-internal-reference technique to improve accuracy when determining bacterial 16S rRNA: 16S rRNA gene ratio with application to Escherichia coli liquid and aerosol samples | |
| RU2013158142A (ru) | Диагностика вируса гепатита ttv | |
| Kumar et al. | Identification of buffalo (Bubalus bubalis) meat using PCR targeting mithochondrial D-Loop gene | |
| Yu et al. | Analysis of phosphate-accumulating organisms cultivated under different carbon sources with polymerase chain reaction-denaturing gradient gel electrophoresis assay | |
| Cassilly et al. | Molecular Identification of Microbial Contaminants | |
| UA48336U (ru) | Способ детекции babesia canis в биологических образцах с помощью полимеразной цепной реакции | |
| Zainudin et al. | Optimization of Polymerase Chain Reaction (PCR) of Mitochondrial Cytochrome c Oxidase I (COI) Gene in Two Bornean Fanged Frogs | |
| Kim et al. | Utilization of qPCR Technology in Water Treatment | |
| Price et al. | Development of polymorphic microsatellite markers for the bonnethead shark, Sphyrna tiburo |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| TH4A | Reissue of patent specification | ||
| PC41 | Official registration of the transfer of exclusive right |
Effective date: 20160531 |
|
| PC41 | Official registration of the transfer of exclusive right |
Effective date: 20211028 |