RU2010143882A - Дефектные аллели генов, участвующих в метаболических путях, и способы их выявления и использования - Google Patents

Дефектные аллели генов, участвующих в метаболических путях, и способы их выявления и использования Download PDF

Info

Publication number
RU2010143882A
RU2010143882A RU2010143882/10A RU2010143882A RU2010143882A RU 2010143882 A RU2010143882 A RU 2010143882A RU 2010143882/10 A RU2010143882/10 A RU 2010143882/10A RU 2010143882 A RU2010143882 A RU 2010143882A RU 2010143882 A RU2010143882 A RU 2010143882A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
nucleotide
gene
atic
gart
defective
Prior art date
Application number
RU2010143882/10A
Other languages
English (en)
Inventor
Николас МАРИНИ (US)
Николас МАРИНИ
Джспер РАЙН (US)
Джспер РАЙН
Original Assignee
Те Риджентс Оф Те Юниверсити Оф Калифорния (Us)
Те Риджентс Оф Те Юниверсити Оф Калифорния
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Те Риджентс Оф Те Юниверсити Оф Калифорния (Us), Те Риджентс Оф Те Юниверсити Оф Калифорния filed Critical Те Риджентс Оф Те Юниверсити Оф Калифорния (Us)
Publication of RU2010143882A publication Critical patent/RU2010143882A/ru

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/25—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving enzymes not classifiable in groups C12Q1/26 - C12Q1/66
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P25/00—Drugs for disorders of the nervous system
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P25/00—Drugs for disorders of the nervous system
    • A61P25/18—Antipsychotics, i.e. neuroleptics; Drugs for mania or schizophrenia
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P25/00—Drugs for disorders of the nervous system
    • A61P25/24—Antidepressants
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P25/00—Drugs for disorders of the nervous system
    • A61P25/28—Drugs for disorders of the nervous system for treating neurodegenerative disorders of the central nervous system, e.g. nootropic agents, cognition enhancers, drugs for treating Alzheimer's disease or other forms of dementia
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P27/00—Drugs for disorders of the senses
    • A61P27/02—Ophthalmic agents
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P27/00—Drugs for disorders of the senses
    • A61P27/02—Ophthalmic agents
    • A61P27/06—Antiglaucoma agents or miotics
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P3/00—Drugs for disorders of the metabolism
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00—Antineoplastic agents
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P7/00—Drugs for disorders of the blood or the extracellular fluid
    • A61P7/02—Antithrombotic agents; Anticoagulants; Platelet aggregation inhibitors
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P9/00—Drugs for disorders of the cardiovascular system
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P9/00—Drugs for disorders of the cardiovascular system
    • A61P9/10—Drugs for disorders of the cardiovascular system for treating ischaemic or atherosclerotic diseases, e.g. antianginal drugs, coronary vasodilators, drugs for myocardial infarction, retinopathy, cerebrovascula insufficiency, renal arteriosclerosis
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/52—Genes encoding for enzymes or proenzymes
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
    • C12Q1/6895—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for plants, fungi or algae
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/82—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving vitamins or their receptors
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/106—Pharmacogenomics, i.e. genetic variability in individual responses to drugs and drug metabolism
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/142—Toxicological screening, e.g. expression profiles which identify toxicity
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2333/00—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature
    • G01N2333/37—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature from fungi
    • G01N2333/39—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature from fungi from yeasts
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2800/00—Detection or diagnosis of diseases
    • G01N2800/04—Endocrine or metabolic disorders

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Urology & Nephrology (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Neurosurgery (AREA)
  • Neurology (AREA)
  • Food Science & Technology (AREA)
  • Psychiatry (AREA)
  • Ophthalmology & Optometry (AREA)
  • Botany (AREA)
  • Mycology (AREA)
  • Cell Biology (AREA)

Abstract

1. Способ скрининга in vivo на наличие дефектных аллелей кодирующих ферменты генов, поддающихся восстановлению путем введения кофактора, включающий: ! i) введение в дрожжевые клетки тестируемого аллеля кодирующего фермент гена, причем дрожжевые клетки содержат первую мутацию в первом гене, который функционально гомологичен кодирующему фермент гену, и вторую мутацию во втором гене или группе генов, делающую дрожжевые клетки зависимыми от добавления кофактора, необходимого для функционирования фермента, причем первая мутация изменяет поддающуюся измерению характеристику дрожжевых клеток, связанную с функцией первого гена; ! ii) добавление в культуральную среду кофактора; и ! iii) детектирование меньшего восстановления поддающейся измерению характеристики в присутствии тестируемого аллеля, чем в присутствии фермента дикого типа, тем самым выявляя неполную комплементацию мутации первого гена тестируемым аллелем и идентифицируя тестируемый аллель в качестве дефектного аллеля. ! 2. Способ по п.1, дополнительно включающий титрование количества добавленного кофактора, чтобы определить, является ли дефектный аллель чувствительным к кофактору. ! 3. Способ по п.1, в котором дрожжи диплоидны. ! 4. Способ по п.1, в котором диплоидные дрожжи гетерозиготны по тестируемому аллелю кодирующего фермент гена. ! 5. Способ по п.1, в котором первым геном является met13, вторым геном - fol3. кофактором является фолат, поддающейся измерению характеристикой является рост, а кодирующий фермент ген выбран из группы, состоящей из MTHFR, MAT1A, МАТ2А, GART, MTHFS и ATIC. ! 6. Способ по п.1, в котором первым геном является cys3, второй группой генов является шестерная

Claims (31)

1. Способ скрининга in vivo на наличие дефектных аллелей кодирующих ферменты генов, поддающихся восстановлению путем введения кофактора, включающий:
i) введение в дрожжевые клетки тестируемого аллеля кодирующего фермент гена, причем дрожжевые клетки содержат первую мутацию в первом гене, который функционально гомологичен кодирующему фермент гену, и вторую мутацию во втором гене или группе генов, делающую дрожжевые клетки зависимыми от добавления кофактора, необходимого для функционирования фермента, причем первая мутация изменяет поддающуюся измерению характеристику дрожжевых клеток, связанную с функцией первого гена;
ii) добавление в культуральную среду кофактора; и
iii) детектирование меньшего восстановления поддающейся измерению характеристики в присутствии тестируемого аллеля, чем в присутствии фермента дикого типа, тем самым выявляя неполную комплементацию мутации первого гена тестируемым аллелем и идентифицируя тестируемый аллель в качестве дефектного аллеля.
2. Способ по п.1, дополнительно включающий титрование количества добавленного кофактора, чтобы определить, является ли дефектный аллель чувствительным к кофактору.
3. Способ по п.1, в котором дрожжи диплоидны.
4. Способ по п.1, в котором диплоидные дрожжи гетерозиготны по тестируемому аллелю кодирующего фермент гена.
5. Способ по п.1, в котором первым геном является met13, вторым геном - fol3. кофактором является фолат, поддающейся измерению характеристикой является рост, а кодирующий фермент ген выбран из группы, состоящей из MTHFR, MAT1A, МАТ2А, GART, MTHFS и ATIC.
6. Способ по п.1, в котором первым геном является cys3, второй группой генов является шестерная делеция sno1Δ sno2Δ sno3Δ snz1Δ snz2Δ snz3Δ, кодирующим фермент геном является СТН, кофактором является витамин В6, а поддающейся измерению характеристикой является рост.
7. Способ по п.1, в котором первым геном является cys4, второй группой генов является шестерная делеция sno1Δ sno2Δ sno3Δ snz1Δ snz2Δ snz3Δ, кодирующим фермент геном является CBS, кофактором является витамин В6, а поддающейся измерению характеристикой является рост.
8. Способ выявления предрасположенности к недостаточности кофактор-зависимого фермента, включающий:
i) получение образца от субъекта; и
ii) выявление наличия или отсутствия множества поддающихся восстановлению кофактором дефектных аллелей по меньшей мере одного кодирующего фермент гена,
причем наличие по меньшей мере одного дефектного аллеля означает, что субъект подвержен риску недостаточности кофактор-зависимого фермента.
9. Способ идентификации и/или характеристики недостаточности фермента в метаболическом пути у субъекта, включающий:
i) получение образца от субъекта; и
ii) выявление наличия или отсутствия множества дефектных аллелей по меньшей мере одного кодирующего фермент гена в данном пути,
причем наличие дефектного аллеля означает, что у субъекта имеется поддающаяся восстановлению недостаточность фермента.
10. Способ по п.8 или 9, в котором дефектные аллели являются редковстречающимися аллелями.
11. Способ по п.8 или 9, в котором дефектные аллели происходят из множества кодирующих ферменты генов в данном пути.
12. Способ по п.8 или 9, в котором указанное множество дефектных аллелей идентифицируют способом по любому из пп.1-7.
13. Способ лечения недостаточности метаболического фермента у субъекта, включающий:
i) получение образца от субъекта;
ii) выявление наличия или отсутствия множества дефектных аллелей по меньшей мере одного кодирующего фермент гена и
iii) введение субъекту добавки кофактора, исходя из наличия по меньшей мере одного дефектного аллеля.
14. Способ по любому из пп.8, 9 и 13, в котором метаболический путь представляет собой путь гомоцистеина, витамином является фолат, а дефектные аллели выбраны из группы, состоящей из M110I, H213R, D223N, D291N, R519C, R519L и Q648P в MTHFR человека.
15. Способ по любому из пп.8, 9 и 13, в котором метаболический путь представляет собой путь гомоцистеина, витамином является фолат, а дефектные аллели выбраны из группы, состоящей из R84Q, V119L и Т202А в MTHFS человека.
16. Способ по любому из пп.8, 9 и 13, в котором метаболический путь представляет собой путь гомоцистеина, витамином является фолат, а дефектные аллели выбраны из группы, состоящей из I90V, L176R и R312Q в МАТ1А человека.
17. Способ по любому из пп.8, 9 и 13, в котором метаболический путь представляет собой путь гомоцистеина, витамином является фолат, а дефектные аллели выбраны из группы, состоящей из Т16М, A161G, L363I, V367M, R385K, I397V, V421I, А445Т, D510G, H601R, A632V, Р641А, D752G, L797M, Е804А и N870S в GART человека.
18. Набор для оценки поддающихся восстановлению недостаточностей ферментов в метаболическом пути, включающий множество нуклеиновых кислот-зондов для выявления редко встречающихся поддающихся восстановлению дефектных аллелей генов, кодирующих ферменты в данном метаболическом пути.
19. Набор по п.18, в котором дефектные аллели идентифицируют способом по любому из пп.1-7.
20. Выделенная нуклеиновая кислота, содержащая мутацию дефектного аллеля, или ее комплемент, причем данная мутация дефектного аллеля выбрана из группы, состоящей из нуклеотида 4078 гена MTHFR, нуклеотида 4234 гена MTHFR, нуклеотида 5733 гена MTHFR, нуклеотида 5872 гена MTHFR, нуклеотида 6642 гена MTHFR, нуклеотида 6657 гена MTHFR, нуклеотида 6681 гена MTHFR, нуклеотида 6774 гена MTHFR, нуклеотида 10906 гена MTHFR, нуклеотида 11656 гена MTHFR, нуклеотида 11668 гена MTHFR, нуклеотида 11902 гена MTHFR, нуклеотида 12232 гена MTHFR, нуклеотида 12622 гена MTHFR, нуклеотида 12759 гена MTHFR, нуклеотида 13040 гена MTHFR, нуклеотида 14593 гена MTHFR, нуклеотида 14612 гена MTHFR, нуклеотида 14705 гена MTHFR, нуклеотида 16170 гена MTHFR, нуклеотида 16401 гена MTHFR; причем последовательности SNP приведены в табл.А.
21. Выделенная нуклеиновая кислота, содержащая мутацию дефектного аллеля, или ее комплемент, причем данная мутация дефектного аллеля выбрана из группы, состоящей из нуклеотида 1100 гена ATIC, нуклеотида 1114 гена ATIC, нуклеотида 1179 гена ATIC, нуклеотида 1244 гена ATIC, нуклеотида 1270 гена ATIC, нуклеотида 1288 гена ATIC, нуклеотида 1301 гена ATIC, нуклеотида 1380 гена ATIC, нуклеотида 1396 гена ATIC, нуклеотида 1453 гена ATIC, нуклеотида 1506 гена ATIC, нуклеотида 1689 гена ATIC, нуклеотида 7227 гена ATIC, нуклеотида 7232 гена ATIC, нуклеотида 7388 гена ATIC, нуклеотида 8756 гена ATIC, нуклеотида 8808 гена ATIC, нуклеотида 14099 гена ATIC, нуклеотида 14140 гена ATIC, нуклеотида 14144 гена ATIC, нуклеотида 14183 гена ATIC, нуклеотида 14229 гена ATIC, нуклеотида 14238 гена ATIC, нуклеотида 14245 гена ATIC, нуклеотида 14260 гена ATIC, нуклеотида 14489 гена ATIC, нуклеотида 14970 гена ATIC, нуклеотида 15003 гена ATIC, нуклеотида 15040 гена ATIC, нуклеотида 15043 гена ATIC, нуклеотида 15149 гена ATIC, нуклеотида 15240 гена ATIC, нуклеотида 15844 гена ATIC, нуклеотида 16063 гена ATIC, нуклеотида 21363 гена ATIC, нуклеотида 21372 гена ATIC, нуклеотида 21400 гена ATIC, нуклеотида 21521 гена ATIC, нуклеотида 21611 гена ATIC, нуклеотида 22187 гена ATIC, нуклеотида 22273 гена ATIC, нуклеотида 22282 гена ATIC, нуклеотида 22291 гена ATIC, нуклеотида 22342 гена ATIC, нуклеотида 22512 гена ATIC, нуклеотида 22519 гена ATIC, нуклеотида 22538 гена ATIC, нуклеотида 22564 гена ATIC, нуклеотида 22589 гена ATIC, нуклеотида 22737 гена ATIC, нуклеотида 24992 гена ATIC, нуклеотида 25009 гена ATIC, нуклеотида 27757 гена ATIC, нуклеотида 27855 гена ATIC, нуклеотида 27985 гена ATIC, нуклеотида 28015 гена ATIC, нуклеотида 33901 гена ATIC, нуклеотида 33919 гена ATIC, нуклеотида 33920 гена ATIC, нуклеотида 33933 гена ATIC, нуклеотида 35723 гена ATIC, нуклеотида 35737 гена ATIC, нуклеотида 35742 гена ATIC, нуклеотида 35840 гена ATIC, нуклеотида 35917 гена ATIC, нуклеотида 35968 гена ATIC, нуклеотида 35973 гена ATIC, нуклеотида 38338 гена ATIC, нуклеотида 38342 гена ATIC, нуклеотида 38437 гена ATIC, нуклеотида 38582 гена ATIC, нуклеотида 38627 гена ATIC, нуклеотида 38667 гена ATIC и нуклеотида 38725 гена ATIC; причем последовательности SNP приведены в табл.В.
22. Выделенная нуклеиновая кислота, содержащая мутацию дефектного аллеля, или ее комплемент, причем данная мутация дефектного аллеля выбрана из группы, состоящей из нуклеотида 8808 гена MTHFS, нуклеотида 8912 гена MTHFS, нуклеотида 8957 гена MTHFS, нуклеотида 8998 гена MTHFS, нуклеотида 52560 гена MTHFS, нуклеотида 52878 гена MTHFS и нуклеотида 52902 гена MTHFS; причем последовательности SNP приведены в табл.С.
23. Выделенная нуклеиновая кислота, содержащая мутацию дефектного аллеля, или ее комплемент, причем данная мутация дефектного аллеля выбрана из группы, состоящей из нуклеотида 5045 гена МАТ1А, нуклеотида 5181 гена МАТ1А, нуклеотида 5233 гена МАТ1А, нуклеотида 6739 гена МАТ1А, нуклеотида 6795 гена МАТ1А, нуклеотида 9833 гена МАТ1А, нуклеотида 10006 гена МАТ1А, нуклеотида 10312 гена МАТ1А, нуклеотида 10339 гена МАТ1А, нуклеотида 10374 гена МАТ1А, нуклеотида 10484 гена МАТ1А, нуклеотида 10555 гена МАТ1А, нуклеотида 14038 гена МАТ1А, нуклеотида 14114 гена МАТ1А, нуклеотида 14177 гена МАТ1А, нуклеотида 15424 гена МАТ1А, нуклеотида 15500 гена МАТ1А, нуклеотида 15646 гена МАТ1А, нуклеотида 15706 гена МАТ1А, нуклеотида 15715 гена МАТ1А, нуклеотида 15730 гена МАТ1А, нуклеотида 15758 гена МАТ1А, нуклеотида 16133 гена МАТ1А, нуклеотида 16174 гена МАТ1А, нуклеотида 16218 гена МАТ1А; причем последовательности SNP приведены в табл.D.
24. Выделенная нуклеиновая кислота, содержащая мутацию дефектного аллеля, или ее комплемент, причем данная мутация дефектного аллеля выбрана из группы, состоящей из нуклеотида 2871 гена МАТ2А, нуклеотида 2873 гена МАТ2А, нуклеотида 2939 гена МАТ2А, нуклеотида 3287 гена МАТ2А, нуклеотида 3394 гена МАТ2А, нуклеотида 3466 гена МАТ2А, нуклеотида 3498 гена МАТ2А, нуклеотида 3650 гена МАТ2А, нуклеотида 3704 гена МАТ2А, нуклеотида 4174 гена МАТ2А, нуклеотида 4449 гена МАТ2А, нуклеотида 4476 гена МАТ2А, нуклеотида 4608 гена МАТ2А, нуклеотида 4660 гена МАТ2А, нуклеотида 4692 гена МАТ2А, нуклеотида 4931 гена МАТ2А, нуклеотида 5313 гена МАТ2А, нуклеотида 5460 гена МАТ2А и нуклеотида 5480 гена МАТ2А; причем последовательности SNP приведены в табл.Е.
25. Выделенная нуклеиновая кислота, содержащая мутацию дефектного аллеля, или ее комплемент, причем данная мутация дефектного аллеля выбрана из группы, состоящей из нуклеотида 3782 гена GART, нуклеотида 3842 гена GART, нуклеотида 7745 гена GART, нуклеотида 7984 гена GART, нуклеотида 10775 гена GART, нуклеотида 11521 гена GART, нуклеотида 11522 гена GART, нуклеотида 11541 гена GART, нуклеотида 12356 гена GART, нуклеотида 14200 гена GART, нуклеотида 14273 гена GART, нуклеотида 14282 гена GART, нуклеотида 14739 гена GART, нуклеотида 14781 гена GART, нуклеотида 18055 гена GART, нуклеотида 18064 гена GART, нуклеотида 18130 гена GART, нуклеотида 18142 гена GART, нуклеотида 18197 гена GART, нуклеотида 18232 гена GART, нуклеотида 18401 гена GART, нуклеотида 20812 гена GART, нуклеотида 20825 гена GART, нуклеотида 16174 гена GART, нуклеотида 15706 гена GART, нуклеотида 20862 гена GART, нуклеотида 22481 гена GART, нуклеотида 22521 гена GART, нуклеотида 25425 гена GART, нуклеотида 25433 гена GART, нуклеотида 25601 гена GART, нуклеотида 25867 гена GART, нуклеотида 25912 гена GART, нуклеотида 25951 гена GART, нуклеотида 25956 гена GART, нуклеотида 26127 гена GART, нуклеотида 26195 гена GART, нуклеотида 31627 гена GART, нуклеотида 31641 гена GART, нуклеотида 31887 гена GART, нуклеотида 31902 гена GART, нуклеотида 31933 гена GART, нуклеотида 33173 гена GART, нуклеотида 33264 гена GART, нуклеотида 33286 гена GART, нуклеотида 36963 гена GART, нуклеотида 36964 гена GART, нуклеотида 37428 гена GART, нуклеотида 37433 гена GART, нуклеотида 38762 гена GART, нуклеотида 38914 гена GART и нуклеотида 38989 гена GART; причем последовательности SNP приведены в табл.F.
26. Выделенная нуклеиновая кислота, содержащая мутацию дефектного аллеля, или ее комплемент, причем данная мутация дефектного аллеля выбрана из группы, состоящей из M110I, H213R, D223N, D291N, R519C, R519L и Q648P.
27. Способ скрининга на риск возникновения состояния или заболевания, связанных с нарушением метаболизма фолата/гомоцистеина, который включает выявление дефектного аллеля с использованием способа по пп.8-13.
28. Способ по п.27, в котором заболевание или состояние выбрано из группы, состоящей из сердечно-сосудистого заболевания, ишемической (коронарной) болезни сердца, ишемического инсульта, атеросклероза, дефектов нервной трубки, ротолицевых расщелин, преэклампсии, преждевременных родов/малого веса при рождении, привычного раннего самопроизвольного аборта, тромбоза, окклюзии ретинальной артерии, синдрома Дауна, рака ободочной и прямой кишки, рака молочной железы, рака легких, рака простаты, депрессии, шизофрении, болезни Альцгеймера/слабоумия, возрастной дегенерации желтого пятна и глаукомы.
29. Способ скрининга на восприимчивость к средствам химиотерапии, включающий выявление дефектного аллеля гена, выбранного из группы, состоящей из MTHFR и GART.
30. Способ скрининга на токсичность средств химиотерапии, включающий выявление дефектного аллеля гена, выбранного из группы, состоящей из MTHFR и GART.
31. Матрица для выявления дефектного аллеля гена в метаболическом пути фолата/гомоцистеина, содержащая выделенную нуклеиновую кислоту по любому из пп.20-25.
RU2010143882/10A 2008-03-27 2009-03-27 Дефектные аллели генов, участвующих в метаболических путях, и способы их выявления и использования RU2010143882A (ru)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US4002008P 2008-03-27 2008-03-27
US61/040,020 2008-03-27

Publications (1)

Publication Number Publication Date
RU2010143882A true RU2010143882A (ru) 2012-05-10

Family

ID=41114354

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2010143882/10A RU2010143882A (ru) 2008-03-27 2009-03-27 Дефектные аллели генов, участвующих в метаболических путях, и способы их выявления и использования

Country Status (12)

Country Link
US (1) US20090281061A1 (ru)
EP (1) EP2276857A4 (ru)
JP (1) JP2011519267A (ru)
KR (1) KR20100134067A (ru)
CN (1) CN102027134A (ru)
AU (1) AU2009228015A1 (ru)
BR (1) BRPI0910097A2 (ru)
CA (1) CA2719733A1 (ru)
IL (1) IL208456A0 (ru)
MX (1) MX2010010476A (ru)
RU (1) RU2010143882A (ru)
WO (1) WO2009121044A1 (ru)

Families Citing this family (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN115579056B (zh) * 2022-08-24 2024-05-31 南方医科大学南方医院 一组用于评估精神分裂症分子分型的基因群及其诊断产品和应用

Family Cites Families (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
GB9410620D0 (en) * 1994-05-26 1994-07-13 Univ Mcgill cDNA for human mehylenetetrahydrofolate reductase

Also Published As

Publication number Publication date
WO2009121044A1 (en) 2009-10-01
WO2009121044A8 (en) 2010-11-04
EP2276857A4 (en) 2012-01-25
US20090281061A1 (en) 2009-11-12
CA2719733A1 (en) 2009-10-01
CN102027134A (zh) 2011-04-20
EP2276857A1 (en) 2011-01-26
KR20100134067A (ko) 2010-12-22
JP2011519267A (ja) 2011-07-07
BRPI0910097A2 (pt) 2015-12-15
IL208456A0 (en) 2010-12-30
AU2009228015A1 (en) 2009-10-01
MX2010010476A (es) 2010-11-25

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Bull et al. Genome-health nutrigenomics and nutrigenetics: nutritional requirements or ‘nutriomes’ for chromosomal stability and telomere maintenance at the individual level: Symposium on ‘Diet and cancer’
Shinohara et al. Characterization of the roles of the Saccharomyces cerevisiae RAD54 gene and a homologue of RAD54, RDH54/TID1, in mitosis and meiosis
Wang et al. Mechanisms for recF-dependent and recB-dependent pathways of postreplication repair in UV-irradiated Escherichia coli uvrB
Felkai et al. CLK‐1 controls respiration, behavior and aging in the nematode Caenorhabditis elegans
Oud et al. Genome duplication and mutations in ACE2 cause multicellular, fast-sedimenting phenotypes in evolved Saccharomyces cerevisiae
Molloy et al. A common polymorphism in HIBCH influences methylmalonic acid concentrations in blood independently of cobalamin
Zampieri et al. Maternal risk for Down syndrome is modulated by genes involved in folate metabolism
Kokina et al. Adenine auxotrophy–be aware: some effects of adenine auxotrophy in Saccharomyces cerevisiae strain W303-1A
CA2783536A1 (en) Biomarker assay for diagnosis and classification of cardiovascular disease
Traven et al. Transcriptional profiling of a yeast colony provides new insight into the heterogeneity of multicellular fungal communities
CN105002275A (zh) 人类mthfr和mtrr基因多态性检测引物和试剂盒
Shiwa et al. Whole‐genome profiling of a novel mutagenesis technique using proofreading‐deficient DNA polymerase δ
Xu et al. A microRNA expression signature as a predictor of survival for colon adenocarcinoma
Zhang et al. Leber's hereditary optic neuropathy caused by a mutation in mitochondrial tRNAThr in eight Chinese pedigrees
CN115094130A (zh) 血栓形成导致复发流产风险基因检测引物及评估模型
Hoffert et al. Mutations in the S-adenosylmethionine synthetase genes SAM1 and SAM2 differentially affect genome stability in Saccharomyces cerevisiae
Biot-Pelletier et al. Determinants of selection in yeast evolved by genome shuffling
RU2010143882A (ru) Дефектные аллели генов, участвующих в метаболических путях, и способы их выявления и использования
CN111264385A (zh) 一种单倍体诱导剂及其使用方法
Martín-Jiménez et al. Clinical and cellular consequences of the mutation m. 12300G> A in the mitochondrial tRNALeu (CUN) gene
Kargaran et al. Mitochondrial medicine: genetic underpinnings and disease modeling using induced pluripotent stem cell technology
JP5846476B2 (ja) 微生物のコウジ酸生産性を向上させる方法
Chu et al. Adaptive expression responses in the Pol-γ null strain of S. pombe depleted of mitochondrial genome
Makarenko et al. Nitrogen starvation reveals the mitotic potential of mutants in the S/MAPK pathways
Bahreini et al. Mitochondrial copy number and D-loop variants in pompe patients

Legal Events

Date Code Title Description
FA92 Acknowledgement of application withdrawn (lack of supplementary materials submitted)

Effective date: 20130610