RU2007110823A - Производное фосфорамидита и способ получения олиго-рнк - Google Patents
Производное фосфорамидита и способ получения олиго-рнк Download PDFInfo
- Publication number
- RU2007110823A RU2007110823A RU2007110823/04A RU2007110823A RU2007110823A RU 2007110823 A RU2007110823 A RU 2007110823A RU 2007110823/04 A RU2007110823/04 A RU 2007110823/04A RU 2007110823 A RU2007110823 A RU 2007110823A RU 2007110823 A RU2007110823 A RU 2007110823A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- group
- general formula
- following general
- represented
- defined above
- Prior art date
Links
Classifications
-
- Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
- Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
- Y02P—CLIMATE CHANGE MITIGATION TECHNOLOGIES IN THE PRODUCTION OR PROCESSING OF GOODS
- Y02P20/00—Technologies relating to chemical industry
- Y02P20/50—Improvements relating to the production of bulk chemicals
- Y02P20/55—Design of synthesis routes, e.g. reducing the use of auxiliary or protecting groups
Claims (19)
1. Производное фосфорамидита, представленное следующей общей формулой (1)
в которой Bx представляет собой нуклеиновое основание, которое может иметь защитную группу;
R1 представляет собой заместитель, представленный следующей общей формулой (2)
в которой R11, R12 и R13 являются одинаковыми или различными, и каждый представляет собой водород или алкоксигруппу;
R2a и R2b являются одинаковыми или различными, и каждый представляет собой алкильную группу, или R2a и R2b, взятые вместе со смежным атомом азота, могут образовывать 5-6-членную насыщенную циклическую аминогруппу, при этом циклическая аминогруппа необязательно имеет атом кислорода или серы в составе цикла в дополнение к смежному атому азота; и
WG1 и WG2 являются одинаковыми или различными, и каждый представляет собой электроноакцепторную группу.
2. Производное фосфорамидита по п.1, где WG1 представляет собой цианогруппу.
3. Способ получения олигорибонуклеотида, представленного следующей общей формулой (3), отличающийся использованием производного фосфорамидита по п.1 или 2,
в которой каждый В независимо представляет собой аденин, гуанин, цитозин, урацил, тимин или их модифицированную форму;
каждый R независимо представляет собой Н или гидроксильную группу, и, по меньшей мере, один из R представляет собой гидроксильную группу;
Z представляет собой Н или фосфатную группу; и
n представляет собой целое число в пределах от 1 до 100.
4. Способ получения олигорибонуклеотида (3) по п.3, включающий следующие стадии A-G,
Стадия А: получение соединения, представленного следующей общей формулой (5), путем удаления 5'-гидроксильной группы взаимодействием кислоты с соединением, представленным следующей общей формулой (4)
в которой n такое, как определено выше;
каждый Вх независимо представляет собой нуклеиновое основание, которое может иметь защитную группу; и
R1 представляет собой заместитель, представленный следующей общей формулой (2)
в которой R11, R12 и R13 являются одинаковыми или различными, и каждый представляет собой водород или алкоксигруппу;
каждый WG2 представляет собой электроноакцепторную группу; и
каждый R4 независимо представляет собой Н, ацилоксигруппу или заместитель, представленный следующей общей формулой (6)
,
в которой WG1 представляет собой электроноакцепторную группу; и
Е представляет собой ацильную группу или заместитель, представленный следующей общей формулой (7)
-Q-линкер--твердый носитель (7),
в которой Q представляет собой одинарную связь или заместитель, представленный следующей общей формулой (8)
в которой WG2 такой как WG2, определено выше; и
Т представляет собой Н, ацилоксигруппу или заместитель, представленный вышеприведенной общей формулой (6), при условии, что либо E, либо Т является заместителем (7),
стадия В: получение соединения, представленного следующей общей формулой (9), путем конденсации мономерного соединения нуклеиновой кислоты с соединением, полученным на стадии А, с использованием активирующего агента
в которой Вх, Е, n, R1, R4, T и WG2 такие, как определено выше,
стадия С: кэппирование 5'-гидроксильной группы непрореагировавшего соединения (5) на стадии В
где Bx, E, n, R4, T и WG2 такие, как определено выше; и
R5 представляет собой метильную или феноксиметильную группу;
стадия D: превращение фосфорильной группы в фосфатную группу путем взаимодействия окислителя с соединением (9), которое получают на стадии В,
где Bx, E, n, R1, R4, T и WG2 такие, как определено выше,
стадия Е: отщепление соединения (11), полученного на стадии D, от твердого носителя и затем удаление защитных групп каждого нуклеинового основания и каждой 2'-гидроксильной группы
где B, Bx, E, n, R, R1, R4, T, WG2 и Z такие, как определено выше,
стадия F: удаление 5'-гидроксильной группы соединения (12), полученного на стадии (Е),
где B, n, R, R1 и Z такие, как определено выше,
стадия G: выделение и очистка олигорибонуклеотида (3), полученного на стадии F.
5. Способ получения олигорибонуклеотида (3), имеющего требуемую длину цепи, по п.4, путем повторения стадий А-D.
6. Способ получения олигорибонуклеотида по п.4 или 5, который отличается тем, что на стадии Е добавляют алкиламин, амидин, тиол, производное тиола или их смеси.
7. Эфирное соединение, представленное следующей общей формулой (13)
в которой L представляет собой галоген, арилтиогруппу, алкилсульфоксидную группу или алкилтиогруппу; и
WG1 представляет собой электроноакцепторную группу.
8. Эфирное соединение по п.7, где WG1 представляет собой цианогруппу.
9. Способ получения производного фосфорамидита, представленного следующей общей формулой (1), включающий стадии а-h,
в которой Bx представляет собой нуклеиновое основание, которое может иметь защитную группу; и
R1 представляет собой заместитель, представленный следующей общей формулой (2)
в которой R11, R12 и R13 являются одинаковыми или различными и каждый представляет собой водород или алкоксигруппу;
R2a и R2b являются одинаковыми или различными и каждый представляет собой алкильную группу, или R2a и R2b, взятые вместе со смежным атомом азота, могут образовывать 5-6-членную насыщенную циклическую аминогруппу, при этом циклическая аминогруппа необязательно имеет атом кислорода или серы в составе цикла в дополнение к смежному атому азота; и
WG1 и WG2 являются одинаковыми или различными, и каждый представляет собой электроноакцепторную группу,
стадия а: получение производного нуклеозида, представленного следующими общими формулами (15) и (15'), где защитную группу эфирного типа, которая может быть удалена в нейтральной среде, вводят по 2'-гидроксильной группе путем воздействия алкилирующего реагента на производное нуклеозида, представленное следующей общей формулой (14),
где Вх представляет собой нуклеиновое основание, которое может иметь защитную группу; и
R1 и WG1 такие, как определено выше,
стадия b: выделение и очистка производного нуклеозида (15), полученного на стадии (а),
стадия с: осуществляемое отдельно от стадии b получение соединения рибонуклеиновой кислоты, представленного следующей общей формулой (17), где защитную группу эфирного типа, которая может быть удалена в нейтральной среде, вводят по 2'-гидроксильной группе путем воздействия алкилирующего реагента на соединение рибонуклеиновой кислоты, представленное следующей общей формулой (16)
в которой Вх и WG1 такие, как определено выше; и
А представляет собой кремнесодержащий заместитель, представленный следующей общей формулой (18а) или (18b)
в которой R6 представляет собой алкильную группу,
стадия d: осуществляемое отдельно от стадий а-с получение соединения рибонуклеиновой кислоты, представленного следующей общей формулой (19), путем воздействия диметилсульфоксида, уксусной кислоты и уксусного ангидрида на соединение рибонуклеиновой кислоты (16)
где А и Вх такие, как определено выше,
стадия е: получение соединения рибонуклеиновой кислоты, представленного следующей общей формулой (17), где защитную группу эфирного типа, которая может быть удалена в нейтральной среде, вводят по 2'-гидроксильной группе, путем воздействия спиртового соединения, представленного следующей общей формулой (20), кислоты и реагента для галогенирования атома серы на производное нуклеозида (19), полученное на стадии d,
где А, Вх и WG1 такие, как определено выше,
стадия f: получение соединения рибонуклеиновой кислоты, представленного следующей общей формулой (21), путем удаления защитных групп для 3'- и 5'-гидроксильных групп соединения рибонуклеиновой кислоты (17), полученного на стадии с или на стадии е,
где А, Вх и WG1 такие, как определено выше,
стадия g: получение соединения рибонуклеиновой кислоты (15) путем введения защитной группы (R1), которая может быть удалена в кислой среде, по 5'-гидроксильной группе соединения рибонуклеиновой кислоты (21), полученного на стадии f,
где Вх, R1 и WG1 такие, как определено выше; и
Х3 представляет собой галоген,
стадия h: получение производного фосфорамидита, представленного следующей общей формулой (1), фосфитилированием 3'-гидроксильной группы путем воздействия фосфорамидитирующего реагента и, при необходимости, активирующего агента на производное нуклеозида (15), полученное на стадии b или стадии g,
где Вх, R1 и WG1 такие, как определено выше;
R2a и R2b являются одинаковыми или различными, и каждый представляет собой алкильную группу, или R2a и R2b, взятые вместе со смежным атомом азота, могут образовывать 5-6-членную насыщенную циклическую аминогруппу, при этом циклическая аминогруппа необязательно имеет атом кислорода или серы в составе цикла в дополнение к смежному атому азота; и
WG2 представляет собой электроноакцепторную группу.
10. Способ получения производного фосфорамидита по п.9, где алкилирующий реагент представляет собой эфирное соединение, представленное следующей общей формулой (13)
в которой L представляет собой галоген, арилтиогруппу, алкилсульфоксидную группу или алкилтиогруппу; и
WG1 представляет собой электроноакцепторную группу.
11. Способ получения производного фосфорамидита по любому из п.9 или 10, где WG1 представляет собой цианогруппу.
12. Способ получения производного фосфорамидита по п.9, где фосфитилирующий реагент представляет собой соединение, представленное следующей общей формулой (22) или (23)
в которых R2a и R2b являются одинаковыми или различными, и каждый представляет собой алкильную группу, или R2a и R2b, взятые вместе со смежным атомом азота, могут образовывать 5-6-членную насыщенную циклическую аминогруппу, при этом циклическая аминогруппа необязательно имеет атом кислорода или серы в составе цикла в дополнение к смежному атому азота;
WG2 представляет собой электроноакцепторную группу; и
Х1 представляет собой галоген.
13. Способ получения производного фосфорамидита по п.9, где активирующий агент представляет собой 1Н-тетразол, 5-этилтиотетразол, 5-бензилмеркапто-1Н-тетразол, 4,5-дихлоримидазол, 4,5-дицианоимидазол, бензотриазолтрифлат, имидазолтрифлат, пиридинийтрифлат, N,N-диизопропилэтиламин или 2,4,6-коллидин/N-метилимидазол.
14. Соединение рибонуклеиновой кислоты, представленное следующей общей формулой (21)
где Вх представляет собой нуклеиновое основание, которое может содержать защитную группу; и WG1 представляет собой электроноакцепторную группу.
15. Соединение рибонуклеиновой кислоты по п.14, где WG1 представляет собой циано.
16. Соединение рибонуклеиновой кислоты, представленное следующей общей формулой (15)
где Bx представляет собой нуклеиновое основание, которое может содержать защитную группу;
R1 представляет собой заместитель, представленный следующей общей формулой (2)
где R11, R12 и R13, одинаковые или различные, каждый представляет собой водород или алкокси; и
WG1 представляет собой электроноакцепторную группу.
17. Соединение рибонуклеиновой кислоты по п.16, где WG1 представляет собой циано.
18. Соединение рибонуклеиновой кислоты, представленное следующей общей формулой (17)
где Bx представляет собой нуклеиновое основание, которое может содержать защитную группу;
A представляет собой кремнесодержащий заместитель, представленный следующей общей формулой (18a) или (18b)
где R6 представляет собой алкил, и
WG1 представляет собой электроноакцепторную группу.
19. Соединение рибонуклеиновой кислоты по п.18, где WG1 представляет собой циано.
Applications Claiming Priority (5)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| JP2004246185 | 2004-08-26 | ||
| JP2004-246185 | 2004-08-26 | ||
| JP2005-110817 | 2005-04-07 | ||
| JP2005110817 | 2005-04-07 | ||
| JP2005-193313 | 2005-07-01 |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2007110823A true RU2007110823A (ru) | 2008-10-10 |
| RU2415862C2 RU2415862C2 (ru) | 2011-04-10 |
Family
ID=39927014
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2007110823/04A RU2415862C2 (ru) | 2004-08-26 | 2005-08-25 | Производное фосфорамидита и способ получения олиго-рнк |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| RU (1) | RU2415862C2 (ru) |
Cited By (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| RU2615143C2 (ru) * | 2010-03-24 | 2017-04-04 | Адвирна | Самодоставляющие PHKi соединения уменьшенного размера |
-
2005
- 2005-08-25 RU RU2007110823/04A patent/RU2415862C2/ru not_active IP Right Cessation
Cited By (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| RU2615143C2 (ru) * | 2010-03-24 | 2017-04-04 | Адвирна | Самодоставляющие PHKi соединения уменьшенного размера |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| RU2415862C2 (ru) | 2011-04-10 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| US10738073B2 (en) | Synthesis of protected 3′-amino nucleoside monomers | |
| JP2552048B2 (ja) | ヌクレオチド鎖合成用試薬 | |
| JP4402454B2 (ja) | Ｌｎａホスホラミダイトの製造法 | |
| JP4580870B2 (ja) | リボヌクレオチド又はリボヌクレオチド誘導体の製造方法 | |
| RU2017114156A (ru) | N-ацетилгалактозаминовые (galnac) фосфорамитиды, их конъюгаты с нуклеиновыми кислотами и их применение | |
| PT98931B (pt) | Processo para a ligacao de nucleosidos com uma ponte siloxano | |
| MX2007002245A (es) | Compuesto de fosforamidita y metodo para la produccion de un acido oligorribonucleico. | |
| JP2005089441A (ja) | 立体規則性の高いリン原子修飾ヌクレオチド類縁体の製造法 | |
| JP2011088935A (ja) | リン原子修飾ヌクレオチド類縁体の製造のための光学活性ヌクレオシド３’−ホスホロアミダイト | |
| EA003091B1 (ru) | Синтез олигонуклеотидов в жидкой фазе | |
| CN109641932A (zh) | 包含非手性3’-s-或5’-s-硫代磷酸酯核苷间连接体的寡核苷酸合成 | |
| Umemoto et al. | Oligoribonucleotide Synthesis by the use of 1-(2-cyanoethoxy) ethyl (CEE) as a 2′-hydroxy protecting group | |
| CN1262557C (zh) | 制备硫代磷酸三酯的方法 | |
| AU2001235766A1 (en) | Process for the preparation of phosphorothioate triesters | |
| WO2004085454A1 (en) | Silylated oligonucleotide compounds | |
| RU2007110823A (ru) | Производное фосфорамидита и способ получения олиго-рнк | |
| JP4797156B2 (ja) | リボヌクレオシドの２’水酸基の脱保護方法 | |
| WO2015191303A2 (en) | Protecting groups for "z nucleotide" and methods thereof | |
| WO2021141072A1 (ja) | セグメント型アミダイトを用いた核酸合成法 | |
| KR20230074205A (ko) | 핵산 올리고머의 제조 방법 | |
| Hari et al. | 2′-O, 4′-C-Methyleneoxymethylene Bridged Nucleic Acids (2′, 4′-BNA COC) | |
| US20150225442A1 (en) | Exocylic nitrogen atom protected nucleoside and method for producing and using the same | |
| JP2007238462A (ja) | エステル結合を有するヌクレオシド誘導体 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| FA92 | Acknowledgement of application withdrawn (lack of supplementary materials submitted) |
Effective date: 20100824 |
|
| FZ9A | Application not withdrawn (correction of the notice of withdrawal) |
Effective date: 20100909 |
|
| MM4A | The patent is invalid due to non-payment of fees |
Effective date: 20160826 |