RU2006138865A - Анализы на основе нуклеиновой кислоты для идентификации полиморфизмов fc-рецептора - Google Patents
Анализы на основе нуклеиновой кислоты для идентификации полиморфизмов fc-рецептора Download PDFInfo
- Publication number
- RU2006138865A RU2006138865A RU2006138865/13A RU2006138865A RU2006138865A RU 2006138865 A RU2006138865 A RU 2006138865A RU 2006138865/13 A RU2006138865/13 A RU 2006138865/13A RU 2006138865 A RU2006138865 A RU 2006138865A RU 2006138865 A RU2006138865 A RU 2006138865A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- nucleic acids
- genotype
- combination
- oligonucleotides
- fcγriii
- Prior art date
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
- C07H21/00—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids
- C07H21/04—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids with deoxyribosyl as saccharide radical
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
- C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K38/00—Medicinal preparations containing peptides
- A61K38/16—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- A61K38/17—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/106—Pharmacogenomics, i.e. genetic variability in individual responses to drugs and drug metabolism
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/172—Haplotypes
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Zoology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Immunology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Pathology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Hospice & Palliative Care (AREA)
- Oncology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Gastroenterology & Hepatology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Pharmacology & Pharmacy (AREA)
- Epidemiology (AREA)
- Animal Behavior & Ethology (AREA)
- Public Health (AREA)
- Veterinary Medicine (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Claims (29)
1. Выделенный олигонуклеотид, содержащий нуклеотидную последовательность от 10 до 60 нуклеотидов длиной, причем нуклеотидная последовательность содержит (a) последовательность, выбираемую из группы, состоящей из последовательностей под номерами SEQ ID NOs: 1-19; (b) нуклеотидную последовательность на 80% идентичную нуклеотидной последовательности (а) или (c) комплементы (а) и (b).
2. Выделенный олигонуклеотид по п.1, дополнительно включающий обнаруживаемую метку.
3. Выделенный нуклеотид по п.2, причем обнаруживаемая метка представляет собой флуоресцентную метку.
4. Выделенный олигонуклеотид по п.3, причем флуоресцентную метку выбирают из группы, включающей 6-карбоксифлуоресцеин (6-FAM), тетраметилродамин (TAMRA) и 2′,4′,5′,7′-тетрахлор-4-7-дихлорфлуоресцеин (ТЕТ).
5. Способ определения генотипа FcγRIII субъекта, причем метод включает следующие этапы: (a) выделение нуклеиновых кислот из биологических образцов, полученных от субъекта; (b) амплификация выделенных нуклеиновых кислот при использовании в качестве смыслового и антисмыслового праймеров, по меньшей мере, первой и второй комбинаций олигонуклеотидов по любому из пп.1-4; и
(с) определение наличия или отсутствия амплифицированных нуклеиновых кислот с каждой комбинацией олигонуклеотидов, причем наличие или отсутствие амплифицированных нуклеиновых кислот указывает на генотип FcγRIII субъекта.
6. Способ по п.5, в котором, по меньшей мере, один из олигонуклеотидов специфичен к полиморфизму FcγRIII.
7. Способ по п.5, в котором, по меньшей мере, один из олигонуклеотидов является общим к, по меньшей мере, одному полиморфизму FcγRIII.
8. Способ по п.5, дополнительно включающий повторение этапов (b) и (с) с одной или более дополнительными комбинациями олигонуклеотидных праймеров.
9. Способ по п.5, в котором каждая из первой и второй комбинаций олигонуклеотидов включает один общий праймер.
10. Способ по п.9, в котором определяется генотип в сайте 158V/F FcγRIIIa.
11. Способ по п.10, в котором первая комбинация олигонуклеотидных праймеров содержит последовательности SEQ ID NO:5 и SEQ ID NO:2.
12. Способ по п.11, в котором вторая комбинация олигонуклеотидных праймеров содержит последовательности SEQ ID NO:5 и SEQ ID NO:1.
13. Способ по п.12, в котором наличие продукта амплификации при использовании первой комбинации олигонуклеотидных праймеров и отсутствие продукта амплификации при использовании второй комбинации олигонуклеотидных праймеров указывает на генотип 158VV.
14. Способ по п.12, в котором отсутствие продукта амплификации при использовании первой комбинации олигонуклеотидных праймеров и наличие продукта амплификации при использовании второй комбинации олигонуклеотидных праймеров указывает на генотип 158FF.
15. Способ по п.12, в котором наличие продукта амплификации при использовании первой комбинации олигонуклеотидных праймеров и наличие продукта амплификации при использовании второй комбинации олигонуклеотидных праймеров указывает на генотип 158FV.
16. Способ по п.5, в котором определяется генотип FcγRIII субъекта в дополнительных нуклеотидных положениях.
17. Способ по п.16, в котором дополнительные нуклеотидные положения выбирают из группы, включающей положения 121, 153, 179, 207, 313 и их комбинации.
18. Способ по любому из пп.5-17, в котором нуклеиновые кислоты амплифицируют методом ПЦР (полимеразной цепной реакции), ОТ-ПЦР (ПЦР с обратной транскриптазой), амплификацией посредством транскрипции (ТМА), TaqMan™ или комбинацией этих методов.
19. Способ определения генотипа FcγRIII субъекта, причем метод включает следующие этапы:
(a) выделение нуклеиновых кислот из биологического образца, полученного от субъекта;
(b) амплификация выделенных нуклеиновых кислот;
(c) секвенирование продуктов амплификации нуклеиновых кислот при использовании в качестве праймеров для секвенирования, по меньшей мере, одной подходящей комбинации олигонуклеотидов по любому из пп.1-4; и
(d) определение нуклеотидного остатка в одном или более полиморфизмах FcγRIII, определяя, таким образом, генотип FcγRIII субъекта.
20. Способ по п.19, в котором этап (b) включает амплификацию выделенных нуклеиновых кислот при использовании в качестве смыслового и антисмыслового праймеров, по меньшей мере, первой и второй комбинаций олигонуклеотидов по п.1.
21. Способ по п.19 или 20, причем генотип в сайте 158V/F FcγRIIIa определяют путем определения нуклеотида в положении 207.
22. Способ по п.21, причем только нуклеотиды G в положении 207 указывают на генотип 158VV.
23. Способ по п.21, причем только нуклеотиды Т в положении 207 указывают на генотип 158FF.
24. Способ по п.21, причем нуклеотиды G и Т в положении 207 указывают на генотип 158FV.
25. Способ различения FcγRIIIa от FcγRIIIb, причем способ включает следующие этапы:
(a) выделение нуклеиновых кислот из биологического образца, полученного от субъекта;
(b) амплификация выделенных нуклеиновых кислот при использовании в качестве смыслового и антисмыслового праймеров, по меньшей мере, первой и второй комбинаций олигонуклеотидов по любому из пп.1-4; причем, по меньшей мере, один из олигонуклеотидных праймеров в каждой комбинации специфичен к FcγRIIIa или FcγRIIIb; и
(c) определение наличия или отсутствия амплифицированных нуклеиновых кислот с каждой комбинацией олигонуклеотидов, причем наличие или отсутствие амплифицированных нуклеиновых кислот позволяет различить FcγRIIIa от FcγRIIIb.
26. Способ различения FcγRIIIa от FcγRIIIb, причем метод включает следующие этапы:
(a) выделение нуклеиновых кислот из биологического образца, полученного от субъекта;
(b) амплификация выделенных нуклеиновых кислот;
(c) секвенирование амплифицированных нуклеиновых кислот при использовании в качестве праймеров для секвенирования, по меньшей мере, одной подходящей комбинации олигонуклеотидов по любому из пп.1-4; и
(d) определение нуклеотидов в положениях 121, 153, 179 и 313, различая, таким образом, FcγRIIIa от FcγRIIIb.
27. Способ по п.26, в котором этап (b) включает амплификацию выделенных нуклеиновых кислот при использовании в качестве смыслового и антисмыслового праймеров, по меньшей мере, первой и второй комбинаций олигонуклеотидов по любому из пп.1-4.
28. Набор для генотипирования FcγRIII, причем набор содержит одну или более пар праймерных олигонуклеотидов по пп.1-4 и письменные инструкции для генотипирования биологического образца по FcγRIIIa.
29. Набор по п.28, дополнительно включающий праймеры для секвенирования.
Applications Claiming Priority (2)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US56064904P | 2004-04-07 | 2004-04-07 | |
| US60/560,649 | 2004-04-07 |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2006138865A true RU2006138865A (ru) | 2008-05-20 |
Family
ID=35197498
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2006138865/13A RU2006138865A (ru) | 2004-04-07 | 2004-12-22 | Анализы на основе нуклеиновой кислоты для идентификации полиморфизмов fc-рецептора |
Country Status (10)
| Country | Link |
|---|---|
| EP (1) | EP1732939A4 (ru) |
| JP (1) | JP2007532110A (ru) |
| KR (1) | KR20070004082A (ru) |
| CN (1) | CN1976942A (ru) |
| AU (1) | AU2004318681A1 (ru) |
| BR (1) | BRPI0418722A (ru) |
| CA (1) | CA2562016A1 (ru) |
| IL (1) | IL178333A0 (ru) |
| RU (1) | RU2006138865A (ru) |
| WO (1) | WO2005102379A2 (ru) |
Families Citing this family (6)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| EP1960549A4 (en) * | 2005-11-30 | 2010-01-13 | Univ Southern California | Fc-GAMMA POLYMORPHISMS FOR PREDICTING A DISEASE AND THE RESULTS OF TREATMENT |
| EP2109686A2 (en) | 2007-01-18 | 2009-10-21 | University Of Southern California | Genetic markers for predicting responsiveness to combination therapy |
| US20090142763A1 (en) * | 2007-08-22 | 2009-06-04 | Wyeth | Nested pcr-based method for specific genotyping of the fc gamma receptor iiia gene |
| FI3533882T3 (fi) * | 2013-10-15 | 2023-01-13 | Merkittävän histologisen yhteensopivuuskompleksin yksittäisen nukleotidin polymorfismeja | |
| US20230036481A1 (en) * | 2020-01-16 | 2023-02-02 | Acepodia Biotechnologies Ltd. | A novel cd16+ natural killer cell and a method of culturing cd16+ natural killer cell |
| CN114277149B (zh) * | 2021-12-30 | 2023-09-22 | 苏州方科生物科技有限公司 | 一种检测cd16a基因多态性的试剂盒及其应用和使用方法 |
Family Cites Families (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US5639611A (en) * | 1988-12-12 | 1997-06-17 | City Of Hope | Allele specific polymerase chain reaction |
| DE02782887T1 (de) * | 2001-10-19 | 2005-01-13 | Centre Hospitalier Regional et Universitair de Tours | Methoden und kompositionen, antikörper behandlung zu bewerten |
-
2004
- 2004-12-22 BR BRPI0418722-9A patent/BRPI0418722A/pt not_active IP Right Cessation
- 2004-12-22 KR KR1020067022960A patent/KR20070004082A/ko not_active Application Discontinuation
- 2004-12-22 JP JP2007507303A patent/JP2007532110A/ja active Pending
- 2004-12-22 CN CNA2004800428432A patent/CN1976942A/zh active Pending
- 2004-12-22 WO PCT/US2004/043726 patent/WO2005102379A2/en active Application Filing
- 2004-12-22 AU AU2004318681A patent/AU2004318681A1/en not_active Abandoned
- 2004-12-22 RU RU2006138865/13A patent/RU2006138865A/ru not_active Application Discontinuation
- 2004-12-22 EP EP04815738A patent/EP1732939A4/en not_active Withdrawn
- 2004-12-22 CA CA002562016A patent/CA2562016A1/en not_active Abandoned
-
2006
- 2006-09-27 IL IL178333A patent/IL178333A0/en unknown
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| WO2005102379A3 (en) | 2006-02-16 |
| CA2562016A1 (en) | 2005-11-03 |
| KR20070004082A (ko) | 2007-01-05 |
| EP1732939A4 (en) | 2008-09-17 |
| BRPI0418722A (pt) | 2007-09-11 |
| JP2007532110A (ja) | 2007-11-15 |
| WO2005102379A2 (en) | 2005-11-03 |
| IL178333A0 (en) | 2007-02-11 |
| CN1976942A (zh) | 2007-06-06 |
| AU2004318681A1 (en) | 2005-11-03 |
| EP1732939A2 (en) | 2006-12-20 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| US9909179B2 (en) | Single-cell nucleic acid analysis | |
| US20200255892A1 (en) | Multiplex y-str analysis | |
| US9938570B2 (en) | Methods and compositions for universal detection of nucleic acids | |
| EP2449104B1 (en) | Chimeric primers with hairpin conformations and methods of using same | |
| US20100273159A1 (en) | Nested Multiplex Amplification Method for Identification of Multiple Biological Entities | |
| RU2010116772A (ru) | Полинуклеотидные праймеры | |
| EP1716257B8 (en) | New primers and probes for the detection of parvovirus b19 | |
| WO2007130519A3 (en) | Viral nucleic acid microarray and method of use | |
| US20080113349A1 (en) | Method for detecting the presence of mammalian organisms using specific cytochrome c oxidase I (COI) and/or cytochrome b subsequences by a PCR based assay | |
| WO2011066467A2 (en) | Allelic ladder loci | |
| JP2007500517A5 (ru) | ||
| RU2005100511A (ru) | Идентификация олигонуклеотидов для захвата, выявления и количественного определения нуклеиновой кислоты вируса гепатита а | |
| JP2010035532A (ja) | アレル特異的ｐｃｒ法 | |
| EP2252708B1 (en) | Non-competitive internal controls for use in nucleic acid tests | |
| CA2697532A1 (en) | Method of amplifying nucleic acid | |
| RU2006138865A (ru) | Анализы на основе нуклеиновой кислоты для идентификации полиморфизмов fc-рецептора | |
| WO2008016334A1 (en) | Multiplex analysis of nucleic acids | |
| RU2795016C1 (ru) | Олигонуклеотиды для определения мутации S:delVYY143-145 SARS-CoV-2 | |
| US8232382B2 (en) | Avian sex identification oligonucleotides | |
| EP3610031A1 (en) | Library quantitation and qualification | |
| KR20180000481A (ko) | 무의 자가불화합 인자형 판별용 프라이머 세트 | |
| RU2652895C2 (ru) | Набор синтетических олигонуклеотидных проб для определения генотипа митохондриальной днк человека | |
| KR20240098295A (ko) | 밀 종 판별용 snp 마커 및 이의 용도 | |
| US9518290B2 (en) | Method for detecting nucleic acids by amplification of a circularized nucleic acid | |
| WO2024023510A1 (en) | Method and kit for detecting single nucleotide polymorphisms (snp) by loop-mediated isothermal amplification (lamp) |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| FA92 | Acknowledgement of application withdrawn (lack of supplementary materials submitted) |
Effective date: 20090717 |