RU2002122770A - Гомогенный анализ дуплексной или триплексной гибридизации с использованием множественных измерений при варьируемых условиях - Google Patents

Гомогенный анализ дуплексной или триплексной гибридизации с использованием множественных измерений при варьируемых условиях

Info

Publication number
RU2002122770A
RU2002122770A RU2002122770/13A RU2002122770A RU2002122770A RU 2002122770 A RU2002122770 A RU 2002122770A RU 2002122770/13 A RU2002122770/13 A RU 2002122770/13A RU 2002122770 A RU2002122770 A RU 2002122770A RU 2002122770 A RU2002122770 A RU 2002122770A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
specified
probe
target
test sample
signal
Prior art date
Application number
RU2002122770/13A
Other languages
English (en)
Other versions
RU2242518C2 (ru
Inventor
Глен Х. ЭРИКСОН (GB)
Глен Х. ЭРИКСОН
Пьер ПИКАР (CA)
Пьер ПИКАР
Джэсмин И. ДЭКСИС (CA)
Джэсмин И. ДЭКСИС
Original Assignee
Инджиниес Корпорейшн (Bb)
Инджиниес Корпорейшн
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Инджиниес Корпорейшн (Bb), Инджиниес Корпорейшн filed Critical Инджиниес Корпорейшн (Bb)
Publication of RU2002122770A publication Critical patent/RU2002122770A/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2242518C2 publication Critical patent/RU2242518C2/ru

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813—Hybridisation assays
    • C12Q1/6816—Hybridisation assays characterised by the detection means
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2563/00—Nucleic acid detection characterized by the use of physical, structural and functional properties
    • C12Q2563/113—Nucleic acid detection characterized by the use of physical, structural and functional properties the label being electroactive, e.g. redox labels
    • Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y10—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC
    • Y10T—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER US CLASSIFICATION
    • Y10T436/00—Chemistry: analytical and immunological testing
    • Y10T436/14—Heterocyclic carbon compound [i.e., O, S, N, Se, Te, as only ring hetero atom]
    • Y10T436/142222—Hetero-O [e.g., ascorbic acid, etc.]
    • Y10T436/143333—Saccharide [e.g., DNA, etc.]

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Investigating, Analyzing Materials By Fluorescence Or Luminescence (AREA)
  • Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
  • Investigating Or Analyzing Materials By The Use Of Electric Means (AREA)

Claims (61)

1. Способ анализа последовательность-специфической гибридизации, предусматривающий обеспечение мишени, содержащей по меньшей мере одну последовательность нуклеиновой кислоты; обеспечение зонда, содержащего последовательность нуклеиновой кислоты или аналога нуклеиновой кислоты; добавление указанного зонда и указанной мишени к гибридизационной среде для обеспечения тест-пробы; приложение первого стимула к указанной тест-пробе для обеспечения первой стимулированной тест-пробы; детектирование первого сигнала из указанной первой стимулированной тест-пробы, где указанный первый сигнал коррелирует с аффинностью связывания между указанным зондом и указанной мишенью; калибрование указанного первого сигнала против контрольного сигнала, проявляемого контрольной пробой, содержащей по меньшей мере один контрольный зонд, комбинированный с указанной мишенью, где относительно указанной мишени, каждый из указанного зонда и указанного по меньшей мере одного контрольного зонда является отличающимся членом, выбранным из группы, состоящей из точного спаривания, ошибочного спаривания одного основания, ошибочного спаривания двух оснований, ошибочного спаривания трех оснований, делении одного основания, делеции двух оснований и делении трех оснований; определение на основании этого калибрования первого определения степени спаривания между указанным зондом и указанной мишенью; приложение второго стимула к указанной первой стимулированной тест-пробе для обеспечения второй стимулированной тест-пробы; детектирование второго сигнала из указанной второй стимулированной тест-пробы, где указанный второй сигнал коррелирует с аффинностью связывания между указанным зондом и указанной мишенью; определение на основании указанного детектирования указанного второго сигнала второго определения указанной степени спаривания между указанным зондом и указанной мишенью; сравнение указанного первого определения и указанного второго определения.
2. Способ по п.1, дополнительно предусматривающий количественное определение указанной аффинности связывания.
3. Способ по п.1, где указанный способ является гомогенным анализом, проводимым без предварительной денатурации указанной мишени.
4. Способ по п.1, где указанный способ является гомогенным анализом, проводимым без ПЦР-амплификации указанной мишени.
5. Способ по п.1, где указанная тест-проба дополнительно содержит интеркалирующий агент, указанная мишень представляет собой дцДНК и указанный зонд гибридизуется специфически с указанной мишенью с образованием триплекса.
6. Способ по п.1, где указанный зонд представляет собой оцДНК или РНК.
7. Способ по п.1, где указанный зонд имеет частично заряженный скелет.
8. Способ по п.1, где указанный зонд имеет незаряженный скелет.
9. Способ по п.8, где указанный зонд содержит оцПНК-последовательность.
10. Способ по п.11, где указанный зонд и представляет собой оцПНК, полученный антипараллельным синтезом.
11. Способ по п.1, где указанный зонд и указанная мишень имеют идентичную длину.
12. Способ по п.1, где указанный зонд имеет длину 6-30 нуклеотидов.
13. Способ по п.1, проводимый в растворе в лунке или на непроницаемой поверхности.
14. Способ по п.1, проводимый на биочипе (наборе матриц).
15. Способ по п.1, дополнительно предусматривающий варьирование состояния указанной первой стимулированной тест-пробы перед указанным приложением указанного второго стимула, где указанное варьирование является достаточным для значимого влияния на неполную комплементарную гибридизацию между указанным зондом и указанной мишенью и недостаточным для значимого влияния на точную комплементарную гибридизацию между указанным зондом и указанной мишенью.
16. Способ по п.15, где указанное варьирование предусматривает подачу электрического напряжения к указанной первой стимулированной тест-пробе и указанная аффинность связывания прямо коррелирует с различием между указанным первым сигналом и указанным вторым сигналом.
17. Способ по п.16, где указанное электрическое напряжение равно приблизительно 1 - до приблизительно 20 В.
18. Способ по п.16, где указанное электрическое напряжение создается либо постоянным током, либо переменным током.
19. Способ по п.1, где указанный первый сигнал или указанный второй сигнал является электропроводностью.
20. Способ по п.19, где указанная электропроводность указывает на степень спаривания между указанным зондом и указанной мишенью.
21. Способ по п.20, где указанную электропроводность сравнивают с контрольной электропроводностью указанной гибридизационной среды перед добавлением указанного зонда и указанной мишени.
22. Способ по п.20, где измеряют максимальную достигаемую исходную силу тока в амперах.
23. Способ по п.22, где измеряют степень снижения силы тока в амперах от указанного максимального исходного пика силы тока в амперах.
24. Способ по п.20, где измеряют силу тока в амперах на протяжении указанной подачи указанного электрического напряжения.
25. Способ по п.20, где указанный способ является достаточно чувствительным для отличения комплекса зонд-мишень с одной ошибочно спаренной парой оснований от комплекса зонд-мишень с двумя ошибочно спаренными парами оснований.
26. Способ по по п.20, где указанный способ является достаточно чувствительным для отличения точно комплементарного комплекса зонд-мишень от комплекса зонд-мишень с одной ошибочно спаренной парой оснований и от комплекса зонд-мишень с двумя ошибочно спаренными парами оснований.
27. Способ по п.20, где указанная тест-проба дополнительно содержит интеркалирующий агент, указанная мишень представляет собой дцДНК и указанный зонд гибридизуется специфически с указанной мишенью с образованием триплекса.
28. Способ по п.20, где указанный зонд представляет собой оцДНК.
29. Способ по п.20, где указанный зонд представляет собой ПНК.
30. Способ по п.1, дополнительно предусматривающий обеспечение флуорофора в указанной тест-пробе и калибрование указанного второго сигнала против второго ссылочного сигнала, где (а) указанный первый стимул является электрическим напряжением, указанный первый сигнал является электропроводностью, указанный второй стимул является возбуждающим излучением и указанный второй сигнал является интенсивностью флуоресценции; или (b) указанный первый стимул является возбуждающим излучением, указанный первый сигнал является интенсивностью флуоресценции, указанный второй стимул является электрическим напряжением и указанный второй сигнал является электропроводностью.
31. Способ по п.30, где указанный флуорофор ковалентно связан с указанным зондом, так что указанный флуорофор не интеркалируется между соседними основаниями, и указанная интенсивность уменьшается по мере увеличения указанной степени спаривания между указанным зондом и указанной мишенью.
32. Способ по п.30, где указанный флуорофор является интеркалирующим агентом и указанная интенсивность увеличивается вместе с указанной степенью спаривания между указанным зондом и указанной мишенью.
33. Способ по п.30, где указанный флуорофор является интеркалирующим агентом, ковалентно связанным с указанным зондом.
34. Способ по п.30, где указанный флуорофор является интеркалирующим агентом, добавляемым к указанной гибридизационной среде в форме, свободной от указанного зонда и свободной от указанной мишени.
35. Способ по п.30, где указанная тест-проба дополнительно содержит интеркалирующий агент, указанная мишень представляет собой дцДНК и указанный зонд гибридизуется специфически с указанной мишенью с образованием триплекса.
36. Способ по п.15, дополнительно предусматривающий обеспечение флуорофора в указанной тест-пробе, где указанное варьирование предусматривает подачу электрического напряжения к указанной первой стимулированной тест-пробе, указанный первый стимул и указанный второй стимул являются возбуждающим излучением и указанный первый сигнал и указанный второй сигнал являются интенсивностью флуоресценции.
37. Способ по п.36, дополнительно предусматривающий калибрование указанного второго сигнала против указанного первого сигнала для определения степени спаривания указанного зонда и указанной мишени.
38. Способ по п.36, где указанный флуорофор ковалентно связан с указанным зондом, так что указанный флуорофор не интеркалируется между соседними основаниями, и указанная интенсивность уменьшается по мере увеличений указанной степени спаривания между указанным зондом и указанной мишенью.
39. Способ по п.36, где указанный флуорофор является интеркалирующим агентом и указанная интенсивность увеличивается вместе с указанной степенью спаривания между указанным зондом и указанной мишенью.
40. Способ по п.36, где указанный флуорофор является интеркалирующим агентом, ковалентно связанным с указанным зондом.
41. Способ по п.36, где указанный флуорофор является интеркалирующим агентом, добавляемым к указанной гибридизационной среде в форме, свободной от указанного зонда и свободной от указанной мишени.
42. Способ по п.36, где указанный флуорофор является интеркалирующим агентом, выбранным из группы, состоящей из YOYO-1, TOTO-1, бромида этидия, гомодимера-1 этидия, гомодимера-2-этидия и акридина.
43. Способ по п.36, где указанная тест-проба дополнительно содержит интеркалирующии агент, указанная мишень представляет собой дцДНК и указанный зонд гибридизуется специфически с указанной мишенью с образованием триплекса.
44. Способ по п.36, где указанный способ является гомогенным анализом, проводимым без обеспечения агента гашения на указанной мишени или на указанном зонде.
45. Способ по п.36, где указанное возбуждающее излучение испускается из лазера на ионах аргона при длине волны от приблизительно 20 нм - до приблизительно 1000 нм.
46. Способ по п.36, проводимый при температурах в диапазоне 5-85°С.
47. Способ по п.36, проводимый при температурах ниже 25°С.
48. Способ по п.36, где надежность указанного способа является независимой от последовательности оснований зонда или мишени и является независимой от содержания гуанина и цитозина зонда или мишени.
49. Способ по п.36, где указанная тест-проба имеет объем приблизительно 20 мкл, содержащий приблизительно 10 фмоль мишени и приблизительно 10 фмоль зонда.
50. Способ по п.36, где указанная тест-проба имеет объем приблизительно 40, содержащий приблизительно 1 пмоль мишени и приблизительно 1 пмоль зонда.
51. Способ по п.36, где концентрация указанной мишени в указанной пробе равна не более, чем 5×10-10 М.
52. Способ по п.51, где концентрация указанного зонда в указанной пробе равна не более, чем 5×10-10 М.
53. Способ по п.36, где указанный флуорофор является интеркалирующим агентом и длина волны, при которой указанный интеркалирующий агент флуоресцирует, сдвигается ко второй длине волны при интеркаляции, причем различие между указанной длиной волны и указанной второй длиной волны указывает, является ли комплекс между указанным зондом и указанной мишенью дуплексом или триплексом и является ли указанная мишень ДНК или РНК.
54. Способ анализа гибридизации, предусматривающий обеспечение мишени, содержащей по меньшей мере одну последовательность нуклеиновой кислоты; обеспечение зонда, содержащего последовательность нуклеиновой кислоты или аналога нуклеиновой кислоты; добавление указанного зонда и указанной мишени к гибридизационной среде для обеспечения тест-пробы; измерение первого сигнала первого состояния указанной тест-пробы для обеспечения первичного определения, касающегося гибридизации между указанным зондом и указанной мишенью, где указанный первый сигнал коррелирует с гибридизацией между указанным зондом и указанной мишенью; измерение второго сигнала второго состояния указанной тест-пробы для обеспечения вторичного определения, касающегося гибридизации между указанным зондом и указанной мишенью, где указанный второй сигнал коррелирует с гибридизацией между указанным зондом и указанной мишенью, при условии, что, когда указанное первое состояние и указанное второе состояние являются одинаковыми, стимул прилагают к указанной тест-пробе после измерения указанного первого сигнала и перед измерением указанного второго сигнала, где указанный стимул значимо влияет на неполностью комплементарную гибридизацию между указанным зондом и указанной мишенью и не влияет значимо на полностью комплементарную гибридизацию между указанным зондом и указанной мишенью; и сравнение указанного первичного определения и указанного вторичного определения для оценки, требует ли какое-либо несовпадение между ними повторного тестирования.
55. Способ по п.54, где указанный первый сигнал является флуоресцентной эмиссией, а указанный второй сигнал является электропроводностью.
56. Способ по п.54, дополнительно предусматривающий подачу напряжения к указанной тест-пробе до или во время указанного измерения указанного первого сигнала.
57. Способ по п.54, дополнительно предусматривающий повторное тестирование указанной тест-пробы, когда указанное первичное определение отличается от указанного вторичного определения.
58. Способ анализа гибридизации, предусматривающий обеспечение мишени, содержащей по меньшей мере одну последовательность нуклеиновой кислоты; обеспечение зонда, содержащего последовательность нуклеиновой кислоты или аналога нуклеиновой кислоты; добавление указанного зонда и указанной мишени к гибридизационной среде для обеспечения тест-пробы; измерение перед подачей электрического тока интенсивности флуоресценции указанной тест-пробы для обеспечения первичного определения, касающегося гибридизации между указанным зондом и указанной мишенью, где указанная интенсивность флуоресценции перед подачей электрического тока коррелирует с гибридизацией между указанным зондом и указанной мишенью; приложение напряжения к указанной тест-пробе; измерение после подачи электрического тока интенсивности флуоресценции указанной тест-пробы, во время или после указанного приложения напряжения, для обеспечения вторичного определения, касающегося гибридизации между указанным зондом и указанной мишенью, где указанная интенсивность флуоресценции после подачи электрического тока коррелирует с гибридизацией между указанным зондом и указанной мишенью; сравнение указанного первичного определения и указанного вторичного определения для оценки, требует ли какое-либо несовпадение между ними повторного тестирования.
59. Способ по п.58, где указанное напряжение прилагаемое к первой тест-пробе, варьируется таким образом, что указанная интенсивность перед подачей электрического тока и указанная интенсивность после подачи электрического тока являются относительно постоянными при анализе точно комплементарных комплексов зонд-мишень, и указанная интенсивность после подачи электрического тока отличается от указанной интенсивности перед подачей электрического тока при анализе недостаточно комплементарных комплексов зонд-мишень, и различие между указанной интенсивностью перед подачей электрического тока и указанной интерсивностью после подачи электрического тока указывает на степень ошибочного спаривания между указанным зондом и указанной мишенью.
60. Способ по п.1, дополнительно предусматривающий детектирование, содержит ли указанная мишень гомозиготные или гетерозиготные аллели.
61. Способ анализа последовательность-специфической гибридизаци, предусматривающий обеспечение мишени, содержащей по меньшей мере одну последовательность нуклеиновой кислоты; обеспечение зонда, содержащего последовательность нуклеиновой кислоты или аналога нуклеиновой кислоты; добавление указанного зонда и указанной мишени к гибридизационной среде для обеспечения тест-пробы; приложение электрического напряжения к указанной тест-пробе; детектирование сигнала указанной тест-пробы во время или после указанного приложения указанного электрического напряжения, где указанный сигнал коррелирует с аффинностью связывания между указанным зондом и указанной мишенью: калибрование указанного сигнала против контрольного сигнала, проявляемого контрольной пробой, содержащей по меньшей мере один контрольный зонд, комбинированный с указанной мишенью, где относительно указанной мишени, каждый из указанного зонда и указанного по меньшей мере одного контрольного зонда является отличающимся членом, выбранным из группы, состоящей из точного спаривания, ошибочного спаривания одного основания, ошибочного спаривания двух оснований, ошибочного спаривания трех оснований, делеции одного основания, делеции двух оснований и делеции трех оснований; определение на основании этого калибрования степени спаривания между указанным зондом и указанной мишенью.
RU2002122770/13A 2000-01-24 2001-01-23 Гомогенный анализ дуплексной или триплексной гибридизации с использованием множественных измерений при варьируемых условиях RU2242518C2 (ru)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US09/490,273 2000-01-24
US09/490,273 US6265170B1 (en) 2000-01-24 2000-01-24 Homogenous assay of duplex of triplex hybridization by means of multiple measurements under varied conditions

Publications (2)

Publication Number Publication Date
RU2002122770A true RU2002122770A (ru) 2004-03-10
RU2242518C2 RU2242518C2 (ru) 2004-12-20

Family

ID=23947351

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2002122770/13A RU2242518C2 (ru) 2000-01-24 2001-01-23 Гомогенный анализ дуплексной или триплексной гибридизации с использованием множественных измерений при варьируемых условиях

Country Status (15)

Country Link
US (1) US6265170B1 (ru)
EP (1) EP1250459B1 (ru)
JP (1) JP4182149B2 (ru)
KR (1) KR100488185B1 (ru)
CN (1) CN1253583C (ru)
AT (1) ATE408709T1 (ru)
AU (1) AU784178B2 (ru)
BR (1) BR0107831A (ru)
CA (1) CA2398362C (ru)
DE (1) DE60135827D1 (ru)
HK (1) HK1047455A1 (ru)
IL (2) IL150844A0 (ru)
MX (1) MXPA02007210A (ru)
RU (1) RU2242518C2 (ru)
WO (1) WO2001053526A2 (ru)

Families Citing this family (28)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US6420115B1 (en) 1999-12-21 2002-07-16 Ingeneus Corporation Cation mediated triplex hybridization assay
US6656692B2 (en) * 1999-12-21 2003-12-02 Ingeneus Corporation Parallel or antiparallel, homologous or complementary binding of nucleic acids or analogues thereof to form duplex, triplex or quadruplex complexes
US6403313B1 (en) 1999-12-21 2002-06-11 Ingeneus Corporation Fluorescent intensity assay for duplex and triplex nucleic acid hybridization solution utilizing fluorescent intercalators
US6858390B2 (en) 1998-12-31 2005-02-22 Ingeneus Corporation Aptamers containing sequences of nucleic acid or nucleic acid analogues bound homologously, or in novel complexes
US6927027B2 (en) * 1999-12-21 2005-08-09 Ingeneus Corporation Nucleic acid multiplex formation
US6924108B2 (en) 1999-12-21 2005-08-02 Ingeneus Corporation Nucleic acid binding enhancement by conjugation with nucleotides, nucleosides, bases and/or their analogues
US7309569B2 (en) 1999-12-21 2007-12-18 Ingeneus, Inc. Parallel or antiparallel, homologous or complementary binding of nucleic acids or analogues thereof to form duplex, triplex or quadruplex complexes
US20030181412A1 (en) * 1999-12-21 2003-09-25 Ingeneus Corporation Method for modifying transcription and/or translation in an organism for therapeutic, prophylactic and/or analytic uses
US7052844B2 (en) * 1999-12-21 2006-05-30 Ingeneus, Inc. Purification of DS-DNA using heteropolymeric capture probes and a triplex, quadruplex or homologous duplex binding mechanism
US20030170659A1 (en) * 2000-01-24 2003-09-11 Ingeneus Corporation Electrical treatment of binding media to encourage, discourage and/or study biopolymer binding
US7220541B2 (en) * 2000-01-24 2007-05-22 Ingeneus, Inc. Homogeneous assay of biopolymer binding by means of multiple measurements under varied conditions
US6613524B1 (en) 2000-01-24 2003-09-02 Ingeneus Corporation Amperometric affinity assay and electrically stimulated complexes of nucleic acids
US6982147B2 (en) * 2000-01-24 2006-01-03 Ingeneus Corporation Apparatus for assaying biopolymer binding by means of multiple measurements under varied conditions
DE10155031A1 (de) * 2001-11-09 2003-05-28 Friz Biochem Gmbh Fluoreszenz-Quenchen zur Detektion von Ligat-Ligand Assoziationsereignissen in elektrischen Feldern
DE10155053B4 (de) * 2001-11-09 2005-11-24 Friz Biochem Gesellschaft Für Bioanalytik Mbh Reversible Bindung eines Fluorophors an eine Oberfläche zur Detektion von Ligat-Ligand-Assoziationsereignissen durch Fluoreszenz-Quenchen
JP2005289810A (ja) * 2002-03-18 2005-10-20 Sangaku Renkei Kiko Kyushu:Kk 蛍光色素基およびインターカレート基を含有する二本鎖核酸を選択的に検出するための蛍光試薬
US20040142329A1 (en) * 2003-01-17 2004-07-22 Ingeneus Corporation Probe conjugation to increase multiplex binding motif preference
US20040180345A1 (en) * 2003-03-14 2004-09-16 Ingeneus Corporation Pre-incubation method to improve signal/noise ratio of nucleic acid assays
KR100994752B1 (ko) 2003-03-31 2010-11-16 디지탈 지노믹스(주) 디엔에이 하이브리드형성의 전기적 검출방법과 이를 위한디엔에이칩 및 그 제조방법
MXPA05012482A (es) 2003-05-20 2006-07-03 Investigen Inc Sistema para detectar polinucleotidos.
KR20070062575A (ko) * 2004-09-24 2007-06-15 인제네우스 인크. 게놈 분석
EP2010677A4 (en) 2006-02-24 2010-04-14 Investigen Inc METHODS AND COMPOSITIONS FOR DETECTION OF POLYNUCLEOTIDES
WO2008082670A2 (en) * 2006-12-28 2008-07-10 Wako Pure Chemical Industries, Ltd. Method and system for internal standardization of assays
GB0701444D0 (en) * 2007-01-25 2007-03-07 Iti Scotland Ltd Detecting analytes
US7771947B2 (en) * 2007-02-23 2010-08-10 Investigen, Inc. Methods and compositions for rapid light-activated isolation and detection of analytes
EP2172563A1 (en) * 2008-09-24 2010-04-07 bioMérieux S.A. Method for lowering the dependency towards sequence variation of a nucleic acid target in a diagnostic hybridization assay
MX340258B (es) * 2011-01-11 2016-07-01 Seegene Inc Detección de secuencias de ácido nucleico objetivo mediante ensayo de escisión y extensión del pto.
GB201120118D0 (en) * 2011-11-22 2012-01-04 Iti Scotland Ltd Detecting analytes

Family Cites Families (17)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4220450A (en) 1978-04-05 1980-09-02 Syva Company Chemically induced fluorescence immunoassay
US5800992A (en) 1989-06-07 1998-09-01 Fodor; Stephen P.A. Method of detecting nucleic acids
US5824477A (en) 1990-09-12 1998-10-20 Scientific Generics Limited Electrochemical denaturation of double-stranded nucleic acid
JP2985446B2 (ja) 1990-10-31 1999-11-29 東ソー株式会社 核酸の検出及び測定方法
US5641625A (en) * 1992-05-22 1997-06-24 Isis Pharmaceuticals, Inc. Cleaving double-stranded DNA with peptide nucleic acids
US5849486A (en) * 1993-11-01 1998-12-15 Nanogen, Inc. Methods for hybridization analysis utilizing electrically controlled hybridization
US6048690A (en) * 1991-11-07 2000-04-11 Nanogen, Inc. Methods for electronic fluorescent perturbation for analysis and electronic perturbation catalysis for synthesis
US5332659A (en) 1992-04-09 1994-07-26 The United States Of America As Represented By The Secretary Of The Navy Light emission-or absorbance-based binding assays for polynucleic acids
US6027880A (en) * 1995-08-02 2000-02-22 Affymetrix, Inc. Arrays of nucleic acid probes and methods of using the same for detecting cystic fibrosis
US5538848A (en) 1994-11-16 1996-07-23 Applied Biosystems Division, Perkin-Elmer Corp. Method for detecting nucleic acid amplification using self-quenching fluorescence probe
JP3189000B2 (ja) 1994-12-01 2001-07-16 東ソー株式会社 特定核酸配列の検出方法
US5814516A (en) * 1995-10-13 1998-09-29 Lockheed Martin Energy Systems, Inc. Surface enhanced Raman gene probe and methods thereof
US5824557A (en) 1996-04-02 1998-10-20 Panvera Corporation Method for detecting and quantitating nucleic acid impurities in biochemical preparations
US5846729A (en) 1997-02-27 1998-12-08 Lorne Park Research, Inc. Assaying nucleotides in solution using a fluorescent intensity quenching effect
WO1998038334A1 (en) * 1997-02-27 1998-09-03 Lorne Park Research, Inc. Assaying nucleotides in solution using pna probes
US6013442A (en) 1997-08-05 2000-01-11 Wisconsin Alumni Res Found Direct quantitation of low copy number RNA
AU4833899A (en) * 1998-06-24 2000-01-10 Therasense, Inc. Multi-sensor array for electrochemical recognition of nucleotide sequences and methods

Also Published As

Publication number Publication date
RU2242518C2 (ru) 2004-12-20
ATE408709T1 (de) 2008-10-15
JP4182149B2 (ja) 2008-11-19
US6265170B1 (en) 2001-07-24
DE60135827D1 (de) 2008-10-30
AU3042501A (en) 2001-07-31
CN1253583C (zh) 2006-04-26
EP1250459B1 (en) 2008-09-17
WO2001053526A2 (en) 2001-07-26
EP1250459A2 (en) 2002-10-23
CA2398362A1 (en) 2001-07-26
IL150844A0 (en) 2003-02-12
CA2398362C (en) 2010-05-04
MXPA02007210A (es) 2002-12-09
KR100488185B1 (en) 2005-05-09
HK1047455A1 (zh) 2003-02-21
BR0107831A (pt) 2004-07-27
CN1447861A (zh) 2003-10-08
JP2003523738A (ja) 2003-08-12
KR20020065940A (ko) 2002-08-14
IL150844A (en) 2008-04-13
WO2001053526A3 (en) 2002-06-13
AU784178B2 (en) 2006-02-16

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2002122770A (ru) Гомогенный анализ дуплексной или триплексной гибридизации с использованием множественных измерений при варьируемых условиях
RU2002119394A (ru) Анализ интенсивности флуоресценции для дуплексной и триплексной гибридизации нуклеиновых кислот в растворе с использованием флуоресцентных интеркаляторов
Rengarajan et al. Technical Brief Quantifying DNA concentrations using fluorometry: A comparison of fluorophores
US7839507B2 (en) Minimizing effects of dye crosstalk
Gao et al. PCR-free and label-free fluorescent detection of telomerase activity at single-cell level based on triple amplification
Zheng et al. Label-free colorimetric assay for DNA methylation based on unmodified Au nanorods as a signal sensing probe coupled with enzyme-linkage reactions
CN105112540B (zh) 一种基于链置换放大和DNAzyme放大的检测DNA甲基转移酶活性的方法
Cheng et al. Label-free and sensitive detection of T4 polynucleotide kinase activity via coupling DNA strand displacement reaction with enzymatic-aided amplification
Lian et al. Detection of T4 polynucleotide kinase activity based on cationic conjugated polymer-mediated fluorescence resonance energy transfer
KR101179367B1 (ko) 광학 검출 장치의 성능 확인 방법 및 그것에 이용하는 표준시약
TR200101930T2 (tr) Nükleik asit oligomer hibritleşme olaylarının elektrokimyasal tayin metodu.
Zhang et al. Comparative quantification of nucleic acids using single-molecule detection and molecular beacons
RU2295572C2 (ru) Гомогенный анализ связывания биополимеров путем множественных измерений при варьирующих условиях
Shi et al. A label-free cyclic assembly of G-quadruplex nanowires for cascade amplification detection of T4 polynucleotide kinase activity and inhibition
Zhao et al. Sensitive and selective label-free alkaline phosphatase detection based on DNA hairpin probe
Maier et al. An impedimetric sensor for real-time detection of antibiotic resistance genes employing rolling circle amplification
Freulet-Marriere et al. Rapid method for mean telomere length measurement directly from cell lysates
Thomas et al. The colorimetric determination of selectively cleaved adenosines and guanosines in DNA oligomers using bicinchoninic acid and copper
US20120021413A1 (en) Method for Detecting Mutation in Exon 12 of JAK2 Gene, and Nucleic Acid Probe and Kit Therefor
CN101868554A (zh) 用于校正传感器元件的方法和装置
US20130045484A1 (en) Methods and kits for determining the toxicity of an agent

Legal Events

Date Code Title Description
MM4A The patent is invalid due to non-payment of fees

Effective date: 20170124