RU2001114072A - Диагностический анализ - Google Patents
Диагностический анализInfo
- Publication number
- RU2001114072A RU2001114072A RU2001114072/14A RU2001114072A RU2001114072A RU 2001114072 A RU2001114072 A RU 2001114072A RU 2001114072/14 A RU2001114072/14 A RU 2001114072/14A RU 2001114072 A RU2001114072 A RU 2001114072A RU 2001114072 A RU2001114072 A RU 2001114072A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- hbv
- primers
- sample
- complementary
- nucleotide sequence
- Prior art date
Links
- 229920001850 Nucleic acid sequence Polymers 0.000 claims 9
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims 9
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims 9
- 230000000295 complement Effects 0.000 claims 8
- 229920003013 deoxyribonucleic acid Polymers 0.000 claims 8
- 229920000272 Oligonucleotide Polymers 0.000 claims 5
- 239000007787 solid Substances 0.000 claims 5
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 claims 4
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 claims 4
- 229920002676 Complementary DNA Polymers 0.000 claims 3
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 claims 3
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims 3
- 230000000875 corresponding Effects 0.000 claims 2
- 239000003155 DNA primer Substances 0.000 claims 1
- 229940072221 IMMUNOGLOBULINS Drugs 0.000 claims 1
- 102000018358 Immunoglobulins Human genes 0.000 claims 1
- 108060003951 Immunoglobulins Proteins 0.000 claims 1
- 229920002459 Intron Polymers 0.000 claims 1
- 108020004999 Messenger RNA Proteins 0.000 claims 1
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 claims 1
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 claims 1
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 claims 1
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 claims 1
- 238000005755 formation reaction Methods 0.000 claims 1
- 230000001900 immune effect Effects 0.000 claims 1
- 229920002106 messenger RNA Polymers 0.000 claims 1
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 claims 1
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims 1
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 claims 1
- 238000010839 reverse transcription Methods 0.000 claims 1
- 238000002560 therapeutic procedure Methods 0.000 claims 1
Claims (12)
1. Способ обнаружения происходящей из HBV последовательности-мишени нуклеиновой кислоты в пробе, предусматривающий подвергание данной пробы денатурирующим условиям для получения одноцепочечных форм указанной последовательности-мишени, контактирование денатурированной пробы с набором праймеров, содержащим по меньшей мере два праймера, по меньшей мере один из которых способен гибридизоваться с одной цепью последовательности-мишени, а по меньшей мере один другой - с цепью, комплементарной первой упомянутой цепи, причем указанные праймеры могут удлиняться от их 3'-концов с образованием продукта удлинения, комплементарного цепи, с которой каждый из указанных праймеров гибридизовался, при этом способ предусматривает также подвергание указанной пробы условиям, облегчающим амплификацию, для генерирования продукта амплификации, содержащего комплементарные продукты удлинения, и затем детектирование присутствия продукта амплификации, свидетельствующего о присутствии указанной происходящей из HBV последовательности-мишени нуклеиновой кислоты.
2. Способ по п. 1, отличающийся тем, что праймеры гибридизуются с районами, соответствующими нуклеотидной последовательности или фланкирующими нуклеотидную последовательность в нуклеотидной последовательности, кодирующей HBsAg, или ее части.
3. Способ по п. 2, отличающийся тем, что праймеры гибридизуются с районами, соответствующими консервативной нуклеотидной последовательности или фланкирующими консервативную нуклеотидную последовательность в части нуклеотидной последовательности, кодирующей HBsAg.
4. Способ по п. 1, или 2, или 3, отличающийся тем, что он дополнительно предусматривает предварительное подвергание пробы условиям обратной транскрипции с получением одно- или двухцепочечных молекул кДНК из происходящей из HBV мРНК.
5. Способ по п. 1, отличающийся тем, что один из указанных праймеров помечен репортерной молекулой, способной давать идентифицируемый сигнал, а другой из указанных праймеров помечен улавливаемой частью молекулы.
6. Способ обнаружения происходящей из HBV последовательности-мишени ДНК в пробе, предусматривающий введение указанной пробы в реакционный сосуд, содержащий праймер, иммобилизованный на твердом носителе, и второй праймер в фазе раствора, причем оба праймера способны гибридизоваться с комплементарной нуклеотидной последовательностью на комплементарных отдельных цепях происходящей из HBV ДНК в районе, находящемся в консервативном районе, вблизи него или смежно с ним на геноме HBV, а праймер фазы раствора помечен репортерной молекулой, способной давать идентифицируемый сигнал, при этом способ предусматривает подвергание указанного реакционного сосуда условиям, облегчающим амплификацию, и затем детектирование присутствия идентифицируемого сигнала, свидетельствующего о присутствии происходящей из HBV ДНК.
7. Способ обнаружения одной или нескольких происходящих из HBV последовательностей-мишеней ДНК из одинаковых или различных штаммов или вариантов HBV, предусматривающий контактирование пробы, предположительно содержащей происходящую из HBV ДНК в одноцепочечной форме, с двумя или более праймерами, иммобилизованными индивидуально или в виде ряда (матрицы) на твердом носителе в реакционном сосуде, дополнительно содержащем праймеры фазы раствора, имеющие партнера, иммобилизованного на твердом носителе, причем иммобилизованный праймер и его партнер фазы раствора способны амплифицировать в условиях амплификации район происходящей из HBV ДНК, при этом праймер фазы раствора несет репортерную молекулу, способную давать идентифицируемый сигнал, присутствие которого в определенном местоположении на твердом носителе позволяет идентифицировать конкретный изолят или вариант HBV.
8. Матрица из двух или более олигонуклеотидных праймеров, иммобилизованных на твердом носителе и способных гибридизоваться с комплементарной нуклеотидной последовательностью из происходящей из HBV ДНК.
9. Матрица по п. 8, отличающаяся тем, что она определяется формулой а1a2 . . . an, имеющих координаты на этой матрице (x1y1), (х2y2) . . . (хnyn), где а1a2 . . . an обозначают одинаковые или различные олигонуклеотиды, всего n олигонуклеотидов, и каждый олигонуклеотид определяется координатами координатной сетки (x1y1), (x2y2) . . . (xnyn), при этом указанные олигонуклеотиды имеют партнеров амплификации, определяемых b1b2 . . . bn, так что олигонуклеотиды a1b1, а1b2 . . . anbn способны гибридизоваться с комплементарными цепями происходящей из HBV ДНК, причем интронная ДНК содержит последовательность нуклеотидов, консервативную между двумя или более вариантами HBV, такими как HBsAg-варианты, при этом указанная матрица применима для детектирования конкретных HBV-агентов, определяемых тем, что они несут консервативный район амплификации указанной происходящей из HBV ДНК.
10. Способ по п. 1, отличающийся тем, что праймеры выбраны из <400>1 и <400>2 или праймеров, имеющих по меньшей мере 70%-ное сходство с ними, или праймеров, способных гибридизоваться с <400>1 или <400>2 в условиях низкой строгости.
11. Вариант HBV, обычно в изолированной форме, идентифицируемый при помощи способа обнаружения происходящей из HBV последовательности-мишени нуклеиновой кислоты в пробе, предусматривающего подвергание данной пробы денатурирующим условиям для получения одноцепочечных форм указанной последовательности-мишени, контактирование денатурированной пробы с набором праймеров, содержащим по меньшей мере два праймера, по меньшей мере один из которых способен гибридизоваться с одной цепью последовательности-мишени, а по меньшей мере один другой - с цепью, комплементарной первой упомянутой цепи, причем указанные праймеры могут удлиняться от их 3'-концов с образованием продукта удлинения, комплементарного цепи, с которой каждый из указанных праймеров гибридизовался, при этом способ предусматривает также подвергание указанной пробы условиям, облегчающим амплификацию, для генерирования продукта амплификации, содержащего комплементарные продукты удлинения, детектирование присутствия указанного продукта амплификации, свидетельствующего о присутствии указанной происходящей из HBV последовательности-мишени нуклеиновой кислоты, и затем выделение указанного детектированного таким образом HBV.
12. Средство для идентификации продуктов экспрессии, таких как пептид, полипептид или белок, применимых в качестве иммунологических маркеров и/или для генерирования иммуноглобулинов для применения в диагностике и/или терапии.
Applications Claiming Priority (2)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
SG200004041A SG90149A1 (en) | 2000-07-18 | 2000-07-18 | Diagnostic assay |
SG200004041-0 | 2000-07-18 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
RU2001114072A true RU2001114072A (ru) | 2003-03-20 |
RU2228530C2 RU2228530C2 (ru) | 2004-05-10 |
Family
ID=20430628
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
RU2001114072/15A RU2228530C2 (ru) | 2000-07-18 | 2001-05-25 | Диагностический анализ |
Country Status (14)
Country | Link |
---|---|
US (4) | US20030165817A1 (ru) |
EP (1) | EP1174523A3 (ru) |
JP (1) | JP2002330780A (ru) |
KR (1) | KR100602771B1 (ru) |
CN (3) | CN1223682C (ru) |
AU (1) | AU772692B2 (ru) |
BR (1) | BR0102408A (ru) |
CA (1) | CA2349743A1 (ru) |
HK (1) | HK1040096A1 (ru) |
IL (1) | IL143739A (ru) |
NZ (1) | NZ528214A (ru) |
RU (1) | RU2228530C2 (ru) |
SG (1) | SG90149A1 (ru) |
TW (2) | TWI248515B (ru) |
Families Citing this family (17)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US20030143571A1 (en) * | 2001-08-08 | 2003-07-31 | North Carolina State University | Infectious disease microarray |
US20030137210A1 (en) * | 2001-08-17 | 2003-07-24 | Southall Otway Archer | Integrated commutator and slip-ring with sense magnet |
EP2292801B1 (en) | 2002-06-14 | 2018-08-08 | Gen-Probe Incorporated | Compositions and methods for detecting hepatitis b virus |
FI20030615A0 (fi) * | 2003-04-24 | 2003-04-24 | Marko Virta | Nanopartikkeli bioaffiniteettimäärityksiin |
JP4866238B2 (ja) | 2003-06-20 | 2012-02-01 | シーメンス・ヘルスケア・ダイアグノスティックス・プロダクツ・ゲーエムベーハー | B型肝炎ウィルスの新規の表面タンパク質(HBsAg)変異体 |
WO2004113369A1 (de) * | 2003-06-20 | 2004-12-29 | Dade Behring Marburg Gmbh | NEUE OBERFLÄCHENPROTEIN- (HbsAg-) VARIANTE DES HEPATITIS B VIRUS |
JP2009503548A (ja) * | 2005-08-02 | 2009-01-29 | ユニバーシティ・オブ・ユタ・リサーチ・ファウンデイション | 金属ナノキャビティを含むバイオセンサー |
US20090197777A1 (en) * | 2007-08-13 | 2009-08-06 | Alexander Chagovetz | Method of making and using microarrays suitable for high throughput detection |
US8535616B2 (en) * | 2005-08-02 | 2013-09-17 | Moxtek, Inc. | Sub-wavelength metallic apertures as light enhancement devices |
US20070148677A1 (en) * | 2005-12-02 | 2007-06-28 | Chagovetz Alexander M | Methods and systems for acquiring real-time quantitative melt data |
US7297477B2 (en) * | 2006-02-13 | 2007-11-20 | Agilent Technologies, Inc. | Methods and compositions for detecting viral nucleic acid in a cell |
EP2132334A4 (en) * | 2007-03-05 | 2010-07-28 | Univ Utah Res Found | METHODS AND COMPOSITIONS ASSOCIATED WITH DETECTION OF NUCLEIC ACIDS |
EP2056114A1 (en) * | 2007-10-29 | 2009-05-06 | Koninklijke Philips Electronics N.V. | Automatic detection of infectious diseases |
WO2009134612A2 (en) | 2008-04-11 | 2009-11-05 | University Of Utah Research Foundation | Methods and compositions related to quantitative array based methylation analysis |
EP2578695A1 (en) * | 2011-10-05 | 2013-04-10 | Albert-Ludwigs-Universität Freiburg | Assay for Clostridium botulinum Neurotoxin |
GB201213770D0 (en) * | 2012-08-02 | 2012-09-12 | Ucl Business Plc | Screening methods |
EP4190912A1 (en) * | 2015-05-11 | 2023-06-07 | Illumina, Inc. | Platform for discovery and analysis of therapeutic agents |
Family Cites Families (20)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
AU606043B2 (en) * | 1985-03-28 | 1991-01-31 | F. Hoffmann-La Roche Ag | Detection of viruses by amplification and hybridization |
CA1317535C (en) * | 1987-06-30 | 1993-05-11 | Nanibhushan Dattagupta | Assay of sequences using amplified genes |
JP2811321B2 (ja) * | 1989-07-11 | 1998-10-15 | 寳酒造株式会社 | ヒトb型肝炎ウイルスの検出方法 |
US5780219A (en) * | 1989-07-11 | 1998-07-14 | Gen-Probe Incorporated | Nucleic acid amplification oligonucleotides and probes to human hepatitis B virus |
US5474796A (en) * | 1991-09-04 | 1995-12-12 | Protogene Laboratories, Inc. | Method and apparatus for conducting an array of chemical reactions on a support surface |
CA2122450C (en) * | 1991-11-01 | 2004-07-13 | Charles Phillip Morris | Solid phase amplification process |
WO1993013120A1 (en) * | 1991-12-23 | 1993-07-08 | Chiron Corporation | Hbv amplifier probes for use in solution phase sandwich hybridization assays |
JPH07506254A (ja) * | 1992-05-06 | 1995-07-13 | ジェン−プローブ・インコーポレイテッド | ヒトb型肝炎ウイルスに対する核酸増幅オリゴヌクレオチドおよびプローブ |
US5736334A (en) * | 1993-04-12 | 1998-04-07 | Abbott Laboratories | Nucleotide sequences and process for amplifying and detection of hepatitis B viral DNA |
US5595739A (en) * | 1993-05-07 | 1997-01-21 | Abbott Laboratories | Hepatitis B virus mutants, reagents and methods for detection |
US5378605A (en) * | 1993-06-08 | 1995-01-03 | Thomas Jefferson University | Method of detecting hepatitis B variants having deletions within the X region of the virus genome |
US5728518A (en) * | 1994-01-12 | 1998-03-17 | The Immune Response Corporation | Antiviral poly-and oligonucleotides |
US5726011A (en) * | 1994-03-31 | 1998-03-10 | Virginia Commonwealth University | Method for diagnosing chronic hepatitis B virus infection |
US5667974A (en) * | 1995-06-07 | 1997-09-16 | Abbott Laboratories | Method for detecting nucleic acid sequences using competitive amplification |
GB9604267D0 (en) * | 1996-02-29 | 1996-05-01 | Royal Infirmary Of Edinburgh N | Mutation assay |
ZA973367B (en) * | 1996-04-19 | 1997-11-18 | Innogenetics Nv | Method for typing and detecting HBV. |
AUPO351996A0 (en) * | 1996-11-08 | 1996-12-05 | Western Health Care Network | Viral variants and methods for detecting same |
US6143496A (en) * | 1997-04-17 | 2000-11-07 | Cytonix Corporation | Method of sampling, amplifying and quantifying segment of nucleic acid, polymerase chain reaction assembly having nanoliter-sized sample chambers, and method of filling assembly |
DE19835856A1 (de) * | 1998-08-07 | 2000-02-17 | W Kurt Roth | Verfahren zum Nachweis von HBV |
US6759193B2 (en) * | 1999-07-28 | 2004-07-06 | The Government Of The Republic Of Singapore | Detection of human hepatitis B virus surface antigen mutants by specific amplification and its application on gene chip |
-
2000
- 2000-07-18 SG SG200004041A patent/SG90149A1/en unknown
- 2000-08-25 TW TW094100468A patent/TWI248515B/zh not_active IP Right Cessation
- 2000-08-25 TW TW089117247A patent/TWI240005B/zh not_active IP Right Cessation
-
2001
- 2001-05-23 NZ NZ528214A patent/NZ528214A/en unknown
- 2001-05-25 RU RU2001114072/15A patent/RU2228530C2/ru not_active IP Right Cessation
- 2001-05-30 US US09/870,358 patent/US20030165817A1/en not_active Abandoned
- 2001-06-05 AU AU50140/01A patent/AU772692B2/en not_active Ceased
- 2001-06-06 CA CA002349743A patent/CA2349743A1/en not_active Abandoned
- 2001-06-13 IL IL143739A patent/IL143739A/en not_active IP Right Cessation
- 2001-06-18 BR BR0102408-6A patent/BR0102408A/pt not_active IP Right Cessation
- 2001-07-11 EP EP01116929A patent/EP1174523A3/en not_active Ceased
- 2001-07-13 JP JP2001213219A patent/JP2002330780A/ja active Pending
- 2001-07-18 CN CNB011229292A patent/CN1223682C/zh not_active Expired - Fee Related
- 2001-07-18 KR KR1020010043194A patent/KR100602771B1/ko not_active IP Right Cessation
- 2001-07-18 CN CNA2005100044566A patent/CN1680592A/zh active Pending
- 2001-07-18 CN CNA2006101006602A patent/CN1900320A/zh active Pending
-
2002
- 2002-02-27 HK HK02101502.7A patent/HK1040096A1/zh unknown
- 2002-07-31 US US10/210,740 patent/US20030017450A1/en not_active Abandoned
- 2002-07-31 US US10/210,544 patent/US20030077578A1/en not_active Abandoned
- 2002-07-31 US US10/210,733 patent/US20030077579A1/en not_active Abandoned
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
RU2001114072A (ru) | Диагностический анализ | |
US6514706B1 (en) | Linear amplification mediated PCR (LAM PCR) | |
EP0359789B1 (en) | Amplification and detection of nucleic acid sequences | |
US5770365A (en) | Nucleic acid capture moieties | |
CA2662837C (en) | Methods and substances for isolation and detection of small polynucleotides | |
FI3872187T3 (fi) | Koostumuksia ja menetelmiä näytteiden identifioinnin parantamiseksi indeksoiduissa nukleiinihappokirjastoissa | |
US20110218115A1 (en) | Test probes, common oligonucleotide chips, nucleic acid detection method, and their uses | |
DE69034220D1 (de) | Protein oder Polypeptidsynthese kodiert durch eine Nukleinsaüresequenz von HIV-1, HIV-2 oder SIV. | |
US6221635B1 (en) | Methods for solid-phase amplification of DNA template (SPADT) using multiarrays | |
RU2001128165A (ru) | Выявление мутаций в генах посредством специфичных lna-праймеров | |
KR20080063425A (ko) | 표적-특이적 하이브리드 포획 방법에 의한 핵산의 검출 | |
JP2004298197A (ja) | 溶液相サンドイッチハイブリダイゼーションアッセイに用いるためのhivプローブ | |
RU2004120769A (ru) | Олигонуклеотид, контролирующий область гибридизации, и его применение | |
JP4490988B2 (ja) | 血清アミロイドa1(saa1)の遺伝子型を検出するための核酸プライマーセット、キット、及び該プライマーセットを用いた検出方法 | |
JP2010521142A (ja) | 遺伝子発現アッセイ | |
WO2009057829A2 (en) | Nucleic acid primer set for detection of drug-resistant strain of hepatitis b virus, assay kit, and method of detecting drug-resistant strain of hepatitis b virus | |
JP2018516594A5 (ru) | ||
US5569582A (en) | Rapid amplification and detection of nucleic acids | |
RU2005100511A (ru) | Идентификация олигонуклеотидов для захвата, выявления и количественного определения нуклеиновой кислоты вируса гепатита а | |
EP0465528A1 (en) | Process for nucleic acid detection by binary amplification | |
JP2005505289A5 (ru) | ||
CA2439531A1 (en) | A method of detecting nucleic acid molecules | |
JP4351210B2 (ja) | 発現遺伝子検出のためのシグナル増幅方法 | |
JP4628369B2 (ja) | 高感度核酸多重解析法 | |
CA3062075C (en) | Compositions and methods for isolating target nucleic acids |