PL222577B1 - Sposób ochrony funkcji hydroksylowych lub aminowych nowe związki do realizacji tego sposobu oraz sposób otrzymywania nowych związków - Google Patents
Sposób ochrony funkcji hydroksylowych lub aminowych nowe związki do realizacji tego sposobu oraz sposób otrzymywania nowych związkówInfo
- Publication number
- PL222577B1 PL222577B1 PL399003A PL39900312A PL222577B1 PL 222577 B1 PL222577 B1 PL 222577B1 PL 399003 A PL399003 A PL 399003A PL 39900312 A PL39900312 A PL 39900312A PL 222577 B1 PL222577 B1 PL 222577B1
- Authority
- PL
- Poland
- Prior art keywords
- hydroxyl
- group
- different
- reaction
- amine
- Prior art date
Links
- 125000002887 hydroxy group Chemical group [H]O* 0.000 title claims abstract description 71
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 title claims abstract description 54
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 53
- 150000001412 amines Chemical group 0.000 title claims description 28
- 150000003573 thiols Chemical class 0.000 title abstract 2
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 title description 3
- 239000002777 nucleoside Substances 0.000 claims abstract description 23
- 125000003835 nucleoside group Chemical group 0.000 claims abstract description 23
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims abstract description 13
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims abstract description 13
- 150000005846 sugar alcohols Polymers 0.000 claims abstract description 12
- 235000000346 sugar Nutrition 0.000 claims abstract description 11
- 150000008163 sugars Chemical class 0.000 claims abstract description 11
- 229910052740 iodine Inorganic materials 0.000 claims abstract description 10
- 125000000217 alkyl group Chemical group 0.000 claims abstract description 8
- 229910052794 bromium Inorganic materials 0.000 claims abstract description 8
- 125000001424 substituent group Chemical group 0.000 claims abstract description 7
- WEVYAHXRMPXWCK-UHFFFAOYSA-N Acetonitrile Chemical compound CC#N WEVYAHXRMPXWCK-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 63
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 claims description 63
- JUJWROOIHBZHMG-UHFFFAOYSA-N Pyridine Chemical compound C1=CC=NC=C1 JUJWROOIHBZHMG-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 60
- WYURNTSHIVDZCO-UHFFFAOYSA-N Tetrahydrofuran Chemical compound C1CCOC1 WYURNTSHIVDZCO-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 52
- ZMXDDKWLCZADIW-UHFFFAOYSA-N dimethylformamide Substances CN(C)C=O ZMXDDKWLCZADIW-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 44
- UMJSCPRVCHMLSP-UHFFFAOYSA-N pyridine Natural products COC1=CC=CN=C1 UMJSCPRVCHMLSP-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 30
- 125000003277 amino group Chemical group 0.000 claims description 28
- ZMANZCXQSJIPKH-UHFFFAOYSA-N Triethylamine Chemical compound CCN(CC)CC ZMANZCXQSJIPKH-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 27
- YLQBMQCUIZJEEH-UHFFFAOYSA-N tetrahydrofuran Natural products C=1C=COC=1 YLQBMQCUIZJEEH-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 26
- 239000000203 mixture Substances 0.000 claims description 23
- 239000002904 solvent Substances 0.000 claims description 17
- 230000008569 process Effects 0.000 claims description 14
- PZPGRFITIJYNEJ-UHFFFAOYSA-N disilane Chemical compound [SiH3][SiH3] PZPGRFITIJYNEJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 12
- JGFZNNIVVJXRND-UHFFFAOYSA-N N,N-Diisopropylethylamine (DIPEA) Chemical compound CCN(C(C)C)C(C)C JGFZNNIVVJXRND-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 6
- 239000000010 aprotic solvent Substances 0.000 claims description 6
- ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N Uracil Chemical compound O=C1C=CNC(=O)N1 ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 4
- OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N cytosine Chemical compound NC=1C=CNC(=O)N=1 OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 4
- UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N guanine Chemical compound O=C1NC(N)=NC2=C1N=CN2 UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 4
- 150000003510 tertiary aliphatic amines Chemical class 0.000 claims description 4
- RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N thymine Chemical compound CC1=CNC(=O)NC1=O RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 4
- 229930024421 Adenine Natural products 0.000 claims description 2
- GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N Adenine Chemical compound NC1=NC=NC2=C1N=CN2 GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 2
- 229960000643 adenine Drugs 0.000 claims description 2
- 229940104302 cytosine Drugs 0.000 claims description 2
- 125000000623 heterocyclic group Chemical group 0.000 claims description 2
- 229910052760 oxygen Inorganic materials 0.000 claims description 2
- 229910052717 sulfur Inorganic materials 0.000 claims description 2
- 229940113082 thymine Drugs 0.000 claims description 2
- 229940035893 uracil Drugs 0.000 claims description 2
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 abstract description 14
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 abstract description 4
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 abstract description 4
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 abstract description 4
- 125000002924 primary amino group Chemical group [H]N([H])* 0.000 abstract description 4
- 125000003118 aryl group Chemical group 0.000 abstract 4
- 229910052799 carbon Inorganic materials 0.000 abstract 2
- 125000004417 unsaturated alkyl group Chemical group 0.000 abstract 2
- OKTJSMMVPCPJKN-UHFFFAOYSA-N Carbon Chemical group [C] OKTJSMMVPCPJKN-UHFFFAOYSA-N 0.000 abstract 1
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 abstract 1
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 abstract 1
- DRTQHJPVMGBUCF-XVFCMESISA-N Uridine Chemical compound O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C(=O)NC(=O)C=C1 DRTQHJPVMGBUCF-XVFCMESISA-N 0.000 description 45
- 238000005481 NMR spectroscopy Methods 0.000 description 35
- YMWUJEATGCHHMB-UHFFFAOYSA-N Dichloromethane Chemical compound ClCCl YMWUJEATGCHHMB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 30
- DRTQHJPVMGBUCF-PSQAKQOGSA-N beta-L-uridine Natural products O[C@H]1[C@@H](O)[C@H](CO)O[C@@H]1N1C(=O)NC(=O)C=C1 DRTQHJPVMGBUCF-PSQAKQOGSA-N 0.000 description 23
- DRTQHJPVMGBUCF-UHFFFAOYSA-N uracil arabinoside Natural products OC1C(O)C(CO)OC1N1C(=O)NC(=O)C=C1 DRTQHJPVMGBUCF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 23
- 229940045145 uridine Drugs 0.000 description 23
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 description 18
- UIIMBOGNXHQVGW-UHFFFAOYSA-M sodium bicarbonate Substances [Na+].OC([O-])=O UIIMBOGNXHQVGW-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 17
- 230000000903 blocking effect Effects 0.000 description 16
- HEDRZPFGACZZDS-MICDWDOJSA-N Trichloro(2H)methane Chemical compound [2H]C(Cl)(Cl)Cl HEDRZPFGACZZDS-MICDWDOJSA-N 0.000 description 12
- 239000007795 chemical reaction product Substances 0.000 description 11
- 239000000047 product Substances 0.000 description 11
- 238000006640 acetylation reaction Methods 0.000 description 10
- 238000004587 chromatography analysis Methods 0.000 description 10
- 238000012792 lyophilization process Methods 0.000 description 10
- IAZDPXIOMUYVGZ-UHFFFAOYSA-N Dimethylsulphoxide Chemical compound CS(C)=O IAZDPXIOMUYVGZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 9
- OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N Methanol Chemical compound OC OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 9
- 229910000030 sodium bicarbonate Inorganic materials 0.000 description 9
- 235000017557 sodium bicarbonate Nutrition 0.000 description 9
- PMZURENOXWZQFD-UHFFFAOYSA-L Sodium Sulfate Chemical compound [Na+].[Na+].[O-]S([O-])(=O)=O PMZURENOXWZQFD-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 8
- 125000003808 silyl group Chemical group [H][Si]([H])([H])[*] 0.000 description 8
- FPGGTKZVZWFYPV-UHFFFAOYSA-M tetrabutylammonium fluoride Chemical compound [F-].CCCC[N+](CCCC)(CCCC)CCCC FPGGTKZVZWFYPV-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 8
- 230000021736 acetylation Effects 0.000 description 7
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 7
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 7
- 238000010511 deprotection reaction Methods 0.000 description 7
- 239000012044 organic layer Substances 0.000 description 7
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 7
- WFDIJRYMOXRFFG-UHFFFAOYSA-N Acetic anhydride Chemical compound CC(=O)OC(C)=O WFDIJRYMOXRFFG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- YXFVVABEGXRONW-UHFFFAOYSA-N Toluene Chemical compound CC1=CC=CC=C1 YXFVVABEGXRONW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- UHOVQNZJYSORNB-MZWXYZOWSA-N benzene-d6 Chemical compound [2H]C1=C([2H])C([2H])=C([2H])C([2H])=C1[2H] UHOVQNZJYSORNB-MZWXYZOWSA-N 0.000 description 6
- 150000003833 nucleoside derivatives Chemical class 0.000 description 6
- 239000002342 ribonucleoside Substances 0.000 description 6
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 5
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 5
- 229920006395 saturated elastomer Polymers 0.000 description 5
- 150000003512 tertiary amines Chemical class 0.000 description 5
- KTMVKCZHYODLLY-PEBGCTIMSA-N [(2r,3s,4r,5r)-5-(2,4-dioxopyrimidin-1-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methyl acetate Chemical compound O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](COC(=O)C)O[C@H]1N1C(=O)NC(=O)C=C1 KTMVKCZHYODLLY-PEBGCTIMSA-N 0.000 description 4
- 239000007864 aqueous solution Substances 0.000 description 4
- GARPOVHOOLEGDD-UHFFFAOYSA-N chloro-[chloro-di(propan-2-yl)silyl]-di(propan-2-yl)silane Chemical compound CC(C)[Si](Cl)(C(C)C)[Si](Cl)(C(C)C)C(C)C GARPOVHOOLEGDD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- DDYAZDRFUVZBMM-UHFFFAOYSA-N chloro-[chloro-di(propan-2-yl)silyl]oxy-di(propan-2-yl)silane Chemical compound CC(C)[Si](Cl)(C(C)C)O[Si](Cl)(C(C)C)C(C)C DDYAZDRFUVZBMM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 239000000843 powder Substances 0.000 description 4
- 238000011160 research Methods 0.000 description 4
- -1 t-butoxyl groups Chemical group 0.000 description 4
- UHOVQNZJYSORNB-UHFFFAOYSA-N Benzene Chemical compound C1=CC=CC=C1 UHOVQNZJYSORNB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- BLRPTPMANUNPDV-UHFFFAOYSA-N Silane Chemical group [SiH4] BLRPTPMANUNPDV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- XYCRYGGOTDICEC-UHFFFAOYSA-N bromo-[bromo-di(propan-2-yl)silyl]-di(propan-2-yl)silane Chemical compound CC(C)[Si](Br)(C(C)C)[Si](Br)(C(C)C)C(C)C XYCRYGGOTDICEC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 238000001704 evaporation Methods 0.000 description 3
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 3
- 238000004817 gas chromatography Methods 0.000 description 3
- 239000012433 hydrogen halide Substances 0.000 description 3
- 229910000039 hydrogen halide Inorganic materials 0.000 description 3
- QSERBJQVBPCJOZ-UHFFFAOYSA-N imidazol-1-yl-[imidazol-1-yl-di(propan-2-yl)silyl]-di(propan-2-yl)silane Chemical compound C1=CN=CN1[Si](C(C)C)(C(C)C)[Si](C(C)C)(C(C)C)N1C=CN=C1 QSERBJQVBPCJOZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- RAXXELZNTBOGNW-UHFFFAOYSA-N imidazole Natural products C1=CNC=N1 RAXXELZNTBOGNW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 3
- 125000006239 protecting group Chemical group 0.000 description 3
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 3
- 229920002477 rna polymer Polymers 0.000 description 3
- 238000004809 thin layer chromatography Methods 0.000 description 3
- 238000001712 DNA sequencing Methods 0.000 description 2
- VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N Silicium dioxide Chemical compound O=[Si]=O VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- QAOWNCQODCNURD-UHFFFAOYSA-L Sulfate Chemical compound [O-]S([O-])(=O)=O QAOWNCQODCNURD-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 2
- MCQDRSXCGLYGLH-PEBGCTIMSA-N [(2r,3r,4r,5r)-2-(2,4-dioxopyrimidin-1-yl)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] acetate Chemical compound CC(=O)O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C(=O)NC(=O)C=C1 MCQDRSXCGLYGLH-PEBGCTIMSA-N 0.000 description 2
- HUHKPYLEVGCJTG-UHFFFAOYSA-N [ditert-butyl(trifluoromethylsulfonyloxy)silyl] trifluoromethanesulfonate Chemical compound FC(F)(F)S(=O)(=O)O[Si](C(C)(C)C)(OS(=O)(=O)C(F)(F)F)C(C)(C)C HUHKPYLEVGCJTG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 125000002777 acetyl group Chemical group [H]C([H])([H])C(*)=O 0.000 description 2
- 230000002378 acidificating effect Effects 0.000 description 2
- 230000001588 bifunctional effect Effects 0.000 description 2
- 125000004432 carbon atom Chemical group C* 0.000 description 2
- 238000004440 column chromatography Methods 0.000 description 2
- FJBFPHVGVWTDIP-UHFFFAOYSA-N dibromomethane Chemical compound BrCBr FJBFPHVGVWTDIP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- WJJMNDUMQPNECX-UHFFFAOYSA-N dipicolinic acid Chemical compound OC(=O)C1=CC=CC(C(O)=O)=N1 WJJMNDUMQPNECX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 125000001578 disiloxane-1,3-diyl group Chemical group [H][Si]([H])(*)O[Si]([H])([H])* 0.000 description 2
- JTGAUXSVQKWNHO-UHFFFAOYSA-N ditert-butylsilicon Chemical group CC(C)(C)[Si]C(C)(C)C JTGAUXSVQKWNHO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 2
- 238000004128 high performance liquid chromatography Methods 0.000 description 2
- 238000004949 mass spectrometry Methods 0.000 description 2
- SYSQUGFVNFXIIT-UHFFFAOYSA-N n-[4-(1,3-benzoxazol-2-yl)phenyl]-4-nitrobenzenesulfonamide Chemical class C1=CC([N+](=O)[O-])=CC=C1S(=O)(=O)NC1=CC=C(C=2OC3=CC=CC=C3N=2)C=C1 SYSQUGFVNFXIIT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000000655 nuclear magnetic resonance spectrum Methods 0.000 description 2
- PIBWKRNGBLPSSY-UHFFFAOYSA-L palladium(II) chloride Chemical compound Cl[Pd]Cl PIBWKRNGBLPSSY-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 2
- 239000000376 reactant Substances 0.000 description 2
- 239000000741 silica gel Substances 0.000 description 2
- 229910002027 silica gel Inorganic materials 0.000 description 2
- 238000003756 stirring Methods 0.000 description 2
- ZCYVEMRRCGMTRW-UHFFFAOYSA-N 7553-56-2 Chemical group [I] ZCYVEMRRCGMTRW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- GSNUFIFRDBKVIE-UHFFFAOYSA-N DMF Natural products CC1=CC=C(C)O1 GSNUFIFRDBKVIE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- DGAQECJNVWCQMB-PUAWFVPOSA-M Ilexoside XXIX Chemical compound C[C@@H]1CC[C@@]2(CC[C@@]3(C(=CC[C@H]4[C@]3(CC[C@@H]5[C@@]4(CC[C@@H](C5(C)C)OS(=O)(=O)[O-])C)C)[C@@H]2[C@]1(C)O)C)C(=O)O[C@H]6[C@@H]([C@H]([C@@H]([C@H](O6)CO)O)O)O.[Na+] DGAQECJNVWCQMB-PUAWFVPOSA-M 0.000 description 1
- XUIMIQQOPSSXEZ-UHFFFAOYSA-N Silicon Chemical group [Si] XUIMIQQOPSSXEZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- MVAJRASUDLEWKZ-RRKCRQDMSA-N [(2s,3s,5r)-3-amino-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methanol Chemical compound O1[C@H](CO)[C@@H](N)C[C@@H]1N1C2=NC=NC(N)=C2N=C1 MVAJRASUDLEWKZ-RRKCRQDMSA-N 0.000 description 1
- 230000029936 alkylation Effects 0.000 description 1
- 238000005804 alkylation reaction Methods 0.000 description 1
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 description 1
- 125000004429 atom Chemical group 0.000 description 1
- 150000007514 bases Chemical class 0.000 description 1
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 1
- 239000011230 binding agent Substances 0.000 description 1
- GDTBXPJZTBHREO-UHFFFAOYSA-N bromine Substances BrBr GDTBXPJZTBHREO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000001246 bromo group Chemical group Br* 0.000 description 1
- 230000008859 change Effects 0.000 description 1
- 235000013351 cheese Nutrition 0.000 description 1
- DCDIMCYDDCLMTD-UHFFFAOYSA-N chloro-[chloro-bis[(2-methylpropan-2-yl)oxy]silyl]oxy-bis[(2-methylpropan-2-yl)oxy]silane Chemical compound CC(C)(C)O[Si](Cl)(OC(C)(C)C)O[Si](Cl)(OC(C)(C)C)OC(C)(C)C DCDIMCYDDCLMTD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- MQUBEBJFHBANKV-UHFFFAOYSA-N di(propan-2-yl)silicon Chemical compound CC(C)[Si]C(C)C MQUBEBJFHBANKV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- ZBCBWPMODOFKDW-UHFFFAOYSA-N diethanolamine Chemical compound OCCNCCO ZBCBWPMODOFKDW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- NZZFYRREKKOMAT-UHFFFAOYSA-N diiodomethane Chemical compound ICI NZZFYRREKKOMAT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000004821 distillation Methods 0.000 description 1
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 1
- 230000008020 evaporation Effects 0.000 description 1
- 150000004673 fluoride salts Chemical class 0.000 description 1
- 238000004108 freeze drying Methods 0.000 description 1
- 125000000524 functional group Chemical group 0.000 description 1
- 238000002290 gas chromatography-mass spectrometry Methods 0.000 description 1
- 230000007062 hydrolysis Effects 0.000 description 1
- 238000006460 hydrolysis reaction Methods 0.000 description 1
- 230000006872 improvement Effects 0.000 description 1
- 239000011630 iodine Chemical group 0.000 description 1
- 239000010410 layer Substances 0.000 description 1
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 1
- 238000002156 mixing Methods 0.000 description 1
- IXOXBSCIXZEQEQ-UHTZMRCNSA-N nelarabine Chemical compound C1=NC=2C(OC)=NC(N)=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@@H]1O IXOXBSCIXZEQEQ-UHTZMRCNSA-N 0.000 description 1
- 229960000801 nelarabine Drugs 0.000 description 1
- 238000005580 one pot reaction Methods 0.000 description 1
- 150000002894 organic compounds Chemical class 0.000 description 1
- 125000004430 oxygen atom Chemical group O* 0.000 description 1
- 239000012451 post-reaction mixture Substances 0.000 description 1
- 229910000028 potassium bicarbonate Inorganic materials 0.000 description 1
- 235000015497 potassium bicarbonate Nutrition 0.000 description 1
- 239000011736 potassium bicarbonate Substances 0.000 description 1
- TYJJADVDDVDEDZ-UHFFFAOYSA-M potassium hydrogencarbonate Chemical compound [K+].OC([O-])=O TYJJADVDDVDEDZ-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 239000012264 purified product Substances 0.000 description 1
- 230000009257 reactivity Effects 0.000 description 1
- 238000012827 research and development Methods 0.000 description 1
- 125000000548 ribosyl group Chemical group C1([C@H](O)[C@H](O)[C@H](O1)CO)* 0.000 description 1
- 229910000077 silane Inorganic materials 0.000 description 1
- 229910052710 silicon Inorganic materials 0.000 description 1
- 238000007711 solidification Methods 0.000 description 1
- 230000008023 solidification Effects 0.000 description 1
- 239000007858 starting material Substances 0.000 description 1
- DZLFLBLQUQXARW-UHFFFAOYSA-N tetrabutylammonium Chemical compound CCCC[N+](CCCC)(CCCC)CCCC DZLFLBLQUQXARW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000009466 transformation Effects 0.000 description 1
- 238000000844 transformation Methods 0.000 description 1
- ZMANZCXQSJIPKH-UHFFFAOYSA-O triethylammonium ion Chemical compound CC[NH+](CC)CC ZMANZCXQSJIPKH-UHFFFAOYSA-O 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07F—ACYCLIC, CARBOCYCLIC OR HETEROCYCLIC COMPOUNDS CONTAINING ELEMENTS OTHER THAN CARBON, HYDROGEN, HALOGEN, OXYGEN, NITROGEN, SULFUR, SELENIUM OR TELLURIUM
- C07F7/00—Compounds containing elements of Groups 4 or 14 of the Periodic Table
- C07F7/02—Silicon compounds
- C07F7/08—Compounds having one or more C—Si linkages
- C07F7/0834—Compounds having one or more O-Si linkage
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07B—GENERAL METHODS OF ORGANIC CHEMISTRY; APPARATUS THEREFOR
- C07B51/00—Introduction of protecting groups or activating groups, not provided for in the preceding groups
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07F—ACYCLIC, CARBOCYCLIC OR HETEROCYCLIC COMPOUNDS CONTAINING ELEMENTS OTHER THAN CARBON, HYDROGEN, HALOGEN, OXYGEN, NITROGEN, SULFUR, SELENIUM OR TELLURIUM
- C07F7/00—Compounds containing elements of Groups 4 or 14 of the Periodic Table
- C07F7/02—Silicon compounds
- C07F7/08—Compounds having one or more C—Si linkages
- C07F7/0803—Compounds with Si-C or Si-Si linkages
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07F—ACYCLIC, CARBOCYCLIC OR HETEROCYCLIC COMPOUNDS CONTAINING ELEMENTS OTHER THAN CARBON, HYDROGEN, HALOGEN, OXYGEN, NITROGEN, SULFUR, SELENIUM OR TELLURIUM
- C07F7/00—Compounds containing elements of Groups 4 or 14 of the Periodic Table
- C07F7/02—Silicon compounds
- C07F7/08—Compounds having one or more C—Si linkages
- C07F7/10—Compounds having one or more C—Si linkages containing nitrogen having a Si-N linkage
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07F—ACYCLIC, CARBOCYCLIC OR HETEROCYCLIC COMPOUNDS CONTAINING ELEMENTS OTHER THAN CARBON, HYDROGEN, HALOGEN, OXYGEN, NITROGEN, SULFUR, SELENIUM OR TELLURIUM
- C07F7/00—Compounds containing elements of Groups 4 or 14 of the Periodic Table
- C07F7/02—Silicon compounds
- C07F7/08—Compounds having one or more C—Si linkages
- C07F7/12—Organo silicon halides
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07F—ACYCLIC, CARBOCYCLIC OR HETEROCYCLIC COMPOUNDS CONTAINING ELEMENTS OTHER THAN CARBON, HYDROGEN, HALOGEN, OXYGEN, NITROGEN, SULFUR, SELENIUM OR TELLURIUM
- C07F7/00—Compounds containing elements of Groups 4 or 14 of the Periodic Table
- C07F7/02—Silicon compounds
- C07F7/08—Compounds having one or more C—Si linkages
- C07F7/18—Compounds having one or more C—Si linkages as well as one or more C—O—Si linkages
- C07F7/1804—Compounds having Si-O-C linkages
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
- C07H23/00—Compounds containing boron, silicon, or a metal, e.g. chelates, vitamin B12
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Saccharide Compounds (AREA)
- Organic Low-Molecular-Weight Compounds And Preparation Thereof (AREA)
Abstract
Przedmiotem wynalazku są nowe sposoby równoczesnej ochrony dwóch funkcji: hydroksylowej, aminowej lub tiolowej, zwłaszcza w cukrach, polialkoholach, nukleozydach, nukleotydach, peptydach, kwasach nukleinowych w reakcjach syntezy organicznej oraz nowe związki o wzorze 1, w którym R oznacza Br lub I lub podstawnik o wzorze 2, w którym X1, X2, X3, X4 są równe lub różne i oznaczają N lub CH lub grupy C-R1, w których R1 są równe lub różne i oznaczają nasycony alkil o długości łańcucha od 1 do 8 węgli, nienasycony alkil o długości łańcucha od 1 do 8 węgli, aryl, nasycony alkil o długości łańcucha od 1 do 8 węgli zawierający podstawnik arylowy, nienasycony alkil o długości łańcucha od 1 do 8 węgli zawierający podstawnik arylowy gdzie nasycony alkil, nienasycony alki i aryl są częściowo lub całkowicie podstawione, przy czym w każdym przypadku co najmniej jedno X jest różne od N. Przedmiotem wynalazku są także związki o wzorze 4 i o wzorze 5.
Description
(12) OPIS PATENTOWY (19) PL (11) 222577 (13) B1 (21) Numer zgłoszenia: 399003 (22) Data zgłoszenia: 27.04.2012 (51) Int.Cl.
C07B 51/00 (2006.01) C07F 7/08 (2006.01) C07F 7/12 (2006.01) C07H 23/00 (2006.01) C07H 19/00 (2006.01)
Sposób ochrony funkcji hydroksylowych lub aminowych nowe związki do realizacji tego sposobu oraz sposób otrzymywania nowych związków
| (73) Uprawniony z patentu: INSTYTUT CHEMII BIOORGANICZNEJ POLSKIEJ AKADEMII NAUK, Poznań, PL FUNDACJA UNIWERSYTETU IM. ADAMA MICKIEWICZA W POZNANIU, Poznań, PL | |
| (43) Zgłoszenie ogłoszono: | |
| 28.10.2013 BUP 22/13 | (72) Twórca(y) wynalazku: WOJCIECH TADEUSZ MARKIEWICZ, Poznań, PL MARCIN KRZYSZTOF CHMIELEWSKI, |
| (45) O udzieleniu patentu ogłoszono: | Poznań, PL |
| 31.08.2016 WUP 08/16 | SYLWIA MARIA MUSIAŁ, Kościan, PL HIERONIM MACIEJEWSKI, Poznań, PL GRZEGORZ HRECZYCHO, Poznań, PL (74) Pełnomocnik: rzecz. pat. Elżbieta Piątkowska |
PL 222 577 B1
Opis wynalazku
Przedmiotem wynalazku jest nowy sposób równoczesnej ochrony dwóch funkcji: hydroksylowej, aminowej, zwłaszcza w cukrach, polialkoholach, nukleozydach, nukleotydach w reakcjach syntezy organicznej, nowe związki do realizacji tego sposobu, a także sposób otrzymywania nowych związków.
Z literatury znane są blokady krzemoorganiczne stosowane w chemii organicznej od wielu lat. Niektóre z nich znalazły stałe miejsce w podstawowej preparatyce kwasów nukleinowych, nukleoz ydów i nukleotydów.
Znana jest dwufunkcyjna blokada, która skutecznie spina dwie grupy hydroksylowe pierścienia rybozy w nukleozydach. 1,3-Dichloro-1,1,3,3-tetraizopropylodisiloksan, który omówiono między innymi w literaturze: W.T. Markiewicz, J. Chem. Research (S) 1979, 24-25, W.T. Markiewicz, J. Chem. Research (M) 1979, 19, 181-197. W.T. Markiewicz, M. Wiewiórowski, NucleicAcidsSymp Ser, 1978 (1), 185-190, został zastosowany w syntezie rybonukleozydów jako reagent pozwalający na selektywne wprowadzenie grup ochronnych w pozycji 2'-OH. Blokowanie nukleozydu za pomocą 1,3-dichloro-1,1,3,3-tetraizopropylodisiloksanu w pierwszej kolejności polega na reakcji łańcucha sililowego z pierwszorzędową grupą 5‘-hydroksylową. Ponieważ reakcje wewnątrzcząsteczkowe zachodzą z wyższą szybkością, dlatego drugi koniec łańcucha sililowego łatwo reaguje z bliżej znajdującą się drugorzędową pozycją 3'-hydroksylową tej samej cząsteczki, tworząc ośmioczłonowy pierścień. Reakcja z grupą 2'-hydroksylową jest wykluczona ze względów przestrzennych. Cechą charakterystyczną związków blokowanych przy zastosowaniu 1,3-dichloro-1,1,3,3-tetraizopropylodisiloksanu jest tworzenie związków, których przykładem jest związek o następującym wzorze:
O w których występuje wiązanie disiloksanowe -Si-O-Si-. Jednak wysoki koszt związany ze sposobem otrzymania 1,3-dichloro-1,1,3,3-tetraizopropylodisiloksanu oraz wysoka podatność na hydrolizę grupy tetraizopropylodisiloksano-1,3-diylowej w warunkach silnie zasadowych lub kwasowych ogranicza jego zastosowanie, a ponadto nie można otrzymać izomeru 2’,3’-chronionego w bezpośredniej reakcji rybonukleozydów.
W publikacji W.T. Markiewicza, B. Nowakowskiej, K. Adrych, NucleicAcidsResearch, symp. ser. 18, 1987, 149-152 opisano blokadę tetra-t-butoksydisiloksano-1,3-diylową. Blokowanie przy użyciu 1,3-dichloro-1,1,3,3-tetra-t-butoksydisiloksanu prowadzi do tworzenia związków, których przykładem jest związek o wzorze,
w których również występuje wiązanie disiloksanowe -Si-O-Si-, ale dzięki obecności grup t-butoksylowych blokada ta charakteryzuje się większą trwałością w warunkach kwasowych od blokady
PL 222 577 B1 tetraizopropylodisiloksano-1,3-diylowej, co przekłada się na większe spektrum zastosowań. Jednakże wysoki koszt odczynnika ogranicza jego zastosowanie. Ponadto nie można otrzymać izomeru 2‘,3'-chronionego w bezpośredniej reakcji rybonukleozydów.
Z opisu patentowego US 6,800,751 znane są również dwufunkcyjne blokady krzemoorganiczne, które pomiędzy dwiema grupami sililowymi posiadają inną grupę atomów niż atom tlenu. Przykładem tego typu ochrony jest blokada wprowadzana przy użyciu 1,2-dichloro-metyleno-bis(diizopropylosilanu), (MDPSCl2), której przykładem użycia jest związek o wzorze:
w którym występuje wiązanie sililenometylenosililenowe-Si-CH2-Si-.
Sposób ten znalazł zastosowanie przy regioselektywnym alkilowaniu nukleozydów, co zostało omówione w Chow et al., Nucleosides, Nucleotides and Nucleic Acids, 2003, 22, 583-587.
Z literatury znana jest również blokada krzemoorganiczna sililenowa, z jednym atomem krzemu.
Przykładem tego typu ochrony jest blokada di-tert-butylosililenowa, której przykładem jest związek o wzorze:
Blokada di-tert-butylosililenowa, wprowadzana za pomocą reagentu bis(trifluorometanosulfonianu) di-tert-butylosililu (DTBS) stosowana jest często do blokowania dwóch pozycji hydroksylowych w nukleozydach, co zostało omówione w E.J. Corey and P.B. Hopkins. Tetrahedron Lett., 1982, 23, 4871 oraz do blokowania funkcji hydroksylowych w analizie alkoholi wielowodorotlenowych za pomocą chromatografii gazowej i spektrometrii mas. Wysoki koszt odczynnika ogranicza zakres stosowania tej metody. W przypadku rybonukleozydów nie można w bezpośredniej reakcji otrzymać izomeru chronionego w pozycjach 2‘,3'. W pewnych sytuacjach zastosowanie tego związku do ochrony grup hydroksylowych prowadzi do takiej konformacji chronionego związku, że nie można w nim przeprowadzić pewnych transformacji w centrum reakcyjnym, które nie jest oczywiście chronione, ale jego reaktywność ulega niekorzystnej modyfikacji wskutek wprowadzenia blokady sililenowej [K. Herbal, J. Kitteringham, M. Voyle, A.J. Whitehead, Synthesis of the enantiomer of nelarabine. Tetrahedron Letters, 2005, 46, 2961 -2964].
Celem wynalazku jest usprawnienie jednoczesnej ochrony dwóch funkcji hydroksylowych lub aminowych lub jednej hydroksylowej i jednej aminowej zlokalizowanych przy różnorzędowych atomach węgla zwłaszcza w cukrach, polialkoholach, nukleozydach, nukleotydach, zwłaszcza w reakcjach syntezy organicznej, a także otrzymanie nowych związków w reakcji blokowania reaktywnych grup hydroksylowych i aminowych.
W pierwszym aspekcie przedmiotem wynalazku są nowe disilany o wzorze ogólnym 1,
PL 222 577 B1
( 1) w którym R oznacza Br lub I lub podstawnik o wzorze 2,
(2) w którym X1f X2, X3, X4 są równe lub różne i oznaczają N lub CH lub grupy C-R-ι, w których R-ι są równe lub różne i oznaczają nasycony alkil o długości łańcucha od 1 do 8 węgli, przy czym w każdym przypadku co najmniej jedno X jest różne od N.
Disilany o wzorze 1, w których R oznacza brom lub jod otrzymuje się w reakcji pomiędzy
1,1,2,2-tetraizopropylo-1,2-diwodorodisilanem odpowiednio z dibromometanem lub dijodometanem w obecności chlorku palladu.
Disilany o wzorze 1, w których R oznacza grupę o wzorze 2, w której X1, X2, X3, X4 mają wyżej podane znaczenie, otrzymujemy w reakcji wymiany pomiędzy 1,1,2,2-tetraizopropylo-1,2-diwodorodisiIanem a odpowiednim związkiem o wzorze 3,
w którym X1, X2, X3, X4 mają wyżej podane znaczenie w rozpuszczalniku w obecności aminy alifatycznej, korzystnie trietyloaminy, diizopropyloetyloaminy jako środków wiążących halogenowodór. Rekcję prowadzi się na ogół przez 2 godziny, a następnie izoluje i oczyszcza znanymi metodami. Można również używać produkt reakcji bez izolacji i oczyszczania.
W drugim aspekcie przedmiotem wynalazku są nowe związki, w których występuje ugrupowanie o wzorze ogólnym 4 lub 5
w których
- n przyjmuje wartość od 0 do 2
- m przyjmuje wartość od 1 do 3
- Y jest równe lub różne i oznacza NH lub O lub S.
- R2 są równe lub różne i oznaczają iPr lub H.
W szczególności związki o wzorach 6 lub 7,
PL 222 577 B1
w których R2 i Y mają wyżej podane znaczenie, zaś B oznacza zasadę heterocykliczną wybraną z grupy: adenina, guanina, tymina, uracyl, cytozyna.
W trzecim aspekcie przedmiotem wynalazku jest sposób równoczesnej ochrony dwóch funkcji hydroksylowych lub aminowych lub jednej hydroksylowej i jednej aminowej polegający na ochronie pierwszo- i drugorzędowych grup hydroksylowych, aminowych zwłaszcza w cukrach, polialkoholach, nukleozydach, nukleotydach w reakcjach syntezy organicznej w wyniku reakcji blokowania prowadzonej pomiędzy związkiem posiadającym co najmniej dwie wolne grupy hydroksylowe lub aminowe albo co najmniej jedną grupę hydroksylową i jedną grupę aminową, a disilanem o wzorze 8,
CHSi—St-CI . -H. (8) lub disilanem o wzorze ogólnym 1, jak określono powyżej, w którym R oznacza Br lub I lub podstawnik o wzorze 2,
w którym X1, X2, X3, X4 są równe lub różne i oznaczają N lub CH lub grupy C-R1, w których R1 są równe lub różne i oznaczają nasycony alkil o długości łańcucha od 1 do 8 węgli, przy czym w każdym przypadku co najmniej jedno X jest różne od N.
Reakcję blokowania prowadzi się w obecności rozpuszczalnika aprotycznego, którym jest korzystnie: pirydyna lub tetrahydrofuran (THF) lub acetonitryl lub WW-dimetyloformamid (DMF) lub ich mieszaniny.
Całość poddaje się mieszaniu, a następnie po zakończeniu reakcji z mieszaniny poreakcyjnej izoluje się produkt na drodze ekstrakcji.
Reakcję blokowania prowadzi się w temperaturze od -55°C do +50°C, przy czym temperatura reakcji nie może być niższa od temperatury krzepnięcia rozpuszczalnika. Proces według wynalazku korzystnie prowadzi się w temperaturze pokojowej. Czas potrzebny do całkowitego przebiegu reakcji blokowania zależy od temperatury, w której reakcja jest prowadzona, rodzaju stosowanego rozpus zczalnika, struktury reagentów, a także od stężenia reagentów. W celu prowadzenia procesu przez optymalny czas, wskazane jest monitorowanie przebiegu reakcji blokowania za pomocą chromatografii cienkowarstwowej na płytkach z żelem krzemionkowym lub chromatografii kolumnowej HPLC.
W wyniku reakcji otrzymuje się związki, w których jednocześnie dwie grupy hydroksylowe lub dwie grupy aminowe albo jedna grupa hydroksylowa i jedna grupa aminowa są zablokowane.
PL 222 577 B1
Przykładem związków z tak zablokowanymi grupami funkcyjnymi są związki o ogólnych wzorach 6 lub 7 gdzie R2 i B mają wyżej podane znaczenia.
Sposób według wynalazku umożliwia ochronę par grup tego samego rodzaju a mianowicie hydroksylowych, aminowych a także ich dowolnej kombinacji. W szczególności sposobem według wynalazku blokuje się dwie grupy hydroksylowe w związkach organicznych takich jak cukry, polialkohole, nukleotydy, natomiast dwie grupy aminowe blokuje się w szczególności w nukleozydach. Poza równoczesną blokadą dwóch grup hydroksylowych w nukleozydach sposobem według wynalazku można blokować równocześnie jedną grupę hydroksylową i jedną grupę aminową.
Drugą odmianą sposobu według wynalazku jest selektywny sposób równoczesnej ochrony dwóch 2 rzędowych funkcji hydroksylowych lub aminowych lub jednej hydroksylowej i jednej aminowej polegający na ochronie grup hydroksylowych, aminowych zwłaszcza w cukrach, polialkoholach, nukleozydach, nukleotydach, w reakcjach syntezy organicznej charakteryzujący się tym, że reakcję blokowania prowadzi się pomiędzy związkiem posiadającym co najmniej dwie wolne grupy hydroksylowe lub aminowe albo co najmniej jedną grupę hydroksylową i jedną grupę aminową, a disilanem o wzorze 8, lub disilanem o wzorze ogólnym 1, w którym R oznacza Br lub I w obecności rozpuszczalnika aprotycznego, którym jest korzystnie: pirydyna lub WW-dimetyloformamid (DMF) lub mieszaniny pirydyny z THF lub z acetonitrylem, przy czym korzystne jest gdy udział objętościowy pirydyny jest nie mniejszy niż 10%, lub mieszaniny DMF z acetonitrylem lub z THF, przy czym korzystne jest gdy udział objętościowy DMF jest nie mniejszy niż 10%, lub mieszaniny pirydyny z DMF.
Przykładowo zastosowanie związku o wzorze ogólnym 1, w którym R ma wyżej podane znaczenie lub związku o wzorze 8 w reakcji z nukleozydem w pirydynie prowadzi w pierwszej kolejności do selektywnego zablokowania w pozycjach 2' i 3' drugorzędowych grup hydroksylowych lub aminowych lub jednej hydroksylowej i jednej aminowej w cząsteczce, przy czym co najmniej jedna pierwszorzędowa grupa jest niezablokowana. Umożliwia to selektywne przeprowadzenie różnych typów reakcji, np. acetylowania grupy pierwszorzędowej. Selektywne acetylowanie pierwszorzędowej grupy nukleozydu nie byłoby możliwe, gdyż acetylowanie prowadzi zwykle do powstania mieszaniny izomerów różniących się położeniem i liczbą grup acetylowych. Po usunięciu blokady sililowej i oczyszczeniu mieszaniny reakcyjnej pochodna nukleozydowa z zablokowaną grupą pierwszorzędową jest wykorzystywana do otrzymywania modyfikowanych nukleozydów, co znajduje praktyczne zastosowanie m.in. w diagnostyce, sekwencjonowaniu DNA.
Trzecią odmianą sposobu według wynalazku jest selektywny sposób równoczesnej ochrony dwóch grup, jednej grupy pierwszorzędowej i jednej drugorzędowej funkcji hydroksylowych lub aminowych lub jednej hydroksylowej i jednej aminowej polegający na ochronie grup hydroksylowych, aminowych zwłaszcza w cukrach, polialkoholach, nukleozydach, nukleotydach w reakcjach, w reakcji blokowania pomiędzy związkiem posiadającym co najmniej dwie wolne grupy hydroksylowe lub aminowe lub jedną grupę hydroksylową i jedną aminową, a disilanem o wzorze ogólnym 1, w którym R oznacza podstawnik o wzorze 2, Χ3··χ4 w którym X1, X2, X3, X4 jest równe lub różne i oznaczają N lub CH lub grupy C-R1, w których R1 są równe lub różne i oznaczają nasycony alkil o długości łańcucha od 1 do 8 węgli, przy czym w każdym przypadku co najmniej jedno X jest różne od N, w obecności rozpuszczalnika aprotycznego, którym jest DMF lub pirydyna lub tetrahydrofuran (THF) lub acetonitryl lub ich mieszaniny. Korzystne jest prowadzenie reakcji w obecności trzeciorzędowej aminy alifatycznej. Korzystne jest stosowanie trietyloaminy lub diizopropyloetyloaminy. Trzeciorzędową aminę stosuje się w ilości nie mniejszej niż 0,05 ekwiwalenta względem użytych związków o wzorze 1.
Do reakcji można używać zarówno czysty disilan jak również disilan syntezowany bezpośrednio przed jego użyciem do blokowania funkcji hydroksylowej, aminowej. W przypadku gdy disilan nie jest izolowany trzeciorzędową aminę stosuje się w ilości nie mniejszej niż 2,0 ekwiwalenty względem silanu, które służą do wiązania wydzielającego się halogenowodoru w reakcji pomiędzy dihalogenosilanem o wzorze 8 i odpowiednim związkiem o wzorze 3. Korzystne jest stosowanie trzeciorzędowej aminy w ilości nie mniejszej niż 2,05 ekwiwalenta.
PL 222 577 B1
Sposobem według tej odmiany wynalazku chroni się dowolną parę grupa pierwszorzędowa grupa drugorzędowa, które są względem siebie w takim położeniu, że w wyniku blokowania tworzy się ugrupowanie stanowiące pierścień od 6 do 8 członowy, w którego skład wchodzą m.in. obie ochraniane grupy oraz wiązanie disilanowe.
Możliwość selektywnej ochrony jednej grupy pierwszorzędowej i jednej grupy drugorzędowej znajduje szerokie zastosowanie m.in. w procesach z użyciem rybo nukleozydów, gdyż umożliwia zastąpienie dotychczas stosowanych kilku kolejnych reakcji prowadzących do wprowadzani a grupy ochronnej w pozycji 2' rybonukleozydów w procesie syntezy fragmentów kwasu rybonukleinowego RNA tylko dwoma kolejnymi reakcjami.
Przykładowo zastosowanie związku o wzorze ogólnym 1, w którym R oznacza grupę o wzorze 2 w reakcji z nukleozydem w mieszaninie tetrahydrofuranu i pirydyny prowadzi do selektywnego zablokowania pierwszorzędowej grupy hydroksylowej w pozycji 5‘ i drugorzędowej grupy 3'-hydroksylowej lub aminowej lub jednej hydroksylowej i jednej aminowej w cząsteczce, przy czym drugorzędowa grupa w pozycji 2' nie jest zablokowana i można na niej przeprowadzić dowolną reakcję np. acetylowania. W innym wariancie można wówczas przeprowadzić reakcję blokowania grupy w pozycji 2', a następnie odblokować grupy w pozycjach 5' i 3' i na nich ewentualnie przeprowadzić kolejne reakcje o ile wymaga tego plan syntezy produktu końcowego. Reaktywne funkcje cząsteczki, takie jak grupy hydroksylowe lub aminowe, są chronione i w ten sposób nie uczestniczą w przebiegu reakcji chemicznej transformacji, którą można skutecznie prowadzić na innych niezablokowanych centrach funkcyjnych. Umożliwia to selektywne przeprowadzenie różnych typów reakcji, np. acetylowania. Selektywne acet ylowanie nukleozydu nie byłoby możliwe, gdyż prowadziłoby do powstania mieszaniny izomerów różniących się położeniem i liczbą grup acetylowych. Po usunięciu blokady sililowej i oczyszczeniu mieszaniny reakcyjnej pochodna nukleozydowa z zablokowaną grupą drugorzędową jest wykorzystywana do otrzymywania modyfikowanych nukleozydów, co znajduje praktyczne zastosowanie m.in. w diagnostyce, sekwencjonowaniu DNA.
Reakcję blokowania grup hydroksylowych, aminowych sposobem według wynalazku, a następnie izolacji produktu prowadzi się znanymi metodami. Najkorzystniejsze jest prowadzenie procesu według następującego schematu:
Do rozpuszczonego w odpowiednim rozpuszczalniku związku z niezablokowanymi grupami hydroksylowymi, aminowymi wprowadza się roztwór disilanu o wzorze ogólnym 1 lub 8 oraz ewentualnie z trzeciorzędową aminą. Dodawanie disilanu może być przeprowadzane w jednej porcji lub stopniowo. Korzystne jest dodawanie stopniowe. Całość mieszana jest na mieszadle magnetycznym. Inna kolejność wprowadzania substratów do mieszaniny reakcyjnej jest również możliwa, przy czym może to skutkować inną wydajnością procesu.
Korzystne jest kontrolowanie przebiegu reakcji za pomocą chromatografii cienkowarstwowej TLC.
Reakcję prowadzi się do czasu osiągnięcia żądanego poziomu konwersji, a następnie kończy poprzez dodanie wodnego roztworu związku słabo zasadowego, korzystnie wodorowęglanu sodu lub potasu. Po zakończeniu reakcji usuwa się nadmiar rozpuszczalnika i izoluje się produkt, korzystnie na drodze ekstrakcji do chlorku metylenu w celu wstępnego oczyszczenia mieszaniny reakcyjnej. Ekstrakcję można prowadzić bez wstępnego usuwania rozpuszczalnika.
Ekstrakt suszy się np. za pomocą bezwodnego siarczanu(VI) a następnie przesącza, po czym usuwany jest rozpuszczalnik.
Korzystne jest stosowanie dodatku trzeciorzędowej aminy, przy czym w przypadku stosowania czystych związków o wzorze 1, w którym R oznacza grupę o wzorze 2, korzystne jest stosowanie aminy w ilości nie mniejszej niż 0,05 ekwiwalenta w stosunku do użytego disilanu, a w przypadku gdy stosuje się związek otrzymany bezpośrednio przed reakcją wraz z mieszaniną reakcyjną (proces one pot) aminę stosuje się w ilości nie mniejszej, niż 2,05 ekwiwalenta. W tym drugim przypadku dodatek trietyloaminy ma na celu wiązanie powstającego halogenowodoru, a dopiero reszta wpływa na przebieg reakcji. Nadmiar trietyloaminy jest łatwo usuwany przez odparowanie pod zmniejszonym ciśnieniem.
Oczyszczenie produktu prowadzi się za pomocą chromatografii kolumnowej, korzystnie z żelem krzemionkowym typ 60 o rozmiarach cząstek 230-400 mesh stosując jako fazę wymywającą metanol w chlorku metylenu (1,0-5,0%).
Produkt może być również oczyszczany przy wykorzystaniu HPLC. Oczyszczony produkt suszono poprzez liofilizację z benzenu.
PL 222 577 B1
Zaletą rozwiązania według wynalazku jest usprawnienie jednoczesnej ochrony dwóch funkcji hydroksylowych lub aminowych lub jednej hydroksylowej i jednej aminowej zlokalizowanych przy różnorzędowych atomach węgla.
Sposób ochrony dwóch funkcji według wynalazku pozwala na selektywne prowadzenie reakcji w cząsteczce na nieblokowanych centrach reakcyjnych.
Zablokowane sposobem według wynalazku grupy hydroksylowe aminowe mogą być odblokowane znanymi sposobami. Korzystny, prosty i skuteczny sposób odblokowania polega na stosowaniu fluorków np.: tetra-n-butyloamoniowego i lub trietyloamoniowego.
Zastosowanie związku o wzorze ogólnym 1, w którym R ma wyżej podane znaczenie albo związku o wzorze 8 według wynalazku do jednoczesnej ochrony dwóch funkcji hydroksylowych lub dwóch funkcji aminowych lub jednej funkcji hydroksylowej i jednej funkcji aminowej, umożliwia selektywną ich ochronę a w konsekwencji podwyższa selektywność reakcji chemicznej w konkretnym miejscu cząsteczki przy jednoczesnym nienaruszeniu innej reaktywnej części tej cząsteczki.
Sposób ochrony funkcji hydroksylowych i aminowych ma duże znaczenie w syntezie organic znej. Ochrona funkcji hydroksylowych i aminowych jest szczególnie użyteczna w chemicznej syntezie cukrów, polialkoholi, nukleozydów, nukleotydów, kwasów nukleinowych, które są przedmiotem rozległych badań i działań rozwojowych ze względu na ich potencjał aplikacyjny w diagnostyce medycznej oraz w badaniach prowadzonych w działach biologii i biotechnologii.
Główne zastosowanie sposobu ochrony funkcji hydroksylowej lub aminowej oraz użycie nowych związków do realizacji tego sposobu koncentruje się w realizacji chemicznej syntezy fragmentów kwasu rybonukleinowego RNA, gdzie jednostki budulcowe wymagają jednoczesnej ochrony pozycji 5' i 3‘ po to, aby selektywnie wprowadzić grupę ochronną w pozycję 2'.
Sposób może mieć zastosowanie zwłaszcza w chemicznej syntezie kwasu rybonukleinowego RNA oraz w chemicznej syntezie modyfikowanych nukleozydów, a także w diagnostyce medycznej oraz w badaniach prowadzonych w działach biologii i biotechnologii.
Wynalazek ilustrują poniższe przykłady.
P r z v k ł a d 1
1,2-dichloro-1,1,2,2-tetraizopropvlodisilan
W kolbie umieszczono 1,1,2,2-tetraizopropylo-1,2-diwodorodisilan 25 mmoli (5,71 g) i powoli wkraplano nasycony roztwór CI2/CH2CI2 intensywnie mieszając. Następnie przeprowadzono destylację pod próżnią 0,2 mm Hg. Zebrano frakcje przy temperaturze 122°C. W wyniku reakcji otrzymano związek 1,2-dichloro-1,1,2,2-tetraizopropylodisilan o wzorze 8.
Wydajność reakcji wynosi 87,2%. Otrzymany produkt to przezroczysta lub lekko żółta ciecz, którą poddano analizie za pomocą chromatografii gazowej - GC (min) 16,22 (87,14%), chromatografii gazowej połączonej ze spektrometrią mas - GC-MS (m/z): 221,30; 263,00, spektrometrii magnetycznego rezonansu jądrowego - 29Si NMR (79,5 MHz, C6D6) δ (ppm): 24,67, 1H NMR (400 MHz, C6D6) δ (ppm): 1,22 (m, 24 H), 1,35 (m, 4 H), 13C NMR (100 MHz, C6D6) δ (ppm): 18,10, 17,79, 16,74.
P r z v k ł a d 2
Blokowanie grupy hydroksylowej
W kolbie umieszczono urydynę 0,25 mmola (60 mg) i dodano pirydynę 2 mL. Następnie dodano 0,325 mmoli (97,2 mg) otrzymanego według przykładu 1 1,2-dichloro-1,1,2,2-tetraizopropylo- disilanu rozpuszczonego w 0,5 mL pirydyny. Po czym całość mieszano. Reakcję zakończono po 60 minutach, dodano nasyconego wodnego roztworu wodorowęglanu sodu 6 mL i chlorek metylenu 6 mL. Następnie warstwę organiczną zebrano i suszono przy użyciu bezwodnego siarczanu sodu przez 30 minut. Mieszaninę reakcyjną naniesiono na kolumnę chromatograficzną. Wyizolowane frakcje zawierające produkt reakcji, (2‘-3‘-O-(tetraizopropylodisilano-1,2-diylo)urydyna) połączono i poddano procesowi liofilizacji.
W wyniku reakcji otrzymano produkt (2’,3'-O-(tetraizopropylodisilano-1,2-diylo)urydyna), w którym 2-rzędowe grupy hydroksylowe są zablokowane. Otrzymano 114 mg 2',3,-O-(tetraizopropylodisilano-1,2-diyIo)urydyny w postaci białego proszku czyli 95% wydajności.
Otrzymany związek scharakteryzowano za pomocą analizy magnetycznego rezonansu jądrowego 1H NMR (400 MHz, CDCh) δ (ppm): 8,62 (s, 1H), 7,62 (d, J=8Hz, 1H), 5,72 (d, J=8Hz, 1H), 5,67 (d, J=4,8 Hz, 1H), 4,52 (t, J=4,4 Hz, 1H), 4,35 (t, J=4,8, 1H), 4,15 (m, 1H), 3,97 (m, 1H), 3,79 (m, 1H), 1,35-1,03 (m, 28H), 13C NMR (100 MHz, CDCh) δ (ppm): 163,05, 150,06, 141,76, 102,15, 93,29,
PL 222 577 B1
85,54, 75,20, 71,63, 61,69, 17,54, 15,17, 15,13, 14,18, 14,01, 29Si NMR (79,5 MHz, CDCl3) δ (ppm): 14,02, 13,37.
P r z y k ł a d y 3-9
Postępując jak w przykładzie 2 zrealizowano przykłady 3-9, skład rozpuszczalników oraz rodzaj zablokowanych grup przedstawiono w tabeli 1.
T a b e l a 1
| Numer | Rozpuszczalnik | Zablokowane pozycje | Wydajność [%] |
| 3 | DMF | 2-3’ | 90 |
| 4 | THF | — | — |
| 5 | DMF + THF | 2'-3' | 75 |
| 6 | Pirydyna + THF | 2-3’ | 80 |
| 7 | Acetonitryl | — | — |
| 8 | Acetonitryl + DMF | 2'-3' | 85 |
| 9 | Acetonitryl + Pirydyna | 2-3’ | 70 |
P r z y k ł a d 10
Acetylowanie 2’,3’-O-(tetraizopropylodisilano-1,2-diylo)urydyny
W kolbie umieszczono 0,053 mmola (25 mg) 2’,3’-O-(tetraizopropylodisilano-1,2-diylo)urydyny,
2,1 mmola (0,200 mL) bezwodnika octowego i 1 mL pirydyny. Po 30 minutach reakcję zakończono przez odparowanie mieszaniny reakcyjnej z mieszaniną metanolu z toluenem. Mieszaninę reakcyjną naniesiono na kolumnę chromatograficzną. Wyizolowane frakcje połączono i poddano procesowi liofilizacji. Otrzymano 26 mg 5'-O-acetylo-2,3‘-O-(tetraizopropylodisilano-1,2-diylo)urydyny, z wydajnością 98%. Produkt reakcji scharakteryzowano za pomocą widm H NMR (400 MHz, CDCI3) δ (ppm): 8,22 (s, 1H), 7,56 (d, 1=8,4 Hz, 1H), 5,82 (d, J=2,4Hz, 1H), 5,72 (dd, J=2Hz, 1H), 4,37-4,30 (m, 3H), 4,28-4,25 (m, 1H), 4,15 (m, 1H), 2,12 (s, 3H), 1,34-1,07 (m, 28H), 13C NMR (100 MHz, CDCl3) δ (ppm): 170,35, 162,65, 149,69, 139,56, 102,02, 91,61, 81,55, 75,76, 71,88, 63,25, 20,82, 15,52, 14,84, 14,15, 14,07, 29Si NMR (79,5 MHz, CDCI3) δ (ppm): 16,03, 12,24.
Reakcja acetylowania stanowi potwierdzenie obecności wolnej grupy w pozycji 5'-hydroksylowej w nukleozydach. Po usunięciu blokady sililowej z 5'-O-acetylo-2',3‘-O-(tetraizopropylodisilano-1,2-diylo)urydyny za pomocą 0,084 mmol (22 mg) fluorku tetra-n-butyloamoniowego w czasie 30 minut. Reakcję zakończono przez dodanie wodorowęglanu sodu 6 ml i chlorku metylenu 6 ml. Warstw organiczną zebrano i suszono przy użyciu bezwodnego siarczanu sodu przez 30 minut. Mieszaninę reakcyjną naniesiono na kolumnę chromatograficzną. Wyizolowane frakcje zawierające produkt odblokowania (5'-O-acetylourydynę) połączono i poddano procesowi liofilizacji. Analiza za pomocą spektrometrii magnetycznego rezonansu jądrowego potwierdziła otrzymanie 5‘-O-acetylourydyny.
P r z y k ł a d 11
1,2-di(imidazol-1 -ylo)-1,1,2,2-tetraizopropylodisilan
W kolbie umieszczono 1 mL tetrahydrofuranu i dodano imidazol 0,845 mmola (57,5 mg). Następnie dodano 0,325 mmola, (97,2 mg) otrzymanego według przykładu 1 1,2-dichloro-1,1,2,2-tetraizopropylodisilan. Po czym do całości dodano 1,625 mmola (164,4 mg 0,226 mL) trietyloaminy (C2H5)3N, i mieszano przez 2 godz.
Produktem reakcji jest 1,2-di(imidazol-1-ylo)-1,1,2,2-tetraizopropylodisilan, który scharakteryzowano bez izolacji za pomocą spektrometrii magnetycznego rezonansu jądrowego 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ (ppm): 7,63 (s, 2H), 7,05 (s, 4H), 0,97-1,07 (m, 28H) 13C NMR (100 MHz, CDCI3) δ (ppm): 139,65, 129,75, 120,62, 18,11, 17,79, 16,74, 29Si NMR (79,5 MHz, CDCl3) δ (ppm): 15,47.
P r z y k ł a d 12
Do mieszaniny poreakcyjnej z przykładu 11 zawierającej 0,325 mmola (117,7 mg)
1,2-di(imidazol-1-ylo)-1,1,2,2-tetraizopropylodisilanu dodano roztwór urydyny 0,25 mmola (60 mg) w 1 mL pirydyny. W roztworze występowała pozostałość niezwiązanej trietyloaminy w ilości 0,975 mola. Po czym całość mieszano i po 90 minutach w celu zakończenia reakcji dodano nasyconego wodnego roztworu wodorowęglanu sodu 6 mL i chlorek metylenu 6 mL. Następnie warstwę orga10
PL 222 577 B1 niczną zebrano i suszono przy użyciu bezwodnego siarczanu sodu przez 30 minut. Mieszaninę reakcyjną naniesiono na kolumnę chromatograficzną. Wyizolowane frakcje zawierające produkt reakcji połączono i poddano procesowi liofilizacji.
W wyniku reakcji otrzymano 3’,5‘-O-(tetraizopropylodisilan-1,2-diylo)urydynę gdzie 1- i 2-rzędowe grupy hydroksylowe są zablokowane. Otrzymano 110 mg 3',5'-O-(tetraizopropylodisilan-1,2-diylo)urydyny w postaci białego proszku czyli 90% wydajności. Związek scharakteryzowano za pomocą spektrometrii magnetycznego rezonansu jądrowego H NMR (400 MHz, CDCI3) δ (ppm): 9,34 (s, 1H), 7,24 (d, J=8Hz, 1H), 5,71 (d, J=8Hz, 1H), 5,48 (s, 1H), 4,51 (t, J=7Hz, 1H), 4,37 (d, J=6Hz, 1H), 4,14 (dd, J=3,6Hz, 1H), 4,01 (dd, J=3,6Hz, 1H), 3,81 (dd, J=9,2, 1H), 3,46 (s, 1H), 1,41-1,02 (m, 28H) 13C NMR (100 MHz, CDCI3) δ (ppm): 163,51, 149,66, 142,20, 102,21, 94,85, 83,23, 75,76, 75,02, 64,96, 17,96, 17,01, 15,25, 14,64, 29Si NMR (79,5 MHz, CDCfe) δ (ppm): 18,29, 17,06.
P r z y k ł a d y 13-26
Postępując jak w przykładzie 12 zrealizowano przykłady 13-26, skład rozpuszczalników, obecność lub brak trietyloaminy (Et3N) oraz rodzaj zablokowanych grup przedstawiono w tabeli 2.
T a b e l a 2
| Numer | Rozpuszczalnik | Et3N [mmol] | Zablokowane pozycje | Wydajność [%] |
| 13 | DMF | 0 | 3-5’ 2'-3‘ | 40 30 |
| 14 | DMF | 0,975 | 3'-5' 2‘-3‘ | 85 10 |
| 15 | THF | - | 2'-3‘ | 70 |
| 16 | THF | 0,975 | 3'-5‘ 2'-3' | 60 25 |
| 17 | Acetonitryl | 0 | 3‘-5‘ 2-3’ | 50 30 |
| 18 | Pirydyna | 0 | 2-3’ | 75 |
| 19 | Pirydyna | 0,975 | 3'-5‘ | 85 |
| 20 | THF + DMF | 0 | 3'-5' 2'-3' | 60 30 |
| 21 | THF + DMF | 0,975 | 3-5’ 2'-3‘ | 90 5 |
| 22 | THF + Pirydyna | 0 | 2-3’ | 75 |
| 23 | Acetonitryl + DMF | 0 | 3'-5' 2'-3' | 50 30 |
| 24 | Acetonitryl + DMF | 0,975 | 3'-5‘ 2'-3' | 70 15 |
| 25 | Acetonitryl + Pirydyna | 0 | 3‘-5' 2'-3‘ | 55 25 |
| 26 | Acetonitryl + Pirydyna | 0,975 | 3'-5‘ 2'-3‘ | 85 10 |
P r z y k ł a d 27
W kolbie umieszczono 0,053 mmola (25 mg) 3‘,5'-O-(tetraizopropylodisilan-1,2-diylo)urydyny,
2,1 mmola (0,200 mL) bezwodnika octowego i 1 mL pirydyny. Po 30 minutach reakcję zakończono przez odparowanie mieszaniny reakcyjnej z mieszaniną metanolu z toluenem. Mieszaninę reakcyjną naniesiono na kolumnę chromatograficzną. Wyizolowane frakcje połączono i poddano procesowi liofilizacji.
Otrzymano 27 mg 2‘-O-acetylo-3’,5'-O-(tetraizopropylodisilano-1,2-diylo)urydyny, z wydajnością 100%. 1
Produkt reakcji scharakteryzowano za pomocą widm H NMR (400 MHz, CDCI3) δ (ppm): 8,57 (s, 1H),
PL 222 577 B1
7,23 (d, J=8Hz, 1H), 5,74 (d, J=8,4Hz, 1H), 5,69 (d, J=2Hz, 1H), 5,48 (dd, J=2Hz, J=4,4Hz, 1H), 4,41 (dd, J=6,8Hz, J=1,6Hz, 1H), 4,15 (dd, J=3,6Hz, J=8,4Hz, 1H), 4,00 (m, 1H), 3,85 (dd, J=7,6Hz, J=4,4Hz, 1H), 2,13 (s, 3H), 1,36-1,04 (m, 28H), 13C NMR (100 MHz, CDCl3) δ (ppm): 169,26, 162,47, 149,41, 140,42, 102,71, 90,29, 83,03, 75,69, 74,63, 64,63, 20,67, 18,35, 17,51, 15,26, 14,89, 29Si NMR (79,5 MHz, CDCl3) δ (ppm): 18,52, 17,03.
Reakcja acetylowania stanowi potwierdzenie obecności wolnej grupy w pozycji 2'-hydroksylowej w nukleozydach. Po usunięciu blokady sililowej z 2‘-O-acetylo-3‘,5'-O-(tetraizopropylodisilano-1,2-diylo)urydyny za pomocą 0,088 mmol (23 mg) fluorku tetra-n-butyloamoniowego w czasie 30 minut. Reakcję zakończono przez dodanie wodorowęglanu sodu 6 ml i chlorku metylenu 6 ml. Warstwę organiczną zebrano i suszono przy użyciu bezwodnego siarczanu sodu przez 30 minut. Mieszaninę reakcyjną naniesiono na kolumnę chromatograficzną. Wyizolowane frakcje zawierające produkt odblokowania 2‘-O-acetylourydynę połączono i poddano procesowi liofilizacji. Analiza za pomocą spektrometrii magnetycznego rezonansu jądrowego potwierdziła otrzymanie 2'-O-acetylourydyny.
P r z v k ł a d 28
Blokowanie grupy hydroksylowej i aminowej
W kolbie umieszczono 3‘-amino-2',3'-dideoxyadenozynę 0,40 mmola (100 mg) i dodano pirydynę 1 mL. Następnie dodano rozpuszczony w pirydynie 0,5 mL otrzymany według przykładu 1
1,2-dichloro-1,1,2,2-tetraizopropylodisilan 0,52 mmola (155,5 mg, 0,159 mL). Po czym całość mieszano i po 60 minutach dodano nasyconego wodnego roztworu wodorowęglanu sodu 6 mL i chlorek metylenu 6 mL. Warstwę organiczną zebrano i suszono przy użyciu bezwodnego siarczanu sodu przez 30 minut. Mieszaninę reakcyjną naniesiono na kolumnę chromatograficzną. Wyizolowane frakcje zawierające produkt reakcji połączono i poddano procesowi liofilizacji.
Otrzymano 162 mg 3'-amino-3'-N-5'-O-(tetraizopropylodisilan-1,2-diylo)-2',3’-dideoksyadenozyny w postaci białego proszku, czyli 85% wydajności.
Związek scharakteryzowano za pomocą analizy magnetycznego rezonansu jądrowego.
W wyniku reakcji otrzymano 3'-amino-3'-N-5’-O-(tetraizopropylodisilan-1,2-diylo)-2',3'-dideoksyadenozynę, gdzie 1-rzędowa grupa hydroksylowa i aminowa są zablokowane.
1H NMR (400 MHz, DMSO) δ (ppm): 8,23 (s, 1H), 8,10 (s, 1H), 7,23 (s, 2H), 6,30 (q, J=4,4 Hz, J=6,8 Hz, 1H), 5,11 (s, 1H), 3,90 (m, 1H), 3,78 (m, 1H), 3,69 (m, 2H), 2,71-2,61 (m, 1H), 2,25-2,18 (m, 1H), 1,12-0,92 (m, 28H), 13C NMR (125,8 MHz, DMSO) δ (ppm): 155,95, 152,40, 148,85, 138,95, 128,28, 87,49, 82,97, 64,43, 51,67, 39,65, 18,00, 17,84, 15,56, 14,50, 29Si NMR (79,5 MHz, DMSO) δ (ppm): 15,72; 10,92.
P r z y k ł a d 29
1,2-dibromo-1,1,2,2-tetraizopropylodisilan
W kolbie umieszczono 1,1,2,2-tetraizopropylo-1,2-diwodorodisilan 0,66 mmoli (151,8 mg, 0,180 mL), chlorek palladu 0,03 mmola (8 mg, 4,5 mol%) i dibromometan 14,3 mmola (2477 mg, 1000 mL). Następnie całość mieszano przez 4 h w temperaturze 60°C.
Produktem reakcji jest 1,2-dibromo-1,1,2,2-tetraizopropylodisilan, który scharakteryzowano bez izolacji za pomocą spektrometrii magnetycznego rezonansu jądrowego 29Si NMR (99,4 MHz, C6D6) δ (ppm): 39,89 ppm.
P r z y k ł a d 30
Blokowanie grupy hydroksylowej
Do świeżo otrzymanego według przykładu 30 1,2-dibromo-1,1,2,2-tetraizopropylodisilanu o wzorze ogólnym 1 dodano pirydynę 0,5 mL. Następnie dodawano mieszaninę urydyny 0,615 mmola (150 mg) w pirydynie 0,5 mL. Następnie ogrzano do temperatury pokojowej, a potem mieszano przez 1 h. Po tym czasie w celu zakończenia reakcji dodano nasyconego wodnego roztworu wodorowęglanu sodu 6 mL i chlorek metylenu 6 mL. Następnie warstwę organiczną zebrano i suszono przy użyciu bezwodnego siarczanu sodu przez 30 minut. Mieszaninę reakcyjną naniesiono na kolumnę chromatograficzną. Wyizolowane frakcje zawierające produkt reakcji połączono i poddano procesowi liofilizacji.
Otrzymano 191 mg 2'-3’-O-(tetraizopropylodisilano-1,2-diylo)urydyny w postaci białego proszku czyli 80% wydajności.
W wyniku reakcji otrzymano 2'-3‘-O-(tetraizopropylodisilano-1,2-diylo)urydynę, gdzie 2-rzędowe grupy hydroksylowe są zablokowane.
Związek scharakteryzowano za pomocą analizy magnetycznego rezonansu jądrowego 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ (ppm): 8,62 (s, 1H), 7,62 (d, J=8 Hz, 1H), 5,72 (d, J=8 Hz, 1H), 5,67 (d, J=4,8Hz, 1H), 4,52 (t, J=4,4 Hz, 1H), 4,35 (t, J=4,8, 1H), 4,15 (m, 1H), 3,97 (m, 1H), 3,79 (m, 1H),
PL 222 577 B1
1,35-1,03 (m, 28H), 13C NMR (100 MHz, CDCh) δ (ppm): 163,05, 150,06, 141,76, 102,15, 93,29, 85,54, 75,20, 71,63, 61,69, 17,54, 15,17, 15,13, 14,18, 14,01, 29Si NMR (79,5 MHz, CDCh) δ (ppm): 14,02; 13,37.
W celu potwierdzenia otrzymanego związku 2’,3'-O-(tetraizopropylodisilano-1,2-diylo)urydyny poddano go reakcji acetylowania tak jak w przykładzie 10. Produktem reakcji jest 5'-O-acetylo-2’,3’-O-(tetraizopropylodisilano-1,2-diylo)urydyny. Następnie 5'-O-acetylo-2',3‘-O-(tetraizopropylodisilano-1,2-diylo)urydyny poddano reakcji odsililowania za pomocą 0,084 mmol (22 mg) fluorku tetra-n-butyloamoniowego w czasie 30 minut. Reakcję zakończono przez dodanie wodorowęglanu sodu 6 ml i chlorku metylenu 6 ml. Warstwę organiczną zebrano i suszono przy użyciu bezwodnego siarczanu sodu przez 30 minut. Mieszaninę reakcyjną naniesiono na kolumnę chromatograficzną. Wyizolowane frakcje zawierające produkt odblokowania 5'-O-acetylourydynę połączono i poddano procesowi liofilizacji. Analiza za pomocą spektrometrii magnetycznego rezonansu jądrowego potwierdziła otrzymanie 5'-O-acetylourydyny.
P r z y k ł a d y 31-37
Postępując jak w przykładzie 30 zrealizowano przykłady 31-37 skład rozpuszczalników oraz rodzaj zablokowanych grup przedstawiono w tabeli 3.
T a b e l a 3
| Numer | Rozpuszczalnik | Zablokowane pozycje | Wydajność [%] |
| 31 | DMF | 2'-3' | 80 |
| 32 | THF | — | — |
| 33 | DMF + THF | 2'-3' | 65 |
| 34 | Pirydyna + THF | 2'-3' | 70 |
| 35 | Acetonitryl | — | — |
| 36 | Acetonitryl + DMF | 2'-3' | 75 |
| 37 | Acetonitryl + Pirydyna | 2'-3' | 60 |
P r z y k ł a d 38
Odblokowanie grup hydroksylowych
Zablokowaną 3’,5'-O-(tetraizopropylodisilan-1,2-diylo)urydynę 0,127 mmol (60 mg) umieszczono w kolbie i dodano 1 mL tetrahydrofuranu. Następnie dodano fluorek tetra-n-butyloamoniowy 0,191 mmol (50 mg). Reakcję zakończono po 3 godz. przez dodanie odczynnika kończącego proces w postaci wodorowęglanu sodu 6 ml i chlorku metylenu 6 ml. Warstwę organiczną zebrano i suszono przy użyciu bezwodnego siarczanu sodu przez 30 minut. Mieszaninę reakcyjną naniesiono na kolumnę chromatograficzną. Wyizolowane frakcje zawierające produkt odblokowania (urydynę) połączono i poddano procesowi liofilizacji. Związek scharakteryzowano za pomocą spektrometrii magnetycznego rezonansu jądrowego. Analiza NMR potwierdziła, że otrzymany związek w wyniku usunięcia grupy ochronnej jest urydyną. Wprowadzenie i usunięcie blokady sililowej nie powoduje zmiany struktury nukleozydów w procesie ochrony funkcji hydroksylowych.
Zastrzeżenia patentowe
Claims (11)
1. Nowe związki o wzorze ogólnym 1 , ( 1) w którym R oznacza Br lub I lub podstawnik o wzorze 2,
PL 222 577 B1 w którym X1, X2, X3, X4 są równe lub różne i oznaczają N lub CH lub grupy C-R1, w których R1 są równe lub różne i oznaczają nasycony alkil o długości łańcucha od 1 do 8 węgli, przy czym w każdym przypadku co najmniej jedno X jest różne od N.
2. Nowe związki o wzorze ogólnym 6 lub 7 w których
- Y jest równe lub różne i oznacza NH lub O lub S,
- R2, są równe lub różne i oznaczają iPr lub H,
- B oznacza zasadę heterocykliczną wybraną z grupy: adenina, guanina, tymina, uracyl, cytozyna.
3. Sposób równoczesnej ochrony dwóch funkcji hydroksylowych lub aminowych lub jednej h ydroksylowej i jednej aminowej polegający na ochronie 1,2 rzędowych grup hydroksylowych, aminowych, zwłaszcza w cukrach, polialkoholach, nukleozydach, nukleotydach, znamienny tym, że związek posiadający co najmniej dwie wolne grupy hydroksylowe lub aminowe albo co najmniej jedną gr upę hydroksylową i jedną grupę aminową, poddaje się reakcji ze związkiem o wzorze ogólnym 8 lub związkiem o wzorze ogólnym 1, określonym w zastrz. 1, w którym R oznacza Br lub I lub podstawnik o wzorze 2, ** 3X4 (2) w którym X1, X2, X3, X4 są równe lub różne i oznaczają N lub CH lub grupy C-R1, w których R1 są równe lub różne i oznaczają nasycony alkil o długości łańcucha od 1 do 8 węgli, przy czym w każdym przypadku co najmniej jedno X jest różne od N, w środowisku rozpuszczalnika aprotycznego.
4. Sposób według zastrz. 3, znamienny tym, że reakcję prowadzi się w środowisku rozpuszczalnika wybranego z grupy: pirydyna lub tetrahydrofuran lub acetonitryl lub W.W-dimetyloformamid lub ich mieszaniny.
5. Sposób selektywnej równoczesnej ochrony dwóch drugorzędowych funkcji hydroksylowych lub aminowych lub jednej hydroksylowej i jednej aminowej polegający na ochronie drugorzędowych grup hydroksylowych, aminowych zwłaszcza w cukrach, polialkoholach, nukleozydach, nukleotydach,
PL 222 577 B1 znamienny tym, że związek posiadający co najmniej dwie wolne grupy hydroksylowe lub aminowe albo co najmniej jedną grupę hydroksylową i jedną grupę aminową, poddaje się reakcji ze związkiem o wzorze ogólnym 8, (S) lub związkiem o wzorze ogólnym 1, w którym R oznacza Br lub I w obecności rozpuszczalnika aprotycznego.
6. Sposób według zastrz. 5, znamienny tym, że reakcję prowadzi się w środowisku rozpuszczalnika wybranego z grupy: pirydyna lub WW-dimetyloformamid lub mieszaniny pirydyny z tetrahydrofuranem lub z acetonitrylem lub mieszaniny W.W-dimetyIoformamidu z acetonitrylem lub z tetrahydrofuranem.
7. Sposób według zastrz. 6, znamienny tym, że reakcję prowadzi się w środowisku rozpuszczalnika wybranego z grupy: mieszanina pirydyny z tetrahydrofuranem lub z acetonitrylem, gdzie udział objętościowy pirydyny jest nie mniejszy niż 10%, lub mieszaniny WW-dimetyloformamidu z acetonitrylem lub z tetrahydrofuranem, gdzie udział objętościowy W,W-dimetyloformamidu jest nie mniejszy niż 10%.
8. Sposób selektywnej równoczesnej ochrony dwóch, jednej pierwszorzędowej i jednej drugorzędowej, funkcji hydroksylowych lub aminowych lub jednej hydroksylowej i jednej aminowej polegający na ochronie 1,2 rzędowych grup hydroksylowych, aminowych zwłaszcza w cukrach, polialkoholach, nukleozydach, nukleotydach, znamienny tym, że związek posiadający co najmniej dwie wolne grupy hydroksylowe lub aminowe albo co najmniej jedną grupę hydroksylową i jedną grupę aminową, poddaje się reakcji ze związkiem o wzorze ogólnym 1 ,
R oznacza podstawnik o wzorze 2, w którym X1, X2, X3, X4 są równe lub różne i oznaczają N lub CH lub grupy C-R1, w których R1 są równe lub różne i oznaczają nasycony alkil o długości łańcucha od 1 do 8 węgli, przy czym w każdym przypadku co najmniej jedno X jest różne od N, w rozpuszczalniku aprotycznym oraz ewentualnie w obecności trzeciorzędowej aminy alifatycznej.
9. Sposób według zastrz. 8, znamienny tym, że reakcję prowadzi się w środowisku rozpuszczalnika wybranego z grupy: pirydyna lub tetrahydrofuran lub acetonitryl lub W,W-dimetyloformamid lub ich mieszaniny.
10. Sposób według zastrz. 8, znamienny tym, że jako trzeciorzędową aminę alifatyczną stosuje się trietyloaminę lub diizopropyloetyloaminę.
11. Sposób według zastrz. 8, znamienny tym, że trzeciorzędową aminę alifatyczną stosuje się w ilości nie mniejszej niż 0,05 ekwiwalenta względem użytego disilanu.
Departament Wydawnictw UPRP
Priority Applications (4)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| PL399003A PL222577B1 (pl) | 2012-04-27 | 2012-04-27 | Sposób ochrony funkcji hydroksylowych lub aminowych nowe związki do realizacji tego sposobu oraz sposób otrzymywania nowych związków |
| EP13727662.2A EP2841401B1 (en) | 2012-04-27 | 2013-04-23 | Method for protecting hydroxyl, amine or thiol functional groups with tetraisopropyldisilane and the corresponding protected compounds |
| PCT/PL2013/000058 WO2013165266A1 (en) | 2012-04-27 | 2013-04-23 | Method for protecting hydroxyl, amine or thiol functional groups with tetraisopropydisilane and the corresponding protected compounds |
| US14/396,474 US9290521B2 (en) | 2012-04-27 | 2013-04-23 | Method for protecting hydroxyl or amine or thiol functions, novel compounds with protected hydroxyl or amine or thiol groups, as well novel compounds for the implementation of this method |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| PL399003A PL222577B1 (pl) | 2012-04-27 | 2012-04-27 | Sposób ochrony funkcji hydroksylowych lub aminowych nowe związki do realizacji tego sposobu oraz sposób otrzymywania nowych związków |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| PL399003A1 PL399003A1 (pl) | 2013-10-28 |
| PL222577B1 true PL222577B1 (pl) | 2016-08-31 |
Family
ID=48577834
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| PL399003A PL222577B1 (pl) | 2012-04-27 | 2012-04-27 | Sposób ochrony funkcji hydroksylowych lub aminowych nowe związki do realizacji tego sposobu oraz sposób otrzymywania nowych związków |
Country Status (4)
| Country | Link |
|---|---|
| US (1) | US9290521B2 (pl) |
| EP (1) | EP2841401B1 (pl) |
| PL (1) | PL222577B1 (pl) |
| WO (1) | WO2013165266A1 (pl) |
Families Citing this family (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US11136794B2 (en) * | 2018-01-15 | 2021-10-05 | Kiekert Ag | Transmission means for a motor vehicle latch and a motor vehicle latch |
Family Cites Families (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US4841083A (en) * | 1987-06-03 | 1989-06-20 | Mitsui Toatsu Chemicals, Incorporated | Ladder polysilanes |
| US6800751B2 (en) | 2002-04-11 | 2004-10-05 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Reagent and process for protecting nucleoside hydroxyl groups |
-
2012
- 2012-04-27 PL PL399003A patent/PL222577B1/pl unknown
-
2013
- 2013-04-23 EP EP13727662.2A patent/EP2841401B1/en not_active Not-in-force
- 2013-04-23 US US14/396,474 patent/US9290521B2/en not_active Expired - Fee Related
- 2013-04-23 WO PCT/PL2013/000058 patent/WO2013165266A1/en active Application Filing
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| WO2013165266A1 (en) | 2013-11-07 |
| PL399003A1 (pl) | 2013-10-28 |
| US9290521B2 (en) | 2016-03-22 |
| US20150094462A1 (en) | 2015-04-02 |
| EP2841401A1 (en) | 2015-03-04 |
| EP2841401B1 (en) | 2018-07-04 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| DK2361921T3 (en) | Bicyklooligonukleotidanaloger | |
| EP2479182B1 (en) | Novel protecting group for synthesizing rna and derivative thereof | |
| US4725677A (en) | Process for the preparation of oligonucleotides | |
| JP7075680B2 (ja) | オリゴヌクレオチド合成用セグメントおよびその製造方法、ならびにそれを用いたオリゴヌクレオチドの合成方法 | |
| EP3825300A1 (en) | Alkoxyphenyl derivative, nucleoside protector, nucleotide protector, method for producing oligonucleotide, and method for removing substituent | |
| WO2020235658A1 (ja) | オリゴヌクレオチド合成に用いるマルチフルオラスブロックマーおよびこれを用いたオリゴヌクレオチド合成方法 | |
| CZ19094A3 (en) | Modified oligodeoxyribonucleotides, process of their preparation and pharmaceutical preparations in which they are comprised | |
| PL222577B1 (pl) | Sposób ochrony funkcji hydroksylowych lub aminowych nowe związki do realizacji tego sposobu oraz sposób otrzymywania nowych związków | |
| JP2003012690A (ja) | 置換イミダゾール誘導体又は置換ベンズイミダゾール誘導体を用いたヌクレオチドの製造法 | |
| Ohkubo et al. | Efficient synthesis of functionalized oligodeoxyribonucleotides with base-labile groups using a new silyl linker | |
| WO2006095739A1 (ja) | リボヌクレオシドの２’水酸基の脱保護方法 | |
| Saneyoshi et al. | Synthesis and hybridization properties of 2′-O-(tetrazol-5-yl) ethyl-modified oligonucleotides | |
| JP2009256335A (ja) | ２’位にアルキル型保護基を有するリボ核酸の製造法 | |
| EP1397377B1 (en) | Calix (4) arene-nucleoside and calix (4) arene-oligonucleotide hybrids | |
| JP6429264B2 (ja) | ボラノホスフェート化合物、及び核酸オリゴマー | |
| Oda et al. | Syntheses of pyrido [1, 2-a][1, 3, 5] triazin-4-one C-deoxyribonucleosides | |
| JPS61291595A (ja) | ２′−ｏ−メチル化ｒｎａの製造法 | |
| Mori et al. | Synthesis and hybridization property of a boat-shaped pyranosyl nucleic acid containing an exocyclic methylene group in the sugar moiety | |
| WO2021080021A1 (ja) | オリゴヌクレオチドを製造する方法 | |
| PL221806B1 (pl) | Sposób wprowadzania acetalowych i acetaloestrowych grup ochronnych oraz związki do realizacji tego sposobu | |
| JP3580158B2 (ja) | モノアルキルアミノ型ホスホルアミダイト化合物 | |
| JP2020203902A (ja) | アルコキシフェニル誘導体、ヌクレオシド保護体およびヌクレオチド保護体、オリゴヌクレオチド製造方法、ならびに、置換基除去方法 | |
| WO2006095740A1 (ja) | 置換カルバモイル基を保護基とした核酸の合成方法 | |
| JPH0339075B2 (pl) | ||
| AU2005315631A1 (en) | Synthesis of phosphitylated compounds using a quaternary heterocyclic activator |