NO321034B1 - Fremgangsmate for fremstilling av PNA-oligomerer - Google Patents
Fremgangsmate for fremstilling av PNA-oligomerer Download PDFInfo
- Publication number
- NO321034B1 NO321034B1 NO19950957A NO950957A NO321034B1 NO 321034 B1 NO321034 B1 NO 321034B1 NO 19950957 A NO19950957 A NO 19950957A NO 950957 A NO950957 A NO 950957A NO 321034 B1 NO321034 B1 NO 321034B1
- Authority
- NO
- Norway
- Prior art keywords
- formula
- acid
- amino
- integer
- aeg
- Prior art date
Links
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims description 20
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 title claims description 5
- 230000008569 process Effects 0.000 title claims description 4
- -1 amino acid radical Chemical class 0.000 claims description 62
- 125000006239 protecting group Chemical group 0.000 claims description 29
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 claims description 21
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 claims description 20
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims description 18
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims description 18
- 125000002924 primary amino group Chemical group [H]N([H])* 0.000 claims description 15
- 239000002253 acid Substances 0.000 claims description 14
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 claims description 14
- 238000005859 coupling reaction Methods 0.000 claims description 11
- 150000007513 acids Chemical class 0.000 claims description 10
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 claims description 10
- 230000008878 coupling Effects 0.000 claims description 10
- 238000010168 coupling process Methods 0.000 claims description 10
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 claims description 10
- 230000007017 scission Effects 0.000 claims description 10
- 125000002887 hydroxy group Chemical group [H]O* 0.000 claims description 8
- 125000000217 alkyl group Chemical group 0.000 claims description 6
- 229920000642 polymer Polymers 0.000 claims description 6
- 238000010532 solid phase synthesis reaction Methods 0.000 claims description 6
- 229940002612 prodrug Drugs 0.000 claims description 5
- 239000000651 prodrug Substances 0.000 claims description 5
- UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N guanine Chemical compound O=C1NC(N)=NC2=C1N=CN2 UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 4
- 229910052739 hydrogen Inorganic materials 0.000 claims description 4
- 239000001257 hydrogen Substances 0.000 claims description 4
- 125000004435 hydrogen atom Chemical class [H]* 0.000 claims description 4
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims description 4
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 claims description 4
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims description 4
- PIINGYXNCHTJTF-UHFFFAOYSA-N 2-(2-azaniumylethylamino)acetate Chemical compound NCCNCC(O)=O PIINGYXNCHTJTF-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- WHUUTDBJXJRKMK-UHFFFAOYSA-N Glutamic acid Natural products OC(=O)C(N)CCC(O)=O WHUUTDBJXJRKMK-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- XUJNEKJLAYXESH-REOHCLBHSA-N L-Cysteine Chemical compound SC[C@H](N)C(O)=O XUJNEKJLAYXESH-REOHCLBHSA-N 0.000 claims description 3
- CKLJMWTZIZZHCS-REOHCLBHSA-N L-aspartic acid Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC(O)=O CKLJMWTZIZZHCS-REOHCLBHSA-N 0.000 claims description 3
- WHUUTDBJXJRKMK-VKHMYHEASA-N L-glutamic acid Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CCC(O)=O WHUUTDBJXJRKMK-VKHMYHEASA-N 0.000 claims description 3
- KDXKERNSBIXSRK-YFKPBYRVSA-N L-lysine Chemical compound NCCCC[C@H](N)C(O)=O KDXKERNSBIXSRK-YFKPBYRVSA-N 0.000 claims description 3
- 125000004453 alkoxycarbonyl group Chemical group 0.000 claims description 3
- 125000001589 carboacyl group Chemical group 0.000 claims description 3
- 230000003834 intracellular effect Effects 0.000 claims description 3
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 claims description 3
- 125000004103 aminoalkyl group Chemical group 0.000 claims description 2
- 125000001072 heteroaryl group Chemical group 0.000 claims description 2
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 claims description 2
- 125000002768 hydroxyalkyl group Chemical group 0.000 claims description 2
- 150000003254 radicals Chemical class 0.000 claims description 2
- 235000001014 amino acid Nutrition 0.000 claims 8
- DHMQDGOQFOQNFH-UHFFFAOYSA-N Glycine Chemical compound NCC(O)=O DHMQDGOQFOQNFH-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 4
- RAXXELZNTBOGNW-UHFFFAOYSA-N imidazole Natural products C1=CNC=N1 RAXXELZNTBOGNW-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 3
- BWKMGYQJPOAASG-UHFFFAOYSA-N 1,2,3,4-tetrahydroisoquinoline-3-carboxylic acid Chemical compound C1=CC=C2CNC(C(=O)O)CC2=C1 BWKMGYQJPOAASG-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 2
- PEHVGBZKEYRQSX-UHFFFAOYSA-N 7-deaza-adenine Chemical compound NC1=NC=NC2=C1C=CN2 PEHVGBZKEYRQSX-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 2
- 239000004475 Arginine Substances 0.000 claims 2
- 239000004471 Glycine Substances 0.000 claims 2
- ONIBWKKTOPOVIA-BYPYZUCNSA-N L-Proline Chemical compound OC(=O)[C@@H]1CCCN1 ONIBWKKTOPOVIA-BYPYZUCNSA-N 0.000 claims 2
- ODKSFYDXXFIFQN-BYPYZUCNSA-P L-argininium(2+) Chemical compound NC(=[NH2+])NCCC[C@H]([NH3+])C(O)=O ODKSFYDXXFIFQN-BYPYZUCNSA-P 0.000 claims 2
- HNDVDQJCIGZPNO-YFKPBYRVSA-N L-histidine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC1=CN=CN1 HNDVDQJCIGZPNO-YFKPBYRVSA-N 0.000 claims 2
- ROHFNLRQFUQHCH-YFKPBYRVSA-N L-leucine Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(O)=O ROHFNLRQFUQHCH-YFKPBYRVSA-N 0.000 claims 2
- COLNVLDHVKWLRT-QMMMGPOBSA-N L-phenylalanine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=CC=C1 COLNVLDHVKWLRT-QMMMGPOBSA-N 0.000 claims 2
- ROHFNLRQFUQHCH-UHFFFAOYSA-N Leucine Natural products CC(C)CC(N)C(O)=O ROHFNLRQFUQHCH-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 2
- KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N Lysine Natural products NCCCCC(N)C(O)=O KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 2
- 239000004472 Lysine Substances 0.000 claims 2
- ONIBWKKTOPOVIA-UHFFFAOYSA-N Proline Natural products OC(=O)C1CCCN1 ONIBWKKTOPOVIA-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 2
- ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N Uracil Chemical compound O=C1C=CNC(=O)N1 ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 2
- ODKSFYDXXFIFQN-UHFFFAOYSA-N arginine Natural products OC(=O)C(N)CCCNC(N)=N ODKSFYDXXFIFQN-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 2
- 235000003704 aspartic acid Nutrition 0.000 claims 2
- OQFSQFPPLPISGP-UHFFFAOYSA-N beta-carboxyaspartic acid Natural products OC(=O)C(N)C(C(O)=O)C(O)=O OQFSQFPPLPISGP-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 2
- XUJNEKJLAYXESH-UHFFFAOYSA-N cysteine Natural products SCC(N)C(O)=O XUJNEKJLAYXESH-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 2
- 235000018417 cysteine Nutrition 0.000 claims 2
- OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N cytosine Chemical compound NC=1C=CNC(=O)N=1 OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 2
- 235000013922 glutamic acid Nutrition 0.000 claims 2
- 239000004220 glutamic acid Substances 0.000 claims 2
- HNDVDQJCIGZPNO-UHFFFAOYSA-N histidine Natural products OC(=O)C(N)CC1=CN=CN1 HNDVDQJCIGZPNO-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 2
- CQYBNXGHMBNGCG-RNJXMRFFSA-N octahydroindole-2-carboxylic acid Chemical compound C1CCC[C@H]2N[C@H](C(=O)O)C[C@@H]21 CQYBNXGHMBNGCG-RNJXMRFFSA-N 0.000 claims 2
- COLNVLDHVKWLRT-UHFFFAOYSA-N phenylalanine Natural products OC(=O)C(N)CC1=CC=CC=C1 COLNVLDHVKWLRT-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 2
- RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N thymine Chemical compound CC1=CNC(=O)NC1=O RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 2
- YZEUHQHUFTYLPH-UHFFFAOYSA-N 2-nitroimidazole Chemical compound [O-][N+](=O)C1=NC=CN1 YZEUHQHUFTYLPH-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- LRSASMSXMSNRBT-UHFFFAOYSA-N 5-methylcytosine Chemical compound CC1=CNC(=O)N=C1N LRSASMSXMSNRBT-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- LOSIULRWFAEMFL-UHFFFAOYSA-N 7-deazaguanine Chemical compound O=C1NC(N)=NC2=C1CC=N2 LOSIULRWFAEMFL-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- MSSXOMSJDRHRMC-UHFFFAOYSA-N 9H-purine-2,6-diamine Chemical compound NC1=NC(N)=C2NC=NC2=N1 MSSXOMSJDRHRMC-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- 229930024421 Adenine Natural products 0.000 claims 1
- GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N Adenine Chemical compound NC1=NC=NC2=C1N=CN2 GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- GHASVSINZRGABV-UHFFFAOYSA-N Fluorouracil Chemical compound FC1=CNC(=O)NC1=O GHASVSINZRGABV-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- 229960000643 adenine Drugs 0.000 claims 1
- 238000007796 conventional method Methods 0.000 claims 1
- 229940104302 cytosine Drugs 0.000 claims 1
- 125000000816 ethylene group Chemical group [H]C([H])([*:1])C([H])([H])[*:2] 0.000 claims 1
- 229960002949 fluorouracil Drugs 0.000 claims 1
- 229940113082 thymine Drugs 0.000 claims 1
- 150000003852 triazoles Chemical class 0.000 claims 1
- 229940035893 uracil Drugs 0.000 claims 1
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 36
- ZMXDDKWLCZADIW-UHFFFAOYSA-N N,N-Dimethylformamide Chemical compound CN(C)C=O ZMXDDKWLCZADIW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 35
- YMWUJEATGCHHMB-UHFFFAOYSA-N Dichloromethane Chemical compound ClCCl YMWUJEATGCHHMB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 27
- WEVYAHXRMPXWCK-UHFFFAOYSA-N Acetonitrile Chemical compound CC#N WEVYAHXRMPXWCK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 21
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 20
- XEKOWRVHYACXOJ-UHFFFAOYSA-N Ethyl acetate Chemical compound CCOC(C)=O XEKOWRVHYACXOJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 18
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 18
- JUJWROOIHBZHMG-UHFFFAOYSA-N Pyridine Chemical compound C1=CC=NC=C1 JUJWROOIHBZHMG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 14
- ZMANZCXQSJIPKH-UHFFFAOYSA-N Triethylamine Chemical compound CCN(CC)CC ZMANZCXQSJIPKH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 12
- 239000002585 base Substances 0.000 description 12
- OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N Methanol Chemical compound OC OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 9
- 239000000178 monomer Substances 0.000 description 9
- 150000002148 esters Chemical class 0.000 description 8
- UMJSCPRVCHMLSP-UHFFFAOYSA-N pyridine Natural products COC1=CC=CN=C1 UMJSCPRVCHMLSP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 7
- 229920005989 resin Polymers 0.000 description 7
- 239000011347 resin Substances 0.000 description 7
- 125000003088 (fluoren-9-ylmethoxy)carbonyl group Chemical group 0.000 description 6
- HVCNXQOWACZAFN-UHFFFAOYSA-N 4-ethylmorpholine Chemical compound CCN1CCOCC1 HVCNXQOWACZAFN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- WFDIJRYMOXRFFG-UHFFFAOYSA-N Acetic anhydride Chemical compound CC(=O)OC(C)=O WFDIJRYMOXRFFG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- RTZKZFJDLAIYFH-UHFFFAOYSA-N Diethyl ether Chemical compound CCOCC RTZKZFJDLAIYFH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- MUBZPKHOEPUJKR-UHFFFAOYSA-N Oxalic acid Chemical compound OC(=O)C(O)=O MUBZPKHOEPUJKR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- HEMHJVSKTPXQMS-UHFFFAOYSA-M Sodium hydroxide Chemical compound [OH-].[Na+] HEMHJVSKTPXQMS-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 6
- WYURNTSHIVDZCO-UHFFFAOYSA-N Tetrahydrofuran Chemical compound C1CCOC1 WYURNTSHIVDZCO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- DTQVDTLACAAQTR-UHFFFAOYSA-N Trifluoroacetic acid Chemical compound OC(=O)C(F)(F)F DTQVDTLACAAQTR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 150000003862 amino acid derivatives Chemical class 0.000 description 6
- 239000007821 HATU Substances 0.000 description 5
- 125000002777 acetyl group Chemical group [H]C([H])([H])C(*)=O 0.000 description 5
- 239000005289 controlled pore glass Substances 0.000 description 5
- 125000002496 methyl group Chemical group [H]C([H])([H])* 0.000 description 5
- 239000002904 solvent Substances 0.000 description 5
- YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N (+)-Biotin Chemical group N1C(=O)N[C@@H]2[C@H](CCCCC(=O)O)SC[C@@H]21 YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 4
- GQHTUMJGOHRCHB-UHFFFAOYSA-N 2,3,4,6,7,8,9,10-octahydropyrimido[1,2-a]azepine Chemical compound C1CCCCN2CCCN=C21 GQHTUMJGOHRCHB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- OISVCGZHLKNMSJ-UHFFFAOYSA-N 2,6-dimethylpyridine Chemical compound CC1=CC=CC(C)=N1 OISVCGZHLKNMSJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 4
- IMNFDUFMRHMDMM-UHFFFAOYSA-N N-Heptane Chemical compound CCCCCCC IMNFDUFMRHMDMM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 239000004793 Polystyrene Substances 0.000 description 4
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 4
- 239000012317 TBTU Substances 0.000 description 4
- HQABUPZFAYXKJW-UHFFFAOYSA-N butan-1-amine Chemical compound CCCCN HQABUPZFAYXKJW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 238000010647 peptide synthesis reaction Methods 0.000 description 4
- 229920002223 polystyrene Polymers 0.000 description 4
- 125000005500 uronium group Chemical group 0.000 description 4
- QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-N Acetic acid Chemical compound CC(O)=O QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 230000006820 DNA synthesis Effects 0.000 description 3
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- SECXISVLQFMRJM-UHFFFAOYSA-N N-Methylpyrrolidone Chemical compound CN1CCCC1=O SECXISVLQFMRJM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- YXFVVABEGXRONW-UHFFFAOYSA-N Toluene Chemical compound CC1=CC=CC=C1 YXFVVABEGXRONW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- FPQVGDGSRVMNMR-JCTPKUEWSA-N [[(z)-(1-cyano-2-ethoxy-2-oxoethylidene)amino]oxy-(dimethylamino)methylidene]-dimethylazanium;tetrafluoroborate Chemical compound F[B-](F)(F)F.CCOC(=O)C(\C#N)=N/OC(N(C)C)=[N+](C)C FPQVGDGSRVMNMR-JCTPKUEWSA-N 0.000 description 3
- CLZISMQKJZCZDN-UHFFFAOYSA-N [benzotriazol-1-yloxy(dimethylamino)methylidene]-dimethylazanium Chemical compound C1=CC=C2N(OC(N(C)C)=[N+](C)C)N=NC2=C1 CLZISMQKJZCZDN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 230000004913 activation Effects 0.000 description 3
- 125000003277 amino group Chemical group 0.000 description 3
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 3
- KRKNYBCHXYNGOX-UHFFFAOYSA-N citric acid Chemical compound OC(=O)CC(O)(C(O)=O)CC(O)=O KRKNYBCHXYNGOX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 3
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 3
- 238000001308 synthesis method Methods 0.000 description 3
- YNJBWRMUSHSURL-UHFFFAOYSA-N trichloroacetic acid Chemical compound OC(=O)C(Cl)(Cl)Cl YNJBWRMUSHSURL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 125000002221 trityl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C([H])C([H])=C1C([*])(C1=C(C(=C(C(=C1[H])[H])[H])[H])[H])C1=C([H])C([H])=C([H])C([H])=C1[H] 0.000 description 3
- GVJHHUAWPYXKBD-UHFFFAOYSA-N (±)-α-Tocopherol Chemical compound OC1=C(C)C(C)=C2OC(CCCC(C)CCCC(C)CCCC(C)C)(C)CCC2=C1C GVJHHUAWPYXKBD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- MCTWTZJPVLRJOU-UHFFFAOYSA-N 1-methyl-1H-imidazole Chemical compound CN1C=CN=C1 MCTWTZJPVLRJOU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- FALRKNHUBBKYCC-UHFFFAOYSA-N 2-(chloromethyl)pyridine-3-carbonitrile Chemical compound ClCC1=NC=CC=C1C#N FALRKNHUBBKYCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- HZAXFHJVJLSVMW-UHFFFAOYSA-N 2-Aminoethan-1-ol Chemical compound NCCO HZAXFHJVJLSVMW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- HJBLUNHMOKFZQX-UHFFFAOYSA-N 3-hydroxy-1,2,3-benzotriazin-4-one Chemical compound C1=CC=C2C(=O)N(O)N=NC2=C1 HJBLUNHMOKFZQX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- SFYDWLYPIXHPML-UHFFFAOYSA-N 3-nitro-1-(2,4,6-trimethylphenyl)sulfonyl-1,2,4-triazole Chemical compound CC1=CC(C)=CC(C)=C1S(=O)(=O)N1N=C([N+]([O-])=O)N=C1 SFYDWLYPIXHPML-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- TVRGHZKBZMVMKV-UHFFFAOYSA-N 4-(2-hydroxyethylsulfonyl)benzoic acid Chemical compound OCCS(=O)(=O)C1=CC=C(C(O)=O)C=C1 TVRGHZKBZMVMKV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- VHYFNPMBLIVWCW-UHFFFAOYSA-N 4-Dimethylaminopyridine Chemical compound CN(C)C1=CC=NC=C1 VHYFNPMBLIVWCW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- PQRYOOAOCNLPGT-UHFFFAOYSA-N 4-[[9-(hydroxymethyl)-9h-fluoren-2-yl]amino]-4-oxobutanoic acid Chemical compound C1=C(NC(=O)CCC(O)=O)C=C2C(CO)C3=CC=CC=C3C2=C1 PQRYOOAOCNLPGT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- UIVWXNPUCAHAJX-UHFFFAOYSA-N 4-hydroxy-1,1-dioxo-2,5-diphenylthiophen-3-one Chemical compound O=S1(=O)C(C=2C=CC=CC=2)C(=O)C(O)=C1C1=CC=CC=C1 UIVWXNPUCAHAJX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- DBGXTSYRXHDCKZ-UHFFFAOYSA-N 6-(n-benzhydryl-4-methoxyanilino)hexan-1-ol Chemical compound C1=CC(OC)=CC=C1N(CCCCCCO)C(C=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 DBGXTSYRXHDCKZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- RWQUWTMOHXGTNN-UHFFFAOYSA-N 9-n,10-n-bis(4-butylphenyl)-9-n,10-n-bis(4-methylphenyl)phenanthrene-9,10-diamine Chemical compound C1=CC(CCCC)=CC=C1N(C=1C2=CC=CC=C2C2=CC=CC=C2C=1N(C=1C=CC(C)=CC=1)C=1C=CC(CCCC)=CC=1)C1=CC=C(C)C=C1 RWQUWTMOHXGTNN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- NLXLAEXVIDQMFP-UHFFFAOYSA-N Ammonium chloride Substances [NH4+].[Cl-] NLXLAEXVIDQMFP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- VHUUQVKOLVNVRT-UHFFFAOYSA-N Ammonium hydroxide Chemical compound [NH4+].[OH-] VHUUQVKOLVNVRT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- KZMGYPLQYOPHEL-UHFFFAOYSA-N Boron trifluoride etherate Chemical compound FB(F)F.CCOCC KZMGYPLQYOPHEL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- WQZGKKKJIJFFOK-QTVWNMPRSA-N D-mannopyranose Chemical compound OC[C@H]1OC(O)[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-QTVWNMPRSA-N 0.000 description 2
- 102400001368 Epidermal growth factor Human genes 0.000 description 2
- 101800003838 Epidermal growth factor Proteins 0.000 description 2
- KRHYYFGTRYWZRS-UHFFFAOYSA-N Fluorane Chemical compound F KRHYYFGTRYWZRS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- OAKJQQAXSVQMHS-UHFFFAOYSA-N Hydrazine Chemical compound NN OAKJQQAXSVQMHS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- KFZMGEQAYNKOFK-UHFFFAOYSA-N Isopropanol Chemical compound CC(C)O KFZMGEQAYNKOFK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- BAVYZALUXZFZLV-UHFFFAOYSA-N Methylamine Chemical compound NC BAVYZALUXZFZLV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000007983 Tris buffer Substances 0.000 description 2
- DZBUGLKDJFMEHC-UHFFFAOYSA-N acridine Chemical compound C1=CC=CC2=CC3=CC=CC=C3N=C21 DZBUGLKDJFMEHC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- OIRDTQYFTABQOQ-KQYNXXCUSA-N adenosine Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H]1O OIRDTQYFTABQOQ-KQYNXXCUSA-N 0.000 description 2
- 125000000539 amino acid group Chemical group 0.000 description 2
- 235000011114 ammonium hydroxide Nutrition 0.000 description 2
- 229960002685 biotin Drugs 0.000 description 2
- 235000020958 biotin Nutrition 0.000 description 2
- 239000011616 biotin Substances 0.000 description 2
- 210000004899 c-terminal region Anatomy 0.000 description 2
- 150000001732 carboxylic acid derivatives Chemical group 0.000 description 2
- 239000000969 carrier Substances 0.000 description 2
- 238000004132 cross linking Methods 0.000 description 2
- 239000012043 crude product Substances 0.000 description 2
- JXTHNDFMNIQAHM-UHFFFAOYSA-N dichloroacetic acid Chemical compound OC(=O)C(Cl)Cl JXTHNDFMNIQAHM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- HPYNZHMRTTWQTB-UHFFFAOYSA-N dimethylpyridine Natural products CC1=CC=CN=C1C HPYNZHMRTTWQTB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229940116977 epidermal growth factor Drugs 0.000 description 2
- GNBHRKFJIUUOQI-UHFFFAOYSA-N fluorescein Chemical compound O1C(=O)C2=CC=CC=C2C21C1=CC=C(O)C=C1OC1=CC(O)=CC=C21 GNBHRKFJIUUOQI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- OVBPIULPVIDEAO-LBPRGKRZSA-N folic acid Chemical compound C=1N=C2NC(N)=NC(=O)C2=NC=1CNC1=CC=C(C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O)C=C1 OVBPIULPVIDEAO-LBPRGKRZSA-N 0.000 description 2
- 238000004128 high performance liquid chromatography Methods 0.000 description 2
- 229910000040 hydrogen fluoride Inorganic materials 0.000 description 2
- 150000002500 ions Chemical class 0.000 description 2
- 125000005647 linker group Chemical group 0.000 description 2
- KWGKDLIKAYFUFQ-UHFFFAOYSA-M lithium chloride Chemical compound [Li+].[Cl-] KWGKDLIKAYFUFQ-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- 238000001819 mass spectrum Methods 0.000 description 2
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 2
- 239000012074 organic phase Substances 0.000 description 2
- 235000006408 oxalic acid Nutrition 0.000 description 2
- RDOWQLZANAYVLL-UHFFFAOYSA-N phenanthridine Chemical compound C1=CC=C2C3=CC=CC=C3C=NC2=C1 RDOWQLZANAYVLL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229920005990 polystyrene resin Polymers 0.000 description 2
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 description 2
- 239000000047 product Substances 0.000 description 2
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 2
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 2
- ZCCUUQDIBDJBTK-UHFFFAOYSA-N psoralen Chemical compound C1=C2OC(=O)C=CC2=CC2=C1OC=C2 ZCCUUQDIBDJBTK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000010898 silica gel chromatography Methods 0.000 description 2
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 2
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 2
- 229940014800 succinic anhydride Drugs 0.000 description 2
- JOXIMZWYDAKGHI-UHFFFAOYSA-N toluene-4-sulfonic acid Chemical compound CC1=CC=C(S(O)(=O)=O)C=C1 JOXIMZWYDAKGHI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- GETQZCLCWQTVFV-UHFFFAOYSA-N trimethylamine Chemical compound CN(C)C GETQZCLCWQTVFV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- VBEQCZHXXJYVRD-GACYYNSASA-N uroanthelone Chemical compound C([C@@H](C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC=1C=CC(O)=CC=1)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC=1C2=CC=CC=C2NC=1)C(=O)N[C@@H](CC=1C2=CC=CC=C2NC=1)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(O)=O)C(C)C)[C@@H](C)O)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H](CC(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H](CCC(O)=O)NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@H](CC=1NC=NC=1)NC(=O)[C@H](CCSC)NC(=O)[C@H](CS)NC(=O)[C@@H](NC(=O)CNC(=O)CNC(=O)[C@H](CC(N)=O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](CS)NC(=O)[C@H](CC=1C=CC(O)=CC=1)NC(=O)CNC(=O)[C@H](CC(O)=O)NC(=O)[C@H](CC=1C=CC(O)=CC=1)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H]1N(CCC1)C(=O)[C@H](CS)NC(=O)CNC(=O)[C@H]1N(CCC1)C(=O)[C@H](CC=1C=CC(O)=CC=1)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@@H](N)CC(N)=O)C(C)C)[C@@H](C)CC)C1=CC=C(O)C=C1 VBEQCZHXXJYVRD-GACYYNSASA-N 0.000 description 2
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 125000001834 xanthenyl group Chemical group C1=CC=CC=2OC3=CC=CC=C3C(C12)* 0.000 description 2
- VNDYJBBGRKZCSX-UHFFFAOYSA-L zinc bromide Chemical compound Br[Zn]Br VNDYJBBGRKZCSX-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 2
- HSINOMROUCMIEA-FGVHQWLLSA-N (2s,4r)-4-[(3r,5s,6r,7r,8s,9s,10s,13r,14s,17r)-6-ethyl-3,7-dihydroxy-10,13-dimethyl-2,3,4,5,6,7,8,9,11,12,14,15,16,17-tetradecahydro-1h-cyclopenta[a]phenanthren-17-yl]-2-methylpentanoic acid Chemical compound C([C@@]12C)C[C@@H](O)C[C@H]1[C@@H](CC)[C@@H](O)[C@@H]1[C@@H]2CC[C@]2(C)[C@@H]([C@H](C)C[C@H](C)C(O)=O)CC[C@H]21 HSINOMROUCMIEA-FGVHQWLLSA-N 0.000 description 1
- BDNKZNFMNDZQMI-UHFFFAOYSA-N 1,3-diisopropylcarbodiimide Chemical compound CC(C)N=C=NC(C)C BDNKZNFMNDZQMI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- HNSDLXPSAYFUHK-UHFFFAOYSA-N 1,4-bis(2-ethylhexyl) sulfosuccinate Chemical compound CCCCC(CC)COC(=O)CC(S(O)(=O)=O)C(=O)OCC(CC)CCCC HNSDLXPSAYFUHK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- ASOKPJOREAFHNY-UHFFFAOYSA-N 1-Hydroxybenzotriazole Chemical compound C1=CC=C2N(O)N=NC2=C1 ASOKPJOREAFHNY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- OBOHMJWDFPBPKD-UHFFFAOYSA-N 1-[chloro(diphenyl)methyl]-4-methoxybenzene Chemical compound C1=CC(OC)=CC=C1C(Cl)(C=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 OBOHMJWDFPBPKD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- DFPYXQYWILNVAU-UHFFFAOYSA-N 1-hydroxybenzotriazole Chemical compound C1=CC=C2N(O)N=NC2=C1.C1=CC=C2N(O)N=NC2=C1 DFPYXQYWILNVAU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- FPIPGXGPPPQFEQ-UHFFFAOYSA-N 13-cis retinol Natural products OCC=C(C)C=CC=C(C)C=CC1=C(C)CCCC1(C)C FPIPGXGPPPQFEQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- YEJVELVPUKSYEB-UHFFFAOYSA-N 2-[9-(hydroxymethyl)-9h-fluoren-1-yl]acetic acid Chemical compound C1=CC(CC(O)=O)=C2C(CO)C3=CC=CC=C3C2=C1 YEJVELVPUKSYEB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- VXGRJERITKFWPL-UHFFFAOYSA-N 4',5'-Dihydropsoralen Natural products C1=C2OC(=O)C=CC2=CC2=C1OCC2 VXGRJERITKFWPL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- MSFYYWJRJJCOEB-UHFFFAOYSA-N 4-(2-hydroxyethyl)-3-nitrobenzoic acid Chemical compound OCCC1=CC=C(C(O)=O)C=C1[N+]([O-])=O MSFYYWJRJJCOEB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000001999 4-Methoxybenzoyl group Chemical group [H]C1=C([H])C(=C([H])C([H])=C1OC([H])([H])[H])C(*)=O 0.000 description 1
- QJNLUNBGDFUULX-UHFFFAOYSA-N 4-n,4-n'-dimethyl-3h-pyridine-4,4-diamine Chemical compound CNC1(NC)CC=NC=C1 QJNLUNBGDFUULX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000002124 5'-adenosyl group Chemical group N1=CN=C2N(C=NC2=C1N)[C@H]1[C@H](O)[C@H](O)[C@H](O1)C* 0.000 description 1
- SUTWPJHCRAITLU-UHFFFAOYSA-N 6-aminohexan-1-ol Chemical compound NCCCCCCO SUTWPJHCRAITLU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- STQGQHZAVUOBTE-UHFFFAOYSA-N 7-Cyan-hept-2t-en-4,6-diinsaeure Natural products C1=2C(O)=C3C(=O)C=4C(OC)=CC=CC=4C(=O)C3=C(O)C=2CC(O)(C(C)=O)CC1OC1CC(N)C(O)C(C)O1 STQGQHZAVUOBTE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- DXSSNABWMAAQGJ-UHFFFAOYSA-N 9h-carbazole-1-carbonyl chloride Chemical compound C12=CC=CC=C2NC2=C1C=CC=C2C(=O)Cl DXSSNABWMAAQGJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108090001008 Avidin Proteins 0.000 description 1
- 102400000967 Bradykinin Human genes 0.000 description 1
- 101800004538 Bradykinin Proteins 0.000 description 1
- XPDXVDYUQZHFPV-UHFFFAOYSA-N Dansyl Chloride Chemical compound C1=CC=C2C(N(C)C)=CC=CC2=C1S(Cl)(=O)=O XPDXVDYUQZHFPV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- WEAHRLBPCANXCN-UHFFFAOYSA-N Daunomycin Natural products CCC1(O)CC(OC2CC(N)C(O)C(C)O2)c3cc4C(=O)c5c(OC)cccc5C(=O)c4c(O)c3C1 WEAHRLBPCANXCN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- QOSSAOTZNIDXMA-UHFFFAOYSA-N Dicylcohexylcarbodiimide Chemical compound C1CCCCC1N=C=NC1CCCCC1 QOSSAOTZNIDXMA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000002965 ELISA Methods 0.000 description 1
- PIICEJLVQHRZGT-UHFFFAOYSA-N Ethylenediamine Chemical compound NCCN PIICEJLVQHRZGT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- PNKUSGQVOMIXLU-UHFFFAOYSA-N Formamidine Chemical group NC=N PNKUSGQVOMIXLU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- QXZGBUJJYSLZLT-UHFFFAOYSA-N H-Arg-Pro-Pro-Gly-Phe-Ser-Pro-Phe-Arg-OH Natural products NC(N)=NCCCC(N)C(=O)N1CCCC1C(=O)N1C(C(=O)NCC(=O)NC(CC=2C=CC=CC=2)C(=O)NC(CO)C(=O)N2C(CCC2)C(=O)NC(CC=2C=CC=CC=2)C(=O)NC(CCCN=C(N)N)C(O)=O)CCC1 QXZGBUJJYSLZLT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000002841 Lewis acid Substances 0.000 description 1
- NQTADLQHYWFPDB-UHFFFAOYSA-N N-Hydroxysuccinimide Chemical compound ON1C(=O)CCC1=O NQTADLQHYWFPDB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- OVBPIULPVIDEAO-UHFFFAOYSA-N N-Pteroyl-L-glutaminsaeure Natural products C=1N=C2NC(N)=NC(=O)C2=NC=1CNC1=CC=C(C(=O)NC(CCC(O)=O)C(O)=O)C=C1 OVBPIULPVIDEAO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229930192627 Naphthoquinone Natural products 0.000 description 1
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 1
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 1
- 229910019142 PO4 Inorganic materials 0.000 description 1
- 108091093037 Peptide nucleic acid Proteins 0.000 description 1
- 102000010780 Platelet-Derived Growth Factor Human genes 0.000 description 1
- 108010038512 Platelet-Derived Growth Factor Proteins 0.000 description 1
- 239000004952 Polyamide Substances 0.000 description 1
- WCUXLLCKKVVCTQ-UHFFFAOYSA-M Potassium chloride Chemical class [Cl-].[K+] WCUXLLCKKVVCTQ-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- CDBYLPFSWZWCQE-UHFFFAOYSA-L Sodium Carbonate Chemical class [Na+].[Na+].[O-]C([O-])=O CDBYLPFSWZWCQE-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 229920004890 Triton X-100 Polymers 0.000 description 1
- 239000013504 Triton X-100 Substances 0.000 description 1
- FPIPGXGPPPQFEQ-BOOMUCAASA-N Vitamin A Natural products OC/C=C(/C)\C=C\C=C(\C)/C=C/C1=C(C)CCCC1(C)C FPIPGXGPPPQFEQ-BOOMUCAASA-N 0.000 description 1
- 229930003316 Vitamin D Natural products 0.000 description 1
- QYSXJUFSXHHAJI-XFEUOLMDSA-N Vitamin D3 Natural products C1(/[C@@H]2CC[C@@H]([C@]2(CCC1)C)[C@H](C)CCCC(C)C)=C/C=C1\C[C@@H](O)CCC1=C QYSXJUFSXHHAJI-XFEUOLMDSA-N 0.000 description 1
- 229930003427 Vitamin E Natural products 0.000 description 1
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- CKUGMXWFFBQIPT-UHFFFAOYSA-N acridin-10-ium;(2,5-dioxopyrrolidin-1-yl) carbonate Chemical compound [O-]C(=O)ON1C(=O)CCC1=O.C1=CC=CC2=CC3=CC=CC=C3[NH+]=C21 CKUGMXWFFBQIPT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- DZBUGLKDJFMEHC-UHFFFAOYSA-O acridine;hydron Chemical compound C1=CC=CC2=CC3=CC=CC=C3[NH+]=C21 DZBUGLKDJFMEHC-UHFFFAOYSA-O 0.000 description 1
- 150000001251 acridines Chemical class 0.000 description 1
- 230000003213 activating effect Effects 0.000 description 1
- 239000007825 activation reagent Substances 0.000 description 1
- 239000012190 activator Substances 0.000 description 1
- 239000000654 additive Substances 0.000 description 1
- 239000003513 alkali Substances 0.000 description 1
- FPIPGXGPPPQFEQ-OVSJKPMPSA-N all-trans-retinol Chemical compound OC\C=C(/C)\C=C\C=C(/C)\C=C\C1=C(C)CCCC1(C)C FPIPGXGPPPQFEQ-OVSJKPMPSA-N 0.000 description 1
- 239000003708 ampul Substances 0.000 description 1
- 229940027998 antiseptic and disinfectant acridine derivative Drugs 0.000 description 1
- 125000003435 aroyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000003236 benzoyl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C(C([H])=C1[H])C(*)=O 0.000 description 1
- 125000001797 benzyl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C(C([H])=C1[H])C([H])([H])* 0.000 description 1
- 125000001584 benzyloxycarbonyl group Chemical group C(=O)(OCC1=CC=CC=C1)* 0.000 description 1
- 239000003613 bile acid Substances 0.000 description 1
- 238000009739 binding Methods 0.000 description 1
- 210000001772 blood platelet Anatomy 0.000 description 1
- QXZGBUJJYSLZLT-FDISYFBBSA-N bradykinin Chemical compound NC(=N)NCCC[C@H](N)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)N1[C@H](C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC=2C=CC=CC=2)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N2[C@@H](CCC2)C(=O)N[C@@H](CC=2C=CC=CC=2)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(O)=O)CCC1 QXZGBUJJYSLZLT-FDISYFBBSA-N 0.000 description 1
- 239000006227 byproduct Substances 0.000 description 1
- 150000001718 carbodiimides Chemical class 0.000 description 1
- 238000000170 chemical ionisation mass spectrum Methods 0.000 description 1
- AOGYCOYQMAVAFD-UHFFFAOYSA-N chlorocarbonic acid Chemical class OC(Cl)=O AOGYCOYQMAVAFD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- HVYWMOMLDIMFJA-DPAQBDIFSA-N cholesterol group Chemical group [C@@H]1(CC[C@H]2[C@@H]3CC=C4C[C@@H](O)CC[C@]4(C)[C@H]3CC[C@]12C)[C@H](C)CCCC(C)C HVYWMOMLDIMFJA-DPAQBDIFSA-N 0.000 description 1
- 239000012230 colorless oil Substances 0.000 description 1
- 150000001893 coumarin derivatives Chemical class 0.000 description 1
- 125000001295 dansyl group Chemical group [H]C1=C([H])C(N(C([H])([H])[H])C([H])([H])[H])=C2C([H])=C([H])C([H])=C(C2=C1[H])S(*)(=O)=O 0.000 description 1
- STQGQHZAVUOBTE-VGBVRHCVSA-N daunorubicin Chemical compound O([C@H]1C[C@@](O)(CC=2C(O)=C3C(=O)C=4C=CC=C(C=4C(=O)C3=C(O)C=21)OC)C(C)=O)[C@H]1C[C@H](N)[C@H](O)[C@H](C)O1 STQGQHZAVUOBTE-VGBVRHCVSA-N 0.000 description 1
- DEZRYPDIMOWBDS-UHFFFAOYSA-N dcm dichloromethane Chemical compound ClCCl.ClCCl DEZRYPDIMOWBDS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000001212 derivatisation Methods 0.000 description 1
- 238000003795 desorption Methods 0.000 description 1
- 229960005215 dichloroacetic acid Drugs 0.000 description 1
- BGRWYRAHAFMIBJ-UHFFFAOYSA-N diisopropylcarbodiimide Natural products CC(C)NC(=O)NC(C)C BGRWYRAHAFMIBJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000002147 dimethylamino group Chemical group [H]C([H])([H])N(*)C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- UXGNZZKBCMGWAZ-UHFFFAOYSA-N dimethylformamide dmf Chemical compound CN(C)C=O.CN(C)C=O UXGNZZKBCMGWAZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000001035 drying Methods 0.000 description 1
- 239000003480 eluent Substances 0.000 description 1
- 238000010265 fast atom bombardment Methods 0.000 description 1
- 238000004992 fast atom bombardment mass spectroscopy Methods 0.000 description 1
- 238000002143 fast-atom bombardment mass spectrum Methods 0.000 description 1
- MHMNJMPURVTYEJ-UHFFFAOYSA-N fluorescein-5-isothiocyanate Chemical compound O1C(=O)C2=CC(N=C=S)=CC=C2C21C1=CC=C(O)C=C1OC1=CC(O)=CC=C21 MHMNJMPURVTYEJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229960000304 folic acid Drugs 0.000 description 1
- 235000019152 folic acid Nutrition 0.000 description 1
- 239000011724 folic acid Substances 0.000 description 1
- 125000000524 functional group Chemical group 0.000 description 1
- WIGCFUFOHFEKBI-UHFFFAOYSA-N gamma-tocopherol Natural products CC(C)CCCC(C)CCCC(C)CCCC1CCC2C(C)C(O)C(C)C(C)C2O1 WIGCFUFOHFEKBI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000003630 glycyl group Chemical group [H]N([H])C([H])([H])C(*)=O 0.000 description 1
- PCHJSUWPFVWCPO-UHFFFAOYSA-N gold Chemical compound [Au] PCHJSUWPFVWCPO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000010931 gold Substances 0.000 description 1
- 229910052737 gold Inorganic materials 0.000 description 1
- VKYKSIONXSXAKP-UHFFFAOYSA-N hexamethylenetetramine Chemical compound C1N(C2)CN3CN1CN2C3 VKYKSIONXSXAKP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- NPZTUJOABDZTLV-UHFFFAOYSA-N hydroxybenzotriazole Substances O=C1C=CC=C2NNN=C12 NPZTUJOABDZTLV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000009830 intercalation Methods 0.000 description 1
- 238000004255 ion exchange chromatography Methods 0.000 description 1
- 239000012948 isocyanate Substances 0.000 description 1
- 150000002513 isocyanates Chemical class 0.000 description 1
- 150000002540 isothiocyanates Chemical class 0.000 description 1
- 238000002372 labelling Methods 0.000 description 1
- 150000007517 lewis acids Chemical class 0.000 description 1
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 1
- 238000011068 loading method Methods 0.000 description 1
- 239000000463 material Substances 0.000 description 1
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 1
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 1
- LNOLJFCCYQZFBQ-UHFFFAOYSA-N n-[(4-nitrophenyl)-phenylmethylidene]hydroxylamine Chemical compound C=1C=C([N+]([O-])=O)C=CC=1C(=NO)C1=CC=CC=C1 LNOLJFCCYQZFBQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 150000002791 naphthoquinones Chemical class 0.000 description 1
- 238000006386 neutralization reaction Methods 0.000 description 1
- 230000003472 neutralizing effect Effects 0.000 description 1
- XUZLXCQFXTZASF-UHFFFAOYSA-N nitro(phenyl)methanol Chemical compound [O-][N+](=O)C(O)C1=CC=CC=C1 XUZLXCQFXTZASF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- VWBWQOUWDOULQN-UHFFFAOYSA-N nmp n-methylpyrrolidone Chemical compound CN1CCCC1=O.CN1CCCC1=O VWBWQOUWDOULQN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000000636 p-nitrophenyl group Chemical group [H]C1=C([H])C(=C([H])C([H])=C1*)[N+]([O-])=O 0.000 description 1
- RGSFGYAAUTVSQA-UHFFFAOYSA-N pentamethylene Natural products C1CCCC1 RGSFGYAAUTVSQA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- DGTNSSLYPYDJGL-UHFFFAOYSA-N phenyl isocyanate Chemical compound O=C=NC1=CC=CC=C1 DGTNSSLYPYDJGL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- UYWQUFXKFGHYNT-UHFFFAOYSA-N phenylmethyl ester of formic acid Natural products O=COCC1=CC=CC=C1 UYWQUFXKFGHYNT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-K phosphate Chemical compound [O-]P([O-])([O-])=O NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 239000010452 phosphate Substances 0.000 description 1
- XYFCBTPGUUZFHI-UHFFFAOYSA-O phosphonium Chemical compound [PH4+] XYFCBTPGUUZFHI-UHFFFAOYSA-O 0.000 description 1
- 229920002647 polyamide Polymers 0.000 description 1
- 239000012264 purified product Substances 0.000 description 1
- 230000010837 receptor-mediated endocytosis Effects 0.000 description 1
- 102000005962 receptors Human genes 0.000 description 1
- 108020003175 receptors Proteins 0.000 description 1
- 125000006853 reporter group Chemical group 0.000 description 1
- 238000005185 salting out Methods 0.000 description 1
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 1
- 239000011734 sodium Substances 0.000 description 1
- 150000003431 steroids Chemical group 0.000 description 1
- 238000003756 stirring Methods 0.000 description 1
- XTHPWXDJESJLNJ-UHFFFAOYSA-N sulfurochloridic acid Chemical compound OS(Cl)(=O)=O XTHPWXDJESJLNJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000000725 suspension Substances 0.000 description 1
- 125000000999 tert-butyl group Chemical group [H]C([H])([H])C(*)(C([H])([H])[H])C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- 125000005931 tert-butyloxycarbonyl group Chemical group [H]C([H])([H])C(OC(*)=O)(C([H])([H])[H])C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- YLQBMQCUIZJEEH-UHFFFAOYSA-N tetrahydrofuran Natural products C=1C=COC=1 YLQBMQCUIZJEEH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- WHRNULOCNSKMGB-UHFFFAOYSA-N tetrahydrofuran thf Chemical compound C1CCOC1.C1CCOC1 WHRNULOCNSKMGB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- WROMPOXWARCANT-UHFFFAOYSA-N tfa trifluoroacetic acid Chemical compound OC(=O)C(F)(F)F.OC(=O)C(F)(F)F WROMPOXWARCANT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- SIOVKLKJSOKLIF-HJWRWDBZSA-N trimethylsilyl (1z)-n-trimethylsilylethanimidate Chemical compound C[Si](C)(C)OC(/C)=N\[Si](C)(C)C SIOVKLKJSOKLIF-HJWRWDBZSA-N 0.000 description 1
- 229930003231 vitamin Chemical group 0.000 description 1
- 239000011782 vitamin Chemical group 0.000 description 1
- 229940088594 vitamin Drugs 0.000 description 1
- 235000013343 vitamin Nutrition 0.000 description 1
- 235000019155 vitamin A Nutrition 0.000 description 1
- 239000011719 vitamin A Substances 0.000 description 1
- 235000019166 vitamin D Nutrition 0.000 description 1
- 239000011710 vitamin D Substances 0.000 description 1
- 150000003710 vitamin D derivatives Chemical class 0.000 description 1
- 235000019165 vitamin E Nutrition 0.000 description 1
- 229940046009 vitamin E Drugs 0.000 description 1
- 239000011709 vitamin E Substances 0.000 description 1
- 229940045997 vitamin a Drugs 0.000 description 1
- 229940046008 vitamin d Drugs 0.000 description 1
- 150000003722 vitamin derivatives Chemical group 0.000 description 1
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 1
- 229940102001 zinc bromide Drugs 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07D—HETEROCYCLIC COMPOUNDS
- C07D473/00—Heterocyclic compounds containing purine ring systems
- C07D473/02—Heterocyclic compounds containing purine ring systems with oxygen, sulphur, or nitrogen atoms directly attached in positions 2 and 6
- C07D473/18—Heterocyclic compounds containing purine ring systems with oxygen, sulphur, or nitrogen atoms directly attached in positions 2 and 6 one oxygen and one nitrogen atom, e.g. guanine
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07D—HETEROCYCLIC COMPOUNDS
- C07D473/00—Heterocyclic compounds containing purine ring systems
- C07D473/26—Heterocyclic compounds containing purine ring systems with an oxygen, sulphur, or nitrogen atom directly attached in position 2 or 6, but not in both
- C07D473/32—Nitrogen atom
- C07D473/34—Nitrogen atom attached in position 6, e.g. adenine
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/001—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof by chemical synthesis
- C07K14/003—Peptide-nucleic acids (PNAs)
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C08—ORGANIC MACROMOLECULAR COMPOUNDS; THEIR PREPARATION OR CHEMICAL WORKING-UP; COMPOSITIONS BASED THEREON
- C08G—MACROMOLECULAR COMPOUNDS OBTAINED OTHERWISE THAN BY REACTIONS ONLY INVOLVING UNSATURATED CARBON-TO-CARBON BONDS
- C08G69/00—Macromolecular compounds obtained by reactions forming a carboxylic amide link in the main chain of the macromolecule
- C08G69/02—Polyamides derived from amino-carboxylic acids or from polyamines and polycarboxylic acids
- C08G69/08—Polyamides derived from amino-carboxylic acids or from polyamines and polycarboxylic acids derived from amino-carboxylic acids
- C08G69/10—Alpha-amino-carboxylic acids
-
- Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
- Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
- Y02P—CLIMATE CHANGE MITIGATION TECHNOLOGIES IN THE PRODUCTION OR PROCESSING OF GOODS
- Y02P20/00—Technologies relating to chemical industry
- Y02P20/50—Improvements relating to the production of bulk chemicals
- Y02P20/55—Design of synthesis routes, e.g. reducing the use of auxiliary or protecting groups
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Gastroenterology & Hepatology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Polymers & Plastics (AREA)
- Peptides Or Proteins (AREA)
- Organic Low-Molecular-Weight Compounds And Preparation Thereof (AREA)
- Saccharide Compounds (AREA)
- Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
Description
Foreliggende oppfinnelse vedrører en fremgangsmåte for fremstilling av PNA-oligomerer.
Peptider henholdsvis polyamide nukleinsyrer (PNA) er DNA-analoge forbindeleser idet det oksyribose-fosfatgitteret er erstattet med en peptid-oligomer. De tidligere i litteraturen beskrevne syntesene (Michael Egholm, Peter E. Nielsen, Ole" Buchardt og Rolf H. Berg, J. Am. Chem. Soc. 1992,114, 9677-9678; Ole Buchardt, Michael Egholm, Peter E. Nielsen og Rolf H. Berg, WO 92/20702) anvender for temporær beskyttelse av aminogruppen til monomerene de syrelabile tert-butyloksykarbonyl (Boc)-beskyttelsesgruppene, som blir avspaltet ved hjelp av middels sterke syrer, som for eksempel trifluoreddiksyre. Fastfasesyntesen av oligomerer følger den vanlige peptidsyntesefremgangsmåten, som for eksempel beskrevet av Merrifield (B. Merrifield, J. Am. Chem. Soc. 1963, 85,2149). Avspaltningen av PNA-oligomerer fra fast bærer foregår med en sterk syre, vanligvis med flytende hydrogenfluorid. Den gjentatte behandlingen med trifluoreddiksyre og påfølgende spaltning med hydrogenfluorid er ikke kompatibel med syntese av blandede PNA/DNA-sekvenser idet under disse betingelsene er den nukleosidiske bindingen ikke stabil. Spesielt blir purinnukleosiddes-oksyguanosin og desoksyadenosin raskt avspaltet med sterke syrer på den N-glukosi-diske bindingen. Videre er det for syntese av slike molekyler ønskelig å anvende vanlig DNA-syntetisering og ennvidere bibeholdelse av den anvendte kjemien.
WO 93/12129 Al og EP 0 646 596 Bl beskriver begge anvendelsen av en baselabil, midlertidig aminobeskyttelsesgruppe, hvilket muliggjør avspaltning av PNA-oligomeren fra bæreren med svake og middels sterke syrer. I WO 93/12129 Al blir for eksempel den syrelabile Boc-beskyttelsesgruppen innsatt og polymeren spaltet fra bæreren med en sterk syre. Det samme gjelder for EP 0 646 596 Bl.
Målet for oppfinnelsen er oppnåelse av en fremgangsmåte med en mot svake syrer labil temporær amino-beskyttelsesgruppe for oppbygning av PNA-oligomeren som muliggjør en avspaltning fra faste bærere under de vanlige for oligonukleotider anvendte basiske fremgangsmåtene.
Foreliggende oppfinnelse tilveiebringer en fremgangsmåte for fremstilling av PNA-oligomerer med formel I
hvor f = 1-4, og g = U-3.
r<P> er hydrogen, Cj-Ci<g> alkanoyl, Ci-Cig alkoksykarbonyl, C3-C8<cy>kloalkanoyl, C7-C15 aroyl, C3-C13 heteroaryl eller en gruppe, som begunstiger det intracellulære opptaket av oligomeren eller som interagerer med målnukleinsyrer under hybrideringen,
A betyr et aminosyreradikal;
k betyr et helt tall fra 0 til 10;
Q betyr et aminosyreradikal; 1 betyr et helt tall fra 0 til 10;
B betyr en innen nukleotidkjemien vanlig naturlige nukleotidbase eller unaturlig nukleotidbase eller promedikamentformer derav, eller også baseerstattelsesforbindelser; Q° betyr hydroksy, NH2 eller NHR" hvor R" = Ci-Cis-alkyl, C2-Ci8-aminoalkyl eller C2-Ci8-hydr°ksyaUcyi; °g
n betyr et helt tall fra 1-50,
kjennetegnet ved at man
a) enten først kobler aminosyrer (Q')på en polymer bærer med formel II
som er utstyrt med en ankergruppe L, som latent inneholder radikalet Q^ med en for
fastfasesyntese vanlig fremgangsmåte,
b) avspalter beskyttelsesgruppen PG som er labil overfor svek syre ved hjelp av et egnet reagens,
c) gjentar trinnene a og b (1-1) ganger,
d) tilkobler på den derved som mellomprodukt oppståtte forbindelsen med formel HI
hvor L er som definert ovenfor, Q\ betyr en aminosyre Q som eventuelt er beskyttet i
sidekjeden, og 1 betyr et helt tall fra 0 til 10 med formel II en forbindelse med formel
IV
hvor PG betyr en mot svake syrer labil beskyttelsesgruppe og BVX betyr en byggesten som definert i formel I, med en på den eksocykliske amino- eller hydroksylfunksjon eventuelt beskyttede nukleotidbasen, hvor B' er naturlige nukleotidbaser eller ikke-naturlige nukleotidbaser som konvensjonelt anvendes innenfor nukleotidkjemien eller deres promedikamentformer eller for øvrig basesubstituttforbindelser hvis eksocykliske amino- eller hydroksygrupper eventuelt er beskyttet ved hjelp av kjente beskyttende grupper, eller for øvrig kobling av en forbindelse av formel IV direkte på den polymere bæreren av formel II, ved anvendelse av koblingsreagenser som konvensjonelt anvendes innenfor peptidkjemien, e) avspalter den temporære, mot svake syrer labile, beskyttelsesgruppen PG ved hjelp av et egnet reagens,
f) trinnene d og e blir gjentatt (n-1) ganger,
g) tilkobler med en for fastfasesyntesen vanlig fremgangsmåte til ytterligere aminosyre (A'), h) avspalter den mot svake syrer labile beskyttelsesgruppen PG ved hjelp av et egnet reagens,
i) gj entar trinnene g og h (k-1) ganger,
j) dersom R<P> ikke er hydrogen, blir resten R<P> innført med en vanlig fremgangsmåte,
k) avspalter forbindelsen ifølge formel I fra den polymeriske bæreren ut av forbindelsen ifølge formel Ia oppnådd som intermediat
hvor RO, k, BVX, n, Q1 og 1 er definert som ovenfor, A' betyr en aminosyre A som eventuelt er beskyttet i sidekjeden, og L betyr en ankergruppe, ved hjelp av et avspaltningsreagens, hvor valgfritt tilstedeværende beskyttelsesgrupper på den eksocykliske amino- henholdsvis hydroksyfunksjon til nukleotidbasen og på sidekjeden til aminosyrene blir avspaltet samtidig eller etter hverandre.
Nedenfor angis synteseskjema for PNA som viser reaksjonsforløpet:
Grupper som begunstiger det intracellulære opptaket av oligomeren er eksempelvis alkanoyl- og alkoksykarbonylforbindelser med forskjellige lipofile rester som -(CH2)x-CH3, hvor x betyr et helt tall fra 6-18, (CH2)n-CH=CH-CH2)m-CH3, hvor n og m uavhengig av hverandre betyr et helt tall fra 6 til 12, -(CH2CH20)4-(CH2)q-CH3, -(CH2CH20)8 - (CH2)i3-CH3 og -(CH2CH20)7-(C<H>2)i5-CH3, men også steroidrester som kolesteryl eller vitaminrester som vitamin E, vitamin A eller vitamin D og andre konjugater som utnytter naturlige bærersystemer som gallesyre, folsyre, 2-(N-alkyl, N-alkoksy)-aminoantrakinon og konjugater av mannose og peptider av tilsvarende reseptorer, som fører til reseptorformidlet endozytose til oligomeren som EGF (epidermal vekstfaktor), bradykinin og PDGF (blodpateavledet vekstfaktor). Under merkingsgrupper hører fluorescerende grupper som eksempelvis dansyl- (N-dimetyl-1-aminonaftyl-5-sulfonyl-), fluorescin- eller kumarin-derivater eller kjemilumenescerende grupper, som eksempelvis acridin-derivater samt det ved hjelp av ELISA påvisbare digoksygenin-systemet, de via biotin/avidin-systemet påvisbare biotingruppene eller linkerarmer med funksjonelle grupper, som muliggjør en påfølgende derivatisering med påvisbare reportergrupper, eksempelvis en aminoalkyllinker, som blir omsatt med en akridinium-aktivester til kjemiluminescensprobe. Vanlige markeringsgrupper er: Grupper som ved hybridisering av oligomeren angriper mål-nukleinsyren under binding, tverrbinding eller spaltning er eksempelvis akridin-, psoralen-, fenantridin, naftokinon-, daunomycin- eller kloretylaminoaryl-konjugat. Vanlige interkalerende og tverrbindende rester er:
trimetylfosforalenkonjugat (=psoraler", X = 0)
Ankergruppen L som latent inneholder funksjonen Q^ er f.eks beskrevet av George Barany, Nancy Kneib-Cordonier og Daniel G. Mullen, Int. J. Peptide Protein Res., 1987, 30, 705-739.
Polymer bærer som er utstyrt med en ankergruppe som latent inneholder gruppen Q^ er eksempelvis p-nitrobenzofenonoksim-polystyren-harpiks (E.T. Kaiser, S.H. Nakagawa, J. Org. Chem. 1983,48,678-685), 4-(2-hydroksyetylsulfonyl)benzyol-harpiks eller de med en primær aminogruppe funksjonaliserte polymerbærerne, som for eksempel <®>polyHIPE, <®>Tentagel, <®>Controlled Pore Glass, Polystyren, hvorpå det er koblet en av de latente gruppe Q^ inneholdende ankergrupper som for eksempel 4-hydroksymetylbenzosyre, (E. Atherton, C.J. Logan, R.C. Sheppard, J. Chem. Soc, Perkin Trans L, 538-546 (1981)), 9-hydroksymetylfluor-4-karboksylsyre (M. Mutter, D. Bellof, Heiv. Chim. Acta 67,2009-2016 (1984)), 4-(2-hydroksyetylsulfonyl)benzosyre (R. Schwyzer, E. Felder, P. Failli, Heiv. Chim. Acta 67,1316-1327 (1984)); (9-(hydroksymetyl)-2-fluorenyleddiksyre (Y.Z. Liu, S.H. Ding, J.Y. Chu, A.M. Felix, Int. J. Peptide Protein Res. 35, 95-98 (1990)), N-[9-(hydroksymetyl)-2-fluorenyl]-ravsyremonoamid; 4-(2-hydroksyetyl)-3-nitrobenzosyre, (F. Albericio, E. Giralt, R. Eritja, Tetrahedron Lett. 1991,1515-1518), ravsyre-mono(amino-C2-Ci8)alkyl)ester, oksalsyre-mono(amino-C2-Ci6)alkyl)ester og lignende.
Det anvendes fortrinnsvis følgende ankergrupper eller allerede på polymere bærere bundete ankergrupper: p-nitrobenzofenonoksim-polystyren-harpiks, 4-(2-hydroksyetyl-sulfonyl)benzoyl-harpiks eller de med en primær aminogruppe funksjonaliserte bærerne av typen Tentagel, Controlled Pore Glass, Polystyren, latent gruppen Q^ inneholdende koblet ankergruppe, som 4-hydroksymetylbenzosyre, 4-(2-hydroksyetylsulfo-nyl)benzosyre, N-[9-(hydroksymetyl)-2-fluorenyl]-ravsyremonoamid, ravsyre-mono(amino-C2-C \ 6)alkyl)ester eller oksalsyre-mono(amino-C2-C \ 6)alkyl)ester.
Mot svake syrer labile beskyttelsesgrupper PG utgjør f.eks l-(l-adamantyl)l-metyl-etyoksykarbonyl (Adpoc), l-(3,5.-di.tert.-butylfenyl)l-metylenoksykarbonyl (t-Bumeoc), 1-metyl l-(4-bifenyl)etyloksykarbonyl (Bpoc), 3,5-dimetoksyfenyl-2-propyl-2-oksykarbonyl (Ddz) eller av trityl-typer som trifenylmetyl (Trt), (4-metoksy-fenyl)difenylmetyl (Mmt), (4-metylfenyl)difenylmetyl (Mtt), di-(4-metoksy-fenyl)fenylmetyl (Dmt), 9-(9-fenyl)xantenyl (Pixyl) spesielt foretrukket er beskyttelsesgrupper av trityl-type, som Trt, Mmt, Dmt, helt spesielt foretrukket er anvendelse av Mmt-beskyttelsesgrupper.
De i trinn a i ovennevnte syntesefremgangsmåte benyttede i peptidsyntesen vanlige aktiveringsmetoder er f.eks de som er beskrevet Houben-Weyl, Methoden der orga-nischen Chemie, Band 15/2, Georg Thiene Verlag Stutgart, 1974. Ytterligere reagenser er f.eks BOP (B. Castro, J.R. Dormoy, G. Evin og C. Selve, Tetrahedron Lett. 1975, 1219-1222), PyBOP (J. Coste, D. Le-Nguyen og B. Castro, Tetrahedron Lett. 1990,205-208), BroP (J. Coste, M.-N. Dufour, A. Pantaloni og B. Castro, Tetrahedron Lett. 1990, 669-672), PyBroP (J. Coste, E. Frerot, P. Jouin og B. Castro, Tetrahedron Lett. 1991, 1967-1970) og uronium-reagenser, som f.eks HBTU (V. Dourtoglou, B. Gross, C. Lambropoulou, C. Zioudrou, Synthesis 1984, 572-574), TBTU, TPTU, TSTU, TNTU (R. Knorr, A. Trzeciak, W. Bannwarth og D. Gillessen, Tetrahedron Letters 1989,1927-1930), TOTU (EP-A-0 460 446) HATU (L.A. Caprino, J. Am. Chem. SOc, 1993,115, 4397-4398), HAPyU, TAPipU (A. Ehrlichm, S. Rothemund, M. Brudel, M. Beyermann, L.A. Carpino og M. Bienert, Tetrahedron Lett. 1993,4781-4784), BOI (K. Akaji, N. Kuriyama, T. Kimura, Y. Fujiwara og Y. Kiso, Tetrahedron Lett. 1992,3177-3180) eller 2,4,6-mesitylensulfonyl-3-nitro-l,2,4-triazolid (MSNT) (B. Blankenmeyer-Menge, M. Nimitz og R. Frank, Tetrahedron Lett. 1990,1701-1704), 2,5-difenyl-2,3-dihydro-3-okso-4-hydroksytiofendioksyd (TDO) (R. Kirstgen, R.C. Sheppard, W. Steglixh, J. Chem. Soc. Chem. Commun. 1987,1870-1871) eller aktivert ester (D. Hudson) Peptide Res. 1990, 51-55), som beskrevet i disse litteraturhenvisningene.
Foretrukket er anvendelse av karbodiimider, for eksempel dicykloheksylkarbodiimid eller diisopropylkarbodiimid. Det anvendes ellers fortrinnsvis fosfonium-reagenser, som f.eks PyBOP eller PyBroP, uronium-reagenser, som f.eks HBTU, TBTU, TPTU, TSTU, TNTU, TOTU, HATU eller BOI.
Koblingen kan deretter bli gjennomført direkte ved tilsetning av aminosyrederivat eller PNA-monomer med formel IV med aktiveringsreagens og eventuelt under tilførsel av additiver som f.eks 1-hydroksybenzotriazol (HOBt) (W. Konig, R. Geiger, Chem. Ber. 103,188 (1970) eller 3-hydroksy-4-okso-3,4-dihydrobenzotriazin (HOObt) (W. Konig, R. Geiger, Chem. Ber. 103,2034 (1970) til harpiks eller foraktivering av byggestenen som aktivert ester kan foregå separat og oppløsning av den aktiverte formen i et egnet oppløsningsmiddel til koblingsdyktig polymer.
Som beskyttelsesgruppe for den eksocykliske aminofunksjonen til den beskyttede nukleobasen B<1> anvendes beskyttelsesgrupper som er kompatible med de mot svake syrer labile beskyttelsesgrupper PG. Fortrinnsvis anvendes beskyttelsesgrupper som benzoyl-, isobutanoyl-, acetyl-, fenoksyacetyl-, 4-(t-butyl)-benzoyl, 4-(t-butyl)fenoksyacetyl-, 4-(metoksy)-benzoyl-, 2-(4-nitrofenyl)etyloksykarbonyl-, 2-(2,4-dinitro-fenyl)etyloksykarbonyl-, 9-fluorenylmetoksykarbonyl-, difenylkarbamoyl- eller formamidingrupper. Spesielt foretrukket er benzoyl-, isobutanoyl-, 4-(t-butyl)-benzoyl-, 2-(4-nitrofenyl)etyloksykarbonyl-, 2-(2,4-dinitrofenyl)etyloksykarbonyl-, 9-fluorenylmetoksykarbonyl-, 4-(metoksy)-benzoyl- eller para-(t-butyl)-fenoksyacetyl-, para-nitrofenyl-2-etyloksykarbonylgrupper og for guanin en kombinasjon av 2-N-acetyl med 6-O-difenylkarbamoylgruppe.
Avspaltningsreagenser for de mot svake syrer labile aminobeskyttelsesgruppene PG utgjør eksempelvis en oppløsning av 1-10 % trifluoreddiksyre i diklormetan, en opp-løsning av 1-10 % trikloreddiksyre i diklormetan, en oppløsning av 2-15 % diklor-eddiksyre i diklormetan eller 1-5 % p-toluensulfonsyre i diklormetan. Videre kan også Lewis-syrer, anvendes som eksempelvis bortrifluorid-eterat eller sinkbromid i diklormetan/isopropanol.
Tilkobling av aminosyrerestene Q<1> henholdsvis A<1> ifølge formel Ia foregår med aminosyrederivater som fortrinnsvis bærer de samme aminobeskyttelsesgruppene PG som også anvendes for forbindelser med formel IV. Eventuelle tilstedeværende sidekjede-funksjoner til aminosyrer er utstyrt med en mot baser eller alkalilut labile beskyttelsesgrupper, som f.eks 9-fluorenylmetyl (Fm) eller 9-fluorenylmetoksykarbonyl (Fmoc). Foretrukket er herved aminosyrederivater som PG-Gly-OH, PG-Tic-OH, PG-Pro-OH, PG-Phe-OH, PG-Oic-OH, PG-Lys(Fmoc)-OH, PG-Arg(Fmoc)-OH, PG-Cys(Fm)-OH, PG-Asp(OFm)-OH, PG-Glu(OFm)-OH, PG-Aeg(Fmoc)-OH, PG-His-(TH)-OH, hvor PG har ovennevnte betydning. Spesielt foretrukket er her følgende aminosyrederivater: Mmt-Gly-OH, Mmt-Tic-OH, Mmt-Pro-OH, Mmt-Phe-OH, Mmt-Oic-OH, Mmt-Lys(Fmoc)-OH, Mmt-Arg(Fmoc)-OH, Mmt-Cys(Fm)-OH, Mmt-Asp(OFm)-OH, Mmt-Glu(OFm)-OH, Mmt-Aeg(Fmoc)-OH, Mmt-His(Fmoc)-OH.
Fremstilling av de i den ovennevnte syntesefremgangsmåten anvendte forbindelsene med formel IV spesielt i betydningen
er beskrevet i den samtidig inngitte patentsøknaden med tittelen "PNA-Synthese unter Verwendungen einer basenlabilen Amino-Schutzgruppe" (HOE 94/F 059, DE-P.44.08 535.8).
Ovennevnte PNA blir dannet ved fastfasesyntese på et egnet bærermateriale (f.eks polystyren med polyoksyetylenmodifisert polystyren, som for eksempel <®>Tentagel, <®>Controlled Pore Glass), som er utstyrt med en ankergruppe L som inneholder latent resten q<0>. Fastfasesyntesen begynner ved den C-terminale enden av PNA med kobling av en med en syrelabil beskyttelsesgruppe beskyttet monomer eller aminosyre, som eventuelt er beskyttet i sidekjedefunksjonen, på en tilsvarende harpiks.
Etter avspaltning av beskyttelsesgruppen av de harpikskoblede byggestenene med et egnet reagens, som beskrevet ovenfor, blir de deretter beskyttede byggestenene (PNA-monomerer og aminosyrederivater) koblet etter hverandre i ønsket rekkefølge. De intermediært oppståtte, med en syrelabil beskyttelsesgruppe ved N-terminusen beskyttede PNA-harpiksene blir før sammenkoblingen endeblokkert med påfølgende PNA-monomerer ved hjelp av de ovenfor angitte reagensene.
Koblingen, henholdsvis aktiveringen, av aminosyrederivatet med en av ovennevnte aktiveringsreagenser kan gjennomføres i dimetylformamid, N-metylpyrrolidon, acetonitril eller metylenklorid eller en blanding av de angitte oppløsningsmidlene. De angitte oppløsningsmidlene kan også bli omsatt med hjelpebaser som f.eks pyridin, N-etylmorfolin eller trietylamin. Det aktiverte derivatet blir anvendt i et 1,5 til 10 gangers overskudd. I de tilfellene hvor en ufullstendig kobling inntrer blir koblingsreaksjonen gjentatt under endeblokkering av aminogruppen til den nettopp tilkoblede byggestenen.
Fremgangsmåten for innføring av resten RP utgjør som eksempel i det tilfellet hvor denne resten inneholder en karboksylsyrefunksjon, fremgangsmåtene beskrevet ovenfor for tilkobling av aminosyrene og PNA-monomerene. Ytterligere fremgangsmåter er omsetning av isocyanater som f.eks fenylisocyanat, isotiocyanater som f.eks fluoresceinisotiocyanat, klormaursyrederivater, som f.eks klorformylkarbazol, karboksylsyreaktivestere som f.eks kolesteirn-(4-nitrofenyl)karbonat, acridinium-suksinimidylkarbonat, sulfoklorid som f.eks dansylklorid osv.
Eventuelt kan i et ytterligere trinn amino- og karboksyterminusen av forbindelsene med formel I forbindes med hverandre. Denne sammenkoblingen foregår fortrinnsvis over en amidbinding mellom sidekjedefunksjonen til aminosyreresten A, henholdsvis Q, i betydning Lys, Glu, Asp, Aeg henholdsvis ved fremstilling av en disulfidbro mellom en aminosyre A og Q i betydning Cys.
Ovennevnte synteseforløp kan også foregå ved hjelp av kommersielt oppnåelige synte-seautomater, som for eksempel peptidsynteseautomater,
multiplenpeptidsynteseautomater, DNA-syntetisert under lett modifikasjon av de vanligvis anvendte synteseprogrammene.
Etter syntese av PNA på den ovennevnte måten kan PNA-oligomeren bli avspaltet fra harpiksen ved hjelp av egnede reagenser, som for eksempel kondensert ammoniakkopp-løsning, etylendiamin, hydrazin, butylamin, metylamin eller etanolamin. Alt etter typen til de anvendte linkerene og typen til anvendte beskyttelsesgrupper blir oligomer og de ytterligere sidekjedebeskyttelsesgruppene til nukleinbasen samtidig avspaltet. Avspaltningsreagenser kan derved også anvendes med egnet oppløsningsmiddel, som f.eks acetonitril, etanol eller metanol i fortynnet tilstand.
Opprensning av etter avspaltning oppnåelige råoligomerer foregår med fremgangsmåter som er vanlige innen peptid- eller nukleotidkjemi, som f.eks HPLC, ionebyttekro-matografi osv.
Forkortelser anvendt for aminosyrene tilsvarer de som er vanlige innen peptidkjemien og utgjør trebokstav-koder som beskrevet i Europ. J. Biochem. 138,9 (1984). Ytterligere anvendte forkortelser er oppført nedenfor.
Aeg N-(2-aminoetyl)glysyl, -NH-CH2-CH2-NH-CH2-CO-Aeg(AMe0Bz) N-(2-aminoetyl)-N-((9-(N<6->metoksybenzoyl)adenosyl)acetyl)-glysyl
Aeg(C<Bz>) N-(2-aminoetyl)-N-((l -(N4-benzoyl)-cytosyl)acetyl)glysyl Aeg(CMe0Bz) N-(2-aminoetyl)-N-((l -(N4-4-metoksybenzoylcytosyl)acetyl)-glysyl
Aeg^tBuBz) N-(2-aminoetyl)-N-((l-(N<4->4-tert.butylbenzoyl)-cytosyl)acetyl)-glysyl
Aeg(GlB<u>) N-(2-aminoetyl)-N-((9-(N<2->isobutanoyl)-guanosyl)acetyl)-glysyl Aeg(G2-aC» 4-dPC) N-(2-aminoetyl)-N-((9-(N2-acetyl-0<4->difenylkarbamoyl)guanosyl)- glycyl
Aeg(T) N-(2-aminoetyl)-N-(( 1 -thyminyl)acetyl)-glysyl
Bnpeoc 2,2-[bis(4-nitrofenyl)]-etoksykarbonyl
Boe tert.-butyloksykarbonyl
BOI 2-(benzotriazol-l-yl)oksy-l,3-dimetylimidazolidiniumheksafluorfosfat
BOP benzotriazolyl-1 -oksy-tris(dimetylamino)-fosfoniumheksafluorfosfat
BroP brom-tris(dimetylammo)-fosforrium^
BSA N,0-bis-(trimetylsilyl)-acetamid
But tert.-butyl
Bz benzoyl
Bzl benzyl
Cl-Z 4-klor-benzyloksykarbonyl
CPG Controlled Pore Glass
DBU 1,8-diazabicyklo[5.4.0]undec-7-en
DCM diklormetan
Ddz 3,5-dimetoksyfenyl-2-propyl-2-oksykarbonyl
DMF dimetylformamid
Dmt di-(4-metoksyfenyl)fenylmetyl
Dnpeoc 2-(2,4-dinitrofenyl)-etoksykarbonyl
Dpc difenylkarbamoyl
FAM fluorescein rest
Fm 9-fluorenylmetyl
Fmoc 9-fluorenylmetyloksykarbonyl
H-Aeg-OH N-(2-aminoetyl)glysin
HAPyU 0-(7-azabenzotriazol-1 -yl)-1,1,3,3-bis(tetrametylen)uronium-heksafluorfosfat
HATU 0-(7-azabenzotirazol-l-yl)-l,13,3-tetrametyluromumheksafluor-fosfat
HBTU 0-(benzotriazol-1 -yl)-1,1,3,3-tetrametyluroniumheksafluorfosfat HOBt 1-hydroksybenzotriazol
HONSu N-hydroksysuksinimid
HOObt 3 -hydroksy-4-okso-3,4-dihydrobenzotriazin
iBu isobutanoyl
MeOBz 4-metoksybenzoyl
Mmt 4-metoksytrifenylmetyl
Moz 4-metoksybenzyloksykarbonyl
MSNT 2,4,6-mestitylensulfonyl-3-nitro-l,2,4-triazolid
Mtt 4-metylfenyldifenylmetyl
NBA nitrobenzylalkohol
NMP N-metylpyrrolidon
Pixyl 9-(9-fenyl)xantenyl
PyBOP benzotraizolyl-1 -oksy-tripyrrolidonfosfoniumheksafluorfosfat PyBroP brom-tripyrrolidonfosfonium-heksafluorfosfat
TAPipU 0-(7-azabenzotriazol-1 -yl)-1,1,3,3-bis(pentametylen)uronium-tetrafluorborat
TBTU 0-(benzotriazol-1 -yl)-1,1,3,3 -tetrametyluroniumtetrafluorborat tBu tert.-butyl
tBuBz 4-tert.butylbenzoyl
TDBTU 0-(3,4-dihydro-4-okso-1,2,3-benzotriazin-3-yl)-l, 1,3,3-tetrametyluroniumtetrafluorborat
TDO 2,5-difenyl-2,3-dihydro-3-okso-4-hydroksytiofendioksyd TFA trifluoreddiksyre
THF tetrahydrofuran
TNTU 0-[(5-norbornen-2,3-dikarboksimido]-l,l,3,3-tetrametyluroniumtetrafluorborat
TOTU 0-[(cyano(etoksykarbonyl)metylen)amino]-1,1,3,3-tetrametyluroniumtetrafluorborat
TPTU 0-( 1,2-dihydro-2-okso-1 -pyridinyl)-1,1,3,3-tetrametylenuroniumtetrafluorborat
Trt trityl
TSTU 0-(N-suksinimidyl)-1,1,3,3-tetrametyluroniiimtetrafluorborat
Z benzyloksykarbonyl
MS(ES<+>) elektrospray massespektmm (positivt ion)
MS(ES") elektrospray massespektrum (negativt ion)
MS(DCI) desorption chemical ionisation massespektrum MS(FAB) Fast Atom-Bombardment-massespektrum
De følgende eksemplene tydeliggjør de foretrukne fremgangsmåtene ifølge oppfinnelsen.
Syntese av peptidnukleinsyrer.
Syntesen av PNA foregår eksempelvis på en Ecosyn D-300 DNA Synthezier (Fa. EppendorfTBiotronik, Maintal) eller en ABI380B DNA Syntheziser (Fa. Applied Biosystems, Weitersstadt). Beskrivelse av syntesecyklusen er angitt nedenfor.
Syntesen foregår på standard DNA-synteskolonne fra firmaet Applied Biosystems som er fyllt med Mmt-hex-succ-Tentagel eller Mmt-hex-succ-CPG. Det anvendes kolonner for syntese i målestokk på 3 umol eller 6 umol. Som reagenser for avspaltning av Mmt-beskyttelsesgruppen anvendes 3 % trikloreddiksyre i diklormetan. Etter vasking av bæreren med acetonitril foregår en nøytralisering med en 3,5 M oppløsning av 4-etylmorfolin i acetonitril. For kobling anvendes en blanding bestående av en 0,3 henholdsvis 0,4 M oppløsning av Mmt-Aeg derivater i acetonitril/DMF, DMF/NMP med 1 % Triton X-100, DMF med N-etylmorfolin, DMF med pyridin, en 0,9 M oppløsning av PyBOP i acetonitril og en 3,5 M oppløsning av 4-etylmorfolin i acetonitril eller en 0,3 M oppløsning av HATU i DMF med en 0,3 M oppløsning av NEM i DMF i syntesekolonnen. Påfølgende capping foregår med 1:1 av standard DNA-syntese capping-reagenser (acetanhydrid(lutidin/N-metylimidazol-oppløsning i THF). PNA blir avspaltet fra bæreren ved behandling med konsentrert ammoniakk-oppløsning på synteseinnretning, og for fjerning av base-beskyttelsesgrupper blir de samlede ammoniakkaliske oppløsningene oppvarmet i en lukket ampulle i 5 timer ved 55°C. Deretter foregår eventuelt avspaltning av den aminoterminale Mmt-gruppen med 80 % eddiksyre ved romtemperatur.
PNA blir analysert på en Beckman System Gold HPLC innretning over en Dionex Nucelupac PA-100 (4x250 mm)-kolonne med en lineær gradient på 0-0,75 M NaCl i 20 mMNaOH.
Rensingen foregår på en Pharmacia Biopilot FPLC-innretning med en Pharmacia Mono Q HR 10/10-kolonne med en lineær gradient på 0-0.75 M NaCl i 20 mM NaOH som elueringsmiddel. Utsaltning av renset PNA oppnås ved hjelp av en BoldElut-C18-kolonne (Fa. Analytichem Int'1) eller over <®>Biogel (Fa. Biorad).
EKSEMPEL 1
l-hydroksy-6-((4-metoksyfenyl)-difenylmetylamino)heksan
(Mmt-hex)
6-aminoheksan-l-ol (1 g; 8,55 mmol) blir oppløst i vannfri pyridin (7 ml) og omsatt med trietylamin (0,2 ml). Til en oppløsning tilsettes i løpet av 45 minutter en oppløsning bestående av (4-metoksyfenyl)-difenylmetylklorid (2,5 g; 8,12 mmol) i vannfri pyridin (9 ml). Reaksjonsoppløsningen blir videre ornrørt i 30 minutter ved 22°C og stoppet ved tilførsel av metanol (3 ml). Oppløsningen blir inndampet på rotasjonsfordamper og den oppnådde resten blir, for fjerning av pyridin, koevaporert tre ganger med toluen. Den oppnådde resten blir oppløst i etylacetat og denne oppløsningen blir etter hverandre vasket med en mettet natriumkarbonatoppløsning, med vann og en mettet kaliumkloridoppløsning. Etter at den organiske fasen er blitt tørket over Na2S04, filtrerer man og konsentrerer oppløsningen i vakuum. Det er mulig å rense råproduktet gjennom kiselgelkromatografi med heptan:etylacetat.trietylamin/49,5:49,5:l.
Utbytte: 1,64 g
MS (FAB,NBA/LiCl) 396,3 (M+Li)<+>, 390,3 (M+H)<+>, 273,2 (MMT)<+>
Rf 0,44 (heptan:etylacetat =1:1)
EKSEMPEL 2
6-((4-metoksyfenyl)-difenylmetylamino)-hex-l-yl hemisuksinat
(Mmt-hex-succ)
l-hydroksy-6-((4-metoksyfenyl)-difenylmetylamino)-heksan (1,00 g; 2,57 mmol) ble oppløst i vannfri pyridin (10 ml). Til denne oppløsningen tilsetter man ravsyreanhydrid (0,257 g; 2,57 mmol) og 4-dimetylaminopyridin (31,3 mg; 0,257 mmol). Etter 3 timers omrøring ved 22°C tilsetter man ytterligere ravsyreanhydrid (25,7 mg; 0,257 mmol) og 4,4-dimetylaminopyridin (62,6 mg; 0,56 mmol) og oppvarmer denne oppløsningen i 6 timer ved 50°C. Etter ytterligere 16 timer ved 22°C blir dette redusert, resten blir tatt opp i etylacetat og den oppnådde oppløsningen blir vasket med iskald 5 % vandig sitronsyre. Etter tørking av den organiske fasen (Na2S04) blir oppløsningen inndampet på rotasjonsfordamper. Rensing av resten gjennom kiselgelkromatografi med 50 % CH2CI2/I % trietylamin i etylacetat og deretter med 5 % metanol/l % trimetylamin i diklormetan tilveiebringer den ønskede forbindelsen i form av en fargeløs olje.
MS (ES") 978,0 (2M-H)-, 488,3 (M-H)"
Rf 0,30 (CH2CI2: etylacetat =1:1)
EKSEMPEL 3
6-((4-metoksyfenyl)difenylmetylamino)-heks-l-yl suksinylamido-tetagel
(Mmt-hex-succ-tentagel)
Aminoformen til Tentagel<®> (Rapp Polymere) (0,5 g; 0,11 mmol aminogruppen) lar man svelle i 10 minutter i 4-etylmorfolin (0,1 ml) og DMF (5 ml). Deretter tilsetter man en oppløsning bestående av 6-(4-metoksyfenyl)-difenylmetylamino)-hex-l-yl hemisuksinat (97,4 mg; 0,165 mmol) i DMF (3 ml) og rister suspensjonen i 16 timer ved 22°C. Den derivatiserte tentagelbæreren blir filtrert av og etter hverandre vasket med DMF (3x3 ml), CH2CI2 (3x1 ml) og dietyleter (3x1 ml) og tørket. Ikke reagerende aminofunksjonen blir blokkert ved en times behandling med acetanhydrid/lutidin/1-metylimidazol i THF (1 ml). Den ferdige bæreren blir vasket med CH2CI2 (3x1 ml) og dietyleter (3x1 ml) og tørket i vakuum. Belastningen med hensyn på innført monometoksytirtylfunksjon utgjør 168 umolg~<l>.
EKSEMPEL 4
6-((4-metoksyfenyl)-difenylmetylamino)-hex-l-yl suksinylamidopropyl-Controlled-pore glass
(Mmt-hex-succ-CPG)
Fremstillingen foregår som beskrevet i eksempel 3 utgående fra aminopropyl-CPG (Firma FLuka (550 Å; 1,0 g) og 6-((4-metoksyfenyl)-difenylmetylamino)-hex-l-yl hemisuksinat (48,7 mg; 0,082 mmol), 4-etylmorfolin (7,6 ml) og TBTU (26,4 mg; 0,082 mmol) i DMF (3 ml). Belastningen MMT-hex-succCPG utgjør 91 umolg~<l>.
EKSEMPEL 5
H-[Aeg(T)]3-(hex)
H-[Aeg(T)]3-(hex) blir ifølge ovennevnte syntesefremgangsmåte syntetisert i målestokk på 3 umol på Mmt-hex-succ-tentagel. Som monomer anvendes Mmt-Aeg(T)-OH. Råutbyttet utgjør 71 OD260- Det fra 2 OD oppnådde massespektret viser ønsket produkt ved m/e 915,8, (M+H)<+>, og som biprodukt H-[Aeg(T)]2-(hex) m/e 650.5.
EKSEMPEL 6
H-[Aeg(T)]-[Aeg(C)]-[Aeg(T)]-[Aeg(C)]-[Aeg(T)]2-(hex)
H-[Aeg(T)]-[Aeg(C)]-[Aeg(T)]-[Aeg(C)]-[Aeg(T)]2-(hex) blir syntetisert som beskrevet ovenfor i målestokk 3 umol på Mmt-hex-succ-tentagel. Som monomer anvender man Mmt-Aeg(T)-OH og Mmt-Aeg(C<Bz>)-OH. Råutbyttet utgjør 98,6 OD260- 35 OD26O av råproduktet blir renset og avsaltet og ga 14,5 OD26O av ønsket forbindelse. Massespektrometriske analyser av renset produkt viser det ønskede produktet m/e 1685,0 (M+H)<+> som eneste hovedtopp.
EKSEMPEL 7
H-[Aeg(T)]-[Aeg(C)]-[Aeg(T)]-[Aeg(C)]-[Aeg(T)]2-(hex)
H-[Aeg(T)]-[Aeg(C)]-[Aeg(T)]-[Aeg(C)]-[Aeg(T)]2-(hex) blir syntetisert som beskrevet i ovennevnte syntesefremgangsmåte i målestokk 3 umol på Mmt-hex-succ-tentagel. Som monomerer anvender man Mmt-Aeg(T)-OH og Mmt-AegfC^^^-OH.
EKSEMPEL 8
H-[Aeg(a)]-[Aeg(C)]-[Aeg(A)]-[Aeg(T)]-[Aeg(C)]-[Aeg(A)]-[Aeg(T)]-[Aeg(G)]-[Aeg(G)]-[Aeg(T)]-[Aeg(C)]-[Aeg(G)]-(hex)
Fremstilling av PNA foregår med en Ecosyn D-300 DNA syntetisator (Fa. Eppendorf/Biotronik, Maintal) på 130 mg (5 umol) Mmt-Hex-Succ-aminopropyl-CPG. For syntesen bir følgende oppløsning anvendt:
1) aktivator Lsg: 0,3 molar HATU-oppløsningen i tørr DMF
2) base for aktivering: 0,3 molar oppløsning av NEM i tørr DMF
3) avspaltning fra Mmt: 3 % oppløsning av trikloreddiksyre i diklormetan
4) nøytraliseirngs-Lsg: tetrahyd^ofuran/vann/pyridin 7:2:1
5) Mmt-Aeg(T)-OH: 0,3 molar oppløsning i 0,3 molar oppløsning av NEM tørket DMF 6) Mmt-Aeg(A<MeOBz>)-OH 0,3 molar oppløsning i 0,3 molar oppløsning av NEM tørket DMF 7) Mmt-Aeg(C<MeOBz>)-OH: 0,3 molar oppløsning i 0,3 molar oppløsning av NEM tørket DMF 8) Mmt-Ae^GiS^-OH: 0,3 molar oppløsning i 0,3 molar oppløsning av NEM tørket DMF
Etter avsluttet syntese blir PNA-CPG-bæreren tørket og bearbeidet som beskrevet ovenfor
Utbytte: 245 OD26O
MS 3369,6 (ES<+>): (M)<+>.
Claims (2)
1.
Fremgangsmåte for fremstilling av PNA-oligomerer ifølge formel I
hvor B/X betyr hvor f = 1-4 og g = 0-3;
RO er hydrogen, Ci-Ci 8 alkanoyl, Ci-Cig alkoksykarbonyl, C3-C8 cykloalkanoyl, C7-C15 aroyl, C3-C13 heteroaryl eller en gruppe, som begunstiger det intracellulære opptaket av oligomeren eller som interagerer med målnukleinsyrer under hybrideringen,
A betyr et aminosyreradikal;
k betyr et helt tall fra 0 til 10;
Q betyr et aminosyreradikal;
1 betyr et helt tall fra 0 til 10;
B betyr en innen nukleotidkjemien vanlig naturlige nukleotidbase eller unaturlig nukleotidbase eller promedikamentformer derav, eller også baseerstattelsesforbindelser; Q° betyr hydroksy, NH2 eller NHR" hvor R" = Ci-Ci8-alkyl, C2-Ci8-aminoalkyl eller C2-Cig-hydroksyalkyl; og
n betyr et helt tall fra 1-50,
karakterisert ved atman a) enten først kobler aminosyrer (Q')på en polymer bærer med formel II L-[polymer] (H)
som er utstyrt med en ankergruppe L, som latent inneholder radikalet q<0> med en for fastfasesyntese vanlig fremgangsmåte, b) avspalter beskyttelsesgruppen PG som er labil overfor svek syre ved hjelp av et egnet reagens, c) gjentartrinneneaogb(l-l)ganger, d) tilkobler på den derved som mellomprodukt oppståtte forbindelsen med formel HI
(Q^l-L-tpolymer] (DT)
hvor L er som definert ovenfor, Q\ betyr en aminosyre Q som eventuelt er beskyttet i sidekjeden, og 1 betyr et helt tall fra 0 til 10 med formel II en forbindelse med formel rv
hvor PG betyr en mot svake syrer labil beskyttelsesgruppe og BVX betyr en byggesten som definert i formel I, med en på den eksocykliske amino- eller hydroksylfunksjon eventuelt beskyttede nukleotidbasen, hvor B' er naturlige nukleotidbaser eller ikke-naturlige nukleotidbaser som konvensjonelt anvendes innenfor nukleotidkjemien eller deres promedikamentformer eller for øvrig basesubstituttforbindelser hvis eksocykliske amino- eller hydroksygrupper eventuelt er beskyttet ved hjelp av kjente beskyttende grupper, eller for øvrig kobling av en forbindelse av formel IV direkte på den polymere bæreren av formel n, ved anvendelse av koblingsreagenser som konvensjonelt anvendes innenfor peptidkjemien, e) avspalter den temporære, mot svake syrer labile, beskyttelsesgruppen PG ved hjelp av et egnet reagens, f) trinnene d og e blir gjentatt (n-1) ganger, g) tilkobler med en for fastfasesyntesen vanlig fremgangsmåte til ytterligere aminosyre (A'), h) avspalter den mot svake syrer labile beskyttelsesgruppen PG ved hjelp av et egnet reagens, i) gjentartrinnenegogh(k-l)ganger, j) dersom R<P> ikke er hydrogen, blir resten RO innført med en vanlig fremgangsmåte, k) avspalter forbindelsen ifølge formel I fra den polymeriske bæreren ut av
forbindelsen ifølge formel Ia oppnådd som intermediat
hvor RO, k, B7X, n, Q1 og 1 er definert som ovenfor, A1 betyr en aminosyre A som eventuelt er beskyttet i sidekjeden, og L betyr en ankergruppe, ved hjelp av et avspaltningsreagens, hvor valgfritt tilstedeværende beskyttelsesgrupper på den eksocykliske amino- henholdsvis hydroksyfunksjon til nukleotidbasen og på sidekjeden til aminosyrene blir avspaltet samtidig eller etter hverandre.
2.
Fremgangsmåte for fremstilling av PNA-oligomerer med formel I ifølge krav 1, karakterisert ved at
A betyr et aminosyreradikal fra rekken glysin, leucin, histidin, fenylalalnin, cystein, lysin, arginin, asparaginsyre, glutaminsyre, prolin, tetrahydroisokinolin-3-karboksylsyre, oktahydroindol-2-karboksylsyre og N-(2-aminoetyl)glysin;
k betyr et helt tall fra 0 til 6;
Q betyr et aminosyreradikal fra rekken glysin, leucin, histidin, fenylalalnin, cystein, lysin, arginin, asparaginsyre, glutaminsyre, prolin, tetrahydroisokinolin-3-karboksylsyre, oktahydroindol-2-karboksylsyre og N-(2-aminoetyl)glysin;
I betyr et helt tall fra 0 til 6;
B betyr en naturlig nukleotidbase som adenin, cytosin, guanin, thymin og uracil eller en unaturlig nukleobase som pyrin, 2,6-diaminopurin, 7-deazaadenin, 7-deazaguanin, N4N4 -etanocytosin, N<6>N<6->etano-2,6-diaminopurin, 5-metylcytosin, 5-(C3-C6)-alki-nyluracin, 5-(C3-C6)-alkinylcytosin, 5-fluoruracil eller pseudoisocytosin, 2-hydroksy-5-metyl-4-triazolopyrimidin eller promedikamentformer derav, eller betyr imidazol, nitroimidazol eller triazol; og
n betyr et helt tall fra 4 til 35.
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| DE4408531A DE4408531A1 (de) | 1994-03-14 | 1994-03-14 | PNA-Synthese unter Verwendung einer gegen schwache Säuren labilen Amino-Schutzgruppe |
Publications (3)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| NO950957D0 NO950957D0 (no) | 1995-03-13 |
| NO950957L NO950957L (no) | 1995-09-15 |
| NO321034B1 true NO321034B1 (no) | 2006-03-06 |
Family
ID=6512696
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| NO19950957A NO321034B1 (no) | 1994-03-14 | 1995-03-13 | Fremgangsmate for fremstilling av PNA-oligomerer |
Country Status (12)
| Country | Link |
|---|---|
| US (1) | US6046306A (no) |
| EP (1) | EP0672700B1 (no) |
| JP (1) | JP4098837B2 (no) |
| AT (1) | ATE180805T1 (no) |
| AU (1) | AU695931B2 (no) |
| CA (1) | CA2144477C (no) |
| DE (2) | DE4408531A1 (no) |
| DK (1) | DK0672700T3 (no) |
| ES (1) | ES2132450T3 (no) |
| FI (1) | FI120261B (no) |
| GR (1) | GR3030883T3 (no) |
| NO (1) | NO321034B1 (no) |
Families Citing this family (27)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US7825215B1 (en) | 1993-04-26 | 2010-11-02 | Peter E. Nielsen | Substituted nucleic acid mimics |
| US6133444A (en) | 1993-12-22 | 2000-10-17 | Perseptive Biosystems, Inc. | Synthons for the synthesis and deprotection of peptide nucleic acids under mild conditions |
| US6150510A (en) | 1995-11-06 | 2000-11-21 | Aventis Pharma Deutschland Gmbh | Modified oligonucleotides, their preparation and their use |
| DE4438918A1 (de) * | 1994-11-04 | 1996-05-09 | Hoechst Ag | Modifizierte Oligonukleotide, deren Herstellung sowie deren Verwendung |
| EP0840741B1 (en) | 1995-06-07 | 2004-04-28 | Perseptive Biosystems, Inc. | Pna-dna chimeras and pna synthons for their preparation |
| US5898031A (en) * | 1996-06-06 | 1999-04-27 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Oligoribonucleotides for cleaving RNA |
| US20050042647A1 (en) * | 1996-06-06 | 2005-02-24 | Baker Brenda F. | Phosphorous-linked oligomeric compounds and their use in gene modulation |
| US20050032068A1 (en) * | 2002-11-05 | 2005-02-10 | Prakash Thazha P. | Sugar and backbone-surrogate-containing oligomeric compounds and compositions for use in gene modulation |
| US20050118605A9 (en) * | 1996-06-06 | 2005-06-02 | Baker Brenda F. | Oligomeric compounds having modified bases for binding to adenine and guanine and their use in gene modulation |
| US9096636B2 (en) * | 1996-06-06 | 2015-08-04 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Chimeric oligomeric compounds and their use in gene modulation |
| US20040266706A1 (en) * | 2002-11-05 | 2004-12-30 | Muthiah Manoharan | Cross-linked oligomeric compounds and their use in gene modulation |
| US20040171030A1 (en) * | 1996-06-06 | 2004-09-02 | Baker Brenda F. | Oligomeric compounds having modified bases for binding to cytosine and uracil or thymine and their use in gene modulation |
| US7812149B2 (en) | 1996-06-06 | 2010-10-12 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | 2′-Fluoro substituted oligomeric compounds and compositions for use in gene modulations |
| US6331618B1 (en) | 1999-05-13 | 2001-12-18 | Pe Corporation (Ny) | Compositions of solvents and high concentrations of nucleic acid analogs |
| DE10019135A1 (de) * | 2000-04-18 | 2001-10-31 | Aventis Pharma Gmbh | Polyamidnukleinsäure-Derivate, Mittel und Verfahren zu ihrer Herstellung |
| DE10019136A1 (de) * | 2000-04-18 | 2001-10-31 | Aventis Pharma Gmbh | Polyamidnukleinsäure-Derivate, Mittel und Verfahren zu ihrer Herstellung |
| US9150605B2 (en) * | 2002-11-05 | 2015-10-06 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Compositions comprising alternating 2′-modified nucleosides for use in gene modulation |
| US9150606B2 (en) * | 2002-11-05 | 2015-10-06 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Compositions comprising alternating 2'-modified nucleosides for use in gene modulation |
| AU2003291755A1 (en) * | 2002-11-05 | 2004-06-07 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Oligomers comprising modified bases for binding cytosine and uracil or thymine and their use |
| AU2003291753B2 (en) * | 2002-11-05 | 2010-07-08 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Polycyclic sugar surrogate-containing oligomeric compounds and compositions for use in gene modulation |
| US8569474B2 (en) | 2004-03-09 | 2013-10-29 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Double stranded constructs comprising one or more short strands hybridized to a longer strand |
| US8394947B2 (en) | 2004-06-03 | 2013-03-12 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Positionally modified siRNA constructs |
| JP2008501693A (ja) * | 2004-06-03 | 2008-01-24 | アイシス ファーマシューティカルズ、インク． | 遺伝子調節で使用するための個別に調節された鎖を有する二本鎖組成物 |
| US7884086B2 (en) | 2004-09-08 | 2011-02-08 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Conjugates for use in hepatocyte free uptake assays |
| CA2634743C (en) | 2005-12-23 | 2014-07-29 | Zealand Pharma A/S | Modified lysine-mimetic compounds |
| EP2468724B1 (en) | 2006-12-21 | 2015-11-18 | Zealand Pharma A/S | Synthesis of pyrrolidine compounds |
| US11324799B2 (en) | 2017-05-05 | 2022-05-10 | Zealand Pharma A/S | Gap junction intercellular communication modulators and their use for the treatment of diabetic eye disease |
Family Cites Families (5)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US5015733A (en) * | 1983-12-20 | 1991-05-14 | California Institute Of Technology | Nucleosides possessing blocked aliphatic amino groups |
| US5367066A (en) * | 1984-10-16 | 1994-11-22 | Chiron Corporation | Oligonucleotides with selectably cleavable and/or abasic sites |
| DE4016596A1 (de) * | 1990-05-23 | 1991-11-28 | Hoechst Ag | Ein neues kupplungsreagenz fuer die peptidsynthese |
| DK51092D0 (da) * | 1991-05-24 | 1992-04-15 | Ole Buchardt | Oligonucleotid-analoge betegnet pna, monomere synthoner og fremgangsmaade til fremstilling deraf samt anvendelser deraf |
| MX9207334A (es) * | 1991-12-18 | 1993-08-01 | Glaxo Inc | Acidos nucleicos peptidicos y formulacion farma- ceutica que los contiene |
-
1994
- 1994-03-14 DE DE4408531A patent/DE4408531A1/de not_active Withdrawn
-
1995
- 1995-03-08 EP EP95103318A patent/EP0672700B1/de not_active Expired - Lifetime
- 1995-03-08 DK DK95103318T patent/DK0672700T3/da active
- 1995-03-08 DE DE59506063T patent/DE59506063D1/de not_active Expired - Lifetime
- 1995-03-08 AT AT95103318T patent/ATE180805T1/de active
- 1995-03-08 ES ES95103318T patent/ES2132450T3/es not_active Expired - Lifetime
- 1995-03-10 AU AU14801/95A patent/AU695931B2/en not_active Ceased
- 1995-03-10 FI FI951130A patent/FI120261B/fi not_active IP Right Cessation
- 1995-03-13 CA CA002144477A patent/CA2144477C/en not_active Expired - Fee Related
- 1995-03-13 NO NO19950957A patent/NO321034B1/no not_active IP Right Cessation
- 1995-03-14 JP JP05464295A patent/JP4098837B2/ja not_active Expired - Fee Related
-
1997
- 1997-09-11 US US08/927,178 patent/US6046306A/en not_active Expired - Lifetime
-
1999
- 1999-07-30 GR GR990401964T patent/GR3030883T3/el unknown
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| DE4408531A1 (de) | 1995-09-28 |
| CA2144477C (en) | 2007-09-18 |
| DE59506063D1 (de) | 1999-07-08 |
| FI951130A (fi) | 1995-09-15 |
| ES2132450T3 (es) | 1999-08-16 |
| JPH07285989A (ja) | 1995-10-31 |
| AU695931B2 (en) | 1998-08-27 |
| DK0672700T3 (da) | 1999-11-29 |
| ATE180805T1 (de) | 1999-06-15 |
| JP4098837B2 (ja) | 2008-06-11 |
| NO950957D0 (no) | 1995-03-13 |
| NO950957L (no) | 1995-09-15 |
| EP0672700A1 (de) | 1995-09-20 |
| GR3030883T3 (en) | 1999-11-30 |
| CA2144477A1 (en) | 1995-09-15 |
| AU1480195A (en) | 1995-09-21 |
| FI120261B (fi) | 2009-08-31 |
| FI951130A0 (fi) | 1995-03-10 |
| EP0672700B1 (de) | 1999-06-02 |
| US6046306A (en) | 2000-04-04 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| NO321034B1 (no) | Fremgangsmate for fremstilling av PNA-oligomerer | |
| US6403763B1 (en) | Chiral peptide nucleic acids | |
| AU708034B2 (en) | Process for preparing substituted N-ethylglycine derivatives | |
| Breipohl et al. | Synthesis of polyamide nucleic acids (PNAs) using a novel Fmoc/Mmt protecting-group combination | |
| EP2181118A1 (en) | Process for the production of pramlintide | |
| US6355726B1 (en) | Method for producing polymers having nucleo-bases as side-groups | |
| US6075143A (en) | Substituted N-ethylglycine derivatives for preparing PNA and PNA/DNA hybrids | |
| US6316595B1 (en) | PNA synthesis using a base-labile amino protecting group | |
| US6716961B2 (en) | Chiral peptide nucleic acids with a N-aminoethyl-d-proline backbone | |
| Tan et al. | Homopolymeric pyrrolidine-amide oligonucleotide mimics: Fmoc-synthesis and DNA/RNA binding properties | |
| Wakamiya et al. | An Efficient Procedure for Synthesis of Phosphopeptides through the Benzyl Phosphate-Protection by the Boc Mode Solid-Phase Method. | |
| JP4407322B2 (ja) | ペプチドの製造方法 | |
| US6465650B1 (en) | Substituted N-ethylglycine derivatives for preparing PNA and PNA/DNA hybrids | |
| Efimov et al. | Polyester and N-methyl analogues of peptide nucleic acids: synthesis and hybridization properties |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| MM1K | Lapsed by not paying the annual fees |