NO178333B - Fremgangsmåte for fremstilling av mellomprodukter ved kjemisk syntese av oligonukleotider - Google Patents
Fremgangsmåte for fremstilling av mellomprodukter ved kjemisk syntese av oligonukleotider Download PDFInfo
- Publication number
- NO178333B NO178333B NO913626A NO913626A NO178333B NO 178333 B NO178333 B NO 178333B NO 913626 A NO913626 A NO 913626A NO 913626 A NO913626 A NO 913626A NO 178333 B NO178333 B NO 178333B
- Authority
- NO
- Norway
- Prior art keywords
- dansyl
- group
- hydroxy
- synthesis
- mmol
- Prior art date
Links
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 12
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 title claims description 4
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 title abstract description 17
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 title abstract description 4
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 title abstract description 4
- 239000000543 intermediate Substances 0.000 title 1
- WEVYAHXRMPXWCK-UHFFFAOYSA-N Acetonitrile Chemical compound CC#N WEVYAHXRMPXWCK-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 38
- -1 chlorocarbonyl Chemical group 0.000 claims description 17
- JUJWROOIHBZHMG-UHFFFAOYSA-N Pyridine Chemical compound C1=CC=NC=C1 JUJWROOIHBZHMG-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 16
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 claims description 12
- UMJSCPRVCHMLSP-UHFFFAOYSA-N pyridine Natural products COC1=CC=CN=C1 UMJSCPRVCHMLSP-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 8
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 claims description 5
- HCUYBXPSSCRKRF-UHFFFAOYSA-N diphosgene Chemical compound ClC(=O)OC(Cl)(Cl)Cl HCUYBXPSSCRKRF-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 5
- 239000000010 aprotic solvent Substances 0.000 claims description 3
- YGYAWVDWMABLBF-UHFFFAOYSA-N Phosgene Chemical compound ClC(Cl)=O YGYAWVDWMABLBF-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 2
- UVRNDTOXBNEQBA-UHFFFAOYSA-N trichloromethyl carbonochloridate Chemical group ClC(=O)OC(Cl)(Cl)Cl.ClC(=O)OC(Cl)(Cl)Cl UVRNDTOXBNEQBA-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 2
- 239000002904 solvent Substances 0.000 claims 1
- 125000006239 protecting group Chemical group 0.000 abstract description 25
- 125000001295 dansyl group Chemical group [H]C1=C([H])C(N(C([H])([H])[H])C([H])([H])[H])=C2C([H])=C([H])C([H])=C(C2=C1[H])S(*)(=O)=O 0.000 abstract description 6
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 abstract description 4
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 abstract description 4
- 238000001514 detection method Methods 0.000 abstract 1
- 230000008030 elimination Effects 0.000 abstract 1
- 238000003379 elimination reaction Methods 0.000 abstract 1
- 238000007086 side reaction Methods 0.000 abstract 1
- OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N Methanol Chemical compound OC OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 27
- YMWUJEATGCHHMB-UHFFFAOYSA-N Dichloromethane Chemical compound ClCCl YMWUJEATGCHHMB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 14
- WYURNTSHIVDZCO-UHFFFAOYSA-N Tetrahydrofuran Chemical compound C1CCOC1 WYURNTSHIVDZCO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 12
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 11
- 239000002777 nucleoside Substances 0.000 description 11
- ZMANZCXQSJIPKH-UHFFFAOYSA-N Triethylamine Chemical compound CCN(CC)CC ZMANZCXQSJIPKH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 9
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 description 8
- 150000003833 nucleoside derivatives Chemical class 0.000 description 8
- 230000007017 scission Effects 0.000 description 8
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 6
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 6
- IQFYYKKMVGJFEH-XLPZGREQSA-N Thymidine Chemical compound O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)C1 IQFYYKKMVGJFEH-XLPZGREQSA-N 0.000 description 6
- YXFVVABEGXRONW-UHFFFAOYSA-N Toluene Chemical compound CC1=CC=CC=C1 YXFVVABEGXRONW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 6
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 6
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 6
- CRBMHTNKUVJJFH-UHFFFAOYSA-N 2-[5-(dimethylamino)naphthalen-1-yl]sulfonylethanol Chemical compound C1=CC=C2C(N(C)C)=CC=CC2=C1S(=O)(=O)CCO CRBMHTNKUVJJFH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- 238000005481 NMR spectroscopy Methods 0.000 description 5
- 125000003236 benzoyl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C(C([H])=C1[H])C(*)=O 0.000 description 5
- 238000003756 stirring Methods 0.000 description 5
- HFRFFTOBSWLORF-UHFFFAOYSA-N 2-[5-(dimethylamino)naphthalen-1-yl]sulfonylethyl carbonochloridate;hydrochloride Chemical compound Cl.C1=CC=C2C(N(C)C)=CC=CC2=C1S(=O)(=O)CCOC(Cl)=O HFRFFTOBSWLORF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-N Phosphoric acid Chemical compound OP(O)(O)=O NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N Silicium dioxide Chemical compound O=[Si]=O VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 238000001816 cooling Methods 0.000 description 4
- UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N guanine Chemical compound O=C1NC(N)=NC2=C1N=CN2 UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 125000002887 hydroxy group Chemical group [H]O* 0.000 description 4
- 239000000741 silica gel Substances 0.000 description 4
- 229910002027 silica gel Inorganic materials 0.000 description 4
- WFDIJRYMOXRFFG-UHFFFAOYSA-N Acetic anhydride Chemical compound CC(=O)OC(C)=O WFDIJRYMOXRFFG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- DWRXFEITVBNRMK-UHFFFAOYSA-N Beta-D-1-Arabinofuranosylthymine Natural products O=C1NC(=O)C(C)=CN1C1C(O)C(O)C(CO)O1 DWRXFEITVBNRMK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 3
- 239000008346 aqueous phase Substances 0.000 description 3
- IQFYYKKMVGJFEH-UHFFFAOYSA-N beta-L-thymidine Natural products O=C1NC(=O)C(C)=CN1C1OC(CO)C(O)C1 IQFYYKKMVGJFEH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 238000009833 condensation Methods 0.000 description 3
- 230000005494 condensation Effects 0.000 description 3
- 238000000921 elemental analysis Methods 0.000 description 3
- 239000006260 foam Substances 0.000 description 3
- RAXXELZNTBOGNW-UHFFFAOYSA-N imidazole Natural products C1=CNC=N1 RAXXELZNTBOGNW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 230000003647 oxidation Effects 0.000 description 3
- 238000007254 oxidation reaction Methods 0.000 description 3
- 125000005740 oxycarbonyl group Chemical group [*:1]OC([*:2])=O 0.000 description 3
- 238000006068 polycondensation reaction Methods 0.000 description 3
- 125000002924 primary amino group Chemical group [H]N([H])* 0.000 description 3
- 229920002477 rna polymer Polymers 0.000 description 3
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 3
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 3
- 238000004809 thin layer chromatography Methods 0.000 description 3
- 229940104230 thymidine Drugs 0.000 description 3
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 3
- 239000002126 C01EB10 - Adenosine Substances 0.000 description 2
- 101150041968 CDC13 gene Proteins 0.000 description 2
- HMFHBZSHGGEWLO-SOOFDHNKSA-N D-ribofuranose Chemical compound OC[C@H]1OC(O)[C@H](O)[C@@H]1O HMFHBZSHGGEWLO-SOOFDHNKSA-N 0.000 description 2
- XEKOWRVHYACXOJ-UHFFFAOYSA-N Ethyl acetate Chemical compound CCOC(C)=O XEKOWRVHYACXOJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- LYCAIKOWRPUZTN-UHFFFAOYSA-N Ethylene glycol Chemical compound OCCO LYCAIKOWRPUZTN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000006819 RNA synthesis Effects 0.000 description 2
- PYMYPHUHKUWMLA-LMVFSUKVSA-N Ribose Natural products OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](O)C=O PYMYPHUHKUWMLA-LMVFSUKVSA-N 0.000 description 2
- 229910004298 SiO 2 Inorganic materials 0.000 description 2
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- HEDRZPFGACZZDS-MICDWDOJSA-N Trichloro(2H)methane Chemical compound [2H]C(Cl)(Cl)Cl HEDRZPFGACZZDS-MICDWDOJSA-N 0.000 description 2
- ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N Uracil Chemical compound O=C1C=CNC(=O)N1 ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- DRTQHJPVMGBUCF-XVFCMESISA-N Uridine Chemical compound O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C(=O)NC(=O)C=C1 DRTQHJPVMGBUCF-XVFCMESISA-N 0.000 description 2
- 238000005903 acid hydrolysis reaction Methods 0.000 description 2
- 229960005305 adenosine Drugs 0.000 description 2
- HMFHBZSHGGEWLO-UHFFFAOYSA-N alpha-D-Furanose-Ribose Natural products OCC1OC(O)C(O)C1O HMFHBZSHGGEWLO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229910000147 aluminium phosphate Inorganic materials 0.000 description 2
- 239000012876 carrier material Substances 0.000 description 2
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 2
- 238000004587 chromatography analysis Methods 0.000 description 2
- OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N cytosine Chemical compound NC=1C=CNC(=O)N=1 OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 125000002147 dimethylamino group Chemical group [H]C([H])([H])N(*)C([H])([H])[H] 0.000 description 2
- IPZJQDSFZGZEOY-UHFFFAOYSA-N dimethylmethylene Chemical compound C[C]C IPZJQDSFZGZEOY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000000799 fluorescence microscopy Methods 0.000 description 2
- 125000001449 isopropyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])(*)C([H])([H])[H] 0.000 description 2
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 2
- 238000002844 melting Methods 0.000 description 2
- 230000008018 melting Effects 0.000 description 2
- PSHKMPUSSFXUIA-UHFFFAOYSA-N n,n-dimethylpyridin-2-amine Chemical compound CN(C)C1=CC=CC=N1 PSHKMPUSSFXUIA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 125000003835 nucleoside group Chemical group 0.000 description 2
- 238000002515 oligonucleotide synthesis Methods 0.000 description 2
- 239000012074 organic phase Substances 0.000 description 2
- 239000012071 phase Substances 0.000 description 2
- 239000002336 ribonucleotide Substances 0.000 description 2
- 125000002652 ribonucleotide group Chemical group 0.000 description 2
- 125000002221 trityl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C([H])C([H])=C1C([*])(C1=C(C(=C(C(=C1[H])[H])[H])[H])[H])C1=C([H])C([H])=C([H])C([H])=C1[H] 0.000 description 2
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- KYVBNYUBXIEUFW-UHFFFAOYSA-N 1,1,3,3-tetramethylguanidine Chemical compound CN(C)C(=N)N(C)C KYVBNYUBXIEUFW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- MCTWTZJPVLRJOU-UHFFFAOYSA-N 1-methyl-1H-imidazole Chemical compound CN1C=CN=C1 MCTWTZJPVLRJOU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- JVSFQJZRHXAUGT-UHFFFAOYSA-N 2,2-dimethylpropanoyl chloride Chemical compound CC(C)(C)C(Cl)=O JVSFQJZRHXAUGT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- OISVCGZHLKNMSJ-UHFFFAOYSA-N 2,6-Lutidine Substances CC1=CC=CC(C)=N1 OISVCGZHLKNMSJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- ZDTFMPXQUSBYRL-UUOKFMHZSA-N 2-Aminoadenosine Chemical compound C12=NC(N)=NC(N)=C2N=CN1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H]1O ZDTFMPXQUSBYRL-UUOKFMHZSA-N 0.000 description 1
- QHJVGONYJCAFCD-UHFFFAOYSA-N 2-[5-(dimethylamino)naphthalen-1-yl]sulfonylethyl carbonochloridate Chemical compound C1=CC=C2C(N(C)C)=CC=CC2=C1S(=O)(=O)CCOC(Cl)=O QHJVGONYJCAFCD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- GOJUJUVQIVIZAV-UHFFFAOYSA-N 2-amino-4,6-dichloropyrimidine-5-carbaldehyde Chemical group NC1=NC(Cl)=C(C=O)C(Cl)=N1 GOJUJUVQIVIZAV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- ASJSAQIRZKANQN-CRCLSJGQSA-N 2-deoxy-D-ribose Chemical group OC[C@@H](O)[C@@H](O)CC=O ASJSAQIRZKANQN-CRCLSJGQSA-N 0.000 description 1
- 108091027075 5S-rRNA precursor Proteins 0.000 description 1
- HDZZVAMISRMYHH-UHFFFAOYSA-N 9beta-Ribofuranosyl-7-deazaadenin Natural products C1=CC=2C(N)=NC=NC=2N1C1OC(CO)C(O)C1O HDZZVAMISRMYHH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229930024421 Adenine Natural products 0.000 description 1
- GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N Adenine Chemical compound NC1=NC=NC2=C1N=CN2 GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-N Hydrochloric acid Chemical compound Cl VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229930010555 Inosine Natural products 0.000 description 1
- UGQMRVRMYYASKQ-KQYNXXCUSA-N Inosine Chemical compound O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C2=NC=NC(O)=C2N=C1 UGQMRVRMYYASKQ-KQYNXXCUSA-N 0.000 description 1
- UBORTCNDUKBEOP-UHFFFAOYSA-N L-xanthosine Natural products OC1C(O)C(CO)OC1N1C(NC(=O)NC2=O)=C2N=C1 UBORTCNDUKBEOP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000007832 Na2SO4 Substances 0.000 description 1
- MRWXACSTFXYYMV-UHFFFAOYSA-N Nebularine Natural products OC1C(O)C(CO)OC1N1C2=NC=NC=C2N=C1 MRWXACSTFXYYMV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108091028664 Ribonucleotide Proteins 0.000 description 1
- PMZURENOXWZQFD-UHFFFAOYSA-L Sodium Sulfate Chemical compound [Na+].[Na+].[O-]S([O-])(=O)=O PMZURENOXWZQFD-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- UIIMBOGNXHQVGW-UHFFFAOYSA-M Sodium bicarbonate Chemical class [Na+].OC([O-])=O UIIMBOGNXHQVGW-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- UBORTCNDUKBEOP-HAVMAKPUSA-N Xanthosine Natural products O[C@@H]1[C@H](O)[C@H](CO)O[C@H]1N1C(NC(=O)NC2=O)=C2N=C1 UBORTCNDUKBEOP-HAVMAKPUSA-N 0.000 description 1
- 230000002378 acidificating effect Effects 0.000 description 1
- 229960000643 adenine Drugs 0.000 description 1
- XAGFODPZIPBFFR-UHFFFAOYSA-N aluminium Chemical compound [Al] XAGFODPZIPBFFR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229910052782 aluminium Inorganic materials 0.000 description 1
- 125000003277 amino group Chemical group 0.000 description 1
- DRTQHJPVMGBUCF-PSQAKQOGSA-N beta-L-uridine Natural products O[C@H]1[C@@H](O)[C@H](CO)O[C@@H]1N1C(=O)NC(=O)C=C1 DRTQHJPVMGBUCF-PSQAKQOGSA-N 0.000 description 1
- 238000009835 boiling Methods 0.000 description 1
- 229940104302 cytosine Drugs 0.000 description 1
- 230000027832 depurination Effects 0.000 description 1
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 1
- 239000011888 foil Substances 0.000 description 1
- 239000011521 glass Substances 0.000 description 1
- AFQIYTIJXGTIEY-UHFFFAOYSA-N hydrogen carbonate;triethylazanium Chemical compound OC(O)=O.CCN(CC)CC AFQIYTIJXGTIEY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000004356 hydroxy functional group Chemical group O* 0.000 description 1
- WGCNASOHLSPBMP-UHFFFAOYSA-N hydroxyacetaldehyde Natural products OCC=O WGCNASOHLSPBMP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229960003786 inosine Drugs 0.000 description 1
- 238000006317 isomerization reaction Methods 0.000 description 1
- 125000000956 methoxy group Chemical group [H]C([H])([H])O* 0.000 description 1
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 1
- MRWXACSTFXYYMV-FDDDBJFASA-N nebularine Chemical compound O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C2=NC=NC=C2N=C1 MRWXACSTFXYYMV-FDDDBJFASA-N 0.000 description 1
- 239000012299 nitrogen atmosphere Substances 0.000 description 1
- 238000001208 nuclear magnetic resonance pulse sequence Methods 0.000 description 1
- 238000005731 phosphitylation reaction Methods 0.000 description 1
- PTMHPRAIXMAOOB-UHFFFAOYSA-L phosphoramidate Chemical compound NP([O-])([O-])=O PTMHPRAIXMAOOB-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 239000002798 polar solvent Substances 0.000 description 1
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 1
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 description 1
- 238000012552 review Methods 0.000 description 1
- 125000000548 ribosyl group Chemical group C1([C@H](O)[C@H](O)[C@H](O1)CO)* 0.000 description 1
- 229920006395 saturated elastomer Polymers 0.000 description 1
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 description 1
- 239000011734 sodium Substances 0.000 description 1
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 1
- 229910052938 sodium sulfate Inorganic materials 0.000 description 1
- 235000011152 sodium sulphate Nutrition 0.000 description 1
- 239000007790 solid phase Substances 0.000 description 1
- 238000010532 solid phase synthesis reaction Methods 0.000 description 1
- 239000007858 starting material Substances 0.000 description 1
- 230000002194 synthesizing effect Effects 0.000 description 1
- 125000006253 t-butylcarbonyl group Chemical group [H]C([H])([H])C(C(*)=O)(C([H])([H])[H])C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- YLQBMQCUIZJEEH-UHFFFAOYSA-N tetrahydrofuran Natural products C=1C=COC=1 YLQBMQCUIZJEEH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 150000003536 tetrazoles Chemical class 0.000 description 1
- RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-K thiophosphate Chemical compound [O-]P([O-])([O-])=S RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- HDZZVAMISRMYHH-KCGFPETGSA-N tubercidin Chemical compound C1=CC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H]1O HDZZVAMISRMYHH-KCGFPETGSA-N 0.000 description 1
- 238000000870 ultraviolet spectroscopy Methods 0.000 description 1
- 229940035893 uracil Drugs 0.000 description 1
- DRTQHJPVMGBUCF-UHFFFAOYSA-N uracil arabinoside Natural products OC1C(O)C(CO)OC1N1C(=O)NC(=O)C=C1 DRTQHJPVMGBUCF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229940045145 uridine Drugs 0.000 description 1
- UBORTCNDUKBEOP-UUOKFMHZSA-N xanthosine Chemical compound O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C(NC(=O)NC2=O)=C2N=C1 UBORTCNDUKBEOP-UUOKFMHZSA-N 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07C—ACYCLIC OR CARBOCYCLIC COMPOUNDS
- C07C309/00—Sulfonic acids; Halides, esters, or anhydrides thereof
- C07C309/01—Sulfonic acids
- C07C309/28—Sulfonic acids having sulfo groups bound to carbon atoms of six-membered aromatic rings of a carbon skeleton
- C07C309/33—Sulfonic acids having sulfo groups bound to carbon atoms of six-membered aromatic rings of a carbon skeleton of six-membered aromatic rings being part of condensed ring systems
- C07C309/34—Sulfonic acids having sulfo groups bound to carbon atoms of six-membered aromatic rings of a carbon skeleton of six-membered aromatic rings being part of condensed ring systems formed by two rings
- C07C309/35—Naphthalene sulfonic acids
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
- C07H21/00—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07C—ACYCLIC OR CARBOCYCLIC COMPOUNDS
- C07C315/00—Preparation of sulfones; Preparation of sulfoxides
- C07C315/04—Preparation of sulfones; Preparation of sulfoxides by reactions not involving the formation of sulfone or sulfoxide groups
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07C—ACYCLIC OR CARBOCYCLIC COMPOUNDS
- C07C317/00—Sulfones; Sulfoxides
- C07C317/26—Sulfones; Sulfoxides having sulfone or sulfoxide groups and nitrogen atoms, not being part of nitro or nitroso groups, bound to the same carbon skeleton
- C07C317/32—Sulfones; Sulfoxides having sulfone or sulfoxide groups and nitrogen atoms, not being part of nitro or nitroso groups, bound to the same carbon skeleton with sulfone or sulfoxide groups bound to carbon atoms of six-membered aromatic rings of the carbon skeleton
- C07C317/34—Sulfones; Sulfoxides having sulfone or sulfoxide groups and nitrogen atoms, not being part of nitro or nitroso groups, bound to the same carbon skeleton with sulfone or sulfoxide groups bound to carbon atoms of six-membered aromatic rings of the carbon skeleton having sulfone or sulfoxide groups and amino groups bound to carbon atoms of six-membered aromatic rings being part of the same non-condensed ring or of a condensed ring system containing that ring
- C07C317/36—Sulfones; Sulfoxides having sulfone or sulfoxide groups and nitrogen atoms, not being part of nitro or nitroso groups, bound to the same carbon skeleton with sulfone or sulfoxide groups bound to carbon atoms of six-membered aromatic rings of the carbon skeleton having sulfone or sulfoxide groups and amino groups bound to carbon atoms of six-membered aromatic rings being part of the same non-condensed ring or of a condensed ring system containing that ring with the nitrogen atoms of the amino groups bound to hydrogen atoms or to carbon atoms
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
- C07H19/00—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof
- C07H19/02—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof sharing nitrogen
- C07H19/04—Heterocyclic radicals containing only nitrogen atoms as ring hetero atom
- C07H19/06—Pyrimidine radicals
- C07H19/10—Pyrimidine radicals with the saccharide radical esterified by phosphoric or polyphosphoric acids
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
- C07H19/00—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof
- C07H19/02—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof sharing nitrogen
- C07H19/04—Heterocyclic radicals containing only nitrogen atoms as ring hetero atom
- C07H19/16—Purine radicals
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
- C07H19/00—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof
- C07H19/02—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof sharing nitrogen
- C07H19/04—Heterocyclic radicals containing only nitrogen atoms as ring hetero atom
- C07H19/16—Purine radicals
- C07H19/20—Purine radicals with the saccharide radical esterified by phosphoric or polyphosphoric acids
-
- Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
- Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
- Y02P—CLIMATE CHANGE MITIGATION TECHNOLOGIES IN THE PRODUCTION OR PROCESSING OF GOODS
- Y02P20/00—Technologies relating to chemical industry
- Y02P20/50—Improvements relating to the production of bulk chemicals
- Y02P20/55—Design of synthesis routes, e.g. reducing the use of auxiliary or protecting groups
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Saccharide Compounds (AREA)
- Organic Low-Molecular-Weight Compounds And Preparation Thereof (AREA)
- Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Pyrane Compounds (AREA)
Description
Den kjemiske polykondensasjonen av mononukleotider er en viktig metode for fremstilling av desoksyribonukleinsyre (DNA) eller ribonukleinsyre (RNA).
Et grunnleggende problem ved kjemisk syntese av DNS eller RNS er å finne frem til egnede beskyttelsesgrupper for amino- og hydroksygruppene til nukleosidbasene og sukkerrestene. Disse beskyttelsesgruppene må på den ene side være stabile under betingelsene med polykondensasjonsreaksjoner, dvs. under dannelse av fosfodiesterbinding, og på en annen side må de være tilstrekkelig labile for at de ved slutten av reaksjonen kan spalte fosfodiesterbindingen, for igjen å kunne bli fjernet (H. G. Khorana; Pure Appl. Chem. 17 (1968) 349).
Særlig problematisk er den kjemiske syntese av RNA, da ribosesukkerresten bærer 2 hydroksygrupper, som begge må bli beskyttet. Beskyttelsesgruppen til 5'-hydroksygruppen må derfor før hvert polykondensasjonstrinn bli selektivt avspaltet, dvs. uten avspaltning av 2'-hydroksybeskyttelsesgruppen. Beskyttelsesgruppen til 2'-hydroksygruppen kan først på slutten av RNA-syntesen bli avspaltet, og riktignok under betingelser, som fører til mindre spalting eller isomeriser-ing av fosfodiesterbindingen (C. B. Reese, Nucleic Acids and Molecular Biology, Vol 3 (F. Eckstein & D. M. J. Lilley eds.), Springer forlag, Weinheim).
En mulighet for selektiv avspaltning av 5'-hydroksybeskyttelsesgruppen uten avspaltning av 2 *-hydroksybeskyttelsesgruppen er å oppnå en kombinasjon med en baselabil 5'-hydroksybeskyttelsesgruppe med en syrelabil 2'-hydroksybeskyttelsesgruppe (Chr. Lehmann et al. (1989) Nucleic Acids Res. 17, 2379-2390, nr. 7). Anvendelse av en baselabil 5'-hydroksybeskyttelsesgruppe er også fordelaktig ved syntese av DNA, da under de milde betingelsene de ikke-sure hydrolysebetingelsene i syntesen med allerede dannede fosfodi- hhv. triesterbindingene generelt ikke blir spaltet. I tillegg blir det under de milde ikke-sure hydrolysebetingelsene omgått en depurinering av nukleotidet, som beskrevet av E. Sonveaux (E. Sonveaux (1986), Bioorganlc Chemistry 14 7 286). Et ytterligere krav på 5'-hydroksybeskyttelsesgruppen ved DNA- og også ved RNA-syntesen, er en lett og høyømfintlig påvisbarhet av beskyttelsesgruppen. På denne måten kan omsetningsgraden av det enkelte reaksjonstrinn bli fulgt spesielt godt og det kan bli oppnådd en mest mulig fullstendig omsetning. Derigjennom er det mulig å fremstille særlig lange oligo-nukleotider med høyt utbytte. Dette tillater også gjennom-føring av mindre synteseforsøk i nanomolare til pikomolare områder.
Det er nå overraskende funnet at dansyletoksykarbonylgruppen (Dans-EOC) kan bli anvendt som baselabil 5'-hydroksybeskyttelsesgruppe i kjemisk oligonukleotidsyntese.
Gjenstand for oppfinnelsen er således:
En fremgangsmåte for fremstilling av en forbindelse med formel (I) er kjennetegnet ved at forbindelsen med formel (II)
blir omsatt med en klorkarbonyldonor.
Til innføring av dansyletoksykarbonylgruppen i nukleosidet blir 2-dansyletylklorf ormiat-hydroklorid omsatt med et nukleosid, og med dette blir i hvert nukleosid amino- hhv. hydroksy-funksjonen til nukleosidbasen beskyttet med egnede grupper. Som beskyttelsesgrupper egner seg f.eks. for 6-aminogruppen i adenin, t-butylkarbonyl, benzoyl-, 4-(t-butyl)benzoyl- eller para-nitrofenyletyloksykarbonylgruppe, særlig benzoyl- eller para-nitrofenyletyloksykarbonyl-gruppen.
For 2-aminogruppen til guanin egner seg f.eks. isobutyryl-, 4-(t-butyl )fenylacetyl- eller para-nitrofenyletyloksy-karbonyl-gruppen, særlig isobutyryl- eller para-nitrofenyl-etyloksykarbonyl-gruppen. 6-hydroksygruppen til guanin hhv. 4-hydroksygruppen til uracil blir generelt enten ubeskyttet eller de kan bli beskyttet med en para-nitrofenyletylgruppe. Ved cytosin blir 4-aminogruppen f.eks. beskyttet ved en benzoyl-, 4-(t-butyl)benzoyl- eller para-nitrofenyletyloksykarbonylgruppe, særlig benzoyl- eller para-nitroetyloksy-karbonyl-gruppen. Tymidin forblir generelt ubeskyttet. I uridin blir 3-N-gruppen f.eks. beskyttet med en Boe- eller anisoylgruppe.
Istedenfor de naturlige nukleosidbasene kan også modifiserte nukleosidbaser bli anvendt, deres amino- hhv. hydroksygrupper kan på analog måte bli beskyttet med de ovenfor nevnte beskyttelsesgruppene. Eksempler på nukleosider med modifiserte baser er inosin-, 8-aza-7-deazaadenosin-, tubercidin-, nebularin-, xantosin-, 2-aminoadenosin- eller pyridopyrimidin-nukleosid. Nukleosidene kan kjøpes og innføringen av enkelte beskyttelsesgrupper kan f.eks. foregå etter C. Lehmann et al. (1989), C. B. Reese (1989) ["The Chemical Synthesis of Oligo and Polyribonucleotides" in Nucleic Acids and Molecular Biology 3, F. Eckstein & D. M. J. Lilley (eds.), Springer forlag Berlin, Heidelberg], E. Sonveaux (1986), Bioorganic Chemistry 14., 274-325 eller E. Uhlmann & A. Peyman (1990), Chemical Reviews 90, 543-584, nr. 4.
Ved anvendelse av ribonukleotider må ytterligere hydroksy- og aminogruppene til nukleotidbasene også 2'-hydroksygruppene til riboserestene bli beskyttet. Som allerede nevnt er det for RNS-syntesen viktig, ved valg av en egnet kombinasjon av 5'-hydroksy- og 2'-hydroksybeskyttelsesgruppe, selektivt å kunne fjerne 5'-hydroksybeskyttelsesgruppen, dvs. uten avspaltning av 2'-hydroksybeskyttelsesgruppen.
I nærvær av syrelabile 2'-hydroksybeskyttelsesgrupper, kan dansyletoksykarbonylgruppen som 5'-hydroksybeskyttelsesgruppe selektivt bli avspaltet under ikke-syrebetingelser. Som syrelabile 2'-hydroksybeskyttelsesgrupper kan det f.eks. bli anvendt 4-metoksytetrahydropyran-4-yl-, tetrahydropyranyl-, t-butyl-dimetylsilyl-, 2-nitrobenzyl-, l-(2-klor-4-metyl-fenyl)-4-metoksypiperidin-4-yl- eller l-(2-fluorfenyl)-4-metoksypiperidin-4-yl-gruppen. Avspaltingen av dansyletoksykarbonylgruppen blir fortrinnsvis gjennomført i et aprotisk polart oppløsningsmiddel, særlig acetonitril eller pyridin med hjelp av 1 til 3, fortrinnsvis 1,5 til 2,5 mol ekvivalenter DBU (= 1,5-diazobicyklo-[5.4.0]-undec-5-en). Alterna-tivt kan andre baser som TMG (= N^N<1>N<2>N<2->tetrametylguanidin) eller C1-C4-trialkylamin, som f.eks. trietylamin, bli anvendt til avspaltning.
2-dansyletylklorformiat-hydroklorid som utgangsforbindelse til 5'-hydroksybeskyttelsesgruppen i ribose hhv. desoksy-riboserestene blir ved omsetning av 2-dansyletanol fremstilt med en klorkarbonyldonor, som f.eks. triklormetylklorformiat (difosgen) og/eller fosgen, fortrinnsvis triklormetylklorformiat i nærvær av et polart, aprotisk oppløsningsmiddel. I en foretrukket utførelsesform blir reaksjonen gjennomført i nærvær av et enkelt polart, aprotisk oppløsningsmiddel, særlig i nærvær av acetonitril. Molforholdet av 2-dansyl-
etanol til klorkarbonyldonor er 0,5-1 til 1-2, fortrinnsvis 1 til 1-2, særlig 1 til 1,5-2. Reaksjonstemperaturen ligger i området fra -20*C til kokepunktet av reaksjonsblandingen, fortrinnsvis fra -5°C til +20°C, særlig fra CC til 5<*>C.
Etter fremgangsmåten ifølge oppfinnelsen oppstår 2-dansyletylklorformiat-hydrokloridet som et rent produkt og elementæranalysen fastslår sammensetningen som et rent produkt. Dette er overraskende da A. Takadate et al. (A. Takadate et al. (1983) Yakugaku Zasshi 103. 982-966) ved omsetning av 2-dansyletanol med triklormetylklorformiat, oppnådde et produkt med smeltepunkt som er ca. 20" C lavere enn det i den nevnte fremgangsmåten syntetiserte produkt. 2-dansyletanol kan f.eks. bli fremstilt etter S. Goya et al.
(1981) (S. Goya et al (1981) Yakugaku Zasshi 101, 1164).
Prinsipielt er det to muligheter for å syntetisere oligo-nukleotider. For det første kan syntesen foregå i oppløsning, f.eks. etter den beskrevne måten til C. B. Reese (C. B. Reese
(1989) "The Chemical Synthesis of Oligo- and Poly-ribonucleo-tides" i Nucleic Acids and Molecular Biology (F. Eckstein & D. M. J. Lilley, eds.) 3, 164-181).
For det andre kan oligonukleotidsyntesen foregå på fastfase, f.eks. på nukleosid-funksjonalisert glass (K. P. Stengele & W. Pfleiderer (1989) Nucleic Acids Res. Symp. Ser. 21, 101, K. P. Stengele & W. Pfleiderer (1990) Tetrahedron Lett. 31, 2549 eller Chr. Lehmann et al. (1989) Nucleic Acids Res. 17, 2379-2390, nr. 7). Generelt er fastfasesyntesen den foretrukkede metoden.
Følgende eksempler vil forklare oppfinnelsen nærmere. Det blir anvendt følgende forkortelser:
Bz benzoyl
Mthp metoksytetrahydropyranyl
DansEOC dansyletoksykarbonyl og
EE eddiksyreetylester
Eksempel 1
Omsetting av 2- dansyletanol med triklormetylklorformlat
Under isavkjøling og omrøring pipetteres 0,8 ml (1,32 g = 6,64 mmol) triklormetylklorformiat i 10 ml absolutt CH3CN. Deretter dryppes under isavkjøling og omrøring gjennom en serumkappe med en sprøyte 1 g (3,58 mmol) 2-dansyletanol oppløst i 5 ml absolutt CH3CN. Det omrøres i isbad ytterligere 5 timer. Det utfelte fargeløse faststoffet avsuges, vaskes med absolutt tetrahydrofuran og tørkes i høyvakuum. Det oppnås 1,135 g (3,00 mmol = 84 av et fargeløst faststoff med smeltepunkt 154-55°C.
Elementaranalyse gir:
Eksempel 2
Omsetning av 2'-0-(4-metoksytetrahydropyranyl)-N^-benzoyl-adenosln med 2- dansyletylklorformiat- hydroklorid
2,43 g (5 mmol) 2 *-0-Mthp-N6-Bz-adenosin koinndampes 2 x med 30 ml absolutt pyridin hver gang, og løses deretter i 40 ml absolutt pyridin. Under isavkjøling og omrøring tilsettes deretter 2,46 g (6,5 mmol = 1,3 ekv. ) 2-dansyletylklorformiat-hydroklorid i fast form. Det omrøres i 1 t på isbad, hvorved etter ca. 0,5 t hydrokloridet er løst. Deretter stoppes det med 0,5 ml (8,8 mmol) glykol, innroteres, fortynnes med 200 ml CE2CI2, vaskes med 200 ml mettet NaHC03-oppløsning, ekstraheres den vandige fasen 2 x med 100 ml CH2CI2 hver gang, tørkes de forenede organiske fasene med Na2S04, avfiltreres og innroteres. Man koinndamper 2 x med hver gang 100 ml toluen og 2 x med hver gang 100 ml CH2C12. Det renses på en Si02-søyle (100 g, 23 x 3,5 cm). Det elueres med 0,5 1 CE2C12, 1 1 CH2Cl2/MeOH 100:1 og 1,5 1 CH2Cl2/MeOH 100:2 med flammekromatografi. De enkelte
produktfraksjonene innroteres og tørkes i høyvakuum. Det oppnås 2,86 g (3,62 mmol - 72 %) 5'- og 0,47 g (0,43 mmol = 9 %) 3' ,5 *-di-substituert produkt hver gang som et gult, sterkt fluorescerende skum. For elementæranalyse bli 100 mg av det substituerte produktet ytterligere renset over en Si02-plate (40 x 20 cm) med CH2Cl2/MeOH 100:2.
Analysedata for 2'-0-(4-metoksytetrahydropyranyl)-5'-0-dansy1- etoksykarbony1- N^- benzoyl- adenos in
a) Tvnns. 1 iktskromatograf i
Tynnsjiktskromatografi ble gjennomført på Schleicher og
Schtlll kiselgel F 1500/LS 254 i CH2Cl2/MeOH (95:5) og en Rf-verdi ble beregnet til 0,48.
b ) TJV- spektroskopl 1 metanol:
c) Elementæranalyse
d) NMR- spektroskop!
i CDC13 ved 250 MHz
9,03 s bredde (1) NH, 8,81 s (1) H-8, 8,61 d (2) dansyl-H-2, 8,35-8,30 m (2) dansyl-H-4, dansyl-H-8, 8,23 s (1) H-2, 8,03 d (2) 2 H av o-Bz, 7,65-7,50 m (5) 3 H av Bz, dansyl-H-3, dansyl-E-7, 7,20 d (1) dansyl-H-6, 6,20 d (1) H-l', 5,13 t (1) H-2', 4,52-4,32 m (6) CH20C0, H-3', H-4<*>, H-5<*>, H-5'', 3,72 t (2) S02CH2, 3,77-3,43 m (4) CH20CH2 (Mthp), til 2,90 s bredde (1) 3<*->0H, 2,89 s (6) NMe2, 2,87 s (3) 0CH3, 1,95-1,55 m (4) CH2CCH2 (Mthp)
Analysedata for 2'-0-(4-metoksytetrahydropyranyl )-3',5'-0-bis- dans. vletoksykarbonyl- N6- benzoyl- adenosin
a) Tynns. 1 iktskromatograf 1
Tynnsjiktskromatografi ble gjennomført på kiselgel F
1500/LS 254 (Schleicher & Schtill) i CH2Cl2/MeOH (100:2) og en Rf-verdi ble beregnet til 0,35.
b) UV- spektroskopl 1 metanol:
c) Elementæranalyse
d) NMR- spektroskopi
1 CDC13 ved 250 MHz
9,05 s bredde (1) NH, 8,83 s (1) H-8, 8,69-8,60 2 d (2)
2 x dansyl-H-2, 8,35-8,29 m (4) 2 x dansyl-H-4, 2 x
dansyl-H-8, 8,22 s (1) H-2, 8,03 d (2) 2 H av o-Bz, 7,68-7,50 m (7) 3 H av Bz, 2 x dansyl-H-3, 2 x dansyl-H-7, 7,24-7,18 2 til t overlagret d (2) 2 x dansyl-H-6, 6,13 d (1) H-l', 5,32 t (1) H-2', 5,13-5,11 m (1) H-3', 4,60-4,22 m (7) 2 x CH20C0, H-4' , H-5', H-5", 3,77-3,26 m (8)
2 x S02CH2, CH20CH2 (Mthp), 2,89 s (6) MMe2, 2,88 s (6) MMe2, 2,63 s (3) OCH3, 1,78-1,20 m (4) CH2CCH2 (Mthp)
Eksempel 3
Omsetning av 2'-0-(4-metoksytetrahydropyranyl)-5'-0-dansyletoksykarbonyl-N^-benzoyl-adenosin med fosforsyreklorid-2-(4-nitrofenyl)- etylester- N, N- diisopropylamld 1 g (1,264 mmol) 2 *-O-Mthp-5'-0-DansE0C-N6-Bz-adenosin oppløses i 6 ml absolutt CH2CI2, deretter tilsettes 0,86 ml (0,65 g = 5,03 mmol = 4 ekv.) Htlnigs-base og 0,84 g (2,528 mmol - 2 ekv.) fosforsyreklorid-2-(4-nitrofenyl)-etylester-N,N-diisopropylamid. Under en nitrogenatmosfære, avskjermet med en alufolie, omrøres forsøket ved romtemperatur. Etter 1 1/4 t tilsettes ytterligere 0,42 g (1,264 mmol = 1 ekv.) fosfittyleringsreagens. Etter samlet 2,5 timers omrøring ved romtemperatur fortynnes det med 75 ml CH2CI2, vaskes med 75 ml mettet NaHCC^-oppløsning, den vandige fasen tilbakeekstraheres 4 x med 50 ml CH2CI2 hver gang, de forenede organiske fasene tørkes over Na2S04, filtreres av og innroteres. Man renser over en SiC^-søyle (30 g, 12 x 3 cm) med flammekromatografi: det elueres med 250 ml CH2Cl2, 100 ml CE2C12/EE 100:1, 100 ml CH2C12/EE 100:2, 100 ml CH2C12/EE 100:3, 100 ml CH2C12/EE 100:5, 100 ml CH2C12/EE 100:7, 100 ml CH2C12/EE 9:1, 350 ml CH2C12/EE 4:1 (reagens), 100 ml
CH2CI2/EE 2:1 (produkt), 100 ml CH2<C>12/EE 1:1 (produkt), 100 ml CH2C12/EE 1:2 (produkt) og 100 ml EE (produkt).
Produktfraksjonen innroteres og tørkes i høyvakuum. Det oppnås 0,955 g (0,878 mmol = 70 %) av et gult, fluorescerende skum.
Analvsedata
a) Tvnns. 1 iktskromatograf i
Tynnsjiktskromatografi ble gjennomført på Schleicher og
Schtill F 1500/LS 254 kiselgel i toluen/EE (1:6) og en Rf-verdi ble beregnet til 0,50.
b) UV- spektroskopi i metanol:
c) Elementæranalyse
d) NMR- spektroskopl
1. 31P- NMR 1 CDClg ved 161, 70 MHz 151,34 ppm s (31 *)
149,47 ppm s (69 56) 2. iH- NMR i CDClg ved 250 MHz 9,07 s bredt (1) NH, 8,83 u. 8,82 2 s (1) H-8, 8,61 d (1) dansyl-H-2, 8,35-8,29 m (2) dansyl-H-4, dansyl-H-8, 8,24 u. 8,22 2 s (1) H-2, 8,18-8,13 2 d (2) 2 H o til fenyl-N02, 8,03 d (2) 2 H av o-Bz, 7,64-7,49 m (5) 3 H av Bz, dansyl-H-3, dansyl-H-7, 7,45-7,38 2 d (2) 2 Hm til fenyl-N02, 7,19 d (1) dansyl-H-6, 6,23
u. 6,15 2 d (1) H-l', 5,20 u. 5,11 2 t (1) H-2', 4,48 t (2) CH20C0, 4,44-4,18 m (4) H-3', H-4', H-5', H-5", 4,10-3,88 m (2) CH20P, 3,84-3,25 m (6) 2 x CH (i-Pr). CH20CH2 (Mthp), 3,71 t (2) S02CH2, 3,06 t (2) CH2-fenyl-N02, 2,88 s (6) NMe2, 2,66 u. 2,61 2 s (3) 0CH3, 2,00-1,45 m (4) CH2CCH2 (Mthp), 1,26-1,12 overlagret d (12) 2 x C(CH3)2 (i-Pr)
Eksempel 4
Automatisk oligoribonukleotidsyntese med 2'- 0-( 4- metoksv-tetrahydropyranyl )- 5 '- O- dansvletoksykarbonylfosf ittamider .
Fremstilling av dekanukleotider ( rAp)gT
Syntesene blir gjennomført med en 380 B DNA-syntetiserer (Applied Biosystems).
Anvendt søyle: ABI-standardsøyle
Anvendt bærermateriale: LCAMA-CPG-bærer, som er forbundet med nukleosidet over 3'-hydroksygruppen.
(Litteratur: K. P. Stengele, W. Pfleiderer Nucleic Acids Res. Symp. Ser. 21, 101 (1989); K. P. Stengele, W. Pfleiderer Tetrahedron Lett. 31, 2549 (1990)).
Belastning med tymidin, som er bundet over 3'-hydroksygruppen til bæreren: 19 pmol/g
Forsøksstørrelse: ca. 0,6 >jmol (bestemmelse ved trityl-avspalting).
S yntesesvklus:
1. Kondensasjon med 0,5 M tetrazol og 0,1 M 2'-0-(4-metoksytetrahydropyranyl)-5'-O-dansyletoksy-karbonyl-N^-benzoyladenosin-3 '-0-fosf ittamid i absolutt acetonitril etter følgende pulsrekkefølge:
2. Kapping av ikke-omsatt nukleotid med acetanhydrid/- lutidin/THF (1:1:3) og 6,5 H> dimetylaminopyridin (DMAP) i THF
Gjennomstrøm 20 s
Ventetrinn 30 s
3. Oksidasjon med ^-oppløsning (1,269 g I2/20 ml H20/10 ml pyridin/100 ml THF)
Gjennomstrøm 30 s
Ventetrinn 30 s
4. Dansyletoksykarbonylavspalting med 0,1 M DBU 1 acetonitril i 2 x 30 s og 8 x 10 s. pulsstrøm med mellom-sjaltet 1 s "reverse flushes".
Eluatet fra 4. trinn blir samlet og kondensasjonsutbyttet bestemt på bakgrunn av dannet 5-dimetylamino-naftyl-1-vinylsulfon ved hjelp av fluorescensmikroskopi (impuls: 368 nm; emisjon: 526 nm).
Det gjennomsnittlige trinnvise utbyttet utgjør ca. 98 <&.
Mellom de enkelte trinnene 1-4 foregår de vanlige vaske-trinnene med acetonitril så vel som "blokk- hhv. reverse flushes".
Eksempel 5
Syntese av 5'- O- dansyletoksykarbonylbeskyttede H- fosfonater 10,75 ekvivalenter imidazol oppløses i 5 ml absolutt metylenklorid, avkjøles deretter med is/koksalt og deretter blandes den avkjølte oppløsningen med 3,5 ekvivalenter PC13 og 11,25 ekvivalenter trietylamin. Det omrøres 15 min under avkjøling og tilsettes 0,25 mmol (1 ekvivalent) 2'-0-(4-me toksytetrahydropyranyl)-5'-0-dansyl-etoksykarbonyl-N6-benzoyladenosin eller 0,25 mmol 2'-0-(4-metoksytetrahydropyranyl )-5 '-0-dansyletoksykarbonyl-N6-para-nitrofenyletyl-oksykarbonyladenosin (koinndampes 1 x med acetonitril) i 5 ml absolutt metylenklorid i løpet av 10 min dråpevis under omrøring.
Deretter fjernes isbadet og det omrøres ytterligere 15 min ved romtemperatur. Deretter ristes reaksjonsoppløsningen med 10 ml 1 M trietylammonium-bikarbonat. Fasene skilles, den vandige fasen ekstraheres med 10 ml CH2C12, de forenede organiske fasene tørkes over Na2S04, avfUtreres og roteres til et gult, fluorescerende skum. Man renser over en kort kiselgelsøyle (flammekromatograf i) med en CI^C^/MeOH-gradient.
Eksempel 6
Automatisk ollgorlbonukleotldsvntese med 2'- O-^- metoksy-tetrahydrop. vranyl )- 5 '- O- dansyletoksykarbonylrlbonukleosid- 3'-O- H- fosfonater. Fremstilling av ( rAp)gT
Syntesen gjennomføres med en 380 B DNA-syntetiserer (Applied Biosystems).
Anvendt søyle: ABI-standardsøyle
Anvendt bærermateriale: LCAMA-CPG-bærer
(Litteratur: K. P. Stengele, W. Pfleiderer Nucleic Acids Res. Symp. Ser. 21, 101 (1989); K. P. Stengele, W. Pfleiderer Tetrahedron Lett. 31, 2549 (1990)).
Belastning med tymidin, som er bundet over 3'-hydroksygruppen til bæreren: 19 pmol/g
Forsøksstørrelse: ca. 0,6 pmol (bestemmelse ved trityl-avspalting).
Syntesesyklus:
1. Vasking med absolutt pyridin/acetonitril (1:1)
2. Omsetning med 2'-0-(4-metoksytetrahydropyranyl)-5'-0-dansyletoksykarbonyl-H-fosfonat (10 mM) og pivaloyl-klorid (50 mM) i absolutt pyridin/acetonitril (1:1)
3. Vasking med absolutt acetonitril (45 s)
4. Dansyletoksykarbonylavspalting med 0,1 M DBU i acetonitril (2 min) 5. Gjentakelse av trinn 1 til 4 til ønsket kjedelengde blir oppnådd. 6. Dansyletoksykarbonylavspalting med 0,1 M DBU i acetonitril (2 min) og samling av eluatet 7. Oksidasjon med I2 (0,1 M) i pyridin/N-metylimidazol/- vann/THF (5/1/5/90) (2,5 min) eller med J2 (0,1 M) i trietylamin/vann/THF (5/5/90) (2,5 min)
Oksidasjonen til tiofosfat eller fosforamidat blir også gjennomført som beskrevet i Uhlmann & Peyman (1990).
Eluatet fra det 6. trinnet blir samlet og kondensasjons-utbyttene på bakgrunn av dannet 5-dimetylamino-naftyl-1-vinylsulfoner blir bestemt ved hjelp av fluorescensmikroskopi (impuls: 368 nm; emisjon: 526 nm).
Det gjennomsnittlige trinnvise utbyttet utgjør ca. 98
Claims (5)
1.
Fremgangsmåte for fremstilling av en forbindelse med formel
karakterisert ved at forbindelsen med formel (II)
blir omsatt med en klorkarbonyldonor.
2.
Fremgangsmåte ifølge krav 1, karakterisert ved at klorkarbonyldonoren er triklormetylklorformiat (difosgen) og/eller fosgen, fortrinnsvis triklormetylklorformiat .
3.
Fremgangsmåte ifølge krav 1 eller 2, karakterisert ved at omsetningen foregår i nærvær av et polart, aprotisk oppløsningsmiddel.
4.
Fremgangsmåte ifølge et hvilket som helst av kravene 1 til 3, karakterisert ved at acetonitril eller pyridin blir anvendt som oppløsningsmiddel.
5.
Fremgangsmåte ifølge et hvilket som helst av kravene 1 til 4, karakterisert ved at molforholdet av forbindelsen med formel (I) til klorkarbonyldonoren er 0,5-1 til 1-2, fortrinnsvis 1 til 1-2, særlig 1 til 1,5-2.
Priority Applications (3)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| NO950427A NO180751C (no) | 1990-09-14 | 1995-02-06 | Fremgangsmåte for kjemisk syntese av oligonukleotider, og anvendelse av forbindelsene i oligonukleotidsyntese |
| NO950428A NO180752C (no) | 1990-09-14 | 1995-02-06 | Fremgangsmåte for kjemisk syntese av oligonukleotider, og anvendelse av forbindelsene i oligonukleotidsyntese |
| NO951911A NO180419C (no) | 1990-09-14 | 1995-05-15 | Oligonukleotider og anvendelse i oligonukleotidsyntese |
Applications Claiming Priority (2)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| DE4029244A DE4029244A1 (de) | 1990-09-14 | 1990-09-14 | Verfahren zur chemischen synthese von oligonukleotiden |
| DE4111363 | 1991-04-09 |
Publications (4)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| NO913626D0 NO913626D0 (no) | 1991-09-13 |
| NO913626L NO913626L (no) | 1992-03-16 |
| NO178333B true NO178333B (no) | 1995-11-27 |
| NO178333C NO178333C (no) | 1996-03-06 |
Family
ID=25896883
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| NO913626A NO178333C (no) | 1990-09-14 | 1991-09-13 | Fremgangsmåte for fremstilling av mellomprodukter ved kjemisk syntese av oligonukleotider |
Country Status (17)
| Country | Link |
|---|---|
| US (2) | US5631362A (no) |
| EP (1) | EP0475443B1 (no) |
| JP (2) | JP3539978B2 (no) |
| KR (1) | KR100228606B1 (no) |
| AT (1) | ATE113031T1 (no) |
| AU (1) | AU641882B2 (no) |
| CA (1) | CA2051217C (no) |
| DE (1) | DE59103277D1 (no) |
| DK (1) | DK0475443T3 (no) |
| ES (1) | ES2065595T3 (no) |
| FI (1) | FI102072B1 (no) |
| HU (1) | HUT63432A (no) |
| IE (1) | IE65094B1 (no) |
| IL (1) | IL99465A (no) |
| NO (1) | NO178333C (no) |
| NZ (1) | NZ239766A (no) |
| PT (1) | PT98963B (no) |
Families Citing this family (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US6048975A (en) * | 1991-09-12 | 2000-04-11 | Hoechst Aktiengesellschaft | Process for the chemical synthesis of oligonucleotides |
| DE19842164B4 (de) * | 1998-09-15 | 2004-06-03 | Deutsches Krebsforschungszentrum Stiftung des öffentlichen Rechts | Verfahren zur Qualitätskontrolle beim Aufbau von Oligomerrastern |
| CN102887841A (zh) * | 2012-11-02 | 2013-01-23 | 天津希恩思生化科技有限公司 | 化合物丹磺酰氯的制备方法 |
Family Cites Families (5)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| BE757863A (fr) * | 1969-10-24 | 1971-04-22 | Hoechst Ag | Colorants anthraquinoniques solubles dans l'eau et leur preparation |
| EP0267996A1 (en) * | 1986-11-20 | 1988-05-25 | Tamir Biotechnology Ltd. | New nucleotide derivatives |
| US4960700A (en) * | 1986-12-24 | 1990-10-02 | Genentech, Inc. | Compositions and methods for the synthesis and assay of a mammalian enkephalinase |
| US4997928A (en) * | 1988-09-15 | 1991-03-05 | E. I. Du Pont De Nemours And Company | Fluorescent reagents for the preparation of 5'-tagged oligonucleotides |
| AU6603690A (en) * | 1989-10-05 | 1991-04-28 | University Patents Inc. | Nucleoside and polynucleotide thiophosphoramidite and phosphorodithioate compounds and processes |
-
1991
- 1991-09-12 FI FI914293A patent/FI102072B1/fi active IP Right Grant
- 1991-09-12 CA CA002051217A patent/CA2051217C/en not_active Expired - Fee Related
- 1991-09-12 IL IL9946591A patent/IL99465A/en not_active IP Right Cessation
- 1991-09-12 NZ NZ239766A patent/NZ239766A/en not_active IP Right Cessation
- 1991-09-12 HU HU912936A patent/HUT63432A/hu unknown
- 1991-09-13 DE DE59103277T patent/DE59103277D1/de not_active Expired - Lifetime
- 1991-09-13 EP EP91115583A patent/EP0475443B1/de not_active Expired - Lifetime
- 1991-09-13 AU AU83865/91A patent/AU641882B2/en not_active Ceased
- 1991-09-13 JP JP26329091A patent/JP3539978B2/ja not_active Expired - Lifetime
- 1991-09-13 KR KR1019910015958A patent/KR100228606B1/ko not_active IP Right Cessation
- 1991-09-13 ES ES91115583T patent/ES2065595T3/es not_active Expired - Lifetime
- 1991-09-13 PT PT98963A patent/PT98963B/pt not_active IP Right Cessation
- 1991-09-13 NO NO913626A patent/NO178333C/no unknown
- 1991-09-13 DK DK91115583.6T patent/DK0475443T3/da active
- 1991-09-13 IE IE325091A patent/IE65094B1/en not_active IP Right Cessation
- 1991-09-13 AT AT91115583T patent/ATE113031T1/de not_active IP Right Cessation
-
1995
- 1995-05-09 US US08/437,566 patent/US5631362A/en not_active Expired - Lifetime
- 1995-06-07 US US08/487,229 patent/US5945524A/en not_active Expired - Lifetime
-
2003
- 2003-02-27 JP JP2003051774A patent/JP3983691B2/ja not_active Expired - Lifetime
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| PT98963A (pt) | 1992-08-31 |
| US5631362A (en) | 1997-05-20 |
| JP3539978B2 (ja) | 2004-07-07 |
| JP3983691B2 (ja) | 2007-09-26 |
| DE59103277D1 (de) | 1994-11-24 |
| KR100228606B1 (ko) | 1999-11-01 |
| AU8386591A (en) | 1992-03-19 |
| NO178333C (no) | 1996-03-06 |
| US5945524A (en) | 1999-08-31 |
| IL99465A (en) | 2001-04-30 |
| EP0475443A2 (de) | 1992-03-18 |
| ES2065595T3 (es) | 1995-02-16 |
| HU912936D0 (en) | 1992-01-28 |
| NO913626L (no) | 1992-03-16 |
| AU641882B2 (en) | 1993-09-30 |
| FI102072B (fi) | 1998-10-15 |
| IL99465A0 (en) | 1992-08-18 |
| FI914293A0 (fi) | 1991-09-12 |
| JP2003292499A (ja) | 2003-10-15 |
| IE913250A1 (en) | 1992-02-25 |
| CA2051217A1 (en) | 1992-03-15 |
| NO913626D0 (no) | 1991-09-13 |
| PT98963B (pt) | 1999-02-26 |
| CA2051217C (en) | 2003-12-09 |
| NZ239766A (en) | 1994-05-26 |
| KR920006305A (ko) | 1992-04-27 |
| EP0475443B1 (de) | 1994-10-19 |
| JPH05320122A (ja) | 1993-12-03 |
| DK0475443T3 (da) | 1995-04-03 |
| HUT63432A (en) | 1993-08-30 |
| ATE113031T1 (de) | 1994-11-15 |
| EP0475443A3 (en) | 1992-07-08 |
| IE65094B1 (en) | 1995-10-04 |
| FI102072B1 (fi) | 1998-10-15 |
| FI914293A (fi) | 1992-03-15 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| EP0466773B1 (en) | Coumarin derivatives for use as nucleotide crosslinking reagents | |
| US6090932A (en) | Method of preparation of known and novel 2'-modified nucleosides by intramolecular nucleophilic displacement | |
| EP1178999B1 (en) | L-ribo-lna analogues | |
| US4959463A (en) | Intermediates | |
| EP0984021A2 (en) | Synthesis of oligonucleotides | |
| AU716391B2 (en) | Solid phase synthesis of oligonucleotides | |
| US5606049A (en) | Method of preparing 2'-O-methyl cytidine monomers useful in oligomer synthesis | |
| US5864031A (en) | Process for preparing 5-dithio-modified oligonucleotides | |
| US4419509A (en) | Process for de-cyanoethylating blocked nucleotides | |
| NO178333B (no) | Fremgangsmåte for fremstilling av mellomprodukter ved kjemisk syntese av oligonukleotider | |
| CN108779140B (zh) | 用于合成供并入核酸序列中用的5-(n-保护的色氨基羧基酰胺)-2′-去氧尿苷亚磷酰胺酯的化合物和方法 | |
| NO180419B (no) | Oligonukleotider og anvendelse i oligonukleotidsyntese | |
| EP2053054A1 (en) | Method for introducing nucleic-acid-protecting group | |
| US6048975A (en) | Process for the chemical synthesis of oligonucleotides | |
| JPH06135988A (ja) | ヌクレオシド誘導体 | |
| JPH06135989A (ja) | ヌクレオシド誘導体 | |
| EP0075392A1 (en) | Process for de-cyanoethylating blocked nucleotides | |
| Agrawal et al. | Synthesis of [15 N]-Labeled DNA Fragments | |
| DE4029244A1 (de) | Verfahren zur chemischen synthese von oligonukleotiden |