NL9002259A - Werkwijze voor het bepalen van een genotype door het vergelijken van de nucleotidensequentie van leden van een genfamilie, alsmede kit voor het opsporen van genetische variaties. - Google Patents

Werkwijze voor het bepalen van een genotype door het vergelijken van de nucleotidensequentie van leden van een genfamilie, alsmede kit voor het opsporen van genetische variaties. Download PDF

Info

Publication number
NL9002259A
NL9002259A NL9002259A NL9002259A NL9002259A NL 9002259 A NL9002259 A NL 9002259A NL 9002259 A NL9002259 A NL 9002259A NL 9002259 A NL9002259 A NL 9002259A NL 9002259 A NL9002259 A NL 9002259A
Authority
NL
Netherlands
Prior art keywords
gene system
gene
sequences
hla
alleles
Prior art date
Application number
NL9002259A
Other languages
English (en)
Original Assignee
Eurodiagnostics B V
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Eurodiagnostics B V filed Critical Eurodiagnostics B V
Priority to NL9002259A priority Critical patent/NL9002259A/nl
Priority to PCT/US1991/007308 priority patent/WO1992008117A1/en
Priority to EP91919663A priority patent/EP0553247B1/en
Priority to DE69131801T priority patent/DE69131801T2/de
Priority to JP03518283A priority patent/JP3093265B2/ja
Priority to AT91919663T priority patent/ATE186945T1/de
Priority to US08/039,137 priority patent/US5759771A/en
Publication of NL9002259A publication Critical patent/NL9002259A/nl

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813—Hybridisation assays
    • C12Q1/6827—Hybridisation assays for detection of mutation or polymorphism
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C12Q1/6858—Allele-specific amplification
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6881—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for tissue or cell typing, e.g. human leukocyte antigen [HLA] probes
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/172—Haplotypes

Description

WERKWIJZE VOOR HET BEPALEN VAN EEN GENOTYPE DOOR HET VERGELIJKEN VAN DE NUCLEOTIDENSEQUENTIE VAN LEDEN VAN EEN GENFAMILIE, ALSMEDE KIT VOOR HET OPSPOREN VAN GENETISCHE VARIATIES
De uitvinding heeft betrekking op een werkwijze voor het bepalen van een genotype door het vergelijken van leden van een genfamilie, alsmede op een kit voor het opsporen van genetische variaties in een genfamilie.
Een gensysteem bestaat uit verschillende loci die weer bestaan uit een of meer genen; deze genen kunnen per systeem variaties bevatten, de zogenaamde verschillende allelen. De immunoglobuline-supergenfamilie, waartoe ook o.a. de T-cel-receptor-, immunoglobuline-, alsmede HLA(= Human Leukocyte Antigen)-gensystemen behoren, wordt gekenmerkt door de aanwezigheid van een grote variatie (polymorfisme). Elk van de genen die deel uitmaken van de gensystemen is op een of andere wijze betrokken bij de immuunrespons. Defecten in de immuunrespons, welke berusten op de diverse variaties in een of meer van de reeds genoemde gensystemen, kunnen leiden tot ziekte.
Aldus kan genetische variatie samenhangen met ziekten of ziekteverschijnselen. Identificatie van loci/allelen kan dus bijvoorbeeld van belang zijn voor het bepalen van het risico op een met HLA samenhangende ziekte of voor het vaststellen van de variaties in het gensysteem die tot een afwijking leiden en van de variaties waarbij dat niet het geval is. Zo wordt het HLA-B27 antigeen in 30% van alle patiënten met reuma-toide spondylitis gevonden, en wordt het HLA-DR3 of HLA-DR4 of beide in 80# van de patiënten die aan insuline-afhankelijke diabetes lijden aangetroffen. Iemand met HLA-B27 heeft 180 maal meer kans op het krijgen van reumatoide spondylitis dan een persoon zonder HLA-B27. In tabel I (uit: Biotechnologie, een nieuwe industriële revolutie, Antebi, E., Fishlock, D., uitg. Natuur en Techniek, Maastricht/Brussel (1987) blz.91) worden de belangrijkste ziekten weergegeven, waarvan bekend is dat zij samenhangen met het HLA-systeem. Deze locus- en allel-associa-ties kunnen de klinische praktijk een grote dienst bewijzen. Zij worden soms gebruikt voor de diagnose en soms bij de behandeling van bepaalde ziekten. Verder openen zij de mogelijkheid tot preventie. Het is mogelijk diegenen te identificeren die het meeste risico hebben op een bepaalde ziekte. Dat is zeer belangrijk in die situaties, waarin preventieve of vroege behandeling mogelijk is en de ontwikkeling van de ziekte kan worden afgeremd.
Tabel I
De belangrijkste ziekten die samenhangen met het HLA-systeem HLA-antigenen Pathologie Relatief risico*
Al Ziekte van Hodgkin 1.4 A3 Idiopathische hemochromatosis 8,2 B5 Ziekte van Behget 6,3
Bl4, B47 Congenitale suprarenale hyperfasie 15.4 B27 Reumatoïde spondylitis 87,4 B35 Subacute thyroiditis 13»7
Cw6 Psoriasis 13»3 DR2 Multiple sclerose 4,1 DR3 Systemische lupus erythematosus 5.8 DR3 Ziekte van Addison 6,3 DR3 Ziekte van Basedow 3.7 DR3 Myasthenia gravis 2,5 DR3 Extramembraneuze glomerulopathie 12,0 DR3 en/of DR4 Insuline-afhankelijke diabetes 6,4 DR3 en/of DR7 Coeliakie 4,8 DR4 Reumatoïde polyartritis 4,0 DR4 Pemfigus 14,4 DR5 Bloedarmoede van Biern 5.4 DR5 Ziekte van Hashimoto 5.6 DR5. DRw8 Juveniele artritis 5.2 * Het relatieve risico geeft de factor waarmee het risico om een ziekte te krijgen wordt vermenigvuldigd voor mensen die de betreffende HLA-antigenen dragen. Individuen met groep HLA-Cw6 lopen bijvoorbeeld 13.3 keer meer kans psoriasis op te lopen dan personen zonder dit antigeen.
Genetische variatie in het HLA-systeem is verder van belang gezien het feit dat acceptatie bij orgaan- en weefseltransplantaties verband houdt met de aanwezigheid van dezelfde HLA-allelen op de witte bloedcellen, terwijl afstoting gerelateerd is aan de aanwezigheid van verschillende HLA-allelen op de witte bloedcellen.
De HLA-genfamilie bestrijkt bij de mens een gebied van 1.500.000 baseparen. In dit gebied wordt voor vele genen gecodeerd. Zo bevat dit gebied naast de genen van HLA-klasse I en HLA-klasse II o.a. genen van het complementsysteem, 21-hydroxylase-genen en genen die coderen voor tumor-necrosisfactor.
Het HLA-klasse I gebied bevat 3 "major" loci: HLA-A, HLA-B en HLA-C. De moleculen waarvoor deze loei coderen komen tot expressie op alle kernhoudende cellen. De moleculen van klasse I bestaan uit een polymorfe α-keten met een molecuulgewicht (MW) van 44000 D en een constante keten, f$2-microglobuline genaamd, met een MW van 12000 D.
Het HLA-klasse II gebied bevat de loci HLA-DR, HLA-DQ en HLA-DP. Naast deze loei wordt nog een aantal genen beschreven die niet tot een van bovengenoemde loei behoren en voorlopig als aparte loei beschouwd worden (bijv. HLA-E; HLA-F; HLA-DN; HLA-DZ). De moleculen van klasse II bestaan uit een α-keten (MW ± 34.000 D) en een β-keten (MW 29.000 D). De a-keten van HLA-DR is constant, d.w.z. er zijn nog geen varianten gevonden. HLA-DR bevat 3 β-genen, waarvan twee genen coderen voor een product en waarvan één gen een pseudogen is, dat dus niet tot expressie komt. Elk van de β-ketens kan dimere moleculen vormen met de α-keten. In het HLA-DQ locus bevinden zich vier (twee a- en twee β-) genen, waarvan er twee tot expressie komen, namelijk DQa en ϋΟβ (n.a.v. de jongste nomenclatuur commissie DQA en DQB genoemd). Het molecuul van de andere genen (DXA en DXB) is niet gevonden, hoewel de structuur van deze genen geen karakteristieke pseudogenen aangeeft. Het HLA-DP-locus bevat vier genen (twee α en twee β), waarvan er twee tot expressie komen. Voor DPA is nog geen polymorfisme aangetoond en van DPB zijn enkele allelen beschreven. De andere twee DP genen zijn pseudogenen.
Een werkwijze voor het detecteren van specifieke nucleotidevaria-ties en genetische polymorfismen die aanwezig zijn in nucleinezuren, alsmede een kit voor het uitvoeren van deze werkwijze worden beschreven in ΕΡ-Α-237·362. Deze werkwijze omvat het amplificeren van nucleinezuur-sequenties, waarin de aanwezigheid nucleotidevariaties, mutaties en polymorfismen wordt verondersteld, gevolgd door het detecteren ervan met allelspecifieke oligonucleotidensequenties, onder toepassing van een dot-blot. Daarbij worden (zie blz. 22 van de genoemde octrooiaanvrage) allelspecifieke oligonucleotidensequenties gebruikt, die ten minste de DNA-sequentie met de te detecteren variatie omvatten en specifiek moeten zijn voor de te detecteren nucleotidevariatie. De kit omvat derhalve vele verschillende primers die coderen voor de diverse bekende variaties in de te onderzoeken DNA-sequentie van het gensysteem.
Geïmmobiliseerde sequentie-specifieke oligonucleotide-probes voor de genetische analyse van geamplificeerd DNA zijn bekend uit de interna tionale octrooiaanvrage WO 89/11548 en uit R. K. Saiki et al, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 86, 6230-6234 (1989).
Een werkwijze voor het bepalen van genotypen wat betreft de allelen in de HLA-DP-loci door hybridiseren van nucleïnezuurmonsters met een reeks probes die voor verschillende segmenten specifiek zijn is bekend uit de internationale octrooiaanvrage WO 89/11547·
Een werkwijze voor onderscheiden van nucleotidesequenties door hybridisatie van geamplificeerd DNA met verknoopbare probes is bekend uit de internationale octrooiaanvrage WO 9O/OI563.
Deze bekende werkwijzen hebben de volgende nadelen: a) het is enkel mogelijk bekende variaties in de DNA-sequentie van een bepaald gensysteem op te sporen, waardoor eventuele tot dusver onbekende variaties in het te onderzoeken gensysteem met deze werkwijze niet kunnen worden achterhaald; b) het is noodzakelijk verschillende oligonucleotiden voor elke bekende variatie in de kit op te nemen en bij de werkwijze toe te passen, zodat bij complexe gensystemen die vele mogelijke allelen omvatten, (zoals bijvoorbeeld het HLA-systeem), voor elk mogelijk allel een andere oligonucleotide moet worden toegepast en een andere hybridisatie moet worden uitgevoerd, hetgeen omslachtig, tijdrovend en kostbaar is.
HLA-TYPERING Klasse I serologie
De HLA-klasse I moleculen worden m.b.v. antisera die specifiek zijn voor individuele allelen bepaald. In de meeste gevallen worden alloanti-sera gebruikt omdat monoclonale antistoffen tegen alle allele-vormen niet beschikbaar zijn. Het is niet waarschijnlijk dat deze op korte termijn beschikbaar komen omdat de variatie die het polymorfisme van de verschillende allelen karakteriseert in een klein gebied van het klasse I gen gelocaliseerd is.
Klasse I eiwit
Eiwitchemische bepaling van de klasse I allelen is mogelijk d.m.v. immuunprecipitaties met monoclonale antisera tegen constante gedeelten van de moleculen gevolgd door iso-electro-focussering (IEF).
Klasse I DNA
Typering is beperkt mogelijk d.m.v. bepalingen van restrictiefrag-mentlengte-polymorfisme (RFLP), waarbij gebruik gemaakt wordt van klasse I cDNA probes. Verdere verfijning heeft probes opgeleverd die locus-specifiek zijn waardoor clusters van allelen en enkele afzonderlijke allelen aangetoond kunnen worden. Typering voor klasse I allelen d.m.v.
allel specifieke oligohybridisaties (ASO) wordt niet mogelijk geacht door het grote aantal verschillende allelen en daardoor het grote aantal oligo's wat nodig is. Routinetypering op DNA niveau is hierdoor moeilijk te verwezenlijken.
Klasse II serologie is in de praktijk moeilijker uitvoerbaar. Enerzijds door gebrek aan goed gedefinieerde antisera en ten tweede door de bewerkelijkheid van de techniek voor identificatie, nl. twee kleuren fluorescentie .
Klasse II eiwitten zijn d.m.v. IEF te karakteriseren door de beschikbaarheid van monoclonale antilichamen maar de diversiteit van allelen in variatie en aantal maakt de standaard-typering moeilijk, vooral in heterozygote individuen.
Klasse II DNA
RFLP analyses kunnen worden toegepast voor de identificatie van DRA, DQA, DQB, DPB allelen. Enkele allelen worden hierbij in een "super-typic group" geplaatst, omdat ze afzonderlijk niet te onderscheiden zijn, maar als groep van allelen afsteken met een specifiek RFLP patroon t.o.v. de andere allelen.
De techniek van Southern blot analyses resulterend in RFLP patronen zijn goed bruikbaar voor het typeren van klasse II. Technisch gezien is deze benadering, door haar bewerkelijkheid, niet geschikt voor routinematige klasse II-typering.
De ontwikkeling van ASO-typering, met synthetische oligonucleotiden op geamplificeerd DNA d.m.v. de polymerase chain reactie (PCR) heeft routine typering van DQA al mogelijk gemaakt. Typering voor DRB, DQB en DPB zal nog verder ontwikkeld moeten worden. Een nadeel van deze methode is dat een groot aantal allel-specifieke oligo's gebruikt moeten worden naarmate het aantal allelen van het betreffende locus groter wordt. Workshop
Jaarlijks worden in een workshop de resultaten van de over de wereld verspreide HLA-typeercentra bekeken waarbij sera geselecteerd en gedefinieerd worden als referentiesera. De opkomst van typering d.m.v. eiwit-chemische bepalingen, DNA/RFLP en DNA-ASO-analyse vergemakkelijkt de standaardisatie van met antisera bepaalde allelen.
De workshop bepaalt wat betreft eiwittypering welke monoclonale antilichamen moeten worden gebruikt en hoe de gegevens moeten worden geïnterpreteerd. Voor DNA-RFLP-typering wordt de enzym-probe-combinatie bepaald, naast een standaardisering van DNA-isolaties en -hybridisaties.
DNA-ASO-typering wordt als pakket aangeboden door Perkin-Elmer/Cetus Corporation (geoctrooieerd en als kit aangeboden) en is nu bruikbaar voor DQA-typering.
Er wordt gestreefd naar het vinden van een combinatie van de verschillende methoden, die door ieder typeercentrum over de gehele wereld uniform uitgevoerd kan worden. Hierbij spelen de reproduceerbaarheid van de bepalingen in verschillende typeercentra, de uniformiteit van reagentia (sera, probes, oligo's) en de mogelijkheid kwaliteitscontroles van de typering uit te voeren een belangrijke rol.
De benadering van typeren berust in bovengenoemde gevallen op de karakterisering van de polymorfe gedeeltes van de moleculen resp. genen van de loei.
Gevonden is nu dat voor het bepalen van genetische variaties met voordeel gebruik kan worden gemaakt van geconserveerde sequenties die het polymorfe systeem flankeren.
De werkwijze volgens de uitvinding voor het bepalen van een genotype door het vergelijken van de nucleotidensequentie van leden van een gensysteem wordt derhalve gekenmerkt doordat men de nucleotidensequentie van een locus of gen van een sterk geconserveerd gedeelte waarin het ** polymorfisme gelocaliseerd is, van het genetische materiaal vergelijkt.
Een belangrijk voordeel van de werkwijze volgens de uitvinding is dat daarmee afwijkingen in een gensysteem, en vooral afwijkingen die tot expressie komen, gemakkelijker er met een grotere zekerheid kunnen worden opgespoord. Meer in het bijzonder zijn de voordelen van de onderhavige werkwijze:
Nieuwe mutaties kunnen direct worden onderkend en kunnen dan nader onderzocht worden op functionaliteit. Dit in tegenstelling tot serolo-gische typering waarbij ten hoogste een kruisreactie met andere sera, maar vaker geen reactie wordt gevonden. ASO-typering kenmerkt ze als negatief voor dat allel.
De werkwijze is onafhankelijk van bekende polymorfismen t.o.v. de overige bepalingen.
Dankzij de eenvoud van het systeem (hoge mate van reproduceerbaarheid over de wereld) zal standaardisatie van typering vereenvoudigd kunnen worden.
- De werkwijze is onafhankelijk van geografisch bepaalde interne variaties in bloedcellen, serum en expressie van de allelen.
Tegelijkertijd kunnen in één test de allelen van de verschillende loei bepaald worden, waardoor de associatie met ziekten in een bredere context (meer loei, resp. gensystemen) bekend wordt.
De nomenclatuur voor de gensystemen kan door definities van polymorfe delen van de loci/genen door toepassing van de uitvinding eenvou- dig gelocaliseerd worden.
Het sterk geconserveerde gedeelte van het genetische materiaal waarvan men volgens de uitvinding de nucleotidensequentie vergelijkt heeft een grotere homologie dan de polymorfe (weinig geconserveerde) gedeelten waarvan men bij de bekende werkwijzen de sequentie vergelijkt. De homologie op baseniveau, d.w.z. het percentage nucleotiden dat kenmerkend is voor een locus of voor de allele vormen van de genen bedraagt tenminste ongeveer 50# en bij voorkeur tenminste 58#.
De werkwijze volgens de uitvinding is vooral bruikbaar voor het bepalen van haplotypes van een gensysteem.
In het bijzonder kan de werkwijze worden toegepast voor het vergelijken van loci van een gensysteem en van allelen van een gensysteem, zoals het gensysteem van het histocompatibiliteits-complex. Daarbij kan het gaan om een routinematige bepaling van allelen, waarbij een gerichte typering/identificatie van de aanwezigheid van een allel wordt gevraagd (bijv. bij beenmergtransplantaties of bloedtransfusies).
Een gensysteem dat ook met voordeel in aanmerking komt voor onderzoek met de werkwijze volgens de uitvinding is een gensysteem van een van de leden van de immunoglobuline-super-genfamilie, in het bijzonder de genen van een immunoglobuline (Ig), of de genen van de T-celreceptor (TCR).
De werkwijze volgens de uitvinding is ook geschikt voor researchdoeleinden, waarbij een eenvoudiger bepaling van andere polymorfe sequenties dan die welke karakteristiek zijn voor typering in een gen door selectie van andere geconserveerde flankerende sequenties mogelijk is.
Het bepalen van het genotype met de werkwijze volgens de uitvinding heeft in het bijzonder betrekking op weefseltypering of celtypering. Dit kan bijvoorbeeld worden gedaan om de mate van compatibiliteit van trans-plantaten te bepalen. Wanneer in het polymorfe ** gebied geen of zeer weinig afwijkingen tussen donor en acceptor worden gevonden, zal een transplantatie een grote slaagkans hebben, omdat ergeen afstoting plaats vondt op basis van lichaamsvreemde HLA-antigenen. Ook kan weefseltypering of celtypering worden verricht om voor een dier het risico op een met HLA geassocieerde ziekte te bepalen. Een bijzonder aspect daarbij is de uniforme uitvoerbaarheid en introductie van typeermogelijkheden voor bijv. HLA klasse I allelen die tot nu toe alleen met serologische technieken bepaald kunnen worden.
Als gensysteem waarvan de genetische variatie wordt onderzocht kan voorts een gensysteem van een bacterie, van een virus of van lipoprote-inen worden toegepast.
Het onderzoeken van de eventuele variatie in de nucleotidensequen-tie van een sterk geconserveerd gebied met behulp van de werkwijze volgens de uitvinding kan gemakkelijk worden uitgevoerd indien het te onderzoeken sterk geconserveerde gedeelte aan ten minste een zijde, en bij voorkeur aan beide zijden wordt begrensd door een volledig geconserveerde sequentie, d.w.z. een sequentie die in alle individuen geheel gelijk is. Deze volledig geconserveerde sequenties hebben bij voorkeur een lengte van ten minste 5 nucleotiden, en met bijzondere voorkeur een lengte van ten minste 10 nucleotiden.
De te onderzoeken sterk geconserveerde nucleotidensequenties kunnen onder gebruikmaking van de volledig geconserveerde sequenties worden geamplificeerd. Een methode die met voordeel wordt toegepast voor het amplificeren van de sterk geconserveerde nucleotidensequentie is een PCR (Polymerase Chain Reaction) (Saiki R K, Gelfand D H, Stoffel S, Scharf S J, Higuchi R, Horn G T, Mullis K B, Erlich Η A (1988), Primer directed enzymatic amplification of DNA with a thermostable DNA polymerase, Science 239, 487-491. Andere methoden voor het amplificeren van de te onderzoeken sequentie zijn bij de werkwijze volgens de uitvinding ook bruikbaar.
De aldus geamplificeerde sequentie kan vervolgens worden onderworpen aan directe sequentieanalyse, aan denaturerende gradiënt-gelelectro-forese (DGGE) of aan temperatuurgradiënt-gelelectroforese (TGGE). In hoeverre het denaturerende gelsysteem werkt is afhankelijk van het discriminerend vermogen van de gel in relatie tot het aantal verschillende allelen. Met andere woorden, het gelsysteem zal goed werken wanneer er slechts een beperkt aantal allelen van een locus is, zoals de lipoproteïne-allelen, HLA-DQA-, HLA-DPB- en mogelijk HLA-DQB-allelen, en virustypen, en kan gebruikt worden om expressie van verschillende loei te bepalen in verschillende cellen resp. weefsels.
Ook kan het geamplificeerde DNA of RNA met directe sequentiebepa-lingsmethoden geanalyseerd (= getypeerd) worden. Voor routinematige typeerbepalingen kunnen beide analyses informatief, reproduceerbaar en gecontroleerd uitgevoerd worden. Voor gensystemen met meer allelen zal directe sequentieanalyse de interpretatie en dus de reproduceerbaarheid door de verschillende centra vergemakkelijken. Ook voor researchdoeleinden biedt de directe sequentie-analysemethode voordelen.
Bepaling van de veranderingen wordt tot nu toe op DNA-niveau door middel van Southern blotting uitgevoerd. De verschillende families van TCR- en Ig-genen kunnen door middel van specifieke amplificatie en sequencen resp. DGGE aangetoond worden, terwijl met een set van familie- specifieke primers de verschillende leden van de familie onderscheiden kunnen worden. Een ander gensysteem dat direct voor deze benadering in aanmerking komt is de bepaling van de diverse virussen, bijv. HPV1-16.
Selectie van primers.
Van een groot aantal genen zijn veel allelen gesequenced voor researchdoeleinden. Deze sequenties zijn opgeslagen in de EMBL-databank (voor Europa) en de Gene-bank (USA) die beide voor abonnementhouders toegankelijk zijn. Op grond van deze sequenties zijn bijvoorbeeld de allel-specifieke oligo's (ASO) uit de polymorfe gebieden geselecteerd, die vervolgens gebruikt worden voor identificatie van de verschillende allelen. De meeste gensystemen bevatten gebieden van sequenties die niet, nauwelijks of zeer sterk aan mutaties onderhevig zijn. Voor het HLA klasse II gensysteem is dat uitvoerig onderzocht om de polymorfe gebieden te localiseren. Referenties: Gustafsson K, Emmoth E, Larhammer D, Bohme J, Hyldig-Nielsen J J, Peterson P A, Rask L (1984), Mutations and selection in the generation of class II histocompatibility antigen polymorphism. Embo J. 2.» l655“l66l; Gustafsson K, Wiman K, Larhammer D, Rask L, Peterson PA (1984) Signal sequences distinguish class II histocompatibility antigen beta chains of different loci, Scand. J. Immunol.
12. 91-97.
Door nadere analyse van HLA klasse I en II sequenties, die beschikbaar waren uit de sequentie-databanken (EMBL en Genebank), en aangevuld met zelf bepaalde sequenties kan de aanwezigheid van bruikbare sequenties voor de werkwijze volgens de uitvinding worden vastgesteld. Primers voor klasse I en andere gensystemen zijn uit de sequentie-databank geselecteerd en kunnen worden gebruikt. Primers gebaseerd op geconserveerde sequenties voor de HLA klasse II loci DRB, DQA, DQB en DPB kunnen worden geselecteerd op basis van de reeds bekende sequenties. In een van de onderstaande voorbeelden zijn enige bruikbare primers vermeld. Het ligt binnen het bereik van de deskundige de voor de door hem beoogde typering de in aanmerking komende volledig geconserveerde sequenties (primers) uit te kiezen en te testen.
Toepassingen.
Voor de bepaling van lipoproteïne-polymorfisme kan de ASO radioactief worden gelabeld en worden gebruikt als probe voor het typeren van de verschillende allelen die aanwezig zijn in lipoproteïne E. Drie veelvuldig voorkomende allelen kunnen ook bepaald worden d.m.v. restric-tie-enzymanalyses, omdat bij deze drie allelen in het polymorfe gedeelte de verschillen op restrictie-enzymplaatsen gelocaliseerd zijn. Met een denaturende gel-electroforese kunnen mogelijk alle vijf verschillende allelen direct bepaald worden (Sheffield et al, Identifying DNA polymorphisms by denaturing gradient gel electrophoresis, in PCR Protocols: A Guide to Methods and Applications, Academic Press,Inc., 1990, biz. 206-218). Er zijn aanwijzingen dat door direct sequencen de verschillende allelen aangetoond kunnen worden, immers het voorkomen van de verschillende allelen is gebaseerd op verschillen in nucleotidensequenties (McBride et al, Cin. Chem. 2Ü. 2196-2201 (1989)).
In het geval van HLA-typering werden "constante primers” gebruikt voor de amplificatie van DRB-genen van een gezin waarin een abnormaal HLA-type in voorkwam. Na amplificatie van de DRB-genen, clonering in vectoren en daaropvolgende sequentieanalyse bleek dat het "abnormale" HLA-type in feite een nieuw haplotype is dat met bekende technieken niet aan te tonen is. Bij deze analyses bleek dat de identificatie van verschillende allelen eenvoudig door direct sequencen en localiseren van de in het allel aanwezige thymidine-nucleotiden (T-tracking) kan worden uitgevoerd. Automatische sequentiebepalingen zijn reeds uitgevoerd voor het sequencen van HLA-DQA. (McBride et al 1989» zie boven). De door hen gevolgde methode kan met kleine aanpassingen direct toegepast worden voor automatische sequencesystemen voor het typeren van de allelen van een locus.
Na selectie van de primers kunnen voor de verschillende gensystemen "kits" worden samengesteld die o.a. deze primers bevatten, waardoor een gestandaardiseerde methode wordt verkregen voor het typeren van de verschillende allelen. In eerste instantie worden de ApoE en HLA-DRB, DQA, DQB en DPB allelen met denaturerende gels en door middel van sequentie-analyse op algemene toepasbaarheid onderzocht.
De uitvinding heeft derhalve eveneens betrekking op een kit voor het opsporen van genetische variaties in een genfamilie, welke een of twee volledig geconserveerde sequenties met een lengte van ten minste 5 nucleotiden als primer(s) en eventueel andere middelen voor het amplifi-ceren en analyseren van een, door de volledig geconserveerde nucleo-tidensequentie(s) geflankeerd, sterk geconserveerd gedeelte van het te onderzoeken genetische materiaal omvat.
VOORBEELD 1
Primers gebaseerd op geconserveerde sequenties voor de HLA klasse II loci DRB, DQA, DQB en DPB zijn geselecteerd en op bruikbaarheid getest. Hieronder worden de sequenties van enkele universele primers die voor een amplificatiereactie (PCR) zijn geselecteerd en getest weergegeven. Per reactie worden bij voorkeur twee primers gebruikt.
DRB5: 5' CC AGC ACG TTT C 3' DRB3: 5' TT GTR TCT GCA 3* (R = G/A) DQA5: 5' CCA TGA ATT TGA TGG AGA 3’ DQA3: 5’ ATC GTT TAA TCA 3' DQA3.1: 5’ TGT TCA AGT TRT GTT TT 3' (R = G/A) DQA3.2: 5' ACA GCS ATG TTT STC AGT GCA 3’ (S = G/C) N.B: DQA5 wordt gebruikt in combinatie met DQA3, DQA3.1 of DQA3.2.
DXA3.2: 5' ACA GCS ATA TTT STC AGT GCA 3' (S = G/C) DXA3: 5’ TCT GCS GGT CAA AAC T 3’ N.B: DXA3 en DXA3.2 worden gebruikt in combinatie met DQA.5 DQB5: 5’ TGT GCT ACT TCA CCA A 3' DQB3: 5’ GTA GTT GTG TCT GCA 3’ DPB5: 3' GCA GGA ATG CTA CGC GTT TA 3' DPB3: 5' CCA GCT CGT AGT TGT GTC TGC 3' DPB3SP (Alternatief voor DPB3): 5' TTG TAA AAC GAC GGC CAG TCC AGC TCG TAG TTG TGT CTG C 3' AP0E.F4:5’ ACA GAA TTC GCC CCG GCC TGG TAC AC 3* AP0E.F6:5’ TAA GCT TGG CAC GGC TGT CCA AGG A 3'
Voor sequencen zijn de combinaties DRB5/DRB3. DQA5/DQA3.2 en DPB5/DPB3SP
met succes gebruikt.
VOORBEELD 2
In de gezin G (twee ouders, vier kinderen) werd d.m.v. de conventionele HLA typeermethode kruisreactie in de bepaling voor HLA klasse II allelen met verschillende typeersera gevonden. Daarmee kon geen typering vastgesteld worden. Nadere analyse d.m.v. restrictiefragmentlengte-polymorfisme (RFLP) en ASO-typering resulteerde in de hypothese dat in dit gezin bij verschillende gezinsleden geen twee maar drie allelen van HLA-DRB voorkwamen, hetgeen implicaties had voor een te behandelen ziekte van één van de gezinsleden. (Tilanus M G J, Van Eggermond M C J A, Fei H, Scheuder G M Th, Giphart M J (1989)» Family with an apparent HLA-DR triplet: Evidence for exchange of functional HLA-DR beta genes between different haplotypes. Exp. Clin. Immunogenetics 6, 162-168). Het DNA van dit gezin werd nader bestudeerd om de genetische grondslag voor dit fenomeen vast te kunnen stellen. Eén van de technieken die hierbij gebruikt werd, bestaat uit sequentieanalyse van de verschillende allelen van HLA klasse II loei.
In dit gezin zijn drie DRB allelen in het DNA van één persoon geïdentificeerd, nl. DR1, DR2 en DRw6, op grond van positieve identificatie met allelspecifieke oligo's (triplet). De allelspecifieke oligo's herkennen de overeenkomstige sequenties voor de gebieden die ook op eiwitniveau verschillen. In figuur 1 is de nucleotidensequentie van DR1 met de afgeleide aminozuuvolgorde in drie- en één-lettercode weergegeven. De onderstreepte gebieden geven de locatie van allelspecifieke oligo's aan. De nucleotidenvolgorde en de bijbehorende aminozuurvolgor-den van de allelspecifiek oligonucleotiden van de overige in deze familie aanwezige allelen zijn weergegeven in figuur 2a en 2b. Figuur 2a geeft de nucleotidenvariatie in een eerste polymorf gebied en figuur 2b die en een tweede polymorf gebied weer, overeenkomstig de onderstreepte gebieden in figuur 1. Voor nadere analyse van de DRB genen werden de beschreven universele primers DRB5S en DRB3E gebruikt. In een controle-studie werd het gebruik van de universele primers voor identificatie van de DRB allelen DR1, DR2 en DRw6 getest, waarbij geen afwijkingen in de sequenties werden gevonden. De resultaten van de sequentieanalyse van controle-cellijnen en DNA van gezin G zijn resp. in de figuren 3a en 3b in de vorm van de aminozuurvolgorden met de éénlettercode weergegeven.
Hieruit blijkt dat er in dit gezin sprake is van een gerecombineerd haplotype waarbij DR1 en DR2 allelen betrokken zijn. De DRw6,wl9 en DRw6,52c allelen zijn identiek aan de controlesequenties. Het blijkt dat de allelen die zowel door de DR1 specifieke oligo's als door de DR2 specifieke oligo worden herkend naast elkaar voorkomen (fig. 4). Er is hier dus geen sprake van de aanwezigheid van drie allelen maar van een niet eerder geïdentificeerd DRB haplotype. Op een andere gedeelte van het gen is een specifieke sequentie voor dit DR1 + 2 haplotype geïdentificeerd.
Van andere loci (DQB, DQA en DPB) in dit gezin is inmiddels door gebruik van universele primers vastgesteld dat er ook slechts sprake is van twee (niet-gemuteerde) allelen. Bovendien kan dit haplotype, door de aanwezigheid van geconserveerde specifieke sequenties, gekarakteriseerd worden.

Claims (21)

1. Werkwijze voor het bepalen van een genotype door het vergelijken van de nucleotidensequentie van leden van een gensysteem, met het kenmerk, dat men de nucleotidensequentie van een sterk geconserveerd gedeelte van het genetische materiaal vergelijkt.
2. Werkwijze volgens conclusie 1, met het kenmerk, dat het sterk geconserveerde gedeelte van het genetische materiaal een homologie van ten minste heeft.
3. Werkwijze volgens conclusie 1 of 2, met het kenmerk, dat men haplotypes van een gensysteem bepaalt.
4. Werkwijze volgens conclusie 3» met het kenmerk, dat men loei van een gensysteem vergelijkt.
5. Werkwijze volgens conclusie 4, met het kenmerk, dat men allelen van een gensysteem vergelijkt.
6. Werkwijze volgens conclusie een der conclusies 3-5* met het kenmerk, dat men als gensysteem een gensysteem van het histocompati-biliteits-systeem toepast.
7· Werkwijze volgens conclusie 1 of 2, met het kenmerk, dat men als gensysteem een gensysteem van een van de leden van de immunoglo-buline-super-genfamilie toepast.
8. Werkwijze volgens conclusie 7» met het kenmerk, dat men als gensysteem dat van een immunoglobuline toepast.
9. Werkwijze volgens conclusie 7* met het kenmerk, dat men als gensysteem dat van de T-celreceptor toepast.
10. Werkwijze volgens conclusie 1 of 2, met het kenmerk, dat men weefseltypering of celtypering uitvoert.
11. Werkwijze volgens conclusie 10, met het kenmerk, dat men de mate van compatibiliteit van transplantaten resp. cellen bepaalt.
12. Werkwijze volgens conclusie 10, met het kenmerk, dat men voor een mens of dier het risico op een met HLA (Human Leucocyte Antigen), resp. MHC (Major Histocompatibility Complex) geassocieerde ziekte bepaalt.
13. Werkwijze volgens conclusie 1 of 2, met het kenmerk, dat men als gensysteem een gensysteem van een bacterie of een virus toepast.
14. Werkwijze volgens een der voorgaande conclusies, met het kenmerk, dat het sterk geconserveerde gedeelte wordt geflankeerd door volledig geconserveerde sequenties van ten minste 5 nucleotiden.
15. Werkwijze volgens conclusie 14, met het kenmerk, dat de volledig geconserveerde sequenties ten minste 10 nucleotiden bevatten.
16. Werkwijze volgens conclusie 14 of 15. niet het kenmerk, dat men de sterk geconserveerde nucleotidensequentie onder gebruikmaking van de volledig geconserveerde sequenties amplificeert.
17. Werkwijze volgens conclusie 16, met het kenmerk, dat men de sterk geconserveerde nucleotidensequentie amplificeert onder toepassing van een PCR (Polymerase Chain Reaction).
18. Werkwijze volgens conclusie 16 of 17. met het kenmerk, dat men de geamplificeerde sequentie onderwerpt aan directe sequentieanalyse.
19. Werkwijze volgens conclusie 16 of 17. met het kenmerk, dat men de geamplificeerde sequentie onderwerpt aan denaturerende gradiënt-gelelectroforese (DGGE).
20. Werkwijze volgens conclusie 16 of 17. met het kenmerk, dat men de geamplificeerde sequentie onderwerpt aan temperatuurgradiënt-gelelec-troforese (TGGE).
21. Kit voor het opsporen van genetische variaties in een genfamilie, welke een of twee volledig geconserveerde nucleotidensequenties met een lengte van ten minste 5 nucleotiden als primer(s) en eventueel andere middelen voor het amplificeren en analyseren van een, door de volledig geconserveerde nucleotidensequentie(s) geflankeerd, sterk geconserveerd gedeelte van het te onderzoeken genetische materiaal omvat.
NL9002259A 1990-10-17 1990-10-17 Werkwijze voor het bepalen van een genotype door het vergelijken van de nucleotidensequentie van leden van een genfamilie, alsmede kit voor het opsporen van genetische variaties. NL9002259A (nl)

Priority Applications (7)

Application Number Priority Date Filing Date Title
NL9002259A NL9002259A (nl) 1990-10-17 1990-10-17 Werkwijze voor het bepalen van een genotype door het vergelijken van de nucleotidensequentie van leden van een genfamilie, alsmede kit voor het opsporen van genetische variaties.
PCT/US1991/007308 WO1992008117A1 (en) 1990-10-17 1991-10-08 Method of determining a genotype by comparing the nucleotide sequence of members of a gene family and kit therefor
EP91919663A EP0553247B1 (en) 1990-10-17 1991-10-08 Method of determining a genotype by comparing the nucleotide sequence of members of a gene family and kit therefor
DE69131801T DE69131801T2 (de) 1990-10-17 1991-10-08 Verfahren für die bestimmung eines erbguts durch vergleichung der nukleotidensequenz der mitglieder einer gen-familie und ein dafür bestimmten testsatz
JP03518283A JP3093265B2 (ja) 1990-10-17 1991-10-08 遺伝子ファミリーのメンバーのヌクレオチドシーケンスを比較して遺伝子型を決定する方法とそのためのキット
AT91919663T ATE186945T1 (de) 1990-10-17 1991-10-08 Verfahren für die bestimmung eines erbguts durch vergleichung der nukleotidensequenz der mitglieder einer gen-familie und ein dafür bestimmten testsatz
US08/039,137 US5759771A (en) 1990-10-17 1991-10-08 Method of determining a genotype by comparing the nucleotide sequence of members of a gene family and kit therefor

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
NL9002259A NL9002259A (nl) 1990-10-17 1990-10-17 Werkwijze voor het bepalen van een genotype door het vergelijken van de nucleotidensequentie van leden van een genfamilie, alsmede kit voor het opsporen van genetische variaties.
NL9002259 1990-10-17

Publications (1)

Publication Number Publication Date
NL9002259A true NL9002259A (nl) 1992-05-18

Family

ID=19857838

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
NL9002259A NL9002259A (nl) 1990-10-17 1990-10-17 Werkwijze voor het bepalen van een genotype door het vergelijken van de nucleotidensequentie van leden van een genfamilie, alsmede kit voor het opsporen van genetische variaties.

Country Status (7)

Country Link
US (1) US5759771A (nl)
EP (1) EP0553247B1 (nl)
JP (1) JP3093265B2 (nl)
AT (1) ATE186945T1 (nl)
DE (1) DE69131801T2 (nl)
NL (1) NL9002259A (nl)
WO (1) WO1992008117A1 (nl)

Families Citing this family (64)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5976789A (en) * 1991-07-17 1999-11-02 Bio Merieux System of probes enabling HLA-DR typing to be performed, and typing method using said probes
FR2684688B1 (fr) * 1991-12-04 1994-03-18 Bertin Et Cie Procede de selection d'au moins un crible de mutations, son application a un procede d'identification rapide d'alleles de systemes polymorphes et dispositif pour sa mise en óoeuvre.
IL103935A0 (en) * 1991-12-04 1993-05-13 Du Pont Method for the identification of microorganisms by the utilization of directed and arbitrary dna amplification
WO1994001580A1 (en) * 1992-07-03 1994-01-20 Commonwealth Scientific And Industrial Research Organisation Fingerprinting
FR2749308B1 (fr) * 1996-06-03 1998-07-24 Bio Merieux Sondes nucleotidiques et procede pour determiner le typage hla dqb1
US20110166040A1 (en) * 1997-09-05 2011-07-07 Ibis Biosciences, Inc. Compositions for use in identification of strains of e. coli o157:h7
EP0953650A1 (en) * 1998-04-20 1999-11-03 Innogenetics N.V. Method for typing of HLA alleles
FR2793809B1 (fr) 1999-05-20 2006-07-28 Biomerieux Sa Procede d'analyse de la predisposition genetique d'un patient a au moins une maladie et amplification adaptee a un tel procede
FR2793808B1 (fr) * 1999-05-20 2003-09-19 Biomerieux Sa Procede d'analyse de la predisposition genetique d'un patient a au moins une maladie
US7226739B2 (en) 2001-03-02 2007-06-05 Isis Pharmaceuticals, Inc Methods for rapid detection and identification of bioagents in epidemiological and forensic investigations
US7666588B2 (en) 2001-03-02 2010-02-23 Ibis Biosciences, Inc. Methods for rapid forensic analysis of mitochondrial DNA and characterization of mitochondrial DNA heteroplasmy
US7718354B2 (en) * 2001-03-02 2010-05-18 Ibis Biosciences, Inc. Methods for rapid identification of pathogens in humans and animals
US20030027135A1 (en) 2001-03-02 2003-02-06 Ecker David J. Method for rapid detection and identification of bioagents
US20040121311A1 (en) 2002-12-06 2004-06-24 Ecker David J. Methods for rapid detection and identification of bioagents in livestock
US7217510B2 (en) 2001-06-26 2007-05-15 Isis Pharmaceuticals, Inc. Methods for providing bacterial bioagent characterizing information
US8073627B2 (en) 2001-06-26 2011-12-06 Ibis Biosciences, Inc. System for indentification of pathogens
CA2508726A1 (en) 2002-12-06 2004-07-22 Isis Pharmaceuticals, Inc. Methods for rapid identification of pathogens in humans and animals
US8046171B2 (en) 2003-04-18 2011-10-25 Ibis Biosciences, Inc. Methods and apparatus for genetic evaluation
US8057993B2 (en) 2003-04-26 2011-11-15 Ibis Biosciences, Inc. Methods for identification of coronaviruses
US8158354B2 (en) 2003-05-13 2012-04-17 Ibis Biosciences, Inc. Methods for rapid purification of nucleic acids for subsequent analysis by mass spectrometry by solution capture
US7964343B2 (en) 2003-05-13 2011-06-21 Ibis Biosciences, Inc. Method for rapid purification of nucleic acids for subsequent analysis by mass spectrometry by solution capture
US8546082B2 (en) 2003-09-11 2013-10-01 Ibis Biosciences, Inc. Methods for identification of sepsis-causing bacteria
US20100129811A1 (en) * 2003-09-11 2010-05-27 Ibis Biosciences, Inc. Compositions for use in identification of pseudomonas aeruginosa
US20120122103A1 (en) 2003-09-11 2012-05-17 Rangarajan Sampath Compositions for use in identification of bacteria
US8097416B2 (en) 2003-09-11 2012-01-17 Ibis Biosciences, Inc. Methods for identification of sepsis-causing bacteria
US8163895B2 (en) 2003-12-05 2012-04-24 Ibis Biosciences, Inc. Compositions for use in identification of orthopoxviruses
US7666592B2 (en) * 2004-02-18 2010-02-23 Ibis Biosciences, Inc. Methods for concurrent identification and quantification of an unknown bioagent
US8119336B2 (en) 2004-03-03 2012-02-21 Ibis Biosciences, Inc. Compositions for use in identification of alphaviruses
JP4810533B2 (ja) 2004-05-24 2011-11-09 アイビス バイオサイエンシズ インコーポレイティッド ディジタルスレショルド化による選択的イオン濾過作用を用いた質量分光測定法
US20050266411A1 (en) 2004-05-25 2005-12-01 Hofstadler Steven A Methods for rapid forensic analysis of mitochondrial DNA
US7811753B2 (en) 2004-07-14 2010-10-12 Ibis Biosciences, Inc. Methods for repairing degraded DNA
US8084207B2 (en) 2005-03-03 2011-12-27 Ibis Bioscience, Inc. Compositions for use in identification of papillomavirus
EP1869180B1 (en) 2005-03-03 2013-02-20 Ibis Biosciences, Inc. Compositions for use in identification of polyoma viruses
AU2006272776B2 (en) 2005-07-21 2012-01-19 Ibis Biosciences, Inc. Methods for rapid identification and quantitation of nucleic acid variants
EP2010679A2 (en) 2006-04-06 2009-01-07 Ibis Biosciences, Inc. Compositions for the use in identification of fungi
JP5420412B2 (ja) 2006-09-14 2014-02-19 アイビス バイオサイエンシズ インコーポレイティッド 病原体の同定のための標的全ゲノム増幅方法
WO2008104002A2 (en) 2007-02-23 2008-08-28 Ibis Biosciences, Inc. Methods for rapid forensic dna analysis
US20100291544A1 (en) * 2007-05-25 2010-11-18 Ibis Biosciences, Inc. Compositions for use in identification of strains of hepatitis c virus
WO2008151023A2 (en) 2007-06-01 2008-12-11 Ibis Biosciences, Inc. Methods and compositions for multiple displacement amplification of nucleic acids
WO2009038840A2 (en) * 2007-06-14 2009-03-26 Ibis Biosciences, Inc. Compositions for use in identification of adventitious contaminant viruses
US20110097704A1 (en) * 2008-01-29 2011-04-28 Ibis Biosciences, Inc. Compositions for use in identification of picornaviruses
WO2009155103A2 (en) * 2008-05-30 2009-12-23 Ibis Biosciences, Inc. Compositions for use in identification of tick-borne pathogens
WO2009151982A1 (en) * 2008-05-30 2009-12-17 Ibis Biosciences, Inc. Compositions for use in identification of francisella
US20110151437A1 (en) * 2008-06-02 2011-06-23 Ibis Biosciences, Inc. Compositions for use in identification of adventitious viruses
WO2010033625A1 (en) 2008-09-16 2010-03-25 Ibis Biosciences, Inc. Microplate handling systems and related computer program products and methods
WO2010033627A2 (en) 2008-09-16 2010-03-25 Ibis Biosciences, Inc. Sample processing units, systems, and related methods
US8550694B2 (en) 2008-09-16 2013-10-08 Ibis Biosciences, Inc. Mixing cartridges, mixing stations, and related kits, systems, and methods
US20110189687A1 (en) * 2008-10-02 2011-08-04 Ibis Bioscience, Inc. Compositions for use in identification of members of the bacterial genus mycoplasma
US20110200985A1 (en) * 2008-10-02 2011-08-18 Rangarajan Sampath Compositions for use in identification of herpesviruses
WO2010039763A2 (en) * 2008-10-03 2010-04-08 Ibis Biosciences, Inc. Compositions for use in identification of antibiotic-resistant bacteria
WO2010039775A1 (en) * 2008-10-03 2010-04-08 Ibis Biosciences, Inc. Compositions for use in identification of members of the bacterial class alphaproteobacter
US20110183345A1 (en) * 2008-10-03 2011-07-28 Ibis Biosciences, Inc. Compositions for use in identification of streptococcus pneumoniae
US20110183344A1 (en) * 2008-10-03 2011-07-28 Rangarajan Sampath Compositions for use in identification of clostridium difficile
US20110183346A1 (en) * 2008-10-03 2011-07-28 Ibis Biosciences, Inc. Compositions for use in identification of neisseria, chlamydia, and/or chlamydophila bacteria
WO2010093943A1 (en) 2009-02-12 2010-08-19 Ibis Biosciences, Inc. Ionization probe assemblies
US9719083B2 (en) 2009-03-08 2017-08-01 Ibis Biosciences, Inc. Bioagent detection methods
WO2010114842A1 (en) 2009-03-30 2010-10-07 Ibis Biosciences, Inc. Bioagent detection systems, devices, and methods
US8950604B2 (en) 2009-07-17 2015-02-10 Ibis Biosciences, Inc. Lift and mount apparatus
EP2454000A4 (en) 2009-07-17 2016-08-10 Ibis Biosciences Inc SYSTEMS FOR IDENTIFYING BIOLOGICAL SUBSTANCES
US9416409B2 (en) * 2009-07-31 2016-08-16 Ibis Biosciences, Inc. Capture primers and capture sequence linked solid supports for molecular diagnostic tests
US9080209B2 (en) 2009-08-06 2015-07-14 Ibis Biosciences, Inc. Non-mass determined base compositions for nucleic acid detection
US20110065111A1 (en) * 2009-08-31 2011-03-17 Ibis Biosciences, Inc. Compositions For Use In Genotyping Of Klebsiella Pneumoniae
WO2011047307A1 (en) 2009-10-15 2011-04-21 Ibis Biosciences, Inc. Multiple displacement amplification
US9758840B2 (en) 2010-03-14 2017-09-12 Ibis Biosciences, Inc. Parasite detection via endosymbiont detection

Family Cites Families (8)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5110920A (en) * 1982-01-22 1992-05-05 Cetus Corporation HLA typing method and DNA probes used therein
JP2539189B2 (ja) * 1983-03-21 1996-10-02 ウエブスター，ジヨン エー．，ジユニヤ 有機体の同定および特徴づけ方法
US5310893A (en) * 1986-03-31 1994-05-10 Hoffmann-La Roche Inc. Method for HLA DP typing
CA1284931C (en) * 1986-03-13 1991-06-18 Henry A. Erlich Process for detecting specific nucleotide variations and genetic polymorphisms present in nucleic acids
DE3622591C2 (de) * 1986-07-04 1998-11-19 Qiagen Gmbh Verfahren und Vorrichtung zur Herstellung eines regelbaren und reproduzierbaren Temperaturgradienten und seine Verwendung
DE3834636A1 (de) * 1988-10-11 1990-04-19 Max Planck Gesellschaft Verfahren zur analyse von laengenpolymorphismen in dna-bereichen
US5045450A (en) * 1989-07-13 1991-09-03 Massachusetts Institute Of Technology Determination of a mutational spectrum
US5192659A (en) * 1989-08-25 1993-03-09 Genetype Ag Intron sequence analysis method for detection of adjacent and remote locus alleles as haplotypes

Also Published As

Publication number Publication date
JPH06511380A (ja) 1994-12-22
US5759771A (en) 1998-06-02
EP0553247A1 (en) 1993-08-04
WO1992008117A1 (en) 1992-05-14
JP3093265B2 (ja) 2000-10-03
EP0553247A4 (nl) 1995-05-10
ATE186945T1 (de) 1999-12-15
DE69131801D1 (de) 1999-12-30
EP0553247B1 (en) 1999-11-24
DE69131801T2 (de) 2000-05-18

Similar Documents

Publication Publication Date Title
NL9002259A (nl) Werkwijze voor het bepalen van een genotype door het vergelijken van de nucleotidensequentie van leden van een genfamilie, alsmede kit voor het opsporen van genetische variaties.
Adams et al. Ambiguous allele combinations in HLA Class I and Class II sequence-based typing: when precise nucleotide sequencing leads to imprecise allele identification
US20030165884A1 (en) High throughput methods of HLA typing
US5972604A (en) DNA sequence-based HLA typing method
JP3117083B2 (ja) Ｈｌａ ｄｐタイプ分け方法
US7691994B2 (en) Compositions and methods for the detection of human T cell receptor variable family gene expression
Jones et al. Killer Ig-like receptor (KIR) genotype and HLA ligand combinations in ulcerative colitis susceptibility
US20120264627A1 (en) Oligonucleotide Array For Tissue Typing
IL194900A (en) HLA allele gene associated with drug antagonism and methods for detecting it
EP2152908B1 (en) Methods of screening for binding interaction using sets of microparticles and unique probes
EP1954821B1 (en) Method and probes for identifying a nucleotide sequence
EP0870056B1 (en) Method for identifying an unknown allele
Lin et al. Further molecular diversity in the HLA‐B15 group
Dunn Novel approaches and technologies in molecular HLA typing
Magzoub et al. HLA‐DP polymorphism in Sudanese controls and patients with insulin‐dependent diabetes mellitus
US6790616B1 (en) Method for typing of HLA class I alleles
EP0672179B1 (en) Nucleic acid analysis
Rozemuller et al. A computerized method to predict the discriminatory properties for class II sequencing based typing
Haddock et al. Low-resolution typing of HLA-DQA1 using DNA microarray
Chen et al. Relative AHLA-DRB1* 04 allele frequencies in five United States populations found in a hematopoietic stem cell volunteer donor registry and seven new DRB1* 04 alleles
Moonsamy et al. Genetic variability and linkage disequilibrium within the DP region in the CEPH families
JPH0690757A (ja) Ｈｌａ−ｄｒタイピング用塩基配列群とそれを用いた ｈｌａ−ｄｒタイピング法
González et al. Incomplete DJH rearrangements
JP4505014B2 (ja) Ｈｌａ遺伝子型を分析するためのオリゴヌクレオチド組成物およびその検査方法
WO2008110206A1 (en) Method for determining a hla-dq haplotype in a subject

Legal Events

Date Code Title Description
A1B A search report has been drawn up
BV The patent application has lapsed