NL8902521A - Werkwijze voor het bereiden van fosforothioaatesters. - Google Patents
Werkwijze voor het bereiden van fosforothioaatesters. Download PDFInfo
- Publication number
- NL8902521A NL8902521A NL8902521A NL8902521A NL8902521A NL 8902521 A NL8902521 A NL 8902521A NL 8902521 A NL8902521 A NL 8902521A NL 8902521 A NL8902521 A NL 8902521A NL 8902521 A NL8902521 A NL 8902521A
- Authority
- NL
- Netherlands
- Prior art keywords
- general formula
- disulfide
- ester
- group
- alkyl group
- Prior art date
Links
- 150000008301 phosphite esters Chemical class 0.000 title claims abstract description 12
- 125000002252 acyl group Chemical group 0.000 title claims abstract description 8
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 title description 7
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 title description 4
- UCKMPCXJQFINFW-UHFFFAOYSA-N Sulphide Chemical compound [S-2] UCKMPCXJQFINFW-UHFFFAOYSA-N 0.000 title 1
- 150000002148 esters Chemical class 0.000 title 1
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 title 1
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 title 1
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 title 1
- -1 phosphorothioate ester Chemical class 0.000 claims description 38
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 claims description 25
- 238000000034 method Methods 0.000 claims description 25
- 125000000217 alkyl group Chemical group 0.000 claims description 18
- 239000007787 solid Substances 0.000 claims description 17
- WEVYAHXRMPXWCK-UHFFFAOYSA-N Acetonitrile Chemical compound CC#N WEVYAHXRMPXWCK-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 12
- JUJWROOIHBZHMG-UHFFFAOYSA-N Pyridine Chemical compound C1=CC=NC=C1 JUJWROOIHBZHMG-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 12
- YYWLHHUMIIIZDH-UHFFFAOYSA-N s-benzoylsulfanyl benzenecarbothioate Chemical compound C=1C=CC=CC=1C(=O)SSC(=O)C1=CC=CC=C1 YYWLHHUMIIIZDH-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 10
- WSLDOOZREJYCGB-UHFFFAOYSA-N 1,2-Dichloroethane Chemical compound ClCCCl WSLDOOZREJYCGB-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 8
- 125000002496 methyl group Chemical group [H]C([H])([H])* 0.000 claims description 8
- UMJSCPRVCHMLSP-UHFFFAOYSA-N pyridine Natural products COC1=CC=CN=C1 UMJSCPRVCHMLSP-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 6
- IXGZXXBJSZISOO-UHFFFAOYSA-N s-(2-phenylacetyl)sulfanyl 2-phenylethanethioate Chemical compound C=1C=CC=CC=1CC(=O)SSC(=O)CC1=CC=CC=C1 IXGZXXBJSZISOO-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 6
- 125000004435 hydrogen atom Chemical group [H]* 0.000 claims description 5
- 125000001797 benzyl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C(C([H])=C1[H])C([H])([H])* 0.000 claims description 4
- 125000004966 cyanoalkyl group Chemical group 0.000 claims description 4
- 125000006165 cyclic alkyl group Chemical group 0.000 claims description 4
- 125000005843 halogen group Chemical group 0.000 claims description 4
- 125000003729 nucleotide group Chemical class 0.000 claims description 4
- 150000005846 sugar alcohols Chemical group 0.000 claims description 4
- 125000001731 2-cyanoethyl group Chemical group [H]C([H])(*)C([H])([H])C#N 0.000 claims description 3
- 239000002777 nucleoside Substances 0.000 claims description 3
- 150000003833 nucleoside derivatives Chemical class 0.000 claims description 3
- MYMOFIZGZYHOMD-UHFFFAOYSA-N Dioxygen Chemical compound O=O MYMOFIZGZYHOMD-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 2
- 239000012442 inert solvent Substances 0.000 claims description 2
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 claims description 2
- 229910052760 oxygen Inorganic materials 0.000 claims description 2
- 239000001301 oxygen Substances 0.000 claims description 2
- 125000004430 oxygen atom Chemical group O* 0.000 claims description 2
- 229910052717 sulfur Inorganic materials 0.000 claims description 2
- 125000004434 sulfur atom Chemical group 0.000 claims description 2
- RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-N Thiophosphoric acid Chemical class OP(O)(S)=O RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-N 0.000 abstract description 6
- 125000003441 thioacyl group Chemical group 0.000 abstract description 2
- HEDRZPFGACZZDS-MICDWDOJSA-N Trichloro(2H)methane Chemical compound [2H]C(Cl)(Cl)Cl HEDRZPFGACZZDS-MICDWDOJSA-N 0.000 description 12
- QGJOPFRUJISHPQ-UHFFFAOYSA-N Carbon disulfide Chemical compound S=C=S QGJOPFRUJISHPQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 9
- XEKOWRVHYACXOJ-UHFFFAOYSA-N Ethyl acetate Chemical compound CCOC(C)=O XEKOWRVHYACXOJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 9
- 239000002904 solvent Substances 0.000 description 9
- YMWUJEATGCHHMB-UHFFFAOYSA-N Dichloromethane Chemical compound ClCCl YMWUJEATGCHHMB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- JGFZNNIVVJXRND-UHFFFAOYSA-N N,N-Diisopropylethylamine (DIPEA) Chemical compound CCN(C(C)C)C(C)C JGFZNNIVVJXRND-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 description 8
- QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-N Acetic acid Chemical compound CC(O)=O QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 description 6
- QTPJMTACJMLPLL-UHFFFAOYSA-N triethoxy(sulfanylidene)-$l^{5}-phosphane Chemical compound CCOP(=S)(OCC)OCC QTPJMTACJMLPLL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- RTZKZFJDLAIYFH-UHFFFAOYSA-N Diethyl ether Chemical compound CCOCC RTZKZFJDLAIYFH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- BWGNESOTFCXPMA-UHFFFAOYSA-N Dihydrogen disulfide Chemical compound SS BWGNESOTFCXPMA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- CZHYKKAKFWLGJO-UHFFFAOYSA-N dimethyl phosphite Chemical compound COP([O-])OC CZHYKKAKFWLGJO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- 239000003480 eluent Substances 0.000 description 5
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 5
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 4
- 150000007513 acids Chemical class 0.000 description 4
- 125000004432 carbon atom Chemical group C* 0.000 description 4
- 239000000539 dimer Substances 0.000 description 4
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 4
- 125000001997 phenyl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C(*)C([H])=C1[H] 0.000 description 4
- 125000006245 phosphate protecting group Chemical group 0.000 description 4
- BDZBKCUKTQZUTL-UHFFFAOYSA-N triethyl phosphite Chemical compound CCOP(OCC)OCC BDZBKCUKTQZUTL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- OISVCGZHLKNMSJ-UHFFFAOYSA-N 2,6-dimethylpyridine Chemical compound CC1=CC=CC(C)=N1 OISVCGZHLKNMSJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- CSCPPACGZOOCGX-UHFFFAOYSA-N Acetone Chemical compound CC(C)=O CSCPPACGZOOCGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 229920005654 Sephadex Polymers 0.000 description 3
- 239000012507 Sephadex™ Substances 0.000 description 3
- VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N Silicium dioxide Chemical compound O=[Si]=O VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- WTUNGUOZHBRADH-UHFFFAOYSA-N [methoxy(methylsulfanyl)phosphoryl]oxymethane Chemical compound COP(=O)(OC)SC WTUNGUOZHBRADH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- WWJJVKAEQGGYHJ-UHFFFAOYSA-N dimethyl thiophosphate Chemical compound COP(O)(=S)OC WWJJVKAEQGGYHJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 239000000741 silica gel Substances 0.000 description 3
- 229910002027 silica gel Inorganic materials 0.000 description 3
- 239000007858 starting material Substances 0.000 description 3
- RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-K thiophosphate Chemical compound [O-]P([O-])([O-])=S RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 3
- KJUGUADJHNHALS-UHFFFAOYSA-N 1H-tetrazole Chemical compound C=1N=NNN=1 KJUGUADJHNHALS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- BWZVCCNYKMEVEX-UHFFFAOYSA-N 2,4,6-Trimethylpyridine Chemical compound CC1=CC(C)=NC(C)=C1 BWZVCCNYKMEVEX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000006820 DNA synthesis Effects 0.000 description 2
- NINIDFKCEFEMDL-UHFFFAOYSA-N Sulfur Chemical compound [S] NINIDFKCEFEMDL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- IQFYYKKMVGJFEH-XLPZGREQSA-N Thymidine Chemical compound O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)C1 IQFYYKKMVGJFEH-XLPZGREQSA-N 0.000 description 2
- 125000003236 benzoyl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C(C([H])=C1[H])C(*)=O 0.000 description 2
- 230000008878 coupling Effects 0.000 description 2
- 238000010168 coupling process Methods 0.000 description 2
- 238000005859 coupling reaction Methods 0.000 description 2
- UJNIHVUATSNKCB-UHFFFAOYSA-N hydroxy-bis(phenylmethoxy)-sulfanylidene-$l^{5}-phosphane Chemical compound C=1C=CC=CC=1COP(=S)(O)OCC1=CC=CC=C1 UJNIHVUATSNKCB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- RAXXELZNTBOGNW-UHFFFAOYSA-N imidazole Natural products C1=CNC=N1 RAXXELZNTBOGNW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 150000002500 ions Chemical class 0.000 description 2
- 238000002844 melting Methods 0.000 description 2
- 230000008018 melting Effects 0.000 description 2
- 239000003960 organic solvent Substances 0.000 description 2
- 230000003647 oxidation Effects 0.000 description 2
- 238000007254 oxidation reaction Methods 0.000 description 2
- 150000008300 phosphoramidites Chemical class 0.000 description 2
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 description 2
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 description 2
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 description 2
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 2
- WBISVCLTLBMTDS-UHFFFAOYSA-N s-phenyl ethanethioate Chemical compound CC(=O)SC1=CC=CC=C1 WBISVCLTLBMTDS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229920006395 saturated elastomer Polymers 0.000 description 2
- 238000003756 stirring Methods 0.000 description 2
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 2
- CYTQBVOFDCPGCX-UHFFFAOYSA-N trimethyl phosphite Chemical compound COP(OC)OC CYTQBVOFDCPGCX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- IKXFIBBKEARMLL-UHFFFAOYSA-N triphenoxy(sulfanylidene)-$l^{5}-phosphane Chemical compound C=1C=CC=CC=1OP(OC=1C=CC=CC=1)(=S)OC1=CC=CC=C1 IKXFIBBKEARMLL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- HVLLSGMXQDNUAL-UHFFFAOYSA-N triphenyl phosphite Chemical compound C=1C=CC=CC=1OP(OC=1C=CC=CC=1)OC1=CC=CC=C1 HVLLSGMXQDNUAL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- RIOQSEWOXXDEQQ-UHFFFAOYSA-N triphenylphosphine Chemical compound C1=CC=CC=C1P(C=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 RIOQSEWOXXDEQQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- SCYULBFZEHDVBN-UHFFFAOYSA-N 1,1-Dichloroethane Chemical compound CC(Cl)Cl SCYULBFZEHDVBN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- AUHZEENZYGFFBQ-UHFFFAOYSA-N 1,3,5-Me3C6H3 Natural products CC1=CC(C)=CC(C)=C1 AUHZEENZYGFFBQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- XWKFPIODWVPXLX-UHFFFAOYSA-N 2-methyl-5-methylpyridine Natural products CC1=CC=C(C)N=C1 XWKFPIODWVPXLX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000002103 4,4'-dimethoxytriphenylmethyl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C(C([H])=C1[H])C(*)(C1=C([H])C([H])=C(OC([H])([H])[H])C([H])=C1[H])C1=C([H])C([H])=C(OC([H])([H])[H])C([H])=C1[H] 0.000 description 1
- VHUUQVKOLVNVRT-UHFFFAOYSA-N Ammonium hydroxide Chemical compound [NH4+].[OH-] VHUUQVKOLVNVRT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 1
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 1
- 239000007832 Na2SO4 Substances 0.000 description 1
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 description 1
- OAICVXFJPJFONN-UHFFFAOYSA-N Phosphorus Chemical compound [P] OAICVXFJPJFONN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000006819 RNA synthesis Effects 0.000 description 1
- PMZURENOXWZQFD-UHFFFAOYSA-L Sodium Sulfate Chemical compound [Na+].[Na+].[O-]S([O-])(=O)=O PMZURENOXWZQFD-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- UIIMBOGNXHQVGW-UHFFFAOYSA-M Sodium bicarbonate Chemical class [Na+].OC([O-])=O UIIMBOGNXHQVGW-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical class [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 125000002777 acetyl group Chemical group [H]C([H])([H])C(*)=O 0.000 description 1
- 238000005903 acid hydrolysis reaction Methods 0.000 description 1
- 125000001931 aliphatic group Chemical group 0.000 description 1
- 235000011114 ammonium hydroxide Nutrition 0.000 description 1
- 238000005915 ammonolysis reaction Methods 0.000 description 1
- 230000000692 anti-sense effect Effects 0.000 description 1
- 125000003118 aryl group Chemical group 0.000 description 1
- 238000009835 boiling Methods 0.000 description 1
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 description 1
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 1
- 238000011109 contamination Methods 0.000 description 1
- 238000010511 deprotection reaction Methods 0.000 description 1
- SZENMFRIUYOZQE-UHFFFAOYSA-N dichloro-(2,5-dichlorophenoxy)-sulfanylidene-$l^{5}-phosphane Chemical compound ClC1=CC=C(Cl)C(OP(Cl)(Cl)=S)=C1 SZENMFRIUYOZQE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- REQPQFUJGGOFQL-UHFFFAOYSA-N dimethylcarbamothioyl n,n-dimethylcarbamodithioate Chemical compound CN(C)C(=S)SC(=S)N(C)C REQPQFUJGGOFQL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- KUMNEOGIHFCNQW-UHFFFAOYSA-N diphenyl phosphite Chemical compound C=1C=CC=CC=1OP([O-])OC1=CC=CC=C1 KUMNEOGIHFCNQW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000004821 distillation Methods 0.000 description 1
- 230000008030 elimination Effects 0.000 description 1
- 238000003379 elimination reaction Methods 0.000 description 1
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 1
- 235000015220 hamburgers Nutrition 0.000 description 1
- 125000005842 heteroatom Chemical group 0.000 description 1
- 125000000623 heterocyclic group Chemical group 0.000 description 1
- YDOLGQNXROBHNZ-UHFFFAOYSA-N hydroxy-diphenoxy-sulfanylidene-$l^{5}-phosphane Chemical compound C=1C=CC=CC=1OP(=S)(O)OC1=CC=CC=C1 YDOLGQNXROBHNZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000003112 inhibitor Substances 0.000 description 1
- 239000010410 layer Substances 0.000 description 1
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 1
- 150000004702 methyl esters Chemical class 0.000 description 1
- SHUUILSADJSVGR-UHFFFAOYSA-N molecular iodine hydrate Chemical compound O[H].II SHUUILSADJSVGR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000005185 naphthylcarbonyl group Chemical group C1(=CC=CC2=CC=CC=C12)C(=O)* 0.000 description 1
- 230000000269 nucleophilic effect Effects 0.000 description 1
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000002796 nucleotidyl group Chemical group 0.000 description 1
- 239000012044 organic layer Substances 0.000 description 1
- RQKYHDHLEMEVDR-UHFFFAOYSA-N oxo-bis(phenylmethoxy)phosphanium Chemical compound C=1C=CC=CC=1CO[P+](=O)OCC1=CC=CC=C1 RQKYHDHLEMEVDR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000003208 petroleum Substances 0.000 description 1
- 125000002467 phosphate group Chemical group [H]OP(=O)(O[H])O[*] 0.000 description 1
- 150000003905 phosphatidylinositols Chemical class 0.000 description 1
- OJMIONKXNSYLSR-UHFFFAOYSA-N phosphorous acid Chemical compound OP(O)O OJMIONKXNSYLSR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229910052698 phosphorus Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000011574 phosphorus Substances 0.000 description 1
- LFGREXWGYUGZLY-UHFFFAOYSA-N phosphoryl Chemical group [P]=O LFGREXWGYUGZLY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000026731 phosphorylation Effects 0.000 description 1
- 238000006366 phosphorylation reaction Methods 0.000 description 1
- 229920001467 poly(styrenesulfonates) Polymers 0.000 description 1
- 125000001501 propionyl group Chemical group O=C([*])C([H])([H])C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 1
- 238000009790 rate-determining step (RDS) Methods 0.000 description 1
- 238000006722 reduction reaction Methods 0.000 description 1
- KTOYYOQOGAZUHV-UHFFFAOYSA-N s-acetylsulfanyl ethanethioate Chemical compound CC(=O)SSC(C)=O KTOYYOQOGAZUHV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- KIHBJERLDDVXHD-UHFFFAOYSA-N s-benzoyl benzenecarbothioate Chemical compound C=1C=CC=CC=1C(=O)SC(=O)C1=CC=CC=C1 KIHBJERLDDVXHD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 1
- 229910052938 sodium sulfate Inorganic materials 0.000 description 1
- 235000011152 sodium sulphate Nutrition 0.000 description 1
- 239000007790 solid phase Substances 0.000 description 1
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 1
- 239000000725 suspension Substances 0.000 description 1
- GFYHSKONPJXCDE-UHFFFAOYSA-N sym-collidine Natural products CC1=CN=C(C)C(C)=C1 GFYHSKONPJXCDE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- HWCKGOZZJDHMNC-UHFFFAOYSA-M tetraethylammonium bromide Chemical compound [Br-].CC[N+](CC)(CC)CC HWCKGOZZJDHMNC-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 description 1
- KUAZQDVKQLNFPE-UHFFFAOYSA-N thiram Chemical compound CN(C)C(=S)SSC(=S)N(C)C KUAZQDVKQLNFPE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229960002447 thiram Drugs 0.000 description 1
- VYNGFCUGSYEOOZ-UHFFFAOYSA-N triphenylphosphine sulfide Chemical compound C=1C=CC=CC=1P(C=1C=CC=CC=1)(=S)C1=CC=CC=C1 VYNGFCUGSYEOOZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
- C07H19/00—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof
- C07H19/02—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof sharing nitrogen
- C07H19/04—Heterocyclic radicals containing only nitrogen atoms as ring hetero atom
- C07H19/06—Pyrimidine radicals
- C07H19/10—Pyrimidine radicals with the saccharide radical esterified by phosphoric or polyphosphoric acids
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07F—ACYCLIC, CARBOCYCLIC OR HETEROCYCLIC COMPOUNDS CONTAINING ELEMENTS OTHER THAN CARBON, HYDROGEN, HALOGEN, OXYGEN, NITROGEN, SULFUR, SELENIUM OR TELLURIUM
- C07F9/00—Compounds containing elements of Groups 5 or 15 of the Periodic Table
- C07F9/02—Phosphorus compounds
- C07F9/06—Phosphorus compounds without P—C bonds
- C07F9/16—Esters of thiophosphoric acids or thiophosphorous acids
- C07F9/165—Esters of thiophosphoric acids
- C07F9/1653—Esters of thiophosphoric acids with arylalkanols
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07F—ACYCLIC, CARBOCYCLIC OR HETEROCYCLIC COMPOUNDS CONTAINING ELEMENTS OTHER THAN CARBON, HYDROGEN, HALOGEN, OXYGEN, NITROGEN, SULFUR, SELENIUM OR TELLURIUM
- C07F9/00—Compounds containing elements of Groups 5 or 15 of the Periodic Table
- C07F9/02—Phosphorus compounds
- C07F9/06—Phosphorus compounds without P—C bonds
- C07F9/16—Esters of thiophosphoric acids or thiophosphorous acids
- C07F9/165—Esters of thiophosphoric acids
- C07F9/17—Esters of thiophosphoric acids with hydroxyalkyl compounds without further substituents on alkyl
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07F—ACYCLIC, CARBOCYCLIC OR HETEROCYCLIC COMPOUNDS CONTAINING ELEMENTS OTHER THAN CARBON, HYDROGEN, HALOGEN, OXYGEN, NITROGEN, SULFUR, SELENIUM OR TELLURIUM
- C07F9/00—Compounds containing elements of Groups 5 or 15 of the Periodic Table
- C07F9/02—Phosphorus compounds
- C07F9/06—Phosphorus compounds without P—C bonds
- C07F9/16—Esters of thiophosphoric acids or thiophosphorous acids
- C07F9/165—Esters of thiophosphoric acids
- C07F9/18—Esters of thiophosphoric acids with hydroxyaryl compounds
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
- C07H21/00—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Saccharide Compounds (AREA)
Description
Werkwijze voor het bereiden van fosforothioaatesters
De uitvinding heeft betrekking op een werkwijze voor het bereiden van een fosforothioaatester uit een fosfietester.
Een dergelijke werkwijze is bekend uit een artikel van Burgers en Eckstein in' Tetrahedron Lett.ü», 3835 (1978) en een artikel van Marlier en Benkovic in Tetrahedron Lett.ZiU 1121 (1980). Daarin wordt een werkwijze beschreven voor het bereiden van fosforothioaat analoga van nucleotiden (DNA en RNA), die gebruikt zouden kunnen worden als probes voor het bestuderen van phosphoryl en nucleotidyl transferenzymen (zie artikelen van Eckstein in Angew. Chemie Int. Ed. Eng.22., 423 (1983) en in Ann. Rev. Biochem.54. 367 (1985)) en voor therapeutische doeleinden als anti-sense inhibitors (zie een artikel van Stein en Cohen in Cancer Res.4jl, 2659 (1988)). Volgens de bekende werkwijze voor het bereiden van dergelijke fosforothioaat analoga van polynucleotiden wordt bij de DNA (of RNA) synthese via de bekende fosfiettriester methode (zie Beaucage en Caruthers, Tetrahedron Lett.22., 1859 (1981)) een omzetting van een tussenprodukt, dat een internucleotide fosfiettriestergroep bevat, met elementair zwavel (Sq) uitgevoerd. Door een latere verwijdering van de fosfaatbeschermende groep (bijv. een methylester, waarbij de ontscherming op een substitutiereactie berust) kan de gewenste internucleotide fosforothioaatdiester worden verkregen.
Deze bekende werkwijze heeft echter een aantal nadelen, waaronder de slechte oplosbaarheid van Se bij kamertemperatuur in overigens geschikte organische oplosmiddelen. Weliswaar kan het elementaire zwavel worden opgelost in een mengsel van pyridine en koolstofdisulfide CS2 (zie Stein et al in Nucl. Acids Res.lü, 3209, (1988)), maar het CS2 is om veiligheidsredenen een zeer bezwaarlijk oplosmiddel. Voorts zou 2,6-lutidine als oplosmiddel kunnen worden gebruikt (zie Stee et al in J. Am. Chem. Soc.106. 6077 (1984)), maar dan is nodig dat hogere temperaturen, zoals 60°C, worden toegepast. In de praktijk wordt daarom meestal gewerkt met een suspensie van Ss in pyridine, hoewel daaraan in het geval van een geautomatiseerde DNA synthese aan een vaste drager in een DNA synthesizer het belangrijke nadeel kleeft, dat verstopping en vervuiling van de apparatuur en de vaste drager kunnen optreden en vermeden moeten worden door grondig te wassen met CS2/pyridine (zie Connolly et al in Biochemistry 22.r 3443, (1984)) .
Een internucleotide fosforothioaat diester kan ook langs andere wegen worden gesynthetiseerd, bijv. in één stap met behulp van fosforothioyleringsmiddelen zoals 2,5-dichlorofenyl fosforodichloridothioaat (zie Kemal et al in J. Chem. Soc. Chem. Comm. 591 (1983)) en analoga daarvan, zoals de verbinding met formule 14 (zie Marugg et al, Nucl. Acids Res.12., 9095 (1984)), of in twee stappen, waarbij eerst een fosforylering met bijv. O-aryl-N-fenylamidofosforochloridaat wordt uitgevoerd en vervolgens een omzetting van PN in PS wordt gerealiseerd (zie Lesnikowski et al in Tetrahedron 40, 15 (1984) en in Tetrahedron Lett.^I, 3821 (1989)). Deze werkwijzen zijn echter niet in te passen in de moderne, snelle en geautomatiseerde DNA en RNA syntheses aan een vaste drager.
In 1935 zijn door Schönberg in Chem. Ber.jül, 163 reacties beschreven, waarbij trifenylfosfine werd behandeld met dibenzoyl disulfide of tetramethyl thiuramdisulfide. De reactie tussen deze stoffen resulteerde in de vorming van trifenylfosfine-sulfide en dibenzoyl sulfide resp. tetramethyl thiuramsulfide.
Verrassenderwijze is nu gevonden dat een dergelijke methode kan worden gebruikt voor het sulfurideren van fosfiet-triesters en fosfietdiesters (d.w.z. H-fosfonaatdiesters), en met name geschikt is voor toepassing in een geautomatiseerde DNA of RNA synthese via de fosfiettriestermethode om op elke gewenste plaats in het uiteindelijke polynucleotide een fosforothioaatgroep in plaats van een fosfaatgroep te verkrijgen, zonder dat de nadelen van het tot dusverre toegepaste Se optreden.
De uitvinding verschaft derhalve een werkwijze voor het bereiden van een fosforothioaatester uit een fosfietester, welke werkwijze gekenmerkt wordt doordat men een fosfietester door reactie met een acyl- of thioacyl-disulfide omzet in een fosforothioaatester.
In beginsel bestaan er volgens de uitvinding geen beperkingen ten aanzien van de acyl- of thioacylgroep. Deze groepen kunnen verzadigde of onverzadigde alifatische of cycloalifatische groepen, aromatische groepen, verzadigde of onverzadigde heterocyclische groepen e.d. omvatten, zonder beperkingen voor wat het aantal koolstofatomen en het aantal heteroatomen betreft. Bij wijze van voorbeeld kunnen worden genoemd alkanoylgroepen, zoals acetyl, propionyl e.d., heterocycloylgroepen, zoals pyridinoyl, imidazoolcarbonyl, e.d., benzoyl, naftylcarbonyl, benzylcarbonyl (d.i. fenylacetyl), enz.
Een voorkeursuitvoeringsvorm van de uitvinding bestaat uit een werkwijze, die gekenmerkt wordt doordat men een fosfietester met de algemene formule (1): (ï^O) (R20) (R30)P (1) waarin R1 een waterstofatoom, een alkylgroep, .een cyanoalkyl-groep of een door een of meer halogeenatomen gesubstitueerde alkylgroep voorstelt en R2 en R3 elk, onafhankelijk van elkaar, een eventueel gesubstitueerde, eventueel aan een vaste drager gebonden, eventueel cyclische alkylgroep, suikerrest of suikeralkoholrest voorstellen, door reactie met een acyl- of thioacyl-disulfide met de algemene formule (2): R4-CX-S-S-CX-R5 (2) waarin X een zuurstof- of zwavelatoom voorstelt en R4 en R5 onafhankelijk van elkaar een eventueel gesubstitueerde fenyl-groep C6H5-, benzylgroep C6H5CH2-, of alkylgroep voorstellen, omzet in een fosforothioaatester met de algemene formule (3): (R10)(R20)(R30)P=S (3) waarin de symbolen de bovenstaand vermelde betekenissen hebben.
Een meer bijzondere voorkeursuitvoeringsvorm van de uitvinding bestaat uit een werkwijze, die gekenmerkt wordt doordat men een fosfietester met de algemene formule (1): (Rk» (R20) (R30)P (1) waarin R1 een waterstofatoom, een alkylgroep, een cyanoalkyl-groep of een door een of meer halogeenatomen gesubstitueerde alkylgroep voorstelt en R2 en R3 elk, onafhankelijk van elkaar, een eventueel gesubstitueerde, eventueel aan een vaste drager gebonden, eventueel cyclische alkylgroep, suikerrest of suikeralkoholrest voorstellen, door reactie met een acyldisulfide met de algemene form. (2): R4-CX-S-S-CX-R5 (2) waarin X een zuurstofatoom voorstelt en R4 en R5 onafhankelijk van elkaar een eventueel gesubstitueerde fenylgroep C6H5-, benzylgroep C6H5CH2-, of alkylgroep voorstellen, omzet in een fosforothioaatester met de algemene formule (3): (Rk» (R20) (R30)P=S (3) waarin de symbolen de bovenstaand vermelde betekenissen hebben.
In het geval dat R1 een waterstofatoom voorstelt, is de uitgangsverbinding een fosfietdiester, oftewel een H-fosfo-naatdiester. In de andere gevallen is de uitgangsverbinding een fosfiettriester. De symbolen R1, R2 en R3 kunnen identieke of verschillende alkylgroepen voorstellen, zonder beperkingen ten aanzien van het aantal koolstofatomen, hoewel lage alkylgroepen (met 1-6, liever 1-4 en liefst 1-2 koolstof-atomen) de voorkeur hebben. Bij voorkeur stellen de symbolen R2 en R3 nucleoside- en/of nucleotideresten voor, die desgewenst gebonden zijn aan een vaste fase en voorzien zijn van gepaste beschermende en/of vertrekkende groepen, en stelt R1 een fosfaatbeschermende groep voor, zodat de uitgangsverbinding een bij de DNA (of RNA) synthese aan een vaste drager via de fosfiettriestermethode voorkomend tussenprodukt is. De uitvinding kan echter ook worden gebruikt voor de bereiding van fosforothioaatderivaten van bijv. teichoine-zuren, fosfatidyl inositol, en dergelijke.
Meer in het bijzonder bestaat echter de uitvinding toch bij voorkeur uit een werkwijze, die gekenmerkt wordt doordat men uitgaat van een, eventueel aan een vaste drager gebonden, internucleotide methyl of 2-cyanoethyl fosfiet-triester met de algemene formule (1) : (Rk» (R20) (R30)P (1) waarin R1 een methylgroep of een 2-cyanoethylgroep voorstelt en R2 en R3 elk onafhankelijk van elkaar een eventueel gesubstitueerde, eventueel aan een vaste drager gebonden, nucleoside- of nucleotiderest voorstellen.
In deze voorkeursuitvoeringsvorm stelt R1 een gebruikelijke fosfaatbeschermende groep voor, die naderhand door een bekende eliminatie- of substitutiereactie kan worden verwijderd. Ook andere, al dan niet bekende fosfaatbeschermende groepen zijn echter bruikbaar, zoals verschillende gehaloge-neerde alkylgroepen die door een reductiereactie kunnen worden verwijderd.
Het heeft volgens de uitvinding verder de voorkeur, dat men als het acyldisulfide met de algemene formule (2) benzoyldisulfide of fenylacetyldisulfide toepast. Met name benzoyldisulfide is uitermate geschikt gebleken. Derivaten van benzoyldisulfide en fenylacetyldisulfide kunnen echter ook zeer geschikt zijn, met name derivaten met een zodanig gesubstitueerde benzeenring, dat hun lipofiele karakter wordt versterkt en hun oplosbaarheid in organische oplosmiddelen wordt verbeterd. Hiertoe kan bijv. gedacht worden aan analoga, waarvan de benzeenring een of meerdere alkylgroepen draagt, met name lagere alkylgroepen, zoals alkylgroepen met 1-6, liever 1-4 en liefst 1-2 koolstofatomen. Niet-aromatische acyldisulfiden, zoals acetyldisulfide, zijn eveneens bruikbaar, maar hebben niet de voorkeur.
De reactie wordt uitgevoerd in een inert oplosmiddel voor het acyldisulfide met de algemene formule (2). Hoewel vele, meer of minder gebruikelijke oplosmiddelen in aanmerking komen, heeft het de voorkeur dat men de reactie uitvoert in 1,2-dichloorethaan, acetonitrile en/of pyridine. De reactie kan bij normale kamertemperaturen worden uitgevoerd, hetgeen doorgaans ook de voorkeur heeft.
De uitvinding zal nu verder worden toegelicht aan de hand van de op het formuleblad weergegeven reactieschema's en de uitvoeringsvoorbeelden. Onder verwijzing naar het formuleblad tonen de uitvoeringsvoorbeelden een omzetting (zie schema a) van triethylfosfiet (formule la, R6=C2Hs-) met een oplossing van fenacetyl disulfide (formule 2a, R7=CgH5CH2-; 1,1 eq.) bij 20°C in 1,2-dichloroethaan. Met behulp van 31P-NMR tijdens de reactie werd vastgesteld, dat een snelle (5 min) en exclusieve vorming van triethylfosforothioaat (formule 2a, R^=C2H5-) plaats vond. Een analyse van het ruwe reactiemengsel met 1H-en 13C-NMR bevestigde dat uitsluitend triethylfosforothioaat en fenylacetyl sulfide (formule 4., R7=C6H5CH2”) waren gevormd.
Door opwerken van het reactiemengsel kon na destillatie homogeen triethylfosforothioaat worden verkregen in een opbrengst van 70%.
Volgens dezelfde procedure werd trimethylfosfiet (formule la. R6=CH3~) kwantitatief omgezet in trimethylfosforothioaat en fenylacetyl sulfide.
Zoals in schema a is aangegeven, kon verrassenderwijze worden vastgesteld dat de verwachte Arbusov reactie, die tot de vorming van de verbindingen i en 7 zou leiden, in het geheel niet optrad.
Voorts kon worden vastgesteld, dat de snelheidsbepalende stap van de reactie bestaat uit de vorming van het tussen-produkt met formule 2·
De voorbeelden laten verder ook een omzetting van dimethylfosfiet (formule £, R6=CH3~) in de fosforothioaatester met formule 2 zien. De omzetting werd uitgevoerd in tegenwoordigheid van een zwakke niet-nucleofiele base (diisopropylethylamine). Het reactiemengsel bleek een intense kleur te hebben, die vermeden kon worden door benzoyl disulfide (form.la, R7=CgH5-) in plaats van fenylacetyl disulfide te gebruiken. Door 0,36 mmol benzoyl disulfide en 0,1 ml diisopropylethylamine toe te voegen aan een oplossing van 0,12 iranol dimethylfosfiet in 1,8 ml 1,2-dichloroethaan en na 30 min bij 20°C de verkregen, kleurloze oplossing op te werken, kon een homogene verbinding met form.j) worden gewonnen in een opbrengst van 95%.
Voorts werden zowel in oplossing als op een vaste drager fosforothioaat bevattende DNA fragmenten gesynthetiseerd onder toepassing van de werkwijze volgens de uitvinding. Zo werd (zie schema b) 0,44 mmol van een fosfiettriester met form.12. bereid door koppeling (met behulp van ΙΗ-tetrazool, zie Sinha et al in Nucl. Acids Res .12., 4539 (1984)) van een fosfor-amidiet (form.10./ waarin B1=T, R8=4,4 ·-dimethoxytrityl en R9=2-cyanoethyl) met een verbinding met form.H (B2=GdPa en R10=benzoyl), gedurende 5 min bij 20°C behandeld met 0,16 mmol fenylacetyl disulfide in een mengsel van 1,2-dichloroethaan en 2.4.6- collidine. Daarbij werd het volledig beschermde dimeer met form.H verkregen in een opbrengst van 90%. Dit dimeer kon volledig worden ontschermd door een ammonolyse (50 uur bij 60°C in aq.25% NH3) en daarop volgende zure hydrolyse (30 min bij 20°C in 80% azijnzuur). Na zuivering op Sephadex A-25 werd aldus het zuivere dimeer dTp(s)G gewonnen.
Ook werden de fosforothioaat bevattende hexameren met de formules lfi, en IS gesynthetiseerd (zie schema c) in een automatische Gene Assembler (Pharmacia), waarbij een stapsgewijze opbouw vanaf het via een succinylbinding op een vaste drager geïmmobiliseerde deoxythymidine (form.15.) werd uitgevoerd onder toepassing van een door·ΙΗ-tetrazool gekatalyseerde koppeling van het binnenkomende fosforamidiet (form.15)/ een daarop volgende oxydatie met I2-H2O van het gevormde fosfiettriester-tussenprodukt en een daarna uitgevoerde acidolyse van de 4,4'-dimethoxytritylgroep R8. Op de gewenste plaatsen werd in plaats van een oxydatie een sulfuridering uitgevoerd door het fosfiettriester-tussenprodukt gedurende 5 min bij 20°C te behandelen met een 5% oplossing van fenylacetyl disulfide in een mengsel van 1,2-dichloroethaan en
2.4.6- collidine. Aldus werden de aan een vaste drager gebonden en volledig beschermde hexameren met de formules 1£ en H
verkregen, die op dezelfde wijze als het dimeer dTp(s)G ontschermd konden worden en na zuivering op Sephadex G-50 de hexameren 1& en JLi opleverden. Dit een analyse met FPLC bleek, dat geen hexameren zonder fosforothioaat waren ontstaan, hetgeen op een grote efficiëntie van de sulfuridering wijst.
Thans volgen de hierboven reeds oppervlakkig beschreven uitvoeringsvoorbeelden. Deze voorbeelden zijn uitsluitend ter toelichting bedoeld en beogen op geen enkele wijze om de hier beschreven uitvinding te beperken.
Fenacetyl disulfide
Deze verbinding werd gesynthetiseerd volgens de procedure van Frank en Blegen, Org. Synth. Coll. III, 116-118 (1955) . Smeltpunt 57-58°C; !r NMR (CDCI3) δ 7,32 (m, 5H, C6H5) , 3,99 (s, 2H, CH2); 13c NMR (CDCI3) δ 191,0 (CO), 131,8 (C^-ar), 129,5 (C2ar), 128,6 (C3ar), 127,6 (C4ar), 48,7 (CH2).
Benzoyl disulfide
Deze verbinding werd gesynthetiseerd volgens de procedure van Frank en Blegen, Org. Synth. Coll. III, 116-118 (1955). Smeltpunt 128-129°C; 1H NMR (CDCI3) δ 8,1 en 7,5 (2x m, 5H, C6H5); 13C NMR (CDCI3) δ 185,9 (CO), 135,1 (C1ar), 134,3 (C2ar), 128,9 (C3ar), 128,0 (C4ar) .
Triethylfosforothioaat (3a, R6 ~ C2H5)
Aan een oplossing van 3,88 g (12,8 mmol) fenacetyl disulfide in 16 ml 1,2-dichloorethaan en 1 ml pyridine werd 2 ml triethylfosfiet toegevoegd. De oplosmiddelen werden verwijderd onder vacuum en het produkt werd gedestilleerd onder vacuum. Opbrengst 1,65 g (71%) kleurloze vloeistof. Kookpunt 56-58°C/0,4 mm Hg; 2Η NMR (CDCI3) δ 4,13 (dubbel q, 6H, CH2, Jph=9,6 Hz, JHh=7,2 Hz), 1,33 (t, 9H, CH3, JHH= 7,2 Hz); 13C NMR (CDCI3) δ 63,3 (d, CH2, JPC=4 Hz), 15,2 (d, CH3, Jpc=7 Hz); 31P NMR (CDCI3) δ 67,8; massa 199 (M+H)+, 154 (M+H-OC2H5)+.
Trimethylfosforothioaat (3a, R6 = CH3)
Volkomen analoog aan de bovenstaand beschreven bereiding van triethylfosforothioaat werd trimethylfosforothioaat bereid door trimethylfosfiet in plaats van triethylfosfiet te gebruiken. 31P NMR in het ruwe reactiemengsel: δ 73,3.
Trifenylfosforothioaat (3a, R6 = CgHs)
In grote trekken analoog aan de bovenstaand beschreven bereiding van triethylfosforothioaat werd trifenylfosforothioaat bereid door trifenylfosfiet in plaats van triethylfosfiet en benzoyl disulfide in plaats van fenacetyl disulfide te gebruiken. De omzetting vergde veel tijd; na 10 dagen was de omzetting pas 50%. 31P NMR in het ruwe reactiemengsel gaf als resultaat: δ 53,5.
Dimethylfosforothioaat (9, R6 = CH3)
Aan een oplossing van 100 mg (0,12 mmol) benzoyl disulfide in 1,8 ml 1,2-dichloorethaan en 0,2 ml diïsopropyl-ethylamine werd 26,8 μΐ dimethylfosfiet toegevoegd. Na 30 min. werd water toegevoegd. De waterlaag werd afgescheiden en twee keer gewassen met dichloormethaan en drie keer met diethyl-ether. Het produkt werd gezuiverd over een sterk basische ionenwisselaar (Na+) en gevriesdroogd. Opbrengst 95% witte vaste stof.
lH NMR (D20) δ 3,61 (d, 6H, CH3, 2JPH=16 Hz); 13C NMR (D20) δ 53,7 (d, CH3, 1JpC=6 Hz); 31P NMR (D20) δ 59,1 (septet, 2JPH= 12 Hz).
Dibenzylfosforothioaat (9, R6 * C6H5CH2)
Volkomen analoog aan de bovenstaand beschreven bereiding van dimethylfosforothioaat werd dibenzylfosforothioaat bereid door dibenzylfosfiet in plaats van dimethylfosfiet te gebruiken. 31P NMR in het ruwe reactiemengsel: δ 57,0.
Dxfenylfosforothioaat (9, R6 = CgHs)
Volkomen analoog aan de bovenstaand beschreven bereiding van dimethylfosforothioaat werd difenylfosforothioaat bereid door difenylfosfiet in plaats van dimethylfosfiet te gebruiken. 31P NMR in het ruwe reactiemengsel: δ 47,4.
DMTdT{P[N(i-pr)2]OC2H4CN) (10)
Aan een oplossing van 656 mg (1,2 mmol) DMTdT in 5 ml dichloormethaan en 627 μΐ diïsopropylethylamine werd 0,5 ml Ν,Ν-diïsopropylchlorofosforamidiet toegevoegd. Na 30 min.
roeren werd ethanol (96%) toegevoegd, gevolgd door 40 ml ethylacetaat. Het mengsel werd twee keer gewassen met een verzadigde NaHC03 oplossing en twee keer met een verzadigde NaCl oplossing. De organische laag werd gedroogd boven Na2S04 en de oplosmiddelen werden verwijderd onder vacuum. Het produkt werd gezuiverd over een silicagel kolom (eluens petroleumether 40-60/ethylacetaat, 2:1, v/v). Opbrengst 62% 31P NMR (CH2C12) δ 149,05 en 148,96.
DMTdT { POC2H4CN} dGdPabz (12)
Een oplossing van 466 mg (0,63 inmol) fosforamidiet 10 in 5 ml acetonitril werd toegevoegd aan een oplossing van 354 mg (0,63 mmol) dGdPabz (11) en 97 mg (1,38 mmol) 1H-tetrazool in 5 ml acetonitril. Na 1 uur roeren werd het oplosmiddel verwijderd onder vacuum; het produkt werd gezuiverd over een silicagel kolom (eluens 50% ethylacetaat / aceton v/v). Opbrengst 680 mg witte vaste stof (90%); 31P NMR (CDCI3) 140,2 en 139,4.
dTp(s)dG (13)
Aan een oplossing van 53 mg (44 μπιοί) fosfiet 12 in 2 ml 1,2-dichloorethaan/2,4,6-collidine (4:1, v/v) werd 100 mg fenacetyl disulfide toegevoegd. 31P NMR van het ruwe reaktie-mengsel duidde op volledige omzetting binnen 5 minuten.
31 NMR δ 67,4 en 67,6. Het produkt werd gezuiverd over een silicagel kolom (eluens 10% CH30H/CH2C12, v/v). De oplosmiddelen werden verwijderd onder vacuum. Het produkt werd opgelost in 25% NH4OH oplossing en op 50°C verwarmd gedurende 64 uur. Het oplosmiddel werd verwijderd onder vacuum en het produkt werd gedurende 30 min. behandeld met 80% azijnzuur (pH 2,0).
De oplosmiddelen werden verwijderd onder vacuum en het produkt werd gezuiverd over een Sephadex A25 kolom (eluens 0,05-0,5 M TEAB) gevolgd door een Dowex ionenwisselaar (Na+, eluens H20). 31P NMR (D20) δ 55,9 en 55,2; 1H NMR (D20) δ 8,10 en 8,07 (2x s, 2x 1H, H8-G), 7,46 en 7,43 (2x s, 2x 1H, H6-T).
Claims (7)
1. Werkwijze voor het bereiden van een fosforothioaatester uit een fosfietester, met het kenmerk, dat men een fosfietester door reactie met een acyl- of thioacyl-disulfide omzet in een fosforothioaatester.
2. Werkwijze volgens conclusie 1, met het kenmerk, dat men een fosfietester met de algemene formule (1): (ï^O) (R20) (R30)P (1) waarin R1 een waterstofatoom, een alkylgroep, een cyanoalkyl-groep of een door een of meer halogeenatomen gesubstitueerde alkylgroep voorstelt en R2 en R3 elk, onafhankelijk van elkaar, een eventueel gesubstitueerde, eventueel aan een vaste drager gebonden, eventueel cyclische alkylgroep, suikerrest of suikeralkoholrest voorstellen, door reactie met een acyl- of thioacyl-disulfide met de algemene formule (2): R4-CX-S-S-CX-R5 (2) waarin X een zuurstof- of zwavelatoom voorstelt en R4 en R5 onafhankelijk van elkaar een eventueel gesubstitueerde fenyl-groep C6H5-, benzylgroep C6H5CH2-, of alkylgroep voorstellen, omzet in een fosforothioaatester met de algemene formule (3): (RiO)(R20)(R30)P=S (3) waarin de symbolen de bovenstaand vermelde betekenissen hebben.
3. Werkwijze volgens conclusie 1, met het kenmerk, dat men een fosfietester met de algemene formule (1): (Rx0) (R20) (R30)P <1) waarin R1 een waterstofatoom, een alkylgroep, een cyanoalkyl-groep of een door een of meer halogeenatomen gesubstitueerde alkylgroep voorstelt en R2 en R3 elk, onafhankelijk van elkaar, een eventueel gesubstitueerde, eventueel aan een vaste drager gebonden, eventueel cyclische alkylgroep, suikerrest of suikeralkoholrest voorstellen, door reactie met- een acyldisulfide met de algemene formule (2) : R4-CX-S—S-CX—R5 (2) waarin X een zuurstofatoom voorstelt en R4 en R5 onafhankelijk van elkaar een eventueel gesubstitueerde fenylgroep C6H5-, benzylgroep C6H5CH2-, of alkylgroep voorstellen, omzet in een fosforothioaatester met de algemene formule (3): (Εθ-O) (R20) (R30)P=S (3) waarin de symbolen de bovenstaand vermelde betekenissen hebben.
4. Werkwijze volgens conclusie 2 of 3, met het kenmerk, dat men uitgaat van een, eventueel aan een vaste drager gebonden, internucleotide methyl of 2-cyanoethyl fosfiet-triester met de algemene formule (1): (RiO) (R20) (R30)P (1) waarin R1 een methylgroep of een 2-cyanoethylgroep voorstelt en R2 en R3 elk onafhankelijk van elkaar een eventueel gesubstitueerde, eventueel aan een vaste drager gebonden, nucleoside- of nucleotiderest voorstellen..
5. Werkwijze volgens conclusie 3 of 4, met het kenmerk, dat men als het acyldisulfide met de algemene formule (2) benzoyl-disulfide of fenylacetyldisulfide toepast.
6. Werkwijze volgens een van de voorgaande conclusies, met het kenmerk, dat men de reactie uitvoert in een inert oplosmiddel voor het acyldisulfide met de algemene formule (2) .
7. Werkwijze volgens conclusie 6, met het kenmerk, dat men de reactie uitvoert in 1,2-dichloorethaan, acetonitrile en/of pyridine.
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| NL8902521A NL8902521A (nl) | 1989-10-11 | 1989-10-11 | Werkwijze voor het bereiden van fosforothioaatesters. |
Applications Claiming Priority (2)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| NL8902521A NL8902521A (nl) | 1989-10-11 | 1989-10-11 | Werkwijze voor het bereiden van fosforothioaatesters. |
| NL8902521 | 1989-10-11 |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| NL8902521A true NL8902521A (nl) | 1991-05-01 |
Family
ID=19855437
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| NL8902521A NL8902521A (nl) | 1989-10-11 | 1989-10-11 | Werkwijze voor het bereiden van fosforothioaatesters. |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| NL (1) | NL8902521A (nl) |
Cited By (8)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| WO1997041130A2 (en) * | 1996-04-30 | 1997-11-06 | Regents Of The University Of Minnesota | Sulfurization of phosphorus-containing compounds |
| US5760209A (en) * | 1997-03-03 | 1998-06-02 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Protecting group for synthesizing oligonucleotide analogs |
| WO1999019340A1 (en) | 1997-10-15 | 1999-04-22 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Improved synthesis of sulfurized oligonucleotides |
| US5902881A (en) * | 1997-03-03 | 1999-05-11 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Reagent useful for synthesizing sulfurized oligonucleotide analogs |
| US6242591B1 (en) | 1997-10-15 | 2001-06-05 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Synthesis of sulfurized 2'-substituted oligonucleotides |
| JP2008266331A (ja) * | 2004-04-05 | 2008-11-06 | Alnylam Pharmaceuticals Inc | オリゴヌクレオチドの合成および精製に使用する方法および反応試薬 |
| EP2277886A1 (en) | 2009-06-29 | 2011-01-26 | Agilent Technologies, Inc. | The use of n-alkyl imidazole for sulfurization of oligonucleotides with an acetyl disulfide |
| US8642755B2 (en) | 2009-06-30 | 2014-02-04 | Agilent Technologies, Inc. | Use of thioacetic acid derivatives in the sulfurization of oligonucleotides with phenylacetyl disulfide |
-
1989
- 1989-10-11 NL NL8902521A patent/NL8902521A/nl not_active Application Discontinuation
Cited By (28)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US5852168A (en) * | 1996-04-30 | 1998-12-22 | Regents Of The University Of Minesota | Sulfurization of phosphorus-containing compounds |
| WO1997041130A2 (en) * | 1996-04-30 | 1997-11-06 | Regents Of The University Of Minnesota | Sulfurization of phosphorus-containing compounds |
| WO1997041130A3 (en) * | 1996-04-30 | 2001-09-13 | Univ Minnesota | Sulfurization of phosphorus-containing compounds |
| US5959099A (en) * | 1997-03-03 | 1999-09-28 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Protecting group for synthesizing oligonucleotide analogs |
| US5902881A (en) * | 1997-03-03 | 1999-05-11 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Reagent useful for synthesizing sulfurized oligonucleotide analogs |
| US6040438A (en) * | 1997-03-03 | 2000-03-21 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Reagent useful for synthesizing sulfurized oligonucleotide analogs |
| US5783690A (en) * | 1997-03-03 | 1998-07-21 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Protecting group for synthesizing oligonucleotide analogs |
| US6399831B1 (en) | 1997-03-03 | 2002-06-04 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Reagent useful for synthesizing sulfurized oligonucleotide analogs |
| US5760209A (en) * | 1997-03-03 | 1998-06-02 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Protecting group for synthesizing oligonucleotide analogs |
| WO1999019340A1 (en) | 1997-10-15 | 1999-04-22 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Improved synthesis of sulfurized oligonucleotides |
| US7378516B2 (en) | 1997-10-15 | 2008-05-27 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Synthesis of sulfurized oligonucleotides |
| EP1023310A1 (en) * | 1997-10-15 | 2000-08-02 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Improved synthesis of sulfurized oligonucleotides |
| US6114519A (en) * | 1997-10-15 | 2000-09-05 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Synthesis of sulfurized oligonucleotides |
| EP1023310A4 (en) * | 1997-10-15 | 2001-05-16 | Isis Pharmaceuticals Inc | IMPROVED SYNTHESIS OF SULFUR OLIGONUCLEOTIDES |
| US6242591B1 (en) | 1997-10-15 | 2001-06-05 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Synthesis of sulfurized 2'-substituted oligonucleotides |
| EP1246833A1 (en) * | 2000-01-11 | 2002-10-09 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Improved synthesis of sulfurized oligonucleotides |
| US7227015B2 (en) | 2000-01-11 | 2007-06-05 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Synthesis of sulfurized oligonucleotides |
| EP1246833A4 (en) * | 2000-01-11 | 2003-04-09 | Isis Pharmaceuticals Inc | IMPROVED METHOD FOR SYNTHESISING SULFANIZED OLIGONUCLEOTIDES |
| US7723511B2 (en) | 2000-01-11 | 2010-05-25 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Synthesis of sulfurized oligonucleotides |
| JP2008266331A (ja) * | 2004-04-05 | 2008-11-06 | Alnylam Pharmaceuticals Inc | オリゴヌクレオチドの合成および精製に使用する方法および反応試薬 |
| US8058448B2 (en) | 2004-04-05 | 2011-11-15 | Alnylam Pharmaceuticals, Inc. | Processes and reagents for sulfurization of oligonucleotides |
| US8063198B2 (en) | 2004-04-05 | 2011-11-22 | Alnylam Pharmaceuticals, Inc. | Processes and reagents for desilylation of oligonucleotides |
| EP2540734A2 (en) | 2004-04-05 | 2013-01-02 | Alnylam Pharmaceuticals, Inc. | Process and reagents for oligonucleotide synthesis and purification |
| US8431693B2 (en) | 2004-04-05 | 2013-04-30 | Alnylam Pharmaceuticals, Inc. | Process for desilylation of oligonucleotides |
| EP2277886A1 (en) | 2009-06-29 | 2011-01-26 | Agilent Technologies, Inc. | The use of n-alkyl imidazole for sulfurization of oligonucleotides with an acetyl disulfide |
| US8309710B2 (en) | 2009-06-29 | 2012-11-13 | Agilent Technologies, Inc. | Use of N-alkyl imidazole for sulfurization of oligonucleotides with an acetyl disulfide |
| US9169286B2 (en) | 2009-06-29 | 2015-10-27 | Agilent Technologies, Inc. | Use of N-alkyl imidazole for sulfurization of oligonucleotides with an acetyl disulfide |
| US8642755B2 (en) | 2009-06-30 | 2014-02-04 | Agilent Technologies, Inc. | Use of thioacetic acid derivatives in the sulfurization of oligonucleotides with phenylacetyl disulfide |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| EP0294196B1 (en) | Chemical capping by phosphitylation during oligonucleotide synthesis | |
| JP2552048B2 (ja) | ヌクレオチド鎖合成用試薬 | |
| US5449769A (en) | Method and reagent for sulfurization of organophosphorous compounds | |
| US6051699A (en) | Process for the synthesis of oligomeric compounds | |
| JPH05506015A (ja) | 硫化オリゴヌクレオチド類似物の合成方法 | |
| Froehler | Oligodeoxynucleotide synthesis: H-phosphonate approach | |
| Reese et al. | Solution phase synthesis of ISIS 2922 (Vitravene) by the modified H-phosphonate approach | |
| FI81806B (fi) | Fosforyliseringsfoerfarande och -medel. | |
| Farschtschi et al. | Preparation of a deoxynucleoside thiophosphoramidite intermediate in the synthesis of nucleoside phosphorodithioates | |
| ES2235372T5 (es) | Métodos para sintetizar oligonucle�tidos sulfurados | |
| US5420330A (en) | Lipo-phosphoramidites | |
| Stawinski et al. | Nucleoside H-phosphonates. 14. Synthesis of nucleoside phosphoroselenoates and phosphorothioselenoates via stereospecific selenization of the corresponding H-phosphonate and H-phosphonothioate diesters with the aid of new selenium-transfer reagent, 3H-1, 2-benzothiaselenol-3-one | |
| NL8902521A (nl) | Werkwijze voor het bereiden van fosforothioaatesters. | |
| Oza et al. | A mild preparation of protected phosphate esters from alcohols | |
| EP1379541A1 (en) | Labeled oligonucleotides, methods for making same, and compounds useful therefor | |
| KR20030081303A (ko) | 올리고뉴클레오티드 합성용 신톤 | |
| Stec et al. | Stereospecific Synthesis of P-chiral Analogs of oligonucleotides | |
| Sund et al. | Intra-and intermolecular nucleophilic phosphorous-sulfur bond cleavage. The reaction of fluoride ion with O-aryl-O, S-dialkylphosphorothioates, & the degradation of phosphorothioate linkage in di-ribonucleotides by the vicinal 2′-hydroxyl group. | |
| AU642673B2 (en) | Method and reagent for sulfurization of organophosphorous compounds | |
| Johansson et al. | The case for configurational stability of H-phosphonate diesters in the presence of diazabicyclo [5.4. 0] undec-7-ene (DBU) | |
| US7049432B2 (en) | Oligonucleotides having alkylphosphonate linkages and methods for their preparation | |
| Sekine et al. | Chemical synthesis of oligonucleotides by use of phenylthio group | |
| US20230192751A1 (en) | Method for the preparation of oligonucleotides | |
| JPH02502535A (ja) | イノシトールホスフェート同族体 | |
| JP3061659B2 (ja) | ２−｛２−（モノメトキシトリチルオキシ）エチルチオ｝エチル基および該基の使用法 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| A1B | A search report has been drawn up | ||
| BV | The patent application has lapsed |