KR20240042484A - 향상된 항균 활성을 갖는 박테리오파지 - Google Patents
향상된 항균 활성을 갖는 박테리오파지 Download PDFInfo
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Abstract
본원에서는 박테리아 감염을 치료하기 위해 세포외 다당류(EPS) 탈중합효소를 발현하도록 조작된 박테리오파지가 제공된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 알지네이트 분해효소를 포함한다. 또한, 하나 이상의 박테리오파지를 포함하는 조성물, 박테리아 감염을 치료하는 방법, 및 본원에 기술된 조성물을 포함하는 키트가 본 발명의 범위 내에서 확인된다.
Description
관련 출원에 대한 상호 참조
본 출원은 2021년 8월 2일에 출원된 미국 가출원 번호 63/228,504의 이익을 주장하며, 이는 그 전체 내용이 모든 목적을 위해 참조로 본원에 포함된다.
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기존의 소분자 항생제 치료 레지멘에 저항성이 있는 박테리아 균주의 수가 증가함에 따라 대체 항생제에 대한 수요가 증가하고 있다. 박테리오파지 요법은 박테리아 바이러스 또는 파지를 사용하여 다양한 감염 부위에서 박테리아를 표적화하고 파괴한다. 최근 생명공학의 진전으로 대상 박테리아를 표적화하고 파괴할 수 있는 강력하고 세부적인 파지를 생성하기 위한 기존 파지 라이브러리의 빠른 확장이 가능해졌다. 녹농균(Pseudomonas aeruginosa, PA)은 잠재적으로 중증의 만성 및 급성 감염을 일으킬 수 있는 기회감염 병원체로, 특히 면역이 저하된 환자 내에서 생물막 형성 가능성이 있다. 또한 항생제 저항성이 있는 PA의 종이 있어 해당 만성 감염을 치료하는 데 어려움이 증가한다. 일부 경우에는 낭포성 섬유증(CF) 또는 비낭포성 섬유증 기관지확장증(NCFB)의 존재 시에 PA 감염이 발생할 수 있다. 전통적인 항생제 저항성 메커니즘을 우회할 수 있고, 전통적인 소분자 요법의 독성 부작용을 피하며, 생물막에 효과적일 수 있는 박테리오파지 치료 접근법이 특히 매력적이다.
요약
녹농균 생물막의 주요 구성성분인 알지네이트는 β-D-만누로네이트(M) 및 α-L-굴루로네이트(G)의 두 단위가 있는 다당류이다. 해당 단위는 단독중합체(폴리G, 폴리M) 또는 이종중합체(폴리M/G)로 연결될 수 있다. 알지네이트("점액성"이라고도 지칭함)의 과잉 생산은 특히 NCFB에서 만연하다. 알지네이트를 분해하는 알지네이트 분해효소는 다당류 분해효소(PL)의 7개 하위 계열로 분류된다.
PL5 계열의 스핑고모나스(Sphingomonas) A1-III의 활성은 이전에 조사되었다. A1-III는 폴리M 알지네이트를 이당류 및 삼당류로 분해하는 것으로 알려져 있다. 두 개의 파지 계열에서 발현될 때 A1-III는 점액성 녹농균의 미리 형성된 생물막에 대해 활성을 갖는 것으로 나타났다. PL7 계열에 속하고 플라보박테리움(Flavobacterium)에 의해 발현되는 알긴산 분해효소의 Alg2A 버전 또한 발현되었다. Alg2A는 이전에 폴리G 및 폴리M 모두를 분해하는 것으로 나타났으며 A1-III보다 녹농균 론(lawn)에 대해 더 큰 활성을 보였다. 이에 더하여, Alg2A는 녹농균 생물막의 항생제 치료를 증진했다. 따라서 Alg2A가 클로닝되고 파지로부터 발현되어 그 활성이 A1-III의 활성과 비교되었다. 본원에 기술된 데이터는 Alg2A가 A1-III보다 녹농균 생물막에 더 강한 분해 효과를 갖는다는 것을 시사한다.
본원에는 박테리오파지, 박테리오파지의 조성물, 파지의 조합물, 및 박테리아 감염 및 질병의 치료에 있어서를 포함하여 의학적 및 비의학적 적용을 위한 이들의 용도가 기재되어 있다.
일 양태에서, 본 개시내용은 세포외 다당류(EPS) 탈중합효소를 발현하도록 조작된 박테리오파지를 제공한다.
일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 20, 서열번호: 21, 서열번호: 22, 서열번호: 23, 서열번호: 24, 서열번호: 25, 서열번호: 36, 또는 서열번호: 59, 또는 서열번호: 20의 서열과 적어도 90% 동일성, 서열번호: 21의 서열과 적어도 90% 동일성, 서열번호: 22의 서열과 적어도 90% 동일성, 서열번호: 23의 서열과 적어도 90% 동일성, 서열번호: 24의 서열과 적어도 90% 동일성, 서열번호: 25의 서열과 적어도 90% 동일성, 서열번호: 36의 서열과 적어도 90%의 동일성, 또는 서열번호: 59의 서열과 적어도 90%의 동일성을 갖는 서열 중에서 선택되는 뉴클레오타이드 서열로부터 발현된다.
일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 알지네이트 분해효소이다. 일부 실시양태에서, 알지네이트 분해효소는 Alg2A 또는 A1-III을 포함한다. 일부 실시양태에서, 알지네이트 분해효소는 Alg2A를 포함한다. 일부 실시양태에서, 알지네이트 분해효소는 A1-III을 포함한다.
일부 실시양태에서, 박테리오파지는 개선된 숙주 범위를 보여준다.
일부 실시양태에서, 박테리오파지는 피크엠바이러스(Phikmvvirus) 속에 속한다. 일부 실시양태에서, 박테리오파지는 팍푸나바이러스(Pakpunavirus) 속에 속한다. 일부 실시양태에서, 박테리오파지는 브뤼노헤바이러스(Bruynoghevirus) 속에 속한다. 일부 실시양태에서, 박테리오파지는 푸나바이러스(Pbunavirus) 속에 속한다.
일부 실시양태에서, 박테리오파지는 녹농균을 표적으로 한다. 일부 실시양태에서, 박테리오파지는 녹농균, 항생제 저항성 녹농균 및 다중 항생제 저항성 녹농균 중 하나 이상을 표적으로 한다. 일부 실시양태에서, 박테리오파지는 녹농균, 항생제 저항성 녹농균 및 다수의 항생제 저항성 녹농균 중 하나 이상을 감염시키고 사멸시킨다.
일부 실시양태에서, 박테리오파지는 생물막 질량을 감소시킨다.
또 다른 양태에서, 본 개시내용은 세포외 다당류(EPS) 탈중합효소를 발현하는 하나 이상의 박테리오파지를 포함하는 박테리오파지 조성물을 제공하며, 여기서 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 26; 서열번호: 27; 서열번호: 28; 서열번호: 29; 서열번호: 30; 서열번호: 31; 서열번호: 32; 서열번호: 33; 서열번호: 34; 서열번호: 35; 서열번호: 37; 서열번호: 38; 서열번호: 39; 서열번호: 40; 서열번호: 41; 서열번호: 42; 서열번호: 43; 서열번호: 44; 서열번호: 45; 서열번호: 46; 서열번호: 47; 서열번호: 48; 서열번호: 49; 서열번호: 50; 서열번호: 51; 서열번호: 52; 서열번호: 53; 서열번호: 54; 서열번호: 55; 서열번호: 56; 서열번호: 57; 서열번호: 58; 서열번호: 60; 서열번호: 61; 서열번호: 62; 서열번호: 63; 서열번호: 64; 서열번호: 65; 서열번호: 66; 서열번호: 67; 서열번호: 68; 서열번호: 69; 서열번호: 70; 서열번호: 71, 서열번호: 73; 서열번호: 26과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 27과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 28과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 29와 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 30과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 31과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 32와 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 33과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 34와 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 35와 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 37과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 38과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 39와 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 40과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 41과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 42와 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 43과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 44와 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 45와 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 46과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 47과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 48과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 49와 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 50과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 51과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 52와 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 53과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 54와 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 55와 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 56과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 57과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 58과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 60과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 61과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 62와 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 63과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 64와 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 65와 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 66과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 67과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 68과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 69와 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 70과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 71과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 73과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열으로부터 선택된 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함한다.
일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 알지네이트 분해효소이다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지가 조작된다. 일부 실시양태에서, 둘 이상의 박테리오파지가 조작된다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지 중 제2 박테리오파지가 자연적으로 발생한 파지를 포함한다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지 중 둘 이상의 박테리오파지는 자연적으로 발생한 파지이다.
일부 실시양태에서, 박테리오파지 중 적어도 하나는 녹농균을 표적으로 한다.
일부 실시양태에서, 조성물 중 하나 이상의 박테리오파지는 녹농균, 항생제 저항성 녹농균 및 다중 항생제 저항성 녹농균 중 하나 이상을 표적으로 한다.
일부 실시양태에서, 조성물 중 하나 이상의 박테리오파지는 녹농균, 항생제 저항성 녹농균 및 다중 항생제 저항성 녹농균 중 하나 이상을 감염시키고 사멸시킨다.
일부 실시양태에서, 조성물은 실온 또는 8℃ 이하의 온도에서 보관하기 위한 저장 배지를 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 -20℃ 내지 25℃ 범위의 온도에서 보관된다. 일부 실시양태에서, 조성물은 2℃ 내지 8℃에서 보관된다. 일부 실시양태에서, 조성물은 실온에서 보관된다. 일부 실시양태에서, 저장 배지는 4℃, 0℃, -20℃ 또는 -80℃에서의 보관을 위한 것이다.
일부 실시양태에서, 저장 배지는 동결방지제(cryoprotectant)를 포함한다. 일부 실시양태에서, 동결방지제는 글리세롤을 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 약 5% 내지 약 50% 글리세롤을 포함한다. 일부 실시양태에서, 저장 배지는 약 20% 글리세롤을 포함한다. 일부 실시양태에서, 동결방지제는 수크로스를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 약 5% 내지 약 30% 수크로스를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 약 10% 수크로스를 포함한다. 일부 실시양태에서, 동결방지제는 디메틸설폭사이드(DMSO)를 포함한다. 일부 실시양태에서, DMSO는 2% 내지 10% 농도이다.
일부 실시양태에서, 조성물은 약학적으로 허용되는 담체, 희석제, 부형제 또는 이들의 조합을 추가로 포함한다.
일부 실시양태에서, 조성물은 액체, 반액체, 고체, 동결, 또는 동결건조 제형물이다.
일부 실시양태에서, 조성물은 각 박테리오파지의 밀리리터당 1x108 내지 1x1012 PFU를 포함한다.
일부 실시양태에서, 조성물의 하나 이상의 박테리오파지는 생물막 질량을 감소시킨다.
본 발명의 또 다른 양태에서, 본원에는 녹농균 감염을 치료하는 방법이 제공되며, 이는 본원에 기술된 임의의 조성물을 치료를 필요로 하는 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다.
일부 실시양태에서, 조성물은 용량당 총 박테리오파지의 적어도 3x108 PFU의 투여량으로 투여된다.
일부 실시양태에서, 방법은 항생제의 투여를 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 항생제는 플루오르퀴놀론(fluoroquinolone), 카바페넴(carbapenem), 아미노글리코사이드(aminoglycoside), 안사마이신(ansamycin), 세팔로스포린(cephalosporin), 페니실린(penicillin), 베타 락탐(beta lactam), 베타 락타마아제 억제제(beta lactamase inhibitor), 엽산 경로 억제제(folate pathway inhibitor), 후시단(fucidane), 글리코펩타이드(glycopeptide), 글리실사이클린(glycylcycline), 린코사마이드(lincosamide), 리포펩타이드(lipopeptide), 마크로라이드(macrolide), 퀴놀론(quinolone), 옥사졸리디논(oxazolidinone), 페니콜 포스폰산(phenicol phosphonic acid), 스트랩토그라민(streptogramin), 테트라사이클린(tetracycline), 설폰아마이드(sulfonamide), 이미페넴(imipenem), 메로페넴(meropenem), 아미카신(amikacin), 시프로플록사신(ciprofloxacin), 레보플록사신(levofloxacin), 토브라마이신(tobramycin), 아지스로마이신(azithromycin), 아즈트레오남(aztreonam), 콜리스틴(colistin), 흡입용 토브라마이신(inhaled tobramycin), 흡입용 아즈트레오남(inhaled aztreonam) 및 흡입용 콜리스틴(inhaled colistin)으로 이루어진 군으로부터 선택된다.
일부 실시양태에서, 방법은 하나 이상의 CFTR 조절제의 투여를 추가로 포함한다. 실시양태에서, CFTR 조절제는 이바카프토(ivacaftor); 루마카프토(lumacaftor)/이바카프토, 테자카프토(tezacaftor)/이바카프토, 엘렉사카프토(elexacaftor)/테자카프토/이바카프토, 또는 이의 임의의 조합으로부터 선택될 수 있으나 반드시 이에 국한되는 것은 아니다.
일부 실시양태에서, 박테리아 감염은 플루오로퀴놀론, 카바페넴, 아미노글리코사이드, 안사마이신, 세팔로스포린, 페니실린, 베타 락탐, 베타 락타마제 억제제, 엽산 경로 억제제, 후시단, 글리코펩타이드, 글리실사이클린, 린코사마이드, 리포펩타이드, 마크로라이드, 퀴놀론, 옥사졸리디논, 페니콜 포스폰산, 스트렙토그라민, 테트라사이클린, 설폰아마이드, 이미페넴, 메로페넴, 아미카신, 시프로플록사신, 레보플록사신, 토브라마이신, 아지스로마이신, 아즈트레오남, 콜리스틴, 흡입용 토브라마이신, 흡입용 아즈트레오남 및 흡입용 콜리스틴으로부터 선택된 하나 이상의 항생제에 저항성을 갖게 되었다.
일부 실시양태에서, 박테리오파지 조성물은 흡입을 통해 투여된다. 일부 실시양태에서, 박테리오파지 조성물은 분무를 통해 투여된다. 일부 실시양태에서, 박테리오파지 조성물은 정맥내로 투여된다.
일부 실시양태에서, 박테리오파지 조성물은 적어도 1일 1회 투여된다. 일부 실시양태에서, 박테리오파지 조성물은 적어도 1일 동안 투여된다.
일부 실시양태에서, 대상체는 인간이다.
일부 실시양태에서, 대상체는 낭포성 섬유증(CF)을 앓고 있다. 일부 실시양태에서, 대상체는 비낭포성 섬유증 기관지확장증(NCFB)을 앓고 있다.
또 다른 양태에서, 본 개시내용은 조작된 박테리오파지의 알지네이트 분해효소 활성을 결정하기 위한 검정을 제공하며, 이는 본원에 기술된 임의의 조작된 박테리오파지의 유효량을 녹농균 생물막에 투여하는 단계 및 생물막 질량의 감소를 결정하는 단계를 포함한다.
또 다른 양태에서, 본 개시내용은 박테리아 감염을 치료하는 방법을 제공하며, 이는 (a) 박테리아 감염을 갖는 대상체를 선택하는 단계, 및 (b) 유효량의 본원에 기술된 임의의 박테리오파지 또는 본원에 기술된 임의의 박테리오파지 조성물을 대상체에게 투여하여, 박테리아 감염을 치료하는 단계를 포함한다. 일부 실시양태에서 대상체는 그의/그녀의 박테리아 감염에 대해 이전 요법을 이전에 받았던 것에 기초하여 선택된다. 예를 들어, 대상체는 감염이 완전히 해소되지 않았던 감염에 대해 이미 적어도 한 차례의 항생제 치료를 받은 것에 기초하여 또는 하나 이상의 항생제에 저항성이 있는 박테리아에 의한 감염을 갖는 것에 기초하여 선택된다.
일부 실시양태에서, 박테리아 감염은 슈도모나스(Pseudomonas) 감염이다. 일부 실시양태에서, 박테리아 감염은 녹농균 감염이다.
일부 실시양태에서, 박테리아 감염은 생물막에 의해 특징 지어진다.
일부 실시양태에서, 대상체는 낭포성 섬유증(CF)을 갖는다. 일부 실시양태에서, 대상체는 비낭포성 섬유증 기관지확장증(NCFB)을 갖는다.
일부 실시양태에서, 조성물은 용량당 총 박테리오파지의 적어도 3x108 PFU의 투여량으로 투여된다.
일부 실시양태에서, 방법은 항생제의 투여를 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 항생제는 플루오로퀴놀론, 카바페넴, 아미노글리코사이드, 안사마이신, 세팔로스포린, 페니실린, 베타 락탐, 베타 락타마제 억제제, 엽산 경로 억제제, 후시단, 글리코펩타이드, 글리실사이클린, 린코사마이드, 리포펩타이드, 마크로라이드, 퀴놀론, 옥사졸리디논, 페니콜 포스폰산, 스트렙토그라민, 테트라사이클린, 설폰아마이드, 이미페넴, 메로페넴, 아미카신, 시프로플록사신, 레보플록사신, 토브라마이신, 아지스로마이신, 아즈트레오남, 콜리스틴, 흡입용 토브라마이신, 흡입용 아즈트레오남 및 흡입용 콜리스틴으로 이루어진 군으로부터 선택된다.
일부 실시양태에서, 방법은 하나 이상의 CFTR 조절제의 투여를 추가로 포함한다. 실시양태에서, CFTR 조절제는 이바카프토, 루마카프토/이바카프토, 테자카프토/이바카프토, 엘렉사카프토/테자카프토/이바카프토, 또는 이의 임의의 조합으로부터 선택될 수 있으나 반드시 이에 국한되는 것은 아니다.
일부 실시양태에서, 박테리아 감염은 플루오로퀴놀론, 카바페넴, 아미노글리코사이드, 안사마이신, 세팔로스포린, 페니실린, 베타 락탐, 베타 락타마제 억제제, 엽산 경로 억제제, 후시단, 글리코펩타이드, 글리실사이클린, 린코사마이드, 리포펩타이드, 마크로라이드, 퀴놀론, 옥사졸리디논, 페니콜 포스폰산, 스트렙토그라민, 테트라사이클린, 설폰아마이드, 이미페넴, 메로페넴, 아미카신, 시프로플록사신, 레보플록사신, 토브라마이신, 아지스로마이신, 아즈트레오남, 콜리스틴, 흡입용 토브라마이신, 흡입용 아즈트레오남 및 흡입용 콜리스틴으로부터 선택된 하나 이상의 항생제에 저항성을 갖게 되었다.
일부 실시양태에서, 박테리오파지 조성물은 흡입을 통해 투여된다. 일부 실시양태에서, 박테리오파지 조성물은 분무를 통해 투여된다.
일부 실시양태에서, 박테리오파지 조성물은 적어도 1일 1회 투여된다. 일부 실시양태에서, 박테리오파지 조성물은 적어도 1일 동안 투여된다.
일부 실시양태에서, 대상체는 인간이다.
또 다른 양태에서, 본 개시내용은 조작된 박테리오파지를 제조하기 위한 방법을 제공하며, 이는 박테리오파지를 제공하는 단계 및 세포외 다당류(EPS) 탈중합효소를 박테리오파지에 혼입시키는 단계를 포함한다.
일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 알지네이트 분해효소이다. 일부 실시양태에서, 알지네이트 분해효소는 Alg2A 또는 A1-III을 포함한다. 일부 실시양태에서, 알지네이트 분해효소는 Alg2A를 포함한다. 일부 실시양태에서, 알지네이트 분해효소는 A1-III을 포함한다.
일부 실시양태에서, 박테리오파지는 피크엠바이러스 속에 속한다. 일부 실시양태에서, 박테리오파지는 팍푸나바이러스 속에 속한다. 일부 실시양태에서, 박테리오파지는 브뤼노헤바이러스 속에 속한다. 일부 실시양태에서, 박테리오파지는 푸나바이러스 속에 속한다.
또 다른 양태에서, 본 개시내용은 본원에 기술된 임의의 박테리오파지 또는 본원에 기술된 임의의 박테리오파지 조성물, 및 이를 사용하기 위한 설명서를 포함하는 키트를 제공한다.
일부 실시양태에서, 키트는 항생제를 추가로 포함한다.
일부 실시양태에서, 키트는 박테리오파지 또는 박테리오파지 조성물을 투여하는 수단을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 수단은 주사기, 경피 패치, 서방성 장치, 스프레이, 분무기, 흡입기 또는 호흡기를 포함한다. 일부 실시양태에서, 서방성 장치는 미니삼투압 펌프를 포함한다.
일부 실시양태에서, 키트는 제2 박테리오파지 또는 박테리오파지 조성물을 추가로 포함한다.
또 다른 양태에서, 본 개시내용은 세포외 다당류(EPS) 탈중합효소를 발현하도록 조작된 하나 이상의 박테리오파지를 포함하는 박테리오파지 조성물을 제공하며, 여기서 하나 이상의 박테리오파지는 피크엠바이러스, 팍푸나바이러스, 브뤼노헤바이러스 및/또는 푸나바이러스 속에 속한다.
이제 실시양태는 첨부된 도면을 참조하여 예시적으로만 설명할 것이며, 이 도면은 하기와 같다:
도 1은 식염수 대조군(PBS)과 비교하여 미리 형성된 생물막 상의 서열번호: 2의 조작된 박테리오파지의 상이한 변이체에 의한 다양한 정도의 박테리아 클리어런스를 보여준다.
도 2a 내지 도 2b는 다양한 유전자전이 파지에 의해 나타나는 알지네이트 분해효소 활성을 보여준다. 도 2a는 녹농균(균주 15844)의 점액성 알지네이트 발현 균주의 미리 형성된 론(lawn)에서 발견된 파지의 상면 조사 뷰를 보여주며, 여기서 활성은 도포 부위에서 패인 부분 또는 만입부 론으로 나타난다. 도 2b는 4a에서 보이는 동일한 플레이트의 저면 조사 뷰를 보여주며, 여기서 미리 형성된 점액성 론 상에서 발견된 파지, 녹농균(균주 15844)의 알지네이트 발현 균주는 도포 부위의 론 상에 원형 만입부로 볼 수 있다.
도 3은 APBP1-1, APBP1-2, 및 APBP3-2의 용해물에서 알지네이트 분해효소(AlgL) A1-III-His6의 웨스턴 블롯팅 검출을 보여준다.
도 4는 스핑고모나스 속(Sphingomonas sp.) 알지네이트 분해효소 알리의 N-말단 단편 A1-III의 위치 및 해당 단편의 여러 변형의 위치를 보여준다.
도 5a 내지 도 5d는 A1-III 단편 70-399 및 54-412 사이의 발현 및 활성의 차이를 보여준다. 도 5a는 70-399 단편의 웨스턴 블롯을 보여주며, 이는 대장균(E coli)에서 제대로 발현되지 않음을 보여준다. 도 5b는 54-412 단편의 웨스턴 블롯을 보여주며, 이는 대장균에서 잘 발현된다는 것을 보여준다. 도 5c는 2% 해조류 알지네이트 플레이트에서의 다양한 클론의 활성을 보여준다. A1-C7은 C-말단 His 태그가 있는 A1-III의 정확한 서열을 가진 클론이다. A1-C4는 프레임시프트 돌연변이가 있어 A1-III이 발현되지 않는 클론이다. A1-III 발현은 0.5mM IPTG를 사용하여 30분 동안 RT 인큐베이션(진탕하지 않음) 후 로그 중간에서 유도하여 수행되었다. Ni-NTA 친화성 컬럼을 사용하여 A1-III-His6을 세포 용해물로부터 정제하고 대조군으로서 Sigma-Aldrich의 상업용 알지네이트 용해효소와 함께 2% 알지네이트가 함유된 플레이트에 스폿팅했다. 도 5d는 녹농균의 알지네이트 발현 균주(균주 15840)의 미리 형성된 점액성 론에서 클론 A1-C7로부터 발현되고 정제된 A1-III 단백질의 활성을 보여준다. AL10은 Sigma-Aldrich에서 대조군으로 구입한 10ng의 알지네이트 분해효소이고, A1-III 10은 정제된 A1-III 10ng이다. 50, 1, 0.5 및 0.1은 ng 단위로 발견된 A1-III의 양을 지칭한다.
도 6a 내지 도 6d는 알지네이트 분해효소 A1-III가 APBP4 gp13.1의 하류에서 조작될 때 gp13과의 융합 단백질로 발현된다는 것을 보여준다. 도 6a는 A1-III 알지네이트 분해효소 페이로드를 운반하는 조작된 파지의 용해물의 웨스턴 블롯(왼쪽) 및 각 레인의 내용물을 식별하는 표(오른쪽)를 보여준다. 박스는 융합 단백질에 해당하는 밴드를 나타낸다. 도 6b는 A1-III-His6의 TGA 정지 코돈을 트랜스리딩하는 것이 어떻게 19 aa 길이의 "항 종결 링커"을 통해 gp13과의 인프레임 융합 단백질로 이어질 수 있는지를 보여주는 A1-III의 C-말단 주변의 DNA 서열을 보여준다. 도 6c는 APBP4-4의 용해물에서 생성된 A1-III-His6-링커-gp13 융합 단백질의 추정 서열을 보여준다. 굵은 글씨의 잔기는 A1-III-His6 서열에 해당하고, 밑줄 친 잔기는 gp13에 해당하고, 회색 잔기는 추정 링커를 나타내고, 검정색으로 강조 표시된 트립토판 잔기는 세포가 A1-III-His6의 TGA 정지 코돈을 잘못 리딩할 가능성이 높다. 도 6d는 APBP4-4가 알지네이트 생산 녹농균 균주 15844의 점액성 론에서 활성을 나타내지 않음을 보여주며, 이는 융합 단백질이 비기능적임을 나타낸다.
도 7은 A1-III 알지네이트 분해효소 페이로드를 보유하는 조작된 파지의 용해물의 웨스턴 블롯 발현(왼쪽) 및 각 레인의 내용물을 식별하는 표(오른쪽)를 보여준다.
도 8a 내지 도 8b는 알지네이트 분해효소 A1-III에 대한 2개의 코돈 사용 매트릭스를 파지 내로 클로닝한 결과를 보여준다. 도 8a는 두 개의 상이한 코돈 사용 매트릭스 사이의 서열 정렬을 보여준다. 도 8b는 녹농균 15844의 점액성 론에서 각각의 페이로드를 발현하는 파지의 알지네이트 분해효소 활성을 보여준다.
도 9a 내지 도 9i는 A1-III의 다양한 구성을 발현하는 조작된 파지의 용해물로부터의 알지네이트 분해효소 활성 프로파일의 예를 보여주며; 도 9a는 APBP4-1로 조작된 A1-III70-399의 활성을 보여주고, 도 9b는 APBP17-1로 조작된 A1-III70-399의 활성을 보여주고, 도 9c는 APBP1-4로 조작된 A1-III54-408의 활성을 보여주고, 도 9d는 APBP4-5로 조작된 A1-III54-408의 활성을 보여주고, 도 9e는 APBP18-1로 조작된 A1-III54-412-His6의 활성을 보여준다. 도 9f는 APBP1-2로 조작된 A1-III54-412-His6의 활성을 보여주고, 도 9g는 APBP3-6에 조작된 A1-III54-412-His6의 활성을 보여주고, 도 9h는 APBP1-1에 조작된 A1-III54-412-His6의 활성을 보여주고, 도 9i는 APBP3-2로 조작된 A1-III54-412-His6의 활성을 보여준다.
도 10a 내지 도 10e는 다중 파지로부터 발현된 플라보박테리움(Flavobacterium) Alg2A(수탁 번호 AEB69783)가 N-말단 신호 서열을 보유하든, C-말단 His6-태그로 태그되든, 4개의 다른 유전자에 의해 암호화되든 알지네이트 분해효소 활성을 갖는다는 것을 보여준다. 도 10a는 다양한 파지에서 클로닝된 Alg2A 단백질의 상이한 버전의 정렬을 보여준다. 도 10b는 알지네이트 생산 녹농균 균주 15844의 점액성 론 상에서 C-말단 His 태그를 갖는 전장 Alg2A를 발현하는 파지에 의한 알지네이트 분해효소 활성을 보여준다. 도 10c는 His6-태그 없이 Alg2A23-288의 더 짧은 신호 서열-결실 버전을 발현하는 파지의 알지네이트 분해효소 활성을 보여준다. 도 10d는 Alg2A23-288 단백질을 코딩하고 APBP3에 클로닝된 상이한 유전자 사이의 동일성 백분율을 예시한다. 도 10e는 알지네이트-생산 녹농균 균주 15844의 점액성 론에서 서열번호: 37, 서열번호: 38, 또는 서열번호: 39로부터 Alg2A23-288을 발현하는 APBP3 유래 파지의 알지네이트 분해효소 활성을 보여준다.
도 11은 A1-III 또는 Alg2A로 조작된 파지의 칵테일에 의해 미리 형성된 점액성 론 상의 알지네이트 분해효소 활성을 보여준다.
도 12는 파지 APBP1-1, APBP1-2, APBP3-1 및 APBP3-2의 성장이 알지네이트 분해효소 단백질 A1-III의 발현에 의해 변경되지 않음을 보여준다.
도 13a 내지 도 13f는 알지네이트 분해효소 활성이 있거나 없는 상이한 박테리오파지를 사용한 숙주 범위 개선 검정으로부터의 결과를 보여준다. 파지 희석은 상단에서 하단으로부터의 각 지점에서 10배 증가한다. 도 13a는 파지들이 모두 이의 숙주인 녹농균 7299에서 동일한 역가를 나타냄을 예시한다. 도 13b 녹농균 균주 PS 30에서 APBP3-1은 10-2 희석까지 클리어링되는 것을 보인 반면 모 APBP3는 해당 균주에서 전혀 플라크를 일으키지 않는다. 유사하게, 숙주(녹농균 균주 PS 30)의 APBP1-1 및 APBP1-2는 플라크를 일으키는 반면, 이의 모 APBP1은 그렇지 않다. 도 13c APBP1-1 및 APBP1-2는 이의 모 APBP1과 비교하여 녹농균 균주 7176에 대한 개선된 클리어링을 나타낸다. 도 13d APBP1-1 및 APBP1-2의 겉보기 역가는 균주 15843에서 약 28 PFU/ml 인 반면, APBP1(이의 모)의 겉보기 역가는 고작 약 27 PFU/ml 로 약 10배 더 낮다. 도 13e 녹농균 균주 15839에서 APBP3-1은 클리어링을 보인 반면, 이의 모 APBP3은 해당 균주에서 플라크가 전혀 발생하지 않는다. APBP1-1 및 APBP1-2도 숙주에서 클리어링을 생산하지만 이의 모 APBP1은 그렇지 않다. 도 13f APBP3-1은 해당 녹농균 균주 15840에서 모 APBP3에 비해 증가된 클리어링을 나타낸다. APBP1-1 및 APBP1-2는 또한 APBP1에 비해 개선된 클리어링을 나타낸다.
도 14는 분해효소를 발현하지 않는(WT), A1-III(Eng-A1-III) 또는 Alg2A(Eng-Alg2A)를 발현하는 상이한 파지 균주가 생물막을 파괴하는 능력을 보여주는 그래프이다.
도 15a 내지 15d는 A1-III의 조작을 위한 APBP6 파지 게놈 내 다양한 유전자좌의 적합성을 예시한다. 도 15a gp038 및 gp039 사이에 A1-III을 통합하기 위한 pLIX36과 APBP6 사이의 재조합을 나타냄. 도 15b gp005 및 gp006 사이에 A1-III을 통합하기 위한 pLIX46과 APBP6 사이의 재조합을 나타냄. 도 15c 아가로스 겔에서 A1-III을 APBP6에 삽입한 후, pLIX36 함유 균주(왼쪽)에서 배양한 후 비 함유 균주(오른쪽)에 통과시켰을 때를 보여주는 아가로스 겔. 도 15d 아가로오스 겔은 pLIX46 함유 균주(왼쪽)에서 배양하고, 이후 비 함유 균주(오른쪽)에 통과시켰을 때 APBP6에 A1-III을 삽입했음을 보여준다.
도 16은 조작된 파지 ABP4-6, ABP18-2, ABP6-3이 알지네이트 분해효소 단백질 Alg2A23-288(왼쪽)을 발현함을 보여주는 웨스턴 블롯 및 각 레인의 내용물을 식별하는 표(오른쪽)이다.
도 17은 조작된 파지 APBP3-5 및 APBP1-5가 알지네이트 분해효소 단백질 Alg2A1-288 및 Alg2A23-288을 각각 발현한다는 것을 보여주는 웨스턴 블롯(왼쪽)과 각 레인의 내용물을 식별하는 표(오른쪽)이다.
도 18은 A1-III 54-412 또는 A1-III 54-408 알지네이트 분해효소 유전자를 운반하는 조작된 파지의 용해물 웨스턴 블롯(왼쪽)과 각 레인의 내용물을 식별하는 표(오른쪽)이다.
도 1은 식염수 대조군(PBS)과 비교하여 미리 형성된 생물막 상의 서열번호: 2의 조작된 박테리오파지의 상이한 변이체에 의한 다양한 정도의 박테리아 클리어런스를 보여준다.
도 2a 내지 도 2b는 다양한 유전자전이 파지에 의해 나타나는 알지네이트 분해효소 활성을 보여준다. 도 2a는 녹농균(균주 15844)의 점액성 알지네이트 발현 균주의 미리 형성된 론(lawn)에서 발견된 파지의 상면 조사 뷰를 보여주며, 여기서 활성은 도포 부위에서 패인 부분 또는 만입부 론으로 나타난다. 도 2b는 4a에서 보이는 동일한 플레이트의 저면 조사 뷰를 보여주며, 여기서 미리 형성된 점액성 론 상에서 발견된 파지, 녹농균(균주 15844)의 알지네이트 발현 균주는 도포 부위의 론 상에 원형 만입부로 볼 수 있다.
도 3은 APBP1-1, APBP1-2, 및 APBP3-2의 용해물에서 알지네이트 분해효소(AlgL) A1-III-His6의 웨스턴 블롯팅 검출을 보여준다.
도 4는 스핑고모나스 속(Sphingomonas sp.) 알지네이트 분해효소 알리의 N-말단 단편 A1-III의 위치 및 해당 단편의 여러 변형의 위치를 보여준다.
도 5a 내지 도 5d는 A1-III 단편 70-399 및 54-412 사이의 발현 및 활성의 차이를 보여준다. 도 5a는 70-399 단편의 웨스턴 블롯을 보여주며, 이는 대장균(E coli)에서 제대로 발현되지 않음을 보여준다. 도 5b는 54-412 단편의 웨스턴 블롯을 보여주며, 이는 대장균에서 잘 발현된다는 것을 보여준다. 도 5c는 2% 해조류 알지네이트 플레이트에서의 다양한 클론의 활성을 보여준다. A1-C7은 C-말단 His 태그가 있는 A1-III의 정확한 서열을 가진 클론이다. A1-C4는 프레임시프트 돌연변이가 있어 A1-III이 발현되지 않는 클론이다. A1-III 발현은 0.5mM IPTG를 사용하여 30분 동안 RT 인큐베이션(진탕하지 않음) 후 로그 중간에서 유도하여 수행되었다. Ni-NTA 친화성 컬럼을 사용하여 A1-III-His6을 세포 용해물로부터 정제하고 대조군으로서 Sigma-Aldrich의 상업용 알지네이트 용해효소와 함께 2% 알지네이트가 함유된 플레이트에 스폿팅했다. 도 5d는 녹농균의 알지네이트 발현 균주(균주 15840)의 미리 형성된 점액성 론에서 클론 A1-C7로부터 발현되고 정제된 A1-III 단백질의 활성을 보여준다. AL10은 Sigma-Aldrich에서 대조군으로 구입한 10ng의 알지네이트 분해효소이고, A1-III 10은 정제된 A1-III 10ng이다. 50, 1, 0.5 및 0.1은 ng 단위로 발견된 A1-III의 양을 지칭한다.
도 6a 내지 도 6d는 알지네이트 분해효소 A1-III가 APBP4 gp13.1의 하류에서 조작될 때 gp13과의 융합 단백질로 발현된다는 것을 보여준다. 도 6a는 A1-III 알지네이트 분해효소 페이로드를 운반하는 조작된 파지의 용해물의 웨스턴 블롯(왼쪽) 및 각 레인의 내용물을 식별하는 표(오른쪽)를 보여준다. 박스는 융합 단백질에 해당하는 밴드를 나타낸다. 도 6b는 A1-III-His6의 TGA 정지 코돈을 트랜스리딩하는 것이 어떻게 19 aa 길이의 "항 종결 링커"을 통해 gp13과의 인프레임 융합 단백질로 이어질 수 있는지를 보여주는 A1-III의 C-말단 주변의 DNA 서열을 보여준다. 도 6c는 APBP4-4의 용해물에서 생성된 A1-III-His6-링커-gp13 융합 단백질의 추정 서열을 보여준다. 굵은 글씨의 잔기는 A1-III-His6 서열에 해당하고, 밑줄 친 잔기는 gp13에 해당하고, 회색 잔기는 추정 링커를 나타내고, 검정색으로 강조 표시된 트립토판 잔기는 세포가 A1-III-His6의 TGA 정지 코돈을 잘못 리딩할 가능성이 높다. 도 6d는 APBP4-4가 알지네이트 생산 녹농균 균주 15844의 점액성 론에서 활성을 나타내지 않음을 보여주며, 이는 융합 단백질이 비기능적임을 나타낸다.
도 7은 A1-III 알지네이트 분해효소 페이로드를 보유하는 조작된 파지의 용해물의 웨스턴 블롯 발현(왼쪽) 및 각 레인의 내용물을 식별하는 표(오른쪽)를 보여준다.
도 8a 내지 도 8b는 알지네이트 분해효소 A1-III에 대한 2개의 코돈 사용 매트릭스를 파지 내로 클로닝한 결과를 보여준다. 도 8a는 두 개의 상이한 코돈 사용 매트릭스 사이의 서열 정렬을 보여준다. 도 8b는 녹농균 15844의 점액성 론에서 각각의 페이로드를 발현하는 파지의 알지네이트 분해효소 활성을 보여준다.
도 9a 내지 도 9i는 A1-III의 다양한 구성을 발현하는 조작된 파지의 용해물로부터의 알지네이트 분해효소 활성 프로파일의 예를 보여주며; 도 9a는 APBP4-1로 조작된 A1-III70-399의 활성을 보여주고, 도 9b는 APBP17-1로 조작된 A1-III70-399의 활성을 보여주고, 도 9c는 APBP1-4로 조작된 A1-III54-408의 활성을 보여주고, 도 9d는 APBP4-5로 조작된 A1-III54-408의 활성을 보여주고, 도 9e는 APBP18-1로 조작된 A1-III54-412-His6의 활성을 보여준다. 도 9f는 APBP1-2로 조작된 A1-III54-412-His6의 활성을 보여주고, 도 9g는 APBP3-6에 조작된 A1-III54-412-His6의 활성을 보여주고, 도 9h는 APBP1-1에 조작된 A1-III54-412-His6의 활성을 보여주고, 도 9i는 APBP3-2로 조작된 A1-III54-412-His6의 활성을 보여준다.
도 10a 내지 도 10e는 다중 파지로부터 발현된 플라보박테리움(Flavobacterium) Alg2A(수탁 번호 AEB69783)가 N-말단 신호 서열을 보유하든, C-말단 His6-태그로 태그되든, 4개의 다른 유전자에 의해 암호화되든 알지네이트 분해효소 활성을 갖는다는 것을 보여준다. 도 10a는 다양한 파지에서 클로닝된 Alg2A 단백질의 상이한 버전의 정렬을 보여준다. 도 10b는 알지네이트 생산 녹농균 균주 15844의 점액성 론 상에서 C-말단 His 태그를 갖는 전장 Alg2A를 발현하는 파지에 의한 알지네이트 분해효소 활성을 보여준다. 도 10c는 His6-태그 없이 Alg2A23-288의 더 짧은 신호 서열-결실 버전을 발현하는 파지의 알지네이트 분해효소 활성을 보여준다. 도 10d는 Alg2A23-288 단백질을 코딩하고 APBP3에 클로닝된 상이한 유전자 사이의 동일성 백분율을 예시한다. 도 10e는 알지네이트-생산 녹농균 균주 15844의 점액성 론에서 서열번호: 37, 서열번호: 38, 또는 서열번호: 39로부터 Alg2A23-288을 발현하는 APBP3 유래 파지의 알지네이트 분해효소 활성을 보여준다.
도 11은 A1-III 또는 Alg2A로 조작된 파지의 칵테일에 의해 미리 형성된 점액성 론 상의 알지네이트 분해효소 활성을 보여준다.
도 12는 파지 APBP1-1, APBP1-2, APBP3-1 및 APBP3-2의 성장이 알지네이트 분해효소 단백질 A1-III의 발현에 의해 변경되지 않음을 보여준다.
도 13a 내지 도 13f는 알지네이트 분해효소 활성이 있거나 없는 상이한 박테리오파지를 사용한 숙주 범위 개선 검정으로부터의 결과를 보여준다. 파지 희석은 상단에서 하단으로부터의 각 지점에서 10배 증가한다. 도 13a는 파지들이 모두 이의 숙주인 녹농균 7299에서 동일한 역가를 나타냄을 예시한다. 도 13b 녹농균 균주 PS 30에서 APBP3-1은 10-2 희석까지 클리어링되는 것을 보인 반면 모 APBP3는 해당 균주에서 전혀 플라크를 일으키지 않는다. 유사하게, 숙주(녹농균 균주 PS 30)의 APBP1-1 및 APBP1-2는 플라크를 일으키는 반면, 이의 모 APBP1은 그렇지 않다. 도 13c APBP1-1 및 APBP1-2는 이의 모 APBP1과 비교하여 녹농균 균주 7176에 대한 개선된 클리어링을 나타낸다. 도 13d APBP1-1 및 APBP1-2의 겉보기 역가는 균주 15843에서 약 28 PFU/ml 인 반면, APBP1(이의 모)의 겉보기 역가는 고작 약 27 PFU/ml 로 약 10배 더 낮다. 도 13e 녹농균 균주 15839에서 APBP3-1은 클리어링을 보인 반면, 이의 모 APBP3은 해당 균주에서 플라크가 전혀 발생하지 않는다. APBP1-1 및 APBP1-2도 숙주에서 클리어링을 생산하지만 이의 모 APBP1은 그렇지 않다. 도 13f APBP3-1은 해당 녹농균 균주 15840에서 모 APBP3에 비해 증가된 클리어링을 나타낸다. APBP1-1 및 APBP1-2는 또한 APBP1에 비해 개선된 클리어링을 나타낸다.
도 14는 분해효소를 발현하지 않는(WT), A1-III(Eng-A1-III) 또는 Alg2A(Eng-Alg2A)를 발현하는 상이한 파지 균주가 생물막을 파괴하는 능력을 보여주는 그래프이다.
도 15a 내지 15d는 A1-III의 조작을 위한 APBP6 파지 게놈 내 다양한 유전자좌의 적합성을 예시한다. 도 15a gp038 및 gp039 사이에 A1-III을 통합하기 위한 pLIX36과 APBP6 사이의 재조합을 나타냄. 도 15b gp005 및 gp006 사이에 A1-III을 통합하기 위한 pLIX46과 APBP6 사이의 재조합을 나타냄. 도 15c 아가로스 겔에서 A1-III을 APBP6에 삽입한 후, pLIX36 함유 균주(왼쪽)에서 배양한 후 비 함유 균주(오른쪽)에 통과시켰을 때를 보여주는 아가로스 겔. 도 15d 아가로오스 겔은 pLIX46 함유 균주(왼쪽)에서 배양하고, 이후 비 함유 균주(오른쪽)에 통과시켰을 때 APBP6에 A1-III을 삽입했음을 보여준다.
도 16은 조작된 파지 ABP4-6, ABP18-2, ABP6-3이 알지네이트 분해효소 단백질 Alg2A23-288(왼쪽)을 발현함을 보여주는 웨스턴 블롯 및 각 레인의 내용물을 식별하는 표(오른쪽)이다.
도 17은 조작된 파지 APBP3-5 및 APBP1-5가 알지네이트 분해효소 단백질 Alg2A1-288 및 Alg2A23-288을 각각 발현한다는 것을 보여주는 웨스턴 블롯(왼쪽)과 각 레인의 내용물을 식별하는 표(오른쪽)이다.
도 18은 A1-III 54-412 또는 A1-III 54-408 알지네이트 분해효소 유전자를 운반하는 조작된 파지의 용해물 웨스턴 블롯(왼쪽)과 각 레인의 내용물을 식별하는 표(오른쪽)이다.
상기 언급된 바와 같이 세계에는 항생제 위기가 있다. 박테리아성 질환은 늘 존재하는 우려이며, 동시에 항생제 저항성 증가는 가용하며 효과적인 항생제의 수가 계속해서 줄어든다는 것을 의미한다. 본 출원의 실시양태 및 양태는 표준 항생제 사용에 대한 흥미로운 대안 솔루션을 제공한다. 해당 실시양태 및 발명은 유의하고 사소하지 않은 발명적 노력이며 기술적 도전과제 및 장애물을 해결한 결과이다.
결과적으로, 본원에 기술된 실시양태 및 양태는 일반적으로 예를 들어 슈도모나스 감염을 단독으로 또는 조합하여 치료하는데 효과적인 신규하고 발명적인 박테리오파지에 관한 것이다. 슈도모나스 박테리아 감염을 일반적으로 치료하는 방법 뿐만 아니라 예를 들어 호흡기 감염, 섬유증과 관련된 감염, 폐렴 등의 특정 유형의 감염도 치료하는 방법이 기술되어 있다. 보관 및 제조 조성물 및 방법이 기술되어 있다. 다양한 실시양태 및 양태는 세계 전역의 항생제 위기에 대한 흥미롭고 절실히 필요한 솔루션을 제시한다.
본 개시내용은 기술된 특정 실시양태에 제한되지 않고, 물론 그와 같이 달라질 수 있다는 것이 이해되어야 한다. 또한, 본원에 사용된 용어는 단지 특정 실시양태를 기술하기 위한 목적으로 사용된 것이며, 제한하려는 의도가 아닌 것으로 이해되어야 하는데, 이는 본 개시내용의 범위가 첨부된 청구범위에 의해서만 제한될 것이기 때문이다.
본 개시내용의 상세한 설명은 독자의 편의를 위해서만 다양한 섹션으로 나뉘어져 있으며, 임의의 섹션에서 발견되는 개시내용은 또 다른 섹션의 개시내용과 조합될 수도 있다. 달리 정의되지 않는 한, 본원에 사용된 모든 기술 및 과학 용어는 본 개시내용이 속하는 기술 분야의 통상의 기술자가 일반적으로 이해하는 것과 동일한 의미를 갖는다.
정의
본원 및 첨부된 청구범위에서 사용된 단수형 "a", "an" 및 "the"는 문맥상 명백하게 달리 지시하지 않는 한 복수형을 포함한다는 점에 유의해야 한다. 따라서, 예를 들어 "박테리오파지 조성물"에 대한 언급은 해당 후보 작용제의 복수를 포함하고, "박테리오파지"에 대한 언급은 하나 이상의 박테리오파지 및 당업자에게 공지된 이의 등가물에 대한 언급 등을 포함한다.
본 개시내용에서, "포함하다(comprise)", "포함하는(comprising)", "함유하는(containing)" 및 "갖는(having)" 등은 미국 특허법에서 이에 부여된 의미를 가질 수 있고 "포함하다(include)" “포함하는(including)”등을 의미할 수 있다. "본질적으로 ~로 이루어지는(consisting essentially of) 또는 "본질적으로 ~로 이루어지다(consist essentially)"는 마찬가지로 미국 특허법에서 부여된 의미를 가지며, 해당 용어는 개방형으로서, 인용된 내용의 기본적이거나 신규한 특성이 인용된 내용 이상의 존재에 의해 변경되지 않는 한 인용된 내용 이상을 허용하지만, 선행기술 실시양태는 제외한다. "~로 이루어지는(consisting of)"은 기타 성분의 미량 원소(trace element) 및 실질적인 방법 단계를 제외함을 의미한다. 이들 연결 용어(transition term) 각각에 의해 정의된 실시양태는 본 개시내용의 범위 내에 있다.
본원에 사용된 바와 같이 용어 "본질적으로 ~로 이루어지다(consist essentially of)"는 명시적으로 표시된 박테리오파지(들)만이 박테리오파지 조성물에 존재하지만, 해당 언급된 조성물이 또한 약학적으로 적절한 담체, 희석제, 부형제, 항생제(예를 들어, 화학적 항생제) 등과 같은 추가적인 비박테리오파지 구성성분 또는 이의 조합물을 함유할 수도 있음을 의미한다.
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "약"은 범위를 포함하여 예를 들어, 온도, 시간, 양, 농도 등의 수치 지정 앞에 사용될 시에 (+) 또는 (-) 10%, 5%, 또는 1%만큼 달라질 수 있는 근사치를 나타낸다. 본 개시내용의 모든 값은 명시적으로 언급되지는 않더라도 용어 "약" 이전에 온다.
범위(예를 들어, 투여량 범위)가 본원에 나열되는 경우, 값은 평가변수를 포함하여 언급된 범위(들) 내의 임의의 개별 값 또는 범위를 포함할 수 있다는 것이 이해되어야 한다.
본원에 사용된 바와 같이, 용어 "돌연변이체" 및 "변이체"는 상호교환적으로 사용되며, 기준 박테리오파지와 유전적으로 상이하지만 여전히 표적 박테리아, 예를 들어 녹농균을 감염시키고 사멸시키는 능력을 보유하는 박테리오파지를 지칭한다. 예를 들어, "돌연변이체"는 서열번호: 1 내지 서열번호: 11 중 하나 이상 및/또는 본원에 참조되거나 기술된 임의의 기타 박테리오파지와 비교하여 유전적으로 돌연변이되었지만, 여전히 녹농균 표적 박테리아를 감염시키고 사멸시키는 능력을 보유한 박테리오파지를 지칭할 수 있다. 돌연변이체는 예를 들어 잠재성 돌연변이, 보존적 돌연변이, 소수 결실, 및/또는 유전 물질의 소수 복제를 포함할 수 있고 기준 박테리오파지의 표현형 특징을 보유할 수 있다. 실시양태에서, "돌연변이체"는 박테리오파지 자손일 수 있다. 박테리오파지 자손은 본원에 기술된 바와 같이 박테리오파지(즉, "모 박테리오파지")를 사용하여 슈도모나스(예를 들어, 녹농균(P. aeruginosa)) 표적 박테리아를 용해시킨 후 얻을 수 있는 박테리오파지일 수 있다. 다시 말해서, 박테리오파지 자손은 제2(또는 추가) 세대 박테리오파지일 수 있다. 실시양태에서, 돌연변이체는 본원에 기술된 바와 같이 박테리오파지의 게놈에 의존하는 임의의 관찰 가능한 특징 또는 특성, 즉 상기 박테리오파지의 표현형 특징 및/또는 슈도모나스 종 또는 균주에 대한 용해 활성을 보유한다. 바람직한 돌연변이체는 녹농균 표적 박테리아를 감염시키고 사멸시키는 능력을 보유하고, 기준 박테리오파지의 게놈과 비교하여 10% 미만, 훨씬 더 바람직하게는 7% 미만, 더 바람직하게는 1% 미만의 핵산 변이를 갖는다. 대안적으로 또는 조합하여, 돌연변이체는 참조 박테리오파지의 폴리펩타이드와 비교하여 코딩된 폴리펩타이드 서열에서 바람직하게는 7% 미만의 아미노산 변이를 갖는다.
본원에 사용된 바와 같이 용어 “% 동일성(% identity)”, “% 서열 동일성(% sequence identity)” 및 “동일성 백분율(percent identity)”은 핵산 또는 아미노산 서열과 관련하여 상기 서열 간의 동일성 또는 상동성 수준을 지정하며 당업계에 공지된 기법에 의해 결정될 수 있다. 전체적 방법, 국소적 방법 및 분절 접근법과 같은 혼합 방법을 포함하나 이에 제한되지 않는 임의의 다양한 서열 정렬 방법을 사용하여 동일성 백분율을 결정할 수 있다. 동일성 백분율을 결정하기 위한 프로토콜은 당업자의 범위 내에서 일상적인 절차이다. 전체적 방법은 분자의 처음부터 끝까지 서열을 정렬하고 개별 뉴클레오타이드 쌍의 점수를 합산하고 간격 페널티를 적용하여 최상의 정렬을 결정한다. 비제한적 방법은 예를 들어 CLUSTAL W를 포함하며, 예를 들어 Julie D. Thompson 외, CLUSTAL W: Improving the Sensitivity of Progressive Multiple Sequence Alignment Through Sequence Weighting, Position-Specific Gap Penalties and Weight Matrix Choice, 22(22) Nucleic Acids Research 4673-4680 (1994); 및 iterative refinement를 참조한다. 비제한적 방법은 예를 들어 BLAST, Match-box를 포함하며, 예를 들어, Align-M를 참조하고, 예를 들어 Ivo Van Walle 외, Align-M - A New Algorithm for Multiple Alignment of Highly Divergent Sequences, Bioinformatics 20(9):1428-1435(2004)을 참조한다. 해당 정의는 테스트 서열의 상보체를 지칭하거나 이에 적용될 수 있다. 정의는 결실 및/또는 추가를 갖는 서열과 치환을 갖는 서열도 포함한다. 하기에 기술된 바와 같이, 바람직한 알고리즘은 간격 등을 기술할 수 있다. 바람직하게는, 동일성은 길이가 적어도 약 100개의 뉴클레오타이드인 영역에 걸쳐 존재하며, 또는 더욱 바람직하게는 길이가 100 내지 1,000개 이상의 뉴클레오타이드인 영역에 걸쳐 존재한다.
본원에 사용된 바와 같이 용어 "치료하는(treating)" 또는 "치료(treatment)"(및 당업계에서 잘 이해되는 바와 같음)는 이의 평범하고 일반적인 의미에 따라 사용되고 임상 결과를 포함하여 대상체의 상태에서 유익하거나 원하는 결과를 얻기 위한 임의의 접근법을 광범위하게 포함한다. 유익하거나 원하는 임상 결과는 하나 이상의 증상이나 병태의 완화 또는 호전, 질병 정도의 감소, 질병 상태의 안정(즉, 악화되지 않음), 질병의 전염 또는 확산 방지, 질병 진행의 지연 또는 둔화, 질병 상태의 호전 또는 완화, 질병의 재발 감소, 부분적 또는 전체적 여부 및, 감지 가능 또는 감지 불가능 여부에 관계없이 관해를 포함하나 이에 국한되지는 않는다. 다시 말해서, 본원에서 사용된 바와 같이 "치료"는 질병의 임의의 치유, 호전 또는 예방을 포함한다. 치료는 질병의 발생을 예방하거나, 질병의 확산을 억제하거나, 질병의 증상을 완화하거나, 질병의 근본 원인을 완전히 또는 부분적으로 제거하거나, 질병의 기간을 단축하거나, 이러한 것들을 조합하여 수행할 수 있다. 본원에 사용된 바와 같이 용어 "치료하다" 또는 "치료하는"은 예방적 치료뿐만 아니라 교정적 치료(이미 질병을 앓고 있는 대상체의 치료)를 포괄하는 것으로 의도된다.
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "투여하는(administering)"는 예를 들어 대상체에 대한 경구, 정맥내, 비경구, 복강내, 근육내, 척추강내, 비강내, 폐 또는 피하 투여, 또는 서방성 장치, 예를 들어 미니삼투압 펌프의 이식을 의미한다. 투여는 비경구 및 경점막(예를 들어, 협측, 설하, 구개, 치은, 비강, 질, 직장 또는 경피)을 포함한 임의의 경로에 의해 이루어진다. 비경구 투여에는 예를 들어 정맥내, 근육내, 동맥내, 피내, 피하, 복강내, 뇌실내 및 두개내 투여가 포함된다. 기타 전달 방식은 리포솜 제형물, 정맥내 주입, 경피 패치 등의 사용을 포함하나 이에 국한되지는 않는다. 실시양태에서, 투여는 언급된 활성제 이외의 임의의 활성제의 투여를 포함하지 않는다. 실시양태에서, 본원에 기술된 조성물의 투여는 정맥내 투여에 의한 것이다. 실시양태에서, 본원에 기술된 조성물의 투여는 흡입 또는 분무와 같은 비강내 투여에 의한 것이다. 실시양태에서, 투여는 (예를 들어, 에어로졸화 또는 분무화에 의한) 비강 또는 경구 투여를 통한 폐 전달일 수 있다.
"공동투여(co-administer)"는 본원에 기술된 조성물이 하나 이상의 추가 요법의 투여와 동시에, 직전에, 또는 직후에 투여된다는 것을 의미한다. 본원에 제공된 화합물은 환자에게 단독으로 투여될 수 있거나 공동 투여될 수 있다. 공동 투여는 화합물을 개별적으로 또는 조합하여(하나 이상의 화합물) 동시 또는 순차적 투여를 포함하는 것을 의미한다. 따라서 원하는 경우 제제를 기타 활성 물질(예를 들어, 항생제)과 조합할 수도 있다.
본원에 사용된 용어 "용해성(lytic)" 또는 "용해성 활성(lytic activity)"은 박테리아 세포의 용해를 일으키는 박테리오파지의 특성을 나타낸다. 박테리오파지의 용해 활성은 당 업계에 공지된 기법에 따라 박테리아(예를 들어, 녹농균 균주)에 대해 테스트될 수 있다. 용해 주기는 파지가 세포를 감염시키고, 새로운 파지 입자를 복제하고, 숙주 세포막을 뚫고 터져 나올 때 발생하는 과정에 대해 명명되었다. 일부 파지는 박테리오파지 과정의 활성 억제로 인해 박테리오파지 DNA가 사실상 휴면 상태로 유지되는 용원 주기를 나타낸다. 박테리아가 분열할 때마다 파지의 DNA도 카피된다. 해당 방식으로 바이러스는 이의 숙주를 용해하지 않고도 숙주 내에서 계속 복제할 수 있다. 특정 시점에서 상태가 변할 수 있으며 파지는 용해 주기에 들어간다. "완전 용해성"은 용원성 주기를 거칠 수 없는 파지를 지칭한다.
본원에서, 용어 "박테리오파지 표적(bacteriophage target)"은 특정 박테리오파지에 의해 감염될 수 있는 모든 박테리아 종을 의미한다. 박테리오파지는 표적 박테리아 세포 표면을 인식하여 결합하고 박테리아 숙주 내부에 자신의 유전 물질을 주입한다. 감염 파지의 유전 물질은 박테리아 게놈에 통합될 수 있다. 박테리오파지는 바이러스 게놈이 유발 사건 시까지 박테리아 숙주 게놈에 휴면 상태로 남아 있는 용원성이 될 수 있다. 박테리오파지는 또한 용해성이 될 수 있는데, 여기서 감염성 파지의 많은 카피본이 감염된 박테리아의 구조(machinery)에 의해 생성되고, 이후 박테리아 용해, 압출 또는 출아에 의해 카피본이 방출된다. 실시양태에서, 박테리아 표적은 녹농균이다.
본원에서 사용된 바와 같이 용어 "박테리아 숙주 제조 균주(bacterial host manufacturing strain)" 또는 "제조 균주(manufacturing strain)"는 박테리오파지를 성장시키는 데 사용되는 박테리아를 지칭한다. 박테리오파지 생산 방법은 적어도 두 개의 작동 단위, 숙주 박테리아의 성장 및 박테리오파지 증식(또는 감염)을 포함하는 생산 공정을 요할 수 있다. 박테리아 성장 및 파지 감염에 대해 선택된 박테리아 기질 및 최적 온도와 같은 박테리아 성장 및 파지 감염에 대한 기본 매개변수를 고려하는 것이 중요한데, 이는 해당 요소가 파지의 감염성에 영향을 미칠 수 있기 때문이다.
용도 또는 방법은 전형적으로 본원에 기재된 박테리오파지 또는 박테리오파지 조성물을 대상체에게 투여하는 것을 포함한다. 본원에 사용된 바와 같이 용어 "대상체(subject)" 또는 "환자(patient)"는 인간 또는 인간이 아닌 동물을 지칭한다. 바람직하게는, 대상체는 인간이다. 바람직하게는, 대상체 또는 환자는 본원에 기술된 바와 같은 조성물을 사용한 치료가 필요하며, 예를 들어 조성물을 사용한 치료에 취약한 박테리아 감염을 갖는다.
본원에서 사용된 바와 같이 용어 "단리된(isolated)"은 박테리오파지가 자연적으로 발생하는 원래 환경에서 제거된다는 것을 나타낸다. 특히, 단리된 박테리오파지는 예를 들어 그것이 자연적으로 위치하는 환경과 별도로 재배, 배양된다.
본원에서 사용된 바와 같이 용어 "정제된(purified)"은 박테리오파지가 자연 및/또는 제조 숙주 박테리아로부터 제거되었음을 나타낸다. 특히, 정제된 박테리오파지는 제조 또는 생산 환경에서 실질적으로 제거된 박테리아 성분과 같은 생산 불순물을 갖는다. 박테리아 성분은 박테리아 숙주 단백질, 지질, 및/또는 박테리아 내독소를 포함하나 이에 국한되지는 않는다. 용어 "정제된"은 박테리오파지 균주가 유전적으로 균질한 유전적 정제를 지칭할 수도 있다. 일부 실시양태에서, 정제된 박테리오파지는 적어도 99% 순수하거나, 원하는 박테리오파지 집단이 적어도 99%인 박테리오파지로 이루어진다.
본원에서 사용된 바와 같이 용어 "실질적으로 정제된(substantially purified)"은 숙주 박테리아 단백질 또는 내독소와 같은 오염물을 1% 미만, 0.1% 미만, 0.001% 미만 또는 검출 불가능한 양으로 함유하는 조성물을 지칭한다. 또한, 본원에서 사용된 바와 같이, 박테리오파지 균주를 기술하기 위해 사용될 시에 용어 "실질적으로 순수한(substantially pure)"은 균주가 하나의 특정 게놈 서열의 99% 초과, 99.9% 초과, 99.999% 초과 또는 100%가 되는 조성물의 유전적 순도를 지칭한다.
전형적으로, 검체 내의 총 물질(부피 기준, 습식 또는 건식 중량 기준, 또는 몰 비율 또는 몰 분율 기준)의 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98% 또는 적어도 99%(또는 그 사이의 모든 하위 값 또는 하위 범위)가 불순물이나 유전적 변이가 없는 경우 해당 조성물은 실질적으로 순수한 것이다.
본원에서 사용된 바와 같이 "상승작용량(synergistic amount)"은 시너지 효과(즉, 부가 효과보다 더 큰 효과)를 초래하는 제1 양(예를 들어, 박테리오파지) 및 제2 양(예를 들어, 상이한 박테리오파지)의 합을 지칭한다. 따라서, 본원에서 상호교환적으로 사용되는 용어 "상승작용(synergy)", "상승효과(synergism)", "상승작용의(syngergistic)", “조합된 상승작용량(combined synergistic amount)" 및 "상승작용 치료적 효과(synergistic therapeutic effect)"는 조합하여 투여되는 화합물의 측정된 효과는 단일 작용제로서 단독으로 투여된 본원에 제공된 각 화합물의 개별 효과의 합보다 큰 경우의 측정된 효과를 지칭한다.
본원에서 사용된 바와 같이 용어 "실질적으로 없음(substantially free)"은 무함유가 되어야 하는 물질이 해당 10% 미만으로 포함되어 있는 것을 지칭한다. 예를 들어, 0.01% 내지 10%의 물질이 없는 경우, 평가변수를 포함한 모든 하위값 및 하위 범위를 포함. 예를 들어, 0.01, 0.02, 0.03, 0.04, 0.05, 0.06, 0.07, 0.08, 0.09, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 10%(또는 평가변수를 포함하여 그 사이의 임의의 하위 값 또는 하위 범위).
본원에서 사용된 바와 같이 용어 "얻을 수 있는(obtainable)"은 용어 "얻어진(obtained)"도 포괄한다. 일 실시양태에서, 용어 "얻을 수 있는"은 얻어진 것을 의미한다.
본원에서 사용된 바와 같이 용어 "약학적으로 허용되는 부형제", "약학적으로 허용되는 희석제" 및 "약학적으로 허용되는 담체"는 대상체에 대한 활성제의 투여 및 흡수를 보조하고, 환자에게 유의한 독성학적 부작용을 일으키지 않으면서 본 개시내용의 조성물에 포함될 수 있다. 약제학적으로 허용되는 부형제의 비제한적인 예는 물, NaCl, 정상 생리 식염수 용액, 젖산 링거액, 정상 수크로스, 정상 포도당, 결합제, 충진제, 붕해제, 윤활제, 코팅제, 감미료, 향료, 염 용액(예를 들어, 링거 용액), 알코올, 오일, 젤라틴, 락토오스, 아밀로오스 또는 전분과 같은 탄수화물, 지방산 에스테르, 하이드록시메틸셀룰로오스, 폴리비닐 피롤리딘 및 색소 등을 포함한다. 해당 제제는 멸균될 수 있고, 원하는 경우 윤활제, 보존제, 안정제, 습윤제, 유화제, 삼투압에 영향을 미치는 염, 완충제, 착색제, 및/또는 방향성 물질 등과 같은 본 개시내용의 화합물과 유해하게 반응하지 않는 보조제와 조합될 수 있다. 당업자는 기타 약학적 부형제가 본 개시내용에 유용하다는 것을 인식할 것이다.
본원에서 사용된 바와 같이 용어 "약학적으로 허용되는 염"은 본원에 기술된 화합물에서 발견되는 특정 치환기에 따라 비교적 비독성인 산 또는 염기로 제조되는 활성 화합물의 염을 포함하는 것을 의미한다. 본 개시내용의 화합물이 상대적으로 산성인 작용기를 함유하는 경우, 염기 부가염은 그러한 화합물의 중성 형태를 순수 또는 적합한 불활성 용매 중에서 충분한 양의 원하는 염기와 접촉시킴으로써 얻어질 수 있다. 약학적으로 허용되는 염기 부가 염의 예는 나트륨, 칼륨, 칼슘, 암모늄, 유기 아미노 또는 마그네슘 염, 또는 유사한 염을 포함한다. 본 개시내용의 화합물이 상대적으로 염기성 작용기를 함유하는 경우, 산 부가염은 그러한 화합물의 중성 형태를 순수 또는 적합한 불활성 용매 중에서 충분한 양의 원하는 산과 접촉시킴으로써 얻어질 수 있다. 약제학적으로 허용되는 산부가염의 예는 염산, 브롬화수소산, 질산, 탄산, 탄산일수소산, 인산, 인산일수소산, 인산이수소산, 황산, 일수소황산, 요오드화수소산 또는 아인산 등과 같은 무기산으로부터 유도된 것뿐만 아니라 아세트산, 프로피온산, 이소부티르산, 말레산, 말론산, 벤조산, 숙신산, 수베르산, 푸마르산, 젖산, 만델산, 프탈산, 벤젠술폰산, p-톨릴술폰산, 시트르산, 타르타르산, 옥살산, 메탄술폰산 등과 같은 상대적으로 독성이 없는 유기산을 포함한다. 또한 알지네이트 등과 같은 아미노산 염, 글루쿠론산 또는 갈락투론산 등과 같은 유기산 염도 포함된다.
본원에서 사용된 바와 같이 용어 "지속하다(persist)"는 통상적, 예상되는 또는 정상 시간 이후에도 현상 유지되거나 계속 존재하는 능력을 지칭한다.
박테리오파지 표적 범위와 관련하여 본원에서 사용된 바와 같이 "개선된(improved)", "확장된(broadened)" 또는 "더 넓어진(broader)"은 증가된 숙주 범위를 지칭한다. 숙주 범위는 바이러스/박테리오파지(또는 바이러스 조합)가 감염시킬 수 있는 세포 유형, 균주 또는 숙주 종의 수이다. 숙주 범위 또는 표적 박테리아 범위의 증가는 기준 및/또는 조작되지 않은 바이러스에 비해 바이러스(또는 바이러스 조합)가 감염시킬 수 있는 별개의 세포 유형, 균주 또는 종의 절대 수의 확장이다. 일부 예에서, 증가된 숙주 범위 또는 증가된 표적 박테리아 범위는 바이러스(또는 바이러스의 조합)가 감염할 수 있는 박테리아 종 내의 박테리아 균주 또는 변이 수의 증가이다. 숙주 범위의 증가는 적어도 하나 이상의 균주, 세포 유형 또는 종의 증가일 수 있다. 숙주 범위는 예를 들어 당업계에 잘 알려진 표준 플라크 검정에 의해 검정될 수 있다.
본원에서 사용된 바와 같이 "감염 다중도(MOI)"는 주어진 감염 배지 내 숙주 세포 수에 대한 바이러스 입자 수의 비율이다. MOI = 1의 값은 평균적으로 단일 파지 입자에 대해 단일 숙주 세포가 있음을 의미한다.
본원에서 사용된 바와 같이, "부분 합성" 파지는 게놈의 제한된, 부분 또는 상당한 부분이 설계되거나 조작된 파지를 지칭한다. 본원에 사용된 바와 같이, "완전 합성" 파지는 전체 게놈이 설계되거나 조작된 파지를 지칭한다.
추가 용어 및 문구는 하기에 정의되어 있다.
조작된 박테리오파지
일부 실시양태에서, 본 개시내용은 이종 유전자를 발현하도록 조작된 하나 이상의 박테리오파지에 관한 것이다. 일부 실시양태에서, 이종 유전자는 다당류를 더 작은 단편으로 분해하는 효소인 세포외 다당류(EPS) 탈중합효소를 포함할 수 있다. 포도비리데(Podoviridae) 과의 박테리오파지는 종종 비리온의 구조적 구성요소로서 소위 탈중합효소를 나타낸다. 해당 효소는 테일 스파이크 단백질로 나타난다. 숙주 박테리아의 피막 다당류, 세포외 다당류(EPS) 또는 지질다당류(LPS)에 특이적으로 결합한 후 다당류 반복 단위가 특이적으로 절단된다. 마지막으로 파지는 외막에 도달하여 두 막과 세포벽 모두에 DNA를 주입할 수 있는 구조를 배치하고 세포를 감염시킨다.
탈중합효소는 캡슐의 결합과 소화를 촉진하는 흡착 장치의 구조적 구성 요소이다. 명칭은 다당류의 반복 단위가 절단되고 분해됨을 나타낸다. 생화학적으로 탈중합효소는 분해효소(lyase)와 가수분해효소(hydrolase)의 두 군으로 나뉜다. 분해효소는 가수분해효소와 달리 기질을 비가수분해적으로 절단하는데, 이는 기질 절단 후에 물 분자가 방출되지 않음을 의미한다. EPS 또는 LPS O-다당류를 표적으로 하는 잘 특성화된 파지 암호화된 탈중합효소의 대부분은 분해효소이다(Tomlinson and Taylor, 1985; Linnerborg 외, 2001; Olszak 외, 2017). 이들은 일반적으로 기질 특이성이 매우 다양하다는 특징이 있다. 그러나 특정 절단 부위가 다양한 다당류 유형에 존재할 수 있으므로 효소가 두 가지 다른 기질에 작용할 수 있다. 용어 탈중합효소는 중합체를 분해할 수 있는 임의의 일반적인 단백질을 지칭할 수 있다. 해당 관점에서 볼 때 파지 암호화된 엔도리신은 일반적으로 가수분해효소 방식으로 박테리아 다당류인 펩티도글리칸을 절단하기 때문에 탈중합효소이기도 하다(Schmelcher and Loessner, 2016).
일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 알지네이트 분해효소를 포함한다. 알지네이트는 식물과 박테리아 내지 곰팡이의 범위인 다양한 유기체에서 단리된 선형 다당류이다. 또한 갈조류의 세포벽의 주요 구성 요소이자 기타 유기체의 주요 고정된 탄소 공급원이기도 하다. 알지네이트 분해효소는 분해효소 계열, 특히 다당류에 작용하는 탄소-산소 분해효소에 속하며, 이로 인해 알지네이트가 다양한 단당류 및 다당류 생성물로 분해되는 것을 촉매한다. 해당 효소 클래스의 체계적 명칭은 폴리(베타-D-1,4-만누로나이드) 분해효소이다. 일반적으로 사용되는 기타 명칭은 알지네이트 분해효소 I, 알지네이트 분해효소, 알기나제 I, 알기나제 II, 알기나제 및 알지네이트 분해효소 III을 포함하나 이에 국한되지는 않는다. 해당 효소는 과당 및 만노스 대사에 참여한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용은 Alg2A를 발현하도록 조작된 박테리오파지를 제공한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 A1-III을 발현하도록 조작된 박테리오파지를 제공한다. 일부 실시양태에서, 본원에 기술된 EPS 탈중합효소 서열은 EPS 탈중합효소 유전자의 일부 또는 기능적 단편을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 이는 전체 EPS 탈중합효소 유전자를 포함할 수 있다.
본원에 사용된 바와 같이 용어 "기능적 단편" 또는 "기능적 변이체"는 예를 들어 핵산 또는 단백질을 포함하는 분자로, 모 분자 또는 기준 분자의 뉴클레오타이드 및/또는 아미노산 서열과 비교하여 하나 이상의 뉴클레오타이드 및/또는 아미노산 서열이 변경된 뉴클레오타이드 및/또는 아미노산 서열을 포함하는 분자를 지칭한다. 단백질의 경우 기능적 변이체는 여전히 부모 분자와 유사한 방식으로 기능할 수 있다. 다시 말해서, 모 분자의 아미노산 및/또는 뉴클레오타이드 서열의 변형은 뉴클레오타이드 서열에 의해 암호화되거나 아미노산 서열을 함유하는 분자의 기능적 특성에 유의한 영향을 미치거나 변경하지 않는다. 기능적 변이체는 뉴클레오타이드 및 아미노산 치환, 첨가 및 결실을 포함하는 보존적 서열 변형을 가질 수 있다. 해당 변형은 직접 DNA 합성, 부위 지정 돌연변이 유발 및 무작위 PCR 매개 돌연변이 유발과 같은 당업계에 공지된 표준 기법에 의해 도입될 수 있다. 기능적 변이체는 또한 1차 구조 서열이 실질적으로 유사하지만 예를 들어 모 분자에서는 발견되지 않는 시험관내 또는 생체내 변형, 화학적 및/또는 생화학적 변형을 함유하는 유도체를 포함할 수 있으나 이에 국한되지는 않는다. 해당 변형은 특히 아세틸화, 아실화, ADP-리보실화, 아미드화, 플라빈의 공유 부착, 헴 모이어티의 공유 부착, 뉴클레오타이드 또는 뉴클레오타이드 유도체의 공유 부착, 지질 또는 지질 유도체의 공유 부착, 포스포티딜이노시톨의 공유 부착, 가교, 고리화, 이황화 결합 형성, 탈메틸화, 공유 가교 형성, 시스테인 형성, 피로글루타메이트 형성, 포르밀화, 감마-카르복실화, 글리코실화, GPI 앵커 형성, 수산화, 요오드화, 메틸화, 미리스토일화, 산화, 페길화, 단백질 가수분해 처리, 인산화, 프레닐화, 라세미화, 셀레노일화, 황산화, 아르기닐화, 유비퀴틴화 등과 같은 단백질로의 아미노산의 전달 RNA 매개 첨가를 포함한다.
EPS 탈중합효소는 EPS 탈중합효소를 발현하는 모든 유기체로부터 유래될 수 있다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 스핑고모나스(Sphingomonas), 플라보박테리움(Flavobacterium), 슈도모나스, 클렙시엘라(Klebsiella), 코리네박테리움(Corynebacterium), 알테로모나스(Alteromonas), 조벨리아(Zobelia), 아플리시아(Aplysia), 비브리오(Vibrio), 사카로파구스(Saccharophagus), 스테노트로포모나스(Stenotrophomonas), 스트렙토마이세스(Streptomyces), 쉐와넬라(Shewanella), 아그로박테리움(Agrobacterium), 및/또는 아조토박터(Azotobacter)로부터 기인했을 수 있다. 구체적으로, EPS 탈중합효소는 스핑고모나스(수탁번호 BAB03312), 플라보박테리움(수탁번호 AEB69783), 슈도모나스(수탁번호 1VAV), 클렙시엘라(수탁번호 4OZX), 코리네박테리움(수탁번호 1UAI), 알테로모나스(수탁 번호 1J1T), 조벨리아(수탁번호 3ZPY, 4BE3), 슈도알테로모나스(Pseudoalteromonas)(수탁번호 4Q8K), 아플리시아(수탁번호 5GMT), 비브리오(수탁번호 WP_017072010.1), 사카로파구스(수탁번호 WP_011469755.1), 스테노트로포모나스(수탁번호 WP_049467230.1), 스트렙토마이세스(수탁번호 NED67686.1), 쉐와넬라(수탁번호 WP_188926150.1), 아그로박테리움(수탁번호 WP_046801053.1), 아조토박터(수탁번호 Q9ZFG9)로부터 기인했을 수 있으나 이에 국한되지는 않는다.
일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 20의 뉴클레오타이드 서열에 의해 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 20의 서열과 적어도 90% 동일성을 갖는 서열에 의해 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 20의 서열과 적어도 91% 동일성을 갖는 서열로 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 20의 서열과 적어도 92% 동일성을 갖는 서열로 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 20의 서열과 적어도 93% 동일성을 갖는 서열로 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 20의 서열과 적어도 94% 동일성을 갖는 서열로 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 20의 서열과 적어도 95% 동일성을 갖는 서열로 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 20의 서열과 적어도 96% 동일성을 갖는 서열로 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 20의 서열과 적어도 97% 동일성을 갖는 서열로 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 20의 서열과 적어도 98% 동일성을 갖는 서열로 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 20의 서열과 적어도 99% 동일성을 갖는 서열로 암호화된다.
일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 21의 뉴클레오타이드 서열에 의해 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 21의 서열과 적어도 90% 동일성을 갖는 서열에 의해 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 21의 서열과 적어도 91% 동일성을 갖는 서열로 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 21의 서열과 적어도 92% 동일성을 갖는 서열로 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 21의 서열과 적어도 93% 동일성을 갖는 서열로 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 21의 서열과 적어도 94% 동일성을 갖는 서열로 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 21의 서열과 적어도 95% 동일성을 갖는 서열로 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 21의 서열과 적어도 96% 동일성을 갖는 서열로 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 21의 서열과 적어도 97% 동일성을 갖는 서열로 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 21의 서열과 적어도 98% 동일성을 갖는 서열로 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 21의 서열과 적어도 99% 동일성을 갖는 서열로 암호화된다.
일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 22의 뉴클레오타이드 서열에 의해 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 22의 서열과 적어도 90% 동일성을 갖는 서열에 의해 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 22의 서열과 적어도 91% 동일성을 갖는 서열로 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 22의 서열과 적어도 92% 동일성을 갖는 서열로 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 22의 서열과 적어도 93% 동일성을 갖는 서열로 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 22의 서열과 적어도 94% 동일성을 갖는 서열로 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 22의 서열과 적어도 95% 동일성을 갖는 서열로 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 22의 서열과 적어도 96% 동일성을 갖는 서열로 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 22의 서열과 적어도 97% 동일성을 갖는 서열로 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 22의 서열과 적어도 98% 동일성을 갖는 서열로 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 22의 서열과 적어도 99% 동일성을 갖는 서열로 암호화된다.
일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 23의 뉴클레오타이드 서열에 의해 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 23의 서열과 적어도 90% 동일성을 갖는 서열에 의해 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 23의 서열과 적어도 91% 동일성을 갖는 서열로 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 23의 서열과 적어도 92% 동일성을 갖는 서열로 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 23의 서열과 적어도 93% 동일성을 갖는 서열로 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 23의 서열과 적어도 94% 동일성을 갖는 서열로 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 23의 서열과 적어도 95% 동일성을 갖는 서열로 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 23의 서열과 적어도 96% 동일성을 갖는 서열로 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 23의 서열과 적어도 97% 동일성을 갖는 서열로 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 23의 서열과 적어도 98% 동일성을 갖는 서열로 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 23의 서열과 적어도 99% 동일성을 갖는 서열로 암호화된다.
일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 24의 뉴클레오타이드 서열에 의해 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 24의 서열과 적어도 90% 동일성을 갖는 서열에 의해 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 24의 서열과 적어도 91% 동일성을 갖는 서열로 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 24의 서열과 적어도 92% 동일성을 갖는 서열로 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 24의 서열과 적어도 93% 동일성을 갖는 서열로 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 24의 서열과 적어도 94% 동일성을 갖는 서열로 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 24의 서열과 적어도 95% 동일성을 갖는 서열로 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 24의 서열과 적어도 96% 동일성을 갖는 서열로 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 24의 서열과 적어도 97% 동일성을 갖는 서열로 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 24의 서열과 적어도 98% 동일성을 갖는 서열로 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 24의 서열과 적어도 99% 동일성을 갖는 서열로 암호화된다.
일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 25의 뉴클레오타이드 서열에 의해 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 25의 서열과 적어도 90% 동일성을 갖는 서열에 의해 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 25의 서열과 적어도 91% 동일성을 갖는 서열로 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 25의 서열과 적어도 92% 동일성을 갖는 서열로 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 25의 서열과 적어도 93% 동일성을 갖는 서열로 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 25의 서열과 적어도 94% 동일성을 갖는 서열로 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 25의 서열과 적어도 95% 동일성을 갖는 서열로 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 25의 서열과 적어도 96% 동일성을 갖는 서열로 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 25의 서열과 적어도 97% 동일성을 갖는 서열로 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 25의 서열과 적어도 98% 동일성을 갖는 서열로 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 25의 서열과 적어도 99% 동일성을 갖는 서열로 암호화된다.
일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 36의 뉴클레오타이드 서열에 의해 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 36의 서열과 적어도 90% 동일성을 갖는 서열에 의해 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 36의 서열과 적어도 91% 동일성을 갖는 서열로 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 36의 서열과 적어도 92% 동일성을 갖는 서열로 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 36의 서열과 적어도 93% 동일성을 갖는 서열로 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 36의 서열과 적어도 94% 동일성을 갖는 서열로 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 36의 서열과 적어도 95% 동일성을 갖는 서열로 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 36의 서열과 적어도 96% 동일성을 갖는 서열로 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 36의 서열과 적어도 97% 동일성을 갖는 서열로 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 36의 서열과 적어도 98% 동일성을 갖는 서열로 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 36의 서열과 적어도 99% 동일성을 갖는 서열로 암호화된다.
일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 59의 뉴클레오타이드 서열에 의해 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 59의 서열과 적어도 90% 동일성을 갖는 서열에 의해 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 59의 서열과 적어도 91% 동일성을 갖는 서열로 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 59의 서열과 적어도 92% 동일성을 갖는 서열로 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 59의 서열과 적어도 93% 동일성을 갖는 서열로 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 59의 서열과 적어도 94% 동일성을 갖는 서열로 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 59의 서열과 적어도 95% 동일성을 갖는 서열로 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 59의 서열과 적어도 96% 동일성을 갖는 서열로 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 59의 서열과 적어도 97% 동일성을 갖는 서열로 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 59의 서열과 적어도 98% 동일성을 갖는 서열로 암호화된다. 일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 59의 서열과 적어도 99% 동일성을 갖는 서열로 암호화된다.
일부 실시양태에서, 박테리오파지는 개선된 숙주 범위를 나타낸다.
일부 실시양태에서, 박테리오파지는 피크엠바이러스 속에 속한다. 일부 실시양태에서, 박테리오파지는 팍푸나바이러스 속에 속한다. 일부 실시양태에서, 박테리오파지는 브뤼노헤바이러스 속에 속한다. 일부 실시양태에서, 박테리오파지는 푸나바이러스 속에 속한다. 일부 실시양태에서, 박테리오파지는 루즈셉티마바이러스(Luzseptimavirus) 속에 속한다. 일부 실시양태에서, 박테리오파지는 리투나바이러스(Litunavirus) 속에 속한다. 일부 실시양태에서, 박테리오파지는 난코쿠바이러스(Nankokuvirus) 속에 속한다.
일부 실시양태에서, 박테리오파지는 슈도모나스를 표적으로 한다. 일부 실시양태에서, 박테리오파지는 녹농균을 표적으로 한다. 일부 실시양태에서, 박테리오파지는 하나 이상의 녹농균 균주를 표적으로 한다.
일부 실시양태에서, 박테리오파지는 녹농균, 약물 내성 녹농균, 항생제 저항성 녹농균 및 다수의 항생제 저항성 녹농균 중 하나 이상을 표적으로 한다. 일부 실시양태에서, 박테리오파지는 녹농균, 항생제 저항성 녹농균 및 다수의 항생제 저항성 녹농균 중 하나 이상을 감염시키고 사멸시킨다.
일부 실시양태에서, 박테리오파지는 생물막 질량을 감소시킨다. 본원에 사용된 바와 같이, 용어 "감소시키다(reduce)", "감소하다(decrease)", "감소(reduction)", "최소의(minimal)", "낮은(low)" 또는 "더 낮은(lower)"은 예를 들어 대조군과 비교하여 기준 수준 미만의 감소를 지칭한다. 용어 "증가하다(increase)", "높은(high)", "더 높은(higher)", "최대의(maximal)", "상승하다(elevate)" 또는 "상승(elevation)"은 예를 들어 대조군 또는 표준 수준과 비교하여 기초 수준 이상의 증가를 지칭한다. 증가, 상승, 감소(decrease) 또는 감소(reduction)는 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 26%, 27%, 28%, 29%, 30%, 31%, 32%, 33%, 34%, 35%, 36%, 37%, 38%, 39%, 40%, 41%, 42%, 43%, 44%, 45%, 46%, 47%, 48%, 49%, 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%일 수 있다. 본원에 언급된 각각의 값 또는 범위는 평가변수를 포함하여 그 사이의 임의의 값 또는 하위 범위를 포함할 수 있다.
박테리오파지 조성물
일부 실시양태에서, 본 개시내용은 본원에 기재된 바와 같은 이종 유전자(예를 들어, 세포외 다당류 탈중합효소)를 발현하도록 조작된 하나 이상의 박테리오파지를 포함하는 하나 이상의 박테리오파지 조성물에 관한 것이다. 일부 실시양태에서, 박테리오파지 내 이종 유전자 삽입을 위한 표적 유전자좌는 조절 신호, 유전자, 오픈 리딩 프레임(ORF), 종결자, 프로모터, 복제 기원 또는 파지의 복제주기에 필수적일 수 있는 임의의 기타 공지된 특징의 부재에 기초하여 선택될 수 있다. 따라서, 일부 실시양태에서 이종 유전자는 그러한 위치에 삽입되지 않는다. 일부 실시양태에서, 박테리오파지에 이종 유전자를 삽입하기 위한 표적 유전자좌는 파지 복제 주기 동안 상기 유전자좌로부터 예상되는 발현 수준에 기초하여 선택될 수 있다. 일부 실시양태에서, 표적 유전자좌는 고도로 전사되는 게놈 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이종 유전자는 EPS 탈중합효소를 포함할 수 있다.
이종 유전자는 임의의 적합한 위치, 예를 들어 상기 기술한 바와 같이 바이러스의 필수 유전자에 과도한 영향을 주지 않는 위치 및/또는 확실히 상기 기술한 바와 같이, 예를 들어 고도 전사 위치에 삽입될 수 있다. 일부 실시양태에서, 이종 유전자는 특정 유전자좌에 삽입될 수 있고 상응하는 변형되지 않은(야생형) 파지의 게놈 서열로부터 전체 분절을 대체할 수 있다. 대안적으로 또는 추가적으로, 일부 실시양태에서, 이종 유전자는 특정 유전자좌에 삽입될 수 있는 반면, 전체 게놈 서열은 달리 유지된다. 예를 들어, 하기 표는 박테리오파지의 다양한 속으로의 해당 삽입의 일부 비제한적인 예를 제공한다.
표 1.
*Δ는 이종 유전자가 삽입되고 박테리오파지의 게놈 영역이 삭제된 염기쌍의 범위를 나타낸다.
상기는 수행된 삽입의 비제한적인 예이다. 표 1의 특정 균주 중 일부에 대해 염기쌍의 특정 위치 또는 범위가 나열되어 있지만, 삽입 및/또는 결실은 나열된 범위 내의 임의의 염기쌍에 있을 수도 있고/또는 그 안의 임의의 범위의 염기를 제거할 수도 있음을 이해해야 한다. 삽입은 또한 나열된 삽입 지점 또는 삽입 범위 전이나 후의 10개 염기쌍 내에 있을 수 있다.
하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 26의 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 27의 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 28의 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 29의 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 30의 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 31의 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 32의 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 33의 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 34의 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 35의 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 37의 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 38의 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 39의 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 40의 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 41의 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 42의 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 43의 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 44의 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 45의 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 46의 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 47의 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 48의 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 49의 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 50의 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 51의 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 52의 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 53의 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 54의 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 55의 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 56의 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 57의 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 58의 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 60의 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 61의 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 62의 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 63의 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 64의 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 65의 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 66의 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 67의 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 68의 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 69의 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 70의 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 71의 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 73의 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 26과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 27과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 28과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 29와 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 30과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 31과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 32와 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 33과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 34와 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 35와 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 37과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 38과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 39와 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 40과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 41과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 42와 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 43과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 44와 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 45와 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 46과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 47과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 48과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 49와 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 50과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 51과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 52와 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 53과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 54와 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 55와 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 56과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 57과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 58과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 60과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 61과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 62과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 63과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 64와 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 65와 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 66과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 67과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 68과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 69와 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 70과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열, 서열번호: 73과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열로부터 선택된 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 26과 적어도 91% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 26과 적어도 92% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 26과 적어도 93% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 26과 적어도 94% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 26과 적어도 95% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 26과 적어도 96% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 26과 적어도 97% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 26과 적어도 98% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 26과 적어도 99% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 27과 적어도 91% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 27과 적어도 92% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 27과 적어도 93% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 27과 적어도 94% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 27과 적어도 95% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 27과 적어도 96% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 27과 적어도 97% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 27과 적어도 98% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 27과 적어도 99% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 28과 적어도 91% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 28과 적어도 92% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 28과 적어도 93% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 28과 적어도 94% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 28과 적어도 95% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 28과 적어도 96% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 28과 적어도 97% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 28과 적어도 98% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 28과 적어도 99% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 29와 적어도 91% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 29와 적어도 92% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 29와 적어도 93% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 29와 적어도 94% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 29와 적어도 95% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 29와 적어도 96% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 29와 적어도 97% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 29와 적어도 98% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 29와 적어도 99% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 30과 적어도 91% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 30과 적어도 92% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 30과 적어도 93% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 30과 적어도 94% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 30과 적어도 95% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 30과 적어도 96% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 30과 적어도 97% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 30과 적어도 98% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 30과 적어도 99% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 31과 적어도 91% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 31과 적어도 92% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 31과 적어도 93% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 31과 적어도 94% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 31과 적어도 95% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 31과 적어도 96% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 31과 적어도 97% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 31과 적어도 98% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 31과 적어도 99% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 32와 적어도 91% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 32와 적어도 92% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 32와 적어도 93% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 32와 적어도 94% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 32와 적어도 95% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 32와 적어도 96% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 32와 적어도 97% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 32와 적어도 98% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 32와 적어도 99% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 33과 적어도 91% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 33과 적어도 92% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 33과 적어도 93% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 33과 적어도 94% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 33과 적어도 95% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 33과 적어도 96% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 33과 적어도 97% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 33과 적어도 98% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 33과 적어도 99% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 34와 적어도 91% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 34와 적어도 92% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 34와 적어도 93% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 34와 적어도 94% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 34와 적어도 95% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 34와 적어도 96% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 34와 적어도 97% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 34와 적어도 98% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 34와 적어도 99% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 35와 적어도 91% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 35와 적어도 92% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 35와 적어도 93% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 35와 적어도 94% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 35와 적어도 95% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 35와 적어도 96% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 35와 적어도 97% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 35와 적어도 98% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 35와 적어도 99% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 37과 적어도 91% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 37과 적어도 92% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 37과 적어도 93% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 37과 적어도 94% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 37과 적어도 95% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 37과 적어도 96% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 37과 적어도 97% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 37과 적어도 98% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 37과 적어도 99% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 38과 적어도 91% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 38과 적어도 92% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 38과 적어도 93% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 38과 적어도 94% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 38과 적어도 95% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 38과 적어도 96% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 38과 적어도 97% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 38과 적어도 98% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 38과 적어도 99% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 39와 적어도 91% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 39와 적어도 92% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 39와 적어도 93% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 39와 적어도 94% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 39와 적어도 95% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 39와 적어도 96% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 39와 적어도 97% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 39와 적어도 98% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 39와 적어도 99% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 40과 적어도 91% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 40과 적어도 92% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 40과 적어도 93% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 40과 적어도 94% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 40과 적어도 95% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 40과 적어도 96% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 40과 적어도 97% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 40과 적어도 98% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 40과 적어도 99% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 41과 적어도 91% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 41과 적어도 92% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 41과 적어도 93% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 41과 적어도 94% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 41과 적어도 95% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 41과 적어도 96% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 41과 적어도 97% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 41과 적어도 98% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 41과 적어도 99% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 42와 적어도 91% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 42와 적어도 92% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 42와 적어도 93% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 42와 적어도 94% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 42와 적어도 95% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 42와 적어도 96% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 42와 적어도 97% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 42와 적어도 98% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 42와 적어도 99% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 43과 적어도 91% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 43과 적어도 92% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 43과 적어도 93% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 43과 적어도 94% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 43과 적어도 95% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 43과 적어도 96% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 43과 적어도 97% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 43과 적어도 98% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 43과 적어도 99% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 44와 적어도 91% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 44와 적어도 92% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 44와 적어도 93% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 44와 적어도 94% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 44와 적어도 95% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 44와 적어도 96% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 44와 적어도 97% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 44와 적어도 98% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 44와 적어도 99% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 45와 적어도 91% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 45와 적어도 92% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 45와 적어도 93% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 45와 적어도 94% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 45와 적어도 95% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 45와 적어도 96% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 45와 적어도 97% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 45와 적어도 98% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 45와 적어도 99% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 46과 적어도 91% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 46과 적어도 92% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 46과 적어도 93% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 46과 적어도 94% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 46과 적어도 95% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 46과 적어도 96% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 46과 적어도 97% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 46과 적어도 98% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 46과 적어도 99% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 47과 적어도 91% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 47과 적어도 92% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 47과 적어도 93% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 47과 적어도 94% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 47과 적어도 95% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 47과 적어도 96% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 47과 적어도 97% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 47과 적어도 98% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 47과 적어도 99% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 48과 적어도 91% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 48과 적어도 92% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 48과 적어도 93% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 48과 적어도 94% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 48과 적어도 95% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 48과 적어도 96% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 48과 적어도 97% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 48과 적어도 98% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 48과 적어도 99% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 49와 적어도 91% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 49와 적어도 92% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 49와 적어도 93% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 49와 적어도 94% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 49와 적어도 95% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 49와 적어도 96% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 49와 적어도 97% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 49와 적어도 98% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 49와 적어도 99% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 50과 적어도 91% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 50과 적어도 92% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 50과 적어도 93% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 50과 적어도 94% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 50과 적어도 95% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 50과 적어도 96% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 50과 적어도 97% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 50과 적어도 98% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 50과 적어도 99% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 51과 적어도 91% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 51과 적어도 92% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 51과 적어도 93% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 51과 적어도 94% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 51과 적어도 95% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 51과 적어도 96% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 51과 적어도 97% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 51과 적어도 98% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 51과 적어도 99% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 52와 적어도 91% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 52와 적어도 92% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 52와 적어도 93% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 52와 적어도 94% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 52와 적어도 95% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 52와 적어도 96% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 52와 적어도 97% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 52와 적어도 98% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 52와 적어도 99% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 53과 적어도 91% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 53과 적어도 92% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 53과 적어도 93% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 53과 적어도 94% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 53과 적어도 95% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 53과 적어도 96% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 53과 적어도 97% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 53과 적어도 98% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 53과 적어도 99% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 54와 적어도 91% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 54와 적어도 92% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 54와 적어도 93% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 54와 적어도 94% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 54와 적어도 95% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 54와 적어도 96% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 54와 적어도 97% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 54와 적어도 98% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 54와 적어도 99% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 55와 적어도 91% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 55와 적어도 92% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 55와 적어도 93% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 55와 적어도 94% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 55와 적어도 95% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 55와 적어도 96% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 55와 적어도 97% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 55와 적어도 98% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 55와 적어도 99% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 56과 적어도 91% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 56과 적어도 92% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 56과 적어도 93% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 56과 적어도 94% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 56과 적어도 95% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 56과 적어도 96% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 56과 적어도 97% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 56과 적어도 98% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 56과 적어도 99% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 57과 적어도 91% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 57과 적어도 92% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 57과 적어도 93% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 57과 적어도 94% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 57과 적어도 95% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 57과 적어도 96% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 57과 적어도 97% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 57과 적어도 98% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 57과 적어도 99% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 58과 적어도 91% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 58과 적어도 92% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 58과 적어도 93% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 58과 적어도 94% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 58과 적어도 95% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 58과 적어도 96% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 58과 적어도 97% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 58과 적어도 98% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 58과 적어도 99% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 60과 적어도 91% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 60과 적어도 92% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 60과 적어도 93% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 60과 적어도 94% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 60과 적어도 95% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 60과 적어도 96% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 60과 적어도 97% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 60과 적어도 98% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 60과 적어도 99% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 61과 적어도 91% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 61과 적어도 92% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 61과 적어도 93% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 61과 적어도 94% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 61과 적어도 95% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 61과 적어도 96% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 61과 적어도 97% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 61과 적어도 98% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 61과 적어도 99% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 62와 적어도 91% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 62와 적어도 92% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 62와 적어도 93% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 62와 적어도 94% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 62와 적어도 95% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 62와 적어도 96% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 62와 적어도 97% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 62와 적어도 98% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 62와 적어도 99% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 63과 적어도 91% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 63과 적어도 92% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 63과 적어도 93% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 63과 적어도 94% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 63과 적어도 95% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 63과 적어도 96% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 63과 적어도 97% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 63과 적어도 98% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 63과 적어도 99% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 64와 적어도 91% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 64와 적어도 92% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 64와 적어도 93% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 64와 적어도 94% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 64와 적어도 95% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 64와 적어도 96% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 64와 적어도 97% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 64와 적어도 98% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 64와 적어도 99% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 65와 적어도 91% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 65와 적어도 92% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 65와 적어도 93% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 65와 적어도 94% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 65와 적어도 95% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 65와 적어도 96% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 65와 적어도 97% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 65와 적어도 98% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 65와 적어도 99% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 66과 적어도 91% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 66과 적어도 92% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 66과 적어도 93% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 66과 적어도 94% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 66과 적어도 95% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 66과 적어도 96% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 66과 적어도 97% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 66과 적어도 98% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 66과 적어도 99% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 67과 적어도 91% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 67과 적어도 92% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 67과 적어도 93% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 67과 적어도 94% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 67과 적어도 95% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 67과 적어도 96% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 67과 적어도 97% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 67과 적어도 98% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 67과 적어도 99% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 68과 적어도 91% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 68과 적어도 92% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 68과 적어도 93% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 68과 적어도 94% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 68과 적어도 95% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 68과 적어도 96% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 68과 적어도 97% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 68과 적어도 98% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 68과 적어도 99% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 69와 적어도 91% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 69와 적어도 92% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 69와 적어도 93% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 69와 적어도 94% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 69와 적어도 95% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 69와 적어도 96% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 69와 적어도 97% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 69와 적어도 98% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 69와 적어도 99% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 70과 적어도 91% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 70과 적어도 92% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 70과 적어도 93% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 70과 적어도 94% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 70과 적어도 95% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 70과 적어도 96% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 70과 적어도 97% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 70과 적어도 98% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 70과 적어도 99% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 71과 적어도 91% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 71과 적어도 92% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 71과 적어도 93% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 71과 적어도 94% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 71과 적어도 95% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 71과 적어도 96% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 71과 적어도 97% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 71과 적어도 98% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 71과 적어도 99% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 73과 적어도 91% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 73과 적어도 92% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 73과 적어도 93% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 73과 적어도 94% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 73과 적어도 95% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 73과 적어도 96% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 73과 적어도 97% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 73과 적어도 98% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 73과 적어도 99% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 본원의 다른 곳에서 상세히 기술된 바와 같이 알지네이트 분해효소이다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지가 조작된다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지는 유전적으로 조작된다. 본원에 사용된 바와 같이, "유전적으로 조작된" 또는 "유전적으로 변형된" 박테리오파지는 이의 폴리뉴클레오타이드 서열이 유전 공학 기술에 의해 변경된 박테리오파지일 수 있다. 폴리뉴클레오타이드 서열의 유전 공학은 상동 재조합, 박테리오파지 공학, CRISPR 기반 조작(예를 들어, CRISPR-Cas), 효모에서 전장 파지 게놈의 재구성 또는 시험관 내 DNA 스플라이싱에 이은 전장 네이키드 파지 DNA의 숙주 박테리아로의 형질 전환 및 이의 임의의 조합 기술을 포함하나 이에 국한되지 않는 당업계에 잘 공지된 모든 현대 분자생물학 기술로 달성될 수 있다.
일부 실시양태에서, 두 개 이상의 박테리오파지가 조작된다. 일부 실시양태에서, 세 개 이상의 박테리오파지가 조작된다. 일부 실시양태에서, 네 개 이상의 박테리오파지가 조작된다. 일부 실시양태에서, 다섯 개 이상의 박테리오파지가 조작된다. 일부 실시양태에서, 여섯 개 이상의 박테리오파지가 조작된다. 일부 실시양태에서, 일곱 개 이상의 박테리오파지가 조작된다. 일부 실시양태에서, 여덟 개 이상의 박테리오파지가 조작된다. 일부 실시양태에서, 아홉 개 이상의 박테리오파지가 조작된다. 일부 실시양태에서, 열 개 이상의 박테리오파지가 조작된다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지 중 제2 박테리오파지는 자연적으로 발생한 파지를 포함한다. "자연적으로 발생한" 및 "야생형"이라는 용어는 자연에서 발견되는 형태를 의미한다. 예를 들어, 자연적으로 발생한 또는 야생형 핵산 분자, 뉴클레오타이드 서열 또는 단백질은 천연 공급원에 존재하고 천연 공급원으로부터 단리될 수 있으며 인간 조작에 의해 의도적으로 변형되지 않는다. 따라서 자연적으로 발생한 파지는 자연에서 발생하는 비조작된 파지이다. 일부 실시양태에서, 제2 박테리오파지는 돌연변이된 자연적으로 발생한 파지 및/또는 부분적 또는 완전 합성 파지를 포함할 수 있으며, 특히 추가 박테리오파지는 예를 들어, 그 전체 내용이 본원에 참조로 통합된 WO 2016/100389에 상세히 기술된 바와 같이, 박테리아 감염을 감염, 사멸 또는 감소시키는 능력을 갖는다.
일부 실시양태에서, 박테리오파지 중 두 개 이상은 자연적으로 발생한 파지이다. 일부 실시양태에서, 세 개 이상의 박테리오파지는 자연적으로 발생한 파지이다. 일부 실시양태에서, 박테리오파지 중 네 개 이상은 자연적으로 발생한 파지이다. 일부 실시양태에서, 다섯 개 이상의 박테리오파지는 자연적으로 발생한 파지이다. 일부 실시양태에서, 여섯 개 이상의 박테리오파지는 자연적으로 발생한 파지이다. 일부 실시양태에서, 일곱 개 이상의 박테리오파지는 자연적으로 발생한 파지이다. 일부 실시양태에서, 여덟 개 이상의 박테리오파지는 자연적으로 발생한 파지이다. 일부 실시양태에서, 아홉 개 이상의 박테리오파지는 자연적으로 발생한 파지이다. 일부 실시양태에서, 열 개 이상의 박테리오파지는 자연적으로 발생한 파지이다.
일부 실시양태에서, 조성물에서 하나 이상의 박테리오파지는 조작되고, 하나 이상의 박테리오파지는 자연적으로 발생한다. 일부 실시양태에서, 조성물에서 하나 이상의 박테리오파지는 조작되고, 두 개 이상의 박테리오파지는 자연적으로 발생한다. 일부 실시양태에서, 조성물에서 하나 이상의 박테리오파지는 조작되고 세 개 이상의 박테리오파지는 자연적으로 발생한다. 일부 실시양태에서, 조성물에서 하나 이상의 박테리오파지는 조작되고 네 개 이상의 박테리오파지는 자연적으로 발생한다. 일부 실시양태에서, 조성물에서 하나 이상의 박테리오파지는 조작되고, 다섯 개 이상의 박테리오파지는 자연적으로 발생한다. 일부 실시양태에서, 조성물에서 두 개 이상의 박테리오파지는 조작되고, 한 개 이상의 박테리오파지는 자연적으로 발생한다. 일부 실시양태에서, 조성물에서 세 개 이상의 박테리오파지는 조작되고, 한 개 이상의 박테리오파지는 자연적으로 발생한다. 일부 실시양태에서, 조성물에서 네 개 이상의 박테리오파지는 조작되고, 한 개 이상의 박테리오파지는 자연적으로 발생한다. 일부 실시양태에서, 조성물에서 다섯 개 이상의 박테리오파지는 조작되고, 한 개 이상의 박테리오파지는 자연적으로 발생한다. 일부 실시양태에서, 조작된 파지와 자연적으로 발생한 파지의 임의의 기타 조합이 확인된다.
일부 실시양태에서, 박테리오파지는 슈도모나스를 표적으로 한다. 일부 실시양태에서, 박테리오파지 중 적어도 하나는 녹농균을 표적으로 한다. 일부 실시양태에서, 박테리오파지는 하나 이상의 녹농균 균주를 표적으로 한다.
일부 실시양태에서, 조성물의 하나 이상의 박테리오파지는 녹농균, 항생제 저항성 녹농균 및 다중 항생제 저항성 녹농균 중 하나 이상을 표적으로 한다. 일부 실시양태에서, 조성물의 하나 이상의 박테리오파지는 전술한 바와 같이 녹농균, 항생제 저항성 녹농균 및 다중 항생제 저항성 녹농균 중 하나 이상을 감염시키고 사멸시킨다.
일부 실시양태에서, 조성물은 실온 또는 8℃ 이하의 온도에서 저장하기 위한 저장 배지를 추가로 포함한다. 실시양태에서, 박테리오파지 조성물은 7℃ 이하의 온도에서 보관하기 위한 저장 배지를 포함한다. 실시양태에서, 박테리오파지 조성물은 6℃ 이하의 온도에서 보관하기 위한 저장 배지를 포함한다. 실시양태에서, 박테리오파지 조성물은 5℃ 이하의 온도에서 보관하기 위한 저장 배지를 포함한다. 실시양태에서, 박테리오파지 조성물은 4℃ 이하의 온도에서 보관하기 위한 저장 배지를 포함한다. 실시양태에서, 박테리오파지 조성물은 3℃ 이하의 온도에서 보관하기 위한 저장 배지를 포함한다. 실시양태에서, 박테리오파지 조성물은 2℃ 이하의 온도에서 보관하기 위한 저장 배지를 포함한다. 실시양태에서, 박테리오파지 조성물은 1℃ 이하의 온도에서 보관하기 위한 저장 배지를 포함한다. 실시양태에서, 박테리오파지 조성물은 0℃ 이하의 온도에서 보관하기 위한 저장 배지를 포함한다. 실시양태에서, 박테리오파지 조성물은 -20℃ 이하의 온도에서 보관하기 위한 저장 배지를 포함한다. 실시양태에서, 박테리오파지 조성물은 -80℃ 이하의 온도에서 보관하기 위한 저장 배지를 포함한다.
특정 실시양태에서, 조성물은 20℃, 21℃, 22℃, 23℃, 24℃ 또는 25℃와 같은 -20℃내지 25℃ 범위 또는 평가변수를 포함하여 그 사이의 임의의 값이나 하위 범위의 온도에서 보관된다.
특정 실시양태에서, 조성물은 2℃, 3℃, 4℃, 5℃, 6℃, 7℃ 또는 8℃와 같은 2℃ 내지 8℃ 범위 또는 평가변수를 포함하여 그 사이의 임의의 값이나 하위 범위의 온도에서 보관된다.
특정 실시양태에서, 조성물은 실온에서 저장된다.
일부 실시양태에서, 저장 배지는 동결방지제를 포함한다. 일부 실시양태에서, 동결방지제는 글리세롤, 예를 들어 약 5% 내지 약 50% 글리세롤; 보다 바람직하게는 약 10% 내지 약 30% 글리세롤; 가장 바람직하게는 약 20% 글리세롤이다. 다른 실시양태에서, 동결방지제는 수크로스, 예를 들어 약 5% 내지 약 30% 수크로스, 가장 바람직하게는 약 10% 수크로스이다. 일부 실시양태에서, 동결방지제는 약 2% 내지 약 10% 디메틸설폭사이드(DMSO)와 같은 DMSO이다. 적합한 농도는 평가변수를 포함하여 언급된 범위 내의 임의의 값 또는 하위 값일 수 있다.
일부 실시양태에서, 박테리오파지 조성물은 상기 기술한 바와 같이 직접 사용될 수 있고, 냉장되고, 극저온건조되고(cryodesiccated), 동결건조되고, 적절한 동결방지제와 함께 수용액 또는 다른 용액에 냉동 보관될 수 있다.
일부 실시양태에서, 조성물은 본원의 다른 곳에 상세히 기술된 바와 같이 약학적으로 허용되는 담체, 희석제, 부형제 또는 이들의 조합을 추가로 포함한다.
일부 실시양태에서, 조성물은 액체, 반액체, 고체, 동결 또는 동결건조 제형물이다. 실시양태에서, 박테리오파지 조성물은 액체 제형물로 존재한다. 실시양태에서, 박테리오파지 조성물은 반액체 제형물로 존재한다. 실시양태에서, 박테리오파지 조성물은 고체 제형물로 존재한다. 실시양태에서, 박테리오파지 조성물은 동결 제형물로 존재한다. 실시양태에서, 박테리오파지 조성물은 동결건조 제형물로 존재한다.
일부 실시양태에서, 조성물은 각 박테리오파지의 밀리리터당 1x108 내지 1x1012 PFU를 포함한다. 일부 실시양태에서, 박테리오파지 농도는 조성물 ml당 각 파지의 1x108 내지 1x109 PFU, 1x108 내지 1x1010 PFU, 1x108 내지 1x1011 PFU, 또는 1x108 내지 1x1012 PFU이다. 일부 실시양태에서, 박테리오파지 농도는 조성물 ml당 각 파지의 3x108 내지 1x109 PFU, 3x108 내지 1x1010 PFU, 3x108 내지 1x1011 PFU, 또는 3x108 내지 1x1012 PFU이다. 일부 실시양태에서, 박테리오파지 농도는 조성물 ml당 각 파지의 3x108 내지 3x109 PFU, 또는 3x108 내지 3x1010 PFU, 또는 3x108 내지 3x1012 PFU이다. 일부 실시양태에서, 박테리오파지 농도는 조성물 ml당 각 파지의 1x109 내지 1x1010 PFU, 또는 1x109 내지 1x1011 PFU, 또는 1x109 내지 1x1012 PFU이다. 일부 실시양태에서, 박테리오파지 농도는 조성물 ml당 각 파지의 1x1010 내지 1x1012 PFU이다. 일부 실시양태에서, 박테리오파지 농도는 조성물 ml당 각 파지의 1x1012 내지 1x1012 PFU이다. 일부 실시양태에서, 박테리오파지는 조성물 ml당 각 파지의 적어도 약 1x108 PFU, 각 파지의 적어도 약 3x108 PFU, 각 파지의 적어도 약 1x109 PFU, 각 파지의 적어도 약 1x1010 PFU, 각 파지의 적어도 약 1x1011 PFU, 또는 적어도 약 1x1012 PFU의 투여량으로 대상체에 투여된다. 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지가 결합되어 조성물 ml당 각 파지의 총 농도가 약 1x108, 약 3x108, 약 1x109, 약 1x1010, 1x1011, 또는 1x1012 PFU를 형성할 수 있다. 농도에는 평가변수를 포함하여 인용된 범위 내의 임의의 값, 하위 값, 범위 또는 하위 범위가 포함된다.
일부 실시양태에서, 실시양태에 더 자세히 기술된 바와 같이, 조성물의 하나 이상의 박테리오파지는 생물막 질량을 감소시킨다.
감염 치료 방법
일부 실시양태에서, 본 개시내용은 녹농균 감염을 치료하는 방법에 관한 것으로서, 치료가 필요한 대상체에게 본원에 기재된 임의의 조성물을 투여하는 것을 포함한다. 본원에서 사용된 바와 같이 용어 “치료가 필요한”은 대상체가 치료를 필요로 하거나 치료를 통해 혜택을 받을 수 있다고 간병인(예를 들어, 사람의 경우 의사, 간호사, 전문간호사 또는 개인, 비인간 포유류를 포함한 동물의 경우 수의사)이 판단한 것을 지칭한다. 해당 판단은 간병인의 전문성 영역에 속하는 다양한 요소를 기반으로 이루어지지만, 본원에는 본 발명의 조성물로 치료할 수 있는 병태의 결과로 대상체가 아프거나 아플 것이라는 지식을 포함한다.
일부 실시양태에서, 치료적 유효량의 박테리오파지 또는 치료적 유효량의 박테리오파지 조성물의 투여를 포함하는 치료 방법이 본원에 제공된다. 일부 실시양태에서, 대상체에 박테리오파지를 투여하는 것을 포함하는 치료 방법이 본원에 제공되며, 여기서 박테리오파지는 각 박테리오파지의 ml당 약 1x108 및 약 1x1012 PFU 사이의 박테리오파지 농도 범위를 포함한다. 일부 실시양태에서, 박테리오파지 농도는 조성물 ml당 각 파지의 1x108 내지 1x109 PFU, 1x108 내지 1x1010 PFU, 1x108 내지 1x1011 PFU, 또는 1x1012 PFU이다. 일부 실시양태에서, 박테리오파지 농도는 조성물 ml당 각 파지의 3x108 내지 1x109 PFU, 3x108 내지 1x1010 PFU, 3x108 내지 1x1011 PFU, 또는 3x108 내지 1x101 PFU이다. 일부 실시양태에서, 박테리오파지 농도는 조성물 ml당 각 파지의 3x108 내지 3x109 PFU, 또는 3x108 내지 3x1010 PFU이다. 일부 실시양태에서, 박테리오파지 농도는 조성물 ml당 각 파지의 1x109 내지 1x1010 PFU, 1x109 내지 1x1011 PFU, 1x109 내지 1x1012 PFU이다. 일부 실시양태에서, 박테리오파지 농도는 조성물 ml당 각 파지의 1x1010 내지 1x1012 PFU이다. 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지(들)가 조합되고 투여될 수 있다. 일부 실시양태에서, 투여를 위한 하나 이상의 조합된 박테리오파지는 본원에 명시된 임의의 것과 같은 두 개의 상이한 조작된 파지를 포함할 수 있다. 예를 들어, 두 개 이상의 조작된 파지는 각각 상이한 EPS 탈중합효소 또는 동일한 EPS 탈중합효소를 발현하도록 조작될 수 있다. 조작된 파지는 예를 들어 본원에 기재된 바와 같이 동일한 속 또는 다른 속으로부터 유래할 수 있다. 일부 실시양태에서, 본원에 명시된 바와 같이 유전자를 발현하도록 조작된 하나 이상의 파지는 그와 같이 조작되지 않은 하나 이상의 파지(예를 들어, 전혀 조작되지 않거나 탈중합효소 유전자를 포함하지 않는 파지)와 함께 의학적 치료에서 활용될 수 있다는 것을 이해해야 한다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지가 조합되어 조성물 ml당 각 파지의 총 농도 약 1x108 내지 약 5x1012 PFU를 형성할 수 있다. 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지가 조합되어 조성물 ml당 각 파지의 총 농도 약 1x108 내지 약 3x1012 PFU를 형성할 수 있다. 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지(들)가 조합되어 조성물 ml당 각 파지의 총 농도 약 1x108, 3x108, 1x109, 1x1010, 1x1011, 또는 1x1012 PFU를 형성할 수 있다. 실시양태에서, 하나 이상의 박테리오파지가 조합되어 조성물 ml당 각 파지의 약 9x108, 3x109, 3x1010, 3x1011, 또는 3x1012 PFU의 총 농도를 형성할 수 있다. 농도에는 평가변수를 포함하여 명시된 범위 내의 모든 값 또는 범위가 포함된다.
일부 실시양태에서, 박테리오파지는 각 파지의 적어도 약 1x108 PFU, 각 파지의 적어도 약 3x108 PFU, 각 파지의 적어도 약 1x109 PFU, 각 파지의 적어도 약 1x1010 PFU 또는 각 파지의 적어도 약 1x1011 PFU의 투여량으로 대상체에게 투여된다. 일부 실시양태에서, 조성물은 투여당 총 박테리오파지의 적어도 3x108 PFU의 투여량으로 투여된다. 일부 실시양태에서, 조성물은 투여당 총 박테리오파지의 적어도 3x109 PFU의 투여량으로 투여된다. 일부 실시양태에서, 조성물은 투여당 총 박테리오파지의 약 1x108 PFU 내지 약 5x1012 PFU의 투여량으로 투여된다. 용량은 평가변수를 포함하여 인용된 범위 내의 임의의 값 또는 범위를 포함한다.
일부 실시양태에서, 방법은 항생제 투여를 추가로 포함한다. 실시양태에서, 항생제는 플루오로퀴놀론, 카바페넴, 아미노글리코사이드, 안사마이신, 세팔로스포린, 페니실린, 베타 락탐, 베타 락타마제 억제제, 엽산 경로 억제제, 후시단, 글리코펩타이드, 글리실사이클린, 린코사마이드, 리포펩타이드, 마크로라이드, 퀴놀론, 옥사졸리디논, 페니콜 포스폰산, 스트렙토그라민, 테트라사이클린, 설폰아마이드, 이미페넴, 메로페넴, 아미카신, 시프로플록사신, 레보플록사신, 토브라마이신, 아지스로마이신, 아즈트레오남, 콜리스틴, 흡입용 토브라마이신, 흡입용 아즈트레오남 및 흡입용 콜리스틴으로부터 선택된다.
일부 실시양태에서, 방법은 하나 이상의 CFTR 조절제의 투여를 더 포함한다. 실시양태에서, CFTR 조절제는 이바카프터, 루마카프터/이바카프터, 테자카프터/이바카프터, 엘렉사프터/테자카프터/이바카프터 또는 이들의 임의의 조합 중에서 선택될 수 있으나, 반드시 이에 국한되는 것은 아니다.
일부 실시양태에서, 박테리아 감염은 하나 이상의 항생제 또는 기타 치료에 내성을 갖게 되었다. 일부 실시양태에서, 박테리아 감염은 플루오로퀴놀론, 카바페넴, 아미노글리코사이드, 안사마이신, 세팔로스포린, 페니실린, 베타 락탐, 베타 락타마제 억제제, 엽산 경로 억제제, 후시단, 글리코펩타이드, 글리실사이클린, 린코사마이드, 리포펩타이드, 마크로라이드, 퀴놀론, 옥사졸리디논, 페니콜 포스폰산, 스트렙토그라민, 테트라사이클린, 설폰아마이드, 이미페넴, 메로페넴, 아미카신, 시프로플록사신, 레보플록사신, 토브라마이신, 아지스로마이신, 아즈트레오남, 콜리스틴, 흡입용 토브라마이신, 흡입용 아즈트레오남 및 흡입용 콜리스틴 중 하나 이상에 저항성을 갖게된다.
일부 실시양태에서, 방법은 이전에 하나 이상의 항생제로 치료받은 적이 없는 대상체 또는 이전에 하나 이상의 항생제로 치료받은 대상체를 치료하고, 선택적으로 치료를 위해 선택하는 것을 포함할 수 있다. 예를 들어, 본원에 명시된 실시양태에 따라 기술되는 파지 치료는 신규 감염에 대해 제공되는 첫 번째 치료(단독 또는 항생제 치료와 같은 다른 유형의 치료와의 조합)일 수도 있고, 예를 들어 항생제 치료와 같은 기타 첫 번째 치료 접근법에 이어서 제공되는 치료일 수도 있다. 앞서 언급한 바와 같이, 방법은 이미 첫 번째 치료를 받은 대상체를 기준으로 대상체 또는 환자를 선택하는 것을 포함할 수 있다. 첫 번째 치료는 효과가 없거나 부분적으로만 효과가 있었을 수 있다. 예를 들어, 감염은 다른 치료에 내성이 있거나 내성이 생긴 감염일 수 있다.
실시양태에서, 본원에 기재된 임의의 박테리오파지 조성물을 플루오로퀴놀론과 조합하여 투여함으로써 박테리아 감염을 치료하는 방법이 본원에 제공된다. 실시양태에서, 본원에 기재된 임의의 박테리오파지 조성물을 카바페넴과 조합하여 투여함으로써 박테리아 감염을 치료하는 방법이 제공된다. 실시양태에서, 본원에 기재된 임의의 박테리오파지 조성물을 아미노글리코사이드와 조합하여 투여함으로써 박테리아 감염을 치료하는 방법이 제공된다. 실시양태에서, 본원에 기재된 임의의 박테리오파지 조성물을 안사마이신과 조합하여 투여함으로써 박테리아 감염을 치료하는 방법이 제공된다. 실시양태에서, 본원에 기재된 임의의 박테리오파지 조성물을 세팔로스포린과 조합하여 투여함으로써 박테리아 감염을 치료하는 방법이 제공된다. 실시양태에서, 본원에 기재된 임의의 박테리오파지 조성물을 페니실린과 조합하여 투여함으로써 박테리아 감염을 치료하는 방법이 제공된다. 실시양태에서, 본원에 기재된 임의의 박테리오파지 조성물을 베타 락탐과 조합하여 투여함으로써 박테리아 감염을 치료하는 방법이 제공된다. 실시양태에서, 본원에 기재된 임의의 박테리오파지 조성물을 베타 락타마제 억제제와 조합하여 투여함으로써 박테리아 감염을 치료하는 방법이 제공된다. 실시양태에서, 본원에 기재된 임의의 박테리오파지 조성물을 엽산 경로 억제제와 조합하여 투여함으로써 박테리아 감염을 치료하는 방법이 제공된다. 실시양태에서, 본원에 기재된 임의의 박테리오파지 조성물을 후시단과 조합하여 투여함으로써 박테리아 감염을 치료하는 방법이 제공된다. 실시양태에서, 본원에 기재된 임의의 박테리오파지 조성물을 글리코펩타이드와 조합하여 투여함으로써 박테리아 감염을 치료하는 방법이 제공된다. 실시양태에서, 본원에 기재된 임의의 박테리오파지 조성물을 글리실사이클린과 조합하여 투여함으로써 박테리아 감염을 치료하는 방법이 제공된다. 실시양태에서, 본원에 기재된 임의의 박테리오파지 조성물을 린코사마이드와 조합하여 투여함으로써 박테리아 감염을 치료하는 방법이 제공된다. 실시양태에서, 본원에 기재된 임의의 박테리오파지 조성물을 리포펩타이드와 조합하여 투여함으로써 박테리아 감염을 치료하는 방법이 제공된다. 실시양태에서, 본원에 기재된 임의의 박테리오파지 조성물을 마크로라이드와 조합하여 투여함으로써 박테리아 감염을 치료하는 방법이 제공된다. 실시양태에서, 본원에 기재된 임의의 박테리오파지 조성물을 퀴놀론과 조합하여 투여함으로써 박테리아 감염을 치료하는 방법이 제공된다. 실시양태에서, 본원에 기재된 임의의 박테리오파지 조성물을 옥사졸리디논과 조합하여 투여함으로써 박테리아 감염을 치료하는 방법이 본원에 제공된다. 실시양태에서, 본원에 기재된 임의의 박테리오파지 조성물을 페니콜 포스폰산과 조합하여 투여함으로써 박테리아 감염을 치료하는 방법이 본원에 제공된다. 실시양태에서, 본원에 기재된 임의의 박테리오파지 조성물을 스트렙토그라민과 조합하여 투여함으로써 박테리아 감염을 치료하는 방법이 제공된다. 실시양태에서, 본원에 기재된 임의의 박테리오파지 조성물을 테트라사이클린과 조합하여 투여함으로써 박테리아 감염을 치료하는 방법이 제공된다. 실시양태에서, 본원에 기재된 임의의 박테리오파지 조성물을 설폰아마이드와 조합하여 투여함으로써 박테리아 감염을 치료하는 방법이 제공된다. 실시양태에서, 본원에 기재된 임의의 박테리오파지 조성물을 이미페넴과 조합하여 투여함으로써 박테리아 감염을 치료하는 방법이 제공된다. 실시양태에서, 본원에 기재된 임의의 박테리오파지 조성물을 메로페넴과 조합하여 투여함으로써 박테리아 감염을 치료하는 방법이 제공된다. 실시양태에서, 본원에 기재된 임의의 박테리오파지 조성물을 아미카신과 조합하여 투여함으로써 박테리아 감염을 치료하는 방법이 제공된다. 실시양태에서, 본원에 기재된 임의의 박테리오파지 조성물을 시프로플록사신과 조합하여 투여함으로써 박테리아 감염을 치료하는 방법이 제공된다. 실시양태에서, 본원에 기재된 임의의 박테리오파지 조성물을 레보플록사신과 조합하여 투여함으로써 박테리아 감염을 치료하는 방법이 제공된다. 실시양태에서, 본원에 기재된 임의의 박테리오파지 조성물을 토브라마이신과 조합하여 투여함으로써 박테리아 감염을 치료하는 방법이 제공된다. 실시양태에서, 본원에 기재된 임의의 박테리오파지 조성물을 아지스로마이신과 조합하여 투여함으로써 박테리아 감염을 치료하는 방법이 제공된다. 실시양태에서, 본원에 기재된 임의의 박테리오파지 조성물을 아즈트레오남과 조합하여 투여함으로써 박테리아 감염을 치료하는 방법이 본원에 제공된다. 실시양태에서, 본원에 기재된 임의의 박테리오파지 조성물을 콜리스틴과 조합하여 투여함으로써 박테리아 감염을 치료하는 방법이 제공된다. 실시양태에서, 본원에 기재된 임의의 박테리오파지 조성물을 흡입용 토브라마이신과 조합하여 투여함으로써 박테리아 감염을 치료하는 방법이 제공된다. 실시양태에서, 본원에 기재된 임의의 박테리오파지 조성물을 흡입용 아즈트레오남과 조합하여 투여함으로써 박테리아 감염을 치료하는 방법이 제공된다. 실시양태에서, 본원에 기재된 임의의 박테리오파지 조성물을 흡입용 콜리스틴과 조합하여 투여함으로써 박테리아 감염을 치료하는 방법이 제공된다. 본원에 기술된 하나 이상의 치료법은 명시적으로 배제될 수 있다.
일부 실시양태에서, 박테리오파지 조성물은 흡입을 통해 투여된다. 일부 실시양태에서, 박테리오파지 조성물은 분무를 통해 투여된다.
실시양태에서, 본원에 기술된 박테리오파지 또는 조성물 중 임의의 것을 대상체에게 투여하는 방법이 본원에 제공되며, 여기서 투여는 약 3 내지 약 24시간에 걸쳐 이루어진다. 실시양태에서, 박테리오파지는 3시간마다 대상체에게 투여된다. 실시양태에서, 박테리오파지는 4시간마다 대상체에게 투여된다. 실시양태에서, 박테리오파지는 5시간마다 대상체에게 투여된다. 실시양태에서, 박테리오파지는 6시간마다 대상체에게 투여된다. 실시양태에서, 박테리오파지는 7시간마다 대상체에게 투여된다. 실시양태에서, 박테리오파지는 8시간마다 대상체에게 투여된다. 실시양태에서, 박테리오파지는 9시간마다 대상체에게 투여된다. 실시양태에서, 박테리오파지는 10시간마다 대상체에게 투여된다. 실시양태에서, 박테리오파지는 11시간마다 대상체에게 투여된다. 일부 실시양태에서, 박테리오파지는 12시간마다 대상체에게 투여된다. 실시양태에서, 박테리오파지는 18시간마다 대상체에게 투여된다. 실시양태에서, 박테리오파지는 24시간마다 대상체에게 투여된다. 일부 실시양태에서, 박테리오파지는 적어도 1일 1회 대상체에게 투여된다. 시기에는 평가변수를 포함하여 인용된 범위 내의 모든 값이나 범위가 포함된다.
특정 실시양태에서, 박테리오파지 조성물은 적어도 6시간마다 투여된다.
일부 실시양태에서, 박테리오파지 조성물은 적어도 1일 동안 투여된다. 실시양태에서, 박테리오파지 조성물은 총 2일 동안 투여된다. 실시양태에서, 박테리오파지 조성물은 총 3일 동안 투여된다. 실시양태에서, 박테리오파지 조성물은 총 4일 동안 투여된다. 실시양태에서, 박테리오파지 조성물은 총 5일 동안 투여된다. 실시양태에서, 박테리오파지 조성물은 총 6일 동안 투여된다. 실시양태에서, 박테리오파지 조성물은 총 7일 동안 투여된다. 실시양태에서, 박테리오파지 조성물은 총 10일 동안 투여된다. 실시양태에서, 박테리오파지 조성물은 총 14일 동안 투여된다. 실시양태에서, 박테리오파지 조성물은 총 21일 동안 투여된다. 실시양태에서, 박테리오파지 조성물은 총 28일 동안 투여된다. 실시양태에서, 박테리오파지 조성물은 1일 내지 약 4주 동안 투여된다. 투여 기간은 평가변수를 포함하여 언급된 범위 내의 임의의 값 또는 하위 범위일 수 있다.
일부 실시양태에서, 본원에 기술된 박테리오파지 및/또는 조성물은 하나 이상의 정제된 알지네이트 분해효소와 조합하여 투여될 수 있다.
일부 실시양태에서, 대상체는 인간이다.
일부 실시양태에서, 대상체는 낭포성 섬유증(CF)을 앓고 있다. 일부 실시양태에서, 대상체는 비낭포성 섬유증 기관지확장증(NFCB)을 앓고 있다.
다른 실시양태에서, 본 개시내용은 또한 박테리아 감염을 갖는 대상체를 선택하는 단계, 및 대상체에게 유효량의 본원에 기술된 임의의 박테리오파지를 투여하는 단계를 포함하는 박테리아 감염을 치료하는 방법을 제공한다.
대상체는 다음 기준에 따라 선택할 수 있다. 일부 실시양태에서, 대상체는 슈도모나스 감염인 박테리아 감염을 가질 수 있다. 일부 실시양태에서, 박테리아 감염은 녹농균 감염이다. 일부 실시양태에서, 감염은 낭포성 섬유증 및/또는 폐렴을 포함할 수 있거나 이와 연관될 수 있으나 반드시 이에 국한되는 것은 아니다. 일부 실시양태에서, 감염은 낭포성 섬유증 및/또는 폐렴이 있는 경우의 박테리아 감염을 포함한다. 일부 실시양태에서, 감염은 비낭포성 섬유증 기관지확장증(NCFB)을 포함하거나 이와 연관될 수 있으나 반드시 이에 국한되는 것은 아니다. 일부 실시양태에서, 감염은 NCFB 및/또는 폐렴의 존재 하에 박테리아 감염을 포함한다. 일부 실시양태에서, 감염은 점액성, 또는 알지네이트의 과잉 생산을 포함한다. 일부 실시양태에서, 박테리아 감염은 생물막을 특징으로 한다. 일부 실시양태에서, 대상체는 항생제 저항성인 슈도모나스 감염을 가질 수 있다. 일부 실시양태에서, 대상체는 다중 항생제에 저항성이 있는 슈도모나스 감염을 가질 수 있다. 일부 실시양태에서, 대상체는 이전에 하나 이상의 항생제 또는 또 다른 항균 치료를 사용하여 박테리아 감염에 대해 치료를 받은 것에 기초하여 선택될 수 있다. 일부 실시양태에서 대상체는 초기 항생제 치료 또는 하나 이상의 항생제에 내성이 있거나 저항성이 있는 박테리아에 의한 감염을 기준으로 선택될 수 있다.
조작된 박테리오파지의 제조 방법
일부 실시양태에서, 본 개시내용은 박테리오파지를 제공하는 단계 및 세포외 다당류(EPS) 탈중합효소를 박테리오파지에 혼입시키는 단계를 포함하는, 조작된 박테리오파지를 제조하는 방법을 제공한다.
일부 실시양태에서, EPS 탈중합효소는 알지네이트 분해효소일 수 있으나 반드시 이에 국한되는 것은 아니다. 일부 실시양태에서, 알지네이트 분해효소는 본원의 다른 곳에서 상세히 기술된 바와 같이 Alg2A 또는 A1-III을 포함할 수 있으나 반드시 이에 국한되는 것은 아니다. 일부 실시양태에서, 본원에 기술된 알지네이트 분해효소 서열은 알지네이트 분해효소 유전자의 일부 또는 기능적 단편을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 서열은 전체 알지네이트 분해효소 유전자를 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 박테리오파지는 피크엠바이러스 속에 속한다. 일부 실시양태에서, 박테리오파지는 팍푸나바이러스 속에 속한다. 일부 실시양태에서, 박테리오파지는 브뤼노헤바이러스 속에 속한다. 일부 실시양태에서, 박테리오파지는 푸나바이러스 속에 속한다. 일부 실시양태에서, 박테리오파지는 루즈셉티마바이러스 속에 속한다. 일부 실시양태에서, 박테리오파지는 리투나바이러스 속에 속한다. 일부 실시양태에서, 박테리오파지는 난코쿠바이러스 속에 속한다.
일부 실시양태에서, 본원에 기술된 박테리오파지 및 조성물은 조절 요소를 암호화하며, 이는 프로모터, 시스-요소, 인핸서, 종결자 또는 인트론을 포함할 수 있으나 반드시 이에 국한되지는 않는다. 본 발명의 일부 양태에서, 삽입된 유전자 또는 EPS 탈중합효소를 암호화하는 핵산 및/또는 파지로부터의 유전자 발현은 핵산이 작동가능하게 연결된 프로모터에 의해 조절된다. 용어 "프로모터", "프로모터 영역" 또는 "프로모터 서열"은 RNA 중합효소에 결합하여 5'에서 3'("하류") 방향으로 유전자의 전사를 개시할 수 있는 핵산 서열을 지칭한다. 프로모터에 결합하는 RNA 중합효소가 유전자 전사의 근위 원인일 때 유전자는 프로모터의 "제어 하에" 또는 이에 "의해 조절"된다. 프로모터 또는 프로모터 영역은 일반적으로 RNA 중합효소 및 적절한 전사 개시에 필요한 기타 요인에 대한 인식 부위를 제공한다. 프로모터는 유전자의 게놈 사본의 5' 비번역 영역(5' UTR)으로부터 단리될 수 있다. 대안적으로, 프로모터는 공지된 DNA 요소를 변경함으로써 합성적으로 생성되거나 설계될 수 있다. 한 프로모터의 서열을 다른 프로모터의 서열과 결합하는 키메라 프로모터도 고려된다. 프로모터는 예를 들어 대사, 환경 또는 발달 조건에 기초한 발현 패턴에 의해 정의될 수 있다. 프로모터는 작동가능하게 연결된 전사가능 폴리뉴클레오타이드 분자(예를 들어, 코딩 서열)의 발현을 조절하기 위한 조절 요소로서 사용될 수 있다. RNA 중합효소(및 바람직하게는 다른 전사 인자)에 의해 인식되는 서열 외에도, 프로모터는 작동 가능하게 연결된 유전자의 전사에 영향을 미치는 시스 요소 또는 인핸서 도메인과 같은 조절 요소를 함유할 수도 있다. "바이러스 프로모터"는 바이러스 게놈 내에 위치하는 하나 이상의 유전자의 전사를 개시하는 천연 또는 비-천연 프로모터이다.
프로모터(들)는 구성적 프로모터(들) 및/또는 조건부 프로모터(들) 및/또는 유도성 프로모터(들) 및/또는 조직 특이적 프로모터(들)일 수 있다. 본원에 사용된 용어 "구성적" 프로모터는 대부분의 환경 및 발달 조건 하에서 활성인 프로모터를 의미한다. 구성적 프로모터는 가벼운 조성과 중간 조성 등 외부 환경에 관계없이 활동한다. 일부 예에서, 구성적 프로모터는 한 영양소의 존재 및 부재 하에서 활성이다. 예를 들어, 구성적 프로모터는 질소 고갈 조건뿐만 아니라 질소가 제한되지 않는 조건(질소 고갈 조건) 하에서도 활성(작동 가능하게 연결된 유전자의 전사를 매개함)인 프로모터일 수 있다. 반대로, "유도성" 프로모터는 특정 환경 조건(예를 들어, 영양소 또는 조절인자의 존재 또는 부재, 빛의 존재 등)에 반응하는 프로모터이다.
프로모터는 RNA 중합효소, pol I, pol II, pol III, T7, M13, 박테리아 시그마 인자(σ70, σ54, σS, σ32, σ19, σ28 또는 σ38)에 의해 인식되는 프로모터로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있으며, 예를 들어, Prrn, Plac, Ptac, Ptet, Pbla, Pcat, Pbad, PL 또는 당업자에게 공지된 임의의 천연 또는 합성, 구성적 또는 유도성 프로모터이다.
일부 실시양태에서, 프로모터는 박테리오파지에서 자연적으로 발생하는 프로모터이다. 따라서, 프로모터는 연결된 유전자와 동일한 종 (또는 일부 경우에는 동일한 유기체 또는 바이러스)으로부터 유래될 수 있으나, 천연 상태(예를 들어, 유전자 조작되지 않은 유기체 또는 바이러스의 게놈)에서 작동 가능하게 연결되지 않은 유전자에 작동 가능하게 연결된 프로모터는 본원에서 "이종 프로모터"로 지칭된다. 유사하게, 조작된 단백질의 단백질 국소화 서열 또는 단백질 도메인을 지칭할 때 "이종"은 국소화 서열 또는 단백질 도메인이 유전 공학에 의해 통합된 단백질과 상이한 단백질로부터 유래된다는 것을 의미한다.
본원에 사용된 바와 같이, 용어 "작동가능하게 연결된"은 제어 서열이 폴리뉴클레오타이드 서열의 코딩 서열에 대해 적절한 위치에 배치되어, 제어 서열이 폴리뉴클레오타이드 서열의 폴리펩타이드 및/또는 기능적 RNA의 코딩 서열의 발현을 지시하거나 조절하는 구성을 지칭한다. 따라서, 프로모터는 핵산 서열의 전사를 매개할 수 있다면 핵산 서열에 작동가능하게 연결된다. 숙주 세포에 도입될 때, 발현 카세트는 적합한 조건 하에서 암호화된 RNA 또는 폴리펩타이드의 전사 및/또는 번역을 초래할 수 있다. 번역되지 않거나 번역될 수 없는 안티센스 또는 센스 작제물은 해당 정의에 의해 제외되지 않는다. 이식유전자의 발현 및 내인성 유전자의 억제의 경우, 당업자는 삽입된 폴리뉴클레오타이드 서열이 동일할 필요는 없으며, 그것이 유래된 유전자의 서열과 실질적으로 동일할 수만 있다는 것을 인식할 것이다. 본원에 설명된 바와 같이, 해당 실질적으로 동일한 변이체는 특정 핵산 서열을 참조하여 구체적으로 포함된다.
본 발명의 일부 측면에서, 삽입된 유전자 또는 EPS 탈중합효소를 암호화하는 핵산 및/또는 파지로부터의 유전자 발현은 핵산이 작동가능하게 연결된 종결자에 의해 조절된다. 본원에 사용된 바와 같이, 용어 "종결자" 또는 "종결자 서열" 또는 "전사 종결자"는 RNA 중합효소가 전사를 정지하게 하는 유전자 서열의 조절 영역을 지칭한다. 일부 실시양태에서, 종결자는 박테리오파지에서 자연적으로 발생하는 종결자이다. 일부 실시양태에서, 종결자는 박테리오파지에서 자연적으로 발생하지 않는 종결자이다.
일부 실시양태에서, 본원에 기술된 조작된 바이러스는 코돈 최적화된 서열을 포함할 수 있다. 본원에 사용된 바와 같이, 용어 "코돈 최적화된"은 암호화된 단백질의 아미노산 서열을 변경하지 않고 상이한 코돈을 선택함으로써 야생형 또는 참조 폴리뉴클레오타이드, 핵산 서열, 또는 코딩 서열과 비교하여 폴리뉴클레오타이드, 핵산 서열, 또는 코딩 서열이 재설계된 것을 의미한다. 따라서, 코돈 최적화는 일반적으로 번역된 단백질의 아미노산 서열을 동일하게 유지하면서 단백질의 발현을 최적화하기 위해 코돈을 동의 코돈으로 대체하는 것을 지칭한다. 서열의 코돈 최적화는 예를 들어 암호화된 단백질의 단백질 발현 수준을 증가시킬 수 있고(Gustafsson 외, Codon bias and heterologous protein expression. 2004, Trends Biotechnol 22: 346-53), 기타 이점을 제공할 수 있다. 코돈 적응 지수(CAI)에 의해 측정된 코돈 사용 선호도, 예를 들어 U 및 기타 뉴클레오타이드의 존재 또는 빈도, mRNA 2차 구조, 시스-조절 서열, GC 함량 및 기타 변수와 같은 변수는 단백질 발현 수준과 상관관계가 있을 수 있다.(Villalobos 외, Gene Designer: a synthetic biology tool for constructing artificial DNA segments. 2006, BMC Bioinformatics 7:285).
코돈 최적화의 임의의 방법을 사용하여 본원에 제공된 폴리뉴클레오타이드 및 핵산 분자를 코돈 최적화할 수 있으며, 임의의 변수는 코돈 최적화에 의해 변경될 수 있다. 따라서, 코돈 최적화 방법의 임의의 조합이 사용될 수 있다. 예시적인 방법에는 높은 코돈 적응 지수(CAI) 방법, Low U 방법 등이 포함된다. CAI 방법은 전체 단백질 코딩 서열에 대해 가장 자주 사용되는 동의 코돈을 선택한다. 예를 들어, 각 아미노산에 대해 가장 자주 사용되는 코돈은 인간 게놈의 74,218개 단백질 코딩 유전자에서 도출될 수 있다. Low U 방법은 일반적으로 다른 코돈을 변경하지 않고 U 모이어티가 더 적은 동의 코돈으로 대체될 수 있는 U 함유 코돈을 표적으로 한다. 대체를 위한 선택사항이 2개 이상인 경우, 더 자주 사용되는 코돈을 선택할 수 있다. 본원에 제공된 임의의 폴리뉴클레오타이드, 핵산 서열 또는 코돈 서열은 코돈 최적화될 수 있다.
일부 실시양태에서, 본원에 기술된 임의의 EPS 탈중합효소 또는 알지네이트 분해효소는 필요에 따라 본원에 기술된 임의의 서열에 대해 코돈 최적화될 수 있다. 코돈을 최적화하기 위해 당업계에 공지된 임의의 방법이 사용될 수 있다.
본원에 기술된 조작된 파지는 박테리오파지를 포함하여 당업계에 공지된 바이러스를 유전적으로 조작하는 임의의 방법을 사용하여 제조될 수 있다. 비제한적인 예는 미국 특허 제5,811,093호, 제8,865,158호; 및 제10,837,004호에 제공되어 있으며, 이들 각각은 본원에 제공된 모든 방법, 조성물, 시약 및 기타 모든 정보에 대해 전체 내용이 참조로 본원에 포함되어 있다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용은 또한 본원에 기술된 임의의 조작된 박테리오파지의 유효량을 녹농균 생물막에 투여하고 생물막 질량의 감소를 결정하는 것을 포함하는, 조작된 박테리오파지의 알지네이트 분해효소 활성을 결정하기 위한 검정을 제공한다.
키트
일부 실시양태에서, 본 개시내용은 본원에 기재된 임의의 박테리오파지 또는 박테리오파지 조성물을 포함하는 하나 이상의 키트, 및 이를 사용하기 위한 설명서를 제공한다. 일부 실시양태에서, 키트는 박테리오파지 조성물과 공동투여하기 위한 하나 이상의 정제된 알지네이트 분해효소를 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 키트는 항생제를 추가로 포함할 수 있다. 적합한 항생제는 플루오로퀴놀론, 카바페넴, 아미노글리코사이드, 안사마이신, 세팔로스포린, 페니실린, 베타 락탐, 베타 락타마제 억제제, 엽산 경로 억제제, 후시단, 글리코펩타이드, 글리실사이클린, 린코사마이드, 리포펩타이드, 마크로라이드, 퀴놀론, 옥사졸리디논, 페니콜 포스폰산, 스트렙토그라민, 테트라사이클린, 설폰아마이드, 이미페넴, 메로페넴, 아미카신, 시프로플록사신, 레보플록사신, 토브라마이신, 아지스로마이신, 아즈트레오남, 콜리스틴, 흡입용 토브라마이신, 흡입용 아즈트레오남 및 흡입용 콜리스틴을 포함하나 이에 국한되지 않는다.
일부 실시양태에서, 키트는 하나 이상의 CFTR 조절제를 추가로 포함한다. 실시양태에서, CFTR 조절제는 이바카프토, 루마카프토/이바카프토, 테자카프토/이바카프토, 엘렉사카프토/테자카프토/이바카프토, 또는 이의 임의의 조합으로부터 선택될 수 있으나 반드시 이에 국한되는 것은 아니다.
일부 실시양태에서, 키트는 박테리오파지 또는 박테리오파지 조성물을 투여하는 수단을 추가로 포함할 수 있다. 수단은 하나 이상의 주사기, 경피 패치, 서방성 장치, 스프레이, 분무기, 흡입기 또는 호흡기를 포함할 수 있으나 반드시 이에 국한되지는 않는다.
일부 실시양태에서, 서방성 장치는 미니삼투압 펌프를 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 키트는 제2 박테리오파지 또는 박테리오파지 조성물을 추가로 포함할 수 있다.
실시예
실시예 1: 다양한 박테리오파지에서의 알지네이트 분해효소 활성
알지네이트 분해효소 A1-III 단편 70-399는 제대로 발현되지 않고 활성도 없으나 단편 54-412는 활성이 있다
스핑고모나스, 알리(Sphingomonas, aly)의 알지네이트 분해효소 유전자는 프리프로단백질(pre-pro-protein)을 생성한다. 전체 크기 단백질은 단백질분해로 절단되어 AlgL A1-II 및 A1-III을 생성한다. 후자는 알리의 박테리아성 알지네이트 분해 활성을 전달한다.
스핑고모나스 알리(알지네이트 분해효소) 유전자의 단편 70-399 또는 54-412를 C-말단 his-태그가 있는 대장균 발현 플라스미드에 클로닝하고 Ni 친화성 컬럼을 사용하여 정제했다. 단편 70-399는 대부분 불용성이었으며 정제를 위해 응집체의 변성 및 재접힘이 필요했다(도 5a). 스핑고모나스 알리(알지네이트 분해효소) 유전자의 단편 54-412를 C-말단 his-태그가 있는 대장균 발현 플라스미드에 클로닝하고 Ni 친화성 컬럼을 사용하여 정제했다. 단편 54-412는 가용성이었다(도 5b). 생성된 정제된 단백질은 변성 겔을 검사한 결과 순도가 99% 이상이었으며 해조류나 박테리아에서 알지네이트를 분해하는 능력을 테스트했다. 활성은 10mg/ml로 제조된 Sigma-Aldrich의 시판 알지네이트 분해 효소 제제(참조 A1603)의 활성과 비교했다. 활성은 2% 해조류 알지네이트를 함유한 한천 플레이트에서 평가했다. 5μl의 제제 또는 대조군 검체를 플레이트 표면에 도포하고 건조시킨 다음 30℃에서 4시간 동안 밤새 인큐베이션했다. 이어서 10% 세틸피리디늄 클로라이드(CPC)로 플레이트를 염색하고 흰색 침전물이 보이지 않는 후광으로 활성을 확인했다(도 5c). 녹농균의 점액성, 알지네이트 발현 균주의 미리 형성된 론에서도 활성을 평가했는데, 활성은 도포 부위에서 더 거칠고 투명한 론의 후광으로 나타났다. 도 5d는 균주 15840의 론에서 나타난 결과이다.
AlgL A1-III 단편 70-399를 발현하는 파지에는 알지네이트 분해효소 활성이 없다
파지 APBP4-4는 gp99의 하류에 삽입된 AlgL A1-III 단편 70-399에 대한 유전자를 보유하는 APBP4의 돌연변이체이지만 알지네이트 분해효소 활성을 나타내지 않는다. APBP17-1은 AlgL A1-III 단편 70-399에 대한 유전자를 보유하는 APBP17의 돌연변이체이며 또한 알지네이트 분해효소 활성을 나타내지 않는다.
파지 APBP1-1, APBP1-2, APBP3-1 및 APBP3-2는 강력한 알지네이트 분해효소 활성을 나타낸다
APBP1-1 및 APBP1-2는 알리의 단편 54-412가 gp82 유전자 바로 하류에 클로닝된 푸나바이러스 APBP1의 돌연변이체이다. APBP1-1은 대장균에 대해 코돈 최적화된 algL A1-III 버전을 가지고 있는 반면, APBP1-2에 클로닝된 유전자 버전은 녹농균(Pseudomonas aeruginosa, Pae)에 대해 코돈 최적화되어 있다. 둘 모두 C-말단에 6-His-태그를 갖는다. APBP3-1과 APBP3-2는 피크엠바이러스 APBP3의 돌연변이체이다. APBP3-1은 APBP1-2와 동일한 algL A1-III 대립유전자를 가지고 있다. APBP3-2는 APBP1-1과 동일한 algL A1-III 대립유전자를 가지고 있다. AlgL A1-III는 gp037의 하류에 삽입된다. 각 파지는 미리형성된 Pae 균주 15844 론 검정에서 알지네이트 분해효소 활성을 나타내는 반면, 모 파지는 전혀 활성을 나타내지 않는다. 도 2a는 녹농균(균주 15844)의 미리 형성된 점액성 알지네이트 발현 균주에서 발견된 파지의 상면 조사를 보여주며, 여기서 활성은 도포 부위에서 패인 부분 또는 만입 론으로 나타난다. 도 2b는 13a에서 보이는 동일한 플레이트의 저면 조사를 보여주며, 여기서 점액성의 미리 형성된 론에 발견된 파지, 녹농균(균주 15844)의 알지네이트 발현 균주는 도포 부위의 론에 원형 패임으로 볼 수 있다.
APBP1-1, APBP1-2, APBP3-1 또는 APBP3-2의 용해물에서 AlgL A1-III-His6의 웨스턴 블롯 검출
SDS-PAGE를 변성시키기 위해 각 파지의 전체 용해물을 제조하고, 전기영동하고, PVDF 막으로 옮겼으며, His-태그에 대한 1차 항체와 적절한 HRP-접합 2차 항체를 사용하여 His-태그된 단백질을 밝혀냈다. 알지네이트 분해효소(AlgL) A1-III 단편 54-412는 약 37kDa 밴드로 나타난다(도 3).
파지 APBP1-1, APBP1-2, APBP3-1 및 APBP3-2의 성장은 AlgL A1-III의 발현에 의해 변경되지 않는다
APBP3-1 및 APBP3-2의 용해물은 숙주인 녹농균 균주 7299의 론에서 골라낸 단일 플라크에서 시작하여 기하급수적으로 성장하는 녹농균 균주 7299의 배양물에 재현탁되었으며 모 파지 APBP3와 동일한 역가에 도달했다. APBP1-1 및 APBP1-2는 모 파지 APBP1의 역가보다 약 10배 낮은 역가로 성장하였다(도 12).
파지 APBP1-1, APBP1-2, APBP3-1 및 APBP3-2의 숙주 범위는 AlgL A1-III의 발현에 의해 확장되었다(도 13a 내지 13f 참조).
실시예 2: 조작된 박테리오파지의 생성 방법
게놈으로부터 알지네이트 분해효소를 발현하는 조작된 박테리오파지를 생성하는 한 가지 방법은 표적 파지 게놈의 두 단편 사이에 클로닝된 적절한 발현 신호(프로모터 및/또는 리보솜 결합 부위)와 함께 알지네이트 분해효소 유전자를 운반하는 플라스미드를 구축하여 알지네이트 분해효소 유전자를 야생형 파지의 상응하는 유전자좌와 상동재조합을 통해 적절한 유전자좌로 이동시키게 되는 것을 포함한다. 해당 소위 "상동성 아암"은 50bp만큼 짧고 2kb만큼 길 수 있지만 일반적으로 약 500bp이다. 또한, 플라스미드는 구성적 발현 하에 단일 가이드 RNA(sgRNA)를 운반한다. sgRNA는 프로그래밍 가능한 Cas9 뉴클레아제와 함께 작동하여 sgRNA가 상보적인 서열 하류의 몇 가지 염기쌍을 절단하는 이중 가닥 절단을 수행하는 합성 가이드 RNA이다. 따라서 sgRNA/Cas9 복합체는 특정 서열에 대한 역선택 시스템으로 사용될 수 있는 서열 지정 뉴클레아제를 나타낸다. 여기서, sgRNA/Cas9는 야생형 표적 파지를 역선택하고 알지네이트 분해효소 유전자를 획득한 재조합체의 성장을 선호하기 위해 사용되었다. 이는 sgRNA/Cas9 복합체가 재조합 게놈을 표적화 할 수 없도록 재조합 과정 중에 파괴되거나 결실되는 gRNA 서열을 선택함으로써 달성되었다. sgRNA의 설계는 당업자에게 잘 공지되어 있다. Cas9는 표적 파지에 민감하고 IPTG 유도성 프로모터로부터 Cas9를 발현하는 특별히 작제된 녹농균 균주에 제공된다. 상동성 아암 주변 알지네이트 분해효소 및 sgRNA를 운반하는 플라스미드는 적절한 Cas9 발현 균주로 형질전환되었다. 생성된 형질전환체를 IPTG 존재하에 성장시키고 야생형 파지로 감염시켰다. 이어서 생성된 용해물을 표적 파지용 숙주의 론에 플레이팅하고 개별 플라크는 표적 좌위 내 알지네이트 분해효소 유전자의 존재에 대해 분석되었다. 재조합의 겉보기 효율은 1 내지 100% 범위였으며 가장 일반적으로 약 10%였다(1/10 파지 플라크가 올바른 재조합체였다). 알지네이트 분해효소 유전자의 적절한 삽입에 대한 분석은 기능적, PCR 기반일 수 있고/거나 예를 들어 Illumina NGS를 사용하여 전체 게놈 서열분석을 통해 수행될 수 있다.
조작된 박테리오파지를 생성하는 또 다른 방법은 Ando 외(US2015/0064770 A1)의 연구에 의존한다. 간단히 말하면, 표적 파지의 전체 게놈은 20-500bp(가장 이상적으로는 50bp)만큼 중첩되는 조각으로 PCR에 의해 증폭된다. 파지 게놈의 각 말단에서 증폭에 사용되는 올리고뉴클레오타이드는 효모 인공 염색체(YAC)와 상동성을 가지고 있다. 모든 중첩된 파지 게놈 단편과 효모 사카로마이세스 세레비지애(Saccharomyces cerevisiae)의 적절한 YAC의 공동 변환은 전체 파지 게놈이 그 내부에서 재조립된 YAC 단편(가장 일반적으로 류신 영양요구성)에 존재하는 선택 마커를 사용하여 선택할 수 있는 효모 복제 원형 플라스미드의 조립을 유도한다. 효모와 박테리아는 완전히 다른 유전자 발현 기계를 가지고 있기 때문에 파지 게놈은 비활성 상태로 유지된다. 이어서 재작제된 파지-YAC는 효모 세포에서 추출되어 매우 유능한 박테리아 균주(가장 일반적으로 대장균 DH10B 또는 그 파생물)로 변환될 수 있으며, 여기서 재활성화되어 적절한 숙주 상에 플레이팅 될 수 있는 자손을 생산하게 되며; 이 경우에 녹농균을 재배하고 정확성을 분석했다. PCR 올리고뉴클레오타이드는 파지 게놈의 어느 곳에서나 선택되어 중복되는 게놈 단편을 생성할 수 있으므로 파지의 어느 곳에서나 삽입, 삭제 또는 돌연변이를 만들고 단일 재조립 실험에서 여러 변형을 만드는 것이 가능하다(예를 들어, 서열을 다른 서열로 대체하거나 게놈의 다른 곳에 다른 서열을 삽입하면서 한 유전자좌의 서열을 삭제하는 것이다). 적절한 프라이머 설계를 사용하면 다음 요구 사항이 충족되는 한 표적 파지 게놈의 원하는 위치에 알지네이트 분해효소 유전자를 삽입할 수 있다: 1) 각 연속 PCR 단편 사이에 최소 20bp 중첩이 유지된다; 2) 재작제된 게놈에서 필수 파지 기능이 비활성화되지 않는다.
실시예 3: 특정 조작된 박테리오파지
A1-III는 스핑고모나스 sp.(Sphingomonas sp.)의 N-말단 단편이며, 알지네이트 분해효소 알리(수탁 번호 BAB03312)는 알리의 아미노산 54-412에 해당한다. 조작된 파지에서 코딩 공간을 절약하기 위한 시도로, 단편 70-399(도 4)의 클로닝을 시도했지만 알지네이트 활성을 나타내지 않았다. 그러나 단편 54-412와 54-408 모두 알지네이트 분해효소 활성을 생산했다. 일부 작제물에서는 항-His-태그 항체를 사용한 검출 또는 정제를 위해 C-말단 His6 태그가 첨부되었다. 도 4의 삽입 그림은 아미노산 수준에서 연구된 다양한 A1-III 단편의 C-말단 주위의 여러 서열 간의 차이를 보여준다.
스핑고모나스(Sphingomonas), 알리의 알지네이트 분해효소 유전자는 프리프로단백질을 생산한다. 전체 크기 단백질은 단백질 분해에 의해 절단되어 AlgL A1-II 및 A1-III을 생성한다. 후자는 알리의 박테리아성 알지네이트 분해 활성을 전달한다. 스핑고모나스 알리(알지네이트 분해효소) 유전자의 단편 70-399 또는 54-412를 C-말단 His6-태그를 갖는 대장균 발현 플라스미드에 클로닝하고 Ni 친화성 컬럼을 사용하여 정제했다. 단편 70-399는 대부분 불용성이었으며 응집체의 변성과 정제를 위한 재접힘이 필요했다(도 5a). A1-III 단편 54-412는 웨스턴 블롯에서 정확한 크기의 밴드를 보여주며, 이는 이것이 발현되었음을 나타낸다(도 5b). 생성된 정제된 단백질은 변성 겔을 조사한 결과 99% 이상의 순도를 나타냈으며 해조류 또는 박테리아에서 알지네이트를 분해하는 능력을 테스트했다. 활성은 10mg/ml로 제조된 Sigma-Aldrich(참조 A1603)의 시판되는 알지네이트 분해효소 제형물의 활성과 비교되었다. 활성은 2% 해조류 알지네이트를 함유한 한천 플레이트에서 평가되었다. 5μl의 제조 검체 또는 대조 검체를 플레이트 표면에 도포하고 건조시킨 다음 30℃에서 4시간에서 밤새 배양했다. 플레이트는 최종적으로 인산칼슘 시멘트(CPC)로 염색되었으며 활성은 흰색 침전물이 보이지 않는 후광으로 나타났다(도 5c). 활성은 또한 도포 부위에서 더 거칠고 더 투명한 론의 후광으로 활동이 나타나는 녹농균의 점액성 알지네이트 발현 균주의 미리 형성된 론에서 평가되었다. 결과는 알지네이트 생산 녹농균 균주 15844의 점액성 론에 제시되어 있다(도 5d).
알지네이트 분해효소 A1-III는 APBP4 gp13.1의 하류에서 조작되었을 때 gp13과의 융합 단백질로 발현되었다. 도 6a는 A1-III 알지네이트 분해효소 페이로드를 운반하는 조작된 파지의 용해물의 웨스턴 블롯을 보여준다. 조작된 파지를 사용하여 MOI 1에서 기하급수적으로 성장하는 녹농균 임상 단리주 DCF47 배양물을 감염시켰다. 파지와 숙주 박테리아 세포를 함께 성장시키고 37℃에서 진탕한 후 감염 후 250분에 수확했다. 용해물을 원심분리하여 세포 잔해를 농축했다. 세포 펠렛과 상청액을 분리하고 -80℃에서 동결시켰다. 이후 각 검체를 SDS-PAGE 변성용으로 제조하고, 전기영동하고, PVDF 막으로 옮긴 후에, A1-III에 대한 1차 항체와 적절한 알칼리성 포스파타제 2차 항체를 사용하여 A1-III 단백질을 확인했다. 알지네이트 분해효소 A1-III 단편 54-412는 약 37 kDa 밴드로 표시된다. 11번과 12번 레인에 있는 APBP4-4(APBP4(gp13.1 A1-III gp13))에 대한 밴드는 약 43kDa 대신 약 55kDa에 나타나는데, 이는 A1-III 페이로드가 삽입된 유전자를 읽었기 때문일 가능성이 크다. 이는 정확한 크기의 A1-III 단백질만 생성되는 것이 아니라 융합 단백질이 생성된다는 것을 나타낸다. 도 6b는 A1-III의 C-말단 주변의 DNA 서열을 보여주며, A1-III-His6의 TGA 정지 코돈을 트랜스리딩하는 것이 어떻게 19 aa 길이의 "항 종결 링커"을 통해 gp13과의 인프레임 융합 단백질로 이어질 수 있는지를 보여준다. 도 6c는 APBP4-4의 용해물에서 생성된 A1-III-His6-링커-gp13 융합 단백질의 추정 서열을 보여준다. 굵은 글씨의 잔기는 A1-III-His6 서열에 해당하고 밑줄 친 잔기는 gp13에 해당하며 회색 잔기는 추정 링커를 나타내고 검정색으로 강조 표시된 트립토판 잔기는 세포가 A1-III-His6의 TGA 정지 코돈을 잘못 읽을 수 있는 가능성이 높다.. APBP4-4는 알지네이트 생산 녹농균 균주 15844의 점액성 론에서 활성을 나타내지 않으며, 이는 융합 단백질이 비기능적임을 나타낸다(도 6d).
A1-III 알지네이트 분해효소 페이로드를 운반하는 조작된 파지가 생성되었다. 조작된 파지를 사용하여 MOI 1에서 녹농균 균주 7193 또는 임상 분리주 DCF47의 기하급수적으로 성장하는 배양물을 감염시켰다. 파지와 숙주 박테리아 세포를 함께 성장시키고 37℃에서 진탕한 후 감염 후 250분에 수확했다. 용해물을 원심분리하여 세포 잔해를 농축했다. 세포 펠렛과 상청액을 분리하고 -80℃에서 동결시켰다. 이후 각 검체를 SDS-PAGE 변성용으로 제조하고, 전기영동하고, PVDF 막으로 옮겼으며, A1-III에 대한 1차 항체와 적절한 알칼리성 포스파타제 2차 항체를 사용하여 A1-III 단백질을 확인했다. 조작된 APBP4의 해당 버전은 정확한 크기의 밴드를 보여주며(도 7), 이는 A1-III 발현 및 주변 단백질과의 융합이 없음을 나타낸다.
알지네이트 분해효소 A1-III에 대한 두 개의 코돈 사용 매트릭스를 파지 내로 클로닝했다. 둘 다 APBP1의 동일한 유전자좌에 복제되어 APBP1-1 및 APBP1-2를 생성했다. 서열번호: 34는 서열번호: 35보다 더 높은 GC 함량을 갖고, 아마도 녹농균에서의 발현에 더 최적화되어 있을 것이나, 반면 서열번호: 35는 대장균 k-12에서의 발현에 더욱 최적화되어 있다. 전반적으로, 두 유전자는 동일한 단백질을 암호화하지만 DNA 수준에서는 80.1%만 동일하다(도 8a). 파지 APBP1에 조작된 A1-III의 코돈 최적화 두 가지 모두 녹농균 15844의 점액성 론에서 알지네이트 분해효소 활성을 보여주었다(도 8b).
A1-III의 다양한 구성을 발현하는 조작된 파지의 용해물로부터의 알지네이트 분해효소 활성 프로파일의 예가 도 9a 내지 9i에 도시되어 있다. 활성이 도포 부위에서 더 거칠고 더 투명한 론의 후광으로 나타나는 녹농균의 점액성 알지네이트 발현 균주의 미리 형성된 론에서 평가되었다. 결과는 도 9a 내지 9i에 나타난 결과는 균주 15844의 론 상에서 관찰되었다. 단편 70-399는 파지 APBP4(도 9a) 또는 APBP17(도 9b)의 게놈으로 조작되었을 때 활성을 나타내지 않았다. A1-III의 54-408 및 54-412 단편은 다음 5개의 다른 파지 중 임의의 것에서 활성을 나타낸다: APBP1에 클로닝된 서열번호: 35의 54-408 단편(도 9c); APBP4에 클로닝된 서열번호: 35로부터의 54-412 단편(도 9d); APBP18(도 9e) 및 APBP1(도 9f)에 클로닝된 C-말단 His6-태그를 갖는 서열번호: 35로부터의 54-412 단편; APBP3(도 9g 및 9i) 및 APBP1(도 9h)에 클로닝된 C-말단 His6-태그를 갖는 서열번호: 34로부터의 54-412 단편.
이후 여러 실험은 유전자가 N-말단 신호 서열을 유지하는지, C-말단 His6 태그로 태그되는지, 또는 4개의 상이한 유전자에 의해 암호화되는지 여부에 관계없이 다수의 파지에서 발현된 플라보박테리움 Alg2A(수탁 번호 AEB69783)가 알지네이트 분해효소 활성을 갖는다는 것을 보여주었다. C-말단 His 태그를 갖는 전장 Alg2A를 발현하는 파지는 모두 알지네이트-생산 녹농균 균주 15844의 점액성 론에서 알지네이트 분해효소 활성을 나타내는 용해물을 생성한다(도 10b). His6-태그 없이 절단된 신호 서열-결실 버전의 Alg2A23-288을 발현하는 파지는 모두 알지네이트 생산 녹농균 균주 15844의 점액성 론에서 알지네이트 분해효소 활성을 나타내는 용해물을 생성한다(도 10c). 4개의 상이한 코돈 사용 매트릭스를 사용하여 alg2A 유전자를 합성하고 이를 파지 APBP3에 클로닝했다. 서열번호: 36은 대장균 k-12, 대장균 B의 경우 서열번호: 37, 폐렴구균(S. pneumoniae)의 경우 서열번호: 38, 및 살모넬라 엔테리카 혈청형 티피무리움(S. Enterica serovar Typhimurium)의 경우 서열번호: 39에서의 발현을 위해 최적화된 것으로 추정된다. 유전자는 서로 75-9-77.9% 동일하다(도 10d). 서열번호: 37, 서열번호: 38, 또는 서열번호: 39로부터 Alg2A23-288을 발현하는 APBP3-유래 파지는 알지네이트 생산 녹농균 균주 15844의 점액성 론에서 알지네이트 분해효소 활성을 나타내는 용해물을 생산한다(도 10e).
A1-III 또는 Alg2A 알지네이트 분해효소로 조작된 파지 칵테일이 효소 활성을 갖는지 여부를 확인하기 위해 미리 형성된 녹농균 FRD1의 점액성 론을 10 마이크로리터의 파지 조합물로 점찍은 다음 사진을 찍기 전에 30℃에서 인큐베이션했다. 도 11의 가장 왼쪽 지점은 야생형 모 파지: APBP4, APBP1, APBP2, APBP6 및 APBP3의 조합물이다. 점액성 론이 클리어링된 모습은 보이지 않는다. 중앙 지점은 A1-III: APBP2-1, APBP3-6, APBP6-1, APBP1-4, APBP4-5를 발현하도록 조작된 동일한 파지의 조합물이다. 점액성 론의 반짝이는 표면에 빈틈이 보이는데, 이는 효소가 이용 가능한 알지네이트를 소화했음을 암시한다. 오른쪽 지점은 APBP2-2, APBP3-5, APBP6-3, APBP1-5, APBP4-6와 같은 Alg2A를 발현하도록 조작된 파지의 조합물이다. 점액성 론의 반짝이는 표면에 패인 부분 같은 공간이 보이는데, 이는 알지네이트 분해효소 활성이 증가했음을 암시한다.
테스트된 각 파지들은 알지네이트 분해효소를 발현하지 않는 모 파지 APBP1 및 APBP3과 동일한 역가에 도달했는데, 이는 파지 APBP1-1, APBP1-2, APBP3-1 및 APBP3-2의 성장이 알지네이트 분해효소 단백질 A1-III의 발현에 의해 변경되지 않음을 시사한다(도 12). 역가는 플라크 형성 단위(PFU) 수와 각 용해물에 대한 희석 인자로부터 계산되었다.
알지네이트 분해효소 A1-III의 발현이 숙주 범위의 파지에 미치는 영향을 결정하기 위해, 먼저 숙주인 녹농균 7299에서 모 파지 및 이들의 조작된 유도체의 용해물의 역가를 측정했다. 모든 파지와 모든 플레이트에 대해 희석 시리즈는 10배 단계이다. 도 13a에 나타난 바와 같이, 파지 APBP3-1, 야생형 APBP3, APBP1-1, APBP1-2 및 야생형 APBP1은 모두 동일한 역가를 생성하였다. 녹농균 균주 PS 30에서, APBP3-1은 10-2 희석까지 제거되는 것을 나타내는 반면, 그의 모 APBP3은 해당 균주에서 플라크를 전혀 생성하지 않는다(도 13b). 유사하게, APBP1-1 및 APBP1-2는 녹농균 균주 PS 30에 플라크를 생성하는 반면, 이들의 모 APBP1은 생성하지 않는다(도 13b). APBP1-1 및 APBP1-2는 이의 모 APBP1과 비교하여 녹농균 균주 7176에 대한 개선된 제거를 나타낸다(도 13c). APBP1-1 및 APBP1-2 플라크는 녹농균 균주 15843에서 10-7 희석(약 2E8 PFU/ml)으로 감소한 반면 모 APBP1 플라크는 10-6 희석(약 2E7 PFU/ml)으로 약 10배 감소했다(도 13d). 녹농균 균주 15839에서, APBP3-1은 제거를 나타내는 반면, 그의 모 APBP3은 이 균주에서 플라크를 전혀 생성하지 않는다(도 13e). APBP1-1 및 APBP1-2는 또한 녹농균 균주 15839에서 제거를 생성하는 반면, 이들의 모 APBP1은 그렇지 않다(도 13e). APBP3-1은 녹농균 균주 15840에서 모 APBP3에 비해 증가된 제거를 나타낸다(도 13f). APBP1-1 및 APBP1-2는 또한 APBP1과 비교하여 녹농균 균주 15840에 대한 개선된 제거를 나타낸다(도 13f). 해당 결과는 파지 APBP1-1, APBP1-2, APBP3-1 및 APBP3-2의 숙주 범위가 알지네이트 분해효소 A1-III의 발현에 의해 확장된다는 것을 시사한다.
네 가지 다른 녹농균 균주를 MBEC(최소 생물막 박멸 농도) 검정 키트를 사용하여 못에 생물막으로 배양했다(Innovotech MBEC 검정 키트 또는 당업자에게 알려진 기타 유사한 검정 키트를 사용할 수 있음). 5파지 칵테일(AP-PA02)의 세 가지 버전이 각각 생물막에 도포되었다. 처리 후, 생물막을 세척하고 크리스탈 바이올렛으로 염색했다. 균주를 추출한 다음 OD595에서 밀도를 분석했다. A1-III(Eng-A1-III) 또는 Alg2A(Eng-Alg2A)를 발현하는 파지를 포함하는 조작된 파지의 두 칵테일은 생물막 파괴가 균주 1에서 증가하여 야생형 파지 칵테일에 비해 최대 30% 증가한 것으로 나타났다(WT; 도 14). 해당 결과는 조작된 파지로 처리된 생물막이 야생형 파지 대응물로 처리된 생물막보다 더 많이 파괴된다는 것을 시사한다.
gp038 과 gp039 사이에 A1-III을 통합하기 위한 A1-III을 운반하는 발현 플라스미드 pLIX36과 APBP6 사이의 재조합이 도 15a에 나타나 있으며, APBP6의 염기쌍 20585의 상류 520bp(상류 상동성 아암, gp038의 말단), A1-III 유전자 및 염기쌍 20586의 하류 500bp(하류 상동성 아암, gp039의 시작)를 보유한 플라스미드 pLIX36을 운반하는 균주에 APBP6을 감염시켜 플라스미드와 파지 간의 재조합을 허용하고 A1-III이 bp T20585를 대체하는 조작된 APBP6 유도체를 생성했다. gp005 와 gp006 사이에 A1-III을 통합하기 위한 pLIX46과 APBP6 사이의 재조합이 도 15b에 나타나 있으며, APBP6의 염기쌍 2501의 상류 437bp(상류 상동성 아암; gp003-005), A1-III 유전자 및 염기쌍 2540의 하류 501bp(하류 상동성 아암; gp039의 시작)를 보유한 플라스미드 pLIX46을 운반하는 균주를 APBP6에 감염시켜 플라스미드와 파지 간의 재조합을 허용하고 A1-III이 bp 2502-2539를 대체하는 조작된 APBP6 유도체를 생성했다.
pLIX36 함유 균주에서 성장한 후 플라스미드가 없는 숙주에서 계대배양된 APBP6 용해물에 삽입된 A1-III의 존재를 확인하기 위해 PCR 검정을 수행했다. 약 1.1kb 밴드는 조작된 파지의 존재를 나타낸다(도 15c). pLIX36의 존재 하에 성장한 APBP6 용해물을 연속적으로 희석하고 조작된 파지의 존재에 대해 PCR로 검정했다. 그런 다음 재조합 용해물을 pLIX36 없이 APBP6의 숙주에 계대배양하고 다시 PCR로 검정했다(도 15c). 재조합체는 더 이상 검출되지 않았으며, 이는 조작된 파지가 pLIX36 없이 배양될 때 생존 가능하지 않음을 나타낸다. 또한 pLIX46 함유 균주에서 성장한 APBP6 용해물에 삽입된 A1-III의 존재를 확인하기 위해 PCR 검정을 수행한 다음 플라스미드가 없는 숙주에서 계대배양했다. 약 1.1kb 밴드는 조작된 파지의 존재를 나타낸다(도 15d). pLIX46의 존재 하에 성장한 APBP6 용해물을 연속적으로 희석하고 조작된 파지의 존재에 대해 PCR로 검정했다. 그런 다음 재조합 용해물을 pLIX46 없이 APBP6의 숙주에 통과시키고 다시 PCR로 검정했다. 재조합체는 여전히 검출 가능했으며, 이는 조작된 파지가 pLIX36 없이 배양되었을 때 생존 가능했음을 나타낸다(도 15d). 해당 결과는 APBP6에서 A1-III의 조작이 gp038/gp039 및 gp005/gp006 유전자좌 모두에서 가능하지만 효소의 실행 가능한 발현은 gp005/gp006 유전자좌에서만 발생함을 시사한다.
도 16은 alg2A 23-288 알지네이트 분해효소 유전자를 보유하는 조작된 파지의 용해물의 웨스턴 블롯을 보여준다. 조작된 파지를 사용하여 박테리아 숙주인 녹농균 임상 단리주 7193 또는 DCF47의 기하급수적으로 성장하는 배양물을 MOI 1에서 감염시켰다. 파지와 숙주 박테리아 세포를 함께 성장시키고 37℃에서 진탕시킨 후 감염 후 250분 후에 수확했다. 용해물은 용해된 세포와 배지의 파지로 구성되었다. 용해물을 펠렛과 상청액으로 분리하기 위해 원심분리하여 세포 잔해를 농축했다. 세포 펠렛과 상청액을 분리하고 -80℃에서 동결시켰다. 이후 각 검체를 SDS-PAGE 변성용으로 제조하고, 전기영동하고, PVDF 막으로 옮겼으며, Alg2A 단백질은 A1-III에 대한 1차 항체와 적절한 알칼리성 포스파타제 2차 항체를 사용하여 확인되었다. 알지네이트 분해효소 Alg2A 단편은 약 32kDa 밴드로 표시된다. ELISA 단백질 정량 데이터는 도 16의 차트의 가장 오른쪽 열에 표시되어 있으며, 이는 단백질 수준이 약학적으로 관련이 있음을 나타낸다. 해당 결과는 조작된 파지 ABP4-6, ABP18-2, ABP6-3이 알지네이트 분해효소 단백질 Alg2A23-288을 발현한다는 것을 시사한다.
도 17은 alg2A 23-288 알지네이트 분해효소 유전자의 다양한 버전을 보유하는 조작된 파지의 용해물의 웨스턴 블롯을 보여준다. 조작된 파지를 사용하여 박테리아 숙주인 녹농균 임상 단리주 7193 또는 DCF47의 기하급수적으로 성장하는 배양물을 MOI 1로 감염시켰다. 파지와 숙주 박테리아 세포를 함께 성장시키고 37℃에서 진탕시킨 후 감염 후 250분 후에 수확했다. 용해물은 용해된 세포와 배지의 파지로 구성되었다. 용해물을 펠렛과 상청액으로 분리하기 위해 원심분리하여 세포 잔해를 농축했다. 세포 펠렛과 상청액을 분리하고 -80℃에서 동결시켰다. 이후 각 검체를 SDS-PAGE 변성용으로 제조하고, 전기영동하고, PVDF 막으로 옮겼으며, Alg2A 단백질은 A1-III에 대한 1차 항체와 적절한 알칼리성 포스파타제 2차 항체를 사용하여 확인되었다. 전체 길이의 Alg2A 단백질은 약 35kDa 밴드로 나타나는 반면, Alg2A23-288 단편은 약 32kDa 밴드로 이동한다. ELISA 단백질 정량 데이터는 도 17의 차트의 가장 오른쪽 열에 표시되어 있으며, 이는 단백질 수준이 약학적으로 관련이 있음을 나타낸다. 해당 결과는 조작된 파지 APBP3-5 및 APBP1-5가 각각 알지네이트 분해효소 단백질 Alg2A1-288 및 Alg2A23-288을 발현한다는 것을 시사한다.
도 18은 A1-III 54-412 또는 A1-III 54-408 알지네이트 분해효소 유전자를 운반하는 조작된 파지의 용해물의 웨스턴 블롯을 보여준다. 조작된 파지를 사용하여 박테리아 숙주인 녹농균 임상 단리주 7193 또는 DCF47의 기하급수적으로 성장하는 배양물을 MOI 1에서 감염시켰다. 파지와 숙주 박테리아 세포를 함께 성장시키고 37℃에서 진탕시킨 후 감염 후 250분 후에 수확했다. 용해물은 용해된 세포와 배지의 파지로 구성되었다. 용해물을 펠렛과 상청액으로 분리하기 위해 원심분리하여 세포 잔해를 농축했다. 세포 펠렛과 상청액을 분리하고 -80℃에서 동결시켰다. 이후 각 검체를 변성 SDS-PAGE용으로 제조하고, 전기영동하고, PVDF 막으로 옮겼으며, A1-III에 대한 1차 항체와 적절한 알칼리성 포스파타제 2차 항체를 사용하여 Alg2A 단백질을 확인했다. 알지네이트 분해효소 A1-III 단편은 약 40kDa 밴드로 표시된다. 해당 결과는 조작된 파지 APBP18-1, APBP4-7 및 APBP6-1이 알지네이트 분해효소 단백질 A1-III54-412를 발현하고, APBP3-6은 알지네이트 분해효소 단백질 A1-III54-412-His6을 생성하며, APBP1-4는 알지네이트 분해효소 단백질 A1-III54-408을 발현한다.
상기 명세서에 언급된 모든 간행물은 본원에 참고로 포함된다. 본 발명의 기술된 방법 및 시스템의 다양한 수정 및 변형은 본 발명의 범위 및 사상을 벗어나지 않고 당업자에게 명백할 것이다. 본 발명은 특정의 바람직한 실시양태와 관련하여 기술되었지만, 청구된 본 발명은 그러한 특정 실시양태에 과도하게 제한되어서는 안 된다는 것이 이해되어야 한다. 실제로, 생화학 및 생명공학 또는 관련 분야의 당업자에게 명백한 본 발명을 수행하기 위해 기술된 모드의 다양한 변형은 청구범위의 범위 내에 있는 것으로 의도된다.
Claims (91)
- 박테리오파지로서, 세포외 다당류(EPS) 탈중합효소를 발현하도록 조작된, 박테리오파지.
- 제1항에 있어서, EPS 탈중합효소는 서열번호: 20, 서열번호: 21, 서열번호: 22, 서열번호: 23, 서열번호: 24, 서열번호: 25, 서열번호: 36, 또는 서열번호: 59, 또는 서열번호: 20의 서열과 적어도 90% 동일성, 서열번호: 21의 서열과 적어도 90% 동일성, 서열번호: 22의 서열과 적어도 90% 동일성, 서열번호: 23의 서열과 적어도 90% 동일성, 서열번호: 24의 서열과 적어도 90% 동일성, 서열번호: 25의 서열과 적어도 90% 동일성, 서열번호: 36의 서열과 적어도 90%의 동일성, 또는 서열번호: 59의 서열과 적어도 90%의 동일성을 갖는 서열 중에서 선택되는 뉴클레오타이드 서열로부터 발현되는, 박테리오파지.
- 제1항 또는 제2항에 있어서, EPS 탈중합효소가 알지네이트 분해효소인, 박테리오파지.
- 제3항에 있어서, 알지네이트 분해효소가 Alg2A 또는 A1-III을 포함하는, 박테리오파지.
- 제4항에 있어서, 알지네이트 분해효소가 Alg2A를 포함하는, 박테리오파지.
- 제4항에 있어서, 알지네이트 분해효소가 A1-III을 포함하는, 박테리오파지.
- 제1항 내지 제6항 중 어느 한 항에 있어서, 박테리오파지가 개선된 숙주 범위를 보여주는, 박테리오파지.
- 제1항 내지 제7항 중 어느 한 항에 있어서, 박테리오파지가 피크엠바이러스(Phikmvvirus) 속에 속하는, 박테리오파지.
- 제1항 내지 제7항 중 어느 한 항에 있어서, 박테리오파지가 팍푸나바이러스(Pakpunavirus) 속에 속하는, 박테리오파지.
- 제1항 내지 제7항 중 어느 한 항에 있어서, 박테리오파지가 브뤼노헤바이러스(Bruynoghevirus) 속에 속하는, 박테리오파지.
- 제1항 내지 제7항 중 어느 한 항에 있어서, 박테리오파지가 푸나바이러스(Pbunavirus) 속에 속하는, 박테리오파지.
- 제1항 내지 제11항 중 어느 한 항에 있어서, 박테리오파지가 녹농균(Pseudomonas aeruginosa)을 표적으로 하는, 박테리오파지.
- 제12항에 있어서, 박테리오파지가 녹농균, 항생제 저항성 녹농균 및 다중 항생제 저항성 녹농균 중 하나 이상을 표적으로 하는, 박테리오파지.
- 제13항에 있어서, 박테리오파지가 녹농균, 항생제 저항성 녹농균 및 다중 항생제 저항성 녹농균 중 하나 이상을 감염시키고 사멸시키는, 박테리오파지.
- 제1항 내지 제14항 중 어느 한 항에 있어서, 박테리오파지가 생물막 질량을 감소시키는, 박테리오파지.
- 세포외 다당류(EPS) 탈중합효소를 발현하는 하나 이상의 박테리오파지를 포함하는 박테리오파지 조성물로서, 여기서 하나 이상의 박테리오파지는 서열번호: 27; 서열번호: 28; 서열번호: 29; 서열번호: 30; 서열번호: 31; 서열번호: 32; 서열번호: 33; 서열번호: 34; 서열번호: 35; 서열번호: 37; 서열번호: 38; 서열번호: 39; 서열번호: 40; 서열번호: 41; 서열번호: 42; 서열번호: 43; 서열번호: 44; 서열번호: 45; 서열번호: 46; 서열번호: 47; 서열번호: 48; 서열번호: 49; 서열번호: 50; 서열번호: 51; 서열번호: 52; 서열번호: 53; 서열번호: 54; 서열번호: 55; 서열번호: 56; 서열번호: 57; 서열번호: 58; 서열번호: 60; 서열번호: 61; 서열번호:62; 서열번호: 63; 서열번호:64; 서열번호:65; 서열번호:66; 서열번호:67; 서열번호:68; 서열번호:69; 서열번호: 70; 서열번호: 71, 서열번호: 73; 서열번호: 26과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 27과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 28과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 29와 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 30과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 31과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 32와 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 33과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 34와 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 35와 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 37과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 38과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 39와 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 40과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 41과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 42와 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 43과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 44와 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 45와 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 46과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 47과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 48과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 49와 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 50과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 51과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 52와 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 53과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 54와 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 55와 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 56과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 57과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 58과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 60과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 61과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 62와 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 63과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 64와 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 65와 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 66과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 67과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 68과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 69와 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 70과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 71과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호: 73과 적어도 90% 동일성을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열으로부터 선택된 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함하는, 박테리오파지 조성물.
- 제16항에 있어서, EPS 탈중합효소가 알지네이트 분해효소인, 박테리오파지 조성물.
- 제16항 또는 제17항에 있어서, 하나 이상의 박테리오파지가 조작된, 박테리오파지 조성물.
- 제16항 내지 제18항 중 어느 한 항에 있어서, 둘 이상의 박테리오파지가 조작된, 박테리오파지 조성물.
- 제16항에 있어서, 하나 이상의 박테리오파지 중 두 번째 박테리오파지가 자연적으로 발생한 파지를 포함하는, 박테리오파지 조성물.
- 제16항에 있어서, 하나 이상의 박테리오파지 중 둘 이상의 박테리오파지가 자연적으로 발생한 파지인, 박테리오파지 조성물.
- 제16항 내지 제21항 중 어느 한 항에 있어서, 박테리오파지 중 적어도 하나가 녹농균을 표적으로 하는, 박테리오파지 조성물.
- 제22항에 있어서, 조성물 중 하나 이상의 박테리오파지가 녹농균, 항생제 저항성 녹농균, 및 다중 항생제 저항성 녹농균 중 하나 이상을 표적으로 하는, 박테리오파지 조성물.
- 제23항에 있어서, 조성물의 하나 이상의 박테리오파지가 녹농균, 항생제 저항성 녹농균, 및 다중 항생제 저항성 녹농균 중 하나 이상을 감염시키고 사멸시키는, 박테리오파지 조성물.
- 제16항 내지 제24항 중 어느 한 항에 있어서, 실온 또는 8℃ 이하의 온도에서 보관하기 위한 저장 배지를 추가로 포함하는, 박테리오파지 조성물.
- 제16항 내지 제24항 중 어느 한 항에 있어서, 조성물이 -20℃ 내지 25℃ 범위의 온도에서 보관되는, 박테리오파지 조성물.
- 제26항에 있어서, 조성물이 2℃ 내지 8℃에서 보관되는, 박테리오파지 조성물.
- 제26항에 있어서, 조성물이 실온에서 보관되는, 박테리오파지 조성물.
- 제25항에 있어서, 저장 배지는 4℃, 0℃, -20℃ 또는 -80℃에서의 보관을 위한, 박테리오파지 조성물.
- 제30항에 있어서, 저장 배지가 동결방지제(cryoprotectant)를 포함하는, 박테리오파지 조성물.
- 제30항에 있어서, 동결방지제가 글리세롤을 포함하는, 박테리오파지 조성물.
- 제31항에 있어서, 조성물이 약 5% 내지 약 50% 글리세롤을 포함하는, 박테리오파지 조성물.
- 제32항에 있어서, 저장 배지가 약 20% 글리세롤을 포함하는, 박테리오파지 조성물.
- 제16항 내지 제33항 중 어느 한 항에 있어서, 조성물이 약학적으로 허용되는 담체, 희석제, 부형제 또는 이의 조합을 추가로 포함하는, 박테리오파지 조성물.
- 제30항에 있어서, 동결방지제가 수크로스를 포함하는, 박테리오파지 조성물.
- 제35항에 있어서, 조성물이 약 5% 내지 약 30% 수크로스를 포함하는, 박테리오파지 조성물.
- 제36항에 있어서, 조성물이 약 10% 수크로스를 포함하는, 박테리오파지 조성물.
- 제30항에 있어서, 동결방지제가 디메틸설폭사이드(DMSO)를 포함하는, 박테리오파지 조성물.
- 제38항에 있어서, DMSO가 2% 내지 10% 농도인, 박테리오파지 조성물.
- 제16항 내지 제39항 중 어느 한 항에 있어서, 조성물이 액체, 반액체, 고체, 동결, 또는 동결건조 제형물인, 박테리오파지 조성물.
- 제16항 내지 제40항 중 어느 한 항에 있어서, 조성물이 각 박테리오파지의 밀리리터당 1x108 내지 1x1012 PFU를 포함하는, 박테리오파지 조성물.
- 제16항 내지 제41항 중 어느 한 항에 있어서, 조성물의 하나 이상의 박테리오파지가 생물막 질량을 감소시키는, 박테리오파지 조성물.
- 녹농균 감염을 치료하는 방법으로서, 제16항 내지 제41항 중 어느 한 항의 조성물을 치료를 필요로 하는 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
- 제43항에 있어서, 조성물이 용량당 총 박테리오파지의 적어도 3x108 PFU의 투여량으로 투여되는, 방법.
- 제43항 또는 제44항에 있어서, 방법이 항생제의 투여를 추가로 포함하는, 방법.
- 제45항에 있어서, 항생제가 플루오르퀴놀론(fluoroquinolone), 카바페넴(carbapenem), 아미노글리코사이드(aminoglycoside), 안사마이신(ansamycin), 세팔로스포린(cephalosporin), 페니실린(penicillin), 베타 락탐(beta lactam), 베타 락타마아제 억제제(beta lactamase inhibitor), 엽산 경로 억제제(folate pathway inhibitor), 후시단(fucidane), 글리코펩타이드(glycopeptide), 글리실사이클린(glycylcycline), 린코사마이드(lincosamide), 리포펩타이드(lipopeptide), 마크로라이드(macrolide), 퀴놀론(quinolone), 옥사졸리디논(oxazolidinone), 페니콜 포스폰산(phenicol phosphonic acid), 스트랩토그라민(streptogramin), 테트라사이클린(tetracycline), 설폰아마이드(sulfonamide), 이미페넴(imipenem), 메로페넴(meropenem), 아미카신(amikacin), 시프로플록사신(ciprofloxacin), 레보플록사신(levofloxacin), 토브라마이신(tobramycin), 아지스로마이신(azithromycin), 아즈트레오남(aztreonam), 콜리스틴(colistin), 흡입용 토브라마이신(inhaled tobramycin), 흡입용 아즈트레오남(inhaled aztreonam) 및 흡입용 콜리스틴(inhaled colistin)으로 이루어진 군으로부터 선택되는, 방법.
- 제43항 내지 제46항 중 어느 한 항에 있어서, 방법이 이바카프토(ivacaftor); 루마카프토(lumacaftor) 및 이바카프토; 테자카프토(tezacaftor) 및 이바카프토; 엘렉사카프토(elexacaftor), 테자카프토 및 이바카프토; 또는 이의 임의의 기타 조합으로부터 선택된 하나 이상의 CFTR 조절에의 투여를 추가로 포함하는, 방법.
- 제43항 내지 제47항 중 어느 한 항에 있어서, 박테리아 감염이 플루오로퀴놀론, 카바페넴, 아미노글리코사이드, 안사마이신, 세팔로스포린, 페니실린, 베타 락탐, 베타 락타마제 억제제, 엽산 경로 억제제, 후시단, 글리코펩타이드, 글리실사이클린, 린코사마이드, 리포펩타이드, 마크로라이드, 퀴놀론, 옥사졸리디논, 페니콜 포스폰산, 스트렙토그라민, 테트라사이클린, 설폰아마이드, 이미페넴, 메로페넴, 아미카신, 시프로플록사신, 레보플록사신, 토브라마이신, 아지스로마이신, 아즈트레오남, 콜리스틴, 흡입용 토브라마이신, 흡입용 아즈트레오남 및 흡입용 콜리스틴으로부터 선택된 하나 이상의 항생제에 저항성을 갖게 된, 방법.
- 제43항 내지 제48항 중 어느 한 항에 있어서, 박테리오파지 조성물이 흡입을 통해 투여되는, 방법.
- 제43항 내지 제48항 중 어느 한 항에 있어서, 박테리오파지 조성물이 분무를 통해 투여되는, 방법.
- 제43항 내지 제48항 중 어느 한 항에 있어서, 박테리오파지 조성물이 정맥내로 투여되는, 방법.
- 제43항 내지 제51항 중 어느 한 항에 있어서, 박테리오파지 조성물이 적어도 1일 1회 투여되는, 방법.
- 제43항 내지 제52항 중 어느 한 항에 있어서, 박테리오파지 조성물이 적어도 1일 동안 투여되는, 방법.
- 제43항 내지 제53항 중 어느 한 항에 있어서, 대상체가 인간인, 방법.
- 제43항 내지 제54항 중 어느 한 항에 있어서, 대상체가 낭포성 섬유증(CF)을 앓고 있는, 방법.
- 제43항 내지 제54항 중 어느 한 항에 있어서, 대상체가 비낭포성 섬유증 기관지확장증(NCFB)을 앓고 있는, 방법.
- 제43항 내지 제56항 중 어느 한 항에 있어서, 대상체가 이전에 하나 이상의 항생제로 치료를 받은, 방법.
- 조작된 박테리오파지의 알지네이트 분해효소 활성을 결정하기 위한 검정으로서, 제1항 내지 제15항 중 어느 항의 조작된 박테리오 파지의 유효량을 녹농균 생물막에 투여하는 단계 및 생물막 질량의 감소를 결정하는 단계를 포함하는, 검정.
- 박테리아 감염을 치료하는 방법으로서:
(a) 박테리아 감염을 갖는 대상체를 선택하는 단계, 및
(b) 유효량의 제1항 내지 제15항 중 어느 한 항의 박테리오파지, 또는 제16항 내지 제42항 중 어느 한 항의 박테리오파지 조성물을 대상체에게 투여하여, 박테리아 감염을 치료하는 단계를 포함하는, 방법. - 제59항에 있어서, 박테리아 감염이 슈도모나스(Pseudomonas) 감염인, 방법.
- 제59항에 있어서, 박테리아 감염이 녹농균 감염인, 방법.
- 제59항 내지 제61항 중 어느 한 항에 있어서, 박테리아 감염이 생물막에 의해 특징 지어지는, 방법.
- 제59항 내지 제62항 중 어느 한 항에 있어서, 대상체가 낭포성 섬유증(CF)을 갖는, 방법.
- 제59항 내지 제62항 중 어느 한 항에 있어서, 대상체가 비낭포성 섬유증 기관지확장증(NCFB)을 갖는, 방법.
- 제59항 내지 제64항 중 어느 한 항에 있어서, 조성물이 용량당 총 박테리오파지의 적어도 3x108 PFU의 투여량으로 투여되는, 방법.
- 제59항 내지 제65항 중 어느 한 항에 있어서, 방법이 항생제의 투여를 추가로 포함하는, 방법.
- 제66항에 있어서, 항생제가 플루오로퀴놀론, 카바페넴, 아미노글리코사이드, 안사마이신, 세팔로스포린, 페니실린, 베타 락탐, 베타 락타마제 억제제, 엽산 경로 억제제, 후시단, 글리코펩타이드, 글리실사이클린, 린코사마이드, 리포펩타이드, 마크로라이드, 퀴놀론, 옥사졸리디논, 페니콜 포스폰산, 스트렙토그라민, 테트라사이클린, 설폰아마이드, 이미페넴, 메로페넴, 아미카신, 시프로플록사신, 레보플록사신, 토브라마이신, 아지스로마이신, 아즈트레오남, 콜리스틴, 흡입용 토브라마이신, 흡입용 아즈트레오남 및 흡입용 콜리스틴으로 이루어진 군으로부터 선택되는, 방법.
- 제59항 내지 제67항 중 어느 한 항에 있어서, 방법이 이바카프토; 루마카프토 및 이바카프토; 테자카프토 및 이바카프토; 엘렉사카프토, 테자카프토 및 이바카프토; 또는 이의 임의의 기타 조합으로부터 선택된 하나 이상의 CFTR 조절제의 투여를 추가로 포함하는, 방법.
- 제59항 내지 제68항 중 어느 한 항에 있어서, 박테리아 감염이 플루오로퀴놀론, 카바페넴, 아미노글리코사이드, 안사마이신, 세팔로스포린, 페니실린, 베타 락탐, 베타 락타마제 억제제, 엽산 경로 억제제, 후시단, 글리코펩타이드, 글리실사이클린, 린코사마이드, 리포펩타이드, 마크로라이드, 퀴놀론, 옥사졸리디논, 페니콜 포스폰산, 스트렙토그라민, 테트라사이클린, 설폰아마이드, 이미페넴, 메로페넴, 아미카신, 시프로플록사신, 레보플록사신, 토브라마이신, 아지스로마이신, 아즈트레오남, 콜리스틴, 흡입용 토브라마이신, 흡입용 아즈트레오남 및 흡입용 콜리스틴으로부터 선택된 하나 이상의 항생제에 저항성을 갖게 된, 방법.
- 제59항 내지 제69항 중 어느 한 항에 있어서, 박테리오파지 조성물이 흡입을 통해 투여되는, 방법.
- 제59항 내지 제69항 중 어느 한 항에 있어서, 박테리오파지 조성물이 분무를 통해 투여되는, 방법.
- 제59항 내지 제71항 중 어느 한 항에 있어서, 박테리오파지 조성물이 적어도 1일 1회 투여되는, 방법.
- 제59항 내지 제72항 중 어느 한 항에 있어서, 박테리오파지 조성물이 적어도 1일 동안 투여되는, 방법.
- 제59항 내지 제73항 중 어느 한 항에 있어서, 대상체가 인간인, 방법.
- 조작된 박테리오파지를 제조하기 위한 방법으로서, 박테리오파지를 제공하는 단계 및 세포외 다당류(EPS) 탈중합효소를 박테리오파지에 혼입시키는 단계를 포함하는, 방법.
- 제78항에 있어서, EPS 탈중합효소가 알지네이트 분해효소인, 방법.
- 제75항 또는 제76항에 있어서, 알지네이트 분해효소가 Alg2A 또는 A1-III을 포함하는, 방법.
- 제77항에 있어서, 알지네이트 분해효소가 Alg2A를 포함하는, 방법.
- 제77항에 있어서, 알지네이트 분해효소가 A1-III을 포함하는, 방법.
- 제75항 내지 제79항 중 어느 한 항에 있어서, 박테리오파지가 피크엠바이러스 속에 속하는, 방법.
- 제75항 내지 제79항 중 어느 한 항에 있어서, 박테리오파지가 팍푸나바이러스 속에 속하는, 방법.
- 제75항 내지 제79항 중 어느 한 항에 있어서, 박테리오파지가 브뤼노헤바이러스 속에 속하는, 방법.
- 제75항 내지 제79항 중 어느 한 항에 있어서, 박테리오파지가 푸나바이러스 속에 속하는, 방법.
- 키트로서, 제1항 내지 제15항 중 어느 한 항의 박테리오파지, 또는 제16항 내지 제42항 중 어느 한 항의 박테리오파지 조성물 및 이를 사용하기 위한 설명서를 포함하는, 키트.
- 제84항에 있어서, 항생제를 추가로 포함하는, 키트.
- 제84항 또는 제85항에 있어서, 키트가 이바카프토; 루마카프토 및 이바카프토; 테자카프토 및 이바카프토; 엘렉사카프토, 테자카프토 및 이바카프토; 또는 이의 임의의 기타 조합으로부터 선택된 하나 이상의 CFTR 조절제를 추가로 포함하는, 키트.
- 제84항 내지 제86항 중 어느 한 항에 있어서, 박테리오파지 또는 박테리오파지 조성물을 투여하는 수단을 추가로 포함하는, 키트.
- 제87항에 있어서, 수단이 주사기, 경피 패치, 서방성 장치, 스프레이, 분무기, 흡입기, 또는 호흡기를 포함하는, 키트.
- 제88항에 있어서, 서방성 장치가 미니삼투압 펌프를 포함하는, 키트.
- 제84항 내지 제89항 중 어느 한 항에 있어서, 제2 박테리오파지 또는 박테리오파지 조성물을 추가로 포함하는, 키트.
- 세포외 다당류(EPS) 탈중합효소를 발현하도록 조작된 하나 이상의 박테리오파지를 포함하는 박테리오파지 조성물로서, 상기 하나 이상의 박테리오파지가 피크엠바이러스, 팍푸나바이러스, 브뤼노헤바이러스 및/또는 푸나바이러스 속에 속하는, 박테리아파지 조성물.
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