CN116018154A9 - 用于治疗假单胞菌属感染的噬菌体组合物 - Google Patents
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Abstract
本公开涉及能够感染并杀伤假单胞菌的噬菌体和组合物及其用于治疗假单胞菌例如铜绿假单胞菌细菌感染的用途。
Description
相关申请的交叉引用
本申请要求2020年4月27日提交的美国临时申请号63/016,132的权益，其通过引用以其整体并入本文并用于所有目的。
序列表
本申请含有序列表，其已经以ASCII格式电子提交并特此通过引用以其整体并入。所述ASCII副本于2021年4月27日创建，命名为054249-518001WO_ST25.txt，且大小为1.92兆字节。
背景技术
随着对传统小分子抗生素治疗方案具有抗性的细菌菌株数量越来越多，对替代抗生素的需求不断增加。噬菌体疗法利用细菌性病毒或噬菌体靶向和破坏不同感染部位的细菌。生物技术的最新进展实现了对现有的噬菌体文库的快速扩展，从而产生能够靶向和破坏感兴趣的细菌的强力且特异性的噬菌体。铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)(PA)是一种机会病原体，其可导致严重的慢性和急性感染，尤其是在免疫受损的患者中。PA感染对于囊性纤维化(CF)患者来说风险尤其高，他们的肺部会发生广泛的PA定殖。实际上，大约60％的CF患者患有慢性PA肺部感染，部分原因是额外的黏液为PA生物膜的形成提供了理想的环境。此外，有些PA菌株具有抗生素抗性，增大了治疗这些CF相关慢性感染的难度。能够绕过传统的抗生素抗性机制、避免传统小分子疗法的毒副作用以及能够有效对抗生物膜的噬菌体治疗方法尤其具有吸引力。
因此，对于更有效、更强力和更具特异性的抗PA疗法来替代或增强目前用于治疗PA感染的传统小分子抗生素存在巨大的未满足需求。
发明内容
本文描述了噬菌体、噬菌体的组合物、噬菌体的组合以及其在医学和非医学应用中，包括在治疗细菌感染和疾病中的用途。
本文描述的各个方面和实施方式至少部分地基于重要且非平凡的创造性努力。能够有效地用于治疗细菌感染，如，例如假单胞菌属(Pseudomonas)感染的个体噬菌体以及噬菌体的组合的发现和开发需要克服各种技术障碍和挑战。个体噬菌体可能缺乏溶菌能力以及可能缺乏足够的效力。例如，噬菌体可能缺乏充分或完全感染细菌的能力、可能缺乏感染后就产生足够后代的能力、可能缺乏感染足够广泛的细菌的能力、可能缺乏配制、制造和维护的能力等等。在噬菌体的组合——例如混合物(cocktails)——的情况下，存在另外的技术挑战和障碍。克服至少一些上述技术挑战的个体噬菌体可能仍然不能以混合物或与其它噬菌体的组合的方式发挥作用。个体噬菌体不仅需要单独具有足够的效力或功效，而且在一起使用时还需要有某种功效。
在选择组合使用的噬菌体时可考虑各种技术障碍。例如，在某些情况下，选择两种或多种来自不同属和/或科的噬菌体可能会有所帮助。另一个考虑是噬菌体是否靶向不同的细菌受体类别。这在某些情况下可帮助避免细菌对混合物产生抗性。还有一个考虑是噬菌体在一起使用时是否具有协作性和相容性。本文描述的实施方式和方面，包括个体噬菌体和这些噬菌体的组合，至少部分基于克服在发现和开发用于治疗细菌感染的个体噬菌体及其组合方面的技术挑战。
在一些方面中，本公开提供了噬菌体组合物，其包含一种或多种噬菌体，所述噬菌体包含选自以下的多核苷酸序列：SEQ ID NO:1的多核苷酸序列、SEQ ID NO:2的多核苷酸序列、SEQ ID NO:3的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:1具有至少90％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:2具有至少90％同一性的多核苷酸序列和/或与SEQ ID NO:3具有至少90％同一性的多核苷酸序列。
在一些实施方式中，噬菌体组合物可包含两种或更多种噬菌体，其中所述两种或更多种噬菌体中的第一噬菌体包含选自以下的多核苷酸序列：SEQ ID NO:1的多核苷酸序列、SEQ ID NO:2的多核苷酸序列或SEQ ID NO:3的多核苷酸序列，并且其中所述两种或更多种噬菌体中的第二噬菌体包括天然存在的噬菌体。
在一些实施方式中，噬菌体组合物可包含两种或更多种噬菌体，所述噬菌体包含选自以下的多核苷酸序列：SEQ ID NO:1的多核苷酸序列、SEQ ID NO:2的多核苷酸序列、SEQID NO:3的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:1具有至少90％同一性的多核苷酸序列、与SEQID NO:2具有至少90％同一性的多核苷酸序列和/或与SEQ ID NO:3具有至少90％同一性的多核苷酸序列。
在一些实施方式中，噬菌体组合物的目标细菌范围宽于所述组合物中个体噬菌体的累加范围。在一些实施方式中，目标细菌范围在噬菌体能够感染的细菌种类内得以拓宽。
在一些实施方式中，噬菌体组合物可进一步包含至少一种噬菌体，所述噬菌体包含选自以下的多核苷酸序列：SEQ ID NO:4的多核苷酸序列、SEQ ID NO:5的多核苷酸序列、SEQ ID NO:6的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:4具有至少90％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:5具有至少90％同一性的多核苷酸序列和与SEQ ID NO:6具有至少90％同一性的多核苷酸序列。
在一些实施方式中，噬菌体组合物可包含一种或多种噬菌体，所述噬菌体包含选自以下的多核苷酸序列：SEQ ID NO:4的多核苷酸序列、SEQ ID NO:5的多核苷酸序列、SEQID NO:6的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:4具有至少90％同一性的多核苷酸序列、与SEQID NO:5具有至少90％同一性的多核苷酸序列和/或与SEQ ID NO:6具有至少90％同一性的多核苷酸序列。
在一些实施方式中，噬菌体组合物可包含两种或更多种噬菌体，其中所述两种或更多种噬菌体中的第一噬菌体包含选自以下的多核苷酸序列：SEQ ID NO:4的多核苷酸序列、SEQ ID NO:5的多核苷酸序列或SEQ ID NO:6的多核苷酸序列，并且其中所述两种或更多种噬菌体中的第二噬菌体包括天然存在的噬菌体。
在一些实施方式中，噬菌体组合物可包含两种或更多种噬菌体，所述噬菌体包含选自以下的多核苷酸序列：SEQ ID NO:4的多核苷酸序列、SEQ ID NO:5的多核苷酸序列、SEQID NO:6的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:4具有至少90％同一性的多核苷酸序列、与SEQID NO:5具有至少90％同一性的多核苷酸序列和/或与SEQ ID NO:6具有至少90％同一性的多核苷酸序列。
在一些实施方式中，噬菌体组合物的目标细菌范围宽于所述组合物中个体噬菌体的累加范围。在一些实施方式中，目标细菌范围在噬菌体能够感染的细菌种类内得以拓宽。
在另一个方面中，本公开提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含SEQ ID NO:1的多核苷酸序列。在另一个方面中，本公开提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含与SEQ ID NO:1具有至少90％同一性的多核苷酸序列。在另一个方面中，本公开提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含SEQ ID NO:2的多核苷酸序列。在另一个方面中，本公开提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含与SEQ ID NO:2具有至少90％同一性的多核苷酸序列。在另一个方面中，本公开提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含SEQ ID NO:3的多核苷酸序列。在另一个方面中，本公开提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含与SEQ ID NO:3具有至少90％同一性的多核苷酸序列。在另一个方面中，本公开提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含SEQ ID NO:4的多核苷酸序列。在另一个方面中，本公开提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含与SEQ ID NO:4具有至少90％同一性的多核苷酸序列。在另一个方面中，本公开提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含SEQ ID NO:5的多核苷酸序列。在另一个方面中，本公开提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含与SEQ ID NO:5具有至少90％同一性的多核苷酸序列。在另一个方面中，本公开提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含SEQ IDNO:6的多核苷酸序列。在另一个方面中，本公开提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含与SEQ ID NO:6具有至少90％同一性的多核苷酸序列。在另一个方面中，本公开提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含SEQ ID NO:7的多核苷酸序列。在另一个方面中，本公开提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含与SEQ ID NO:7具有至少90％同一性的多核苷酸序列。在另一个方面中，本公开提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含SEQ ID NO:8的多核苷酸序列。在另一个方面中，本公开提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含与SEQ ID NO:8具有至少90％同一性的多核苷酸序列。在另一个方面中，本公开提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含SEQ ID NO:9的多核苷酸序列。在另一个方面中，本公开提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含与SEQ ID NO:9具有至少90％同一性的多核苷酸序列。在另一个方面中，本公开提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含SEQ ID NO:10的多核苷酸序列。在另一个方面中，本公开提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含与SEQ ID NO:10具有至少90％同一性的多核苷酸序列。在另一个方面中，本公开提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含SEQ ID NO:11的多核苷酸序列。在另一个方面中，本公开提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含与SEQ ID NO:11具有至少90％同一性的多核苷酸序列。在另一个方面中，本公开提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含SEQ ID NO:12的多核苷酸序列。在另一个方面中，本公开提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含与SEQ ID NO:12具有至少90％同一性的多核苷酸序列。在另一个方面中，本公开提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含SEQID NO:13的多核苷酸序列。在另一个方面中，本公开提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含与SEQ ID NO:13具有至少90％同一性的多核苷酸序列。在另一个方面中，本公开提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含SEQ ID NO:14的多核苷酸序列。在另一个方面中，本公开提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含与SEQ ID NO:14具有至少90％同一性的多核苷酸序列。在另一个方面中，本公开提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含SEQ ID NO:15的多核苷酸序列。在另一个方面中，本公开提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含与SEQ ID NO:15具有至少90％同一性的多核苷酸序列。在另一个方面中，本公开提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含SEQ ID NO:16的多核苷酸序列。在另一个方面中，本公开提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含与SEQ ID NO:16具有至少90％同一性的多核苷酸序列。在另一个方面中，本公开提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含SEQ ID NO:17的多核苷酸序列。在另一个方面中，本公开提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含与SEQ IDNO:17具有至少90％同一性的多核苷酸序列。在另一个方面中，本公开提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含SEQ ID NO:18的多核苷酸序列。在另一个方面中，本公开提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含与SEQ ID NO:18具有至少90％同一性的多核苷酸序列。在另一个方面中，本公开提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含SEQ ID NO:19的多核苷酸序列。在另一个方面中，本公开提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含与SEQ ID NO:19具有至少90％同一性的多核苷酸序列。在另一个方面中，本公开提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含SEQ ID NO:20的多核苷酸序列。在另一个方面中，本公开提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含与SEQ ID NO:20具有至少90％同一性的多核苷酸序列。在另一个方面中，本公开提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含SEQ ID NO:21的多核苷酸序列。在另一个方面中，本公开提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含与SEQ ID NO:21具有至少90％同一性的多核苷酸序列。在另一个方面中，本公开提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含SEQ ID NO:22的多核苷酸序列。在另一个方面中，本公开提供了分离的、纯化的噬菌体包含与SEQ ID NO:22具有至少90％同一性的多核苷酸序列。
在一些实施方式中，噬菌体对痰灭活具有抗性。在一些实施方式中，噬菌体在施用后持续存在于肺和/或支气管肺泡灌洗液中长达48小时。
在一些实施方式中，噬菌体在选自以下的肺治疗存在的情况下维持活性：沙丁胺醇、妥布霉素、氨曲南、黏杆菌素、吸入的高渗盐水和吸入的β激动剂。
在又一方面中，本公开提供了噬菌体组合物，其包含两种或更多种噬菌体，其中所述噬菌体中的至少一种包含与选自SEQ ID NO:1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21和22的多核苷酸序列的序列具有至少90％同一性的多核苷酸序列；并且其中至少一种其它噬菌体感染假单胞菌属细菌。
在一些实施方式中，组合物包含至少两种噬菌体，其中每种噬菌体包含与选自SEQ IDNO:1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21和22的多核苷酸序列的序列具有至少90％同一性的单独的(separate)多核苷酸序列。
在一些实施方式中，组合物包含至少三种噬菌体，其中每种噬菌体包含与选自SEQ IDNO:1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21和22的多核苷酸序列的序列具有至少90％同一性的单独的多核苷酸序列。
在一些实施方式中，组合物包含至少一种噬菌体，所述噬菌体包含与选自SEQ ID NO:1、2、3、4、5和6的多核苷酸序列的序列具有至少90％同一性的序列。
在一些实施方式中，组合物包含至少两种噬菌体，每种噬菌体包含与选自SEQ ID NO:1、2、3、4、5和6的多核苷酸序列的序列具有至少90％同一性的不同的多核苷酸序列。
在一些实施方式中，组合物还包含至少一种噬菌体，所述噬菌体包含与选自SEQ IDNO:7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21和22的序列具有至少90％同一性的多核苷酸序列。
在又一方面中，本公开提供了噬菌体组合物，其包含一种或多种噬菌体，所述噬菌体包含与选自SEQ ID NO:1的多核苷酸序列、SEQ ID NO:2的多核苷酸序列、SEQ ID NO:3的多核苷酸序列、SEQ ID NO:4的多核苷酸序列、SEQ ID NO:5的多核苷酸序列、SEQ IDNO:6的多核苷酸序列的序列具有90％至100％同一性的多核苷酸序列。
在一些实施方式中，组合物可包含两种或更多种噬菌体，所述噬菌体选自SEQ ID NO:1的多核苷酸序列、SEQ ID NO:2的多核苷酸序列、SEQ ID NO:3的多核苷酸序列、SEQ IDNO:4的多核苷酸序列、SEQ ID NO:5的多核苷酸序列或SEQ ID NO:6的多核苷酸序列。
在一些实施方式中，噬菌体组合物可包含三种或更多种噬菌体，所述噬菌体选自SEQID NO:1的多核苷酸序列、SEQ ID NO:2的多核苷酸序列、SEQ ID NO:3的多核苷酸序列、SEQ ID NO:4的多核苷酸序列、SEQ ID NO:5的多核苷酸序列或SEQ ID NO:6的多核苷酸序列。
在一些实施方式中，噬菌体组合物可包含四种或更多种噬菌体，所述噬菌体选自SEQID NO:1的多核苷酸序列、SEQ ID NO:2的多核苷酸序列、SEQ ID NO:3的多核苷酸序列、SEQ ID NO:4的多核苷酸序列、SEQ ID NO:5的多核苷酸序列或SEQ ID NO:6的多核苷酸序列。
在一些实施方式中，噬菌体组合物可包含五种或更多种噬菌体，所述噬菌体选自SEQID NO:1的多核苷酸序列、SEQ ID NO:2的多核苷酸序列、SEQ ID NO:3的多核苷酸序列、SEQ ID NO:4的多核苷酸序列、SEQ ID NO:5的多核苷酸序列或SEQ ID NO:6的多核苷酸序列。
在一些实施方式中，噬菌体组合物可进一步包含噬菌体，所述噬菌体包含与选自以下的序列具有90％-100％同一性的核酸序列：SEQ ID NO:7的多核苷酸序列、SEQ ID NO:8的多核苷酸序列、SEQ ID NO:9的多核苷酸序列、SEQ ID NO:10的多核苷酸序列、SEQ IDNO:11的多核苷酸序列、SEQ ID NO:12的多核苷酸序列、SEQ ID NO:13的多核苷酸序列、SEQ ID NO:14的多核苷酸序列、SEQ ID NO:15的多核苷酸序列、SEQ ID NO:16的多核苷酸序列、SEQ ID NO:17的多核苷酸序列、SEQ ID NO:18的多核苷酸序列、SEQ IDNO:19的多核苷酸序列、SEQ ID NO:20的多核苷酸序列、SEQ ID NO:21的多核苷酸序列、SEQ ID NO:22的多核苷酸序列。
在一些实施方式中，噬菌体组合物包含与SEQ ID NO:7具有至少90％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:8具有至少93％同一性的多核苷酸、与SEQ ID NO:9具有至少93％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:10具有至少89％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:11具有至少95％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:12具有至少91％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:13具有至少92％同一性的多核苷酸序列、与SEQ IDNO:14具有至少96％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:15具有至少95％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:16具有至少90％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:17具有至少92％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:18具有至少95％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:19具有至少96％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:20具有至少96％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:21具有至少96％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:22具有至少95％同一性的多核苷酸序列。
这些噬菌体中的每一种都可单独施用或以混合物一起施用。组合混合物中列出的任何个体噬菌体都能够以单独的制剂或以单一制剂施用。
在一些实施方式中，噬菌体组合物的噬菌体中的至少一种感染并杀伤铜绿假单胞菌。
在一些实施方式中，噬菌体组合物还包含用于在室温或等于或低于8℃的温度下储存的储存介质(storage medium)。在一些实施方式中，储存介质包括冷冻保护剂。
在一些实施方式中，组合物的噬菌体对痰灭活具有抗性。
在一些实施方式中，噬菌体在施用后保留在肺和/或支气管肺泡灌洗液中长达72小时。
在一些实施方式中，噬菌体在选自以下的肺治疗存在的情况下维持活性：沙丁胺醇、妥布霉素、氨曲南、黏杆菌素、吸入的高渗盐水和吸入的β激动剂。
在一些实施方式中，一种或多种噬菌体属于短尾病毒科(Family Podoviridae)或肌病毒科(Family Myoviridae)。
在一些实施方式中，一种或多种噬菌体属于肌病毒科。在一些实施方式中，一种或多种噬菌体属于Pbunavirus属。在一些实施方式中，一种或多种噬菌体属于Pakpunavirus属。在一些实施方式中，一种或多种噬菌体属于Nankokuvirus属。
在一些实施方式中，一种或多种噬菌体属于短尾病毒科。在一些实施方式中，一种或多种噬菌体属于Phikmvvirus属。在一些实施方式中，一种或多种噬菌体属于Litunavirus属。在一些实施方式中，一种或多种噬菌体属于Bruynoghevirus属。在一些实施方式中，一种或多种噬菌体属于Luzseptimavirus属。
在一些实施方式中，组合物包含噬菌体，所述噬菌体包含与SEQ ID NO:1具有至少90％同一性的多核苷酸序列。在一些实施方式中，组合物包含噬菌体，所述噬菌体包含SEQID NO:1的多核苷酸序列。
在一些实施方式中，组合物包含噬菌体，所述噬菌体包含与SEQ ID NO:2具有至少90％同一性的多核苷酸序列。在一些实施方式中，组合物包含噬菌体，所述噬菌体包含SEQID NO:2的多核苷酸序列。
在一些实施方式中，组合物包含噬菌体，所述噬菌体包含与SEQ ID NO:3具有至少90％同一性的多核苷酸序列。在一些实施方式中，组合物包含噬菌体，所述噬菌体包含SEQID NO:3的多核苷酸序列。
在一些实施方式中，组合物包含噬菌体，所述噬菌体包含与SEQ ID NO:4具有至少90％同一性的多核苷酸序列。在一些实施方式中，组合物包含噬菌体，所述噬菌体包含SEQID NO:4的多核苷酸序列。
在一些实施方式中，组合物包含噬菌体，所述噬菌体包含与SEQ ID NO:5具有至少90％同一性的多核苷酸序列。在一些实施方式中，组合物包含噬菌体，所述噬菌体包含SEQID NO:5的多核苷酸序列。
在一些实施方式中，组合物包含噬菌体，所述噬菌体包含与SEQ ID NO:6具有至少90％同一性的多核苷酸序列。在一些实施方式中，组合物包含噬菌体，所述噬菌体包含SEQID NO:6的多核苷酸序列。
在一些实施方式中，组合物基本上不含细菌组分。在一些实施方式中，细菌组分包括细菌宿主蛋白和/或外毒素。
在一些实施方式中，组合物还包含药学上可接受的载剂、稀释剂、赋形剂或其组合。
在一些实施方式中，组合物被配制用于雾化。在一些实施方式中，组合物是液体、半液体、固体、冷冻或冻干制剂。
在一些实施方式中，组合物的噬菌体靶向铜绿假单胞菌、抗生素抗性(antibiotic-resistant)铜绿假单胞菌和多种抗生素抗性铜绿假单胞菌中的一种或多种。
在一些实施方式中，噬菌体感染并杀伤铜绿假单胞菌、抗生素抗性铜绿假单胞菌和多种抗生素抗性铜绿假单胞菌中的一种或多种。
在一些实施方式中，组合物包含每毫升每种噬菌体1x 108与1x 1011之间的PFU。在一些实施方式中，组合物以每剂次(per dose)每毫升至少3x 108PFU的总噬菌体的剂量施用。
在一些实施方式中，组合物在-20℃至25℃范围的温度下储存。在一些实施方式中，组合物在2℃至8℃下储存。
在一些实施方式中，至少一种噬菌体是专性裂解的(obligately lytic)。
在一些实施方式中，至少一种噬菌体的序列是基因修饰的。
在又一方面中，本公开提供了噬菌体组合物，其包含以下、主要由以下组成或由以下组成：包含SEQ ID NO:1的多核苷酸序列的噬菌体、包含SEQ ID NO:2的多核苷酸序列的噬菌体和包含SEQ ID NO:3的多核苷酸序列的噬菌体。
在又一方面中，本公开提供了噬菌体组合物，其包含以下、主要由以下组成或由以下组成：包含SEQ ID NO:4的多核苷酸序列的噬菌体、包含SEQ ID NO:5的多核苷酸序列的噬菌体和包含SEQ ID NO:6的多核苷酸序列的噬菌体。
在一些实施方式中，噬菌体组合物可进一步包含一种或多种噬菌体，所述噬菌体选自包含与SEQ ID NO:4的序列具有90％-100％同一性的多核苷酸序列的噬菌体、包含SEQ IDNO:5的多核苷酸序列的噬菌体、包含SEQ ID NO:6的多核苷酸序列的噬菌体、包含SEQID NO:7的多核苷酸序列的噬菌体、包含SEQ ID NO:8的多核苷酸序列的噬菌体、包含SEQ ID NO:9的多核苷酸序列的噬菌体、包含SEQ ID NO:10的多核苷酸序列的噬菌体、包含SEQ ID NO:11的多核苷酸序列的噬菌体、包含SEQ ID NO:12的多核苷酸序列的噬菌体、包含SEQ ID NO:13的多核苷酸序列的噬菌体、包含SEQ ID NO:14的多核苷酸序列的噬菌体、包含SEQ ID NO:15的多核苷酸序列的噬菌体、包含SEQ ID NO:16的多核苷酸序列的噬菌体、包含SEQ ID NO:17的多核苷酸序列的噬菌体、包含SEQ ID NO:18的多核苷酸序列的噬菌体、包含SEQ ID NO:19的多核苷酸序列的噬菌体、包含SEQ ID NO:20的多核苷酸序列的噬菌体、包含SEQ ID NO:21的多核苷酸序列的噬菌体或包含SEQ IDNO:22的多核苷酸序列的噬菌体。
在又一方面中，本公开提供了噬菌体组合物，其包含：包含与SEQ ID NO:1具有至少90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体、包含与SEQ ID NO:2具有至少90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体和包含与SEQ ID NO:3具有至少90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。
在又一方面中，本公开提供了噬菌体组合物，其包含：包含与SEQ ID NO:4具有至少90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体、包含与SEQ ID NO:5具有至少90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体和包含与SEQ ID NO:6具有至少90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。
在一些实施方式中，噬菌体组合物可进一步包含一种或多种噬菌体，所述噬菌体选自包含与SEQ ID NO:4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21和22具有至少90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。
在一些实施方式中，所述一种或多种噬菌体包括：与SEQ ID NO:7具有至少90％同一性的多核苷酸序列、包含与SEQ ID NO:8具有至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体、包含与SEQ ID NO:9具有至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体、包含与SEQ IDNO:10具有至少89％同一性的多核苷酸序列的噬菌体、包含与SEQ ID NO:11具有至少95％同一性的多核苷酸序列的噬菌体、包含与SEQ ID NO:12具有至少91％同一性的多核苷酸序列的噬菌体、包含与SEQ ID NO:13具有至少92％同一性的多核苷酸序列的噬菌体、包含与SEQ ID NO:14具有至少96％同一性的多核苷酸序列的噬菌体、包含与SEQ ID NO:15具有至少95％同一性的多核苷酸序列的噬菌体、包含与SEQ ID NO:16具有至少90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体、包含与SEQ ID NO:17具有至少92％同一性的多核苷酸序列的噬菌体、包含与SEQ ID NO:18具有至少95％同一性的多核苷酸序列的噬菌体、包含与SEQ ID NO:19具有至少96％同一性的多核苷酸序列的噬菌体、包含与SEQ ID NO:20具有至少96％同一性的多核苷酸序列的噬菌体、包含与SEQ ID NO:21具有至少96％同一性的多核苷酸序列的噬菌体或包含与SEQ ID NO:22具有至少95％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。
在一些实施方式中，组合物的目标细菌范围宽于所述组合物中个体噬菌体的累加范围。在一些实施方式中，目标细菌范围在噬菌体能够感染的细菌种类内得以拓宽。
在一些实施方式中，噬菌体感染并杀伤铜绿假单胞菌。
在一些实施方式中，组合物在-20-25℃范围的温度下储存。在一些实施方式中，组合物还包含用于在等于或低于8℃，诸如在4℃、0℃、-20℃或-80℃的温度下储存的储存介质。
在一些实施方式中，噬菌体对痰灭活具有抗性。
在一些实施方式中，噬菌体在施用后持续存在于肺和/或支气管肺泡灌洗液中长达48小时。
在一些实施方式中，噬菌体减少生物膜量(biofilm mass)。
在一些实施方式中，噬菌体在选自以下的肺治疗存在的情况下维持活性：沙丁胺醇、妥布霉素、氨曲南、黏杆菌素、吸入的高渗盐水和吸入的β激动剂。
在一些实施方式中，一种或多种噬菌体属于短尾病毒科和/或肌病毒科。
在一些实施方式中，组合物基本上不含细菌组分。在一些实施方式中，细菌组分包括细菌宿主蛋白。
在一些实施方式中，组合物还包含药学上可接受的载剂、稀释剂、赋形剂或其组合。在一些实施方式中，组合物是液体、半液体、固体、冷冻或冻干制剂。
在一些实施方式中，组合物的噬菌体靶向铜绿假单胞菌、抗生素抗性铜绿假单胞菌和/或多种抗生素抗性铜绿假单胞菌中的一种或多种。在一些实施方式中，噬菌体感染并杀伤铜绿假单胞菌、抗生素抗性铜绿假单胞菌和/或多种抗生素抗性铜绿假单胞菌中的一种或多种。
在一些实施方式中，组合物包含每毫升每种噬菌体1x 108与1x 1011之间的PFU。在一些实施方式中，组合物以每毫升至少3x 108PFU的总噬菌体的剂量施用。
在一些实施方式中，组合物在-20℃至25℃范围的温度下储存。在一些实施方式中，组合物在2℃至8℃下储存。
在一些实施方式中，至少一种噬菌体是专性裂解的。
在一些实施方式中，至少一种噬菌体的序列是基因修饰的。
在又一方面中，本公开提供了治疗细菌感染的方法，包括施用本文所述的任意噬菌体或组合物。
在又一方面中，本公开提供了本文所述的任意组合物在治疗对象中的铜绿假单胞菌感染中的用途，所述用途包括向患有铜绿假单胞菌感染的对象施用所述组合物。
在又一方面中，本公开提供了本文所述的包含靶向铜绿假单胞菌的一种或多种不同的噬菌体的任意组合物在治疗患有铜绿假单胞菌细菌感染的对象中的用途，包括向所述对象施用所述组合物；其中所述一种或多种噬菌体中的至少一种选自包含SEQ ID NO:1、SEQID NO:2、SEQ ID NO:3的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:1具有至少85％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:2具有至少85％同一性的多核苷酸序列和与SEQ ID NO:3具有至少85％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。
在又一方面中，本公开提供了本文所述的包含靶向铜绿假单胞菌的一种或多种不同的噬菌体的任意组合物在治疗患有铜绿假单胞菌细菌感染的对象中的用途，包括向所述对象施用所述组合物；其中所述一种或多种噬菌体中的至少一种选自包含SEQ ID NO:4、SEQID NO:5、SEQ ID NO:6的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:4具有至少85％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:5具有至少85％同一性的多核苷酸序列和与SEQ ID NO:6具有至少85％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。
在又一方面中，本公开提供了本文所述的包含靶向铜绿假单胞菌的一种或多种不同的噬菌体的任意组合物在治疗患有铜绿假单胞菌细菌感染的对象中的用途，包括向所述对象施用所述组合物；其中所述一种或多种噬菌体中的至少一种选自：包含SEQ ID NO:1、SEQID NO:2、SEQ ID NO:3的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:1具有至少85％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:2具有至少85％同一性的多核苷酸序列和与SEQ ID NO:3具有至少85％同一性的多核苷酸序列的噬菌体；和选自包含SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQID NO:6的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:4具有至少85％同一性的多核苷酸序列、与SEQID NO:5具有至少85％同一性的多核苷酸序列和与SEQ ID NO:6具有至少85％同一性的多核苷酸序列的噬菌体的至少一种另外的噬菌体。
在一些实施方式中，用途可包括使用一种或多种噬菌体，所述噬菌体包含与选自SEQID NO:7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21和22的序列具有85％-100％序列同一性的核酸序列。
在一些实施方式中，噬菌体对痰灭活具有抗性。
在又一方面中，本公开提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括基于对痰灭活的抗性来选择噬菌体并向对象施用所述噬菌体。
在一些实施方式中，噬菌体选自包含选自SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:1具有至少90％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:1具有至少90％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:2具有至少90％同一性的多核苷酸序列和与SEQ ID NO:3具有至少90％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:4具有至少90％同一性的多核苷酸序列、与SEQ IDNO:5具有至少90％同一性的多核苷酸序列和与SEQ ID NO:6具有至少90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。
在一些实施方式中，噬菌体选自包含与选自SEQ ID NO:7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21和22的序列具有80％-100％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。
在又一方面中，本公开提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用一种或多种不同的噬菌体，所述噬菌体选自包含与选自SEQ ID NO:1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21和22的序列具有85％-100％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。
在一些实施方式中，所述一种或多种噬菌体包括：选自包含与选自SEQ ID NO:1、2、3、4、5和6的序列具有85％-100％同一性的多核苷酸序列的噬菌体中的噬菌体。
在一些实施方式中，方法包括至少两种噬菌体，并且所述至少两种噬菌体中的至少一种是选自包含与选自SEQ ID NO:1、2、3、4、5和6的序列具有85％-100％同一性的多核苷酸序列的噬菌体中的噬菌体。
在一些实施方式中，噬菌体包含与选自SEQ ID NO:1、2、3、4、5和6的序列具有至少85％同一性的多核苷酸序列。在一些实施方式中，噬菌体包含与选自SEQ ID NO:1、2、3、4、5和6的序列具有至少90％同一性的多核苷酸序列。在一些实施方式中，噬菌体包含与选自SEQ ID NO:1、2、3、4、5和6的序列具有至少95％同一性的多核苷酸序列。在一些实施方式中，噬菌体包含与选自SEQ ID NO:1、2、3、4、5和6的序列具有至少99％同一性的多核苷酸序列。在一些实施方式中，噬菌体包含选自SEQ ID NO:1、2、3、4、5和6的多核苷酸序列。
在一些实施方式中，方法可进一步包括一种或多种噬菌体，所述噬菌体包含与选自SEQ ID NO:7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21和22的序列具有85％-100％同一性的多核苷酸序列。
在一些实施方式中，所述一种或多种噬菌体包括：选自包含与选自SEQ ID NO:1、SEQID NO:2和SEQ ID NO:3的序列具有85％-100％同一性的多核苷酸序列的噬菌体中的噬菌体。
在一些实施方式中，所述一种或多种不同的噬菌体选自包含与选自SEQ ID NO:4、SEQID NO:5和SEQ ID NO:6的序列具有85％-100％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。
在一些实施方式中，细菌感染至少部分是由于铜绿假单胞菌。
在一些实施方式中，所述一种或多种不同的噬菌体感染并杀伤铜绿假单胞菌。
在一些实施方式中，噬菌体是主要治疗。在一些实施方式中，噬菌体被应用于先前通过抗生素治疗而未解决的感染。
在一些实施方式中，至少约80％的噬菌体在暴露于人血浆约10分钟与约100分钟之间的时间段后保持裂解活性。在一些实施方式中，时间段在约10分钟与约90分钟之间。
在一些实施方式中，细菌感染包括肺感染和/或鼻窦炎。在一些实施方式中，对象患有细菌感染和肺纤维化状况。在一些实施方式中，感染包括在囊性纤维化、非囊性纤维化支气管扩张(NCFB)和/或肺炎存在的情况下的细菌感染。
在一些实施方式中，细菌感染对抗生素具有抗性。
在一些实施方式中，噬菌体与选自以下的抗生素类别组合施用：氟喹诺酮类(fluoroquinolone)、碳青霉烯类(carbapenem)、氨基糖苷类(aminoglycoside)、安莎霉素类(ansamycin)、头孢菌素、青霉素、β内酰胺、β内酰胺酶抑制剂、叶酸途径抑制剂、fucidane、糖肽、甘氨酰环素(glycylcycline)、林可酰胺(lincosamide)、脂肽、大环内酯、喹诺酮、
在一些实施方式中，细菌感染已经对选自以下的抗生素具有抗性：氟喹诺酮类、碳青霉烯类、氨基糖苷类、安莎霉素类、头孢菌素、青霉素、β内酰胺、β内酰胺酶抑制剂、叶酸途径抑制剂、fucidane、糖肽、甘氨酰环素、林可酰胺、脂肽、大环内酯、喹诺酮、
在一些实施方式中，噬菌体以1x 108与1x 1011PFU之间的每种噬菌体施用。
在一些实施方式中，噬菌体以至少3x 108噬菌斑形成单位(PFU)的总噬菌体施用。
在一些实施方式中，噬菌体以包含至少约1x 108PFU的每种噬菌体的剂量施用。
在一些实施方式中，方法还包括施用抗生素。在一些实施方式中，抗生素是氟喹诺酮类、碳青霉烯类、氨基糖苷类、安莎霉素类、头孢菌素、青霉素、β内酰胺、β内酰胺酶抑制剂、叶酸途径抑制剂、fucidane、糖肽、甘氨酰环素、林可酰胺、脂肽、大环内酯、喹诺酮、
在一些实施方式中，方法还包括对囊性纤维化施予治疗。在一些实施方式中，囊性纤维化的治疗选自CFTR调节剂疗法、黏液稀释剂、气道廓清技术(airway clearancetechniques)、吸入的皮质甾类、口服皮质甾类、白三烯调节剂、吸入的抗胆碱能药、阿法链道酶、吸入的支气管扩张剂、吸入的高渗盐水和吸入的β激动剂。
在一些实施方式中，噬菌体经由吸入施用。在一些实施方式中，噬菌体经由雾化施用。在一些实施方式中，噬菌体至少每6小时施用一次。在一些实施方式中，噬菌体施用至少一天。
在一些实施方式中，对象是人。
在又一方面中，本公开提供了治疗非囊性纤维化支气管扩张(NCFB)的方法，包括施用靶向假单胞菌属细菌的一种或多种噬菌体。
在一些实施方式中，噬菌体包括一种或多种选自以下的噬菌体：SEQ ID NO:1、SEQID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12、SEQ IDNO:13、SEQ ID NO:14、SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:16、SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:18、SEQ ID NO:19、SEQ ID NO:20、SEQ ID NO:21和/或SEQ ID NO:22。
在又一方面中，本公开提供了细菌宿主制造菌株，所述菌株包含噬菌体，所述噬菌体选自包含与SEQ ID NO:1-22的序列具有85％-100％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。
在一些实施方式中，噬菌体包含与SEQ ID NO:1-22的多核苷酸序列具有至少90％序列同一性的序列。
在又一方面中，本公开提供了治疗患有囊性纤维化的对象中的细菌感染的方法，包括向对象施用一种或多种不同的噬菌体，所述噬菌体选自包含与SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:3具有至少90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。
在一些实施方式中，所述一种或多种不同的噬菌体选自包含SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2和SEQ ID NO:3的多核苷酸序列的噬菌体。
在一些实施方式中，方法包括施用所述噬菌体中的两种或更多种。在一些实施方式中，方法包括施用所述噬菌体中的三种。
在一些实施方式中，方法可进一步包括施用一种或多种噬菌体，所述噬菌体包含与SEQ ID NO:4和SEQ ID NO:6具有至少90％同一性的多核苷酸序列。
在一些实施方式中，方法可进一步包括施用包含与SEQ ID NO:4具有至少90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体和包含与SEQ ID NO:6具有至少90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。
在一些实施方式中，噬菌体包含SEQ ID NO:4和/或SEQ ID NO:6的多核苷酸序列。
在又一方面中，本公开提供了治疗患有肺炎的对象中的细菌感染的方法，包括向对象施用一种或多种不同的噬菌体，所述噬菌体选自包含与SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:3具有至少90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。
在一些实施方式中，所述一种或多种噬菌体包含SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:3的多核苷酸序列。
在一些实施方式中，方法可包括两种噬菌体。
在一些实施方式中，方法可进一步包括至少一种噬菌体，所述噬菌体包含与SEQ IDNO:5或SEQ ID NO:8具有至少90％序列同一性的多核苷酸序列。
在一些实施方式中，方法可进一步包括包含与SEQ ID NO:5具有至少90％序列同一性的多核苷酸序列的噬菌体和包含与SEQ ID NO:8具有至少90％序列同一性的多核苷酸序列的噬菌体。
在一些实施方式中，方法可进一步包括与所述多核苷酸序列具有100％序列同一性的噬菌体。
在一些实施方式中，方法可进一步包括包含与SEQ ID NO:12具有至少90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。
在一些实施方式中，方法可包括包含SEQ ID NO:12的多核苷酸序列的噬菌体。
附图说明
现在将仅通过示例的方式参考附图描述实施方式，其中：
图1A-图1D是显示液体培养物中各种噬菌体的抗微生物活性的图。评估了个体噬菌体(图1A-图1C)和作为混合物(图1D)在MOI 100-0.0001下对铜绿假单胞菌菌株亚组的杀伤潜力。这些图描绘了铜绿假单胞菌(PA)菌株DCF16。这些数据表明，混合物的组分具有高杀伤能力，并且能够共同作用以增加抗微生物活性。
图2A-图2B是显示临床铜绿假单胞菌分离株在液体培养物中被噬菌体混合物杀伤的图。图2A是显示临床分离株DCF16的生长受到MOI为0.001的混合物抑制的数据。图2B是显示混合物抑制临床分离株9128再生长的数据。
图3A-图3F是各种细菌在液体培养物中，在混合物的MOI变化或不变的情况下生长24小时的图。将含噬菌体的样品的生长动力学(彩色)与仅细菌自身的生长(黑色)进行了比较。鲍曼不动杆菌(A.baumannii)的数据显示在图3A中，大肠杆菌(E.coli)的数据显示在图3B中，肺炎克雷伯菌(K.pneumonia)的数据显示在图3C中，金黄色葡萄球菌(S.aureus)的数据显示在图3D中，表皮葡萄球菌(S.epidermidis)的数据显示在图3E中，以及粪肠球菌(E.aecalis)的数据显示在图3F中。这表明，混合物并不直接影响其它共生菌或病原菌，并且对铜绿假单胞菌具有特异性活性。
图4是显示混合物减少PA生物膜量的数据。用混合物处理生物膜4小时并计算被去除的生物膜的百分比(n＝5)，并将其报告为相对于用媒剂处理的相同菌株的百分比。PADCF34充当阴性对照。
图5A-图5B是显示用纯化的混合物组分刺激人PBMC不产生促炎细胞因子的数据。以100,000个细胞/孔接种人PBMC并用10ng的LPS或者1x107个APBP3、APBP23或APBP1刺激6小时。通过ELISA分析上清液中的TNF-α(图5A)和IL-6(图5B)。图描绘了1个供体，并作为5个供体的代表。
图6是来自只用活的铜绿假单胞菌临床分离株(C)、在混合物的个体组分(P)存在的情况下或氨曲南(20μg/mL)(A)刺激人PBMC的实验结果。加入细菌1、噬菌体10的MOI并温育6小时。收集上清液并通过ELISA分析TNF-α(左)和IL-6(右)。图描绘了1个供体，并作为5个供体的代表。
图7A-图7C显示了在鼻内递送后混合物中的个体噬菌体在肺中持续存在。可回收的个体混合物组分APBP3(图7A)、APBP23(图7B)和APBP1(图7C)在肺隔室中的浓度仍然能够感染，并且其中PFU是噬菌斑形成单位，并且(n＝4)。
图8A-图8C是显示鼻内滴注后混合物全身暴露有限的结果。BALB/c小鼠用3x1010的混合物经由鼻内(IN)滴注进行处理。在施用后2、8、24和48小时，收获并分析肺、脾、肾、肝和血液。每个器官中个体噬菌体APBP3(图8A)、APBP23(图8B)和APBP1(图8C)的总PFU由回收后的感染性噬菌体颗粒的浓度确定。这里，PFU是噬菌斑形成单位，并且(n＝4)。
图9A-图9B是显示在PA感染的急性鼠肺模型中用单剂量(single dose)的混合物处理使死亡率降低的数据。BALB/c小鼠鼻内接种来自CDC抗生素抗性分离株库(CDCAntibiotic Resistant Isolate Bank)的PA临床分离株237的1x108菌落形成单位(CFU)。接种后一小时，用单剂量3x108、9x108、3x109、9x109或3x1010个噬菌体经由鼻内滴注处理小鼠，并且每次实验(n＝6)。图9A和图9B是在不同日期进行的相同实验。
图10A-图10B是显示混合物组分在血浆和痰中稳定的数据。图10A是混合物噬菌体组分在新鲜血浆中稀释并在37℃下监测噬菌体的活性90分钟的结果。图表描绘了来自1个供体的代表性数据。图10B是混合物噬菌体组分与来自CF患者的痰在37℃下温育3小时或24小时的结果。这里，PFU是噬菌斑形成单位。
图11A-图11B是显示混合物组分APBP3、APBP23和APBP1在其它CF疗法存在的情况下维持稳定性的数据。将各噬菌体组分与肉汤和沙丁胺醇(图11A)或高渗溶液(图11B)一起温育3小时并通过琼脂覆盖噬菌斑测定(agar overlay plaque assay)来评估噬菌体活性。这里，PFU是噬菌斑形成单位。
图12A-图12C混合物组分APBP23、APBP1和APBP3在CF痰中具有活性。各噬菌体组分单独在CF痰中温育(只有噬菌体)或与3种不同的铜绿假单胞菌分离株一起温育。PA菌株237对所有三种噬菌体都敏感，菌株DCF10仅对APBP23(图12A)和APBP1(图12B)敏感，而DCF21菌株仅对APBP3(图12C)敏感。利用琼脂覆盖噬菌斑测定来测定噬菌体滴度，并与输入的噬菌体浓度进行比较。滴度的增加表明噬菌体扩增和活跃，并且仅在敏感菌株中观察到。这里，PFU是噬菌斑形成单位。
具体实施方式
如上所述，世界存在抗生素危机。细菌性疾病是一个永远存在的问题，而抗生素抗性的增加意味着可用且有效的抗生素的数量持续缩减。本申请的实施方式和方面为使用标准抗生素提供了令人兴奋的替代解决方案。这些实施方式和发明是重要的、非平凡的创造性努力以及技术挑战和障碍的解决的结果。
因此，本文所述的实施方式和方面总体上涉及新颖且有创造性的噬菌体，例如，其单独地或者以组合方式有效地治疗假单胞菌属感染。总体上描述了治疗假单胞菌属细菌感染的方法，但也描述了治疗某些类型的感染，例如，呼吸感染、与纤维化、肺炎等相关的感染的方法。描述了储存和制造组合物以及方法。各种实施方式和方面为全世界的抗生素危机提供了令人兴奋且关键的解决方案。
应当理解，本公开不限于所描述的具体实施方式，因此其当然可以变化。还应理解，本文所使用的术语仅出于描述具体实施方式的目的，而非旨在限制，因为本公开的范围将仅由所附权利要求限制。
本公开的详细描述被划分为多个部分仅仅是为了方便读者，并且在任意部分中发现的公开内容都可与在其它部分中发现的公开内容相结合。除非另有定义，否则本文使用的所有技术术语和科学术语都与本公开所属领域普通技术人员通常理解的含义相同。
定义
必须注意的是，除非上下文另有明确说明，否则如本文和所附权利要求中所使用的，单数形式“一”、“一个/种”和“该/所述”包括复数指代。因此，例如，对“一种噬菌体组合物”的提及包括多种这样的候选剂，而对“所述噬菌体”的提及包括对一种或多种噬菌体及其为本领域技术人员所知的等同物等等的提及。
在本公开中，“包含(comprises)”、“包含(comprising)”、“含有”和“具有”等可具有美国专利法中赋予它们的含义，并且可表示“包括(includes)”、“包括(including)”等。“主要由……组成”或“主要组成”同样地具有美国专利法中赋予的含义，并且该术语是开放性的，允许存在多于其所叙述的内容，只要所叙述的内容的基本或新颖的特性并不因多于其所叙述的内容的存在而改变即可，但是不包括现有技术实施方式。“由……组成”是指排除掉不止是其它成分的微量元素还有实质性方法步骤。由这些过渡术语中的每一个定义的实施方式都在本公开的范围内。
如本文所用，术语“主要由……组成”是指仅明确指示的噬菌体(一种或多种)存在于噬菌体组合物中，但所述组合物还可能包含其它的非噬菌体组分，如药学上适合的载剂、稀释剂、赋形剂、抗生素(例如，化学抗生素)等，或它们的组合。如本文所用，当在数字名称，例如温度、时间、量、浓度等等(包括范围)之前使用时，术语“约”指示可以以(+)或(-)10％、5％或1％变化的近似值。本公开中的所有值均以术语“约”开头，即使未明确叙述。
当在本文中列出范围(例如，剂量范围)时，应当理解，该值可以包括在所叙述范围(一个或多个)内的任何单个值或范围，包括端点。
如本文所用，术语“突变体”和“变体”可互换使用，并且是指在遗传上不同于参考噬菌体，但仍保留感染并杀伤铜绿假单胞菌目标细菌的能力的噬菌体。例如，“突变体”可指与SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:3中的一个或多个和/或本文提及或描述的任意其它噬菌体相比经过遗传突变，但仍保留感染并杀伤铜绿假单胞菌目标细菌的能力的噬菌体。突变体可包括例如沉默突变、保守突变、微小缺失和/或遗传物质的微小复制，并且保留参考噬菌体的表型特征。在实施方式中，“突变体”可以是噬菌体后代。噬菌体后代可以是在使用如本文所述的噬菌体(即，“亲本噬菌体”)裂解假单胞菌(例如，铜绿假单胞菌)目标细菌后可获得的噬菌体。换言之，噬菌体后代可以是第二(或下一)代噬菌体。在一个实施方式中，突变体保留任何可观察到的特征或特性——其取决于如本文所述的噬菌体的基因组——即所述噬菌体的表型特征和/或对假单胞菌属种类或菌株的裂解活性。优选的突变体保留感染并杀伤铜绿假单胞菌目标细菌的能力并且与参考噬菌体的基因组相比具有少于10％，甚至更优选地少于7％，更优选地少于1％的核酸变异。可选地，或者组合地，与参考噬菌体的多肽相比，突变体在编码的多肽序列中优选具有少于7％的氨基酸变异。
如本文所用，关于核酸或氨基酸序列的术语“％同一性”、“％序列同一性”以及“同一性百分比”表示所述序列之间的同一性或同源性水平，并且可以通过本领域已知的技术确定。各种各样的序列比对方法中的任意方法都可以用于确定同一性百分比，包括但不限于全局法、局部法和杂交法，诸如分段法(segment approach methods)。确定同一性百分比的方案是本领域技术人员范围内的常规程序。全局法从分子的开始到结束对序列进行比对，并通过将各个核苷酸对的分数相加以及通过施加空位罚分来确定最佳比对。非限制性方法包括例如CLUSTAL W,参见,例如Julie D.Thompson et al.,CLUSTAL W:Improving theSensitivity of Progressive Multiple Sequence Alignment Through Sequence Weighting,Position-Specific Gap Penalties and Weight Matrix Choice,22(22)Nucleic Acids Research 4673-4680(1994)；以及迭代细化。非限制性方法包括，例如BLAST、Match-box,参见例如Align-M,参见例如,Ivo Van Walle et al.,Align-M-A New Algorithm for Multiple Alignment of HighlyDivergent Sequences,Bioinformatics 20(9):1428-1435(2004)。该定义也参考或者可适用于测试序列的编撰。该定义还包括具有缺失和/或添加的序列以及具有取代的那些序列。如下所述，优选的算法可以说明空位等。优选地，同一性在长度为至少约100个核苷酸的区域上存在，或更优选在长度为100-1000或更多个核苷酸的区域上存在。
如本文所用，术语“细菌互补”是指具有特定基因组的噬菌体补偿具有不同基因组的不同的、有区别的噬菌体的能力。更具体地，(目标细菌的)噬菌体不敏感突变体菌落可以对于特定噬菌体产生，但仍然可以对于不同的噬菌体敏感。换句话说，对于一种噬菌体产生的抗噬菌体突变体细菌仍然对于另一噬菌体敏感。
如本文所用，术语“治疗(treating)”或“治疗(treatment)”(并且在本领域中很好理解)根据其简单和普通的含义使用，并且广泛地包括用于在对象的状况中获得有益或期望的结果(包括临床结果)的任何方法。有益或期望的临床结果可包括但不限于减轻或改善一种或多种症状或状况、减轻疾病程度、稳定(即不恶化)疾病状态、预防疾病传播或散布、延迟或减缓疾病进展、疾病状态的改善或缓和、疾病复发的减少以及缓解，不管是部分的还是全部的，不管是可检测到的还是不可检测到的。换言之，如本文所用的“治疗”包括疾病的任何治愈、改善或预防。治疗可预防疾病发生；抑制疾病的散布；缓解疾病的症状，完全或部分消除疾病的根本原因，缩短疾病的持续时间，或将这些事件组合起来。如本文所用，术语“治疗(treat)”或“治疗(treating)”旨在涵盖预防性治疗以及矫正性治疗(治疗已经患有疾病的对象)。
如本文所用，术语“施用”是指例如口服、静脉内、肠胃外、腹膜内、肌肉内、鞘内、鼻内、肺或皮下施用，或将缓释装置例如微型渗透泵植入对象体内。施用是通过任意途径进行的，包括肠胃外和经粘膜(例如，颊、舌下、腭、牙龈、鼻、阴道、直肠或经皮)。肠胃外施用包括，例如，静脉内、肌肉内、小动脉内、皮内、皮下、腹膜内、脑室内和颅内。其它递送方式包括但不限于使用脂质体制剂、静脉输注、透皮贴剂等。在实施方式中，施用不包括施用除所叙述的活性剂之外的任意活性剂。在实施方式中，本文所述的组合物的施用是通过静脉内施用进行的。在实施方式中，本文所述的组合物的施用是通过鼻内施用如吸入或雾化进行的。在实施方式中，施用可以经由鼻或口服施用施用以供肺递送(例如，通过烟雾化或雾化)。
“共同施用”是指本文所述的组合物在一种或多种另外的疗法施用的同时、刚好在施用之前或刚好在施用之后进行施用。本文提供的化合物可单独施用或者可共同施用于患者。共同施用意在包括化合物单独地或以组合方式(多于一种化合物)同时或按顺序施用。因此，在需要时，这些制剂也可与其它活性物质(例如，抗生素)组合。
如本文所用，术语“裂解性”或“裂解活性”表示噬菌体导致细菌细胞裂解的特性。噬菌体的裂解活性可以根据本领域已知的技术在细菌(例如，铜绿假单胞菌菌株)上测试。当噬菌体已经感染细胞、复制新噬菌体颗粒并从宿主细胞膜释放时发生的过程称为裂解周期。一些噬菌体展现出溶原周期，在此期间由于噬菌体过程的主动抑制，噬菌体DNA实际上仍是休眠的。当细菌分裂时，噬菌体的DNA也复制。以此方式，病毒可以在其宿主中持续复制而不裂解宿主。在某一时刻，条件可能发生变化，并且噬菌体进入裂解周期。“专性裂解的”是指不能经历溶原周期的噬菌体。
如本文所用，术语“噬菌体目标”是指可被特定噬菌体感染的任何细菌种类。噬菌体识别目标细菌细胞表面，结合并将其遗传物质注入细菌宿主体内。来自感染噬菌体的遗传物质可并入到细菌基因组中。噬菌体可能会变成溶原性的，这时病毒基因组在细菌宿主基因组中仍是休眠的，直到触发事件。噬菌体也可能裂解，这时感染噬菌体的多个拷贝是由受感染细菌的机器产生的，而这些拷贝随后通过细菌裂解、挤出，或者通过出芽得以释放。在实施方式中，细菌目标是铜绿假单胞菌。
如本文所用，术语“细菌宿主制造菌株”或“制造菌株”是指用于使噬菌体生长的细菌。噬菌体生产方法可能需要涉及至少两个操作单元的生产过程，即宿主细菌的生长和噬菌体繁殖(或感染)。重要的是要考虑细菌生长和噬菌体感染的基本参数，诸如选择的细菌底物以及细菌生长和噬菌体感染这两者的最佳温度，因为这些因素可能会影响噬菌体的感染性。
如本文所用，术语“肌病毒科”是指属于界：病毒，第一组(Group 1)：dsDNA，目：有尾噬菌体目(Caudovirales)，科：肌病毒科的病毒。属包括Pbunavirus和Pakpunavirus。在实施方式中，肌病毒科包括属于Pbunavirus属的噬菌体(SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:18、SEQ ID NO:19、SEQ ID NO:20、SEQ ID NO:21)。在实施方式中，肌病毒科包括属于Pakpunavirus属的噬菌体(SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10)。在实施方式中，肌病毒科包括属于Nankokuvirus属的种(SEQ ID NO:14、SEQ ID NO:15)。
如本文所用，术语“短尾病毒科”是指属于界：病毒，第一组：dsDNA，目：有尾噬菌体目，科：短尾病毒科的病毒。属包括Bruynoghevirus、Phikmvvirus、Luzseptimavirus和Litunavirus。在实施方式中，短尾病毒科包括属于Bruynoghevirus属的噬菌体(SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:13)。在实施方式中，短尾病毒科包括属于Phikmvvirus属的噬菌体(SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:16、SEQ ID NO:17)。在实施方式中，短尾病毒科包括属于Luzseptimavirus属的噬菌体(SEQ ID NO:5)。在实施方式中，短尾病毒科包括属于Litunavirus属的噬菌体(SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:22)。在实施方式中，短尾病毒科包括属于Bruynoghevirus属的种。在实施方式中，短尾病毒科包括属于Phikmvvirus属的种。在实施方式中，短尾病毒科包括属于Luzseptimavirus属的种。在实施方式中，短尾病毒科包括属于Litunavirus属的种。
如本文所用，术语“痰”是指从呼吸系统咳出的物质。痰可由黏液、脓、血液、微生物、唾液和异物组成。
用途或方法一般包括向对象施用本文所述的噬菌体或噬菌体组合物。如本文所用，“对象”是哺乳动物，如人或其它动物。优选地，对象是人。
如本文所用，术语“分离的”指示噬菌体从其天然存在的其原始环境中移出。具体地，分离的噬菌体是例如单独于其天然所在的环境培育或培养的。
如本文所用，术语“纯化的”指示噬菌体从自然界和/或制造宿主细菌中移出。具体地，纯化的噬菌体有生产杂质，诸如基本上从其制造或生产环境中去除的细菌组分。细菌组分包括但不限于细菌宿主蛋白、脂质和/或细菌内毒素。术语“纯化的”也可以是指基因纯化，其中噬菌体株在遗传上是同质的。在一些实施方式中，纯化的噬菌体包括至少99％纯的噬菌体，或至少99％的所期望的噬菌体群。
如本文所用，术语“基本上纯化的”是指组合物含有少于1％、少于0.1％、少于0.001％或无可检测量的污染物如宿主细菌蛋白或内毒素。此外，如本文所用，当用于描述噬菌体株时，术语“基本上纯的”是指组合物的使得该株一个特定的基因组序列多于99％、多于99.9％、多于99.999％，或者100％的基因纯度。
一般地，当样品中至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少98％或至少99％的总物质(按体积计、按湿重或干重计或按摩尔百分比或摩尔分数计)不含杂质和/或遗传变体时，组合物是基本上纯的。
如本文所用，术语“对象”或“患者”是指人或非人动物。优选地，对象或患者需要用本文所述的组合物治疗，例如患有对组合物治疗敏感的细菌感染。
如本文所用，“协同量”是”是指第一个量(例如，一种噬菌体)和第二个量(例如，不同噬菌体)的总和导致协同作用(即，大于累加作用的效果)。因此，术语“协同”、“协同作用”、“协同的”、“组合的协同量”和“协同的治疗效果”在本文中可互换使用，是指组合施用的化合物所测量的效果，其中所测量的效果大于每个本文提供的化合物作为单个剂单独施用的单独效果的总和。
如本文所用，术语“基本上不含”是指具有少于10％的待排除的物质的某物。例如，0.01％至10％不含，包括其中的任何子值和子范围。例如，0.01、0.02、0.03、0.04、0.05、0.06、0.07、0.08、0.09、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10％(或其间的任何子值或子范围，包括端点)。
如本文所用，本文所用的术语“可获得的”还包括术语“获得的”。在一个实施方式中，术语“可获得的”是指获得的。
如本文所用，术语“药学上可接受的赋形剂”和“药学上可接受的载剂”是指这样的物质，其帮助活性剂向对象的施用和/或活性剂被对象吸收，并且可以被包括在本公开的组合物中而不导致对患者显著不利的毒理学作用。药学可接受的赋形剂的非限制性示例包括：水、NaCl、生理盐水溶液、乳酸化林格氏液、生理蔗糖、生理葡萄糖、粘合剂、填料、崩解剂、润滑剂、包衣、甜味剂、调味剂、盐溶液(诸如林格氏液)、醇、油、明胶、碳水化合物如乳糖、直链淀粉或淀粉、脂肪酸酯、羟甲基纤维素、聚乙烯吡咯烷酮和颜料等等。此类制剂可以是无菌的，并且如果需要，与辅助剂诸如润滑剂、防腐剂、稳定剂、润湿剂、乳化剂、用于影响渗透压的盐、缓冲液、着色剂和/或芳香物质等(其不会与本公开的化合物有害地反应)混合。本领域技术人员将认识到其它药学赋形剂也可用于本公开中。
如本文所用，术语“药学上可接受的盐”意在包括活性化合物的用相对无毒的酸或碱制备的盐，这取决于存在于本文描述的化合物上的具体取代基。当本公开的化合物含有相对酸性的官能团时，可通过使此类化合物的中性形式与足量的所需碱——纯碱或是在适合的惰性溶剂中——接触来获得碱加成盐。药学上可接受的碱加成盐的示例包括钠盐、钾盐、钙盐、铵盐、有机氨基盐或镁盐，或类似的盐。当本公开的化合物含有相对碱性的官能团时，可通过使此类化合物的中性形式与足量的所需酸——纯酸或是在适合的惰性溶剂中——接触来获得酸加成盐。药学上可接受的酸加成盐的示例包括衍生自无机酸如盐酸、氢溴酸、硝酸、碳酸、一氢碳酸、磷酸、一氢磷酸、二氢磷酸、硫酸、一氢硫酸、氢碘酸或亚磷酸等的酸加成盐，以及衍生自相对无毒的有机酸如乙酸、丙酸、异丁酸、马来酸、丙二酸、苯甲酸、琥珀酸、辛二酸、富马酸、乳酸、扁桃酸、邻苯二甲酸、苯磺酸、对甲苯磺酸、柠檬酸、酒石酸、草酸、甲磺酸等的盐。还包括氨基酸如精氨酸的盐等，以及有机酸如葡糖醛酸或半乳糖醛酸的盐等。
如本文所用，术语“持续存在”是指在通常、预期或正常的时间之后仍存在或继续存在的能力。
如本文所用，在噬菌体目标范围的背景下的“拓宽”或“更宽”是指增大的宿主范围。宿主范围是病毒/噬菌体(或病毒的组合)能够感染的细胞类型、菌株或宿主种类的数量。宿主范围或目标细菌范围的增大是与参考和/或非工程改造病毒相比，病毒(或病毒的组合)能够感染的不同细胞类型、菌株或种类的绝对数量的扩大。在一些示例中，增大的宿主范围或增大的目标细菌范围是病毒(或病毒的组合)能够感染的细菌种类内细菌菌株或变体数量的增加。宿主范围的增大可以是增加至少一种或多于一种菌株、细胞类型或种类。例如，可通过本领域公知的标准噬菌斑测定来测定宿主范围。
如本文所用，“感染复数(MOI)”是给定感染培养基中病毒颗粒数与宿主细胞数之比。MOI＝1的值意味着就平均而言，单个噬菌体颗粒对应单个宿主细胞。
如本文所用，“部分合成的”噬菌体是指有限的、部分的或大部分的基因组经过设计或工程改造的噬菌体。如本文所用，“完全合成的”噬菌体是指整个基因组经过设计或工程改造的噬菌体。
其它术语和短语定义如下。
噬菌体组合物
实施方式涉及噬菌体和一种或多种噬菌体的组合物。噬菌体和/或噬菌体的组合物可以是或包括分离的和/或纯化的噬菌体。一些实施方式涉及多种不同的个体噬菌体的组合或多组噬菌体群体，包括被分离和/或纯化的一些或全部。噬菌体可包括与本文中阐述或描述的多核苷酸序列中的至少一种具有序列同一性的核酸序列。在一些方面中，本文提供了包含与SEQ ID NO:1-22中的一个或多个具有序列同一性的多核苷酸序列的噬菌体和/或组合物。例如，噬菌体可具有60％至100％序列同一性，包括任意子值(例如，61％、62％、63％……80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、......96％、97％、98％、99％、99.9％等)或其中的子范围(例如，80％-100％、93％-99.9％等)，包括端点。
在一个方面中，本文提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含SEQ ID NO:1的多核苷酸序列。在一个方面中，本文提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含与SEQ ID NO:1具有至少90％同一性的多核苷酸序列。在实施方式中，分离的、纯化的噬菌体包含与SEQ ID NO:1具有至少90％同一性的多核苷酸序列并且是肌病毒科Pbunavirus噬菌体。在实施方式中，分离的、纯化的噬菌体被命名为APBP1并且包含如SEQ ID NO:1中的多核苷酸序列。
在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:1具有至少80％至99.9％同一性(或其间的任意子值或子范围，包括端点)的多核苷酸序列的噬菌体。例如，在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:1具有至少99.9％、99.8％、99.7％、99.6％、99.5％、99.4％、99.3％、99.2％、99.1％、99.0％或99％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:1具有至少98.9％、98.8％、98.7％、98.6％、98.5％、98.4％、98.3％、98.2％、98.1％、98.0％或98％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:1具有至少97.9％、97.8％、97.7％、97.6％、97.5％、97.4％、97.3％、97.2％、97.1％、97.0％或97％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:1具有至少96.9％、96.8％、96.7％、96.6％、96.5％、96.4％、96.3％、96.2％、96.1％、96.0％或96％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:1具有至少95.9％、95.8％、95.7％、95.6％、95.5％、95.4％、95.3％、95.2％、95.1％、95.0％或95％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:1具有至少94.9％、94.8％、94.7％、94.6％、94.5％、94.4％、94.3％、94.2％、94.1％、94.0％或94％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ IDNO:1具有至少93.9％、93.8％、93.7％、93.6％、93.5％、93.4％、93.3％、93.2％、93.1％、93.0％或93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:1具有至少92.9％、92.8％、92.7％、92.6％、92.5％、92.4％、92.3％、92.2％、92.1％、92.0％或92％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:1具有至少91.9％、91.8％、91.7％、91.6％、91.5％、91.4％、91.3％、91.2％、91.1％、91.0％或91％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:1具有至少90.9％、90.8％、90.7％、90.6％、90.5％、90.4％、90.3％、90.2％、90.1％、90.0％或90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:1具有至少89.9％、89.8％、89.7％、89.6％、89.5％、89.4％、89.3％、89.2％、89.1％、89.0％或89％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:1具有至少88.9％、88.8％、88.7％、88.6％、88.5％、88.4％、88.3％、88.2％、88.1％、88.0％或88％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:1具有至少87.9％、87.8％、87.7％、87.6％、87.5％、87.4％、87.3％、87.2％、87.1％、87.0％或87％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:1具有至少86.9％、86.8％、86.7％、86.6％、86.5％、86.4％、86.3％、86.2％、86.1％、86.0％或86％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:1具有至少85.9％、85.8％、85.7％、85.6％、85.5％、85.4％、85.3％、85.2％、85.1％、85.0％或85％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:1具有至少84.9％、84.8％、84.7％、84.6％、84.5％、84.4％、84.3％、84.2％、84.1％、84.0％或84％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:1具有至少83.9％、83.8％、83.7％、83.6％、83.5％、83.4％、83.3％、83.2％、83.1％、83.0％或83％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ IDNO:1具有至少82.9％、82.8％、82.7％、82.6％、82.5％、82.4％、82.3％、82.2％、82.1％、82.0％或82％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:1具有至少81.9％、81.8％、81.7％、81.6％、81.5％、81.4％、81.3％、81.2％、81.1％、81.0％或81％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:1具有至少80.9％、80.8％、80.7％、80.6％、80.5％、80.4％、80.3％、80.2％、80.1％、80.0％或80％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体基因组包含SEQ ID NO:1的多核苷酸序列。
在一个方面中，本文提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含标识为SEQ ID NO:2的多核苷酸序列。在一个方面中，本文提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含与SEQ ID NO:2具有至少90％同一性的多核苷酸序列。在实施方式中，分离的、纯化的噬菌体包括与SEQID NO:2具有至少90％同一性的多核苷酸序列并且是肌病毒科Pbunavirus噬菌体。在实施方式中，分离的、纯化的噬菌体被命名为APBP2并且包含如SEQ ID NO:2中的多核苷酸序列。
在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:2具有至少80％至99.9％同一性(或其间的任意子值或子范围，包括端点)的多核苷酸序列的噬菌体。例如，在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:2具有至少99.9％、99.8％、99.7％、99.6％、99.5％、99.4％、99.3％、99.2％、99.1％、99.0％或99％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:2具有至少98.9％、98.8％、98.7％、98.6％、98.5％、98.4％、98.3％、98.2％、98.1％、98.0％或98％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:2具有至少97.9％、97.8％、97.7％、97.6％、97.5％、97.4％、97.3％、97.2％、97.1％、97.0％或97％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:2具有至少96.9％、96.8％、96.7％、96.6％、96.5％、96.4％、96.3％、96.2％、96.1％、96.0％或96％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:2具有至少95.9％、95.8％、95.7％、95.6％、95.5％、95.4％、95.3％、95.2％、95.1％、95.0％或95％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:2具有至少94.9％、94.8％、94.7％、94.6％、94.5％、94.4％、94.3％、94.2％、94.1％、94.0％或94％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ IDNO:2具有至少93.9％、93.8％、93.7％、93.6％、93.5％、93.4％、93.3％、93.2％、93.1％、93.0％或93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:2具有至少92.9％、92.8％、92.7％、92.6％、92.5％、92.4％、92.3％、92.2％、92.1％、92.0％或92％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:2具有至少91.9％、91.8％、91.7％、91.6％、91.5％、91.4％、91.3％、91.2％、91.1％、91.0％或91％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:2具有至少90.9％、90.8％、90.7％、90.6％、90.5％、90.4％、90.3％、90.2％、90.1％、90.0％或90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:2具有至少89.9％、89.8％、89.7％、89.6％、89.5％、89.4％、89.3％、89.2％、89.1％、89.0％或89％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:2具有至少88.9％、88.8％、88.7％、88.6％、88.5％、88.4％、88.3％、88.2％、88.1％、88.0％或88％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:2具有至少87.9％、87.8％、87.7％、87.6％、87.5％、87.4％、87.3％、87.2％、87.1％、87.0％或87％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:2具有至少86.9％、86.8％、86.7％、86.6％、86.5％、86.4％、86.3％、86.2％、86.1％、86.0％或86％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:2具有至少85.9％、85.8％、85.7％、85.6％、85.5％、85.4％、85.3％、85.2％、85.1％、85.0％或85％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:2具有至少84.9％、84.8％、84.7％、84.6％、84.5％、84.4％、84.3％、84.2％、84.1％、84.0％或84％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:2具有至少83.9％、83.8％、83.7％、83.6％、83.5％、83.4％、83.3％、83.2％、83.1％、83.0％或83％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ IDNO:2具有至少82.9％、82.8％、82.7％、82.6％、82.5％、82.4％、82.3％、82.2％、82.1％、82.0％或82％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:2具有至少81.9％、81.8％、81.7％、81.6％、81.5％、81.4％、81.3％、81.2％、81.1％、81.0％或81％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:2具有至少80.9％、80.8％、80.7％、80.6％、80.5％、80.4％、80.3％、80.2％、80.1％、80.0％或80％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体基因组包含SEQ ID NO:2的多核苷酸序列。
在一个方面中，本文提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含标识为SEQ ID NO:3的多核苷酸序列。在实施方式中，分离的、纯化的噬菌体包括与SEQ ID NO:3具有至少90％同一性的多核苷酸序列并且是短尾病毒科Phikmvvirus噬菌体。在实施方式中，分离的、纯化的噬菌体被命名为APBP3并且包含如SEQ ID NO:3中的多核苷酸序列。在一个方面中，本文提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含与SEQ ID NO:3具有至少90％同一性的多核苷酸序列。
在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:3具有至少80％至99.9％同一性(或其间的任意子值或子范围，包括端点)的多核苷酸序列的噬菌体。例如，在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:3具有至少98.9％、98.8％、98.7％、98.6％、98.5％、98.4％、98.3％、98.2％、98.1％、98.0％或98％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:3具有至少97.9％、97.8％、97.7％、97.6％、97.5％、97.4％、97.3％、97.2％、97.1％、97.0％或97％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:3具有至少96.9％、96.8％、96.7％、96.6％、96.5％、96.4％、96.3％、96.2％、96.1％、96.0％或96％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:3具有至少95.9％、95.8％、95.7％、95.6％、95.5％、95.4％、95.3％、95.2％、95.1％、95.0％或95％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:3具有至少94.9％、94.8％、94.7％、94.6％、94.5％、94.4％、94.3％、94.2％、94.1％、94.0％或94％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:3具有至少93.9％、93.8％、93.7％、93.6％、93.5％、93.4％、93.3％、93.2％、93.1％、93.0％或93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ IDNO:3具有至少92.9％、92.8％、92.7％、92.6％、92.5％、92.4％、92.3％、92.2％、92.1％、92.0％或92％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:3具有至少91.9％、91.8％、91.7％、91.6％、91.5％、91.4％、91.3％、91.2％、91.1％、91.0％或91％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:3具有至少90.9％、90.8％、90.7％、90.6％、90.5％、90.4％、90.3％、90.2％、90.1％、90.0％或90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:3具有至少89.9％、89.8％、89.7％、89.6％、89.5％、89.4％、89.3％、89.2％、89.1％、89.0％或89％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:3具有至少88.9％、88.8％、88.7％、88.6％、88.5％、88.4％、88.3％、88.2％、88.1％、88.0％或88％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:3具有至少87.9％、87.8％、87.7％、87.6％、87.5％、87.4％、87.3％、87.2％、87.1％、87.0％或87％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:3具有至少86.9％、86.8％、86.7％、86.6％、86.5％、86.4％、86.3％、86.2％、86.1％、86.0％或86％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:3具有至少85.9％、85.8％、85.7％、85.6％、85.5％、85.4％、85.3％、85.2％、85.1％、85.0％或85％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:3具有至少84.9％、84.8％、84.7％、84.6％、84.5％、84.4％、84.3％、84.2％、84.1％、84.0％或84％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:3具有至少83.9％、83.8％、83.7％、83.6％、83.5％、83.4％、83.3％、83.2％、83.1％、83.0％或83％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:3具有至少82.9％、82.8％、82.7％、82.6％、82.5％、82.4％、82.3％、82.2％、82.1％、82.0％或82％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ IDNO:3具有至少81.9％、81.8％、81.7％、81.6％、81.5％、81.4％、81.3％、81.2％、81.1％、81.0％或81％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:3具有至少80.9％、80.8％、80.7％、80.6％、80.5％、80.4％、80.3％、80.2％、80.1％、80.0％或80％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体基因组包含SEQ ID NO:3的多核苷酸序列。
在一个方面中，本文提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含标识为SEQ ID NO:4的多核苷酸序列。在实施方式中，分离的、纯化的噬菌体包含与SEQ ID NO:4具有至少90％同一性的多核苷酸序列并且是肌病毒科Pakpunavirus噬菌体。在实施方式中，分离的、纯化的噬菌体被命名为APBP4并且包含如SEQ ID NO:4中的多核苷酸序列。在一个方面中，本文提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含与SEQ ID NO:4具有至少90％同一性的多核苷酸序列。
在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:4具有至少80％至99.9％同一性(或其间的任意子值或子范围，包括端点)的多核苷酸序列的噬菌体。例如，在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:4具有至少98.9％、98.8％、98.7％、98.6％、98.5％、98.4％、98.3％、98.2％、98.1％、98.0％或98％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:4具有至少97.9％、97.8％、97.7％、97.6％、97.5％、97.4％、97.3％、97.2％、97.1％、97.0％或97％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:4具有至少96.9％、96.8％、96.7％、96.6％、96.5％、96.4％、96.3％、96.2％、96.1％、96.0％或96％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:4具有至少95.9％、95.8％、95.7％、95.6％、95.5％、95.4％、95.3％、95.2％、95.1％、95.0％或95％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:4具有至少94.9％、94.8％、94.7％、94.6％、94.5％、94.4％、94.3％、94.2％、94.1％、94.0％或94％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:4具有至少93.9％、93.8％、93.7％、93.6％、93.5％、93.4％、93.3％、93.2％、93.1％、93.0％或93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ IDNO:4具有至少92.9％、92.8％、92.7％、92.6％、92.5％、92.4％、92.3％、92.2％、92.1％、92.0％或92％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:4具有至少91.9％、91.8％、91.7％、91.6％、91.5％、91.4％、91.3％、91.2％、91.1％、91.0％或91％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:4具有至少90.9％、90.8％、90.7％、90.6％、90.5％、90.4％、90.3％、90.2％、90.1％、90.0％或90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:4具有至少89.9％、89.8％、89.7％、89.6％、89.5％、89.4％、89.3％、89.2％、89.1％、89.0％或89％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:4具有至少88.9％、88.8％、88.7％、88.6％、88.5％、88.4％、88.3％、88.2％、88.1％、88.0％或88％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:4具有至少87.9％、87.8％、87.7％、87.6％、87.5％、87.4％、87.3％、87.2％、87.1％、87.0％或87％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:4具有至少86.9％、86.8％、86.7％、86.6％、86.5％、86.4％、86.3％、86.2％、86.1％、86.0％或86％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:4具有至少85.9％、85.8％、85.7％、85.6％、85.5％、85.4％、85.3％、85.2％、85.1％、85.0％或85％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:4具有至少84.9％、84.8％、84.7％、84.6％、84.5％、84.4％、84.3％、84.2％、84.1％、84.0％或84％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:4具有至少83.9％、83.8％、83.7％、83.6％、83.5％、83.4％、83.3％、83.2％、83.1％、83.0％或83％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:4具有至少82.9％、82.8％、82.7％、82.6％、82.5％、82.4％、82.3％、82.2％、82.1％、82.0％或82％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ IDNO:4具有至少81.9％、81.8％、81.7％、81.6％、81.5％、81.4％、81.3％、81.2％、81.1％、81.0％或81％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:4具有至少80.9％、80.8％、80.7％、80.6％、80.5％、80.4％、80.3％、80.2％、80.1％、80.0％或80％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体基因组包含SEQ ID NO:4的多核苷酸序列。
在一个方面中，本文提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含标识为SEQ ID NO:5的多核苷酸序列。在实施方式中，分离的、纯化的噬菌体包含与SEQ ID NO:5具有至少90％同一性的多核苷酸序列并且是短尾病毒科Luzseptimavirus噬菌体。在实施方式中，分离的、纯化的噬菌体被命名为APBP5并且包含如SEQ ID NO:5中的多核苷酸序列。在一个方面中，本文提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含与SEQ ID NO:5具有至少90％同一性的多核苷酸序列。
在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:5具有至少80％至99.9％同一性(或其间的任意子值或子范围，包括端点)的多核苷酸序列的噬菌体。例如，在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:5具有至少98.9％、98.8％、98.7％、98.6％、98.5％、98.4％、98.3％、98.2％、98.1％、98.0％或98％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:5具有至少97.9％、97.8％、97.7％、97.6％、97.5％、97.4％、97.3％、97.2％、97.1％、97.0％或97％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:5具有至少96.9％、96.8％、96.7％、96.6％、96.5％、96.4％、96.3％、96.2％、96.1％、96.0％或96％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:5具有至少95.9％、95.8％、95.7％、95.6％、95.5％、95.4％、95.3％、95.2％、95.1％、95.0％或95％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:5具有至少94.9％、94.8％、94.7％、94.6％、94.5％、94.4％、94.3％、94.2％、94.1％、94.0％或94％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:5具有至少93.9％、93.8％、93.7％、93.6％、93.5％、93.4％、93.3％、93.2％、93.1％、93.0％或93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ IDNO:5具有至少92.9％、92.8％、92.7％、92.6％、92.5％、92.4％、92.3％、92.2％、92.1％、92.0％或92％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:5具有至少91.9％、91.8％、91.7％、91.6％、91.5％、91.4％、91.3％、91.2％、91.1％、91.0％或91％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:5具有至少90.9％、90.8％、90.7％、90.6％、90.5％、90.4％、90.3％、90.2％、90.1％、90.0％或90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:5具有至少89.9％、89.8％、89.7％、89.6％、89.5％、89.4％、89.3％、89.2％、89.1％、89.0％或89％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:5具有至少88.9％、88.8％、88.7％、88.6％、88.5％、88.4％、88.3％、88.2％、88.1％、88.0％或88％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:5具有至少87.9％、87.8％、87.7％、87.6％、87.5％、87.4％、87.3％、87.2％、87.1％、87.0％或87％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:5具有至少86.9％、86.8％、86.7％、86.6％、86.5％、86.4％、86.3％、86.2％、86.1％、86.0％或86％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:5具有至少85.9％、85.8％、85.7％、85.6％、85.5％、85.4％、85.3％、85.2％、85.1％、85.0％或85％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:5具有至少84.9％、84.8％、84.7％、84.6％、84.5％、84.4％、84.3％、84.2％、84.1％、84.0％或84％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:5具有至少83.9％、83.8％、83.7％、83.6％、83.5％、83.4％、83.3％、83.2％、83.1％、83.0％或83％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:5具有至少82.9％、82.8％、82.7％、82.6％、82.5％、82.4％、82.3％、82.2％、82.1％、82.0％或82％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ IDNO:5具有至少81.9％、81.8％、81.7％、81.6％、81.5％、81.4％、81.3％、81.2％、81.1％、81.0％或81％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:5具有至少80.9％、80.8％、80.7％、80.6％、80.5％、80.4％、80.3％、80.2％、80.1％、80.0％或80％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体基因组包含SEQ ID NO:5的多核苷酸序列。
在一个方面中，本文提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含标识为SEQ ID NO:6的多核苷酸序列。在实施方式中，分离的、纯化的噬菌体包含与SEQ ID NO:6具有至少90％同一性的多核苷酸序列并且是短尾病毒科Bruynoghevirus噬菌体。在实施方式中，分离的、纯化的噬菌体被命名为APBP6并且包含如SEQ ID NO:6中的多核苷酸序列。在一个方面中，本文提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含与SEQ ID NO:6具有至少90％同一性的多核苷酸序列。
在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:6具有至少80％至99.9％同一性(或其间的任意子值或子范围，包括端点)的多核苷酸序列的噬菌体。例如，在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:6具有至少98.9％、98.8％、98.7％、98.6％、98.5％、98.4％、98.3％、98.2％、98.1％、98.0％或98％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:6具有至少97.9％、97.8％、97.7％、97.6％、97.5％、97.4％、97.3％、97.2％、97.1％、97.0％或97％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:6具有至少96.9％、96.8％、96.7％、96.6％、96.5％、96.4％、96.3％、96.2％、96.1％、96.0％或96％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:6具有至少95.9％、95.8％、95.7％、95.6％、95.5％、95.4％、95.3％、95.2％、95.1％、95.0％或95％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:6具有至少94.9％、94.8％、94.7％、94.6％、94.5％、94.4％、94.3％、94.2％、94.1％、94.0％或94％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:6具有至少93.9％、93.8％、93.7％、93.6％、93.5％、93.4％、93.3％、93.2％、93.1％、93.0％或93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ IDNO:6具有至少92.9％、92.8％、92.7％、92.6％、92.5％、92.4％、92.3％、92.2％、92.1％、92.0％或92％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:6具有至少91.9％、91.8％、91.7％、91.6％、91.5％、91.4％、91.3％、91.2％、91.1％、91.0％或91％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:6具有至少90.9％、90.8％、90.7％、90.6％、90.5％、90.4％、90.3％、90.2％、90.1％、90.0％或90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:6具有至少89.9％、89.8％、89.7％、89.6％、89.5％、89.4％、89.3％、89.2％、89.1％、89.0％或89％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:6具有至少88.9％、88.8％、88.7％、88.6％、88.5％、88.4％、88.3％、88.2％、88.1％、88.0％或88％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:6具有至少87.9％、87.8％、87.7％、87.6％、87.5％、87.4％、87.3％、87.2％、87.1％、87.0％或87％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:6具有至少86.9％、86.8％、86.7％、86.6％、86.5％、86.4％、86.3％、86.2％、86.1％、86.0％或86％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:6具有至少85.9％、85.8％、85.7％、85.6％、85.5％、85.4％、85.3％、85.2％、85.1％、85.0％或85％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:6具有至少84.9％、84.8％、84.7％、84.6％、84.5％、84.4％、84.3％、84.2％、84.1％、84.0％或84％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:6具有至少83.9％、83.8％、83.7％、83.6％、83.5％、83.4％、83.3％、83.2％、83.1％、83.0％或83％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:6具有至少82.9％、82.8％、82.7％、82.6％、82.5％、82.4％、82.3％、82.2％、82.1％、82.0％或82％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ IDNO:6具有至少81.9％、81.8％、81.7％、81.6％、81.5％、81.4％、81.3％、81.2％、81.1％、81.0％或81％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:6具有至少80.9％、80.8％、80.7％、80.6％、80.5％、80.4％、80.3％、80.2％、80.1％、80.0％或80％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体基因组包含SEQ ID NO:6的多核苷酸序列。
在一个方面中，本文提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含标识为SEQ ID NO:7的多核苷酸序列。在实施方式中，分离的、纯化的噬菌体包含与SEQ ID NO:7具有至少90％同一性的多核苷酸序列并且是短尾病毒科Litunavirus噬菌体。在实施方式中，分离的、纯化的噬菌体被命名为APBP7并且包含如SEQ ID NO:7中的多核苷酸序列。在一个方面中，本文提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含与SEQ ID NO:7具有至少90％同一性的多核苷酸序列。
在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:7具有至少80％至99.9％同一性(或其间的任意子值或子范围，包括端点)的多核苷酸序列的噬菌体。例如，在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:7具有至少98.9％、98.8％、98.7％、98.6％、98.5％、98.4％、98.3％、98.2％、98.1％、98.0％或98％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:7具有至少97.9％、97.8％、97.7％、97.6％、97.5％、97.4％、97.3％、97.2％、97.1％、97.0％或97％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:7具有至少96.9％、96.8％、96.7％、96.6％、96.5％、96.4％、96.3％、96.2％、96.1％、96.0％或96％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:7具有至少95.9％、95.8％、95.7％、95.6％、95.5％、95.4％、95.3％、95.2％、95.1％、95.0％或95％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:7具有至少94.9％、94.8％、94.7％、94.6％、94.5％、94.4％、94.3％、94.2％、94.1％、94.0％或94％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:7具有至少93.9％、93.8％、93.7％、93.6％、93.5％、93.4％、93.3％、93.2％、93.1％、93.0％或93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ IDNO:7具有至少92.9％、92.8％、92.7％、92.6％、92.5％、92.4％、92.3％、92.2％、92.1％、92.0％或92％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:7具有至少91.9％、91.8％、91.7％、91.6％、91.5％、91.4％、91.3％、91.2％、91.1％、91.0％或91％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:7具有至少90.9％、90.8％、90.7％、90.6％、90.5％、90.4％、90.3％、90.2％、90.1％、90.0％或90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:7具有至少89.9％、89.8％、89.7％、89.6％、89.5％、89.4％、89.3％、89.2％、89.1％、89.0％或89％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:7具有至少88.9％、88.8％、88.7％、88.6％、88.5％、88.4％、88.3％、88.2％、88.1％、88.0％或88％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:7具有至少87.9％、87.8％、87.7％、87.6％、87.5％、87.4％、87.3％、87.2％、87.1％、87.0％或87％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:7具有至少86.9％、86.8％、86.7％、86.6％、86.5％、86.4％、86.3％、86.2％、86.1％、86.0％或86％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:7具有至少85.9％、85.8％、85.7％、85.6％、85.5％、85.4％、85.3％、85.2％、85.1％、85.0％或85％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:7具有至少84.9％、84.8％、84.7％、84.6％、84.5％、84.4％、84.3％、84.2％、84.1％、84.0％或84％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:7具有至少83.9％、83.8％、83.7％、83.6％、83.5％、83.4％、83.3％、83.2％、83.1％、83.0％或83％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:7具有至少82.9％、82.8％、82.7％、82.6％、82.5％、82.4％、82.3％、82.2％、82.1％、82.0％或82％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ IDNO:7具有至少81.9％、81.8％、81.7％、81.6％、81.5％、81.4％、81.3％、81.2％、81.1％、81.0％或81％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:7具有至少80.9％、80.8％、80.7％、80.6％、80.5％、80.4％、80.3％、80.2％、80.1％、80.0％或80％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体基因组包含SEQ ID NO:7的多核苷酸序列。
在一个方面中，本文提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含标识为SEQ ID NO:8的多核苷酸序列。在实施方式中，分离的、纯化的噬菌体包含与SEQ ID NO:8具有至少90％同一性的多核苷酸序列并且是肌病毒科Pakpunavirus噬菌体。在实施方式中，分离的、纯化的噬菌体被命名为APBP8并且包含如SEQ ID NO:8中的多核苷酸序列。在一个方面中，本文提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含与SEQ ID NO:8具有至少90％同一性的多核苷酸序列。
在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:8具有至少80％至99.9％同一性(或其间的任意子值或子范围，包括端点)的多核苷酸序列的噬菌体。例如，在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:8具有至少98.9％、98.8％、98.7％、98.6％、98.5％、98.4％、98.3％、98.2％、98.1％、98.0％或98％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:8具有至少97.9％、97.8％、97.7％、97.6％、97.5％、97.4％、97.3％、97.2％、97.1％、97.0％或97％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:8具有至少96.9％、96.8％、96.7％、96.6％、96.5％、96.4％、96.3％、96.2％、96.1％、96.0％或96％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:8具有至少95.9％、95.8％、95.7％、95.6％、95.5％、95.4％、95.3％、95.2％、95.1％、95.0％或95％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:8具有至少94.9％、94.8％、94.7％、94.6％、94.5％、94.4％、94.3％、94.2％、94.1％、94.0％或94％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:8具有至少93.9％、93.8％、93.7％、93.6％、93.5％、93.4％、93.3％、93.2％、93.1％、93.0％或93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ IDNO:8具有至少92.9％、92.8％、92.7％、92.6％、92.5％、92.4％、92.3％、92.2％、92.1％、92.0％或92％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:8具有至少91.9％、91.8％、91.7％、91.6％、91.5％、91.4％、91.3％、91.2％、91.1％、91.0％或91％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:8具有至少90.9％、90.8％、90.7％、90.6％、90.5％、90.4％、90.3％、90.2％、90.1％、90.0％或90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:8具有至少89.9％、89.8％、89.7％、89.6％、89.5％、89.4％、89.3％、89.2％、89.1％、89.0％或89％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:8具有至少88.9％、88.8％、88.7％、88.6％、88.5％、88.4％、88.3％、88.2％、88.1％、88.0％或88％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:8具有至少87.9％、87.8％、87.7％、87.6％、87.5％、87.4％、87.3％、87.2％、87.1％、87.0％或87％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:8具有至少86.9％、86.8％、86.7％、86.6％、86.5％、86.4％、86.3％、86.2％、86.1％、86.0％或86％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:8具有至少85.9％、85.8％、85.7％、85.6％、85.5％、85.4％、85.3％、85.2％、85.1％、85.0％或85％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:8具有至少84.9％、84.8％、84.7％、84.6％、84.5％、84.4％、84.3％、84.2％、84.1％、84.0％或84％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:8具有至少83.9％、83.8％、83.7％、83.6％、83.5％、83.4％、83.3％、83.2％、83.1％、83.0％或83％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:8具有至少82.9％、82.8％、82.7％、82.6％、82.5％、82.4％、82.3％、82.2％、82.1％、82.0％或82％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ IDNO:8具有至少81.9％、81.8％、81.7％、81.6％、81.5％、81.4％、81.3％、81.2％、81.1％、81.0％或81％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:8具有至少80.9％、80.8％、80.7％、80.6％、80.5％、80.4％、80.3％、80.2％、80.1％、80.0％或80％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体基因组包含SEQ ID NO:8的多核苷酸序列。
在一个方面中，本文提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含标识为SEQ ID NO:9的多核苷酸序列。在实施方式中，分离的、纯化的噬菌体包含与SEQ ID NO:9具有至少90％同一性的多核苷酸序列并且是肌病毒科Pakpunavirus噬菌体。在实施方式中，分离的、纯化的噬菌体被命名为APBP9并且包含如SEQ ID NO:9中的多核苷酸序列。在一个方面中，本文提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含与SEQ ID NO:9具有至少90％同一性的多核苷酸序列。
在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:9具有至少80％至99.9％同一性(或其间的任意子值或子范围，包括端点)的多核苷酸序列的噬菌体。例如，在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:9具有至少98.9％、98.8％、98.7％、98.6％、98.5％、98.4％、98.3％、98.2％、98.1％、98.0％或98％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:9具有至少97.9％、97.8％、97.7％、97.6％、97.5％、97.4％、97.3％、97.2％、97.1％、97.0％或97％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:9具有至少96.9％、96.8％、96.7％、96.6％、96.5％、96.4％、96.3％、96.2％、96.1％、96.0％或96％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:9具有至少95.9％、95.8％、95.7％、95.6％、95.5％、95.4％、95.3％、95.2％、95.1％、95.0％或95％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:9具有至少94.9％、94.8％、94.7％、94.6％、94.5％、94.4％、94.3％、94.2％、94.1％、94.0％或94％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:9具有至少93.9％、93.8％、93.7％、93.6％、93.5％、93.4％、93.3％、93.2％、93.1％、93.0％或93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ IDNO:9具有至少92.9％、92.8％、92.7％、92.6％、92.5％、92.4％、92.3％、92.2％、92.1％、92.0％或92％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:9具有至少91.9％、91.8％、91.7％、91.6％、91.5％、91.4％、91.3％、91.2％、91.1％、91.0％或91％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:9具有至少90.9％、90.8％、90.7％、90.6％、90.5％、90.4％、90.3％、90.2％、90.1％、90.0％或90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:9具有至少89.9％、89.8％、89.7％、89.6％、89.5％、89.4％、89.3％、89.2％、89.1％、89.0％或89％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:9具有至少88.9％、88.8％、88.7％、88.6％、88.5％、88.4％、88.3％、88.2％、88.1％、88.0％或88％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:9具有至少87.9％、87.8％、87.7％、87.6％、87.5％、87.4％、87.3％、87.2％、87.1％、87.0％或87％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:9具有至少86.9％、86.8％、86.7％、86.6％、86.5％、86.4％、86.3％、86.2％、86.1％、86.0％或86％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:9具有至少85.9％、85.8％、85.7％、85.6％、85.5％、85.4％、85.3％、85.2％、85.1％、85.0％或85％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:9具有至少84.9％、84.8％、84.7％、84.6％、84.5％、84.4％、84.3％、84.2％、84.1％、84.0％或84％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:9具有至少83.9％、83.8％、83.7％、83.6％、83.5％、83.4％、83.3％、83.2％、83.1％、83.0％或83％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:9具有至少82.9％、82.8％、82.7％、82.6％、82.5％、82.4％、82.3％、82.2％、82.1％、82.0％或82％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ IDNO:9具有至少81.9％、81.8％、81.7％、81.6％、81.5％、81.4％、81.3％、81.2％、81.1％、81.0％或81％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:9具有至少80.9％、80.8％、80.7％、80.6％、80.5％、80.4％、80.3％、80.2％、80.1％、80.0％或80％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体基因组包含SEQ ID NO:9的多核苷酸序列。
在一个方面中，本文提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含标识为SEQ ID NO:10的多核苷酸序列。在实施方式中，分离的、纯化的噬菌体包含与SEQ ID NO:10具有至少90％同一性的多核苷酸序列并且是肌病毒科Pakpunavirus噬菌体。在实施方式中，分离的、纯化的噬菌体被命名为APBP10并且包含如SEQ ID NO:10中的多核苷酸序列。在一个方面中，本文提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含与SEQ ID NO:10具有至少90％同一性的多核苷酸序列。
在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:10具有至少80％至99.9％同一性(或其间的任意子值或子范围，包括端点)的多核苷酸序列的噬菌体。例如，在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:10具有至少98.9％、98.8％、98.7％、98.6％、98.5％、98.4％、98.3％、98.2％、98.1％、98.0％或98％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:10具有至少97.9％、97.8％、97.7％、97.6％、97.5％、97.4％、97.3％、97.2％、97.1％、97.0％或97％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:10具有至少96.9％、96.8％、96.7％、96.6％、96.5％、96.4％、96.3％、96.2％、96.1％、96.0％或96％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:10具有至少95.9％、95.8％、95.7％、95.6％、95.5％、95.4％、95.3％、95.2％、95.1％、95.0％或95％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:10具有至少94.9％、94.8％、94.7％、94.6％、94.5％、94.4％、94.3％、94.2％、94.1％、94.0％或94％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:10具有至少93.9％、93.8％、93.7％、93.6％、93.5％、93.4％、93.3％、93.2％、93.1％、93.0％或93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ IDNO:10具有至少92.9％、92.8％、92.7％、92.6％、92.5％、92.4％、92.3％、92.2％、92.1％、92.0％或92％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:10具有至少91.9％、91.8％、91.7％、91.6％、91.5％、91.4％、91.3％、91.2％、91.1％、91.0％或91％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:10具有至少90.9％、90.8％、90.7％、90.6％、90.5％、90.4％、90.3％、90.2％、90.1％、90.0％或90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:10具有至少89.9％、89.8％、89.7％、89.6％、89.5％、89.4％、89.3％、89.2％、89.1％、89.0％或89％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:10具有至少88.9％、88.8％、88.7％、88.6％、88.5％、88.4％、88.3％、88.2％、88.1％、88.0％或88％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:10具有至少87.9％、87.8％、87.7％、87.6％、87.5％、87.4％、87.3％、87.2％、87.1％、87.0％或87％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:10具有至少86.9％、86.8％、86.7％、86.6％、86.5％、86.4％、86.3％、86.2％、86.1％、86.0％或86％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:10具有至少85.9％、85.8％、85.7％、85.6％、85.5％、85.4％、85.3％、85.2％、85.1％、85.0％或85％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:10具有至少84.9％、84.8％、84.7％、84.6％、84.5％、84.4％、84.3％、84.2％、84.1％、84.0％或84％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:10具有至少83.9％、83.8％、83.7％、83.6％、83.5％、83.4％、83.3％、83.2％、83.1％、83.0％或83％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:10具有至少82.9％、82.8％、82.7％、82.6％、82.5％、82.4％、82.3％、82.2％、82.1％、82.0％或82％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ IDNO:10具有至少81.9％、81.8％、81.7％、81.6％、81.5％、81.4％、81.3％、81.2％、81.1％、81.0％或81％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:10具有至少80.9％、80.8％、80.7％、80.6％、80.5％、80.4％、80.3％、80.2％、80.1％、80.0％或80％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体基因组包含SEQ ID NO:10的多核苷酸序列。
在一个方面中，本文提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含标识为SEQ ID NO:11的多核苷酸序列。在实施方式中，分离的、纯化的噬菌体包含与SEQ ID NO:11具有至少90％同一性的多核苷酸序列并且是短尾病毒科Bruynoghevirus噬菌体。在实施方式中，分离的、纯化的噬菌体被命名为APBP11并且包含如SEQ ID NO:11中的多核苷酸序列。在一个方面中，本文提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含与SEQ ID NO:11具有至少90％同一性的多核苷酸序列。
在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:11具有至少80％至99.9％同一性(或其间的任意子值或子范围，包括端点)的多核苷酸序列的噬菌体。例如，在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:11具有至少98.9％、98.8％、98.7％、98.6％、98.5％、98.4％、98.3％、98.2％、98.1％、98.0％或98％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:11具有至少97.9％、97.8％、97.7％、97.6％、97.5％、97.4％、97.3％、97.2％、97.1％、97.0％或97％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:11具有至少96.9％、96.8％、96.7％、96.6％、96.5％、96.4％、96.3％、96.2％、96.1％、96.0％或96％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:11具有至少95.9％、95.8％、95.7％、95.6％、95.5％、95.4％、95.3％、95.2％、95.1％、95.0％或95％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:11具有至少94.9％、94.8％、94.7％、94.6％、94.5％、94.4％、94.3％、94.2％、94.1％、94.0％或94％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:11具有至少93.9％、93.8％、93.7％、93.6％、93.5％、93.4％、93.3％、93.2％、93.1％、93.0％或93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ IDNO:11具有至少92.9％、92.8％、92.7％、92.6％、92.5％、92.4％、92.3％、92.2％、92.1％、92.0％或92％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:11具有至少91.9％、91.8％、91.7％、91.6％、91.5％、91.4％、91.3％、91.2％、91.1％、91.0％或91％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:11具有至少90.9％、90.8％、90.7％、90.6％、90.5％、90.4％、90.3％、90.2％、90.1％、90.0％或90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:11具有至少89.9％、89.8％、89.7％、89.6％、89.5％、89.4％、89.3％、89.2％、89.1％、89.0％或89％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:11具有至少88.9％、88.8％、88.7％、88.6％、88.5％、88.4％、88.3％、88.2％、88.1％、88.0％或88％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:11具有至少87.9％、87.8％、87.7％、87.6％、87.5％、87.4％、87.3％、87.2％、87.1％、87.0％或87％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:11具有至少86.9％、86.8％、86.7％、86.6％、86.5％、86.4％、86.3％、86.2％、86.1％、86.0％或86％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:11具有至少85.9％、85.8％、85.7％、85.6％、85.5％、85.4％、85.3％、85.2％、85.1％、85.0％或85％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:11具有至少84.9％、84.8％、84.7％、84.6％、84.5％、84.4％、84.3％、84.2％、84.1％、84.0％或84％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:11具有至少83.9％、83.8％、83.7％、83.6％、83.5％、83.4％、83.3％、83.2％、83.1％、83.0％或83％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:11具有至少82.9％、82.8％、82.7％、82.6％、82.5％、82.4％、82.3％、82.2％、82.1％、82.0％或82％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ IDNO:11具有至少81.9％、81.8％、81.7％、81.6％、81.5％、81.4％、81.3％、81.2％、81.1％、81.0％或81％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:11具有至少80.9％、80.8％、80.7％、80.6％、80.5％、80.4％、80.3％、80.2％、80.1％、80.0％或80％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体基因组包含SEQ ID NO:11的多核苷酸序列。
在一个方面中，本文提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含标识为SEQ ID NO:12的多核苷酸序列。在实施方式中，分离的、纯化的噬菌体包含与SEQ ID NO:12具有至少90％同一性的多核苷酸序列并且是短尾病毒科Bruynoghevirus噬菌体。在实施方式中，分离的、纯化的噬菌体被命名为APBP12并且包含如SEQ ID NO:12中的多核苷酸序列。在一个方面中，本文提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含与SEQ ID NO:12具有至少90％同一性的多核苷酸序列。
在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:12具有至少80％至99.9％同一性(或其间的任意子值或子范围，包括端点)的多核苷酸序列的噬菌体。例如，在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:12具有至少98.9％、98.8％、98.7％、98.6％、98.5％、98.4％、98.3％、98.2％、98.1％、98.0％或98％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:12具有至少97.9％、97.8％、97.7％、97.6％、97.5％、97.4％、97.3％、97.2％、97.1％、97.0％或97％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:12具有至少96.9％、96.8％、96.7％、96.6％、96.5％、96.4％、96.3％、96.2％、96.1％、96.0％或96％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:12具有至少95.9％、95.8％、95.7％、95.6％、95.5％、95.4％、95.3％、95.2％、95.1％、95.0％或95％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:12具有至少94.9％、94.8％、94.7％、94.6％、94.5％、94.4％、94.3％、94.2％、94.1％、94.0％或94％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:12具有至少93.9％、93.8％、93.7％、93.6％、93.5％、93.4％、93.3％、93.2％、93.1％、93.0％或93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ IDNO:12具有至少92.9％、92.8％、92.7％、92.6％、92.5％、92.4％、92.3％、92.2％、92.1％、92.0％或92％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:12具有至少91.9％、91.8％、91.7％、91.6％、91.5％、91.4％、91.3％、91.2％、91.1％、91.0％或91％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:12具有至少90.9％、90.8％、90.7％、90.6％、90.5％、90.4％、90.3％、90.2％、90.1％、90.0％或90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:12具有至少89.9％、89.8％、89.7％、89.6％、89.5％、89.4％、89.3％、89.2％、89.1％、89.0％或89％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:12具有至少88.9％、88.8％、88.7％、88.6％、88.5％、88.4％、88.3％、88.2％、88.1％、88.0％或88％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:12具有至少87.9％、87.8％、87.7％、87.6％、87.5％、87.4％、87.3％、87.2％、87.1％、87.0％或87％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:12具有至少86.9％、86.8％、86.7％、86.6％、86.5％、86.4％、86.3％、86.2％、86.1％、86.0％或86％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:12具有至少85.9％、85.8％、85.7％、85.6％、85.5％、85.4％、85.3％、85.2％、85.1％、85.0％或85％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:12具有至少84.9％、84.8％、84.7％、84.6％、84.5％、84.4％、84.3％、84.2％、84.1％、84.0％或84％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:12具有至少83.9％、83.8％、83.7％、83.6％、83.5％、83.4％、83.3％、83.2％、83.1％、83.0％或83％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:12具有至少82.9％、82.8％、82.7％、82.6％、82.5％、82.4％、82.3％、82.2％、82.1％、82.0％或82％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ IDNO:12具有至少81.9％、81.8％、81.7％、81.6％、81.5％、81.4％、81.3％、81.2％、81.1％、81.0％或81％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:12具有至少80.9％、80.8％、80.7％、80.6％、80.5％、80.4％、80.3％、80.2％、80.1％、80.0％或80％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体基因组包含SEQ ID NO:12的多核苷酸序列。
在一个方面中，本文提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含标识为SEQ ID NO:13的多核苷酸序列。在实施方式中，分离的、纯化的噬菌体包含与SEQ ID NO:13具有至少90％同一性的多核苷酸序列并且是短尾病毒科Bruynoghevirus噬菌体。在实施方式中，分离的、纯化的噬菌体被命名为APBP13并且包含如SEQ ID NO:13中的多核苷酸序列。在一个方面中，本文提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含与SEQ ID NO:13具有至少90％同一性的多核苷酸序列。
在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:13具有至少80％至99.9％同一性(或其间的任意子值或子范围，包括端点)的多核苷酸序列的噬菌体。例如，在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:13具有至少98.9％、98.8％、98.7％、98.6％、98.5％、98.4％、98.3％、98.2％、98.1％、98.0％或98％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:13具有至少97.9％、97.8％、97.7％、97.6％、97.5％、97.4％、97.3％、97.2％、97.1％、97.0％或97％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:13具有至少96.9％、96.8％、96.7％、96.6％、96.5％、96.4％、96.3％、96.2％、96.1％、96.0％或96％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:13具有至少95.9％、95.8％、95.7％、95.6％、95.5％、95.4％、95.3％、95.2％、95.1％、95.0％或95％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:13具有至少94.9％、94.8％、94.7％、94.6％、94.5％、94.4％、94.3％、94.2％、94.1％、94.0％或94％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:13具有至少93.9％、93.8％、93.7％、93.6％、93.5％、93.4％、93.3％、93.2％、93.1％、93.0％或93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ IDNO:13具有至少92.9％、92.8％、92.7％、92.6％、92.5％、92.4％、92.3％、92.2％、92.1％、92.0％或92％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:13具有至少91.9％、91.8％、91.7％、91.6％、91.5％、91.4％、91.3％、91.2％、91.1％、91.0％或91％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:13具有至少90.9％、90.8％、90.7％、90.6％、90.5％、90.4％、90.3％、90.2％、90.1％、90.0％或90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:13具有至少89.9％、89.8％、89.7％、89.6％、89.5％、89.4％、89.3％、89.2％、89.1％、89.0％或89％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:13具有至少88.9％、88.8％、88.7％、88.6％、88.5％、88.4％、88.3％、88.2％、88.1％、88.0％或88％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:13具有至少87.9％、87.8％、87.7％、87.6％、87.5％、87.4％、87.3％、87.2％、87.1％、87.0％或87％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:13具有至少86.9％、86.8％、86.7％、86.6％、86.5％、86.4％、86.3％、86.2％、86.1％、86.0％或86％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:13具有至少85.9％、85.8％、85.7％、85.6％、85.5％、85.4％、85.3％、85.2％、85.1％、85.0％或85％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:13具有至少84.9％、84.8％、84.7％、84.6％、84.5％、84.4％、84.3％、84.2％、84.1％、84.0％或84％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:13具有至少83.9％、83.8％、83.7％、83.6％、83.5％、83.4％、83.3％、83.2％、83.1％、83.0％或83％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:13具有至少82.9％、82.8％、82.7％、82.6％、82.5％、82.4％、82.3％、82.2％、82.1％、82.0％或82％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ IDNO:13具有至少81.9％、81.8％、81.7％、81.6％、81.5％、81.4％、81.3％、81.2％、81.1％、81.0％或81％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:13具有至少80.9％、80.8％、80.7％、80.6％、80.5％、80.4％、80.3％、80.2％、80.1％、80.0％或80％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体基因组包含SEQ ID NO:13的多核苷酸序列。
在一个方面中，本文提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含标识为SEQ ID NO:14的多核苷酸序列。在实施方式中，分离的、纯化的噬菌体包含与SEQ ID NO:14具有至少90％同一性的多核苷酸序列并且是肌病毒科Nankokuvirus噬菌体。在实施方式中，分离的、纯化的噬菌体被命名为APBP14并且包含如SEQ ID NO:14中的多核苷酸序列。在一个方面中，本文提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含与SEQ ID NO:14具有至少90％同一性的多核苷酸序列。
在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:14具有至少80％至99.9％同一性(或其间的任意子值或子范围，包括端点)的多核苷酸序列的噬菌体。例如，在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:14具有至少98.9％、98.8％、98.7％、98.6％、98.5％、98.4％、98.3％、98.2％、98.1％、98.0％或98％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:14具有至少97.9％、97.8％、97.7％、97.6％、97.5％、97.4％、97.3％、97.2％、97.1％、97.0％或97％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:14具有至少96.9％、96.8％、96.7％、96.6％、96.5％、96.4％、96.3％、96.2％、96.1％、96.0％或96％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:14具有至少95.9％、95.8％、95.7％、95.6％、95.5％、95.4％、95.3％、95.2％、95.1％、95.0％或95％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:14具有至少94.9％、94.8％、94.7％、94.6％、94.5％、94.4％、94.3％、94.2％、94.1％、94.0％或94％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:14具有至少93.9％、93.8％、93.7％、93.6％、93.5％、93.4％、93.3％、93.2％、93.1％、93.0％或93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ IDNO:14具有至少92.9％、92.8％、92.7％、92.6％、92.5％、92.4％、92.3％、92.2％、92.1％、92.0％或92％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:14具有至少91.9％、91.8％、91.7％、91.6％、91.5％、91.4％、91.3％、91.2％、91.1％、91.0％或91％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:14具有至少90.9％、90.8％、90.7％、90.6％、90.5％、90.4％、90.3％、90.2％、90.1％、90.0％或90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:14具有至少89.9％、89.8％、89.7％、89.6％、89.5％、89.4％、89.3％、89.2％、89.1％、89.0％或89％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:14具有至少88.9％、88.8％、88.7％、88.6％、88.5％、88.4％、88.3％、88.2％、88.1％、88.0％或88％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:14具有至少87.9％、87.8％、87.7％、87.6％、87.5％、87.4％、87.3％、87.2％、87.1％、87.0％或87％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:14具有至少86.9％、86.8％、86.7％、86.6％、86.5％、86.4％、86.3％、86.2％、86.1％、86.0％或86％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:14具有至少85.9％、85.8％、85.7％、85.6％、85.5％、85.4％、85.3％、85.2％、85.1％、85.0％或85％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:14具有至少84.9％、84.8％、84.7％、84.6％、84.5％、84.4％、84.3％、84.2％、84.1％、84.0％或84％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:14具有至少83.9％、83.8％、83.7％、83.6％、83.5％、83.4％、83.3％、83.2％、83.1％、83.0％或83％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:14具有至少82.9％、82.8％、82.7％、82.6％、82.5％、82.4％、82.3％、82.2％、82.1％、82.0％或82％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ IDNO:14具有至少81.9％、81.8％、81.7％、81.6％、81.5％、81.4％、81.3％、81.2％、81.1％、81.0％或81％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:14具有至少80.9％、80.8％、80.7％、80.6％、80.5％、80.4％、80.3％、80.2％、80.1％、80.0％或80％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体基因组包含SEQ ID NO:14的多核苷酸序列。
在一个方面中，本文提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含标识为SEQ ID NO:15的多核苷酸序列。在实施方式中，分离的、纯化的噬菌体包含与SEQ ID NO:15具有至少90％同一性的多核苷酸序列并且是肌病毒科Nankokuvirus噬菌体。在实施方式中，分离的、纯化的噬菌体被命名为APBP15并且包含如SEQ ID NO:15中的多核苷酸序列。在一个方面中，本文提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含与SEQ ID NO:15具有至少90％同一性的多核苷酸序列。
在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:15具有至少80％至99.9％同一性(或其间的任意子值或子范围，包括端点)的多核苷酸序列的噬菌体。例如，在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:15具有至少98.9％、98.8％、98.7％、98.6％、98.5％、98.4％、98.3％、98.2％、98.1％、98.0％或98％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:15具有至少97.9％、97.8％、97.7％、97.6％、97.5％、97.4％、97.3％、97.2％、97.1％、97.0％或97％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:15具有至少96.9％、96.8％、96.7％、96.6％、96.5％、96.4％、96.3％、96.2％、96.1％、96.0％或96％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:15具有至少95.9％、95.8％、95.7％、95.6％、95.5％、95.4％、95.3％、95.2％、95.1％、95.0％或95％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:15具有至少94.9％、94.8％、94.7％、94.6％、94.5％、94.4％、94.3％、94.2％、94.1％、94.0％或94％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:15具有至少93.9％、93.8％、93.7％、93.6％、93.5％、93.4％、93.3％、93.2％、93.1％、93.0％或93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ IDNO:15具有至少92.9％、92.8％、92.7％、92.6％、92.5％、92.4％、92.3％、92.2％、92.1％、92.0％或92％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:15具有至少91.9％、91.8％、91.7％、91.6％、91.5％、91.4％、91.3％、91.2％、91.1％、91.0％或91％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:15具有至少90.9％、90.8％、90.7％、90.6％、90.5％、90.4％、90.3％、90.2％、90.1％、90.0％或90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:15具有至少89.9％、89.8％、89.7％、89.6％、89.5％、89.4％、89.3％、89.2％、89.1％、89.0％或89％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:15具有至少88.9％、88.8％、88.7％、88.6％、88.5％、88.4％、88.3％、88.2％、88.1％、88.0％或88％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:15具有至少87.9％、87.8％、87.7％、87.6％、87.5％、87.4％、87.3％、87.2％、87.1％、87.0％或87％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:15具有至少86.9％、86.8％、86.7％、86.6％、86.5％、86.4％、86.3％、86.2％、86.1％、86.0％或86％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:15具有至少85.9％、85.8％、85.7％、85.6％、85.5％、85.4％、85.3％、85.2％、85.1％、85.0％或85％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:15具有至少84.9％、84.8％、84.7％、84.6％、84.5％、84.4％、84.3％、84.2％、84.1％、84.0％或84％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:15具有至少83.9％、83.8％、83.7％、83.6％、83.5％、83.4％、83.3％、83.2％、83.1％、83.0％或83％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:15具有至少82.9％、82.8％、82.7％、82.6％、82.5％、82.4％、82.3％、82.2％、82.1％、82.0％或82％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ IDNO:15具有至少81.9％、81.8％、81.7％、81.6％、81.5％、81.4％、81.3％、81.2％、81.1％、81.0％或81％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:15具有至少80.9％、80.8％、80.7％、80.6％、80.5％、80.4％、80.3％、80.2％、80.1％、80.0％或80％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体基因组包含SEQ ID NO:15的多核苷酸序列。
在一个方面中，本文提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含标识为SEQ ID NO:16的多核苷酸序列。在实施方式中，分离的、纯化的噬菌体包含与SEQ ID NO:16具有至少90％同一性的多核苷酸序列并且是短尾病毒科Phikmvvirus噬菌体。在实施方式中，分离的、纯化的噬菌体被命名为APBP16并且包含如SEQ ID NO:16中的多核苷酸序列。在一个方面中，本文提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含与SEQ ID NO:16具有至少90％同一性的多核苷酸序列。
在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:16具有至少80％至99.9％同一性(或其间的任意子值或子范围，包括端点)的多核苷酸序列的噬菌体。例如，在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:16具有至少98.9％、98.8％、98.7％、98.6％、98.5％、98.4％、98.3％、98.2％、98.1％、98.0％或98％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:16具有至少97.9％、97.8％、97.7％、97.6％、97.5％、97.4％、97.3％、97.2％、97.1％、97.0％或97％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:16具有至少96.9％、96.8％、96.7％、96.6％、96.5％、96.4％、96.3％、96.2％、96.1％、96.0％或96％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:16具有至少95.9％、95.8％、95.7％、95.6％、95.5％、95.4％、95.3％、95.2％、95.1％、95.0％或95％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:16具有至少94.9％、94.8％、94.7％、94.6％、94.5％、94.4％、94.3％、94.2％、94.1％、94.0％或94％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:16具有至少93.9％、93.8％、93.7％、93.6％、93.5％、93.4％、93.3％、93.2％、93.1％、93.0％或93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ IDNO:16具有至少92.9％、92.8％、92.7％、92.6％、92.5％、92.4％、92.3％、92.2％、92.1％、92.0％或92％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:16具有至少91.9％、91.8％、91.7％、91.6％、91.5％、91.4％、91.3％、91.2％、91.1％、91.0％或91％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:16具有至少90.9％、90.8％、90.7％、90.6％、90.5％、90.4％、90.3％、90.2％、90.1％、90.0％或90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:16具有至少89.9％、89.8％、89.7％、89.6％、89.5％、89.4％、89.3％、89.2％、89.1％、89.0％或89％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:16具有至少88.9％、88.8％、88.7％、88.6％、88.5％、88.4％、88.3％、88.2％、88.1％、88.0％或88％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:16具有至少87.9％、87.8％、87.7％、87.6％、87.5％、87.4％、87.3％、87.2％、87.1％、87.0％或87％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:16具有至少86.9％、86.8％、86.7％、86.6％、86.5％、86.4％、86.3％、86.2％、86.1％、86.0％或86％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:16具有至少85.9％、85.8％、85.7％、85.6％、85.5％、85.4％、85.3％、85.2％、85.1％、85.0％或85％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:16具有至少84.9％、84.8％、84.7％、84.6％、84.5％、84.4％、84.3％、84.2％、84.1％、84.0％或84％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:16具有至少83.9％、83.8％、83.7％、83.6％、83.5％、83.4％、83.3％、83.2％、83.1％、83.0％或83％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:16具有至少82.9％、82.8％、82.7％、82.6％、82.5％、82.4％、82.3％、82.2％、82.1％、82.0％或82％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ IDNO:16具有至少81.9％、81.8％、81.7％、81.6％、81.5％、81.4％、81.3％、81.2％、81.1％、81.0％或81％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:16具有至少80.9％、80.8％、80.7％、80.6％、80.5％、80.4％、80.3％、80.2％、80.1％、80.0％或80％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体基因组包含SEQ ID NO:16的多核苷酸序列。
在一个方面中，本文提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含标识为SEQ ID NO:17的多核苷酸序列。在实施方式中，分离的、纯化的噬菌体包含与SEQ ID NO:17具有至少90％同一性的多核苷酸序列并且是短尾病毒科Phikmvvirus噬菌体。在实施方式中，分离的、纯化的噬菌体被命名为APBP17并且包含如SEQ ID NO:17中的多核苷酸序列。在一个方面中，本文提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含与SEQ ID NO:17具有至少90％同一性的多核苷酸序列。
在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:17具有至少80％至99.9％同一性(或其间的任意子值或子范围，包括端点)的多核苷酸序列的噬菌体。例如，在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:17具有至少98.9％、98.8％、98.7％、98.6％、98.5％、98.4％、98.3％、98.2％、98.1％、98.0％或98％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:17具有至少97.9％、97.8％、97.7％、97.6％、97.5％、97.4％、97.3％、97.2％、97.1％、97.0％或97％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:17具有至少96.9％、96.8％、96.7％、96.6％、96.5％、96.4％、96.3％、96.2％、96.1％、96.0％或96％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:17具有至少95.9％、95.8％、95.7％、95.6％、95.5％、95.4％、95.3％、95.2％、95.1％、95.0％或95％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:17具有至少94.9％、94.8％、94.7％、94.6％、94.5％、94.4％、94.3％、94.2％、94.1％、94.0％或94％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:17具有至少93.9％、93.8％、93.7％、93.6％、93.5％、93.4％、93.3％、93.2％、93.1％、93.0％或93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ IDNO:17具有至少92.9％、92.8％、92.7％、92.6％、92.5％、92.4％、92.3％、92.2％、92.1％、92.0％或92％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:17具有至少91.9％、91.8％、91.7％、91.6％、91.5％、91.4％、91.3％、91.2％、91.1％、91.0％或91％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:17具有至少90.9％、90.8％、90.7％、90.6％、90.5％、90.4％、90.3％、90.2％、90.1％、90.0％或90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:17具有至少89.9％、89.8％、89.7％、89.6％、89.5％、89.4％、89.3％、89.2％、89.1％、89.0％或89％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:17具有至少88.9％、88.8％、88.7％、88.6％、88.5％、88.4％、88.3％、88.2％、88.1％、88.0％或88％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:17具有至少87.9％、87.8％、87.7％、87.6％、87.5％、87.4％、87.3％、87.2％、87.1％、87.0％或87％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:17具有至少86.9％、86.8％、86.7％、86.6％、86.5％、86.4％、86.3％、86.2％、86.1％、86.0％或86％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:17具有至少85.9％、85.8％、85.7％、85.6％、85.5％、85.4％、85.3％、85.2％、85.1％、85.0％或85％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:17具有至少84.9％、84.8％、84.7％、84.6％、84.5％、84.4％、84.3％、84.2％、84.1％、84.0％或84％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:17具有至少83.9％、83.8％、83.7％、83.6％、83.5％、83.4％、83.3％、83.2％、83.1％、83.0％或83％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:17具有至少82.9％、82.8％、82.7％、82.6％、82.5％、82.4％、82.3％、82.2％、82.1％、82.0％或82％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ IDNO:17具有至少81.9％、81.8％、81.7％、81.6％、81.5％、81.4％、81.3％、81.2％、81.1％、81.0％或81％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:17具有至少80.9％、80.8％、80.7％、80.6％、80.5％、80.4％、80.3％、80.2％、80.1％、80.0％或80％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体基因组包含SEQ ID NO:17的多核苷酸序列。
在一个方面中，本文提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含标识为SEQ ID NO:18的多核苷酸序列。在实施方式中，分离的、纯化的噬菌体包含与SEQ ID NO:18具有至少90％同一性的多核苷酸序列并且是肌病毒科Pbunavirus噬菌体。在实施方式中，分离的、纯化的噬菌体被命名为APBP18并且包含如SEQ ID NO:18中的多核苷酸序列。在一个方面中，本文提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含与SEQ ID NO:18具有至少90％同一性的多核苷酸序列。
在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:18具有至少80％至99.9％同一性(或其间的任意子值或子范围，包括端点)的多核苷酸序列的噬菌体。例如，在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:18具有至少98.9％、98.8％、98.7％、98.6％、98.5％、98.4％、98.3％、98.2％、98.1％、98.0％或98％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:18具有至少97.9％、97.8％、97.7％、97.6％、97.5％、97.4％、97.3％、97.2％、97.1％、97.0％或97％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:18具有至少96.9％、96.8％、96.7％、96.6％、96.5％、96.4％、96.3％、96.2％、96.1％、96.0％或96％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:18具有至少95.9％、95.8％、95.7％、95.6％、95.5％、95.4％、95.3％、95.2％、95.1％、95.0％或95％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:18具有至少94.9％、94.8％、94.7％、94.6％、94.5％、94.4％、94.3％、94.2％、94.1％、94.0％或94％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:18具有至少93.9％、93.8％、93.7％、93.6％、93.5％、93.4％、93.3％、93.2％、93.1％、93.0％或93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ IDNO:18具有至少92.9％、92.8％、92.7％、92.6％、92.5％、92.4％、92.3％、92.2％、92.1％、92.0％或92％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:18具有至少91.9％、91.8％、91.7％、91.6％、91.5％、91.4％、91.3％、91.2％、91.1％、91.0％或91％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:18具有至少90.9％、90.8％、90.7％、90.6％、90.5％、90.4％、90.3％、90.2％、90.1％、90.0％或90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:18具有至少89.9％、89.8％、89.7％、89.6％、89.5％、89.4％、89.3％、89.2％、89.1％、89.0％或89％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:18具有至少88.9％、88.8％、88.7％、88.6％、88.5％、88.4％、88.3％、88.2％、88.1％、88.0％或88％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:18具有至少87.9％、87.8％、87.7％、87.6％、87.5％、87.4％、87.3％、87.2％、87.1％、87.0％或87％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:18具有至少86.9％、86.8％、86.7％、86.6％、86.5％、86.4％、86.3％、86.2％、86.1％、86.0％或86％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:18具有至少85.9％、85.8％、85.7％、85.6％、85.5％、85.4％、85.3％、85.2％、85.1％、85.0％或85％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:18具有至少84.9％、84.8％、84.7％、84.6％、84.5％、84.4％、84.3％、84.2％、84.1％、84.0％或84％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:18具有至少83.9％、83.8％、83.7％、83.6％、83.5％、83.4％、83.3％、83.2％、83.1％、83.0％或83％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:18具有至少82.9％、82.8％、82.7％、82.6％、82.5％、82.4％、82.3％、82.2％、82.1％、82.0％或82％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ IDNO:18具有至少81.9％、81.8％、81.7％、81.6％、81.5％、81.4％、81.3％、81.2％、81.1％、81.0％或81％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:18具有至少80.9％、80.8％、80.7％、80.6％、80.5％、80.4％、80.3％、80.2％、80.1％、80.0％或80％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体基因组包含SEQ ID NO:18的多核苷酸序列。
在一个方面中，本文提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含标识为SEQ ID NO:19的多核苷酸序列。在实施方式中，分离的、纯化的噬菌体包含与SEQ ID NO:19具有至少90％同一性的多核苷酸序列并且是肌病毒科Pbunavirus噬菌体。在实施方式中，分离的、纯化的噬菌体被命名为APBP19并且包含如SEQ ID NO:19中的多核苷酸序列。在一个方面中，本文提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含与SEQ ID NO:19具有至少90％同一性的多核苷酸序列。
在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:19具有至少80％至99.9％同一性(或其间的任意子值或子范围，包括端点)的多核苷酸序列的噬菌体。例如，在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:19具有至少98.9％、98.8％、98.7％、98.6％、98.5％、98.4％、98.3％、98.2％、98.1％、98.0％或98％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:19具有至少97.9％、97.8％、97.7％、97.6％、97.5％、97.4％、97.3％、97.2％、97.1％、97.0％或97％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:19具有至少96.9％、96.8％、96.7％、96.6％、96.5％、96.4％、96.3％、96.2％、96.1％、96.0％或96％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:19具有至少95.9％、95.8％、95.7％、95.6％、95.5％、95.4％、95.3％、95.2％、95.1％、95.0％或95％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:19具有至少94.9％、94.8％、94.7％、94.6％、94.5％、94.4％、94.3％、94.2％、94.1％、94.0％或94％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:19具有至少93.9％、93.8％、93.7％、93.6％、93.5％、93.4％、93.3％、93.2％、93.1％、93.0％或93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ IDNO:19具有至少92.9％、92.8％、92.7％、92.6％、92.5％、92.4％、92.3％、92.2％、92.1％、92.0％或92％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:19具有至少91.9％、91.8％、91.7％、91.6％、91.5％、91.4％、91.3％、91.2％、91.1％、91.0％或91％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:19具有至少90.9％、90.8％、90.7％、90.6％、90.5％、90.4％、90.3％、90.2％、90.1％、90.0％或90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:19具有至少89.9％、89.8％、89.7％、89.6％、89.5％、89.4％、89.3％、89.2％、89.1％、89.0％或89％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:19具有至少88.9％、88.8％、88.7％、88.6％、88.5％、88.4％、88.3％、88.2％、88.1％、88.0％或88％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:19具有至少87.9％、87.8％、87.7％、87.6％、87.5％、87.4％、87.3％、87.2％、87.1％、87.0％或87％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:19具有至少86.9％、86.8％、86.7％、86.6％、86.5％、86.4％、86.3％、86.2％、86.1％、86.0％或86％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:19具有至少85.9％、85.8％、85.7％、85.6％、85.5％、85.4％、85.3％、85.2％、85.1％、85.0％或85％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:19具有至少84.9％、84.8％、84.7％、84.6％、84.5％、84.4％、84.3％、84.2％、84.1％、84.0％或84％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:19具有至少83.9％、83.8％、83.7％、83.6％、83.5％、83.4％、83.3％、83.2％、83.1％、83.0％或83％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:19具有至少82.9％、82.8％、82.7％、82.6％、82.5％、82.4％、82.3％、82.2％、82.1％、82.0％或82％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ IDNO:19具有至少81.9％、81.8％、81.7％、81.6％、81.5％、81.4％、81.3％、81.2％、81.1％、81.0％或81％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:19具有至少80.9％、80.8％、80.7％、80.6％、80.5％、80.4％、80.3％、80.2％、80.1％、80.0％或80％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体基因组包含SEQ ID NO:19的多核苷酸序列。
在一个方面中，本文提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含标识为SEQ ID NO:20的多核苷酸序列。在实施方式中，分离的、纯化的噬菌体包含与SEQ ID NO:20具有至少90％同一性的多核苷酸序列并且是肌病毒科Pbunavirus噬菌体。在实施方式中，分离的、纯化的噬菌体被命名为APBP20并且包含如SEQ ID NO:20中的多核苷酸序列。在一个方面中，本文提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含与SEQ ID NO:20具有至少90％同一性的多核苷酸序列。
在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:20具有至少80％至99.9％同一性(或其间的任意子值或子范围，包括端点)的多核苷酸序列的噬菌体。例如，在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:20具有至少98.9％、98.8％、98.7％、98.6％、98.5％、98.4％、98.3％、98.2％、98.1％、98.0％或98％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:20具有至少97.9％、97.8％、97.7％、97.6％、97.5％、97.4％、97.3％、97.2％、97.1％、97.0％或97％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:20具有至少96.9％、96.8％、96.7％、96.6％、96.5％、96.4％、96.3％、96.2％、96.1％、96.0％或96％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:20具有至少95.9％、95.8％、95.7％、95.6％、95.5％、95.4％、95.3％、95.2％、95.1％、95.0％或95％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:20具有至少94.9％、94.8％、94.7％、94.6％、94.5％、94.4％、94.3％、94.2％、94.1％、94.0％或94％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:20具有至少93.9％、93.8％、93.7％、93.6％、93.5％、93.4％、93.3％、93.2％、93.1％、93.0％或93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ IDNO:20具有至少92.9％、92.8％、92.7％、92.6％、92.5％、92.4％、92.3％、92.2％、92.1％、92.0％或92％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:20具有至少91.9％、91.8％、91.7％、91.6％、91.5％、91.4％、91.3％、91.2％、91.1％、91.0％或91％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:20具有至少90.9％、90.8％、90.7％、90.6％、90.5％、90.4％、90.3％、90.2％、90.1％、90.0％或90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:20具有至少89.9％、89.8％、89.7％、89.6％、89.5％、89.4％、89.3％、89.2％、89.1％、89.0％或89％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:20具有至少88.9％、88.8％、88.7％、88.6％、88.5％、88.4％、88.3％、88.2％、88.1％、88.0％或88％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:20具有至少87.9％、87.8％、87.7％、87.6％、87.5％、87.4％、87.3％、87.2％、87.1％、87.0％或87％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:20具有至少86.9％、86.8％、86.7％、86.6％、86.5％、86.4％、86.3％、86.2％、86.1％、86.0％或86％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:20具有至少85.9％、85.8％、85.7％、85.6％、85.5％、85.4％、85.3％、85.2％、85.1％、85.0％或85％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:20具有至少84.9％、84.8％、84.7％、84.6％、84.5％、84.4％、84.3％、84.2％、84.1％、84.0％或84％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:20具有至少83.9％、83.8％、83.7％、83.6％、83.5％、83.4％、83.3％、83.2％、83.1％、83.0％或83％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:20具有至少82.9％、82.8％、82.7％、82.6％、82.5％、82.4％、82.3％、82.2％、82.1％、82.0％或82％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ IDNO:20具有至少81.9％、81.8％、81.7％、81.6％、81.5％、81.4％、81.3％、81.2％、81.1％、81.0％或81％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:20具有至少80.9％、80.8％、80.7％、80.6％、80.5％、80.4％、80.3％、80.2％、80.1％、80.0％或80％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体基因组包含SEQ ID NO:20的多核苷酸序列。
在一个方面中，本文提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含标识为SEQ ID NO:21的多核苷酸序列。在实施方式中，分离的、纯化的噬菌体包含与SEQ ID NO:21具有至少90％同一性的多核苷酸序列并且是肌病毒科Pbunavirus噬菌体。在实施方式中，分离的、纯化的噬菌体被命名为APBP21并且包含如SEQ ID NO:21中的多核苷酸序列。在一个方面中，本文提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含与SEQ ID NO:21具有至少90％同一性的多核苷酸序列。
在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:21具有至少80％至99.9％同一性(或其间的任意子值或子范围，包括端点)的多核苷酸序列的噬菌体。例如，在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:21具有至少98.9％、98.8％、98.7％、98.6％、98.5％、98.4％、98.3％、98.2％、98.1％、98.0％或98％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:21具有至少97.9％、97.8％、97.7％、97.6％、97.5％、97.4％、97.3％、97.2％、97.1％、97.0％或97％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:21具有至少96.9％、96.8％、96.7％、96.6％、96.5％、96.4％、96.3％、96.2％、96.1％、96.0％或96％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:21具有至少95.9％、95.8％、95.7％、95.6％、95.5％、95.4％、95.3％、95.2％、95.1％、95.0％或95％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:21具有至少94.9％、94.8％、94.7％、94.6％、94.5％、94.4％、94.3％、94.2％、94.1％、94.0％或94％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:21具有至少93.9％、93.8％、93.7％、93.6％、93.5％、93.4％、93.3％、93.2％、93.1％、93.0％或93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ IDNO:21具有至少92.9％、92.8％、92.7％、92.6％、92.5％、92.4％、92.3％、92.2％、92.1％、92.0％或92％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:21具有至少91.9％、91.8％、91.7％、91.6％、91.5％、91.4％、91.3％、91.2％、91.1％、91.0％或91％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:21具有至少90.9％、90.8％、90.7％、90.6％、90.5％、90.4％、90.3％、90.2％、90.1％、90.0％或90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:21具有至少89.9％、89.8％、89.7％、89.6％、89.5％、89.4％、89.3％、89.2％、89.1％、89.0％或89％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:21具有至少88.9％、88.8％、88.7％、88.6％、88.5％、88.4％、88.3％、88.2％、88.1％、88.0％或88％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:21具有至少87.9％、87.8％、87.7％、87.6％、87.5％、87.4％、87.3％、87.2％、87.1％、87.0％或87％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:21具有至少86.9％、86.8％、86.7％、86.6％、86.5％、86.4％、86.3％、86.2％、86.1％、86.0％或86％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:21具有至少85.9％、85.8％、85.7％、85.6％、85.5％、85.4％、85.3％、85.2％、85.1％、85.0％或85％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:21具有至少84.9％、84.8％、84.7％、84.6％、84.5％、84.4％、84.3％、84.2％、84.1％、84.0％或84％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:21具有至少83.9％、83.8％、83.7％、83.6％、83.5％、83.4％、83.3％、83.2％、83.1％、83.0％或83％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:21具有至少82.9％、82.8％、82.7％、82.6％、82.5％、82.4％、82.3％、82.2％、82.1％、82.0％或82％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ IDNO:21具有至少81.9％、81.8％、81.7％、81.6％、81.5％、81.4％、81.3％、81.2％、81.1％、81.0％或81％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:21具有至少80.9％、80.8％、80.7％、80.6％、80.5％、80.4％、80.3％、80.2％、80.1％、80.0％或80％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体基因组包含SEQ ID NO:21的多核苷酸序列。
在一个方面中，本文提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含标识为SEQ ID NO:22的多核苷酸序列。在实施方式中，分离的、纯化的噬菌体包含与SEQ ID NO:22具有至少90％同一性的多核苷酸序列并且是短尾病毒科Litunavirus噬菌体。在实施方式中，分离的、纯化的噬菌体被命名为APBP22并且包含如SEQ ID NO:22中的多核苷酸序列。在一个方面中，本文提供了分离的、纯化的噬菌体，其包含与SEQ ID NO:22具有至少90％同一性的多核苷酸序列。
在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:22具有至少80％至99.9％同一性(或其间的任意子值或子范围，包括端点)的多核苷酸序列的噬菌体。例如，在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:22具有至少98.9％、98.8％、98.7％、98.6％、98.5％、98.4％、98.3％、98.2％、98.1％、98.0％或98％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:22具有至少97.9％、97.8％、97.7％、97.6％、97.5％、97.4％、97.3％、97.2％、97.1％、97.0％或97％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:22具有至少96.9％、96.8％、96.7％、96.6％、96.5％、96.4％、96.3％、96.2％、96.1％、96.0％或96％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:22具有至少95.9％、95.8％、95.7％、95.6％、95.5％、95.4％、95.3％、95.2％、95.1％、95.0％或95％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:22具有至少94.9％、94.8％、94.7％、94.6％、94.5％、94.4％、94.3％、94.2％、94.1％、94.0％或94％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:22具有至少93.9％、93.8％、93.7％、93.6％、93.5％、93.4％、93.3％、93.2％、93.1％、93.0％或93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ IDNO:22具有至少92.9％、92.8％、92.7％、92.6％、92.5％、92.4％、92.3％、92.2％、92.1％、92.0％或92％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:22具有至少91.9％、91.8％、91.7％、91.6％、91.5％、91.4％、91.3％、91.2％、91.1％、91.0％或91％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:22具有至少90.9％、90.8％、90.7％、90.6％、90.5％、90.4％、90.3％、90.2％、90.1％、90.0％或90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:22具有至少89.9％、89.8％、89.7％、89.6％、89.5％、89.4％、89.3％、89.2％、89.1％、89.0％或89％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:22具有至少88.9％、88.8％、88.7％、88.6％、88.5％、88.4％、88.3％、88.2％、88.1％、88.0％或88％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:22具有至少87.9％、87.8％、87.7％、87.6％、87.5％、87.4％、87.3％、87.2％、87.1％、87.0％或87％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:22具有至少86.9％、86.8％、86.7％、86.6％、86.5％、86.4％、86.3％、86.2％、86.1％、86.0％或86％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:22具有至少85.9％、85.8％、85.7％、85.6％、85.5％、85.4％、85.3％、85.2％、85.1％、85.0％或85％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:22具有至少84.9％、84.8％、84.7％、84.6％、84.5％、84.4％、84.3％、84.2％、84.1％、84.0％或84％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:22具有至少83.9％、83.8％、83.7％、83.6％、83.5％、83.4％、83.3％、83.2％、83.1％、83.0％或83％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:22具有至少82.9％、82.8％、82.7％、82.6％、82.5％、82.4％、82.3％、82.2％、82.1％、82.0％或82％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ IDNO:22具有至少81.9％、81.8％、81.7％、81.6％、81.5％、81.4％、81.3％、81.2％、81.1％、81.0％或81％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:22具有至少80.9％、80.8％、80.7％、80.6％、80.5％、80.4％、80.3％、80.2％、80.1％、80.0％或80％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体基因组包含SEQ ID NO:22的多核苷酸序列。
对于本文中的任意实施方式和公开内容，包括但不一定限于80.0％至99.9％的范围包括其中的任意子值或子范围，包括端点。
在考虑序列同一性时，技术人员必须记得遗传密码是简并的，因此，两个核苷酸序列可能有显著差异，但仍编码同一氨基酸序列。
在实施方式中，本文所述的噬菌体组合物涵盖靶向假单胞菌属内细菌的任意噬菌体。
在一个方面中，本文提供了包含一种或多种噬菌体的噬菌体组合物。
在一个方面中，本文提供了噬菌体组合物，其包含一种或多种噬菌体，所述噬菌体选自包含以下多核苷酸序列的噬菌体：SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ IDNO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:14、SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:16、SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:18、SEQ ID NO:19、SEQ ID NO:20、SEQ ID NO:21、SEQ ID NO:22。在一个方面中，本文提供了噬菌体组合物，其包含一种或多种噬菌体，所述噬菌体选自包含以下的噬菌体：与SEQ ID NO:1具有至少90％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:2具有至少90％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:3具有至少90％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:4具有至少90％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:5具有至少90％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:6具有至少90％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:7具有至少90％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:8具有至少93％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:9具有至少93％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:10具有至少89％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:11具有至少95％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:12具有至少91％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:13具有至少92％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:14具有至少96％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:15具有至少95％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:16具有至少90％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:17具有至少92％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:18具有至少95％同一性的多核苷酸序列、与SEQID NO:19具有至少96％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:20具有至少96％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:21具有至少96％同一性的多核苷酸序列或与SEQ ID NO:22具有至少95％同一性的多核苷酸序列。在一些方面中，包含与SEQ ID NO:1-22中的一个或多个具有至少80％-100％序列同一性的序列的一种或多种噬菌体可明确地被排除在本文所述的各个方面和实施方式之外。
在实施方式中，噬菌体组合物包含两种或更多种噬菌体，所述噬菌体包含选自SEQ IDNO:1的多核苷酸序列、SEQ ID NO:2的多核苷酸序列、SEQ ID NO:3的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:1具有至少90％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:2具有至少90％同一性的多核苷酸序列和/或与SEQ ID NO:3具有至少90％同一性的多核苷酸序列。
在实施方式中，噬菌体组合物包含三种或更多种噬菌体，所述噬菌体包含选自以下的多核苷酸序列：SEQ ID NO:1的多核苷酸序列、SEQ ID NO:2的多核苷酸序列、SEQ ID NO:3的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:1具有至少90％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:2具有至少90％同一性的多核苷酸序列和/或与SEQ ID NO:3具有至少90％同一性的多核苷酸序列。
在实施方式中，噬菌体组合物包括包含SEQ ID NO:1的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含SEQ ID NO:2的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:1具有至少99％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:1具有至少98％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:1具有至少97％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:1具有至少96％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:1具有至少95％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:1具有至少94％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:1具有至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:1具有至少92％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:1具有至少91％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:1具有至少90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:1具有至少89％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:1具有至少88％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:1具有至少87％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:1具有至少86％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:1具有至少85％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体基因组包含所述多核苷酸。
在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:2具有至少99％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:2具有至少98％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:2具有至少97％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:2具有至少96％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:2具有至少95％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:2具有至少94％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:2具有至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:2具有至少92％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:2具有至少91％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:2具有至少90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:2具有至少89％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:2具有至少88％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:2具有至少87％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:2具有至少86％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:2具有至少85％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体基因组包含所述多核苷酸。
在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:3具有至少99％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:3具有至少98％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:3具有至少97％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:3具有至少96％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:3具有至少95％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:3具有至少94％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:3具有至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:3具有至少92％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:3具有至少91％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:3具有至少90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:3具有至少89％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:3具有至少88％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:3具有至少87％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:3具有至少86％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包括包含与SEQ ID NO:3具有至少85％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，噬菌体基因组包含所述多核苷酸。
在实施方式中，噬菌体组合物包含两种或更多种噬菌体，所述噬菌体包含选自以下的多核苷酸序列：SEQ ID NO:1的多核苷酸序列、SEQ ID NO:2的多核苷酸序列、SEQ ID NO:3的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:1具有至少93％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:2具有至少93％同一性的多核苷酸序列和/或与SEQ ID NO:3具有至少93％同一性的多核苷酸序列。
在实施方式中，噬菌体组合物包含两种或更多种噬菌体，所述噬菌体包含选自以下的多核苷酸序列：SEQ ID NO:1的多核苷酸序列、SEQ ID NO:2的多核苷酸序列、SEQ ID NO:3的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:1具有至少90％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:2具有至少90％同一性的多核苷酸序列和/或与SEQ ID NO:3具有至少90％同一性的多核苷酸序列；并且其中组合物的目标细菌范围宽于组合物中个体噬菌体的累加范围。
在实施方式中，噬菌体组合物包含两种或更多种噬菌体，所述噬菌体包含选自以下的多核苷酸序列：SEQ ID NO:4的多核苷酸序列、SEQ ID NO:5的多核苷酸序列、SEQ ID NO:6的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:4具有至少93％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:5具有至少93％同一性的多核苷酸序列和/或与SEQ ID NO:6具有至少93％同一性的多核苷酸序列；并且其中组合物的目标细菌范围宽于组合物中个体噬菌体的累加范围。
在实施方式中，噬菌体组合物包含两种或更多种噬菌体，所述噬菌体包含选自以下的多核苷酸序列：SEQ ID NO:4的多核苷酸序列、SEQ ID NO:5的多核苷酸序列、SEQ ID NO:6的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:4具有至少90％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:5具有至少90％同一性的多核苷酸序列和/或与SEQ ID NO:6具有至少90％同一性的多核苷酸序列；并且其中组合物的目标细菌范围宽于组合物中个体噬菌体的累加范围。
在实施方式中，噬菌体组合物包含三种或更多种噬菌体，所述噬菌体包含选自以下的多核苷酸序列：SEQ ID NO:1的多核苷酸序列、SEQ ID NO:2的多核苷酸序列、SEQ ID NO:3的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:1具有至少93％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:2具有至少93％同一性的多核苷酸序列和/或与SEQ ID NO:3具有至少93％同一性的多核苷酸序列；并且其中组合物的目标细菌范围宽于组合物中个体噬菌体的累加范围。
在实施方式中，噬菌体组合物包含三种或更多种噬菌体，所述噬菌体包含选自以下的多核苷酸序列：SEQ ID NO:1的多核苷酸序列、SEQ ID NO:2的多核苷酸序列、SEQ ID NO:3的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:1具有至少90％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:2具有至少90％同一性的多核苷酸序列和/或与SEQ ID NO:3具有至少90％同一性的多核苷酸序列；并且其中组合物的目标细菌范围宽于组合物中个体噬菌体的累加范围。
在实施方式中，噬菌体组合物包含三种或更多种噬菌体，所述噬菌体包含选自以下的多核苷酸序列：SEQ ID NO:4的多核苷酸序列、SEQ ID NO:5的多核苷酸序列、SEQ ID NO:6的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:4具有至少93％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:5具有至少93％同一性的多核苷酸序列和/或与SEQ ID NO:6具有至少93％同一性的多核苷酸序列；并且其中组合物的目标细菌范围宽于组合物中个体噬菌体的累加范围。
在实施方式中，噬菌体组合物包含三种或更多种噬菌体，所述噬菌体包含选自以下的多核苷酸序列：SEQ ID NO:4的多核苷酸序列、SEQ ID NO:5的多核苷酸序列、SEQ ID NO:6的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:4具有至少90％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:5具有至少90％同一性的多核苷酸序列和/或与SEQ ID NO:6具有至少90％同一性的多核苷酸序列；并且其中组合物的目标细菌范围宽于组合物中个体噬菌体的累加范围。
在实施方式中，噬菌体组合物包含三种或更多种噬菌体，所述噬菌体包含选自以下的多核苷酸序列：SEQ ID NO:1的多核苷酸序列、SEQ ID NO:2的多核苷酸序列、SEQ ID NO:3的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:1具有至少93％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:2具有至少93％同一性的多核苷酸序列和/或与SEQ ID NO:3具有至少93％同一性的多核苷酸序列；以及另外地，至少一种噬菌体，其包含选自以下的多核苷酸序列：SEQ ID NO:4的多核苷酸序列、SEQ ID NO:5的多核苷酸序列、SEQ ID NO:6的多核苷酸序列、与SEQID NO:4具有至少93％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:5具有至少93％同一性的多核苷酸序列和与SEQ ID NO:6具有至少93％同一性的多核苷酸序列；并且其中组合物的目标细菌范围宽于组合物中个体噬菌体的累加范围。
在实施方式中，噬菌体组合物包含三种或更多种噬菌体，所述噬菌体包含选自以下的多核苷酸序列：SEQ ID NO:1的多核苷酸序列、SEQ ID NO:2的多核苷酸序列、SEQ ID NO:3的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:1具有至少90％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:2具有至少90％同一性的多核苷酸序列和/或与SEQ ID NO:3具有至少90％同一性的多核苷酸序列；以及另外地，至少一种噬菌体，其包含选自以下的多核苷酸序列：SEQ ID NO:4的多核苷酸序列、SEQ ID NO:5的多核苷酸序列、SEQ ID NO:6的多核苷酸序列、与SEQID NO:4具有90％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:5具有至少90％同一性的多核苷酸序列和与SEQ ID NO:6具有至少90％同一性的多核苷酸序列；并且其中组合物的目标细菌范围宽于组合物中个体噬菌体的累加范围。
在实施方式中，噬菌体组合物包含三种或更多种噬菌体，所述噬菌体包含选自以下的多核苷酸序列：SEQ ID NO:1的多核苷酸序列、SEQ ID NO:2的多核苷酸序列、SEQ ID NO:3的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:1具有至少90％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:2具有至少90％同一性的多核苷酸序列和/或与SEQ ID NO:3具有至少90％同一性的多核苷酸序列；以及另外地，至少一种噬菌体，其包含选自以下的多核苷酸序列：SEQ ID NO:4的多核苷酸序列、SEQ ID NO:5的多核苷酸序列、SEQ ID NO:6的多核苷酸序列、与SEQID NO:4具有90％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:5具有至少90％同一性的多核苷酸序列和与SEQ ID NO:6具有至少90％同一性的多核苷酸序列；并且其中组合物的目标细菌范围宽于组合物中个体噬菌体的累加范围。
在一个实施方式中，本文提供了噬菌体组合物，其包括：包含SEQ ID NO:1的多核苷酸序列的噬菌体、包含SEQ ID NO:2的多核苷酸序列的噬菌体和包含SEQ ID NO:3的多核苷酸序列的噬菌体。在一个实施方式中，本文提供了噬菌体组合物，其包括：包含SEQID NO:1的多核苷酸序列的噬菌体、包含SEQ ID NO:2的多核苷酸序列的噬菌体、包含SEQ ID NO:3的多核苷酸序列的噬菌体和包含SEQ ID NO:4的多核苷酸序列的噬菌体。在一个实施方式中，本文提供了噬菌体组合物，其包括：包含SEQ ID NO:1的多核苷酸序列的噬菌体、包含SEQ ID NO:2的多核苷酸序列的噬菌体、包含SEQ ID NO:3的多核苷酸序列的噬菌体、包含SEQ ID NO:4的多核苷酸序列的噬菌体和包含SEQ ID NO:5的多核苷酸序列的噬菌体。在一个实施方式中，本文提供了噬菌体组合物，其包括：包含SEQID NO:1的多核苷酸序列的噬菌体、包含SEQ ID NO:2的多核苷酸序列的噬菌体、包含SEQ ID NO:3的多核苷酸序列的噬菌体、包含SEQ ID NO:4的多核苷酸序列的噬菌体、包含SEQ ID NO:5的多核苷酸序列的噬菌体和包含SEQ ID NO:6的多核苷酸序列的噬菌体。
在一个实施方式中，本文提供了噬菌体组合物，其包括：包含与SEQ ID NO:1具有至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体、包含与SEQ ID NO:2具有至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体和包含与SEQ ID NO:3具有至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在一个实施方式中，本文提供了噬菌体组合物，其包括：包含与SEQ ID NO:1具有至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体、包含与SEQ ID NO:2具有至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体、包含SEQ ID NO:3的多核苷酸序列的噬菌体、包含与SEQ ID NO:4具有至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体和包含与SEQ ID NO:5具有至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在一个实施方式中，本文提供了噬菌体组合物，其包括：包含与SEQ ID NO:1具有至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体、包含与SEQ ID NO:2具有至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体、包含SEQ ID NO:3的多核苷酸序列的噬菌体、包含与SEQ ID NO:4具有至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体、包含与SEQ IDNO:5具有至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体和包含与SEQ ID NO:6具有至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。
在一个实施方式中，本文提供了噬菌体组合物，其包括：包含与SEQ ID NO:1具有至少90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体、包含与SEQ ID NO:2具有至少90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体和包含与SEQ ID NO:3具有至少90％同一性的多核苷酸序列。在一个实施方式中，本文提供了噬菌体组合物，其包括：与SEQ ID NO:1具有至少90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体、包含与SEQ ID NO:2具有至少90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体、包含SEQ ID NO:3的多核苷酸序列的噬菌体、包含与SEQ ID NO:4具有至少90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体和包含与SEQ ID NO:5具有至少90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在一个实施方式中，本文提供了噬菌体组合物，其包括：包含与SEQID NO:1具有至少90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体、包含与SEQ ID NO:2具有至少90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体、包含SEQ ID NO:3的多核苷酸序列的噬菌体、包含与SEQ ID NO:4具有至少90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体、包含与SEQ ID NO:5具有至少90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体和包含与SEQ ID NO:6具有至少90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。
在实施方式中，本文提供了包含根据本文所述的任意实施方式的噬菌体的噬菌体组合物。在实施方式中，本文提供了包含两种或更多种根据本文所述的任意实施方式的噬菌体的噬菌体组合物。在实施方式中，本文提供了包含三种或更多种根据本文所述的任意实施方式的噬菌体的噬菌体组合物。在实施方式中，本文提供了包含四种或更多种根据本文所述的任意实施方式的噬菌体的噬菌体组合物。在实施方式中，本文提供了包含五种或更多种根据本文所述的任意实施方式的噬菌体的噬菌体组合物。在实施方式中，本文提供了包含根据本文所述的任意实施方式的六种或更多种噬菌体的噬菌体组合物。
在一些实施方式中，本文列出的噬菌体的任意组合可进一步包含另外的噬菌体，其是任意天然存在的噬菌体、突变的天然存在的噬菌体和/或部分或完全合成的噬菌体，特别地，其中所述另外的噬菌体具有感染、杀伤或减少细菌感染的能力。在具体实施方式中，本文设想的组合物可包含本文所述的噬菌体中的至少一种和另外的天然存在的噬菌体、突变的天然存在的噬菌体和/或部分或完全合成的噬菌体，包括其中所述另外的噬菌体具有感染、杀伤或减少细菌感染的能力。在具体实施方式中，本文设想的组合物可包含本文所述的噬菌体中的多于一种和另外的天然存在的噬菌体、突变的天然噬菌体和/或部分或完全合成的噬菌体，特别地，其中所述另外的噬菌体具有感染、杀伤或减少细菌感染的能力。
在实施方式中，噬菌体组合物包含一种或多种对痰中灭活具有抗性的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包含两种或更多种对痰中灭活具有抗性的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包含三种或更多种对痰中灭活具有抗性的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包含四种或更多种对痰中灭活具有抗性的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包含对痰中灭活具有抗性的五种或更多种噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包含六种或更多种对痰中灭活具有抗性的噬菌体。
在实施方式中，噬菌体组合物包含在施用后持续存在于肺和/或支气管肺泡灌洗液中长达48小时的一种或多种噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包含在施用后持续存在于肺和/或支气管肺泡灌洗液中长达12小时的一种或多种噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包含在施用后持续存在于肺和/或支气管肺泡灌洗液中长达24小时的一种或多种噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包含在施用后持续存在于肺和/或支气管肺泡灌洗液中长达36小时的一种或多种噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包含在施用后持续存在于肺和/或支气管肺泡灌洗液中48小时的一种或多种噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包含在施用后持续存在于肺和/或支气管肺泡灌洗液中多于48小时的一种或多种噬菌体。
在实施方式中，噬菌体组合物包含一种或多种在选自以下的肺治疗的存在下维持活性的噬菌体：沙丁胺醇、妥布霉素、氨曲南、黏杆菌素、吸入的高渗盐水和吸入的β激动剂。在实施方式中，噬菌体组合物包含一种或多种在沙丁胺醇的存在下维持活性的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包含一种或多种在妥布霉素的存在下维持活性的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包含一种或多种在氨曲南的存在下维持活性的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包含一种或多种在黏杆菌素的存在下维持活性的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包含一种或多种在吸入的高渗盐水的存在情况下维持活性的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包含一种或多种在吸入的β激动剂的存在下维持活性的噬菌体。
在实施方式中，噬菌体组合物包含靶向铜绿假单胞菌的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包含靶向抗生素抗性铜绿假单胞菌的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包含靶向多种抗生素抗性铜绿假单胞菌的噬菌体。
在实施方式中，噬菌体组合物包含感染并杀伤铜绿假单胞菌的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包含感染并杀伤抗生素抗性铜绿假单胞菌的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包含感染并杀伤多种抗生素抗性铜绿假单胞菌的噬菌体。
在实施方式中，本文提供了包含一种或多种属于肌病毒科的噬菌体的噬菌体组合物。在实施方式中，噬菌体组合物包含属于Pbunavirus属的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包含属于Pakpunavirus属的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包含属于Nankokuvirus属的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包含属于短尾病毒科的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包含属于Phikmvvirus属的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包含属于Litunavirus属的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包含属于Bruynoghevirus属的噬菌体。在实施方式中，噬菌体组合物包含属于Luzseptimavirus属的噬菌体。
在实施方式中，噬菌体组合物基本上不含细菌组分。在实施方式中，噬菌体组合物基本上不含细菌宿主蛋白和/或外毒素。在实施方式中，噬菌体组合物基本上不含细菌宿主蛋白。在实施方式中，噬菌体组合物基本上不含细菌外毒素。
在实施方式中，噬菌体组合物包含一种或多种另外的噬菌体。在一些实施方式中，所述一种或多种另外的噬菌体适用于治疗细菌感染，具体是铜绿假单胞菌感染。在实施方式中，所述另外的一种或多种噬菌体可以是天然的或非天然存在的。在实施方式中，所述一种或多种另外的噬菌体可以是与本文所述的任意噬菌体具有至少93％的核酸序列同一性的噬菌体。在实施方式中，所述一种或多种另外的噬菌体可以是与SEQ ID NO:1具有至少93％核酸序列同一性的噬菌体。在实施方式中，所述一种或多种另外的噬菌体可以是与SEQID NO:2具有至少93％核酸序列同一性的噬菌体。在实施方式中，所述一种或多种另外的噬菌体可以是与SEQ ID NO:3具有至少93％核酸序列同一性的噬菌体。在实施方式中，噬菌体包含与SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2或SEQ ID NO:3中的任一个具有至少93％而非100％同一性的多核苷酸序列。
在实施方式中，噬菌体组合物包含一种或多种另外的噬菌体。在一些实施方式中，所述一种或多种另外的噬菌体适用于治疗细菌感染，具体是铜绿假单胞菌感染。在实施方式中，所述另外的一种或多种噬菌体可以是天然的或非天然存在的。在实施方式中，实施一种或多种另外的噬菌体可以是与本文所述的任意噬菌体具有至少90％核酸序列同一性的噬菌体。在实施方式中，所述一种或多种另外的噬菌体可以是与SEQ ID NO:1具有至少90％核酸序列同一性的噬菌体。在实施方式中，所述一种或多种另外的噬菌体可以是与SEQID NO:2具有至少90％核酸序列同一性的噬菌体。在实施方式中，所述一种或多种另外的噬菌体可以是与SEQ ID NO:3具有至少90％核酸序列同一性的噬菌体。在实施方式中，噬菌体包含与SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2或SEQ ID NO:3中的任一个具有至少90％而非100％同一性的多核苷酸序列。
在一些实施方式中，组合物的目标细菌范围宽于组合物中个体噬菌体的累加范围。在实施方式中，噬菌体组合物的目标细菌范围宽于组合物中包含的任意单个噬菌体的目标细菌范围。这种活性可被认为是协同的，因为组合物的效果大于每种噬菌体组分的个体效果的总和。即，基于每种个体噬菌体的目标细菌范围，包含两种或更多种噬菌体的组合物可靶向宽于所将预期的范围。在实施方式中，本文提供了噬菌体组合物，其中组合物的目标细菌范围可具有大于个体噬菌体的有效性总和的有效性。
在实施方式中，本文提供了包含三种或更多种噬菌体的噬菌体组合物。例如，这样的组合物可包含一种、两种或三种如本文所述的噬菌体。在一些方面中，提供了至少三噬菌体的组合物，其包括具有SEQ ID NO:1的多核苷酸序列的噬菌体，并且组合物比具有SEQID NO:1的多核苷酸序列的噬菌体靶向更多的铜绿假单胞菌菌株。在实施方式中，本文提供了包含三种或更多种噬菌体的噬菌体组合物，其中组合物包含具有与SEQ ID NO:1至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体，并且组合物比具有与SEQ ID NO:1至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体靶向更多的铜绿假单胞菌菌株。在实施方式中，本文提供了包含三种或更多种噬菌体的噬菌体组合物，其中组合物包含具有SEQ ID NO:2的多核苷酸序列的噬菌体，并且组合物比具有SEQ ID NO:2的多核苷酸序列的噬菌体靶向更多的铜绿假单胞菌菌株。在实施方式中，本文提供了包含三种或更多种噬菌体的噬菌体组合物，其中组合物包含具有与SEQ ID NO:2至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体，并且组合物比具有与SEQ ID NO:2至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体靶向更多的铜绿假单胞菌菌株。在实施方式中，本文提供了包含三种或更多种噬菌体的噬菌体组合物，其中组合物包含具有SEQ ID NO:3的多核苷酸序列的噬菌体，并且组合物比具有SEQ ID NO:3的多核苷酸序列的噬菌体靶向更多的铜绿假单胞菌菌株。在实施方式中，本文提供了包含三种或更多种噬菌体的噬菌体组合物，其中组合物包含具有与SEQ ID NO:3至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体，并且组合物比具有与SEQ ID NO:3至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体靶向更多的铜绿假单胞菌菌株。在实施方式中，本文提供了包含三种或更多种噬菌体的噬菌体组合物，其中组合物包含具有SEQ ID NO:4的多核苷酸序列的噬菌体，并且组合物比具有SEQ ID NO:4的多核苷酸序列的噬菌体靶向更多的铜绿假单胞菌菌株。在实施方式中，本文提供了包含三种或更多种噬菌体的噬菌体组合物，其中组合物包含具有与SEQ ID NO:4至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体，并且组合物比具有与SEQ IDNO:4至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体靶向更多的铜绿假单胞菌菌株。在实施方式中，本文提供了包含三种或更多种噬菌体的噬菌体组合物，其中组合物包含具有SEQ IDNO:5的多核苷酸序列的噬菌体，并且组合物比具有SEQ ID NO:5的多核苷酸序列的噬菌体靶向更多的铜绿假单胞菌菌株。在实施方式中，本文提供了包含三种或更多种噬菌体的噬菌体组合物，其中组合物包含具有与SEQ ID NO:5至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体，并且组合物比具有与SEQ ID NO:5至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体靶向更多的铜绿假单胞菌菌株。在实施方式中，本文提供了包含三种或更多种噬菌体的噬菌体组合物，其中组合物包含具有SEQ ID NO:6的多核苷酸序列的噬菌体，并且组合物比具有SEQ ID NO:6的多核苷酸序列的噬菌体靶向更多的铜绿假单胞菌菌株。在实施方式中，本文提供了包含三种或更多种噬菌体的噬菌体组合物，其中组合物包含具有与SEQ ID NO:6至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体，并且组合物比具有与SEQ ID NO:6至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体靶向更多的铜绿假单胞菌菌株。在实施方式中，本文提供了包含三种或更多种噬菌体的噬菌体组合物，其中组合物包含具有SEQ ID NO:7的多核苷酸序列的噬菌体，并且组合物比具有SEQ ID NO:7的多核苷酸序列的噬菌体靶向更多的铜绿假单胞菌菌株。在实施方式中，本文提供了包含三种或更多种噬菌体的噬菌体组合物，其中组合物包含具有与SEQ ID NO:7至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体，并且组合物比具有与SEQ ID NO:7至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体靶向更多的铜绿假单胞菌菌株。在实施方式中，本文提供了包含三种或更多种噬菌体的噬菌体组合物，其中组合物包含具有SEQ ID NO:8的多核苷酸序列的噬菌体，并且组合物比具有SEQ ID NO:8的多核苷酸序列的噬菌体靶向更多的铜绿假单胞菌菌株。在实施方式中，本文提供了包含三种或更多种噬菌体的噬菌体组合物，其中组合物包含具有与SEQ ID NO:8至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体，并且组合物比具有与SEQ ID NO:8至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体靶向更多的铜绿假单胞菌菌株。在实施方式中，本文提供了包含三种或更多种噬菌体的噬菌体组合物，其中组合物包含具有SEQ ID NO:9的多核苷酸序列的噬菌体，并且组合物比具有SEQ ID NO:9的多核苷酸序列的噬菌体靶向更多的铜绿假单胞菌菌株。在实施方式中，本文提供了包含三种或更多种噬菌体的噬菌体组合物，其中组合物包含具有与SEQ ID NO:9至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体，并且组合物比具有与SEQ ID NO:9至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体靶向更多的铜绿假单胞菌菌株。在实施方式中，本文提供了包含三种或更多种噬菌体的噬菌体组合物，其中组合物包含具有SEQ ID NO:10的多核苷酸序列的噬菌体，并且组合物比具有SEQ ID NO:10的多核苷酸序列的噬菌体靶向更多的铜绿假单胞菌菌株。在实施方式中，本文提供了包含三种或更多种噬菌体的噬菌体组合物，其中组合物包含具有与SEQ ID NO:10至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体，并且组合物比具有与SEQ ID NO:10至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体靶向更多的铜绿假单胞菌菌株。在实施方式中，本文提供了包含三种或更多种噬菌体的噬菌体组合物，其中组合物包含具有SEQ ID NO:11的多核苷酸序列的噬菌体，并且组合物比具有SEQ ID NO:11的多核苷酸序列的噬菌体靶向更多的铜绿假单胞菌菌株。在实施方式中，本文提供了包含三种或更多种噬菌体的噬菌体组合物，其中组合物包含具有与SEQ ID NO:11至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体，并且组合物比具有与SEQID NO:11至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体靶向更多的铜绿假单胞菌菌株。在实施方式中，本文提供了包含三种或更多种噬菌体的噬菌体组合物，其中组合物包含具有SEQ ID NO:12的多核苷酸序列的噬菌体，并且组合物比具有SEQ ID NO:12的多核苷酸序列的噬菌体靶向更多的铜绿假单胞菌菌株。在实施方式中，本文提供了包含三种或更多种噬菌体的噬菌体组合物，其中组合物包含具有与SEQ ID NO:12至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体，并且组合物比具有与SEQ ID NO:12至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体靶向更多的铜绿假单胞菌菌株。在实施方式中，本文提供了包含三种或更多种噬菌体的噬菌体组合物，其中组合物包含具有SEQ ID NO:13的多核苷酸序列的噬菌体，并且组合物比具有SEQ ID NO:13的多核苷酸序列的噬菌体靶向更多的铜绿假单胞菌菌株。在实施方式中，本文提供了包含三种或更多种噬菌体的噬菌体组合物，其中组合物包含具有与SEQ ID NO:13至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体，并且组合物比具有与SEQID NO:13至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体靶向更多的铜绿假单胞菌菌株。在实施方式中，本文提供了包含三种或更多种噬菌体的噬菌体组合物，其中组合物包含具有SEQ ID NO:14的多核苷酸序列的噬菌体，并且组合物比具有SEQ ID NO:14的多核苷酸序列的噬菌体靶向更多的铜绿假单胞菌菌株。在实施方式中，本文提供了包含三种或更多种噬菌体的噬菌体组合物，其中组合物包含具有与SEQ ID NO:14至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体，并且组合物比具有与SEQ ID NO:14至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体靶向更多的铜绿假单胞菌菌株。在实施方式中，本文提供了包含三种或更多种噬菌体的噬菌体组合物，其中组合物包含具有SEQ ID NO:15的多核苷酸序列的噬菌体，并且组合物比具有SEQ ID NO:15的多核苷酸序列的噬菌体靶向更多的铜绿假单胞菌菌株。在实施方式中，本文提供了包含三种或更多种噬菌体的噬菌体组合物，其中组合物包含具有与SEQ ID NO:15至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体，并且组合物比具有与SEQID NO:15至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体靶向更多的铜绿假单胞菌菌株。在实施方式中，本文提供了包含三种或更多种噬菌体的噬菌体组合物，其中组合物包含具有SEQ ID NO:16的多核苷酸序列的噬菌体，并且组合物比具有SEQ ID NO:16的多核苷酸序列的噬菌体靶向更多的铜绿假单胞菌菌株。在实施方式中，本文提供了包含三种或更多种噬菌体的噬菌体组合物，其中组合物包含具有与SEQ ID NO:16至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体，并且组合物比具有与SEQ ID NO:16至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体靶向更多的铜绿假单胞菌菌株。在实施方式中，本文提供了包含三种或更多种噬菌体的噬菌体组合物，其中组合物包含具有SEQ ID NO:17的多核苷酸序列的噬菌体，并且组合物比具有SEQ ID NO:17的多核苷酸序列的噬菌体靶向更多的铜绿假单胞菌菌株。在实施方式中，本文提供了包含三种或更多种噬菌体的噬菌体组合物，其中组合物包含具有与SEQ ID NO:17至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体，并且组合物比具有与SEQID NO:17至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体靶向更多的铜绿假单胞菌菌株。在实施方式中，本文提供了包含三种或更多种噬菌体的噬菌体组合物，其中组合物包含具有SEQ ID NO:18的多核苷酸序列的噬菌体，并且组合物比具有SEQ ID NO:18的多核苷酸序列的噬菌体靶向更多的铜绿假单胞菌菌株。在实施方式中，本文提供了包含三种或更多种噬菌体的噬菌体组合物，其中组合物包含具有与SEQ ID NO:18至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体，并且组合物比具有与SEQ ID NO:18至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体靶向更多的铜绿假单胞菌菌株。在实施方式中，本文提供了包含三种或更多种噬菌体的噬菌体组合物，其中组合物包含具有SEQ ID NO:19的多核苷酸序列的噬菌体，并且组合物比具有SEQ ID NO:19的多核苷酸序列的噬菌体靶向更多的铜绿假单胞菌菌株。在实施方式中，本文提供了包含三种或更多种噬菌体的噬菌体组合物，其中组合物包含具有与SEQ ID NO:19至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体，并且组合物比具有与SEQID NO:19至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体靶向更多的铜绿假单胞菌菌株。在实施方式中，本文提供了包含三种或更多种噬菌体的噬菌体组合物，其中组合物包含具有SEQ ID NO:20的多核苷酸序列的噬菌体，并且组合物比具有SEQ ID NO:20的多核苷酸序列的噬菌体靶向更多的铜绿假单胞菌菌株。在实施方式中，本文提供了包含三种或更多种噬菌体的噬菌体组合物，其中组合物包含具有与SEQ ID NO:20至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体，并且组合物比具有与SEQ ID NO:20至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体靶向更多的铜绿假单胞菌菌株。在实施方式中，本文提供了包含三种或更多种噬菌体的噬菌体组合物，其中组合物包含具有SEQ ID NO:21的多核苷酸序列的噬菌体，并且组合物比具有SEQ ID NO:21的多核苷酸序列的噬菌体靶向更多的铜绿假单胞菌菌株。在实施方式中，本文提供了包含三种或更多种噬菌体的噬菌体组合物，其中组合物包含具有与SEQ ID NO:21至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体，并且组合物比具有与SEQID NO:21至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体靶向更多的铜绿假单胞菌菌株。在实施方式中，本文提供了包含三种或更多种噬菌体的噬菌体组合物，其中组合物包含具有SEQ ID NO:22的多核苷酸序列的噬菌体，并且组合物比具有SEQ ID NO:22的多核苷酸序列的噬菌体靶向更多的铜绿假单胞菌菌株。在实施方式中，本文提供了包含三种或更多种噬菌体的噬菌体组合物，其中组合物包含具有与SEQ ID NO:22至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体，并且组合物比具有与SEQ ID NO:22至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体靶向更多的铜绿假单胞菌菌株。在实施方式中，组合物可具有以下多核苷酸序列的任意组合：SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:14、SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:16、SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:18、SEQ ID NO:19、SEQ ID NO:20、SEQ ID NO:21和SEQID NO:22，以及如本文所述的上述多核苷酸序列中的任一个的序列变体。
在实施方式中，本文提供了包含三种或更多种噬菌体的噬菌体组合物，其中组合物包含具有SEQ ID NO:1的多核苷酸序列的噬菌体，并且组合物比具有SEQ ID NO:1的多核苷酸序列的噬菌体靶向更多的铜绿假单胞菌菌株。在实施方式中，本文提供了包含三种或更多种噬菌体的噬菌体组合物，其中组合物包含具有与SEQ ID NO:1至少90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体，并且组合物比具有与SEQ ID NO:1至少90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体靶向更多的铜绿假单胞菌菌株。在实施方式中，本文提供了包含三种或更多种噬菌体的噬菌体组合物，其中组合物包含具有SEQ ID NO:2的多核苷酸序列的噬菌体，并且组合物比具有SEQ ID NO:2的多核苷酸序列的噬菌体靶向更多的铜绿假单胞菌菌株。在实施方式中，本文提供了包含三种或更多种噬菌体的噬菌体组合物，其中组合物包含具有与SEQ ID NO:2至少90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体，并且组合物比具有与SEQ IDNO:2至少90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体靶向更多的铜绿假单胞菌菌株。在实施方式中，本文提供了包含三种或更多种噬菌体的噬菌体组合物，其中组合物包含具有SEQ IDNO:3的多核苷酸序列的噬菌体，并且组合物比具有SEQ ID NO:3的多核苷酸序列的噬菌体靶向更多的铜绿假单胞菌菌株。在实施方式中，本文提供了包含三种或更多种噬菌体的噬菌体组合物，其中组合物包含具有与SEQ ID NO:3至少90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体，并且组合物比具有与SEQ ID NO:3至少90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体靶向更多的铜绿假单胞菌菌株。在实施方式中，组合物可具有SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2和SEQ ID NO:3的多核苷酸序列的任意组合。
在实施方式中，本文提供了包含三种或更多种噬菌体的噬菌体组合物，其中组合物包含具有SEQ ID NO:4的多核苷酸序列的噬菌体，并且组合物比具有SEQ ID NO:4的多核苷酸序列的噬菌体靶向更多的铜绿假单胞菌菌株。在实施方式中，本文提供了包含三种或更多种噬菌体的噬菌体组合物，其中组合物包含具有与SEQ ID NO:4至少90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体，并且组合物比具有与SEQ ID NO:4至少90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体靶向更多的铜绿假单胞菌菌株。在实施方式中，本文提供了包含三种或更多种噬菌体的噬菌体组合物，其中组合物包含具有SEQ ID NO:5的多核苷酸序列的噬菌体，并且组合物比具有SEQ ID NO:5的多核苷酸序列的噬菌体靶向更多的铜绿假单胞菌菌株。在实施方式中，本文提供了包含三种或更多种噬菌体的噬菌体组合物，其中组合物包含具有与SEQ ID NO:5至少90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体，并且组合物比具有与SEQ IDNO:5至少90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体靶向更多的铜绿假单胞菌菌株。在实施方式中，本文提供了包含三种或更多种噬菌体的噬菌体组合物，其中组合物包含具有SEQ IDNO:6的多核苷酸序列的噬菌体，并且组合物比具有SEQ ID NO:6的多核苷酸序列的噬菌体靶向更多的铜绿假单胞菌菌株。在实施方式中，本文提供了包含三种或更多种噬菌体的噬菌体组合物，其中组合物包含具有与SEQ ID NO:6至少90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体，并且组合物比具有与SEQ ID NO:6至少90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体靶向更多的铜绿假单胞菌菌株。在实施方式中，组合物可具有SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5和SEQ ID NO:6的多核苷酸序列的任意组合。
在实施方式中，组合物可具有任意具有选自以下的多核苷酸序列的噬菌体：SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2和SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ IDNO:7、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:14、SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:16、SEQ ID NO:17、SEQ IDNO:18、SEQ ID NO:19、SEQ ID NO:20、SEQ ID NO:21和SEQ ID NO:22。
本文提供了包含三种或更多种噬菌体的噬菌体组合物，其中组合物包含基因修饰的至少一种噬菌体。本文提供了包含两种或更多种噬菌体的噬菌体组合物，其中组合物包含至少一种天然存在的噬菌体。本文提供了包含两种或更多种噬菌体的噬菌体组合物，其中组合物不包括天然存在的噬菌体。本文提供了包含三种或更多种噬菌体的噬菌体组合物，其中组合物不包括天然存在的噬菌体。本文提供了包含三种或更多种噬菌体的噬菌体组合物，其中组合物包含一种或多种对痰造成的灭活具有抗性的噬菌体。
在实施方式中，噬菌体组合物包含选自药学上可接受的载剂、稀释剂、赋形剂及其组合的另外的组分。在实施方式中，噬菌体组合物包含药学上可接受的载剂。在实施方式中，噬菌体组合物包含稀释剂。在实施方式中，噬菌体组合物包含赋形剂。在实施方式中，噬菌体组合物包含药学上可接受的载剂、稀释剂和赋形剂的组合。在实施方式中，噬菌体组合物包含药学上可接受的载剂和稀释剂的组合。在实施方式中，噬菌体组合物包含药学上可接受的载剂和赋形剂的组合。在实施方式中，噬菌体组合物包含稀释剂和赋形剂的组合。
在一些实施方式中，噬菌体可以在作为载剂的干燥的可吸入粉末中配制。如果粉末包含碳水化合物如乳糖、海藻糖或蔗糖或其任意组合，则可以是有利的。可根据本发明使用的粉末的非限制性示例包括脱脂奶粉、大豆蛋白粉、乳清蛋白粉、白蛋白粉、酪蛋白、明胶、藻蛋白和其它单细胞蛋白、植物蛋白胨、海藻糖、甘露醇或其它糖粉或糖醇、木炭或乳胶珠或其它惰性表面、水溶性碳水化合物基材料、滑石、甲壳素、鱼软骨等，或其组合。在本描述中，与粉末结合或吸附到粉末中的噬菌体、噬菌体组分或其组合可称为“固定化噬菌体(immobilized phage)”或“固定化噬菌体(immobilized bacteriophage)”。有利地，粉末中的噬菌体浓度为约1x107至约1x1011 PFU/mg粉末，或优选为约1x108至约1x1010PFU/mg粉末，但也考虑到了更低和更高的浓度。
在实施方式中，噬菌体组合物包含在液体、半液体、固体、冷冻、冷冻干燥、深冷脱水或冻干制剂中。在实施方式中，噬菌体组合物处于液体制剂中。在实施方式中，噬菌体组合物处于半液体制剂中。在实施方式中，噬菌体组合物处于固体制剂中。在实施方式中，噬菌体组合物处于冷冻制剂中。在实施方式中，噬菌体组合物处于冻干制剂中。
本文所述的噬菌体组合物可被配制供鼻、肠胃外、肌肉内、关节内、静脉内、皮下、经皮、眼部或口服施用。这种噬菌体制剂可以：直接使用；冷藏、深冷脱水、冻干、冷冻储存在含适当的冷冻保护剂的水溶液或其它溶液中、冷冻干燥并在使用前再水合；或在一些其它制剂中处于稳定，这些制剂包括但不限于片剂、乳液、软膏或浸渍伤口敷料或其它物品。在一些实施方式中，冷冻保护剂是甘油，如约5％与约50％之间的甘油；更优选约10％与约30％之间的甘油；最优选约20％的甘油。在其它实施方式中，冷冻保护剂是蔗糖，如约5％与约30％之间的蔗糖，最优选约10％的蔗糖。适合的浓度可以是所叙述范围内的任意值或子值，包括端点。
在实施方式中，噬菌体组合物在室温下储存。在实施方式中，噬菌体组合物在约20-30℃下储存。在实施方式中，噬菌体组合物在约20-25℃下储存。在实施方式中，噬菌体组合物在约20-22℃下储存。在实施方式中，噬菌体组合物储在约20℃下存在。在实施方式中，噬菌体组合物在约21℃下储存。在实施方式中，噬菌体组合物在约22℃下储存。在实施方式中，噬菌体组合物在约23℃下储存。在实施方式中，噬菌体组合物在约24℃下储存。在实施方式中，噬菌体组合物在约25℃下储存。在实施方式中，噬菌体组合物在约26℃、约27℃、约28℃、约29℃或约30℃下储存。温度可以是所叙述范围内的任意值或子范围，包括端点。
在实施方式中，噬菌体组合物包含储存介质以在等于或低于8℃的温度下储存。在实施方式中，噬菌体组合物包含储存介质以在等于或低于7℃的温度下储存。在实施方式中，噬菌体组合物包含储存介质以在等于或低于6℃的温度下储存。在实施方式中，噬菌体组合物包含储存介质以在等于或低于5℃的温度下储存。在实施方式中，噬菌体组合物包含储存介质以在等于或低于4℃的温度下储存。在实施方式中，噬菌体组合物包含储存介质以在等于或低于3℃的温度下储存。在实施方式中，噬菌体组合物包含储存介质以在等于或低于2℃的温度下储存。在实施方式中，噬菌体组合物包含储存介质以在等于或低于1℃的温度下储存。在实施方式中，噬菌体组合物包含储存介质以在等于或低于0℃的温度下储存。在实施方式中，噬菌体组合物包含储存介质以在等于或低于-20℃的温度下储存。在实施方式中，噬菌体组合物包含储存介质以在等于或低于-80℃的温度下储存。
对于涉及细菌感染治疗的实施方式，噬菌体组合物可被配制经由鼻或口服施用以供肺递送(例如，通过噬菌体组合物的烟雾化或雾化)。因此，在一个实施方式中，噬菌体组合物可被包含在鼻或肺递送装置如喷雾器、雾化器、吸入器或呼吸机中。
一方面，本文提供了包括噬菌体组合物的肺递送装置(如吸入器、雾化器或呼吸机)。
在实施方式中，噬菌体组合物经优化以防止雾化或烟雾化后滴度损失和/或最大化包括肺下肢在内的整个肺的沉积。在实施方式中，噬菌体组合物包含分散剂、稀释剂、润滑剂、增塑剂、增溶剂、悬浮剂、表面活性剂、增黏剂、润湿剂、稳定剂、防腐剂、烟雾化剂、同渗浓度或同渗质量摩尔浓度调节剂，或其组合。
在实施方式中，噬菌体组合物包含分散剂和/或黏度调节剂。分散剂和/或黏度调节剂包括通过液体介质或制粒方法或共混方法控制药物的扩散和均匀性的材料。在某些实施方式中，这些剂还促进包衣或侵蚀基质的有效性。扩散促进剂/分散剂的示例包括，例如，亲水性聚合物、电解质、
在实施方式中，噬菌体组合物可被配制以在使用后，在肺和/或支气管肺泡灌洗液中保留例如长达24小时、长达48小时、长达54小时、长达60小时、长达66小时、长达72小时、长达78小时、长达84小时、长达90小时或长达96小时。
在实施方式中，噬菌体组合物包含稀释剂。稀释剂包括用于在递送前稀释感兴趣的组合物(即个体噬菌体组分或多噬菌体的组合)的化合物。稀释剂也可用于稳定化合物或组合物，因为它们可提供更稳定的环境。溶解在缓冲溶液中的盐，包括但不限于磷酸盐缓冲盐溶液，在本领域用作稀释剂，并且还可提供pH控制或维持。在某些实施方式中，稀释剂增大组合物的体积以促进压缩，或者为均匀共混产生足够的体积以供胶囊填充。此类化合物包括，例如，乳糖、淀粉、甘露醇、山梨糖醇、葡萄糖、微晶纤维素如
在实施方式中，噬菌体组合物包含润滑剂或助流剂。润滑剂或助流剂包括防止、减少或抑制材料粘合或摩擦的化合物。示例性润滑剂包括，例如，硬脂酸、氢氧化钙、滑石、硬脂富马酸钠、烃如矿物油或氢化植物油如氢化大豆油
在实施方式中，噬菌体组合物包含增塑剂。增塑剂包括用于软化微囊包封材料或薄膜包衣以降低其脆性的化合物。适合的增塑剂包括，例如，聚乙二醇如PEG 300、PEG 400、PEG 600、PEG 1450、PEG 3350和PEG 800、硬脂酸、丙二醇、油酸、三乙基纤维素和甘油三醋酸酯。在某些实施方式中，增塑剂还可充当分散剂或润湿剂。
在某些实施方式中，增溶剂包括化合物如甘油三醋酸酯、柠檬酸三乙酯、油酸乙酯、辛酸乙酯、十二烷基硫酸钠、多库酯钠(sodium doccusate)、维生素E TPGS、聚山梨酯(吐温)二甲基乙酰胺、N-甲基吡咯烷酮、N-羟乙基吡咯烷酮、聚乙烯吡咯烷酮、羟丙基甲基纤维素、羟丙基环糊精、乙醇、正丁醇、异丙醇、胆固醇、胆汁盐、聚乙二醇200-600、四甘醇(glycofurol)、卡必醇(transcutol)、丙二醇和二甲基异山梨醇等。
在实施方式中，噬菌体组合物包含稳定剂。稳定剂的示例包括化合物如任意抗氧化剂，例如，缓冲剂、酸、防腐剂等。
在实施方式中，噬菌体组合物包含悬浮剂。悬浮剂的示例包括化合物如聚乙烯吡咯烷酮，例如，聚乙烯吡咯烷酮K12、聚乙烯吡咯烷酮K17、聚乙烯吡咯烷酮K25或聚乙烯吡咯烷酮K30、乙烯基吡咯烷酮/乙酸乙烯酯共聚物(S630)、聚乙二醇(例如，该聚乙二醇可具有约300道尔顿或更大的分子量)、羧甲基纤维素钠、甲基纤维素、羟丙基甲基纤维素、醋酸羟甲基纤维素硬脂酸酯、聚山梨酯-80、羟乙基纤维素、海藻酸钠、树胶诸如例如黄蓍胶和阿拉伯树胶、瓜尔胶、黄原胶包括黄胞胶、糖、纤维素诸如例如羧甲基纤维素钠、甲基纤维素、羧甲基纤维素钠、羟丙基甲基纤维素、羟乙基纤维素、聚山梨酯-80、海藻酸钠、聚乙氧基化失水山梨醇单月桂酸酯、聚乙氧基化失水山梨醇单月桂酸酯、聚维酮等。
在实施方式中，噬菌体组合物包含表面活性剂。示例包括化合物如十二烷基硫酸钠、多库酯钠(sodium docusate)、吐温20、60或80、PEG、甘油三醋酸酯、维生素E TPGS(聚乙二醇1000维生素E琥珀酸酯(d-α-Tocopheryl polyethylene glycol 1000succinate))、脱水山梨糖醇单油酸酯、聚氧乙烯脱水山梨糖醇单油酸酯、聚山梨酯、泊拉沙姆、胆汁盐、单硬脂酸甘油酯、环氧乙烷和环氧丙烷的共聚物，例如
在实施方式中，噬菌体组合物包含增黏剂。示例包括，例如，甲基纤维素、黄原胶、羧甲基纤维素、羟丙基纤维素、羟丙基甲基纤维素、醋酸羟丙基甲基纤维素硬脂酸酯、羟丙基甲基纤维素邻苯二甲酸酯、卡波姆、聚乙烯醇、藻酸盐、阿拉伯胶、壳聚糖及其组合。
在实施方式中，噬菌体组合物包含润湿剂。示例包括化合物如油酸、单硬脂酸甘油酯、脱水山梨糖醇单油酸酯、脱水山梨糖醇单月桂酸酯、三乙醇胺油酸酯、聚氧乙烯脱水山梨糖醇单油酸酯、聚氧乙烯脱水山梨糖醇单月桂酸酯、多库酯钠、油酸钠、十二烷基硫酸钠、多库酯钠、甘油三醋酸酯、吐温80、维生素E TPGS、铵盐等。
在实施方式中，噬菌体组合物包含烟雾化剂如四氟乙烷、烃、含氢氯氟烃(hydrochlorofluorocarbons)、氢氟烷和压缩气体、压缩空气、二甲醚、氢氟烷烃(hydrofluoroalkanes)、氢氟烯烃(hydrofluoroolefin)等。
在某些实施方式中，本公开的组合物可包含离子同渗浓度或同渗质量摩尔浓度调节剂，但不包含非离子同渗浓度或同渗质量摩尔浓度调节剂。离子同渗浓度或同渗质量摩尔浓度调节剂可选自，例如，碱金属盐，如钠盐和钾盐。此类盐的示例包括但不限于氯化钠、葡萄糖酸钠、丙酮酸钠和氯化钾。可使用单一的离子张力调节剂如氯化钠，或此类剂的混合物。由于盐的形成过程，盐可以原位添加或形成。在本公开的具体实施方式中，离子同渗浓度或同渗质量摩尔浓度调节剂是氯化钠。在实施方式中，同渗浓度或同渗质量摩尔浓度调节剂是非离子同渗浓度或同渗质量摩尔浓度调节剂并且可选自例如碳水化合物族。可用于等渗化的碳水化合物的示例包括但不限于糖如葡萄糖、乳糖、蔗糖和海藻糖，以及糖醇如甘露糖醇、木糖醇、山梨糖醇和异麦芽糖醇。然而，在本公开的具体实施方式中，非离子同渗浓度或同渗质量摩尔浓度调节剂不是丙二醇、环糊精或甘露醇。
应该理解的是，非活性成分类别之间存在相当大的重叠。因此，上面列出的成分应仅作为可包含在本文所述制剂中的非活性成分的类型的示例而非限制。本领域技术人员可根据所需的具体特性容易地确定此类非活性成分的量。
在实施方式中，本文所述的噬菌体组合物被配制用于鼻冲洗。因此，本文所述的治疗用途或方法可包括通过鼻冲洗向对象施用噬菌体组合物。
在实施方式中，噬菌体组合物处于液体、半液体、固体、冷冻或冻干制剂中。在实施方式中，噬菌体组合物处于液体制剂中。在实施方式中，噬菌体组合物处于半液体制剂中。在实施方式中，噬菌体组合物处于固体制剂中。在实施方式中，噬菌体组合物处于冷冻制剂中。在实施方式中，噬菌体组合物处于冻干制剂中。
在一些实施方式中(可选地或另外地)，“突变体”噬菌体能够与APBP1(SEQ ID NO:1)、APBP2(SEQ ID NO:2)和/或APBP3(SEQ ID NO:3)中的一个或多个裂解相同的目标细菌菌株中的一些或全部，或和/或还能够裂解一种或多种另外的细菌菌株。在一个实施方式中，突变体可与APBP1、APBP2和/或APBP3中的一个或多个的核酸序列具有至少93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％序列同一性。在一些实施方式中，当与APBP1、APBP2和/或APBP3的基因组序列中的一个或多个相比时，突变体或变体在其整个基因组序列中可具有至少93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％序列同一性。在一个实施方式中，当与SEQ ID NO:1相比时，突变体在其整个基因组序列中可具有至少93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％序列同一性。在一个实施方式中，当与SEQ ID NO:2相比时，突变体在其整个基因组序列中可具有至少93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％序列同一性。在一个实施方式中，当与SEQ ID NO:3相比时，突变体在其整个基因组序列中可具有至少93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％序列同一性。
在实施方式中，提供了“基因修饰的”噬菌体及其组合物。基因修饰的噬菌体可以是其多核苷酸序列已通过基因工程改造技术改变的噬菌体。多核苷酸序列的基因工程改造可通过本领域公知的任意现代分子生物学技术来实现，包括但不限于同源重组、噬菌体工程改造、基于CRISPR-Cas的操作、将全长裸噬菌体转化到宿主细菌中以及其技术的任意组合。
在实施方式中，噬菌体后代可通过以下获得：使本文所述的包含例如选自APBP1、APBP2、APBP3的一个的一种或多种噬菌体，或包含选自SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:13、SEQID NO:14、SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:16、SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:18、SEQ ID NO:19、SEQ ID NO:20、SEQ ID NO:21和SEQ ID NO:22的核酸序列(以及如本文中关于上述序列中的任意序列描述的序列同一性变体)的噬菌体与铜绿假单胞菌目标细菌接触，使得所述一种或多种噬菌体感染并裂解所述目标细菌；以及获得所述目标细菌裂解后释放的噬菌体。当与相关亲本噬菌体相比，噬菌体后代一般将包含一个或多个核苷酸突变。
在实施方式中，噬菌体可以以单一治疗组合物的形式提供，或者以多个单独的组合物的形式提供，每个组合物包含组合物中的一种或多种噬菌体组分。在噬菌体以多种单独的组合物提供的实施方式中，可将噬菌体顺序地或同时地(适合同时地)向对象施用。在一些实施方式中，每个单独的组合物可包括一种噬菌体的群体。在其它实施方式中，一种组合物可具有两种或更多种不同的噬菌体群体。
在实施方式中，噬菌体组合物包含的噬菌体浓度在每ml每种噬菌体1x 104与1x 1012之间，或其中包括端点的任意子值或子范围。在实施方式中，噬菌体组合物包含的噬菌体浓度在每ml每种噬菌体1x 105与1x 1011之间。在实施方式中，噬菌体组合物包含的噬菌体浓度在每ml每种噬菌体1x 106与1x 1011之间。在实施方式中，噬菌体组合物包含的噬菌体浓度在每ml每种噬菌体1x 107与1x 1011之间。在实施方式中，噬菌体组合物包含的噬菌体浓度范围在每ml每种噬菌体1x 108与1x 1011之间。在一些实施方式中，噬菌体浓度为每ml组合物每种噬菌体1x 108至1x 109PFU、1x 108至1x 1010PFU或1x 108至1x1011PFU。在一些实施方式中，噬菌体浓度为每ml组合物每种噬菌体3x 108至1x 109PFU、3x 108至1x 1010PFU或3x 108至1x 1011PFU。在一些实施方式中，噬菌体浓度为每ml组合物每种噬菌体3x 108至3x 109PFU或3x 108至3x 1010PFU。在一些实施方式中，噬菌体浓度为每ml组合物每种噬菌体1x 109至1x 1010PFU或1x 109至1x 1011PFU。在一些实施方式中，噬菌体浓度为每ml组合物每种噬菌体1x 1010至1x 1011PFU。在一些实施方式中，将噬菌体以每ml组合物每种噬菌体至少约1x 108PFU、每种噬菌体至少约3x108PFU、每种噬菌体至少约1x 109PFU、每种噬菌体至少约1x 1010PFU或每种噬菌体至少约1x 1011PFU的剂量向对象施用。在实施方式中，可组合一种或多种噬菌体以形成每ml组合物每种噬菌体约1x 108、约3x 108、约1x 109、约1x 1010或1x 1011PFU的总浓度。浓度包括所叙述范围内的任意值、子值、范围或子范围，包括端点。
在实施方式中，噬菌体组合物在约2-8℃之间的范围下储存。在一些实施方式中，噬菌体组合物在2与3℃之间下储存。在一些实施方式中，噬菌体组合物在2与4℃之间下储存。在一些实施方式中，噬菌体组合物在2与5℃之间下储存。在一些实施方式中，噬菌体组合物在2与6℃之间下储存。在一些实施方式中，噬菌体组合物在2与7℃之间下储存。在一些实施方式中，噬菌体组合物在3与4℃之间下储存。在一些实施方式中，噬菌体组合物在3与5℃之间下储存。在一些实施方式中，噬菌体组合物在3与6℃之间下储存。在一些实施方式中，噬菌体组合物在3与7℃之间下储存。在一些实施方式中，噬菌体组合物在3与8℃之间下储存。在一些实施方式中，噬菌体组合物在4与5℃之间下储存。在一些实施方式中，噬菌体组合物在4与6℃之间下储存。在一些实施方式中，噬菌体组合物在4与7℃之间下储存。在一些实施方式中，噬菌体组合物在4与8℃之间下储存。在一些实施方式中，噬菌体组合物在5与8℃之间下储存。在一些实施方式中，噬菌体组合物在5与6℃之间下储存。在一些实施方式中，噬菌体组合物在5与7℃之间下储存。在一些实施方式中，噬菌体组合物在6与8℃之间下储存。在一些实施方式中，噬菌体组合物在6与7℃之间下储存。在一些实施方式中，噬菌体组合物在7与8℃之间下储存。在一些实施方式中，噬菌体组合物在约2、3、4、5、6、7或8℃下储存。温度可以是所叙述范围内的任意值或子范围，包括端点。
在实施方式中，噬菌体组合物在室温下储存。在实施方式中，噬菌体组合物在约20-25℃下储存。在实施方式中，噬菌体组合物在20℃下储存。在实施方式中，噬菌体组合物在约21℃下储存。在实施方式中，噬菌体组合物在约22℃下储存。在实施方式中，噬菌体组合物在约23℃下储存。在实施方式中，噬菌体组合物在约24℃下储存。在实施方式中，噬菌体组合物在约25℃下储存。温度可以是所叙述范围内的任意值或子范围，包括端点。
在实施方式中，噬菌体组合物在冷冻温度下，诸如在范围从约-25℃至约-5℃的任意温度下储存。这包括但不一定限于约-30℃、-29℃、-28℃、-27℃、-26℃、-25℃、-24℃、-23℃、-22℃、-21℃、-20℃、-19℃、-18℃、-17℃、-16℃、-15℃、-15℃、-14℃、-13℃、-12℃、-11℃、-10℃、-9℃、-8℃、-7℃、-6℃或-5℃或所叙述范围内的任意值或子范围，包括端点。
在实施方式中，噬菌体组合物对对象的免疫系统造成的灭活具有抗性。在一些实施方式中，噬菌体对对象的先天免疫系统造成的灭活具有抗性。在一些实施方式中，噬菌体对对象的痰造成的灭活具有抗性。在一些实施方式中，噬菌体对对象的支气管肺泡灌洗液(BALF)造成的灭活具有抗性。
在实施方式中，噬菌体组合物减少生物膜量，如实施例中更详细描述的。
在实施方式中，噬菌体组合物包含至少一种裂解性噬菌体。在一些实施方式中，噬菌体包括可经由细胞裂解杀伤细菌的至少一种裂解性噬菌体。
在一个方面中，本文提供了包含噬菌体的细菌宿主制造菌株，其中所述噬菌体包含：选自SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ IDNO:6、SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:14、SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:16、SEQ IDNO:17、SEQ ID NO:18、SEQ ID NO:19、SEQ ID NO:20、SEQ ID NO:21、SEQ ID NO:22的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:1具有至少93％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:2具有至少93％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:3具有至少93％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:4具有至少93％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:5具有至少93％同一性的多核苷酸序列和与SEQ ID NO:6具有至少93％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:7具有至少93％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:8具有至少93％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:9具有至少93％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:10具有至少89％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:11具有至少95％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:12具有至少91％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:13具有至少92％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:14具有至少96％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:15具有至少95％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:16具有至少90％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:17具有至少92％同一性的多核苷酸序列、与SEQID NO:18具有至少95％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:19具有至少96％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:20具有至少96％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:21具有至少96％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:22具有至少95％同一性的多核苷酸序列。
在一个方面中，本文提供了包含噬菌体的细菌宿主制造菌株，其中所述噬菌体包含：选自SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ IDNO:6、SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:14、SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:16、SEQ IDNO:17、SEQ ID NO:18、SEQ ID NO:19、SEQ ID NO:20、SEQ ID NO:21、SEQ ID NO:22的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:1具有至少90％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:2具有至少90％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:3具有至少90％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:4具有至少90％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:5具有至少90％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:6具有至少90％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:7具有至少93％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:8具有至少93％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:9具有至少93％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:10具有至少89％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:11具有至少95％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:12具有至少91％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:13具有至少92％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:14具有至少96％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:15具有至少95％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:16具有至少90％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:17具有至少92％同一性的多核苷酸序列、与SEQID NO:18具有至少95％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:19具有至少96％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:20具有至少96％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:21具有至少96％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:22具有至少95％同一性的多核苷酸序列。
在实施方式中，本文提供了包含噬菌体的细菌宿主制造菌株，所述噬菌体包含SEQ IDNO:1的多核苷酸序列。在实施方式中，本文提供了包含噬菌体的细菌宿主制造菌株，所述噬菌体包含SEQ ID NO:2的多核苷酸序列。在实施方式中，本文提供了包含噬菌体的细菌宿主制造菌株，所述噬菌体包含SEQ ID NO:3的多核苷酸序列。在实施方式中，本文提供了包含噬菌体的细菌宿主制造菌株，所述噬菌体包含SEQ ID NO:4的多核苷酸序列。在实施方式中，本文提供了包含噬菌体的细菌宿主制造菌株，所述噬菌体包含SEQ ID NO:5的多核苷酸序列。在实施方式中，本文提供了包含噬菌体的细菌宿主制造菌株，所述噬菌体包含SEQ ID NO:6的多核苷酸序列。在实施方式中，本文提供了包含噬菌体的细菌宿主制造菌株，所述噬菌体包含与SEQ ID NO:1具有至少90％同一性的多核苷酸序列。在实施方式中，本文提供了包含噬菌体的细菌宿主制造菌株，所述噬菌体包含多核苷酸序列与SEQ ID NO:2具有至少90％同一性的多核苷酸序列。在实施方式中，本文提供了包含噬菌体的细菌宿主制造菌株，所述噬菌体包含多核苷酸序列与SEQ ID NO:3具有至少90％同一性的多核苷酸序列。在实施方式中，本文提供了包含噬菌体的细菌宿主制造菌株，所述噬菌体包含与SEQ ID NO:4具有至少90％同一性的多核苷酸序列。在实施方式中，本文提供了包含噬菌体的细菌宿主制造菌株，所述噬菌体包含与SEQ ID NO:5具有至少90％同一性的多核苷酸序列。在实施方式中，本文提供了包含噬菌体的细菌宿主制造菌株，所述噬菌体包含与SEQ ID NO:6具有至少90％同一性的多核苷酸序列。在实施方式中，本文提供了细菌宿主制造菌株，其包含根据本文所述的各种实施方式中的任一个的噬菌体。
考虑到了本文所述的噬菌体的变体可与本文所述的噬菌体具有85％与99.99％之间任意值的同一性。同一性百分比可以是所叙述范围内的任意值或子范围到小数点后第100位。
使用方法
在实施方式中，本文提供了根据本文所述的各种实施方式中的任一个的噬菌体和/或组合物在治疗对象中的细菌感染，特别是铜绿假单胞菌感染中的用途。在实施方式中，用途包括将根据本文所述的任意实施方式的组合物向患有铜绿假单胞菌感染的对象施用。
在实施方式中，本文提供了包含靶向铜绿假单胞菌的一种或多种不同的噬菌体的组合物在治疗患有铜绿假单胞菌细菌感染的对象中的用途。用途包括向所述对象施用组合物；其中噬菌体中的至少一种选自包含以下的噬菌体：SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ IDNO:3的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:1具有至少93％同一性的多核苷酸序列、与SEQ IDNO:2具有至少93％同一性的多核苷酸序列以及与SEQ ID NO:3具有至少93％同一性的多核苷酸序列。
在实施方式中，本文提供了包含靶向铜绿假单胞菌的一种或多种不同的噬菌体的组合物在治疗患有铜绿假单胞菌细菌感染的对象中的用途。用途包括向所述对象施用组合物；其中噬菌体中的至少一种选自包含以下的噬菌体：SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ IDNO:3的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:1具有至少85％同一性的多核苷酸序列、与SEQ IDNO:2具有至少85％同一性的多核苷酸序列以及与SEQ ID NO:3具有至少85％同一性的多核苷酸序列。
在实施方式中，本文提供了包含靶向铜绿假单胞菌的一种或多种不同的噬菌体的组合物在治疗患有铜绿假单胞菌细菌感染的对象中的用途。用途包括向所述对象施用组合物；其中噬菌体中的至少一种选自包含以下的噬菌体：SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ IDNO:3的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:1具有至少93％同一性的多核苷酸序列、与SEQ IDNO:2具有至少93％同一性的多核苷酸序列和与SEQ ID NO:3具有至少93％同一性的多核苷酸序列；并且另外地，噬菌体中的至少一种选自包含以下的噬菌体：SEQ ID NO:4、SEQID NO:5、SEQ ID NO:6的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:4具有至少93％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:5具有至少93％同一性的多核苷酸序列以及与SEQ ID NO:6具有至少93％同一性的多核苷酸序列。
在实施方式中，本文提供了包含靶向铜绿假单胞菌的一种或多种不同的噬菌体的组合物在治疗患有铜绿假单胞菌细菌感染的对象中的用途。用途包括向所述对象施用组合物；其中噬菌体中的至少一种选自包含以下的噬菌体：SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ IDNO:3的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:1具有至少85％同一性的多核苷酸序列、与SEQ IDNO:2具有至少85％同一性的多核苷酸序列和与SEQ ID NO:3具有至少85％同一性的多核苷酸序列；并且另外地，噬菌体中的至少一种选自包含以下的噬菌体：SEQ ID NO:4、SEQID NO:5、SEQ ID NO:6的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:4具有至少85％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:5具有至少85％同一性的多核苷酸序列以及与SEQ ID NO:6具有至少85％同一性的多核苷酸序列。
在一个方面中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括基于对痰灭活的抗性来选择噬菌体并向所述对象施用所述噬菌体。
在一个方面中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向所述对象施用一种或多种不同的噬菌体，所述噬菌体选自包含以下的噬菌体：选自SEQ ID NO:1、SEQ IDNO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:1具有至少93％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:2具有至少93％同一性的多核苷酸序列和与SEQ ID NO:3具有至少93％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:4具有至少93％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:5具有至少93％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:6具有至少93％同一性的多核苷酸序列。在一个方面中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向所述对象施用如本文任意实施方式中所述的一种或多种不同的噬菌体。
在一个方面中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向所述对象施用一种或多种不同的噬菌体，所述噬菌体选自包含以下的噬菌体：选自SEQ ID NO:1、SEQ IDNO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:1具有至少85％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:2具有至少85％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:3具有至少85％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:4具有至少85％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:5具有至少85％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:6具有至少85％同一性的多核苷酸序列。在一个方面中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向所述对象施用如本文任意实施方式中所述的一种或多种不同的噬菌体。
在一个方面中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向所述对象施用一种或多种不同的噬菌体，所述噬菌体选自包含以下的噬菌体：选自SEQ ID NO:1、SEQ IDNO:2、SEQ ID NO:3的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:1具有至少85％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:2具有至少85％同一性的多核苷酸序列和与SEQ ID NO:3具有至少85％同一性的多核苷酸序列。
在另一个方面中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向所述对象施用一种或多种不同的噬菌体，所述噬菌体选自包含以下的噬菌体：选自SEQ ID NO:4、SEQID NO:5、SEQ ID NO:6的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:4具有至少85％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:5具有至少85％同一性的多核苷酸序列以及与SEQ ID NO:6具有至少85％同一性的多核苷酸序列。
在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向所述对象施用一种或多种不同的噬菌体，所述噬菌体选自包含选自SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2和SEQ IDNO:3的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向所述对象施用一种或多种不同的噬菌体，所述噬菌体选自包含以下的噬菌体：与SEQ ID NO:1具有至少93％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:2具有至少93％同一性的多核苷酸序列以及与SEQ ID NO:3具有至少93％同一性的多核苷酸序列。
在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向所述对象施用一种或多种不同的噬菌体，所述噬菌体选自包含选自SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2和SEQ IDNO:3的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向所述对象施用一种或多种不同的噬菌体，所述噬菌体选自包含以下的噬菌体：与SEQ ID NO:1具有至少85％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:2具有至少85％同一性的多核苷酸序列以及与SEQ ID NO:3具有至少85％同一性的多核苷酸序列。
在一个方面中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向所述对象施用一种或多种不同的噬菌体，所述噬菌体选自包含以下的噬菌体：选自SEQ ID NO:1、SEQ IDNO:2、SEQ ID NO:3的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:1具有至少93％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:2具有至少93％同一性的多核苷酸序列和与SEQ ID NO:3具有至少93％同一性的多核苷酸序列；以及另外地，一种或多种不同的噬菌体，其选自包含以下的噬菌体：选自SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:4具有至少93％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:5具有至少93％同一性的多核苷酸序列以及与SEQ ID NO:6具有至少93％同一性的多核苷酸序列。
在一个方面中，治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向所述对象施用一种或多种不同的噬菌体，所述噬菌体选自包含以下的噬菌体：选自SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQID NO:3的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:1具有至少85％同一性的多核苷酸序列、与SEQID NO:2具有至少85％同一性的多核苷酸序列和与SEQ ID NO:3具有至少85％同一性的多核苷酸序列；以及另外地，一种或多种不同的噬菌体，其选自包含以下的噬菌体：选自SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:4具有至少85％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:5具有至少85％同一性的多核苷酸序列以及与SEQ ID NO:6具有至少85％同一性的多核苷酸序列。
在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法。在一些实施方式中，细菌感染至少部分地包括假单胞菌属。在一些实施方式中，细菌感染至少部分地包括铜绿假单胞菌。在一些实施方式中，细菌感染包括对化学抗生素具有抗性的铜绿假单胞菌菌株。在一些实施方式中，细菌菌株包括药物抗性和/或多重药物抗性铜绿假单胞菌菌株。
在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用对痰中灭活具有抗性的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用对先天免疫系统造成的灭活具有抗性的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用对血浆造成的灭活具有抗性的噬菌体。在实施方式中，噬菌体可以是本文所述的任意噬菌体。
在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向所述对象施用包含SEQ ID NO:1的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用包含SEQ ID NO:2的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用包含SEQ ID NO:3的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用包含SEQ ID NO:4的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用包含SEQ ID NO:5的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用包含SEQ IDNO:6的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用包含与SEQ ID NO:1具有至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用包含与SEQ ID NO:2具有至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用包含与SEQ ID NO:3具有至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用包含与SEQ ID NO:4具有至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用包含与SEQID NO:5具有至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用包含与SEQ ID NO:6具有至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用包含与SEQ ID NO:1具有至少85％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用包含与SEQ IDNO:2具有至少85％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用包含与SEQ ID NO:3具有至少85％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用包含与SEQ ID NO:4具有至少85％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用包含与SEQ IDNO:5具有至少85％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用包含与SEQ ID NO:6具有至少85％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。
在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用感染并杀伤假单胞菌属、铜绿假单胞菌、单一药物抗性铜绿假单胞菌和多重药物抗性铜绿假单胞菌的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用感染并杀伤铜绿假单胞菌的噬菌体。
在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用一种或多种噬菌体。在实施方式中，所述一种或多种噬菌体适用于治疗细菌感染，具体是假单胞菌属感染。在实施方式中，噬菌体包括一种或多种另外的噬菌体并且可以是与本文所述的任意噬菌体具有85％至100％核酸序列同一性的噬菌体。噬菌体可具有多核苷酸序列，其包含与SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5和SEQID NO:6中的任一个具有至少85％而非100％同一性的多核苷酸序列。同一性百分比可以是所叙述范围内的任意值或子范围，包括端点。
在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用包含一种或多种噬菌体的噬菌体组合物，并且所述组合物的目标细菌范围可宽于所述组合物中任意个体噬菌体或所述噬菌体集体的范围，或具有大于个体噬菌体的有效性总和的有效性。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有多核苷酸序列SEQ ID NO:1的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:1至少85％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:1至少86％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:1至少87％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:1至少88％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:1至少89％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:1至少90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:1至少91％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ IDNO:1至少92％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:1至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:1至少94％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:1至少95％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:1至少96％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:1至少97％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:1至少98％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:1至少99％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。
在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有多核苷酸序列SEQ ID NO:2的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:2至少85％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:2至少86％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:2至少87％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:2至少88％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:2至少89％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:2至少90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:2至少91％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQID NO:2至少92％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:2至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:2至少94％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:2至少95％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:2至少96％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:2至少97％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:2至少98％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:2至少99％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用具有SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2的多核苷酸序列的任意组合的噬菌体组合物。
在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有多核苷酸序列SEQ ID NO:3的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:3至少85％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含与SEQ ID NO:3具有至少86％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:3至少87％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:3至少88％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:3至少89％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:3至少90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:3至少91％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQID NO:3至少92％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:3至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:3至少94％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含与SEQ ID NO:3具有至少95％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:3至少96％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:3至少97％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:3至少98％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:3至少99％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。
在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有多核苷酸序列SEQ ID NO:4的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:4至少85％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:4至少86％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:4至少87％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:4至少88％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:4至少89％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:4至少90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:4至少91％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含与SEQ IDNO:4具有至少92％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:4至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:4至少94％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:4至少95％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:4至少96％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含与SEQ ID NO:4具有至少97％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:4至少98％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:4至少99％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。
在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有多核苷酸序列SEQ ID NO:5的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:5至少85％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:5至少86％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:5至少87％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:5至少88％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:5至少89％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:5至少90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:5至少91％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQID NO:5至少92％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:5至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:5至少94％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:5至少95％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:5至少96％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:5至少97％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:5至少98％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:5至少99％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。
在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有多核苷酸序列SEQ ID NO:6的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:6至少85％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:6至少86％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:6至少87％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:6至少88％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:6至少89％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:6至少90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:6至少91％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQID NO:6至少92％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:6至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:6至少94％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:6至少95％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:6至少96％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:6至少97％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:6至少98％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有与SEQ ID NO:6至少99％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。
在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其具有SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5和SEQ ID NO:6的多核苷酸序列的任意组合。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有SEQ ID NO:1的多核苷酸序列的噬菌体、具有SEQ ID NO:2的多核苷酸序列的噬菌体和具有SEQ ID NO:3的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有SEQ ID NO:1的多核苷酸序列的噬菌体、具有SEQ IDNO:2的多核苷酸序列的噬菌体、具有SEQ ID NO:3的多核苷酸序列的噬菌体和具有SEQID NO:4的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有SEQ ID NO:1的多核苷酸序列的噬菌体、具有SEQ ID NO:2的多核苷酸序列的噬菌体、具有SEQ ID NO:3的多核苷酸序列的噬菌体、具有SEQ ID NO:4的多核苷酸序列的噬菌体和具有SEQ ID NO:5的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用噬菌体组合物，其包含具有SEQ ID NO:1的多核苷酸序列的噬菌体、具有SEQ ID NO:2的多核苷酸序列的噬菌体、具有SEQ ID NO:3的多核苷酸序列的噬菌体、具有SEQ ID NO:4的多核苷酸序列的噬菌体、具有SEQ ID NO:5的多核苷酸序列的噬菌体和具有SEQ IDNO:6的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用包含组合噬菌体的噬菌体组合物，所述组合噬菌体包含上面列出的多核苷酸序列(及其变体)中的任一个，以及Pakpunavirus噬菌体(SEQ ID NO:8)、(SEQID NO:9)、(SEQ ID NO:10)中的一个或多个；Bruynoghevirus噬菌体(SEQ ID NO:11)、(SEQ ID NO:12)、(SEQ ID NO:13)中的一个或多个；Nankokuvirus噬菌体(SEQ ID NO:14)、(SEQ ID NO:15)中的一个或多个；Phikmvvirus噬菌体(SEQ ID NO:16)、(SEQ IDNO:17)中的一个或多个；Pbunavirus噬菌体(SEQ ID NO:18)、(SEQ ID NO:19)、(SEQID NO:20)、(SEQ ID NO:21)中的一个或多个；和Litunavirus噬菌体(SEQ ID NO:22)、(SEQ ID NO:7)中的一个或多个。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用包含噬菌体的噬菌体组合物，所述噬菌体具有：与SEQ ID NO:7至少90％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:8至少93％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:9至少93％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:10至少89％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:11至少95％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:12至少91％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:13至少92％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:14至少96％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:15至少95％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:16至少90％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:17至少92％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:18至少95％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:19至少96％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:20至少96％同一性的多核苷酸序列、与SEQID NO:20至少96％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:21至少96％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:22至少95％同一性的多核苷酸序列。
在实施方式中，本公开提供了治疗患有CF的患者中、对象中的CF或细菌感染的方法，包括向所述对象施用一种或多种不同的噬菌体，所述噬菌体选自包含SEQ ID NO:1、SEQID NO:2和SEQ ID NO:3的多核苷酸序列的噬菌体。在一些实施方式中，方法可进一步包括向对象施用包含SEQ ID NO:4和SEQ ID NO:6的多核苷酸序列的噬菌体。
在实施方式中，本公开提供了治疗患有肺炎的对象中的肺炎或细菌感染的方法，包括向所述对象施用一种或多种不同的噬菌体，所述噬菌体选自包含SEQ ID NO:1和SEQ IDNO:3的多核苷酸序列的噬菌体。在一些实施方式中，方法可进一步包括施用包含SEQ IDNO:5和SEQ ID NO:8的多核苷酸序列的噬菌体。在一些实施方式中，方法可进一步包括施用包含SEQ ID NO:12的多核苷酸序列的噬菌体。
所叙述的噬菌体中的任一种或多种可明确地从本文中的任意实施方式，包括组合物、方法等中排除。
考虑到了本文所述的噬菌体的变体可与本文所述的噬菌体中的一种或多种具有85％与99％之间任意值的同一性。同一性百分比可以是所叙述范围内的任意值或子范围。
在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用包含至少一种经基因修饰的噬菌体的噬菌体组合物。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用包含至少一种天然存在的噬菌体或者可排除天然存在的噬菌体的噬菌体组合物。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用包含至少一种裂解性噬菌体的噬菌体组合物。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用包含至少一种对痰造成的灭活具有抗性的噬菌体的噬菌体组合物。
在实施方式中，本文提供了用于向对象施用噬菌体的方法，其中所述噬菌体包括每ml每种噬菌体约1x 108与约1x 1011PFU之间的噬菌体浓度范围。在一些实施方式中，噬菌体浓度为每ml组合物每种噬菌体1x 108至1x109 PFU、1x 108至1x1010 PFU或1x 108至1x 1011PFU。在一些实施方式中，噬菌体浓度为每ml组合物每种噬菌体3x108至1x 109PFU、3x108至1x 1010PFU或3x108至1x 1011PFU。在一些实施方式中，噬菌体浓度为每ml组合物每种噬菌体3x108至3x109 PFU或3x108至3x1010 PFU。在一些实施方式中，噬菌体浓度为每ml组合物每种噬菌体1x109至1x1010 PFU或1x 109至1x 1011PFU。在一些实施方式中，噬菌体浓度为每ml组合物每种噬菌体1x1010至1x 1011PFU。在一些实施方式中，噬菌体以每ml组合物每种噬菌体至少约1x 108PFU、每种噬菌体至少约3x 1018PFU、每种噬菌体至少约1x109 PFU、每种噬菌体至少约1x 1010PFU或每种噬菌体至少约1x 1011PFU的剂量向对象施用。在实施方式中，可组合一种或多种噬菌体以形成每ml组合物每种噬菌体约1x 108、3x 108、1x 109、1x 1010或1x 1011PFU的总浓度。浓度包括所叙述范围内的任意值或范围，包括端点。
在实施方式中，本文提供的方法包括施用噬菌体，其中至少约80％的噬菌体在暴露于人血浆约10与约20分钟之间的时间段后保持裂解活性。在一些实施方式中，至少约80％的噬菌体在暴露于人血浆10与30分钟之间的时间段后保持裂解活性。在一些实施方式中，至少约80％的噬菌体在暴露于人血浆10与40分钟之间的时间段后保持裂解活性。在一些实施方式中，至少约80％的噬菌体在暴露于人血浆10与50分钟之间的时间段后保持裂解活性。在一些实施方式中，至少约80％的噬菌体在暴露于人血浆10与60分钟之间的时间段后保持裂解活性。在一些实施方式中，至少约80％的噬菌体在暴露于人血浆10与70分钟之间的时间段后保持裂解活性。在一些实施方式中，至少约80％的噬菌体在暴露于人血浆10与80分钟之间的时间段后保持裂解活性。在一些实施方式中，至少约80％的噬菌体在暴露于人血浆10与90分钟之间的时间段后保持裂解活性。在一些实施方式中，至少约80％的噬菌体在暴露于人血浆10与100分钟之间的时间段后保持裂解活性。在一些实施方式中，至少约80％的噬菌体在暴露于人血浆20与30分钟之间的时间段后保持裂解活性。在一些实施方式中，至少约80％的噬菌体在暴露于人血浆20与40分钟之间的时间段后保持裂解活性。在一些实施方式中，至少约80％的噬菌体在暴露于人血浆20与50分钟之间的时间段后保持裂解活性。在一些实施方式中，至少约80％的噬菌体在暴露于人血浆20与60分钟之间的时间段后保持裂解活性。在一些实施方式中，至少约80％的噬菌体在暴露于人血浆20与70分钟之间的时间段后保持裂解活性。在一些实施方式中，至少约80％的噬菌体在暴露于人血浆20与80分钟之间的时间段后保持裂解活性。在一些实施方式中，至少约80％的噬菌体在暴露于人血浆20与90分钟之间的时间段后保持裂解活性。在一些实施方式中，至少约80％的噬菌体在暴露于人血浆20与100分钟之间的时间段后保持裂解活性。在一些实施方式中，至少约80％的噬菌体在暴露于人血浆30与40分钟之间的时间段后保持裂解活性。在一些实施方式中，至少约80％的噬菌体在暴露于人血浆30与50分钟之间的时间段后保持裂解活性。在一些实施方式中，至少约80％的噬菌体在暴露于人血浆30与60分钟之间的时间段后保持裂解活性。在一些实施方式中，至少约80％的噬菌体在暴露于人血浆30与70分钟之间的时间段后保持裂解活性。在一些实施方式中，至少约80％的噬菌体在暴露于人血浆30与80分钟之间的时间段后保持裂解活性。在一些实施方式中，至少约80％的噬菌体在暴露于人血浆30与90分钟之间的时间段后保持裂解活性。在一些实施方式中，至少约80％的噬菌体在暴露于人血浆30与100分钟之间的时间段后保持裂解活性。在一些实施方式中，至少约80％的噬菌体在暴露于人血浆40与50分钟之间的时间段后保持裂解活性。在一些实施方式中，至少约80％的噬菌体在暴露于人血浆40与60分钟之间的时间段后保持裂解活性。在一些实施方式中，至少约80％的噬菌体在暴露于人血浆40与70分钟之间的时间段后保持裂解活性。在一些实施方式中，至少约80％的噬菌体在暴露于人血浆40与80分钟之间的时间段后保持裂解活性。在一些实施方式中，至少约80％的噬菌体在暴露于人血浆40与90分钟之间的时间段后保持裂解活性。在一些实施方式中，向对象施用噬菌体达40与100分钟之间的时间。在一些实施方式中，至少约80％的噬菌体在暴露于人血浆50与60分钟之间的时间段后保持裂解活性。在一些实施方式中，至少约80％的噬菌体在暴露于人血浆50与70分钟之间的时间段后保持裂解活性。在一些实施方式中，至少约80％的噬菌体在暴露于人血浆50与80分钟之间的时间段后保持裂解活性。在一些实施方式中，至少约80％的噬菌体在暴露于人血浆50与90分钟之间的时间段后保持裂解活性。在一些实施方式中，至少约80％的噬菌体在暴露于人血浆50与100分钟之间的时间段后保持裂解活性。在一些实施方式中，至少约80％的噬菌体在暴露于人血浆60与70分钟之间的时间段后保持裂解活性。在一些实施方式中，至少约80％的噬菌体在暴露于人血浆60与80分钟之间的时间段后保持裂解活性。在一些实施方式中，至少约80％的噬菌体在暴露于人血浆60与90分钟之间的时间段后保持裂解活性。在一些实施方式中，至少约80％的噬菌体在暴露于人血浆60与100分钟之间的时间段后保持裂解活性。在一些实施方式中，至少约80％的噬菌体在暴露于人血浆70与80分钟之间的时间段后保持裂解活性。在一些实施方式中，至少约80％的噬菌体在暴露于人血浆70与90分钟之间的时间段后保持裂解活性。在一些实施方式中，至少约80％的噬菌体在暴露于人血浆70与100分钟之间的时间段后保持裂解活性。在一些实施方式中，至少约80％的噬菌体在暴露于人血浆80与90分钟之间的时间段后保持裂解活性。在一些实施方式中，至少约80％的噬菌体在暴露于人血浆80与100分钟之间的时间段后保持裂解活性。在一些实施方式中，至少约80％的噬菌体在暴露于人血浆90与100分钟之间的时间段后保持裂解活性。时间量可以是所叙述范围内的任意值或子范围，包括端点。在时间点末尾时，噬菌体组合物保持其在人血浆中至少大于80％的裂解活性。
在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用一种或多种不同的噬菌体。在实施方式中，细菌感染选自肺感染、肺纤维化状况、肺呼吸状况、肺假单胞菌属感染和/或鼻窦炎。在实施方式中，本文提供了治疗方法。在实施方式中，肺感染可包括囊性纤维化(CF)、非囊性纤维化支气管扩张(NCFB)或肺炎，或与囊性纤维化(CF)、非囊性纤维化支气管扩张(NCFB)或肺炎相关，但不限于囊性纤维化(CF)、非囊性纤维化支气管扩张(NCFB)或肺炎。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用一种或多种不同的噬菌体，其中细菌感染是肺感染。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用一种或多种不同的噬菌体，其中细菌感染是鼻窦炎。在实施方式中，细菌感染由抗生素抗性细菌引起。
在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用一种或多种不同的噬菌体。在实施方式中，细菌感染选自肺感染和/或鼻窦炎，并且存在囊性纤维化。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用一种或多种不同的噬菌体，其中细菌感染是肺感染，除此之外还有囊性纤维化。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用一种或多种不同的噬菌体，其中细菌感染是鼻窦炎，除此之外还有囊性纤维化。在实施方式中，细菌感染由抗生素抗性细菌引起。
在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用一种或多种经由吸入施用的噬菌体。在实施方式中，本文提供了治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向对象施用一种或多种经由雾化施用的噬菌体。
在一些实施方式中，噬菌体组合物是用于细菌感染的主要治疗或第一医学治疗。在一些实施方式中，本文所述的噬菌体或噬菌体组合物被应用于先前通过抗生素治疗和/或用抗生素治疗而未解决的感染。在一些实施方式中，本文所述的噬菌体或噬菌体组合物被应用于对抗生素具有抗性的一种或多种细菌种类的感染。在一些实施方式中，方法包括通过用噬菌体治疗和抗生素治疗两者治疗感染来治疗细菌感染。
在实施方式中，本文提供了通过施用本文所述的任意噬菌体组合物与抗生素组合来治疗细菌感染的方法。在实施方式中，抗生素选自氟喹诺酮类、碳青霉烯类、氨基糖苷类、安莎霉素类、头孢菌素、青霉素、β内酰胺、β内酰胺酶抑制剂、叶酸途径抑制剂、fucidane、糖肽、甘氨酰环素、林可酰胺、脂肽、大环内酯、喹诺酮、
在实施方式中，本文提供了通过施用本文所述的任意噬菌体组合物与囊性纤维化治疗组合来治疗细菌感染的方法。在实施方式中，囊性纤维化治疗选自CFTR调节剂疗法、黏液稀释剂、气道廓清技术、吸入的皮质甾类、口服皮质甾类、白三烯调节剂、吸入的抗胆碱能药、阿法链道酶、吸入的支气管扩张剂、吸入的高渗盐水和吸入的β激动剂。在实施方式中，本文提供了通过施用本文所述的任意噬菌体组合物与CFTR调节剂疗法组合来治疗细菌感染的方法。在实施方式中，本文提供了通过施用本文所述的任意噬菌体组合物与黏液稀释剂组合来治疗细菌感染的方法。在实施方式中，本文提供了通过施用本文所述的任意噬菌体组合物与气道廓清技术组合来治疗细菌感染的方法。在实施方式中，本文提供了通过施用本文所述的任意噬菌体组合物与吸入的皮质甾类组合来治疗细菌感染的方法。在实施方式中，本文提供了通过施用本文所述的任意噬菌体组合物与口服皮质甾类组合来治疗细菌感染的方法。在实施方式中，本文提供了通过施用本文所述的任意噬菌体组合物与白三烯调节剂组合来治疗细菌感染的方法。在实施方式中，本文提供了通过施用本文所述的任意噬菌体组合物与吸入的抗胆碱能药组合来治疗细菌感染的方法。在实施方式中，本文提供了通过施用本文所述的任意噬菌体组合物与阿法链道酶组合来治疗细菌感染的方法。在实施方式中，本文提供了通过施用本文所述的任意噬菌体组合物与吸入的支气管扩张剂组合来治疗细菌感染的方法。在实施方式中，本文提供了通过施用本文所述的任意噬菌体组合物与吸入的高渗盐水组合来治疗细菌感染的方法。在实施方式中，本文提供了通过施用本文所述的任意噬菌体组合物与吸入的β激动剂组合来治疗细菌感染的方法。本文所述的任一种或多种治疗可明确地被排除在外。
在实施方式中，本文提供了向对象施用本文所述的任意噬菌体的方法，其中施用是在约6至约24小时的范围内。在实施方式中，每3小时向对象施用噬菌体。在实施方式中，每4小时向对象施用噬菌体。在实施方式中，每5小时向对象施用噬菌体。在实施方式中，每6小时向对象施用噬菌体。在实施方式中，每7小时向对象施用噬菌体。在实施方式中，每8小时向对象施用噬菌体。在实施方式中，每9小时向对象施用噬菌体。在实施方式中，每10小时向对象施用噬菌体。在实施方式中，每11小时向对象施用噬菌体。在一些实施方式中，每12小时向对象施用噬菌体。在实施方式中，每18小时向对象施用噬菌体。在实施方式中，每24小时向对象施用噬菌体。
在实施方式中，施用噬菌体组合物至少一天。在实施方式中，施用噬菌体组合物总共2天。在实施方式中，施用噬菌体组合物总共3天。在实施方式中，施用噬菌体组合物总共4天。在实施方式中，施用噬菌体组合物总共5天。在实施方式中，施用噬菌体组合物总共6天。在实施方式中，施用噬菌体组合物总共7天。在实施方式中，施用噬菌体组合物总共10天。在实施方式中，施用噬菌体组合物总共14天。在实施方式中，施用噬菌体组合物总共21天。在实施方式中，施用噬菌体组合物总共28天。在实施方式中，施用噬菌体组合物达一天与约四周之间。施用的持续时间可以是所叙述范围内的任意值或子范围，包括端点。
在实施方式中，本文提供了向对象施用噬菌体组合物的方法，其中对象是人。
在实施方式中，本文所述的方法用于治疗细菌感染，包括与疾病相关的细菌感染。感染可包括肺感染和/或鼻窦炎。在一些实施方式中，疾病可以是囊性纤维化，并且方法例如可包括治疗与囊性纤维化相关的细菌感染。在一些实施方式中，疾病可以是非囊性纤维化(NCFB)，并且方法例如可包括治疗与NCFB相关的细菌感染。在一些实施方式中，疾病可以是肺炎。
实施例
实施例1：噬菌体组合物概述
进行了实验以创建符合以下标准的噬菌体疗法：1)专性裂解的，避免细菌基因的特异性转导；2)并非通过经验测试和/或基因组学推断而知晓的，容易发生普遍性转导，以及3)完全测序的，避开具有已知携带抗生素抗性的基因或细菌毒力基因的噬菌体。
总的来说，一起用于治疗对象的噬菌体应当：1)对目标病原体具有宽泛的活性，但对其它种类没有，从而最大限度地提高潜在效用并最大限度地减少脱靶效应；以及2)能够互补，其中对一种噬菌体产生抗性的突变体对另一种噬菌体敏感。
除了噬菌体本身的特性外，临床使用的材料的生产方式应确保最终产物保留这些特性(即仍是相同的噬菌体)并且不含潜在有害(或有害量)的杂质如内毒素或宿主细胞蛋白。
每种噬菌体都是通过获得一组不同的铜绿假单胞菌(PA)分离株，然后针对专有的噬菌体集合(约350种PA病毒)进行筛选以鉴定出展现出宽泛的宿主范围覆盖和稳健的效力两者的噬菌体来鉴定的。与抗生素类似，如果最小抑制浓度低于或等于103个噬菌体/mL——对应于约0.1pg/mL蛋白质——的敏感性折点，则认为细菌对噬菌体敏感。
然后通过一系列选择标准和不同的方法，包括测序、生物信息学和比较基因组学，推进每种候选噬菌体，以鉴定出潜在的受体、噬菌体身份并确认裂解活性。这一过程产生了较小的候选噬菌体库，候选产品具有所期望的属性，即宽泛的宿主范围、互补性、相容性和靶向不同的细菌受体，这些属性是有助于治疗性混合物的稳健性和效力的必要内在属性。互补性旨在确保临床分离株被不止一种噬菌体靶向，这样会限制抗性的出现。靶向细菌表面上的不同受体也有助于防止抗性并且还有降低细菌的毒力和适应性的潜力。多噬菌体产物的不同组分之间的相容性确保了一种噬菌体的活性不会干扰另一种噬菌体的感染性。
然后验证了候选噬菌体的功效和效力。具体地，这包括进行杀伤动力学测定以证明在体液中以及在当前体外抗假单胞菌疗法和生物膜灭活存在的情况下的协同性、活性。
还根据制造可行性和工艺优化上的努力来选择噬菌体，目的是获得无宿主细胞蛋白和其它污染物，同时维持足够的噬菌体滴度的高质量噬菌体产物。同样重要的是，在适合吸入和将会实现长期稳定性的静脉内(IV)递送的同一稀释剂中配制噬菌体组分的能力可以是选择过程中的一个重要考虑因素。
实施例2：针对优化的产物混合物的噬菌体组分的选择
选择具有稳健的宿主范围和稳健的效力的大量候选噬菌体。将来自CF患者(>300株)和肺炎患者(>200株)的一组大量、不同的铜绿假单胞菌分离株——包括历史菌株以及来自包括美国和欧洲在内的世界各地的相关新兴分离株——针对专有的噬菌体集合(>200个噬菌体分离株)进行筛选。这产生了一个由噬菌体组成的大型引导库(lead pool)，这些噬菌体展现出宽泛的宿主范围覆盖和稳健的效力。
混合物组分的选择。然后通过一系列选择标准和不同的方法，包括测序、宿主范围测量、生物信息学和比较基因组学，推进每种候选噬菌体，以鉴定出受体、家族并确认裂解活性。宿主范围测量允许评估菌株内感染和繁殖的能力，该能力是通过少量感染性颗粒产生噬菌斑的能力来判断的。这一过程产生了较小的候选噬菌体库，候选产物具有所期望的属性，即宽泛的宿主范围和互补性、相容性、不同的受体以及多种家族。如上所述，互补性、相容性和靶向不同的细菌受体可以是重要的内在属性。互补性旨在确保临床分离株被不止一种噬菌体靶向，这样会限制抗性的出现。靶向细菌表面上的不同受体也有助于防止抗性并且还有降低细菌的毒力和适应性的潜力。多噬菌体产物的不同组分之间的相容性确保了一种噬菌体的活性不会干扰另一种噬菌体的感染性。
抗微生物活性。下一步涉及筛选和验证针对候选产物所选择的噬菌体。具体来说，这包括进行杀伤动力学测定以证明在痰中以及在当前体外CF疗法存在的情况下的协同性、活性。此外，在体内测试了噬菌体的行为和类药物属性。建立了几个临床前动物模型来评估药理学参数，以确认噬菌体混合物的抗微生物潜力。
混合物的进一步精进。利用从这种综合法获得的数据的广度和深度，鉴定出了稳健的多噬菌体治疗候选物。根据临床分离株的地理来源，候选噬菌体涵盖不同数量的临床分离株。例如，候选噬菌体可覆盖来自欧洲的82％的CF分离株和来自南加州单一中心的95％的CF菌株。为了确保在世界范围内充分覆盖，混合物由至少3种源于不同的家族和亚家族的专性裂解性噬菌体组成，从而靶向多种受体类别，相容性和协同性地发挥作用，并且还以高效力以及宽泛的宿主范围和重叠为特征。混合物对来自不同地理区域(美国、英国、欧洲)的大约73％的已测试CF临床分离株(已测试305株)表现出宽泛的覆盖。在一定的细菌-病毒MOI下，与个体噬菌体组分相比，混合物完全抑制临床分离株生长的能力体现了协同性和相容性。这些数据表明，通过选择靶向不同表面受体并具有不同作用机制的噬菌体，可潜在地增强混合物的效力。
治疗性混合物的噬菌体的列表在表1中。测试了APBP23(SEQ ID NO:23)、APBP1(SEQ ID NO:1)、APBP3(SEQ ID NO:3)连同其它噬菌体APBP4(SEQ ID NO:4)、APBP5(SEQ ID NO:5))和APBP6(SEQ ID NO:6)以制备5噬菌体混合物：
表1.
治疗性混合物的噬菌体的列表在表2中。测试了APBP1、APBP2和APBP3连同其它噬菌体APBP4、APBP5和APBP6以制备5噬菌体混合物：
表2.
实施例3：混合物性能
混合物对铜绿假单胞菌是特异性的并且强力地除去了铜绿假单胞菌
混合物在液体测定中显示出对临床铜绿假单胞菌分离株的高效力。在低至0.001的MOI下，这相当于103PFU/mL或小于1pg/ml噬菌体，一些分离株的生长被完全抑制。每个个体噬菌体的效力不受其它噬菌体的存在的影响。
在MOI 100至0.0001下评估了个体噬菌体和作为混合物时对铜绿假单胞菌亚群的杀伤潜力。图2中的图描绘了PA菌株DCF16。这些数据表明，混合物的组分具有高杀伤能力并且能够一起作用以增加抗微生物活性。
在液体培养物中，在混合物的变化的MOI存在或不存在的情况下使鲍曼不动杆菌、大肠杆菌、肺炎克雷伯菌、金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、粪肠球菌生长24小时。将含噬菌体的样品的生长动力学与细菌的单独生长进行比较，如图3中的图所示。这表明，混合物不会直接影响其它共生菌或病原菌，而是对铜绿假单胞菌具有特异活性。
混合物在体外破坏生物膜活性
用候选混合物产物处理由几种不同的CF PA临床分离株形成的生物膜4小时。剩余的生物膜生物量用结晶紫染色并定量(图4)。PA菌株DCF34未被混合物的任何组分噬菌体感染，并且其被用作阴性对照。生物膜去除的程度因菌株而异，并且其在该测定中——通过使用一种浓度的混合物有限的时间段(96孔板，103个噬菌体/孔；103个噬菌体对应于0.1pg的蛋白质)——受到限制。在整个受感染的菌株中，混合物去除了60％-80％之间的生物膜。这些数据表明，混合物能够穿透预先存在的生物膜并减少附着的生物量。
混合物不会刺激先天免疫系统
用纯化的混合物组分刺激人PBMC不会产生促炎细胞因子。以100,000个细胞/孔接种人PBMC并用10ng的LPS或1x107个纯化的APBP3、APBP23或APBP1刺激6小时。通过ELISA分析上清液中的TNF-α和IL-6。图5中的图描绘了1个供体，并作为5个供体的代表。
混合物显示单核细胞活性没有增加。只用活的铜绿假单胞菌临床分离株(C)、在混合物的个体组分(P)存在的情况下或氨曲南(20μg/mL)(A)刺激人PBMC。加入细菌1、噬菌体10的MOI并温育6小时。收集上清液并通过ELISA分析TNF-α和IL-6。图6中的图描绘了1个供体，并作为5个供体的代表。
混合物表征：鼻内滴注后在肺中持续存在
在经由鼻内(IN)施用混合物(3x109或3x1010 PFU；噬菌斑形成单位)递送到肺后，检查BALB/c小鼠体内混合物中个体噬菌体APBP23、APBP1和APBP3的持久性(图7)。在接种后2、8、24和48小时，收集支气管肺泡灌洗液(BALF)，用盐水灌注小鼠，并将肺移除并在2mL磷酸盐缓冲液中匀浆。利用标准琼脂覆盖噬菌斑测定来测定噬菌体滴度。在鼻内施用混合物后2小时，3x1010剂量的肺隔室内回收率为31-225％，3x109剂量的肺隔室内回收率为5-66％。施用3x1010剂量(0.5-20％)或3x109剂量(0.05-12％)后48小时，可从肺中回收活性噬菌体。表3显示了鼻内施用后鼠肺中混合物的个体噬菌体组分的回收率。
表3.
混合物的全身暴露是有限的
如图8所示，鼻内滴注后全身暴露于混合物是有限的。用3x1010 PFU/μl混合物，经由鼻内(IN)滴注处理BALB/c小鼠。在施用后2、8、24和48小时，收获并分析肺、脾、肾、肝和血液。每个器官中个体噬菌体的总噬菌斑形成单位PFU由回收后的感染性噬菌体颗粒的浓度确定。
实施例4：混合物显著降低PA肺感染鼠模型的死亡率
使用来自CDC抗生素抗性分离株库的PA237分离株在急性肺感染鼠模型中评估混合物的体内功效(图9)。这种临床分离株对混合物中的所有噬菌体都敏感。PA鼻内施用lx108 CFU后1小时，用单剂量混合物(3x108、9x108、3x109、9x109或3x1010个噬菌体)处理的小鼠显示出剂量依赖性存活益处：与未处理组中0％的存活率相比，分别接受3x108、9x108、3x109、9x109和3x1010个噬菌体的组中，50％、66％和100％的小鼠存活(p值<0.05)。
混合物组分在体液中是稳定的并且它们的活性不受当前CF疗法的损害
混合物组分在血浆和痰中是稳定的。如图10A所示，将混合物噬菌体组分稀释于新鲜血浆中并在37℃下监测噬菌体的活性90分钟。图表描绘了来自1个供体的代表性数据。如图10B所示，将混合物噬菌体组分与来自CF患者的痰在37℃下温育3或24小时。PFU，噬菌斑形成单位。
当前CF疗法不会损害混合物组分活性
患有PA感染的CF患者的标准疗法包括吸入的妥布霉素和/或氨曲南。由于接受混合物疗法的CF患者可能正在接受这些疗法，因此评估了混合物对这些抗生素的影响，反之亦然。
混合物组分APBP3、APBP23和APBP1在其它CF疗法存在的情况下维持了稳定性。如图11所示，将每种噬菌体组分与肉汤和沙丁胺醇(图11A)或高渗溶液(图11B)一起温育3小时并通过琼脂覆盖噬菌斑测定来评估噬菌体活性。PFU，噬菌斑形成单位。此外，混合物与妥布霉素、氨曲南或黏杆菌素都不拮抗，如表4所示，其显示了调整后的分级抑制浓度(Fractional Inhibitory Concentration)(FIC)法的结果，该法用于测试混合物与妥布霉素、氨曲南或黏杆菌素的组合。FIC<0.5表示协同效应，FIC 0.5至4.0表示加性效应，以及FIC>4.0表示拮抗效应。没有证据表明混合物与任何抗生素之间存在拮抗作用。
表4.混合物与其它化合物的分级抑制浓度(FIC)。
| 菌株 | 妥布霉素 | 氨曲南 | 黏杆菌素 |
| 7281 | 0.56 | 1 | 1.3 |
| 7282 | 1.06 | 2 | 0.55 |
| 9114 | 0.83 | 0.75 | 0.75 |
| 9115 | 1 | 1 | 0.75 |
| 9117 | 0.37 | 0.51 | 1 |
| 9128 | 1 | 2 | 0.55 |
| DCF 16 | 0.09 | 0.28 | 0.62 |
| DCF 32 | 0.8 | 0.6 | 1 |
混合物组分在CF患者的痰中具有活性
混合物组分APBP23、APBP1和APBP3在CF痰中具有活性。如图12所示，每种噬菌体组分在CF痰中单独地(仅噬菌体)或与3种不同的铜绿假单胞菌分离株一起温育。PA菌株237对所有三种噬菌体都敏感，菌株DCF10仅对APBP23和APBP1敏感，而菌株DCF21仅对APBP3敏感。利用琼脂覆盖噬菌斑测定来测定噬菌体滴度并与输入的噬菌体浓度进行比较。滴度的增加表明噬菌体扩增和活性并且仅在敏感菌株中观察到。PFU，噬菌斑形成单位。
实施例5：抗体测定
噬菌体可用于桥式ELISA检测满足FDA至少100ng/mL的灵敏度要求的各噬菌体的人抗药抗体(ADA)。利用对各噬菌体特异的纯化抗体将两个噬菌体颗粒桥接在一起，此测定可用于检测人血清中2-7300ng/mL范围的ADA。
实施例6：一般点样测定(General spotting assay)
在点样测定中测试了APBP1-23中的每一个的噬菌体。简而言之，将约1000PFU的噬菌体铺覆在培养的PA菌株的菌苔上并使其温育过夜。然后对细菌板进行分析和量化每个包含APBP1-23的核酸序列的噬菌体的细胞病变效应。各个噬菌体都被确定为有效感染并杀伤假单胞菌菌株。
实施例7：采用与肺炎相关的细菌的点样测定
如上所述，将约1000PFU的单独地包含APBP1-23的核酸序列的噬菌体铺覆在多种培养的引起肺炎的PA菌株上。然后对细菌板进行分析和量化细胞病变效应并确定APBP1-23的各个噬菌体在感染并杀伤与肺炎相关的每种假单胞菌方面都是有效的。
实施例8：采用与囊性纤维化(CF)相关的细菌感染的点样测定
将1000PFU的APBP1-23的各个噬菌体铺覆在多种培养的引起CF的细菌上。然后对细菌板进行分析和量化细胞病变效应并确定APBP1-23的各个噬菌体在感染并杀伤可能存在于CF患者的感染中的PA菌株方面都是有效的。
实施例9：噬菌体对与NCFB感染相关的PA的功效
铜绿假单胞菌是一种存在于NCFB对象的感染中的细菌。测试了APBP1-23的噬菌体感染并杀伤铜绿假单胞菌的能力。APBP1-23中的每一个都显示出能够感染并杀伤铜绿假单胞菌。
实施例10：用于评价噬菌体的不同组合的功效的液体培养物
测试单独地包含根据APBP1-23的核酸序列的噬菌体以测定它们的宿主范围。简而言之，以范围为100至0.0001的MOI将铜绿假单胞菌培养物与混合物混合并通过跟踪24小时的光密度来测量混合物的有效性。将这些曲线与从用个体噬菌体而不是混合物进行的类似实验中获得的曲线进行比较。确定了每种噬菌体具有不同的宿主范围，致使它们适合于组合在混合物中，因为噬菌体在被组合时具有宽泛的集合性宿主范围以及感染并杀伤铜绿假单胞菌的能力。
以上说明书中提及的所有出版物均通过引用并入本文。在不脱离本发明的范围和精神的情况下，本发明所述的方法和系统的各种修改和变型对本领域技术人员而言将是显而易见的。尽管已经结合具体的优选实施方式描述了本发明，但是应当理解，所要求保护的发明不应被过度地限制于此类具体的实施方式。实际上，对生物化学和生物技术或相关领域技术人员而言显而易见的用于实施本发明的所述方式的各种修改都旨在落入权利要求的范围内。
Claims (205)
1.噬菌体组合物，其包含一种或多种噬菌体，所述噬菌体包含选自以下的多核苷酸序列：SEQ ID NO:1的多核苷酸序列、SEQ ID NO:2的多核苷酸序列、SEQ ID NO:3的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:1具有至少90％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:2具有至少90％同一性的多核苷酸序列和/或与SEQ ID NO:3具有至少90％同一性的多核苷酸序列。
2.根据权利要求1所述的噬菌体组合物，其包含两种或更多种噬菌体，其中所述两种或更多种噬菌体中的第一噬菌体包含选自以下的多核苷酸序列：SEQ ID NO:1的多核苷酸序列、SEQ ID NO:2的多核苷酸序列或SEQ ID NO:3的多核苷酸序列，并且其中所述两种或更多种噬菌体中的第二噬菌体包含天然存在的噬菌体。
3.根据权利要求1所述的噬菌体组合物，其包含两种或更多种噬菌体，所述两种或更多种噬菌体包含选自以下的多核苷酸序列：所述SEQ ID NO:1的多核苷酸序列、所述SEQ IDNO:2的多核苷酸序列、所述SEQ ID NO:3的多核苷酸序列、所述与SEQ ID NO:1具有至少90％同一性的多核苷酸序列、所述与SEQ ID NO:2具有至少90％同一性的多核苷酸序列和/或所述与SEQ ID NO:3具有至少90％同一性的多核苷酸序列。
4.根据权利要求3所述的噬菌体组合物，其中所述组合物的目标细菌范围宽于所述组合物中个体噬菌体的累加范围。
5.根据权利要求4所述的噬菌体组合物，其中所述目标细菌范围在所述噬菌体能够感染的细菌种类内得以拓宽。
6.根据权利要求1所述的噬菌体组合物，还包含至少一种噬菌体，所述至少一种噬菌体包含选自以下的多核苷酸序列：SEQ ID NO:4的多核苷酸序列、SEQ ID NO:5的多核苷酸序列、SEQ ID NO:6的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:4具有至少90％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:5具有至少90％同一性的多核苷酸序列和与SEQ ID NO:6具有至少90％同一性的多核苷酸序列。
7.噬菌体组合物，其包含一种或多种噬菌体，所述噬菌体包含选自以下的多核苷酸序列：SEQ ID NO:4的多核苷酸序列、SEQ ID NO:5的多核苷酸序列、SEQ ID NO:6的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:4具有至少90％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:5具有至少90％同一性的多核苷酸序列和/或与SEQ ID NO:6具有至少90％同一性的多核苷酸序列。
8.根据权利要求7所述的噬菌体组合物，其包含两种或更多种噬菌体，其中所述两种或更多种噬菌体中的第一噬菌体包含选自以下的多核苷酸序列：SEQ ID NO:4的多核苷酸序列、SEQ ID NO:5的多核苷酸序列或SEQ ID NO:6的多核苷酸序列，并且其中所述两种或更多种噬菌体中的第二噬菌体包含天然存在的噬菌体。
9.根据权利要求8所述的噬菌体组合物，其包含两种或更多种噬菌体，所述两种或更多种噬菌体包含选自以下的多核苷酸序列：所述SEQ ID NO:4的多核苷酸序列、所述SEQ IDNO:5的多核苷酸序列、所述SEQ ID NO:6的多核苷酸序列、所述与SEQ ID NO:4具有至少90％同一性的多核苷酸序列、所述与SEQ ID NO:5具有至少90％同一性的多核苷酸序列和/或所述与SEQ ID NO:6具有至少90％同一性的多核苷酸序列。
10.根据权利要求9所述的噬菌体组合物，其中所述组合物的目标细菌范围宽于所述组合物中个体噬菌体的累加范围。
11.根据权利要求10所述的噬菌体组合物，其中所述目标细菌范围在所述噬菌体能够感染的细菌种类内得以拓宽。
12.分离的、纯化的噬菌体，其包含SEQ ID NO:1的多核苷酸序列。
13.分离的、纯化的噬菌体，其包含与SEQ ID NO:1具有至少90％同一性的多核苷酸序列。
14.分离的、纯化的噬菌体，其包含SEQ ID NO:2的多核苷酸序列。
15.分离的、纯化的噬菌体，其包含与SEQ ID NO:2具有至少90％同一性的多核苷酸序列。
16.分离的、纯化的噬菌体，其包含SEQ ID NO:3的多核苷酸序列。
17.分离的、纯化的噬菌体，其包含与SEQ ID NO:3具有至少90％同一性的多核苷酸序列。
18.分离的、纯化的噬菌体，其包含SEQ ID NO:4的多核苷酸序列。
19.分离的、纯化的噬菌体，其包含与SEQ ID NO:4具有至少90％同一性的多核苷酸序列。
20.分离的、纯化的噬菌体，其包含SEQ ID NO:5的多核苷酸序列。
21.分离的、纯化的噬菌体，其包含与SEQ ID NO:5具有至少90％同一性的多核苷酸序列。
22.分离的、纯化的噬菌体，其包含SEQ ID NO:6的多核苷酸序列。
23.分离的、纯化的噬菌体，其包含与SEQ ID NO:6具有至少90％同一性的多核苷酸序列。
24.分离的、纯化的噬菌体，其包含SEQ ID NO:7的多核苷酸序列。
25.分离的、纯化的噬菌体，其包含与SEQ ID NO:7具有至少90％同一性的多核苷酸序列。
26.分离的、纯化的噬菌体，其包含SEQ ID NO:8的多核苷酸序列。
27.分离的、纯化的噬菌体，其包含与SEQ ID NO:8具有至少90％同一性的多核苷酸序列。
28.分离的、纯化的噬菌体，其包含SEQ ID NO:9的多核苷酸序列。
29.分离的、纯化的噬菌体，其包含与SEQ ID NO:9具有至少90％同一性的多核苷酸序列。
30.分离的、纯化的噬菌体，其包含SEQ ID NO:10的多核苷酸序列。
31.分离的、纯化的噬菌体，其包含与SEQ ID NO:10具有至少90％同一性的多核苷酸序列。
32.分离的、纯化的噬菌体，其包含SEQ ID NO:11的多核苷酸序列。
33.分离的、纯化的噬菌体，其包含与SEQ ID NO:11具有至少90％同一性的多核苷酸序列。
34.分离的、纯化的噬菌体，其包含SEQ ID NO:12的多核苷酸序列。
35.分离的、纯化的噬菌体，其包含与SEQ ID NO:12具有至少90％同一性的多核苷酸序列。
36.分离的、纯化的噬菌体，其包含SEQ ID NO:13的多核苷酸序列。
37.分离的、纯化的噬菌体，其包含与SEQ ID NO:13具有至少90％同一性的多核苷酸序列。
38.分离的、纯化的噬菌体，其包含SEQ ID NO:14的多核苷酸序列。
39.分离的、纯化的噬菌体，其包含与SEQ ID NO:14具有至少90％同一性的多核苷酸序列。
40.分离的、纯化的噬菌体，其包含SEQ ID NO:15的多核苷酸序列。
41.分离的、纯化的噬菌体，其包含与SEQ ID NO:15具有至少90％同一性的多核苷酸序列。
42.分离的、纯化的噬菌体，其包含SEQ ID NO:16的多核苷酸序列。
43.分离的、纯化的噬菌体，其包含与SEQ ID NO:16具有至少90％同一性的多核苷酸序列。
44.分离的、纯化的噬菌体，其包含SEQ ID NO:17的多核苷酸序列。
45.分离的、纯化的噬菌体，其包含与SEQ ID NO:17具有至少90％同一性的多核苷酸序列。
46.分离的、纯化的噬菌体，其包含SEQ ID NO:18的多核苷酸序列。
47.分离的、纯化的噬菌体，其包含与SEQ ID NO:18具有至少90％同一性的多核苷酸序列。
48.分离的、纯化的噬菌体，其包含SEQ ID NO:19的多核苷酸序列。
49.分离的、纯化的噬菌体，其包含与SEQ ID NO:19具有至少90％同一性的多核苷酸序列。
50.分离的、纯化的噬菌体，其包含SEQ ID NO:20的多核苷酸序列。
51.分离的、纯化的噬菌体，其包含与SEQ ID NO:20具有至少90％同一性的多核苷酸序列。
52.分离的、纯化的噬菌体，其包含SEQ ID NO:21的多核苷酸序列。
53.分离的、纯化的噬菌体，其包含与SEQ ID NO:21具有至少90％同一性的多核苷酸序列。
54.分离的、纯化的噬菌体，其包含SEQ ID NO:22的多核苷酸序列。
55.分离的、纯化的噬菌体，其包含与SEQ ID NO:22具有至少90％同一性的多核苷酸序列。
56.根据权利要求12-55中任一项所述的噬菌体，其中所述噬菌体对痰灭活具有抗性。
57.根据权利要求12-56中任一项所述的噬菌体，其中所述噬菌体在施用后持续存在于肺和/或支气管肺泡灌洗液中长达48小时。
58.根据权利要求12-57中任一项所述的噬菌体，其中所述噬菌体在选自以下的肺治疗存在的情况下维持活性：沙丁胺醇、妥布霉素、氨曲南、黏杆菌素、吸入的高渗盐水和吸入的β激动剂。
59.噬菌体组合物，其包含两种或更多种噬菌体，其中所述噬菌体中的至少一种包含与选自SEQ ID NO:1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21和22的多核苷酸序列的序列具有至少90％同一性的多核苷酸序列；并且其中至少一种其它噬菌体感染假单胞菌属(pseudomonas)细菌。
60.根据权利要求59所述的噬菌体组合物，其中所述组合物包含至少两种噬菌体，其中每种噬菌体包含与选自SEQ ID NO:1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21和22的多核苷酸序列的序列具有至少90％同一性的单独的多核苷酸序列。
61.根据权利要求59所述的噬菌体组合物，其中所述组合物包含至少三种噬菌体，其中每种噬菌体包含与选自SEQ ID NO:1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21和22的多核苷酸序列的序列具有至少90％同一性的单独的多核苷酸序列。
62.根据权利要求59-61中任一项所述的噬菌体组合物，其中所述组合物包含至少一种噬菌体，所述至少一种噬菌体包含与选自SEQ ID NO:1、2、3、4、5和6的多核苷酸序列的序列具有至少90％同一性的序列。
63.根据权利要求62所述的噬菌体组合物，其中所述组合物包含至少两种噬菌体，每种噬菌体包含与选自SEQ ID NO:1、2、3、4、5和6的多核苷酸序列的序列具有至少90％同一性的不同的多核苷酸序列。
64.根据权利要求63所述的噬菌体组合物，其中所述组合物还包含至少一种噬菌体，所述至少一种噬菌体包含与选自SEQ ID NO:7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21和22的序列具有至少90％同一性的多核苷酸序列。
65.噬菌体组合物，其包含一种或多种噬菌体，所述一种或多种噬菌体包含与选自SEQ IDNO:1的多核苷酸序列、SEQ ID NO:2的多核苷酸序列、SEQ ID NO:3的多核苷酸序列、SEQID NO:4的多核苷酸序列、SEQ ID NO:5的多核苷酸序列、SEQ ID NO:6的多核苷酸序列的序列具有90％至100％同一性的多核苷酸序列。
66.根据权利要求65所述的噬菌体组合物，其包含两种或更多种噬菌体，所述两种或更多种噬菌体选自SEQ ID NO:1的多核苷酸序列、SEQ ID NO:2的多核苷酸序列、SEQ ID NO:3的多核苷酸序列、SEQ ID NO:4的多核苷酸序列、SEQ ID NO:5的多核苷酸序列或SEQ IDNO:6的多核苷酸序列。
67.根据权利要求65所述的噬菌体组合物，其包含三种或更多种噬菌体，所述三种或更多种噬菌体选自SEQ ID NO:1的多核苷酸序列、SEQ ID NO:2的多核苷酸序列、SEQ ID NO:3的多核苷酸序列、SEQ ID NO:4的多核苷酸序列、SEQ ID NO:5的多核苷酸序列或SEQ IDNO:6的多核苷酸序列。
68.根据权利要求65所述的噬菌体组合物，其包含四种或更多种噬菌体，所述四种或更多种噬菌体选自SEQ ID NO:1的多核苷酸序列、SEQ ID NO:2的多核苷酸序列、SEQ ID NO:3的多核苷酸序列、SEQ ID NO:4的多核苷酸序列、SEQ ID NO:5的多核苷酸序列或SEQ IDNO:6的多核苷酸序列。
69.根据权利要求65所述的噬菌体组合物，其包含五种或更多种噬菌体，所述五种或更多种噬菌体选自SEQ ID NO:1的多核苷酸序列、SEQ ID NO:2的多核苷酸序列、SEQ ID NO:3的多核苷酸序列、SEQ ID NO:4的多核苷酸序列、SEQ ID NO:5的多核苷酸序列或SEQ IDNO:6的多核苷酸序列。
70.根据权利要求69所述的噬菌体组合物，还包含噬菌体，所述噬菌体包含与选自以下的序列具有90％-100％同一性的核酸序列：SEQ ID NO:7的多核苷酸序列、SEQ ID NO:8的多核苷酸序列、SEQ ID NO:9的多核苷酸序列、SEQ ID NO:10的多核苷酸序列、SEQ ID NO:11的多核苷酸序列、SEQ ID NO:12的多核苷酸序列、SEQ ID NO:13的多核苷酸序列、SEQID NO:14的多核苷酸序列、SEQ ID NO:15的多核苷酸序列、SEQ ID NO:16的多核苷酸序列、SEQ ID NO:17的多核苷酸序列、SEQ ID NO:18的多核苷酸序列、SEQ ID NO:19的多核苷酸序列、SEQ ID NO:20的多核苷酸序列、SEQ ID NO:21的多核苷酸序列、SEQ ID NO:22的多核苷酸序列。
71.根据权利要求70所述的噬菌体组合物，其中所述噬菌体包含与SEQ ID NO:7具有至少90％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:8具有至少93％同一性的多核苷酸、与SEQID NO:9具有至少93％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:10具有至少89％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:11具有至少95％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:12具有至少91％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:13具有至少92％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:14具有至少96％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:15具有至少95％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:16具有至少90％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:17具有至少92％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:18具有至少95％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:19具有至少96％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:20具有至少96％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:21具有至少96％同一性的多核苷酸序列、与SEQID NO:22具有至少95％同一性的多核苷酸序列。
72.根据前述权利要求中任一项所述的噬菌体组合物，其中所述噬菌体中的至少一种感染并杀伤铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)。
73.根据前述权利要求中任一项所述的噬菌体组合物，还包含用于在室温或等于或低于8℃的温度下储存的储存介质。
74.根据权利要求73所述的噬菌体组合物，其中所述储存介质包括冷冻保护剂。
75.根据前述权利要求中任一项所述的噬菌体组合物，其中所述噬菌体对痰灭活具有抗性。
76.根据前述权利要求中任一项所述的噬菌体组合物，其中所述噬菌体在施用后保留在肺和/或支气管肺泡灌洗液中长达72小时。
77.根据前述权利要求中任一项所述的噬菌体组合物，其中所述噬菌体在选自以下的肺治疗存在的情况下维持活性：沙丁胺醇、妥布霉素、氨曲南、黏杆菌素、吸入的高渗盐水和吸入的β激动剂。
78.根据前述权利要求中任一项所述的噬菌体组合物，其中一种或多种噬菌体属于短尾病毒科(Family Podoviridae)或肌病毒科(Family Myoviridae)。
79.根据权利要求78所述的噬菌体组合物，其中一种或多种噬菌体属于肌病毒科。
80.根据权利要求79所述的噬菌体组合物，其中一种或多种噬菌体属于Pbunavirus属。
81.根据权利要求79所述的噬菌体组合物，其中一种或多种噬菌体属于Pakpunavirus属。
82.根据权利要求79所述的噬菌体组合物，其中一种或多种噬菌体属于Nankokuvirus属。
83.根据权利要求78所述的噬菌体组合物，其中一种或多种噬菌体属于短尾病毒科。
84.根据权利要求83的噬菌体组合物，其中一种或多种噬菌体属于Phikmvvirus属。
85.根据权利要求83所述的噬菌体组合物，其中一种或多种噬菌体属于Litunavirus属。
86.根据权利要求83所述的噬菌体组合物，其中一种或多种噬菌体属于Bruynoghevirus属。
87.根据权利要求83所述的噬菌体组合物，其中一种或多种噬菌体属于Luzseptimavirus属。
88.根据前述权利要求中任一项所述的组合物，其中所述组合物包括包含与SEQ ID NO:1具有至少90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。
89.根据前述权利要求中任一项所述的组合物，其中所述组合物包括包含所述SEQ IDNO:1的多核苷酸序列的噬菌体。
90.根据前述权利要求中任一项所述的组合物，其中所述组合物包括包含与SEQ ID NO:2具有至少90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。
91.根据前述权利要求中任一项所述的组合物，其中所述组合物包括包含所述SEQ IDNO:2的多核苷酸序列的噬菌体。
92.根据前述权利要求中任一项所述的组合物，其中所述组合物包括包含与SEQ ID NO:3具有至少90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。
93.根据前述权利要求中任一项所述的组合物，其中所述组合物包括包含所述SEQ IDNO:3的多核苷酸序列的噬菌体。
94.根据前述权利要求中任一项所述的组合物，其中所述组合物包括包含与SEQ ID NO:4具有至少90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。
95.根据前述权利要求中任一项所述的组合物，其中所述组合物包括包含所述SEQ IDNO:4的多核苷酸序列的噬菌体。
96.根据前述权利要求中任一项所述的组合物，其中所述组合物包括包含与SEQ ID NO:5具有至少90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。
97.根据前述权利要求中任一项所述的组合物，其中所述组合物包括包含所述SEQ IDNO:5的多核苷酸序列的噬菌体。
98.根据前述权利要求中任一项所述的组合物，其中所述组合物包括包含与SEQ ID NO:6具有至少90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。
99.根据前述权利要求中任一项所述的组合物，其中所述组合物包括包含所述SEQ IDNO:6的多核苷酸序列的噬菌体。
100.根据前述权利要求中任一项所述的噬菌体组合物，其中所述组合物基本上不含细菌组分。
101.根据权利要求100所述的组合物，其中所述细菌组分包括细菌宿主蛋白和/或外毒素。
102.根据前述权利要求中任一项所述的组合物，其中所述组合物还包含药学上可接受的载剂、稀释剂、赋形剂或其组合。
103.根据前述权利要求中任一项所述的组合物，其中所述组合物被配制用于雾化。
104.根据前述权利要求中任一项所述的组合物，其中所述组合物是液体、半液体、固体、冷冻或冻干制剂。
105.根据前述权利要求中任一项所述的组合物，其中所述组合物的所述噬菌体靶向铜绿假单胞菌、抗生素抗性铜绿假单胞菌和多种抗生素抗性铜绿假单胞菌中的一种或多种。
106.根据权利要求105所述的组合物，其中所述噬菌体感染并杀伤铜绿假单胞菌、抗生素抗性铜绿假单胞菌和多种抗生素抗性铜绿假单胞菌中的一种或多种。
107.根据前述权利要求中任一项所述的组合物，其中所述组合物包含每毫升每种噬菌体1x 108与1x 1011之间的PFU。
108.根据前述权利要求中任一项所述的组合物，其中所述组合物以每剂次每毫升至少3x108PFU的总噬菌体的剂量施用。
109.根据前述权利要求中任一项所述的组合物，其中所述组合物在-20℃至25℃范围的温度下储存。
110.根据前述权利要求中任一项所述的组合物，其中所述组合物在2℃至8℃下储存。
111.根据前述权利要求中任一项所述的组合物，其中至少一种噬菌体是专性裂解的。
112.根据前述权利要求中任一项所述的噬菌体或组合物，其中至少一种噬菌体的序列是基因修饰的。
113.噬菌体组合物，其包含以下、主要由以下组成或由以下组成：包含SEQ ID NO:1的多核苷酸序列的噬菌体、包含SEQ ID NO:2的多核苷酸序列的噬菌体和包含SEQ ID NO:3的多核苷酸序列的噬菌体。
114.噬菌体组合物，其包含以下、主要由以下组成或由以下组成：包含SEQ ID NO:4的多核苷酸序列的噬菌体、包含SEQ ID NO:5的多核苷酸序列的噬菌体和包含SEQ ID NO:6的多核苷酸序列的噬菌体。
115.根据权利要求114所述的噬菌体组合物，还包含一种或多种噬菌体，所述一种或多种噬菌体选自包含与SEQ ID NO:4的序列具有90％-100％同一性的多核苷酸序列的噬菌体、包含SEQ ID NO:5的多核苷酸序列的噬菌体、包含SEQ ID NO:6的多核苷酸序列的噬菌体、包含SEQ ID NO:7的多核苷酸序列的噬菌体、包含SEQ ID NO:8的多核苷酸序列的噬菌体、包含SEQ ID NO:9的多核苷酸序列的噬菌体、包含SEQ ID NO:10的多核苷酸序列的噬菌体、包含SEQ ID NO:11的多核苷酸序列的噬菌体、包含SEQ ID NO:12的多核苷酸序列的噬菌体、包含SEQ ID NO:13的多核苷酸序列的噬菌体、包含SEQ ID NO:14的多核苷酸序列的噬菌体、包含SEQ ID NO:15的多核苷酸序列的噬菌体、包含SEQ ID NO:16的多核苷酸序列的噬菌体、包含SEQ ID NO:17的多核苷酸序列的噬菌体、包含SEQ ID NO:18的多核苷酸序列的噬菌体、包含SEQ ID NO:19的多核苷酸序列的噬菌体、包含SEQ ID NO:20的多核苷酸序列的噬菌体、包含SEQ ID NO:21的多核苷酸序列的噬菌体或包含SEQ ID NO:22的多核苷酸序列的噬菌体。
116.噬菌体组合物，其包含：包含与SEQ ID NO:1具有至少90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体、包含与SEQ ID NO:2具有至少90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体和包含与SEQ ID NO:3具有至少90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。
117.噬菌体组合物，其包含：包含与SEQ ID NO:4具有至少90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体、包含与SEQ ID NO:5具有至少90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体和包含与SEQ ID NO:6具有至少90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。
118.根据权利要求116或权利要求117所述的噬菌体组合物，还包含一种或多种噬菌体，所述一种或多种噬菌体选自包含与SEQ ID NO:4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21和22具有至少90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。
119.根据权利要求118所述的噬菌体组合物，其中所述一种或多种噬菌体包括：与SEQID NO:7具有至少90％同一性的多核苷酸序列、包含与SEQ ID NO:8具有至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体、包含与SEQ ID NO:9具有至少93％同一性的多核苷酸序列的噬菌体、包含与SEQ ID NO:10具有至少89％同一性的多核苷酸序列的噬菌体、包含与SEQ IDNO:11具有至少95％同一性的多核苷酸序列的噬菌体、包含与SEQ ID NO:12具有至少91％同一性的多核苷酸序列的噬菌体、包含与SEQ ID NO:13具有至少92％同一性的多核苷酸序列的噬菌体、包含与SEQ ID NO:14具有至少96％同一性的多核苷酸序列的噬菌体、包含与SEQ ID NO:15具有至少95％同一性的多核苷酸序列的噬菌体、包含与SEQ ID NO:16具有至少90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体、包含与SEQ ID NO:17具有至少92％同一性的多核苷酸序列的噬菌体、包含与SEQ ID NO:18具有至少95％同一性的多核苷酸序列的噬菌体、包含与SEQ ID NO:19具有至少96％同一性的多核苷酸序列的噬菌体、包含与SEQ ID NO:20具有至少96％同一性的多核苷酸序列的噬菌体、包含与SEQ ID NO:21具有至少96％同一性的多核苷酸序列的噬菌体或包含与SEQ ID NO:22具有至少95％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。
120.根据权利要求118所述的噬菌体组合物，其中所述组合物的目标细菌范围宽于所述组合物中个体噬菌体的累加范围。
121.根据权利要求118所述的噬菌体组合物，其中所述目标细菌范围在所述噬菌体能够感染的细菌种类内得以拓宽。
122.根据权利要求116-121中任一项所述的噬菌体组合物，其中所述噬菌体感染并杀伤铜绿假单胞菌。
123.根据权利要求116-122中任一项所述的噬菌体组合物，其中所述组合物在-20-25℃范围的温度下储存。
124.根据权利要求116-123中任一项所述的噬菌体组合物，还包含用于在等于或低于8℃，诸如在4℃、0℃、-20℃或-80℃的温度下储存的储存介质。
125.根据权利要求116-124中任一项所述的噬菌体组合物，其中所述噬菌体对痰灭活具有抗性。
126.根据权利要求116-125中任一项所述的噬菌体组合物，其中所述噬菌体在施用后持续存在于肺和/或支气管肺泡灌洗液中长达48小时。
127.根据权利要求116-126中任一项所述的噬菌体组合物，其中所述噬菌体减少生物膜量。
128.根据权利要求116-127中任一项所述的噬菌体组合物，其中所述噬菌体在选自以下的肺治疗存在的情况下维持活性：沙丁胺醇、妥布霉素、氨曲南、黏杆菌素、吸入的高渗盐水和吸入的β激动剂。
129.根据权利要求116-128中任一项所述的噬菌体组合物，其中一种或多种噬菌体属于短尾病毒科和/或肌病毒科。
130.根据权利要求116-129中任一项所述的噬菌体组合物，其中所述组合物基本上不含细菌组分。
131.根据权利要求130所述的组合物，其中所述细菌组分包括细菌宿主蛋白。
132.根据权利要求116-131中任一项所述的组合物，其中所述组合物还包含药学上可接受的载剂、稀释剂、赋形剂或其组合。
133.根据权利要求116-132中任一项所述的组合物，其中所述组合物是液体、半液体、固体、冷冻或冻干制剂。
134.根据权利要求116-133中任一项所述的组合物，其中所述组合物的所述噬菌体靶向铜绿假单胞菌、抗生素抗性铜绿假单胞菌和/或多种抗生素抗性铜绿假单胞菌中的一种或多种。
135.根据权利要求134所述的组合物，其中所述噬菌体感染并杀伤铜绿假单胞菌、抗生素抗性铜绿假单胞菌和/或多种抗生素抗性铜绿假单胞菌中的一种或多种。
136.根据权利要求116-135中任一项所述的组合物，其中所述组合物包含每毫升每种噬菌体1x 108与1x 1011之间的PFU。
137.根据权利要求116-136中任一项所述的组合物，其中所述组合物以每毫升至少3x108PFU的总噬菌体的剂量施用。
138.根据权利要求116-137中任一项所述的组合物，其中所述组合物在-20℃至25℃范围的温度下储存。
139.根据权利要求138所述的组合物，其中所述组合物在2℃至8℃下储存。
140.根据权利要求116-139中任一项所述的组合物，其中至少一种噬菌体是专性裂解的。
141.根据权利要求116-140中任一项所述的组合物，其中至少一种噬菌体的序列是基因修饰的。
142.治疗细菌感染的方法，包括施用前述权利要求中任一项所述的噬菌体或组合物。
143.根据权利要求1-141中任一项所述的组合物在治疗对象中的铜绿假单胞菌感染中的用途，所述用途包括向患有铜绿假单胞菌感染的对象施用所述组合物。
144.包含靶向铜绿假单胞菌的一种或多种不同的噬菌体的组合物在治疗患有铜绿假单胞菌细菌感染的对象中的用途，包括向所述对象施用所述组合物；其中所述一种或多种噬菌体中的至少一种选自包含SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:1具有至少85％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:2具有至少85％同一性的多核苷酸序列和与SEQ ID NO:3具有至少85％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。
145.包含靶向铜绿假单胞菌的一种或多种不同的噬菌体的组合物在治疗患有铜绿假单胞菌细菌感染的对象中的用途，包括向所述对象施用所述组合物；其中所述一种或多种噬菌体中的至少一种选自包含SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:4具有至少85％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:5具有至少85％同一性的多核苷酸序列和与SEQ ID NO:6具有至少85％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。
146.包含靶向铜绿假单胞菌的一种或多种不同的噬菌体的组合物在治疗患有铜绿假单胞菌细菌感染的对象中的用途，包括向所述对象施用所述组合物；其中所述一种或多种噬菌体中的至少一种选自：包含SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:1具有至少85％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:2具有至少85％同一性的多核苷酸序列和与SEQ ID NO:3具有至少85％同一性的多核苷酸序列的噬菌体；和选自包含SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:4具有至少85％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:5具有至少85％同一性的多核苷酸序列和与SEQ ID NO:6具有至少85％同一性的多核苷酸序列的噬菌体的至少一种另外的噬菌体。
147.根据权利要求144-146中任一项所述的用途，还包括使用一种或多种噬菌体，所述一种或多种噬菌体包含与选自SEQ ID NO:7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21和22的序列具有85％-100％序列同一性的核酸序列。
148.根据权利要求143-147中任一项所述的用途，其中所述噬菌体对痰灭活具有抗性。
149.治疗患有细菌感染的对象的方法，包括基于对痰灭活的抗性来选择噬菌体并向所述对象施用所述噬菌体。
150.根据权利要求149所述的方法，其中所述噬菌体选自包含选自SEQ ID NO:1、SEQID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:1具有至少90％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:1具有至少90％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:2具有至少90％同一性的多核苷酸序列和与SEQ ID NO:3具有至少90％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:4具有至少90％同一性的多核苷酸序列、与SEQ ID NO:5具有至少90％同一性的多核苷酸序列和与SEQ ID NO:6具有至少90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。
151.根据权利要求149或150所述的方法，其中所述噬菌体选自包含与选自SEQ ID NO:7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21和22的序列具有80％-100％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。
152.治疗患有细菌感染的对象的方法，包括向所述对象施用一种或多种不同的噬菌体，所述噬菌体选自包含与选自SEQ ID NO:1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21和22的序列具有85％-100％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。
153.根据权利要求152所述的方法，其中所述一种或多种噬菌体包括：选自包含与选自SEQ ID NO:1、2、3、4、5和6的序列具有85％-100％同一性的多核苷酸序列的噬菌体中的噬菌体。
154.根据权利要求152所述的方法，其中所述方法包括至少两种噬菌体，并且所述至少两种噬菌体中的至少一种是选自包含与选自SEQ ID NO:1、2、3、4、5和6的序列具有85％-100％同一性的多核苷酸序列的噬菌体中的噬菌体。
155.根据权利要求153或154所述的方法，其中所述噬菌体包含与选自SEQ ID NO:1、2、3、4、5和6的序列具有至少85％同一性的多核苷酸序列。
156.根据权利要求155所述的方法，其中所述噬菌体包含与选自SEQ ID NO:1、2、3、4、5和6的序列具有至少90％同一性的多核苷酸序列。
157.根据权利要求155所述的方法，其中所述噬菌体包含与选自SEQ ID NO:1、2、3、4、5和6的序列具有至少95％同一性的多核苷酸序列。
158.根据权利要求155所述的方法，其中所述噬菌体包含与选自SEQ ID NO:1、2、3、4、5和6的序列具有至少99％同一性的多核苷酸序列。
159.根据权利要求155所述的方法，其中所述噬菌体包含选自SEQ ID NO:1、2、3、4、5和6的多核苷酸序列。
160.根据权利要求153-159中任一项所述的方法，还包括一种或多种噬菌体，所述一种或多种噬菌体包含与选自SEQ ID NO:7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21和22的序列具有85％-100％同一性的多核苷酸序列。
161.根据权利要求152-160中任一项所述的方法，其中所述一种或多种噬菌体包括：选自包含与选自SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2和SEQ ID NO:3的序列具有85％-100％同一性的多核苷酸序列的噬菌体中的噬菌体。
162.根据权利要求152-160中任一项所述的方法，其中所述一种或多种不同的噬菌体选自包含与选自SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5和SEQ ID NO:6的序列具有85％-100％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。
163.根据权利要求149-162中任一项所述的方法，其中所述细菌感染至少部分是由于铜绿假单胞菌。
164.根据权利要求149-163中任一项所述的方法，其中所述一种或多种不同的噬菌体感染并杀伤铜绿假单胞菌。
165.根据权利要求149-164中任一项所述的方法，其中所述噬菌体是主要治疗。
166.根据权利要求149-165中任一项所述的方法，其中所述噬菌体被应用于先前通过抗生素治疗而未解决的感染。
167.根据权利要求149-166中任一项所述的方法，其中至少约80％的噬菌体在暴露于人血浆约10分钟与约100分钟之间的时间段后保持裂解活性。
168.根据权利要求167所述的方法，其中所述时间段在约10分钟与约90分钟之间。
169.根据权利要求149-168中任一项所述的方法，其中所述细菌感染包括肺感染和/或鼻窦炎。
170.根据权利要求149-168中任一项所述的方法，其中所述对象患有细菌感染和肺纤维化状况。
171.根据权利要求149-170中任一项所述的方法，其中所述感染包括在囊性纤维化、非囊性纤维化支气管扩张(NCFB)和/或肺炎存在的情况下的细菌感染。
172.根据权利要求149-171中任一项所述的方法，其中所述细菌感染对抗生素具有抗性。
173.根据权利要求149-172中任一项所述的方法，其中所述噬菌体与选自以下的抗生素类别组合施用：氟喹诺酮类、碳青霉烯类、氨基糖苷类、安莎霉素类、头孢菌素、青霉素、β内酰胺、β内酰胺酶抑制剂、叶酸途径抑制剂、fucidane、糖肽、甘氨酰环素、林可酰胺、脂肽、大环内酯、喹诺酮、
174.根据权利要求149-173中任一项所述的方法，其中所述细菌感染已经对选自以下的抗生素具有抗性：氟喹诺酮类、碳青霉烯类、氨基糖苷类、安莎霉素类、头孢菌素、青霉素、β内酰胺、β内酰胺酶抑制剂、叶酸途径抑制剂、fucidane、糖肽、甘氨酰环素、林可酰胺、脂肽、大环内酯、喹诺酮、
175.根据权利要求149-174中任一项所述的方法，其中所述噬菌体以1x 108与1x 1011PFU之间的每种噬菌体施用。
176.根据权利要求175所述的方法，其中所述噬菌体以至少3x 108噬菌斑形成单位(PFU)的总噬菌体施用。
177.根据权利要求149-176中任一项所述的方法，其中所述噬菌体以包含至少约1x 108PFU的每种噬菌体的剂量施用。
178.根据权利要求149-177中任一项所述的方法，其中所述方法还包括施用抗生素。
179.根据权利要求178所述的方法，其中所述抗生素是氟喹诺酮类、碳青霉烯类、氨基糖苷类、安莎霉素类、头孢菌素、青霉素、β内酰胺、β内酰胺酶抑制剂、叶酸途径抑制剂、fucidane、糖肽、甘氨酰环素、林可酰胺、脂肽、大环内酯、喹诺酮、
180.根据权利要求149-179中任一项所述的方法，其中所述方法还包括对囊性纤维化施予治疗。
181.根据权利要求180所述的方法，其中对囊性纤维化的所述治疗选自CFTR调节剂疗法、黏液稀释剂、气道廓清技术、吸入的皮质甾类、口服皮质甾类、白三烯调节剂、吸入的抗胆碱能药、阿法链道酶、吸入的支气管扩张剂、吸入的高渗盐水和吸入的β激动剂。
182.根据权利要求149-181中任一项所述的方法，其中所述噬菌体经由吸入施用。
183.根据权利要求149-182中任一项所述的方法，其中所述噬菌体经由雾化施用。
184.根据权利要求149-183中任一项所述的方法，其中所述噬菌体至少每6小时施用一次。
185.根据权利要求149-184中任一项所述的方法，其中所述噬菌体施用至少一天。
186.根据权利要求149-185中任一项所述的方法，其中所述对象是人。
187.治疗非囊性纤维化支气管扩张(NCFB)的方法，包括施用靶向假单胞菌属细菌的一种或多种噬菌体。
188.根据权利要求187所述的方法，其中所述噬菌体包括一种或多种选自以下的噬菌体：SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:14、SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:16、SEQ ID NO:17、SEQID NO:18、SEQ ID NO:19、SEQ ID NO:20、SEQ ID NO:21和/或SEQ ID NO:22。
189.细菌宿主制造菌株，所述菌株包含噬菌体，所述噬菌体选自包含与SEQ ID NO:1-22的序列具有85％-100％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。
190.根据权利要求189所述的细菌宿主制造菌株，其中所述噬菌体包含与SEQ ID NO:1-22的多核苷酸序列具有至少90％序列同一性的序列。
191.治疗患有囊性纤维化的对象中的细菌感染的方法，包括向所述对象施用一种或多种不同的噬菌体，所述噬菌体选自包含与SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:3具有至少90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。
192.根据权利要求191所述的方法，其中所述一种或多种不同的噬菌体选自包含SEQ IDNO:1、SEQ ID NO:2和SEQ ID NO:3的多核苷酸序列的噬菌体。
193.根据权利要求191-192中任一项所述的方法，其中所述方法包括施用所述噬菌体中的两种或更多种。
194.根据权利要求191-193中任一项所述的方法，其中所述方法包括施用所述噬菌体中的三种。
195.根据权利要求191-194中任一项所述的方法，还包括施用一种或多种噬菌体，所述一种或多种噬菌体包含与SEQ ID NO:4和SEQ ID NO:6具有至少90％同一性的多核苷酸序列。
196.根据权利要求195所述的方法，其中包含与SEQ ID NO:4具有至少90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体和包含与SEQ ID NO:6具有至少90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体被施用。
197.根据权利要求195-196中任一项所述的方法，其中所述噬菌体包含SEQ ID NO:4和/或SEQ ID NO:6的多核苷酸序列。
198.治疗患有肺炎的对象中的细菌感染的方法，包括向所述对象施用一种或多种不同的噬菌体，所述噬菌体选自包含与SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:3具有至少90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。
199.根据权利要求198所述的方法，其中所述一种或多种噬菌体包含SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:3的多核苷酸序列。
200.根据权利要求198-199中任一项所述的方法，其包括两种噬菌体。
201.根据权利要求198-200中任一项所述的方法，还包括至少一种噬菌体，所述至少一种噬菌体包含与SEQ ID NO:5或SEQ ID NO:8具有至少90％序列同一性的多核苷酸序列。
202.根据权利要求201所述的方法，其包括包含与SEQ ID NO:5具有至少90％序列同一性的多核苷酸序列的噬菌体和包含与SEQ ID NO:8具有至少90％序列同一性的多核苷酸序列的噬菌体。
203.根据权利要求201和202中任一项所述的方法，其中所述噬菌体与所述多核苷酸序列具有100％序列同一性。
204.根据权利要求198-203中任一项所述的方法，还包括包含与SEQ ID NO:12具有至少90％同一性的多核苷酸序列的噬菌体。
205.根据权利要求204所述的方法，其包括包含SEQ ID NO:12的多核苷酸序列的噬菌体。
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