KR20230035346A

KR20230035346A - SARS-CoV-2를 표적으로 하는 항원 결합 분자

Info

Publication number: KR20230035346A
Application number: KR1020237003773A
Authority: KR
Inventors: 게보그 그리고리안; 존 인그라함; 척 룬 령; 로스 스티븐 페더먼; 로빈 제프리 그린; 빈센트 쉬에; 크레이그 오웬 맥켄지
Original assignee: 플래그쉽 파이어니어링 이노베이션스 브이아이, 엘엘씨
Priority date: 2020-07-06
Filing date: 2021-07-06
Publication date: 2023-03-13
Also published as: US20230279081A1; JP2023534922A; AU2021305067A1; WO2022010912A1; IL299631A; EP4175984A1; CA3183373A1

Abstract

본 발명은 다양한 구현예에서 중증 급성 호흡기 증후군 코로나바이러스(예를 들어, SARS-CoV-2-스파이크)의 스파이크 당단백질에 특이적으로 결합하는 폴리펩티드를 제공한다. 본 발명은 또한 다양한 구현예에서 하나 이상의 폴리펩티드를 포함하는 융합 단백질, 폴리펩티드를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드, 폴리펩티드를 발현하기에 적합한 벡터 및 숙주 세포, 및 바이러스 감염(예를 들어, COVID-19)을 치료하는 방법을 제공한다.

Description

SARS-CoV-2를 표적으로 하는 항원 결합 분자

관련 출원

본 출원은 2020년 7월 6일에 출원된 미국 가출원 63/048,588 및 2020년 8월 25일에 출원된 미국 가출원 63/070,038의 이익을 주장한다. 상기 출원의 전체 교시 내용은 본원에 참조로 포함된다.

ASCII 텍스트 파일의 자료 참조에 의한 포함

본 출원은 동시에 제출된 다음 ASCII 텍스트 파일에 포함된 서열 목록을 참고로 포함한다:

a) 파일 이름: 57081009002_Sequence_Listing.txt; 2021년 7월 2일 생성, 크기 55 KB.

신종 코로나바이러스인 SARS-코로나바이러스-2(SARS-CoV-2)는 중국 우한에서 처음으로 폐렴 집단 사례(COVID-19)를 일으켰다. 2020년 3월 1일 현재, 중국에서 79,968명의 환자가 COVID-19 양성 판정을 받았고, 2,873명이 사망했으며, 이는 사망률 3.6%(95% CI 3.5 내지 3.7)에 해당한다(Baud D. et al., Lancet Infect Dis. (2020)). 그러나 이 수치는 증상이 있는 환자에서 COVID-19의 잠재적 위협을 과소평가한 것일 수 있다(Id.).

COVID-19는 전 세계적으로 빠르게 확산되어 팬데믹을 초래했다. 2020년 4월 21일 세계보건기구가 발표한 코로나바이러스 질병(COVID-2019) 상황 보고서에 따르면 확진자는 2,397,216명, 사망자는 162,956명으로 보고되었다. 이 중 지난 24시간 동안 83,006건의 새로운 사례와 5,109건의 사망이 추가되었다. 격리, 분리 및 감염-통제 조치는 질병 확산을 방지하고 병에 걸린 사람들을 위한 지원 치료에 의존해 왔다(Baden and Rubin, N Engl J Med., (2020)).

COVID-19 환자를 치료할 뿐만 아니라 COVID-19의 전파를 예방하기 위한 특정 항바이러스 치료제를 개발하는 것이 절실히 필요하다.

본원에 개시된 발명은 부분적으로 본 발명의 폴리펩티드가 중증 급성 호흡기 증후군 코로나바이러스 2(SARS-CoV-2-스파이크)의 스파이크 당단백질에 특이적으로 결합한다는 발견에 기초한다. 따라서, 본 발명은 일반적으로 스파이크(예를 들어, SARS-CoV-2-스파이크) 매개 바이러스가 세포로 유입되는 것을 감소시키는 데 유용한 조성물(예를 들어, 폴리펩티드, 약제학적 조성물) 및 방법에 관한 것이다.

본원에는 SARS-CoV-2-스파이크에 특이적으로 결합하는 폴리펩티드가 제공된다. 일 양태에서, 본 발명은 SARS-CoV-2-스파이크에 특이적으로 결합하는 폴리펩티드를 제공하며, 여기서 폴리펩티드는 다음으로부터 선택되는 항체의 파라토프와 동일한 파라토프를 포함한다:

a) 서열번호 4 및 서열번호 13을 포함하는 항체;

b) 서열번호 5 및 서열번호 13을 포함하는 항체;

c) 서열번호 6 및 서열번호 13을 포함하는 항체;

d) 서열번호 7 및 서열번호 14를 포함하는 항체;

e) 서열번호 8 및 서열번호 15를 포함하는 항체;

f) 서열번호 9 및 서열번호 13을 포함하는 항체;

g) 서열번호 10 및 서열번호 13을 포함하는 항체;

h) 서열번호 41 및 서열번호 13을 포함하는 항체;

i) 서열번호 42 및 서열번호 13을 포함하는 항체

j) 서열번호 43 및 서열번호 47을 포함하는 항체;

k) 서열번호 44 및 서열번호 48을 포함하는 항체; 또는

l) 서열번호 45 및 서열번호 49를 포함하는 항체.

또 다른 양태에서, 본 발명은 SARS-CoV-2-스파이크에 특이적으로 결합하는 폴리펩티드를 제공하며, 여기서 폴리펩티드는 다음을 포함한다:

a) 각각 서열번호 4, 서열번호 5, 서열번호 6, 서열번호 7, 서열번호 8, 서열번호 9, 서열번호 10, 서열번호 41, 서열번호 42, 서열번호 43, 서열번호 44 또는 서열번호 45의 중쇄 상보성 결정 영역 1(HCDR1), 중쇄 상보성 결정 영역 2(HCDR2) 및 중쇄 상보성 결정 영역 3(HCDR3)에 각각 동일한 HCDR1, HCDR2 및 HCDR3을 포함하는 면역글로불린 중쇄 가변 영역(V_H); 및

b) 각각 서열번호 13, 서열번호 14, 서열번호 15, 서열번호 47, 서열번호 48 또는 서열번호 49의 경쇄 상보성 결정 영역 1(LCDR1), 경쇄 상보성 결정 영역 2(LCDR2) 및 경쇄 상보성 결정 영역 3(LCDR3)에 각각 동일한 LCDR1, LCDR2 및 LCDR3을 포함하는 면역글로불린 경쇄 가변 영역(V_L).

일부 구현예에서, 폴리펩티드는 하기로부터 선택되는 항체의 HCDR1, HCDR2 및 HCDR3, 및 LCDR1, LCDR2 및 LCDR3을 포함한다:

a) 서열번호 4 및 서열번호 13을 포함하는 항체;

b) 서열번호 5 및 서열번호 13을 포함하는 항체;

c) 서열번호 6 및 서열번호 13을 포함하는 항체;

d) 서열번호 7 및 서열번호 14를 포함하는 항체;

e) 서열번호 8 및 서열번호 15를 포함하는 항체;

f) 서열번호 9 및 서열번호 13을 포함하는 항체;

g) 서열번호 10 및 서열번호 13을 포함하는 항체;

h) 서열번호 41 및 서열번호 13을 포함하는 항체;

i) 서열번호 42 및 서열번호 13을 포함하는 항체;

j) 서열번호 43 및 서열번호 47을 포함하는 항체;

k) 서열번호 44 및 서열번호 48을 포함하는 항체; 또는

l) 서열번호 45 및 서열번호 49를 포함하는 항체.

일부 구현예에서, 폴리펩티드는 하기를 포함하는 항체의 파라토프와 동일한 파라토프를 추가로 포함한다:

a) 서열번호 4 및 서열번호 13;

b) 서열번호 5 및 서열번호 13;

c) 서열번호 6 및 서열번호 13;

d) 서열번호 7 및 서열번호 14;

e) 서열번호 8 및 서열번호 15;

f) 서열번호 9 및 서열번호 13;

g) 서열번호 10 및 서열번호 13;

h) 서열번호 41 및 서열번호 13;

i) 서열번호 42 및 서열번호 13;

j) 서열번호 43 및 서열번호 47를 포함하는 항체;

k) 서열번호 44 및 서열번호 48를 포함하는 항체; 또는

l) 서열번호 45 및 서열번호 49를 포함하는 항체.

또 다른 양태에서, 본 발명은 서열번호 2를 포함하는 V_H를 포함하는 폴리펩티드를 제공하며, 여기서:

a) X₁은 T가 아니거나;

b) X₂는 R이 아니거나;

c) X₃은 S가 아니거나;

d) X₄는 T가 아니거나;

e) X₅는 T가 아니거나;

f) X₆은 L이 아니거나;

g) X₇은 L이 아니거나;

h) X₈은 R이 아니거나;

i) X₉는 T가 아니거나;

j) X₁₀은 L이 아니거나; 또는

k) X₁₁은 Y가 아니고,

또는 전술한 것의 임의의 조합이다.

일부 구현예에서, 폴리펩티드는 서열번호 11을 포함하는 V_L을 추가로 포함하며, 여기서:

a) X₁₂는 S가 아니거나;

b) X₁₃은 L이 아니거나; 또는

c) X₁₄는 V가 아니고,

또는 전술한 것의 임의의 조합이다.

또 다른 양태에서, 본 발명은 서열번호 46을 포함하는 V_H를 포함하는, SARS-CoV-2-스파이크에 특이적으로 결합하는 폴리펩티드를 제공하며, 여기서:

X₁은 E 또는 Q이고;

X₂는 P 또는 S이고;

X₃은 A 또는 E이고;

X₄는 L 또는 V이고;

X₅는 I 또는 V이고;

X₆은 S 또는 T이고;

X₇은 A 또는 M이고;

X₈은 K 또는 Q이고;

X₉는 G 또는 S이고;

X₁₀은 N, Q 또는 R이고;

X₁₁은 A 또는 S이고;

X₁₂는 P 또는 Q이고;

X₁₃은 K 또는 S이고;

X₁₄는 Q 또는 R이고;

X₁₅는 L 또는 M이고;

X₁₆은 S 또는 T이고;

X₁₇은 A 또는 V이고;

X₁₈은 K 또는 T이고;

X₁₉는 S 또는 T이고;

X₂₀은 L 또는 M이고;

X₂₁은 E 또는 Q이고;

X₂₂는 L 또는 W이고;

X₂₃은 N 또는 S이고;

X₂₄는 R 또는 S이고;

X₂₅는 K 또는 R이고;

X₂₆은 A 또는 S이고;

X₂₇은 D 또는 S이고;

X₂₈은 M 또는 V이고;

X₂₉는 F 또는 Y이고;

X₃₀은 N 또는 R이고; 또는

X₃₁은 V 또는 Y이고,

또는 전술한 것의 임의의 조합이다.

일부 구현예에서, 폴리펩티드는 서열번호 50을 포함하는 V_L을 추가로 포함하며, 여기서:

X₃₂는 D 또는 E이거나;

X₃₃은 Q 또는 V이거나;

X₃₄는 L 또는 M이거나;

X₃₅는 G 또는 S이거나;

X₃₆은 S 또는 T이거나;

X₃₇은 A 또는 L이거나;

X₃₈은 P 또는 V이거나;

X₃₉는 D 또는 E이거나;

X₄₀은 A 또는 V이거나;

X₄₁은 I 또는 L이거나;

X₄₂는 S 또는 T이거나;

X₄₃은 E 또는 G이거나;

X₄₄는 A, N 또는 S이거나;

X₄₅는 L 또는 Y이거나;

X₄₆은 E 또는 G이거나;

X₄₇은 K 또는 Q이거나;

X₄₈은 K 또는 R이거나;

X₄₉는 S 또는 T이거나;

X₅₀은 A 또는 Q이거나;

X₅₁은 S 또는 T이거나;

X₅₂는 I 또는 V이거나;

X₅₃은 D 또는 S이거나;

X₅₄는 R 또는 S이거나;

X₅₅는 E 또는 Q이거나;

X₅₆은 T 또는 V이거나;

X₅₇은 L 또는 Q이거나;

X₅₈은 L 또는 V이거나,

또는 전술한 것의 임의의 조합이다.

또 다른 양태에서, 본 발명은

a) 서열번호 3과 적어도 70% 동일한 V_H 서열;

b) 서열번호 12와 적어도 70% 동일한 V_L 서열; 또는

c) 이들의 조합

을 포함하는, SARS-CoV-2-스파이크에 특이적으로 결합하는 폴리펩티드를 제공하며,

여기서 V_H 서열은 서열번호 3을 포함하지 않거나, V_L 서열은 서열번호 12를 포함하지 않거나, 또는 둘 다이다.

일부 구현예에서, 본 발명의 폴리펩티드는 융합 단백질이다.

다른 양태에서, 본 발명은 본원에 개시된 폴리펩티드를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드, 이러한 폴리뉴클레오티드를 포함하는 벡터, 및 이러한 폴리뉴클레오티드 또는 벡터를 포함하는 숙주 세포를 제공한다.

또 다른 양태에서, 본 발명은 유효량의 본원에 개시된 폴리펩티드 또는 본원에 개시된 폴리펩티드를 포함하는 조성물(예를 들어, 약제학적 조성물)을 대상체에게 투여하는 것을 포함하여, 이를 필요로 하는 대상체(예를 들어, COVID-19와 같은 SARS-CoV 감염을 갖는 대상체)를 치료하는 방법을 제공한다.

또 다른 양태에서, 본 발명은 유효량의 본원에 개시된 폴리펩티드를 포함하는 조성물 또는 본원에 개시된 폴리펩티드를 포함하는 조성물(예를 들어, 약제학적 조성물)을 세포와 접촉시키는 것을 포함하여, SARS-CoV-2-스파이크와 세포(예를 들어, 대상체의 세포) 사이의 융합을 억제하는 방법을 제공한다.

특허 또는 출원 파일은 컬러로 작성된 적어도 하나의 도면을 포함한다. 컬러 도면이 포함된 이 특허 또는 특허 출원 공보의 사본은 요청 및 필요한 수수료의 지불 시 사무국에서 제공된다.
전술한 내용은 첨부된 도면에 예시된 바와 같이 예시적인 구현예에 대한 다음의 보다 구체적인 설명으로부터 명백해질 것이며, 동일한 참조 부호는 다른 도면 전체에 걸쳐 동일한 부분을 지칭한다. 도면은 반드시 축척에 맞춰진 것은 아니며, 대신 구현예를 예시하는 데 중점을 둔다.
도 1은 SARS-Cov-2-스파이크(RBD)의 수용체 결합 도메인의 아미노산 서열을 도시한다. 본원에 개시된 참조 항체에 의해 결합된 에피토프 잔기는 별표로 표시된다.
도 2a는 본 발명의 폴리펩티드에 유용한 중쇄 가변(V_H) 서열의 비-제한적 예의 정렬을 도시한다. 중쇄 상보성 결정 영역(HCDR) 서열은 굵은 글자와 밑줄을 사용하여 표시된다. "*"는 파라토프 잔기를 나타낸다. n이 1 내지 11의 숫자인 X_n의 위치는 정렬 하단에 상응하는 숫자로 표시된다. 또한 표 1의 V_H 컨센서스 A(서열번호 2)를 참조한다.
도 2b는 본 발명의 폴리펩티드에 유용한 경쇄 가변(V_L) 서열의 비-제한적 예의 정렬을 도시한다. 경쇄 상보성 결정 영역(LCDR) 서열은 굵은 글자와 밑줄을 사용하여 표시된다. "*"는 파라토프 잔기를 나타낸다. n이 12 내지 14의 숫자인 X_n의 위치는 정렬 하단에 상응하는 숫자로 표시된다. 또한 표 1의 V_L 컨센서스 A(서열번호 11)를 참조한다.
도 3a는 본 발명의 폴리펩티드에 유용한 중쇄 가변(V_H) 서열의 비-제한적 예의 정렬을 도시한다. 중쇄 상보성 결정 영역(HCDR) 서열은 굵은 글자와 밑줄을 사용하여 표시된다. "*"는 파라토프 잔기를 나타낸다. n이 1 내지 31의 숫자인 X_n의 위치는 정렬 하단에 상응하는 숫자로 표시된다. 또한 표 1의 V_H 컨센서스 B(서열번호 46)를 참조한다.
도 3b는 본 발명의 폴리펩티드에 유용한 경쇄 가변(V_L) 서열의 비-제한적 예의 정렬을 도시한다. 경쇄 상보성 결정 영역(LCDR) 서열은 굵은 글자와 밑줄을 사용하여 표시된다. "*"는 파라토프 잔기를 나타낸다. n이 32 내지 58의 숫자인 X_n의 위치는 정렬 하단에 상응하는 숫자로 표시된다. 또한 표 1의 V_L 컨센서스 B(서열번호 50)를 참조한다.
도 4a는 본 발명의 폴리펩티드에 유용한 중쇄 가변(V_H) 서열의 비-제한적 예의 정렬을 도시한다. 중쇄 상보성 결정 영역(HCDR) 서열은 굵은 글자와 밑줄을 사용하여 표시된다. "*"는 파라토프 잔기를 나타낸다. n이 1 내지 55의 숫자인 X_n의 위치는 정렬 하단에 상응하는 숫자로 표시된다.
도 4b는 본 발명의 폴리펩티드에 유용한 경쇄 가변(V_L) 서열의 비-제한적 예의 정렬을 도시한다. 경쇄 상보성 결정 영역(LCDR) 서열은 굵은 글자와 밑줄을 사용하여 표시된다. "*"는 파라토프 잔기를 나타낸다. n이 56 내지 94의 숫자인 X_n의 위치는 정렬 하단에 상응하는 숫자로 표시된다.
도 5는 돌연변이체 SARS-COV-2 슈도바이러스를 중화시키는 본 발명의 폴리펩티드(AB-8, IgG)의 능력을 예시한다. 막대는 부모 D614G-부모 바이러스에 비해 발생하는 돌연변이 또는 결실을 보유하는 슈도바이러스의 항체 중화에 대한 IC₅₀ 값의 배수차이(WT-돌연변이체)/(WT)를 나타낸다. -2.5에서 2.5 사이의 값은 이 검정에서 중요하지 않은 것으로 간주된다.
도 6은 바이오레이어 간섭계로 측정된 COV-2 RBD에 대한 인간화 IgG1 항체(회색 막대) 및 시드 항체(검은색 막대)의 친화도를 도시한다.
도 7은 바이오레이어 간섭계로 측정된 COV-2 RBD에 대한 인간화 IgG1 항체(회색 흔적) 및 시드 항체(검은 흔적)의 회합 및 해리를 도시한다.

예시적인 구현예에 대한 설명은 다음과 같다.

본 발명의 여러 양태는 예시 목적만을 위한 실시예를 참조하여 아래에 설명된다. 본 발명의 완전한 이해를 제공하기 위해 다수의 특정 세부사항, 관계 및 방법이 제시된다는 것을 이해해야 한다. 그러나 당업자는 본 발명이 하나 이상의 특정 세부 사항 없이 실시될 수 있거나 다른 방법, 프로토콜, 시약, 세포주 및 동물로 실시될 수 있음을 쉽게 인식할 것이다. 일부 동작은 다른 순서로 및/또는 다른 동작 또는 이벤트와 동시에 발생할 수 있으므로 본 발명은 동작 또는 이벤트의 예시된 순서에 의해 제한되지 않는다. 또한, 본 발명에 따른 방법론을 구현하기 위해 예시된 모든 동작, 단계 또는 이벤트가 요구되는 것은 아니다. 본원에 기재되거나 참조된 많은 기법 및 절차는 당업자에 의해 통상적인 방법론을 사용하여 잘 이해되고 일반적으로 사용된다.

SARS-CoV-2 스파이크 단백질에 결합하는 폴리펩티드

SARS-CoV-2는 COVID-19의 원인물질이다. SARS-CoV-2-스파이크 또는 SARS-CoV-2의 S 단백질은 SARS-CoV-2 바이러스가 인간 숙주 세포와 같은 숙주 세포로 진입하는 것을 촉진하는 단백질이다. 이론에 얽매이지 않고, SARS-CoV-2-스파이크는 숙주 세포 표면 상의 진입 수용체(예를 들어, 안지오텐신 전환 효소 2(ACE2) 또는 막관통 프로테아제, 세린 2(TMPRSS2))에 결합하여 감염을 촉진하는 것으로 여겨진다. 야생형 SARS-CoV-2-스파이크 서열의 비제한적 예는 NCBI RefSeq YP_009724390(서열번호 1)이다.

본원에서 사용되는 바와 같이, SARS-CoV-2 스파이크는 야생형 SARS-CoV-2 스파이크 단백질(예를 들어, 서열번호 1), 야생형 SARS-CoV-2 스파이크 단백질의 변이체 및 야생형 및 변이체 SARS-CoV-2 스파이크 단백질의 변형된 형태를 포함한다.

일 양태에서, 본 발명은 서열번호 1을 포함하는 SARS-CoV-2 스파이크 단백질에 결합하는 폴리펩티드를 제공한다.

일부 구현예에서, 폴리펩티드는 SARS-CoV-2-스파이크의 변이체에 결합한다. 일부 구현예에서, 변이체는 야생형 SARS-CoV-2-스파이크 서열(예를 들어, 서열번호 1)에 대해 적어도 약 90% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하며, 예를 들어 야생형 SARS-CoV-2-스파이크 서열에 적어도 약 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99.1%, 99.2%, 99.3%, 99.4%, 99.5%, 99.6%, 99.7%, 99.8%, 또는 99.9% 서열 동일성을 갖는다. 일부 구현예에서, 서열 동일성은 약 90 내지 99.9%, 90 내지 99.8%, 92 내지 99.8%, 92 내지 99.6%, 94 내지 99.6%, 94 내지 99.5%, 95 내지 99.5%, 95 내지 99.4%, 96 내지 99.4%, 96 내지 99.2%, 97 내지 99.2% 또는 97 내지 99%이다.

일부 구현예에서, 변이체 SARS-CoV-2-스파이크는 서열번호 1에 비해 L5F, S13I, T19R, A67V, 69del, 70del, D80G, T95I, G142D, 144del, W152C, E154K, F157S, A222V, D253G, G261D, V367F, K417N, N439K, L452R, Y453F, S477N, E484K, F486L, S494P, E484Q, N501T, N501Y, F565L, A570D, D614G, Q677H, P681H, P681R, A701V, T716I, T859N, F888L, S982A, D950N, Q957R, Q1071H, V1176F, D1118H, K1191N, 또는 이들의 조합로부터 선택되는 하나 이상의 돌연변이, 예를 들어 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44개 또는 45개 모두를 포함한다.

일부 구현예에서, 변이체 SARS-CoV-2-스파이크는 서열번호 1에 비해 69del, 70del, 144del, E484K, S494P, N501Y, A570D, D614G, P681H, T716I, S982A, D1118H 또는 K1191N 또는 이들의 조합로부터 선택되는 하나 이상의 돌연변이를 포함한다. 일부 구현예에서, 변이체 SARS-CoV-2-스파이크는 69del, 70del, 144del, N501Y, A570D, D614G, P681H, T716I, S982A 및 D1118H를 포함한다. 일부 구현예에서, 변이체 SARS-CoV-2-스파이크는 E484K, S494P 또는 K1191N, 또는 이들의 조합을 추가로 포함한다.

일부 구현예에서, 변이체 SARS-CoV-2-스파이크는 서열번호 1에 비해 D80A, D215G, 241del, 242del, 243del, K417N, E484K, N501Y, D614G 또는 A701V 또는 이들의 조합으로부터 선택되는 하나 이상의 돌연변이를 포함한다. 일부 구현예에서, 변이체 SARS-CoV-2-스파이크는 D80A, D215G, 241del, 242del, 243del, K417N, E484K, N501Y, D614G, 및 A701V를 포함한다.

일부 구현예에서, 변이체 SARS-CoV-2-스파이크는 서열번호 1에 비해 T19R, G142D, 156del, 157del, R158G, L452R, T478K, D614G, P681R 또는 D950N, 또는 이들의 조합으로부터 선택되는 하나 이상의 돌연변이를 포함한다. 일부 구현예에서, 변이체 SARS-CoV-2-스파이크는 T19R, 156del, 157del, R158G, L452R, T478K, D614G, P681R, 및 D950N을 포함한다. 일부 구현예에서, 변이체 SARS-CoV-2-스파이크는 G142D를 추가로 포함한다.

일부 구현예에서, 변이체 SARS-CoV-2-스파이크는 서열번호 1에 비해 69del, 70del, 144del, A222V, G261D, V367F, K417N, N439K, Y453F, S477N, E484K, F486L, N501T, N501Y, A570D 또는 D614G 또는 이들의 조합으로부터 선택되는 하나 이상의 돌연변이를 포함한다.

일부 구현예에서, 변이체 SARS-CoV-2-스파이크는 서열번호 1에 비해 E484K, N501Y 또는 D614G 또는 이들의 조합으로부터 선택되는 하나 이상의 돌연변이를 포함한다.

일부 구현예에서, 변형된 SARS-CoV-2 스파이크 단백질은 서열번호 1에 비해 F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P로부터 선택되는 하나 이상의 돌연변이를 포함한다.

일부 구현예에서, 폴리펩티드는 SARS-CoV-2 스파이크 단백질 수용체-결합 도메인(RBD)(서열번호 52) 또는 RBD 내의 에피토프(예를 들어, RBD 5(도 1))에 결합한다.

일부 구현예에서, 폴리펩티드는 RBD의 변이체 또는 RBD 내의 에피토프에 결합한다. 일부 구현예에서, 변이체는 야생형 RBD(예를 들어, 서열번호 52) 또는 야생형 RBD 5(도 1)에 대해 적어도 약 90% 서열 동일성, 예를 들어 적어도 약 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99.1%, 99.2%, 99.3%, 99.4%, 99.5%, 99.6%, 99.7%, 99.8% 또는 99.9% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 서열 동일성은 약 90 내지 99.9%, 90 내지 99.8%, 92 내지 99.8%, 92 내지 99.6%, 94 내지 99.6%, 94 내지 99.5%, 95 내지 99.5%, 95 내지 99.4%, 96 내지 99.4%, 96 내지 99.2%, 97 내지 99.2% 또는 97 내지 99%이다.

일부 구현예에서, 폴리펩티드는 SARS-CoV-2 스파이크 단백질(예를 들어, 서열번호 1 또는 서열번호 52)에 결합하고 면역글로불린 경쇄 가변 영역, 면역글로불린 중쇄 가변 영역 또는 면역글로불린 경쇄 가변 영역 및 면역글로불린 중쇄 가변 영역을 포함하며, 여기서 폴리펩티드는 서열번호 17, 서열번호 21, 서열번호 24, 서열번호 31 및 서열번호 35의 5개 모두를 포함하지 않는다. 일부 구현예에서, 폴리펩티드는 서열번호 17, 서열번호 21, 서열번호 24, 서열번호 31 및 서열번호 35로부터 선택되는 1, 2, 3, 또는 4개의 CDR을 포함한다.

또 다른 양태에서, 본 발명은 SARS-CoV-2 스파이크 단백질에 특이적으로 결합하는 폴리펩티드를 제공하며, 여기서 폴리펩티드는

a) 서열번호 4에 적어도 55%(예를 들어, 적어도 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 98, 또는 99%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 면역글로불린 중쇄 가변 영역(V_H);

b) 서열번호 55에 적어도 55%(예를 들어, 적어도 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 98, 또는 99%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 면역글로불린 경쇄 가변 영역(V_L); 또는

c) a) 및 b) 둘 다

를 포함하고,

여기서 폴리펩티드는 서열번호 17, 서열번호 21, 서열번호 24, 서열번호 31 및 서열번호 35의 5개 모두를 포함하지 않는다. 일부 구현예에서, 폴리펩티드는 서열번호 17, 서열번호 21, 서열번호 24, 서열번호 31 및 서열번호 35로부터 선택되는 1, 2, 3 또는 4개의 CDR을 포함한다.

일부 구현예에서, 폴리펩티드는 야생형 SARS-CoV-2 스파이크 단백질(예를 들어, 서열번호 1)에 결합한다. 일부 구현예에서, 폴리펩티드는 야생형 SARS-CoV-2 스파이크 단백질의 하나 이상의 에피토프 잔기(예를 들어, 하나 이상의 에피토프 잔기)에 결합한다.

본원에서 사용되는 용어 "참조" 또는 "참조 폴리펩티드"는 SARS-CoV-1에 특이적으로 결합하는 폴리펩티드(예를 들어, 면역글로불린 분자)를 지칭하며 본 발명의 폴리펩티드가 아니다. 참조 폴리펩티드 및 본 발명의 폴리펩티드의 서열은 그들 사이의 구조적 차이(예를 들어, 아미노산 치환과 같은 하나 이상의 아미노산 위치에서의 차이)를 예시하기 위해 비교될 수 있다. 일부 구현예에서, 본 발명의 폴리펩티드는 참조 폴리펩티드와 비교하여 실질적이지 않은 차이 이상(예를 들어, 하나 이상의 실질적인 차이)을 가질 것이며, 따라서 일반적으로 본 발명의 폴리펩티드는 참조 폴리펩티드와 비교하여 제어된 조건 하에서 다른 결과를 달성하기 위해 다른 방식으로 다른 기능의 하나 이상(즉, 1개, 2개 또는 3개 모두)을 나타낼 것이다. 참조 폴리펩티드는 본 발명의 폴리펩티드로부터의 하나 이상의 아미노산, 예를 들어 일부 구현예에서 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 이상의 아미노산에 의해 달라질 것이다. 특정 구현예에서, 참조 폴리펩티드는 본 발명에 의해 제공되는 폴리펩티드로부터 적어도 약 0.4, 0.8, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55% 이상으로 아미노산 동일성에서 벗어난다.

본원에서 사용되는 용어 "서열 동일성"은 백분율로 표시되는 최대 수준의 동일성을 달성하기 위해 서열이 정렬될 때 2개의 뉴클레오티드 서열 또는 2개의 아미노산 서열이 동일한 위치에서 동일한 잔기를 갖는 정도를 지칭한다. 서열 정렬 및 비교를 위해, 통상적으로 하나의 서열이 참조 서열로 지정되고, 테스트 서열이 이에 대해 비교된다. 참조 서열과 테스트 서열 사이의 서열 동일성은 최대 수준의 동일성을 달성하기 위해 참조 서열과 테스트 서열의 정렬 시 참조 서열과 테스트 서열이 동일한 뉴클레오티드 또는 아미노산을 공유하는 참조 서열의 전체 길이에 걸친 위치의 백분율로 표현된다. 예를 들어, 최대 수준의 동일성을 달성하기 위해 정렬할 때 테스트 서열이 참조 서열 전체 길이에 걸쳐 동일한 위치의 70%에서 동일한 뉴클레오티드 또는 아미노산 잔기를 가질 때 두 개의 서열은 70% 서열 동일성을 갖는 것으로 간주된다.

최대 수준의 동일성을 달성하기 위한 비교를 위한 서열 정렬은 적절한 정렬 방법 또는 알고리즘을 사용하여 당업자에 의해 용이하게 수행될 수 있다. 일부 경우에, 정렬은 최대 수준의 동일성을 제공하기 위해 도입된 갭을 포함할 수 있다. 예는 문헌[Smith & Waterman, Adv. Appl. Math. 2:482 (1981)]의 로컬 상동성 알고리즘, 문헌[Needleman & Wunsch, J. Mol. Biol. 48:443 (1970)]의 상동성 정렬 알고리즘, 문헌[Pearson & Lipman, Proc. Nat'l. Acad. Sci. USA 85:2444 (1988)]의 유사성 검색 방법, 이들 알고리즘의 컴퓨터화된 구현(Wisconsin Genetics Software Package(Genetics Computer Group, 575 Science Dr., Madison, Wis.)의 GAP, BESTFIT, FASTA, 및 TFASTA), 및 육안 검사(일반적으로 문헌[Ausubel et al., Current Protocols in Molecular Biology] 참조)를 포함한다.

서열 비교 알고리즘을 사용하는 경우, 테스트 및 참조 서열을 컴퓨터에 입력하고, 필요에 따라 후속 좌표를 지정하고, 서열 알고리즘 프로그램 매개변수를 지정한다. 이어서 서열 비교 알고리즘은 지정된 프로그램 매개변수를 기반으로 참조 서열에 대한 테스트 서열(들)에 대한 퍼센트 서열 동일성을 계산한다. 퍼센트 서열 동일성을 결정하기 위해 일반적으로 사용되는 도구는 미국 국립 보건원(National Institutes of Health)의 국립 의학 도서관(National Library of Medicine)의 국립 생명공학 정보 센터(National Center for Biotechnology Information)를 통해 이용 가능한 단백질 기본 로컬 정렬 검색 도구(BLASTP)이다(Altschul외 다수, 1990).

용어 "폴리펩티드" "펩티드" 또는 "단백질"은 길이 또는 번역후 변형(예를 들어, 글리코실화 또는 인산화)에 관계없이 아미드 결합에 의해 공유적으로 결합된 적어도 2개의 아미노산의 중합체를 나타낸다. 단백질, 펩티드 또는 폴리펩티드는 임의의 적합한 L- 및/또는 D-아미노산, 예를 들어 일반적인 α-아미노산(예를 들어, 알라닌, 글리신, 발린), 비-α-아미노산(예를 들어, β-알라닌, 4-아미노부티르산, 6-아미노카프로산, 사르코신, 스타틴) 및 특이한 아미노산(예를 들어, 시트룰린, 호모시트룰린, 호모세린, 노르류신, 노르발린, 오르니틴)을 포함할 수 있다. 펩티드 상의 아미노, 카복실 및/또는 기타 관능기는 유리(예를 들어, 변형되지 않은)이거나 적합한 보호기로 보호될 수 있다. 아미노 및 카복실기에 적합한 보호기 및 보호기를 첨가하거나 제거하는 방법은 당업계에 공지되어 있고 문헌[Green and Wuts, "Protecting Groups in Organic Synthesis," John Wiley and Sons, 1991]에 개시되어 있다(). 단백질, 펩티드 또는 폴리펩티드의 관능기는 또한 당업계에 공지된 방법을 사용하여 유도체화(예를 들어, 알킬화) 또는 표지화(예를 들어, 형광원 또는 합텐과 같은 검출가능한 표지 이용)될 수 있다. 단백질, 펩티드 또는 폴리펩티드는 원하는 경우 하나 이상의 변형(예를 들어, 아미노산 링커, 아실화, 아세틸화, 아미드화, 메틸화, 말단 변형자(예를 들어, 고리화 변형), N-메틸-α-아미노 기 치환)을 포함할 수 있다. 또한, 단백질, 펩티드 또는 폴리펩티드는 공지된 및/또는 천연-발생 펩티드의 유사체, 예를 들어 보존적 아미노산 잔기 치환(들)을 갖는 펩티드 유사체일 수 있다.

일 양태에서, 본 발명은 SARS-CoV-2-스파이크에 특이적으로 결합하는 폴리펩티드를 제공하며, 여기서 폴리펩티드는 다음으로부터 선택되는 항체의 파라토프와 동일한 파라토프를 포함한다:

a) 서열번호 4 및 서열번호 13을 포함하는 항체;

b) 서열번호 5 및 서열번호 13을 포함하는 항체;

c) 서열번호 6 및 서열번호 13을 포함하는 항체;

d) 서열번호 7 및 서열번호 14를 포함하는 항체;

e) 서열번호 8 및 서열번호 15를 포함하는 항체;

f) 서열번호 9 및 서열번호 13을 포함하는 항체;

g) 서열번호 10 및 서열번호 13을 포함하는 항체;

h) 서열번호 41 및 서열번호 13을 포함하는 항체;

i) 서열번호 42 및 서열번호 13을 포함하는 항체

j) 서열번호 43 및 서열번호 47을 포함하는 항체;

k) 서열번호 44 및 서열번호 48을 포함하는 항체; 또는

l) 서열번호 45 및 서열번호 49를 포함하는 항체.

서열번호 4 내지 10, 13 내지 15, 41 내지 45, 및 47 내지 49에 대해 표 1 및 서열번호 4 내지 10, 13 내지 15, 41 내지 45, 및 47 내지 49를 포함하는 항체의 파라토프 잔기에 대해 도 2a 내지 4b를 참조한다.

용어 "파라토프"는 표적 단백질의 에피토프와의 결합 상호작용에 기여하는 항체 또는 이의 항원 결합 단편 내의 아미노산 잔기 세트를 지칭한다. 결합 상호작용은 수소 결합, 염다리, 반 데르 발스 상호작용, 이온 결합 또는 이들의 조합일 수 있다. 결합 상호작용은 직접적이거나, 예를 들어 이온 또는 물과 같은 조정된 중간 분자를 통해 간접적일 수 있다. 일부 구현예에서, 파라토프의 잔기는 정의된 CDR의 일부인 잔기만을 포함한다. 다른 구현예에서, 파라토프의 잔기는 정의된 CDR의 일부가 아닌 하나 이상의 잔기를 추가로 포함한다.

일부 구현예에서, 파라토프는 폴리펩티드가 표적 항원에 결합될 때 표적 항원 상의 에피토프로부터 약 5.0 옹스트롬 미만, 예를 들어 에피토프로부터 약 4.5, 4.0, 3.5, 3.0, 2.5, 2.4, 2.3, 2.2, 2.1, 2.0, 1.9, 1.8, 1.7, 1.6, 1.5, 1.4, 1.3, 1.2, 1.1, 1.0 또는 0.9 옹스트롬, 또는 약 0.9 내지 5.0, 0.9 내지 4.8. 1.0 내지 5, 1.0 내지 4.5, 1.0 내지 4.0, 1.0 내지 3.5, 1.1 내지 3.5, 1.1 내지 3.0, 1.2 내지 3.0, 1.2 내지 2.5, 1.3 내지 2.5, 1.3 내지 2.4, 1.4 내지 2.4, 1.4 내지 2.3, 1.5 내지 2.3, 1.5 내지 2.2, 1.6 내지 2.2, 1.6 내지 2.1, 1.7 내지 2.1, 1.7 내지 2.0 또는 1.8 내지 2.0 옹스트롬 미만으로 배향된다. 일부 구현예에서, 파라토프를 구성하는 모든 아미노산 잔기는 폴리펩티드가 표적 항원에 결합될 때 표적 항원 상의 에피토프로부터 약 5.0 옹스트롬 미만으로 배향된다. 다른 구현예에서, 파라토프에서 파라토프를 구성하는 모든 아미노산 잔기 미만(예를 들어, 아미노산 잔기의 약 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%)은 폴리펩티드가 표적 항원에 결합될 때 표적 항원 상의 에피토프로부터 약 5.0 옹스트롬 미만으로 배향된다.

일부 구현예에서, 본원에 개시된 파라토프를 포함하는 폴리펩티드는 면역글로불린 중쇄 가변 영역(V_H) 및 면역글로불린 경쇄 가변 영역(V_L)을 포함한다. 특정 구현예에서, 파라토프 잔기는 폴리펩티드의 V_H 및 V_L 내에 함유된다.

a) 각각 서열번호 4, 서열번호 5, 서열번호 6, 서열번호 7, 서열번호 8, 서열번호 9, 서열번호 10, 서열번호 41, 서열번호 42, 서열번호 43, 서열번호 44 또는 서열번호 45의 HCDR1, HCDR2 및 HCDR3에 각각 동일한 HCDR1, HCDR2 및 HCDR3을 포함하는 V_H; 및

b) 각각 서열번호 13, 서열번호 14, 서열번호 15, 서열번호 47, 서열번호 48 또는 서열번호 49의 LCDR1, LCDR2 및 LCDR3에 각각 동일한 LCDR1, LCDR2 및 LCDR3을 포함하는 V_L.

a) 서열번호 4 및 서열번호 13을 포함하는 항체;

b) 서열번호 5 및 서열번호 13을 포함하는 항체;

c) 서열번호 6 및 서열번호 13을 포함하는 항체;

d) 서열번호 7 및 서열번호 14를 포함하는 항체;

e) 서열번호 8 및 서열번호 15를 포함하는 항체;

f) 서열번호 9 및 서열번호 13을 포함하는 항체;

g) 서열번호 10 및 서열번호 13을 포함하는 항체;

h) 서열번호 41 및 서열번호 13을 포함하는 항체;

i) 서열번호 42 및 서열번호 13을 포함하는 항체;

j) 서열번호 43 및 서열번호 47을 포함하는 항체;

k) 서열번호 44 및 서열번호 48을 포함하는 항체; 또는

l) 서열번호 45 및 서열번호 49를 포함하는 항체.

CDR(예를 들어, HCDR1, HCDR2, HCDR3, LCDR1, LCDR2 및/또는 LCDR3)은 본원에 추가로 기재된 바와 같이 항체의 CDR 잔기를 확인하기 위한 임의의 당해 분야에서 인정된 방법에 의해 정의된 CDR일 수 있다(예를 들어, 카밧(Kabat)에 의해 정의된 바와 같은 CDR, 초티아(Chothia)에 의해 정의된 바와 같은 CDR).

a) 서열번호 4 및 서열번호 13;

b) 서열번호 5 및 서열번호 13;

c) 서열번호 6 및 서열번호 13;

d) 서열번호 7 및 서열번호 14;

e) 서열번호 8 및 서열번호 15;

f) 서열번호 9 및 서열번호 13;

g) 서열번호 10 및 서열번호 13;

h) 서열번호 41 및 서열번호 13;

i) 서열번호 42 및 서열번호 13;

j) 서열번호 43 및 서열번호 47;

k) 서열번호 44 및 서열번호 48; 또는

l) 서열번호 45 및 서열번호 49.

또 다른 양태에서, 본 발명은 서열번호 2를 포함하는 V_H를 포함하는, SARS-CoV-2-스파이크에 특이적으로 결합하는 폴리펩티드를 제공하며, 여기서:

a) X₁은 T가 아니거나;

b) X₂는 R이 아니거나;

c) X₃은 S가 아니거나;

d) X₄는 T가 아니거나;

e) X₅는 T가 아니거나;

f) X₆은 L이 아니거나;

g) X₇은 L이 아니거나;

h) X₈은 R이 아니거나;

i) X₉는 T가 아니거나;

j) X₁₀은 L이 아니거나;

k) X₁₁은 Y가 아니거나,

또는 전술한 것의 임의의 조합이다.

서열번호 2로 확인된 서열이 아래에 나타나 있으며, 이는 본원에서 서열번호 3 내지 10에 대한 컨센서스 V_H 서열이다.

일부 구현예에서, 본원에 개시된 폴리펩티드는 V_L을 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리펩티드는 서열번호 11을 포함하는 V_L을 포함하며, 여기서:

a) X₁₂는 S가 아니거나;

b) X₁₃은 L이 아니거나;

c) X₁₄는 V가 아니거나,

또는 전술한 것의 임의의 조합이다.

서열번호 11로 확인된 서열이 아래에 나타나 있으며, 이는 본원에서 서열번호 12 내지 15에 대한 컨센서스 V_L 서열이다.

일부 구현예에서,

a) X₁은 T 또는 S이거나;

b) X₂는 R 또는 W이거나;

c) X₃은 S 또는 G이거나;

d) X₄는 T, Q 또는 N이거나;

e) X₅는 T 또는 K이거나;

f) X₆은 L 또는 K이거나;

g) X₇은 L 또는 T이거나;

h) X₈은 R 또는 N이거나;

i) X₉는 T 또는 S이거나;

j) X₁₀은 L 또는 F이거나;

k) X₁₁은 Y 또는 V이거나,

또는 전술한 것의 임의의 조합이다.

일부 구현예에서:

a) X₁은 S이거나;

b) X₂는 W이거나;

c) X₃은 G이거나;

d) X₄는 Q 또는 N이거나;

e) X₅는 K이거나;

f) X₆은 K이거나;

g) X₇은 T이거나;

h) X₈은 N이거나;

i) X₉는 S이거나;

j) X₁₀은 F이거나;

k) X₁₁은 V이거나,

또는 전술한 것의 임의의 조합이다.

일부 구현예에서, X₁은 T가 아니다. 일부 구현예에서, X₁은 T 또는 S이다. 일부 구현예에서, X₁은 T이다. 일부 구현예에서, X₁은 S이다. 일부 구현예에서, X₂는 R이 아니다. 일부 구현예에서, X₂는 R 또는 W이다. 일부 구현예에서, X₂는 R이다. 일부 구현예에서, X₂는 W이다. 일부 구현예에서, X₃은 S가 아니다. 일부 구현예에서, X₃은 S 또는 G이다. 일부 구현예에서, X₃은 S이다. 일부 구현예에서, X₃은 G이다. 일부 구현예에서, X₄는 T가 아니다. 일부 구현예에서, X₄는 T, Q 또는 N이다. 일부 구현예에서, X₄는 T이다. 일부 구현예에서, X₄는 Q이다. 일부 구현예에서, X₄는 N이다. 일부 구현예에서, X₅는 T가 아니다. 일부 구현예에서, X₅는 T 또는 K이다. 일부 구현예에서, X₅는 T이다. 일부 구현예에서, X₅는 K이다. 일부 구현예에서, X₆은 L이 아니다. 일부 구현예에서, X₆은 L 또는 K이다. 일부 구현예에서, X₆은 L이다. 일부 구현예에서, X₆은 K이다. 일부 구현예에서, X₇은 L이 아니다. 일부 구현예에서, X₇은 L 또는 T이다. 일부 구현예에서, X₇은 L이다. 일부 구현예에서, X₇은 T이다. 일부 구현예에서, X₈은 R이 아니다. 일부 구현예에서, X₈은 R 또는 N이다. 일부 구현예에서, X₈은 R이다. 일부 구현예에서, X₈은 N이다. 일부 구현예에서, X₉는 T가 아니다. 일부 구현예에서, X₉는 T 또는 S이다. 일부 구현예에서, X₉는 T이다. 일부 구현예에서, X₉는 S이다. 일부 구현예에서, X₁₀은 L이 아니다. 일부 구현예에서, X₁₀은 L 또는 F이다. 일부 구현예에서, X₁₀은 L이다. 일부 구현예에서, X₁₀은 F이다. 일부 구현예에서, X₁₁은 Y가 아니다. 일부 구현예에서, X₁₁은 Y 또는 V이다. 일부 구현예에서, X₁₁은 Y이다. 일부 구현예에서, X₁₁은 V이다.

일부 구현예에서:

a) X₁₂는 S 또는 G이거나;

b) X₁₃은 L 또는 Q이거나;

c) X₁₄는 V 또는 L이거나,

또는 전술한 것의 임의의 조합이다.

일부 구현예에서:

a) X₁₂는 G이거나;

b) X₁₃은 Q이거나;

c) X₁₄는 L이거나,

또는 전술한 것의 임의의 조합이다.

일부 구현예에서, X₁₂는 S가 아니다. 일부 구현예에서, X₁₂는 S 또는 G이다. 일부 구현예에서, X₁₂는 S이다. 일부 구현예에서, X₁₂는 G이다. 일부 구현예에서, X₁₃은 L이 아니다. 일부 구현예에서, X₁₃은 L 또는 Q이다. 일부 구현예에서, X₁₃은 L이다. 일부 구현예에서, X₁₃은 Q이다. 일부 구현예에서, X₁₄는 V가 아니다. 일부 구현예에서, X₁₄는 V 또는 L이다. 일부 구현예에서, X₁₄는 V이다. 일부 구현예에서, X₁₄는 L이다.

X₁은 E 또는 Q이거나;

X₂는 P 또는 S이거나;

X₃은 A 또는 E이거나;

X₄는 L 또는 V이거나;

X₅는 I 또는 V이거나;

X₆은 S 또는 T이거나;

X₇은 A 또는 M이거나;

X₈은 K 또는 Q이거나;

X₉는 G 또는 S이거나;

X₁₀은 N, Q 또는 R이거나;

X₁₁은 A 또는 S이거나;

X₁₂는 P 또는 Q이거나;

X₁₃은 K 또는 S이거나;

X₁₄는 Q 또는 R이거나;

X₁₅는 L 또는 M이거나;

X₁₆은 S 또는 T이거나;

X₁₇은 A 또는 V이거나;

X₁₈은 K 또는 T이거나;

X₁₉는 S 또는 T이거나;

X₂₀은 L 또는 M이거나;

X₂₁은 E 또는 Q이거나;

X₂₂는 L 또는 W이거나;

X₂₃은 N 또는 S이거나;

X₂₄는 R 또는 S이거나;

X₂₅는 K 또는 R이거나;

X₂₆은 A 또는 S이거나;

X₂₇은 D 또는 S이거나;

X₂₈은 M 또는 V이거나;

X₂₉는 F 또는 Y이거나;

X₃₀은 N 또는 R이거나;

X₃₁은 V 또는 Y이거나,

또는 전술한 것의 임의의 조합이다.

서열번호 46으로 확인된 서열이 아래에 나타나 있으며, 이는 본원에서 서열번호 43 내지 45에 대한 컨센서스 V_H 서열이다.

일부 구현예에서, X₁은 E 또는 Q이다. 일부 구현예에서, X₁은 E이다. 일부 구현예에서, X₁은 Q이다. 일부 구현예에서, X₂는 P 또는 S이다. 일부 구현예에서, X₂는 P이다. 일부 구현예에서 X₂는 S이다. 일부 구현예에서, X₃은 A 또는 E이다. 일부 구현예에서, X₃은 A이다. 일부 구현예에서, X₃은 E이다. 일부 구현예에서, X₄는 L 또는 V이다. 일부 구현예에서, X₄는 L이다. 일부 구현예에서, X₄는 V이다. 일부 구현예에서, X₅는 I 또는 V이다. 일부 구현예에서, X₅는 I이다. 일부 구현예에서, X₅는 V이다. 일부 구현예에서, X₆은 S 또는 T이다. 일부 구현예에서, X₆은 S이다. 일부 구현예에서, X₆은 T이다. 일부 구현예에서, X₇은 A 또는 M이다. 일부 구현예에서, X₇은 A이다. 일부 구현예에서, X₇은 M이다. 일부 구현예에서, X₈은 K 또는 Q이다. 일부 구현예에서, X₈은 K이다. 일부 구현예에서, X₈은 Q이다. 일부 구현예에서, X₉는 G 또는 S이다. 일부 구현예에서, X₉는 G이다. 일부 구현예에서, X₉는 S이다. 일부 구현예에서, X₁₀은 N, Q 또는 R이다. 일부 구현예에서, X₁₀은 N이다. 일부 구현예에서, X₁₀은 Q이다. 일부 구현예에서, X₁₀은 R이다. 일부 구현예에서, X₁₁은 A 또는 S이다. 일부 구현예에서, X₁₁은 A이다. 일부 구현예에서, X₁₁은 S이다. 일부 구현예에서, X₁₂는 P 또는 Q이다. 일부 구현예에서, X₁₂는 P이다. 일부 구현예에서, X₁₂는 Q이다. 일부 구현예에서, X₁₃은 K 또는 S이다. 일부 구현예에서, X₁₃은 K이다. 일부 구현예에서, X₁₃은 S이다. 일부 구현예에서, X₁₄는 Q 또는 R이다. 일부 구현예에서, X₁₄는 Q이다. 일부 구현예에서, X₁₄는 R이다. 일부 구현예에서, X₁₅는 L 또는 M이다. 일부 구현예에서, X₁₅는 L이다. 일부 구현예에서, X₁₅는 M이다. 일부 구현예에서, X₁₆은 S 또는 T이다. 일부 구현예에서, X₁₆은 S이다. 일부 구현예에서, X₁₆은 T이다. 일부 구현예에서, X₁₇은 A 또는 V이다. 일부 구현예에서, X₁₇은 A이다. 일부 구현예에서, X₁₇은 V이다. 일부 구현예에서, X₁₈은 K 또는 T이다. 일부 구현예에서, X₁₈은 K이다. 일부 구현예에서, X₁₈은 T이다. 일부 구현예에서, X₁₉는 S 또는 T이다. 일부 구현예에서, X₁₉는 S이다. 일부 구현예에서, X₁₉는 T이다. 일부 구현예에서, X₂₀은 L 또는 M이다. 일부 구현예에서, X₂₀은 L이다. 일부 구현예에서, X₂₀은 M이다. 일부 구현예에서, X₂₁은 E 또는 Q이다. 일부 구현예에서, X₂₁은 E이다. 일부 구현예에서, X₂₁은 Q이다. 일부 구현예에서, X₂₂는 L 또는 W이다. 일부 구현예에서, X₂₂는 L이다. 일부 구현예에서, X₂₂는 W이다. 일부 구현예에서 X₂₃은 N 또는 S이다. 일부 구현예에서, X₂₃은 N이다. 일부 구현예에서, X₂₃은 S이다. 일부 구현예에서, X₂₄는 R 또는 S이다. 일부 구현예에서, X₂₄는 R이다. 일부 구현예에서, X₂₄는 S이다. 일부 구현예에서, X₂₅는 K 또는 R이다. 일부 구현예에서, X₂₅는 K이다. 일부 구현예에서, X₂₅는 R이다. 일부 구현예에서, X₂₆은 A 또는 S이다. 일부 구현예에서, X₂₆은 A이다. 일부 구현예에서, X₂₆은 S이다. 일부 구현예에서, X₂₇은 D 또는 S이다. 일부 구현예에서, X₂₇은 D이다. 일부 구현예에서, X₂₇은 S이다. 일부 구현예에서, X₂₈은 M 또는 V이다. 일부 구현예에서, X₂₈은 M이다. 일부 구현예에서, X₂₈은 V이다. 일부 구현예에서, X₂₉는 F 또는 Y이다. 일부 구현예에서, X₂₉는 F이다. 일부 구현예에서, X₂₉는 Y이다. 일부 구현예에서, X₃₀은 N 또는 R이다. 일부 구현예에서, X₃₀은 N이다. 일부 구현예에서, X₃₀은 R이다. 일부 구현예에서, X₃₁은 V 또는 Y이다. 일부 구현예에서, X₃₁은 V이다. 일부 구현예에서, X₃₁은 Y이다.

일부 구현예에서, 본원에 개시된 폴리펩티드는 V_L을 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리펩티드는 서열번호 50을 포함하는 V_L을 포함하며, 여기서:

X₃₂는 D 또는 E이거나;

X₃₃은 Q 또는 V이거나;

X₃₄는 L 또는 M이거나;

X₃₅는 G 또는 S이거나;

X₃₆은 S 또는 T이거나;

X₃₇은 A 또는 L이거나;

X₃₈은 P 또는 V이거나;

X₃₉는 D 또는 E이거나;

X₄₀은 A 또는 V이거나;

X₄₁은 I 또는 L이거나;

X₄₂는 S 또는 T이거나;

X₄₃은 E 또는 G이거나;

X₄₄는 A, N 또는 S이거나;

X₄₅는 L 또는 Y이거나;

X₄₆은 E 또는 G이거나;

X₄₇은 K 또는 Q이거나;

X₄₈은 K 또는 R이거나;

X₄₉는 S 또는 T이거나;

X₅₀은 A 또는 Q이거나;

X₅₁은 S 또는 T이거나;

X₅₂는 I 또는 V이거나;

X₅₃은 D 또는 S이거나;

X₅₄는 R 또는 S이거나;

X₅₅는 E 또는 Q이거나;

X₅₆은 T 또는 V이거나;

X₅₇은 L 또는 Q이거나;

X₅₈은 L 또는 V이거나,

또는 전술한 것의 임의의 조합이다.

서열번호 50으로 확인된 서열이 아래에 나타나 있으며, 이는 본원에서 서열번호 47 내지 49에 대한 컨센서스 V_L 서열이다.

일부 구현예에서, X₃₂는 D 또는 E이다. 일부 구현예에서, X₃₂는 D이다. 일부 구현예에서, X₃₂는 E이다. 일부 구현예에서, X₃₃은 Q 또는 V이다. 일부 구현예에서, X₃₃은 Q이다. 일부 구현예에서, X₃₃은 V이다. 일부 구현예에서, X₃₄는 L 또는 M이다. 일부 구현예에서, X₃₄는 L이다. 일부 구현예에서, X₃₄는 M이다. 일부 구현예에서, X₃₅는 G 또는 S이다. 일부 구현예에서, X₃₅는 G이다. 일부 구현예에서, X₃₅는 S이다. 일부 구현예에서, X₃₆은 S 또는 T이다. 일부 구현예에서, X₃₆은 S이다. 일부 구현예에서, X₃₆은 T이다. 일부 구현예에서, X₃₇은 A 또는 L이다. 일부 구현예에서, X₃₇은 A이다. 일부 구현예에서, X₃₇은 L이다. 일부 구현예에서, X₃₈은 P 또는 V이다. 일부 구현예에서, X₃₈은 P이다. 일부 구현예에서, X₃₈은 V이다. 일부 구현예에서, X₃₉는 D 또는 E이다. 일부 구현예에서, X₃₉는 D이다. 일부 구현예에서, X₃₉는 E이다. 일부 구현예에서, X₄₀은 A 또는 V이다. 일부 구현예에서, X₄₀은 A이다. 일부 구현예에서, X₄₀은 V이다. 일부 구현예에서, X₄₁은 I 또는 L이다. 일부 구현예에서, X₄₁은 I이다. 일부 구현예에서, X₄₁은 L이다. 일부 구현예에서, X₄₂는 S 또는 T이다. 일부 구현예에서, X₄₂는 S이다. 일부 구현예에서, X₄₂는 T이다. 일부 구현예에서, X₄₃은 E 또는 G이다. 일부 구현예에서, X₄₃은 E이다. 일부 구현예에서, X₄₃은 G이다. 일부 구현예에서, X₄₄는 A, N 또는 S이다. 일부 구현예에서, X₄₄는 A이다. 일부 구현예에서, X₄₄는 N이다. 일부 구현예에서, X₄₄는 S이다. 일부 구현예에서, X₄₅는 L 또는 Y이다. 일부 구현예에서, X₄₅는 L이다. 일부 구현예에서, X₄₅는 Y이다. 일부 구현예에서, X₄₆은 E 또는 G이다. 일부 구현예에서, X₄₆은 E이다. 일부 구현예에서, X₄₆은 G이다. 일부 구현예에서, X₄₇은 K 또는 Q이다. 일부 구현예에서, X₄₇은 K이다. 일부 구현예에서, X₄₇은 Q이다. 일부 구현예에서, X₄₈은 K 또는 R이다. 일부 구현예에서, X₄₈은 K이다. 일부 구현예에서, X₄₈은 R이다. 일부 구현예에서, X₄₉는 S 또는 T이다. 일부 구현예에서, X₄₉은 S이다. 일부 구현예에서, X₄₉는 T이다. 일부 구현예에서, X₅₀은 A 또는 Q이다. 일부 구현예에서, X₅₀은 A이다. 일부 구현예에서, X₅₀은 Q이다. 일부 구현예에서, X₅₁은 S 또는 T이다. 일부 구현예에서, X₅₁은 S이다. 일부 구현예에서, X₅₁은 T이다. 일부 구현예에서, X₅₂는 I 또는 V이다. 일부 구현예에서, X₅₂는 I이다. 일부 구현예에서, X₅₂는 V이다. 일부 구현예에서, X₅₃은 D 또는 S이다. 일부 구현예에서, X₅₃은 D이다. 일부 구현예에서, X₅₃은 S이다. 일부 구현예에서, X₅₄는 R 또는 S이다. 일부 구현예에서, X₅₄는 R이다. 일부 구현예에서, X₅₄는 S이다. 일부 구현예에서, X₅₅는 E 또는 Q이다. 일부 구현예에서, X₅₅는 E이다. 일부 구현예에서, X₅₅는 Q이다. 일부 구현예에서, X₅₆은 T 또는 V이다. 일부 구현예에서, X₅₆은 T이다. 일부 구현예에서, X₅₆은 V이다. 일부 구현예에서, X₅₇은 L 또는 Q이다. 일부 구현예에서, X₅₇은 L이다. 일부 구현예에서, X₅₇은 Q이다. 일부 구현예에서, X₅₈은 L 또는 V이다. 일부 구현예에서, X₅₈은 L이다. 일부 구현예에서, X₅₈은 V이다.

일부 구현예에서, 폴리펩티드는 각각 서열번호 4, 서열번호 5, 서열번호 6, 서열번호 7, 서열번호 8, 서열번호 9, 서열번호 10, 서열번호 41 또는 서열번호 42, 서열번호 43, 서열번호 44 또는 서열번호 45의 HCDR1, HCDR2 및 HCDR3과 동일한 HCDR1, HCDR2 및 HCDR3을 포함하는 V_H를 포함한다(서열번호 4 내지 10 및 41 내지 45에 대해서는 표 1 참조, 상응하는 HCDR1, HCDR2 및 HCDR3 서열에 대해서는 도 2a, 3a 및 4a 참조).

일부 구현예에서, 폴리펩티드는 각각 서열번호 13, 서열번호 14, 서열번호 15, 서열번호 47, 서열번호 48 또는 서열번호 49의 LCDR1, LCDR2 및 LCDR3과 동일한 LCDR1, LCDR2 및 LCDR3을 포함하는 V_L을 포함한다(서열번호 13 내지 15 및 47 내지 49에 대해서는 표 1 참조, 상응하는 LCDR1, LCDR2 및 LCDR3 서열에 대해서는 도 2b, 3b 및 4b 참조).

일부 구현예에서, 폴리펩티드는 서열번호 4/서열번호 13, 서열번호 5/서열번호 13, 서열번호 6/서열번호 13, 서열번호 7/서열번호 14, 서열번호 8/서열번호 15, 서열번호 9/서열번호 13, 서열번호 10/서열번호 13, 서열번호 41/서열번호 13, 서열번호 42/서열번호 13, 서열번호 43/서열번호 47, 서열번호 44/서열번호 48 또는 서열번호 45/서열번호 49로부터 선택되는 V_H/V_L 조합의 파라토프와 동일한 파라토프를 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리펩티드는 서열번호 4/서열번호 13, 서열번호 5/서열번호 13, 서열번호 6/서열번호 13, 서열번호 7/서열번호 14, 서열번호 8/서열번호 15, 서열번호 9/서열번호 13, 서열번호 10/서열번호 13, 서열번호 41/서열번호 13, 서열번호 42/서열번호 13, 서열번호 43/서열번호 47, 서열번호 44/서열번호 48 또는 서열번호 45/서열번호 49로부터 선택되는 V_H/V_L 조합의 파라토프와 1 내지 3(예를 들어, 1, 2 또는 3)개의 잔기의 치환에 의해 상이한 파라토프를 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리펩티드는 서열번호 3/서열번호 12로부터 선택되는 V_H/V_L 조합의 파라토프와 동일한 파라토프를 포함한다.

일부 구현예에서, 본원에 개시된 폴리펩티드는 서열번호 3과 적어도 약 70% 동일한 V_H를 포함한다. 예를 들어, V_H는 서열번호 3과 적어도 약 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일할 수 있다. 일부 구현예에서, V_H는 서열번호 3과 적어도 약 85% 또는 적어도 약 90% 동일하다. 서열번호 3으로 확인된 서열은 아래에 나타나 있으며, 이는 뮤린 V_H 도메인에 상응한다:

일부 구현예에서, 본원에 개시된 폴리펩티드는 서열번호 4, 서열번호 5, 서열번호 6, 서열번호 7, 서열번호 8, 서열번호 9, 서열번호 10, 서열번호 41, 서열번호 42, 서열번호 43, 서열번호 44 또는 서열번호 45, 또는 전술한 것의 조합과 적어도 약 70% 동일한 V_H를 포함한다. 예를 들어, V_H는 서열번호 4, 서열번호 5, 서열번호 6, 서열번호 7, 서열번호 8, 서열번호 9, 서열번호 10, 서열번호 41, 또는 서열번호 42, 또는 전술한 것의 조합과 적어도 약 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일할 수 있다. 일부 구현예에서, V_H는 서열번호 4, 서열번호 5, 서열번호 6, 서열번호 7, 서열번호 8, 서열번호 9, 서열번호 10, 서열번호 41, 서열번호 42, 서열번호 43, 서열번호 44 또는 서열번호 45, 또는 전술한 것의 조합과 적어도 약 85% 또는 적어도 약 90% 동일하다.

일부 구현예에서, 본원에 개시된 폴리펩티드는 서열번호 12와 적어도 약 70% 동일한 V_L을 포함한다. 예를 들어, V_L은 서열번호 12와 적어도 약 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일할 수 있다. 일부 구현예에서, V_L은 서열번호 12와 적어도 약 85% 또는 적어도 약 90% 동일하다. 서열번호 12로 확인된 서열은 아래에 나타나 있으며, 이는 뮤린 V_L 도메인에 상응한다:

일부 구현예에서, 본원에 개시된 폴리펩티드는 서열번호 13, 서열번호 14, 서열번호 15, 서열번호 47, 서열번호 48 또는 서열번호 49, 또는 전술한 것의 조합과 적어도 약 70% 동일한 V_L을 포함한다. 예를 들어, V_L은 서열번호 13, 서열번호 14, 서열번호 15, 서열번호 47, 서열번호 48 또는 서열번호 49, 또는 전술한 것의 조합과 적어도 약 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일할 수 있다. 일부 구현예에서, V_L은 서열번호 13, 서열번호 14, 서열번호 15, 또는 전술한 것의 조합과 적어도 85% 동일하다. 일부 구현예에서, V_L은 서열번호 13, 서열번호 14, 서열번호 15, 서열번호 47, 서열번호 48 또는 서열번호 49, 또는 전술한 것의 조합과 적어도 약 85% 또는 적어도 약 90% 동일하다.

일부 구현예에서, 본원에 개시된 폴리펩티드는 서열번호 3에 비해 적어도 1개의 아미노산 치환을 포함하는 V_H를 포함한다. 예를 들어, 아미노산 치환의 수는 적어도 약 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 또는 20, 또는 약 1 내지 20, 1 내지 19, 2 내지 19, 2 내지 18, 2 내지 17, 3 내지 17, 3 내지 16, 4 내지 16, 4 내지 15, 5 내지 15, 5 내지 14, 6 내지 14, 6 내지 13, 7 내지 13, 7 내지 12, 8 내지 12, 8 내지 11 또는 9 내지 11개일 수 있다. 일부 구현예에서, V_H는 서열번호 3에 비해 약 1 내지 10개의 아미노산 치환을 포함한다.

일부 구현예에서, 본원에 개시된 폴리펩티드는 서열번호 4, 서열번호 5, 서열번호 6, 서열번호 7, 서열번호 8, 서열번호 9, 서열번호 10, 서열번호 41, 서열번호 42, 서열번호 43, 서열번호 44 또는 서열번호 45, 또는 전술한 것의 조합에 비해 적어도 하나의 아미노산 치환을 포함하는 V_H를 포함한다. 예를 들어, 아미노산 치환의 수는 적어도 약 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 또는 20, 또는 약 1 내지 20, 1 내지 19, 2 내지 19, 2 내지 18, 2 내지 17, 3 내지 17, 3 내지 16, 4 내지 16, 4 내지 15, 5 내지 15, 5 내지 14, 6 내지 14, 6 내지 13, 7 내지 13, 7 내지 12, 8 내지 12, 8 내지 11 또는 9 내지 11개일 수 있다. 일부 구현예에서, V_H는 서열번호 4, 서열번호 5, 서열번호 6, 서열번호 7, 서열번호 8, 서열번호 9, 서열번호 10, 서열번호 41, 서열번호 42, 서열번호 43, 서열번호 44 또는 서열번호 45, 또는 전술한 것의 조합에 비해 약 1 내지 10개의 아미노산 치환을 포함한다.

일부 구현예에서, 본원에 개시된 폴리펩티드는 서열번호 12에 비해 적어도 1개의 아미노산 치환을 포함하는 V_L을 포함한다. 예를 들어, 아미노산 치환의 수는 적어도 약 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 또는 20, 또는 약 1 내지 20, 1 내지 19, 2 내지 19, 2 내지 18, 2 내지 17, 3 내지 17, 3 내지 16, 4 내지 16, 4 내지 15, 5 내지 15, 5 내지 14, 6 내지 14, 6 내지 13, 7 내지 13, 7 내지 12, 8 내지 12, 8 내지 11 또는 9 내지 11개일 수 있다. 일부 구현예에서, V_L은 서열번호 12에 비해 약 1 내지 10개의 아미노산 치환을 포함한다.

일부 구현예에서, 본원에 개시된 폴리펩티드는 서열번호 13, 서열번호 14, 또는 서열번호 15, 또는 전술한 것의 조합에 비해 적어도 1개의 아미노산 치환을 포함하는 V_L을 포함한다. 예를 들어, 아미노산 치환의 수는 적어도 약 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 또는 20, 또는 약 1 내지 20, 1 내지 19, 2 내지 19, 2 내지 18, 2 내지 17, 3 내지 17, 3 내지 16, 4 내지 16, 4 내지 15, 5 내지 15, 5 내지 14, 6 내지 14, 6 내지 13, 7 내지 13, 7 내지 12, 8 내지 12, 8 내지 11 또는 9 내지 11개일 수 있다. 일부 구현예에서, V_L은 서열번호 13, 서열번호 14, 또는 서열번호 15, 서열번호 47, 서열번호 48, 또는 서열번호 49 또는 전술한 것의 조합에 비해 약 1 내지 10개의 아미노산 치환을 포함한다.

일부 구현예에서, 아미노산 치환은 보존적 치환이다. 용어 "보존적 아미노산 치환(들)" 또는 "보존적 치환(들)"은 BLOSUM62에서 0 이상의 값을 갖는 아미노산 치환을 지칭한다.

일부 구현예에서, 아미노산 치환은 고도로 보존적인 치환이다. "고도로 보존적인 아미노산 치환(들)" 또는 "고도로 보존적인 치환(들)"이라는 용어는 BLOSUM62에서 적어도 1(예를 들어, 적어도 2)의 값을 갖는 아미노산 치환을 의미한다.

일부 구현예에서, 본원에 개시된 폴리펩티드는 서열번호 3을 포함하는 V_H를 포함한다. 일부 구현예에서, 본원에 개시된 폴리펩티드는 서열번호 4, 서열번호 5, 서열번호 6, 서열번호 7, 서열번호 8, 서열번호 9, 서열번호 10, 서열번호 41, 서열번호 42, 서열번호 43, 서열번호 44 또는 서열번호 45를 포함하는 V_H를 포함한다.

일부 구현예에서, 본원에 개시된 폴리펩티드는 서열번호 12를 포함하는 V_L을 포함한다. 일부 구현예에서, 본원에 개시된 폴리펩티드는 서열번호 13, 서열번호 14, 서열번호 15, 서열번호 47, 서열번호 48 또는 서열번호 49를 포함하는 V_L을 포함한다.

일부 구현예에서, 본원에 개시된 폴리펩티드는 다음을 포함한다:

a) 서열번호 4, 서열번호 5, 서열번호 6, 서열번호 9, 서열번: 10, 서열번호 41 또는 서열번호 42를 포함하는 V_H; 및

b) 서열번호 13을 포함하는 V_L.

a) 서열번호 7을 포함하는 V_H; 및

b) 서열번호 14을 포함하는 V_L.

a) 서열번호 8을 포함하는 V_H; 및

b) 서열번호 15을 포함하는 V_L.

일부 구현예에서, 본원에 개시된 폴리펩티드는 인간화되거나, 인간 프레임워크 영역을 함유하거나, 이들의 조합을 포함하는 V_H 및 V_L을 포함한다.

a) 서열번호 43을 포함하는 V_H; 및

b) 서열번호 47을 포함하는 V_L.

a) 서열번호 44을 포함하는 V_H; 및

b) 서열번호 48을 포함하는 V_L.

a) 서열번호 45을 포함하는 V_H; 및

b) 서열번호 49을 포함하는 V_L.

일부 구현예에서, 본원에 개시된 폴리펩티드는 항체(예를 들어, 전체 항체, 온전한 항체) 또는 항체의 항원-결합 단편과 같은 면역글로불린 분자이다.

일부 구현예에서, 본원에 개시된 폴리펩티드는 항체이다. 본원에서 사용되는 용어 "항체"는 면역글로불린 분자의 가변 영역에 위치한 적어도 하나의 항원 인식 부위를 통해 탄수화물, 폴리뉴클레오티드, 지질, 폴리펩티드 등과 같은 표적에 특이적으로 결합할 수 있는 면역글로불린 분자를 지칭한다. 본원에서 사용되는 용어 "항체"는 이황화 결합에 의해 상호 연결된 2개의 중쇄(H) 및 2개의 경쇄(L)를 포함하는 전장 항체 또는 이의 다량체(예를 들어, IgM)를 지칭한다. 각각의 중쇄는 중쇄 가변 영역(V_H) 및 중쇄 불변 영역(도메인 CH1, 힌지 CH2 및 CH3 포함)을 포함한다. 각 경쇄는 경쇄 가변 영역(V_L)과 경쇄 불변 영역(CL)을 포함한다. V_H 및 V_L 영역은 프레임워크 영역(FR) 내에 산재된 상보성 결정 영역(CDR)이라고 하는 초가변 영역으로 더 세분될 수 있다. V_H 및 V_L은 각각 FR1, CDR1, FR2, CDR2, FR3, CDR3 및 FR4의 순서로 아미노-말단에서 카복시-말단까지 배열된 3개의 CDR 및 4개의 FR 세그먼트를 포함한다. 항체는 뮤린 항체, 인간 항체 또는 인간화 항체와 같은 임의의 종의 것일 수 있다.

프레임워크 영역 및 항체의 CDR의 범위는, 예를 들어 카밧 정의, 초티아 정의, AbM 정의 및/또는 접촉 정의에 의해 당업계에 잘 알려진 여러 적합한 방법 중 하나를 사용하여 확인할 수 있다. 프레임워크 및/또는 CDR 영역을 확인하기 위한 공개적으로 및/또는 상업적으로 이용가능한 도구에는 IgBlast(www.ncbi.nlm.nih.gov/igblast/에서 접근가능함), Scaligner(drugdesigntech at www.scaligner.com/의 drugdesigntech으로부터 접근가능함), IMGT 규칙 및/또는 도구(예를 들어, www.imgt.org/IMGTScientificChart/Nomenclature/IMGT-FRCDRdefinition.html 참조; 또한 www.imgt.org/에서 접근가능함), 초티아 정규 어사인먼트(Chothia Canonical Assignment)(www.bioinf.org.uk/abs/chothia.html에서 접근가능함), 항원 수용체 넘버링 및 수용체 분류(ANARCI, opig.stats.ox.ac.uk/webapps/newsabdab/sabpred/anarci/에서 접근가능함), 또는 파라톰(Paratome) 웹 서버(www.ofranlab.org/paratome/에서 접근가능함, 문헌[Vered Kunik, et al, Nucleic Acids Research, Volume 40, Issue W1, 1 July 2012, Pages W521-W524] 참조)를 포함한다.

본원에서 사용되는 바와 같이, "CDR"은 항체 상의 CDR 잔기를 확인하기 위한 당해 분야에서 인정된 방법에 의해 정의된 임의의 CDR을 포함한다. 예를 들어, 문헌[Kabat, E.A., et al., (1991) Sequences of Proteins of Immunological Interest, Fifth Edition, U.S. Department of Health and Human Services, NIH Publication No. 91-3242, Chothia et al., (1989) Nature 342:877; Chothia, C. et al., (1987) J. Mol. Biol. 196:901-917; Al-lazikani et al., (1997) J. Molec. Biol. 273:927-948; and Almagro, J. Mol. Recognit. 17:132-143 (2004)]를 참조한다. 또한, hgmp.mrc.ac.uk 및 bioinf.org.uk/abs를 참조한다. 동일한 방법을 사용하여 두 항체에 대해 CDR의 동일성을 결정할 때, 2개의 항체는 HCDR1, HCDR2, HCDR3, LCDR1, LCDR2 및/또는 LCDR3에 대해 서로 동일한 CDR을 갖는 것으로 결정된다.

일부 구현예에서, 본원에 개시된 폴리펩티드는 항원-결합 단편이다. 용어 "항원-결합 단편"은 모 전장 항체의 항원 결합 특성을 보유하는 면역글로불린 분자(예를 들어, 항체)의 일부를 지칭한다. 항원-결합 단편의 비제한적 예는 V_H 영역, V_L 영역, Fab 단편, F(ab')₂ 단편, Fd 단편, Fv 단편, 및 하나의 V_H도메인 또는 하나의 V_L 도메인 등으로 이루어진 도메인 항체(dAb)를 포함한다. V_H 및 V_L 도메인은 합성 링커를 통해 함께 연결되어 V_H 및 V_L 도메인이 단일 사슬 Fv(scFv) 또는 디아바디와 같은 1가 항원 결합 부위를 형성하기 위해 별도의 사슬에 의해 발현되는 경우에 V_H/V_L 도메인은 분자 내에서 또는 분자간에서 쌍을 이루는 다양한 유형의 단일-사슬 항체 설계를 형성할 수 있다. 일부 구현예에서, 본원에 개시된 폴리펩티드는 Fab, F(ab')₂, Fab', scFv 또는 Fv로부터 선택되는 항원 결합 단편이다. 일부 구현예에서, 폴리펩티드는 scFv이다.

일부 구현예에서, 본원에 개시된 폴리펩티드(예를 들어, 항체 또는 항원-결합 단편)는 세포-기반 요법에 혼입된다. 일부 구현예에서, 폴리펩티드는 조작된 T 세포 수용체이다. 일부 구현예에서, 폴리펩티드는 키메라 항원 수용체(CAR)(예를 들어, T(CAR-T) 세포, 자연 살해(CAR-NK) 세포 또는 대식세포(CAR-M) 세포에서 발현됨)이다. 일부 구현예에서, CAR은 막횡단 도메인 및 항원-인식 모이어티를 포함하고, 여기서 항원-인식 모이어티는 SARS-CoV-2(예를 들어, RBD 11)에 결합한다.

일부 구현예에서, 폴리펩티드는 항체 모방체이다. "항체 모방체"라는 용어는 항원에 결합하는 항체의 능력을 모방할 수 있지만 구조적으로 천연 항체 구조와 다른 폴리펩티드를 지칭한다. 항체 모방체의 비제한적 예는 애드넥틴, 아피바디, 아필린, 아피머, 아피틴, 알파바디, 안티칼린, 아비머, DARPin, 파이노머, 쿠니츠 도메인 펩티드, 모노바디, 나노바디, 나노CLAMP 및 베르사바디를 포함한다.

일부 구현예에서, 본 발명의 폴리펩티드는 야생형 SARS-CoV-1-스파이크, SARS-CoV-1-스파이크 변이체 또는 이들의 조합에 결합하기 위해 참조 항체와 경쟁하며, 여기서 참조 항체는 야생형 SARS-CoV-1-스파이크에 특이적으로 결합한다. 용어 "특이적으로 결합하는" 또는 "특이적으로 결합한다"는 다른 항원 또는 아미노산 서열에 비해 항체 또는 이의 항원-결합 단편 및 이의 에피토프 사이의 우선적인 상호작용, 즉 상당히 더 높은 결합 친화도를 지칭한다. 일부 구현예에서, 참조 항체는 서열번호 3의 V_H 서열 및 서열번호 12의 V_L 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 참조 항체는 각각 서열번호 17, 서열번호 21 및 서열번호 24의 HCDR1, HCDR2 및 HCDR3 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 참조 항체는 각각 서열번호 32, 서열번호 33 및 서열번호 35의 LCDR1, LCDR2 및 LCDR3 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 참조 항체는 각각 서열번호 17, 서열번호 21 및 서열번호 24의 HCDR1, HCDR2 및 HCDR3 서열을 포함하고; 각각 서열번호 32, 서열번호 33 및 서열번호 35의 LCDR1, LCDR2 및 LCDR3 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, 폴리펩티드는 다음을 추가로 포함한다:

a) 항체 중쇄 불변 영역 서열;

b) 항체 경쇄 불변 영역 서열; 또는

c) 항체 중쇄 불변 영역 서열 및 항체 경쇄 불변 영역 서열 둘 다.

일부 구현예에서, 항체 중쇄 불변 영역은 IgA 불변 영역, IgD 불변 영역, IgE 불변 영역, IgG 불변 영역 및 IgM 불변 영역으로 이루어진 군으로부터 선택된다. 일부 구현예에서, IgG 불변 영역은 IgG1 불변 영역, IgG2 불변 영역, IgG3 불변 영역 또는 IgG4 불변 영역이다. 일부 구현예에서, IgG2 불변 영역은 IgG2a, IgG2b 불변 영역 또는 IgG2c 불변 영역이다. 일부 구현예에서, IgA 불변 영역은 IgA1 불변 영역 또는 IgA2 불변 영역이다. 일부 구현예에서, 항체 중쇄 불변 영역은 IgG1 불변 영역(예를 들어, IGHV1-5)이다.

일부 구현예에서, 항체 경쇄 불변 영역은 κ 불변 영역 및 λ 불변 영역으로 이루어진 군으로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 항체 경쇄 불변 영역은 κ 불변 영역이다.

일부 구현예에서, 항체 중쇄 불변 영역은 IgG1 불변 영역이고, 항체 경쇄 불변 영역은 κ 불변 영역이다.

일부 구현예에서, 항체 중쇄 불변 영역 서열은 서열번호 38과 적어도 약 60% 동일할 수 있다. 예를 들어, 항체 중쇄 불변 영역 서열은 서열번호 38과 적어도 약 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일할 수 있다. 일부 구현예에서, 항체 중쇄 불변 영역 서열은 서열번호 38과 적어도 약 70% 또는 적어도 약 80% 동일하다. 서열번호 38로 확인된 서열은 아래에 나타나 있다:

일부 구현예에서, 항체 경쇄 불변 영역 서열은 서열번호 39 또는 서열번호 40과 적어도 약 60% 동일하다. 예를 들어, 항체 경쇄 불변 영역 서열은 서열번호 39 또는 서열번호 40과 적어도 약 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일할 수 있다. 일부 구현예에서, 항체 경쇄 불변 영역 서열은 서열번호 39 또는 서열번호 40과 적어도 약 70% 또는 적어도 약 80% 동일하다. 서열번호 39 및 서열번호 40으로 확인된 서열은 아래에 나타나 있다:

일부 구현예에서, 항체 중쇄 불변 영역 서열은 서열번호 38에 비해 적어도 1개의 아미노산 치환을 포함한다. 예를 들어, 아미노산 치환의 수는 적어도 약 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 또는 20, 또는 약 1 내지 20, 1 내지 19, 2 내지 19, 2 내지 18, 2 내지 17, 3 내지 17, 3 내지 16, 4 내지 16, 4 내지 15, 5 내지 15, 5 내지 14, 6 내지 14, 6 내지 13, 7 내지 13, 7 내지 12, 8 내지 12, 8 내지 11 또는 9 내지 11개일 수 있다. 일부 구현예에서, 항체 중쇄 불변 영역 서열은 서열번호 38에 비해 약 1 내지 10개의 아미노산 치환을 포함한다.

일부 구현예에서, 항체 경쇄 불변 영역 서열은 서열번호 39 또는 서열번호 40에 비해 적어도 1개의 아미노산 치환을 포함한다. 예를 들어, 아미노산 치환의 수는 적어도 약 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 또는 20, 또는 약 1 내지 20, 1 내지 19, 2 내지 19, 2 내지 18, 2 내지 17, 3 내지 17, 3 내지 16, 4 내지 16, 4 내지 15, 5 내지 15, 5 내지 14, 6 내지 14, 6 내지 13, 7 내지 13, 7 내지 12, 8 내지 12, 8 내지 11 또는 9 내지 11개일 수 있다. 일부 구현예에서, 항체 경쇄 불변 영역 서열은 서열번호 39 또는 서열번호 40에 비해 약 1 내지 10개의 아미노산 치환을 포함한다.

일부 구현예에서, 아미노산 치환은 보존적 치환이다. 일부 구현예에서, 아미노산 치환은 고도로 보존적인 치환이다.

일부 구현예에서, 본 발명의 폴리펩티드는 분리된 폴리펩티드이다. 일부 구현예에서, 분리된 폴리펩티드는 재조합적으로 생성된다. 일부 구현예에서, 분리된 폴리펩티드는 합성적으로 생성된다.

일부 구현예에서, 폴리펩티드는 이종 모이어티에 접합된다. 용어 "접합된"은 공유 또는 비공유 상호작용을 통해 부착된 것을 지칭한다. 접합은 임의의 적합한 연결제를 사용할 수 있다. 비-제한적 예는 펩티드 링커, 화합물 링커 및 화학적 가교제를 포함한다.

일부 구현예에서, 이종 모이어티는 치료제, 진단제 또는 이들의 조합이다. 일부 구현예에서, 이종 모이어티는 폴리에틸렌 글리콜(PEG), 헥사데카노산, 하이드로겔, 나노입자, 다량체화 도메인 및 담체 펩티드이다.

일부 구현예에서, 나노입자는 지질 나노입자이다. 일부 구현예에서, 나노입자는 중합체 나노입자이다. 일부 구현예에서, 중합체는 양친매성 중합체이다. 다른 구현예에서, 중합체는 소수성 또는 친수성 중합체이다. 중합체의 비-제한적 예는 폴리(락트산)-폴리(에틸렌 글리콜), 폴리(락트-코-글리콜산)-폴리(에틸렌 글리콜), 폴리(락트-코-글리콜)산(PLGA), 폴리(락트-코-글리콜산)-d-α-토코페릴 폴리에틸렌 글리콜 석시네이트, 폴리(락트-코-글리콜산)-에틸렌 옥사이드 푸마레이트, 폴리(글리콜산)-폴리(에틸렌 글리콜), 폴리카프로락톤-폴리(에틸렌 글리콜), 또는 이의 염을 포함한다. 일부 구현예에서, 중합체 나노입자는 폴리(락트-코-글리콜)산(PLGA)을 포함한다.

일부 구현예에서, 담체 폴리펩티드는 알부민 또는 Fc 폴리펩티드이다.

일부 구현예에서, 폴리펩티드는

a) SARS-CoV-2-스파이크의 수용체-결합 도메인에 있는 에피토프에 결합할 수 있거나;

b) 10 μM 이하의 친화도로 SARS-CoV-2에 결합하거나;

c) 안지오텐신-전환 효소 2(ACE2)에 대한 SARS-CoV-2의 결합을 감소시키거나;

d) 인간 세포에서 SARS-CoV-2의 감염성을 감소시키거나,

또는 전술한 것의 조합이다.

일부 구현예에서, 폴리펩티드는 SARS-CoV-2-스파이크의 수용체-결합 도메인에서 에피토프에 결합할 수 있다.

일부 구현예에서, 폴리펩티드는 약 10 μM 이하의 결합 상수(K_D)로 SARS-CoV-2-스파이크에 결합한다. "결합 상수", "평형 해리 상수" 또는 "친화도 상수"로도 지칭되는 본원에서 사용되는 용어 "K_D"는 2개의 분자 종(예를 들어, 항체 및 표적 단백질) 사이의 가역적 회합 정도의 척도이며, 실제 결합 친화도와 겉보기 결합 친화도를 둘 다 포함한다. 결합 친화도는, 예를 들어 바이오레이어(Biolayer) 간섭계(Octet, ForteBio) 또는 표면 플라즈몬 공명(Biacore) 시스템 및 검정을 사용하여 표면 플라즈몬 공명의 측정을 포함하는 당업계에 공지된 방법을 사용하여 결정될 수 있다. 결합 친화도 및 동역학을 측정하기 위한 다양한 표면 기술을 비교하는 참고 자료는 문헌[Yang, D., Singh, A., Wu, H., & Kroe-Barrett, R., Comparison of biosensor platforms in the evaluation of high affinity antibody-antigen binding kinetics, Analytical Biochemistry 508: 78-96 (2016)]이며, 이의 내용은 전체적으로 본원에 참조로 포함된다.

일부 구현예에서, 폴리펩티드는 약 5 μM, 2 μM, 1 μM, 500 nM, 200 nM, 100 nM, 50 nM, 20 nM, 10 nM, 5 nM, 2 nM, 1 nM, 0.5 nM, 0.2 nM 또는 0.1 nM 이하의 K_D로 SARS-CoV-2-스파이크에 결합한다. 일부 구현예에서, 폴리펩티드는 100 nM 이하의 K_D로 SARS-CoV-2에 결합한다.

일부 구현예에서, 폴리펩티드는 약 10^-10 내지 10^-5 M, 10^-10 내지 5×10^-6 M, 2×10^-10 내지 5×10^-6 M, 2×10^-10 내지 2×10^-6 M, 5×10^-1 내지 2×10^-6 M, 5×10^-10 내지 10^-7 M, 10^-9 내지 10^-7 M, 10^-9 내지 5×10^-8 M, 2×10^-9 내지 5×10^-8 M, 2×10^-9 내지 2×10^-8 M, 5×10^-9 내지 -2×10^-8 M 또는 5×10^-9 내지 10^-8 M의 K_D로 SARS-CoV-2-스파이크에 결합한다.

일부 구현예에서, 폴리펩티드(예를 들어, 전장 IgG1 항체)는 SARS-CoV-2-스파이크 또는 이의 단편(예를 들어, RBD5 에피토프) 또는 이의 변이체에 약 10^-6M 이하, 예를 들어 약 500 nM, 200 nM, 100 nM, 50 nM, 20 nM, 10 nM, 5 nM, 2 nM, 1 nM, 0.5 nM, 0.2 nM 또는 0.1 nM 이하; 또는 약 10^-10 내지 10^-6 M, 10^-10 내지 5×10^-7 M, 2×10^-10 내지 5×10^-7 M, 2×10^-10 내지 2×10^-7 M, 5×10^-10 내지 2×10^-7 M, 5×10^-10 내지 10^-7 M, 10^-9 내지 10^-7 M, 10^-9 내지 5×10^-8 M, 2×10^-9 내지 5×10^-8 M, 2×10^-9 내지 2×10^-8 M, 5×10^-9 내지 2×10^-8 M 또는 5×10^-9 내지 10^-8 M의 K_D로 결합한다.

일부 구현예에서, 폴리펩티드는 약 10 μM 이하의 K_D로 SARS-CoV-1-스파이크에 결합한다. 일부 구현예에서, K_D는 약 5 μM, 2 μM, 1 μM, 500 nM, 200 nM, 100 nM, 50 nM, 20 nM, 10 nM, 5 nM, 2 nM, 1 nM, 0.5 nM, 0.2 nM 또는 0.1 nM 이하이다. 일부 구현예에서, 폴리펩티드는 약 10^-10 내지 10^-5 M, 10^-10 내지 5×10^-6 M, 2×10^-10 내지 5×10^-6 M, 2×10^-10 내지 2×10^-6 M, 5×10^-10 내지 2×10^-6 M, 5×10^-10-10^-7 M, 10^-9 내지 10^-7 M, 10^-9 내지 5×10^-8 M, 2×10^-9 내지 5×10^-8 M, 2×10^-9 내지 2×10^-8 M, 5×10^-9 내지 2×10^-8 M 또는 5×10^-9 내지 10^-8 M의 K_D로 SARS-CoV-1-스파이크에 결합한다.

일부 구현예에서, 폴리펩티드(예를 들어, 전장 IgG1 항체)는 SARS-CoV-2-스파이크 또는 이의 단편(예를 들어, RBD5 에피토프) 또는 이의 변이체에 약 10⁶/Ms이하, 예를 들어 약 5×10⁵/Ms, 2×10⁵/Ms, 10⁵/Ms, 5×10⁴/Ms, 2×10⁴/Ms, 10⁴/Ms 이하; 또는 약 10⁴ 내지 10⁶/Ms, 10⁴ 내지 5×10⁵/Ms, 2×10⁴ 내지 5×10⁵/Ms, 2×10⁴ 내지 2×10⁵/Ms, 5×10⁴ 내지 2×10⁵/Ms 또는 5×10⁴ 내지 10⁵/Ms의 회합 상수로 결합한다.

일부 구현예에서, 폴리펩티드(예를 들어, 전장 IgG1 항체)는 SARS-CoV-2-스파이크 또는 이의 단편(예를 들어, RBD5 에피토프) 또는 이의 변이체에 10^-2/s 이하, 예를 들어 약 8×10^-3/s, 6×10^-3/s, 4×10^-3/s, 2×10^-3/s, 10^-3/s, 8×10^-4/s, 6×10^-4/s, 4×10^-4/s, 2×10^-4/s, 10^-4/s, 8×10^-5/s, 6×10^-5/s, 4×10^-5/s, 2×10^-5/s, 10^-5/s, 8×10^-6/s, 6×10^-6/s, 4×10^-6/s, 2×10^-6/s 또는 10^-6/s 이하; 또는 약 10^-6 내지 10^-2/s, 2×10^-6 내지 10^-2/s, 2×10^-6 내지 5×10^-3/s, 5×10^-6 내지 5×10^-3/s, 5×10^-6 내지 2×10^-3/s, 10^-5 내지 2×10^-3/s, 10^-5 내지 10^-3/s, 2×10^-5 내지 10^-3/s, 2×10^-5 내지 5×10^-4/s, 5×10^-5 내지 5×10^-4/s, 5×10^-5 내지 2×10^-4/s 또는 10^-4 내지 2×10^-4/s의 해리 상수로 결합한다.

일부 구현예에서, 폴리펩티드(예를 들어, 전장 IgG1 항체)는 SARS-CoV-2-스파이크 또는 이의 단편(예를 들어, RBD5 에피토프) 또는 이의 변이체에 약 0.05 이상, 예를 들어 약 0.1, 0.15, 0.2, 0.25, 0.3, 0.35, 0.4, 0.45, 0.5, 0.55, 0.6, 0.65, 0.7, 0.75 또는 0.8 이상; 또는 약 0.1 내지 0.8, 0.15 내지 0.8, 0.15 내지 0.75, 0.2 내지 0.75, 0.2 내지 0.7, 0.25 내지 0.7, 0.25 내지 0.65, 0.3 내지 0.65, 0.3 내지 0.6, 0.35 내지 0.6, 0.35 내지 0.55, 0.4 내지 0.55 또는 0.4 내지 0.5의 R_max로 결합한다.

일부 구현예에서, 폴리펩티드는 진입 수용체(예를 들어, ACE2)에 대한 SARS-CoV-2-스파이크의 결합을 감소시킨다.

일부 구현예에서, 진입 수용체는 ACE2이다. 일부 구현예에서, ACE2는 포유동물 ACE2이다. 일부 구현예에서, ACE2는 영장류 ACE2이다. 일부 구현예에서, 영장류 ACE2는 인간 ACE2(GeneID 59272; 예시적인 단백질 서열 NP_001358344.1)이다. 일부 구현예에서, 영장류 ACE2는 침팬지 ACE2(예를 들어, A0A2J8KU96, XP_016798468.1, XP_016798469.1, PNI38578.1), 마카크 ACE2(예를 들어, B6DUF2, NP_001129168.1, XP_024647450.1), 시노몰구스 ACE2(예를 들어, A0A2K5X283, XP_005593094.1) 및 이들의 조합로 이루어진 군으로부터 선택되는 비-인간 영장류 ACE2이다.

일부 구현예에서, 폴리펩티드는 SARS-CoV-2-스파이크의 세포 표적 수용체(예를 들어, ACE2)에 대한 결합을 적어도 약 10%, 예를 들어, 적어도 약 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 감소시킨다. 일부 구현예에서, 폴리펩티드는 ACE2에 대한 SARS-CoV-2-스파이크의 결합을 적어도 약 30% 감소시킨다.

일부 구현예에서, 폴리펩티드의 존재 하에 SARS-CoV-2-스파이크와 이의 세포 표적 수용체(예를 들어, ACE2) 사이의 결합 수준은 폴리펩티드 부재 하의 결합 수준에 비해 약 90% 미만, 예를 들어 약 85%, 80%, 75%, 70%, 65%, 60%, 55%, 50%, 45%, 40%, 35%, 30%, 25%, 20%, 15%, 10%, 9%, 8%, 7%, 6%, 5%, 4%, 3%, 2% 또는 1% 미만이다.

일부 구현예에서, 폴리펩티드의 존재 하에 SARS-CoV-2-스파이크와 이의 세포 표적 수용체(예를 들어, ACE2) 사이의 결합 수준은 폴리펩티드의 부재 하에서의 결합 수준에 비해 비해 약 1 내지 90%, 예를 들어 폴리펩티드의 부재 하에서의 결합 수준에 비해 약 2 내지 90%, 2 내지 85%, 3 내지 85%, 3 내지 80%, 4 내지 80%, 4 내지 75%, 5 내지 75%, 5 내지 70%, 6 내지 70%, 6 내지 65%, 7 내지 65%, 7 내지 60%, 8 내지 60%, 8 내지 55%, 9 내지 55%, 9 내지 50%, 10 내지 50%, 10 내지 45%, 15 내지 45%, 15 내지 40%, 20 내지 40%, 20 내지 35%, 25 내지 35% 또는 25 내지 30%이다.

일부 구현예에서, 폴리펩티드는 SARS-CoV-1-스파이크와 이의 세포 표적 수용체에 대한 결합을 적어도 약 10%, 예를 들어, 적어도 약 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 감소시킨다.

일부 구현예에서, 폴리펩티드(예를 들어, 전장 IgG1 항체)는 약 25,000 ng/mL 이하, 예를 들어 약 20,000 ng/mL, 15,000 ng/mL, 10,000 ng/mL, 5,000 ng/mL, 2,500 ng/mL, 1,000 ng/mL, 750 ng/mL, 500 ng/mL, 250 ng/mL, 100 ng/mL, 75 ng/mL, 50 ng/mL, 25 ng/mL 또는 10 ng/mL 이하; 예를 들어, 약 10 내지 25,000 ng/mL, 10 내지 20,000 ng/mL, 25 내지 20,000 ng/mL, 25 내지 15,000 ng/mL, 50 내지 15,000 ng/mL, 50 내지 10,000 ng/mL, 75 내지 10,000 ng/mL, 75 내지 5,000 ng/mL, 100 내지 5,000 ng/mL, 100 내지 2,500 ng/mL, 250 내지 2,500 ng/mL, 250 내지 1,000 ng/mL, 500 내지 1,000 ng/mL 또는 500 내지 750 ng/mL의 IC₅₀으로 인간 숙주 세포의 SARS-CoV-2 감염성을 중화시킨다.

일부 구현예에서, 폴리펩티드(예를 들어, 전장 IgG1 항체)는 약 50,000 ng/mL 이하, 예를 들어 약 25,000 ng/mL, 15,000 ng/mL, 10,000 ng/mL, 5,000 ng/mL, 2,500 ng/mL, 1,000 ng/mL, 750 ng/mL, 500 ng/mL, 250 ng/mL, 100 ng/mL, 75 ng/mL, 50 ng/mL, 25 ng/mL 또는 10 ng/mL 미만; 예를 들어, 약 10 내지 50,000 ng/mL, 10 내지 25,000 ng/mL, 25 내지 25,000 ng/mL, 25 내지 15,000 ng/mL, 50 내지 15,000 ng/mL, 50 내지 10,000 ng/mL, 75 내지 10,000 ng/mL, 75 내지 5,000 ng/mL, 100 내지 5,000 ng/mL, 100 내지 2,500 ng/mL, 250 내지 2,500 ng/mL, 250 내지 1,000 ng/mL, 500 내지 1,000 ng/mL 또는 500 내지 750 ng/mL의 IC₈₀으로 인간 숙주 세포의 SARS-CoV-2 감염성을 중화시킨다.

일부 구현예에서, 폴리펩티드는 숙주 프로테아제(예를 들어, 유형 II 막관통 세린 프로테아제(TMPRSS2))에 대한 SARS-CoV-2의 결합을 감소시킨다. 이론에 구속되지 않고, 1차 표적 세포 상에서 SARS-CoV-2-스파이크 활성화 및 초기 바이러스 진입을 매개하는 주요 숙주 프로테아제는 TMPRSS2이다.

일부 구현예에서, 숙주 프로테아제는 TMPRSS2이다. 일부 구현예에서, TMPRSS2는 포유동물 TMPRSS2이다. 일부 구현예에서, TMPRSS2는 영장류 TMPRSS2, 예를 들어, 인간 TMPRSS2 또는 비-인간 영장류 TMPRSS2(예를 들어, 침팬지 TMPRSS2, 마카크 TMPRSS2 또는 시노몰구스 TMPRSS2)이다.

일부 구현예에서, 폴리펩티드는 숙주 프로테아제(예를 들어, TMPRSS2)에 대한 SARS-CoV-2의 결합을 적어도 약 10%, 예를 들어 적어도 약 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%감소시킨다.

일부 구현예에서, 폴리펩티드의 존재 하에서 SARS-CoV-2와 숙주 프로테아제(예를 들어, TMPRSS2) 사이의 결합 수준은 폴리펩티드의 부재 하에서의 결합 수준에 비해 약 90% 미만, 예를 들어 약 85%, 80%, 75%, 70%, 65%, 60%, 55%, 50%, 45%, 40%, 35%, 30%, 25%, 20%, 15%, 10%, 9%, 8%, 7%, 6%, 5%, 4%, 3%, 2% 또는 1% 미만이다.

일부 구현예에서, 폴리펩티드의 존재 하에서 SARS-CoV-2와 숙주 프로테아제(예를 들어, TMPRSS2) 사이의 결합 수준은 폴리펩티드의 부재 하에서의 결합 수준에 비해 약 1 내지 90%, 예를 들어 폴리펩티드의 부재 하에서의 결합 수준에 비해 약 2 내지 90%, 2 내지 85%, 3 내지 85%, 3 내지 80%, 4 내지 80%, 4 내지 75%, 5 내지 75%, 5 내지 70%, 6 내지 70%, 6 내지 65%, 7 내지 65%, 7 내지 60%, 8 내지 60%, 8 내지 55%, 9 내지 55%, 9 내지 50%, 10 내지 50%, 10 내지 45%, 15 내지 45%, 15 내지 40%, 20 내지 40%, 20 내지 35%, 25 내지 35% 또는 25 내지 30%이다.

일부 구현예에서, 폴리펩티드는 SARS-CoV-2가 숙주 세포(예를 들어, 인간 숙주 세포)로의 진입을 감소시킨다. 일부 구현예에서, 폴리펩티드는 SARS-CoV-2의 숙주 세포로의 진입을 적어도 약 10%, 예를 들어 적어도 약 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 감소시킨다.

일부 구현예에서, 폴리펩티드는 숙주 세포(예를 들어, 인간 숙주 세포)에서 SARS-CoV-2의 감염성을 감소시킨다. 일부 구현예에서, 폴리펩티드는 숙주 세포(예를 들어, 인간 숙주 세포)에서 SARS-CoV-2의 감염성을 적어도 약 10%, 예를 들어 적어도 약 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 감소시킨다. 일부 구현예에서, 폴리펩티드는 인간 세포에서 SARS-CoV-2의 감염성을 적어도 약 30% 감소시킨다.

일부 구현예에서, 폴리펩티드는 숙주 세포(예를 들어, 인간 숙주 세포)에서 SARS-CoV-2의 재감염을 감소시킨다. 일부 구현예에서, 폴리펩티드는 숙주 세포(예를 들어, 인간 숙주 세포)에서 SARS-CoV-2의 재감염을 적어도 약 10%, 예를 들어, 적어도 약 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 감소시킨다. 일부 구현예에서, 폴리펩티드는 인간 세포에서 SARS-CoV-2의 재감염을 적어도 약 30% 감소시킨다.

감염성 또는 재감염은 슈도바이러스 중화 검정 또는 생 바이러스 중화 검정과 같은 기법을 사용하여 측정될 수 있다(문헌[Pinto et al., Cross-neutralization of SARS-CoV-2 by a human monoclonal SARS-CoV antibody, Nature 583: 290-95 (2020)] 참조, 그 내용은 본원에 참조로 포함됨). 키트, 예를 들어 GenScript cPass^™ SARS-CoV-2 중화 항체 검출 키트는 제조업체의 프로토콜에 따라 사용될 수 있다.

일부 구현예에서, 숙주 세포는 폐 유형 II 폐포세포, 회장 흡수성 장세포, 비강 술잔 분비 세포 및 이들의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된다.

융합 단백질

또 다른 양태에서, 본 발명은 본원에 기재된 폴리펩티드 중 하나 이상을 포함하는 융합 단백질을 제공한다.

용어 "융합 단백질"은 합성, 반-합성 또는 재조합 단일 단백질 분자를 지칭한다. 융합 단백질은 공유 결합(예를 들어, 펩티드 결합)에 의해 부착된 2개 이상의 상이한 단백질 및/또는 폴리펩티드의 전부 또는 일부를 포함할 수 있다.

본 발명의 융합 단백질은 당업계에 잘 알려진 통상적인 방법 및 시약을 사용하여 재조합적으로 또는 합성적으로 생성될 수 있다. 예를 들어, 본 발명의 융합 단백질은 당업계에 공지된 방법에 따라 적합한 숙주 세포(예를 들어, 박테리아)에서 재조합적으로 생성될 수 있다. 예를 들어, 문헌[Current Protocols in Molecular Biology, Second Edition, Ausubel et al. eds., John Wiley & Sons, 1992; and Molecular Cloning: a Laboratory Manual, 2nd edition, Sambrook et al., 1989, Cold Spring Harbor Laboratory Press]을 참조한다. 예를 들어, 본원에 기재된 융합 단백질을 인코딩하는 뉴클레오티드 서열을 포함하는 핵산 분자는 적합한 숙주 세포(예를 들어, 이. 콜라이(E. Coli))에 도입 및 발현될 수 있으며, 발현된 융합 단백질은 일상적인 방법과 쉽게 구할 수 있는 시약을 사용하여 숙주 세포(예를 들어, 봉입체에서)로부터 분리/정제될 수 있다. 예를 들어, 상이한 단백질 서열(예를 들어, 광-반응성 도메인, 이종 펩티드 성분)을 코딩하는 DNA 단편은 통상적인 기법에 따라 인-프레임으로 함께 결찰될 수 있다. 또 다른 구현예에서, 융합 유전자는 자동화 DNA 합성기를 포함하는 통상적인 기법에 의해 합성될 수 있다. 대안적으로, 핵산 단편의 PCR 증폭은 후속적으로 어닐링되고 재증폭되어 키메라 핵산 서열을 생성할 수 있는 2개의 연속 핵산 단편 사이에 상보적 오버행을 발생시키는 앵커 프라이머를 사용하여 수행될 수 있다(문헌[Ausubel et al., Current Protocols in Molecular Biology, 1992] 참조).

핵산, 발현 벡터, 발현 숙주 세포

또 다른 양태에서, 본 발명은 본원에 기재된 폴리펩티드 또는 융합 단백질 중 어느 하나를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 제공한다. 일부 구현예에서, 본 발명의 폴리펩티드 또는 융합 단백질은 단일 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된다. 일부 구현예에서, 본 발명의 폴리펩티드 또는 융합 단백질은 다중 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된다.

일부 구현예에서, 폴리뉴클레오티드는 선택된 숙주 세포에 대해 코돈-최적화된 뉴클레오티드 서열을 포함한다.

또 다른 양태에서, 본 발명은 본원에 기재된 임의의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하는 발현 벡터를 제공한다.

용어 "발현 벡터"는 발현 벡터가 적합한 발현 숙주 세포로 형질전환될 때 하나 이상의 단백질이 발현될 수 있는 복제가능한 핵산을 지칭한다.

일부 구현예에서, 발현 벡터는 폴리뉴클레오티드에 작동가능하게 연결된 발현 제어 폴리뉴클레오티드 서열, 선택가능한 마커를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열, 또는 둘 다를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 발현 제어 폴리뉴클레오티드 서열은 프로모터 서열, 인핸서 서열, 또는 둘 다를 포함한다. 일부 구현예에서, 발현 제어 폴리뉴클레오티드 서열은 유도성 프로모터 서열을 포함한다. "프로모터"라는 용어는 RNA 중합효소가 결합하여 유전자의 전사를 개시하는 DNA 영역을 지칭한다. 용어 "작동가능하게 연결된"은 핵산이 연결된 요소(예를 들어, 프로모터)의 제어 하에 핵산의 발현을 가능하게 하는 방식으로 재조합 폴리뉴클레오티드, 예를 들어 벡터에 위치함을 의미한다. "선택가능한 마커 요소"라는 용어는 인공 선택에 적합한 특성을 부여하는 요소이다. 선택가능한 마커 요소는 음성 또는 양성 선택 마커일 수 있다.

또 다른 양태에서, 본 발명은 본원에 기재된 임의의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드 또는 발현 벡터를 포함하는 발현 숙주 세포를 제공한다.

용어 "발현 숙주 세포"는 벡터를 수용, 유지, 재생산 및/또는 증폭하는 데 유용한 세포를 지칭한다.

발현 숙주 세포의 비-제한적 예는 하이브리도마 세포, 차이니즈 햄스터 난소(CHO) 세포, COS 세포, 인간 배아 신장(HEK)와 같은 포유동물 세포, 피치아 파스토리스(Pichia pastoris) 세포와 같은 효모 세포, 또는 DH5α와 같은 박테리아 세포 등을 포함한다.

조성물

또 다른 양태에서, 본 발명은 본원에 기재된 폴리펩티드 또는 융합 단백질 중 임의의 하나를 포함하는 조성물을 제공한다. 일부 구현예에서, 조성물은 약제학적 조성물이다.

일부 구현예에서, 조성물(예를 들어, 약제학적 조성물)은 약제학적으로 허용되는 담체, 부형제, 안정화제, 희석제 또는 강화제를 추가로 포함한다(Remington's Pharmaceutical Sciences 16th edition, Osol, A. Ed. (1980)). 적합한 약제학적으로 허용되는 담체, 부형제 또는 안정화제는 사용되는 투여량 및 농도에서 수용자에게 무독성이다. 약제학적으로 허용되는 담체, 부형제, 안정화제, 희석제 또는 강화제의 비-제한적 예는 완충제(예를 들어, 포스페이트, 시트레이트, 히스티딘), 항산화제(예를 들어, 아스코르브산 또는 메티오닌), 방부제, 단백질(예를 들어, 혈청 알부민, 젤라틴 또는 면역글로불린); 친수성 중합체, 아미노산, 탄수화물(예를 들어, 단당류, 이당류, 글루코스, 만노스 또는 덱스트린); 킬레이트제(예를 들어, EDTA), 당(예를 들어, 수크로스, 만니톨, 트레할로스 또는 소르비톨), 염-형성 반대-이온(예를 들어, 나트륨), 금속 착물(예를 들어, Zn-단백질 착물); 비-이온성 계면활성제(예를 들어, 트윈), PLURONICS^™ 및 폴리에틸렌 글리콜(PEG)을 포함한다.

일부 구현예에서, 본 발명의 조성물(예를 들어, 약제학적 조성물)은 적합한 투여 일정 및 경로를 위해 제형화된다. 투여 경로의 비-제한적 예는 경구, 직장, 점막, 정맥내, 근육내, 피하 및 국소 등을 포함한다. 일부 구현예에서, 본 발명의 조성물(예를 들어, 약제학적 조성물)은 수용액 또는 건조 제형(예를 들어, 동결건조) 형태로 저장된다.

일부 구현예에서, 조성물은 주입(예를 들어, 정맥내 주입)에 의해 투여되도록 제형화된다.

일부 구현예에서, 조성물은 병용 요법으로서 제2 치료제와 함께 투여되도록 제형화된다.

사용 방법

또 다른 양태에서, 본 발명은 약제학적으로 허용되는 담체 및 활성 성분으로서 본원에 기재된 폴리펩티드 또는 융합 단백질 중 임의의 하나를 포함하는 약제학적 조성물의 유효량을 대상체에게 투여하는 것을 포함하여, 대상체에서 SARS-CoV-2 감염 가능성을 감소시키는 방법을 제공한다.

일부 구현예에서, 대상체에서 SARS-CoV-2 감염의 가능성은 적어도 약 10%, 예를 들어, 적어도 약 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 감소된다.

일부 구현예에서, 폴리펩티드의 존재 하에 대상체에서 SARS-CoV-2 감염의 가능성은 폴리펩티드의 부재 하의 가능성에 비해 약 1 내지 90%, 예를 들어 약 2 내지 90%, 2 내지 85%, 3 내지 85%, 3 내지 80%, 4 내지 80%, 4 내지 75%, 5 내지 75%, 5 내지 70%, 6 내지 70%, 6 내지 65%, 7 내지 65%, 7 내지 60%, 8 내지 60%, 8 내지 55%, 9 내지 55%, 9 내지 50%, 10 내지 50%, 10 내지 45%, 15 내지 45%, 15 내지 40%, 20 내지 40%, 20 내지 35%, 25 내지 35% 또는 25 내지 30%이다.

"대상체" 또는 "환자"라는 용어는 동물(예를 들어, 포유동물)을 지칭한다. 본원에 기재된 방법에 따라 치료될 대상체는 특정 병태(예를 들어, COVID-19)로 진단된 사람이거나 이러한 병태가 발병할 위험이 있는 사람일 수 있다. 진단은 당업계에 공지된 임의의 방법 또는 기법에 의해 수행될 수 있다. 당업자는 본 개시내용에 따라 치료될 대상체가 표준 시험을 받았을 수 있거나 검사 없이 질병 또는 병태와 연관된 하나 이상의 위험 인자의 존재로 인해 위험에 처한 것으로 확인되었을 수 있음을 이해할 것이다.

일부 구현예에서, 대상체는 COVID-19를 갖는다. 일부 구현예에서, 대상체는 COVID-19로 진단받았다. 다른 구현예에서, 대상체는 COVID-19가 발병할 위험이 있다.

일부 구현예에서, 대상체는 포유동물이다. 일부 구현예에서, 대상체는 개, 고양이, 마우스, 래트, 햄스터, 기니피그, 말, 돼지, 양, 소, 침팬지, 마카크, 시노몰구스, 및 인간으로 이루어진 군으로부터 선택되는 포유동물이다. 일부 구현예에서, 대상체는 영장류이다. 일부 구현예에서, 대상체는 인간이다.

일부 구현예에서, 대상체는 심장병을 갖는다. 일부 구현예에서, 대상체는 선천성 심장 질병, 관상 동맥 질병, 고혈압성 심장 질병, 염증성 심장 질병, 폐 심장 질병, 류마티스성 심장 질병, 판막 심장 질병, 심근병증, 심부전 및 이들의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택되는 심장 질병을 갖는다. 일부 구현예에서, 대상체는 울혈성 심부전을 갖는다. 일부 구현예에서, 대상체는 심내막염, 심비대증, 심근염 및 이들의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택되는 염증성 심장 질병을 갖는다.

일부 구현예에서, 대상체는 당뇨병을 갖는다.

일부 구현예에서, 대상체는 폐 질병을 갖는다. 폐 질병의 비-제한적 예는 급성 호흡 곤란 증후군, 천식, 기관지염, COPD, 폐기종, 폐 종양, 흉강 질병(예를 들어, 흉막 중피종 또는 긴장성 기흉), 폐혈관 질병(예를 들어, 색전증, 부종, 동맥 고혈압 또는 출혈), 기도 감염(예를 들어, 폐렴 또는 기타 상부 또는 하부 기도 감염)을 포함한다.

일부 구현예에서, 대상체는 담배 흡연자이다.

일부 구현예에서, 대상체는 면역-저하된 상태이다(예를 들어, 기저 장애가 있거나 면역억제 요법을 받고 있다).

일부 구현예에서, 대상체는 40세 이상, 예를 들어 적어도 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90세이다.

"치료적 유효량", "유효량" 또는 "유효 투여량"은 원하는 치료 결과(예를 들어, 생리적 반응이나 병태의 치료, 치유, 억제 또는 개선 등)를 달성하기 위해 필요한 기간 동안 투여량에서 효과적인 양이다. 완전한 치료 효과는 1회 용량의 투여로 반드시 발생하는 것은 아니며 일련의 투여 후에만 나타날 수 있다. 따라서, 치료적 유효량은 하나 이상의 투여로 투여될 수 있다. 치료적 유효량은 질병 상태, 연령, 성별 및 포유동물의 체중, 투여 방식 및 개체에서 원하는 반응을 유발하는 치료제 또는 치료제의 조합의 능력과 같은 인자에 따라 달라질 수 있다.

투여될 작용제의 유효량은 본원에 제공된 지침 및 당업계에 공지된 다른 방법을 사용하여 통상의 기술을 가진 임상의에 의해 결정될 수 있다. 관련 인자는 주어진 작용제, 약제학적 제형, 투여 경로, 질병 또는 장애의 유형, 대상체의 신원(예를 들어, 연령, 성별, 체중) 또는 치료되는 숙주 등을 포함한다. 예를 들어, 적합한 투여량은 치료당 약 0.001 mg/체중 kg 내지 약 100 mg/kg, 약 0.01 mg/kg 내지 약 100 mg/kg, 약 0.01 mg/kg 내지 약 10 mg/kg, 약 0.01 mg/kg 내지 약 1 mg/kg일 수 있다. 특정 작용제, 대상체 및 질병에 대한 투여량을 결정하는 것은 당업자의 능력 범위 내에 있다. 바람직하게는, 투여량은 최소한의 부작용을 일으키거나 야기하지 않는다.

원하는 반응 또는 원하는 결과는 세포 수준, 조직 수준 또는 임상 결과에서의 효과를 포함한다. 이와 같이, "치료적 유효량" 또는 이에 대한 동의어는 그것이 적용되는 맥락에 따라 달라진다. 예를 들어, 일부 구현예에서 이는 조성물의 투여 없이 얻어진 반응과 비교하여 치료 반응을 달성하기에 충분한 조성물의 양이다. 다른 구현예에서, 이는 대조군과 비교하여 대상체에서 유익하거나 원하는 결과를 초래하는 양이다. 본원에 정의된 바와 같이, 본 개시내용의 조성물의 치료적 유효량은 당업계에 공지된 일상적인 방법에 의해 당업자에 의해 용이하게 결정될 수 있다. 투여 요법 및 투여 경로는 최적의 치료 반응을 제공하도록 조정될 수 있다.

일부 구현예에서, 상기 방법은 예방 요법을 위해 사용된다. 일부 구현예에서, 유효 투여량은 대상체가 SARS-CoV-2에 의해 감염되는 것을 방지하기에 충분하다.

일부 구현예에서, 상기 방법은 SARS-CoV-2 감염을 치료하기 위해 사용된다. "치료하는" 또는 "치료"라는 용어는 본원에 예시된 특정 적응증과 같은 질병, 병리학적 병태 또는 장애를 개선, 완화, 안정화(즉, 악화하지 않음), 예방 또는 치유하려는 의도로 대상체의 의학적 관리를 지칭한다. 이 용어는 적극적인 치료(질병, 병리학적 병태 또는 장애를 개선하기 위한 치료), 인과적 치료(연관 질병, 병리학적 병태 또는 장애의 원인에 대한 치료), 완화 치료(증상 완화를 위해 고안된 치료), 예방적 치료(연관 질병, 병리학적 병태 또는 장애의 발병을 최소화하거나 부분적으로 또는 완전히 억제하는 치료); 및 지지 치료(다른 요법을 보완하기 위해 사용되는 치료)를 포함한다. 치료는 또한 검출 가능 여부에 관계없이 질병 또는 병태의 범위 감소; 질병 또는 병태의 확산 방지; 질병 또는 병태의 진행을 지연시키거나 늦추는 것; 질병 또는 병태의 개선 또는 완화; 및 관해(부분 또는 전체)를 포함한다. 질병 또는 병태의 "개선" 또는 "완화"는 치료가 없을 때 정도 또는 시간 경과와 비교하여 질병, 장애 또는 병태의 범위 및/또는 바람직하지 않은 임상적 징후가 감소되고/되거나 진행의 시간 경과가 느려지거나 길어지는 것을 의미한다. "치료"는 또한 치료를 받지 않을 경우 예상되는 생존 기간과 비교하여 생존 기간을 연장하는 것을 의미할 수 있다. 치료를 필요로 하는 사람은 병태 또는 장애가 이미 있는 사람 뿐만 아니라 병태 또는 장애가 있는 경향이 있는 사람 또는 병태 또는 장애가 예방되어야 하는 사람을 포함한다.

일부 구현예에서, 유효 투여량은 대상체에서 바이러스 부하를 감소시키기에 충분하다. 일부 구현예에서, 바이러스 부하의 감소는 적어도 약 10%, 예를 들어 적어도 약 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%이다. 일부 구현예에서, 바이러스 부하의 감소는 약 10 내지 99%, 예를 들어 약 10 내지 98%, 15 내지 98%, 15 내지 97%, 20 내지 97%, 20 내지 96%, 25 내지 96%, 25 내지 95%, 30 내지 95%, 30 내지 94%, 35 내지 94%, 35 내지 93%, 40 내지 93%, 40 내지 92%, 45 내지 92%, 45 내지 91%, 50 내지 91%, 50 내지 90%, 55 내지 90%, 55 내지 85%, 60 내지 85%, 60 내지 80%, 65 내지 80%, 65 내지 75%, 또는 70 내지 75%이다.

일부 구현예에서, 유효 투여량은 표적 단백질, 표적 세포 또는 둘 다에 대한 바이러스의 결합을 억제하기에 충분하다. 일부 구현예에서, 결합의 감소는 적어도 약 10%, 예를 들어 적어도 약 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%이다. 일부 구현예에서, 결합의 감소는 약 10 내지 99%, 예를 들어 약 10 내지 98%, 15 내지 98%, 15 내지 97%, 20 내지 97%, 20 내지 96%, 25 내지 96%, 25 내지 95%, 30 내지 95%, 30 내지 94%, 35 내지 94%, 35 내지 93%, 40 내지 93%, 40 내지 92%, 45 내지 92%, 45 내지 91%, 50 내지 91%, 50 내지 90%, 55 내지 90%, 55 내지 85%, 60 내지 85%, 60 내지 80%, 65 내지 80%, 65 내지 75%, 또는 70 내지 75%이다.

일부 구현예에서, 유효 투여량은 표적 세포와의 바이러스 매개 융합을 억제하기에 충분하다. 일부 구현예에서, 융합의 감소는 적어도 약 10%, 예를 들어 적어도 약 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%이다. 일부 구현예에서, 융합의 감소는 약 10 내지 99%, 예를 들어 약 10 내지 98%, 15 내지 98%, 15 내지 97%, 20 내지 97%, 20 내지 96%, 25 내지 96%, 25 내지 95%, 30 내지 95%, 30 내지 94%, 35 내지 94%, 35 내지 93%, 40 내지 93%, 40 내지 92%, 45 내지 92%, 45 내지 91%, 50 내지 91%, 50 내지 90%, 55 내지 90%, 55 내지 85%, 60 내지 85%, 60 내지 80%, 65 내지 80%, 65 내지 75%, 또는 70 내지 75%이다.

일부 구현예에서, 유효 투여량은 세포 감염성에 필요한 바이러스 외피 단백질의 구조적 변화를 방해하기에 충분하다.

본원에 기재된 치료제는, 예를 들어 경구, 식이, 국소, 경피, 직장, 비경구(예를 들어, 동맥내, 정맥내, 근육내, 피하 주사, 피내 주사), 정맥내 주입 및 흡입(예를 들어, 기관지내, 비강내 또는 경구 흡입, 비강내 점적제) 투여 경로를 포함하는, 화합물 및 치료할 특정 질병에 따라 달라지는 다양한 투여 경로로 투여될 수 있다. 투여는 지시된 바와 같이 국소적이거나 전신적일 수 있다. 바람직한 투여 방식은 선택된 특정 화합물에 따라 달라질 수 있다.

일부 구현예에서, 본원에 개시된 폴리펩티드, 조성물 또는 약제학적 조성물은 하나 이상의 추가 치료제와 조합하여 (예를 들어, 하나 이상의 추가 치료제와 동시에 또는 순차적으로) 대상체에게 투여된다. 일부 구현예에서, 대상체는 본원에 개시된 폴리펩티드, 조성물 또는 약제학적 조성물을 투여받기 전에 하나 이상의 치료제로 이전에 치료받았다. 일부 구현예에서, 방법은 본원에 개시된 폴리펩티드, 조성물 또는 약제학적 조성물의 투여와 동시에 또는 투여 후에 대상체에게 치료적 유효량의 하나 이상의 추가 치료제를 투여하는 것을 추가로 포함한다.

추가 치료제의 비-제한적 예는 항생제(예를 들어, 아지스로마이신), 항체 또는 이의 항원-결합 단편(예를 들어, 다른 SARS-CoV-2-스파이크-결합 펩티드), 항말라리아제(예를 들어, 클로로퀸 또는 하이드록시클로로퀸), 항바이러스제(예를 들어, 파비피라비르, 로피나비르 및/또는 리토나비르), 사이토카인(예를 들어, 인터페론 베타-1a와 같은 1형 인터페론), 뉴클레오티드 유사체(예를 들어, 렘데시비르), 프로테아제 억제제(예를 들어, 다노프레비르), 레닌-안지오텐신-알도스테론 시스템 억제제(예를 들어, ACE2 억제제 또는 안지오텐신-수용체 차단제(ARB))를 포함한다.

일부 구현예에서, 항바이러스제는 아만타딘, 파비피라비르, 로피나비르, 오셀타미비르(타미플루), 플레코나릴, 리만타딘, 리토나비르, SARS-CoV-2에 대한 안티센스 RNA, SARS-CoV-2에 대한 siRNA, 추가 항-SARS-CoV-2 모노클로날 항체 및 이들의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된다.

일부 구현예에서, 추가적인 항-SARS-CoV-2 모노클로날 항체는 SARS-CoV-2의 S 단백질의 RBD를 표적으로 한다. 일부 구현예에서, 추가적인 항-SARS-CoV-2 모노클로날 항체는 중화 모노클로날 항체이다. 항-SARS-CoV-2 모노클로날 항체의 비-제한적 예는 밤라니비맙(LY-CoV555 또는 LY3819253), 에테세비맙(LY-CoV016 또는 LY3832479), 카시리비맙(REGN10933) 및 임데비맙(REGN10987)을 포함한다(예를 들어, www.covid19treatmentguidelines.nih.gov/therapies/anti-sars-cov-2-antibody-products/anti-sars-cov-2-monoclonal-antibodies 참조).

일부 구현예에서, ACE2 억제제는 ACE2에 대한 RNAi, ACE2에 대한 siRNA, ACE2의 CRISPR-기반 억제제, 가용성 ACE2, 가용성 ACE2 변이체, 항-ACE2 항체, ㅂ백신, 및 이들의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 항생제는 아지스로마이신이다. 일부 구현예에서, 항말라리아제는 클로로퀸 또는 하이드록시클로로퀸을 포함한다. 일부 구현예에서, 백신은 핵산 백신 또는 비활성화된 바이러스 백신이다. 일부 구현예에서, 백신은 mrna-1273, BNT162, INO-4800, AZD1222, Ad5-nCoV, PiCoVacc, NVX-CoV2373, 또는 이들의 조합이다.

2개 이상의 치료제의 투여는 약제학적 조합과 같이 실질적으로 동시적인 방식으로 치료제를 동시 투여하는 것을 포함한다. 대안적으로, 이러한 투여는 각각의 치료제에 대한 다중 용기 또는 별도의 용기(예를 들어, 캡슐, 분말 및 액체)에서의 동시 투여를 포함한다. 이러한 투여는 또한 거의 동시에 또는 상이한 시간에 순차적인 방식으로 각각의 유형의 치료제를 사용하는 것을 포함한다. 본원에 기재된 조성물 및 제2 치료제는 동일한 투여 경로를 통해 또는 상이한 투여 경로를 통해 투여될 수 있다.

또 다른 양태에서, 본 발명은 약제학적으로 허용되는 담체 및 활성 성분으로서, 본원에 기재된 폴리펩티드 또는 융합 단백질 중 어느 하나를 포함하는 약제학적 조성물의 유효량을 대상체에게 투여하는 것을 포함하여, 대상체에서 SARS-CoV-2 감염을 예방하는 방법을 제공한다.

또 다른 양태에서, 본 발명은 약제학적으로 허용되는 담체 및 활성 성분으로서, 본원에 기재된 폴리펩티드 또는 융합 단백질 중 어느 하나를 포함하는 약제학적 조성물의 유효량을 대상체에게 투여하는 것을 포함하여, 대상체에서 SARS-CoV-2 감염을 치료하는 방법을 제공한다.

또 다른 양태에서, 본 발명은 약제학적으로 허용되는 담체 및 활성 성분으로서, 본원에 기재된 폴리펩티드 또는 융합 단백질 중 어느 하나를 포함하는 약제학적 조성물의 유효량을 대상체에게 투여하는 것을 포함하여, 대상체에서 SARS-CoV-2 의 바이러스 부하를 감소시키는 방법을 제공한다.

또 다른 양태에서, 본 발명은 유효량의 본원에 기재된 폴리펩티드 또는 융합 단백질 중 어느 하나를 표적 세포와 접촉시키는 것을 포함하여, SARS-CoV-2의 표적 세포에 대한 결합을 억제하는 방법을 제공한다.

또 다른 양태에서, 본 발명은 유효량의 본원에 기재된 폴리펩티드 또는 융합 단백질 중 어느 하나를 표적 세포와 접촉시키는 것을 포함하여, 표적 세포 상의 표적 단백질에 대한 SARS-CoV-2의 결합을 억제하는 방법을 제공한다.

또 다른 양태에서, 본 발명은 유효량의 본원에 기재된 폴리펩티드 또는 융합 단백질 중 어느 하나를 표적 세포와 접촉시키는 것을 포함하여, 표적 세포와 바이러스 매개 융합을 억제하는 방법을 제공한다.

달리 정의되지 않는 한, 본원에 사용된 모든 기술 용어, 표기법 및 기타 과학 용어 또는 전문 용어는 본 발명이 속하는 기술 분야의 당업자가 일반적으로 이해하는 의미를 갖고자 한다. 일부 경우에, 일반적으로 이해되는 의미를 갖는 용어는 명료성 및/또는 용이한 참조를 위해 본원에 정의되며, 본원에 이러한 정의를 포함하는 것이 당업계에서 일반적으로 이해되는 것과 실질적 차이를 나타내는 것으로 반드시 해석되어서는 안 된다. 일반적으로 사용되는 사전에 정의된 용어와 같은 용어는 관련 기술의 맥락 및/또는 본원에서 달리 정의된 바와 같은 의미와 일치하는 의미를 갖는 것으로 해석되어야 한다는 것이 추가로 이해될 것이다.

본원에서 사용된 용어는 특정 구현예를 설명하기 위한 목적일 뿐 제한하고자 함이 아니다.

본원에 사용된 바와 같이, 부정관사("a", "an") 및 "그"는 문맥상 명백하게 달리 나타내지 않는 한 복수 대상을 포함하는 것으로 이해되어야 한다.

문맥이 달리 요구하지 않는 한, 본 명세서 및 이어지는 청구범위 전체에서, 단어 "포함하다" 및 "포함한다" 및 "포함하는"과 같은 변형은, 예를 들어 명시된 정수 또는 단계 또는 정수 또는 단계의 군을 포함함을 의미하는 것으로 이해될 것이고 임의의 다른 정수 또는 단계 또는 정수 또는 단계의 군을 제외하 것을 의미하지 않는다. 본원에서 "포함하는(comprising)"이라는 용어는 "함유하는(containing)" 또는 "포함하는(including)"으로 대체될 수 있다.

본원에서 사용된 바와 같이, "이루어진"은 청구 요소에 명시되지 않은 임의의 요소, 단계 또는 성분을 배제한다. 본원에서 사용될 때, "필수적으로 이루어진"은 청구범위의 기본적이고 신규한 특성에 실질적으로 영향을 미치지 않는 재료 또는 단계를 배제하지 않는다. "포함하는", "함유하는", "포함하는" 및 "갖는"이라는 용어 중 임의의 것은 본 발명의 양태 또는 구현예의 맥락에서 본원에서 사용될 때마다 일부 구현예에서, 본 개시내용의 범주를 다양하게 하기 위해 용어 "이루어지는" 또는 "필수적으로 이루어지는"으로 대체될 수 있다.

본원에서 사용되는 바와 같이, 다수의 인용된 요소 사이의 접속 용어 "및/또는"은 개별 및 조합된 선택 둘 다를 포함하는 것으로 이해된다. 예를 들어, 두 요소가 "및/또는"으로 결합된 경우 첫 번째 옵션은 두 번째 요소 없이 첫 번째 요소의 적용 가능성을 지칭한다. 두 번째 옵션은 첫 번째 요소가 없는 두 번째 요소의 적용 가능성을 지칭한다. 세 번째 옵션은 첫 번째 요소와 두 번째 요소를 함께 적용할 수 있는 가능성을 지칭한다. 이들 옵션 중 임의의 하나는 의미 내에 속하는 것으로 이해되며, 따라서 본원에서 사용되는 "및/또는"이라는 용어의 요구 사항을 충족한다. 하나 이상의 옵션을 동시에 적용할 수 있는 것도 의미에 속하는 것으로 이해되므로 "및/또는"이라는 용어의 요구 사항을 충족한다.

목록이 제시될 때, 달리 언급되지 않는 한, 그 목록의 각각의 개별 요소 및 그 목록의 모든 조합은 별개의 구현예라는 것을 이해해야 한다. 예를 들어, "A, B, 또는 C"로 제시된 구현예의 목록은 "A", "B", "C", "A 또는 B", "A 또는 C", "B 또는 C" 또는 "A, B 또는 C"같은 구현예를 포함하는 것으로 해석되어야 한다.

예시

실시예 1. 항원-결합 분자 및 SARS-Cov-2-스파이크(RBD)의 S1 서브유닛 수용체 결합 도메인의 직접 결합

관심 분자를 재조합적으로 발현하고, 정제하고, 정량화한다. ELISA 플레이트를 상업용 SARS-Cov-2 RBD의 PBS 중 1 μg/mL로 밤새 코팅한다. 그런 다음 플레이트를 자동 플레이트 세척기에서 200 μL의 PBS-T로 3× 세척한 다음 비-특이적 결합을 차단하기 위해 37℃에서 1시간 동안 PBS 중 5% BSA로 차단한다. 그런 다음 플레이트를 자동 플레이트 세척기에서 200 μL의 PBS-T로 3× 세척하고 관심 분자를 ELISA 플레이트에서 연속 희석액으로 적정하고 37℃에서 1시간 동안 인큐베이션한다. 그런 다음 플레이트를 자동 플레이트 세척기에서 200 μL의 PBS-T로 3× 세척하고 표적 분자에 특이적인 2차 항체(HRP와 접합된)를 플레이트에 고정 희석액으로 첨가한다. 플레이트를 37℃에서 1시간 동안 인큐베이션한다. 그런 다음 자동 플레이트 세척기에서 200 μL의 PBS-T로 플레이트를 3× 세척하고 관심 웰에 TMB 기질을 첨가하여 결합을 프로빙한다. 5 내지 10분 후, 산성 정지 용액으로 반응을 정지시키고 플레이트 판독기의 450 nm에서 흡광도를 측정하여 신호를 정량화한다. 양성 신호는 음성 대조군(통상적으로 항체 동위원소 대조군)의 배경에 대한 흡광도 판독값에 해당한다. 결합의 반-정량적 이해는 표적 분자의 더 큰 희석에서 결합 강도를 평가함으로써 추론될 수 있다. 이론적으로 SARS-Cov-2 RBD에 더 큰 친화도를 가진 후보 분자는 더 약한 결합제에 비해 더 많이 희석할 때 더 큰 신호를 보여야 한다.

실시예 2. 항원-결합 분자는 시험관내에서 RBD에 결합하기 위해 인간 ACE2(hACE2)와 경쟁한다.

관심 분자를 재조합적으로 발현하고, 정제하고, 정량화한다. ELISA 플레이트를 상업용 SARS-Cov-2 RBD의 PBS 중 1 μg/mL로 밤새 코팅한다. 그런 다음 플레이트를 자동 플레이트 세척기에서 200 μL의 PBS-T로 3× 세척한 다음 비-특이적 결합을 차단하기 위해 37℃에서 1시간 동안 PBS 중 5% BSA로 차단한다. 그런 다음 플레이트를 자동 플레이트 세척기에서 200 μL의 PBS-T로 3× 세척하고 관심 분자를 ELISA 플레이트에서 연속 희석액으로 적정한다. 동시에 고정 농도의 상업적 hACE2(비오티닐화)를 후보 분자와 함께 동시 인큐베이션한다. hACE2의 고정 농도는 SARS-Cov-2 RBD에 대한 최대 결합의 50%가 이 검정 형식에서 경험적으로 결정되는 농도에 해당한다. 플레이트를 37℃에서 1시간 동안 인큐베이션한다. 그런 다음 플레이트를 자동 플레이트 세척기에서 200 μL의 PBS-T로 3× 세척하고 관심 웰에 TMB 기질을 첨가하여 결합을 프로빙한다. 5 내지 10분 후, 산성 정지 용액으로 반응을 정지시키고 플레이트 판독기의 450 nm에서 흡광도를 측정하여 신호를 정량화한다. 양성 신호는 음성 대조군(통상적으로 항체 동위원소 대조군)의 배경에 대한 흡광도 판독값에 해당한다. hACE2와 경쟁하는 표적 분자의 능력에 대한 반-정량적 이해는 표적 분자의 더 큰 희석에서 hACE2 결합의 전체 감소를 평가함으로써 추론될 수 있다. 이론적으로 SARS-Cov-2 RBD에 대해 hACE2와 경쟁하는 능력이 더 큰 후보 분자는 더 약한 능력을 가진 분자에 비해 더 많이 희석할 때 더 큰 신호를 보여야 한다.

실시예 3. 항원-결합 분자는 세포 표면 상의 RBD에 결합하기 위해 hACE2와 경쟁한다.

관심 분자를 재조합적으로 발현하고, 정제하고, 정량화한다. 야생형 수준에서 hACE2를 발현하는 세포주를 배양하고, (표면 단백질 파괴를 방지하기 위해) 트립신화(trypsinization) 없이 수확하고, 계수한다. 고정된 수의 세포를 96웰 플레이트에 첨가하고 연속 희석액에서 적정된 관심 분자와 함께 인큐베이션한다. 동시에 고정 농도의 상업적 hACE2(비오티닐화)를 후보 분자와 함께 동시 인큐베이션한다. SARS-Cov-2의 고정 농도는 hACE2에 대한 최대 결합의 50%가 이 검정 형식에서 경험적으로 결정되는 농도에 해당한다. 세포 플레이트를 암실에서 4℃에서 1시간 동안 인큐베이션한다. 플레이트를 400 ×g에서 5분 동안 원심분리하고 상청액을 흡인하고 세포를 PBS 중 0.2% BSA로 세척한다. 이 과정을 총 3번의 세척을 위해 2번 더 반복한다. 비오티닐화된 SARS-Cov-2에 특이적인 2차 항체(Alexa Fluor 488과 접합된 스트렙타비딘)를 고정된 희석액으로 플레이트에 첨가한다. 세포 플레이트를 암실에서 4℃에서 1시간 동안 인큐베이션한다. 플레이트를 400×g에서 5분 동안 원심분리하고 상청액을 흡인하고 세포를 PBS 중 0.2% BSA로 세척한다. 그런 다음 세포를 PBS 중 0.2% BSA의 고정 부피로 재현탁하고 유세포분석을 실시한다. SARS-Cov-2 RBD의 전체 결합을 FIT-C 채널의 중앙 형광 강도(MFI)로 분석한다. 양성 신호는 음성 대조군(통상적으로 항체 동위원소 대조군)의 배경 위의 후보 분자가 없는 웰과 비교하여 후보 분자가 있는 웰의 MFI 감소에 해당한다. SARS-Cov-2 RBD와 경쟁하는 능력에 대한 반-정량적 이해는 표적 분자의 더 큰 희석에서 SARS-Cov-2 RBD MFI의 전체 감소를 평가함으로써 추론될 수 있다. 이론적으로 hACE2에 대해 SARS-Cov-2 RBD와 경쟁하는 능력이 더 큰 후보 분자는 더 약한 능력을 가진 더 큰 희석 분자에서 더 많이 희석할 때 더 큰 신호를 보여야 한다.

실시예 4. 항체 설계의 효모 디스플레이 특성화

항체를 단일 사슬 가변 단편(scFv)으로 포멧하고 효모 디스플레이를 사용하여 결합에 대해 테스트했다. c-myc 에피토프 태그에 융합된 scFv 구성물을 효모 디스플레이 벡터에 클로닝하기 위한 오버행이 있는 DNA 단편(TWIST Biosciences)으로 합성했다. DNA 삽입물 및 분해된 벡터를 효모로 형질전환시키고, 전체 플라스미드를 상동 재조합에 의해 생체내에서 생성시켰다. scFv 발현을 위해 세포를 유도하고 효모 세포 표면에 디스플레이하였다. scFv 발현을 위해 비오티닐화된 SARS-CoV-2 수용체 결합 도메인(RBD) 항원(Acro Biosystems) 또는 SARS-CoV RBD(Genscript) 및 항-c-myc(Exalpha)에 대한 결합에 대해 유도된 세포를 염색했다. 결합을 보인 클론에 대해 다양한 농도의 SARS-CoV-2 RBD 또는 SARS-CoV 항원으로 적정 곡선을 수행하여 평형 해리 상수(KD)를 평가했다. SAR-CoV-2 RBD에 결합한 모든 클론은 SARS-CoV RBD에 대한 교차 반응성 결합도 입증했다. 결합 특이성 및 KD 값은 표 2에 요약되어 있다.

실시예 5. 전장 IgG의 생성

ScFv 구성물은 통상적인 방법을 사용하여 가변 중쇄(VH) 및 가변 경쇄(VL)를 상응하는 불변 영역을 함유하는 포유동물 발현 벡터로 서브클로닝함으로써 전장 인간 면역글로불린 1(IgG1)로 재포멧하였다. 발현을 구동하는 CMV 프로모터 및 완전히 접힌 IgG의 상청액으로의 분비를 촉진하는 신호 펩티드를 함유하는 사슬당 하나의 발현 플라스미드를 사용하여 항체를 생성하였다. 포유동물 발현 숙주 시스템(예를 들어, 차이니즈 햄스터 난소 - CHO S 세포주)을 유가 생산 절차와 함께 양이온성 지질-기반 일시적 형질주입 방법론을 사용하여 단백질 발현에 사용했다. 단백질 A 친화도 수지(예를 들어, MabSelect Sure 수지, GE Healthcare) 및 수성 완충액을 사용하는 친화도 포획-기반 정제 방법을 사용하여 발현된 가용성 전장 IgG를 정제하였다. 용출을 pH가 낮은 산성 조건(예를 들어, pH 3.5)에서 수행한 다음 2 M 트리스 염기를 사용하여 pH7.5로 중화했다. 장기 보관/냉동을 위해 수성 완충액(예를 들어, NaCl을 함유하는 히스티딘-기반 완충액)에서 정제된 항체를 추가로 안정화시켰다.

실시예 6. 전장 IgG의 결합 동역학 및 친화도

ForteBio Octet Red96e 기기를 사용하여 바이오-레이어 간섭계(BLI, Bio-layer interferometry)로 결합 동역학 및 친화도를 측정했다. 항-인간 Fc(AHC) 바이오센서 상에 항체를 포획하였다. 그런 다음 바이오센서를 회합 및 해리를 위해 SARS-CoV-2 RBD(Acro Biosystems)의 연속 희석액과 함께 인큐베이션했다. 대표 데이터는 표 3에 나와 있다.

실시예 7. 재료 및 방법

전장 IgG의 발현

설계된 항체의 VH 및 VL 서열을 코딩하는 역-번역된 DNA를 합성(Twist)하고 Golden Gate Assembly(New England Biolabs, 미국 매사추세츠주 입스위치 소재)를 사용하여 CMV 프로모터 서열, 신호 펩티드 및 상응하는 불변 영역을 함유하는 인간 G1+K 콘타 이소타입 벡터로 클로닝했다. IgG 단백질을 제조업체의 방법(Thermo Fisher Scientific, Inc., 미국 매사추세츠주 월섬 소재)에 따라 ExpiCHO 세포에서 발현하였고 제조업체의 방법에 따라 MabSelect Sure 단백질 A 친화도 수지(Cytiva, 미국 매사추세츠주 말보로 소재)를 사용하는 친화도 크로마토그래피로 정제하였다. 단백질 A 친화도 정제 후, 제조업체의 권장 방법에 따라 Superdex200 수지(Cytiva, 미국 매사추세츠주 말보로 소재)를 사용하여 크기 배제 크로마토그래피로 항체를 추가로 정제했다.

중화 검정

미리 적정된 양의 rVSV-SARS-CoV-2를 96-웰 플레이트의 컨플루언트 Vero(ATCC CCL-81) 단일층에 첨가하기 전에 37℃에서 1시간 동안 연속 희석된 모노클로날 항체와 함께 인큐베이션했다. 세포를 4% 파라포름알데히드에 고정하고 10 μg/mL Hoechst로 염색하기 전에 37℃, 5% CO₂에서 16 내지 18시간 동안 감염을 진행하였다. CellInsight CX5 이미저를 사용하여 세포를 이미지화하고 총 세포와 녹색 형광 단백질(GFP)을 발현하는 세포를 자동으로 열거하여 감염을 정량화했다. 감염을 인간 IgG 이소타입 대조군과 함께 인큐베이션된 rVSV-SARS-CoV-2로 감염된 세포의 평균 수로 정규화하였다.

WT 및 돌연변이체 SARS-CoV-2 스파이크 단백질의 생성

엑토도메인, 6개의 프롤린 치환(F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P) 뿐만 아니라 북유럽에서 스필오버/스필백과 연돤된 모든/대부분의 변이체에서 확립된 D614G 돌연변이의 헥사프로(HexaPro) 배경(잔기 14 내지 1208(Genbank: MN908947) 함유), 및 절단 부위 잔기 682 내지 685의 대체("RRAR"(서열번호 53)에서 "GSAS"(서열번호 54))를 사용하여 에피토프 비닝 연구 및 구조 생물학을 위해 스파이크 단백질을 생성했다. 생성된 스파이크 변이체를 N-말단 가우시아 루시퍼라제 신호 서열(MGVKVLFALICIAVAEA (서열번호 55)) 및 C-말단 폴돈 삼량체화 도메인, 이어서 HRV-3C 절단 부위 및 트윈-스트렙-태그를 함유하는 phCMV 포유동물 발현 벡터에 클로닝하였다. 플라스미드를 스텔라(Stellar) 컴피턴트 세포로 형질전환시키고 Plasmid Plus Midi 키트(Qiagen, 독일 힐덴 소재)를 사용하여 분리하였다.

SARS-CoV-2 헥사프로 스파이크를 프리스타일(Freestyle) 293-F 또는 ExpiCHO-S 세포(Thermo Fisher Scientific, Inc., 미국 매사추세츠주 월섬 소재)에 일시적으로 형질주입하였다. 두 세포주 모두 제조업체의 프로토콜에 따라 유지 및 형질주입하였다. 간략하게, 293-F 세포를 2.0×10⁶개 세포/mL의 밀도로 성장시키고 형질주입 당일(0일)에 1.0×10⁶개 세포/mL로 희석하였다. 플라스미드 DNA와 폴리에틸렌이민을 Opti-MEM(Thermo Fisher Scientific, Inc., 미국 매사추세츠주 월섬 소재)에서 혼합하고 25분 동안 인큐베이션한 다음 세포에 첨가했다. 세포 배양물을 37℃, 8% CO₂ 및 120 RPM에서 인큐베이션하고 5일째에 수확하였다. ExpiCHO 배양의 경우 제조업체의 "고 역가(High Titer)" 프로토콜을 사용하였다. 간략하게, 세포를 1×10⁷개 세포/mL의 밀도로 성장시키고 형질주입 당일(0일)에 6×10⁶개 세포/mL로 희석하였다. 플라스미드 DNA와 엑스피펙타민을 제조업체의 지침에 따라 Opti-PRO SFM(Thermo Fisher Scientific, Inc., 미국 매사추세츠주 월섬 소재)에서 혼합하고 세포에 첨가했다. 1일에, 제안된 프로토콜에 따라 제조업체에서 제공한 먹이 및 인핸서를 세포에 공급한 다음 배양물을 32℃, 5% CO₂ 및 115 RPM에서 인큐베이션했다. ExpiCHO 배양물을 7일에 수확했다. 모든 배양물을 원심분리한 후 BioLock(IBA Lifesciences, 독일 괴팅겐 소재)을 첨가하여 정화하고, 상청액을 0.22 μM 멸균 필터를 통해 흐르게 하고

(Cytiva, 미국 매사추세츠주 말보로 소재) 상에서 TBS 완충액(25 mM 트리스 pH 7.6, 200 mM NaCl, 0.02% NaN₃)으로 평형화된 5 mL StrepTrap-HP 컬럼을 사용하고, 5 mM d-데스티오비오틴(Sigma-Aldrich, 미국 미주리주 세인트루이스 소재)이 보충된 TBS 완충액에서 용출하여 정제했다. 스트렙-태그(strep-tag)를 HRV-3C 프로테아제를 사용하여 절단하였고 단백질을 TBS에서 Superdex 6 증가 10/300 컬럼(GE Healthcare, 미국 일리노이주 시카고 소재)에서 크기 배제 크로마토그래피(SEC)에 의해 추가로 정제하였다.

고-처리량 표면 플라스몬 공명(HT-SPR) 에피토프 비닝

25℃에서 HBSTE-BSA 실행 완충액(10 mM HEPES pH 7.4, 150 mM NaCl, 3 mM EDTA, 0.05% 트윈-20, 0.5 mg/ml BSA로 보충)에서 CMDP 센서 칩이 장착된 Carterra LSA SPR 기기에서 샌드위치 검정 포멧으로 에피토프 비닝을 수행했다. 센서 칩에 샘플을 전달하기 위해 96-채널 프린트-헤드(96PH)와 단일 흐름 세포(SFC)의 두 가지 미세 유체 모듈을 사용하였다. 실행 완충액으로서 0.05% 트윈-20을 포함하는 25 mM MES(pH 5.5)로 표면 제조를 수행하였다. SFC를 사용하여 0.1 M MES(pH 5.5)에서 130 mM의 1-에틸-3-(3-디메틸아미노프로필)카보디이미드(EDC) + 33 mM의 N-하이드록시설포석신이미드(Sulfo-NHS)의 새로 제조된 용액으로 칩을 활성화했다. 항체를 10 mM 나트륨 아세테이트(pH 4.25)에 희석된 10 μg/mL에서 10분 동안 96PH를 사용하여 고정화하였다. SFC를 사용하여 1 M 에탄올아민-HCl(pH 8.5)을 7분 동안 주입하여 비반응성 에스테르를 켄칭했다. 실행 완충액 및 샘플 희석액으로서 HBSTE-BSA 완충액을 사용하여 이 어레이에 대해 비닝 분석을 수행했다. RBD 항원을 50 nM(1.3 μg/mL)에서 4분 동안 각 주기에서 주입하였고, 그 직후 분석 항체를 30 μg/mL(IgG 구축물의 경우 200 nM)에서 4분 동안 주입하였다. 표면을 10 mM 글리신(pH 2.0)의 이중 펄스(펄스당 17초)로 매 주기마다 재생하였다. Epitope Tool 소프트웨어(Carterra, 미국 유타주 솔트레이크시티 소재)로 데이터를 처리 및 분석하였다.

옥테트 친화도 측정

ForteBio Octet Red96e 기기를 사용하여 바이오-레이어 간섭계(BLI, Bio-layer interferometry)로 결합 동역학 및 친화도를 측정했다. 항체를 1× 동역학 완충액(Kinetics Buffers)에서 100 nM로 정규화하였고 항-인간 Fc(AHC) 바이오센서에 포획하였다. 그런 다음 바이오센서를 SARS-CoV-2 RBD(ACROBiosystems, 미국 델라웨어주 뉴어크 소재)의 연속 희석액과 함께 인큐베이션하여 회합 및 해리 속도를 결정했다.

참조 항체-유래 서열의 인간화

참조 항체-유래 항체가 항-CoV1 뮤린 항체에 기반하여 생성되었기 때문에, 생성된 서열은 뮤린 프레임워크를 보유하였다. 원하는 결합 특성을 가진 선별된 항체를 인간화 절차에 적용하여 이들의 CDR 단편을 인간 프레임워크로 옮겼다.

보다 구체적으로, 원하는 CDR 서열과 치료학적으로 검증된 인간 프레임워크의 데이터베이스 사이의 호환성을 평가하기 위해 계산적 접근법을 사용하였다. 이러한 최적의 프레임워크를 확인한 후 알고리즘은 다음으로 호환성을 더 개선시키기 위해 프레임워크 및 필요한 경우 일부 CDR 위치에 대한 조정을 제안했다. 상응하는 인간화 항체를 생산하고, 예를 들어 그들의 결합 친화도 및 동역학적 특성에 대해 특성화하였다.

실시예 8. IgG1 분자는 시험관내에서 SARS-COV-2를 중화시킨다

9개의 IgG1 Ab를 중화 연구를 위해 코로나바이러스 면역요법 컨소시엄에 제출하였다. 9개의 모든 IgG1 분자는 유사 WT 바이러스와 실제 WT 바이러스 둘 다의 Vero 단층 감염을 차단하는 능력을 나타낸다(표 4).

COV-2 RBD에서 발생하는 돌연변이의 감수성을 결정하기 위한 추가 연구를 위해 하나의 항체, AB-8을 선택했다. 슈도바이러스 중화 연구를 다수의 인간 및 밍크 변이체에서 발견되는 점 돌연변이를 보유하는 슈도바이러스로 수행하였다. 도 5에 나타낸 바와 같이, AB-8은 -2.5와 2.5 사이의 IC₅₀ 배수 변화로 표시된 바와 같이 대부분의 돌연변이에 내성이 있었다.

실시예 9. 에피토프 및 친화도

가용성 G614 헥사프로(HexaPro) 스파이크 엑토도메인 및 단량체 RBD에 대한 모노클로날 항체의 친화도를 조사하였다. 고-처리량의 표면 플라즈몬 공명 분석을 사용하여 RBD와 반응하는 항체를 11개의 서로 다른 "커뮤니티"로 분류했다. RBD 커뮤니티는 동일한 커뮤니티의 두 구성원 간에 SPR 샌드위치 쌍을 만들 수 없는 것으로 정의되었으며, 이는 결합을 위한 공유 에피토프를 나타낸다. AB-1에서 AB-9는 "RBD 커뮤니티 5", 별개의 "RBD 커뮤니티" 에피토프 빈(데이터는 나타내지 않음)으로 클러스터링됨이 발견되었다. 표 4에 나타낸 바와 같이, 이들 항체는 표적 항원, G614 헥사프로(HexaPro) 스파이크 엑토도메인 또는 단량체 RBD에 대해 nM 친화도를 나타낸다.

실시예 10. IgG1 폴리펩티드의 인간화

재료 및 방법에 개괄된 계산적 접근법을 사용하여 선택 클론을 추가로 인간화하였다. 인간화가 COV-2 RBD에 결합하는 친화도 또는 성향을 없애지 않았음을 확인하기 위해, 바이오레이어 간섭계를 사용하여 부모 "시드"에 대한 새로 인간화된 서열의 친화도를 평가했다. 도 6 및 도 7에 개괄된 바와 같이, 클론의 인간화는 COV-2 RBD에 결합하는 원래 시드 서열의 능력을 제거하지 않았다. 옥테트 동역학 데이터는 표 5에 요약되어 있다.

효모 디스플레이 친화도 측정

클론	YSD K_D(nM)		옥테트 K_D (nM)
클론	SARS-CoV-2 RBD	SARS-CoV RBD	옥테트 K_D (nM)
AB-1	23	+	39
AB-2	53	+	+
AB-3	66	+	+
AB-4	22	5.0	+
AB-5	47	+	+
AB-6	45	+	+
AB-8	64	+	+
AB-9	62	+	+

SARS-CoV-2 RBD에 대한 전장 IgG의 결합 동역학 및 친화도

클론	K_D(nM)	k_on(1/Ms)	k_off(1/s)
AB-1	39	6.2 × 10⁴	2.4 × 10^-3

전장 IgG1 항체의 친화도 및 중화

	친화도 K_D(M)			중화(ng/mL)
	친화도 K_D(M)			슈도바이러스			진짜 바이러스
	D614	D614G	RBD	IC₅₀	IC₈₀	IC₉₀	IC₅₀	IC₈₀
AB-5	4.95E-09	2.09E-09	1.48E-07	8.25	35.2	71.1	260	2457
AB-1	7.36E-10	3.89E-10	3.42E-08	0.0782	2.6	9.56	78	543
AB-2	3.32E-09	1.69E-09	1.27E-07	9.65	35.2	760	379	3034
AB-3	4.84E-09	2.07E-09	1.77E-07	17.6	110	502	3548	11060
AB-7	5.80E-09	2.55E-09	3.86E-07	24.6
AB-8	2.91E-09	1.73E-09	1.04E-07	0.792	3.34	7.6	222	1595
AB-9	1.96E-09	1.20E-09	9.88E-08	0.824	4.14	9.95	100	627
AB-4	3.46E-09	1.14E-09	1.51E-07
AB-6	2.89E-09	6.28E-10	1.03E-07	6.15	27.2	58.4	25000	25000

에피토프 커뮤니티(RBD): 5

참고문헌

본원에 인용된 모든 특허, 공개된 출원 및 참고 문헌의 교시 내용은 그 전체가 참조로 포함된다.

예시적인 구현예를 구체적으로 나타내고 기재하였지만, 당업자는 첨부된 청구범위에 포함된 구현예의 범주 벗어나지 않고 형태 및 세부사항의 다양한 변경이 이루어질 수 있음을 이해할 것이다.

SEQUENCE LISTING <110> Flagship Pioneering Innovations VI, LLC <120> Antigen Binding Molecules Targeting SARS-CoV-2 <130> 5708.1009002 <150> US 63/070,038 <151> 2020-08-25 <150> US 63/048,588 <151> 2020-07-06 <160> 55 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 1273 <212> PRT <213> Virus, Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 <400> 1 Met Phe Val Phe Leu Val Leu Leu Pro Leu Val Ser Ser Gln Cys Val 1 5 10 15 Asn Leu Thr Thr Arg Thr Gln Leu Pro Pro Ala Tyr Thr Asn Ser Phe 20 25 30 Thr Arg Gly Val Tyr Tyr Pro Asp Lys Val Phe Arg Ser Ser Val Leu 35 40 45 His Ser Thr Gln Asp Leu Phe Leu Pro Phe Phe Ser Asn Val Thr Trp 50 55 60 Phe His Ala Ile His Val Ser Gly Thr Asn Gly Thr Lys Arg Phe Asp 65 70 75 80 Asn Pro Val Leu Pro Phe Asn Asp Gly Val Tyr Phe Ala Ser Thr Glu 85 90 95 Lys Ser Asn Ile Ile Arg Gly Trp Ile Phe Gly Thr Thr Leu Asp Ser 100 105 110 Lys Thr Gln Ser Leu Leu Ile Val Asn Asn Ala Thr Asn Val Val Ile 115 120 125 Lys Val Cys Glu Phe Gln Phe Cys Asn Asp Pro Phe Leu Gly Val Tyr 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Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (104)..(108) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (110)..(110) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <400> 2 Glu Val Gln Leu Glu Glu Ser Gly Thr Val Leu Ala Arg Pro Gly Ala 1 5 10 15 Ser Val Lys Met Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Xaa Tyr 20 25 30 Xaa Met His Trp Ile Lys Gln Arg Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Ile 35 40 45 Gly Ala Ile Tyr Pro Gly Asn Xaa Asp Thr Xaa Tyr Asn Gln Lys Phe 50 55 60 Lys Asp Lys Ala Lys Leu Thr Ala Val Xaa Ser Thr Ser Ser Ala Tyr 65 70 75 80 Met Glu Leu Ser Ser Leu Thr Asn Glu Asp Ser Ala Val Tyr Phe Cys 85 90 95 Thr Arg Glu Gly Ile Pro Gln Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Asp Xaa Trp Gly 100 105 110 Gln Gly Thr Ser Val Thr Val Ser Ser 115 120 <210> 3 <211> 121 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> synthetic polypeptide <400> 3 Glu Val Gln Leu Glu Glu Ser Gly Thr Val Leu Ala Arg Pro Gly Ala 1 5 10 15 Ser Val Lys Met Ser 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90 95 Thr Arg Glu Gly Ile Pro Gln Leu Leu Arg Thr Leu Asp Tyr Trp Gly 100 105 110 Gln Gly Thr Ser Val Thr Val Ser Ser 115 120 <210> 5 <211> 121 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> synthetic polypeptide <400> 5 Glu Val Gln Leu Glu Glu Ser Gly Thr Val Leu Ala Arg Pro Gly Ala 1 5 10 15 Ser Val Lys Met Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Thr Tyr 20 25 30 Trp Met His Trp Ile Lys Gln Arg Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Ile 35 40 45 Gly Ala Ile Tyr Pro Gly Asn Gly Asp Thr Asn Tyr Asn Gln Lys Phe 50 55 60 Lys Asp Lys Ala Lys Leu Thr Ala Val Lys Ser Thr Ser Ser Ala Tyr 65 70 75 80 Met Glu Leu Ser Ser Leu Thr Asn Glu Asp Ser Ala Val Tyr Phe Cys 85 90 95 Thr Arg Glu Gly Ile Pro Gln Leu Leu Arg Thr Leu Asp Tyr Trp Gly 100 105 110 Gln Gly Thr Ser Val Thr Val Ser Ser 115 120 <210> 6 <211> 121 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> synthetic polypeptide <400> 6 Glu Val Gln Leu Glu Glu Ser Gly Thr Val Leu Ala Arg Pro Gly Ala 1 5 10 15 Ser Val Lys Met Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr 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Ile Pro Gln Leu Leu Arg Thr Phe Asp Tyr Trp Gly 100 105 110 Gln Gly Thr Ser Val Thr Val Ser Ser 115 120 <210> 8 <211> 121 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> synthetic polypeptide <400> 8 Glu Val Gln Leu Glu Glu Ser Gly Thr Val Leu Ala Arg Pro Gly Ala 1 5 10 15 Ser Val Lys Met Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Ser Tyr 20 25 30 Trp Met His Trp Ile Lys Gln Arg Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Ile 35 40 45 Gly Ala Ile Tyr Pro Gly Asn Gly Asp Thr Asn Tyr Asn Gln Lys Phe 50 55 60 Lys Asp Lys Ala Lys Leu Thr Ala Val Lys Ser Thr Ser Ser Ala Tyr 65 70 75 80 Met Glu Leu Ser Ser Leu Thr Asn Glu Asp Ser Ala Val Tyr Phe Cys 85 90 95 Thr Arg Glu Gly Ile Pro Gln Leu Leu Asn Thr Leu Asp Val Trp Gly 100 105 110 Gln Gly Thr Ser Val Thr Val Ser Ser 115 120 <210> 9 <211> 121 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> synthetic polypeptide <400> 9 Glu Val Gln Leu Glu Glu Ser Gly Thr Val Leu Ala Arg Pro Gly Ala 1 5 10 15 Ser Val Lys Met Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Ser Tyr 20 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Sequence <220> <223> synthetic polypeptide <400> 12 Asp Ile Leu Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Ala Ser Leu Gly 1 5 10 15 Glu Arg Val Ser Leu Thr Cys Arg Ala Ser Gln Glu Ile Ser Gly Tyr 20 25 30 Leu Ser Trp Leu Gln Glu Lys Pro Asp Gly Thr Ile Lys Arg Leu Ile 35 40 45 Tyr Ala Ala Ser Thr Leu Asp Ser Gly Val Pro Lys Arg Phe Ser Gly 50 55 60 Ser Arg Ser Gly Ser Asp Tyr Ser Leu Thr Ile Ser Ser Leu Glu Ser 65 70 75 80 Glu Asp Phe Ala Asp Tyr Tyr Cys Leu Gln Tyr Val Ser Tyr Pro Trp 85 90 95 Thr Phe Gly Gly Gly Thr Lys Leu Glu Ile Lys 100 105 <210> 13 <211> 107 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> synthetic polypeptide <400> 13 Asp Ile Leu Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Ala Ser Leu Gly 1 5 10 15 Glu Arg Val Ser Leu Thr Cys Arg Ala Ser Gln Glu Ile Ser Gly Tyr 20 25 30 Leu Ser Trp Leu Gln Glu Lys Pro Asp Gly Thr Ile Lys Arg Leu Ile 35 40 45 Tyr Ala Ala Ser Thr Leu Asp Ser Gly Val Pro Lys Arg Phe Ser Gly 50 55 60 Ser Arg Ser Gly Ser Asp Tyr Ser Leu Thr Ile Ser Ser Leu Glu Ser 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Gly Tyr Thr Phe Thr Ser Tyr Trp 1 5 <210> 20 <211> 8 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> synthetic polypeptide <220> <221> misc_feature <222> (6)..(6) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <400> 20 Ile Tyr Pro Gly Asn Xaa Asp Thr 1 5 <210> 21 <211> 8 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> synthetic polypeptide <400> 21 Ile Tyr Pro Gly Asn Ser Asp Thr 1 5 <210> 22 <211> 8 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> synthetic polypeptide <400> 22 Ile Tyr Pro Gly Asn Gly Asp Thr 1 5 <210> 23 <211> 14 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> synthetic polypeptide <220> <221> misc_feature <222> (8)..(12) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (14)..(14) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <400> 23 Thr Arg Glu Gly Ile Pro Gln Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Asp Xaa 1 5 10 <210> 24 <211> 14 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> synthetic polypeptide <400> 24 Thr Arg Glu Gly Ile Pro Gln Leu 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amino acid <400> 30 Gln Glu Ile Xaa Gly Tyr 1 5 <210> 31 <211> 6 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> synthetic polypeptide <400> 31 Gln Glu Ile Ser Gly Tyr 1 5 <210> 32 <211> 6 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> synthetic polypeptide <400> 32 Gln Glu Ile Gly Gly Tyr 1 5 <210> 33 <211> 3 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> synthetic polypeptide <400> 33 Ala Ala Ser 1 <210> 34 <211> 9 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> synthetic polypeptide <220> <221> misc_feature <222> (1)..(1) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (4)..(4) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <400> 34 Xaa Gln Tyr Xaa Ser Tyr Pro Trp Thr 1 5 <210> 35 <211> 9 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> synthetic polypeptide <400> 35 Leu Gln Tyr Val Ser Tyr Pro Trp Thr 1 5 <210> 36 <211> 9 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> synthetic polypeptide <400> 36 Leu Gln Tyr Leu Ser Tyr Pro Trp Thr 1 5 <210> 37 <211> 9 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> synthetic polypeptide <400> 37 Gln Gln Tyr Leu Ser Tyr Pro Trp Thr 1 5 <210> 38 <211> 330 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> synthetic polypeptide <400> 38 Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val Phe Pro Leu Ala Pro Ser Ser Lys 1 5 10 15 Ser Thr Ser Gly Gly Thr Ala Ala Leu Gly Cys Leu Val Lys Asp Tyr 20 25 30 Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser Trp Asn Ser Gly Ala Leu Thr Ser 35 40 45 Gly Val His Thr Phe Pro Ala Val Leu Gln Ser Ser Gly Leu Tyr Ser 50 55 60 Leu Ser Ser Val Val Thr Val Pro Ser Ser Ser Leu Gly Thr Gln Thr 65 70 75 80 Tyr Ile Cys Asn Val Asn His Lys Pro Ser Asn Thr Lys Val Asp Lys 85 90 95 Lys Val Glu Pro Lys Ser Cys Asp Lys Thr His Thr Cys Pro Pro Cys 100 105 110 Pro Ala Pro Glu Leu Leu Gly Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro 115 120 125 Lys Pro Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys 130 135 140 Val Val Val Asp Val Ser His Glu Asp Pro Glu Val Lys Phe Asn Trp 145 150 155 160 Tyr Val Asp Gly 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Ser Val Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe 20 25 30 Tyr Pro Arg Glu Ala Lys Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln 35 40 45 Ser Gly Asn Ser Gln Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser 50 55 60 Thr Tyr Ser Leu Ser Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu 65 70 75 80 Lys His Lys Val Tyr Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser 85 90 95 Pro Val Thr Lys Ser Phe Asn Arg Gly Glu Cys 100 105 <210> 40 <211> 106 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> synthetic polypeptide <400> 40 Gly Gln Pro Lys Ala Asn Pro Thr Val Thr Leu Phe Pro Pro Ser Ser 1 5 10 15 Glu Glu Leu Gln Ala Asn Lys Ala Thr Leu Val Cys Leu Ile Ser Asp 20 25 30 Phe Tyr Pro Gly Ala Val Thr Val Ala Trp Lys Ala Asp Gly Ser Pro 35 40 45 Val Lys Ala Gly Val Glu Thr Thr Lys Pro Ser Lys Gln Ser Asn Asn 50 55 60 Lys Tyr Ala Ala Ser Ser Tyr Leu Ser Leu Thr Pro Glu Gln Trp Lys 65 70 75 80 Ser His Arg Ser Tyr Ser Cys Gln Val Thr His Glu Gly Ser Thr Val 85 90 95 Glu Lys Thr Val Ala Pro Thr Glu Cys Ser 100 105 <210> 41 <211> 121 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Artificial Sequence <220> <223> synthetic polypeptide <400> 44 Glu Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Ser Gly Glu 1 5 10 15 Ser Leu Lys Ile Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Thr Tyr 20 25 30 Trp Met His Trp Val Arg Gln Met Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Met 35 40 45 Gly Ala Ile Tyr Pro Gly Asn Ser Asp Thr Gln Tyr Ser Pro Ser Phe 50 55 60 Gln Gly Gln Val Thr Leu Ser Ala Asp Lys Ser Ile Ser Thr Ala Tyr 65 70 75 80 Leu Gln Trp Ser Ser Leu Lys Ala Ser Asp Thr Ala Met Tyr Phe Cys 85 90 95 Thr Arg Glu Gly Ile Pro Gln Leu Leu Arg Thr Leu Asp Tyr Trp Gly 100 105 110 Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser 115 120 <210> 45 <211> 121 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> synthetic polypeptide <400> 45 Glu Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Glu 1 5 10 15 Ser Leu Lys Ile Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Thr Tyr 20 25 30 Trp Met His Trp Val Arg Gln Met Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Met 35 40 45 Gly Ala Ile Tyr Pro Gly Asn Ser Asp Thr Arg Tyr Ser Pro Ser Phe 50 55 60 Gln Gly Gln Val Thr Leu Ser Val Asp Lys Ser Ile Thr Thr Ala Tyr 65 70 75 80 Leu Gln Trp Asn Ser Leu Lys Ala Ser Asp Thr Ala Met Tyr Phe Cys 85 90 95 Thr Arg Glu Gly Ile Pro Gln Leu Leu Arg Thr Leu Asp Tyr Trp Gly 100 105 110 Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser 115 120 <210> 46 <211> 121 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> synthetic polypeptide <220> <221> misc_feature <222> (1)..(1) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (14)..(14) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (16)..(16) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (18)..(18) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (20)..(20) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (31)..(31) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (40)..(40) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (43)..(43) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (56)..(56) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (59)..(59) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (61)..(63) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (67)..(67) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (70)..(72) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (74)..(74) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (77)..(77) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (81)..(85) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (87)..(89) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (93)..(93) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (95)..(95) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (106)..(106) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (110)..(110) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <400> 46 Xaa Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Xaa Gly Xaa 1 5 10 15 Ser Xaa Lys Xaa Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Xaa Tyr 20 25 30 Trp Met His Trp Val Arg Gln Xaa Pro Gly Xaa Gly Leu Glu Trp Met 35 40 45 Gly Ala Ile Tyr Pro Gly Asn Xaa Asp Thr Xaa Tyr Xaa Xaa Xaa Phe 50 55 60 Gln Gly Xaa Val Thr Xaa Xaa Xaa Asp Xaa Ser Ile Xaa Thr Ala Tyr 65 70 75 80 Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Leu Xaa Xaa Xaa Asp Thr Ala Xaa Tyr Xaa Cys 85 90 95 Thr Arg Glu Gly Ile Pro Gln Leu Leu Xaa Thr Leu Asp Xaa Trp Gly 100 105 110 Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser 115 120 <210> 47 <211> 107 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> synthetic polypeptide <400> 47 Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Ala Ser Val Gly 1 5 10 15 Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln Glu Ile Ser Gly Tyr 20 25 30 Leu Asn Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Arg Leu Ile 35 40 45 Tyr Ala Ala Ser Ser Leu Gln Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly 50 55 60 Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro 65 70 75 80 Glu Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln Tyr Leu Ser Tyr Pro Trp 85 90 95 Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys 100 105 <210> 48 <211> 107 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> synthetic polypeptide <400> 48 Glu Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Gly Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly 1 5 10 15 Glu Arg Ala Thr Leu Ser Cys Arg Ala Ser Gln Glu Ile Ser Gly Tyr 20 25 30 Leu Ala Trp Leu Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Arg Arg Leu Ile 35 40 45 Tyr Ala Ala Ser Ser Leu Ala Thr Gly Ile Pro Asp Arg Phe Ser Gly 50 55 60 Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Arg Leu Glu Pro 65 70 75 80 Glu Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Leu Gln Tyr Leu Ser Tyr Pro Trp 85 90 95 Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys 100 105 <210> 49 <211> 107 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> synthetic polypeptide <400> 49 Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Ala Ser Val Gly 1 5 10 15 Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln Gly Ile Ser Gly Tyr 20 25 30 Leu Ser Trp Leu Gln Gln Lys Pro Glu Lys Ala Pro Lys Arg Leu Ile 35 40 45 Tyr Ala Ala Ser Thr Leu Gln Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly 50 55 60 Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro 65 70 75 80 Glu Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln Tyr Leu Ser Tyr Pro Trp 85 90 95 Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Leu Glu Ile Lys 100 105 <210> 50 <211> 107 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> synthetic polypeptide <220> <221> misc_feature <222> (1)..(1) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (3)..(4) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (9)..(10) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (13)..(13) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (15)..(15) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (17)..(17) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (19)..(19) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (21)..(22) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (28)..(28) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (34)..(34) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (36)..(36) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (41)..(42) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (45)..(45) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (53)..(53) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (55)..(56) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (58)..(58) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (60)..(60) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (77)..(77) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (79)..(79) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (85)..(85) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (89)..(89) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (104)..(104) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <400> 50 Xaa Ile Xaa Xaa Thr Gln Ser Pro Xaa Xaa Leu Ser Xaa Ser Xaa Gly 1 5 10 15 Xaa Arg Xaa Thr Xaa Xaa Cys Arg Ala Ser Gln Xaa 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Arg Gln Ile Ala Pro Gly Gln 85 90 95 Thr Gly Lys Ile Ala Asp Tyr Asn Tyr Lys Leu Pro Asp Asp Phe Thr 100 105 110 Gly Cys Val Ile Ala Trp Asn Ser Asn Asn Leu Asp Ser Lys Val Gly 115 120 125 Gly Asn Tyr Asn Tyr Leu Tyr Arg Leu Phe Arg Lys Ser Asn Leu Lys 130 135 140 Pro Phe Glu Arg Asp Ile Ser Thr Glu Ile Tyr Gln Ala Gly Ser Thr 145 150 155 160 Pro Cys Asn Gly Val Glu Gly Phe Asn Cys Tyr Phe Pro Leu Gln Ser 165 170 175 Tyr Gly Phe Gln Pro Thr Asn Gly Val Gly Tyr Gln Pro Tyr Arg Val 180 185 190 Val Val Leu Ser Phe Glu Leu Leu His Ala Pro Ala Thr Val Cys Gly 195 200 205 Pro <210> 53 <211> 4 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> synthetic polypeptide <400> 53 Arg Arg Ala Arg 1 <210> 54 <211> 4 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> synthetic polypeptide <400> 54 Gly Ser Ala Ser 1 <210> 55 <211> 17 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> synthetic polypeptide <400> 55 Met Gly Val Lys Val Leu Phe Ala Leu Ile Cys Ile Ala Val Ala Glu 1 5 10 15 Ala

Claims

서열번호 4 및 서열번호 13을 포함하는 항체;
서열번호 5 및 서열번호 13을 포함하는 항체;
서열번호 6 및 서열번호 13을 포함하는 항체;
서열번호 7 및 서열번호 14를 포함하는 항체;
서열번호 8 및 서열번호 15를 포함하는 항체;
서열번호 9 및 서열번호 13을 포함하는 항체;
서열번호 10 및 서열번호 13을 포함하는 항체;
서열번호 41 및 서열번호 13을 포함하는 항체;
서열번호 42 및 서열번호 13을 포함하는 항체
서열번호 43 및 서열번호 47을 포함하는 항체;
서열번호 44 및 서열번호 48을 포함하는 항체; 또는
서열번호 45 및 서열번호 49를 포함하는 항체
로부터 선택되는 항체의 파라토프와 동일한 파라토프를 포함하는, 중증 급성 호흡기 증후군 코로나바이러스 2 스파이크 당단백질(SARS-CoV-2-스파이크)에 특이적으로 결합하는 폴리펩티드.
제1항에 있어서, 면역글로불린 중쇄 가변 영역(V_H) 및 면역글로불린 경쇄 가변 영역(V_L)을 포함하는, 폴리펩티드.
a) 각각 서열번호 4, 서열번호 5, 서열번호 6, 서열번호 7, 서열번호 8, 서열번호 9, 서열번호 10, 서열번호 41, 서열번호 42, 서열번호 43, 서열번호 44 또는 서열번호 45의 중쇄 상보성 결정 영역 1(HCDR1), 중쇄 상보성 결정 영역 2(HCDR2) 및 중쇄 상보성 결정 영역 3(HCDR3)에 동일한, HCDR1, HCDR2 및 HCDR3을 포함하는 면역글로불린 중쇄 가변 영역(V_H); 및
b) 각각 서열번호 13, 서열번호 14, 서열번호 15, 서열번호 47, 서열번호 48 또는 서열번호 49의 경쇄 상보성 결정 영역 1(LCDR1), 경쇄 상보성 결정 영역 2(LCDR2) 및 경쇄 상보성 결정 영역 3(LCDR3)에 동일한, LCDR1, LCDR2 및 LCDR3을 포함하는 면역글로불린 경쇄 가변 영역(V_L)
을 포함하는, 중증 급성 호흡기 증후군 코로나바이러스 2 스파이크 당단백질(SARS-CoV-2-스파이크)에 특이적으로 결합하는 폴리펩티드.
제3항에 있어서,
서열번호 4 및 서열번호 13을 포함하는 항체;
서열번호 5 및 서열번호 13을 포함하는 항체;
서열번호 6 및 서열번호 13을 포함하는 항체;
서열번호 7 및 서열번호 14를 포함하는 항체;
서열번호 8 및 서열번호 15를 포함하는 항체;
서열번호 9 및 서열번호 13을 포함하는 항체;
서열번호 10 및 서열번호 13을 포함하는 항체;
서열번호 41 및 서열번호 13을 포함하는 항체;
서열번호 42 및 서열번호 13을 포함하는 항체;
서열번호 43 및 서열번호 47을 포함하는 항체;
서열번호 44 및 서열번호 48을 포함하는 항체; 또는
서열번호 45 및 서열번호 49를 포함하는 항체
로부터 선택되는 항체의 HCDR1, HCDR2 및 HCDR3, 및 LCDR1, LCDR2 및 LCDR3을 포함하는, 폴리펩티드.
제3항 또는 제4항에 있어서,
서열번호 4 및 서열번호 13;
서열번호 5 및 서열번호 13;
서열번호 6 및 서열번호 13;
서열번호 7 및 서열번호 14;
서열번호 8 및 서열번호 15;
서열번호 9 및 서열번호 13;
서열번호 10 및 서열번호 13;
서열번호 41 및 서열번호 13;
서열번호 42 및 서열번호 13;
서열번호 43 및 서열번호 47;
서열번호 44 및 서열번호 48; 또는
서열번호 45 및 서열번호 49
를 포함하는 항체의 파라토프와 동일한 파라토프를 추가로 포함하는, 폴리펩티드.
서열번호 2를 포함하는 면역글로불린 중쇄 가변 영역(V_H)를 포함하는, 중증급성 호흡기 증후군 코로나바이러스 2 스파이크 당단백질(SARS-CoV-2-스파이크)에 특이적으로 결합하는 폴리펩티드로서, 여기서:
X₁은 T가 아니거나;
X₂는 R이 아니거나;
X₃은 S가 아니거나;
X₄는 T가 아니거나;
X₅는 T가 아니거나;
X₆은 L이 아니거나;
X₇은 L이 아니거나;
X₈은 R이 아니거나;
X₉는 T가 아니거나;
X₁₀은 L이 아니거나;
X₁₁은 Y가 아니거나,
또는 전술한 것의 임의의 조합인, 폴리펩티드.
제6항에 있어서, 서열번호 11을 포함하는 면역글로불린 경쇄 가변 영역(V_L)을 추가로 포함하고, 여기서:
X₁₂는 S가 아니거나;
X₁₃은 L이 아니거나; 또는
X₁₄는 V가 아니거나,
또는 전술한 것의 임의의 조합인, 폴리펩티드.
서열번호 2를 포함하는 면역글로불린 중쇄 가변 영역(V_H)를 포함하는, 중증급성 호흡기 증후군 코로나바이러스 2 스파이크 당단백질(SARS-CoV-2-스파이크)에 특이적으로 결합하는 폴리펩티드로서, 여기서:
X₁은 T 또는 S이거나;
X₂는 R 또는 W이거나;
X₃은 S 또는 G이거나;
X₄는 T, Q 또는 N이거나;
X₅는 T 또는 K이거나;
X₆은 L 또는 K이거나;
X₇은 L 또는 T이거나;
X₈은 R 또는 N이거나;
X₉는 T 또는 S이거나;
X₁₀은 L 또는 F이거나;
X₁₁은 Y 또는 V이거나,
또는 전술한 것의 임의의 조합인, 폴리펩티드.
제8항에 있어서,
X₁은 S이거나;
X₂는 W이거나;
X₃은 G이거나;
X₄는 Q 또는 N이거나;
X₅는 K이거나;
X₆은 K이거나;
X₇은 T이거나;
X₈은 N이거나;
X₉는 S이거나;
X₁₀은 F이거나; 또는
X₁₁은 V이거나,
또는 전술한 것의 임의의 조합인, 폴리펩티드.
제6항에 있어서, 서열번호 11을 포함하는 면역글로불린 경쇄 가변 영역(V_L)을 추가로 포함하고, 여기서:
X₁₂는 S 또는 G이거나;
X₁₃은 L 또는 Q이거나;
X₁₄는 V 또는 L이거나,
또는 전술한 것의 임의의 조합인, 폴리펩티드.
제10항에 있어서,
X₁₂는 G이거나;
X₁₃은 Q이거나;
X₁₄는 L이거나,
또는 전술한 것의 임의의 조합인, 폴리펩티드.
제6항 내지 제11항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 V_H가 각각 서열번호 4, 서열번호 5, 서열번호 6, 서열번호 7, 서열번호 8, 서열번호 9, 서열번호 10, 서열번호 41, 또는 서열번호 42의 중쇄 상보성 결정 영역 1(HCDR1), 중쇄 상보성 결정 영역 2(HCDR2) 및 중쇄 상보성 결정 영역 3(HCDR3)에 동일한, HCDR1, HCDR2 및 HCDR3을 포함하는, 폴리펩티드.
제6항 내지 제12항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 V_L가 각각 서열번호 13, 서열번호 14, 또는 서열번호 15의 경쇄 상보성 결정 영역 1(LCDR1), 경쇄 상보성 결정 영역 2(LCDR2) 및 경쇄 상보성 결정 영역 3(LCDR3)에 동일한, LCDR1, LCDR2 및 LCDR3을 포함하는, 폴리펩티드.
서열번호 46를 포함하는 면역글로불린 중쇄 가변 영역(V_H)를 포함하는, 중증 급성 호흡기 증후군 코로나바이러스 2 스파이크 당단백질(SARS-CoV-2-스파이크)에 특이적으로 결합하는 폴리펩티드로서, 여기서:
X₁은 E 또는 Q이거나;
X₂는 P 또는 S이거나;
X₃은 A 또는 E이거나;
X₄는 L 또는 V이거나;
X₅는 I 또는 V이거나;
X₆은 S 또는 T이거나;
X₇은 A 또는 M이거나;
X₈은 K 또는 Q이거나;
X₉는 G 또는 S이거나;
X₁₀은 N, Q 또는 R이거나;
X₁₁은 A 또는 S이거나;
X₁₂는 P 또는 Q이거나;
X₁₃은 K 또는 S이거나;
X₁₄는 Q 또는 R이거나;
X₁₅는 L 또는 M이거나;
X₁₆은 S 또는 T이거나;
X₁₇은 A 또는 V이거나;
X₁₈은 K 또는 T이거나;
X₁₉는 S 또는 T이거나;
X₂₀은 L 또는 M이거나;
X₂₁은 E 또는 Q이거나;
X₂₂는 L 또는 W이거나;
X₂₃은 N 또는 S이거나;
X₂₄는 R 또는 S이거나;
X₂₅는 K 또는 R이거나;
X₂₆은 A 또는 S이거나;
X₂₇은 D 또는 S이거나;
X₂₈은 M 또는 V이거나;
X₂₉는 F 또는 Y이거나;
X₃₀은 N 또는 R이거나; 또는
X₃₁은 V 또는 Y이거나,
또는 전술한 것의 임의의 조합인, 폴리펩티드.
제14항에 있어서, 서열번호 50을 포함하는 면역글로불린 경쇄 가변 영역(V_L)을 추가로 포함하고, 여기서:
X₃₂는 D 또는 E이거나;
X₃₃은 Q 또는 V이거나;
X₃₄는 L 또는 M이거나;
X₃₅는 G 또는 S이거나;
X₃₆은 S 또는 T이거나;
X₃₇은 A 또는 L이거나;
X₃₈은 P 또는 V이거나;
X₃₉는 D 또는 E이거나;
X₄₀은 A 또는 V이거나;
X₄₁은 I 또는 L이거나;
X₄₂는 S 또는 T이거나;
X₄₃은 E 또는 G이거나;
X₄₄는 A, N 또는 S이거나;
X₄₅는 L 또는 Y이거나;
X₄₆은 E 또는 G이거나;
X₄₇은 K 또는 Q이거나;
X₄₈은 K 또는 R이거나;
X₄₉는 S 또는 T이거나;
X₅₀은 A 또는 Q이거나;
X₅₁은 S 또는 T이거나;
X₅₂는 I 또는 V이거나;
X₅₃은 D 또는 S이거나;
X₅₄는 R 또는 S이거나;
X₅₅는 E 또는 Q이거나;
X₅₆은 T 또는 V이거나;
X₅₇은 L 또는 Q이거나; 또는
X₅₈은 L 또는 V이거나,
또는 전술한 것의 임의의 조합인, 폴리펩티드.
제6항 내지 제15항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 폴리펩티드가 서열번호 4/서열번호 13, 서열번호 5/서열번호 13, 서열번호 6/서열번호 13, 서열번호 7/서열번호 14, 서열번호 8/서열번호 15, 서열번호 9/서열번호 13, 서열번호 10/서열번호 13, 서열번호 41/서열번호 13, 서열번호 42/서열번호 13, 서열번호 43/서열번호 47, 서열번호 44/서열번호 48 또는 서열번호 45/서열번호 49로부터 선택되는 V_H/V_L 조합의 파라토프와 동일한 파라토프를 포함하는, 폴리펩티드.
제2항 내지 제16항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 V_H가 서열번호 4, 서열번호 5, 서열번호 6, 서열번호 7, 서열번호 8, 서열번호 9, 서열번호 10, 서열번호 41, 서열번호 42, 서열번호 43, 서열번호 44 또는 서열번호 45, 또는 전술한 것들의 조합과 적어도 85% 동일한, 폴리펩티드.
제2항 내지 제17항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 V_H가 서열번호 4, 서열번호 5, 서열번호 6, 서열번호 7, 서열번호 8, 서열번호 9, 서열번호 10, 서열번호 41, 서열번호 42, 서열번호 43, 서열번호 44 또는 서열번호 45, 또는 전술한 것들의 조합에 비해 약 1 내지 10개의 아미노산 치환을 포함하는, 폴리펩티드.
제2항 내지 제18항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 V_L이 서열번호 13, 서열번호 14, 서열번호 15, 서열번호 47, 서열번호 48, 또는 서열번호 49, 또는 전술한 것들의 조합과 적어도 85% 동일한, 폴리펩티드.
제2항 내지 제19항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 V_L이 서열번호 13, 서열번호 14, 서열번호 15, 서열번호 47, 서열번호 48, 또는 서열번호 49, 또는 전술한 것들의 조합에 비해 약 1 내지 10개의 아미노산 치환을 포함하는, 폴리펩티드.
제18항 또는 제20항에 있어서, 상기 아미노산 치환이 보존적 치환인, 폴리펩티드.
제21항에 있어서, 상기 아미노산 치환이 고도로 보존적인 치환인, 폴리펩티드.
제2항 내지 제22항 중 어느 한 항에 있어서,
a) 상기 V_H는 서열번호 4, 서열번호 5, 서열번호 6, 서열번호 9, 서열번호 10, 서열번호 41 또는 서열번호 42를 포함하고;
b) 상기 V_L은 서열번호 13을 포함하는,
폴리펩티드.
제2항 내지 제22항 중 어느 한 항에 있어서,
a) 상기 V_H는 서열번호 7을 포함하고;
b) 상기 V_L은 서열번호 14를 포함하는,
폴리펩티드.
제2항 내지 제22항 중 어느 한 항에 있어서,
a) 상기 V_H는 서열번호 8을 포함하고;
b) 상기 V_L은 서열번호 15를 포함하는,
폴리펩티드.
제2항 내지 제25항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 V_H 및 V_L이 인간화되고, 인간 프레임워크 영역을 함유하거나 또는 이들의 조합인, 폴리펩티드.
제2항 내지 제22항 중 어느 한 항에 있어서,
a) 상기 V_H는 서열번호 43을 포함하고;
b) 상기 V_L은 서열번호 47을 포함하는,
폴리펩티드.
제2항 내지 제22항 중 어느 한 항에 있어서,
a) 상기 V_H는 서열번호 44를 포함하고;
b) 상기 V_L은 서열번호 48을 포함하는,
폴리펩티드.
제2항 내지 제22항 중 어느 한 항에 있어서,
a) 상기 V_H는 서열번호 45를 포함하고;
b) 상기 V_L은 서열번호 49를 포함하는,
폴리펩티드.
제1항 내지 제29항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 폴리펩티드가 항체 또는 이의 항원-결합 단편인, 폴리펩티드.
제30항에 있어서, 상기 항원 결합 단편이 Fab, F(ab')₂, Fab', scFv 또는 Fv로부터 선택되는, 폴리펩티드.
제30항에 있어서, 항체 중쇄 불변 영역 서열, 항체 경쇄 불변 영역 서열, 또는 항체 중쇄 불변 영역 서열 및 항체 경쇄 불변 영역 서열 둘 다를 추가로 포함하는, 폴리펩티드.
제30항에 있어서, 상기 항체 중쇄 불변 영역이 IgA 불변 영역, IgD 불변 영역, IgE 불변 영역, IgG 불변 영역 및 IgM 불변 영역으로 이루어진 군으로부터 선택되는, 폴리펩티드.
제33항에 있어서, 상기 항체 중쇄 불변 영역이 IgG1 중쇄 불변 영역인, 폴리펩티드.
제32항 내지 제34항 중 어느 한 항에 있어서, κ 불변 영역 또는 λ 불변 영역으로 이루어진 군으로부터 선택되는 항체 경쇄 불변 영역을 추가로 포함하는, 폴리펩티드.
제35항에 있어서, 상기 항체 경쇄 불변 영역이 κ 경쇄 불변 영역인, 폴리펩티드.
제1항 내지 제36항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 폴리펩티드가 이종 모이어티에 접합된, 폴리펩티드.
제37항에 있어서, 상기 이종 모이어티가 치료제, 진단제 또는 이들의 조합인, 폴리펩티드.
제37항에 있어서, 상기 이종 모이어티가 폴리에틸렌 글리콜(PEG), 헥사데카노산, 하이드로겔, 지질 나노입자, 중합체 나노입자 및 이종 폴리펩티드 서열 또는 이들의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택되는, 폴리펩티드.
제39항에 있어서, 상기 중합체 나노입자가 폴리(락트-코-글리콜)산(PLGA)을 포함하는, 폴리펩티드.
제37항에 있어서, 상기 이종 폴리펩티드 서열이 담체 폴리펩티드를 포함하는, 폴리펩티드.
제41항에 있어서, 상기 담체 폴리펩티드가 알부민 또는 Fc 폴리펩티드인, 폴리펩티드.
제1항 내지 제42항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 폴리펩티드가:
a) 10 μM 이하의 K_D로 SARS-CoV-2에 결합하거나;
b) 안지오텐신-전환 효소 2(ACE2)에 대한 SARS-CoV-2의 결합을 감소시키거나;
c) 인간 세포에서 SARS-CoV-2의 감염성을 감소시키거나,
또는 전술한 것의 임의의 조합인, 폴리펩티드.
제43항에 있어서, 상기 SARS-CoV-2가 T19R, 156del, 157del, R158G, L452R, T478K, D614G, P681R 및 D950N을 포함하고, 및 임의로 G142D를 추가로 포함하는 변이체인, 폴리펩티드.
제43항 또는 제44항에 있어서, 상기 폴리펩티드가 100 nM 이하의 K_D로 SARS-CoV-2에 결합하는, 폴리펩티드.
제43항 내지 제45항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 폴리펩티드가 ACE2에 대한 SARS-CoV-2의 결합을 적어도 약 30% 감소시키는, 폴리펩티드.
제43항 내지 제46항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 ACE2가 영장류 ACE2인, 폴리펩티드.
제47항에 있어서, 상기 영장류 ACE2가 인간 ACE2(GeneID 59272; 예시적인 단백질 서열 NP_001358344.1)인, 폴리펩티드.
제47항에 있어서, 상기 영장류 ACE2는 침팬지 ACE2, 마카크 ACE2, 시노몰구스 ACE2 및 이들의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택되는 비-인간 영장류 ACE2인, 폴리펩티드.
제43항에 있어서, 상기 폴리펩티드는 인간 세포에서 SARS-CoV-2의 감염성을 적어도 약 30% 감소시키는, 폴리펩티드.
제1항 내지 제50항 중 어느 한 항의 폴리펩티드를 포함하는 융합 단백질.
제1항 내지 제44항 중 어느 한 항의 폴리펩티드 또는 제51항의 융합 단백질을 인코딩하는 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드.
제52항의 폴리뉴클레오티드를 포함하는 발현 벡터.
제47항의 폴리뉴클레오티드 또는 제53항의 발현 벡터를 포함하는 숙주 세포.
제1항 내지 제50항 중 어느 한 항의 폴리펩티드 또는 제54항의 융합 단백질을 포함하는 조성물.
제55항에 있어서, 하나 이상의 약제학적 부형제, 희석제 또는 담체를 추가로 포함하는, 조성물.
유효량의 제55항 또는 제56항의 조성물을 대상체에게 투여하는 단계를 포함하여, 이를 필요로 하는 대상체를 치료하는 방법.
유효량의 제55항 또는 제56항의 조성물과 세포를 접촉시키는 단계를 포함하여, SARS-CoV-2-스파이크와 대상체 세포 사이의 융합을 억제하는 방법.
제57항 또는 제58항에 있어서, 상기 대상체가 COVID-19를 갖는, 방법.
제57항 또는 제58항에 있어서, 상기 대상체가 COVID-19가 발병할 위험이 있는, 방법.
제57항 내지 제60항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 대상체가 인간인, 방법.
제57항 내지 제61항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 대상체가 심장 질병을 갖는, 방법.
제62항에 있어서, 상기 심장 질병이 울혈성 심장 질병, 관상 동맥 질병, 고혈압성 심장 질병, 염증성 심장 질병, 폐 심장 질병, 류마티스성 심장 질병, 심장 판막 질병, 심근병증, 심부전, 및 이들의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택되는, 방법.
제63항에 있어서, 상기 심부전이 울혈성 심부전인, 방법.
제63항에 있어서, 상기 염증성 심장 질병이 심내막염, 심비대증, 심근염 및 이들의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택되는, 방법.
제57항 내지 제65항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 대상체가 당뇨병을 갖는, 방법.
제57항 내지 제66항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 대상체가 폐 질병을 갖는 방법.
제67항에 있어서, 상기 폐 질병이 급성 호흡 곤란 증후군, 천식, 기관지염, COPD, 폐기종, 폐 종양, 흉강 질병, 폐혈관 질병, 기도 감염, 및 이들의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택되는, 방법.
제68항에 있어서,
a) 상기 기도 감염이 상기도 감염, 하기도 감염 또는 폐렴이거나;
b) 상기 흉강 질병이 흉막 중피종 또는 긴장성 기흉이거나;
c) 상기 폐혈관 질병이 색전증, 부종, 동맥성 고혈압 또는 출혈이거나;
d) 이들의 조합인, 방법.
제57항 내지 제69항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 대상체가 담배 흡연자인, 방법.
제57항 내지 제70항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 대상체가 면역-저하된, 방법.
제71항에 있어서, 상기 대상체가 면역억제 요법을 받고 있는, 방법.
제57항 내지 제72항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 대상체가 40세 이상인, 방법.
제57항 내지 제73항 중 어느 한 항에 있어서, 치료적 유효량의 추가 치료제를 상기 대상체에게 투여하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
제74항에 있어서, 상기 추가 치료제가 항바이러스제, ACE2 억제제, 추가 SARS-CoV-2-스파이크-결합 항체, 항생제, 항말라리아제, 백신, 및 이들의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택되는, 방법.
제75항에 있어서,
a) 상기 추가 SARS-CoV-2-스파이크-결합 항체는 밤라니비맙, 에테세비맙, 카시리비맙, 임데비맙 및 이들의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택되거나;
b) 상기 항바이러스제는 오셀타미비르(타미플루), 파비피라비르, 아만타딘, 렘데시비르, 리만타딘, 플레코나릴, SARS-CoV-2에 대한 안티센스 RNA, SARS-CoV-2에 대한 siRNA 및 이들의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택되거나;
c) 상기 ACE2 억제제는 ACE2에 대한 RNAi, ACE2에 대한 siRNA, ACE2의 CRISPR-기반 억제제, 가용성 ACE2, 가용성 ACE2 변이체, 항-ACE2 항체 및 이들의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택되거나;
d) 상기 항생제는 아지스로마이신을 포함하거나;
e) 상기 항말라리아제는 클로로퀸을 포함하거나;
f) 상기 백신은 핵산 백신 또는 불활성화 바이러스 백신이거나;
g) 이들의 조합인,
방법.
제76항에 있어서, 상기 백신이 mrna-1273, BNT162, INO-4800, AZD1222, Ad5-nCoV, PiCoVacc, NVX-CoV2373, 또는 이들의 조합인, 방법.