KR20210153154A - 타겟 핵산 검출용 시약의 협업 개발을 위한 컴퓨터 구현 방법 - Google Patents

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Abstract

본 발명은 타겟 핵산 검출용 시약의 협업 개발을 위한 컴퓨터 구현 방법, 시스템, 및 저장 매체에 관한 것으로서, 본 발명의 방법, 시스템 및 저장 매체는, 협업 개발 요청에 대한 응답으로 상기 협업 개발의 특성에 맞는 적합한 기술 제공자와 개발자를 자동으로 매칭시킴으로써 협업 개발의 효율성을 높일 수 있다.

Description

타겟 핵산 검출용 시약의 협업 개발을 위한 컴퓨터 구현 방법
본 발명은 타겟 핵산 검출용 시약의 협업 개발을 위한 컴퓨터 구현 방법, 시스템, 및 저장 매체에 관한 것이다.
핵산 증폭은 분자 생물학에서 광범위한 방법을 위한 필수적인 과정으로서, 다양한 증폭 방법이 제시되었다. 예를 들어, Miller, H. I. 등(WO 89/06700)은, 프로모터/프라이머 서열을 타겟 단일가닥 DNA("ssDNA")에 혼성화시킨 다음, 상기 서열의 많은 RNA 카피를 전사하는 과정을 포함하는 핵산 서열 증폭 방법을 개시하고 있다. 다른 공지의 핵산 증폭 방법들은 전사-기반 증폭 시스템을 포함한다(Kwoh, D. et al., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 86:1173(1989); 및 Gingeras T.R. et al., WO 88/10315).
중합효소 연쇄반응(이하,"PCR"로 지칭함)으로 공지된 가장 많이 이용되는 핵산 증폭 방법은 이중가닥 DNA의 변성, DNA 주형으로의 올리고뉴클레오타이드 프라이머 어닐링 및 DNA 중합효소에 의한 프라이머 연장의 반복된 사이클 과정을 포함한다(Mullis 등, 미국 특허 제4,683,195호, 제4,683,202호 및 제4,800,159호; Saiki 등, (1985) Science 230, 1350-1354).
PCR-기반 기술들은 타겟 DNA 서열의 증폭뿐만 아니라 생물학 및 의학 연구 분야에서 과학적 응용 또는 방법에 널리 이용되고 있으며, 예컨대, 역전사 효소 PCR(RT-PCR), 분별 디스플레이 PCR(DD-PCR), PCR에 의한 공지 또는 미지의 유전자의 클로닝, cDNA 말단의 고속 증폭(RACE), 임의적 프라이밍 PCR(AP-PCR), 멀티플렉스 PCR, SNP 지놈 타이핑, 및 PCR-기반 지놈 분석이 있다(McPherson and Moller, 2000) PCR. BIOS Scientific Publishers, Springer-Verlag New York Berlin Heidelberg, NY).
전술한 PCR 기반 기술들은 관심있는 타겟 핵산을 증폭하고 이를 검출함으로써 샘플 내에 타겟 핵산의 존재 여부를 결정한다. 특히, 타겟 핵산이 특정 질병과 연관이 있는 경우(예를 들어, 타겟 핵산이 특정 병원균으로부터 유래된 경우), 상기 타겟 핵산의 존재는 대상에서의 질병 위험성을 진단하는데 도움을 줄 수 있다.
이러한 PCR 기반 기술들은 관심있는 타겟 핵산을 증폭 및 검출하기 위해 타겟 핵산에 특이적으로 혼성화하는 올리고뉴클레오타이드(예컨대, 프라이머 및/또는 프로브), 표지, DNA 중합효소, dNTP, Mg 이온 및 버퍼 등을 포함하는 타겟 핵산 검출용 시약의 사용을 필요로 한다.
하지만, 이러한 시약의 개발 및 상용화는 정교한 올리고뉴클레오타이드의 디자인 및 상기 디자인된 올리고뉴클레오타이드의 복잡한 성능 실험이 필수적이므로, 상당한 개발력, 노하우, 인력, 시간 및 비용이 요구된다. 또한, 상기 성능 실험을 위한 임상 샘플은 수급이 쉽지 않으며, 이는 시약의 개발을 더욱 어렵게 만들고 있다.
더욱이, 하나의 반응에서 복수의 타겟 핵산을 검출하기 위한 멀티플렉스 타겟 핵산 검출용 시약의 경우, 올리고뉴클레오타이드 수의 증가로 인해 단일 타겟 핵산 검출용 시약에 비해 훨씬 더 많은 인력과 비용이 소요된다. 이러한 이유 때문에, 현재 멀티플렉스 타겟 핵산 검출용 시약을 제조할 수 있는 업체의 수는 제한적이다.
나아가, 시약의 개발업체는 특정 분야(예컨대, 인간 샘플 내의 타겟 핵산을 검출하는 분야)에 제한된 개발 기술을 보유하고 있는 것이 일반적이므로, 다른 분야(예컨대, 동물, 식물 또는 식품 샘플 내의 타겟 핵산을 검출하는 분야)에서 사용하기 위한 시약의 개발이 쉽지 않다.
이러한 시약 개발의 어려움을 해결하기 위해, 과거 몇몇 집단 사이에 협업 개발을 위한 시도가 있었으나, 적절한 협업 파트너의 물색/매칭 어려움, 협업 개발의 체계적 관리 부족, 협업 개발의 낮은 효율성 등으로 인해 성공적이지 못했다.
또한, 연평균 기온이 높은 열대 지방이나 밀림 지역에서는 다양한 유전적 또는 감염성 질환 등의 지역 특이적인 풍토병이 발병하고 있으나, 해당 지역은 기술적으로 낙후된 지역으로 분자진단을 위한 시약 개발을 독자적으로 수행하기 어려운 문제점이 있다. 더욱이 선진국에 위치한 대부분의 대형 다국적 분자진단 시약 개발 기업 등에서는 수익성이 낮다는 이유로 이러한 지역 특이적인 풍토병의 진단을 위한 제품을 개발하지 않고 있다.
따라서, 이러한 문제를 해결하기 위한 새로운 방법 및 시스템이 필요하다.
본 명세서 전체에 걸쳐 다수의 인용문헌 및 특허 문헌이 참조되고 그 인용이 표시되어 있다. 인용된 문헌 및 특허의 개시 내용은 그 전체로서 본 명세서에 참조로 삽입되어 본 발명이 속하는 기술 분야의 수준 및 본 발명의 내용이 보다 명확하게 설명된다.
본 발명자들은 다양한 타겟 핵산 검출용 시약을 보다 효율적으로 그리고 동시다발적으로 개발하기 위한 방법, 시스템 등을 개발하고자 예의 노력하였다. 그 결과, 본 발명자들은 기술 제공자에 의한 기술 제공과 개발자에 의한 실험의 협업을 통해 장소에 구애받지 않고 동시다발적으로 다양한 타겟 핵산 검출용 시약을 개발할 수 있음을 확인하였다.
또한, 질병의 발병 지역에 위치하는 개발자들은 지역 특이적으로 발병하는 질병을 검출할 수 있는 타겟 핵산 검출용 시약의 개발을 위한 기술 노하우 등을 기술 제공자로부터 제공받을 수 있는 협업 개발을 통해 시약을 개발할 수 있기 때문에 협업을 통해 개발된 타겟 핵산 검출용 시약을 질병이 발병하는 지역에서 사용할 수 있다.
또한, 감염성 질병이 최초 발병 지역에서 발병되고, 최초 발병 지역으로부터 이격되어 전파된 2차 감염 지역에서는 해당 질병의 타겟 핵산에 대한 변이가 발생될 수 있기 때문에 2차 감염 지역의 질병에 대한 타겟 핵산 검출용 시약의 개발이 신속하게 이루어져야 한다. 때문에 질병이 발병하는 해당 지역의 개발자는 기술 제공자의 기술 노하우 등을 제공받는 협업 개발을 통해 타겟 핵산 검출용 시약을 신속하게 개발하고, 사용할 수 있다.
따라서, 본 발명의 목적은 타겟 핵산 검출용 시약의 협업 개발을 위한 컴퓨터 구현 방법을 제공하는 것이다.
본 발명의 또 다른 목적은 타겟 핵산 검출용 시약의 협업 개발을 위한 시스템을 제공하는 것이다.
본 발명의 다른 목적은 타겟 핵산 검출용 시약의 협업 개발을 위한 명령을 포함하는 컴퓨터 해독 가능한 저장 매체를 제공하는 것이다.
본 발명의 다른 목적 및 이점은 하기의 실시예, 청구범위 및 도면에 의해 보다 명확하게 된다.
본 발명의 일 구현예에 따라 하기 단계를 포함하는, 협업 개발 시스템에 의한 타겟 핵산 검출용 시약의 협업 개발을 위한 컴퓨터 구현 방법은 요청자 단말기로부터 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 타겟 핵산 검출용 시약에 대한 협업 개발 요청을 수신하는 단계; 상기 협업 개발 요청은 상기 시약을 사용하여 검출하고자 하는 타겟 핵산에 관한 특징 정보를 포함하고; 협업 개발을 위한 개발자 단말기를 협업 개발을 위한 기술 제공자의 개발용 툴키트에 접근시키는 단계; 상기 개발용 툴키트는 타겟 핵산 검출용 시약에 포함된 올리고뉴클레오타이드에 대한 성능 실험 툴을 포함하며; 상기 툴은 소프트웨어, 장치, 및 지시 정보(instructional information) 중 하나 이상을 포함하고; 상기 개발용 툴키트를 사용한 결과물을 상기 개발자 단말기로부터 수신하는 단계; 상기 결과물은 올리고뉴클레오타이드의 성능 데이터를 포함하고; 상기 수신된 결과물을 상기 기술 제공자 단말기 또는 협업 개발 시스템의 모니터링 모듈에 의해 검토되도록 허용하는 단계; 및 상기 시약에 포함될 올리고뉴클레오타이드가 선택되도록 개발자 단말기를 상기 검토 결과물에 접근시키는 단계를 포함하여 수행된다.
본 발명에 따른 다른 구현예에 따라 메모리, 프로세서 및 상기 메모리에 저장되고 상기 프로세서에 의해 실행되도록 구성된 하나 이상의 프로그램을 사용하여 타겟 핵산 검출용 시약을 협업 개발하기 위한 시스템에서, 상기 하나 이상의 프로그램은, 하나 이상의 프로세서에 의해 실행될 때, 요청자 단말기로부터 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 타겟 핵산 검출용 시약에 대한 협업 개발 요청을 수신하는 단계; 상기 협업 개발 요청은 상기 시약을 사용하여 검출하고자 하는 타겟 핵산에 관한 특징 정보를 포함하고; 협업 개발을 위한 개발자 단말기를 협업 개발을 위한 기술 제공자의 개발용 툴키트에 접근시키는 단계; 상기 개발용 툴키트는 타겟 핵산 검출용 시약에 포함된 올리고뉴클레오타이드에 대한 성능 실험 툴을 포함하며; 상기 툴은 소프트웨어, 장치, 및 지시 정보(instructional information) 중 하나 이상을 포함하고; 상기 개발용 툴키트를 사용한 결과물을 상기 개발자 단말기로부터 수신하는 단계; 상기 결과물은 올리고뉴클레오타이드의 성능 데이터를 포함하고; 상기 수신된 결과물을 상기 기술 제공자 단말기 또는 협업 개발 시스템의 모니터링 모듈에 의해 검토되도록 허용하는 단계; 및 상기 시약에 포함될 올리고뉴클레오타이드가 선택되도록 개발자 단말기를 상기 검토 결과물에 접근시키는 단계를 수행하도록 하는 명령어들을 포함한다.
본 발명의 또 다른 구현예에 따라 하나 이상의 프로세서에 의해 실행될 때, 타겟 핵산 검출용 시약의 협업 개발을 상기 하나 이상의 프로세서에 의해 수행되는 명령을 컴퓨팅 장치에서 저장하는 비 일시적 컴퓨터 판독 가능 저장매체에 있어서, 상기 명령은 상기 하나 이상의 프로세서에 의해 실행될 때, 상기 컴퓨팅 장치로 하여금, 요청자 단말기로부터 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 타겟 핵산 검출용 시약에 대한 협업 개발 요청을 수신하는 단계; 상기 협업 개발 요청은 상기 시약을 사용하여 검출하고자 하는 타겟 핵산에 관한 특징 정보를 포함하고; 협업 개발을 위한 개발자 단말기를 협업 개발을 위한 기술 제공자의 개발용 툴키트에 접근시키는 단계; 상기 개발용 툴키트는 타겟 핵산 검출용 시약에 포함된 올리고뉴클레오타이드에 대한 성능 실험 툴을 포함하며; 상기 툴은 소프트웨어, 장치, 및 지시 정보(instructional information) 중 하나 이상을 포함하고; 상기 개발용 툴키트를 사용한 결과물을 상기 개발자 단말기로부터 수신하는 단계; 상기 결과물은 올리고뉴클레오타이드의 성능 데이터를 포함하고; 상기 수신된 결과물을 상기 기술 제공자 단말기 또는 협업 개발 시스템의 모니터링 모듈에 의해 검토되도록 허용하는 단계; 및 상기 시약에 포함될 올리고뉴클레오타이드가 선택되도록 개발자 단말기를 상기 검토 결과물에 접근시키는 단계를 수행하도록 한다.
본 발명의 또 다른 구현예에 따라 하기 단계를 포함하는, 협업 개발 시스템에 의한 타겟 핵산 검출용 시약의 협업 개발을 위한 컴퓨터 구현 방법은 타겟 핵산의 특징 정보를 포함하는 협업 개발 신청 정보를 수신하는 단계; 수신된 상기 타겟 핵산의 특징 정보를 이용하여 상기 타겟 핵산과 연관된 질병이 발병되는 질병 영역을 결정하는 단계; 상기 질병 영역에 포함되는 개발자 위치를 갖는 개발자를 선택하는 단계; 및 선택된 상기 개발자가 상기 타겟 핵산 검출용 시약의 개발을 위한 실험을 기술 제공자의 지원을 통해 수행하여 생성한 실험 결과물을 상기 개발자의 개발자 단말기로부터 수신하는 단계를 포함하여 수행된다.
본 발명의 특징 및 이점을 요약하면 다음과 같다:
(1) 본 발명의 방법, 시스템 및 저장 매체는, 협업 개발 요청에 따라 상기 협업 개발의 특성에 맞는 적합한 기술 제공자와 개발자를 자동으로 매칭시킴으로써 협업 개발의 효율성을 높일 수 있다.
(2) 본 발명의 방법, 시스템 및 저장 매체에 따르면, 기술 제공자와 개발자 간의 협업 개발이 네트워크를 통해 동시 다발적으로 그리고 지역적 제한 없이 이뤄질 수 있으므로(즉, 기술 제공자와 개발자 간의 다수의 협업 개발 프로젝트의 진행으로 인해), 다양한 시약을 빠른 시간 내에 개발할 수 있다.
(3) 본 발명의 방법, 시스템 및 저장 매체에 따르면, 타겟 핵산 검출용 시약에 대한 개발 능력은 있으나 복잡하고 시간 소모적인 실험을 수행할 여력이 없는 기술 제공자는 상기 실험을 수행할 여력이 있는 개발자에게 개발을 위한 기술을 제공하고 개발 실험을 가이드하여, 다양한 타겟 핵산 검출용 시약을 신속하게 개발할 수 있다.
(4) 본 발명의 방법, 시스템 및 저장 매체에 따르면, 타겟 핵산 검출용 시약에 대한 개발 능력은 있으나 시약의 성능 실험을 위한 임상 샘플의 수급이 어려운 기술 제공자는 임상 샘플의 수급이 용이한 개발자에게 개발을 위한 기술을 제공하고 성능 실험을 가이드함으로써 자신이 원하는 다양한 시약을 개발할 수 있다.
(5) 본 발명의 방법, 시스템 및 저장 매체에 따르면, 타겟 핵산 검출용 시약의 개발을 위한 실험을 수행할 여력은 있으나 개발 능력이 없는 개발자는 기술 제공자와의 협업을 통해 시약 개발 방법, 노하우 등을 전수받을 수 있다.
(6) 본 발명의 방법, 시스템 및 저장 매체에 따르면, 타겟 핵산 검출용 시약의 성능 실험을 위한 임상 샘플의 수급이 용이한 개발자는 기술 제공자에게 임상 샘플을 제공함으로써 자신이 원하는 시약을 개발할 수 있다.
(7) 본 발명의 방법, 시스템 및 저장 매체에 따르면, 기술 제공자는 질병이 발병하는 지역에서의 임상 샘플 수급이 불가능하더라도 임상 샘플의 수급이 가능한 질병 영역 내에 위치하는 개발자에게 기술 노하우를 제공하는 협업 개발을 통해 빠르게 타겟 핵산 검출용 시약을 개발할 수 있다.
(8) 본 발명의 방법, 시스템 및 저장 매체에 따르면, 다양한 지역에서 발병하는 다양한 질병을 각각 진단할 수 있는 타겟 핵산 검출용 시약을 다수의 기술 제공자와 각 질병 영역 내의 개발자가 동시 다발적으로 협업 개발을 진행할 수 있으므로, 다수의 질병을 각각 검출할 수 있는 타겟 핵산 검출용 시약을 빠른 시간 내에 발병 지역 내에서 개발하고, 발병 지역 내의 환자들에게 사용할 수 있다.
(9) 본 발명의 방법, 시스템 및 저장 매체에 따르면, 다양한 질병이 다수 발병되는 일부의 고위험 지역의 개발자들은 타겟 핵산 검출용 시약 개발을 위한 기술 노하우가 부족하여 지역 내에서 발병하는 일부의 질병에 대한 타겟 핵산 검출용 시약을 적절히 개발할 수 없었으나, 본 발명의 협업 개발을 통해 기술 제공자로부터 제공되는 기술 노하우를 제공받아 필요한 타겟 핵산 검출용 시약을 개발할 수 있다.
(10) 본 발명의 방법, 시스템 및 저장 매체에 따르면, 수익성이 낮아 개발되지 않던 질병의 검출 시약을 질병 영역 내에 위치하는 개발자가 기술 제공자의 기술 노하우를 제공받아 실험하여 개발함에 따라 질병 영역 내의 소수의 환자들도 개발된 타겟 핵산 검출용 시약을 이용하여 질병을 진단받을 수 있다.
(11) 본 발명의 방법, 시스템 및 저장 매체에 따르면, 최초 발병 지역의 감염성 질병이 2차 감염 지역으로 전파된 경우, 2차 감염 지역의 질병은 최초 발병 지역으로부터 변이가 발생될 수 있으므로, 질병의 진단을 위한 타겟 핵산 검출용 시약을 개발하기 위해서는 최초 발병 지역 및 2차 감염 지역의 임상 샘플이 각각 필요하다. 이에 기술 제공자는 협업 개발을 이용하여 각 최초 발병 지역의 개발자와 2차 감염 지역의 개발자에게 개발 노하우를 각각 제공하여 타겟 핵산 검출용 시약 개발을 위한 실험을 수행할 수 있게 함으로써, 양쪽 지역에서 발병된 질병을 진단할 수 있는 타겟 핵산 검출용 시약을 동시에 개발할 수 있다.
(12) 본 발명의 방법, 시스템 및 저장 매체에 따르면, 특정 지역에서만 유전적으로 발병되는 질병을 검출하기 위한 타겟 핵산 검출용 시약은 기술 제공자들이 임상 샘플을 용이하게 수급하지 못해 시약 개발이 지연되거나 불가능하였다. 그러나, 질병 영역 내에 위치하는 개발자가 유전적 질병의 임상 샘플을 이용하여 실험을 진행하는 협업 개발을 수행하는 경우, 기술 제공자의 기술 노하우를 이용하여 용이하게 타겟 핵산 검출용 시약을 개발할 수 있다.
(13) 본 발명의 방법, 시스템 및 저장 매체에 따르면, 질병 영역 내의 개발자와 기술 노하우를 제공하는 기술 제공자의 협업 개발에 의해 개발된 타겟 핵산 검출용 시약은 해당 질병 영역 내에서 판매되고 사용되므로, 질병 영역 내의 관련 기업들은 이에 대한 수익을 발생시킬 수 있고, 진단 기관들은 개발된 타겟 핵산 검출용 시약에 대한 진단 비용을 낮출 수 있다.
(14) 본 발명의 방법, 시스템 및 저장 매체에 따르면, 개발자에 의해 수득된 개발 시험의 결과물과 기술 제공자에 의한 검증 결과가 본 발명의 협업 개발 시스템을 통해 양자 간에 공유되므로, 협업 개발의 효율성을 높일 수 있다.
(15) 본 발명의 방법, 시스템 및 저장 매체는 단일 개발자가 개발하기에는 많은 시간과 노력이 소요되는 멀티플렉스 타겟 핵산 시약의 개발에 특히 유용하다.
도 1은 본 발명의 협업 개발 시스템, 요청자 단말기, 개발자 단말기 및/또는 개발 장치, 기술 제공자 단말기 및 선택적으로 평가자 단말기의 네트워크를 통한 연결을 나타내기 위한 개략도이다.
도 2는 본 발명에 따른 협업 개발 서버를 개략적으로 나타내기 위한 구성도이다.
도 3은 본 발명의 일 구현예에 따른 협업 개발 방법을 나타내는 순서도이다.
도 4는 본 발명의 일 구현예에 따른 협업 개발 방법을 나타내는 흐름도이다.
도 5는 본 발명의 협업 개발 서버에 저장된 개발용 툴키트에 대한 개발자 단말기 또는 개발 장치의 접근 방식의 일 구현예를 나타내는 구성도이다.
이하, 실시 예를 통하여 본 발명을 더욱 상세히 설명하고자 한다. 이들 실시 예는 오로지 본 발명을 보다 구체적으로 설명하기 위한 것으로, 본 발명의 요지에 따라 본 발명의 범위가 이들 실시 예에 의해 제한되지 않는다는 것은 당업계에서 통상의 지식을 가진 자에 있어서 자명할 것이다.
본 발명자들은 다양한 타겟 핵산 검출용 시약을 보다 효율적으로 그리고 동시다발적으로 개발하기 위한 방법, 시스템 등을 개발하고자 예의 노력하였다. 그 결과, 본 발명자들은 기술 제공자에 의한 기술 제공과 개발자에 의한 실험의 협업을 통해 장소에 구애받지 않고 동시다발적으로 다양한 타겟 핵산 검출용 시약을 개발할 수 있음을 확인하였다.
I. 본 발명에 따른 협업 개발 시스템의 구성
본 발명의 협업 개발 시스템(1000)은 예를 들어, 협업 개발에 참여하는 단말기 및 개발 장치와 네트워크를 통해 연결되는 협업 개발 서버(100)를 포함한다.
본 발명의 협업 개발 시스템(1000)과 요청자 단말기, 개발자 단말기 및/또는 개발 장치, 기술 제공자 단말기 및 선택적으로 평가자 단말기를 네트워크를 통해 연결하는 일 구현예가 도 1에 도시되어 있다.
도 1은 본 발명의 협업 개발 시스템, 요청자 단말기, 개발자 단말기 및/또는 개발 장치, 기술 제공자 단말기 및 선택적으로 평가자 단말기의 네트워크를 통한 연결을 나타내기 위한 개략도이다. 도 1을 참조하면, 본 발명의 협업 개발 시스템(1000)은 각 단말기들로부터 협업 개발에 필요한 입력/출력을 수신/전송하여 각 단말기들을 통한 협업 개발을 원활하게 한다.
협업 개발 시스템(1000)의 협업 개발 서버(100)는 요청자 단말기(300), 개발자 단말기(400) 및 기술제공자 단말기(500)와 네트워크를 통해 연결되어 있다. 협업 개발 서버(100)는 필요에 따라 평가자 단말기(600)와도 네트워크를 통해 연결되어 있다.
본 발명의 협업 개발 시스템(1000) 내의 협업 개발 서버(100)는 다음과 같은 구현예에 따라 협업 개발 요청을 수신할 수 있다.
i) 일 구현예에서 협업 개발 서버(100)는 요청자 단말기(300)로부터 협업 개발 요청을 수신할 수 있다.
ii) 다른 구현예에서 협업 개발 서버(100)는 개발자 단말기(400)로부터 협업 개발 요청을 수신할 수 있다. 이 경우, 개발자 단말기(400)는 요청자 단말기(300)에 해당한다.
iii) 또 다른 구현예에서 협업 개발 서버(100)는 기술제공자 단말기(500)로부터 협업 개발 요청을 수신할 수 있다. 이 경우, 기술 제공자 단말기(500)는 요청자 단말기(300)에 해당한다.
협업 개발 서버(100)는 협업 개발을 위한 개발자 단말기(400)를 협업 개발을 위한 기술 제공자의 개발용 툴키트에 접근시킬 수 있다.
일 구현예에서, 장치는 기술 제공자의 개발용 툴키트에 포함되어 개발자에게 제공될 수 있다. 본 발명의 다른 구현예에서, 개발자가 보유한 장치가 개발자 단말기(400)에 연결됨으로써 개발자에게 제공될 수 있다.
협업 개발 서버(100)는 개발용 툴키트를 사용한 결과물을 개발자 단말기(400)로부터 수신할 수 있다. 또는 개발자 단말기(400)에 연결된 개발 장치(401)로부터 수신할 수 있다. 한편, 협업 개발 서버(100)는 수신된 결과물을 기술 제공자 단말기(500) 또는 협업 개발 서버(100) 내의 모니터링 모듈(137)이 검토(review) 할 수 있도록 한다. 기술 제공자 단말기(500) 또는 모니터링 모듈(137)은 수신된 결과물의 검토에 따른 검토 결과물을 생성할 수 있으며, 협업 개발 서버(100)는 생성된 검토 결과물을 개발자 단말기(400)가 접근할 수 있도록 한다.
본 발명에서 개발자 단말기(400)로부터의 결과물의 수신과, 기술 제공자 단말기(500) 또는 협업 개발 시스템(1000)의 모니터링 모듈에 의한 결과물의 검토는 성능 실험의 횟수에 따라 반복적으로 수행된다.
따라서, 기술 제공자 단말기(500) 또는 협업 개발 시스템(1000)의 모니터링 모듈(137)이 결과물의 검토에 따라 생성하는 검토 결과물에는 성능 실험의 재수행 또는 승인에 대한 정보를 포함하고 있다.
협업 개발은 하나 이상의 개발자가 참여할 수 있으며, 협업 개발에 참여를 희망하는 복수의 개발자들 중에서 어느 하나 이상의 선택된 개발자가 협업 개발에 참여할 수 있다. 이에 따라, 개발자 단말기(400)는 복수의 개발자 중에서 협업 개발을 수행하기 위해 선택된 개발자의 단말기이다. 본 발명의 협업 개발 시스템(1000)은 협업 개발의 실험에 사용되는 임상 샘플의 수득을 위해 다음과 위해 같은 구현예에 따른 개발자를 선택할 수 있다.
본 발명의 일 구현예에서, 선택된 개발자 단말기(400)는 타겟 핵산을 포함하거나 포함할 것으로 의심되는 임상 샘플을 수득한 또는 수득할 수 있는 개발자의 단말기이다.
본 발명의 다른 구현예에서, 선택된 개발자 단말기(400)는 타겟 핵산과 연관된 질병이 발병된 지역에 위치한 개발자의 단말기이다.
본 발명의 또 다른 구현예에서, 선택된 개발자 단말기(400)는 타겟 핵산과 연관된 질병이 발병 중이거나, 질병이 발병되었던 지역에 위치하여, 질병을 갖거나 가질 것으로 의심되는 대상으로부터 유래된 임상 샘플을 수득한 또는 수득할 수 있는 개발자의 단말기이다.
본 발명의 또 다른 구현예에서, 선택된 개발자 단말기(400)는 타겟 핵산과 연관된 질병을 갖거나 가질 것으로 의심되는 대상이 위치하는 지역에 포함되는 개발자의 단말기이다.
본 발명의 또 다른 구현예에서, 선택된 개발자 단말기(400)는 타겟 핵산과 연관된 질병이 발병 중인 지역 및/또는 미리 정해진 기간 동안 질병이 발병되었던 지역에서 타겟 핵산과 연관된 질병으로부터의 임상 샘플을 수득한 또는 수득할 수 있는 개발자의 단말기이다.
따라서, 개발자 단말기(400)로부터 전송되는 결과물은 개발자가 수득한 임상 샘플을 사용하여 실험된 결과물을 포함할 수 있다.
본 발명의 협업 개발 시스템(1000)은 복수의 협업 개발을 구현하도록 구성될 수 있다.
본 발명의 협업 개발 시스템(1000)은 협업 개발 요청에 대응하여 협업 개발 타당성 평가를 수행할 수 있다.
협업 개발 타당성 평가의 일 구현예는, 협업 개발 서버(100)가 수신된 협업 개발 요청을 평가자 단말기(600)에 제공함으로써 협업 개발 타당성 평가를 요청할 수 있다. 평가자 단말기(600)는 협업 개발 타당성 평가 요청에 따라 평가를 수행하고, 협업 개발 타당성 평가 결과를 협업 개발 서버(100)에 제공할 수 있다. 협업 개발 서버(100)는 평가자 단말기(600)로부터 수신한 협업 개발 타당성 평가 결과가 협업 개발의 승인인 경우에 협업 개발을 개시한다.
협업 개발 타당성 평가의 다른 구현예는, 협업 개발 서버(100)가 요청자 단말기(300), 개발자 단말기(400) 또는 기술 제공자 단말기(500)로부터 수신된 협업 개발 요청에 대한 응답으로, 협업 개발 서버(100) 내의 평가 관리 모듈(122)에 협업 개발 타당성 평가를 수행하도록 할 수 있다. 평가 관리 모듈(122)는 협업 개발 타당성 평가 요청에 따라 평가를 수행하고, 협업 개발 타당성 평가 결과를 도출하도록 한다. 협업 개발 서버(100)는 평가 관리 모듈(122)에서 승인 결과가 도출되면 협업 개발을 개시한다.
협업 개발 타당성 평가의 일 구현예에서 평가자 단말기(600)는 기술 제공자 단말기(500)를 포함할 수 있다. 즉, 기술 제공자가 기술 제공자 단말기(500)를 통해 협업 개발 요청에 따른 협업 개발 타당성 평가를 수행하고, 협업 개발 타당성 평가 결과를 생성하여 협업 개발 서버(100)에 제공할 수 있다.
협업 개발 서버(100)는 협업 개발의 승인에 대한 응답으로 개발자 단말기(400) 및/또는 기술 제공자 단말기(500)에게 협업 개발 참여 요청을 전송 및/또는 협업 개발 참여 정보를 수신할 수 있다.
본 발명의 일 구현예에서, 요청자 단말기(300)로부터 협업 개발 요청을 수신하고, 협업 개발이 승인되는 경우, 협업 개발 서버(100)는 하나 이상의 개발자 단말기(400) 및/또는 기술 제공자 단말기(500)에 협업 개발 참여 요청을 전송할 수 있다.
협업 개발 서버(100)는 협업 개발 참여 요청에 대한 응답으로 개발자 단말기(400) 및/또는 기술 제공자 단말기로(500)부터 협업 개발 참여 여부를 나타내는 정보를 수신하고, 수신된 협업 개발 참여 여부의 정보 따라 개발자 및/또는 기술 제공자를 선택할 수 있다.
협업 개발 시스템(1000)은 수신된 협업 개발 요청에 포함된 타겟 핵산의 특징 정보를 이용하여 질병을 특정할 수 있는 특징 키워드를 도출하고, 도출된 특징 키워드에 의해 질병이 발병 및/또는 발병되었던 질병 영역을 결정할 수 있다.
이후, 협업 개발 시스템(1000)은 협업 개발에 참여를 원하는 복수의 개발자 단말기들로부터 수신된 위치 정보를 이용하여 각각의 개발자들의 개발자 위치가 상기 결정된 질병 영역 내에 위치하는지 판단하고, 질병 영역 내에 위치하는 개발자를 선택할 수 있다. 질병 영역 내에 위치하는 개발자의 선택은 하나의 개발자일 수 있으며, 필요에 따라 복수의 개발자를 선택할 수 있다.
협업 개발 시스템(1000)은 협업 개발에 참여를 원하는 복수의 개발자 단말기들로부터 수신된 정보를 평가자 단말기(600)에게 제공하여, 협업 개발 참여 평가를 요청할 수 있다. 협업 개발 시스템(1000)은 요청한 협업 개발 참여 평가에 대한 응답으로 평가 결과를 수신하여, 개발자를 선택한다.
협업 개발 시스템(1000)은 개시된 협업 개발의 수행을 위해 기술 제공자 단말기(500)와 선택된 개발자 단말기(400)와의 협업을 통해 타겟 핵산 검출용 시약의 협업 개발이 수행될 수 있는 플랫폼을 제공한다. 필요에 따라, 협업 개발을 수행함에 있어, 개발자 단말기(400)는 개발 장치(401)를 포함한다.
협업 개발 시스템(1000)은 타겟 핵산을 포함하거나 포함할 것으로 의심되는 임상 샘플의 수득 여부에 대한 정보를 수신할 수 있다. 이러한 정보는 협업 개발 요청을 전송하는 개발자 단말기(400) 또는 협업 개발에 참여를 원하는 개발자 단말기(400)로부터 수신할 수 있다. 본 발명의 일 구현예에서, 임상 샘플의 수득 여부에 대한 정보는 협업 개발 요청 또는 협업 개발에 참여를 위해 전송하는 정보에 포함될 수 있다. 본 발명의 다른 구현예에서, 협업 개발 시스템(1000)은 협업 개발을 수행하기 위한 개발자를 선택하기 이전에 개발자 단말기(400)로부터 임상 샘플의 수득 여부에 대한 정보를 수신할 수 있다.
도 2는 본 발명에 따른 협업 개발 서버를 개략적으로 나타내기 위한 구성도이다. 도 2를 참조하면, 협업 개발 시스템(1000) 내에 포함되는 협업 개발 서버(100)는 다음과 같은 구성을 포함하여 이루어진다.
협업 개발 서버(100)는 각 구성을 제어하는 제어부(110), 협업 개발의 요청과 평가를 관리하는 요청/평가 관리부(120), 협업 개발을 실질적으로 관리하는 협업 관리부(130) 및 협업 개발을 통해 산출되는 실험 데이터 및 결과물을 저장하기 위한 데이터베이스부(140)를 포함한다.
제어부(110)는 멀티플렉스 타겟 핵산 검출용 시약의 협업 개발에 사용되는 협업 개발 서버(100) 내의 각 구성을 제어한다. 제어부(110)의 각 구성 제어는 본 발명 서버의 구성요소들과 함께 더욱 상세하게 설명된다.
요청/평가 관리부(120)는 요청 관리 모듈(121)과 평가 관리 모듈(122)을 포함한다.
요청 관리 모듈(121)은 협업 개발 요청의 시작과 협업 개발 평가의 이전 단계까지 관리한다. 요청 관리 모듈(121)은 요청자(또는 개발자)로부터 협업 개발 요청을 수신하고, 수신된 협업 개발 요청에 따른 정보를 데이터베이스부(140)의 협업 저장 모듈(141)에 저장하는 제안 관리를 수행한다. 요청 관리 모듈(121)은 요청자의 협업 개발 요청에 대한 관리번호 부여할 수 있다. 관리번호는 요청자의 협업 개발 요청에 따라 순차적으로 부여될 수 있다.
요청 관리 모듈(121)은 다음의 구현예와 같이 요청자 단말기로부터 협업 개발 요청을 수신할 수 있다.
일 구현예에서, 요청 관리 모듈(121)은 협업 개발 요청을 웹 페이지(web page) 방식을 사용함으로써, 요청자 단말기가 웹 페이지에 접속하도록 하여 협업 개발에 대한 내용을 입력할 수 있도록 한다.
다른 구현예에서, 요청 관리 모듈(121)은 협업 개발 요청에 대한 내용을 작성할 수 있는 파일을 요청자 단말기에 제공하고, 요청자가 요청자 단말기에 입력한 협업 개발 내용을 파일 형태로 제공받을 수 있다.
요청 관리 모듈(121)은 각 협업 개발 요청 방식의 구현예 중 선택된 방식을 사용하여 협업 개발 요청을 수신한다.
요청 관리 모듈(121)은 수신한 협업 개발 요청에 포함된 협업 개발 내용을 검토하여 이상유무를 판단한다. 검토는 협업 개발 요청의 형식적 검토를 진행하는 예비 평가와, 협업 개발의 범위와 분야에 대한 내용적 검토를 진행하는 본안 평가로 이루어질 수 있다. 또는 평가 관리 모듈(122)에서 예비 평가와 본안 평가를 모두 진행할 수 있다.
예비 평가 또는 본안 평가에서는 협업 개발을 실질적으로 수행하는 개발자가 선정되어 있는지의 여부도 검토된다. 요청자는 협업 개발에서 실질적인 개발을 담당할 수 있으며, 실질적인 개발을 수행하는 별도의 개발자를 요청할 수 있다.
만약, 요청 관리 모듈(121)에서 예비 평가를 수행하는 경우, 요청 관리 모듈(121)은 협업 개발 요청에 대한 예비 평가의 검토 결과를 제어부(110)에 제공한다.
제어부(110)는 협업 개발 요청에 대한 예비 평가를 수신하고, 이상이 없는 경우에는 평가 관리 모듈(122)를 제어하여 본안 평가를 수행하도록 한다. 예비 평가의 평가 결과는 하기와 같이 도출될 수 있다.
i) 협업 개발 요청에 대한 검토 결과에 이상이 없는 경우,
제어부(110)는 해당 협업 개발 요청에 대한 본안 평가를 수행할 수 있도록 평가 관리 모듈(122)로 협업 개발의 본안 평가를 요청한다.
ii) 협업 개발 요청에 대한 검토 결과에 이상이 있는 경우,
제어부(110)는 협업 개발 요청에 대한 보완을 요구하도록 요청 관리 모듈(121)에 요청한다. 이에 대한 응답으로 요청 관리 모듈(121)은 요청자 단말기에 협업 개발 요청의 보완을 요구한다. 요청 관리 모듈(121)은 보완된 협업 개발 요청을 수신하고 예비 평가를 재수행 한다.
평가 관리 모듈(122)은 협업 개발의 두 가지 단계에서 평가를 수행한다.
첫 번째 단계는 협업 개발 요청에 따른 요청 평가 단계이며, 두 번째 단계는 협업 개발 결과에 따른 완료 평가 단계이다. 각각의 평가 단계에서 평가 관리 모듈(122)은 다음과 같이 동작된다.
1) 요청 평가 단계에서의 평가 관리 모듈
제어부(110)는 협업 개발 요청을 수신하는 경우, 협업 개발 요청에 대한 응답으로 협업 개발 타당성에 관한 평가를 수행하도록 평가 관리 모듈(122)을 제어한다.
평가 관리 모듈(122)은 제어부(110)로부터 협업 개발의 평가가 요청되는 경우에 평가자를 선택한다. 평가자는 협업 개발 요청을 이용하여 협업 개발 타당성을 평가할 수 있어야 한다.
평가 관리 모듈(122)은 협업 개발 시스템(1000)에 등록된 복수의 평가자 중에서 한 명 이상의 평가자를 선택할 수 있다. 기술 제공자는 평가 관리 모듈(122)에 의해 선택된 평가자 중 하나일 수 있다. 평가 관리 모듈(122)은 해당 협업 개발에 참여하는 기술 제공자만을 평가자로 선택할 수 있다.
평가 관리 모듈(122)은 협업 개발의 분야에 따라 평가자에게 제공될 평가 기준의 평가 항목을 선택할 수 있다. 평가 관리 모듈(122)은 선택된 평가 항목들을 포함한 개발 평가요청을 평가자 단말기에 제공한다. 평가 항목은 미리 결정되어 있거나, 딥 러닝(deep learning) 또는 머신 러닝(machine learning) 등을 이용한 인공지능(AI, Artificial Intelligence) 기반의 훈련된 결과에 따른 평가 항목일 수 있다.
일 구현예에서, 평가 관리 모듈(122)은 협업 개발 타당성 평가 요청을 웹 페이지(web page) 방식을 사용함으로써, 평가자 단말기가 웹 페이지에 접속하도록 하여 각 평가 항목에 대한 평가 결과를 입력할 수 있도록 한다.
다른 구현예에서, 평가 관리 모듈(122)은 평가 항목을 포함하는 파일을 평가자 단말기에 제공하고, 평가자가 평가자 단말기를 통해 입력한 평가 결과를 파일 형태로 제공받아 협업 개발에 대한 평가를 진행할 수 있다.
평가 관리 모듈(122)은 평가 요청 방식 중 선택된 방식을 사용하여 수신한 평가자의 평가 결과를 판단하고, 평가 판단 결과를 제어부(110)에 제공한다.
평가 관리 모듈(122)에 의해 진행되는 요청 평가는 한 번 또는 여러 번 수행될 수 있다.
제어부(110)는 평가 판단 결과에 따라 협업 개발 요청에 대한 응답으로 협업 개발 승인(approval) 또는 거부(rejection)를 요청자 단말기에 제공한다.
만약, 평가 판단 결과가 협업 개발의 거부인 경우, 제어부(110)는 협업 개발 요청에 대한 보완을 지시하거나, 협업 개발 요청에 대한 진행을 중단할 수 있다. 반면 평가 판단 결과가 협업 개발의 승인인 경우, 제어부(110)는 협업 개발 요청에 대한 다음 프로세스를 진행한다.
2) 완료 평가 단계에서의 평가 관리 모듈
평가 관리 모듈(122)은 협업 개발을 진행한 개발자 단말기(또는 개발 장치)로부터 개발에 대한 최종 결과물이 수신되는 경우, 해당 최종 결과물을 이용한 시약 생산 타당성에 관한 완료 평가를 진행할 수 있다. 완료 평가도 협업 개발 요청에 대한 요청 평가와 같이 동일한 방식으로 진행된다.
즉, 평가 관리 모듈(122)은 완료 평가를 수행할 수 있는 평가자를 선택하고, 선택된 평가자에게 완료 평가를 요청하고, 선택된 평가자의 평가자 단말기로부터 평가 결과를 수신하여 완료된 협업 개발에 대한 시약 생산 타당성을 판단할 수 있다.
본 발명의 일 구현예에서 평가 관리 모듈(122)에 의해 완료 평가 단계에서 선택되는 평가자는 요청 평가 단계에서 선택된 평가자와 동일할 수 있다. 이는 요청 평가 단계에서 협업 개발 타당성을 평가한 평가자가 시약 생산 타당성을 평가하도록 하기 위함이다.
본 발명의 다른 구현예에서 평가 관리 모듈(122)에 의해 완료 평가 단계에서 선택되는 평가자는 요청 평가 단계에서 선택된 평가자와 다를 수 있다.
평가 관리 모듈(122)에서 수행하는 평가는 상기 기재된 바와 같이 협업 개발 요청에 대한 요청 평가 및 협업 개발의 결과물에 대한 완료 평가로 진행된다. 협업 개발 시스템(1000)은 평가 관리 모듈(122)의 도움으로 요청 평가를 수행하고, 선택된 평가자의 도움으로 완료 평가를 수행할 수 있다. 대안적으로, 협업 개발 시스템(1000)은 평가 관리 모듈(122)의 도움으로 요청 평가 및 완료 평가를 수행할 수 있다.
즉, 평가 관리 모듈(122)은 요청 평가 및/또는 완료 평가가 필요한 경우, 평가 관리 모듈(122)에 저장된(또는 동작되는) 평가 기준을 이용하여 평가를 수행한다.
평가 기준은 협업 개발 요청 부분 및/또는 최종 결과물 부분을 각각 평가할 수 있도록 구성되어 있으며, 협업 개발의 각 기술분야 별로 평가가 수행될 수 있다.
평가 관리 모듈(122)은 각각 다음과 같은 구현예와 같이 동작할 수 있다.
ⅰ) 평가 관리 모듈(122)은 서로 다른 평가자에 의해 요청 평가 및 완료 평가를 각각 수행할 수 있다.
ⅱ) 평가 관리 모듈(122)은 평가 관리 모듈(122)에 의해 요청 평가 및 완료 평가 중 하나를 수행하고, 평가자에 의해 요청 평가 또는 완료 평가 중 다른 하나를 수행할 수 있다.
ⅲ) 평가 관리 모듈(122)은 평가 관리 모듈(122) 또는 평가자에 의해 요청 평가 또는 완료 평가 중 하나를 수행할 수 있다.
ⅳ) 평가 관리 모듈(122)은 요청 평가 및 완료 평가를 모두 생략할 수 있다.
ⅴ) 협업 개발 서버(100)는 평가 관리 모듈(122)을 포함하지 않을 수 있고, 따라서 요청 평가 및 완료 평가를 모두 수행하지 않을 수 있다.
상기와 같이 협업 개발 서버(100)는 다섯 가지의 구현예에 따라 평가 관리 모듈(122)을 동작시킬 수 있다. 각각의 구현예는 협업 개발의 기술 분야 및/또는 협업의 형태 등에 따라 선택될 수 있도록 한다.
협업 개발 타당성 평가에 따라 협업 개발이 승인되면, 협업 관리부(130)를 통해서 협업 개발에 대한 프로세스가 진행된다.
협업 관리부(130)는 데이터 관리 모듈(131), 과제 관리 모듈(132), 단말기 관리 모듈(133), 개발 장치 관리 모듈(134), 툴키트 서비스 모듈(135), 참여자 선택 모듈(136), 모니터링 모듈(137) 및 질병 영역 선택 모듈(138)을 포함한다.
본 발명의 일 구현예에서, 협업 관리부(130)는 참여자 선택 모듈(136)을 포함하지 않을 수 있다.
본 발명의 다른 구현예에서, 협업 관리부(130)는 질병 영역 선택 모듈(138)을 포함하지 않을 수 있다.
데이터 관리 모듈(131)은 협업 개발을 진행하는 개발자 단말기, 협업 개발 시스템(1000) 및 기술 제공자 단말기에서 상호 제공되는 데이터를 관리한다.
개발자 단말기(개발 장치 포함)는 개발자가 개발자 단말기 및/또는 개발 장치에서 수행하는 협업 개발과 관련된 실험 결과물을 협업 개발 시스템(1000)에 업로드 한다. 데이터 관리 모듈(131)은 개발자에게 부여된 고유 식별자를 이용하여 협업 개발 시스템(1000)에 업로드 되는 개발자의 실험 결과물을 식별하고, 이에 대응하여 데이터베이스부(140)의 협업 개발 저장 모듈에 저장한다.
데이터 관리 모듈(131)은 기술 제공자가 검토를 위해 협업 개발에 따라 저장된 실험 결과물의 열람을 요청하는 경우, 기술 제공자에게 부여된 고유 식별자를 이용하여 기술 제공자 및 실험 결과물을 인증한다. 데이터 관리 모듈(131)은 인증된 기술 제공자 단말기로 실험 결과물을 제공할 수 있다. 이때, 제공되는 실험 결과물은 기술 제공자 단말기가 결과물 파일을 다운로드 하거나, 실험 결과물의 복사(copy), 다운로드(download), 화면 캡처(screen capture) 등이 불가능한 뷰어(viewer)를 통해 제공될 수 있다.
데이터 관리 모듈(131)은 모니터링 모듈(137) 및/또는 기술 제공자가 실험 결과물의 검토에 따라 제공하는 피드백 데이터(feedback data)인 검토 결과물을 수신하여 데이터베이스부(140)의 협업 저장 모듈(141)에 저장한다. 데이터 관리 모듈(131)은 개발자가 검토 결과물(피드백 데이터)을 열람할 수 있도록 한다.
데이터 관리 모듈(131)은 필요에 따라 개발자 단말기(개발 장치 포함) 및/또는 기술 제공자 단말기로부터 제공되는 다양한 데이터를 암호화하여 저장할 수 있다. 또한, 협업 개발에 따라 협업 개발 시스템(1000)에 제공되는 다양한 데이터는 개발자 단말기(개발 장치 포함) 및/또는 기술 제공자 단말기에서 암호화되어 협업 개발 시스템(1000)으로 제공될 수 있다. 데이터 관리 모듈(131)은 암호화된 데이터에 추가 암호화를 수행할 수 있다.
데이터 관리 모듈(131)은 해당 협업 개발에 부여된 고유 식별자를 이용하여 다양한 데이터를 암호화할 수 있다. 이에 따라 개발자 및 기술 제공자는 각자의 단말기에서 각자의 고유 식별자를 이용하여 데이터베이스부(140)의 협업 개발 저장 모듈에 저장된 다양한 데이터를 열람할 수 있다. 열람에 사용되는 복호화 키는 각자 부여 받은 고유 식별자를 이용하여 수행할 수 있다.
데이터 관리 모듈(131)에서 수행하는 암호화 및 복호화는 각자 부여받은 고유 식별자를 이용하여 수행될 수 있지만, 이외에 ID/PW 방식, 비밀번호 방식 등의 다양한 보안 솔루션을 이용하여 수행할 수 있다.
과제 관리 모듈(132)은 협업 개발이 시작되는 시점부터 종료되는 시점까지 개발 프로세스에 따라 협업 개발에 대한 과제번호의 생성, 고유 식별자의 생성 및 파기(종료), 협업 개발의 진행/종료의 알림 등을 수행한다. 구체적으로 과제 관리 모듈(132)은 각 협업 개발의 각 프로세스에서 다음과 같은 내용을 수행한다.
ⅰ) 과제번호 생성
과제 관리 모듈(132)은 요청 평가(협업 개발 타당성 평가)에서 협업 개발이 승인되는 경우, 해당 협업 개발에 대한 과제번호를 생성한다. 과제번호는 협업 개발에서 진행하는 기술분야, 개발의 범위 등을 식별할 수 있도록 생성될 수 있다. 추가로 과제기간 등을 참고하여 과제번호를 생성할 수 있으며, 문자 및 숫자 등을 포함하여 생성하되, 이에 한정하지 아니한다.
ⅱ) 고유 식별자의 생성 및 파기
과제 관리 모듈(132)은 과제번호가 생성되고, 개발자 및 기술 제공자가 선택된 이후에 협업 개발을 식별할 수 있는 고유 식별자를 개발자 및 기술 제공자에게 제공한다. 고유 식별자는 개발자 및 기술 제공자를 식별, 협업 개발에서 사용되는 개발 장치, 개발용 툴키트 등에 접근하고 사용할 수 있는 사용인증, 개발자 및 기술 제공자가 생성하는 데이터(문서 포함)의 암호화 등에 사용될 수 있다.
따라서, 고유 식별자는 예를 들어, 개발자 및 기술 제공자를 식별할 수 있도록 과제번호에 매칭하는 사용자 ID, 비밀번호 등을 포함한다. 고유 식별자는 예를 들어, 개발 장치, 개발용 툴키트 등에 접근하고 사용을 허가 받을 수 있도록 인증서 등을 포함한다. 고유 식별자는 데이터의 암호화에 사용되는 암호키를 포함한다. 고유 식별자는 협업 개발에 참여하는 개발자 또는 기술 제공자가 암호화한 데이터를 열람할 수 있는 복호화 키를 포함한다.
협업 개발이 종료되면, 과제 관리 모듈(132)은 개발자 및 기술 제공자에게 제공한 각각의 고유 식별자를 파기하거나 사용을 중단시킨다. 필요에 따라서는 협업 개발이 종료된 이후에도 협업 개발에서 생성된 데이터를 열람할 수 있도록 고유 식별자의 일부 기능을 유지할 수 있다.
과제 관리 모듈(132)에서 생성하는 고유 식별자는 협업 개발이 진행되는 개발기간이 설정되어 있다. 이에 따라, 고유 식별자는 개발기간 동안에는 고유 식별자가 활성화될 수 있지만, 개발기간이 종료된 이후에는 자동으로 비활성화 되도록 할 수 있다.
ⅲ) 협업 개발의 진행/종료 알림
과제 관리 모듈(132)은 요청 평가(협업 개발 타당성 평가)에서 협업 개발의 진행이 승인되는 경우, 생성된 과제번호 및 고유 식별자를 포함하여 과제 진행개시의 알림을 개발자 단말기 및 기술 제공자 단말기로 제공한다.
과제 관리 모듈(132)은 협업 개발에 대한 최종 결과물을 제공받음에 따라 진행된 완료 평가가 완료되면, 개발자 단말기 및 기술 제공자 단말기에 협업 개발 종료(완료) 알림을 제공한다.
협업 개발 종료(완료) 알림에는 고유 식별자의 사용을 중단시키기 위한 데이터가 포함될 수 있다. 개발자 및 기술 제공자에게 제공된 고유 식별자가 협업 개발 기간 이후에 자동으로 사용이 중단되도록 설정되어 있는 경우, 협업 개발 종료(완료) 알림에는 고유 식별자의 사용 중단을 위한 데이터가 포함되지 않을 수 있다.
단말기 관리 모듈(133)은 개발자 단말기 및 기술 제공자 단말기가 협업 개발 시스템(1000)에 접근하는 것을 통제(approval/rejection)하며, 이에 대한 로그(log)를 관리한다. 복수의 협업 개발을 진행하면서 다수의 개발자 단말기 및 다수의 기술 제공자 단말기가 협업 개발 시스템(1000)에 연결을 요청하는 경우, 단말기 관리 모듈(133)은 각각의 단말기들을 식별하여 세션을 연결하거나 중단한다. 세션이 연결된 각 단말기들은 제공된 고유 식별자들을 이용하여 툴키트 서비스 모듈(135)의 사용, 협업 개발에서 산출된 데이터의 업로드(upload) 및/또는 데이터베이스부(140)에 저장된 데이터들의 열람 또는 다운로드 등을 수행할 수 있다.
세션 연결은 고유 식별자를 통해 인증된 단말기들에게만 허용하는 것이 바람직하다.
개발 장치 관리 모듈(134)은 협업 개발에 사용되는 개발 장치를 관리한다. 협업 개발이 진행되면서 개발자는 개발자가 보유한 장치 및/또는 기술 제공자에 의해 제공받은 장치를 협업 개발에 사용되는 장치로 등록하고, 개발 장치 관리 모듈(134)이 개발 장치의 상태를 모니터링 한다.
예를 들어, 개발 장치 관리 모듈(134)은 개발 장치에 적합한 펌웨어가 설치 또는 업데이트 되었는지 여부를 판단한다.
개발 장치 관리 모듈(134)이 개발 장치가 협업 개발에 따른 실험을 충분히 진행할 수 있는지 판단한다. 예를 들어, 개발 장치 관리 모듈(134)은 핵산 증폭(PCR) 장치가 실시간 핵산 증폭 실험을 수행할 수 있는지 여부 또는 실험에 필요한 플레이트의 웰 개수가 협업 개발에서 필요로 한 기준을 충족하는 것인지를 판단할 수 있다.
또한, 개발 장치 관리 모듈(134)은 협업 개발을 위해 등록된 개발 장치의 오류 보고를 수신하고, 이력 또는 로그를 개발자 및/또는 기술 제공자의 단말기에게 제공한다. 이후 개발자 및/또는 기술 제공자는 협업 개발 시스템(1000)을 통해 오류가 발생한 개발 장치에 전송 또는 개발자 단말기로 오류 보고에 따른 조치 사항을 전송한다.
대표적인 예로, 핵산 증폭 장치가 개발자 단말기에 연결될 수 있다. 핵산 증폭 장치는 멀티플렉스 타겟 핵산 검출용 시약을 개발하기 위해 필요한 장치이며, 특히 실시간 핵산 증폭 장치, 예를 들어 Real-time PCR 장치가 여기에 포함된다.
툴키트 서비스 모듈(135)은 기술 제공자가 개발자 단말기 및/또는 개발 장치에게 클라우드 방식(cloud type) 또는 사스(SaaS, Software as a Service) 방식으로 개발용 툴키트를 제공한다.
툴키트는 패키지 형태일 수 있으며, 개발자 단말기 및/또는 개발 장치에 다운로드 되어 설치 및/또는 사용될 수 있다. 다만, 필요에 따라서는 툴키트는 개발자 단말기 및/또는 개발 장치가 사용하되, 다운로드로 제공되지 않고 협업 개발 시스템(1000)에 접속하여 사용되도록 한다.
이때, 협업 개발 시스템(1000)은 툴키트 서비스 모듈(135)을 이용하여 개발자 단말기 및/또는 개발 장치가 툴키트를 온라인 서비스 방식(cloud type)으로 사용할 수 있도록 한다.
협업 개발 요청의 승인에 따라 기술 제공자가 결정되는 경우, 제어부(110)는 결정된 기술 제공자의 툴키트를 개발자가 클라우드 방식(cloud type) 및/또는 사스 방식(SaaS type)으로 사용할 수 있도록 툴키트 서비스 모듈(135)에 등록한다.
협업 개발 서버(100)의 툴키트 서비스 모듈(135)은 개발자 단말기 및/또는 개발 장치에 제공되는 개발용 툴키트를 온라인 제공할 수 있다.
툴키트 서비스 모듈(135)은 개발자 단말기 및/또는 개발 장치에게 툴을 온라인으로 서비스하면서 툴의 실험에 사용되는 데이터를 다음과 같이 제공받을 수 있다.
i) 툴키트 서비스 모듈(135)에 포함된 툴에서 실험을 수행하기 위해 수신한 데이터는 개발자 단말기 및/또는 개발 장치로부터 수신할 수 있다.
이때, 개발자 단말기 및/또는 개발 장치로부터 수신하는 데이터는 데이터 관리 모듈(131)에 의해 데이터베이스부(140)의 협업 저장 모듈(141)에 저장되고, 툴키트 서비스 모듈(135)의 툴에 제공될 수 있다. 또는 개발자 단말기 및/또는 개발 장치로부터 수신하는 데이터는 데이터 관리 모듈(131)에 의해 툴키트 서비스 모듈(135)에 임시 저장되고, 툴키트 서비스 모듈(135)의 툴에 제공될 수 있다.
ii) 툴키트 서비스 모듈(135)에 포함된 툴에서 실험을 수행하기 위해 제공받는 데이터는 툴키트 서비스 모듈(135)의 다른 툴에서 수행한 실험 결과물일 수 있다.
이 경우, 다른 툴에서 수행한 실험 결과물은 데이터 관리 모듈(131)에 의해 데이터베이스부(140)의 협업 저장 모듈(141)에 저장되어, 툴키트 서비스 모듈(135)의 툴에 제공될 수 있다. 또는 다른 툴에서 수행한 실험 결과물은 툴키트 서비스 모듈(135)이 임시 저장하고, 툴키트 서비스 모듈(135)의 툴에 제공될 수 있다.
한편, 툴키트 서비스 모듈(135)의 툴에서 실험을 수행하기 위해 제공받는 데이터(결과물)는 협업 개발에서 사용되는 툴키트에서 수행된 실험의 결과물이다.
또한, 툴키트 서비스 모듈(135)은 어느 하나의 툴이 실험을 수행하여 생성되는 데이터를 다음과 같이 제공할 수 있다.
i) 생성된 데이터는 툴키트 서비스 모듈(135)의 다른 툴의 입력 데이터로 사용할 수 있다.
ii) 생성된 데이터는 해당 협업 개발을 진행하는 개발자 단말기 및/또는 개발 장치에 제공될 수 있다.
iii) 생성된 데이터는 협업 개발 시스템(1000) 및/또는 기술 제공자로부터 검증받을 수 있도록 협업 개발 서버(100) 내의 모니터링 모듈(137)로 제공될 수 있다.
툴키트 서비스 모듈(135)은 제공받는 데이터에 대한 복호화 및 제공하는 데이터에 대한 암호화를 지원받을 수 있다.
i) 툴에서 사용되기 위해 제공받는 데이터가 암호화되어 수신되는 경우, 툴키트 서비스 모듈(135)은 협업 개발 시스템(1000)으로부터 암호화 데이터에 대한 복호화를 제공받을 수 있다.
ii) 툴에서 실험이 수행되어 생성되는 실험 데이터를 암호화하여 제공하는 경우, 툴키트 서비스 모듈(135)은 협업 개발 시스템(1000)으로부터 실험 데이터의 암호화를 제공받을 수 있다.
암호화 또는 복호화는 제어부(110)에 의해 협업 개발 서버(100)에 포함된 데이터 관리 모듈(131), 과제 관리 모듈(132), 단말기 관리 모듈(133), 개발 장치 관리 모듈(134) 또는 툴키트 서비스 모듈(135) 중 적어도 어느 하나 이상에서 수행될 수 있다.
협업 개발은 복수의 협업 개발에 따라 복수의 개발자에 의해 수행되며, 툴키트 서비스 모듈(135)은 복수의 개발자 단말기 및/또는 개발 장치로부터 툴의 사용 요청을 수신할 수 있다. 툴키트 서비스 모듈(135)의 각각의 툴은 복수의 개발자 단말기 및/또는 개발 장치로부터 툴의 사용 요청을 시순차적으로 처리하여 툴의 사용을 허가할 수 있다.
툴키트 서비스 모듈(135)에 의해 제공되는 어느 하나의 툴이 서로 다른 협업 개발에서 사용되는 경우, 툴키트 서비스 모듈(135)은 예를 들어, 해당 툴의 사용을 요청하는 개발자 단말기 및/또는 개발 장치에서 수행하는 협업 개발에 맞도록 해당 툴에서 사용되는 파라미터 등의 설정 값 등을 자동으로 변경할 수 있다. 이 경우, 제어부(110)는 설정 값 등의 자동 변경을 위해 툴을 사용하고자 접속하는 개발자 단말기 및/또는 개발 장치의 고유 식별자를 인식하고, 툴키트 서비스 모듈(135)이 제어부(110)가 인식된 고유 식별자에 대응하는 협업 개발에 맞도록 변경할 수 있다.
본 발명의 일 구현예에서, 툴키트 서비스 모듈(135)은 개발자에게 서비스를 제공하기 위해 협업 개발 서버(100) 내에 포함될 수 있다.
본 발명의 다른 구현예에서, 툴키트 서비스 모듈(135)은 협업 개발 서버(100) 내에 포함되지 않고 별도의 위치에서 서비스를 제공할 수 있다. 복수의 기술 제공자로부터 제공되는 툴키트는 각각 하나 이상의 툴을 포함하고 있는데, 각각의 툴 들이 많은 리소스를 사용한다면, 협업 개발 서버(100)로부터 독립되어 별도의 툴키트 서비스 서버로 구성되어 개발자 단말기 및/또는 개발 장치에게 서비스를 제공할 수 있다.
본 발명의 일 구현예에서 기술 제공자로부터 개발자에게 제공되는 개발용 툴키트는 타겟 핵산 검출용 시약을 개발하기 위해 필요한 툴을 포함하고 있다.
툴은 올리고뉴클레오타이드 디자인 툴, 올리고뉴클레오타이드 성능 실험 툴, 성능 실험 분석 툴, 성능 실험 문서화 툴, 암호화 지원 툴 및/또는 기타 개발 툴 등이다. 기술 제공자는 상기에 나열된 툴을 적어도 하나 이상 보유하고 있으며, 협업 개발이 진행됨에 따라 기술 제공자는 보유한 툴을 개발자에게 선택적으로 제공할 수 있다.
각각의 툴 중에서, 소프트웨어 형태로 제공되는 툴(지시 정보(instructional information) 포함)은 기술 제공자 단말기를 통해 협업 개발 시스템(1000) 및/또는 개발자 단말기로 전송될 수 있다. 이 경우,
i) 툴은 개발자 단말기 및/또는 개발 장치에 설치 가능한 설치 파일(install file)의 형태이거나,
ii) 툴은 별도의 설치가 필요 없이 실행 가능한 실행 파일(executable file) 형태이다.
지시 정보(instructional information)는 개발자 단말기 및/또는 개발 장치를 통해 개발자가 시각/청각적으로 확인이 가능한 문서(document), 이미지(image), 비디오(video), 오디오(audio) 등의 파일 형태이다.
각각의 툴은 소프트웨어와 지시 정보를 모두 포함할 수 있으며, 소프트웨어 또는 지시 정보 중 어느 하나를 포함할 수 있다.
각각의 툴에 대한 설명은 본 발명의 타겟 핵산 검출용 시약의 협업 개발을 위한 방법의 설명 부분에서 자세히 설명하기로 한다.
본 발명의 일 구현예에서, 참여자 선택 모듈(136)은 요청자에 의해 협업 개발이 진행되는 경우에 협업 개발에 참여되는 개발자 및/또는 기술 제공자를 선택한다. 참여자 선택 모듈(136)은 데이터베이스부(140)의 협업 저장 모듈(141)에 저장된 개발자 정보와 기술 제공자 정보를 이용하여 개발자와 기술 제공자를 선택할 수 있다. 개발자 정보 및 기술 제공자 정보에 관한 설명은 협업 저장 모듈(141)에서 자세하게 설명하도록 한다.
본 발명의 다른 구현예에서, 참여자 선택 모듈(136)은 질병 영역 선택 모듈(138)에 의해 선택된 질병 영역에 포함되는 개발자를 선택할 수 있다. 협업 개발을 통해 개발하고자 하는 타겟 핵산 검출용 시약에 대응하는 질병이 발병되는 질병 영역을 선택하는 경우, 협업 개발의 신청을 요청하거나 협업 개발에 참여를 요청하는 복수의 개발자 중에서 해당 질병 영역 내에 위치하는 개발자를 선택할 수 있다. 질병 영역의 선택에 관한 설명은 질병 영역 선택 모듈(138)에서 자세하게 설명하도록 한다.
본 발명의 또 다른 구현예에서, 참여자 선택 모듈(136)은 질병 영역 선택 모듈(138)에 의해 선택된 질병 영역에 포함되는 개발자를 선택할 수 있다. 협업 개발의 신청을 요청하는 개발자 또는 협업 개발에 참여를 요청하는 복수의 개발자 중에서 협업 개발을 통해 개발하고자 하는 타겟 핵산을 포함하거나 포함할 것으로 의심되는 임상 샘플을 수득하거나 수득할 수 있는 개발자를 선택할 수 있다.
참여자 선택 모듈(136)은 제어부(110)의 명령에 따라 다음의 각 경우에 협업 개발에 참여되는 개발자 및/또는 기술 제공자를 선택할 수 있다.
1) 개발자를 선택하는 경우,
요청자에 의해 협업 개발 요청을 수신하여 협업 개발을 진행하면, 해당 협업 개발을 위한 개발자를 선택한다. 개발자는 협업 개발에 따른 개발 분야 및/또는 시약의 종류에 따라 다양한 산업분야의 개발자가 포함될 수 있다.
복수의 후보 개발자 중에서 협업 개발에 적합한 개발자를 선택한다. 선택되는 개발자는 협업 개발 시스템(1000)에 미리 등록된 개발자이며, 협업 개발의 수행이 가능한 기술분야 및/또는 시약의 종류 등을 협업 개발 시스템(1000)에 등록하여 선택될 수 있도록 한다. 필요에 따라 개발자는 복수로 선택될 수 있다. 필요에 따라 기술 제공자와 평가자를 선택할 수 있다.
참여자 선택 모듈(136)은 선택된 개발자의 협업 개발의 참여 불가를 개발자 단말기로부터 수신하면 다른 개발자를 선택하고, 협업 개발에 대한 참여 요청을 제공한다.
참여자 선택 모듈(136)은 협업 개발에 참여를 신청하는 복수의 후보 개발자들 중에서 적어도 어느 하나 이상의 개발자를 선택할 수 있다. 이 경우, 선택되는 개발자는 질병 영역 내에 포함되는 개발자이거나, 타겟 핵산을 포함하거나 포함할 것으로 의심되는 임상 샘플을 수득하거나 수득할 수 있는 개발자일 수 있다. 협업 개발에 참여를 신청하여 1차 선택된 개발자 중에서 질병 영역 내에 포함되는 개발자를 2차 선택할 수 있다.
2) 요청자와 개발자가 동일한 경우,
요청자와 개발자가 동일한 경우에는 요청자(개발자)가 직접 협업 개발에 참여하여 협업 개발을 진행할 수 있다. 즉, 협업 개발 요청에 포함된 개발 분야 및/또는 시약의 종류 등은 요청자(개발자)가 개발 가능한 것이다. 따라서, 개발자의 선택이 생략될 수 있다.
한편, 요청자가 개발자인 경우에도 개발자의 선택이 이루어질 수 있다. 예를 들어, 협업 개발을 통해 타겟 핵산 검출용 시약을 개발을 위한 실험에 사용되는 “임상 샘플”을 수득할 수 있는 개발자를 선택할 수 있다. 따라서, 협업 개발을 요청한 개발자라도 타겟 핵산의 특징 정보에 따라 결정된 질병 영역에 위치하거나 임상 샘플의 수급이 가능한 개발자인지 판단한다. 개발자가 질병 영역 내에 위치하거나, 임상 샘플을 수득할 수 있는 경우에는 협업 개발은 진행된다. 협업 개발을 요청한 요청자(개발자)가 질병 영역 내에 위치하지 않거나, 임상 샘플을 수득할 수 없는 경우, 협업 개발 시스템(1000)은 i) 협업 개발을 위한 다른 개발자를 선택하거나, ii) 협업 개발을 중단할 수 있다.
따라서, 협업 개발 시스템(1000)은 협업 개발을 요청한 요청자(개발자)가 질병 영역 내에 위치하거나 임상 샘플의 수급이 가능한지를 판단하는 단계를 추가로 수행할 수 있다. 협업 개발을 통해 개발하고자 하는 타겟 핵산 검출용 시약에 대응하는 질병이 발병하는 위치의 개발자를 선택하거나, 임상 샘플의 수급이 가능한 개발자를 선택하기 위함이다.
요청자가 개발자인 경우에도 추가 개발자를 선택할 수 있다. 예를 들어, 요청자(개발자)는 전체 협업 개발 중 일정 부분을 담당하고, 선택되는 다른 개발자가 나머지 협업 개발을 진행할 수 있다. 필요에 따라 복수의 개발자가 선택될 수 있다.
기술 제공자와 평가자는 필요에 따라 선택할 수 있다.
참여자 선택 모듈(136)은 선택된 추가 개발자에게 협업 개발에 대한 협업 개발 참여 요청을 제공하고, 개발자 단말기로부터 협업 개발의 참여 여부를 수신한다. 참여자 선택 모듈(136)은 선택된 개발자의 개발자 단말기로부터 참여 불가를 수신하는 경우, 다른 개발자를 선택하고, 협업 개발에 대한 참여 요청을 제공한다.
참여자 선택 모듈(136)은 요청자(개발자)로부터 협업 개발의 요청이 있는 경우, 요청된 협업 개발에 참여를 신청하는 복수의 추가 개발자들 중에서 적어도 어느 하나 이상의 추가 개발자를 선택할 수 있다. 이 경우, 선택되는 추가 개발자는 질병 영역 내에 포함되는 개발자이거나, 임상 샘플을 수득할 수 있는 개발자일 수 있다. 협업 개발에 참여를 신청하여 1차로 선택된 추가 개발자 중에서 질병 영역 내에 포함되는 개발자를 2차로 선택할 수 있다.
3) 기술 제공자가 복수인 경우,
협업 개발에 따른 개발 분야 및/또는 시약의 종류에 따라 다양한 기술을 보유한 기술 제공자 중에서 진행하고자 하는 협업 개발에 적합한 개발 장치 및/또는 툴키트를 보유하고 제공 가능한 기술 제공자를 선택한다. 이 경우, 기술 제공자는 협업 개발 시스템(1000)에 미리 등록된 기술 제공자이다. 기술 제공자의 선택에 따라 선택된 기술 제공자의 개발 장치 및/또는 개발용 툴키트는 개발자 및/또는 개발자 단말기로 제공될 수 있다.
참여자 선택 모듈(136)은 선택된 기술 제공자에게 협업 개발에 대한 참여(개발) 요청을 제공하고, 기술 제공자 단말기로부터 협업 개발의 참여 여부를 수신한다. 만약 선택된 기술 제공자의 기술 제공자 단말기로부터 참여 불가를 수신하는 경우, 참여자 선택 모듈(136)은 다른 기술 제공자를 선택하고, 협업 개발에 대한 참여 요청을 제공한다.
참여자 선택 모듈(136)은 요청된 협업 개발에 적합한 개발 장치 및/또는 툴키트를 보유 및 제공 가능한 기술 제공자의 참여를 개시하면, 참여자 선택 모듈(136)은 협업 개발에 참여를 신청하는 복수의 추가 기술 제공자들 중에서 적어도 어느 하나 이상의 추가 기술 제공자를 선택할 수 있다.
모니터링 모듈(137)은 개발자 단말기 및/또는 개발 장치로부터 수신되는 결과물에 대한 검토를 수행한다. 모니터링 모듈(137)은 수신된 결과물에 접근할 수 있는 권한을 기술 제공자에게 제공할 수 있다. 데이터베이스부(140)의 협업 저장 모듈(141)은 협업 개발에 대한 실험 결과물 등이 저장하며, 각각 저장되는 결과물은 협업 개발 및 이에 대한 고유 식별자에 의해 분류되어 저장된다. 모니터링 모듈(137)은 기술 제공자의 고유 식별자에 대응하는 고유 식별자가 부여된 결과물에 기술 제공자가 접근할 수 있도록 한다.
결과물에 접근하는 것은 일 구현예에서는 기술 제공자가 데이터베이스부(140)에 저장된 결과물을 기술 제공자 단말기를 통해 열람하는 방법과 기술 제공자가 기술 제공자 단말기에 구비된 개발용 툴키트를 사용하여 결과물을 검증할 수 있도록 결과물 파일을 다운로드 하도록 제공하는 방법이 있다. 다른 구현예에서는 개발자 단말기에 접속할 수 있는 URL(uniform resource locator)을 협업 개발 시스템(1000)의 제어를 통해 기술 제공자에게 제공함으로써, 기술 제공자가 결과물을 직접 개발자 단말기로부터 열람 및/또는 다운로드 할 수 있다. 이때, URL 이외에 통신망을 사용하여 개발자 단말기에 연결 가능한 다른 방법을 사용할 수 있다.
모니터링 모듈(137)에서 기술 제공자에게 제공하는 결과물은 암호화하여 제공할 수 있으며, 기술 제공자는 고유 식별자 또는 별도의 복호화 모듈을 사용하여 암호화된 결과물을 확인할 수 있다.
모니터링 모듈(137)은 기술 제공자 단말기로부터 검토 결과물을 수신한다. 검토 결과물은 기술 제공자 단말기에 열람 또는 다운로드 방식으로 제공한 결과물에 대한 피드백 정보를 포함하고, 성능 실험에 대한 결과물을 검증하고 이에 대한 성능 실험의 재수행 또는 승인 등의 정보를 포함한다.
모니터링 모듈(137)은 기술 제공자 단말기로부터 수신한 검토 결과물을 고유 식별자를 이용하여 분류 가능하도록 데이터베이스부(140)의 협업 저장 모듈(141)에 저장한다. 이후, 모니터링 모듈(137)은 저장된 검토 결과물을 개발자 단말기가 접근할 수 있도록 권한을 제공할 수 있다. 검토 결과물은 기술 제공자의 결과물에 대한 피드백 정보가 포함되어 있기 때문에 개발자의 확인이 필요하다. 이를 위해 모니터링 모듈(137)은 저장된 검토 결과물을 개발자가 열람 또는 다운로드 할 수 있도록 함으로써, 개발자가 검토 결과물을 열람 또는 다운로드 할 수 있도록 한다.
모니터링 모듈(137)은 수신된 실험 결과물 및/또는 검토 결과물을 제공하기 위해 다음과 같은 방법을 사용한다.
첫 번째, 결과물이 수신되는 경우, 기술 제공자 단말기 및/또는 개발자 단말기에 결과물을 전송하는 능동적인 방법이다.
두 번째, 결과물을 수신하고, 기술 제공자 단말기 및/또는 개발자 단말기로부터의 결과물 요청을 수신함에 따라 결과물을 전송하는 수동적인 방법이다.
모니터링 모듈(137)은 기술 제공자로부터 제공받은 결과물 검증 기술을 이용하여 개발자로부터 제공받은 결과물에 대한 검증을 수행하고, 이에 대한 검토 결과물을 생성할 수 있다. 결과물 검증 기술은 모니터링 모듈(137)이 스스로 결과물을 판독하고, 성능 실험에 대한 승인 또는 성능 실험의 재수행 등의 결과를 도출할 수 있도록 수많은 실험 결과물과 이에 대한 검토 결과물 등을 이용하여 학습을 할 수 있는 기술이다.
결과물 검증 기술은 일 구현예로 딥 러닝(deep learning) 또는 머신 러닝(machine learning) 등을 이용한 인공지능(AI, Artificial Intelligence) 기반의 훈련된 결과를 이용할 수 있다.
또는 모니터링 모듈(137)이 결과물 검증 기술을 보유하고 있으며, 기술 제공자는 결과물 검증 기술에 사용되는 수많은 실험 결과물과 이에 대한 검토 결과물 등을 제공할 수 있다.
질병 영역 선택 모듈(138)은 기술 제공자, 개발자 또는 요청자의 각 단말기로부터 협업 개발을 요청하기 위해 전송한 협업 개발 요청 내의 타겟 핵산에 관한 특징 정보로부터 질병을 특정하고, 특정된 질병이 발병되고 있는 지역 및/또는 미리 정해진 기간 내에 특정 질병이 발병되었던 지역을 선택할 수 있다.
협업 개발 요청 내의 타겟 핵산에 관한 특징 정보는 협업 개발을 통해 개발하고자 하는 타겟 핵산 검출용 시약을 특정할 수 있는 정보를 포함한다.
질병 영역 선택 모듈(138)은 개발되는 시약으로 검출할 수 있는 질병을 특정하기 위해 타겟 핵산에 관한 특징 정보에서 특징 키워드를 추출한다. 일 구현예에서 추출된 특징 키워드는 데이터베이스부(140) 내의 질병 영역 저장 모듈(143)에 저장된 각각의 질병과 매칭되어 저장된 질병 키워드들과 정보들과 비교하여 일치율이 높은 질병을 협업 개발을 통해 개발하고자 하는 시약으로 검출할 수 있는 질병으로 특정한다.
다른 실시예에서 질병은 타겟 핵산에 관한 특징 정보에 포함된 질병의 명칭으로 특정할 수 있다.
다른 실시예에서 질병은 타겟 핵산에 관한 특징 정보에 포함된 질병의 분류 기호로 특정할 수 있다.
이후, 질병 영역 선택 모듈(138)은 특정된 질병의 명칭을 이용하여, 특정된 질병이 현재 발병되는 지역 및/또는 미리 정해진 기간 내에 특정 질병이 발병되었던 지역을 데이터베이스부(140) 내의 질병 영역 저장 모듈(143)을 참조하여 선택한다.
질병 영역 저장 모듈(143)에는 질병, 지역, 발병 시기, 최초 발생 지역, 2차 감염 지역 등의 다양한 카테고리에 의해 분류되는 질병의 명칭, 질병의 특징, 질병 키워드, 질병의 발병 지역 등이 저장되어 있다.
질병 영역의 정보에 관한 설명은 질병 영역 저장 모듈(143)에서 자세하게 설명하도록 한다.
따라서, 질병 영역 선택 모듈(138)은 특정된 질병을 질병 영역 저장 모듈(143)에 저장된 질병의 발병 지역과 비교하여 특정된 질병이 발병 중인 지역 및/또는 미리 정해진 기간 내에 특정 질병이 발병되었던 지역인 질병 영역을 선택할 수 있다.
이후, 참여자 선택 모듈(136)이 개발자를 선택하는 경우에 개발자의 위치가 선택된 질병 영역 내에 위치하는지를 판단하고, 질병 영역 내에 위치하는 개발자를 선택할 수 있다.
선택된 질병 영역 내의 개발자를 선택하는 것은 질병이 발생되는 지역에서 임상 샘플의 수급이 용이하기 때문이다. 질병의 발병 지역에 포함되지 않는 지역에 위치하는 대학교, 상급 병원, 연구소, 기업 등에서도 다양한 임상 샘플을 보유하고 있을 수 있다. 그러나, 그들이 보유하는 임상 샘플의 종류 및 보유량이 한정적일 수 있으며, 일부의 질병에 대해서는 임상 샘플이 구비되지 않거나 수급할 수도 없는 문제점이 있을 수 있다.
따라서 질병의 발병 지역에 위치한 개발자에 의해 타겟 핵산 검출용 시약을 위한 실험이 진행되는 것이 바람직할 수 있다.
데이터베이스부(140)는 협업 개발에서 사용되는 정보를 저장하는 협업 저장 모듈(141)과 기술 제공자로부터 제공받은 개발용 툴키트를 저장하는 툴키트 저장 모듈(142)을 포함한다. 본 발명의 일 구현예에서, 데이터베이스부(140)는 도 2와 같이 협업 개발 서버(100) 내에 포함된 것으로 도시되어 있으나, 본 발명의 다른 구현예에서는 데이터베이스부(140)가 협업 개발 서버(100)의 외부에 위치할 수 있다.
본 발명의 일 구현예에서, 데이터베이스부(140)는 도 2와 같이 협업 개발 서버(100) 내에 하나로 구성되는 것으로 도시되어 있으나, 본 발명의 다른 구현예에서, 데이터베이스부(140)는 필요에 따라 복수개의 구성으로 분리되어 협업 개발 시스템(1000) 내에 위치할 수 있다.
본 발명의 일 구현예에서, 데이터베이스부(140)는 도 2와 같이 협업 저장 모듈(141)과 개발용 툴키트 저장 모듈(142)을 포함하고 있는 것으로 도시되어 있으나, 본 발명의 다른 구현예에서는 협업 저장 모듈(141)과 개발용 툴키트 저장 모듈(142)이 복수의 데이터베이스부(140)에 각각 하나 이상으로 포함될 수 있다.
협업 저장 모듈(141)은 다음과 같은 분류로 협업 개발에서 사용되는 정보를 저장한다.
(i) 사용자 정보
협업 저장 모듈(141)은 개발자, 기술 제공자, 요청자, 평가자 등의 사용자 정보를 저장한다. 사용자들은 개인, 연구소, 완료 평가, 기업, 병원 등이 될 수 있다. 협업 저장 모듈(141)은 각 사용자들이 협업 개발에 참여할 수 있는지 판단하기 위한 정보를 저장하고 있다.
예를 들어, 협업 저장 모듈(141)은 예를 들면, 개발자에 대한, 전공분야, 개발 경력, 협업 개발 참여 이력 등의 협업 개발에서 진행되는 다양한 성능 실험을 수행할 수 있는지의 여부를 판단할 수 있는 정보 등을 포함할 수 있다.
협업 저장 모듈(141)은 예를 들면, 기술 제공자에 대한, 협업 개발에 제공할 수 있는 기술, 개발용 툴키트, 개발 장치 및/또는 개발 완료에 따른 제품 생산 능력 부분을 판단할 수 있는 정보 등을 포함할 수 있다.
협업 저장 모듈(141)은 예를 들면, 평가자를 위해, 요청자 또는 개발자로부터 수신된 협업 개발 요청을 이용하여 협업 개발 타당성, 개발자의 협업 개발 능력, 제품화 가능 여부 등을 종합적으로 판단할 수 있는 정보 등을 포함할 수 있다.
사용자 정보는 참여자 선택 모듈(136)에 제공되어, 개발자 및/또는 기술 제공자를 선택하기 위해 사용될 수 있다. 또한, 사용자 정보는 요청 평가 단계에서 평가자들에게 제공되어 협업 개발 요청에 대한 평가에 사용될 수 있다.
(ii) 성능 실험 데이터
협업 저장 모듈(141)은 진행되는 협업 개발에서 개발자 단말기 및/또는 개발 장치를 이용하여 개발자에 의해 수행된 성능 실험의 결과물 등을 저장한다. 협업 개발 시스템(1000)은 복수의 협업 개발을 동시에 진행할 수 있으며, 협업 저장 모듈(141)은 복수의 개발자로부터 수행된 실험에 대한 성능 실험 결과물을 수신하고, 데이터 관리 모듈(131)에 의해 고유 식별자를 이용하여 분류 가능하도록 저장한다.
(iii) 검토 결과물
협업 저장 모듈(141)은 개발자로부터 수신된 성능 실험 데이터를 검토하고 생성되는 검토 결과물을 저장한다. 검토 결과물은 모니터링 모듈(137) 및/또는 기술 제공자의 기술 제공자 단말기로부터 생성이 될 수 있는데, 협업 저장 모듈(141)은 이러한 검토 결과물을 수신하고, 데이터 관리 모듈(131)에 의해 고유 식별자를 이용하여 분류 가능하도록 저장한다.
(iv) 결과물 검증 기술에 사용되는 빅데이터(big data)
협업 저장 모듈(141)은 모니터링 모듈(137)의 결과물 검증 기술에 사용되는 수많은 실험 결과물과 이에 대한 검토 결과물 등의 데이터를 저장한다. 데이터는 기술 제공자 단말기로부터 수신하여 데이터 관리 모듈(131)에 저장된다. 또한 협업 개발에서 생성되는 ii) 성능 실험 데이터 및/또는 iii) 검토 결과물도 데이터 관리 모듈(131)에 의해 빅데이터로 저장될 수 있다.
(v) 협업 개발 요청 및 평가 정보
협업 저장 모듈(141)은 요청자로부터 수신하는 협업 개발 요청에 대한 정보를 저장한다. 협업 개발 요청 정보는 요청자의 사용자 정보와 연계하여 저장할 수 있다.
또한 협업 저장 모듈(141)은 평가 관리 모듈(122) 및/또는 평가자에 의해 수행되는 평가에 대한 평가 정보를 저장한다. 평가 정보는 평가자의 사용자 정보와 연계하여 저장될 수 있다.
평가 정보는 요청 평가 단계의 평가 정보와 완료 평가 단계의 평가 정보로 분류될 수 있으며, 각각의 평가 정보가 수신되는 경우, 데이터 관리 모듈(131)에 의해 고유 식별자를 이용하여 분류 가능하도록 저장된다.
(vi) 로그(log)
협업 저장 모듈(141)은 개발자 및/또는 기술 제공자에 의해 사용되는 개발 장치, 개발용 툴키트(개발용 툴키트 서비스 모듈(135) 포함) 등을 이용하면서 생성되는 로그를 수신하여 데이터 관리 모듈(131)에 의해 저장한다. 로그는 개발 장치 및/또는 개발용 툴키트의 이용에 대한 일자, 시간, 이용자, 장소 및/또는 횟수 등의 정보 중 적어도 어느 하나 이상을 포함할 수 있다.
상기의 정보는 데이터 관리 모듈(131)에 의해 암호화되어 저장될 수 있다. 개발자, 기술 제공자, 평가자의 각 단말기로 제공되는 데이터는 데이터 관리 모듈(131)에 의해 복호화되어 전송될 수 있다.
툴키트 저장 모듈(142)은 기술 제공자로부터 제공되는 개발용 툴키트를 저장한다. 개발용 툴키트는 소프트웨어 및/또는 파일 등의 형태로 제공되며, 고유 식별자를 이용하여 데이터 관리 모듈(131)에 의해 분류되어 저장된다.
툴키트는 (i) 협업 개발이 진행되기 이전에 또는, (ii) 협업 개발이 승인된 이후에 기술 제공자로부터 제공될 수 있다.
따라서, 툴키트 저장 모듈(142)에 저장된 각 기술 제공자의 개발용 툴키트는 수행되는 협업 개발에 사용되는 개발용 툴키트일 수 있으며, 추후 진행되는 협업 개발을 위해 미리 저장된 개발용 툴키트일 수 있다.
개발용 툴키트는 다음과 같은 구현예에 따라 기술 제공자에게 제공받거나, 개발자에게 제공할 수 있다.
1) 기술 제공자로부터 개발용 툴키트를 제공받는 시기
협업 개발 시스템(1000)은 기술 제공자 단말기를 통해 다음과 같은 구현예에 따라 기술 제공자의 개발용 툴키트를 제공받을 수 있다.
i) 기술 제공자는 협업 개발을 위해 협업 개발 시스템(1000)에 등록을 요청하면서 기술 제공자 단말기를 통해 보유한 개발용 툴키트 등을 협업 개발 시스템(1000)에 제공할 수 있다.
ii) 기술 제공자는 협업 개발에 참여되도록 선택된 이후에 기술 제공자 단말기를 통해 보유한 개발용 툴키트 등을 협업 개발 시스템(1000)에 제공할 수 있다.
iii) 기술 제공자는 협업 개발에 참여되도록 선택된 이후에 기술 제공자 단말기를 통해 보유한 개발용 툴키트를 개발자 단말기 및/또는 개발 장치에 제공할 수 있다.
2) 개발용 툴키트의 제공 경로
개발용 툴키트는 기술 제공자 단말기로부터 협업 개발 시스템(1000)에 제공될 수 있다. 개발용 툴키트는 협업 개발 시스템(1000)이 개발자 단말기로 제공할 수 있다. 개발용 툴키트는 기술 제공자 단말기로부터 개발자 단말기로 제공될 수 있다. 개발용 툴키트는 기술 제공자가 개발자에게 제공할 수 있다.
기술 제공자 단말기, 협업 개발 시스템(1000) 및/또는 개발자 단말기 사이에 전송되는 개발용 툴키트는 다음과 같은 다양한 방법으로 제공될 수 있다.
i) 온라인 제공
개발용 툴키트 중에서 소프트웨어 형태로 존재하는 툴(지시 정보(instructional information) 포함)은 기술 제공자 단말기를 통해 협업 개발 시스템(1000) 및/또는 개발자 단말기로 전송될 수 있다. 이 경우, 툴은 개발자 단말기 및/또는 개발 장치에 설치 가능한 설치 파일(install file) 및/또는 실행 파일(executable file) 형태가 바람직하다. 지시 정보(instructional information)는 개발자가 개발자 단말기 및/또는 개발 장치를 통해 시각/청각적으로 확인이 가능한 문서(document), 이미지(image), 비디오(video), 오디오(audio) 등의 파일 형태이다.
ii) 오프라인 제공
기술 제공자는 협업 개발에 사용되는 개발 장치를 오프라인에서 개발자에게 직접 제공할 수 있다. 개발 장치에는 기술 제공자의 노하우(know-how)가 포함되어 있으므로 분실, 훼손 등을 방지해야 될 필요가 있다. 따라서 기술 제공자 측에서 운송 및 설치를 위한 인력 및/또는 장치를 이용하여 개발자에게 제공할 수 있다.
또한, 개발자 단말기 및/또는 개발 장치에서 동작될 수 있는 개발용 툴키트는 상기와 같은 이유로 휴대용 저장장치에 저장되어 개발자에게 제공될 수 있다. 휴대용 저장장치는 외장 하드디스크, USB 메모리, CD 등의 다양한 형태 중에서 선택하여 사용할 수 있다.
iii) 개발 장치에 설치하여 제공
기술 제공자의 개발용 툴키트 중에서 개발 장치에서 사용되는 일부의 개발용 툴키트는 개발 장치에 미리 설치되어 개발자에게 제공될 수 있다.
3) 개발용 툴키트의 사용 주체
개발용 툴키트는 협업 개발 시스템(1000) 또는 기술 제공자 단말기로부터 다운로드(stand-alone type) 받아 사용하거나, 협업 개발 서버(100) 내의 툴키트 서비스 모듈(135)에 접속하여 온라인 서비스 방식(cloud type)으로 사용할 수 있다.
협업 개발 시스템(1000)으로부터 제공받는 개발용 툴키트는 다음과 같은 구현예에 따라 개발자 단말기 또는 개발 장치가 사용할 수 있도록 한다.
i) 개발자 단말기의 개발용 툴키트 사용
개발용 툴키트의 사용주체는 개발자 단말기가 될 수 있다. 협업 개발 서버(100)에 저장된 개발용 툴키트에 대한 개발자 단말기의 접근 방식을 나타내는 일 예를 도 5에 도시하고 있다.
도 5는 본 발명의 협업 개발 서버에 저장된 개발용 툴키트에 대한 개발자 단말기 또는 개발 장치의 접근 방식의 일 구현예를 나타내는 구성도이다. 도 5에 도시된 바와 같이, 개발자 단말기(400)는 협업 개발 서버(100)의 툴키트 저장 모듈(142)에 접속하여 개발용 툴키트를 다운로드(Stand-alone type) 받아 사용하는 것을 나타낸다.
또한, 개발자 단말기(400)는 협업 개발 서버(100)의 툴키트 서비스 모듈(135)에 접속하여 개발용 툴키트를 온라인 서비스 형태(cloud type)로 사용하는 것을 나타내고 있다.
ii) 개발자 단말기를 통한 개발 장치의 개발용 툴키트 사용
개발용 툴키트의 사용주체는 개발 장치가 될 수 있다. 단, 개발 장치가 협업 개발 서버(100)로 직접 접속되지 않으며, 협업 개발 서버(100)에 접속된 개발자 단말기를 통해 간접적으로 협업 개발 서버(100)에 접속하여 개발용 툴키트를 사용할 수 있다.
개발 장치가 협업 개발 서버(100)에 저장된 개발용 툴키트에 접근하는 방식은 다음과 같이 설명될 수 있다. 본 발명의 다른 구현예에 따라, 개발 장치는 개발자 단말기를 통해 협업 개발 서버(100)의 툴키트 저장 모듈(142)에 간접적으로 접속하여 개발용 툴키트를 다운로드 받아 사용할 수 있다.
또한 개발 장치는 개발자 단말기를 통해 협업 개발 서버(100)의 툴키트 서비스 모듈(135)에 접속하여 개발용 툴키트를 온라인 서비스 형태(cloud type)로 사용할 수 있다.
즉, 다른 실시예에서 개발 장치가 개발자 단말기와는 통신 연결이 가능하나, 외부 통신망으로의 연결이 불가능 한 경우, 개발 장치가 개발자 단말기를 통해 협업 개발 서버(100)에 간접적으로 접속하여 개발용 툴키트를 다운로드 또는 온라인 서비스 형태로 제공받을 수 있다.
iii) 개발 장치의 개발용 툴키트 사용
개발용 툴키트의 사용주체는 개발 장치가 될 수 있다. 협업 개발 서버(100)에 저장된 개발용 툴키트에 대한 개발 장치의 접근 방식을 나타내는 본 발명의 또 다른 구현예는 다음과 같이 설명될 수 있다.
본 발명의 또 다른 구현예에 따르면, 개발 장치는 협업 개발 서버(100)의 툴키트 저장 모듈(142)에 접속하여 개발용 툴키트를 다운로드 받아 사용할 수 있다.
또한 개발 장치는 협업 개발 서버(100)의 툴키트 서비스 모듈(135)에 접속하여 개발용 툴키트를 온라인 서비스 형태(cloud type)로 사용할 수 있다.
즉, 또 다른 실시예에서, 개발 장치가 통신망을 통해 협업 개발 서버(100)에 직접 접속하여 개발용 툴키트를 다운로드 또는 온라인 서비스 형태로 제공받을 수 있다.
개발자에게 제공되는 개발 장치는 협업 개발 서버(100)의 개발 장치 관리 모듈(134)에 협업 개발에 사용되는 장치로 사전 등록되는 것이 바람직하다. 이를 통해 개발자 및/또는 개발자 단말기에 의해 사용되는 개발 장치의 컨디션을 모니터링 할 수 있다. 또한, 개발 장치에서 생성되는 로그(log)는 협업 개발 시스템(1000)에 수신되어 저장될 수 있다. 로그는 데이터 관리 모듈(131)에 의해 데이터베이스부(140)의 협업 저장 모듈(141)에 저장된다.
질병 영역 저장 모듈(143)은 현재 전세계적으로 발병되고 있는 질병 및/또는 발병되었던 질병에 대한 다양한 정보를 저장하고 있다. 저장되는 정보는 각각의 질병의 명칭(질병의 정의), 질병의 분류코드, 질병의 병원체, 질병의 전파 경로, 질병의 발병 지역(현재 및 과거), 질병에 대한 각종 설명(잠복기, 증상, 치료방법, 관리, 예방, 진단방법 등), 질병 키워드 등의 정보를 저장하고 있다. 질병 영역 저장 모듈(143)에 저장되는 질병의 정보에는 감염성 질병 및 유전적 질병을 포함한다. 질병 영역 저장 모듈(143)에 저장되는 각각의 질병은 다음과 같은 정보를 포함하여 저장될 수 있으며, 필요에 따라 관련된 추가 정보도 함께 저장할 수 있다.
i) 질병의 명칭
질병은 감염성 질병과 유전적 질병으로 분류될 수 있으며, 분류된 감염성 질병과 유전적 질병에 대한 각 질병의 명칭이 저장된다.
예를 들어, 감염성 질병은 콜레라(Cholera), 장티푸스(Typhoid fever), 파라티푸스(Paratyphoid fever), 세균성이질(Shigellosis), A형간염(Hepatitis A), 디프테리아(Diphtheria), 홍역(Measles), 폐렴구균(Streptococcus pneumoniae), 말라리아(Malaria), 탄저(Anthrax), 후천성면역결핍증(AIDS, Acquired immune deficiency syndrome), 인플루엔자(Influenza), 페스트(Plague), 뎅기열(Dengue fever), 에볼라바이러스(Ebola virus), 메르스(MERS, Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus), 동물인플루엔자인체감염증(Avian Influenza), 황열(Yellow fever), 폴리오(Polio) 등의 다양한 질병이 있다.
유전적 질병은 겸상적혈구빈혈증(Sickle-cell disorder), 백색증(Albinism), 윌슨병(Wilson’s disease), 헌팅턴 무도증(Huntington’s disease), 파브리병(Fabry’s disease), 멜라스 증후군(Melas syndrome), 묘성증후군(Cat’s cry syndrome), WAGR 증후군(WARG syndrome), 울프-허쉬호른 증후군(Wolf-Hirschhorn sysndrome), 파타우 증후군(Patau syndrome), 다운증후군(Down syndrome), 터너증후군(Turner syndrome), 클라인펠터증후군(Klinefelter syndrome), 간질(Epilepsy), 근시(Nearsightedness), 당뇨병(diabetes mellitus) 등의 다양한 질병이 있다.
ii) 질병의 지역
질병의 발병은 지역적으로 분류될 수 있다. 지역은 지리학적 영역(geographical regions), 기후적 영역(climatological regions) 및/또는 행정적 영역(administrative regions) 등으로 분류될 수 있다.
예를 들어, 아프리카 대륙에서 주로 발병되는 질병, 남아메리카 대륙에서 특이적으로 발병되는 질병, 아시아 대륙에서 주로 발병되는 질병, 인도 지역에서 특이적으로 발병되는 질병, 중국의 후난성 지역에서 특이적으로 발병되는 질병 등의 행정적 영역으로 분류될 수 있다.
또는 지중해 연안에 인접한 지역에서 특이적으로 발병되는 질병, 아열대 기후에서 주로 발병되는 질병, 열대기후 지역에서 특이적으로 발병되는 질병 등의 기후적 영역으로 분류될 수 있다.
또한, 북위 24도 이상의 지역에서 발병되는 질병, 북위/남위 15도 이내의 지역에서 발병되는 질병 등의 지리학적 영역으로 분류될 수 있다.
특히, 각 국가별로 여행자에 대해 검역을 관리하는 질병통제센터에서는 다음과 같은 질병에 대한 검역 감염병 발병(오염) 지역을 안내하고 있다.
일 실시예에서, 에볼라바이러스병은 아프리카 대륙의 콩고민주공화국에서 발병 중이다.
다른 실시예에서, 메르스(MERS)는 중도의 사우디아라비아, 아랍에미리트, 오만, 쿠웨이트에서 발병 중이다. 필요에 따라 오염 인근 지역인 예멘, 카타르, 바레인, 요르단, 이란, 레바논이 추가로 지정될 수 있다.
다른 실시예에서, 동물인플루엔자인체감염증(Avian Influenza, H5N1, H7N9)은 중국 5개성/구인 광둥성, 광시좡족자치구, 윈난성, 장쑤성, 후난성에서 발병중이다.
다른 실시예에서, 황열(Yellow fever)은 아프리카 대륙의 카메룬, 콩고민주공화국, 콩고, 앙골라, 베냉, 부르키나파소, 부룬디, 중앙아프리카공화국, 차드, 코트디부아르, 적도기니, 에티오피아, 가봉, 감비아, 가나, 기니, 기니비사우, 케냐, 라이베리아, 말리, 모리타니, 니제르, 나이지리아, 시에라리온, 세네갈, 남수단, 수단, 토고, 우간다이며, 아메리카 대륙의 아르헨티나, 볼리비아, 브라질, 콜롬비아, 에콰도르, 프랑스령 기아나, 가이아나, 파나마, 파라과이, 페루, 수리남, 트리니다드 토바고, 베네수엘라에서 발병 중이다.
다른 실시예에서, 콜레라(Cholera)는 아시아/중동 대륙의 예멘, 필리핀, 인도이며, 아프리카 대륙의 카메룬, 콩고민주공화국, 앙골라, 케냐, 말라위, 니제르, 나이지리아, 우간다, 탄자니아, 소말리아, 모잠비크, 잠비아, 짐바브웨, 알제리에서 발병 중이다.
다른 실시예에서, 폴리오(Polio)는 아시아/중동 대륙의 파키스탄, 아프가니스탄이며, 아프리카 대륙의 콩고민주공화국, 케냐, 니제르, 나이지리아, 탄자니아이며, 오세아니아 대륙의 파푸아뉴기니에서 발병 중이다.
다른 실시예에서, 페스트(Plague)는 아프리카 대륙의 마다가스카르에서 발병 중이다.
상기의 각 실시예에서 각 질병의 발병 지역은 행정적 영역(administrative regions)으로 분리되는 각 대륙 및 국가명으로 저장되고 있으나, 필요에 따라서는 지리학적 영역(geographical regions) 및/또는 기후적 영역(climatological regions)으로 분류하여 저장할 수 있다.
일 실시예에서 지리학적 영역은 질병의 지역을 위도와 경도로 표시하거나, GPS 좌표로 표시하거나, 전세계 지역을 소정 영역의 크기의 격자로 구분한 격자 주소로 표시할 수 있으며, 이외에 다른 지리적 표시 방법을 사용하여 표시할 수도 있다.
다른 실시예에서 기후적 영역은 질병의 지역을 다양한 기준에 의해 구분되는 기후 영역으로 표시할 수 있다. 예를 들어, 지역의 온도에 따라서 열대 기후, 건조 기후, 온대 기후, 냉대 기후, 한대 기후로 분류될 수 있다.
온도에 따라 분류되는 각각의 기후는 세분화된다. 예를 들어, 열대 기후는 열대 우림 기후(Af), 열대 몬순 기후(Am), 사바나 기후(Aw), 열대 하계 소우 기후(As) 등으로 분류된다. 건조 기후는 사막 기후(BS) 및 스텝 기후(BW)로 분류된다. 온대 기후는 온난 습윤 기후(Cfa), 서안 해양성 기후(Cfb, Cfc), 온대 하우 기후(Cw), 지중해성 기후(Cs)로 분류된다. 냉대 기후는 냉대 습윤 기후(Df), 냉대 동계 소우 기후(Dw), 고지 지중해성 기후(Ds)로 분류된다. 마지막으로 한대 기후는 툰드라 기후(ET) 및 빙설 기후(EF)로 분류된다.
다른 실시예에서 행정학적 영역은 질병의 지역을 행정 구역으로 표시할 수 있다. 예를 들어, 대륙, 국가, 도시 등의 지역으로 분류할 수 있다.
질병 영역 저장 모듈(143)에 저장되는 질병의 발병 지역에 대한 정보는 세계 보건 기구(WHO; World Health Organization) 및/또는 각 국가별 질병 통제 예방 센터(CDC; Centers for Disease Control and Prevention) 등에서 통지하는 정보를 통해 수득할 수 있다.
예를 들어, 세계 보건 기구 또는 질병 통제 예방 센터에서는 전세계에서 발생하는 질병에 대한 정보를 제공하고 있다. 제공되는 정보는 질병의 정의 및 분류, 국내외 발생 현황, 원인, 감염 경로, 증상 및 증후, 진단 및 치료, 환자 관리, 예방, 감염 지역 정보 등이 있다. 질병 영역 저장 모듈(143)에는 상기와 같은 질병에 대한 정보를 통해 질병의 발병 지역이 저장되며, 관련 질병 정보를 통해 질병 키워드도 저장될 수 있다.
iii) 질병의 발병 시기
질병은 일정 기간 동안 발병된 이후 발병이 중단되었다가 일정 기간이 지난 후에도 다시 발병 되기도 한다. 또한, 발병 지역에서 감염자의 이동에 의해 다른 지역에서 새로운 사례가 발견될 수 있다. 이러한 경우, 두 지역은 거리 상으로는 서로 떨어져 있고, 발병 시기도 서로 다르지만 동일한 질병이 발병되는 것으로 나타낼 수 있다.
반면, 감염자가 질병의 발병 지역에서 감염자의 이동에 의해 새로운 지역에서 발병이 시작되더라도, 감염된 질병이 변이가 되는 경우도 있다. 이러한 경우, 동일한 질병으로 판단될 수 있으나, 감염 여부를 판단하는 시약을 별도로 개발될 수도 있다.
질병 영역 저장 모듈(143)은 상기와 같은 분류에 의해 질병의 명칭, 질병의 발병 지역 및 질병의 발병 시기에 따라 분류가 되어 있으며, 이와 함께 질병을 식별할 수 있는 질병 키워드 등의 추가 정보가 함께 저장되어 있다. 질병 키워드는 타겟 핵산의 특징 정보에 포함되는 타겟 핵산을 함유하는 유기체의 명칭, 타겟 핵산을 함유하는 유전자의 명칭, 타겟 핵산의 서열, 타겟 핵산 검출용 시약의 사용 의도(intended use), 질병의 명칭, 질병의 분류 기호 등과 비교되어 타겟 핵산의 특징 정보가 어떠한 질병으로 특정되는지 판단할 수 있다.
따라서, 질병 키워드는 질병을 식별할 수 있는 정보이며, 협업 개발을 요청하는 협업 개발 요청 정보 내의 타겟 핵산의 특징 정보에서 추출된 특징 키워드와 비교를 통해 질병을 특정하고, 이에 따라 해당 질병이 발병하는 하나 이상의 지역을 질병 영역으로 선택할 수 있다.
각각의 질병 키워드는 해당 질병을 특정할 수 있는 다양한 정보로 이루어진다.
일 실시예에서, 메르스(MERS)의 질병 키워드는 MERS(Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus), 중동호흡기증후군, 코로나바이러스, 급성 호흡기 감염병, MERS-CoV, 베타코로나바이러스, HCoV-EMC/2012, clade A, clade B, Jordan-N3/2012, 베로 세포(Vero cell), 인간 베타코로나바이러스, HCoV-OC43, HCoV-HKU1, 신종 코로나바이러스, 사우디 사스, 특이 유전자(UpE, ORF1a, ORF1b, N), 발병 지역(사우디아라비아, 아랍에미리트, 오만, 쿠웨이트, 예멘, 카타르, 바레인, 요르단, 이란 레바논), 주요 임상 증상(발열, 기침, 호흡곤란, 두통, 오한, 인후통, 콧물, 근육통, 식욕부진, 오심, 구토, 복통, 설사, 폐렴), 합병증(호흡부전, 폐혈성 쇼크, 다발성 장기 부전), 검사소견(백혈구감소증, 림프구감소증, 혈소판감소증, LDH 상승) 등이 포함될 수 있다.
다른 실시예에서, 에볼라 바이러스(Ebola virus)의 질병 키워드는 에볼라 바이러스(Ebola virus), 바이러스성출혈열, Ebola-Zaire, Ebola-Sudan, Ebola-Ivory Coast, Ebola-Reston, 에볼라 출혈열(Ebola hemorrhagic fever; EHF), 필로바이러스과, 동물원성 바이러스, 발병 지역(중앙아프리카, 콩고민주공화국, 수단), 유전자 순서(3' - 선도자 - NP - VP35 - VP40 - GP/sGP - VP30 - VP24 - L - 꼬리 - 5), 주요 임상 증상(두통, 발열, 근육통, 오심, 구토, 설사, 기침, 가슴 통증, 피부발진, 부종, 안구충혈, 인후통), 검사소견(백혈구 감소, 혈소판 수 증가, 간 효소 증가 등이 포함될 수 있다.
다른 실시예에서, 콜레라(Cholera)의 질병 키워드는 콜레라(Vibrio cholerae O1 또는 V. cholerae O139), V.cholerae Bengal, ICD-10 A00, Vibrionaceae, Cholerae toxin, V. cholerae classical형, V. cholera El tor형, Inaba 아형, Ogawa 아형, Hikojima 아형, 어패류 감염, 경구감염, 주요 임상(설사, 구토, 탈수, 저혈량성 쇼크), 합병증(신부전, 탈수, 전해질 불균형) 등이 포함될 수 있다.
다른 실시예에서, 페스트(Plague)의 질병 키워드는 페스트(Plague), Yersinia pestis, 그람 음성 세균, 선 페스트(가래톳 페스트; bubo plague), 패혈성 페스트(septicemic plague), 폐 페스트(pneumonic plague), 인두 페스트, 수막 페스트, 부전성 페스트, 흑사병, 역병, 베타 수용체 차단, 주요 임상(오한, 발열, 근육통, 관절통, 두통, 출혈성 화농성 염증, 림프절 출혈성 염증, 구역, 구토, 설사, 출혈성 반점, 신장 기능의 저하, 쇼크, 급성호흡부전증후군, 전신무력감, 호흡곤란, 기침, 가래, 흉통, 객혈 증상, 호흡부전, 심혈관계 부전, 허혈성 괴사), 합병증(파종성 혈관 내 응고, 급성 호흡부전, 뇌막염) 등이 포함될 수 있다.
본 발명의 일 구현예에서, 데이터베이스부(140)는 질병 영역 저장 모듈(143)을 포함하지 않을 수 있다.
II. 타겟 핵산 검출용 시약의 협업 개발을 위한 컴퓨터 구현 방법
본 발명의 협업 개발 방법의 일 양태가 도 3에 개략적으로 도시되어 있다. 본 발명의 협업 개발 방법을 단계별로 상세하게 설명하면 다음과 같다:
단계 (a): 협업 개발 요청의 수신
먼저, 요청자 단말기로부터 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 타겟 핵산 검출용 시약에 대한 협업 개발 요청을 수신한다(S100). 상기 협업 개발 요청은 상기 시약을 사용하여 검출하고자 하는 타겟 핵산에 관한 특징 정보를 포함한다. 협업 개발 시스템은 협업 개발 요청을 접수하고, 접수 번호를 부여한다(S110).
본 발명은 기술 제공자(들)와 개발자(들)에 의해 수행되는 타겟 핵산 검출용 시약의 협업 개발에 관한 것이다.
본원에 사용된 바와 같이, 용어 “협업 개발”은 타겟 핵산 검출용 시약의 개발 과정에서 기술 제공자와 개발자의 공동 기여를 의미한다. 특히, 본원에서 용어 “협업 개발”은 타겟 핵산 검출용 시약의 개발 과정에서 기술 제공자에 의한 개발 기술의 제공 및 개발자에 의한 실험을 의미한다.
협업 개발에서 기술 제공자와 개발자의 공동 기여는 이들의 기여 정도가 동등한 것을 의미하는 것은 아니다. 즉, 본 발명의 협업 개발은 기술 제공자와 개발자의 기여 정도가 상이한 개발을 포함하는 것으로 해석되어야 한다.
본 발명의 협업 개발에 참여하는 기술 제공자 및 개발자의 기여 정도는 기술 제공자 및 개발자의 기술력, 자원, 개발의 특성, 계약 등과 같은 다양한 인자에 따라 달라질 수 있다. 예를 들어, 기술 제공자가 제공할 수 있는 기술이 제한적인 경우, 본 발명의 타겟 핵산 검출용 시약의 개발에 대한 기술 제공자의 기여도는 개발자의 기여도보다 낮을 수 있다. 반대로, 기술 제공자가 제공하는 기술이 포괄적인 경우, 기술 제공자의 기여도는 개발자의 기여도보다 높을 수 있다. 다른 예로서, 기술 제공자와 개발자의 합의 또는 계약에 의해 기술 제공자와 개발자의 기여도는 조정될 수 있다.
본 발명의 협업 개발에는 상기 기술 제공자 및 개발자 외에도 제3자, 예컨대 요청자, 평가자, 제조자, 투자자 등의 참여가 예상되나, 이들은 시약 개발에 직접 기여하는 것이 아니므로 이들의 참여는 본 발명의 협업 개발에 필수적인 것은 아니다.
본 발명에 의해 개발되고자 하는 타겟 핵산 검출용 시약은 타겟 핵산을 검출하는데 사용되는 성분들의 혼합물을 의미한다. 상기 타겟 핵산 검출용 시약은 타겟 핵산을 증폭시키고/거나 검출하는 역할을 하는 성분들, 예를 들어 타겟 핵산에 특이적으로 혼성화하는 올리고뉴클레오타이드(예컨대, 프라이머 및/또는 프로브), 효소(예컨대, 핵산 중합 효소, 핵산 절단 효소, 절단효소활성을 가지는 중합효소 등), 표지 및 기타 필요한 다른 성분(완충제, 금속 이온, dNTP, 염 등)을 포함한다. 상기 시약의 구성성분의 예는 본원에 그 전체가 참조로 포함된 WO 2015/147412에 개시되어 있다.
일 구현예에서, 본 발명에 의해 개발되고자 하는 타겟 핵산 검출용 시약은 타겟 핵산을 검출하기 위한 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 본원에서 올리고뉴클레오타이드는 프라이머 및/또는 프로브일 수 있다.
일 구현예에서, 본 발명에 의해 개발되고자 하는 타겟 핵산 검출용 시약은 타겟 핵산을 검출하기 위한 표지를 포함한다.
일 구현예에서, 본 발명에 의해 개발되고자 하는 타겟 핵산 검출용 시약은 타겟 핵산을 검출하기 위한 표지된 프라이머 및/또는 표지된 프로브를 포함한다.
일 구현예에서, 본 발명에 의해 개발되고자 하는 타겟 핵산 검출용 시약은 효소를 포함한다.
일 구현예에서, 본 발명에 의해 개발되고자 하는 타겟 핵산 검출용 시약은 완충제를 포함한다.
특히, 본 발명에 의해 개발되고자 하는 타겟 핵산 검출용 시약은 멀티플렉스 타겟 핵산 검출용(복수의 타겟 핵산 검출) 시약이다.
본원에 사용된 용어 "프라이머"는 자연 발생이던 합성 생산이던 상관없이 핵산에 상보적인 프라이머 연장 산물의 합성이 유도 조건 즉, 뉴클레오타이드 및 DNA 중합효소와 같은 중합제 존재, 그리고 적합한 온도와 pH 하에서 합성 개시점으로 작용할 수 있다. 프라이머는 증폭 효율을 최대화하기 위해 단일 가닥인 것이 바람직하다. 바람직하게, 프라이머는 올리고디옥시리보뉴클레오타이드이다. 본 발명에서 프라이머는 자연 발생 dNMP (즉, dAMP, dGM, dCMP 및 dTMP), 변형 뉴클레오타이드 또는 비-자연 뉴클레오타이드를 포함할 수 있다. 프라이머는 리보뉴클레오타이드도 포함할 수 있다. 프라이머는 중합제 존재하에서 연장 산물의 합성을 프라이밍시킬 수 있을 정도로 충분히 길어야 한다. 프라이머의 정확한 길이는 프라이머의 온도, 응용분야 및 프라이머의 소스를 포함한 많은 요인에 따라 결정된다.
“프로브”는 타겟 핵산 서열에 실질적으로 상보적인 서열을 포함하는 단일-가닥 핵산 분자이다. 용어 “상보적”은 소정의 어닐링 또는 혼성화 조건 하에서 프라이머 또는 프로브가 타겟 핵산 서열에 특징적으로 혼성화하기에 충분히 상보적임을 의미하며, 용어 “실질적으로 상보적(substantially complementary)” 및 “완전히 상보적(perfectly complementary)”인 것을 모두 포괄하는 의미를 가지며, 바람직하게는 완전히 상보적인 것을 의미한다. 프로브는 리보뉴클레오타이드도 포함할 수 있다. 프로브는 타겟 검출을 위한 신호를 발생시킬 수 있는 표지를 포함할 수 있다.
본원에서 사용되는 용어 “(단일 또는 멀티플렉스) 타겟 핵산 검출”은 하나의 반응에서 하나의 타겟 핵산을 검출하는 것을 의미한다. 상기 타겟 핵산 검출은 타겟 핵산을 증폭시키고 이의 증폭 산물(엠플리콘)을 검출하는 것뿐만 아니라 타겟 핵산을 증폭시키지 않고 올리고뉴클레오타이드와의 혼성화 사건을 검출하는 것을 포함한다.
본원에서 사용되는 용어 “멀티플렉스 타겟 핵산 검출”은 하나의 반응에서 둘 이상의 타겟 핵산을 동시에 검출하는 것을 의미한다. 상기 멀티플렉스 타겟 핵산 검출은 둘 이상의 타겟 핵산을 동시에 증폭시키고 상기 각 타겟에 대한 증폭 산물을 검출하는 것뿐만 아니라, 둘 이상의 타겟 핵산을 증폭시키지 않고 올리고뉴클레오타이드와의 혼성화 사건을 검출하는 것을 포함한다.
타겟 핵산 검출은 당업계에 공지된 다양한 프라이머 관여 핵산 증폭 방법들에 따라 실시될 수 있다. 구체적으로, 타겟 핵산의 증폭은 미국특허 제4,683,195호, 제4,683,202호 및 제4,800,159호에 개시되어 있는 PCR(polymerase chain reaction)에 따라 실시된다. 다른 예로는 리가아제 연쇄반응(ligase chain reaction (LCR)) (미국특허 제4,683,195호 및 제4,683,202호; PCR Protocols: A Guide to Methods and Applications (Innis et al., eds, 1990)), 가닥 치환 증폭(strand displacement amplification (SDA)) (Walker, et al. Nucleic Acids Res. 20(7):1691-6 (1992); Walker PCR Methods Appl 3(1):1-6 (1993)), 전사 매개 증폭(transcription-mediated amplification) (Phyffer, et al., J. Clin. Microbiol. 34:834-841 (1996); Vuorinen, et al., J. Clin. Microbiol. 33:1856-1859 (1995)), 염기순서기반증폭(nucleic acid sequence-based amplification (NASBA)) (Compton, Nature 350(6313):91-2 (1991)), 롤링서클 증폭(rolling circle amplification, RCA) (Lisby, Mol. Biotechnol. 12(1):75-99 (1999); Hatch et al., Genet. Anal. 15(2):35-40 (1999)) 및 Q-beta 레플리카제(Q-Beta Replicase) (Lizardi et al., BiolTechnology 6:1197 (1988)) 등이 있다.
본 발명의 타겟 핵산 검출은 실시간 PCR 방법에 따라 실시할 수 있다(참조: U.S. Pat. Nos. 5,210,015, 5,538,848 및 6,326,145).
본원에서 사용된 용어 “타겟 핵산 검출용 시약의 협업 개발”은 전술한 기술 제공자와 개발자의 협업에 의해 타겟 핵산 검출용 시약의 조성을 확립하는 것을 포함한다.
일 구현예에서, 본원에서 타겟 핵산 검출용 시약의 협업 개발은 타겟 핵산 검출용 시약에 포함될 올리고뉴클레오타이드의 후보를 디자인하는 과정을 포함한다.
일 구현예에서, 본원에서 타겟 핵산 검출용 시약의 협업 개발은 올리고뉴클레오타이드(특히, 후보 올리고뉴클레오타이드)의 성능을 실험하는 과정을 포함한다.
일 구현예에서, 본원에서 타겟 핵산 검출용 시약의 협업 개발은 후보 올리고뉴클레오타이드 중 최적의 올리고뉴클레오타이드 또는 올리고뉴클레오타이드들의 최적 조합을 선정하는 과정을 포함한다.
본 단계에서는, 요청자 단말기로부터 타겟 핵산 검출용 시약에 대한 협업 개발 요청을 수신한다.
요청자/요청자 단말기
본원에서 사용된 용어 “요청자”는 특정한 유기체(특히, 병원체) 또는 이의 타겟 핵산에 대한 검출 필요성을 본 발명의 협업 개발 시스템을 통해 제안한 대상을 의미하며, 본원에서 용어 “제안자”와 상호교환적으로 사용될 수 있다.
본원에서 사용된 용어 “요청자 단말기”는 상기 요청자에 의해 작동되는 단말기를 의미한다.
본원에서 요청자 단말기는 본 발명에 따른 협업 개발 시스템과 상호작용하기 위해 요청자에 의해 사용된다. 요청자 단말기는 개인용 컴퓨터(PC), 데스크톱 컴퓨터, 랩탑 컴퓨터, 노트북, 스마트폰, 태블릿 PC 등과 같은 컴퓨터이거나 이를 포함하는 임의의 장치일 수 있다. 컴퓨터는 하나 이상의 범용(general purpose) 또는 특수용(special purpose) 프로세서, 메모리, 저장, 및 네트워킹 구성요소(유선 또는 무선)를 갖는 장치이다. 상기 장치는 운영 체제, 예컨대 마이크로소프트 윈도우-호환 운영 체제(OS), 애플 OS X 또는 iOS, 리눅스 배포판 또는 구글 안드로이드 OS를 실행한다. 일부 구현예에서, 요청자 단말기는 본 발명의 협업 개발 시스템과 상호작용하기 위한 인터페이스로서 마이크로소프트 인터넷 익스플로러, 모질라 파이어폭스, 구글 크롬, 애플 사파리 및/또는 오페라와 같은 웹 브라우저를 사용할 수 있다. 다른 구현예에서, 요청자 단말기는 협업 개발 시스템에 접속하기 위한 전용 애플리케이션을 실행할 수 있다.
전술한 단말기에 대한 설명은 이후에 개시된 개발자 단말기 및 기술 제공자 단말기에도 적용된다.
일 구현예에 따르면, 상기 요청자는 개인이다.
다른 구현예에 따르면, 상기 요청자는 대학교, 연구소, 기업, 병원 등을 포함하는 집단이다.
일 구현예에 따르면, 상기 요청자는 단일 요청자이다. 예를 들어, 단일 요청자가 타겟 핵산 검출용 시약의 충분한 개발 요청, 예컨대 충분한 타겟 핵산에 관한 특징 정보를 제공할 수 있다.
다른 구현예에 따르면, 상기 요청자는 복수의 요청자이다. 단일 요청자의 요청은 타겟 핵산 검출용 시약의 개발에 충분하지 않으나, 다른 요청자의 요청과의 조합이 타겟 핵산 검출용 시약의 개발에 충분할 수 있다. 예를 들어, 제1 요청자의 요청은 제1 타겟 핵산에 관한 특징 정보를 포함하고, 제2 요청자의 요청은 제2 타겟 핵산에 관한 특징 정보를 포함할 수 있으며, 상기 제1 요청자의 요청과 상기 제2 요청자의 요청의 조합이 타겟 핵산 검출용 시약의 충분한 개발을 이룰 수 있다. 다만, 제1 요청자와 제2 요청자가 동일한 타겟 핵산에 관한 특징 정보를 제공한 경우, 이 둘은 단일 요청자로 간주될 수 있다.
본원의 요청자는 본원의 협업 개발 시스템에 그의 정보가 등록되어 있거나 등록되어 있지 않을 수 있다.
본 단계에서의 요청자는 다른 단계에서의 개발자 및 기술 제공자와의 동일성 측면에서 다음과 같이 설명될 수 있다:
일 구현예에서, 요청자는 개발자와 동일하다. 예를 들어, 요청자가 타겟 핵산 검출용 시약에 대한 협업 개발을 요청한 후, 요청자가 개발자로서 기술 제공자와의 협업 개발에 참여할 수 있다.
다른 구현예에서, 요청자는 개발자와 상이하다. 예를 들어, 요청자는 타겟 핵산 검출용 시약에 대한 협업 개발을 요청할 뿐, 하기 설명할 기술 제공자와의 협업 개발에는 참여하지 않을 수 있다.
일 구현예에서, 요청자는 기술 제공자와 동일하다. 예를 들어, 요청자가 타겟 핵산 검출용 시약에 대한 협업 개발을 요청한 후, 요청자가 기술 제공자로서 개발자와의 협업 개발에 참여할 수 있다.
다른 구현예에서, 요청자는 기술 제공자와 상이하다. 예를 들어, 요청자는 타겟 핵산 검출용 시약에 대한 협업 개발을 요청할 뿐, 하기 설명할 개발자와의 협업 개발에는 참여하지 않을 수 있다.
전술한 협업 개발 요청의 수신은 다양한 구현예로 수행될 수 있다.
일 구현예에서, 협업 개발 요청은 요청자 단말기가 웹 페이지에 접속한 후 협업 개발 요청의 내용을 입력함으로써 수신된다.
다른 구현예에서, 협업 개발 요청은 협업 개발 요청의 내용을 작성할 수 있는 파일을 요청 관리 모듈을 통해 요청자 단말기에 제공하고, 요청자에 의해 요청자 단말기에 입력된 협업 개발 요청의 내용을 파일 형태로 수신한다.
본 발명의 방법은 상기 요청자 단말기로부터 수신되는 협업 개발 요청에 고유 식별자를 부여하는 단계를 추가로 포함할 수 있다.
협업 개발 시스템은 협업 개발을 수행하는 개발자 및/또는 기술 제공자를 식별하기 위한 고유 식별자를 생성하여 각각의 개발자 단말기 및/또는 기술 제공자 단말기로 제공한다. 고유 식별자는 개발자 및 기술 제공자 또는 개발자 단말기 및 기술 제공자 단말기를 식별할 뿐만 아니라, 협업 개발에서 사용되는 개발 장치, 개발용 툴키트 등에 접근하고 사용할 수 있는 사용인증, 개발자 및 기술 제공자가 생성하는 결과물(문서 포함)의 암호화 등에 사용될 수 있다.
따라서, 고유 식별자는 예를 들어, 개발자 및 기술 제공자를 식별할 수 있도록 과제번호에 매칭하는 사용자 ID, 비밀번호 등을 포함한다. 고유 식별자는 예를 들어, 개발 장치, 개발용 툴키트 등에 접근하고 사용을 허가 받을 수 있는 인증서 등을 포함한다. 고유 식별자는 생성되는 데이터를 암호화할 수 있는 암호화키(encryption key) 또는 공개키(public key)를 포함한다. 고유 식별자는 협업 개발에 참여하는 개발자 또는 기술 제공자가 암호화한 결과물을 열람할 수 있는 복호화 키(decoding key) 또는 비밀키(private key)를 포함한다.
상기 고유 식별자는 수신된 협업 개발 요청 외에도 예비 평가된 협업 개발 요청, 본안 평가된 협업 개발 요청, 기술 제공자에 의해 제공된 개발용 툴키트, 상기 툴키트를 사용한 결과물, 개발자에 의한 검토 결과물, 검증 결과물 등의 다양한 대상에 부여될 수 있다.
본원에서 상기 요청자로부터 수신되는 협업 개발 요청은 상기 시약을 사용하여 검출하고자 하는 타겟 핵산에 관한 특징 정보를 포함한다.
일 구현예에서, 상기 타겟 핵산에 관한 특징 정보는 (i) 상기 타겟 핵산을 함유하는 유기체의 명칭; (ii) 상기 타겟 핵산을 함유하는 유전자의 명칭; (iii) 상기 타겟 핵산의 서열; (iv) 타겟 핵산 검출용 시약의 사용 의도(intended use); (v) 상기 타겟 핵산 검출용 시약에 의해 검출될 질병의 명칭; 및/또는 (vi) 상기 타겟 핵산 검출용 시약에 의해 검출될 질병의 분류 기호를 포함한다.
이하, 상기 타겟 핵산에 관한 특징 정보를 설명한다:
(i) 타겟 핵산을 함유하는 유기체의 명칭
유기체의 명칭이 타겟 핵산에 관한 특징 정보에 포함될 수 있다. 요청자가 검출하고자 하는 유기체의 명칭을 알고 있는 경우, 요청자는 협업 개발 요청에 유기체의 명칭을 포함시킬 수 있다.
상기 유기체의 명칭은 하나의 속, 종, 아종, 서브타입, 지노타입, 시로타입, 스트레인, 분리종(isolate) 및 재배종(cultivar)을 포함할 수 있다.
상기 유기체의 명칭은 (1) 조류, 균류 및 식물에 대한 국제 규약 (International Code of Nomenclature for algae, fungi, and plants); (2) 국제 동물 명명 규약(International Code of Zoological Nomenclature); (3) 원핵생물의 명칭에 관한 국제 규약(International Code of Nomenclature of Prokaryotes); (4) 재배 식물 명칭에 관한 국제 규약(International Code of Nomenclature for Cultivated Plants); (5) 세균과 바이러스 명칭에 관한 국제규약(International Code of Nomenclature of Bacteria and Viruses); 또는 (6) 식물생태학 명칭에 과한 국제 규약(International Code of Phytosociological Nomenclature)에 의한 명칭을 포함한다. 일반적으로 상기 유기체의 명칭은 종과 속을 포함하는 이명법(binominal nomenclature)에 의한 명칭을 포함한다. 상기 유기체의 명칭은 일반 명칭 외에도 별칭, 약어 등의 다양한 명칭을 포함한다.
유기체의 명칭 외에도, 유기체에 관한 기타 정보, 예컨대 유기체의 taxonomy ID, 공급원(source), 관련 문헌 등이 타겟 핵산에 관한 특징 정보에 추가로 포함될 수 있다.
(ii) 타겟 핵산을 함유하는 유전자의 명칭
유전자의 명칭이 타겟 핵산에 관한 특징 정보에 포함될 수 있다. 요청자가 검출하고자 하는 유기체에 포함된 고유한 유전자를 알고 있는 경우, 요청자는 협업 개발 요청에 상기 유전자의 명칭을 포함시킬 수 있다.
유전자의 명칭 외에도, 유전자에 관한 기타 정보, 예컨대 유전자의 공급원, 등록 번호(accession number), 관련 문헌 등이 타겟 핵산에 관한 특징 정보에 추가로 포함될 수 있다.
(iii) 타겟 핵산의 서열
타겟 핵산의 서열이 타겟 핵산에 관한 특징 정보에 포함될 수 있다. 요청자가 검출하고자 하는 유기체에 포함된 타겟 핵산의 서열을 알고 있는 경우, 요청자는 상기 타겟 핵산의 서열을 포함시킬 수 있다.
타겟 핵산 서열 외에도, 타겟 핵산 서열에 관한 기타 정보, 예컨대 타겟 핵산의 공급원, 등록 번호(accession number), 관련 문헌 등을 포함할 수 있다.
(iv) 타겟 핵산 검출용 시약의 사용 의도(intended use)
타겟 핵산 검출용 시약의 사용 의도가 타겟 핵산에 관한 특징 정보에 포함될 수 있다.
타겟 핵산 검출용 시약의 사용 의도는 시약을 사용하여 검출되는 타겟 핵산과 관련된, 즉 상기 타겟 핵산이 포함된 유기체가 일으키거나 일으킬 가능성이 높다고 알려진 질병, 장애, 병태, 증상, 증후군 등의 확인을 포함할 수 있다.
(v) 타겟 핵산을 함유하는 유기체의 의해 유발될 질병의 명칭
타겟 핵산을 함유하는 유기체의 의해 유발될 질병의 명칭이 타겟 핵산에 관한 특징 정보에 포함될 수 있다.
상기 포함될 수 있는 질병의 예는, 비제한적으로, 콜레라(Cholera), 장티푸스(Typhoid fever), 파라티푸스(Paratyphoid fever), 세균성이질(Shigellosis), A형간염(Hepatitis A), 디프테리아(Diphtheria), 홍역(Measles), 폐렴구균(Streptococcus pneumoniae), 말라리아(Malaria), 탄저(Anthrax), 후천성면역결핍증(AIDS, Acquired immune deficiency syndrome), 인플루엔자(Influenza), 페스트(Plague), 뎅기열(Dengue fever), 에볼라바이러스(Ebola virus), 메르스(MERS, Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus), 동물인플루엔자인체감염증(Avian Influenza), 황열(Yellow fever), 폴리오(Polio) 등과 같은 감염성 질병; 및 겸상적혈구빈혈증(Sickle-cell disorder), 백색증(Albinism), 윌슨병(Wilson’s disease), 헌팅턴 무도증(Huntington’s disease), 파브리병(Fabry’s disease), 멜라스 증후군(Melas syndrome), 묘성증후군(Cat’s cry syndrome), WAGR 증후군(WARG syndrome), 울프-허쉬호른 증후군(Wolf-Hirschhorn sysndrome), 파타우 증후군(Patau syndrome), 다운증후군(Down syndrome), 터너증후군(Turner syndrome), 클라인펠터증후군(Klinefelter syndrome), 간질(Epilepsy), 근시(Nearsightedness), 당뇨병(diabetes mellitus) 등과 같은 유전적 질병 등을 들 수 있다.
(vi) 타겟 핵산을 함유하는 유기체의 의해 유발될 질병의 분류 기호
타겟 핵산 검출용 시약으로 검출되는 질병의 분류 기호가 타겟 핵산에 관한 특징 정보에 포함될 수 있다. 질병의 분류 기호는 세계보건기구에서 발표하는 국제질병사인 분류(ICD, International Classification of Diseases and Related Problems) 또는 각 국가별 질병사인분류로 구분될 수 있다. 예를 들어, 대한민국의 경우에는 한국표준질병사인분류(KCD)를 사용하고 있다. 상기의 국제질병사인분류(ICD-10)와 한국표준질병사인분류의 예는 본원의 다른 곳에 기재된 내용을 참조한다.
본원에서 상기 요청자로부터 수신되는 협업 개발 요청은 전술한 (i) 내지 (iv)의 타겟 핵산에 관한 특징 정보 이외에도 핵산 검출용 시약을 개발하는데 참조될 수 있는 추가적인 정보를 포함할 수 있다. 상기 추가적인 정보의 예는 적용 검체, 추출 방법, 검출 장치, 실험 결과 해석 방법, 제품 구성, TAT(turn around time), 성능 요건, 개발 기간, 개발 비용 등을 포함할 수 있다.
일 구현예에서, 본 발명의 방법은 요청자 단말기로부터 수신된 협업 개발 요청을 기술 제공자 단말기에 전송하는 단계를 추가로 포함한다. 상기 협업 개발 요청을 기술 제공자 단말기에 전송하는 것은 기술 제공자가 협업 개발을 인지하여 상기 요청에 반응하기 위한 환경을 만들기 위한 것이다.
본 발명의 방법은 단계 (a)와 이하 설명할 단계 (b) 사이에 협업 개발 요청의 평가 단계를 추가로 포함할 수 있다. 상기 추가로 포함되는 평가 단계를 하기에 설명한다.
평가 단계
본 발명의 방법에 포함되는 협업 개발 요청의 평가 단계는 다양한 방식으로 수행될 수 있다.
평가를 수행하는 주체의 측면에서, 본 발명의 방법에 포함되는 협업 개발의 요청 평가 단계는 평가자에 의해 수행되거나 협업 개발 시스템의 평가 관리 모듈에 의해 수행될 수 있다.
일 구현예에서, 본 발명의 방법은 협업 개발 요청에 대한 응답으로, 평가자 단말기에 평가 요청을 전송하고, 평가자 단말기로부터 협업 개발 타당성에 관한 평가 결과를 수신하는 단계를 추가로 포함한다.
평가자는 개인이거나, 학교, 회사, 병원 등을 포함하는 집단일 수 있다. 평가자는 단일 평가자이거나, 복수의 평가자, 예컨대 제1 평가자, 제2 평가자, 및 제3 평가자를 포함하는 다중 평가자일 수 있다. 평가자는 선택된 평가자일 수 있다. 일 예로서, 평가자는 복수의 평가자 중에서 선택된 단일 평가자이다. 다른 예로서, 평가자는 복수의 평가자 중에서 선택된 복수의 평가자이다.
상기 평가자의 선택은 개발자 또는 기술 제공자가 할 수 있고, 개발자 및 기술 제공자의 합의에 따라 할 수 있고, 또는 협업 개발 시스템 내의 평가 관리 모듈에 의해 수행될 수 있다.
평가자 단말기는 기술 제공자 단말기를 포함할 수 있다. 일 예로서, 평가자가 단일인 경우, 평가자 단말기는 제1 기술 제공자 단말기일 수 있다. 다른 예로서, 평가자가 복수인 경우, 평가자 단말기는 제1 평가자 단말기, 제2 평가자 단말기, 제1 기술 제공자 단말기로 구성될 수 있다.
다른 구현예에서, 본 발명의 방법은 협업 개발 요청에 대한 응답으로, 협업 개발 시스템의 평가 관리 모듈에 의해 협업 개발 타당성을 평가하는 단계를 추가로 포함한다.
상기 협업 개발 시스템의 평가 관리 모듈은 요청된 협업 개발 타당성을 평가하기 위한 기준을 포함할 수 있다.
본원에서 사용되는 용어 ‘기준(criteria)’은 평가 항목, 평가 배점, 평가 가중치 등의 평가를 위해 사용되는 평가 요소를 지칭한다. 기준에 포함되는 평가 항목은 크게 기술성, 사업성, 시장성, 독창성, 비용, 개발 난이도 등이 포함될 수 있다. 기준에 포함되는 평가 배점은 각 평가 항목 당 평가자가 선택할 수 있는 점수의 범위이다. 기준에 포함되는 평가 가중치는 각 평가 항목의 중요도에 비례하여 평가 점수를 조정하기 위한 값이다. 상기 기준은 미리 결정된 기준이거나 딥 러닝(deep learning) 또는 머신 러닝(machine learning) 등을 이용한 인공지능(AI, Artificial Intelligence) 기반의 훈련된 결과에 따른 기준일 수 있다. 상기 평가 관리 모듈은 상기 기준에 의해 협업 개발 타당성을 스코어링할 수 있다.
평가 방식의 측면에서, 본 발명의 방법에 포함되는 협업 개발 요청의 평가 단계는 예비 평가 및 본안 평가를 포함할 수 있다. 상기 예비 평가는 협업 개발 요청의 형식적인 평가 또는 간단한 실질적인 평가, 예컨대 협업 개발 요청이 필요한 내용을 포함하고 있는지 평가하는 것을 포함한다. 상기 본안 평가는 협업 개발의 실질적인 평가, 예컨대 전술한 협업 개발 타당성의 평가를 포함한다.
예비 평가 및 본안 평가는 평가자 및 협업 개발 시스템의 평가 관리 모듈에 의해 수행될 수 있다. 일 예로서, 평가자에 의해 예비 평가 및 본안 평가 모두가 수행될 수 있다. 다른 예로서, 평가 관리 모듈에 의해 예비 평가 및 본안 평가 모두가 수행될 수 있다. 다른 예로서, 평가자에 의해 예비 평가가 수행된 다음, 협업 개발 시스템의 평가 관리 모듈에 의해 본안 평가가 수행될 수 있다. 다른 예로서, 협업 개발 시스템의 평가 관리 모듈에 의해 예비 평가가 수행된 다음, 평가자에 의해 본안 평가 수행될 수 있다. 다른 예로서, 예비 평가 및/또는 본안 평가가 평가자와 협업 개발 시스템의 평가 관리 모듈 모두에 의해 수행될 수 있다.
예비 평가의 결과물은, 예를 들어 승인(approval) 또는 보완(supplementation)일 수 있다. 승인은 요청이 형식적인 평가를 통과하였다는 것을 의미하고, 보완은 요청이 형식 상의 보완이 필요하다는 것을 의미한다.
본안 평가의 평가물은, 예를 들어 승인(approval) 또는 거부(rejection)일 수 있다. 상기 승인은 요청된 협업 개발이 계속 진행하기에 적절하다는 것을 의미하고, 거부는 요청된 협업 개발이 진행하기에 부적절하다는 것을 의미한다. 협업 개발에 승인이 부여된 경우, 본 발명의 방법은 단계 (b)를 진행하는 반면, 협업 개발에 거부가 부여된 경우, 본 발명의 방법은 협업 개발 시스템에 의해 진행을 중단하는 것을 포함할 수 있다.
단계 (b): 개발자 단말기의 개발용 툴키트에의 접근
이어서, 개발자 단말기를 협업 개발을 위한 기술 제공자의 개발용 툴키트에 접근시킨다(S300). 상기 개발용 툴키트는 타겟 핵산 검출용 시약에 포함된 올리고뉴클레오타이드에 대한 성능 실험 툴을 포함하며; 상기 툴은 소프트웨어, 장치, 및 지시 정보(instructional information) 중 하나 이상을 포함한다.
개발자/개발자 단말기
본원에서 사용된 용어 “개발자”는 본 발명의 방법에 따른 타겟 핵산 검출용 시약의 협업 개발에 기여하는 대상으로서, 구체적으로 개발을 위한 실험의 대부분을 담당하는 대상이다. 또한, 본원에서 사용된 용어 “개발자 단말기”는 상기 개발자에 의해 작동되는 단말기를 의미한다.
본원에서 개발자는 타겟 핵산 검출용 시약을 개발한 경험이 없거나, 기술 제공자에 의해 제공된 기술을 이용하여 타겟 핵산 검출용 시약을 개발한 경험이 없거나, 실험 환경을 갖춘 자이거나, 임상 샘플에 쉽게 접근가능한 자이거나, 기타 협업 개발이 필요한 자일 수 있으나 이에 제한되지 않는다.
일 구현예에서, 개발자 단말기는 타겟 핵산을 포함하거나 포함할 것으로 의심되는 임상 샘플을 수득한 또는 수득할 수 있는 개발자의 단말기이다.
본원에서 사용되는 용어 "샘플"은 생물학적 공급원, 또는 바이러스, 박테리아, 조직, 세포, 혈액, 혈청, 혈장, 림프, 우유, 소변, 분변, 안구 액, 타액, 정액, 뇌 추출물, 척수액(SCF, Spinal Cord Fluid), 충수, 비장 및 편도 조직 추출물, 양수, 복수, 및 비생물학적 샘플(예컨대, 음식 및 물) 등을 지칭한다. 또한, 샘플은 생물학적 소스로부터 단리된 자연 핵산 분자 및 합성 핵산 분자를 포함한다.
특히, 본원에서 사용된 용어 ‘임상 샘플’은 타겟 핵산 검출용 시약의 성능을 확인 및 입증하기 위해 사용되는 타겟 핵산을 함유하거나 함유할 것으로 의심되는 샘플을 지칭한다. 상기 임상 샘플은 대상, 바람직하게는 인간, 더욱 바람직하게는 인간 환자로부터 유래된다. 개발자가 임상 샘플을 수득한 또는 수득할 수 있는 경우, 임상 샘플을 수득할 수 없는 기술 제공자는 개발자에게 기술 노하우를 제공함으로써 타겟 핵산 검출용 시약을 개발할 수 있다.
일 구현예에서, 개발자 단말기는 임상 샘플의 반출 또는 이동이 가능한 지역에 위치한 개발자의 단말기이다.
일 구현예에서, 개발자 단말기는 임상 샘플의 취급가능한 시설이 있는 지역에 위치한 개발자의 단말기이다.
일 구현예에서, 개발자 단말기는 타겟 핵산과 연관된 질병이 발병 중이거나 발병되었던 지역에 위치한 개발자의 단말기이다. 상기 개발자는 결정된 질병 영역에 위치하는지 여부에 의해 선택될 수 있다.
일 구현예에서, 개발자 단말기는 타겟 핵산과 연관된 질병이 발병 중이거나 발병되었던 지역에 위치하고, 타겟 핵산을 포함하거나 포함할 것으로 의심되는 샘플을 수득한 또는 수득 가능한 개발자의 단말기이다.
본원에서 사용된 용어 ‘타겟 핵산과 연관된 질병’은 상기 질병이 타겟 핵산을 포함하는 유기체(예컨대, 바이러스 또는 박테리아)에 의해 유발되는 것임을 의미한다.
상기 개발자/개발자 단말기의 선택은 본원의 다른 곳에 기재된 내용을 참조한다.
일 구현예에 따르면, 상기 개발자는 개인이다.
다른 구현예에 따르면, 상기 개발자는 대학교, 연구소, 기업, 병원 등을 포함하는 집단이다.
일 구현예에 따르면, 상기 개발자는 단일 개발자이다.
다른 구현예에 따르면, 상기 개발자는 복수의 개발자이다. 예를 들어 제1 개발자 및 제2 개발자가 하나의 협업 개발을 공유할 수 있다.
본 발명에 따르면, 개발자는 협업 개발을 수행하기 위해 선택된 개발자일 수 있다. 즉, 개발자 단말기는 복수의 개발자 중에서 협업 개발을 수행하기 위해 선택된 개발자의 단말기이다. 일 예로서, 개발자 단말기는 복수의 개발자 중에서 협업 개발을 수행하기 위해 선택된 단일 개발자의 단말기이다. 다른 예로서, 개발자 단말기는 복수의 개발자 중에서 협업 개발을 수행하기 위해 선택된 복수의 개발자의 단말기이다.
개발자의 선택은 요청자 또는 기술 제공자에 의해 이뤄지거나, 요청자 및 기술 제공자의 합의에 의해 이뤄지거나, 또는 협업 개발 시스템에 포함된 참여자 선택 모듈에 의해 이뤄질 수 있다. 참여자 선택 모듈은 선택된 개발자에게 협업 개발에 대한 협업 개발 참여 요청을 제공하고, 개발자 단말기로부터 협업 개발의 참여 여부를 수신한다(S250). 만약 선택된 개발자의 개발자 단말기로부터 참여 불가를 수신하는 경우, 참여자 선택 모듈은 다른 개발자를 선택하고, 협업 개발에 대한 참여 요청을 제공한다.
개발자의 선택은 정해진 개발자 선택 기준에 의해 이뤄질 수 있다. 개발자 선택 기준은, 예를 들어 협업 개발 요청에 대한 개발자의 적합성을 포함한다. 구체적으로, 개발자 선택 기준은 협업 개발을 위한 개발자의 실험 환경, 실험 숙련도, 실험 인원, 실험 경험, 전문성, 지식, 임상 샘플에의 접근성 등을 포함할 수 있다.
전술한 바와 같이, 개발자는 요청자이거나 요청자와 상이할 수 있다.
본원의 개발자는 본원의 협업 개발 시스템에 그의 정보가 등록되어 있거나 등록되어 있지 않을 수 있다.
전술한 바와 같은 개발자 단말기는 협업 개발을 위한 기술 제공자의 개발용 툴키트에 접근한다.
이하, 본 발명에 따른 협업 개발의 또 다른 주체인 기술 제공자를 설명한다.
기술 제공자/기술 제공자 단말기
본원에서 사용된 용어 “기술 제공자”는 본 발명의 방법에 따른 타겟 핵산 검출용 시약의 협업 개발에 기여하는 대상으로서, 구체적으로 협업 개발을 주도하는 대상이다. 본원에서 기술 제공자는 협업 개발을 위한 전반적인 기술 및 실험 가이드를 제공하는 역할을 한다. 본원에서 사용된 용어 “기술 제공자 단말기”는 상기 기술 제공자에 의해 작동되는 단말기를 의미한다.
본원에서 기술 제공자는 타겟 핵산 검출용 시약의 개발 기술을 가진 자이다. 본원에서 기술 제공자는 타겟 핵산 검출용 시약을 개발한 경험이 있거나, 이전에 유사한 협업 개발에서 기술 제공자로서의 역할을 한 경험이 있는 자이다. 특히, 본원에서 기술 제공자는 타겟 핵산 검출용 시약의 개발용 툴키트를 가진 자이다.
일 구현예에 따르면, 상기 기술 제공자는 개인이다. 다른 구현예에 따르면, 상기 기술 제공자는 대학교, 연구소, 기업, 병원 등을 포함하는 집단이다.
일 구현예에 따르면, 기술 제공자는 단일 기술 제공자이다. 다른 구현예에 따르면, 기술 제공자는 복수의 기술 제공자이다. 예를 들어, 복수의 기술 제공자는 타겟 핵산 검출용 시약의 개발을 위한 개발용 툴키트에 포함된 상이한 툴을 제공할 수 있다.
본 발명에 따르면, 기술 제공자는 상기 협업 개발을 수행하기 위해 선택된 기술 제공자일 수 있다. 즉, 기술 제공자 단말기는 복수의 기술 제공자 후보 중에서 협업 개발을 수행하기 위해 선택된 기술 제공자의 단말기이다. 일 예로서, 기술 제공자 단말기는 복수의 기술 제공자 중에서 협업 개발을 수행하기 위해 선택된 단일 기술 제공자의 단말기이다. 다른 예로서, 기술 제공자 단말기는 복수의 기술 제공자 후보 중에서 협업 개발을 수행하기 위해 선택된 복수의 개발자의 단말기이다.
기술 제공자의 선택은 요청자 또는 개발자에 의해 이뤄지거나, 요청자 및 개발자의 합의에 의해 이뤄지거나, 또는 협업 개발 시스템에 포함된 기술 제공자 선택 모듈에 의해 이뤄질 수 있다.
기술 제공자의 선택은 요청자 또는 개발자에 의해 이뤄지거나, 요청자 및 개발자의 합의에 의해 이뤄지거나, 또는 협업 개발 시스템에 포함된 참여자 선택 모듈에 의해 이뤄질 수 있다.
참여자 선택 모듈은 선택된 기술 제공자에게 협업 개발에 대한 협업 개발 참여 요청을 제공하고, 기술 제공자 단말기로부터 협업 개발의 참여 여부를 수신한다. 기술 제공자가 협업 개발에 참여를 원하는 경우에 기술 제공자 단말기를 통해 기술 제공자의 개발용 툴키트를 협업 개발 시스템에 제공한다.
만약 선택된 기술 제공자의 기술 제공자 단말기로부터 참여 불가를 수신하는 경우, 참여자 선택 모듈은 다른 기술 제공자를 선택하고, 협업 개발에 대한 참여 요청을 제공한다.
기술 제공자의 선택은 정해진 기술 제공자 선택 기준에 의해 이뤄질 수 있다. 기술 제공자 선택 기준은, 예를 들어 협업 개발 요청에 대한 기술 제공자의 적합성을 포함한다. 구체적으로, 기술 제공자 선택 기준은 협업 개발을 위한 기술 제공자의 개발 경험, 전문성, 지식 등을 포함할 수 있다.
본원의 기술 제공자는 본원의 협업 개발 시스템에 그의 정보가 등록되어 있거나 등록되어 있지 않을 수 있다.
전술한 기술 제공자는 개발용 툴키트(toolkit)를 제공한다.
이하, 상기 개발용 툴키트에 대해 설명한다.
타겟 핵산 검출용 시약의 개발용 툴키트
본원에서 사용된 용어 “개발용 툴키트”는 타겟 핵산 검출용 시약의 개발에 사용되는 툴의 세트(set)를 의미한다.
본원에서 개발용 툴키트는 타겟 핵산 검출용 시약에 포함된 올리고뉴클레오타이드에 대한 성능 실험 툴을 포함한다. 성능 실험 툴은 소프트웨어, 장치, 및 지시 정보(instructional information) 중 하나 이상을 포함한다.
올리고뉴클레오타이드에 대한 성능 실험 툴
올리고뉴클레오타이드에 대한 성능 실험 툴은 올리고뉴클레오타이드에 대한 성능 실험을 가이드하거나, 지시하거나, 돕거나, 또는 용이하게 하는 툴을 가리킨다.
일 구현예에서, 상기 올리고뉴클레오타이드에 대한 성능 실험 툴은 올리고뉴클레오타이드의 민감도 및/또는 특이도 결정하기 위한 툴을 포함한다. 보다 구체적으로, 상기 올리고뉴클레오타이드에 대한 성능 실험 툴은 올리고뉴클레오타이드의 민감도, 특이도 및/또는 올리고뉴클레오타이드 간 간섭(interference)(예컨대, 올리고뉴클레오타이드 간 다이머 형성) 규명을 위한 툴을 포함한다.
본원에서 올리고뉴클레오타이드의 민감도는 양성 샘플(상기 올리고뉴클레오타이드에 상응하는 타겟 핵산을 포함하는 샘플)을 정확히 양성으로 결정하는 올리고뉴클레오타이드의 능력을 지칭한다. 상기 민감도는 양성 샘플에서 진양성(true positive)의 비율을 계산함으로써 수득 될 수 있다. 예를 들어, 민감도는 다음과 같이 계산될 수 있다:
민감도(%) = (진양성의 수) / (진양성의 수 + 위음성의 수)
또한, 본원에서 올리고뉴클레오타이드의 특이도는 음성 샘플(상기 올리고뉴클레오타이드에 상응하는 타겟 핵산을 포함하지 않는 샘플)을 정확히 음성으로 결정하는 올리고뉴클레오타이드의 능력을 지칭한다. 상기 특이도는 음성 샘플에서 진음성(true negative)의 비율을 계산함으로써 수득될 수 있다. 예를 들어, 특이도는 다음과 같이 계산될 수 있다:
특이도(%) = (진음성의 수) / (진음성의 수 + 위양성의 수)
본원에서 협업 개발하고자 하는 타겟 핵산 검출용 시약은 전형적으로 올리고뉴클레오타이드(예컨대, 프라이머 및/또는 프로브)를 포함하며, 추가적으로 하기의 성분들 중 최소 하나를 포함할 수 있다: 표지, DNA 중합효소, 역전사 효소, dNTPs, Mg 이온, KCl(또는 포타슘 아세테이트) 및 완충액. 상기 성분 중에서, 올리고뉴클레오타이드를 제외한 성분들은 타겟 핵산에 비특이적(타겟 핵산의 종류에 무관함)인 데 반해, 올리고뉴클레오타이드는 타겟 핵산에 특이적으로(예컨대, 타겟 핵산에 혼성화되도록) 디자인된다. 따라서, 타겟 핵산 검출용 시약의 개발은 올리고뉴클레오타이드의 성능에 크게 좌우된다.
이러한 측면에서, 타겟 핵산 검출용 시약의 개발은 크게 올리고뉴클레오타이드의 디자인, 상기 디자인된 올리고뉴클레오타이드의 성능 실험, 및 상기 성능 실험에 기초한 올리고뉴클레오타이드의 선정을 포함할 수 있다.
본원에서 후보 올리고뉴클레오타이드의 성능 실험은 타겟 핵산을 검출하기 위한 예를 들어, 정방향 프라이머 역방향 프라이머 및 프로브로 구성된 후보 올리고뉴클레오타이드의 능력을 결정하는 것을 포함한다. 예를 들어, 제1 타겟 핵산을 검출하기 위한 제1 정방향 프라이머, 제1 역방향 프라이머 및 제1 프로브의 제1 세트; 제2 타겟 핵산을 검출하기 위한 제2 정방향 프라이머, 제2 역방향 프라이머 및 제2 프로브의 제2 세트; 및 제3 타겟 핵산을 검출하기 위한 제3 정방향 프라이머, 제3 역방향 프라이머 및 제3 프로브의 제3 세트;를 포함하여 구성된 후보 올리고뉴클레오타이드의 성능 실험은 제1 세트가 제1 타겟 핵산만을 검출하는지, 제2 세트가 제2 타겟 핵산만을 검출하는지, 제3 세트가 제3 타겟 핵산만을 검출하는지 여부를 결정하는 것을 포함한다.
상기 올리고뉴클레오타이드의 성능 실험, 즉 올리고뉴클레오타이드의 민감도 또는 특이도의 규명은 디자인된 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 검출용 시약을 타겟 핵산을 포함하는 샘플 또는 타겟 핵산을 포함하지 않은 샘플과 함께 반응(예컨대, 증폭)시키는 것을 포함한다.
일 구현예에서, 상기 올리고뉴클레오타이드의 민감도 또는 특이도 규명을 위한 장치는 핵산 추출 장치, 분주 장치, 핵산 증폭 장치 및 핵산 검출 장치로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 장치를 포함한다. 상기 장치들은 개발자에 의해 선택된 당업계에 공지된 장치일 수 있거나, 기술 제공자에 의해 선택된 당업계에 공지된 장치일 수 있거나, 기술 제공자에 의해 개발 및 제공된 장치일 수 있다. 예를 들어, 핵산 증폭 장치 및 핵산 검출 장치는 기술 제공자의 기술 구현에 적합한 장치로서 공지된 장치 또는 기술 제공자에 의해 개발된 장치일 수 있다. 기술 제공자의 기술의 구현에 적합한 장치는, 기술 제공자의 기술에서 채택된 올리고뉴클레오타이드의 구조 및 디자인 방법, 그리고 신호 분석 방법 등에 적합한 성능을 나타내는 장치이다.
일 구현예에서, 상기 올리고뉴클레오타이드의 민감도 또는 특이도 규명을 위한 소프트웨어는 핵산 추출 장치를 구동시키는 명령을 포함한다.
일 구현예에서, 상기 올리고뉴클레오타이드의 민감도 또는 특이도 규명을 위한 소프트웨어는 분주 장치를 구동시키는 명령을 포함한다.
일 구현예에서, 상기 올리고뉴클레오타이드의 민감도 또는 특이도 규명을 위한 소프트웨어는 핵산 증폭 장치를 구동시키는 명령을 포함한다.
일 구현예에서, 상기 올리고뉴클레오타이드의 민감도 또는 특이도 규명을 위한 소프트웨어는 핵산 검출 장치를 구동시키는 명령을 포함한다.
일 구현예에서, 상기 올리고뉴클레오타이드의 민감도 또는 특이도 규명을 위한 소프트웨어는 반응 플레이트(예를 들어, 96-웰 플레이트와 같은 반응 플레이트)의 지정된 위치에 올리고뉴클레오타이드를 분주(국소화)시키는 명령을 포함한다. 보다 구체적으로, 상기 소프트웨어는 각각의 타겟 핵산 검출용 시약(올리고뉴클레오타이드 및 주형(template) 포함)을 반응 플레이트의 지정된 웰에 위치시킨다. 상기 위치 지정은 기술 제공자에 의해 수행되거나, 기술 제공자와 개발자의 합의에 의해 수행될 수 있다. 예를 들어, 상기 소프트웨어는 제1 시약을 96-웰 플레이트(A~H의 행 및 1~12의 열로 구성됨)의 A행-1열의 웰에 위치시키고, 제2 시약을 96-웰 플레이트의 A행-2열에 위치시킬 수 있다. 이러한 지정된 위치에 시약을 분주시키는 것은 다양한 시약의 성능 실험 결과를 간편하고 정확하게 분석하는데 유용하다.
일 구현예에서, 상기 올리고뉴클레오타이드의 민감도 또는 특이도 규명을 위한 지시 정보는 올리고뉴클레오타이드에 대한 성능 실험의 실험 과정 및 조건의 기재를 포함한다. 본원에서 용어 “지시 정보”는 실험을 위한 “프로토콜”, “매뉴얼” 또는 “튜토리얼”과 상호교환적으로 사용된다. 특히, 상기 지시 정보는 실험의 순차적인 공정, 사용되는 성분의 양, 반응의 조건 등에 관한 정보를 포함할 수 있다. 상기 지시 정보는 개발자 단말기 및/또는 개발 장치를 통해 시각/청각적으로 확인이 가능한 문서(document), 이미지(image), 비디오(video), 오디오(audio) 등의 파일 형태일 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.
일 구현예에서, 상기 올리고뉴클레오타이드에 대한 성능 실험 툴은 올리고뉴클레오타이드의 선정을 위한 툴을 추가로 포함한다. 상기 올리고뉴클레오타이드의 선정을 위한 툴은 올리고뉴클레오타이드의 성능 결과물로부터 최적의 올리고뉴클레오타이드를 자동 선정하는 소프트웨어, 상기 선정을 위해 추가로 사용되는 장치, 또는 상기 선정을 위한 실험 과정 및 조건의 기재를 포함할 수 있다.
본 발명의 개발용 툴키트는 타겟 핵산 검출용 시약의 최적화를 위한 성능 실험 툴을 추가로 포함할 수 있다.
올리고뉴클레오타이드에 대한 성능 실험 툴은 타겟 핵산에 대한 최적의 올리고뉴클레오타이드의 선정하기 위해 올리고뉴클레오타이드의 성능 실험에 사용되는 것인데 반해, 상기 타겟 핵산 검출용 시약의 최적화를 위한 성능 실험 툴은 상기 올리고뉴클레오타이드 외에 다른 성분들이 시약의 성능에 미치는 효과를 확인하고, 이들을 최적화하는데 사용되는 것이다. 상기 타겟 핵산 검출용 시약의 최적화는 사용되는 성분들의 최적 유형 및 함량을 결정하는 것을 포함한다.
상기 타겟 핵산 검출용 시약의 최적화를 위한 성능 실험 툴은 올리고뉴클레오타이드에 대한 성능 실험 툴과 유사하게 소프트웨어, 장치, 또는 지시 정보를 포함할 수 있다.
본 발명의 개발용 툴키트는 하기 중 하나 이상을 추가로 포함할 수 있다: (i) 올리고뉴클레오타이드에 대한 디자인 툴; (ii) 성능 실험에 대한 분석 툴; (iii) 성능 실험에 대한 문서화 툴.
상기 추가적인 툴키트의 구성성분을 하기에 설명한다.
디자인 툴
상기 올리고뉴클레오타이드에 대한 디자인 툴은 타겟 핵산을 검출하는데 사용될 수 있는 후보 올리고뉴클레오타이드 서열의 세트를 자동으로 디자인하는 소프트웨어를 포함할 수 있다.
일 구현예에서, 상기 소프트웨어는 타겟 핵산의 영역(예컨대, 타겟 핵산의 증폭 영역)을 결정하는 알고리즘을 포함한다. 대부분의 타겟 핵산, 특히 RNA 바이러스는 높은 서열 변이들을 포함한다. 따라서, 최소의 올리고뉴클레오타이드를 사용하여 이러한 다양한 서열 변이성을 갖는 타겟 핵산을 검출하기 위해서는, 다양한 서열 변이성을 갖는 타겟 핵산에서 보존적 부위를 결정하는 것이 필요하다. 상기 소프트웨어는 이러한 타겟 핵산의 보존적 부위를 결정하는, 즉 검출하고자 하는 타겟 핵산의 영역을 결정하는 알고리즘을 포함한다.
일 구현예에서, 상기 소프트웨어는 (i) 타겟 핵산을 검출하는데 필요한 복수의 올리고뉴클레오타이드 각각에 대하여 후보 서열 풀(pool)을 자동으로 생성하는 알고리즘(특정 올리고뉴클레오타이드에 대한 후보 서열 풀의 생성); (ii) 임의의 풀 내의 후보 서열을 다른 풀 내의 후보 서열과 자동으로 조합하여 각 타겟 핵산에 대한 후보 서열 세트를 자동으로 생성하는 알고리즘(특정 타겟에 대한 후보 서열 세트의 생성); 및 (iii) 임의의 타겟 핵산에 대해 생성된 후보 서열 세트를 다른 타겟 핵산에 대해 생성된 후보 서열 세트와 조합하여 복수의 타겟 핵산에 대한 후보 서열 세트의 조합을 생성하는 알고리즘(복수의 타겟에 대한 후보 서열 세트의 생성)을 포함한다.
각각의 올리고뉴클레오타이드에 대한 후보 서열의 풀(pool)을 자동으로 생성하는, 예컨대 2개의 타겟 핵산을 검출하기 위한 올리고뉴클레오타이드(예컨대, 정방향 프라이머, 역방향 프라이머 및 프로브)를 디자인하기 위한 알고리즘은 다음과 같이 수행될 수 있다. 예를 들어, 각 올리고뉴클레오타이드에 대한 후보 서열의 풀을 자동으로 생성하는 알고리즘은 제1 타겟 핵산 서열에 대한 1개 내지 100개의 정방향 프라이머의 후보 서열의 풀, 동일하거나 상이한 수의 역방향 프라이머의 후보 서열의 풀, 및 동일하거나 상이한 수의 프로브의 후보 서열의 풀을 자동으로 디자인하고, 제2 타겟 핵산에 대해서도 유사하게 각 정방향 프라이머, 역방향 프라이머 및 프로브의 후보 서열의 풀을 디자인한다.
또한, 각 타겟 핵산에 대한 후보 서열 세트를 자동으로 생성하는 알고리즘은, 제1 타겟 핵산 서열을 검출하기 위한 정방향 프라이머의 후보 서열 풀 내의 100개의 서열, 역방향 프라이머의 후보 서열 풀 내의 100개의 서열 및 프로브의 후보 서열 풀 내의 100개의 서열을 서로 조합하여 제1 타겟 핵산 서열에 대한 106(100*100*100) 개의 후보 서열 세트를 생성하고, 동일한 과정을 반복하여 제2 타겟 핵산에 대한 106(100*100*100) 개의 후보 서열 세트를 생성한다.
나아가, 복수의 타겟 핵산에 대한 후보 서열 세트를 자동으로 생성하는 알고리즘은, 제1 타겟 핵산에 대한 106(100*100*100)개의 후보 서열 세트와 제2 타겟 핵산에 대한 106(100*100*100)개의 후보 서열 세트를 조합하여 제1 및 제2 타겟 핵산에 대한 1012(106*106)개의 후보 서열 세트를 생성한다.
추가적인 구현예에서, 상기 소프트웨어는 상기에서 설명된 바와 같이, 각 올리고뉴클레오타이드에 대한 후보 서열 풀, 각 타겟 핵산에 대한 후보 서열 세트, 및 복수의 타겟 핵산에 대한 후보 서열 세트를 평가하는 스코어링 알고리즘을 추가로 포함할 수 있다. 상기 스코어링은, 예를 들어 디자인된 올리고뉴클레오타이드의 민감성, 특이성, 커버리지, 다이머의 형성 유무, 길이, Tm 값, GC 컨탠트, 헤어핀 구조 형성 자유에너지 값 등과 같은 특성에 기초하여 이뤄질 수 있다. 예를 들어, 상기 소프트웨어는 제1 타겟 핵산 서열을 검출하기 위한 정방향 프라이머의 후보 서열 풀 내의 100개의 서열, 역방향 프라이머의 후보 서열 풀 내의 100개의 서열, 및 프로브의 후보 서열 풀 내의 100개의 서열을 각각 스코어링하고, 제2 타겟 핵산 서열을 검출하기 위한 정방향 프라이머, 역방향 프라이머 및 프로브의 후보 서열 풀에 대해서도 동일한 과정을 수행한다. 상기 과정을 통해 수득된 각 후보 서열 풀에 대한 스코어는 후보 서열 풀 중에서 적절한 후보 서열을 선택하여 후보 서열의 개수를 감소시키는데 사용될 수 있다. 예를 들어, 제1 타겟 핵산 서열을 검출하기 위한 정방향 프라이머의 후보 서열에 포함된 100개의 서열 중 10개를 스코어링 결과에 기초하여 선택하고, 역방향 프라이머 및 프로브에 대해 동일하게 10개를 선택하는 경우, 제1 타겟 핵산 서열에 대한 후보 서열 세트는 103(=10*10*10) 개로 감소된다. 이러한 스코어링에 기초한 선택은 각 타겟 핵산 서열에 대한 후보 서열 세트 및 복수의 타겟 핵산 서열에 대한 후보 서열에 대해서도 수행될 수 있다. 상기 스코어링에 기초한 선택은 후보 서열 풀, 및 후보 서열 세트 내의 올리고의 개수를 줄여 소프트웨어의 구동 속도를 크게 향상시킬 수 있다.
분석 툴
상기 성능 실험에 대한 분석 툴은 원시(raw) 성능 데이터로부터 성능 정보를 보다 용이하게 수득하기 위해 상기 원시 성능 데이터를 가공된 성능 데이터로 자동 변환하는 소프트웨어를 포함할 수 있다.
일반적으로 성능 실험으로부터 수득된 원시 성능 데이터의 분석 및 해석은 상당한 숙련도를 필요로 하며, 특히 사람마다 상당한 편차 및 오류를 유발할 수 있다. 따라서, 본 발명의 분석 툴은 정해진 알고리즘에 의해 원시 성능 데이터를 가공된 성능 데이터로 자동 변환함으로써 개발자 및 기술 제공자가 올리고뉴클레오타이드의 성능 정보를 손쉽고, 빠르고, 정확하게 수득할 수 있게 해 준다.
본 명세서에서 용어 “가공된 성능 데이터 세트”는 원시 성능 데이터를 수학적으로 가공한 데이터 세트, 예를 들어, 원시 성능 데이터의 1차, 2차, 3차 도함수 데이터 세트를 포함한다.
일 구현예에서, 상기 성능 실험에 대한 분석 툴에 포함된 소프트웨어는 원시 성능 데이터의 백그라운드를 자동으로 차감하는 알고리즘, 예를 들어, 본 출원인의 WO 2016/052991에 개시된 백그라운드 차감 알고리즘을 포함하며, 상기 문헌에 기재된 사항은 본 명세서에 참조로서 삽입된다.
일 구현예에서, 상기 성능 실험에 대한 분석 툴에 포함된 소프트웨어는 원시 성능 데이터를 보정(calibration)하는 알고리즘, 예를 들어, 본 출원인의 WO 2017/086762에 개시된 표준화 계수(normalization coefficient)를 신호값들에 적용하여 보정된 데이터를 얻는 알고리즘을 포함하며, 상기 문헌에 기재된 사항은 본 명세서에 참조로서 삽입된다.
일 구현예에서, 상기 성능 실험에 대한 분석 툴에 포함된 소프트웨어는 원시 성능 데이터를 적절한 함수, 예컨대 시그모이드 함수에 자동으로 피팅하는 알고리즘, 예를 들어 WO 2019/066572에 개시된 본 출원인의 시그모이드 피팅 및 분석 알고리즘을 포함하며, 상기 문헌에 기재된 사항은 본 명세서에 참조로서 삽입된다.
일 구현예에서, 상기 성능 실험에 대한 분석 툴에 포함된 소프트웨어는 백그라운드 차감된 데이터 또는 피팅된 함수로부터 양/음성을 판단할 수 있는 값을 자동으로 추출하는 알고리즘을 포함한다. 상기 양/음성을 판단할 수 있는 값의 예로는 Ct, delta Ct, melt Tm, melt peak 등을 들 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.
일 구현예에서, 상기 성능 실험에 대한 분석 툴은 복수의 타겟 핵산에 대해 복수의 상이한 온도에서 수득된 데이터로부터 각각의 타겟 핵산에 대한 데이터만을 추출하는 알고리즘, 예를 들어, WO2015/147370, WO2015/147412, WO2015/147382 및 WO2016/093619에 개시된 알고리즘을 포함하며, 상기 문헌에 기재된 사항은 본 명세서에 참조로서 삽입된다.
일 구현예에서, 상기 성능 실험에 대한 분석 툴은 위양성 또는 위음성을 유발할 수 있는 파라미터의 값을 자동으로 설정하는 소프트웨어를 포함한다. 원시 성능 데이터를 가공된 성능 데이터로 자동 변환하기 위해서는 다양한 파라미터가 사용될 수 있다. 하지만, 고정된 파라미터의 값을 사용하는 것은 일부 반응에서는 위양성 또는 위음성 결과를 유발할 수 있다. 따라서, 상기 소프트웨어는 위양성 또는 위음성을 유발하는 파라미터를 확인하고, 상기 파라미터의 값을 자동으로 변경하는 알고리즘을 포함한다.
일 구현예에서, 상기 소프트웨어에 의해 자동으로 설정되는 파라미터는 다음의 최소 하나를 포함한다: Ct 값을 결정하는 역치값; 백그라운드 차감 시 이용되는 피팅 시작 사이클과 최종 사이클; WO 2017/086762에 개시된 알고리즘을 채택하는 경우 기준값(reference value)과 기준 사이클(reference cycle); 시그모이드 피팅 알고리즘을 이용하는 경우 R2 값, 시그모이드 피팅 곡선의 최대 기울기값 및 최대 신호값과 최소 신호값과의 차이; WO2015-147370, WO 2015/147412, WO2015/147382 및 WO2016/093619에 개시된 알고리즘을 채택하는 경우 기준값(reference value).
문서화 툴
상기 분석된 실험 데이터에 대한 문서화 툴은 전술한 분석 툴에 의해 수득된 올리고뉴클레오타이드의 성능 데이터를 협업 개발에 참여하는 개발자, 기술 제공자 등이 보다 직관적이고 간편하게 볼 수 있도록 지정된 포맷의 문서로 자동 변환하는 소프트웨어를 포함할 수 있다.
분석 툴에 의해 수득된 성능 데이터는 소프트웨어 내의 다양한 장소에 분산되어 있으므로, 이들 전체를 확인/검토하는 것은 상당한 시간과 노력이 소모된다. 본원에서 문서화 툴은 분산된 성능 정보를 단일 문서로 자동 변환시켜 주므로, 올리고뉴클레오타이드의 성능을 쉽게 확인할 수 있다. 이러한 문서화 툴은 개발자와 기술 제공자 간의 커뮤니케이션을 원활하게 하여 타겟 핵산 검출용 시약의 협업 개발을 촉진할 수 있다.
일 구현예에서, 상기 문서화 툴은 가공된 성능 데이터 중 필요한 특정 성능 정보만을 추출하고, 상기 추출된 성능 정보를 문서의 원하는 구역에 카피하는 알고리즘을 포함한다.
본원에서 개발용 툴키트는 전술한 툴 외에도 다양한 툴, 예컨대 암호화 지원 툴 등을 추가로 포함할 수 있다. 상기 개발용 툴키트에 포함되는 툴의 범위는 기술 제공자의 제공에 따라 달라질 수 있다. 예를 들어, 제1 기술 제공자는 성능 실험 툴 및 분석 툴 만을 제공할 수 있고, 제2 기술 제공자는 성능 실험 툴 및 디자인 툴을 제공할 수 있으며, 제3 기술 제공자는 성능 실험 툴, 디자인 툴, 분석 툴 및 문서화 툴을 제공할 수 있다.
본 단계에서, 협업 개발을 위한 개발자 단말기의 협업 개발을 위한 기술 제공자의 개발용 툴키트에의 접근은 다양한 방식으로 이뤄질 수 있다.
본원에서 툴키트와 관련하여 사용된 용어 “접근”은 툴키트에 접촉하여 사용하는 것을 의미하며, 이는 다양한 방식의 접촉 및 사용을 포함한다. 상기 접근은 읽기, 보기, 변경하기, 복사하기 또는 삭제하기를 포함할 수 있다. 상기 접근은 제어될 수 있으며, 예를 들어 툴키트에의 접근은 read-only 접근일 수 있으며, 이는 개발자가 툴키트를 읽거나 보기만 할 수 있으며, 변경, 복사 또는 삭제할 수 없다는 것을 의미한다.
본원에서 타겟 핵산 검출용 시약의 개발용 툴키트는 기술 제공자 단말기로부터 제공되며, 그 제공 시기는 제한되지 않는다.
상기 타겟 핵산 검출용 시약의 개발용 툴키트는 상기 협업 개발 요청 이전에 기술 제공자 단말기로부터 수신되거나, 상기 협업 개발 요청을 기술 제공자 단말기에 제공하고, 이에 대한 응답으로 기술 제공자 단말기로부터 수신될 수 있다.
일 구현예에서, 타겟 핵산 검출용 시약의 개발용 툴키트는 협업 개발 요청 이전에 협업 개발 시스템에 수신된다. 예를 들어, 협업 개발 요청 전에 제1 기술 제공자로부터 제1 개발용 툴키트가 수신되고, 제2 기술 제공자로부터 제2 개발용 툴키트가 수신된다. 이후, 협업 개발 요청이 수신되면, 개발자 단말기를 선택된 제1 기술 제공자로부터의 제1 개발용 툴키트에 접근시킨다.
다른 구현예에서, 타겟 핵산 검출용 시약의 개발용 툴키트는 협업 개발 요청에 대한 응답으로 수신된다. 예를 들어, 협업 개발 요청이 수신되면, 상기 협업 개발 요청을 전체 기술 제공자에게 전송하고, 상기 요청에 반응한 하나 이상의 기술 제공자 중에서 선택된 하나 이상의 기술 제공자로부터 개발용 툴키트가 제공된다. 다른 예로서, 협업 개발 요청이 수신되면, 상기 협업 개발 요청을 선택된 하나 이상의 기술 제공자에게 전송하고, 상기 기술 제공자로부터 개발용 툴키트를 수신한다.
일 구현예에서, 개발용 툴키트에의 접근은 개발자가 협업 개발 시스템에 접속하여 클라우드 형태로 서비스되는 툴키트를 직접 사용하거나 협업 개발 시스템에 접속하여 저장된 툴키트를 개발자 단말기에 다운로드 받아 설치하여 사용하는 것을 포함한다.
일 구현예에서, 개발용 툴키트에의 접근은 개발자가 기술 제공자 단말기에 저장된 툴키트를 직접 사용하거나 기술 제공자 단말기에 접속하여 저장된 툴키트를 개발자 단말기에 다운로드 받아 사용하는 것을 포함한다. 상기 개발자가 기술 제공자 단말기에 저장된 툴키트를 직접 또는 다운로드 받아 사용하는 것은 협업 개발 시스템에 의해 제어될 수 있다.
협업 개발 시스템의 제어는 기술 제공자 단말기에 접속하여 다운로드 가능한 URL을 제공하거나, URL에 접근하기 위한 ID/PW를 제공하거나, 다운로드 후 설치(install) 할 수 있는 권한을 제공할 수 있다.
따라서, 기술 제공자의 개발용 툴키트는 협업 개발 시스템에 저장되어 있거나 기술 제공자의 단말기에 저장되어 있을 수 있다.
상기 개발용 툴키트에의 접근은 제어될 수 있다. 본 발명의 방법은 개발자 단말기가 상기 협업 개발 요청에 따라 상기 개발용 툴키트에 접근할 수 있는 권한을 상기 개발자 단말기에게 제공하는 단계를 추가로 포함할 수 있다.
상기 개발용 툴키트는 오프라인으로 접근될 수 있다. 상기 오프라인 접근은 외장 하드디스크, USB 메모리, CD 등의 다양한 휴대용 저장장치에 의해 제공될 수 있다.
단계 (c): 개발자 단말기로부터 결과물의 수신
다음으로, 상기 개발용 툴키트를 사용한 결과물을 상기 개발자 단말기로부터 수신한다(S400). 상기 결과물은 올리고뉴클레오타이드의 성능 데이터를 포함한다.
개발자는 단계 (b)에서 접근한 개발용 툴키트를 사용하여 올리고뉴클레오타이드의 개발 실험을 수행하여 결과물을 생성하고, 본 단계에서는 협업 개발 시스템이 개발자 단말기로부터 상기 결과물을 수신한다.
개발자에 의해 수행되는 개발 실험의 범위는 개발자와 기술 제공자의 협업 범위에 따라, 예컨대 둘의 합의에 따라 달라질 수 있다.
개발 실험의 일 구현예에서, 개발자는 검출하고자 하는 타겟 핵산의 영역을 결정한다. 상기 타겟 핵산 영역의 결정은 타겟 핵산에서 보존적 부위를 결정하는 것을 포함한다. 상기 타겟 핵산의 영역의 결정은 기술 제공자에 의해 제공된 디자인 툴을 사용하여 또는 사용하지 않고 수행될 수 있다.
개발 실험의 일 구현예에서, 개발자는 타겟 핵산 서열에 대한 복수의 올리고뉴클레오타이드 각각에 대하여 후보 서열의 풀을 생성한다. 상기 후보 서열의 풀의 생성은 기술 제공자에 의해 제공된 디자인 툴을 사용하여 또는 사용하지 않고 수행될 수 있다.
개발 실험의 일 구현예에서, 개발자는 임의의 풀 내의 후보 서열을 다른 풀 내의 후보 서열과 조합하여 각 타겟 핵산에 대한 후보 서열의 세트를 생성한다. 상기 후보 서열의 세트의 생성은 기술 제공자에 의해 제공된 디자인 툴을 사용하여 또는 사용하지 않고 수행될 수 있다.
개발 실험의 일 구현예에서, 개발자는 임의의 타겟 핵산에 대한 후보 서열 세트를 다른 타겟 핵산에 대한 후보 서열 세트와 조합하여 복수의 타겟 핵산에 대한 후보 서열 세트를 생성한다. 상기 후보 서열의 세트의 생성은 기술 제공자에 의해 제공된 디자인 툴을 사용하여 또는 사용하지 않고 수행될 수 있다.
개발 실험의 일 구현예에서, 개발자는 각 올리고뉴클레오타이드에 대한 후보 서열의 풀, 각 타겟 핵산에 대한 후보 서열 세트, 및 복수의 타겟 핵산에 대한 후보 서열 세트를 스코어링하고, 상기 스코어링에 기초하여 일부 후보 서열 세트를 선택한다. 상기 스코어링 및 선택은 기술 제공자에 의해 제공된 디자인 툴을 사용하여 또는 사용하지 않고 수행될 수 있다.
개발 실험의 일 구현예에서, 개발자는 기술 제공자에 의해 제공된 성능 실험 툴을 사용하여 올리고뉴클레오타이드의 성능을 실험한다.
개발 실험의 일 구현예에서, 개발자는 원시 성능 데이터를 분석하여 가공된 성능 데이터를 수득하고, 이로부터 성능 정보를 수득한다. 상기 원시 성능 데이터의 분석은 기술 제공자에 의해 제공된 분석 툴을 사용하여 또는 사용하지 않고 수행될 수 있다.
개발 실험의 일 구현예에서, 개발자는 상기 성능 정보를 문서화한다. 상기 문서화는 기술 제공자에 의해 제공된 문서화 툴을 사용하여 또는 사용하지 않고 수행될 수 있다.
개발자는 선택적으로 개발 실험에 핵산 증폭 장치를 사용할 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 용어 "핵산 증폭 장치"는 온도 조절기 및 검출기를 포함하는 증폭 반응용 장치 뿐만 아니라 증폭 반응용 용기를 포괄하는 것으로 의도된다.
상기 핵산 증폭 장치는 증폭 반응을 위해 온도를 조절할 수 있는 한 종래 공지된 다양한 장치를 포함한다. 그 예로는 CFX(Bio-Rad), iCycler(Bio-Rad), LightCycler(Roche), StepOne(ABI), 7500(ABI), ViiA7(ABI), QuantStudio(ABI), AriaMx(Agilent), Eco(Illumina) 등을 들 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.
상기 증폭 반응용 용기는 튜브, 스트립, 플레이트 등의 용기를 포함한다.
개발자 단말기로부터 수신되는 결과물은 개발용 툴키트에 포함된 툴에 의존적으로 생성된다.
본 발명의 방법에 따르면, 단계 (b)의 개발용 툴키트는 타겟 핵산 검출용 시약에 포함된 올리고뉴클레오타이드에 대한 성능 실험 툴을 포함하며, 따라서, 단계 (c)의 결과물은 올리고뉴클레오타이드의 성능 데이터를 적어도 포함한다.
또한, 단계 (b)의 개발용 툴키트가 (i) 올리고뉴클레오타이드에 대한 디자인 툴; (ii) 성능 실험에 대한 분석 툴; 및 (iii) 성능 실험에 대한 문서화 툴 중 하나 이상을 추가로 포함하는 경우, 단계 (c)의 결과물은 상기 추가로 포함된 툴에 상응하는 데이터를 포함한다.
개발자 단말기로부터 수신되는 결과물은 구체적으로 다음과 같다:
올리고뉴클레오타이드의 디자인 정보
개발자 단말기로부터 수신되는 결과물은 올리고뉴클레오타이드의 디자인 정보를 포함할 수 있다.
일 구현예에서, 상기 올리고뉴클레오타이드의 디자인 정보는 각 올리고뉴클레오타이드의 후보 서열의 풀, 각 타겟 핵산에 대한 올리고뉴클레오타이드의 후보 서열의 세트, 또는 복수의 타겟 핵산에 대한 올리고뉴클레오타이드의 후보 서열의 세트에 관한 정보를 포함한다.
구체적으로, 상기 올리고뉴클레오타이드의 디자인 정보는 복수의 타겟 핵산을 검출하는데 사용되는 후보 올리고뉴클레오타이드에 관한 정보를 포함한다. 예를 들어, 상기 올리고뉴클레오타이드의 정보는 제1 타겟 핵산 서열을 검출하기 위한 후보 올리고뉴클레오타이드(예컨대, 제1 정방향 프라이머, 제1 역방향 프라이머, 제1 프로브)의 정보 및 제2 타겟 핵산 서열을 검출하기 위한 후보 올리고뉴클레오타이드(예컨대, 제2 정방향 프라이머, 제2 역방향 프라이머, 제2 프로브)의 정보를 포함한다. 상기 각 타겟 핵산 서열을 검출하기 위한 정방향 프라이머, 역방향 프라이머 및 프로브 각각은 2개 이상일 수 있다.
일 구현예에서, 올리고뉴클레오타이드의 디자인 정보는 후보 올리고뉴클레오타이드의 서열, 길이 등의 표시를 포함한다.
일 구현예에서, 올리고뉴클레오타이드의 디자인 정보는 후보 올리고뉴클레오타이드를 구별하기 위한 명칭, 약어 등과 같은 표시를 포함한다.
일 구현예에서, 올리고뉴클레오타이드의 디자인 정보는 후보 올리고뉴클레오타이드의 혼성화 위치, 즉 올리고뉴클레오타이드가 타겟 핵산에 혼성화하는 부위의 시작 뉴클레오타이드 위치 및 마지막 뉴클레오타이드의 위치를 포함한다.
일 구현예에서, 올리고뉴클레오타이드의 디자인 정보는 후보 올리고뉴클레오타이드의 사용에 의해 생성될 앰플리콘의 크기를 포함한다.
일 구현예에서, 올리고뉴클레오타이드의 디자인 정보는 후보 올리고뉴클레오타이드의 Tm을 포함한다.
올리고뉴클레오타이드의 성능 데이터
개발자 단말기로부터 수신되는 결과물은 올리고뉴클레오타이드의 성능 데이터를 포함한다. 성능 데이터는 개발자에 의해 수행된 올리고뉴클레오타이드의 성능을 확인하기 위한 다양한 실험 중에 생성된 데이터를 의미한다.
상기 올리고뉴클레오타이드의 성능 데이터는 원시 데이터 세트, 가공된 데이터 세트, 또는 문서화된 데이터 세트를 포함할 수 있다.
일 구현예에서, 상기 성능 데이터는 수학적 가공을 거치지 않은 원시 데이터이다. 상기 원시 데이터는 장비, 예를 들면 실시간 PCR 장비로부터 직접 수득된(아웃풋된) 데이터를 가리킨다. 상기 데이터는 복수의 데이터 지점을 포함한다. 본 명세서에 용어 “데이터 지점(data point)”은 사이클 및 신호값을 포함하는 하나의 좌표값(a coordinate value)을 의미한다. 신호-발생 과정, 특히 증폭 반응에 의해 얻어진 데이터 지점들은 2차원 직교 좌표계에 나타낼 수 있는 좌표값으로 표시될 수 있다. 상기 좌표값에서 X-축은 해당 사이클 수를 나타내며, Y-축은 해당 사이클에서 측정 또는 가공된 신호값을 나타낸다. 상기 원시 데이터는 기술 제공자에 의해 제공된 성능 실험 툴을 사용하여 수득된다.
다른 구현예에서, 성능 데이터는 가공된 성능 데이터이다. 가공된 성능 데이터는, 예를 들어 원시 데이터의 백그라운드 신호값을 제거하기 위하여 베이스라인이 차감된(baseline subtracted) 데이터이다. 베이스라인 차감된 데이터 세트는 당업계에 공지된 다양한 방법(예컨대, 미국특허 제8,560,247호)을 통하여 얻을 수 있다. 상기 가공된 성능 데이터는 기술 제공자에 의해 제공된 분석 툴을 사용하거나 사용하지 않고 수득된다.
또 다른 구현예에서, 성능 데이터는 문서화된 성능 데이터이다. 상기 문서화된 성능 데이터는 기술 제공자로부터 제공된 문서화 툴을 사용하거나 사용하지 않고 수득된다.
선택된 올리고뉴클레오타이드의 정보
개발자 단말기로부터 수신되는 결과물은 선택된 올리고뉴클레오타이드의 정보를 포함한다.
상기 선택된 올리고뉴클레오타이드의 정보는 전술한 올리고뉴클레오타이드의 성능(성능 데이터)을 고려하여 복수의 타겟 핵산에 대한 후보 서열 세트(디자인 툴을 사용하거나 사용하지 않고 생성됨) 중 최적일 것으로 결정된 올리고뉴클레오타이드 세트에 관한 정보이다.
후보 올리고뉴클레오타이드 중 적절한 올리고뉴클레오타이드를 선택하는 것은 올리고뉴클레오타이드의 성능을 기초로 실시되며, 상기 성능은 예를 들어 민감도, 특이도 등을 들 수 있다.
개발자 단말기로부터 수신되는 결과물은 본 발명의 협업 개발 시스템 내의 협업 개발 서버에 저장된다.
개발자 단말기로부터 수신되는 결과물은 고유 식별자를 통해 식별 및 분류될 수 있다.
본원에서 개발자 단말기는 개발자 단말기에 네트워크를 통해 연결된 개발 장치를 포함할 수 있다. 따라서, 본 단계에서 결과물은 개발 장치로부터 수신된 것을 포함한다.
단계 (d): 결과물의 검토
다음으로, 상기 수신된 결과물을 상기 기술 제공자 단말기 및/또는 협업 개발 시스템의 모니터링 모듈이 검토할 수 있도록 한다(S500).
일 구현예에서, 상기 수신된 결과물의 검토는 기술 제공자 단말기에 의해 수행된다. 즉, 상기 수신된 결과물은 기술 제공자 단말기에 제공되고, 기술 제공자에 의해 결과물이 검토된다. 이와 관련하여, 본 발명은 상기 개발용 툴키트를 사용한 결과물을 상기 기술 제공자가 검토할 수 있도록 상기 결과물에 접근할 수 있는 권한을 상기 기술 제공자 단말기에게 제공하는 단계를 추가로 포함할 수 있다.
상기 기술 제공자 단말기의 상기 결과물에의 접근은 당업계에 공지된 다양한 방식으로 수행될 수 있다. 일 예로서, 상기 기술 제공자 단말기의 상기 결과물에의 접근은 기술 제공자의 단말기에 고유 식별자를 부여하고, 상기 식별자의 인증을 통해 기술 제공자의 단말기가 상기 결과물에 접근하게 함으로써 수행될 수 있다. 다른 예로서, 상기 기술 제공자 단말기의 상기 결과물에의 접근은 상기 결과물을 암호화하고, 상기 기술 제공자가 복호화하게 함으로써 수행될 수 있다
다른 구현예에서, 상기 수신된 결과물의 검토는 협업 개발 시스템의 모니터링 모듈에 의해 수행된다.
본원에서 ”검토” 또는 “모니터링”은 상기 수신된 결과물, 예컨대 성능 데이터를 확인하는 과정을 지칭한다. 상기 성능 데이터의 확인은 성능 데이터의 정확도(accuracy), 수락가능성(acceptability), 적합성(suitability), 신뢰성(reliability), 강건성(robustness) 또는 유의성(significance)의 확인을 포함한다.
구체적으로, 기술 제공자에 의한 검토는 개발자가 기술 제공자가 제공한 개발용 툴키트를 올바르게 사용하였는지 여부, 즉 개발자가 지시 정보를 준수하였는지 여부, 및 개발자의 실험 오류는 없었는지 여부를 확인하는 것을 포함한다. 또한, 상기 기술 제공자에 의한 검토는 실험에 오류가 발생한 경우, 이를 바로잡기 위한 기술 제공자의 피드백을 포함한다.
개발자는 개발용 툴키트에 포함된 다양한 소프트웨어, 장치 및 지시 정보를 이용하여 기술 제공자의 지침에 따라 실험을 실시하긴 하지만, 기술 제공자가 제공한 툴키트의 오류 또는 개발자의 실험 오류 등으로 인해 잘못된 실험 결과가 초래될 수 있다. 따라서, 기술 제공자는 개발자에 의한 실험 결과물을 검토하고, 오류가 발생한 경우 오류의 원인을 분석하고 대안을 제공하는 역할을 할 수 있다.
일 구현예에서, 상기 개발자 단말기로부터의 결과물의 수신 및 상기 기술 제공자 단말기 또는 협업 개발 시스템의 모니터링 모듈에 의한 결과물의 검토는 실험 횟수에 따라 반복적으로 수행된다. 올리고뉴클레오타이드의 성능 실험은 필요에 따라 수차례 실시될 수 있으며, 상기 성능 실험의 결과물의 수신과 검토는 필요에 따라 반복될 수 있다.
단계 (e): 검토 결과물에의 접근
마지막으로, 개발자 단말기를 상기 검토 결과물에 접근시킨다(S600).
일 구현예에서, 검토 결과물에의 접근은 개발자가 개발자 단말기를 통해 협업 개발 시스템에 접속하여 저장된 검토 결과물을 직접 보거나 개발자가 개발자 단말기를 통해 협업 개발 시스템에 접속한 후 저장된 검토 결과물을 개발자 단말기에 다운로드 받아 보는 것을 포함한다.
일 구현예에서, 검토 결과물에의 접근은 개발자가 개발자 단말기를 통해 기술 제공자 단말기에 저장된 검토 결과물을 직접 보거나 개발자가 개발자 단말기를 통해 기술 제공자 단말기에 접속한 후 저장된 검토 결과물을 개발자 단말기에 다운로드 받아 보는 것을 포함한다. 이때, 상기 개발자가 기술 제공자 단말기에 저장된 검토 결과물을 직접 또는 다운로드 받아 보는 것은 협업 개발 시스템에 의해 제어될 수 있다.
따라서, 기술 제공자의 검토 결과물은 협업 개발 시스템에 저장되어 있거나 기술 제공자의 단말기에 저장되어 있을 수 있다.
상기 검토 결과물에의 접근은 제어될 수 있다. 본 발명의 방법은 개발자 단말기가 상기 검토 결과물에 접근할 수 있는 권한을 상기 개발자 단말기에게 제공하는 단계를 추가로 포함할 수 있다.
본 단계에서 수신되는 검토 결과물은 성능 실험의 재수행 또는 승인을 포함할 수 있다. 상기 성능 실험의 재수행은 (i) 올리고뉴클레오타이드를 재디자인 하거나, (ii) 효소를 교체하거나, 또는 (iii) 반응 조건을 변경하는 지시를 포함할 수 있다. 추가적으로, 성능 실험의 재수행을 위한 변경된 가이드가 제공될 수 있다.
본 발명의 협업 개발 방법은 성능 결과물의 수신, 성능 결과물의 검토 및 검토 결과물의 개발자의 확인 과정을 통해 완료된다.
상기 협업 개발 완료 후, 기술 제공자 및/또는 협업 개발 시스템에서 완료 결과물을 생성한다. 상기 완료 결과물은 상기 시약 생산 타당성에 관한 시약의 성능, 시장성, 경쟁력, 원가, 판매 이익 등의 정보를 포함한다.
본 발명의 방법은 완료 결과물을 평가자 단말기에 제공하여 평가하고, 평가자 단말기로부터 완료 평가 결과를 수신하는 단계를 추가로 포함할 수 있다.
협업 개발 시스템은 완료 평가 결과를 수신함에 따라 협업 개발 완료를 등록하고, 협업 개발의 프로세스를 종료한다.
협업 개발 완료를 등록한 이후, 협업 개발 시스템은 필요에 따라 요청자 단말기, 개발자 단말기 및/또는 기술 제공자 단말기에 협업 개발 완료를 통지할 수 있다. 이때, 개발자 단말기로 제공하는 협업 개발 완료 통지에는 완료 평가 결과를 포함될 수 있다.
상기 시약 타당성에 관한 평가 결과가 긍정적인 경우, 본 발명의 방법은 제조자 단말기(또는 기술 제공자 단말기)에게 타겟 핵산 검출용 시약의 생산 요청을 전송하는 단계를 추가로 포함할 수 있다. 상기 제조사는 본원의 협업 개발에 참여한 기술 제공자 또는 개발자이거나, 이들 이외의 제3자일 수 있다.
반면, 시약 타당성에 관한 평가 결과가 부정적인 경우, 본 발명의 방법은 타겟 핵산 검출용 시약의 생산을 포기하거나 재평가를 요청할 수 있다.
본 발명의 방법에 따르면, 협업 개발 시스템은 복수의 협업 개발을 구현하도록 구성될 수 있다. 본 발명의 협업 개발 시스템은 복수의 협업 개발을 관리하기 위한 과제 관리 모듈을 포함하며, 상기 과제 관리 모듈은 각각의 협업 개발이 전술한 단계 (a) 내지 (e)에 따라 수행될 수 있게 한다.
이상과 같은 본 발명의 방법을 통해 시약에 포함될 올리고뉴클레오타이드가 선택되고 이에 따라 타겟 핵산 검출용 시약이 개발된다.
III. 타겟 핵산 검출용 시약의 협업 개발을 위한 시스템
본 발명의 일 양태에 따르면, 본 발명은 메모리, 프로세서 및 상기 메모리에 저장되고 상기 프로세서에 의해 실행되도록 구성된 하나 이상의 프로그램을 사용하여 타겟 핵산 검출용 시약을 협업 개발하기 위한 시스템을 제공하며:
상기 하나 이상의 프로그램은, 하나 이상의 프로세서에 의해 실행될 때,
요청자 단말기로부터 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 타겟 핵산 검출용 시약에 대한 협업 개발 요청을 수신하는 단계; 상기 협업 개발 요청은 상기 시약을 사용하여 검출하고자 하는 타겟 핵산에 관한 특징 정보를 포함하고;
협업 개발을 위한 개발자 단말기를 협업 개발을 위한 기술 제공자의 개발용 툴키트에 접근시키는 단계; 상기 개발용 툴키트는 타겟 핵산 검출용 시약에 포함된 올리고뉴클레오타이드에 대한 성능 실험 툴을 포함하며; 상기 툴은 소프트웨어, 장치, 및 지시 정보(instructional information) 중 하나 이상을 포함하고;
상기 개발용 툴키트를 사용한 결과물을 상기 개발자 단말기로부터 수신하는 단계; 상기 결과물은 올리고뉴클레오타이드의 성능 데이터를 포함하고;
상기 수신된 결과물을 상기 기술 제공자 단말기 또는 협업 개발 시스템의 모니터링 모듈에 의해 검토되도록 허용하는 단계; 및
상기 시약에 포함될 올리고뉴클레오타이드가 선택되도록 개발자 단말기를 상기 검토 결과물에 접근시키는 단계
를 수행하도록 하는 명령어들을 포함한다.
본 발명의 협업 개발 시스템이 도 2에 개략적으로 도시되어 있다.
협업 개발을 위한 시스템은 하나 이상의 프로세서와 메모리를 포함하여 컴퓨터로 이루어진 협업 개발 서버를 포함하며, 저장 매체에 저장된 명령어들은 협업 개발 서버를 동작시키기 위해 구성된다.
상기 협업 개발 서버는 각 구성을 제어하기 위한 제어부(110), 협업 개발의 요청과 평가를 관리하기 위한 요청/평가 관리부(120), 실질적입 협업 개발을 관리하기 위한 협업 관리부(130) 및 협업 개발을 통해 산출되는 실험 데이터 및 결과물을 저장하기 위한 데이터베이스부(140)를 포함한다. 상기 각 구성은 본원의 다른 곳에 기재된 내용을 참조한다.
IV. 타겟 핵산 검출용 시약의 협업 개발을 위한 저장 매체
본 발명의 일 양태에 따르면, 본 발명은 하나 이상의 프로세서에 의해 실행될 때, 타겟 핵산 검출용 시약의 협업 개발을 상기 하나 이상의 프로세서에 의해 수행되는 명령을 저장하는 비 일시적 컴퓨터 판독 가능 저장매체를 제공하며,
상기 명령은 상기 하나 이상의 프로세서에 의해 실행될 때, 상기 컴퓨팅 장치로 하여금,
요청자 단말기로부터 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 타겟 핵산 검출용 시약에 대한 협업 개발 요청을 수신하는 단계; 상기 협업 개발 요청은 상기 시약을 사용하여 검출하고자 하는 타겟 핵산에 관한 특징 정보를 포함하고;
협업 개발을 위한 개발자 단말기를 협업 개발을 위한 기술 제공자의 개발용 툴키트에 접근시키는 단계; 상기 개발용 툴키트는 타겟 핵산 검출용 시약에 포함된 올리고뉴클레오타이드에 대한 성능 실험 툴을 포함하며; 상기 툴은 소프트웨어, 장치, 및 지시 정보(instructional information) 중 하나 이상을 포함하고;
상기 개발용 툴키트를 사용한 결과물을 상기 개발자 단말기로부터 수신하는 단계; 상기 결과물은 올리고뉴클레오타이드의 성능 데이터를 포함하고;
상기 수신된 결과물을 상기 기술 제공자 단말기 또는 협업 개발 시스템의 모니터링 모듈에 의해 검토되도록 허용하는 단계; 및
상기 시약에 포함될 올리고뉴클레오타이드가 선택되도록 개발자 단말기를 상기 검토 결과물에 접근시키는 단계
를 수행하도록 한다.
V. 지역 특이적인 타겟 핵산 검출용 시약의 협업 개발을 위한 컴퓨터 구현 방법
본 발명의 일 양태에 따르면, 본 발명에서 하기 단계를 포함하는, 협업 개발 시스템에 의한 타겟 핵산 검출용 시약의 협업 개발을 위한 컴퓨터 구현 방법은
타겟 핵산의 특징 정보를 포함하는 협업 개발 신청 정보를 수신하는 단계;
수신된 상기 타겟 핵산의 특징 정보를 이용하여 상기 타겟 핵산과 연관된 질병이 발병되는 질병 영역을 결정하는 단계;
상기 질병 영역에 포함되는 개발자 위치를 갖는 개발자를 선택하는 단계; 및
선택된 상기 개발자가 상기 타겟 핵산 검출용 시약의 개발을 위한 실험을 기술 제공자의 지원을 통해 수행하여 생성한 실험 결과물을 상기 개발자의 개발자 단말기로부터 수신하는 단계를 포함한다. 상기 각 단계의 자세한 설명은 본원의 다른 곳에 기재된 내용을 참조한다.
본원에서 사용된 바와 같이, 요청자 단말기, 개발자 단말기, 기술 제공자 단말기 및/또는 평가자 단말기는, 하나 이상의 네트워크를 통해 협업 개발 시스템과 통신하기 위해 네트워크 연결성 및 프로세싱 자원을 제공할 수 있는 데스크톱 컴퓨터, 셀룰러 디바이스 또는 스마트폰, 개인용 디지털 보조기기(PDA), 랩톱 컴퓨터, 태블릿 디바이스 등에 대응하는 디바이스를 지칭한다. 요청자 단말기, 개발자 단말기, 기술 제공자 단말기 및/또는 평가자 단말기는 각각 협업 개발 시스템과 통신하도록 구성된 지정된 서비스 애플리케이션(예를 들어, 각각 협업 개발 애플리케이션을 각각 동작 시킬 수 있다. 개발자 단말기는 또한 개발 장치와 연결되어 협업 개발 시스템으로부터 송수신되는 데이터를 공유하거나 생성할 수 있다.
본원에서 설명된 하나 이상의 예는 컴퓨팅 장치에 의해 수행되는 방법, 기술 및 동작이 프로그래밍 방식으로 또는 컴퓨터 구현 방법으로서 수행된다는 것을 제공한다. 본원에서 사용된 프로그램(program)은 코드 또는 컴퓨터 실행 가능 명령을 사용하는 것을 의미한다. 이러한 명령은 컴퓨팅 장치의 하나 이상의 메모리 자원에 저장될 수 있다. 프로그램 방식으로 수행되는 단계는 자동일 수 있거나 자동이 아닐 수 있다.
본원에서 설명된 하나 이상의 예는 서버, 부, 또는 모듈을 사용하여 구현될 수 있다. 서버, 부, 또는 모듈은 프로그램의 일부 또는 하나 이상의 언급된 작업 또는 기능을 수행할 수 있는 소프트웨어 컴포넌트 또는 하드웨어 컴포넌트를 포함할 수 있다. 본원에서 사용된 바와 같이, 부 또는 모듈은 다른 부 또는 모듈에 독립적으로 하드웨어 컴포넌트 상에 존재할 수 있다. 대안적으로, 부 또는 모듈은 다른 부, 모듈, 프로그램 또는 장치의 공유된 엘리먼트 또는 프로세스일 수 있다.
본원에서 설명된 하나 이상의 예는 하나 이상의 프로세서에 의해 실행 가능한 명령의 사용을 통해 구현될 수 있다. 이러한 명령은 컴퓨터 판독 가능한 저장 매체 상에서 전달될 수 있다. 상기의 도면들로 도시되거나 설명된 협업 개발 서버는 프로세싱 자원들 및 본원에서 설명된 예를 구현하기 위한 명령이 저장 및/또는 실행될 수 있는 컴퓨터 판독 가능 저장 매체의 예를 제공한다. 특히, 본원에서 설명된 예로 도시된 협업 개발 서버는 프로세서(들) 및 데이터 및 명령을 보유하기 위한 다양한 형태의 메모리를 포함한다. 컴퓨터 판독 가능 저장 매체의 예는 개인용 컴퓨터 또는 서버 상의 하드 드라이브와 같은 영구 메모리 저장 디바이스를 포함한다. 컴퓨터 저장 매체의 다른 예는 CD 또는 DVD 유닛과 같은 휴대용 저장 유닛, (예컨대, 스마트폰, 다기능 디바이스 또는 태블릿 상에 소지되는) 플래시 메모리 및 자기 메모리를 포함한다. 컴퓨터, 단말, 네트워크 가능 디바이스(예를 들어, 셀 전화와 같은 모바일 디바이스)는 모두 프로세서, 메모리 및 컴퓨터 판독 가능 저장 매체 상에 저장된 명령을 활용하는 서버 및 장치의 예이다. 또한, 예는 컴퓨터 프로그램 또는 그러한 프로그램을 전달할 수 있는 컴퓨터 사용 가능한 전달 매체의 형태로 구현될 수 있다.
본원에서 설명되는 예는 본원에서 설명되는 기술을 구현하기 위한 협업 개발 시스템의 사용에 관련된다. 일 실시예에 따라, 이 기술은 메모리에 포함된 하나 이상의 명령의 하나 이상의 시퀀스를 실행하는 프로세서에 대한 응답으로 협업 개발 시스템에 의해 수행된다. 그러한 명령은 저장 매체와 같은 다른 머신-판독 가능 매체로부터 메모리로 판독될 수 있다. 메모리에 포함된 명령의 시퀀스의 실행은 프로세서가 본원에서 설명되는 프로세스 단계를 수행하게 한다. 대안적인 구현에서, 본원에서 설명된 예를 구현하기 위해 소프트웨어 명령 대신에 또는 소프트웨어 명령과 함께 하드-와이어드 회로(hardwired circuitry)가 사용될 수 있다. 따라서, 설명된 예는 하드웨어 회로 및 소프트웨어의 임의의 특정 조합으로 제한되지 않는다.
본원에서 설명된 예가 다른 개념, 아이디어 또는 시스템과 독립적으로, 본원에서 설명된 개별 엘리먼트 및 개념으로 확장되는 것뿐만 아니라 본원의 어딘가에 인용된 엘리먼트의 조합을 포함하는 예가 고려된다. 예가 첨부된 도면을 참조하여 본원에서 상세하게 설명되었지만, 개념은 바로 그 예로 한정되지 않는다는 것이 이해될 것이다. 따라서, 개념의 범위는 이하의 청구범위 및 그 등가물에 의해 정의되는 것으로 의도된다. 또한, 개별적으로 또는 예의 일부로서 설명된 특정 특징은, 다른 특징 및 예가 특정 특징에 대해 언급하지 않더라도 다른 개별적으로 설명된 특징 또는 다른 예의 일부와 조합될 수 있다는 것이 고려된다. 따라서 조합의 설명의 부재가 이러한 조합에 대한 권리를 배제해선 안 된다.

Claims (27)

  1. 하기 단계를 포함하는, 협업 개발 시스템에 의한 타겟 핵산 검출용 시약의 협업 개발을 위한 컴퓨터 구현 방법:
    요청자 단말기로부터 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 타겟 핵산 검출용 시약에 대한 협업 개발 요청을 수신하는 단계; 상기 협업 개발 요청은 상기 시약을 사용하여 검출하고자 하는 타겟 핵산에 관한 특징 정보를 포함하고;
    협업 개발을 위한 개발자 단말기를 협업 개발을 위한 기술 제공자의 개발용 툴키트에 접근시키는 단계; 상기 개발용 툴키트는 타겟 핵산 검출용 시약에 포함된 올리고뉴클레오타이드에 대한 성능 실험 툴을 포함하며; 상기 툴은 소프트웨어, 장치, 및 지시 정보(instructional information) 중 하나 이상을 포함하고;
    상기 개발용 툴키트를 사용한 결과물을 상기 개발자 단말기로부터 수신하는 단계; 상기 결과물은 올리고뉴클레오타이드의 성능 데이터를 포함하고;
    상기 수신된 결과물을 상기 기술 제공자 단말기 또는 협업 개발 시스템의 모니터링 모듈에 의해 검토되도록 허용하는 단계; 및
    상기 시약에 포함될 올리고뉴클레오타이드가 선택되도록 개발자 단말기를 상기 검토 결과물에 접근시키는 단계.
  2. 제 1 항에 있어서,
    상기 개발자 단말기는 상기 타겟 핵산을 포함하거나 포함할 것으로 의심되는 임상 샘플을 수득했거나 또는 수득할 수 있는 개발자의 단말기인 것을 특징으로 하는 방법.
  3. 제 2 항에 있어서,
    상기 개발용 툴키트를 사용한 결과물은 수득된 상기 임상 샘플에 대한 실험 결과물을 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
  4. 제 1 항에 있어서,
    상기 개발자 단말기는 상기 타겟 핵산과 연관된 질병이 발병 중이거나 질병이 발병되었던 지역에 위치한 개발자의 단말기인 것을 특징으로 하는 방법.
  5. 제 1 항에 있어서,
    상기 요청자 단말기는 개발자 단말기와 동일한 것을 특징으로 하는 방법.
  6. 제 1 항에 있어서,
    상기 타겟 핵산 검출용 시약은 복수의 타겟 핵산을 검출하기 위한 시약인 것을 특징으로 하는 방법.
  7. 제 1 항에 있어서,
    상기 타겟 핵산에 관한 특징 정보는,
    (i) 상기 타겟 핵산을 함유하는 유기체의 명칭;
    (ii) 상기 타겟 핵산을 함유하는 유전자의 명칭;
    (iii) 상기 타겟 핵산의 서열;
    (iv) 타겟 핵산 검출용 시약의 사용 의도(intended use);
    (v) 상기 타겟 핵산 검출용 시약으로 검출되는 질병의 명칭; 및/또는
    (vi) 상기 타겟 핵산 검출용 시약으로 검출되는 질병의 분류 기호를 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
  8. 제 1 항에 있어서,
    상기 협업 개발 요청에 대한 응답으로, 평가자 단말기에 평가 요청을 전송하고, 평가자 단말기로부터 협업 개발 타당성에 관한 평가 결과를 수신하는 단계를 더 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
  9. 제 1 항에 있어서,
    상기 협업 개발 요청에 대한 응답으로, 협업 개발 시스템의 평가 관리 모듈에 의해 협업 개발 타당성을 평가하는 단계를 더 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
  10. 제 8 항에 있어서,
    상기 평가자 단말기는 기술 제공자 단말기를 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
  11. 제 1 항에 있어서,
    상기 개발자 단말기는 복수의 개발자 중에서 상기 협업 개발을 수행하기 위해 선택된 개발자의 단말기인 것을 특징으로 하는 방법.
  12. 제 1 항에 있어서,
    상기 개발용 툴키트는 복수의 기술 제공자 중에서 상기 협업 개발을 수행하기 위해 선택된 기술 제공자로부터 제공되는 것을 특징으로 하는 방법.
  13. 제 1 항에 있어서,
    상기 성능 실험 툴에 포함된 상기 장치, 상기 소프트웨어 또는 상기 지시 정보 중 어느 하나 이상은 상기 올리고뉴클레오타이드의 민감도 또는 특이도를 확인할 수 있는 것을 특징으로 하는 방법.
  14. 제 13 항에 있어서,
    상기 올리고뉴클레오타이드의 민감도 또는 특이도 확인을 위한 장치는 핵산 추출 장치, 핵산 분주 장치, 핵산 증폭 장치 및 핵산 검출 장치로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 장치를 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
  15. 제 13 항에 있어서,
    상기 올리고뉴클레오타이드의 민감도 또는 특이도 확인을 위한 소프트웨어는 올리고뉴클레오타이드를 반응 플레이트의 지정된 위치에 분주(국소화)시키는 명령을 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
  16. 제 13 항에 있어서,
    상기 올리고뉴클레오타이드의 민감도 또는 특이도 확인을 위한 지시 정보는 올리고뉴클레오타이드의 성능 테스트를 위한 실험 과정 및 조건을 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
  17. 제 1 항에 있어서,
    상기 개발용 툴키트는 하기 중 하나 이상을 더 포함하는 것을 특징으로 하는 방법:
    (i) 올리고뉴클레오타이드에 대한 디자인 툴;
    (ii) 성능 실험에 대한 분석 툴; 및
    (iii) 성능 실험에 대한 문서화 툴.
  18. 제 17 항에 있어서,
    상기 올리고뉴클레오타이드에 대한 디자인 툴은 타겟 핵산을 검출하기 위한 후보 올리고뉴클레오타이드의 세트를 자동으로 디자인하는 소프트웨어를 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
  19. 제 17 항에 있어서,
    상기 성능 실험에 대한 분석 툴은 원시(raw) 성능 데이터를 소정의 파라미터에 의해 가공된 성능 데이터로 자동 변환하는 소프트웨어를 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
  20. 제 17 항에 있어서,
    상기 성능 실험에 대한 분석 툴은 위양성 또는 위음성을 유발하는 파라미터의 값을 자동으로 설정하는 소프트웨어를 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
  21. 제 17 항에 있어서,
    상기 성능 실험에 대한 문서화 툴은 가공된 성능 데이터를 지정된 포맷의 문서로 자동 변환하는 소프트웨어를 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
  22. 제 1 항에 있어서,
    상기 개발자 단말기로부터의 결과물의 수신 및 상기 기술 제공자 단말기 또는 협업 개발 시스템의 모니터링 모듈에 의한 결과물의 검토는 실험 횟수에 따라 반복적으로 수행되는 것을 특징으로 하는 방법.
  23. 제 1 항에 있어서,
    상기 검토된 결과물은 성능 실험의 재수행 또는 승인을 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
  24. 제1항에 있어서,
    상기 협업 개발 시스템은 복수의 협업 개발을 구현하도록 구성되는 것을 특징으로 하는 방법.
  25. 메모리, 프로세서 및 상기 메모리에 저장되고 상기 프로세서에 의해 실행되도록 구성된 하나 이상의 프로그램을 사용하여 타겟 핵산 검출용 시약을 협업 개발하기 위한 시스템에서,
    상기 하나 이상의 프로그램은, 하나 이상의 프로세서에 의해 실행될 때,
    요청자 단말기로부터 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 타겟 핵산 검출용 시약에 대한 협업 개발 요청을 수신하는 단계; 상기 협업 개발 요청은 상기 시약을 사용하여 검출하고자 하는 타겟 핵산에 관한 특징 정보를 포함하고;
    협업 개발을 위한 개발자 단말기를 협업 개발을 위한 기술 제공자의 개발용 툴키트에 접근시키는 단계; 상기 개발용 툴키트는 타겟 핵산 검출용 시약에 포함된 올리고뉴클레오타이드에 대한 성능 실험 툴을 포함하며; 상기 툴은 소프트웨어, 장치, 및 지시 정보(instructional information) 중 하나 이상을 포함하고;
    상기 개발용 툴키트를 사용한 결과물을 상기 개발자 단말기로부터 수신하는 단계; 상기 결과물은 올리고뉴클레오타이드의 성능 데이터를 포함하고;
    상기 수신된 결과물을 상기 기술 제공자 단말기 또는 협업 개발 시스템의 모니터링 모듈에 의해 검토되도록 허용하는 단계; 및
    상기 시약에 포함될 올리고뉴클레오타이드가 선택되도록 개발자 단말기를 상기 검토 결과물에 접근시키는 단계
    를 수행하도록 하는 명령어들을 포함한다.
  26. 하나 이상의 프로세서에 의해 실행될 때, 타겟 핵산 검출용 시약의 협업 개발을 상기 하나 이상의 프로세서에 의해 수행되는 명령을 컴퓨팅 장치에서 저장하는 비 일시적 컴퓨터 판독 가능 저장매체에 있어서,
    상기 명령은 상기 하나 이상의 프로세서에 의해 실행될 때, 상기 컴퓨팅 장치로 하여금,
    요청자 단말기로부터 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 타겟 핵산 검출용 시약에 대한 협업 개발 요청을 수신하는 단계; 상기 협업 개발 요청은 상기 시약을 사용하여 검출하고자 하는 타겟 핵산에 관한 특징 정보를 포함하고;
    협업 개발을 위한 개발자 단말기를 협업 개발을 위한 기술 제공자의 개발용 툴키트에 접근시키는 단계; 상기 개발용 툴키트는 타겟 핵산 검출용 시약에 포함된 올리고뉴클레오타이드에 대한 성능 실험 툴을 포함하며; 상기 툴은 소프트웨어, 장치, 및 지시 정보(instructional information) 중 하나 이상을 포함하고;
    상기 개발용 툴키트를 사용한 결과물을 상기 개발자 단말기로부터 수신하는 단계; 상기 결과물은 올리고뉴클레오타이드의 성능 데이터를 포함하고;
    상기 수신된 결과물을 상기 기술 제공자 단말기 또는 협업 개발 시스템의 모니터링 모듈에 의해 검토되도록 허용하는 단계; 및
    상기 시약에 포함될 올리고뉴클레오타이드가 선택되도록 개발자 단말기를 상기 검토 결과물에 접근시키는 단계
    를 수행하도록 한다.
  27. 하기 단계를 포함하는, 협업 개발 시스템에 의한 타겟 핵산 검출용 시약의 협업 개발을 위한 컴퓨터 구현 방법:
    타겟 핵산의 특징 정보를 포함하는 협업 개발 신청 정보를 수신하는 단계;
    수신된 상기 타겟 핵산의 특징 정보를 이용하여 상기 타겟 핵산과 연관된 질병이 발병되는 질병 영역을 결정하는 단계;
    상기 질병 영역에 포함되는 개발자 위치를 갖는 개발자를 선택하는 단계; 및
    선택된 상기 개발자가 상기 타겟 핵산 검출용 시약의 개발을 위한 실험을 기술 제공자의 지원을 통해 수행하여 생성한 실험 결과물을 상기 개발자의 개발자 단말기로부터 수신하는 단계.
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