KR20210074277A - T 세포 수용체 구축물 및 이의 용도 - Google Patents

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KR20210074277A
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비크람 주네자
재원 최
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바이오엔테크 유에스 인크.
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Abstract

본 개시는 펩타이드-MHC 복합체에 대한 T 세포 수용체(TCR), 펩타이드-MHC 복합체에 대한 TCR을 코딩하는 단리된 핵산 분자, 펩타이드-MHC 복합체에 대한 TCR을 발현하는 T 세포, 및 질환의 치료에 사용할 약학 조성물을 제공한다.

Description

T 세포 수용체 구축물 및 이의 용도
교차참조
본원은 2018년 8월 16일에 출원된 미국 가출원 제62/764,817호 및 2019년 2월 25일에 출원된 미국 가출원 제62/810,112호의 이익을 주장하고, 이 출원들은 둘 다 전체적으로 본원에 참고로 포함된다.
서열목록
본원은 ASCII 포맷으로 전자적으로 제출되었고 전체적으로 본원에 참고로 포함된 서열목록을 함유한다. 2019년 9월 6일에 생성된 상기 ASCII 사본은 명칭이 50401-726.601_SL,txt이고 크기가 419311 바이트이다.
T 세포 수용체(TCR)는 면역글로불린 수퍼패밀리의 구성원이고 통상적으로 2개의 서브유닛, 즉 α 서브유닛 및 β 서브유닛으로 구성된다. 이 수용체는 1개의 N-말단 면역글로불린(Ig) 가변(V) 도메인, 1개의 Ig 불변(C) 도메인, 막횡단/세포막에 걸쳐있는 영역, 및 C-말단에 있는 짧은 세포질 꼬리를 가진다. TCR α 쇄 및 β 쇄 둘 다의 가변 도메인은 3개의 초가변 또는 상보성 결정 영역(CDR)을 갖는 반면, β 쇄의 가변 영역은 정상적으로 항원과 접촉하지 않으므로 CDR로서 간주되지 않는 추가 초가변 영역(HV4)을 가진다.
CDR3이 프로세싱된 항원의 인식을 담당하는 주요 CDR이지만, 알파 쇄의 CDR1도 항원성 펩타이드의 N-말단 부분과 상호작용하는 것으로 밝혀진 반면, β 쇄의 CDR1은 상기 펩타이드의 C-말단 부분과 상호작용한다. CDR2는 MHC를 인식하는 것으로 생각된다. TCR 도메인의 불변 도메인은 상기 2개의 쇄들 사이의 연결을 형성하는 짧은 연결 서열로 구성되고, 이때 시스테인 잔기는 디설파이드 결합을 형성한다. 특정 항원에 대한 TCR의 친화성은 여러 치료 방법들에 있어서 이 TCR을 가치 있게 만든다. 예를 들면, 흑색종 환자와 같은 암 환자는 TCR들이 그들의 항원에 대해 정교하게 민감하고 그들의 동족 항원을 발현하는 종양 세포에서 면역 반응을 유도할 수 있기 때문에 입양 면역요법을 이용함으로써 효과적으로 치료될 수 있다. 따라서, 신규 효과적인 치료제의 개발을 위해 펩타이드-MHC 복합체에 대한 TCR이 필요하다.
본원은 펩타이드-MHC 복합체에 대한 TCR의 개발 및 이 TCR을 포함하는 효과적인 치료제에 기반한다. 본원은 펩타이드-MHC 복합체에 대한 TCR을 코딩하는 단리된 핵산 분자, 펩타이드-MHC 복합체에 대한 TCR을 발현하는 T 세포, 및 질환의 치료에 사용할 약학 조성물을 제공한다.
본원은 서열번호 52로 기재된 아미노산 서열을 가진 상보성 결정 영역 3(CDR3)을 포함하는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함하는 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 재조합 핵산을 제공한다. 일부 실시양태에서, T 세포 수용체(TCR) 구축물은 상보성 결정 영역 1(CDR1) 및 상보성 결정 영역 2(CDR2)을 추가로 포함하고, 이때 CDR1은 서열번호 50으로 기재된 아미노산 서열을 갖고, CDR2는 서열번호 51로 기재된 아미노산 서열을 가진다. 일부 실시양태에서, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 58로 기재된 아미노산 서열에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 58로 기재된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 58로 기재된 아미노산 서열에 대한 적어도 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 58로 기재된 아미노산 서열을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, 상기 실시양태들 중 어느 한 실시양태의 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 재조합 핵산은 CDR1, CDR2 및 CDR3을 가진 TCR 알파 쇄 구축물을 추가로 포함하고, 이때 CDR1은 서열번호 47로 기재된 아미노산 서열을 갖고, CDR2는 서열번호 48로 기재된 아미노산 서열을 갖고, CDR은 서열번호 49로 기재된 아미노산 서열을 가진다. 일부 실시양태에서, 상기 실시양태들 중 어느 한 실시양태의 재조합 핵산은 (a) 적어도 서열번호 52를 코딩하는 서열을 추가로 포함하는, 서열번호 56 또는 57에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 서열; 및 (b) 적어도 서열번호 49를 코딩하는 서열을 추가로 포함하는, 서열번호 53 또는 54에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 상기 실시양태들 중 어느 한 실시양태의 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 재조합 핵산은 서열번호 55로 기재된 아미노산 서열에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하는 TCR 알파 쇄 구축물을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 55로 기재된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 55로 기재된 아미노산 서열에 대한 적어도 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 55로 기재된 아미노산 서열을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, 전술된 TCR을 코딩하는 재조합 핵산은 (a) 서열번호 60으로 기재된 아미노산 서열, 또는 서열번호 60과 적어도 80% 동일한 아미노산 서열을 가진 베타 쇄; 및 (b) 서열번호 59로 기재된 아미노산 서열, 또는 서열번호 59와 적어도 80% 동일한 아미노산 서열을 가진 알파 쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, 상기 실시양태들 중 어느 한 실시양태의 TCR을 코딩하는 재조합 핵산은 돌연변이 G12V를 포함하는 인간 RAS로부터의 에피토프에 결합한다.
본원은 TCR 베타 쇄 구축물 및 TCR 알파 쇄 구축물을 포함하는 TCR을 코딩하는 재조합 핵산으로서, TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 537 및 563으로부터 선택된 아미노산 서열을 가진 상보성 결정 영역 3(CDR3)을 포함하는 것인 재조합 핵산을 제공한다. 일부 실시양태에서, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 537의 아미노산 서열을 가진 CDR3을 포함한다. 일부 실시양태에서, 서열번호 537의 아미노산 서열을 가진 CDR3을 포함하는 TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 541로 기재된 아미노산 서열에 대한 적어도 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 541로 기재된 아미노산 서열 동일성을 가진다. 일부 실시양태에서, 서열번호 537의 아미노산 서열을 가진 TCR 베타 쇄 CDR3을 포함하는 TCR은 서열번호 539 또는 서열번호 552로 기재된 아미노산 서열에 대한 적어도 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하는 TCR 알파 쇄 구축물을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 539로 기재된 아미노산 서열 동일성을 가진다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 552로 기재된 아미노산 서열 동일성을 가진다. 일부 실시양태에서, 전술된 재조합 핵산은 서열번호 543으로 기재된 아미노산 서열, 또는 서열번호 543에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 서열을 가진 베타 쇄; 및 서열번호 542로 기재된 아미노산 서열, 또는 서열번호 542에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 서열을 가진 알파 쇄를 포함하는 TCR을 코딩한다. 일부 실시양태에서, 상기 재조합 핵산은 서열번호 543으로 기재된 아미노산 서열, 또는 서열번호 543에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 서열을 가진 베타 쇄; 및 서열번호 555로 기재된 아미노산 서열, 또는 서열번호 555에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 서열을 가진 알파 쇄를 포함하는 TCR을 코딩한다. 일부 실시양태에서, 상기 재조합 핵산은 서열번호 541로 기재된 아미노산 서열, 또는 서열번호 541에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 서열을 가진 베타 쇄 가변 도메인; 및 서열번호 539로 기재된 아미노산 서열, 또는 서열번호 539에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 서열을 가진 알파 쇄 가변 도메인을 포함하는 TCR을 코딩한다. 일부 실시양태에서, 상기 재조합 핵산은 서열번호 541로 기재된 아미노산 서열, 또는 서열번호 541에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 서열을 가진 베타 쇄 가변 도메인; 및 서열번호 552로 기재된 아미노산 서열, 또는 서열번호 552에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 서열을 가진 알파 쇄 가변 도메인을 포함하는 TCR을 코딩한다.
일부 실시양태에서, TCR 베타 쇄 구축물 및 TCR 알파 쇄 구축물을 포함하는 TCR을 코딩하는 재조합 핵산에서, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 563의 아미노산 서열을 가진 CDR3을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 567로 기재된 아미노산 서열과 적어도 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 565로 기재된 아미노산 서열에 대한 적어도 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, 전술된 재조합 핵산은 서열번호 569로 기재된 아미노산 서열, 또는 서열번호 569에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 서열을 가진 베타 쇄; 및 서열번호 568로 기재된 아미노산 서열, 또는 서열번호 568에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 서열을 가진 알파 쇄 가변 도메인을 포함하는 TCR을 코딩한다. 본원은 전술된 실시양태들 중 어느 한 실시양태의 재조합 핵산을 포함하는 벡터를 개시한다. 본원은 전술된 실시양태들 중 어느 한 실시양태의 재조합 핵산 또는 전술된 벡터를 포함하는 세포도 개시한다.
본원은 (a) TCR 베타 쇄 구축물 및 (b) TCR 알파 쇄 구축물을 포함하는 TCR 구축물을 코딩하는 재조합 핵산을 제공하고, 이때 TCR은 점 돌연변이 G12V 또는 G12C를 포함하는 인간 RAS로부터의 에피토프를 인식하고 이에 결합하고, 상기 에피토프는 인간 MHC-단백질 복합체에 존재하고, 상기 인간 MHC-단백질은 HLA A03:01 대립유전자에 의해 코딩된 HLA 항원이다. 일부 실시양태에서, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 68로 기재된 아미노산 서열을 가진 CDR3을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 베타 쇄 구축물은 상보성 결정 영역 1(CDR1) 및 상보성 결정 영역 2(CDR2)를 추가로 포함하고, 이때 CDR1은 서열번호 66으로 기재된 아미노산 서열을 갖고, CDR2는 서열번호 67로 기재된 아미노산 서열을 가진다. 일부 실시양태에서, 이 단락에 기재된 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 재조합 핵산은 CDR1, CDR2 및 CDR3을 가진 TCR 알파 쇄 구축물을 추가로 포함하고, 이때 CDR1은 서열번호 63으로 기재된 아미노산 서열을 갖고, CDR2는 서열번호 64로 기재된 아미노산 서열을 갖고, CDR은 서열번호 65로 기재된 아미노산 서열을 가진다. 일부 실시양태에서, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 74로 기재된 아미노산 서열에 대한 적어도 80%, 또는 적어도 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 74로 기재된 아미노산 서열을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, T 세포 수용체(TCR)는 서열번호 71로 기재된 아미노산 서열에 대한 적어도 80%, 또는 적어도 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하는 TCR 알파 쇄 구축물을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 71로 기재된 아미노산 서열을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR은 서열번호 76으로 기재된 아미노산 서열, 또는 서열번호 76에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 서열을 가진 베타 쇄 구축물; 및 서열번호 75로 기재된 아미노산 서열, 또는 서열번호 75에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 서열을 가진 알파 쇄 구축물을 포함한다. 본원은 이 단락에 기재된 실시양태들 중 어느 한 실시양태의 재조합 핵산을 포함하는 벡터를 제공한다. 본원은 이 단락에 기재된 실시양태들 중 어느 한 실시양태의 재조합 핵산들 중 어느 한 재조합 핵산 또는 이 단락에 기재된 벡터를 포함하는 세포도 제공한다.
일부 실시양태에서, HLA A03:01 대립유전자에 의해 코딩된 HLA 항원과 복합체를 형성한, 점 돌연변이 G12V를 포함하는 인간 RAS로부터의 에피토프를 인식하고 이에 결합하는 TCR은 서열번호 84로 기재된 아미노산 서열을 가진 CDR3을 포함하는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 베타 쇄 구축물은 상보성 결정 영역 1(CDR1) 및 상보성 결정 영역 2(CDR2)를 추가로 포함하고, 이때 CDR1은 서열번호 82로 기재된 아미노산 서열을 갖고, CDR2는 서열번호 83으로 기재된 아미노산 서열을 가진다. 일부 실시양태에서, TCR은 CDR1, CDR2 및 CDR3을 가진 TCR 알파 구축물을 추가로 포함하고, 이때 CDR1은 서열번호 79로 기재된 아미노산 서열을 갖고, CDR2는 서열번호 80으로 기재된 아미노산 서열을 갖고, CDR3은 서열번호 81로 기재된 아미노산 서열을 가진다. 일부 실시양태에서, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 90으로 기재된 아미노산 서열에 대한 적어도 80%, 또는 적어도 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 90으로 기재된 아미노산 서열을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, 전술된 TCR은 서열번호 87로 기재된 아미노산 서열에 대한 적어도 80%, 또는 적어도 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하는 TCR 알파 쇄 구축물을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 71로 기재된 아미노산 서열을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR은 서열번호 92의 아미노산 서열, 또는 서열번호 92에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 서열을 가진 베타 쇄 구축물; 및 서열번호 91의 아미노산 서열, 또는 서열번호 91에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 서열을 가진 알파 쇄 구축물을 포함한다. 본원은 이 단락에 기재된 실시양태들 중 어느 한 실시양태의 재조합 핵산을 포함하는 벡터, 및 본원에 기재된 실시양태들 중 어느 한 실시양태의 재조합 핵산들 중 어느 한 재조합 핵산을 포함하는 세포를 제공한다.
일부 실시양태에서, 상기 단락에 기재된 실시양태의 재조합 핵산에서, HLA A03:01 대립유전자에 의해 코딩된 HLA 항원과 복합체를 형성한, 점 돌연변이 G12V 또는 G12C를 포함하는 인간 RAS로부터의 에피토프를 인식하고 이에 결합하는 TCR은 서열번호 388로 기재된 아미노산 서열을 가진 CDR3을 포함하는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 베타 쇄 구축물은 상보성 결정 영역 1(CDR1) 및 상보성 결정 영역 2(CDR2)를 추가로 포함하고, 이때 CDR1은 서열번호 386으로 기재된 아미노산 서열을 갖고, CDR2는 서열번호 387로 기재된 아미노산 서열을 가진다. 일부 실시양태에서, TCR은 CDR1, CDR2 및 CDR3을 가진 TCR 알파 구축물을 추가로 포함하고, 이때 CDR1은 서열번호 383으로 기재된 아미노산 서열을 갖고, CDR2는 서열번호 384로 기재된 아미노산 서열을 갖고, CDR3은 서열번호 385로 기재된 아미노산 서열을 가진다. 일부 실시양태에서, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 394로 기재된 아미노산 서열에 대한 적어도 80%, 또는 적어도 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 394로 기재된 아미노산 서열을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, 전술된 TCR은 서열번호 391로 기재된 아미노산 서열에 대한 적어도 80%, 또는 적어도 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하는 TCR 알파 쇄 구축물도 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 391로 기재된 아미노산 서열을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR은 서열번호 396의 아미노산 서열, 또는 서열번호 396에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 서열을 가진 베타 쇄 구축물; 및 서열번호 395의 아미노산 서열, 또는 서열번호 395에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 서열을 가진 알파 쇄 구축물을 포함한다. 본원은 이 단락에 기재된 실시양태들 중 어느 한 실시양태의 재조합 핵산을 포함하는 벡터, 및 본원에 기재된 실시양태들 중 어느 한 실시양태의 재조합 핵산들 중 어느 한 재조합 핵산을 포함하는 세포를 제공한다.
일부 실시양태에서, 이전 단락에 기재된 실시양태의 재조합 핵산에서, HLA A03:01 대립유전자에 의해 코딩된 HLA 항원과 복합체를 형성한, 점 돌연변이 G12C를 포함하는 인간 RAS로부터의 에피토프를 인식하고 이에 결합하는 TCR은 서열번호 100으로 기재된 아미노산 서열을 가진 CDR3을 포함하는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 베타 쇄 구축물은 상보성 결정 영역 1(CDR1) 및 상보성 결정 영역 2(CDR2)를 추가로 포함하고, 이때 CDR1은 서열번호 98로 기재된 아미노산 서열을 갖고, CDR2는 서열번호 99로 기재된 아미노산 서열을 가진다. 일부 실시양태에서, TCR은 CDR1, CDR2 및 CDR3을 가진 TCR 알파 구축물을 추가로 포함하고, 이때 CDR1은 서열번호 95로 기재된 아미노산 서열을 갖고, CDR2는 서열번호 96으로 기재된 아미노산 서열을 갖고, CDR3은 서열번호 97로 기재된 아미노산 서열을 가진다. 일부 실시양태에서, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 106으로 기재된 아미노산 서열에 대한 적어도 80%, 또는 적어도 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 106으로 기재된 아미노산 서열을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, 상기 TCR은 서열번호 103으로 기재된 아미노산 서열에 대한 적어도 80%, 또는 적어도 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하는 TCR 알파 쇄 구축물을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 103으로 기재된 아미노산 서열을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR은 서열번호 108의 아미노산 서열, 또는 서열번호 108에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 서열을 가진 베타 쇄 구축물; 및 서열번호 107의 아미노산 서열, 또는 서열번호 107에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 서열을 가진 알파 쇄 구축물을 포함한다. 본원은 이 단락에 기재된 실시양태들 중 어느 한 실시양태의 재조합 핵산을 포함하는 벡터, 및 본원에 기재된 실시양태들 중 어느 한 실시양태의 재조합 핵산들 중 어느 한 재조합 핵산을 포함하는 세포를 제공한다.
일부 실시양태에서, 에피토프는 8개 내지 25개 아미노산의 길이를 가진다. 일부 실시양태에서, 에피토프는 적어도 하나의 아미노산에 의해 야생형 에피토프와 상이한 돌연변이를 포함한다. 일부 실시양태에서, 에피토프는 상응하는 야생형 에피토프보다 더 큰 친화성으로 인간 MHC에 결합한다. 일부 실시양태에서, 에피토프는 500 nM, 250 nM, 150 nM, 100 nM, 50 nM, 25 nM 또는 10 nM 미만의 KD 또는 IC50으로 인간 MHC에 결합한다. 일부 실시양태에서, 돌연변이는 대상체의 비-암 세포에 존재하지 않는다. 일부 실시양태에서, TCR은 500 nM, 250 nM, 150 nM, 100 nM, 50 nM, 25 nM 또는 10 nM 미만의 KD 또는 IC50으로 MHC-펩타이드 복합체에 결합한다. 일부 실시양태에서, 핵산은 프로모터에 작동 가능하게 연결된다. 일부 실시양태에서, 세포는 CD4+ T 세포이다. 일부 실시양태에서, 세포는 CD8+ T 세포이다. 일부 실시양태에서, 세포는 RAS 돌연변이를 가진 대상체로부터 단리된다.
본원은 (a) 전술된 실시양태들 중 어느 한 실시양태의 핵산; 또는 전술된 실시양태들 중 어느 한 실시양태의 벡터; 또는 전술된 실시양태들 중 어느 한 실시양태의 세포; 및 (b) 약학적으로 허용 가능한 부형제 또는 희석제를 포함하는 약학 조성물을 제공한다. 일부 실시양태에서, 약학 조성물은 면역조절제 또는 아쥬번트(adjuvant)를 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 아쥬번트는 폴리 I:C이다. 일부 실시양태에서, 전술된 실시양태들 중 어느 한 실시양태의 약학 조성물은 면역 질환 또는 암의 치료에 사용하기 위한 것이다.
본원은 질환 또는 질병을 가진 대상체를 치료하는 방법으로서, 전술된 실시양태들 중 어느 한 실시양태의 약학 조성물을 상기 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는 방법을 제공한다. 일부 실시양태에서, 암을 가진 대상체를 치료하는 방법은 전술된 실시양태들 중 어느 한 실시양태의 약학 조성물을 상기 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다.
본원은 치료제를 위한 후보로서 암을 가진 대상체를 확인하는 방법으로서, 상기 대상체를, HLA-A03:01 대립유전자 또는 HLA-A11:01 대립유전자에 의해 코딩된 단백질을 발현하는 대상체로서 확인하는 단계를 포함하는 방법을 제공하고, 이때 상기 치료제는 전술된 실시양태들 중 어느 한 실시양태로부터 선택된 약학 조성물이다.
본원은 인간 MHC와 복합체를 형성한, RAS로부터의 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있는 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함하는 적어도 하나의 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 핵산을 제공하고, 이때 상기 TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 3, 18, 33, 49, 65, 81, 97, 113, 241, 257, 273, 289, 305, 321, 337, 353, 369, 385, 401, 417 및 433으로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 84% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 3(CDR3)을 포함하고/하거나, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 6, 21, 36, 52, 68, 84, 100, 116, 244, 260, 276, 292, 308, 324, 340, 356, 372, 388, 404, 420 및 436으로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 84% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 3(CDR3)을 포함한다.
본원은 인간 MHC와 복합체를 형성한, RAS로부터의 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있는 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함하는 적어도 하나의 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 핵산을 제공하고, 이때 RAS로부터의 상기 에피토프는 서열번호 15, 30, 45, 46, 61, 62, 77, 78, 93, 94, 109, 110, 125, 126, 219 내지 222, 253, 254, 269, 270, 285, 286, 301, 302, 317, 318, 333, 334, 349, 350, 365, 366, 381, 382, 397, 398, 413, 414, 429, 430, 445 및 446으로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 70% 서열 동일성을 가진 영역을 포함한다.
본원은 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함하는 적어도 하나의 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 재조합 핵산을 포함하는 단리된 핵산 또는 세포를 제공하고, 이때 TCR은 HLA-A03:01 대립유전자에 의해 코딩된 인간 MHC와 복합체를 형성한, RAS로부터의 에피토프에 특이적으로 결합한다. 일부 실시양태에서, 알파 쇄 구축물은 서열번호 71, 87, 103, 295, 311, 327, 343, 359 및 391로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고, 이때 TCR은 HLA-A03:01 대립유전자에 의해 코딩된 인간 MHC와 복합체를 형성한, RAS로부터의 에피토프에 특이적으로 결합한다. 일부 실시양태에서, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 74, 90, 106, 298, 314, 330, 346, 362 및 394로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고, 이때 TCR은 HLA-A03:01 대립유전자에 의해 코딩된 인간 MHC와 복합체를 형성한, RAS로부터의 에피토프에 특이적으로 결합한다.
일부 실시양태에서, 전술된 TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 63, 79, 95, 287, 303, 319, 335, 351 및 383으로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 1(CDR1)을 포함한다. 일부 실시양태에서, 전술된 TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 66, 82, 98, 290, 306, 322, 338, 354 및 386으로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 1(CDR1)을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 64, 80, 96, 288, 304, 320, 336, 352 및 384로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 2(CDR2)를 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 67, 83, 99, 291, 307, 323, 339, 355 및 387로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 2(CDR2)를 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 65, 81, 97, 289, 305, 321, 337, 353 및 385로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 3(CDR3)을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 68, 84, 100, 292, 308, 324, 340, 356 및 388로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 3(CDR3)을 포함한다.
본원은 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함하는 적어도 하나의 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 재조합 핵산을 포함하는 단리된 핵산 또는 세포를 제공하고, 이때 TCR은 HLA-A02:01 대립유전자에 의해 코딩된 인간 MHC와 복합체를 형성한, RAS로부터의 에피토프에 특이적으로 결합한다. 일부 실시양태에서, 알파 쇄 구축물은 서열번호 9 및 24로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고, 이때 TCR은 HLA-A02:01 대립유전자에 의해 코딩된 인간 MHC와 복합체를 형성한, RAS로부터의 에피토프에 특이적으로 결합한다. 일부 실시양태에서, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 12 및 27로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고, 이때 TCR은 HLA-A02:01 대립유전자에 의해 코딩된 인간 MHC와 복합체를 형성한, RAS로부터의 에피토프에 특이적으로 결합한다.
일부 실시양태에서, 전술된 TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 1 및 16으로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 1(CDR1)을 포함한다. 일부 실시양태에서, 전술된 TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 4 및 19로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 1(CDR1)을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 2 및 17로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 2(CDR2)를 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 5 및 20으로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 2(CDR2)를 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 3 및 18로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 3(CDR3)을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 6 및 21로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 3(CDR3)을 포함한다.
본원은 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함하는 적어도 하나의 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 재조합 핵산을 포함하는 단리된 핵산 또는 세포를 제공하고, 이때 TCR은 HLA-A11:01 대립유전자에 의해 코딩된 인간 MHC와 복합체를 형성한, RAS로부터의 에피토프에 특이적으로 결합한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 39, 55, 122, 247, 263, 279, 375, 407 및 423으로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고, 이때 TCR은 HLA-A11:01 대립유전자에 의해 코딩된 인간 MHC와 복합체를 형성한, RAS로부터의 에피토프에 특이적으로 결합한다. 일부 실시양태에서, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 42, 58, 125, 250, 266, 282, 378, 413 및 426으로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고, 이때 TCR은 HLA-A11:01 대립유전자에 의해 코딩된 인간 MHC와 복합체를 형성한, RAS로부터의 에피토프에 특이적으로 결합한다.
일부 실시양태에서, 전술된 TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 31, 47, 111, 239, 255, 271, 367, 399 및 415로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 1(CDR1)을 포함한다. 일부 실시양태에서, 전술된 TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 34, 50, 114, 242, 258, 274, 370, 402 및 418로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 1(CDR1)을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 32, 48, 112, 240, 256, 272, 368, 400 및 416으로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 2(CDR2)를 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 35, 51, 115, 243, 259, 275, 371, 403 및 419로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 2(CDR2)를 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 33, 49, 113, 241, 257, 273, 369, 401, 417 및 433으로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 3(CDR3)을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 36, 52, 116, 244, 260, 276, 372, 404 및 420으로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 3(CDR3)을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 9에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 12에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 1의 CDR1, 서열번호 2의 CDR2 및 서열번호 3의 CDR3을 포함하고, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 4의 CDR1, 서열번호 5의 CDR2 및 서열번호 6의 CDR3을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR은 서열번호 13의 서열, 또는 서열번호 13에 대한 적어도 80% 동일성을 가진 서열을 가진 알파 쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR은 서열번호 14의 서열, 또는 서열번호 14에 대한 적어도 80% 동일성을 가진 서열을 가진 베타 쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 24에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 27에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 16의 CDR1, 서열번호 17의 CDR2 및 서열번호 18의 CDR3을 포함하고, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 19의 CDR1, 서열번호 20의 CDR2 및 서열번호 21의 CDR3을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR은 서열번호 28의 서열, 또는 서열번호 28에 대한 적어도 80% 동일성을 가진 서열을 가진 알파 쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR은 서열번호 29의 서열, 또는 서열번호 29에 대한 적어도 80% 동일성을 가진 서열을 가진 베타 쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 39에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 42에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 31의 CDR1, 서열번호 32의 CDR2 및 서열번호 33의 CDR3을 포함하고, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 34의 CDR1, 서열번호 35의 CDR2 및 서열번호 36의 CDR3을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR은 서열번호 43의 서열, 또는 서열번호 43에 대한 적어도 80% 동일성을 가진 서열을 가진 알파 쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR은 서열번호 44의 서열, 또는 서열번호 44에 대한 적어도 80% 동일성을 가진 서열을 가진 베타 쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 55에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 58에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 47의 CDR1, 서열번호 48의 CDR2 및 서열번호 49의 CDR3을 포함하고, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 50의 CDR1, 서열번호 51의 CDR2 및 서열번호 52의 CDR3을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 71에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 74에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 63의 CDR1, 서열번호 64의 CDR2 및 서열번호 65의 CDR3을 포함하고, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 66의 CDR1, 서열번호 67의 CDR2 및 서열번호 68의 CDR3을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR은 서열번호 75의 서열, 또는 서열번호 75에 대한 적어도 80% 동일성을 가진 서열을 가진 알파 쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR은 서열번호 76의 서열, 또는 서열번호 76에 대한 적어도 80% 동일성을 가진 서열을 가진 베타 쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 87에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 90에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 79의 CDR1, 서열번호 80의 CDR2 및 서열번호 81의 CDR3을 포함하고, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 82의 CDR1, 서열번호 83의 CDR2 및 서열번호 84의 CDR3을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR은 서열번호 91의 서열, 또는 서열번호 91에 대한 적어도 80% 동일성을 가진 서열을 가진 알파 쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR은 서열번호 92의 서열, 또는 서열번호 92에 대한 적어도 80% 동일성을 가진 서열을 가진 베타 쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 103에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 106에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 95의 CDR1, 서열번호 96의 CDR2 및 서열번호 97의 CDR3을 포함하고, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 98의 CDR1, 서열번호 99의 CDR2 및 서열번호 100의 CDR3을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR은 서열번호 107의 서열, 또는 서열번호 107에 대한 적어도 80% 동일성을 가진 서열을 가진 알파 쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR은 서열번호 108의 서열, 또는 서열번호 108에 대한 적어도 80% 동일성을 가진 서열을 가진 베타 쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 119에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 122에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 111의 CDR1, 서열번호 112의 CDR2 및 서열번호 113의 CDR3을 포함하고, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 114의 CDR1, 서열번호 115의 CDR2 및 서열번호 116의 CDR3을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR은 서열번호 123의 서열, 또는 서열번호 123에 대한 적어도 80% 동일성을 가진 서열을 가진 알파 쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR은 서열번호 124의 서열, 또는 서열번호 124에 대한 적어도 80% 동일성을 가진 서열을 가진 베타 쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 247에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 250에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 239의 CDR1, 서열번호 240의 CDR2 및 서열번호 241의 CDR3을 포함하고, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 242의 CDR1, 서열번호 243의 CDR2 및 서열번호 244의 CDR3을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR은 서열번호 251의 서열, 또는 서열번호 251에 대한 적어도 80% 동일성을 가진 서열을 가진 알파 쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR은 서열번호 252의 서열, 또는 서열번호 252에 대한 적어도 80% 동일성을 가진 서열을 가진 베타 쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 263에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 266에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 255의 CDR1, 서열번호 256의 CDR2 및 서열번호 257의 CDR3을 포함하고, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 258의 CDR1, 서열번호 259의 CDR2 및 서열번호 260의 CDR3을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR은 서열번호 267의 서열, 또는 서열번호 267에 대한 적어도 80% 동일성을 가진 서열을 가진 알파 쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR은 서열번호 268의 서열, 또는 서열번호 268에 대한 적어도 80% 동일성을 가진 서열을 가진 베타 쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 279에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 282에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 271의 CDR1, 서열번호 272의 CDR2 및 서열번호 273의 CDR3을 포함하고, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 274의 CDR1, 서열번호 275의 CDR2 및 서열번호 276의 CDR3을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR은 서열번호 283의 서열, 또는 서열번호 283에 대한 적어도 80% 동일성을 가진 서열을 가진 알파 쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR은 서열번호 284의 서열, 또는 서열번호 284에 대한 적어도 80% 동일성을 가진 서열을 가진 베타 쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 295에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 298에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 287의 CDR1, 서열번호 288의 CDR2 및 서열번호 289의 CDR3을 포함하고, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 290의 CDR1, 서열번호 291의 CDR2 및 서열번호 292의 CDR3을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR은 서열번호 299의 서열, 또는 서열번호 299에 대한 적어도 80% 동일성을 가진 서열을 가진 알파 쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR은 서열번호 300의 서열, 또는 서열번호 300에 대한 적어도 80% 동일성을 가진 서열을 가진 베타 쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 311에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 314에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 303의 CDR1, 서열번호 304의 CDR2 및 서열번호 305의 CDR3을 포함하고, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 306의 CDR1, 서열번호 307의 CDR2 및 서열번호 308의 CDR3을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR은 서열번호 315의 서열, 또는 서열번호 315에 대한 적어도 80% 동일성을 가진 서열을 가진 알파 쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR은 서열번호 316의 서열, 또는 서열번호 316에 대한 적어도 80% 동일성을 가진 서열을 가진 베타 쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 327에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 330에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 319의 CDR1, 서열번호 320의 CDR2 및 서열번호 321의 CDR3을 포함하고, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 322의 CDR1, 서열번호 323의 CDR2 및 서열번호 324의 CDR3을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR은 서열번호 331의 서열, 또는 서열번호 331에 대한 적어도 80% 동일성을 가진 서열을 가진 알파 쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR은 서열번호 332의 서열, 또는 서열번호 332에 대한 적어도 80% 동일성을 가진 서열을 가진 베타 쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 343에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 346에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 335의 CDR1, 서열번호 336의 CDR2 및 서열번호 337의 CDR3을 포함하고, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 338의 CDR1, 서열번호 339의 CDR2 및 서열번호 340의 CDR3을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR은 서열번호 347의 서열, 또는 서열번호 347에 대한 적어도 80% 동일성을 가진 서열을 가진 알파 쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR은 서열번호 348의 서열, 또는 서열번호 348에 대한 적어도 80% 동일성을 가진 서열을 가진 베타 쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 359에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 362에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 351의 CDR1, 서열번호 352의 CDR2 및 서열번호 353의 CDR3을 포함하고, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 354의 CDR1, 서열번호 355의 CDR2 및 서열번호 356의 CDR3을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR은 서열번호 363의 서열, 또는 서열번호 363에 대한 적어도 80% 동일성을 가진 서열을 가진 알파 쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR은 서열번호 364의 서열, 또는 서열번호 364에 대한 적어도 80% 동일성을 가진 서열을 가진 베타 쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 375에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 378에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 367의 CDR1, 서열번호 368의 CDR2 및 서열번호 369의 CDR3을 포함하고, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 370의 CDR1, 서열번호 371의 CDR2 및 서열번호 372의 CDR3을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR은 서열번호 379의 서열, 또는 서열번호 379에 대한 적어도 80% 동일성을 가진 서열을 가진 알파 쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR은 서열번호 380의 서열, 또는 서열번호 380에 대한 적어도 80% 동일성을 가진 서열을 가진 베타 쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 391에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 394에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 383의 CDR1, 서열번호 384의 CDR2 및 서열번호 385의 CDR3을 포함하고, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 386의 CDR1, 서열번호 387의 CDR2 및 서열번호 388의 CDR3을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR은 서열번호 395의 서열, 또는 서열번호 395에 대한 적어도 80% 동일성을 가진 서열을 가진 알파 쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR은 서열번호 396의 서열, 또는 서열번호 396에 대한 적어도 80% 동일성을 가진 서열을 가진 베타 쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 407에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 410에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 399의 CDR1, 서열번호 400의 CDR2 및 서열번호 401의 CDR3을 포함하고, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 402의 CDR1, 서열번호 403의 CDR2 및 서열번호 404의 CDR3을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR은 서열번호 411의 서열, 또는 서열번호 411에 대한 적어도 80% 동일성을 가진 서열을 가진 알파 쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR은 서열번호 412의 서열, 또는 서열번호 412에 대한 적어도 80% 동일성을 가진 서열을 가진 베타 쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 423에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 426에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 415의 CDR1, 서열번호 416의 CDR2 및 서열번호 417의 CDR3을 포함하고, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 418의 CDR1, 서열번호 419의 CDR2 및 서열번호 420의 CDR3을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR은 서열번호 427의 서열, 또는 서열번호 427에 대한 적어도 80% 동일성을 가진 서열을 가진 알파 쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR은 서열번호 428의 서열, 또는 서열번호 428에 대한 적어도 80% 동일성을 가진 서열을 가진 베타 쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 391에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 394에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다.
본원은 인간 MHC와 복합체를 형성한, TMPRSS2:ERG로부터의 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있는 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함하는 적어도 하나의 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 핵산을 제공하고, 이때 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 144 및 서열번호 147의 서열, 또는 서열번호 144 및 서열번호 147로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 서열을 가진 상보성 결정 영역 3(CDR3)을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR은 서열번호 154의 서열, 또는 서열번호 154에 대한 적어도 80% 동일성을 가진 서열을 가진 알파 쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR은 서열번호 155의 서열, 또는 서열번호 155에 대한 적어도 80% 동일성을 가진 서열을 가진 베타 쇄를 포함한다.
본원은 인간 MHC와 복합체를 형성한, TMPRSS2:ERG로부터의 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있는 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함하는 적어도 하나의 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 핵산을 제공하고, 이때 TMPRSS2:ERG로부터의 에피토프는 서열번호 156의 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 영역을 포함한다.
일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 150에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 153에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물은 각각 서열번호 142의 서열, 또는 서열번호 142에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 서열, 및 서열번호 145의 서열, 또는 서열번호 145에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 서열을 상보성 결정 영역 1(CDR1)을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물은 각각 서열번호 143 또는 서열번호 146에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 2(CDR2)를 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 150의 서열, 또는 서열번호 150에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 서열을 가진 가변 영역을 포함하고, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 153의 서열, 또는 서열번호 153에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 서열을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 142의 CDR1, 서열번호 143의 CDR2 및 서열번호 144의 CDR3을 포함하고, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 145의 CDR1, 서열번호 146의 CDR2 및 서열번호 147의 CDR3을 포함한다.
본원은 인간 MHC와 복합체를 형성한, GATA3으로부터의 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있는 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함하는 적어도 하나의 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 핵산을 제공하고, 이때 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 129, 132, 191, 194, 206 및 209로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 3(CDR3)을 포함한다.
본원은 암을 가진 대상체의 HLA 대립유전자에 의해 코딩된 단백질과 복합체를 형성한 돌연변이체 GATA3 펩타이드에 특이적으로 결합할 수 있는 적어도 하나의 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 핵산을 제공하고, 이때 TCR은 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함한다.
본원은 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함하는 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 재조합 핵산을 포함하는 단리된 핵산 또는 세포를 제공하고, 이때 TCR은 HLA-A02:01, HLA-B07:02 또는 HLA-B08:01 단백질과 복합체를 형성한 돌연변이체 GATA3 펩타이드에 특이적으로 결합하고/하거나, 서열번호 129, 132, 191, 194, 206 또는 209에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 3(CDR3)을 포함하고/하거나, 서열번호 141, 203 또는 218의 서열을 갖거나 이 서열에 대한 적어도 70% 서열 동일성을 가진 서열을 가진 영역을 포함하는 돌연변이체 GATA3 펩타이드에 특이적으로 결합한다.
본원은 인간 MHC와 복합체를 형성한, GATA3으로부터의 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있는 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함하는 적어도 하나의 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 핵산을 제공하고, 이때 GATA3으로부터의 에피토프는 서열번호 141, 203 또는 218의 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 영역을 포함한다.
일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 135, 197 또는 212의 서열; 또는 서열번호 135, 197 또는 212에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 서열을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 138, 200 또는 215의 서열; 또는 서열번호 138, 200 또는 215에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 서열을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 127, 130, 189, 192, 204 및 207로부터 선택된 아미노산 서열을 갖거나 이 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 1(CDR1)을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 128, 131, 190, 193, 205 및 208로부터 선택된 아미노산 서열을 갖거나 이 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 2(CDR2)를 포함한다. 일부 실시양태에서, GATA3 결합 TCR 알파 쇄는 서열번호 135의 서열, 또는 서열번호 135에 대한 적어도 80% 동일성을 가진 서열을 가진 가변 영역을 포함하고, 베타 쇄는 서열번호 138의 서열, 또는 서열번호 138에 대한 적어도 80% 동일성을 가진 서열을 가진 가변 영역을 가진다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 127의 CDR1, 서열번호 128의 CDR2 및 서열번호 129의 CDR3을 포함하고, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 130의 CDR1, 서열번호 131의 CDR2 및 서열번호 132의 CDR3을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR은 서열번호 139의 서열, 또는 서열번호 139에 대한 적어도 80% 동일성을 가진 서열을 가진 알파 쇄를 가진다. 일부 실시양태에서, TCR은 서열번호 140의 서열, 또는 서열번호 140에 대한 적어도 80% 동일성을 가진 서열을 가진 베타 쇄를 가진다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 197의 아미노산 서열을 갖거나 서열번호 197에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 200에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄는 서열번호 201의 서열, 또는 서열번호 201에 대한 적어도 80% 동일성을 가진 서열을 가진다. 일부 실시양태에서, TCR 베타 쇄는 서열번호 202의 서열, 또는 서열번호 202에 대한 적어도 80% 동일성을 가진 서열을 가진다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 189의 CDR1, 서열번호 190의 CDR2 및 서열번호 191의 CDR3을 포함하고, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 192의 CDR1, 서열번호 193의 CDR2 및 서열번호 194의 CDR3을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 212에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 215에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 204의 CDR1, 서열번호 205의 CDR2 및 서열번호 206의 CDR3을 포함하고, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 207의 CDR1, 서열번호 208의 CDR2 및 서열번호 209의 CDR3을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR은 서열번호 216의 서열 또는 서열번호 216에 대한 적어도 80% 동일성을 가진 서열을 가진 알파 쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR은 서열번호 217의 서열 또는 서열번호 217에 대한 적어도 80% 동일성을 가진 서열을 가진 베타 쇄를 포함한다.
본원은 인간 MHC와 복합체를 형성한, BTK로부터의 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있는 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함하는 적어도 하나의 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 핵산을 제공하고, 이때 TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 161 및 서열번호 176으로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 3(CDR3)을 포함하거나, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 164 및 서열번호 179로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 3(CDR3)을 포함한다.
본원은 암을 가진 대상체의 HLA 대립유전자에 의해 코딩된 단백질과 복합체를 형성한 돌연변이체 BTK 펩타이드에 특이적으로 결합할 수 있는 적어도 하나의 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 핵산을 제공하고, 이때 TCR은 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함한다.
본원은 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함하는 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 재조합 핵산을 포함하는 단리된 핵산 또는 세포를 제공하고, 이때 TCR은 HLA-A02:01 단백질과 복합체를 형성한 돌연변이체 BTK 펩타이드에 특이적으로 결합하고/하거나, 서열번호 161, 164, 176 또는 179에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 3(CDR3)을 포함하고/하거나, 서열번호 173 또는 188에 대한 적어도 70% 서열 동일성을 가진 영역을 포함하는 돌연변이체 BTK 펩타이드에 특이적으로 결합한다.
본원은 인간 MHC와 복합체를 형성한, BTK로부터의 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있는 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함하는 적어도 하나의 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 핵산을 제공하고, 이때 BTK로부터의 에피토프는 서열번호 173 또는 188의 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 영역을 포함한다.
일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 167 또는 182에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 170 또는 185에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 159, 162, 174 및 177로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 1(CDR1)을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 160, 163, 175 및 178로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 2(CDR2)를 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 167 또는 182에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 170 또는 185에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 159 또는 174의 CDR1, 서열번호 160 또는 175의 CDR2, 및 서열번호 161 또는 176의 CDR3을 포함하고, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 162 또는 177의 CDR1, 서열번호 163 또는 178의 CDR2, 및 서열번호 164 또는 179의 CDR3을 포함한다.
본원은 인간 MHC와 복합체를 형성한, EGFR로부터의 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있는 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함하는 적어도 하나의 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 핵산을 제공하고, 이때 TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 449, 서열번호 466, 서열번호 483, 서열번호 500 및 서열번호 517로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 3(CDR3)을 포함하거나, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 452, 서열번호 469, 서열번호 486, 서열번호 503 및 서열번호 520으로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 3(CDR3)을 포함한다.
본원은 암을 가진 대상체의 HLA 대립유전자에 의해 코딩된 단백질과 복합체를 형성한 돌연변이체 EGFR 펩타이드에 특이적으로 결합할 수 있는 적어도 하나의 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 핵산을 제공하고, 이때 TCR은 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함한다.
본원은 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함하는 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 재조합 핵산을 포함하는 단리된 핵산 또는 세포를 제공하고, 이때 TCR은 HLA-A02:01 단백질과 복합체를 형성한 돌연변이체 EGFR 펩타이드에 특이적으로 결합하고/하거나, 서열번호 449, 466, 483, 500, 517, 452, 469, 486, 503 또는 520의 서열, 또는 이 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 서열을 가진 상보성 결정 영역 3(CDR3)을 포함하고/하거나, 서열번호 461, 462, 463, 478, 479, 480, 495, 496, 497, 512, 513, 514, 529, 530 또는 531의 서열을 갖거나 이 서열에 대한 적어도 70% 서열 동일성을 가진 서열을 가진 영역을 포함하는 돌연변이체 EGFR 펩타이드에 특이적으로 결합한다.
본원은 인간 MHC와 복합체를 형성한, EGFR로부터의 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있는 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함하는 적어도 하나의 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 핵산을 제공하고, 이때 EGFR로부터의 에피토프는 서열번호 461, 462, 463, 478, 479, 480, 495, 496, 497, 512, 513, 514, 529, 530 또는 531의 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 영역을 포함한다.
일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 449, 466, 483, 500 또는 517의 서열, 또는 이 서열에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 서열을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 452, 469, 486, 503 또는 520의 서열, 또는 이 서열에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 서열을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 447, 464, 481, 498, 515, 450, 467, 484, 501 및 518로부터 선택된 아미노산 서열, 또는 이 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 서열을 가진 상보성 결정 영역 1(CDR1)을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 448, 465, 482, 499, 516, 451, 468, 485, 502 및 519로부터 선택된 아미노산 서열, 또는 이 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 서열을 가진 상보성 결정 영역 2(CDR2)를 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 455, 472, 489, 506 또는 523의 서열, 또는 이 서열에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 서열을 가진 가변 영역을 포함하고, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 458, 475, 492, 509 또는 526의 서열, 또는 이 서열에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 서열을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 447, 464, 481, 498 또는 515의 CDR1, 서열번호 448, 465, 482, 499 또는 516의 CDR2, 및 서열번호 449, 466, 483, 500 또는 517의 CDR3을 포함하고, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 450, 467, 484, 501 또는 518의 CDR1, 서열번호 451, 468, 485, 502 또는 519의 CDR2, 및 서열번호 452, 469, 486, 503 또는 520의 CDR3을 포함한다.
일부 실시양태에서, 에피토프는 점 돌연변이, 스플라이스 부위 돌연변이, 프레임시프트(frameshift) 돌연변이, 리드-쓰루(read-through) 돌연변이, 내성 돌연변이, 유전자 융합 돌연변이 및 이들의 임의의 조합으로 구성된 군으로부터 선택된 돌연변이를 포함한다. 일부 실시양태에서, 인간 MHC는 HLA-A02:01 대립유전자, 또는 HLA-A03:01 대립유전자 또는 HLA-A11:01 대립유전자에 의해 코딩된다. 일부 실시양태에서, RAS 에피토프는 점 돌연변이를 포함한다. 일부 실시양태에서, 점 돌연변이는 G12V 돌연변이이다. 일부 실시양태에서, 점 돌연변이는 G12C 돌연변이이다. 일부 실시양태에서, 점 돌연변이는 G12D 돌연변이이다. 일부 실시양태에서, 인간 MHC는 HLA-A02:01 대립유전자에 의해 코딩된다. 일부 실시양태에서, TMPRSS2:ERG 에피토프는 유전자 융합 돌연변이를 포함한다. 일부 실시양태에서, 인간 MHC는 HLA-A02:01, HLA-B07:02 또는 HLA-B08:01 대립유전자에 의해 코딩된다. 일부 실시양태에서, 에피토프는 프레임시프트 돌연변이를 포함한다. 일부 실시양태에서, 인간 MHC는 HLA-A02:01 대립유전자에 의해 코딩된다. 일부 실시양태에서, BTK 에피토프는 점 돌연변이를 포함한다. 일부 실시양태에서, 점 돌연변이는 C481S 돌연변이이다. 일부 실시양태에서, 인간 MHC는 HLA-A02:01 대립유전자에 의해 코딩된다. 일부 실시양태에서, EGFR 에피토프는 점 돌연변이를 포함한다. 일부 실시양태에서, 점 돌연변이는 T790M이다.
일부 실시양태에서, 에피토프는 적어도 8개 아미노산의 길이를 가진다. 일부 실시양태에서, 에피토프는 적어도 16개 아미노산의 길이를 가진다. 일부 실시양태에서, 에피토프는 8개 내지 25개 아미노산의 길이를 가진다. 일부 실시양태에서, 에피토프는 8개 내지 12개 아미노산의 길이를 가진다. 일부 실시양태에서, 에피토프는 16개 내지 25개 아미노산의 길이를 가진다. 일부 실시양태에서, 에피토프는 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개 또는 25개 아미노산의 길이를 가진다.
일부 실시양태에서, 에피토프는 상응하는 야생형 에피토프보다 더 큰 친화성으로 인간 MHC에 결합한다. 일부 실시양태에서, 에피토프는 500 nM, 250 nM, 150 nM, 100 nM, 50 nM, 25 nM 또는 10 nM 미만의 KD 또는 IC50으로 인간 MHC에 결합한다.
일부 실시양태에서, 돌연변이는 대상체의 비-암 세포에 존재하지 않는다. 일부 실시양태에서, 에피토프는 대상체의 암 세포의 유전자 또는 발현된 유전자에 의해 코딩된다.
일부 실시양태에서, TCR은 500 nM, 250 nM, 150 nM, 100 nM, 50 nM, 25 nM 또는 10 nM 미만의 KD 또는 IC50으로 MHC-펩타이드 복합체에 결합한다.
일부 실시양태에서, 핵산은 프로모터에 작동 가능하게 연결된다.
본원은 본원에 기재된 핵산을 포함하는 벡터를 제공한다. 일부 실시양태에서, 벡터는 자가 증폭 RNA 레플리콘, 플라스미드, 파지, 트랜스포존, 코스미드, 바이러스 또는 비리온이다. 일부 실시양태에서, 벡터는 바이러스 벡터이다. 일부 실시양태에서, 벡터는 레트로바이러스, 렌티바이러스, 아데노바이러스, 아데노 관련 바이러스, 헤르페스 바이러스, 폭스 바이러스, 알파 바이러스, 백시니아 바이러스, B형 간염 바이러스, 인간 유두종바이러스 또는 이의 슈도타입으로부터 유래한다. 일부 실시양태에서, 벡터는 비-바이러스 벡터이다. 일부 실시양태에서, 비-바이러스 벡터는 나노입자, 양이온성 지질, 양이온성 중합체, 금속성 나노중합체, 나노막대, 리포좀, 마이셀, 마이크로버블, 세포 침투 펩타이드 또는 리포스피어이다.
본원은 전술된 단락들 중 어느 한 단락의 핵산에 의해 코딩된 단백질을 제공한다.
본원은 전술된 핵산, 전술된 벡터 또는 전술된 단백질을 포함하는 숙주 세포를 제공한다. 일부 실시양태에서, 숙주 세포는 CD4+ T 세포이다. 일부 실시양태에서, 숙주 세포는 CD8+ T 세포이다. 일부 실시양태에서, 숙주 세포는 자가 세포이다. 일부 실시양태에서, 숙주 세포는 동종이계 세포이다. 일부 실시양태에서, 숙주 세포는 천연 킬러 세포, B 세포 또는 불멸화된 세포주이다. 일부 실시양태에서, 숙주 세포는 인간 세포이다.
본원은 본원에 기재된 핵산, 본원에 기재된 벡터, 본원에 기재된 단백질 또는 본원에 기재된 숙주 세포; 및 약학적으로 허용 가능한 부형제 또는 희석제를 포함하는 약학 조성물을 제공한다. 일부 실시양태에서, 약학 조성물은 면역조절제 또는 아쥬번트를 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 약학 조성물 중의 면역조절제는 사이토카인이다. 일부 실시양태에서, 약학 조성물 중의 아쥬번트는 폴리 I:C이다. 일부 실시양태에서, 약학 조성물은 면역 질환 또는 암을 치료하는 데 사용하기 위한 것이다.
본원은 면역 질환 또는 암을 치료하기 위한, 전술된 약학 조성물의 용도를 제공한다.
본원은 면역 질환 또는 암 치료용 의약의 제조를 위한, 본원에 기재된 벡터, 본원에 기재된 단백질 또는 본원에 기재된 숙주 세포를 제공한다. 일부 실시양태에서, 의약은 입양 T 세포 요법 또는 TCR 유전자 요법이다.
본원은 질환 또는 질병을 가진 대상체를 치료하는 방법으로서, 본원에 개시된 약학 조성물을 상기 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는 방법을 제공한다.
본원은 암을 가진 대상체를 치료하는 방법으로서, 본원에 개시된 약학 조성물을 상기 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는 방법을 제공한다.
본원은 암을 가진 대상체를 치료하는 방법으로서, 약학 조성물을 상기 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는 방법을 제공한다. 일부 실시양태에서, 상기 대상체는 대상체의 게놈의 HLA-A02:01 대립유전자, HLA-B07:02, HLA-B08:01, HLA-A03:01 대립유전자, HLA-A11:01 대립유전자, HLA-A03:02 대립유전자, HLA-A30:01 대립유전자, HLA-A31:01 대립유전자, HLA-A33:01 대립유전자, HLA-A33:03 대립유전자, HLA-A68:01 대립유전자 또는 HLA-A74:01 대립유전자에 의해 코딩된 단백질을 발현하는 것으로서 확인되거나 발현한다.
본원은 암을 가진 대상체를 치료하는 방법으로서, TCR 또는 TCR을 발현하는 T 세포를 상기 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는 방법을 제공하고, 이때 TCR은 HLA-A02:01, HLA-A03:01 대립유전자, HLA-A11:01 대립유전자, HLA-A03:02 대립유전자, HLA-A30:01 대립유전자, HLA-A31:01 대립유전자, HLA-A33:01 대립유전자, HLA-A33:03 대립유전자, HLA-A68:01 대립유전자 또는 HLA-A74:01에 의해 코딩된 단백질과 복합체를 형성한 돌연변이체 RAS 펩타이드에 특이적으로 결합하고, 상기 대상체는 HLA-A03:01 대립유전자, HLA-A11:01 대립유전자, HLA-A03:02 대립유전자, HLA-A30:01 대립유전자, HLA-A31:01 대립유전자, HLA-A33:01 대립유전자, HLA-A33:03 대립유전자, HLA-A68:01 대립유전자 또는 HLA-A74:01 대립유전자에 의해 코딩된 단백질을 발현하는 것으로서 확인되거나 발현하고, 상기 대상체는 HLA 대립유전자를 발현한다.
본원은 암을 가진 대상체를 치료하는 방법으로서, 본원에 기재된 약학 조성물을 상기 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는 방법을 제공하고, 이때 TCR은 HLA-A02:01, HLA-A03:01 대립유전자, HLA-A11:01 대립유전자, HLA-A03:02 대립유전자, HLA-A30:01 대립유전자, HLA-A31:01 대립유전자, HLA-A33:01 대립유전자, HLA-A33:03 대립유전자, HLA-A68:01 대립유전자 또는 HLA-A74:01과 복합체를 형성한, G12에서 돌연변이를 포함하는 돌연변이체 RAS 펩타이드에 결합하고, 상기 대상체는 HLA-A03:01 대립유전자, HLA-A11:01 대립유전자, HLA-A03:02 대립유전자, HLA-A30:01 대립유전자, HLA-A31:01 대립유전자, HLA-A33:01 대립유전자, HLA-A33:03 대립유전자, HLA-A68:01 대립유전자 또는 HLA-A74:01 대립유전자에 의해 코딩된 단백질을 발현하는 것으로서 확인된다.
본원은 암을 가진 대상체를 치료하는 방법으로서, HLA 단백질과 복합체를 형성한 돌연변이체 GATA3 펩타이드에 특이적인 T 세포 수용체(TCR)를 포함하는 조성물을 상기 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는 방법을 제공하고, 이때 돌연변이체 GATA3 펩타이드는 적어도 하나의 돌연변이체 아미노산을 포함하고 암 세포의 GATA3 유전자 내의 돌연변이로부터 비롯된 돌연변이체 GATA3 단백질의 적어도 8개의 인접 아미노산들의 단편이고, 돌연변이체 GATA3 펩타이드는 HLA-A02:01, HLA-B07:02 또는 HLA-B08:01 대립유전자에 의해 코딩된 단백질에 결합한다.
본원은 암을 가진 대상체를 치료하는 방법으로서, HLA 단백질과 복합체를 형성한 돌연변이체 GATA3 펩타이드에 특이적인 T 세포 수용체(TCR)를 포함하는 조성물을 상기 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는 방법을 제공하고, 이때 돌연변이체 GATA3 펩타이드는 GATA3 neoORF 서열에 의해 코딩된 하나 이상의 돌연변이체 GATA3 아미노산을 포함하고, 돌연변이체 GATA3 펩타이드는 HLA-A02:01, HLA-B07:02 또는 HLA-B08:01 대립유전자에 의해 코딩된 단백질에 결합한다.
본원은 암을 가진 대상체를 치료하는 방법으로서, TCR 또는 TCR을 발현하는 T 세포를 상기 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는 방법을 제공하고, 이때 TCR은 HLA-A02:01, HLA-B07:02 또는 HLA-B08:01 대립유전자에 의해 코딩된 단백질과 복합체를 형성한 돌연변이체 GATA3 펩타이드에 특이적으로 결합하고, 상기 대상체는 HLA-A02:01, HLA-B07:02 또는 HLA-B08:01 대립유전자에 의해 코딩된 단백질을 발현하는 것으로서 확인되거나 발현한다.
본원은 암을 가진 대상체를 치료하는 방법으로서, HLA 단백질과 복합체를 형성한 돌연변이체 TMPRSS2:ERG 펩타이드에 특이적인 T 세포 수용체(TCR)를 포함하는 조성물을 상기 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는 방법을 제공하고, 이때 돌연변이체 TMPRSS2:ERG 펩타이드는 적어도 하나의 돌연변이체 아미노산을 포함하고 TMPRSS2:ERG 유전자 융합 돌연변이의 단편이고, 돌연변이체 TMPRSS2:ERG 펩타이드는 HLA-A02:01 대립유전자에 의해 코딩된 단백질에 결합한다.
본원은 암을 가진 대상체를 치료하는 방법으로서, HLA 단백질과 복합체를 형성한 돌연변이체 BTK 펩타이드에 특이적인 T 세포 수용체(TCR)를 포함하는 조성물을 상기 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는 방법을 제공하고, 이때 돌연변이체 BTK 펩타이드는 적어도 하나의 돌연변이체 아미노산을 포함하고, 돌연변이체 BTK 펩타이드는 HLA-A02:01 대립유전자에 의해 코딩된 단백질에 결합한다.
본원은 암을 가진 대상체를 치료하는 방법으로서, HLA 단백질과 복합체를 형성한 돌연변이체 BTK 펩타이드에 특이적인 T 세포 수용체(TCR)를 포함하는 조성물을 상기 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는 방법을 제공하고, 이때 돌연변이체 BTK 펩타이드는 내성 돌연변이 또는 점 돌연변이를 포함하고, 돌연변이체 BTK 펩타이드는 HLA-A02:01 대립유전자에 의해 코딩된 단백질에 결합한다.
본원은 HLA 단백질과 복합체를 형성한 돌연변이체 BTK 펩타이드에 특이적인 T 세포 수용체(TCR)를 포함하는 조성물을 상기 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는 방법을 제공하고, 이때 돌연변이체 BTK 펩타이드는 C481S 돌연변이를 포함하고, 돌연변이체 BTK 펩타이드는 HLA-A02:01 대립유전자에 의해 코딩된 단백질에 결합한다.
본원은 암을 가진 대상체를 치료하는 방법으로서, T 세포 수용체(TCR) 또는 TCR을 발현하는 T 세포를 포함하는 조성물을 상기 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는 방법을 제공하고, 이때 TCR은 HLA-A02:01에 의해 코딩된 단백질과 복합체를 형성한 돌연변이체 EGFR 펩타이드에 특이적으로 결합하고, 돌연변이체 EGFR 펩타이드는 내성 돌연변이 또는 점 돌연변이를 포함하고, 상기 대상체는 HLA-A02:01 대립유전자에 의해 코딩된 단백질을 발현하는 것으로서 확인되거나 발현한다. 일부 실시양태에서, 돌연변이체 EGFR 펩타이드는 T790M 돌연변이를 포함한다.
본원은 암 요법에 대한 내성을 예방하는 방법으로서, 본원에 기재된 약학 조성물을, 이러한 예방을 필요로 하는 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는 방법을 제공한다.
본원은 면역 반응을 유도하는 방법으로서, 본원에 기재된 약학 조성물을, 이러한 유도를 필요로 하는 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는 방법을 제공한다.
본원은 치료제를 위한 후보로서 암을 가진 대상체를 확인하는 방법으로서, 상기 대상체를, HLA-A02:01 대립유전자, HLA-A03:01 대립유전자, HLA-A11:01 대립유전자, HLA-A03:02 대립유전자, HLA-A30:01 대립유전자, HLA-A31:01 대립유전자, HLA-A33:01 대립유전자, HLA-A33:03 대립유전자, HLA-A68:01 대립유전자 또는 HLA-A74:01 대립유전자에 의해 코딩된 단백질을 발현하는 대상체로서 확인하는 단계를 포함하는 방법을 제공하고, 이때 상기 치료제는 본원에 기재된 약학 조성물이다.
본원은 치료제를 위한 후보로서 암을 가진 대상체를 확인하는 방법으로서, 상기 대상체를, HLA-A02:01, HLA-B07:02 또는 HLA-B08:01 대립유전자에 의해 코딩된 단백질을 발현하는 대상체로서 확인하는 단계를 포함하는 방법을 제공하고, 이때 상기 치료제는 HLA 단백질과 복합체를 형성한 돌연변이체 GATA3 펩타이드에 특이적인 T 세포 수용체(TCR)를 포함하고, 상기 돌연변이체 GATA3 펩타이드는 적어도 하나의 돌연변이체 아미노산을 포함하고 암 세포의 GATA3 유전자 내의 돌연변이로부터 비롯된 돌연변이체 GATA3 단백질의 적어도 8개의 인접 아미노산들의 단편이고, 돌연변이체 GATA3 펩타이드는 HLA-A02:01, HLA-B07:02 또는 HLA-B08:01 대립유전자에 의해 코딩된 단백질에 결합한다.
본원은 치료제를 위한 후보로서 암을 가진 대상체를 확인하는 방법으로서, 상기 대상체를, HLA-A03:01 대립유전자, HLA-A11:01 대립유전자, HLA-A03:02 대립유전자, HLA-A30:01 대립유전자, HLA-A31:01 대립유전자, HLA-A33:01 대립유전자, HLA-A33:03 대립유전자, HLA-A68:01 대립유전자 또는 HLA-A74:01 대립유전자에 의해 코딩된 단백질을 발현하는 대상체로서 확인하는 단계를 포함하는 방법을 제공하고, 이때 상기 치료제는 HLA 단백질과 복합체를 형성한, G12에서 돌연변이를 포함하는 돌연변이체 RAS 펩타이드에 특이적인 T 세포 수용체(TCR)를 포함하고, 상기 돌연변이체 RAS 펩타이드는 HLA-A03:01 대립유전자, HLA-A11:01 대립유전자, HLA-A03:02 대립유전자, HLA-A30:01 대립유전자, HLA-A31:01 대립유전자, HLA-A33:01 대립유전자, HLA-A33:03 대립유전자, HLA-A68:01 대립유전자 또는 HLA-A74:01 대립유전자에 의해 코딩된 단백질에 결합한다.
본원은 치료제를 위한 후보로서 암을 가진 대상체를 확인하는 방법으로서, 상기 대상체를, HLA-A02:01 대립유전자에 의해 코딩된 단백질을 발현하는 대상체로서 확인하는 단계를 포함하는 방법을 제공하고, 이때 상기 치료제는 HLA 단백질과 복합체를 형성한 돌연변이체 TMPRSS2:ERG 펩타이드에 특이적인 T 세포 수용체(TCR)를 포함하고, 상기 돌연변이체 TMPRSS2:ERG 펩타이드는 적어도 하나의 돌연변이체 아미노산을 포함하고 TMPRSS2:ERG 유전자 융합 돌연변이의 단편이고, 상기 돌연변이체 TMPRSS2:ERG 펩타이드는 HLA-A02:01 대립유전자에 의해 코딩된 단백질에 결합한다.
본원은 치료제를 위한 후보로서 암을 가진 대상체를 확인하는 방법으로서, 상기 대상체를, HLA-A02:01 대립유전자에 의해 코딩된 단백질을 발현하는 대상체로서 확인하는 단계를 포함하는 방법을 제공하고, 이때 상기 치료제는 HLA 단백질과 복합체를 형성한 돌연변이체 BTK 펩타이드에 특이적인 T 세포 수용체(TCR)를 포함하고, 상기 돌연변이체 BTK 펩타이드는 적어도 하나의 돌연변이체 아미노산을 포함하고, 상기 돌연변이체 BTK 펩타이드는 HLA-A02:01 대립유전자에 의해 코딩된 단백질에 결합한다.
본원은 치료제를 위한 후보로서 암을 가진 대상체를 확인하는 방법으로서, 상기 대상체를, HLA-A02:01 대립유전자에 의해 코딩된 단백질을 발현하는 대상체로서 확인하는 단계를 포함하는 방법을 제공하고, 이때 상기 치료제는 HLA 단백질과 복합체를 형성한 돌연변이체 BTK 펩타이드에 특이적인 T 세포 수용체(TCR)를 포함하고, 상기 돌연변이체 BTK 펩타이드는 내성 돌연변이 또는 점 돌연변이를 포함하고, 상기 돌연변이체 BTK 펩타이드는 HLA-A02:01 대립유전자에 의해 코딩된 단백질에 결합한다.
본원은 치료제를 위한 후보로서 암을 가진 대상체를 확인하는 방법으로서, 상기 대상체를, HLA-A02:01 대립유전자에 의해 코딩된 단백질을 발현하는 대상체로서 확인하는 단계를 포함하는 방법을 제공하고, 이때 상기 치료제는 HLA 단백질과 복합체를 형성한 돌연변이체 BTK 펩타이드에 특이적인 T 세포 수용체(TCR)를 포함하고, 상기 돌연변이체 BTK 펩타이드는 C481S 돌연변이를 포함하고, 상기 돌연변이체 BTK 펩타이드는 HLA-A02:01 대립유전자에 의해 코딩된 단백질에 결합한다.
본원은 치료제를 위한 후보로서 암을 가진 대상체를 확인하는 방법으로서, 상기 대상체를, HLA-A02:01 대립유전자에 의해 코딩된 단백질을 발현하는 대상체로서 확인하는 단계를 포함하는 방법을 제공하고, 이때 상기 치료제는 HLA 단백질과 복합체를 형성한 돌연변이체 EGFR 펩타이드에 특이적인 T 세포 수용체(TCR)를 포함하고, 상기 돌연변이체 EGFR 펩타이드는 적어도 하나의 돌연변이체 아미노산 T790M을 포함하고, 상기 돌연변이체 EGFR 펩타이드는 HLA-A02:01 대립유전자에 의해 코딩된 단백질에 결합한다.
일부 실시양태에서, 암은 유방암, 폐암, 비-소세포 폐암, 췌장암, 대장암, 자궁암, 흑색종, 난소암, 전립선암, 자궁내막암, 만성 림프구성 백혈병(CLL) 및 간암으로 구성된 군으로부터 선택된다. 일부 실시양태에서, 대상체는 항-에스트로겐 요법에 대한 내성을 가진 유방암, MSI 유방암, 전이성 유방암, Her2 음성 유방암, Her2 양성 유방암, ER 음성 유방암, ER 양성 유방암, 재발성 유방암, 전이성 유방암 또는 이들의 임의의 조합을 가진다. 일부 실시양태에서, 유방암은 돌연변이를 가진 에스트로겐 수용체를 발현한다.
일부 실시양태에서, 대상체는 항-에스트로겐 요법에 대한 내성을 나타내는 유방암을 가진다. 일부 실시양태에서, 유방암은 돌연변이를 가진 에스트로겐 수용체를 발현한다. 일부 실시양태에서, 대상체는 이브루티닙(ibrutinib) 요법에 대한 내성을 나타내는 CLL을 가진다. 일부 실시양태에서, CLL은 돌연변이, 예컨대, C481S 돌연변이를 가진 브루톤(Bruton) 티로신 키나제(BTK)를 발현한다. 일부 실시양태에서, 대상체는 티로신 키나제 억제제에 대한 내성을 나타내는 폐암을 가진다. 일부 실시양태에서, 폐암은 돌연변이, 예컨대, T790M, L792F 또는 C797S 돌연변이를 가진 표피 성장 인자 수용체(EGFR)를 발현한다.
일부 실시양태에서, 면역 반응이 대상체에서 유발된다. 일부 실시양태에서, 면역 반응은 체액성 반응이다. 일부 실시양태에서, 면역 반응은 세포독성 T 세포 반응이다.
일부 실시양태에서, 방법은 적어도 하나의 추가 치료제 또는 치료법을 투여하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 적어도 하나의 추가 치료제 또는 치료법은 수술, 체크포인트 억제제, 항체 또는 이의 단편, 화학치료제, 방사선, 백신, 소분자, T 세포, 벡터, 및 APC, 폴리뉴클레오타이드, 종양용해성 바이러스 또는 이들의 임의의 조합이다. 일부 실시양태에서, 적어도 하나의 추가 치료제는 항-PD-1 작용제 및 항-PD-L1 작용제, 항-CTLA-4 작용제, 또는 항-CD40 작용제이다. 일부 실시양태에서, 추가 치료제는 본원에 기재된 약학 조성물의 투여 전에, 투여와 동시에, 또는 투여 후에 투여된다.
일부 실시양태에서, 투여는 피하 또는 정맥내 투여를 포함한다.
일부 실시양태에서, 대상체는 CDK 4/6 억제제와 병용된 내분비 요법 후 질환 진행을 가진 대상체이다.
본원은 T 세포 집단을 포함하는 샘플로부터 네오항원 특이적 T 세포를 확인하는 단계; 항원 제시 세포(APC)에 의해 제시된 펩타이드-MHC 복합체의 하나 이상의 펩타이드를 확인하는 단계; 네오항원 특이적 T 세포로부터 T 세포 수용체(TCR)의 가변 서열을 확인하는 단계; TCR 세포에서 확인된 TCR의 가변 서열을 포함하는 재조합 TCR을 발현시키는 단계; 및 기능 어세이를 수행하는 단계를 포함하는 방법을 제공하고, 이때 상기 기능 어세이는 TCR 세포를, 확인된 하나 이상의 펩타이드들 중 한 펩타이드를 포함하는 펩타이드-MHC 복합체와 접촉시키는 단계를 포함한다.
일부 실시양태에서, 방법은 네오항원 특이적 T 세포를 포함하는 세포 집단을 포함하는 샘플을 수득하는 단계를 포함한다. 일부 실시양태에서, 샘플을 수득하는 단계는 건강한 대상체 또는 암을 가진 대상체로부터 T 세포 샘플을 수득하는 단계를 포함한다. 일부 실시양태에서, T 세포 샘플은 건강한 기증자로부터 유래한다. 일부 실시양태에서, T 세포 샘플은 말초 혈액 단핵 세포(PBMC) 샘플이다.
일부 실시양태에서, 네오항원 특이적 T 세포를 확인하는 단계는 T 세포 집단을, 네오항원 펩타이드를 포함하는 적어도 하나의 펩타이드-MHC 다량체 복합체와 접촉시키는 단계를 포함한다. 일부 실시양태에서, 네오항원 특이적 T 세포를 확인하는 단계는 T 세포 집단을, 네오항원 펩타이드를 포함하는 펩타이드-MHC 복합체와 접촉시키는 단계를 포함한다. 일부 실시양태에서, 네오항원 특이적 T 세포를 확인하는 단계는 T 세포 집단을, 펩타이드-MHC 복합체를 포함하는 APC와 접촉시키는 단계를 포함한다. 일부 실시양태에서, 네오항원 특이적 T 세포를 확인하는 단계는 펩타이드-MHC 복합체에 특이적인 T 세포 집단의 T 세포를 단리하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 네오항원 특이적 T 세포를 확인하는 단계는 TCR 클론성에 근거하여 펩타이드-MHC 복합체에 특이적인 T 세포 집단의 T 세포를 확인하거나 예측하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 네오항원 특이적 T 세포로부터 TCR의 가변 서열을 확인하는 단계는 네오항원 특이적 T 세포를 확인하기 전에 수행된다. 일부 실시양태에서, 네오항원 특이적 T 세포로부터 TCR의 가변 서열을 확인하는 단계는 상기 가변 서열을 코딩하는 하나 이상의 네오항원 특이적 T 세포로부터 DNA, RNA 또는 이의 증폭된 생성물을 시퀀싱하는 단계를 포함한다. 일부 실시양태에서, 네오항원 특이적 T 세포로부터 TCR의 가변 서열을 확인하는 단계는 가변 서열을 코딩하는 단일 네오항원 특이적 T 세포로부터 DNA, RNA 또는 이의 증폭된 생성물을 시퀀싱하는 단계를 포함한다. 일부 실시양태에서, 네오항원 특이적 T 세포로부터 TCR의 가변 서열을 확인하는 단계는 상기 가변 서열을 코딩하는 하나 이상의 네오항원 특이적 T 세포로부터 바코딩된 DNA 또는 바코딩된 RNA, 또는 이의 증폭된 생성물을 시퀀싱하는 단계를 포함한다. 일부 실시양태에서, 네오항원 특이적 T 세포로부터 TCR의 가변 서열을 확인하는 단계는 TCR 알파 쇄를 TCR 베타 쇄와 페어링시키는 단계를 포함한다.
일부 실시양태에서, 재조합 TCR을 발현시키는 단계는 확인된 가변 서열을 코딩하는 서열을 포함하는 폴리뉴클레오타이드로부터 확인된 가변 서열을 발현시키는 단계를 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리뉴클레오타이드는 벡터이다. 일부 실시양태에서, 벡터는 바이러스 벡터이다. 일부 실시양태에서, 바이러스 벡터는 렌티바이러스 벡터이다. 일부 실시양태에서, 재조합 TCR을 발현시키는 단계는 폴리뉴클레오타이드를 세포 내로 형질도입하거나 형질감염시키는 단계를 포함한다. 일부 실시양태에서, 세포는 T 세포주 또는 건강한 기증자 PMBC이다.
일부 실시양태에서, APC에 의해 제시된 펩타이드-MHC 복합체의 하나 이상의 펩타이드를 확인하는 단계는 세포에서 상기 하나 이상의 펩타이드를 발현시키는 단계를 포함한다. 일부 실시양태에서, APC에 의해 제시된 펩타이드-MHC 복합체의 하나 이상의 펩타이드를 확인하는 단계는 상기 하나 이상의 펩타이드를 세포의 MHC 상에 로딩하는 단계를 포함한다. 일부 실시양태에서, APC에 의해 제시된 펩타이드-MHC 복합체의 하나 이상의 펩타이드를 확인하는 단계는 펩타이드-MHC 복합체로부터 상기 하나 이상의 펩타이드들 중 한 펩타이드를 용출시키거나 단리하는 단계를 포함한다. 일부 실시양태에서, APC에 의해 제시된 펩타이드-MHC 복합체의 하나 이상의 펩타이드를 확인하는 단계는 펩타이드-MHC 복합체로부터 단리되거나 용출된 상기 하나 이상의 펩타이드들 중 한 펩타이드에 대한 질량 분광분석을 수행하는 단계를 포함한다. 일부 실시양태에서, 기능 어세이를 수행하는 단계는 하나 이상의 세포 마커의 발현을 확인하는 단계를 포함한다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 세포 마커는 TNF-α, IFN-γ, LAMP-1, 4-1BB, IL-2, IL-17A, 그랜자임(Granzyme) B, PD-1, CD25, CD69, TIM3, LAG3, CTLA-4, CD62L, CD45RA, CD45RO, FoxP3, 또는 이들의 임의의 조합을 포함한다.
참조에 의한 포함
본 명세서에서 언급된 모든 간행물들, 특허들 및 특허출원들은 각각의 개별 간행물, 특허 또는 특허출원이 참고로 포함되는 것으로 구체적 및 개별적으로 표시된 것처럼 동일한 정도로 본원에 참고로 포함된다.
본 발명의 신규 특징은 첨부된 청구범위에 구체적으로 기재되어 있다. 본 발명의 특징 및 장점은 본 발명의 원리가 이용되는 예시적 실시양태가 기재되어 있는 하기 상세한 설명 및 첨부된 도면을 참고함으로써 더 잘 이해될 것이다.
도 1은 항원 특이적 TCR 확인 및 분석을 위한 워크플로우를 도시한다. 건강한 기증자로부터의 PBMC를 관심 있는 항원으로 자극시킬 수 있고, 그 후 항원 특이적 T 세포를 펩타이드-MHC 다량체로 확인할 수 있다(좌측). 항원 특이적 T 세포를 단리할 수 있고 TCR을 시퀀싱하고 분석할 수 있다(중간 좌측). TCR을 세포주 또는 PBMC에서 합성하고 발현시킬 수 있고, 특이성을 펩타이드-MHC 다량체로 다시 확인할 수 있다(중간 우측). 그 다음, TCR 발현 세포주 또는 PBMC를 항원 발현 세포주와 공배양하여 TCR의 기능성을 확인할 수 있다(우측).
도 2는 항원 특이적 CD8+ T 세포 증폭의 예시적 개략도이다. PBMC를 관심 있는 항원 및 사이토카인으로 자극할 수 있다. 증폭 후, 항원 특이적 CD8+ T 세포를 펩타이드-MHC 다량체로 확인할 수 있다.
도 3a는 세포에서 TCR 구축물을 발현시키기 위한 재조합 TCR 구축물 및 벡터 디자인의 예시적 개략도이다.
도 3b는 세포 내로 형질도입하거나 형질감염시키기 위한, 재조합 TCR을 코딩하는 바이러스 벡터의 예시적 개략도이다.
도 4a는 RAS 펩타이드를 사용한 자극에 반응한 RAS 항원 특이적 CD8+ T 세포 증폭의 예시적 유세포분석을 도시한다.
도 4b는 퓨로마이신 선택 후 재조합 TCR을 발현하는 다량체 양성 세포들 중 상위 10%를 분류한 후 RAS 항원 특이적 Jurkat 세포의 예시적 유세포분석을 도시한다.
도 5는 RAS G12V 펩타이드를 사용한 자극에 반응한 RAS-펩타이드-HLA-A11:01 복합체 특이적 CD8+ T 세포 증폭(좌측), RAS G12C 펩타이드를 사용한 자극에 반응한 RAS-펩타이드-HLA-A11:01 복합체 특이적 CD8+ T 세포 증폭(중간), 및 RAS G12D 펩타이드를 사용한 자극에 반응한 RAS-펩타이드-HLA-A11:01 복합체 특이적 CD8+ T 세포 증폭(우측)의 예시적 유세포분석을 도시한다.
도 6a는 G12V 또는 G12C 돌연변이체 RAS 펩타이드를 사용한 자극에 반응한 RAS-펩타이드-HLA-A11:01 복합체 특이적 CD8+ T 세포 증폭의 예시적 유세포분석(좌측), 풀링된 히트로부터 TCR을 시퀀싱한 후 TCR 클론 존재도 분석(중간), 및 Jurkat 세포에서 재조합 TCR 발현 후 상위 2개의 회수된 클론들의 돌연변이체 대 야생형 특이성의 확인(우측)을 도시한다.
도 6b는 3개의 RAS TCR들(RAS TCR-3, RAS TCR-4, RAS TCR-11)의 특이성(좌측) 및 결합력(우측)을 평가하는 TCR 기능 어세이의 실험 결과를 도시한다. RAS TCR-형질도입된 Jurkat 세포를, RAS 야생형 또는 RAS-돌연변이체 펩타이드(좌측) 또는 증가하는 양의 RAS-돌연변이체 펩타이드(우측)가 로딩된 HLA-A11:01을 발현하는 A375 세포와 공배양한 후 IL-2 생성을 보여주는 그래프.
도 7a는 TCR 기능 결합력 어세이(펩타이드 적정)의 실험 결과를 도시한다. RAS TCR-형질도입된 Jurkat 세포를, 증가하는 양의 RAS-야생형 또는 RAS-돌연변이체 펩타이드가 로딩된 HLA-A11:01을 발현하는 A375 세포와 공배양한 후 IL-2 생성을 보여주는 그래프.
도 7b는 RAS TCR-4-형질도입된 Jurkat 세포를, HLA-A11:01만을 발현하도록 변형되었거나, HLA-A11:01 및 KRAS G12V 돌연변이를 발현하도록 변형되었거나, HLA-A11:01 및 관련 없는 돌연변이를 발현하도록 변형된 A375 세포와 공배양한 후 IL-2 생성을 보여주는 예시적 그래프를 도시한다.
도 8a는 HLA-A11:01을 발현시키고 RAS G12V 펩타이드를 첨가한 경우 및 HLA-A11:01만을 발현시킨 경우, 조작되지 않은 천연 RAS G12V 돌연변이체 SW620 결장암 세포주와 공배양 후 RAS TCR-4-형질도입된 PBMC로부터의 IFNγ 분비를 보여주는 예시적 그래프를 도시한다.
도 8b는 HLA-A11:01을 발현시키고 RAS G12V 펩타이드를 첨가한 경우 및 HLA-A11:01만을 발현시킨 경우, 조작되지 않은 천연 RAS G12V 돌연변이체 SW620 결장암 세포주에서 RAS TCR-형질도입된 PBMC와 공배양 후 캐스파제-3 활성화를 보여주는 예시적 그래프를 도시한다.
도 8c는 관련 없는 TCR(좌측) 또는 RAS TCR-4(우측)가 형질도입된 PBMC를, 증가하는 범위의 PBMC 대 표적 비에 걸쳐 HLA-A11:01 및 GFP를 발현하는 SW620 표적 종양 세포와 공배양한 세포독성 어세이의 실험 결과를 도시한다. 72시간에 걸쳐 GFP 신호에 의해 측정된 표적 세포의 성장(상부) 및 아넥신(Annexin) V 신호전달에 의해 측정된 표적 세포의 사멸(하부)을 도시하는 그래프는 RAS TCR-형질도입된 PBMC가 표적 세포를 효과적으로 사멸시킴을 보여준다.
도 8d는 관련 없는 TCR(좌측) 또는 RAS TCR-4(우측)가 형질도입된 PBMC를 증가하는 범위의 PBMC 대 표적 비에 걸쳐 SNG-M 표적 종양 세포와 공배양한 세포독성 어세이의 실험 결과를 도시한다. 72시간에 걸쳐 아넥신 V 신호전달에 의해 측정된 표적 세포의 사멸을 도시하는 그래프는 RAS TCR-형질도입된 PBMC가 표적 세포를 사멸시킴을 보여준다.
도 8e는 RAS TCR-4의 안전성 스크린의 실험 결과를 도시한다. RAS TCR-형질도입된 Jurkat 세포를, 동족 RAS G12V 에피토프, 또는 동족 에피토프의 한 위치가 알라닌으로 바뀌어 있는 펩타이드가 로딩된 HLA-A11:01을 발현하는 A375 세포와 공배양한 후 IL-2 생성을 보여주는 그래프는 좌측에 도시되어 있다. RAS TCR-형질도입된 Jurkat 세포를, 초기 안전성 스크린으로부터 확인된 RAS G12V 에피토프 또는 펩타이드가 로딩된 HLA-A11:01을 발현하는 A375 세포와 공배양한 후 IL-2 생성을 보여주는 그래프는 중앙에 도시되어 있다. RAS TCR-형질도입된 Jurkat 세포를, 페리리핀(Perilipin)4가 형질도입되었고 RAS G12V 펩타이드 또는 페리리핀4 펩타이드가 로딩되었거나 펩타이드가 로딩되지 않은 HLA-A11:01 발현 A375 세포와 공배양한 후 IL-2 생성을 보여주는 그래프는 우측에 도시되어 있다(우측).
도 8f는 RAS TCR-26 및 RAS TCR-27을 확인하는 데 이용된 워크플로우를 도시한다. RAS G12V 펩타이드를 사용한 자극에 반응한 RAS-펩타이드-HLA-A11:01 복합체 특이적 CD8+ T 세포 증폭의 유세포분석은 상부 좌측에 도시되어 있다. 증폭된 CD8+ T 세포와 공배양한 후 54시간에 걸쳐 HLA-A11:01 및 GFP를 발현하는 표적 A375 세포의 세포 성장을 측정한 결과는 상부 우측에 도시되어 있다. 이 실험에서, 펩타이드의 존재 하에서 증폭된 T 세포를, 표시된 양의 펩타이드가 로딩된 A375 세포와 인큐베이션하였다. 야생형 펩타이드를 사용한 대조군으로 표준화된 증가하는 양의 돌연변이체 RAS 펩타이드가 로딩된 표적 세포들을 비교하는, 48시간에서 계산된 특이적 세포독성은 하부 좌측에 도시되어 있다. 다량체 양성 세포를 단일 세포 TCR 시퀀싱한 후 TCR 알파 및 TCR 베타 CDR3 영역의 상대적 존재도는 하부 우측에 도시되어 있다. 좌측 파이 도표에서, 도 8f는 서열번호 603으로서 "CAVKGGGSGTYKYIF", 서열번호 604로서 "CAVGNNQGGKLIF", 서열번호 605로서 "CAGPNTNAGKSTF", 서열번호 606으로서 "CAASIADGQKLLF", 서열번호 607로서 "CAYIDAGNQFYF", 서열번호 608로서 "CAVRGDSGGGADGLTF", 서열번호 609로서 "CAVDIIGGKSTF" 및 서열번호 610으로서 "CAANAGGTSYGKLTF"를 개시한다. 우측 파이 도표에서, 도 8f는 서열번호 611로서 "CASSFFPTSTGRTDTQYF", 서열번호 612로서 "CASSGPGPRGFNEQFF", 서열번호 613으로서 "CASSLGQDTEAFF", 서열번호 614로서 "CASSESGSGEKLFF", 서열번호 615로서 "CASITPRDEQFF" 및 서열번호 616으로서 "CASSEWGSTGELFF"를 개시한다.
도 8g는 RAS TCR-28을 확인하는 데 이용된 워크플로우를 도시한다. RAS G12V 펩타이드를 사용한 자극에 반응한 RAS-펩타이드-HLA-A11:01 복합체 특이적 CD8+ T 세포 증폭의 유세포분석은 상부 좌측에 도시되어 있다. HLA-A11:01 및 GFP를 발현하고 다양한 용량의 펩타이드가 로딩된 표적 A375 세포를 증폭된 CD8+ T 세포와 공배양한 후 54시간에 걸쳐 세포 성장을 측정한 결과는 상부 우측에 도시되어 있다. 데이터는 펩타이드에 대한 TCR 특이성을 입증하는, 세포 성장과 펩타이드 용량의 우수한 역 상관관계를 보여준다. 야생형 펩타이드를 사용한 대조군으로 표준화된 증가하는 양의 돌연변이체 RAS 펩타이드가 로딩된 표적 세포를 비교하는, 48시간에서 계산된 특이적 세포독성은 하부 좌측에 도시되어 있다. 다량체 양성 세포를 단일 세포 TCR 시퀀싱한 후 TCR 알파 및 TCR 베타 CDR3 영역의 상대적 존재도는 하부 우측에 도시되어 있다. 좌측 파이 도표에서, 도 8g는 서열번호 617로서 "CAMREGRGAGNNRKLIW", 서열번호 618로서 "CALSEAGLGGGKLIF" 및 서열번호 619로서 "CAASAVGQEYGNKLVF"를 개시한다. 우측 파이 도표에서, 도 8g는 서열번호 620으로서 "CASSQDRLAGDYEQYF" 및 서열번호 621로서 "CASSEYTMGTQYF"를 개시한다.
도 9는 RAS G12V 펩타이드를 사용한 자극에 반응한 RAS-펩타이드-HLA-A03:01 복합체 특이적 CD8+ T 세포 증폭(좌측) 및 RAS G12C 펩타이드를 사용한 자극에 반응한 RAS-펩타이드-HLA-A03:01 복합체 특이적 CD8+ T 세포 증폭(우측)의 예시적 유세포분석을 도시한다.
도 10a는 도 9에 도시된 샘플의 항원 특이적 TCR 확인 및 분석을 위한 워크플로우를 도시한다.
도 10b는 도 9에 도시된 샘플의 항원 특이적 TCR 확인을 위한 워크플로우를 도시한다.
도 10c는 TCR 기능 결합력 어세이(펩타이드 적정)의 실험 결과를 도시한다. RAS TCR-5-형질도입된 Jurkat 세포를, 증가하는 양의 RAS-야생형 또는 RAS-돌연변이체 펩타이드가 로딩된 HLA-A03:01을 발현하는 A375 세포와 공배양한 후 IL-2 생성을 보여주는 그래프는 좌측에 도시되어 있다. RAS TCR-6-형질도입된 Jurkat 세포를, 증가하는 양의 RAS-야생형 또는 RAS-돌연변이체 펩타이드가 로딩된 HLA-A03:01을 발현하는 A375 세포와 공배양한 후 IL-2 생성을 보여주는 그래프는 우측에 도시되어 있다.
도 10d는 관련 없는 TCR(좌측), RAS TCR-5(중간) 또는 RAS TCR-6(우측)이 형질도입된 PBMC를, 증가하는 범위의 PBMC 대 표적 비에 걸쳐 HLA-A03:01 및 GFP를 발현하는 A375 표적 종양 세포와 공배양한 세포독성 어세이의 실험 결과를 도시한다. 72시간에 걸쳐 GFP에 의해 측정된 표적 세포 성장의 그래프는 RAS TCR-형질도입된 PBMC가 표적 세포를 효과적으로 사멸시킴을 보여준다.
도 10e는 관련 없는 TCR, RAS TCR-5 또는 RAS TCR-6이 형질도입된 PBMC를 NCI-H441 표적 종양 세포와 공배양한 세포독성 어세이의 실험 결과를 도시한다. 48시간에 걸쳐 표적 세포의 증가된 아넥신 V 신호는 RAS TCR이 이 표적 종양 세포를 인식하고 사멸시킬 수 있음을 보여준다.
도 10f는 RAS TCR-5(상부) 및 RAS TCR-6(하부)의 안전성 스크린의 실험 결과를 도시한다. RAS TCR-형질도입된 Jurkat 세포를, 동족 RAS G12V 에피토프, 또는 동족 에피토프의 한 위치가 알라닌으로 바뀌어 있는 펩타이드가 로딩된 HLA-A11:01을 발현하는 A375 세포와 공배양한 후 IL-2 생성을 보여주는 그래프.
도 11은 GATA3 항원 특이적 TCR 확인 및 분석을 위한 예시적 워크플로우를 도시한다. GATA3 돌연변이체 펩타이드를 사용한 자극에 반응한 GATA3-펩타이드-HLA-A02:01 복합체 특이적 CD8+ T 세포 증폭의 예시적 유세포분석은 좌측에 도시되어 있다.
도 12a는 TCR 기능 결합력 어세이(펩타이드 적정)의 결과를 도시한다. GATA3 TCR-1-형질도입된 T 세포를, 증가하는 양의 GATA3 돌연변이체 펩타이드가 로딩되었거나 형질도입된 세포와 공배양한 후 IL-2 생성을 보여주는 그래프.
도 12b는 GATA3 TCR-형질도입된 Jurkat 세포를, 관련 없는 펩타이드 또는 돌연변이체 GATA3 펩타이드가 로딩된 세포, 및 관련 없는 벡터 또는 GATA3 neoORF 돌연변이를 코딩하는 벡터로 형질도입된 세포와 공배양한 후 IL-2 생성을 보여주는 그래프를 도시한다.
도 12c는 대조군 펩타이드 또는 GATA3 돌연변이체 펩타이드를 발현하는 2개의 세포 샘플들에서 IFNγ 생성의 상향조절을 보여주는 그래프를 도시한다.
도 12d는 대조군 펩타이드 또는 GATA3 돌연변이체 펩타이드를 발현하는 2개의 세포 샘플들에서 퍼센트 CD8 및 CD107a 양성 세포를 보여주는 그래프를 도시한다.
도 12e는 대조군 펩타이드 또는 GATA3 돌연변이체 펩타이드를 발현하는 2개의 세포 샘플들에서 퍼센트 생존 캐스파제 3 양성 세포를 보여주는 그래프를 도시한다.
도 13은 TMPRSS2:ERG 항원 특이적 TCR 확인 및 분석을 위한 예시적 워크플로우를 도시한다. TMPRSS2:ERG 돌연변이체 펩타이드를 사용한 자극에 반응한 TMPRSS2:ERG-펩타이드-HLA-A02:01 복합체 특이적 CD8+ T 세포 증폭의 예시적 유세포분석은 좌측에 도시되어 있다.
도 14는 TMPRSS2:ERG TCR-1-형질도입된 Jurkat 세포를, 조작되지 않았거나, 관련 없는 펩타이드가 로딩되었거나 TMPRSS2:ERG 펩타이드가 로딩된 293T 세포와 공배양한 후 IL-2 생성을 보여주는 예시적 그래프를 도시한다.
도 15는 BTK 항원 특이적 TCR 확인 및 분석을 위한 예시적 워크플로우를 도시한다. BTK 돌연변이체 펩타이드를 사용한 자극에 반응한 BTK-펩타이드-HLA-A02:01 복합체 특이적 CD8+ T 세포 증폭의 예시적 유세포분석은 좌측에 도시되어 있다.
도 16a는 EGFR T790M 펩타이드를 사용한 자극에 반응한 EGFR-펩타이드-HLA-A02:01 복합체 특이적 CD8+ T 세포 증폭의 예시적 유세포분석을 도시한다. 도 16a의 각각의 도표는 EGFR T790M 펩타이드를 사용한 대표적인 T 세포 증폭 샘플(웰)을 나타낸다. 세포로부터의 TCR을 시퀀싱하였다.
도 16b는 EGFR T790M 펩타이드를 사용한 자극에 반응한 잠재적 EGFR-펩타이드-HLA-A02:01 복합체 특이적 CD8+ T 세포 집단의 예시적 유세포분석을 도시하고, 이 세포의 TCR은 시퀀싱될 상태로 남아있다. 도 16b의 각각의 도표는 EGFR T790M 펩타이드에 반응한 대표적인 T 세포 증폭 샘플(웰)을 나타낸다.
용어 "약" 또는 "대략"은 당분야에서 통상의 기술을 가진 자에 의해 결정된 특정 값에 대한 허용 가능한 오차 범위 내에 있음을 의미하고, 이것은 부분적으로 값이 어떻게 측정되거나 결정되는지, 즉 측정 시스템의 한계에 의해 좌우될 것이다. 예를 들면, "약"은 당분야의 관행에 따라 1 또는 1 초과의 표준 편차 이내에 있음을 의미할 수 있다. 대안적으로, "약"은 소정의 값의 최대 20%, 최대 10%, 최대 5% 또는 최대 1%의 범위를 의미할 수 있다. 대안적으로, 구체적으로 생물학적 시스템 또는 과정에 대하여, 상기 용어는 값의 한 자릿수 이내, 바람직하게는 5배 이내, 보다 바람직하게는 2배 이내에 있음을 의미할 수 있다. 특정 값이 본원 및 청구범위에 기재되어 있는 경우, 달리 언급되어 있지 않은 한, 특정 값에 대한 허용 가능한 오차 범위 이내에 있음을 의미하는 용어 "약"은 가정되어야 한다.
달리 정의되어 있지 않은 한, 본원에서 사용된 모든 기술 용어들 및 과학 용어들은 본 개시가 속하는 분야에서 통상의 기술을 가진 자에 의해 통상적으로 이해되는 의미와 동일한 의미를 가진다. 본원에 기재된 방법 및 물질과 유사하거나 동등한 임의의 방법 및 물질이 본 개시의 실시 또는 시험에 사용될 수도 있지만, 바람직한 방법 및 물질이 지금부터 기재된다. 하나 이상의 특정 실시양태의 세부사항은 이하 설명에 기재되어 있다.
I. 정의
달리 언급되어 있지 않은 한, 용어 "TCR"은 전체 TCR뿐만 아니라 이의 항원 결합 부분 또는 항원 결합 단편(MHC-펩타이드 결합 단편으로서도 지칭됨)도 포괄하는 것으로 이해되어야 한다. 일부 실시양태에서, TCR은 온전한 또는 전체 길이 TCR이다. 일부 실시양태에서, TCR은 전체 길이 TCR보다 짧으나 MHC 분자에 결합된(즉, MHC 분자의 환경 하에 있는) 특정 항원성 펩타이드, 즉 MHC-펩타이드 복합체에 결합하는 항원 결합 부분이다. 일부 경우, TCR의 항원 결합 부분 또는 단편은 전체 길이 또는 온전한 TCR의 구조 도메인의 부분만을 함유할 수 있으나, 여전히 전체 TCR이 결합하는 에피토프(예를 들면, MHC-펩타이드 복합체)에 결합할 수 있다. 일부 경우, TCR의 항원 결합 부분 또는 단편은 예컨대, 일반적으로 각각의 쇄가 3개의 상보성 결정 영역들을 함유하는 경우, 특정 MHC-펩타이드 복합체에의 결합을 위한 결합 부위를 형성하기에 충분한 TCR의 가변 도메인, 예컨대, TCR의 가변 α 쇄 및 가변 β 쇄를 함유한다. 항원 결합 도메인이거나 항원 결합 도메인과 상동한 결합 도메인을 가진 폴리펩타이드 또는 단백질이 포함된다. 상보성 결정 영역(CDR) 이식된 TCR 및 다른 인간화된 TCR(CDR 변형 및 프레임워크 영역 변형을 포함함)도 이 용어에 의해 예상된다. 면역글로불린 쇄(예를 들면, 중쇄 및 경쇄)만을 언급할 수 있지만, 개시된 발명은 다수의 다른 상이한 유형의 페어링된 서열들, 예를 들면, T 세포 수용체 쇄 쌍(TCRα 및 TCRβ 쇄 및 TCRγ 및 TCRδ 쇄)에 적용될 수 있고 면역글로불린으로 제한되지 않음을 인지해야 한다.
"초가변 영역" 또는 "HVR"과 동의어인 용어 "상보성 결정 영역" 및 "CDR"은 MHC-펩타이드 복합체에 대한 특이성 및/또는 결합 친화성을 부여하는, TCR 가변 영역 내의 불연속적 아미노산 서열을 지칭하는 것으로 당분야에서 알려져 있다. 일반적으로, 각각의 알파 쇄 가변 영역에 3개의 CDR들(CDR-H1, CDR-H2, CDR-H3)이 있고 각각의 베타 쇄 가변 영역에 3개의 CDR들(CDR-L1, CDR-L2, CDR-L3)이 있다. "프레임워크 영역" 및 "FR"은 알파 및 베타 쇄의 가변 영역의 비-CDR 부분을 지칭하는 것으로 당분야에서 알려져 있다. 일반적으로, 각각의 전체 길이 알파 쇄 가변 영역에 4개의 FR들(FR-H1, FR-H2, FR-H3 및 FR-H4)이 있고 각각의 전체 길이 베타 쇄 가변 영역에 4개의 FR들(FR-L1, FR-L2, FR-L3 및 FR-L4)이 있다.
용어 "가변 영역" 또는 "가변 도메인"은 TCR과 항원-MHC 복합체의 결합에 관여하는, TCR 알파, 베타, 감마 또는 델타 쇄의 도메인을 지칭한다. 천연 TCR의 알파 쇄 및 베타 쇄(각각 Vα 및 Vβ), 및 감마 쇄 및 델타 쇄(각각 Vγ 및 Vδ)의 가변 도메인들은 일반적으로 유사한 구조를 갖고, 이때 각각의 도메인은 4개의 보존된 프레임워크 영역들(FR들) 및 3개의 CDR들을 포함한다. 단일 Vα 또는 Vβ 도메인, 또는 Vγ 또는 Vδ 도메인은 펩타이드-MHC 복합체에 대한 결합 특이성을 부여하기에 충분할 수 있다.
본원은 항원 결합 단편을 포함하는 TCR 단편도 제공한다. 일부 실시양태에서, TCR은 전체 가용성 TCR로서 지칭될 수 있는, 그의 막횡단 및/또는 세포질 영역(들)을 함유하지 않는 전체 길이 TCR의 변이체와 같은 그의 항원 결합 부분이다. 일부 실시양태에서, TCR은 이량체성 TCR(dTCR)이다. 일부 실시양태에서, TCR은 단일 쇄 TCR(scTCR), 예컨대, PCT 특허 공개 제WO2003/020763호, 제WO2004/033685호 및 제WO2011/044186호에 기재된 구조를 가진 scTCR이다. 특정 실시양태에서, TCR은 베타 쇄 가변 영역에 연결된 알파 쇄 가변 영역을 포함하는 단일 쇄 TCR 단편, 예컨대, scTv이다. 일부 실시양태에서, scTv는 scFv로서도 지칭된다. 단일 쇄 Tv 또는 scTv는 일부 양태에서 TCR의 가변 알파 또는 감마 쇄(Vα 또는 Vγ) 및 가변 베타 또는 델타 쇄(Vβ 또는 Vδ) 도메인을 포함하는 TCR 단편을 지칭하고, 이때 이 도메인들은 단일 폴리펩타이드 쇄에 존재한다. 일반적으로, Tv 폴리펩타이드는 scTv가 항원 결합을 위해 원하는 구조를 형성할 수 있게 하는, Vα 도메인과 Vβ 도메인 사이 또는 Vγ 도메인과 Vδ 도메인 사이의 폴리펩타이드 링커를 추가로 포함한다. 디아바디는 일부 양태에서 2개의 항원 결합 부위들을 가진 TCR 단편을 지칭하고, 상기 단편은 동일한 폴리펩타이드 쇄에서 Vβ에 연결된 Vα(Vα-Vβ) 또는 동일한 폴리펩타이드 쇄에서 Vδ에 연결된 Vγ(Vγ-Vδ)를 포함한다. 동일한 쇄 상에서 2개의 도메인들 사이의 페어링을 허용하기에 너무 짧은 링커를 사용함으로써, 상기 도메인들이 또 다른 쇄의 상보적 도메인과 강제로 페어링하게 하여 2개의 항원 결합 부위들을 생성한다. 예시적인 디아바디는 예를 들면, 유럽 특허 제404097호 및 PCT 특허 공개 제WO93111161호에 더 상세히 기재되어 있다. Fv는 일부 양태에서 완전한 펩타이드-MHC 복합체 인식 및 펩타이드-MHC 복합체 결합 부위를 함유하는 TCR 단편을 지칭한다. 이 영역은 단단한 비-공유 회합에 의해 1개의 TCRα 쇄 및 1개의 TCRβ 쇄 또는 1개의 TCRγ 쇄 및 1개의 TCRδ 쇄의 이량체로 구성된다. 이 구성에서 각각의 가변 도메인의 3개의 CDR들은 상호작용하여 Vα-Vβ 이량체 또는 Vγ-Vδ 이량체의 표면 상에서 펩타이드-MHC 복합체 결합 부위를 한정한다. 종합하건대, Vα-Vβ 쇄 또는 Vγ-Vδ 쇄 각각으로부터의 하나 이상의 CDR들의 조합은 TCR에 펩타이드-MHC 복합체 결합 특이성을 부여한다. 예를 들면, CDRα3과 CDRβ3 또는 CDRγ3과 CDRδ3은 수용자 선택된 TCR 또는 이의 항원 결합 단편의 Vα 및 Vβ 쇄 또는 Vγ-Vδ 쇄로 전달될 때 TCR에 항원 결합 특이성을 부여하기에 충분할 수 있고 CDR들의 이 조합을 결합, 친화성 등에 대해 시험할 수 있음이 이해될 것이다. 나아가, Tv 단편의 두 도메인들(Vα 및 Vβ 또는 Vγ 및 Vδ)은 별개의 유전자에 의해 코딩되지만, 이들은 이들을, Vα 및 Vβ 또는 Vγ 및 Vδ 쇄 영역들이 페어링하여 1가 분자(단일 쇄 Tv(scTv)로서 알려짐)를 형성하는 단일 단백질 쇄로서 만들어질 수 있게 하는 합성 링커에 의해 재조합 방법을 이용함으로써 연결될 수 있다. 이러한 scTv도 TCR의 펩타이드-MHC 복합체 결합 부분 내에 포함된다.
"이중특이적 TCR"은 일부 양태에서 2개의 상이한 펩타이드-MHC 복합체들 또는 2개의 상이한 유형의 펩타이드-MHC 복합체들에 대한 특이성을 보여주는 TCR을 지칭한다. 본원에서 사용된 상기 용어는 구체적으로 표적 펩타이드-MHC 복합체 및 특정 조직으로의 전달을 용이하게 하는 또 다른 펩타이드-MHC 복합체에 대한 결합 특이성을 보이는 TCR들을 포함하나, 이들로 제한되지 않는다. 유사하게, 다중특이적 TCR은 2종 이상의 결합 특이성을 가진다. 선형 TCR은 일부 양태에서 한 쌍의 항원 결합 영역을 형성하는 한 쌍의 탠덤 Fd 분절들(예를 들면, Vα-Cα1-Vα-Cα1)을 지칭한다. 선형 TCR은 이중특이적 또는 다중특이적일 수 있다.
"항원 결합 도메인"은 일부 양태에서 펩타이드-MHC 복합체에 특이적으로 결합하는 능력을 보유하는 TCR의 하나 이상의 단편을 지칭한다. 이러한 용어에 포함된 TCR 단편의 비제한적 예는 (i) Vβ, Vα, Cβ 및 Cα 도메인으로 구성된 1가 단편인 Tab 단편; 힌지 영역에서 디설파이드 가교에 의해 연결된 2개의 Tab 단편들을 함유하는 2가 단편인 T(ab')2 단편; (iii) Vα 및 Cα1 도메인으로 구성된 Td 단편; (iv) scTv를 포함하는, TCR의 단일 아암의 Vβ 및 Vα 도메인을 함유하는 Tv 단편; (v) Vα 도메인을 함유하는 dAb 단편(Ward et al., (1989) Nature 341:544 546); 및 (vi) 단리된 CDR을 포함하나 이들로 제한되지 않는다. 단일 알파 쇄 또는 단일 베타 쇄를 가진 TCR도 이 정의에 포함된다.
제공된 TCR들 중에는 인간화된 TCR 및 인간 TCR이 있다. "인간화된" TCR은 모든 또는 실질적으로 모든 CDR 아미노산 잔기들이 비-인간 CDR로부터 유래하고 모든 또는 실질적으로 모든 FR 아미노산 잔기들이 인간 FR로부터 유래한 TCR이다. 인간화된 TCR은 임의적으로 인간 TCR로부터 유래한 TCR 불변 영역의 적어도 부분을 포함할 수 있다. "인간화된 형태"의 비-인간 TCR은 모 비-인간 TCR의 특이성 및 친화성을 보유하면서, 전형적으로 인간에 대한 면역원성을 감소시키기 위해 인간화를 겪은 비-인간 TCR의 변이체를 지칭한다. 일부 실시양태에서, 예를 들면, TCR 특이성 또는 친화성을 회복시키거나 개선하기 위해 인간화된 TCR 내의 일부 FR 잔기들을 비-인간 TCR(CDR 잔기들이 유래한 TCR)로부터의 상응하는 잔기로 치환시킨다. "인간 TCR"은 인간 또는 인간 세포, 또는 인간 TCR 라이브러리를 포함하는, 인간 TCR 레퍼토리 또는 다른 인간 TCR 코딩 서열을 사용하는 비-인간 공급원에 의해 생성된 TCR의 아미노산 서열에 상응하는 아미노산 서열을 가진 TCR이다. 상기 용어는 비-인간 펩타이드-MHC 복합체 결합 영역을 포함하는 비-인간 TCR, 예컨대, 모든 또는 실질적으로 모든 CDR들이 비-인간인 비-인간 TCR의 인간화된 형태를 배제한다. 인간 TCR은 항원성 챌린지에 반응하여 온전한 인간 TCR 또는 인간 가변 영역을 가진 온전한 TCR을 생성하도록 변형된 형질전환 동물에게 면역원을 투여함으로써 제조될 수 있다. 이러한 동물은 전형적으로 내생성 TCR 좌위들을 대체하거나, 염색체 외부에 존재하거나 동물의 염색체 내로 무작위로 통합된 인간 TCR 좌위들의 전부 또는 일부를 함유한다. 이러한 형질전환 동물에서, 내생성 TCR 좌위는 일반적으로 불활성화되어 있다. 인간 TCR은 인간 레퍼토리로부터 유래한 TCR 코딩 서열을 함유하는, 파지 디스플레이 및 무세포 라이브러리를 포함하는 인간 TCR 라이브러리로부터 유래할 수도 있다.
용어 "암 네오항원" 또는 "네오항원" 또는 "네오에피토프"는 정상 비돌연변이 숙주 게놈에 코딩되지 않은 항원을 지칭할 수 있다. 네오항원은 모 항원에 비해 하나 이상의 아미노산 변형을 포함하는 항원을 의미할 수 있다. 예를 들면, 네오항원은 종양 관련 네오항원일 수 있고, 이때 용어 "종양 관련 네오항원"은 종양 특이적 돌연변이로 인한 아미노산 변형을 포함하는 펩타이드 또는 단백질을 포함할 수 있다. 일부 경우, 네오항원은 체세포 돌연변이의 결과로서 발생하는 종양유발성 바이러스 단백질 또는 비정상 단백질을 나타낸다. 예를 들면, 네오항원은 바이러스 단백질의 활성을 통한 세포 기작의 파괴에 의해 생성될 수 있다. 또 다른 예는 일부 경우 체세포 돌연변이를 유발할 수 있는 발암성 화합물의 노출일 수 있다. 이 체세포 돌연변이는 궁극적으로 종양/항원의 형성을 유발할 수 있다. 네오항원은 단백질의 종양 특이적 변화로부터 비롯된 종양 항원의 한 클래스일 수 있다. 네오항원은 예를 들면, 단백질 서열 내의 치환, 프레임시프트 돌연변이, 융합 폴리펩타이드, 인-프레임 결실, 삽입, 및 내생성 레트로바이러스 폴리펩타이드의 발현으로부터 비롯된 종양 항원들을 포괄하나 이들로 제한되지 않는다. 네오항원은 기준물, 예컨대, 병들지 않은 세포, 예를 들면, 비-암성 세포 또는 생식세포에 존재하지 않으나, 병든 세포, 예를 들면, 암 세포에서 발견되는 에피토프일 수 있다. 이것은 상응하는 에피토프가 병들지 않은 정상 세포 또는 생식세포에서 발견되나, 병든 세포, 예를 들면, 암 세포에서의 하나 이상의 돌연변이로 인해 에피토프의 서열이 네오에피토프를 생성하도록 변화된 상황을 포함한다.
"에피토프"는 일부 양태에서 TCR의 가변 영역 결합 포켓과 결합 상호작용을 형성할 수 있는 항원 또는 다른 거대분자의 부분을 지칭한다. 일부 양태에서, 에피토프는 TCR의 가변 영역 결합 포켓과 결합 상호작용을 형성할 수 있는 펩타이드-MHC 복합체의 부분을 지칭한다. 이러한 결합 상호작용은 하나 이상의 CDR의 하나 이상의 아미노산 잔기와 분자간 접촉으로서 나타날 수 있다. 펩타이드-MHC 복합체 결합은 예를 들면, Vα 및 Vβ 쇄 또는 Vγ 또는 Vδ 쇄의 CDR3, CDR3 쌍, 또는 일부 경우 모든 최대 6개 CDR들의 상호작용을 수반할 수 있다. 에피토프는 선형 펩타이드 서열(즉, "연속적")일 수 있거나, 비-인접 아미노산 서열로 구성될(즉, "입체구조적" 또는 "불연속적"일) 수 있다. TCR은 하나 이상의 아미노산 서열을 인식할 수 있다. 따라서, 에피토프는 하나 초과의 상이한 아미노산 서열을 정의할 수 있다. 일부 양태에서, TCR은 MHC의 환경 하에 있는 하나 이상의 아미노산 서열 또는 에피토프를 인식할 수 있다. TCR에 의해 인식되는 에피토프는 당분야에서 숙련된 자에게 잘 알려진 펩타이드 맵핑 및 서열 분석 기법에 의해 확인될 수 있다. 결합 상호작용은 CDR의 하나 이상의 아미노산 잔기와의 분자간 접촉으로서 나타난다. 에피토프는 항원과 같은 분자 내의 항원성 결정인자, 즉 특히 MHC 분자의 환경 하에서 제시될 때 면역 시스템에 의해 인식되는, 예를 들면, T 세포에 의해 인식되는 분자의 부분 또는 단편을 지칭할 수 있다. 종양 항원과 같은 단백질의 에피토프는 단백질의 연속적 또는 불연속적 부분을 포함할 수 있고, 길이가 5개 내지 100개, 5개 내지 50개, 8개 내지 30개, 또는 10개 내지 25개 아미노산일 수 있고, 예를 들면, 에피토프는 길이가 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개 또는 25개 아미노산일 수 있다.
용어 "결합"은 예를 들면, 생리학적 조건 하에서 공유, 정전기, 소수성, 및 이온 및/또는 수소 결합 상호작용으로 인한 2개의 분자들 사이의 직접적인 회합을 지칭하고, 상호작용, 예컨대, 염 가교 및 물 가교뿐만 아니라 임의의 다른 통상적인 결합 수단도 포함한다.
일부 실시양태에서, "특이적 결합"을 가진 TCR의 언급은 TCR이 TCR에 의해 인식되는 에피토프를 함유하는 펩타이드-MHC 복합체 이외의 분자에의 임의의 유의미한 결합을 보이지 않을 상황을 의미한다. 상기 용어는 예를 들면, 항원 결합 도메인이 다수의 펩타이드-MHC 복합체들에 의해 보유된 특정 에피토프에 특이적인 경우에도 적용될 수 있고, 이 경우 선택된 TCR, 또는 펩타이드-MHC 복합체 결합 도메인을 보유하는 이의 펩타이드-MHC 복합체 결합 단편은 상기 에피토프를 보유하는 다양한 펩타이드-MHC 복합체들에 결합할 수 있을 것이다. 용어 "우선적으로 결합한다" 또는 "특이적으로 결합한다"는 TCR 또는 이의 단편이 관련 없는 아미노산 서열에 결합하는 친화성보다 더 큰 친화성으로 에피토프에 결합하고, 상기 에피토프를 함유하는 다른 폴리펩타이드에 교차반응하는 경우 이들이 인간 사용을 위해 투여되도록 제제화되는 수준에서 독성을 나타내지 않음을 의미한다. 한 양태에서, 이러한 친화성은 관련 없는 아미노산 서열에 대한 TCR 또는 이의 단편의 친화성보다 적어도 1배 더 크거나, 적어도 2배 더 크거나, 적어도 3배 더 크거나, 적어도 4배 더 크거나, 적어도 5배 더 크거나, 적어도 6배 더 크거나, 적어도 7배 더 크거나, 적어도 8배 더 크거나, 적어도 9배 더 크거나, 10배 더 크거나, 적어도 20배 더 크거나, 적어도 30배 더 크거나, 적어도 40배 더 크거나, 적어도 50배 더 크거나, 적어도 60배 더 크거나, 적어도 70배 더 크거나, 적어도 80배 더 크거나, 적어도 90배 더 크거나, 적어도 100배 더 크거나 적어도 1000배 더 크다.
용어 "친화성"은 한 결합 쌍의 두 구성원들(예를 들면, 인간 백혈구 항원(HLA) 결합 펩타이드와 클래스 I 또는 II HLA, 또는 펩타이드-HLA 복합체와 T 세포 수용체(TCR)) 사이의 결합 강도의 척도를 지칭한다. 친화성은 두 작용제들의 가역적 결합의 평형 상수로서 표현될 수 있고 K D , K A , K off 또는 K on 으로서 표현될 수 있다. K D는 한 결합 쌍의 두 구성원들 사이의 해리 상수를 지칭하고 몰농도의 단위를 가진다. K A는 한 결합 쌍의 두 구성원들 사이의 친화성 상수를 지칭하고 해리 상수의 역수이다. 친화성은 실험에 의해, 예를 들면, 시판되는 비아코어 SPR 유닛을 사용하는 표면 플라스몬 공명(SPR)에 의해 측정될 수 있다. K off는 한 결합 쌍의 두 구성원들의 해리 속도 상수(예를 들면, HLA 결합 펩타이드와 클래스 I 또는 II HLA, 또는 펩타이드-HLA 복합체와 TCR의 해리 속도 상수)를 지칭한다. K on은 한 결합 쌍의 두 구성원들의 결합 속도 상수(예를 들면, HLA 결합 펩타이드와 클래스 I 또는 II HLA, 또는 펩타이드-HLA 복합체와 TCR의 결합 속도 상수)를 지칭한다. 리간드에 대한 결합 단백질의 친화성, 예컨대, 에피토프에 대한 TCR의 친화성은 예를 들면, 약 100 나노몰(nM) 내지 약 0.1 nM, 약 100 nM 내지 약 1 피코몰(pM), 또는 약 100 nM 내지 약 1 펨토몰(fM)일 수 있다. 용어 "결합력"은 희석 후 해리에 대한 2개 이상의 작용제들의 복합체의 저항성을 지칭한다.
본 개시 전체에 걸쳐, "결합 데이터" 결과는 "IC50"의 관점에서 표현될 수 있다. 친화성은 억제 농도 50(IC50), 또는 한 결합 쌍의 제1 구성원(예를 들면, 펩타이드)의 50%가 전치되는 농도로서 표현될 수도 있다. 마찬가지로, ln(IC50)은 IC50의 자연 로그를 지칭한다. 예를 들면, IC50은 표지부착된 기준 펩타이드의 결합의 50% 억제가 관찰되는, 결합 어세이에서 시험된 펩타이드의 농도일 수 있다. 어세이가 실행되는 조건(예를 들면, HLA 단백질 농도 및/또는 표지부착된 기준 펩타이드 농도의 제한)을 고려할 때, 이 값은 K D 값에 근접할 수 있다. 결합을 측정하는 어세이는 당분야에서 잘 알려져 있고, 예를 들면, PCT 공개 제WO 94/20127호 및 제WO 94/03205호, 및 다른 간행물, 예컨대, 문헌[Sidney et al., Current Protocols in Immunology 18.3.1 (1998)]; 문헌[Sidney, et al., J. Immunol. 154:247 (1995)]; 및 문헌[Sette, et al., Mol. Immunol. 31:813 (1994)]에 상세히 기재되어 있다. 대안적으로, 결합은 기준 표준 펩타이드에 의한 결합과 비교되어 표현될 수 있다. 결합은 살아있는 세포(예를 들면, 문헌[Ceppellini et al., Nature 339:392 (1989); Christnick et al., Nature 352:67 (1991); Busch et al., Int. Immunol. 2:443 (1990); Hill et al., J. Immunol. 147:189 (1991); del Guercio et al., J. Immunol. 154:685 (1995)]), 세제 용해물을 사용하는 무세포 시스템(예를 들면, 문헌[Cerundolo et al., J. Immunol. 21:2069 (1991)]), 고정된 정제된 MHC(예를 들면, 문헌[Hill et al., J. Immunol. 152, 2890 (1994); Marshall et al., J. Immunol. 152:4946 (1994)]), ELISA 시스템(예를 들면, 문헌[Reay et al., EMBO J. 11:2829 (1992)]); 표면 플라스몬 공명(예를 들면, 문헌[Khilko et al., J. Biol. Chem. 268: 15425 (1993)]); 고유동 용액상 어세이(Hammer et al., J. Exp. Med. 180:2353 (1994)), 및 클래스 I MHC 안정화 또는 어셈블리의 측정(예를 들면, 문헌[Ljunggren et al., Nature 346:476 (1990); Schumacher et al., Cell 62:563 (1990); Townsend et al., Cell 62:285 (1990); Parker et al., J. Immunol. 149:1896 (1992)])을 이용하는 어세이 시스템을 포함하는 다른 어세이 시스템을 이용함으로써 측정될 수도 있다.
용어 "주조직적합성 복합체" 및 약어 "MHC"는 MHC 클래스 I 및 MHC 클래스 II 분자를 포함할 수 있고 모든 척추동물들에서 존재하는 유전자의 복합체를 의미할 수 있다. MHC 단백질 또는 분자는 면역 반응에서 림프구와 항원 제시 세포 또는 병든 세포 사이의 신호전달에 중요할 수 있고, 이때 MHC 단백질 또는 분자는 펩타이드에 결합하고 T 세포 수용체에 의한 인식을 위해 이를 제시한다. MHC에 의해 코딩된 단백질은 세포의 표면 상에서 발현될 수 있고 자가 항원(세포 자체로부터의 펩타이드 단편) 및 비-자가 항원(예를 들면, 침입 미생물의 단편) 둘 다를 T 세포에게 디스플레이할 수 있다. MHC 영역은 3개의 하위군들인 클래스 I, 클래스 II 및 클래스 III으로 나뉠 수 있다. MHC 클래스 I 단백질은 α 쇄 및 β2 마이크로글로불린(15번 염색체에 의해 코딩된 MHC의 일부가 아님)을 함유할 수 있다. 이 단백질은 항원 단편을 세포독성 T 세포에게 제시할 수 있다. MHC 클래스 II 단백질은 α 쇄 및 β 쇄를 함유할 수 있고 항원 단편을 T 헬퍼 세포에게 제시할 수 있다. MHC 클래스 III 영역은 다른 면역 성분들, 예컨대, 보체 성분 및 사이토카인을 코딩할 수 있다. MHC는 다유전자성(여러 MHC 클래스 I 및 MHC 클래스 II 유전자들이 있음) 및 다형성(각각의 유전자의 다수의 대립유전자들이 있음) 둘 다를 나타낼 수 있다.
용어 "일배체형"은 하나의 염색체 상에서 발견된 인간 백혈구 항원(HLA) 대립유전자 및 이에 의해 코딩된 단백질을 지칭할 수 있다. 일배체형은 MHC 내의 어느 한 좌위에 존재하는 대립유전자를 지칭할 수도 있다. MHC의 각각의 클래스는 여러 좌위들에 의해 표시된다: 예를 들면, 클래스 I의 경우 HLA-A(인간 백혈구 항원-A), HLA-B, HLA-C, HLA-E, HLA-F, HLA-G, HLA-H, HLA-J, HLA-K, HLA-L, HLA-P 및 HLA-V, 및 클래스 II의 경우 HLA-DRA, HLA-DRB1-9, HLA-DQA1, HLA-DQB1, HLA-DPA1, HLA-DPB1, HLA-DPB2, HLA-DMA, HLA-DMB, HLA-DOA 및 HLA-DOB. 용어 "HLA 대립유전자"와 "MHC 대립유전자"는 본원에서 교환 가능하게 사용된다.
용어 "폴리뉴클레오타이드", "뉴클레오타이드", "뉴클레오타이드 서열", "핵산" 및 "올리고뉴클레오타이드"는 교환 가능하게 사용된다. 이들은 데옥시리보뉴클레오타이드 또는 리보뉴클레오타이드인 뉴클레오타이드의 임의의 길이의 중합체 형태, 또는 이의 유사체를 지칭할 수 있다. 폴리뉴클레오타이드는 임의의 3차원 구조를 가질 수 있고, 알려지거나 알려지지 않은 임의의 기능을 수행할 수 있다. 하기 예는 폴리뉴클레오타이드의 비제한적 예이다: 유전자 또는 유전자 단편의 코딩 또는 비-코딩 영역, 연관 분석으로부터 정의된 좌위들(좌위), 엑손, 인트론, 메신저 RNA(mRNA), 전달 RNA(tRNA), 리보좀 RNA(rRNA), 짧은 간섭 RNA(siRNA), 짧은 헤어핀 RNA(shRNA), 마이크로-RNA(miRNA), 리보자임, cDNA, 재조합 폴리뉴클레오타이드, 분지된 폴리뉴클레오타이드, 플라스미드, 벡터, 임의의 서열의 단리된 DNA, 임의의 서열의 단리된 RNA, 핵산 프로브 및 프라이머. 폴리뉴클레오타이드는 하나 이상의 변형된 뉴클레오타이드, 예컨대, 메틸화된 뉴클레오타이드 및 뉴클레오타이드 유사체를 포함할 수 있다. 존재하는 경우, 뉴클레오타이드 구조의 변형은 중합체의 어셈블리 전 또는 후에 부여될 수 있다. 폴리뉴클레오타이드는 비표준 뉴클레오타이드, 예컨대, 뉴클레오타이드 유사체 또는 변형된 뉴클레오타이드를 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 비표준 뉴클레오타이드는 하이브리드 형성을 안정화시킬 수 있다. 일부 실시양태에서, 비표준 뉴클레오타이드는 하이브리드 형성을 불안정화시킬 수 있다. 일부 실시양태에서, 비표준 뉴클레오타이드는 하이브리드화 특이성을 향상시킬 수 있다. 일부 실시양태에서, 비표준 뉴클레오타이드는 하이브리드화 특이성을 감소시킬 수 있다. 비표준 뉴클레오타이드 변형의 예는 2' O-Me, 2' O-알릴, 2' O-프로파르길, 2' O-알킬, 2' 플루오로, 2' 아라비노, 2' 자일로, 2' 플루오로 아라비노, 포스포로티오에이트, 포스포로디티오에이트, 포스포로아미데이트, 2' 아미노, 5-알킬-치환된 피리미딘, 3' 데옥시구아노신, 5-할로-치환된 피리미딘, 알킬-치환된 푸린, 할로-치환된 푸린, 이환형 뉴클레오타이드, 2'MOE, PNA 분자, LNA 분자, LNA 유사 분자, 디아미노푸린, S2T, 5-플루오로우라실, 5-브로모우라실, 5-클로로우라실, 5-요오도우라실, 하이포잔틴, 잔틴, 4-아세틸사이토신, 5-(카르복시하이드록실메틸)우라실, 5-카르복시메틸아미노메틸-2-티오우리딘, 5-카르복시메틸아미노메틸우라실, 디하이드로우라실, 베타-D-갈락토실쿠에오신, 이노신, N6-이소펜테닐아데닌, 1-메틸구아닌, 1-메틸이노신, 2,2-디메틸구아닌, 2-메틸아데닌, 2-메틸구아닌, 3-메틸사이토신, 5-메틸사이토신, N6-아데닌, 7-메틸 구아닌, 5-메틸아미노메틸우라실, 5-메톡시아미노메틸-2-티오우라실, 베타-D-만노실쿠에오신, 5'-메톡시카르복시메틸우라실, 5-메톡시우라실, 2-메틸티오-D46-이소펜테닐아데닌, 우라실-5-옥시아세트산(v), 와이부톡소신(wybutoxosine), 슈도우라실, 쿠에오신, 2-티오사이토신, 5-메틸-2-티오우라실, 2-티오우라실, 4-티오우라실, 5-메틸우라실, 우라실-5-옥시아세트산 메틸에스테르, 우라실-5-옥시 아세트산(v), 5-메틸-2-티오우라실, 3-(3-아미노-3-N-2-카르복시프로필) 우라실, (acp3)w, 2,6-디아미노푸린, 및 이들의 유도체를 포함한다. 뉴클레오타이드의 서열은 비-뉴클레오타이드 성분에 의해 단절될 수 있다. 폴리뉴클레오타이드는 중합 후, 예컨대, 표지부착 성분과의 접합에 의해 더 변형될 수 있다.
"상보성"은 전통적인 와슨-크릭 또는 다른 비-전통적인 유형에 의해 또 다른 핵산 서열과 수소 결합(들)을 형성하는 핵산의 능력을 지칭할 수 있다. 퍼센트 상보성은 제2 핵산 서열과 수소 결합(예를 들면, 와슨-크릭 염기 페어링)을 형성할 수 있는 핵산 분자 내의 잔기의 퍼센트(예를 들면, 10개 중 5개, 6개, 7개, 8개, 9개 및 10개는 각각 50%, 60%, 70%, 80%, 90% 및 100% 상보적임)를 표시할 수 있다. "완전히 상보적인"은 핵산 서열의 모든 인접 잔기들이 제2 핵산 서열의 동일한 수의 인접 잔기들과 수소 결합할 것임을 의미할 수 있다. "실질적으로 상보적인"은 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 30개, 35개, 40개, 45개 또는 50개 이상의 뉴클레오타이드의 영역에 걸쳐 적어도 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 97%, 98%, 99% 또는 100%인 상보성 정도를 의미하거나, 엄격한 조건 하에서 하이브리드화하는 2개의 핵산을 의미할 수 있다. 예컨대, 퍼센트 상보성을 평가하기 위한 경우 서열 동일성은 니들만-분슈(Needleman-Wunsch) 알고리즘(예를 들면, 임의적으로 디폴트 설정과 함께, www.ebi.ac.uk/Tools/psa/emboss_needle/nucleotide.html에서 입수될 수 있는 EMBOSS Needle 정렬기), BLAST 알고리즘(예를 들면, 임의적으로 디폴트 설정과 함께, blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi에서 입수될 수 있는 BLAST 정렬 수단 참조), 또는 스미스-워터만(Smith-Waterman) 알고리즘을 포함하나 이들로 제한되지 않는 임의의 적합한 정렬 알고리즘에 의해 측정될 수 있다. 최적 정렬은 디폴트 파라미터를 포함하는, 선택된 알고리즘의 임의의 적합한 파라미터를 사용함으로써 평가될 수 있다.
용어 "폴리펩타이드" 및 "단백질"은 아미노산 잔기의 중합체를 지칭하기 위해 교환 가능하게 사용되고 최소 길이로 제한되지 않는다. 예를 들면, 폴리펩타이드는 적어도 약 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 30개, 40개, 50개, 60개, 70개, 80개, 90개, 100개, 200개, 300개, 400개, 500개, 600개, 700개, 800개, 900개 또는 1000개의 펩타이드 또는 아미노산을 포함할 수 있다. 폴리펩타이드의 예는 아미노산 쇄, 단백질, 펩타이드, 호르몬, 폴리펩타이드 사카라이드, 지질, 당지질, 인지질, 항체, 효소, 키나제, 수용체, 전사 인자 및 리간드를 포함하나 이들로 제한되지 않는다. 제공된 TCR 및 TCR 쇄 및 다른 펩타이드, 예를 들면, 링커 및 결합 펩타이드를 포함하는 폴리펩타이드는 천연 아미노산 잔기 및/또는 비천연 아미노산 잔기를 포함하는 아미노산 잔기를 포함할 수 있다. 상기 용어들은 폴리펩타이드의 발현 후 변형, 예를 들면, 글리코실화, 시알릴화, 아세틸화, 인산화 등도 포함한다. 일부 양태에서, 단백질이 원하는 활성을 유지하는 한, 폴리펩타이드는 천연 또는 자연 서열에 대한 변형을 함유할 수 있다. 이 변형은 예컨대, 부위 지정 돌연변이유발을 통한 의도적 변형일 수 있거나, 예컨대, 단백질을 생성하는 숙주의 돌연변이 또는 PCR 증폭에 기인한 오류를 통한 우발적 변형일 수 있다.
본원에서 사용된 바와 같이, 당분야에서 숙련된 자에게 알려진 20종의 통상적인 아미노산들 및 이들의 약어는 통상적인 용법을 따른다. 20종의 통상적인 아미노산들의 입체이성질체(예를 들면, D-아미노산), 비천연 아미노산, 예컨대, α-,α-이치환된 아미노산, N-알킬 아미노산, 젖산, 및 다른 비통상적인 아미노산도 본 발명의 폴리펩타이드를 위한 적합한 성분일 수 있다. 비통상적인 아미노산의 예는 4-하이드록시프롤린, γ-카르복시글루타메이트, ε-N,N,N-트리메틸라이신, ε-N-아세틸라이신, O-포스포세린, N-아세틸세린, N-포르밀메티오닌, 3-메틸히스티딘, 5-하이드록시라이신, σ-N-메틸아르기닌, 및 다른 유사한 아미노산 및 이미노산(예를 들면, 4-하이드록시프롤린)을 포함한다. 본원에서 사용된 폴리펩타이드 표기에서, 표준 용법 및 약정에 따라, 좌측 방향은 아미노 말단 방향이고, 우측 방향은 카르복시 말단 방향이다. 기준 폴리펩타이드 서열(또는 핵산 서열)에 대한 퍼센트(%) 서열 동일성은 서열들을 정렬하고 필요하다면 갭을 도입하여 최대 퍼센트 서열 동일성을 달성하고 임의의 보존적 치환을 서열 동일성의 부분으로서 간주하지 않은 후, 기준 폴리펩타이드 서열(또는 핵산 서열)의 아미노산 잔기(또는 뉴클레오타이드)와 동일한 후보 서열의 아미노산 잔기(또는 핵산 서열의 경우 뉴클레오타이드)의 퍼센트이다. 퍼센트 아미노산 서열 동일성을 측정하기 위한 정렬은 예를 들면, 공개적으로 입수 가능한 컴퓨터 소프트웨어, 예컨대, BLAST, BLAST-2, ALIGN 또는 Megalign(DNASTAR) 소프트웨어를 이용함으로써, 당분야의 기술 내에 있는 다양한 방식들에 의해 달성될 수 있다. 당분야에서 숙련된 자는 비교되는 서열들의 전체 길이에 걸쳐 최대 정렬을 달성하기 위해 필요한 임의의 알고리즘을 포함하는, 서열을 정렬하기 위한 적절한 파라미터를 결정할 수 있다. 그러나, 본원의 목적상, % 아미노산 서열 동일성 값은 서열 비교 컴퓨터 프로그램 ALIGN-2를 이용함으로써 생성된다. ALIGN-2 서열 비교 컴퓨터 프로그램은 제넨테크 인코포레이티드(Genentech, Inc.)에 의해 개발되었고, 소스 코드는 미국 저작권청(워싱턴 D.C., 20559)에 사용자 문서로 출원되었고, 이 저작권청에 미국 저작권 등록번호 TXU510087로 등록되어 있다. ALIGN-2 프로그램은 제넨테크 인코포레이티드(캘리포니아주 사우스 샌 프란시스코)로부터 공개적으로 입수 가능하거나, 원시 코드로부터 컴파일링 수 있다. ALIGN-2 프로그램은 디지털 UNIX V4.0D를 포함하는 UNIX 운영 시스템 상에서 사용되도록 컴파일링되어야 한다. 모든 서열 비교 파라미터들은 ALIGN-2 프로그램에 의해 설정되고 변경되지 않는다. ALIGN-2가 아미노산 서열 비교를 위해 사용되는 상황에서, 소정의 아미노산 서열 B에 대한 소정의 아미노산 서열 A의 % 아미노산 서열 동일성(대안적으로 소정의 아미노산 서열 B에 대한 특정 % 아미노산 서열 동일성을 갖거나 포함하는 소정의 아미노산 서열 A로서 표현될 수 있음)은 다음과 같이 계산된다: 100 곱하기 분수 X/Y, 이때 X는 A와 B의 그 프로그램 정렬에서 서열 정렬 프로그램 ALIGN-2에 의해 동일한 일치로서 점수화된 아미노산 잔기의 수이고, Y는 B의 아미노산 잔기의 총 수이다. 아미노산 서열 A의 길이가 아미노산 서열 B의 길이와 동등하지 않은 경우, B에 대한 A의 % 아미노산 서열 동일성은 A에 대한 B의 % 아미노산 서열 동일성과 동등하지 않을 것임이 인식될 것이다. 구체적으로 달리 언급되어 있지 않은 한, 본원에서 사용된 모든 % 아미노산 서열 동일성 값들은 ALIGN-2 컴퓨터 프로그램을 사용함으로써 직전 단락에 기재된 바와 같이 수득된다.
"생식세포 서열"은 일배체 배우자, 및 이를 형성하는 이배체 세포로부터의 유전 서열을 의미한다. 생식세포 DNA는 단일 TCRα 또는 TCRβ 쇄, 또는 단일 TCRγ 또는 TCRδ 쇄를 코딩하는 다수의 유전자 분절들을 함유한다. 이 유전자 분절들은 생식세포에 보유되나, 기능적 유전자로 배열될 때까지 전사될 수 없고 번역될 수 없다. 골수에서의 T 세포 분화 동안, 이 유전자 분절들은 108 초과의 특이성을 생성할 수 있는 동적 유전 시스템에 의해 무작위로 셔플링된다.
억제, "치료" 및 "치료하는"은 교환 가능하게 사용되고, 예를 들면, 증상의 정체, 생존의 연장, 증상의 부분적 또는 완전한 완화, 및 과도한 수준의 단백질과 관련되어 있거나 단백질 활성과 상호관련된 질병, 질환 또는 장애의 부분적 또는 완전한 박멸을 의미한다. 예를 들면, 암의 치료는 암성 성장 또는 종양의 정체, 부분적 또는 완전한 제거를 포함하나, 이들로 제한되지 않는다. 치료 또는 부분적 제거는 예를 들면, 성장 또는 종양 크기 및/또는 부피의 배수 감소, 예컨대, 약 2배, 약 3배, 약 4배, 약 5배, 약 10배, 약 20배, 약 50배 또는 이들 사이의 임의의 배수 감소를 포함한다. 유사하게, 치료 또는 부분적 제거는 약 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%의 성장 또는 종양 크기 및/또는 부피의 퍼센트 감소 또는 이들 사이의 임의의 퍼센트 감소를 포함할 수 있다. 예방은 과도한 수준의 단백질과 관련되어 있거나 단백질 활성과 상호관련된 질환 또는 장애의 예방, 증상의 발병의 예방, 진행의 예방을 지칭한다.
"대상체", "개체", "숙주" 또는 "환자"는 포유류와 같은 살아있는 유기체를 지칭한다. 대상체 및 숙주의 예는 말, 소, 낙타, 양, 돼지, 염소, 개, 고양이, 토끼, 기니 피그, 래트, 마우스(예를 들면, 인간화된 마우스), 게르빌루스쥐, 비-인간 영장류(예를 들면, 마카크), 인간 등, 예를 들면, 비-포유류 척추동물, 예컨대, 조류(예를 들면, 닭 또는 오리), 어류(예를 들면, 상어) 또는 개구리(예를 들면, 제노푸스), 및 비-포유류 무척추동물을 비롯한 비-포유류뿐만 아니라, 이들의 형질전환 종들도 포함하나, 이들로 제한되지 않는다. 특정 양태에서, 대상체는 단일 유기체(예를 들면, 인간)을 지칭한다. 특정 양태에서, 연구할 공통 면역 인자 및/또는 질환을 가진 작은 코호트, 및/또는 질환을 갖지 않은 개체(예를 들면, 음성/정상 대조군)의 코호트를 구성하는 개체의 군이 제공된다. 샘플이 수득되는 대상체는 질환 및/또는 장애(예를 들면, 하나 이상의 알레르기, 감염, 암 또는 자가면역 장애 등)를 앓을 수 있고 질환에 의해 영향을 받지 않는 음성 대조군 대상체와 비교될 수 있다.
"키트"는 본원에 개시된 방법을 수행하기 위한 물질 또는 시약을 전달하는 전달 시스템을 지칭한다. 일부 실시양태에서, 키트는 한 위치로부터 또 다른 위치로 반응 시약(예를 들면, 적절한 용기 내의 프로브, 효소 등) 및/또는 지지 물질(예를 들면, 완충제, 어세이를 수행하기 위한 작성된 설명서 등)을 저장할 수 있게 하거나, 수송할 수 있게 하거나 전달할 수 있게 하는 시스템을 포함한다. 예를 들면, 키트는 관련 반응 시약 및/또는 지지 물질을 함유하는 하나 이상의 봉입 용기(예를 들면, 상자)를 포함한다. 이러한 내용물은 의도된 수용자에게 함께 또는 따로 전달될 수 있다. 예를 들면, 제1 용기는 어세이에 사용할 효소를 함유할 수 있는 반면, 제2 용기는 복수의 프라이머들을 함유한다. 포장 물질은 키트의 성분들을 수용하는 물리적 구조물을 지칭한다. 포장 물질은 성분들을 멸균 상태로 유지할 수 있고 이러한 목적을 위해 통상적으로 사용되는 물질(예를 들면, 종이, 골판지 섬유, 유리, 플라스틱, 포일, 앰플 등)로 만들어질 수 있다. 표지 또는 포장 삽입물은 적절한 작성된 설명서를 포함할 수 있다. 따라서, 키트는 본 발명의 임의의 방법에서 키트 성분을 사용하기 위한 표지 또는 설명서를 추가로 포함할 수 있다. 키트는 본원에 기재된 방법에서 화합물을 투여하기 위한 설명서와 함께 팩 또는 분배기 내에 화합물을 포함할 수 있다.
용어 "내성 돌연변이"는 유전자 또는 유전자를 함유하는 숙주 세포가 약물을 사용한 치료에 대한 내성을 갖게 만들 수 있는, 유전자 내의 돌연변이를 지칭한다. 예를 들면, BTK C481S 돌연변이는 이브루티닙 내성을 부여할 수 있는 내성 돌연변이이다.
II. 개요
본 개시는 네오항원에 대한 T 세포 수용체(TCR), 네오항원에 대한 TCR을 코딩하는 단리된 핵산 분자, 상기 TCR을 발현하는 T 세포, 및 상기 네오항원을 발현하는 악성 세포를 수반하는 질환의 치료에 사용하기 위한 약학 조성물을 제공한다.
본원은 인간 MHC와 복합체를 형성한, RAS로부터의 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있는 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함하는 적어도 하나의 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 핵산을 제공하고, 이때 TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 3, 18, 33, 49, 65, 81, 97 및 113으로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 84% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 3(CDR3)을 포함하고/하거나, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 6, 21, 36, 52, 68, 84, 100 및 116으로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 84% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 3(CDR3)을 포함한다.
본원은 인간 MHC와 복합체를 형성한, RAS로부터의 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있는 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함하는 적어도 하나의 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 핵산을 제공하고, 이때 RAS로부터의 에피토프는 서열번호 15, 30, 45, 46, 61, 62, 77, 78, 93, 94, 109, 110, 125, 126, 및 219 내지 222로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 70% 서열 동일성을 가진 영역을 포함한다.
본원은 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함하는 적어도 하나의 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 재조합 핵산을 포함하는 단리된 핵산 또는 세포를 제공하고, 이때 TCR은 HLA-A03:01 대립유전자에 의해 코딩된 인간 MHC와 복합체를 형성한, RAS로부터의 에피토프에 특이적으로 결합한다.
일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 9, 24, 39, 55, 71, 87, 103 및 119로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 12, 27, 42, 58, 74, 90, 106 및 122로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 1, 16, 31, 47, 63, 79, 95 및 111로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 1(CDR1)을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 4, 19, 34, 50, 66, 82, 98 및 114로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 1(CDR1)을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 2, 17, 32, 48, 64, 80, 96 및 112로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 2(CDR2)를 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 5, 20, 35, 51, 67, 83, 99 및 115로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 2(CDR2)를 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 9에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고; TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 12에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 1의 CDR1, 서열번호 2의 CDR2 및 서열번호 3의 CDR3을 포함하고; TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 4의 CDR1, 서열번호 5의 CDR2 및 서열번호 6의 CDR3을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 24에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고; TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 27에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 16의 CDR1, 서열번호 17의 CDR2 및 서열번호 18의 CDR3을 포함하고; TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 19의 CDR1, 서열번호 20의 CDR2 및 서열번호 21의 CDR3을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 39에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고; TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 42에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 31의 CDR1, 서열번호 32의 CDR2 및 서열번호 33의 CDR3을 포함하고; TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 34의 CDR1, 서열번호 35의 CDR2 및 서열번호 36의 CDR3을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 55에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고; TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 58에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 47의 CDR1, 서열번호 48의 CDR2 및 서열번호 49의 CDR3을 포함하고; TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 50의 CDR1, 서열번호 51의 CDR2 및 서열번호 52의 CDR3을 포함한다.
본원은 인간 MHC와 복합체를 형성한, TMPRSS2:ERG로부터의 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있는 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함하는 적어도 하나의 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 핵산을 제공하고, 이때 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 144 및 서열번호 147로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 3(CDR3)을 포함한다.
본원은 인간 MHC와 복합체를 형성한, TMPRSS2:ERG로부터의 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있는 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함하는 적어도 하나의 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 핵산을 제공하고, 이때 TMPRSS2:ERG로부터의 에피토프는 서열번호 156의 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 영역을 포함한다.
일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 150에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 153에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 142 또는 서열번호 145에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 1(CDR1)을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 143 또는 서열번호 146에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 2(CDR2)를 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 150에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고; TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 153에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 142의 CDR1, 서열번호 143의 CDR2 및 서열번호 144의 CDR3을 포함하고; TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 145의 CDR1, 서열번호 146의 CDR2 및 서열번호 147의 CDR3을 포함한다.
본원은 인간 MHC와 복합체를 형성한, GATA3으로부터의 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있는 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함하는 적어도 하나의 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 핵산을 제공하고, 이때 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 129 및 서열번호 132로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 3(CDR3)을 포함한다.
본원은 암을 가진 대상체의 HLA 대립유전자에 의해 코딩된 단백질과 복합체를 형성한 돌연변이체 GATA3 펩타이드에 특이적으로 결합할 수 있는 적어도 하나의 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 핵산을 제공하고, 이때 TCR은 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함한다.
본원은 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함하는 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 재조합 핵산을 포함하는 단리된 핵산 또는 세포를 제공하고, 이때 TCR은 HLA-A02:01 단백질과 복합체를 형성한 돌연변이체 GATA3 펩타이드에 특이적으로 결합하고/하거나, 서열번호 129 또는 서열번호 132에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 3(CDR3)을 포함하고/하거나, 서열번호 141에 대한 적어도 70% 서열 동일성을 가진 영역을 포함하는 돌연변이체 GATA3 펩타이드에 특이적으로 결합한다.
본원은 인간 MHC와 복합체를 형성한, GATA3으로부터의 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있는 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함하는 적어도 하나의 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 핵산을 제공하고, 이때 GATA3으로부터의 에피토프는 서열번호 141의 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 영역을 포함한다.
일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 135에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 138에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 127 및 서열번호 130으로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 1(CDR1)을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 128 및 서열번호 131로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 2(CDR2)를 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 135에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고; TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 138에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 127의 CDR1, 서열번호 128의 CDR2 및 서열번호 129의 CDR3을 포함하고; TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 130의 CDR1, 서열번호 131의 CDR2 및 서열번호 132의 CDR3을 포함한다.
또 다른 양태에서, 본원은 인간 MHC와 복합체를 형성한, BTK로부터의 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있는 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함하는 적어도 하나의 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 핵산을 제공하고, 이때 TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 161 및 서열번호 176으로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 3(CDR3)을 포함하거나, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 164 및 서열번호 179로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 3(CDR3)을 포함한다. 또 다른 양태에서, 본원은 암을 가진 대상체의 HLA 대립유전자에 의해 코딩된 단백질과 복합체를 형성한 돌연변이체 BTK 펩타이드에 특이적으로 결합할 수 있는 적어도 하나의 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 핵산을 제공하고, 이때 TCR은 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함한다. 또 다른 양태에서, 본원은 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함하는 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 재조합 핵산을 포함하는 단리된 핵산 또는 세포를 제공하고, 이때 TCR은 HLA-A02:01 단백질과 복합체를 형성한 돌연변이체 BTK 펩타이드에 특이적으로 결합하고/하거나, 서열번호 161, 164, 176 또는 179에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 3(CDR3)을 포함하고/하거나, 서열번호 173 또는 188에 대한 적어도 70% 서열 동일성을 가진 영역을 포함하는 돌연변이체 BTK 펩타이드에 특이적으로 결합한다. 또 다른 양태에서, 본원은 인간 MHC와 복합체를 형성한, BTK로부터의 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있는 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함하는 적어도 하나의 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 핵산을 제공하고, 이때 BTK로부터의 에피토프는 서열번호 173 또는 188의 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 167 또는 182에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 170 또는 185에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 159, 162, 174 및 177로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 1(CDR1)을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 160, 163, 175 및 178로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 2(CDR2)를 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 167 또는 182에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고; TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 170 또는 185에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 159 또는 174의 CDR1, 서열번호 160 또는 175의 CDR2 및 서열번호 161 또는 176의 CDR3을 포함하고; TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 162 또는 177의 CDR1, 서열번호 163 또는 178의 CDR2 및 서열번호 164 또는 179의 CDR3을 포함한다.
또 다른 양태에서, 본 개시는 본원에서 제공된 네오항원에 대한 TCR을 코딩하는 핵산, 상기 핵산 서열을 함유하는 벡터, 또는 본원에서 제공된 핵산에 의해 코딩된 단백질을 포함하는 숙주 세포를 제공한다. 일부 실시양태에서, 숙주 세포는 CD4+ T 세포이다. 일부 실시양태에서, 숙주 세포는 CD8+ T 세포이다. 숙주 세포는 천연 킬러(NK) 세포 또는 B 세포일 수 있다. 숙주 세포는 불멸화된 세포주일 수 있다.
또 다른 양태에서, 본 개시는 본원에서 제공된 네오항원에 대한 TCR을 코딩하는 핵산, 본원에서 제공된 네오항원에 대한 TCR을 코딩하는 핵산을 포함하는 숙주 세포, 상기 핵산 서열을 함유하는 벡터, 또는 본원에서 제공된 핵산에 의해 코딩된 단백질을 포함하는 약학 조성물을 제공한다. 일부 실시양태에서, 본원은 본원에 개시된 약학 조성물을 사용하는 방법도 포함한다.
추가 양태에서, 본원은 질환 또는 질병을 가진 대상체를 치료하는 방법으로서, 본원에 개시된 약학 조성물을 상기 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는 방법도 제공한다. 일부 실시양태에서, 대상체는 암을 가진다.
III. T 세포 수용체(TCR)
다양한 암들 또는 감염성 유기체들과 관련된 항원을 인식하는 T 세포의 능력은 알파(α) 쇄 및 베타(β) 쇄, 또는 감마(γ) 및 델타(δ) 쇄로 구성된 그의 TCR에 의해 부여된다. 이 쇄들을 구성하는 단백질들은 TCR의 엄청난 다양성을 생성하기 위해 특유의 기작을 이용하는 DNA에 의해 코딩된다. 이 다중서브유닛 면역 인식 수용체는 CD3 복합체와 회합하고 항원 제시 세포(APC)의 표면 상에서 MHC 클래스 I 및 II 단백질에 의해 제시된 펩타이드에 결합한다. APC 상에서의 TCR과 항원성 펩타이드의 결합은 T 세포와 APC 사이의 접촉점에서 면역학적 시냅스에서 일어나는, T 세포 활성화에 있어서 중추적인 사건이다.
각각의 TCR은 가변 상보성 결정 영역(CDR)뿐만 아니라 프레임워크 영역(FR) 및 불변 영역도 함유한다. α 및 β 쇄 가변 도메인의 제3 상보성 결정 영역(CDR3) 루프의 아미노산 서열은 각각 β 쇄 좌위에서의 가변(Vβ) 유전자 분절, 다양성(Dβ) 유전자 분절 그리고 연결(Jβ) 유전자 분절 사이의 재조합, 및 α 쇄 좌위에서의 자가 Vα 유전자 분절과 Jα 유전자 분절 사이의 재조합으로부터 비롯된 αβ T 세포의 서열 다양성을 주로 결정한다. TCR α 및 β 쇄 좌위에서의 다수의 이러한 유전자 분절들의 존재는 다수의 상이한 CDR3 서열들이 코딩될 수 있게 한다. TCR 유전자 재배열 과정 동안 Vβ-Dβ, Dβ-Jβ 및 Vα-Jα 연접부에서의 뉴클레오타이드의 독립적 추가 및 결실도 CDR3 서열 다양성을 증가시킨다. 이와 관련하여, 면역능력은 TCR의 다양성으로 반영된다. γδ TCR은 선천성 면역 시스템과 밀접히 상호작용하는 수용체를 코딩한다는 점에서 αβ TCR과 구별된다. TCRγδ는 발생 초기에 발현되고, 전문화된 해부학적 분포를 갖고, 특유의 병원체 및 소분자 특이성을 갖고, 광범위한 선천성 세포 상호작용 및 후천성 세포 상호작용을 가진다. 개체발생 초기에, TCRγδ 세포의 제한된 서브세트가 출생 전에 다양한 조직들에 존재하기 때문에, TCRγ V 및 J 분절 발현의 편향된 패턴이 확립된다.
본원에서 제공된 TCR 목표는 조작된 TCR, 예를 들면, 키메라 항원 수용체(CAR)일 수 있다. CAR은 3개의 영역들, 즉 엑토도메인, 막횡단 도메인 및 엔도도메인으로 구성될 수 있다.
엑토도메인은 세포외 유체에 노출된 수용체의 영역일 수 있고 항원 인식 영역으로 구성될 수 있다. 일부 실시양태에서, 엑토도메인은 스페이서를 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 엑토도메인은 신호 펩타이드를 추가로 포함한다. 신호 펩타이드는 신생 단백질이 소포체 내로 향하게 할 수 있다. CAR에서 신호 단백질은 단일 쇄 가변 단편(scFv)일 수 있다. 융합 단백질은 원래 상이한 단백질들을 코딩하는 2개 이상의 유전자들을 병합함으로써 형성된 단백질일 수 있으나, 이 유전자들이 세포에서 번역될 때, 번역은 원래의 유전자들 각각으로부터 유래한 기능성을 가진 하나 이상의 폴리펩타이드를 생성한다. scFv는 짧은 링커 펩타이드에 의해 연결된 경쇄 도메인 및 중쇄 가변 도메인으로 구성된 키메라 단백질이다. 상기 링커는 글리신 및/또는 세린 잔기의 스트레치와 함께 친수성 잔기를 포함할 수 있다. 상기 링커는 가용성을 개선할 수 있는, 글루타메이트 및 라이신 잔기의 스트레치를 포함할 수 있다.
막횡단 도메인은 막에 걸쳐 있는 소수성 도메인일 수 있다. 일부 실시양태에서, 막횡단 도메인은 알파 나선형 도메인을 포함한다. 막횡단 도메인은 전체로서 수용체의 안정성을 위해 기능적일 수 있다. 일부 실시양태에서, 막횡단 도메인은 엔도도메인의 막에 가장 가까운 성분으로부터의 막횡단 도메인을 포함한다. 일부 실시양태에서, 막횡단 도메인은 CD3-제타 막횡단 도메인을 포함한다. 일부 실시양태에서, 막횡단 도메인은 인공 TCR이 천연 TCR 복합체 내로 혼입될 수 있게 한다. 일부 실시양태에서, 막횡단 도메인은 CD28 막횡단 도메인을 포함한다.
엔도도메인은 수용체의 기능적 세포내 부분, 예컨대, TCR 또는 CAR일 수 있다. 항원 인식 후, 수용체 클러스터 및 신호는 세포에게 전달될 수 있다. 일부 실시양태에서, 엔도도메인은 CD3-제타 세포내 도메인을 포함한다. 일부 실시양태에서, 엔도도메인은 적어도 하나의 ITAM을 포함한다. 일부 실시양태에서, 엔도도메인은 적어도 3개 또는 적어도 3개의 ITAM을 포함한다. 일부 실시양태에서, 엔도도메인은 CD28 세포내 도메인을 포함한다. 일부 실시양태에서, 엔도도메인은 OX40 세포내 도메인을 포함한다. 일부 실시양태에서, 엔도도메인은 키메라 세포내 도메인을 포함한다. 예를 들면, 엔도도메인은 CD28 세포내 도메인, OX40 세포내 도메인 및 CD3-제타 세포내 도메인을 포함할 수 있다.
IV. T 세포
T 세포는 림프구로서 공지된 백혈구의 군에 속하고, 세포 매개 면역에 있어서 중추적인 역할을 한다. T 세포는 CD4+ T 세포(헬퍼 T 세포) 및 CD8+ T 세포(세포독성 T 세포)를 포함한다. CD4+ T 세포는 B 세포의 성숙, 및 세포독성 T 세포 및 대식세포의 활성화를 비롯한 면역학적 과정에서 다른 백혈구를 보조할 수 있다. CD4+ T 세포는 항원 제시 세포(APC)의 표면 상에서 발현된 MHC 클래스 II 분자에 의해 펩타이드 항원을 제시받을 때 활성화된다. T 세포는 일단 활성화되면 신속히 분열할 수 있고 활성 면역 반응을 조절하는 사이토카인을 분비할 수 있다. CD8+ T 세포는 바이러스에 의해 감염된 세포 및 종양 세포를 파괴할 수 있고, 이식 거부에도 연관될 수 있다. CD8+ T 세포는 신체의 거의 모든 세포의 표면 상에 존재하는 MHC 클래스 I과 회합된 항원에 결합함으로써 그의 표적을 인식할 수 있다. 대부분의 T 세포들은 T 세포 수용체(TCR)를 가진다. 다양한 암들 또는 감염성 유기체들과 관련된 항원을 인식하는 T 세포의 능력은 알파(α) 쇄 및 베타(β) 쇄, 또는 감마(γ) 및 델타(δ) 쇄로 구성된 그의 TCR에 의해 부여된다. 이 쇄들을 구성하는 단백질들은 TCR의 다양성을 생성하기 위해 특유의 기작을 이용하는 DNA에 의해 코딩된다. 이 다중서브유닛 면역 인식 수용체는 CD3 복합체와 회합할 수 있고 항원 제시 세포(APC)의 표면 상에서 MHC 클래스 I 및 II 단백질에 의해 제시된 펩타이드에 결합할 수 있다. T 세포의 활성화에 있어서 첫 번째 신호는 T 세포 수용체와, 또 다른 세포 상의 MHC에 의해 제시된 짧은 펩타이드의 결합에 의해 제공될 수 있다. 이것은 그 펩타이드에 특이적인 TCR을 가진 T 세포만이 활성화되게 한다. B 세포 및 대식세포가 중요한 APC일 수 있지만, 파트너 세포는 통상적으로 항원 제시 세포, 예컨대, 전문적인 항원 제시 세포, 통상적으로 천연 반응의 경우 수지상 세포이다. TCR과 APC 상의 항원성 펩타이드의 결합은 T 세포와 APC 사이의 접촉점에서 면역학적 시냅스에서 일어나는, T 세포 활성화에 있어서 중추적인 사건일 수 있다.
T 세포는 당분야에서 알려진 방법에 따라 준비될 수 있다. T 세포는 농후화된 T 세포 제제, APC-고갈된 세포 제제, 또는 실질적으로 정제된 T 세포 제제일 수 있다. T 세포는 혼합된 T 세포 집단 또는 정제된 T 세포 서브세트일 수 있다. T 세포는 단리된 T 세포 집단에 비해 증가된 수 또는 퍼센트의 T 세포를 함유하는 농후화된 T 세포 제제일 수 있다.
T 세포, 또는 T 세포의 서브세트는 다양한 림프 조직들로부터 수득될 수 있다. T 세포는 말초 혈액 단핵 세포(PBMC), 골수, 흉선, 조직 생검, 종양, 림프절 조직, 소화관 관련 림프 조직, 점막 관련 림프 조직, 비장 조직, 림프 조직 및 종양을 비롯한 다수의 공급원들로부터 수득될 수 있다. 본원에서 사용된 용어 "말초 혈액 림프구"(PBL) 및 이의 문법적으로 동등한 용어는 혈액(예를 들면, 말초 혈액)에서 순환하는 림프구를 지칭할 수 있다. 말초 혈액 림프구는 장기에 편재되지 않는 림프구를 지칭할 수 있다. 말초 혈액 림프구는 T 세포, NK 세포, B 세포 또는 이들의 임의의 조합을 포함할 수 있다.
방법은 대상체로부터 T 세포를 단리하는 단계를 포함할 수 있다. 방법은 대상체로부터 단리된 T 세포를 수득하는 단계를 포함할 수 있다. T 세포는 T 세포주로부터 수득될 수 있다. T 세포는 자가 공급원으로부터 수득될 수 있다. T 세포는 동종이계 공급원으로부터 수득될 수 있다. T 세포는 이종이계 공급원, 예를 들면, 마우스, 래트, 비-인간 영장류 및 돼지로부터 수득될 수도 있다.
T 세포는 APC-고갈된 세포 제제일 수 있다. T 세포는 APC를 실질적으로 갖지 않을 수 있다. 예를 들면, T 세포는 75% 이상의 APC로부터 분리된 T 세포를 포함할 수 있다. 예시적 실시양태에서, 말초 혈액 단핵 세포(PBMC)는 예를 들면, 헤파린처리된 바이알 내의 혈액으로부터 수득될 수 있다. PBMC는 원심분리에 의해 적혈구로부터 분리될 수 있고 PBMC는 계면으로부터 회수될 수 있다. 회수된 PBMC는 임의적으로 (예를 들면, PBS에 의해) 세척될 수 있다.
T 세포 정제는 예를 들면, CD2, CD3, CD4, CD5, CD8, CD14, CD19 및/또는 MHC 클래스 II 분자에 대해 유도된 항체의 사용을 포함하나 이들로 제한되지 않는 양성 또는 음성 선택에 의해 달성될 수 있다. 특정 T 세포 서브세트, 예컨대, CD28+, CD4+, CD8+, CD45RA+ 및/또는 CD45RO+ T 세포는 양성 또는 음성 선택 기법에 의해 단리될 수 있다. 예를 들면, CD3+, CD28+ T 세포는 CD3/CD28 접합된 자성 비드를 사용함으로써 양성적으로 선택될 수 있다. 본 발명의 한 양태에서, 음성 선택에 의한 T 세포 집단의 농후화는 음성적으로 선택된 세포에 유일무이한 표면 마커에 대한 항체들의 병용에 의해 달성될 수 있다.
예를 들면, T 세포 샘플은 대상체의 순환 혈액으로부터의 세포를 포함할 수 있고 성분채집술 또는 백혈구성분채집술에 의해 수득될 수 있다. T 세포 샘플은 T 세포, 단핵구, 과립구, B 세포, 다른 유핵 백혈구, 적혈구 및/또는 혈소판을 비롯한 림프구를 함유할 수 있다. T 세포 샘플의 바람직하지 않은 성분은 제거될 수 있고, 남은 T 세포는 배양 배지에 현탁될 수 있다. 예를 들면, 세포는 혈장 분획을 제거기 위해 세척될 수 있다. 예를 들면, T 세포는 적혈구를 용해시키고 PERCOLL™ 구배를 통해 원심분리함으로써 말초 혈액 림프구로부터 단리될 수 있다.
일부 실시양태에서, T 세포는 인간 MHC와 복합체를 형성한, RAS로부터의 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있는 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함하는 적어도 하나의 T 세포 수용체(TCR)를 포함한다. 일부 실시양태에서, T 세포는 인간 MHC와 복합체를 형성한, TMPRSS2:ERG로부터의 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있는 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함하는 적어도 하나의 T 세포 수용체(TCR)를 포함한다. 일부 실시양태에서, T 세포는 인간 MHC와 복합체를 형성한, GATA3으로부터의 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있는 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함하는 적어도 하나의 T 세포 수용체(TCR)를 포함한다. 일부 실시양태에서, 숙주 세포는 본원에 개시된 적어도 하나의 TCR을 포함하고, 이때 숙주 세포는 CD4+ T 세포이다. 일부 실시양태에서, 숙주 세포는 CD8+ T 세포이다. 일부 실시양태에서, 숙주 세포는 자가 세포이다. 일부 실시양태에서, 숙주 세포는 동종이계 세포이다. 일부 실시양태에서, 숙주 세포는 인간 세포이다. 일부 다른 경우, 숙주 세포는 천연 킬러(NK) 세포, B 세포 또는 불멸화된 세포주일 수 있다.
일부 실시양태에서, T 세포는 양성 선택 및/또는 음성 선택에 의해 수득될 수 있다. 양성 선택에서, 친화성 작용제(예컨대, 항체, 항체 단편 및 앱타머)는 세포 집단 상에서 발현된 세포 표면 마커, 예를 들면, T 세포의 경우 CD3을 결합시키는 데 사용될 수 있다. 친화성 작용제를 사용하여 T 세포를 표지부착시킬 수 있다. 그 다음, 당분야에서 잘 알려진 다양한 방법들을 이용하여 표지부착된 T 세포를 농후화할 수 있다. 이 방법들의 비제한적 예는 형광 활성화된 세포 분류(FACS) 및 (상)자성 입자 기반 세포 분리(예를 들면, 밀테니이 바이오텍(Miltenyi Biotec)으로부터의 MACS 세포 분리 키트)를 포함한다.
음성 선택에서, 친화성 작용제는 원하는 집단 이외의 혈액 세포 상에서 발현된 세포 표면 마커를 결합시키는 데 사용될 수 있다. 예를 들면, T 세포를 단리하고자 할 때, 친화성 작용제들의 칵테일을 사용하여 B 세포, NK 세포, 단핵구, 혈소판, 수지상 세포, 과립구 및 적혈구를 표지부착시킬 수 있다. 그 다음, 농후화된 T 세포를 남기면서, 표지부착된 세포를 고갈시킬 수 있다. 표지부착된 세포를 고갈시키는 예시적 방법은 FACS 및 (상)자성 입자 기반 세포 분리를 포함한다.
표지부착 기반 단리 이외에, 특수 성장 조건을 이용하여 한 특정 세포 집단의 성장을 촉진할 수 있다. 예를 들면, 특수 성장 조건은 특수 사이토카인 또는 성장 인자를 사용함으로써 수득될 수 있다. 또 다른 예를 들면, T 세포는 파이토헤마글루티닌(PHA), IL-2 및/또는 IL-15를 함유하는 배양 배지에서 우선적으로 증식할 수 있다.
일부 상황에서, 기능적 마커의 결합, 예컨대, (단독으로 또는 자성 입자에 접합된) 항-CD3 항체에 의한 CD3의 결합이 T 세포 상에서 원치 않는 신호전달 사건을 유발할 수 있기 때문에, 비-기능적 마커를 사용하여 T 세포를 단리할 수 있다. 따라서, CD14, CD15, CD16, CD19, CD34, CD36, CD56, CD123 및 CD235a(글리코포린 A)에 대한 항체들의 칵테일을 사용하여 T 세포를 단리할 수 있다.
상세한 프로토콜은 본원에 참고로 포함된 공개된 문헌(예를 들면, 문헌[Lefort et al., J Vis Exp. 2010; (40): 2017] 참조)에서 발견될 수 있다. T 세포 단리 키트는 예를 들면, 스템셀 테크놀로지스(STEMCELL Technologies), 써모피셔(Thermofisher) 및 밀테니이 바이오텍으로부터 입수될 수 있다.
본원에 기재된 T 세포는 동종이계 T 세포일 수 있다.
일부 실시양태에서, T 세포는 그의 게놈 내에 변형된 인간 T 세포 수용체(TCR) 알파 쇄 유전자 및/또는 변형된 인간 TCR 베타 쇄 유전자를 포함하는 유전적으로 변형된 세포일 수 있고, 이때 상기 세포는 내생성 TCR의 감소된 세포 표면 발현을 가진다.
TCR의 성분을 파괴하기 위해 유전자 편집 뉴클레아제를 사용할 수 있다. TCR 알파 쇄(TCRα)는 단일 TRAC 유전자에 의해 코딩되고 2개의 TCRB 유전자들에 의해 코딩된 TCR 베타 쇄(TCRβ)와 페어링한다. TCR α/β 이량체가 완전히 기능적인 TCR 복합체를 생성할 수 있기 때문에, TCRα 및/또는 TCRβ 기능의 파괴는 내생성 TCR 발현을 감소시킬 수 있다(심지어 제거할 수 있다).
다양한 방법들을 이용하여 내생성 TCRα 또는 TCRβ 유전자를 파괴할 수 있다. 예를 들면, 사용자 정의된 DNA 서열에 결합하고 이중 가닥 DNA 절단(DSB)을 매개하는 데 있어서 공통 작용 방식을 공유하는 4개 클래스의 유전자 편집 단백질들이 존재한다. 징크 핑거 뉴클레아제(ZFN)는 표적 DNA 부위에서 공편재화되는 이종이량체성 어레이이다. ZFN은 DNA에 결합하고 DNA를 절단하는 Fokl 뉴클레아제 도메인에 연결된 개별 핑거 서브유닛을 포함한다. 전사 활성화제 유사 이펙터 뉴클레아제(TALEN)는 DNA 염기 인식을 좌우하는 초가변 2개 아미노산 서열(반복부 가변 이잔기; RVD)에 의해 DNA에 결합하는 반복부 유닛을 포함한다. TALEN은 ZFNS와 유사하게 DSB 생성을 위해 Fokl 엔도뉴클레아제 도메인에 융합된 이량체성 단백질로서 작용한다. 메가뉴클레아제(MN)는 세균 귀소 엔도뉴클레아제로부터 유래하고 특유의 표적 부위를 위해 조작된, 선천성 뉴클레아제 활성을 가진 단량체 단백질이다. 밀집된 규칙적으로 이격된 짧은 팔린드롬성 반복부(CRISPR) 및 관련 Cas9 뉴클레아제 플랫폼은 와슨-크릭 염기 페어링을 통해 표적 DNA 서열과 접촉하는 작은 가이드 RNA(gRNA) 및 DNA를 절단하는 Cas9 뉴클레아제를 수반한다.
일부 실시양태에서, T 세포 내로의 게놈 편집 뉴클레아제의 도입은 게놈 편집 뉴클레아제를 코딩하는 폴리뉴클레오타이드를 T 세포 내로 도입하는 단계를 포함한다.
일부 실시양태에서, T 세포 내로의 게놈 편집 뉴클레아제의 도입은 Cas9 폴리펩타이드를 T 세포 내로 도입하는 단계를 포함한다. 일부 실시양태에서, 게놈 편집 뉴클레아제는 TALEN 뉴클레아제, CRISPR/Cas9 뉴클레아제 또는 megaTAL 뉴클레아제를 포함한다.
일부 실시양태에서, CRISPR/Cas9 뉴클레아제는 스트렙토코커스 피오게네스(Streptococcus pyogenes) 또는 스타필로코커스 아우레우스(Staphylococcus aureus)로부터 유래한다. 이 실시양태들 중 일부 실시양태에서, CRISPR/Cas9 뉴클레아제는 뉴클레아제 내성 gRNA, 예를 들면, 적어도 하나의 2'-OMe-포스포로티오에이트 변형된 염기, 적어도 하나의 2'-O-메틸 변형된 염기 또는 적어도 하나의 2'-O-메틸 3' thioPACE 변형된 염기를 포함한다.
일부 실시양태에서, TALEN 뉴클레아제 또는 megaTAL 뉴클레아제는 외생성 폴리아데닐화 신호를 가진 RNA에 의해 코딩된다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 방법은 게놈 변형된 T 세포 집단을 증폭시키는 데 효과적인 조건 하에서 T 세포를 배양하는 단계를 추가로 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, TCRα 및/또는 TCRβ의 발현의 파괴는 TCRα와 TCRβ의 어셈블리도 파괴한다. 일부 실시양태에서, TCRα의 발현의 파괴는 TCR과 CD3 사이의 복합체의 형성도 파괴한다. 일부 실시양태에서, TCRα의 발현의 파괴는 TCRα와 TCRβ의 어셈블리의 파괴도 수반한다.
일부 실시양태에서, 유전적으로 변형된 T 세포는 파괴된 TCR 알파 쇄 및/또는 베타 쇄, 및 면역 체크포인트 단백질, 예컨대, PD1 및 CTLA-4를 코딩하는 불활성화된 유전자를 포함한다. 이것은 면역 체크포인트 단백질, 예컨대, PD1 및 CTLA-4를 코딩하는 유전자의 불활성화와 커플링된, TCR알파 또는 TCR베타에 대해 유도된 특이적 TALE-뉴클레아제를 사용한 유전자 불활성화에 의해 가능해질 수 있다.
일부 실시양태에서, 유전적 변형은 PD1, CTLA-4, LAG3, Tim3, BTLA, BY55, TIGIT, B7H5, LAIR1, SIGLEC10, 2B4, TCR 알파 및 TCR 베타로 구성된 군으로부터 선택된 1개의 유전자 또는 2개의 유전자들의 불활성화에 의존한다. 일부 실시양태에서, 유전적 변형은 PD1 및 TCR 알파, PD1 및 TCR 베타, CTLA-4 및 TCR 알파, CTLA-4 및 TCR 베타, LAG 3 및 TCR 알파, LAG 3 및 TCR 베타, Tim3 및 TCR 알파, Tim3 및 TCR 베타, BTLA 및 TCR 알파, BTLA 및 TCR 베타, BY55 및 TCR 알파, BY55 및 TCR 베타, TIGIT 및 TCR 알파, TIGIT 및 TCR 베타, B7H5 및 TCR 알파, B7H5 및 TCR 베타, LAIRl 및 TCR 알파, LAIR1 및 TCR 베타, SIGLEC10 및 TCR 알파, SIGLEC10 및 TCR 베타, 2B4 및 TCR 알파, 2B4 및 TCR 베타로 구성된 군으로부터 선택된 2개의 유전자들의 불활성화에 의존한다. 일부 실시양태에서, 유전적 변형은 2개 초과의 유전자들의 불활성화에 의존한다. 유전적 변형은 생체 외에서 작동될 수 있다.
V. RAS 펩타이드-MHC 복합체에 특이적인 TCR
본원은 인간 MHC와 복합체를 형성한, RAS로부터의 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있는 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함하는 적어도 하나의 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 핵산을 제공하고, 이때 TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 3, 18, 33, 49, 65, 81, 97, 113, 241, 257, 273, 289, 305, 321, 337, 353, 369, 385, 401, 417 및 433으로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 84% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 3(CDR3)을 포함하고/하거나, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 6, 21, 36, 52, 68, 84, 100, 116, 244, 260, 276, 292, 308, 324, 340, 356, 372, 388, 404, 420 및 436으로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 84% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 3(CDR3)을 포함한다.
본원은 인간 MHC와 복합체를 형성한, RAS로부터의 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있는 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함하는 적어도 하나의 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 핵산을 제공하고, 이때 RAS로부터의 에피토프는 서열번호 15, 30, 45, 46, 61, 62, 77, 78, 93, 94, 109, 110, 125, 126, 219 내지 222, 253, 254, 269, 270, 285, 286, 301, 302, 317, 318, 333, 334, 349, 350, 365, 366, 381, 382, 397, 398, 413, 414, 429, 430, 445 및 446으로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 70% 서열 동일성을 가진 영역을 포함한다.
본원은 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함하는 적어도 하나의 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 재조합 핵산을 포함하는 단리된 핵산 또는 세포를 제공하고, 이때 TCR은 HLA-A03:01 대립유전자에 의해 코딩된 인간 MHC와 복합체를 형성한, RAS로부터의 에피토프에 특이적으로 결합한다. 일부 실시양태에서, 알파 쇄 구축물은 서열번호 71, 87, 103, 295, 311, 327, 343, 359 및 391로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고, 이때 TCR은 HLA-A03:01 대립유전자에 의해 코딩된 인간 MHC와 복합체를 형성한, RAS로부터의 에피토프에 특이적으로 결합한다. 일부 실시양태에서, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 74, 90, 106, 298, 314, 330, 346, 362 및 394로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고, 이때 TCR은 HLA-A03:01 대립유전자에 의해 코딩된 인간 MHC와 복합체를 형성한, RAS로부터의 에피토프에 특이적으로 결합한다.
일부 실시양태에서, 전술된 TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 63, 79, 95, 287, 303, 319, 335, 351 및 383으로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 1(CDR1)을 포함한다. 일부 실시양태에서, 전술된 TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 66, 82, 98, 290, 306, 322, 338, 354 및 386으로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 1(CDR1)을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 64, 80, 96, 288, 304, 320, 336, 352 및 384로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 2(CDR2)를 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 67, 83, 99, 291, 307, 323, 339, 355 및 387로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 2(CDR2)를 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 65, 81, 97, 289, 305, 321, 337, 353 및 385로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 3(CDR3)을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 68, 84, 100, 292, 308, 324, 340, 356 및 388로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 3(CDR3)을 포함한다.
본원은 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함하는 적어도 하나의 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 재조합 핵산을 포함하는 단리된 핵산 또는 세포를 제공하고, 이때 TCR은 HLA-A02:01 대립유전자에 의해 코딩된 인간 MHC와 복합체를 형성한, RAS로부터의 에피토프에 특이적으로 결합한다. 일부 실시양태에서, 알파 쇄 구축물은 서열번호 9 및 24로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고, 이때 TCR은 HLA-A02:01 대립유전자에 의해 코딩된 인간 MHC와 복합체를 형성한, RAS로부터의 에피토프에 특이적으로 결합한다. 일부 실시양태에서, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 12 및 27로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고, 이때 TCR은 HLA-A02:01 대립유전자에 의해 코딩된 인간 MHC와 복합체를 형성한, RAS로부터의 에피토프에 특이적으로 결합한다.
일부 실시양태에서, 전술된 TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 1 및 16으로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 1(CDR1)을 포함한다. 일부 실시양태에서, 전술된 TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 4 및 19로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 1(CDR1)을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 2 및 17로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 2(CDR2)를 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 5 및 20으로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 2(CDR2)를 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 3 및 18로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 3(CDR3)을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 6 및 21로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 3(CDR3)을 포함한다.
본원은 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함하는 적어도 하나의 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 재조합 핵산을 포함하는 단리된 핵산 또는 세포를 제공하고, 이때 TCR은 HLA-A11:01 대립유전자에 의해 코딩된 인간 MHC와 복합체를 형성한, RAS로부터의 에피토프에 특이적으로 결합한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 39, 55, 122, 247, 263, 279, 375, 407, 423 및 439로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고, 이때 TCR은 HLA-A11:01 대립유전자에 의해 코딩된 인간 MHC와 복합체를 형성한, RAS로부터의 에피토프에 특이적으로 결합한다. 일부 실시양태에서, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 42, 58, 125, 250, 266, 282, 378, 413, 426 및 442로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고, 이때 TCR은 HLA-A11:01 대립유전자에 의해 코딩된 인간 MHC와 복합체를 형성한, RAS로부터의 에피토프에 특이적으로 결합한다.
일부 실시양태에서, 전술된 TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 31, 47, 111, 239, 255, 271, 367, 399, 415 및 431로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 1(CDR1)을 포함한다. 일부 실시양태에서, 전술된 TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 34, 50, 114, 242, 258, 274, 370, 402, 418 및 434로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 1(CDR1)을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 32, 48, 112, 240, 256, 272, 368, 400, 416 및 432로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 2(CDR2)를 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 35, 51, 115, 243, 259, 275, 371, 403, 419 및 435로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 2(CDR2)를 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 33, 49, 113, 241, 257, 273, 369, 401, 417 및 433으로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 3(CDR3)을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 36, 52, 116, 228, 244, 260, 276, 372, 404, 420 및 434로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 3(CDR3)을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 9에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고; TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 12에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 1의 CDR1, 서열번호 2의 CDR2 및 서열번호 3의 CDR3을 포함하고; TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 4의 CDR1, 서열번호 5의 CDR2 및 서열번호 6의 CDR3을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 24에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고; TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 27에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 16의 CDR1, 서열번호 17의 CDR2 및 서열번호 18의 CDR3을 포함하고; TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 19의 CDR1, 서열번호 20의 CDR2 및 서열번호 21의 CDR3을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 39에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고; TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 42에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 31의 CDR1, 서열번호 32의 CDR2 및 서열번호 33의 CDR3을 포함하고; TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 34의 CDR1, 서열번호 35의 CDR2 및 서열번호 36의 CDR3을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 55에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고; TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 58에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 47의 CDR1, 서열번호 48의 CDR2 및 서열번호 49의 CDR3을 포함하고; TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 50의 CDR1, 서열번호 51의 CDR2 및 서열번호 52의 CDR3을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 71에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고; TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 74에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 63의 CDR1, 서열번호 64의 CDR2 및 서열번호 65의 CDR3을 포함하고; TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 66의 CDR1, 서열번호 67의 CDR2 및 서열번호 68의 CDR3을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 87에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고; TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 90에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 79의 CDR1, 서열번호 80의 CDR2 및 서열번호 81의 CDR3을 포함하고; TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 82의 CDR1, 서열번호 83의 CDR2 및 서열번호 84의 CDR3을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 103에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고; TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 106에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 95의 CDR1, 서열번호 96의 CDR2 및 서열번호 97의 CDR3을 포함하고; TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 98의 CDR1, 서열번호 99의 CDR2 및 서열번호 100의 CDR3을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 119에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고; TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 122에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 111의 CDR1, 서열번호 112의 CDR2 및 서열번호 113의 CDR3을 포함하고; TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 114의 CDR1, 서열번호 115의 CDR2 및 서열번호 116의 CDR3을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 263에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고; TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 266에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 255의 CDR1, 서열번호 256의 CDR2 및 서열번호 257의 CDR3을 포함하고; TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 258의 CDR1, 서열번호 259의 CDR2 및 서열번호 260의 CDR3을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 279에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고; TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 282에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 271의 CDR1, 서열번호 272의 CDR2 및 서열번호 273의 CDR3을 포함하고; TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 274의 CDR1, 서열번호 275의 CDR2 및 서열번호 276의 CDR3을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 295에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고; TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 298에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 287의 CDR1, 서열번호 288의 CDR2 및 서열번호 289의 CDR3을 포함하고; TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 290의 CDR1, 서열번호 291의 CDR2 및 서열번호 292의 CDR3을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 311에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고; TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 314에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 303의 CDR1, 서열번호 304의 CDR2 및 서열번호 305의 CDR3을 포함하고; TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 306의 CDR1, 서열번호 307의 CDR2 및 서열번호 308의 CDR3을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 327에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고; TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 330에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 319의 CDR1, 서열번호 320의 CDR2 및 서열번호 321의 CDR3을 포함하고; TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 322의 CDR1, 서열번호 323의 CDR2 및 서열번호 324의 CDR3을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 343에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고; TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 346에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 335의 CDR1, 서열번호 336의 CDR2 및 서열번호 337의 CDR3을 포함하고; TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 338의 CDR1, 서열번호 339의 CDR2 및 서열번호 340의 CDR3을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 343에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고; TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 346에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 351의 CDR1, 서열번호 352의 CDR2 및 서열번호 353의 CDR3을 포함하고; TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 354의 CDR1, 서열번호 355의 CDR2 및 서열번호 356의 CDR3을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 343에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고; TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 346에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 367의 CDR1, 서열번호 368의 CDR2 및 서열번호 369의 CDR3을 포함하고; TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 370의 CDR1, 서열번호 371의 CDR2 및 서열번호 372의 CDR3을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 391에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고; TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 394에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 383의 CDR1, 서열번호 384의 CDR2 및 서열번호 385의 CDR3을 포함하고; TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 386의 CDR1, 서열번호 387의 CDR2 및 서열번호 388의 CDR3을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 391에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고; TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 394에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 399의 CDR1, 서열번호 400의 CDR2 및 서열번호 401의 CDR3을 포함하고; TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 402의 CDR1, 서열번호 403의 CDR2 및 서열번호 404의 CDR3을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 423에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고; TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 426에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 415의 CDR1, 서열번호 416의 CDR2 및 서열번호 417의 CDR3을 포함하고; TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 418의 CDR1, 서열번호 419의 CDR2 및 서열번호 420의 CDR3을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 391에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고; TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 394에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 431의 CDR1, 서열번호 432의 CDR2 및 서열번호 433의 CDR3을 포함하고; TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 434의 CDR1, 서열번호 435의 CDR2 및 서열번호 426의 CDR3을 포함한다.
다양한 실시양태에서, TCR을 코딩하는 핵산 서열은 코돈 최적화된다.
3개의 ras 유전자들, 즉 H-ras, K-ras 및 N-ras 중 어느 한 유전자 내의 돌연변이는 인간 종양발생에 있어서 가장 흔한 사건들 중 하나이다. 모든 인간 종양들의 약 30%는 정규 ras 유전자들 중 임의의 ras 유전자 내에 적어도 하나의 돌연변이를 갖는 것으로 발견된다. Ras 돌연변이는 예를 들면, 담도의 선암종, 방광의 이행 세포 암종, 유방 암종, 자궁경부 선암종, 결장 선암종, 결장 선종, 신경모세포종(자율 신경절), 급성 골수성 백혈병, 만성 골수성 백혈병, 만성 골수단핵구성 백혈병, 소아 골수단핵구성 백혈병, 급성 림프모구성 백혈병, 버킷 림프종, 호지킨 림프종, 형질 세포 골수종, 간세포 암종, 대세포 암종, 비-소세포 암종, 유관 암종, 내분비 종양, 전립선 선암종, 기저 세포 암종, 편평 세포 암종, 악성 흑색종, 혈관육종, 평활근육종, 지방육종, 횡문근육종, 점액종, 악성 섬유성 조직구종, 다형세포 육종, 배아세포종, 정상피종, 역형성 암종, 여포성 암종, 유두상 암종 및 휘틀(Hurthle) 세포 암종에서 확인된다. Ras 돌연변이는 신체의 많은 조직들 및 장기들, 예를 들면, 폐, 간, 유방, 방광, 결장, 자궁경부, 췌장, 전립선, 위, 갑상선, 고환, 연조직, 피부 및 혈액에 영향을 미치는 암에서 발견된다.
다양한 실시양태에서, TCR은 MHC:RAS 펩타이드 복합체에 결합하고, 이때 RAS 펩타이드는 G12V 돌연변이를 포함한다. 다양한 실시양태에서, TCR은 MHC:RAS 펩타이드 복합체에 결합하고, 이때 RAS 펩타이드는 G12C 돌연변이를 포함한다. 다양한 실시양태에서, TCR은 MHC:RAS 펩타이드 복합체에 결합하고, 이때 RAS 펩타이드는 G12D 돌연변이를 포함한다. 다양한 실시양태에서, TCR은 MHC:RAS 펩타이드 복합체에 결합하고, 이때 RAS 펩타이드는 Q61에서 돌연변이를 포함한다. 다양한 실시양태에서, TCR은 MHC:RAS 펩타이드 복합체에 결합하고, 이때 RAS 펩타이드는 서열 VVGAVGVGK(서열번호 45), VVVGAVGVGK(서열번호 46), VVGADGVGK(서열번호 301), VVVGADGVGK(서열번호 302), VVGACGVGK(서열번호 109), VVVGACGVGK(서열번호 110), KLVVVGACGV(서열번호 15), LVVVGACGV(서열번호 30), KLVVVGADGV(서열번호 219), LVVVGADGV(서열번호 220), KLVVVGAVGV(서열번호 221) 또는 LVVVGAVGV(서열번호 222)를 포함한다.
다양한 실시양태에서, TCR은 MHC:RAS 펩타이드 복합체에 결합하고, 이때 인간 MHC는 HLA-A02:01 대립유전자에 의해 코딩된다. 다양한 실시양태에서, TCR은 MHC:RAS 펩타이드 복합체에 결합하고, 이때 인간 MHC는 HLA-A03:01 대립유전자에 의해 코딩된다. 다양한 실시양태에서, TCR은 MHC:RAS 펩타이드 복합체에 결합하고, 이때 인간 MHC는 HLA-A11:01 대립유전자에 의해 코딩된다.
다양한 실시양태에서, TCR은 MHC:RAS 펩타이드 복합체에 결합하고, 이때 인간 MHC는 HLA-A02:01 대립유전자에 의해 코딩되고, RAS 펩타이드는 서열 VVGAVGVGK(서열번호 45), VVVGAVGVGK(서열번호 46), VVGADGVGK(서열번호 301), VVVGADGVGK(서열번호 302), VVGACGVGK(서열번호 109), VVVGACGVGK(서열번호 110), KLVVVGACGV(서열번호 15), LVVVGACGV(서열번호 30), KLVVVGADGV(서열번호 219), LVVVGADGV(서열번호 220), KLVVVGAVGV(서열번호 221) 또는 LVVVGAVGV(서열번호 222)를 포함한다. 다양한 실시양태에서, TCR은 MHC:RAS 펩타이드 복합체에 결합하고, 이때 인간 MHC는 HLA-A03:01 대립유전자에 의해 코딩되고, RAS 펩타이드는 서열 VVGAVGVGK(서열번호 45), VVVGAVGVGK(서열번호 46), VVGADGVGK(서열번호 301), VVVGADGVGK(서열번호 302), VVGACGVGK(서열번호 109), VVVGACGVGK(서열번호 110), KLVVVGACGV(서열번호 15), LVVVGACGV(서열번호 30), KLVVVGADGV(서열번호 219), LVVVGADGV(서열번호 220), KLVVVGAVGV(서열번호 221) 또는 LVVVGAVGV(서열번호 222)를 포함한다. 다양한 실시양태에서, TCR은 MHC:RAS 펩타이드 복합체에 결합하고, 이때 인간 MHC는 HLA-A11:01 대립유전자에 의해 코딩되고, RAS 펩타이드는 서열 VVGAVGVGK(서열번호 45), VVVGAVGVGK(서열번호 46), VVGADGVGK(서열번호 301), VVVGADGVGK(서열번호 302), VVGACGVGK(서열번호 109), VVVGACGVGK(서열번호 110), KLVVVGACGV(서열번호 15), LVVVGACGV(서열번호 30), KLVVVGADGV(서열번호 219), LVVVGADGV(서열번호 220), KLVVVGAVGV(서열번호 221) 또는 LVVVGAVGV(서열번호 222)를 포함한다.
일부 실시양태에서, 본원에 개시된 하나의 TCR은 암에서 발견된 점 돌연변이를 함유하는 에피토프 펩타이드가 특정 대립유전자에 의해 코딩된 MHC와 복합체를 형성할 때 상기 에피토프 펩타이드에 대한 특이적 결합 친화성을 나타내고; 추가로 상기 TCR은 동일한 암 단백질의 상이한 점 돌연변이를 함유하는 또 다른 에피토프 펩타이드가 특정 대립유전자에 의해 코딩된 MHC와 복합체를 형성할 때 상기 또 다른 에피토프 펩타이드에 대한 상이한 결합 친화성을 나타낼 수 있으나, 어떠한 돌연변이도 함유하지 않는 야생형 펩타이드에 대한 결합 친화성을 나타내지 않는다.
VI. TMPRSS2:ERG 펩타이드-MHC 복합체에 특이적인 TCR
본원은 인간 MHC와 복합체를 형성한, TMPRSS2:ERG로부터의 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있는 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함하는 적어도 하나의 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 핵산을 제공하고, 이때 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 144 및 서열번호 147로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 3(CDR3)을 포함한다.
본원은 인간 MHC와 복합체를 형성한, TMPRSS2:ERG로부터의 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있는 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함하는 적어도 하나의 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 핵산을 제공하고, 이때 TMPRSS2:ERG로부터의 에피토프는 서열번호 156의 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 영역을 포함한다.
일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 150에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 153에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 142 또는 서열번호 145에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 1(CDR1)을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 143 또는 서열번호 146에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 2(CDR2)를 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 150에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고; TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 153에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 142의 CDR1, 서열번호 143의 CDR2 및 서열번호 144의 CDR3을 포함하고; TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 145의 CDR1, 서열번호 146의 CDR2 및 서열번호 147의 CDR3을 포함한다.
일부 실시양태에서, TCR은 인간 MHC와 복합체를 형성한, TMPRSS2:ERG로부터의 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있는 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함하고, 이때 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 144 또는 147에 대한 적어도 60%, 적어도 70%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 적어도 98% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 3(CDR3)을 포함한다.
일부 실시양태에서, TCR은 인간 MHC와 복합체를 형성한, TMPRSS2:ERG로부터의 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있는 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함하고, 이때 TMPRSS2:ERG로부터의 에피토프는 서열번호 156에 대한 적어도 60%, 적어도 70%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 적어도 98% 서열 동일성을 가진 영역을 포함한다.
일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 150 또는 153에 대한 적어도 60%, 적어도 70%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 적어도 98% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다.
일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 142 또는 145에 대한 적어도 60%, 적어도 70%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 적어도 98% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 1(CDR1)을 포함한다.
일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 143 또는 146에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 2(CDR2)를 포함한다.
일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄를 코딩하는 핵산은 서열번호 148, 149, 151 및 152 중 어느 한 서열에 대한 적어도 60%, 적어도 70%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 적어도 98% 서열 동일성을 가진 핵산 서열을 포함한다. 다양한 실시양태에서, TCR을 코딩하는 핵산 서열은 코돈 최적화된다.
다양한 실시양태에서, TCR은 MHC:TMPRSS2::ERG 펩타이드 복합체에 결합하고, 이때 TMPRSS2::ERG 펩타이드는 유전자 융합 돌연변이를 포함한다. 다양한 실시양태에서, TCR은 MHC:TMPRSS2::ERG 펩타이드 복합체에 결합하고, 이때 TMPRSS2::ERG 펩타이드는 적어도 2개의 연속 아미노산들을 포함하는 유전자 융합 돌연변이를 포함하고, 이때 상기 적어도 2개의 연속 아미노산들은 TMPRSS2의 적어도 하나의 아미노산 및 ERG의 적어도 하나의 아미노산을 포함한다. 다양한 실시양태에서, TCR은 MHC:TMPRSS2::ERG 펩타이드 복합체에 결합하고, 이때 TMPRSS2::ERG 펩타이드는 서열 ALNSEALSV(서열번호 156)를 포함한다.
다양한 실시양태에서, 인간 MHC는 HLA-A02:01 대립유전자에 의해 코딩된다. 다양한 실시양태에서, TCR은 MHC:TMPRSS2::ERG 펩타이드 복합체에 결합하고, 이때 인간 MHC는 HLA-A02:01 대립유전자에 의해 코딩된다.
다양한 실시양태에서, 인간 MHC는 HLA-A02:01 대립유전자에 의해 코딩된다. 다양한 실시양태에서, TCR은 MHC:TMPRSS2::ERG 펩타이드 복합체에 결합하고, 이때 인간 MHC는 HLA-A02:01 대립유전자에 의해 코딩되고, TMPRSS2::ERG 펩타이드는 서열 ALNSEALSV(서열번호 156)를 포함한다.
VII. GATA3 펩타이드-MHC 복합체에 특이적인 TCR
일부 다른 실시양태에서, TCR은 인간 MHC와 복합체를 형성한, GATA3으로부터의 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있는 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함하고, 이때 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 129, 132, 191, 194, 206 또는 209에 대한 적어도 60%, 적어도 70%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 적어도 98% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 3(CDR3)을 포함한다.
일부 실시양태에서, TCR은 인간 MHC와 복합체를 형성한, GATA3으로부터의 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있는 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함하고, 이때 GATA3으로부터의 에피토프는 서열번호 141, 203 또는 218에 대한 적어도 60%, 적어도 70%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 적어도 98% 서열 동일성을 가진 영역을 포함한다.
일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 135, 138, 197, 200, 212 또는 215에 대한 적어도 60%, 적어도 70%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 적어도 98% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다.
일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 127, 130, 189, 192, 204 또는 207에 대한 적어도 60%, 적어도 70%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 적어도 98% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 1(CDR1)을 포함한다.
일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 128, 131, 190, 193, 205 또는 208에 대한 적어도 60%, 적어도 70%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 적어도 98% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 2(CDR2)를 포함한다.
본원은 인간 MHC와 복합체를 형성한, GATA3으로부터의 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있는 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함하는 적어도 하나의 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 핵산을 제공하고, 이때 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 129, 132, 191, 194, 206 또는 209로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 3(CDR3)을 포함한다.
본원은 암을 가진 대상체의 HLA-A02:01, HLA-B07:02 또는 HLA-B08:01 대립유전자에 의해 코딩된 단백질과 복합체를 형성한 돌연변이체 GATA3 펩타이드에 특이적으로 결합할 수 있는 적어도 하나의 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 핵산을 제공하고, 이때 TCR은 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함한다.
본원은 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함하는 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 재조합 핵산을 포함하는 단리된 핵산 또는 세포를 제공하고, 이때 TCR은 HLA-A02:01, HLA-B07:02 또는 HLA-B08:01 단백질과 복합체를 형성한 돌연변이체 GATA3 펩타이드에 특이적으로 결합하고/하거나, 서열번호 129, 132, 191, 194, 206 또는 209에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 3(CDR3)을 포함하고/하거나, 서열번호 141, 203 또는 218에 대한 적어도 70% 서열 동일성을 가진 영역을 포함하는 돌연변이체 GATA3 펩타이드에 특이적으로 결합한다.
본원은 인간 MHC와 복합체를 형성한, GATA3으로부터의 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있는 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함하는 적어도 하나의 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 핵산을 제공하고, 이때 GATA3으로부터의 에피토프는 서열번호 141, 203 또는 218의 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 영역을 포함한다.
일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 135, 197 또는 212에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 138, 200 또는 215에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 127, 130, 189, 192, 204 및 207로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 1(CDR1)을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 128, 131, 190, 193, 205 및 208로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 2(CDR2)를 포함한다.
일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 135에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고; TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 138에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 197에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고; TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 200에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 212에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고; TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 215에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다.
일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 127의 CDR1, 서열번호 128의 CDR2 및 서열번호 129의 CDR3을 포함하고; TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 130의 CDR1, 서열번호 131의 CDR2 및 서열번호 132의 CDR3을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 189의 CDR1, 서열번호 190의 CDR2 및 서열번호 191의 CDR3을 포함하고; TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 192의 CDR1, 서열번호 193의 CDR2 및 서열번호 194의 CDR3을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 204의 CDR1, 서열번호 205의 CDR2 및 서열번호 206의 CDR3을 포함하고; TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 207의 CDR1, 서열번호 208의 CDR2 및 서열번호 209의 CDR3을 포함한다.
일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄를 코딩하는 핵산은 서열번호 133, 134, 136 또는 137 중 어느 한 서열에 대한 적어도 60%, 적어도 70%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 적어도 98% 서열 동일성을 가진 핵산 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄를 코딩하는 핵산은 서열번호 195, 196, 198 또는 199 중 어느 한 서열에 대한 적어도 60%, 적어도 70%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 적어도 98% 서열 동일성을 가진 핵산 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄를 코딩하는 핵산은 서열번호 210, 211, 213 또는 214 중 어느 한 서열에 대한 적어도 60%, 적어도 70%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 적어도 98% 서열 동일성을 가진 핵산 서열을 포함한다.
다양한 실시양태에서, TCR을 코딩하는 핵산 서열은 코돈 최적화된다.
다양한 실시양태에서, TCR은 MHC:GATA3 펩타이드 복합체에 결합하고, 이때 GATA 펩타이드는 GATA3 neoORF 서열에 의해 코딩된 적어도 하나의 아미노산을 포함한다. 다양한 실시양태에서, TCR은 MHC:GATA3 펩타이드 복합체에 결합하고, 이때 GATA 펩타이드는 GATA3 neoORF 서열에 의해 코딩된 적어도 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개 또는 25개의 아미노산을 포함한다. 다양한 실시양태에서, TCR은 MHC:GATA3 펩타이드 복합체에 결합하고, 이때 GATA 펩타이드는 GATA3 neoORF 서열에 의해 코딩된 적어도 하나의 아미노산 및 GATA3 야생형 서열에 의해 코딩된 적어도 하나의 아미노산을 포함한다. 다양한 실시양태에서, TCR은 MHC:GATA3 펩타이드 복합체에 결합하고, 이때 GATA 펩타이드는 GATA3 neoORF 서열에 의해 코딩된 적어도 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개 또는 25개의 아미노산 및 GATA3 야생형 서열에 의해 코딩된 적어도 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개 또는 25개의 아미노산을 포함한다. 다양한 실시양태에서, TCR은 MHC:GATA3 펩타이드 복합체에 결합하고, 이때 GATA 펩타이드는 GATA3 neoORF 서열에 의해 코딩된 적어도 하나의 아미노산 및 GATA3 neoORF 서열에 의해 코딩되지 않는 적어도 하나의 아미노산을 포함한다. 다양한 실시양태에서, TCR은 MHC:GATA3 펩타이드 복합체에 결합하고, 이때 GATA 펩타이드는 GATA3 neoORF 서열에 의해 코딩된 적어도 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개 또는 25개의 아미노산 및 GATA3 neoORF 서열에 의해 코딩되지 않는 적어도 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개 또는 25개의 아미노산을 포함한다. 다양한 실시양태에서, TCR은 MHC:GATA3 펩타이드 복합체에 결합하고, 이때 GATA 펩타이드의 각각의 아미노산은 GATA3 neoORF 서열에 의해 코딩된 아미노산이다. 다양한 실시양태에서, TCR은 MHC:GATA3 펩타이드 복합체에 결합하고, 이때 GATA3 펩타이드는 서열 MLTGPPARV(서열번호 141), KPKRDGYMF(서열번호 203) 또는 ESKIMFATL(서열번호 218)을 포함한다.
다양한 실시양태에서, 인간 MHC는 HLA-A02:01, HLA-B07:02 또는 HLA-B08:01 대립유전자에 의해 코딩된다. 다양한 실시양태에서, TCR은 MHC:GATA3 펩타이드 복합체에 결합하고, 이때 인간 MHC는 HLA-A02:01 대립유전자에 의해 코딩된다. 다양한 실시양태에서, TCR은 MHC:GATA3 펩타이드 복합체에 결합하고, 이때 인간 MHC는 HLA-B07:02 대립유전자에 의해 코딩된다. 다양한 실시양태에서, TCR은 MHC:GATA3 펩타이드 복합체에 결합하고, 이때 인간 MHC는 HLA-B08:01 대립유전자에 의해 코딩된다.
다양한 실시양태에서, TCR은 MHC:GATA3 펩타이드 복합체에 결합하고, 이때 인간 MHC는 HLA-B08:01 대립유전자에 의해 코딩되고, GATA3 펩타이드는 서열 MLTGPPARV(서열번호 141), KPKRDGYMF(서열번호 203) 또는 ESKIMFATL(서열번호 218)을 포함한다.
VIII. BTK 펩타이드-MHC 복합체에 특이적인 TCR
BTK 유전자는 B 세포의 발생 및 성숙과 관련될 수 있는 브루톤 티로신 키나제(BTK) 단백질을 코딩할 수 있다. BTK 단백질은 B 세포로 하여금 성숙하고 항체를 생성하도록 지시하는 화학적 신호를 전달할 수 있다.
본원은 인간 MHC와 복합체를 형성한, BTK로부터의 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있는 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함하는 적어도 하나의 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 핵산을 제공하고, 이때 TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 161 및 서열번호 176으로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 3(CDR3)을 포함하거나, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 164 및 서열번호 179로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 3(CDR3)을 포함한다.
본원은 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함하는 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 재조합 핵산을 포함하는 단리된 핵산 또는 세포도 제공하고, 이때 TCR은 HLA-A02:01 단백질과 복합체를 형성한 돌연변이체 BTK 펩타이드에 특이적으로 결합하고/하거나, 서열번호 161, 164, 176 또는 179에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 3(CDR3)을 포함하고/하거나, 서열번호 173 또는 188에 대한 적어도 70% 서열 동일성을 가진 영역을 포함하는 돌연변이체 BTK 펩타이드에 특이적으로 결합한다.
본원은 인간 MHC와 복합체를 형성한, BTK로부터의 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있는 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함하는 적어도 하나의 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 핵산도 제공하고, 이때 BTK로부터의 에피토프는 서열번호 173 또는 188의 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 영역을 포함한다.
일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 167 또는 182에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다.
일부 실시양태에서, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 170 또는 185에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다.
일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 159, 162, 174 및 177로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 1(CDR1)을 포함한다.
일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 160, 163, 175 및 178로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 2(CDR2)를 포함한다.
일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 167 또는 182에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고; TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 170 또는 185에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다.
일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 159 또는 174의 CDR1, 서열번호 160 또는 175의 CDR2 및 서열번호 161 또는 176의 CDR3을 포함하고; TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 162 또는 177의 CDR1, 서열번호 163 또는 178의 CDR2 및 서열번호 164 또는 179의 CDR3을 포함한다.
일부 실시양태에서, 에피토프는 점 돌연변이를 포함한다. 일부 실시양태에서, 점 돌연변이는 C481S 돌연변이이다.
다양한 실시양태에서, TCR을 코딩하는 핵산은 코돈 최적화된다.
다양한 실시양태에서, TCR은 MHC:BTK 펩타이드 복합체에 결합하고, 이때 BTK 펩타이드는 점 돌연변이를 포함한다. 다양한 실시양태에서, TCR은 MHC:BTK 펩타이드 복합체에 결합하고, 이때 BTK 펩타이드는 C481S 점 돌연변이를 포함한다. 다양한 실시양태에서, TCR은 MHC:BTK 펩타이드 복합체에 결합하고, 이때 BTK 펩타이드는 서열 SLLNYLREM(서열번호 173)을 포함한다.
일부 실시양태에서, 인간 MHC는 HLA-A02:01 대립유전자에 의해 코딩된다. 다양한 실시양태에서, 인간 MHC는 HLA-A02:01 대립유전자에 의해 코딩된다. 다양한 실시양태에서, TCR은 MHC:BTK 펩타이드 복합체에 결합하고, 이때 인간 MHC는 HLA-A02:01 대립유전자에 의해 코딩된다.
다양한 실시양태에서, TCR은 MHC:BTK 펩타이드 복합체에 결합하고, 이때 인간 MHC는 HLA-A02:01 대립유전자에 의해 코딩되고, BTK 펩타이드는 서열 SLLNYLREM(서열번호 173)을 포함한다.
IX. EGFR 펩타이드-MHC 복합체에 특이적인 TCR
본원은 인간 MHC와 복합체를 형성한, EGFR로부터의 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있는 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함하는 적어도 하나의 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 핵산을 제공하고, 이때 TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 449, 서열번호 466, 서열번호 483, 서열번호 500 및 서열번호 517로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 3(CDR3)을 포함하거나, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 452, 서열번호 469, 서열번호 486, 서열번호 503 및 서열번호 520으로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 3(CDR3)을 포함한다.
본원은 암을 가진 대상체의 HLA 대립유전자에 의해 코딩된 단백질과 복합체를 형성한 돌연변이체 EGFR 펩타이드에 특이적으로 결합할 수 있는 적어도 하나의 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 핵산을 제공하고, 이때 TCR은 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함한다.
본원은 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함하는 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 재조합 핵산을 포함하는 단리된 핵산 또는 세포를 제공하고, 이때 TCR은 HLA-A02:01 단백질과 복합체를 형성한 돌연변이체 EGFR 펩타이드에 특이적으로 결합하고/하거나, 서열번호 449, 466, 483, 500, 517, 452, 469, 486, 503 또는 520에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 3(CDR3)을 포함하고/하거나, 서열번호 461, 462, 463, 478, 479, 480, 495, 496, 497, 512, 513, 514, 529, 530 또는 531에 대한 적어도 70% 서열 동일성을 가진 영역을 포함하는 돌연변이체 EGFR 펩타이드에 특이적으로 결합한다.
본원은 인간 MHC와 복합체를 형성한, EGFR로부터의 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있는 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함하는 적어도 하나의 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 핵산을 제공하고, 이때 EGFR로부터의 에피토프는 서열번호 461, 462, 463, 478, 479, 480, 495, 496, 497, 512, 513, 514, 529, 530 또는 531의 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 영역을 포함한다.
일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 449, 466, 483, 500 또는 517에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다.
일부 실시양태에서, TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 452, 469, 486, 503 또는 520에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다.
일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 447, 464, 481, 498, 515, 450, 467, 484, 501 및 518로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 1(CDR1)을 포함한다.
일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 448, 465, 482, 499, 516, 451, 468, 485, 502 및 519로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 2(CDR2)를 포함한다.
일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 455, 472, 489, 506 또는 523에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고; TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 458, 475, 492, 509 또는 526에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함한다.
일부 실시양태에서, TCR 알파 쇄 구축물은 서열번호 447, 464, 481, 498 또는 515의 CDR1, 서열번호 448, 465, 482, 499 또는 516의 CDR2, 및 서열번호 449, 466, 483, 500 또는 517의 CDR3을 포함하고; TCR 베타 쇄 구축물은 서열번호 450, 467, 484, 501 또는 518의 CDR1, 서열번호 451, 468, 485, 502 또는 519의 CDR2, 및 서열번호 452, 469, 486, 503 또는 520의 CDR3을 포함한다.
일부 실시양태에서, 에피토프는 점 돌연변이를 포함한다. 일부 실시양태에서, 점 돌연변이는 T790M 돌연변이이다. 일부 실시양태에서, 인간 MHC는 HLA-A02:01 대립유전자에 의해 코딩된다.
다양한 실시양태에서, TCR을 코딩하는 핵산 서열은 코돈 최적화된다.
다양한 실시양태에서, TCR은 MHC:EGFR 펩타이드 복합체에 결합하고, 이때 EGFR 펩타이드는 점 돌연변이를 포함한다. 다양한 실시양태에서, TCR은 MHC:EGFR 펩타이드 복합체에 결합하고, 이때 EGFR 펩타이드는 T790M 점 돌연변이를 포함한다. 다양한 실시양태에서, TCR은 MHC:EGFR 펩타이드 복합체에 결합하고, 이때 EGFR 펩타이드는 서열 QLIMQLMPF(서열번호 461), LIMQLMPFGC(서열번호 462) 또는 MQLMPFGCLL(서열번호 463)을 포함한다.
다양한 실시양태에서, 인간 MHC는 HLA-A02:01 대립유전자에 의해 코딩된다. 다양한 실시양태에서, TCR은 MHC:EGFR 펩타이드 복합체에 결합하고, 이때 인간 MHC는 HLA-A02:01 대립유전자에 의해 코딩된다.
다양한 실시양태에서, TCR은 MHC:EGFR 펩타이드 복합체에 결합하고, 이때 인간 MHC는 HLA-A02:01 대립유전자에 의해 코딩되고, EGFR 펩타이드는 서열 QLIMQLMPF(서열번호 461), LIMQLMPFGC(서열번호 462) 또는 MQLMPFGCLL(서열번호 463)을 포함한다.
핵산 또는 벡터의 전달
TCR을 코딩하는 핵산 또는 이러한 핵산을 함유하는 벡터는 발현 및 프로세싱을 위해 숙주 세포에게 전달될 수 있다.
"전달하는", "도입하는" 또는 "형질감염시키는"과 같은 용어는 본원에서 교환 가능하게 사용되고 핵산, 특히 외생성 또는 이종 핵산을 세포 내로 도입하는 것을 의미한다.
세포는 예를 들면, 핵산과 복합체를 형성하거나, 핵산이 봉입되어 있거나 캡슐화되어 있는 소포를 형성하여 핵산과 회합함으로써, 네이키드 핵산에 비해 핵산의 안정성을 증가시킬 수 있는 임의의 담체에 의해 형질감염될 수 있다. 본 개시에 따라 유용한 담체는 예를 들면, 지질 함유 담체, 예컨대, 양이온성 지질, 리포좀, 특히 양이온성 리포좀 및 마이셀, 및 나노입자를 포함한다. 양이온성 지질은 음으로 하전된 핵산과 복합체를 형성할 수 있다. 임의의 양이온성 지질이 본 개시에 따라 사용될 수 있다.
다양한 실시양태에서, 본원에 개시된 TCR을 코딩하는 핵산은 프로모터에 작동 가능하게 연결된다. 나아가, 본 개시는 상기 개시된 핵산들 중 하나 이상의 핵산을 포함하는 벡터, 예를 들면, 플라스미드, 셔틀 벡터, 파지미드, 코스미드, 발현 벡터, 레트로바이러스 벡터, 아데노바이러스 벡터, 또는 유전자 요법에 사용되는 입자 및/또는 벡터를 제공한다. "벡터"는 또 다른 핵산을 운반할 수 있는 핵산 분자이다. 벡터는 숙주 세포와 같은 세포에서 발현하고자 하는 폴리펩타이드 또는 단백질을 코딩하는 핵산 삽입물을 포함한다. 본 개시의 목적을 위해, 삽입물은 TCR, 즉 TCR의 알파 쇄 또는 베타 쇄, 또는 이들 둘 다를 코딩하는 핵산일 수 있다. 핵산 서열을 벡터에 "혼입하는"이라는 용어는 상기 핵산 서열을 포함하는 삽입물을 가진 적합한 발현 벡터를 제조한다는 것을 의미할 수 있다. "발현 벡터"는 적절한 환경에 존재할 때 벡터가 가진 하나 이상의 유전자에 의해 코딩된 단백질의 발현을 유도할 수 있는 벡터이다. "레트로바이러스"는 RNA 게놈을 가진 바이러스이다. "감마레트로바이러스"는 레트로비리대 과의 속을 지칭한다. 예시적 감마레트로바이러스는 마우스 줄기 세포 바이러스, 뮤린 백혈병 바이러스, 고양이 백혈병 바이러스, 고양이 육종 바이러스 및 조류 세망내피증 바이러스를 포함하나 이들로 제한되지 않는다. "렌티바이러스"는 분열 세포 및 비-분열 세포를 감염시킬 수 있는 레트로바이러스의 속을 지칭한다. 렌티바이러스의 여러 예는 HIV(인간 면역결핍 바이러스: HIV 1형 및 HIV 2형을 포함함); 말 감염성 빈혈 바이러스; 고양이 면역결핍 바이러스(FIV); 소 면역결핍 바이러스(BIV); 및 원숭이 면역결핍 바이러스(SIV)를 포함한다. 코어 바이러스를 코딩하는 벡터는 "바이러스 벡터"로서도 알려져 있다. 인간 유전자 요법 적용을 위해 확인된 바이러스 벡터들, 예컨대, 문헌[Pfeifer, A. and I. M. Verma. 2001. Ann. Rev. Genomics Hum. Genet. 2:177-211]에 기재된 바이러스 벡터들을 포함하는, 본 발명과 함께 사용되기에 적합한 다수의 사용 가능한 바이러스 벡터들이 있다. 적합한 바이러스 벡터는 RNA 바이러스에 기반한 벡터, 예컨대, 레트로바이러스 유래 벡터, 예를 들면, 몰로니 뮤린 백혈병 바이러스(MLV) 유래 벡터를 포함하고, 더 복잡한 레트로바이러스 유래 벡터, 예를 들면, 렌티바이러스 유래 벡터를 포함한다. HIV-1 유래 벡터는 이 범주에 속한다. 다른 예는 HIV-2, FIV, 말 감염성 빈혈 바이러스, SIV 및 메디/비스나(maedi/visna) 바이러스로부터 유래한 렌티바이러스 벡터를 포함한다. TCR 형질전이유전자를 함유하는 바이러스 입자로 포유류 표적 세포를 형질도입하기 위해 레트로바이러스 및 렌티바이러스 바이러스 벡터 및 팩키징 세포를 사용하는 방법은 당분야에서 잘 알려져 있고, 예를 들면, 미국 특허 제8,119,772호; 문헌[Walchli et al., 2011, PLoS One 6:327930]; 문헌[Zhao et al., J. Immunol., 2005, 174:4415-4423]; 문헌[Engels et al., 2003, Hum. Gene Ther. 14:1155-68]; 문헌[Frecha et al., 2010, Mol. Ther. 18:1748-57]; 및 문헌[Verhoeyen et al., 2009, Methods Mol. Biol. 506:97-114]에 이미 기재되어 있다. 레트로바이러스 및 렌티바이러스 벡터 구축물 및 발현 시스템도 시판된다. 일부 실시양태에서, 바이러스 벡터는 펩타이드 항원에 특이적인 TCRα 쇄를 코딩하는 비-내생성 핵산 서열을 조혈 선조 세포 내로 도입하는 데 사용된다. 상기 바이러스 벡터는 레트로바이러스 벡터 또는 렌티바이러스 벡터일 수 있다. 상기 바이러스 벡터는 형질도입을 위한 마커를 코딩하는 핵산 서열도 포함할 수 있다. 바이러스 벡터용 형질도입 마커는 당분야에서 알려져 있고, 약물 내성을 부여할 수 있는 선택 마커, 또는 유세포분석과 같은 방법에 의해 검출될 수 있는 검출 가능한 마커, 예컨대, 형광 마커 또는 세포 표면 단백질을 포함한다. 바이러스 벡터 게놈이 별도의 전사체로서 숙주 세포에서 발현될 하나 초과의 핵산 서열을 포함하는 경우, 바이러스 벡터는 2개(또는 더 많은) 전사체들 사이에 추가 서열을 포함함으로써, 비시스트론성(bicistronic) 또는 멀티시스트론성(multicistronic) 발현을 가능하게 할 수도 있다. 바이러스 벡터에 사용되는 이러한 서열의 예는 내부 리보좀 진입 부위(IRES), 퓨린 절단 부위, 바이러스 2A 펩타이드를 포함한다. 예를 들면, 아데노바이러스 기반 벡터 및 아데노 관련 바이러스(AAV) 기반 벡터를 포함하는 DNA 바이러스 벡터; 앰플리콘 벡터, 복제 결함 헤르페스 심플렉스 바이러스(HSV) 및 약독화된 HSV를 포함하는, HSV로부터 유래한 벡터를 포함하는 다른 벡터도 폴리뉴클레오타이드 전달을 위해 사용될 수 있다(Krisky et al., 1998, Gene Ther. 5: 1517-30). 다른 벡터는 바큘로바이러스 및 알파바이러스로부터 유래한 벡터를 포함한다(Jolly D J. 1999. Emerging viral vectors. pp 209-40 in Friedmann T. ed. 1999. The development of human gene therapy. New York: Cold Spring Harbor Lab).
벡터는 핵산이 숙주 세포에서 복제될 수 있게 하는 핵산 서열, 예컨대, 복제 기점을 포함할 수 있다. 벡터는 당분야에서 통상의 기술을 가진 자에게 알려진 하나 이상의 선택 마커 유전자 및 다른 유전 요소도 포함할 수 있다. 벡터는 바람직하게는 본 발명에 따른 핵산의 발현을 가능하게 하는 서열에 작동 가능하게 연결된 상기 핵산을 포함하는 발현 벡터이다.
일부 실시양태에서, 본원은 본원에 개시된 TCR을 코딩하는 핵산을 포함하는 벡터를 제공한다. 일부 실시양태에서, 벡터는 자가 증폭 RNA 레플리콘, 플라스미드, 파지, 트랜스포존, 코스미드, 바이러스 또는 비리온이다. 일부 실시양태에서, 벡터는 바이러스 벡터이다. 일부 실시양태에서, 벡터는 레트로바이러스, 렌티바이러스, 아데노바이러스, 아데노 관련 바이러스, 헤르페스 바이러스, 폭스 바이러스, 알파 바이러스, 백시니아 바이러스, B형 간염 바이러스, 인간 유두종바이러스 또는 이의 슈도타입으로부터 유래한다. 일부 실시양태에서, 벡터는 비-바이러스 벡터이다. 일부 실시양태에서, 비-바이러스 벡터는 나노입자, 양이온성 지질, 양이온성 중합체, 금속성 나노중합체, 나노막대, 리포좀, 마이셀, 마이크로버블, 세포 침투 펩타이드 또는 리포스피어이다.
본원은 세포에서의 발현을 위해 TCR의 알파 쇄 및 베타 쇄를 코딩하는 구축물, 예를 들면, 핵산 구축물을 제공한다. 일부 실시양태에서, 상기 구축물은 TCR 알파 쇄 및 TCR 베타 쇄를 코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오타이드를 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리뉴클레오타이드는 적합한 벡터에 혼입된다. 일부 실시양태에서, 알파 쇄 및 베타 쇄를 코딩하는 폴리뉴클레오타이드는 동일한 벡터에 혼입된다. 일부 실시양태에서, 알파 쇄 및 베타 쇄를 코딩하는 폴리뉴클레오타이드는 상이한 벡터들에 혼입되고, 이 벡터들 둘 다가 단일 세포에서의 발현을 위해 전달된다.
일부 실시양태에서, TCR을 코딩하는 핵산으로 세포를 형질도입할 수 있거나 형질감염시킬 수 있고, 이때 상기 세포는 TCR을 발현할 수 있고, 상기 세포는 치료제로서 사용된다. 일부 실시양태에서, 세포는 대상체 또는 숙주로부터 유래하고, 이때 상기 대상체 또는 숙주는 인간이다. 일부 실시양태에서, 대상체 또는 숙주는 에피토프 내에 돌연변이를 가진 세포를 포함하고, 상기 세포에서 발현된 TCR은 상기 돌연변이를 가진 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있다. 일부 실시양태에서, 세포는 림프구 세포이다. 일부 실시양태에서, T 림프구. 일부 실시양태에서, 세포는 림프구성 전구체 세포이다. 일부 실시양태에서, 세포는 T 림프구 전구체 세포이다. 일부 실시양태에서, 세포는 T 림프구 선조 세포이다. 일부 실시양태에서, 세포는 흉선세포이다.
일부 실시양태에서, T 세포는 미성숙 T 세포이다. 일부 실시양태에서, T 세포는 항원 미감작 T 세포이다. 모니터링을 위해 숙주 세포를 1일, 2일, 3일, 4일 또는 5일 이상 동안 생체 외에서 배양할 수 있고, TCR을 코딩하는 폴리뉴클레오타이드(들)로 형질감염시키거나 형질도입한 후 회수할 수 있다.
X. 네오항원
본원에 개시된 TCR은 면역원성 네오항원에 특이적이다. 일부 실시양태에서, 네오항원 펩타이드는 RAS로부터 유래한다. 일부 실시양태에서, 네오항원 펩타이드는 GATA3으로부터 유래한다. 일부 실시양태에서, 네오항원 펩타이드는 BTK로부터 유래한다. 일부 실시양태에서, 네오항원 펩타이드는 TMPRSS2:ERG로부터 유래한다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 네오항원 펩타이드는 APC 상에 로딩되고, 그 후 펩타이드가 로딩된 APC는 T 세포를 자극하여 항원 특이적 T 세포를 생성하는 데 사용된다. 일부 실시양태에서, 펩타이드 로딩을 위해 사용된 APC는 수지상 세포이다. 면역원성 네오항원 서열은 당분야에서 알려진 임의의 적합한 방법에 의해 확인될 수 있다.
다양한 실시양태에서, 네오항원은 에피토프를 포함한다. 동물 및 인간 둘 다에서, 돌연변이된 에피토프는 면역 반응을 유도하거나 T 세포를 활성화시키는 데 잠재적으로 효과적일 수 있다. 일부 실시양태에서, 에피토프는 돌연변이를 포함한다. 일부 실시양태에서, 돌연변이는 점 돌연변이, 스플라이스 부위 돌연변이, 프레임시프트 돌연변이, 리드-쓰루 돌연변이, 유전자 융합 돌연변이 및 이들의 임의의 조합으로 구성된 군으로부터 선택된다.
일부 실시양태에서, 에피토프는 적어도 8개 아미노산의 길이를 가진다. 일부 실시양태에서, 에피토프는 적어도 16개 아미노산의 길이를 가진다. 일부 실시양태에서, 에피토프는 8개 내지 25개 아미노산의 길이를 가진다. 일부 실시양태에서, 에피토프는 8개 내지 12개 아미노산의 길이를 가진다. 일부 실시양태에서, 에피토프는 16개 내지 25개 아미노산의 길이를 가진다. 일부 실시양태에서, 에피토프는 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개 또는 25개 아미노산의 길이를 가진다.
특정 실시양태에서, 네오항원 또는 이의 에피토프는 약 5개, 약 6개, 약 7개, 약 8개, 약 9개, 약 10개, 약 11개, 약 12개, 약 13개, 약 14개, 약 15개, 약 16개, 약 17개, 약 18개, 약 19개, 약 20개, 약 21개, 약 22개, 약 23개, 약 24개, 약 25개, 약 26개, 약 27개, 약 28개, 약 29개, 약 30개, 약 31개, 약 32개, 약 33개, 약 34개, 약 35개, 약 36개, 약 37개, 약 38개, 약 39개, 약 40개, 약 41개, 약 42개, 약 43개, 약 44개, 약 45개, 약 46개, 약 47개, 약 48개, 약 49개, 약 50개, 약 60개, 약 70개, 약 80개, 약 90개, 약 100개, 약 110개 또는 약 120개 이상의 아미노산 잔기 및 이들로부터 유도될 수 있는 임의의 범위를 포함할 수 있으나 이들로 제한되지 않는다. 특정 실시양태에서, 네오항원 또는 이의 에피토프는 100개 이하의 아미노산이다.
일부 실시양태에서, MHC 클래스 I을 위한 네오항원 또는 이의 에피토프는 길이가 13개 잔기 이하이고 통상적으로 약 8개 내지 약 11개의 잔기, 특히 9개 또는 10개의 잔기로 구성된다. 일부 실시양태에서, MHC 클래스 II를 위한 네오항원 또는 이의 에피토프는 길이가 9개 내지 24개 잔기이다.
일부 실시양태에서, 네오항원은 HLA 단백질(예를 들면, HLA 클래스 I 또는 HLA 클래스 II)에 결합한다. 특정 실시양태에서, 네오항원은 상응하는 야생형 펩타이드보다 더 큰 친화성으로 HLA 단백질에 결합한다. 특정 실시양태에서, 네오항원성 펩타이드 또는 폴리펩타이드는 적어도 5000 nM 미만, 적어도 500 nM 미만, 적어도 100 nM 미만, 적어도 50 nM 미만 또는 이보다 더 낮은 IC50을 가진다.
일부 실시양태에서, 에피토프는 상응하는 야생형 에피토프보다 더 큰 친화성으로 인간 MHC에 결합한다. 일부 실시양태에서, 에피토프는 500 nM, 250 nM, 150 nM, 100 nM, 50 nM, 25 nM 또는 10 nM 미만의 K D 또는 IC50으로 인간 MHC에 결합한다. 일부 실시양태에서, 에피토프는 대상체의 비-암 세포에 존재하지 않는 돌연변이를 포함한다. 일부 실시양태에서, 에피토프는 대상체의 암 세포의 유전자 또는 발현된 유전자에 의해 코딩된다. 일부 실시양태에서, TCR은 500 nM, 250 nM, 150 nM, 100 nM, 50 nM, 25 nM 또는 10 nM 미만의 K D 또는 IC50으로 HLA-펩타이드 복합체에 결합한다.
일부 실시양태에서, 네오항원성 펩타이드는 길이가 약 8개 내지 약 50개 아미노산 잔기일 수 있거나, 길이가 약 8개 내지 약 30개, 약 8개 내지 약 20개, 약 8개 내지 약 18개, 약 8개 내지 약 15개, 또는 약 8개 내지 약 12개 아미노산 잔기일 수 있다. 일부 실시양태에서, 네오항원성 펩타이드는 길이가 약 8개 내지 약 500개 아미노산 잔기일 수 있거나, 길이가 약 8개 내지 약 450개, 약 8개 내지 약 400개, 약 8개 내지 약 350개, 약 8개 내지 약 300개, 약 8개 내지 약 250개, 약 8개 내지 약 200개, 약 8개 내지 약 150개, 약 8개 내지 약 100개, 약 8개 내지 약 50개, 또는 약 8개 내지 약 30개 아미노산 잔기일 수 있다.
일부 실시양태에서, 네오항원성 펩타이드는 길이가 적어도 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 31개, 32개, 33개, 34개, 35개, 36개, 37개, 38개, 39개, 40개, 41개, 42개, 43개, 44개, 45개, 46개, 47개, 48개, 49개 또는 50개 이상의 아미노산 잔기일 수 있다. 일부 실시양태에서, 네오항원성 펩타이드는 길이가 적어도 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 31개, 32개, 33개, 34개, 35개, 36개, 37개, 38개, 39개, 40개, 41개, 42개, 43개, 44개, 45개, 46개, 47개, 48개, 49개, 50개, 55개, 60개, 70개, 80개, 90개, 100개, 150개, 200개, 250개, 300개, 350개, 400개, 450개 또는 500개 이상의 아미노산 잔기일 수 있다. 일부 실시양태에서, 네오항원성 펩타이드는 길이가 최대 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 31개, 32개, 33개, 34개, 35개, 36개, 37개, 38개, 39개, 40개, 41개, 42개, 43개, 44개, 45개, 46개, 47개, 48개, 49개 또는 50개 이하의 아미노산 잔기일 수 있다. 일부 실시양태에서, 네오항원성 펩타이드는 길이가 최대 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 31개, 32개, 33개, 34개, 35개, 36개, 37개, 38개, 39개, 40개, 41개, 42개, 43개, 44개, 45개, 46개, 47개, 48개, 49개, 50개, 55개, 60개, 70개, 80개, 90개, 100개, 150개, 200개, 250개, 300개, 350개, 400개, 450개 또는 500개 이하의 아미노산 잔기일 수 있다.
일부 실시양태에서, 네오항원성 펩타이드는 적어도 8개, 적어도 9개, 적어도 10개, 적어도 11개, 적어도 12개, 적어도 13개, 적어도 14개, 적어도 15개, 적어도 16개, 적어도 17개, 적어도 18개, 적어도 19개, 적어도 20개, 적어도 21개, 적어도 22개, 적어도 23개, 적어도 24개, 적어도 25개, 적어도 26개, 적어도 27개, 적어도 28개, 적어도 29개, 적어도 30개, 적어도 40개, 적어도 50개, 적어도 60개, 적어도 70, 적어도 80개, 적어도 90개, 적어도 100개, 적어도 150개, 적어도 200개, 적어도 250개, 적어도 300개, 적어도 350개, 적어도 400개, 적어도 450개 또는 적어도 500개 아미노산의 총 길이를 가진다.
일부 실시양태에서, 네오항원성 펩타이드는 최대 8개, 최대 9개, 최대 10개, 최대 11개, 최대 12개, 최대 13개, 최대 14개, 최대 15개, 최대 16개, 최대 17개, 최대 18개, 최대 19개, 최대 20개, 최대 21개, 최대 22개, 최대 23개, 최대 24개, 최대 25개, 최대 26개, 최대 27개, 최대 28개, 최대 29개, 최대 30개, 최대 40개, 최대 50개, 최대 60개, 최대 70개, 최대 80개, 최대 90개, 최대 100개, 최대 150개, 최대 200개, 최대 250개, 최대 300개, 최대 350개, 최대 400개, 최대 450개 또는 최대 500개 아미노산의 총 길이를 가진다.
일부 실시양태에서, 네오항원성 펩타이드는 약 0.5 내지 약 12, 약 2 내지 약 10, 또는 약 4 내지 약 8의 pI 값을 가질 수 있다. 일부 실시양태에서, 네오항원성 펩타이드는 적어도 4.5, 5, 5.5, 6, 6.5, 7 또는 7.5 이상의 pI 값을 가질 수 있다. 일부 실시양태에서, 네오항원성 펩타이드는 최대 4.5, 5, 5.5, 6, 6.5, 7 또는 7.5 이하의 pI 값을 가질 수 있다
일부 실시양태에서, 네오항원성 펩타이드는 약 1 pM 내지 약 1 mM, 약 100 pM 내지 약 500 μM, 약 500 pM 내지 약 10 μM, 약 1 nM 내지 약 1 μM, 또는 약 10 nM 내지 약 1 μM의 HLA 결합 친화성을 가질 수 있다. 일부 실시양태에서, 네오항원성 펩타이드는 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 100, 150, 200, 250, 300, 350, 400, 450, 500, 550, 600, 700, 800 또는 900 μM 이상의 HLA 결합 친화성을 가질 수 있다. 일부 실시양태에서, 네오항원성 펩타이드는 최대 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 100, 150, 200, 250, 300, 350, 400, 450, 500, 550, 600, 700, 800 또는 900 μM의 HLA 결합 친화성을 가질 수 있다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 네오항원성 펩타이드는 당분야에서 잘 알려진 담체와 같은 담체, 예를 들면, 티로글로불린, 알부민, 예컨대, 인간 혈청 알부민, 파상풍 톡소이드, 폴리아미노산 잔기, 예컨대, 폴리 L-라이신, 폴리 L-글루탐산, 인플루엔자 바이러스 단백질, B형 간염 바이러스 코어 단백질 등을 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 네오항원성 펩타이드는 말단-NH2 아실화, 예를 들면, 알카노일 (C1-C20) 또는 티오글리콜릴 아세틸화, 말단-카르복실 아미드화, 예를 들면, 암모니아, 메틸아민 등에 의해 변형될 수 있다. 일부 실시양태에서, 이 변형들은 지지체 또는 다른 분자에의 연결을 위한 부위를 제공할 수 있다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 네오항원성 펩타이드는 글리코실화, 측쇄 산화, 바이오티닐화, 인산화, 표면 활성 물질, 예를 들면, 지질의 추가와 같은, 그러나 이들로 제한되지 않는, 변형을 함유할 수 있거나, 화학적으로, 예를 들면, 아세틸화 등에 의해 변형될 수 있다. 더욱이, 펩타이드 내의 결합은 펩타이드 결합 이외의 결합, 예를 들면, 공유 결합, 에스테르 또는 에테르 결합, 디설파이드 결합, 수소 결합, 이온 결합 등일 수 있다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 네오항원성 펩타이드는 생성된 펩타이드의 물성(예를 들면, 안정성 또는 가용성)을 변형시키기 위한 치환을 함유할 수 있다. 예를 들면, 네오항원성 펩타이드는 α-아미노 부티르산("B")에 의한 시스테인(C)의 치환에 의해 변형될 수 있다. 시스테인은 그의 화학적 성질로 인해 디설파이드 가교를 형성하고 결합 능력을 감소시키도록 펩타이드를 구조적으로 충분히 변경시키는 성향을 가진다. α-아미노 부티르산에 의한 C의 치환은 이 문제점을 완화시킬 뿐만 아니라, 일부 경우 결합 및 가교결합 능력도 실제로 개선한다. α-아미노 부티르산에 의한 시스테인의 치환은 네오항원성 펩타이드의 임의의 잔기, 예를 들면, 펩타이드 내의 에피토프 또는 유사체의 앵커 또는 비-앵커 위치, 또는 펩타이드의 다른 위치에서 일어날 수 있다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 네오항원성 펩타이드는 아미노산 모방 물질 또는 비천연 아미노산 잔기, 예를 들면, D- 또는 L-나프틸알라닌; D- 또는 L-페닐글리신; D- 또는 L-2-티엔일알라닌; D- 또는 L-1-, -2-, -3- 또는 -4-피렌일알라닌; D- 또는 L-3 티엔일알라닌; D- 또는 L-(2-피리디닐)-알라닌; D- 또는 L-(3-피리디닐)-알라닌; D- 또는 L-(2-피라지닐)-알라닌; D- 또는 L-(4-이소프로필)-페닐글리신; D-(트리플루오메틸)-페닐글리신; D-(트리플루오로-메틸)-페닐알라닌; D-.rho.-플루오로페닐알라닌; D- 또는 L-.rho.-비페닐-페닐알라닌; D- 또는 L-.rho.-메톡시비페닐페닐알라닌; D- 또는 L-2-인돌(알릴)알라닌; 및 D- 또는 L-알킬알라닌을 포함할 수 있고, 이때 알킬 기는 치환된 또는 비치환된 메틸, 에틸, 프로필, 헥실, 부틸, 펜틸, 이소프로필, 이소-부틸, sec-이소틸, 이소-펜틸, 또는 비-산성 아미노산 잔기일 수 있다. 비천연 아미노산의 방향족 고리는 예를 들면, 티아졸릴, 티오페닐, 피라졸릴, 벤즈이미다졸릴, 나프틸, 퓨라닐, 피롤릴 및 피리딜 방향족 고리를 포함한다. 다양한 아미노산 모방 물질들 또는 비천연 아미노산 잔기들을 가진 변형된 펩타이드는 생체 내에서 증가된 안정성을 나타내는 경향을 갖기 때문에 특히 유용한다. 이러한 펩타이드는 개선된 저장 수명 또는 제조 성질도 가질 수 있다.
펩타이드 안정성은 다수의 방식들에 의해 어세이될 수 있다. 예를 들면, 펩티다제 및 다양한 생물학적 매질들, 예컨대, 인간 혈장 및 혈청은 안정성을 시험하는 데 사용되고 있다. 예를 들면, 문헌[Verhoef, et al., Eur. J. Drug Metab. Pharmacokinetics 11:291 (1986)]을 참조한다. 본원에 기재된 펩타이드의 반감기는 25% 인간 혈청(v/v) 어세이를 이용함으로써 편리하게 측정된다. 프로토콜은 다음과 같다: 풀링된 인간 혈청(타입 AB, 열 불활성화되지 않음)을 사용 전에 원심분리로 파괴한다. 그 다음, 상기 혈청을 RPMI-1640 또는 또 다른 적합한 조직 배양 배지로 25%까지 희석한다. 소정의 시간 간격으로 소량의 반응 용액을 회수하고 6% 수성 트리클로로아세트산(TCA) 또는 에탄올에 첨가한다. 뿌연 반응 샘플을 15분 동안 냉각시킨 후(4℃) 회전시켜 침전된 혈청 단백질을 펠렛화한다. 이어서, 안정성 특이적 크로마토그래피 조건을 이용하여 역상 HPLC로 펩타이드의 존재를 확인한다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 네오항원성 펩타이드는 재조합 DNA 기술 또는 화학적 합성에 의해 합성 제조될 수 있거나, 천연 공급원, 예컨대, 천연 종양 또는 병원성 유기체로부터 단리될 수 있다. 에피토프는 개별적으로 합성될 수 있거나, 펩타이드로 직접적으로 또는 간접적으로 연결될 수 있다. 본원에 기재된 네오항원성 펩타이드가 다른 천연 생성 숙주 세포 단백질 및 이의 단편을 실질적으로 함유하지 않을 것이지만, 일부 실시양태에서, 상기 펩타이드는 천연 단편 또는 입자에 연결되도록 합성 접합될 수 있다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 네오항원성 펩타이드는 매우 다양한 방식들에 의해 제조될 수 있다. 일부 실시양태에서, 펩타이드는 통상적인 기법에 따라 용액 중에서 또는 고체 지지체 상에서 합성될 수 있다. 다양한 자동 합성기들이 시판되고 있고 알려진 프로토콜에 따라 이용될 수 있다(예를 들면, 문헌[Stewart & Young, SOLID PHASE PEPTIDE SYNTHESIS, 2D. ED., Pierce Chemical Co., 1984] 참조). 추가로, 화학적 라이게이션을 이용하여 개별 펩타이드를 연결함으로써, 여전히 본 발명의 범위 내에 있는 더 큰 펩타이드를 생성할 수 있다.
대안적으로, 펩타이드를 코딩하는 뉴클레오타이드 서열을 발현 벡터 내로 삽입하고 적절한 숙주 세포 내로 형질전환시키거나 형질감염시키고 발현에 적합한 조건 하에서 배양하는 재조합 DNA 기술이 이용될 수 있다. 문헌[Sambrook et al., MOLECULAR CLONING, A LABORATORY MANUAL, Cold Spring Harbor Press, Cold Spring Harbor, N.Y. (1989)]에 일반적으로 기재된 바와 같이, 이 절차는 당분야에서 일반적으로 알려져 있다. 따라서, 본원에 기재된 하나 이상의 에피토프를 포함하거나 이러한 에피토프로 구성된 재조합 펩타이드는 적절한 T 세포 에피토프를 제시하는 데 사용될 수 있다.
XI. 약학 조성물
약학 조성물은 활성 작용제를 약학적으로 사용될 수 있는 제제로 프로세싱하는 것을 용이하게 하는 부형제 및 보조제를 비롯한 하나 이상의 생리학적으로 허용 가능한 담체를 사용함으로써 제제화될 수 있다. 적절한 제제는 선택된 투여 경로에 의해 좌우될 수 있다. 당분야에서 적합한 것으로서 여겨지는 임의의 잘 알려진 기법, 담체 및 부형제가 사용될 수 있다.
일부 경우, 약학 조성물은 세포 기반 치료제, 예를 들면, T 세포 치료제로서 제제화된다. 일부 실시양태에서, 약학 조성물은 펩타이드 기반 요법, 핵산 기반 요법, 항체 기반 요법 및/또는 세포 기반 요법을 포함한다. 일부 실시양태에서, 약학 조성물은 펩타이드 기반 치료제, 또는 핵산이 폴리펩타이드를 코딩하는 핵산 기반 치료제를 포함한다. 조성물은 2개 이상의 면역원성 항원들 또는 네오항원 펩타이드들에 특이적인 T 세포를 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, T 세포 특이적 치료제는 하나 이상의 추가 요법에 의해 보충될 수 있다.
일부 실시양태에서, 약학 조성물은 본원에 개시된 네오항원을 표적화하는 TCR을 코딩하는 핵산, 상기 핵산을 함유하는 벡터, 상기 핵산에 의해 코딩된 단백질, 또는 상기 핵산, 상기 단백질 또는 상기 벡터를 포함하는 숙주 세포; 및 약학적으로 허용 가능한 부형제 또는 희석제를 포함한다. 일부 실시양태에서, 약학 조성물은 면역조절제 또는 아쥬번트를 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 면역조절제는 사이토카인이다. 일부 실시양태에서, 아쥬번트는 폴리 I:C이다.
본원은 면역 질환 또는 암을 치료하는 데 있어서 상기 약학 조성물의 용도도 제공한다.
약학 조성물은 활성 성분 이외에 약학적으로 허용 가능한 부형제, 담체, 완충제, 안정화제 또는 당분야에서 숙련된 자에게 잘 알려진 다른 물질을 포함할 수 있다. 이러한 물질은 독성을 나타내지 않아야 하고 활성 성분의 효능을 방해하지 않아야 한다. 담체 또는 다른 물질의 정확한 성질은 투여 경로에 의해 좌우될 것이다. 허용 가능한 담체, 부형제 또는 안정화제는 사용된 용량 및 농도에서 수용자에게 독성을 나타내지 않는 담체, 부형제 또는 안정화제이고, 완충제, 예컨대, 인산염, 구연산염 및 다른 유기 산; 아스코르브산 및 메티오닌을 포함하는 항산화제; 보존제(예컨대, 염화옥타데실디메틸벤질암모늄; 염화헥사메토늄; 염화벤즈알코늄; 염화벤즈에토늄; 페놀, 부틸 또는 벤질 알코올; 알킬 파라벤, 예컨대, 메틸 또는 프로필 파라벤; 카테콜; 레소르시놀; 사이클로헥산올; 3-펜탄올; 및 m-크레졸); 저분자량(약 10개 미만의 잔기) 폴리펩타이드; 단백질, 예컨대, 혈청 알부민, 젤라틴 또는 면역글로불린; 친수성 중합체, 예컨대, 폴리비닐피롤리돈; 아미노산, 예컨대, 글리신, 글루타민, 아스파라긴, 히스티딘, 아르기닌 또는 라이신; 모노사카라이드, 디사카라이드, 및 글루코스, 만노스 또는 덱스트린을 비롯한 다른 탄수화물; 킬레이팅제, 예컨대, EDTA; 당, 예컨대, 수크로스, 만니톨, 트레할로스 또는 소르비톨; 염 형성 반대 이온, 예컨대, 나트륨; 금속 착물(예를 들면, Zn-단백질 착물); 및/또는 비이온성 계면활성제, 예컨대, TWEEN®, PLURONICS® 또는 폴리에틸렌 글리콜(PEG)을 포함한다.
허용 가능한 담체는 투여받은 환자에게 생리학적으로 허용 가능하고 이와 함께 투여된 화합물의 치료적 성질을 유지한다. 허용 가능한 담체 및 이의 제제는 예를 들면, 문헌[Remington's Pharmaceutical Sciences (18th ed. A. Gennaro, Mack Publishing Co., Easton, PA 1990)]에 일반적으로 기재되어 있다. 담체의 일례는 생리학적 식염수이다. 약학적으로 허용 가능한 담체는 본 화합물을 신체의 한 장기 또는 부분의 투여 부위로부터 신체의 또 다른 장기 또는 부분으로 운반하거나 전달하는 데 사용되거나, 시험관내 어세이 시스템에 사용되는 약학적으로 허용 가능한 물질, 조성물 또는 비히클, 예컨대, 액체 또는 고체 충전제, 희석제, 부형제, 용매 또는 캡슐화 물질이다. 허용 가능한 담체는 제제의 다른 성분과 병용 가능하고, 이를 투여받은 대상체에게 유해하지 않다. 약학적으로 허용 가능한 담체는 다른 성분의 특이적 활성도 변경시키지 않아야 한다.
한 양태에서, 본원은 약학 투여에 적합한, 용매(수성 또는 비-수성), 용액, 유화액, 분산 매질, 코팅제, 등장성 및 흡수 촉진제 또는 지연제를 포함하는 약학적으로 허용 가능한 또는 생리학적으로 허용 가능한 조성물을 제공한다. 따라서, 약학 조성물 또는 약학 제제는 대상체에서 약학 용도에 적합한 조성물을 지칭한다. 조성물은 특정 투여 경로(즉, 전신 또는 국소)에 적합하도록 제제화될 수 있다. 따라서, 조성물은 다양한 경로들에 의한 투여에 적합한 담체, 희석제 또는 부형제를 포함한다.
일부 실시양태에서, 약학 조성물은 조성물의 안정성을 개선하기 위해 허용 가능한 첨가제도 포함할 수 있다. 허용 가능한 첨가제는 활성 작용제, 예를 들면, 면역 세포의 특이적 활성을 변경시키지 않을 수 있다. 허용 가능한 첨가제의 예는 당, 예컨대, 만니톨, 소르비톨, 글루코스, 자일리톨, 트레할로스, 소르보스, 수크로스, 갈락토스, 덱스트란, 덱스트로스, 프럭토스, 락토스 및 이들의 혼합물을 포함하나 이들로 제한되지 않는다. 허용 가능한 첨가제는 허용 가능한 담체 및/또는 부형제, 예컨대, 덱스트로스와 조합될 수 있다. 대안적으로, 허용 가능한 첨가제의 예는 펩타이드의 안정성을 증가시키고 용액의 겔화를 감소시키기 위한 계면활성제, 예컨대, 폴리소르베이트 20 또는 폴리소르베이트 80을 포함하나 이들로 제한되지 않는다. 계면활성제는 용액의 0.01% 내지 5%의 양으로 조성물에 첨가될 수 있다. 이러한 허용 가능한 첨가제의 추가는 저장 시 조성물의 안정성 및 반감기를 증가시킨다.
일부 실시양태에서, 약학 조성물은 T 세포 수용체를 코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오타이드를 발현하는 T 세포인 치료제를 포함한다. 일부 실시양태에서, 약학 조성물은 세포 현탁에 적합한 생리학적으로 허용 가능한 담체를 포함한다.
약학 조성물은 예를 들면, 주사에 의해 투여될 수 있다. 주사용 약학 조성물은 수성 용액(수용성인 경우) 또는 분산액, 및 멸균 주사 가능한 용액 또는 분산액의 즉석 제조를 위한 멸균 분말을 포함한다. 정맥내 투여의 경우, 적합한 담체는 생리학적 식염수, 정균수 또는 인산염 완충 식염수(PBS)를 포함한다. 담체는 예를 들면, 물, 에탄올, 폴리올(예를 들면, 글리세롤, 프로필렌 글리콜 및 액체 폴리에틸렌 글리콜 등) 및 이들의 적합한 혼합물을 함유하는 용매 또는 분산 매질일 수 있다. 유동성은 예를 들면, 레시틴과 같은 코팅제의 사용, 분산액의 경우 요구된 입자 크기의 유지, 및 계면활성제의 사용에 의해 유지될 수 있다. 항균제 및 항진균제는 예를 들면, 파라벤, 클로로부탄올, 페놀, 아스코르브산 및 티메로살을 포함한다. 등장화제, 예를 들면, 당, 폴리알코올, 예컨대, 만니톨, 소르비톨 및 염화나트륨은 조성물에 포함될 수 있다. 생성된 용액은 그 자체로 사용되도록 포장될 수 있거나, 동결건조될 수 있고; 동결건조된 제제는 추후에 투여 전에 멸균 용액과 조합될 수 있다. 정맥내 주사 또는 통증 부위에서의 주사의 경우, 활성 성분은 발열원을 함유하지 않고 적합한 pH, 등장성 및 안정성을 가진 비경구적으로 허용 가능한 수성 용액의 형태로 존재할 것이다. 당분야에서 관련 기술을 가진 자는 예를 들면, 등장성 비히클, 예컨대, 염화나트륨 주사액, 링거 주사액, 젖산 첨가된 링거 주사액을 사용하여 적합한 용액을 잘 제조할 수 있다. 필요에 따라, 보존제, 안정화제, 완충제, 항산화제 및/또는 다른 첨가제가 포함될 수 있다. 멸균 주사 가능한 용액은 요구된 양의 활성 성분을 요구된 경우 상기 나열된 성분들 중 하나 또는 이들의 조합과 함께 적절한 용매에 혼입한 후, 여과 멸균함으로써 제조될 수 있다. 일반적으로, 분산액은 활성 성분을, 기초 분산 매질 및 상기 나열된 성분들 중 요구된 다른 성분을 함유하는 멸균 비히클에 혼입함으로써 제조된다. 멸균 주사 가능한 용액의 제조를 위한 멸균 분말의 경우, 바람직한 제조 방법은 활성 성분과 임의의 추가 원하는 성분의 분말을 이의 미리 멸균 여과된 용액으로부터 생성하는 진공 건조 및 냉동 건조일 수 있다.
예를 들면, 약학 조성물은 통상적으로, 예컨대, 유닛 용량의 주사에 의해 정맥내로 투여될 수 있다. 주사의 경우, 활성 성분은 실질적으로 발열원을 함유하지 않고 적합한 pH, 등장성 및 안정성을 가진 비경구 허용 가능한 수성 용액의 형태로 존재할 수 있다. 예를 들면, 등장성 비히클, 예컨대, 염화나트륨 주사액, 링거 주사액, 젖산 첨가된 링거 주사액을 사용하여 적합한 용액을 제조할 수 있다. 요구된 경우, 보존제, 안정화제, 완충제, 항산화제 및/또는 다른 첨가제가 포함될 수 있다. 추가로, 조성물은 에어로졸화를 통해 투여될 수 있다.
약학 조성물을 의약 또는 본원에서 제공된 방법들 중 임의의 방법에 사용할 것을 고려할 때, 상기 조성물은 조성물이 인간 환자에게 투여될 때 염증 반응 또는 불안전한 알레르기 반응을 야기하지 않도록 발열원을 실질적으로 함유하지 않을 수 있을 것으로 생각된다. 발열원에 대한 조성물의 시험 및 발열원을 실질적으로 함유하지 않은 조성물의 제조는 당분야에서 통상의 기술을 가진 자에게 잘 이해되어 있고 시판되는 키트를 사용함으로써 달성될 수 있다.
허용 가능한 담체는 흡수를 안정화시키거나, 증가시키거나 지연시키거나, 제거를 증가시키거나 지연시키는 화합물을 함유할 수 있다. 이러한 화합물은 예를 들면, 탄수화물, 예컨대, 글루코스, 수크로스 또는 덱스트란; 저분자량 단백질; 펩타이드의 제거 또는 가수분해를 감소시키는 조성물; 또는 부형제 또는 다른 안정화제 및/또는 완충제를 포함한다. 흡수를 지연시키는 작용제는 예를 들면, 모노스테아르산알루미늄 및 젤라틴을 포함한다. 리포좀 담체를 비롯한 세제도 약학 조성물의 흡수를 안정화시키거나, 증가시키거나 감소시키는 데 사용될 수 있다. 분해로부터 보호하기 위해, 화합물을 조성물로 착물화하여, 이것이 산성 및 효소 가수분해에 대한 내성을 갖게 만들거나, 화합물을 적절한 내성 담체, 예컨대, 리포좀 내에 착물화할 수 있다. 분해로부터 화합물을 보호하는 수단은 당분야에서 알려져 있다(예를 들면, 문헌[Fix (1996) Pharm Res. 13:1760-1764; Samanen (1996) J. Pharm. Pharmacol. 48:119-135]; 및 미국 특허 제5,391,377호).
약학 조성물은 용량 제제에 적합한 방식 및 치료 유효량으로 투여될 수 있다. 투여되는 양은 치료되는 대상체, 활성 성분을 사용하는 대상체의 면역 시스템의 능력, 및 원하는 결합 능력의 정도에 의해 좌우된다. 투여되기 위해 요구되는 활성 성분의 정확한 양은 의사의 판단에 의해 좌우되고 각각의 개체에 특유하다. 초기 투여 및 부스터 샷에 적합한 용법은 변경될 수도 있으나, 전형적으로 초기 투여 후 1시간 이상의 간격으로 후속 주사 또는 다른 투여에 의한 반복된 용량이다. 대안적으로, 혈중 농도를 유지하기에 충분한 연속 정맥내 주입이 예상된다.
일부 실시양태에서, 본 개시는 네오항원 특이적 반응(예를 들면, 체액성 또는 세포 매개 면역 반응)을 일으킬 수 있는 면역원성 조성물, 예를 들면, 약학 조성물에 관한 것이다. 일부 실시양태에서, 면역원성 조성물은 종양 특이적 항원 또는 네오항원에 상응하는 본원에 기재된 네오항원 치료제(예를 들면, 펩타이드, 폴리뉴클레오타이드, TCR, CAR, TCR 또는 CAR을 함유하는 세포, 폴리펩타이드를 함유하는 수지상 세포, 폴리뉴클레오타이드를 함유하는 수지상 세포, 항체 등)를 포함한다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 약학 조성물은 특이적 세포독성 T 세포 반응, 특이적 헬퍼 T 세포 반응 또는 B 세포 반응을 일으킬 수 있다.
일부 실시양태에서, 항원 폴리펩타이드 또는 폴리뉴클레오타이드는 이러한 폴리펩타이드 또는 폴리뉴클레오타이드를 함유하는 항원 제시 세포(예를 들면, 수지상 세포)로서 제공될 수 있다. 다른 실시양태에서, 이러한 항원 제시 세포는 환자에서 사용할 T 세포를 자극하는 데 사용된다. 일부 실시양태에서, 항원 제시 세포는 수지상 세포이다. 관련 실시양태에서, 수지상 세포는 네오항원 펩타이드 또는 핵산이 펄싱된 자가 수지상 세포이다. 네오항원 펩타이드는 적절한 T 세포 반응을 발생시키는 임의의 적합한 펩타이드일 수 있다. 일부 실시양태에서, T 세포는 CTL이다. 일부 실시양태에서, T 세포는 HTL이다. 따라서, 본 개시의 한 실시양태는 본원에 기재된 하나 이상의 네오항원 폴리펩타이드 또는 폴리뉴클레오타이드가 펄싱되었거나 로딩된 적어도 하나의 항원 제시 세포(예를 들면, 수지상 세포)를 함유하는 면역원성 조성물이다. 일부 실시양태에서, 이러한 APC는 자가 APC(예를 들면, 자가 수지상 세포)이다. 대안적으로, 환자로부터 단리된 말초 혈액 단핵 세포(PBMC)를 생체 외에서 네오항원 펩타이드 또는 폴리뉴클레오타이드로 로딩할 수 있다. 관련 실시양태에서, 이러한 APC 또는 PBMC는 환자 내로 다시 주사된다. 폴리뉴클레오타이드는 수지상 세포를 형질도입함으로써, 네오항원 펩타이드의 제시 및 면역의 유도를 야기하는 임의의 적합한 폴리뉴클레오타이드일 수 있다. 일부 실시양태에서, 이러한 항원 제시 세포(APC)(예를 들면, 수지상 세포) 또는 말초 혈액 단핵 세포(PBMC)는 T 세포(예를 들면, 자가 T 세포 또는 동종이계 T 세포)를 자극하는 데 사용된다. 관련 실시양태에서, T 세포는 CTL이다. 다른 관련 실시양태에서, T 세포는 HTL이다. 일부 실시양태에서, T 세포는 CD8+ T 세포이다. 일부 실시양태에서, T 세포는 CD4+ T 세포이다. 그 후, 이러한 T 세포는 환자 내로 주사된다. 일부 실시양태에서, CTL은 환자 내로 주사된다. 일부 실시양태에서, HTL은 환자 내로 주사된다. 일부 실시양태에서, CTL 및 HTL은 둘 다 환자 내로 주사된다. 치료제의 투여는 동시에 또는 순차적으로 그리고 임의의 순서로 수행될 수 있다.
일부 실시양태에서, 치료적 치료를 위한 본원에 기재된 약학 조성물(예를 들면, 면역원성 조성물)은 비경구, 국부, 코, 경구 또는 국소 투여용으로 제제화될 수 있다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 약학 조성물은 비경구, 예를 들면, 정맥내, 피하, 피내 또는 근육내로 투여된다. 일부 실시양태에서, 조성물은 종양내로 투여될 수 있다. 조성물은 종양에 대한 국소 면역 반응을 유도하기 위해 수술 절개 부위에서 투여될 수 있다. 일부 실시양태에서, 허용 가능한 담체, 예를 들면, 수성 담체에 용해되어 있거나 현탁되어 있는 네오항원 펩타이드의 용액 및 면역원성 조성물을 포함하는 비경구 투여용 조성물이 본원에 기재되어 있다. 다양한 수성 담체들, 예를 들면, 물, 완충된 물, 0.9% 식염수, 0.3% 글리신, 히알루론산 등이 사용될 수 있다. 이 조성물들은 통상적인 잘 알려진 멸균 기법에 의해 멸균될 수 있거나, 멸균 여과될 수 있다. 생성된 수성 용액은 그 자체로 사용되기 위해 포장될 수 있거나, 동결건조될 수 있고, 동결건조된 제제는 투여 전에 멸균 용액과 조합된다. 조성물은 생리학적 조건에 근접하기 위해 요구된 약학적으로 허용 가능한 보조 물질, 예컨대, pH 조절제 및 완충제, 장력 조절제, 습윤화제 등, 예를 들면, 아세트산나트륨, 젖산나트륨, 염화나트륨, 염화칼륨, 염화칼슘, 소르비탄 모노라우레이트, 트리에탄올아민 올레에이트 등을 함유할 수 있다.
항원에 대한 면역 반응을 증가시키는 아쥬번트의 능력은 전형적으로 면역 매개 반응의 유의미한 증가 또는 질환 증상의 감소로 나타난다. 예를 들면, 체액성 면역의 증가는 항원에 대해 생성된 항체의 역가의 유의미한 증가로 나타날 수 있고, T 세포 활성의 증가는 증가된 세포 증식, 또는 세포성 세포독성, 또는 사이토카인 분비로 나타날 수 있다. 아쥬번트는 예를 들면, 주로 체액성 또는 T 헬퍼 2 반응을 주로 세포성 또는 T 헬퍼 1 반응으로 바꿈으로써 면역 반응을 바꿀 수도 있다.
적합한 아쥬번트는 당분야에서 알려져 있고(PCT 공개 제WO 2015/095811호 참조), 폴리(I:C), 폴리-ICLC, STING 아고니스트, 1018 ISS, 알루미늄 염, 앰플리박스(Amplivax), AS15, BCG, CP-870,893, CpG7909, CyaA, dSLIM, GM-CSF, IC30, IC31, 이미퀴모드(Imiquimod), 이뮤팩트(ImuFact) IMP321, IS 패치(Patch), ISS, ISCOMATRIX, 주브이뮨(JuvImmune), 리포박(LipoVac), MF59, 모노포스포릴 지질 A, 몬타나이드(Montanide) IMS 1312, 몬타나이드 ISA 206, 몬타나이드 ISA 50V, 몬타나이드 ISA-51, OK-432, OM-174, OM-197-MP-EC, ONTAK, PepTel®. 벡터 시스템, PLG 마이크로입자, 레시퀴모드(resiquimod), SRL172, 비로좀 및 다른 바이러스 유사 입자, YF-17D, VEGF 트랩(trap), R848, β-글루칸, Pam3Cys, Pam3CSK4, 사포닌으로부터 유래한 아퀼라(Aquila)의 QS21 스티뮬론(stimulon)(아퀼라 바이오텍(Aquia Biotech), 미국 매사추세츠주 우스터 소재), 마이코박테리아 추출물 및 합성 세균 세포벽 모방 물질, 및 다른 전매특허 아쥬번트, 예컨대, 리비(Ribi)의 디톡스(Detox), 퀼(Quil) 또는 수퍼포스(Superfos)를 포함하나, 이들로 제한되지 않는다. 수지상 세포에 특이적인 여러 면역학적 아쥬번트들(예를 들면, MF59) 및 이들의 제조는 기재되어 있다(Dupuis M, et al., Cell Immunol. 1998; 186(1):18-27; Allison A C; Dev. Biol. Stand. 1998; 92:3-11)(Mosca et al. Frontiers in Bioscience, 2007; 12:4050-4060)(Gamvrellis et al. Immunol & Cell Biol. 2004; 82: 506-516). 사이토카인도 사용될 수 있다. 여러 사이토카인들이 림프 조직으로의 수지상 세포 이동에 대한 영향(예를 들면, TNF-α), T 림프구를 위한 효율적인 항원 제시 세포로의 수지상 세포의 성숙의 가속화(예를 들면, GM-CSF, PGE1, PGE2, IL-1, IL-1β, IL-4, IL-6 및 CD40L)(전체적으로 본원에 참고로 포함된 미국 특허 제5,849,589호), 및 면역아쥬번트로서의 작용(예를 들면, IL-12)(Gabrilovich D I, et al., J. Immunother. Emphasis Tumor Immunol. 1996 (6):414-418)과 직접적으로 연관되어 있다.
CpG 면역자극 올리고뉴클레오타이드도 치료 환경에서 아쥬번트의 효과를 상승시키는 것으로 보고되어 있다. 이론에 의해 구속받고자 하지는 않지만, CpG 올리고뉴클레오타이드는 톨(Toll) 유사 수용체(TLR), 주로 TLR9를 통해 선천성(비-적응) 면역 시스템을 활성화시킴으로써 작용한다. CpG에 의해 유발된 TLR9 활성화는 펩타이드 또는 단백질 항원, 살아있거나 죽은 바이러스, 수지상 세포 면역원성 약학 조성물, 자가 세포성 면역원성 약학 조성물, 및 예방적 면역원성 약학 조성물 및 치료적 면역원성 약학 조성물 둘 다 중의 폴리사카라이드 접합체를 비롯한 매우 다양한 항원들에 대한 항원 특이적 체액성 반응 및 세포성 반응을 향상시킨다. 중요한 것은, 이것이 수지상 세포 성숙 및 분화를 향상시켜, CD4+ T 세포 도움의 부재 하에서조차도 TH1 세포 및 강력한 세포독성 T 림프구(CTL) 생성의 활성화를 향상시킨다는 것이다. TLR9 자극에 의해 유도된 TH1 편향은 정상적으로 TH2 편향을 촉진하는 아쥬번트, 예컨대, 명반 또는 불완전 프로인트 아쥬번트(IFA)의 존재 하에서조차도 유지된다. CpG 올리고뉴크레오타이드들은 다른 아쥬번트와 함께 제제화되거나 공투여되거나, 마이크로입자, 나노입자, 지질 유화액 또는 유사한 제제와 같은 제제 중에 있을 때 훨씬 더 큰 아쥬번트 활성을 보이고, 이것은 항원이 상대적으로 약할 때 강한 반응을 유도하는 데 특히 유용하다. 이들은 면역 반응도 가속화시킬 수 있고 일부 실험에서 CpG를 갖지 않은 전체 용량 면역원성 약학 조성물에 필적할만한 항체 반응으로 항원 용량이 감소될 수 있게 하였다(Arthur M. Krieg, Nature Reviews, Drug Discovery, 5, June 2006, 471-484). 미국 특허 제6,406,705호는 항원 특이적 면역 반응을 유도하기 위한 CpG 올리고뉴클레오타이드, 비-핵산 아쥬번트 및 항원의 병용을 기술한다. 시판되는 CpG TLR9 길항제는 본원에 기재된 약학 조성물의 성분인, 몰로겐(Mologen)(독일 베를린 소재)의 dSLIM(이중 줄기 루프 면역조절제)이다. 다른 TLR 결합 분자, 예컨대, RNA 결합 TLR7, TLR8 및/또는 TLR9도 사용될 수 있다.
유용한 아쥬번트의 다른 예는 화학적으로 변형된 CpG(예를 들면, CpR, Idera), 폴리(I:C)(예를 들면, 폴리I:CI2U), 폴리IC:LC, 비-CpG 세균 DNA 또는 RNA, TLR8을 위한 ssRNA40뿐만 아니라, 치료제 및/또는 아쥬번트로서 작용할 수 있는 면역활성 소분자 및 항체, 예컨대, 사이클로포스프아미드(cyclophosphamide), 수니티닙(sunitinib), 베바시주맙(bevacizumab), 셀레브렉스(celebrex), NCX-4016, 실데나필(sildenafil), 타달라필(tadalafil), 바르데나필(vardenafil), 소라피닙(sorafinib), XL-999, CP-547632, 파조파닙(pazopanib), ZD2171, AZD2171, 이필리무맙(ipilimumab), 트레멜리무맙(tremelimumab) 및 SC58175도 포함하나 이들로 제한되지 않는다. 본 발명의 환경에서 유용한 아쥬번트 및 첨가제의 양 및 농도는 과도한 실험 없이 숙련된 당업자에 의해 용이하게 결정될 수 있다. 추가 아쥬번트는 과립구 대식세포 콜로니 자극 인자(GM-CSF, 사르그라모스팀(sargramostim))와 같은 콜로니 자극 인자를 포함한다.
일부 실시양태에서, 본 개시에 따른 면역원성 조성물은 하나 초과의 상이한 아쥬번트를 포함할 수 있다. 나아가, 본 발명은 상기 아쥬번트들 중 임의의 아쥬번트 또는 이들의 조합을 비롯한 임의의 아쥬번트 물질을 포함하는 약학 조성물을 포괄한다. 일부 실시양태에서, 면역원성 조성물은 네오항원 치료제(예를 들면, 펩타이드, 폴리뉴클레오타이드, TCR, CAR, TCR 또는 CAR을 함유하는 세포, 폴리펩타이드를 함유하는 수지상 세포, 폴리뉴클레오타이드를 함유하는 수지상 세포, 항체 등)를 포함하고, 아쥬번트는 임의의 적절한 순서로 따로 투여될 수 있다.
지질화는 여러 상이한 유형들, 예컨대, N-미리스토일화, 팔미토일화, GPI-앵커 추가, 프레닐화 및 여러 추가 유형의 변형으로 분류될 수 있다. N-미리스토일화는 C14 포화된 산인 미리스테이트를 글리신 잔기에 공유부착시키는 것이다. 팔미토일화는 장쇄 지방산(C16)과 시스테인 잔기의 티오에스테르 연결이다. GPI-앵커 추가는 아미드 결합을 통한 글리코실-포스파티딜이노시톨(GPI) 연결이다. 프레닐화는 이소프레노이드 지질(예를 들면, 파르네실(C-15), 제라닐제라닐(C-20))과 시스테인 잔기의 티오에테르 연결이다. 추가 유형의 변형은 시스테인의 황 원자에 의한 S-디아실글리세롤의 부착, 세린 또는 쓰레오닌 잔기를 통한 O-옥타노일 접합, 시스테인 잔기에의 S-아르케올(archaeol) 접합 및 콜레스테롤 부착을 포함할 수 있다.
지질화된 펩타이드를 생성하기 위한 지방산은 C2 내지 C30 포화된, 단일불포화된 또는 다중불포화된 지방 아실 기를 포함할 수 있다. 예시적 지방산은 팔미토일, 미리스토일, 스테아로일 및 데카노일 기를 포함할 수 있다. 일부 경우, 아쥬번트 성질을 가진 지질 모이어티를 관심 있는 폴리펩타이드에 부착시켜, 외래 아쥬번트의 부재 하에서 면역원성을 이끌어 내거나 향상시킨다. 지질화된 펩타이드 또는 리포펩타이드는 자가-아쥬번트 리포펩타이드로서 지칭될 수 있다. 앞서 그리고 본원의 임의의 부분에 기재되어 있는 지방산들 중 임의의 지방산은 관심 있는 폴리펩타이드의 면역원성을 이끌어 낼 수 있거나 향상시킬 수 있다. 면역원성을 이끌어 낼 수 있거나 향상시킬 수 있는 지방산은 팔미토일, 미리스토일, 스테아로일, 라우로일, 옥타노일 및 데카노일 기를 포함할 수 있다.
폴리펩타이드, 예컨대, 네이키드 펩타이드 또는 지질화된 펩타이드는 리포좀에 혼입될 수 있다. 종종, 지질화된 펩타이드는 리포좀에 혼입될 수 있다. 예를 들면, 지질화된 펩타이드의 지질 부분은 리포좀의 지질 이중층 내로 자발적으로 통합될 수 있다. 따라서, 리포펩타이드는 리포좀의 "표면" 상에 제시될 수 있다.
리포좀은 핵산을 세포 내로 전달하는 데 사용될 수도 있다. 관심 있는 핵산은 T 세포 수용체를 코딩하는 하나 이상의 서열을 포함한다. 리포좀은 DNA 또는 RNA를 전달하는 데 사용될 수 있다. 리포좀은 벡터에 혼입된 핵산을 전달하는 데 사용될 수 있다. 핵산은 길이가 50개 내지 200,000개 뉴클레오타이드일 수 있거나, 길이가 100개 내지 500,000개 뉴클레오타이드일 수 있거나, 길이가 20개 내지 500,000개 뉴클레오타이드일 수 있다. 제제에 혼입되기에 적합한 예시적 리포좀은 다중판상 소포(MLV), 올리고판상 소포(OLV), 단일판상 소포(UV), 작은 단일판상 소포(SUV), 중간 크기 단일판상 소포(MUV), 큰 단일판상 소포(LUV), 거대 단일판상 소포(GUV), 다중소포성 소포(MVV), 역상 증발 방법에 의해 제조된 단일 또는 올리고판상 소포(REV), 역상 증발 방법에 의해 제조된 다중판상 소포(MLV-REV), 안정한 다층판상 소포(SPLV), 냉동되고 해동된 MLV(FATMLV), 압출 방법에 의해 제조된 소포(VET), 프렌치 프레스에 의해 제조된 소포(FPV), 융합에 의해 제조된 소포(FUV), 탈수-재수화 소포(DRV), 및 버블좀(bubblesome)(BSV)을 포함하나 이들로 제한되지 않는다.
리포좀은 제조 방법에 따라 단일판상 또는 다중판상일 수 있고, 약 0.02 ㎛ 내지 약 10 ㎛ 초과의 직경을 가짐으로써 크기가 다를 수 있다. 리포좀은 많은 유형의 세포들을 흡착한 후 혼입된 작용제(예를 들면, 본원에 기재된 펩타이드)를 방출할 수 있다. 일부 경우, 리포좀은 표적 세포와 융합함으로써, 리포좀의 내용물을 표적 세포 내로 비운다. 리포좀은 식세포작용성을 가진 세포에 의해 세포내이입될 수 있다. 세포내이입 후 리포좀 지질의 라이소좀내 분해 및 캡슐화된 작용제의 방출이 일어날 수 있다.
본원에서 제공된 리포좀은 담체 지질도 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 담체 지질은 인지질이다. 리포좀을 형성할 수 있는 담체 지질은 디팔미토일포스파티딜콜린(DPPC), 포스파티딜콜린(PC; 레시틴), 포스파티드산(PA), 포스파티딜글리세롤(PG), 포스파티딜에탄올아민(PE), 포스파티딜세린(PS)을 포함하나 이들로 제한되지 않는다. 다른 적합한 인지질은 디스테아로일포스파티딜콜린(DSPC), 디미리스토일포스파티딜콜린(DMPC), 디팔미토일포스파티딜글리세롤(DPPG), 디스테아로일포스파티딜글리세롤(DSPG), 디미리스토일포스파티딜글리세롤(DMPG), 디팔미토일포스파티드산(DPPA); 디미리스토일포스파티드산(DMPA), 디스테아로일포스파티드산(DSPA), 디팔미토일포스파티딜세린(DPPS), 디미리스토일포스파티딜세린(DMPS), 디스테아로일포스파티딜세린(DSPS), 디팔미토일포스파티딜에탄올아민(DPPE), 디미리스토일포스파티딜에탄올아민(DMPE), 디스테아로일포스파티딜에탄올아민(DSPE) 등, 또는 이들의 조합도 포함한다. 일부 실시양태에서, 리포좀은 리포좀 형성을 조절하는 스테롤(예를 들면, 콜레스테롤)을 추가로 포함한다. 담체 지질은 임의의 알려진 비-인산염 극성 지질일 수 있다.
약학 조성물은 잘 알려진 기술을 이용함으로써 리포좀 내에 캡슐화될 수 있다. 생체분해 가능한 마이크로스피어도 본 발명의 약학 조성물용 담체로서 사용될 수 있다.
약학 조성물은 리포좀 또는 마이크로스피어(또는 마이크로입자)로 투여될 수 있다. 환자에게 투여할 리포좀 및 마이크로스피어를 제조하는 방법은 당분야에서 숙련된 자에게 잘 알려져 있다. 본질적으로, 물질을 수성 용액에 용해시키고, 요구된 경우 계면활성제와 함께 적절한 인지질 및 지질을 첨가하고, 필요한 경우 물질을 투석하거나 초음파처리한다.
중합체 또는 단백질로 형성된 마이크로스피어는 당분야에서 숙련된 자에게 잘 알려져 있고, 위장관을 통해 혈류 내로 직접 통과하도록 맞추어질 수 있다. 대안적으로, 화합물은 혼입될 수 있고, 마이크로스피어 또는 마이크로스피어의 합성물은 수일 내지 수개월의 기간에 걸쳐 서방출되도록 이식될 수 있다.
세포 기반 면역원성 약학 조성물도 대상체에게 투여될 수 있다. 예를 들면, 당분야에서 적합한 것으로서 여겨지는 잘 알려진 기법들 중 임의의 기법, 담체 및 부형제를 사용하여 항원 제시 세포(APC) 기반 면역원성 약학 조성물을 제제화할 수 있다. APC는 단핵구, 단핵구 유래 세포, 대식세포 및 수지상 세포를 포함한다. 종종, APC 기반 면역원성 약학 조성물은 수지상 세포 기반 면역원성 약학 조성물일 수 있다.
수지상 세포 기반 면역원성 약학 조성물은 당분야에서 잘 알려진 임의의 방법에 의해 제조될 수 있다. 일부 경우, 수지상 세포 기반 면역원성 약학 조성물은 생체외 또는 생체내 방법을 통해 제조될 수 있다. 생체외 방법은 환자에게 투여하기 전에 DC를 활성화시키거나 로딩하기 위해 본원에 기재된 폴리펩타이드가 생체 외에서 펄싱된 자가 DC를 사용하는 단계를 포함할 수 있다. 생체내 방법은 본원에 기재된 폴리펩타이드와 커플링된 항체를 사용하여 특정 DC 수용체를 표적화하는 단계를 포함할 수 있다. DC 기반 면역원성 약학 조성물은 DC 활성화제, 예컨대, TLR3, TLR-7-8 및 CD40 아고니스트를 추가로 포함할 수 있다. DC 기반 면역원성 약학 조성물은 아쥬번트 및 약학적으로 허용 가능한 담체를 추가로 포함할 수 있다.
아쥬번트는 면역원성 약학 조성물을 제공받는 환자에서 유발된 (체액성 및/또는 세포성) 면역 반응을 향상시키는 데 사용될 수 있다. 종종, 아쥬번트는 Th1형 반응을 이끌어 낼 수 있다. 다른 경우, 아쥬번트는 Th2형 반응을 이끌어 낼 수 있다. Th1형 반응은 IL-4, IL-5 및 IL-10과 같은 사이토카인의 생성을 특징으로 할 수 있는 Th2형 반응과 대조적으로 IFN-γ와 같은 사이토카인의 생성을 특징으로 할 수 있다.
일부 양태에서, 지질 기반 아쥬번트, 예컨대, MPLA 및 MDP는 본원에 개시된 면역원성 약학 조성물과 함께 사용될 수 있다. 예를 들면, 모노포스포릴 지질 A(MPLA)는 특정 T 림프구에의 리포좀 항원의 증가된 제시를 야기하는 아쥬번트이다. 추가로, 뮤라밀 디펩타이드(MDP)도 본원에 기재된 면역원성 약학 제제와 함께 적합한 아쥬번트로서 사용될 수 있다.
아쥬번트는 사이토카인과 같은 자극 분자도 포함할 수 있다. 사이토카인의 비제한적 예는 CCL20, α-인터페론(IFNα), β-인터페론(IFNβ), γ-인터페론(IFNγ), 혈소판 유래 성장 인자(PDGF), TNFα, GM-CSF, 표피 성장 인자(EGF), 피부 T 세포 유인 케모카인(CTACK), 상피 흉선-발현된 케모카인(TECK), 점막 관련 상피 케모카인(MEC), IL-12, IL-15, IL-28, MHC, CD80, CD86, IL-1, IL-2, IL-4, IL-5, IL-6, IL-10, IL-18, MCP-1, MIP-la, MIP-1-, IL-8, L-셀렉틴, P-셀렉틴, E-셀렉틴, CD34, GlyCAM-1, MadCAM-1, LFA-1, VLA-1, Mac-1, pl50.95, PECAM, ICAM-1, ICAM-2, ICAM-3, CD2, LFA-3, M-CSF, G-CSF, IL-18의 돌연변이체 형태, CD40, CD40L, 혈관 성장 인자, 섬유모세포 성장 인자, IL-7, 신경 성장 인자, 혈관 내피 성장 인자, Fas, TNF 수용체, Fit, Apo-1, p55, WSL-1, DR3, TRAMP, Apo-3, AIR, LARD, NGRF, DR4, DRS, KILLER, TRAIL-R2, TRICK2, DR6, 캐스파제 ICE, Fos, c-jun, Sp-1, Ap-1, Ap-2, p38, p65Rel, MyD88, IRAK, TRAF6, IκB, 불활성 NIK, SAP K, SAP-I, JNK, 인터페론 반응 유전자, NFκB, Bax, TRAIL, TRAILrec, TRAILrecDRC5, TRAIL-R3, TRAIL-R4, RANK, RANK 리간드, Ox40, Ox40 리간드, NKG2D, MICA, MICB, NKG2A, NKG2B, NKG2C, NKG2E, NKG2F, TAPI 및 TAP2를 포함한다.
추가 아쥬번트는 MCP-1, MIP-la, MIP-lp, IL-8, RANTES, L-셀렉틴, P-셀렉틴, E-셀렉틴, CD34, GlyCAM-1, MadCAM-1, LFA-1, VLA-1, Mac-1, pl50.95, PECAM, ICAM-1, ICAM-2, ICAM-3, CD2, LFA-3, M-CSF, G-CSF, IL-4, IL-18의 돌연변이체 형태, CD40, CD40L, 혈관 성장 인자, 섬유모세포 성장 인자, IL-7, IL-22, 신경 성장 인자, 혈관 내피 성장 인자, Fas, TNF 수용체, Fit, Apo-1, p55, WSL-1, DR3, TRAMP, Apo-3, AIR, LARD, NGRF, DR4, DR5, KILLER, TRAIL-R2, TRICK2, DR6, 캐스파제 ICE, Fos, c-jun, Sp-1, Ap-1, Ap-2, p38, p65Rel, MyD88, IRAK, TRAF6, IκB, 불활성 NIK, SAP K, SAP-1, JNK, 인터페론 반응 유전자, NFκB, Bax, TRAIL, TRAILrec, TRAILrecDRC5, TRAIL-R3, TRAIL-R4, RANK, RANK 리간드, Ox40, Ox40 리간드, NKG2D, MICA, MICB, NKG2A, NKG2B, NKG2C, NKG2E, NKG2F, TAP1, TAP2 및 이들의 기능적 단편을 포함한다.
일부 양태에서, 아쥬번트는 톨(toll) 유사 수용체의 조절제일 수 있다. 톨 유사 수용체의 조절제의 예는 TLR9 아고니스트를 포함하고 톨 유사 수용체의 소분자 조절제, 예컨대, 이미퀴모드로 제한되지 않는다. 종종, 아쥬번트는 세균 톡소이드, 폴리옥시프로필렌-폴리옥시에틸렌 블록 중합체, 알루미늄 염, 리포좀, CpG 중합체, 수중유 유화액 또는 이들의 조합으로부터 선택된다. 종종, 아쥬번트는 수중유 유화액이다. 수중유 유화액은 적어도 하나의 오일 및 적어도 하나의 계면활성제를 포함할 수 있고, 이때 오일(들) 및 계면활성제(들)는 생체분해 가능하고(대사 가능하고) 생체적합하다. 유화액 중의 오일 소적은 직경이 5 ㎛ 미만일 수 있고 심지어 마이크론 미만의 직경을 가질 수 있고, 이때 이 작은 크기는 마이크로유동화기에 의해 달성되어 안정한 유화액을 제공한다. 220 nm 미만의 크기를 가진 소적은 필터 멸균될 수 있다.
일부 경우, 면역원성 약학 조성물은 담체 및 부형제(완충제, 탄수화물, 만니톨, 단백질, 폴리펩타이드 또는 아미노산, 예컨대, 글리신, 항산화제, 정균제, 킬레이팅제, 현탁제, 증점제 및/또는 보존제를 포함하나 이들로 제한되지 않음), 물, 석유, 동물, 식물 또는 합성 유래의 오일을 포함하는 오일, 예컨대, 땅콩유, 대두유, 광유, 참깨유 등, 식염수 용액, 수성 덱스트로스 및 글리세롤 용액, 풍미제, 착색제, 및 다른 허용 가능한 첨가제, 아쥬번트 또는 결합제, 생리학적 조건에 근접하기 위해 요구된 다른 약학적으로 허용 가능한 보조 물질, 예컨대, pH 완충제, 장력 조절제, 유화제, 습윤화제 등을 포함할 수 있다. 부형제의 예는 전분, 글루코스, 락토스, 수크로스, 젤라틴, 맥아, 벼, 밀가루, 백악, 실리카 겔, 스테아르산나트륨, 글리세롤 모노스테아레이트, 탈크, 염화나트륨, 탈지분유, 글리세롤, 프로필렌, 글리콜, 물, 에탄올 등을 포함한다. 또 다른 경우, 약학 제제는 보존제를 실질적으로 함유하지 않는다. 다른 경우, 약학 제제는 적어도 하나의 보존제를 함유할 수 있다. 당분야에서 통상의 기술을 가진 자에게 알려진 임의의 적합한 담체가 본원에 기재된 약학 조성물을 투여하는 데 사용될 수 있지만, 담체의 유형은 투여 방식에 따라 달라질 것임을 인식할 것이다.
면역원성 약학 조성물은 티메로살 또는 2-페녹시에탄올과 같은 보존제를 포함할 수 있다. 일부 경우, 면역원성 약학 조성물은 수은 물질, 예를 들면, 티메로살을 실질적으로 함유하지 않는다(예를 들면, <10 ㎍/㎖). α-토코페롤 석시네이트가 수은 화합물의 대체물질로서 사용될 수 있다.
장력을 조절하기 위해, 생리학적 염, 예컨대, 나트륨 염이 면역원성 약학 조성물에 포함될 수 있다. 다른 염은 염화칼륨, 인산이수소칼륨, 인산이나트륨 및/또는 염화마그네슘 등을 포함할 수 있다.
면역원성 약학 조성물은 200 mOsm/kg 내지 400 mOsm/kg, 240 mOsm/kg 내지 360 mOsm/kg, 또는 290 mOsm/kg 내지 310 mOsm/kg 범위 내의 오스몰농도를 가질 수 있다.
면역원성 약학 조성물은 하나 이상의 완충제, 예컨대, Tris 완충제; 붕산염 완충제; 석신산염 완충제; 히스티딘 완충제(특히 수산화알루미늄 아쥬번트를 가짐); 또는 구연산염 완충제를 포함할 수 있다. 일부 경우, 완충제는 5 내지 20 mM 또는 10 내지 50 mM 범위 내의 농도로 포함된다.
면역원성 약학 조성물의 pH는 약 5.0 내지 약 8.5, 약 6.0 내지 약 8.0, 약 6.5 내지 약 7.5, 또는 약 7.0 내지 약 7.8일 수 있다.
면역원성 약학 조성물은 멸균된 상태일 수 있다. 면역원성 약학 조성물은 발열원성을 갖지 않을 수 있고, 예를 들면, 용량당 <1 EU(내독소 유닛, 표준 척도)를 함유할 수 있고, 용량당 <0.1 EU일 수 있다. 상기 조성물은 글루텐을 함유하지 않을 수 있다.
면역원성 약학 조성물은 세제, 예를 들면, 폴리옥시에틸렌 소르비탄 에스테르 계면활성제('Tweens'로서 알려짐) 또는 옥톡시놀(예컨대, 옥톡시놀-9(Triton X-100) 또는 t-옥틸페녹시폴리에톡시에탄올)을 포함할 수 있다. 세제는 미량으로만 존재할 수 있다. 면역원성 약학 조성물은 각각 1 mg/㎖ 미만의 옥톡시놀-10 및 폴리소르베이트 80을 포함할 수 있다. 미량의 다른 잔류 성분은 항생제(예를 들면, 네오마이신, 카나마이신, 폴리믹신 B)일 수 있다.
면역원성 약학 조성물은 당분야에서 잘 알려진, 적합한 비히클 중의 멸균 용액 또는 현탁액으로서 제제화될 수 있다. 약학 조성물은 통상적인 잘 알려진 멸균 기법에 의해 멸균될 수 있거나, 멸균 여과될 수 있다. 생성된 수성 용액은 그 자체로 사용되도록 포장될 수 있거나 동결건조될 수 있고, 동결건조된 제제는 투여 전에 멸균 용액과 조합된다.
예를 들면, 하나 이상의 아쥬번트와 조합된 활성 작용제, 예컨대, 본원에 개시된 면역 세포를 포함하는 약학 조성물은 특정 몰 비를 포함하도록 제제화될 수 있다. 예를 들면, 약 99:1 내지 약 1:99의 몰 비로 하나 이상의 아쥬번트와 조합된 활성 작용제, 예컨대, 본원에 기재된 면역 세포가 사용될 수 있다. 일부 경우, 하나 이상의 아쥬번트와 조합된 활성 작용제, 예컨대, 본원에 기재된 면역 세포의 몰 비의 범위는 약 80:20 내지 약 20:80; 약 75:25 내지 약 25:75; 약 70:30 내지 약 30:70; 약 66:33 내지 약 33:66; 약 60:40 내지 약 40:60; 약 50:50; 및 약 90:10 내지 약 10:90으로부터 선택될 수 있다. 하나 이상의 아쥬번트와 조합된 활성 작용제, 예컨대, 본원에 기재된 면역 세포의 몰 비는 약 1:9일 수 있고, 일부 경우 약 1:1일 수 있다. 하나 이상의 아쥬번트와 조합된 활성 작용제, 예컨대, 본원에 기재된 면역 세포는 동일한 용량 유닛, 예를 들면, 한 바이알, 좌약, 정제, 캡슐, 에어로졸 스프레이로 함께 제제화될 수 있거나; 각각의 작용제, 형태 및/또는 화합물은 별개의 유닛, 예를 들면, 2개의 바이알, 좌약, 정제, 2개의 캡슐, 정제와 바이알, 에어로졸 스프레이 등으로 제제화될 수 있다.
일부 경우, 면역원성 약학 조성물은 추가 작용제와 함께 투여될 수 있다. 추가 작용제의 선택은 적어도 부분적으로 치료되는 질환에 의해 좌우될 수 있다. 추가 작용제는 예를 들면, 체크포인트 억제제 작용제, 예컨대, 항-PD1, 항-CTLA4, 항-PD-L1, 항-CD40, 또는 항-TIM3 작용제(예를 들면, 항-PD1, 항-CTLA4, 항-PD-L1, 항-CD40, 또는 항-TIM3 항체); 또는 염증 질환을 치료하는 데 사용되는 약물, 예컨대, NSAID, 예를 들면, 이부프로펜, 나프록센, 아세트아미노펜, 케토프로펜 또는 아스피린을 포함하는, 병원체 감염(예를 들면, 바이러스 감염)에 대한 치료 효과를 가진 임의의 작용제를 포함할 수 있다. 예를 들면, 체크포인트 억제제는 니볼루맙(nivolumab)(ONO-4538/BMS-936558, MDX1 106, OPDIVO), 펨브롤리주맙(pembrolizumab)(MK-3475, KEYTRUDA), 피딜리주맙(pidilizumab)(CT-011) 및 MPDL328OA(ROCHE)로 구성된 군으로부터 선택된 PD-1/PD-L1 길항제일 수 있다. 또 다른 예로서, 제제는 하나 이상의 보충제, 예컨대, 비타민 C, E 또는 다른 항산화제를 추가로 함유할 수 있다.
하나 이상의 아쥬번트와 조합된 활성 작용제, 예컨대, 본원에 기재된 면역 세포를 포함하는 약학 조성물은 예를 들면, 활성 작용제를 투여될 수 있는 제제로 프로세싱하는 것을 용이하게 하는 부형제, 희석제 및/또는 보조제를 포함하는 하나 이상의 생리학적으로 허용 가능한 담체를 사용함으로써 통상적인 방식에 의해 제제화될 수 있다. 적절한 제제는 적어도 부분적으로 선택된 투여 경로에 의해 좌우될 수 있다. 본원에 기재된 작용제(들)는 경구, 협측, 국소, 직장, 경피, 경점막, 피하, 정맥내 및 근육내 적용뿐만 아니라 흡입도 포함하는 다수의 투여 경로들 또는 방식들을 이용함으로써 환자에게 전달될 수 있다.
활성 작용제는 (예를 들면, 주사, 예를 들면, 볼루스 주사 또는 연속 주입에 의한) 비경구 투여용으로 제제화될 수 있고, 보존제가 첨가된 앰플, 미리 충전된 주사기, 작은 부피 주입 또는 다회 용량 용기 내에 유닛 용량 형태로 제공될 수 있다. 조성물은 유성 또는 수성 비히클 중의 현탁액, 용액 또는 유화액, 예를 들면, 수성 폴리에틸렌 글리콜 중의 용액과 같은 형태를 취할 수 있다.
주사 가능한 제제의 경우, 비히클은 수성 용액, 또는 참깨유, 옥수수유, 면실유 또는 땅콩유를 가진 오일 현탁액 또는 유화액뿐만 아니라, 엘릭시르, 만니톨, 덱스트로스 또는 멸균 수성 용액 및 유사한 약학 비히클도 포함하는, 당분야에서 적합한 것으로서 알려진 비히클들로부터 선택될 수 있다. 제제는 생체적합성 및 생체분해성을 가진 중합체 조성물, 예컨대, 폴리(락트-코-글리콜)산도 포함할 수 있다. 이 물질들을 마이크로스피어 또는 나노스피어로 만들 수 있고 약물을 로딩할 수 있고 더 우수한 지속 방출 성능을 제공하도록 추가로 코팅할 수 있거나 유도체화할 수 있다. 안주위 또는 안내 주사에 적합한 비히클은 예를 들면, 주사 등급 물, 리포좀 및 친유성 물질에 적합한 비히클 중의 치료제의 현탁액을 포함한다. 안주위 또는 안내 주사를 위한 다른 비히클은 당분야에서 잘 알려져 있다.
일부 경우, 약학 조성물은 인간에게 정맥내로 투여되도록 맞추어진 약학 조성물로서 관용적인 절차에 따라 제제화된다. 전형적으로, 정맥내 투여용 조성물은 멸균 등장성 수성 완충제 중의 용액이다. 필요한 경우, 조성물은 가용화제, 및 주사 부위에서 통증을 완화시키기 위한 리도카인과 같은 국소 마취제도 포함할 수 있다. 일반적으로, 성분은 기밀 밀봉된 용기, 예컨대, 활성 작용제의 양을 표시하는 앰플 또는 샤쉐 내에 따로, 또는, 예를 들면, 건성 동결건조된 분말 또는 무수 농축물로서 유닛 제형으로 함께 혼합된 상태로 공급된다. 조성물이 주입에 의해 투여되어야 하는 경우, 조성물은 멸균 약학 등급 물 또는 식염수를 함유하는 주입 병으로 분배될 수 있다. 조성물이 주사에 의해 투여되는 경우, 성분이 투여 전에 혼합될 수 있도록 주사용 멸균수 또는 식염수의 앰플이 제공될 수 있다.
투여가 주사에 의한 투여일 때, 활성 작용제는 수성 용액, 구체적으로 생리학적으로 적합한 완충제, 예컨대, 행크스 용액, 링거 용액 또는 생리학적 식염수 완충제에 제제화될 수 있다. 용액은 현탁제, 안정화제 및/또는 분산제와 같은 제형제(formulatory agent)를 함유할 수 있다. 또 다른 실시양태에서, 약학 조성물은 면역 반응을 향상시키기 위해 첨가된 아쥬번트 또는 임의의 다른 물질을 포함하지 않는다.
전술된 제제 이외에, 활성 작용제는 데포 제제로서도 제제화될 수 있다. 이러한 오래 작용하는 제제는 이식 또는 경피 전달(예를 들면, 피하 또는 근육내), 근육내 주사 또는 경피 패치의 사용에 의해 투여될 수 있다. 따라서, 예를 들면, 작용제는 (예를 들면, 허용 가능한 오일 중의 유화액으로서) 적합한 중합체성 또는 소수성 물질 또는 이온 교환 수지와 함께 제제화될 수 있거나, 잘 용해되지 않는 유도체, 예를 들면, 잘 용해되지 않는 염으로서 제제화될 수 있다.
일부 경우, 하나 이상의 작용제를 포함하는 약학 조성물은 국소 투여되거나 특정 감염 부위 또는 이 부위 근처에서 주사될 때 국소 및 국부 효과를 발휘한다. 예를 들면, 점성 액체, 용액, 현탁액, 디메틸설폭사이드(DMSO) 기제 용액, 리포좀 제제, 겔, 젤리, 크림, 로션, 연고, 좌약, 폼 또는 에어로졸 스프레이의 직접적인 국소 적용은 예를 들면, 국소 및/또는 국부 효과를 생성하기 위한 국소 투여에 이용될 수 있다. 이러한 제제를 위한 약학적으로 적절한 비히클은 예를 들면, 저급 지방족 알코올, 폴리글리콜(예를 들면, 글리세롤 또는 폴리에틸렌 글리콜), 지방산의 에스테르, 오일, 지방, 실리콘 등을 포함한다. 이러한 제제는 보존제(예를 들면, p-하이드록시벤조산 에스테르) 및/또는 항산화제(예를 들면, 아스코르브산 및 토코페롤)도 포함할 수 있다. 문헌[Dermatological Formulations: Percutaneous absorption, Barry (Ed.), Marcel Dekker Incl, 1983]을 참조한다. 또 다른 실시양태에서, 수송제, 담체 또는 이온 채널 억제제를 포함하는 국소/국부 제제는 표피 또는 점막 바이러스 감염을 치료하는 데 사용된다.
약학 조성물은 아쥬번트, 예컨대, 친수성 또는 친유성 겔화 작용제, 친수성 또는 친유성 활성 작용제, 보존제, 항산화제, 용매, 방향제, 충전제, 자외선차단제, 탈취제 및 염료를 함유할 수 있다. 이 다양한 아쥬번트들의 양은 고려되는 분야에서 통상적으로 사용되는 양이고, 예를 들면, 조성물의 총 중량의 약 0.01% 내지 약 20%이다. 이 아쥬번트들은 그들의 성질에 따라 지방 상, 수성 상 및/또는 지질 소포 내로 도입될 수 있다.
XII. 치료 방법
본원은 면역 질환 또는 암을 치료하기 위한 의약의 제조를 위해 상기 개시된 임의의 핵산, 상기 개시된 임의의 핵산 서열을 함유하는 벡터, 상기 개시된 임의의 핵산에 의해 코딩된 단백질 또는 상기 개시된 숙주 세포를 사용하는 방법을 제공한다.
본원은 질환, 장애 또는 질병을 가진 대상체를 치료하는 방법도 제공한다. 치료 방법은 본원에 개시된 약학 조성물을, 질환, 장애 또는 질병을 가진 대상체에게 투여하는 단계를 포함할 수 있다. 본 개시는 면역원성 요법을 포함하는 치료 방법을 제공한다. 질환(예컨대, 암 또는 바이러스 감염)의 치료 방법이 제공된다. 방법은 면역원성 항원 특이적 T 세포를 포함하는 유효량의 약학 조성물을 대상체에게 투여하는 단계를 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 항원은 종양 항원을 포함한다.
일부 실시양태에서, 질환 또는 질병을 가진 대상체를 치료하는 방법은 본원에 개시된 약학 조성물을 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다. 일부 실시양태에서, 상기 방법은 암 요법에 대한 내성을 예방하는 방법으로서, 본원에 개시된 약학 조성물을, 이러한 예방을 필요로 하는 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는 방법이다. 일부 실시양태에서, 상기 방법은 면역 반응을 유도하는 방법으로서, 본원에 개시된 약학 조성물을, 이러한 유도를 필요로 하는 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는 방법이다. 일부 실시양태에서, 면역 반응은 체액성 반응이다. 일부 실시양태에서, 면역 반응은 세포독성 T 세포 반응이다.
일부 실시양태에서, 대상체는 흑색종, 난소암, 폐암, 전립선암, 유방암, 대장암, 자궁내막암 및 만성 림프구성 백혈병(CLL)으로 구성된 군으로부터 선택된 암을 가진다.
일부 실시양태에서, 대상체는 항-에스트로겐 요법에 대한 내성을 가진 유방암을 가진다. 일부 실시양태에서, 유방암은 돌연변이를 가진 에스트로겐 수용체를 발현한다. 일부 실시양태에서, 대상체는 이브루티닙 요법에 대한 내성을 가진 CLL을 가진다. 일부 실시양태에서, CLL은 돌연변이, 예컨대, C481S 돌연변이를 가진 브루톤 티로신 키나제를 발현한다. 일부 실시양태에서, 대상체는 티로신 키나제 억제제에 대한 내성을 가진 폐암을 가진다. 일부 실시양태에서, 폐암은 돌연변이, 예컨대, T790M, L792F 또는 C797S 돌연변이를 가진 표피 성장 인자 수용체(EGFR)를 발현한다.
일부 실시양태에서, 상기 방법은 적어도 하나의 추가 치료제 또는 치료법을 투여하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 적어도 하나의 추가 치료제 또는 치료법은 수술, 체크포인트 억제제, 항체 또는 이의 단편, 화학치료제, 방사선, 백신, 소분자, T 세포, 벡터, 및 APC, 폴리뉴클레오타이드, 종양용해성 바이러스 또는 이들의 임의의 조합이다. 일부 실시양태에서, 적어도 하나의 추가 치료제는 항-PD-1 작용제 및 항-PD-L1 작용제, 항-CTLA-4 작용제 또는 항-CD40 작용제이다. 일부 실시양태에서, 추가 치료제는 본원에 개시된 약학 조성물의 투여 전에, 투여와 동시에, 또는 투여 후에 투여된다.
일부 다른 양태에서, 본원은 요법에 사용될 의약의 제조를 위한 약학 조성물의 용도를 제공한다. 일부 실시양태에서, 치료 방법은 면역원성 네오항원 펩타이드를 특이적으로 인식하는 유효량의 T 세포를 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다. 일부 실시양태에서, 치료 방법은 면역원성 네오항원 펩타이드를 특이적으로 인식하는 유효량의 TCR, 예컨대, T 세포에서 발현된 TCR을 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다.
일부 실시양태에서, 암은 암종, 림프종, 모세포종, 육종, 백혈병, 편평 세포 암, 폐암(소세포 폐암, 비-소세포 폐암, 폐의 선암종 및 폐의 편평 암종을 포함함), 복막암, 간세포암, 위암 또는 복부암(위장암을 포함함), 췌장암, 교모세포종, 자궁경부암, 난소암, 간암, 방광암, 간세포종, 유방암, 결장암, 흑색종, 자궁내막 또는 자궁 암종, 침샘 암종, 콩팥암 또는 신장암, 간암, 전립선암, 외음부암, 갑상선암, 간 암종, 두경부암, 대장암, 직장암, 연조직 육종, 카포시 육종, B 세포 림프종(낮은 등급/여포성 비-호지킨 림프종(NHL), 소림프구성(SL) NHL, 중간 등급/여포성 NHL, 중간 등급 미만성 NHL, 고등급 면역모세포성 NHL, 고등급 림프모세포성 NHL, 고등급 비-절단된 소세포 NHL, 벌키 질환 NHL, 맨틀 세포 림프종, AIDS 관련 림프종 및 발덴스트롬 마크로글로불린혈증), 만성 림프구성 백혈병(CLL), 급성 림프모세포성 백혈병(ALL), 골수종, 모발 세포 백혈병, 만성 골수모세포 백혈병 및 이식 후 림프증식성 장애(PTLD), 모반증과 관련된 비정상적인 혈관 증식, 부종, 메이그 증후군, 및 이들의 조합으로 구성된 군으로부터 선택된다.
본 개시의 방법은 당분야에서 알려진 임의의 유형의 암을 치료하는 데 이용될 수 있다. 본 개시의 방법에 의해 치료되는 암의 비제한적 예는 흑색종(예를 들면, 전이성 악성 흑색종), 신장암(예를 들면, 투명 세포 암종), 전립선암(예를 들면, 호르몬 불응성 전립선 선암종), 췌장 선암종, 유방암, 결장암, 폐암(예를 들면, 비-소세포 폐암), 식도암, 두경부의 편평 세포 암종, 간암, 난소암, 자궁경부암, 갑상선암, 교모세포종, 신경교종, 백혈병, 림프종 및 다른 신생물성 악성종양을 포함할 수 있다.
추가로, 본원에서 제공된 질환 또는 질병은 성장이 본 개시의 치료 방법을 이용함으로써 억제될 수 있는 불응성 또는 재발성 악성종양을 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 개시의 치료 방법에 의해 치료되는 암은 암종, 편평 암종, 선암종, 육종, 자궁내막암, 유방암, 난소암, 자궁경부암, 자궁관암, 원발성 복막암, 결장암, 대장암, 항문성기 영역의 편평 세포 암종, 흑색종, 신장 세포 암종, 폐암, 비-소세포 폐암, 폐의 편평 세포 암종, 위암, 방광암, 담낭암, 간암, 갑상선암, 후두암, 침샘암, 식도암, 두경부암, 교모세포종, 신경교종, 두경부의 편평 세포 암종, 전립선암, 췌장암, 중피종, 육종, 혈액암, 백혈병, 림프종, 신경종 및 이들의 조합으로 구성된 군으로부터 선택된다. 일부 실시양태에서, 본 개시의 방법에 의해 치료되는 암은 예를 들면, 암종, 편평 암종(예를 들면, 자궁경관, 눈꺼풀, 결막, 질, 폐, 구강, 피부, 요로방광, 혀, 후두 및 식도), 및 선암종(예를 들면, 전립선, 소장, 자궁내막, 자궁경관, 대장, 폐, 췌장, 식도, 직장, 자궁, 위, 유선 및 난소)을 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 개시의 방법에 의해 치료되는 암은 육종(예를 들면, 근원성 육종), 백혈증, 신경종, 흑색종 및 림프종을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 개시의 방법에 의해 치료되는 암은 유방암이다. 일부 실시양태에서, 본 개시의 치료 방법에 의해 치료되는 암은 삼중 음성 유방암(TNBC)이다. 일부 실시양태에서, 본 개시의 치료 방법에 의해 치료되는 암은 난소암이다. 일부 실시양태에서, 본 개시의 치료 방법에 의해 치료되는 암은 대장암이다.
일부 실시양태에서, 본 개시의 약학 조성물에 의해 치료되는 환자 또는 환자 집단은 고형 종양을 가진다. 일부 실시양태에서, 고형 종양은 흑색종, 신장 세포 암종, 폐암, 방광암, 유방암, 자궁경부암, 결장암, 담낭암, 후두암, 간암, 갑상선암, 위암, 침샘암, 전립선암, 췌장암 또는 메르켈(Merkel) 세포 암종이다. 일부 실시양태에서, 본 개시의 약학 조성물에 의해 치료되는 환자 또는 환자 집단은 혈액암을 가진다. 일부 실시양태에서, 환자는 혈액암, 예컨대, 미만성 B 대세포 림프종("DLBCL"), 호지킨 림프종("HL"), 비-호지킨 림프종("NHL"), 여포성 림프종("FL"), 급성 골수성 백혈병("AML") 또는 다발성 골수종("MM")을 가진다. 일부 실시양태에서, 치료되는 환자 또는 환자 집단은 난소암, 폐암 및 흑색종으로 구성된 군으로부터 선택된 암을 가진다.
본 개시에 따라 예방될 수 있고/있거나 치료될 수 있는 암의 구체적인 예는 하기 암들을 포함하나, 이들로 제한되지 않는다: 콩팥암, 신장암, 다형성 교모세포종, 전이성 유방암; 유방 암종; 유방 육종; 신경섬유종; 신경섬유종증; 소아 종양; 신경모세포종; 악성 흑색종; 표피의 암종; 백혈병, 예컨대, 그러나 제한 없이, 급성 백혈병, 급성 림프구성 백혈병, 급성 골수구성 백혈병, 예컨대, 골수모세포성, 전구골수구성, 골수단핵구성, 단핵구성, 적백혈병 백혈병, 및 골수형성이상 증후군, 만성 백혈병, 예컨대, 그러나 제한 없이, 만성 골수구성(과립구성) 백혈병, 만성 림프구성 백혈병, 모발 세포 백혈병; 진성 적혈구증가증; 림프종, 예컨대, 그러나 제한 없이, 호지킨병, 비-호지킨병; 다발성 골수종, 예컨대, 그러나 제한 없이, 무증상 다발성 골수종, 비분비 골수종, 골경화증성 골수종, 형질 세포 백혈병, 고립성 형질세포종 및 골수외 형질세포종; 발덴스트롬 마크로글로불린혈증; 원인불명의 단일클론 감마병증; 양성 단일클론 감마병증; 중쇄 질환; 골암 및 결합 조직 육종, 예컨대, 그러나 제한 없이, 골 육종, 골수종 골 질환, 다발성 골수종, 진주종에 의해 유도된 골 골육종, 골의 파제트병, 골육종, 연골육종, 에윙 육종, 악성 거대세포 종양, 골의 섬유육종, 척삭종, 골막 육종, 연조직 육종, 맥관육종(혈관육종), 섬유육종, 카포시 육종, 평활근육종, 지방육종, 림프관 육종, 신경집종, 횡문근육종 및 활막 육종; 뇌 종양, 예컨대, 그러나 제한 없이, 신경교종, 성상세포종, 뇌간 신경교종, 뇌실막세포종, 희소돌기아교세포종, 비신경교세포 종양, 청신경집종, 두개인두종, 수모세포종, 뇌수막종, 송과체종, 송과체모세포종 및 원발성 뇌 림프종; 선암종, 소엽(소세포) 암종, 관내 암종, 수질성 유방암, 점액성 유방암, 관형 유방암, 유두상 유방암, 파제트병(소아 파제트병을 포함함) 및 염증성 유방암을 포함하나 이들로 제한되지 않는 유방암; 부신암, 예컨대, 그러나 제한 없이, 크롬친화세포종 및 부신피질 암종; 갑상선암, 예컨대, 그러나 제한 없이, 유두상 또는 여포성 갑상선암, 수질성 갑상선암 및 역형성 갑상선암; 췌장암, 예컨대, 그러나 제한 없이, 인슐린종, 가스트린종, 글루카곤종, 비포마, 소마토스타틴 분비 종양, 및 카르시노이드 또는 췌도 세포 종양; 뇌하수체암, 예컨대, 그러나 제한 없이, 쿠싱병, 프로락틴 분비 종양, 말단거대증 및 요붕증; 안암, 예컨대, 그러나 제한 없이, 눈 흑색종, 예컨대, 홍채 흑색종, 맥락막 흑색종 및 모양체 흑색종, 및 망막모세포종; 질암, 예컨대, 편평 세포 암종, 선암종 및 흑색종; 외음부암, 예컨대, 편평 세포 암종, 흑색종, 선암종, 기저 세포 암종, 육종 및 파제트병; 자궁경부암, 예컨대, 그러나 제한 없이, 편평 세포 암종 및 선암종; 자궁암, 예컨대, 그러나 제한 없이, 자궁내막 암종 및 자궁 육종; 난소암, 예컨대, 그러나 제한 없이, 난소 상피 암종, 경계선 종양, 생식 세포 종양 및 간질 종양; 자궁경부 암종; 식도암, 예컨대, 그러나 제한 없이, 편평암, 선암종, 선낭 암종, 점막표피모양 암종, 선편평 암종, 육종, 흑색종, 형질세포종, 사마귀모양 암종 및 귀리 세포(소세포) 암종; 위암, 예컨대, 그러나 제한 없이, 선암종, 돌출성(용종모양), 궤양성, 표재 확장성, 확산 확장성, 악성 림프종, 지방육종, 섬유육종 및 암육종; 결장암; 대장암, KRAS 돌연변이된 대장암; 결장 암종; 직장암; 간암, 예컨대, 그러나 제한 없이, 간세포 암종 및 간모세포종, 담낭암, 예컨대, 선암종; 담관암종, 예컨대, 그러나 제한 없이, 유두상, 결절성 및 미만성; 폐암, 예컨대, KRAS 돌연변이된 비-소세포 폐암, 비-소세포 폐암, 편평 세포 암종(표피모양 암종), 선암종, 대세포 암종 및 소세포 폐암; 폐 암종; 고환암, 예컨대, 그러나 제한 없이, 배세포 종양, 정상피종, 역형성, 고전적(전형적), 정모세포성, 비정상피종, 배아 암종, 기형종 암종, 융모막암종(난황 종양), 전립선암, 예컨대, 그러나 제한 없이, 안드로겐 비의존성 전립선암, 안드로겐 의존성 전립선암, 선암종, 평활근육종 및 횡문근육종; 음경암; 구강암, 예컨대, 그러나 제한 없이, 편평 세포 암종; 기저암; 침샘암, 예컨대, 그러나 제한 없이, 선암종, 점막표피모양 암종 및 선낭 암종; 인두암, 예컨대, 그러나 제한 없이, 편평 세포암 및 사마귀모양; 피부암, 예컨대, 그러나 제한 없이, 기저 세포 암종, 편평 세포 암종 및 흑색종, 표재 확장성 흑색종, 결절성 흑색종, 흑색점 악성 흑색종, 말단 흑색점 흑색종; 신장암, 예컨대, 그러나 제한 없이, 신장 세포암, 선암종, 부신종, 섬유육종, 이행 세포 암(신우 및/또는 자궁); 신장 암종; 윌름스 종양; 방광암, 예컨대, 그러나 제한 없이, 이행 세포 암종, 편평 세포 암, 선암종, 암육종. 추가로, 암은 점액육종, 골원성 육종, 내피육종, 혈관내피육종, 중피종, 활막종, 혈관모세포종, 상피 암종, 낭선암종, 기관지원성 암종, 땀샘 암종, 피지샘 암종, 유두상 암종 및 유두상 선암종을 포함한다.
암은 B 세포암, 예를 들면, 다발성 골수종, 발덴스트롬 마크로글로불린혈증, 중쇄 질환, 예를 들면, 알파 쇄 질환, 감마 쇄 질환 및 뮤 쇄 질환, 양성 단일클론 감마병증 및 면역구성 아밀로이드증, 흑색종, 유방암, 폐암, 기관지암, 대장암, 전립선암(예를 들면, 전이성, 호르몬 불응성 전립선암), 췌장암, 위암, 난소암, 요로방광암, 뇌 또는 중추신경계 암, 말초신경계 암, 식도암, 자궁경부암, 자궁암 또는 자궁내막암, 구강 또는 후두의 암, 간암, 신장암, 고환암, 담도암, 소장암 또는 충수암, 침샘암, 갑상선암, 부신암, 골육종, 연골육종, 혈액 조직의 암 등을 포함하나, 이들로 제한되지 않는다. 본 개시에 의해 포괄되는 방법에 적용될 수 있는 암의 유형의 다른 비제한적 예는 인간 육종 및 암종, 예를 들면, 섬유육종, 점액육종, 지방육종, 연골육종, 골원성 육종, 척삭종, 혈관육종, 내피육종, 림프관육종, 림프관내피육종, 활막종, 중피종, 에윙 종양, 평활근육종, 횡문근육종, 결장 암종, 대장암, 췌장암, 유방암, 난소암, 편평 세포 암종, 기저 세포 암종, 선암종, 땀샘 암종, 피지샘 암종, 유두상 암종, 유두상 선암종, 낭선암종, 수질성 암종, 기관지원성 암종, 신장 세포 암종, 간암종, 담관 암종, 간암, 융모막암종, 정상피종, 배아 암종, 윌름스 종양, 자궁경부암, 골암, 뇌 종양, 고환암, 폐 암종, 소세포 폐 암종, 방광 암종, 상피 암종, 신경교종, 성상세포종, 수모세포종, 두개인두종, 뇌실막세포종, 송과체종, 혈관모세포종, 청신경종, 희소돌기아교세포종, 뇌수막종, 흑색종, 신경모세포종, 망막모세포종; 백혈병, 예를 들면, 급성 림프구성 백혈병 및 급성 골수구성 백혈병(골수모세포성, 전구골수구성, 골수단핵구성, 단핵구성 및 적백혈병); 만성 백혈병(만성 골수구성(과립구성) 백혈병 및 만성 림프구성 백혈병); 및 진성 적혈구증가증, 림프종(호지킨병 및 비-호지킨병), 다발성 골수종, 발덴스트롬 마크로글로불린혈증, 및 중쇄 질환을 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 개시의 방법에 의해 확인되는 표현형을 가진 암은 상피암, 예컨대, 그러나 제한 없이, 방광암, 유방암, 자궁경부암, 결장암, 부인과암, 신장암, 후두암, 폐암, 구강암, 두경부암, 난소암, 췌장암, 전립선암 또는 피부암이다. 다른 실시양태에서, 암은 유방암, 전립선암, 폐암 또는 결장암이다. 다른 실시양태에서, 상피암은 비-소세포 폐암, 비유두상 신장 세포 암종, 자궁경부 암종, 난소 암종(예를 들면, 장액성 난소 암종) 또는 유방 암종이다. 상피암은 장액성, 자궁내막모양, 점액성, 투명 세포, 브렌너(brenner) 또는 미분화를 포함하나 이들로 제한되지 않는 다양한 다른 방식들로 특징져질 수 있다. 일부 실시양태에서, 본 개시는 맨틀 세포 림프종을 포함하나 이것으로 제한되지 않는 림프종 또는 이의 서브타입의 치료, 진단 및/또는 예후에 사용된다. 림프증식성 장애도 증식성 질환인 것으로 간주된다.
일부 실시양태에서, 대상체는 항-에스트로겐 요법에 대한 내성을 가진 유방암, MSI 유방암, 전이성 유방암, Her2 음성 유방암, Her2 양성 유방암, ER 음성 유방암, ER 양성 유방암 또는 이들의 임의의 조합을 가진다.
일부 실시양태에서, 유방암은 돌연변이를 가진 에스트로겐 수용체를 발현한다.
일부 실시양태에서, 암은 재발성 또는 전이성 유방암이다. 일부 실시양태에서, 본 개시의 치료 방법에 의해 치료되는 암은 삼중 음성 유방암(TNBC)이다.
본원에서 제공된 약학 조성물은 단독으로 사용될 수 있거나, 수술, 방사선조사, 화학요법 및/또는 골수 이식(자가, 동계, 동종이계 또는 관련 없는)과 같은 통상적인 치료법과 병용될 수 있다.
일부 실시양태에서, 면역원성 요법을 포함하는 약학 조성물 이외에 적어도 하나 이상의 화학치료제를 투여할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 화학치료제는 화학치료제의 상이한 부류에 속할 수 있다.
본원에서 제공된 치료 방법 또는 용도를 실시함에 있어서, 치료 유효량의 약학 조성물을, 질환 또는 질병을 가진 대상체에게 투여할 수 있다. 치료 유효량은 질환의 중증도, 대상체의 연령 및 상대적 건강, 사용된 화합물의 효능 및 기타 요인에 따라 광범위하게 달라질 수 있다.
대상체는 예를 들면, 포유류, 인간, 임신 여성, 노인, 성인, 청소년, 사춘기전 청소년, 소아, 유아, 영아, 신생아 또는 갓 태어난 신생아일 수 있다. 대상체는 환자일 수 있다. 일부 경우, 대상체는 인간일 수 있다. 일부 경우, 대상체는 소아(즉, 사춘기 연령 미만의 어린 인간)일 수 있다. 일부 경우, 대상체는 영아일 수 있다. 일부 경우, 대상체는 분유를 공급받는 영아일 수 있다. 일부 경우, 대상체는 임상 연구에 등록된 개체일 수 있다. 일부 경우, 대상체는 실험실 동물, 예를 들면, 포유류 또는 설치류일 수 있다. 일부 경우, 대상체는 마우스일 수 있다. 일부 경우, 대상체는 비만 또는 과체중 대상체일 수 있다.
일부 실시양태에서, 대상체는 이전에 하나 이상의 상이한 암 치료법으로 치료받았다. 일부 실시양태에서, 대상체는 이전에 방사선요법, 화학요법 또는 면역요법 중 하나 이상으로 치료받았다. 일부 실시양태에서, 대상체는 1, 2, 3, 4 또는 5 라인(line)의 선행 요법으로 치료받았다. 일부 실시양태에서, 선행 요법은 세포독성 요법이다.
일부 실시양태에서, 본원에 개시된 방법에 의해 치료될 수 있는 질환 또는 질병은 비정상적인 세포 성장이다. 일부 실시양태에서, 본원에 개시된 방법에 의해 치료될 수 있는 질환 또는 질병은 암이다. 일부 실시양태에서, 암은 악성 암이다. 일부 실시양태에서, 암은 양성 암이다. 일부 실시양태에서, 암은 침습성 암이다. 일부 실시양태에서, 암은 고형 종양이다. 일부 실시양태에서, 암은 액형 암이다.
본 개시의 방법은 당분야에서 알려진 임의의 유형의 암을 치료하는 데 이용될 수 있다. 본 개시의 방법에 의해 치료되는 암의 비제한적 예는 흑색종(예를 들면, 전이성 악성 흑색종), 신장암(예를 들면, 투명 세포 암종), 전립선암(예를 들면, 호르몬 불응성 전립선 선암종), 췌장 선암종, 유방암, 결장암, 폐암(예를 들면, 비-소세포 폐암), 식도암, 두경부의 편평 세포 암종, 간암, 난소암, 자궁경부암, 갑상선암, 교모세포종, 신경교종, 백혈병, 림프종 및 다른 신생물성 악성종양을 포함한다.
추가로, 본원에서 제공된 질환 또는 질병은 성장이 본 개시의 치료 방법을 이용함으로써 억제될 수 있는 불응성 또는 재발성 악성종양을 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 개시의 치료 방법에 의해 치료되는 암은 암종, 편평 암종, 선암종, 육종, 자궁내막암, 유방암, 난소암, 자궁경부암, 자궁관암, 원발성 복막암, 결장암, 대장암, 항문성기 영역의 편평 세포 암종, 흑색종, 신장 세포 암종, 폐암, 비-소세포 폐암, 폐의 편평 세포 암종, 위암, 방광암, 담낭암, 간암, 갑상선암, 후두암, 침샘암, 식도암, 두경부암, 교모세포종, 신경교종, 두경부의 편평 세포 암종, 전립선암, 췌장암, 중피종, 육종, 혈액암, 백혈병, 림프종, 신경종 및 이들의 조합으로 구성된 군으로부터 선택된다. 일부 실시양태에서, 본 개시의 방법에 의해 치료되는 암은 예를 들면, 암종, 편평 암종(예를 들면, 자궁경관, 눈꺼풀, 결막, 질, 폐, 구강, 피부, 요로방광, 혀, 후두 및 식도), 및 선암종(예를 들면, 전립선, 소장, 자궁내막, 자궁경관, 대장, 폐, 췌장, 식도, 직장, 자궁, 위, 유선 및 난소)을 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 개시의 방법에 의해 치료되는 암은 육종(예를 들면, 근원성 육종), 백혈증, 신경종, 흑색종 및 림프종을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 개시의 방법에 의해 치료되는 암은 유방암이다. 일부 실시양태에서, 본 개시의 치료 방법에 의해 치료되는 암은 삼중 음성 유방암(TNBC)이다. 일부 실시양태에서, 본 개시의 치료 방법에 의해 치료되는 암은 난소암이다. 일부 실시양태에서, 본 개시의 치료 방법에 의해 치료되는 암은 대장암이다.
일부 실시양태에서, 본 개시의 약학 조성물에 의해 치료되는 환자 또는 환자 집단은 고형 종양을 가진다. 일부 실시양태에서, 고형 종양은 흑색종, 신장 세포 암종, 폐암, 방광암, 유방암, 자궁경부암, 결장암, 담낭암, 후두암, 간암, 갑상선암, 위암, 침샘암, 전립선암, 췌장암 또는 메르켈 세포 암종이다. 일부 실시양태에서, 본 개시의 약학 조성물에 의해 치료되는 환자 또는 환자 집단은 혈액암을 가진다. 일부 실시양태에서, 환자는 혈액암, 예컨대, 미만성 B 대세포 림프종("DLBCL"), 호지킨 림프종("HL"), 비-호지킨 림프종("NHL"), 여포성 림프종("FL"), 급성 골수성 백혈병("AML") 또는 다발성 골수종("MM")을 가진다. 일부 실시양태에서, 치료되는 환자 또는 환자 집단은 난소암, 폐암 및 흑색종으로 구성된 군으로부터 선택된 암을 가진다.
본 개시에 따라 예방될 수 있고/있거나 치료될 수 있는 암의 구체적인 예는 하기 암들을 포함하나, 이들로 제한되지 않는다: 콩팥암, 신장암, 다형성 교모세포종, 전이성 유방암; 유방 암종; 유방 육종; 신경섬유종; 신경섬유종증; 소아 종양; 신경모세포종; 악성 흑색종; 표피의 암종; 백혈병, 예컨대, 그러나 제한 없이, 급성 백혈병, 급성 림프구성 백혈병, 급성 골수구성 백혈병, 예컨대, 골수모세포성, 전구골수구성, 골수단핵구성, 단핵구성, 적백혈병 백혈병, 및 골수형성이상 증후군, 만성 백혈병, 예컨대, 그러나 제한 없이, 만성 골수구성(과립구성) 백혈병, 만성 림프구성 백혈병, 모발 세포 백혈병; 진성 적혈구증가증; 림프종, 예컨대, 그러나 제한 없이, 호지킨병, 비-호지킨병; 다발성 골수종, 예컨대, 그러나 제한 없이, 무증상 다발성 골수종, 비분비 골수종, 골경화증성 골수종, 형질 세포 백혈병, 고립성 형질세포종 및 골수외 형질세포종; 발덴스트롬 마크로글로불린혈증; 원인불명의 단일클론 감마병증; 양성 단일클론 감마병증; 중쇄 질환; 골암 및 결합 조직 육종, 예컨대, 그러나 제한 없이, 골 육종, 골수종 골 질환, 다발성 골수종, 진주종에 의해 유도된 골 골육종, 골의 파제트병, 골육종, 연골육종, 에윙 육종, 악성 거대세포 종양, 골의 섬유육종, 척삭종, 골막 육종, 연조직 육종, 맥관육종(혈관육종), 섬유육종, 카포시 육종, 평활근육종, 지방육종, 림프관 육종, 신경집종, 횡문근육종 및 활막 육종; 뇌 종양, 예컨대, 그러나 제한 없이, 신경교종, 성상세포종, 뇌간 신경교종, 뇌실막세포종, 희소돌기아교세포종, 비신경교세포 종양, 청신경집종, 두개인두종, 수모세포종, 뇌수막종, 송과체종, 송과체모세포종 및 원발성 뇌 림프종; 선암종, 소엽(소세포) 암종, 관내 암종, 수질성 유방암, 점액성 유방암, 관형 유방암, 유두상 유방암, 파제트병(소아 파제트병을 포함함) 및 염증성 유방암을 포함하나 이들로 제한되지 않는 유방암; 부신암, 예컨대, 그러나 제한 없이, 크롬친화세포종 및 부신피질 암종; 갑상선암, 예컨대, 그러나 제한 없이, 유두상 또는 여포성 갑상선암, 수질성 갑상선암 및 역형성 갑상선암; 췌장암, 예컨대, 그러나 제한 없이, 인슐린종, 가스트린종, 글루카곤종, 비포마, 소마토스타틴 분비 종양, 및 카르시노이드 또는 췌도 세포 종양; 뇌하수체암, 예컨대, 그러나 제한 없이, 쿠싱병, 프로락틴 분비 종양, 말단거대증 및 요붕증; 안암, 예컨대, 그러나 제한 없이, 눈 흑색종, 예컨대, 홍채 흑색종, 맥락막 흑색종 및 모양체 흑색종, 및 망막모세포종; 질암, 예컨대, 편평 세포 암종, 선암종 및 흑색종; 외음부암, 예컨대, 편평 세포 암종, 흑색종, 선암종, 기저 세포 암종, 육종 및 파제트병; 자궁경부암, 예컨대, 그러나 제한 없이, 편평 세포 암종 및 선암종; 자궁암, 예컨대, 그러나 제한 없이, 자궁내막 암종 및 자궁 육종; 난소암, 예컨대, 그러나 제한 없이, 난소 상피 암종, 경계선 종양, 생식 세포 종양 및 간질 종양; 자궁경부 암종; 식도암, 예컨대, 그러나 제한 없이, 편평암, 선암종, 선낭 암종, 점막표피모양 암종, 선편평 암종, 육종, 흑색종, 형질세포종, 사마귀모양 암종 및 귀리 세포(소세포) 암종; 위암, 예컨대, 그러나 제한 없이, 선암종, 돌출성(용종모양), 궤양성, 표재 확장성, 확산 확장성, 악성 림프종, 지방육종, 섬유육종 및 암육종; 결장암; 대장암, RAS 돌연변이된 대장암; 결장 암종; 직장암; 간암, 예컨대, 그러나 제한 없이, 간세포 암종 및 간모세포종, 담낭암, 예컨대, 선암종; 담관암종, 예컨대, 그러나 제한 없이, 유두상, 결절성 및 미만성; 폐암, 예컨대, RAS 돌연변이된 비-소세포 폐암, 비-소세포 폐암, 편평 세포 암종(표피모양 암종), 선암종, 대세포 암종 및 소세포 폐암; 폐 암종; 고환암, 예컨대, 그러나 제한 없이, 배세포 종양, 정상피종, 역형성, 고전적(전형적), 정모세포성, 비정상피종, 배아 암종, 기형종 암종, 융모막암종(난황 종양), 전립선암, 예컨대, 그러나 제한 없이, 안드로겐 비의존성 전립선암, 안드로겐 의존성 전립선암, 선암종, 평활근육종 및 횡문근육종; 음경암; 구강암, 예컨대, 그러나 제한 없이, 편평 세포 암종; 기저암; 침샘암, 예컨대, 그러나 제한 없이, 선암종, 점막표피모양 암종 및 선낭 암종; 인두암, 예컨대, 그러나 제한 없이, 편평 세포암 및 사마귀모양; 피부암, 예컨대, 그러나 제한 없이, 기저 세포 암종, 편평 세포 암종 및 흑색종, 표재 확장성 흑색종, 결절성 흑색종, 흑색점 악성 흑색종, 말단 흑색점 흑색종; 신장암, 예컨대, 그러나 제한 없이, 신장 세포암, 선암종, 부신종, 섬유육종, 이행 세포 암(신우 및/또는 요도); 신장 암종; 윌름스 종양; 방광암, 예컨대, 그러나 제한 없이, 이행 세포 암종, 편평 세포 암, 선암종, 암육종. 추가로, 암은 점액육종, 골원성 육종, 내피육종, 혈관내피육종, 중피종, 활막종, 혈관모세포종, 상피 암종, 낭선암종, 기관지원성 암종, 땀샘 암종, 피지샘 암종, 유두상 암종 및 유두상 선암종을 포함한다.
일부 실시양태에서, RAS 유전자 내의 돌연변이를 가진 대상체는 대상체의 HLA 대립유전자에 의해 코딩된 MHC 단백질과 복합체를 형성한 RAS 돌연변이체 에피토프를 인식하는 TCR을 포함하는 약학 조성물을 투여함으로써 암에 대해 치료를 받고, 이때 TCR은 본원에 개시된 아미노산 서열을 가진 TCR 알파 쇄 가변 영역 및 TCR 베타 쇄 가변 영역을 가진다. 일부 실시양태에서, 약학 조성물은 TCR을 코딩하는 핵산 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 핵산은 DNA 또는 RNA이다. 일부 실시양태에서, 핵산은 본원에 개시된 아미노산 서열을 가진 TCR 알파 쇄 가변 영역 및 TCR 베타 쇄 가변 영역을 가진 TCR을 코딩하는 메신저 RNA이다. 일부 실시양태에서, 약학 조성물은 TCR을 코딩하는 핵산 서열을 포함하고 TCR의 발현을 유도할 수 있는 벡터를 포함하고, 이때 TCR은 대상체의 HLA 대립유전자에 의해 코딩된 MHC 단백질과 복합체를 형성한 RAS 돌연변이체 에피토프를 인식하고, TCR은 본원에 개시된 아미노산 서열을 가진 TCR 알파 쇄 가변 영역 및 TCR 베타 쇄 가변 영역을 가진다. 일부 실시양태에서, 약학 조성물은 대상체의 HLA 대립유전자에 의해 코딩된 MHC 단백질과 복합체를 형성한 RAS 돌연변이체 에피토프를 인식하는 TCR을 코딩하는 핵산 서열을 포함하는 세포를 포함하고, 이때 TCR은 본원에 개시된 아미노산 서열을 가진 TCR 알파 쇄 가변 영역 및 TCR 베타 쇄 가변 영역을 가진다. 일부 실시양태에서, 암을 가진 대상체는 대상체의 HLA 대립유전자에 의해 코딩된 MHC 단백질과 복합체를 형성한 RAS 돌연변이체 에피토프를 인식하는 TCR을 포함하는 약학 조성물을 투여받고, 이때 TCR은 본원에 개시된 아미노산 서열을 가진 TCR 알파 쇄 가변 영역 및 TCR 베타 쇄 가변 영역을 갖고, 암은 담도의 선암종, 방광의 이행 세포 암종, 유방 암종, 자궁경부 선암종, 결장 선암종, 결장 선종, 신경모세포종(자율 신경절), 급성 골수성 백혈병, 만성 골수성 백혈병, 만성 골수단핵구성 백혈병, 소아 골수단핵구성 백혈병, 급성 림프모구성 백혈병, 버킷 림프종, 호지킨 림프종, 형질 세포 골수종, 간세포 암종, 대세포 암종, 비-소세포 암종, 유관 암종, 내분비 종양, 전립선 선암종, 기저 세포 암종, 편평 세포 암종, 악성 흑색종, 혈관육종, 평활근육종, 지방육종, 횡문근육종, 점액종, 악성 섬유성 조직구종, 다형세포 육종, 배아세포종, 정상피종, 역형성 암종, 여포성 암종, 유두상 암종 및 휘틀 세포 암종으로부터 선택된다.
일부 실시양태에서, GATA3 유전자 내의 돌연변이를 가진 대상체는 대상체의 HLA 대립유전자에 의해 코딩된 MHC 단백질과 복합체를 형성한 GATA3 돌연변이체 에피토프를 인식하는 TCR을 포함하는 약학 조성물을 투여함으로써 암에 대해 치료를 받고, 이때 TCR은 본원에 개시된 아미노산 서열을 가진 TCR 알파 쇄 가변 영역 및 TCR 베타 쇄 가변 영역을 가진다. 일부 실시양태에서, GATA3 유전자 내의 돌연변이를 가진 대상체는 유방암에 대해 치료를 받는다.
일부 실시양태에서, EGFR 유전자 내의 돌연변이를 가진 대상체는 대상체의 HLA 대립유전자에 의해 코딩된 MHC 단백질과 복합체를 형성한 EGFR 돌연변이체 에피토프를 인식하는 TCR을 포함하는 약학 조성물을 투여함으로써 암에 대해 치료를 받고, 이때 TCR은 본원에 개시된 아미노산 서열을 가진 TCR 알파 쇄 가변 영역 및 TCR 베타 쇄 가변 영역을 가진다. 일부 실시양태에서, TMPRSS2:ERG 유전자 내의 돌연변이를 가진 대상체는 대상체의 HLA 대립유전자에 의해 코딩된 MHC 단백질과 복합체를 형성한 TMPRSS2:ERG 돌연변이체 에피토프를 인식하는 TCR을 포함하는 약학 조성물을 투여함으로써 암에 대해 치료를 받고, 이때 TCR은 본원에 개시된 아미노산 서열을 가진 TCR 알파 쇄 가변 영역 및 TCR 베타 쇄 가변 영역을 가진다.
일부 실시양태에서, BTK 유전자 내의 돌연변이를 가진 대상체는 대상체의 HLA 대립유전자에 의해 코딩된 MHC 단백질과 복합체를 형성한 BTK 돌연변이체 에피토프를 인식하는 TCR을 포함하는 약학 조성물을 투여함으로써 암에 대해 치료를 받고, 이때 TCR은 본원에 개시된 아미노산 서열을 가진 TCR 알파 쇄 가변 영역 및 TCR 베타 쇄 가변 영역을 가진다.
본 발명의 바람직한 실시양태들이 본원에 제시되고 기재되어 있지만, 이러한 실시양태들이 예로써만 제공된다는 것은 당분야에서 숙련된 자에게 자명할 것이다. 다수의 변경, 변화 및 치환은 본 발명을 벗어나지 않으면서 당분야에서 숙련된 자에게 비로소 인식될 것이다. 본원에 기재된 본 발명의 실시양태들의 다양한 대안들이 본 발명을 실시하는 데 이용될 수 있다는 것을 이해해야 한다. 하기 청구범위는 본 발명의 범위를 정의하기 위한 것이고 이 청구범위 내의 방법 및 구조, 및 이들의 균등물은 이에 의해 커버된다.
실시예
실시예 1: 항원 특이적 T 세포 확인 및 검증을 위한 워크플로우
항원 펩타이드 특이적 TCR을 생성하고 사용하는 예시적 워크플로우가 이 실시예에 기재되어 있다. 도 1은 상기 워크플로우의 그래픽 표시를 나타낸다. 도 2는 대상체로부터 PBMC를 수득하고 배양하는 단계로 시작한 후, PBMC를 하룻밤 배양에서 안정화시키고 펩타이드 및 사이토카인의 존재 하에서 인큐베이션하는 워크플로우 과정에 대한 예시적 타임라인을 상세히 보여주고; 단핵구 및 DC 유래 항원 제시 세포(APC)는 APC에 의해 제시된 펩타이드 항원에 반응하여 T 세포를 유도하는 것을 돕고; 10일 내지 2주 사이에 항원 특이적 T 세포는 증폭되고 항원 특이성 및 활성화에 대해 분류된다(예를 들면, 세포독성 T 림프구의 생성을 시사하는 CD8+ 마커 발현). 활성화된 항원 반응성 T 세포는 항원 특이적 TCR을 함유한다.
요약하건대, 펩타이드 합성기를 이용하여 돌연변이체 표적 에피토프를 함유하는 돌연변이된 펩타이드(예를 들면, 돌연변이체 TMPRSS2:ERG, RAS, BTK 및 GATA3 펩타이드)를 합성하였다. 합성된 펩타이드를 사용하여 APC를 로딩함으로써, 건강한 기증자 말초 혈액 단핵 세포(PBMC)의 샘플로부터의 T 세포를 자극하였다. 관심 있는 네오항원을 가진 환자로부터의 PBMC도 네오항원 특이적 T 세포를 수득하는 데 사용될 수 있다. 펩타이드가 로딩된 APC와 함께 인큐베이션한 후, T 세포 집단을 유세포분석으로 분석하였다. 유세포분석을 이용하여 항원 특이적 T 세포를 단리하였다(도 1, 2, 4a, 5, 6, 8f, 8g, 9, 10a, 10b, 11, 13, 15, 16a 및 16b). 10x 게노믹스 싱글 셀(Genomics Single Cell) V(D)J 시스템을 이용하여 단리된 항원 특이적 T 세포에 대한 단일 세포 TCR 시퀀싱을 수행하여, 단리된 항원 특이적 TCR의 서열을 프로파일링하였다. 셀(Cell) RangerTM 분석 파이프라인을 이용하여 시퀀싱 리드를 분석하였고, 추가 분석 및 기능 어세이를 위해 TCR의 후보 서열을 선택하였다(도 1, 6a, 10a, 10b, 11, 13, 15, 및 16a 및 16b).
TCR 기능성을 분석하기 위해, 표적 돌연변이체 에피토프를 함유하는 TMPRSS2:ERG, RAS, BTK 또는 GATA3 펩타이드를 코딩하는 벡터 또는 mRNA를 HEK293T 또는 A375 세포 내로 형질도입하여, 항원 발현 세포주를 생성하였다. Jurkat 세포, TCRβ 결핍 Jurkat 세포, 또는 건강한 기증자로부터의 PBMC를, 렌티바이러스 벡터 내의 후보 TCR을 코딩하는 핵산(도 3a)으로 형질도입하였다. 예시적 벡터는 도 3b에 제시되어 있다. 도 4b, 6a 및 6b, 10c 내지 10f, 11 및 13은 TCR 발현 벡터가 형질도입된 세포에 대한 기능 어세이를 보여준다. 항원 인식 어세이를 위해 TMPRSS2:ERG, RAS, BTK 및 GATA3 항원 발현 세포주를, TCR이 형질도입된 Jurkat 세포, TCRβ 결핍 Jurkat 세포, 또는 건강한 기증자로부터의 PBMC와 공배양함으로써, 후보 TCR의 기능성을 분석하였다(도 7a 및 7b, 8a 내지 8e, 10a 내지 10f, 12b 및 14).
실시예 2: 항원 특이적 T 세포의 수득
시험관내 T 세포 유도를 이용하여 항원 특이적 T 세포를 증폭시켰다. 건강한 인간 기증자 PBMC를 24웰 플레이트의 각각의 웰 내의 AIM V 배지(인비트로겐(Invitrogen))에 시딩하였다. 24시간 인큐베이션 후, 돌연변이체 펩타이드(TMPRSS2:ERG, RAS, BTK 또는 GATA3), TNF-α, IL-1β, PGE1 및 IL-7을 웰에 첨가하였다. 2일마다 배양 배지를 새로운 배지로 교체하였다. 항원 특이적 T 세포를 10일째 날 내지 20일째 날에 평가하고 단리하였다(도 2).
실시예 3: HLA-다량체 염색 및 분류
HLA-다량체 염색을, 네오항원 펩타이드를 가진 2종의 상이한 플루오로크롬 접합된 재조합 HLA(HLA-A02.01, HLA-A03.01 또는 HLA-A11.01) 다량체와 병용함으로써 네오항원 특이적 T 세포를 검출하였다. 세포 표면 염색을 위해 항-CD8, 항-CD4, 항-CD19, 항-CD16, 항-CD14 및 항-CD56 항체 및 생존/사멸 IR 염료(인비트로겐)를 사용하였다. CD8+ T 세포는 CD8+CD4-CD19-CD16-CD14-CD56-IR-로서 확인되었다(도 1, 2, 4a, 5, 6a, 8f, 8g, 9, 10a, 10b, 11, 13, 15, 16a 및 16b). 분류를 위해, 최대 5X106개의 세포를 100 ㎕ PBS + 0.5% 인간 혈청 중의 1 내지 20 ㎍ 다량체와 인큐베이션하였다. 항체 및 생존/사멸 IR 염료를 사용하여 추가 30분 동안 세포를 염색하였다. 염색 후, 세포를 2회 세척하고 PBS + 0.5% 인간 혈청으로 희석하였다. 생존/사멸 IR 염료 음성 세포를 게이팅하였고 FACSAria 세포 분류기(비디 바이오사이언시스(BD Biosciences)) 상에서 CD8+/다량체+ T 세포를 분류하였다.
실시예 4: 항원 특이적 TCR의 딥 시퀀싱
항원 특이적 T 세포를 PBS와 2% FBS(하이클론 디파인드(Hyclone Defined))의 혼합물 내로 분류하였고, 10x 게노믹스 V(D)J 키트를 사용하여 단일 T 세포로부터 RNA를 유전적으로 바코딩하였다. RNA 라이브러리를 제조자의 프로토콜에 따라 제조하였다. 일루미나(ILLUMINA)의 MiSeq 플랫폼을 이용하여 생성된 라이브러리를 시퀀싱하였다. 그 다음, 10x 게노믹스 분석 소프트웨어를 이용하여 시퀀싱 데이터를 분석함으로써, 페어링된 TCR 알파 및 베타 서열을 수득하였다. 공통 TCR 알파 및/또는 TCR 베타를 가진 세포의 빈도에 근거하여 우성 클론을 확인하였다(도 1, 6, 8f, 8g, 10a, 10b, 11, 13, 15 및 16a).
실시예 5: 항원 특이적 TCR 유전자 합성 및 클로닝
도 3a는 예를 들면, 프로모터(예: 도표에 표시된 EF1a 영역)를 포함하는, 혼입된 핵산 서열의 발현을 위해 필요한 요소를 포함하는 업스트림 조절 요소를 가진 벡터 내에 TCR 알파 쇄 및 TCR 베타 쇄 구축물을 혼입하고 F2A 및 P2A 단백질용해성 절단 부위 및 푸로마이신 매개 선택을 위한 푸로마이신 내성(Puro)을 코딩하는 서열을 추가로 혼입하는 예시적 벡터 디자인의 그래픽 도표를 나타내고; 이때 TCR 알파 쇄 구축물 및 베타 쇄 구축물은 도표에 표시된 바와 같이, TCR 알파(α) 쇄 및 TCR 베타(β) 쇄 각각을 위한 가변(V), 다양성((D), 베타 쇄 구축물에서만), 연결(J) 및 불변(C) 영역을 코딩하는 핵산 서열을 포함한다. pCDH-EF1-T2A-Puro(에스비아이 시스템 바이오사이언스(SBI system bioscience))로부터 렌티바이러스 벡터를 구축하였다. TCR 베타 가변 영역을 삽입한 후, TCR 베타 마우스 불변 영역, 퓨린 절단 부위, SGSG 링커(서열번호 601), F2A 부위, TCR 알파 가변 영역, TCR 알파 불변 영역, T2A 부위 및 푸로마이신 내성 유전자를 삽입함으로써 항원 특이적 TCR 렌티바이러스 벡터를 생성하였다(도 3a 및 3b).
실시예 6: 형질감염 및 형질도입
항원 특이적 TCR을 코딩하는 렌티바이러스를 293T 세포의 일시적 형질감염으로 제조하였다. 7 ㎍의 렌티바이러스 벡터, 7 ㎍의 팩키징 플라스미드 혼합물(pPAX 및 pMD2.G), 28 ㎕의 퓨진(Fugene)(프로메가(Promega)) 및 1 ㎖의 Opti-MEM(깁코(Gibco))을 사용한 형질감염 16시간 전에 세포를 7X106개 세포의 밀도로 10 cm 플레이트 상에 시딩하였다. 배양 배지를 형질감염 다음날 교체하였다. 형질감염시킨 지 72시간 후, 상청액을 회수하고 10배 농축하였다.
Jurkat 세포 또는 PBMC를, TCR 서열을 코딩하는 농축된 렌티바이러스로 형질도입하였다. Jurkat 세포를 세척하고 폴리브렌 및 10% FBS를 함유하는 RPMI-1640에 재현탁하였다. 웰당 100 ㎕ 배지 중의 5X105개 CD8-Jurkat 세포를 96웰 플레이트에 플레이팅하였고, 25 ㎕의 농축된 렌티바이러스를 첨가하였다. 세포를 1시간 동안 분당 2400회 회전(rpm)으로 원심분리하고 CO2 인큐베이터에서 인큐베이션하였다. 폴리브렌 및 FBS를 가진 새로운 배지 및 25 ㎕의 농축된 렌티바이러스를 사용하여 세포를 다시 형질도입하였다. 두 번째 형질도입한 지 24시간 후, 배지를 10% FBS 및 Pen/Strep 함유 RPMI-1640으로 교체하였다. 푸로마이신 처리(1 ㎍/㎖)를 형질도입 후 4일째 날에 시작하였다.
실시예 7: HLA-펩타이드에 결합하는 TCR 형질도입된 Jurkat
TCR 형질도입을 평가하기 위해, 형질도입된 Jurkat 세포를 플루오로크롬 접합된 다량체(HLA-네오항원), 항-CD8 항체, 항-mTCR 불변 영역 항체 및 생존/사멸 IR 염료로 염색하였다. mTCR 및 다량체 양성 세포를 유세포분석으로 측정하였다(도 4b, 6a, 6b, 10a 내지 10f, 11 및 13).
실시예 8: 표적 세포의 펩타이드 로딩
외생성 펩타이드 펄싱을 위해, 1X106개의 T2, 293T 또는 A375 세포를 10 pg/㎖ 인간 β2-마이크로글로불린(칼바이오켐(Calbiochem)) 및 1X10-5 M부터 1X10-12 M에 이르는 적정 양의 RAS 또는 GATA3 펩타이드와 함께 2시간 동안 37℃ 및 5% CO2에서 인큐베이션하였고, 10-5 M 인플루엔자 펩타이드 GIL(인플루엔자 매트릭스 단백질58-66 GILGFVTL(서열번호 602), 메타바이온(Metabion))이 펄싱된 T2 세포를 음성 대조군으로서 사용하였다. 세척 후, 펩타이드가 로딩된 T2 세포를 IL-2 방출 어세이에 사용하였다(도 6b, 7, 8, 12e 및 14).
실시예 9: 네오항원 발현 표적 세포
내생성 항원 발현 표적 세포를 위해, 1X106개의 HEK293 또는 A375 세포를, TMPRSS2::ERG, BTK, GATA3 또는 KRAS 돌연변이된 펩타이드를 코딩하는 렌티바이러스 벡터로 형질도입하였다. 형질도입된 표적 세포를 배양 배지(10% FBS를 가진 DMEM)에서 푸로마이신(1 ㎍/㎖)으로 선택하였다.
실시예 10: IL-2 방출 어세이
특이성을 조사하기 위해, T 세포 클론(50 ㎕ 중의 2.5X105개 세포)을, HEK293T, HLA-A03.01 형질도입된 A375 또는 HLA-A11.01 형질도입된 A375 세포주(50 ㎕ 중의 5X104개 세포) 및 TMPRSS2::ERG, BTK, GATA3 또는 KRAS 돌연변이된 펩타이드 네오항원과 함께 인큐베이션하였다. 하기 도면들은 도면 내에 도시된 바와 같이 각각의 TCR의 경우 IL-2 방출 어세이 결과를 나타낸다: 도 6b, 7a, 7b, 8e, 10c, 12a, 12b 및 14). 24시간 공배양 후 배양 상청액을 회수하였고 V-PLEX 인간 IL-2 어세이(메소 스케일 디스커버리(Meso Scale Discovery))를 이용하여 표준 MSD로 IL-2 농도를 평가하였다.
실시예 11: IFN-γ 방출 어세이
특이성을 조사하기 위해, T 세포 클론(100 ㎕ 중의 2X103개 세포)을, TMPRSS2::ERG, BTK, GATA3 또는 KRAS 돌연변이된 펩타이드 네오항원을 발현하는 세포주와 함께 인큐베이션하였다. 24시간 공배양 후 배양 상청액을 회수하였고 OptEIA™ 인간 IFN-γ 세트(비디 바이오사이언시스 파밍겐(BD Biosciences Pharmingen))를 사용하여 표준 ELISA로 평가하였다.
실시예 12: 세포독성 어세이
T 세포 클론의 세포독성 활성을 표준 4시간 51-크로뮴 방출 어세이에서 분석할 수 있다. 요약하건대, 1X106개의 표적 세포를 1시간 내지 1.5시간 동안 100 μCi Na2 51CrO4(아이씨엔 바이오케미칼스(ICN Biochemicals))으로 표지부착시킬 수 있다. 51Cr-표지부착된 표적 세포를, 12% FCS를 가진 RPMI 1640에서 T 세포와 함께 배양하였다. 기능적 결합력을 측정하기 위해, 1X104개의 T 세포를, 적정된 양의 TMPRSS2::ERG, BTK, GATA3 또는 KRAS 돌연변이된 펩타이드 네오항원이 로딩된 1X103개의 펩타이드-펄싱된 T2 세포에 첨가하여, 10:1의 일정한 E:T를 제공할 수 있다.
37℃에서 4시간 공배양한 후, 50 ㎕의 상청액을 회수할 수 있고, 방사성을 감마 카운터에서 측정할 수 있다. 특이적 용해의 퍼센트는 100X(실험적 방출-자발적 방출)/(최대 방출-자발적 방출)로서 계산될 수 있다. 자발적 방출은 이펙터 세포의 부재 하에서 표적 세포를 인큐베이션함으로써 평가될 수 있다. 퍼센트 상대적 용해를 계산하기 위해, 최대 퍼센트 특이적 용해를 기준 값인 100%로 설정할 수 있고, 이 기준에 상응하는 상응하는 값을 계산할 수 있다. 절반 최대 용해를 측정하기 위해, 펩타이드 농도에 대한 퍼센트 상대적 용해를 작도할 수 있다. 곡선이 50% 상대적 용해와 교차하는 펩타이드 농도를 절반 최대 용해의 값으로서 간주할 수 있다.
실시예 13: 세포 사멸 어세이
RAS-네오항원 특이적 재조합 TCR을 PBMC 내로 형질도입하였고 암 세포주를 사멸시키는 이들의 능력을 분석하였다(도 8a 및 8b). 재조합 TCR 발현 세포는 대조군에 비해 30% 이상 더 높은 암 세포주의 사멸을 보였다. 마우스 불변 영역을 가진 변형된 재조합 TCR(rTCR)을 SFFV 프로모터로부터 발현시켰고, 건강한 기증자로부터의 PBMC에서 30% 네오항원 특이적 TCR 형질도입 수율이 달성되었다. KRAS G12V 돌연변이를 천연적으로 발현하는 표적 세포로서 SW620 세포주를 사용하였다. HLA-A11:01을 렌티바이러스 형질도입으로 SW620 세포주 내로 도입하였다. rTCR 형질도입된 PBMC를, HLA-A11:01을 발현하거나 발현하지 않는 2종의 상이한 SW620 세포주와 6시간 동안 공배양하였다. 이어서, 사이토카인 분비 및 아폽토시스를 분석하기 위해 상청액 및 세포를 회수하였다.
6시간 공배양 후, HLA-A11:01 형질도입된 SW620 세포주(Rasmut 세포주 + HLA-A11:01)의 군의 경우 형질도입되지 않은 SW620(Rasmut 세포주)에 비해 유의미하게 더 높은 수준의 IFNγ, IL-2 및 TNFα가 검출되었다. 이것은 rTCR PBMC가 실제 종양 모델에 가까운 세포주의 HLA-A11:01 상의 G12V 돌연변이를 함유하는 RAS 펩타이드를 특이적으로 인식할 수 있음을 보여준다. 또한, HLA-A11:01 형질도입된 SW620 세포주에서 대조군에 비해 유의미하게 더 높은 퍼센트의 캐스파제-3(아폽토시스 마커) 양성 세포가 관찰되었다. 따라서, rTCR 형질도입된 PBMC는 사이토카인(IFNγ, IL-2 및 TNFα)을 분비할 수 있을 뿐만 아니라, 특이적으로 표적 세포를 기능적으로 사멸시킬 수도 있다.
일부 예에서, 특정 HLA 상의 돌연변이체 RAS 펩타이드에 특이적인 TCR을 발현하는 T 세포를, 상응하는 HLA를 발현하는 돌연변이체 RAS 펩타이드-형질도입된 표적 암 세포와 공배양하고, 특이적으로 표적 암 세포에서 아폽토시스 마커 아넥신 V를 측정하면서 표적 세포의 상대적 성장을 측정함으로써 세포독성 활성을 평가한다(도 8c, 8d, 10d, 10e). 적절한 MHC-I 대립유전자와 함께 돌연변이체 펩타이드를 발현하도록 표적 암 세포를 조작한다. 모의 형질도입된 표적 세포(즉, 돌연변이체 펩타이드를 발현하지 않음)를 음성 대조군으로서 사용한다. GFP도 안정하게 발현하여 표적 세포 성장을 추적할 수 있도록 상기 세포를 형질도입한다. 이펙터 세포로서 사용된, 건강한 기증자로부터의 PBMC를, 돌연변이체 RAS 펩타이드에 특이적인 TCR을 발현하도록 형질도입한다. 모의 형질도입된 세포를 음성 대조군으로서 사용한다. 아넥신 V 검출 시약을 함유하는 배지에서 72시간 동안 표적 세포를 상이한 양의 이펙터 세포와 공배양한다. 인큐사이트(IncuCyte) S3 장치로 시간에 따라 GFP 신호 및 아넥신 V 신호를 측정한다. 이펙터 세포로부터 유래한 아넥신 V 신호를 크기 배제로 여과한다. 표적 세포 성장 및 사멸은 각각 시간에 따른 GFP 및 아넥신 V 면적(mm2)으로서 표현된다. 도 8c는 TCR/CD8+:표적 비에 의해 측정된 TCR 수준과 표적 세포 성장의 고도의 역 상관관계를 나타낸다(상부 패널). 유사하게, 보다 더 높은 TCR 수준은 보다 더 높은 아넥신 V 양성 표적 세포와 상관관계를 가졌는데, 이는 더 높은 수의 아폽토시스 표적 세포를 시사한다. 이것은 RAS TCR4를 사용한 표적 세포 파괴에 있어서 고도의 특이성 및 효율을 시사한다.
일부 예에서, TCR 클로닝 전에 세포독성 활성을 평가한다. 특정 HLA 상의 돌연변이체 RAS 펩타이드에 대해 유도된 T 세포를, 다양한 농도의 RAS 돌연변이체 펩타이드가 로딩된 상응하는 HLA를 발현하는 돌연변이체 표적 암 세포와 공배양한다(도 8f, 8g). 특이적으로 표적 암 세포에서 상대적 성장 및 아폽토시스 마커 아넥신 V 둘 다를 측정한다. GFP도 안정하게 발현하여 표적 세포 성장을 추적할 수 있도록 표적 세포를 형질도입한다. 인큐사이트 S3 장치로 시간에 따라 GFP 신호 및 아넥신 V 신호를 측정한다. 이펙터 세포로부터 유래한 아넥신 V 신호를 크기 배제로 여과한다. 표적 세포 성장 및 사멸은 각각 시간에 따른 GFP 및 아넥신 V 면적(mm2)으로서 표현된다. 펩타이드 부재 및/또는 야생형 펩타이드에 비해 낮은 펩타이드 농도에서 세포독성을 나타내는 T 세포의 경우, TCR 시퀀싱을 전술된 바와 같이 수행할 수 있다. 도 8f 및 8g에 나타낸 실험에 표시된 데이터의 경우(상부 우측 모서리에 있는 도면), T 세포의 세포독성은 표시된 시간에 걸쳐 펩타이드의 용량이 높아짐에 따라 GFP 발현 세포가 낮아진 결과에 의해 시사된 바와 같이 펩타이드에 대한 우수한 용량 반응을 보였다. 역 상관관계는 보다 낮은 GFP 양성 세포에 의해 입증된 바와 같이, T 세포 상의 TCR을 자극하기 위한 펩타이드의 양이 높아짐에 따라 표적 세포 성장의 억제가 높아짐이 관찰되었음을 보여준다. 이것은 T 세포가 표적 세포 진행을 제한하는 데 있어서 높은 TCR 특이성 및 효과를 나타냄을 입증한다.
실시예 14: 개발된 재조합 TCR의 요약
이 실시예는 개발된 TCR의 세부사항을 제공한다. 표 1은 본원에 기재된 TCR의 요약을 제공하고, 표 2는 구체적인 아미노산 및 코딩 서열을 제공한다.
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Figure pct00002
본 발명의 바람직한 실시양태들이 본원에 제시되고 기재되어 있지만, 이러한 실시양태들이 예로써만 제공된다는 것은 당분야에서 숙련된 자에게 자명할 것이다. 다수의 변경, 변화 및 치환은 본 발명을 벗어나지 않으면서 당분야에서 숙련된 자에게 비로소 인식될 것이다. 본원에 기재된 본 발명의 실시양태들의 다양한 대안들이 본 발명을 실시하는 데 이용될 수 있다는 것을 이해해야 한다. 하기 청구범위는 본 발명의 범위를 정의하기 위한 것이고 이 청구범위 내의 방법 및 구조, 및 이들의 균등물은 이에 의해 커버된다.
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실시양태
하기 실시양태들이 본 개시 내에서 고려된다:
1. 인간 MHC와 복합체를 형성한, RAS로부터의 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있는 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함하는 적어도 하나의 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 핵산으로서, TCR 알파 쇄 구축물이 서열번호 3, 18, 33, 49, 65, 81, 97, 113, 241, 257, 273, 289, 305, 321, 337, 353, 369, 385, 401, 417, 534, 547 및 560으로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 84% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 3(CDR3)을 포함하고/하거나, TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 6, 21, 36, 52, 68, 84, 100, 116, 244, 260, 276, 292, 308, 324, 340, 356, 372, 388, 404, 420, 537, 550 및 563으로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 84% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 3(CDR3)을 포함하는 것인 핵산.
2. 인간 MHC와 복합체를 형성한, RAS로부터의 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있는 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함하는 적어도 하나의 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 핵산으로서, RAS로부터의 에피토프가 서열번호 15, 30, 45, 46, 61, 62, 77, 78, 93, 94, 109, 110, 125, 126, 219 내지 222, 253, 254, 269, 270, 285, 286, 301, 302, 317, 318, 333, 334, 349, 350, 365, 366, 381, 382, 397, 398, 413, 414, 429, 430, 544, 557 및 600으로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 70% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 영역을 포함하는 것인 핵산.
3. a. TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 b. TCR 베타 쇄 구축물을 포함하는 적어도 하나의 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 재조합 핵산을 포함하는 핵산 또는 세포로서, TCR이 HLA-A03:01 대립유전자에 의해 코딩된 인간 MHC와 복합체를 형성한, RAS로부터의 에피토프에 특이적으로 결합하는 것인 핵산 또는 세포.
4. a. TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 b. TCR 베타 쇄 구축물을 포함하는 적어도 하나의 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 재조합 핵산을 포함하는 핵산 또는 세포로서, TCR이 HLA-A02:01 대립유전자에 의해 코딩된 인간 MHC와 복합체를 형성한, RAS로부터의 에피토프에 특이적으로 결합하는 것인 핵산 또는 세포.
5. a. TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 b. TCR 베타 쇄 구축물을 포함하는 적어도 하나의 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 재조합 핵산을 포함하는 핵산 또는 세포로서, TCR이 HLA-A11:01 대립유전자에 의해 코딩된 인간 MHC와 복합체를 형성한, RAS로부터의 에피토프에 특이적으로 결합하는 것인 핵산 또는 세포.
6. 단락 3의 실시양태에 있어서, TCR 알파 쇄 구축물이 서열번호 71, 87, 103, 295, 311, 327, 343, 359 및 391로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 80%, 또는 적어도 90%, 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하는 것인 핵산.
7. 단락 4의 실시양태에 있어서, TCR 알파 쇄 구축물이 서열번호 9 및 24로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 80%, 또는 적어도 90%, 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하는 것인 핵산.
8. 단락 5의 실시양태에 있어서, TCR 알파 쇄 구축물이 서열번호 39, 55, 119, 247, 263, 279, 375, 407, 423, 539, 552 및 565로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 80%, 또는 적어도 90%, 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하는 것인 핵산.
9. 단락 3의 실시양태에 있어서, TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 74, 90, 106, 298, 314, 330, 346, 362 및 394로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 80%, 또는 적어도 90%, 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하는 것인 핵산.
10. 실시양태 4에 있어서, TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 12 및 27로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 80%, 또는 적어도 90%, 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하는 것인 핵산.
11. 실시양태 5에 있어서, TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 42, 58, 122, 250, 266, 282, 378, 410, 426, 541, 554 및 567로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 80%, 또는 적어도 90%, 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하는 것인 핵산.
12. 단락 1 내지 3 및 6의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, TCR 알파 쇄 구축물이 서열번호 63, 79, 95, 287, 303, 319, 335, 351 및 383으로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 1(CDR1)을 포함하는 것인 핵산.
13. 단락 1 내지 3 및 6의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 66, 82, 98, 290, 306, 322, 338, 354 및 386으로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 1(CDR1)을 포함하는 것인 핵산.
14. 단락 1, 2, 4 및 7의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, TCR 알파 쇄 구축물이 서열번호 1 및 16으로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 1(CDR1)을 포함하는 것인 핵산.
15. 단락 1, 2, 4 및 10의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 4 및 19로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 1(CDR1)을 포함하는 것인 핵산.
16. 단락 1, 2, 5 및 8의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, TCR 알파 쇄 구축물이 서열번호 31, 47, 111, 239, 255, 271, 367, 399, 415, 532, 545 및 558로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 1(CDR1)을 포함하는 것인 핵산.
17. 단락 1, 2, 5 및 11의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 34, 50, 114, 242, 258, 274, 370, 402, 418, 53, 548 및 561로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 1(CDR1)을 포함하는 것인 핵산.
18. 단락 1 내지 3, 6 및 12의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, TCR 알파 쇄 구축물이 서열번호 64, 80, 96, 288, 304, 320, 336, 352 및 384로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 2(CDR2)를 포함하는 것인 핵산.
19. 단락 1 내지 3, 6 및 13의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 67, 83, 99, 291, 307, 323, 339, 355 및 387로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 2(CDR2)를 포함하는 것인 핵산.
20. 단락 1, 2, 4, 7 및 14의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, TCR 알파 쇄 구축물이 서열번호 2 및 17로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 2(CDR2)를 포함하는 것인 핵산.
21. 단락 1, 2, 4, 10 및 15의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 5 및 20으로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 2(CDR2)를 포함하는 것인 핵산.
22. 단락 1, 2, 5, 8 및 16의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, TCR 알파 쇄 구축물이 서열번호 32, 48, 112, 240, 256, 272, 368, 400, 416, 533, 546 및 559로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 2(CDR2)를 포함하는 것인 핵산.
23. 단락 1, 2, 5, 11 및 17의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 35, 51, 115, 243, 259, 275, 371, 403, 419, 536, 549 및 562로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 2(CDR2)를 포함하는 것인 핵산.
24. 단락 1 내지 3, 6, 12 및 18의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, TCR 알파 쇄 구축물이 서열번호 65, 81, 97, 289, 305, 321, 337, 353 및 385로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 3(CDR3)을 포함하는 것인 핵산.
25. 단락 1 내지 3, 6, 13 및 19의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 68, 84, 100, 292, 308, 324, 340, 356 및 388로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 3(CDR3)을 포함하는 것인 핵산.
26. 실시양태 1, 2, 4, 7, 14 및 20 중 어느 한 실시양태에 있어서, TCR 알파 쇄 구축물이 서열번호 3 및 18로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 3(CDR3)을 포함하는 것인 핵산.
27. 단락 1, 2, 4, 10, 15 및 21의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 6 및 21로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 3(CDR3)을 포함하는 것인 핵산.
28. 단락 1, 2, 5, 8, 16 및 22의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, TCR 알파 쇄 구축물이 서열번호 33, 49, 113, 241, 257, 273, 369, 401, 417, 534, 547 및 560으로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 3(CDR3)을 포함하는 것인 핵산.
29. 단락 1, 2, 5, 11, 17 및 23의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 36, 52, 116, 244, 260, 276, 372, 404, 420, 537, 550 및 563으로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 3(CDR3)을 포함하는 것인 핵산.
30. 단락 1 내지 5의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, a. TCR 알파 쇄 구축물이 서열번호 9에 대한 적어도 80% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고; b. TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 12에 대한 적어도 80% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하는 것인 핵산.
31. 단락 1 내지 5 및 30의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, a. TCR 알파 쇄 구축물이 i. 서열번호 1의 CDR1, ii. 서열번호 2의 CDR2, 및 iii. 서열번호 3의 CDR3을 포함하고; b. TCR 베타 쇄 구축물이 i. 서열번호 4의 CDR1, ii. 서열번호 5의 CDR2, 및 iii. 서열번호 6의 CDR3을 포함하는 것인 핵산.
32. 단락 1 내지 5의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, a. TCR 알파 쇄 구축물이 서열번호 24에 대한 적어도 80% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고; b. TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 27에 대한 적어도 80% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하는 것인 핵산.
33. 단락 1 내지 5 및 32의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, a. TCR 알파 쇄 구축물이 i. 서열번호 16의 CDR1, ii. 서열번호 17의 CDR2, 및 iii. 서열번호 18의 CDR3을 포함하고; b. TCR 베타 쇄 구축물이 i. 서열번호 19의 CDR1, ii. 서열번호 20의 CDR2, 및 iii. 서열번호 21의 CDR3을 포함하는 것인 핵산.
34. 단락 1 내지 5의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, a. TCR 알파 쇄 구축물이 서열번호 39에 대한 적어도 80% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고; b. TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 42에 대한 적어도 80% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하는 것인 핵산.
35. 단락 1 내지 5 및 34의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, a. TCR 알파 쇄 구축물이 i. 서열번호 31의 CDR1, ii. 서열번호 32의 CDR2, 및 iii. 서열번호 33의 CDR3을 포함하고; b. TCR 베타 쇄 구축물이 i. 서열번호 34의 CDR1, ii. 서열번호 35의 CDR2, 및 iii. 서열번호 36의 CDR3을 포함하는 것인 핵산.
36. 단락 1 내지 5의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, a. TCR 알파 쇄 구축물이 서열번호 55에 대한 적어도 80% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고; b. TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 58에 대한 적어도 80% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하는 것인 핵산.
37. 단락 1 내지 5 및 36의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, a. TCR 알파 쇄 구축물이 i. 서열번호 47의 CDR1, ii. 서열번호 48의 CDR2, 및 iii. 서열번호 49의 CDR3을 포함하고; b. TCR 베타 쇄 구축물이 i. 서열번호 50의 CDR1, ii. 서열번호 51의 CDR2, 및 iii. 서열번호 52의 CDR3을 포함하는 것인 핵산.
38. 단락 1 내지 5의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, a. TCR 알파 쇄 구축물이 서열번호 71에 대한 적어도 80% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고; b. TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 74에 대한 적어도 80% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하는 것인 핵산.
39. 단락 1 내지 5 및 38의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, a. TCR 알파 쇄 구축물이 i. 서열번호 63의 CDR1, ii. 서열번호 64의 CDR2, 및 iii. 서열번호 65의 CDR3을 포함하고; b. TCR 베타 쇄 구축물이 i. 서열번호 66의 CDR1, ii. 서열번호 67의 CDR2, 및 iii. 서열번호 68의 CDR3을 포함하는 것인 핵산.
40. 단락 1 내지 5의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, a. TCR 알파 쇄 구축물이 서열번호 87에 대한 적어도 80% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고; b. TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 90에 대한 적어도 80% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하는 것인 핵산.
41. 단락 1 내지 5 및 40의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, a. TCR 알파 쇄 구축물이 i. 서열번호 79의 CDR1, ii. 서열번호 80의 CDR2, 및 iii. 서열번호 81의 CDR3을 포함하고; b. TCR 베타 쇄 구축물이 i. 서열번호 82의 CDR1, ii. 서열번호 83의 CDR2, 및 iii. 서열번호 84의 CDR3을 포함하는 것인 핵산.
42. 단락 1 내지 5의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, a. TCR 알파 쇄 구축물이 서열번호 103에 대한 적어도 80% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고; b. TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 106에 대한 적어도 80% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하는 것인 핵산.
43. 단락 1 내지 5 및 42의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, a. TCR 알파 쇄 구축물이 i. 서열번호 95의 CDR1, ii. 서열번호 96의 CDR2, 및 iii. 서열번호 97의 CDR3을 포함하고; b. TCR 베타 쇄 구축물이 i. 서열번호 98의 CDR1, ii. 서열번호 99의 CDR2, 및 iii. 서열번호 100의 CDR3을 포함하는 것인 핵산.
44. 단락 1 내지 5의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, a. TCR 알파 쇄 구축물이 서열번호 119에 대한 적어도 80% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고; b. TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 122에 대한 적어도 80% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하는 것인 핵산.
45. 단락 1 내지 5 및 44의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, a. TCR 알파 쇄 구축물이 i. 서열번호 111의 CDR1, ii. 서열번호 112의 CDR2, 및 iii. 서열번호 113의 CDR3을 포함하고; b. TCR 베타 쇄 구축물이 i. 서열번호 114의 CDR1, ii. 서열번호 115의 CDR2, 및 iii. 서열번호 116의 CDR3을 포함하는 것인 핵산.
46. 실시양태 1 내지 5 중 어느 한 실시양태에 있어서, a. TCR 알파 쇄 구축물이 서열번호 247에 대한 적어도 80% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고; b. TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 250에 대한 적어도 80% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하는 것인 핵산.
47. 단락 1 내지 5 및 46의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, a. TCR 알파 쇄 구축물이 i. 서열번호 239의 CDR1, ii. 서열번호 240의 CDR2, 및 iii. 서열번호 241의 CDR3을 포함하고; b. TCR 베타 쇄 구축물이 i. 서열번호 242의 CDR1, ii. 서열번호 243의 CDR2, 및 iii. 서열번호 244의 CDR3을 포함하는 것인 핵산.
48. 단락 1 내지 5의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, a. TCR 알파 쇄 구축물이 서열번호 263에 대한 적어도 80% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고; b. TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 266에 대한 적어도 80% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하는 것인 핵산.
49. 단락 1 내지 5 및 48의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, a. TCR 알파 쇄 구축물이 i. 서열번호 255의 CDR1, ii. 서열번호 256의 CDR2, 및 iii. 서열번호 257의 CDR3을 포함하고; b. TCR 베타 쇄 구축물이 i. 서열번호 258의 CDR1, ii. 서열번호 259의 CDR2, 및 iii. 서열번호 260의 CDR3을 포함하는 것인 핵산.
50. 단락 1 내지 5의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, a. TCR 알파 쇄 구축물이 서열번호 279에 대한 적어도 80% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고; b. TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 282에 대한 적어도 80% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하는 것인 핵산.
51. 단락 1 내지 5 및 50의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, a. TCR 알파 쇄 구축물이 i. 서열번호 271의 CDR1, ii. 서열번호 272의 CDR2, 및 iii. 서열번호 273의 CDR3을 포함하고; b. TCR 베타 쇄 구축물이 i. 서열번호 274의 CDR1, ii. 서열번호 275의 CDR2, 및 iii. 서열번호 276의 CDR3을 포함하는 것인 핵산.
52. 단락 1 내지 5의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, a. TCR 알파 쇄 구축물이 서열번호 295에 대한 적어도 80% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고; b. TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 298에 대한 적어도 80% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하는 것인 핵산.
53. 단락 1 내지 5 및 52의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, a. TCR 알파 쇄 구축물이 i. 서열번호 287의 CDR1, ii. 서열번호 288의 CDR2, 및 iii. 서열번호 289의 CDR3을 포함하고; b. TCR 베타 쇄 구축물이 i. 서열번호 290의 CDR1, ii. 서열번호 291의 CDR2, 및 iii. 서열번호 292의 CDR3을 포함하는 것인 핵산.
54. 단락 1 내지 5의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, a. TCR 알파 쇄 구축물이 서열번호 311에 대한 적어도 80% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고; b. TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 314에 대한 적어도 80% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하는 것인 핵산.
55. 단락 1 내지 5 및 54의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, a. TCR 알파 쇄 구축물이 i. 서열번호 303의 CDR1, ii. 서열번호 304의 CDR2, 및 iii. 서열번호 305의 CDR3을 포함하고; b. TCR 베타 쇄 구축물이 i. 서열번호 306의 CDR1, ii. 서열번호 307의 CDR2, 및 iii. 서열번호 308의 CDR3을 포함하는 것인 핵산.
56. 단락 1 내지 5의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, a. TCR 알파 쇄 구축물이 서열번호 327에 대한 적어도 80% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고; b. TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 330에 대한 적어도 80% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하는 것인 핵산.
57. 단락 1 내지 5 및 56의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, a. TCR 알파 쇄 구축물이 i. 서열번호 319의 CDR1, ii. 서열번호 320의 CDR2, 및 iii. 서열번호 321의 CDR3을 포함하고; b. TCR 베타 쇄 구축물이 i. 서열번호 322의 CDR1, ii. 서열번호 323의 CDR2, 및 iii. 서열번호 324의 CDR3을 포함하는 것인 핵산.
58. 단락 1 내지 5의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, a. TCR 알파 쇄 구축물이 서열번호 343에 대한 적어도 80% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고; b. TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 346에 대한 적어도 80% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하는 것인 핵산.
59. 단락 1 내지 5 및 58의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, a. TCR 알파 쇄 구축물이 i. 서열번호 335의 CDR1, ii. 서열번호 336의 CDR2, 및 iii. 서열번호 337의 CDR3을 포함하고; b. TCR 베타 쇄 구축물이 i. 서열번호 338의 CDR1, ii. 서열번호 339의 CDR2, 및 iii. 서열번호 340의 CDR3을 포함하는 것인 핵산.
60. 단락 1 내지 5의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, a. TCR 알파 쇄 구축물이 서열번호 359에 대한 적어도 80% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고; b. TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 361에 대한 적어도 80% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하는 것인 핵산.
61. 단락 1 내지 5 및 60의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, a. TCR 알파 쇄 구축물이 i. 서열번호 351의 CDR1, ii. 서열번호 352의 CDR2, 및 iii. 서열번호 353의 CDR3을 포함하고; b. TCR 베타 쇄 구축물이 i. 서열번호 354의 CDR1, ii. 서열번호 355의 CDR2, 및 iii. 서열번호 356의 CDR3을 포함하는 것인 핵산.
62. 단락 1 내지 5의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, a. TCR 알파 쇄 구축물이 서열번호 375에 대한 적어도 80% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고; b. TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 378에 대한 적어도 80% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하는 것인 핵산.
63. 단락 1 내지 5 및 62의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, a. TCR 알파 쇄 구축물이 i. 서열번호 367의 CDR1, ii. 서열번호 368의 CDR2, 및 iii. 서열번호 369의 CDR3을 포함하고; b. TCR 베타 쇄 구축물이 i. 서열번호 370의 CDR1, ii. 서열번호 371의 CDR2, 및 iii. 서열번호 372의 CDR3을 포함하는 것인 핵산.
64. 단락 1 내지 5의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, a. TCR 알파 쇄 구축물이 서열번호 391에 대한 적어도 80% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고; b. TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 394에 대한 적어도 80% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하는 것인 핵산.
65. 단락 1 내지 5 및 64의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, a. TCR 알파 쇄 구축물이 i. 서열번호 383의 CDR1, ii. 서열번호 384의 CDR2, 및 iii. 서열번호 385의 CDR3을 포함하고; b. TCR 베타 쇄 구축물이 i. 서열번호 386의 CDR1, ii. 서열번호 387의 CDR2, 및 iii. 서열번호 388의 CDR3을 포함하는 것인 핵산.
66. 단락 1 내지 5의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, a. TCR 알파 쇄 구축물이 서열번호 407에 대한 적어도 80% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고; b. TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 410에 대한 적어도 80% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하는 것인 핵산.
67. 단락 1 내지 5 및 66의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, a. TCR 알파 쇄 구축물이 i. 서열번호 399의 CDR1, ii. 서열번호 400의 CDR2, 및 iii. 서열번호 401의 CDR3을 포함하고; b. TCR 베타 쇄 구축물이 i. 서열번호 402의 CDR1, ii. 서열번호 403의 CDR2, 및 iii. 서열번호 404의 CDR3을 포함하는 것인 핵산.
68. 단락 1 내지 5의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, a. TCR 알파 쇄 구축물이 서열번호 423에 대한 적어도 80% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고; b. TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 426에 대한 적어도 80% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하는 것인 핵산.
69. 단락 1 내지 5 및 68의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, a. TCR 알파 쇄 구축물이 i. 서열번호 415의 CDR1, ii. 서열번호 416의 CDR2, 및 iii. 서열번호 417의 CDR3을 포함하고, b. TCR 베타 쇄 구축물이 i. 서열번호 418의 CDR1, ii. 서열번호 419의 CDR2, 및 iii. 서열번호 420의 CDR3을 포함하는 것인 핵산.
70. 단락 1 내지 5의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, a. TCR 알파 쇄 구축물이 서열번호 542에 대한 적어도 80% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고; b. TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 543에 대한 적어도 80% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하는 것인 핵산.
71. 단락 1 내지 5 및 70의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, a. TCR 알파 쇄 구축물이 i. 서열번호 532의 CDR1, ii. 서열번호 533의 CDR2, 및 iii. 서열번호 534의 CDR3을 포함하고; b. TCR 베타 쇄 구축물이 i. 서열번호 535의 CDR1, ii. 서열번호 536의 CDR2, 및 iii. 서열번호 537의 CDR3을 포함하는 것인 핵산.
72. 단락 1 내지 5의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, a. TCR 알파 쇄 구축물이 서열번호 555에 대한 적어도 80% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고; b. TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 556에 대한 적어도 80% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하는 것인 핵산.
73. 단락 1 내지 5 및 72의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, a. TCR 알파 쇄 구축물이 i. 서열번호 545의 CDR1, ii. 서열번호 546의 CDR2, 및 iii. 서열번호 547의 CDR3을 포함하고; b. TCR 베타 쇄 구축물이 i. 서열번호 548의 CDR1, ii. 서열번호 549의 CDR2, 및 iii. 서열번호 550의 CDR3을 포함하는 것인 핵산.
74. 단락 1 내지 5의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, a. TCR 알파 쇄 구축물이 서열번호 568에 대한 적어도 80% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고; b. TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 569에 대한 적어도 80% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하는 것인 핵산.
75. 단락 1 내지 5 및 74의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, a. TCR 알파 쇄 구축물이 i. 서열번호 558의 CDR1, ii. 서열번호 559의 CDR2, 및 iii. 서열번호 560의 CDR3을 포함하고; b. TCR 베타 쇄 구축물이 i. 서열번호 561의 CDR1, ii. 서열번호 562의 CDR2, 및 iii. 서열번호 563의 CDR3을 포함하는 것인 핵산.
76. 인간 MHC와 복합체를 형성한, TMPRSS2:ERG로부터의 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있는 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함하는 적어도 하나의 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 핵산으로서, TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 144 및 서열번호 147로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 3(CDR3)을 포함하는 것인 핵산.
77. 인간 MHC와 복합체를 형성한, TMPRSS2:ERG로부터의 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있는 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함하는 적어도 하나의 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 핵산으로서, TMPRSS2:ERG로부터의 에피토프가 서열번호 156의 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 영역을 포함하는 것인 핵산.
78. 단락 76 또는 77의 실시양태에 있어서, TCR 알파 쇄 구축물이 서열번호 150에 대한 적어도 80% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하는 것인 핵산.
79. 단락 76 또는 77의 실시양태에 있어서, TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 153에 대한 적어도 80% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하는 것인 핵산.
80. 단락 76 내지 80의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물이 각각 서열번호 142 또는 서열번호 145에 대한 적어도 90% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 1(CDR1)을 포함하는 것인 핵산.
81. 단락 76 내지 80의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 143 또는 서열번호 146에 대한 적어도 90% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 2(CDR2)를 포함하는 것인 핵산.
82. 단락 76 내지 81의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, a. TCR 알파 쇄 구축물이 서열번호 150에 대한 적어도 80% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고; b. TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 153에 대한 적어도 80% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하는 것인 핵산.
83. 단락 76 내지 82의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, a. TCR 알파 쇄 구축물이 i. 서열번호 142의 CDR1, ii. 서열번호 143의 CDR2, 및 iii. 서열번호 144의 CDR3을 포함하고; b. TCR 베타 쇄 구축물이 i. 서열번호 145의 CDR1, ii. 서열번호 146의 CDR2, 및 iii. 서열번호 147의 CDR3을 포함하는 것인 핵산.
84. 인간 MHC와 복합체를 형성한, GATA3으로부터의 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있는 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함하는 적어도 하나의 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 핵산으로서, TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 129, 132, 191, 194, 206 및 209로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 3(CDR3)을 포함하는 것인 핵산.
85. 암을 가진 대상체의 HLA 대립유전자에 의해 코딩된 단백질과 복합체를 형성한 돌연변이체 GATA3 펩타이드에 특이적으로 결합할 수 있는 적어도 하나의 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 핵산으로서, TCR이 a. TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 b. TCR 베타 쇄 구축물을 포함하는 것인 핵산.
86. TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함하는 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 재조합 핵산, 또는 재조합 핵산을 포함하는 세포로서, TCR이
a. HLA-A02:01, HLA-B07:02 또는 HLA-B08:01 단백질과 복합체를 형성한 돌연변이체 GATA3 펩타이드에 특이적으로 결합하고/하거나;
b. 서열번호 129, 132, 191, 194, 206 또는 209에 대한 적어도 90% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 알파 쇄 상보성 결정 영역 3(CDR3)을 포함하고/하거나;
c. 서열번호 141, 203 또는 218에 대한 적어도 70% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 영역을 포함하는 돌연변이체 GATA3 펩타이드에 특이적으로 결합하는 것인 재조합 핵산, 또는 재조합 핵산을 포함하는 세포.
87. 인간 MHC와 복합체를 형성한, GATA3으로부터의 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있는 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함하는 적어도 하나의 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 핵산으로서, GATA3으로부터의 에피토프가 서열번호 141, 203 또는 218의 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 영역을 포함하는 것인 핵산.
88. 단락 84 내지 87의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, TCR 알파 쇄 구축물이 서열번호 135, 197 또는 212에 대한 적어도 80% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하는 것인 핵산.
89. 단락 84 내지 87의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 138, 200 또는 215에 대한 적어도 80% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하는 것인 핵산.
90. 단락 84 내지 87의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 127, 130, 189, 192, 204 및 207로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 1(CDR1)을 포함하는 것인 핵산.
91. 단락 84 내지 87의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 128, 131, 190, 193, 205 및 208로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 2(CDR2)를 포함하는 것인 핵산.
92. 단락 84 내지 87의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, a. TCR 알파 쇄 구축물이 서열번호 135에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고; b. TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 138에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하는 것인 핵산.
93. 단락 86의 실시양태에 있어서, a. TCR 알파 쇄 구축물이 i. 서열번호 127의 CDR1, ii. 서열번호 128의 CDR2, 및 iii. 서열번호 129의 CDR3을 포함하고; b. TCR 베타 쇄 구축물이 i. 서열번호 130의 CDR1, ii. 서열번호 131의 CDR2, 및 iii. 서열번호 132의 CDR3을 포함하는 것인 핵산.
94. 단락 84 내지 87의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, a. TCR 알파 쇄 구축물이 서열번호 197에 대한 적어도 80% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고; b. TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 200에 대한 적어도 80% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하는 것인 핵산.
95. 단락 94의 실시양태에 있어서, a. TCR 알파 쇄 구축물이 i. 서열번호 189의 CDR1, ii. 서열번호 190의 CDR2, 및 iii. 서열번호 191의 CDR3을 포함하고; b. TCR 베타 쇄 구축물이 i. 서열번호 192의 CDR1, ii. 서열번호 193의 CDR2, 및 iii. 서열번호 194의 CDR3을 포함하는 것인 핵산.
96. 단락 78 내지 85의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, a. TCR 알파 쇄 구축물이 서열번호 212에 대한 적어도 80% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고; b. TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 215에 대한 적어도 80% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하는 것인 핵산.
97. 단락 90의 실시양태에 있어서, a. TCR 알파 쇄 구축물이 i. 서열번호 204의 CDR1, ii. 서열번호 205의 CDR2, 및 iii. 서열번호 206의 CDR3을 포함하고; b. TCR 베타 쇄 구축물이 i. 서열번호 207의 CDR1, ii. 서열번호 208의 CDR2, 및 iii. 서열번호 209의 CDR3을 포함하는 것인 핵산.
98. 인간 MHC와 복합체를 형성한, BTK로부터의 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있는 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함하는 적어도 하나의 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 핵산으로서, TCR 알파 쇄 구축물이 서열번호 161 및 서열번호 176으로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 3(CDR3)을 포함하거나, TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 164 및 서열번호 179로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 3(CDR3)을 포함하는 것인 핵산.
99. 암을 가진 대상체의 HLA 대립유전자에 의해 코딩된 단백질과 복합체를 형성한 돌연변이체 BTK 펩타이드에 특이적으로 결합할 수 있는 적어도 하나의 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 핵산으로서, TCR이 (a) TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 (b) TCR 베타 쇄 구축물을 포함하는 것인 핵산.
100. TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함하는 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 재조합 핵산, 또는 재조합 핵산을 포함하는 세포로서, TCR이
a. HLA-A02:01 단백질과 복합체를 형성한 돌연변이체 BTK 펩타이드에 특이적으로 결합하고/하거나;
b. 서열번호 161, 164, 176 또는 179에 대한 적어도 90% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 3(CDR3)을 포함하고/하거나;
c. 서열번호 173 또는 188에 대한 적어도 70% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 영역을 포함하는 돌연변이체 BTK 펩타이드에 특이적으로 결합하는 것인 재조합 핵산, 또는 재조합 핵산을 포함하는 세포.
101. 인간 MHC와 복합체를 형성한, BTK로부터의 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있는 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함하는 적어도 하나의 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 핵산으로서, BTK로부터의 에피토프가 서열번호 173 또는 188의 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 영역을 포함하는 것인 핵산.
102. 단락 98 내지 101의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, TCR 알파 쇄 구축물이 서열번호 167 또는 182에 대한 적어도 80% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하는 것인 핵산.
103. 단락 98 내지 102의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 170 또는 185에 대한 적어도 80% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하는 것인 핵산.
104. 단락 98 내지 103의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 159, 162, 174 및 177로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 1(CDR1)을 포함하는 것인 핵산.
105. 단락 98 내지 104의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 160, 163, 175 및 178로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 2(CDR2)를 포함하는 것인 핵산.
106. 단락 98 내지 105의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, a. TCR 알파 쇄 구축물이 서열번호 167 또는 182에 대한 적어도 80% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고; b. TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 170 또는 185에 대한 적어도 80% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하는 것인 핵산.
107. 단락 98 내지 106의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, a. TCR 알파 쇄 구축물이 i. 서열번호 159 또는 174의 CDR1, ii. 서열번호 160 또는 175의 CDR2, 및 iii. 서열번호 161 또는 176의 CDR3을 포함하고; b. TCR 베타 쇄 구축물이 i. 서열번호 162 또는 177의 CDR1, ii. 서열번호 163 또는 178의 CDR2, 및 iii. 서열번호 164 또는 179의 CDR3을 포함하는 것인 핵산.
108. 인간 MHC와 복합체를 형성한, EGFR로부터의 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있는 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함하는 적어도 하나의 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 핵산으로서, TCR 알파 쇄 구축물이 서열번호 449, 서열번호 466, 서열번호 483, 서열번호 500 및 서열번호 517로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 3(CDR3)을 포함하거나, TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 452, 서열번호 469, 서열번호 486, 서열번호 503 및 서열번호 520으로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 3(CDR3)을 포함하는 것인 핵산.
109. 암을 가진 대상체의 HLA 대립유전자에 의해 코딩된 단백질과 복합체를 형성한 돌연변이체 EGFR 펩타이드에 특이적으로 결합할 수 있는 적어도 하나의 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 핵산으로서, TCR이 a. TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 b. TCR 베타 쇄 구축물을 포함하는 것인 핵산.
110. TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함하는 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 재조합 핵산, 또는 재조합 핵산을 포함하는 세포로서, TCR이
a. HLA-A02:01 단백질과 복합체를 형성한 돌연변이체 EGFR 펩타이드에 특이적으로 결합하고/하거나;
b. 서열번호 449, 466, 483, 500, 517, 452, 469, 486, 503 또는 520에 대한 적어도 90% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 3(CDR3)을 포함하고/하거나;
c. 서열번호 461, 462, 463, 478, 479, 480, 495, 496, 497, 512, 513, 514, 529, 530 또는 531에 대한 적어도 70% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 영역을 포함하는 돌연변이체 EGFR 펩타이드에 특이적으로 결합하는 것인 재조합 핵산, 또는 재조합 핵산을 포함하는 세포.
111. 인간 MHC와 복합체를 형성한, EGFR로부터의 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있는 TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함하는 적어도 하나의 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 핵산으로서, EGFR로부터의 에피토프가 서열번호 461, 462, 463, 478, 479, 480, 495, 496, 497, 512, 513, 514, 529, 530 또는 531의 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 영역을 포함하는 것인 핵산.
112. 단락 108 내지 111의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, TCR 알파 쇄 구축물이 서열번호 455, 472, 489, 506 또는 526에 대한 적어도 80% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하는 것인 핵산.
113. 단락 108 내지 112의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 458, 475, 492, 509 또는 526에 대한 적어도 80% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하는 것인 핵산.
114. 단락 108 내지 113의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 447, 464, 481, 498, 515, 450, 467, 484, 501 및 518로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 1(CDR1)을 포함하는 것인 핵산.
115. 단락 108 내지 114의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, TCR 알파 쇄 구축물 및/또는 TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 448, 465, 482, 499, 516, 451, 468, 485, 502 및 519로부터 선택된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 상보성 결정 영역 2(CDR2)를 포함하는 것인 핵산.
116. 단락 108 내지 115의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, a. TCR 알파 쇄 구축물이 서열번호 455, 472, 489, 506 또는 523에 대한 적어도 80% 서열 동일성 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하고; b. TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 458, 475, 492, 509 또는 526에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하는 것인 핵산.
117. 단락 108 내지 116의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, a. TCR 알파 쇄 구축물이 i. 서열번호 447, 464, 481, 498 또는 515의 CDR1, ii. 서열번호 448, 465, 482, 499 또는 516의 CDR2, 및 iii. 서열번호 449, 466, 483, 500 또는 517의 CDR3을 포함하고; b. TCR 베타 쇄 구축물이 i. 서열번호 450, 467, 484, 501 또는 518의 CDR1, ii. 서열번호 451, 468, 485, 502 또는 519의 CDR2, 및 iii. 서열번호 452, 469, 486, 503 또는 520의 CDR3을 포함하는 것인 핵산.
118. 단락 1 내지 117의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, 에피토프가 점 돌연변이, 스플라이스 부위 돌연변이, 프레임시프트 돌연변이, 리드-쓰루 돌연변이, 내성 돌연변이, 유전자 융합 돌연변이 및 이들의 임의의 조합으로 구성된 군으로부터 선택된 돌연변이를 포함하는 것인 핵산.
119. 실시양태 1 내지 69 중 어느 한 실시양태에 있어서, 인간 MHC가 HLA-A02:01 대립유전자, 또는 HLA-A03:01 대립유전자 또는 HLA-A11:01 대립유전자에 의해 코딩된 것인 핵산.
120. 단락 1 내지 69의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, 에피토프가 점 돌연변이를 포함하는 것인 핵산.
121. 단락 120의 실시양태에 있어서, 점 돌연변이가 G12V 돌연변이인 핵산.
122. 단락 120의 실시양태에 있어서, 점 돌연변이가 G12C 돌연변이인 핵산.
123. 단락 120의 실시양태에 있어서, 점 돌연변이가 G12D 돌연변이인 핵산.
124. 단락 76 내지 83의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, 인간 MHC가 HLA-A02:01 대립유전자에 의해 코딩된 것인 핵산.
125. 단락 76 내지 83 및 124의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, 에피토프가 유전자 융합 돌연변이를 포함하는 것인 핵산.
126. 단락 84 내지 97의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, 인간 MHC가 HLA-A02:01, HLA-B07:02 또는 HLA-B08:01 대립유전자에 의해 코딩된 것인 핵산.
127. 단락 84 내지 97 및 126의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, 에피토프가 프레임시프트 돌연변이를 포함하는 것인 핵산.
128. 단락 98 내지 107의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, 인간 MHC가 HLA-A02:01 대립유전자에 의해 코딩된 것인 핵산.
129. 단락 98 내지 107 및 128의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, 에피토프가 점 돌연변이를 포함하는 것인 핵산.
130. 단락 129의 실시양태에 있어서, 점 돌연변이가 C481S 돌연변이인 핵산.
131. 단락 108 내지 117의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, 인간 MHC가 HLA-A02:01 대립유전자에 의해 코딩된 것인 핵산.
132. 단락 108 내지 117의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, 에피토프가 점 돌연변이를 포함하는 것인 핵산.
133. 단락 132의 실시양태에 있어서, 점 돌연변이가 T790M인 핵산.
134. 단락 1 내지 130의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, 에피토프가 적어도 8개 아미노산의 길이를 가진 것인 핵산.
135. 단락 1 내지 134의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, 에피토프가 적어도 16개 아미노산의 길이를 가진 것인 핵산.
136. 단락 1 내지 135의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, 에피토프가 8개 내지 25개 아미노산의 길이를 가진 것인 핵산.
137. 단락 1 내지 136의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, 에피토프가 8개 내지 12개 아미노산의 길이를 가진 것인 핵산.
138. 단락 1 내지 136의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, 에피토프가 16개 내지 25개 아미노산의 길이를 가진 것인 핵산.
139. 단락 1 내지 136의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, 에피토프가 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개 또는 25개 아미노산의 길이를 가진 것인 핵산.
140. 단락 1 내지 139의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, 에피토프가 상응하는 야생형 에피토프보다 더 큰 친화성으로 인간 MHC에 결합하는 것인 핵산.
141. 단락 1 내지 140의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, 에피토프가 500 nM, 250 nM, 150 nM, 100 nM, 50 nM, 25 nM 또는 10 nM 미만의 KD 또는 IC50으로 인간 MHC에 결합하는 것인 핵산.
142. 실시양태 108 내지 141 중 어느 한 실시양태에 있어서, 돌연변이가 대상체의 비-암 세포에 존재하지 않는 것인 핵산.
143. 단락 1 내지 142의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, 에피토프가 대상체의 암 세포의 유전자 또는 발현된 유전자에 의해 코딩된 것인 핵산.
144. 단락 1 내지 143의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, TCR이 500 nM, 250 nM, 150 nM, 100 nM, 50 nM, 25 nM 또는 10 nM 미만의 KD 또는 IC50으로 MHC-펩타이드 복합체에 결합하는 것인 핵산.
145. 단락 1 내지 144의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, 프로모터에 작동 가능하게 연결된 핵산.
146. 단락 1 내지 145의 실시양태들 중 어느 한 실시양태의 핵산을 포함하는 벡터.
147. 단락 146의 실시양태에 있어서, 자가 증폭 RNA 레플리콘, 플라스미드, 파지, 트랜스포존, 코스미드, 바이러스 또는 비리온인 벡터.
148. 단락 146 또는 147의 실시양태에 있어서, 바이러스 벡터인 벡터.
149. 단락 148의 실시양태에 있어서, 레트로바이러스, 렌티바이러스, 아데노바이러스, 아데노 관련 바이러스, 헤르페스 바이러스, 폭스 바이러스, 알파 바이러스, 백시니아 바이러스, B형 간염 바이러스, 인간 유두종바이러스 또는 이의 슈도타입으로부터 유래한 벡터.
150. 단락 146 또는 147의 실시양태에 있어서, 비-바이러스 벡터인 벡터.
151. 단락 150의 실시양태에 있어서, 비-바이러스 벡터가 나노입자, 양이온성 지질, 양이온성 중합체, 금속성 나노중합체, 나노막대, 리포좀, 마이셀, 마이크로버블, 세포 침투 펩타이드 또는 리포스피어인 벡터.
152. 단락 1 내지 145의 실시양태들 중 어느 한 실시양태의 핵산에 의해 코딩된 단백질.
153. 단락 1 내지 149의 실시양태들 중 어느 한 실시양태의 핵산, 실시양태 144 내지 149 중 어느 한 실시양태의 벡터, 또는 실시양태 146의 단백질을 포함하는 세포.
154. 실시양태 153에 있어서, CD4+ T 세포인 세포.
155. 실시양태 153에 있어서, CD8+ T 세포인 세포.
156. 실시양태 153에 있어서, 자가 세포인 세포.
157. 실시양태 153에 있어서, 동종이계 세포인 세포.
158. 실시양태 153에 있어서, 천연 킬러 세포, B 세포 또는 불멸화된 세포주인 세포.
159. 단락 153 내지 156의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, 인간 세포인 세포.
160. 단락 1 내지 143의 실시양태들 중 어느 한 실시양태의 핵산, 단락 146 내지 151의 실시양태들 중 어느 한 실시양태의 벡터, 단락 152의 실시양태의 단백질, 또는 단락 153 내지 159의 실시양태들 중 어느 한 실시양태의 세포; 및 약학적으로 허용 가능한 부형제 또는 희석제를 포함하는 약학 조성물.
161. 단락 160의 실시양태에 있어서, 면역조절제 또는 아쥬번트를 추가로 포함하는 약학 조성물.
162. 단락 161의 실시양태에 있어서, 면역조절제가 사이토카인인 약학 조성물.
163. 단락 160 내지 162의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, 아쥬번트가 폴리 I:C인 약학 조성물.
164. 단락 160 내지 163의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, 면역 질환 또는 암을 치료하는 데 사용하기 위한 약학 조성물.
165. 면역 질환 또는 암을 치료하기 위한, 단락 160 내지 164의 실시양태들 중 어느 한 실시양태의 약학 조성물의 용도.
166. 면역 질환 또는 암을 치료하기 위한 의약의 제조를 위한, 단락 1 내지 145의 실시양태들 중 어느 한 실시양태의 핵산, 단락 146 내지 151의 실시양태들 중 어느 한 실시양태의 벡터, 단락 152의 실시양태의 단백질, 또는 실시양태 153 내지 159 중 어느 한 실시양태의 세포의 용도.
167. 단락 166의 실시양태에 있어서, 의약이 입양 T 세포 요법 또는 TCR 유전자 요법인 용도.
168. 질환 또는 질병을 가진 대상체를 치료하는 방법으로서, 단락 160 내지 164의 실시양태들 중 어느 한 실시양태의 약학 조성물을 상기 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는 방법.
169. 암을 가진 대상체를 치료하는 방법으로서, 단락 160 내지 164의 실시양태들 중 어느 한 실시양태의 약학 조성물을 상기 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는 방법.
170. 암을 가진 대상체를 치료하는 방법으로서, 단락 160 내지 164의 실시양태들 중 어느 한 실시양태의 약학 조성물을 상기 대상체에게 투여하는 단계를 포함하고, 상기 대상체가 대상체의 게놈의 HLA-A02:01 대립유전자, HLA-B07:02, HLA-B08:01, HLA-A03:01 대립유전자, HLA-A11:01 대립유전자, HLA-A03:02 대립유전자, HLA-A30:01 대립유전자, HLA-A31:01 대립유전자, HLA-A33:01 대립유전자, HLA-A33:03 대립유전자, HLA-A68:01 대립유전자 또는 HLA-A74:01 대립유전자에 의해 코딩된 단백질을 발현하는 것으로서 확인되거나 발현하는 것인 방법.
171. 암을 가진 대상체를 치료하는 방법으로서, TCR 또는 TCR을 발현하는 T 세포를 상기 대상체에게 투여하는 단계를 포함하고, TCR이 HLA-A02:01, HLA-A03:01 대립유전자, HLA-A11:01 대립유전자, HLA-A03:02 대립유전자, HLA-A30:01 대립유전자, HLA-A31:01 대립유전자, HLA-A33:01 대립유전자, HLA-A33:03 대립유전자, HLA-A68:01 대립유전자 또는 HLA-A74:01에 의해 코딩된 단백질과 복합체를 형성한 돌연변이체 RAS 펩타이드에 특이적으로 결합하고, 상기 대상체가 HLA-A03:01 대립유전자, HLA-A11:01 대립유전자, HLA-A03:02 대립유전자, HLA-A30:01 대립유전자, HLA-A31:01 대립유전자, HLA-A33:01 대립유전자, HLA-A33:03 대립유전자, HLA-A68:01 대립유전자 또는 HLA-A74:01 대립유전자에 의해 코딩된 단백질을 발현하는 것으로서 확인되거나 발현하고, 상기 대상체가 HLA 대립유전자를 발현하는 것인 방법.
172. 암을 가진 대상체를 치료하는 방법으로서, 단락 154 내지 158의 실시양태들 중 어느 한 실시양태의 약학 조성물을 상기 대상체에게 투여하는 단계를 포함하고, TCR이 HLA-A02:01, HLA-A03:01 대립유전자, HLA-A11:01 대립유전자, HLA-A03:02 대립유전자, HLA-A30:01 대립유전자, HLA-A31:01 대립유전자, HLA-A33:01 대립유전자, HLA-A33:03 대립유전자, HLA-A68:01 대립유전자 또는 HLA-A74:01과 복합체를 형성한, G12에서 돌연변이를 포함하는 돌연변이체 RAS 펩타이드에 결합하고, 상기 대상체가 HLA-A03:01 대립유전자, HLA-A11:01 대립유전자, HLA-A03:02 대립유전자, HLA-A30:01 대립유전자, HLA-A31:01 대립유전자, HLA-A33:01 대립유전자, HLA-A33:03 대립유전자, HLA-A68:01 대립유전자 또는 HLA-A74:01 대립유전자에 의해 코딩된 단백질을 발현하는 것으로서 확인된 것인 방법.
173. 암을 가진 대상체를 치료하는 방법으로서, HLA 단백질과 복합체를 형성한 돌연변이체 GATA3 펩타이드에 특이적인 T 세포 수용체(TCR)를 포함하는 조성물을 상기 대상체에게 투여하는 단계를 포함하고, 돌연변이체 GATA3 펩타이드가 적어도 하나의 돌연변이체 아미노산을 포함하고 암 세포의 GATA3 유전자 내의 돌연변이로부터 비롯된 돌연변이체 GATA3 단백질의 적어도 8개의 인접 아미노산들의 단편이고, 돌연변이체 GATA3 펩타이드가 HLA-A02:01, HLA-B07:02 또는 HLA-B08:01 대립유전자에 의해 코딩된 단백질에 결합하는 것인 방법.
174. 암을 가진 대상체를 치료하는 방법으로서, HLA 단백질과 복합체를 형성한 돌연변이체 GATA3 펩타이드에 특이적인 T 세포 수용체(TCR)를 포함하는 조성물을 상기 대상체에게 투여하는 단계를 포함하고, 돌연변이체 GATA3 펩타이드가 GATA3 neoORF 서열에 의해 코딩된 하나 이상의 돌연변이체 GATA3 아미노산을 포함하고, 돌연변이체 GATA3 펩타이드가 HLA-A02:01, HLA-B07:02 또는 HLA-B08:01 대립유전자에 의해 코딩된 단백질에 결합하는 것인 방법.
175. 암을 가진 대상체를 치료하는 방법으로서, TCR 또는 TCR을 발현하는 T 세포를 상기 대상체에게 투여하는 단계를 포함하고, TCR이 HLA-A02:01, HLA-B07:02 또는 HLA-B08:01 대립유전자에 의해 코딩된 단백질과 복합체를 형성한 돌연변이체 GATA3 펩타이드에 특이적으로 결합하고, 상기 대상체가 HLA-A02:01, HLA-B07:02 또는 HLA-B08:01 대립유전자에 의해 코딩된 단백질을 발현하는 것으로서 확인되거나 발현하는 것인 방법.
176. 암을 가진 대상체를 치료하는 방법으로서, HLA 단백질과 복합체를 형성한 돌연변이체 TMPRSS2:ERG 펩타이드에 특이적인 T 세포 수용체(TCR)를 포함하는 조성물을 상기 대상체에게 투여하는 단계를 포함하고, 돌연변이체 TMPRSS2:ERG 펩타이드가 적어도 하나의 돌연변이체 아미노산을 포함하고 TMPRSS2:ERG 유전자 융합 돌연변이의 단편이고, 돌연변이체 TMPRSS2:ERG 펩타이드가 HLA-A02:01 대립유전자에 의해 코딩된 단백질에 결합하는 것인 방법.
177. 암을 가진 대상체를 치료하는 방법으로서, HLA 단백질과 복합체를 형성한 돌연변이체 BTK 펩타이드에 특이적인 T 세포 수용체(TCR)를 포함하는 조성물을 상기 대상체에게 투여하는 단계를 포함하고, 돌연변이체 BTK 펩타이드가 적어도 하나의 돌연변이체 아미노산을 포함하고, 돌연변이체 BTK 펩타이드가 HLA-A02:01 대립유전자에 의해 코딩된 단백질에 결합하는 것인 방법.
178. 암을 가진 대상체를 치료하는 방법으로서, HLA 단백질과 복합체를 형성한 돌연변이체 BTK 펩타이드에 특이적인 T 세포 수용체(TCR)를 포함하는 조성물을 상기 대상체에게 투여하는 단계를 포함하고, 돌연변이체 BTK 펩타이드가 내성 돌연변이 또는 점 돌연변이를 포함하고, 돌연변이체 BTK 펩타이드가 HLA-A02:01 대립유전자에 의해 코딩된 단백질에 결합하는 것인 방법.
179. 암을 가진 대상체를 치료하는 방법으로서, HLA 단백질과 복합체를 형성한 돌연변이체 BTK 펩타이드에 특이적인 T 세포 수용체(TCR)를 포함하는 조성물을 상기 대상체에게 투여하는 단계를 포함하고, 돌연변이체 BTK 펩타이드가 C481S 돌연변이를 포함하고, 돌연변이체 BTK 펩타이드가 HLA-A02:01 대립유전자에 의해 코딩된 단백질에 결합하는 것인 방법.
180. 암을 가진 대상체를 치료하는 방법으로서, T 세포 수용체(TCR) 또는 TCR을 발현하는 T 세포를 포함하는 조성물을 상기 대상체에게 투여하는 단계를 포함하고, TCR이 HLA-A02:01에 의해 코딩된 단백질과 복합체를 형성한 돌연변이체 EGFR 펩타이드에 특이적으로 결합하고, 돌연변이체 EGFR 펩타이드가 내성 돌연변이 또는 점 돌연변이를 포함하고, 상기 대상체가 HLA-A02:01 대립유전자에 의해 코딩된 단백질을 발현하는 것으로서 확인되거나 발현하는 것인 방법.
181. 단락 178의 실시양태에 있어서, 돌연변이체 EGFR 펩타이드가 T790M 돌연변이를 포함하는 것인 방법.
182. 암 요법에 대한 내성을 예방하는 방법으로서, 단락 160 내지 164의 실시양태들 중 어느 한 실시양태의 약학 조성물을, 이러한 예방을 필요로 하는 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는 방법.
183. 면역 반응을 유도하는 방법으로서, 단락 160 내지 164의 실시양태들 중 어느 한 실시양태의 약학 조성물을, 이러한 유도를 필요로 하는 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는 방법.
184. 치료제를 위한 후보로서 암을 가진 대상체를 확인하는 방법으로서, 상기 대상체를, HLA-A02:01 대립유전자, HLA-A03:01 대립유전자, HLA-A11:01 대립유전자, HLA-A03:02 대립유전자, HLA-A30:01 대립유전자, HLA-A31:01 대립유전자, HLA-A33:01 대립유전자, HLA-A33:03 대립유전자, HLA-A68:01 대립유전자 또는 HLA-A74:01 대립유전자에 의해 코딩된 단백질을 발현하는 대상체로서 확인하는 단계를 포함하고, 상기 치료제가 단락 160 내지 164의 실시양태들 중 어느 한 실시양태의 약학 조성물인 방법.
185. 치료제를 위한 후보로서 암을 가진 대상체를 확인하는 방법으로서, 상기 대상체를, HLA-A02:01, HLA-B07:02 또는 HLA-B08:01 대립유전자에 의해 코딩된 단백질을 발현하는 대상체로서 확인하는 단계를 포함하고, 상기 치료제가 HLA 단백질과 복합체를 형성한 돌연변이체 GATA3 펩타이드에 특이적인 T 세포 수용체(TCR)를 포함하고, 돌연변이체 GATA3 펩타이드가 적어도 하나의 돌연변이체 아미노산을 포함하고 암 세포의 GATA3 유전자 내의 돌연변이로부터 비롯된 돌연변이체 GATA3 단백질의 적어도 8개의 인접 아미노산들의 단편이고, 돌연변이체 GATA3 펩타이드가 HLA-A02:01, HLA-B07:02 또는 HLA-B08:01 대립유전자에 의해 코딩된 단백질에 결합하는 것인 방법.
186. 치료제를 위한 후보로서 암을 가진 대상체를 확인하는 방법으로서, 상기 대상체를, HLA-A03:01 대립유전자, HLA-A11:01 대립유전자, HLA-A03:02 대립유전자, HLA-A30:01 대립유전자, HLA-A31:01 대립유전자, HLA-A33:01 대립유전자, HLA-A33:03 대립유전자, HLA-A68:01 대립유전자 또는 HLA-A74:01 대립유전자에 의해 코딩된 단백질을 발현하는 대상체로서 확인하는 단계를 포함하고, 상기 치료제가 HLA 단백질과 복합체를 형성한, G12에서 돌연변이를 포함하는 돌연변이체 RAS 펩타이드에 특이적인 T 세포 수용체(TCR)를 포함하고, 돌연변이체 RAS 펩타이드가 HLA-A03:01 대립유전자, HLA-A11:01 대립유전자, HLA-A03:02 대립유전자, HLA-A30:01 대립유전자, HLA-A31:01 대립유전자, HLA-A33:01 대립유전자, HLA-A33:03 대립유전자, HLA-A68:01 대립유전자 또는 HLA-A74:01 대립유전자에 의해 코딩된 단백질에 결합하는 것인 방법.
187. 치료제를 위한 후보로서 암을 가진 대상체를 확인하는 방법으로서, 상기 대상체를, HLA-A02:01 대립유전자에 의해 코딩된 단백질을 발현하는 대상체로서 확인하는 단계를 포함하고, 상기 치료제가 HLA 단백질과 복합체를 형성한 돌연변이체 TMPRSS2:ERG 펩타이드에 특이적인 T 세포 수용체(TCR)를 포함하고, 돌연변이체 TMPRSS2:ERG 펩타이드가 적어도 하나의 돌연변이체 아미노산을 포함하고 TMPRSS2:ERG 유전자 융합 돌연변이의 단편이고, 돌연변이체 TMPRSS2:ERG 펩타이드가 HLA-A02:01 대립유전자에 의해 코딩된 단백질에 결합하는 것인 방법.
188. 치료제를 위한 후보로서 암을 가진 대상체를 확인하는 방법으로서, 상기 대상체를, HLA-A02:01 대립유전자에 의해 코딩된 단백질을 발현하는 대상체로서 확인하는 단계를 포함하고, 상기 치료제가 HLA 단백질과 복합체를 형성한 돌연변이체 BTK 펩타이드에 특이적인 T 세포 수용체(TCR)를 포함하고, 돌연변이체 BTK 펩타이드가 적어도 하나의 돌연변이체 아미노산을 포함하고, 돌연변이체 BTK 펩타이드가 HLA-A02:01 대립유전자에 의해 코딩된 단백질에 결합하는 것인 방법.
189. 치료제를 위한 후보로서 암을 가진 대상체를 확인하는 방법으로서, 상기 대상체를, HLA-A02:01 대립유전자에 의해 코딩된 단백질을 발현하는 대상체로서 확인하는 단계를 포함하고, 상기 치료제가 HLA 단백질과 복합체를 형성한 돌연변이체 BTK 펩타이드에 특이적인 T 세포 수용체(TCR)를 포함하고, 돌연변이체 BTK 펩타이드가 내성 돌연변이 또는 점 돌연변이를 포함하고, 돌연변이체 BTK 펩타이드가 HLA-A02:01 대립유전자에 의해 코딩된 단백질에 결합하는 것인 방법.
190. 치료제를 위한 후보로서 암을 가진 대상체를 확인하는 방법으로서, 상기 대상체를, HLA-A02:01 대립유전자에 의해 코딩된 단백질을 발현하는 대상체로서 확인하는 단계를 포함하고, 상기 치료제가 HLA 단백질과 복합체를 형성한 돌연변이체 BTK 펩타이드에 특이적인 T 세포 수용체(TCR)를 포함하고, 돌연변이체 BTK 펩타이드가 C481S 돌연변이를 포함하고, 돌연변이체 BTK 펩타이드가 HLA-A02:01 대립유전자에 의해 코딩된 단백질에 결합하는 것인 방법.
191. 치료제를 위한 후보로서 암을 가진 대상체를 확인하는 방법으로서, 상기 대상체를, HLA-A02:01 대립유전자에 의해 코딩된 단백질을 발현하는 대상체로서 확인하는 단계를 포함하고, 상기 치료제가 HLA 단백질과 복합체를 형성한 돌연변이체 EGFR 펩타이드에 특이적인 T 세포 수용체(TCR)를 포함하고, 돌연변이체 EGFR 펩타이드가 적어도 하나의 돌연변이체 아미노산 T790M을 포함하고, 돌연변이체 EGFR 펩타이드가 HLA-A02:01 대립유전자에 의해 코딩된 단백질에 결합하는 것인 방법.
192. 단락 162 내지 185의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, 암이 유방암, 폐암, 비-소세포 폐암, 췌장암, 대장암, 자궁암, 흑색종, 난소암, 전립선암, 자궁내막암, 만성 림프구성 백혈병(CLL) 및 간암으로 구성된 군으로부터 선택된 것인 방법.
193. 단락 162 내지 185의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, 대상체가 항-에스트로겐 요법에 대한 내성을 가진 유방암, MSI 유방암, 전이성 유방암, Her2 음성 유방암, Her2 양성 유방암, ER 음성 유방암, ER 양성 유방암, 재발성 유방암, 전이성 유방암 또는 이들의 임의의 조합을 가진 것인 방법.
194. 실시양태 193에 있어서, 유방암이 돌연변이를 가진 에스트로겐 수용체를 발현하는 것인 방법.
195. 단락 169 내지 191의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, 대상체가 항-에스트로겐 요법에 대한 내성을 가진 유방암을 가진 것인 방법.
196. 단락 195의 실시양태에 있어서, 유방암이 돌연변이를 가진 에스트로겐 수용체를 발현하는 것인 방법.
197. 단락 169 내지 196의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, 대상체가 이브루티닙 요법에 대한 내성을 가진 CLL을 가진 것인 방법.
198. 단락 197의 실시양태에 있어서, CLL이 C481S 돌연변이와 같은 돌연변이를 가진 브루톤 티로신 키나제(BTK)를 발현하는 것인 방법.
199. 단락 169 내지 197의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, 대상체가 티로신 키나제 억제제에 대한 내성을 가진 폐암을 가진 것인 방법.
200. 단락 199의 실시양태에 있어서, 폐암이 T790M, L792F 또는 C797S 돌연변이와 같은 돌연변이를 가진 표피 성장 인자 수용체(EGFR)를 발현하는 것인 방법.
201. 단락 169 내지 200의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, 적어도 하나의 추가 치료제 또는 치료법을 투여하는 단계를 더 포함하는 방법.
202. 단락 168 내지 200의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, 면역 반응이 대상체에서 유발되는 것인 방법.
203. 단락 200의 실시양태에 있어서, 면역 반응이 체액성 반응인 방법.
204. 단락 200의 실시양태에 있어서, 면역 반응이 세포독성 T 세포 반응인 방법.
205. 단락 168 내지 204의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, 적어도 하나의 추가 치료제 또는 치료법을 투여하는 단계를 추가로 포함하는 방법.
206. 단락 205의 실시양태에 있어서, 적어도 하나의 추가 치료제 또는 치료법이 수술, 체크포인트 억제제, 항체 또는 이의 단편, 화학치료제, 방사선, 백신, 소분자, T 세포, 벡터, 및 APC, 폴리뉴클레오타이드, 종양용해성 바이러스 또는 이들의 임의의 조합인 방법.
207. 단락 206의 실시양태에 있어서, 적어도 하나의 추가 치료제가 항-PD-1 작용제 및 항-PD-L1 작용제, 항-CTLA-4 작용제, 또는 항-CD40 작용제인 방법.
208. 단락 206 또는 207의 실시양태에 있어서, 추가 치료제를 실시양태 160 내지 164 중 어느 한 실시양태의 약학 조성물의 투여 전에, 투여와 동시에, 또는 투여 후에 투여하는 것인 방법.
209. 단락 169 내지 183 및 단락 201 내지 208의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, 투여가 피하 또는 정맥내 투여를 포함하는 것인 방법.
210. 단락 169 내지 209의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, 대상체가 CDK 4/6 억제제와 병용된 내분비 요법 후 질환 진행을 가진 대상체인 방법.
211. a. T 세포 집단을 포함하는 샘플로부터 네오항원 특이적 T 세포를 확인하는 단계;
b. 항원 제시 세포(APC)에 의해 제시된 펩타이드-MHC 복합체의 하나 이상의 펩타이드를 확인하는 단계;
c. 네오항원 특이적 T 세포로부터 T 세포 수용체(TCR)의 가변 서열을 확인하는 단계;
d. TCR 세포에서 확인된 TCR의 가변 서열을 포함하는 재조합 TCR을 발현시키는 단계; 및
e. TCR 세포를, 확인된 하나 이상의 펩타이드들 중 한 펩타이드를 포함하는 펩타이드-MHC 복합체와 접촉시키는 단계를 포함하는 기능 어세이를 수행하는 단계
를 포함하는 방법.
212. 단락 211의 실시양태에 있어서, 네오항원 특이적 T 세포를 포함하는 세포 집단을 포함하는 샘플을 수득하는 단계를 포함하는 방법.
213. 단락 212의 실시양태에 있어서, 샘플을 수득하는 단계가 건강한 대상체 또는 암을 가진 대상체로부터 T 세포 샘플을 수득하는 단계를 포함하는 것인 방법.
214. 단락 213의 실시양태에 있어서, T 세포 샘플을 건강한 기증자로부터 수득하는 것인 방법.
215. 단락 213 또는 214의 실시양태에 있어서, T 세포 샘플이 말초 혈액 단핵 세포(PBMC) 샘플인 방법.
216. 단락 211 내지 215의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, 네오항원 특이적 T 세포를 확인하는 단계가 T 세포 집단을, 네오항원 펩타이드를 포함하는 적어도 하나의 펩타이드-MHC 다량체 복합체와 접촉시키는 단계를 포함하는 것인 방법.
217. 단락 205 내지 209의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, 네오항원 특이적 T 세포를 확인하는 단계가 T 세포 집단을, 네오항원 펩타이드를 포함하는 펩타이드-MHC 복합체와 접촉시키는 단계를 포함하는 것인 방법.
218. 단락 211의 실시양태에 있어서, 네오항원 특이적 T 세포를 확인하는 단계가 T 세포 집단을, 펩타이드-MHC 복합체를 포함하는 APC와 접촉시키는 단계를 포함하는 것인 방법.
219. 단락 216 내지 218의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, 네오항원 특이적 T 세포를 확인하는 단계가 펩타이드-MHC 복합체에 특이적인 T 세포 집단의 T 세포를 단리하는 단계를 추가로 포함하는 것인 방법.
220. 실시양태 216 내지 218 중 어느 한 실시양태에 있어서, 네오항원 특이적 T 세포를 확인하는 단계가 TCR 클론성에 근거하여 펩타이드-MHC 복합체에 특이적인 T 세포 집단의 T 세포를 확인하거나 예측하는 단계를 추가로 포함하는 것인 방법.
221. 단락 220의 실시양태에 있어서, 네오항원 특이적 T 세포를 확인하기 전에 네오항원 특이적 T 세포로부터 TCR의 가변 서열을 확인하는 단계를 수행하는 것인 방법.
222. 단락 211 내지 221의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, 네오항원 특이적 T 세포로부터 TCR의 가변 서열을 확인하는 단계가 상기 가변 서열을 코딩하는, 하나 이상의 네오항원 특이적 T 세포로부터의 DNA, RNA 또는 이들의 증폭된 생성물을 시퀀싱하는 단계를 포함하는 것인 방법.
223. 단락 211 내지 222의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, 네오항원 특이적 T 세포로부터 TCR의 가변 서열을 확인하는 단계가 상기 가변 서열을 코딩하는, 단일 네오항원 특이적 T 세포로부터의 DNA, RNA 또는 이들의 증폭된 생성물을 시퀀싱하는 단계를 포함하는 것인 방법.
224. 단락 215 내지 223의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, 네오항원 특이적 T 세포로부터 TCR의 가변 서열을 확인하는 단계가 상기 가변 서열을 코딩하는, 하나 이상의 네오항원 특이적 T 세포로부터의 바코딩된 DNA 또는 바코딩된 RNA, 또는 이들의 증폭된 생성물을 시퀀싱하는 단계를 포함하는 것인 방법.
225. 단락 221 내지 224의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, 네오항원 특이적 T 세포로부터 TCR의 가변 서열을 확인하는 단계가 TCR 알파 쇄를 TCR 베타 쇄와 페어링시키는 단계를 포함하는 것인 방법.
226. 단락 211 내지 225의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, 재조합 TCR을 발현시키는 단계가 확인된 가변 서열을 코딩하는 서열을 포함하는 폴리뉴클레오타이드로부터 확인된 가변 서열을 발현시키는 단계를 포함하는 것인 방법.
227. 단락 226의 실시양태에 있어서, 폴리뉴클레오타이드가 벡터인 방법.
228. 단락 227의 실시양태에 있어서, 벡터가 바이러스 벡터인 방법.
229. 단락 228의 실시양태에 있어서, 바이러스 벡터가 렌티바이러스 벡터인 방법.
230. 단락 226 내지 229의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, 재조합 TCR을 발현시키는 단계가 폴리뉴클레오타이드를 세포 내로 형질도입하거나 형질감염시키는 단계를 포함하는 것인 방법.
231. 단락 230의 실시양태에 있어서, 세포가 T 세포주 또는 건강한 기증자 PMBC인 방법.
232. 단락 211 내지 231의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, APC에 의해 제시된 펩타이드-MHC 복합체의 하나 이상의 펩타이드를 확인하는 단계가 세포에서 상기 하나 이상의 펩타이드를 발현시키는 단계를 포함하는 것인 방법.
233. 단락 211 내지 231의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, APC에 의해 제시된 펩타이드-MHC 복합체의 하나 이상의 펩타이드를 확인하는 단계가 하나 이상의 펩타이드를 세포의 MHC 상에 로딩하는 단계를 포함하는 것인 방법.
234. 단락 211 내지 233의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, APC에 의해 제시된 펩타이드-MHC 복합체의 하나 이상의 펩타이드를 확인하는 단계가 펩타이드-MHC 복합체로부터 상기 하나 이상의 펩타이드들 중 한 펩타이드를 용출하거나 단리하는 단계를 포함하는 것인 방법.
235. 단락 211 내지 234의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, APC에 의해 제시된 펩타이드-MHC 복합체의 하나 이상의 펩타이드를 확인하는 단계가 펩타이드-MHC 복합체로부터 단리되었거나 용출된 하나 이상의 펩타이드들 중 한 펩타이드에 대한 질량 분광분석을 수행하는 단계를 포함하는 것인 방법.
236. 단락 211 내지 235의 실시양태들 중 어느 한 실시양태에 있어서, 기능 어세이를 수행하는 단계가 하나 이상의 세포 마커의 발현을 확인하는 단계를 포함하는 것인 방법.
237. 단락 236의 실시양태에 있어서, 하나 이상의 세포 마커가 TNF-α, IFN-γ, LAMP-1, 4-1BB, IL-2, IL-17A, 그랜자임 B, PD-1, CD25, CD69, TIM3, LAG3, CTLA-4, CD62L, CD45RA, CD45RO, FoxP3, 또는 이들의 임의의 조합을 포함하는 것인 방법.
SEQUENCE LISTING <110> NEON THERAPEUTICS, INC. <120> T CELL RECEPTOR CONSTRUCTS AND USES THEREOF <130> 50401-726.601 <140> PCT/US2019/046876 <141> 2019-08-16 <150> 62/810,112 <151> 2019-02-25 <150> 62/764,817 <151> 2018-08-16 <160> 621 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 5 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 1 Ser Ile Phe Asn Thr 1 5 <210> 2 <211> 7 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 2 Leu Tyr Lys Ala Gly Glu Leu 1 5 <210> 3 <211> 13 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 3 Cys Ala Gly Arg Asn Phe Gly Asn Glu Lys Leu Thr Phe 1 5 10 <210> 4 <211> 6 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 4 Asp Phe Gln Ala Thr Thr 1 5 <210> 5 <211> 7 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial 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<220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 42 Met Arg Ser Gln Asn Asp Phe Leu Glu Ser Pro Val Pro Leu Ser Ser 1 5 10 15 Met His Arg Tyr Arg Arg Pro Leu Arg Pro Gly Ala Pro Ala Met Ser 20 25 30 Ile Ser Leu Leu Cys Cys Ala Ala Phe Pro Leu Leu Trp Ala Gly Pro 35 40 45 Val Asn Ala Gly Val Thr Gln Thr Pro Lys Phe Arg Ile Leu Lys Ile 50 55 60 Gly Gln Ser Met Thr Leu Gln Cys Thr Gln Asp Met Asn His Asn Tyr 65 70 75 80 Met Tyr Trp Tyr Arg Gln Asp Pro Gly Met Gly Leu Lys Leu Ile Tyr 85 90 95 Tyr Ser Val Gly Ala Gly Ile Thr Asp Lys Gly Glu Val Pro Asn Gly 100 105 110 Tyr Asn Val Ser Arg Ser Thr Thr Glu Asp Phe Pro Leu Arg Leu Glu 115 120 125 Leu Ala Ala Pro Ser Gln Thr Ser Val Tyr Phe Cys Ala Ser Ser Tyr 130 135 140 Ser Thr Glu Arg Gly Thr Ile Tyr Phe Gly Glu Gly Ser Trp Leu Thr 145 150 155 160 Val Val <210> 43 <211> 280 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 43 Met Ala Met Leu Leu Gly Ala 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of Artificial Sequence: Synthetic polynucleotide <400> 57 atgggcacca gactgctgtg ctgggccgct ctgtgtctgc tgggcgctga gctgacagaa 60 gctggcgtgg cccagagccc tcgttacaag atcatcgaga agaggcagag cgtggccttc 120 tggtgcaacc ccatcagcgg ccacgccact ttatactggt accagcagat tttaggccaa 180 ggtcccaagc tgctgatcca gttccagaac aacggcgtgg tggacgacag ccagctgccc 240 aaggatcgtt tcagcgccga gaggctgaag ggcgtggaca gcactttaaa aatccagccc 300 gctaagctgg aggacagcgc cgtgtattta tgcgctagct ctttagccga catctacgag 360 cagtacttcg gccccggcac tcgtctgacc gtgacc 396 <210> 58 <211> 132 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 58 Met Gly Thr Arg Leu Leu Cys Trp Ala Ala Leu Cys Leu Leu Gly Ala 1 5 10 15 Glu Leu Thr Glu Ala Gly Val Ala Gln Ser Pro Arg Tyr Lys Ile Ile 20 25 30 Glu Lys Arg Gln Ser Val Ala Phe Trp Cys Asn Pro Ile Ser Gly His 35 40 45 Ala Thr Leu Tyr Trp Tyr Gln Gln Ile Leu Gly Gln Gly Pro Lys Leu 50 55 60 Leu Ile Gln Phe Gln Asn Asn Gly Val Val Asp Asp Ser 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<220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 65 Cys Ala Pro Gly Asp Asn Phe Asn Lys Phe Tyr Phe 1 5 10 <210> 66 <211> 5 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 66 Ser Gly His Arg Ser 1 5 <210> 67 <211> 6 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 67 Tyr Phe Ser Glu Thr Gln 1 5 <210> 68 <211> 12 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 68 Cys Ala Ser Ser Ala Arg Asn Asp Glu Ala Phe Phe 1 5 10 <210> 69 <211> 378 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polynucleotide <400> 69 atgtggggag ttttccttct ttatgtttcc atgaagatgg gaggcactac aggacaaaac 60 attgaccagc ccactgagat gacagctacg gaaggtgcca ttgtccagat caactgcacg 120 taccagacat ctgggttcaa cgggctgttc tggtaccagc aacatgctgg cgaagcaccc 180 acatttctgt cttacaatgt tctggatggt 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Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 90 Met Asp Ser Trp Thr Phe Cys Cys Val Ser Leu Cys Ile Leu Val Ala 1 5 10 15 Lys His Thr Asp Ala Gly Val Ile Gln Ser Pro Arg His Glu Val Thr 20 25 30 Glu Met Gly Gln Glu Val Thr Leu Arg Cys Lys Pro Ile Ser Gly His 35 40 45 Asn Ser Leu Phe Trp Tyr Arg Gln Thr Met Met Arg Gly Leu Glu Leu 50 55 60 Leu Ile Tyr Phe Asn Asn Asn Val Pro Ile Asp Asp Ser Gly Met Pro 65 70 75 80 Glu Asp Arg Phe Ser Ala Lys Met Pro Asn Ala Ser Phe Ser Thr Leu 85 90 95 Lys Ile Gln Pro Ser Glu Pro Arg Asp Ser Ala Val Tyr Phe Cys Ala 100 105 110 Ser Ser Leu Gly Asp Ser Glu Gln Tyr Phe Gly Pro Gly Thr Arg Leu 115 120 125 Thr Val Thr 130 <210> 91 <211> 274 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 91 Met Lys Ser Leu Arg Val Leu Leu Val Ile Leu Trp Leu Gln Leu Ser 1 5 10 15 Trp Val Trp Ser Gln Gln Lys Glu Val Glu Gln Asn Ser Gly Pro Leu 20 25 30 Ser Val Pro Glu Gly Ala Ile Ala Ser Leu Asn Cys Thr Tyr 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Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 114 Ser Gly Asp Leu Ser 1 5 <210> 115 <211> 6 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 115 Tyr Tyr Asn Gly Glu Glu 1 5 <210> 116 <211> 14 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 116 Cys Ala Ser Gly Gly Arg Asp Ser Thr Asp Thr Gln Tyr Phe 1 5 10 <210> 117 <211> 396 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polynucleotide <400> 117 atggaaactc tcctgggagt gtctttggtg attctatggc ttcaactggc tagggtgaac 60 agtcaacagg gagaagagga tcctcaggcc ttgagcatcc aggagggtga aaatgccacc 120 atgaactgca gttacaaaac tagtataaac aatttacagt ggtatagaca aaattcaggt 180 agaggccttg tccacctaat tttaatacgt tcaaatgaaa gagagaaaca cagtggaaga 240 ttaagagtca cgcttgacac ttccaagaaa agcagttcct tgttgatcac ggcttcccgg 300 gcagcagaca ctgcttctta cttctgtgct acggacgccg gaggaggtgc tgacggactc 360 acctttggca 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128 Ile Arg Glu Asn Glu Lys Glu 1 5 <210> 129 <211> 11 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 129 Ala Leu Asp Ile Tyr Gly Asn Asn Arg Leu Ala 1 5 10 <210> 130 <211> 5 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 130 Met Asp His Glu Asn 1 5 <210> 131 <211> 6 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 131 Ser Tyr Asp Val Lys Met 1 5 <210> 132 <211> 18 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 132 Ala Ser Ser Leu Asp Phe Val Leu Ala Gly Ser Tyr Ser Tyr Asn Glu 1 5 10 15 Gln Phe <210> 133 <211> 453 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polynucleotide <400> 133 atggcttttt ggctgagaag gctgggtcta catttcaggc cacatttggg gagacgaatg 60 gagtcattcc tgggaggtgt tttgctgatt ttgtggcttc aagtggactg ggtgaagagc 120 caaaagatag aacagaattc cgaggccctg aacattcagg agggtaaaac ggccaccctg 180 acctgcaact atacaaacta ttctccagca tacttacagt ggtaccgaca agatccagga 240 agaggccctg ttttcttgct actcatacgt gaaaatgaga aagaaaaaag gaaagaaaga 300 ctgaaggtca cctttgatac cacccttaaa cagagtttgt ttcatatcac agcctcccag 360 cctgcagact cagctaccta cctctgtgct ctagacattt atgggaacaa cagactcgct 420 tttgggaagg ggaaccaagt ggtggtcata cca 453 <210> 134 <211> 453 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polynucleotide <400> 134 atggccttct ggctgaggag actgggttta cacttcagac cccatttagg cagaagaatg 60 gagagctttt taggcggcgt gctgctgatt ttatggctgc aagttgactg ggtgaagagc 120 cagaagatcg agcagaacag cgaggcttta aacattcaag aaggcaagac agccacttta 180 acttgtaact ataccaacta ctcccccgct tatttacagt ggtacagaca agatcccggc 240 agaggccccg tgtttttact gctgattcgt gagaacgaga aggagaagag gaaggagaga 300 ctgaaggtga ccttcgacac cactttaaag cagtctttat tccacatcac cgccagccag 360 cccgctgata gcgccaccta tttatgcgct ttagacatct acggcaacaa tcgtctggcc 420 ttcggcaagg gcaaccaagt tgtggtgatc ccc 453 <210> 135 <211> 151 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 135 Met Ala Phe Trp Leu Arg Arg Leu Gly Leu His Phe Arg Pro His Leu 1 5 10 15 Gly Arg Arg Met Glu Ser Phe Leu Gly Gly Val Leu Leu Ile Leu Trp 20 25 30 Leu Gln Val Asp Trp Val Lys Ser Gln Lys Ile Glu Gln Asn Ser Glu 35 40 45 Ala Leu Asn Ile Gln Glu Gly Lys Thr Ala Thr Leu Thr Cys Asn Tyr 50 55 60 Thr Asn Tyr Ser Pro Ala Tyr Leu Gln Trp Tyr Arg Gln Asp Pro Gly 65 70 75 80 Arg Gly Pro Val Phe Leu Leu Leu Ile Arg Glu Asn Glu Lys Glu Lys 85 90 95 Arg Lys Glu Arg Leu Lys Val Thr Phe Asp Thr Thr Leu Lys Gln Ser 100 105 110 Leu Phe His Ile Thr Ala Ser Gln Pro Ala Asp Ser Ala Thr Tyr Leu 115 120 125 Cys Ala Leu Asp Ile Tyr Gly Asn Asn Arg Leu Ala Phe Gly Lys Gly 130 135 140 Asn Gln Val Val Val Ile Pro 145 150 <210> 136 <211> 414 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polynucleotide <400> 136 atgggaatca ggctcctctg tcgtgtggcc ttttgtttcc tggctgtagg cctcgtagat 60 gtgaaagtaa cccagagctc gagatatcta gtcaaaagga cgggagagaa agtttttctg 120 gaatgtgtcc aggatatgga ccatgaaaat atgttctggt atcgacaaga cccaggtctg 180 gggctacggc tgatctattt ctcatatgat gttaaaatga aagaaaaagg agatattcct 240 gaggggtaca gtgtctctag agagaagaag gagcgcttct ccctgattct ggagtccgcc 300 agcaccaacc agacatctat gtacctctgt gccagcagtt tagattttgt gctagcgggg 360 tcctactcct acaatgagca gttcttcggg ccagggacac ggctcaccgt gcta 414 <210> 137 <211> 414 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polynucleotide <400> 137 atgggcattc gtctgctgtg tcgtgtggcc ttctgctttt tagccgtggg tttagtggac 60 gtgaaggtga cccagtcctc tcgttattta gtgaagagga ccggcgagaa ggtgttttta 120 gaatgcgtgc aagatatgga ccacgagaac atgttctggt acagacaaga tcccggactg 180 ggtttaaggc tgatctactt cagctacgac gtgaagatga aggagaaggg cgacatcccc 240 gagggctact ccgtgtctcg tgagaagaag gagaggttct ctttaatttt agagtccgcc 300 agcaccaacc agaccagcat gtatttatgc gccagctctt tagactttgt gctggccggc 360 agctacagct acaacgagca gttcttcggc cccggcacca gactgaccgt gctg 414 <210> 138 <211> 138 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 138 Met Gly Ile Arg Leu Leu Cys Arg Val Ala Phe Cys Phe Leu Ala Val 1 5 10 15 Gly Leu Val Asp Val Lys Val Thr Gln Ser Ser Arg Tyr Leu Val Lys 20 25 30 Arg Thr Gly Glu Lys Val Phe Leu Glu Cys Val Gln Asp Met Asp His 35 40 45 Glu Asn Met Phe Trp Tyr Arg Gln Asp Pro Gly Leu Gly Leu Arg Leu 50 55 60 Ile Tyr Phe Ser Tyr Asp Val Lys Met Lys Glu Lys Gly Asp Ile Pro 65 70 75 80 Glu Gly Tyr Ser Val Ser Arg Glu Lys Lys Glu Arg Phe Ser Leu Ile 85 90 95 Leu Glu Ser Ala Ser Thr Asn Gln Thr Ser Met Tyr Leu Cys Ala Ser 100 105 110 Ser Leu Asp Phe Val Leu Ala Gly Ser Tyr Ser Tyr Asn Glu Gln Phe 115 120 125 Phe Gly Pro Gly Thr Arg Leu Thr Val Leu 130 135 <210> 139 <211> 292 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 139 Met Ala Phe Trp Leu Arg Arg Leu Gly Leu His Phe Arg Pro His Leu 1 5 10 15 Gly Arg Arg Met Glu Ser Phe Leu Gly Gly Val Leu Leu Ile Leu Trp 20 25 30 Leu Gln Val Asp Trp Val Lys Ser Gln Lys Ile Glu Gln Asn Ser Glu 35 40 45 Ala Leu Asn Ile Gln Glu Gly Lys Thr Ala Thr Leu Thr Cys Asn Tyr 50 55 60 Thr Asn Tyr Ser Pro Ala Tyr Leu Gln Trp Tyr Arg Gln Asp Pro Gly 65 70 75 80 Arg Gly Pro Val Phe Leu Leu Leu Ile Arg Glu Asn Glu Lys Glu Lys 85 90 95 Arg Lys Glu Arg Leu Lys Val Thr Phe Asp Thr Thr Leu Lys Gln Ser 100 105 110 Leu Phe His Ile Thr Ala Ser Gln Pro Ala Asp Ser Ala Thr Tyr Leu 115 120 125 Cys Ala Leu Asp Ile Tyr Gly Asn Asn Arg Leu Ala Phe Gly Lys Gly 130 135 140 Asn Gln Val Val Val Ile Pro Asp Ile Gln Asn Pro Asp Pro Ala Val 145 150 155 160 Tyr Gln Leu Arg Asp Ser Lys Ser Ser Asp Lys Ser Val Cys Leu Phe 165 170 175 Thr Asp Phe Asp Ser Gln Thr Asn Val Ser Gln Ser Lys Asp Ser Asp 180 185 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<213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 146 Phe Val Lys Glu Ser Lys 1 5 <210> 147 <211> 10 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 147 Ala Ser Ser Gln Ala Asp Ser Pro Leu His 1 5 10 <210> 148 <211> 417 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polynucleotide <400> 148 atgctgactg ccagcctgtt gagggcagtc atagcctcca tctgtgttgt atccagcatg 60 gctcagaagg taactcaagc gcagactgaa atttctgtgg tggagaagga ggatgtgacc 120 ttggactgtg tgtatgaaac ccgtgatact acttattact tattctggta caagcaacca 180 ccaagtggag aattggtttt ccttattcgt cggaactctt ttgatgagca aaatgaaata 240 agtggtcggt attcttggaa cttccagaaa tccaccagtt ccttcaactt caccatcaca 300 gcctcacaag tcgtggactc agcagtatac ttctgtgctc tgagtgaggc ccgcgttttc 360 aatggagcca atagtaagct gacatttgga aaaggaataa ctctgagtgt tagacca 417 <210> 149 <211> 417 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polynucleotide <400> 149 atgctgaccg ccagcctgct gagggctgtg atcgccagca tctgcgtcgt gtccagcatg 60 gctcaaaagg tcacacaggc ccagacagag atctccgtcg tcgagaaaga ggacgtgacc 120 ctcgactgcg tgtatgagac cagggacacc acatactacc tgttttggta caagcagccc 180 cccagcggag agctcgtgtt tctgatcaga aggaacagct ttgatgaaca gaatgagatc 240 tccggcaggt actcctggaa cttccagaag agcacctcca gcttcaactt cacaattaca 300 gcttcccagg tggtggatag cgccgtgtat ttctgcgctc tcagcgaggc cagggtgttc 360 aacggcgcca attccaaact gaccttcggc aaaggcatca cactgtccgt gagaccc 417 <210> 150 <211> 139 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 150 Met Leu Thr Ala Ser Leu Leu Arg Ala Val Ile Ala Ser Ile Cys Val 1 5 10 15 Val Ser Ser Met Ala Gln Lys Val Thr Gln Ala Gln Thr Glu Ile Ser 20 25 30 Val Val Glu Lys Glu Asp Val Thr Leu Asp Cys Val Tyr Glu Thr Arg 35 40 45 Asp Thr Thr Tyr Tyr Leu Phe Trp Tyr Lys Gln Pro Pro Ser Gly Glu 50 55 60 Leu Val Phe 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<220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polynucleotide <400> 152 atggtctcca ggctgctctc cctcgtgagc ctgtgtctcc tgggagccaa gcacattgag 60 gccggcgtga cccaattccc cagccacagc gtgattgaga agggacagac cgtcaccctg 120 aggtgtgatc ctatcagcgg ccacgacaac ctctactggt ataggagagt catgggcaag 180 gaaattaaat ttctgctgca tttcgtgaaa gagtccaaac aggacgaaag cggcatgccc 240 aataataggt tcctcgccga gaggaccggc ggcacatatt ccaccctgaa ggtccagccc 300 gctgagctcg aagactccgg cgtctatttc tgtgcctcca gccaggctga ctcccctctc 360 catttcggaa acggcaccag gctcaccgtg acc 393 <210> 153 <211> 131 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 153 Met Val Ser Arg Leu Leu Ser Leu Val Ser Leu Cys Leu Leu Gly Ala 1 5 10 15 Lys His Ile Glu Ala Gly Val Thr Gln Phe Pro Ser His Ser Val Ile 20 25 30 Glu Lys Gly Gln Thr Val Thr Leu Arg Cys Asp Pro Ile Ser Gly His 35 40 45 Asp Asn Leu Tyr Trp Tyr Arg Arg Val Met Gly Lys Glu Ile Lys Phe 50 55 60 Leu Leu His Phe Val Lys Glu 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of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 163 Phe Gln Asn Glu Ala Gln 1 5 <210> 164 <211> 12 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 164 Ala Ser Ser Phe Gly Pro Asp Glu Lys Leu Phe Phe 1 5 10 <210> 165 <211> 405 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polynucleotide <400> 165 atgatgaaat ccttgagagt tttactagtg atcctgtggc ttcagttgag ctgggtttgg 60 agccaacaga aggaggtgga gcagaattct ggacccctca gtgttccaga gggagccatt 120 gcctctctca actgcactta cagtgaccga ggttcccagt ccttcttctg gtacagacaa 180 tattctggga aaagccctga gttgataatg ttcatatact ccaatggtga caaagaagat 240 ggaaggttta cagcacagct caataaagcc agccagtatg tttctctgct catcagagac 300 tcccagccca gtgattcagc cacctacctc tgtgccgtga acgattatgg aggaagccaa 360 ggaaatctca tctttggaaa aggcactaaa ctctctgtta aacca 405 <210> 166 <211> 405 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polynucleotide <400> 166 atgatgaaga gcctgcgggt gctgctggtc atcctgtggc tgcagctgtc ttgggtgtgg 60 agccagcaga aggaggtgga gcagaactcc ggaccactgt ctgtgcctga gggagccatc 120 gccagcctga attgcaccta ctccgacaga ggctcccagt ctttcttttg gtacaggcag 180 tatagcggca agtcccccga gctgatcatg ttcatctact ccaacggcga caaggaggat 240 ggccgcttta cagcccagct gaataaggcc agccagtacg tgagcctgct gatccgggac 300 tctcagccaa gcgattccgc cacctacctg tgcgccgtga acgattatgg cggcagccag 360 ggcaatctga tctttggcaa gggcacaaag ctgtccgtga agccc 405 <210> 167 <211> 135 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 167 Met Met Lys Ser Leu Arg Val Leu Leu Val Ile Leu Trp Leu Gln Leu 1 5 10 15 Ser Trp Val Trp Ser Gln Gln Lys Glu Val Glu Gln Asn Ser Gly Pro 20 25 30 Leu Ser Val Pro Glu Gly Ala Ile Ala Ser Leu Asn Cys Thr Tyr Ser 35 40 45 Asp Arg Gly Ser Gln Ser Phe Phe Trp Tyr Arg Gln Tyr Ser Gly Lys 50 55 60 Ser Pro Glu Leu Ile Met Phe Ile Tyr Ser Asn Gly Asp Lys Glu Asp 65 70 75 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169 atgggcacct ctctgctgtg ctggatggca ctgtgcctgc tgggagcaga ccacgcagat 60 acaggcgtga gccagaaccc acgccacaag atcaccaagc ggggccagaa tgtgacattc 120 agatgcgacc ccatcagcga gcacaacagg ctgtactggt ataggcagac cctgggacag 180 ggaccagagt tcctgacata ctttcagaat gaggcccagc tggagaagtc tcggctgctg 240 agcgatagat tctccgccga gaggcctaag ggctcctttt ctaccctgga gatccagagg 300 acagagcagg gcgactccgc catgtatctg tgcgccagct ccttcggccc tgatgagaag 360 ctgttctttg gctctggcac ccagctgagc gtgctg 396 <210> 170 <211> 132 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 170 Met Gly Thr Ser Leu Leu Cys Trp Met Ala Leu Cys Leu Leu Gly Ala 1 5 10 15 Asp His Ala Asp Thr Gly Val Ser Gln Asn Pro Arg His Lys Ile Thr 20 25 30 Lys Arg Gly Gln Asn Val Thr Phe Arg Cys Asp Pro Ile Ser Glu His 35 40 45 Asn Arg Leu Tyr Trp Tyr Arg Gln Thr Leu Gly Gln Gly Pro Glu Phe 50 55 60 Leu Thr Tyr Phe Gln Asn Glu Ala Gln Leu Glu Lys Ser Arg Leu Leu 65 70 75 80 Ser Asp Arg Phe Ser Ala Glu 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Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 177 Ser Gly Asp Leu Ser 1 5 <210> 178 <211> 6 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 178 Tyr Tyr Asn Gly Glu Glu 1 5 <210> 179 <211> 11 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 179 Ala Ser Ser Pro Gly Ala Asn Glu Lys Leu Phe 1 5 10 <210> 180 <211> 402 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polynucleotide <400> 180 atgatgaaat ccttgagagt tttactagtg atcctgtggc ttcagttgag ctgggtttgg 60 agccaacaga aggaggtgga gcagaattct ggacccctca gtgttccaga gggagccatt 120 gcctctctca actgcactta cagtgaccga ggttcccagt ccttcttctg gtacagacaa 180 tattctggga aaagccctga gttgataatg ttcatatact ccaatggtga caaagaagat 240 ggaaggttta cagcacagct caataaagcc agccagtatg tttctctgct catcagagac 300 tcccagccca gtgattcagc cacctacctc tgtgccgtga acgaggggga tagcagctat 360 aaattgatct 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tctctgcaga gaggcctaag ggatctttct ccaccttgga gatccagcgc 300 acagagcagg gggactcggc catgtatctc tgtgccagca gccaatcggg acaggggccc 360 tacgagcagt acttcgggcc gggcaccagg ctcacggtca cagag 405 <210> 199 <211> 405 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polynucleotide <400> 199 atgggcacct ctctgctgtg ctggatggca ctgtgcctgc tgggagcaga ccacgcagat 60 acaggcgtga gccaggaccc ccgccacaag atcaccaagc ggggccagaa cgtgacattc 120 agatgcgatc ctatctccga gcacaatagg ctgtactggt ataggcagac cctgggacag 180 ggaccagagt tcctgacata ctttcagaac gaggcccagc tggagaagag ccggctgctg 240 tccgacagat tctctgccga gaggcctaag ggcagctttt ccaccctgga gatccagagg 300 acagagcagg gcgattctgc catgtatctg tgcgccagct cccagagcgg acagggacct 360 tacgagcagt atttcggacc aggaaccagg ctgaccgtga cagag 405 <210> 200 <211> 135 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 200 Met Gly Thr Ser Leu Leu Cys Trp Met Ala Leu Cys Leu Leu Gly Ala 1 5 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<211> 402 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polynucleotide <400> 248 atgggccctg ggctcctctg ctgggtgctg ctttgtctcc tgggagcagg ctcagtggag 60 actggagtca cccaaagtcc cacacacctg atcaaaacga gaggacagca agtgactctg 120 agatgctctt ctcagtctgg gcacaacact gtgtcctggt accaacaggc cctgggtcag 180 gggccccagt ttatctttca gtattatagg gaggaagaga atggcagagg aaacttccct 240 cctagattct caggtctcca gttccctaat tatagctctg agctgaatgt gaacgccttg 300 gagctggacg actcggccct gtatctctgt gccagcagca catctttttg ggaggtgaac 360 actgaagctt tctttggaca aggcaccaga ctcacagttg ta 402 <210> 249 <211> 402 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polynucleotide <400> 249 atgggaccag gactgctgtg ctgggtgctg ctgtgcctgc tgggagcagg ctccgtggag 60 accggcgtga cacagtctcc cacccacctg atcaagacaa gaggccagca ggtgaccctg 120 aggtgcagct cccagtctgg ccacaacaca gtgagctggt accagcaggc cctgggacag 180 ggacctcagt tcatctttca gtactatagg gaggaggaga acggccgcgg caatttcccc 240 cctcggttta gcggcctgca gttcccaaac tactctagcg agctgaacgt gaatgccctg 300 gagctggacg atagcgccct gtatctgtgc gcctcctcta cctccttttg ggaagtgaat 360 acagaggcct tctttggcca gggcacccgc ctgacagtgg tg 402 <210> 250 <211> 134 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 250 Met Gly Pro Gly Leu Leu Cys Trp Val Leu Leu Cys Leu Leu Gly Ala 1 5 10 15 Gly Ser Val Glu Thr Gly Val Thr Gln Ser Pro Thr His Leu Ile Lys 20 25 30 Thr Arg Gly Gln Gln Val Thr Leu Arg Cys Ser Ser Gln Ser Gly His 35 40 45 Asn Thr Val Ser Trp Tyr Gln Gln Ala Leu Gly Gln Gly Pro Gln Phe 50 55 60 Ile Phe Gln Tyr Tyr Arg Glu Glu Glu Asn Gly Arg Gly Asn Phe Pro 65 70 75 80 Pro Arg Phe Ser Gly Leu Gln Phe Pro Asn Tyr Ser Ser Glu Leu Asn 85 90 95 Val Asn Ala Leu Glu Leu Asp Asp Ser Ala Leu Tyr Leu Cys Ala Ser 100 105 110 Ser Thr Ser Phe Trp Glu Val Asn Thr Glu Ala Phe Phe Gly Gln Gly 115 120 125 Thr Arg Leu Thr Val Val 130 <210> 251 <211> 267 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 251 Met Val Leu Lys Phe Ser Val Ser Ile Leu Trp Ile Gln Leu Ala Trp 1 5 10 15 Val Ser Thr Gln Leu Leu Glu Gln Ser Pro Gln Phe Leu Ser Ile Gln 20 25 30 Glu Gly Glu Asn Leu Thr Val Tyr Cys Asn Ser Ser Ser Val Phe Ser 35 40 45 Ser Leu Gln Trp Tyr Arg Gln Glu Pro Gly Glu Gly Pro Val Leu Leu 50 55 60 Val Thr Val Val Thr Gly Gly Glu Val Lys Lys Leu Lys Arg Leu Thr 65 70 75 80 Phe Gln Phe Gly Asp Ala Arg Lys Asp Ser Ser Leu His Ile Thr Ala 85 90 95 Ala Gln Pro Gly Asp Thr Gly Leu Tyr Leu Cys Ala Gly Gly Pro Asn 100 105 110 Thr Gly Asn Gln Phe Tyr Phe Gly Thr Gly Thr Ser Leu Thr Val Ile 115 120 125 Pro Asn Asp Ile Gln Asn Pro Glu Pro Ala Val Tyr Gln Leu Lys Asp 130 135 140 Pro Arg Ser Gln Asp Ser Thr Leu Cys Leu Phe Thr Asp Phe Asp Ser 145 150 155 160 Gln Ile Asn Val Pro Lys Thr Met Glu Ser Gly Thr Phe Ile Thr Asp 165 170 175 Lys Thr Val Leu Asp Met Lys Ala Met Asp Ser Lys Ser Asn Gly Ala 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Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 253 Val Val Gly Ala Cys Gly Val Gly Lys 1 5 <210> 254 <211> 10 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 254 Val Val Val Gly Ala Cys Gly Val Gly Lys 1 5 10 <210> 255 <211> 6 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 255 Thr Ser Gly Phe Asn Gly 1 5 <210> 256 <211> 6 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 256 Asn Val Leu Asp Gly Leu 1 5 <210> 257 <211> 15 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 257 Ala Val Arg Glu Glu Val Leu Tyr Asn Gln Gly Gly Lys Leu Ile 1 5 10 15 <210> 258 <211> 5 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 258 Leu Asn His Asp Ala 1 5 <210> 259 <211> 6 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 259 Ser Gln Ile Val Asn Asp 1 5 <210> 260 <211> 12 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 260 Ala Ser Ser Lys Arg Gly Trp Pro Tyr Glu Gln Tyr 1 5 10 <210> 261 <211> 393 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polynucleotide <400> 261 atgtggggag ttttccttct ttatgtttcc atgaagatgg gaggcactac aggacaaaac 60 attgaccagc ccactgagat gacagctacg gaaggtgcca ttgtccagat caactgcacg 120 taccagacat ctgggttcaa cgggctgttc tggtaccagc aacatgctgg cgaagcaccc 180 acatttctgt cttacaatgt tctggatggt ttggaggaga aaggtcgttt ttcttcattc 240 cttagtcggt ctaaagggta cagttacctc cttttgaagg agctccagat gaaagactct 300 gcctcttacc tctgtgctgt gagagaggag gtcctttata accagggagg aaagcttatc 360 ttcggacagg gaacggagtt atctgtgaaa ccc 393 <210> 262 <211> 393 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polynucleotide <400> 262 atgtggggcg tgtttctgct gtacgtgagc atgaagatgg gcggcaccac aggccagaac 60 atcgaccagc caaccgagat gaccgccaca gagggcgcca tcgtgcagat caactgcacc 120 taccagacaa gcggcttcaa tggcctgttt tggtatcagc agcacgcagg agaggcaccc 180 acattcctgt cctataatgt gctggacggc ctggaggaga agggcaggtt ctcctctttt 240 ctgagccgct ccaagggcta ctcctatctg ctgctgaagg agctgcagat gaaggattct 300 gccagctacc tgtgcgccgt gcgggaggag gtgctgtata atcagggcgg caagctgatc 360 tttggccagg gcaccgagct gagcgtgaag cct 393 <210> 263 <211> 131 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 263 Met Trp Gly Val Phe Leu Leu Tyr Val Ser Met Lys Met Gly Gly Thr 1 5 10 15 Thr Gly Gln Asn Ile Asp Gln Pro Thr Glu Met Thr Ala Thr Glu Gly 20 25 30 Ala Ile Val Gln Ile Asn Cys Thr Tyr Gln Thr Ser Gly Phe Asn Gly 35 40 45 Leu Phe Trp Tyr Gln Gln His Ala Gly Glu Ala Pro Thr Phe Leu Ser 50 55 60 Tyr Asn Val Leu Asp Gly Leu Glu Glu Lys 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polynucleotide <400> 265 atgtccaacc aggtgctgtg ctgcgtggtg ctgtgcctgc tgggagcaaa taccgtggac 60 ggaggcatca cacagtcccc caagtacctg ttccggaagg agggccagaa cgtgaccctg 120 tcttgtgagc agaacctgaa tcacgacgcc atgtactggt ataggcagga ccccggacag 180 ggactgagac tgatctacta tagccagatc gtgaacgact ttcagaaggg cgacatcgcc 240 gagggctaca gcgtgtcccg ggagaagaag gagtccttcc cactgaccgt gacatctgcc 300 cagaagaatc ccaccgcctt ttatctgtgc gccagctcca agagaggctg gccctacgag 360 cagtatttcg gccctggcac caggctgacc gtgaca 396 <210> 266 <211> 132 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 266 Met Ser Asn Gln Val Leu Cys Cys Val Val Leu Cys Leu Leu Gly Ala 1 5 10 15 Asn Thr Val Asp Gly Gly Ile Thr Gln Ser Pro Lys Tyr Leu Phe Arg 20 25 30 Lys Glu Gly Gln Asn Val Thr Leu Ser Cys Glu Gln Asn Leu Asn His 35 40 45 Asp Ala Met Tyr Trp Tyr Arg Gln Asp Pro Gly Gln Gly Leu Arg Leu 50 55 60 Ile Tyr Tyr Ser Gln Ile Val Asn Asp Phe Gln Lys Gly Asp Ile Ala 65 70 75 80 Glu Gly 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peptide <400> 273 Ala Thr Asp Arg Gln Ser Ser Gly Asp Lys Leu Thr 1 5 10 <210> 274 <211> 5 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 274 Ser Gly His Ala Thr 1 5 <210> 275 <211> 6 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 275 Phe Gln Asn Asn Gly Val 1 5 <210> 276 <211> 11 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 276 Ala Ser Ser Leu Ala Asp Ile Tyr Glu Gln Tyr 1 5 10 <210> 277 <211> 396 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polynucleotide <400> 277 atggaaactc tcctgggagt gtctttggtg attctatggc ttcaactggc tagggtgaac 60 agtcaacagg gagaagagga tcctcaggcc ttgagcatcc aggagggtga aaatgccacc 120 atgaactgca gttacaaaac tagtataaac aatttacagt ggtatagaca aaattcaggt 180 agaggccttg tccacctaat tttaatacgt tcaaatgaaa gagagaaaca cagtggaaga 240 ttaagagtca cgcttgacac ttccaagaaa agcagttcct tgttgatcac ggcttcccgg 300 gcagcagaca ctgcttctta cttctgtgct acggaccgtc aaagcagcgg agacaagctg 360 acttttggga ccgggactcg tttagcagtt aggccc 396 <210> 278 <211> 396 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polynucleotide <400> 278 atggagaccc tgctgggcgt gtccctggtc atcctgtggc tgcagctggc cagggtgaac 60 agccagcagg gagaggagga cccccaggcc ctgagcatcc aggagggcga gaacgccacc 120 atgaattgct cttacaagac aagcatcaac aatctgcagt ggtataggca gaactccggc 180 cgcggactgg tgcacctgat cctgatccgg agcaatgaga gagagaagca ctccggccgg 240 ctgagagtga ccctggacac atctaagaag tcctctagcc tgctgatcac cgcctctcgg 300 gcagcagata cagccagcta cttctgtgcc accgacagac agtcctctgg cgataagctg 360 acctttggca ccggcacaag gctggccgtg cgcccc 396 <210> 279 <211> 132 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 279 Met Glu Thr Leu Leu Gly Val Ser Leu Val Ile Leu Trp Leu Gln Leu 1 5 10 15 Ala Arg Val Asn 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gatccagcct 300 gcaaagcttg aggactcggc cgtgtatctc tgtgccagca gcttagccga catctacgag 360 cagtacttcg ggccgggcac caggctcacg gtcaca 396 <210> 281 <211> 396 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polynucleotide <400> 281 atgggaacaa ggctgctgtg ctgggccgcc ctgtgcctgc tgggagcaga gctgaccgag 60 gccggcgtgg cccagagccc ccggtacaag atcatcgaga agagacagag cgtggccttc 120 tggtgcaacc ctatctccgg ccacgccaca ctgtactggt atcagcagat cctgggccag 180 ggcccaaagc tgctgatcca gttccagaac aatggcgtgg tggacgattc ccagctgccc 240 aaggaccggt tttctgccga gagactgaag ggcgtggatt ccaccctgaa gatccagccc 300 gccaagctgg aggactctgc cgtgtatctg tgcgccagct ccctggccga catctacgag 360 cagtatttcg gccctggcac aaggctgacc gtgaca 396 <210> 282 <211> 132 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 282 Met Gly Thr Arg Leu Leu Cys Trp Ala Ala Leu Cys Leu Leu Gly Ala 1 5 10 15 Glu Leu Thr Glu Ala Gly Val Ala Gln Ser Pro Arg Tyr Lys Ile 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Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 308 Ala Ser Thr Thr Phe Lys Thr Gly Arg Ala Ile Glu Lys Leu Phe 1 5 10 15 <210> 309 <211> 387 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polynucleotide <400> 309 atggctttgc agagcactct gggggcggtg tggctagggc ttctcctcaa ctctctctgg 60 aaggttgcag aaagcaagga ccaagtgttt cagccttcca cagtggcatc ttcagaggga 120 gctgtggtgg aaatcttctg taatcactct gtgtccaatg cttacaactt cttctggtac 180 cttcacttcc cgggatgtgc accaagactc cttgttaaag gctcaaagcc ttctcagcag 240 ggacgataca acatgaccta tgaacggttc tcttcatcgc tgctcatcct ccaggtgcgg 300 gaggcagatg ctgctgttta ctactgtgct acgtacaact tcaacaaatt ttactttgga 360 tctgggacca aactcaatgt aaaacca 387 <210> 310 <211> 387 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polynucleotide <400> 310 atggccctgc agtctacact gggagccgtg tggctgggac tgctgctgaa ctctctgtgg 60 aaggtggccg agagcaagga ccaggtgttc 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Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 322 Met Asn His Glu Tyr 1 5 <210> 323 <211> 6 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 323 Ser Met Asn Val Glu Val 1 5 <210> 324 <211> 13 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 324 Ala Ser Ser Ser Arg Gly His Ser Gly Thr Glu Ala Phe 1 5 10 <210> 325 <211> 384 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polynucleotide <400> 325 atgtggggag ttttccttct ttatgtttcc atgaagatgg gaggcactac aggacaaaac 60 attgaccagc ccactgagat gacagctacg gaaggtgcca ttgtccagat caactgcacg 120 taccagacat ctgggttcaa cgggctgttc tggtaccagc aacatgctgg cgaagcaccc 180 acatttctgt cttacaatgt tctggatggt ttggaggaga aaggtcgttt ttcttcattc 240 cttagtcggt ctaaagggta cagttacctc cttttgaagg agctccagat gaaagactct 300 gcctcttacc tctgtgctgt gagagatcga ggaggaagct acatacctac atttggaaga 360 ggaaccagcc ttattgttca 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<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polynucleotide <400> 329 atgggaccac agctgctggg atacgtggtg ctgtgcctgc tgggagcagg accactggag 60 gcacaggtga cccagaaccc acggtatctg atcaccgtga caggcaagaa gctgaccgtg 120 acatgttctc agaacatgaa tcacgagtac atgagctggt ataggcagga ccctggactg 180 ggactgagac agatctacta tagcatgaat gtggaggtga ccgacaaggg cgatgtgccc 240 gagggctaca aggtgtccag gaaggagaag cgcaacttcc ctctgatcct ggagtcccca 300 tctcccaatc agaccagcct gtatttttgc gccagctcct ctaggggaca ctccggaaca 360 gaggccttct ttggccaggg caccaggctg acagtggtg 399 <210> 330 <211> 133 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 330 Met Gly Pro Gln Leu Leu Gly Tyr Val Val Leu Cys Leu Leu Gly Ala 1 5 10 15 Gly Pro Leu Glu Ala Gln Val Thr Gln Asn Pro Arg Tyr Leu Ile Thr 20 25 30 Val Thr Gly Lys Lys Leu Thr Val Thr Cys Ser Gln Asn Met Asn His 35 40 45 Glu Tyr Met Ser Trp Tyr Arg Gln Asp Pro Gly Leu Gly Leu Arg Gln 50 55 60 Ile Tyr Tyr Ser Met Asn Val 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<400> 357 atgaggcaag tggcgagagt gatcgtgttc ctgaccctga gtactttgag ccttgctaag 60 accacccagc ccatctccat ggactcatat gaaggacaag aagtgaacat aacctgtagc 120 cacaacaaca ttgctacaaa tgattatatc acgtggtacc aacagtttcc cagccaagga 180 ccacgattta ttattcaagg atacaagaca aaagttacaa acgaagtggc ctccctgttt 240 atccctgccg acagaaagtc cagcactctg agcctgcccc gggtttccct gagcgacact 300 gctgtgtact actgcctcgc taatactgga ggcttcaaaa ctatctttgg agcaggaaca 360 agactatttg ttaaagca 378 <210> 358 <211> 378 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polynucleotide <400> 358 atgaggcagg tggcacgcgt gatcgtgttt ctgaccctga gcacactgtc cctggccaag 60 accacacagc ctatctctat ggacagctac gagggccagg aggtgaacat cacctgctct 120 cacaacaata tcgccaccaa tgattacatc acatggtatc agcagttccc cagccagggc 180 cctcggttta tcatccaggg ctataagacc aaggtgacaa acgaggtggc cagcctgttc 240 atccctgccg acaggaagtc tagcaccctg tccctgccac gcgtgagcct gtccgataca 300 gccgtgtact attgtctggc caataccggc ggcttcaaga caatctttgg 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Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 379 Met Thr Ser Ile Arg Ala Val Phe Ile Phe Leu Trp Leu Gln Leu Asp 1 5 10 15 Leu Val Asn Gly Glu Asn Val Glu Gln His Pro Ser Thr Leu Ser Val 20 25 30 Gln Glu Gly Asp Ser Ala Val Ile Lys Cys Thr Tyr Ser Asp Ser Ala 35 40 45 Ser Asn Tyr Phe Pro Trp Tyr Lys Gln Glu Leu Gly Lys Arg Pro Gln 50 55 60 Leu Ile Ile Asp Ile Arg Ser Asn Val Gly Glu Lys Lys Asp Gln Arg 65 70 75 80 Ile Ala Val Thr Leu Asn Lys Thr Ala Lys His Phe Ser Leu His Ile 85 90 95 Thr Glu Thr Gln Pro Glu Asp Ser Ala Val Tyr Phe Cys Ala Glu Thr 100 105 110 Gly Phe Gln Lys Leu Val Phe Gly Thr Gly Thr Arg Leu Leu Val Ser 115 120 125 Pro Asp Ile Gln Asn Pro Glu Pro Ala Val Tyr Gln Leu Lys Asp Pro 130 135 140 Arg Ser Gln Asp Ser Thr Leu Cys Leu Phe Thr Asp Phe Asp Ser Gln 145 150 155 160 Ile Asn Val Pro Lys Thr Met Glu Ser Gly Thr Phe Ile Thr Asp Lys 165 170 175 Thr Val Leu Asp Met Lys Ala Met Asp Ser Lys Ser Asn Gly Ala Ile 180 185 190 Ala Trp Ser Asn Gln Thr Ser Phe Thr Cys Gln 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Sequence: Synthetic peptide <400> 387 Ser Met Asn Val Glu Val 1 5 <210> 388 <211> 11 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 388 Ala Ser Ser Leu Val Ala Ser Asn Glu Gln Phe 1 5 10 <210> 389 <211> 390 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polynucleotide <400> 389 atggaaactc tcctgggagt gtctttggtg attctatggc ttcaactggc tagggtgaac 60 agtcaacagg gagaagagga tcctcaggcc ttgagcatcc aggagggtga aaatgccacc 120 atgaactgca gttacaaaac tagtataaac aatttacagt ggtatagaca aaattcaggt 180 agaggccttg tccacctaat tttaatacgt tcaaatgaaa gagagaaaca cagtggaaga 240 ttaagagtca cgcttgacac ttccaagaaa agcagttcct tgttgatcac ggcttcccgg 300 gcagcagaca ctgcttctta cttctgtgct acggacccct tagactacaa gctcagcttt 360 ggagccggaa ccacagtaac tgtaagagca 390 <210> 390 <211> 390 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polynucleotide <400> 390 atggagaccc 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Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 402 Ser Gly His Asn Thr 1 5 <210> 403 <211> 6 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 403 Tyr Tyr Arg Glu Glu Glu 1 5 <210> 404 <211> 13 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 404 Ala Ser Ser Leu Gly Leu Leu Leu Tyr Asn Glu Gln Phe 1 5 10 <210> 405 <211> 399 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polynucleotide <400> 405 atggcatgcc ctggcttcct gtgggcactt gtgatctcca cctgtcttga atttagcatg 60 gctcagacag tcactcagtc tcaaccagag atgtctgtgc aggaggcaga gaccgtgacc 120 ctgagctgca catatgacac cagtgagagt gattattatt tattctggta caagcagcct 180 cccagcaggc agatgattct cgttattcgc caagaagctt ataagcaaca gaatgcaaca 240 gagaatcgtt tctctgtgaa cttccagaaa gcagccaaat ccttcagtct caagatctca 300 gactcacagc tgggggatgc cgcgatgtat ttctgtgctt 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aggagggtga aaatgccacc 120 atgaactgca gttacaaaac tagtataaac aatttacagt ggtatagaca aaattcaggt 180 agaggccttg tccacctaat tttaatacgt tcaaatgaaa gagagaaaca cagtggaaga 240 ttaagagtca cgcttgacac ttccaagaaa agcagttcct tgttgatcac ggcttcccgg 300 gcagcagaca ctgcttctta cttctgtgct acggacgctc aaactggggc aaacaacctc 360 ttctttggga ctggaacgag actcaccgtt attccc 396 <210> 422 <211> 396 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polynucleotide <400> 422 atggagacac tgctgggcgt gtctctggtc atcctgtggc tgcagctggc cagagtgaat 60 agccagcagg gagaggagga cccccaggcc ctgtccatcc aggagggcga gaacgccacc 120 atgaattgca gctacaagac atccatcaac aatctgcagt ggtatcggca gaactctggc 180 agaggcctgg tgcacctgat cctgatccgg tccaatgaga gagagaagca ctctggccgg 240 ctgagagtga ccctggatac atccaagaag tcctctagcc tgctgatcac cgccagccgg 300 gcagcagaca cagcctccta tttttgtgcc accgatgccc agacaggcgc caacaatctg 360 ttctttggca ccggcacaag actgaccgtg atccct 396 <210> 423 <211> 132 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 423 Met Glu Thr Leu Leu Gly Val Ser Leu Val Ile Leu Trp Leu Gln Leu 1 5 10 15 Ala Arg Val Asn Ser Gln Gln Gly Glu Glu Asp Pro Gln Ala Leu Ser 20 25 30 Ile Gln Glu Gly Glu Asn Ala Thr Met Asn Cys Ser Tyr Lys Thr Ser 35 40 45 Ile Asn Asn Leu Gln Trp Tyr Arg Gln Asn Ser Gly Arg Gly Leu Val 50 55 60 His Leu Ile Leu Ile Arg Ser Asn Glu Arg Glu Lys His Ser Gly Arg 65 70 75 80 Leu Arg Val Thr Leu Asp Thr Ser Lys Lys Ser Ser Ser Leu Leu Ile 85 90 95 Thr Ala Ser Arg Ala Ala Asp Thr Ala Ser Tyr Phe Cys Ala Thr Asp 100 105 110 Ala Gln Thr Gly Ala Asn Asn Leu Phe Phe Gly Thr Gly Thr Arg Leu 115 120 125 Thr Val Ile Pro 130 <210> 424 <211> 345 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polynucleotide <400> 424 atgggcacca ggctcctctg ctgggcggcc ctctgtctcc tgggagcaga actcacagaa 60 gctggagttg cccagtctcc cagatataag attatagaga aaaggcagag tgtggctttt 120 tggtgcaatc 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<400> 428 Met Gly Thr Arg Leu Leu Cys Trp Ala Ala Leu Cys Leu Leu Gly Ala 1 5 10 15 Glu Leu Thr Glu Ala Gly Val Ala Gln Ser Pro Arg Tyr Lys Ile Ile 20 25 30 Glu Lys Arg Gln Ser Val Ala Phe Trp Cys Asn Pro Ile Ser Gly His 35 40 45 Ala Thr Leu Tyr Trp Tyr Gln Gln Ile Leu Gly Gln Gly Pro Lys Leu 50 55 60 Leu Ile Gln Phe Gln Asn Asn Gly Val Val Asp Asp Ser Gln Leu Pro 65 70 75 80 Lys Asp Arg Phe Ser Ala Glu Arg Leu Lys Gly Val Asp Ser Thr Leu 85 90 95 Lys Ile Gln Pro Ala Lys Leu Glu Asp Ser Ala Val Tyr Leu Cys Ala 100 105 110 Ser Ser Leu Lys Asp Leu Arg Asn Val Thr Pro Pro Lys Val Ser Leu 115 120 125 Phe Glu Pro Ser Lys Ala Glu Ile Ala Asn Lys Gln Lys Ala Thr Leu 130 135 140 Val Cys Leu Ala Arg Gly Phe Phe Pro Asp His Val Glu Leu Ser Trp 145 150 155 160 Trp Val Asn Gly Lys Glu Val His Ser Gly Val Ser Thr Asp Pro Gln 165 170 175 Ala Tyr Lys Glu Ser Asn Tyr Ser Tyr Cys Leu Ser Ser Arg Leu Arg 180 185 190 Val Ser Ala Thr Phe Trp His Asn Pro Arg Asn His Phe Arg Cys Gln 195 200 205 Val Gln Phe 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442 000 <210> 443 <400> 443 000 <210> 444 <400> 444 000 <210> 445 <400> 445 000 <210> 446 <400> 446 000 <210> 447 <211> 7 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 447 Thr Arg Asp Thr Thr Tyr Tyr 1 5 <210> 448 <211> 8 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 448 Arg Asn Ser Phe Asp Glu Gln Asn 1 5 <210> 449 <211> 13 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 449 Ala Leu Lys Gly Ala Asn Thr Gly Phe Gln Lys Leu Val 1 5 10 <210> 450 <211> 5 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 450 Ser Gly His Asp Tyr 1 5 <210> 451 <211> 6 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 451 Phe Asn Asn Asn Val Pro 1 5 <210> 452 <211> 13 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 452 Ala Ser Gly Gly Gly Leu Gly Leu Phe Glu Thr Gln Tyr 1 5 10 <210> 453 <211> 408 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polynucleotide <400> 453 atgctgactg ccagcctgtt gagggcagtc atagcctcca tctgtgttgt atccagcatg 60 gctcagaagg taactcaagc gcagactgaa atttctgtgg tggagaagga ggatgtgacc 120 ttggactgtg tgtatgaaac ccgtgatact acttattact tattctggta caagcaacca 180 ccaagtggag aattggtttt ccttattcgt cggaactctt ttgatgagca aaatgaaata 240 agtggtcggt attcttggaa cttccagaaa tccaccagtt ccttcaactt caccatcaca 300 gcctcacaag tcgtggactc agcagtatac ttctgtgctc tgaaaggggc gaacacaggc 360 tttcagaaac ttgtatttgg aactggcacc cgacttctgg tcagtcca 408 <210> 454 <211> 408 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polynucleotide <400> 454 atgctgacag cctccctgct gagggccgtg atcgcctcta tctgcgtggt gtctagcatg 60 gcccagaagg tgacccaggc ccagacagag atcagcgtgg tggagaagga ggacgtgacc 120 ctggattgcg tgtacgagac acgggacacc acatactatc tgttttggta taagcagcca 180 cccagcggcg agctggtgtt cctgatcagg cgcaattcct ttgatgagca gaacgagatc 240 tccggcagat actcttggaa tttccagaag tccacctcct ctttcaactt taccatcaca 300 gcctcccagg tggtggactc tgccgtgtat ttttgtgccc tgaagggcgc caacacaggc 360 ttccagaagc tggtgtttgg caccggcaca agactgctgg tgagccct 408 <210> 455 <211> 136 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 455 Met Leu Thr Ala Ser Leu Leu Arg Ala Val Ile Ala Ser Ile Cys Val 1 5 10 15 Val Ser Ser Met Ala Gln Lys Val Thr Gln Ala Gln Thr Glu Ile Ser 20 25 30 Val Val Glu Lys Glu Asp Val Thr Leu Asp Cys Val Tyr Glu Thr Arg 35 40 45 Asp Thr Thr Tyr Tyr Leu Phe Trp Tyr Lys Gln Pro Pro Ser Gly Glu 50 55 60 Leu Val Phe Leu Ile Arg Arg Asn Ser Phe Asp Glu Gln Asn Glu Ile 65 70 75 80 Ser Gly Arg Tyr Ser Trp Asn Phe Gln Lys Ser Thr Ser Ser Phe Asn 85 90 95 Phe Thr Ile Thr Ala Ser Gln Val Val Asp Ser Ala Val Tyr Phe Cys 100 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ggtgacactg 120 aggtgtaagc ctatctctgg ccacgactac ctgttctggt atcggcagac catgatgaga 180 ggcctggagc tgctgatcta ctttaacaat aacgtgccta tcgacgattc tggcatgcca 240 gaggacaggt tcagcgccaa gatgcctaat gccagctttt ccaccctgaa gatccagcca 300 agcgagccaa gggattccgc cgtgtacttc tgcgcctccg gaggaggact gggactgttc 360 gagacccagt attttggccc aggcacaagg ctgctggtgc tg 402 <210> 458 <211> 134 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 458 Met Asp Ser Trp Thr Leu Cys Cys Val Ser Leu Cys Ile Leu Val Ala 1 5 10 15 Lys His Thr Asp Ala Gly Val Ile Gln Ser Pro Arg His Glu Val Thr 20 25 30 Glu Met Gly Gln Glu Val Thr Leu Arg Cys Lys Pro Ile Ser Gly His 35 40 45 Asp Tyr Leu Phe Trp Tyr Arg Gln Thr Met Met Arg Gly Leu Glu Leu 50 55 60 Leu Ile Tyr Phe Asn Asn Asn Val Pro Ile Asp Asp Ser Gly Met Pro 65 70 75 80 Glu Asp Arg Phe Ser Ala Lys Met Pro Asn Ala Ser Phe Ser Thr Leu 85 90 95 Lys Ile Gln Pro Ser Glu Pro Arg Asp Ser Ala Val Tyr Phe Cys Ala 100 105 110 Ser Gly Gly Gly Leu Gly Leu Phe Glu Thr Gln Tyr Phe Gly Pro Gly 115 120 125 Thr Arg Leu Leu Val Leu 130 <210> 459 <211> 273 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 459 Met Leu Thr Ala Ser Leu Leu Arg Ala Val Ile Ala Ser Ile Cys Val 1 5 10 15 Val Ser Ser Met Ala Gln Lys Val Thr Gln Ala Gln Thr Glu Ile Ser 20 25 30 Val Val Glu Lys Glu Asp Val Thr Leu Asp Cys Val Tyr Glu Thr Arg 35 40 45 Asp Thr Thr Tyr Tyr Leu Phe Trp Tyr Lys Gln Pro Pro Ser Gly Glu 50 55 60 Leu Val Phe Leu Ile Arg Arg Asn Ser Phe Asp Glu Gln Asn Glu Ile 65 70 75 80 Ser Gly Arg Tyr Ser Trp Asn Phe Gln Lys Ser Thr Ser Ser Phe Asn 85 90 95 Phe Thr Ile Thr Ala Ser Gln Val Val Asp Ser Ala Val Tyr Phe Cys 100 105 110 Ala Leu Lys Gly Ala Asn Thr Gly Phe Gln Lys Leu Val Phe Gly Thr 115 120 125 Gly Thr Arg Leu Leu Val Ser Pro Asp Ile Gln Asn Pro Glu Pro Ala 130 135 140 Val Tyr Gln Leu Lys Asp Pro Arg Ser Gln Asp Ser Thr Leu Cys Leu 145 150 155 160 Phe Thr 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Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 466 Ala Glu Trp Ala Asn Thr Asp Lys Leu Ile 1 5 10 <210> 467 <211> 6 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 467 Asp Phe Gln Ala Thr Thr 1 5 <210> 468 <211> 7 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 468 Ser Asn Glu Gly Ser Lys Ala 1 5 <210> 469 <211> 12 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 469 Ser Ala Arg Arg Arg Glu Gly Glu Ile Glu Gln Tyr 1 5 10 <210> 470 <211> 393 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polynucleotide <400> 470 atgaagacat ttgctggatt ttcgttcctg tttttgtggc tgcagctgga ctgtatgagt 60 agaggagagg atgtggagca gagtcttttc ctgagtgtcc gagagggaga cagctccgtt 120 ataaactgca cttacacaga cagctcctcc acctacttat actggtataa gcaagaacct 180 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Phe Ala Gly Phe Ser Phe Leu Phe Leu Trp Leu Gln Leu 1 5 10 15 Asp Cys Met Ser Arg Gly Glu Asp Val Glu Gln Ser Leu Phe Leu Ser 20 25 30 Val Arg Glu Gly Asp Ser Ser Val Ile Asn Cys Thr Tyr Thr Asp Ser 35 40 45 Ser Ser Thr Tyr Leu Tyr Trp Tyr Lys Gln Glu Pro Gly Ala Gly Leu 50 55 60 Gln Leu Leu Thr Tyr Ile Phe Ser Asn Met Asp Met Lys Gln Asp Gln 65 70 75 80 Arg Leu Thr Val Leu Leu Asn Lys Lys Asp Lys His Leu Ser Leu Arg 85 90 95 Ile Ala Asp Thr Gln Thr Gly Asp Ser Ala Ile Tyr Phe Cys Ala Glu 100 105 110 Trp Ala Asn Thr Asp Lys Leu Ile Phe Gly Thr Gly Thr Arg Leu Gln 115 120 125 Val Phe Pro 130 <210> 473 <211> 390 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polynucleotide <400> 473 atgctgctgc ttctgctgct tctggggcca ggctccgggc ttggtgctgt cgtctctcaa 60 catccgagct gggttatctg taagagtgga acctctgtga agatcgagtg ccgttccctg 120 gactttcagg ccacaactat gttttggtat cgtcagttcc cgaaacagag tctcatgctg 180 atggcaactt ccaatgaggg ctccaaggcc acatacgagc aaggcgtcga gaaggacaag 240 tttctcatca accatgcaag cctgaccttg tccactctga cagtgaccag tgcccatcct 300 gaagacagca gcttctacat ctgcagtgct agaaggcggg agggggagat cgagcagtac 360 ttcgggccgg gcaccaggct cacggtcaca 390 <210> 474 <211> 390 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polynucleotide <400> 474 atgttattac tgctgctgct gctgggacca ggctccggac tgggagccgt ggtgtcccag 60 cacccttctt gggtcatctg caagtccggc acatctgtga agatcgagtg tcgctctctg 120 gactttcagg ccaccacaat gttttggtat cggcagttcc ccaagcagag cctgatgctg 180 atggccacaa gcaacgaggg ctccaaggcc acctacgagc agggcgtgga gaaggacaag 240 ttcctgatca atcacgcctc tctgaccctg agcaccctga cagtgacctc cgcccaccct 300 gaggatagct ccttttatat ctgctctgcc cggagaaggg agggcgagat cgagcagtac 360 ttcggcccag gcacaagact gacagtgacc 390 <210> 475 <211> 130 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 475 Met Leu Leu Leu Leu Leu Leu Leu Gly Pro Gly Ser Gly Leu Gly Ala 1 5 10 15 Val Val Ser Gln His Pro Ser Trp Val Ile Cys Lys Ser Gly Thr Ser 20 25 30 Val Lys Ile Glu Cys Arg Ser Leu Asp Phe Gln Ala Thr Thr Met Phe 35 40 45 Trp Tyr Arg Gln Phe Pro Lys Gln Ser Leu Met Leu Met Ala Thr Ser 50 55 60 Asn Glu Gly Ser Lys Ala Thr Tyr Glu Gln Gly Val Glu Lys Asp Lys 65 70 75 80 Phe Leu Ile Asn His Ala Ser Leu Thr Leu Ser Thr Leu Thr Val Thr 85 90 95 Ser Ala His Pro Glu Asp Ser Ser Phe Tyr Ile Cys Ser Ala Arg Arg 100 105 110 Arg Glu Gly Glu Ile Glu Gln Tyr Phe Gly Pro Gly Thr Arg Leu Thr 115 120 125 Val Thr 130 <210> 476 <211> 268 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 476 Met Lys Thr Phe Ala Gly Phe Ser Phe Leu Phe Leu Trp Leu Gln Leu 1 5 10 15 Asp Cys Met Ser Arg Gly Glu Asp Val Glu Gln Ser Leu Phe Leu Ser 20 25 30 Val Arg Glu Gly Asp Ser Ser Val Ile Asn Cys Thr Tyr Thr Asp Ser 35 40 45 Ser Ser Thr Tyr Leu Tyr Trp Tyr Lys Gln Glu Pro Gly Ala Gly Leu 50 55 60 Gln Leu Leu Thr Tyr Ile Phe Ser Asn Met Asp Met Lys Gln Asp Gln 65 70 75 80 Arg Leu Thr Val Leu Leu Asn Lys Lys Asp Lys His Leu Ser Leu Arg 85 90 95 Ile Ala Asp Thr Gln Thr Gly Asp Ser Ala Ile Tyr Phe Cys Ala Glu 100 105 110 Trp Ala Asn Thr Asp Lys Leu Ile Phe Gly Thr Gly Thr Arg Leu Gln 115 120 125 Val Phe Pro Asp Ile Gln Asn Pro Glu Pro Ala Val Tyr Gln Leu Lys 130 135 140 Asp Pro Arg Ser Gln Asp Ser Thr Leu Cys Leu Phe Thr Asp Phe Asp 145 150 155 160 Ser Gln Ile Asn Val Pro Lys Thr Met Glu Ser Gly Thr Phe Ile Thr 165 170 175 Asp Lys Thr Val Leu Asp Met Lys Ala Met Asp Ser Lys Ser Asn Gly 180 185 190 Ala Ile Ala Trp Ser Asn Gln Thr Ser Phe Thr Cys Gln Asp Ile Phe 195 200 205 Lys Glu Thr Asn Ala Thr Tyr Pro Ser Ser Asp Val Pro Cys Asp Ala 210 215 220 Thr Leu Thr Glu Lys Ser Phe Glu Thr Asp Met Asn Leu Asn Phe Gln 225 230 235 240 Asn Leu Ser Val Met Gly Leu Arg Ile Leu Leu Leu Lys Val Ala Gly 245 250 255 Phe Asn Leu Leu Met Thr Leu Arg Leu Trp Ser Ser 260 265 <210> 477 <211> 303 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 477 Met Leu Leu Leu Leu Leu Leu Leu Gly Pro Gly Ser Gly Leu Gly Ala 1 5 10 15 Val Val Ser Gln His Pro Ser Trp Val Ile Cys Lys Ser Gly Thr Ser 20 25 30 Val Lys Ile Glu Cys Arg Ser Leu Asp Phe Gln Ala Thr Thr Met Phe 35 40 45 Trp Tyr Arg Gln Phe Pro Lys Gln Ser Leu Met Leu Met Ala Thr Ser 50 55 60 Asn Glu Gly Ser Lys Ala Thr Tyr Glu Gln Gly Val Glu Lys Asp Lys 65 70 75 80 Phe Leu Ile Asn His Ala Ser Leu Thr Leu Ser Thr Leu Thr Val Thr 85 90 95 Ser Ala His Pro Glu Asp Ser Ser Phe Tyr Ile Cys Ser Ala Arg Arg 100 105 110 Arg Glu Gly Glu Ile Glu Gln Tyr Phe Gly Pro Gly Thr Arg Leu Thr 115 120 125 Val Thr Lys Asp Leu Arg Asn Val Thr Pro Pro Lys Val Ser Leu Phe 130 135 140 Glu Pro Ser Lys Ala Glu Ile Ala Asn Lys Gln Lys Ala Thr Leu Val 145 150 155 160 Cys Leu Ala Arg Gly Phe Phe Pro Asp His Val Glu Leu Ser Trp Trp 165 170 175 Val Asn Gly Lys Glu Val His Ser Gly Val Ser Thr Asp Pro Gln Ala 180 185 190 Tyr Lys Glu Ser Asn Tyr Ser 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<400> 486 Ala Ser Ser Leu Ala Tyr Leu Thr Gly Arg Val Glu Ala Phe 1 5 10 <210> 487 <211> 420 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polynucleotide <400> 487 atgctgactg ccagcctgtt gagggcagtc atagcctcca tctgtgttgt atccagcatg 60 gctcagaagg taactcaagc gcagactgaa atttctgtgg tggagaagga ggatgtgacc 120 ttggactgtg tgtatgaaac ccgtgatact acttattact tattctggta caagcaacca 180 ccaagtggag aattggtttt ccttattcgt cggaactctt ttgatgagca aaatgaaata 240 agtggtcggt attcttggaa cttccagaaa tccaccagtt ccttcaactt caccatcaca 300 gcctcacaag tcgtggactc agcagtatac ttctgtgctc tgactccctt ccccaatgct 360 ggtggtacta gctatggaaa gctgacattt ggacaaggga ccatcttgac tgtccatcca 420 <210> 488 <211> 420 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polynucleotide <400> 488 atgctgacag cctctctgct gagggccgtg atcgccagca tctgcgtggt gtcctctatg 60 gcccagaagg tgacccaggc ccagacagag atcagcgtgg tggagaagga ggacgtgacc 120 ctggattgcg tgtacgagac acgggacacc acatactatc tgttctggta taagcagcca 180 ccctccggcg agctggtgtt cctgatcagg cgcaattctt ttgatgagca gaacgagatc 240 tctggcagat acagctggaa ttttcagaag tctaccagct ccttcaactt taccatcaca 300 gcctctcagg tggtggatag cgccgtgtac ttctgtgccc tgacaccatt tcccaatgcc 360 ggcggcacca gctatggcaa gctgacattc ggccagggca ccatcctgac agtgcaccct 420 <210> 489 <211> 140 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 489 Met Leu Thr Ala Ser Leu Leu Arg Ala Val Ile Ala Ser Ile Cys Val 1 5 10 15 Val Ser Ser Met Ala Gln Lys Val Thr Gln Ala Gln Thr Glu Ile Ser 20 25 30 Val Val Glu Lys Glu Asp Val Thr Leu Asp Cys Val Tyr Glu Thr Arg 35 40 45 Asp Thr Thr Tyr Tyr Leu Phe Trp Tyr Lys Gln Pro Pro Ser Gly Glu 50 55 60 Leu Val Phe Leu Ile Arg Arg Asn Ser Phe Asp Glu Gln Asn Glu Ile 65 70 75 80 Ser Gly Arg Tyr Ser Trp Asn Phe Gln Lys Ser Thr Ser Ser Phe Asn 85 90 95 Phe Thr Ile Thr Ala Ser Gln Val Val Asp Ser Ala Val Tyr Phe Cys 100 105 110 Ala Leu Thr Pro 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ggtgacactg 120 aggtgtaagc ccatcagcgg ccacaattcc ctgttctggt accggcagac catgatgaga 180 ggcctggagc tgctgatcta cttcaacaat aacgtgccca tcgacgatag cggcatgcct 240 gaggaccggt tctccgccaa gatgcccaac gcctctttta gcaccctgaa gatccagcct 300 tccgagccaa gggattctgc cgtgtacttc tgcgccagct ccctggccta tctgaccgga 360 agggtggagg ccttctttgg acagggcacc aggctgacag tggtg 405 <210> 492 <211> 135 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 492 Met Asp Ser Trp Thr Phe Cys Cys Val Ser Leu Cys Ile Leu Val Ala 1 5 10 15 Lys His Thr Asp Ala Gly Val Ile Gln Ser Pro Arg His Glu Val Thr 20 25 30 Glu Met Gly Gln Glu Val Thr Leu Arg Cys Lys Pro Ile Ser Gly His 35 40 45 Asn Ser Leu Phe Trp Tyr Arg Gln Thr Met Met Arg Gly Leu Glu Leu 50 55 60 Leu Ile Tyr Phe Asn Asn Asn Val Pro Ile Asp Asp Ser Gly Met Pro 65 70 75 80 Glu Asp Arg Phe Ser Ala Lys Met Pro Asn Ala Ser Phe Ser Thr Leu 85 90 95 Lys Ile Gln Pro Ser Glu Pro Arg Asp Ser Ala Val Tyr Phe Cys Ala 100 105 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ccgtgatact acttattact tattctggta caagcaacca 180 ccaagtggag aattggtttt ccttattcgt cggaactctt ttgatgagca aaatgaaata 240 agtggtcggt attcttggaa cttccagaaa tccaccagtt ccttcaactt caccatcaca 300 gcctcacaag tcgtggactc agcagtatac ttctgtgctc tgattcgagg gagctatcag 360 ttaatctggg gcgctgggac caagctaatt ataaagcca 399 <210> 505 <211> 399 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polynucleotide <400> 505 atgctgaccg cctctctgct gagggccgtg atcgccagca tctgcgtggt gagctccatg 60 gcccagaagg tgacacaggc ccagaccgag atcagcgtgg tggagaagga ggacgtgaca 120 ctggattgcg tgtacgagac ccgcgacacc acatactatc tgttttggta taagcagcca 180 ccctccggcg agctggtgtt cctgatcagg cgcaactctt ttgatgagca gaatgagatc 240 tctggccggt acagctggaa cttccagaag agcacatcta gcttcaactt caccatcacc 300 gccagccagg tggtggactc cgccgtgtac ttttgtgccc tgatcagagg ctcctatcag 360 ctgatctggg gcgccggcac caagctgatc atcaagccc 399 <210> 506 <211> 133 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 506 Met Leu Thr Ala Ser Leu Leu Arg Ala Val Ile Ala Ser Ile Cys Val 1 5 10 15 Val Ser Ser Met Ala Gln Lys Val Thr Gln Ala Gln Thr Glu Ile Ser 20 25 30 Val Val Glu Lys Glu Asp Val Thr Leu Asp Cys Val Tyr Glu Thr Arg 35 40 45 Asp Thr Thr Tyr Tyr Leu Phe Trp Tyr Lys Gln Pro Pro Ser Gly Glu 50 55 60 Leu Val Phe Leu Ile Arg Arg Asn Ser Phe Asp Glu Gln Asn Glu Ile 65 70 75 80 Ser Gly Arg Tyr Ser Trp Asn Phe Gln Lys Ser Thr Ser Ser Phe Asn 85 90 95 Phe Thr Ile Thr Ala Ser Gln Val Val Asp Ser Ala Val Tyr Phe Cys 100 105 110 Ala Leu Ile Arg Gly Ser Tyr Gln Leu Ile Trp Gly Ala Gly Thr Lys 115 120 125 Leu Ile Ile Lys Pro 130 <210> 507 <211> 390 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polynucleotide <400> 507 atgctgctgc ttctgctgct tctggggcca ggctccgggc ttggtgctgt cgtctctcaa 60 catccgagca gggttatctg taagagtgga acctctgtga agatcgagtg ccgttccctg 120 gactttcagg ccacaactat gttttggtat cgtcagttcc cgaaacagag tctcatgctg 180 atggcaactt ccaatgaggg ctccaaggcc acatacgagc aaggcgtcga gaaggacaag 240 tttctcatca accatgcaag cctgaccttg tccactctga cagtgaccag tgcccatcct 300 gaagacagca gcttctacat ctgcagcgcc caggggagta gcgggaggat tgagcagttc 360 ttcgggccag ggacacggct caccgtgcta 390 <210> 508 <211> 390 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polynucleotide <400> 508 atgttattac tgctgctgct gctgggacca ggctccggac tgggagcagt ggtgtctcag 60 cacccaagca gagtgatctg caagtctggc accagcgtga agatcgagtg taggtccctg 120 gacttccagg ccaccacaat gttctggtac cgccagtttc caaagcagtc tctgatgctg 180 atggccacat ccaacgaggg ctctaaggcc acctatgagc agggcgtgga gaaggacaag 240 ttcctgatca atcacgccag cctgaccctg tccaccctga cagtgaccag cgcccaccca 300 gaggatagct ccttttacat ctgctccgcc cagggctcta gcggccggat cgagcagttc 360 tttggccctg gcacacggct gaccgtgctg 390 <210> 509 <211> 130 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 509 Met Leu Leu Leu Leu Leu Leu Leu Gly Pro Gly Ser Gly Leu Gly Ala 1 5 10 15 Val Val Ser Gln His Pro Ser Arg Val Ile Cys Lys Ser Gly Thr Ser 20 25 30 Val Lys Ile Glu Cys Arg Ser Leu Asp Phe Gln Ala Thr Thr Met Phe 35 40 45 Trp Tyr Arg Gln Phe Pro Lys Gln Ser Leu Met Leu Met Ala Thr Ser 50 55 60 Asn Glu Gly Ser Lys Ala Thr Tyr Glu Gln Gly Val Glu Lys Asp Lys 65 70 75 80 Phe Leu Ile Asn His Ala Ser Leu Thr Leu Ser Thr Leu Thr Val Thr 85 90 95 Ser Ala His Pro Glu Asp Ser Ser Phe Tyr Ile Cys Ser Ala Gln Gly 100 105 110 Ser Ser Gly Arg Ile Glu Gln Phe Phe Gly Pro Gly Thr Arg Leu Thr 115 120 125 Val Leu 130 <210> 510 <211> 270 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 510 Met Leu Thr Ala Ser Leu Leu Arg Ala Val Ile Ala Ser Ile Cys Val 1 5 10 15 Val Ser Ser Met Ala Gln Lys Val Thr Gln Ala Gln Thr Glu Ile Ser 20 25 30 Val Val Glu Lys Glu Asp Val Thr Leu Asp Cys Val Tyr Glu Thr Arg 35 40 45 Asp Thr Thr Tyr Tyr Leu Phe Trp 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Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 514 Met Gln Leu Met Pro Phe Gly Cys Leu Leu 1 5 10 <210> 515 <211> 5 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 515 Asp Ser Val Asn Asn 1 5 <210> 516 <211> 5 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 516 Ile Pro Ser Gly Thr 1 5 <210> 517 <211> 10 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 517 Ala Val Met Asp Ser Ser Tyr Lys Leu Ile 1 5 10 <210> 518 <211> 6 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 518 Asp Phe Gln Ala Thr Thr 1 5 <210> 519 <211> 7 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 519 Ser Asn Glu Gly Ser Lys Ala 1 5 <210> 520 <211> 11 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 520 Ser Ala Leu Pro Gly Phe Ser Tyr Glu Gln Tyr 1 5 10 <210> 521 <211> 384 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polynucleotide <400> 521 atgaagagga tattgggagc tctgctgggg ctcttgagtg cccaggtttg ctgtgtgaga 60 ggaatacaag tggagcagag tcctccagac ctgattctcc aggagggagc caattccacg 120 ctgcggtgca atttttctga ctctgtgaac aatttgcagt ggtttcatca aaacccttgg 180 ggacagctca tcaacctgtt ttacattccc tcagggacaa aacagaatgg aagattaagc 240 gccacgactg tcgctacgga acgctacagc ttattgtaca tttcctcttc ccagaccaca 300 gactcaggcg tttatttctg tgctgtgatg gatagcagct ataaattgat cttcgggagt 360 gggaccagac tgctggtcag gcct 384 <210> 522 <211> 384 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polynucleotide <400> 522 atgaagagaa tcctgggcgc cctgctggga ctgctgtccg cccaggtgtg ctgcgtgcgg 60 ggcatccagg tggagcagag cccaccagac ctgatcctgc aggagggagc caactccacc 120 ctgagatgca 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Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 527 Met Lys Arg Ile Leu Gly Ala Leu Leu Gly Leu Leu Ser Ala Gln Val 1 5 10 15 Cys Cys Val Arg Gly Ile Gln Val Glu Gln Ser Pro Pro Asp Leu Ile 20 25 30 Leu Gln Glu Gly Ala Asn Ser Thr Leu Arg Cys Asn Phe Ser Asp Ser 35 40 45 Val Asn Asn Leu Gln Trp Phe His Gln Asn Pro Trp Gly Gln Leu Ile 50 55 60 Asn Leu Phe Tyr Ile Pro Ser Gly Thr Lys Gln Asn Gly Arg Leu Ser 65 70 75 80 Ala Thr Thr Val Ala Thr Glu Arg Tyr Ser Leu Leu Tyr Ile Ser Ser 85 90 95 Ser Gln Thr Thr Asp Ser Gly Val Tyr Phe Cys Ala Val Met Asp Ser 100 105 110 Ser Tyr Lys Leu Ile Phe Gly Ser Gly Thr Arg Leu Leu Val Arg Pro 115 120 125 Asp Ile Gln Asn Pro Glu Pro Ala Val Tyr Gln Leu Lys Asp Pro Arg 130 135 140 Ser Gln Asp Ser Thr Leu Cys Leu Phe Thr Asp Phe Asp Ser Gln Ile 145 150 155 160 Asn Val Pro Lys Thr Met Glu Ser Gly Thr Phe Ile Thr Asp Lys Thr 165 170 175 Val Leu Asp Met Lys Ala Met Asp Ser Lys Ser Asn Gly Ala Ile Ala 180 185 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Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 529 Gln Leu Ile Met Gln Leu Met Pro Phe 1 5 <210> 530 <211> 10 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 530 Leu Ile Met Gln Leu Met Pro Phe Gly Cys 1 5 10 <210> 531 <211> 10 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 531 Met Gln Leu Met Pro Phe Gly Cys Leu Leu 1 5 10 <210> 532 <211> 6 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 532 Asn Ser Met Phe Asp Tyr 1 5 <210> 533 <211> 7 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 533 Ile Ser Ser Ile Lys Asp Lys 1 5 <210> 534 <211> 13 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 534 Ala Ala Asn Ala Gly Gly Thr Ser Tyr Gly Lys Leu Thr 1 5 10 <210> 535 <211> 5 <212> PRT 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Sequence: Synthetic polynucleotide <400> 540 atggatacct ggctcgtatg ctgggcaatt tttagtctct tgaaagcagg actcacagaa 60 cctgaagtca cccagactcc cagccatcag gtcacacaga tgggacagga agtgatcttg 120 cgctgtgtcc ccatctctaa tcacttatac ttctattggt acagacaaat cttggggcag 180 aaagtcgagt ttctggtttc cttttataat aatgaaatct cagagaagtc tgaaatattc 240 gatgatcaat tctcagttga aaggcctgat ggatcaaatt tcactctgaa gatccggtcc 300 acaaagctgg aggactcagc catgtacttc tgtgccagca gtgaatgggg aagcaccggg 360 gagctgtttt ttggagaagg ctctaggctg accgtactgg 400 <210> 541 <211> 133 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 541 Met Asp Thr Trp Leu Val Cys Trp Ala Ile Phe Ser Leu Leu Lys Ala 1 5 10 15 Gly Leu Thr Glu Pro Glu Val Thr Gln Thr Pro Ser His Gln Val Thr 20 25 30 Gln Met Gly Gln Glu Val Ile Leu Arg Cys Val Pro Ile Ser Asn His 35 40 45 Leu Tyr Phe Tyr Trp Tyr Arg Gln Ile Leu Gly Gln Lys Val Glu Phe 50 55 60 Leu Val Ser Phe Tyr Asn Asn Glu Ile Ser Glu Lys Ser Glu Ile 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10

Claims (67)

  1. T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 재조합 핵산으로서, 서열번호 52로 기재된 아미노산 서열을 가진 상보성 결정 영역 3(CDR3)을 포함하는 TCR 베타 쇄 구축물을 포함하는 T 세포 수용체(TCR)를 코딩하는 재조합 핵산.
  2. 제1항에 있어서, TCR 베타 쇄 구축물이 상보성 결정 영역 1(CDR1) 및 상보성 결정 영역 2(CDR2)를 추가로 포함하고, CDR1이 서열번호 50으로 기재된 아미노산 서열을 갖고, CDR2가 서열번호 51로 기재된 아미노산 서열을 가진 것인 재조합 핵산.
  3. 제1항 또는 제2항에 있어서, TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 58로 기재된 아미노산 서열에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하는 것인 재조합 핵산.
  4. 제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서, TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 58로 기재된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하는 것인 재조합 핵산.
  5. 제1항 내지 제4항 중 어느 한 항에 있어서, TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 58로 기재된 아미노산 서열에 대한 적어도 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하는 것인 재조합 핵산.
  6. 제1항 내지 제5항 중 어느 한 항에 있어서, TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 58로 기재된 아미노산 서열을 가진 가변 영역을 포함하는 것인 재조합 핵산.
  7. 제1항 내지 제6항 중 어느 한 항에 있어서, CDR1, CDR2 및 CDR3을 가진 TCR 알파 쇄 구축물을 추가로 포함하고, 여기서
    CDR1이 서열번호 47로 기재된 아미노산 서열을 갖고,
    CDR2가 서열번호 48로 기재된 아미노산 서열을 갖고,
    CDR이 서열번호 49로 기재된 아미노산 서열을 가진 것인 재조합 핵산.
  8. 제1항 내지 제7항 중 어느 한 항에 있어서,
    (a) 서열번호 56 또는 57에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 서열로서, 적어도 서열번호 52를 코딩하는 서열을 포함하는 서열; 및
    (b) 서열번호 53 또는 54에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 서열로서, 적어도 서열번호 49를 코딩하는 서열을 포함하는 서열
    을 포함하는 재조합 핵산.
  9. 제1항 내지 제8항 중 어느 한 항에 있어서, TCR 알파 쇄 구축물이 서열번호 55로 기재된 아미노산 서열에 대한 적어도 80% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하는 것인 재조합 핵산.
  10. 제1항 내지 제9항 중 어느 한 항에 있어서, TCR 알파 쇄 구축물이 서열번호 55로 기재된 아미노산 서열에 대한 적어도 90% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하는 것인 재조합 핵산.
  11. 제1항 내지 제10항 중 어느 한 항에 있어서, TCR 알파 쇄 구축물이 서열번호 55로 기재된 아미노산 서열에 대한 적어도 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하는 것인 재조합 핵산.
  12. 제1항 내지 제11항 중 어느 한 항에 있어서, TCR 알파 쇄 구축물이 서열번호 55로 기재된 아미노산 서열을 가진 가변 영역을 포함하는 것인 재조합 핵산.
  13. 제1항에 있어서, TCR이
    (a) 서열번호 60으로 기재된 아미노산 서열, 또는 서열번호 60과 적어도 80% 동일한 아미노산 서열을 가진 베타 쇄; 및
    (b) 서열번호 59로 기재된 아미노산 서열, 또는 서열번호 59와 적어도 80% 동일한 아미노산 서열을 가진 알파 쇄
    를 포함하는 것인 재조합 핵산.
  14. 제1항 내지 제13항 중 어느 한 항에 있어서, TCR이 돌연변이 G12V를 포함하는, 인간 RAS로부터의 에피토프에 결합하는 것인 재조합 핵산.
  15. TCR 베타 쇄 구축물 및 TCR 알파 쇄 구축물을 포함하는 TCR을 코딩하는 재조합 핵산으로서, TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 537 및 563으로부터 선택된 아미노산 서열을 가진 상보성 결정 영역 3(CDR3)을 포함하는 것인 재조합 핵산.
  16. 제15항에 있어서, 서열번호 537의 아미노산 서열을 가진 CDR3을 포함하는 TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 541로 기재된 아미노산 서열에 대한 적어도 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하는 것인 재조합 핵산.
  17. 제16항에 있어서, TCR 알파 쇄 구축물이 서열번호 539 또는 서열번호 552로 기재된 아미노산 서열에 대한 적어도 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하는 것인 재조합 핵산.
  18. 제15항에 있어서, 서열번호 563의 아미노산 서열을 가진 CDR3을 포함하는 TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 567로 기재된 아미노산 서열에 대한 적어도 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하는 것인 재조합 핵산.
  19. 제18항에 있어서, TCR 알파 쇄 구축물을 포함하는 TCR이 서열번호 565로 기재된 아미노산 서열에 대한 적어도 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하는 것인 재조합 핵산.
  20. 제1항 내지 제19항 중 어느 한 항의 재조합 핵산을 포함하는 벡터.
  21. 제1항 내지 제19항 중 어느 한 항의 재조합 핵산 또는 제20항의 벡터를 포함하는 세포.
  22. (a) TCR 베타 쇄 구축물, 및
    (b) TCR 알파 쇄 구축물
    을 포함하는 TCR 구축물을 코딩하는 재조합 핵산으로서, TCR이 점 돌연변이 G12V 또는 G12C를 포함하는, 인간 RAS로부터의 에피토프를 인식하고 이에 결합하고, 상기 에피토프가 인간 MHC-단백질 복합체에 존재하고, 상기 인간 MHC-단백질이 HLA A03:01 대립유전자에 의해 코딩된 HLA 항원인 재조합 핵산.
  23. 제22항에 있어서, TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 68로 기재된 아미노산 서열을 가진 CDR3을 포함하는 것인 재조합 핵산.
  24. 제22항에 있어서, TCR 베타 쇄 구축물이 상보성 결정 영역 1(CDR1) 및 상보성 결정 영역 2(CDR2)를 추가로 포함하고, CDR1이 서열번호 66으로 기재된 아미노산 서열을 갖고, CDR2가 서열번호 67로 기재된 아미노산 서열을 가진 것인 재조합 핵산.
  25. 제23항 또는 제24항에 있어서, CDR1, CDR2 및 CDR3을 가진 TCR 알파 쇄 구축물을 추가로 포함하고, 여기서
    CDR1이 서열번호 63으로 기재된 아미노산 서열을 갖고,
    CDR2가 서열번호 64로 기재된 아미노산 서열을 갖고,
    CDR이 서열번호 65로 기재된 아미노산 서열을 가진 것인 재조합 핵산.
  26. 제23항 내지 제25항 중 어느 한 항에 있어서, TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 74로 기재된 아미노산 서열에 대한 적어도 80%, 또는 적어도 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하는 것인 재조합 핵산.
  27. 제23항 내지 제26항 중 어느 한 항에 있어서, TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 74로 기재된 아미노산 서열을 가진 가변 영역을 포함하는 것인 재조합 핵산.
  28. 제23항 내지 제27항 중 어느 한 항에 있어서, TCR 알파 쇄 구축물이 서열번호 71로 기재된 아미노산 서열에 대한 적어도 80%, 또는 적어도 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하는 것인 재조합 핵산.
  29. 제23항 내지 제28항 중 어느 한 항에 있어서, TCR 알파 쇄 구축물이 서열번호 71로 기재된 아미노산 서열을 가진 가변 영역을 포함하는 것인 재조합 핵산.
  30. 제23항 내지 제29항 중 어느 한 항의 재조합 핵산을 포함하는 벡터.
  31. 제23항 내지 제29항 중 어느 한 항의 재조합 핵산 또는 제30항의 벡터를 포함하는 세포.
  32. 제22항에 있어서, TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 84로 기재된 아미노산 서열을 가진 CDR3을 포함하는 것인 재조합 핵산.
  33. 제32항에 있어서, TCR 베타 쇄 구축물이 상보성 결정 영역 1(CDR1) 및 상보성 결정 영역 2(CDR2)를 추가로 포함하고, CDR1이 서열번호 82로 기재된 아미노산 서열을 갖고, CDR2가 서열번호 83으로 기재된 아미노산 서열을 가진 것인 재조합 핵산.
  34. 제32항 또는 제33항에 있어서, CDR1, CDR2 및 CDR3을 가진 TCR 알파 쇄 구축물을 추가로 포함하고, 여기서
    CDR1이 서열번호 79로 기재된 아미노산 서열을 갖고,
    CDR2가 서열번호 80으로 기재된 아미노산 서열을 갖고,
    CDR3이 서열번호 81로 기재된 아미노산 서열을 가진 것인 재조합 핵산.
  35. 제32항 내지 제34항 중 어느 한 항에 있어서, TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 90으로 기재된 아미노산 서열에 대한 적어도 80%, 또는 적어도 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하는 것인 재조합 핵산.
  36. 제32항 내지 제35항 중 어느 한 항에 있어서, TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 90으로 기재된 아미노산 서열을 가진 가변 영역을 포함하는 것인 재조합 핵산.
  37. 제32항 내지 제36항 중 어느 한 항에 있어서, TCR 알파 쇄 구축물이 서열번호 87로 기재된 아미노산 서열에 대한 적어도 80%, 또는 적어도 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하는 것인 재조합 핵산.
  38. 제32항 내지 제37항 중 어느 한 항에 있어서, TCR 알파 쇄 구축물이 서열번호 87로 기재된 아미노산 서열을 가진 가변 영역을 포함하는 것인 재조합 핵산.
  39. 제32항 내지 제38항 중 어느 한 항의 재조합 핵산을 포함하는 벡터.
  40. 제32항 내지 제38항 중 어느 한 항의 재조합 핵산 또는 제39항의 벡터를 포함하는 세포.
  41. 제22항에 있어서, TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 388로 기재된 아미노산 서열을 가진 CDR3을 포함하는 것인 재조합 핵산.
  42. 제41항에 있어서, TCR 베타 쇄 구축물이 상보성 결정 영역 1(CDR1) 및 상보성 결정 영역 2(CDR2)를 추가로 포함하고, CDR1이 서열번호 386으로 기재된 아미노산 서열을 갖고, CDR2가 서열번호 387로 기재된 아미노산 서열을 가진 것인 재조합 핵산.
  43. 제41항 또는 제42항에 있어서, CDR1, CDR2 및 CDR3을 가진 TCR 알파 쇄 구축물을 추가로 포함하고, 여기서
    CDR1이 서열번호 383으로 기재된 아미노산 서열을 갖고,
    CDR2가 서열번호 384로 기재된 아미노산 서열을 갖고,
    CDR이 서열번호 385로 기재된 아미노산 서열을 가진 것인 재조합 핵산.
  44. 제41항 내지 제43항 중 어느 한 항에 있어서, TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 394로 기재된 아미노산 서열에 대한 적어도 80%, 또는 적어도 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하는 것인 재조합 핵산.
  45. 제41항 내지 제44항 중 어느 한 항에 있어서, TCR 베타 쇄 구축물이 서열번호 394로 기재된 아미노산 서열을 가진 가변 영역을 포함하는 것인 재조합 핵산.
  46. 제32항 내지 제36항 중 어느 한 항에 있어서, TCR 알파 쇄 구축물이 서열번호 391로 기재된 아미노산 서열에 대한 적어도 80%, 또는 적어도 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 서열 동일성을 가진 가변 영역을 포함하는 것인 재조합 핵산.
  47. 제32항 내지 제37항 중 어느 한 항에 있어서, TCR 알파 쇄 구축물이 서열번호 391로 기재된 아미노산 서열을 가진 가변 영역을 포함하는 것인 재조합 핵산.
  48. 제41항 내지 제47항 중 어느 한 항의 재조합 핵산을 포함하는 재조합 벡터.
  49. 제41항 내지 제47항 중 어느 한 항의 재조합 핵산 또는 제48항의 벡터를 포함하는 세포.
  50. 제1항 내지 제49항 중 어느 한 항에 있어서, 에피토프가 8개 내지 25개 아미노산의 길이를 가진 것인 핵산.
  51. 제1항 내지 제50항 중 어느 한 항에 있어서, 에피토프가 적어도 하나의 아미노산에 의해 야생형 에피토프와 상이한 돌연변이를 포함하는 것인 핵산.
  52. 제1항 내지 제51항 중 어느 한 항에 있어서, 에피토프가 상응하는 야생형 에피토프보다 더 큰 친화성으로 인간 MHC에 결합하는 것인 핵산.
  53. 제1항 내지 제52항 중 어느 한 항에 있어서, 에피토프가 500 nM, 250 nM, 150 nM, 100 nM, 50 nM, 25 nM 또는 10 nM 미만의 KD 또는 IC50으로 인간 MHC에 결합하는 것인 핵산.
  54. 제1항 내지 제53항 중 어느 한 항에 있어서, 돌연변이가 대상체의 비-암 세포에 존재하지 않는 것인 핵산.
  55. 제1항 내지 제54항 중 어느 한 항에 있어서, TCR이 500 nM, 250 nM, 150 nM, 100 nM, 50 nM, 25 nM 또는 10 nM 미만의 KD 또는 IC50으로 MHC-펩타이드 복합체에 결합하는 것인 핵산.
  56. 제1항 내지 제55항 중 어느 한 항에 있어서, 프로모터에 작동 가능하게 연결된 핵산.
  57. 제21항, 제31항, 제40항 및 제49항 중 어느 한 항에 있어서, CD4+ T 세포인 세포.
  58. 제21항, 제31항, 제40항 및 제49항 중 어느 한 항에 있어서, CD8+ T 세포인 세포.
  59. 제21항, 제31항, 제40항 및 제49항 중 어느 한 항에 있어서, RAS 돌연변이를 가진 대상체로부터 단리된 세포.
  60. (a) 제1항 내지 제56항 중 어느 한 항의 핵산; 또는
    제15항, 제25항, 제34항 및 제43항 중 어느 한 항의 벡터; 또는
    제16항, 제26항, 제35항 및 제44항 중 어느 한 항의 세포; 및
    (b) 약학적으로 허용 가능한 부형제 또는 희석제
    를 포함하는 약학 조성물.
  61. 제55항에 있어서, 면역조절제 또는 아쥬번트를 추가로 포함하는 약학 조성물.
  62. 제56항에 있어서, 아쥬번트가 폴리 I:C인 약학 조성물.
  63. 제60항 내지 제62항 중 어느 한 항에 있어서, 면역 질환 또는 암을 치료하는 데 사용되는 약학 조성물.
  64. 면역 질환 또는 암을 치료하기 위한 제60항 내지 제62항 중 어느 한 항의 약학 조성물의 용도.
  65. 질환 또는 질병을 가진 대상체를 치료하는 방법으로서, 제60항 내지 제63항 중 어느 한 항의 약학 조성물을 상기 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는 방법.
  66. 암을 가진 대상체를 치료하는 방법으로서, 제60항 내지 제63항 중 어느 한 항의 약학 조성물을 상기 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는 방법.
  67. 치료제를 위한 후보로서 암을 가진 대상체를 확인하는 방법으로서, 상기 대상체를, HLA-A03:01 대립유전자 또는 HLA-A11:01 대립유전자에 의해 코딩된 단백질을 발현하는 대상체로서 확인하는 단계를 포함하고, 상기 치료제가 제60항 내지 제63항 중 어느 한 항으로부터 선택된 약학 조성물인 방법.
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