JP2024060024A - Ｔ細胞受容体構築物およびその使用 - Google Patents

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Abstract

【課題】 Ｔ細胞受容体構築物およびその使用の提供。【解決手段】本開示は、ペプチド－ＭＨＣ複合体に対するＴ細胞受容体（ＴＣＲ）、ペプチド－ＭＨＣ複合体に対するＴＣＲをコードする単離された核酸分子、ペプチド－ＭＨＣ複合体に対するＴＣＲを発現するＴ細胞、および疾患の処置における使用のための医薬組成物を提供する。本出願は、ペプチド－ＭＨＣ複合体に対するＴＣＲおよびＴＣＲを含む有効な治療の開発に基づく。ペプチド－ＭＨＣ複合体に対するＴＣＲをコードする単離された核酸分子、ペプチド－ＭＨＣ複合体に対するＴＣＲを発現するＴ細胞、および疾患の処置における使用のための医薬組成物が、本明細書において提供される。【選択図】なし

Description

相互参照
本出願は、２０１８年８月１６日に出願された米国仮出願第６２／７６４，８１７号および２０１９年２月２５日に出願された米国仮出願第６２／８１０，１１２号の利益を主張し、これらのいずれも、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
配列表
［０００１．１］
本出願は、ＡＳＣＩＩ形式で電子的に提出された配列表を含有し、その全体が参照により本明細書に援用される。２０１９年９月６日に作成された前記ＡＳＣＩＩコピーは、５０４０１－７２６．６０１ ＳＬ．ｔｘｔの名前であり、サイズは４１９３１１バイトである。
Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）は、免疫グロブリンスーパーファミリーのメンバーであり、通常、２つのサブユニット、すなわち、αサブユニットおよびβサブユニットからなる。これらは、１つのＮ末端免疫グロブリン（Ｉｇ）可変（Ｖ）ドメイン、１つのＩｇ定常（Ｃ）ドメイン、膜貫通／細胞膜貫通領域、およびＣ末端の短い細胞質尾部を有する。ＴＣＲ α鎖およびβ鎖のいずれの可変ドメインも、３つの超可変領域または相補性決定領域（ＣＤＲ）を有するが、β鎖の可変領域は、通常は、抗原と接触しないためＣＤＲとは考えられていない、追加の超可変の領域（ＨＶ４）を有する。
ＣＤＲ３が、プロセシングされた抗原の認識を担う主要なＣＤＲであるが、アルファ鎖のＣＤＲ１もまた、抗原性ペプチドのＮ末端部分と相互作用することが示されており、一方で、β鎖のＣＤＲ１は、ペプチドのＣ末端部分と相互作用する。ＣＤＲ２は、ＭＨＣを認識すると考えられている。ＴＣＲドメインの定常ドメインは、システイン残基がジスルフィド結合を形成する短い接続配列からなり、これにより、２つの鎖間の連結が形成される。ＴＣＲの特定の抗原に対する親和性により、それらは、いくつかの治療アプローチにとって価値があるものとなっている。たとえば、がん患者、たとえば、黒色腫患者は、ＴＣＲがそれらの抗原に対して非常に感受性であり、免疫応答をそれらの同種抗原を発現する腫瘍細胞へと指向させることができるため、獲得免疫療法を使用することによって、効果的に処置することができる。したがって、新規かつ有効な治療の開発のためにペプチド－ＭＨＣ複合体に対するＴＣＲが必要とされている。
本出願は、ペプチド－ＭＨＣ複合体に対するＴＣＲおよびＴＣＲを含む有効な治療の開発に基づく。ペプチド－ＭＨＣ複合体に対するＴＣＲをコードする単離された核酸分子、ペプチド－ＭＨＣ複合体に対するＴＣＲを発現するＴ細胞、および疾患の処置における使用のための医薬組成物が、本明細書において提供される。
配列番号５２に記載されるアミノ酸配列を有する相補性決定領域３（ＣＤＲ３）を含むＴ細胞受容体（ＴＣＲ）ベータ鎖構築物を含むＴＣＲをコードする組換え核酸が、本明細書において提供される。一部の実施形態では、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）構築物は、相補性決定領域１（ＣＤＲ１）および相補性決定領域２（ＣＤＲ２）をさらに含み、ここで、ＣＤＲ１は、配列番号５０に記載されるアミノ酸配列を有し、ＣＤＲ２は、配列番号５１に記載されるアミノ酸配列を有する。一部の実施形態では、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号５８に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号５８に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号５８に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号５８に記載されるアミノ酸配列を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、先行する実施形態のうちのいずれか１つに記載のＴ細胞受容体（ＴＣＲ）をコードする組換え核酸は、ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を有するＴＣＲアルファ鎖構築物をさらに含み、ここで、ＣＤＲ１は、配列番号４７に記載されるアミノ酸配列を有し、ＣＤＲ２は、配列番号４８に記載されるアミノ酸配列を有し、ＣＤＲは、配列番号４９に記載されるアミノ酸配列を有する。一部の実施形態では、先行する実施形態のうちのいずれか１つに記載の組換え核酸は、（ａ）配列番号５６または５７と少なくとも８０％の配列同一性を有し、少なくとも配列番号５２をコードする配列をさらに含む、配列、および（ｂ）配列番号５３または５４と少なくとも８０％の配列同一性を有し、少なくとも配列番号４９をコードする配列をさらに含む、配列を含む。一部の実施形態では、先行する実施形態のうちのいずれか１つに記載のＴ細胞受容体（ＴＣＲ）をコードする組換え核酸は、配列番号５５に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む、ＴＣＲアルファ鎖構築物を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号５５に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号５５に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号５５に記載されるアミノ酸配列を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、上述のＴＣＲをコードする組換え核酸は、（ａ）配列番号６０に記載されるアミノ酸配列または配列番号６０に対して少なくとも８０％同一であるアミノ酸配列を有する、ベータ鎖、および（ｂ）配列番号５９に記載されるアミノ酸配列または配列番号５９に対して少なくとも８０％同一であるアミノ酸配列を有する、アルファ鎖を含む。一部の実施形態では、先行する実施形態のうちのいずれか１つに記載のＴＣＲをコードする組換え核酸は、突然変異Ｇ１２Ｖを含むヒトＲＡＳ由来のエピトープに結合する。
ＴＣＲベータ鎖構築物およびＴＣＲアルファ鎖構築物を含むＴＣＲをコードする組換え核酸であって、ＴＣＲベータ鎖構築物が配列番号５３７および５６３から選択されるアミノ酸配列を有する相補性決定領域３（ＣＤＲ３）を含む、組換え核酸が、本明細書において提供される。一部の実施形態では、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号５３７のアミノ酸配列を有するＣＤＲ３を含む。一部の実施形態では、配列番号５３７のアミノ酸配列を有するＣＤＲ３を含むＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号５４１に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号５４１に記載されるアミノ酸配列同一性を有する。一部の実施形態では、配列番号５３７のアミノ酸配列を有するＴＣＲベータ鎖ＣＤＲ３を含むＴＣＲは、配列番号５３９または配列番号５５２に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有する可変領域を含むＴＣＲアルファ鎖構築物をさらに含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号５３９に記載されるアミノ酸配列同一性を有する。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号５５２に記載されるアミノ酸配列同一性を有する。一部の実施形態では、上述の組換え核酸は、配列番号５４３に記載されるアミノ酸配列または配列番号５４３に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列を有するベータ鎖、および配列番号５４２に記載されるアミノ酸配列または配列番号５４２に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列を有するアルファ鎖を含むＴＣＲをコードする。一部の実施形態では、上述の組換え核酸は、配列番号５４３に記載されるアミノ酸配列または配列番号５４３に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列を有するベータ鎖、および配列番号５５５記載されるアミノ酸配列または配列番号５５５に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列を有するアルファ鎖を含むＴＣＲをコードする。一部の実施形態では、上述の組換え核酸は、配列番号５４１に記載されるアミノ酸配列または配列番号５４１に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列を有するベータ鎖可変ドメイン、および配列番号５３９に記載されるアミノ酸配列または配列番号５３９に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列を有するアルファ鎖可変ドメインを含むＴＣＲをコードする。一部の実施形態では、上述の組換え核酸は、配列番号５４１に記載されるアミノ酸配列または配列番号５４１に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列を有するベータ鎖可変ドメイン、および配列番号５５２に記載されるアミノ酸配列または配列番号５５２に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列を有するアルファ鎖可変ドメインを含むＴＣＲをコードする。
一部の実施形態では、ＴＣＲベータ鎖構築物およびＴＣＲアルファ鎖構築物を含むＴＣＲをコードする組換え核酸、ＴＣＲベータ鎖構築物ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号５６３のアミノ酸配列を有するＣＤＲ３を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号５６７に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号５６５に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、上述の組換え核酸は、配列番号５６９に記載されるアミノ酸配列または配列番号５６９に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列を有するベータ鎖、および配列番号５６８に記載されるアミノ酸配列または配列番号５６８に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列を有するアルファ鎖可変ドメインを含むＴＣＲをコードする。上述の実施形態のうちのいずれか１つに記載の組換え核酸を含むベクターが、本明細書において開示される。上述の実施形態のうちのいずれか１つに記載の組換え核酸または上述のベクターを含む細胞もまた、本明細書において開示される。
（ａ）ＴＣＲベータ鎖構築物および（ｂ）ＴＣＲアルファ鎖構築物を含むＴＣＲ構築物をコードする組換え核酸であって、ＴＣＲが、点突然変異Ｇ１２ＶまたはＧ１２Ｃを含むヒトＲＡＳ由来のエピトープを認識しそれに結合し、エピトープが、ヒトＭＨＣ－タンパク質複合体であり、ヒトＭＨＣ－タンパク質が、ＨＬＡ Ａ０３：０１対立遺伝子によってコードされるＨＬＡ抗原である、ＴＣＲ構築物をコードする組換え核酸が、本明細書において提供される。一部の実施形態では、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号６８に記載されるアミノ酸配列を有するＣＤＲ３を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲベータ鎖構築物は、相補性決定領域１（ＣＤＲ１）および相補性決定領域２（ＣＤＲ２）をさらに含み、ここで、ＣＤＲ１は、配列番号６６に記載されるアミノ酸配列を有し、ＣＤＲ２は、配列番号６７に記載されるアミノ酸配列を有する。一部の実施形態では、この段落に記載されるＴ細胞受容体（ＴＣＲ）をコードする組換え核酸は、ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を有するＴＣＲアルファ鎖構築物をさらに含み、ここで、ＣＤＲ１は、配列番号６３に記載されるアミノ酸配列を有し、ＣＤＲ２は、配列番号６４に記載されるアミノ酸配列を有し、ＣＤＲは、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を有する。一部の実施形態では、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号７４に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、または少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号７４に記載されるアミノ酸配列を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）は、ＴＣＲアルファ鎖構築物を含み、ここで、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号７１に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、または少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号７１に記載されるアミノ酸配列を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲは、配列番号７６に記載されるアミノ酸配列または配列番号７６に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列を有するベータ鎖構築物、および配列番号７５に記載されるアミノ酸配列または配列番号７５に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列を有するアルファ鎖構築物を含む。この段落に記載される実施形態のうちのいずれか１つに記載の組
換え核酸を含むベクターが、本明細書において提供される。この段落に記載される実施形態のうちのいずれか１つに記載の組換え核酸またはこの段落に記載されるベクターのうちのいずれか１つを含む、細胞もまた、本明細書において提供される。
一部の実施形態では、ＨＬＡ Ａ０３：０１対立遺伝子によってコードされるＨＬＡ抗原との複合体にある点突然変異Ｇ１２Ｖを含むヒトＲＡＳ由来のエピトープを認識しそれに結合するＴＣＲは、配列番号８４に記載されるアミノ酸配列を有するＣＤＲ３を含むＴＣＲベータ鎖構築物を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲベータ鎖構築物は、相補性決定領域１（ＣＤＲ１）および相補性決定領域２（ＣＤＲ２）をさらに含み、ここで、ＣＤＲ１は、配列番号８２に記載されるアミノ酸配列を有し、ＣＤＲ２は、配列番号８３に記載されるアミノ酸配列を有する。一部の実施形態では、ＴＣＲは、ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を有するＴＣＲアルファ構築物をさらに含み、ここで、ＣＤＲ１は、配列番号７９に記載されるアミノ酸配列を有し、ＣＤＲ２は、配列番号８０に記載されるアミノ酸配列を有し、ＣＤＲ３は、配列番号８１に記載されるアミノ酸配列を有する。一部の実施形態では、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号９０に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、または少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号９０に記載されるアミノ酸配列を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、上述のＴＣＲは、配列番号８７に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、または少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％の配列同一性を有する可変領域を含むＴＣＲアルファ鎖構築物をさらに含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号７１に記載されるアミノ酸配列を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲは、配列番号９２のアミノ酸配列または配列番号９２に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列を有するベータ鎖構築物、および配列番号９１のアミノ酸配列または配列番号９１に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列を有するアルファ鎖構築物を含む。この段落に記載される実施形態のうちのいずれか１つに記載の組換え核酸を含むベクター、および本明細書に記載される実施形態のうちのいずれか１つに記載の組換え核酸のうちのいずれか１つを含む細胞が、本明細書において提供される。
一部の実施形態では、先行する段落に記載される実施形態の組換え核酸、ＨＬＡ Ａ０３：０１対立遺伝子によってコードされるＨＬＡ抗原との複合体にある点突然変異Ｇ１２ＶまたはＧ１２Ｃを含むヒトＲＡＳ由来のエピトープを認識しそれに結合するＴＣＲは、配列番号３８８に記載されるアミノ酸配列を有するＣＤＲ３を含むＴＣＲベータ鎖構築物を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲベータ鎖構築物は、相補性決定領域１（ＣＤＲ１）および相補性決定領域２（ＣＤＲ２）をさらに含み、ここで、ＣＤＲ１は、配列番号３８６に記載されるアミノ酸配列を有し、ＣＤＲ２は、配列番号３８７に記載されるアミノ酸配列を有する。一部の実施形態では、ＴＣＲは、ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を有するＴＣＲアルファ構築物をさらに含み、ここで、ＣＤＲ１は、配列番号３８３に記載されるアミノ酸配列を有し、ＣＤＲ２は、配列番号３８４に記載されるアミノ酸配列を有し、ＣＤＲ３は、配列番号３８５に記載されるアミノ酸配列を有する。一部の実施形態では、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号３９４に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、または少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号３９４に記載されるアミノ酸配列を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、上述のＴＣＲは、配列番号３９１に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、または少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％の配列同一性を有する可変領域を含むＴＣＲアルファ鎖構築物をさらに含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号３９１に記載されるアミノ酸配列を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲは、配列番号３９６のアミノ酸配列または配列
番号３９６に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列を有するベータ鎖構築物、および配列番号３９５のアミノ酸配列または配列番号３９５に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列を有するアルファ鎖構築物を含む。この段落に記載される実施形態のうちのいずれか１つに記載の組換え核酸を含むベクター、および本明細書に記載される実施形態のうちのいずれか１つに記載の組換え核酸のうちのいずれか１つを含む細胞が、本明細書において提供される。
一部の実施形態では、先行する段落に記載される実施形態の組換え核酸、ＨＬＡ Ａ０３：０１対立遺伝子によってコードされるＨＬＡ抗原との複合体にある点突然変異Ｇ１２Ｃを含むヒトＲＡＳ由来のエピトープを認識しそれに結合するＴＣＲは、配列番号１００に記載されるアミノ酸配列を有するＣＤＲ３を含むＴＣＲベータ鎖構築物を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲベータ鎖構築物は、相補性決定領域１（ＣＤＲ１）および相補性決定領域２（ＣＤＲ２）をさらに含み、ここで、ＣＤＲ１は、配列番号９８に記載されるアミノ酸配列を有し、ＣＤＲ２は、配列番号９９に記載されるアミノ酸配列を有する。一部の実施形態では、ＴＣＲは、ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を有するＴＣＲアルファ構築物をさらに含み、ここで、ＣＤＲ１は、配列番号９５に記載されるアミノ酸配列を有し、ＣＤＲ２は、配列番号９６に記載されるアミノ酸配列を有し、ＣＤＲ３は、配列番号９７に記載されるアミノ酸配列を有する。一部の実施形態では、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号１０６に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、または少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号１０６に記載されるアミノ酸配列を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、上述のＴＣＲは、配列番号１０３に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、または少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％の配列同一性を有する可変領域を含むＴＣＲアルファ鎖構築物をさらに含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号１０３に記載されるアミノ酸配列を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲは、配列番号１０８のアミノ酸配列または配列番号１０８に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列を有するベータ鎖構築物、および配列番号１０７のアミノ酸配列または配列番号１０７に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列を有するアルファ鎖構築物を含む。この段落に記載される実施形態のうちのいずれか１つに記載の組換え核酸を含むベクター、および本明細書に記載される実施形態のうちのいずれか１つに記載の組換え核酸のうちのいずれか１つを含む細胞が、本明細書において提供される。
一部の実施形態では、エピトープは、８～２５個のアミノ酸の長さを有する。一部の実施形態では、エピトープは、野生型エピトープとは少なくとも１つのアミノ酸が異なる突然変異を含む。一部の実施形態では、エピトープは、対応する野生型エピトープよりも高い親和性で、ヒトＭＨＣに結合する。一部の実施形態では、エピトープは、５００ｎＭ未満、２５０ｎＭ未満、１５０ｎＭ未満、１００ｎＭ未満、５０ｎＭ未満、２５ｎＭ未満、または１０ｎＭ未満のＫＤまたはＩＣ５０で、ヒトＭＨＣに結合する。一部の実施形態では、突然変異は、対象の非がん細胞には存在しない。一部の実施形態では、ＴＣＲは、５００ｎＭ未満、２５０ｎＭ未満、１５０ｎＭ未満、１００ｎＭ未満、５０ｎＭ未満、２５ｎＭ未満、または１０ｎＭ未満のＫＤまたはＩＣ５０で、ＭＨＣ－ペプチド複合体に結合する。一部の実施形態では、核酸は、プロモーターに作動可能に連結されている。一部の実施形態では、細胞は、ＣＤ４＋Ｔ細胞である。一部の実施形態では、細胞は、ＣＤ８＋Ｔ細胞である。一部の実施形態では、細胞は、ＲＡＳ突然変異を有する対象から単離される。
（ａ）上述の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸、または上述の実施形態のうちのいずれか１つに記載のベクター、または上述の実施形態のうちのいずれか１つに記載
の細胞と、（ｂ）薬学的に許容される賦形剤または希釈剤とを含む、医薬組成物が、本明細書において提供される。一部の実施形態では、医薬組成物は、免疫調節剤またはアジュバントをさらに含む。一部の実施形態では、アジュバントは、ポリＩ：Ｃである。一部の実施形態では、上述の実施形態のうちのいずれか１つに記載の医薬組成物は、免疫疾患またはがんを処置する際に使用するためのものである。
疾患または状態を有する対象を処置する方法であって、対象に、上述の実施形態のうちのいずれか１つに記載の医薬組成物を投与するステップを含む、方法が、本明細書において提供される。一部の実施形態では、がんを有する対象を処置する方法は、対象に、上述の実施形態のうちのいずれか１つに記載の医薬組成物を投与するステップを含む。
がんを有する対象を治療の候補として特定する方法であって、対象を、ＨＬＡ－Ａ０３：０１対立遺伝子またはＨＬＡ－Ａ１１：０１対立遺伝子によってコードされるタンパク質を発現する対象として判定するステップを含み、治療が、上述の実施形態のうちのいずれか１つから選択される医薬組成物である、方法もまた、本明細書において提供される。
ヒトＭＨＣとの複合体にあるＲＡＳ由来のエピトープに特異的に結合することができるＴ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物を含む少なくとも１つのＴＣＲをコードする核酸であって、ＴＣＲアルファ鎖構築物が、配列番号３、１８、３３、４９、６５、８１、９７、１１３、２４１、２５７、２７３、２８９、３０５、３２１、３３７、３５３、３６９、３８５、４０１、４１７、および４３３から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも８４％の配列同一性を有する相補性決定領域３（ＣＤＲ３）を含み、かつ／またはＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号６、２１、３６、５２、６８、８４、１００、１１６、２４４、２６０、２７６、２９２、３０８、３２４、３４０、３５６、３７２、３８８、４０４、４２０、および４３６から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも８４％の配列同一性を有する相補性決定領域３（ＣＤＲ３）を含む、核酸が、本明細書において提供される。
ヒトＭＨＣとの複合体にあるＲＡＳ由来のエピトープに特異的に結合することができるＴ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物を含む少なくとも１つのＴＣＲをコードする核酸であって、ＲＡＳ由来のエピトープが、配列番号１５、３０、４５、４６、６１、６２、７７、７８、９３、９４、１０９、１１０、１２５、１２６、２１９～２２２、２５３、２５４、２６９、２７０、２８５、２８６、３０１、３０２、３１７、３１８、３３３、３３４、３４９、３５０、３６５、３６６、３８１、３８２、３９７、３９８、４１３、４１４、４２９、４３０、４４５、および４４６から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも７０％の配列同一性を有する領域を含む、核酸が、本明細書において提供される。
単離された核酸、または組換え核酸を含む細胞であって、核酸が、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物を含む少なくとも１つのＴＣＲをコードし、ＴＣＲが、ＨＬＡ－Ａ０３：０１対立遺伝子によってコードされるヒトＭＨＣとの複合体にあるＲＡＳ由来のエピトープに特異的に結合する、単離された核酸、または組換え核酸を含む細胞が、本明細書において提供される。一部の実施形態では、アルファ鎖構築物は、配列番号７１、８７、１０３、２９５、３１１、３２７、３４３、３５９、および３９１から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含み、ここで、ＴＣＲは、ＨＬＡ－Ａ０３：０１対立遺伝子によってコードされるヒトＭＨＣとの複合体にあるＲＡＳ由来のエピトープに特異的に結合する。一部の実施形態では、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号７４、９０、１０６、２９８、３１４、３３０、３４６、３６２、および３９４から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含み、ここで、ＴＣＲは、ＨＬＡ－Ａ０３
：０１対立遺伝子によってコードされるヒトＭＨＣとの複合体にあるＲＡＳ由来のエピトープに特異的に結合する。
一部の実施形態では、上述のＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号６３、７９、９５、２８７、３０３、３１９、３３５、３５１、および３８３から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域１（ＣＤＲ１）を含む。一部の実施形態では、上述のＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号６６、８２、９８、２９０、３０６、３２２、３３８、３５４、および３８６から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域１（ＣＤＲ１）を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号６４、８０、９６、２８８、３０４、３２０、３３６、３５２、および３８４から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域２（ＣＤＲ２）を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号６７、８３、９９、２９１、３０７、３２３、３３９、３５５、および３８７から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域２（ＣＤＲ２）を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号６５、８１、９７、２８９、３０５、３２１、３３７、３５３、および３８５から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域３（ＣＤＲ３）を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号６８、８４、１００、２９２、３０８、３２４、３４０、３５６、および３８８から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域３（ＣＤＲ３）を含む。
単離された核酸、または組換え核酸を含む細胞であって、核酸が、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物を含む少なくとも１つのＴＣＲをコードし、ＴＣＲが、ＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子によってコードされるヒトＭＨＣとの複合体にあるＲＡＳ由来のエピトープに特異的に結合する、単離された核酸、または組換え核酸を含む細胞が、本明細書において提供される。一部の実施形態では、アルファ鎖構築物は、配列番号９および２４から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含み、ここで、ＴＣＲは、ＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子によってコードされるヒトＭＨＣとの複合体にあるＲＡＳ由来のエピトープに特異的に結合する。一部の実施形態では、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号１２および２７から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含み、ここで、ＴＣＲは、ＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子によってコードされるヒトＭＨＣとの複合体にあるＲＡＳ由来のエピトープに特異的に結合する。
一部の実施形態では、上述のＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号１および１６から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域１（ＣＤＲ１）を含む。一部の実施形態では、上述のＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号４および１９から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域１（ＣＤＲ１）を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号２および１７から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域２（ＣＤＲ２）を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号５および２０から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域２（ＣＤＲ２）を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号３および１８から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域３（ＣＤＲ３）を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号６および２１から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域３（ＣＤＲ３）を含む。
単離された核酸、または組換え核酸を含む細胞であって、核酸が、Ｔ細胞受容体（ＴＣ
Ｒ）アルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物を含む少なくとも１つのＴＣＲをコードし、ＴＣＲが、ＨＬＡ－Ａ１１：０１対立遺伝子によってコードされるヒトＭＨＣとの複合体にあるＲＡＳ由来のエピトープに特異的に結合する、単離された核酸、または組換え核酸を含む細胞が、本明細書において提供される。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号３９、５５、１２２、２４７、２６３、２７９、３７５、４０７、および４２３から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含み、ここで、ＴＣＲは、ＨＬＡ－Ａ１１：０１対立遺伝子によってコードされるヒトＭＨＣとの複合体にあるＲＡＳ由来のエピトープに特異的に結合する。一部の実施形態では、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号４２、５８、１２５、２５０、２６６、２８２、３７８、４１３、および４２６から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含み、ここで、ＴＣＲは、ＨＬＡ－Ａ１１：０１対立遺伝子によってコードされるヒトＭＨＣとの複合体にあるＲＡＳ由来のエピトープに特異的に結合する。
一部の実施形態では、上述のＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号３１、４７、１１１、２３９、２５５、２７１、３６７、３９９、および４１５から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域１（ＣＤＲ１）を含む。一部の実施形態では、上述のＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号３４、５０、１１４、２４２、２５８、２７４、３７０、４０２、および４１８から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域１（ＣＤＲ１）を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号３２、４８、１１２、２４０、２５６、２７２、３６８、４００、および４１６から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域２（ＣＤＲ２）を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号３５、５１、１１５、２４３、２５９、２７５、３７１、４０３、および４１９から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域２（ＣＤＲ２）を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号３３、４９、１１３、２４１、２５７、２７３、３６９、４０１、４１７、および４３３から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域３（ＣＤＲ３）を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号３６、５２、１１６、２４４、２６０、２７６、３７２、４０４、および４２０から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域３（ＣＤＲ３）を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号９に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号１２に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号１のＣＤＲ１、配列番号２のＣＤＲ２、および配列番号３のＣＤＲ３を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号４のＣＤＲ１、配列番号５のＣＤＲ２、および配列番号６のＣＤＲ３を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲは、配列番号１３の配列または配列番号１３に対して少なくとも８０％の同一性を有する配列を有するアルファ鎖を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲは、配列番号１４の配列または配列番号１４に対して少なくとも８０％の同一性を有する配列を有するベータ鎖を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号２４に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号２７に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号１６のＣＤＲ１、配列番号１７のＣＤＲ２、および配列番号１８のＣＤＲ３を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号１９のＣＤＲ１、配列番号２０のＣＤＲ２、および配列番号２１のＣＤＲ３を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲは、配列番号２８の配列または配列番号２８に対して少なくとも８０％の同一性を有する配列を有するアルファ鎖を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲは、配列番号２９の配列または配列番号２９に対して少なくとも８０％の同一性を有する配列を有するベータ鎖を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物
は、配列番号３９に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号４２に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号３１のＣＤＲ１、配列番号３２のＣＤＲ２、および配列番号３３のＣＤＲ３を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号３４のＣＤＲ１、配列番号３５のＣＤＲ２、および配列番号３６のＣＤＲ３を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲは、配列番号４３の配列または配列番号４３に対して少なくとも８０％の同一性を有する配列を有するアルファ鎖を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲは、配列番号４４の配列または配列番号４４に対して少なくとも８０％の同一性を有する配列を有するベータ鎖を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号５５に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号５８に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号４７のＣＤＲ１、配列番号４８のＣＤＲ２、および配列番号４９のＣＤＲ３を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号５０のＣＤＲ１、配列番号５１のＣＤＲ２、および配列番号５２のＣＤＲ３を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号７１に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号７４に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号６３のＣＤＲ１、配列番号６４のＣＤＲ２、および配列番号６５のＣＤＲ３を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号６６のＣＤＲ１、配列番号６７のＣＤＲ２、および配列番号６８のＣＤＲ３を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲは、配列番号７５の配列または配列番号７５に対して少なくとも８０％の同一性を有する配列を有するアルファ鎖を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲは、配列番号７６の配列または配列番号７６に対して少なくとも８０％の同一性を有する配列を有するベータ鎖を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号８７に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号９０に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号７９のＣＤＲ１、配列番号８０のＣＤＲ２、および配列番号８１のＣＤＲ３を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号８２のＣＤＲ１、配列番号８３のＣＤＲ２、および配列番号８４のＣＤＲ３を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲは、配列番号９１の配列または配列番号９１に対して少なくとも８０％の同一性を有する配列を有するアルファ鎖を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲは、配列番号９２の配列または配列番号９２に対して少なくとも８０％の同一性を有する配列を有するベータ鎖を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号１０３に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号１０６に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号９５のＣＤＲ１、配列番号９６のＣＤＲ２、および配列番号９７のＣＤＲ３を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号９８のＣＤＲ１、配列番号９９のＣＤＲ２、および配列番号１００のＣＤＲ３を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲは、配列番号１０７の配列または配列番号１０７に対して少なくとも８０％の同一性を有する配列を有するアルファ鎖を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲは、配列番号１０８の配列または配列番号１０８に対して少なくとも８０％の同一性を有する配列を有するベータ鎖を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号１１９に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号１２２に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号１１１のＣＤＲ１、配列番号１１２のＣＤＲ２、および配列番号１１３のＣＤＲ３を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号１１４のＣＤＲ１、配列番号１１５のＣＤＲ２、および配列番号１１６のＣＤＲ３を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲは、配列番号１２３の配列または配列番号１２３に対して少なくとも８０％の同一性を有する配列を有するアルファ鎖を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲは、配列番号１２４の配列または配列番号１２４に対して少
なくとも８０％の同一性を有する配列を有するベータ鎖を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号２４７に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号２５０に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号２３９のＣＤＲ１、配列番号２４０のＣＤＲ２、および配列番号２４１のＣＤＲ３を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号２４２のＣＤＲ１、配列番号２４３のＣＤＲ２、および配列番号２４４のＣＤＲ３を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲは、配列番号２５１の配列または配列番号２５１に対して少なくとも８０％の同一性を有する配列を有するアルファ鎖を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲは、配列番号２５２の配列または配列番号２５２に対して少なくとも８０％の同一性を有する配列を有するベータ鎖を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号２６３に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号２６６に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号２５５のＣＤＲ１、配列番号２５６のＣＤＲ２、および配列番号２５７のＣＤＲ３を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号２５８のＣＤＲ１、配列番号２５９のＣＤＲ２、および配列番号２６０のＣＤＲ３を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲは、配列番号２６７の配列または配列番号２６７に対して少なくとも８０％の同一性を有する配列を有するアルファ鎖を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲは、配列番号２６８の配列または配列番号２６８に対して少なくとも８０％の同一性を有する配列を有するベータ鎖を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号２７９に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号２８２に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号２７１のＣＤＲ１、配列番号２７２のＣＤＲ２、および配列番号２７３のＣＤＲ３を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号２７４のＣＤＲ１、配列番号２７５のＣＤＲ２、および配列番号２７６のＣＤＲ３を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲは、配列番号２８３の配列または配列番号２８３に対して少なくとも８０％の同一性を有する配列を有するアルファ鎖を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲは、配列番号２８４の配列または配列番号２８４に対して少なくとも８０％の同一性を有する配列を有するベータ鎖を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号２９５に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号２９８に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号２８７のＣＤＲ１、配列番号２８８のＣＤＲ２、および配列番号２８９のＣＤＲ３を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号２９０のＣＤＲ１、配列番号２９１のＣＤＲ２、および配列番号２９２のＣＤＲ３を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲは、配列番号２９９の配列または配列番号２９９に対して少なくとも８０％の同一性を有する配列を有するアルファ鎖を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲは、配列番号３００の配列または配列番号３００に対して少なくとも８０％の同一性を有する配列を有するベータ鎖を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号３１１に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号３１４に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号３０３のＣＤＲ１、配列番号３０４のＣＤＲ２、およ



び配列番号３０５のＣＤＲ３を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号３０６のＣＤＲ１、配列番号３０７のＣＤＲ２、および配列番号３０８のＣＤＲ３を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲは、配列番号３１５の配列または配列番号３１５に対して少なくとも８０％の同一性を有する配列を有するアルファ鎖を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲは、配
列番号３１６の配列または配列番号３１６に対して少なくとも８０％の同一性を有する配列を有するベータ鎖を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号３２７に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号３３０に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号３１９のＣＤＲ１、配列番号３２０のＣＤＲ２、および配列番号３２１のＣＤＲ３を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号３２２のＣＤＲ１、配列番号３２３のＣＤＲ２、および配列番号３２４のＣＤＲ３を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲは、配列番号３３１の配列または配列番号３３１に対して少なくとも８０％の同一性を有する配列を有するアルファ鎖を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲは、配列番号３３２の配列または配列番号３３２に対して少なくとも８０％の同一性を有する配列を有するベータ鎖を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号３４３に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号３４６に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号３３５のＣＤＲ１、配列番号３３６のＣＤＲ２、および配列番号３３７のＣＤＲ３を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号３３８のＣＤＲ１、配列番号３３９のＣＤＲ２、および配列番号３４０のＣＤＲ３を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲは、配列番号３４７の配列または配列番号３４７に対して少なくとも８０％の同一性を有する配列を有するアルファ鎖を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲは、配列番号３４８の配列または配列番号３４８に対して少なくとも８０％の同一性を有する配列を有するベータ鎖を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号３５９に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号３６２に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号３５１のＣＤＲ１、配列番号３５２のＣＤＲ２、および配列番号３５３のＣＤＲ３を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号３５４のＣＤＲ１、配列番号３５５のＣＤＲ２、および配列番号３５６のＣＤＲ３を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲは、配列番号３６３の配列または配列番号３６３に対して少なくとも８０％の同一性を有する配列を有するアルファ鎖を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲは、配列番号３６４の配列または配列番号３６４に対して少なくとも８０％の同一性を有する配列を有するベータ鎖を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号３７５に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号３７８に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号３６７のＣＤＲ１、配列番号３６８のＣＤＲ２、および配列番号３６９のＣＤＲ３を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号３７０のＣＤＲ１、配列番号３７１のＣＤＲ２、および配列番号３７２のＣＤＲ３を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲは、配列番号３７９の配列または配列番号３７９に対して少なくとも８０％の同一性を有する配列を有するアルファ鎖を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲは、配列番号３８０の配列または配列番号３８０に対して少なくとも８０％の同一性を有する配列を有するベータ鎖を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号３９１に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号３９４に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号３８３のＣＤＲ１、配列番号３８４のＣＤＲ２、および配列番号３８５のＣＤＲ３を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号３８６のＣＤＲ１、配列番号３８７のＣＤＲ２、および配列番号３８８のＣＤＲ３を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲは、配列番号３９５の配列または配列番号３９５に対して少なくとも８０％の同一性を有する配列を有するアルファ鎖を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲは、配列番号３９６の配列または配列番号３９６に対して少なくとも８０％の同一性を有する配列を有するベータ鎖を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号４０７に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号４１０に対し
て少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号３９９のＣＤＲ１、配列番号４００のＣＤＲ２、および配列番号４０１のＣＤＲ３を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号４０２のＣＤＲ１、配列番号４０３のＣＤＲ２、および配列番号４０４のＣＤＲ３を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲは、配列番号４１１の配列または配列番号４１１に対して少なくとも８０％の同一性を有する配列を有するアルファ鎖を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲは、配列番号４１２の配列または配列番号４１２に対して少なくとも８０％の同一性を有する配列を有するベータ鎖を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号４２３に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号４２６に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号４１５のＣＤＲ１、配列番号４１６のＣＤＲ２、および配列番号４１７のＣＤＲ３を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号４１８のＣＤＲ１、配列番号４１９のＣＤＲ２、および配列番号４２０のＣＤＲ３を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲは、配列番号４２７の配列または配列番号４２７に対して少なくとも８０％の同一性を有する配列を有するアルファ鎖を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲは、配列番号４２８の配列または配列番号４２８に対して少なくとも８０％の同一性を有する配列を有するベータ鎖を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号３９１に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号３９４に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。
ヒトＭＨＣとの複合体にあるＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧ由来のエピトープに特異的に結合することができるＴ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物を含む少なくとも１つのＴＣＲをコードする核酸であって、ＴＣＲアルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号１４４および配列番号１４７の配列または配列番号１４４および配列番号１４７から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する配列を有する相補性決定領域３（ＣＤＲ３）を含む、核酸が、本明細書において提供される。一部の実施形態では、ＴＣＲは、配列番号１５４の配列または配列番号１５４に対して少なくとも８０％の同一性を有する配列を有するアルファ鎖を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲは、配列番号１５５の配列または配列番号１５５に対して少なくとも８０％の同一性を有する配列を有するベータ鎖を含む。
ヒトＭＨＣとの複合体にあるＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧ由来のエピトープに特異的に結合することができるＴ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物を含む少なくとも１つのＴＣＲをコードする核酸であって、ＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧ由来のエピトープが、アミノ酸配列配列番号１５６に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する領域を含む、核酸が、本明細書において提供される。
一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号１５０に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号１５３に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物は、それぞれ、配列番号１４２の配列または配列番号１４２に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する配列および配列番号１４５の配列または配列番号１４５に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する配列を有する、相補性決定領域１（ＣＤＲ１）を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物は、それぞれ、配列番号１４３または配列番号１４６に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域２（ＣＤＲ２）を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号１５０の配列または配列番号１５０に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号１５３の配列または配
列番号１５３に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号１４２のＣＤＲ１、配列番号１４３のＣＤＲ２、および配列番号１４４のＣＤＲ３を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号１４５のＣＤＲ１、配列番号１４６のＣＤＲ２、および配列番号１４７のＣＤＲ３を含む。
ヒトＭＨＣとの複合体にあるＧＡＴＡ３由来のエピトープに特異的に結合することができるＴ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物を含む少なくとも１つのＴＣＲをコードする核酸であって、ＴＣＲアルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号１２９、１３２、１９１、１９４、２０６、および２０９から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域３（ＣＤＲ３）を含む、核酸が、本明細書において提供される。
がんを有する対象のＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるタンパク質との複合体にある突然変異体ＧＡＴＡ３ペプチドに特異的に結合することができる少なくとも１つのＴ細胞受容体（ＴＣＲ）をコードする核酸であって、ＴＣＲが、ＴＣＲアルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物を含む、核酸が、本明細書において提供される。
単離された核酸、または組換え核酸を含む細胞であって、核酸が、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物を含むＴＣＲをコードし、ＴＣＲが、ＨＬＡ－Ａ０２：０１、ＨＬＡ－Ｂ０７：０２、またはＨＬＡ－Ｂ０８：０１タンパク質との複合体にある突然変異体ＧＡＴＡ３ペプチドに特異的に結合し、配列番号１２９、１３２、１９１、１９４、２０６、もしくは２０９に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域３（ＣＤＲ３）を含み、かつ／または配列番号１４１、２０３、もしくは２１８の配列または配列番号１４１、２０３、もしくは２１８に対して少なくとも７０％の配列同一性を有する配列を有する領域を含む突然変異体ＧＡＴＡ３ペプチドに特異的に結合する、単離された核酸、または組換え核酸を含む細胞が、本明細書において提供される。
ヒトＭＨＣとの複合体にあるＧＡＴＡ３由来のエピトープに特異的に結合することができるＴ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物を含む少なくとも１つのＴＣＲをコードする核酸であって、ＧＡＴＡ３由来のエピトープが、アミノ酸配列配列番号１４１、２０３、または２１８に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する領域を含む、核酸が、本明細書において提供される。
一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号１３５、１９７、もしくは２１２の配列または配列番号１３５、１９７、もしくは２１２に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号１３８、２００、もしくは２１５の配列または配列番号１３８、２００、もしくは２１５に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号１２７、１３０、１８９、１９２、２０４、および２０７のアミノ酸配列または配列番号１２７、１３０、１８９、１９２、２０４、および２０７から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域１（ＣＤＲ１）を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号１２８、１３１、１９０、１９３、２０５、および２０８のアミノ酸配列または配列番号１２８、１３１、１９０、１９３、２０５、および２０８から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域２（ＣＤＲ２）を含む。一部の実施形態では、ＧＡＴＡ３に結合するＴＣＲアルファ鎖は、配列番号１３５の配列または配列番号１３５に対して少なくとも８０％の同一性を有
する配列を有する可変領域を含み、ベータ鎖は、配列番号１３８の配列または配列番号１３８に対して少なくとも８０％の同一性を有する配列を有する可変領域を有する。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号１２７のＣＤＲ１、配列番号１２８のＣＤＲ２、および配列番号１２９のＣＤＲ３を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号１３０のＣＤＲ１、配列番号１３１のＣＤＲ２、および配列番号１３２のＣＤＲ３を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲは、配列番号１３９の配列または配列番号１３９に対して少なくとも８０％の同一性を有する配列を有するアルファ鎖を有する。一部の実施形態では、ＴＣＲは、配列番号１４０の配列または配列番号１４０に対して少なくとも８０％の同一性を有する配列を有するベータ鎖を有する。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号１９７のアミノ酸配列または配列番号１９７に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号２００に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖は、配列番号２０１の配列または配列番号２０１に対して少なくとも８０％の同一性を有する配列を有する。一部の実施形態では、ＴＣＲベータ鎖は、配列番号２０２の配列または配列番号２０２に対して少なくとも８０％の同一性を有する配列を有する。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号１８９のＣＤＲ１、配列番号１９０のＣＤＲ２、および配列番号１９１のＣＤＲ３を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号１９２のＣＤＲ１、配列番号１９３のＣＤＲ２、および配列番号１９４のＣＤＲ３を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号２１２に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号２１５に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号２０４のＣＤＲ１、配列番号２０５のＣＤＲ２、および配列番号２０６のＣＤＲ３を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号２０７のＣＤＲ１、配列番号２０８のＣＤＲ２、および配列番号２０９のＣＤＲ３を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲは、配列番号２１６の配列または配列番号２１６に対して少なくとも８０％の同一性を有する配列を有するアルファ鎖から構成される。一部の実施形態では、ＴＣＲは、配列番号２１７の配列または配列番号２１７に対して少なくとも８０％の同一性を有する配列を有するベータ鎖から構成される。
ヒトＭＨＣとの複合体にあるＢＴＫ由来のエピトープに特異的に結合することができるＴ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物を含む少なくとも１つのＴＣＲをコードする核酸であって、ＴＣＲアルファ鎖構築物が、配列番号１６１および配列番号１７６から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域３（ＣＤＲ３）を含むか、またはＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号１６４および配列番号１７９から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域３（ＣＤＲ３）を含む、核酸が、本明細書において提供される。
がんを有する対象のＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるタンパク質との複合体にある突然変異体ＢＴＫペプチドに特異的に結合することができる少なくとも１つのＴ細胞受容体（ＴＣＲ）をコードする核酸であって、ＴＣＲが、ＴＣＲアルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物を含む、核酸が、本明細書において提供される。
単離された核酸、または組換え核酸を含む細胞であって、核酸が、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物を含むＴＣＲをコードし、ＴＣＲが、ＨＬＡ－Ａ０２：０１タンパク質との複合体にある突然変異体ＢＴＫペプチドに特異的に結合し、配列番号１６１、１６４、１７６、もしくは１７９に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域３（ＣＤＲ３）を含み、かつ／または配列番号１７３もしくは１８８に対して少なくとも７０％の配列同一性を有する領域を含む突然変異体ＢＴＫペプチドに特異的に結合する、単離された核酸、または組換え核酸を含む細
胞が、本明細書において提供される。
ヒトＭＨＣとの複合体にあるＢＴＫ由来のエピトープに特異的に結合することができるＴ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物を含む少なくとも１つのＴＣＲをコードする核酸であって、ＢＴＫ由来のエピトープが、アミノ酸配列配列番号１７３または１８８に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する領域を含む、核酸が、本明細書において提供される。
一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号１６７または１８２に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号１７０または１８５に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号１５９、１６２、１７４、および１７７から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域１（ＣＤＲ１）を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号１６０、１６３、１７５、および１７８から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域２（ＣＤＲ２）を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号１６７または１８２に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号１７０または１８５に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号１５９または１７４のＣＤＲ１、配列番号１６０または１７５のＣＤＲ２、および配列番号１６１または１７６のＣＤＲ３を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号１６２または１７７のＣＤＲ１、配列番号１６３または１７８のＣＤＲ２、および配列番号１６４または１７９のＣＤＲ３を含む。
ヒトＭＨＣとの複合体にあるＥＧＦＲ由来のエピトープに特異的に結合することができるＴ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物を含む少なくとも１つのＴＣＲをコードする核酸であって、ＴＣＲアルファ鎖構築物が、配列番号４４９、配列番号４６６、配列番号４８３、配列番号５００、および配列番号５１７から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域３（ＣＤＲ３）を含むか、またはＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号４５２、配列番号４６９、配列番号４８６、配列番号５０３、および配列番号５２０から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域３（ＣＤＲ３）を含む、核酸が、本明細書において提供される。
がんを有する対象のＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるタンパク質との複合体にある突然変異体ＥＧＦＲペプチドに特異的に結合することができる少なくとも１つのＴ細胞受容体（ＴＣＲ）をコードする核酸であって、ＴＣＲが、ＴＣＲアルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物を含む、核酸が、本明細書において提供される。
単離された核酸、または組換え核酸を含む細胞であって、核酸が、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物を含むＴＣＲをコードし、ＴＣＲが、ＨＬＡ－Ａ０２：０１タンパク質との複合体にある突然変異体ＥＧＦＲペプチドに特異的に結合し、配列番号４４９、４６６、４８３、５００、５１７、４５２、４６９、４８６、５０３、もしくは５２０の配列または配列番号４４９、４６６、４８３、５００、５１７、４５２、４６９、４８６、５０３、もしくは５２０に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する配列を有する相補性決定領域３（ＣＤＲ３）を含み、かつ／または配列番号４６１、４６２、４６３、４７８、４７９、４８０、４９５、４９６、４９７、５１２、５１３、５１４、５２９、５３０、もしくは５３１の配列または配列番号４６
１、４６２、４６３、４７８、４７９、４８０、４９５、４９６、４９７、５１２、５１３、５１４、５２９、５３０、もしくは５３１に対して少なくとも７０％の配列同一性を有する配列を有する領域を含む突然変異体ＥＧＦＲペプチドに特異的に結合する、単離された核酸、または組換え核酸を含む細胞が、本明細書において提供される。
ヒトＭＨＣとの複合体にあるＥＧＦＲ由来のエピトープに特異的に結合することができるＴ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物を含む少なくとも１つのＴＣＲをコードする核酸であって、ＥＧＦＲ由来のエピトープが、アミノ酸配列配列番号４６１、４６２、４６３、４７８、４７９、４８０、４９５、４９６、４９７、５１２、５１３、５１４、５２９、５３０、または５３１に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する領域を含む、核酸が、本明細書において提供される。
一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号４４９、４６６、４８３、５００、もしくは５１７の配列または配列番号４４９、４６６、４８３、５００、もしくは５１７に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号４５２、４６９、４８６、５０３、もしくは５２０の配列または配列番号４５２、４６９、４８６、５０３、もしくは５２０に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号４４７、４６４、４８１、４９８、５１５、４５０、４６７、４８４、５０１、および５１８の配列または配列番号４４７、４６４、４８１、４９８、５１５、４５０、４６７、４８４、５０１、および５１８から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する配列を有する相補性決定領域１（ＣＤＲ１）を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号４４８、４６５、４８２、４９９、５１６、４５１、４６８、４８５、５０２、および５１９の配列または配列番号４４８、４６５、４８２、４９９、５１６、４５１、４６８、４８５、５０２、および５１９から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する配列を有する相補性決定領域２（ＣＤＲ２）を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号４５５、４７２、４８９、５０６、もしくは５２３の配列または配列番号４５５、４７２、４８９、５０６、もしくは５２３に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列を有する可変領域を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号４５８、４７５、４９２、５０９、もしくは５２６の配列または配列番号４５８、４７５、４９２、５０９、もしくは５２６に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号４４７、４６４、４８１、４９８、または５１５のＣＤＲ１、配列番号４４８、４６５、４８２、４９９、または５１６のＣＤＲ２、および配列番号４４９、４６６、４８３、５００、または５１７のＣＤＲ３を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号４５０、４６７、４８４、５０１、または５１８のＣＤＲ１、配列番号４５１、４６８、４８５、５０２、または５１９のＣＤＲ２、および配列番号４５２、４６９、４８６、５０３、または５２０のＣＤＲ３を含む。
一部の実施形態では、エピトープは、点突然変異、スプライシング部位突然変異、フレームシフト突然変異、リードスルー（read-through）突然変異、耐性突然変異、遺伝子融合突然変異、およびこれらの任意の組合せからなる群から選択される突然変異を含む。一部の実施形態では、ヒトＭＨＣは、ＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子、またはＨＬＡ－Ａ０３：０１対立遺伝子、またはＨＬＡ－Ａ１１：０１対立遺伝子のいずれかによってコードされる。一部の実施形態では、ＲＡＳエピトープは、点突然変異を含む。一部の実施形態では、点突然変異は、Ｇ１２Ｖ突然変異である。一部の実施形態では、点突然変異は、Ｇ１２Ｃ突然変異である。一部の実施形態では、点突然変異は、Ｇ１２Ｄ突然変異である。一部の実施形態では、ヒトＭＨＣは、ＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子によってコード
される。一部の実施形態では、ＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧエピトープは、遺伝子融合突然変異を含む。一部の実施形態では、ヒトＭＨＣは、ＨＬＡ－Ａ０２：０１、ＨＬＡ－Ｂ０７：０２、またはＨＬＡ－Ｂ０８：０１対立遺伝子によってコードされる。一部の実施形態では、エピトープは、フレームシフト突然変異を含む。一部の実施形態では、ヒトＭＨＣは、ＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子によってコードされる。一部の実施形態では、ＢＴＫエピトープは、点突然変異を含む。一部の実施形態では、点突然変異は、Ｃ４８１Ｓ突然変異である。一部の実施形態では、ヒトＭＨＣは、ＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子によってコードされる。一部の実施形態では、ＥＧＦＲエピトープは、点突然変異を含む。一部の実施形態では、点突然変異は、Ｔ７９０Ｍである。
一部の実施形態では、エピトープは、少なくとも８個のアミノ酸の長さを有する。一部の実施形態では、エピトープは、少なくとも１６個のアミノ酸の長さを有する。一部の実施形態では、エピトープは、８～２５個のアミノ酸の長さを有する。一部の実施形態では、エピトープは、８～１２個のアミノ酸の長さを有する。一部の実施形態では、エピトープは、１６～２５個のアミノ酸の長さを有する。一部の実施形態では、エピトープは、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、または２５個のアミノ酸の長さを有する。
一部の実施形態では、エピトープは、対応する野生型エピトープよりも高い親和性で、ヒトＭＨＣに結合する。一部の実施形態では、エピトープは、５００ｎＭ未満、２５０ｎＭ未満、１５０ｎＭ未満、１００ｎＭ未満、５０ｎＭ未満、２５ｎＭ未満、または１０ｎＭ未満のＫＤまたはＩＣ５０で、ヒトＭＨＣに結合する。
一部の実施形態では、突然変異は、対象の非がん細胞には存在しない。一部の実施形態では、エピトープは、対象のがん細胞の遺伝子または発現される遺伝子によってコードされる。
一部の実施形態では、ＴＣＲは、５００ｎＭ未満、２５０ｎＭ未満、１５０ｎＭ未満、１００ｎＭ未満、５０ｎＭ未満、２５ｎＭ未満、または１０ｎＭ未満のＫＤまたはＩＣ５０で、ＭＨＣ－ペプチド複合体に結合する。
一部の実施形態では、核酸は、プロモーターに作動可能に連結されている。
本明細書に記載される核酸を含むベクターが、本明細書において提供される。一部の実施形態では、ベクターは、自己増幅ＲＮＡレプリコン、プラスミド、ファージ、トランスポゾン、コスミド、ウイルス、またはビリオンである。一部の実施形態では、ベクターは、ウイルスベクターである。一部の実施形態では、ベクターは、レトロウイルス、レンチウイルス、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、ヘルペスウイルス、ポックスウイルス、アルファウイルス、ワクシニアウイルス、Ｂ型肝炎ウイルス、ヒトパピローマウイルス、またはこれらのシュードタイプに由来する。一部の実施形態では、ベクターは、非ウイルスベクターである。一部の実施形態では、非ウイルスベクターは、ナノ粒子、カチオン性脂質、カチオン性ポリマー、金属ナノポリマー、ナノロッド、リポソーム、ミセル、マイクロバブル、細胞透過性ペプチド、またはリポスフェアである。
上述のいずれか１つの節に記載の核酸によってコードされるタンパク質が、本明細書において提供される。
上述の核酸、上述のベクター、または上述のタンパク質を含む宿主細胞が、本明細書において提供される。一部の実施形態では、宿主細胞は、ＣＤ４＋Ｔ細胞である。一部の実
施形態では、宿主細胞は、ＣＤ８＋Ｔ細胞である。一部の実施形態では、宿主細胞は、自家細胞である。一部の実施形態では、宿主細胞は、同種細胞である。一部の実施形態では、宿主細胞は、ナチュラルキラー細胞、Ｂ細胞、または不死化細胞株である。一部の実施形態では、宿主細胞は、ヒト細胞である。
本明細書に記載される核酸、本明細書に記載されるベクター、本明細書に記載されるタンパク質、または本明細書に記載される宿主細胞と、薬学的に許容される賦形剤または希釈剤とを５４２Ｂむ、医薬組成物が、本明細書において提供される。一部の実施形態では、医薬組成物は、免疫調節剤またはアジュバントをさらに含む。一部の実施形態では、医薬組成物中の免疫調節剤は、サイトカインである。一部の実施形態では、医薬組成物中のアジュバントは、ポリＩ：Ｃである。一部の実施形態では、医薬組成物は、免疫疾患またはがんを処置する際に使用するためのものである。
免疫疾患またはがんを処置するための、上述の医薬組成物の使用が、本明細書において提供される。
免疫疾患またはがんを処置するための医薬の製造のための、本明細書に記載されるベクター、本明細書に記載されるタンパク質、または本明細書に記載される宿主細胞が、本明細書において提供される。一部の実施形態では、医薬は、獲得Ｔ細胞療法またはＴＣＲ遺伝子療法である。
疾患または状態を有する対象を処置する方法であって、対象に、本明細書に開示される医薬組成物を投与するステップを含む、方法が、本明細書において提供される。
がんを有する対象を処置する方法であって、対象に、本明細書に開示される医薬組成物を投与するステップを含む、方法が、本明細書において提供される。
がんを有する対象を処置する方法であって、対象に、医薬組成物を投与するステップを含む、方法が、本明細書において提供される。一部の実施形態では、対象は、対象のゲノムのＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ｂ０７：０２、ＨＬＡ－Ｂ０８：０１、ＨＬＡ－Ａ０３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ１１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ０３：０２対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３０：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３３：０３対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ６８：０１対立遺伝子、またはＨＬＡ－Ａ７４：０１対立遺伝子によってコードされるタンパク質を発現するとして特定されているか、またはそれを発現する。
がんを有する対象を処置する方法であって、対象に、ＴＣＲまたはＴＣＲを発現するＴ細胞を投与するステップを含み、ＴＣＲが、ＨＬＡ－Ａ０２：０１、ＨＬＡ－Ａ０３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ１１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ０３：０２対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３０：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３３：０３対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ６８：０１対立遺伝子、またはＨＬＡ－Ａ７４：０１によってコードされるタンパク質との複合体にある突然変異体ＲＡＳペプチドに特異的に結合し、対象が、ＨＬＡ－Ａ０３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ１１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ０３：０２対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３０：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３３：０３対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ６８：０１対立遺伝子、またはＨＬＡ－Ａ７４：０１対立遺伝子によってコードされるタンパク質を発現するとして特定されているか、またはそれを発現し、対象が、ＨＬＡ対立遺伝子を発現する、方法が、本明細書において提供される。
がんを有する対象を処置する方法であって、対象に、本明細書に記載される医薬組成物を投与するステップを含み、ＴＣＲが、ＨＬＡ－Ａ０２：０１．ＨＬＡ－Ａ０３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ１１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ０３：０２対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３０：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３３：０３対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ６８：０１対立遺伝子、またはＨＬＡ－Ａ７４：０１との複合体にあるＧ１２に突然変異を含む突然変異体ＲＡＳペプチドに結合し、対象が、ＨＬＡ－Ａ０３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ１１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ０３：０２対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３０：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３３：０３対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ６８：０１対立遺伝子、またはＨＬＡ－Ａ７４：０１対立遺伝子によってコードされるタンパク質を発現するとして特定されている、方法が、本明細書において提供される。
がんを有する対象を処置する方法であって、対象に、ＨＬＡタンパク質との複合体にある突然変異体ＧＡＴＡ３ペプチドに特異的なＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を含む組成物を投与するステップを含み、突然変異体ＧＡＴＡ３ペプチドが、少なくとも１つの突然変異体アミノ酸を含み、がん細胞のＧＡＴＡ３遺伝子における突然変異から生じる突然変異体ＧＡＴＡ３タンパク質の少なくとも８つの連続的なアミノ酸の断片であり、突然変異体ＧＡＴＡ３ペプチドが、ＨＬＡ－Ａ０２：０１、ＨＬＡ－Ｂ０７：０２、またはＨＬＡ－Ｂ０８：０１対立遺伝子によってコードされるタンパク質に結合する、方法が、本明細書において提供される。
がんを有する対象を処置する方法であって、対象に、ＨＬＡタンパク質との複合体にある突然変異体ＧＡＴＡ３ペプチドに特異的なＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を含む組成物を投与するステップを含み、突然変異体ＧＡＴＡ３ペプチドが、ＧＡＴＡ３ネオＯＲＦ配列によってコードされる１つまたは複数の突然変異体ＧＡＴＡ３アミノ酸を含み、突然変異体ＧＡＴＡ３ペプチドが、ＨＬＡ－Ａ０２：０１、ＨＬＡ－Ｂ０７：０２、またはＨＬＡ－Ｂ０８：０１対立遺伝子によってコードされるタンパク質に結合する、方法が、本明細書において提供される。
がんを有する対象を処置する方法であって、対象に、ＴＣＲまたはＴＣＲを発現するＴ細胞を投与するステップを含み、ＴＣＲが、ＨＬＡ－Ａ０２：０１、ＨＬＡ－Ｂ０７：０２、またはＨＬＡ－Ｂ０８：０１対立遺伝子によってコードされるタンパク質との複合体にある突然変異体ＧＡＴＡ３ペプチドに特異的に結合し、対象が、ＨＬＡ－Ａ０２：０１、ＨＬＡ－Ｂ０７：０２、またはＨＬＡ－Ｂ０８：０１対立遺伝子によってコードされるタンパク質を発現するとして特定されているか、またはそれを発現する、方法が、本明細書において提供される。
がんを有する対象を処置する方法であって、対象に、ＨＬＡタンパク質との複合体にある突然変異体ＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧペプチドに特異的なＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を含む組成物を投与するステップを含み、突然変異体ＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧペプチドが、少なくとも１つの突然変異体アミノ酸を含み、ＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧ遺伝子融合突然変異の断片であり、突然変異体ＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧペプチドが、ＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子によってコードされるタンパク質に結合する、方法が、本明細書において提供される。
がんを有する対象を処置する方法であって、対象に、ＨＬＡタンパク質との複合体にある突然変異体ＢＴＫペプチドに特異的なＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を含む組成物を投与するステップを含み、突然変異体ＢＴＫペプチドが、少なくとも１つの突然変異体アミノ酸を含み、突然変異体ＢＴＫペプチドが、ＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子によってコードさ
れるタンパク質に結合する、方法が、本明細書において提供される。
がんを有する対象を処置する方法であって、対象に、ＨＬＡタンパク質との複合体にある突然変異体ＢＴＫペプチドに特異的なＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を含む組成物を投与するステップを含み、突然変異体ＢＴＫペプチドが、耐性突然変異または点突然変異を含み、突然変異体ＢＴＫペプチドが、ＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子によってコードされるタンパク質に結合する、方法が、本明細書において提供される。
がんを有する対象を処置する方法であって、対象に、ＨＬＡタンパク質との複合体にある突然変異体ＢＴＫペプチドに特異的なＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を含む組成物を投与するステップを含み、突然変異体ＢＴＫペプチドが、Ｃ４８１Ｓ突然変異を含み、突然変異体ＢＴＫペプチドが、ＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子によってコードされるタンパク質に結合する、方法が、本明細書において提供される。
がんを有する対象を処置する方法であって、対象に、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）またはＴＣＲを発現するＴ細胞を含む組成物を対象に投与するステップを含み、ＴＣＲが、ＨＬＡ－Ａ０２：０１によってコードされるタンパク質との複合体にある突然変異体ＥＧＦＲペプチドに特異的に結合し、突然変異体ＥＧＦＲペプチドが、耐性突然変異または点突然変異を含み、対象が、ＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子によってコードされるタンパク質を発現するとして特定されているか、またはそれを発現する、方法が、本明細書において提供される。一部の実施形態では、突然変異体ＥＧＦＲペプチドは、Ｔ７９０Ｍ突然変異を含む。
がん療法に対する耐性を予防する方法であって、それを必要とする対象に、本明細書に記載される医薬組成物を投与するステップを含む、方法が、本明細書において提供される。
免疫応答を誘導する方法であって、それを必要とする対象に、本明細書に記載される医薬組成物を投与するステップを含む、方法が、本明細書において提供される。
がんを有する対象を治療の候補として特定する方法であって、対象を、ＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ０３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ１１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ０３：０２対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３０：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３３：０３対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ６８：０１対立遺伝子、またはＨＬＡ－Ａ７４：０１対立遺伝子によってコードされるタンパク質を発現する対象として特定するステップを含み、治療が、本明細書に記載される医薬組成物である、方法が、本明細書において提供される。
がんを有する対象を治療の候補として特定する方法であって、対象を、ＨＬＡ－Ａ０２：０１、ＨＬＡ－Ｂ０７：０２、またはＨＬＡ－Ｂ０８：０１対立遺伝子によってコードされるタンパク質を発現するものとして特定するステップを含み、治療が、ＨＬＡタンパク質との複合体にある突然変異体ＧＡＴＡ３ペプチドに特異的なＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を含み、突然変異体ＧＡＴＡ３ペプチドが、少なくとも１つの突然変異体アミノ酸を含み、がん細胞のＧＡＴＡ３遺伝子における突然変異から生じる突然変異体ＧＡＴＡ３タンパク質の少なくとも８つの連続的なアミノ酸の断片であり、突然変異体ＧＡＴＡ３ペプチドが、ＨＬＡ－Ａ０２：０１、ＨＬＡ－Ｂ０７：０２、またはＨＬＡ－Ｂ０８：０１対立遺伝子によってコードされるタンパク質に結合する、方法が、本明細書において提供される。
がんを有する対象を治療の候補として特定する方法であって、対象を、ＨＬＡ－Ａ０３
：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ１１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ０３：０２対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３０：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３３：０３対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ６８：０１対立遺伝子、またはＨＬＡ－Ａ７４：０１対立遺伝子によってコードされるタンパク質を発現するものとして特定するステップを含み、治療が、ＨＬＡタンパク質との複合体にあるＧ１２に突然変異を含む突然変異体ＲＡＳペプチドに特異的なＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を含み、突然変異体ＲＡＳペプチドが、ＨＬＡ－Ａ０３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ１１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ０３：０２対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３０：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３３：０３対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ６８：０１対立遺伝子、またはＨＬＡ－Ａ７４：０１対立遺伝子によってコードされるタンパク質に結合する、方法が、本明細書において提供される。
がんを有する対象を治療の候補として特定する方法であって、対象を、ＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子によってコードされるタンパク質を発現するものとして特定するステップを含み、治療が、ＨＬＡタンパク質との複合体にある突然変異体ＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧペプチドに特異的なＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を含み、突然変異体ＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧペプチドが、少なくとも１つの突然変異体アミノ酸を含み、ＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧ遺伝子融合突然変異の断片であり、突然変異体ＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧペプチドが、ＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子によってコードされるタンパク質に結合する、方法が、本明細書において提供される。
がんを有する対象を治療の候補として特定する方法であって、対象を、ＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子によってコードされるタンパク質を発現するものとして特定するステップを含み、治療が、ＨＬＡタンパク質との複合体にある突然変異体ＢＴＫペプチドに特異的なＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を含み、突然変異体ＢＴＫペプチドが、少なくとも１つの突然変異体アミノ酸を含み、突然変異体ＢＴＫペプチドが、ＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子によってコードされるタンパク質に結合する、方法が、本明細書において提供される。
がんを有する対象を治療の候補として特定する方法であって、対象を、ＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子によってコードされるタンパク質を発現するものとして特定するステップを含み、治療が、ＨＬＡタンパク質との複合体にある突然変異体ＢＴＫペプチドに特異的なＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を含み、突然変異体ＢＴＫペプチドが、耐性突然変異または点突然変異を含み、突然変異体ＢＴＫペプチドが、ＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子によってコードされるタンパク質に結合する、方法が、本明細書において提供される。
がんを有する対象を治療の候補として特定する方法であって、対象を、ＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子によってコードされるタンパク質を発現するものとして特定するステップを含み、治療が、ＨＬＡタンパク質との複合体にある突然変異体ＢＴＫペプチドに特異的なＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を含み、突然変異体ＢＴＫペプチドが、Ｃ４８１Ｓ突然変異を含み、突然変異体ＢＴＫペプチドが、ＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子によってコードされるタンパク質に結合する、方法が、本明細書において提供される。
がんを有する対象を治療の候補として特定する方法であって、対象を、ＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子によってコードされるタンパク質を発現するものとして特定するステップを含み、治療が、ＨＬＡタンパク質との複合体にある突然変異体ＥＧＦＲペプチドに特異的なＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を含み、突然変異体ＥＧＦＲペプチドが、少なくとも１つの突然変異体アミノ酸Ｔ７９０Ｍを含み、突然変異体ＥＧＦＲペプチドが、ＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子によってコードされるタンパク質に結合する、方法が、本明細書において提供される。
一部の実施形態では、がんは、乳がん、肺がん、非小細胞肺がん、膵臓がん、結腸直腸がん、子宮がん、黒色腫、卵巣がん、前立腺がん、子宮内膜がん、慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、および肝臓がんからなる群から選択される。一部の実施形態では、対象は、抗エストロゲン療法に対して耐性であるか、ＭＳＩ乳がんであるか、転移性乳がんであるか、Ｈｅｒ２陰性乳がんであるか、Ｈｅｒ２陽性乳がんであるか、ＥＲ陰性乳がんであるか、ＥＲ陽性乳がんであるか、再発性乳がんであるか、転移性乳がんであるか、またはこれらの任意の組合せである、乳がんを有する。一部の実施形態では、乳がんは、突然変異を有するエストロゲン受容体を発現する。
一部の実施形態では、対象は、抗エストロゲン療法に対して耐性である乳がんを有する。一部の実施形態では、乳がんは、突然変異を有するエストロゲン受容体を発現する。一部の実施形態では、対象は、イブルチニブ療法に対して耐性であるＣＬＬを有する。一部の実施形態では、ＣＬＬは、突然変異、たとえば、Ｃ４８１Ｓ突然変異を有するブルトンチロシンキナーゼ（ＢＴＫ）を発現する。一部の実施形態では、対象は、チロシンキナーゼ阻害剤に対して耐性である肺がんを有する。一部の実施形態では、肺がんは、突然変異、たとえば、Ｔ７９０Ｍ、Ｌ７９２Ｆ、またはＣ７９７Ｓ突然変異を有する上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）を発現する。
一部の実施形態では、免疫応答は、対象において誘起される。一部の実施形態では、免疫応答は、体液性応答である。一部の実施形態では、免疫応答は、細胞傷害性Ｔ細胞応答である。
一部の実施形態では、本方法は、少なくとも１つの追加の治療剤またはモダリティを投与するステップをさらに含む。一部の実施形態では、少なくとも１つの追加の治療剤またはモダリティは、外科手術、チェックポイント阻害剤、抗体もしくはその断片、化学療法剤、放射線、ワクチン、小分子、Ｔ細胞、ベクター、およびＡＰＣ、ポリヌクレオチド、腫瘍溶解性ウイルス、またはこれらの任意の組合せである。一部の実施形態では、少なくとも１つの追加の治療剤は、抗ＰＤ－１剤および抗ＰＤ－Ｌ１剤、抗ＣＴＬＡ－４剤、または抗ＣＤ４０剤である。一部の実施形態では、追加の治療剤は、本明細書に記載される医薬組成物を投与する前、それと同時、または後に、投与される。
一部の実施形態では、投与するステップは、皮下または静脈内投与することを含む。
一部の実施形態では、対象は、ＣＤＫ４／６阻害剤と組み合わせた内分泌療法の後に疾患進行を有した対象である。
Ｔ細胞集団を含む試料からネオ抗原特異的Ｔ細胞を特定するステップと、抗原提示細胞（ＡＰＣ）によって提示されるペプチド－ＭＨＣ複合体の１つまたは複数のペプチドを特定するステップと、ネオ抗原特異的Ｔ細胞由来のＴ細胞受容体（ＴＣＲ）の可変配列を特定するステップと、ＴＣＲ細胞において特定されたＴＣＲの可変配列を含む組換えＴＣＲを発現させるステップと、機能性アッセイを行うステップであって、機能性アッセイが、ＴＣＲ細胞を、特定された１つまたは複数のペプチドのうちの１つのペプチドを含むペプチド－ＭＨＣ複合体と接触させることを含む、ステップとを含む、方法が、本明細書において提供される。
一部の実施形態では、本方法は、ネオ抗原特異的Ｔ細胞を含む細胞集団を含む試料を得るステップを含む。一部の実施形態では、試料を得るステップは、健常対象またはがんを有する対象に由来するＴ細胞試料を得ることを含む。一部の実施形態では、Ｔ細胞試料は、健常ドナーに由来する。一部の実施形態では、Ｔ細胞試料は、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）試料である。
一部の実施形態では、ネオ抗原特異的Ｔ細胞を特定するステップにおいて、Ｔ細胞集団を、ネオ抗原ペプチドを含む少なくとも１つのペプチド－ＭＨＣ多量体複合体と接触させることを含む。一部の実施形態では、ネオ抗原特異的Ｔ細胞を特定するステップは、Ｔ細胞集団を、ネオ抗原ペプチドを含むペプチド－ＭＨＣ複合体と接触させることを含む。一部の実施形態では、ネオ抗原特異的Ｔ細胞を特定するステップは、Ｔ細胞集団を、ペプチド－ＭＨＣ複合体を含むＡＰＣと接触させることを含む。一部の実施形態では、ネオ抗原特異的Ｔ細胞を特定するステップは、Ｔ細胞集団から、ペプチド－ＭＨＣ複合体に特異的なＴ細胞を単離することをさらに含む。一部の実施形態では、ネオ抗原特異的Ｔ細胞を特定するステップは、Ｔ細胞集団から、ＴＣＲクローン性に基づいて、ペプチド－ＭＨＣ複合体に特異的なＴ細胞を特定または予測することをさらに含む。一部の実施形態では、ネオ抗原特異的Ｔ細胞由来のＴＣＲの可変配列を特定するステップは、ネオ抗原特異的Ｔ細胞を特定するステップの前に行われる。一部の実施形態では、ネオ抗原特異的Ｔ細胞由来のＴＣＲの可変配列を特定するステップは、１つまたは複数のネオ抗原特異的Ｔ細胞に由来する、可変配列をコードするＤＮＡ、ＲＮＡ、またはそれらの増幅産物をシーケンシングすることを含む。一部の実施形態では、ネオ抗原特異的Ｔ細胞由来のＴＣＲの可変配列を特定するステップは、単一のネオ抗原特異的Ｔ細胞に由来する、可変配列をコードするＤＮＡ、ＲＮＡ、またはそれらの増幅産物をシーケンシングすることを含む。一部の実施形態では、ネオ抗原特異的Ｔ細胞由来のＴＣＲの可変配列を特定するステップは、１つまたは複数のネオ抗原特異的Ｔ細胞に由来する、可変配列をコードするバーコード化ＤＮＡ、またはバーコード化ＲＮＡ、またはそれらの増幅産物をシーケンシングすることを含む。一部の実施形態では、ネオ抗原特異的Ｔ細胞由来のＴＣＲの可変配列を特定するステップは、ＴＣＲ－アルファ鎖とＴＣＲ－ベータ鎖とを対合させることを含む。
一部の実施形態では、組換えＴＣＲを発現させるステップは、特定された可変配列をコードする配列を含むポリヌクレオチドから特定された可変配列を発現させることを含む。一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、ベクターである。一部の実施形態では、ベクターは、ウイルスベクターである。一部の実施形態では、ウイルスベクターは、レンチウイルスベクターである。一部の実施形態では、組換えＴＣＲを発現させるステップは、ポリヌクレオチドを細胞に形質導入またはトランスフェクトすることを含む。一部の実施形態では、細胞は、Ｔ細胞株または健常ドナーのＰＭＢＣである。
一部の実施形態では、ＡＰＣによって提示されるペプチド－ＭＨＣ複合体の１つまたは複数のペプチドを特定するステップは、細胞において１つまたは複数のペプチドを発現させることを含む。一部の実施形態では、ＡＰＣによって提示されるペプチド－ＭＨＣ複合体の１つまたは複数のペプチドを特定するステップは、１つまたは複数のペプチドを、細胞のＭＨＣにロードすることを含む。一部の実施形態では、ＡＰＣによって提示されるペプチド－ＭＨＣ複合体の１つまたは複数のペプチドを特定するステップは、ペプチドＭＨＣ複合体から１つまたは複数のペプチドのうちの１つのペプチドを溶出させるかまたは単離することを含む。一部の実施形態では、ＡＰＣによって提示されるペプチド－ＭＨＣ複合体の１つまたは複数のペプチドを特定するステップは、ペプチド－ＭＨＣ複合体から単離または溶出された１つまたは複数のペプチドのうちの１つのペプチドに、質量分析を行うことを含む。一部の実施形態では、機能性アッセイを行うステップは、１つまたは複数の細胞マーカーの発現を判定することを含む。一部の実施形態では、１つまたは複数の細胞マーカーは、ＴＮＦ－α、ＩＦＮ－γ、ＬＡＭＰ－１、４－１ＢＢ、ＩＬ－２、ＩＬ－１７Ａ、グランザイムＢ、ＰＤ－１、ＣＤ２５、ＣＤ６９、ＴＩＭ３、ＬＡＧ３、ＣＴＬＡ－４、ＣＤ６２Ｌ、ＣＤ４５ＲＡ、ＣＤ４５ＲＯ、ＦｏｘＰ３、またはこれらの任意の組合せを含む。
参照による組込み
本明細書において言及されるすべての刊行物、特許、および特許出願は、それぞれ個別の刊行物、特許、または特許出願が、具体的かつ個別に参照により組み込まれると示されるのと同程度に、参照により本明細書に組み込まれる。
本発明の新規な特性は、添付の特許請求の範囲に詳細に記載されている。本発明の特性および利点のより良好な理解は、本発明の原理が用いられる例示的な実施形態を記載する以下の詳細な説明、およびその添付の図面を参照することによって得られるであろう。
本発明は、例えば、以下の項目を提供する。
(項目１)
配列番号５２に記載されるアミノ酸配列を有する相補性決定領域３（ＣＤＲ３）を含むＴ細胞受容体（ＴＣＲ）ベータ鎖構築物を含むＴＣＲをコードする組換え核酸。
(項目２)
前記Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）ベータ鎖構築物が、相補性決定領域１（ＣＤＲ１）および相補性決定領域２（ＣＤＲ２）をさらに含み、前記ＣＤＲ１が、配列番号５０に記載されるアミノ酸配列を有し、前記ＣＤＲ２が、配列番号５１に記載されるアミノ酸配列を有する、項目１に記載のＴＣＲをコードする組換え核酸。
(項目３)
前記Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）ベータ鎖構築物が、配列番号５８に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む、項目１または２に記載のＴＣＲをコードする組換え核酸。
(項目４)
前記Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）ベータ鎖構築物が、配列番号５８に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する可変領域を含む、先行する項目のいずれか一項に記載のＴＣＲをコードする組換え核酸。
(項目５)
前記Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）ベータ鎖構築物が、配列番号５８に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する可変領域を含む、先行する項目のいずれか一項に記載のＴＣＲをコードする組換え核酸。
(項目６)
前記Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）ベータ鎖構築物が、配列番号５８に記載されるアミノ酸配列を有する可変領域を含む、先行する項目のいずれか一項に記載のＴＣＲをコードする組換え核酸。
(項目７)
ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を有するＴ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物をさらに含み、
前記ＣＤＲ１が、配列番号４７に記載されるアミノ酸配列を有し、
前記ＣＤＲ２が、配列番号４８に記載されるアミノ酸配列を有し、
前記ＣＤＲが、配列番号４９に記載されるアミノ酸配列を有する、先行する項目のいずれか一項に記載のＴＣＲをコードする組換え核酸。
(項目８)
（ａ）配列番号５６または５７と少なくとも８０％の配列同一性を有し、少なくとも配列番号５２をコードする配列を含む、配列、および
（ｂ）配列番号５３または５４と少なくとも８０％の配列同一性を有し、少なくとも配列番号４９をコードする配列を含む、配列
を含む、先行する項目のいずれか一項に記載の組換え核酸。
(項目９)
前記Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物が、配列番号５５に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む、先行する項目のいずれか一項に記載のＴＣＲをコードする組換え核酸。
(項目１０)
前記Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物が、配列番号５５に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する可変領域を含む、先行する項目のいずれか一項に記載のＴＣＲをコードする組換え核酸。
(項目１１)
前記Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物が、配列番号５５に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する可変領域を含む、先行する項目のいずれか一項に記載のＴＣＲをコードする組換え核酸。
(項目１２)
前記Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物が、配列番号５５に記載されるアミノ酸配列を有する可変領域を含む、先行する項目のいずれか一項に記載のＴＣＲをコードする組換え核酸。
(項目１３)
前記ＴＣＲが、
（ａ）配列番号６０に記載されるアミノ酸配列または配列番号６０に対して少なくとも８０％同一であるアミノ酸配列を有する、ベータ鎖、
（ｂ）配列番号５９に記載されるアミノ酸配列または配列番号５９に対して少なくとも８０％同一であるアミノ酸配列を有する、アルファ鎖
を含む、項目１に記載のＴＣＲをコードする組換え核酸。
(項目１４)
前記ＴＣＲが、突然変異Ｇ１２Ｖを含むヒトＲＡＳ由来のエピトープに結合する、先行する項目のいずれか一項に記載のＴＣＲをコードする組換え核酸。
(項目１５)
ＴＣＲベータ鎖構築物およびＴＣＲアルファ鎖構築物を含むＴＣＲをコードする組換え核酸であって、前記ＴＣＲベータ鎖構築物が配列番号５３７および５６３から選択されるアミノ酸配列を有する相補性決定領域３（ＣＤＲ３）を含む、組換え核酸。
(項目１６)
配列番号５３７のアミノ酸配列を有するＣＤＲ３を含む前記ＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号５４１に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有する可変領域を含む、項目１５に記載の組換え核酸。
(項目１７)
前記ＴＣＲアルファ鎖構築物が、配列番号５３９または配列番号５５２に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有する可変領域を含む、項目１６に記載の組換え核酸。
(項目１８)
配列番号５６３のアミノ酸配列を有するＣＤＲ３を含む前記ＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号５６７に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する可変領域を含む、項目１５に記載の組換え核酸。
(項目１９)
前記ＴＣＲアルファ鎖構築物を含む前記ＴＣＲが、配列番号５６５に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有する可変領域を含む、項目１８に記載の組換え核酸。
(項目２０)
項目１から１９のいずれか一項に記載の組換え核酸を含む、ベクター。
(項目２１)
項目１から１９のいずれか一項に記載の組換え核酸または項目２０に記載のベクターを含む、細胞。
(項目２２)
（ａ）ＴＣＲベータ鎖構築物、および
（ｂ）ＴＣＲアルファ鎖構築物
を含むＴＣＲ構築物をコードする組換え核酸であって、
前記ＴＣＲが、点突然変異Ｇ１２ＶまたはＧ１２Ｃを含むヒトＲＡＳ由来のエピトープを認識しそれに結合し、前記エピトープが、ヒトＭＨＣ－タンパク質複合体であり、前記ヒトＭＨＣ－タンパク質が、ＨＬＡ Ａ０３：０１対立遺伝子によってコードされるＨＬＡ抗原である、組換え核酸。
(項目２３)
前記ＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号６８に記載されるアミノ酸配列を有するＣＤＲ３を含む、項目２２に記載の組換え核酸。
(項目２４)
前記Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）ベータ鎖構築物が、相補性決定領域１（ＣＤＲ１）および相補性決定領域２（ＣＤＲ２）をさらに含み、前記ＣＤＲ１が、配列番号６６に記載されるアミノ酸配列を有し、前記ＣＤＲ２が、配列番号６７に記載されるアミノ酸配列を有する、項目２２に記載のＴＣＲをコードする組換え核酸。
(項目２５)
ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を有するＴ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物をさらに含み、
前記ＣＤＲ１が、配列番号６３に記載されるアミノ酸配列を有し、
前記ＣＤＲ２が、配列番号６４に記載されるアミノ酸配列を有し、
前記ＣＤＲが、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を有する、項目２３または２４に記載のＴＣＲをコードする組換え核酸。
(項目２６)
前記Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）ベータ鎖構築物が、配列番号７４に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、または少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％の配列同一性を有する可変領域を含む、項目２３から２５のいずれか一項に記載のＴＣＲをコードする組換え核酸。
(項目２７)
前記Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）ベータ鎖構築物が、配列番号７４に記載されるアミノ酸配列を有する可変領域を含む、項目２３から２６のいずれか一項に記載のＴＣＲをコードする組換え核酸。
(項目２８)
前記Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物が、配列番号７１に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、または少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％の配列同一性を有する可変領域を含む、項目２３から２７のいずれか一項に記載のＴＣＲをコードする組換え核酸。
(項目２９)
前記Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物が、配列番号７１に記載されるアミノ酸配列を有する可変領域を含む、項目２３から２８のいずれか一項に記載のＴＣＲをコードする組換え核酸。
(項目３０)
項目２３から２９のいずれか一項に記載の組換え核酸を含む、ベクター。
(項目３１)
項目２３から２９のいずれか一項に記載の組換え核酸または項目３０に記載のベクターのうちのいずれか１つを含む、細胞。
(項目３２)
前記ＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号８４に記載されるアミノ酸配列を有するＣＤＲ３を含む、項目２２に記載の組換え核酸。
(項目３３)
前記Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）ベータ鎖構築物が、相補性決定領域１（ＣＤＲ１）および相補性決定領域２（ＣＤＲ２）をさらに含み、前記ＣＤＲ１が、配列番号８２に記載されるアミノ酸配列を有し、前記ＣＤＲ２が、配列番号８３に記載されるアミノ酸配列を有する、項目３２に記載のＴＣＲをコードする組換え核酸。
(項目３４)
ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を有するＴ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物をさらに含み、
前記ＣＤＲ１が、配列番号７９に記載されるアミノ酸配列を有し、
前記ＣＤＲ２が、配列番号８０に記載されるアミノ酸配列を有し、
前記ＣＤＲ３が、配列番号８１に記載されるアミノ酸配列を有する、項目３２または３３に記載のＴＣＲをコードする組換え核酸。
(項目３５)
前記Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）ベータ鎖構築物が、配列番号９０に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、または少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％の配列同一性を有する可変領域を含む、項目３２から３４のいずれか一項に記載のＴＣＲをコードする組換え核酸。
(項目３６)
前記Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）ベータ鎖構築物が、配列番号９０に記載されるアミノ酸配列を有する可変領域を含む、項目３２から３５のいずれか一項に記載のＴＣＲをコードする組換え核酸。
(項目３７)
前記Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物が、配列番号８７に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、または少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％の配列同一性を有する可変領域を含む、項目３２から３６のいずれか一項に記載のＴＣＲをコードする組換え核酸。
(項目３８)
前記Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物が、配列番号８７に記載されるアミノ酸配列を有する可変領域を含む、項目３２から３７のいずれか一項に記載のＴＣＲをコードする組換え核酸。
(項目３９)
項目３２から３８のいずれか一項に記載の組換え核酸を含む、ベクター。
(項目４０)
項目３２から３８のいずれか一項に記載の組換え核酸または項目３９に記載のベクターのうちのいずれか１つを含む、細胞。
(項目４１)
前記ＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号３８８に記載されるアミノ酸配列を有するＣＤＲ３を含む、項目２２に記載の組換え核酸。
(項目４２)
前記Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）ベータ鎖構築物が、相補性決定領域１（ＣＤＲ１）および相補性決定領域２（ＣＤＲ２）をさらに含み、前記ＣＤＲ１が、配列番号３８６に記載されるアミノ酸配列を有し、前記ＣＤＲ２が、配列番号３８７に記載されるアミノ酸配列を有する、項目４１に記載のＴＣＲをコードする組換え核酸。
(項目４３)
ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を有するＴ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物をさらに含み、
前記ＣＤＲ１が、配列番号３８３に記載されるアミノ酸配列を有し、
前記ＣＤＲ２が、配列番号３８４に記載されるアミノ酸配列を有し、
前記ＣＤＲが、配列番号３８５に記載されるアミノ酸配列を有する、項目４１または４２に記載のＴＣＲをコードする組換え核酸。
(項目４４)
前記Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）ベータ鎖構築物が、配列番号３９４に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、または少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％の配列同一性を有する可変領域を含む、項目４１から４３のいずれか一項に記載のＴＣＲをコードする組換え核酸。
(項目４５)
前記Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）ベータ鎖構築物が、配列番号３９４に記載されるアミノ酸配列を有する可変領域を含む、項目４１から４４のいずれか一項に記載のＴＣＲをコードする組換え核酸。
(項目４６)
前記Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物が、配列番号３９１に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、または少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％の配列同一性を有する可変領域を含む、項目３２から３６のいずれか一項に記載のＴＣＲをコードする組換え核酸。
(項目４７)
前記Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物が、配列番号３９１に記載されるアミノ酸配列を有する可変領域を含む、項目３２から３７のいずれか一項に記載のＴＣＲをコードする組換え核酸。
(項目４８)
項目４１から４７のいずれか一項に記載の組換え核酸を含む、組換えベクター。
(項目４９)
項目４１から４７のいずれか一項に記載の組換え核酸または項目４８に記載のベクターのうちのいずれか１つを含む、細胞。
(項目５０)
エピトープが、８～２５個のアミノ酸の長さを有する、項目１から４９のいずれか一項に記載の核酸。
(項目５１)
エピトープが、野生型エピトープとは少なくとも１つのアミノ酸が異なる突然変異を含む、項目１から５０のいずれか一項に記載の核酸。
(項目５２)
エピトープが、対応する野生型エピトープよりも高い親和性で、前記ヒトＭＨＣに結合する、項目１から５１のいずれか一項に記載の核酸。
(項目５３)
エピトープが、５００ｎＭ未満、２５０ｎＭ未満、１５０ｎＭ未満、１００ｎＭ未満、５０ｎＭ未満、２５ｎＭ未満、または１０ｎＭ未満のＫＤまたはＩＣ５０で、前記ヒトＭＨＣに結合する、項目１から５２のいずれか一項に記載の核酸。
(項目５４)
突然変異が、対象の非がん細胞には存在しない、項目１から５３のいずれか一項に記載の核酸。
(項目５５)
前記ＴＣＲが、５００ｎＭ未満、２５０ｎＭ未満、１５０ｎＭ未満、１００ｎＭ未満、５０ｎＭ未満、２５ｎＭ未満、または１０ｎＭ未満のＫＤまたはＩＣ５０で、ＭＨＣ－ペプチド複合体に結合する、項目１から５４のいずれか一項に記載の核酸。
(項目５６)
プロモーターに作動可能に連結されている、項目１から５５のいずれか一項に記載の核酸。
(項目５７)
ＣＤ４＋Ｔ細胞である、項目２１、３１、４０、および４９のいずれか一項に記載の細胞。
(項目５８)
ＣＤ８＋Ｔ細胞である、項目２１、３１、４０、および４９のいずれか一項に記載の細胞。
(項目５９)
ＲＡＳ突然変異を有する対象から単離される、項目２１、３１、４０、および４９のいずれか一項に記載の細胞。
(項目６０)
（ａ）項目１から５６のいずれか一項に記載の核酸、または項目１５、２５、３４、４３のいずれか一項に記載のベクター、または
項目１６、２６、３５、４４のいずれか一項に記載の細胞と、
（ｂ）薬学的に許容される賦形剤または希釈剤と
を含む、医薬組成物。
(項目６１)
免疫調節剤またはアジュバントをさらに含む、項目５５に記載の医薬組成物。
(項目６２)
アジュバントが、ポリＩ：Ｃである、項目５６に記載の医薬組成物。
(項目６３)
免疫疾患またはがんを処置する際の使用のための、項目６０から６２のいずれか一項に記載の医薬組成物。
(項目６４)
免疫疾患またはがんを処置するための、項目６０から６２のいずれか一項に記載の医薬組成物の使用。
(項目６５)
疾患または状態を有する対象を処置する方法であって、前記対象に、項目６０から６３のいずれか一項に記載の医薬組成物を投与するステップを含む、方法。
(項目６６)
がんを有する対象を処置する方法であって、前記対象に、項目６０から６３のいずれか一項に記載の医薬組成物を投与するステップを含む、方法。
(項目６７)
がんを有する対象を治療の候補として特定する方法であって、前記対象を、ＨＬＡ－Ａ０３：０１対立遺伝子またはＨＬＡ－Ａ１１：０１対立遺伝子によってコードされるタンパク質を発現する対象として判定するステップを含み、前記治療が、項目６０から６３のいずれか一項から選択される医薬組成物である、方法。
図１は、抗原特異的ＴＣＲの特定および分析の作業フローを示す。健常ドナーに由来するＰＢＭＣを、目的の抗原で刺激することができ、その後に、抗原特異的Ｔ細胞を、ペプチド－ＭＨＣ多量体により特定することができる（左）。抗原特異的Ｔ細胞を、単離することができ、ＴＣＲを、シーケンシングおよび分析することができる（中央左）。ＴＣＲは、細胞株またはＰＢＭＣにおいて合成し、発現させることができ、特異性を、ペプチド－ＭＨＣ多量体によって再度確認することができる（中央右）。ＴＣＲを発現する細胞株またはＰＢＭＣを、次いで、抗原を発現する細胞株とともに共培養して、ＴＣＲの機能性を確認することができる（右）。
図２は、抗原特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞発現の例示的な概略図である。ＰＢＭＣを、目的の抗原およびサイトカインで刺激することができる。拡大させた後、抗原特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞を、ペプチド－ＭＨＣ多量体により特定することができる。
図３Ａは、組換えＴＣＲ構築物、および細胞におけるＴＣＲ構築物の発現のためのベクター設計の例示的な概略図である。
図３Ｂは、細胞に形質導入またはトランスフェクトするための組換えＴＣＲをコードするウイルスベクターの例示的な概略図である。
図４Ａは、ＲＡＳペプチドでの刺激に応答したＲＡＳ抗原特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞拡大の例示的なフローサイトメトリー分析を示す。
図４Ｂは、ピューロマイシン選択後に組換えＴＣＲを発現する多量体陽性細胞のうち上位１０％を分取した後の、ＲＡＳ抗原特異的Ｊｕｒｋａｔ細胞の例示的なフローサイトメトリー分析を示す。
図５は、ＲＡＳ Ｇ１２Ｖペプチドでの刺激に応答したＲＡＳ－ペプチド－ＨＬＡ－Ａ１１：０１複合体に特異的なＣＤ８＋Ｔ細胞の拡大（左）、ＲＡＳ Ｇ１２Ｃペプチドでの刺激に応答したＲＡＳ－ペプチド－ＨＬＡ－Ａ１１：０１複合体に特異的なＣＤ８＋Ｔ細胞の拡大（中央）、およびＲＡＳ Ｇ１２Ｄペプチドでの刺激に応答したＲＡＳ－ペプチド－ＨＬＡ－Ａ１１：０１複合体に特異的なＣＤ８＋Ｔ細胞の拡大（右）の例示的なフローサイトメトリー分析を示す。
図６Ａは、Ｇ１２ＶまたはＧ１２Ｃ突然変異体ＲＡＳペプチドに応答したＲＡＳ－ペプチド－ＨＬＡ－Ａ１１：０１複合体に特異的なＣＤ８＋Ｔ細胞の拡大の例示的なフローサイトメトリー分析（左）、プールしたヒットに由来するＴＣＲをシーケンシングした後のＴＣＲクローン存在度分析（中央）、およびＪｕｒｋａｔ細胞における組換えＴＣＲ発現後の上位２つの回収されたクローンの突然変異体と野生型とを対比した特異性の確認（右）を示す。
図６Ｂは、３つのＲＡＳ ＴＣＲ（ＲＡＳ ＴＣＲ－３、ＲＡＳ ＴＣＲ－４、ＲＡＳ ＴＣＲ－１１）の特異性（左）およびアビディティ（右）を評価するためのＴＣＲ機能性アッセイの実験結果を示す。グラフは、ＲＡＳ ＴＣＲを形質導入したＪｕｒｋａｔ細胞を、ＲＡＳ野生型、またはＲＡＳ突然変異体ペプチド（左）、または漸増量のＲＡＳ突然変異体ペプチド（右）のいずれかをロードしたＨＬＡ－Ａ１１：０１を発現するＡ３７５細胞とともに共培養した後のＩＬ－２産生を示す。
図７Ａは、ＴＣＲ機能性アビディティアッセイ（ペプチド力価測定）の実験結果を示す。グラフは、ＲＡＳ ＴＣＲを形質導入したＪｕｒｋａｔ細胞を、漸増量のＲＡＳ野生型またはＲＡＳ突然変異体ペプチドをロードしたＨＬＡ－Ａ１１：０１を発現するＡ３７５細胞とともに共培養した後のＩＬ－２産生を示す。
図７Ｂは、ＲＡＳ ＴＣＲ－４を形質導入したＪｕｒｋａｔ細胞を、ＨＬＡ－Ａ１１：０１のみを発現するように改変したか、ＨＬＡ－Ａ１１：０１およびＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖ突然変異を発現するように改変したか、またはＨＬＡ－Ａ１１：０１および無関係の突然変異を発現するように改変したＡ３７５細胞とともに共培養した後のＩＬ－２産生を示す例示的なグラフを示す。
図８Ａは、操作なし、ＨＬＡ－Ａ１１：０１に加えてＲＡＳ Ｇ１２Ｖペプチドの発現を付加したもの、およびＨＬＡ－Ａ１１：０１の発現のみを有する、天然のＲＡＳ Ｇ１２Ｖ突然変異体ＳＷ６２０結腸がん細胞株とともに共培養した後の、ＲＡＳ ＴＣＲ－４を形質導入したＰＢＭＣからのＩＦＮγ分泌を示す例示的なグラフを示す。
図８Ｂは、ＲＡＳ ＴＣＲを形質導入したＰＢＭＣとともに共培養した後の、操作なし、ＨＬＡ－Ａ１１：０１に加えてＲＡＳ Ｇ１２Ｖペプチドの発現を付加したもの、およびＨＬＡ－Ａ１１：０１の発現のみを有する、天然のＲＡＳ Ｇ１２Ｖ 突然変異体ＳＷ６２０結腸がん細胞株におけるカスパーゼ－３活性化を示す例示的なグラフを示す。
図８Ｃは、漸増範囲のＰＢＭＣの標的に対する比にわたる、無関係のＴＣＲ（左）またはＲＡＳ ＴＣＲ－４（右）を形質導入したＰＢＭＣを、ＨＬＡ－Ａ１１：０１およびＧＦＰを発現するＳＷ６２０標的腫瘍細胞とともに共培養した、細胞傷害性アッセイの実験結果を示す。ＧＦＰシグナルによって測定した７２時間にわたる標的細胞の成長（上部）およびアネキシンＶシグナル伝達によって測定した標的細胞の死滅（下部）を示すグラフは、ＲＡＳ ＴＣＲを形質導入したＰＢＭＣが、標的細胞を効果的に殺滅させることを示す。
図８Ｄは、漸増範囲のＰＢＭＣの標的に対する比にわたる、無関係のＴＣＲ（左）またはＲＡＳ ＴＣＲ－４（右）を形質導入したＰＢＭＣを、ＳＮＧ－Ｍ標的腫瘍細胞とともに共培養した、細胞傷害性アッセイの実験結果を示す。アネキシンＶシグナル伝達によって測定した７２時間にわたる標的細胞の死滅を示すグラフは、ＲＡＳ ＴＣＲを形質導入したＰＢＭＣが、標的細胞を殺滅させることを示す。
図８Ｅは、ＲＡＳ ＴＣＲ－４の安全性スクリーニングの実験結果を示す。ＲＡＳ ＴＣＲを形質導入したＪｕｒｋａｔ細胞を、同種ＲＡＳ Ｇ１２Ｖエピトープまたは同種エピトープの１つの位置がアラニンに変更されているペプチドをロードしたＨＬＡ－Ａ１１：０１を発現するＡ３７５細胞とともに共培養した後の、ＩＬ－２産生を示すグラフを、左側に示す。ＲＡＳ ＴＣＲを形質導入したＪｕｒｋａｔ細胞を、ＲＡＳ Ｇ１２Ｖエピトープまたは初回安定性スクリーニングにより特定されたペプチドをロードしたＨＬＡ－Ａ１１：０１を発現するＡ３７５細胞とともに共培養した後の、ＩＬ－２産生を示すグラフを、中央に示す。ＲＡＳ ＴＣＲを形質導入したＪｕｒｋａｔ細胞を、Ｐｅｒｉｌｉｐｉｎ４を形質導入し、ＲＡＳ Ｇ１２ＶペプチドまたはＰｅｒｉｌｉｐｉｎ４ペプチドをロードしたかまたはペプチドなしのＨＬＡ－Ａ１１：０１を発現するＡ３７５細胞とともに共培養した後の、ＩＬ－２産生を示すグラフを、右側に示す（右）。
図８Ｆは、ＲＡＳ ＴＣＲ－２６およびＲＡＳ ＴＣＲ－２７を特定するために使用した作業フローを示す。ＲＡＳ Ｇ１２Ｖペプチドでの刺激に応答したＲＡＳ－ペプチド－ＨＬＡ－Ａ１１：０１複合体に特異的なＣＤ８＋Ｔ細胞の拡大のフローサイトメトリー分析を、上部左に示す。拡大したＣＤ８＋Ｔ細胞との共培養後５４時間にわたるＨＬＡ－Ａ１１：０１およびＧＦＰを発現する標的Ａ３７５細胞の細胞成長の測定を、上部右に示す。この実験では、ペプチドの存在下で拡大させたＴ細胞を、示される量のペプチドをロードしたＡ３７５細胞とともにインキュベートした。漸増量または突然変異体ＲＡＳペプチドをロードした標的細胞を、野生型ペプチドを用いた対照に対して正規化して比較する、４８時間の時点での計算された特異的細胞傷害性を、下部左に示す。下部右には、多量体陽性細胞の単一細胞ＴＣＲシーケンシング後のＴＣＲアルファおよびＴＣＲベータＣＤＲ３領域の相対存在度を示す。左側の円グラフにおいて、図８Ｆは、配列番号６０３として、「ＣＡＶＫＧＧＧＳＧＴＹＫＹＩＦ」、配列番号６０４として、「ＣＡＶＧＮＮＱＧＧＫＬＩＦ」、配列番号６０５として、「ＣＡＧＰＮＴＮＡＧＫＳＴＦ」、配列番号６０６として、「ＣＡＡＳＩＡＤＧＱＫＬＬＦ」、配列番号６０７として、「ＣＡＹＩＤＡＧＮＱＦＹＦ」、配列番号６０８として、「ＣＡＶＲＧＤＳＧＧＧＡＤＧＬＴＦ」、配列番号６０９として、「ＣＡＶＤＩＩＧＧＫＳＴＦ」および配列番号６１０として、「ＣＡＡＮＡＧＧＴＳＹＧＫＬＴＦ」を開示する。右側の円グラフにおいて、図８Ｆは、配列番号６１１として「ＣＡＳＳＦＦＰＴＳＴＧＲＴＤＴＱＹＦ」、配列番号６１２として「ＣＡＳＳＧＰＧＰＲＧＦＮＥＱＦＦ」、配列番号６１３として「ＣＡＳＳＬＧＱＤＴＥＡＦＦ」、配列番号６１４として「ＣＡＳＳＥＳＧＳＧＥＫＬＦＦ」、配列番号６１５として「ＣＡＳＩＴＰＲＤＥＱＦＦ」および配列番号６１６として「ＣＡＳＳＥＷＧＳＴＧＥＬＦＦ」を開示する。
図８Ｇは、ＲＡＳ ＴＣＲ－２８を特定するために使用した作業フローを示す。ＲＡＳ Ｇ１２Ｖペプチドでの刺激に応答したＲＡＳ－ペプチド－ＨＬＡ－Ａ１１：０１複合体に特異的なＣＤ８＋Ｔ細胞の拡大のフローサイトメトリー分析を、上部左に示す。拡大したＣＤ８＋Ｔ細胞との共培養後５４時間にわたる、ＨＬＡ－Ａ１１：０１およびＧＦＰを発現する、様々な用量のペプチドをロードした、標的Ａ３７５細胞の細胞成長の測定を、上部右に示す。データは、細胞成長とペプチド用量との良好な逆相関を示し、これにより、ペプチドに対するＴＣＲの特異性が示される。漸増量または突然変異体ＲＡＳペプチドをロードした標的細胞を、野生型ペプチドを用いた対照に対して正規化して比較する、４８時間の時点での計算された特異的細胞傷害性を、下部左に示す。下部右には、多量体陽性細胞の単一細胞ＴＣＲシーケンシング後のＴＣＲアルファおよびＴＣＲベータＣＤＲ３領域の相対存在度を示す。左側の円グラフにおいて、図８Ｇは、配列番号６１７として、「ＣＡＭＲＥＧＲＧＡＧＮＮＲＫＬＩＷ」、配列番号６１８として、「ＣＡＬＳＥＡＧＬＧＧＧＫＬＩＦ」および配列番号６１９として、「ＣＡＡＳＡＶＧＱＥＹＧＮＫＬＶＦ」を開示する。右側の円グラフにおいて、図８Ｇは、配列番号６２０として、「ＣＡＳＳＱＤＲＬＡＧＤＹＥＱＹＦ」および配列番号６２１として、「ＣＡＳＳＥＹＴＭＧＴＱＹＦ」を開示する。
図９は、ＲＡＳ Ｇ１２Ｖペプチドでの刺激に応答したＲＡＳ－ペプチド－ＨＬＡ－Ａ０３：０１複合体に特異的なＣＤ８＋Ｔ細胞の拡大（左）、およびＲＡＳ Ｇ１２Ｃペプチドでの刺激に応答したＲＡＳ－ペプチド－ＨＬＡ－Ａ０３：０１複合体に特異的なＣＤ８＋Ｔ細胞の拡大（右）の例示的なフローサイトメトリー分析を示す。
図１０Ａは、図９に示される試料の抗原特異的ＴＣＲの特定および分析の作業フローを示す。
図１０Ｂは、図９に示される試料の抗原特異的ＴＣＲの特定の作業フローを示す。
図１０Ｃは、ＴＣＲ機能性アビディティアッセイ（ペプチド力価測定）の実験結果を示す。ＲＡＳ ＴＣＲ－５を形質導入したＪｕｒｋａｔ細胞を、漸増量のＲＡＳ野生型またはＲＡＳ突然変異体ペプチドをロードしたＨＬＡ－Ａ０３：０１を発現するＡ３７５細胞とともに共培養した後のＩＬ－２産生を示すグラフを、左側に示す。ＲＡＳ ＴＣＲ－６を形質導入したＪｕｒｋａｔ細胞を、漸増量のＲＡＳ野生型またはＲＡＳ突然変異体ペプチドをロードしたＨＬＡ－Ａ０３：０１を発現するＡ３７５細胞とともに共培養した後のＩＬ－２産生を示すグラフを、右側に示す。
図１０Ｄは、漸増範囲のＰＢＭＣの標的に対する比にわたる、無関係のＴＣＲ（左）、ＲＡＳ ＴＣＲ－５（中央）、またはＲＡＳ ＴＣＲ－６（右）を形質導入したＰＢＭＣを、ＨＬＡ－Ａ０３：０１およびＧＦＰを発現するＡ３７５標的腫瘍細胞とともに共培養した、細胞傷害性アッセイの実験結果を示す。ＧＦＰシグナルによって測定した７２時間にわたる標的細胞の成長のグラフは、ＲＡＳ ＴＣＲを形質導入したＰＢＭＣが、標的細胞を効果的に殺滅させることを示す。
図１０Ｅは、無関係のＴＣＲ、ＲＡＳ ＴＣＲ－５、またはＲＡＳ ＴＣＲ－６を形質導入したＰＢＭＣを、ＮＣＩ－Ｈ４４１標的腫瘍細胞とともに共培養した、細胞傷害性アッセイの実験結果を示す。４８時間にわたる標的細胞におけるアネキシンＶシグナルの増加は、ＲＡＳ ＴＣＲが、この標的腫瘍細胞を認識し、それを殺滅させることができることを示す。
図１０Ｆは、ＲＡＳ ＴＣＲ－５（上部）およびＲＡＳ ＴＣＲ－６（下部）の安全性スクリーニングの実験結果を示す。グラフは、ＲＡＳ ＴＣＲを形質導入したＪｕｒｋａｔ細胞を、同種ＲＡＳ Ｇ１２Ｖエピトープまたは同種エピトープの１つの位置がアラニンに変更されているペプチドをロードしたＨＬＡ－Ａ１１：０１を発現するＡ３７５細胞とともに共培養した後のＩＬ－２産生を示す。
図１１は、ＧＡＴＡ３抗原特異的ＴＣＲの特定および分析の例示的な作業フローを示す。ＧＡＴＡ３突然変異体ペプチドでの刺激に応答したＧＡＴＡ３－ペプチド－ＨＬＡ－Ａ０２：０１複合体に特異的なＣＤ８＋Ｔ細胞の拡大の例示的なフローサイトメトリー分析を、左側に示す。
図１２Ａは、ＴＣＲ機能性アビディティアッセイ（ペプチド力価測定）の結果を示す。グラフは、ＧＡＴＡ３ ＴＣＲ－１を形質導入したＴ細胞を、漸増量のＧＡＴＡ３突然変異体ペプチドをロードまたは形質導入した細胞とともに共培養した後のＩＬ－２産生を示す。
図１２Ｂは、ＧＡＴＡ３ ＴＣＲを形質導入したＪｕｒｋａｔ細胞を、無関係のペプチドまたは突然変異体ＧＡＴＡ３ペプチドをロードした細胞、および無関係のベクターまたはＧＡＴＡ３ネオＯＲＦ突然変異をコードするベクターを形質導入した細胞とともに共培養した後のＩＬ－２産生を示すグラフを示す。
図１２Ｃは、対照ペプチドまたはＧＡＴＡ３突然変異体ペプチドを発現する２つの細胞試料におけるＩＦＮγ産生の上方制御を示すグラフを示す。
図１２Ｄは、対照ペプチドまたはＧＡＴＡ３突然変異体ペプチドを発現する２つの細胞試料におけるＣＤ８およびＣＤ１０７ａ陽性細胞のパーセントを示すグラフを示す。
図１２Ｅは、対照ペプチドまたはＧＡＴＡ３突然変異体ペプチドを発現する２つの細胞試料におけるカスパーゼ３陽性生細胞のパーセントを示すグラフを示す。
図１３は、ＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧ抗原特異的ＴＣＲの特定および分析の例示的な作業フローを示す。ＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧ突然変異体ペプチドでの刺激に応答したＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧ－ペプチド－ＨＬＡ－Ａ０２：０１複合体に特異的なＣＤ８＋Ｔ細胞の拡大の例示的なフローサイトメトリー分析を、左側に示す。
図１４は、ＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧ ＴＣＲ－１を形質導入したＪｕｒｋａｔ細胞を、操作していないか、無関係のペプチドをロードしたか、またはＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧペプチドをロードしたかのいずれかである２９３Ｔ細胞とともに共培養した後のＩＬ－２産生を示す例示的なグラフを示す。
図１５は、ＢＴＫ抗原特異的ＴＣＲの特定および分析の例示的な作業フローを示す。ＢＴＫ突然変異体ペプチドでの刺激に応答したＢＴＫ－ペプチド－ＨＬＡ－Ａ０２：０１複合体に特異的なＣＤ８＋Ｔ細胞の拡大の例示的なフローサイトメトリー分析を、左側に示す。
図１６Ａは、ＥＧＦＲ Ｔ７９０Ｍペプチドでの刺激に応答したＥＧＦＲ－ペプチド－ＨＬＡ－Ａ０２：０１複合体に特異的なＣＤ８＋Ｔ細胞の拡大の例示的なフローサイトメトリー分析を示す。図１６Ａのそれぞれのプロットは、ＥＧＦＲ Ｔ７９０Ｍペプチドによる代表的なＴ細胞拡大の試料（ウェル）を表す。細胞から得られたＴＣＲを、シーケンシングした。
図１６Ｂは、ＥＧＦＲ Ｔ７９０Ｍペプチドでの刺激に応答した、可能性のあるＥＧＦＲ－ペプチド－ＨＬＡ－Ａ０２：０１複合体に特異的なＣＤ８＋Ｔ細胞集団の例示的なフローサイトメトリー分析を示し、そのＴＣＲは、シーケンシングすべきものとして残されている。図１６Ｂのそれぞれのプロットは、ＥＧＦＲ Ｔ７９０Ｍペプチドに応答した代表的なＴ細胞拡大の試料（ウェル）を表す。
「約」または「およそ」という用語は、当業者によって判定される、特定の値に対する許容可能な誤差の範囲内であることを意味し、これは、部分的に、その値が、どのように測定または判定されるか、すなわち、測定システムの制限に依存するであろう。たとえば、「約」は、当該技術分野における慣例に従い、１または１を上回る標準偏差以内を意味し得る。あるいは、「約」は、所与の値の最大２０％、最大１０％、最大５％、または最大１％の範囲を意味し得る。あるいは、特に生物学的系またはプロセスに関して、この用語は、ある値の１桁以内、好ましくは５倍以内、より好ましくは２倍以内を意味し得る。特定の値が、本出願および特許請求の範囲に記載されている場合、別途示されない限り、「約」という用語は、その特定の値に想定されるべき許容可能な誤差の範囲内を意味する。
別途定義されない限り、本明細書において使用されるすべての技術用語および科学用語は、本開示が属する技術分野の当業者によって広く理解されているものと同じ意味を有する。本明細書に記載されるものと類似または同等な任意の方法および材料を、本開示の実施または試験において用いることもできるが、好ましい方法および材料が、ここに記載されている。１つまたは複数の特定の実施形態の詳細は、以下の説明に記載されている。
Ｉ．定義
別途示されない限り、「ＴＣＲ」という用語は、完全ＴＣＲ、ならびにその抗原結合性部分または抗原結合性断片（ＭＨＣ－ペプチド結合性断片とも称される）を包含すると理解されるものとする。一部の実施形態では、ＴＣＲは、インタクトまたは全長ＴＣＲである。一部の実施形態では、ＴＣＲは、全長ＴＣＲよりも短いが、ＭＨＣ分子に結合した（すなわち、その状況で）特定の抗原性ペプチド、すなわち、ＭＨＣ－ペプチド複合体に結合する、抗原結合性部分である。一部の場合には、ＴＣＲの抗原結合性部分または断片は、全長またはインタクトなＴＣＲの構造ドメインの一部のみしか含まない場合があるが、依然として、完全ＴＣＲが結合するエピトープ（たとえば、ＭＨＣ－ペプチド複合体）に結合することができる。一部の場合には、ＴＣＲの抗原結合性部分または断片は、ＴＣＲの可変ドメイン、たとえば、ＴＣＲの可変α鎖および可変β鎖を含み、これは、特定のＭＨＣ－ペプチド複合体、たとえば、概して、それぞれの鎖が３つの相補性決定領域を含む場所に結合するための結合部位を形成するのに十分である。抗原結合性ドメインであるかまたは抗原結合性ドメインに相同である結合性ドメインを有するポリペプチドまたはタンパク質が、含まれる。相補性決定領域（ＣＤＲ）がグラフトされたＴＣＲおよび他のヒト化ＴＣＲ（ＣＤＲ改変およびフレームワーク領域改変を含む）もまた、これらの用語によって企図される。免疫グロブリン鎖（たとえば、重鎖および軽鎖）にのみ参照がなされ得るが、開示される発明は、複数の他の異なる種類の対合配列、たとえば、Ｔ細胞受容体鎖対（ＴＣＲαおよびＴＣＲβ鎖、ならびにＴＣＲγおよびＴＣＲδ鎖）にも適用可能であり、免疫グロブリンに限定されないことに留意されたい。
「超可変領域」または「ＨＶＲ」と同義の「相補性決定領域」および「ＣＤＲ」という用語は、ＭＨＣ－ペプチド複合体に対する特異性および／または結合親和性を付与する、ＴＣＲ可変領域内のアミノ酸の非連続的な配列を指すことが、当該技術分野において公知である。一般に、それぞれのアルファ鎖可変領域に、３つのＣＤＲ（ＣＤＲ－Ｈ１、ＣＤＲ－Ｈ２、ＣＤＲ－Ｈ３）があり、それぞれのベータ鎖可変領域に、３つのＣＤＲ（ＣＤＲ－Ｌ１、ＣＤＲ－Ｌ２、ＣＤＲ－Ｌ３）がある。「フレームワーク領域」および「ＦＲ」は、アルファ鎖およびベータ鎖の可変領域の非ＣＤＲ部分を指すことが、当該技術分野において公知である。一般に、それぞれの全長アルファ鎖可変領域に、４つのＦＲ（ＦＲ－Ｈ１、ＦＲ－Ｈ２、ＦＲ－Ｈ３、およびＦＲ－Ｈ４）があり、それぞれの全長ベータ鎖可変領域に、４つのＦＲ（ＦＲ－Ｌ１、ＦＲ－Ｌ２、ＦＲ－Ｌ３、およびＦＲ－Ｌ４）がある。
「可変領域」または「可変ドメイン」という用語は、抗原－ＭＨＣ複合体へのＴＣＲの結合に関与する、ＴＣＲアルファ、ベータ、ガンマ、またはデルタ鎖のドメインを指す。天然のＴＣＲのアルファ鎖およびベータ鎖の可変ドメイン（それぞれ、ＶαおよびＶβ）、ならびにガンマ鎖およびデルタ鎖の可変ドメイン（それぞれ、ＶγおよびＶδ）は、一般に、類似の構造を有し、それぞれのドメインが、４つの保存されたフレームワーク領域（ＦＲ）および３つのＣＤＲを含んでいる。単一のＶαもしくはＶβドメイン、またはＶγもしくはＶδドメインが、ペプチド－ＭＨＣ複合体に対する結合特異性を付与するのに十分であり得る。
抗原結合性断片を含む、ＴＣＲ断片もまた、本明細書において提供される。一部の実施形態では、ＴＣＲは、全長可溶性ＴＣＲと称され得る、その抗原結合性部分、たとえば、その膜貫通領域および／または細胞質領域を含まない全長ＴＣＲのバリアントである。一部の実施形態では、ＴＣＲは、二量体ＴＣＲ（ｄＴＣＲ）である。一部の実施形態では、ＴＣＲは、一本鎖ＴＣＲ（ｓｃＴＣＲ）、たとえば、ＰＣＴ特許公開第ＷＯ２００３／０２０７６３号、同第ＷＯ２００４／０３３６８５号、または同第ＷＯ２０１１／０４４１８６号に記載される構造を有するｓｃＴＣＲである。ある特定の実施形態では、ＴＣＲは、アルファ鎖可変領域がベータ鎖可変領域に連結されたもの、たとえば、ｓｃＴｖを含む、一本鎖ＴＣＲ断片である。一部の実施形態では、ｓｃＴｖは、ｓｃＦｖとも称される。一本鎖ＴｖまたはｓｃＴｖは、一部の態様では、ＴＣＲの可変アルファまたはガンマ鎖（ＶαまたはＶγ）ドメインおよび可変ベータまたはデルタ鎖（ＶβまたはＶδ）ドメインを含むＴＣＲ断片を指し、ここで、これらのドメインは、単一のポリペプチド鎖で存在する。一般に、Ｔｖポリペプチドは、ＶαドメインとＶβドメインとの間、またはＶγドメインとＶδドメインとの間に、ｓｃＴｖが抗原結合のために所望される構造を形成するのを可能にする、ポリペプチドリンカーをさらに含む。ダイアボディは、一部の態様では、２つの抗原結合部位を有するＴＣＲ断片を指し、それらの断片は、同じポリペプチド鎖においてＶβに接続されたＶα（Ｖα－Ｖβ）または同じポリペプチド鎖においてＶδに接続されたＶγ（Ｖγ－Ｖδ）を含む。同じ鎖の２つのドメイン間での対合を可能にするには短すぎるリンカーを使用することによって、ドメインは、強制的に、別の鎖の相補性ドメインと対合することになり、２つの抗原結合部位が作製される。例示的なダイアボディは、たとえば、欧州特許第ＥＰ４０４０９７号および国際公開第ＷＯ９３１１１１６１号においてより詳細に記載されている。Ｆｖは、一部の態様では、完全なペプチド－ＭＨＣ複合体認識およびペプチド－ＭＨＣ複合体結合部位を含む、ＴＣＲ断片を指す。この領域は、１つのＴＣＲα鎖および１つのＴＣＲβ鎖、または１つのＴＣＲγ鎖および１つのＴＣＲδ鎖の緊密な非共有結合的会合での二量体からなる。それぞれの可変ドメインの３つのＣＤＲが相互作用して、Ｖα－Ｖβ二量体またはＶγ－Ｖδ二量体の表面上のペプチド－ＭＨＣ複合体結合部位が定まるのは、この構成においてである。まとめると、Ｖα－Ｖβ鎖またはＶγ－Ｖδ鎖のそれぞれからのＣＤＲのうちの１つまたは複数の組合せにより、ＴＣＲに、ペプチド－ＭＨＣ複合体結合特異性が付与される。たとえば、例として、ＣＤＲα３およびＣＤＲβ３またはＣＤＲγ３およびＣＤＲδ３は、レシピエントが選択したＴＣＲまたはその抗原結合性断片のＶα鎖およびＶβ鎖またはＶγ－Ｖδ鎖に移した場合、ＴＣＲに抗原結合特異性を付与するのに十分であり得、このＣＤＲの組合せを、結合、親和性などに関して試験することができることを、理解されたい。さらに、Ｔｖ断片の２つのドメイン（ＶαおよびＶβまたはＶγおよびＶδ）は、別個の遺伝子によってコードされるが、それらは、組換え方法を使用して、それらをＶαおよびＶβ鎖またはＶγおよびＶδ鎖の領域が対合して一価分子（一本鎖Ｔｖ（ｓｃＴｖ）として知られる）を形成する単一のタンパク質鎖として作製するのを可能にする合成リンカーによって、結合することができる。そのようなｓｃＴｖもまた、ＴＣＲのペプチド－ＭＨＣ複合体結合性部分に包含されることが意図される。
「二特異性ＴＣＲ」は、一部の態様では、２つの異なるペプチド－ＭＨＣ複合体または２つの異なる種類のペプチド－ＭＨＣ複合体に対する特異性を示すＴＣＲを指す。この用語は、本明細書で使用される場合、具体的に、限定することなく、標的ペプチド－ＭＨＣ複合体および特定の組織への送達を容易にする別のペプチド－ＭＨＣ複合体に対する結合特異性を示すＴＣＲを含む。同様に、多特異性ＴＣＲは、２つまたはそれよりも多くの結合特異性を有する。線形ＴＣＲは、一部の態様では、抗原結合性領域の対を形成するタンデムＦｄセグメントの対（たとえば、Ｖα－Ｃα１－Ｖα－Ｃα１）を指す。線形ＴＣＲは、二特異性または単一特異性であり得る。
「抗原結合性ドメイン」は、一部の態様では、ペプチド－ＭＨＣ複合体に特異的に結合する能力を保持するＴＣＲの１つまたは複数の断片を指す。そのような用語に含まれるＴＣＲ断片の非限定的な例としては、（ｉ）Ｖβ、Ｖα、Ｃβ、およびＣαドメインからなる一価の断片であるＴａｂ断片、（ｉｉ）ヒンジ領域においてジスルフィド架橋によって連結された２つのＴａｂ断片を含む二価の断片であるＴ（ａｂ’）２断片、（ｉｉｉ）ＶαおよびＣα１ドメインからなるＴｄ断片、（ｉｖ）ｓｃＴｖを含む、ＴＣＲの単一のアームのＶβおよびＶαドメインを含むＴｖ断片、（ｖ）Ｖαドメインを含むｄＡｂ断片（Wardet al., (1989) Nature 341:544 546）、ならびに（ｖｉ）単離されたＣＤＲが挙げられるが、これらに限定されない。この定義には、単一のアルファ鎖または単一のベータ鎖を有するＴＣＲが含まれる。
提供されるＴＣＲには、ヒト化およびヒトＴＣＲがある。「ヒト化」ＴＣＲは、すべてまたは実質的にすべてのＣＤＲアミノ酸残基が、非ヒトＣＤＲに由来し、すべてまたは実質的にすべてのＦＲアミノ酸残基が、ヒトＦＲに由来する、ＴＣＲである。ヒト化ＴＣＲは、必要に応じて、ヒトＴＣＲに由来するＴＣＲ定常領域の少なくとも一部分を含み得る。非ヒトＴＣＲの「ヒト化形態」は、典型的にはヒトに対する免疫原性を低減させるためにヒト化を受けているが、親非ヒトＴＣＲの特異性および親和性を保持する、非ヒトＴＣＲのバリアントを指す。一部の実施形態では、ヒト化ＴＣＲにおけるいくつかのＦＲ残基は、たとえば、ＴＣＲの特異性または親和性を回復または改善するために、非ヒトＴＣＲ（たとえば、ＣＤＲ残基が由来するＴＣＲ）に由来する対応する残基と置換される。「ヒトＴＣＲ」は、ヒトもしくはヒト細胞またはヒトＴＣＲレパートリーもしくはヒトＴＣＲライブラリーを含む他のヒトＴＣＲコーディング配列を利用する非ヒト源によって産生されるＴＣＲのものに対応するアミノ酸配列を有するＴＣＲである。この用語は、非ヒトペプチド－ＭＨＣ複合体結合性領域、たとえば、すべてまたは実質的にすべてのＣＤＲが非ヒトであるものを含む非ヒトＴＣＲのヒト化形態を除外する。ヒトＴＣＲは、抗原チャレンジに応答してインタクトなヒトＴＣＲまたはヒト可変領域を有するインタクトなＴＣＲを産生するように改変されているトランスジェニック動物に、免疫原を投与することによって、調製することができる。そのような動物は、典型的に、内因性ＴＣＲ遺伝子座を置き換えるか、または染色体外に存在するかもしくは動物の染色体にランダムに組み込まれる、ヒトＴＣＲ遺伝子座のすべてまたは一部分を含む。そのようなトランスジェニック動物において、内因性ＴＣＲ遺伝子座は、一般に、不活性化されている。ヒトＴＣＲはまた、ファージディスプレイおよび無細胞ライブラリーを含め、ヒトレパートリーに由来するＴＣＲコーディング配列を含むヒトＴＣＲライブラリーに由来し得る。
「がんネオ抗原」または「ネオ抗原」または「ネオエピトープ」という用語は、正常な突然変異されていない宿主ゲノムにおいてコードされない抗原を指し得る。ネオ抗原は、親抗原と比較して、１つまたは複数のアミノ酸改変を含む抗原に関し得る。たとえば、ネオ抗原は、腫瘍関連ネオ抗原であってもよく、ここで、「腫瘍関連ネオ抗原」という用語は、腫瘍特異的突然変異に起因してアミノ酸改変を含むペプチドまたはタンパク質を含み得る。一部の事例では、ネオ抗原は、腫瘍原性ウイルスタンパク質または体細胞突然変異の結果として生じる異常なタンパク質のいずれかを表す。たとえば、ネオ抗原は、ウイルスタンパク質の活性を通じた細胞機序の破壊によって生じ得る。別の例は、発癌性化合物の曝露であり得、これは、一部の場合には、体細胞突然変異を引き起こし得る。この体細胞突然変異が、最終的に、腫瘍／がんの形成をもたらし得る。ネオ抗原は、タンパク質における腫瘍特異的変化から生じる、１つのクラスの腫瘍抗原であり得る。ネオ抗原は、たとえば、タンパク質配列における置換、フレームシフト突然変異、融合ポリペプチド、インフレーム欠失、挿入、および内因性レトロウイルスポリペプチドの発現から生じる腫瘍抗原を包含するが、これらに限定されない。ネオエピトープは、参照物、たとえば、非罹患細胞、たとえば、非がん性細胞または生殖系細胞においては存在しないが、罹患細胞、たとえば、がん細胞において見出される、エピトープであり得る。これには、対応するエピトープが、正常な非罹患細胞または生殖系細胞に見出されるが、罹患細胞、たとえば、がん細胞における１つまたは複数の突然変異に起因して、エピトープの配列が、ネオエピトープを生じるように変化した状況が含まれる。
「エピトープ」は、一部の態様では、ＴＣＲの可変領域結合性ポケットとの結合相互作用を形成することができる、抗原または他の巨大分子の一部分を指す。一部の態様では、エピトープは、ＴＣＲの可変領域結合性ポケットとの結合相互作用を形成することができる、ペプチド－ＭＨＣ複合体の一部分を指す。そのような結合相互作用は、１つまたは複数のＣＤＲの１つまたは複数のアミノ酸残基との分子間接触として現れ得る。ペプチド－ＭＨＣ複合体の結合には、たとえば、Ｖα鎖およびＶβ鎖またはＶγ鎖もしくはＶδ鎖のＣＤＲ３、ＣＤＲ３対、または一部の事例では、最大で６つすべてのＣＤＲの相互作用が関与し得る。エピトープは、線形ペプチド配列であってもよく（すなわち、「連続的」）、または非連続的なアミノ酸配列から構成されてもよい（すなわち、「立体構造」もしくは「非連続的」）。ＴＣＲは、１つまたは複数のアミノ酸配列を認識し得る。したがって、エピトープは、１つを上回る異なるアミノ酸配列を定義し得る。一部の態様では、ＴＣＲは、ＭＨＣの状況にある１つまたは複数のアミノ酸配列またはエピトープを認識し得る。ＴＣＲによって認識されるエピトープは、当業者に周知のペプチドマッピングおよび配列分析技法によって判定することができる。結合相互作用は、ＣＤＲの１つまたは複数のアミノ酸残基との分子間接触として現れ得る。エピトープは、分子内の抗原性決定基、たとえば、抗原、すなわち、免疫系によって認識される、たとえば、特にＭＨＣ分子の状況で提示される場合にＴ細胞によって認識される、分子の一部または断片を指す。腫瘍抗原などのタンパク質のエピトープは、タンパク質の連続的または非連続的な部分を含み得、５～１００個、５～５０個、８～３０個、または１０～２５個のアミノ酸の長さであり得、たとえば、エピトープは、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、または２５個のアミノ酸の長さであり得る。
「結合」という用語は、たとえば、生理学的条件下における共有結合的相互作用、静電相互作用、疎水性相互作用、ならびにイオン性および／または水素結合相互作用に起因した、２つの分子間の直接的な会合を指し、これには、塩架橋および水架橋などの相互作用、ならびに任意の他の従来的な結合手段が含まれる。
一部の実施形態では、「特異的結合」を有するＴＣＲへの言及は、ＴＣＲが、ＴＣＲによって認識されるエピトープを含むペプチド－ＭＨＣ複合体以外の分子に対していずれの有意な結合も示さない状況を指す。この用語はまた、たとえば、抗原結合性ドメインが、いくつかのペプチド－ＭＨＣ複合体が保持する特定のエピトープに特異的である場合にも適用され、その場合には、ペプチド－ＭＨＣ複合体結合性ドメインを保持する選択されたＴＣＲまたはそのペプチド－ＭＨＣ複合体結合性断片は、そのエピトープを保持する様々なペプチド－ＭＨＣ複合体に結合することができるであろう。「優先的に結合する」または「特異的に結合する」という用語は、ＴＣＲまたはその断片が、それが無関係のアミノ酸配列に結合するよりも高い親和性で、あるエピトープに結合すること、およびそのエピトープを含む他のポリペプチドに対して相互反応性である場合には、ヒトへの投与用途で製剤化されるレベルで毒性でないことを意味する。一態様では、そのような親和性は、無関係のアミノ酸配列に対するＴＣＲまたはその断片の親和性よりも、少なくとも１倍高い、少なくとも２倍高い、少なくとも３倍高い、少なくとも４倍高い、少なくとも５倍高い、少なくとも６倍高い、少なくとも７倍高い、少なくとも８倍高い、少なくとも９倍高い、１０倍高い、少なくとも２０倍高い、少なくとも３０倍高い、少なくとも４０倍高い、少なくとも５０倍高い、少なくとも６０倍高い、少なくとも７０倍高い、少なくとも８０倍高い、少なくとも９０倍高い、少なくとも１００倍高い、または少なくとも１０００倍高い。
「親和性」という用語は、結合対の２つのメンバー（たとえば、ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）結合性ペプチドとクラスＩもしくはＩＩ ＨＬＡ、またはペプチド－ＨＬＡ複合体とＴ細胞受容体（ＴＣＲ））間の結合の強度の尺度を指す。親和性は、２つの作用物質の可逆的結合の平衡定数として表すことができ、ＫＤ、ＫＡ、Ｋｏｆｆ、またはＫｏｎとして表され得る。ＫＤは、結合対の２つのメンバー間の解離定数を指し、モル濃度の単位を有する。ＫＡは、結合対の２つのメンバー間の親和性定数を指し、解離定数の逆数である。親和性は、実験により、たとえば、市販入手可能なＢｉａｃｏｒｅ ＳＰＲユニットを使用して表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）によって判定することができる。Ｋｏｆｆは、結合対の２つのメンバーの解離速度定数（たとえば、ＨＬＡ結合性ペプチドとクラスＩもしくはＩＩ ＨＬＡ、またはペプチド－ＨＬＡ複合体とＴＣＲの解離速度定数）を指す。Ｋｏｎは、結合対の２つのメンバーの結合速度定数（たとえば、ＨＬＡ結合性ペプチドとクラスＩもしくはＩＩ ＨＬＡ、またはペプチド－ＨＬＡ複合体とＴＣＲの結合速度定数）を指す。結合性タンパク質のリガンドに対する親和性、たとえば、ＴＣＲのエピトープに対する親和性は、たとえば、約１００ナノモル（ｎＭ）～約０．１ｎＭ、約１００ｎＭ～約１ピコモル（ｐＭ）、または約１００ｎＭ～約１フェムトモル（ｆＭ）であり得る。「アビディティ」という用語は、２つまたはそれよりも多くの作用物質の複合体の、希釈後の解離に対する耐性を指す。
本開示全体を通じて、「結合データ」の結果は、「ＩＣ５０」という用語で表すことができる。親和性はまた、阻害濃度５０（ＩＣ５０）、すなわち結合対の第１のメンバー（たとえば、ペプチド）のうちの５０％が変位される濃度として表すことができる。同様に、ｌｎ（ＩＣ５０）は、ＩＣ５０の自然対数を指す。たとえば、ＩＣ５０は、結合アッセイにおいて、標識した参照ペプチドの結合の５０％の阻害が観察される、試験されるペプチドの濃度であり得る。アッセイが実行される条件（たとえば、限定的なＨＬＡタンパク質濃度および／または標識した参照ペプチド濃度）を考慮して、これらの値は、およそＫＤ値となり得る。結合を判定するためのアッセイは、当該技術分野において周知であり、たとえば、ＰＣＴ公開第ＷＯ９４／２０１２７号および同第ＷＯ９４／０３２０５号、ならびにSidneyet al., Current Protocols in Immunology 18.3.1 (1998)、Sidney,et al., J.Immunol. 154:247 (1995)、およびSette, et al., Mol. Immunol. 31:813(1994)などの他の刊行物において、詳細に記載されている。あるいは、結合は、参照標準ペプチドによる結合と比べて表すことができる。結合はまた、生細胞（たとえば、Ceppellinietal., Nature 339:392 (1989)、Christnick et al., Nature 352:67 (1991)、Busch etal.,
Int. Immunol. 2:443 (1990)、Hill et al., J. Immunol. 147:189 (1991)、delGuercio
et al., J. Immunol. 154:685 (1995)）、界面活性剤ライセートを使用した無細胞株（
たとえば、Cerundoloet al., J. Immunol. 21:2069 (1991)）、固定化した精製ＭＨＣ（
たとえば、Hill et al., J. Immunol.152, 2890 (1994)、Marshall et al., J. Immunol.
152:4946 (1994)）、ＥＬＩＳＡ系（たとえば、Reayet al., EMBO J. 11:2829 (1992)）、表面プラズモン共鳴（たとえば、Khilkoet al., J. Biol. Chem.268:15425 (1993)）
、高流量可溶相アッセイ（Hammer et al., J. Exp. Med. 180:2353 (1994)）、およびク
ラスＩ ＭＨＣ安定化またはアセンブリの測定（たとえば、Ljunggrenet al., Nature 346:476 (1990)、Schumacher etal., Cell 62:563 (1990)、Townsend etal., Cell 62:285
(1990)、Parker et al., J. Immunol. 149:1896 (1992)）を使用するものを含む、他の
アッセイ系を使用して、判定することもできる。
「主要組織適合複合体」という用語および「ＭＨＣ」という略語は、ＭＨＣクラスＩ分子およびＭＨＣクラスＩＩ分子を含み得、すべての脊椎動物において生じる遺伝子の複合体に関連し得る。ＭＨＣタンパク質または分子は、免疫反応においてリンパ球と抗原提示細胞または罹患細胞との間のシグナル伝達に重要であり得、ここで、ＭＨＣタンパク質または分子は、ペプチドに結合し、Ｔ細胞受容体による認識のために、それらを提示する。ＭＨＣによってコードされるタンパク質は、細胞の表面上に発現され得、自己抗原（細胞自体に由来するペプチド断片）および非自己抗原（たとえば、侵入した微生物の断片）の両方を、Ｔ細胞に提示することができる。ＭＨＣ領域は、クラスＩ、クラスＩＩ、およびクラスＩＩＩの３つのサブグループに分割することができる。ＭＨＣクラスＩタンパク質は、α鎖およびβ２ミクログロブリン（第１５染色体によってコードされるＭＨＣの一部ではない）を含む。これらは、細胞傷害性Ｔ細胞に、抗原断片を提示することができる。ＭＨＣクラスＩＩタンパク質は、α鎖およびβ鎖を含み得、それらは、ヘルパーＴ細胞に抗原断片を提示することができる。ＭＨＣクラスＩＩＩ領域は、他の免疫成分、たとえば、補体成分およびサイトカインをコードし得る。ＭＨＣは、多遺伝子性（いくつかのＭＨＣクラスＩおよびＭＨＣクラスＩＩ遺伝子が存在する）および多型性（それぞれの遺伝子の複数の対立遺伝子が存在する）の両方であり得る。
「ハプロタイプ」という用語は、１つの染色体およびそれによってコードされるタンパク質に見出されるヒト白血球抗原（ＨＬＡ）対立遺伝子を指し得る。ハプロタイプはまた、ＭＨＣ内の任意の１つの遺伝子座に存在する対立遺伝子も指し得る。ＭＨＣのそれぞれのクラスは、複数の遺伝子座によって表される：クラスＩについては、たとえば、ＨＬＡ－Ａ（ヒト白血球抗原－Ａ）．ＨＬＡ－Ｂ、ＨＬＡ－Ｃ、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｆ、ＨＬＡ－Ｇ、ＨＬＡ－Ｈ、ＨＬＡ－Ｊ、ＨＬＡ－Ｋ、ＨＬＡ－Ｌ、ＨＬＡ－Ｐ、およびＨＬＡ－Ｖ、ならびにクラスＩＩについては、ＨＬＡ－ＤＲＡ、ＨＬＡ－ＤＲＢ１－９、ＨＬＡ－ＤＱＡ１、ＨＬＡ－ＤＱＢ１、ＨＬＡ－ＤＰＡ１、ＨＬＡ－ＤＰＢ１、ＨＬＡ－ＤＰＢ２、ＨＬＡ－ＤＭＡ、ＨＬＡ－ＤＭＢ、ＨＬＡ－ＤＯＡ、およびＨＬＡ－ＤＯＢ。「ＨＬＡ対立遺伝子」および「ＭＨＣ対立遺伝子」という用語は、本明細書において互換可能に使用される。
「ポリヌクレオチド」、「ヌクレオチド」、「ヌクレオチド配列」、「核酸」、および「オリゴヌクレオチド」という用語は、互換可能に使用される。これらの用語は、デオキシリボヌクレオチドもしくはリボヌクレオチドのいずれかであるヌクレオチドの任意の長さのポリマー形態、またはそれらのアナログを指し得る。ポリヌクレオチドは、任意の三次元構造を有し得、公知であっても不明であっても任意の機能を行い得る。以下は、ポリヌクレオチドの非限定的な例である：遺伝子または遺伝子断片のコーディング領域または非コーディング領域、結合分析によって定義される遺伝子座、エクソン、イントロン、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）、トランスファーＲＮＡ（ｔＲＮＡ）、リボソームＲＮＡ（ｒＲＮＡ）、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、短いヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）、マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、リボザイム、ｃＤＮＡ、組換えポリヌクレオチド、分岐鎖ポリヌクレオチド、プラスミド、ベクター、任意の配列の単離されたＤＮＡ、任意の配列の単離されたＲＮＡ、核酸プローブ、およびプライマー。ポリヌクレオチドは、１つまたは複数の改変されたヌクレオチド、たとえば、メチル化ヌクレオチドおよびヌクレオチドアナログを含み得る。存在する場合、ヌクレオチド構造に対する改変は、ポリマーのアセンブリの前または後に付与され得る。ポリヌクレオチドには、非標準的なヌクレオチド、たとえば、ヌクレオチドアナログまたは改変されたヌクレオチドが含まれ得る。一部の実施形態では、非標準的なヌクレオチドは、ハイブリッド形成を安定化させ得る。一部の実施形態では、非標準的なヌクレオチドは、ハイブリッド形成を脱安定化させ得る。一部の実施形態では、非標準的なヌクレオチドは、ハイブリダイゼーション特異性を増強させ得る。一部の実施形態では、非標準的なヌクレオチドは、ハイブリダイゼーション特異性を低減させ得る。非標準的なヌクレオチド改変の例としては、２’Ｏ－Ｍｅ、２’Ｏ－アルキル、２’Ｏ－プロパルギル、２’Ｏ－アルキル、２’フルオロ、２’アラビノ、２’キシロ、２’フルオロアラビノ、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホロアミデート、２’アミノ、５－アルキル置換ピリミジン、３’デオキシグアノシン、５－ハロ置換ピリミジン、アルキル置換プリン、ハロ置換プリン、二環式ヌクレオチド、２’ＭＯＥ、ＰＮＡ分子、ＬＮＡ分子、ＬＮＡ様分子、ジアミノプリン、Ｓ２Ｔ、５－フルオロウラシル、５－ブロモウラシル、５－クロロウラシル、５－ヨードウラシル、ヒポキサンチン、キサンチン、４－アセチルシトシン、５－（カルボキシヒドロキシメチル）ウラシル、５－カルボキシメチルアミノメチル－２－チオウリジン、５－カルボキシメチルアミノメチルウラシル、ジヒドロウラシル、ベータ－Ｄ－ガラクトシルキューオシン、イノシン、Ｎ６－イソペンテニルアデニン、１－メチルグアニン、１－メチルイノシン、２，２－ジメチルグアニン、２－メチルアデニン、２－メチルグアニン、３－メチルシトシン、５－メチルシトシン、Ｎ６－アデニン、７－メチルグアニン、５－メチルアミノメチルウラシル、５－メトキシアミノメチル－２－チオウラシル、ベータ－Ｄ－マンノシルキューオシン、５’－メトキシカルボキシメチルウラシル、５－メトキシウラシル、２－メチルチオ－Ｄ４６－イソペンテニルアデニン、ウラシル－５－オキシ酢酸（ｖ）、ワイブトキソシン（wybutoxosine）、シュードウラシル、キューオシン、２－チオシトシン、５－メチル－２－チオウラシル、２－チオウラシル、４－チオウラシル、５－メチルウラシル、ウラシル－５－オキシ酢酸メチルエステル、ウラシル－５－オキシ酢酸（ｖ）、５－メチル－２－チオウラシル、３－（３－アミノ－３－Ｎ－２－カルボキシプロピル）ウラシル、（ａｃｐ３）ｗ、２，６－ジアミノプリン、およびこれらの誘導体が挙げられる。ヌクレオチドの配列は、非ヌクレオチド成分によって中断されてもよい。ポリヌクレオチドは、重合の後に、たとえば、標識化成分とのコンジュゲーションによって、さらに改変されてもよい。
「相補性」は、核酸が、従来的なワトソンクリックまたは他の非従来的な種類のいずれかによって、別の核酸配列と水素結合を形成する能力を指し得る。相補性パーセントは、ある核酸分子における、第２の核酸配列と水素結合（たとえば、ワトソンクリック塩基対合）を形成することができる残基の割合を示し得る（たとえば、１０個中５個、６個、７個、８個、９個、１０個は、それぞれ、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、および１００％相補的となる）。「完全に相補的」とは、核酸配列のすべての連続した残基が、第２の核酸配列における同じ数の連続した残基と水素結合することを意味し得る。「実質的に相補的」とは、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、もしくはそれよりも多くのヌクレオチドの領域にわたって、少なくとも６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％、もしくは１００％である相補性の程度を指すか、またはストリンジェントな条件下においてハイブリダイズする２つの核酸を指し得る。配列同一性は、たとえば、相補性パーセントを評価する目的で、ニードルマン・ウンシュのアルゴリズム（たとえば、ｗｗｗ．ｅｂｉ．ａｃ．ｕｋ／Ｔｏｏｌｓ／ｐｓａ／ｅｍｂｏｓｓ＿ｎｅｅｄｌｅ／ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ．ｈｔｍｌにおいて入手可能なＥＭＢＯＳＳニードルアライナー、必要に応じてデフォルトの設定で）、ＢＬＡＳＴアルゴリズム（たとえば、ｂｌａｓｔ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／Ｂｌａｓｔ．ｃｇｉにおいて入手可能なＢＬＡＳＴアルゴリズムツールを参照されたい、必要に応じてデフォルトの設定で）、またはスミス・ウォーターマンのアルゴリズムを含むがこれらに限定されない、任意の好適なアライメントアルゴリズムによって測定することができる。最適なアライメントは、デフォルトパラメーターを含め、選択されたアルゴリズムの任意の好適なパラメーターを使用して、評価することができる。
「ポリペプチド」および「タンパク質」という用語は、アミノ酸残基のポリマーを指して互換可能に使用され、最小の長さに限定されない。たとえば、ポリペプチドは、少なくとも約２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、３０個、４０個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、２００個、３００個、４００個、５００個、６００個、７００個、８００個、９００個、または１０００個のペプチドまたはアミノ酸を含み得る。ポリペプチドの例としては、アミノ酸鎖、タンパク質、ペプチド、ホルモン、ポリペプチド糖、脂質、糖脂質、リン脂質、抗体、酵素、キナーゼ、受容体、転写因子、およびリガンドが挙げられるが、これらに限定されない。提供されるＴＣＲおよびＴＣＲ鎖ならびに他のペプチド、たとえば、リンカーおよび結合性ペプチドを含む、ポリペプチドには、天然および／または非天然のアミノ酸残基を含め、アミノ酸残基が含まれ得る。この用語はまた、たとえば、グリコシル化、シアル化、アセチル化、リン酸化など、ポリペプチドの発現後改変も含む。一部の態様では、ポリペプチドは、タンパク質が所望される活性を維持する限り、生来または天然の配列に対する改変を含んでもよい。これらの改変は、部位特異的突然変異生成を通じたものなどの意図的なものであってもよく、またはタンパク質を産生する宿主の突然変異もしくはＰＣＲ増幅に起因するエラーを通じたものなどの偶発的なものであってもよい。
本明細書で使用される場合、当業者に公知の２０個の従来的なアミノ酸およびそれらの略語は、従来的な使用法に従う。２０個の従来的なアミノ酸の立体異性体（たとえば、Ｄ－アミノ酸）、非天然のアミノ酸、たとえば、α－、α－二置換アミノ酸、Ｎ－アルキルアミノ酸、乳酸、および他の非従来的なアミノ酸もまた、本発明のポリペプチドに好適な成分であり得る。非従来的なアミノ酸の例としては、４－ヒドロキシプロリン、γ－カルボキシグルタメート、ε－Ｎ，Ｎ，Ｎ－トリメチルリシン、ε－Ｎ－アセチルリシン、Ｏ－ホスホセリン、Ｎ－アセチルセリン、Ｎ－ホルミルメチオニン、３－メチルヒスチジン、５－ヒドロキシリシン、σ－Ｎ－メチルアルギニン、ならびに他の類似のアミノ酸およびイミノ酸（たとえば、４－ヒドロキシプロリン）が挙げられる。本明細書で使用されるポリペプチド表記法では、標準的な使用法および慣例に従って、左手方向はアミノ末端方向であり、右手方向はカルボキシ末端方向である。参照ポリペプチド配列（または核酸配列）に対する配列同一性パーセント（％）は、配列をアライメントし、最大の配列同一性パーセントが達成されるように、必要に応じてギャップを導入した後に、参照ポリペプチド配列（または核酸配列）におけるアミノ酸残基（またはヌクレオチド）と同一である、候補配列におけるアミノ酸残基（または核酸配列の場合はヌクレオチド）の割合であり、いずれの保存的置換も配列同一性の一部とは考えない。アミノ酸配列同一性パーセントを判定することを目的とするアライメントは、当業者の技能の範囲内である様々な手段で、たとえば、公的に入手可能なコンピュータソフトウェア、たとえば、ＢＬＡＳＴ、ＢＬＡＳＴ－２、ＡＬＩＧＮ、またはＭｅｇａｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡＲ）ソフトウェアを使用して、達成することができる。当業者であれば、比較されている配列の全長にわたって最大のアライメントを達成するのに必要な任意のアルゴリズムを含め、配列をアライメントするための適切なパラメーターを決定することができる。本明細書の目的では、しかしながら、アミノ酸配列同一性％値は、配列比較コンピュータプログラムＡＬＩＧＮ－２を使用して生成される。ＡＬＩＧＮ－２配列比較コンピュータプログラムは、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ，Ｉｎｃ．によって作製されたものであり、ソースコードは、Ｕ．Ｓ．Ｃｏｐｙｒｉｇｈｔ Ｏｆｆｉｃｅ，Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ Ｄ．Ｃ．，２０５５９において利用者文書とともに保管されており、Ｕ．Ｓ．Ｃｏｐｙｒｉｇｈｔ Ｒｅｇｉｓｔｒａｔｉｏｎ Ｎｏ．ＴＸＵ５１００８７として登録されている。ＡＬＩＧＮ－２プログラムは、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ，Ｉｎｃ．、Ｓｏｕｔｈ Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ、Ｃａｌｉｆ．から公的に入手可能であるか、またはソースコードからコンパイルすることができる。ＡＬＩＧＮ－２プログラムは、デジタルＵＮＩＸ（登録商標） Ｖ４．０Ｄを含むＵＮＩＸ（登録商標）オペレーティングシステムにおける使用のためにコンパイルされるべきである。すべての配列比較パラメーターは、ＡＬＩＧＮ－２プログラムによって設定され、変動しない。ＡＬＩＧＮ－２をアミノ酸配列比較に用いる状況では、所与のアミノ酸配列Ａの、所与のアミノ酸配列Ｂへの、それとの、またはそれに対するアミノ酸配列同一性％（これは、代替として、所与のアミノ酸配列Ｂへの、それとの、またはそれに対する、ある特定のアミノ酸配列同一性％を有するかまたは含む、所与のアミノ酸配列Ａと表現され得る）は、次のように計算される：分数Ｘ／Ｙに１００を乗じる、ここで、Ｘは、配列アライメントプログラムＡＬＩＧＮ－２によって、そのプログラムのＡとＢとのアライメントにおいて、同一なマッチとしてスコア付けされたアミノ酸残基の数であり、Ｙは、Ｂにおけるアミノ酸残基の総数である。アミノ酸配列Ａの長さが、アミノ酸配列Ｂの長さと等しくない場合には、ＡのＢへのアミノ酸配列同一性％は、ＢのＡへのアミノ酸配列同一性％と等しくはならないことが、理解されるであろう。別途示されない限り、本明細書において使用されるすべてのアミノ酸配列同一性％値は、直前の段落に記載されるように、ＡＬＩＧＮ－２コンピュータプログラムを使用して得られる。
「生殖系列配列」は、ハプロイド配偶子およびそれが形成される二倍体細胞に由来する遺伝子配列を指す。生殖系列ＤＮＡは、単一のＴＣＲα鎖もしくはＴＣＲβ鎖、または単一のＴＣＲγ鎖もしくはＴＣＲδ鎖をコードする複数の遺伝子セグメントを含む。これらの遺伝子セグメントは、生殖系細胞において保持されるが、それらが機能性遺伝子に構成されるまで、転写および翻訳され得ない。骨髄におけるＴ細胞分化の際に、これらの遺伝子セグメントは、１０８を上回る特異性をもたらすことができる動的遺伝子系によってランダムにシャッフリングされる。
阻害、「処置」、および「処置すること」は、互換可能に使用され、たとえば、症状の停止、生存期間の延長、症状の部分的または完全な軽減、および過剰なレベルのタンパク質と関連するかまたはタンパク質活性と相関する状態、疾患、または障害の部分的または完全な根絶を指す。たとえば、がんの処置としては、がん性成長または腫瘍の停止、部分的または完全な排除が挙げられるが、これらに限定されない。処置または部分的な排除には、たとえば、成長または腫瘍サイズおよび／もしくは体積における倍数低減、たとえば、約２倍、約３倍、約４倍、約５倍、約１０倍、約２０倍、約５０倍、またはこれらの間の任意の倍数の低減が含まれる。同様に、処置または部分的な排除には、成長または腫瘍サイズおよび／もしくは体積におけるパーセントでの低減、約１％、２％、３％、４％、５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、またはこれらの間の任意の割合の低減が含まれ得る。予防は、過剰なレベルのタンパク質と関連するかまたはタンパク質活性と相関する疾患または障害の予防、その症状の発生の予防、その進行の予防を指す。
「対象」、「個体」、「宿主」、または「患者」とは、哺乳動物などの生物を指す。対象および宿主の例としては、ウマ、ウシ、ラクダ、ヒツジ、ブタ、ヤギ、イヌ、ネコ、ウサギ、モルモット、ラット、マウス（たとえば、ヒト化マウス）、アレチネズミ、非ヒト霊長類（たとえば、マカク）、ヒトなど、非ヒト哺乳動物、たとえば、例として、非ヒト脊椎動物、たとえば、鳥類（たとえば、ニワトリもしくはアヒル）、魚類（たとえば、サメ）、またはカエル（たとえば、アフリカツメガエル）、および非ヒト無脊椎動物、ならびにこれらのトランスジェニック種が挙げられるが、これらに限定されない。ある特定の態様では、対象は、単一の生物（たとえば、ヒト）を指す。ある特定の態様では、または研究しようとする共通の免疫因子および／もしくは疾患のいずれかを有する小さなコホート、ならびに／または疾患を有さない個体のコホート（たとえば、陰性／正常対照）を構成する個体群が、提供される。試料が得られる対象は、疾患および／または障害（たとえば、１つまたは複数のアレルギー、感染症、がん、または自己免疫障害など）のいずれかに罹患している場合があり、疾患に罹患していない陰性対照対象に対して比較することができる。
「キット」は、本明細書に開示される方法を実行するための材料または試薬を送達するための送達系を指す。一部の実施形態では、キットには、反応試薬（たとえば、適切な容器に入ったプローブ、酵素など）および／または補助材料（たとえば、緩衝剤、アッセイを行うための書面による説明など）の、１つの場所から別の場所への保管、輸送、または送達を可能にする系が含まれる。たとえば、キットには、関連する反応試薬および／または補助材料を格納する１つまたは複数の封入体（たとえば、箱）が含まれる。そのような内容物は、一緒にまたは別個に、意図されるレシピエントへと送達され得る。たとえば、第１の容器は、アッセイにおいて使用するための酵素を格納していてもよく、一方で第２の容器は、複数のプライマーを格納している。パッケージング材料は、キットの構成要素を収容する物理的構造体を指す。パッケージング材料は、構成要素を滅菌で維持することができ、そのような目的で一般的に使用されている材料（たとえば、紙、コルゲート繊維、ガラス、プラスチック、ホイル、アンプルなど）から作製され得る。ラベルまたは添付文書には、適切な書面による説明が含まれ得る。キットには、したがって、本発明の任意の方法において、キットの構成要素を使用するためのラベルまたは説明書が追加で含まれ得る。キットには、本明細書に記載される方法で化合物を投与するための説明書と一緒に、パックまたはディスペンサーに入った化合物が含まれ得る。
「耐性突然変異」という用語は、遺伝子または遺伝子を含む宿主細胞が、薬物での処置に対して耐性となるのを可能にする、遺伝子における突然変異を指す。たとえば、ＢＴＫ
Ｃ４８１Ｓ突然変異は、イブルチニブ耐性を付与し得る耐性突然変異である。
ＩＩ．概要
本開示は、ネオ抗原に対するＴ細胞受容体（ＴＣＲ）、ネオ抗原に対するＴＣＲをコードする単離された核酸分子、そのＴＣＲを発現するＴ細胞、およびそのネオ抗原を発現する悪性細胞が関与する疾患の処置において使用するための医薬組成物を提供する。
ヒトＭＨＣとの複合体にあるＲＡＳ由来のエピトープに特異的に結合することができるＴ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物を含む少なくとも１つのＴＣＲをコードする核酸であって、ＴＣＲアルファ鎖構築物が、配列番号３、１８、３３、４９、６５、８１、９７、および１１３から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも８４％の配列同一性を有する相補性決定領域３（ＣＤＲ３）を含み、かつ／またはＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号６、２１、３６、５２、６８、８４、１００、および１１６から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも８４％の配列同一性を有する相補性決定領域３（ＣＤＲ３）を含む、核酸が、本明細書において提供される。
ヒトＭＨＣとの複合体にあるＲＡＳ由来のエピトープに特異的に結合することができるＴ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物を含む少なくとも１つのＴＣＲをコードする核酸であって、ＲＡＳ由来のエピトープが、配列番号１５、３０、４５、４６、６１、６２、７７、７８、９３、９４、１０９、１１０、１２５、１２６、および２１９～２２２から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも７０％の配列同一性を有する領域を含む、核酸が、本明細書において提供される。
単離された核酸、または組換え核酸を含む細胞であって、核酸が、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物を含む少なくとも１つのＴＣＲをコードし、ＴＣＲが、ＨＬＡ－Ａ０３：０１対立遺伝子によってコードされるヒトＭＨＣとの複合体にあるＲＡＳ由来のエピトープに特異的に結合する、単離された核酸、または組換え核酸を含む細胞が、本明細書において提供される。
一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号９、２４、３９、５５、７１、８７、１０３、および１１９から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号１２、２７、４２、５８、７４、９０、１０６、および１２２から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号１、１６、３１、４７、６３、７９、９５、および１１１から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域１（ＣＤＲ１）を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号４、１９、３４、５０、６６、８２、９８、および１１４から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域１（ＣＤＲ１）を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号２、１７、３２、４８、６４、８０、９６、および１１２から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域２（ＣＤＲ２）を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号５、２０、３５、５１、６７、８３、９９、および１１５から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域２（ＣＤＲ２）を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号９に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号１２に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号１のＣＤＲ１、配列番号２のＣＤＲ２、および配列番号３のＣＤＲ３を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号４のＣＤＲ１、配列番号５のＣＤＲ２、および配列番号６のＣＤＲ３を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号２４に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号２７に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号１６のＣＤＲ１、配列番号１７のＣＤＲ２、および配列番号１８のＣＤＲ３を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号１９のＣＤＲ１、配列番号２０のＣＤＲ２、および配列番号２１のＣＤＲ３を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号３９に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号４２に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号３１のＣＤＲ１、配列番号３２のＣＤＲ２、および配列番号３３のＣＤＲ３を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号３４のＣＤＲ１、配列番号３５のＣＤＲ２、および配列番号３６のＣＤＲ３を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号５５に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号５８に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号４７のＣＤＲ１、配列番号４８のＣＤＲ２、および配列番号４９のＣＤＲ３を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号５０のＣＤＲ１、配列番号５１のＣＤＲ２、および配列番号５２のＣＤＲ３を含む。
ヒトＭＨＣとの複合体にあるＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧ由来のエピトープに特異的に結合することができるＴ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物を含む少なくとも１つのＴＣＲをコードする核酸であって、ＴＣＲアルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号１４４および配列番号１４７から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域３（ＣＤＲ３）を含む、核酸が、本明細書において提供される。
ヒトＭＨＣとの複合体にあるＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧ由来のエピトープに特異的に結合することができるＴ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物を含む少なくとも１つのＴＣＲをコードする核酸であって、ＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧ由来のエピトープが、アミノ酸配列配列番号１５６に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する領域を含む、核酸が、本明細書において提供される。
一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号１５０に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号１５３に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号１４２または配列番号１４５に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域１（ＣＤＲ１）を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号１４３または配列番号１４６に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域２（ＣＤＲ２）を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号１５０に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号１５３に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号１４２のＣＤＲ１、配列番号１４３のＣＤＲ２、および配列番号１４４のＣＤＲ３を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号１４５のＣＤＲ１、配列番号１４６のＣＤＲ２、および配列番号１４７のＣＤＲ３を含む。
ヒトＭＨＣとの複合体にあるＧＡＴＡ３由来のエピトープに特異的に結合することができるＴ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物を含む少なくとも１つのＴＣＲをコードする核酸であって、ＴＣＲアルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号１２９および配列番号１３２から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域３（ＣＤＲ３）を含む、核酸が、本明細書において提供される。
がんを有する対象のＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるタンパク質との複合体にある突然変異体ＧＡＴＡ３ペプチドに特異的に結合することができる少なくとも１つのＴ細胞受容体（ＴＣＲ）をコードする核酸であって、ＴＣＲが、ＴＣＲアルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物を含む、核酸が、本明細書において提供される。
単離された核酸、または組換え核酸を含む細胞であって、核酸が、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物を含むＴＣＲをコードし、ＴＣＲが、ＨＬＡ－Ａ０２：０１タンパク質との複合体にある突然変異体ＧＡＴＡ３ペプチドに特異的に結合し、配列番号１２９もしくは配列番号１３２に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域３（ＣＤＲ３）を含み、かつ／または配列番号１４１に対して少なくとも７０％の配列同一性を有する領域を含む突然変異体ＧＡＴＡ３ペプチドに特異的に結合する、単離された核酸、または組換え核酸を含む細胞が、本明細書において提供される。
ヒトＭＨＣとの複合体にあるＧＡＴＡ３由来のエピトープに特異的に結合することができるＴ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物を含む少なくとも１つのＴＣＲをコードする核酸であって、ＧＡＴＡ３由来のエピトープが、アミノ酸配列配列番号１４１に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する領域を含む、核酸が、本明細書において提供される。
一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号１３５に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号１３８に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号１２７および配列番号１３０から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域１（ＣＤＲ１）を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号１２８および配列番号１３１から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域２（ＣＤＲ２）を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号１３５に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号１３８に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号１２７のＣＤＲ１、配列番号１２８のＣＤＲ２、および配列番号１２９のＣＤＲ３を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号１３０のＣＤＲ１、配列番号１３１のＣＤＲ２、および配列番号１３２のＣＤＲ３を含む。
別の態様では、ヒトＭＨＣとの複合体にあるＢＴＫ由来のエピトープに特異的に結合することができるＴ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物を含む少なくとも１つのＴＣＲをコードする核酸であって、ＴＣＲアルファ鎖構築物が、配列番号１６１および配列番号１７６から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域３（ＣＤＲ３）を含み、またはＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号１６４および配列番号１７９から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域３（ＣＤＲ３）を含む、核酸が、本明細書において提供される。別の態様では、がんを有する対象のＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるタンパク質との複合体にある突然変異体ＢＴＫペプチドに特異的に結合することができる少なくとも１つのＴ細胞受容体（ＴＣＲ）をコードする核酸であって、ＴＣＲが、ＴＣＲアルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物を含む、核酸が、本明細書において提供される。別の態様では、単離された核酸、または組換え核酸を含む細胞であって、核酸が、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物を含むＴＣＲをコードし、ＴＣＲが、ＨＬＡ－Ａ０２：０１タンパク質との複合体にある突然変異体ＢＴＫペプチドに特異的に結合し、配列番号１６１、１６４、１７６、もしくは１７９に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域３（ＣＤＲ３）を含み、かつ／または配列番号１７３もしくは１８８に対して少なくとも７０％の配列同一性を有する領域を含む突然変異体ＢＴＫペプチドに特異的に結合する、単離された核酸、または組換え核酸を含む細胞が、本明細書において提供される。別の態様では、ヒトＭＨＣとの複合体にあるＢＴＫ由来のエピトープに特異的に結合することができるＴ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物を含む少なくとも１つのＴＣＲをコードする核酸であって、ＢＴＫ由来のエピトープが、アミノ酸配列配列番号１７３または１８８に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する領域を含む、核酸が、本明細書において提供される。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号１６７または１８２に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号１７０または１８５に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号１５９、１６２、１７４、および１７７から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域１（ＣＤＲ１）を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号１６０、１６３、１７５、および１７８から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域２（ＣＤＲ２）を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号１６７または１８２に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号１７０または１８５に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号１５９または１７４のＣＤＲ１、配列番号１６０または１７５のＣＤＲ２、および配列番号１６１または１７６のＣＤＲ３を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号１６２または１７７のＣＤＲ１、配列番号１６３または１７８のＣＤＲ２、および配列番号１６４または１７９のＣＤＲ３を含む。
さらに別の態様では、本開示は、本明細書に提供されるネオ抗原に対するＴＣＲをコードする核酸を含む宿主細胞、核酸配列を含むベクター、または本明細書に提供される核酸によってコードされるタンパク質を提供する。一部の実施形態では、宿主細胞は、ＣＤ４＋Ｔ細胞である。一部の実施形態では、宿主細胞は、ＣＤ８＋Ｔ細胞である。宿主細胞は、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞またはＢ細胞であってもよい。宿主細胞は、不死化細胞株であってもよい。
さらに別の態様では、本開示は、本明細書に提供されるネオ抗原に対するＴＣＲをコードする核酸を含む医薬組成物、本明細書に提供されるネオ抗原に対するＴＣＲをコードする核酸を含む宿主細胞、核酸配列を含むベクター、または本明細書に提供される核酸によってコードされるタンパク質を提供する。一部の実施形態では、本明細書において提供されるものは、本明細書に開示される医薬組成物を使用する方法も含む。
さらなる態様において、疾患または状態を有する対象を処置する方法であって、対象に、本明細書に開示される医薬組成物を投与するステップを含む、方法もまた、本明細書において提供される。一部の実施形態では、対象は、がんを有する。
ＩＩＩ．Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）
Ｔ細胞が、様々ながんまたは感染性生物と関連する抗原を認識する能力は、そのＴＣＲによって付与され、ＴＣＲは、アルファ（α）鎖およびベータ（β）鎖の両方またはガンマ（γ）およびデルタ（δ）鎖の両方からできている。これらの鎖をなすタンパク質は、ＤＮＡによってコードされ、これは、ＴＣＲの多大な多様性をもたらすために固有の機序を利用する。この多重サブユニットの免疫認識受容体は、ＣＤ３複合体と会合し、ＭＨＣクラスＩおよびＩＩタンパク質によって抗原提示細胞（ＡＰＣ）の表面上に提示されるペプチドに結合する。ＡＰＣ上の抗原性ペプチドへのＴＣＲの結合は、Ｔ細胞活性化における中心的な事象であり、これは、Ｔ細胞とＡＰＣとの間の接触点における免疫シナプスで生じる。
それぞれのＴＣＲは、可変相補性決定領域（ＣＤＲ）、ならびにフレームワーク領域（ＦＲ）および定常領域を含む。α鎖およびβ鎖可変ドメインの第３の相補性決定領域（ＣＤＲ３）ループのアミノ酸配列が、主として、それぞれ、β鎖遺伝子座における可変（Ｖβ）、多様性（Ｄβ）、および結合（Ｊβ）遺伝子セグメントの間、ならびにα鎖遺伝子座における類似のＶαおよびＪα遺伝子セグメントの間の再構成によって生じるαβ Ｔ細胞の配列多様性を決定している。ＴＣＲ α鎖およびβ鎖遺伝子座における複数のそのような遺伝子セグメントの存在により、多数の異なるＣＤＲ３配列がコードされることが可能となる。ＴＣＲ遺伝子再構成のプロセス中のＶβ－Ｄβ、Ｄβ－Ｊβ、およびＶα－Ｊαの接合部におけるヌクレオチドの独立した付加および欠失により、ＣＤＲ３配列多様性がさらに増加する。この点において、免疫能は、ＴＣＲの多様性に反映される。γδ ＴＣＲは、先天免疫系と緊密に相互作用する受容体をコードするという点で、αβ ＴＣＲとは異なる。ＴＣＲγδは、発生の初期に発現され、特化した解剖学的分布を有し、固有の病原体および小分子特異性を有し、広範な先天および獲得性細胞相互作用を有する。個体発生の初期において、ＴＣＲγδ細胞の限定されたサブセットが、出生前に様々な組織に集合するため、偏ったパターンのＴＣＲγ ＶおよびＪセグメント発現が構築される。
本明細書に提供されるＴＣＲは、操作されたＴＣＲ、たとえば、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）であり得る。ＣＡＲは、外部ドメイン、膜貫通ドメイン、および内部ドメインの３つの領域から構成され得る。
外部ドメインは、細胞外液に曝露される受容体の領域であり得、抗原認識領域からなり得る。一部の実施形態では、外部ドメインは、スペーサーをさらに含む。一部の実施形態では、外部ドメインは、シグナルペプチドをさらに含む。シグナルペプチドは、発生期のタンパク質を小胞体へと指向させ得る。ＣＡＲにおけるシグナルタンパク質は、一本鎖可変断片（ｓｃＦｖ）であり得る。融合タンパク質は、もともとは異なるタンパク質をコードするが、細胞で翻訳されると、翻訳により、もともとの遺伝子のそれぞれに由来する機能的特性を有する１つまたは複数のポリペプチドを産生する、２つまたはそれよりも多くの遺伝子を統合することによって形成されるタンパク質であり得る。ｓｃＦｖは、軽鎖ドメインおよび重鎖可変ドメインが短いリンカーペプチドで接続されたものから構成されるキメラタンパク質である。リンカーは、グリシンおよび／またはセリン残基のストレッチを有する親水性残基を含み得る。リンカーは、グルタメートおよびリシン残基のストレッチを含み得、これらは、可溶性を改善させ得る。
膜貫通ドメインは、膜にまたがる疎水性ドメインであり得る。一部の実施形態では、膜貫通ドメインは、アルファヘリックスドメインを含む。膜貫通ドメインは、全体としての受容体の安定性に関して機能性であり得る。一部の実施形態では、膜貫通ドメインは、内部ドメインのもっとも膜に近接する成分に由来する膜貫通ドメインを含む。一部の実施形態では、膜貫通ドメインは、ＣＤ３－ゼータ膜貫通ドメインを含む。一部の実施形態では、膜貫通ドメインは、天然のＴＣＲ複合体への人工ＴＣＲの組み込みを可能にする。一部の実施形態では、膜貫通ドメインは、ＣＤ２８膜貫通ドメインを含む。
内部ドメインは、受容体、たとえば、ＴＣＲまたはＣＡＲの機能的な細胞内部分であり得る。抗原認識の後に、受容体はクラスターを形成し、シグナルが、細胞に伝達され得る。一部の実施形態では、内部ドメインは、ＣＤ３－ゼータ細胞内ドメインを含む。一部の実施形態では、内部ドメインは、少なくとも１つのＩＴＡＭを含む。一部の実施形態では、内部ドメインは、少なくとも３つまたは少なくとも３つのＩＴＡＭを含む。一部の実施形態では、内部ドメインは、ＣＤ２８細胞内ドメインを含む。一部の実施形態では、内部ドメインは、ＯＸ４０細胞内ドメインを含む。一部の実施形態では、内部ドメインは、キメラ細胞内ドメインを含む。たとえば、内部ドメインは、ＣＤ２８細胞内ドメイン、ＯＸ４０細胞内ドメイン、およびＣＤ３－ゼータ細胞内ドメインを含み得る。
ＩＶ．Ｔ細胞
Ｔ細胞は、リンパ球として知られている白血球群に属し、細胞媒介性免疫において中心的な役割を果たす。Ｔ細胞には、ＣＤ４＋Ｔ細胞（ヘルパーＴ細胞）およびＣＤ８＋Ｔ細胞（細胞傷害性Ｔ細胞）が含まれる。ＣＤ４＋Ｔ細胞は、Ｂ細胞の成熟ならびに細胞傷害性Ｔ細胞およびマクロファージの活性化を含む免疫学的プロセスにおいて、他の白血球を補助し得る。ＣＤ４＋Ｔ細胞は、抗原提示細胞（ＡＰＣ）の表面上に発現されるＭＨＣクラスＩＩ分子によってペプチド抗原が提示されると、活性化される。活性化されると、Ｔ細胞は、急速に分裂し、能動的な免疫応答を制御するサイトカインを分泌することができる。ＣＤ８＋Ｔ細胞は、ウイルスに感染した細胞および腫瘍細胞を破壊することができ、また移植片拒絶にも関係し得る。ＣＤ８＋Ｔ細胞は、身体のほぼすべての細胞の表面上に存在するＭＨＣクラスＩと会合した抗原に結合することによって、その標的を認識することができる。ほとんどのＴ細胞が、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）を有する。Ｔ細胞が、様々ながんまたは感染性生物と関連する抗原を認識する能力は、そのＴＣＲによって付与され、ＴＣＲは、アルファ（α）鎖およびベータ（β）鎖の両方またはガンマ（γ）およびデルタ（δ）鎖の両方からできている。これらの鎖をなすタンパク質は、ＤＮＡによってコードされ、これは、ＴＣＲの多様性をもたらすために固有の機序を利用する。この多重サブユニットの免疫認識受容体は、ＣＤ３複合体と会合し、ＭＨＣクラスＩおよびＩＩタンパク質によって抗原提示細胞（ＡＰＣ）の表面上に提示されるペプチドに結合することができる。Ｔ細胞の活性化における第１のシグナルは、別の細胞上のＭＨＣによって提示される短いペプチドへのＴ細胞受容体の結合によって提供され得る。これにより、そのペプチドに特異的なＴＣＲを有するＴ細胞だけが、活性化されることが確実となる。パートナー細胞は、通常、抗原提示細胞、たとえば、プロフェッショナル抗原提示細胞、通常、ナイーブ応答の場合には樹状細胞であるが、Ｂ細胞およびマクロファージが、重要なＡＰＣである場合もある。ＡＰＣ上の抗原性ペプチドへのＴＣＲの結合は、Ｔ細胞活性化における中心的な事象であり得、これは、Ｔ細胞とＡＰＣとの間の接触点における免疫シナプスで生じる。
Ｔ細胞は、当該技術分野において公知の方法に従って調製することができる。Ｔ細胞は、濃縮されたＴ細胞調製物、ＡＰＣ枯渇細胞調製物、または実質的に精製されたＴ細胞調製物であり得る。Ｔ細胞は、混合Ｔ細胞集団または精製されたＴ細胞サブセットであってもよい。Ｔ細胞は、単離されたＴ細胞集団と比べて増加した数またはパーセンテージのＴ細胞を含む、濃縮されたＴ細胞調製物であってもよい。
Ｔ細胞またはＴ細胞のサブセットは、様々なリンパ系組織から得ることができる。Ｔ細胞は、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）、骨髄、胸腺、組織生検、腫瘍、リンパ節組織、消化管関連リンパ系組織、粘膜関連リンパ系組織、脾臓組織、リンパ系組織、および腫瘍を含む、多数の源から得ることができる。本明細書において使用される「末梢血リンパ球」（ＰＢＬ）という用語およびその文法上の同等物は、血液（たとえば、末梢血）中に循環するリンパ球を指し得る。末梢血リンパ球は、器官に局在化されないリンパ球を指し得る。末梢血リンパ球は、Ｔ細胞、ＮＫ細胞、Ｂ細胞、またはこれらの任意の組合せを含み得る。
本方法は、対象からＴ細胞を単離するステップを含み得る。本方法は、対象から単離されたＴ細胞を得るステップを含み得る。Ｔ細胞は、Ｔ細胞株から得ることができる。Ｔ細胞は、自家源から得ることができる。Ｔ細胞は、同種源から得ることができる。Ｔ細胞はまた、異種源、たとえば、マウス、ラット、非ヒト霊長類、およびブタから得ることもできる。
Ｔ細胞は、ＡＰＣ枯渇細胞集団であってもよい。Ｔ細胞は、ＡＰＣを実質的に含まなくてもよい。たとえば、Ｔ細胞は、７５％を超えるＡＰＣから分離されたＴ細胞を含み得る。例示的な実施形態では、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）は、たとえば、ヘパリン処理バイアル内の血液から得ることができる。ＰＢＭＣは、遠心分離によって赤血球から分離し、ＰＢＭＣを、境界部から回収することができる。回収されたＰＢＭＣは、必要に応じて、洗浄してもよい（たとえば、ＰＢＳで）。
Ｔ細胞精製は、たとえば、ＣＤ２、ＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ５、ＣＤ８、ＣＤ１４、ＣＤ１９、および／またはＭＨＣクラスＩＩ分子に指向される抗体の使用を含むがこれらに限定されない、陽性選択または陰性選択によって達成することができる。特定のＴ細胞サブセット、たとえば、ＣＤ２８＋、ＣＤ４＋、ＣＤ８＋、ＣＤ４５ＲＡ＋、および／またはＣＤ４５ＲＯ＋Ｔ細胞を、陽性選択または陰性選択技法によって単離することができる。たとえば、ＣＤ３＋、ＣＤ２８＋Ｔ細胞は、ＣＤ３／ＣＤ２８コンジュゲート磁性ビーズを使用して、陽性選択することができる。本発明の一態様では、陰性選択によるＴ細胞集団の濃縮は、陰性選択が行われる細胞に固有な表面マーカーに指向される抗体の組合せを用いて達成することができる。
たとえば、Ｔ細胞試料は、対象の循環血に由来する細胞を含み得、アフェレーシスまたは白血球アフェレーシスによって得ることができる。Ｔ細胞試料は、リンパ球、たとえば、Ｔ細胞、単球、顆粒球、Ｂ細胞、他の有核白血球、赤血球、および／または血小板を含有し得る。Ｔ細胞試料の望ましくない成分は、除去してもよく、残りのＴ細胞を、培養培地中に懸濁させてもよい。たとえば、細胞を洗浄して、血漿画分を除去することができる。たとえば、Ｔ細胞は、赤血球を溶解させ、ＰＥＲＣＯＬＬ（商標）勾配による遠心分離によって、末梢血リンパ球から単離することができる。
一部の実施形態では、Ｔ細胞は、ヒトＭＨＣとの複合体にあるＲＡＳ由来のエピトープに特異的に結合することができるＴ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物を含む少なくとも１つのＴＣＲを含む。一部の実施形態では、Ｔ細胞は、ヒトＭＨＣとの複合体にあるＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧ由来のエピトープに特異的に結合することができるＴ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物を含む少なくとも１つのＴＣＲを含む。一部の実施形態では、Ｔ細胞は、ヒトＭＨＣとの複合体にあるＧＡＴＡ３由来のエピトープに特異的に結合することができるＴ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物を含む少なくとも１つのＴＣＲを含む。一部の実施形態では、宿主細胞は、少なくとも１つの本明細書に開示されるＴＣＲを含み、ここで、宿主細胞は、ＣＤ４＋Ｔ細胞である。一部の実施形態では、宿主細胞は、ＣＤ８＋Ｔ細胞である。一部の実施形態では、宿主細胞は、自家細胞である。一部の実施形態では、宿主細胞は、同種細胞である。一部の実施形態では、宿主細胞は、ヒト細胞である。一部の他の事例では、宿主細胞は、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、Ｂ細胞、または不死化細胞株であってもよい。
一部の実施形態では、Ｔ細胞は、陽性選択および／または陰性選択によって得ることができる。陽性選択の場合、親和性作用物質（たとえば、抗体、抗体断片、およびアプタマー）を使用して、細胞集団に発現される細胞表面マーカー、たとえば、Ｔ細胞についてはＣＤ３に結合させることができる。親和性作用物質を使用して、Ｔ細胞を標識することができる。標識したＴ細胞を、次いで、当該技術分野において周知である様々な方法を使用して、濃縮させることができる。これらの方法の非限定的な例としては、蛍光活性化細胞分取（ＦＡＣＳ）および（常）磁性粒子に基づく細胞分離（たとえば、Ｍｉｌｔｅｎｙｉ
ＢｉｏｔｅｃからのＭＡＣＳ細胞分離キット）が挙げられる。
陰性選択の場合、親和性作用物質を使用して、所望される集団以外の血液細胞上に発現される細胞表面マーカーに結合させることができる。たとえば、Ｔ細胞を単離しようとする場合、親和性作用物質のカクテルを使用して、Ｂ細胞、ＮＫ細胞、単球、血小板、樹状細胞、顆粒球、および赤血球を標識することができる。標識した細胞を、次いで、枯渇させ、濃縮されたＴ細胞を残すことができる。標識した細胞を枯渇させるための例示的な方法としては、ＦＡＣＳおよび（常）磁性粒子に基づく細胞分離が挙げられる。
標識に基づく単離に加えて、特別な成長条件を使用して、１つの特定の細胞集団の成長を促進させてもよい。たとえば、特別な成長条件は、特別なサイトカインまたは成長因子を使用して、得ることができる。別の例では、フィトヘマグルチニン（ＰＨＡ）、ＩＬ－２、および／またはＩＬ－１５を含有する培養培地において、Ｔ細胞が、優先的に増殖し得る。
一部の状況では、機能性マーカーの結合、たとえば、抗ＣＤ３抗体（単独または磁性粒子にコンジュゲートした）によるＣＤ３の結合は、Ｔ細胞において望ましくないシグナル伝達事象をトリガーする場合があるため、非機能性マーカーを使用して、Ｔ細胞を単離してもよい。したがって、ＣＤ１４、ＣＤ１５、ＣＤ１６、ＣＤ１９、ＣＤ３４、ＣＤ３６、ＣＤ５６、ＣＤ１２３、およびＣＤ２３５ａ（グリコホリンＡ）に対する抗体のカクテルを使用して、Ｔ細胞を単離することができる。
詳細なプロトコールは、公開文献（たとえば、Lefort et al., J VisExp. 2010; (40):
2017を参照されたい）に見出すことができ、これらの文献は、参照により本明細書に組
み込まれる。Ｔ細胞単離キットは、たとえば、ＳＴＥＭＣＥＬＬ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ、およびＭｉｌｔｅｎｙｉ Ｂｉｏｔｅｃから入手することができる。
本明細書に記載されるＴ細胞は、同種Ｔ細胞であり得る。
一部の実施形態では、Ｔ細胞は、改変されたヒトＴ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖遺伝子および／または改変されたヒトＴＣＲベータ鎖遺伝子をそのゲノムに含む遺伝子改変された細胞であり得、ここで、この細胞は、内因性ＴＣＲの細胞表面発現が低減されている。
ＴＣＲの成分を破壊するために、遺伝子編集ヌクレアーゼを利用してもよい。ＴＣＲアルファ鎖（ＴＣＲα）は、単一のＴＲＡＣ遺伝子によってコードされ、２つのＴＣＲＢ遺伝子によってコードされるＴＣＲベータ鎖（ＴＣＲβ）と対合する。ＴＣＲ α／β二量体によって、完全に機能性のＴＣＲ複合体が生じ得るため、ＴＣＲαおよび／またはＴＣＲβ機能を破壊することにより、内因性ＴＣＲ発現が低減（さらには排除）され得る。
様々な方法を使用して、内因性ＴＣＲαまたはＴＣＲβ遺伝子を破壊することができる。たとえば、ユーザが定めたＤＮＡ配列に結合し、二本鎖ＤＮＡ切断（ＤＳＢ）を媒介することにおいて、共通の作用機序を共有する４つのクラスの遺伝子編集タンパク質が、存在する。亜鉛フィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）は、標的ＤＮＡ部位に共局在するヘテロ二量体アレイである。ＺＦＮは、ＤＮＡに結合する個々のフィンガーサブユニットを含み、ＤＮＡを切断するＦｏｋｌヌクレアーゼドメインに繋がれている。転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）は、ＤＮＡ塩基認識を支配する超可変二アミノ酸配列（反復可変二残基（repeatvariable diresidue）、ＲＶＤ）によってＤＮＡに結合
する、反復単位を含む。ＺＦＮＳに類似して、ＴＡＬＥＮは、ＤＳＢ生成のためのＦｏｋｌエンドヌクレアーゼドメインに融合された二量体タンパク質として機能する。メガヌクレアーゼ（ＭＮ）は、細菌ホーミングエンドヌクレアーゼに由来し、固有の標的部位に関して操作されている、先天的ヌクレアーゼ活性を有する単量体タンパク質である。クラスター化された規則的に間隔が空いた短い回文反復配列（ＣＲＩＳＰＲ）および関連するＣａｓ９ヌクレアーゼプラットフォームは、ワトソンクリック塩基対合を介して標的ＤＮＡ配列と接触する短いガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）転写産物およびＤＮＡを切断するＣａｓ９ヌクレアーゼを含む。
一部の実施形態では、ゲノム編集ヌクレアーゼをＴ細胞に導入することは、ゲノム編集ヌクレアーゼをコードするポリヌクレオチドをＴ細胞に導入することを含む。
一部の実施形態では、ゲノム編集ヌクレアーゼをＴ細胞に導入することは、Ｃａｓ９ポリペプチドをＴ細胞に導入することを含む。一部の実施形態では、ゲノム編集ヌクレアーゼとしては、ＴＡＬＥＮヌクレアーゼ、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９ヌクレアーゼ、またはメガＴＡＬヌクレアーゼが挙げられる。
一部の実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９ヌクレアーゼは、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓまたはＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓのいずれかに由来する。これらの実施形態のうちの一部では、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９ヌクレアーゼは、ヌクレアーゼ耐性ｇＲＮＡ、たとえば、例として、少なくとも１つの２’－ＯＭｅ－ホスホロチオエート改変塩基、少なくとも１つの２’－Ｏ－メチル改変塩基、または少なくとも１つの２’－Ｏ－メチル３’チオＰＡＣＥ改変塩基を含む。
一部の実施形態では、ＴＡＬＥＮヌクレアーゼまたはメガＴＡＬヌクレアーゼは、外因性ポリアデニル化シグナルを有するＲＮＡによってコードされる。
一部の実施形態では、本明細書に記載される方法は、ゲノム改変されたＴ細胞集団を拡大させるのに有効な条件下において、Ｔ細胞を培養するステップをさらに含み得る。
一部の実施形態では、ＴＣＲαおよび／またはＴＣＲβの発現を破壊することにより、さらに、ＴＣＲαおよびＴＣＲβのアセンブリが破壊される。一部の実施形態では、ＴＣＲαの発現を破壊することにより、さらに、ＴＣＲとＣＤ３との間の複合体の形成が破壊される。一部の実施形態では、ＴＣＲαの発現を破壊することは、ＴＣＲαおよびＴＣＲβのアセンブリのさらなる破壊を含む。
一部の実施形態では、遺伝子改変されたＴ細胞は、破壊されたＴＣＲアルファ鎖および／またはベータ鎖、ならびに免疫チェックポイントタンパク質、たとえば、ＰＤ１およびＣＴＬＡ－４をコードする不活性化された遺伝子を含む。これは、免疫チェックポイントタンパク質、たとえば、ＰＤ１およびＣＴＬＡ－４をコードする遺伝子の不活性化と組み合わせて、ＴＣＲアルファまたはＴＣＲベータに対して指向される特定のＴＡＬＥヌクレアーゼを使用した遺伝子不活性化によって可能にすることができる。
一部の実施形態では、遺伝子改変は、ＰＤ１、ＣＴＬＡ－４、ＬＡＧ３、Ｔｉｍ３、ＢＴＬＡ、ＢＹ５５、ＴＩＧＩＴ、Ｂ７Ｈ５、ＬＡＩＲ１、ＳＩＧＬＥＣ１０、２Ｂ４、ＴＣＲアルファ、およびＴＣＲベータからなる群から選択される１つの遺伝子または２つの遺伝子の不活性化に依拠する。一部の実施形態では、遺伝子改変は、ＰＤ１およびＴＣＲアルファ、ＰＤ１およびＴＣＲベータ、ＣＴＬＡ－４およびＴＣＲアルファ、ＣＴＬＡ－４およびＴＣＲベータ、ＬＡＧ ３およびＴＣＲアルファ、ＬＡＧ ３およびＴＣＲベータ、Ｔｉｍ３およびＴＣＲアルファ、Ｔｉｍ３およびＴＣＲベータ、ＢＴＬＡおよびＴＣＲアルファ、ＢＴＬＡおよびＴＣＲベータ、ＢＹ５５およびＴＣＲアルファ、ＢＹ５５およびＴＣＲベータ、ＴＩＧＩＴおよびＴＣＲアルファ、ＴＩＧＩＴおよびＴＣＲベータ、Ｂ７Ｈ５およびＴＣＲアルファ、Ｂ７Ｈ５およびＴＣＲベータ、ＬＡＩＲｌおよびＴＣＲアルファ、ＬＡＩＲ１およびＴＣＲベータ、ＳＩＧＬＥＣ１０およびＴＣＲアルファ、ＳＩＧＬＥＣ１０およびＴＣＲベータ、２Ｂ４およびＴＣＲアルファ、２Ｂ４およびＴＣＲベータからなる群から選択される２つの遺伝子の不活性化に依拠する。一部の実施形態では、遺伝子改変は、２つを上回る遺伝子の不活性化に依拠する。遺伝子改変は、ｅｘ－ｖｉｖｏで操作されてもよい。
Ｖ．ＲＡＳペプチド－ＭＨＣ複合体に特異的なＴＣＲ
ヒトＭＨＣとの複合体にあるＲＡＳ由来のエピトープに特異的に結合することができるＴ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物を含む少なくとも１つのＴＣＲをコードする核酸であって、ＴＣＲアルファ鎖構築物が、配列番号３、１８、３３、４９、６５、８１、９７、１１３、２４１、２５７、２７３、２８９、３０５、３２１、３３７、３５３、３６９、３８５、４０１、４１７、および４３３から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも８４％の配列同一性を有する相補性決定領域３（ＣＤＲ３）を含み、かつ／またはＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号６、２１、３６、５２、６８、８４、１００、１１６、２４４、２６０、２７６、２９２、３０８、３２４、３４０、３５６、３７２、３８８、４０４、４２０、および４３６から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも８４％の配列同一性を有する相補性決定領域３（ＣＤＲ３）を含む、核酸が、本明細書において提供される。
ヒトＭＨＣとの複合体にあるＲＡＳ由来のエピトープに特異的に結合することができるＴ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物を含む少なくとも１つのＴＣＲをコードする核酸であって、ＲＡＳ由来のエピトープが、配列番号１５、３０、４５、４６、６１、６２、７７、７８、９３、９４、１０９、１１０、１２５、１２６、２１９～２２２、２５３、２５４、２６９、２７０、２８５、２８６、３０１、３０２、３１７、３１８、３３３、３３４、３４９、３５０、３６５、３６６、３８１、３８２、３９７、３９８、４１３、４１４、４２９、４３０、４４５、および４４６から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも７０％の配列同一性を有する領域を含む、核酸が、本明細書において提供される。
単離された核酸、または組換え核酸を含む細胞であって、核酸が、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物を含む少なくとも１つのＴＣＲをコードし、ＴＣＲが、ＨＬＡ－Ａ０３：０１対立遺伝子によってコードされるヒトＭＨＣとの複合体にあるＲＡＳ由来のエピトープに特異的に結合する、単離された核酸、または組換え核酸を含む細胞が、本明細書において提供される。一部の実施形態では、アルファ鎖構築物は、配列番号７１、８７、１０３、２９５、３１１、３２７、３４３、３５９、および３９１から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含み、ここで、ＴＣＲは、ＨＬＡ－Ａ０３：０１対立遺伝子によってコードされるヒトＭＨＣとの複合体にあるＲＡＳ由来のエピトープに特異的に結合する。一部の実施形態では、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号７４、９０、１０６、２９８、３１４、３３０、３４６、３６２、および３９４から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含み、ここで、ＴＣＲは、ＨＬＡ－Ａ０３：０１対立遺伝子によってコードされるヒトＭＨＣとの複合体にあるＲＡＳ由来のエピトープに特異的に結合する。
一部の実施形態では、上述のＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号６３、７９、９５、２８７、３０３、３１９、３３５、３５１、および３８３から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域１（ＣＤＲ１）を含む。一部の実施形態では、上述のＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号６６、８２、９８、２９０、３０６、３２２、３３８、３５４、および３８６から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域１（ＣＤＲ１）を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号６４、８０、９６、２８８、３０４、３２０、３３６、３５２、および３８４から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域２（ＣＤＲ２）を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号６７、８３、９９、２９１、３０７、３２３、３３９、３５５、および３８７から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域２（ＣＤＲ２）を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号６５、８１、９７、２８９、３０５、３２１、３３７、３５３、および３８５から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域３（ＣＤＲ３）を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号６８、８４、１００、２９２、３０８、３２４、３４０、３５６、および３８８から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域３（ＣＤＲ３）を含む。
単離された核酸、または組換え核酸を含む細胞であって、核酸が、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物を含む少なくとも１つのＴＣＲをコードし、ＴＣＲが、ＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子によってコードされるヒトＭＨＣとの複合体にあるＲＡＳ由来のエピトープに特異的に結合する、単離された核酸、または組換え核酸を含む細胞が、本明細書において提供される。一部の実施形態では、アルファ鎖構築物は、配列番号９および２４から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含み、ここで、ＴＣＲは、ＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子によってコードされるヒトＭＨＣとの複合体にあるＲＡＳ由来のエピトープに特異的に結合する。一部の実施形態では、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号１２および２７から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含み、ここで、ＴＣＲは、ＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子によってコードされるヒトＭＨＣとの複合体にあるＲＡＳ由来のエピトープに特異的に結合する。
一部の実施形態では、上述のＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号１および１６から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域１（ＣＤＲ１）を含む。一部の実施形態では、上述のＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号４および１９から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域１（ＣＤＲ１）を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号２および１７から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域２（ＣＤＲ２）を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号５および２０から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域２（ＣＤＲ２）を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号３および１８から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域３（ＣＤＲ３）を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号６および２１から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域３（ＣＤＲ３）を含む。
単離された核酸、または組換え核酸を含む細胞であって、核酸が、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物を含む少なくとも１つのＴＣＲをコードし、ＴＣＲが、ＨＬＡ－Ａ１１：０１対立遺伝子によってコードされるヒトＭＨＣとの複合体にあるＲＡＳ由来のエピトープに特異的に結合する、単離された核酸、または組換え核酸を含む細胞が、本明細書において提供される。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号３９、５５、１２２、２４７、２６３、２７９、３７５、４０７、４２３、および４３９から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含み、ここで、ＴＣＲは、ＨＬＡ－Ａ１１：０１対立遺伝子によってコードされるヒトＭＨＣとの複合体にあるＲＡＳ由来のエピトープに特異的に結合する。一部の実施形態では、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号４２、５８、１２５、２５０、２６６、２８２、３７８、４１３、４２６、および４４２から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含み、ここで、ＴＣＲは、ＨＬＡ－Ａ１１：０１対立遺伝子によってコードされるヒトＭＨＣとの複合体にあるＲＡＳ由来のエピトープに特異的に結合する。
一部の実施形態では、上述のＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号３１、４７、１１１、２３９、２５５、２７１、３６７、３９９、４１５、および４３１から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域１（ＣＤＲ１）を含む。一部の実施形態では、上述のＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号３４、５０、１１４、２４２、２５８、２７４、３７０、４０２、４１８、および４３４から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域１（ＣＤＲ１）を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号３２、４８、１１２、２４０、２５６、２７２、３６８、４００、４１６、および４３２から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域２（ＣＤＲ２）を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号３５、５１、１１５、２４３、２５９、２７５、３７１、４０３、４１９、および４３５から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域２（ＣＤＲ２）を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号３３、４９、１１３、２４１、２５７、２７３、３６９、４０１、４１７、および４３３から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域３（ＣＤＲ３）を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号３６、５２、１１６、２２８、２４４、２６０、２７６、３７２、４０４、４２０、および４３４から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域３（ＣＤＲ３）を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号９に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号１２に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号１のＣＤＲ１、配列番号２のＣＤＲ２、および配列番号３のＣＤＲ３を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号４のＣＤＲ１、配列番号５のＣＤＲ２、および配列番号６のＣＤＲ３を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号２４に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号２７に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号１６のＣＤＲ１、配列番号１７のＣＤＲ２、および配列番号１８のＣＤＲ３を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号１９のＣＤＲ１、配列番号２０のＣＤＲ２、および配列番号２１のＣＤＲ３を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号３９に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号４２に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号３１のＣＤＲ１、配列番号３２のＣＤＲ２、および配列番号３３のＣＤＲ３を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号３４のＣＤＲ１、配列番号３５のＣＤＲ２、および配列番号３６のＣＤＲ３を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号５５に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号５８に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号４７のＣＤＲ１、配列番号４８のＣＤＲ２、および配列番号４９のＣＤＲ３を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号５０のＣＤＲ１、配列番号５１のＣＤＲ２、および配列番号５２のＣＤＲ３を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号７１に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号７４に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号６３のＣＤＲ１、配列番号６４のＣＤＲ２、および配列番号６５のＣＤＲ３を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号６６のＣＤＲ１、配列番号６７のＣＤＲ２、および配列番号６８のＣＤＲ３を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号８７に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号９０に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号７９のＣＤＲ１、配列番号８０のＣＤＲ２、および配列番号８１のＣＤＲ３を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号８２のＣＤＲ１、配列番号８３のＣＤＲ２、および配列番号８４のＣＤＲ３を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号１０３に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号１０６に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号９５のＣＤＲ１、配列番号９６のＣＤＲ２、および配列番号９７のＣＤＲ３を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号９８のＣＤＲ１、配列番号９９のＣＤＲ２、および配列番号１００のＣＤＲ３を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号１１９に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号１２２に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号１１１のＣＤＲ１、配列番号１１２のＣＤＲ２、および配列番号１１３のＣＤＲ３を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号１１４のＣＤＲ１、配列番号１１５のＣＤＲ２、および配列番号１１６のＣＤＲ３を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号２６３に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号２６６に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号２５５のＣＤＲ１、配列番号２５６のＣＤＲ２、および配列番号２５７のＣＤＲ３を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号２５８のＣＤＲ１、配列番号２５９のＣＤＲ２、および配列番号２６０のＣＤＲ３を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号２７９に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号２８２に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号２７１のＣＤＲ１、配列番号２７２のＣＤＲ２、および配列番号２７３のＣＤＲ３を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号２７４のＣＤＲ１、配列番号２７５のＣＤＲ２、および配列番号２７６のＣＤＲ３を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号２９５に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号２９８に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号２８７のＣＤＲ１、配列番号２８８のＣＤＲ２、および配列番号２８９のＣＤＲ３を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号２９０のＣＤＲ１、配列番号２９１のＣＤＲ２、および配列番号２９２のＣＤＲ３を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号３１１に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号３１４に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号３０３のＣＤＲ１、配列番号３０４のＣＤＲ２、および配列番号３０５のＣＤＲ３を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号３０６のＣＤＲ１、配列番号３０７のＣＤＲ２、および配列番号３０８のＣＤＲ３を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号３２７に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号３３０に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号３１９のＣＤＲ１、配列番号３２０のＣＤＲ２、および配列番号３２１のＣＤＲ３を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号３２２のＣＤＲ１、配列番号３２３のＣＤＲ２、および配列番号３２４のＣＤＲ３を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号３４３に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号３４６に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号３３５のＣＤＲ１、配列番号３３６のＣＤＲ２、および配列番号３３７のＣＤＲ３を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号３３８のＣＤＲ１、配列番号３３９のＣＤＲ２、および配列番号３４０のＣＤＲ３を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号３４３に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号３４６に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号３５１のＣＤＲ１、配列番号３５２のＣＤＲ２、および配列番号３５３のＣＤＲ３を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号３５４のＣＤＲ１、配列番号３５５のＣＤＲ２、および配列番号３５６のＣＤＲ３を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号３４３に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号３４６に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号３６７のＣＤＲ１、配列番号３６８のＣＤＲ２、および配列番号３６９のＣＤＲ３を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号３７０のＣＤＲ１、配列番号３７１のＣＤＲ２、および配列番号３７２のＣＤＲ３を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号３９１に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号３９４に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号３８３のＣＤＲ１、配列番号３８４のＣＤＲ２、および配列番号３８５のＣＤＲ３を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号３８６のＣＤＲ１、配列番号３８７のＣＤＲ２、および配列番号３８８のＣＤＲ３を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号３９１に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号３９４に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号３９９のＣＤＲ１、配列番号４００のＣＤＲ２、および配列番号４０１のＣＤＲ３を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号４０２のＣＤＲ１、配列番号４０３のＣＤＲ２、および配列番号４０４のＣＤＲ３を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号４２３に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号４２６に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号４１５のＣＤＲ１、配列番号４１６のＣＤＲ２、および配列番号４１７のＣＤＲ３を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号４１８のＣＤＲ１、配列番号４１９のＣＤＲ２、および配列番号４２０のＣＤＲ３を含む。一部の実施形態




では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号３９１に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号３９４に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号４３１のＣＤＲ１、配列番号４３２のＣＤＲ２、および配列番号４３３のＣＤＲ３を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号４３４のＣＤＲ１、配列番号４３５のＣＤＲ２、および配列番号４２６のＣＤＲ３を含む。
様々な実施形態では、ＴＣＲをコードする核酸配列は、コドン最適化されている。
Ｈ－ｒａｓ、Ｋ－ｒａｓ、およびＮ－ｒａｓの３つのｒａｓ遺伝子のうちのいずれか１つにおける突然変異は、ヒト腫瘍原性におけるもっとも一般的な事象の１つである。すべてのヒト腫瘍のうちの約３０％が、カノニカルｒａｓ遺伝子のうちのいずれかに少なくとも１つの突然変異を有することが見出されている。Ｒａｓ突然変異は、たとえば、胆管の腺癌、膀胱の移行細胞癌、乳癌、子宮頸腺癌、結腸腺癌、結腸腺腫、神経芽細胞腫（自律神経節）、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性骨髄単球性白血病、若年性骨髄単球性白血病、急性リンパ芽球性白血病、バーキットリンパ腫、ホジキンリンパ腫、形質細胞骨髄腫、肝細胞癌、大細胞癌、非小細胞癌、腺管癌、内分泌腫瘍、前立腺腺癌、基底細胞癌、扁平上皮細胞癌、悪性黒色腫、血管肉腫、平滑筋肉腫、脂肪肉腫、横紋筋肉腫、粘液腫、悪性線維性組織球腫、多形性肉腫、胚細胞腫、セミノーマ、未分化癌、濾胞性癌、乳頭状癌、およびハースル細胞癌において明らかである。Ｒａｓ突然変異は、身体の多数の組織および器官、たとえば、肺、肝臓、乳房、膀胱、結腸、子宮頸、膵臓、前立腺、胃、甲状腺、精巣、軟部組織、皮膚、および血液に罹患するがんにおいて見出されている。
様々な実施形態では、ＴＣＲは、ＭＨＣ：ＲＡＳペプチド複合体に結合し、ここで、ＲＡＳペプチドは、Ｇ１２Ｖ突然変異を含む。様々な実施形態では、ＴＣＲは、ＭＨＣ：ＲＡＳペプチド複合体に結合し、ここで、ＲＡＳペプチドは、Ｇ１２Ｃ突然変異を含む。様々な実施形態では、ＴＣＲは、ＭＨＣ：ＲＡＳペプチド複合体に結合し、ここで、ＲＡＳペプチドは、Ｇ１２Ｄ突然変異を含む。様々な実施形態では、ＴＣＲは、ＭＨＣ：ＲＡＳペプチド複合体に結合し、ここで、ＲＡＳペプチドは、Ｑ６１に突然変異を含む。様々な実施形態では、ＴＣＲは、ＭＨＣ：ＲＡＳペプチド複合体に結合し、ここで、ＲＡＳペプチドは、ＶＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号４５）、ＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号４６）、ＶＶＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号３０１）、ＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号３０２）、ＶＶＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１０９）、ＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１１０）、ＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶ（配列番号１５）、ＬＶＶＶＧＡＣＧＶ（配列番号３０）、ＫＬＶＶＶＧＡＤＧＶ（配列番号２１９）、ＬＶＶＶＧＡＤＧＶ（配列番号２２０）、ＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶ（配列番号２２１）、またはＬＶＶＶＧＡＶＧＶ（配列番号２２２）の配列を含む。
様々な実施形態では、ＴＣＲは、ＭＨＣ：ＲＡＳペプチド複合体に結合し、ここで、ヒトＭＨＣは、ＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子によってコードされる。様々な実施形態では、ＴＣＲは、ＭＨＣ：ＲＡＳペプチド複合体に結合し、ここで、ヒトＭＨＣは、ＨＬＡ－Ａ０３：０１対立遺伝子によってコードされる。様々な実施形態では、ＴＣＲは、ＭＨＣ：ＲＡＳペプチド複合体に結合し、ここで、ヒトＭＨＣは、ＨＬＡ－Ａ１１：０１対立遺伝子によってコードされる。
様々な実施形態では、ＴＣＲは、ＭＨＣ：ＲＡＳペプチド複合体に結合し、ここで、ヒトＭＨＣは、ＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子によってコードされ、ＲＡＳペプチドは、ＶＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号４５）、ＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号４６）、ＶＶＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号３０１）、ＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号３０２）、ＶＶＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１０９）、ＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１１０）、ＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶ（配列番号１５）、ＬＶＶＶＧＡＣＧＶ（配列番号３０）、ＫＬＶＶＶＧＡＤＧＶ（配列番号２１９）、ＬＶＶＶＧＡＤＧＶ（配列番号２２０）、ＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶ（配列番号２２１）、またはＬＶＶＶＧＡＶＧＶ（配列番号２２２）の配列を含む。様々な実施形態では、ＴＣＲは、ＭＨＣ：ＲＡＳペプチド複合体に結合し、ここで、ヒトＭＨＣは、ＨＬＡ－Ａ０３：０１対立遺伝子によってコードされ、ＲＡＳペプチドは、ＶＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号４５）、ＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号４６）、ＶＶＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号３０１）、ＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号３０２）、ＶＶＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１０９）、ＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１１０）、ＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶ（配列番号１５）、ＬＶＶＶＧＡＣＧＶ（配列番号３０）、ＫＬＶＶＶＧＡＤＧＶ（配列番号２１９）、ＬＶＶＶＧＡＤＧＶ（配列番号２２０）、ＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶ（配列番号２２１）、またはＬＶＶＶＧＡＶＧＶ（配列番号２２２）の配列を含む。様々な実施形態では、ＴＣＲは、ＭＨＣ：ＲＡＳペプチド複合体に結合し、ここで、ヒトＭＨＣは、ＨＬＡ－Ａ１１：０１対立遺伝子によってコードされ、ＲＡＳペプチドは、ＶＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号４５）、ＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号４６）、ＶＶＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号３０１）、ＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号３０２）、ＶＶＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１０９）、ＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１１０）、ＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶ（配列番号１５）、ＬＶＶＶＧＡＣＧＶ（配列番号３０）、ＫＬＶＶＶＧＡＤＧＶ（配列番号２１９）、ＬＶＶＶＧＡＤＧＶ（配列番号２２０）、ＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶ（配列番号２２１）、またはＬＶＶＶＧＡＶＧＶ（配列番号２２２）の配列を含む。
一部の実施形態では、本明細書に開示される１つのＴＣＲは、がんにおいて見出される点突然変異を含むエピトープペプチドが特定の対立遺伝子によってコードされるＭＨＣとの複合体にある場合に、そのエピトープペプチドに対して特異的結合親和性を示し、さらに、ＴＣＲは、同じがんタンパク質の異なる点突然変異を含む別のエピトープペプチドが特定の対立遺伝子によってコードされるＭＨＣとの複合体にある場合にそのエピトープペプチドに対して異なる結合親和性を示し得るが、いずれの突然変異も含まないＷＴペプチドに対しては結合親和性を示さない。
ＶＩ．ＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧペプチド－ＭＨＣ複合体に特異的なＴＣＲ
ヒトＭＨＣとの複合体にあるＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧ由来のエピトープに特異的に結合することができるＴ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物を含む少なくとも１つのＴＣＲをコードする核酸であって、ＴＣＲアルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号１４４および配列番号１４７から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域３（ＣＤＲ３）を含む、核酸が、本明細書において提供される。
ヒトＭＨＣとの複合体にあるＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧ由来のエピトープに特異的に結合することができるＴ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物を含む少なくとも１つのＴＣＲをコードする核酸であって、ＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧ由来のエピトープが、アミノ酸配列配列番号１５６に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する領域を含む、核酸が、本明細書において提供される。
一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号１５０に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号１５３に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号１４２または配列番号１４５に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域１（ＣＤＲ１）を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号１４３または配列番号１４６に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域２（ＣＤＲ２）を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号１５０に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号１５３に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号１４２のＣＤＲ１、配列番号１４３のＣＤＲ２、および配列番号１４４のＣＤＲ３を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号１４５のＣＤＲ１、配列番号１４６のＣＤＲ２、および配列番号１４７のＣＤＲ３を含む。
一部の実施形態では、ＴＣＲは、ヒトＭＨＣとの複合体にあるＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧ由来のエピトープに特異的に結合することができるＴＣＲアルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物を含み、ここで、ＴＣＲアルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号１４４または１４７に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または少なくとも９８％の配列同一性を有する相補性決定領域３（ＣＤＲ３）を含む。
一部の実施形態では、ＴＣＲは、ヒトＭＨＣとの複合体にあるＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧ由来のエピトープに特異的に結合することができるＴＣＲアルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物を含み、ここで、ＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧ由来のエピトープは、配列番号１５６に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または少なくとも９８％の配列同一性を有する領域を含む。
一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号１５０または１５３に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または少なくとも９８％の配列同一性を有する可変領域を含む。
一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号１４２または１４５に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または少なくとも９８％の配列同一性を有する相補性決定領域１（ＣＤＲ１）を含む。
一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号１４３または１４６に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域２（ＣＤＲ２）を含む。
一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖をコードする核酸は、配列番号１４８、１４９、１５１、および１５２のうちのいずれか１つに対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または少なくとも９８％の配列同一性を有する核酸配列を含む。様々な実施形態では、ＴＣＲをコードする核酸配列は、コドン最適化されている。
様々な実施形態では、ＴＣＲは、ＭＨＣ：ＴＭＰＲＳＳ２：：ＥＲＧペプチド複合体に結合し、ここで、ＴＭＰＲＳＳ２：：ＥＲＧペプチドは、遺伝子融合突然変異を含む。様々な実施形態では、ＴＣＲは、ＭＨＣ：ＴＭＰＲＳＳ２：：ＥＲＧペプチド複合体に結合し、ここで、ＴＭＰＲＳＳ２：：ＥＲＧペプチドは、少なくとも２つの連続的なアミノ酸を含む遺伝子融合突然変異を含み、少なくとも２つの連続的なアミノ酸は、ＴＭＰＲＳＳ２の少なくとも１つのアミノ酸およびＥＲＧの少なくとも１つのアミノ酸を含む。様々な実施形態では、ＴＣＲは、ＭＨＣ：ＴＭＰＲＳＳ２：：ＥＲＧペプチド複合体に結合し、ここで、ＴＭＰＲＳＳ２：：ＥＲＧペプチドは、ＡＬＮＳＥＡＬＳＶ（配列番号１５６）の配列を含む。
様々な実施形態では、ヒトＭＨＣは、ＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子によってコードされる。様々な実施形態では、ＴＣＲは、ＭＨＣ：ＴＭＰＲＳＳ２：：ＥＲＧペプチド複合体に結合し、ここで、ヒトＭＨＣは、ＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子によってコードされる。
様々な実施形態では、ヒトＭＨＣは、ＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子によってコードされる。様々な実施形態では、ＴＣＲは、ＭＨＣ：ＴＭＰＲＳＳ２：：ＥＲＧペプチド複合体に結合し、ここで、ヒトＭＨＣは、ＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子によってコードされ、ＴＭＰＲＳＳ２：：ＥＲＧペプチドは、ＡＬＮＳＥＡＬＳＶ（配列番号１５６）の配列を含む。
ＶＩＩ．ＧＡＴＡ３ペプチド－ＭＨＣ複合体に特異的なＴＣＲ
一部の他の実施形態では、ＴＣＲは、ヒトＭＨＣとの複合体にあるＧＡＴＡ３由来のエピトープに特異的に結合することができるＴＣＲアルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物を含み、ここで、ＴＣＲアルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号１２９、１３２、１９１、１９４、２０６、または２０９に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または少なくとも９８％の配列同一性を有する相補性決定領域３（ＣＤＲ３）を含む。
一部の実施形態では、ＴＣＲは、ヒトＭＨＣとの複合体にあるＧＡＴＡ３由来のエピトープに特異的に結合することができるＴＣＲアルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物を含み、ここで、ＧＡＴＡ３由来のエピトープは、配列番号１４１、２０３、または２１８に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または少なくとも９８％の配列同一性を有する領域を含む。
一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号１３５、１３８、１９７、２００、２１２、または２１５に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または少なくとも９８％の配列同一性を有する可変領域を含む。
一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号１２７、１３０、１８９、１９２、２０４、または２０７に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または少なくとも９８％の配列同一性を有する相補性決定領域１（ＣＤＲ１）を含む。
一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号１２８、１３１、１９０、１９３、２０５、または２０８に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または少なくとも９８％の配列同一性を有する相補性決定領域２（ＣＤＲ２）を含む。
ヒトＭＨＣとの複合体にあるＧＡＴＡ３由来のエピトープに特異的に結合することができるＴ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物を含む少なくとも１つのＴＣＲをコードする核酸であって、ＴＣＲアルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号１２９、１３２、１９１、１９４、２０６、または２０９から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域３（ＣＤＲ３）を含む、核酸が、本明細書において提供される。
がんを有する対象のＨＬＡ－Ａ０２：０１、ＨＬＡ－Ｂ０７：０２、またはＨＬＡ－Ｂ０８：０１対立遺伝子によってコードされるタンパク質との複合体にある突然変異体ＧＡＴＡ３ペプチドに特異的に結合することができる少なくとも１つのＴ細胞受容体（ＴＣＲ）をコードする核酸であって、ＴＣＲが、ＴＣＲアルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物を含む、核酸が、本明細書において提供される。
単離された核酸、または組換え核酸を含む細胞であって、核酸が、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物を含むＴＣＲをコードし、ＴＣＲが、ＨＬＡ－Ａ０２：０１、ＨＬＡ－Ｂ０７：０２、またはＨＬＡ－Ｂ０８：０１タンパク質との複合体にある突然変異体ＧＡＴＡ３ペプチドに特異的に結合し、配列番号１２９、１３２、１９１、１９４、２０６、もしくは２０９に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域３（ＣＤＲ３）を含み、かつ／または配列番号１４１、２０３、もしくは２１８に対して少なくとも７０％の配列同一性を有する領域を含む突然変異体ＧＡＴＡ３ペプチドに特異的に結合する、単離された核酸、または組換え核酸を含む細胞が、本明細書において提供される。
ヒトＭＨＣとの複合体にあるＧＡＴＡ３由来のエピトープに特異的に結合することができるＴ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物を含む少なくとも１つのＴＣＲをコードする核酸であって、ＧＡＴＡ３由来のエピトープが、アミノ酸配列配列番号１４１、２０３、または２１８に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する領域を含む、核酸が、本明細書において提供される。
一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号１３５、１９７、または２１２に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号１３８、２００、または２１５に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号１２７、１３０、１８９、１９２、２０４、および２０７から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域１（ＣＤＲ１）を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号１２８、１３１、１９０、１９３、２０５、および２０８から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域２（ＣＤＲ２）を含む。
一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号１３５に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号１３８に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号１９７に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号２００に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号２１２に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号２１５に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。
一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号１２７のＣＤＲ１、配列番号１２８のＣＤＲ２、および配列番号１２９のＣＤＲ３を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号１３０のＣＤＲ１、配列番号１３１のＣＤＲ２、および配列番号１３２のＣＤＲ３を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号１８９のＣＤＲ１、配列番号１９０のＣＤＲ２、および配列番号１９１のＣＤＲ３を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号１９２のＣＤＲ１、配列番号１９３のＣＤＲ２、および配列番号１９４のＣＤＲ３を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号２０４のＣＤＲ１、配列番号２０５のＣＤＲ２、および配列番号２０６のＣＤＲ３を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号２０７のＣＤＲ１、配列番号２０８のＣＤＲ２、および配列番号２０９のＣＤＲ３を含む。
一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖をコードする核酸は、配列番号１３３、１３４、１３６、または１３７のうちのいずれか１つに対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または少なくとも９８％の配列同一性を有する核酸配列を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖をコードする核酸は、配列番号１９５、１９６、１９８、または１９９のうちのいずれか１つに対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または少なくとも９８％の配列同一性を有する核酸配列を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖をコードする核酸は、配列番号２１０、２１１、２１３、または２１４のうちのいずれか１つに対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または少なくとも９８％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
様々な実施形態では、ＴＣＲをコードする核酸配列は、コドン最適化されている。
様々な実施形態では、ＴＣＲは、ＭＨＣ：ＧＡＴＡ３ペプチド複合体に結合し、ここで、ＧＡＴＡペプチドは、ＧＡＴＡ３ネオＯＲＦ配列によってコードされる少なくとも１つのアミノ酸を含む。様々な実施形態では、ＴＣＲは、ＭＨＣ：ＧＡＴＡ３ペプチド複合体に結合し、ここで、ＧＡＴＡペプチドは、ＧＡＴＡ３ネオＯＲＦ配列によってコードされる少なくとも２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、または２５個のアミノ酸を含む。様々な実施形態では、ＴＣＲは、ＭＨＣ：ＧＡＴＡ３ペプチド複合体に結合し、ここで、ＧＡＴＡペプチドは、ＧＡＴＡ３ネオＯＲＦ配列によってコードされる少なくとも１つのアミノ酸およびＧＡＴＡ３野生型配列によってコードされる少なくとも１つのアミノ酸を含む。様々な実施形態では、ＴＣＲは、ＭＨＣ：ＧＡＴＡ３ペプチド複合体に結合し、ここで、ＧＡＴＡペプチドは、ＧＡＴＡ３ネオＯＲＦ配列によってコードされる少なくとも２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、または２５個のアミノ酸、およびＧＡＴＡ３野生型配列によってコードされる少なくとも２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、または２５個のアミノ酸を含む。様々な実施形態では、ＴＣＲは、ＭＨＣ：ＧＡＴＡ３ペプチド複合体に結合し、ここで、ＧＡＴＡペプチドは、ＧＡＴＡ３ネオＯＲＦ配列によってコードされる少なくとも１つのアミノ酸およびＧＡＴＡ３ネオＯＲＦ配列によってコードされない少なくとも１つのアミノ酸を含む。様々な実施形態では、ＴＣＲは、ＭＨＣ：ＧＡＴＡ３ペプチド複合体に結合し、ここで、ＧＡＴＡペプチドは、ＧＡＴＡ３ネオＯＲＦ配列によってコードされる少なくとも２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、または２５個のアミノ酸、およびＧＡＴＡ３ネオＯＲＦ配列によってコードされない少なくとも２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、または２５個のアミノ酸を含む。様々な実施形態では、ＴＣＲは、ＭＨＣ：ＧＡＴＡ３ペプチド複合体に結合し、ここで、ＧＡＴＡペプチドのそれぞれのアミノ酸は、ＧＡＴＡ３ネオＯＲＦ配列によってコードされるアミノ酸である。様々な実施形態では、ＴＣＲは、ＭＨＣ：ＧＡＴＡ３ペプチド複合体に結合し、ここで、ＧＡＴＡ３ペプチドは、ＭＬＴＧＰＰＡＲＶ（配列番号１４１）、ＫＰＫＲＤＧＹＭＦ（配列番号２０３）、またはＥＳＫＩＭＦＡＴＬ（配列番号２１８）の配列を含む。
様々な実施形態では、ヒトＭＨＣは、ＨＬＡ－Ａ０２：０１、ＨＬＡ－Ｂ０７：０２、またはＨＬＡ－Ｂ０８：０１対立遺伝子によってコードされる。様々な実施形態では、ＴＣＲは、ＭＨＣ：ＧＡＴＡ３ペプチド複合体に結合し、ここで、ヒトＭＨＣは、ＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子によってコードされる。様々な実施形態では、ＴＣＲは、ＭＨＣ：ＧＡＴＡ３ペプチド複合体に結合し、ここで、ヒトＭＨＣは、ＨＬＡ－Ｂ０７：０２対立遺伝子によってコードされる。様々な実施形態では、ＴＣＲは、ＭＨＣ：ＧＡＴＡ３ペプチド複合体に結合し、ここで、ヒトＭＨＣは、ＨＬＡ－Ｂ０８：０１対立遺伝子によってコードされる。
様々な実施形態では、ＴＣＲは、ＭＨＣ：ＧＡＴＡ３ペプチド複合体に結合し、ここで、ヒトＭＨＣは、ＨＬＡ－Ｂ０８：０１対立遺伝子によってコードされ、ＧＡＴＡ３ペプチドは、ＭＬＴＧＰＰＡＲＶ（配列番号１４１）、ＫＰＫＲＤＧＹＭＦ（配列番号２０３）、またはＥＳＫＩＭＦＡＴＬ（配列番号２１８）の配列を含む。
ＶＩＩＩ．ＢＴＫペプチド－ＭＨＣ複合体に特異的なＴＣＲ
ＢＴＫ遺伝子は、ブルトンチロシンキナーゼ（ＢＴＫ）タンパク質をコードし得、これは、Ｂ細胞の発達および成熟に関連し得る。ＢＴＫタンパク質は、成熟し、抗体を産生するようにＢ細胞に指示する化学シグナルを伝達し得る。
ヒトＭＨＣとの複合体にあるＢＴＫ由来のエピトープに特異的に結合することができるＴ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物を含む少なくとも１つのＴＣＲをコードする核酸であって、ＴＣＲアルファ鎖構築物が、配列番号１６１および配列番号１７６から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域３（ＣＤＲ３）を含むか、またはＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号１６４および配列番号１７９から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域３（ＣＤＲ３）を含む、核酸が、本明細書において提供される。
単離された核酸、または組換え核酸を含む細胞であって、核酸が、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物を含むＴＣＲをコードし、ＴＣＲが、ＨＬＡ－Ａ０２：０１タンパク質との複合体にある突然変異体ＢＴＫペプチドに特異的に結合し、配列番号１６１、１６４、１７６、もしくは１７９に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域３（ＣＤＲ３）を含み、かつ／または配列番号１７３もしくは１８８に対して少なくとも７０％の配列同一性を有する領域を含む突然変異体ＢＴＫペプチドに特異的に結合する、単離された核酸、または組換え核酸を含む細胞もまた、本明細書において提供される。
ヒトＭＨＣとの複合体にあるＢＴＫ由来のエピトープに特異的に結合することができるＴ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物を含む少なくとも１つのＴＣＲをコードする核酸であって、ＢＴＫ由来のエピトープが、アミノ酸配列配列番号１７３または１８８に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する領域を含む、核酸もまた、本明細書において提供される。
一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号１６７または１８２に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。
一部の実施形態では、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号１７０または１８５に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。
一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号１５９、１６２、１７４、および１７７から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域１（ＣＤＲ１）を含む。
一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号１６０、１６３、１７５、および１７８から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域２（ＣＤＲ２）を含む。
一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号１６７または１８２に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号１７０または１８５に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。
一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号１５９または１７４のＣＤＲ１、配列番号１６０または１７５のＣＤＲ２、および配列番号１６１または１７６のＣＤＲ３を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号１６２または１７７のＣＤＲ１、配列番号１６３または１７８のＣＤＲ２、および配列番号１６４または１７９のＣＤＲ３を含む。
一部の実施形態では、エピトープは、点突然変異を含む。一部の実施形態では、点突然変異は、Ｃ４８１Ｓ突然変異である。
様々な実施形態では、ＴＣＲをコードする核酸配列は、コドン最適化されている。
様々な実施形態では、ＴＣＲは、ＭＨＣ：ＢＴＫペプチド複合体に結合し、ここで、ＢＴＫペプチドは、点突然変異を含む。様々な実施形態では、ＴＣＲは、ＭＨＣ：ＢＴＫペプチド複合体に結合し、ここで、ＢＴＫペプチドは、Ｃ４８１Ｓ点突然変異を含む。様々な実施形態では、ＴＣＲは、ＭＨＣ：ＢＴＫペプチド複合体に結合し、ここで、ＢＴＫペプチドは、ＳＬＬＮＹＬＲＥＭ（配列番号１７３）の配列を含む。
一部の実施形態では、ヒトＭＨＣは、ＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子によってコードされる。様々な実施形態では、ヒトＭＨＣは、ＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子によってコードされる。様々な実施形態では、ＴＣＲは、ＭＨＣ：ＢＴＫペプチド複合体に結合し、ここで、ヒトＭＨＣは、ＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子によってコードされる。
様々な実施形態では、ＴＣＲは、ＭＨＣ：ＢＴＫペプチド複合体に結合し、ここで、ヒトＭＨＣは、ＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子によってコードされ、ＢＴＫペプチドは、ＳＬＬＮＹＬＲＥＭ（配列番号１７３）の配列を含む。
ＩＸ．ＥＧＦＲペプチド－ＭＨＣ複合体に特異的なＴＣＲ
ヒトＭＨＣとの複合体にあるＥＧＦＲ由来のエピトープに特異的に結合することができるＴ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物を含む少なくとも１つのＴＣＲをコードする核酸であって、ＴＣＲアルファ鎖構築物が、配列番号４４９、配列番号４６６、配列番号４８３、配列番号５００、および配列番号５１７から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域３（ＣＤＲ３）を含むか、またはＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号４５２、配列番号４６９、配列番号４８６、配列番号５０３、および配列番号５２０から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域３（ＣＤＲ３）を含む、核酸が、本明細書において提供される。
がんを有する対象のＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるタンパク質との複合体にある突然変異体ＥＧＦＲペプチドに特異的に結合することができる少なくとも１つのＴ細胞受容体（ＴＣＲ）をコードする核酸であって、ＴＣＲが、ＴＣＲアルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物を含む、核酸が、本明細書において提供される。
単離された核酸、または組換え核酸を含む細胞であって、核酸が、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物を含むＴＣＲをコードし、ＴＣＲが、ＨＬＡ－Ａ０２：０１タンパク質との複合体にある突然変異体ＥＧＦＲペプチドに特異的に結合し、配列番号４４９、４６６、４８３、５００、５１７、４５２、４６９、４８６、５０３、もしくは５２０に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域３（ＣＤＲ３）を含み、かつ／または配列番号４６１、４６２、４６３、４７８、４７９、４８０、４９５、４９６、４９７、５１２、５１３、５１４、５２９、５３０、もしくは５３１に対して少なくとも７０％の配列同一性を有する領域を含む突然変異体ＥＧＦＲペプチドに特異的に結合する、単離された核酸、または組換え核酸を含む細胞が、本明細書において提供される。
ヒトＭＨＣとの複合体にあるＥＧＦＲ由来のエピトープに特異的に結合することができるＴ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物を含む少なくとも１つのＴＣＲをコードする核酸であって、ＥＧＦＲ由来のエピトープが、アミノ酸配列配列番号４６１、４６２、４６３、４７８、４７９、４８０、４９５、４９６、４９７、５１２、５１３、５１４、５２９、５３０、または５３１に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する領域を含む、核酸が、本明細書において提供される。
一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号４４９、４６６、４８３、５００、または５１７に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。
一部の実施形態では、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号４５２、４６９、４８６、５０３、または５２０に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。
一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号４４７、４６４、４８１、４９８、５１５、４５０、４６７、４８４、５０１、および５１８から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域１（ＣＤＲ１）を含む。
一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号４４８、４６５、４８２、４９９、５１６、４５１、４６８、４８５、５０２、および５１９から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域２（ＣＤＲ２）を含む。
一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号４５５、４７２、４８９、５０６、または５２３に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号４５８、４７５、４９２、５０９、または５２６に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む。
一部の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖構築物は、配列番号４４７、４６４、４８１、４９８、または５１５のＣＤＲ１、配列番号４４８、４６５、４８２、４９９、または５１６のＣＤＲ２、および配列番号４４９、４６６、４８３、５００、または５１７のＣＤＲ３を含み、ＴＣＲベータ鎖構築物は、配列番号４５０、４６７、４８４、５０１、または５１８のＣＤＲ１、配列番号４５１、４６８、４８５、５０２、または５１９のＣＤＲ２、および配列番号４５２、４６９、４８６、５０３、または５２０のＣＤＲ３を含む。
一部の実施形態では、エピトープは、点突然変異を含む。一部の実施形態では、点突然変異は、Ｔ７９０Ｍ突然変異である。一部の実施形態では、ヒトＭＨＣは、ＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子によってコードされる。
様々な実施形態では、ＴＣＲをコードする核酸配列は、コドン最適化されている。
様々な実施形態では、ＴＣＲは、ＭＨＣ：ＥＧＦＲペプチド複合体に結合し、ここで、ＥＧＦＲペプチドは、点突然変異を含む。様々な実施形態では、ＴＣＲは、ＭＨＣ：ＥＧＦＲペプチド複合体に結合し、ここで、ＥＧＦＲペプチドは、Ｔ７９０Ｍ点突然変異を含む。様々な実施形態では、ＴＣＲは、ＭＨＣ：ＥＧＦＲペプチド複合体に結合し、ここで、ＥＧＦＲペプチドは、ＱＬＩＭＱＬＭＰＦ（配列番号４６１）、ＬＩＭＱＬＭＰＦＧＣ（配列番号４６２）、またはＭＱＬＭＰＦＧＣＬＬ（配列番号４６３）の配列を含む。
様々な実施形態では、ヒトＭＨＣは、ＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子によってコードされる。様々な実施形態では、ＴＣＲは、ＭＨＣ：ＥＧＦＲペプチド複合体に結合し、ここで、ヒトＭＨＣは、ＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子によってコードされる。
様々な実施形態では、ＴＣＲは、ＭＨＣ：ＥＧＦＲペプチド複合体に結合し、ここで、ヒトＭＨＣは、ＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子によってコードされ、ＥＧＦＲペプチドは、ＱＬＩＭＱＬＭＰＦ（配列番号４６１）、ＬＩＭＱＬＭＰＦＧＣ（配列番号４６２）、またはＭＱＬＭＰＦＧＣＬＬ（配列番号４６３）の配列を含む。
核酸またはベクターの送達
ＴＣＲをコードする核酸またはそのような核酸を含むベクターは、発現およびプロセシングのために、宿主細胞に送達することができる。
「移入すること」、「導入すること」、または「トランスフェクトすること」などの用語は、本明細書において互換可能に使用され、核酸、特に、外因性または異種核酸の、細胞への導入に関する。
たとえば、核酸との複合体を形成することまたは核酸が封入もしくはカプセル封入されたベシクルを形成することによって、核酸を会合することができる任意の担体を、細胞にトランスフェクトして、ネイキッド核酸と比較して核酸の安定性の増加をもたらすことができる。本開示による有用な担体としては、たとえば、脂質含有担体、たとえば、カチオン性脂質、リポソーム、特に、カチオン性リポソーム、およびミセル、ならびにナノ粒子が挙げられる。カチオン性脂質は、負に荷電した核酸と複合体を形成し得る。任意のカチオン性脂質を、本開示により使用することができる。
様々な実施形態では、本明細書に開示されるＴＣＲをコードする核酸は、プロモーターに作動可能に連結されている。さらに、本開示は、上記に開示される核酸のうちの１つまたは複数を含む、ベクター、たとえば、プラスミド、シャトルベクター、ファージミド、コスミド、発現ベクター、レトロウイルスベクター、アデノウイルスベクター、または遺伝子療法において使用される粒子および／もしくはベクターを提供する。「ベクター」は、別の核酸を輸送することができる核酸分子である。ベクターは、細胞、たとえば、宿主細胞における発現に所望されるポリペプチドまたはタンパク質をコードする、核酸インサートを含む。本開示の目的で、インサートは、ＴＣＲ、ＴＣＲのアルファ鎖もしくはベータ鎖または両方をコードする核酸であり得る。ベクターに核酸配列を「組み込むこと」という用語は、その核酸配列を含むインサートを有する好適な発現ベクターを調製することを意味し得る。「発現ベクター」は、適切な環境に存在する場合に、ベクターが保持している１つまたは複数の遺伝子によってコードされるタンパク質の発現を誘導することができるベクターである。「レトロウイルス」は、ＲＮＡゲノムを有するウイルスである。「ガンマレトロウイルス」は、レトロウイルスファミリー属を指す。例示的なガンマレトロウイルスとしては、マウス幹細胞ウイルス、マウス白血病ウイルス、ネコ白血病ウイルス、ネコ肉腫ウイルス、およびトリ細網内皮症ウイルスが挙げられるが、これらに限定されない。「レンチウイルス」は、分裂細胞および非分裂細胞に感染することができるレトロウイルス属を指す。レンチウイルスのいくつかの例としては、ＨＩＶ（ヒト免疫不全ウイルス、１型ＨＩＶおよび２型ＨＩＶを含む）、ウマ感染性貧血ウイルス、ネコ免疫不全ウイルス（ＦＩＶ）、ウシ免疫不全ウイルス（ＢＩＶ）、およびサル免疫不全ウイルス（ＳＩＶ）が挙げられる。コアウイルスをコードするベクターはまた、「ウイルスベクター」としても知られている。本発明での使用に好適な利用可能なウイルスベクターが多数存在し、これには、ＰｆｅｉｆｅｒおよびＶｅｒｍａによって説明されているもの（Pfeifer,
A. and I. M. Verma. 2001. Ann. Rev. Genomics Hum. Genet.2:177-211）など、ヒト遺伝子療法での適用のために特定されたものが含まれる。好適なウイルスベクターとしては、ＲＮＡウイルスに基づくベクター、たとえば、レトロウイルス由来のベクター、たとえば、モロニーマウス白血病ウイルス（ＭＬＶ）由来のベクターが挙げられ、より複雑なレトロウイルス由来のベクター、たとえば、レンチウイルス由来のベクターが含まれる。ＨＩＶ－１由来のベクターは、このカテゴリーに属する。他の例としては、ＨＩＶ－２、ＦＩＶ、ウマ感染性貧血ウイルス、ＳＩＶ、およびマエディ／ビスナウイルスに由来するレンチウイルスベクターが挙げられる。哺乳動物標的細胞にＴＣＲ導入遺伝子を含むウイルス粒子を形質導入するために、レトロウイルスおよびレンチウイルスのウイルスベクターならびにパッケージング細胞を使用する方法は、当該技術分野において周知であり、たとえば、米国特許第８，１１９，７７２号、Walchlietal., 2011, PLoS One 6:327930、Zhao et al., J. Immunol., 2005, 174:4415-4423、Engelsetal., 2003, Hum. Gene Ther.
14:1155-68、Frecha et al., 2010, Mol. Ther.18:1748-57、Verhoeyen et al., 2009,Methods Mol. Biol. 506:97-114において、これまでに説明されている。レトロウイルス
およびレンチウイルスベクター構築物および発現系はまた、市販入手可能である。一部の実施形態では、ウイルスベクターは、ペプチド抗原に特異的なＴＣＲα鎖をコードする非内因性核酸配列を、造血系前駆細胞に導入するために使用される。ウイルスベクターは、レトロウイルスベクターまたはレンチウイルスベクターであり得る。ウイルスベクターには、形質導入のためのマーカーをコードする核酸配列も含まれ得る。ウイルスベクターの形質導入マーカーは、当該技術分野において公知であり、これには、薬物耐性を付与し得る選択マーカー、または検出可能なマーカー、たとえば、フローサイトメトリーなどの方法によって検出することができる蛍光マーカーもしくは細胞表面タンパク質が挙げられる。ウイルスベクターゲノムが、宿主細胞において別個の転写産物として発現させようとする１つを上回る核酸配列を含む場合、ウイルスベクターはまた、２つの（またはそれよりも多くの）転写産物間にバイシストロンまたはマルチシストロンの発現を可能とする追加の配列も含み得る。ウイルスベクターにおいて使用されるそのような配列の例としては、内部リボソーム進入部位（ＩＲＥＳ）、フューリン切断部位、およびウイルス２Ａペプチドが挙げられる。たとえば、アデノウイルスに基づくベクターおよびアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）に基づくベクター、アンプリコンベクター、複製欠損単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）、および減弱化ＨＳＶを含むＨＳＶに由来するベクター（Kriskyetal., 1998, Gene Ther. 5: 1517-30）を含む、ＤＮＡウイルスベクターを含む、他のベクターもまた
、ポリヌクレオチド送達に使用することができる。他のベクターとしては、バキュロウイルスおよびアルファ－ウイルスに由来するものが挙げられる。（JollyD J.1999. Emerging viral vectors. pp 209-40 in Friedmann T. ed. 1999.Thedevelopment of human gene therapy. New York: Cold Spring Harbor Lab）。
ベクターには、核酸が宿主細胞において複製することを可能にする核酸配列、たとえば、複製起点が含まれ得る。ベクターにはまた、１つまたは複数の選択可能なマーカー遺伝子および当業者に公知の他の遺伝子エレメントも含まれ得る。ベクターは、好ましくは、その核酸の発現を可能にする配列に作動可能に連結された、本発明による核酸を含む、発現ベクターである。
一部の実施形態では、本明細書に開示されるＴＣＲをコードする核酸を含むベクターが、本明細書において提供される。一部の実施形態では、ベクターは、自己増幅ＲＮＡレプリコン、プラスミド、ファージ、トランスポゾン、コスミド、ウイルス、またはビリオンである。一部の実施形態では、ベクターは、ウイルスベクターである。一部の実施形態では、ベクターは、レトロウイルス、レンチウイルス、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、ヘルペスウイルス、ポックスウイルス、アルファウイルス、ワクシニアウイルス、Ｂ型肝炎ウイルス、ヒトパピローマウイルス、またはこれらのシュードタイプに由来する。一部の実施形態では、ベクターは、非ウイルスベクターである。一部の実施形態では、非ウイルスベクターは、ナノ粒子、カチオン性脂質、カチオン性ポリマー、金属ナノポリマー、ナノロッド、リポソーム、ミセル、マイクロバブル、細胞透過性ペプチド、またはリポスフェアである。
細胞における発現のためのＴＣＲのアルファ鎖およびベータ鎖をコードする、構築物、たとえば、核酸構築物が、本明細書において提示される。一部の実施形態では、構築物は、ＴＣＲアルファ鎖およびＴＣＲベータ鎖をコードする１つまたは複数のポリヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、好適なベクターに組み込まれる。一部の実施形態では、アルファ鎖およびベータ鎖をコードするポリヌクレオチドは、同じベクターに組み込まれる。一部の実施形態では、アルファ鎖およびベータ鎖をコードするポリヌクレオチドは、異なるベクターに組み込まれ、両方のベクターが、単一の細胞における発現のために送達される。
一部の実施形態では、細胞には、ＴＣＲをコードする核酸が形質導入またはトランスフェクトされ得、ここで、細胞は、ＴＣＲを発現することができ、細胞は、治療として使用される。一部の実施形態では、細胞は、対象または宿主に由来し、ここで、対象または宿主は、ヒトである。一部の実施形態では、対象または宿主は、エピトープにおける突然変異を有する細胞を含み、細胞において発現されるＴＣＲは、突然変異を有するエピトープに特異的に結合することができる。一部の実施形態では、細胞は、リンパ球細胞である。一部の実施形態では、Ｔリンパ球。一部の実施形態では、細胞は、リンパ球前駆細胞である。一部の実施形態では、細胞は、Ｔリンパ球前駆細胞である。一部の実施形態では、細胞は、Ｔリンパ球始原細胞である。一部の実施形態では、細胞は、胸腺細胞である。
一部の実施形態では、Ｔ細胞は、未成熟Ｔ細胞である。一部の実施形態では、Ｔ細胞は、抗原ナイーブＴ細胞である。宿主細胞は、ＴＣＲをコードするポリヌクレオチドのトランスフェクションまたは形質導入の後に、モニタリングおよび回収のために、ｅｘ ｖｉｖｏで、１日間、２日間、３日間、４日間、５日間、またはそれよりも長い日数培養され得る。
Ｘ．ネオ抗原
本明細書に開示されるＴＣＲは、免疫原性ネオ抗原に特異的である。一部の実施形態では、ネオ抗原ペプチドは、ＲＡＳに由来する。一部の実施形態では、ネオ抗原ペプチドは、ＧＡＴＡ３に由来する。一部の実施形態では、ネオ抗原ペプチドは、ＢＴＫに由来する。一部の実施形態では、ネオ抗原ペプチドは、ＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧに由来する。一部の実施形態では、１つまたは複数のネオ抗原ペプチドは、ＡＰＣにロードされ、ここで、ペプチドがロードされたＡＰＣは、次いで、Ｔ細胞を刺激して、抗原特異的Ｔ細胞を産生するために使用される。一部の実施形態では、ペプチドのローディングに使用されるＡＰＣは、樹状細胞である。免疫原性ネオ抗原配列は、当該技術分野において公知の任意の好適な方法によって特定され得る。
様々な実施形態では、ネオ抗原は、エピトープを含む。動物およびヒトの両方において、突然変異型エピトープは、可能性として、免疫応答の誘導またはＴ細胞の活性化に有効であり得る。一部の実施形態では、エピトープは、突然変異を含む。一部の実施形態では、突然変異は、点突然変異、スプライシング部位突然変異、フレームシフト突然変異、リードスルー突然変異、遺伝子融合突然変異、およびこれらの任意の組合せからなる群から選択される。
一部の実施形態では、エピトープは、少なくとも８個のアミノ酸の長さを有する。一部の実施形態では、エピトープは、少なくとも１６個のアミノ酸の長さを有する。一部の実施形態では、エピトープは、８～２５個のアミノ酸の長さを有する。一部の実施形態では、エピトープは、８～１２個のアミノ酸の長さを有する。一部の実施形態では、エピトープは、１６～２５個のアミノ酸の長さを有する。一部の実施形態では、エピトープは、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、または２５個のアミノ酸の長さを有する。
ある特定の実施形態では、ネオ抗原またはそのエピトープは、約５個、約６個、約７個、約８個、約９個、約１０個、約１１個、約１２個、約１３個、約１４個、約１５個、約１６個、約１７個、約１８個、約１９個、約２０個、約２１個、約２２個、約２３個、約２４個、約２５個、約２６個、約２７個、約２８個、約２９個、約３０個、約３１個、約３２個、約３３個、約３４個、約３５個、約３６個、約３７個、約３８個、約３９個、約４０個、約４１個、約４２個、約４３個、約４４個、約４５個、約４６個、約４７個、約４８個、約４９個、約５０個、約６０個、約７０個、約８０個、約９０個、約１００個、約１１０個、約１２０個、またはそれよりも多くのアミノ酸残基、ならびにこの中から導出可能な任意の範囲を含み得るが、これらに限定されない。特定の実施形態では、ネオ抗原またはそのエピトープは、１００個に等しいかまたはそれよりも少ないアミノ酸である。
一部の実施形態では、ＭＨＣクラスＩのネオ抗原またはそのエピトープは、１３個の残基またはそれ未満の長さであり、通常、約８個～約１１個の残基、特に９個または１０個の残基からなる。一部の実施形態では、ＭＨＣクラスＩＩのネオ抗原またはそのエピトープは、９～２４個の残基の長さである。
一部の実施形態では、ネオ抗原は、ＨＬＡタンパク質（たとえば、ＨＬＡクラスＩまたはＨＬＡクラスＩＩ）に結合する。特定の実施形態では、ネオ抗原は、対応する野生型ペプチドよりも高い親和性で、ＨＬＡタンパク質に結合する。特定の実施形態では、ネオ抗原性ペプチドまたはポリペプチドは、少なくとも５０００ｎＭ未満、少なくとも５００ｎＭ未満、少なくとも１００ｎＭ未満、少なくとも５０ｎＭ未満、またはそれ未満のＩＣ５０を有する。
一部の実施形態では、エピトープは、対応する野生型エピトープよりも高い親和性で、ヒトＭＨＣに結合する。一部の実施形態では、エピトープは、５００ｎＭ未満、２５０ｎＭ未満、１５０ｎＭ未満、１００ｎＭ未満、５０ｎＭ未満、２５ｎＭ未満、または１０ｎＭ未満のＫＤまたはＩＣ５０で、ヒトＭＨＣに結合する。一部の実施形態では、エピトープは、突然変異を含み、ここで、突然変異は、対象の非がん細胞には存在しない。一部の実施形態では、エピトープは、対象のがん細胞の遺伝子または発現される遺伝子によってコードされる。一部の実施形態では、ＴＣＲは、５００ｎＭ未満、２５０ｎＭ未満、１５０ｎＭ未満、１００ｎＭ未満、５０ｎＭ未満、２５ｎＭ未満、または１０ｎＭ未満のＫＤまたはＩＣ５０で、ＨＬＡ－ペプチド複合体に結合する。
一部の実施形態では、ネオ抗原性ペプチドは、約８個から約５０個のアミノ酸残基の長さ、または約８個から約３０個、約８個から約２０個、約８個から約１８個、約８個から約１５個、もしくは約８個から約１２個のアミノ酸残基の長さであり得る。一部の実施形態では、ネオ抗原性ペプチドは、約８個から約５００個のアミノ酸残基の長さ、または約８個から約４５０個、約８個から約４００個、約８個から約３５０個、約８個から約３００個、約８個から約２５０個、約８個から約２００個、約８個から約１５０個、約８個から約１００個、約８個から約５０個、もしくは約８個から約３０個のアミノ酸残基の長さであり得る。
一部の実施形態では、ネオ抗原性ペプチドは、少なくとも８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個、３１個、３２個、３３個、３４個、３５個、３６個、３７個、３８個、３９個、４０個、４１個、４２個、４３個、４４個、４５個、４６個、４７個、４８個、４９個、５０個、またはそれよりも多くのアミノ酸残基の長さであり得る。一部の実施形態では、ネオ抗原性ペプチドは、少なくとも８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個、３１個、３２個、３３個、３４個、３５個、３６個、３７個、３８個、３９個、４０個、４１個、４２個、４３個、４４個、４５個、４６個、４７個、４８個、４９個、５０個、５５個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１５０個、２００個、２５０個、３００個、３５０個、４００個、４５０個、５００個、またはそれよりも多くのアミノ酸残基の長さであり得る。一部の実施形態では、ネオ抗原性ペプチドは、多くとも８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個、３１個、３２個、３３個、３４個、３５個、３６個、３７個、３８個、３９個、４０個、４１個、４２個、４３個、４４個、４５個、４６個、４７個、４８個、４９個、５０個、またはそれよりも少ないアミノ酸残基の長さであり得る。一部の実施形態では、ネオ抗原性ペプチドは、多くとも８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個、３１個、３２個、３３個、３４個、３５個、３６個、３７個、３８個、３９個、４０個、４１個、４２個、４３個、４４個、４５個、４６個、４７個、４８個、４９個、５０個、５５個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１５０個、２００個、２５０個、３００個、３５０個、４００個、４５０個、５００個、またはそれよりも少ないアミノ酸残基の長さであり得る。
一部の実施形態では、ネオ抗原性ペプチドは、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個、少なくとも２０個、少なくとも２１個、少なくとも２２個、少なくとも２３個、少なくとも２４個、少なくとも２５個、少なくとも２６個、少なくとも２７個、少なくとも２８個、少なくとも２９個、少なくとも３０個、少なくとも４０個、少なくとも５０個、少なくとも６０個、少なくとも７０個、少なくとも８０個、少なくとも９０個、少なくとも１００個、少なくとも１５０個、少なくとも２００個、少なくとも２５０個、少なくとも３００個、少なくとも３５０個、少なくとも４００個、少なくとも４５０個、または少なくとも５００個のアミノ酸の全長を有する。
一部の実施形態では、ネオ抗原性ペプチドは、多くとも８個、多くとも９個、多くとも１０個、多くとも１１個、多くとも１２個、多くとも１３個、多くとも１４個、多くとも１５個、多くとも１６個、多くとも１７個、多くとも１８個、多くとも１９個、多くとも２０個、多くとも２１個、多くとも２２個、多くとも２３個、多くとも２４個、多くとも２５個、多くとも２６個、多くとも２７個、多くとも２８個、多くとも２９個、多くとも３０個、多くとも４０個、多くとも５０個、多くとも６０個、多くとも７０個、多くとも８０個、多くとも９０個、多くとも１００個、多くとも１５０個、多くとも２００個、多くとも２５０個、多くとも３００個、多くとも３５０個、多くとも４００個、多くとも４５０個、または多くとも５００個のアミノ酸の全長を有する。
一部の実施形態では、ネオ抗原性ペプチドは、約０．５から約１２、約２から約１０、または約４から約８のｐＩ値を有し得る。一部の実施形態では、ネオ抗原性ペプチドは、少なくとも４．５、５、５．５、６、６．５、７、７．５、またはそれよりも高いｐＩ値を有し得る。一部の実施形態では、ネオ抗原性ペプチドは、多くとも４．５、５、５．５、６、６．５、７、７．５、またはそれよりも低いｐＩ値を有し得る。
一部の実施形態では、ネオ抗原性ペプチドは、約１ｐＭ～約１ｍＭ、約１００ｐＭ～約５００μＭ、約５００ｐＭ～約１０μＭ、約１ｎＭ～約１μＭ、または約１０ｎＭ～約１μＭのＨＬＡ結合親和性を有し得る。一部の実施形態では、ネオ抗原性ペプチドは、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、５５０、６００、７００、８００、９００μＭ、またはそれを上回るＨＬＡ結合親和性を有し得る。一部の実施形態では、ネオ抗原性ペプチドは、多くとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、５５０、６００、７００、８００、９００μＭのＨＬＡ結合親和性を有し得る。
一部の実施形態では、本明細書に記載されるネオ抗原性ペプチドは、担体、たとえば、当該技術分野において周知のもの、たとえば、サイログロブリン、アルブミン、たとえば、ヒト血清アルブミン、破傷風トキソイド、ポリアミノ酸残基、たとえば、ポリＬ－リシン、ポリＬ－グルタミン酸、インフルエンザウイルスタンパク質、Ｂ型肝炎ウイルスコアタンパク質などを含み得る。
一部の実施形態では、本明細書に記載されるネオ抗原性ペプチドは、末端－ＮＨ２アシル化、たとえば、アルカノイル（Ｃ１－Ｃ２０）またはチオールグリコリルアセチル化、末端カルボキシルアミド化、たとえば、アンモニア、メチルアミンなどによって改変されていてもよい。一部の実施形態では、これらの改変により、支持体または他の分子への連結のための部位がもたらされ得る。
一部の実施形態では、本明細書に記載されるネオ抗原性ペプチドは、グリコシル化、側鎖酸化、ビオチン化、リン酸化、表面活性材料、たとえば、脂質の付加などであるがこれらに限定されない改変を含んでもよく、または化学的改変、たとえば、アセチル化などが行われてもよい。さらに、ペプチドにおける結合は、ペプチド結合以外の結合、たとえば、共有結合、エステルまたはエーテル結合、ジスルフィド結合、水素結合、イオン結合などであり得る。
一部の実施形態では、本明細書に記載されるネオ抗原性ペプチドは、結果として得られるペプチドの物理的特性（たとえば、安定性または可溶性）を改変させるための置換を含んでもよい。たとえば、ネオ抗原性ペプチドは、システイン（Ｃ）のα－アミノ酪酸（「Ｂ」）との置換によって改変され得る。その化学的性質に起因して、システインは、ジスルフィド架橋を形成し、結合能力を低減させるのに十分にペプチドを構造的に変更する傾向を有する。Ｃをα－アミノ酪酸で置換することにより、この問題を緩和するだけでなく、ある特定の事例では、実際に結合および交差結合能力も改善する。システインのα－アミノ酪酸との置換は、ネオ抗原性ペプチドの任意の残基、たとえば、ペプチド内のエピトープもしくはアナログのアンカー位置もしくは非アンカー位置のいずれか、またはペプチドのその他の位置において、生じ得る。
一部の実施形態では、本明細書に記載されるネオ抗原性ペプチドは、アミノ酸模倣体または非天然のアミノ酸残基、たとえば、Ｄ－またはＬ－ナフィルアラニン（naphylalanine）、Ｄ－またはＬ－フェニルグリシン、Ｄ－またはＬ－２－チエネイルアラニン（thieneylalanine）、Ｄ－またはＬ－１、－２、３－もしくは４－ピレネイルアラニン、Ｄ－またはＬ－３チエネイルアラニン、Ｄ－またはＬ－（２－ピリジニル）－アラニン、Ｄ－またはＬ－（３－ピリジニル）－アラニン、Ｄ－またはＬ－（２－ピラジニル）－アラニン、Ｄ－またはＬ－（４－イソプロピル）－フェニルグリシン、Ｄ－（トリフルオロメチル）－フェニルグリシン、Ｄ－（トリフルオロ－メチル）－フェニルアラニン、Ｄ－．ロー．－フルオロフェニルアラニン、Ｄ－またはＬ－．ロー．－ビフェニル－フェニルアラニン、Ｄ－またはＬ－．ロー．－メトキシビフェニルフェニルアラニン、Ｄ－またはＬ－２－インドール（アリル）アラニン、およびＤ－またはＬ－アルキルアラニンを含み得、ここで、アルキル基は、置換または非置換メチル、エチル、プロピル、ヘキシル、ブチル、ペンチル、イソプロピル、イソブチル、ｓｅｃ－イソチル、イソペンチル、または非酸性アミノ酸残基であり得る。非天然のアミノ酸の芳香環としては、たとえば、チアゾリル、チオフェニル、ピラゾリル、ベンズイミダゾリル、ナフチル、フラニル、ピロリル、およびピリジル芳香環が挙げられる。様々なアミノ酸模倣体または非天然のアミノ酸残基を有する改変されたペプチドは、ｉｎ ｖｉｖｏにおいて増加した安定性を示す傾向にあるため、特に有用である。そのようなペプチドはまた、改善された保管寿命または製造特性も有し得る。
ペプチドの安定性は、いくつかの手段でアッセイすることができる。たとえば、ペプチダーゼおよび様々な生物学的媒体、たとえば、ヒト血漿および血清が、安定性を試験するために使用されている。たとえば、Verhoef,et al., Eur. J. Drug Metab. Pharmacokinetics 11:291 (1986)を参照されたい。本明細書に記載されるペプチドの半減期は、２５
％ヒト血清（ｖ／ｖ）アッセイを使用して、便宜的に判定される。プロトコールは、次の通りである：プールしたヒト血清（ＡＢ型、熱不活性化されていない）を、使用前に遠心分離によって破壊（dilapidated）する。血清を、次いで、ＲＰＭＩ－１６４０または別
の好適な組織培養培地で２５％に希釈する。所定の時間間隔で、少量の反応溶液を取り出し、６％トリクロロ酢酸（ＴＣＡ）水溶液またはエタノールに添加する。濁った反応試料を、１５分間冷却し（４℃）、次いで、回転処理により、沈殿した血清タンパク質をペレット状にする。ペプチドの存在を、次いで、安定性特異的クロマトグラフィー条件を使用して、逆相ＨＰＬＣによって判定する。
一部の実施形態では、本明細書に記載されるネオ抗原性ペプチドは、合成で、組換えＤＮＡ技術もしくは化学合成によって、調製することができるか、または天然の源、たとえば、天然の腫瘍または病原性生物から単離することができる。エピトープは、個別に合成することができるか、またはペプチド内で直接的もしくは間接的に結合させることができる。本明細書に記載されるネオ抗原性ペプチドは、他の天然に存在する宿主細胞タンパク質およびその断片を実質的に含まず、一部の実施形態では、ペプチドは、天然の断片または粒子に結合するように合成によりコンジュゲートすることができる。
一部の実施形態では、本明細書に記載されるネオ抗原性ペプチドは、広範な手段で調製することができる。一部の実施形態では、ペプチドは、従来的な技法に従って、溶液中または固体支持体上に合成することができる。様々な自動合成装置が、市販入手可能であり、公知のプロトコールに従って使用することができる。（たとえば、Stewart& Young, SOLID PHASE PEPTIDE SYNTHESIS, 2D. ED., PierceChemical Co., 1984を参照されたい）
。さらに、個々のペプチドは、化学的ライゲーションを使用して結合させて、より大きなペプチドを生じることができ、これは、依然として本発明の範囲内である。
あるいは、組換えＤＮＡ技術を用いることができ、その場合、ペプチドをコードするヌクレオチド配列を、発現ベクターに挿入し、適切な宿主細胞に形質転換またはトランスフェクトし、発現に好適な条件下において培養する。これらの手順は、概してSambrooket al., MOLECULAR CLONING, A LABORATORY MANUAL, Cold SpringHarbor Press, ColdSpring Harbor, N.Y. (1989)に記載されるように、概して当該技術分野において公知である。
したがって、本明細書に記載される１つまたは複数のエピトープを含むかまたはそれからなる組換えペプチドを使用して、適切なＴ細胞エピトープを提示することができる。
ＸＩ．医薬組成物
医薬組成物は、活性剤を薬学的に使用することができる調製物へと加工することを促進する賦形剤および補助剤を含む、１つまたは複数の生理学的に許容される担体を使用して、製剤化され得る。適切な製剤は、選択された投与の経路に依存し得る。周知の技法、担体、および賦形剤のうちの任意のものを、好適にかつ当該技術分野において理解されるように、使用することができる。
一部の場合には、医薬組成物は、細胞に基づく治療薬、たとえば、Ｔ細胞治療薬として製剤化される。一部の実施形態では、医薬組成物は、ペプチドに基づく療法、核酸に基づく療法、抗体に基づく療法、および／または細胞に基づく療法を含む。一部の実施形態では、医薬組成物は、ペプチドに基づく治療薬、または核酸がポリペプチドをコードする核酸に基づく治療薬を含む。組成物は、２つまたはそれよりも多くの免疫原性抗原またはネオ抗原ペプチドに特異的なＴ細胞を含み得る。一部の実施形態では、Ｔ細胞特異的治療薬には、１つまたは複数の追加の治療が補充されていてもよい。
一部の実施形態では、本明細書に開示されるネオ抗原を標的とするＴＣＲをコードする核酸、核酸を含むベクター、核酸によってコードされるタンパク質、または核酸、タンパク質、もしくはベクターを含む宿主細胞と、薬学的に許容される賦形剤または希釈剤とを含む、医薬組成物。一部の実施形態では、医薬組成物は、免疫調節剤またはアジュバントをさらに含む。一部の実施形態では、免疫調節剤は、サイトカインである。一部の実施形態では、アジュバントは、ポリＩ：Ｃである。
また、免疫疾患またはがんを処置する際の医薬組成物の使用も、本明細書において提供される。
医薬組成物は、活性成分に加えて、薬学的に許容される賦形剤、担体、緩衝剤、安定化剤、または当業者に周知の他の材料を含み得る。そのような材料は、非毒性であり、活性成分の有効性を妨害しないものとする。担体または他の材料の正確な性質は、投与の経路に依存するであろう。許容可能な担体、賦形剤、または安定化剤は、用いられる投薬量および濃度で、レシピエントにとって非毒性のものであり、以下が挙げられる：緩衝剤、たとえば、リン酸塩、クエン酸塩、および他の有機酸；アスコルビン酸およびメチオニンを含む、抗酸化剤；保存剤（たとえば、オクタデシルジメチルベンジルアンモニウムクロリド；塩化ヘキサメトニウム；塩化ベンザルコニウム；塩化ベンゼトニウム；フェノール、ブチル、もしくはベンジルアルコール；アルキルパラベン、たとえば、メチルもしくはプロピルパラベン；カテコール；レゾルシノール；シクロヘキサノール；３－ペンタノール；およびｍ－クレゾール）；低分子量（約１０残基よりも少ない）ポリペプチド；タンパク質、たとえば、血清アルブミン、ゼラチン、もしくは免疫グロブリン；親水性ポリマー、たとえば、ポリビニルピロリドン；アミノ酸、たとえば、グリシン、グルタミン、アスパラギン、ヒスチジン、アルギニン、もしくはリシン；単糖類、二糖類、およびグルコース、マンノース、もしくはデキストリンを含む他の炭水化物；キレート剤、たとえば、ＥＤＴＡ；糖類、たとえば、スクロース、マンニトール、トレハロース、もしくはソルビトール；塩形成対イオン、たとえば、ナトリウム；金属錯体（たとえば、Ｚｎ－タンパク質錯体）；ならびに／または非イオン性界面活性剤、たとえば、ＴＷＥＥＮ（登録商標）、ＰＬＵＲＯＮＩＣＳ（登録商標）、もしくはポリエチレングリコール（ＰＥＧ）。
許容可能な担体は、投与される患者に生理学的に許容可能であり、それが一緒に／中に含まれて投与される化合物の治療特性を保持する。許容可能な担体およびそれらの製剤化は、概して、たとえば、Remington'sPharmaceutical Sciences (18th ed. A. Gennaro, Mack PublishingCo., Easton, PA1990)に記載されている。担体の１つの例は、生理食塩水である。薬学的に許容される担体は、薬学的に許容される材料、組成物、またはビヒクル、たとえば、対象化合物を、１つの器官または身体の部分の投与部位から、別の器官もしくは身体の部分、またはｉｎ ｖｉｔｒｏアッセイ系に運搬または輸送することに関与する、液体または固体の充填剤、希釈剤、賦形剤、溶媒、またはカプセル封入材料である。許容可能な担体は、製剤中の他の成分と適合性があり、投与される対象に対して有害でないものである。また、許容可能な担体は、他の成分の特定の活性を変更するものでもない。
一態様では、薬学的投与と適合性のある、溶媒（水性もしくは非水性）、溶液、エマルジョン、分散媒、コーティング、等張剤および吸収促進または遅延剤を含む、薬学的に許容される組成物または生理学的に許容される組成物が、本明細書において提供される。医薬組成物または医薬製剤は、したがって、対象における薬学的使用に好適な組成物を指す。組成物は、特定の投与経路（すなわち、全身または局所）に適合性となるように製剤化され得る。したがって、組成物は、様々な経路による投与に好適な担体、希釈剤、または賦形剤を含む。
一部の実施形態では、医薬組成物は、組成物の安定性を改善するために、許容可能な添加剤をさらに含み得る。許容可能な添加剤は、活性剤、たとえば、免疫細胞の特定の活性を変更するものではない。許容可能な添加剤の例としては、糖、たとえば、マンニトール、ソルビトール、グルコース、キシリトール、トレハロース、ソルボース、スクロース、ガラクトース、デキストラン、デキストロース、フルクトース、ラクトース、およびこれらの混合物が挙げられるが、これらに限定されない。許容可能な添加剤は、許容可能な担体および／または賦形剤、たとえば、デキストロースと組み合わせることができる。あるいは、許容可能な添加剤の例としては、ペプチドの安定性を増加させ、溶液のゲル化を減少させるための界面活性剤、たとえば、ポリソルベート２０またはポリソルベート８０が挙げられるが、これらに限定されない。界面活性剤は、溶液の０．０１％～５％の量で、組成物に添加され得る。そのような許容可能な添加剤の添加により、保管中の組成物の安定性および半減期が増加する。
一部の実施形態では、医薬組成物は、Ｔ細胞受容体をコードする１つまたは複数のポリヌクレオチドを発現するＴ細胞である治療薬を含む。一部の実施形態では、医薬組成物は、細胞懸濁液に好適な生理学的に許容される担体を含む。
医薬組成物は、たとえば、注射によって投与することができる。注射用の医薬組成物としては、水溶液（水溶性の場合）または分散液、および滅菌注射溶液または分散液の即時調製のための滅菌粉末が挙げられる。静脈内投与に関して、好適な担体としては、生理食塩水、静菌水、またはリン酸緩衝食塩水（ＰＢＳ）が挙げられる。担体は、たとえば、水、エタノール、ポリオール（たとえば、グリセロール、プロピレングリコール、および液体ポリエチレングリコールなど）、およびそれらの好適な混合物を含有する、溶媒または分散媒であり得る。流動性は、たとえば、レシチンなどのコーティングの使用によって、分散液の場合には、必要な粒子サイズの維持によって、および界面活性剤の使用によって、維持することができる。抗細菌剤および抗真菌剤としては、たとえば、パラベン、クロロブタノール、フェノール、アスコルビン酸、およびチメロサールが挙げられる。等張剤、たとえば、糖、多価アルコール、たとえば、マンニトール、ソルビトール、および塩化ナトリウムを、組成物に含めることができる。結果として得られる溶液を、使用のためにそのままパッケージングするか、または凍結乾燥させることができ、凍結乾燥させた調製物は、後で、投与の前に滅菌溶液と合わせることができる。静脈内注射または罹患部位における注射については、活性成分は、発熱物質を含まず、好適なｐＨ、等張性、および安定性を有する、非経口で許容可能な水溶液の形態となるであろう。当業者であれば、たとえば、等張性ビヒクル、たとえば、塩化ナトリウム注射液、リンガー注射液、乳酸加リンガー注射液を使用して、好適な溶液を調製することが十分に可能である。保存剤、安定化剤、緩衝剤、抗酸化剤、および／または他の添加剤が、必要に応じて含まれ得る。滅菌注射溶液は、上述の成分のうちの１つまたは組合せとともに、活性成分を、必要とされる量で、適切な溶媒中に組み込み、必要に応じて、続いて濾過滅菌することによって、調製することができる。一般に、分散液は、活性成分を、基礎分散培地および上述のもの以外の必要とされる他の成分を含む、滅菌ビヒクル中に組み込むことによって、調製される。滅菌注射溶液の調製のための滅菌粉末の場合には、調製の好ましい方法は、活性成分に加えて任意の追加の所望される成分の粉末を、事前に滅菌濾過したその溶液から得る、真空乾燥および凍結乾燥であり得る。
医薬組成物は、従来的に、静脈内に、たとえば、例として単位用量の注射によって、投与することができる。注射については、活性成分は、発熱物質を実質的に含まず、好適なｐＨ、等張性、および安定性を有する、非経口で許容可能な水溶液の形態であり得る。たとえば、等張性ビヒクル、たとえば、塩化ナトリウム注射液、リンガー注射液、乳酸加リンガー注射液を使用して、好適な溶液を調製することができる。保存剤、安定化剤、緩衝剤、抗酸化剤、および／または他の添加剤が、必要に応じて含まれ得る。加えて、組成物は、エアロゾル化により投与することができる。
医薬または本明細書において提供される方法のうちのいずれかにおける使用のための医薬組成物を考慮する場合、組成物がヒト患者に投与された場合に炎症性反応も安全でないアレルギー反応も引き起こすことがないように、組成物は、実質的に発熱物質不含であり得ることが、企図される。発熱物質に関して組成物を試験することおよび発熱物質を実質的に含まない組成物を調製することは、当業者に十分に理解されており、市販入手可能なキットを使用して達成することができる。
許容可能な担体は、安定化させる、吸収を増加もしくは遅延させる、またはクリアランスを増加もしくは遅延させる化合物を、含有し得る。そのような化合物としては、たとえば、炭水化物、たとえば、グルコース、スクロース、もしくはデキストラン、低分子量タンパク質、ペプチドのクリアランスもしくは加水分解を低減させる組成物、または賦形剤、または他の安定化剤および／もしくは緩衝剤が挙げられる。吸収を遅延させる薬剤としては、たとえば、モノステアリン酸アルミニウムおよびゼラチンが挙げられる。医薬組成物を安定化させるか、またはその吸収を増加もしくは減少させるために、リポソーム担体を含む、界面活性剤もまた、使用され得る。消化から保護するために、化合物は、組成物と複合体化して、化合物を酸や酵素による加水分解に対して耐性となるようにしてもよく、または化合物は、リポソームなどの適切に耐性の担体と複合体化されてもよい。化合物を消化から保護する手段は、当該技術分野において公知である（たとえば、Fix(1996) Pharm Res. 13:1760 1764、Samanen (1996) J. Pharm.Pharmacol. 48:119 135、および米
国特許第５，３９１，３７７号）。
医薬組成物は、投薬製剤と適合性のある様式で、かつ治療的に有効な量で、投与され得る。投与しようとする量は、処置しようとする対象、活性成分を利用する対象の免疫系の能力、および所望される結合能力の程度に依存する。投与しようとする必要とされる活性成分の正確な量は、医師の判断に依存し、それぞれの個体に特有である。初回投与および追加ショットの好適なレジメンもまた、可変であるが、初回投与の後に、１時間または複数時間の間隔で、反復用量の後続の注射または他の投与を行うことが典型的である。あるいは、血中濃度を維持するのに十分な連続静脈内注入が、企図される。
一部の実施形態では、本開示は、ネオ抗原特異的応答（たとえば、体液性または細胞媒介性免疫応答）を生じることができる、免疫原性組成物、たとえば、医薬組成物を対象とする。一部の実施形態では、免疫原性組成物は、腫瘍特異的抗原またはネオ抗原に対応する本明細書に記載されるネオ抗原治療薬（たとえば、ペプチド、ポリヌクレオチド、ＴＣＲ、ＣＡＲ、ＴＣＲまたはＣＡＲを含む細胞、ポリペプチドを含む樹状細胞、ポリヌクレオチドを含む樹状細胞、抗体など）を含む。
一部の実施形態では、本明細書に記載される医薬組成物は、特異的細胞傷害性Ｔ細胞応答、特異的ヘルパーＴ細胞応答、またはＢ細胞応答を生じることができる。
一部の実施形態では、抗原ポリペプチドまたはポリヌクレオチドは、そのようなポリペプチドまたはポリヌクレオチドを含む抗原提示細胞（たとえば、樹状細胞）として提供され得る。他の実施形態では、そのような抗原提示細胞は、患者において使用するためのＴ細胞を刺激するために使用される。一部の実施形態では、抗原提示細胞は、樹状細胞である。関連する実施形態では、樹状細胞は、ネオ抗原ペプチドまたは核酸でパルスした自家樹状細胞である。ネオ抗原ペプチドは、適切なＴ細胞応答を生じる任意の好適なペプチドであり得る。一部の実施形態では、Ｔ細胞は、ＣＴＬである。一部の実施形態では、Ｔ細胞は、ＨＴＬである。したがって、本開示の一実施形態は、本明細書に記載される１つまたは複数のネオ抗原ポリペプチドまたはポリヌクレオチドでパルスされたかまたはそれをロードした少なくとも１つの抗原提示細胞（たとえば、樹状細胞）を含む免疫原性組成物である。一部の実施形態では、そのようなＡＰＣは、自家（たとえば、自家樹状細胞）である。あるいは、患者から単離した末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）に、ｅｘ ｖｉｖｏでネオ抗原ペプチドまたはポリヌクレオチドをロードしてもよい。関連する実施形態では、そのようなＡＰＣまたはＰＢＭＣは、患者に注射して戻される。ポリヌクレオチドは、樹状細胞に形質導入することができ、したがって、ネオ抗原ペプチドの提示および免疫の誘導がもたらされる、任意の好適なポリヌクレオチドであり得る。一部の実施形態では、そのような抗原提示細胞（ＡＰＣ）（たとえば、樹状細胞）または末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）を使用して、Ｔ細胞（たとえば、自家Ｔ細胞または同種Ｔ細胞）を刺激する。関連する実施形態では、Ｔ細胞は、ＣＴＬである。他の関連する実施形態では、Ｔ細胞は、ＨＴＬである。一部の実施形態では、Ｔ細胞は、ＣＤ８＋Ｔ細胞である。一部の実施形態では、Ｔ細胞は、ＣＤ４＋Ｔ細胞である。そのようなＴ細胞は、次いで、患者に注射される。一部の実施形態では、ＣＴＬが、患者に注射される。一部の実施形態では、ＨＴＬが、患者に注射される。一部の実施形態では、ＣＴＬおよびＨＴＬの両方が、患者に注射される。いずれの治療薬の投与も、同時に、または逐次的かつ任意の順序で、行うことができる。
一部の実施形態では、治療処置のための本明細書に記載される医薬組成物（たとえば、免疫原性組成物）は、非経口、局所、鼻内、経口、または局部投与のために製剤化され得る。一部の実施形態では、本明細書に記載される医薬組成物は、非経口で、たとえば、静脈内、皮下、皮内、または筋肉内に、投与される。一部の実施形態では、組成物は、腫瘍内投与され得る。組成物は、腫瘍への局所的免疫応答を誘導するために、外科切除の部位に投与され得る。一部の実施形態では、許容可能な担体、たとえば、水性担体に溶解または懸濁されたネオ抗原ペプチドおよび免疫原性組成物の溶液を含む、非経口投与用の組成物が、本明細書に記載される。様々な水性担体、たとえば、水、緩衝水、０．９％食塩水、０．３％グリシン、ヒアルロン酸などを使用することができる。これらの組成物は、従来的な周知の滅菌技法によって滅菌することができるか、または滅菌濾過することができる。結果として得られる水溶液を、使用のためにそのままパッケージングするか、または凍結乾燥させることができ、凍結乾燥させた調製物は、投与の前に滅菌溶液と合わされる。組成物は、生理学的条件を微調整するために必要とされる薬学的に許容される補助物質、たとえば、ｐＨ調節剤および緩衝化剤、張性調節剤、湿潤剤など、たとえば、酢酸ナトリウム、乳酸ナトリウム、塩化ナトリウム、塩化カリウム、塩化カルシウム、モノラウリン酸ソルビタン、オレイン酸トリエタノールアミンなどを含有し得る。
抗原に対する免疫応答を増加させるアジュバントの能力は、典型的に、免疫媒介反応の有意な増加または疾患症状の低減によって示される。たとえば、体液性免疫の増加は、抗原に対して生じる抗体の力価の有意な増加によって示され得、Ｔ細胞活性の増加は、細胞増殖、または細胞の細胞傷害性、またはサイトカイン分泌の増加で示され得る。アジュバントはまた、たとえば、主として体液性またはヘルパーＴ２応答を、主として細胞性またはヘルパーＴ１応答に変化させることによって、免疫応答を変更することができる。
好適なアジュバントは、当該技術分野において公知であり（国際公開第ＷＯ２０１５／０９５８１１号を参照されたい）、これには、ポリ（Ｉ：Ｃ）、ポリ－ＩＣＬＣ、ＳＴＩＮＧアゴニスト、１０１８ ＩＳＳ、アルミニウム塩、Ａｍｐｌｉｖａｘ、ＡＳ１５、ＢＣＧ、ＣＰ－８７０，８９３、ＣｐＧ７９０９、ＣｙａＡ、ｄＳＬＩＭ、ＧＭ－ＣＳＦ、ＩＣ３０、ＩＣ３１、イミキモド、ＩｍｕＦａｃｔ ＩＭＰ３２１、ＩＳ Ｐａｔｃｈ、ＩＳＳ、ＩＳＣＯＭＡＴＲＩＸ、ＪｕｖＩｍｍｕｎｅ、ＬｉｐｏＶａｃ、ＭＦ５９、モノホスホリルリピドＡ、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ ＩＭＳ １３１２、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ ＩＳＡ ２０６、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ ＩＳＡ ５０Ｖ、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ ＩＳＡ－５１、ＯＫ－４３２、ＯＭ－１７４、ＯＭ－１９７－ＭＰ－ＥＣ、ＯＮＴＡＫ、ＰｅｐＴｅｌ（登録商標）ベクター系、ＰＬＧマイクロ粒子、レシキモド、ＳＲＬ１７２、ウイロソームおよび他のウイルス様粒子、ＹＦ－１７Ｄ、ＶＥＧＦトラップ、Ｒ８４８、β－グルカン、Ｐａｍ３Ｃｙｓ、Ｐａｍ３ＣＳＫ４、サポニン由来のＡｑｕｉｌａのＱＳ２１スティミュロン（stimulon）（Ａｑｕｉｌａ Ｂｉｏｔｅｃｈ、Ｗｏｒｃｅｓｔｅｒ、Ｍａｓｓ．、ＵＳＡ）、マイコバクテリア抽出物および合成細菌細胞壁模倣体、ならびに他の専売アジュバント、たとえば、ＲｉｂｉのＤｅｔｏｘ、Ｑｕｉｌ、またはＳｕｐｅｒｆｏｓが挙げられるがこれらに限定されない。樹状細胞に特異的ないくつかの免疫学的アジュバント（たとえば、ＭＦ５９）およびそれらの調製物が、説明されている（DupuisM,et al., Cell Immunol. 1998; 186(1):18-27、Allison A C; Dev Biol Stand.1998;92:3-11）（Mosca et al. Frontiers in Bioscience, 2007; 12:4050-4060）（Gamvrellisetal. Immunol & Cell Biol. 2004; 82: 506-516）。サイトカインもまた、使用することができ
る。いくつかのサイトカインは、リンパ系組織への樹状細胞の遊走に影響を及ぼすこと（たとえば、ＴＮＦ－α）、Ｔリンパ球に対する効率的な抗原提示細胞への樹状細胞の成熟を加速させること（たとえば、ＧＭ－ＣＳＦ、ＰＧＥ１、ＰＧＥ２、ＩＬ－１、ＩＬ－１β、ＩＬ－４、ＩＬ－６、およびＣＤ４０Ｌ）（米国特許第５，８４９，５８９号、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる）、および免疫アジュバントとして作用すること（たとえば、ＩＬ－１２）（GabrilovichDI, et al., J Immunother Emphasis Tumor Immunol. 1996 (6):414-418）に直接的に関連付けられている。
ＣｐＧ免疫刺激性オリゴヌクレオチドは、治療環境においてアジュバントの作用を増強することも報告されている。理論によって束縛されるものではないが、ＣｐＧオリゴヌクレオチドは、Ｔｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）、主として、ＴＬＲ９を介して、先天性（非獲得性）免疫系を活性化することによって作用する。ＣｐＧによりトリガーされるＴＬＲ９活性化は、ペプチドまたはタンパク質抗原、生または死ウイルス、樹状細胞免疫原性医薬組成物、自家細胞性免疫原性医薬組成物、ならびに予防的および治療的の両方の免疫原性医薬組成物における多糖コンジュゲートを含む、広範な抗原に対する抗原特異的体液性または細胞性応答を増強させる。重要なことに、これは、樹状細胞の成熟および分化を増強させ、ＣＤ４＋Ｔ細胞の補助がない場合であっても、ＴＨ１細胞の活性化の増強および強力な細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）の生成をもたらす。ＴＬＲ９刺激によって誘導されるＴＨ１バイアスは、通常ＴＨ２バイアスを促進するミョウバンまたはフロイント不完全アジュバント（ＩＦＡ）などのアジュバントの存在下においてさえも維持される。ＣｐＧオリゴヌクレオチドは、他のアジュバントとともに、またはマイクロ粒子、ナノ粒子、脂質エマルジョン、もしくは類似の製剤などの製剤で、製剤化または共投与されると、さらに高いアジュバント活性を示し、これは、抗原が比較的弱い場合に強力な応答を誘導するのに特に有用である。それらは、免疫応答を加速させることもでき、一部の実験において、抗体応答はＣｐＧなしの全用量の免疫原性医薬組成物と同等なまま、抗原用量を低減させることができた（ArthurM. Krieg, Nature Reviews, Drug Discovery, 5, June 2006,471-484）。米国特許第６，４０６，７０５号は、ＣｐＧオリゴヌクレオチド、非核酸ア
ジュバント、および抗原の使用を組み合わせて、抗原特異的免疫応答を誘導することについて記載している。市販入手可能なＣｐＧ ＴＬＲ９アンタゴニストは、Ｍｏｌｏｇｅｎ（Ｂｅｒｌｉｎ、ＤＥ）によるｄＳＬＩＭ（二重ステムループ免疫モジュレーター）であり、これは、本明細書に記載される医薬組成物の成分である。他のＴＬＲ結合性分子、たとえば、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、および／またはＴＬＲ９に結合するＲＮＡもまた、使用することができる。
有用なアジュバントの他の例としては、化学的に改変されたＣｐＧ（たとえば、ＣｐＲ、Ｉｄｅｒａ）、ポリ（Ｉ：Ｃ）（たとえば、ポリＩ：ＣＩ２Ｕ）、ポリＩＣ：ＬＣ、非ＣｐＧ細菌ＤＮＡまたはＲＮＡ、ＴＬＲ８に対するｓｓＲＮＡ４０、ならびに免疫活性小分子および抗体、たとえば、シクロホスファミド、スニチニブ、ベバシズマブ、セレブレクス、ＮＣＸ－４０１６、シルデナフィル、タダラフィル、バルデナフィル、ソラフィニブ、ＸＬ－９９９、ＣＰ－５４７６３２、パゾパニブ、ＺＤ２１７１、ＡＺＤ２１７１、イピリムマブ、トレメリムマブ、およびＳＣ５８１７５が挙げられるがこれらに限定されず、これらは、治療的におよび／またはアジュバントとして作用し得る。本発明の文脈において有用なアジュバントおよび添加剤の量および濃度は、過度の実験を伴うことなく、当業者によって容易に決定することができる。追加のアジュバントとしては、コロニー刺激因子、たとえば、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ－ＣＳＦ、サルグラモスチム）が挙げられる。
一部の実施形態では、本開示による免疫原性組成物は、１つを上回る異なるアジュバントを含み得る。さらに、本発明は、上述のものまたはそれらの組合せのうちのいずれかを含む、任意のアジュバント物質を含む医薬組成物を包含する。一部の実施形態では、免疫原性組成物は、ネオ抗原治療薬（たとえば、ペプチド、ポリヌクレオチド、ＴＣＲ、ＣＡＲ、ＴＣＲまたはＣＡＲを含む細胞、ポリペプチドを含む樹状細胞、ポリヌクレオチドを含む樹状細胞、抗体など）を含み、アジュバントは、任意の適切な順序で別個に投与することができる。
脂質付加は、Ｎ－ミリストイル化、パルミトイル化、ＧＰＩ－アンカー付加、プレニル化、およびいくつかの追加の改変の種類など、複数の異なる種類に分類することができる。Ｎ－ミリストイル化は、Ｃ１４飽和酸であるミリスチン酸のグリシン残基への共有結合による付加である。パルミトイル化は、長鎖脂肪酸（Ｃ１６）のシステイン残基へのチオエステル連結である。ＧＰＩ－アンカー付加は、アミド結合を介したグリコシル－ホスファチジルイノシトール（ＧＰＩ）連結である。プレニル化は、イソプレノイド脂質（たとえば、ファルネシル（Ｃ－１５）、ゲラニルゲラニル（Ｃ－２０））のシステイン残基へのチオエーテル連結である。追加の種類の改変としては、システインの硫黄原子によるＳ－ジアシルグリセロールの結合、セリンまたはスレオニン残基を介したＯ－オクタノイルのコンジュゲーション、システイン残基へのＳ－アーキオールのコンジュゲーション、およびコレステロールの結合を挙げることができる。
脂質付加ペプチドを生成するための脂肪酸としては、Ｃ２からＣ３０飽和、一不飽和、またはポリ不飽和の脂肪族アシル基を挙げることができる。例示的な脂肪酸としては、パルミトイル基、ミリストイル基、ステアロイル基、およびデカノイル基を挙げることができる。一部の事例では、アジュバント特性を有する脂質部分を、目的のポリペプチドに結合させて、外来アジュバントの不在下において免疫原性を誘起または増強させる。脂質付加ペプチドまたはリポペプチドは、自己アジュバントリポペプチドと称され得る。上記および本明細書の他の箇所に記載される脂肪酸のうちのいずれかにより、目的のポリペプチドの免疫原性を誘起または増強させることができる。免疫原性を誘起または増強させることができる脂肪酸としては、パルミトイル基、ミリストイル基、ステアロイル基、ラウロイル基、オクタノイル基、およびデカノイル基を挙げることができる。
ネイキッドペプチドまたは脂質付加ペプチドなどのポリペプチドは、リポソームに組み込むことができる。ときには、脂質付加ペプチドは、リポソームに組み込むことができる。たとえば、脂質付加ペプチドの脂質部分は、リポソームの脂質二重膜に自発的に組み込まれ得る。したがって、リポペプチドは、リポソームの「表面」に提示され得る。
リポソームもまた、核酸を細胞に送達するために使用することができる。目的の核酸は、Ｔ細胞受容体をコードする１つまたは複数の配列を含む。リポソームは、ＤＮＡまたはＲＮＡを送達するために使用され得る。リポソームは、ベクターに組み込まれた核酸を送達するために使用され得る。核酸は、５０～２００，０００ヌクレオチドの長さであってもよく、または１００～５００，０００ヌクレオチドの長さであってもよく、または２０～５００，０００ヌクレオチドの長さであってもよい。製剤中に組み込むのに好適な例示的なリポソームとしては、多重膜ベシクル（ＭＬＶ）、複数膜ベシクル（ＯＬＶ）、単一膜ベシクル（ＵＶ）、小型単一膜ベシクル（ＳＵＶ）、中サイズの単一膜ベシクル（ＭＵＶ）、大型単一膜ベシクル（ＬＵＶ）、巨大型単一膜ベシクル（ＧＵＶ）、多胞体ベシクル（ＭＶＶ）、逆相蒸発法（ＲＥＶ）によって作製された単一もしくは複数膜ベシクル、逆相蒸発法によって作製された多重膜ベシクル（ＭＬＶ－ＲＥＶ）、安定な複数膜ベシクル（ＳＰＬＶ）、凍結および解凍ＭＬＶ（ＦＡＴＭＬＶ）、押出法によって調製されたベシクル（ＶＥＴ）、フレンチプレス法によって調製されたベシクル（ＦＰＶ）、融合によって調製されたベシクル（ＦＵＶ）、脱水－再水和ベシクル（ＤＲＶ）、ならびにバブルソーム（ＢＳＶ）が挙げられるが、これらに限定されない。
調製の方法に応じて、リポソームは、単一膜であっても多重膜であってもよく、約０．０２μｍから約１０μｍを上回る範囲の径でサイズが変動し得る。リポソームは、多数の種類の細胞を吸着した後、組み込まれた薬剤（たとえば、本明細書に記載されるペプチド）を放出することができる。一部の場合には、リポソームは、標的細胞と融合し、それによって、リポソームの内容物が、次いで標的細胞内に入る。リポソームは、ファゴサイトーシス性である細胞によってエンドサイトーシスされ得る。エンドサイトーシスには、リポソーム脂質のリソソーム内分解およびカプセル封入された薬剤の放出が続き得る。
本明細書において提供されるリポソームはまた、担体脂質も含み得る。一部の実施形態では、担体脂質は、リン脂質である。リポソームを形成することができる担体脂質としては、ジパルミトイルホスファチジルコリン（ＤＰＰＣ）、ホスファチジルコリン（ＰＣ、レシチン）、ホスファチジン酸（ＰＡ）、ホスファチジルグリセロール（ＰＧ）、ホスファチジルエタノールアミン（ＰＥ）、ホスファチジルセリン（ＰＳ）が挙げられるが、これらに限定されない。他の好適なリン脂質としては、さらに、ジステアロイルホスファチジルコリン（ＤＳＰＣ）、ジミリストイルホスファチジルコリン（ＤＭＰＣ）、ジパルミトイルホスファチジグリセロール（ＤＰＰＧ）、ジステアロイルホスファチジグリセロール（ＤＳＰＧ）、ジミリストイルホスファチジルグリセロール（ＤＭＰＧ）、ジパルミトイルホスファチジン酸（ＤＰＰＡ）、ジミリストイルホスファチジン酸（ＤＭＰＡ）、ジステアロイルホスファチジン酸（ＤＳＰＡ）、ジパルミトイルホスファチジルセリン（ＤＰＰＳ）、ジミリストイルホスファチジルセリン（ＤＭＰＳ）、ジステアロイルホスファチジルセリン（ＤＳＰＳ）、ジパルミトイルホスファチジエタノールアミン（ＤＰＰＥ）、ジミリストイルホスファチジルエタノールアミン（ＤＭＰＥ）、ジステアロイルホスファチジルエタノールアミン（ＤＳＰＥ）など、またはこれらの組合せを挙げることができる。一部の実施形態では、リポソームは、リポソーム形成をモジュレートするステロール（たとえば、コレステロール）をさらに含む。担体脂質は、任意の公知の非ホスフェート極性脂質であり得る。
医薬組成物は、周知の技術を使用して、リポソーム内にカプセル封入することができる。生体分解性マイクロスフェアもまた、本発明の医薬組成物の担体として用いることができる。
医薬組成物は、リポソームまたはマイクロスフェア（もしくはマイクロ粒子）で投与することができる。患者への投与のためのリポソームまたはマイクロスフェアを調製するための方法は、当業者に周知である。本質的には、材料を、水溶液中に溶解させ、適切なリン脂質および脂質を、必要に応じて界面活性剤とともに添加し、必要に応じて材料を透析または超音波処理する。
ポリマーまたはタンパク質から形成されるマイクロスフェアは、当業者に周知であり、消化管から直接的に血流内への経路のために適合させることができる。あるいは、化合物は、組み込まれ得、マイクロスフェア、またはマイクロスフェアの複合材料は、数日間から数カ月間の範囲の期間にわたる緩徐な放出のために埋め込まれ得る。
細胞に基づく免疫原性医薬組成物もまた、対象に投与することができる。たとえば、抗原提示細胞（ＡＰＣ）に基づく免疫原性医薬組成物は、好適にかつ当該技術分野において理解されるように、周知の技法、担体、および賦形剤のうちの任意のものを使用して製剤化することができる。ＡＰＣとしては、単球、単球由来の細胞、マクロファージ、および樹状細胞が挙げられる。ときには、ＡＰＣに基づく免疫原性医薬組成物は、樹状細胞に基づく免疫原性医薬組成物であり得る。
樹状細胞に基づく免疫原性医薬組成物は、当該技術分野において周知の任意の方法によって調製することができる。一部の場合には、樹状細胞に基づく免疫原性医薬組成物は、ｅｘ ｖｉｖｏまたはｉｎ ｖｉｖｏ方法を通じて調製することができる。ｅｘ ｖｉｖｏ方法は、患者への投与の前に、ＤＣを活性化またはロードするための、ｅｘ ｖｉｖｏにおいて本明細書に記載されるポリペプチドでパルスした自家ＤＣの使用を含み得る。ｉｎ ｖｉｖｏ方法は、本明細書に記載されるポリペプチドと連結させた抗体を使用して、特定のＤＣ受容体を標的化することを含み得る。ＤＣに基づく免疫原性医薬組成物は、ＤＣ活性化剤、たとえば、ＴＬＲ３、ＴＬＲ－７－８、およびＣＤ４０アゴニストをさらに含み得る。ＤＣに基づく免疫原性医薬組成物は、アジュバント、および薬学的に許容される担体をさらに含み得る。
アジュバントは、免疫原性医薬組成物を受容する患者において誘起される免疫応答（体液性および／または細胞性）を増強させるために使用することができる。ときには、アジュバントは、Ｔｈ１型応答を誘起し得る。他の場合には、アジュバントは、Ｔｈ２型応答を誘起し得る。Ｔｈ１型応答は、ＩＬ－４、ＩＬ－５、およびＩＬ－１０などのサイトカインの産生によって特徴付けることができるＴｈ２型応答とは対照的に、ＩＦＮ－γなどのサイトカインの産生によって特徴付けることができる。
一部の態様では、脂質に基づくアジュバント、たとえば、ＭＰＬＡおよびＭＤＰは、本明細書に開示される免疫原性医薬組成物とともに使用することができる。たとえば、モノホスホリルリピドＡ（ＭＰＬＡ）は、特定のＴリンパ球に対するリポソーム抗原の提示の増加を引き起こすアジュバントである。加えて、ムラミルジペプチド（ＭＤＰ）もまた、本明細書に記載される免疫原性医薬組成物と併用して、好適なアジュバントとして使用することができる。
アジュバントはまた、サイトカインなどの刺激性分子を含み得る。サイトカインの非限定的な例としては、ＣＣＬ２０、α－インターフェロン（ＩＦＮα）、β－インターフェロン（ＩＦＮβ）、γ－インターフェロン（ＩＦＮγ）、血小板由来成長因子（ＰＤＧＦ）、ＴＮＦα、ＧＭ－ＣＳＦ、上皮成長因子（ＥＧＦ）、皮下Ｔ細胞誘引性ケモカイン（ＣＴＡＣＫ）、上皮胸腺発現型ケモカイン（ＴＥＣＫ）、粘膜関連上皮ケモカイン（ＭＥＣ）、ＩＬ－１２、ＩＬ－１５、ＩＬ－２８、ＭＨＣ、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＩＬ－１、ＩＬ－２、ＩＬ－４、ＩＬ－５、ＩＬ－６、ＩＬ－１０、ＩＬ－１８、ＭＣＰ－１、ＭＩＰ－ｌａ、ＭＩＰ－１－、ＩＬ－８、Ｌ－セレクチン、Ｐ－セレクチン、Ｅ－セレクチン、ＣＤ３４、ＧｌｙＣＡＭ－１、ＭａｄＣＡＭ－１、ＬＦＡ－１、ＶＬＡ－１、Ｍａｃ－１、ｐｌ５０．９５、ＰＥＣＡＭ、ＩＣＡＭ－１、ＩＣＡＭ－２、ＩＣＡＭ－３、ＣＤ２、ＬＦＡ－３、Ｍ－ＣＳＦ、Ｇ－ＣＳＦ、ＩＬ－１８の突然変異体形態、ＣＤ４０、ＣＤ４０Ｌ、血管成長因子、線維芽細胞成長因子、ＩＬ－７、神経成長因子、血管内皮成長因子、Ｆａｓ、ＴＮＦ受容体、Ｆｉｔ、Ａｐｏ－１、ｐ５５、ＷＳＬ－１、ＤＲ３、ＴＲＡＭＰ、Ａｐｏ－３、ＡＩＲ、ＬＡＲＤ、ＮＧＲＦ、ＤＲ４、ＤＲＳ、ＫＩＬＬＥＲ、ＴＲＡＩＬ－Ｒ２、ＴＲＩＣＫ２、ＤＲ６、カスパーゼＩＣＥ、Ｆｏｓ、ｃ－ｊｕｎ、Ｓｐ－１、Ａｐ－１、Ａｐ－２、ｐ３８、ｐ６５Ｒｅｌ、ＭｙＤ８８、ＩＲＡＫ、ＴＲＡＦ６、ＩκＢ、不活性ＮＩＫ、ＳＡＰ Ｋ、ＳＡＰ－Ｉ、ＪＮＫ、インターフェロン応答遺伝子、ＮＦκＢ、Ｂａｘ、ＴＲＡＩＬ、ＴＲＡＩＬｒｅｃ、ＴＲＡＩＬｒｅｃＤＲＣ５、ＴＲＡＩＬ－Ｒ３、ＴＲＡＩＬ－Ｒ４、ＲＡＮＫ、ＲＡＮＫリガンド、Ｏｘ４０、Ｏｘ４０リガンド、ＮＫＧ２Ｄ、ＭＩＣＡ、ＭＩＣＢ、ＮＫＧ２Ａ、ＮＫＧ２Ｂ、ＮＫＧ２Ｃ、ＮＫＧ２Ｅ、ＮＫＧ２Ｆ、ＴＡＰＩ、およびＴＡＰ２が挙げられる。
追加のアジュバントとしては、ＭＣＰ－１、ＭＩＰ－ｌａ、ＭＩＰ－ｌｐ、ＩＬ－８、ＲＡＮＴＥＳ、Ｌ－セレクチン、Ｐ－セレクチン、Ｅ－セレクチン、ＣＤ３４、ＧｌｙＣＡＭ－１、ＭａｄＣＡＭ－１、ＬＦＡ－１、ＶＬＡ－１、Ｍａｃ－１、ｐｌ５０．９５、ＰＥＣＡＭ、ＩＣＡＭ－１、ＩＣＡＭ－２、ＩＣＡＭ－３、ＣＤ２、ＬＦＡ－３、Ｍ－ＣＳＦ、Ｇ－ＣＳＦ、ＩＬ－４、ＩＬ－１８の突然変異体形態、ＣＤ４０、ＣＤ４０Ｌ、血管成長因子、線維芽細胞成長因子、ＩＬ－７、ＩＬ－２２、神経成長因子、血管内皮成長因子、Ｆａｓ、ＴＮＦ受容体、Ｆｉｔ、Ａｐｏ－１、ｐ５５、ＷＳＬ－１、ＤＲ３、ＴＲＡＭＰ、Ａｐｏ－３、ＡＩＲ、ＬＡＲＤ、ＮＧＲＦ、ＤＲ４、ＤＲ５、ＫＩＬＬＥＲ、ＴＲＡＩＬ－Ｒ２、ＴＲＩＣＫ２、ＤＲ６、カスパーゼＩＣＥ、Ｆｏｓ、ｃ－ｊｕｎ、Ｓｐ－１、Ａｐ－１、Ａｐ－２、ｐ３８、ｐ６５Ｒｅｌ、ＭｙＤ８８、ＩＲＡＫ、ＴＲＡＦ６、ＩκＢ、不活性ＮＩＫ、ＳＡＰ Ｋ、ＳＡＰ－１、ＪＮＫ、インターフェロン応答遺伝子、ＮＦκＢ、Ｂａｘ、ＴＲＡＩＬ、ＴＲＡＩＬｒｅｃ、ＴＲＡＩＬｒｅｃＤＲＣ５、ＴＲＡＩＬ－Ｒ３、ＴＲＡＩＬ－Ｒ４、ＲＡＮＫ、ＲＡＮＫリガンド、Ｏｘ４０、Ｏｘ４０リガンド、ＮＫＧ２Ｄ、ＭＩＣＡ、ＭＩＣＢ、ＮＫＧ２Ａ、ＮＫＧ２Ｂ、ＮＫＧ２Ｃ、ＮＫＧ２Ｅ、ＮＫＧ２Ｆ、ＴＡＰ１、ＴＡＰ２、およびこれらの機能性断片が挙げられる。
一部の態様では、アジュバントは、ｔｏｌｌ様受容体のモジュレーターであり得る。ｔｏｌｌ様受容体のモジュレーターの例としては、ＴＬＲ９アゴニストが挙げられ、ｔｏｌｌ様受容体の低分子モジュレーター、たとえば、イミキモドに限定されない。ときには、アジュバントは、細菌トキソイド、ポリオキシプロピレン－ポリオキシエチレンブロックポリマー、アルミニウム塩、リポソーム、ＣｐＧポリマー、水中油エマルジョン、またはこれらの組合せから選択される。ときには、アジュバントは、水中油エマルジョンである。水中油エマルジョンは、少なくとも１つの油および少なくとも１つの界面活性剤を含み得、油および界面活性剤は、生体分解性（代謝可能）および生体適合性である。エマルジョン中の油の液滴は、径が５μ未満であり得、さらにはミクロン以下の径を有することもあり、これらの小さなサイズは、安定なエマルジョンを得るための微小溶液化装置（microfluidiser）を用いて達成される。２２０ｎｍ未満のサイズを有する液滴は、濾過滅菌に供することができる。
一部の事例では、免疫原性医薬組成物は、担体および賦形剤（緩衝剤、炭水化物、マンニトール、タンパク質、ポリペプチド、もしくはアミノ酸、たとえば、グリシン、抗酸化剤、静菌剤、キレート剤、懸濁化剤、増粘剤、および／または保存剤を含むがこれらに限定されない）、水、石油起源、動物起源、植物起源、もしくは合成起源のものを含む油、たとえば、ピーナツ油、ダイズ油、鉱物油、ゴマ油など、食塩水、デキストロースおよびグリセロール水溶液、香味剤、着色剤、および他の許容可能な添加剤、アジュバント、または結合剤、生理学的条件を微調整するために必要とされる他の薬学的に許容される補助物質、たとえば、ｐＨ緩衝剤、張性調節剤、乳化剤、湿潤剤などを含み得る。賦形剤の例としては、デンプン、グルコース、ラクトース、スクロース、ゼラチン、麦芽、米、小麦粉、チョーク、シリカゲル、ステアリン酸ナトリウム、モノステアリン酸グリセロール、タルク、塩化ナトリウム、脱脂粉乳、グリセロール、プロピレン、グリコール、水、エタノールなどが挙げられる。別の事例では、医薬組成物は、保存剤を実質的に含まない。他の事例では、医薬組成物は、少なくとも１つの保存剤を含み得る。当業者に公知の任意の好適な担体を、本明細書に記載される医薬組成物を投与するために用いることができるが、担体の種類は、投与の様式に応じて変動することが、認識されるであろう。
免疫原性医薬組成物は、保存剤、たとえば、チオメルサールまたは２－フェノキシエタノールを含み得る。一部の事例では、免疫原性医薬組成物は、水銀材料を実質的に含まない（たとえば、１０μｇ／ｍＬ未満）、たとえば、チオメルサールを含まない。α－トコフェロールスクシネートを、水銀化合物の代替物として使用することができる。
等張性を制御するために、生理学的塩、たとえば、ナトリウム塩を、免疫原性医薬組成物中に含めることができる。他の塩としては、塩化カリウム、リン酸二水素カリウム、リン酸二ナトリウム、および／または塩化マグネシウムなどを挙げることができる。
免疫原性医薬組成物は、２００ｍＯｓｍ／ｋｇ～４００ｍＯｓｍ／ｋｇ、２４０～３６０ｍＯｓｍ／ｋｇ、または２９０～３１０ｍＯｓｍ／ｋｇの範囲の重量オスモル濃度を有し得る。
免疫原性医薬組成物は、１つまたは複数の緩衝剤、たとえば、Ｔｒｉｓ緩衝液、ホウ酸緩衝液、コハク酸緩衝液、ヒスチジン緩衝液（特に、水酸化アルミニウムアジュバントとともに）、またはクエン酸緩衝液を含み得る。緩衝剤は、一部の場合には、５～２０または１０～５０ｍＭの範囲で含まれる。
免疫原性医薬組成物のｐＨは、約５．０～約８．５、約６．０～約８．０、約６．５～約７．５、または約７．０～約７．８であり得る。
免疫原性医薬組成物は、滅菌であり得る。免疫原性医薬組成物は、非発熱性であり得、たとえば、１用量当たり１ＥＵ（内毒素単位、標準尺度）未満を含み得るか、または１用量当たり０．１ＥＵ未満であり得る。組成物は、グルテンを含まなくてもよい。
免疫原性医薬組成物は、界面活性剤、たとえば、ポリオキシエチレンソルビタンエステル界面活性剤（「Ｔｗｅｅｎｓ」として知られる）またはオクトキシノール（たとえば、オクトキシノール－９（Ｔｒｉｔｏｎ Ｘ－１００）もしくはｔ－オクチルフェノキシポリエトキシエタノール）を含み得る。界面活性剤は、微量だけ存在してもよい。免疫原性医薬組成物は、１ｍｇ／ｍＬ未満のオクトキシノール－１０およびポリソルベート８０のそれぞれを含み得る。他の微量の残留成分は、抗生物質（たとえば、ネオマイシン、カナマイシン、ポリミキシンＢ）であり得る。
免疫原性医薬組成物は、当該技術分野において周知の、滅菌ビヒクル中の滅菌溶液または懸濁液として製剤化することができる。医薬組成物は、従来的な周知の滅菌技法によって滅菌することができるか、または滅菌濾過することができる。結果として得られる水溶液を、使用のためにそのままパッケージングするか、または凍結乾燥させることができ、凍結乾燥させた調製物は、投与の前に滅菌溶液と合わされる。
たとえば、本明細書に開示される免疫細胞などの活性剤を、１つまたは複数のアジュバントと組み合わせて含む医薬組成物は、ある特定のモル比を構成するように製剤化することができる。たとえば、本明細書に記載される免疫細胞などの活性剤の、１つまたは複数のアジュバントと組み合わせたモル比約９９：１～約１：９９を、使用することができる。一部の事例では、本明細書に記載される免疫細胞などの活性剤の、１つまたは複数のアジュバントと組み合わせたモル比の範囲は、約８０：２０～約２０：８０、約７５：２５～約２５：７５、約７０：３０～約３０：７０、約６６：３３～約３３：６６、約６０：４０～約４０：６０、約５０：５０、および約９０：１０～約１０：９０から選択され得る。本明細書に記載される免疫細胞などの活性剤の、１つまたは複数のアジュバントと組み合わせたモル比は、約１：９であり得、一部の場合には、約１：１であり得る。本明細書に記載される免疫細胞などの活性剤は、１つまたは複数のアジュバントと組み合わせて、同じ投薬単位で、たとえば、１つのバイアル、坐剤、錠剤、カプセル、エアロゾルスプレーにおいて一緒に製剤化することができるか、またはそれぞれの薬剤、形態、および／もしくは化合物を、別個の単位、たとえば、２つのバイアル、坐剤、錠剤、２つのカプセル、１つの錠剤、および１つのバイアル、１つのエアロゾルスプレーで、製剤化することができる。
一部の事例では、免疫原性医薬組成物は、追加の薬剤とともに投与され得る。追加の薬剤の選択肢は、少なくとも部分的に、処置される状態に依存し得る。追加の薬剤としては、たとえば、チェックポイント阻害剤、たとえば、抗ＰＤ１剤、抗ＣＴＬＡ４剤、抗ＰＤ－Ｌ１剤、抗ＣＤ４０剤、または抗ＴＩＭ３剤（たとえば、抗ＰＤ１抗体、抗ＣＴＬＡ４抗体、抗ＰＤ－Ｌ１抗体、抗ＣＤ４０抗体、もしくは抗ＴＩＭ３抗体）、またはたとえば、炎症性状態を処置するために使用される薬剤、たとえば、ＮＳＡＩＤ、たとえば、イブプロフェン、ナプロキセン、アセトアミノフェン、ケトプロフェン、もしくはアスピリンを含む、病原体感染症（たとえば、ウイルス感染症）に対する治療効果を有する任意の薬剤が挙げられる。たとえば、チェックポイント阻害剤は、ニボルマブ（ＯＮＯ－４５３８／ＢＭＳ－９３６５５８、ＭＤＸ１ １０６、ＯＰＤＩＶＯ）、ペンブロリズマブ（ＭＫ－３４７５、ＫＥＹＴＲＵＤＡ）、ピディリズマブ（ＣＴ－０１１）、およびＭＰＤＬ３２８ＯＡ（ＲＯＣＨＥ）からなる群から選択される、ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１アンタゴニストであり得る。別の例として、製剤は、１つまたは複数の補助剤、たとえば、ビタミンＣ、Ｅ、または他の抗酸化剤をさらに含有してもよい。
本明細書に記載される免疫細胞などの活性剤を、１つまたは複数のアジュバントと組み合わせて含む医薬組成物は、たとえば、活性成分を、投与することができる調製物へと加工するのを容易にする賦形剤、希釈剤、および／または補助剤を含む、１つまたは複数の生理学的に許容される担体を使用して、従来的な様式で製剤化することができる。適切な製剤は、少なくとも部分的に、選択される投与経路に依存し得る。本明細書に記載される薬剤は、経口、頬内、局所、直腸、経皮、経粘膜、皮下、静脈内、および筋肉内への適用、ならびに吸入によるものを含む、多数の投与経路または投与様式を使用して、患者に送達され得る。
活性剤は、非経口投与（たとえば、注射、たとえば、ボーラス注射または連続注入による）のために製剤化されてもよく、添加された保存剤とともに、アンプル、事前充填シリンジ、少量注入、または複数用量容器中の単位剤形で提示され得る。組成物は、油性または水性ビヒクル中の懸濁液、溶液、またはエマルジョン、たとえば、ポリエチレングリコール水溶液などの形態をとり得る。
注射用製剤に関して、ビヒクルは、水溶液もしくは油性懸濁液、またはゴマ油、トウモロコシ油、綿実油、もしくはピーナツ油を用いたエマルジョン、ならびにエリキシル、マンニトール、デキストロース、または滅菌水溶液、ならびに類似の薬学的ビヒクルを含む、好適であることが公知のものから選択され得る。製剤はまた、生体適合性、生体分解性であるポリマー組成物、たとえば、ポリ（乳酸－コ－グリコール）酸を含んでもよい。これらの材料は、薬物ガロードされたマイクロまたはナノスフェアに作製され、より優れた持続放出性能をもたらすようにさらにコーティングまたは誘導体化されてもよい。眼窩周囲または眼内注射に好適なビヒクルとしては、たとえば、注射グレードの水、リポソーム、または親油性物質に好適なビヒクル中の治療剤の懸濁液が挙げられる。眼窩周囲または眼内注射のための他のビヒクルは、当該技術分野において周知である。
一部の事例では、医薬組成物は、日常的な手順に従って、人間への静脈内投与に適合される医薬組成物として製剤化される。典型的には、静脈内投与のための組成物は、滅菌等張水性緩衝液中の溶液である。必要があれば、組成物は、可溶化剤および局所麻酔薬、たとえば、リドカインを、注射部位の痛みを和らげるために含んでもよい。一般に、成分は、別個かまたは単位剤形に一緒に混合されてのいずれかで提供され、たとえば、活性剤の量を示した密閉シールされている容器、たとえば、アンプルまたはサシェに入った乾燥した凍結乾燥粉末または無水濃縮物として提供される。組成物を注入により投与しようとする場合、それを、医薬グレードの滅菌水または生理食塩水を含む注入ボトルで分注することができる。組成物を注射により投与しようとする場合、成分を投与前に混合することができるように、注射用滅菌水または生理食塩水のアンプルが提供され得る。
投与が注射によって行われる場合、活性剤は、水溶液、具体的には、生理学的に適合性のある緩衝液、たとえば、ハンクス溶液、リンガー溶液、または生理食塩緩衝液において製剤化され得る。溶液は、懸濁化剤、安定化剤、および／または分散剤などの調合剤を含有し得る。別の実施形態では、医薬組成物は、アジュバントも、免疫応答を増強させるために添加される任意の他の物質も含まない。
前述の製剤に加えて、活性剤は、デポー調製物として製剤化することもできる。このような長時間作用製剤は、埋込みまたは皮下送達（たとえば、皮下もしくは筋肉内）、筋肉内注射、または経皮パッチの使用によって、投与することができる。したがって、たとえば、薬剤は、好適なポリマー材料もしくは疎水性材料（たとえば、許容可能な油中のエマルジョンとして）、またはイオン交換樹脂、またはわずかに可溶性の誘導体、たとえば、わずかに可溶性の塩とともに製剤化され得る。
一部の場合には、１つまたは複数の薬剤を含む医薬組成物は、局所投与されるか、または特定の感染部位もしくはその近傍に注射される場合、局所または局部的な作用を発揮する。たとえば、粘性液体、溶液、懸濁液、ジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）に基づく溶液、リポソーム製剤、ゲル、ゼリー、クリーム、ローション、軟膏、坐剤、泡沫剤、またはエアロゾルスプレーの直接的な局所適用が、たとえば、局所および／または局部的作用をもたらすために、局所投与に使用され得る。そのような製剤のための薬学的に適切なビヒクルとしては、たとえば、低級脂肪族アルコール、ポリグリコール（たとえば、グリセロールまたはポリエチレングリコール）、脂肪酸のエステル、油、脂、シリコーンなどが挙げられる。そのような調製物はまた、保存剤（たとえば、ｐ－ヒドロキシ安息香酸エステル）および／または抗酸化剤（たとえば、アスコルビン酸およびトコフェロール）も含み得る。DermatologicalFormulations: Percutaneous absorption, Barry (Ed.),Marcel
Dekker Incl, 1983もまた参照されたい。別の実施形態では、輸送体、担体、またはイオンチャネル阻害剤を含む局所／局部製剤が、表皮または粘膜ウイルス感染症の処置に使用される。
医薬組成物は、アジュバント、たとえば、親水性または親油性ゲル化剤、親水性または親油性活性剤、保存剤、抗酸化剤、溶媒、芳香剤、充填剤、日焼け止め、匂い吸収剤、および染料を含有し得る。これらの様々なアジュバントの量は、考慮される分野において従来的に使用されているものであり、たとえば、組成物の総重量の約０．０１％～約２０％である。それらの性質に応じて、これらのアジュバントは、脂肪相、水性相、および／または脂質ベシクルに導入され得る。
ＸＩＩ．処置の方法
免疫疾患またはがんを処置するための医薬の製造のために、上記に開示される核酸のうちのいずれか、上記に開示される核酸配列のうちのいずれかを含むベクター、上記に開示される核酸のうちのいずれかによってコードされるタンパク質、または上記に開示される宿主細胞を使用する方法が、本明細書において提供される。
疾患、障害、または状態を有する対象を処置する方法もまた、本明細書において提供される。処置の方法は、本明細書に開示される医薬組成物を、疾患、障害、または状態を有する対象に投与するステップを含み得る。本開示は、免疫原性療法を含む処置の方法を提供する。疾患（たとえば、がんまたはウイルス感染症）の処置の方法が、提供される。方法は、対象に、有効量の、免疫原性抗原特異的Ｔ細胞を含む医薬組成物を投与するステップを含み得る。一部の実施形態では、抗原は、腫瘍抗原を含む。
一部の実施形態では、疾患または状態を有する対象を処置する方法は、対象に、本明細書に開示される医薬組成物を投与するステップを含む。一部の実施形態では、方法は、がん療法に対する耐性を予防する方法であって、それを必要とする対象に、本明細書に開示される医薬組成物を投与するステップを含む、方法である。一部の実施形態では、方法は、免疫応答を誘起する方法であって、それを必要とする対象に、本明細書に開示される医薬組成物を投与するステップを含む、方法である。一部の実施形態では、免疫応答は、体液性応答である。一部の実施形態では、免疫応答は、細胞傷害性Ｔ細胞応答である。
一部の実施形態では、対象は、がんを有し、ここで、がんは、黒色腫、卵巣がん、肺がん、前立腺がん、乳がん、結腸直腸がん、子宮内膜がん、および慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）からなる群から選択される。
一部の実施形態では、対象は、抗エストロゲン療法に対して耐性である乳がんを有する。一部の実施形態では、乳がんは、突然変異を有するエストロゲン受容体を発現する。一部の実施形態では、対象は、イブルチニブ療法に対して耐性であるＣＬＬを有する。一部の実施形態では、ＣＬＬは、突然変異、たとえば、Ｃ４８１Ｓ突然変異を有するブルトンチロシンキナーゼを発現する。一部の実施形態では、対象は、チロシンキナーゼ阻害剤に対して耐性である肺がんを有する。一部の実施形態では、肺がんは、突然変異、たとえば、Ｔ７９０Ｍ、Ｌ７９２Ｆ、またはＣ７９７Ｓ突然変異を有する上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）を発現する。
一部の実施形態では、本方法は、少なくとも１つの追加の治療剤またはモダリティを投与するステップをさらに含む。一部の実施形態では、少なくとも１つの追加の治療剤またはモダリティは、外科手術、チェックポイント阻害剤、抗体もしくはその断片、化学療法剤、放射線、ワクチン、小分子、Ｔ細胞、ベクター、およびＡＰＣ、ポリヌクレオチド、腫瘍溶解性ウイルス、またはこれらの任意の組合せである。一部の実施形態では、少なくとも１つの追加の治療剤は、抗ＰＤ－１剤および抗ＰＤ－Ｌ１剤、抗ＣＴＬＡ－４剤、または抗ＣＤ４０剤である。一部の実施形態では、追加の治療剤は、本明細書に開示される医薬組成物を投与する前、それと同時、または後に、投与される。
一部の他の態様では、療法において使用するための医薬の製造のための医薬組成物の使用が、本明細書において提供される。一部の実施形態では、処置の方法は、対象に、有効量の、免疫原性ネオ抗原ペプチドを特異的に認識するＴ細胞を投与するステップを含む。一部の実施形態では、処置の方法は、対象に、有効量の、免疫原性ネオ抗原ペプチドを特異的に認識するＴＣＲ、たとえば、Ｔ細胞において発現されるＴＣＲを投与するステップを含む。
一部の実施形態では、がんは、癌腫、リンパ腫、芽細胞腫、肉腫、白血病、扁平上皮細胞がん、肺がん（小細胞肺がん、非小細胞肺がん、肺の腺癌、および肺の扁平上皮癌を含む）、腹膜のがん、肝細胞がん、胃がん（gastriccancer）または胃がん（stomach cancer）（消化管がんを含む）、膵臓がん、神経膠芽腫、子宮頸がん、卵巣がん、肝臓がん、膀胱がん、ヘパトーマ、乳がん、結腸がん、黒色腫、子宮内膜癌または子宮癌、唾液腺癌、腎臓がん（kidneycancer）または腎臓がん（renalcancer）、肝臓がん、前立腺がん、外陰部がん、甲状腺がん、肝癌、頭頸部がん、結腸直腸がん、直腸がん、軟部組織肉腫、カポジ肉腫、Ｂ細胞リンパ腫（低悪性度／濾胞性非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ）、小リンパ球性（ＳＬ）ＮＨＬ、中悪性度／濾胞性ＮＨＬ、中悪性度びまん性ＮＨＬ、高悪性度免疫芽細胞性ＮＨＬ、高悪性度リンパ芽球性ＮＨＬ、高悪性度小型非開裂細胞性ＮＨＬ、巨大病変性ＮＨＬ、マントル細胞リンパ腫、ＡＩＤＳ関連リンパ腫、およびワルデンストレーム高ガンマグロブリン血症を含む）、慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）、骨髄腫、有毛細胞性白血病、慢性骨髄芽球性白血病、ならびに移植後リンパ増殖性障害（ＰＴＬＤ）、母斑症と関連する異常な血管増殖、浮腫、メグス症候群、ならびにこれらの組合せからなる群から選択される。
本開示の方法は、当該技術分野において公知の任意の種類のがんを処置するために使用することができる。本開示の方法によって処置しようとするがんの非限定的な例としては、黒色腫（たとえば、転移性悪性黒色腫）、腎臓がん（たとえば、明細胞癌）、前立腺がん（たとえば、ホルモン不応性前立腺腺癌）、膵臓腺癌、乳がん、結腸がん、肺がん（たとえば、非小細胞肺がん）、食道がん、頭頸部の扁平上皮細胞癌、肝臓がん、卵巣がん、子宮頸がん、甲状腺がん、神経膠芽腫、神経膠腫、白血病、リンパ腫、および他の新生物悪性腫瘍を挙げることができる。
加えて、本明細書に提供される疾患または状態には、本開示の処置の方法を使用して成長を阻害することができる、不応性または再発性悪性腫瘍が含まれる。一部の実施形態では、本開示の処置の方法によって処置しようとするがんは、癌腫、扁平上皮癌、腺癌、肉腫、子宮内膜がん、乳がん、卵巣がん、子宮頸がん、卵管がん、原発性腹膜がん、結腸がん、結腸直腸がん、肛門性器部の扁平上皮細胞癌、黒色腫、腎細胞癌、肺がん、非小細胞肺がん、肺の扁平上皮細胞癌、胃がん、膀胱がん、胆嚢がん、肝臓がん、甲状腺がん、喉頭がん、唾液腺がん、食道がん、頭頸部がん、神経膠芽腫、神経膠腫、頭頸部の扁平上皮細胞癌、前立腺がん、膵臓がん、中皮腫、肉腫、血液がん、白血病、リンパ腫、神経腫、およびこれらの組合せからなる群から選択される。一部の実施形態では、本開示の方法によって処置しようとするがんとしては、たとえば、癌腫、扁平上皮癌（たとえば、子宮頸管、眼瞼、結膜、膣、肺、口腔、皮膚、膀胱、舌、喉頭、および消化道）、ならびに腺癌（たとえば、前立腺、小腸、内膜、子宮頸管、大腸、肺、膵臓、食道、直腸、子宮、胃、乳腺、および卵巣）が挙げられる。一部の実施形態では、本開示の方法によって処置しようとするがんとしては、さらに、肉腫（たとえば、筋原性肉腫）、白血症、神経腫、黒色腫、およびリンパ腫が挙げられる。一部の実施形態では、本開示の方法によって処置しようとするがんは、乳がんである。一部の実施形態では、本開示の処置の方法によって処置しようとするがんは、トリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）である。一部の実施形態では、本開示の処置の方法によって処置しようとするがんは、卵巣がんである。一部の実施形態では、本開示の処置の方法によって処置しようとするがんは、結腸直腸がんである。
一部の実施形態では、本開示の医薬組成物で処置しようとする患者または患者集団は、固形腫瘍を有する。一部の実施形態では、固形腫瘍は、黒色腫、腎細胞癌、肺がん、膀胱がん、乳がん、子宮頸がん、結腸がん、胆嚢がん、喉頭がん、肝臓がん、甲状腺がん、胃がん、唾液腺がん、前立腺がん、膵臓がん、またはメルケル細胞癌である。一部の実施形態では、本開示の医薬組成物で処置しようとする患者または患者集団は、血液がんを有する。一部の実施形態では、患者は、血液がん、たとえば、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（「ＤＬＢＣＬ」）、ホジキンリンパ腫（「ＨＬ」）、非ホジキンリンパ腫（「ＮＨＬ」）、濾胞性リンパ腫（「ＦＬ」）、急性骨髄性白血病（「ＡＭＬ」）、または多発性骨髄腫（「ＭＭ」）を有する。一部の実施形態では、卵巣がん、肺がん、および黒色腫からなる群から選択されるがんを有する、処置しようとする患者または患者集団。
本開示により予防および／または処置することができるがんの具体的な例としては、以下：腎臓がん（renal cancer）、腎臓がん（kidney cancer）、多型膠芽細胞腫、転移性
乳がん；乳癌；乳房肉腫；神経線維腫；神経線維腫症；小児腫瘍；神経芽細胞腫；悪性黒色腫；上皮の癌腫；白血病、たとえば、限定されないが、急性白血病、急性リンパ球性白血病、急性骨髄球性白血病、たとえば、骨髄芽球性白血病、前骨髄芽球性白血病、骨髄単球性白血病、単球性白血病、赤白血病、白血病、および骨髄異形成症候群（myclodysplasticsyndrome）、慢性白血病、たとえば、限定されないが、慢性骨髄性（顆粒球性）白血病、慢性リンパ球性白血病、有毛細胞性白血病；真性赤血球増加症；リンパ腫、たとえば、限定されないが、ホジキン病、非ホジキン病；多発性骨髄腫、たとえば、限定されないが、くすぶり型多発性骨髄腫、非分泌性骨髄腫、骨硬化性骨髄腫、形質細胞白血病、孤立性形質細胞腫、および髄外性形質細胞腫；ワルデンストレーム高ガンマグロブリン血症；意義不明のモノクローナル免疫グロブリン血症；良性モノクローナル免疫グロブリン血症；重鎖病；骨がんおよび結合組織肉腫、たとえば、限定されないが、骨肉腫、骨髄腫骨疾患、多発性骨髄腫、コレステリン腫に誘導される骨肉腫、骨のページェット病、骨肉腫、軟骨肉腫、ユーイング肉腫、悪性巨細胞腫、骨の線維肉腫、脊索腫、骨膜肉腫、軟部組織肉腫、血管肉腫（造血肉腫）、線維肉腫、カポジ肉腫、平滑筋肉腫、脂肪肉腫、リンパ管肉腫、神経鞘腫、横紋筋肉腫、および滑膜肉腫；脳腫瘍、たとえば、限定されないが、神経膠腫、星状細胞腫、脳幹神経膠腫、上衣腫、乏突起神経膠腫、非グリア系腫瘍、聴神経鞘腫、頭蓋咽頭腫、髄芽細胞腫、髄膜腫、松果体細胞腫、松果体芽細胞腫、および原発性脳リンパ腫；乳がん、たとえば、限定されないが、腺癌、小葉（小細胞）癌、乳管内癌、乳房髄様がん、乳房粘液がん、管状乳がん、乳頭状乳がん、ページェット病（たとえば、若年性ページェット病）、および炎症性乳がん；副腎がん、たとえば、限定されないが、褐色細胞腫（pheochromocytom）および副腎皮質癌；甲状腺がん、たとえば、限定されな
いが、乳頭状または濾胞性甲状腺がん、甲状腺髄様がん、および未分化甲状腺がん；膵臓がん、たとえば、限定されないが、インスリノーマ、ガストリノーマ、グルカゴノーマ、ビポーマ、ソマトスタチン分泌腫瘍、およびカルチノイドまたは膵島細胞腫瘍；下垂体がん、たとえば、限定されないが、クッシング病、プロラクチン分泌腫瘍、先端巨大症、および尿崩症；眼のがん、たとえば、限定されないが、眼内黒色腫、たとえば、虹彩黒色腫、脈絡膜黒色腫、および毛様体黒色腫、ならびに網膜芽細胞腫；膣がん、たとえば、扁平上皮細胞癌、腺癌、および黒色腫；外陰部がん、たとえば、扁平上皮細胞癌、黒色腫、腺癌、基底細胞癌、肉腫、およびページェット病；子宮頸がん、たとえば、限定されないが、扁平上皮細胞癌および腺癌；子宮がん、たとえば、限定されないが、子宮内膜癌および子宮肉腫；卵巣がん、たとえば、限定されないが、卵巣上皮癌、境界腫瘍、胚細胞腫瘍、および間質腫瘍；子宮頸癌；食道がん、たとえば、限定されないが、扁平上皮がん、腺癌、腺様嚢胞癌、粘液性類表皮癌（mucoepidermoidcarcinoma）、腺扁平上皮癌、肉腫、黒
色腫、形質細胞腫、疣状癌、および燕麦細胞（小細胞）癌；胃がん、たとえば、限定されないが、腺癌、菌状発育性（ポリポイド）、潰瘍化性、表層進展性、拡散進展性、悪性リンパ腫、脂肪肉腫、線維肉腫、および癌肉腫；結腸がん；結腸直腸がん、ＫＲＡＳ突然変異型結腸直腸がん；結腸癌；直腸がん；肝臓がん、たとえば、限定されないが、肝細胞癌および肝芽腫、胆嚢がん、たとえば、腺癌；胆管癌、たとえば、限定されないが、乳頭状、結節性、およびびまん性；肺がん、たとえば、ＫＲＡＳ突然変異型非小細胞肺がん、非小細胞肺がん、扁平上皮細胞癌（類表皮癌）、腺癌、大細胞癌、ならびに小細胞肺がん；肺癌；精巣がん、たとえば、限定されないが、胚腫瘍、セミノーマ、未分化、古典（典型的）、精母細胞、非セミノーマ、胎児性癌、奇形癌、絨毛癌（卵黄嚢腫瘍）、前立腺がん、たとえば、限定されないが、アンドロゲン非依存性前立腺がん、アンドロゲン依存性前立腺がん、腺癌、平滑筋肉腫、および横紋筋肉腫；腎臓がん（penalcancer）；口腔がん、たとえば、限定されないが、扁平上皮細胞癌；基底がん；唾液腺がん、たとえば、限定されないが、腺癌、粘液性類表皮癌、および腺様嚢胞癌；咽頭がん、たとえば、限定されないが、扁平上皮細胞がんおよびいぼ状；皮膚がん、たとえば、限定されないが、基底細胞癌、扁平上皮細胞癌、および黒色腫、表在拡大型黒色腫、結節型黒色腫、黒子悪性黒色腫、末端黒子型黒色腫；腎臓がん、たとえば、限定されないが、腎細胞がん、腺癌、副腎腫、線維肉腫、移行細胞がん（腎盂および／もしくは子宮）；腎臓癌；ウイルムス腫瘍；膀胱がん、たとえば、限定されないが、移行上皮癌、扁平上皮細胞がん、腺癌、癌肉腫が挙げられるが、これらに限定されない。加えて、がんには、粘液肉腫、骨原性肉腫、内皮腫、リンパ管内皮細胞肉腫、中皮腫、滑膜腫、血管芽細胞腫、上皮癌、嚢胞腺癌、気管支癌、汗腺癌、脂腺癌、乳頭状癌、および乳頭腺癌が含まれる。
がんとしては、Ｂ細胞がん、たとえば、多発性骨髄腫、ワルデンストレーム高ガンマグロブリン血症、重鎖病、たとえば、例として、アルファ鎖病、ガンマ鎖病、およびミュー鎖病、良性モノクローナル免疫グロブリン血症、および免疫細胞性アミロイドーシス、黒色腫、乳がん、肺がん、気管支がん、結腸直腸がん、前立腺がん（たとえば、転移性、ホルモン不応性前立腺がん）、膵臓がん、胃がん、卵巣がん、膀胱がん、脳または中枢神経系がん、末梢神経系がん、食道がん、子宮頸がん、子宮がんまたは子宮内膜がん、口腔または咽頭のがん、肝臓がん、腎臓がん、精巣がん、胆管がん、小腸または虫垂がん、唾液腺がん、甲状腺がん、副腎がん、骨肉腫、軟骨肉腫、造血組織のがんなどが挙げられるが、これらに限定されない。本開示によって包含される方法に適したがんの種類の他の非限定的な例としては、ヒト肉腫および癌腫、たとえば、線維肉腫、粘液肉腫、脂肪肉腫、軟骨肉腫、骨原性肉腫、脊索腫、血管肉腫、内皮肉腫、リンパ管肉腫、リンパ管内皮細胞肉腫、滑膜種、中皮腫、ユーイング腫瘍、平滑筋肉腫、横紋筋肉腫、結腸癌、結腸直腸がん、膵臓がん、乳がん、卵巣がん、扁平上皮細胞癌、基底細胞癌、腺癌、汗腺癌、脂腺癌、乳頭状癌、乳頭状腺癌、嚢胞腺癌、髄様癌、気管支原性癌、腎細胞癌、ヘパトーマ、胆管癌、肝臓がん、絨毛癌、セミノーマ、胎児性癌、ウイルムス腫瘍、子宮頸がん、骨がん、脳腫瘍、精巣がん、肺癌、小細胞肺癌、膀胱癌、上皮癌、神経膠腫、星状細胞腫、髄芽細胞腫、頭蓋咽頭腫、上衣腫、松果体腫、血管芽細胞腫、聴神経腫、乏突起神経膠腫、髄膜腫、黒色腫、神経芽細胞腫、網膜芽細胞腫、白血病、たとえば、急性リンパ球性白血病および急性骨髄球性白血病（骨髄芽細胞性、前骨髄球性、骨髄単球性、単球性、および赤血白血病）、慢性白血病（慢性骨髄球性（顆粒球性）白血病および慢性リンパ球性白血病）、ならびに真性赤血球増加症、リンパ腫（ホジキン病および非ホジキン病）、多発性骨髄腫、ワルデンストレーム高ガンマグロブリン血症、ならびに重鎖病が挙げられる。一部の実施形態では、表現型が本発明の方法によって決定されるがんは、上皮がん、たとえば、限定されないが、膀胱がん、乳がん、子宮頸がん、結腸がん、婦人科がん、腎臓がん、喉頭がん、肺がん、口腔がん、頭頸部がん、卵巣がん、膵臓がん、前立腺がん、または皮膚がんである。他の実施形態では、がんは、乳がん、前立腺がん、肺がん、または結腸がんである。なおも他の実施形態では、上皮がんは、非小細胞肺がん、非乳頭状腎細胞癌、子宮頸癌、卵巣癌（たとえば、漿液性卵巣癌）、または乳癌である。上皮がんは、漿液性、類内膜性、粘液性、明細胞性、ブレナー性、または未分化型を含むがこれらに限定されない様々な他の様式で特徴付けることができる。一部の実施形態では、本開示は、マントル細胞リンパ腫を含むがこれに限定されない、リンパ腫またはそのサブタイプの処置、診断、および／または予後診断において使用される。リンパ増殖性障害は、増殖性疾患とも考えられる。
一部の実施形態では、対象は、抗エストロゲン療法に対して耐性であるか、ＭＳＩ乳がんであるか、転移性乳がんであるか、Ｈｅｒ２陰性乳がんであるか、Ｈｅｒ２陽性乳がんであるか、ＥＲ陰性乳がんであるか、ＥＲ陽性乳がんであるか、またはこれらの任意の組合せである、乳がんを有する。
一部の実施形態では、乳がんは、突然変異を有するエストロゲン受容体を発現する。
一部の実施形態では、がんは、再発性または転移性乳がんである。一部の実施形態では、本開示の処置の方法によって処置しようとするがんは、トリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）である。
本明細書に提供される医薬組成物は、単独で、または従来的な治療レジメン、たとえば、外科手術、放射線照射、化学療法、および／もしくは骨髄移植（自家、同系、同種、もしくは無関係）と組み合わせて、使用することができる。
一部の実施形態では、少なくとも１つまたは複数の化学療法剤が、免疫原性療法を含む医薬組成物に加えて、投与され得る。一部の実施形態では、１つまたは複数の化学療法剤は、化学療法剤の異なるクラスに属し得る。
本明細書に提供される処置または使用の方法を実施する際に、治療有効量の医薬組成物が、疾患または状態を有する対象に投与され得る。治療有効量は、疾患の重症度、対象の年齢および相対的な健康状態、使用される化合物の効力、および他の因子に応じて広範に変動し得る。
対象は、たとえば、哺乳動物、ヒト、妊娠中の女性、老体、成体、青年、前青年、小児、幼児、乳児、新生児（newborn）、または新生児（neonates）であり得る。対象は、患
者であり得る。一部の場合には、対象は、ヒトであり得る。一部の場合には、対象は、小児（すなわち、思春期の年齢よりも低い若齢のヒト）であり得る。一部の場合には、対象は、乳児であり得る。一部の場合には、対象は、人工栄養を受けている乳児であり得る。一部の場合には、対象は、臨床研究に登用された個体であり得る。一部の場合には、対象は、研究室動物、たとえば、哺乳動物またはげっ歯動物であり得る。一部の場合には、対象は、マウスであり得る。一部の場合には、対象は、肥満または体重超過の対象であり得る。
一部の実施形態では、対象は、１つまたは複数の異なるがん処置モダリティで以前に処置を受けている。一部の実施形態では、対象は、放射線療法、化学療法、または免疫療法のうちの１つまたは複数で以前に処置を受けている。一部の実施形態では、対象は、１つ、２つ、３つ、４つ、または５つの選択肢の先行療法で処置を受けている。一部の実施形態では、先行療法は、細胞傷害性療法である。
一部の実施形態では、本明細書に開示される方法で処置することができる疾患または状態は、異常な細胞成長である。一部の実施形態では、本明細書に開示される方法で処置することができる疾患または状態は、がんである。一部の実施形態では、がんは、悪性がんである。一部の実施形態では、がんは、良性がんである。一部の実施形態では、がんは、侵襲性がんである。一部の実施形態では、がんは、固形腫瘍である。一部の実施形態では、がんは、液性がんである。
本開示の方法は、当該技術分野において公知の任意の種類のがんを処置するために使用することができる。本開示の方法によって処置しようとするがんの非限定的な例としては、黒色腫（たとえば、転移性悪性黒色腫）、腎臓がん（たとえば、明細胞癌）、前立腺がん（たとえば、ホルモン不応性前立腺腺癌）、膵臓腺癌、乳がん、結腸がん、肺がん（たとえば、非小細胞肺がん）、食道がん、頭頸部の扁平上皮細胞癌、肝臓がん、卵巣がん、子宮頸がん、甲状腺がん、神経膠芽腫、神経膠腫、白血病、リンパ腫、および他の新生物悪性腫瘍が挙げられる。
加えて、本明細書に提供される疾患または状態には、本開示の処置の方法を使用して成長を阻害することができる、不応性または再発性悪性腫瘍が含まれる。一部の実施形態では、本開示の処置の方法によって処置しようとするがんは、癌腫、扁平上皮癌、腺癌、肉腫、子宮内膜がん、乳がん、卵巣がん、子宮頸がん、卵管がん、原発性腹膜がん、結腸がん、結腸直腸がん、肛門性器部の扁平上皮細胞癌、黒色腫、腎細胞癌、肺がん、非小細胞肺がん、肺の扁平上皮細胞癌、胃がん、膀胱がん、胆嚢がん、肝臓がん、甲状腺がん、喉頭がん、唾液腺がん、食道がん、頭頸部がん、神経膠芽腫、神経膠腫、頭頸部の扁平上皮細胞癌、前立腺がん、膵臓がん、中皮腫、肉腫、血液がん、白血病、リンパ腫、神経腫、およびこれらの組合せからなる群から選択される。一部の実施形態では、本開示の方法によって処置しようとするがんとしては、たとえば、癌腫、扁平上皮癌（たとえば、子宮頸管、眼瞼、結膜、膣、肺、口腔、皮膚、膀胱、舌、喉頭、および消化道）、ならびに腺癌（たとえば、前立腺、小腸、内膜、子宮頸管、大腸、肺、膵臓、食道、直腸、子宮、胃、乳腺、および卵巣）が挙げられる。一部の実施形態では、本開示の方法によって処置しようとするがんとしては、さらに、肉腫（たとえば、筋原性肉腫）、白血症、神経腫、黒色腫、およびリンパ腫が挙げられる。一部の実施形態では、本開示の方法によって処置しようとするがんは、乳がんである。一部の実施形態では、本開示の処置の方法によって処置しようとするがんは、トリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）である。一部の実施形態では、本開示の処置の方法によって処置しようとするがんは、卵巣がんである。一部の実施形態では、本開示の処置の方法によって処置しようとするがんは、結腸直腸がんである。
一部の実施形態では、本開示の医薬組成物で処置しようとする患者または患者集団は、固形腫瘍を有する。一部の実施形態では、固形腫瘍は、黒色腫、腎細胞癌、肺がん、膀胱がん、乳がん、子宮頸がん、結腸がん、胆嚢がん、喉頭がん、肝臓がん、甲状腺がん、胃がん、唾液腺がん、前立腺がん、膵臓がん、またはメルケル細胞癌である。一部の実施形態では、本開示の医薬組成物で処置しようとする患者または患者集団は、血液がんを有する。一部の実施形態では、患者は、血液がん、たとえば、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（「ＤＬＢＣＬ」）、ホジキンリンパ腫（「ＨＬ」）、非ホジキンリンパ腫（「ＮＨＬ」）、濾胞性リンパ腫（「ＦＬ」）、急性骨髄性白血病（「ＡＭＬ」）、または多発性骨髄腫（「ＭＭ」）を有する。一部の実施形態では、卵巣がん、肺がん、および黒色腫からなる群から選択されるがんを有する、処置しようとする患者または患者集団。
本開示により予防および／または処置することができるがんの具体的な例としては、以下のものが挙げられるが、これらに限定されない：腎臓がん（renalcancer）、腎臓がん（kidney cancer）、多型神経膠芽腫、転移性乳がん、乳癌、乳房肉腫、神経線維腫、神
経線維腫症、小児腫瘍、神経芽細胞腫、悪性黒色腫、表皮の癌腫、白血病、たとえば、限定されないが、急性白血病、急性リンパ球性白血病、急性骨髄球性白血病、たとえば、骨髄芽球性、前骨髄球性、骨髄単球性、単球性、赤血白血病白血病、骨髄異形成症候群、慢性白血病、たとえば、限定されないが、慢性骨髄球性（顆粒球性）白血病、慢性リンパ球性白血病、有毛細胞性白血病、真性赤血球増加症、リンパ腫、たとえば、限定されないが、ホジキン病、非ホジキン病；多発性骨髄腫、たとえば、限定されないが、くすぶり型多発性骨髄腫、非分泌性骨髄腫、骨硬化性骨髄腫、形質細胞白血病、孤立性形質細胞腫、および髄外性形質細胞腫；ワルデンストレーム高ガンマグロブリン血症；意義不明のモノクローナル免疫グロブリン血症；良性モノクローナル免疫グロブリン血症；重鎖病；骨がんおよび結合組織肉腫、たとえば、限定されないが、骨肉腫、骨髄腫骨疾患、多発性骨髄腫、コレステリン腫に誘導される骨肉腫、骨のページェット病、骨肉腫、軟骨肉腫、ユーイング肉腫、悪性巨細胞腫、骨の線維肉腫、脊索腫、骨膜肉腫、軟部組織肉腫、血管肉腫（造血肉腫）、線維肉腫、カポジ肉腫、平滑筋肉腫、脂肪肉腫、リンパ管肉腫、神経鞘腫、横紋筋肉腫、および滑膜肉腫；脳腫瘍、たとえば、限定されないが、神経膠腫、星状細胞腫、脳幹神経膠腫、上衣腫、乏突起神経膠腫、非グリア系腫瘍、聴神経鞘腫、頭蓋咽頭腫、髄芽細胞腫、髄膜腫、松果体細胞腫、松果体芽細胞腫、および原発性脳リンパ腫；乳がん、たとえば、限定されないが、腺癌、小葉（小細胞）癌、乳管内癌、乳房髄様がん、乳房粘液がん、管状乳がん、乳頭状乳がん、ページェット病（たとえば、若年性ページェット病）、および炎症性乳がん；副腎がん、たとえば、限定されないが、褐色細胞腫および副腎皮質癌；甲状腺がん、たとえば、限定されないが、乳頭状または濾胞性甲状腺がん、甲状腺髄様がん、および未分化甲状腺がん；膵臓がん、たとえば、限定されないが、インスリノーマ、ガストリノーマ、グルカゴノーマ、ビポーマ、ソマトスタチン分泌腫瘍、およびカルチノイドまたは膵島細胞腫瘍；下垂体がん、たとえば、限定されないが、クッシング病、プロラクチン分泌腫瘍、先端巨大症、および尿崩症；眼のがん、たとえば、限定されないが、眼内黒色腫、たとえば、虹彩黒色腫、脈絡膜黒色腫、および毛様体黒色腫、ならびに網膜芽細胞腫；膣がん、たとえば、扁平上皮細胞癌、腺癌、および黒色腫；外陰部がん、たとえば、扁平上皮細胞癌、黒色腫、腺癌、基底細胞癌、肉腫、およびページェット病；子宮頸がん、たとえば、限定されないが、扁平上皮細胞癌および腺癌；子宮がん、たとえば、限定されないが、子宮内膜癌および子宮肉腫；卵巣がん、たとえば、限定されないが、卵巣上皮癌、境界腫瘍、胚細胞腫瘍、および間質腫瘍；子宮頸癌；食道がん、たとえば、限定されないが、扁平上皮がん、腺癌、腺様嚢胞癌（adenoidcyctic carcinoma）、粘液性類表皮癌、腺扁平上皮癌、肉腫、黒色腫、形質細胞腫、疣状癌、および燕麦細胞（小細胞）癌；胃がん、たとえば、限定されないが、腺癌、菌状発育性（ポリポイド）、潰瘍化性、表層進展性、拡散進展性、悪性リンパ腫、脂肪肉腫、線維肉腫、および癌肉腫；結腸がん；結腸直腸がん、ＲＡＳ突然変異型結腸直腸がん；結腸癌；直腸がん；肝臓がん、たとえば、限定されないが、肝細胞癌および肝芽腫、胆嚢がん、たとえば、腺癌；胆管癌、たとえば、限定されないが、乳頭状、結節性、およびびまん性；肺がん、たとえば、ＲＡＳ突然変異型非小細胞肺がん、非小細胞肺がん、扁平上皮細胞癌（類表皮癌）、腺癌、大細胞癌、ならびに小細胞肺がん；肺癌；精巣がん、たとえば、限定されないが、胚腫瘍、セミノーマ、未分化、古典（典型的）、精母細胞、非セミノーマ、胎児性癌、奇形癌、絨毛癌（卵黄嚢腫瘍）、前立腺がん、たとえば、限定されないが、アンドロゲン非依存性前立腺がん、アンドロゲン依存性前立腺がん、腺癌、平滑筋肉腫、および横紋筋肉腫；腎臓がん；口腔がん、たとえば、限定されないが、扁平上皮細胞癌；基底がん；唾液腺がん、たとえば、限定されないが、腺癌、粘液性類表皮癌、および腺様嚢胞癌；咽頭がん、たとえば、限定されないが、扁平上皮細胞がんおよびいぼ状；皮膚がん、たとえば、限定されないが、基底細胞癌、扁平上皮細胞癌、および黒色腫、表在拡大型黒色腫、結節型黒色腫、黒子悪性黒色腫、末端黒子型黒色腫；腎臓がん、たとえば、限定されないが、腎細胞がん、腺癌、副腎腫、線維肉腫、移行細胞がん（腎盂および／または尿管（uterer））、腎臓癌、ウイルムス腫瘍、膀胱がん、たとえば、限定されないが、移行細胞癌、扁平上皮細胞がん、腺癌、癌肉腫。加えて、がんには、粘液肉腫、骨原性肉腫、内皮腫、リンパ管内皮細胞肉腫、中皮腫、滑膜腫、血管芽細胞腫、上皮癌、嚢胞腺癌、気管支癌、汗腺癌、脂腺癌、乳頭状癌、および乳頭腺癌が含まれる。
一部の実施形態では、ＲＡＳ遺伝子における突然変異を有する対象は、対象のＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるＭＨＣタンパク質との複合体にあるＲＡＳ突然変異体エピトープを認識するＴＣＲを含む医薬組成物を投与することによって、がんに関して処置され、ＴＣＲは、本明細書に開示されるアミノ酸配列を有するＴＣＲアルファ鎖可変領域およびＴＣＲベータ鎖可変領域を有する。一部の実施形態では、医薬組成物は、ＴＣＲをコードする核酸配列を含む。一部の実施形態では、核酸は、ＤＮＡまたはＲＮＡである。一部の実施形態では、核酸は、本明細書に開示されるアミノ酸配列を有するＴＣＲアルファ鎖可変領域およびＴＣＲベータ鎖可変領域を有するＴＣＲをコードするメッセンジャーＲＮＡである。一部の実施形態では、医薬組成物は、ＴＣＲをコードする核酸配列を含み、ＴＣＲの発現を作動させることができる、ベクターを含み、ここで、ＴＣＲは、対象のＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるＭＨＣタンパク質との複合体にあるＲＡＳ突然変異体エピトープを認識し、ＴＣＲは、本明細書に開示されるアミノ酸配列を有するＴＣＲアルファ鎖可変領域およびＴＣＲベータ鎖可変領域を有する。一部の実施形態では、医薬組成物は、対象のＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるＭＨＣタンパク質との複合体にあるＲＡＳ突然変異体エピトープを認識するＴＣＲをコードする核酸配列を含む細胞を含み、ＴＣＲは、本明細書に開示されるアミノ酸配列を有するＴＣＲアルファ鎖可変領域およびＴＣＲベータ鎖可変領域を有する。一部の実施形態では、がんを有する対象には、対象のＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるＭＨＣタンパク質との複合体にあるＲＡＳ突然変異体エピトープを認識するＴＣＲを含む医薬組成物が投与され、ＴＣＲは、本明細書に開示されるアミノ酸配列を有するＴＣＲアルファ鎖可変領域およびＴＣＲベータ鎖可変領域を有し、ここで、がんは、胆管の腺癌、膀胱の移行細胞癌、乳癌、子宮頸腺癌、結腸腺癌、結腸腺腫、神経芽細胞腫（自律神経節）、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性骨髄単球性白血病、若年性骨髄単球性白血病、急性リンパ芽球性白血病、バーキットリンパ腫、ホジキンリンパ腫、形質細胞性骨髄腫、肝細胞癌、大細胞癌、非小細胞癌、腺管癌、内分泌腫瘍、前立腺癌、基底細胞癌、扁平上皮細胞癌、悪性黒色腫、血管肉腫、平滑筋肉腫、脂肪肉腫、横紋筋肉腫、粘液腫、悪性線維性組織球腫、多形性肉腫、胚細胞腫、セミノーマ、未分化癌、濾胞性癌、乳頭状癌、およびハースル細胞癌から選択される。
一部の実施形態では、ＧＡＴＡ３遺伝子における突然変異を有する対象は、対象のＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるＭＨＣタンパク質との複合体にあるＧＡＴＡ３突然変異体エピトープを認識するＴＣＲを含む医薬組成物を投与することによって、がんに関して処置され、ＴＣＲは、本明細書に開示されるアミノ酸配列を有するＴＣＲアルファ鎖可変領域およびＴＣＲベータ鎖可変領域を有する。一部の実施形態では、ＧＡＴＡ３遺伝子に突然変異を有する対象は、乳がんに関して処置される。
一部の実施形態では、ＥＧＦＲ遺伝子における突然変異を有する対象は、対象のＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるＭＨＣタンパク質との複合体にあるＥＧＦＲ突然変異体エピトープを認識するＴＣＲを含む医薬組成物を投与することによって、がんに関して処置され、ＴＣＲは、本明細書に開示されるアミノ酸配列を有するＴＣＲアルファ鎖可変領域およびＴＣＲベータ鎖可変領域を有する。一部の実施形態では、ＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧ遺伝子における突然変異を有する対象は、対象のＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるＭＨＣタンパク質との複合体にあるＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧ突然変異体エピトープを認識するＴＣＲを含む医薬組成物を投与することによって、がんに関して処置され、ＴＣＲは、本明細書に開示されるアミノ酸配列を有するＴＣＲアルファ鎖可変領域およびＴＣＲベータ鎖可変領域を有する。
一部の実施形態では、ＢＴＫ遺伝子における突然変異を有する対象は、対象のＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるＭＨＣタンパク質との複合体にあるＢＴＫ突然変異体エピトープを認識するＴＣＲを含む医薬組成物を投与することによって、がんに関して処置され、ＴＣＲは、本明細書に開示されるアミノ酸配列を有するＴＣＲアルファ鎖可変領域およびＴＣＲベータ鎖可変領域を有する。
本発明の好ましい実施形態が本明細書において示され、説明されているが、そのような実施形態が例示として提供されるのみであることは、当業者には明らかであろう。当業者であれば、本発明から逸脱することなく、多数の変化形、変更、および置換をすぐに想起するであろう。本明細書に記載される本発明の実施形態に対する様々な代替形を、本発明の実施に用いることができることを理解されたい。以下の特許請求の範囲が本発明の範囲を定めること、ならびにこれらの特許請求の範囲内の方法および構造、ならびにそれらの均等物が、それによって包含されることが意図される。
（実施例１）
抗原特異的Ｔ細胞の特定および検証の作業フロー
この実施例では、抗原ペプチド特異的ＴＣＲを生成および使用するための例示的な作業フローについて記載する。図１は、作業フローの図による表示を示す。図２は、作業フロープロセスの例示的なタイムラインを詳細に示し、対象からＰＢＭＣを取得し培養することで開始され、次いで、ＰＢＭＣを、終夜培養で安定化させ、ペプチドおよびサイトカインの存在下においてインキュベートし、単球およびＤＣに由来する抗原提示細胞（ＡＰＣ）により、ＡＰＣによって提示されるペプチド抗原に応答してＴ細胞を誘導するのが補助され、１０日間から２週間の間、抗原特異的Ｔ細胞を拡大させ、抗原特異性および活性化（たとえば、細胞傷害性Ｔリンパ球の生成を示すＣＤ８＋マーカー発現）に関してそれを分類する。活性化された抗原応答性Ｔ細胞は、抗原特異的ＴＣＲを含む。
簡単に述べると、突然変異体標的エピトープを含む突然変異型ペプチド（たとえば、突然変異体ＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧ、ＲＡＳ、ＢＴＫ、およびＧＡＴＡ３ペプチド）を、ペプチド合成装置を使用して合成した。合成したペプチドを使用して、ＡＰＣにロードして、健常ドナーの末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）の試料に由来するＴ細胞を刺激した。また、目的のネオ抗原を有する患者に由来するＰＢＭＣを使用して、ネオ抗原特異的Ｔ細胞を得ることができる。ペプチドをロードしたＡＰＣとともにインキュベートした後、Ｔ細胞集団を、フローサイトメトリーによって分析した。抗原特異的Ｔ細胞を、フローサイトメトリーを使用して単離した（図１、２、４Ａ、５、６、８Ｆ、８Ｇ、９、１０Ａ、１０Ｂ、１１、１３、１５、１６Ａ、および１６Ｂ）。単一細胞ＴＣＲシーケンシングを、１０×
Ｇｅｎｏｍｉｃｓ Ｓｉｎｇｌｅ Ｃｅｌｌ Ｖ（Ｄ）Ｊシステムを使用して、単離した抗原特異的Ｔ細胞に行って、単離した抗原特異的ＴＣＲの配列をプロファイリングした。シーケンシングリードを、Ｃｅｌｌ Ｒａｎｇｅｒ（商標）分析パイプラインを使用して分析し、ＴＣＲの候補配列を、さらなる分析および機能性アッセイに選択した（図１、６Ａ、１０Ａ、１０Ｂ、１１、１３、１５、ならびに１６Ａおよび１６Ｂ）。
ＴＣＲ機能性の分析に関して、標的突然変異体エピトープを含むＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧ、ＲＡＳ、ＢＴＫ、またはＧＡＴＡ３ペプチドをコードするベクターまたはｍＲＮＡを、ＨＥＫ２９３ＴまたはＡ３７５細胞に形質導入して、抗原発現細胞株を得た。Ｊｕｒｋａｔ細胞、ＴＣＲβ欠損Ｊｕｒｋａｔ細胞、または健常ドナーに由来するＰＢＭＣに、レンチウイルスベクターに含まれた候補ＴＣＲをコードする核酸（図３Ａ）を形質導入した。例示的なベクターを、図３Ｂに示す。図４Ｂ、６Ａおよび６Ｂ、１０Ｃ～１０Ｆ、１１、ならびに１３は、ＴＣＲを発現するベクターを形質導入した細胞の機能性アッセイを示す。ＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧ、ＲＡＳ、ＢＴＫ、およびＧＡＴＡ３抗原発現細胞株を、抗原認識アッセイのために、ＴＣＲを形質導入したＪｕｒｋａｔ細胞、ＴＣＲβ欠損Ｊｕｒｋａｔ細胞、または健常ドナー由来のＰＢＭＣとともに共培養して、候補ＴＣＲの機能性を分析した（図７Ａ～７Ｂ、８Ａ～８Ｅ、１０Ａ～１０Ｆ、１２Ｂ、および１４）。
（実施例２）
抗原特異的Ｔ細胞の獲得
ｉｎ ｖｉｔｒｏ Ｔ細胞誘導を使用して、抗原特異的Ｔ細胞を拡大させた。健常ヒトドナーＰＢＭＣを、ＡＩＭ Ｖ培地（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）において、２４ウェルプレートのそれぞれのウェルに播種した。突然変異体ペプチド（ＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧ、ＲＡＳ、ＢＴＫ、またはＧＡＴＡ３）、ＴＮＦ－α、ＩＬ－１β、ＰＧＥ１、およびＩＬ－７を、２４時間のインキュベーションの後に、ウェルに添加した。培養培地を、２日ごとに新しい培地と交換した。抗原特異的Ｔ細胞を、１０日目～２０日目に評価し、単離した（図２）。
（実施例３）
ＨＬＡ多量体染色および分取
２つの異なる蛍光色素をコンジュゲートした組換えＨＬＡ（ＨＬＡ－Ａ０２．０１、ＨＬＡ－Ａ０３．０１、またはＨＬＡ－Ａ１１．０１）多量体を用いたＨＬＡ多量体染色を、ネオ抗原ペプチドと組み合わせることによって、ネオ抗原特異的Ｔ細胞を検出した。抗ＣＤ８、抗ＣＤ４、抗ＣＤ１９、抗ＣＤ１６、抗ＣＤ１４、抗ＣＤ５６、および抗体、ならびにＬｉｖｅ／Ｄｅａｄ ＩＲ色素（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を、細胞表面染色に使用した。ＣＤ８＋Ｔ細胞を、ＣＤ８＋ＣＤ４－ＣＤ１９－ＣＤ１６－ＣＤ１４－ＣＤ５６－ＩＲ－として特定した（図１、２、４Ａ、５、６Ａ、８Ｆ、８Ｇ、９、１０Ａ、１０Ｂ、１１、１３、１５、１６Ａ、および１６Ｂ）。分取については、最大で５×１０６個の細胞を、１００μＬ ＰＢＳ＋０．５％ヒト血清において、１～２０μｇの多量体とともにインキュベートした。抗体およびＬｉｖｅ／Ｄｅａｄ ＩＲ色素を使用して、さらに３０分間細胞を染色した。染色した後に、細胞を、２回洗浄し、ＰＢＳ＋０．５％ヒト血清中に希釈した。Ｌｉｖｅ／Ｄｅａｄ ＩＲ色素陰性細胞をゲーティングし、ＣＤ８＋／多量体＋Ｔ細胞を、ＦＡＣＳＡｒｉａ細胞分取装置（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）に分取した。
（実施例４）
抗原特異的ＴＣＲのディープシーケンシング
抗原特異的Ｔ細胞を、ＰＢＳおよび２％ ＦＢＳ（Ｈｙｃｌｏｎｅ Ｄｅｆｉｎｅｄ）の混合物中に分取し、１０× Ｇｅｎｏｍｉｃｓ Ｖ（Ｄ）Ｊキットを使用して、単一のＴ細胞に由来するＲＮＡを遺伝子的にバーコード化した。ＲＮＡライブラリーを、製造業者のプロトコールに従って調製した。結果として得られたライブラリーを、ＩＬＬＵＭＩＮＡのＭｉＳｅｑプラットフォームを使用して、シーケンシングした。次いで、１０× Ｇｅｎｏｍｉｃｓ分析ソフトウェアを使用して、シーケンシングデータを分析して、対合されたＴＣＲアルファおよびベータの配列を得た。優勢なクローンを、共通のＴＣＲアルファおよび／またはＴＣＲベータを有する細胞の頻度に基づいて特定した（図１、６、８Ｆ、８Ｇ、１０Ａ、１０Ｂ、１１、１３、１５、および１６Ａ）。
（実施例５）
抗原特異的ＴＣＲ遺伝子の合成およびクローニング
図３Ａは、ＴＣＲアルファ鎖およびＴＣＲベータ鎖構築物を組み込む例示的なベクター設計の図解を表し、ここで、ＴＣＲアルファ鎖およびベータ鎖構築物は、図に示されるように、ＴＣＲアルファ（α）鎖およびＴＣＲベータ（β）鎖のそれぞれに、可変（Ｖ）、多様性（（Ｄ）、ベータ鎖構築物のみ）、結合性（Ｊ）、および定常（Ｃ）領域をコードする核酸配列を、たとえば、プロモーター（図に示されるような例示的なＥＦ１ａ領域）を含む、組み込まれた核酸配列の発現に必要なエレメントを含む上流の制御エレメントを有するベクターに含み、さらに、Ｆ２ＡおよびＰ２Ａタンパク質分解切断部位およびピューロマイシンに媒介される選択のためのピューロマイシン耐性（Ｐｕｒｏ）をコードする配列をさらに組み込む。レンチウイルスベクターは、ｐＣＤＨ－ＥＦ１－Ｔ２Ａ－Ｐｕｒｏ（ＳＢＩ ｓｙｓｔｅｍ ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）から構築した。抗原特異的ＴＣＲレンチウイルスベクターを、ＴＣＲベータ可変領域、続いてＴＣＲベータマウス定常領域、フューリン切断部位、ＳＧＳＧリンカー（配列番号６０１）、Ｆ２Ａ部位、ＴＣＲアルファ可変領域、ＴＣＲアルファ定常領域、Ｔ２Ａ部位、およびピューロマイシン耐性遺伝子を挿入することによって生成した（図３Ａおよび３Ｂ）。
（実施例６）
トランスフェクションおよび形質導入
抗原特異的ＴＣＲをコードするレンチウイルスを、２９３Ｔ細胞の一過的トランスフェクションによって調製した。細胞を、７μｇのレンチウイルスベクター、７μｇのパッケージングプラスミドミックス（ｐＰＡＸおよびｐＭＤ２．Ｇ）、２８μＬのＦｕｇｅｎｅ（Ｐｒｏｍｅｇａ）、ならびに１ｍＬのＯｐｔｉ－ＭＥＭ（Ｇｉｂｃｏ）をトランスフェクトする１６時間前に、１０ｃｍのプレートに、７×１０６個の細胞で播種した。培養培地を、トランスフェクションの１日後に置き換えた。トランスフェクションの７２時間後に、上清を採取して、１０倍濃縮した。
Ｊｕｒｋａｔ細胞またはＰＢＭＣに、ＴＣＲ配列をコードする濃縮したレンチウイルスを形質導入した。Ｊｕｒｋａｔ細胞を洗浄し、ポリブレンおよび１０％ ＦＢＳを含有するＲＰＭＩ－１６４０中に再懸濁させた。１００μＬの培地中の５×１０５個のＣＤ８－Ｊｕｒｋａｔ細胞を、１ウェルずつ９６ウェルプレートに播種し、２５μＬの濃縮したレンチウイルスを添加した。細胞を、毎分２４００回（ｒｐｍ）で１時間遠心分離し、ＣＯ２インキュベーターでインキュベートした。細胞に、ポリブレンおよびＦＢＳを含む新しい培地ならびに２５μＬの濃縮したレンチウイルスを再び形質導入した。培地を、２回目の形質導入の２４時間後に、１０％ ＦＢＳおよびＰｅｎ／Ｓｔｒｅｐを含有するＲＰＭＩ－１６４０と置き換えた。ピューロマイシン処置（１μｇ／ｍｌ）を、形質導入後４日目に開始した。
（実施例７）
ＴＣＲを形質導入したＪｕｒｋａｔのＨＬＡ－ペプチドへの結合
ＴＣＲ形質導入を評価するために、形質導入したＪｕｒｋａｔ細胞を、蛍光色素をコンジュゲートした多量体（ＨＬＡ－ネオ抗原）、抗ＣＤ８抗体、抗ｍＴＣＲ定常領域抗体、およびＬｉｖｅ／Ｄｅａｄ ＩＲ色素で染色した。ｍＴＣＲおよび多量体陽性細胞を、フローサイトメトリーによって測定した（図４Ｂ、６Ａ、６Ｂ、１０Ａ～１０Ｆ、１１、および１３）。
（実施例８）
標的細胞のペプチドローディング
外因性ペプチドのパルスに関して、１×１０６個のＴ２、２９３Ｔ、またはＡ３７５細胞を、３７℃および５％ ＣＯ２で２時間、１０ｐｇ／ｍＬのヒトβ２－ミクログロブリン（Ｃａｌｂｉｏｃｈｅｍ）および滴定量が１×１０－５Ｍ～１×１０－１２ＭのＲＡＳまたはＧＡＴＡ３ペプチドとともにインキュベートし、１０－５ＭのインフルエンザペプチドＧＩＬ（インフルエンザマトリクスタンパク質５８－６６ ＧＩＬＧＦＶＴＬ（配列番号６０２）、Ｍｅｔａｂｉｏｎ）でパルスしたＴ２細胞は、陰性対照としての機能を果たした。洗浄した後、ペプチドをロードしたＴ２細胞を、ＩＬ－２放出アッセイにおいて使用した（図６Ｂ、７、８、１２Ｅ、および１４）。
（実施例９）
ネオ抗原を発現する標的細胞
内因性抗原を発現する標的細胞に関して、１×１０６個のＨＥＫ２９３またはＡ３７５細胞に、ＴＭＰＲＳＳ２：：ＥＲＧ、ＢＴＫ、ＧＡＴＡ３、またはＫＲＡＳまたは突然変異型ペプチドをコードするレンチウイルスベクターを形質導入した。形質導入した標的細胞を、培養培地（１０％ ＦＢＳを含むＤＭＥＭ）においてピューロマイシン（１μｇ／ｍｌ）によって選択した。
（実施例１０）
ＩＬ－２放出アッセイ
特異性の調査のために、Ｔ細胞クローン（５０μＬ中２．５×１０５個の細胞）を、ＨＥＫ２９３Ｔ、ＨＬＡ－Ａ０３．０１を形質導入したＡ３７５、またはＨＬＡ－Ａ１１．０１を形質導入したＡ３７５細胞株（５０μＬ中５×１０４個の細胞）、およびＴＭＰＲＳＳ２：：ＥＲＧ、ＢＴＫ、ＧＡＴＡ３、またはＫＲＡＳ突然変異型ペプチドネオ抗原とともにインキュベートすることができる。以下の図は、図内に示されるそれぞれのＴＣＲの場合でのＩＬ２放出アッセイの結果を示す：図６Ｂ、７Ａ、７Ｂ、８Ｅ、１０Ｃ、１２Ａ、１２Ｂ、および１４）。２４時間の共培養の後に、培養上清を採取し、Ｖ－ＰＬＥＸ
Ｈｕｍａｎ ＩＬ－２アッセイ（Ｍｅｓｏ Ｓｃａｌｅ Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ）を使用して、標準的なＭＳＤによってＩＬ－２濃度を評価した。
（実施例１１）
ＩＦＮ－γ放出アッセイ
特異性の調査のために、Ｔ細胞クローン（１００μＬ中２×１０３個の細胞）を、ＴＭＰＲＳＳ２：：ＥＲＧ、ＢＴＫ、ＧＡＴＡ３、またはＫＲＡＳ突然変異型ペプチドネオ抗原を発現する細胞株とともに、インキュベートした。２４時間の共培養の後に、培養上清を採取し、ＯｐｔＥＩＡ（商標）Ｈｕｍａｎ ＩＦＮ－γ Ｓｅｔ（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ Ｐｈａｒｍｉｎｇｅｎ）を使用して、標準的なＥＬＩＳＡによって評価した。
（実施例１２）
細胞傷害性アッセイ
Ｔ細胞クローンの細胞傷害性活性を、標準的な４時間の５１－クロム放出アッセイにおいて分析することができる。簡単に述べると、１×１０６個の標的細胞を、１００μＣｉのＮａ２ ５１ＣｒＯ４（ＩＣＮ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌｓ）で１～１．５時間標識することができる。５１Ｃｒで標識した標的細胞を、１２％ ＦＣＳを含むＲＰＭＩ １６４０中、Ｔ細胞とともに培養することができる。機能性アビディティの判定のために、１×１０４個のＴ細胞を、滴定量のＴＭＰＲＳＳ２：：ＥＲＧ、ＢＴＫ、ＧＡＴＡ３、またはＫＲＡＳ突然変異型ペプチドネオ抗原をロードした、１×１０３個のペプチドでパルスしたＴ２細胞に、１０：１という一定のＥ：Ｔで添加することができる。
３７℃で４時間の共培養の後、５０μＬの上清を回収し、放射活性を、ガンマ計測器で測定することができる。特異的溶解の割合を、１００×（実験放出－自発放出）／（最大放出－自発放出）として計算することができる。自発放出は、エフェクター細胞の不在下において標的細胞をインキュベートすることによって、評価することができる。相対溶解パーセントの計算については、最大特異的溶解パーセントを、１００％の参照値に設定し、対応する値は、この参照に対応して計算することができる。半最大溶解を判定するために、相対溶解パーセントを、ペプチド濃度に対してプロットすることができる。曲線が相対溶解５０％と交わったペプチド濃度を、半最大溶解の値として取得することができる。
（実施例１３）
細胞殺滅アッセイ
ＲＡＳ－ネオ抗原特異的組換えＴＣＲを、ＰＢＭＣに形質導入し、それらががん細胞株を殺滅させる能力を分析した（図８Ａ、８Ｂ）。組換えＴＣＲを発現する細胞の殺滅は、対照と比較して、３０％を上回って高いがん細胞株の殺滅を示した。マウス定常領域を有する改変された組換えＴＣＲ（ｒＴＣＲ）は、ＳＦＦＶプロモーターから発現させ、健常ドナーに由来するＰＢＭＣにおいてネオ抗原特異的ＴＣＲの形質導入収率３０％が、達成された。ＳＷ６２０細胞株を、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖ突然変異を天然に発現する標的細胞として使用した。ＨＬＡ－Ａ１１：０１を、レンチウイルス形質導入によって、ＳＷ６２０細胞株に導入した。ｒＴＣＲを形質導入したＰＢＭＣを、ＨＬＡ－Ａ１１：０１の発現ありおよびなしの２つの異なるＳＷ６２０細胞株とともに、６時間共培養した。次いで、上清および細胞を採取して、サイトカイン分泌およびアポトーシスを分析した。
６時間の共培養の後に、形質導入なしのＳＷ６２０（Ｒａｓｍｕｔ細胞）と比較して、有意に高いレベルのＩＦＮγ、ＩＬ－２、およびＴＮＦαが、ＨＬＡ－Ａ１１：０１を形質導入したＳＷ６２０細胞株（Ｒａｓｍｕｔ細胞株＋ＨＬＡ－Ａ１１：０１）の群に検出された。これにより、ｒＴＣＲ ＰＢＭＣが、実際の腫瘍モデルに近似する細胞株のＨＬＡ－Ａ１１：０１上のＧ１２Ｖ突然変異を含むＲＡＳペプチドを特異的に認識し得ることが示される。また、対照と比較して有意に高いパーセントのカスパーゼ－３（アポトーシスマーカー）陽性細胞が、ＨＬＡ－Ａ１１：０１を形質導入したＳＷ６２０細胞株において観察された。したがって、ｒＴＣＲを形質導入したＰＢＭＣは、サイトカイン（ＩＦＮγ、ＩＬ－２、およびＴＮＦα）を分泌することができるだけでなく、機能的に、標的細胞を特異的に殺滅させることもできる。
一部の実施例では、細胞傷害性活性は、特定のＨＬＡ上の突然変異体ＲＡＳペプチドに特異的なＴＣＲを発現するＴ細胞を、対応するＨＬＡを発現する突然変異体ＲＡＳペプチドを形質導入した標的がん細胞とともに共培養すること、および標的細胞の相対成長を判定するとともに、特に標的がん細胞におけるアポトーシスマーカーアネキシンＶを測定することによって、評価される（図８Ｃ、８Ｄ、１０Ｄ、１０Ｅ）。標的がん細胞を、適切なＭＨＣ－Ｉ対立遺伝子とともに突然変異体ペプチドを発現するように操作する。疑似形質導入した標的細胞（すなわち、突然変異体ペプチドを発現しない）を、陰性対照として使用する。細胞には、ＧＦＰを安定に発現するような形質導入も行って、標的細胞成長の追跡を可能にする。エフェクター細胞として使用される健常ドナーに由来するＰＢＭＣに、突然変異体ＲＡＳペプチドに特異的なＴＣＲを発現するように形質導入する。疑似形質導入細胞を、陰性対照として使用する。標的細胞を、アネキシンＶ検出試薬を含有する培地において、異なる量のエフェクター細胞とともに、７２時間共培養する。ＧＦＰシグナルおよびアネキシン－Ｖシグナルを、ＩｎｃｕＣｙｔｅ Ｓ３装置を用いて経時的に測定する。エフェクター細胞を起源とするアネキシンＶシグナルを、サイズ排除によってフィルタリングする。標的細胞の成長および死滅は、それぞれ、経時的なＧＦＰおよびアネキシン－Ｖ面積（ｍｍ２）として表す。図８Ｃは、ＴＣＲ／ＣＤ８＋：標的比によって判定されるＴＣＲレベルの標的細胞の成長との高度な逆相関を示す（上部パネル）。同様に、高いＴＣＲレベルは、高いアネキシンＶ陽性標的細胞と相関し、多数のアポトーシス性標的細胞を示した。これは、ＲＡＳ ＴＣＲ４による標的細胞の破壊における高度な特異性および効率を示す。
一部の実施例では、細胞傷害性活性を、ＴＣＲクローニングの前に評価する。特定のＨＬＡ上の突然変異体ＲＡＳペプチドに対して誘導されたＴ細胞を、ある濃度範囲のＲＡＳ突然変異体ペプチドをロードした対応するＨＬＡを発現する突然変異体標的がん細胞とともに共培養する（図８Ｆ、８Ｇ）。相対成長および特に標的がん細胞におけるアポトーシスマーカーアネキシンＶを、両方測定する。標的細胞には、ＧＦＰを安定に発現するような形質導入も行って、標的細胞成長の追跡を可能にする。ＧＦＰシグナルおよびアネキシン－Ｖシグナルを、ＩｎｃｕＣｙｔｅ Ｓ３装置を用いて経時的に測定する。エフェクター細胞を起源とするアネキシンＶシグナルを、サイズ排除によってフィルタリングする。標的細胞の成長および死滅は、それぞれ、経時的なＧＦＰおよびアネキシン－Ｖ面積（ｍｍ２）として表す。ペプチドなしおよび／または野生型ペプチドと比較して、低いペプチド濃度で細胞傷害性を示すＴ細胞について、ＴＣＲシーケンシングを上述のように行うことができる。図８Ｆおよび８Ｇ（上部右端の図）に示される実験で示されたデータに関して、Ｔ細胞の細胞傷害性は、示される時間にわたって、高用量のペプチドを有する低いＧＦＰ発現細胞によって示されるように、ペプチドに対する良好な用量応答性を示した。逆相関により、Ｔ細胞上のＴＣＲを刺激するペプチドの量が高いほど、低いＧＦＰ陽性細胞によって示されるように、標的細胞成長の高い抑制が観察されたことが示される。これは、Ｔ細胞が、標的細胞の進行を制限することにおいて高いＴＣＲ特異性および有効性を示すことを示す。
（実施例１４）
開発した組換えＴＣＲの概要
この実施例は、開発したＴＣＲの詳細を提供する。表１は、本明細書に記載されるＴＣＲの一覧を提供し、表２は、特定のアミノ酸およびコーディング配列を提供する。
本発明の好ましい実施形態が本明細書において示され、説明されているが、そのような実施形態が例示として提供されるのみであることは、当業者には明らかであろう。当業者であれば、本発明から逸脱することなく、多数の変化形、変更、および置換をすぐに想起するであろう。本明細書に記載される本発明の実施形態に対する様々な代替形を、本発明の実施に用いることができることを理解されたい。以下の特許請求の範囲が本発明の範囲を定めること、ならびにこれらの特許請求の範囲内の方法および構造、ならびにそれらの均等物が、それによって包含されることが意図される。
表2. 配列
実施形態
以下の実施形態が、本開示内で企図される。
１． ヒトＭＨＣとの複合体にあるＲＡＳ由来のエピトープに特異的に結合することができるＴ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物を含む少なくとも１つのＴＣＲをコードする核酸であって、ＴＣＲアルファ鎖構築物が、配列番号３、１８、３３、４９、６５、８１、９７、１１３、２４１、２５７、２７３、２８９、３０５、３２１、３３７、３５３、３６９、３８５、４０１、４１７、５３４、５４７、および５６０から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも８４％の配列同一性もしくは１００％の配列同一性を有する相補性決定領域３（ＣＤＲ３）を含み、かつ／またはＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号６、２１、３６、５２、６８、８４、１００、１１６、２４４、２６０、２７６、２９２、３０８、３２４、３４０、３５６、３７２、３８８、４０４、４２０、５３７、５５０、および５６３から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも８４％の配列同一性もしくは１００％の配列同一性を有する相補性決定領域３（ＣＤＲ３）を含む、核酸。
２． ヒトＭＨＣとの複合体にあるＲＡＳ由来のエピトープに特異的に結合することができるＴ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物を含む少なくとも１つのＴＣＲをコードする核酸であって、ＲＡＳ由来のエピトープが、配列番号１５、３０、４５、４６、６１、６２、７７、７８、９３、９４、１０９、１１０、１２５、１２６、２１９～２２２、２５３、２５４、２６９、２７０、２８５、２８６、３０１、３０２、３１７、３１８、３３３、３３４、３４９、３５０、３６５、３６６、３８１、３８２、３９７、３９８、４１３、４１４、４２９、４３０、５４４、５５７、および６００から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも７０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する領域を含む、核酸。
３． 核酸、または組換え核酸を含む細胞であって、核酸が、
ａ．Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物、および／または
ｂ．ＴＣＲベータ鎖構築物
を含む、少なくとも１つのＴＣＲをコードし、
ＴＣＲが、ＨＬＡ－Ａ０３：０１対立遺伝子によってコードされるヒトＭＨＣとの複合体にあるＲＡＳ由来のエピトープに特異的に結合する、
核酸、または組換え核酸を含む細胞。
４． 核酸、または組換え核酸を含む細胞であって、核酸が、
ａ．Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物、および／または
ｂ．ＴＣＲベータ鎖構築物
を含む、少なくとも１つのＴＣＲをコードし、
ＴＣＲが、ＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子によってコードされるヒトＭＨＣとの複合体にあるＲＡＳ由来のエピトープに特異的に結合する、
核酸、または組換え核酸を含む細胞。
５． 核酸、または組換え核酸を含む細胞であって、核酸が、
ａ．Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物、および／または
ｂ．ＴＣＲベータ鎖構築物
を含む、少なくとも１つのＴＣＲをコードし、
ＴＣＲが、ＨＬＡ－Ａ１１：０１対立遺伝子によってコードされるヒトＭＨＣとの複合体にあるＲＡＳ由来のエピトープに特異的に結合する、
核酸、または組換え核酸を含む細胞。
６． ＴＣＲアルファ鎖構築物が、配列番号７１、８７、１０３、２９５、３１１、３２７、３４３、３５９、および３９１から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、または少なくとも９０％、または１００％の配列同一性を有する可変領域を含む、段落３の実施形態に記載の核酸。
７． ＴＣＲアルファ鎖構築物が、配列番号９および２４から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、または少なくとも９０％、または１００％の配列同一性を有する可変領域を含む、段落４の実施形態に記載の核酸。
８． ＴＣＲアルファ鎖構築物が、配列番号３９、５５、１１９、２４７、２６３、２７９、３７５、４０７、４２３、５３９、５５２、および５６５から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、または少なくとも９０％、または１００％の配列同一性を有する可変領域を含む、段落５の実施形態に記載の核酸。
９． ＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号７４、９０、１０６、２９８、３１４、３３０、３４６、３６２、および３９４から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、または少なくとも９０％、または１００％の配列同一性を有する可変領域を含む、段落３の実施形態に記載の核酸。
１０． ＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号１２および２７から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、または少なくとも９０％、または１００％の配列同一性を有する可変領域を含む、実施形態４に記載の核酸。
１１． ＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号４２、５８、１２２、２５０、２６６、２８２、３７８、４１０、４２６、５４１、５５４、および５６７から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、または少なくとも９０％、または１００％の配列同一性を有する可変領域を含む、実施形態５に記載の核酸。
１２． ＴＣＲアルファ鎖構築物が、配列番号６３、７９、９５、２８７、３０３、３１９、３３５、３５１、および３８３から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する相補性決定領域１（ＣＤＲ１）を含む、段落１から３および６の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
１３． ＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号６６、８２、９８、２９０、３０６、３２２、３３８、３５４、および３８６から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する相補性決定領域１（ＣＤＲ１）を含む、段落１から３および６の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
１４． ＴＣＲアルファ鎖構築物が、配列番号１および１６から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する相補性決定領域１（ＣＤＲ１）を含む、段落１から２、４、および７の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
１５． ＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号４および１９から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する相補性決定領域１（ＣＤＲ１）を含む、段落１から２、４、および１０の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
１６． ＴＣＲアルファ鎖構築物が、配列番号３１、４７、１１１、２３９、２５５、２７１、３６７、３９９、４１５、５３２、５４５、および５５８から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する相補性決定領域１（ＣＤＲ１）を含む、段落１から２、５、および８の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
１７． ＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号３４、５０、１１４、２４２、２５８、２７４、３７０、４０２、４１８、５３、５４８、および５６１から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する相補性決定領域１（ＣＤＲ１）を含む、段落１から２、５、および１１の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
１８． ＴＣＲアルファ鎖構築物が、配列番号６４、８０、９６、２８８、３０４、３２０、３３６、３５２、および３８４から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する相補性決定領域２（ＣＤＲ２）を含む、段落１から３、６、および１２の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
１９． ＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号６７、８３、９９、２９１、３０７、３２３、３３９、３５５、および３８７から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する相補性決定領域２（ＣＤＲ２）を含む、段落１から３、６、および１３の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
２０． ＴＣＲアルファ鎖構築物が、配列番号２および１７から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する相補性決定領域２（ＣＤＲ２）を含む、段落１から２、４、７、および１４の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
２１． ＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号５および２０から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する相補性決定領域２（ＣＤＲ２）を含む、段落１から２、４、１０、および１５の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
２２． ＴＣＲアルファ鎖構築物が、配列番号３２、４８、１１２、２４０、２５６、２７２、３６８、４００、４１６、５３３、５４６、および５５９から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する相補性決定領域２（ＣＤＲ２）を含む、段落１から２、５、８、および１６の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
２３． ＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号３５、５１、１１５、２４３、２５９、２７５、３７１、４０３、４１９、５３６、５４９、および５６２から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する相補性決定領域２（ＣＤＲ２）を含む、段落１から２、５、１１、および１７の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
２４． ＴＣＲアルファ鎖構築物が、配列番号６５、８１、９７、２８９、３０５、３２１、３３７、３５３、および３８５から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する相補性決定領域３（ＣＤＲ３）を含む、段落１から３、６、１２、および１８の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
２５． ＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号６８、８４、１００、２９２、３０８、３２４、３４０、３５６、および３８８から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する相補性決定領域３（ＣＤＲ３）を含む、段落１から３、６、１３、および１９の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
２６． ＴＣＲアルファ鎖構築物が、配列番号３および１８から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する相補性決定領域３（ＣＤＲ３）を含む、実施形態１から２、４、７、１４、および２０のうちのいずれか１つに記載の核酸。
２７． ＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号６および２１から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する相補性決定領域３（ＣＤＲ３）を含む、段落１から２、４、１０、１５、および２１の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
２８． ＴＣＲアルファ鎖構築物が、配列番号３３、４９、１１３、２４１、２５７、２７３、３６９、４０１、４１７、５３４、５４７、および５６０から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する相補性決定領域３（ＣＤＲ３）を含む、段落１から２、５、８、１６、および２２の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
２９． ＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号３６、５２、１１６、２４４、２６０、２７６、３７２、４０４、４２０、５３７、５５０、および５６３から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する相補性決定領域３（ＣＤＲ３）を含む、段落１から２、５、１１、１７、および２３の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
３０． ａ．ＴＣＲアルファ鎖構築物が、配列番号９に対して少なくとも８０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する可変領域を含み、
ｂ．ＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号１２に対して少なくとも８０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する可変領域を含む、
段落１から５の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
３１． ａ．ＴＣＲアルファ鎖構築物が、
ｉ．配列番号１のＣＤＲ１、
ｉｉ．配列番号２のＣＤＲ２、および
ｉｉｉ．配列番号３のＣＤＲ３
を含み、
ｂ．ＴＣＲベータ鎖構築物が、
ｉ．配列番号４のＣＤＲ１、
ｉｉ．配列番号５のＣＤＲ２、および
ｉｉｉ．配列番号６のＣＤＲ３
を含む、段落１から５または３０の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
３２． ａ．ＴＣＲアルファ鎖構築物が、配列番号２４に対して少なくとも８０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する可変領域を含み、
ｂ．ＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号２７に対して少なくとも８０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する可変領域を含む、
段落１から５の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
３３． ａ．ＴＣＲアルファ鎖構築物が、
ｉ．配列番号１６のＣＤＲ１、
ｉｉ．配列番号１７のＣＤＲ２、および
ｉｉｉ．配列番号１８のＣＤＲ３
を含み、
ｂ．ＴＣＲベータ鎖構築物が、
ｉ．配列番号１９のＣＤＲ１、
ｉｉ．配列番号２０のＣＤＲ２、および
ｉｉｉ．配列番号２１のＣＤＲ３
を含む、段落１から５および３２の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
３４． ａ．ＴＣＲアルファ鎖構築物が、配列番号３９に対して少なくとも８０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する可変領域を含み、
ｂ．ＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号４２に対して少なくとも８０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する可変領域を含む、
段落１から５の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
３５． ａ．ＴＣＲアルファ鎖構築物が、
ｉ．配列番号３１のＣＤＲ１、
ｉｉ．配列番号３２のＣＤＲ２、および
ｉｉｉ．配列番号３３のＣＤＲ３
を含み、
ｂ．ＴＣＲベータ鎖構築物が、
ｉ．配列番号３４のＣＤＲ１、
ｉｉ．配列番号３５のＣＤＲ２、および
ｉｉｉ．配列番号３６のＣＤＲ３
を含む、段落１から５および３４の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
３６． ａ．ＴＣＲアルファ鎖構築物が、配列番号５５に対して少なくとも８０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する可変領域を含み、
ｂ．ＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号５８に対して少なくとも８０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する可変領域を含む、
段落１から５の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
３７． ａ．ＴＣＲアルファ鎖構築物が、
ｉ．配列番号４７のＣＤＲ１、
ｉｉ．配列番号４８のＣＤＲ２、および
ｉｉｉ．配列番号４９のＣＤＲ３
を含み、
ｂ．ＴＣＲベータ鎖構築物が、
ｉ．配列番号５０のＣＤＲ１、
ｉｉ．配列番号５１のＣＤＲ２、および
ｉｉｉ．配列番号５２のＣＤＲ３
を含む、段落１から５および３６の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
３８． ａ．ＴＣＲアルファ鎖構築物が、配列番号７１に対して少なくとも８０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する可変領域を含み、
ｂ．ＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号７４に対して少なくとも８０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する可変領域を含む、
段落１から５の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
３９． ａ．ＴＣＲアルファ鎖構築物が、
ｉ．配列番号６３のＣＤＲ１、
ｉｉ．配列番号６４のＣＤＲ２、および
ｉｉｉ．配列番号６５のＣＤＲ３
を含み、
ｂ．ＴＣＲベータ鎖構築物が、
ｉ．配列番号６６のＣＤＲ１、
ｉｉ．配列番号６７のＣＤＲ２、および
ｉｉｉ．配列番号６８のＣＤＲ３
を含む、段落１から５および３８の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
４０． ａ．ＴＣＲアルファ鎖構築物が、配列番号８７に対して少なくとも８０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する可変領域を含み、
ｂ．ＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号９０に対して少なくとも８０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する可変領域を含む、
段落１から５の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
４１． ａ．ＴＣＲアルファ鎖構築物が、
ｉ．配列番号７９のＣＤＲ１、
ｉｉ．配列番号８０のＣＤＲ２、および
ｉｉｉ．配列番号８１のＣＤＲ３
を含み、
ｂ．ＴＣＲベータ鎖構築物が、
ｉ．配列番号８２のＣＤＲ１、
ｉｉ．配列番号８３のＣＤＲ２、および
ｉｉｉ．配列番号８４のＣＤＲ３
を含む、段落１から５および４０の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
４２． ａ．ＴＣＲアルファ鎖構築物が、配列番号１０３に対して少なくとも８０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する可変領域を含み、
ｂ．ＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号１０６に対して少なくとも８０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する可変領域を含む、
段落１から５の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
４３． ａ．ＴＣＲアルファ鎖構築物が、
ｉ．配列番号９５のＣＤＲ１、
ｉｉ．配列番号９６のＣＤＲ２、および
ｉｉｉ．配列番号９７のＣＤＲ３
を含み、
ｂ．ＴＣＲベータ鎖構築物が、
ｉ．配列番号９８のＣＤＲ１、
ｉｉ．配列番号９９のＣＤＲ２、および
ｉｉｉ．配列番号１００のＣＤＲ３
を含む、段落１から５および４２の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
４４． ａ．ＴＣＲアルファ鎖構築物が、配列番号１１９に対して少なくとも８０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する可変領域を含み、
ｂ．ＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号１２２に対して少なくとも８０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する可変領域を含む、
段落１から５の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
４５． ａ．ＴＣＲアルファ鎖構築物が、
ｉ．配列番号１１１のＣＤＲ１、
ｉｉ．配列番号１１２のＣＤＲ２、および
ｉｉｉ．配列番号１１３のＣＤＲ３
を含み、
ｂ．ＴＣＲベータ鎖構築物が、
ｉ．配列番号１１４のＣＤＲ１、
ｉｉ．配列番号１１５のＣＤＲ２、および
ｉｉｉ．配列番号１１６のＣＤＲ３
を含む、段落１から５および４４の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
４６． ａ．ＴＣＲアルファ鎖構築物が、配列番号２４７に対して少なくとも８０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する可変領域を含み、
ｂ．ＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号２５０に対して少なくとも８０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する可変領域を含む、
実施形態１から５のうちのいずれか１つに記載の核酸。
４７． ａ．ＴＣＲアルファ鎖構築物が、
ｉ．配列番号２３９のＣＤＲ１、
ｉｉ．配列番号２４０のＣＤＲ２、および
ｉｉｉ．配列番号２４１のＣＤＲ３
を含み、
ｂ．ＴＣＲベータ鎖構築物が、
ｉ．配列番号２４２のＣＤＲ１、
ｉｉ．配列番号２４３のＣＤＲ２、および
ｉｉｉ．配列番号２４４のＣＤＲ３
を含む、段落１から５および４６の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
４８． ａ．ＴＣＲアルファ鎖構築物が、配列番号２６３に対して少なくとも８０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する可変領域を含み、
ｂ．ＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号２６６に対して少なくとも８０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する可変領域を含む、
段落１から５の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
４９． ａ．ＴＣＲアルファ鎖構築物が、
ｉ．配列番号２５５のＣＤＲ１、
ｉｉ．配列番号２５６のＣＤＲ２、および
ｉｉｉ．配列番号２５７のＣＤＲ３
を含み、
ｂ．ＴＣＲベータ鎖構築物が、
ｉ．配列番号２５８のＣＤＲ１、
ｉｉ．配列番号２５９のＣＤＲ２、および
ｉｉｉ．配列番号２６０のＣＤＲ３
を含む、段落１から５および４８の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
５０． ａ．ＴＣＲアルファ鎖構築物が、配列番号２７９に対して少なくとも８０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する可変領域を含み、
ｂ．ＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号２８２に対して少なくとも８０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する可変領域を含む、
段落１から５の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
５１． ａ．ＴＣＲアルファ鎖構築物が、
ｉ．配列番号２７１のＣＤＲ１、
ｉｉ．配列番号２７２のＣＤＲ２、および
ｉｉｉ．配列番号２７３のＣＤＲ３
を含み、
ｂ．ＴＣＲベータ鎖構築物が、
ｉ．配列番号２７４のＣＤＲ１、
ｉｉ．配列番号２７５のＣＤＲ２、および
ｉｉｉ．配列番号２７６のＣＤＲ３
を含む、段落１から５および５０の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
５２． ａ．ＴＣＲアルファ鎖構築物が、配列番号２９５に対して少なくとも８０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する可変領域を含み、
ｂ．ＴＣＲベータ鎖構築物が、Ｓに対して少なくとも８０％の配列同一性または配列番号２９８に対して１００％の配列同一性を有する可変領域を含む、
段落１から５の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
５３． ａ．ＴＣＲアルファ鎖構築物が、
ｉ．配列番号２８７のＣＤＲ１、
ｉｉ．配列番号２８８のＣＤＲ２、および
ｉｉｉ．配列番号２８９のＣＤＲ３
を含み、
ｂ．ＴＣＲベータ鎖構築物が、
ｉ．配列番号２９０のＣＤＲ１、
ｉｉ．配列番号２９１のＣＤＲ２、および
ｉｉｉ．配列番号２９２のＣＤＲ３
を含む、段落１から５および５２の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
５４． ａ．ＴＣＲアルファ鎖構築物が、配列番号３１１に対して少なくとも８０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する可変領域を含み、
ｂ．ＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号３１４に対して少なくとも８０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する可変領域を含む、
段落１から５の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
５５． ａ．ＴＣＲアルファ鎖構築物が、
ｉ．配列番号３０３のＣＤＲ１、
ｉｉ．配列番号３０４のＣＤＲ２、および
ｉｉｉ．配列番号３０５のＣＤＲ３
を含み、
ｂ．ＴＣＲベータ鎖構築物が、
ｉ．配列番号３０６のＣＤＲ１、
ｉｉ．配列番号３０７のＣＤＲ２、および
ｉｉｉ．配列番号３０８のＣＤＲ３
を含む、段落１から５および５４の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
５６． ａ．ＴＣＲアルファ鎖構築物が、配列番号３２７に対して少なくとも８０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する可変領域を含み、
ｂ．ＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号３３０に対して少なくとも８０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する可変領域を含む、
段落１から５の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
５７． ａ．ＴＣＲアルファ鎖構築物が、
ｉ．配列番号３１９のＣＤＲ１、
ｉｉ．配列番号３２０のＣＤＲ２、および
ｉｉｉ．配列番号３２１のＣＤＲ３
を含み、
ｂ．ＴＣＲベータ鎖構築物が、
ｉ．配列番号３２２のＣＤＲ１、
ｉｉ．配列番号３２３のＣＤＲ２、および
ｉｉｉ．配列番号３２４のＣＤＲ３
を含む、段落１から５および５６の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
５８． ａ．ＴＣＲアルファ鎖構築物が、配列番号３４３に対して少なくとも８０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する可変領域を含み、
ｂ．ＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号３４６に対して少なくとも８０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する可変領域を含む、
段落１から５の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
５９． ａ．ＴＣＲアルファ鎖構築物が、
ｉ．配列番号３３５のＣＤＲ１、
ｉｉ．配列番号３３６のＣＤＲ２、および
ｉｉｉ．配列番号３３７のＣＤＲ３
を含み、
ｂ．ＴＣＲベータ鎖構築物が、
ｉ．配列番号３３８のＣＤＲ１、
ｉｉ．配列番号３３９のＣＤＲ２、および
ｉｉｉ．配列番号３４０のＣＤＲ３
を含む、段落１から５および５８の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
６０． ａ．ＴＣＲアルファ鎖構築物が、配列番号３５９に対して少なくとも８０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する可変領域を含み、
ｂ．ＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号３６１に対して少なくとも８０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する可変領域を含む、
段落１から５の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
６１． ａ．ＴＣＲアルファ鎖構築物が、
ｉ．配列番号３５１のＣＤＲ１、
ｉｉ．配列番号３５２のＣＤＲ２、および
ｉｉｉ．配列番号３５３のＣＤＲ３
を含み、
ｂ．ＴＣＲベータ鎖構築物が、
ｉ．配列番号３５４のＣＤＲ１、
ｉｉ．配列番号３５５のＣＤＲ２、および
ｉｉｉ．配列番号３５６のＣＤＲ３
を含む、段落１から５および６０の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
６２． ａ．ＴＣＲアルファ鎖構築物が、配列番号３７５に対して少なくとも８０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する可変領域を含み、
ｂ．ＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号３７８に対して少なくとも８０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する可変領域を含む、
段落１から５の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
６３． ａ．ＴＣＲアルファ鎖構築物が、
ｉ．配列番号３６７のＣＤＲ１、
ｉｉ．配列番号３６８のＣＤＲ２、および
ｉｉｉ．配列番号３６９のＣＤＲ３
を含み、
ｂ．ＴＣＲベータ鎖構築物が、
ｉ．配列番号３７０のＣＤＲ１、
ｉｉ．配列番号３７１のＣＤＲ２、および
ｉｉｉ．配列番号３７２のＣＤＲ３
を含む、段落１から５および６２の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
６４． ａ．ＴＣＲアルファ鎖構築物が、配列番号３９１に対して少なくとも８０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する可変領域を含み、
ｂ．ＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号３９４に対して少なくとも８０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する可変領域を含む、
段落１から５の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
６５． ａ．ＴＣＲアルファ鎖構築物が、
ｉ．配列番号３８３のＣＤＲ１、
ｉｉ．配列番号３８４のＣＤＲ２、および
ｉｉｉ．配列番号３８５のＣＤＲ３
を含み、
ｂ．ＴＣＲベータ鎖構築物が、
ｉ．配列番号３８６のＣＤＲ１、
ｉｉ．配列番号３８７のＣＤＲ２、および
ｉｉｉ．配列番号３８８のＣＤＲ３
を含む、段落１から５および６４の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
６６． ａ．ＴＣＲアルファ鎖構築物が、配列番号４０７に対して少なくとも８０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する可変領域を含み、
ｂ．ＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号４１０に対して少なくとも８０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する可変領域を含む、
段落１から５の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
６７． ａ．ＴＣＲアルファ鎖構築物が、
ｉ．配列番号３９９のＣＤＲ１、
ｉｉ．配列番号４００のＣＤＲ２、および
ｉｉｉ．配列番号４０１のＣＤＲ３
を含み、
ｂ．ＴＣＲベータ鎖構築物が、
ｉ．配列番号４０２のＣＤＲ１、
ｉｉ．配列番号４０３のＣＤＲ２、および
ｉｉｉ．配列番号４０４のＣＤＲ３
を含む、段落１から５および６６の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
６８． ａ．ＴＣＲアルファ鎖構築物が、配列番号４２３に対して少なくとも８０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する可変領域を含み、
ｂ．ＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号４２６に対して少なくとも８０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する可変領域を含む、
段落１から５の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
６９． ａ．ＴＣＲアルファ鎖構築物が、
ｉ．配列番号４１５のＣＤＲ１、
ｉｉ．配列番号４１６のＣＤＲ２、および
ｉｉｉ．配列番号４１７のＣＤＲ３
を含み、
ｂ．ＴＣＲベータ鎖構築物が、
ｉ．配列番号４１８のＣＤＲ１、
ｉｉ．配列番号４１９のＣＤＲ２、および
ｉｉｉ．配列番号４２０のＣＤＲ３
を含む、段落１から５および６８の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
７０． ａ．ＴＣＲアルファ鎖構築物が、配列番号５４２に対して少なくとも８０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する可変領域を含み、
ｂ．ＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号５４３に対して少なくとも８０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する可変領域を含む、
段落１から５の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
７１． ａ．ＴＣＲアルファ鎖構築物が、
ｉ．配列番号５３２のＣＤＲ１、
ｉｉ．配列番号５３３のＣＤＲ２、および
ｉｉｉ．配列番号５３４のＣＤＲ３
を含み、
ｂ．ＴＣＲベータ鎖構築物が、
ｉ．配列番号５３５のＣＤＲ１、
ｉｉ．配列番号５３６のＣＤＲ２、および
ｉｉｉ．配列番号５３７のＣＤＲ３
を含む、段落１から５および７０の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
７２． ａ．ＴＣＲアルファ鎖構築物が、配列番号５５５に対して少なくとも８０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する可変領域を含み、
ｂ．ＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号５５６に対して少なくとも８０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する可変領域を含む、
段落１から５の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
７３． ａ．ＴＣＲアルファ鎖構築物が、
ｉ．配列番号５４５のＣＤＲ１、
ｉｉ．配列番号５４６のＣＤＲ２、および
ｉｉｉ．配列番号５４７のＣＤＲ３
を含み、
ｂ．ＴＣＲベータ鎖構築物が、
ｉ．配列番号５４８のＣＤＲ１、
ｉｉ．配列番号５４９のＣＤＲ２、および
ｉｉｉ．配列番号５５０のＣＤＲ３
を含む、段落１から５および７２の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
７４． ａ．ＴＣＲアルファ鎖構築物が、配列番号５６８に対して少なくとも８０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する可変領域を含み、
ｂ．ＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号５６９に対して少なくとも８０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する可変領域を含む、
段落１から５の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
７５． ａ．ＴＣＲアルファ鎖構築物が、
ｉ．配列番号５５８のＣＤＲ１、
ｉｉ．配列番号５５９のＣＤＲ２、および
ｉｉｉ．配列番号５６０のＣＤＲ３
を含み、
ｂ．ＴＣＲベータ鎖構築物が、
ｉ．配列番号５６１のＣＤＲ１、
ｉｉ．配列番号５６２のＣＤＲ２、および
ｉｉｉ．配列番号５６３のＣＤＲ３
を含む、段落１から５および７４の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
７６． ヒトＭＨＣとの複合体にあるＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧ由来のエピトープに特異的に結合することができるＴ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物を含む少なくとも１つのＴＣＲをコードする核酸であって、ＴＣＲアルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号１４４および配列番号１４７から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する相補性決定領域３（ＣＤＲ３）を含む、核酸。
７７． ヒトＭＨＣとの複合体にあるＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧ由来のエピトープに特異的に結合することができるＴ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物を含む少なくとも１つのＴＣＲをコードする核酸であって、ＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧ由来のエピトープが、アミノ酸配列配列番号１５６に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する領域を含む、核酸。
７８． ＴＣＲアルファ鎖構築物が、配列番号１５０に対して少なくとも８０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する可変領域を含む、段落７６または７７の実施形態に記載の核酸。
７９． ＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号１５３に対して少なくとも８０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する可変領域を含む、段落７６または７７の実施形態に記載の核酸。
８０． ＴＣＲアルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物が、それぞれ、配列番号１４２または配列番号１４５に対して少なくとも９０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する相補性決定領域１（ＣＤＲ１）を含む、段落７６から８０の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
８１． ＴＣＲアルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号１４３または配列番号１４６に対して少なくとも９０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する相補性決定領域２（ＣＤＲ２）を含む、段落７６から８０の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
８２． ａ．ＴＣＲアルファ鎖構築物が、配列番号１５０に対して少なくとも８０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する可変領域を含み、
ｂ．ＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号１５３に対して少なくとも８０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する可変領域を含む、
段落７６から８１の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
８３． ａ．ＴＣＲアルファ鎖構築物が、
ｉ．配列番号１４２のＣＤＲ１、
ｉｉ．配列番号１４３のＣＤＲ２、および
ｉｉｉ．配列番号１４４のＣＤＲ３
を含み、
ｂ．ＴＣＲベータ鎖構築物が、
ｉ．配列番号１４５のＣＤＲ１、
ｉｉ．配列番号１４６のＣＤＲ２、および
ｉｉｉ．配列番号１４７のＣＤＲ３
を含む、
段落７６から８２の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
８４． ヒトＭＨＣとの複合体にあるＧＡＴＡ３由来のエピトープに特異的に結合することができるＴ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物を含む少なくとも１つのＴＣＲをコードする核酸であって、ＴＣＲアルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号１２９、１３２、１９１、１９４、２０６、および２０９から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する相補性決定領域３（ＣＤＲ３）を含む、核酸。
８５． がんを有する対象のＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるタンパク質との複合体にある突然変異体ＧＡＴＡ３ペプチドに特異的に結合することができる少なくとも１つのＴ細胞受容体（ＴＣＲ）をコードする核酸であって、ＴＣＲが、
ａ．ＴＣＲアルファ鎖構築物、および／または
ｂ．ＴＣＲベータ鎖構築物
を含む、核酸。
８６． 組換え核酸、または組換え核酸を含む細胞であって、核酸が、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物を含むＴＣＲをコードし、ＴＣＲが、
ａ．ＨＬＡ－Ａ０２：０１、ＨＬＡ－Ｂ０７：０２、もしくはＨＬＡ－Ｂ０８：０１タンパク質との複合体にある突然変異体ＧＡＴＡ３ペプチドに特異的に結合する、
ｂ．配列番号１２９、１３２、１９１、１９４、２０６、もしくは２０９に対して少なくとも９０％の配列同一性もしくは１００％の配列同一性を有するアルファ鎖相補性決定領域３（ＣＤＲ３）を含む、かつ／または
ｃ．配列番号１４１、２０３、もしくは２１８に対して少なくとも７０％の配列同一性もしくは１００％の配列同一性を有する領域を含む突然変異体ＧＡＴＡ３ペプチドに特異的に結合する、
組換え核酸、または組換え核酸を含む細胞。
８７． ヒトＭＨＣとの複合体にあるＧＡＴＡ３由来のエピトープに特異的に結合することができるＴ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物を含む少なくとも１つのＴＣＲをコードする核酸であって、ＧＡＴＡ３由来のエピトープが、アミノ酸配列配列番号１４１、２０３、または２１８に対して少なくとも９０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する領域を含む、核酸。
８８． ＴＣＲアルファ鎖構築物が、配列番号１３５、１９７、または２１２に対して少なくとも８０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する可変領域を含む、段落８４から８７の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
８９． ＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号１３８、２００、または２１５に対して少なくとも８０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する可変領域を含む、段落８４から８７の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
９０． ＴＣＲアルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号１２７、１３０、１８９、１９２、２０４、および２０７から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する相補性決定領域１（ＣＤＲ１）を含む、段落８４から８７の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。９１． ＴＣＲアルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号１２８、１３１、１９０、１９３、２０５、および２０８から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する相補性決定領域２（ＣＤＲ２）を含む、段落８４から８７の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。９２． ａ．ＴＣＲアルファ鎖構築物が、配列番号１３５に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含み、
ｂ．ＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号１３８に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む、
段落８４から８７の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
９３． ａ．ＴＣＲアルファ鎖構築物が、
ｉ．配列番号１２７のＣＤＲ１、
ｉｉ．配列番号１２８のＣＤＲ２、および
ｉｉｉ．配列番号１２９のＣＤＲ３
を含み、
ｂ．ＴＣＲベータ鎖構築物が、
ｉ．配列番号１３０のＣＤＲ１、
ｉｉ．配列番号１３１のＣＤＲ２、および
ｉｉｉ．配列番号１３２のＣＤＲ３
を含む、
段落８６の実施形態に記載の核酸。
９４． ａ．ＴＣＲアルファ鎖構築物が、配列番号１９７に対して少なくとも８０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する可変領域を含み、
ｂ．ＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号２００に対して少なくとも８０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する可変領域を含む、
段落８４から８７の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
９５． ａ．ＴＣＲアルファ鎖構築物が、
ｉ．配列番号１８９のＣＤＲ１、
ｉｉ．配列番号１９０のＣＤＲ２、および
ｉｉｉ．配列番号１９１のＣＤＲ３
を含み、
ｂ．ＴＣＲベータ鎖構築物が、
ｉ．配列番号１９２のＣＤＲ１、
ｉｉ．配列番号１９３のＣＤＲ２、および
ｉｉｉ．配列番号１９４のＣＤＲ３
を含む、
段落９４の実施形態に記載の核酸。
９６． ａ．ＴＣＲアルファ鎖構築物が、配列番号２１２に対して少なくとも８０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する可変領域を含み、
ｂ．ＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号２１５に対して少なくとも８０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する可変領域を含む、
段落７８から８５の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
９７． ａ．ＴＣＲアルファ鎖構築物が、
ｉ．配列番号２０４のＣＤＲ１、
ｉｉ．配列番号２０５のＣＤＲ２、および
ｉｉｉ．配列番号２０６のＣＤＲ３
を含み、
ｂ．ＴＣＲベータ鎖構築物が、
ｉ．配列番号２０７のＣＤＲ１、
ｉｉ．配列番号２０８のＣＤＲ２、および
ｉｉｉ．配列番号２０９のＣＤＲ３
を含む、
段落９０の実施形態に記載の核酸。
９８． ヒトＭＨＣとの複合体にあるＢＴＫ由来のエピトープに特異的に結合することができるＴ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物を含む少なくとも１つのＴＣＲをコードする核酸であって、ＴＣＲアルファ鎖構築物が、配列番号１６１および配列番号１７６から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性もしくは１００％の配列同一性を有する相補性決定領域３（ＣＤＲ３）を含むか、またはＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号１６４および配列番号１７９から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性もしくは１００％の配列同一性を有する相補性決定領域３（ＣＤＲ３）を含む、核酸。
９９． がんを有する対象のＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるタンパク質との複合体にある突然変異体ＢＴＫペプチドに特異的に結合することができる少なくとも１つのＴ細胞受容体（ＴＣＲ）をコードする核酸であって、ＴＣＲが、
（ａ）ＴＣＲアルファ鎖構築物、および／または
（ｂ）ＴＣＲベータ鎖構築物
を含む、核酸。
１００． 組換え核酸、または組換え核酸を含む細胞であって、核酸が、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物を含むＴＣＲをコードし、ＴＣＲが、
ａ．ＨＬＡ－Ａ０２：０１タンパク質との複合体にある突然変異体ＢＴＫペプチドに特異的に結合する、
ｂ．配列番号１６１、１６４、１７６、もしくは１７９に対して少なくとも９０％の配列同一性もしくは１００％の配列同一性を有する相補性決定領域３（ＣＤＲ３）を含む、かつ／または
ｃ．配列番号１７３もしくは１８８に対して少なくとも７０％の配列同一性もしくは１００％の配列同一性を有する領域を含む突然変異体ＢＴＫペプチドに特異的に結合する、
組換え核酸、または組換え核酸を含む細胞。
１０１． ヒトＭＨＣとの複合体にあるＢＴＫ由来のエピトープに特異的に結合することができるＴ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物を含む少なくとも１つのＴＣＲをコードする核酸であって、ＢＴＫ由来のエピトープが、アミノ酸配列配列番号１７３または１８８に対して少なくとも９０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する領域を含む、核酸。
１０２． ＴＣＲアルファ鎖構築物が、配列番号１６７または１８２に対して少なくとも８０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する可変領域を含む、段落９８から１０１の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
１０３． ＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号１７０または１８５に対して少なくとも８０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する可変領域を含む、段落９８から１０２の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
１０４． ＴＣＲアルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号１５９、１６２、１７４、および１７７から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する相補性決定領域１（ＣＤＲ１）を含む、段落９８から１０３の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
１０５． ＴＣＲアルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号１６０、１６３、１７５、および１７８から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する相補性決定領域２（ＣＤＲ２）を含む、段落９８から１０４の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
１０６． ａ．ＴＣＲアルファ鎖構築物が、配列番号１６７または１８２に対して少なくとも８０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する可変領域を含み、
ｂ．ＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号１７０または１８５に対して少なくとも８０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する可変領域を含む、
段落９８から１０５の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
１０７． ａ．ＴＣＲアルファ鎖構築物が、
ｉ．配列番号１５９または１７４のＣＤＲ１、
ｉｉ．配列番号１６０または１７５のＣＤＲ２、および
ｉｉｉ．配列番号１６１または１７６のＣＤＲ３
を含み、
ｂ．ＴＣＲベータ鎖構築物が、
ｉ．配列番号１６２または１７７のＣＤＲ１、
ｉｉ．配列番号１６３または１７８のＣＤＲ２、および
ｉｉｉ．配列番号１６４または１７９のＣＤＲ３
を含む、
段落９８から１０６の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
１０８． ヒトＭＨＣとの複合体にあるＥＧＦＲ由来のエピトープに特異的に結合することができるＴ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物を含む少なくとも１つのＴＣＲをコードする核酸であって、ＴＣＲアルファ鎖構築物が、配列番号４４９、配列番号４６６、配列番号４８３、配列番号５００、および配列番号５１７から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性もしくは１００％の配列同一性を有する相補性決定領域３（ＣＤＲ３）を含むか、またはＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号４５２、配列番号４６９、配列番号４８６、配列番号５０３、および配列番号５２０から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性もしくは１００％の配列同一性を有する相補性決定領域３（ＣＤＲ３）を含む、核酸。
１０９． がんを有する対象のＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるタンパク質との複合体にある突然変異体ＥＧＦＲペプチドに特異的に結合することができる少なくとも１つのＴ細胞受容体（ＴＣＲ）をコードする核酸であって、ＴＣＲが、
ａ．ＴＣＲアルファ鎖構築物、および／または
ｂ．ＴＣＲベータ鎖構築物
を含む、核酸。
１１０． 組換え核酸、または組換え核酸を含む細胞であって、核酸が、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物を含むＴＣＲをコードし、ＴＣＲが、
ａ．ＨＬＡ－Ａ０２：０１タンパク質との複合体にある突然変異体ＥＧＦＲペプチドに特異的に結合する、
ｂ．配列番号４４９、４６６、４８３、５００、５１７、４５２、４６９、４８６、５０３、もしくは５２０に対して少なくとも９０％の配列同一性もしくは１００％の配列同一性を有する相補性決定領域３（ＣＤＲ３）を含む、かつ／または
ｃ．配列番号４６１、４６２、４６３、４７８、４７９、４８０、４９５、４９６、４９７、５１２、５１３、５１４、５２９、５３０、もしくは５３１に対して少なくとも７０％の配列同一性もしくは１００％の配列同一性を有する領域を含む突然変異体ＥＧＦＲペプチドに特異的に結合する、
組換え核酸、または組換え核酸を含む細胞。
１１１． ヒトＭＨＣとの複合体にあるＥＧＦＲ由来のエピトープに特異的に結合することができるＴ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物を含む少なくとも１つのＴＣＲをコードする核酸であって、ＥＧＦＲ由来のエピトープが、アミノ酸配列配列番号４６１、４６２、４６３、４７８、４７９、４８０、４９５、４９６、４９７、５１２、５１３、５１４、５２９、５３０、または５３１に対して少なくとも９０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する領域を含む、核酸。
１１２． ＴＣＲアルファ鎖構築物が、配列番号４５５、４７２、４８９、５０６、または５２６に対して少なくとも８０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する可変領域を含む、段落１０８から１１１の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
１１３． ＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号４５８、４７５、４９２、５０９、または５２６に対して少なくとも８０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する可変領域を含む、段落１０８から１１２の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
１１４． ＴＣＲアルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号４４７、４６４、４８１、４９８、５１５、４５０、４６７、４８４、５０１、および５１８から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する相補性決定領域１（ＣＤＲ１）を含む、段落１０８から１１３の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
１１５． ＴＣＲアルファ鎖構築物および／またはＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号４４８、４６５、４８２、４９９、５１６、４５１、４６８、４８５、５０２、および５１９から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する相補性決定領域２（ＣＤＲ２）を含む、段落１０８から１１４の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
１１６． ａ．ＴＣＲアルファ鎖構築物が、配列番号４５５、４７２、４８９、５０６、または５２３に対して少なくとも８０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する可変領域を含み、
ｂ．ＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号４５８、４７５、４９２、５０９、または５２６に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む、
段落１０８から１１５の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
１１７． ａ．ＴＣＲアルファ鎖構築物が、
ｉ．配列番号４４７、４６４、４８１、４９８、または５１５のＣＤＲ１、
ｉｉ．配列番号４４８、４６５、４８２、４９９、または５１６のＣＤＲ２、および
ｉｉｉ．配列番号４４９、４６６、４８３、５００、または５１７のＣＤＲ３
を含み、
ｂ．ＴＣＲベータ鎖構築物が、
ｉ．配列番号４５０、４６７、４８４、５０１、または５１８のＣＤＲ１、
ｉｉ．配列番号４５１、４６８、４８５、５０２、または５１９のＣＤＲ２、および
ｉｉｉ．配列番号４５２、４６９、４８６、５０３、または５２０のＣＤＲ３
を含む、
段落１０８から１１６の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
１１８． エピトープが、点突然変異、スプライシング部位突然変異、フレームシフト突然変異、リードスルー突然変異、耐性突然変異、遺伝子融合突然変異、およびこれらの任意の組合せからなる群から選択される突然変異を含む、段落１から１１７の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
１１９． ヒトＭＨＣが、ＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子、またはＨＬＡ－Ａ０３：０１対立遺伝子、またはＨＬＡ－Ａ１１：０１対立遺伝子のいずれかによってコードされる、実施形態１から６９のうちのいずれか１つに記載の核酸。
１２０． エピトープが、点突然変異を含む、段落１から６９の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
１２１． 点突然変異が、Ｇ１２Ｖ突然変異である、段落１２０の実施形態に記載の核酸。
１２２． 点突然変異が、Ｇ１２Ｃ突然変異である、段落１２０の実施形態に記載の核酸。
１２３． 点突然変異が、Ｇ１２Ｄ突然変異である、段落１２０の実施形態に記載の核酸。
１２４． ヒトＭＨＣが、ＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子によってコードされる、段落７６から８３の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
１２５． エピトープが、遺伝子融合突然変異を含む、段落７６から８３および１２４の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
１２６． ヒトＭＨＣが、ＨＬＡ－Ａ０２：０１、ＨＬＡ－Ｂ０７：０２、またはＨＬＡ－Ｂ０８：０１対立遺伝子によってコードされる、段落８４から９７の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
１２７． エピトープが、フレームシフト突然変異を含む、段落８４から９７および１２６の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
１２８． ヒトＭＨＣが、ＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子によってコードされる、段落９８から１０７の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
１２９． エピトープが、点突然変異を含む、段落９８から１０７および１２８の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
１３０． 点突然変異が、Ｃ４８１Ｓ突然変異である、段落１２９の実施形態に記載の核酸。
１３１． ヒトＭＨＣが、ＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子によってコードされる、段落１０８から１１７の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
１３２． エピトープが、点突然変異を含む、段落１０８から１１７の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
１３３． 点突然変異が、Ｔ７９０Ｍである、段落１３２の実施形態に記載の核酸。
１３４． エピトープが、少なくとも８個のアミノ酸の長さを有する、段落１から１３０の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
１３５． エピトープが、少なくとも１６個のアミノ酸の長さを有する、段落１から１３４の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
１３６． エピトープが、８～２５個のアミノ酸の長さを有する、実施形態１から１３５のうちのいずれか１つに記載の核酸。
１３７． エピトープが、８～１２個のアミノ酸の長さを有する、実施形態１から１３６のうちのいずれか１つに記載の核酸。
１３８． エピトープが、１６～２５個のアミノ酸の長さを有する、段落１から１３６の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
１３９． エピトープが、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、または２５個のアミノ酸の長さを有する、段落１から１３６の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
１４０． エピトープが、対応する野生型エピトープよりも高い親和性で、ヒトＭＨＣに結合する、段落１から１３９の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
１４１． エピトープが、５００ｎＭ未満、２５０ｎＭ未満、１５０ｎＭ未満、１００ｎＭ未満、５０ｎＭ未満、２５ｎＭ未満、または１０ｎＭ未満のＫＤまたはＩＣ５０で、ヒトＭＨＣに結合する、段落１から１４０の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。１４２． 突然変異が、対象の非がん細胞には存在しない、実施形態１０８から１４１のうちのいずれか１つに記載の核酸。
１４３． エピトープが、対象のがん細胞の遺伝子またはその発現される遺伝子によってコードされる、段落１から１４２の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
１４４． ＴＣＲが、５００ｎＭ未満、２５０ｎＭ未満、１５０ｎＭ未満、１００ｎＭ未満、５０ｎＭ未満、２５ｎＭ未満、または１０ｎＭ未満のＫＤまたはＩＣ５０で、ＭＨＣ－ペプチド複合体に結合する、段落１から１４３の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
１４５． プロモーターに作動可能に連結されている、段落１から１４４の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸。
１４６． 段落１から１４５の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸を含む、ベクター。
１４７． 自己増幅ＲＮＡレプリコン、プラスミド、ファージ、トランスポゾン、コスミド、ウイルス、またはビリオンである、段落１４６の実施形態に記載のベクター。
１４８． ウイルスベクターである、段落１４６または１４７の実施形態に記載のベクター。
１４９． レトロウイルス、レンチウイルス、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、ヘルペスウイルス、ポックスウイルス、アルファウイルス、ワクシニアウイルス、Ｂ型肝炎ウイルス、ヒトパピローマウイルス、またはこれらのシュードタイプに由来する、段落１４８の実施形態に記載のベクター。
１５０． 非ウイルスベクターである、段落１４６または１４７の実施形態に記載のベクター。
１５１． 非ウイルスベクターが、ナノ粒子、カチオン性脂質、カチオン性ポリマー、金属ナノポリマー、ナノロッド、リポソーム、ミセル、マイクロバブル、細胞透過性ペプチド、またはリポスフェアである、段落１５０の実施形態に記載のベクター。
１５２． 段落１から１４５の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸によってコードされる、タンパク質。
１５３． 段落１から１４９の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸、実施形態１４４から１４９のうちのいずれか１つに記載のベクター、または実施形態１４６に記載のタンパク質を含む、細胞。
１５４． ＣＤ４＋Ｔ細胞である、実施形態１５３に記載の細胞。
１５５． ＣＤ８＋Ｔ細胞である、実施形態１５３に記載の細胞。
１５６． 自家細胞である、実施形態１５３に記載の細胞。
１５７． 同種細胞である、実施形態１５３に記載の細胞。
１５８． ナチュラルキラー細胞、Ｂ細胞、または不死化細胞株である、実施形態１５３に記載の細胞。
１５９． ヒト細胞である、段落１５３から１５６の実施形態のうちのいずれか１つに記載の細胞。
１６０． 段落１から１４３の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸、段落１４６から１５１の実施形態のうちのいずれか１つに記載のベクター、段落１５２の実施形態に記載のタンパク質、または段落１５３から１５９の実施形態のうちのいずれか１つに記載の細胞と、薬学的に許容される賦形剤または希釈剤とを含む、医薬組成物。
１６１． 免疫調節剤またはアジュバントをさらに含む、段落１６０の実施形態に記載の医薬組成物。
１６２． 免疫調節剤が、サイトカインである、段落１６１の実施形態に記載の医薬組成物。
１６３． アジュバントが、ポリＩ：Ｃである、段落１６０から１６２の実施形態のうちのいずれか１つに記載の医薬組成物。
１６４． 免疫疾患またはがんを処置する際の使用のための、段落１６０から１６３の実施形態のうちのいずれか１つに記載の医薬組成物。
１６５． 免疫疾患またはがんを処置するための、段落１６０から１６４の実施形態のうちのいずれか１つに記載の医薬組成物の使用。
１６６． 免疫疾患またはがんを処置するための医薬の製造のための、段落１から１４５の実施形態のうちのいずれか１つに記載の核酸、段落１４６から１５１の実施形態のうちのいずれか１つに記載のベクター、段落１５２の実施形態に記載のタンパク質、または実施形態１５３から１５９のうちのいずれか１つに記載の細胞の使用。
１６７． 医薬が、獲得Ｔ細胞療法またはＴＣＲ遺伝子療法である、段落１６６の実施形態に記載の使用。
１６８． 疾患または状態を有する対象を処置する方法であって、対象に、段落１６０から１６４の実施形態のうちのいずれか１つに記載の医薬組成物を投与するステップを含む、方法。
１６９． がんを有する対象を処置する方法であって、対象に、段落１６０から１６４の実施形態のうちのいずれか１つに記載の医薬組成物を投与するステップを含む、方法。
１７０． がんを有する対象を処置する方法であって、対象に、段落１６０から１６４の実施形態のうちのいずれか１つに記載の医薬組成物を投与するステップを含み、対象が、対象のゲノムのＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ｂ０７：０２、ＨＬＡ－Ｂ０８：０１、ＨＬＡ－Ａ０３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ１１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ０３：０２対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３０：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３３：０３対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ６８：０１対立遺伝子、またはＨＬＡ－Ａ７４：０１対立遺伝子によってコードされるタンパク質を発現するとして特定されているか、またはそれを発現する、方法。
１７１． がんを有する対象を処置する方法であって、対象に、ＴＣＲまたはＴＣＲを発現するＴ細胞を投与するステップを含み、ＴＣＲが、ＨＬＡ－Ａ０２：０１、ＨＬＡ－Ａ０３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ１１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ０３：０２対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３０：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３３：０３対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ６８：０１対立遺伝子、またはＨＬＡ－Ａ７４：０１によってコードされるタンパク質との複合体にある突然変異体ＲＡＳペプチドに特異的に結合し、対象が、ＨＬＡ－Ａ０３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ１１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ０３：０２対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３０：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３３：０３対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ６８：０１対立遺伝子、またはＨＬＡ－Ａ７４：０１対立遺伝子によってコードされるタンパク質を発現するとして特定されているか、またはそれを発現し、対象が、ＨＬＡ対立遺伝子を発現する、方法。
１７２． がんを有する対象を処置する方法であって、対象に、段落１５４から１５８の実施形態のうちのいずれか１つに記載の医薬組成物を投与するステップを含み、ＴＣＲが、ＨＬＡ－Ａ０２：０１．ＨＬＡ－Ａ０３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ１１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ０３：０２対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３０：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３３：０３対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ６８：０１対立遺伝子、またはＨＬＡ－Ａ７４：０１との複合体にあるＧ１２における突然変異を含む突然変異体ＲＡＳペプチドに結合し、対象が、ＨＬＡ－Ａ０３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ１１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ０３：０２対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３０：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３３：０３対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ６８：０１対立遺伝子、またはＨＬＡ－Ａ７４：０１対立遺伝子によってコードされるタンパク質を発現するとして特定されている、方法。
１７３． がんを有する対象を処置する方法であって、対象に、ＨＬＡタンパク質との複合体にある突然変異体ＧＡＴＡ３ペプチドに特異的なＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を含む組成物を投与するステップを含み、突然変異体ＧＡＴＡ３ペプチドが、少なくとも１つの突然変異体アミノ酸を含み、がん細胞のＧＡＴＡ３遺伝子における突然変異から生じる突然変異体ＧＡＴＡ３タンパク質の少なくとも８つの連続的なアミノ酸の断片であり、突然変異体ＧＡＴＡ３ペプチドが、ＨＬＡ－Ａ０２：０１、ＨＬＡ－Ｂ０７：０２、またはＨＬＡ－Ｂ０８：０１対立遺伝子によってコードされるタンパク質に結合する、方法。
１７４． がんを有する対象を処置する方法であって、対象に、ＨＬＡタンパク質との複合体にある突然変異体ＧＡＴＡ３ペプチドに特異的なＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を含む組成物を投与するステップを含み、突然変異体ＧＡＴＡ３ペプチドが、ＧＡＴＡ３ネオＯＲＦ配列によってコードされる１つまたは複数の突然変異体ＧＡＴＡ３アミノ酸を含み、突然変異体ＧＡＴＡ３ペプチドが、ＨＬＡ－Ａ０２：０１、ＨＬＡ－Ｂ０７：０２、またはＨＬＡ－Ｂ０８：０１対立遺伝子によってコードされるタンパク質に結合する、方法。
１７５． がんを有する対象を処置する方法であって、対象に、ＴＣＲまたはＴＣＲを発現するＴ細胞を投与するステップを含み、ＴＣＲが、ＨＬＡ－Ａ０２：０１、ＨＬＡ－Ｂ０７：０２、またはＨＬＡ－Ｂ０８：０１対立遺伝子によってコードされるタンパク質との複合体にある突然変異体ＧＡＴＡ３ペプチドに特異的に結合し、対象が、ＨＬＡ－Ａ０２：０１、ＨＬＡ－Ｂ０７：０２、またはＨＬＡ－Ｂ０８：０１対立遺伝子によってコードされるタンパク質を発現するとして特定されているか、またはそれを発現する、方法。
１７６． がんを有する対象を処置する方法であって、対象に、ＨＬＡタンパク質との複合体にある突然変異体ＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧペプチドに特異的なＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を含む組成物を投与するステップを含み、突然変異体ＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧペプチドが、少なくとも１つの突然変異体アミノ酸を含み、ＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧ遺伝子融合突然変異の断片であり、突然変異体ＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧペプチドが、ＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子によってコードされるタンパク質に結合する、方法。
１７７． がんを有する対象を処置する方法であって、対象に、ＨＬＡタンパク質との複合体にある突然変異体ＢＴＫペプチドに特異的なＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を含む組成物を投与するステップを含み、突然変異体ＢＴＫペプチドが、少なくとも１つの突然変異体アミノ酸を含み、突然変異体ＢＴＫペプチドが、ＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子によってコードされるタンパク質に結合する、方法。
１７８． がんを有する対象を処置する方法であって、対象に、ＨＬＡタンパク質との複合体にある突然変異体ＢＴＫペプチドに特異的なＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を含む組成物を投与するステップを含み、突然変異体ＢＴＫペプチドが、耐性突然変異または点突然変異を含み、突然変異体ＢＴＫペプチドが、ＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子によってコードされるタンパク質に結合する、方法。
１７９． がんを有する対象を処置する方法であって、対象に、ＨＬＡタンパク質との複合体にある突然変異体ＢＴＫペプチドに特異的なＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を含む組成物を投与するステップを含み、突然変異体ＢＴＫペプチドが、Ｃ４８１Ｓ突然変異を含み、突然変異体ＢＴＫペプチドが、ＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子によってコードされるタンパク質に結合する、方法。
１８０． がんを有する対象を処置する方法であって、対象に、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）またはＴＣＲを発現するＴ細胞を含む組成物を対象に投与するステップを含み、ＴＣＲが、ＨＬＡ－Ａ０２：０１によってコードされるタンパク質との複合体にある突然変異体ＥＧＦＲペプチドに特異的に結合し、突然変異体ＥＧＦＲペプチドが、耐性突然変異または点突然変異を含み、対象が、ＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子によってコードされるタンパク質を発現するとして特定されているか、またはそれを発現する、方法。
１８１． 突然変異体ＥＧＦＲペプチドが、Ｔ７９０Ｍ突然変異を含む、段落１７８の実施形態に記載の方法。
１８２． がん療法に対する耐性を予防する方法であって、それを必要とする対象に、段落１６０から１６４の実施形態のうちのいずれか１つに記載の医薬組成物を投与するステップを含む、方法。
１８３． 免疫応答を誘導する方法であって、それを必要とする対象に、段落１６０から１６４の実施形態のうちのいずれか１つに記載の医薬組成物を投与するステップを含む、方法。
１８４． がんを有する対象を治療の候補として特定する方法であって、対象を、ＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ０３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ１１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ０３：０２対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３０：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３３：０３対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ６８：０１対立遺伝子、またはＨＬＡ－Ａ７４：０１対立遺伝子によってコードされるタンパク質を発現する対象として特定するステップを含み、治療が、段落１６０から１６４の実施形態のうちのいずれか１つに記載の医薬組成物である、方法。
１８５． がんを有する対象を治療の候補として特定する方法であって、対象を、ＨＬＡ－Ａ０２：０１、ＨＬＡ－Ｂ０７：０２、またはＨＬＡ－Ｂ０８：０１対立遺伝子によってコードされるタンパク質を発現するものとして特定するステップを含み、治療が、ＨＬＡタンパク質との複合体にある突然変異体ＧＡＴＡ３ペプチドに特異的なＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を含み、突然変異体ＧＡＴＡ３ペプチドが、少なくとも１つの突然変異体アミノ酸を含み、がん細胞のＧＡＴＡ３遺伝子における突然変異から生じる突然変異体ＧＡＴＡ３タンパク質の少なくとも８つの連続的なアミノ酸の断片であり、突然変異体ＧＡＴＡ３ペプチドが、ＨＬＡ－Ａ０２：０１、ＨＬＡ－Ｂ０７：０２、またはＨＬＡ－Ｂ０８：０１対立遺伝子によってコードされるタンパク質に結合する、方法。
１８６． がんを有する対象を治療の候補として特定する方法であって、対象を、ＨＬＡ－Ａ０３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ１１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ０３：０２対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３０：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３３：０３対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ６８：０１対立遺伝子、またはＨＬＡ－Ａ７４：０１対立遺伝子によってコードされるタンパク質を発現するものとして特定するステップを含み、治療が、ＨＬＡタンパク質との複合体にあるＧ１２に突然変異を含む突然変異体ＲＡＳペプチドに特異的なＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を含み、突然変異体ＲＡＳペプチドが、ＨＬＡ－Ａ０３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ１１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ０３：０２対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３０：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３３：０３対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ６８：０１対立遺伝子、またはＨＬＡ－Ａ７４：０１対立遺伝子によってコードされるタンパク質に結合する、方法。
１８７． がんを有する対象を治療の候補として特定する方法であって、対象を、ＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子によってコードされるタンパク質を発現するものとして特定するステップを含み、治療が、ＨＬＡタンパク質との複合体にある突然変異体ＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧペプチドに特異的なＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を含み、突然変異体ＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧペプチドが、少なくとも１つの突然変異体アミノ酸を含み、ＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧ遺伝子融合突然変異の断片であり、突然変異体ＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧペプチドが、ＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子によってコードされるタンパク質に結合する、方法。１８８． がんを有する対象を治療の候補として特定する方法であって、対象を、ＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子によってコードされるタンパク質を発現するものとして特定するステップを含み、治療が、ＨＬＡタンパク質との複合体にある突然変異体ＢＴＫペプチドに特異的なＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を含み、突然変異体ＢＴＫペプチドが、少なくとも１つの突然変異体アミノ酸を含み、突然変異体ＢＴＫペプチドが、ＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子によってコードされるタンパク質に結合する、方法。
１８９． がんを有する対象を治療の候補として特定する方法であって、対象を、ＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子によってコードされるタンパク質を発現するものとして特定するステップを含み、治療が、ＨＬＡタンパク質との複合体にある突然変異体ＢＴＫペプチドに特異的なＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を含み、突然変異体ＢＴＫペプチドが、耐性突然変異または点突然変異を含み、突然変異体ＢＴＫペプチドが、ＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子によってコードされるタンパク質に結合する、方法。
１９０． がんを有する対象を治療の候補として特定する方法であって、対象を、ＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子によってコードされるタンパク質を発現するものとして特定するステップを含み、治療が、ＨＬＡタンパク質との複合体にある突然変異体ＢＴＫペプチドに特異的なＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を含み、突然変異体ＢＴＫペプチドが、Ｃ４８１Ｓ突然変異を含み、突然変異体ＢＴＫペプチドが、ＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子によってコードされるタンパク質に結合する、方法。
１９１． がんを有する対象を治療の候補として特定する方法であって、対象を、ＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子によってコードされるタンパク質を発現するものとして特定するステップを含み、治療が、ＨＬＡタンパク質との複合体にある突然変異体ＥＧＦＲペプチドに特異的なＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を含み、突然変異体ＥＧＦＲペプチドが、少なくとも１つの突然変異体アミノ酸Ｔ７９０Ｍを含み、突然変異体ＥＧＦＲペプチドが、ＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子によってコードされるタンパク質に結合する、方法。
１９２． がんが、乳がん、肺がん、非小細胞肺がん、膵臓がん、結腸直腸がん、子宮がん、黒色腫、卵巣がん、前立腺がん、子宮内膜がん、慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、および肝臓がんからなる群から選択される、段落１６２から１８５の実施形態のうちのいずれか１つに記載の方法。
１９３． 対象が、抗エストロゲン療法に対して耐性であるか、ＭＳＩ乳がんであるか、転移性乳がんであるか、Ｈｅｒ２陰性乳がんであるか、Ｈｅｒ２陽性乳がんであるか、ＥＲ陰性乳がんであるか、ＥＲ陽性乳がんであるか、再発性乳がんであるか、転移性乳がんであるか、またはこれらの任意の組合せである、乳がんを有する、段落１６２から１８５の実施形態のうちのいずれか１つに記載の方法。
１９４． 乳がんが、突然変異を有するエストロゲン受容体を発現する、実施形態１９３に記載の方法。
１９５． 対象が、抗エストロゲン療法に対して耐性である乳がんを有する、段落１６９から１９１の実施形態のうちのいずれか１つに記載の方法。
１９６． 乳がんが、突然変異を有するエストロゲン受容体を発現する、段落１９５の実施形態に記載の方法。
１９７． 対象が、イブルチニブ療法に対して耐性であるＣＬＬを有する、段落１６９から１９６の実施形態のうちのいずれか１つに記載の方法。
１９８． ＣＬＬが、突然変異、たとえば、Ｃ４８１Ｓ突然変異を有するブルトンチロシンキナーゼ（ＢＴＫ）を発現する、段落１９７の実施形態に記載の方法。
１９９． 対象が、チロシンキナーゼ阻害剤に対して耐性である肺がんを有する、段落１６９から１９７の実施形態のうちのいずれか１つに記載の方法。
２００． 肺がんが、突然変異、たとえば、Ｔ７９０Ｍ、Ｌ７９２Ｆ、またはＣ７９７Ｓ突然変異を有する上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）を発現する、段落１９９の実施形態に記載の方法。
２０１． 少なくとも１つの追加の治療剤またはモダリティを投与するステップをさらに含む、段落１６９から２００の実施形態のうちのいずれか１つに記載の方法。
２０２． 免疫応答が、対象において誘起される、段落１６８から２００の段落の実施形態のうちのいずれか１つに記載の方法。
２０３． 免疫応答が、体液性応答である、段落２００の実施形態に記載の方法。
２０４． 免疫応答が、細胞傷害性Ｔ細胞応答である、段落２００の実施形態に記載の方法。
２０５． 少なくとも１つの追加の治療剤またはモダリティを投与するステップをさらに含む、段落１６８から２０４の実施形態のうちのいずれか１つに記載の方法。
２０６． 少なくとも１つの追加の治療剤またはモダリティが、外科手術、チェックポイント阻害剤、抗体もしくはその断片、化学療法剤、放射線、ワクチン、小分子、Ｔ細胞、ベクター、およびＡＰＣ、ポリヌクレオチド、腫瘍溶解性ウイルス、またはこれらの任意の組合せである、段落２０５の実施形態に記載の方法。
２０７． 少なくとも１つの追加の治療剤が、抗ＰＤ－１剤および抗ＰＤ－Ｌ１剤、抗ＣＴＬＡ－４剤、または抗ＣＤ４０剤である、段落２０６の実施形態に記載の方法。
２０８． 追加の治療剤が、実施形態１６０から１６４のうちのいずれか１つに記載の医薬組成物を投与する前、それと同時、またはその後に投与される、段落２０６または２０７の実施形態に記載の方法。
２０９． 投与するステップが、皮下または静脈内投与することを含む、段落１６９から１８３の実施形態のうちのいずれか１つまたは段落２０１から２０８の実施形態のうちのいずれか１つに記載の方法。
２１０． 対象が、ＣＤＫ４／６阻害剤と組み合わせた内分泌療法の後に疾患進行を有した対象である、段落１６９から２０９の実施形態のうちのいずれか１つに記載の方法。
２１１． ａ．Ｔ細胞集団を含む試料から、ネオ抗原特異的Ｔ細胞を特定するステップと、
ｂ．抗原提示細胞（ＡＰＣ）によって提示されるペプチド－ＭＨＣ複合体の１つまたは複数のペプチドを特定するステップと、
ｃ．ネオ抗原特異的Ｔ細胞に由来するＴ細胞受容体（ＴＣＲ）の可変配列を特定するステップと、
ｄ．ＴＣＲ細胞において特定されたＴＣＲの可変配列を含む組換えＴＣＲを発現させるステップと、
ｅ．機能性アッセイを行うステップであって、機能性アッセイが、ＴＣＲ細胞を、特定された１つまたは複数のペプチドのうちの１つのペプチドを含むペプチド－ＭＨＣ複合体と接触させることを含む、ステップと
を含む、方法。
２１２． ネオ抗原特異的Ｔ細胞を含む細胞集団を含む試料を得るステップを含む、段落２１１の実施形態に記載の方法。
２１３． 試料を得るステップが、健常対象またはがんを有する対象に由来するＴ細胞試料を得ることを含む、段落２１２の実施形態に記載の方法。
２１４． Ｔ細胞試料が、健常ドナーに由来する、段落２１３の実施形態に記載の方法。２１５． Ｔ細胞試料が、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）試料である、段落２１３または２１４の実施形態に記載の方法。
２１６． ネオ抗原特異的Ｔ細胞を特定するステップが、Ｔ細胞集団を、ネオ抗原ペプチドを含む少なくとも１つのペプチド－ＭＨＣ多量体複合体と接触させることを含む、段落２１１から２１５の実施形態のうちのいずれか１つに記載の方法。
２１７． ネオ抗原特異的Ｔ細胞を特定するステップが、Ｔ細胞集団を、ネオ抗原ペプチドを含むペプチド－ＭＨＣ複合体と接触させることを含む、段落２０５から２０９の実施形態のうちのいずれか１つに記載の方法。
２１８． ネオ抗原特異的Ｔ細胞を特定するステップが、Ｔ細胞集団を、ペプチド－ＭＨＣ複合体を含むＡＰＣと接触させることを含む、段落２１１の実施形態に記載の方法。
２１９． ネオ抗原特異的Ｔ細胞を特定するステップが、Ｔ細胞集団から、ペプチド－ＭＨＣ複合体に特異的なＴ細胞を単離することをさらに含む、段落２１６から２１８の実施形態のうちのいずれか１つに記載の方法。
２２０． ネオ抗原特異的Ｔ細胞を特定するステップが、Ｔ細胞集団から、ＴＣＲクローン性に基づいて、ペプチド－ＭＨＣ複合体に特異的なＴ細胞を特定または予測することをさらに含む、実施形態２１６から２１８のうちのいずれか１つに記載の方法。
２２１． ネオ抗原特異的Ｔ細胞由来のＴＣＲの可変配列を特定するステップが、ネオ抗原特異的Ｔ細胞を特定するステップの前に行われる、段落２２０の実施形態に記載の方法。
２２２． ネオ抗原特異的Ｔ細胞由来のＴＣＲの可変配列を特定するステップが、１つまたは複数のネオ抗原特異的Ｔ細胞に由来する、可変配列をコードするＤＮＡ、ＲＮＡ、またはそれらの増幅産物をシーケンシングすることを含む、段落２１１から２２１の実施形態のうちのいずれか１つに記載の方法。
２２３． ネオ抗原特異的Ｔ細胞由来のＴＣＲの可変配列を特定するステップが、単一のネオ抗原特異的Ｔ細胞に由来する、可変配列をコードするＤＮＡ、ＲＮＡ、またはそれらの増幅産物をシーケンシングすることを含む、段落２１１から２２２の実施形態のうちのいずれか１つに記載の方法。
２２４． ネオ抗原特異的Ｔ細胞由来のＴＣＲの可変配列を特定するステップが、１つまたは複数のネオ抗原特異的Ｔ細胞に由来する、可変配列をコードするバーコード化ＤＮＡ、バーコード化ＲＮＡ、またはそれらの増幅産物をシーケンシングすることを含む、段落２１５から２２３の実施形態のうちのいずれか１つに記載の方法。
２２５． ネオ抗原特異的Ｔ細胞由来のＴＣＲの可変配列を特定するステップが、ＴＣＲ－アルファ鎖とＴＣＲ－ベータ鎖とを対合させることを含む、段落２２１から２２４の実施形態のうちのいずれか１つに記載の方法。
２２６． 組換えＴＣＲを発現させるステップが、特定された可変配列をコードする配列を含むポリヌクレオチドから特定された可変配列を発現させることを含む、段落２１１から２２５の実施形態のうちのいずれか１つに記載の方法。
２２７． ポリヌクレオチドが、ベクターである、段落２２６の実施形態に記載の方法。２２８． ベクターが、ウイルスベクターである、段落２２７の実施形態に記載の方法。２２９． ウイルスベクターが、レンチウイルスベクターである、段落２２８の実施形態に記載の方法。
２３０． 組換えＴＣＲを発現させるステップが、ポリヌクレオチドを細胞に形質導入またはトランスフェクトすることを含む、段落２２６から２２９の実施形態のうちのいずれか１つに記載の方法。
２３１． 細胞が、Ｔ細胞株または健常ドナーのＰＭＢＣである、段落２３０の実施形態に記載の方法。
２３２． ＡＰＣによって提示されるペプチド－ＭＨＣ複合体の１つまたは複数のペプチドを特定するステップが、細胞において１つまたは複数のペプチドを発現させることを含む、段落２１１から２３１の実施形態のうちのいずれか１つに記載の方法。
２３３． ＡＰＣによって提示されるペプチド－ＭＨＣ複合体の１つまたは複数のペプチドを特定するステップが、１つまたは複数のペプチドを、細胞のＭＨＣにロードすることを含む、段落２１１から２３１の実施形態のうちのいずれか１つに記載の方法。
２３４． ＡＰＣによって提示されるペプチド－ＭＨＣ複合体の１つまたは複数のペプチドを特定するステップが、ペプチドＭＨＣ複合体から１つまたは複数のペプチドのうちの１つのペプチドを溶出または単離することを含む、段落２１１から２３３の実施形態のうちのいずれか１つに記載の方法。
２３５． ＡＰＣによって提示されるペプチド－ＭＨＣ複合体の１つまたは複数のペプチドを特定するステップが、ペプチド－ＭＨＣ複合体から単離または溶出された１つまたは複数のペプチドのうちの１つのペプチドに、質量分析を行うことを含む、段落２１１から２３４の実施形態のうちのいずれか１つに記載の方法。
２３６． 機能性アッセイを行うステップが、１つまたは複数の細胞マーカーの発現を判定することを含む、段落２１１から２３５の実施形態のうちのいずれか１つに記載の方法。
２３７． １つまたは複数の細胞マーカーが、ＴＮＦ－α、ＩＦＮ－γ、ＬＡＭＰ－１、４－１ＢＢ、ＩＬ－２、ＩＬ－１７Ａ、グランザイムＢ、ＰＤ－１、ＣＤ２５、ＣＤ６９、ＴＩＭ３、ＬＡＧ３、ＣＴＬＡ－４、ＣＤ６２Ｌ、ＣＤ４５ＲＡ、ＣＤ４５ＲＯ、ＦｏｘＰ３、またはこれらの任意の組合せを含む、段落２３６の実施形態に記載の方法。

Claims (1)

  1. 本明細書に記載の発明。
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