BR112021002826A2 - construtos de receptor de célula t e usos dos mesmos - Google Patents
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Abstract
construtos de receptor de célula t e usos dos mesmos referência cruzada a pedidos relacionados'' a presente revelação fornece receptores de célula t (tcrs) contra complexos de peptídeo-mhc, moléculas de ácido nucleico isoladas que codificam tcrs contra complexos de peptídeo-mhc, células t que expressam tcrs contra complexos de peptídeo-mhc e composições farmacêuticas para uso no tratamento de doenças.
Description
[0001] Este pedido reivindica benefício do Pedido Provisório no US 62/764.817, depositado em 16 de agosto de 2018 e do Pedido Provisório no US 62/810.112, depositado em 25 de fevereiro de 2019, ambos os quais são incorporados ao presente documento em sua totalidade a título de referência.
[0002] O presente pedido contém uma Listagem de Sequências que foi enviada eletronicamente em formato ASCII e é incorporada pelo presente documento por referência na sua totalidade. A dita cópia ASCII, criada em 6 de setembro de 2019, é denominada 50401-726.601_SL.txt e tem 419.311 bites de tamanho.
[0003] Os receptores de célula T (TCRs) são membros da superfamília de imunoglobulina e geralmente consistem em duas subunidades, a saber as α- e β-subunidades. Esses possuem um domínio variável de imunoglobulina (Ig) de N- terminal, um domínio de constante de Ig (C), uma região de expansão de membrana celular/transmembrana e uma cauda citoplásmica curta na extremidade de C-terminal. Os domínios variáveis tanto da cadeia α quanto da cadeia β de TCR têm três regiões hipervariáveis ou determinantes de complementaridade (CDRs), enquanto a região variável da cadeia β tem uma área adicional de hipervariabilidade (HV4) que não entra em contato normalmente com o antígeno e, portanto, não é considerada uma CDR.
[0004] CDR3 é a principal CDR responsável por reconhecer o antígeno processado, embora a CDR1 da cadeia alfa também tenha sido mostrada para interagir com a parte N-terminal do peptídeo antigênico, enquanto a CDR1 da cadeia β interage com a parte C-terminal do peptídeo. Acredita-se que a CDR2 consiste em reconhecer a MHC. O domínio constante do domínio de TCR consiste em sequência de ligação curta em que um resíduo de cisteína forma ligações de dissulfureto, que formam uma ligação entre as duas cadeias. A afinidade de TCR’s para um antígeno específico as torna valiosas para diversas abordagens terapêuticas. Por exemplo, pacientes com câncer, como pacientes com melanoma, podem ser tratados de forma eficaz usando imunoterapia adotiva, visto que os TCRs são extremamente sensíveis ao seu antígeno e podem direcionar as respostas imunes nas células tumorais que expressam seu antígeno cognato. Consequentemente, há uma necessidade de TCRs contra complexos de peptídeo-MHC para desenvolvimento de terapêuticas novas e eficazes.
[0005] O presente pedido tem como base o desenvolvimento de TCRs contra complexos de peptídeo-MHC e terapêuticas eficazes que compreendem os TCRs. Fornecidas no presente documento, as moléculas de ácido nucleico isoladas que codificam TCRs contra complexos de peptídeo-MHC, células T que expressam TCRs contra complexos de peptídeo-MHC, e composições farmacêuticas para uso no tratamento de doenças.
[0006] É fornecido no presente documento um ácido nucleico recombinante que codifica um receptor de célula T (TCR) que compreende um construto de cadeia beta de TCR que compreende uma região determinante de complementaridade 3
(CDR3) que tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 52. Em algumas modalidades, o construto de receptor de célula T (TCR) compreende adicionalmente uma região determinante de complementaridade 1 (CDR1) e uma região determinante de complementaridade 2 (CDR2), em que a CDR1 tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 50; e a CDR2 tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 51. Em algumas modalidades, o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO:
58. Em algumas modalidades, o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 58. Em algumas modalidades, o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 95 %, 96 %, 97 %, 98 % ou 99 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 58. Em algumas modalidades, o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 58. Em algumas modalidades, o ácido nucleico recombinante que codifica um receptor de célula T (TCR) de qualquer uma das modalidades anteriores, compreende adicionalmente um construto de cadeia alfa de TCR que tem uma CDR1, uma CDR2 e uma CDR3, em que, a CDR1 tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 47; a CDR2 tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 48; e, a CDR tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 49. Em algumas modalidades, o ácido nucleico recombinante de qualquer uma das modalidades anteriores, compreende: (a) uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência com a SEQ ID NOs: 56 ou 57, que compreende adicionalmente uma sequência que codifica pelo menos a SEQ ID NO: 52; e (b) uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência com a SEQ ID NOs: 53 ou 54, que compreende adicionalmente uma sequência que codifica pelo menos a SEQ ID NO: 49. Em algumas modalidades, o ácido nucleico recombinante que codifica um receptor de célula T (TCR) de qualquer uma das modalidades anteriores compreende o construto de cadeia alfa de TCR que compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 55. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 55. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 95 %, 96 %, 97 %, 98 % ou 99 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 55. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 55. Em algumas modalidades, o ácido nucleico recombinante que codifica um TCR descrito acima compreende: (a) uma cadeia beta que tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 60, ou uma sequência de aminoácidos que é pelo menos 80 % idêntica à SEQ ID NO: 60; e (b) uma cadeia alfa que tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID
NO: 59, ou uma sequência de aminoácidos que é pelo menos 80 % idêntica à SEQ ID NO: 59. Em algumas modalidades, o ácido nucleico recombinante que codifica um TCR de qualquer uma das modalidades anteriores, se liga a um epítopo de RAS humano que compreende uma mutação G12V.
[0007] É fornecido no presente documento um ácido nucleico recombinante que codifica um TCR que compreende um construto de cadeia beta de TCR e um construto de cadeia alfa de TCR, em que o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região determinante de complementaridade 3 (CDR3) que tem uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NO: 537 e 563. Em algumas modalidades, o construto de cadeia beta de TCR compreende uma CDR3 que tem uma sequência de aminoácidos da SEQ ID NO: 537. Em algumas modalidades, o construto de cadeia beta de TCR que compreende uma CDR3 que tem uma sequência de aminoácidos da SEQ ID NO: 537, compreende uma região variável que tem pelo menos 80 %, 90 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % ou 100 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 541. Em algumas modalidades, o construto de cadeia beta de TCR tem uma identidade de sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 541. Em algumas modalidades, o TCR que compreende uma CDR3 de cadeia beta de TCR que tem uma sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 537, compreende adicionalmente um construto de cadeia alfa de TCR que compreende uma região variável que tem pelo menos 80 %, 90 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % ou 100 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 539 ou SEQ ID NO:
552. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de
TCR tem uma identidade de sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 539. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR tem uma identidade de sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 552. Em algumas modalidades, o ácido nucleico recombinante descrito acima codifica um TCR que compreende uma cadeia beta que tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 543, ou uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 543; e uma cadeia alfa que tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 542, ou uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 542. Em algumas modalidades, o ácido nucleico recombinante descrito acima codifica um TCR que compreende uma cadeia beta que tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 543, ou uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 543; e uma cadeia alfa que tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 555, ou uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 555. Em algumas modalidades, o ácido nucleico recombinante descrito acima codifica um TCR que compreende um domínio variável de cadeia beta que tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 541, ou uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 541; e um domínio variável de cadeia alfa que tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 539, ou uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 539. Em algumas modalidades, o ácido nucleico recombinante descrito acima codifica um TCR que compreende um domínio variável de cadeia beta que tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 541, ou uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 541; e um domínio variável de cadeia alfa que tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 552, ou uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 552.
[0008] Em algumas modalidades, o ácido nucleico recombinante que codifica um TCR que compreende um construto de cadeia beta de TCR e um construto de cadeia alfa de TCR, em que o construto de cadeia beta de TCR construto de cadeia beta de TCR compreende uma CDR3 que tem uma sequência de aminoácidos da SEQ ID NO: 563. Em algumas modalidades, o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 %, 90 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % ou 100 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO:
567. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 %, 90 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % ou 100 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 565. Em algumas modalidades, o ácido nucleico recombinante descrito acima codifica um TCR que compreende uma cadeia beta que tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 569, ou uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 569; e um domínio variável de cadeia alfa que tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 568, ou uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 568. É revelado no presente documento um vetor que compreende o ácido nucleico recombinante de qualquer uma das modalidades descritas acima. Também é revelada no presente documento uma célula que compreende o ácido nucleico recombinante de qualquer uma das modalidades descritas acima ou o vetor das modalidades descritas acima.
[0009] É fornecido no presente documento um ácido nucleico recombinante que codifica um construto de TCR que compreende: (a) um construto de cadeia beta de TCR, e (b) um construto de cadeia alfa de TCR; em que o TCR reconhece e se liga a um epítopo de RAS humano que compreende uma mutação pontual G12V ou G12C, em que o epítopo está em um complexo de proteína de MHC humano, em que a proteína de MHC humano é um antígeno HLA codificado pelo alelo HLA A03:01. Em algumas modalidades, o construto de cadeia beta de TCR compreende uma CDR3 que tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 68. Em algumas modalidades, o construto de cadeia beta de TCR compreende adicionalmente uma região determinante de complementaridade 1 (CDR1) e uma região determinante de complementaridade 2 (CDR2), em que a CDR1 tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 66; e a CDR2 tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 67. Em algumas modalidades, o ácido nucleico recombinante que codifica um receptor de célula T (TCR) descrito nesse parágrafo, que compreende adicionalmente um construto de cadeia alfa de TCR que tem uma CDR1, uma CDR2 e uma CDR3, em que, a CDR1 tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 63; a CDR2 tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 64; e, a CDR tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 65. Em algumas modalidades, o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % ou pelo menos 90 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % ou 99 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 74. Em algumas modalidades, o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 74. Em algumas modalidades, o receptor de célula T (TCR) compreende um construto de cadeia alfa de TCR, em que o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % ou pelo menos 90 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % ou 99 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 71. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 71. Em algumas modalidades, o TCR compreende um construto de cadeia beta que tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 76, ou uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 76; e um construto de cadeia alfa que tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 75, ou uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 75. É fornecido no presente documento um vetor que compreende um ácido nucleico recombinante de qualquer uma das modalidades descritas nesse parágrafo.
Também é fornecida no presente documento uma célula que compreende qualquer um dos ácidos nucleicos recombinantes de qualquer uma das modalidades descritas nesse parágrafo ou o vetor descrito nesse parágrafo.
[0010] Em algumas modalidades, o TCR que reconhece e se liga a um epítopo de RAS humano que compreende uma mutação pontual G12V em complexo com um antígeno HLA codificado pelo alelo HLA A03:01, compreende um construto de cadeia beta de TCR que compreende uma CDR3 que tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 84. Em algumas modalidades, o construto de cadeia beta de TCR compreende adicionalmente uma região determinante de complementaridade 1 (CDR1) e uma região determinante de complementaridade 2 (CDR2), em que a CDR1 tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 82; e a CDR2 tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 83. Em algumas modalidades, o TCR compreende adicionalmente um construto de cadeia alfa de TCR que tem uma CDR1, uma CDR2 e uma CDR3, em que, a CDR1 tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 79; a CDR2 tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 80; e, a CDR3 tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 81. Em algumas modalidades, o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % ou pelo menos 90 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % ou 99 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 90. Em algumas modalidades, o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 90. Em algumas modalidades, o TCR descrito acima compreende adicionalmente um construto de cadeia alfa de TCR que compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % ou pelo menos 90 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % ou
99 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 87. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 71. Em algumas modalidades, o TCR compreende um construto de cadeia beta que tem uma sequência de aminoácidos da SEQ ID NO: 92, ou uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 92; e uma construto de cadeia alfa que tem uma sequência de aminoácidos da SEQ ID NO: 91, ou uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 91. É fornecido no presente documento um vetor que compreende o ácido nucleico recombinante de qualquer uma das modalidades descritas nesse parágrafo e uma célula que compreende qualquer um dos ácidos nucleicos recombinantes de qualquer uma das modalidades descritas no presente documento.
[0010] Em algumas modalidades, o ácido nucleico recombinante da modalidade descrita no parágrafo anterior, o TCR que reconhece e se liga a um epítopo do RAS humano que compreende uma mutação pontual G12V ou G12C em complexo com um antígeno HLA codificado pelo alelo HLA A03:01, compreende um construto de cadeia beta de TCR que compreende uma CDR3 que tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 388. Em algumas modalidades, o construto de cadeia beta de TCR compreende adicionalmente uma região determinante de complementaridade 1 (CDR1) e uma região determinante de complementaridade 2 (CDR2), em que a CDR1 tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 386; e a CDR2 tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 387. Em algumas modalidades, o TCR compreende adicionalmente um construto de cadeia alfa de TCR que tem uma CDR1, uma CDR2 e uma CDR3, em que, a CDR1 tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 383; a CDR2 tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 384; e, a CDR3 tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 385. Em algumas modalidades, o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % ou pelo menos 90 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % ou 99 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 394. Em algumas modalidades, o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 394. Em algumas modalidades, o TCR descrito acima compreende adicionalmente um construto de cadeia alfa de TCR que compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % ou pelo menos 90 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % ou 99 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 391. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 391. Em algumas modalidades, o TCR compreende um construto de cadeia beta que tem uma sequência de aminoácidos da SEQ ID NO: 396, ou uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 396; e uma construto de cadeia alfa que tem uma sequência de aminoácidos da SEQ ID NO: 395, ou uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 395. É fornecido no presente documento um vetor que compreende o ácido nucleico recombinante de qualquer uma das modalidades descritas nesse parágrafo e uma célula que compreende qualquer um dos ácidos nucleicos recombinantes de qualquer uma das modalidades descritas no presente documento.
[0011] Em algumas modalidades, o ácido nucleico recombinante da modalidade descrita no parágrafo anterior, o TCR que reconhece e se liga a um epítopo do RAS humano que compreende uma mutação pontual G12C em complexo com um antígeno HLA codificado pelo alelo HLA A03:01, compreende um construto de cadeia beta de TCR que compreende uma CDR3 que tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 100. Em algumas modalidades, o construto de cadeia beta de TCR compreende adicionalmente uma região determinante de complementaridade 1 (CDR1) e uma região determinante de complementaridade 2 (CDR2), em que a CDR1 tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 98; e a CDR2 tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 99. Em algumas modalidades, o TCR compreende adicionalmente um construto de cadeia alfa de TCR que tem uma CDR1, uma CDR2 e uma CDR3, em que, a CDR1 tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 95; a CDR2 tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 96; e, a CDR3 tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 97. Em algumas modalidades, o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % ou pelo menos 90 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % ou 99 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 106. Em algumas modalidades, o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 106. Em algumas modalidades, o TCR descrito acima compreende adicionalmente um construto de cadeia alfa de TCR que compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % ou pelo menos 90 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % ou 99 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 103. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 103. Em algumas modalidades, o TCR compreende um construto de cadeia beta que tem uma sequência de aminoácidos da SEQ ID NO: 108, ou uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 108; e uma construto de cadeia alfa que tem uma sequência de aminoácidos da SEQ ID NO: 107, ou uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 107. É fornecido no presente documento um vetor que compreende o ácido nucleico recombinante de qualquer uma das modalidades descritas nesse parágrafo e uma célula que compreende qualquer um dos ácidos nucleicos recombinantes de qualquer uma das modalidades descritas no presente documento.
[0012] Em algumas modalidades, o epítopo tem um comprimento de 8-25 aminoácidos. Em algumas modalidades, o epítopo compreende uma mutação que difere do epítopo do tipo selvagem por pelo menos um aminoácido. Em algumas modalidades, o epítopo se liga ao MHC humano com uma afinidade maior que um epítopo do tipo selvagem correspondente. Em algumas modalidades, o epítopo se liga ao MHC humano com uma KD ou uma IC50 menor que 500 nM,
250 nM, 150 nM, 100 nM, 50 nM, 25 nM ou 10 nM. Em algumas modalidades, a mutação não está presente em células não cancerosas de um indivíduo. Em algumas modalidades, o TCR se liga a um complexo de peptídeo de MHC com uma KD ou uma IC50 menor que 500 nM, 250 nM, 150 nM, 100 nM, 50 nM, 25 nM ou 10 nM. Em algumas modalidades, o ácido nucleico é operavelmente ligado a um promotor. Em algumas modalidades, a célula é uma célula T CD4+. Em algumas modalidades, a célula é uma célula T CD8+. Em algumas modalidades, a célula é isolada de um indivíduo que tem uma mutação de RAS.
[0013] É fornecido no presente documento uma composição farmacêutica que compreende: (a) o ácido nucleico de qualquer uma das modalidades descritas acima; ou o vetor de qualquer uma das modalidades descritas acima; ou a célula de qualquer uma das modalidades acima; e (b) um diluente ou excipiente farmaceuticamente aceitável. Em algumas modalidades, a composição farmacêutica que compreende adicionalmente um agente imunomodulador ou um adjuvante. Em algumas modalidades, o adjuvante é poli I:C. Em algumas modalidades, a composição farmacêutica de qualquer uma das modalidades descritas acima é para uso no tratamento de uma doença imune ou câncer.
[0014] É fornecido no presente documento o método de tratamento de um indivíduo que tem uma doença ou condição, que compreende administrar ao indivíduo a composição farmacêutica de qualquer uma das modalidades descritas acima. Em algumas modalidades, o método de tratamento de um indivíduo com câncer compreende administrar ao indivíduo a composição farmacêutica de qualquer uma das modalidades descritas acima.
[0015] Também é fornecido no presente documento um método de identificação de um indivíduo com câncer como um candidato para uma terapêutica, em que o método compreende determinar o indivíduo como um indivíduo que expressa uma proteína codificada por um alelo HLA-A03:01 ou um alelo HLA-A11:01, em que a terapêutica é a composição farmacêutica selecionada a partir de uma das modalidades descritas acima.
[0016] É fornecido no presente documento um ácido nucleico que codifica pelo menos um receptor de célula T (TCR) que compreende um construto de cadeia alfa de TCR e/ou construto de cadeia beta de TCR capazes de se ligar especificamente a um epítopo de RAS em complexo com um MHC humano, em que o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região determinante de complementaridade 3 (CDR3) que tem pelo menos 84 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 3, 18, 33, 49, 65, 81, 97, 113, 241, 257, 273, 289, 305, 321, 337, 353, 369, 385, 401, 417, e 433 e/ou em que o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região determinante de complementaridade 3 (CDR3) que tem pelo menos 84 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 6, 21, 36, 52, 68, 84, 100, 116, 244, 260, 276, 292, 308, 324, 340, 356, 372, 388, 404, 420 e 436.
[0017] É fornecido no presente documento um ácido nucleico que codifica pelo menos um receptor de célula T (TCR) que compreende um construto de cadeia alfa de TCR e/ou construto de cadeia beta de TCR capazes de se ligarem especificamente a um epítopo do RAS em complexo com um MHC humano, em que o epítopo do RAS compreende uma região que tem pelo menos 70 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 15, 30, 45, 46, 61, 62, 77, 78, 93, 94, 109, 110, 125, 126, 219-222, 253, 254, 269, 270, 285, 286, 301, 302, 317, 318, 333, 334, 349, 350, 365, 366, 381, 382, 397, 398, 413, 414, 429, 430, 445 e 446.
[0018] É fornecido no presente documento um ácido nucleico isolado ou uma célula que compreende um ácido nucleico recombinante, em que o ácido nucleico codifica pelo menos um receptor de célula T (TCR) que compreende um construto de cadeia alfa de TCR e/ou um construto de cadeia beta de TCR; em que o TCR se liga especificamente a um epítopo do RAS em complexo com um MHC humano codificado por um alelo HLA-A03:01. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 71, 87, 103, 295, 311, 327, 343, 359 e 391, em que o TCR se liga especificamente a um epítopo do RAS em complexo com um MHC humano codificado por um alelo HLA-A03:01. Em algumas modalidades, o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 74, 90, 106, 298, 314, 330, 346, 362 e 394, em que o TCR se liga especificamente a um epítopo do RAS em complexo com um MHC humano codificado por um alelo HLA-A03:01.
[0019] Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR como descrito acima compreende uma região determinante de complementaridade 1 (CDR1) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 63, 79, 95, 287, 303, 319, 335, 351 e 383. Em algumas modalidades, o construto de cadeia beta de TCR como descrito acima compreende uma região determinante de complementaridade 1 (CDR1) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 66, 82, 98, 290, 306, 322, 338, 354 e 386. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região determinante de complementaridade 2 (CDR2) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 64, 80, 96, 288, 304, 320, 336, 352 e 384. Em algumas modalidades, o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região determinante de complementaridade 2 (CDR2) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 67, 83, 99, 291, 307, 323, 339, 355 e 387. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região determinante de complementaridade 3 (CDR3) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 65, 81, 97, 289, 305, 321, 337, 353 e 385. Em algumas modalidades, o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região determinante de complementaridade 3 (CDR3) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 68, 84, 100, 292, 308, 324, 340, 356 e 388.
[0020] É fornecido no presente documento um ácido nucleico isolado ou uma célula que compreende um ácido nucleico recombinante, em que o ácido nucleico codifica pelo menos um receptor de célula T (TCR) que compreende um construto de cadeia alfa de TCR e/ou um construto de cadeia beta de TCR; em que o TCR se liga especificamente a um epítopo do RAS em complexo com um MHC humano codificado por um alelo HLA-A02:01. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 9 e 24 em que o TCR se liga especificamente a um epítopo do RAS em complexo com um MHC humano codificado por um alelo HLA- A02:01. Em algumas modalidades, o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 12 e 27, em que o TCR se liga especificamente a um epítopo do RAS em complexo com um MHC humano codificado por um alelo HLA- A02:01.
[0021] Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR como descrito acima compreende uma região determinante de complementaridade 1 (CDR1) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 1 e 16. Em algumas modalidades, o construto de cadeia beta de TCR como descrito acima compreende uma região determinante de complementaridade 1 (CDR1) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 4 e 19. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região determinante de complementaridade 2 (CDR2) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 2 e 17. Em algumas modalidades construto de cadeia beta de TCR compreende uma região determinante de complementaridade 2 (CDR2) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 5 e 20. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região determinante de complementaridade 3 (CDR3) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 3 e 18. Em algumas modalidades, o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região determinante de complementaridade 3 (CDR3) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 6 e 21.
[0022] É fornecido no presente documento um ácido nucleico isolado ou uma célula que compreende um ácido nucleico recombinante, em que o ácido nucleico codifica pelo menos um receptor de célula T (TCR) que compreende um construto de cadeia alfa de TCR e/ou um construto de cadeia beta de TCR; em que o TCR se liga especificamente a um epítopo do RAS em complexo com um MHC humano codificado por um alelo HLA-A11:01. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 39, 55, 122, 247, 263, 279, 375, 407 e 423, em que o TCR se liga especificamente a um epítopo do RAS em complexo com um MHC humano codificado por um alelo HLA-A11:01. Em algumas modalidades, o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 42, 58, 125, 250, 266, 282, 378, 413 e 426, em que o TCR se liga especificamente a um epítopo do RAS em complexo com um MHC humano codificado por um alelo HLA-A11:01.
[0023] Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR como descrito acima compreende uma região determinante de complementaridade 1 (CDR1) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 31, 47, 111, 239, 255, 271, 367, 399 e 415. Em algumas modalidades, o construto de cadeia beta de TCR como descrito acima compreende uma região determinante de complementaridade 1 (CDR1) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 34, 50, 114, 242, 258, 274, 370, 402 e 418. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região determinante de complementaridade 2 (CDR2) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 32, 48, 112, 240, 256, 272, 368, 400 e 416. Em algumas modalidades, o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região determinante de complementaridade 2 (CDR2) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 35, 51, 115, 243, 259, 275, 371, 403 e 419. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região determinante de complementaridade 3 (CDR3) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 33, 49, 113, 241, 257, 273, 369, 401, 417 e 433. Em algumas modalidades, o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região determinante de complementaridade 3 (CDR3) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 36, 52, 116, 244, 260, 276, 372, 404 e 420. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 9; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 12. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 1, uma CDR2 de SEQ ID NO: 2 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 3; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 4, uma CDR2 de SEQ ID NO: 5 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 6. Em algumas modalidades, o TCR compreende uma cadeia alfa que tem uma sequência de SEQ ID NO: 13, ou uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade para a SEQ ID NO: 13. Em algumas modalidades, o TCR compreende uma cadeia beta que tem uma sequência de SEQ ID NO: 14 ou uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade para a SEQ ID NO: 14. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 24; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 27. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 16, uma CDR2 de SEQ ID NO: 17 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 18; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 19, uma CDR2 de SEQ ID NO: 20 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 21. Em algumas modalidades, o TCR compreende uma cadeia alfa que tem uma sequência de SEQ ID NO: 28, ou uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade para a SEQ ID NO: 28. Em algumas modalidades, o TCR compreende uma cadeia beta que tem uma sequência de SEQ ID NO: 29 ou uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade para a SEQ ID NO: 29. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 39; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 42. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 31, uma CDR2 de SEQ ID NO: 32 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 33; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 34, uma CDR2 de SEQ ID NO: 35 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 36. Em algumas modalidades, o TCR compreende uma cadeia alfa que tem uma sequência de SEQ ID NO: 43, ou uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade para a SEQ ID NO: 43. Em algumas modalidades, o TCR compreende uma cadeia beta que tem uma sequência de SEQ ID NO: 44 ou uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade para a SEQ ID NO: 44. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 55; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 58. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 47, uma CDR2 de SEQ ID NO: 48 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 49; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 50, uma CDR2 de SEQ ID NO: 51 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 52. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 71; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 74. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 63, uma CDR2 de SEQ ID NO: 64 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 65; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 66, uma CDR2 de SEQ ID NO: 67 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 68. Em algumas modalidades, o TCR compreende uma cadeia alfa que tem uma sequência de SEQ ID NO: 75, ou uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade para a SEQ ID NO: 75. Em algumas modalidades, o TCR compreende uma cadeia beta que tem uma sequência de SEQ ID NO: 76 ou uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade para a SEQ ID NO: 76. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 87; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 90. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 79, uma CDR2 de SEQ ID NO: 80 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 81; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 82, uma CDR2 de SEQ ID NO: 83 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 84. Em algumas modalidades, o TCR compreende uma cadeia alfa que tem uma sequência de SEQ ID NO: 91, ou uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade para a SEQ ID NO: 91. Em algumas modalidades, o TCR compreende uma cadeia beta que tem uma sequência de SEQ ID NO: 92 ou uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade para a SEQ ID NO: 92. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 103; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 106. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 95, uma CDR2 de SEQ ID NO: 96 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 97; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 98, uma CDR2 de SEQ ID NO: 99 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 100. Em algumas modalidades, o TCR compreende uma cadeia alfa que tem uma sequência de SEQ ID NO: 107, ou uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade para a SEQ ID NO: 107. Em algumas modalidades, o TCR compreende uma cadeia beta que tem uma sequência de SEQ ID NO: 108 ou uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade para a SEQ ID NO: 108. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 119; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 122. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 111, uma CDR2 de SEQ ID NO: 112 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 113; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 114, uma CDR2 de SEQ ID NO: 115 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 116. Em algumas modalidades, o TCR compreende uma cadeia alfa que tem uma sequência de SEQ ID NO: 123, ou uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade para a SEQ ID NO: 123. Em algumas modalidades, o TCR compreende uma cadeia beta que tem uma sequência de SEQ ID NO: 124 ou uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade para a SEQ ID NO: 124. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 247; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 250. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 239, uma CDR2 de SEQ ID NO: 240 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 241; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 242, uma CDR2 de SEQ ID NO: 243 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 244. Em algumas modalidades, o TCR compreende uma cadeia alfa que tem uma sequência de SEQ ID NO: 251, ou uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade para a SEQ ID NO: 251. Em algumas modalidades, o TCR compreende uma cadeia beta que tem uma sequência de SEQ ID NO: 252 ou uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade para a SEQ ID NO: 252. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 263; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 266. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 255, uma CDR2 de SEQ ID NO: 256 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 257; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 258, uma CDR2 de SEQ ID NO: 259 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 260. Em algumas modalidades, o TCR compreende uma cadeia alfa que tem uma sequência de SEQ ID NO: 267, ou uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade para a SEQ ID NO: 267. Em algumas modalidades, o TCR compreende uma cadeia beta que tem uma sequência de SEQ ID NO: 268 ou uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade para a SEQ ID NO: 268. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 279; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 282. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 271, uma CDR2 de SEQ ID NO: 272 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 273; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 274, uma CDR2 de SEQ ID NO: 275 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 276. Em algumas modalidades, o TCR compreende uma cadeia alfa que tem uma sequência de SEQ ID NO: 283, ou uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade para a SEQ ID NO: 283. Em algumas modalidades, o TCR compreende uma cadeia beta que tem uma sequência de SEQ ID NO: 284 ou uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade para a SEQ ID NO: 284. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 295; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 298. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 287, uma CDR2 de SEQ ID NO: 288 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 289; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 290, uma CDR2 de SEQ ID NO: 291 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 292. Em algumas modalidades, o TCR compreende uma cadeia alfa que tem uma sequência de SEQ ID NO: 299, ou uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade para a SEQ ID NO: 299. Em algumas modalidades, o TCR compreende uma cadeia beta que tem uma sequência de SEQ ID NO: 300 ou uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade para a SEQ ID NO: 300. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 311; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 314. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 303, uma CDR2 de SEQ ID NO: 304 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 305; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 306, uma CDR2 de SEQ ID NO: 307 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 308. Em algumas modalidades, o TCR compreende uma cadeia alfa que tem uma sequência de SEQ ID NO: 315, ou uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade para a SEQ ID NO: 315. Em algumas modalidades, o TCR compreende uma cadeia beta que tem uma sequência de SEQ ID NO: 316 ou uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade para a SEQ ID NO: 316. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 327; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 330. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 319, uma CDR2 de SEQ ID NO: 320 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 321; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 322, uma CDR2 de SEQ ID NO: 323 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 324. Em algumas modalidades, o TCR compreende uma cadeia alfa que tem uma sequência de SEQ ID NO: 331, ou uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade para a SEQ ID NO: 331. Em algumas modalidades, o TCR compreende uma cadeia beta que tem uma sequência de SEQ ID NO: 332 ou uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade para a SEQ ID NO: 332. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 343; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 346. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 335, uma CDR2 de SEQ ID NO: 336 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 337; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 338, uma CDR2 de SEQ ID NO: 339 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 340. Em algumas modalidades, o TCR compreende uma cadeia alfa que tem uma sequência de SEQ ID NO: 347, ou uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade para a SEQ ID NO: 347. Em algumas modalidades, o TCR compreende uma cadeia beta que tem uma sequência de SEQ ID NO: 348 ou uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade para a SEQ ID NO: 348. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 359; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 362. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 351, uma CDR2 de SEQ ID NO: 352 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 353; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 354, uma CDR2 de SEQ ID NO: 355 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 356. Em algumas modalidades, o TCR compreende uma cadeia alfa que tem uma sequência de SEQ ID NO: 363, ou uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade para a SEQ ID NO: 363. Em algumas modalidades, o TCR compreende uma cadeia beta que tem uma sequência de SEQ ID NO: 364 ou uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade para a SEQ ID NO: 364. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 375; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 378. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 367, uma CDR2 de SEQ ID NO: 368 e uma CDR3 de SEQ ID
NO: 369; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 370, uma CDR2 de SEQ ID NO: 371 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 372. Em algumas modalidades, o TCR compreende uma cadeia alfa que tem uma sequência de SEQ ID NO: 379, ou uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade para a SEQ ID NO: 379. Em algumas modalidades, o TCR compreende uma cadeia beta que tem uma sequência de SEQ ID NO: 380 ou uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade para a SEQ ID NO: 380. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 391; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 394. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 383, uma CDR2 de SEQ ID NO: 384 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 385; o construto de cadeia beta de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 386, uma CDR2 de SEQ ID NO: 387 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 388. Em algumas modalidades, o TCR compreende uma cadeia alfa que tem uma sequência de SEQ ID NO: 395, ou uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade para a SEQ ID NO: 395. Em algumas modalidades, o TCR compreende uma cadeia beta que tem uma sequência de SEQ ID NO: 396 ou uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade para a SEQ ID NO: 396. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 407; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 410.
Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 399, uma CDR2 de SEQ ID NO: 400 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 401; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 402, uma CDR2 de SEQ ID NO: 403 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 404. Em algumas modalidades, o TCR compreende uma cadeia alfa que tem uma sequência de SEQ ID NO: 411, ou uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade para a SEQ ID NO: 411. Em algumas modalidades, o TCR compreende uma cadeia beta que tem uma sequência de SEQ ID NO: 412 ou uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade para a SEQ ID NO: 412. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 423; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 426. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 415, uma CDR2 de SEQ ID NO: 416 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 417; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 418, uma CDR2 de SEQ ID NO: 419 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 420. Em algumas modalidades, o TCR compreende uma cadeia alfa que tem uma sequência de SEQ ID NO: 427, ou uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade para a SEQ ID NO: 427. Em algumas modalidades, o TCR compreende uma cadeia beta que tem uma sequência de SEQ ID NO: 428 ou uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade para a SEQ ID NO: 428. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO:
391; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 394.
[0024] É fornecido no presente documento um ácido nucleico que codifica pelo menos um receptor de célula T (TCR) que compreende um construto de cadeia alfa de TCR e/ou construto de cadeia beta de TCR capazes de se ligarem especificamente a um epítopo de TMPRSS2:ERG em complexo com um MHC humano, em que o construto de cadeia alfa de TCR e/ou o construto de cadeia beta de TCR compreendem uma região determinante de complementaridade 3 (CDR3) que tem uma sequência de SEQ ID NO: 144 e SEQ ID NO: 147 ou uma sequência que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NO: 144 e SEQ ID NO: 147. Em algumas modalidades, o TCR compreende uma cadeia alfa que tem uma sequência de SEQ ID NO: 154, ou uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade para a SEQ ID NO: 154. Em algumas modalidades, o TCR compreende uma cadeia beta que tem uma sequência de SEQ ID NO: 155 ou uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade para a SEQ ID NO: 155.
[0025] É fornecido no presente documento um ácido nucleico que codifica pelo menos um receptor de célula T (TCR) que compreende um construto de cadeia alfa de TCR e/ou construto de cadeia beta de TCR capazes de se ligarem especificamente a um epítopo de TMPRSS2:ERG em complexo com um MHC humano, em que o epítopo de TMPRSS2:ERG compreende uma região que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para a sequência de aminoácidos SEQ ID NO: 156.
[0026] Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 150. Em algumas modalidades, o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 153. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR e/ou o construto de cadeia beta de TCR compreendem uma região determinante de complementaridade 1 (CDR1) que tem uma sequência de SEQ ID NO: 142 ou uma sequência que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 142 e uma sequência de SEQ ID NO: 145 ou uma sequência que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 145, respectivamente. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR e/ou o construto de cadeia beta de TCR compreendem uma região determinante de complementaridade 2 (CDR2) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 143 ou SEQ ID NO: 146, respectivamente. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem uma sequência de SEQ ID NO: 150 ou pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 150; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem uma sequência de SEQ ID NO: 153 ou pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 153. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 142, uma CDR2 de SEQ ID NO: 143 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 144; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 145, uma CDR2 de SEQ ID NO: 146 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 147.
[0027] É fornecido no presente documento um ácido nucleico que codifica pelo menos um receptor de célula T (TCR) que compreende um construto de cadeia alfa de TCR e/ou construto de cadeia beta de TCR capazes de se ligarem especificamente a um epítopo de GATA3 em complexo com um MHC humano, em que o construto de cadeia alfa de TCR e/ou o construto de cadeia beta de TCR compreendem uma região determinante de complementaridade 3 (CDR3) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 129, 132, 191, 194, 206 e 209.
[0028] É fornecido no presente documento um ácido nucleico que codifica pelo menos um receptor de célula T (TCR) capaz de se ligar especificamente a um peptídeo GATA3 mutante em complexo com uma proteína codificada por um alelo HLA de um indivíduo com câncer, em que o TCR compreende um construto de cadeia alfa de TCR e/ou um construto de cadeia beta de TCR.
[0029] É fornecido no presente documento um ácido nucleico isolado ou uma célula que compreende um ácido nucleico recombinante, em que o ácido nucleico codifica um receptor de célula T (TCR) que compreende um construto de cadeia alfa de TCR e/ou um construto de cadeia beta de TCR, em que o TCR se liga especificamente a um peptídeo GATA3 mutante em complexo com uma proteína HLA-A02:01, HLA-B07:02 ou HLA-B08:01; compreende uma região determinante de complementaridade 3 (CDR3) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para a SEQ ID NOs: 129, 132, 191, 194, 206 ou 209; e/ou se liga especificamente a um peptídeo GATA3 mutante que compreende uma região que tem uma sequência de ou que tem uma sequência com pelo menos 70 %
de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 141, 203 ou
218.
[0030] É fornecido no presente documento um ácido nucleico que codifica pelo menos um receptor de célula T (TCR) que compreende um construto de cadeia alfa de TCR e/ou construto de cadeia beta de TCR capazes de se ligarem especificamente a um epítopo de GATA3 em complexo com um MHC humano, em que o epítopo de GATA3 compreende uma região que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para a sequência de aminoácidos SEQ ID NO: 141, 203 ou 218.
[0031] Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem uma sequência de SEQ ID NO: 135, 197 ou 212; ou uma sequência com pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 135, 197 ou 212. Em algumas modalidades, o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem uma sequência de SEQ ID NO: 138, 200 ou 215; ou uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 138, 200 ou 215. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR e/ou o construto de cadeia beta de TCR compreendem uma região determinante de complementaridade 1 (CDR1) que tem uma sequência de aminoácidos de, que tem ou pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 127, 130, 189, 192, 204 e 207. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR e/ou o construto de cadeia beta de TCR compreendem uma região determinante de complementaridade 2 (CDR2) que tem uma sequência de aminoácidos de, ou que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 128, 131, 190, 193, 205 e 208. Em algumas modalidades, a cadeia alfa de TCR de ligação de GATA3 compreende uma região variável que tem uma sequência de SEQ ID NO: 135, ou uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade para a SEQ ID NO: 135; e uma cadeia beta que tem uma região variável que tem uma sequência de SEQ ID NO: 138, ou uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade para a SEQ ID NO: 138. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 127, uma CDR2 de SEQ ID NO: 128 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 129; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 130, uma CDR2 de SEQ ID NO: 131 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 132. Em algumas modalidades, o TCR tem uma cadeia alfa que tem uma sequência de SEQ ID NO: 139, ou uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade para a SEQ ID NO: 139. Em algumas modalidades, o TCR tem uma cadeia beta que tem uma sequência de SEQ ID NO: 140, ou uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade para a SEQ ID NO: 140. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem uma sequência de aminoácidos de, ou que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 197; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 200. Em algumas modalidades a cadeia alfa de TCR tem uma sequência de SEQ ID NO: 201 ou uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade para a SEQ ID NO: 201. Em algumas modalidades, a cadeia beta de TCR tem uma sequência de SEQ ID NO: 202 ou uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade para a
SEQ ID NO: 202. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 189, uma CDR2 de SEQ ID NO: 190 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 191; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 192, uma CDR2 de SEQ ID NO: 193 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 194. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 212; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 215. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 204, uma CDR2 de SEQ ID NO: 205 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 206; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 207, uma CDR2 de SEQ ID NO: 208 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 209. Em algumas modalidades, o TCR compreende uma cadeia alfa que tem uma sequência de SEQ ID NO: 216 ou uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade para a SEQ ID NO: 216. Em algumas modalidades, o TCR compreende uma cadeia beta que tem uma sequência de SEQ ID NO: 217 ou uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade para a SEQ ID NO: 217.
[0032] É fornecido no presente documento um ácido nucleico que codifica pelo menos um receptor de célula T (TCR) que compreende um construto de cadeia alfa de TCR e/ou construto de cadeia beta de TCR capazes de se ligarem especificamente a um epítopo de BTK em complexo com um MHC humano, em que o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região determinante de complementaridade 3 (CDR3) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NO: 161 e SEQ ID NO: 176, ou em que o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região determinante de complementaridade 3 (CDR3) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NO: 164 e SEQ ID NO: 179.
[0033] É fornecido no presente documento um ácido nucleico que codifica pelo menos um receptor de célula T (TCR) capaz de se ligar especificamente a um peptídeo BTK mutante em complexo com uma proteína codificada por um alelo HLA de um indivíduo com câncer, em que o TCR compreende um construto de cadeia alfa de TCR e/ou um construto de cadeia beta de TCR.
[0034] É fornecido no presente documento um ácido nucleico isolado ou uma célula que compreende um ácido nucleico recombinante, em que o ácido nucleico codifica um receptor de célula T (TCR) que compreende um construto de cadeia alfa de TCR e/ou um construto de cadeia beta de TCR, em que o TCR se liga especificamente a um peptídeo BTK mutante em complexo com uma proteína de HLA-A02:01; compreende uma região determinante de complementaridade 3 (CDR3) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 161, 164, 176 ou 179; e/ou se liga especificamente a um peptídeo BTK mutante que compreende uma região com pelo menos 70 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 173 ou 188.
[0035] É fornecido no presente documento um ácido nucleico que codifica pelo menos um receptor de célula T (TCR) que compreende um construto de cadeia alfa de TCR e/ou construto de cadeia beta de TCR capazes de se ligarem especificamente a um epítopo de BTK em complexo com um MHC humano, em que o epítopo de BTK compreende uma região que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para a sequência de aminoácidos SEQ ID NO: 173 ou 188.
[0036] Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 167 ou 182. Em algumas modalidades, o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 170 ou
185. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR e/ou o construto de cadeia beta de TCR compreendem uma região determinante de complementaridade 1 (CDR1) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 159, 162, 174 e 177. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR e/ou o construto de cadeia beta de TCR compreendem uma região determinante de complementaridade 2 (CDR2) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 160, 163, 175 e 178. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 167 ou 182; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 170 ou
185. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 159 ou 174, uma CDR2 de SEQ ID NO: 160 ou 175 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 161 ou 176; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma
CDR1 de SEQ ID NO: 162 ou 177, uma CDR2 de SEQ ID NO: 163 ou 178 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 164 ou 179.
[0037] É fornecido no presente documento um ácido nucleico que codifica pelo menos um receptor de célula T (TCR) que compreende um construto de cadeia alfa de TCR e/ou construto de cadeia beta de TCR capazes de se ligarem especificamente a um epítopo de EGFR em complexo com um MHC humano, em que o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região determinante de complementaridade 3 (CDR3) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NO: 449, SEQ ID NO: 466, SEQ ID NO: 483, SEQ ID NO: 500 e SEQ ID NO: 517, ou em que o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região determinante de complementaridade 3 (CDR3) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NO: 452, SEQ ID NO: 469, SEQ ID NO: 486, SEQ ID NO: 503 e SEQ ID NO: 520.
[0038] É fornecido no presente documento um ácido nucleico que codifica pelo menos um receptor de célula T (TCR) capaz de se ligar especificamente a um peptídeo EGFR mutante em complexo com uma proteína codificada por um alelo HLA de um indivíduo com câncer, em que o TCR compreende um construto de cadeia alfa de TCR e/ou um construto de cadeia beta de TCR.
[0039] É fornecido no presente documento um ácido nucleico isolado ou uma célula que compreende um ácido nucleico recombinante, em que o ácido nucleico codifica um receptor de célula T (TCR) que compreende um construto de cadeia alfa de TCR e/ou um construto de cadeia beta de TCR,
em que o TCR se liga especificamente a um peptídeo EGFR mutante em complexo com uma proteína de HLA-A02:01; compreende uma região determinante de complementaridade 3 (CDR3) que tem uma sequência de ou uma sequência que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 449, 466, 483, 500, 517, 452, 469, 486, 503 ou 520; e/ou se liga especificamente a um peptídeo EGFR mutante que compreende uma região que tem uma sequência de ou que tem uma sequência com pelo menos 70 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 461, 462, 463, 478, 479, 480, 495, 496, 497, 512, 513, 514, 529, 530 ou 531.
[0040] É fornecido no presente documento um ácido nucleico que codifica pelo menos um receptor de célula T (TCR) que compreende um construto de cadeia alfa de TCR e/ou construto de cadeia beta de TCR capazes de se ligarem especificamente a um epítopo de EGFR em complexo com um MHC humano, em que o epítopo de EGFR compreende uma região que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para a sequência de aminoácidos SEQ ID NO: 461, 462, 463, 478, 479, 480, 495, 496, 497, 512, 513, 514, 529, 530 ou 531.
[0041] Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem uma sequência de ou uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 449, 466, 483, 500 ou 517. Em algumas modalidades, o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem uma sequência de ou uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 452, 469, 486, 503 ou 520. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR e/ou o construto de cadeia beta de TCR compreendem uma região determinante de complementaridade 1 (CDR1) que tem uma sequência de ou uma sequência que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 447, 464, 481, 498, 515, 450, 467, 484, 501 e 518. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR e/ou o construto de cadeia beta de TCR compreendem uma região determinante de complementaridade 2 (CDR2) que tem uma sequência de ou uma sequência que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 448, 465, 482, 499, 516, 451, 468, 485, 502 e 519. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem uma sequência de ou uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 455, 472, 489, 506 ou 523; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem uma sequência de ou uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 458, 475, 492, 509 ou 526. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 447, 464, 481, 498 ou 515, uma CDR2 de SEQ ID NO: 448, 465, 482, 499 ou 516 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 449, 466, 483, 500 ou 517; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 450, 467, 484, 501 ou 518, uma CDR2 de SEQ ID NO: 451, 468, 485, 502 ou 519, e uma CDR3 de SEQ ID NO: 452, 469, 486, 503 ou
520.
[0042] Em algumas modalidades, o epítopo compreende uma mutação selecionada a partir do grupo que consiste em uma mutação pontual, uma mutação de sítio de emenda, uma mutação de troca de fase de leitura, uma mutação de leitura direta, uma mutação de resistência, uma mutação de fusão de gene e qualquer combinação dos mesmos. Em algumas modalidades, o MHC humano é codificado pelo alelo HLA- A02:01 ou alelo HLA-A03:01 ou alelo HLA-A11:01. Em algumas modalidades, o epítopo de RAS compreende uma mutação pontual. Em algumas modalidades, a mutação pontual é uma mutação de G12V. Em algumas modalidades, a mutação pontual é uma mutação de G12C. Em algumas modalidades, a mutação pontual é uma mutação de G12D. Em algumas modalidades, o MHC humano é codificado pelo alelo HLA-A02:01. Em algumas modalidades, o epítopo de TMPRSS2:ERG compreende uma mutação de fusão de gene. Em algumas modalidades, o MHC humano é codificado pelo alelo HLA-A02:01, HLA-B07:02 ou HLA-B08:01. Em algumas modalidades, o epítopo compreende uma mutação de troca de fase de leitura. Em algumas modalidades, o MHC humano é codificado pelo alelo HLA- A02:01. Em algumas modalidades, o epítopo de BTK compreende uma mutação pontual. Em algumas modalidades, a mutação pontual é mutação de C481S. Em algumas modalidades, o MHC humano é codificado pelo alelo HLA-A02:01. Em algumas modalidades, o epítopo de EGFR compreende uma mutação pontual. Em algumas modalidades, a mutação pontual é T790M.
[0043] Em algumas modalidades, o epítopo tem um comprimento de pelo menos 8 aminoácidos. Em algumas modalidades, o epítopo tem um comprimento de pelo menos 16 aminoácidos. Em algumas modalidades, o epítopo tem um comprimento de 8-25 aminoácidos. Em algumas modalidades, o epítopo tem um comprimento de 8-12 aminoácidos. Em algumas modalidades, o epítopo tem um comprimento de 16-25 aminoácidos. Em algumas modalidades, o epítopo tem um comprimento de 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24 ou 25 aminoácidos.
[0044] Em algumas modalidades, o epítopo se liga ao MHC humano com uma afinidade maior que um epítopo do tipo selvagem correspondente. Em algumas modalidades, o epítopo se liga ao MHC humano com uma KD ou uma IC50 menor que 500 nM, 250 nM, 150 nM, 100 nM, 50 nM, 25 nM ou 10 nM.
[0045] Em algumas modalidades, a mutação não está presente em células não cancerosas de um indivíduo. Em algumas modalidades, o epítopo é codificado por um gene ou um gene expresso de células cancerosas de um indivíduo.
[0046] Em algumas modalidades, o TCR se liga a um complexo de peptídeo de MHC com uma KD ou uma IC50 menor que 500 nM, 250 nM, 150 nM, 100 nM, 50 nM, 25 nM ou 10 nM.
[0047] Em algumas modalidades, o ácido nucleico é operavelmente ligado a um promotor.
[0048] É fornecido no presente documento um vetor que compreende um ácido nucleico descrito no presente documento. Em algumas modalidades, o vetor é um replicon, plasmídeo, fago, transposon, cosmídeo, vírus ou virion de RNA de autoamplificação. Em algumas modalidades, em que o vetor é um vetor viral. Em algumas modalidades, em que o vetor é derivado de um retrovírus, lentivírus, adenovírus, vírus adenoassociado, vírus do herpes, pox vírus, alfa vírus, vírus da vacina, vírus da hepatite B, papiloma humano ou um pseudotipo dos mesmos. Em algumas modalidades, o vetor é um vetor não viral. Em algumas modalidades, o vetor não viral é uma nanopartícula, um lipídeo catiônico, um polímero catiônico, um nanopolímero metálico, um nanorod, um lipossomo, uma micela, uma microbolha, um peptídeo de penetração celular ou uma liposfera.
[0049] É fornecida no presente documento uma proteína codificada pelo ácido nucleico de qualquer uma das seções descritas acima.
[0050] É fornecida no presente documento uma célula hospedeira que compreende o ácido nucleico descrito acima, o vetor descrito acima ou a proteína descrita acima. Em algumas modalidades, a célula hospedeira é uma célula T CD4+. Em algumas modalidades, a célula hospedeira é uma célula T CD8+. Em algumas modalidades, a célula hospedeira é uma célula autóloga. Em algumas modalidades, a célula hospedeira é uma célula alogênica. Em algumas modalidades, a célula hospedeira é uma célula exterminadora natural, uma célula B ou uma linhagem celular imortalizada. Em algumas modalidades, a célula hospedeira é uma célula humana.
[0051] É fornecida no presente documento uma composição farmacêutica que compreende um ácido nucleico descrito no presente documento, um vetor descrito no presente documento, uma proteína descrita no presente documento ou uma célula hospedeira descrita no presente documento; e um diluente ou excipiente farmaceuticamente aceitável. Em algumas modalidades, a composição farmacêutica compreende adicionalmente um agente imunomodulador ou um adjuvante. Em algumas modalidades, o agente imunomodulador na composição farmacêutica é uma citocina. Em algumas modalidades, o adjuvante na composição farmacêutica é poli I:C. Em algumas modalidades, as composições farmacêuticas são para uso no tratamento de uma doença imune ou câncer.
[0052] É fornecido no presente documento o uso da composição farmacêutica descrita acima, para tratar uma doença imune ou câncer.
[0053] É fornecido no presente documento um vetor descrito no presente documento, uma proteína descrita no presente documento ou uma célula hospedeira descrita no presente documento para fabricação de um medicamento para tratar uma doença imune ou câncer. Em algumas modalidades, o medicamento é uma terapia de célula T adotiva ou uma terapia de gene de TCR.
[0054] É fornecido no presente documento um método de tratamento de um indivíduo com uma doença ou condição, que compreende administrar ao indivíduo uma composição farmacêutica revelada no presente documento.
[0055] É fornecido no presente documento um método de tratamento de um indivíduo com câncer, que compreende administrar ao indivíduo uma composição farmacêutica revelada no presente documento.
[0056] É fornecido no presente documento um método de tratamento de um indivíduo com câncer que compreende administrar ao indivíduo uma composição farmacêutica Em algumas modalidades, ; em que o indivíduo é identificado como expressando ou expressa uma proteína codificada por um alelo HLA-A02:01, um alelo HLA-B07:02, um alelo HLA-B08:01, um alelo HLA-A03:01, um alelo HLA-A11:01, um alelo HLA- A03:02, um alelo HLA-A30:01, um alelo HLA-A31:01, um alelo HLA-A33:01, um alelo HLA-A33:03, um alelo HLA-A68:01 ou um alelo HLA-A74:01 do genoma do indivíduo.
[0057] É fornecido no presente documento um método de tratamento de um indivíduo com câncer que compreende administrar um TCR ou uma célula T que expressa o TCR ao indivíduo, em que o TCR se liga especificamente a um peptídeo RAS mutante em complexo com uma proteína codificada por um HLA-A02:01, um alelo HLA-A03:01, um alelo HLA-A11:01, um alelo HLA-A03:02, um alelo HLA-A30:01, um alelo HLA-A31:01, um alelo HLA-A33:01, um alelo HLA-A33:03, um alelo HLA-A68:01 ou um alelo HLA-A74:01; em que o indivíduo é identificado como expressando ou expressa uma proteína codificada por um alelo HLA-A03:01, um alelo HLA- A11:01, um alelo HLA-A03:02, um alelo HLA-A30:01, um alelo HLA-A31:01, um alelo HLA-A33:01, um alelo HLA-A33:03, um alelo HLA-A68:01 ou um alelo HLA-A74:01, em que o indivíduo expressa o alelo HLA.
[0058] É fornecido no presente documento um método de tratamento de um indivíduo com câncer que compreende administrar ao indivíduo uma composição farmacêutica descrita no presente documento; em que o TCR se liga a um peptídeo RAS mutante que compreende uma mutação em G12 em complexo com um HLA-A02:01. um alelo HLA-A03:01, um alelo HLA-A11:01, um alelo HLA-A03:02, um alelo HLA-A30:01, um alelo HLA-A31:01, um alelo HLA-A33:01, um alelo HLA-A33:03, um alelo HLA-A68:01 ou um HLA-A74:01; em que o indivíduo é identificado como expressando uma proteína codificada por um alelo HLA-A03:01, um alelo HLA-A11:01, um alelo HLA- A03:02, um alelo HLA-A30:01, um alelo HLA-A31:01, um alelo HLA-A33:01, um alelo HLA-A33:03, um alelo HLA-A68:01 ou um alelo HLA-A74:01.
[0059] É fornecido no presente documento um método de tratamento de um indivíduo com câncer que compreende administrar ao indivíduo uma composição que compreende um receptor de célula T (TCR) específico para um peptídeo
GATA3 mutante em complexo com uma proteína de HLA; em que o peptídeo GATA3 mutante compreende pelo menos um aminoácido mutante e é fragmento de pelo menos 8 aminoácidos contíguos de uma proteína de GATA3 mutante proveniente de uma mutação em um gene GATA3 de uma célula cancerosa; em que o peptídeo GATA3 mutante se liga a uma proteína codificada por um alelo HLA-A02:01, HLA-B07:02 ou HLA-B08:01.
[0060] É fornecido no presente documento um método de tratamento de um indivíduo com câncer que compreende administrar ao indivíduo uma composição que compreende um receptor de célula T (TCR) específico para um peptídeo GATA3 mutante em complexo com uma proteína de HLA; em que o peptídeo GATA3 mutante compreende um ou mais aminoácidos de GATA3 mutante codificados por uma sequência de GATA3 neoORF, em que o peptídeo GATA3 mutante se liga a uma proteína codificada por um alelo HLA-A02:01, HLA-B07:02 ou HLA- B08:01.
[0061] É fornecido no presente documento um método de tratamento de um indivíduo com câncer que compreende administrar um TCR ou célula T que expressa o TCR ao indivíduo; em que o TCR se liga especificamente a um peptídeo GATA3 mutante em complexo com uma proteína codificada por um alelo HLA-A02:01, HLA-B07:02 ou HLA- B08:01; em que o indivíduo é identificado como expressando ou expressa uma proteína codificada por um alelo HLA-A02:01, HLA-B07:02 ou HLA-B08:01.
[0062] É fornecido no presente documento um método de tratamento de um indivíduo com câncer que compreende administrar ao indivíduo uma composição que compreende um receptor de célula T (TCR) específico para um peptídeo de
TMPRSS2:ERG mutante em complexo com uma proteína de HLA; em que o peptídeo de TMPRSS2:ERG mutante compreende pelo menos um aminoácido mutante e é um fragmento de uma mutação de fusão de gene TMPRSS2:ERG; em que o peptídeo de TMPRSS2:ERG mutante se liga a uma proteína codificada por um alelo HLA- A02:01.
[0063] É fornecido no presente documento um método de tratamento de um indivíduo com câncer que compreende administrar ao indivíduo uma composição que compreende um receptor de célula T (TCR) específico para um peptídeo BTK mutante em complexo com uma proteína de HLA; em que o peptídeo BTK mutante compreende pelo menos um aminoácido mutante; em que o peptídeo BTK mutante se liga a uma proteína codificada por um alelo HLA-A02:01.
[0064] É fornecido no presente documento um método de tratamento de um indivíduo com câncer que compreende administrar ao indivíduo uma composição que compreende um receptor de célula T (TCR) específico para um peptídeo BTK mutante em complexo com uma proteína de HLA; em que o peptídeo BTK mutante compreende uma mutação de resistência ou uma mutação pontual; em que o peptídeo BTK mutante se liga a uma proteína codificada por um alelo HLA-A02:01.
[0065] É fornecido no presente documento um método de tratamento de um indivíduo com câncer que compreende administrar ao indivíduo uma composição que compreende um receptor de célula T (TCR) específico para um peptídeo BTK mutante em complexo com uma proteína de HLA; em que o peptídeo BTK mutante compreende uma mutação de C481S; em que o peptídeo BTK mutante se liga a uma proteína codificada por um alelo HLA-A02:01.
[0066] É fornecido no presente documento um método de tratamento de um indivíduo com câncer que compreende administrar ao indivíduo uma composição que compreende um receptor de célula T (TCR) ou uma célula T que expressa o TCR para o indivíduo, em que o TCR se liga especificamente a um peptídeo EGFR mutante em complexo com uma proteína codificada por um HLA-A02:01; em que o peptídeo EGFR mutante compreende uma mutação de resistência ou uma mutação pontual, em que o indivíduo é identificado como expressando ou expressa uma proteína codificada por um alelo HLA-A02:01. Em algumas modalidades, o peptídeo EGFR mutante compreende uma mutação de T790M.
[0067] É fornecido no presente documento um método de prevenção da resistência a uma terapia de câncer, em que o método compreende administrar a um indivíduo em necessidade do mesmo uma composição farmacêutica descrita no presente documento.
[0068] É fornecido no presente documento um método de indução de uma resposta imune, em que o método compreende administrar a um indivíduo com necessidade do mesmo uma composição farmacêutica descrita no presente documento.
[0069] É fornecido no presente documento um método de identificação de um indivíduo com câncer como um candidato para uma terapêutica, em que o método compreende identificar o indivíduo como um indivíduo que expressa uma proteína codificada por um alelo HLA-A02:01, um alelo HLA- A03:01, um alelo HLA-A11:01, um alelo HLA-A03:02, um alelo HLA-A30:01, um alelo HLA-A31:01, um alelo HLA-A33:01, um alelo HLA-A33:03, um alelo HLA-A68:01 ou um alelo HLA- A74:01, em que a terapêutica é uma composição farmacêutica descrita no presente documento.
[0070] É fornecido no presente documento um método de identificação de um indivíduo com câncer como um candidato para uma terapêutica, em que o método compreende identificar o indivíduo como aquele que expressa uma proteína codificada por um alelo HLA-A02:01, HLA-B07:02 ou HLA-B08:01, em que a terapêutica compreende um receptor de célula T (TCR) específico para um peptídeo GATA3 mutante em complexo com uma proteína de HLA; em que o peptídeo GATA3 mutante compreende pelo menos um aminoácido mutante e é fragmento de pelo menos 8 aminoácidos contíguos de uma proteína de GATA3 mutante proveniente de uma mutação em um gene GATA3 de uma célula cancerosa; em que o peptídeo GATA3 mutante se liga a uma proteína codificada por um alelo HLA- A02:01, HLA-B07:02 ou HLA-B08:01.
[0071] É fornecido no presente documento um método de identificação de um indivíduo com câncer como um candidato para uma terapêutica, em que o método compreende identificar o indivíduo como aquele que expressa uma proteína codificada por um alelo HLA-A03:01, um alelo HLA- A11:01, um alelo HLA-A03:02, um alelo HLA-A30:01, um alelo HLA-A31:01, um alelo HLA-A33:01, um alelo HLA-A33:03, um alelo HLA-A68:01 ou um alelo HLA-A74:01, em que a terapêutica compreende um receptor de célula T (TCR) específico para um peptídeo RAS mutante que compreende uma mutação em G12 em complexo com uma proteína de HLA; em que o peptídeo RAS mutante se liga a uma proteína codificada por um alelo HLA-A03:01, um alelo HLA-A11:01, um alelo HLA- A03:02, um alelo HLA-A30:01, um alelo HLA-A31:01, um alelo HLA-A33:01, um alelo HLA-A33:03, um alelo HLA-A68:01 ou um alelo HLA-A74:01.
[0072] É fornecido no presente documento um método de identificação de um indivíduo com câncer como um candidato para uma terapêutica, em que o método compreende identificar o indivíduo como aquele que expressa uma proteína codificada por um alelo HLA-A02:01, em que a terapêutica compreende um receptor de célula T (TCR) específico para um peptídeo de TMPRSS2:ERG mutante em complexo com uma proteína de HLA; em que o peptídeo de TMPRSS2:ERG mutante compreende pelo menos um aminoácido mutante e é um fragmento de uma mutação de fusão de gene TMPRSS2:ERG; em que o peptídeo de TMPRSS2:ERG mutante se liga a uma proteína codificada por um alelo HLA-A02:01.
[0073] É fornecido no presente documento um método de identificação de um indivíduo com câncer como um candidato para uma terapêutica, em que o método compreende identificar o indivíduo como aquele que expressa uma proteína codificada por um alelo HLA-A02:01, em que a terapêutica compreende um receptor de célula T (TCR) específico para um peptídeo BTK mutante em complexo com uma proteína de HLA; em que o peptídeo BTK mutante compreende pelo menos um aminoácido mutante; em que o peptídeo BTK mutante se liga a uma proteína codificada por um alelo HLA- A02:01.
[0074] É fornecido no presente documento um método de identificação de um indivíduo com câncer como um candidato para uma terapêutica, em que o método compreende identificar o indivíduo como aquele que expressa uma proteína codificada por um alelo HLA-A02:01, em que a terapêutica compreende um receptor de célula T (TCR)
específico para um peptídeo BTK mutante em complexo com uma proteína de HLA; em que o peptídeo BTK mutante compreende uma mutação de resistência ou uma mutação pontual; em que o peptídeo BTK mutante se liga a uma proteína codificada por um alelo HLA-A02:01.
[0075] É fornecido no presente documento um método de identificação de um indivíduo com câncer como um candidato para uma terapêutica, em que o método compreende identificar o indivíduo como aquele que expressa uma proteína codificada por um alelo HLA-A02:01, em que a terapêutica compreende um receptor de célula T (TCR) específico para um peptídeo BTK mutante em complexo com uma proteína de HLA; em que o peptídeo BTK mutante compreende uma mutação de C481S; em que o peptídeo BTK mutante se liga a uma proteína codificada por um alelo HLA-A02:01.
[0076] É fornecido no presente documento um método de identificação de um indivíduo com câncer como um candidato para uma terapêutica, em que o método compreende identificar o indivíduo como aquele que expressa uma proteína codificada por um alelo HLA-A02:01, em que a terapêutica compreende um receptor de célula T (TCR) específico para um peptídeo EGFR mutante em complexo com uma proteína de HLA; em que o peptídeo EGFR mutante compreende pelo menos um aminoácido mutante T790M; em que o peptídeo EGFR mutante se liga a uma proteína codificada por um alelo HLA-A02:01.
[0077] Em algumas modalidades, o câncer é selecionado a partir do grupo que consiste em câncer de mama, câncer de pulmão, câncer de pulmão de célula não pequena, câncer pancreático, câncer colorretal, câncer uterino, melanoma,
câncer ovariano, câncer de próstata, câncer endometrial, leucemia linfocítica crônica (CLL) e câncer de fígado. Em algumas modalidades, o indivíduo tem um câncer de mama que é resistente à terapia antiestrogênica, é um câncer de mama de MSI, é um câncer de mama metastático, é um câncer de mama negativo para Her2, é um câncer de mama positivo para Her2, é um câncer de mama negativo para ER, é um câncer de mama positivo para ER é um câncer de mama recorrente, é um câncer de mama metastático ou qualquer combinação dos mesmos. Em algumas modalidades, o câncer de mama expressa um receptor de estrogênio com uma mutação.
[0078] Em algumas modalidades, o indivíduo tem um câncer de mama que é resistente à terapia antiestrogênica. Em algumas modalidades, o câncer de mama expressa um receptor de estrogênio com uma mutação. Em algumas modalidades, o indivíduo tem uma CLL que é resistente à terapia de ibrutinibe. Em algumas modalidades, o CLL expressa uma tirosina quinase de Bruton (BTK) com uma mutação, como uma mutação de C481S. Em algumas modalidades, o indivíduo tem um câncer de pulmão que é resistente a um inibidor de tirosina quinase. Em algumas modalidades, o câncer de pulmão expressa um receptor de fator de crescimento epidérmico (EGFR) com uma mutação, como uma mutação de T790M, L792F ou C797S.
[0079] Em algumas modalidades, uma resposta imune é provocada no indivíduo. Em algumas modalidades, a resposta imune é uma resposta humoral. Em algumas modalidades, a resposta imune é uma resposta de célula T citotóxica.
[0080] Em algumas modalidades, o método compreende adicionalmente administrar pelo menos uma modalidade ou agente terapêutico adicional. Em algumas modalidades, o pelo menos uma modalidade ou agente terapêutico adicional é cirurgia, um inibidor de ponto de verificação, um anticorpo ou fragmento do mesmo, um agente quimioterápico, radiação, uma vacina, uma molécula pequena, uma célula T, um vetor, e APC, um polinucleotídeo, um vírus oncolítico ou qualquer combinação dos mesmos. Em algumas modalidades, o pelo menos um agente terapêutico adicional é um agente anti-PD-1 e agente anti-PD-L1, um agente anti-CTLA-4 ou um agente anti- CD40. Em algumas modalidades, o agente terapêutico adicional é administrado antes, simultaneamente ou após administrar uma composição farmacêutica descrita no presente documento.
[0081] Em algumas modalidades, a administração compreende administrar por via subcutânea ou intravenosa.
[0082] Em algumas modalidades, o indivíduo é um indivíduo que tem tido propensão à doença seguindo a terapia endócrina em combinação com um inibidor de CDK 4/6.
[0083] É fornecido no presente documento um método que compreende: identificar células T específicas de neoantígeno a partir de uma amostra que compreende uma população de células T; identificar um ou mais peptídeos de um complexo de peptídeo-MHC que são apresentados por uma célula que apresenta antígeno (APC); identificar uma sequência variável de um receptor de célula T (TCR) das células T específicas de neoantígeno; expressar um TCR recombinante que compreende a sequência variável do TCR identificado em uma célula de TCR; e realizar um ensaio funcional, em que o ensaio funcional compreende colocar a célula de TCR em contato com um complexo de peptídeo-MHC que compreende um peptídeo de um ou mais peptídeos identificados.
[0084] Em algumas modalidades, o método compreende obter a amostra que compreende a população de células que compreendem as células T específicas de neoantígeno. Em algumas modalidades, a obtenção da amostra compreende obter uma amostra de célula T de um indivíduo saudável ou de um indivíduo com câncer. Em algumas modalidades, a amostra de célula T é de um doador saudável. Em algumas modalidades, a amostra de célula T é uma amostra de célula mononuclear sanguínea periférica (PBMC).
[0085] Em algumas modalidades, na identificação de células T específicas de neoantígeno compreende colocar a população de células T em contato com pelo menos um complexo de multímero de peptídeo-MHC que compreende um peptídeo de neoantígeno. Em algumas modalidades, a identificação de células T específicas de neoantígeno compreende colocar a população de células T em contato com um complexo de peptídeo-MHC que compreende um peptídeo de neoantígeno. Em algumas modalidades, a identificação de células T específicas de neoantígeno compreende colocar a população de células T em contato com um APC que compreende o complexo de peptídeo-MHC. Em algumas modalidades, a identificação de células T específicas de neoantígeno compreende adicionalmente isolar as células T da população de célula T específica de o complexo de peptídeo-MHC. Em algumas modalidades, a identificação de células T específicas de neoantígeno compreende adicionalmente identificar ou prever células T da população de célula T específica de o complexo de peptídeo-MHC com base na clonalidade de TCR. Em algumas modalidades, a identificação de uma sequência variável de um TCR das células T específicas de neoantígeno é realizada antes de identificar as células T específicas de neoantígeno. Em algumas modalidades, a identificação de uma sequência variável de um TCR das células T específicas de neoantígeno compreende sequenciar DNA, RNA ou produtos amplificados dos mesmos a partir de uma ou mais células T específicas de neoantígeno que codificam a sequência variável. Em algumas modalidades, a identificação de uma sequência variável de um TCR das células T específicas de neoantígeno compreende sequenciar DNA, RNA ou produtos amplificados dos mesmos de uma célula T específica de antígeno única que codifica a sequência variável. Em algumas modalidades, a identificação de uma sequência variável de um TCR das células T específicas de neoantígeno compreende sequenciar DNA codificado ou RNA codificado, ou produtos amplificados do mesmo, de uma ou mais células T específicas de neoantígeno que codificam a sequência variável. Em algumas modalidades, a identificação de uma sequência variável de um TCR das células T específicas de neoantígeno compreende parear uma cadeia alfa de TCR com uma cadeia beta de TCR.
[0086] Em algumas modalidades, a expressão de um TCR recombinante compreende expressar a sequência variável identificada de um polinucleotídeo que compreende uma sequência que codifica a sequência variável identificada. Em algumas modalidades, o polinucleotídeo é um vetor. Em algumas modalidades, o vetor é um vetor viral. Em algumas modalidades, o vetor viral é um vetor lentiviral. Em algumas modalidades, a expressão de um TCR recombinante compreende traduzir ou transfectar o polinucleotídeo em células. Em algumas modalidades, as células são uma linhagem de célula T ou PMBCs de doador saudável.
[0087] Em algumas modalidades, a identificação de um ou mais peptídeos de um complexo de peptídeo-MHC que são apresentados por um APC compreende expressar o um ou mais peptídeos em células. Em algumas modalidades, a identificação de um ou mais peptídeos de um complexo de peptídeo-MHC que são apresentados por um APC compreende carregar o um ou mais peptídeos em MHCs de células. Em algumas modalidades, a identificação de um ou mais peptídeos de um complexo de peptídeo-MHC que são apresentados por um APC compreende eluir ou isolar um peptídeo de um ou mais peptídeos de um complexo de peptídeo MHC. Em algumas modalidades, a identificação de um ou mais peptídeos de um complexo de peptídeo-MHC que são apresentados por um APC compreende realizar espectrometria de massa em um peptídeo de um ou mais peptídeos que foram isolados ou eluídos de um complexo de peptídeo-MHC. Em algumas modalidades, a realização de um ensaio funcional compreende determinar a expressão de um ou mais marcadores de célula. Em algumas modalidades, o um ou mais marcadores de célula compreendem TNF-α, IFN-γ, LAMP-1, 4-1BB, IL-2, IL-17A, Granzyme B, PD-1, CD25, CD69, TIM3, LAG3, CTLA-4, CD62L, CD45RA, CD45RO, FoxP3 ou qualquer combinação dos mesmos.
[0088] Todas as publicações, patentes e pedidos de patente mencionados neste relatório descritivo são incorporados ao presente documento a título de referência,
na mesma extensão como se cada publicação, patente ou pedido de patente individual tivesse sido especificamente indicado para ser incorporado por referência.
[0089] As características inovadoras da invenção são apresentadas com particularidade nas reivindicações anexas. Um melhor entendimento dos recursos e das vantagens da invenção serão obtidos a título de referência à seguinte descrição detalhada que define as modalidades ilustrativas, nas quais os princípios da invenção são utilizados, e aos desenhos anexos, nos quais:
[0090] A FIG. 1 descreve um fluxo de trabalho para análise e identificação de TCR específica de antígeno. PBMCs dos doadores saudáveis podem ser estimadas com o antígeno de interesse, após os quais as células T específicas de antígeno podem ser identificadas com multímeros de peptídeo-MHC (esquerda). As células T específicas de antígeno podem ser isoladas e o TCR pode ser sequenciado e analisado (à esquerda no meio). O TCR pode ser sintetizado e expresso em uma linhagem celular ou PBMCs, e a especificidade pode ser novamente confirmada pelo multímero de peptídeo-MHC (à direita no meio). A linhagem celular que expressa TCR ou PBMCs podem, então, ser cocultivadas com linhagens celulares que expressam antígeno para confirmar a funcionalidade do TCR (direita).
[0091] FIG. 2 uma esquemática exemplificativa de uma expansão de célula T CD8+ específica de antígeno. PBMCs podem ser estimuladas com o antígeno de interesse e citocinas. Após a expansão, as células T CD8+ específicas de antígeno podem ser identificadas com multímeros de peptídeo-MHC.
[0092] A FIG. 3A é uma esquemática exemplificativa de construtos de TCR recombinante e projeto de vetor para expressão dos construtos de TCR em células.
[0093] A FIG. 3B é uma esquemática exemplificativa de um vetor viral que codifica TCRs recombinantes para transdução ou transfecção em células.
[0094] A FIG. 4A descreve uma análise de citometria de fluxo exemplificativa de expansão de célula T Cd8+ específica de antígeno RAS em resposta ao estímulo com um peptídeo RAS.
[0095] A FIG. 4B descreve uma análise de citometria de fluxo exemplificativa de células Jurkat específicas de antígeno RAS após a classificação superior a 10 % de células positivas para multímero que expressam um TCR recombinante após a seleção de puromicina.
[0096] A FIG. 5 descreve uma análise de citometria de fluxo exemplificativa de expansão de célula T CD8+ específica de complexo de RAS-peptídeo-HLA-A11:01 em resposta ao estímulo com peptídeo RAS G12V (esquerda), expansão de célula T CD8+ específica de complexo de RAS- peptídeo-HLA-A11:01 em resposta ao estímulo com peptídeo RAS G12C (no meio), e expansão de célula T CD8+ específica de complexo de RAS-peptídeo-HLA-A11:01 em resposta ao estímulo com RAS G12D peptídeo (direita).
[0097] A FIG. 6A descreve análises de citometria de fluxo exemplificativas de expansão de célula T CD8+ específica de complexo de RAS-peptídeo-HLA-A11:01 em resposta ao estímulo com um peptídeo RAS mutante G12V ou G12C (esquerda), análise de abundância de clone de TCR após sequenciamento do TCR dos alinhamentos agrupados (no meio), e confirmação de especificidade mutante versus do tipo selvagem dos 2 clones recuperados superiores após expressão de TCR recombinante em células Jurkat (direita).
[0098] A FIG. 6B descreve experimental resultados de ensaios funcionais de TCR para avaliar a especificidade (esquerda) e avidez (direita) de três RAS TCRs (RAS TCR-3, RAS TCR-4, RAS TCR-11). Os gráficos que mostram a produção de IL-2 após a cocultura de células Jurkat transduzidas por RAS TCR com células A375 que expressam HLA-A11:01 carregado com peptídeo RAS mutante ou do tipo selvagem RAS (esquerda) ou aumento das quantidades de peptídeo RAS mutante (direita).
[0099] A FIG. 7A descreve resultados experimentais de um ensaio de avidez funcional de TCR (titulação de peptídeo). Um gráfico que mostra produção de IL-2 após a cocultura de células Jurkat transduzidas por RAS TCR com células A375 que expressam HLA-A11:01 carregado com quantidades crescentes de peptídeo RAS mutante ou RAS do tipo selvagem.
[0100] A FIG. 7B descreve um gráfico exemplificativo que mostra a produção de IL-2 após a cocultura de células Jurkat transduzidas com RAS TCR-4 com células A375 modificadas para expressar HLA-A11:01 apenas, modificadas para expressar HLA-A11:01 e a mutação de KRAS G12V, ou modificadas para expressar HLA-A11:01 e uma mutação irrelevante.
[0101] A FIG. 8A descreve um gráfico exemplificativo que mostra a secreção de IFN das PBMCs transduzidas por RAS TCR-4 após cocultura com a linhagem de células de câncer de cólon de RAS G12V SW620 naturalmente mutante sem manipulação, com expressão de HLA-A11:01 mais peptídeo RAS G12V adicionado, e com expressão de HLA-A11:01 apenas.
[0102] A FIG. 8B descreve um gráfico exemplificativo que mostra ativação de Caspase-3 após cocultura com PBMCs transduzidas por RAS TCR na linhagem de células de câncer de cólon de RAS G12V SW620 naturalmente mutante sem manipulação, com expressão de HLA-A11:01 mais peptídeo RAS G12V adicionado, e com expressão de HLA-A11:01 apenas.
[0103] A FIG. 8C descreve resultados experimentais de um ensaio de citotoxicidade em que PBMCs transduzidas com um TCR irrelevante (esquerda) ou RAS TCR-4 (direita) são cocultivadas com células tumorais-alvo SW620 que expressam HLA-A11:01 e GFP em uma faixa crescente de razões entre PBMC e alvo. Os gráficos que descrevem o crescimento das células-alvo por 72 horas como medido pelo sinal de GFP (superior) e o extermínio das células-alvo como medido pela sinalização de Anexina V (inferior) mostra que as PBMCs transduzidas por RAS TCR exterminam as células-alvo de modo eficaz.
[0104] A FIG. 8D descreve resultados experimentais de um ensaio de citotoxicidade em que PBMCs transduzidas com um TCR irrelevante (esquerda) ou RAS TCR-4 (direita) são cocultivadas com células tumorais-alvo de SNG-M em uma faixa crescente de razões entre PBMC e alvo. Os gráficos que descrevem o extermínio das células-alvo como medido pela sinalização de Anexina V por 72 horas mostra que as PBMCs transduzidas por RAS TCR exterminam as células-alvo.
[0105] A FIG. 8E descreve resultados experimentais de uma exibição segura de RAS TCR-4. É descrito à esquerda um gráfico que mostra a produção de IL-2 após a cocultura de células Jurkat transduzidas por RAS TCR com células A375 que expressam HLA-A11:01 carregado com o epítopo ou peptídeos de RAS G12V análogo em que uma posição do epítopo análogo é alterada para uma alanina. É descrito ao centro um gráfico que mostra a produção de IL-2 após a cocultura de células Jurkat transduzidas por RAS TCR com células A375 que expressam HLA-A11:01 carregado com o epítopo RAS G12V ou peptídeos identificados a partir da exibição segura inicial. É descrito à direita um gráfico que mostra a produção de IL-2 após a cocultura de células Jurkat transduzidas por RAS TCR com células A375 que expressam HLA-A11:01 transduzido com Perilipin4 e carregado com peptídeo RAS G12V ou peptídeo Perilipin4 ou sem peptídeo (direita).
[0106] A FIG. 8F descreve o fluxo de trabalho usado para identificar RAS TCR-26 e RAS TCR-27. É descrito à esquerda em cima uma análise de citometria de fluxo de expansão de célula T CD8+ específica de complexo de RAS-peptídeo-HLA- A11:01 em resposta ao estímulo com peptídeo RAS G12V. É descrito à direita em cima a medição do crescimento celular de células-alvo A375 que expressam HLA-A11:01 e GFP por 54 horas após cocultura com as células T CD8+ expandidas. Nesse experimento, as células T expandidas na presença dos peptídeos foram incubadas com as células A375 que foram carregadas com as quantidades indicadas de peptídeos. É descrito à esquerda em baixo a citotoxicidade específica calculada em 48 horas comparando as células-alvo carregadas com quantidades crescentes ou peptídeo RAS mutante normalizado para um controle com peptídeo do tipo selvagem. São descritas à direita em baixo abundâncias relativas de regiões de CDR3 de TCR alfa e TCR beta após sequenciamento de TCR de célula única das células positivas para multímero. Na parte inferior esquerda do quadro, a FIG. 8F revela "CAVKGGGSGTYKYIF" como SEQ ID NO: 603, " CAVGNNQGGKLIF" como SEQ ID NO: 604, "CAGPNTNAGKSTF" como SEQ ID NO: 605, "CAASIADGQKLLF" como SEQ ID NO: 606, "CAYIDAGNQFYF" como SEQ ID NO: 607, "CAVRGDSGGGADGLTF" como SEQ ID NO: 608, "CAVDIIGGKSTF" como SEQ ID NO: 609 e "CAANAGGTSYGKLTF" como SEQ ID NO: 610. Na parte inferior direita do quadro, a FIG. 8F revela "CASSFFPTSTGRTDTQYF" como SEQ ID NO: 611, "CASSGPGPRGFNEQFF" como SEQ ID NO: 612, "CASSLGQDTEAFF" como SEQ ID NO: 613, "CASSESGSGEKLFF" como SEQ ID NO: 614, "CASITPRDEQFF" como SEQ ID NO: 615 e "CASSEWGSTGELFF" como SEQ ID NO: 616.
[0107] A FIG. 8G descreve o fluxo de trabalho usado para identificar RAS TCR-28. É descrito à esquerda em cima uma análise de citometria de fluxo de expansão de célula T CD8+ específica de complexo de RAS-peptídeo-HLA-A11:01 em resposta ao estímulo com peptídeo RAS G12V. É descrita à direita em cima a medição do crescimento celular de células-alvo A375 que expressam HLA-A11:01 e GFP e carregadas com doses variáveis do peptídeo, por 54 horas após a cocultura com as células T CD8+ expandidas. Os dados mostram correlação inversa satisfatória de crescimento celular com dose de peptídeo, que demonstra a especificidade de TCR para o peptídeo. É descrito à esquerda em baixo a citotoxicidade específica calculada em 48 horas comparando as células-alvo carregadas com quantidades crescentes ou peptídeo RAS mutante normalizado para um controle com peptídeo do tipo selvagem. São descritas à direita em baixo abundâncias relativas de regiões de CDR3 de TCR alfa e TCR beta após sequenciamento de TCR de célula única das células positivas para multímero. Na parte inferior esquerda do quadro, a FIG. 8G revela "CAMREGRGAGNNRKLIW" como SEQ ID NO: 617, "CALSEAGLGGGKLIF" como SEQ ID NO: 618 e "CAASAVGQEYGNKLVF" como SEQ ID NO:
619. Na parte inferior direita do quadro, a FIG. 8G revela "CASSQDRLAGDYEQYF" como SEQ ID NO: 620 e "CASSEYTMGTQYF" como SEQ ID NO: 621.
[0108] A FIG. 9 descreve uma análise de citometria de fluxo exemplificativa de expansão de célula T CD8+ específica de complexo de RAS-peptídeo-HLA-A03:01 em resposta ao estímulo com peptídeo RAS G12V (esquerda) e expansão de célula T CD8+ específica de complexo de RAS- peptídeo-HLA-A03:01 em resposta ao estímulo com peptídeo RAS G12C (direita).
[0109] A FIG. 10A descreve um fluxo de trabalho para análise e identificação de TCR específica de antígeno de uma amostra descrita na FIG. 9.
[0110] A FIG. 10B descreve um fluxo de trabalho para identificada de TCR específica de antígeno de uma amostra descrita na FIG. 9.
[0111] A FIG. 10C descreve resultados experimentais de ensaios de avidez funcional de TCR (titulação de peptídeo). É descrito à esquerda um gráfico que mostra a produção de IL-2 após a cocultura de células Jurkat transduzidas por RAS TCR-5 com células A375 que expressam HLA-A03:01 carregado com quantidades crescentes de peptídeo RAS mutante ou RAS do tipo selvagem. É descrito à direita um gráfico que mostra a produção de IL-2 após a cocultura de células Jurkat transduzidas por RAS TCR-6 com células A375 que expressam HLA-A03:01 carregado com quantidades crescentes de peptídeo RAS mutante ou RAS do tipo selvagem.
[0112] A FIG. 10D descreve resultados experimentais de um ensaio de citotoxicidade em que PBMCs transduzidas com um TCR irrelevante (esquerda), RAS TCR-5 (no meio), ou RAS TCR-6 (direita) são cocultivadas com células tumorais-alvo A375 que expressam HLA-A03:01 e GFP em uma faixa crescente de razões entre PBMC e alvo. Os gráficos do crescimento das células-alvo em 72 horas como medido por sinal de GFP mostra que as PBMCs transduzidas por RAS TCR exterminam as células-alvo de modo eficaz.
[0113] A FIG. 10E descreve resultados experimentais de um ensaio de citotoxicidade em que as PBMCs transduzidas com um TCR irrelevante, RAS TCR-5 ou RAS TCR-6 são cocultivadas com células tumorais-alvo NCI-H441. O sinal de Anexina V aumentado em células-alvo por 48 horas mostra que os RAS TCRs são capazes de reconhecer e exterminar essa célula tumoral-alvo.
[0114] A FIG. 10F descreve os resultados experimentais de uma exibição segura de RAS TCR-5 (superior) e RAS TCR-6 (inferior). Os gráficos que mostram a produção de IL-2 após a cocultura de células Jurkat transduzidas por RAS TCR com células A375 que expressam HLA-A11:01 carregadas com os peptídeos de ou epítopo RAS G12V análogo em que uma posição do epítopo análogo é alterada para uma alanina.
[0115] A FIG. 11 descreve um fluxo de trabalho exemplificativo para análise de GATA3 e identificação de TCR específica de antígeno. É descrita à esquerda uma análise de citometria de fluxo exemplificativa de expansão de célula T CD8+ específica de complexo de GATA3-peptídeo- HLA-A02:01 em resposta ao estímulo com um peptídeo mutante GATA3.
[0116] A FIG. 12A descreve os resultados de um ensaio de avidez funcional de TCR (titulação de peptídeo). Um gráfico que mostra a produção de IL-2 após a cocultura de células T transduzidas por GATA3 TCR-1 com células carregadas ou transduzidas com quantidades crescentes de peptídeo mutante GATA3.
[0117] A FIG. 12B descreve um gráfico que mostra a produção de IL-2 após a cocultura de células Jurkat transduzidas por GATA3 TCR com células carregadas com um peptídeo irrelevante ou o peptídeo GATA3 mutante, e células transduzidas com um vetor irrelevante ou um vetor que codifica a mutação de GATA3 neoORF.
[0118] A FIG. 12C descreve um gráfico que mostra regulação crescente de produção de IFNγ em 2 amostras de célula que expressam peptídeo de controle ou um peptídeo mutante GATA3.
[0119] A FIG. 12D descreve um gráfico que mostra o percentual de células positivas para CD8 e CD107a em 2 amostras de célula que expressam o peptídeo de controle ou um peptídeo mutante GATA3.
[0120] A FIG. 12E descreve um gráfico que mostra o percentual de células positivas para caspase 3 vivas em 2 amostras de célula que expressam peptídeo de controle ou um peptídeo mutante GATA3.
[0121] A FIG. 13 descreve um fluxo de trabalho exemplificativo para análise de TMPRSS2:ERG e identificação de TCR específica de antígeno. É descrita à esquerda uma análise de citometria de fluxo exemplificativa de expansão de células T CD8+ específica de complexo de TMPRSS2:ERG- peptídeo-HLA-A02:01 em resposta ao estímulo com um peptídeo mutante de TMPRSS2:ERG.
[0122] A FIG. 14 descreve um gráfico exemplificativo que mostra produção de IL-2 após a cocultura de células Jurkat transduzidas por TMPRSS2:ERG TCR-1 com 293T células não manipuladas, carregadas com peptídeo irrelevante ou carregadas com o peptídeo de TMPRSS2:ERG.
[0123] A FIG. 15 descreve um fluxo de trabalho exemplificativo para análise de BTK e identificação de TCR específica de antígeno. É descrita à esquerda uma análise de citometria de fluxo exemplificativa de expansão de célula T CD8+ específica de complexo de BTK-peptídeo-HLA- A02:01 em resposta ao estímulo com um peptídeo de BTK mutante.
[0124] A FIG. 16A descreve uma análise de citometria de fluxo exemplificativa de expansão de células T CD8+ específica de complexo de EGFR-peptídeo-HLA-A02:01 em resposta ao estímulo com peptídeo EGFR T790M. Cada plotagem na FIG. 16A representa uma amostra de expansão de célula T representativa (poço) com o peptídeo EGFR T790M. Os TCRs das células foram sequenciados.
[0125] A FIG. 16B descreve uma análise de citometria de fluxo exemplificativa de populações de célula T CD8+ específicas de complexo de EGFR-peptídeo-HLA-A02:01 potenciais em resposta ao estímulo com peptídeo EGFR T790M, cujos TCRs permanecem para serem sequenciados. Cada plotagem na FIG. 16B representa uma amostra de expansão de célula T representativa (poço) em resposta ao peptídeo EGFR
T790M.
[0126] O termo “cerca de” ou “aproximadamente” significa dentro de uma faixa de erro aceitável para o valor particular como determinado por um elemento de conhecimento comum na técnica, que dependerá em parte de como o valor é medido ou determinado, isto é, as limitações do sistema de medição. Por exemplo, “cerca de” pode significar dentro de 1 ou mais que 1 desvio padrão, pela prática da técnica. Alternativamente, “cerca de” pode significar uma faixa de até 20 %, até 10 %, até 5 % ou até 1 % de um determinado valor. Alternativamente, em particular em relação aos sistemas biológicos ou processos, o termo pode significar dentre de uma ordem de magnitude, de preferência, em 5 vezes e, com mais preferência, em 2 vezes, de um valor. Onde os valores particulares são descritos no pedido e nas reivindicações, salvo se indicado de outro modo, o termo “cerca de” que significa dentro de uma faixa de erro aceitável para o valor particular deve ser assumido.
[0127] Salvo se definido de outro modo, todos os termos técnicos e científicos usados no presente documento têm o mesmo significado que aquele comumente entendido por um indivíduo de habilidade comum na técnica a que essa revelação pertence. Embora quaisquer métodos e materiais similares ou equivalentes àqueles descritos no presente documento possam também ser usados na prática ou testagem da presente revelação, os métodos e materiais preferenciais são descritos. Os detalhes de uma ou mais modalidades particulares são apresentados na descrição abaixo. I. Definições
[0128] Salvo se indicado de outro modo, o termo “TCR” deve ser entendido para abranger todos os TCRs bem como porções de ligação a antígeno ou fragmentos de ligação a antígeno (também chamados de fragmentos de ligação de peptídeo MHC) do mesmo.
Em algumas modalidades, o TCR é um TCR de comprimento completo ou intacto.
Em algumas modalidades, o TCR é uma porção de ligação a antígeno que é menor que um TCR de comprimento completo, mas que se liga a um peptídeo antigênico específico ligado a (isto é, no contexto de) uma molécula de MHC, isto é, um complexo de peptídeo de MHC.
Em alguns casos, uma porção de ligação a antígeno ou fragmento de um TCR pode conter apenas uma porção dos domínios estruturais de um TCR de comprimento completo ou intacto, mas ainda é capaz de se ligar ao epítopo (por exemplo, complexo de peptídeo de MHC) ao qual o TCR completo se liga.
Em alguns casos, uma porção de ligação a antígeno ou fragmento de um TCR contém os domínios variáveis de um TCR, como cadeia α variável e cadeia β variável de um TCR, suficiente para formar um sítio de ligação para se ligar a um complexo de peptídeo de MHC específico, como geralmente onde cada cadeia contém três regiões determinantes de complementaridade.
Os polipeptídeos ou proteínas que têm um domínio de ligação que é um domínio de ligação a antígeno ou é homólogo a um domínio de ligação a antígeno são incluídos.
TCRs enxertados com região determinante de complementaridade (CDR) e outros TCRs humanizados (incluindo modificações de CDR e modificações da região framework) também são contemplados por esses termos.
Deve-se notar que, embora a referência possa ser feita apenas a cadeias de imunoglobulina (por exemplo, cadeias pesadas e cadeias leves), a invenção revelada pode ser aplicada a vários outros tipos diferentes de sequências pareadas, por exemplo, pares de cadeia de receptor de células T (cadeias de TCRα e TCRβ e cadeias de TCRγ e TCRδ), e não está limitada a imunoglobulinas.
[0129] Os termos “região determinante de complementaridade” e “CDR”, sinônimos com “região hipervariável” ou “HVR” são conhecidos na técnica para se referir a sequências não contíguas de aminoácidos dentro de regiões variáveis de TCR, que conferem especificidade e/ou afinidade de ligação a um complexo de peptídeo de MHC. Em geral, há três CDRs em cada região variável de cadeia alfa (CDR-H1, CDR-H2, CDR-H3) e três CDRs em cada região variável de cadeia beta (CDR-L1, CDR-L2, CDR-L3). As “regiões framework” e “FR” são conhecidas na técnica para se referir às porções sem CDR das regiões variáveis das cadeias alfa e beta. Em geral, há quatro FRs em cada região variável de cadeia alfa de comprimento completo (FR-H1, FR- H2, FR-H3 e FR-H4), e quatro FRs em cada região variável de cadeia beta de comprimento completo (FR-L1, FR-L2, FR-L3 e FR-L4).
[0130] O termo “região variável” ou “domínio variável” se refere ao domínio de uma cadeia alfa, beta, gama ou delta de TCR, que está envolvida na ligação do TCR aos complexos de antígeno-MHC. Os domínios variáveis da cadeia alfa e cadeia beta (Vα e Vβ, respectivamente), e a cadeia gama e cadeia delta (Vγ e Vδ, respectivamente) de um TCR nativo têm geralmente estruturas similares, sendo que cada domínio compreende quatro regiões framework (FRs)
conservadas e três CDRs. Um domínio de Vα ou Vβ único, ou domínio de Vγ ou Vδ pode ser suficiente para conferir especificidade de ligação a um complexo de peptídeo-MHC.
[0131] Também são fornecidos no presente documento fragmentos de TCR, incluindo fragmentos de ligação a antígeno. Em algumas modalidades, o TCR é uma porção de ligação a antígeno do mesmo, como uma variante de um TCR de comprimento completo que não contém transmembrana e/ou região (ou regiões) citoplásmica do mesmo, que pode ser referido como um TCR solúvel completo. Em algumas modalidades, o TCR é um TCR dimérico (dTCR). Em algumas modalidades, o TCR é um TCR de cadeia única (scTCR), como um scTCR que tem uma estrutura como descrito na publicação de patente PCT números WO2003/020763, WO2004/033685 ou WO2011/044186. Em certas modalidades, o TCR é um fragmento de TCR de cadeia única que compreende uma região variável de cadeia alfa ligada a uma região variável de cadeia beta, como um scTv. Em algumas modalidades, um scTv também referido como um scFv. Um Tv de cadeia única ou scTv se refere, em alguns aspectos, a fragmentos de TCR que compreendem domínios de cadeia alfa ou gama variável (Vα ou Vγ) e cadeia beta ou delta variável (Vβ ou Vδ) de um TCR, em que esses domínios estão presentes em uma única cadeia de polipeptídeos. Geralmente, o polipeptídeo de Tv compreende adicionalmente um ligante de polipeptídeo entre os domínios de Vα e Vβ ou domínios de Vγ e Vδ que possibilita que scTv forme a estrutura desejada para a ligação a antígeno. Um diacorpo se refere, em alguns aspectos, a fragmentos de TCR com dois sítios de ligação a antígeno, cujos fragmentos compreendem uma Vα conectado a uma Vβ na mesma cadeia de polipeptídeos (Vα-Vβ) ou uma Vγ conectada a uma Vδ na mesma cadeia de polipeptídeos (Vγ-Vδ). Através do uso de um aglutinante que é muito curto para permitir o pareamento entre os dois domínios na mesma cadeia, os domínios são forçados a parear com os domínios complementares de uma outra cadeia e criar dois sítios de ligação a antígeno.
Os diacorpos exemplificativos são descritos mais completamente, por exemplo, nos documentos EP404097 e WO93111161. Fv se refere, em alguns aspectos, a um fragmento de TCR que contém um reconhecimento de complexo de peptídeo-MHC completo e sítio de ligação de complexo de peptídeo-MHC.
Essa região consiste em um dímero de uma cadeia de TCRα e uma cadeia de TCRβ ou uma cadeia de TCRγ e uma cadeia de TCRδ em forte associação não covalente.
É nessa configuração que as três CDRs de cada domínio variável interagem para definir o sítio de ligação de complexo de peptídeo-MHC na superfície do dímero Vα-Vβ ou dímero Vγ-Vδ.
Coletivamente, uma combinação de uma ou mais das CDRs de cada uma das cadeias de Vα-Vβ ou cadeias de Vγ- Vδ confere ao complexo de peptídeo-MHC especificada de ligação ao TCR.
Por exemplo, seria entendido que, por exemplo, CDRα3 e CDRβ3 ou CDRγ3 e CDRδ3 podem ser suficientes para conferir especificidade de ligação de antígeno a um TCR quando transferidas para as cadeias de Vα e Vβ ou Vγ-Vδ de um TCR selecionado de recipiente ou fragmento de ligação a antígeno do mesmo e essa combinação de CDRs pode ser testada para ligação, afinidade, etc.
Além disso, embora os dois domínios de um fragmento de Tv (Vα e Vβ ou Vγ e Vδ), sejam codificados por genes separados, os mesmos podem ser ligados usando métodos recombinantes por um ligante sintético que permite que sejam feitos como uma cadeia de proteína única em que regiões de cadeia Vα e Vβ ou Vγ e Vδ emparelham para formar moléculas monovalentes (conhecidas como cadeia única Tv (scTv). Tais scTvs também são destinadas a serem abrangidas pela porção de ligação de complexo de peptídeo-MHC de um TCR.
[0132] Um “TCR biespecífico” se refere, em alguns aspectos, a um TCR que mostra especificidades a dois diferentes complexos de peptídeo-MHC ou dois diferentes tipos de complexos de peptídeo-MHC. Os termos como usado no presente documento especificamente incluem, sem limitação, TCRs que mostram a especificidade de ligação para um complexo de peptídeo-MHC alvo e para um outro complexo de peptídeo-MHC que facilita a entrega para um tecido particular. De modo similar, os TCRs multiespecíficos têm duas ou mais especificidades de ligação. Um TCR linear se refere, em alguns aspectos, a um par de segmentos de Fd tandem (por exemplo, Vα-Cα1-Vα-Cα1) que foram um par de regiões de ligação de antígeno. Os TCRs lineares podem ser biespecíficos ou monoespecíficos.
[0133] Um “domínio de ligação a antígeno” se refere, em alguns aspectos, a um ou mais fragmentos de um TCR que retém a capacidade de se ligar especificamente a um complexo de peptídeo-MHC. Os exemplos não limitativos de fragmentos de TCR incluídos dentro de tais termos incluem, porém sem limitação, (i) um fragmento de Tab, um fragmento monovalente que consiste em domínios de Vβ, Vα, Cβ e Cα; (ii) um fragmento de T(ab’)2, um fragmento bivalente que contém dois fragmentos de Tab ligados por uma ponte de dissulfeto na região de dobradiça; (iii) um fragmento de Td que consiste em domínios de Vα e Cα1; (iv) um fragmento de Tv que contém os domínios de Vβ e Vα de um braço único de um TCR, incluindo scTvs, (v) um fragmento de dAb (Ward et al., (1989) Nature 341:544 546), que contém um domínio de Vα; e (vi) uma CDR isolada. Estão incluídos nessa definição os TCRs com uma cadeia alfa única ou uma cadeia beta única.
[0134] Dentre os TCRs estão fornecidos TCRs humanos e humanizados. Um TCR “humanizado” é um TCR em que todos ou substancialmente todos os resíduos de aminoácido de CDR são derivados de CDRs não humanas e todos ou substancialmente todos os resíduos de aminoácido de FR são derivados de Frs humanos. Um TCR humanizado pode opcionalmente incluir pelo menos uma porção dos uma região constante de TCR derivada de um TCR humano. Uma “forma humanizada” de um TCR não humano, se refere a uma variante do TCR não humano que foi submetido à humanização, tipicamente para reduzir a imunogenicidade para humanos, enquanto retém a especificidade e afinidade do TCR não humano parental. Em algumas modalidades, alguns resíduos de FR em um TCR humanizado são substituídos por resíduos correspondentes de um TCR não humano (por exemplo, o TCR a partir do qual os resíduos de CDR são derivados), por exemplo, para restaurar ou melhorar a especificidade ou afinidade de TCR. Um "TCR humano" é um TCR com uma sequência de aminoácidos correspondente àquela de um TCR produzido por uma célula humana ou um ser humano, ou fonte não humana que utiliza repertórios de TCR humano ou outras sequências de codificação de TCR humano, incluindo bibliotecas de TCR humano. O termo exclui formas humanizadas de TCRs não humanos compreendendo regiões de ligação de complexo de peptídeo-MHC não humano, como aqueles em que todas ou substancialmente todas as CDRs são não humanas. Os TCRs humanos podem ser preparados pela administração de um imunógeno a um animal transgênico que foi modificado para produzir TCRs humanos intactos ou TCRs intactos com regiões variáveis humanas em resposta ao desafio antigênico. Tais animais contêm tipicamente todos ou uma porção dos loci de TCR humano, que substituem os loci de TCR endógeno, ou que estão presentes extracromossomicamente ou integrados aleatoriamente nos cromossomos do animal. Em tais animais transgênicos, os loci de TCR endógeno foram geralmente inativados. Os TCRs humanos também podem ser derivados de bibliotecas de TCR humano, incluindo exibição de fagos e bibliotecas de célula livre, contendo sequências de codificação de TCR derivadas de um repertório humano.
[0135] O termo "neoantígeno de câncer" ou "neoantígeno" ou "neoepítopo" pode se referir a antígenos que não são codificados em um genoma hospedeiro normal não mutado. Um neoantígeno pode se relacionar a um antígeno incluindo uma ou mais modificações de aminoácidos em comparação com o antígeno parental. Por exemplo, um neoantígeno pode ser um neoantígeno associado a tumor, em que o termo "neoantígeno associado a tumor" pode incluir um peptídeo ou proteína incluindo modificações de aminoácidos devido a mutações específicas de tumor. Em alguns casos, um neoantígeno representa proteínas virais oncogênicas ou proteínas anormais que surgem como consequência de mutações somáticas. Por exemplo, um neoantígeno pode surgir pela interrupção de mecanismos celulares por meio da atividade de proteínas virais. Um outro exemplo pode ser uma exposição de um composto cancerígeno, que em alguns casos pode levar a uma mutação somática. Essa mutação somática pode levar, por fim, à formação de um tumor/câncer. Um neoantígeno pode ser uma classe de antígenos tumorais que surgem de alterações específicas de tumor nas proteínas. Os neoantígenos abrangem, porém sem limitação, antígenos tumorais que surgem de, por exemplo, uma substituição em uma sequência de proteína, uma mutação de deslocamento de quadro de leitura, um polipeptídeo de fusão, uma deleção em quadro, uma inserção e expressão de um polipeptídeo retroviral endógeno. Um neoepítopo pode ser um epítopo que não está presente em uma referência, como uma célula não doente, por exemplo, uma célula não cancerosa ou uma célula germinativa, mas é encontrado em uma célula doente, por exemplo, uma célula cancerosa. Isso inclui situações em que um epítopo correspondente é encontrado em uma célula normal não doente ou em uma célula germinativa, mas, devido a uma ou mais mutações em uma célula doente, por exemplo, uma célula cancerosa, a sequência do epítopo é alterada de modo a resultar no neoepítopo.
[0136] Um “epítopo” se refere, em alguns aspectos, a uma porção dos um antígeno ou outra macromolécula capaz de formar uma interação de ligação com a cavidade de ligação de região variável de um TCR. Em alguns aspectos, um epítopo se refere a uma porção dos um complexo de peptídeo- MHC capaz de formar uma interação de ligação com a cavidade de ligação de região variável de um TCR. Tais interações de ligação podem ser manifestadas como um contato intermolecular com um ou mais resíduos de aminoácido de uma ou mais CDRs. A ligação de complexo de peptídeo-MHC pode envolver, por exemplo, uma CDR3, um par de CDR3 ou, em alguns casos, interações de até todas as seis CDRs das cadeias de Vα e Vβ ou cadeias de Vγ ou Vδ. Um epítopo pode ser uma sequência de peptídeos lineares (isto é, “contínuos”) ou pode ser composto de sequência de aminoácidos não contíguos (isto é, “conformacionais” ou “descontínuos”). Um TCR pode reconhecer uma ou mais sequências de aminoácidos. Portanto, um epítopo pode definir mais de uma sequência de aminoácidos distinta. Em alguns aspectos, um TCR pode reconhecer uma ou mais sequências de aminoácidos ou epítopos no contexto de um MHC. Os epítopos reconhecidos por TCRs podem ser determinados por técnicas de análise de sequência e mapeamento de peptídeo bem conhecidas por aquele técnico no assunto. As interações de ligação são manifestadas como contatos intermoleculares com um ou mais resíduos de aminoácido de uma CDR. Um epítopo pode se referir a um determinante antigênico em uma molécula como um antígeno, isto é, a uma parte de ou fragmento da molécula que é reconhecido pelo sistema imune, por exemplo, que é reconhecido por uma célula T, em particular, quando apresentado no contexto de moléculas de MHC. Um epítopo de uma proteína como um antígeno tumoral pode compreender uma porção contínua ou descontínua da proteína e pode ter entre 5 e 100, 5 e 50, 8 e 30, ou 10 e 25 aminoácidos de comprimento, por exemplo, o epítopo pode ter 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20 21, 22, 23, 24 ou 25 aminoácidos de comprimento.
[0137] O termo “ligação” se refere a uma associação direta entre duas moléculas, devido, por exemplo, a interações covalentes, eletrostáticas, hidrofóbicas e iônicas e/ou de ligação de hidrogênio sob condições fisiológicas, e inclui interações como pontes de sal e pontes de água, bem como quaisquer outros meios convencionais de ligação.
[0138] Em algumas modalidades, a referência a um TCR com “ligação específica” se refere a uma situação em que um TCR mostrará qualquer ligação significativa a moléculas diferente do complexo de peptídeo-MHC que contém o epítopo reconhecido por TCR. O termo também é aplicável onde, por exemplo, um domínio de ligação a antígeno é específico para um epítopo particular que é transportado por vários complexos de peptídeo-MHC, caso em que o TCR selecionado ou fragmento de ligação de complexo de peptídeo-MHC do mesmo que porta o domínio de ligação de complexo de peptídeo-MHC será capaz de se ligar a vários complexos de peptídeo-MHC que portam o epítopo. Os termos “se liga preferencialmente” ou “se liga especificamente” significam que os TCRs ou fragmentos dos mesmos se ligam a um epítopo com afinidade mais que àquela que se ligam à sequência de aminoácidos não relacionada, e, se houver reação cruzada com outros polipeptídeos que contêm o epítopo, não são tóxicos em níveis em que são formulados para administração para uso humano. Em um aspecto, tal afinidade é pelo menos 1 vez maior, pelo menos 2 vezes maior, pelo menos 3 vezes maior, pelo menos 4 vezes maior, pelo menos 5 vezes maior, pelo menos 6 vezes maior, pelo menos 7 vezes maior, pelo menos 8 vezes maior, pelo menos 9 vezes maior, 10 vezes maior, pelo menos 20 vezes maior, pelo menos 30 vezes maior, pelo menos 40 vezes maior, pelo menos 50 vezes maior, pelo menos 60 vezes maior, pelo menos 70 vezes maior, pelo menos 80 vezes maior, pelo menos 90 vezes maior, pelo menos 100 vezes maior, ou pelo menos 1000 vezes maior que a afinidade do TCR ou fragmento do mesmo para sequência de aminoácidos não relacionada.
[0139] O termo “afinidade” se refere a uma medida da resistência de ligação entre dois membros de um par de ligação (por exemplo, um peptídeo de ligação a antígeno de leucócito humano (HLA) e um HLA de classe I ou II, ou um complexo de peptídeo-HLA e um receptor de célula T (TCR)). A afinidade pode ser expressa como uma constante de equilíbrio da ligação reversível de dois agentes e pode ser expressa como KD, KA, Koff ou Kon. KD se refere à constante de dissociação entre dois membros de um par de ligação e tem unidades de molaridade. KA se refere à constante de afinidade entre dois membros de um par de ligação é o contrário da constante de dissociação. A afinidade pode ser determinada experimentalmente, por exemplo, por ressonância plasmônica de superfície (SPR) com uso de unidades de SPR da Biacore comercialmente disponíveis. Koff se refere à constante para taxa de dissociação de dois membros de um par de ligação, (por exemplo, a constante para taxa de dissociação de um peptídeo de ligação a HLA e um HLA de classe I ou II ou um complexo de peptídeo-HLA e um TCR). Kon se refere à constante para taxa de associação de dois membros de um par de ligação, (por exemplo, a constante para taxa de associação de um peptídeo de ligação a HLA e um HLA de classe I ou II, ou um complexo de peptídeo-HLA e um TCR). A afinidade de uma proteína de ligação para um ligante como afinidade de um TCR para um epítopo pode ser, por exemplo, de cerca de 100 nanomolar (nM) a cerca de
0,1 nM, de cerca de 100 nM a cerca de 1 picomolar (pM) ou de cerca de 100 nM a cerca de 1 fentomolar (fM). O termo “avidez” se refere à resistência de um complexo de dois ou mais agentes para a dissociação após diluição.
[0140] Através de toda essa revelação, os resultados de “dados de ligação” podem ser expressos em termos de uma “IC50”. A afinidade também pode ser expressa como a concentração inibitória 50 (IC50), ou a concentração em que 50 % de um primeiro membro de um par de ligação (por exemplo, um peptídeo) é deslocada. Do mesmo modo, ln(IC50) se refere a log natural de IC50. Por exemplo, uma IC50 pode ser a concentração de um peptídeo testado em um ensaio de ligação em que 50 % de inibição de ligação de um peptídeo de referência identificado são observados. Dadas as condições em que os ensaios são executados (por exemplo, concentrações de proteína de HLA limitativas e/ou concentrações de peptídeo de referência identificado), esses valores podem se aproximar de valores de KD. Os ensaios para determinar a ligação são bem conhecidos na técnica e são descritos em detalhes, por exemplo, em publicações PCT WO 94/20127 e WO 94/03205, e outras publicações como Sidney et al., Current Protocols in Immunology 18.3.1 (1998); Sidney, et al., J. Immunol. 154:247 (1995); e Sette, et al., Mol. Immunol. 31:813 (1994). Alternativamente, a ligação pode ser expressa em relação à ligação por um peptídeo padrão de referência. A ligação também pode ser determinada com uso de outros sistemas de ensaio incluindo aqueles com uso de: células vivas (por exemplo, Ceppellini et al., Nature 339:392 (1989); Christnick et al., Nature 352:67 (1991); Busch et al., Int. Immunol. 2:443 (1990); Hill et al., J. Immunol. 147:189 (1991); del Guercio et al., J. Immunol. 154:685 (1995)), sistemas livres de célula com uso de lisados detergentes (por exemplo, Cerundolo et al., J. Immunol. 21:2069 (1991)), MHC purificado humanizado (por exemplo, Hill et al., J. Immunol. 152, 2890 (1994); Marshall et al., J. Immunol. 152:4946 (1994)), sistemas ELISA (por exemplo, Reay et al., EMBO J. 11:2829 (1992)), ressonância plasmônica de superfície (por exemplo, Khilko et al., J. Biol. Chem. 268:15425 (1993)); ensaios de fase solúvel de alto fluxo (Hammer et al., J. Exp. Med. 180:2353 (1994)), e medição de montagem ou estabilização de MHC de classe I (por exemplo, Ljunggren et al., Nature 346:476 (1990); Schumacher et al., Cell 62:563 (1990); Townsend et al., Cell 62:285 (1990); Parker et al., J. Immunol. 149:1896 (1992)).
[0141] Os termos “complexo de histocompatibilidade principal” e a abreviatura “MHC” pode incluir moléculas de classe I e classe II de MHC e se referir a um complexo de genes que ocorre em todos os vertebrados. Proteínas ou moléculas de MHC podem ser importantes para a sinalização entre linfócitos e células de apresentação de antígenos ou células doentes em reações imunes, em que as proteínas ou moléculas de MHC se ligam a peptídeos e apresentam os mesmos para reconhecimento por receptores de célula T. As proteínas codificadas pelo MHC podem ser expressas na superfície das células e podem exibir tanto autoantígenos (fragmentos de peptídeo da própria célula) quanto não autoantígenos (por exemplo, fragmentos de microrganismos invasores) para uma célula T. A região do MHC pode ser dividida em três subgrupos, classe I, classe II e classe III. As proteínas MHC de classe I podem conter uma cadeia α e uma β2-microglobulina (não faz parte do MHC codificado pelo cromossomo 15). As mesmas podem apresentar fragmentos de antígenos para células T citotóxicas. As proteínas de MHC de classe II podem conter cadeias α e β e podem apresentar fragmentos de antígeno para células T auxiliares. A região MHC de classe III pode codificar outros componentes imunológicos, como componentes de complemento e citocinas. O MHC pode ser tanto poligênico (há vários genes de MHC de classe I e MHC de classe II) quanto polimórfico (há vários alelos de cada gene).
[0142] O termo "haplótipo" pode se referir aos alelos de antígeno de leucócito humano (HLA) encontrados em um cromossomo e às proteínas codificadas pelos mesmos. O haplótipo também pode se referir ao alelo presente em qualquer locus dentro do MHC. Cada classe de MHC é representada por vários loci: por exemplo, HLA-A (Antígeno de Leucócito Humano-A). HLA-B, HLA-C, HLA-E, HLA-F, HLA-G, HLA-H, HLA-J, HLA-K, HLA-L, HLA-P e HLA-V para classe I e HLA-DRA, HLA-DRB1-9, HLA-DQA1, HLA-DQB1, HLA-DPA1, HLA-DPB1, HLA-DPB2, HLA-DMA, HLA-DMB, HLA-DOA, e HLA-DOB para classe II. Os termos “alelo HLA” e “alelo de MHC” são usados de modo intercambiável no presente documento.
[0143] Os termos “polinucleotídeo”, “nucleotídeo”, “sequência de nucleotídeos”, “ácido nucleico” e “oligonucleotídeo” são usados de maneira intercambiável. Os mesmos podem se referir a uma forma polimérica de nucleotídeos de qualquer comprimento, desoxirribonucleotídeos ou ribonucleotídeos, ou análogos dos mesmos.
Os polinucleotídeos podem ter qualquer estrutura tridimensional, e podem realizar qualquer função, conhecida ou desconhecida.
Os elementos mencionados a seguir são exemplos não limitativos de polinucleotídeos: regiões codificadoras ou não codificadoras de um gene ou fragmento de gene, loci (locus) definidos a partir de análise de ligação, éxons, íntrons, RNA mensageiro (mRNA), RNA de transferência (tRNA), RNA ribossomal (rRNA), RNA pequeno de interferência (siRNA), RNA pequeno em forma de grampo (shRNA), micro-RNA (miRNA), ribozimas, cDNA, polinucleotídeos recombinantes, polinucleotídeos ramificados, plasmídeos, vetores, DNA isolado de qualquer sequência, RNA isolado de qualquer sequência, sondas de ácido nucleico e iniciadores.
Um polinucleotídeo pode compreender um ou mais nucleotídeos modificados, como nucleotídeos metilados e análogos de nucleotídeo.
Se presentes, as modificações na estrutura de nucleotídeo podem ser transmitidas antes ou após a montagem do polímero.
Os polinucleotídeos podem incluir nucleotídeos não padrão, como análogos de nucleotídeo ou nucleotídeos modificados.
Em algumas modalidades, os nucleotídeos não padrão podem estabilizar a formação híbrida.
Em algumas modalidades, os nucleotídeos não padrão podem desestabilizar a formação híbrida.
Em algumas modalidades, os nucleotídeos não padrão podem aumentar a especificidade de hibridização.
Em algumas modalidades, os nucleotídeos não padrão podem reduzir a especificidade de hibridização.
Os exemplos de modificações de nucleotídeo não padrão incluem 2’ O-Me, 2’ O-alila, 2’ O-propargila, 2’ O-alquila, 2’ fluoro, 2’ arabino, 2’ xilo, 2’ fluoro arabino, fosforotioato, fosforoditioato,
fosforoamidatos, 2’ Amino, pirimidina 5-alquil-substituída, 3’ desoxiguanosina, pirimidina 5-halossubstituída, purina alquil-substituída, purina halo-substituída purina, nucleotídeos bicíclicos, 2’MOE, moléculas de PNA, moléculas de LNA, moléculas similares a LNA, diaminopurina, S2T, 5- fluorouracila, 5-bromouracila, 5-clorouracila, 5- iodouracila, hipoxantina, xantina, 4-acetilcitosina, 5- (carboxi-hidroxilmetil)uracila, 5-carboximetilaminometil-2- tiouridina, 5-carboximetilaminometiluracila, di- hidrouracila, beta-D-galactosilqueosina, inosina, N6- isopenteniladenina, 1-metilguanina, 1-metilinosina, 2,2- dimetilguanina, 2-metiladenina, 2-metilguanina, 3- metilcitosina, 5-metilcitosina, N6-adenina, 7-metil guanina, 5-metilaminometiluracila, 5-metoxiaminometil-2-tiouracila, beta-D-manosilqueosina, 5’- metoxicarboximetiluracila, 5- metoxiuracila, 2-metiltio-D46-isopenteniladenina, ácido uracil-5-oxiacético (v), wibutoxosina, pseudouracila, queosina, 2-tiocitosina, 5-metil-2-tiouracila, 2-tiouracila, 4-tiouracila, 5-metiluracila, metiléster de ácido uracil-5- oxiacético, ácido uracil-5-oxiacético (v), 5-metil-2- tiouracila, 3-(3-amino-3-N-2- carboxipropil)uracila, (acp3)w, 2,6-diaminopurina, e derivados dos mesmos. A sequência de nucleotídeos pode ser interrompida por componentes sem nucleotídeo. Um polinucleotídeo pode ser adicionalmente modificado após polimerização, como por conjugação com um componente de marcação.
[0144] “Complementaridade” pode se referir à capacidade de um ácido nucleico formar ligação (ou ligações) de hidrogênio com uma outra sequência de ácidos nucleicos por Watson-Crick tradicional ou outros tipos não tradicionais.
Uma complementaridade percentual pode indicar a porcentagem de resíduos em uma molécula de ácido nucleico que pode formar ligações de hidrogênio (por exemplo, pareamento de base de Watson-Crick) com uma segunda sequência de ácidos nucleicos (por exemplo, 5, 6, 7, 8, 9, 10 de 10 sendo 50 %, 60 %, 70 %, 80 %, 90 % e 100 % complementares, respectivamente). "Perfeitamente complementar" pode significar que todos os resíduos contíguos de uma sequência de ácidos nucleicos irão se ligar por hidrogênio com o mesmo número de resíduos contíguos em uma segunda sequência de ácidos nucleicos. “Substancialmente complementar” se refere a um grau de complementaridade que é de pelo menos 60 %, 65 %, 70 %, 75 %, 80 %, 85 %, 90 %, 95 %, 97 %, 98 %, 99 % ou 100 % em uma região de 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 35, 40, 45, 50 ou mais nucleotídeos, ou pode se referir a dois ácidos nucleicos que hibridizam sob condições rigorosas.
A identidade de sequência, como para o propósito de avaliar a complementaridade percentual, pode ser medida por qualquer algoritmo de alinhamento adequado, incluindo, porém sem limitação, algoritmo Needleman-Wunsch (por exemplo, o alinhador de agulha EMBOSS disponível em www.ebi.ac.uk/Tools/psa/emboss_needle/nucleotide.html, opcionalmente com configurações padrão), o algoritmo BLAST (consulte, por exemplo, a ferramenta de alinhamento BLAST disponível em blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi, opcionalmente com configurações padrão), ou o Algoritmo Smith-Waterman.
O alinhamento ideal pode ser avaliado usando quaisquer parâmetros adequados de um algoritmo escolhido, incluindo parâmetros padrão.
[0145] Os termos "polipeptídeo" e "proteína" são usados de maneira intercambiável para se referir a um polímero de resíduos de aminoácidos e não estão limitados a um comprimento mínimo. Por exemplo, um polipeptídeo pode compreender pelo menos cerca de 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 200, 300, 400, 500, 600, 700, 800, 900, ou 1000 peptídeos ou aminoácidos. Exemplos de polipeptídeos incluem, porém sem limitação, cadeias de aminoácidos, proteínas, peptídeos, hormônios, sacarídeos polipeptídicos, lipídeos, glicolipídios, fosfolipídios, anticorpos, enzimas, quinases, receptores, fatores de transcrição e ligantes. Os polipeptídeos, incluindo os TCRs e cadeias de TCR fornecidos e outros peptídeos, por exemplo, ligantes e peptídeos de ligação, podem incluir resíduos de aminoácidos incluindo resíduos de aminoácidos naturais e/ou não naturais. Os termos também incluem modificações pós- expressão do polipeptídeo, por exemplo, glicosilação, sialilação, acetilação, fosforilação e similares. Em alguns aspectos, os polipeptídeos podem conter modificações em relação a uma sequência nativa ou natural, desde que a proteína mantenha a atividade desejada. Essas modificações podem ser deliberadas, como por meio de mutagênese sítio- direcionada, ou podem ser acidentais, como por meio de mutações de hospedeiros que produzem as proteínas ou erros devido à amplificação por PCR.
[0146] Como usado no presente documento, os vinte aminoácidos convencionais e suas abreviaturas conhecidas por um técnico no assunto seguem o uso convencional. Estereoisômeros (por exemplo, D-aminoácidos) dos vinte aminoácidos convencionais, aminoácidos não naturais, como aminoácidos α-, α-dissubstituídos, aminoácidos de N-alquila, ácido láctico e outros aminoácidos não convencionais também podem ser componentes adequados para polipéptideos da presente invenção.
Exemplos de aminoácidos não convencionais incluem: 4-hidroxiprolina, γ-carboxiglutamato, ε-N,N,N-trimetilisina, ε-N-acetilisina, O-fosfoserina, N- acetilserina, N-formilmetionina, 3-metil-histidina, 5- hidroxilisina, σ-N-metilarginina e outros aminoácidos similares e iminoácidos (por exemplo, 4-hidroxiprolina). Na notação de polipeptídeo usada no presente documento, a direção à esquerda é a direção de amino terminal e a direção à direita é a direção carboxi-terminal, de acordo com uso padrão e convencional.
A identidade de sequência em percentual (%) em relação a uma sequência de polipeptídeo de referência (ou sequência de ácidos nucleicos) é a porcentagem de resíduos de aminoácido (ou nucleotídeos no caso de sequência de ácidos nucleicos) em uma sequência candidata que é idêntica aos resíduos de aminoácido (ou nucleotídeos) na sequência de polipeptídeo de referência (ou sequência de ácidos nucleicos), após alinhar as sequências e introduzir lacunas, se necessário, para alcançar a identidade de sequência de percentual máximo, e não considerando quaisquer substituições conservativas como parte da identidade de sequência.
O alinhamento para propósitos de determinação de percentual de identidade de sequência de aminoácidos pode ser obtido de diversas formas que são conhecidas pelo elemento versado na técnica, por exemplo, com o uso de software de computador publicamente disponibilizado como o software BLAST, BLAST-2, ALIGN ou
Megalign (DNASTAR). Aquele técnico no assunto pode determinar parâmetros apropriados para sequências de alinhamento, que inclui quaisquer algoritmos necessários para alcançar o alinhamento máximo por toda a extensão das sequências que são comparadas.
Para os propósitos no presente documento, no entanto, os valores de % de identidade de sequência de aminoácidos são gerados usando o programa de computador de comparação de sequência ALIGN-2. O programa de computador para comparação de sequências ALIGN-2 foi de autoria da Genentech, Inc., e o código-fonte foi arquivado com a documentação do usuário em US Copyright Office, Washington D.C., 20559, onde está registrado sob o registro de direitos autorais dos EUA nº TXU510087. O programa ALIGN-2 está disponível publicamente em Genentech, Inc., South San Francisco, Califórnia, EUA ou pode ser compilado a partir do código-fonte.
O programa ALIGN-2 deve ser compilado para uso em um sistema operacional UNIX, incluindo UNIX digital V4.0D.
Todos os parâmetros de comparação de sequência são definidos pelo programa ALIGN-2 e não variam.
Em situações em que ALIGN-2 é empregado para comparações de sequência de aminoácidos, o % de identidade de sequência de aminoácidos de uma determinada sequência de aminoácidos A para, com ou contra uma determinada sequência de aminoácidos B (que pode alternativamente ser expressa como uma determinada sequência de aminoácido A que tem ou compreende um certo % de identidade de sequência de aminoácidos a, com ou contra uma determinada sequência de aminoácidos B) é calculado da seguinte forma: 100 vezes a fração X/Y, onde X é o número de resíduos de aminoácidos classificados como correspondências idênticas pelo programa de alinhamento de sequência ALIGN-2 no alinhamento desse programa de A e B, e onde Y é o número total de resíduos de aminoácidos em B. Será apreciado que onde o comprimento da sequência de aminoácidos A não é igual ao comprimento da sequência de aminoácidos B, a % de identidade de sequência de aminoácidos de A para B não será igual à % de identidade de sequência de aminoácidos de B para A. Salvo se especificamente indicado o contrário, todos os valores de identidade de sequência de aminoácidos em % usados no presente documento são obtidos como descrito no parágrafo imediatamente anterior usando o programa de computador ALIGN-2.
[0147] Uma "sequência de linhagem germinativa" se refere a uma sequência genética dos gametas haploides e das células diploides a partir das quais são formados. O DNA da linhagem germinativa contém vários segmentos gênicos que codificam uma única cadeia de TCRα ou TCRβ, ou uma única cadeia de TCRγ ou TCRδ. Esses segmentos gênicos são carregados nas células germinativas, mas não podem ser transcritos e traduzidos até que sejam arranjados em genes funcionais. Durante a diferenciação de células T na medula óssea, esses segmentos gênicos são embaralhados aleatoriamente por um sistema genético dinâmico capaz de gerar mais de 108 especificidades.
[0148] Inibição, "tratamento" e "tratar" são usados indistintamente e se referem a, por exemplo, estase de sintomas, prolongamento da sobrevivência, melhoria parcial ou total dos sintomas e erradicação parcial ou total de uma condição, doença ou transtorno associado a níveis excessivos de proteína ou correlacionado com a atividade da proteína. Por exemplo, o tratamento do câncer inclui, porém sem limitação, estase, eliminação parcial ou total de um tumor ou crescimento cancerígeno. O tratamento ou eliminação parcial inclui, por exemplo, uma redução em vezes do crescimento ou tamanho e/ou volume de tumor como cerca de 2 vezes, cerca de 3 vezes, cerca de 4 vezes, cerca de 5 vezes, cerca de 10 vezes, cerca de 20 vezes, cerca de 50 vezes, ou qualquer redução em vezes entre os mesmos. De modo similar, o tratamento ou eliminação parcial pode incluir uma redução em porcentagem no crescimento ou tamanho e/ou volume de tumor de cerca de 1 %, 2 %, 3 %, 4 %, 5 %, 10 %, 20 %, 30 %, 40 %, 50 %, 60 %, 70 %, 80 %, 90 %, 95 % ou qualquer redução em porcentagem entre os mesmos. A prevenção se refere à profilaxia, prevenção do surgimento de sintomas, prevenção da progressão de uma doença ou transtorno associado a níveis excessivos de proteína ou correlacionado com a atividade da proteína.
[0149] Um “indivíduo”, “sujeito”, “hospedeiro” ou “paciente” se refere a organismos vivos como mamíferos. Exemplos de indivíduos e hospedeiros incluem, porém sem limitação, cavalos, vacas, camelos, ovelhas, porcos, cabras, cães, gatos, coelhos, porquinhos-da-índia, ratos, camundongos (por exemplo, camundongos humanizados), gerbos, primatas não humanos (por exemplo, macacos), humanos e similares, não mamíferos, incluindo, por exemplo, vertebrados não mamíferos, como pássaros (por exemplo, galinhas ou patos), peixes (por exemplo, tubarões) ou sapos (por exemplo, Xenopus) e mamíferos não invertebrados, bem como as espécies transgênicas dos mesmos. Em certos aspectos, um indivíduo se refere a um único organismo (por exemplo, humano). Em certos aspectos, um grupo de indivíduos compondo uma pequena coorte que tem um fator imune comum para estudo e/ou doença, e/ou uma coorte de indivíduos sem a doença (por exemplo, controle negativo/normal) é fornecido. Um indivíduo de quem as amostras são obtidas pode ser infligido com uma doença e/ou transtorno (por exemplo, uma ou mais alergias, infecções, câncer ou distúrbios autoimunes ou similares) e pode ser comparado com um indivíduo de controle negativo que não é afetado pela doença.
[0150] Um "kit" se refere a um sistema de entrega para entregar materiais ou reagentes para realizar um método revelado no presente documento. Em algumas modalidades, os kits incluem sistemas que permitem o armazenamento, transporte ou entrega de reagentes de reação (por exemplo, sondas, enzimas, etc. nos recipientes apropriados) e/ou materiais de suporte (por exemplo, tampões, instruções escritas para realizar o ensaio etc.) de um local para um outro. Por exemplo, os kits incluem um ou mais invólucros (por exemplo, caixas) contendo os reagentes de reação relevantes e/ou materiais de suporte. Esses conteúdos podem ser entregues ao destinatário pretendido em conjunto ou separadamente. Por exemplo, um primeiro recipiente pode conter uma enzima para uso em um ensaio, enquanto um segundo recipiente contém uma pluralidade de iniciadores. Um material de embalagem se refere a uma estrutura física que abriga os componentes do kit. O material de embalagem pode manter os componentes esterilizados e pode ser feito de material comumente usado para tais fins (por exemplo, papel, fibra ondulada, vidro, plástico, folha, ampolas,
etc.). A identificação ou folheto informativo pode incluir instruções escritas apropriadas. Os kits, portanto, podem incluir adicionalmente identificações ou instruções para usar os componentes do kit em qualquer método da invenção. Um kit pode incluir um composto em um pacote ou dispensador juntamente com instruções para a administração do composto em um método descrito no presente documento.
[0151] O termo “mutação de resistência” se refere a uma mutação em um gene que permite que o gene ou a célula hospedeira que contém o gene fique resistente ao tratamento com um fármaco. Por exemplo, a mutação de BTK C481S é uma mutação de resistência que pode conferir resistência à ibrutinibe. II. Visão Geral
[0152] A presente revelação fornece receptores de célula T (TCRs) contra neoantígenos, moléculas de ácido nucleico isoladas que codificam TCRs contra neoantígenos, células T que expressam os ditos TCRs e composições farmacêuticas para uso no tratamento de doenças que envolvem células malignas que expressam os ditos neoantígenos.
[0153] É fornecido no presente documento um ácido nucleico que codifica pelo menos um receptor de célula T (TCR) que compreende um construto de cadeia alfa de TCR e/ou construto de cadeia beta de TCR capazes de se ligar especificamente a um epítopo de RAS em complexo com um MHC humano, em que o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região determinante de complementaridade 3 (CDR3) que tem pelo menos 84 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 3, 18, 33, 49, 65, 81, 97 e 113, e/ou em que o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região determinante de complementaridade 3 (CDR3) que tem pelo menos 84 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 6, 21, 36, 52, 68, 84, 100 e 116.
[0154] É fornecido no presente documento um ácido nucleico que codifica pelo menos um receptor de célula T (TCR) que compreende um construto de cadeia alfa de TCR e/ou construto de cadeia beta de TCR capazes de se ligarem especificamente a um epítopo do RAS em complexo com um MHC humano, em que o epítopo do RAS compreende uma região que tem pelo menos 70 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 15, 30, 45, 46, 61, 62, 77, 78, 93, 94, 109, 110, 125, 126 e 219-222.
[0155] É fornecido no presente documento um ácido nucleico isolado ou uma célula que compreende um ácido nucleico recombinante, em que o ácido nucleico codifica pelo menos um receptor de célula T (TCR) que compreende um construto de cadeia alfa de TCR e/ou um construto de cadeia beta de TCR, em que o TCR se liga especificamente a um epítopo do RAS em complexo com um MHC humano codificado por um alelo HLA-A03:01.
[0156] Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 9, 24, 39, 55, 71, 87, 103 e 119. Em algumas modalidades, o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 12, 27, 42, 58, 74, 90, 106 e 122. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR e/ou o construto de cadeia beta de TCR compreendem uma região determinante de complementaridade 1 (CDR1) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 1, 16, 31, 47, 63, 79, 95 e 111. Em algumas modalidades, o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região determinante de complementaridade 1 (CDR1) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 4, 19, 34, 50, 66, 82, 98 e 114. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região determinante de complementaridade 2 (CDR2) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 2, 17, 32, 48, 64, 80, 96 e 112. Em algumas modalidades, o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região determinante de complementaridade 2 (CDR2) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 5, 20, 35, 51, 67, 83, 99 e 115. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 9; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 12. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 1, uma CDR2 de SEQ ID NO: 2 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 3; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 4, uma CDR2 de SEQ ID NO: 5 e uma CDR3 de SEQ ID NO:
6. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 24; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 27. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 16, uma CDR2 de SEQ ID NO: 17 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 18; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 19, uma CDR2 de SEQ ID NO: 20 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 21. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 39; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 42. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 31, uma CDR2 de SEQ ID NO: 32 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 33; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 34, uma CDR2 de SEQ ID NO: 35 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 36. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 55; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 58. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 47, uma CDR2 de SEQ ID NO: 48 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 49; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 50, uma CDR2 de SEQ ID NO: 51 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 52.
[0157] É fornecido no presente documento um ácido nucleico que codifica pelo menos um receptor de célula T (TCR) que compreende um construto de cadeia alfa de TCR e/ou construto de cadeia beta de TCR capazes de se ligarem especificamente a um epítopo de TMPRSS2:ERG em complexo com um MHC humano, em que o construto de cadeia alfa de TCR e/ou o construto de cadeia beta de TCR compreendem uma região determinante de complementaridade 3 (CDR3) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NO: 144 e SEQ ID NO: 147.
[0158] É fornecido no presente documento um ácido nucleico que codifica pelo menos um receptor de célula T (TCR) que compreende um construto de cadeia alfa de TCR e/ou construto de cadeia beta de TCR capazes de se ligarem especificamente a um epítopo de TMPRSS2:ERG em complexo com um MHC humano, em que o epítopo de TMPRSS2:ERG compreende uma região que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para a sequência de aminoácidos SEQ ID NO: 156.
[0159] Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 150. Em algumas modalidades, o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 153. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR e/ou o construto de cadeia beta de TCR compreendem uma região determinante de complementaridade 1 (CDR1) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 142 ou SEQ ID NO: 145. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR e/ou o construto de cadeia beta de TCR compreendem uma região determinante de complementaridade 2 (CDR2) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 143 ou SEQ ID NO: 146. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 150; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 153. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 142, uma CDR2 de SEQ ID NO: 143 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 144; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 145, uma CDR2 de SEQ ID NO: 146 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 147.
[0160] É fornecido no presente documento um ácido nucleico que codifica pelo menos um receptor de célula T (TCR) que compreende um construto de cadeia alfa de TCR e/ou construto de cadeia beta de TCR capazes de se ligarem especificamente a um epítopo de GATA3 em complexo com um MHC humano, em que o construto de cadeia alfa de TCR e/ou o construto de cadeia beta de TCR compreendem uma região determinante de complementaridade 3 (CDR3) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NO: 129 e SEQ ID NO: 132.
[0161] É fornecido no presente documento um ácido nucleico que codifica pelo menos um receptor de célula T
(TCR) capaz de se ligar especificamente a um peptídeo GATA3 mutante em complexo com uma proteína codificada por um alelo HLA de um indivíduo com câncer, em que o TCR compreende um construto de cadeia alfa de TCR e/ou um construto de cadeia beta de TCR.
[0162] É fornecido no presente documento um ácido nucleico isolado ou uma célula que compreende um ácido nucleico recombinante, em que o ácido nucleico codifica um receptor de célula T (TCR) que compreende um construto de cadeia alfa de TCR e/ou um construto de cadeia beta de TCR, em que o TCR se liga especificamente a um peptídeo GATA3 mutante em complexo com uma proteína de HLA-A02:01; compreende uma região determinante de complementaridade 3 (CDR3) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 129 ou SEQ ID NO: 132; e/ou se liga especificamente a um peptídeo GATA3 mutante que compreende uma região com pelo menos 70 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 141.
[0163] É fornecido no presente documento um ácido nucleico que codifica pelo menos um receptor de célula T (TCR) que compreende um construto de cadeia alfa de TCR e/ou construto de cadeia beta de TCR capazes de se ligarem especificamente a um epítopo de GATA3 em complexo com um MHC humano, em que o epítopo de GATA3 compreende uma região que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para a sequência de aminoácidos SEQ ID NO: 141.
[0164] Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 135. Em algumas modalidades, o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 138. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR e/ou o construto de cadeia beta de TCR compreendem uma região determinante de complementaridade 1 (CDR1) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NO: 127 e SEQ ID NO: 130. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR e/ou o construto de cadeia beta de TCR compreendem uma região determinante de complementaridade 2 (CDR2) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NO: 128 e SEQ ID NO:131. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 135; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 138. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 127, uma CDR2 de SEQ ID NO: 128 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 129; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 130, uma CDR2 de SEQ ID NO: 131 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 132.
[0165] Em um outro aspecto, é fornecido no presente documento um ácido nucleico que codifica pelo menos um receptor de célula T (TCR) que compreende um construto de cadeia alfa de TCR e/ou construto de cadeia beta de TCR capazes de se ligarem especificamente a um epítopo de BTK em complexo com um MHC humano, em que o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região determinante de complementaridade 3 (CDR3) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NO: 161 e SEQ ID NO: 176, ou em que o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região determinante de complementaridade 3 (CDR3) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NO: 164 e SEQ ID NO: 179. Em um outro aspecto, é fornecido no presente documento um ácido nucleico que codifica pelo menos um receptor de célula T (TCR) capaz de se ligar especificamente a um peptídeo BTK mutante em complexo com uma proteína codificada por um alelo HLA de um indivíduo com câncer, em que o TCR compreende um construto de cadeia alfa de TCR e/ou um construto de cadeia beta de TCR.
Em um outro aspecto, é fornecido no presente documento um ácido nucleico isolado ou uma célula que compreende um ácido nucleico recombinante, em que o ácido nucleico codifica um receptor de célula T (TCR) que compreende um construto de cadeia alfa de TCR e/ou um construto de cadeia beta de TCR, em que o TCR se liga especificamente a um peptídeo BTK mutante em complexo com uma proteína de HLA-A02:01; compreende uma região determinante de complementaridade 3 (CDR3) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 161, 164, 176 ou 179; e/ou se liga especificamente a um peptídeo BTK mutante que compreende uma região com pelo menos 70 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 173 ou 188. Em um outro aspecto, é fornecido no presente documento um ácido nucleico que codifica pelo menos um receptor de célula T (TCR) que compreende um construto de cadeia alfa de TCR e/ou construto de cadeia beta de TCR capazes de se ligarem especificamente a um epítopo de BTK em complexo com um MHC humano, em que o epítopo de BTK compreende uma região que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para a sequência de aminoácidos SEQ ID NO: 173 ou 188. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 167 ou 182. Em algumas modalidades, o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 170 ou 185. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR e/ou o construto de cadeia beta de TCR compreendem uma região determinante de complementaridade 1 (CDR1) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 159, 162, 174 e 177. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR e/ou o construto de cadeia beta de TCR compreendem uma região determinante de complementaridade 2 (CDR2) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 160, 163, 175 e 178. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 167 ou 182; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 170 ou
185. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 159 ou 174, uma CDR2 de SEQ ID NO: 160 ou 175 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 161 ou
176; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 162 ou 177, uma CDR2 de SEQ ID NO: 163 ou 178 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 164 ou 179.
[0166] Ainda em um outro aspecto, a presente revelação fornece uma célula hospedeira que compreende o ácido nucleico que codifica um TCR contra um neoantígeno fornecido no presente documento, um vetor que contém a sequência de ácidos nucleicos ou uma proteína codificada pelo ácido nucleico fornecido no presente documento. Em algumas modalidades, a célula hospedeira é uma célula T CD4+. Em algumas modalidades, a célula hospedeira é uma célula T CD8+. A célula hospedeira pode ser uma célula exterminadora natural (NK) ou uma célula B. A célula hospedeira pode ser uma linhagem celular imortalizada.
[0167] Ainda em um outro aspecto, a presente revelação fornece composições farmacêuticas que compreendem o ácido nucleico que codifica um TCR contra um neoantígeno fornecido no presente documento, uma célula hospedeira que compreende o ácido nucleico que codifica um TCR contra um neoantígeno fornecido no presente documento, um vetor que contém a sequência de ácidos nucleicos, ou uma proteína codificada pelo ácido nucleico fornecido no presente documento. Em algumas modalidades, também é fornecido no presente documento um método para usar as composições farmacêuticas reveladas no presente documento.
[0168] Também é fornecido no presente documento em um aspecto adicional um método de tratamento de um indivíduo com uma doença ou condição, que compreende administrar ao indivíduo uma composição farmacêutica revelada no presente documento. Em algumas modalidades, o indivíduo tem câncer.
III. Receptores de Célula T (TCRs)
[0169] A capacidade de as células T reconhecerem antígenos associados a vários cânceres ou organismos infecciosos é conferida por seu TCR, que é composto por uma cadeia alfa (α) e uma cadeia beta (β) ou uma cadeia gama (γ) e uma cadeia delta (δ). As proteínas que compõem essas cadeias são codificadas por DNA, que emprega um mecanismo único para gerar a grande diversidade do TCR. Esse receptor de reconhecimento imunológico de múltiplas subunidades se associa ao complexo CD3 e se liga a peptídeos apresentados pelas proteínas de MHC de classe I e II na superfície das células de apresentação de antígeno (APCs). A ligação de um TCR ao peptídeo antigênico no APC é um caso central na ativação de células T, que ocorre em uma sinapse imunológica no ponto de contato entre a célula T e o APC.
[0170] Cada TCR contém regiões determinantes de complementaridade variável (CDRs), bem como regiões estruturais (FRs) e uma região constante. A sequência de aminoácidos dos loops de terceira região determinante de complementaridade (CDR3) dos domínios variáveis das cadeias α e β determina amplamente a diversidade de sequência de células T αβ decorrentes da recombinação entre os segmentos de gene variável (Vβ), de diversidade (Dβ) e de ligação (Jβ) no locus de cadeia β, e entre os segmentos gênicos Vα e Jα análogos no locus da cadeia α, respectivamente. A existência de múltiplos desses segmentos de gene nos loci de cadeias α e β de TCR permite que um grande número de sequências CDR3 distintas seja codificado. A adição e deleção independente de nucleotídeos nas junções de Vβ-Dβ, Dβ-Jβ e Vα-Jα durante o processo de rearranjo de gene de
TCR aumenta ainda mais a diversidade de sequência de CDR3. Nesse sentido, a imunocompetência se reflete na diversidade dos TCRs. O TCR γδ é distinto do TCR αβ por codificar um receptor que interage intimamente com o sistema imune inato. O TCRγδ, é expresso no início do desenvolvimento, tem distribuição anatômica especializada, tem patógenos únicos e especificidades de moléculas pequenas e tem um amplo espectro de interações celulares inatas e adaptativas. No início da ontogenia, visto que os subconjuntos restritos de células TCRγδ povoam vários tecidos pré-natal, um padrão enviesado de expressão de segmentos V e J de TCRγ é estabelecido.
[0171] Os TCRs fornecidos no presente documento como alvo podem ser TCRs manipulados, por exemplo, receptores de antígeno quimérico (CARs). Os CARs podem ser compostos por três regiões: um ectodomínio, um domínio transmembrana e um endodomínio.
[0172] Um ectodomínio pode ser a região do receptor que é exposta ao fluido extracelular e pode consistir em uma região de reconhecimento de antígeno. Em algumas modalidades, um ectodomínio compreende adicionalmente um espaçador. Em algumas modalidades, um ectodomínio compreende adicionalmente um peptídeo sinal. Um peptídeo sinal pode direcionar a proteína nascente para o retículo endoplasmático. Uma proteína sinal em um CAR pode ser um fragmento variável de cadeia única (scFv). Uma proteína de fusão pode ser uma proteína que é formada pela fusão de dois ou mais genes que codificam originalmente diferentes proteínas, mas quando são traduzidos na célula, a tradução produz um ou mais polipeptídeos com propriedades funcionais derivadas de cada um dos genes originais. Um scFv é uma proteína quimérica composta de um domínio de cadeia leve e um domínio variável de cadeia pesada conectado a um peptídeo ligante curto. O ligante pode compreender resíduos hidrofílicos com trechos de resíduos de glicina e/ou serina. O ligante pode compreender trechos de resíduos de glutamato e lisina, que podem melhorar a solubilidade.
[0173] Um domínio transmembranar pode ser um domínio hidrofóbico que abrange a membrana. Em algumas modalidades, um domínio transmembranar compreende um domínio alfa- helicoidal. Um domínio transmembranar pode ser funcional para a estabilidade do receptor como um todo. Em algumas modalidades, um domínio transmembranar compreende um domínio transmembranar do componente mais próximo à membrana de um endodomínio. Em algumas modalidades, um domínio transmembranar compreende um domínio transmembranar CD3-zeta. Em algumas modalidades, um domínio transmembranar permite a incorporação de um TCR artificial em um complexo de TCR nativo. Em algumas modalidades, um domínio transmembranar compreende um domínio transmembranar CD28.
[0174] Um endodomínio pode ser uma porção intracelular funcional de um receptor, como um TCR ou CAR. Após o reconhecimento do antígeno, os receptores se agrupam e um sinal pode ser transmitido para a célula. Em algumas modalidades, um endodomínio compreende um domínio intracelular de um CD3-zeta. Em algumas modalidades, um endodomínio compreende pelo menos um ITAM. Em algumas modalidades, um endodomínio compreende pelo menos 3 ou pelo menos 3 ITAMs. Em algumas modalidades, um endodomínio compreende um domínio intracelular CD28. Em algumas modalidades, um endodomínio compreende um domínio intracelular OX40. Em algumas modalidades, um endodomínio compreende um domínio intracelular quimérico. Por exemplo, um endodomínio pode compreender um domínio intracelular CD28, um domínio intracelular OX40 e um domínio intracelular CD3-zeta. IV. Células T
[0175] As células T pertencem a um grupo de glóbulos brancos conhecidos como linfócitos, e desempenham uma função central na imunidade medida por célula. As células T incluem células T CD4+ (células T auxiliares) e células T CD8+ (células T citotóxicas). As células T Cd4+podem+podem auxiliar outros glóbulos brancos em processos imunológicos, incluindo a maturação de células B e ativação de células T citotóxicas e macrófagos. As células T CD4+ são ativadas quando apresentadas com antígenos de peptídeo por moléculas de MHC de classe II expressas na superfície de células que apresentam antígeno (APCs). Uma vez ativadas, as células T podem se dividir rapidamente e secretar citocinas que regulam a resposta imune ativa. As células T CD8+ podem destruir células viralmente infectadas e células tumorais e, também podem estar envolvidas na rejeição de transplante. As células T CD8+ podem reconhecer seus alvos pela ligação ao antígeno associado com MHC de classe I, que está presente na superfície de quase todas as células do corpo. A maioria das células T tem um receptor de célula T (TCR). A capacidade de as células T reconhecerem antígenos associados a vários cânceres ou organismos infecciosos é conferida por seu TCR, que é composto por uma cadeia alfa (α) e uma cadeia beta (β) ou uma cadeia gama (γ) e uma cadeia delta (δ). As proteínas que compõem essas cadeias são codificadas por DNA, que emprega um mecanismo único para gerar a diversidade do TCR. Esse receptor de reconhecimento imunológico de múltiplas subunidades pode se associar ao complexo CD3 e se ligar a peptídeos apresentados pelas proteínas de MHC de classe I e II na superfície das células de apresentação de antígeno (APCs). O primeiro sinal na ativação de células T pode ser fornecido pela ligação do receptor de células T a um pequeno peptídeo apresentado pelo MHC em uma outra célula. Isso garante que apenas uma célula T com um TCR específico para aquele peptídeo seja ativada. A célula parceira é geralmente uma célula de apresentação de antígeno, como uma célula de apresentação de antígeno profissional, geralmente uma célula dendrítica no caso de não ter respostas prévias, embora as células B e macrófagos possam ser APCs importantes. A ligação de um TCR ao peptídeo antigênico no APC pode ser um evento central na ativação de células T, que ocorre em uma sinapse imunológica no ponto de contato entre a célula T e o APC.
[0176] As células T podem ser preparadas de acordo com os métodos conhecidos na técnica. As células T podem ser uma preparação de células T enriquecida, uma preparação de células esgotadas de APC ou uma preparação de células T substancialmente purificadas. As células T podem ser uma população mista de células T ou um subconjunto de células T purificadas. As células T podem ser uma preparação enriquecida de células T contendo um número ou porcentagem de células T que é aumentada em relação a uma população isolada de células T.
[0177] As células T ou um subconjunto de células T, podem ser obtidas a partir de vários tecidos linfoides. As células T podem ser obtidas a partir de uma série de fontes, incluindo células mononucleares de sangue periférico (PBMCs), medula óssea, timo, biópsia de tecido, tumor, tecido de nódulo linfático, tecido linfoide associado ao intestino, tecido linfoide associado à mucosa, tecido do baço, tecido linfoide e tumores. O termo "linfócitos de sangue periférico" (PBL) e seus equivalentes gramaticais, como usado no presente documento, pode se referir a linfócitos que circulam no sangue (por exemplo, sangue periférico). Os linfócitos do sangue periférico podem se referir a linfócitos que não estão localizados em órgãos. Os linfócitos de sangue periférico podem compreender células T, células NK, células B ou quaisquer combinações das mesmas.
[0178] O método pode compreender isolar as células T de um indivíduo. O método pode compreender obter células T isoladas de um indivíduo. As células T podem ser obtidas a partir de linhagens de célula T. As células T podem ser obtidas a partir de fontes autólogas. As células T podem ser obtidas a partir de fontes alogênicas. As células T também podem ser obtidas a partir de uma fonte xenogênica, por exemplo, de camundongo, rato, primata não humano e porco.
[0179] As células T podem ser uma preparação de célula de APC esgotado. As células T podem ser substancialmente livres de APCs. Por exemplo, as células T podem compreender células T separadas de mais de 75 % de APCs. Em uma modalidade exemplificativa, as células mononucleares de sangue periférico (PBMCs) podem ser obtidas a partir do sangue, por exemplo, em frascos heparinizados. Os PBMCs podem ser separados dos glóbulos vermelhos por centrifugação e os PBMCs recuperados da interface. Os PBMCs recuperados, opcionalmente, podem ser lavados (por exemplo, com PBS).
[0180] A purificação de células T pode ser alcançada, por exemplo, por seleção positiva ou negativa, incluindo, porém sem limitação, o uso de anticorpos dirigidos a CD2, CD3, CD4, CD5, CD8, CD14, CD19 e/ou moléculas de MHC de classe II. Um subconjunto de célula T específico, como células T CD28+, CD4+, CD8+, CD45RA+, e/ou CD45RO+, pode ser isolado por técnicas de seleção positiva ou negativa. Por exemplo, as células T CD3+, CD28+ podem ser positivamente selecionadas com uso de leitos magnéticos conjugados de CD3/CD28. Em um aspecto da presente invenção, o enriquecimento de uma população de célula T por seleção negativa pode ser realizado com uma combinação de anticorpos direcionados aos marcadores de superfície únicos para as células negativamente selecionadas.
[0181] Por exemplo, uma amostra de célula T pode compreender células do sangue que circula em um indivíduo e pode ser obtida por aferese ou leucoferese. Uma amostra de célula T pode conter linfócitos, incluindo células T, monócitos, granulócitos, células B, outros glóbulos brancos nucleados, glóbulos vermelhos e/ou plaquetas. Componentes indesejáveis da amostra de células T podem ser removidos e as células T restantes podem ser suspensas em meios de cultura. Por exemplo, as células podem ser lavadas para remover a fração do plasma. Por exemplo, as células T podem ser isoladas de linfócitos de sangue periférico por lise dos glóbulos vermelhas e por centrifugação através de um gradiente PERCOLL™.
[0182] Em algumas modalidades, uma célula T compreende pelo menos um receptor de célula T (TCR) que compreende um construto de cadeia alfa de TCR e/ou construto de cadeia beta de TCR capazes de se ligarem especificamente a um epítopo do RAS em complexo com um MHC humano. Em algumas modalidades, uma célula T compreende pelo menos um receptor de célula T (TCR) que compreende um construto de cadeia alfa de TCR e/ou construto de cadeia beta de TCR capazes de se ligarem especificamente a um epítopo de TMPRSS2:ERG em complexo com um MHC humano. Em algumas modalidades, uma célula T compreende pelo menos um receptor de célula T (TCR) que compreende um construto de cadeia alfa de TCR e/ou construto de cadeia beta de TCR capazes de se ligarem especificamente a um epítopo de GATA3 em complexo com um MHC humano. Em algumas modalidades, uma célula hospedeira compreende pelo menos um TCR revelado no presente documento, em que a célula hospedeira é uma célula T CD4+. Em algumas modalidades, a célula hospedeira é uma célula T CD8+. Em algumas modalidades, a célula hospedeira é uma célula autóloga. Em algumas modalidades, a célula hospedeira é uma célula alogênica. Em algumas modalidades, a célula hospedeira é uma célula humana. Em alguns outros casos, uma célula hospedeira pode ser célula exterminadora natural (NK), uma célula B ou uma linhagem celular imortalizada.
[0183] Em algumas modalidades, as células T podem ser obtidas por seleção positiva e/ou seleção negativa. Na seleção positiva, um agente de afinidade (como um anticorpo,
um fragmento de anticorpo e aptâmero) pode ser usado para ligar um marcador de superfície de célula expresso na população de células, por exemplo, CD3 para células T. Usando o agente de afinidade, as células T podem ser identificadas. As células T identificadas podem, então, ser enriquecidas usando vários métodos que são bem conhecidos na técnica. Exemplos não limitativos desses métodos incluem a classificação de células ativadas por fluorescência (FACS) e separação de células com base em partículas (para)magnéticas (por exemplo, kits de separação de células MACS da Miltenyi Biotec).
[0184] Na seleção negativa, os agentes de afinidade podem ser usados para ligar marcadores de superfície de célula expressos em células sanguíneas diferentes da população desejada. Por exemplo, ao tentar isolar as células T, um coquetel de agentes de afinidade pode ser usado para identificar células B, células NK, monócitos, plaquetas, células dendríticas, granulócitos e eritrócitos. As células identificadas podem, então, ser esgotadas, deixando as células T enriquecidas. Os métodos exemplificativos para esgotar as células identificadas incluem FACS e separação de células com base em partículas (para)magnéticas.
[0185] Além do isolamento baseado em identificação, uma condição especial de crescimento pode ser usada para promover o crescimento de uma população de células particular. Por exemplo, a condição especial de crescimento pode ser obtida usando citocinas especiais ou fatores de crescimento. Para outro exemplo, em meios de cultura contendo fito-hemaglutinina (PHA), IL-2 e/ou IL-15, as células T podem se proliferar preferencialmente.
[0186] Em algumas situações, os marcadores não funcionais podem ser usados para isolar as células T, visto que a ligação de marcadores funcionais, como a ligação de CD3 por anticorpo anti-CD3 (sozinho ou conjugado às partículas magnéticas), pode desencadear eventos de sinalização indesejados em células T. Portanto, um coquetel de anticorpos contra CD14, CD15, CD16, CD19, CD34, CD36, CD56, CD123 e CD235a (glicoforina A) pode ser usado para isolar células T.
[0187] O protocolo detalhado pode ser encontrado em literaturas publicadas (por exemplo, consulte Lefort et al., J Vis Exp. 2010; (40): 2017) que são incorporadas a título de referência ao presente documento. Os kits de isolamento de célula T podem ser obtidos a partir de, por exemplo, STEMCELL Technologies, Thermofisher e Miltenyi Biotec.
[0188] A célula T descrita no presente documento pode ser uma célula T alogênica.
[0189] Em algumas modalidades, a célula T pode ser uma célula geneticamente modificada que compreende, em seu genoma, um gene de cadeia alfa de receptor de célula T (TCR) humano modificado e/ou um gene de cadeia beta de TCR humano modificado, em que a célula reduziu a expressão de superfície de célula do TCR endógeno.
[0190] Nucleases de edição de gene podem ser empregadas a fim de interromper os componentes do TCR. A cadeia alfa de TCR (TCRα) é codificada por um único gene de TRAC e emparelha-se com a cadeia beta de TCR (TCRβ) codificada por dois genes TCRB. Visto que o dímero de TCRα/β pode produzir um complexo de TCR totalmente funcional, a interrupção da função de TCRα e/ou TCRβ pode reduzir (até mesmo eliminar) a expressão de TCR endógeno.
[0191] Vários métodos podem ser usados para interromper os genes de TCRα ou TCRβ endógenos. Por exemplo, existem quatro classes de proteínas de edição de gene que compartilham um modo comum de ação na ligação de uma sequência de DNA definida pelo usuário e na mediação de uma quebra de DNA de fita dupla (DSB). As nucleases de dedo de zinco (ZFN) são matrizes heterodiméricas que se colocalizam em um sítio de DNA alvo. ZFNs incluem subunidades de dedo individuais que se ligam ao DNA e são amarradas ao domínio de nuclease Fokl que cliva o DNA. As nucleases efetoras similares ao ativador de transcrição (TALEN) incluem unidades de repetição que se ligam ao DNA em virtude de uma sequência hipervariável de dois aminoácidos (resíduo variável de repetição; RVD) que governa o reconhecimento de base de DNA. Similar a ZFNS, as TALENs funcionam como proteínas diméricas que são fundidas ao domínio de endonuclease Fokl para geração de DSB. Meganucleases (MN) são proteínas monoméricas com atividade de nuclease inata que são derivadas de endonucleases bacterianas e projetadas para um único sítio de destino. As repetições palindrômicas curtas regularmente agrupadas e interespaçadas (CRISPR) e a plataforma de nuclease Cas9 associada envolvem uma pequena transcrição de RNA-guia (gRNA) que entra em contato com uma sequência de DNA-alvo através do pareamento de base Watson- Crick e da nuclease Cas9 que cliva o DNA.
[0192] Em algumas modalidades, a introdução da nuclease de edição de genoma na célula T inclui a introdução na célula T de um polinucleotídeo que codifica a nuclease de edição de genoma.
[0193] Em algumas modalidades, a introdução da nuclease de edição de genoma na célula T inclui a introdução na célula T de um polipeptídeo Cas9. Em algumas modalidades, a nuclease de edição de genoma inclui uma nuclease TALEN, uma nuclease CRISPR/Cas9 ou uma nuclease megaTAL.
[0194] Em algumas modalidades, a CRISPR/Cas9 nuclease é derivada de Streptococcus pyogenes ou Staphylococcus aureus. Em algumas dessas modalidades, a nuclease CRISPR/Cas9 inclui um gRNA resistente a nuclease, como, por exemplo, pelo menos uma base modificada de 2'-OMe-fosforotioato, pelo menos uma base modificada de 2'-O-metila ou pelo menos uma base modificada de 2'-O-metil 3'tioPACE.
[0195] Em algumas modalidades, a nuclease TALEN ou a nuclease megaTAL é codificada por um RNA que tem um sinal de poliadenilação exógeno.
[0196] Em algumas modalidades, o método descrito no presente documento pode incluir adicionalmente a cultura da célula T sob condições eficazes para expandir a população de células T modificadas pelo genoma.
[0197] Em algumas modalidades, a interrupção da expressão de TCRα e/ou TCRβ interrompe ainda mais a montagem de TCRα e TCRβ. Em algumas modalidades, a interrupção da expressão de TCRα interrompe ainda mais a formação de um complexo entre TCR e CD3. Em algumas modalidades, a interrupção da expressão de TCRα envolve ainda a interrupção da montagem de TCRα e TCRβ.
[0198] Em algumas modalidades, uma célula T geneticamente modificada compreende uma cadeia alfa e/ou beta de TCR interrompida e um gene inativado que codifica a proteína de ponto de verificação imunológico, como PD1 e CTLA-4. Isso pode ser possível pela inativação de gene usando nucleases TALE específicas dirigidas contra TCRalfa ou TCRbeta acoplado com a inativação de genes que codificam a proteína de ponto de verificação imunológico, como PD1 e CTLA-4.
[0199] Em algumas modalidades, a modificação genética depende da inativação de um gene ou dois genes selecionados a partir do grupo que consiste em PD1, CTLA-4, LAG3, Tim3, BTLA, BY55, TIGIT, B7H5, LAIR1, SIGLEC10, 2B4, TCR alfa e TCR beta. Em algumas modalidades, a modificação genética depende da inativação de dois genes selecionados a partir do grupo que consiste em PD1 e TCR alfa, PD1 e TCR beta, CTLA-4 e TCR alfa, CTLA-4 e TCR beta, LAG 3 e TCR alfa, LAG 3 e TCR beta, Tim3 e TCR alfa, Tim3 e TCR beta, BTLA e TCR alfa, BTLA e TCR beta, BY55 e TCR alfa, BY55 e TCR beta, TIGIT e TCR alfa, TIGIT e TCR beta, B7H5 e TCR alfa, B7H5 e TCR beta, LAIRl e TCR alfa, LAIR1 e TCR beta, SIGLEC10 e TCR alfa, SIGLEC10 e TCR beta, 2B4 e TCR alfa, 2B4 e TCR beta. Em algumas modalidades, a modificação genética depende da inativação de mais de dois genes. A modificação genética pode ser operada ex-vivo. V. TCRs Específicos para complexos de MHC de peptídeo RAS
[0200] É fornecido no presente documento um ácido nucleico que codifica pelo menos um receptor de célula T (TCR) que compreende um construto de cadeia alfa de TCR e/ou construto de cadeia beta de TCR capazes de se ligar especificamente a um epítopo de RAS em complexo com um MHC humano, em que o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região determinante de complementaridade 3 (CDR3) que tem pelo menos 84 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 3, 18, 33, 49, 65, 81, 97, 113, 241, 257, 273, 289, 305, 321, 337, 353, 369, 385, 401, 417, e 433 e/ou em que o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região determinante de complementaridade 3 (CDR3) que tem pelo menos 84 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 6, 21, 36, 52, 68, 84, 100, 116, 244, 260, 276, 292, 308, 324, 340, 356, 372, 388, 404, 420 e 436.
[0201] É fornecido no presente documento um ácido nucleico que codifica pelo menos um receptor de célula T (TCR) que compreende um construto de cadeia alfa de TCR e/ou construto de cadeia beta de TCR capazes de se ligarem especificamente a um epítopo do RAS em complexo com um MHC humano, em que o epítopo do RAS compreende uma região que tem pelo menos 70 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 15, 30, 45, 46, 61, 62, 77, 78, 93, 94, 109, 110, 125, 126, 219-222, 253, 254, 269, 270, 285, 286, 301, 302, 317, 318, 333, 334, 349, 350, 365, 366, 381, 382, 397, 398, 413, 414, 429, 430, 445 e 446.
[0202] É fornecido no presente documento um ácido nucleico isolado ou uma célula que compreende um ácido nucleico recombinante, em que o ácido nucleico codifica pelo menos um receptor de célula T (TCR) que compreende um construto de cadeia alfa de TCR e/ou um construto de cadeia beta de TCR; em que o TCR se liga especificamente a um epítopo do RAS em complexo com um MHC humano codificado por um alelo HLA-A03:01. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 71, 87, 103, 295, 311, 327, 343, 359 e 391, em que o TCR se liga especificamente a um epítopo do RAS em complexo com um MHC humano codificado por um alelo HLA-A03:01. Em algumas modalidades, o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 74, 90, 106, 298, 314, 330, 346, 362 e 394, em que o TCR se liga especificamente a um epítopo do RAS em complexo com um MHC humano codificado por um alelo HLA-A03:01.
[0203] Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR como descrito acima compreende uma região determinante de complementaridade 1 (CDR1) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 63, 79, 95, 287, 303, 319, 335, 351 e 383. Em algumas modalidades, o construto de cadeia beta de TCR como descrito acima compreende uma região determinante de complementaridade 1 (CDR1) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 66, 82, 98, 290, 306, 322, 338, 354 e 386. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região determinante de complementaridade 2 (CDR2) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 64, 80, 96, 288, 304, 320, 336, 352 e 384. Em algumas modalidades, o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região determinante de complementaridade 2 (CDR2) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 67, 83, 99, 291, 307, 323, 339, 355 e 387. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região determinante de complementaridade 3 (CDR3) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 65, 81, 97, 289, 305, 321, 337, 353 e 385. Em algumas modalidades, o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região determinante de complementaridade 3 (CDR3) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 68, 84, 100, 292, 308, 324, 340, 356 e 388.
[0204] É fornecido no presente documento um ácido nucleico isolado ou uma célula que compreende um ácido nucleico recombinante, em que o ácido nucleico codifica pelo menos um receptor de célula T (TCR) que compreende um construto de cadeia alfa de TCR e/ou um construto de cadeia beta de TCR; em que o TCR se liga especificamente a um epítopo do RAS em complexo com um MHC humano codificado por um alelo HLA-A02:01. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 9 e 24 em que o TCR se liga especificamente a um epítopo do RAS em complexo com um MHC humano codificado por um alelo HLA- A02:01. Em algumas modalidades, o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 12 e 27, em que o TCR se liga especificamente a um epítopo do RAS em complexo com um MHC humano codificado por um alelo HLA- A02:01.
[0205] Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR como descrito acima compreende uma região determinante de complementaridade 1 (CDR1) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 1 e 16. Em algumas modalidades, o construto de cadeia beta de TCR como descrito acima compreende uma região determinante de complementaridade 1 (CDR1) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 4 e 19. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região determinante de complementaridade 2 (CDR2) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 2 e 17. Em algumas modalidades construto de cadeia beta de TCR compreende uma região determinante de complementaridade 2 (CDR2) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 5 e 20. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região determinante de complementaridade 3 (CDR3) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 3 e 18. Em algumas modalidades, o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região determinante de complementaridade 3 (CDR3) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 6 e 21.
[0206] É fornecido no presente documento um ácido nucleico isolado ou uma célula que compreende um ácido nucleico recombinante, em que o ácido nucleico codifica pelo menos um receptor de célula T (TCR) que compreende um construto de cadeia alfa de TCR e/ou um construto de cadeia beta de TCR; em que o TCR se liga especificamente a um epítopo do RAS em complexo com um MHC humano codificado por um alelo HLA-A11:01. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 39, 55, 122, 247, 263, 279, 375, 407, 423 e 439, em que o TCR se liga especificamente a um epítopo do RAS em complexo com um MHC humano codificado por um alelo HLA-A11:01. Em algumas modalidades, o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 42, 58, 125, 250, 266, 282, 378, 413, 426 e 442, em que o TCR se liga especificamente a um epítopo do RAS em complexo com um MHC humano codificado por um alelo HLA-A11:01.
[0207] Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR como descrito acima compreende uma região determinante de complementaridade 1 (CDR1) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 31, 47, 111, 239, 255, 271, 367, 399, 415 e 431. Em algumas modalidades, o construto de cadeia beta de TCR como descrito acima compreende uma região determinante de complementaridade 1 (CDR1) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 34, 50, 114, 242, 258, 274, 370, 402, 418 e 434. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região determinante de complementaridade 2 (CDR2) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 32, 48, 112, 240, 256, 272, 368, 400, 416 e 432. Em algumas modalidades, o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região determinante de complementaridade 2 (CDR2) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 35, 51, 115, 243, 259, 275, 371, 403, 419 e 435. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região determinante de complementaridade 3 (CDR3) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 33, 49, 113, 241, 257, 273, 369, 401, 417 e 433. Em algumas modalidades, o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região determinante de complementaridade 3 (CDR3) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs:36, 52, 116, 228, 244, 260, 276, 372, 404, 420 e
434. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 9; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 12. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 1, uma CDR2 de SEQ ID NO: 2 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 3; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 4, uma CDR2 de SEQ ID NO: 5 e uma CDR3 de SEQ ID NO:
6. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 24; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 27. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 16, uma CDR2 de SEQ ID NO: 17 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 18; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 19, uma CDR2 de SEQ ID NO: 20 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 21. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 39; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 42. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 31, uma CDR2 de SEQ ID NO: 32 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 33; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 34, uma CDR2 de SEQ ID NO: 35 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 36. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 55; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 58. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 47, uma CDR2 de SEQ ID NO: 48 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 49; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 50, uma CDR2 de SEQ ID NO: 51 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 52. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 71; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 74. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 63, uma CDR2 de SEQ ID NO: 64 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 65; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 66, uma CDR2 de SEQ ID NO: 67 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 68. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 87; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 90. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 79, uma CDR2 de SEQ ID NO: 80 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 81; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 82, uma CDR2 de SEQ ID NO: 83 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 84. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 103; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 106. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 95, uma CDR2 de SEQ ID NO: 96 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 97; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 98, uma CDR2 de SEQ ID NO: 99 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 100. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 119; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 122. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 111, uma CDR2 de SEQ ID NO: 112 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 113; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 114, uma CDR2 de SEQ ID NO: 115 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 116. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 263; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 266. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 255, uma CDR2 de SEQ ID NO: 256 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 257; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 258, uma CDR2 de SEQ ID NO: 259 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 260. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 279; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 282. Em algumas modalidades,
o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 271, uma CDR2 de SEQ ID NO: 272 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 273; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 274, uma CDR2 de SEQ ID NO: 275 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 276. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 295; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 298. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 287, uma CDR2 de SEQ ID NO: 288 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 289; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 290, uma CDR2 de SEQ ID NO: 291 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 292. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 311; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 314. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 303, uma CDR2 de SEQ ID NO: 304 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 305; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 306, uma CDR2 de SEQ ID NO: 307 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 308. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 327; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 330. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 319, uma CDR2 de SEQ ID NO: 320 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 321; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 322, uma CDR2 de SEQ ID NO: 323 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 324. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 343; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 346. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 335, uma CDR2 de SEQ ID NO: 336 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 337; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 338, uma CDR2 de SEQ ID NO: 339 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 340. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 343; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 346. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 351, uma CDR2 de SEQ ID NO: 352 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 353; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 354, uma CDR2 de SEQ ID NO: 355 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 356. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 343; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 346. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 367, uma CDR2 de SEQ ID NO: 368 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 369; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 370, uma CDR2 de SEQ ID NO: 371 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 372. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 391; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 394. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 383, uma CDR2 de SEQ ID NO: 384 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 385; o construto de cadeia beta de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 386, uma CDR2 de SEQ ID NO: 387 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 388. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 391; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 394. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 399, uma CDR2 de SEQ ID NO: 400 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 401; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 402, uma CDR2 de SEQ ID NO: 403 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 404. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 423; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 426. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 415, uma CDR2 de SEQ ID NO: 416 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 417; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 418, uma CDR2 de SEQ ID NO: 419 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 420. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 391; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 394. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 431, uma CDR2 de SEQ ID NO: 432 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 433; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 434, uma CDR2 de SEQ ID NO: 435 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 426.
[0208] Em várias modalidades, a sequência de ácidos nucleicos que codifica um TCR é otimizada por códon.
[0209] As mutações em qualquer um dos três genes ras, H- ras, K-ras e N-ras, são um dos casos mais comuns na tumorigênese humana. Cerca de 30 % de todos os tumores humanos são encontrados para transportar pelo menos uma mutação em qualquer um dos genes ras canônicos. Mutações Ras são evidentes em, por exemplo, adenocarcinoma do trato biliar, carcinoma de células transicionais da bexiga, carcinoma de mama, adenocarcinoma cervical, adenocarcinoma de cólon, adenoma de cólon, neuroblastoma (gânglios autônomos), leucemia mieloide aguda, leucemia mieloide crônica, leucemia mielomonocítica crônica, leucemia mielomonocítica juvenil, leucemia linfoblástica aguda, linfoma de Burkitt, linfoma de Hodgkin, mieloma de células plasmáticas, carcinoma hepatocelular, carcinoma de células grandes, carcinoma de células não pequenas, carcinoma ductal, tumor endócrino, carcinoma espinocelular prostrado, carcinoma de células escamosas melanoma maligno, angiossarcoma, leiomiossarcoma, lipossarcoma, rabdomiossarcoma, mixoma, histiocitoma fibroso maligno, sarcoma pleomórfico, germinoma, seminoma, carcinoma anaplásico, carcinoma folicular, carcinoma papilar e carcinoma de células de Hurthle. Mutações Ras são encontradas em cânceres que afetam muitos tecidos e órgãos do corpo, por exemplo, pulmão, fígado, mama, bexiga, cólon, colo do útero, pâncreas, próstata, estômago, tireoide, testículo, tecido mole, pele e sangue.
[0210] Em várias modalidades, o TCR se liga a um complexo de peptídeo MHC:RAS, em que o peptídeo RAS compreende uma mutação de G12V. Em várias modalidades, o TCR se liga a um complexo de peptídeo MHC:RAS, em que o peptídeo RAS compreende uma mutação de G12C. Em várias modalidades, o TCR se liga a um complexo de peptídeo MHC:RAS, em que o peptídeo RAS compreende uma mutação de G12D. Em várias modalidades, o TCR se liga a um complexo de peptídeo MHC:RAS, em que o peptídeo RAS compreende uma mutação em Q61. Em várias modalidades, o TCR se liga a um complexo de peptídeo MHC:RAS, em que o peptídeo RAS compreende uma sequência de VVGAVGVGK (SEQ ID NO: 45), VVVGAVGVGK (SEQ ID NO: 46), VVGADGVGK (SEQ ID NO: 301), VVVGADGVGK (SEQ ID NO: 302), VVGACGVGK (SEQ ID NO: 109),
VVVGACGVGK (SEQ ID NO: 110), KLVVVGACGV (SEQ ID NO: 15), LVVVGACGV (SEQ ID NO: 30), KLVVVGADGV (SEQ ID NO: 219), LVVVGADGV (SEQ ID NO: 220), KLVVVGAVGV (SEQ ID NO: 221) ou LVVVGAVGV (SEQ ID NO: 222)..
[0211] Em várias modalidades, o TCR se liga a um complexo de peptídeo MHC:RAS, em que o MHC humano é codificado por um alelo HLA-A02:01. Em várias modalidades, o TCR se liga a um complexo de peptídeo MHC:RAS, em que o MHC humano é codificado por um alelo HLA-A03:01. Em várias modalidades, o TCR se liga a um complexo de peptídeo MHC:RAS, em que o MHC humano é codificado por um alelo HLA- A11:01.
[0212] Em várias modalidades, o TCR se liga a um complexo de peptídeo MHC:RAS, em que o MHC humano é codificado por um alelo HLA-A02:01 e em que o peptídeo RAS compreende uma sequência de VVGAVGVGK (SEQ ID NO: 45), VVVGAVGVGK (SEQ ID NO: 46), VVGADGVGK (SEQ ID NO: 301), VVVGADGVGK (SEQ ID NO: 302), VVGACGVGK (SEQ ID NO: 109), VVVGACGVGK (SEQ ID NO: 110), KLVVVGACGV (SEQ ID NO: 15), LVVVGACGV (SEQ ID NO: 30), KLVVVGADGV (SEQ ID NO: 219), LVVVGADGV (SEQ ID NO: 220), KLVVVGAVGV (SEQ ID NO: 221) ou LVVVGAVGV (SEQ ID NO: 222). Em várias modalidades, o TCR se liga a um complexo de peptídeo MHC:RAS, em que o MHC humano é codificado por um alelo HLA-A03:01 e em que o peptídeo RAS compreende uma sequência de VVGAVGVGK (SEQ ID NO: 45), VVVGAVGVGK (SEQ ID NO: 46), VVGADGVGK (SEQ ID NO: 301), VVVGADGVGK (SEQ ID NO: 302), VVGACGVGK (SEQ ID NO: 109), VVVGACGVGK (SEQ ID NO: 110), KLVVVGACGV (SEQ ID NO: 15), LVVVGACGV (SEQ ID NO: 30), KLVVVGADGV (SEQ ID NO: 219), LVVVGADGV (SEQ ID NO: 220), KLVVVGAVGV (SEQ ID NO: 221) ou
LVVVGAVGV (SEQ ID NO: 222). Em várias modalidades, o TCR se liga a um complexo de peptídeo MHC:RAS, em que o MHC humano é codificado por um alelo HLA-A11:01 e em que o peptídeo RAS compreende uma sequência de VVGAVGVGK, VVVGAVGVGK, VVGADGVGK, VVVGADGVGK, VVGACGVGK, VVVGACGVGK, KLVVVGACGV, LVVVGACGV, KLVVVGADGV, LVVVGADGV, KLVVVGAVGV ou LVVVGAVGV.
[0213] Em algumas modalidades, um TCR como revelado no presente documento, exibe uma afinidade de ligação específica para um peptídeo de epítopo que contém uma mutação pontual encontrada no câncer quando o peptídeo de epítopo está em complexo com um MHC codificado pelo alelo específico; e adicionalmente o TCR pode exibir uma afinidade de ligação diferente de um outro peptídeo de epítopo que contém um mutação pontual diferente da mesma proteína de câncer, quando o peptídeo de epítopo é em complexo com um MHC codificado pelo alelo específico, mas não exibe a afinidade de ligação para o peptídeo WT que não contém qualquer mutação. VI. TCRs Específicos para complexos de peptídeo-MHC TMPRSS2:ERG
[0214] É fornecido no presente documento um ácido nucleico que codifica pelo menos um receptor de célula T (TCR) que compreende um construto de cadeia alfa de TCR e/ou construto de cadeia beta de TCR capazes de se ligarem especificamente a um epítopo de TMPRSS2:ERG em complexo com um MHC humano, em que o construto de cadeia alfa de TCR e/ou o construto de cadeia beta de TCR compreendem uma região determinante de complementaridade 3 (CDR3) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NO:
144 e SEQ ID NO: 147.
[0215] É fornecido no presente documento um ácido nucleico que codifica pelo menos um receptor de célula T (TCR) que compreende um construto de cadeia alfa de TCR e/ou construto de cadeia beta de TCR capazes de se ligarem especificamente a um epítopo de TMPRSS2:ERG em complexo com um MHC humano, em que o epítopo de TMPRSS2:ERG compreende uma região que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para a sequência de aminoácidos SEQ ID NO: 156.
[0216] Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 150. Em algumas modalidades, o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 153. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR e/ou o construto de cadeia beta de TCR compreendem uma região determinante de complementaridade 1 (CDR1) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 142 ou SEQ ID NO: 145. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR e/ou o construto de cadeia beta de TCR compreendem uma região determinante de complementaridade 2 (CDR2) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 143 ou SEQ ID NO: 146. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 150; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 153. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 142, uma CDR2 de SEQ ID NO: 143 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 144; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 145, uma CDR2 de SEQ ID NO: 146 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 147.
[0217] Em algumas modalidades, um TCR compreende um construto de cadeia alfa de TCR e/ou construto de cadeia beta de TCR capazes de se ligarem especificamente a um epítopo de TMPRSS2:ERG em complexo com um MHC humano, em que o construto de cadeia alfa de TCR e/ou o construto de cadeia beta de TCR compreendem uma região determinante de complementaridade 3 (CDR3) que tem pelo menos 60 %, pelo menos 70 %, pelo menos 80 %, pelo menos 85 %, pelo menos 90 %, pelo menos 95 % ou pelo menos 98 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 144 ou 147.
[0218] Em algumas modalidades, um TCR compreende um construto de cadeia alfa de TCR e/ou construto de cadeia beta de TCR capazes de se ligarem especificamente a um epítopo de TMPRSS2:ERG em complexo com um MHC humano, em que o epítopo de TMPRSS2:ERG compreende uma região que tem pelo menos 60 %, pelo menos 70 %, pelo menos 80 %, pelo menos 85 %, pelo menos 90 %, pelo menos 95 % ou pelo menos 98 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 156.
[0219] Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR e ou construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 60 %, pelo menos 70 %, pelo menos 80 %, pelo menos 85 %, pelo menos 90 %, pelo menos 95 % ou pelo menos 98 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 150 ou 153.
[0220] Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR e/ou o construto de cadeia beta de TCR compreendem uma região determinante de complementaridade 1 (CDR1) que tem pelo menos 60 %, pelo menos 70 %, pelo menos 80 %, pelo menos 85 %, pelo menos 90 %, pelo menos 95 % ou pelo menos 98 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 142 ou 145.
[0221] Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR e/ou o construto de cadeia beta de TCR compreendem uma região determinante de complementaridade 2 (CDR2) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 143 ou 146.
[0222] Em algumas modalidades, o ácido nucleico que codifica um construto de cadeia alfa de TCR e/ou cadeia beta de TCR compreende uma sequência de ácidos nucleicos com pelo menos 60 %, pelo menos 70 %, pelo menos 80 %, pelo menos 85 %, pelo menos 90 %, pelo menos 95 % ou pelo menos 98 % de identidade de sequência para qualquer uma das SEQ ID NOs: 148, 149, 151 e 152. Em várias modalidades, a sequência de ácidos nucleicos que codifica um TCR é otimizada por códon.
[0223] Em várias modalidades, o TCR se liga a um complexo de peptídeo MHC:TMPRSS2::ERG, em que o peptídeo TMPRSS2::ERG compreende uma mutação de fusão de gene. Em várias modalidades, o TCR se liga a um complexo de peptídeo MHC:TMPRSS2::ERG, em que o peptídeo TMPRSS2::ERG compreende uma mutação de fusão de gene que compreende pelo menos dois aminoácidos consecutivos em que os pelo menos dois aminoácidos consecutivos compreendem pelo menos um aminoácido de TMPRSS2 e pelo menos um aminoácido de ERG. Em várias modalidades, o TCR se liga a um complexo de peptídeo MHC:TMPRSS2::ERG, em que o peptídeo TMPRSS2::ERG compreende uma sequência de ALNSEALSV (SEQ ID NO: 156).
[0224] Em várias modalidades, o MHC humano é codificado por um alelo HLA-A02:01. Em várias modalidades, o TCR se liga a um complexo de peptídeo MHC:TMPRSS2::ERG, em que o MHC humano é codificado por um alelo HLA-A02:01.
[0225] Em várias modalidades, o MHC humano é codificado por um alelo HLA-A02:01. Em várias modalidades, o TCR se liga a um complexo de peptídeo MHC:TMPRSS2::ERG, em que o MHC humano é codificado por um alelo HLA-A02:01 em que o peptídeo TMPRSS2::ERG compreende uma sequência de ALNSEALSV (SEQ ID NO: 156). VII. TCRs Específicos para complexos de peptídeo-MHC GATA3
[0226] Em algumas outras modalidades, um TCR compreende um construto de cadeia alfa de TCR e/ou construto de cadeia beta de TCR capazes de se ligarem especificamente a um epítopo de GATA3 em complexo com um MHC humano, em que o construto de cadeia alfa de TCR e/ou o construto de cadeia beta de TCR compreendem uma região determinante de complementaridade 3 (CDR3) que tem pelo menos 60 %, pelo menos 70 %, pelo menos 80 %, pelo menos 85 %, pelo menos 90 %, pelo menos 95 % ou pelo menos 98 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 129, 132, 191, 194, 206 ou 209.
[0227] Em algumas modalidades, um TCR compreende um construto de cadeia alfa de TCR e/ou construto de cadeia beta de TCR capazes de se ligarem especificamente a um epítopo de GATA3 em complexo com um MHC humano, em que o epítopo de GATA3 compreende uma região que tem pelo menos 60 %, pelo menos 70 %, pelo menos 80 %, pelo menos 85 %, pelo menos 90 %, pelo menos 95 % ou pelo menos 98 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 141, 203 ou 218.
[0228] Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR e ou construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 60 %, pelo menos 70 %, pelo menos 80 %, pelo menos 85 %, pelo menos 90 %, pelo menos 95 % ou pelo menos 98 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 135, 138, 197, 200, 212 ou 215.
[0229] Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR e/ou o construto de cadeia beta de TCR compreendem uma região determinante de complementaridade 1 (CDR1) que tem pelo menos 60 %, pelo menos 70 %, pelo menos 80 %, pelo menos 85 %, pelo menos 90 %, pelo menos 95 % ou pelo menos 98 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 127, 130, 189, 192, 204 ou 207.
[0230] Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR e/ou o construto de cadeia beta de TCR compreendem uma região determinante de complementaridade 2 (CDR2) que tem pelo menos 60 %, pelo menos 70 %, pelo menos 80 %, pelo menos 85 %, pelo menos 90 %, pelo menos 95 % ou pelo menos 98 % de identidade de sequência SEQ ID NO: 128, 131, 190, 193, 205 ou 208.
[0231] É fornecido no presente documento um ácido nucleico que codifica pelo menos um receptor de célula T (TCR) que compreende um construto de cadeia alfa de TCR e/ou construto de cadeia beta de TCR capazes de se ligarem especificamente a um epítopo de GATA3 em complexo com um MHC humano, em que o construto de cadeia alfa de TCR e/ou o construto de cadeia beta de TCR compreendem uma região determinante de complementaridade 3 (CDR3) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NO: 129, 132,
191, 194, 206 ou 209.
[0232] É fornecido no presente documento um ácido nucleico que codifica pelo menos um receptor de célula T (TCR) capaz de se ligar especificamente a um peptídeo GATA3 mutante em complexo com uma proteína codificada por um alelo HLA-A02:01, HLA-B07:02 ou HLA-B08:01 de um indivíduo com câncer, em que o TCR compreende um construto de cadeia alfa de TCR e/ou um construto de cadeia beta de TCR.
[0233] É fornecido no presente documento um ácido nucleico isolado ou uma célula que compreende um ácido nucleico recombinante, em que o ácido nucleico codifica um receptor de célula T (TCR) que compreende um construto de cadeia alfa de TCR e/ou um construto de cadeia beta de TCR, em que o TCR se liga especificamente a um peptídeo GATA3 mutante em complexo com uma proteína HLA-A02:01, HLA-B07:02 ou HLA-B08:01; compreende uma região determinante de complementaridade 3 (CDR3) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 129, 132, 191, 194, 206 ou 209; e/ou se liga especificamente a um peptídeo GATA3 mutante que compreende uma região com pelo menos 70 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 141, 203 ou
218.
[0234] É fornecido no presente documento um ácido nucleico que codifica pelo menos um receptor de célula T (TCR) que compreende um construto de cadeia alfa de TCR e/ou construto de cadeia beta de TCR capazes de se ligarem especificamente a um epítopo de GATA3 em complexo com um MHC humano, em que o epítopo de GATA3 compreende uma região que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para a sequência de aminoácidos SEQ ID NO: 141, 203 ou 218.
[0235] Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 135, 197 ou 212. Em algumas modalidades, o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 138, 200 ou 215. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR e/ou o construto de cadeia beta de TCR compreendem uma região determinante de complementaridade 1 (CDR1) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NO: 127, 130, 189, 192, 204 e 207. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR e/ou o construto de cadeia beta de TCR compreendem uma região determinante de complementaridade 2 (CDR2) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NO: 128, 131, 190, 193, 205 e 208.
[0236] Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 135; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 138. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 197; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 200. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 212; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 215.
[0237] Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 127, uma CDR2 de SEQ ID NO: 128 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 129; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 130, uma CDR2 de SEQ ID NO: 131 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 132. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 189, uma CDR2 de SEQ ID NO: 190 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 191; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 192, uma CDR2 de SEQ ID NO: 193 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 194. Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 204, uma CDR2 de SEQ ID NO: 205 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 206; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 207, uma CDR2 de SEQ ID NO: 208 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 209.
[0238] Em algumas modalidades, o ácido nucleico que codifica um construto de cadeia alfa de TCR e/ou cadeia beta de TCR compreende uma sequência de ácidos nucleicos com pelo menos 60 %, pelo menos 70 %, pelo menos 80 %, pelo menos 85 %, pelo menos 90 %, pelo menos 95 % ou pelo menos 98 % de identidade de sequência para qualquer uma das SEQ ID NOs: 133, 134, 136 ou 137. Em algumas modalidades, o ácido nucleico que codifica um construto de cadeia alfa de TCR e/ou cadeia beta de TCR compreende uma sequência de ácidos nucleicos com pelo menos 60 %, pelo menos 70 %, pelo menos 80 %, pelo menos 85 %, pelo menos 90 %, pelo menos
95 % ou pelo menos 98 % de identidade de sequência para qualquer uma das SEQ ID NOs: 195, 196, 198 ou 199. Em algumas modalidades, o ácido nucleico que codifica um construto de cadeia alfa de TCR e/ou cadeia beta de TCR compreende uma sequência de ácidos nucleicos com pelo menos 60 %, pelo menos 70 %, pelo menos 80 %, pelo menos 85 %, pelo menos 90 %, pelo menos 95 % ou pelo menos 98 % de identidade de sequência para qualquer uma das SEQ ID NOs: 210, 211, 213 ou 214.
[0239] Em várias modalidades, a sequência de ácidos nucleicos que codifica um TCR é otimizada por códon.
[0240] Em várias modalidades, o TCR se liga a um complexo de peptídeo MHC:GATA3, em que o peptídeo GATA compreende pelo menos um aminoácido codificado por uma sequência de GATA3 neoORF. Em várias modalidades, o TCR se liga a um complexo de peptídeo MHC:GATA3, em que o peptídeo GATA compreende pelo menos 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24 ou 25 aminoácidos codificados por uma sequência de GATA3 neoORF. Em várias modalidades, o TCR se liga a um complexo de peptídeo MHC:GATA3, em que o peptídeo GATA compreende pelo menos um aminoácido codificado por uma sequência de GATA3 neoORF e pelo menos um aminoácido codificado por uma sequência do tipo selvagem de GATA3. Em várias modalidades, o TCR se liga a um complexo de peptídeo MHC:GATA3, em que o peptídeo GATA compreende pelo menos 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24 ou 25 aminoácidos codificada por uma sequência de GATA3 neoORF e pelo menos 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24 ou 25 aminoácidos codificada por uma sequência do tipo selvagem de GATA3. Em várias modalidades, o TCR se liga a um complexo de peptídeo MHC:GATA3, em que o peptídeo GATA compreende pelo menos um aminoácido codificado por uma sequência de GATA3 neoORF e pelo menos um aminoácido não codificado por uma sequência de GATA3 neoORF. Em várias modalidades, o TCR se liga a um complexo de peptídeo MHC:GATA3, em que o peptídeo GATA compreende pelo menos 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24 ou 25 aminoácidos codificada por uma sequência de GATA3 neoORF e pelo menos 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24 ou 25 aminoácidos não codificados por uma sequência de GATA3 neoORF. Em várias modalidades, o TCR se liga a um complexo de peptídeo MHC:GATA3, em que cada aminoácido do peptídeo GATA é um aminoácido codificado por uma sequência de GATA3 neoORF. Em várias modalidades, o TCR se liga a um complexo de peptídeo MHC:GATA3, em que o peptídeo GATA3 compreende uma sequência de (SEQ ID NO: 141), KPKRDGYMF (SEQ ID NO: 203) ou ESKIMFATL (SEQ ID NO: 218).
[0241] Em várias modalidades, o MHC humano é codificado por um alelo HLA-A02:01, HLA-B07:02 ou HLA-B08:01. Em várias modalidades, o TCR se liga a um complexo de peptídeo MHC:GATA3, em que o MHC humano é codificado por um alelo HLA-A02:01. Em várias modalidades, o TCR se liga a um complexo de peptídeo MHC:GATA3, em que o MHC humano é codificado por um alelo HLA-B07:02. Em várias modalidades, o TCR se liga a um complexo de peptídeo MHC:GATA3, em que o MHC humano é codificado por um alelo HLA-B08:01.
[0242] Em várias modalidades, o TCR se liga a um complexo de peptídeo MHC:GATA3, em que o MHC humano é codificado por um alelo HLA-B08:01 e em que o peptídeo GATA3 compreende uma sequência de MLTGPPARV (SEQ ID NO: 141), KPKRDGYMF (SEQ ID NO: 203) ou ESKIMFATL (SEQ ID NO: 218). VIII. TCRs Específicos para complexos de peptídeo-MHC
[0243] O gene de BTK pode codificar uma proteína de tirosina quinase de Bruton (BTK), que pode estar relacionada ao desenvolvimento e maturação de células B. A proteína de BTK pode transmitir sinais químicos que instruam as células B para maturar e produzir os anticorpos.
[0244] É fornecido no presente documento um ácido nucleico que codifica pelo menos um receptor de célula T (TCR) que compreende um construto de cadeia alfa de TCR e/ou construto de cadeia beta de TCR capazes de se ligarem especificamente a um epítopo de BTK em complexo com um MHC humano, em que o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região determinante de complementaridade 3 (CDR3) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NO: 161 e SEQ ID NO: 176, ou em que o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região determinante de complementaridade 3 (CDR3) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NO: 164 e SEQ ID NO: 179.
[0245] Também é fornecido no presente documento um ácido nucleico isolado ou uma célula que compreende um ácido nucleico recombinante, em que o ácido nucleico codifica um receptor de célula T (TCR) que compreende um construto de cadeia alfa de TCR e/ou um construto de cadeia beta de TCR, em que o TCR se liga especificamente a um peptídeo BTK mutante em complexo com uma proteína de HLA-A02:01; compreende uma região determinante de complementaridade 3 (CDR3) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 161, 164, 176 ou 179; e/ou se liga especificamente a um peptídeo BTK mutante que compreende uma região com pelo menos 70 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 173 ou 188.
[0246] Também é fornecido no presente documento um ácido nucleico que codifica pelo menos um receptor de célula T (TCR) que compreende um construto de cadeia alfa de TCR e/ou construto de cadeia beta de TCR capazes de se ligarem especificamente a um epítopo de BTK em complexo com um MHC humano, em que o epítopo de BTK compreende uma região que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para a sequência de aminoácidos SEQ ID NO: 173 ou 188.
[0247] Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 167 ou 182.
[0248] Em algumas modalidades, o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 170 ou 185.
[0249] Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR e/ou o construto de cadeia beta de TCR compreendem uma região determinante de complementaridade 1 (CDR1) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da
SEQ ID NOs: 159, 162, 174 e 177.
[0250] Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR e/ou o construto de cadeia beta de TCR compreendem uma região determinante de complementaridade 2 (CDR2) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 160, 163, 175 e 178.
[0251] Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 167 ou 182; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 170 ou 185.
[0252] Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 159 ou 174, uma CDR2 de SEQ ID NO: 160 ou 175 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 161 ou 176; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 162 ou 177, uma CDR2 de SEQ ID NO: 163 ou 178 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 164 ou 179.
[0253] Em algumas modalidades, o epítopo compreende uma mutação pontual. Em algumas modalidades, a mutação pontual é mutação de C481S.
[0254] Em várias modalidades, a sequência de ácidos nucleicos que codifica um TCR é otimizada por códon.
[0255] Em várias modalidades, o TCR se liga a um complexo de peptídeo MHC:BTK, em que o peptídeo de BTK compreende uma mutação pontual. Em várias modalidades, o TCR se liga a um complexo de peptídeo MHC:BTK, em que o peptídeo de BTK compreende uma mutação pontual de C481S. Em várias modalidades, o TCR se liga a um complexo de peptídeo
MHC:BTK, em que o peptídeo de BTK compreende uma sequência de SLLNYLREM (SEQ ID NO: 173).
[0256] Em algumas modalidades, o MHC humano é codificado pelo alelo HLA-A02:01. Em várias modalidades, o MHC humano é codificado por um alelo HLA-A02:01. Em várias modalidades, o TCR se liga a um complexo de peptídeo MHC:BTK, em que o MHC humano é codificado por um alelo HLA-A02:01.
[0257] Em várias modalidades, o TCR se liga a um complexo de peptídeo MHC:BTK, em que o MHC humano é codificado por um alelo HLA-A02:01 e em que o peptídeo de BTK compreende uma sequência de SLLNYLREM (SEQ ID NO: 173). IX. TCRs Específicos para complexos de peptídeo-MHC EGFR
[0258] É fornecido no presente documento um ácido nucleico que codifica pelo menos um receptor de célula T (TCR) que compreende um construto de cadeia alfa de TCR e/ou construto de cadeia beta de TCR capazes de se ligarem especificamente a um epítopo de EGFR em complexo com um MHC humano, em que o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região determinante de complementaridade 3 (CDR3) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NO: 449, SEQ ID NO: 466, SEQ ID NO: 483, SEQ ID NO: 500 e SEQ ID NO: 517, ou em que o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região determinante de complementaridade 3 (CDR3) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NO: 452, SEQ ID NO: 469, SEQ ID NO: 486, SEQ ID NO: 503 e SEQ ID NO: 520.
[0259] É fornecido no presente documento um ácido nucleico que codifica pelo menos um receptor de célula T
(TCR) capaz de se ligar especificamente a um peptídeo EGFR mutante em complexo com uma proteína codificada por um alelo HLA de um indivíduo com câncer, em que o TCR compreende um construto de cadeia alfa de TCR e/ou um construto de cadeia beta de TCR.
[0260] É fornecido no presente documento um ácido nucleico isolado ou uma célula que compreende um ácido nucleico recombinante, em que o ácido nucleico codifica um receptor de célula T (TCR) que compreende um construto de cadeia alfa de TCR e/ou um construto de cadeia beta de TCR, em que o TCR se liga especificamente a um peptídeo EGFR mutante em complexo com uma proteína de HLA-A02:01; compreende uma região determinante de complementaridade 3 (CDR3) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 449, 466, 483, 500, 517, 452, 469, 486, 503 ou 520; e/ou se liga especificamente a um peptídeo EGFR mutante que compreende uma região com pelo menos 70 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 461, 462, 463, 478, 479, 480, 495, 496, 497, 512, 513, 514, 529, 530 ou
531.
[0261] É fornecido no presente documento um ácido nucleico que codifica pelo menos um receptor de célula T (TCR) que compreende um construto de cadeia alfa de TCR e/ou construto de cadeia beta de TCR capazes de se ligarem especificamente a um epítopo de EGFR em complexo com um MHC humano, em que o epítopo de EGFR compreende uma região que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para a sequência de aminoácidos SEQ ID NO: 461, 462, 463, 478, 479, 480, 495, 496, 497, 512, 513, 514, 529, 530 ou 531.
[0262] Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 449, 466, 483, 500 ou 517.
[0263] Em algumas modalidades, o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 452, 469, 486, 503 ou 520.
[0264] Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR e/ou o construto de cadeia beta de TCR compreendem uma região determinante de complementaridade 1 (CDR1) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 447, 464, 481, 498, 515, 450, 467, 484, 501 e
518.
[0265] Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR e/ou o construto de cadeia beta de TCR compreendem uma região determinante de complementaridade 2 (CDR2) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 448, 465, 482, 499, 516, 451, 468, 485, 502 e
519.
[0266] Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 455, 472, 489, 506 ou 523; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 458, 475, 492, 509 ou 526.
[0267] Em algumas modalidades, o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 447, 464,
481, 498 ou 515, uma CDR2 de SEQ ID NO: 448, 465, 482, 499 ou 516 e uma CDR3 de SEQ ID NO: 449, 466, 483, 500 ou 517; e o construto de cadeia beta de TCR compreende uma CDR1 de SEQ ID NO: 450, 467, 484, 501 ou 518, uma CDR2 de SEQ ID NO: 451, 468, 485, 502 ou 519, e uma CDR3 de SEQ ID NO: 452, 469, 486, 503 ou 520.
[0268] Em algumas modalidades, o epítopo compreende uma mutação pontual. Em algumas modalidades, a mutação pontual é uma mutação de T790M. Em algumas modalidades, o MHC humano é codificado por um alelo HLA-A02:01.
[0269] Em várias modalidades, a sequência de ácidos nucleicos que codifica um TCR é otimizada por códon.
[0270] Em várias modalidades, o TCR se liga a um complexo de peptídeo MHC:EGFR, em que o peptídeo de EGFR compreende uma mutação pontual. Em várias modalidades, o TCR se liga a um complexo de peptídeo MHC:EGFR, em que o peptídeo de EGFR compreende uma mutação pontual de T790M. Em várias modalidades, o TCR se liga a um complexo de peptídeo MHC:EGFR, em que o peptídeo de EGFR compreende uma sequência de QLIMQLMPF (SEQ ID NO: 461), LIMQLMPFGC (SEQ ID NO: 462) ou MQLMPFGCLL (SEQ ID NO: 463).
[0271] Em várias modalidades, o MHC humano é codificado por um alelo HLA-A02:01. Em várias modalidades, o TCR se liga a um complexo de peptídeo MHC:EGFR, em que o MHC humano é codificado por um alelo HLA-A02:01.
[0272] Em várias modalidades, o TCR se liga a um complexo de peptídeo MHC:EGFR, em que o MHC humano é codificado por um alelo HLA-A02:01 e em que o peptídeo de EGFR compreende uma sequência de QLIMQLMPF (SEQ ID NO: 461), LIMQLMPFGC (SEQ ID NO: 462) ou MQLMPFGCLL (SEQ ID NO:
463).
[0273] Entrega de Ácido Nucleico ou Vetor
[0274] Os ácidos nucleicos que codificam TCRs ou vetores que contêm tais ácidos nucleicos podem ser entregues às células hospedeiras para expressão e processamento.
[0275] Termos como “transferência”, “introdução” ou “transfecção” são usados de maneira intercambiável no presente documento e se referem à introdução de ácidos nucleicos, em particular ácidos nucleicos exógenos ou heterólogos, em uma célula.
[0276] As células podem ser transfectadas com quaisquer carreadores com os quais o ácido nucleico pode ser associado, por exemplo, pela formação de complexos com o ácido nucleico ou pela formação de vesículas nas quais o ácido nucleico está circundado ou encapsulado, resultando em maior estabilidade do ácido nucleico em comparação ao ácido nucleico puro. Os carreadores úteis de acordo com a presente revelação incluem, por exemplo, carreadores contendo lipídeos, como lipídeos catiônicos, lipossomos, em particular, lipossomos catiônicos e micelas e nanopartículas. Os lipídeos catiônicos podem formar complexos com ácidos nucleicos carregados negativamente. Qualquer lipídeo catiônico pode ser usado de acordo com a presente revelação.
[0277] Em várias modalidades, um ácido nucleico que codifica um TCR revelado no presente documento é operavelmente ligado a um promotor. Além disso, a presente revelação fornece um vetor, por exemplo, um plasmídeo, vetor de transporte, fagemídeo, cosmídeo, vetor de expressão, vetor retroviral, vetor adenoviral ou partícula e/ou vetor a ser usado na terapia de gene, que compreende um ou mais dos ácidos nucleicos como revelado acima.
Um “vetor” é uma molécula de ácido nucleico que é capaz de transportar um outro ácido nucleico.
O vetor compreende o inserto de ácido nucleico, que codifica o polipeptídeo ou proteína desejada para expressão em uma célula, como uma célula hospedeira.
Para os propósitos da revelação, um inserto pode ser um ácido nucleico que codifica um TCR; uma cadeia alfa ou uma cadeia beta ou ambos de um TCR.
O termo “incorporação” de uma sequência de ácidos nucleicos em um vetor pode significar a preparação de um vetor de expressão adequado com um inserto que compreende a dita sequência de ácidos nucleicos.
Um “vetor de expressão” é um vetor que pode direcionar a expressão de uma proteína codificada por um ou mais genes transportados pelo vetor quando está presente no ambiente apropriado. “Retrovírus” são vírus que têm um genoma de RNA. “Gamaretrovírus” se refere a um gênero da família retroviridae.
Os gamaretrovírus exemplificativos incluem, porém sem limitação, vírus de células-tronco de camundongo, vírus da leucemia murina, vírus da leucemia felina, vírus do sarcoma felino e vírus da reticuloendoteliose aviária. “Lentivírus” se refere a um gênero de retrovírus que são capazes de infectar as células divisoras e não divisoras.
Vários exemplos de lentivírus incluem HIV (vírus da imunodeficiência humana: incluindo HIV tipo 1 e HIV tipo 2); vírus da anemia infecciosa equina; vírus da imunodeficiência felina (FIV); vírus da imunodeficiência bovina (BIV); e vírus da imunodeficiência símia (SIV). Um vetor que codifica um vírus central também é conhecido como um "vetor viral". Há um grande número de vetores virais disponíveis que são adequados para uso com a invenção, incluindo aqueles identificados para aplicações de terapia gênica humana, como aqueles descritos por Pfeifer e Verma (Pfeifer, A. e I.
Verma. 2001. Ann.
Rev.
Genomics Hum.
Genet. 2:177-211). Os vetores virais adequados incluem vetores baseados em vírus de RNA, como vetores derivados de retrovírus, por exemplo, vetores derivados do vírus da leucemia murina Moloney (MLV), e incluem vetores derivados de retrovírus mais complexos, por exemplo, vetores derivados de lentivírus.
Os vetores derivados do HIV-1 pertencem a essa categoria.
Outros exemplos incluem vetores de lentivírus derivados de HIV-2, FIV, vírus da anemia infecciosa equina, SIV e vírus maedi/visna.
Os métodos de utilização de vetores virais retrovirais e lentivirais e células de empacotamento para a transdução de células-alvo de mamíferos com partículas virais contendo transgenes de TCRs são bem conhecidos na técnica e foram descritos anteriormente, por exemplo, nas Patentes nº US 8.119.772; Walchli et al., 2011, PLoS One 6:327930; Zhao et al., J.
Immunol., 2005, 174:4415-4423; Engels et al., 2003, Hum.
Gene Ther. 14:1155-68; Frecha et al., 2010, Mol.
Ther. 18:1748-57; Verhoeyen et al., 2009, Methods Mol.
Biol. 506:97-114. Os construtos de vetores retrovirais e lentivirais e sistemas de expressão também estão disponíveis comercialmente.
Em algumas modalidades, um vetor viral é usado para introduzir a sequência de ácidos nucleicos não endógena que codifica a cadeia TCRα específica para o antígeno peptídico nas células progenitoras hematopoiéticas.
O vetor viral pode ser um vetor retroviral ou um vetor lentiviral.
O vetor viral também pode incluir uma sequência de ácidos nucleicos que codifica um marcador para transdução. Os marcadores de transdução para vetores virais são conhecidos na técnica e incluem marcadores de seleção, que podem conferir resistência a fármacos ou marcadores detectáveis, como marcadores fluorescentes ou proteínas de superfície celular que podem ser detectados por métodos como citometria de fluxo. Quando o genoma de vetor viral compreende mais de uma sequência de ácidos nucleicos a ser expressa na célula hospedeira como transcrições separadas, o vetor viral também pode compreender sequência adicional entre as duas (ou mais) transcrições permitindo a expressão bicistrônica ou multicistrônica. Os exemplos de tais sequências utilizadas em vetores virais incluem sítios de entrada de ribossomo interno (IRES), sítios de clivagem de furina, peptídeo 2A viral. Outros vetores também podem ser usados para entrega de polinucleotídeo, incluindo vetores virais de DNA, incluindo, por exemplo, vetores baseados em adenovírus e vetores baseados em vírus adenoassociados (AAV); os vetores derivados do vírus herpes simplex (HSVs), incluindo vetores de amplicon, HSV com defeito de replicação e HSV atenuado (Krisky et al., 1998, Gene Ther. 5: 1517-30). Outros vetores incluem aqueles derivados de baculovírus e alfavírus. (Jolly D J. 1999. Emerging viral vectors. pp 209-40 in Friedmann T. ed. 1999. The development of human gene therapy. Nova York: Cold Spring Harbor Lab).
[0278] Um vetor pode incluir sequências de ácidos nucleicos que permitem que o ácido nucleico se replique em uma célula hospedeira, como uma origem de replicação. Um vetor também pode incluir um ou mais genes marcadores selecionáveis e outros elementos genéticos conhecidos por aqueles de habilidade comum na técnica. Um vetor é, de preferência, um vetor de expressão que inclui um ácido nucleico de acordo com a presente invenção operavelmente ligado às sequências que permitem a expressão do dito ácido nucleico.
[0279] Em algumas modalidades, é fornecido no presente documento um vetor que compreende um ácido nucleico que codifica um TCR revelado no presente documento. Em algumas modalidades, o vetor é um replicon, plasmídeo, fago, transposon, cosmídeo, vírus ou virion de RNA de autoamplificação. Em algumas modalidades, o vetor é um vetor viral. Em algumas modalidades, o vetor é derivado de um retrovírus, lentivírus, adenovírus, vírus adenoassociado, vírus do herpes, pox vírus, alfa vírus, vírus da vacina, vírus da hepatite B, papiloma humano ou um pseudotipo dos mesmos. Em algumas modalidades, o vetor é um vetor não viral. Em algumas modalidades, o vetor não viral é uma nanopartícula, um lipídeo catiônico, um polímero catiônico, um nanopolímero metálico, um nanorod, um lipossomo, uma micela, uma microbolha, um peptídeo de penetração celular ou uma liposfera.
[0280] São apresentados no presente documento construtos, por exemplo, construtos de ácido nucleico que codificam uma cadeia alfa e uma cadeia beta de um TCR para expressão em uma célula. Em algumas modalidades, os construtos compreendem um ou mais polinucleotídeos que codificam uma cadeia alfa de TCR e uma cadeia beta de TCR. Em algumas modalidades, os polinucleotídeos são incorporados em um vetor adequado. Em algumas modalidades, os polinucleotídeos que codificam a cadeia alfa e a cadeia beta são incorporados no mesmo vetor. Em algumas modalidades, os polinucleotídeos que codificam a cadeia alfa e a cadeia beta são incorporados em vetores diferentes, e ambos os vetores são entregues para expressão na célula única.
[0281] Em algumas modalidades, uma célula pode ser transduzida ou transfectada com um ácido nucleico que codifica um TCR, em que a célula é capaz de expressar o TCR e a célula é usada como uma terapêutica. Em algumas modalidades a célula é derivada de um indivíduo ou um hospedeiro, em que o indivíduo ou o hospedeiro é um humano. Em algumas modalidades, o indivíduo ou o hospedeiro compreende uma célula que tem uma mutação em um epítopo, e o TCR expresso na célula é capaz de se ligar especificamente ao epítopo que tem a mutação. Em algumas modalidades, a célula é uma célula de linfócito. Em algumas modalidades, o linfócito T. Em algumas modalidades, a célula é uma célula precursora linfocítica. Em algumas modalidades, a célula é uma célula precursora de linfócito T. Em algumas modalidades, a célula é uma célula progenitora de linfócito T. Em algumas modalidades a célula é um timócito.
[0282] Em algumas modalidades, as células T são células T imaturas. Em algumas modalidades, as células T são células T virgens de antígeno. A célula hospedeira pode ser cultivada ex vivo por 1, 2, 3, 4, 5 ou mais dias para monitoramento e recuperação após transfecção ou transdução com o polinucleotídeo (ou polinucleotídeos) que codifica o TCR.
X. Neoantígenos
[0283] Os TCRs revelados no presente documento são específicos de neoantígenos imunogênicos. Em algumas modalidades, o peptídeo de neoantígeno é de RAS. Em algumas modalidades, o peptídeo de neoantígeno é de GATA3. Em algumas modalidades, o peptídeo de neoantígeno é de BTK. Em algumas modalidades, o peptídeo de neoantígeno é de TMPRSS2:ERG. Em algumas modalidades, um ou mais peptídeos de neoantígeno são carregados para APCs, em que o APCs carregados pelo peptídeo são, então, usados para estimular as células T a produzirem células T específicas de antígeno. Em algumas modalidades, os APCs usados para o carregamento de peptídeo são células dentríticas. As sequências de neoantígenos imunogênicos podem ser identificadas por qualquer método adequado conhecido na técnica.
[0284] Em várias modalidades, o neoantígeno compreende um epítopo. Tanto nos animais quanto nos humanos, os epítopos mutados podem ser potencialmente eficazes na indução de uma resposta imune ou ativação de células T. Em algumas modalidades, o epítopo compreende uma mutação. Em algumas modalidades, a mutação é selecionada a partir do grupo que consiste em uma mutação pontual, uma mutação de sítio de emenda, uma mutação de troca de fase de leitura, uma mutação de leitura direta, uma mutação de fusão de gene e qualquer combinação das mesmas.
[0285] Em algumas modalidades, o epítopo tem um comprimento de pelo menos 8 aminoácidos. Em algumas modalidades, o epítopo tem um comprimento de pelo menos 16 aminoácidos. Em algumas modalidades, o epítopo tem um comprimento de 8-25 aminoácidos. Em algumas modalidades, o epítopo tem um comprimento de 8-12 aminoácidos. Em algumas modalidades, o epítopo tem um comprimento de 16-25 aminoácidos. Em algumas modalidades, o epítopo tem um comprimento de 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24 ou 25 aminoácidos.
[0286] Em certas modalidades, um neoantígeno ou epítopo do mesmo pode compreender, porém sem limitação, cerca de 5, cerca de 6, cerca de 7, cerca de 8, cerca de 9, cerca de 10, cerca de 11, cerca de 12, cerca de 13, cerca de 14, cerca de 15, cerca de 16, cerca de 17, cerca de 18, cerca de 19, cerca de 20, cerca de 21, cerca de 22, cerca de 23, cerca de 24, cerca de 25, cerca de 26, cerca de 27, cerca de 28, cerca de 29, cerca de 30, cerca de 31, cerca de 32, cerca de 33, cerca de 34, cerca de 35, cerca de 36, cerca de 37, cerca de 38, cerca de 39, cerca de 40, cerca de 41, cerca de 42, cerca de 43, cerca de 44, cerca de 45, cerca de 46, cerca de 47, cerca de 48, cerca de 49, cerca de 50, cerca de 60, cerca de 70, cerca de 80, cerca de 90, cerca de 100, cerca de 110, cerca de 120 ou mais resíduos de aminoácido, e qualquer faixa derivável nos mesmos. Em modalidades específicas, um neoantígeno ou epítopo do mesmo é igual ou menor que 100 aminoácidos.
[0287] Em algumas modalidades, um neoantígeno ou epítopo do mesmo para MHC de Classe I tem 13 resíduos ou menos de comprimento e geralmente consiste em cerca de 8 e cerca de 11 resíduos, particularmente 9 ou 10 resíduos. Em algumas modalidades, um neoantígeno ou epítopo do mesmo para MHC de Classe II tem 9-24 resíduos de comprimento.
[0288] Em algumas modalidades, os neoantígenos ligam uma proteína de HLA (por exemplo, HLA de classe I ou HLA de classe II). Em modalidades específicas, os neoantígenos ligam uma proteína de HLA com afinidade maior que um peptídeo do tipo selvagem correspondente. Em modalidades específicas, o peptídeo ou polipeptídeo neoantigênico tem uma IC50 de pelo menos menor que 5000 nM, pelo menos menor que 500 nM, pelo menos menor que 100 nM, pelo menos menor que 50 nM ou menos.
[0289] Em algumas modalidades, o epítopo se liga ao MHC humano com uma afinidade maior que um epítopo do tipo selvagem correspondente. Em algumas modalidades, o epítopo se liga ao MHC humano com uma KD ou uma IC50 menor que 500 nM, 250 nM, 150 nM, 100 nM, 50 nM, 25 nM ou 10 nM. Em algumas modalidades, o epítopo compreende uma mutação, em que a mutação não está presente em células não cancerosas de um indivíduo. Em algumas modalidades, o epítopo é codificado por um gene ou um gene expresso de células cancerosas de um indivíduo. Em algumas modalidades, o TCR se liga a um complexo de peptídeo de HLA com uma KD ou uma IC50 menor que 500 nM, 250 nM, 150 nM, 100 nM, 50 nM, 25 nM ou 10 nM.
[0290] Em algumas modalidades, o peptídeo neoantigênico pode ter cerca de 8 e cerca de 50 resíduos de aminoácido de comprimento, ou de cerca de 8 e cerca de 30, de cerca de 8 e cerca de 20, de cerca de 8 e cerca de 18, de cerca de 8 e cerca de 15, ou de cerca de 8 e cerca de 12 resíduos de aminoácido de comprimento. Em algumas modalidades, o peptídeo neoantigênico pode ter cerca de 8 e cerca de 500 resíduos de aminoácido de comprimento, ou de cerca de 8 e cerca de 450, de cerca de 8 e cerca de 400, de cerca de 8 e cerca de 350, de cerca de 8 e cerca de 300, de cerca de 8 e cerca de 250, de cerca de 8 e cerca de 200, de cerca de 8 e cerca de 150, de cerca de 8 e cerca de 100, de cerca de 8 e cerca de 50 ou de cerca de 8 e cerca de 30 resíduos de aminoácido de comprimento.
[0291] Em algumas modalidades, o peptídeo neoantigênico pode ter pelo menos 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50 ou mais resíduos de aminoácido de comprimento. Em algumas modalidades, o peptídeo neoantigênico pode ter pelo menos 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 55, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250, 300, 350, 400, 450, 500 ou mais resíduos de aminoácido de comprimento. Em algumas modalidades, o peptídeo neoantigênico pode ter no máximo 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50 ou menos resíduos de aminoácido de comprimento. Em algumas modalidades, o peptídeo neoantigênico pode ter no máximo 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 55, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250, 300, 350, 400, 450, 500 ou menos resíduos de aminoácido de comprimento.
[0292] Em algumas modalidades, o peptídeo neoantigênico tem um comprimento total de pelo menos 8, pelo menos 9, pelo menos 10, pelo menos 11, pelo menos 12, pelo menos 13, pelo menos 14, pelo menos 15, pelo menos 16, pelo menos 17,
pelo menos 18, pelo menos 19, pelo menos 20, pelo menos 21, pelo menos 22, pelo menos 23, pelo menos 24, pelo menos 25, pelo menos 26, pelo menos 27, pelo menos 28, pelo menos 29, pelo menos 30, pelo menos 40, pelo menos 50, pelo menos 60, pelo menos 70, pelo menos 80, pelo menos 90, pelo menos 100, pelo menos 150, pelo menos 200, pelo menos 250, pelo menos 300, pelo menos 350, pelo menos 400, pelo menos 450 ou pelo menos 500 aminoácidos.
[0293] Em algumas modalidades, o peptídeo neoantigênico tem um comprimento total de no máximo 8, no máximo 9, no máximo 10, no máximo 11, no máximo 12, no máximo 13, no máximo 14, no máximo 15, no máximo 16, no máximo 17, no máximo 18, no máximo 19, no máximo 20, no máximo 21, no máximo 22, no máximo 23, no máximo 24, no máximo 25, no máximo 26, no máximo 27, no máximo 28, no máximo 29, no máximo 30, no máximo 40, no máximo 50, no máximo 60, no máximo 70, no máximo 80, no máximo 90, no máximo 100, no máximo 150, no máximo 200, no máximo 250, no máximo 300, no máximo 350, no máximo 400, no máximo 450 ou no máximo 500 aminoácidos.
[0294] Em algumas modalidades, o peptídeo neoantigênico pode ter um valor de pI de cerca de 0,5 e cerca de 12, cerca de 2 e cerca de 10 ou cerca de 4 e cerca de 8. Em algumas modalidades, o peptídeo neoantigênico pode ter um valor de pI de pelo menos 4,5, 5, 5,5, 6, 6,5, 7, 7,5 ou mais. Em algumas modalidades, o peptídeo neoantigênico pode ter um valor de pI de no máximo 4,5, 5, 5,5, 6, 6,5, 7, 7,5 ou menos.
[0295] Em algumas modalidades, o peptídeo neoantigênico pode ter uma afinidade de ligação a HLA entre cerca de 1pM e cerca de 1 mM, cerca de 100pM e cerca de 500 µM, cerca de 500pM e cerca de 10 µM, cerca de 1 nM e cerca de 1 µM ou cerca de 10 nM e cerca de 1 µM. Em algumas modalidades, o peptídeo neoantigênico pode ter uma afinidade de ligação a HLA de pelo menos 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 100, 150, 200, 250, 300, 350, 400, 450, 500, 550, 600, 700, 800, 900 µM ou mais. Em algumas modalidades, o peptídeo neoantigênico pode ter uma afinidade de ligação a HLA de no máximo 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 100, 150, 200, 250, 300, 350, 400, 450, 500, 550, 600, 700, 800, 900 µM.
[0296] Em algumas modalidades, um peptídeo neoantigênico descrito no presente documento pode compreender carreadores como aqueles bem conhecidos na técnica, por exemplo, tiroglobulina, albuminas, como albumina sérica humana, toxoide do tétano, resíduos de ácido poliamino, como poli L-lisina, ácido poli L-glutâmico, proteínas do vírus da influenza, proteína principal do vírus da hepatite B e similares.
[0297] Em algumas modalidades, um peptídeo neoantigênico descrito no presente documento pode ser modificado por acilação de terminal-NH2, por exemplo, por acetilação de alcanoíla (C1-C20) ou tioglicolila, amidação de terminal- carboxila, por exemplo, amônia, metilamina, etc. Em algumas modalidades, essas modificações podem fornecer sítios para ligação a um suporte ou outra molécula.
[0298] Em algumas modalidades, um peptídeo neoantigênico descrito no presente documento pode conter modificações como, porém sem limitação, glicosilação, oxidação de cadeia lateral, biotinilação, fosforilação, adição de um material ativo de superfície, por exemplo, um lipídeo, ou pode ser quimicamente modificado, por exemplo, acetilação, etc. Ademais, as ligações no peptídeo podem ser diferentes das ligações de peptídeo, por exemplo, ligações covalentes, ligações de éster ou éter, ligações de dissulfureto, ligações de hidrogênio, ligações iônicas, etc.
[0299] Em algumas modalidades, um peptídeo neoantigênico descrito no presente documento pode conter substituições para modificar uma propriedade física (por exemplo, estabilidade ou solubilidade) do peptídeo resultante. Por exemplo, os peptídeos neoantigênicos podem ser modificados pela substituição de uma cisteína (C) com ácido α-amino butírico (“B”). Devido à sua natureza química, a cisteína tem a propensão de formar pontes de dissulfeto e alterar suficientemente o peptídeo estruturalmente de modo a reduzir a capacidade de ligação. A substituição do ácido α- amino butírico por C não apenas atenua esse problema, mas, de fato, melhora a capacidade de ligação e ligação cruzada em certos casos. A substituição de cisteína por ácido α- amino butírico pode ocorrer em qualquer resíduo de um peptídeo neoantigênico, por exemplo, nas posições âncora ou não âncora de um epítopo ou análogo dentro de um peptídeo ou em outras posições de um peptídeo.
[0300] Em algumas modalidades, um peptídeo neoantigênico descrito no presente documento pode compreender miméticos de aminoácido ou resíduos de aminoácido não naturais, por exemplo, D- ou L-nafilalanina; D- ou L-fenilglicina; D- ou L-2-tienoilalanina; D- ou L-1, -2, 3-, ou 4-pirenoilalanina; D- ou L-3 tienoilalanina; D- ou L-(2-piridinil)-alanina; D-
ou L-(3-piridinil)-alanina; D- ou L-(2-pirazinil)-alanina; D- ou L-(4-isopropil)-fenilglicina; D-(trifluorometil)- fenilglicina; D-(trifluoro-metil)-fenilalanina; D-.rho.- fluorofenilalanina; D- ou L-.rho.-bifenil-fenilalanina; D- ou L-.rho.-metoxibifenilfenilalanina; D- ou L-2- indol(alil)alaninas; e, D- ou L-alquilalaninas, em que o grupo alquila pode ser uma metila substituída ou não substituída, etila, propila, hexila, butila, pentila, isopropila, iso-butila, sec-isotila, iso-pentila ou resíduos de aminoácido não ácidos. Os anéis aromáticos de um aminoácido não natural incluem, por exemplo, anéis aromáticos de tiazolila, tiofenila, pirazolila, benzimidazolila, naftila, furanila, pirrolila e piridila. Os peptídeos modificados que têm vários miméticos de aminoácidos ou resíduos de aminoácidos não naturais são particularmente úteis, visto que tendem a manifestar a estabilidade aumentada in vivo. Tais peptídeos também podem possuir vida útil melhorada ou propriedades de fabricação.
[0301] A estabilidade do peptídeo pode ser avaliada de várias maneiras. Por exemplo, peptidases e vários meios biológicos, como plasma e soro humano, têm sido usados para testar a estabilidade. Consulte, por exemplo, Verhoef, et al., Eur. J. Drug Metab. Pharmacokinetics 11:291 (1986). A meia-vida dos peptídeos descritos no presente documento é convenientemente determinada usando um ensaio de soro humano a 25 % (v/v). O protocolo é o seguinte: o soro humano agrupado (Tipo AB, não inativado pelo calor) é dilapidado por centrifugação antes do uso. O soro é, então, diluído para 25 % com RPMI-1640 ou um outro meio de cultura de tecido adequado. Em intervalos de tempo predeterminados,
uma pequena quantidade de solução de reação é removida e adicionada a ácido tricloroacético aquoso a 6 % (TCA) ou etanol. A amostra de reação turva é resfriada (4 ºC) por 15 minutos e, então, centrifugada para peletizar as proteínas séricas precipitadas. A presença dos peptídeos é, então, determinada por HPLC de fase reversa usando condições de cromatografia de estabilidade específica.
[0302] Em algumas modalidades, um peptídeo neoantigênico descrito no presente documento pode ser preparado sinteticamente, por tecnologia de DNA recombinante ou síntese química, ou pode ser isolado de fontes naturais, como tumores nativos ou organismos patogênicos. Os epítopos podem ser sintetizados individualmente ou unidos direta ou indiretamente em um peptídeo. Embora um peptídeo neoantigênico descrito no presente documento seja substancialmente livre de outras proteínas da célula hospedeira de ocorrência natural e fragmentos das mesmas, em algumas modalidades, o peptídeo pode ser conjugado sinteticamente para ser ligado a fragmentos ou partículas nativas.
[0303] Em algumas modalidades, um peptídeo neoantigênico descrito no presente documento pode ser preparado em uma ampla variedade de maneiras. Em algumas modalidades, os peptídeos podem ser sintetizados em solução ou em um suporte sólido de acordo com as técnicas convencionais. Vários sintetizadores automáticos estão disponíveis comercialmente e podem ser usados de acordo com protocolos conhecidos. (Consulte, por exemplo, Stewart & Young, SOLID PHASE PEPTIDE SYNTHESIS, 2D. ED., Pierce Chemical Co., 1984). Além disso, os peptídeos individuais podem ser unidos usando ligação química para produzir peptídeos maiores que ainda estão dentro dos limites da invenção.
[0304] Alternativamente, a tecnologia de DNA recombinante pode ser empregada em que uma sequência de nucleotídeos que codifica um peptídeo inserido em um vetor de expressão, transformado ou transfectado em uma célula hospedeira apropriada e cultivada em condições adequadas para expressão. Esses procedimentos são geralmente conhecidos na técnica, como descrito geralmente em Sambrook et al., MOLECULAR CLONING, A LABORATORY MANUAL, Cold Spring Harbor Press, Cold Spring Harbor, N.Y. (1989). Assim, os peptídeos recombinantes, que compreendem ou consistem em um ou mais epítopos descritos no presente documento, podem ser usados para apresentar o epítopo de célula T apropriado. XI. Composições Farmacêuticas
[0305] As composições farmacêuticas podem ser formuladas usando um ou mais carreadores fisiologicamente aceitáveis, incluindo excipientes e auxiliares que facilitam o processamento dos agentes ativos em preparações que podem ser usadas farmaceuticamente. A formulação adequada pode ser dependente da via de administração escolhida. Qualquer uma das técnicas, carreadores e excipientes bem conhecidos pode ser usada como adequado e como entendido na técnica.
[0306] Em alguns casos, uma composição farmacêutica é formulada como uma terapêutica com base em células, por exemplo, uma terapêutica com células T. Em algumas modalidades, uma composição farmacêutica compreende uma terapia baseada em peptídeo, uma terapia baseada em ácido nucleico, uma terapia baseada em anticorpos e/ou uma terapia baseada em células. Em algumas modalidades, uma composição farmacêutica compreende uma terapêutica com base em peptídeo ou uma terapêutica com base em ácido nucleico em que o ácido nucleico codifica os polipeptídeos. Uma composição pode compreender células T específicas para dois ou mais antígenos imunogênicos ou peptídeos de neoantígeno. Em algumas modalidades, a terapêutica específica para células T pode ser suplementada por uma ou mais terapias adicionais.
[0307] Em algumas modalidades, uma composição farmacêutica que compreende: um ácido nucleico que codifica um TCR que alveja um neoantígeno revelado no presente documento, um vetor que contém o ácido nucleico, a proteína codificada pelo ácido nucleico ou uma célula hospedeira que compreende o ácido nucleico, a proteína ou o vetor; e um diluente ou excipiente farmaceuticamente aceitável. Em algumas modalidades, a composição farmacêutica compreende adicionalmente um agente imunomodulador ou um adjuvante. Em algumas modalidades, o agente imunomodulador é uma citocina. Em algumas modalidades, o adjuvante é poli I:C.
[0308] Também é fornecido no presente documento o uso das composições farmacêuticas no tratamento de uma doença imune ou câncer.
[0309] As composições farmacêuticas podem incluir, além do ingrediente ativo, um excipiente farmaceuticamente aceitável, carreador, tampão, estabilizante ou outros materiais bem conhecidos pelos elementos versados na técnica. Tais materiais devem ser não tóxicos e não devem interferir na eficácia do ingrediente ativo. A natureza precisa do carreador ou outro material dependerá da via de administração. Os carreadores, excipientes ou estabilizadores aceitáveis são aqueles que não são tóxicos para os destinatários nas dosagens e concentrações utilizadas e incluem tampões, como fosfato, citrato e outros ácidos orgânicos; antioxidantes, incluindo ácido ascórbico e metionina; conservantes (como cloreto de amônio de octadecildimetilbenzila; cloreto de hexametônio; cloreto de benzalcônio, cloreto benzetônio; álcool fenílico, butílico ou benzílico; alquil parabenos como metil ou propil parabeno; catecol; resorcinol; ciclo-hexanol; 3- pentanol; e m-cresol); polipeptídeos de baixo peso molecular (menor que cerca de 10 resíduos); proteínas, como albumina sérica, gelatina ou imunoglobulinas; polímeros hidrofílicos, como polivinilpirrolidona; aminoácidos, como glicina, glutamina, asparagina, histidina, arginina ou lisina; monossacarídeos, dissacarídeos e outros carboidratos que incluem glicose, manose ou dextrinas; agentes quelantes, como EDTA; açúcares, como sacarose, manitol, trealose ou sorbitol; contra-íons de formação de sal, como sódio; complexos metálicos (por exemplo, complexos de proteína, Zn); e/ou tensoativos não iônicos, como TWEEN®, PLURONICS® ou polietileno glicol (PEG).
[0310] Os carreadores aceitáveis são fisiologicamente aceitáveis pelo paciente administrado e retêm as propriedades terapêuticas dos compostos com/em que os mesmos são administrados. Os carreadores aceitáveis e suas formulações são geralmente descritos em, por exemplo, Remington’s Pharmaceutical Sciences (18ª ed. A. Gennaro, Mack Publishing Co., Easton, PA 1990). Um exemplo de carreador é solução salina fisiológica. Um carreador farmaceuticamente aceitável é um material, composição ou veículo farmaceuticamente aceitável, como uma carga líquida ou sólida, diluente, excipiente, solvente ou material de encapsulamento, envolvido na condução ou transporte dos compostos em questão do sítio de administração de um órgão, ou porção do corpo, a um outro órgão ou parte do corpo, ou em um sistema de ensaio in vitro. Os carreadores aceitáveis são compatíveis com os outros ingredientes da formulação e não prejudicam um indivíduo a quem é administrado. Nem deve um carreador aceitável alterar a atividade específica dos outros ingredientes.
[0311] Em um aspecto, são fornecidas no presente documento composições farmaceuticamente aceitáveis ou fisiologicamente aceitáveis, incluindo solventes (aquosos ou não aquosos), soluções, emulsões, meios de dispersão, revestimentos, agentes isotônicos e promotores ou retardadores da absorção, compatíveis com a administração farmacêutica. Composições farmacêuticas ou formulações farmacêuticas, portanto, se referem a uma composição adequada para uso farmacêutico em um indivíduo. As composições podem ser formuladas para serem compatíveis com uma via de administração particular (isto é, sistêmica ou local). Desse modo, as composições incluem carreadores, diluentes ou excipientes adequados para administração por várias vias.
[0312] Em algumas modalidades, uma composição farmacêutica pode compreender adicionalmente um aditivo aceitável a fim de melhorar a estabilidade da composição. Os aditivos aceitáveis podem não alterar a atividade específica do agente ativo, por exemplo, células imunológicas. Exemplos de aditivos aceitáveis incluem,
porém sem limitação, um açúcar, como manitol, sorbitol, glicose, xilitol, trealose, sorbose, sacarose, galactose, dextrano, dextrose, frutose, lactose e misturas dos mesmos. Os aditivos aceitáveis podem ser combinados com carreadores e/ou excipientes aceitáveis, como a dextrose. Alternativamente, exemplos de aditivos aceitáveis incluem, porém sem limitação, um tensoativo, como polissorbato 20 ou polissorbato 80 para aumentar a estabilidade do peptídeo e diminuir a gelificação da solução. O tensoativo pode ser adicionado à composição em uma quantidade de 0,01 % a 5 % da solução. A adição de tais aditivos aceitáveis aumenta a estabilidade e meia-vida da composição em armazenamento.
[0313] Em algumas modalidades, a composição farmacêutica compreende uma terapêutica que é uma célula T que expressa um ou mais polinucleotídeos, que codificam um receptor de célula T. Em algumas modalidades, a composição farmacêutica compreende carreador fisiologicamente aceitável adequado para uma suspensão de célula.
[0314] A composição farmacêutica pode ser administrada, por exemplo, por injeção. As composições farmacêuticas para injeção incluem soluções aquosas (quando solúveis em água) ou dispersões e pós estéreis para a preparação extemporânea de soluções ou dispersões injetáveis estéreis. Para administração intravenosa, os carreadores adequados incluem solução salina fisiológica, água bacteriostática ou solução salina tamponada com fosfato (PBS). O carreador pode ser um solvente ou meio de dispersão que contém, por exemplo, água, etanol, poliol (por exemplo, glicerol, propilenoglicol e polietilenoglicol líquido e similares) e as misturas adequadas dos mesmos. A fluidez pode ser mantida, por exemplo, pela utilização de um revestimento como lecitina, pela manutenção do tamanho de partícula necessário no caso da dispersão e pelo uso de tensoativos.
Os agentes antibacterianos e antifúngicos incluem, por exemplo, parabenos, clorobutanol, fenol, ácido ascórbico e timerosal.
Agentes isotônicos, por exemplo, açúcares, poliálcoois, como manitol, sorbitol e cloreto de sódio podem estar incluídos na composição.
As soluções resultantes podem ser embaladas para uso como estão ou liofilizadas; a preparação liofilizada pode mais tarde ser combinada com uma solução estéril antes da administração.
Para injeção intravenosa, injeção ou injeção no local de aflição, o ingrediente ativo estará na forma de uma solução aquosa parenteralmente aceitável que é livre de pirogênio e tem pH, isotonicidade e estabilidade adequados.
Aqueles de conhecimento relevante na técnica são bem capazes de preparar soluções adequadas com o uso, por exemplo, de veículos isotônicos como Injeção de Cloreto de Sódio, Injeção de Ringer, Injeção de Ringer com Lactato.
Conservantes, estabilizantes, tampões, antioxidantes e/ou outros aditivos podem ser incluídos, como necessário.
As soluções injetáveis estéreis podem ser preparadas pela incorporação de ingrediente ativo na quantidade exigida no solvente apropriado com uma (1) ou uma combinação de ingredientes enumerados acima, como exigido, seguido por esterilização filtrada.
Geralmente, as dispersões são preparadas pela incorporação do ingrediente ativo em um veículo estéril que contém um meio de dispersão básico e os outros ingredientes necessários daqueles enumerados acima.
No caso de pós estéreis para a preparação de soluções injetáveis estéreis, os métodos de preparação preferenciais podem ser secagem a vácuo e secagem por congelamento que produzem um pó do ingrediente ativo mais qualquer ingrediente adicional desejado de uma solução anteriormente filtrada e estéril do mesmo.
[0315] As composições farmacêuticas podem ser convencionalmente administradas por via intravenosa, como por injeção de uma dose unitária, por exemplo. Para injeção, um ingrediente ativo pode estar na forma de uma solução aquosa parenteralmente aceitável que é substancialmente livre de pirogênios e tem pH, isotonicidade e estabilidade adequados. Um elemento pode preparar soluções adequadas com o uso, por exemplo, de veículos isotônicos, como Injeção de Cloreto de Sódio, Injeção de Ringer, Injeção de Ringer com Lactato. Conservantes, estabilizantes, tampões, antioxidantes e/ou outros aditivos podem ser incluídos, como necessário. Adicionalmente, as composições podem ser administradas por aerossolização.
[0316] Quando as composições farmacêuticas são consideradas para uso em medicamentos ou qualquer um dos métodos fornecidos no presente documento, contempla-se que a composição pode ser substancialmente livre de pirogênios de modo que a composição não cause uma reação inflamatória ou uma reação alérgica insegura quando administrada a um humano paciente. O teste de composições para pirogênios e a preparação de composições substancialmente livres de pirogênios são bem compreendidos por um versado na técnica e podem ser realizados usando kits disponíveis comercialmente.
[0317] Os carreadores aceitáveis podem conter um composto que estabiliza, aumenta ou retarda a absorção ou aumenta ou retarda a eliminação. Tais compostos incluem, por exemplo, carboidratos, como glicose, sacarose ou dextranos; proteínas de baixo peso molecular; composições que reduzem a eliminação ou hidrólise de peptídeos; ou excipientes ou outros estabilizadores e/ou tampões. Os agentes que retardam a absorção incluem, por exemplo, monoestearato de alumínio e gelatina. Os detergentes também podem ser usados para estabilizar ou aumentar ou diminuir a absorção da composição farmacêutica, incluindo carreadores lipossomais. Para proteger da digestão, o composto pode ser complexado com uma composição para tornar o mesmo resistente à hidrólise ácida e enzimática, ou o composto pode ser complexado em um carreador apropriadamente resistente, como um lipossomo. Os meios de proteção dos compostos da digestão são conhecidos na técnica (por exemplo, Fix (1996) Pharm Res. 13:1760 1764; Samanen (1996) J. Pharm. Pharmacol. 48:119 135; e Pat. nº US 5.391.377).
[0318] As composições farmacêuticas podem ser administradas de uma maneira compatível com a formulação de dosagem e em uma quantidade terapeuticamente eficaz. A quantidade a ser administrada depende do indivíduo a ser tratado, da capacidade de o sistema imune do indivíduo utilizar o ingrediente ativo e do grau de capacidade de ligação desejado. As quantidades precisas de ingrediente ativo que devem ser administradas dependem do parecer do técnico e são peculiares a cada indivíduo. Os regimes adequados para a administração inicial e vacinas de reforço também são variáveis, mas são tipificados por uma administração inicial seguida por doses repetidas em intervalos de uma ou mais horas por uma injeção subsequente ou outra administração. Alternativamente, infusões intravenosas contínuas suficientes para manter as concentrações no sangue são contempladas.
[0319] Em algumas modalidades, a presente divulgação é direcionada a uma composição imunogênica, por exemplo, uma composição farmacêutica capaz de aumentar uma resposta específica do neoantígeno (por exemplo, uma resposta imune humoral ou mediada por células). Em algumas modalidades, a composição imunogênica compreende terapêuticas de neoantígeno (por exemplo, peptídeos, polinucleotídeos, TCR, CAR, células contendo TCR ou CAR, célula dendrítica contendo polipeptídeo, célula dendrítica contendo polinucleotídeo, anticorpo, etc.) descritos no presente documento correspondendo a um antígeno específico de tumor ou neoantígeno.
[0320] Em algumas modalidades, uma composição farmacêutica descrita no presente documento é capaz de aumentar uma resposta de células T citotóxicas específicas, resposta específica de células T auxiliares ou uma resposta de células B.
[0321] Em algumas modalidades, polipeptídeos ou polinucleotídeos de antígeno podem ser fornecidos como células de apresentação de antígeno (por exemplo, células dendríticas) contendo tais polipeptídeos ou polinucleotídeos. Em outras modalidades, tais células que apresentam antígeno são usadas para estimular células T para uso em pacientes. Em algumas modalidades, as células que apresentam antígeno são células dendríticas. Em modalidades relacionadas, as células dendríticas são células dendríticas autólogas que são pulsadas com o peptídeo de naoantígeno ou ácido nucleico.
O peptídeo de neoantígeno pode ser qualquer peptídeo adequado que dá origem a uma resposta de célula T apropriada.
Em algumas modalidades, a célula T é um CTL.
Em algumas modalidades, a célula T é um HTL.
Desse modo, uma modalidade da presente revelação é uma composição imunogênica contendo pelo menos uma célula de apresentação de antígeno (por exemplo, uma célula dendrítica) que é pulsada ou carregada com um ou mais polipeptídeos de neoantígeno ou polinucleotídeos descritos no presente documento.
Em algumas modalidades, tais APCs são autólogos (por exemplo, células dendríticas autólogas). Alternativamente, células mononucleares de sangue periférico (PBMCs) isoladas de um paciente podem ser carregadas com peptídeos neoantigênicos ou polinucleotídeos ex vivo.
Em modalidades relacionadas, tais APCs ou PBMCs são injetadas de volta no paciente.
O polinucleotídeo pode ser qualquer polinucleotídeo adequado que seja capaz de transduzir a célula dendrítica, resultando assim na apresentação de um peptídeo de neoantígeno e indução de imunidade.
Em algumas modalidades, tais células de apresentação de antígeno (APCs) (por exemplo, células dendríticas) ou células mononucleares de sangue periférico (PBMCs) são usadas para estimular uma célula T (por exemplo, uma célula T autóloga ou uma célula T alogênica). Em modalidades relacionadas, a célula T é um CTL.
Em outras modalidades relacionadas, a célula T é um HTL.
Em algumas modalidades, as células T são células T CD8+. Em algumas modalidades, as células T são células T CD4+. Tais células T são, então, injetadas no paciente.
Em algumas modalidades, CTL é injetado no paciente.
Em algumas modalidades, HTL é injetado no paciente. Em algumas modalidades, tanto CTL quanto HTL são injetados no paciente. A administração de qualquer terapêutica pode ser realizada simultânea ou sequencialmente e em qualquer ordem.
[0322] Em algumas modalidades, as composições farmacêuticas (por exemplo, composições imunogênicas) descritas no presente documento para tratamento terapêutico podem ser formuladas para administração parenteral, tópica, nasal, oral ou local. Em algumas modalidades, as composições farmacêuticas aqui descritas são administradas por via parenteral, por exemplo, por via intravenosa, subcutânea, intradérmica ou intramuscular. Em algumas modalidades, a composição pode ser administrada por via intratumoral. As composições podem ser administradas no local da excisão cirúrgica para induzir uma resposta imunológica local ao tumor. Em algumas modalidades, são descritas no presente documento composições para administração parenteral que compreendem uma solução dos peptídeos neoantígenos e composições imunogênicas são dissolvidas ou suspensas em um carreador aceitável, por exemplo, um carreador aquoso. Uma variedade de carreadores aquosos pode ser usada, por exemplo, água, água tamponada, solução salina a 0,9 %, glicina a 0,3 %, ácido hialurônico e similares. Essas composições podem ser esterilizadas por técnicas convencionais de esterilização bem conhecidas ou podem ser filtradas de modo estéril. As soluções aquosas resultantes podem ser embaladas para uso como estão ou liofilizadas, a preparação liofilizada sendo combinada com uma solução estéril antes da administração. As composições podem conter substâncias auxiliares farmaceuticamente aceitáveis como exigido para aproximar as condições fisiológicas, como agentes de tamponamento e ajuste de pH, agentes de ajuste de tonicidade, agentes de molhagem e similares, como, por exemplo, acetato de sódio, lactato de sódio, cloreto de sódio, cloreto de potássio, cloreto de cálcio, monolaurato de sorbitano, oleato de trietanolamina, etc.
[0323] A capacidade de um adjuvante aumentar a resposta imune a um antígeno é tipicamente manifestada por um aumento significativo na reação imunomediada ou redução dos sintomas da doença. Por exemplo, um aumento na imunidade humoral pode ser manifestado por um aumento significativo na concentração de anticorpos elevados para o antígeno, e um aumento na atividade de célula T pode ser manifestado no aumento da proliferação celular, ou citotoxicidade celular ou secreção de citocina. Um adjuvante também pode alterar uma resposta imune, por exemplo, pela alteração de uma resposta principalmente humoral ou resposta de célula T auxiliar 2 em uma resposta principalmente celular ou T auxiliar 1.
[0324] Adjuvantes adequados são conhecidos na técnica (consulte o documento WO 2015/095811) e incluem, porém sem limitação, poli(I:C), poli-ICLC, Hiltonol, agonista de STING, 1018 ISS, sais de alumínio, Amplivax, AS15, BCG, CP-
870.893, CpG7909, CyaA, dSLIM, GM-CSF, IC30, IC31, Imiquimod, ImuFact IMP321, IS Patch, ISS, ISCOMATRIX, JuvImmune, LipoVac, MF59, monofosforil lipídeo A, Montanide IMS 1312, Montanide IMS ISA 206, Montanide ISA 50V, Montanide ISA-51, OK-432, OM-174, OM-197-MP-EC, ONTAK, sistema de vetor PepTel®, micropartículas PLG, resiquimod,
SRL172, virossomos e outras partículas similares a vírus, YF-17D, armadilha VEGF, R848, β-glucano, Pam3Cys, Pam3CSK4, estímulo QS21 de Aquila (Aquila Biotech, Worcester, Mass., EUA) que é derivado de saponina, extratos de micobactérias e simuladores de parede celular bacteriana sintética e outros adjuvantes proprietários, como Ribi's Detox. Quil ou Superfos. Vários adjuvantes imunológicos (por exemplo, MF59) específicos para células dendríticas e sua preparação foram descritos (Dupuis M, et al., Cell Immunol. 1998; 186(1):18- 27; Allison A C; Dev Biol Stand. 1998; 92:3-11) (Mosca et al. Frontiers in Bioscience, 2007; 12:4050-4060) (Gamvrellis et al. Immunol & Cell Biol. 2004; 82: 506-516). As citocinas também podem ser usadas. Várias citocinas foram diretamente ligadas à influência da migração de células dendríticas para tecidos linfoides (por exemplo, TNF-α), acelerando a maturação de células dendríticas em células apresentadoras de antígenos eficientes para linfócitos T (por exemplo, GM-CSF, PGE1, PGE2, IL -1, IL-1β, IL-4, IL-6 e CD40L) (Patente nº US 5.849.589 incorporada ao presente documento a título de referência em sua totalidade) e atuando como imunoadjuvantes (por exemplo, IL-12)) (Gabrilovich D I, et al., J Immunother Emphasis Tumor Immunol. 1996 (6):414-418).
[0325] Os oligonucleotídeos imunoestimuladores CpG também foram relatados para aumentar os efeitos de adjuvantes em um ambiente terapêutico. Sem se limitar à teoria, os oligonucleotídeos CpG atuam ativando o sistema imune inato (não adaptativo) por meio de receptores similares a Toll (TLR), principalmente TLR9. A ativação de TLR9 desencadeada por CpG aumenta as respostas humorais e celulares específicas do antígeno para uma ampla variedade de antígenos, incluindo antígenos de peptídeo ou proteína, vírus vivos ou mortos, composições farmacêuticas imunogênicas de célula dendrítica, composições farmacêuticas imunogênicas celulares autólogas e conjugados de polissacarídeos em composições farmacêuticas imunogênicas tanto terapêuticas quanto profiláticas.
É importante ressaltar que aumenta a maturação e a diferenciação de célula dendrítica, resultando em uma ativação melhorada das células TH1 e na forte geração de linfócitos T citotóxicos (CTL), mesmo na ausência de célula T auxiliadora CD4+. A tendência de TH1 induzida pela estimulação de TLR9 é mantida mesmo na presença de adjuvantes, como alúmen ou adjuvante de Freund incompleto (IFA), que normalmente promove uma tendência de TH2. Os oligonucleotídeos CpG mostram atividade adjuvante ainda maior quando formulados ou coadministrados com outros adjuvantes ou em formulações, como micropartículas, nanopartículas, emulsões lipídicas ou formulações similares, que são especialmente úteis para induzir uma resposta forte quando o antígeno é relativamente fraco.
Os mesmos também podem acelerar a resposta imune e permitir que as doses de antígeno sejam reduzidas com respostas de anticorpos comparáveis à composição farmacêutica imunogênica de dose completa sem CpG em alguns experimentos (Arthur M.
Krieg, Nature Reviews, Drug Discovery, 5, junho de 2006, 471-484). A Patente nº US 6.406.705 descreve o uso combinado de oligonucleotídeos CpG, adjuvantes de ácido não nucleico e um antígeno para induzir uma resposta imune específica de antígeno.
Um antagonista CpG TLR9 comercialmente disponível é dSLIM (Double Stem Loop Immunomodulator) da Mologen (Berlim, DE, Alemanha), que é um componente da composição farmacêutica descrita no presente documento. Outras moléculas de ligação a TLR, como TLR7, TLR8 e/ou TLR9 de ligação a RNA, também podem ser usadas.
[0326] Outros exemplos de adjuvantes úteis incluem, porém sem limitação, CpGs quimicamente modificados (por exemplo, CpR, Idera), Poli(I: C) (por exemplo, poli(I: CI2U), poliIC: LC, DNA ou RNA bacteriano não CpG, ssRNA40 para TLR8, bem como pequenas moléculas imunoativas e anticorpos, como ciclofosfamida, sunitinibe, bevacizumabe, celebrex, NCX-4016, sildenafila, tadalafila, vardenafila, sorafinibe, XL-999, CP-547632, pazopanibe, ZD2171, AZD2171, ipilimumabe, tremelimumabe e SC58175, que podem atuar terapeuticamente e/ou como adjuvante. As quantidades e concentrações de adjuvantes e aditivos úteis no contexto da presente invenção podem ser facilmente determinadas pelo técnico no assunto sem experimentação indevida. Adjuvantes adicionais incluem fatores estimuladores de colônias, como o Fator Estimulador de Colônias de Macrófagos e Granulócitos (GM-CSF, sargramostim).
[0327] Em algumas modalidades, uma composição imunogênica de acordo com a presente divulgação pode compreender mais de um adjuvante diferente. Além disso, a invenção abrange uma composição farmacêutica compreendendo qualquer substância adjuvante, incluindo qualquer uma das anteriores ou suas combinações. Em algumas modalidades, a composição imunogênica compreende terapêuticas de neoantígenos (por exemplo, peptídeos, polinucleotídeos, TCR, CAR, células contendo TCR ou CAR, célula dendrítica contendo polipeptídeo, célula dendrítica contendo polinucleotídeo, anticorpo, etc.) e o adjuvante pode ser administrado separadamente em qualquer sequência apropriada.
[0328] A lipidação pode ser classificada em vários tipos diferentes, como N-miristoilação, palmitoilação, adição de GPI âncora, prenilação e vários tipos adicionais de modificações. N-miristoilação é a ligação covalente de miristato, um ácido saturado C14, a um resíduo de glicina. A palmitoilação é a ligação tioéster de ácidos graxos de cadeia longa (C16) a resíduos de cisteína. A adição de GPI- âncora é a ligação glicosil-fosfatidilinositol (GPI) através da ligação amida. A prenilação é a ligação tioéter de um lipídeo isoprenoide (por exemplo, farnesila (C-15), geranilgeranila (C-20)) a resíduos de cisteína. Tipos adicionais de modificações podem incluir ligação de S- diacilglicerol por um átomo de enxofre de cisteínas, conjugação de O-octanoíla através de resíduos de serina ou treonina, conjugação de S-arqueol a resíduos de cisteína e ligação de colesterol.
[0329] Os ácidos graxos para gerar peptídeos lipidados podem incluir grupos acil graxo saturados, monoinsaturados ou poli-insaturados C2 a C30. Ácidos graxos exemplificativos podem incluir grupos palmitoíla, miristoíla, estearoíla e decanoíla. Em alguns casos, uma fração de lipídeo que tem propriedade adjuvante é ligada a um polipeptídeo de interesse para induzir ou aumentar a imunogenicidade na ausência de um adjuvante extrínseco. Um peptídeo ou lipopeptídeo lipidado pode ser referido como um lipopeptídeo autoadjuvante. Qualquer um dos ácidos graxos descritos acima e em qualquer parte no presente documento pode induzir ou aumentar a imunogenicidade de um polipeptídeo de interesse. Um ácido graxo que pode induzir ou aumentar a imunogenicidade pode incluir os grupos palmitoíla, miristoíla, estearoíla, lauroíla, octanoíla e decanoíla.
[0330] Polipeptídeos, como peptídeos expostos ou peptídeos lipidados, podem ser incorporados em um lipossomo. Às vezes, os peptídeos lipidados podem ser incorporados em um lipossomo. Por exemplo, a porção lipídica do peptídeo lipidado pode se integrar espontaneamente na bicamada lipídica de um lipossomo. Assim, um lipopeptídeo pode ser apresentado na "superfície" de um lipossomo.
[0331] O lipossomo também pode ser usado para entregar ácidos nucleicos em uma célula. O ácido nucleico de interesse compreende uma ou mais sequências que codificam um receptor de célula T. Os lipossomos podem ser usados para entregar um DNA ou um RNA. Os lipossomos podem ser usados para entregar um ácido nucleico incorporado em um vetor. O ácido nucleico pode ter 50-200.000 nucleotídeos de comprimento, ou pode ter 100-500.000 nucleotídeos de comprimento, ou pode ter 20-500.000 nucleotídeos de comprimento. Os lipossomos exemplificativos adequados para a incorporação nas formulações incluem e, porém sem limitação, vesículas multilamelares (MLV), vesículas oligolamelares (OLV), vesículas unilamelares (UV), pequenas vesículas unilamelares (SUV), vesículas unilamelares de tamanho médio (MUV), vesículas unilamelares grandes (LUV), vesículas unilamelares gigantes (GUV), vesículas multivesiculares (MVV), vesículas únicas ou oligolamelares feitas pelo método de evaporação de fase reversa (REV),
vesículas multilamelares feitas pelo método de evaporação de fase reversa (MLV-REV), vesículas plurilamelares estáveis (SPLV), MLV congeladas e descongeladas (FATMLV), vesículas preparadas por métodos de extrusão (VET), vesículas preparadas por prensa francesa (FPV), vesículas preparadas por fusão (FUV), vesículas de desidratação- reidratação (DRV), e borbulhas (BSV).
[0332] Dependendo do método de preparação, os lipossomos podem ser unilamelares ou multilamelares e podem variar de tamanho com diâmetros que variam de cerca de 0,02 µm a mais de cerca de 10 µm. Os lipossomos podem adsorver muitos tipos de células e, então, liberar um agente incorporado (por exemplo, um peptídeo descrito no presente documento). Em alguns casos, os lipossomos se fundem com a célula-alvo, através disso, o conteúdo do lipossomo então se esvazia na célula-alvo. Um lipossomo pode ser endocitado por células fagocíticas. A endocitose pode ser seguida por degradação intralisossomal de lipídeos lipossomais e liberação dos agentes encapsulados.
[0333] Os lipossomos fornecidos no presente documento também podem compreender lipídeos carreadores. Em algumas modalidades, os lipídeos carreadores são fosfolipídios. Os lipídeos carreadores capazes de formar lipossomos incluem, porém sem limitação, dipalmitoilfosfatidilcolina (DPPC), fosfatidilcolina (PC; lecitina), ácido fosfatídico (PA), fosfatidilglicerol (PG), fosfatidiletanolamina (PE), fosfatidilserina (PS). Outros fosfolipídeos adequados incluem adicionalmente diestearoilfosfatidilcolina (DSPC), dimiristoilfosfatidilcolina (DMPC), dipalmitoilfosfatidiglicerol (DPPG),
diestearoilfosfatidiglicerol (DSPG), dimiristoilfosfatidilglicerol (DMPG), ácido dipalmitoilfosfatídico (DPPA); ácido dimiristoilfosfatídico (DMPA), ácido diestearoilfosfatídico (DSPA), dipalmitoilfosfatidilserina (DPPS), dimiristoilfosfatidilserina (DMPS), diestearoilfosfatidilserina (DSPS), dipalmitoilfosfatidietanolamina (DPPE), dimiristoilfosfatidiletanolamina (DMPE), diestearoilfosfatidiletanolamina (DSPE) e similares, ou combinações dos mesmos. Em algumas modalidades, os lipossomos compreendem adicionalmente um esterol (por exemplo, colesterol) que modula a formação de lipossomo. Os lipídeos carreadores podem ser quaisquer lipídeos polares de não fosfato conhecidos.
[0334] Uma composição farmacêutica pode ser encapsulada em lipossomos usando a tecnologia bem conhecida. Microesferas biodegradáveis também podem ser empregadas como carreadores para as composições farmacêuticas dessa invenção.
[0335] A composição farmacêutica pode ser administrada em lipossomos ou microesferas (ou micropartículas). Os métodos de preparação de lipossomos e microesferas para administração a um paciente são bem conhecidos pelo técnico no assunto. Essencialmente, o material é dissolvido em uma solução aquosa, os fosfolipídios e lipídios apropriados são adicionados, juntamente com tensoativos se necessário, e o material dialisado ou sonicado, como necessário.
[0336] As microesferas formadas de polímeros ou proteínas são bem conhecidas pelos técnicos no assunto e podem ser adaptadas para passagem através do trato gastrointestinal diretamente para a corrente sanguínea. Alternativamente, o composto pode ser incorporado e as microesferas, ou compósito de microesferas, implantadas para liberação lenta ao longo de um período de tempo variando de dias a meses.
[0337] As composições farmacêuticas imunogênicas baseadas em células também podem ser administradas a um indivíduo. Por exemplo, uma composição farmacêutica imunogênica com base em célula que apresenta antígeno (APC) pode ser formulada com uso de quaisquer técnicas conhecidas, carreadores e excipientes como adequado e como entendido na técnica. APCs incluem monócitos, células derivadas de monócitos, macrófagos e células dendríticas. Às vezes, uma composição farmacêutica imunogênica com base em APC pode ser uma composição farmacêutica imunogênica com base em células dendríticas.
[0338] Uma composição farmacêutica imunogênica com base em células dendríticas pode ser preparada por quaisquer métodos bem conhecidos na técnica. Em alguns casos, composições farmacêuticas imunogênicas com base em células dendríticas podem ser preparadas através de um método ex vivo ou in vivo. O método ex vivo pode compreender o uso de DCs autólogas pulsadas ex vivo com os polipeptídeos descritos no presente documento, para ativar ou carregar as DCs antes da administração no paciente. O método in vivo pode compreender alvejar receptores de DC específicos com uso de anticorpos acoplados aos polipeptídeos descritos no presente documento. A composição farmacêutica imunogênica à base de DC pode compreender ainda ativadores de DC, como
TLR3, TLR-7-8 e agonistas de CD40. A composição farmacêutica imunogênica à base de DC pode ainda compreender adjuvantes e um transportador farmaceuticamente aceitável.
[0339] Um adjuvante pode ser usado para melhorar a resposta imune (humoral e/ou celular) provocada em um paciente que recebe a composição farmacêutica imunogênica. Algumas vezes, os adjuvantes podem provocar uma resposta do tipo Th1. Outras vezes, os adjuvantes podem provocar uma resposta do tipo Th2. Uma resposta do tipo Th1 pode ser caracterizada pela produção de citocinas, como IFN-γ, em oposição a uma resposta do tipo Th2, que pode ser caracterizada pela produção de citocinas, como IL-4, IL-5 e IL-10.
[0340] Em alguns aspectos, adjuvantes à base de lipídios, como MPLA e MDP, podem ser usados com as composições farmacêuticas imunogênicas reveladas no presente documento. O monofosforil lipídeo A (MPLA), por exemplo, é um adjuvante que causa aumento da apresentação do antígeno lipossomal para linfócitos T específicos. Além disso, um dipeptídeo muramil (MDP) também pode ser usado como um adjuvante adequado em conjunto com as formulações farmacêuticas imunogênicas descritas no presente documento.
[0341] O adjuvante também pode compreender moléculas estimuladoras, como citocinas. Os exemplos não limitativos de citocinas incluem: CCL20, α-interferon (IFNα), β- interferon (IFNβ), γ-interferon (IFNγ), fator de crescimento derivado de pélete (PDGF), TNFα, GM-CSF, fator de crescimento epidérmico (EGF), quimiocina que atrai células T cutâneas (CTACK), quimiocina expressa do timo epitelial (TECK), quimiocina epitelial associada à mucosa (MEC), IL-12, IL-15, IL-28, MHC, CD80, CD86, IL-1, IL-2, IL-4, IL-5, IL-6, IL-10, IL-18, MCP-1, MIP-la, MIP-1-, IL-8, L- selectina, P-selectina, E-selectina, CD34, GlyCAM-1, MadCAM-1, LFA-1, VLA-1, Mac-1, pl50.95, PECAM, ICAM-1, ICAM-2, ICAM-3, CD2, LFA-3, M-CSF, G-CSF, formas mutantes de IL-18, CD40, CD40L, fator de crescimento vascular, fator de crescimento de fibroblasto, IL-7, fator de crescimento de nervo, vascular fator de crescimento endotelial, Fas, TNF receptor, Fit, Apo-1, p55, WSL-1, DR3, TRAMP, Apo-3, AIR, LARD, NGRF, DR4, DRS, KILLER, TRAIL-R2, TRICK2, DR6, Caspase ICE, Fos, c-jun, Sp-1, Ap-1, Ap-2, p38, p65Rel, MyD88, IRAK, TRAF6, IκB, NIK Inativo, SAP K, SAP-I, JNK, genes de resposta de interferon, NFκB, Bax, TRAIL, TRAILrec, TRAILrecDRC5, TRAIL-R3, TRAIL-R4, RANK, RANK LIGAND, Ox40, Ox40 LIGAND, NKG2D, MICA, MICB, NKG2A, NKG2B, NKG2C, NKG2E, NKG2F, TAPI e TAP2.
[0342] Adjuvantes adicionais incluem: MCP-1, MIP-la, MIP-lp, IL-8, RANTES, L-selectina, P-selectina, E-selectina, CD34, GlyCAM-1, MadCAM-1, LFA-1, VLA-1, Mac-1, pl50.95, PECAM, ICAM-1, ICAM-2, ICAM-3, CD2, LFA-3, M-CSF, G-CSF, IL-4, formas mutantes de IL-18, CD40, CD40L, fator de crescimento vascular, fator de crescimento de fibroblasto, IL-7, IL-22, fator de crescimento de nervo, vascular fator de crescimento endotelial, Fas, TNF receptor, Fit, Apo-1, p55, WSL-1, DR3, TRAMP, Apo-3, AIR, LARD, NGRF, DR4, DR5, KILLER, TRAIL-R2, TRICK2, DR6, Caspase ICE, Fos, c-jun, Sp- 1, Ap-1, Ap-2, p38, p65Rel, MyD88, IRAK, TRAF6, IκB, NIK Inativo, SAP K, SAP-1, JNK, genes de resposta de interferon, NFκB, Bax, TRAIL, TRAILrec, TRAILrecDRC5, TRAIL-R3, TRAIL-
R4, RANK, RANK LIGAND, Ox40, Ox40 LIGAND, NKG2D, MICA, MICB, NKG2A, NKG2B, NKG2C, NKG2E, NKG2F, TAP1, TAP2 e fragmentos funcionais dos mesmos.
[0343] Em alguns aspectos, um adjuvante pode ser um modulador de um receptor semelhante a Toll. Exemplos de moduladores de receptores similares a toll incluem agonistas de TLR9 e não estão limitados a moduladores de pequenas moléculas de receptores similares a toll, como Imiquimod. Às vezes, um adjuvante é selecionado a partir de toxoides de bactérias, polímeros de bloco de polioxipropileno-polioxietileno, sais de alumínio, lipossomos, polímeros CpG, emulsões de óleo em água ou uma combinação dos mesmos. Às vezes, um adjuvante é uma emulsão de óleo em água. A emulsão de óleo em água pode incluir pelo menos um óleo e pelo menos um tensoativo, com o óleo (ou óleos) e tensoativo (ou tensoativos) sendo biodegradável (metabolizável) e biocompatível. As gotículas de óleo na emulsão podem ter menos de 5 µm de diâmetro e podem até ter um diâmetro submícron, com esses tamanhos pequenos sendo alcançados com um microfluidificador para fornecer emulsões estáveis. Gotículas com tamanho inferior a 220 nm podem ser submetidas a esterilização por filtro.
[0344] Em alguns casos, uma composição farmacêutica imunogênica pode incluir carreadores e excipientes (incluindo, porém sem limitação, tampões, carboidratos, manitol, proteínas, polipeptídeos ou aminoácidos, como glicina, antioxidantes, bacteriostáticos, agentes quelantes, agentes de suspensão, agentes espessantes e/ou conservantes), água, óleos, incluindo os de petróleo, animal, vegetal ou de origem sintética, como óleo de amendoim, óleo de soja, óleo mineral, óleo de gergelim e similares, soluções salinas, soluções aquosas de dextrose e glicerol, agentes aromatizantes, agentes corantes e outros aditivos, adjuvantes ou ligantes aceitáveis, outras substâncias auxiliares farmaceuticamente aceitáveis como necessário para aproximar as condições fisiológicas, como agentes de tamponamento de pH, agentes de ajuste de tonicidade, agentes emulsionantes, agentes de molhagem e similares. Os exemplos de excipientes incluem amido, glicose, lactose, sacarose, gelatina, malte, arroz, farinha, giz, gel de sílica, estearato de sódio, monoestearato de glicerol, talco, cloreto de sódio, leite desnatado seco, glicerol, propileno, glicol, água, etanol e similares. Em outros casos, a preparação farmacêutica é substancialmente livre de conservantes. Em outros casos, a preparação farmacêutica pode conter pelo menos um conservante. Será reconhecido que, quanto qualquer carreador adequado conhecido pelo técnico no assunto pode ser empregado para administrar as composições farmacêuticas descritas no presente documento, o tipo de carreador irá variar dependendo do modo de administração.
[0345] Uma composição farmacêutica imunogênica pode incluir conservantes, como tiomersal ou 2-fenoxietanol. Em alguns casos, a composição farmacêutica imunogênica é substancialmente livre de (por exemplo, <10 µg/ml) material mercurial, por exemplo, sem tiomersal. Succinato de α- tocoferol pode ser usado como uma alternativa aos compostos mercuriais.
[0346] Para controlar a tonicidade, um sal fisiológico, como o sal de sódio, pode estar incluído na composição farmacêutica imunogênica. Outros sais podem incluir cloreto de potássio, di-hidrogenofosfato de potássio, fosfato dissódico e/ou cloreto de magnésio ou similares.
[0347] Uma composição farmacêutica imunogênica pode ter uma osmolalidade de entre 200 mOsm/kg e 400 mOsm/kg, entre 240-360 mOsm/kg ou dentro da faixa de 290-310 mOsm/kg.
[0348] Uma composição farmacêutica imunogênica pode compreender um ou mais tampões, como um tampão Tris; um tampão de borato; um tampão de succinato; um tampão de histidina (particularmente com um adjuvante de hidróxido de alumínio); ou um tampão de citrato. Os tampões, em alguns casos, estão incluídos na faixa de 5-20 ou 10-50 mM.
[0349] O pH da composição farmacêutica imunogênica pode ser entre cerca de 5,0 e cerca de 8,5, entre cerca de 6,0 e cerca de 8,0, entre cerca de 6,5 e cerca de 7,5 ou entre cerca de 7,0 e cerca de 7,8.
[0350] Uma composição farmacêutica imunogênica pode ser estéril. A composição farmacêutica imunogênica pode ser não pirogênica, por exemplo, contendo <1 EU (unidade de endotoxina, uma medida padrão) por dose, e pode ser <0,1 EU por dose. A composição pode sem glúten.
[0351] Uma composição farmacêutica imunogênica pode incluir detergente, por exemplo, um tensoativo de polioxietileno sorbitano éster (conhecido como “Tweens”), ou um octoxinol (como octoxinol-9 (Triton X-100) ou t- octilfenoxipolietoxietanol). O detergente pode estar presente apenas em quantidades-traço. A composição farmacêutica imunogênica pode incluir menos que 1 mg/ml de cada um dentre octoxinol-10 e polissorbato 80. Outros componentes residuais em quantidades-traço podem ser antibióticos (por exemplo, neomicina, canamicina, polimixina B).
[0352] Uma composição farmacêutica imunogênica pode ser formulada como uma suspensão ou solução estéril, em veículos adequados, bem conhecidos na técnica. As composições farmacêuticas podem ser esterilizadas por técnicas convencionais de esterilização bem - conhecidas ou podem ser filtradas de modo estéril. As soluções aquosas resultantes podem ser embaladas para uso como estão ou liofilizadas, a preparação liofilizada sendo combinada com uma solução estéril antes da administração.
[0353] As composições farmacêuticas que compreendem, por exemplo, um agente ativo como células imunes reveladas no presente documento, em combinação com um ou mais adjuvantes podem ser formuladas para compreender certas razões molares. Por exemplo, as razões molares de cerca de 99:1 a cerca de 1:99 de um agente ativo como uma célula imune descrita no presente documento, em combinação com um ou mais adjuvantes podem ser usadas. Em alguns casos, a faixa de razões molares de um agente ativo como uma célula imune descrita no presente documento, em combinação com um ou mais adjuvantes pode ser selecionada de cerca de 80:20 a cerca de 20:80; cerca de 75:25 a cerca de 25:75, cerca de 70:30 a cerca de 30:70, cerca de 66:33 a cerca de 33:66, cerca de 60:40 a cerca de 40:60; cerca de 50:50; e cerca de 90:10 a cerca de 10:90. A razão molar de um agente ativo como uma célula imune descrita no presente documento, em combinação com um ou mais adjuvantes pode ser cerca de 1:9 e, em alguns casos, pode ser cerca de 1:1. O agente ativo como uma célula imune descrita no presente documento, em combinação com um ou mais adjuvantes pode ser formulado em conjunto, na mesma unidade de dosagem por exemplo, em um frasco, supositório, comprimido, cápsula, uma aspersão em aerossol; ou cada agente, forma e/ou composto podem ser formulados em unidades separadas, por exemplo, dois frascos, supositórios, comprimidos, duas cápsulas, um comprimido e um frasco, uma aspersão em aerossol e similares.
[0354] Em alguns casos, uma composição farmacêutica imunogênica pode ser administrada com um agente adicional. A escolha do agente adicional pode depender, pelo menos em parte, da condição a ser tratada. O agente adicional pode incluir, por exemplo, um agente de inibidor de ponto de verificação, como um agente anti-PD1, anti-CTLA4, anti-PD- L1, anti CD40 ou anti-TIM3 (por exemplo, um anticorpo anti- PD1, anti-CTLA4, anti-PD-L1, anti CD40 ou anti-TIM3); ou quaisquer agentes que têm um efeito terapêutico para uma infecção por patógeno (por exemplo, infecção viral), incluindo, por exemplo, fármacos usados para tratar condições inflamatórias, como um NSAID, por exemplo, ibuprofeno, naproxeno, acetaminofeno, cetoprofeno ou aspirina. Por exemplo, o inibidor de ponto de verificação pode ser um antagonista de PD-1/PD-L1 selecionado a partir do grupo que consiste em: nivolumabe (ONO-4538/BMS-936558, MDX1 106, OPDIVO), pembrolizumabe (MK-3475, KEYTRUDA), pidilizumabe (CT-011) e MPDL328OA (ROCHE). Como um outro exemplo, as formulações podem conter adicionalmente um ou mais suplementos, como vitamina C, E ou outros antioxidantes.
[0355] Uma composição farmacêutica que compreende um agente ativo como uma célula imune descrita no presente documento, em combinação com um ou mais adjuvantes pode ser formulada de maneira convencional usando um ou mais carreadores fisiologicamente aceitáveis, que compreende excipientes, diluentes e/ou auxiliares, por exemplo, que facilitam o processamento dos agentes ativos em preparações que podem ser administradas. A formulação adequada pode depender, pelo menos em parte, da via de administração escolhida. O agente (ou agentes) descrito no presente documento pode ser administrado a um paciente usando várias vias ou modos de administração, incluindo oral, bucal, tópico, retal, transdérmico, transmucoso, subcutâneo, intravenoso e intramuscular, bem como por inalação.
[0356] Os agentes ativos podem ser formulados para administração parenteral (por exemplo, por injeção, por exemplo, injeção em bolus ou infusão contínua) e podem ser apresentados na forma de dose unitária em ampolas, seringas pré-preenchidas, infusão de pequeno volume ou em recipientes de múltiplas doses com um conservante adicionado. As composições podem assumir formas como suspensões, soluções ou emulsões em veículos oleosos ou aquosos, por exemplo, soluções em polietilenoglicol aquoso.
[0357] Para formulações injetáveis, o veículo pode ser escolhido entre os técnicos no assunto como sendo adequados, incluindo soluções aquosas ou suspensões de óleo ou emulsões, com óleo de gergelim, óleo de milho, óleo de semente de algodão ou óleo de amendoim, bem como elixires, manitol, dextrose ou uma solução aquosa estéril e veículos farmacêuticos similares. A formulação também pode compreender composições poliméricas que são biocompatíveis, biodegradáveis, como ácido poli (láctico-co-glicólico).
Esses materiais podem ser feitos em micro ou nanoesferas, carregados com fármaco e adicionalmente revestidos ou derivatizados para fornecer desempenho de liberação sustentada superior. Os veículos adequados para injeção periocular ou intraocular incluem, por exemplo, suspensões de agente terapêutico em água de grau de injeção, lipossomos e veículos adequados para substâncias lipofílicas. Outros veículos para injeção periocular ou intraocular são bem conhecidos na técnica.
[0358] Em alguns casos, a composição farmacêutica é formulada de acordo com os procedimentos de rotina como uma composição farmacêutica adaptada para administração intravenosa a seres humanos. Tipicamente, composições para administração intravenosa são soluções em tampão aquoso isotônico estéril. Quando necessário, a composição também pode incluir um agente solubilizante e um anestésico local, como lidocaína para aliviar a dor no sítio da injeção. Geralmente, os ingredientes são fornecidos separadamente ou misturados em forma de dosagem unitária, por exemplo, como um pó liofilizado seco ou concentrado sem água em um recipiente hermeticamente fechado, como uma ampola ou sachê indicando a quantidade de agente ativo. Quando a composição deve ser administrada por infusão, a mesma pode ser dispensada com um frasco de infusão contendo água estéril de grau farmacêutico ou solução salina. Quando a composição é administrada por injeção, uma ampola de água estéril para injeção ou solução salina pode ser fornecida de modo que os ingredientes possam ser misturados antes da administração.
[0359] Quando a administração é por injeção, o agente ativo pode ser formulado em soluções aquosas,
especificamente em tampões fisiologicamente compatíveis, como solução de Hanks, solução de Ringer ou tampão salino fisiológico. A solução pode conter agentes de formulação, como agentes de suspensão, estabilização e/ou dispersão. Em outra modalidade, a composição farmacêutica não compreende um adjuvante ou qualquer outra substância adicionada para aumentar a resposta imune.
[0360] Além das formulações descritas anteriormente, os agentes ativos também podem ser formulados como uma preparação de depósito. Essas formulações de ação prolongada podem ser administradas por implantação ou entrega transcutânea (por exemplo, subcutânea ou intramuscular), injeção intramuscular ou uso de um adesivo transdérmico. Então, por exemplo, os agentes podem ser formulados com materiais poliméricos ou hidrofóbicos adequados (por exemplo, como uma emulsão em um óleo aceitável) ou resinas de troca iônica, ou como derivados moderadamente solúveis, por exemplo, como um sal moderadamente solúvel.
[0361] Em alguns casos, as composições farmacêuticas que compreendem um ou mais agentes exercem efeitos locais e regionais quando administradas topicamente ou injetadas em ou perto de locais específicos de infecção. A aplicação tópica direta, por exemplo, de um líquido viscoso, solução, suspensão, soluções à base de dimetilsulfóxido (DMSO), formulações lipossomais, gel, geleia, creme, loção, pomada, supositório, espuma ou aspersão em aerossol, pode ser usada para administração local, para produzir, por exemplo, efeitos locais e/ou regionais. Os veículos farmaceuticamente apropriados para tal formulação incluem,
por exemplo, álcoois alifáticos inferiores, poliglicóis (por exemplo, glicerol ou polietilenoglicol), ésteres de ácidos graxos, óleos, gorduras, silicones e similares. Essas preparações também podem incluir conservantes (por exemplo, ésteres do ácido p-hidroxibenzoico) e/ou antioxidantes (por exemplo, ácido ascórbico e tocoferol). Consulte também Dermatological Formulations: Percutaneous absorption, Barry (Ed.), Marcel Dekker Incl, 1983. Em uma outra modalidade, as formulações locais/tópicas compreendendo um transportador, carreador ou inibidor de canal iônico são usadas para tratar infecções virais epidérmicas ou mucosas.
[0362] As composições farmacêuticas podem conter adjuvantes, como agentes gelificantes hidrofílicos ou lipofílicos, agentes ativos hidrofílicos ou lipofílicos, agentes conservantes, antioxidantes, solventes, fragrâncias, cargas, filtros solares, absorventes de odor e corantes. As quantidades desses vários adjuvantes são aquelas convencionalmente utilizadas nos campos considerados e, por exemplo, são de cerca de 0,01 % a cerca de 20 % do peso total da composição. Dependendo da sua natureza, esses adjuvantes podem ser introduzidos na fase gordurosa, na fase aquosa e/ou nas vesículas lipídicas. XII. Métodos de Tratamento
[0363] São fornecidos no presente documento o método para usar qualquer ácido nucleico revelado acima, o vetor que contém qualquer sequência de ácidos nucleicos revelada acima, a proteína codificada por qualquer ácido nucleico revelado acima, ou a célula hospedeira revelada acima, para fabricação de um medicamento para tratar uma doença imune ou câncer.
[0364] Também são fornecidos no presente documento métodos para tratar um indivíduo com uma doença, transtorno ou condição. Um método para tratamento pode compreender administrar uma composição farmacêutica revelada no presente documento a um indivíduo com uma doença, transtorno ou condição. A presente revelação fornece métodos de tratamento que compreendem uma terapia imunogênica. Os métodos de tratamento para uma doença (como câncer ou uma infecção viral) são fornecidos. Um método pode compreender administrar a um indivíduo uma quantidade eficaz de uma composição farmacêutica que compreende células T específicas de antígeno imunogênico. Em algumas modalidades, o antígeno compreende um antígeno tumoral.
[0365] Em algumas modalidades, o método de tratamento de um indivíduo com uma doença ou condição compreende administrar ao indivíduo a composição farmacêutica revelada no presente documento. Em algumas modalidades, o método é um método de prevenção de resistência a uma terapia de câncer, em que o método compreende administrar a um indivíduo com necessidade do mesmo a composição farmacêutica revelada no presente documento. Em algumas modalidades, o método é um método de indução de uma resposta imune, em que o método compreende administrar a um indivíduo com necessidade do mesmo a composição farmacêutica revelada no presente documento. Em algumas modalidades, a resposta imune é uma resposta humoral. Em algumas modalidades, a resposta imune é uma resposta de célula T citotóxica.
[0366] Em algumas modalidades, o indivíduo tem câncer,
em que o câncer é selecionado a partir do grupo que consiste em melanoma, câncer ovariano, câncer de pulmão, câncer de próstata, câncer de mama, câncer colorretal, câncer endometrial e leucemia linfocítica crônica (CLL).
[0367] Em algumas modalidades, o indivíduo tem um câncer de mama que é resistente à terapia antiestrogênica. Em algumas modalidades, o câncer de mama expressa um receptor de estrogênio com uma mutação. Em algumas modalidades, o indivíduo tem uma CLL que é resistente à terapia de ibrutinibe. Em algumas modalidades, CLL expressa uma tirosina quinase de Bruton com uma mutação, como uma mutação de C481S. Em algumas modalidades, o indivíduo tem um câncer de pulmão que é resistente a um inibidor de tirosina quinase. Em algumas modalidades, o câncer de pulmão expressa um receptor de fator de crescimento epidérmico (EGFR) com uma mutação, como uma mutação de T790M, L792F ou C797S.
[0368] Em algumas modalidades, o método compreende adicionalmente administrar pelo menos uma modalidade ou agente terapêutico adicional. Em algumas modalidades, o pelo menos uma modalidade ou agente terapêutico adicional é cirurgia, um inibidor de ponto de verificação, um anticorpo ou fragmento do mesmo, um agente quimioterápico, radiação, uma vacina, uma molécula pequena, uma célula T, um vetor, e APC, um polinucleotídeo, um vírus oncolítico ou qualquer combinação dos mesmos. Em algumas modalidades, o pelo menos um agente terapêutico adicional é um agente anti-PD-1 e agente anti-PD-L1, um agente anti-CTLA-4 ou um agente anti- CD40. Em algumas modalidades, o agente terapêutico adicional é administrado antes, simultaneamente ou após administrar a composição farmacêutica revelada no presente documento.
[0369] Em alguns outros aspectos, é fornecido no presente documento o uso de uma composição farmacêutica para a fabricação de um medicamento para uso em terapia. Em algumas modalidades, um método de tratamento compreende administrar a um indivíduo uma quantidade eficaz de células T que reconhecem especificamente um peptídeo de neoantígeno imunogênico. Em algumas modalidades, um método de tratamento compreende administrar a um indivíduo uma quantidade eficaz de um TCR que reconhece especificamente um peptídeo de neoantígeno imunogênico, como um TCR expresso em uma célula T.
[0370] Em algumas modalidades, o câncer é selecionado a partir do grupo que consiste em carcinoma, linfoma, blastoma, sarcoma, leucemia, câncer de células escamosas, câncer de pulmão (incluindo câncer de pulmão de células pequenas, câncer de pulmão de células não pequenas, adenocarcinoma de pulmão e carcinoma escamoso de pulmão), câncer de peritônio, câncer hepatocelular, câncer gástrico ou de estômago (incluindo câncer gastrointestinal), câncer pancreático, glioblastoma, câncer cervical, câncer de ovário, câncer de fígado, câncer de bexiga, hepatoma, câncer de mama, câncer de cólon, melanoma, carcinoma endometrial ou uterino, carcinoma de glândula salivar, câncer dos rins ou renal, câncer de fígado, câncer de próstata, câncer de vulva, câncer de tireoide, carcinoma hepático, câncer de cabeça e pescoço, câncer colorretal, câncer retal, sarcoma de tecidos moles, sarcoma de Kaposi, linfoma de células B (incluindo linfoma não-Hodgkin folicular/de baixo grau(NHL), NHL linfocítico pequeno (SL), NHL de grau intermediário/folicular, NHL difuso de grau intermediário, NHL imunoblástico de alto grau, NHL linfoblástico de alto grau, NHL de células pequenas não clivadas de alto grau, NHL de doença volumosa, linfoma de células do manto, linfoma relacionado a AIDS e macroglobulinemia de Waldenstrom), leucemia linfocítica crônica (CLL), leucemia linfoblástica aguda (LLA), mieloma, leucemia de células pilosas, leucemia de mieloblastos crônica e distúrbio linfoproliferativo pós-transplante (PTLD), proliferação vascular anormal associada a facomatoses, edema, Síndrome de Meigs e combinações dos mesmos.
[0371] Os métodos da revelação podem ser usados para tratar qualquer tipo de câncer conhecido na técnica. Exemplos não limitativos de cânceres a serem tratados pelos métodos da presente revelação podem incluir melanoma (por exemplo, melanoma maligno metastático), câncer renal (por exemplo, carcinoma de células claras), câncer de próstata (por exemplo, adenocarcinoma de próstata refratário a hormônios), adenocarcinoma pancreático, câncer de mama, câncer de cólon, câncer de pulmão (por exemplo, câncer de pulmão de células não pequenas), câncer de esôfago, carcinoma de células escamosas de cabeça e pescoço, câncer de fígado, câncer de ovário, câncer cervical, câncer de tiroide, glioblastoma, glioma, leucemia, linfoma e outras doenças neoplásicas.
[0372] Além disso, a doença ou condição fornecida nesse documento inclui malignidades refratárias ou recorrentes cujo crescimento pode ser inibido usando os métodos de tratamento da presente revelação.
Em algumas modalidades, um câncer a ser tratado pelos métodos de tratamento da presente revelação é selecionado a partir do grupo que consiste em carcinoma, carcinoma escamoso, adenocarcinoma, sarcomata, câncer endometrial, câncer de mama, câncer de ovário, câncer cervical, câncer de trompa de Falópio, câncer peritoneal primário, câncer de cólon, câncer colorretal, carcinoma de células escamosas da região anogenital, melanoma, carcinoma de células renais, câncer de pulmão, câncer de pulmão de células não pequenas, carcinoma de células escamosas do pulmão, câncer de estômago, câncer de bexiga, câncer de vesícula biliar, câncer de fígado, câncer de tireoide, câncer de laringe, câncer de glândula salivar, câncer de esôfago, câncer de cabeça e pescoço, glioblastoma, glioma, carcinoma de células escamosas da cabeça e pescoço, câncer de próstata, câncer pancreático, mesotelioma, sarcoma, câncer hematológico, leucemia, linfoma, neuroma e combinações dos mesmos.
Em algumas modalidades, um câncer a ser tratado pelos métodos da presente revelação inclui, por exemplo, carcinoma, carcinoma escamoso (por exemplo, canal cervical, pálpebra, túnica conjuntiva, vagina, pulmão, cavidade oral, pele, bexiga urinária, língua, laringe e esófago) e adenocarcinoma (por exemplo, próstata, intestino delgado, endométrio, canal cervical, intestino grosso, pulmão, pâncreas, esófago, reto, útero, estômago, glândula mamária e ovário). Em algumas modalidades, um câncer a ser tratado pelos métodos da presente revelação inclui ainda sarcoma (por exemplo, sarcoma miogênico), leucose, neuroma, melanoma e linfoma.
Em algumas modalidades, um câncer a ser tratado pelos métodos da presente revelação é câncer de mama. Em algumas modalidades, um câncer a ser tratado pelos métodos de tratamento da presente revelação é câncer de mama triplo negativo (TNBC). Em algumas modalidades, um câncer a ser tratado pelos métodos de tratamento da presente revelação é câncer ovarino. Em algumas modalidades, um câncer a ser tratado pelos métodos de tratamento da presente revelação é câncer colorretal.
[0373] Em algumas modalidades, um paciente ou população de pacientes a ser tratado com uma composição farmacêutica da presente revelação tem um tumor sólido. Em algumas modalidades, um tumor sólido é um melanoma, carcinoma de células renais, câncer de pulmão, câncer de bexiga, câncer de mama, câncer cervical, câncer de cólon, câncer de vesícula biliar, câncer de laringe, câncer de fígado, câncer de tiroide, câncer de estômago, câncer de glândula salivar, câncer de próstata, câncer pancreático ou carcinoma de células de Merkel. Em algumas modalidades, um paciente ou população de pacientes a ser tratado com uma composição farmacêutica da presente revelação tem um câncer hematológico. Em algumas modalidades, o paciente tem um câncer hematológico, como linfoma difuso de grandes células B ("DLBCL"), linfoma de Hodgkin ("HL"), linfoma não-Hodgkin ("NHL"), linfoma folicular ("FL"), leucemia mieloide aguda (“AML”) ou mieloma múltiplo (“MM”). Em algumas modalidades, um paciente ou população de pacientes a ser tratado que tem o câncer selecionado a partir do grupo que consiste em câncer ovarino, câncer de pulmão e melanoma.
[0374] Os exemplos específicos de cânceres que podem ser impedidos e/ou tratados de acordo com a presente revelação incluem, porém sem limitação, o seguinte: câncer renal, câncer de rins, glioblastoma multiforme, câncer de mama metastático; carcinoma de mama; sarcoma de mama; neurofibroma; neurofibromatose; tumores pediátricos; neuroblastoma; melanoma maligno; carcinomas da epiderme; leucemias, como, porém sem limitação, leucemia aguda, leucemia linfocítica aguda, leucemias mielocíticas agudas, como mieloblástica, promielocítica, mielomonocítica, monocítica, eritroleucemia, leucemia e síndrome micodisplásica, leucemia mielocítica crônica, como, porém sem limitação, leucemia mielocítica crônica (granulometria) (leucemia linfocítica crônica, leucemia de células pilosas; policitemia vera; linfomas, como, porém sem limitação, doença de Hodgkin, doença não-Hodgkin; mielomas múltiplos, como, porém sem limitação, mieloma múltiplo latente, mieloma não secretor, mieloma osteosclerótico, leucemia de células plasmáticas, plasmocitoma solitário e plasmocitoma extramedular; macroglobulinemia de Waldenstrom; gamopatia monoclonal de significância indeterminada; gamopatia monoclonal benigna; doença de cadeia pesada; câncer ósseo e sarcoma do tecido conjuntivo, como, porém sem limitação, a sarcoma ósseo, mieloma doença óssea, mieloma múltiplo, osteossarcoma ósseo induzido por colesteatoma, doença óssea de Paget, osteossarcoma, condrossarcoma, sarcoma de Ewing, tumor maligno de células gigantes, fibrossarcoma ósseo, cordoma, sarcoma periosteal, sarcoma de tecidos moles, angiossarcoma (hemangiossarcoma), fibrossarcoma, sarcoma de Kaposi, leiomiossarcoma, lipossarcoma, linfangio sarcoma, neurilemmoma, rabdomiossarcoma e sarcoma sinovial; tumores cerebrais, como, porém sem limitação, glioma, astrocitoma,
glioma do tronco cerebral, ependimoma, oligodendroglioma, tumor não glial, neurinoma acústico, craniofaringioma, meduloblastoma, meningioma, pinocitoma, pineoblastoma e linfoma cerebral primário; câncer de mama, incluindo, porém sem limitação, adenocarcinoma, carcinoma lobular (células pequenas), carcinoma intraductal, câncer de mama medular, câncer de mama mucinoso, câncer de mama tubular, câncer de mama papilar, doença de Paget (incluindo doença de Paget juvenil) e câncer de mama inflamatório; câncer adrenal, como, porém sem limitação, feocromocitoma e carcinoma adrenocortical; câncer da tiroide, como, porém sem limitação, câncer papilar ou folicular da tiroide, câncer medular da tiroide e câncer anaplásico da tiroide; câncer do pâncreas como, porém sem limitação, insulinoma, gastrinoma, glucagonoma, vipoma, tumor secretor de somatostatina e tumor carcinoide ou de células das ilhotas; cânceres da hipófise, como, porém sem limitação, doença de Cushing, tumor secretor de prolactina, acromegalia e diabetes insipius; cânceres dos olhos, como, porém sem limitação, melanoma ocular, como melanoma da íris, melanoma da coroide e melanoma do corpo ciliar e retinoblastoma; cânceres vaginais, como carcinoma de células escamosas, adenocarcinoma e melanoma; câncer vulvar, como carcinoma de células escamosas, melanoma, adenocarcinoma, carcinoma de células basais, sarcoma e doença de Paget; cânceres cervicais, como, porém sem limitação, carcinoma de célula escamosa, e adenocarcinoma; cânceres cervicais, como, porém sem limitação, carcinoma de células escamosas e adenocarcinoma; cânceres do ovário, como, porém sem limitação, carcinoma epitelial do ovário, tumor limítrofe,
tumor de células germinativas e tumor estromal; carcinoma cervical; cânceres esofágicos, como, porém sem limitação, câncer escamoso, adenocarcinoma, carcinoma adenoide cítico, carcinoma mucoepidermoide, carcinoma adenoescamoso, sarcoma, melanoma, plasmacitoma, carcinoma verrucoso e carcinoma de células de aveia (células pequenas); cânceres do estômago como, porém sem limitação, adenocarcinoma, fungicida (polipoide), ulceração, disseminação superficial, disseminação difusa, linfoma maligno, lipossarcoma, fibrossarcoma e carcinossarcoma; cânceres de cólon; câncer colorretal, câncer colorretal com mutação KRAS; carcinoma de cólon; cânceres retais; cânceres do fígado, como, porém sem limitação, carcinoma hepatocelular e hepatoblastoma, cânceres da vesícula biliar, como adenocarcinoma; colangiocarcinomas, como, porém sem limitação, papilares, nodulares e difusos; cânceres do pulmão, como câncer do pulmão de células não pequenas com mutação KRAS, câncer do pulmão de células não pequenas, carcinoma de células escamosas (carcinoma epidermoide), adenocarcinoma, carcinoma de células grandes e câncer do pulmão de células pequenas; carcinoma de pulmão; cânceres testiculares, como, porém sem limitação, tumor germinativo, seminoma, anaplásico, clássico (típico), espermatocítico, não seminoma, carcinoma embrionário, carcinoma teratoma, coriocarcinoma (tumor do saco vitelino), cânceres de próstata, como, porém sem limitação, independente de andrógeno câncer da próstata, câncer da próstata dependente de androgénio, adenocarcinoma, leiomiossarcoma e rabdomiossarcoma; cânceres penais; cânceres orais, como porém sem limitação carcinoma de células escamosas;
cânceres basais; cânceres das glândulas salivares, como, porém sem limitação, adenocarcinoma, carcinoma mucoepidermoide e carcinoma adenoide cístico; cânceres da faringe, como, porém sem limitação, câncer das células escamosas e verrucoso; cânceres da pele, como, porém sem limitação, carcinoma de células basais, carcinoma de células escamosas e melanoma, melanoma de disseminação superficial, melanoma nodular, melanoma lentigo maligno, melanoma acralentiginoso; cânceres renais, como, porém sem limitação, câncer das células renais, adenocarcinoma, hipernefroma, fibrossarcoma, câncer das células transicionais (pélvis renal e/ou útero); carcinoma renal; tumor de Wilms; cânceres da bexiga, como, porém sem limitação, carcinoma de células transicionais, câncer de células escamosas, adenocarcinoma, carcinossarcoma. Além disso, os cânceres incluem mixossarcoma, sarcoma osteogênico, endoteliossarcoma, linfangioendoteliosarcoma, mesotelioma, sinovioma, hemangioblastoma, carcinoma epitelial, cianenocarcinoma, carcinoma broncogênico, carcinoma das glândulas sudoríparas, carcinoma papilífero e carcinoma de glândula sebácea, carcinoma de glândula sebácea, carcinoma papilenocarcinoma sebáceo.
[0375] Os cânceres incluem, porém sem limitação, câncer de células B, por exemplo, mieloma múltiplo, macroglobulinemia de Waldenstrom, as doenças da cadeia pesada, como, por exemplo, doença da cadeia alfa, doença da cadeia gama e doença da cadeia mu, gamopatia monoclonal benigna e amiloidose imunocítica, melanomas, câncer de mama, câncer de pulmão, câncer de brônquio, câncer colorretal, câncer de próstata (por exemplo, metastático, câncer de próstata refratário a hormônios), câncer de pâncreas, câncer de estômago, câncer de ovário, câncer de bexiga urinária, cérebro ou câncer do sistema nervoso central, câncer do sistema nervoso periférico, câncer de esôfago, câncer cervical, câncer uterino ou endometrial, câncer da cavidade oral ou faringe, câncer de fígado, câncer de rim, câncer testicular, câncer do trato biliar, intestino delgado ou câncer de apêndice, câncer de glândula salivar, câncer de glândula tiroide, câncer da glândula adrenal, osteossarcoma, condrossarcoma, câncer de tecidos hematológicos e semelhantes.
Outros exemplos não limitantes de tipos de cânceres aplicáveis aos métodos abrangidos pela presente revelação incluem sarcomas e carcinomas humanos, por exemplo, fibrossarcoma, mixossarcoma, lipossarcoma, condrossarcoma, sarcoma osteogênico, cordoma, angiossarcoma, endoteliossarcoma, mesofangiossarcoma, mesofangiosarcoma, linfangiosarcoma, linfangiosarcoma, linfangiosarcoma, linfangiosarcoma, linfangiosarcoma, linfangiosarcoma, linfangiosarcoma, mesotelioendioma, mesotelioendioma, mesotelioendioma, mesotelioendiosarcoma, mixosarcoma, mixosarcoma, mixossarcoma, lipossarcoma, mixossarcoma, condrossarcoma, Tumor de Ewing, leiomiossarcoma, rabdomiossarcoma, carcinoma de cólon, câncer colorretal, câncer de pâncreas, câncer de mama, câncer de ovário, carcinoma de células escamosas, carcinoma de células basais, adenocarcinoma, carcinoma de glândula sudorípara, carcinoma de glândula sebácea, carcinoma de glândula sebácea, carcinoma papilenocarcinoma cistadenocarcinoma, adenocarcinoma papilenocarcinoma, adenocarcinoma papilenocarcinoma. carcinoma, carcinoma broncogênico,
carcinoma de células renais, hepatoma, carcinoma do ducto biliar, câncer de fígado, coriocarcinoma, seminoma, carcinoma embrionário, tumor de Wilms, câncer cervical, câncer ósseo, tumor cerebral, câncer testicular, carcinoma pulmonar, carcinoma pulmonar de células pequenas, bexiga carcinoma, carcinoma epitelial, glioma, astrocitoma, meduloblastoma, craniofaringioma, ependimoma, pinealoma, hemangioblastoma, neuroma acústico, oligodendroglioma, meningioma, melanoma, neuroblastoma, retinoblastoma; leucemias, por exemplo, leucemia linfocítica aguda e leucemia mielocítica aguda (mieloblástica, promielocítica, mielomonocítica, monocítica e eritroleucemia); leucemia crônica (leucemia mielocítica crônica (granulocítica) e leucemia linfocítica crônica); e policitemia vera, linfoma (doença de Hodgkin e doença não-Hodgkin), mieloma múltiplo, macroglobulinemia de Waldenstrom e doença da cadeia pesada.
Em algumas modalidades, o câncer cujo fenótipo é determinado pelo método da presente revelação é um câncer epitelial, como, porém sem limitação, câncer de bexiga, câncer de mama, câncer cervical, câncer de cólon, câncer ginecológico, câncer renal, câncer de laringe, câncer de pulmão, câncer oral, câncer de cabeça e pescoço, câncer de ovário, câncer de pâncreas, câncer de próstata ou câncer de pele.
Em outras modalidades, o câncer é câncer de mama, câncer de próstata, câncer de pulmão ou câncer de cólon.
Em ainda outras modalidades, o câncer epitelial é câncer de pulmão de células não pequenas, carcinoma de células renais não papilares, carcinoma cervical, carcinoma de ovário (por exemplo, carcinoma de ovário seroso) ou carcinoma de mama.
Os cânceres epiteliais podem ser caracterizados de várias outras maneiras, incluindo, porém sem limitação, seroso, endometrioide, mucinoso, células claras, brenner ou indiferenciado. Em algumas modalidades, a presente revelação é usada no tratamento, diagnóstico e/ou prognóstico de linfoma ou seus subtipos, incluindo, porém sem limitação, linfoma de células do manto. Os distúrbios linfoproliferativos também são considerados doenças proliferativas.
[0376] Em algumas modalidades, o indivíduo tem um câncer de mama que é resistente à terapia antiestrogênica, é um câncer de mama de MSI, é um câncer de mama metastático, é um câncer de mama negativo para Her2, é um câncer de mama positivo para Her2, é um câncer de mama negativo para ER, é um câncer de mama positivo para ER ou qualquer combinação dos mesmos.
[0377] Em algumas modalidades, o câncer de mama expressa um receptor de estrogênio com uma mutação.
[0378] Em algumas modalidades, o câncer é câncer de mama metastático ou recorrente. Em algumas modalidades, um câncer a ser tratado pelos métodos de tratamento da presente revelação é câncer de mama triplo negativo (TNBC).
[0379] As composições farmacêuticas fornecidas no presente documento podem ser usadas sozinhos ou em combinação com regimes terapêuticos convencionais, como cirurgia, irradiação, quimioterapia e/ou transplante de medula óssea (autólogo, singênico, alogênico ou não relacionado).
[0380] Em algumas modalidades, pelo menos um ou mais agente quimioterápicos podem ser administrados além da composição farmacêutica que compreende uma terapia imunogênica. Em algumas modalidades, o um ou mais agentes quimioterápicos podem pertencer a diferentes classes de agentes quimioterápicos.
[0381] Na prática dos métodos de tratamento ou uso fornecidos no presente documento, as quantidades terapeuticamente eficazes das composições farmacêuticas podem ser administradas a um indivíduo que tem uma doença, transtorno ou condição. Uma quantidade terapeuticamente eficaz pode variar amplamente dependendo da gravidade da doença, da idade e da saúde relativa do indivíduo, da potência dos compostos usados e de outros fatores.
[0382] Os indivíduos podem ser, por exemplo, mamíferos, humanos, mulheres grávidas, adultos idosos, adultos, adolescentes, pré-adolescentes, crianças, bebês, lactantes, recém-nascidos ou neonatos. Um indivíduo pode ser um paciente. Em alguns casos, um indivíduo pode ser um humano. Em alguns casos, um indivíduo pode ser uma criança (isto é, um humano jovem que está abaixo da idade da puberdade). Em alguns casos, um indivíduo pode ser um lactante. Em alguns casos, o indivíduo pode ser um lactante alimentado por fórmula. Em alguns casos, um indivíduo pode ser um indivíduo envolvido em um estudo clínico. Em alguns casos, um indivíduo pode ser um animal de laboratório, por exemplo, um mamífero ou um roedor. Em alguns casos, o indivíduo pode ser um camundongo. Em alguns casos, o indivíduo pode ser um indivíduo obeso ou com sobrepeso.
[0383] Em algumas modalidades, o indivíduo foi tratado anteriormente com uma ou mais modalidades diferentes de tratamento do câncer. Em algumas modalidades, o indivíduo foi tratado anteriormente com um ou mais dentre radioterapia, quimioterapia ou imunoterapia. Em algumas modalidades, o indivíduo foi tratado com uma, duas, três, quatro ou cinco linhas de terapia anterior. Em algumas modalidades, a terapia anterior é uma terapia citotóxica.
[0384] Em algumas modalidades, a doença ou condição que pode ser tratada com os métodos revelados no presente documento é o crescimento anormal de células. Em algumas modalidades, a doença ou condição que pode ser tratada com os métodos revelados no presente documento é câncer. Em algumas modalidades, o câncer é um câncer maligno. Em algumas modalidades, o câncer é um câncer benigno. Em algumas modalidades, o câncer é um câncer invasivo. Em algumas modalidades, o câncer é um tumor sólido. Em algumas modalidades, o câncer é um câncer lipídico.
[0385] Os métodos da revelação podem ser usados para tratar qualquer tipo de câncer conhecido na técnica. Exemplos não limitativos de cânceres a serem tratados pelos métodos da presente revelação incluem melanoma (por exemplo, melanoma maligno metastático), câncer renal (por exemplo, carcinoma de células claras), câncer de próstata (por exemplo, adenocarcinoma de próstata refratário a hormônios), adenocarcinoma pancreático, câncer de mama, câncer de cólon, câncer de pulmão (por exemplo, câncer de pulmão de células não pequenas), câncer de esôfago, carcinoma de células escamosas de cabeça e pescoço, câncer de fígado, câncer de ovário, câncer cervical, câncer de tiroide, glioblastoma, glioma, leucemia, linfoma e outras doenças neoplásicas.
[0386] Além disso, a doença ou condição fornecida nesse documento inclui malignidades refratárias ou recorrentes cujo crescimento pode ser inibido usando os métodos de tratamento da presente revelação.
Em algumas modalidades, um câncer a ser tratado pelos métodos de tratamento da presente revelação é selecionado a partir do grupo que consiste em carcinoma, carcinoma escamoso, adenocarcinoma, sarcomata, câncer endometrial, câncer de mama, câncer de ovário, câncer cervical, câncer de trompa de Falópio, câncer peritoneal primário, câncer de cólon, câncer colorretal, carcinoma de células escamosas da região anogenital, melanoma, carcinoma de células renais, câncer de pulmão, câncer de pulmão de células não pequenas, carcinoma de células escamosas do pulmão, câncer de estômago, câncer de bexiga, câncer de vesícula biliar, câncer de fígado, câncer de tireoide, câncer de laringe, câncer de glândula salivar, câncer de esôfago, câncer de cabeça e pescoço, glioblastoma, glioma, carcinoma de células escamosas da cabeça e pescoço, câncer de próstata, câncer pancreático, mesotelioma, sarcoma, câncer hematológico, leucemia, linfoma, neuroma e combinações dos mesmos.
Em algumas modalidades, um câncer a ser tratado pelos métodos da presente revelação inclui, por exemplo, carcinoma, carcinoma escamoso (por exemplo, canal cervical, pálpebra, túnica conjuntiva, vagina, pulmão, cavidade oral, pele, bexiga urinária, língua, laringe e esófago) e adenocarcinoma (por exemplo, próstata, intestino delgado, endométrio, canal cervical, intestino grosso, pulmão, pâncreas, esófago, reto, útero, estômago, glândula mamária e ovário). Em algumas modalidades, um câncer a ser tratado pelos métodos da presente revelação inclui ainda sarcoma (por exemplo, sarcoma miogênico), leucose, neuroma, melanoma e linfoma.
Em algumas modalidades, um câncer a ser tratado pelos métodos da presente revelação é câncer de mama. Em algumas modalidades, um câncer a ser tratado pelos métodos de tratamento da presente revelação é câncer de mama triplo negativo (TNBC). Em algumas modalidades, um câncer a ser tratado pelos métodos de tratamento da presente revelação é câncer ovarino. Em algumas modalidades, um câncer a ser tratado pelos métodos de tratamento da presente revelação é câncer colorretal.
[0387] Em algumas modalidades, um paciente ou população de pacientes a ser tratado com uma composição farmacêutica da presente revelação tem um tumor sólido. Em algumas modalidades, um tumor sólido é um melanoma, carcinoma de células renais, câncer de pulmão, câncer de bexiga, câncer de mama, câncer cervical, câncer de cólon, câncer de vesícula biliar, câncer de laringe, câncer de fígado, câncer de tiroide, câncer de estômago, câncer de glândula salivar, câncer de próstata, câncer pancreático ou carcinoma de células de Merkel. Em algumas modalidades, um paciente ou população de pacientes a ser tratado com uma composição farmacêutica da presente revelação tem um câncer hematológico. Em algumas modalidades, o paciente tem um câncer hematológico, como linfoma difuso de grandes células B ("DLBCL"), linfoma de Hodgkin ("HL"), linfoma não-Hodgkin ("NHL"), linfoma folicular ("FL"), leucemia mieloide aguda (“AML”) ou mieloma múltiplo (“MM”). Em algumas modalidades, um paciente ou população de pacientes a ser tratado que tem o câncer selecionado a partir do grupo que consiste em câncer ovarino, câncer de pulmão e melanoma.
[0388] Os exemplos específicos de cânceres que podem ser impedidos e/ou tratados de acordo com a presente revelação incluem, porém sem limitação, o seguinte: câncer renal, câncer de rins, glioblastoma multiforme, câncer de mama metastático; carcinoma de mama; sarcoma de mama; neurofibroma; neurofibromatose; tumores pediátricos; neuroblastoma; melanoma maligno; carcinomas da epiderme; leucemias, como, porém sem limitação, leucemia aguda, leucemia linfocítica aguda, leucemias mielocíticas agudas, como mieloblástica, promielocítica, mielomonocítica, monocíticas, eritroleucemia, leucemia e síndrome mielodisplática, leucemia crônica, como, porém sem limitação, leucemia mielocítica crônica (granulometria) (leucemia linfocítica crônica, leucemia de células pilosas; policitemia vera; linfomas, como, porém sem limitação, doença de Hodgkin, doença não-Hodgkin; mielomas múltiplos, como, porém sem limitação, mieloma múltiplo latente, mieloma não secretor, mieloma osteosclerótico, leucemia de células plasmáticas, plasmocitoma solitário e plasmocitoma extramedular; macroglobulinemia de Waldenstrom; gamopatia monoclonal de significância indeterminada; gamopatia monoclonal benigna; doença de cadeia pesada; câncer ósseo e sarcoma do tecido conjuntivo, como, porém sem limitação, a sarcoma ósseo, mieloma doença óssea, mieloma múltiplo, osteossarcoma ósseo induzido por colesteatoma, doença óssea de Paget, osteossarcoma, condrossarcoma, sarcoma de Ewing, tumor maligno de células gigantes, fibrossarcoma ósseo, cordoma, sarcoma periosteal, sarcoma de tecidos moles, angiossarcoma (hemangiossarcoma), fibrossarcoma, sarcoma de Kaposi, leiomiossarcoma, lipossarcoma, linfangio sarcoma, neurilemmoma, rabdomiossarcoma e sarcoma sinovial; tumores cerebrais, como, porém sem limitação, glioma, astrocitoma,
glioma do tronco cerebral, ependimoma, oligodendroglioma, tumor não glial, neurinoma acústico, craniofaringioma, meduloblastoma, meningioma, pinocitoma, pineoblastoma e linfoma cerebral primário; câncer de mama, incluindo, porém sem limitação, adenocarcinoma, carcinoma lobular (células pequenas), carcinoma intraductal, câncer de mama medular, câncer de mama mucinoso, câncer de mama tubular, câncer de mama papilar, doença de Paget (incluindo doença de Paget juvenil) e câncer de mama inflamatório; câncer adrenal, como, porém sem limitação, feocromocitoma e carcinoma adrenocortical; câncer da tiroide, como, porém sem limitação, câncer papilar ou folicular da tiroide, câncer medular da tiroide e câncer anaplásico da tiroide; câncer do pâncreas como, porém sem limitação, insulinoma, gastrinoma, glucagonoma, vipoma, tumor secretor de somatostatina e tumor carcinoide ou de células das ilhotas; cânceres da hipófise, como, porém sem limitação, doença de Cushing, tumor secretor de prolactina, acromegalia e diabetes insipius; cânceres dos olhos, como, porém sem limitação, melanoma ocular, como melanoma da íris, melanoma da coroide e melanoma do corpo ciliar e retinoblastoma; cânceres vaginais, como carcinoma de células escamosas, adenocarcinoma e melanoma; câncer vulvar, como carcinoma de células escamosas, melanoma, adenocarcinoma, carcinoma de células basais, sarcoma e doença de Paget; cânceres cervicais, como, porém sem limitação, carcinoma de célula escamosa, e adenocarcinoma; cânceres cervicais, como, porém sem limitação, carcinoma de células escamosas e adenocarcinoma; cânceres do ovário, como, porém sem limitação, carcinoma epitelial do ovário, tumor limítrofe,
tumor de células germinativas e tumor estromal; carcinoma cervical; cânceres esofágicos, como, porém sem limitação, câncer escamoso, adenocarcinoma, carcinoma adenoide cítico, carcinoma mucoepidermoide, carcinoma adenoescamoso, sarcoma, melanoma, plasmacitoma, carcinoma verrucoso e carcinoma de células de aveia (células pequenas); cânceres do estômago como, porém sem limitação, adenocarcinoma, fungicida (polipoide), ulceração, disseminação superficial, disseminação difusa, linfoma maligno, lipossarcoma, fibrossarcoma e carcinossarcoma; cânceres de cólon; câncer colorretal, câncer colorretal com mutação RAS; carcinoma de cólon; cânceres retais; cânceres do fígado, como, porém sem limitação, carcinoma hepatocelular e hepatoblastoma, cânceres da vesícula biliar, como adenocarcinoma; colangiocarcinomas, como, porém sem limitação, papilares, nodulares e difusos; cânceres do pulmão, como câncer do pulmão de células não pequenas com mutação RAS, câncer do pulmão de células não pequenas, carcinoma de células escamosas (carcinoma epidermoide), adenocarcinoma, carcinoma de células grandes e câncer do pulmão de células pequenas; carcinoma de pulmão; cânceres testiculares, como, porém sem limitação, tumor germinativo, seminoma, anaplásico, clássico (típico), espermatocítico, não seminoma, carcinoma embrionário, carcinoma teratoma, coriocarcinoma (tumor do saco vitelino), cânceres de próstata, como, porém sem limitação, independente de andrógeno câncer da próstata, câncer da próstata dependente de androgénio, adenocarcinoma, leiomiossarcoma e rabdomiossarcoma; cânceres penais; cânceres orais, como porém sem limitação carcinoma de células escamosas;
cânceres basais; cânceres das glândulas salivares, como, porém sem limitação, adenocarcinoma, carcinoma mucoepidermoide e carcinoma adenoide cístico; cânceres da faringe, como, porém sem limitação, câncer das células escamosas e verrucoso; cânceres da pele, como, porém sem limitação, carcinoma de células basais, carcinoma de células escamosas e melanoma, melanoma de disseminação superficial, melanoma nodular, melanoma lentigo maligno, melanoma acralentiginoso; cânceres renais, como, porém sem limitação, câncer das células renais, adenocarcinoma, hipernefroma, fibrossarcoma, câncer das células transicionais (pélvis renal e/ou útero); carcinoma renal; tumor de Wilms; cânceres da bexiga, como, porém sem limitação, carcinoma de células transicionais, câncer de células escamosas, adenocarcinoma, carcinossarcoma. Além disso, os cânceres incluem mixossarcoma, sarcoma osteogênico, endoteliossarcoma, linfangioendoteliosarcoma, mesotelioma, sinovioma, hemangioblastoma, carcinoma epitelial, cianenocarcinoma, carcinoma broncogênico, carcinoma das glândulas sudoríparas, carcinoma papilífero e carcinoma de glândula sebácea, carcinoma de glândula sebácea, carcinoma papilenocarcinoma sebáceo.
[0389] Em algumas modalidades, um indivíduo com uma mutação em um gene RAS é tratado para câncer pela administração de uma composição farmacêutica que compreende um TCR que reconhece um epítopo mutante de RAS em complexo com uma proteína de MHC codificada pelo alelo HLA do indivíduo, em que o TCR tem uma região variável de cadeia alfa de TCR e uma região variável de cadeia beta de TCR que tem uma sequência de aminoácidos revelada no presente documento.
Em algumas modalidades, a composição farmacêutica compreende uma sequência de ácidos nucleicos que codifica o TCR.
Em algumas modalidades, o ácido nucleico é um DNA ou um RNA.
Em algumas modalidades, o ácido nucleico é um RNA mensageiro que codifica o TCR que tem uma região variável de cadeia alfa de TCR e uma região variável de cadeia beta de TCR que tem uma sequência de aminoácidos revelada no presente documento.
Em algumas modalidades, a composição farmacêutica compreende um vetor que compreende uma sequência de ácidos nucleicos que codifica o TCR e é capaz de conduzir a expressão do TCR, em que o TCR reconhece um epítopo mutante de RAS em complexo com uma proteína de MHC codificada pelo alelo HLA do indivíduo, e em que o TCR que tem uma região variável de cadeia alfa de TCR e uma região variável de cadeia beta de TCR que tem uma sequência de aminoácidos revelada no presente documento.
Em algumas modalidades, a composição farmacêutica compreende uma célula que compreende uma sequência de ácidos nucleicos que codifica o TCR que reconhece um epítopo mutante de RAS em complexo com uma proteína de MHC codificada pelo alelo HLA do indivíduo, o TCR que tem uma região variável de cadeia alfa de TCR e uma região variável de cadeia beta de TCR que tem uma sequência de aminoácidos revelada no presente documento.
Em algumas modalidades, o indivíduo que tem um câncer é administrado uma composição farmacêutica que compreende um TCR que reconhece um epítopo mutante de RAS em complexo com uma proteína de MHC codificada pelo alelo HLA do indivíduo, o TCR que tem uma região variável de cadeia alfa de TCR e uma região variável de cadeia beta de TCR que tem uma sequência de aminoácidos revelada no presente documento, em que o câncer é selecionado a partir de adenocarcinoma do trato biliar, carcinoma de células transicionais da bexiga, carcinoma de mama, adenocarcinoma cervical, adenocarcinoma de cólon, adenoma de cólon, neuroblastoma (gânglios autônomos), leucemia mieloide aguda, leucemia mieloide crônica, leucemia mielomonocítica crônica, leucemia mielomonocítica juvenil, leucemia linfocítica juvenil, linfoma linfocitemia linfocítica, mieloma de células plasmáticas, carcinoma hepatocelular, carcinoma de células grandes, carcinoma de células não pequenas, carcinoma ductal, tumor endócrino, adenocarcinoma de próstata, carcinoma de células basais, carcinoma de células escamosas, melanoma maligno, angiosarcoma, leiomiossarcoma, fibrossarcoma, rabdomiossarcoma, rabdomiossarco histiocitoma, sarcoma pleomórfico, germinoma, seminoma, carcinoma anaplásico, carcinoma folicular, carcinoma papilar e carcinoma de células de Hurthle.
[0390] Em algumas modalidades, um indivíduo com uma mutação em um gene GATA3 é tratado para câncer pela administração de uma composição farmacêutica que compreende um TCR que reconhece um epítopo mutante de GATA3 em complexo com uma proteína de MHC codificada pelo alelo HLA do indivíduo, o TCR que tem uma região variável de cadeia alfa de TCR e uma região variável de cadeia beta de TCR que tem uma sequência de aminoácidos revelada no presente documento. Em algumas modalidades, o indivíduo com uma mutação em um gene GATA3 é tratado para câncer de mama.
[0391] Em algumas modalidades, um indivíduo com uma mutação no gene EGFR é tratado para câncer pela administração de uma composição farmacêutica que compreende um TCR que reconhece um epítopo mutante de EGFR em complexo com uma proteína de MHC codificada pelo alelo HLA do indivíduo, o TCR que tem uma região variável de cadeia alfa de TCR e uma região variável de cadeia beta de TCR que tem uma sequência de aminoácidos revelada no presente documento. Em algumas modalidades, um indivíduo com uma mutação no gene TMPRSS2:ERG é tratado para câncer pela administração de uma composição farmacêutica que compreende um TCR que reconhece um epítopo mutante de TMPRSS2:ERG em complexo com uma proteína de MHC codificada pelo alelo HLA do indivíduo, o TCR que tem uma região variável de cadeia alfa de TCR e uma região variável de cadeia beta de TCR que tem uma sequência de aminoácidos revelada no presente documento.
[0392] Em algumas modalidades, um indivíduo com uma mutação no gene BTK é tratado para câncer pela administração de uma composição farmacêutica que compreende um TCR que reconhece um epítopo mutante de BTK em complexo com uma proteína de MHC codificada pelo alelo HLA do indivíduo, o TCR que tem uma região variável de cadeia alfa de TCR e uma região variável de cadeia beta de TCR que tem uma sequência de aminoácidos revelada no presente documento.
[0393] Embora as modalidades preferenciais da presente invenção tenham sido apresentadas e descritas no presente documento, será óbvio para aqueles técnicos no assunto que tais modalidades são fornecidas apenas a título de exemplo. Diversas variações, alterações e substituições ocorrerão agora para aqueles versados na técnica sem se distanciar da invenção. Deve ser entendido que várias alternativas às modalidades da invenção descritas no presente documento podem ser empregadas na prática da invenção. Pretende-se que as seguintes reivindicações definam o escopo da invenção e que os métodos e estruturas dentro do escopo dessas reivindicações e seus equivalentes sejam cobertos pelas mesmas.
EXEMPLOS Exemplo 1: Fluxo de trabalho para validação e identificação de célula T específica de antígeno
[0394] Nesse exemplo, um fluxo de trabalho exemplificativo para gerar e usar TCRs específicos de antígeno e peptídeo é descrito. A FIG. 1 demonstra uma representação gráfica do fluxo de trabalho. A FIG. 2 detalha uma linha de tempo exemplificativa para o processo de fluxo de trabalho, começando com a obtenção e cultura de PBMCs de um indivíduo, as PBMCs são, então, estabilizadas em cultura durante a noite e incubadas na presença de peptídeos e citocinas; as células de apresentação de antígeno (APCs) derivadas de Dc e monócito ajudam a induzir as células T em resposta aos antígenos de peptídeo apresentados por APCs; entre 10 dias a 2 semanas, as células T específicas de antígeno expandem e são classificadas para especificidade de antígeno e ativação (por exemplo, expressão de marcador de CD8+ que indica a geração de linfócitos T citotóxicos). As células T responsivas ao antígeno ativadas contêm TCRs específicos para o antígeno.
[0395] Resumidamente, os peptídeos mutados contendo epítopos-alvo mutantes (por exemplo, peptídeos de TMPRSS2:ERG, RAS, BTK e GATA3 mutantes) foram sintetizados usando um sintetizador de peptídeo. Os peptídeos sintetizados foram usados para carregar APCs para estimular células T de uma amostra de células mononucleares de sangue periférico de dadores saudáveis (PBMCs). PBMCs de pacientes portadores de neoantígenos de interesse também podem ser usadas para obter células T específicas de neoantígenos. Após a incubação com os APCs carregados com peptídeo, as populações de células T foram analisadas por citometria de fluxo. As células T específicas do antígeno foram isoladas usando citometria de fluxo (FIGs. 1, 2, 4A, 5, 6, 8F, 8G, 9, 10A, 10B, 11, 13, 15, 16A e 16B). O sequenciamento de TCR de célula única foi realizado para as células T específicas de antígeno isoladas usando o sistema V(D)J de Célula Única 10x Genomics para traçar o perfil das sequências de TCRs específicos de antígeno isolados. As leituras de sequenciamento foram analisadas usando o pipeline de análise Cell RangerTM e as sequências candidatas de TCRs foram selecionadas para análises adicionais e ensaios funcionais (FIGs. 1, 6A, 10A, 10B, 11, 13, 15 e 16A e 16B).
[0396] Para a análise da funcionalidade do TCR, vetores ou mRNA que codificam peptídeos de TMPRSS2:ERG, RAS, BTK ou GATA3 contendo epítopos mutantes-alvo foram transduzidos em células de HEK293T ou A375 para produzir linhagens de células de expressão de antígeno. Células Jurkat, células Jurkat deficientes de TCRβ ou PBMCs de doadores saudáveis foram transduzidas com ácidos nucleicos (FIG. 3A) que codificam TCRs candidatos em um vetor lentiviral. Um vetor exemplificativo é mostrado na FIG. 3B. As FIGs. 4B, 6A e 6B, 10C-10F, 11 e 13 mostram ensaios funcionais para células transduzidas de vetor de expressão de TCR. As linhagens de célula de expressão de antígeno de TMPRSS2:ERG, RAS, BTK e
GATA3 foram cocultivadas com células Jurkat transduzidas por TCR, células Jurkat com deficiência de TCRβ ou PBMCs de doadores saudáveis para ensaios de reconhecimento de antígeno para analisar a funcionalidade de TCRs candidatos (FIGs. 7A-7B, 8A-8E, 10A-10F, 12B e 14). Exemplo 2: Obtenção de células T específicas de antígeno
[0397] As induções de célula T in vitro T foram usadas para expandir as células T específicas de antígeno. As PBMCs de doador humano saudável foram semeadas em cada poço da placa de 24 poços em meios AIM V (Invitrogen). Os peptídeos mutantes (TMPRSS2:ERG, RAS, BTK ou GATA3), TNF-α, IL-1β, PGE1 e IL-7 foram adicionados em poços após 24 horas de incubação. Os meios de cultura foram trocados a cada 2 dias com meios frescos. As células T específicas de antígeno foram avaliadas e isoladas no dia 10 a 20 (FIG. 2). Exemplo 3: Classificação e coloração por multímero de HLA
[0398] As células T específicas do neoantígeno foram detectadas combinando-se a coloração por multímero de HLA com 2 multímeros de HLA recombinantes conjugados de fluorocromo diferentes (HLA-A02.01, HLA-A03.01 ou HLA- A11.01) com peptídeos de neoantígeno. Anti-CD8, anti-CD4, anti-CD19, anti-CD16, anti-CD14, anti-CD56 e anticorpos e corante IR Vivo/Morto (Invitrogen) foram usados para a coloração de superfície celular. AS células T CD8+ foram identificadas como CD8+CD4-CD19-CD16-CD14-CD56-IR- (FIGs. 1, 2, 4A, 5, 6A, 8F, 8G, 9, 10A, 10B, 11, 13, 15, 16A e 16B). Para classificação, até 5×106 células foram incubadas com 1-20 µg de multímero em 100 µl de PBS + soro humano a 0,5 %. Os anticorpos e corante IR Vivo/Morto foram usados para manchar as células por mais 30 min. Após a coloração, as células foram lavadas duas vezes e diluídas em PBS + soro humano a 0,5 %. As células negativas para corante IR Vivo/Morto foram controladas e as células T CD8+/de multímero+ foram classificadas em um classificador de célula FACSAria (BD Biosciences). Exemplo 4: Sequenciamento profundo dos TCRs específicos de antígeno
[0399] As células T específicas de antígeno foram classificadas em uma mistura de PBS e 2 % de FBS (Hyclone Defined), e o kit 10x Genomics V(D)J foi usado para geralmente codificar em barras os RNAs das células T únicas. As bibliotecas de RNA foram preparadas de acordo com os protocolos do fabricante. As bibliotecas resultantes foram sequenciadas usando a plataforma MiSeq de ILLUMINA. O software de análises 10x Genomics foi, então, usado para analisar o sequenciamento de dados para obter sequências alfa e beta de TCR pareadas. Os clones dominantes foram identificados com base na frequência de células com um TCR alfa e/ou TCR beta comuns (FIGs. 1, 6, 8F, 8G, 10A, 10B, 11, 13, 15 e 16A). Exemplo 5: Clonagem e síntese de gene de TCR específico de antígeno
[0400] A FIG. 3A representa um diagrama gráfico de um projeto de vetor exemplificativo, que incorpora uma cadeia alfa de TCR e um construto de cadeia beta de TCR; em que os construtos de cadeia alfa e beta de TCR compreendem sequências de ácidos nucleicos que codificam uma região variável (V), uma região de diversidade (D) (apenas no construto de cadeia beta), uma região de ligação (J) e uma região constante (C) para cada uma dentre uma cadeia alfa
(α) de TCR e uma cadeia beta (β) de TCR como mostrado no diagrama, em um vetor com um elemento regulatório a montante que compreende elementos necessários para expressão da sequência de ácidos nucleicos incorporada, incluindo, por exemplo, um promotor (região EF1a exemplificativa como mostrado no diagrama), incorporando adicionalmente sítios de clivagem proteolítica F2A e P2A e uma sequência que codifica para resistência à Puromicina (Puro) para seleção mediada por Puromicina. Os vetores lentivirais foram construídos a partir de pCDH-EF1-T2A-Puro (SBI system bioscience). Os vetores lentivirais de TCR específicos de antígeno foram gerados pela inserção de uma região variável beta de TCR, seguido de uma região constante de camundongo de TCR beta, sítio de clivagem de furina, ligante SGSG (SEQ ID NO: 601), sítio F2A, uma região variável de TCR alfa, uma região constante de TCR alfa, um sítio T2A e um gene de resistência à puromicina (FIGs. 3A e 3B). Exemplo 6: Transfecção e transdução
[0401] Lentivírus que codificam TCRs específicos de antígeno foi preparado por transfecção transiente de células 293T. As células foram inoculadas em uma placa de 10 cm em 7×106 células 16 horas antes da transfecção com 7 µg de vetor lentiviral, 7 µg de mistura de plasmídeo de embalagem (pPAX e pMD2.G), 28 µl de Fugene (Promega) e 1 ml de Opti-MEM (Gibco). O meio de cultura foi substituído um dia após a transfecção. 72 horas após a transfecção, o sobrenadante foi colhido e concentrado 10 vezes.
[0402] As células Jurkat ou PBMCs foram transduzidos com lentivírus concentrado que codificam as sequências de TCR.
As células Jurkat foram lavadas e ressuspensas em RPMI-1640 contendo polibreno e 10 % de FBS. 5×105 células Jurkat CD8 em 100 µl de meios foram plaqueadas por cavidade em placas de 96 poços e 25 µl de lentivírus concentrado foram adicionados. As células foram centrifugadas em 2400 rotações por minuto (rpm) por 1 hora e incubadas em um incubador de CO2. As células foram transduzidas novamente com meios frescos com polibreno e FBS e 25 µl de lentivírus concentrado. O meio foi substituído com RPMI-1640 contendo 10 % de FBS e Pen/Strep 24 horas após a segunda transdução. O tratamento com puromicina (1 µg/ml) começou no dia 4 após a transdução. Exemplo 7: Jurkat transduzida por TCR que se liga ao peptídeo de HLA
[0403] Para avaliar a transdução de TCR, as células Jurkat transduzidas foram manchadas com multímero conjugado por fluorocromo (neoantígeno HLA), anticorpo anti-CD8, anticorpo de região constante anti-mTCR e corante IR Vivo/Morto. Células positivas para multímero e mTCR foram medidas por citometria de fluxo (FIGs. 4B, 6A, 6B, 10A-10F, 11 e 13). Exemplo 8: Carregamento de peptídeo de células-alvo
[0404] Para pulsação de peptídeo exógeno, 1×106 células T2, 293T ou A375 foram incubadas a 37 °C e 5 % de CO2 por 2 h com 10 pg/ml de β2-microglobulina humana (Calbiochem) e quantidades de titulação, variando de 1×10−5 M a 1×10−12 M dos peptídeos de RAS ou GATA3, células T2 pulsadas com 10−5 M de GIL de peptídeo de influenza (proteína58-66 de matriz de influenza GILGFVTL (SEQ ID NO: 602), Metabion) serviram como controle negativo. Após a lavagem, as células T2 carregadas por peptídeo foram usadas em ensaios de liberação de IL-2 (FIGs. 6B, 7, 8, 12E e 14). Exemplo 9: Células-alvo de expressão de neoantígeno
[0405] Para as células-alvo de expressão de antígeno endógeno, 1×106 células HEK293 ou A375 foram transduzidas com vetores de lentivírus que codificam peptídeos mutados por TMPRSS2::ERG, BTK, GATA3 ou KRAS. As células-alvo transduzidas foram selecionadas por puromicina (1 µg/ml) em meio de cultura (DMEM com 10 % de FBS). Exemplo 10: Ensaio de Liberação de IL-2
[0406] Para investigação de especificidade, os clones de célula T (2,5×105 células em 50 µl) podem ser incubados com linhagens de células HEK293T, A375 transduzidas por HLA- A03.01 ou A375 transduzidas por HLA-A11.01 (5×104 células em 50 µl) e neoantígenos de peptídeo mutado por TMPRSS2::ERG, BTK, GATA3 ou KRAS. As seguintes figuras demonstram os resultados de ensaio de liberação de IL2 em caso dos respectivos TCRs como descrito nas figuras: As FIGs. 6B, 7A, 7B, 8E, 10C, 12A, 12B e 14). Os sobrenadantes de cultura foram colhidos após 24 h de cocultura e avaliaram a concentração de IL-2 por um MSD padrão usando ensaios de IL-2 humano de V-PLEX (Meso Scale Discovery). Exemplo 11: Ensaio de Liberação de IFN-γ
[0407] Para investigação de especificidade, os clones de célula T (2×103 células em 100 µl) foram incubados com linhagens celulares que expressam neoantígenos de peptídeo mutado por TMPRSS2::ERG, BTK, GATA3 ou KRAS. Os tensoativos de cultura foram colhidos após 24 h de cocultura e avaliados por uma ELISA padrão usando o Conjunto de IFN-γ Humano de OptEIA™ (BD Biosciences Pharmingen).
Exemplo 12: Ensaio de Citotoxicidade
[0408] A atividade citotóxica de clones de célula T pode ser analisada em um ensaio de liberação de 51-cromo por 4 h padrão. Resumidamente, 1×106 células-alvo podem ser identificadas com 100 µCi de Na2 51CrO4 (ICN Biochemicals) por 1-1,5 h. As células-alvo identificadas por 51Cr podem ser cultivadas com células T em RPMI 1640 com 12 % de FCS. Para determinação de avidez funcional, 1×104 células T podem ser adicionadas a 1×103 células T2 pulsadas por peptídeo carregadas com quantidades tituladas de neoantígenos de peptídeo mutado por TMPRSS2::ERG, BTK, GATA3 ou KRAS, gerando uma constante E:T de 10:1.
[0409] Após 4 h de cocultura a 37 °C, 50 µl de sobrenadante podem ser coletados e a radioatividade pode ser medida em um contador gama. O percentual de lise específica pode ser calculado como: 100×(liberação experimental−liberação espontânea)/(liberação máxima−liberação espontânea). A liberação espontânea pode ser avaliada pela incubação de células-alvo na ausência de células efetoras. Para o cálculo do percentual de lise relativa, o percentual máximo de lise específica pode ser definido para o valor de referência de 100 % e os valores correspondentes podem ser calculados de acordo com essa referência. Para determinar a metade da lise máxima, o percentual de lise relativa pode ser plotado contra a concentração de peptídeo. A concentração de peptídeo na qual a curva cruzou 50 % da lise relativa pode ser tomada como o valor da metade da lise máxima. Exemplo 13: Ensaio de Extermínio de Célula
[0410] Um TCR recombinante específico de neoantígeno RAS foi transduzido em PBMCs e sua capacidade de exterminar uma célula cancerosa foi analisada (FIGs. 8A, 8B). As células de expressão de TCR recombinante exterminadas mostraram mais de um extermínio de mais de 30 % de linhagens de célula cancerosa em comparação ao controle. Um TCR recombinante modificado (rTCR) com regiões constantes de camundongo foi expresso a partir de um promotor de SFFV e uma transdução de TCR específica de neoantígeno 30 % gerada em PBMCs a partir de um doador saudável foi alcançada. A linhagem de célula SW620 foi usada como célula-alvo que expressa naturalmente a mutação de KRAS G12V. HLA-A11:01 foi introduzida na linhagem de célula SW620 por transduções lentivirais. As PBMCs transduzidas por rTCR foram cocultivadas com duas linhagens de célula SW620 diferentes com ou sem expressão de HLA-A11:01 por 6 horas. O sobrenadante e as células foram, então, colhidos para analisar a apoptose e secreção de citocina.
[0411] Após 6 horas de cocultura, níveis significativamente maiores de IFNγ, IL-2 e TNFα foram detectados para os grupos de linhagem de célula SW620 transduzida por HLA-A11:01 (linhagem de célula Rasmut + HLA- A11:01) em comparação à SW620 não transduzida (linhagem de célula Rasmut). Isso mostra que a PBMC de rTCR pode reconhecer especificamente um peptídeo RAS contendo uma mutação de G12V em HLA-A11:01 de uma linhagem celular próxima do modelo tumoral real. Além disso, um percentual significativamente maior de células positivas para Caspase- 3 (marcador de apoptose) foi observado em linhagens de célula SW620 transduzidas por HLA-A11:01 em comparação ao controle. Desse modo, as PBMCs transduzidas por rTCR não podem apenas secretar a citocina (IFNγ, IL-2 e TNFα), mas também podem exterminar funcionalmente as células-alvo especificamente.
[0412] Em alguns exemplos, a atividade de citotoxicidade é avaliada pela cocultura de células T que expressam um TCR específico de um peptídeo RAS mutante em um HLA específico, com células cancerosas-alvo transduzidas por peptídeo RAS mutante que expressam o HLA correspondente e pela determinação do crescimento relativo das células-alvo, juntamente com medição do marcador apoptótico de Anexina V nas células cancerosas-alvo especificamente (FIGs. 8C, 8D, 10D, 10E). As células cancerosas-alvo são manipuladas para expressar o peptídeo mutante juntamente com o alelo MHC-I apropriado. Células alvo com transdução simulada (isto é, não expressando o peptídeo mutante) são usadas como um controle negativo. As células também são transduzidas para expressar GFP de forma estável, permitindo o rastreamento do crescimento das células-alvo. PBMCs de doadores saudáveis, usadas como células efetoras, são transduzidas para expressar um TCR específico para um peptídeo RAS mutante. Células alvo com transdução simulada são usadas como um controle negativo. As células-alvo são cocultivadas com diferentes quantidades de células efetoras por 72 h em meios contendo reagente de detecção de Anexina V. O sinal de GFP e sinal de Anexina-V são medidos ao longo do tempo com um aparelho IncuCyte S3. O sinal de Anexina V que se origina das células efetoras é filtrado por exclusão de tamanho. O extermínio e o crescimento celular alvejados são expressos como área de GFP e Anexina-V (mm2) ao longo do tempo, respectivamente. A FIG. 8C demonstra alto grau de correlação inversa dos níveis de TCR como determinado pela razão-alvo TCR/CD8+: com o crescimento das células-alvo (painel superior). De modo similar, maiores níveis de TCR se correlacionaram com células-alvo positivas para Anexina V mais altas, indicando maior número de células-alvo apoptóticas. Isso indica alto grau de especificidade e eficiência na destruição de células-alvo com TCR4 de RAS.
[0413] Em alguns exemplos, a atividade citotóxica é avaliada antes da clonagem de TCR. As células T induzidas contra um peptídeo RAS mutante em um HLA específico são cocultivadas com células cancerosas-alvo mutantes que expressam o HLA correspondente carregado com uma faixa de concentrações dos peptídeos mutantes RAS (FIGs. 8F, 8G). Tanto o crescimento relativo quanto o marcador apoptótico Anexina V nas células cancerosas-alvo são medidos especificamente. As células-alvo também são transduzidas para expressar GFP de forma estável, permitindo o rastreamento do crescimento das células-alvo. O sinal de GFP e sinal de Anexina-V são medidos ao longo do tempo com um aparelho IncuCyte S3. O sinal de Anexina V que se origina das células efetoras é filtrado por exclusão de tamanho. O extermínio e o crescimento celular alvejados são expressos como área de GFP e Anexina-V (mm2) ao longo do tempo, respectivamente. Para as células T que demonstram a citotoxicidade em baixas concentrações de peptídeo em comparação a nenhum peptídeo e/ou peptídeo do tipo selvagem, o sequenciamento de TCR pode ser realizado como mencionado acima. Em relação aos dados mostrados em experimentos mostrados nas FIGs. 8F e 8G, (figuras no canto superior direito), a citotoxicidade das células T mostrou responsividade à dose satisfatória para os peptídeos, como indicado por células de expressão de GFP mais baixas com a dose mais alta de peptídeos ao longo do tempo indicado. A correlação inversa descreve que, com maiores quantidades de peptídeos para estimular o TCR nas células T, foi observada maior supressão do crescimento de células-alvo, como demonstrado por células positivas para GFP mais baixas. Isso demonstra que as células T exibem alta especificidade e efetividade de TCR na limitação da progressão das células alvo. Exemplo 14: Sumário de TCRs recombinantes desenvolvidos
[0414] Esse exemplo fornece os detalhes dos TCRs desenvolvidos. A Tabela 1 fornece uma sinopse dos TCRs descritos no presente documento e a Tabela 2 fornece as sequências de codificação e de aminoácidos específicos. Tabela 1. Método para determinar TCR que TCR que se liga ao SEQ se liga peptídeo-MHC Nome TCR Gene Mutação Alelo ID TCRbeta CDR3 ao IL-2 NO: peptídeo- Alinhamento por MHC de Jurkat multímero e/ou
PBMC G12V, RAS TCR-1 KRAS G12D, A02:01 6 SARDRGLVSLPSVEAFF - - - G12C G12V, RAS TCR-2 KRAS G12D, A02:01 21 ASYLSGSIYNEQFF - - - G12C RAS TCR-3 KRAS G12V A11:01 36 ASSYSTERGTIY Sim Sim Sim RAS TCR-4 KRAS G12V A11:01 52 ASSLADIYEQY Sim Sim Sim RAS TCR-5 KRAS G12V A03:01 68 CASSARNDEAFF Sim Sim Sim
TCR que Método para
SEQ se liga determinar TCR que Nome TCR Gene Mutação Alelo ID TCRbeta CDR3 ao se liga ao NO: peptídeo- peptídeo-MHC IL-2 RAS TCR-6 KRAS G12V A03:01 84 CASSLGDSEQYF Sim Sim por Jurkat RAS TCR-7 KRAS G12C A03:01 100 CASSQRSNTGELFF Sim Sim Sim IL-2 RAS TCR-8 KRAS G12V A11:01 116 CASGGRDSTDTQYF Sim Sim por Jurkat IL-2 RAS TCR-10 KRAS G12C A11:01 244 ASSTSFWEVNTEAF Sim - por Jurkat IL-2 RAS TCR-11 KRAS G12C A11:01 260 ASSKRGWPYEQY Sim - por Jurkat RAS TCR-12 KRAS G12C A11:01 52 ASSLADIYEQY - - - RAS TCR-13 KRAS G12D A03:01 292 ASSSTDRIEAF - - - RAS TCR-14 KRAS G12D A03:01 308 ASTTFKTGRAIEKLF - - - RAS TCR-15 KRAS G12D A03:01 324 ASSSRGHSGTEAF - - - RAS TCR-16 KRAS G12D A03:01 324 ASSSRGHSGTEAF - - - RAS TCR-17 KRAS G12D A03:01 356 ATYKVGDEQF - - - RAS TCR-18 KRAS G12D A11:01 372 ASSDWLAGAKDEQY - - - RAS TCR-19 KRAS G12V A03:01 388 ASSLVASNEQF - - - IL-2 RAS TCR-20 KRAS G12V A11:01 404 ASSLGLLLYNEQF Sim - por Jurkat RAS TCR-21 KRAS G12V A11:01 420 ASSLGDSYEQYF - - - RAS TCR-26 KRAS G12V A11:01 537 ASSEWGSTGELF - - - RAS-TCR-27 KRAS G12V A11:01 537 ASSEWGSTGELF - - - RAS-TCR-28 KRAS G12V A11:01 563 ASSEYTMGTQY - - - IL-2 neoORF GATA3 TCR-1 GATA3 A02:01 132 ASSLDFVLAGSYSYNEQF Sim Sim por (CSNH) Jurkat neoORF GATA3 TCR-2 GATA3 B07:02 194 ASSQSGQGPYEQY - - - (CSNH) IL-2 neoORF GATA3 TCR-3 GATA3 B08:01 209 ASSRTAMNTEAF Sim - por (CSNH) Jurkat
TCR que Método para
SEQ se liga determinar TCR que Nome TCR Gene Mutação Alelo ID TCRbeta CDR3 ao se liga ao NO: peptídeo- peptídeo-MHC IL-2 TMPRSS2::ERG por TMPRSS2::ERG Fusion A02:01 147 ASSQADSPLH Sim Sim TCR-1 Jurkat e PBMC IL-2 BTK TCR-1 BTK C481S A02:01 164 ASSFGPDEKLFF Sim Sim por Jurkat IL-2 BTK TCR-2 BTK C481S A02:01 179 ASSPGANEKLF Sim Sim por Jurkat EGFR TCR-1 EGFR T790M A02:01 452 ASGGGLGLFETQY - - - EGFR TCR-2 EGFR T790M A02:01 469 SARRREGEIEQY - - - EGFR TCR-3 EGFR T790M A02:01 486 ASSLAYLTGRVEAF - - - EGFR TCR-4 EGFR T790M A02:01 503 SAQGSSGRIEQF - - - EGFR TCR-5 EGFR T790M A02:01 520 SALPGFSYEQY - - -
[0415] Embora as modalidades preferenciais da presente invenção tenham sido apresentadas e descritas no presente documento, será aparente para aqueles versados na técnica que tais modalidades são fornecidas apenas a título de exemplo. Diversas variações, alterações e substituições ocorrerão agora para aqueles versados na técnica sem se distanciar da invenção. Deve ser entendido que várias alternativas às modalidades da invenção descritas no presente documento podem ser empregadas na prática da invenção. Pretende-se que as seguintes reivindicações definam o escopo da invenção e que os métodos e estruturas dentro do escopo dessas reivindicações e seus equivalentes sejam cobertos pelas mesmas.
[0416] Tabela 2. SEQUÊNCIAS
Nome SEQ Sequência
ID NO CDR1 de 1 SIFNT cadeia alfa de RAS TCR- 1 CDR2 de 2 LYKAGEL cadeia alfa de RAS TCR- 1 CDR3 de 3 CAGRNFGNEKLTF cadeia alfa de RAS TCR- 1 CDR1 de 4 DFQATT cadeia beta de RAS TCR- 1 CDR2 de 8 SNEGSKA cadeia beta de RAS TCR- 1 CDR3 de 6 SARDRGLVSLPSVEAFF cadeia
Nome SEQ Sequência
ID NO beta de RAS TCR- 1 domínio 7 ATGCTCCTTGAACATTTATTAATAATCTTGTGGATGCAGCTG variável ACATGGGTCAGTGGTCAACAGCTGAATCAGAGTCCTCAATCT de ATGTTTATCCAGGAAGGAGAAGATGTCTCCATGAACTGCACT cadeia TCTTCAAGCATATTTAACACCTGGCTATGGTACAAGCAGGAC alfa de CCTGGGGAAGGTCCTGTCCTCTTGATAGCCTTATATAAGGCT RAS TCR- GGTGAATTGACCTCAAATGGAAGACTGACTGCTCAGTTTGGT 1 ATAACCAGAAAGGACAGCTTCCTGAATATCTCAGCATCCATA
ATCATACCC 8 ATGCTCCTTGAACATTTATTAATAATCTTGTGGATGCAGCTG
ATCATACCC 9 MLLEHLLIILWMQLTWVSGQQLNQSPQSMFIQEGEDVSMNCT
Nome SEQ Sequência
ID NO domínio 10 ATGCTGCTGCTTCTGCTGCTTCTGGGGCCAGGCTCCGGGCTT variável GGTGCTGTCGTCTCTCAACATCCGAGCAGGGTTATCTGTAAG de AGTGGAACCTCTGTGAAGATCGAGTGCCGTTCCCTGGACTTT cadeia CAGGCCACAACTATGTTTTGGTATCGTCAGTTCCCGAAACAG beta de AGTCTCATGCTGATGGCAACTTCCAATGAGGGCTCCAAGGCC RAS TCR- ACATACGAGCAAGGCGTCGAGAAGGACAAGTTTCTCATCAAC 1 CATGCAAGCCTGACCTTGTCCACTCTGACAGTGACCAGTGCC
CAAGGCACCAGACTCACAGTTGTACTG 11 ATGCTGCTGCTTCTGCTGCTTCTGGGGCCAGGCTCCGGGCTT
CAAGGCACCAGACTCACAGTTGTACTG 12 MLLLLLLLGPGSGLGAVVSQHPSRVICKSGTSVKIECRSLDF
QGTRLTVV cadeia 13 MLLEHLLIILWMQLTWVSGQQLNQSPQSMFIQEGEDVSMNCT alfa de SSSIFNTWLWYKQDPGEGPVLLIALYKAGELTSNGRLTAQFG RAS TCR- ITRKDSFLNISASIPSDVGIYFCAGRNFGNEKLTFGTGTRLT 1 IIPDIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKD
Nome SEQ Sequência
LLKVAGFNLLMTLRLWSS cadeia 14 MLLLLLLLGPGSGLGAVVSQHPSRVICKSGTSVKIECRSLDF beta de QATTMFWYRQFPKQSLMLMATSNEGSKATYEQGVEKDKFLIN RAS TCR- HASLTLSTLTVTSAHPEDSSFYICSARDRGLVSLPSVEAFFG 1 QGTRLTVVLEDLNKVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLA
AVLVSALVLMAMVKRKDF peptídeo 15 KLVVVGACGV RAS TCR- 1/2 CDR1 de 16 VSGNPY cadeia alfa de RAS TCR- 2 CDR2 de 17 YITGDNLV cadeia alfa de RAS TCR- 2 CDR3 de 18 CAVRDQSGANNLFF cadeia alfa de
Nome SEQ Sequência
ID NO RAS TCR- 2 CDR1 de 19 SEHNR cadeia beta de RAS TCR- 2 CDR2 de 20 FQNEAQ cadeia beta de RAS TCR- 2 CR3 de 21 ASYLSGSIYNEQFF cadeia beta de Ras TCR- 2 domínio 22 ATGGCCTCTGCACCCATCTCGATGCTTGCGATGCTCTTCACA variável TTGAGTGGGCTGAGAGCTCAGTCAGTGGCTCAGCCGGAAGAT de CAGGTCAACGTTGCTGAAGGGAATCCTCTGACTGTGAAATGC cadeia ACCTATTCAGTCTCTGGAAACCCTTATCTTTTTTGGTATGTT alfa de CAATACCCCAACCGAGGCCTCCAGTTCCTTCTGAAATACATC RAS TCR- ACAGGGGATAACCTGGTTAAAGGCAGCTATGGCTTTGAAGCT 2 GAATTTAACAAGAGCCAAACCTCCTTCCACCTGAAGAAACCA
Nome SEQ Sequência
ID NO 23 ATGGCTTCTGCGCCTATATCAATGCTTGCCATGCTGTTTACA
ACTAGATTGACTGTTATACCC 24 MASAPISMLAMLFTLSGLRAQSVAQPEDQVNVAEGNPLTVKC
TRLTVIP domínio 25 ATGGGCACCAGCCTCCTCTGCTGGATGGCCCTGTGTCTCCTG variável GGGGCAGATCACGCAGATACTGGAGTCTCCCAGGACCCCAGA de CACAAGATCACAAAGAGGGGACAGAATGTAACTTTCAGGTGT cadeia GATCCAATTTCTGAACACAACCGCCTTTATTGGTACCGACAG beta de ACCCTGGGGCAGGGCCCAGAGTTTCTGACTTACTTCCAGAAT RAS TCR- GAAGCTCAACTAGAAAAATCAAGGCTGCTCAGTGATCGGTTC 2 TCTGCAGAGAGGCCTAAGGGATCTTTCTCCACCTTGGAGATC
CCAGGGACACGGCTCACCGTGCTA 26 ATGGGCACTAGCCTCTTGTGTTGGATGGCACTTTGCCTTCTT
Nome SEQ Sequência
CCGGGCACTCGCCTGACCGTACTA 27 MGTSLLCWMALCLLGADHADTGVSQDPRHKITKRGQNVTFRC
PGTRLTVL cadeia 28 MASAPISMLAMLFTLSGLRAQSVAQPEDQVNVAEGNPLTVKC alfa de TYSVSGNPYLFWYVQYPNRGLQFLLKYITGDNLVKGSYGFEA RAS TCR- EFNKSQTSFHLKKPSALVSDSALYFCAVRDQSGANNLFFGTG 2 TRLTVIPDIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVS
FRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS cadeia 29 MGTSLLCWMALCLLGADHADTGVSQDPRHKITKRGQNVTFRC beta de DPISEHNRLYWYRQTLGQGPEFLTYFQNEAQLEKSRLLSDRF RAS TCR- SAERPKGSFSTLEIQRTEQGDSAMYLCASYLSGSIYNEQFFG 2 PGTRLTVLEDLNKVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLAT
VLVSALVLMAMVKRKDF peptídeo 30 LVVVGACGV RAS TCR-
Nome SEQ Sequência
ID NO 1/2 CDR1 de 31 NSMFDY cadeia alfa de RAS TCR- 3 CDR2 de 32 ISSIKDK cadeia alfa de RAS TCR- 3 CDR3 de 33 AASGGGGADGLT cadeia alfa de RAS TCR- 3 CDR1 de 34 MNHNY cadeia beta de RAS TCR- 3 CDR2 de 35 SVGAGI cadeia beta de RAS TCR- 3 CDR3 de 36 ASSYSTERGTIY
Nome SEQ Sequência
ID NO cadeia beta de RAS TCR- 3 domínio 37 ATGGCCATGCTCCTGGGGGCATCAGTGCTGATTCTGTGGCTT variável CAGCCAGACTGGGTAAACAGTCAACAGAAGAATGATGACCAG de CAAGTTAAGCAAAATTCACCATCCCTGAGCGTCCAGGAAGGA cadeia AGAATTTCTATTCTGAACTGTGACTATACTAACAGCATGTTT alfa de GATTATTTCCTATGGTACAAAAAATACCCTGCTGAAGGTCCT RAS TCR- ACATTCCTGATATCTATAAGTTCCATTAAGGATAAAAATGAA 3 GATGGAAGATTCACTGTCTTCTTAAACAAAAGTGCCAAGCAC
CTCACCTTTGGCAAAGGGACTCATCTAATCATCCAGCCC 38 ATGGCCATGCTGCTGGGCGCCAGCGTGCTGATTTTATGGCTG
CTGACCTTCGGCAAGGGCACCCATTTAATCATCCAGCCC 39 MAMLLGASVLILWLQPDWVNSQQKNDDQQVKQNSPSLSVQEG
Nome SEQ Sequência
ID NO domínio 40 ATGAGGTCTCAGAATGACTTCCTTGAGAGTCCTGTTCCCCTT variável TCATCAATGCACAGATACAGAAGACCCCTCCGTCCTGGAGCA de CCTGCCATGAGCATCAGCCTCCTGTGCTGTGCAGCCTTTCCT cadeia CTCCTGTGGGCAGGTCCAGTGAATGCTGGTGTCACTCAGACC beta de CCAAAATTCCGCATCCTGAAGATAGGACAGAGCATGACACTG RAS TCR- CAGTGTACCCAGGATATGAACCATAACTACATGTACTGGTAT 3 CGACAAGACCCAGGCATGGGGCTGAAGCTGATTTATTATTCA
GAGGGAAGTTGGCTCACTGTTGTA 41 ATGAGGAGCCAGAACGACTTTTTAGAGAGCCCCGTGCCTCTG
GAGGGCAGCTGGCTGACCGTGGTG 42 MRSQNDFLESPVPLSSMHRYRRPLRPGAPAMSISLLCCAAFP
Nome SEQ Sequência
ID NO cadeia 43 MAMLLGASVLILWLQPDWVNSQQKNDDQQVKQNSPSLSVQEG alfa de RISILNCDYTNSMFDYFLWYKKYPAEGPTFLISISSIKDKNE RAS TCR- DGRFTVFLNKSAKHLSLHIVPSQPGDSAVYFCAASGGGGADG 3 LTFGKGTHLIIQPDIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFD
NLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS cadeia 44 MRSQNDFLESPVPLSSMHRYRRPLRPGAPAMSISLLCCAAFP beta de LLWAGPVNAGVTQTPKFRILKIGQSMTLQCTQDMNHNYMYWY RAS TCR- RQDPGMGLKLIYYSVGAGITDKGEVPNGYNVSRSTTEDFPLR 3 LELAAPSQTSVYFCASSYSTERGTIYFGEGSWLTVVEDLNKV
KDF RAS TCR- 45 VVGAVGVGK 3 46 VVVGAVGVGK peptídeo CDR1 de 47 TSINN cadeia alfa de RAS TCR- 4 CDR2 de 48 IRSNERE cadeia alfa de
Nome SEQ Sequência
ID NO RAS TCR- 4 CDR3 de 49 ATDRQSSGDKLT cadeia alfa de RAS TCR- 4 CDR1 de 50 SGHAT cadeia beta de RAS TCR- 4 CDR2 de 51 FQNNGV cadeia beta de RAS TCR- 4 CDR3 de 52 ASSLADIYEQY cadeia beta de RAS TCR- 4 domínio 53 ATGGAAACTCTCCTGGGAGTGTCTTTGGTGATTCTATGGCTT variável CAACTGGCTAGGGTGAACAGTCAACAGGGAGAAGAGGATCCT de CAGGCCTTGAGCATCCAGGAGGGTGAAAATGCCACCATGAAC cadeia TGCAGTTACAAAACTAGTATAAACAATTTACAGTGGTATAGA alfa de CAAAATTCAGGTAGAGGCCTTGTCCACCTAATTTTAATACGT
Nome SEQ Sequência
ID NO RAS TCR- TCAAATGAAAGAGAGAAACACAGTGGAAGATTAAGAGTCACG 4 CTTGACACTTCCAAGAAAAGCAGTTCCTTGTTGATCACGGCT
CGTTTAGCAGTTAGGCCC 54 ATGGAGACTTTACTGGGCGTGTCTTTAGTGATTTTATGGCTG
AGACTGGCCGTGAGACCC 55 METLLGVSLVILWLQLARVNSQQGEEDPQALSIQEGENATMN
RLAVRP domínio 56 ATGGGCACCAGGCTCCTCTGCTGGGCGGCCCTCTGTCTCCTG variável GGAGCAGAACTCACAGAAGCTGGAGTTGCCCAGTCTCCCAGA de TATAAGATTATAGAGAAAAGGCAGAGTGTGGCTTTTTGGTGC cadeia AATCCTATATCTGGCCATGCTACCCTTTACTGGTACCAGCAG beta de ATCCTGGGACAGGGCCCAAAGCTTCTGATTCAGTTTCAGAAT RAS TCR- AACGGTGTAGTGGATGATTCACAGTTGCCTAAGGATCGATTT 4 TCTGCAGAGAGGCTCAAAGGAGTAGACTCCACTCTCAAGATC
Nome SEQ Sequência
ACCAGGCTCACGGTCACA 57 ATGGGCACCAGACTGCTGTGCTGGGCCGCTCTGTGTCTGCTG
ACTCGTCTGACCGTGACC 58 MGTRLLCWAALCLLGAELTEAGVAQSPRYKIIEKRQSVAFWC
TRLTVT cadeia 59 METLLGVSLVILWLQLARVNSQQGEEDPQALSIQEGENATMN alfa de CSYKTSINNLQWYRQNSGRGLVHLILIRSNEREKHSGRLRVT RAS TCR- LDTSKKSSSLLITASRAADTASYFCATDRQSSGDKLTFGTGT 4 RLAVRPDIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQ
RILLLKVAGFNLLMTLRLWSS cadeia 60 MGTRLLCWAALCLLGAELTEAGVAQSPRYKIIEKRQSVAFWC beta de NPISGHATLYWYQQILGQGPKLLIQFQNNGVVDDSQLPKDRF RAS TCR- SAERLKGVDSTLKIQPAKLEDSAVYLCASSLADIYEQYFGPG 4 TRLTVTEDLNKVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGF
Nome SEQ Sequência
VSALVLMAMVKRKDF peptídeo 61 VVGAVGVGK RAS TCR- 62 VVVGAVGVGK 4 CDR1 de 63 TSGFNG cadeia alfa de RAS TCR- 5 CDR2 de 64 NVLDGL cadeia alfa de RAS TCR- 5 CDR3 de 65 CAPGDNFNKFYF cadeia alfa de RAS TCR- 5 CDR1 de 66 SGHRS cadeia beta de RAS TCR- 5 CDR2 de 67 YFSETQ
Nome SEQ Sequência
ID NO cadeia beta de RAS TCR- 5 CDR3 de 68 CASSARNDEAFF cadeia beta de RAS TCR- 5 domínio 69 ATGTGGGGAGTTTTCCTTCTTTATGTTTCCATGAAGATGGGA variável GGCACTACAGGACAAAACATTGACCAGCCCACTGAGATGACA de GCTACGGAAGGTGCCATTGTCCAGATCAACTGCACGTACCAG cadeia ACATCTGGGTTCAACGGGCTGTTCTGGTACCAGCAACATGCT alfa de GGCGAAGCACCCACATTTCTGTCTTACAATGTTCTGGATGGT RAS TCR- TTGGAGGAGAAAGGTCGTTTTTCTTCATTCCTTAGTCGGTCT 5 AAAGGGTACAGTTACCTCCTTTTGAAGGAGCTCCAGATGAAA
AAATTTTACTTTGGATCTGGGACCAAACTCAATGTAAAACCA 70 ATGTGGGGCGTGTTTCTGCTGTACGTGTCCATGAAGATGGGC
Nome SEQ Sequência
ID NO 71 MWGVFLLYVSMKMGGTTGQNIDQPTEMTATEGAIVQINCTYQ
KGYSYLLLKELQMKDSASYLCAPGDNFNKFYFGSGTKLNVKP domínio 72 ATGGGCTCCAGGCTGCTCTGTTGGGTGCTGCTTTGTCTCCTG variável GGAGCAGGCCCAGTAAAGGCTGGAGTCACTCAAACTCCAAGA de TATCTGATCAAAACGAGAGGACAGCAAGTGACACTGAGCTGC cadeia TCCCCTATCTCTGGGCATAGGAGTGTATCCTGGTACCAACAG beta de ACCCCAGGACAGGGCCTTCAGTTCCTCTTTGAATACTTCAGT RAS TCR- GAGACACAGAGAAACAAAGGAAACTTCCCTGGTCGATTCTCA 5 GGGCGCCAGTTCTCTAACTCTCGCTCTGAGATGAATGTGAGC
CTCACAGTTGTA 73 ATGGGCAGCCGGCTGCTGTGCTGGGTGCTGCTGTGCCTGCTG
CTGACAGTGGTG 74 MGSRLLCWVLLCLLGAGPVKAGVTQTPRYLIKTRGQQVTLSC
Nome SEQ Sequência
ID NO cadeia 75 MWGVFLLYVSMKMGGTTGQNIDQPTEMTATEGAIVQINCTYQ alfa de TSGFNGLFWYQQHAGEAPTFLSYNVLDGLEEKGRFSSFLSRS RAS TCR- KGYSYLLLKELQMKDSASYLCAPGDNFNKFYFGSGTKLNVKP 5 DIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDV
VAGFNLLMTLRLWSS cadeia 76 MGSRLLCWVLLCLLGAGPVKAGVTQTPRYLIKTRGQQVTLSC beta de SPISGHRSVSWYQQTPGQGLQFLFEYFSETQRNKGNFPGRFS RAS TCR- GRQFSNSRSEMNVSTLELGDSALYLCASSARNDEAFFGQGTR 5 LTVVEDLNKVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFFP
ALVLMAMVKRKDF peptídeo 77 VVGAVGVGK RAS TCR- 78 VVVGAVGVGK 5 CDR1 de 79 DRGSQS cadeia alfa de RAS TCR- 6 CDR2 de 80 IYSNGD cadeia alfa de RAS TCR-
Nome SEQ Sequência
ID NO 6 CDR3 de 81 CAVKSRAGSYQLTF cadeia alfa de RAS TCR- 6 CDR1 de 82 SGHNS cadeia beta de RAS TCR- 6 CDR2 de 83 FNNNVP cadeia beta de RAS TCR- 6 CDR3 de 84 CASSLGDSEQYF cadeia beta de RAS TCR- 6 domínio 85 ATGAAATCCTTGAGAGTTTTACTAGTGATCCTGTGGCTTCAG variável TTGAGCTGGGTTTGGAGCCAACAGAAGGAGGTGGAGCAGAAT de TCTGGACCCCTCAGTGTTCCAGAGGGAGCCATTGCCTCTCTC cadeia AACTGCACTTACAGTGACCGAGGTTCCCAGTCCTTCTTCTGG alfa de TACAGACAATATTCTGGGAAAAGCCCTGAGTTGATAATGTTC RAS TCR- ATATACTCCAATGGTGACAAAGAAGATGGAAGGTTTACAGCA
Nome SEQ Sequência
ID NO 6 CAGCTCAATAAAGCCAGCCAGTATGTTTCTCTGCTCATCAGA
ACCAAACTCTCGGTCATACCA 86 ATGAAGAGCCTGCGGGTGCTGCTGGTCATCCTGTGGCTGCAG
ACAAAGCTGAGCGTGATCCCA 87 MKSLRVLLVILWLQLSWVWSQQKEVEQNSGPLSVPEGAIASL
TKLSVIP domínio 88 ATGGACTCCTGGACCTTCTGCTGTGTGTCCCTTTGCATCCTG variável GTAGCGAAGCATACAGATGCTGGAGTTATCCAGTCACCCCGC de CATGAGGTGACAGAGATGGGACAAGAAGTGACTCTGAGATGT cadeia AAACCAATTTCAGGCCACAACTCCCTTTTCTGGTACAGACAG beta de ACCATGATGCGGGGACTGGAGTTGCTCATTTACTTTAACAAC RAS TCR- AACGTTCCGATAGATGATTCAGGGATGCCCGAGGATCGATTC 6 TCAGCTAAGATGCCTAATGCATCATTCTCCACTCTGAAGATC
Nome SEQ Sequência
ID NO 89 ATGGACAGCTGGACCTTCTGCTGCGTGAGCCTGTGCATCCTG
CGGCTGACCGTGACA 90 MDSWTFCCVSLCILVAKHTDAGVIQSPRHEVTEMGQEVTLRC
RLTVT cadeia 91 MKSLRVLLVILWLQLSWVWSQQKEVEQNSGPLSVPEGAIASL alfa de NCTYSDRGSQSFFWYRQYSGKSPELIMFIYSNGDKEDGRFTA RAS TCR- QLNKASQYVSLLIRDSQPSDSATYLCAVKSRAGSYQLTFGKG 6 TKLSVIPDIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVS
FRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS cadeia 92 MDSWTFCCVSLCILVAKHTDAGVIQSPRHEVTEMGQEVTLRC beta de KPISGHNSLFWYRQTMMRGLELLIYFNNNVPIDDSGMPEDRF RAS TCR- SAKMPNASFSTLKIQPSEPRDSAVYFCASSLGDSEQYFGPGT 6 RLTVTEDLNKVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFF
Nome SEQ Sequência
SALVLMAMVKRKDF peptídeo 93 VVGAVGVGK RAS TCR- 94 VVVGAVGVGK 6 CDR1 de 95 SSYSPS cadeia alfa de RAS TCR- 7 CDR2 de 96 YTSAATLV cadeia alfa de RAS TCR- 7 CDR3 de 97 CVVSGGGSSNTGKLIF cadeia alfa de RAS TCR- 7 CDR1 de 98 SGHAT cadeia beta de RAS TCR- 7 CDR2 de 99 FQNNGV cadeia beta de
Nome SEQ Sequência
ID NO RAS TCR- 7 CDR3 de 100 CASSQRSNTGELFF cadeia beta de RAS TCR- 7 domínio 101 ATGCTCCTGCTGCTCGTCCCAGTGCTCGAGGTGATTTTTACT variável CTGGGAGGAACCAGAGCCCAGTCGGTGACCCAGCTTGACAGC de CACGTCTCTGTCTCTGAAGGAACCCCGGTGCTGCTGAGGTGC cadeia AACTACTCATCTTCTTATTCACCATCTCTCTTCTGGTATGTG alfa de CAACACCCCAACAAAGGACTCCAGCTTCTCCTGAAGTACACA RAS TCR- TCAGCGGCCACCCTGGTTAAAGGCATCAACGGTTTTGAGGCT 7 GAATTTAAGAAGAGTGAAACCTCCTTCCACCTGACGAAACCC
CAAGGGACAACTTTACAAGTAAAACCA 102 ATGCTGCTGCTGCTGGTGCCCGTGCTGGAAGTGATCTTCACC
Nome SEQ Sequência
ID NO 103 MLLLLVPVLEVIFTLGGTRAQSVTQLDSHVSVSEGTPVLLRC
QGTTLQVKP domínio 104 ATGGGCACCAGGCTCCTCTGCTGGGCGGCCCTCTGTCTCCTG variável GGAGCAGAACTCACAGAAGCTGGAGTTGCCCAGTCTCCCAGA de TATAAGATTATAGAGAAAAGGCAGAGTGTGGCTTTTTGGTGC cadeia AATCCTATATCTGGCCATGCTACCCTTTACTGGTACCAGCAG beta de ATCCTGGGACAGGGCCCAAAGCTTCTGATTCAGTTTCAGAAT RAS TCR- AACGGTGTAGTGGATGATTCACAGTTGCCTAAGGATCGATTT 7 TCTGCAGAGAGGCTCAAAGGAGTAGACTCCACTCTCAAGATC
GGCTCTAGGCTGACCGTACTG 105 ATGGGCACCCGGCTGCTGTGCTGGGCCGCCCTGTGCCTGCTG
GGCTCTAGGCTGACCGTGCTG 106 MGTRLLCWAALCLLGAELTEAGVAQSPRYKIIEKRQSVAFWC
Nome SEQ Sequência
ID NO cadeia 107 MLLLLVPVLEVIFTLGGTRAQSVTQLDSHVSVSEGTPVLLRC alfa de NYSSSYSPSLFWYVQHPNKGLQLLLKYTSAATLVKGINGFEA RAS TCR- EFKKSETSFHLTKPSAHMSDAAEYFCVVSGGGSSNTGKLIFG 7 QGTTLQVKPDIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTN
IGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS cadeia 108 MGTRLLCWAALCLLGAELTEAGVAQSPRYKIIEKRQSVAFWC beta de NPISGHATLYWYQQILGQGPKLLIQFQNNGVVDDSQLPKDRF RAS TCR- SAERLKGVDSTLKIQPAKLEDSAVYLCASSQRSNTGELFFGE 7 GSRLTVLEDLNKVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATG
LVSALVLMAMVKRKDF peptídeo 109 VVGACGVGK RAS TCR- 110 VVVGACGVGK 7 CDR1 de 111 TSINN cadeia alfa de RAS TCR- 8 CDR2 de 112 IRSNERE cadeia alfa de RAS TCR-
Nome SEQ Sequência
ID NO 8 CDR3 de 113 CATDAGGGADGLTF cadeia alfa de RAS TCR- 8 CDR1 de 114 SGDLS cadeia beta de RAS TCR- 8 CDR2 de 115 YYNGEE cadeia beta de RAS TCR- 8 CDR3 de 116 CASGGRDSTDTQYF cadeia beta de RAS TCR- 8 domínio 117 ATGGAAACTCTCCTGGGAGTGTCTTTGGTGATTCTATGGCTT variável CAACTGGCTAGGGTGAACAGTCAACAGGGAGAAGAGGATCCT de CAGGCCTTGAGCATCCAGGAGGGTGAAAATGCCACCATGAAC cadeia TGCAGTTACAAAACTAGTATAAACAATTTACAGTGGTATAGA alfa de CAAAATTCAGGTAGAGGCCTTGTCCACCTAATTTTAATACGT RAS TCR- TCAAATGAAAGAGAGAAACACAGTGGAAGATTAAGAGTCACG
Nome SEQ Sequência
ID NO 8 CTTGACACTTCCAAGAAAAGCAGTTCCTTGTTGATCACGGCT
CATCTAATCATCCAGCCC 118 ATGGAGACACTGCTGGGCGTGTCCCTGGTCATCCTGTGGCTG
CACCTGATTATCCAGCCA 119 METLLGVSLVILWLQLARVNSQQGEEDPQALSIQEGENATMN
HLIIQP domínio 120 ATGGGCTTCAGGCTCCTCTGCTGTGTGGCCTTTTGTCTCCTG variável GGAGCAGGCCCAGTGGATTCTGGAGTCACACAAACCCCAAAG de CACCTGATCACAGCAACTGGACAGCGAGTGACGCTGAGATGC cadeia TCCCCTAGGTCTGGAGACCTCTCTGTGTACTGGTACCAACAG beta de AGCCTGGACCAGGGCCTCCAGTTCCTCATTCAGTATTATAAT RAS TCR- GGAGAAGAGAGAGCAAAAGGAAACATTCTTGAACGATTCTCC 8 GCACAACAGTTCCCTGACTTGCACTCTGAACTAAACCTGAGC
Nome SEQ Sequência
ID NO 121 ATGGGCTTTCGGCTGCTGTGCTGCGTGGCTTTTTGCCTGCTG
ACCAGACTGACAGTGCTG 122 MGFRLLCCVAFCLLGAGPVDSGVTQTPKHLITATGQRVTLRC
TRLTVL cadeia 123 METLLGVSLVILWLQLARVNSQQGEEDPQALSIQEGENATMN alfa de CSYKTSINNLQWYRQNSGRGLVHLILIRSNEREKHSGRLRVT RAS TCR- LDTSKKSSSLLITASRAADTASYFCATDAGGGADGLTFGKGT 8 HLIIQPDIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQ
RILLLKVAGFNLLMTLRLWSS cadeia 124 MGFRLLCCVAFCLLGAGPVDSGVTQTPKHLITATGQRVTLRC beta de SPRSGDLSVYWYQQSLDQGLQFLIQYYNGEERAKGNILERFS RAS TCR- AQQFPDLHSELNLSSLELGDSALYFCASGGRDSTDTQYFGPG 8 TRLTVLEDLNKVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGF
Nome SEQ Sequência
VSALVLMAMVKRKDF peptídeo 125 VVGAVGVGK RAS TCR- 126 VVVGAVGVGK 8 peptídeo 219 KLVVVGADGV Ras TCR- 1/2 peptídeo 220 LVVVGADGV Ras TCR- 1/2 peptídeo 221 KLVVVGAVGV Ras TCR- 1/2 peptídeo 222 LVVVGAVGV Ras TCR- 1/2 CDR1 de 239 SVFSS cadeia alfa de RAS TCR- 10 CDR2 de 240 VVTGGEV cadeia alfa de RAS TCR- 10 CDR3 de 241 AGGPNTGNQFY
Nome SEQ Sequência
ID NO cadeia alfa de RAS TCR- 10 CDR1 de 242 SGHNT cadeia beta de RAS TCR- 10 CDR2 de 243 YYREEE cadeia beta de RAS TCR- 10 CDR3 de 244 ASSTSFWEVNTEAF cadeia beta de RAS TCR- 10 Domínios 245 ATGGTCCTGAAATTCTCCGTGTCCATTCTTTGGATTCAGTTG variávei GCATGGGTGAGCACCCAGCTGCTGGAGCAGAGCCCTCAGTTT s de CTAAGCATCCAAGAGGGAGAAAATCTCACTGTGTACTGCAAC cadeia TCCTCAAGTGTTTTTTCCAGCTTACAATGGTACAGACAGGAG alfa de CCTGGGGAAGGTCCTGTCCTCCTGGTGACAGTAGTTACGGGT RAS TCR- GGAGAAGTGAAGAAGCTGAAGAGACTAACCTTTCAGTTTGGT 10 GATGCAAGAAAGGACAGTTCTCTCCACATCACTGCGGCCCAG
Nome SEQ Sequência
GTCATTCCAAAT 246 ATGGTGCTGAAGTTTTCCGTGTCTATCCTGTGGATTCAGCTG
GTGATCCCTAAT 247 MVLKFSVSILWIQLAWVSTQLLEQSPQFLSIQEGENLTVYCN
VIPN domínio 248 ATGGGCCCTGGGCTCCTCTGCTGGGTGCTGCTTTGTCTCCTG variável GGAGCAGGCTCAGTGGAGACTGGAGTCACCCAAAGTCCCACA de CACCTGATCAAAACGAGAGGACAGCAAGTGACTCTGAGATGC cadeia TCTTCTCAGTCTGGGCACAACACTGTGTCCTGGTACCAACAG beta de GCCCTGGGTCAGGGGCCCCAGTTTATCTTTCAGTATTATAGG RAS TCR- GAGGAAGAGAATGGCAGAGGAAACTTCCCTCCTAGATTCTCA 10 GGTCTCCAGTTCCCTAATTATAGCTCTGAGCTGAATGTGAAC
CAAGGCACCAGACTCACAGTTGTA 249 ATGGGACCAGGACTGCTGTGCTGGGTGCTGCTGTGCCTGCTG
Nome SEQ Sequência
CAGGGCACCCGCCTGACAGTGGTG 250 MGPGLLCWVLLCLLGAGSVETGVTQSPTHLIKTRGQQVTLRC
QGTRLTVV cadeia 251 MVLKFSVSILWIQLAWVSTQLLEQSPQFLSIQEGENLTVYCN alfa de SSSVFSSLQWYRQEPGEGPVLLVTVVTGGEVKKLKRLTFQFG RAS TCR- DARKDSSLHITAAQPGDTGLYLCAGGPNTGNQFYFGTGTSLT 10 VIPNDIQNPEPAVYQLKDPRSQDSTLCLFTDFDSQINVPKTM
VAGFNLLMTLRLWSS cadeia 252 MGPGLLCWVLLCLLGAGSVETGVTQSPTHLIKTRGQQVTLRC beta de SSQSGHNTVSWYQQALGQGPQFIFQYYREEENGRGNFPPRFS RAS TCR- GLQFPNYSSELNVNALELDDSALYLCASSTSFWEVNTEAFFG 10 QGTRLTVVKDLRNVTPPKVSLFEPSKAEIANKQKATLVCLAR
Nome SEQ Sequência
ID NO Peptídeo 253 VVGACGVGK TCR 254 VVVGACGVGK CDR1 de 255 TSGFNG cadeia alfa de RAS TCR- 11 CDR2 de 256 NVLDGL cadeia alfa de RAS TCR- 11 CDR3 de 257 AVREEVLYNQGGKLI cadeia alfa de RAS TCR- 11 CDR1 de 258 LNHDA cadeia beta de RAS TCR- 11 CDR2 de 259 SQIVND cadeia beta de RAS TCR- 11
Nome SEQ Sequência
ID NO CDR3 de 260 ASSKRGWPYEQY cadeia beta de RAS TCR- 11 domínio 261 ATGTGGGGAGTTTTCCTTCTTTATGTTTCCATGAAGATGGGA variável GGCACTACAGGACAAAACATTGACCAGCCCACTGAGATGACA de GCTACGGAAGGTGCCATTGTCCAGATCAACTGCACGTACCAG cadeia ACATCTGGGTTCAACGGGCTGTTCTGGTACCAGCAACATGCT alfa de GGCGAAGCACCCACATTTCTGTCTTACAATGTTCTGGATGGT RAS TCR- TTGGAGGAGAAAGGTCGTTTTTCTTCATTCCTTAGTCGGTCT 11 AAAGGGTACAGTTACCTCCTTTTGAAGGAGCTCCAGATGAAA
TTATCTGTGAAACCC 262 ATGTGGGGCGTGTTTCTGCTGTACGTGAGCATGAAGATGGGC
CTGAGCGTGAAGCCT 263 MWGVFLLYVSMKMGGTTGQNIDQPTEMTATEGAIVQINCTYQ
Nome SEQ Sequência
LSVKP domínio 264 ATGAGCAACCAGGTGCTCTGCTGTGTGGTCCTTTGTCTCCTG variável GGAGCAAACACCGTGGATGGTGGAATCACTCAGTCCCCGAAG de TACCTGTTCAGAAAGGAAGGACAGAATGTGACCCTGAGTTGT cadeia GAACAGAATTTGAACCACGATGCCATGTACTGGTACCGACAG beta de GACCCAGGGCAAGGGCTGAGATTGATCTACTACTCACAGATA RAS TCR- GTAAATGACTTTCAGAAAGGAGATATAGCTGAAGGGTACAGC 11 GTCTCTCGGGAGAAGAAGGAATCCTTTCCTCTCACTGTGACA
ACCAGGCTCACGGTCACA 265 ATGTCCAACCAGGTGCTGTGCTGCGTGGTGCTGTGCCTGCTG
ACCAGGCTGACCGTGACA 266 MSNQVLCCVVLCLLGANTVDGGITQSPKYLFRKEGQNVTLSC
TRLTVT cadeia 267 MWGVFLLYVSMKMGGTTGQNIDQPTEMTATEGAIVQINCTYQ alfa de TSGFNGLFWYQQHAGEAPTFLSYNVLDGLEEKGRFSSFLSRS
Nome SEQ Sequência
ID NO RAS TCR- KGYSYLLLKELQMKDSASYLCAVREEVLYNQGGKLIFGQGTE 11 LSVKPDIQNPEPAVYQLKDPRSQDSTLCLFTDFDSQINVPKT
KVAGFNLLMTLRLWSS cadeia 268 MSNQVLCCVVLCLLGANTVDGGITQSPKYLFRKEGQNVTLSC beta de EQNLNHDAMYWYRQDPGQGLRLIYYSQIVNDFQKGDIAEGYS RAS TCR- VSREKKESFPLTVTSAQKNPTAFYLCASSKRGWPYEQYFGPG 11 TRLTVTKDLRNVTPPKVSLFEPSKAEIANKQKATLVCLARGF
VLMAMVKKKNS Peptídeo 269 VVGACGVGK TCR 270 VVVGACGVGK CDR1 de 271 TSINN cadeia alfa de RAS TCR- 12 CDR2 de 272 IRSNERE cadeia alfa de RAS TCR- 12 CDR3 de 273 ATDRQSSGDKLT cadeia
Nome SEQ Sequência
ID NO alfa de RAS TCR- 12 CDR1 de 274 SGHAT cadeia beta de RAS TCR- 12 CDR2 de 275 FQNNGV cadeia beta de RAS TCR- 12 CDR3 de 276 ASSLADIYEQY cadeia beta de RAS TCR- 12 domínio 277 ATGGAAACTCTCCTGGGAGTGTCTTTGGTGATTCTATGGCTT variável CAACTGGCTAGGGTGAACAGTCAACAGGGAGAAGAGGATCCT de CAGGCCTTGAGCATCCAGGAGGGTGAAAATGCCACCATGAAC cadeia TGCAGTTACAAAACTAGTATAAACAATTTACAGTGGTATAGA alfa de CAAAATTCAGGTAGAGGCCTTGTCCACCTAATTTTAATACGT RAS TCR- TCAAATGAAAGAGAGAAACACAGTGGAAGATTAAGAGTCACG 12 CTTGACACTTCCAAGAAAAGCAGTTCCTTGTTGATCACGGCT
Nome SEQ Sequência
CGTTTAGCAGTTAGGCCC 278 ATGGAGACCCTGCTGGGCGTGTCCCTGGTCATCCTGTGGCTG
AGGCTGGCCGTGCGCCCC 279 METLLGVSLVILWLQLARVNSQQGEEDPQALSIQEGENATMN
RLAVRP domínio 280 ATGGGCACCAGGCTCCTCTGCTGGGCGGCCCTCTGTCTCCTG variável GGAGCAGAACTCACAGAAGCTGGAGTTGCCCAGTCTCCCAGA de TATAAGATTATAGAGAAAAGGCAGAGTGTGGCTTTTTGGTGC cadeia AATCCTATATCTGGCCATGCTACCCTTTACTGGTACCAGCAG beta de ATCCTGGGACAGGGCCCAAAGCTTCTGATTCAGTTTCAGAAT RAS TCR- AACGGTGTAGTGGATGATTCACAGTTGCCTAAGGATCGATTT 12 TCTGCAGAGAGGCTCAAAGGAGTAGACTCCACTCTCAAGATC
ACCAGGCTCACGGTCACA 281 ATGGGAACAAGGCTGCTGTGCTGGGCCGCCCTGTGCCTGCTG
Nome SEQ Sequência
ACAAGGCTGACCGTGACA 282 MGTRLLCWAALCLLGAELTEAGVAQSPRYKIIEKRQSVAFWC
TRLTVT cadeia 283 METLLGVSLVILWLQLARVNSQQGEEDPQALSIQEGENATMN alfa de CSYKTSINNLQWYRQNSGRGLVHLILIRSNEREKHSGRLRVT RAS TCR- LDTSKKSSSLLITASRAADTASYFCATDRQSSGDKLTFGTGT 12 RLAVRPDIQNPEPAVYQLKDPRSQDSTLCLFTDFDSQINVPK
LKVAGFNLLMTLRLWSS cadeia 284 MGTRLLCWAALCLLGAELTEAGVAQSPRYKIIEKRQSVAFWC beta de NPISGHATLYWYQQILGQGPKLLIQFQNNGVVDDSQLPKDRF RAS TCR- SAERLKGVDSTLKIQPAKLEDSAVYLCASSLADIYEQYFGPG 12 TRLTVTKDLRNVTPPKVSLFEPSKAEIANKQKATLVCLARGF
Nome SEQ Sequência
ID NO Peptídeo 285 VVGACGVGK TCR 286 VVVGACGVGK CDR1 de 287 TSESDYY cadeia alfa de RAS TCR- 13 CDR2 de 288 QEAYKQQN cadeia alfa de RAS TCR- 13 CDR3 de 289 ALYIYGGSQGNLI cadeia alfa de RAS TCR- 13 CDR1 de 290 SEHNR cadeia beta de RAS TCR- 13 CDR2 de 291 FQNEAQ cadeia beta de RAS TCR- 13
Nome SEQ Sequência
ID NO CDR3 de 292 ASSSTDRIEAF cadeia beta de RAS TCR- 13 domínio 293 ATGGCATGCCCTGGCTTCCTGTGGGCACTTGTGATCTCCACC variável TGTCTTGAATTTAGCATGGCTCAGACAGTCACTCAGTCTCAA de CCAGAGATGTCTGTGCAGGAGGCAGAGACCGTGACCCTGAGC cadeia TGCACATATGACACCAGTGAGAGTGATTATTATTTATTCTGG alfa de TACAAGCAGCCTCCCAGCAGGCAGATGATTCTCGTTATTCGC RAS TCR- CAAGAAGCTTATAAGCAACAGAATGCAACAGAGAATCGTTTC 13 TCTGTGAACTTCCAGAAAGCAGCCAAATCCTTCAGTCTCAAG
GGAAAAGGCACTAAACTCTCTGTTAAACCA 294 ATGGCATGCCCAGGCTTCCTGTGGGCACTGGTCATCAGCACA
GGCAAGGGCACCAAGCTGAGCGTGAAGCCT 295 MACPGFLWALVISTCLEFSMAQTVTQSQPEMSVQEAETVTLS
Nome SEQ Sequência
GKGTKLSVKP domínio 296 ATGGGCACCAGCCTCCTCTGCTGGATGGCCCTGTGTCTCCTG variável GGGGCAGATCACGCAGATACTGGAGTCTCCCAGGACCCCAGA de CACAAGATCACAAAGAGGGGACAGAATGTAACTTTCAGGTGT cadeia GATCCAATTTCTGAACACAACCGCCTTTATTGGTACCGACAG beta de ACCCTGGGGCAGGGCCCAGAGTTTCTGACTTACTTCCAGAAT RAS TCR- GAAGCTCAACTAGAAAAATCAAGGCTGCTCAGTGATCGGTTC 13 TCTGCAGAGAGGCCTAAGGGATCTTTCTCCACCTTGGAGATC
ACCAGACTCACAGTTGTA 297 ATGGGCACCTCCCTGCTGTGCTGGATGGCACTGTGCCTGCTG
ACCCGCCTGACAGTGGTG 298 MGTSLLCWMALCLLGADHADTGVSQDPRHKITKRGQNVTFRC
TRLTVV cadeia 299 MACPGFLWALVISTCLEFSMAQTVTQSQPEMSVQEAETVTLS alfa de CTYDTSESDYYLFWYKQPPSRQMILVIRQEAYKQQNATENRF
Nome SEQ Sequência
ID NO RAS TCR- SVNFQKAAKSFSLKISDSQLGDAAMYFCALYIYGGSQGNLIF 13 GKGTKLSVKPDIQNPEPAVYQLKDPRSQDSTLCLFTDFDSQI
RILLLKVAGFNLLMTLRLWSS cadeia 300 MGTSLLCWMALCLLGADHADTGVSQDPRHKITKRGQNVTFRC beta de DPISEHNRLYWYRQTLGQGPEFLTYFQNEAQLEKSRLLSDRF RAS TCR- SAERPKGSFSTLEIQRTEQGDSAMYLCASSSTDRIEAFFGQG 13 TRLTVVKDLRNVTPPKVSLFEPSKAEIANKQKATLVCLARGF
VLMAMVKKKNS Peptídeo 301 VVGADGVGK s de TCR 302 VVVGADGVGK CDR1 de 303 VSNAYN cadeia alfa de RAS TCR- 14 CDR2 de 304 GSKP cadeia alfa de RAS TCR- 14 CDR3 de 305 ATYNFNKFY cadeia
Nome SEQ Sequência
ID NO alfa de RAS TCR- 14 CDR1 de 306 SGHTS cadeia beta de RAS TCR- 14 CDR2 de 307 YDEGEE cadeia beta de RAS TCR- 14 CDR3 de 308 ASTTFKTGRAIEKLF cadeia beta de RAS TCR- 14 domínio 309 ATGGCTTTGCAGAGCACTCTGGGGGCGGTGTGGCTAGGGCTT variável CTCCTCAACTCTCTCTGGAAGGTTGCAGAAAGCAAGGACCAA de GTGTTTCAGCCTTCCACAGTGGCATCTTCAGAGGGAGCTGTG cadeia GTGGAAATCTTCTGTAATCACTCTGTGTCCAATGCTTACAAC alfa de TTCTTCTGGTACCTTCACTTCCCGGGATGTGCACCAAGACTC RAS TCR- CTTGTTAAAGGCTCAAAGCCTTCTCAGCAGGGACGATACAAC 14 ATGACCTATGAACGGTTCTCTTCATCGCTGCTCATCCTCCAG
Nome SEQ Sequência
GTAAAACCA 310 ATGGCCCTGCAGTCTACACTGGGAGCCGTGTGGCTGGGACTG
GTGAAGCCT 311 MALQSTLGAVWLGLLLNSLWKVAESKDQVFQPSTVASSEGAV
VKP domínio 312 ATGGGACCCAGGCTCCTCTTCTGGGCACTGCTTTGTCTCCTC variável GGAACAGGCCCAGTGGAGGCTGGAGTCACACAAAGTCCCACA de CACCTGATCAAAACGAGAGGACAGCAAGCGACTCTGAGATGC cadeia TCTCCTATCTCTGGGCACACCAGTGTGTACTGGTACCAACAG beta de GCCCTGGGTCTGGGCCTCCAGTTCCTCCTTTGGTATGACGAG RAS TCR- GGTGAAGAGAGAAACAGAGGAAACTTCCCTCCTAGATTTTCA 14 GGTCGCCAGTTCCCTAATTATAGCTCTGAGCTGAATGTGAAC
GGCAGTGGAACCCAGCTCTCTGTCTTG 313 ATGGGACCAAGGCTGCTGTTCTGGGCACTGCTGTGCCTGCTG
Nome SEQ Sequência
GGCTCTGGCACCCAGCTGAGCGTGCTG 314 MGPRLLFWALLCLLGTGPVEAGVTQSPTHLIKTRGQQATLRC
GSGTQLSVL cadeia 315 MALQSTLGAVWLGLLLNSLWKVAESKDQVFQPSTVASSEGAV alfa de VEIFCNHSVSNAYNFFWYLHFPGCAPRLLVKGSKPSQQGRYN RAS TCR- MTYERFSSSLLILQVREADAAVYYCATYNFNKFYFGSGTKLN 14 VKPDIQNPEPAVYQLKDPRSQDSTLCLFTDFDSQINVPKTME
AGFNLLMTLRLWSS cadeia 316 MGPRLLFWALLCLLGTGPVEAGVTQSPTHLIKTRGQQATLRC beta de SPISGHTSVYWYQQALGLGLQFLLWYDEGEERNRGNFPPRFS RAS TCR- GRQFPNYSSELNVNALELEDSALYLCASTTFKTGRAIEKLFF 14 GSGTQLSVLKDLRNVTPPKVSLFEPSKAEIANKQKATLVCLA
Nome SEQ Sequência
ID NO Peptídeo 317 VVGADGVGK TCR 318 VVVGADGVGK CDR1 de 319 TSGFNG cadeia alfa de RAS TCR- 15 CDR2 de 320 NVLDGL cadeia alfa de RAS TCR- 15 CDR3 de 321 AVRDRGGSYIPT cadeia alfa de RAS TCR- 15 CDR1 de 322 MNHEY cadeia beta de RAS TCR- 15 CDR2 de 323 SMNVEV cadeia beta de RAS TCR- 15
Nome SEQ Sequência
ID NO CDR3 de 324 ASSSRGHSGTEAF cadeia beta de RAS TCR- 15 domínio 325 ATGTGGGGAGTTTTCCTTCTTTATGTTTCCATGAAGATGGGA variável GGCACTACAGGACAAAACATTGACCAGCCCACTGAGATGACA de GCTACGGAAGGTGCCATTGTCCAGATCAACTGCACGTACCAG cadeia ACATCTGGGTTCAACGGGCTGTTCTGGTACCAGCAACATGCT alfa de GGCGAAGCACCCACATTTCTGTCTTACAATGTTCTGGATGGT RAS TCR- TTGGAGGAGAAAGGTCGTTTTTCTTCATTCCTTAGTCGGTCT 15 AAAGGGTACAGTTACCTCCTTTTGAAGGAGCTCCAGATGAAA
CATCCG 326 ATGTGGGGCGTGTTTCTGCTGTACGTGTCTATGAAGATGGGC
CACCCA 327 MWGVFLLYVSMKMGGTTGQNIDQPTEMTATEGAIVQINCTYQ
Nome SEQ Sequência
HP domínio 328 ATGGGCCCCCAGCTCCTTGGCTATGTGGTCCTTTGCCTTCTA variável GGAGCAGGCCCCCTGGAAGCCCAAGTGACCCAGAACCCAAGA de TACCTCATCACAGTGACTGGAAAGAAGTTAACAGTGACTTGT cadeia TCTCAGAATATGAACCATGAGTATATGTCCTGGTATCGACAA beta de GACCCAGGGCTGGGCTTAAGGCAGATCTACTATTCAATGAAT RAS TCR- GTTGAGGTGACTGATAAGGGAGATGTTCCTGAAGGGTACAAA 15 GTCTCTCGAAAAGAGAAGAGGAATTTCCCCCTGATCCTGGAG
GGCACCAGACTCACAGTTGTA 329 ATGGGACCACAGCTGCTGGGATACGTGGTGCTGTGCCTGCTG
GGCACCAGGCTGACAGTGGTG 330 MGPQLLGYVVLCLLGAGPLEAQVTQNPRYLITVTGKKLTVTC
GTRLTVV cadeia 331 MWGVFLLYVSMKMGGTTGQNIDQPTEMTATEGAIVQINCTYQ alfa de TSGFNGLFWYQQHAGEAPTFLSYNVLDGLEEKGRFSSFLSRS
Nome SEQ Sequência
ID NO RAS TCR- KGYSYLLLKELQMKDSASYLCAVRDRGGSYIPTFGRGTSLIV 15 HPDIQNPEPAVYQLKDPRSQDSTLCLFTDFDSQINVPKTMES
GFNLLMTLRLWSS cadeia 332 MGPQLLGYVVLCLLGAGPLEAQVTQNPRYLITVTGKKLTVTC beta de SQNMNHEYMSWYRQDPGLGLRQIYYSMNVEVTDKGDVPEGYK RAS TCR- VSRKEKRNFPLILESPSPNQTSLYFCASSSRGHSGTEAFFGQ 15 GTRLTVVKDLRNVTPPKVSLFEPSKAEIANKQKATLVCLARG
LVLMAMVKKKNS Peptídeo 333 VVGADGVGK s de TCR 334 VVVGADGVGK CDR1 de 335 TSINN cadeia alfa de RAS TCR- 16 CDR2 de 336 IRSNERE cadeia alfa de RAS TCR- 16 CDR3 de 337 AGLYSSASKII cadeia
Nome SEQ Sequência
ID NO alfa de RAS TCR- 16 CDR1 de 338 MNHEY cadeia beta de RAS TCR- 16 CDR2 de 339 SMNVEV cadeia beta de RAS TCR- 16 CDR3 de 340 ASSSRGHSGTEAF cadeia beta de RAS TCR- 16 domínio 341 ATGGAAACTCTCCTGGGAGTGTCTTTGGTGATTCTATGGCTT variável CAACTGGCTAGGGTGAACAGTCAACAGGGAGAAGAGGATCCT de CAGGCCTTGAGCATCCAGGAGGGTGAAAATGCCACCATGAAC cadeia TGCAGTTACAAAACTAGTATAAACAATTTACAGTGGTATAGA alfa de CAAAATTCAGGTAGAGGCCTTGTCCACCTAATTTTAATACGT RAS TCR- TCAAATGAAAGAGAGAAACACAGTGGAAGATTAAGAGTCACG 16 CTTGACACTTCCAAGAAAAGCAGTTCCTTGTTGATCACGGCT
Nome SEQ Sequência
CTCAGCATCCGGCCA 342 ATGGAGACACTGCTGGGCGTGTCCCTGGTCATCCTGTGGCTG
CTGTCCATCAGACCC 343 METLLGVSLVILWLQLARVNSQQGEEDPQALSIQEGENATMN
LSIRP domínio 344 ATGGGCCCCCAGCTCCTTGGCTATGTGGTCCTTTGCCTTCTA variável GGAGCAGGCCCCCTGGAAGCCCAAGTGACCCAGAACCCAAGA de TACCTCATCACAGTGACTGGAAAGAAGTTAACAGTGACTTGT cadeia TCTCAGAATATGAACCATGAGTATATGTCCTGGTATCGACAA beta de GACCCAGGGCTGGGCTTAAGGCAGATCTACTATTCAATGAAT RAS TCR- GTTGAGGTGACTGATAAGGGAGATGTTCCTGAAGGGTACAAA 16 GTCTCTCGAAAAGAGAAGAGGAATTTCCCCCTGATCCTGGAG
GGCACCAGACTCACAGTTGTA 345 ATGGGCCCACAGCTGCTGGGCTACGTGGTGCTGTGCCTGCTG
Nome SEQ Sequência
GGCACCAGGCTGACAGTGGTG 346 MGPQLLGYVVLCLLGAGPLEAQVTQNPRYLITVTGKKLTVTC
GTRLTVV cadeia 347 METLLGVSLVILWLQLARVNSQQGEEDPQALSIQEGENATMN alfa de CSYKTSINNLQWYRQNSGRGLVHLILIRSNEREKHSGRLRVT RAS TCR- LDTSKKSSSLLITASRAADTASYFCAGLYSSASKIIFGSGTR 16 LSIRPDIQNPEPAVYQLKDPRSQDSTLCLFTDFDSQINVPKT
KVAGFNLLMTLRLWSS cadeia 348 MGPQLLGYVVLCLLGAGPLEAQVTQNPRYLITVTGKKLTVTC beta de SQNMNHEYMSWYRQDPGLGLRQIYYSMNVEVTDKGDVPEGYK RAS TCR- VSRKEKRNFPLILESPSPNQTSLYFCASSSRGHSGTEAFFGQ 16 GTRLTVVKDLRNVTPPKVSLFEPSKAEIANKQKATLVCLARG
Nome SEQ Sequência
ID NO Peptídeo 349 VVGADGVGK s de TCR 350 VVVGADGVGK CDR1 de 351 NIATNDY cadeia alfa de RAS TCR- 17 CDR2 de 352 GYKTK cadeia alfa de RAS TCR- 17 CDR3 de 353 LANTGGFKTI cadeia alfa de RAS TCR- 17 CDR1 de 354 SGHVS cadeia beta de RAS TCR- 17 CDR2 de 355 FQNEAQ cadeia beta de RAS TCR- 17
Nome SEQ Sequência
ID NO CDR3 de 356 ATYKVGDEQF cadeia beta de RAS TCR- 17 RAS TCR- 357 ATGAGGCAAGTGGCGAGAGTGATCGTGTTCCTGACCCTGAGT 17 ACTTTGAGCCTTGCTAAGACCACCCAGCCCATCTCCATGGAC cadeia TCATATGAAGGACAAGAAGTGAACATAACCTGTAGCCACAAC alfa AACATTGCTACAAATGATTATATCACGTGGTACCAACAGTTT domínios CCCAGCCAAGGACCACGATTTATTATTCAAGGATACAAGACA variávei AAAGTTACAAACGAAGTGGCCTCCCTGTTTATCCCTGCCGAC s AGAAAGTCCAGCACTCTGAGCCTGCCCCGGGTTTCCCTGAGC
AAAACTATCTTTGGAGCAGGAACAAGACTATTTGTTAAAGCA 358 ATGAGGCAGGTGGCACGCGTGATCGTGTTTCTGACCCTGAGC
AAGACAATCTTTGGCGCCGGCACCAGACTGTTTGTGAAGGCC 359 MRQVARVIVFLTLSTLSLAKTTQPISMDSYEGQEVNITCSHN
RKSSTLSLPRVSLSDTAVYYCLANTGGFKTIFGAGTRLFVKA domínios 360 ATGGGCACCAGGCTCCTCTGCTGGGTGGTCCTGGGTTTCCTA
Nome SEQ Sequência
ID NO variávei GGGACAGATCACACAGGTGCTGGAGTCTCCCAGTCCCCTAGG s de TACAAAGTCGCAAAGAGAGGACAGGATGTAGCTCTCAGGTGT cadeia GATCCAATTTCGGGTCATGTATCCCTTTTTTGGTACCAACAG beta de GCCCTGGGGCAGGGGCCAGAGTTTCTGACTTATTTCCAGAAT RAS TCR- GAAGCTCAACTAGACAAATCGGGGCTGCCCAGTGATCGCTTC 17 TTTGCAGAAAGGCCTGAGGGATCCGTCTCCACTCTGAAGATC
CGGCTCACCGTGCTA 361 ATGGGAACCAGGCTGCTGTGCTGGGTGGTGCTGGGCTTCCTG
CGGCTGACAGTGCTG 362 MGTRLLCWVVLGFLGTDHTGAGVSQSPRYKVAKRGQDVALRC
RLTVL cadeia 363 MRQVARVIVFLTLSTLSLAKTTQPISMDSYEGQEVNITCSHN alfa de NIATNDYITWYQQFPSQGPRFIIQGYKTKVTNEVASLFIPAD RAS TCR- RKSSTLSLPRVSLSDTAVYYCLANTGGFKTIFGAGTRLFVKA 17 DIQNPEPAVYQLKDPRSQDSTLCLFTDFDSQINVPKTMESGT
Nome SEQ Sequência
NLLMTLRLWSS cadeia 364 MGTRLLCWVVLGFLGTDHTGAGVSQSPRYKVAKRGQDVALRC beta de DPISGHVSLFWYQQALGQGPEFLTYFQNEAQLDKSGLPSDRF RAS TCR- FAERPEGSVSTLKIQRTQQEDSAVYLCATYKVGDEQFFGPGT 17 RLTVLKDLRNVTPPKVSLFEPSKAEIANKQKATLVCLARGFF
LMAMVKKKNS Peptídeo 365 VVGADGVGK s de TCR 366 VVVGADGVGK CDR1 de 367 DSASNY cadeia alfa de RAS TCR- 18 CDR2 de 368 IRSNVGE cadeia alfa de RAS TCR- 18 CDR3 de 369 AETGFQKLV cadeia alfa de RAS TCR- 18
Nome SEQ Sequência
ID NO CDR1 de 370 MDHEN cadeia beta de RAS TCR- 18 CDR2 de 371 SYDVKM cadeia beta de RAS TCR- 18 CDR3 de 372 ASSDWLAGAKDEQY cadeia beta de RAS TCR- 18 RAS TCR- 373 ATGACATCCATTCGAGCTGTATTTATATTCCTGTGGCTGCAG 18 CTGGACTTGGTGAATGGAGAGAATGTGGAGCAGCATCCTTCA cadeia ACCCTGAGTGTCCAGGAGGGAGACAGCGCTGTTATCAAGTGT alfa ACTTATTCAGACAGTGCCTCAAACTACTTCCCTTGGTATAAG domínios CAAGAACTTGGAAAAAGACCTCAGCTTATTATAGACATTCGT variávei TCAAATGTGGGCGAAAAGAAAGACCAACGAATTGCTGTTACA s TTGAACAAGACAGCCAAACATTTCTCCCTGCACATCACAGAG
GTCAGTCCA 374 ATGACATCTATCCGCGCCGTGTTCATCTTTCTGTGGCTGCAG
Nome SEQ Sequência
GTGTCCCCT 375 MTSIRAVFIFLWLQLDLVNGENVEQHPSTLSVQEGDSAVIKC
VSP domínios 376 ATGGGAATCAGGCTCCTCTGTCGTGTGGCCTTTTGTTTCCTG variávei GCTGTAGGCCTCGTAGATGTGAAAGTAACCCAGAGCTCGAGA s de TATCTAGTCAAAAGGACGGGAGAGAAAGTTTTTCTGGAATGT cadeia GTCCAGGATATGGACCATGAAAATATGTTCTGGTATCGACAA beta de GACCCAGGTCTGGGGCTACGGCTGATCTATTTCTCATATGAT RAS TCR- GTTAAAATGAAAGAAAAAGGAGATATTCCTGAGGGGTACAGT 18 GTCTCTAGAGAGAAGAAGGAGCGCTTCTCCCTGATTCTGGAG
CCGGGCACCAGGCTCACGGTCACA 377 ATGGGCATCCGGCTGCTGTGCAGAGTGGCCTTCTGTTTTCTG
Nome SEQ Sequência
CCAGGCACCAGGCTGACCGTGACA 378 MGIRLLCRVAFCFLAVGLVDVKVTQSSRYLVKRTGEKVFLEC
PGTRLTVT cadeia 379 MTSIRAVFIFLWLQLDLVNGENVEQHPSTLSVQEGDSAVIKC alfa de TYSDSASNYFPWYKQELGKRPQLIIDIRSNVGEKKDQRIAVT RAS TCR- LNKTAKHFSLHITETQPEDSAVYFCAETGFQKLVFGTGTRLL 18 VSPDIQNPEPAVYQLKDPRSQDSTLCLFTDFDSQINVPKTME
AGFNLLMTLRLWSS cadeia 380 MGIRLLCRVAFCFLAVGLVDVKVTQSSRYLVKRTGEKVFLEC beta de VQDMDHENMFWYRQDPGLGLRLIYFSYDVKMKEKGDIPEGYS RAS TCR- VSREKKERFSLILESASTNQTSMYLCASSDWLAGAKDEQYFG 18 PGTRLTVTKDLRNVTPPKVSLFEPSKAEIANKQKATLVCLAR
GLVLMAMVKKKNS peptídeo 381 VVGADGVGK s de TCR 382 VVVGADGVGK CDR1 de 383 TSINN cadeia
Nome SEQ Sequência
ID NO alfa de RAS TCR- 19 CDR2 de 384 IRSNERE cadeia alfa de RAS TCR- 19 CDR3 de 385 ATDPLDYKLS cadeia alfa de RAS TCR- 19 CDR1 de 386 MNHEY cadeia beta de RAS TCR- 19 CDR2 de 387 SMNVEV cadeia beta de RAS TCR- 19 CDR3 de 388 ASSLVASNEQF cadeia beta de RAS TCR-
Nome SEQ Sequência
ID NO 19 RAS TCR- 389 ATGGAAACTCTCCTGGGAGTGTCTTTGGTGATTCTATGGCTT 19 CAACTGGCTAGGGTGAACAGTCAACAGGGAGAAGAGGATCCT cadeia CAGGCCTTGAGCATCCAGGAGGGTGAAAATGCCACCATGAAC alfa TGCAGTTACAAAACTAGTATAAACAATTTACAGTGGTATAGA domínios CAAAATTCAGGTAGAGGCCTTGTCCACCTAATTTTAATACGT variávei TCAAATGAAAGAGAGAAACACAGTGGAAGATTAAGAGTCACG s CTTGACACTTCCAAGAAAAGCAGTTCCTTGTTGATCACGGCT
ACTGTAAGAGCA 390 ATGGAGACCCTGCTGGGCGTGTCTCTGGTCATCCTGTGGCTG
ACCGTGCGCGCC 391 METLLGVSLVILWLQLARVNSQQGEEDPQALSIQEGENATMN
TVRA domínios 392 ATGGGCCCCCAGCTCCTTGGCTATGTGGTCCTTTGCCTTCTA variávei GGAGCAGGCCCCCTGGAAGCCCAAGTGACCCAGAACCCAAGA
Nome SEQ Sequência
ID NO s de TACCTCATCACAGTGACTGGAAAGAAGTTAACAGTGACTTGT cadeia TCTCAGAATATGAACCATGAGTATATGTCCTGGTATCGACAA beta de GACCCAGGGCTGGGCTTAAGGCAGATCTACTATTCAATGAAT RAS TCR- GTTGAGGTGACTGATAAGGGAGATGTTCCTGAAGGGTACAAA 19 GTCTCTCGAAAAGAGAAGAGGAATTTCCCCCTGATCCTGGAG
CGGCTCACCGTGCTA 393 ATGGGCCCACAGCTGCTGGGCTACGTGGTGCTGTGCCTGCTG
CGGCTGACAGTGCTG 394 MGPQLLGYVVLCLLGAGPLEAQVTQNPRYLITVTGKKLTVTC
RLTVL cadeia 395 METLLGVSLVILWLQLARVNSQQGEEDPQALSIQEGENATMN alfa de CSYKTSINNLQWYRQNSGRGLVHLILIRSNEREKHSGRLRVT RAS TCR- LDTSKKSSSLLITASRAADTASYFCATDPLDYKLSFGAGTTV 19 TVRADIQNPEPAVYQLKDPRSQDSTLCLFTDFDSQINVPKTM
Nome SEQ Sequência
VAGFNLLMTLRLWSS cadeia 396 MGPQLLGYVVLCLLGAGPLEAQVTQNPRYLITVTGKKLTVTC beta de SQNMNHEYMSWYRQDPGLGLRQIYYSMNVEVTDKGDVPEGYK RAS TCR- VSRKEKRNFPLILESPSPNQTSLYFCASSLVASNEQFFGPGT 19 RLTVLKDLRNVTPPKVSLFEPSKAEIANKQKATLVCLARGFF
LMAMVKKKNS Peptídeo 397 VVGAVGVGK s de TCR 398 VVVGAVGVGK CDR1 de 399 TSESDYY cadeia alfa de RAS TCR- 20 CDR2 de 400 QEAYKQQN cadeia alfa de RAS TCR- 20 CDR3 de 401 ACQGGSEKLV cadeia alfa de RAS TCR- 20 CDR1 de 402 SGHNT
Nome SEQ Sequência
ID NO cadeia beta de RAS TCR- 20 CDR2 de 403 YYREEE cadeia beta de RAS TCR- 20 CDR3 de 404 ASSLGLLLYNEQF cadeia beta de RAS TCR- 20 RAS TCR- 405 ATGGCATGCCCTGGCTTCCTGTGGGCACTTGTGATCTCCACC 20 TGTCTTGAATTTAGCATGGCTCAGACAGTCACTCAGTCTCAA cadeia CCAGAGATGTCTGTGCAGGAGGCAGAGACCGTGACCCTGAGC alfa TGCACATATGACACCAGTGAGAGTGATTATTATTTATTCTGG domínios TACAAGCAGCCTCCCAGCAGGCAGATGATTCTCGTTATTCGC variávei CAAGAAGCTTATAAGCAACAGAATGCAACAGAGAATCGTTTC s TCTGTGAACTTCCAGAAAGCAGCCAAATCCTTCAGTCTCAAG
ACGAAACTGACAGTAAACCCA 406 ATGGCATGCCCAGGCTTCCTGTGGGCACTGGTCATCAGCACC
Nome SEQ Sequência
ACCAAGCTGACAGTGAACCCT 407 MACPGFLWALVISTCLEFSMAQTVTQSQPEMSVQEAETVTLS
TKLTVNP domínios 408 ATGGGCCCTGGGCTCCTCTGCTGGGTGCTGCTTTGTCTCCTG variávei GGAGCAGGCTCAGTGGAGACTGGAGTCACCCAAAGTCCCACA s de CACCTGATCAAAACGAGAGGACAGCAAGTGACTCTGAGATGC cadeia TCTTCTCAGTCTGGGCACAACACTGTGTCCTGGTACCAACAG beta de GCCCTGGGTCAGGGGCCCCAGTTTATCTTTCAGTATTATAGG RAS TCR- GAGGAAGAGAATGGCAGAGGAAACTTCCCTCCTAGATTCTCA 20 GGTCTCCAGTTCCCTAATTATAGCTCTGAGCTGAATGTGAAC
GGGACACGGCTCACCGTGCTA 409 ATGGGACCAGGACTGCTGTGCTGGGTGCTGCTGTGCCTGCTG
Nome SEQ Sequência
GGCACCAGACTGACAGTGCTG 410 MGPGLLCWVLLCLLGAGSVETGVTQSPTHLIKTRGQQVTLRC
GTRLTVL cadeia 411 MACPGFLWALVISTCLEFSMAQTVTQSQPEMSVQEAETVTLS alfa de CTYDTSESDYYLFWYKQPPSRQMILVIRQEAYKQQNATENRF RAS TCR- SVNFQKAAKSFSLKISDSQLGDAAMYFCACQGGSEKLVFGKG 20 TKLTVNPDIQNPEPAVYQLKDPRSQDSTLCLFTDFDSQINVP
LLKVAGFNLLMTLRLWSS cadeia 412 MGPGLLCWVLLCLLGAGSVETGVTQSPTHLIKTRGQQVTLRC beta de SSQSGHNTVSWYQQALGQGPQFIFQYYREEENGRGNFPPRFS RAS TCR- GLQFPNYSSELNVNALELDDSALYLCASSLGLLLYNEQFFGP 20 GTRLTVLKDLRNVTPPKVSLFEPSKAEIANKQKATLVCLARG
LVLMAMVKKKNS Peptídeo 413 VVGAVGVGK s de TCR 414 VVVGAVGVGK CDR1 de 415 TSINN cadeia alfa de
Nome SEQ Sequência
ID NO RAS TCR- 21 CDR2 de 416 IRSNERE cadeia alfa de RAS TCR- 21 CDR3 de 417 ATDAQTGANNLF cadeia alfa de RAS TCR- 21 CDR1 de 418 SGHAT cadeia beta de RAS TCR- 21 CDR2 de 419 FQNNGV cadeia beta de RAS TCR- 21 CDR3 de 420 ASSLGDSYEQYF cadeia beta de RAS TCR- 21
Nome SEQ Sequência
ID NO RAS TCR- 421 ATGGAAACTCTCCTGGGAGTGTCTTTGGTGATTCTATGGCTT 21 CAACTGGCTAGGGTGAACAGTCAACAGGGAGAAGAGGATCCT cadeia CAGGCCTTGAGCATCCAGGAGGGTGAAAATGCCACCATGAAC alfa TGCAGTTACAAAACTAGTATAAACAATTTACAGTGGTATAGA domínios CAAAATTCAGGTAGAGGCCTTGTCCACCTAATTTTAATACGT variávei TCAAATGAAAGAGAGAAACACAGTGGAAGATTAAGAGTCACG s CTTGACACTTCCAAGAAAAGCAGTTCCTTGTTGATCACGGCT
AGACTCACCGTTATTCCC 422 ATGGAGACACTGCTGGGCGTGTCTCTGGTCATCCTGTGGCTG
AGACTGACCGTGATCCCT 423 METLLGVSLVILWLQLARVNSQQGEEDPQALSIQEGENATMN
RLTVIP domínios 424 ATGGGCACCAGGCTCCTCTGCTGGGCGGCCCTCTGTCTCCTG variávei GGAGCAGAACTCACAGAAGCTGGAGTTGCCCAGTCTCCCAGA s de TATAAGATTATAGAGAAAAGGCAGAGTGTGGCTTTTTGGTGC cadeia AATCCTATATCTGGCCATGCTACCCTTTACTGGTACCAGCAG
Nome SEQ Sequência
ID NO beta de ATCCTGGGACAGGGCCCAAAGCTTCTGATTCAGTTTCAGAAT RAS TCR- AACGGTGTAGTGGATGATTCACAGTTGCCTAAGGATCGATTT 21 TCTGCAGAGAGGCTCAAAGGAGTAGACTCCACTCTCAAGATC
AGCAGCTTA 425 ATGGGCACCAGGCTGCTGTGCTGGGCCGCCCTGTGCCTGCTG
AGCTCCCTG 426 MGTRLLCWAALCLLGAELTEAGVAQSPRYKIIEKRQSVAFWC
SAERLKGVDSTLKIQPAKLEDSAVYLCASSL cadeia 427 METLLGVSLVILWLQLARVNSQQGEEDPQALSIQEGENATMN alfa de CSYKTSINNLQWYRQNSGRGLVHLILIRSNEREKHSGRLRVT RAS TCR- LDTSKKSSSLLITASRAADTASYFCATDAQTGANNLFFGTGT 21 RLTVIPDIQNPEPAVYQLKDPRSQDSTLCLFTDFDSQINVPK
LKVAGFNLLMTLRLWSS cadeia 428 MGTRLLCWAALCLLGAELTEAGVAQSPRYKIIEKRQSVAFWC beta de NPISGHATLYWYQQILGQGPKLLIQFQNNGVVDDSQLPKDRF RAS TCR- SAERLKGVDSTLKIQPAKLEDSAVYLCASSLKDLRNVTPPKV
Nome SEQ Sequência
ID NO 21 SLFEPSKAEIANKQKATLVCLARGFFPDHVELSWWVNGKEVH
VLSATILYEILLGKATLYAVLVSGLVLMAMVKKKNS Peptídeo 429 VVGAVGVGK s de TCR 430 VVVGAVGVGK CDR1 de 532 NSMFDY cadeia alfa de RAS TCR- 26 CDR2 de 533 ISSIKDK cadeia alfa de RAS TCR- 26 CDR3 de 534 AANAGGTSYGKLT cadeia alfa de RAS TCR- 26 CDR1 de 535 SNHLY cadeia beta de RAS TCR- 26 CDR2 de 536 FYNNEI
Nome SEQ Sequência
ID NO cadeia beta de RAS TCR- 26 CDR3 de 537 ASSEWGSTGELF cadeia beta de RAS TCR- 26 domínio 538 atggccatgctcctgggggcatcagtgctgattctgtggctt variável cagccagactgggtaaacagtcaacagaagaatgatgaccag de caagttaagcaaaattcaccatccctgagcgtccaggaagga cadeia agaatttctattctgaactgtgactatactaacagcatgttt alfa de gattatttcctatggtacaaaaaataccctgctgaaggtcct RAS TCR- acattcctgatatctataagttccattaaggataaaaatgaa 26 gatggaagattcactgtcttcttaaacaaaagtgccaagcac ctctctctgcacattgtgccctcccagcctggagactctgca gtgtacttctgtgcagcaaatgctggtggtactagctatgga aagctgacatttggacaagggaccatcttgactgtccatcca a 539 MAMLLGASVLILWLQPDWVNSQQKNDDQQVKQNSPSLSVQEG
KLTFGQGTILTVHP domínio 540 atggatacctggctcgtatgctgggcaatttttagtctcttg variável aaagcaggactcacagaacctgaagtcacccagactcccagc de catcaggtcacacagatgggacaggaagtgatcttgcgctgt
Nome SEQ Sequência
ID NO cadeia gtccccatctctaatcacttatacttctattggtacagacaa beta de atcttggggcagaaagtcgagtttctggtttccttttataat RAS TCR- aatgaaatctcagagaagtctgaaatattcgatgatcaattc 26 tcagttgaaaggcctgatggatcaaatttcactctgaagatc cggtccacaaagctggaggactcagccatgtacttctgtgcc agcagtgaatggggaagcaccggggagctgttttttggagaa ggctctaggctgaccgtactgg 541 MDTWLVCWAIFSLLKAGLTEPEVTQTPSHQVTQMGQEVILRC
GSRLTVL cadeia 542 MAMLLGASVLILWLQPDWVNSQQKNDDQQVKQNSPSLSVQEG alfa de RISILNCDYTNSMFDYFLWYKKYPAEGPTFLISISSIKDKNE RAS TCR- DGRFTVFLNKSAKHLSLHIVPSQPGDSAVYFCAANAGGTSYG 26 KLTFGQGTILTVHPDIQNPEPAVYQLKDPRSQDSTLCLFTDF
VMGLRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS cadeia 543 MDTWLVCWAIFSLLKAGLTEPEVTQTPSHQVTQMGQEVILRC beta de VPISNHLYFYWYRQILGQKVEFLVSFYNNEISEKSEIFDDQF RAS TCR- SVERPDGSNFTLKIRSTKLEDSAMYFCASSEWGSTGELFFGE 26 GSRLTVLKDLRNVTPPKVSLFEPSKAEIANKQKATLVCLARG
LVLMAMVKKKNS peptídeo 544 VVGAVGVGK
Nome SEQ Sequência
ID NO RAS TCR- 26 CDR1 de 545 TTSDR cadeia alfa de RAS TCR- 27 CDR2 de 546 LLSNGAV cadeia alfa de RAS TCR- 27 CDR3 de 547 AVDIIGGKST cadeia alfa de RAS TCR- 27 CDR1 de 548 SNHLY cadeia beta de RAS TCR- 27 CDR2 de 549 FYNNEI cadeia beta de RAS TCR- 27
Nome SEQ Sequência
ID NO CDR3 de 550 ASSEWGSTGELF cadeia beta de RAS TCR- 27 domínio 551 atgaagaagctactagcaatgattctgtggcttcaactagac variável cggttaagtggagagctgaaagtggaacaaaaccctctgttc de ctgagcatgcaggagggaaaaaactataccatctactgcaat cadeia tattcaaccacttcagacagactgtattggtacaggcaggat alfa de cctgggaaaagtctggaatctctgtttgtgttgctatcaaat RAS TCR- ggagcagtgaagcaggagggacgattaatggcctcacttgat 27 accaaagcccgtctcagcaccctccacatcacagctgccgtg catgacctctctgccacctacttctgtgccgtggacatcatc ggaggcaaatcaacctttggggatgggactacgctcactgtg aagccaa 552 MKKLLAMILWLQLDRLSGELKVEQNPLFLSMQEGKNYTIYCN
KP domínio 553 atggatacctggctcgtatgctgggcaatttttagtctcttg variável aaagcaggactcacagaacctgaagtcacccagactcccagc de catcaggtcacacagatgggacaggaagtgatcttgcgctgt cadeia gtccccatctctaatcacttatacttctattggtacagacaa beta de atcttggggcagaaagtcgagtttctggtttccttttataat RAS TCR- aatgaaatctcagagaagtctgaaatattcgatgatcaattc 27 tcagttgaaaggcctgatggatcaaatttcactctgaagatc cggtccacaaagctggaggactcagccatgtacttctgtgcc agcagtgaatggggaagcaccggggagctgttttttggagaa
Nome SEQ Sequência
ID NO ggctctaggctgaccgtactgg 554 MDTWLVCWAIFSLLKAGLTEPEVTQTPSHQVTQMGQEVILRC
GSRLTVL cadeia 555 MKKLLAMILWLQLDRLSGELKVEQNPLFLSMQEGKNYTIYCN alfa de YSTTSDRLYWYRQDPGKSLESLFVLLSNGAVKQEGRLMASLD RAS TCR- TKARLSTLHITAAVHDLSATYFCAVDIIGGKSTFGDGTTLTV 27 KPDIQNPEPAVYQLKDPRSQDSTLCLFTDFDSQINVPKTMES
GFNLLMTLRLWSS cadeia 556 MDTWLVCWAIFSLLKAGLTEPEVTQTPSHQVTQMGQEVILRC beta de VPISNHLYFYWYRQILGQKVEFLVSFYNNEISEKSEIFDDQF RAS TCR- SVERPDGSNFTLKIRSTKLEDSAMYFCASSEWGSTGELFFGE 27 GSRLTVLKDLRNVTPPKVSLFEPSKAEIANKQKATLVCLARG
LVLMAMVKKKNS peptídeo 557 VVGAVGVGK RAS TCR- 27 CDR1 de 558 NSMFDY cadeia alfa de RAS TCR-
Nome SEQ Sequência
ID NO 28 CDR2 de 559 ISSIKDK cadeia alfa de RAS TCR- 28 CDR3 de 560 AASAVGQEYGNKLV cadeia alfa de RAS TCR- 28 CDR1 de 561 SEHNR cadeia beta de RAS TCR- 28 CDR2 de 562 FQNEAQ cadeia beta de RAS TCR- 28 CDR3 de 563 ASSEYTMGTQY cadeia beta de RAS TCR- 28 domínio 564 atggccatgctcctgggggcatcagtgctgattctgtggctt
Nome SEQ Sequência
ID NO variável cagccagactgggtaaacagtcaacagaagaatgatgaccag de caagttaagcaaaattcaccatccctgagcgtccaggaagga cadeia agaatttctattctgaactgtgactatactaacagcatgttt alfa de gattatttcctatggtacaaaaaataccctgctgaaggtcct RAS TCR- acattcctgatatctataagttccattaaggataaaaatgaa 28 gatggaagattcactgtcttcttaaacaaaagtgccaagcac ctctctctgcacattgtgccctcccagcctggagactctgca gtgtacttctgtgcagcaagcgcagtaggtcaggaatatgga aacaagctggtctttggcgcaggaaccattctgagagtcaag tcct 565 MAMLLGASVLILWLQPDWVNSQQKNDDQQVKQNSPSLSVQEG
NKLVFGAGTILRVKS domínio 566 atgggcaccagcctcctctgctggatggccctgtgtctcctg variável ggggcagatcacgcagatactggagtctcccagaaccccaga de cacaagatcacaaagaggggacagaatgtaactttcaggtgt cadeia gatccaatttctgaacacaaccgcctttattggtaccgacag beta de accctggggcagggcccagagtttctgacttacttccagaat RAS TCR- gaagctcaactagaaaaatcaaggctgctcagtgatcggttc 28 tctgcagagaggcctaagggatctttctccaccttggagatc cagcgcacagagcagggggactcggccatgtatctctgtgcc agcagtgaatatactatggggacccagtacttcgggccaggc acgcggctcctggtgctcg 567 MGTSLLCWMALCLLGADHADTGVSQNPRHKITKRGQNVTFRC
Nome SEQ Sequência
ID NO cadeia 568 MAMLLGASVLILWLQPDWVNSQQKNDDQQVKQNSPSLSVQEG alfa de RISILNCDYTNSMFDYFLWYKKYPAEGPTFLISISSIKDKNE RAS TCR- DGRFTVFLNKSAKHLSLHIVPSQPGDSAVYFCAASAVGQEYG 28 NKLVFGAGTILRVKSDIQNPEPAVYQLKDPRSQDSTLCLFTD
SVMGLRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS cadeia 569 MGTSLLCWMALCLLGADHADTGVSQNPRHKITKRGQNVTFRC beta de DPISEHNRLYWYRQTLGQGPEFLTYFQNEAQLEKSRLLSDRF RAS TCR- SAERPKGSFSTLEIQRTEQGDSAMYLCASSEYTMGTQYFGPG 28 TRLLVLKDLRNVTPPKVSLFEPSKAEIANKQKATLVCLARGF
VLMAMVKKKNS peptídeo 600 VVGAVGVGK RAS TCR- 28 CDR1 de 127 NYSPAY cadeia alfa de GATA3 TCR-1 CDR2 de 128 IRENEKE cadeia alfa de GATA3
Nome SEQ Sequência
ID NO TCR-1 CDR3 de 129 ALDIYGNNRLA cadeia alfa de GATA3 TCR-1 CDR1 de 130 MDHEN cadeia beta de GATA3 TCR-1 CDR2 de 131 SYDVKM cadeia beta de GATA3 TCR-1 CDR3 de 132 ASSLDFVLAGSYSYNEQF cadeia beta de GATA3 TCR-1 domínio 133 ATGGCTTTTTGGCTGAGAAGGCTGGGTCTACATTTCAGGCCA variável CATTTGGGGAGACGAATGGAGTCATTCCTGGGAGGTGTTTTG de CTGATTTTGTGGCTTCAAGTGGACTGGGTGAAGAGCCAAAAG cadeia ATAGAACAGAATTCCGAGGCCCTGAACATTCAGGAGGGTAAA alfa de ACGGCCACCCTGACCTGCAACTATACAAACTATTCTCCAGCA GATA3 TACTTACAGTGGTACCGACAAGATCCAGGAAGAGGCCCTGTT
Nome SEQ Sequência
ID NO TCR-1 TTCTTGCTACTCATACGTGAAAATGAGAAAGAAAAAAGGAAA
TTTGGGAAGGGGAACCAAGTGGTGGTCATACCA 134 ATGGCCTTCTGGCTGAGGAGACTGGGTTTACACTTCAGACCC
TTCGGCAAGGGCAACCAAGTTGTGGTGATCCCC 135 MAFWLRRLGLHFRPHLGRRMESFLGGVLLILWLQVDWVKSQK
YLCALDIYGNNRLAFGKGNQVVVIP Domínio 136 ATGGGAATCAGGCTCCTCTGTCGTGTGGCCTTTTGTTTCCTG variável GCTGTAGGCCTCGTAGATGTGAAAGTAACCCAGAGCTCGAGA de TATCTAGTCAAAAGGACGGGAGAGAAAGTTTTTCTGGAATGT cadeia GTCCAGGATATGGACCATGAAAATATGTTCTGGTATCGACAA beta de GACCCAGGTCTGGGGCTACGGCTGATCTATTTCTCATATGAT GATA3 GTTAAAATGAAAGAAAAAGGAGATATTCCTGAGGGGTACAGT TCR-1 GTCTCTAGAGAGAAGAAGGAGCGCTTCTCCCTGATTCTGGAG
Nome SEQ Sequência
CAGTTCTTCGGGCCAGGGACACGGCTCACCGTGCTA 137 ATGGGCATTCGTCTGCTGTGTCGTGTGGCCTTCTGCTTTTTA
CAGTTCTTCGGCCCCGGCACCAGACTGACCGTGCTG 138 MGIRLLCRVAFCFLAVGLVDVKVTQSSRYLVKRTGEKVFLEC
QFFGPGTRLTVL cadeia 139 MAFWLRRLGLHFRPHLGRRMESFLGGVLLILWLQVDWVKSQK alfa de IEQNSEALNIQEGKTATLTCNYTNYSPAYLQWYRQDPGRGPV GATA3 FLLLIRENEKEKRKERLKVTFDTTLKQSLFHITASQPADSAT TCR-1 YLCALDIYGNNRLAFGKGNQVVVIPDIQNPDPAVYQLRDSKS
KSFETDTNLNFQNLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS cadeia 140 MGIRLLCRVAFCFLAVGLVDVKVTQSSRYLVKRTGEKVFLECV beta de QDMDHENMFWYRQDPGLGLRLIYFSYDVKMKEKGDIPEGYSVS GATA3 REKKERFSLILESASTNQTSMYLCASSLDFVLAGSYSYNEQFF
Nome SEQ Sequência
ID NO TCR-1 GPGTRLTVLEDLNKVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLAT
SALVLMAMVKRKDF peptídeo 141 MLTGPPARV GATA3 TCR-1 proteína 157 MRRLSAARRAGTSCANCQTTTTTLWRRNANGDPVCNACGLYY mutante KLHNINRPLTMKKEGIQTRNRKMSSKSKKCKKVHDSLEDFPK GATA3 NSSFPGRPLQTHVLPEPHLALQPLQPHADHAHADAPAIQPVL neoORF WTTPPLQHGHRHGLEPCSMLTGPPARVPAVPFDLHFCRSSIM
KPKRDGYMFLKAESKIMFATLQRSSLWCLCSNH sequênci 158 PGRPLQTHVLPEPHLALQPLQPHADHAHADAPAIQPVLWTTP a de PLQHGHRHGLEPCSMLTGPPARVPAVPFDLHFCRSSIMKPKR GATA3 DGYMFLKAESKIMFATLQRSSLWCLCSNH neoORF CDR1 de 189 NSMFDY cadeia alfa de GATA3 TCR-2 CDR2 de 190 ISSIKDK cadeia alfa de GATA3 TCR-2
Nome SEQ Sequência
ID NO CDR3 de 191 AASASNNDMR cadeia alfa de GATA3 TCR-2 CDR1 de 192 SEHNR cadeia beta de GATA3 TCR-2 CDR2 de 193 FQNEAQ cadeia beta de GATA3 TCR-2 CDR3 de 194 ASSQSGQGPYEQY cadeia beta de GATA3 TCR-2 GATA3 195 ATGGCCATGCTCCTGGGGGCATCAGTGCTGATTCTGTGGCTT TCR-2 CAGCCAGACTGGGTAAACAGTCAACAGAAGAATGATGACCAG domínio CAAGTTAAGCAAAATTCACCATCCCTGAGCGTCCAGGAAGGA variável AGAATTTCTATTCTGAACTGTGACTATACTAACAGCATGTTT de GATTATTTCCTATGGTACAAAAAATACCCTGCTGAAGGTCCT cadeia ACATTCCTGATATCTATAAGTTCCATTAAGGATAAAAATGAA alfa GATGGAAGATTCACTGTCTTCTTAAACAAAAGTGCCAAGCAC
Nome SEQ Sequência
TTTGGAGCAGGGACCAGACTGACAGTAAAACCA 196 ATGGCAATGCTGCTGGGAGCCTCTGTGCTGATCCTGTGGCTG
TTTGGCGCCGGCACCAGGCTGACAGTGAAGCCC 197 MAMLLGASVLILWLQPDWVNSQQKNDDQQVKQNSPSLSVQEG
FGAGTRLTVKP domínio 198 ATGGGCACCAGCCTCCTCTGCTGGATGGCCCTGTGTCTCCTG variável GGGGCAGATCACGCAGATACTGGAGTCTCCCAGGACCCCAGA de CACAAGATCACAAAGAGGGGACAGAATGTAACTTTCAGGTGT cadeia GATCCAATTTCTGAACACAACCGCCTTTATTGGTACCGACAG beta de ACCCTGGGGCAGGGCCCAGAGTTTCTGACTTACTTCCAGAAT GATA3 GAAGCTCAACTAGAAAAATCAAGGCTGCTCAGTGATCGGTTC TCR-2 TCTGCAGAGAGGCCTAAGGGATCTTTCTCCACCTTGGAGATC
Nome SEQ Sequência
ID NO 199 ATGGGCACCTCTCTGCTGTGCTGGATGGCACTGTGCCTGCTG
CCAGGAACCAGGCTGACCGTGACAGAG 200 MGTSLLCWMALCLLGADHADTGVSQDPRHKITKRGQNVTFRC
PGTRLTVTE GATA3 201 MAMLLGASVLILWLQPDWVNSQQKNDDQQVKQNSPSLSVQEG TCR-2 RISILNCDYTNSMFDYFLWYKKYPAEGPTFLISISSIKDKNE cadeia DGRFTVFLNKSAKHLSLHIVPSQPGDSAVYFCAASASNNDMR alfa FGAGTRLTVKPDIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQ
SVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS cadeia 202 MGTSLLCWMALCLLGADHADTGVSQDPRHKITKRGQNVTFRC beta de DPISEHNRLYWYRQTLGQGPEFLTYFQNEAQLEKSRLLSDRF GATA3 SAERPKGSFSTLEIQRTEQGDSAMYLCASSQSGQGPYEQYFG TCR-2 PGTRLTVTEEDLNKVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLA
Nome SEQ Sequência
AVLVSALVLMAMVKRKDF peptídeo 203 KPKRDGYMF GATA3 TCR-2 CDR1 de 204 YGGTVN cadeia alfa de GATA3 TCR-3 CDR2 de 205 YFSGDPLV cadeia alfa de GATA3 TCR-3 CDR3 de 206 AVISVTGNNRKLI cadeia alfa de GATA3 TCR-3 CDR1 de 207 LNHDA cadeia beta de GATA3 TCR-3 CDR2 de 208 SQIVND cadeia beta de
Nome SEQ Sequência
ID NO GATA3 TCR-3 CDR3 de 209 ASSRTAMNTEAF cadeia beta de GATA3 TCR-3 GATA3 210 ATGCTCCTGTTGCTCATACCAGTGCTGGGGATGATTTTTGCC TCR-3 CTGAGAGATGCCAGAGCCCAGTCTGTGAGCCAGCATAACCAC domínio CACGTAATTCTCTCTGAAGCAGCCTCACTGGAGTTGGGATGC variável AACTATTCCTATGGTGGAACTGTTAATCTCTTCTGGTATGTC de CAGTACCCTGGTCAACACCTTCAGCTTCTCCTCAAGTACTTT cadeia TCAGGGGATCCACTGGTTAAAGGCATCAAGGGCTTTGAGGCT alfa GAATTTATAAAGAGTAAATTCTCCTTTAATCTGAGGAAACCC
GGAACAAGCCTGGCAGTAAATCCG 211 ATGCTGCTGCTGCTGATCCCTGTGCTGGGCATGATCTTTGCA
Nome SEQ Sequência
ID NO 212 MLLLLIPVLGMIFALRDARAQSVSQHNHHVILSEAASLELGC
GTSLAVNP domínio 213 ATGAGCAACCAGGTGCTCTGCTGTGTGGTCCTTTGTCTCCTG variável GGAGCAAACACCGTGGATGGTGGAATCACTCAGTCCCCGAAG de TACCTGTTCAGAAAGGAAGGACAGAATGTGACCCTGAGTTGT cadeia GAACAGAATTTGAACCACGATGCCATGTACTGGTACCGACAG beta de GACCCAGGGCAAGGGCTGAGATTGATCTACTACTCACAGATA GATA3 GTAAATGACTTTCAGAAAGGAGATATAGCTGAAGGGTACAGC TCR-3 GTCTCTCGGGAGAAGAAGGAATCCTTTCCTCTCACTGTGACA
ACCAGACTCACAGTTGTA 214 ATGTCCAACCAGGTGCTGTGCTGCGTGGTGCTGTGCCTGCTG
ACCAGGCTGACAGTGGTG 215 MSNQVLCCVVLCLLGANTVDGGITQSPKYLFRKEGQNVTLSC
Nome SEQ Sequência
ID NO cadeia 216 MLLLLIPVLGMIFALRDARAQSVSQHNHHVILSEAASLELGC alfa de NYSYGGTVNLFWYVQYPGQHLQLLLKYFSGDPLVKGIKGFEA GATA3 EFIKSKFSFNLRKPSVQWSDTAEYFCAVISVTGNNRKLIWGL TCR-3 GTSLAVNPDIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNV
GFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS cadeia 217 MSNQVLCCVVLCLLGANTVDGGITQSPKYLFRKEGQNVTLSC beta de EQNLNHDAMYWYRQDPGQGLRLIYYSQIVNDFQKGDIAEGYS GATA3 VSREKKESFPLTVTSAQKNPTAFYLCASSRTAMNTEAFFGQG TCR-3 TRLTVVEDLNKVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGF
VSALVLMAMVKRKDF GATA3 218 ESKIMFATL TCR-3 peptídeo CDR1 de 142 TRDTTYY cadeia alfa de TMPRSS2: ERG TCR- 1 TMPRSS2: 143 RNSFDEQN ERG TCR- 1 cadeia
Nome SEQ Sequência
ID NO alfa CDR2 TMPRSS2: 144 ALSEARVFNGANSKLT CDR3 de cadeia alfa de ERG TCR- 1 CRD1 de 145 SGHDN cadeia beta de TMPRSS2: ERG TCR- 1 CDR2 de 146 FVKESK cadeia beta de TMPRSS2: ERG TCR- 1 CDR3 de 147 ASSQADSPLH cadeia beta de TMPRSS2: ERG TCR- 1 domínio 148 ATGCTGACTGCCAGCCTGTTGAGGGCAGTCATAGCCTCCATC
Nome SEQ Sequência
ID NO variável TGTGTTGTATCCAGCATGGCTCAGAAGGTAACTCAAGCGCAG de ACTGAAATTTCTGTGGTGGAGAAGGAGGATGTGACCTTGGAC cadeia TGTGTGTATGAAACCCGTGATACTACTTATTACTTATTCTGG alfa de TACAAGCAACCACCAAGTGGAGAATTGGTTTTCCTTATTCGT TMPRSS2: CGGAACTCTTTTGATGAGCAAAATGAAATAAGTGGTCGGTAT ERG TCR- TCTTGGAACTTCCAGAAATCCACCAGTTCCTTCAACTTCACC 1 ATCACAGCCTCACAAGTCGTGGACTCAGCAGTATACTTCTGT
CTGACATTTGGAAAAGGAATAACTCTGAGTGTTAGACCA 149 ATGCTGACCGCCAGCCTGCTGAGGGCTGTGATCGCCAGCATC
CTGACCTTCGGCAAAGGCATCACACTGTCCGTGAGACCC 150 MLTASLLRAVIASICVVSSMAQKVTQAQTEISVVEKEDVTLD
LTFGKGITLSVRP domínio 151 ATGGTTTCCAGGCTTCTCAGTTTAGTGTCCCTTTGTCTCCTG variável GGAGCAAAGCACATAGAAGCTGGAGTTACTCAGTTCCCCAGC de CACAGCGTAATAGAGAAGGGCCAGACTGTGACTCTGAGATGT cadeia GACCCAATTTCTGGACATGATAATCTTTATTGGTATCGACGT beta de GTTATGGGAAAAGAAATAAAATTTCTGTTACATTTTGTGAAA
Nome SEQ Sequência
ID NO TMPRSS2: GAGTCTAAACAGGATGAATCCGGTATGCCCAACAATCGATTC ERG TCR- TTAGCTGAAAGGACTGGAGGGACGTATTCTACTCTGAAGGTG 1 CAGCCTGCAGAACTGGAGGATTCTGGAGTTTATTTCTGTGCC
AGGCTCACTGTGACA 152 ATGGTCTCCAGGCTGCTCTCCCTCGTGAGCCTGTGTCTCCTG
AGGCTCACCGTGACC 153 MVSRLLSLVSLCLLGAKHIEAGVTQFPSHSVIEKGQTVTLRC
RLTVT Cadeia 154 MLTASLLRAVIASICVVSSMAQKVTQAQTEISVVEKEDVTLD alfa de CVYETRDTTYYLFWYKQPPSGELVFLIRRNSFDEQNEISGRY TMPRSS2: SWNFQKSTSSFNFTITASQVVDSAVYFCALSEARVFNGANSK ERG TCR- LTFGKGITLSVRPDIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFD 1 SQTNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDF
NLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS TMPRSS2: 155 MVSRLLSLVSLCLLGAKHIEAGVTQFPSHSVIEKGQTVTLRCD
Nome SEQ Sequência
ID NO ERG TCR- PISGHDNLYWYRRVMGKEIKFLLHFVKESKQDESGMPNNRFLA 1 beta ERTGGTYSTLKVQPAELEDSGVYFCASSQADSPLHFGNGTRLT chain VTEDLNKVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFFPDHV
MVKRKDF TMPRSS2: 156 ALNSEALSV ERG TCR- 1 peptide CDR1 de 159 DRGSQS cadeia alfa de BTK TCR- 1 CDR2 de 160 IYSNGD cadeia alfa de BTK TCR- 1 CDR3 de 161 AVNDYGGSQGNLIF cadeia alfa de BTK TCR- 1 CDR1 de 162 SEHNR
Nome SEQ Sequência
ID NO cadeia beta de BTK TCR- 1 CDR2 de 163 FQNEAQ cadeia beta de BTK TCR- 1 CDR3 de 164 ASSFGPDEKLFF cadeia beta de BTK TCR- 1 domínio 165 ATGATGAAATCCTTGAGAGTTTTACTAGTGATCCTGTGGCTT variável CAGTTGAGCTGGGTTTGGAGCCAACAGAAGGAGGTGGAGCAG de AATTCTGGACCCCTCAGTGTTCCAGAGGGAGCCATTGCCTCT cadeia CTCAACTGCACTTACAGTGACCGAGGTTCCCAGTCCTTCTTC alfa de TGGTACAGACAATATTCTGGGAAAAGCCCTGAGTTGATAATG BTK TCR- TTCATATACTCCAATGGTGACAAAGAAGATGGAAGGTTTACA 1 GCACAGCTCAATAAAGCCAGCCAGTATGTTTCTCTGCTCATC
AAAGGCACTAAACTCTCTGTTAAACCA 166 ATGATGAAGAGCCTGCGGGTGCTGCTGGTCATCCTGTGGCTG
Nome SEQ Sequência
AAGGGCACAAAGCTGTCCGTGAAGCCC 167 MMKSLRVLLVILWLQLSWVWSQQKEVEQNSGPLSVPEGAIAS
KGTKLSVKP domínio 168 ATGGGCACCAGCCTCCTCTGCTGGATGGCCCTGTGTCTCCTG variável GGGGCAGATCACGCAGATACTGGAGTCTCCCAGAACCCCAGA de CACAAGATCACAAAGAGGGGACAGAATGTAACTTTCAGGTGT cadeia GATCCAATTTCTGAACACAACCGCCTTTATTGGTACCGACAG beta de ACCCTGGGGCAGGGCCCAGAGTTTCTGACTTACTTCCAGAAT BTK TCR- GAAGCTCAACTAGAAAAATCAAGGCTGCTCAGTGATCGGTTC 1 TCTGCAGAGAGGCCTAAGGGATCTTTCTCCACCTTGGAGATC
ACCCAGCTCTCTGTCTTG 169 ATGGGCACCTCTCTGCTGTGCTGGATGGCACTGTGCCTGCTG
Nome SEQ Sequência
ACCCAGCTGAGCGTGCTG 170 MGTSLLCWMALCLLGADHADTGVSQNPRHKITKRGQNVTFRC
TQLSVL cadeia 171 MMKSLRVLLVILWLQLSWVWSQQKEVEQNSGPLSVPEGAIAS alfa de LNCTYSDRGSQSFFWYRQYSGKSPELIMFIYSNGDKEDGRFT BTK TCR- AQLNKASQYVSLLIRDSQPSDSATYLCAVNDYGGSQGNLIFG 1 KGTKLSVKPDIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTN
IGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS cadeia 172 MGTSLLCWMALCLLGADHADTGVSQNPRHKITKRGQNVTFRC beta de DPISEHNRLYWYRQTLGQGPEFLTYFQNEAQLEKSRLLSDRF BTK TCR- SAERPKGSFSTLEIQRTEQGDSAMYLCASSFGPDEKLFFGSG 1 TQLSVLEDLNKVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGF
VSALVLMAMVKRKDF peptídeo 173 SLLNYLREM BTK TCR- 1 CDR1 de 174 DRGSQS cadeia
Nome SEQ Sequência
ID NO alfa de BTK TCR- 2 CDR2 de 175 IYSNGD cadeia alfa de BTK TCR- 2 CDR3 de 176 AVNEGDSSYKLI cadeia alfa de BTK TCR- 2 CDR1 de 177 SGDLS cadeia beta de BTK TCR- 2 CDR2 de 178 YYNGEE cadeia beta de BTK TCR- 2 CDR3 de 179 ASSPGANEKLF cadeia beta de BTK TCR-
Nome SEQ Sequência
ID NO 2 domínio 180 ATGATGAAATCCTTGAGAGTTTTACTAGTGATCCTGTGGCTT variável CAGTTGAGCTGGGTTTGGAGCCAACAGAAGGAGGTGGAGCAG de AATTCTGGACCCCTCAGTGTTCCAGAGGGAGCCATTGCCTCT cadeia CTCAACTGCACTTACAGTGACCGAGGTTCCCAGTCCTTCTTC alfa de TGGTACAGACAATATTCTGGGAAAAGCCCTGAGTTGATAATG BTK TCR- TTCATATACTCCAATGGTGACAAAGAAGATGGAAGGTTTACA 2 GCACAGCTCAATAAAGCCAGCCAGTATGTTTCTCTGCTCATC
GGGACCAGACTGCTGGTCAGGCCT 181 ATGATGAAGAGCCTGCGGGTGCTGCTGGTCATCCTGTGGCTG
GGCACAAGACTGCTGGTGAGGCCC 182 MMKSLRVLLVILWLQLSWVWSQQKEVEQNSGPLSVPEGAIAS
GTRLLVRP domínio 183 ATGGGCTTCAGGCTCCTCTGCTGTGTGGCCTTTTGTCTCCTG variável GGAGCAGGCCCAGTGGATTCTGGAGTCACACAAACCCCAAAG
Nome SEQ Sequência
ID NO de CACCTGATCACAGCAACTGGACAGCGAGTGACGCTGAGATGC cadeia TCCCCTAGGTCTGGAGACCTCTCTGTGTACTGGTACCAACAG beta de AGCCTGGACCAGGGCCTCCAGTTCCTCATTCAGTATTATAAT BTK TCR- GGAGAAGAGAGAGCAAAAGGAAACATTCTTGAACGATTCTCC 2 GCACAACAGTTCCCTGACTTGCACTCTGAACTAAACCTGAGC
CAGCTCTCTGTCTTG 184 ATGGGCTTCCGGCTGCTGTGCTGCGTGGCATTTTGCCTGCTG
CAGCTGTCCGTGCTG 185 MGFRLLCCVAFCLLGAGPVDSGVTQTPKHLITATGQRVTLRC
QLSVL cadeia 186 MMKSLRVLLVILWLQLSWVWSQQKEVEQNSGPLSVPEGAIAS alfa de LNCTYSDRGSQSFFWYRQYSGKSPELIMFIYSNGDKEDGRFT BTK TCR- AQLNKASQYVSLLIRDSQPSDSATYLCAVNEGDSSYKLIFGS 2 GTRLLVRPDIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNV
Nome SEQ Sequência
GFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS cadeia 187 MGFRLLCCVAFCLLGAGPVDSGVTQTPKHLITATGQRVTLRC beta de SPRSGDLSVYWYQQSLDQGLQFLIQYYNGEERAKGNILERFS BTK TCR- AQQFPDLHSELNLSSLELGDSALYFCASSPGANEKLFFGSGT 2 QLSVLEDLNKVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFF
SALVLMAMVKRKDF peptídeo 188 SLLNYLREM BTK TCR- 2 CDR1 de 447 TRDTTYY cadeia alfa de
EGFR TCR-1 CDR2 de 448 RNSFDEQN cadeia alfa de
EGFR TCR-1 CDR3 de 449 ALKGANTGFQKLV cadeia alfa de
EGFR TCR-1
Nome SEQ Sequência
ID NO CDR1 de 450 SGHDY cadeia beta de
EGFR TCR-1 CDR2 de 451 FNNNVP cadeia beta de
EGFR TCR-1 CDR3 de 452 ASGGGLGLFETQY cadeia beta de
EGFR TCR-1 domínios 453 ATGCTGACTGCCAGCCTGTTGAGGGCAGTCATAGCCTCCATC variávei TGTGTTGTATCCAGCATGGCTCAGAAGGTAACTCAAGCGCAG s de ACTGAAATTTCTGTGGTGGAGAAGGAGGATGTGACCTTGGAC cadeia TGTGTGTATGAAACCCGTGATACTACTTATTACTTATTCTGG alfa de TACAAGCAACCACCAAGTGGAGAATTGGTTTTCCTTATTCGT
EGFR CGGAACTCTTTTGATGAGCAAAATGAAATAAGTGGTCGGTAT TCR-1 TCTTGGAACTTCCAGAAATCCACCAGTTCCTTCAACTTCACC
GGAACTGGCACCCGACTTCTGGTCAGTCCA 454 ATGCTGACAGCCTCCCTGCTGAGGGCCGTGATCGCCTCTATC
Nome SEQ Sequência
GGCACCGGCACAAGACTGCTGGTGAGCCCT 455 MLTASLLRAVIASICVVSSMAQKVTQAQTEISVVEKEDVTLD
GTGTRLLVSP domínios 456 ATGGACTCCTGGACCCTCTGCTGTGTGTCCCTTTGCATCCTG variávei GTAGCAAAGCACACAGATGCTGGAGTTATCCAGTCACCCCGG s de CACGAGGTGACAGAGATGGGACAAGAAGTGACTCTGAGATGT cadeia AAACCAATTTCAGGACACGACTACCTTTTCTGGTACAGACAG beta de ACCATGATGCGGGGACTGGAGTTGCTCATTTACTTTAACAAC
EGFR AACGTTCCGATAGATGATTCAGGGATGCCCGAGGATCGATTC TCR-1 TCAGCTAAGATGCCTAATGCATCATTCTCCACTCTGAAGATC
CCAGGCACGCGGCTCCTGGTGCTC 457 ATGGACAGCTGGACCCTGTGCTGCGTGAGCCTGTGCATCCTG
Nome SEQ Sequência
CCAGGCACAAGGCTGCTGGTGCTG 458 MDSWTLCCVSLCILVAKHTDAGVIQSPRHEVTEMGQEVTLRC
PGTRLLVL cadeia 459 MLTASLLRAVIASICVVSSMAQKVTQAQTEISVVEKEDVTLD alfa de CVYETRDTTYYLFWYKQPPSGELVFLIRRNSFDEQNEISGRY
EGFR SWNFQKSTSSFNFTITASQVVDSAVYFCALKGANTGFQKLVF TCR-1 GTGTRLLVSPDIQNPEPAVYQLKDPRSQDSTLCLFTDFDSQI
RILLLKVAGFNLLMTLRLWSS cadeia 460 MDSWTLCCVSLCILVAKHTDAGVIQSPRHEVTEMGQEVTLRC beta de KPISGHDYLFWYRQTMMRGLELLIYFNNNVPIDDSGMPEDRF
EGFR SAKMPNASFSTLKIQPSEPRDSAVYFCASGGGLGLFETQYFG TCR-1 PGTRLLVLKDLRNVTPPKVSLFEPSKAEIANKQKATLVCLAR
GLVLMAMVKKKNS Peptídeo 461 QLIMQLMPF s 462 LIMQLMPFGC 463 MQLMPFGCLL CDR1 de 464 DSSSTY
Nome SEQ Sequência
ID NO cadeia alfa de
EGFR TCR2 CDR2 de 465 IFSNMDM cadeia alfa de
EGFR TCR2 CDR3 de 466 AEWANTDKLI cadeia alfa de
EGFR TCR2 CDR1 de 467 DFQATT cadeia beta de
EGFR TCR2 CDR2 de 468 SNEGSKA cadeia beta de
EGFR TCR2 CDR3 de 469 SARRREGEIEQY cadeia beta de
Nome SEQ Sequência
EGFR TCR2 domínios 470 ATGAAGACATTTGCTGGATTTTCGTTCCTGTTTTTGTGGCTG variávei CAGCTGGACTGTATGAGTAGAGGAGAGGATGTGGAGCAGAGT s de CTTTTCCTGAGTGTCCGAGAGGGAGACAGCTCCGTTATAAAC cadeia TGCACTTACACAGACAGCTCCTCCACCTACTTATACTGGTAT alfa de AAGCAAGAACCTGGAGCAGGTCTCCAGTTGCTGACGTATATT
EGFR TTTTCAAATATGGACATGAAACAAGACCAAAGACTCACTGTT TCR2 CTATTGAATAAAAAGGATAAACATCTGTCTCTGCGCATTGCA
TTACAAGTCTTTCCA 471 ATGAAGACCTTCGCCGGCTTCTCCTTTCTGTTCCTGTGGCTG
CTGCAGGTGTTCCCT 472 MKTFAGFSFLFLWLQLDCMSRGEDVEQSLFLSVREGDSSVIN
LQVFP domínios 473 ATGCTGCTGCTTCTGCTGCTTCTGGGGCCAGGCTCCGGGCTT
Nome SEQ Sequência
ID NO variávei GGTGCTGTCGTCTCTCAACATCCGAGCTGGGTTATCTGTAAG s de AGTGGAACCTCTGTGAAGATCGAGTGCCGTTCCCTGGACTTT cadeia CAGGCCACAACTATGTTTTGGTATCGTCAGTTCCCGAAACAG beta de AGTCTCATGCTGATGGCAACTTCCAATGAGGGCTCCAAGGCC
EGFR ACATACGAGCAAGGCGTCGAGAAGGACAAGTTTCTCATCAAC TCR2 CATGCAAGCCTGACCTTGTCCACTCTGACAGTGACCAGTGCC
CTCACGGTCACA 474 ATGTTATTACTGCTGCTGCTGCTGGGACCAGGCTCCGGACTG
CTGACAGTGACC 475 MLLLLLLLGPGSGLGAVVSQHPSWVICKSGTSVKIECRSLDF
LTVT cadeia 476 MKTFAGFSFLFLWLQLDCMSRGEDVEQSLFLSVREGDSSVIN alfa de CTYTDSSSTYLYWYKQEPGAGLQLLTYIFSNMDMKQDQRLTV
EGFR LLNKKDKHLSLRIADTQTGDSAIYFCAEWANTDKLIFGTGTR TCR2 LQVFPDIQNPEPAVYQLKDPRSQDSTLCLFTDFDSQINVPKT
Nome SEQ Sequência
KVAGFNLLMTLRLWSS cadeia 477 MLLLLLLLGPGSGLGAVVSQHPSWVICKSGTSVKIECRSLDF beta de QATTMFWYRQFPKQSLMLMATSNEGSKATYEQGVEKDKFLIN
EGFR HASLTLSTLTVTSAHPEDSSFYICSARRREGEIEQYFGPGTR TCR2 LTVTKDLRNVTPPKVSLFEPSKAEIANKQKATLVCLARGFFP
MAMVKKKNS Peptídeo 478 QLIMQLMPF s 479 LIMQLMPFGC 480 MQLMPFGCLL CDR1 de 481 TRDTTYY cadeia alfa de
EGFR TCR3 CDR2 de 482 RNSFDEQN cadeia alfa de
EGFR TCR3 CDR3 de 483 ALTPFPNAGGTSYGKLT cadeia alfa de
Nome SEQ Sequência
ID NO TCR3 CDR1 de 484 SGHNS cadeia beta de
EGFR TCR3 CDR2 de 485 FNNNVP cadeia beta de
EGFR TCR3 CDR3 de 486 ASSLAYLTGRVEAF cadeia beta de
EGFR TCR3 domínios 487 ATGCTGACTGCCAGCCTGTTGAGGGCAGTCATAGCCTCCATC variávei TGTGTTGTATCCAGCATGGCTCAGAAGGTAACTCAAGCGCAG s de ACTGAAATTTCTGTGGTGGAGAAGGAGGATGTGACCTTGGAC cadeia TGTGTGTATGAAACCCGTGATACTACTTATTACTTATTCTGG alfa de TACAAGCAACCACCAAGTGGAGAATTGGTTTTCCTTATTCGT
EGFR CGGAACTCTTTTGATGAGCAAAATGAAATAAGTGGTCGGTAT TCR3 TCTTGGAACTTCCAGAAATCCACCAGTTCCTTCAACTTCACC
AAGCTGACATTTGGACAAGGGACCATCTTGACTGTCCATCCA 488 ATGCTGACAGCCTCTCTGCTGAGGGCCGTGATCGCCAGCATC
Nome SEQ Sequência
AAGCTGACATTCGGCCAGGGCACCATCCTGACAGTGCACCCT 489 MLTASLLRAVIASICVVSSMAQKVTQAQTEISVVEKEDVTLD
KLTFGQGTILTVHP domínios 490 ATGGACTCCTGGACCTTCTGCTGTGTGTCCCTTTGCATCCTG variávei GTAGCGAAGCATACAGATGCTGGAGTTATCCAGTCACCCCGC s de CATGAGGTGACAGAGATGGGACAAGAAGTGACTCTGAGATGT cadeia AAACCAATTTCAGGCCACAACTCCCTTTTCTGGTACAGACAG beta de ACCATGATGCGGGGACTGGAGTTGCTCATTTACTTTAACAAC
EGFR AACGTTCCGATAGATGATTCAGGGATGCCCGAGGATCGATTC TCR3 TCAGCTAAGATGCCTAATGCATCATTCTCCACTCTGAAGATC
GGACAAGGCACCAGACTCACAGTTGTA 491 ATGGACTCCTGGACCTTCTGCTGCGTGAGCCTGTGCATCCTG
Nome SEQ Sequência
GGACAGGGCACCAGGCTGACAGTGGTG 492 MDSWTFCCVSLCILVAKHTDAGVIQSPRHEVTEMGQEVTLRC
GQGTRLTVV cadeia 493 MLTASLLRAVIASICVVSSMAQKVTQAQTEISVVEKEDVTLD alfa de CVYETRDTTYYLFWYKQPPSGELVFLIRRNSFDEQNEISGRY
EGFR SWNFQKSTSSFNFTITASQVVDSAVYFCALTPFPNAGGTSYG TCR3 KLTFGQGTILTVHPDIQNPEPAVYQLKDPRSQDSTLCLFTDF
VMGLRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS cadeia 494 MDSWTFCCVSLCILVAKHTDAGVIQSPRHEVTEMGQEVTLRC beta de KPISGHNSLFWYRQTMMRGLELLIYFNNNVPIDDSGMPEDRF
EGFR SAKMPNASFSTLKIQPSEPRDSAVYFCASSLAYLTGRVEAFF TCR3 GQGTRLTVVKDLRNVTPPKVSLFEPSKAEIANKQKATLVCLA
SGLVLMAMVKKKNS Peptídeo 495 QLIMQLMPF s 496 LIMQLMPFGC 497 MQLMPFGCLL
Nome SEQ Sequência
ID NO CDR1 de 498 TRDTTYY cadeia alfa de
EGFR TCR4 CDR2 de 499 RNSFDEQN cadeia alfa de
EGFR TCR4 CDR3 de 500 ALIRGSYQLI cadeia alfa de
EGFR TCR4 CDR1 de 501 DFQATT cadeia beta de
EGFR TCR4 CDR2 de 502 SNEGSKA cadeia beta de
EGFR TCR4 CDR3 de 503 SAQGSSGRIEQF cadeia
Nome SEQ Sequência
ID NO beta de
EGFR TCR4 domínios 504 ATGCTGACTGCCAGCCTGTTGAGGGCAGTCATAGCCTCCATC variávei TGTGTTGTATCCAGCATGGCTCAGAAGGTAACTCAAGCGCAG s de ACTGAAATTTCTGTGGTGGAGAAGGAGGATGTGACCTTGGAC cadeia TGTGTGTATGAAACCCGTGATACTACTTATTACTTATTCTGG alfa de TACAAGCAACCACCAAGTGGAGAATTGGTTTTCCTTATTCGT
EGFR CGGAACTCTTTTGATGAGCAAAATGAAATAAGTGGTCGGTAT TCR4 TCTTGGAACTTCCAGAAATCCACCAGTTCCTTCAACTTCACC
ACCAAGCTAATTATAAAGCCA 505 ATGCTGACCGCCTCTCTGCTGAGGGCCGTGATCGCCAGCATC
ACCAAGCTGATCATCAAGCCC 506 MLTASLLRAVIASICVVSSMAQKVTQAQTEISVVEKEDVTLD
Nome SEQ Sequência
ID NO Domínios 507 ATGCTGCTGCTTCTGCTGCTTCTGGGGCCAGGCTCCGGGCTT variávei GGTGCTGTCGTCTCTCAACATCCGAGCAGGGTTATCTGTAAG s de AGTGGAACCTCTGTGAAGATCGAGTGCCGTTCCCTGGACTTT cadeia CAGGCCACAACTATGTTTTGGTATCGTCAGTTCCCGAAACAG beta de AGTCTCATGCTGATGGCAACTTCCAATGAGGGCTCCAAGGCC
EGFR ACATACGAGCAAGGCGTCGAGAAGGACAAGTTTCTCATCAAC TCR4 CATGCAAGCCTGACCTTGTCCACTCTGACAGTGACCAGTGCC
CTCACCGTGCTA 508 ATGTTATTACTGCTGCTGCTGCTGGGACCAGGCTCCGGACTG
CTGACCGTGCTG 509 MLLLLLLLGPGSGLGAVVSQHPSRVICKSGTSVKIECRSLDF
LTVL cadeia 510 MLTASLLRAVIASICVVSSMAQKVTQAQTEISVVEKEDVTLD alfa de CVYETRDTTYYLFWYKQPPSGELVFLIRRNSFDEQNEISGRY
EGFR SWNFQKSTSSFNFTITASQVVDSAVYFCALIRGSYQLIWGAG TCR4 TKLIIKPDIQNPEPAVYQLKDPRSQDSTLCLFTDFDSQINVP
Nome SEQ Sequência
LLKVAGFNLLMTLRLWSS cadeia 511 MLLLLLLLGPGSGLGAVVSQHPSRVICKSGTSVKIECRSLDF beta de QATTMFWYRQFPKQSLMLMATSNEGSKATYEQGVEKDKFLIN
EGFR HASLTLSTLTVTSAHPEDSSFYICSAQGSSGRIEQFFGPGTR TCR4 LTVLKDLRNVTPPKVSLFEPSKAEIANKQKATLVCLARGFFP
MAMVKKKNS Peptídeo 512 QLIMQLMPF s 513 LIMQLMPFGC 514 MQLMPFGCLL CDR1 de 515 DSVNN cadeia alfa de
EGFR TCR5 CDR2 de 516 IPSGT cadeia alfa de
EGFR TCR5 CDR3 de 517 AVMDSSYKLI cadeia alfa de
Nome SEQ Sequência
EGFR TCR5 CDR1 de 518 DFQATT cadeia beta de
EGFR TCR5 CDR2 de 519 SNEGSKA cadeia beta de
EGFR TCR5 CDR3 de 520 SALPGFSYEQY cadeia beta de
EGFR TCR5 domínios 521 ATGAAGAGGATATTGGGAGCTCTGCTGGGGCTCTTGAGTGCC variávei CAGGTTTGCTGTGTGAGAGGAATACAAGTGGAGCAGAGTCCT s de CCAGACCTGATTCTCCAGGAGGGAGCCAATTCCACGCTGCGG cadeia TGCAATTTTTCTGACTCTGTGAACAATTTGCAGTGGTTTCAT alfa de CAAAACCCTTGGGGACAGCTCATCAACCTGTTTTACATTCCC
EGFR TCAGGGACAAAACAGAATGGAAGATTAAGCGCCACGACTGTC TCR5 GCTACGGAACGCTACAGCTTATTGTACATTTCCTCTTCCCAG
Nome SEQ Sequência
ID NO 522 ATGAAGAGAATCCTGGGCGCCCTGCTGGGACTGCTGTCCGCC
CGCCCT 523 MKRILGALLGLLSAQVCCVRGIQVEQSPPDLILQEGANSTLR
RP domínios 524 ATGCTGCTGCTTCTGCTGCTTCTGGGGCCAGGCTCCGGGCTT variávei GGTGCTGTCGTCTCTCAACATCCGAGCTGGGTTATCTGTAAG s de AGTGGAACCTCTGTGAAGATCGAGTGCCGTTCCCTGGACTTT cadeia CAGGCCACAACTATGTTTTGGTATCGTCAGTTCCCGAAACAG beta de AGTCTCATGCTGATGGCAACTTCCAATGAGGGCTCCAAGGCC
EGFR ACATACGAGCAAGGCGTCGAGAAGGACAAGTTTCTCATCAAC TCR5 CATGCAAGCCTGACCTTGTCCACTCTGACAGTGACCAGTGCC
ACGGTCACA 525 ATGTTATTACTGCTGCTGCTGCTGGGACCAGGCAGCGGACTG
Nome SEQ Sequência
ACAGTGACC 526 MLLLLLLLGPGSGLGAVVSQHPSWVICKSGTSVKIECRSLDF
TVT cadeia 527 MKRILGALLGLLSAQVCCVRGIQVEQSPPDLILQEGANSTLR alfa de CNFSDSVNNLQWFHQNPWGQLINLFYIPSGTKQNGRLSATTV
EGFR ATERYSLLYISSSQTTDSGVYFCAVMDSSYKLIFGSGTRLLV TCR5 RPDIQNPEPAVYQLKDPRSQDSTLCLFTDFDSQINVPKTMES
GFNLLMTLRLWSS cadeia 528 MLLLLLLLGPGSGLGAVVSQHPSWVICKSGTSVKIECRSLDF beta de QATTMFWYRQFPKQSLMLMATSNEGSKATYEQGVEKDKFLIN
EGFR HASLTLSTLTVTSAHPEDSSFYICSALPGFSYEQYFGPGTRL TCR5 TVTKDLRNVTPPKVSLFEPSKAEIANKQKATLVCLARGFFPD
AMVKKKNS Peptídeo 529 QLIMQLMPF s 530 LIMQLMPFGC
Nome SEQ Sequência
ID NO 531 MQLMPFGCLL
[0417] As modalidades a seguir são contempladas na revelação:
1. Um ácido nucleico que codifica pelo menos um receptor de célula T (TCR) que compreende um construto de cadeia alfa de TCR e/ou construto de cadeia beta de TCR capazes de se ligarem especificamente a um epítopo do RAS em complexo com um MHC humano, em que o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região determinante de complementaridade 3 (CDR3) que tem pelo menos 84 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 3, 18, 33, 49, 65, 81, 97, 113, 241, 257, 273, 289, 305, 321, 337, 353, 369, 385, 401, 417, 534, 547 e 560 e/ou em que o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região determinante de complementaridade 3 (CDR3) que tem pelo menos 84 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 6, 21, 36, 52, 68, 84, 100, 116, 244, 260, 276, 292, 308, 324, 340, 356, 372, 388, 404, 420, 537, 550 e 563.
2. Um ácido nucleico que codifica pelo menos um receptor de célula T (TCR) que compreende um construto de cadeia alfa de TCR e/ou construto de cadeia beta de TCR capazes de se ligarem especificamente a um epítopo do
RAS em complexo com um MHC humano, em que o epítopo do RAS compreende uma região que tem pelo menos 70 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 15, 30, 45, 46, 61, 62, 77, 78, 93, 94, 109, 110, 125, 126, 219-222, 253, 254, 269, 270, 285, 286, 301, 302, 317, 318, 333, 334, 349, 350, 365, 366, 381, 382, 397, 398, 413, 414, 429, 430, 544, 557 e
600.
3. Um ácido nucleico ou uma célula que compreende um ácido nucleico recombinante, em que o ácido nucleico codifica pelo menos um receptor de célula T (TCR) que compreende a. um construto de cadeia alfa de TCR e/ou b. um construto de cadeia beta de TCR em que o TCR se liga especificamente a um epítopo do RAS em complexo com um MHC humano codificado por um alelo HLA-A03:01.
4. Um ácido nucleico ou uma célula que compreende um ácido nucleico recombinante, em que o ácido nucleico codifica pelo menos um receptor de célula T (TCR) que compreende a. um construto de cadeia alfa de TCR e/ou b. um construto de cadeia beta de TCR em que o TCR se liga especificamente a um epítopo do RAS em complexo com um MHC humano codificado por um alelo HLA-A02:01.
5. Um ácido nucleico ou uma célula que compreende um ácido nucleico recombinante, em que o ácido nucleico codifica pelo menos um receptor de célula T (TCR) que compreende a. um construto de cadeia alfa de TCR e/ou b. um construto de cadeia beta de TCR em que o TCR se liga especificamente a um epítopo do RAS em complexo com um MHC humano codificado por um alelo HLA-A11:01.
6. O ácido nucleico da modalidade no parágrafo 3, em que o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % ou pelo menos 90 % ou 100 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 71, 87, 103, 295, 311, 327, 343, 359 e 391.
7. O ácido nucleico da modalidade no parágrafo 4, em que o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % ou pelo menos 90 % ou 100 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 9 e 24.
8. O ácido nucleico da modalidade no parágrafo 5, em que o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % ou pelo menos 90 % ou 100 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs:39, 55, 119, 247, 263, 279, 375, 407, 423, 539, 552 e 565.
9. O ácido nucleico da modalidade no parágrafo 3, em que o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % ou pelo menos 90 % ou 100 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 74, 90, 106, 298, 314, 330, 346, 362 e 394.
10. O ácido nucleico da modalidade 4, em que o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % ou pelo menos 90 % ou 100 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 12 e 27.
11. O ácido nucleico da modalidade 5, em que o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 %, ou pelo menos 90 %, ou 100 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 42, 58, 122, 250, 266, 282, 378, 410, 426, 541, 554 e 567.
12. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-3 e 6, em que o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região determinante de complementaridade 1 (CDR1) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 63, 79, 95, 287, 303, 319, 335, 351 e 383.
13. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-3 e 6, em que o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região determinante de complementaridade 1 (CDR1) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 66, 82, 98, 290, 306, 322, 338, 354 e 386.
14. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-2, 4 e 7, em que o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região determinante de complementaridade 1 (CDR1) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 1 e 16.
15. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-2, 4 e 10, em que o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região determinante de complementaridade 1 (CDR1) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 4 e 19.
16. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-2, 5 e 8, em que o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região determinante de complementaridade 1 (CDR1) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência to ou 100 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 31, 47, 111, 239, 255, 271, 367, 399, 415, 532, 545 e 558.
17. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-2, 5 e 11, em que o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região determinante de complementaridade 1 (CDR1) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs:34, 50, 114, 242, 258, 274, 370, 402, 418, 53, 548 e 561.
18. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-3, 6, e 12, em que o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região determinante de complementaridade 2 (CDR2) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 64, 80, 96, 288, 304, 320, 336,
352 e 384.
19. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-3, 6, e 13 em que o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região determinante de complementaridade 2 (CDR2) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 67, 83, 99, 291, 307, 323, 339, 355 e 387.
20. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-2, 4, 7 e 14, em que o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região determinante de complementaridade 2 (CDR2) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 2 e 17.
21. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-2, 4, 10 e 15, em que o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região determinante de complementaridade 2 (CDR2) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 5 e 20.
22. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-2, 5, 8, e 16 em que o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região determinante de complementaridade 2 (CDR2) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 32, 48, 112, 240, 256, 272, 368,
400, 416, 533, 546 e 559.
23. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-2, 5, 11 e 17 em que o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região determinante de complementaridade 2 (CDR2) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 35, 51, 115, 243, 259, 275, 371, 403, 419, 536, 549 e 562.
24. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-3, 6, 12 e 18 em que o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região determinante de complementaridade 3 (CDR3) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 65, 81, 97, 289, 305, 321, 337, 353 e 385.
25. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-3, 6, 13 e 19, em que o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região determinante de complementaridade 3 (CDR3) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 68, 84, 100, 292, 308, 324, 340, 356 e 388.
26.O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades 1-2, 4, 7 14 e 20, em que o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região determinante de complementaridade 3 (CDR3) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 3 e 18.
27. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-2, 4, 10, 15 e 21 em que o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região determinante de complementaridade 3 (CDR3) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 6 e 21.
28. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-2, 5, 8, 16 e 22, em que o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região determinante de complementaridade 3 (CDR3) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs:33, 49, 113, 241, 257, 273, 369, 401, 417, 534, 547 e 560.
29. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-2, 5, 11, 17 e 23, em que o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região determinante de complementaridade 3 (CDR3) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs:36, 52, 116, 244, 260, 276, 372, 404, 420, 537, 550 e 563.
30. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-5, em que a. o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para a
SEQ ID NO: 9; e b. o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 12.
31. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-5 ou 30, em que a. o construto de cadeia alfa de TCR compreende i. uma CDR1 de SEQ ID NO: 1, ii. uma CDR2 de SEQ ID NO: 2, e iii. uma CDR3 de SEQ ID NO: 3; e b. o construto de cadeia beta de TCR compreende i. uma CDR1 de SEQ ID NO: 4, ii. uma CDR2 de SEQ ID NO: 5, e iii. uma CDR3 de SEQ ID NO: 6.
32. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-5, em que a. o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 24; e b. o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 27.
33. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-5 e 32, em que a. o construto de cadeia alfa de TCR compreende i. uma CDR1 de SEQ ID NO: 16, ii. uma CDR2 de SEQ ID NO: 17, e iii. uma CDR3 de SEQ ID NO: 18; e b. o construto de cadeia beta de TCR compreende i. uma CDR1 de SEQ ID NO: 19, ii. uma CDR2 de SEQ ID NO: 20, e iii. uma CDR3 de SEQ ID NO: 21.
34. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-5, em que a. o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 39; e b. o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 42.
35. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-5 e 34, em que a. o construto de cadeia alfa de TCR compreende i. uma CDR1 de SEQ ID NO: 31, ii. uma CDR2 de SEQ ID NO: 32 e iii. uma CDR3 de SEQ ID NO: 33; e b. o construto de cadeia beta de TCR compreende i. uma CDR1 de SEQ ID NO: 34, ii. uma CDR2 de SEQ ID NO: 35 e iii. uma CDR3 de SEQ ID NO: 36.
36. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-5, em que a. o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 55; e b. o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 58.
37. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-5 e 36, em que a. o construto de cadeia alfa de TCR compreende i. uma CDR1 de SEQ ID NO: 47, ii. uma CDR2 de SEQ ID NO: 48 e iii. uma CDR3 de SEQ ID NO: 49; e b. o construto de cadeia beta de TCR compreende i. uma CDR1 de SEQ ID NO: 50, ii. uma CDR2 de SEQ ID NO: 51 e iii. uma CDR3 de SEQ ID NO: 52.
38. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-5, em que a. o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 71; e b. o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 74.
39. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-5 e 38, em que a. o construto de cadeia alfa de TCR compreende i. uma CDR1 de SEQ ID NO: 63, ii. uma CDR2 de SEQ ID NO: 64 e iii. uma CDR3 de SEQ ID NO: 65; e b. o construto de cadeia beta de TCR compreende i. uma CDR1 de SEQ ID NO: 66, ii. uma CDR2 de SEQ ID NO: 67 e iii. uma CDR3 de SEQ ID NO: 68.
40. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-5, em que a. o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 87; e b. o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 90.
41. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-5 e 40, em que a. o construto de cadeia alfa de TCR compreende i. uma CDR1 de SEQ ID NO: 79, ii. uma CDR2 de SEQ ID NO: 80 e iii. uma CDR3 de SEQ ID NO: 81; e b. o construto de cadeia beta de TCR compreende i. uma CDR1 de SEQ ID NO: 82, ii. uma CDR2 de SEQ ID NO: 83 e iii. uma CDR3 de SEQ ID NO: 84.
42. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-5, em que a. o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 103; e b. o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 106.
43. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-5 e 42, em que a. o construto de cadeia alfa de TCR compreende i. uma CDR1 de SEQ ID NO: 95, ii. uma CDR2 de SEQ ID NO: 96 e iii. uma CDR3 de SEQ ID NO: 97; e b. o construto de cadeia beta de TCR compreende i. uma CDR1 de SEQ ID NO: 98, ii. uma CDR2 de SEQ ID NO: 99 e iii. uma CDR3 de SEQ ID NO: 100.
44. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-5, em que a. o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 119; e b. o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 122.
45. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-5 e 44, em que a. o construto de cadeia alfa de TCR compreende i. uma CDR1 de SEQ ID NO: 111, ii. uma CDR2 de SEQ ID NO: 112 e iii. uma CDR3 de SEQ ID NO: 113; e b. o construto de cadeia beta de TCR compreende i. uma CDR1 de SEQ ID NO: 114, ii. uma CDR2 de SEQ ID NO: 115 e iii. uma CDR3 de SEQ ID NO: 116.
46. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades 1-5, em que a. o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 247; e b. o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 250.
47. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-5 e 46, em que a. o construto de cadeia alfa de TCR compreende i. uma CDR1 de SEQ ID NO: 239, ii. uma CDR2 de SEQ ID NO: 240 e iii. uma CDR3 de SEQ ID NO: 241; e b. o construto de cadeia beta de TCR compreende i. uma CDR1 de SEQ ID NO: 242, ii. uma CDR2 de SEQ ID NO: 243 e iii. uma CDR3 de SEQ ID NO: 244.
48. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-5, em que a. o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 263; e b. o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 266.
49. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-5 e 48, em que a. o construto de cadeia alfa de TCR compreende i. uma CDR1 de SEQ ID NO: 255, ii. uma CDR2 de SEQ ID NO: 256 e iii. uma CDR3 de SEQ ID NO: 257; e b. o construto de cadeia beta de TCR compreende i. uma CDR1 de SEQ ID NO: 258, ii. uma CDR2 de SEQ ID NO: 259 e iii. uma CDR3 de SEQ ID NO: 260.
50. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-5, em que a. o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 279; e b. o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 282.
51. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-5 e 50, em que a. o construto de cadeia alfa de TCR compreende i. uma CDR1 de SEQ ID NO: 271, ii. uma CDR2 de SEQ ID NO: 272 e iii. uma CDR3 de SEQ ID NO: 273; e b. o construto de cadeia beta de TCR compreende i. uma CDR1 de SEQ ID NO: 274, ii. uma CDR2 de SEQ ID NO: 275 e iii. uma CDR3 de SEQ ID NO: 276.
52. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-5, em que a. o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 295; e b. o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência to S ou 100 % de identidade de sequência to EQ ID NO: 298.
53. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-5 e 52, em que a. o construto de cadeia alfa de TCR compreende i. uma CDR1 de SEQ ID NO: 287, ii. uma CDR2 de SEQ ID NO: 288 e iii. uma CDR3 de SEQ ID NO: 289; e b. o construto de cadeia beta de TCR compreende i. uma CDR1 de SEQ ID NO: 290, ii. uma CDR2 de SEQ ID NO: 291 e iii. uma CDR3 de SEQ ID NO: 292.
54. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-5, em que a. o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 311; e b. o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 314.
55. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-5 e 54, em que a. o construto de cadeia alfa de TCR compreende i. uma CDR1 de SEQ ID NO: 303, ii. uma CDR2 de SEQ ID NO: 304 e iii. uma CDR3 de SEQ ID NO: 305; e b. o construto de cadeia beta de TCR compreende i. uma CDR1 de SEQ ID NO: 306, ii. uma CDR2 de SEQ ID NO: 307 e iii. uma CDR3 de SEQ ID NO: 308.
56. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-5, em que a. o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 327; e b. o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 330.
57. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-5 e 56, em que a. o construto de cadeia alfa de TCR compreende i. uma CDR1 de SEQ ID NO: 319, ii. uma CDR2 de SEQ ID NO: 320 e iii. uma CDR3 de SEQ ID NO: 321; e b. o construto de cadeia beta de TCR compreende i. uma CDR1 de SEQ ID NO: 322, ii. uma CDR2 de SEQ ID NO: 323 e iii. uma CDR3 de SEQ ID NO: 324.
58. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-5, em que a. o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 343; e b. o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 346.
59. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-5 e 58, em que a. o construto de cadeia alfa de TCR compreende i. uma CDR1 de SEQ ID NO: 335, ii. uma CDR2 de SEQ ID NO: 336 e iii. uma CDR3 de SEQ ID NO: 337; e b. o construto de cadeia beta de TCR compreende i. uma CDR1 de SEQ ID NO: 338, ii. uma CDR2 de SEQ ID NO: 339 e iii. uma CDR3 de SEQ ID NO: 340.
60. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-5, em que a. o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 359; e b. o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 361.
61. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-5 e 60, em que a. o construto de cadeia alfa de TCR compreende i. uma CDR1 de SEQ ID NO: 351, ii. uma CDR2 de SEQ ID NO: 352 e iii. uma CDR3 de SEQ ID NO: 353; e b. o construto de cadeia beta de TCR compreende i. uma CDR1 de SEQ ID NO: 354, ii. uma CDR2 de SEQ ID NO: 355 e iii. uma CDR3 de SEQ ID NO: 356.
62. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-5, em que a. o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 375; e b. o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 378.
63. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-5 e 62, em que a. o construto de cadeia alfa de TCR compreende i. uma CDR1 de SEQ ID NO: 367, ii. uma CDR2 de SEQ ID NO: 368 e iii. uma CDR3 de SEQ ID NO: 369; e b. o construto de cadeia beta de TCR compreende i. uma CDR1 de SEQ ID NO: 370, ii. uma CDR2 de SEQ ID NO: 371 e iii. uma CDR3 de SEQ ID NO: 372.
64. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-5, em que a. o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 391; e b. o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 394.
65. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-5 e 64, em que a. o construto de cadeia alfa de TCR compreende i. uma CDR1 de SEQ ID NO: 383, ii. uma CDR2 de SEQ ID NO: 384 e iii. uma CDR3 de SEQ ID NO: 385; e b. o construto de cadeia beta de TCR compreende i. uma CDR1 de SEQ ID NO: 386, ii. uma CDR2 de SEQ ID NO: 387 e iii. uma CDR3 de SEQ ID NO: 388.
66. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-5, em que a. o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 407; e b. o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 410.
67. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-5 e 66, em que a. o construto de cadeia alfa de TCR compreende i. uma CDR1 de SEQ ID NO: 399, ii. uma CDR2 de SEQ ID NO: 400 e iii. uma CDR3 de SEQ ID NO: 401; e b. o construto de cadeia beta de TCR compreende i. uma CDR1 de SEQ ID NO: 402, ii. uma CDR2 de SEQ ID NO: 403 e iii. uma CDR3 de SEQ ID NO: 404.
68. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-5, em que a. o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 423; e b. o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 426.
69. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-5 e 68, em que a. o construto de cadeia alfa de TCR compreende i. uma CDR1 de SEQ ID NO: 415, ii. uma CDR2 de SEQ ID NO: 416 e iii. uma CDR3 de SEQ ID NO: 417; e b. o construto de cadeia beta de TCR compreende i. uma CDR1 de SEQ ID NO: 418, ii. uma CDR2 de SEQ ID NO: 419 e iii. uma CDR3 de SEQ ID NO: 420.
70. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-5, em que a. o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 542; e b. o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 543.
71. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-5 e 70, em que a. o construto de cadeia alfa de TCR compreende i. uma CDR1 de SEQ ID NO: 532, ii. uma CDR2 de SEQ ID NO: 533 e iii. uma CDR3 de SEQ ID NO: 534; e b. o construto de cadeia beta de TCR compreende i. uma CDR1 de SEQ ID NO: 535, ii. uma CDR2 de SEQ ID NO: 536 e iii. uma CDR3 de SEQ ID NO: 537.
72. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-5, em que a. o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 555; e b. o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 556.
73. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-5 e 72, em que a. o construto de cadeia alfa de TCR compreende i. uma CDR1 de SEQ ID NO: 545, ii. uma CDR2 de SEQ ID NO: 546 e iii. uma CDR3 de SEQ ID NO: 547; e b. o construto de cadeia beta de TCR compreende i. uma CDR1 de SEQ ID NO: 548, ii. uma CDR2 de SEQ ID NO: 549 e iii. uma CDR3 de SEQ ID NO: 550.
74. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-5, em que a. o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 568; e b. o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 569.
75. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-5 e 74, em que a. o construto de cadeia alfa de TCR compreende i. uma CDR1 de SEQ ID NO: 558, ii. uma CDR2 de SEQ ID NO: 559 e iii. uma CDR3 de SEQ ID NO: 560; e b. o construto de cadeia beta de TCR compreende i. uma CDR1 de SEQ ID NO: 561, ii. uma CDR2 de SEQ ID NO: 562 e iii. uma CDR3 de SEQ ID NO: 563.
76. Um ácido nucleico que codifica pelo menos um receptor de célula T (TCR) que compreende um construto de cadeia alfa de TCR e/ou construto de cadeia beta de TCR capazes de se ligarem especificamente a um epítopo de TMPRSS2:ERG em complexo com um MHC humano, em que o construto de cadeia alfa de TCR e/ou o construto de cadeia beta de TCR compreendem uma região determinante de complementaridade 3 (CDR3) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NO: 144 e SEQ ID NO: 147.
77. Um ácido nucleico que codifica pelo menos um receptor de célula T (TCR) que compreende um construto de cadeia alfa de TCR e/ou construto de cadeia beta de TCR capazes de se ligarem especificamente a um epítopo de TMPRSS2:ERG em complexo com um MHC humano, em que o epítopo de TMPRSS2:ERG compreende uma região que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para a sequência de aminoácidos SEQ ID NO: 156.
78. O ácido nucleico da modalidade no parágrafo 76 ou 77, em que o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 150.
79. O ácido nucleico da modalidade no parágrafo 76 ou 77,
em que o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 153.
80. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 76-80, em que o construto de cadeia alfa de TCR e/ou o construto de cadeia beta de TCR compreendem uma região determinante de complementaridade 1 (CDR1) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 142 ou SEQ ID NO: 145, respectivamente.
81. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 76-80, em que o construto de cadeia alfa de TCR e/ou o construto de cadeia beta de TCR compreendem uma região determinante de complementaridade 2 (CDR2) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência to ou 100 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 143 ou SEQ ID NO: 146.
82. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 76-81, em que a. o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 150; e b. o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 153.
83. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 76-82, em que a. o construto de cadeia alfa de TCR compreende i. uma CDR1 de SEQ ID NO: 142, ii. uma CDR2 de SEQ ID NO: 143 e iii. uma CDR3 de SEQ ID NO: 144; e b. o construto de cadeia beta de TCR compreende i. uma CDR1 de SEQ ID NO: 145, ii. uma CDR2 de SEQ ID NO: 146 e iii. uma CDR3 de SEQ ID NO: 147.
84. Um ácido nucleico que codifica pelo menos um receptor de célula T (TCR) que compreende um construto de cadeia alfa de TCR e/ou construto de cadeia beta de TCR capazes de se ligarem especificamente a um epítopo de GATA3 em complexo com um MHC humano, em que o construto de cadeia alfa de TCR e/ou o construto de cadeia beta de TCR compreendem uma região determinante de complementaridade 3 (CDR3) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 129, 132, 191, 194, 206 e 209.
85. Um ácido nucleico que codifica pelo menos um receptor de célula T (TCR) capaz de se ligar especificamente a um peptídeo GATA3 mutante em complexo com uma proteína codificada por um alelo HLA de um indivíduo com câncer, em que o TCR compreende a. um construto de cadeia alfa de TCR e/ou b. um construto de cadeia beta de TCR.
86. Um ácido nucleico recombinante, ou uma célula que compreende um ácido nucleico recombinante, em que o ácido nucleico codifica um receptor de célula T (TCR) que compreende um construto de cadeia alfa de TCR e/ou um construto de cadeia beta de TCR, em que o TCR a. se liga especificamente a um peptídeo GATA3 mutante em complexo com uma proteína HLA-A02:01, HLA- B07:02 ou HLA-B08:01; b. compreende uma cadeia alfa região determinante de complementaridade 3 (CDR3) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para a SEQ ID NOs: 129, 132, 191, 194, 206 ou 209; e/ou c. se liga especificamente a um peptídeo GATA3 mutante que compreende uma região com pelo menos 70 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 141, 203 ou 218.
87. Um ácido nucleico que codifica pelo menos um receptor de célula T (TCR) que compreende um construto de cadeia alfa de TCR e/ou construto de cadeia beta de TCR capazes de se ligarem especificamente a um epítopo de GATA3 em complexo com um MHC humano, em que o epítopo de GATA3 compreende uma região que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para a sequência de aminoácidos SEQ ID NO: 141, 203 ou 218.
88. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 84-87, em que o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 135, 197 ou
212.
89. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 84-87, em que o construto de cadeia beta de
TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 138, 200 ou
215.
90. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 84-87, em que o construto de cadeia alfa de TCR e/ou o construto de cadeia beta de TCR compreendem uma região determinante de complementaridade 1 (CDR1) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 127, 130, 189, 192, 204 e 207.
91. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 84-87, em que o construto de cadeia alfa de TCR e/ou o construto de cadeia beta de TCR compreendem uma região determinante de complementaridade 2 (CDR2) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência to ou 100 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 128, 131, 190, 193, 205 e 208.
92. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 84-87, em que a. o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 135; e b. o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 138.
93. O ácido nucleico da modalidade no parágrafo 86, em que a. o construto de cadeia alfa de TCR compreende i. uma CDR1 de SEQ ID NO: 127, ii. uma CDR2 de SEQ ID NO: 128 e iii. uma CDR3 de SEQ ID NO: 129; e b. o construto de cadeia beta de TCR compreende i. uma CDR1 de SEQ ID NO: 130, ii. uma CDR2 de SEQ ID NO: 131 e iii. uma CDR3 de SEQ ID NO: 132.
94. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 84-87, em que a. o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 197; e b. o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 200.
95. O ácido nucleico da modalidade no parágrafo 94, em que a. o construto de cadeia alfa de TCR compreende i. uma CDR1 de SEQ ID NO: 189, ii. uma CDR2 de SEQ ID NO: 190 e iii. uma CDR3 de SEQ ID NO: 191; e b. o construto de cadeia beta de TCR compreende i. uma CDR1 de SEQ ID NO: 192, ii. uma CDR2 de SEQ ID NO: 193 e iii. uma CDR3 de SEQ ID NO: 194.
96. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 78-85, em que a. o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 212; e b. o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 215.
97. O ácido nucleico da modalidade no parágrafo 90, em que a. o construto de cadeia alfa de TCR compreende i. uma CDR1 de SEQ ID NO: 204, ii. uma CDR2 de SEQ ID NO: 205 e iii. uma CDR3 de SEQ ID NO: 206; e b. o construto de cadeia beta de TCR compreende i. uma CDR1 de SEQ ID NO: 207, ii. uma CDR2 de SEQ ID NO: 208 e iii. uma CDR3 de SEQ ID NO: 209.
98. Um ácido nucleico que codifica pelo menos um receptor de célula T (TCR) que compreende um construto de cadeia alfa de TCR e/ou construto de cadeia beta de TCR capazes de se ligarem especificamente a um epítopo de BTK em complexo com um MHC humano, em que o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região determinante de complementaridade 3 (CDR3) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NO: 161 e SEQ ID NO: 176, ou em que o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região determinante de complementaridade 3 (CDR3) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NO: 164 e SEQ ID NO: 179.
99. Um ácido nucleico que codifica pelo menos um receptor de célula T (TCR) capaz de se ligar especificamente a um peptídeo BTK mutante em complexo com uma proteína codificada por um alelo HLA de um indivíduo com câncer, em que o TCR compreende (a) um construto de cadeia alfa de TCR e/ou (b) um construto de cadeia beta de TCR.
100. Um ácido nucleico recombinante, ou uma célula que compreende um ácido nucleico recombinante, em que o ácido nucleico codifica um receptor de célula T (TCR) que compreende um construto de cadeia alfa de TCR e/ou um construto de cadeia beta de TCR, em que o TCR A. se liga especificamente a um peptídeo BTK mutante em complexo com uma proteína de HLA-A02:01; b. compreende uma região determinante de complementaridade 3 (CDR3) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 161, 164, 176 ou 179; e/ou c. se liga especificamente a um peptídeo BTK mutante que compreende uma região com pelo menos 70 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 173 ou 188.
101. Um ácido nucleico que codifica pelo menos um receptor de célula T (TCR) que compreende um construto de cadeia alfa de TCR e/ou construto de cadeia beta de TCR capazes de se ligarem especificamente a um epítopo de BTK em complexo com um MHC humano, em que o epítopo de BTK compreende uma região que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para a sequência de aminoácidos SEQ ID NO: 173 ou 188.
102. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 98-101, em que o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 167 ou 182.
103. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 98-102, em que o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 170 ou 185.
104. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 98-103, em que o construto de cadeia alfa de TCR e/ou o construto de cadeia beta de TCR compreendem uma região determinante de complementaridade 1 (CDR1) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 159, 162, 174 e
177.
105. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 98-104, em que o construto de cadeia alfa de TCR e/ou o construto de cadeia beta de TCR compreendem uma região determinante de complementaridade 2 (CDR2) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 160, 163, 175 e
178.
106. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 98-105, em que a. o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 167 ou 182; e b. o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 170 ou 185.
107. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 98-106, em que a. o construto de cadeia alfa de TCR compreende i. uma CDR1 de SEQ ID NO: 159 ou 174, ii. uma CDR2 de SEQ ID NO: 160 ou 175 e iii. uma CDR3 de SEQ ID NO: 161 ou 176; e b. o construto de cadeia beta de TCR compreende i. uma CDR1 de SEQ ID NO: 162 ou 177, ii. uma CDR2 de SEQ ID NO: 163 ou 178 e iii. uma CDR3 de SEQ ID NO: 164 ou 179.
108. Um ácido nucleico que codifica pelo menos um receptor de célula T (TCR) que compreende um construto de cadeia alfa de TCR e/ou construto de cadeia beta de TCR capazes de se ligarem especificamente a um epítopo de EGFR em complexo com um MHC humano, em que o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região determinante de complementaridade 3 (CDR3) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NO: 449,
SEQ ID NO: 466, SEQ ID NO: 483, SEQ ID NO: 500 e SEQ ID NO: 517, ou em que o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região determinante de complementaridade 3 (CDR3) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NO: 452, SEQ ID NO: 469, SEQ ID NO: 486, SEQ ID NO: 503 e SEQ ID NO: 520.
109. Um ácido nucleico que codifica pelo menos um receptor de célula T (TCR) capaz de se ligar especificamente a um peptídeo EGFR mutante em complexo com uma proteína codificada por um alelo HLA de um indivíduo com câncer, em que o TCR compreende a. um construto de cadeia alfa de TCR e/ou b. um construto de cadeia beta de TCR.
110. Um ácido nucleico recombinante, ou uma célula que compreende um ácido nucleico recombinante, em que o ácido nucleico codifica um receptor de célula T (TCR) que compreende um construto de cadeia alfa de TCR e/ou um construto de cadeia beta de TCR, em que o TCR A. se liga especificamente a um peptídeo EGFR mutante em complexo com uma proteína de HLA-A02:01; b. compreende uma região determinante de complementaridade 3 (CDR3) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 449, 466, 483, 500, 517, 452, 469, 486, 503 ou 520; e/ou c. se liga especificamente a um peptídeo EGFR mutante que compreende uma região com pelo menos 70 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 461, 462, 463, 478, 479, 480, 495, 496, 497, 512, 513, 514, 529, 530 ou 531.
111. Um ácido nucleico que codifica pelo menos um receptor de célula T (TCR) que compreende um construto de cadeia alfa de TCR e/ou construto de cadeia beta de TCR capazes de se ligarem especificamente a um epítopo de EGFR em complexo com um MHC humano, em que o epítopo de EGFR compreende uma região que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para a sequência de aminoácidos SEQ ID NO: 461, 462, 463, 478, 479, 480, 495, 496, 497, 512, 513, 514, 529, 530 ou 531.
112. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 108-111, em que o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 455, 472, 489, 506 ou 526.
113. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 108-112, em que o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 458, 475, 492, 509 ou 526.
114. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 108-113, em que o construto de cadeia alfa de TCR e/ou o construto de cadeia beta de TCR compreendem uma região determinante de complementaridade 1 (CDR1) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 447, 464, 481, 498, 515, 450, 467, 484, 501 e 518.
115. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 108-114, em que o construto de cadeia alfa de TCR e/ou o construto de cadeia beta de TCR compreendem uma região determinante de complementaridade 2 (CDR2) que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NOs: 448, 465, 482, 499, 516, 451, 468, 485, 502 e 519.
116. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 108-115, em que a. o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para ou 100 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 455, 472, 489, 506 ou 523; e b. o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para a SEQ ID NO: 458, 475, 492, 509 ou
526.
117. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 108-116, em que a. o construto de cadeia alfa de TCR compreende i. uma CDR1 de SEQ ID NO: 447, 464, 481, 498 ou 515, ii. uma CDR2 de SEQ ID NO: 448, 465, 482, 499 ou 516, e iii. uma CDR3 de SEQ ID NO: 449, 466, 483, 500 ou
517; e b. o construto de cadeia beta de TCR compreende i. uma CDR1 de SEQ ID NO: 450, 467, 484, 501 ou 518, ii. uma CDR2 de SEQ ID NO: 451, 468, 485, 502 ou 519, e iii. uma CDR3 de SEQ ID NO: 452, 469, 486, 503 ou
520.
118. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-117, em que o epítopo compreende uma mutação selecionada a partir do grupo que consiste em uma mutação pontual, uma mutação de sítio de emenda, uma mutação de troca de fase de leitura, uma mutação de leitura direta, uma mutação de resistência, uma mutação de fusão de gene e qualquer combinação dos mesmos
119. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades 1-69, em que o MHC humano é codificado pelo alelo HLA-A02:01 ou alelo HLA-A03:01 ou alelo HLA-A11:01.
120. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-69, em que o epítopo compreende uma mutação pontual.
121. O ácido nucleico da modalidade no parágrafo 120, em que a mutação pontual é uma mutação de G12V.
122. O ácido nucleico da modalidade no parágrafo 120, em que a mutação pontual é uma mutação de G12C.
123. O ácido nucleico da modalidade no parágrafo 120, em que a mutação pontual é uma mutação de G12D.
124. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 76-83, em que o MHC humano é codificado pelo alelo HLA-A02:01.
125. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 76-83 e 124, em que o epítopo compreende uma mutação de fusão de gene.
126. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 84-97, em que o MHC humano é codificado pelo alelo HLA-A02:01, HLA-B07:02 ou HLA-B08:01.
127. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 84-97 e 126, em que o epítopo compreende uma mutação de troca de fase de leitura.
128. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 98-107, em que o MHC humano é codificado pelo alelo HLA-A02:01.
129. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 98-107 e 128, em que o epítopo compreende uma mutação pontual.
130. O ácido nucleico da modalidade no parágrafo 129, em que a mutação pontual é mutação de C481S.
131. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 108-117, em que o MHC humano é codificado pelo alelo HLA-A02:01.
132. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 108-117, em que o epítopo compreende uma mutação pontual.
133. O ácido nucleico da modalidade no parágrafo 132, em que a mutação pontual é T790M.
134. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-130, em que o epítopo tem um comprimento de pelo menos 8 aminoácidos.
135. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-134, em que o epítopo tem um comprimento de pelo menos 16 aminoácidos.
136.O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades 1-135, em que o epítopo tem um comprimento de 8-25 aminoácidos.
137.O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades 1-136, em que o epítopo tem um comprimento de 8-12 aminoácidos.
138. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-136, em que o epítopo tem um comprimento de 16-25 aminoácidos.
139. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-136, em que o epítopo tem um comprimento de 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24 ou 25 aminoácidos.
140. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-139, em que o epítopo se liga ao MHC humano com uma afinidade maior que um epítopo do tipo selvagem correspondente.
141. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-140, em que o epítopo se liga ao MHC humano com uma KD ou uma IC50 menor que 500 nM, 250 nM, 150 nM, 100 nM, 50 nM, 25 nM ou 10 nM.
142. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades 108- 141, em que a mutação não está presente em células não cancerosas de um indivíduo.
143. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-142, em que o epítopo é codificado por um gene ou um gene expresso de células cancerosas de um indivíduo.
144. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-143, em que o TCR se liga a um complexo de peptídeo de MHC com uma KD ou uma IC50 menor que 500 nM, 250 nM, 150 nM, 100 nM, 50 nM, 25 nM ou 10 nM.
145. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-144, em que o ácido nucleico é operavelmente ligado a um promotor.
146. Um vetor que compreende o ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-145.
147. O vetor da modalidade no parágrafo 146, em que o vetor é um replicon, plasmídeo, fago, transposon, cosmídeo, vírus ou virion de RNA de autoamplificação.
148. O vetor da modalidade nos parágrafos 146 ou 147, em que o vetor é um vetor viral.
149. O vetor da modalidade no parágrafo 148, em que o vetor é derivado de um retrovírus, lentivírus, adenovírus, vírus adenoassociado, vírus do herpes, pox vírus, alfa vírus, vírus da vacina, vírus da hepatite B, papiloma humano ou um pseudotipo dos mesmos.
150. O vetor da modalidade nos parágrafos 146 ou 147, em que o vetor é um vetor não viral.
151. O vetor da modalidade no parágrafo 150, em que o vetor não viral é uma nanopartícula, um lipídeo catiônico, um polímero catiônico, um nanopolímero metálico, um nanorod, um lipossomo, uma micela, uma microbolha, um peptídeo de penetração de célula ou uma liposfera.
152. Uma proteína codificada pelo ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-145.
153. Uma célula que compreende o ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-149, o vetor de qualquer uma das modalidades 144-149, ou a proteína da modalidade 146.
154. A célula da modalidade 153, em que a célula é uma célula T CD4+.
155. A célula da modalidade 153, em que a célula é uma célula T CD8+.
156. A célula da modalidade 153, em que a célula é uma célula autóloga.
157. A célula da modalidade 153, em que a célula é uma célula alogênica.
158. A célula da modalidade 153, em que a célula é uma célula exterminadora natural, uma célula B ou uma linhagem celular imortalizada.
159. A célula de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 153-156, em que a célula é uma célula humana.
160. Uma composição farmacêutica que compreende o ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-143, o vetor de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 146-151, a proteína da modalidade no parágrafo 152, ou a célula de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 153-159; e um diluente ou excipiente farmaceuticamente aceitável.
161. A composição farmacêutica da modalidade nos parágrafos 160, que compreende adicionalmente um agente imunomodulador ou um adjuvante.
162. A composição farmacêutica da modalidade no parágrafo 161, em que o agente imunomodulador é uma citocina.
163. A composição farmacêutica de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 160-162, em que o adjuvante é poli I:C.
164. A composição farmacêutica de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 160-163, para uso no tratamento de uma doença imune ou câncer.
165. Uso da composição farmacêutica de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 160-164, para tratar uma doença imune ou câncer.
166. Uso do ácido nucleico de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 1-145, do vetor de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 146-151, da proteína da modalidade no parágrafo 152 ou da célula de qualquer uma das modalidades 153-159, para fabricação de um medicamento para tratar uma doença imune ou câncer.
167. O uso da modalidade no parágrafo 166, em que o medicamento é uma terapia de célula T adotiva ou uma terapia de gene de TCR.
168. Um método de tratamento de um indivíduo com uma doença ou condição, que compreende administrar ao indivíduo a composição farmacêutica de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 160-164.
169. Um método de tratamento de um indivíduo com câncer que compreende administrar ao indivíduo a composição farmacêutica de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 160-164.
170. Um método de tratamento de um indivíduo com câncer que compreende administrar ao indivíduo a composição farmacêutica de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 160-164; em que o indivíduo é identificado como expressando ou expressa uma proteína codificada por um alelo HLA-A02:01, um alelo HLA-B07:02, um alelo
HLA-B08:01, um alelo HLA-A03:01, um alelo HLA-A11:01, um alelo HLA-A03:02, um alelo HLA-A30:01, um alelo HLA-A31:01, um alelo HLA-A33:01, um alelo HLA-A33:03, um alelo HLA-A68:01 ou um alelo HLA-A74:01 do genoma do indivíduo.
171. Um método de tratamento de um indivíduo com câncer que compreende administrar um TCR ou célula T que expressa o TCR ao indivíduo, em que o TCR se liga especificamente a um peptídeo RAS mutante em complexo com uma proteína codificada por um HLA-A02:01, um alelo HLA-A03:01, um alelo HLA-A11:01, um alelo HLA- A03:02, um alelo HLA-A30:01, um alelo HLA-A31:01, um alelo HLA-A33:01, um alelo HLA-A33:03, um alelo HLA- A68:01 ou um HLA-A74:01; em que o indivíduo é identificado como expressando ou expressa uma proteína codificada por um alelo HLA-A03:01, um alelo HLA- A11:01, um alelo HLA-A03:02, um alelo HLA-A30:01, um alelo HLA-A31:01, um alelo HLA-A33:01, um alelo HLA- A33:03, um alelo HLA-A68:01 ou um alelo HLA-A74:01, em que o indivíduo expressa o alelo HLA.
172. Um método de tratamento de um indivíduo com câncer que compreende administrar ao indivíduo a composição farmacêutica de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 154-158; em que o TCR se liga a um peptídeo RAS mutante que compreende uma mutação em G12 em complexo com um HLA-A02:01. um alelo HLA-A03:01, um alelo HLA-A11:01, um alelo HLA-A03:02, um alelo HLA- A30:01, um alelo HLA-A31:01, um alelo HLA-A33:01, um alelo HLA-A33:03, um alelo HLA-A68:01 ou um HLA-A74:01; em que o indivíduo é identificado como expressando uma proteína codificada por um alelo HLA-A03:01, um alelo HLA-A11:01, um alelo HLA-A03:02, um alelo HLA-A30:01, um alelo HLA-A31:01, um alelo HLA-A33:01, um alelo HLA-A33:03, um alelo HLA-A68:01 ou um alelo HLA-A74:01.
173. Um método de tratamento de um indivíduo com câncer que compreende administrar ao indivíduo uma composição que compreende um receptor de célula T (TCR) específico para um peptídeo GATA3 mutante em complexo com uma proteína de HLA; em que o peptídeo GATA3 mutante compreende pelo menos um aminoácido mutante e é fragmento de pelo menos 8 aminoácidos contíguos de uma proteína de GATA3 mutante proveniente de uma mutação em um gene GATA3 de uma célula cancerosa; em que o peptídeo GATA3 mutante se liga a uma proteína codificada por um alelo HLA-A02:01, HLA-B07:02 ou HLA- B08:01.
174. Um método de tratamento de um indivíduo com câncer que compreende administrar ao indivíduo uma composição que compreende um receptor de célula T (TCR) específico para um peptídeo GATA3 mutante em complexo com uma proteína de HLA; em que o peptídeo GATA3 mutante compreende um ou mais aminoácidos de GATA3 mutante codificados por uma sequência de GATA3 neoORF, em que o peptídeo GATA3 mutante se liga a uma proteína codificada por um alelo HLA-A02:01, HLA-B07:02 ou HLA- B08:01.
175. Um método de tratamento de um indivíduo com câncer que compreende administrar um TCR ou célula T que expressa o TCR ao indivíduo; em que o TCR se liga especificamente a um peptídeo GATA3 mutante em complexo com uma proteína codificada por um alelo HLA- A02:01, HLA-B07:02 ou HLA-B08:01; em que o indivíduo é identificado como expressando ou expressa uma proteína codificada por um alelo HLA-A02:01, HLA-B07:02 ou HLA- B08:01.
176. Um método de tratamento de um indivíduo com câncer que compreende administrar ao indivíduo uma composição que compreende um receptor de célula T (TCR) específico para um peptídeo de TMPRSS2:ERG mutante em complexo com uma proteína de HLA; em que o peptídeo de TMPRSS2:ERG mutante compreende pelo menos um aminoácido mutante e é um fragmento de uma mutação de fusão de gene TMPRSS2:ERG; em que o peptídeo de TMPRSS2:ERG mutante se liga a uma proteína codificada por um alelo HLA-A02:01.
177. Um método de tratamento de um indivíduo com câncer que compreende administrar ao indivíduo uma composição que compreende um receptor de célula T (TCR) específico para um peptídeo BTK mutante em complexo com uma proteína de HLA; em que o peptídeo BTK mutante compreende pelo menos um aminoácido mutante; em que o peptídeo BTK mutante se liga a uma proteína codificada por um alelo HLA-A02:01.
178. Um método de tratamento de um indivíduo com câncer que compreende administrar ao indivíduo uma composição que compreende um receptor de célula T (TCR) específico para um peptídeo BTK mutante em complexo com uma proteína de HLA; em que o peptídeo BTK mutante compreende uma mutação de resistência ou uma mutação pontual; em que o peptídeo BTK mutante se liga a uma proteína codificada por um alelo HLA-A02:01.
179. Um método de tratamento de um indivíduo com câncer que compreende administrar ao indivíduo uma composição que compreende um receptor de célula T (TCR) específico para um peptídeo BTK mutante em complexo com uma proteína de HLA; em que o peptídeo BTK mutante compreende uma mutação de C481S; em que o peptídeo BTK mutante se liga a uma proteína codificada por um alelo HLA-A02:01.
180. Um método de tratamento de um indivíduo com câncer que compreende administrar ao indivíduo uma composição que compreende um receptor de célula T (TCR) ou uma célula T que expressa o TCR ao indivíduo, em que o TCR se liga especificamente a um peptídeo EGFR mutante em complexo com uma proteína codificada por um HLA-A02:01; em que o peptídeo EGFR mutante compreende uma mutação de resistência ou uma mutação pontual, em que o indivíduo é identificado como expressando ou expressa uma proteína codificada por um alelo HLA-A02:01.
181. O método da modalidade no parágrafo 178, em que o peptídeo EGFR mutante compreende uma mutação de T790M.
182. Um método de prevenção da resistência a uma terapia de câncer, em que o método compreende administrar a um indivíduo com necessidade do mesmo a composição farmacêutica de qualquer uma das modalidades no parágrafo 160-164.
183. Um método de indução de uma resposta imune, em que o método compreende administrar a um indivíduo com necessidade do mesmo a composição farmacêutica de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 160-164.
184. Um método de identificação de um indivíduo com câncer como um candidato para uma terapêutica, em que o método compreende identificar o indivíduo como um indivíduo que expressa uma proteína codificada por um alelo HLA-A02:01, um alelo HLA-A03:01, um alelo HLA- A11:01, um alelo HLA-A03:02, um alelo HLA-A30:01, um alelo HLA-A31:01, um alelo HLA-A33:01, um alelo HLA- A33:03, um alelo HLA-A68:01 ou um alelo HLA-A74:01, em que a terapêutica é a composição farmacêutica de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 160-164.
185. Um método de identificação de um indivíduo com câncer como um candidato para uma terapêutica, em que o método compreende identificar o indivíduo como aquele que expressa uma proteína codificada por um alelo HLA- A02:01, HLA-B07:02 ou HLA-B08:01, em que a terapêutica compreende um receptor de célula T (TCR) específico para um peptídeo GATA3 mutante em complexo com uma proteína de HLA; em que o peptídeo GATA3 mutante compreende pelo menos um aminoácido mutante e é fragmento de pelo menos 8 aminoácidos contíguos de uma proteína de GATA3 mutante proveniente de uma mutação em um gene GATA3 de uma célula cancerosa; em que o peptídeo GATA3 mutante se liga a uma proteína codificada por um alelo HLA-A02:01, HLA-B07:02 ou HLA- B08:01.
186. Um método de identificação de um indivíduo com câncer como um candidato para uma terapêutica, em que o método compreende identificar o indivíduo como aquele que expressa uma proteína codificada por um alelo HLA- A03:01, um alelo HLA-A11:01, um alelo HLA-A03:02, um alelo HLA-A30:01, um alelo HLA-A31:01, um alelo HLA- A33:01, um alelo HLA-A33:03, um alelo HLA-A68:01 ou um alelo HLA-A74:01, em que a terapêutica compreende um receptor de célula T (TCR) específico para um peptídeo RAS mutante que compreende uma mutação em G12 em complexo com uma proteína de HLA; em que o peptídeo RAS mutante se liga a uma proteína codificada por um alelo HLA-A03:01, um alelo HLA-A11:01, um alelo HLA- A03:02, um alelo HLA-A30:01, um alelo HLA-A31:01, um alelo HLA-A33:01, um alelo HLA-A33:03, um alelo HLA- A68:01 ou um alelo HLA-A74:01.
187. Um método de identificação de um indivíduo com câncer como um candidato para uma terapêutica, em que o método compreende identificar o indivíduo como aquele que expressa uma proteína codificada por um alelo HLA- A02:01, em que a terapêutica compreende um receptor de célula T (TCR) específico para um peptídeo de TMPRSS2:ERG mutante em complexo com uma proteína de HLA; em que o peptídeo de TMPRSS2:ERG mutante compreende pelo menos um aminoácido mutante e é um fragmento de uma mutação de fusão de gene TMPRSS2:ERG; em que o peptídeo de TMPRSS2:ERG mutante se liga a uma proteína codificada por um alelo HLA-A02:01.
188. Um método de identificação de um indivíduo com câncer como um candidato para uma terapêutica, em que o método compreende identificar o indivíduo como aquele que expressa uma proteína codificada por um alelo HLA- A02:01, em que a terapêutica compreende um receptor de célula T (TCR) específico para um peptídeo BTK mutante em complexo com uma proteína de HLA; em que o peptídeo
BTK mutante compreende pelo menos um aminoácido mutante; em que o peptídeo BTK mutante se liga a uma proteína codificada por um alelo HLA-A02:01.
189. Um método de identificação de um indivíduo com câncer como um candidato para uma terapêutica, em que o método compreende identificar o indivíduo como aquele que expressa uma proteína codificada por um alelo HLA- A02:01, em que a terapêutica um receptor de célula T (TCR) específico para um peptídeo BTK mutante em complexo com uma proteína de HLA; em que o peptídeo BTK mutante compreende uma mutação de resistência ou uma mutação pontual; em que o peptídeo BTK mutante se liga a uma proteína codificada por um alelo HLA-A02:01.
190. Um método de identificação de um indivíduo com câncer como um candidato para uma terapêutica, em que o método compreende identificar o indivíduo como aquele que expressa uma proteína codificada por um alelo HLA- A02:01, em que a terapêutica um receptor de célula T (TCR) específico para um peptídeo BTK mutante em complexo com uma proteína de HLA; em que o peptídeo BTK mutante compreende uma mutação de C481S; em que o peptídeo BTK mutante se liga a uma proteína codificada por um alelo HLA-A02:01.
191. Um método de identificação de um indivíduo com câncer como um candidato para uma terapêutica, em que o método compreende identificar o indivíduo como aquele que expressa uma proteína codificada por um alelo HLA- A02:01, em que a terapêutica compreende um receptor de célula T (TCR) específico para um peptídeo EGFR mutante em complexo com uma proteína de HLA; em que o peptídeo EGFR mutante compreende pelo menos um aminoácido mutante T790M; em que o peptídeo EGFR mutante se liga a uma proteína codificada por um alelo HLA-A02:01.
192. O método de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 162-185, em que o câncer é selecionado a partir do grupo que consiste em câncer de mama, câncer de pulmão, câncer de pulmão de célula não pequena, câncer pancreático, câncer colorretal, câncer uterino, melanoma, câncer ovariano, câncer de próstata, câncer endometrial, leucemia linfocítica crônica (CLL) e câncer de fígado.
193. O método de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 162-185, em que o indivíduo tem um câncer de mama que é resistente à terapia antiestrogênica, é um câncer de mama de MSI, é um câncer de mama metastático, é um câncer de mama negativo para Her2, é um câncer de mama positivo para Her2, é um câncer de mama negativo para ER, é um câncer de mama positivo para ER é um câncer de mama recorrente, é um câncer de mama metastático ou qualquer combinação dos mesmos.
194. O método da modalidade 193, em que o câncer de mama expressa um receptor de estrogênio com uma mutação.
195. O método de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 169-191, em que o indivíduo tem um câncer de mama que é resistente à terapia antiestrogênica.
196. O método da modalidade no parágrafo 195, em que o câncer de mama expressa um receptor de estrogênio com uma mutação.
197. O método de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 169-196, em que o indivíduo tem uma CLL que é resistente à terapia de ibrutinibe.
198. O método da modalidade no parágrafo 197, em que a CLL expressa uma tirosina quinase de Bruton (BTK) com uma mutação, como uma mutação de C481S.
199. O método de qualquer uma das modalidades no parágrafo 169-197, em que o indivíduo tem um câncer de pulmão que é resistente a um inibidor de tirosina quinase.
200. O método da modalidade nos parágrafos 199, em que o câncer de pulmão expressa um receptor de fator de crescimento epidérmico (EGFR) com uma mutação, como uma mutação de T790M, L792F ou C797S.
201. O método de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 169-200, que compreende adicionalmente administrar pelo menos uma modalidade ou agente terapêutico adicional.
202. O método de qualquer uma das modalidades nos parágrafos nos parágrafos 168-200, em que uma resposta imune é provocada no indivíduo.
203. O método da modalidade no parágrafo 200, em que a resposta imune é uma resposta humoral.
204. O método da modalidade no parágrafo 200, em que a resposta imune é uma resposta de célula T citotóxica.
205. O método de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 168-204, que compreende adicionalmente administrar pelo menos uma modalidade ou agente terapêutico adicional.
206. O método da modalidade nos parágrafos 205, em que o pelo menos uma modalidade ou agente terapêutico adicional é cirurgia, um inibidor de ponto de verificação, um anticorpo ou fragmento do mesmo, um agente quimioterápico, radiação, uma vacina, uma molécula pequena, uma célula T, um vetor e APC, um polinucleotídeo, um vírus oncolítico ou qualquer combinação dos mesmos.
207. O método da modalidade no parágrafo 206, em que o pelo menos um agente terapêutico adicional é um agente anti-PD-1 e agente anti-PD-L1, um agente anti-CTLA-4 ou um agente anti-CD40.
208. O método da modalidade no parágrafo 206 ou 207, em que o agente terapêutico adicional é administrado antes, simultaneamente ou após administrar a composição farmacêutica de qualquer uma das modalidades 160-164.
209. O método de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 169-183, ou de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 201-208 em que a administração compreende administrar por via subcutânea ou intravenosa.
210. O método de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 169-209, em que o indivíduo é um indivíduo que teve progressão na doença seguindo a terapia endócrina em combinação com um inibidor de CDK 4/6.
211. Um método que compreende: a. identificar células T específicas de neoantígeno de uma amostra que compreende uma população de células T; b. identificar um ou mais peptídeos de um complexo de peptídeo-MHC que são apresentados por uma célula que apresenta antígeno (APC); c. identificar uma sequência variável de um receptor de célula T (TCR) das células T específicas de neoantígeno; d. expressar um TCR recombinante que compreende a sequência variável do TCR identificado em uma célula de TCR; e e. realizar um ensaio funcional, em que o ensaio funcional compreende colocar a célula de TCR em contato com um complexo de peptídeo-MHC que compreende um peptídeo de um ou mais peptídeos identificados.
212. O método da modalidade no parágrafo 211, em que o método compreende obter a amostra que compreende a população de células que compreende as células T específicas de neoantígeno.
213. O método da modalidade no parágrafo 212, em que a obtenção da amostra compreende obter uma amostra de célula T de um indivíduo saudável ou de um indivíduo com câncer.
214. O método da modalidade no parágrafo 213, em que a amostra de célula T é de um doador saudável.
215. O método da modalidade no parágrafo 213 ou 214, em que a amostra de célula T é uma amostra de célula mononuclear sanguínea periférica (PBMC).
216. O método de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 211-215, em que a identificação das células T específicas de neoantígeno compreende colocar a população de células T em contato com pelo menos um complexo de multímero de peptídeo-MHC que compreende um peptídeo de neoantígeno.
217. O método de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 205-209, em que a identificação de células
T específicas de neoantígeno compreende colocar a população de células T em contato com um complexo de peptídeo-MHC que compreende um peptídeo de neoantígeno.
218. O método da modalidade no parágrafo 211, em que a identificação das células T específicas de neoantígeno compreende colocar a população de células T em contato com um APC que compreende o complexo de peptídeo-MHC.
219. O método de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 216-218, em que a identificação de células T específicas de neoantígeno compreende adicionalmente isolar células T da população de célula T específica de o complexo de peptídeo-MHC.
220. O método de qualquer uma das modalidades 216-218, em que a identificação de células T específicas de neoantígeno compreende adicionalmente identificar ou prever células T da população de célula T específica de o complexo de peptídeo-MHC com base na clonalidade de TCR.
221. O método da modalidade nos parágrafos 220, em que a identificação de uma sequência variável de um TCR das células T específicas de neoantígeno é realizada antes de identificar as células T específicas de neoantígeno.
222. O método de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 211-221, em que a identificação de uma sequência variável de um TCR das células T específicas de neoantígeno compreende sequenciar DNA, RNA ou produtos amplificados dos mesmos de uma ou mais células T específicas de neoantígeno que codificam a sequência variável.
223. O método de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 211-222, em que a identificação de uma sequência variável de um TCR das células T específicas de neoantígeno compreende sequenciar DNA, RNA ou produtos amplificados do mesmo de uma célula T específica de antígeno única que codifica a sequência variável.
224. O método de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 215-223, em que a identificação de uma sequência variável de um TCR das células T específicas de neoantígeno compreende sequenciar DNA codificado ou RNA codificado ou produtos amplificados dos mesmos, de uma ou mais células T específicas de neoantígeno que codificam a sequência variável.
225. O método de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 221-224, em que a identificação de uma sequência variável de um TCR das células T específicas de neoantígeno compreende parear uma cadeia alfa de TCR com uma cadeia beta de TCR.
226. O método de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 211-225, em que a expressão de um TCR recombinante compreende expressar a sequência variável identificada de um polinucleotídeo que compreende uma sequência que codifica a sequência variável identificada.
227. O método da modalidade no parágrafo 226, em que o polinucleotídeo é um vetor.
228. O método da modalidade no parágrafo 227, em que o vetor é um vetor viral.
229. O método da modalidade no parágrafo 228, em que o vetor viral é um vetor lentiviral.
230. O método de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 226-229, em que a expressão de um TCR recombinante compreende transduzir ou transfectar o polinucleotídeo em células.
231. O método da modalidade no parágrafo 230, em que as células são uma linhagem de célula T ou PMBCs de doador saudável.
232. O método de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 211-231, em que a identificação de um ou mais peptídeos de um complexo de peptídeo-MHC que são apresentados por um APC compreende expressar o um ou mais peptídeos em células.
233. O método de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 211-231, em que a identificação de um ou mais peptídeos de um complexo de peptídeo-MHC que são apresentados por um APC compreende carregar o um ou mais peptídeos em MHCs de células.
234. O método de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 211-233, em que a identificação de um ou mais peptídeos de um complexo de peptídeo-MHC que são apresentados por um APC compreende eluir ou isolar um peptídeo de um ou mais peptídeos de um complexo de peptídeo MHC.
235. O método de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 211-234, em que a identificação de um ou mais peptídeos de um complexo de peptídeo-MHC que são apresentados por um APC compreende realizar espectrometria de massa em um peptídeo de um ou mais peptídeos que foram isolados ou eluídos de um complexo de peptídeo-MHC.
236. O método de qualquer uma das modalidades nos parágrafos 211-235, em que a realização de um ensaio funcional compreende determinar a expressão de um ou mais marcadores de célula.
237. O método da modalidade no parágrafo 236, o um ou mais marcadores de célula compreendem TNF-α, IFN-γ, LAMP-1, 4-1BB, IL-2, IL-17A, Granzyme B, PD-1, CD25, CD69, TIM3, LAG3, CTLA-4, CD62L, CD45RA, CD45RO, FoxP3 ou qualquer combinação dos mesmos.
Claims (1)
- REIVINDICAÇÕES1. Ácido nucleico recombinante que codifica um receptor de célula T (TCR) caracterizado por compreender um construto de cadeia beta de TCR que compreende uma região determinante de complementaridade 3 (CDR3) que tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 52.2. Ácido nucleico recombinante que codifica um receptor de célula T (TCR), de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo fato de que o construto de cadeia beta de TCR compreende adicionalmente uma região determinante de complementaridade 1 (CDR1) e uma região determinante de complementaridade 2 (CDR2), em que a CDR1 tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 50; e a CDR2 tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 51.3. Ácido nucleico recombinante que codifica um receptor de célula T (TCR), de acordo com a reivindicação 1 ou 2, caracterizado pelo fato de que o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 58.4. Ácido nucleico recombinante que codifica um receptor de célula T (TCR), de acordo com qualquer uma das reivindicações anteriores, caracterizado pelo fato de que o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO:58.5. Ácido nucleico recombinante que codifica um receptor de célula T (TCR), de acordo com qualquer uma das reivindicações anteriores, caracterizado pelo fato de que o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 95 %, 96 %, 97 %, 98 % ou 99 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 58.6. Ácido nucleico recombinante que codifica um receptor de célula T (TCR), de acordo com qualquer uma das reivindicações anteriores, caracterizado pelo fato de que o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 58.7. Ácido nucleico recombinante que codifica um receptor de célula T (TCR), de acordo com qualquer uma das reivindicações anteriores, caracterizado por compreender adicionalmente um construto de cadeia alfa de TCR que tem uma CDR1, uma CDR2, e uma CDR3, em que, a CDR1 tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 47; a CDR2 tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 48; e, a CDR tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 49.8. Ácido nucleico recombinante, de acordo com qualquer uma das reivindicações anteriores, caracterizado por compreender: (a) uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência com a SEQ ID NOs: 56 ou 57, em que a sequência compreende uma sequência que codifica pelo menos a SEQ ID NO: 52; e (b) uma sequência que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência com a SEQ ID NOs: 53 ou 54, em que a sequência compreende uma sequência que codifica pelo menos a SEQ ID NO: 49.9. Ácido nucleico recombinante que codifica um receptor de célula T (TCR), de acordo com qualquer uma das reivindicações anteriores, caracterizado pelo fato de que o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO:55.10. Ácido nucleico recombinante que codifica um receptor de célula T (TCR), de acordo com qualquer uma das reivindicações anteriores, caracterizado pelo fato de que o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 90 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO:55.11. Ácido nucleico recombinante que codifica um receptor de célula T (TCR), de acordo com qualquer uma das reivindicações anteriores, caracterizado pelo fato de que o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 95 %, 96 %, 97 %, 98 % ou 99 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 55.12. Ácido nucleico recombinante que codifica um receptor de célula T (TCR), de acordo com qualquer uma das reivindicações anteriores, caracterizado pelo fato de que o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 55.13. Ácido nucleico recombinante que codifica um TCR, de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo fato de que o TCR compreende: (a) uma cadeia beta que tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 60, ou uma sequência de aminoácidos que é pelo menos 80 % idêntica à SEQ ID NO: 60, (b) uma cadeia alfa que tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 59, ou uma sequência de aminoácidos que é pelo menos 80 % idêntica à SEQ ID NO: 59.14. Ácido nucleico recombinante que codifica um TCR, de acordo com qualquer uma das reivindicações anteriores, caracterizado pelo fato de que o TCR se liga a um epítopo do RAS humano que compreende uma mutação G12V.15. Ácido nucleico recombinante que codifica um TCR caracterizado por compreender um construto de cadeia beta de TCR e um construto de cadeia alfa de TCR, o construto de cadeia beta de TCR que compreende uma região determinante de complementaridade 3 (CDR3) que tem uma sequência de aminoácidos selecionada a partir da SEQ ID NO: 537 e 563.16. Ácido nucleico recombinante, de acordo com a reivindicação 15, caracterizado pelo fato de que o construto de cadeia beta de TCR que compreende uma CDR3 que tem uma sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 537, compreende uma região variável que tem pelo menos 80 %, 90 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %,99 % ou 100 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 541.17. Ácido nucleico recombinante, de acordo com a reivindicação 16, caracterizado pelo fato de que o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 %, 90 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % ou 100 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 539 ou SEQ ID NO: 552.18. Ácido nucleico recombinante, de acordo com a reivindicação 15, caracterizado pelo fato de que o construto de cadeia beta de TCR que compreende uma CDR3 que tem uma sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 563, compreende uma região variável que tem pelo menos 80 %, 90 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % ou 99 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 567.19. Ácido nucleico recombinante, de acordo com a reivindicação 18, caracterizado pelo fato de que o TCR que compreende o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 %, 90 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % ou 100 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 565.20. Vetor caracterizado por compreender o ácido nucleico recombinante conforme definido em qualquer uma das reivindicações 1-19.21. Célula caracterizada por compreender o ácido nucleico recombinante conforme definido em qualquer uma das reivindicações 1-19 ou o vetor conforme definido na reivindicação 20.22. Ácido nucleico recombinante que codifica um construto de TCR caracterizado por compreender: (a) um construto de cadeia beta de TCR e (b) um construto de cadeia alfa de TCR; em que o TCR reconhece e se liga a um epítopo deRAS humano que compreende uma mutação pontual G12V ou G12C, em que o epítopo está em um complexo de proteína de MHC humano, em que a proteína de MHC humano é um antígeno HLA codificado pelo alelo HLA A03:01.23. Ácido nucleico recombinante, de acordo com a reivindicação 22, caracterizado pelo fato de que o construto de cadeia beta de TCR compreende uma CDR3 que tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 68.24. Ácido nucleico recombinante que codifica um receptor de célula T (TCR), de acordo com a reivindicação 22, caracterizado pelo fato de que o construto de cadeia beta de TCR compreende adicionalmente uma região determinante de complementaridade 1 (CDR1) e uma região determinante de complementaridade 2 (CDR2), em que a CDR1 tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 66; e a CDR2 tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 67.25. Ácido nucleico recombinante que codifica um receptor de célula T (TCR), de acordo com a reivindicação 23 ou 24, caracterizado por compreender adicionalmente um construto de cadeia alfa de TCR que tem uma CDR1, uma CDR2 e uma CDR3, em que, a CDR1 tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 63; a CDR2 tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 64; e, a CDR tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 65.26. Ácido nucleico recombinante que codifica um receptor de célula T (TCR), de acordo com qualquer uma das reivindicações 23-25, caracterizado pelo fato de que o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % ou pelo menos 90 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % ou 99 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 74.27. Ácido nucleico recombinante que codifica um receptor de célula T (TCR), de acordo com qualquer uma das reivindicações 23-26, caracterizado pelo fato de que o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 74.28. Ácido nucleico recombinante que codifica um receptor de célula T (TCR), de acordo com qualquer uma das reivindicações 23-27, caracterizado pelo fato de que o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % ou pelo menos 90 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % ou 99 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 71.29. Ácido nucleico recombinante que codifica um receptor de célula T (TCR), de acordo com qualquer uma das reivindicações 23-28, caracterizado pelo fato de que o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 71.30. Vetor caracterizado por compreender um ácido nucleico recombinante conforme definido em qualquer uma das reivindicações 23-29.31. Célula caracterizada por compreender qualquer um dentre o ácido nucleico recombinante conforme definido em qualquer uma das reivindicações 23-29 ou o vetor conforme definido na reivindicação 30.32. Ácido nucleico recombinante, de acordo com a reivindicação 22, caracterizado pelo fato de que o construto de cadeia beta de TCR compreende uma CDR3 que tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 84.33. Ácido nucleico recombinante que codifica um receptor de célula T (TCR), de acordo com a reivindicação 32, caracterizado pelo fato de que o construto de cadeia beta de TCR compreende adicionalmente uma região determinante de complementaridade 1 (CDR1) e uma região determinante de complementaridade 2 (CDR2), em que a CDR1 tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 82; e a CDR2 tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 83.34. Ácido nucleico recombinante que codifica um receptor de célula T (TCR), de acordo com a reivindicação 32 ou 33, caracterizado por compreender adicionalmente um construto de cadeia alfa de TCR que tem uma CDR1, uma CDR2 e uma CDR3, em que, a CDR1 tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 79; a CDR2 tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 80; e, a CDR3 tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 81.35. Ácido nucleico recombinante que codifica um receptor de célula T (TCR), de acordo com qualquer uma das reivindicações 32-34, caracterizado pelo fato de que o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % ou pelo menos 90 %, 95 %,96 %, 97 %, 98 % ou 99 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 90.36. Ácido nucleico recombinante que codifica um receptor de célula T (TCR), de acordo com qualquer uma das reivindicações 32-35, caracterizado pelo fato de que o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 90.37. Ácido nucleico recombinante que codifica um receptor de célula T (TCR), de acordo com qualquer uma das reivindicações 32-36, caracterizado pelo fato de que o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % ou pelo menos 90 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % ou 99 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 87.38. Ácido nucleico recombinante que codifica um receptor de célula T (TCR), de acordo com qualquer uma das reivindicações 32-37, caracterizado pelo fato de que o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 87.39. Vetor caracterizado por compreender o ácido nucleico recombinante conforme definido em qualquer uma das reivindicações 32-38.40. Célula caracterizada por compreender qualquer um dentre o ácido nucleico recombinante conforme definido em qualquer uma das reivindicações 32-38 ou o vetor conforme definido na reivindicação 39.41. Ácido nucleico recombinante, de acordo com a reivindicação 22, caracterizado pelo fato de que o construto de cadeia beta de TCR compreende uma CDR3 que tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 388.42. Ácido nucleico recombinante que codifica um receptor de célula T (TCR), de acordo com a reivindicação 41, caracterizado pelo fato de que o construto de cadeia beta de TCR compreende adicionalmente uma região determinante de complementaridade 1 (CDR1) e uma região determinante de complementaridade 2 (CDR2), em que a CDR1 tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 386; e a CDR2 tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 387.43. Ácido nucleico recombinante que codifica um receptor de célula T (TCR), de acordo com a reivindicação 41 ou 42, caracterizado por compreender adicionalmente um construto de cadeia alfa de TCR que tem uma CDR1, uma CDR2 e uma CDR3, em que, a CDR1 tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 383; a CDR2 tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 384; e, a CDR tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 385.44. Ácido nucleico recombinante que codifica um receptor de célula T (TCR), de acordo com qualquer uma das reivindicações 41-43, caracterizado pelo fato de que o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % ou pelo menos 90 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % ou 99 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 394.45. Ácido nucleico recombinante que codifica um receptor de célula T (TCR), de acordo com qualquer uma das reivindicações 41-44, caracterizado pelo fato de que o construto de cadeia beta de TCR compreende uma região variável que tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 394.46. Ácido nucleico recombinante que codifica um receptor de célula T (TCR), de acordo com qualquer uma das reivindicações 32-36, caracterizado pelo fato de que o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem pelo menos 80 % ou pelo menos 90 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % ou 99 % de identidade de sequência para uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 391.47. Ácido nucleico recombinante que codifica um receptor de célula T (TCR), de acordo com qualquer uma das reivindicações 32-37, caracterizado pelo fato de que o construto de cadeia alfa de TCR compreende uma região variável que tem uma sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 391.48. Vetor recombinante caracterizado por compreender o ácido nucleico recombinante conforme definido em qualquer uma das reivindicações 41-47.49. Célula caracterizada por compreender qualquer um dentre o ácido nucleico recombinante conforme definido em qualquer uma das reivindicações 41-47 ou o vetor conforme definido na reivindicação 48.50. Ácido nucleico conforme definido em qualquer uma das reivindicações 1-49 caracterizado pelo fato de que o epítopo tem um comprimento de 8-25 aminoácidos.51. Ácido nucleico conforme definido em qualquer uma das reivindicações 1-50 caracterizado pelo fato de que o epítopo compreende uma mutação que difere do epítopo do tipo selvagem por pelo menos um aminoácido.52. Ácido nucleico conforme definido em qualquer uma das reivindicações 1-51 caracterizado pelo fato de que o epítopo se liga ao MHC humano com uma afinidade maior que um epítopo do tipo selvagem correspondente.53. Ácido nucleico conforme definido em qualquer uma das reivindicações 1-52 caracterizado pelo fato de que o epítopo se liga ao MHC humano com uma KD ou uma IC50 menor que 500 nM, 250 nM, 150 nM, 100 nM, 50 nM, 25 nM ou 10 nM.54. Ácido nucleico conforme definido em qualquer uma das reivindicações 1-53 caracterizado pelo fato de que a mutação não está presente em células não cancerosas de um indivíduo.55. Ácido nucleico conforme definido em qualquer uma das reivindicações 1-54 caracterizado pelo fato de que o TCR se liga a um complexo de peptídeo de MHC com uma KD ou uma IC50 menor que 500 nM, 250 nM, 150 nM, 100 nM, 50 nM, 25 nM ou 10 nM.56. Ácido nucleico conforme definido em qualquer uma das reivindicações 1-55, sendo o ácido nucleico caracterizado por ser operavelmente ligado a um promotor.57. Célula, de acordo com qualquer uma das reivindicações 21, 31, 40 e 49, sendo a célula caracterizada por ser uma célula T CD4+.58. Célula, de acordo com qualquer uma das reivindicações 21, 31, 40, e 49, sendo a célula caracterizada por ser uma célula T CD8+.59. Célula, de acordo com qualquer uma das reivindicações 21, 31, 40, e 49, sendo a célula caracterizada por ser isolada de um indivíduo que tem uma mutação de RAS.60. Composição farmacêutica caracterizada por compreender: (a) o ácido nucleico, conforme definido em qualquer uma das reivindicações 1-56; ou o vetor conforme definido em qualquer uma das reivindicações 15, 25, 34, 43; ou a célula conforme definida em qualquer uma das reivindicações 16, 26, 35, 44; e (b) um diluente ou excipiente farmaceuticamente aceitável.61. Composição farmacêutica conforme definida na reivindicação 55 caracterizada por compreender adicionalmente um agente imunomodulador ou um adjuvante.62. Composição farmacêutica conforme definida na reivindicação 56 caracterizada pelo fato de que o adjuvante é poli I:C.63. Composição farmacêutica, de acordo com qualquer uma das reivindicações 60-62, caracterizado por ser para uso no tratamento de uma doença imune ou câncer.64. Uso da composição farmacêutica conforme definida em qualquer uma das reivindicações 60-62 caracterizado por ser para tratar uma doença imune ou câncer.65. Método de tratamento de um indivíduo que tem uma doença ou condição caracterizado por compreender administrar ao indivíduo a composição farmacêutica conforme definida em qualquer uma das reivindicações 60-63.66. Método de tratamento de um indivíduo com câncer caracterizado por compreender administrar ao indivíduo a composição farmacêutica conforme definida em qualquer uma das reivindicações 60-63.67. Método de identificação de um indivíduo com câncer como um candidato para uma terapêutica, sendo o método caracterizado por compreender determinar o indivíduo como um indivíduo que expressa uma proteína codificada por um alelo HLA-A03:01 ou um alelo HLA-A11:01, em que a terapêutica é a composição farmacêutica conforme definida em qualquer uma das reivindicações 60-63.
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