KR20190104381A - 핵산-폴리펩티드 조성물 및 엑손 스키핑을 유도하는 방법 - Google Patents

핵산-폴리펩티드 조성물 및 엑손 스키핑을 유도하는 방법 Download PDF

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아서 에이. 레빈
앤드류 존 길
벤카타 라마나 도팔라푸디
마이클 카라미안 코크란
한후아 후앙
롭 버크
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어비디티 바이오사이언시스 엘엘씨
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Abstract

본원에는 부정확하게 스플라이싱된 mRNA 전사체에서 삽입, 결실, 중복, 또는 변경을 유도하여 엑손 스키핑 또는 엑손 인클루전을 유도하는 분자 및 약학적 조성물이 개시되어 있다. 또한, 본원에는 부정확하게 스플라이싱된 mRNA 전사체에서 삽입, 결실, 중복, 또는 변경을 유도하여 엑손 스키핑 또는 엑손 인클루전을 유도하는 분자 또는 약학적 조성물을 포함하는, 질환 또는 장애를 치료하는 방법이 기술되어 있다.

Description

핵산-폴리펩티드 조성물 및 엑손 스키핑을 유도하는 방법
상호 참조
본 출원은 2017년 9월 22일 출원된 미국 가특허 출원 제62/561,939호 및 2017년 1월 6일 출원된 미국 가특허 출원 제62/443,514호의 이익을 주장하고, 상기 가특허 출원은 각각 그 전문이 본원에서 참조로 포함된다.
서열 목록
본 출원은 ASCII 포맷으로 전자 제출된 서열 목록을 함유하고, 이는 그의 전문이 본원에서 참조로 포함된다. 2017년 12월 22일 작성된 상기 ASCII 사본의 명칭은 45532-715_601_SL.txt이고, 그 크기는 210,534 바이트이다.
RNA 기능 조정은 발전하고 있는 치료적 관심 분야이다. 안티센스 올리고뉴클레오티드 및 짧은 간섭 RNA와 같이 mRNA 안정성에 영향을 미치는 약물이 RNA 기능을 조정하는 하나의 방식이다. 또 다른 올리고뉴클레오티드 군은 pre-mRNA의 특이적 영역을 최종 유전자 생성물: 코딩된 단백질에 포함하도록 또는 그로부터 배제시키도록 pre-mRNA의 프로세싱을 변경시킴으로써 RNA 기능을 조정할 수 있다. 따라서, 올리고뉴클레오티드 치료제는 질환 상태에서 단백질 발현을 조정하는 수단을 나타내며, 따라서, 치료제로서 유용성을 가진다.
본 개시내용의 개요
특정 실시양태에서, 본원에서는 RNA 프로세싱을 조정하기 위한 분자 및 약학적 조성물을 개시한다.
특정 실시양태에서, 본원에서는 부정확하게 스플라이싱된 mRNA 전사체에 의해 유발된 질환 또는 장애의 치료를 필요로 하는 피험체에서 그 부정확하게 스플라이싱된 mRNA 전사체에 의해 유발된 질환 또는 장애를 치료하는 방법으로서, 그 피험체에게 폴리핵산 분자 접합체를 투여함으로써 피험체에서 질환 또는 장애를 치료하는 단계를 포함하고; 여기서 폴리핵산 분자 접합체는 세포 표적화 결합 모이어티에 접합되어 있고; 폴리뉴클레오티드는 적어도 하나의 2' 변형된 뉴클레오티드, 적어도 하나의 변형된 뉴클레오티드간 연결, 또는 적어도 하나의 역위된 무염기 모이어티를 임의적으로 포함하고; 폴리핵산 분자 접합체는 부정확하게 스플라이싱된 mRNA 전사체에서 삽입, 결실, 중복, 또는 변경을 유도하여 부정확하게 스플라이싱된 mRNA 전사체에서 엑손 스키핑 또는 엑손 인클루전(exon inclusion)을 유도함으로써 완전히 프로세싱된 mRNA 전사체를 생성하고; 완전히 프로세싱된 mRNA 전사체는 기능성 단백질을 코딩하는 것인 방법을 개시한다, 일부 실시양태에서, 질환 또는 장애는 mRNA 중 하나 이상의 돌연변이를 추가 특징으로 한다. 일부 실시양태에서, 질환 또는 장애는 신경근 질환, 유전 질환, 암, 유전병, 또는 심혈관 질환을 포함한다. 일부 실시양태에서, 질환 또는 장애는 근이영양증이다. 일부 실시양태에서, 질환 또는 장애는 듀시엔형(Duchenne) 근이영양증이다. 일부 실시양태에서, 엑손 스키핑은 DMD 유전자의 엑손 8, 23, 35, 43, 44, 45, 50, 51, 52, 53, 또는 55의 것이다. 일부 실시양태에서, 엑손 스키핑은 DMD 유전자의 엑손 23의 것이다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자 접합체는 하기 화학식 (I)의 구조를 포함한다:
<화학식 (I)>
A-X-B
상기 식에서,
A는 결합 모이어티를 포함하고;
B는 폴리뉴클레오티드로 구성되고;
X는 결합 또는 제1 링커로 구성된다.
일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자 접합체는 하기 화학식 (II)의 구조를 포함한다:
<화학식 (II)>
A-X-B-Y-C
상기 식에서,
A는 결합 모이어티를 포함하고;
B는 폴리뉴클레오티드로 구성되고;
C는 중합체로 구성되고;
X는 결합 또는 제1 링커로 구성되고;
Y는 결합 또는 제2 링커로 구성된다.
일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자 접합체는 하기 화학식 (III)의 구조를 포함한다:
<화학식 (III)>
A-X-C-Y-B
상기 식에서,
A는 결합 모이어티를 포함하고;
B는 폴리뉴클레오티드로 구성되고;
C는 중합체로 구성되고;
X는 결합 또는 제1 링커로 구성되고;
Y는 결합 또는 제2 링커로 구성된다.
일부 실시양태에서, 적어도 하나의 2' 변형된 뉴클레오티드는 모르폴리노, 2'-O-메틸, 2'-O-메톡시에틸(2'-O-MOE), 2'-O-아미노프로필, 2'-데옥시, T-데옥시-2'-플루오로, 2'-O-아미노프로필(2'-O-AP), 2'-O-디메틸아미노에틸(2'-O-DMAOE), 2'-O-디메틸아미노프로필(2'-O-DMAP), T-O-디메틸아미노에틸옥시에틸(2'-O-DMAEOE), 또는 2'-O-N-메틸아세트아미도(2'-O-NMA) 변형된 뉴클레오티드를 포함한다. 일부 실시양태에서, 적어도 하나의 2' 변형된 뉴클레오티드는 잠금 핵산(LNA: 잠금 nucleic acid), 에틸렌 핵산(ENA: ethylene nucleic acid), 또는 펩티드 핵산(PNA: peptide nucleic acid)을 포함한다. 일부 실시양태에서, 적어도 하나의 2' 변형된 뉴클레오티드는 모르폴리노를 포함한다. 일부 실시양태에서, 적어도 하나의 역위된 염기 모이어티는 적어도 하나의 말단이다. 일부 실시양태에서, 적어도 하나의 변형된 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 연결 또는 포스포로디티오에이트 연결을 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자의 길이는 적어도 약 10 내지 약 30개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자의 길이는 약 15 내지 약 30개, 약 18 내지 약 25개, 약 18 내지 약 24개, 약 19 내지 약 23개, 또는 약 20 내지 약 22개의 뉴클레오티드 길이 중 적어도 하나이다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자의 길이는 적어도 약 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 또는 25개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 약 5% 내지 약 100%의 변형, 약 10% 내지 약 100%의 변형, 약 20% 내지 약 100%의 변형, 약 30% 내지 약 100%의 변형, 약 40% 내지 약 100%의 변형, 약 50% 내지 약 100%의 변형, 약 60% 내지 약 100%의 변형, 약 70% 내지 약 100%의 변형, 약 80% 내지 약 100%의 변형, 및 약 90% 내지 약 100%의 변형 중 적어도 하나를 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 약 10% 내지 약 90%의 변형, 약 20% 내지 약 90%의 변형, 약 30% 내지 약 90%의 변형, 약 40% 내지 약 90%의 변형, 약 50% 내지 약 90%의 변형, 약 60% 내지 약 90%의 변형, 약 70% 내지 약 90%의 변형, 및 약 80% 내지 약 100%의 변형 중 적어도 하나를 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 약 10% 내지 약 80%의 변형, 약 20% 내지 약 80%의 변형, 약 30% 내지 약 80%의 변형, 약 40% 내지 약 80%의 변형, 약 50% 내지 약 80%의 변형, 약 60% 내지 약 80%의 변형, 및 약 70% 내지 약 80%의 변형 중 적어도 하나를 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 약 10% 내지 약 70%의 변형, 약 20% 내지 약 70%의 변형, 약 30% 내지 약 70%의 변형, 약 40% 내지 약 70%의 변형, 약 50% 내지 약 70%의 변형, 및 약 60% 내지 약 70%의 변형 중 적어도 하나를 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 약 10% 내지 약 60%의 변형, 약 20% 내지 약 60%의 변형, 약 30% 내지 약 60%의 변형, 약 40% 내지 약 60%의 변형, 및 약 50% 내지 약 60%의 변형 중 적어도 하나를 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 약 10% 내지 약 50%의 변형, 약 20% 내지 약 50%의 변형, 약 30% 내지 약 50%의 변형, 및 약 40% 내지 약 50%의 변형 중 적어도 하나를 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 약 10% 내지 약 40%의 변형, 약 20% 내지 약 40%의 변형, 및 약 30% 내지 약 40%의 변형 중 적어도 하나를 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 약 10% 내지 약 30%의 변형, 및 약 20% 내지 약 30%의 변형 중 적어도 하나를 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 약 10% 내지 약 20%의 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 약 15% 내지 약 90%, 약 20% 내지 약 80%, 약 30% 내지 약 70%, 또는 약 40% 내지 약 60%의 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 적어도 약 15%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 또는 99%의 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 적어도 약 3, 약 4, 약 5, 약 6, 약 7, 약 8, 약 9, 약 10, 약 11, 약 12, 약 13, 약 14, 약 15, 약 16, 약 17, 약 18, 약 19, 약 20, 약 21, 약 22개 이상의 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 적어도 약 1, 약 2, 약 3, 약 4, 약 5, 약 6, 약 7, 약 8, 약 9, 약 10, 약 11, 약 12, 약 13, 약 14, 약 15, 약 16, 약 17, 약 18, 약 19, 약 20, 약 21, 약 22개 이상의 변형된 뉴클레오티드를 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 단일 가닥을 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 2개 이상의 가닥을 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 제1 폴리뉴클레오티드, 및 제1 폴리뉴클레오티드에 하이브리드화하여 이중 가닥 폴리핵산 분자를 형성하는 제2 폴리뉴클레오티드를 포함한다. 일부 실시양태에서, 제2 폴리뉴클레오티드는 적어도 하나의 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 제1 폴리뉴클레오티드 및 제2 폴리뉴클레오티드는 RNA 분자이다. 일부 실시양태에서, 제1 폴리뉴클레오티드 및 제2 폴리뉴클레오티드는 siRNA 분자이다. 일부 실시양태에서, X 및 Y는 독립적으로 결합, 분해성 링커, 비분해성 링커, 절단가능한 링커, 또는 비중합체성 링커 기이다. 일부 실시양태에서, X는 결합이다. 일부 실시양태에서, X는 C1-C6 알킬 기이다. 일부 실시양태에서, Y는 C1-C6 알킬 기이다. 일부 실시양태에서, X는, 임의적으로 C1-C6 알킬 기에 접합된, 동종이작용성 링커 또는 이종이작용성 링커이다. 일부 실시양태에서, Y는 동종이작용성 링커 또는 이종이작용성 링커이다. 일부 실시양태에서, 결합 모이어티는 항체 또는 그의 결합 단편이다. 일부 실시양태에서, 항체 또는 그의 결합 단편은 인간화 항체 또는 그의 결합 단편, 키메라 항체 또는 그의 결합 단편, 단일클론 항체 또는 그의 결합 단편, 1가 Fab', 2가 Fab2, 단일 쇄 가변 단편(scFv: single-chain variable fragment), 디아바디, 미니바디, 나노바디, 단일 도메인 항체(sdAb: single-domain 항체), 또는 카멜리드 항체 또는 그의 결합 단편을 포함한다. 일부 실시양태에서, C는 폴리에틸렌 글리콜이다. 일부 실시양태에서, C의 분자량은 약 5,000 Da이다. 일부 실시양태에서, A-X는 B의 5' 말단에 접합되고, Y-C는 B의 3' 말단에 접합된다. 일부 실시양태에서, Y-C는 B의 5' 말단에 접합되고, A-X는 B의 3' 말단에 접합된다. 일부 실시양태에서, A-X, Y-C 또는 그의 조합은 뉴클레오티드간 연결 기에 접합된다. 일부 실시양태에서, 본 방법은 D를 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, D는 C에, 또는 A에 접합된다. 일부 실시양태에서, D는 하기 화학식 (IV)에 따른 화학식 (II)의 분자 접합체에 접합된다:
<화학식 (IV)>
(A-X-B-Y-Cc)-L-D
상기 식에서,
A는 결합 모이어티를 포함하고;
B는 폴리뉴클레오티드로 구성되고;
C는 중합체로 구성되고;
X는 결합 또는 제1 링커로 구성되고;
Y는 결합 또는 제2 링커로 구성되고;
L은 결합 또는 제3 링커로 구성되고;
D는 엔도솜 분해성 모이어티로 구성되고;
c는 정수 0 내지 1이고;
여기서, 폴리뉴클레오티드는 적어도 하나의 2' 변형된 뉴클레오티드, 적어도 하나의 변형된 뉴클레오티드간 연결, 또는 역위된 무염기 모이어티를 포함하고; D는 A, B, 또는 C 상의 임의의 위치에 접합된다.
일부 실시양태에서, D는 INF7 또는 멜리틴이다. 일부 실시양태에서, L은 C1-C6 알킬 기이다. 일부 실시양태에서, L은 동종이작용성 링커 또는 이종이작용성 링커이다. 일부 실시양태에서, 본 방법은 적어도 제2 결합 모이어티 A를 포함한다. 일부 실시양태에서, 적어도 제2 결합 모이어티 A는 A에, B에, 또는 C에 접합된다.
일부 실시양태에서, 본원에서는 부정확하게 스플라이싱된 mRNA 전사체에서 삽입, 결실, 중복, 또는 변경을 유도하여 부정확하게 스플라이싱된 mRNA 전사체에서 엑손 스키핑 또는 엑손 인클루전을 유도하는 방법으로서, 표적 세포를 폴리핵산 분자 접합체와 접촉시키는 단계로서, 여기서 폴리뉴클레오티드는 적어도 하나의 2' 변형된 뉴클레오티드, 적어도 하나의 변형된 뉴클레오티드간 연결, 또는 적어도 하나의 역위된 무염기 모이어티를 포함하는 것인 단계; 폴리핵산 분자 접합체를 표적 세포 내의 부정확하게 스플라이싱된 mRNA 전사체에 하이브리드화하여 부정확하게 스플라이싱된 mRNA 전사체에서 삽입, 결실, 중복, 또는 변경을 유도함으로써 부정확하게 스플라이싱된 mRNA 전사체에서 엑손 스키핑 또는 엑손 인클루전을 유도하는 단계로서, 여기서 부정확하게 스플라이싱된 mRNA 전사체는 기능성 형태의 단백질을 코딩할 수 있는 것인 단계; 및 이전 단계의 완전히 프로세싱된 mRNA 전사체로부터 기능성 형태의 단백질을 번역시키는 단계를 포함하는 방법을 개시한다. 일부 실시양태에서, 표적 세포는 피험체의 표적 세포이다. 일부 실시양태에서, 부정확하게 스플라이싱된 mRNA 전사체는 질환 또는 장애를 추가로 유도한다. 일부 실시양태에서, 질환 또는 장애는 mRNA 중 하나 이상의 돌연변이를 추가로 특징으로 한다. 일부 실시양태에서, 질환 또는 장애는 신경근 질환, 유전 질환, 암, 유전병, 또는 심혈관 질환을 포함한다. 일부 실시양태에서, 질환 또는 장애는 근이영양증이다. 일부 실시양태에서, 질환 또는 장애는 듀시엔형 근이영양증이다. 일부 실시양태에서, 엑손 스키핑은 DMD 유전자의 엑손 8, 23, 35, 43, 44, 45, 50, 51, 52, 53, 또는 55의 것이다. 일부 실시양태에서, 엑손 스키핑은 DMD 유전자의 엑손 23의 것이다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자 접합체는 하기 화학식 (I)의 구조를 포함한다:
<화학식 (I)>
A-X-B
상기 식에서,
A는 결합 모이어티를 포함하고;
B는 폴리뉴클레오티드로 구성되고;
X는 결합 또는 제1 링커로 구성된다.
일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자 접합체는 하기 화학식 (II)의 구조를 포함한다:
<화학식 (II)>
A-X-B-Y-C
상기 식에서,
A는 결합 모이어티를 포함하고;
B는 폴리뉴클레오티드로 구성되고;
C는 중합체로 구성되고;
X는 결합 또는 제1 링커로 구성되고;
Y는 결합 또는 제2 링커로 구성된다.
일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자 접합체는 하기 화학식 (III)의 구조를 포함한다:
<화학식 (III)>
A-X-C-Y-B
상기 식에서,
A는 결합 모이어티를 포함하고;
B는 폴리뉴클레오티드로 구성되고;
C는 중합체로 구성되고;
X는 결합 또는 제1 링커로 구성되고;
Y는 결합 또는 제2 링커로 구성된다.
일부 실시양태에서, 적어도 하나의 2' 변형된 뉴클레오티드는 모르폴리노, 2'-O-메틸, 2'-O-메톡시에틸(2'-O-MOE), 2'-O-아미노프로필, 2'-데옥시, T-데옥시-2'-플루오로, 2'-O-아미노프로필(2'-O-AP), 2'-O-디메틸아미노에틸(2'-O-DMAOE), 2'-O-디메틸아미노프로필(2'-O-DMAP), T-O-디메틸아미노에틸옥시에틸(2'-O-DMAEOE), 또는 2'-O-N-메틸아세트아미도(2'-O-NMA) 변형된 뉴클레오티드를 포함한다. 일부 실시양태에서, 적어도 하나의 2' 변형된 뉴클레오티드는 잠금 핵산(LNA), 에틸렌 핵산(ENA), 펩티드 핵산(PNA)을 포함한다. 일부 실시양태에서, 적어도 하나의 2' 변형된 뉴클레오티드는 모르폴리노를 포함한다. 일부 실시양태에서, 적어도 하나의 역위된 염기 모이어티는 적어도 하나의 말단이다. 일부 실시양태에서, 적어도 하나의 변형된 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 연결 또는 포스포로디티오에이트 연결을 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자의 길이는 적어도 약 10 내지 약 30개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자의 길이는 약 15 내지 약 30개, 약 18 내지 약 25개, 약 18 내지 약 24개, 약 19 내지 약 23개, 또는 약 20 내지 약 22 뉴클레오티드개의 뉴클레오티드 길이 중 적어도 하나이다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자의 길이는 적어도 약 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 또는 25개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 약 5% 내지 약 100%의 변형, 약 10% 내지 약 100%의 변형, 약 20% 내지 약 100%의 변형, 약 30% 내지 약 100%의 변형, 약 40% 내지 약 100%의 변형, 약 50% 내지 약 100%의 변형, 약 60% 내지 약 100%의 변형, 약 70% 내지 약 100%의 변형, 약 80% 내지 약 100%의 변형, 및 약 90% 내지 약 100%의 변형 중 적어도 하나를 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 약 10% 내지 약 90%의 변형, 약 20% 내지 약 90%의 변형, 약 30% 내지 약 90%의 변형, 약 40% 내지 약 90%의 변형, 약 50% 내지 약 90%의 변형, 약 60% 내지 약 90%의 변형, 약 70% 내지 약 90%의 변형, 및 약 80% 내지 약 100%의 변형 중 적어도 하나를 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 약 10% 내지 약 80%의 변형, 약 20% 내지 약 80%의 변형, 약 30% 내지 약 80%의 변형, 약 40% 내지 약 80%의 변형, 약 50% 내지 약 80%의 변형, 약 60% 내지 약 80%의 변형, 및 약 70% 내지 약 80%의 변형 중 적어도 하나를 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 약 10% 내지 약 70%의 변형, 약 20% 내지 약 70%의 변형, 약 30% 내지 약 70%의 변형, 약 40% 내지 약 70%의 변형, 약 50% 내지 약 70%의 변형, 및 약 60% 내지 약 70%의 변형 중 적어도 하나를 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 약 10% 내지 약 60%의 변형, 약 20% 내지 약 60%의 변형, 약 30% 내지 약 60%의 변형, 약 40% 내지 약 60%의 변형, 및 약 50% 내지 약 60%의 변형 중 적어도 하나를 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 약 10% 내지 약 50%의 변형, 약 20% 내지 약 50%의 변형, 약 30% 내지 약 50%의 변형, 및 약 40% 내지 약 50%의 변형 중 적어도 하나를 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 약 10% 내지 약 40%의 변형, 약 20% 내지 약 40%의 변형, 및 약 30% 내지 약 40%의 변형 중 적어도 하나를 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 약 10% 내지 약 30%의 변형, 및 약 20% 내지 약 30%의 변형 중 적어도 하나를 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 약 10% 내지 약 20%의 변형 중 적어도 하나를 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 약 15% 내지 약 90%, 약 20% 내지 약 80%, 약 30% 내지 약 70%, 또는 약 40% 내지 약 60%의 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 적어도 약 15%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 또는 99%의 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 적어도 약 3, 약 4, 약 5, 약 6, 약 7, 약 8, 약 9, 약 10, 약 11, 약 12, 약 13, 약 14, 약 15, 약 16, 약 17, 약 18, 약 19, 약 20, 약 21, 약 22개 이상의 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 적어도 약 1, 약 2, 약 3, 약 4, 약 5, 약 6, 약 7, 약 8, 약 9, 약 10, 약 11, 약 12, 약 13, 약 14, 약 15, 약 16, 약 17, 약 18, 약 19, 약 20, 약 21, 약 22개 이상의 변형된 뉴클레오티드를 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 단일 가닥을 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 2개 이상의 가닥을 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 제1 폴리뉴클레오티드, 및 제1 폴리뉴클레오티드에 하이브리드화하여 이중 가닥 폴리핵산 분자를 형성하는 제2 폴리뉴클레오티드를 포함한다. 일부 실시양태에서, 제2 폴리뉴클레오티드는 적어도 하나의 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 제1 폴리뉴클레오티드 및 제2 폴리뉴클레오티드는 RNA 분자이다. 일부 실시양태에서, 제1 폴리뉴클레오티드 및 제2 폴리뉴클레오티드는 siRNA 분자이다. 일부 실시양태에서, X 및 Y는 독립적으로 결합, 분해성 링커, 비분해성 링커, 절단가능한 링커, 또는 비중합체성 링커 기이다. 일부 실시양태에서, X는 결합이다. 일부 실시양태에서, X는 C1-C6 알킬 기이다. 일부 실시양태에서, Y는 C1-C6 알킬 기이다. 일부 실시양태에서, X는, 임의적으로 C1-C6 알킬 기에 접합된, 동종이작용성 링커 또는 이종이작용성 링커이다. 일부 실시양태에서, Y는 동종이작용성 링커 또는 이종이작용성 링커이다. 일부 실시양태에서, 결합 모이어티는 항체 또는 그의 결합 단편이다. 일부 실시양태에서, 항체 또는 그의 결합 단편은 인간화 항체 또는 그의 결합 단편, 키메라 항체 또는 그의 결합 단편, 단일클론 항체 또는 그의 결합 단편, 1가 Fab', 2가 Fab2, 단일 쇄 가변 단편(scFv), 디아바디, 미니바디, 나노바디, 단일 도메인 항체(sdAb), 또는 카멜리드 항체 또는 그의 결합 단편을 포함한다. 일부 실시양태에서, C는 폴리에틸렌 글리콜이다. 일부 실시양태에서, C의 분자량은 약 5,000 Da이다. 일부 실시양태에서, A-X는 B의 5' 말단에 접합되고, Y-C는 B의 3' 말단에 접합된다. 일부 실시양태에서, Y-C는 B의 5' 말단에 접합되고, A-X는 B의 3' 말단에 접합된다. 일부 실시양태에서, A-X, Y-C 또는 그의 조합은 뉴클레오티드간 연결 기에 접합된다. 일부 실시양태에서, 본 방법은 D를 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, D는 C에, 또는 A에 접합된다. 일부 실시양태에서, D는 하기 화학식 (IV)에 따른 화학식 (II)의 분자 접합체에 접합된다:
<화학식 (IV)>
(A-X-B-Y-Cc)-L-D
상기 식에서,
A는 결합 모이어티를 포함하고;
B는 폴리뉴클레오티드로 구성되고;
C는 중합체로 구성되고;
X는 결합 또는 제1 링커로 구성되고;
Y는 결합 또는 제2 링커로 구성되고;
L은 결합 또는 제3 링커로 구성되고;
D는 엔도솜 분해성 모이어티로 구성되고;
c는 정수 0 내지 1이고;
여기서, 폴리뉴클레오티드는 적어도 하나의 2' 변형된 뉴클레오티드, 적어도 하나의 변형된 뉴클레오티드간 연결, 또는 역위된 무염기 모이어티를 포함하고; D는 A, B, 또는 C 상의 임의의 위치에 접합된다.
일부 실시양태에서, D는 INF7 또는 멜리틴이다. 일부 실시양태에서, L은 C1-C6 알킬 기이다. 일부 실시양태에서, L은 동종이작용성 링커 또는 이종이작용성 링커이다. 일부 실시양태에서, 본 방법은 적어도 제2 결합 모이어티 A를 포함한다. 일부 실시양태에서, 적어도 제2 결합 모이어티 A는 A에, B에, 또는 C에 접합된다. 일부 실시양태에서, 방법은 생체내 방법이다. 일부 실시양태에서, 방법은 시험관내 방법이다. 일부 실시양태에서, 피험외주체는 인간이다.
특정 실시양태에서, 본원에서는 본원에 개시된 방법들 중 어느 한 방법에 의해 수득된 분자, 및 약학적으로 허용되는 부형제를 포함하는 약학적 조성물을 개시한다. 일부 실시양태에서, 약학적 조성물은 나노입자 제제로서 제제화된다. 일부 실시양태에서, 약학적 조성물은 비경구, 경구, 비내, 협측, 직장 또는 경피 투여용으로 제제화된다.
특정 실시양태에서, 본원에서는 본원에 개시된 방법들 중 어느 한 방법에 의해 수득된 분자를 포함하는 키트를 개시한다.
특정 실시양태에서, 본원에서는 폴리핵산 분자 접합체를 포함하는 조성물로서, 폴리핵산 분자 접합체는 서열 번호 54-972와 적어도 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%의 서열 동일성을 갖는 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 것인 조성물을 개시한다. 특정 실시양태에서, 본원에서는 폴리핵산 분자 접합체를 포함하는 조성물로서, 여기서, 폴리핵산 분자 접합체는 서열 번호 54-972와 적어도 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%의 서열 동일성을 갖는 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 것인 조성물을 개시한다. 특정 실시양태에서, 폴리핵산 분자 접합체는 하기 화학식 (I)의 구조를 포함한다:
<화학식 (I)>
A-X-B
상기 식에서,
A는 결합 모이어티를 포함하고;
B는 폴리뉴클레오티드로 구성되고;
X는 결합 또는 제1 링커로 구성된다.
특정 실시양태에서, 폴리핵산 분자 접합체는 하기 화학식 (II)의 구조를 포함한다:
<화학식 (II)>
A-X-B-Y-C
상기 식에서,
A는 결합 모이어티를 포함하고;
B는 폴리뉴클레오티드로 구성되고;
C는 중합체로 구성되고;
X는 결합 또는 제1 링커로 구성되고;
Y는 결합 또는 제2 링커로 구성된다.
특정 실시양태에서, 폴리핵산 분자 접합체는 하기 화학식 (III)의 구조를 포함한다:
<화학식 (III)>
A-X-C-Y-B
상기 식에서,
A는 결합 모이어티를 포함하고;
B는 폴리뉴클레오티드로 구성되고;
C는 중합체로 구성되고;
X는 결합 또는 제1 링커로 구성되고;
Y는 결합 또는 제2 링커로 구성된다.
특정 실시양태에서, 적어도 하나의 2' 변형된 뉴클레오티드는 모르폴리노, 2'-O-메틸, 2'-O-메톡시에틸(2'-O-MOE), 2'-O-아미노프로필, 2'-데옥시, T-데옥시-2'-플루오로, 2'-O-아미노프로필(2'-O-AP), 2'-O-디메틸아미노에틸(2'-O-DMAOE), 2'-O-디메틸아미노프로필(2'-O-DMAP), T-O-디메틸아미노에틸옥시에틸(2'-O-DMAEOE), 또는 2'-O-N-메틸아세트아미도(2'-O-NMA) 변형된 뉴클레오티드를 포함한다. 특정 실시양태에서, 적어도 하나의 2' 변형된 뉴클레오티드는 모르폴리노를 포함한다.
특정 실시양태에서, 본원에서는 피험체에게 폴리핵산 분자 접합체를 투여하여 피험체에서 질환 또는 장애를 치료하는 단계를 포함하고; 여기서 폴리핵산 분자 접합체는 표적 세포 결합 모이어티 및 표적화된 pre-mRNA 특이적 스플라이스 조정 폴리핵산 모이어티를 포함하고; 표적 세포 결합 모이어티는 표적화된 세포에 특이적으로 결합하고, 표적화된 pre-mRNA 특이적 스플라이스 조정 폴리핵산 모이어티는 표적화된 세포에서 표적화된 pre-mRNA 전사체의 삽입, 결실, 중복, 또는 변경을 유도하여 표적화된 pre-mRNA 전사체에서 스플라이싱 이벤트를 유도함으로써 mRNA 전사체를 생성하고; mRNA 전사체는 비처리 표적 세포에서의 동일한 단백질과 비교할 때 변형된 단백질을 코딩하는 것인 질환 또는 장애를 치료하는 방법을 개시한다. 특정 실시양태에서, 스플라이싱 이벤트는 엑손 스키핑이다. 특정 실시양태에서, 스플라이싱 이벤트는 엑손 인클루전이다. 특정 실시양태에서, 질환 또는 장애는 pre-mRNA 중 하나 이상의 돌연변이를 추가로 특징으로 한다. 특정 실시양태에서, 질환 또는 장애는 신경근 질환, 유전 질환, 암, 유전병, 또는 심혈관 질환을 포함한다. 특정 실시양태에서, 질환 또는 장애는 근이영양증이다. 특정 실시양태에서, 질환 또는 장애는 듀시엔형 근이영양증이다. 특정 실시양태에서, 스플라이싱 이벤트는 DMD 유전자의 엑손 8, 23, 35, 43, 44, 45, 50, 51, 52, 53, 또는 55의 것이다. 특정 실시양태에서, 스플라이싱 이벤트는 DMD 유전자의 엑손 23의 것이다. 특정 실시양태에서, 스플라이싱 이벤트는 PAH, MSTN , 또는 K- Ras 유전자의 엑손의 것이다. 특정 실시양태에서, 폴리핵산 분자 접합체는 하기 화학식 (I)의 구조를 포함한다:
<화학식 (I)>
A-X-B
상기 식에서,
A는 결합 모이어티를 포함하고;
B는 폴리뉴클레오티드로 구성되고;
X는 결합 또는 제1 링커로 구성된다.
특정 실시양태에서, 폴리핵산 분자 접합체는 하기 화학식 (II)의 구조를 포함한다:
<화학식 (II)>
A-X-B-Y-C
상기 식에서,
A는 결합 모이어티를 포함하고;
B는 폴리뉴클레오티드로 구성되고;
C는 중합체로 구성되고;
X는 결합 또는 제1 링커로 구성되고;
Y는 결합 또는 제2 링커로 구성된다.
특정 실시양태에서, 폴리핵산 분자 접합체는 하기 화학식 (III)의 구조를 포함한다:
<화학식 (III)>
A-X-C-Y-B
상기 식에서,
A는 결합 모이어티를 포함하고;
B는 폴리뉴클레오티드로 구성되고;
C는 중합체로 구성되고;
X는 결합 또는 제1 링커로 구성되고;
Y는 결합 또는 제2 링커로 구성된다.
특정 실시양태에서, 폴리핵산 분자 접합체는 적어도 하나의 2' 변형된 뉴클레오티드, 적어도 하나의 변형된 뉴클레오티드간 연결, 또는 적어도 하나의 역위된 무염기 모이어티를 임의적으로 포함한다. 특정 실시양태에서, 적어도 하나의 2' 변형된 뉴클레오티드는 모르폴리노, 2'-O-메틸, 2'-O-메톡시에틸(2'-O-MOE), 2'-O-아미노프로필, 2'-데옥시, T-데옥시-2'-플루오로, 2'-O-아미노프로필(2'-O-AP), 2'-O-디메틸아미노에틸(2'-O-DMAOE), 2'-O-디메틸아미노프로필(2'-O-DMAP), T-O-디메틸아미노에틸옥시에틸(2'-O-DMAEOE), 또는 2'-O-N-메틸아세트아미도(2'-O-NMA) 변형된 뉴클레오티드를 포함한다. 특정 실시양태에서, 적어도 하나의 2' 변형된 뉴클레오티드는 잠금 핵산(LNA), 에틸렌 핵산(ENA), 또는 펩티드 핵산(PNA)을 포함한다. 특정 실시양태에서, 적어도 하나의 2' 변형된 뉴클레오티드는 모르폴리노를 포함한다. 특정 실시양태에서, 적어도 하나의 역위된 염기 모이어티는 적어도 하나의 말단이다. 특정 실시양태에서, 적어도 하나의 변형된 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 연결 또는 포스포로디티오에이트 연결을 포함한다. 특정 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 적어도 약 10 내지 약 30개의 뉴클레오티드 길이를 포함한다. 특정 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 적어도 약 15%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 또는 99%의 변형을 포함한다. 특정 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 단일 가닥을 포함한다. 특정 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 2개 이상의 가닥을 포함한다. 특정 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 제1 폴리뉴클레오티드, 및 제1 폴리뉴클레오티드에 하이브리드화하여 이중 가닥 폴리핵산 분자를 형성하는 제2 폴리뉴클레오티드를 포함한다. 특정 실시양태에서, 제2 폴리뉴클레오티드는 적어도 하나의 변형을 포함한다. 특정 실시양태에서, 제1 폴리뉴클레오티드 및 제2 폴리뉴클레오티드는 RNA 분자를 포함한다. 특정 실시양태에서, 제1 폴리뉴클레오티드 및 제2 폴리뉴클레오티드는 siRNA 분자를 포함한다. 특정 실시양태에서, X는 결합이다. 특정 실시양태에서, X 및 Y는 독립적으로 결합, 분해성 링커, 비분해성 링커, 절단가능한 링커, 또는 비중합체성 링커 기이다. 특정 실시양태에서, X 및 Y는 독립적으로 결합, 분해성 링커, 비분해성 링커, 절단가능한 링커, 또는 비중합체성 링커 기이다. 특정 실시양태에서, X는 C1-C6 알킬 기이다. 특정 실시양태에서, X 또는 Y는 C1-C6 알킬 기이다. 특정 실시양태에서, X 또는 Y는 C1-C6 알킬 기이다. 특정 실시양태에서, 결합 모이어티는 항체 또는 그의 결합 단편이다. 특정 실시양태에서, 결합 모이어티는 항체 또는 그의 결합 단편이다. 특정 실시양태에서, 결합 모이어티는 항체 또는 그의 결합 단편이다. 특정 실시양태에서, C는 폴리에틸렌 글리콜이다. 특정 실시양태에서, C는 폴리에틸렌 글리콜이다. 특정 실시양태에서, A-X는 B의 5' 말단에 접합되고, Y-C는 B의 3' 말단에 접합된다. 특정 실시양태에서, Y-C는 B의 5' 말단에 접합되고, A-X는 B의 3' 말단에 접합된다. 특정 실시양태에서, 본 방법은 D를 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, D는 C에, 또는 A에 접합된다. 특정 실시양태에서, 본 방법은 적어도 제2 결합 모이어티 A를 추가로 포함한다. 특정 실시양태에서, 본 방법은 적어도 제2 결합 모이어티 A를 추가로 포함한다. 특정 실시양태에서, 본 방법은 적어도 제2 결합 모이어티 A를 추가로 포함한다.
특정 실시양태에서, 본원에서는 (a) 표적 세포를 폴리핵산 분자 접합체와 접촉시키는 단계로서, 여기서 폴리핵산 분자 접합체는 표적 세포 결합 모이어티 및 표적화된 pre-mRNA 스플라이스 조정 폴리핵산 모이어티를 포함하는 것인 단계; (b) 표적화된 pre-mRNA 스플라이스 조정 폴리핵산 모이어티를 표적 세포 내의 표적화된 pre-mRNA 전사체에 하이브리드화하여 표적화된 pre-mRNA 전사체에서 스플라이싱 이벤트를 유도함으로써 mRNA 전사체를 생성하는 단계; 및 (c) 임의적으로, 표적 세포에서 단계 (b)의 mRNA 전사체를 번역하여 단백질을 생성하는 단계를 포함하는, 표적화된 pre-mRNA 전사체에서 스플라이싱 이벤트를 유도하는 방법을 개시한다. 특정 실시양태에서, 스플라이싱 이벤트는 엑손 스키핑이다. 특정 실시양태에서, 스플라이싱 이벤트는 엑손 인클루전이다. 특정 실시양태에서, 표적화된 pre-mRNA 전사체는 질환 또는 장애를 유도한다. 특정 실시양태에서, 질환 또는 장애는 신경근 질환, 유전 질환, 암, 유전병, 또는 심혈관 질환을 포함한다. 특정 실시양태에서, 폴리핵산 분자 접합체는 a) 하기 화학식 (I)의 구조를 포함하거나, b) 하기 화학식 (II)의 구조를 포함하거나, 또는 c) 하기 화학식 (III)의 구조를 포함한다:
<화학식 (I)>
A-X-B
상기 식에서,
A는 결합 모이어티를 포함하고,
B는 폴리뉴클레오티드로 구성되고,
X는 결합 또는 제1 링커로 구성되고;
<화학식 (II)>
A-X-B-Y-C
상기 식에서,
A는 결합 모이어티를 포함하고,
B는 폴리뉴클레오티드로 구성되고,
C는 중합체로 구성되고,
X는 결합 또는 제1 링커로 구성되고,
Y는 결합 또는 제2 링커로 구성되고;
<화학식 (III)>
A-X-C-Y-B
상기 식에서,
A는 결합 모이어티를 포함하고,
B는 폴리뉴클레오티드로 구성되고,
C는 중합체로 구성되고,
X는 결합 또는 제1 링커로 구성되고,
Y는 결합 또는 제2 링커로 구성된다.
특정 실시양태에서, 폴리핵산 분자 접합체는 적어도 하나의 2' 변형된 뉴클레오티드, 적어도 하나의 변형된 뉴클레오티드간 연결, 또는 적어도 하나의 역위된 무염기 모이어티를 임의적으로 포함한다. 특정 실시양태에서, 적어도 하나의 2' 변형된 뉴클레오티드는 모르폴리노, 2'-O-메틸, 2'-O-메톡시에틸(2'-O-MOE), 2'-O-아미노프로필, 2'-데옥시, T-데옥시-2'-플루오로, 2'-O-아미노프로필(2'-O-AP), 2'-O-디메틸아미노에틸(2'-O-DMAOE), 2'-O-디메틸아미노프로필(2'-O-DMAP), T-O-디메틸아미노에틸옥시에틸(2'-O-DMAEOE), 또는 2'-O-N-메틸아세트아미도(2'-O-NMA) 변형된 뉴클레오티드를 포함한다. 특정 실시양태에서, 적어도 하나의 2' 변형된 뉴클레오티드는 잠금 핵산(LNA), 에틸렌 핵산(ENA), 펩티드 핵산(PNA)을 포함한다. 특정 실시양태에서, 적어도 하나의 2' 변형된 뉴클레오티드는 모르폴리노를 포함한다. 특정 실시양태에서, 적어도 하나의 역위된 염기 모이어티는 적어도 하나의 말단이다. 특정 실시양태에서, 적어도 하나의 변형된 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 연결 또는 포스포로디티오에이트 연결을 포함한다. 특정 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 적어도 약 10 내지 약 30개의 뉴클레오티드 길이를 포함한다. 특정 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 적어도 약 15%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 또는 99%의 변형을 포함한다. 특정 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 적어도 약 3, 약 4, 약 5, 약 6, 약 7, 약 8, 약 9, 약 10, 약 11, 약 12, 약 13, 약 14, 약 15, 약 16, 약 17, 약 18, 약 19, 약 20, 약 21, 약 22개 이상의 변형을 포함한다. 특정 실시양태에서, X 및 Y는 독립적으로 결합, 분해성 링커, 비분해성 링커, 절단가능한 링커, 또는 비중합체성 링커 기이다. 특정 실시양태에서, X는 결합이다. 특정 실시양태에서, X는 C1-C6 알킬 기이다. 특정 실시양태에서, Y는 C1-C6 알킬 기이다. 특정 실시양태에서, X는, 임의적으로 C1-C6 알킬 기에 접합된, 동종이작용성 링커 또는 이종이작용성 링커이다. 특정 실시양태에서, Y는 동종이작용성 링커 또는 이종이작용성 링커이다. 특정 실시양태에서, 결합 모이어티는 항체 또는 그의 결합 단편이다. 특정 실시양태에서, C는 폴리에틸렌 글리콜이다. 특정 실시양태에서, A-X는 B의 5' 말단에 접합되고, Y-C는 B의 3' 말단에 접합된다. 특정 실시양태에서, Y-C는 B의 5' 말단에 접합되고, A-X는 B의 3' 말단에 접합된다. 특정 실시양태에서, A-X, Y-C 또는 그의 조합은 뉴클레오티드간 연결 기에 접합된다. 특정 실시양태에서, 본 방법은 D를 추가로 포함한다. 특정 실시양태에서, D는 C에, 또는 A에 접합된다. 특정 실시양태에서, 본 방법은 적어도 제2 결합 모이어티 A를 추가로 포함한다.
특정 실시양태에서, 본원에서는 표적 세포 결합 모이어티 및 표적화된 pre-mRNA 특이적 스플라이스 조정 폴리핵산 모이어티를 포함하는 폴리핵산 분자 접합체 조성물로서, 여기서 표적화된 pre-mRNA 특이적 스플라이스 조정 폴리핵산 모이어티는 서열 번호 54-972와 적어도 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%의 서열 동일성을 갖는 서열을 포함하는 것인, 폴리핵산 분자 접합체 조성물을 개시한다. 특정 실시양태에서, 폴리핵산 분자 접합체는
a) 하기 화학식 (I)의 구조를 포함하거나, b) 하기 화학식 (II)의 구조를 포함하거나, 또는 c) 하기 화학식 (III)의 구조를 포함한다:
<화학식 (I)>
A-X-B
상기 식에서,
A는 결합 모이어티를 포함하고,
B는 폴리뉴클레오티드로 구성되고,
X는 결합 또는 제1 링커로 구성되고;
<화학식 (II)>
A-X-B-Y-C
상기 식에서,
A는 결합 모이어티를 포함하고,
B는 폴리뉴클레오티드로 구성되고,
C는 중합체로 구성되고,
X는 결합 또는 제1 링커로 구성되고,
Y는 결합 또는 제2 링커로 구성되고;
<화학식 (III)>
A-X-C-Y-B
상기 식에서,
A는 결합 모이어티를 포함하고,
B는 폴리뉴클레오티드로 구성되고,
C는 중합체로 구성되고,
X는 결합 또는 제1 링커로 구성되고,
Y는 결합 또는 제2 링커로 구성된다.
특정 실시양태에서, 약학적 조성물은 나노입자 제제로서 제제화된다.
도 1은 말단 뉴클레오티드가 확장된 포스포로디아미데이트 모르폴리노 올리고머(PMO: phosphorodiamidate morpholino oligomer) 서열(서열 번호 28)을 도시한 것이다.
도 2a는 말단 뉴클레오티드가 확장된 포스포로티오에이트 안티센스 올리고뉴클레오티드(PS ASO: phosphorothioate antisense oligonucleotide) 서열(서열 번호 29)을 도시한 것이다.
도 2b는 완전히 확장된 포스포로티오에이트 안티센스 올리고뉴클레오티드(PS ASO) 서열(서열 번호 29)을 도시한 것이다.
도 3은 택맨(Taqman) qPCR을 사용하여 총 RNA 중의 스키핑된 DMD mRNA를 정량화하는 데 사용된 방법을 도시한 것이다.
도 4는 소수성 상호작용 크로마토그래피(HIC: hydrophobic interaction chromatography) 방법 2를 사용하여 생성된 항CD71 mAb-PMO 반응 혼합물의 크로마토그램을 도시한 것이다.
도 5a는 크기 배제 크로마토그래피(SEC: size exclusion chromatography) 방법 1을 사용하여 생성된 항CD71 mAb의 크로마토그램을 도시한 것이다.
도 5b는 크기 배제 크로마토그래피(SEC) 방법 1을 사용하여 생성된 항CD71 mAb-PMO DAR 1,2의 크로마토그램을 도시한 것이다.
도 5c는 크기 배제 크로마토그래피(SEC) 방법 1을 사용하여 생성된 항CD71 mAb-PMO DAR >2의 크로마토그램을 도시한 것이다.
도 6a는 소수성 상호작용 크로마토그래피(HIC) 방법 2를 사용하여 생성된 항CD71 mAb의 크로마토그램을 도시한 것이다.
도 6b는 소수성 상호작용 크로마토그래피(HIC) 방법 2를 사용하여 생성된 정제된 항CD71 mAb-PMO DAR 1,2 접합체의 크로마토그램을 도시한 것이다.
도 6c는 소수성 상호작용 크로마토그래피(HIC) 방법 2를 사용하여 생성된 정제된 항CD71 mAb-PMO DAR >2 접합체의 크로마토그램을 도시한 것이다.
도 7a는 소수성 상호작용 크로마토그래피(HIC) 방법 3을 사용한 항CD71 Fab-PMO의 고속 단백질 액체 크로마토그래피(FPLC: fast protein liquid chromatography) 정제의 크로마토그램을 도시한 것이다.
도 7b는 SEC 방법 1을 사용하여 생성된 항CD71 Fab의 크로마토그램을 도시한 것이다.
도 7c는 SEC 방법 1을 사용하여 생성된 항CD71 Fab-PMO DAR 1 접합체의 크로마토그램을 도시한 것이다.
도 7d는 SEC 방법 1을 사용하여 생성된 항CD71 Fab-PMO DAR 2 접합체의 크로마토그램을 도시한 것이다.
도 7e는 SEC 방법 1을 사용하여 생성된 항CD71 Fab-PMO DAR 3 접합체의 크로마토그램을 도시한 것이다.
도 7f는 HIC 방법 4를 사용하여 생성된 항CD71 Fab의 크로마토그램을 도시한 것이다.
도 7g는 HIC 방법 4를 사용하여 생성된 항CD71 Fab-PMO DAR 1 접합체의 크로마토그램을 도시한 것이다.
도 7h는 HIC 방법 4를 사용하여 생성된 항CD71 Fab-PMO DAR 2 접합체의 크로마토그램을 도시한 것이다.
도 7i는 HIC 방법 4를 사용하여 생성된 항CD71 Fab-PMO DAR 3 접합체의 크로마토그램을 도시한 것이다.
도 8a는 SAX 방법 2를 사용하여 생성된 항CD71 mAb-PS ASO 반응 혼합물의 크로마토그램을 도시한 것이다.
도 8b는 SEC 방법 1을 사용하여 생성된 항CD71 mAb의 크로마토그램을 도시한 것이다.
도 8c는 SEC 방법 1을 사용하여 생성된 항CD71 mAb-PS ASO DAR 1 접합체의 크로마토그램을 도시한 것이다.
도 8d는 SEC 방법 1을 사용하여 생성된 항CD71 mAb-PS ASO DAR 2 접합체의 크로마토그램을 도시한 것이다.
도 8e는 SEC 방법 1을 사용하여 생성된 항CD71 mAb-PS ASO DAR 3 접합체의 크로마토그램을 도시한 것이다.
도 8f는 SAX 방법 2를 사용하여 생성된 항CD71 mAb-PS ASO DAR 1 접합체의 크로마토그램을 도시한 것이다.
도 8g는 SAX 방법 2를 사용하여 생성된 항CD71 mAb-PS ASO DAR 2 접합체의 크로마토그램을 도시한 것이다.
도 8h는 SAX 방법 2를 사용하여 생성된 항CD71 mAb-PS ASO DAR 3 접합체의 크로마토그램을 도시한 것이다.
도 9는 PMO 및 항CD71 mAb-PMO 접합체 사용시 분화된 C2C12 세포에서 엑손 23 스키핑을 검출한 네스티드 PCR로부터의 아가로스 겔을 도시한 것이다.
도 10은 PMO, 항CD71 mAb-PMO, 및 항CD71 Fab-PMO 접합체 사용시 분화된 C2C12 세포에서 엑손 23 스키핑을 검출한 네스티드 PCR로부터의 아가로스 겔을 도시한 것이다.
도 11은 PMO, ASO, DAR1의 접합된 항CD71 mAb-ASO("ASC-DAR1"), DAR2의 접합된 항CD71 mAb-ASO("ASC-DAR2"), 및 DAR3의 접합된 항CD71 mAb-ASO("ASC-DAR3")하의 분화된 C2C12 세포에서 엑손 23 스키핑을 검출한 네스티드 PCR로부터의 아가로스 겔을 도시한 것이다.
도 12a는 항CD71 mAb-PMO 접합체의 단일 정맥 주사를 투여받은 야생형 마우스의 비복근 근육에서의 엑손 23 스키핑을 검출한 네스티드 PCR로부터의 아가로스 겔을 도시한 것이다.
도 12b는 비복근 근육으로부터의 PCR 생성물의 정량화 그래프이다.
도 12c는 택맨 qPCR을 이용한 야생형 마우스 유래의 비복근 근육로부터의 생체내 엑손 스키핑의 정량화 그래프이다.
도 13a는 단일 정맥 주사 후 야생형 마우스로부터의 심장 근육에서의 엑손 23 스키핑을 검출한 네스티드 PCR로부터의 아가로스 겔을 도시한 것이다.
도 13b는 심장 근육으로부터의 PCR 생성물의 정량화 그래프이다.
도 14는 스키핑된 생성물 및 야생형 PCR 생성물(각각 서열 번호 976-977)로부터의 DNA 단편의 서열분석 데이터를 도시한 것이다.
도 15a는 택맨 qPCR을 이용한 야생형 마우스의 비복근 근육에서의 생체내 엑손 스키핑의 정량화 그래프이다.
도 15b는 네스티드 qPCR을 이용한 야생형 마우스의 비복근 근육에서의 생체내 엑손 스키핑의 정량화 그래프이다.
도 15c는 택맨 qPCR을 이용한 야생형 마우스의 횡격막 근육에서의 생체내 엑손 스키핑의 정량화 그래프이다.
도 15d는 네스티드 qPCR을 이용한 야생형 마우스의 횡격막 근육에서의 생체내 엑손 스키핑의 정량화 그래프이다.
도 15e는 택맨 qPCR을 이용한 야생형 마우스의 심장 근육에서의 생체내 엑손 스키핑의 정량화 그래프이다.
도 15f는 네스티드 qPCR을 이용한 야생형 마우스의 심장 근육에서의 생체내 엑손 스키핑의 정량화 그래프이다.
도 16a는 단일 정맥(i.v.) 주사 후, 야생형 마우스의 횡격막 근육 조직에서의 CD71 mAb-PMO 접합체의 MSTN 엑손 2 스키핑 유도를 검출하는 PCR로부터의 아가로스 겔을 도시한 것이다.
도 16b는 단일 정맥(i.v.) 주사 후, 야생형 마우스의 심장 근육 조직에서의 CD71 mAb-PMO 접합체의 MSTN 엑손 2 스키핑 유도를 검출하는 PCR로부터의 아가로스 겔을 도시한 것이다.
도 16c는 단일 정맥(i.v.) 주사 후, 야생형 마우스의 비복근 근육 조직에서의 CD71 mAb-PMO 접합체의 MSTN 엑손 2 스키핑 유도를 검출하는 PCR로부터의 아가로스 겔을 도시한 것이다.
도 17은 1차 마우스 간세포에서의 ASGPR mAb-PMO 접합체의 PAH 엑손 11 스키핑 유도를 검출하는 PCR로부터의 아가로스 겔을 도시한 것이다.
도 18은 단일 정맥(i.v.) 주사 후, 야생형 마우스로부터의 간에서의 ASGPR mAb-PMO 접합체의 PAH 엑손 11 스키핑 유도를 검출하는 PCR로부터의 아가로스 겔을 도시한 것이다.
본 개시내용의 상세한 설명
핵산(예컨대, RNAi) 요법은 선택성 및 특이성이 높은 표적화 요법이다. 그러나, 일부 경우에, 핵산 요법은 또한 불량한 세포내 흡수, 표적 세포 중 불충분한 세포내 농도, 및 낮은 효능에 의해 방해를 받는다. 이러한 문제를 해결하기 위해, 예컨대, 예를 들어, 더 우수한 안정화 및/또는 더 낮은 독성을 위한 신규한 링커, 증가된 표적 특이성 및/또는 표적 전달을 위한 결합 모이어티의 최적화, 및 증가된 안정성 및/또는 감소된 오프-표적 효과를 위한 핵산 중합체 변형과 같은, 핵산 조성물의 다양한 변형이 개발되고 있다.
일부 경우에, 올리고뉴클레오티드가 사용되는 상기와 같은 한 분야는 근이영양증 치료를 위한 것이다. 근이영양증은 근육을 이환시키는 여러 질환을 포함한다. 듀시엔형 근이영양증은 중증 형태의 근이영양증이고, DMD 유전자 중의 돌연변이에 의해 유발된다. 일부 경우에, DMD 유전자 중의 돌연변이가 번역 리딩 프레임을 파괴시키고, 그 결과로, 비기능성 디스트로핀 단백질이 생성된다.
특정 실시양태에서, 본원에서는 번역 리딩 프레임을 복구시키는 데 사용되는, 부정확하게 스플라이싱된 mRNA 전사체에서 삽입, 결실, 중복, 또는 변경을 유도하여 엑손 스키핑 또는 엑손 인클루전을 유도하는 핵산 요법에 관한 방법 및 조성물을 기술한다. 일부 실시양태에서, 본원에 기술된, 부정확하게 프로세싱된 mRNA 전사체를 특징으로 하는 질환 또는 장애를 치료하기 위한 방법 및 조성물로서, 여기서, 엑손 제거 후, mRNA는 기능성 단백질을 코딩할 수 있고, 이로써, 질환 또는 장애를 치료할 수 있는 것인 방법 및 조성물 또한 포함한다. 추가 실시양태에서, 본원에 기술된, 상기 질환 또는 장애를 치료하기 위한 약학적 조성물 및 키트를 포함한다.
RNA 프로세싱
RNA는 유전자 발현 및 세포 생리 조절에서 중요한 역할을 한다. RNA의 적절한 프로세싱이 기능성 단백질의 번역에 중요한다. RNA 프로세싱 변경, 예컨대, RNA의 부정확한 스플라이싱의 결과는 질환을 유발할 수 있다. 예를 들어, 스플라이스 부위의 돌연변이는 미성숙 정지 코돈의 노출, 엑손 손실, 또는 인트론 포함을 유발한다. 일부 경우에, RNA 프로세싱의 변경은 삽입, 결실, 또는 중복을 초래한다. 일부 경우에, RNA 프로세싱의 변경은 엑손의 삽입, 결실, 또는 중복을 초래한다. 일부 경우에, RNA 프로세싱의 변경은 인트론의 삽입, 결실, 또는 중복을 초래한다.
선택적 전사 또는 스플라이싱 이벤트로는 엑손 스키핑, 선택적 3' 스플라이스 부위 선택, 선택적 5' 스플라이스 부위 선택, 인트론 잔류, 상호 배타적 엑손, 선택적 프로모터 사용빈도, 및 선택적 폴리아데닐화를 포함하나, 이에 제한되지 않는다. 일부 실시양태에서, 스플라이싱 이벤트는 예를 들어, 엑손 스키핑 또는 엑손 인클루전에 의해 엑손의 삽입, 결실, 또는 중복을 초래한다.
엑손 스키핑
엑손 스키핑은 RNA 스플라이싱의 한 형태이다. 일부 경우에, 엑손 스키핑은 엑손이 스키핑되거나, 또는 엑손이 프로세싱된 mRNA 밖에서 스플라이싱될 때 발생한다. 엑손 스키핑 결과로서, 프로세싱된 mRNA는 스키핑된 엑손을 함유하지 않는다. 일부 경우에, 엑손 스키핑을 통해 변경된 생성물이 발현된다.
일부 경우에, 안티센스 올리고뉴클레오티드(AON: antisense oligonucleotide)는 엑손 스키핑을 유도하는 데 사용된다. 일부 경우에, AON은 특이적인 mRNA 또는 pre-mRNA 서열에 결합하는 짧은 핵산 서열이다. 예를 들어, AON은 스플라이스 부위 또는 엑손 인핸서에 결합한다. 일부 경우에, AON의 특이적인 mRNA 또는 pre-mRNA 서열에의 결합이 이중 가닥 영역을 생성한다. 일부 경우에, 이중 가닥 영역의 형성은 보통 스플라이세오솜 또는 스플라이세오솜과 회합된 단백질이 결합하여 엑손의 스키핑을 유발하게 되는 부위에서 일어난다. 일부 경우에, 엑손 스키핑 결과로 전사체 리딩 프레임은 복귀되고, 이를 통해 부분적으로 기능성인 단백질이 생성될 수 있다.
엑손 인클루전
일부 경우에, RN돌연변이는 엑손 스키핑을 초래한다. 일부 경우에, 돌연변이는 스플라이스 부위에서, 스플라이스 부위 근처에서, 및 스플라이스 부위로부터 먼 원거리에서, 이중 적어도 하나에서 이루어진다. 일부 경우에, 돌연변이를 통해 스플라이스 부위가 불활성화 또는 약화, 엑손 스플라이스 인핸서 또는 인트론 스플라이스 인핸서 파괴, 및 엑손 스플라이스 사일런서 또는 인트론 스플라이스 인핸서 생성 중 적어도 하나가 초래된다. 일부 경우에, 돌연변이는 RNA 2차 구조를 변경시킨다. 일부 경우에, 돌연변이는 RNA 2차 구조를 변경시켜 엑손 인식에 중요한 신호의 접근가능성을 파괴시킨다.
일부 경우에, AON 사용은 스키핑된 엑손을 포함한다. 일부 경우에, AON은 스플라이스 부위, 스플라이스 부위 인근 부위, 및 스플라이스 부위로부터 먼 부위 중 적어도 하나에 결합한다. 일부 경우에, AON은 RNA 중의 부위에 결합하여 엑손 스플라이스 인핸서 또는 인트론 스플라이스 인핸서의 파괴를 막는다. 일부 경우에, AON은 RNA 중의 부위에 결합하여 엑손 스플라이스 사일런서 또는 인트론 스플라이스 사일런서의 생성을 막는다.
인트론 잔류
일부 경우에, RNA 돌연변이는 인트론 잔류를 초래한다. 인트론 잔류 결과, 인트론은 성숙한 mRNA 전사체에 그대로 남게 된다. 일부 경우에, 유지된 인트론의 존재는 기능성 단백질의 번역을 막거나, 감소시킨다. 일부 경우에, 인트론 잔류는 코딩 영역에서, 비코딩 영역에서, 5' UTR에서, 또는 3' UTR에서 일어난다. 인트론 잔류가 코딩 영역에서 일어날 때, 일부 경우에, 유지된 인트론이 프레임 내 아미노산을 코딩하거나, 또는 오정렬 상태로 존재하고, 이로써, 정지 코돈 또는 프레임 시프트에 기인하여 말단절단된 단백질 또는 비기능성 단백질이 생성된다. 일부 경우에, 인트론은 두 엑손 사이에서 유지되거나, 5' UTR에 위치하거나, 또는 3' UTR에 위치한다.
일부 경우에, AON은 부분적으로 프로세싱된 mRNA에 하이브리드화하여 유지된 인트론의 제거를 개시시키는 데 사용된다. 일부 경우에, AON은 인트론 스플라이싱 인핸서 또는 인트론 스플라이싱 사일런서에 하이브리드화한다. 일부 경우에, AON은 인트론의 5' 스플라이스 부위, 3' 스플라이스 부위, 분지점, 폴리피리미딘 트랙, 인트론 사일런서 부위, 크립틱 인트론 스플라이스 부위, 슈도 스플라이스 부위, 또는 인트론 인핸서, 그 지점에서 또는 그로부터 떨어져 있는 지점에서 하이브리드화한다. 일부 경우에, AON은 인트론의 내부 영역에 하이브리드화한다.
적응증
일부 실시양태에서, 본원에 기술된 폴리핵산 분자 또는 약학적 조성물은 결함이 있는 mRNA를 특징으로 하는 질환 또는 장애를 치료하는 데 사용된다. 일부 실시양태에서, 본원에 기술된 폴리핵산 분자 또는 약학적 조성물은 부정확하게 스플라이싱된 mRNA 전사체에서 삽입, 결실, 중복, 또는 변경을 유도하여 스플라이싱 이벤트를 유도함으로써 질환 또는 장애를 치료하는 데 사용된다. 일부 실시양태에서, 스플라이싱 이벤트는 엑손 스키핑 또는 엑손 인클루전이다. 일부 실시양태에서, 스플라이싱 이벤트는 인트론 잔류이다.
일부 실시양태에서, 본원에 기술된 폴리핵산 분자 또는 약학적 조성물은 부정확하게 스플라이싱된 mRNA 전사체에서 삽입, 결실, 중복, 또는 변경을 유도하여 엑손 스키핑 또는 엑손 인클루전을 유도함으로써 질환 또는 장애를 치료하는 데 사용된다.
대부분의 인간 단백질 코딩 유전자는 선택적으로 스플라이싱된다. 일부 경우에, 돌연변이는 부적절하게 스플라이싱된 또는 부분적으로 스플라이싱된 mRNA를 초래한다. 예를 들어, 돌연변이는 단백질 코딩 유전자 중의 스플라이스 부위, 사일런서 또는 인핸서 서열, 엑손 서열, 또는 인트론 서열 중 적어도 하나에 존재한다. 일부 경우에, 돌연변이는 유전자 기능장애를 초래한다. 일부 경우에, 돌연변이는 질환 또는 장애를 초래한다.
일부 경우에, 부적절하게 스플라이싱된 또는 부분적으로 스플라이싱된 mRNA로부터 초래되는 질환 또는 장애로는 신경근 질환, 유전 질환, 암, 유전병, 또는 심혈관 질환을 포함하나, 이에 제한되지 않는다.
일부 경우에, 유전 질환 또는 장애로는 상염색체 우성 장애, 상염색체 열성 장애, X 연관 우성 장애, X 연관 열성 장애, Y 연관 장애, 미토콘드리아 질환, 또는 다인성 또는 다인자성 유전 장애를 포함한다.
일부 경우에, 심혈관 질환, 예컨대, 고콜레스테롤혈증은 부적절하게 스플라이싱된 또는 부분적으로 스플라이싱된 mRNA로부터 초래된 것이다. 고콜레스테롤혈증에서, 저밀도 지질단백질 수용체(LDLR: low density lipoprotein receptor)의 엑손 12에서의 단일 뉴클레오티드 다형성이 엑손 스키핑을 촉진시키다고 밝혀져 있다.
일부 경우에, 부적절하게 스플라이싱된 또는 부분적으로 스플라이싱된 mRNA는 암을 초래한다. 예를 들어, 부적절하게 스플라이싱된 또는 부분적으로 스플라이싱된 mRNA는 증식, 운동성, 및 약물 반응을 포함하나, 이에 제한되지 않는, 암에 관여하는 세포 프로세스에 영향을 미친다. 일부 경우에, 고형암 또는 혈액암이다. 일부 경우에, 암은 방광암, 폐암, 뇌암, 흑색종, 유방암, 비호지킨 림프종, 자궁경부암, 난소암, 결장직장암, 췌장암, 식도암, 전립선암, 신장암, 피부암, 백혈병, 갑상선암, 간암, 또는 자궁암이다.
일부 경우에, 부적절하게 스플라이싱된 또는 부분적으로 스플라이싱된 mRNA는 신경근 질환 또는 장애를 유발한다. 예시적인 신경근 질환으로는 근이영양증, 예컨대, 듀시엔형 근이영양증, 베커형 근이영양증, 안면견갑상완형 근이영양증, 선천성 근이영양증, 또는 근긴장성 이영양증을 포함한다. 일부 경우에, 근이영양증은 유전성이다. 일부 경우에, 근이영양증은 자연발생 돌연변이에 의해 유발된다. 베커형 근이영양증 및 듀시엔형 근이영양증은 단백질 디스트로핀을 코딩하는 DMD 유전자에 돌연변이를 포함하는 것으로 밝혀졌다. 안면견갑상완형 근이영양증은 이중 호메오박스, 4(DUX4) 유전자에 돌연변이를 포함하는 것으로 밝혀졌다.
일부 경우에, 부적절하게 스플라이싱된 또는 부분적으로 스플라이싱된 mRNA를 듀시엔형 근이영양증을 유발한다. 듀시엔형 근이영양증은 중증 근육 약화를 초래하고, 이는 기능성 디스트로핀의 생산을 폐지하는 DMD 유전자 중의 돌연변이에 의해 유발된다. 일부 경우에, 듀시엔형 근이영양증은 DMD 유전자에서 엑손 중의 돌연변이의 결과이다. 일부 경우에, 듀시엔형 근이영양증은 DMD 유전자에서 엑손 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78 및 79 중 적어도 하나에서의 돌연변이의 결과이다. 일부 경우에, 듀시엔형 근이영양증은 DMD 유전자에서 엑손 3, 4, 5, 6, 7, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 및 63 중 적어도 하나에서의 돌연변이의 결과이다. 일부 경우에, 듀시엔형 근이영양증은 DMD 유전자에서 엑손 8, 23, 35, 43, 44, 45, 50, 51, 52, 53, 및 55 중 적어도 하나에서의 돌연변이의 결과이다. 일부 경우에, 다중 엑손이 돌연변이화된다. 예를 들어, 듀시엔형 근이영양증 환자에서는 엑손 48-50의 돌연변이가 일반적이다. 일부 경우에, 듀시엔형 근이영양증은 엑손 51의 돌연변이의 결과이다. 일부 경우에, 듀시엔형 근이영양증은 엑손 23의 돌연변이의 결과이다. 일부 경우에, 돌연변이는 엑손의 결실을 포함한다. 일부 경우에, 돌연변이는 엑손의 중복을 포함한다. 일부 경우에, 돌연변이는 엑손 중 점 돌연변이를 포함한다. 예를 들어, 일부 환자는 DMD 유전자의 엑손 51에 넌센스 점 돌연변이를 가지는 것으로 밝혀졌다.
일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자 또는 약학적 조성물은 근이영양증 치료를 위해 사용된다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자 또는 약학적 조성물은 듀시엔형 근이영양증, 베커형 근이영양증, 안면견갑상완형 근이영양증, 선천성 근이영양증, 또는 근긴장성 이영양증 치료를 위해 사용된다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자 또는 약학적 조성물은 듀시엔형 근이영양증 치료를 위해 사용된다.
폴리핵산 분자
일부 실시양태에서, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 부정확하게 스플라이싱된 mRNA 전사체에서 삽입, 결실, 중복, 또는 변경을 유도하여 엑손 스키핑 또는 엑손 인클루전을 유도한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 번역 리딩 프레임을 복구시킨다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 기능성 및 말단절단된 단백질을 생성한다.
일부 경우에, 폴리핵산 분자는 mRNA 서열을 표적화한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 스플라이스 부위를 표적화한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 시스 조절 요소를 표적화한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 트랜스 조절 요소를 표적화한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 엑손 스플라이스 인핸서 또는 인트론 스플라이스 인핸서를 표적화한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 엑손 스플라이스 사일런서 또는 인트론 스플라이스 사일런서를 표적화한다.
일부 경우에, 폴리핵산 분자는 인트론 또는 엑손 중에서 발견되는 서열을 표적화하다. 예를 들어, 폴리핵산 분자는 엑손의 스플라이싱을 매개하는 상기 엑손 중에서 발견되는 서열을 표적화한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 엑손 인식 서열을 표적화한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 엑손 상류의 서열을 표적화한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 엑손 하류의 서열을 표적화한다.
상기 기술된 바와 같이, 폴리핵산 분자는 질환 또는 장애, 제한하는 것은 아니지만, 신경근 질환, 유전 질환, 암, 유전병, 또는 심혈관 질환을 초래하는 부정확하게 프로세싱된 mRNA 전사체를 표적화한다.
일부 경우에, 폴리핵산 분자는 질환 또는 장애를 유발하는 유전자 중 돌연변이화된 엑손을 표적화한다. 예시적인 질환 또는 장애로는 가족성 자율신경이상증(FD: familial dysautonomia), 척수성 근위축증(SMA: spinal muscular atrophy), 중쇄 아실-CoA 데하이드로게나게(MCAD: medium-chain acyl-CoA dehydrogenase) 결핍증, 허친슨-길포드 조로증 증후군(HGPS: Hutchinson-Gilford progeria syndrome), 근긴장성 이영양증 타입 I(DM1: dystrophy type I), 근긴장성 이영양증 타입 II(DM2: dystrophy type II), 상염색체 우성 망막색소병증(RP: retinitis pigmentosa), 듀시엔형 근이영양증(DMD: Duchenne muscular dystrophy), 소두증 발생이형성 원발성 왜소증 타입 1(MOPD1: microcephalic steodysplastic primordial dwarfism type 1)(테이비 린더 증후군(TALS: Taybi-Linder syndrome)), 파킨슨병 동반 전측두엽 치매-17(FTDP-17: frontotemporal dementia with parkinsonism-17), 후쿠야마 선천성 근이영양증(FCMD: Fukuyama congenital muscular dystrophy), 근위축성 측삭 경화증(ALS: amyotrophic lateral sclerosis), 고콜레스테롤혈증, 및 낭포성 섬유증(CF: cystic fibrosis)를 포함하나, 이에 제한되지 않는다. 질환 또는 장애에 관여하는 예시적인 유전자로는 IKBKAP , SMN2, MCAD, LMNA, DMPK, ZNF9, MAPT, FKTN, TDP-43, LDLR, CFTR, DMD , PAH, MSTN, 및 K- Ras를 포함하나, 이에 제한되지 않는다. 일부 실시양태에서, 유전자는 DMD, PAH, MSTN, 또는 K-Ras이다.
일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 질환 또는 장애를 유발하는 유전자의 엑손의 엑손-인트론 연접부에 위치하는 영역을 표적화한다. 일부 실시양태에서, 유전자는 IKBKAP , SMN2, MCAD, LMNA, DMPK, ZNF9, MAPT, FKTN, TDP-43, LDLR, CFTR, DMD , PAH, MSTN , 또는 K- Ras이다. 일부 실시양태에서, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 MSTN의 엑손 1, 2, 또는 3의 엑손-인트론 연접부에 위치하는 영역을 표적화한다. 일부 실시양태에서, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 MSTN의 엑손 2의 엑손-인트론 연접부에 위치하는 영역을 표적화한다. 일부 실시양태에서, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 PAH의 엑손 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 또는 21의 엑손-인트론 연접부에 위치하는 영역을 표적화한다. 일부 실시양태에서, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 PAH의 엑손 11의 엑손-인트론 연접부에 위치하는 영역을 표적화한다.
일부 경우에, 폴리핵산 분자는 질환 또는 장애를 유발하는 유전자의 엑손 중 적어도 하나의 5' 인트론-엑손 연접부 또는 3' 엑손-인트론 연접부에 위치하는 표적 영역에 하이브리드화한다. 일부 실시양태에서, 유전자는 IKBKAP , SMN2, MCAD, LMNA, DMPK, ZNF9, MAPT, FKTN, TDP-43, LDLR, CFTR, DMD , PAH, MSTN , 또는 K- Ras이다. 일부 실시양태에서, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 MSTN의 엑손 1, 2, 또는 3의 5' 인트론-엑손 연접부 또는 3' 엑손-인트론 연접부를 표적화한다. 일부 실시양태에서, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 MSTN의 엑손 2의 5' 인트론-엑손 연접부 또는 3' 엑손-인트론 연접부인 영역을 표적화한다. 일부 실시양태에서, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 PAH의 엑손 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 또는 21의 5' 인트론-엑손 연접부 또는 3' 엑손-인트론 연접부인 영역을 표적화한다. 일부 실시양태에서, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 PAH의 엑손 11의 5' 인트론-엑손 연접부 또는 3' 엑손-인트론 연접부인 영역을 표적화한다.
일부 경우에, 폴리핵산 분자는 질환 또는 장애를 유발하는 유전자의 엑손 중 적어도 하나의 5' 인트론-엑손 연접부에 위치하는 표적 영역에 하이브리드화한다. 일부 실시양태에서, 유전자는 IKBKAP , SMN2, MCAD, LMNA, DMPK, ZNF9, MAPT, FKTN, TDP-43, LDLR, CFTR, DMD , PAH, MSTN , 또는 K- Ras이다. 일부 실시양태에서, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 MSTN의 엑손 1, 2, 또는 3의 5' 인트론-엑손 연접부에 위치하는 영역을 표적화한다. 일부 실시양태에서, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 MSTN의 엑손 2의 5' 인트론-엑손 연접부에 위치하는 영역을 표적화한다. 일부 실시양태에서, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 PAH의 엑손 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 또는 21의 5' 인트론-엑손 연접부에 위치하는 영역을 표적화한다. 일부 실시양태에서, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 PAH의 엑손 11의 5' 인트론-엑손 연접부에 위치하는 영역을 표적화한다.
일부 경우에, 폴리핵산 분자는 질환 또는 장애를 유발하는 유전자의 엑손 중 적어도 하나의 3' 엑손-인트론 연접부에 위치하는 표적 영역에 하이브리드화한다. 일부 실시양태에서, 유전자는 IKBKAP , SMN2, MCAD, LMNA, DMPK, ZNF9, MAPT, FKTN, TDP-43, LDLR, CFTR, DMD , PAH, MSTN , 또는 K- Ras이다. 일부 실시양태에서, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 MSTN의 엑손 1, 2, 또는 3의 3' 인트론-엑손 연접부에 위치하는 영역을 표적화한다. 일부 실시양태에서, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 MSTN의 엑손 2의 3' 인트론-엑손 연접부에 위치하는 영역을 표적화한다. 일부 실시양태에서, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 PAH의 엑손 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 또는 21의 3' 인트론-엑손 연접부에 위치하는 영역을 표적화한다. 일부 실시양태에서, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 PAH의 엑손 11의 3' 인트론-엑손 연접부에 위치하는 영역을 표적화한다.
일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 질환 또는 장애를 유발하는 유전자의 엑손의 스플라이스 부위를 표적화한다. 일부 실시양태에서, 유전자는 IKBKAP, SMN2, MCAD, LMNA, DMPK, ZNF9, MAPT, FKTN, TDP-43, LDLR, CFTR, DMD , PAH, MSTN , 또는 K- Ras이다. 일부 실시양태에서, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 MSTN의 엑손 1, 2, 또는 3의 스플라이스 부위를 표적화한다. 일부 실시양태에서, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 MSTN의 엑손 2의 3' 스플라이스 부위를 표적화한다일부 실시양태에서, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 PAH의 엑손 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 또는 21의 스플라이스 부위를 표적화한다. 일부 실시양태에서, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 PAH의 엑손 11의 스플라이스 부위를 표적화한다. 본원에서 사용되는 바, 스플라이스 부위는 부정확하게 스플라이싱된 mRNA 전사체에서 삽입, 결실, 중복, 또는 변경을 유도하여 엑손 스키핑 또는 엑손 인클루전을 유도할 수 있는, 정규 스플라이스 부위, 크립틱 스플라이스 부위 또는 선택적 스플라이스 부위를 포함한다.
일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 질환 또는 장애를 유발하는 유전자의 엑손의 상류쪽으로(또는 5'로부터) 적어도 1,000 뉴클레오티드(nt), 500 nt, 400 nt, 300 nt, 200 nt, 100 nt, 80 nt, 60 nt, 50 nt, 40 nt, 30 nt, 20 nt, 10 nt, 또는 5 nt인 영역을 표적화한다. 일부 실시양태에서, 유전자는 IKBKAP , SMN2, MCAD, LMNA, DMPK, ZNF9, MAPT, FKTN, TDP-43, LDLR, CFTR, DMD , PAH, MSTN , 또는 K- Ras이다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 MSTN 유전자의 엑손 1, 2, 또는 3의 상류쪽으로(또는 5'로부터) 적어도 1,000 nt, 500 nt, 400 nt, 300 nt, 200 nt, 100 nt, 80 nt, 60 nt, 50 nt, 40 nt, 30 nt, 20 nt, 10 nt, 또는 5 nt인 영역을 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 MSTN 유전자의 엑손 2의 상류쪽으로(또는 5'로부터) 적어도 1,000 nt, 500 nt, 400 nt, 300 nt, 200 nt, 100 nt, 80 nt, 60 nt, 50 nt, 40 nt, 30 nt, 20 nt, 10 nt, 또는 5 nt인 영역을 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 PAH 유전자의 엑손 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 또는 21의 상류쪽으로(또는 5'로부터) 적어도 1,000 nt, 500 nt, 400 nt, 300 nt, 200 nt, 100 nt, 80 nt, 60 nt, 50 nt, 40 nt, 30 nt, 20 nt, 10 nt, 또는 5 nt인 영역을 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 PAH의 엑손 11의 상류쪽으로(또는 5'로부터) 적어도 1,000 nt, 500 nt, 400 nt, 300 nt, 200 nt, 100 nt, 80 nt, 60 nt, 50 nt, 40 nt, 30 nt, 20 nt, 10 nt, 또는 5 nt인 영역을 표적화한다.
일부 경우에, 폴리핵산 분자는 질환 또는 장애를 유발하는 유전자의 엑손들 중 적어도 하나에 대하여 상류쪽에(또는 5'에) 존재하는 표적 영역에 하이브리드화한다. 일부 실시양태에서, 유전자는 IKBKAP , SMN2, MCAD, LMNA, DMPK, ZNF9, MAPT, FKTN, TDP-43, LDLR, CFTR, DMD , PAH, MSTN , 또는 K- Ras이다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 MSTN 유전자의 엑손 1, 2, 또는 3 중 적어도 하나에 대하여 상류쪽에(또는 5'에) 존재하는 표적 영역에 하이브리드화한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 MSTN 유전자의 엑손 2 중 적어도 하나에 대하여 상류쪽으로(또는 5'로) 약 5, 10, 15, 20, 50, 100, 200, 300, 400 또는 500 bp인 표적 영역에 하이브리드화한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 PAH 유전자의 엑손 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 또는 21 중 적어도 하나에 대하여 상류쪽으로(또는 5'로) 약 5, 10, 15, 20, 50, 100, 200, 300, 400 또는 500 bp인 표적 영역에 하이브리드화한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 PAH 유전자의 엑손 11 중 적어도 하나에 대하여 상류쪽으로(또는 5'로) 약 5, 10, 15, 20, 50, 100, 200, 300, 400 또는 500 bp인 표적 영역에 하이브리드화한다.
일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 질환 또는 장애를 유발하는 유전자의 엑손의 하류쪽으로(또는 3'으로부터) 적어도 1,000 뉴클레오티드(nt), 500 nt, 400 nt, 300 nt, 200 nt, 100 nt, 80 nt, 60 nt, 50 nt, 40 nt, 30 nt, 20 nt, 10 nt, 또는 5 nt인 영역을 표적화한다. 일부 실시양태에서, 유전자는 IKBKAP , SMN2, MCAD, LMNA, DMPK, ZNF9, MAPT, FKTN, TDP-43, LDLR, CFTR, DMD , PAH, MSTN , 또는 K- Ras이다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 MSTN 유전자의 엑손 1, 2, 또는 3의 하류쪽으로(또는 3'로부터) 적어도 1,000 뉴클레오티드(nt), 500 nt, 400 nt, 300 nt, 200 nt, 100 nt, 80 nt, 60 nt, 50 nt, 40 nt, 30 nt, 20 nt, 10 nt, 또는 5 nt인 영역을 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 STN 유전자의 엑손 2의 하류쪽으로(또는 3'로부터) 적어도 1,000 뉴클레오티드(nt), 500 nt, 400 nt, 300 nt, 200 nt, 100 nt, 80 nt, 60 nt, 50 nt, 40 nt, 30 nt, 20 nt, 10 nt, 또는 5 nt인 영역을 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 PAH 유전자의 엑손 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 또는 21의 하류쪽으로(또는 3'로부터) 적어도 1,000 뉴클레오티드(nt), 500 nt, 400 nt, 300 nt, 200 nt, 100 nt, 80 nt, 60 nt, 50 nt, 40 nt, 30 nt, 20 nt, 10 nt, 또는 5 nt인 영역을 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 PAH 유전자의 엑손 11의 하류쪽으로(또는 3'로부터) 적어도 1,000 뉴클레오티드(nt), 500 nt, 400 nt, 300 nt, 200 nt, 100 nt, 80 nt, 60 nt, 50 nt, 40 nt, 30 nt, 20 nt, 10 nt, 또는 5 nt인 영역을 표적화한다.
일부 경우에, 폴리핵산 분자는 질환 또는 장애를 유발하는 유전자의 엑손들 중 적어도 하나에 대하여 하류쪽에(또는 3'에) 존재하는 표적 영역에 하이브리드화한다. 일부 실시양태에서, 유전자는 IKBKAP , SMN2, MCAD, LMNA, DMPK, ZNF9, MAPT, FKTN, TDP-43, LDLR, CFTR, DMD , PAH, MSTN , 또는 K- Ras이다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 MSTN 유전자의 엑손 1, 2, 또는 3 중 적어도 하나에 대하여 하류쪽으로(또는 3'으로) 약 5, 10, 15, 20, 50, 100, 200, 300, 400 또는 500 bp인 표적 영역에 하이브리드화한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 MSTN 유전자의 엑손 2 중 적어도 하나에 대하여 하류쪽으로(또는 3'으로) 약 5, 10, 15, 20, 50, 100, 200, 300, 400 또는 500 bp인 표적 영역에 하이브리드화한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 PAH 유전자의 엑손 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 또는 21 중 적어도 하나에 대하여 하류쪽으로(또는 3'으로) 약 5, 10, 15, 20, 50, 100, 200, 300, 400 또는 500 bp인 표적 영역에 하이브리드화한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 PAH 유전자의 엑손 11 중 적어도 하나에 대하여 하류쪽으로(또는 3'으로) 약 5, 10, 15, 20, 50, 100, 200, 300, 400 또는 500 bp인 표적 영역에 하이브리드화한다.
일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 질환 또는 장애를 유발하는 유전자의 엑손 내의 내부 영역을 표적화한다. 일부 실시양태에서, 유전자는 IKBKAP , SMN2, MCAD, LMNA, DMPK, ZNF9, MAPT, FKTN, TDP-43, LDLR, CFTR, DMD , PAH, MSTN , 또는 K- Ras이다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 MSTN 유전자의 엑손 1, 2, 또는 3 내의 내부 영역을 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 MSTN 유전자의 엑손 2 내의 내부 영역을 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 PAH 유전자의 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 또는 21 내의 내부 영역을 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 PAH 유전자의 엑손 11 내의 내부 영역을 표적화한다.
일부 경우에, 폴리핵산 분자는 신경근 질환 또는 장애를 초래하는 부정확하게 프로세싱된 mRNA 전사체를 표적화한다. 일부 경우에, 신경근 질환 또는 장애는 듀시엔형 근이영양증, 베커형 근이영양증, 안면견갑상완형 근이영양증, 선천성 근이영양증, 또는 근긴장성 이영양증이다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 듀시엔형 근이영양증, 베커형 근이영양증, 안면견갑상완형 근이영양증, 선천성 근이영양증, 또는 근긴장성 이영양증을 초래하는 부정확하게 프로세싱된 mRNA 전사체를 표적화한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 듀시엔형 근이영양증을 초래하는 부정확하게 프로세싱된 mRNA 전사체를 표적화한다.
일부 경우에, 폴리핵산 분자는 듀시엔형 근이영양증을 유발하는 DMD 유전자 중 돌연변이화된 엑손을 표적화한다. 듀시엔형 근이영양증을 유발하는 DMD 유전자 중 돌연변이화된 예시적인 엑손으로는 엑손 3, 4, 5, 6, 7, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 및 63을 포함하나, 이에 제한되지 않는다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 돌연변이화된 엑손에 인접한 서열을 표적화한다. 예를 들어, 엑손 50의 결실이 존재하는 경우, 폴리핵산 분자는 엑손 51의 서열을 표적화함으로써 엑손 51은 스키핑된다. 또 다른 경우에, 엑손 23에 돌연변이가 존재하는 경우, 폴리핵산 분자는 엑손 22의 서열을 표적화함으로써 엑손 23은 스키핑된다.
일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 3, 4, 5, 6, 7, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 또는 63의 엑손-인트론 연접부에 위치하는 영역을 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 8, 23, 35, 43, 44, 45, 50, 51, 52, 53, 또는 55의 엑손-인트론 연접부에 위치하는 영역을 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 8의 엑손-인트론 연접부에 위치하는 영역을 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 23의 엑손-인트론 연접부에 위치하는 영역을 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 35의 엑손-인트론 연접부에 위치하는 영역을 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 43의 엑손-인트론 연접부에 위치하는 영역을 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 44의 엑손-인트론 연접부에 위치하는 영역을 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 45의 엑손-인트론 연접부에 위치하는 영역을 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 48의 엑손-인트론 연접부에 위치하는 영역을 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 49의 엑손-인트론 연접부에 위치하는 영역을 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 50의 엑손-인트론 연접부에 위치하는 영역을 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 51의 엑손-인트론 연접부에 위치하는 영역을 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 52의 엑손-인트론 연접부에 위치하는 영역을 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 53의 엑손-인트론 연접부에 위치하는 영역을 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 55의 엑손-인트론 연접부에 위치하는 영역을 표적화한다.
일부 경우에, 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 3, 4, 5, 6, 7, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 및 63 중 적어도 하나의 5' 인트론-엑손 연접부 또는 3' 엑손-인트론 연접부에 위치하는 표적 영역에 하이브리드화한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 8, 23, 35, 43, 44, 45, 50, 51, 52, 53, 또는 55의 5' 인트론-엑손 연접부 또는 3' 엑손-인트론 연접부에 위치하는 표적 영역에 하이브리드화한다.
일부 경우에, 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 3, 4, 5, 6, 7, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 및 63 중 적어도 하나의 5' 인트론-엑손 연접부에 위치하는 표적 영역에 하이브리드화한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 8, 23, 35, 43, 44, 45, 50, 51, 52, 53, 또는 55의 5' 인트론-엑손 연접부에 위치하는 표적 영역에 하이브리드화한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 8의 5' 인트론-엑손 연접부에 위치하는 표적 영역에 하이브리드화한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 23의 5' 인트론-엑손 연접부에 위치하는 표적 영역에 하이브리드화한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 35의 5' 인트론-엑손 연접부에 위치하는 표적 영역에 하이브리드화한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 43의 5' 인트론-엑손 연접부에 위치하는 표적 영역에 하이브리드화한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 44의 5' 인트론-엑손 연접부에 위치하는 표적 영역에 하이브리드화한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 45의 5' 인트론-엑손 연접부에 위치하는 표적 영역에 하이브리드화한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 50의 5' 인트론-엑손 연접부에 위치하는 표적 영역에 하이브리드화한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 51의 5' 인트론-엑손 연접부에 위치하는 표적 영역에 하이브리드화한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 52의 5' 인트론-엑손 연접부에 위치하는 표적 영역에 하이브리드화한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 53의 5' 인트론-엑손 연접부에 위치하는 표적 영역에 하이브리드화한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 55의 5' 인트론-엑손 연접부에 위치하는 표적 영역에 하이브리드화한다.
일부 경우에, 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 3, 4, 5, 6, 7, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 및 63 중 적어도 하나의 3' 엑손-인트론 연접부에 위치하는 표적 영역에 하이브리드화한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 8, 23, 35, 43, 44, 45, 50, 51, 52, 53, 또는 55의 3' 엑손-인트론 연접부에 위치하는 표적 영역에 하이브리드화한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 8의 3' 엑손-인트론 연접부에 위치하는 표적 영역에 하이브리드화한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 23의 3' 엑손-인트론 연접부에 위치하는 표적 영역에 하이브리드화한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 35의 3' 엑손-인트론 연접부에 위치하는 표적 영역에 하이브리드화한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 43의 3' 엑손-인트론 연접부에 위치하는 표적 영역에 하이브리드화한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 44의 3' 엑손-인트론 연접부에 위치하는 표적 영역에 하이브리드화한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 45의 3' 엑손-인트론 연접부에 위치하는 표적 영역에 하이브리드화한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 50의 3' 엑손-인트론 연접부에 위치하는 표적 영역에 하이브리드화한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 51의 3' 엑손-인트론 연접부에 위치하는 표적 영역에 하이브리드화한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 52의 3' 엑손-인트론 연접부에 위치하는 표적 영역에 하이브리드화한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 53의 3' 엑손-인트론 연접부에 위치하는 표적 영역에 하이브리드화한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 55의 3' 엑손-인트론 연접부에 위치하는 표적 영역에 하이브리드화한다.
일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 3, 4, 5, 6, 7, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 또는 63의 스플라이스 부위를 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 8, 23, 35, 43, 44, 45, 50, 51, 52, 53, 또는 55의 스플라이스 부위를 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 8의 스플라이스 부위를 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 23의 스플라이스 부위를 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 35의 스플라이스 부위를 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 43의 스플라이스 부위를 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 44의 스플라이스 부위를 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 45의 스플라이스 부위를 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 48의 스플라이스 부위를 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 49의 스플라이스 부위를 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 50의 스플라이스 부위를 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 51의 스플라이스 부위를 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 52의 스플라이스 부위를 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 53의 스플라이스 부위를 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 55의 스플라이스 부위를 표적화한다. 본원에서 사용되는 바, 스플라이스 부위는 부정확하게 스플라이싱된 mRNA 전사체에서 삽입, 결실, 중복, 또는 변경을 유도하여 엑손 스키핑 또는 엑손 인클루전을 유도할 수 있는, 정규 스플라이스 부위, 크립틱 스플라이스 부위 또는 선택적 스플라이스 부위를 포함한다.
일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 듀시엔형 근이영양증에 관여하는 추가 엑손, 예컨대, 엑손 3, 4, 5, 6, 7, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 또는 63을 포함하는 부분적으로 스플라이싱된 mRNA 서열을 표적화한다.
일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 3, 4, 5, 6, 7, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 또는 63의 상류쪽으로(또는 5'로부터) 적어도 1,000 뉴클레오티드(nt), 500 nt, 400 nt, 300 nt, 200 nt, 100 nt, 80 nt, 60 nt, 50 nt, 40 nt, 30 nt, 20 nt, 10 nt, 또는 5 nt인 영역을 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 8, 23, 35, 43, 44, 45, 50, 51, 52, 53, 또는 55의 상류쪽으로(또는 5'로부터) 적어도 1,000 nt, 500 nt, 400 nt, 300 nt, 200 nt, 100 nt, 80 nt, 60 nt, 50 nt, 40 nt, 30 nt, 20 nt, 10 nt, 또는 5 nt인 영역을 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 8의 상류쪽으로(또는 5'로부터) 적어도 1,000 nt, 500 nt, 400 nt, 300 nt, 200 nt, 100 nt, 80 nt, 60 nt, 50 nt, 40 nt, 30 nt, 20 nt, 10 nt, 또는 5 nt인 영역을 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 23의 상류쪽으로(또는 5'로부터) 적어도 1,000 nt, 500 nt, 400 nt, 300 nt, 200 nt, 100 nt, 80 nt, 60 nt, 50 nt, 40 nt, 30 nt, 20 nt, 10 nt, 또는 5 nt인 영역을 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 35의 상류쪽으로(또는 5'로부터) 적어도 1,000 nt, 500 nt, 400 nt, 300 nt, 200 nt, 100 nt, 80 nt, 60 nt, 50 nt, 40 nt, 30 nt, 20 nt, 10 nt, 또는 5 nt인 영역을 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 43의 상류쪽으로(또는 5'로부터) 적어도 1,000 nt, 500 nt, 400 nt, 300 nt, 200 nt, 100 nt, 80 nt, 60 nt, 50 nt, 40 nt, 30 nt, 20 nt, 10 nt, 또는 5 nt인 영역을 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 44의 상류쪽으로(또는 5'로부터) 적어도 1,000 nt, 500 nt, 400 nt, 300 nt, 200 nt, 100 nt, 80 nt, 60 nt, 50 nt, 40 nt, 30 nt, 20 nt, 10 nt, 또는 5 nt인 영역을 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 45의 상류쪽으로(또는 5'로부터) 적어도 1,000 nt, 500 nt, 400 nt, 300 nt, 200 nt, 100 nt, 80 nt, 60 nt, 50 nt, 40 nt, 30 nt, 20 nt, 10 nt, 또는 5 nt인 영역을 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 48의 상류쪽으로(또는 5'로부터) 적어도 1,000 nt, 500 nt, 400 nt, 300 nt, 200 nt, 100 nt, 80 nt, 60 nt, 50 nt, 40 nt, 30 nt, 20 nt, 10 nt, 또는 5 nt인 영역을 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 49의 상류쪽으로(또는 5'로부터) 적어도 1,000 nt, 500 nt, 400 nt, 300 nt, 200 nt, 100 nt, 80 nt, 60 nt, 50 nt, 40 nt, 30 nt, 20 nt, 10 nt, 또는 5 nt인 영역을 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 50의 상류쪽으로(또는 5'로부터) 적어도 1,000 nt, 500 nt, 400 nt, 300 nt, 200 nt, 100 nt, 80 nt, 60 nt, 50 nt, 40 nt, 30 nt, 20 nt, 10 nt, 또는 5 nt인 영역을 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 51의 상류쪽으로(또는 5'로부터) 적어도 1,000 nt, 500 nt, 400 nt, 300 nt, 200 nt, 100 nt, 80 nt, 60 nt, 50 nt, 40 nt, 30 nt, 20 nt, 10 nt, 또는 5 nt인 영역을 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 52의 상류쪽으로(또는 5'로부터) 적어도 1,000 nt, 500 nt, 400 nt, 300 nt, 200 nt, 100 nt, 80 nt, 60 nt, 50 nt, 40 nt, 30 nt, 20 nt, 10 nt, 또는 5 nt인 영역을 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 53의 상류쪽으로(또는 5'로부터) 적어도 1,000 nt, 500 nt, 400 nt, 300 nt, 200 nt, 100 nt, 80 nt, 60 nt, 50 nt, 40 nt, 30 nt, 20 nt, 10 nt, 또는 5 nt인 영역을 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 55의 상류쪽으로(또는 5'로부터) 적어도 1,000 nt, 500 nt, 400 nt, 300 nt, 200 nt, 100 nt, 80 nt, 60 nt, 50 nt, 40 nt, 30 nt, 20 nt, 10 nt, 또는 5 nt인 영역을 표적화한다.
일부 경우에, 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 3, 4, 5, 6, 7, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 및 63 중 적어도 하나에 대하여 상류쪽에(또는 5'에) 존재하는 표적 영역에 하이브리드화한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 8, 23, 35, 43, 44, 45, 50, 51, 52, 53, 또는 55 중 적어도 하나에 대하여 상류쪽에(또는 5'에) 존재하는 표적 영역에 하이브리드화한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 3, 4, 5, 6, 7, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 및 63 중 적어도 하나에 대하여 상류쪽으로(또는 5'로) 약 5, 10, 15, 20, 50, 100, 200, 300, 400 또는 500 bp인 표적 영역에 하이브리드화한다.
일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 3, 4, 5, 6, 7, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 또는 63의 하류쪽으로(또는 3'으로부터) 적어도 1,000 뉴클레오티드(nt), 500 nt, 400 nt, 300 nt, 200 nt, 100 nt, 80 nt, 60 nt, 50 nt, 40 nt, 30 nt, 20 nt, 10 nt, 또는 5 nt인 영역을 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 8, 23, 35, 43, 44, 45, 50, 51, 52, 53, 또는 55의 하류쪽으로(또는 3'으로부터) 적어도 1,000 뉴클레오티드(nt), 500 nt, 400 nt, 300 nt, 200 nt, 100 nt, 80 nt, 60 nt, 50 nt, 40 nt, 30 nt, 20 nt, 10 nt, 또는 5 nt인 영역을 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 8의 하류쪽으로(또는 3'으로부터) 적어도 1,000 뉴클레오티드(nt), 500 nt, 400 nt, 300 nt, 200 nt, 100 nt, 80 nt, 60 nt, 50 nt, 40 nt, 30 nt, 20 nt, 10 nt, 또는 5 nt인 영역을 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 23의 하류쪽으로(또는 3'으로부터) 적어도 1,000 뉴클레오티드(nt), 500 nt, 400 nt, 300 nt, 200 nt, 100 nt, 80 nt, 60 nt, 50 nt, 40 nt, 30 nt, 20 nt, 10 nt, 또는 5 nt인 영역을 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 35의 하류쪽으로(또는 3'으로부터) 적어도 1,000 뉴클레오티드(nt), 500 nt, 400 nt, 300 nt, 200 nt, 100 nt, 80 nt, 60 nt, 50 nt, 40 nt, 30 nt, 20 nt, 10 nt, 또는 5 nt인 영역을 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 43의 하류쪽으로(또는 3'으로부터) 적어도 1,000 뉴클레오티드(nt), 500 nt, 400 nt, 300 nt, 200 nt, 100 nt, 80 nt, 60 nt, 50 nt, 40 nt, 30 nt, 20 nt, 10 nt, 또는 5 nt인 영역을 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 44의 하류쪽으로(또는 3'으로부터) 적어도 1,000 뉴클레오티드(nt), 500 nt, 400 nt, 300 nt, 200 nt, 100 nt, 80 nt, 60 nt, 50 nt, 40 nt, 30 nt, 20 nt, 10 nt, 또는 5 nt인 영역을 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 45의 하류쪽으로(또는 3'으로부터) 적어도 1,000 뉴클레오티드(nt), 500 nt, 400 nt, 300 nt, 200 nt, 100 nt, 80 nt, 60 nt, 50 nt, 40 nt, 30 nt, 20 nt, 10 nt, 또는 5 nt인 영역을 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 48의 하류쪽으로(또는 3'으로부터) 적어도 1,000 뉴클레오티드(nt), 500 nt, 400 nt, 300 nt, 200 nt, 100 nt, 80 nt, 60 nt, 50 nt, 40 nt, 30 nt, 20 nt, 10 nt, 또는 5 nt인 영역을 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 49의 하류쪽으로(또는 3'으로부터) 적어도 1,000 뉴클레오티드(nt), 500 nt, 400 nt, 300 nt, 200 nt, 100 nt, 80 nt, 60 nt, 50 nt, 40 nt, 30 nt, 20 nt, 10 nt, 또는 5 nt인 영역을 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 50의 하류쪽으로(또는 3'으로부터) 적어도 1,000 뉴클레오티드(nt), 500 nt, 400 nt, 300 nt, 200 nt, 100 nt, 80 nt, 60 nt, 50 nt, 40 nt, 30 nt, 20 nt, 10 nt, 또는 5 nt인 영역을 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 51의 하류쪽으로(또는 3'으로부터) 적어도 1,000 뉴클레오티드(nt), 500 nt, 400 nt, 300 nt, 200 nt, 100 nt, 80 nt, 60 nt, 50 nt, 40 nt, 30 nt, 20 nt, 10 nt, 또는 5 nt인 영역을 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 52의 하류쪽으로(또는 3'으로부터) 적어도 1,000 뉴클레오티드(nt), 500 nt, 400 nt, 300 nt, 200 nt, 100 nt, 80 nt, 60 nt, 50 nt, 40 nt, 30 nt, 20 nt, 10 nt, 또는 5 nt인 영역을 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 53의 하류쪽으로(또는 3'으로부터) 적어도 1,000 뉴클레오티드(nt), 500 nt, 400 nt, 300 nt, 200 nt, 100 nt, 80 nt, 60 nt, 50 nt, 40 nt, 30 nt, 20 nt, 10 nt, 또는 5 nt인 영역을 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 55의 하류쪽으로(또는 3'으로부터) 적어도 1,000 뉴클레오티드(nt), 500 nt, 400 nt, 300 nt, 200 nt, 100 nt, 80 nt, 60 nt, 50 nt, 40 nt, 30 nt, 20 nt, 10 nt, 또는 5 nt인 영역을 표적화한다.
일부 경우에, 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 3, 4, 5, 6, 7, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 및 63 중 적어도 하나에 대하여 하류쪽에(또는 3'에) 존재하는 표적 영역에 하이브리드화한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 3, 4, 5, 6, 7, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 및 63 중 적어도 하나에 대하여 하류쪽으로(또는 3'으로) 약 5, 10, 15, 20, 50, 100, 200, 300, 400 또는 500 bp인 표적 영역에 하이브리드화한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 8, 23, 35, 43, 44, 45, 50, 51, 52, 53, 또는 55 중 적어도 하나에 대하여 하류쪽으로(또는 3'으로) 약 5, 10, 15, 20, 50, 100, 200, 300, 400 또는 500 bp인 표적 영역에 하이브리드화한다.
일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 3, 4, 5, 6, 7, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 또는 63 내의 내부 영역을 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 8, 23, 35, 43, 44, 45, 50, 51, 52, 53, 또는 55 내의 내부 영역을 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 8 내의 내부 영역을 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 23 내의 내부 영역을 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 35 내의 내부 영역을 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 43 내의 내부 영역을 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 44 내의 내부 영역을 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 45 내의 내부 영역을 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 48 내의 내부 영역을 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 49 내의 내부 영역을 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 50 내의 내부 영역을 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 51 내의 내부 영역을 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 52 내의 내부 영역을 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 53 내의 내부 영역을 표적화한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 55 내의 내부 영역을 표적화한다.
일부 경우에, 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 3, 4, 5, 6, 7, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 및 63 중 적어도 하나의 엑손 내의 표적 영역에 하이브리드화한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 DMD 유전자의 엑손 8, 23, 35, 43, 44, 45, 50, 51, 52, 53, 또는 55 중 적어도 하나의 엑손 내의 표적 영역에 하이브리드화한다.
일부 실시양태에서, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 엑손 51을 포함하는 부분적으로 스플라이싱된 mRNA 서열을 표적화한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 엑손 51에 대하여 상류쪽에(또는 5'에) 존재하는 표적 영역에 하이브리드화한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 엑손 51에 대하여 상류쪽으로(또는 5'로) 약 5, 10, 15, 20, 50, 100, 200, 300, 400 또는 500 bp인 표적 영역에 하이브리드화한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 엑손 51에 대하여 하류쪽에(또는 3'에) 존재하는 표적 영역에 하이브리드화한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 엑손 51에 대하여 하류쪽으로(또는 3'으로) 약 5, 10, 15, 20, 50, 100, 200, 300, 400 또는 500 bp인 표적 영역에 하이브리드화한다.
일부 경우에, 폴리핵산 분자는 엑손 51 내에 존재하는 표적 영역에 하이브리드화한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 5' 인트론-엑손 51 연접부 또는 3' 엑손 51-인트론 연접부에 위치하는 표적 영역에 하이브리드화한다.
일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 관심 표적 서열과 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%의 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 관심 표적 서열과 적어도 50%의 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 관심 표적 서열과 적어도 60%의 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 관심 표적 서열과 적어도 70%의 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 관심 표적 서열과 적어도 75%의 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 관심 표적 서열과 적어도 80%의 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 관심 표적 서열과 적어도 85%의 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 관심 표적 서열과 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 관심 표적 서열과 적어도 95%의 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 관심 표적 서열과 적어도 96%의 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 관심 표적 서열과 적어도 97%의 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 관심 표적 서열과 적어도 98%의 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 관심 표적 서열과 적어도 99%의 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 관심 표적 서열로 구성된다.
일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 제1 폴리뉴클레오티드 및 제2 폴리뉴클레오티드를 포함한다. 일부 경우에, 제1 폴리뉴클레오티드는 관심 표적 서열과 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%의 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 경우에, 제2 폴리뉴클레오티드는 관심 표적 서열과 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%의 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 관심 표적 서열과 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%의 서열 동일성을 가지는 제1 폴리뉴클레오티드, 및 관심 표적 서열과 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%의 서열 동일성을 가지는 제2 폴리뉴클레오티드를 포함한다.
일부 실시양태에서, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 RNA 또는 DNA를 포함한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 RNA를 포함한다. 일부 경우에, RNA는 짧은 간섭 RNA(siRNA: short interfering RNA), 짧은 헤어핀 RNA(shRNA: short hairpin RNA), 마이크로RNA(miRNA: microRNA), 이중 가닥 RNA(dsRNA: double-stranded RNA), 운반 RNA(tRNA: transfer RNA), 리보솜 RNA(rRNA: ribosomal RNA), 또는 이종성 핵 RNA(hnRNA: heterogeneous nuclear RNA)를 포함한다. 일부 경우에, RNA는 shRNA를 포함한다. 일부 경우에, RNA는 miRNA를 포함한다. 일부 경우에, RNA는 dsRNA를 포함한다. 일부 경우에, RNA는 tRNA를 포함한다. 일부 경우에, RNA는 rRNA를 포함한다. 일부 경우에, RNA는 hnRNA를 포함한다. 일부 경우에, RNA는 siRNA를 포함한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 siRNA를 포함한다.
일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자의 길이는 약 10 내지 약 50개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자의 길이는 약 10 내지 약 30개, 약 15 내지 약 30개, 약 18 내지 약 25개, 약 18 내지 약 24개, 약 19 내지 약 23개, 또는 약 20 내지 약 22개의 뉴클레오티드 길이이다.
일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자의 길이는 약 50개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자의 길이는 약 45개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자의 길이는 약 40개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자의 길이는 약 35개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자의 길이는 약 30개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자의 길이는 약 25개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자의 길이는 약 20개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자의 길이는 약 19개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자의 길이는 약 18개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자의 길이는 약 17개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자의 길이는 약 16개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자의 길이는 약 15개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자의 길이는 약 14개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자의 길이는 약 13개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자의 길이는 약 12개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자의 길이는 약 11개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자의 길이는 약 10개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자의 길이는 약 10 내지 약 50개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자의 길이는 약 10 내지 약 45개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자의 길이는 약 10 내지 약 40개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자의 길이는 약 10 내지 약 35개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자의 길이는 약 10 내지 약 30개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자의 길이는 약 10 내지 약 25개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자의 길이는 약 10 내지 약 20개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자의 길이는 약 15 내지 약 25개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자의 길이는 약 15 내지 약 30개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자의 길이는 약 12 내지 약 30개의 뉴클레오티드 길이이다.
일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 제1 폴리뉴클레오티드를 포함한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 제2 폴리뉴클레오티드를 포함한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 제1 폴리뉴클레오티드 및 제2 폴리뉴클레오티드를 포함한다. 일부 경우에, 제1 폴리뉴클레오티드는 센스 가닥 또는 패신저 가닥이다. 일부 경우에, 제2 폴리뉴클레오티드는 안티센스 가닥 또는 가이드 가닥이다.
일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 제1 폴리뉴클레오티드이다. 일부 실시양태에서, 제1 폴리뉴클레오티드의 길이는 약 10 내지 약 50개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 제1 폴리뉴클레오티드의 길이는 약 10 내지 약 30개, 약 15 내지 약 30개, 약 18 내지 약 25개, 약 18 내지 약 24개, 약 19 내지 약 23개, 또는 약 20 내지 약 22개의 뉴클레오티드 길이이다.
일부 경우에, 제1 폴리뉴클레오티드의 길이는 약 50개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 제1 폴리뉴클레오티드의 길이는 약 45개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 제1 폴리뉴클레오티드의 길이는 약 40개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 제1 폴리뉴클레오티드의 길이는 약 35개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 제1 폴리뉴클레오티드의 길이는 약 30개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 제1 폴리뉴클레오티드의 길이는 약 25개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 제1 폴리뉴클레오티드의 길이는 약 20개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 제1 폴리뉴클레오티드의 길이는 약 19개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 제1 폴리뉴클레오티드의 길이는 약 18개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 제1 폴리뉴클레오티드의 길이는 약 17개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 제1 폴리뉴클레오티드의 길이는 약 16개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 제1 폴리뉴클레오티드의 길이는 약 15개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 제1 폴리뉴클레오티드의 길이는 약 14개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 제1 폴리뉴클레오티드의 길이는 약 13개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 제1 폴리뉴클레오티드의 길이는 약 12개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 제1 폴리뉴클레오티드의 길이는 약 11개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 제1 폴리뉴클레오티드의 길이는 약 10개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 제1 폴리뉴클레오티드의 길이는 약 10 내지 약 50개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 제1 폴리뉴클레오티드의 길이는 약 10 내지 약 45개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 제1 폴리뉴클레오티드의 길이는 약 10 내지 약 40개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 제1 폴리뉴클레오티드의 길이는 약 10 내지 약 35개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 제1 폴리뉴클레오티드의 길이는 약 10 내지 약 30개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 제1 폴리뉴클레오티드의 길이는 약 10 내지 약 25개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 제1 폴리뉴클레오티드의 길이는 약 10 내지 약 20개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 제1 폴리뉴클레오티드의 길이는 약 15 내지 약 25개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 제1 폴리뉴클레오티드의 길이는 약 15 내지 약 30개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 제1 폴리뉴클레오티드의 길이는 약 12 내지 약 30개의 뉴클레오티드 길이이다.
일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 제2 폴리뉴클레오티드이다. 일부 실시양태에서, 제2 폴리뉴클레오티드의 길이는 약 10 내지 약 50개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 제2 폴리뉴클레오티드의 길이는 약 10 내지 약 30개, 약 15 내지 약 30개, 약 18 내지 약 25개, 약 18 내지 약 24개, 약 19 내지 약 23개, 또는 약 20 내지 약 22개의 뉴클레오티드 길이이다.
일부 경우에, 제2 폴리뉴클레오티드의 길이는 약 50개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 제2 폴리뉴클레오티드의 길이는 약 45개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 제2 폴리뉴클레오티드의 길이는 약 40개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 제2 폴리뉴클레오티드의 길이는 약 35개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 제2 폴리뉴클레오티드의 길이는 약 30개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 제2 폴리뉴클레오티드의 길이는 약 25개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 제2 폴리뉴클레오티드의 길이는 약 20개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 제2 폴리뉴클레오티드의 길이는 약 19개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 제2 폴리뉴클레오티드의 길이는 약 18개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 제2 폴리뉴클레오티드의 길이는 약 17개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 제2 폴리뉴클레오티드의 길이는 약 16개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 제2 폴리뉴클레오티드의 길이는 약 15개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 제2 폴리뉴클레오티드의 길이는 약 14개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 제2 폴리뉴클레오티드의 길이는 약 13개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 제2 폴리뉴클레오티드의 길이는 약 12개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 제2 폴리뉴클레오티드의 길이는 약 11개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 제2 폴리뉴클레오티드의 길이는 약 10개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 제2 폴리뉴클레오티드의 길이는 약 10 내지 약 50개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 제2 폴리뉴클레오티드의 길이는 약 10 내지 약 45개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 제2 폴리뉴클레오티드의 길이는 약 10 내지 약 40개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 제2 폴리뉴클레오티드의 길이는 약 10 내지 약 35개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 제2 폴리뉴클레오티드의 길이는 약 10 내지 약 30개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 제2 폴리뉴클레오티드의 길이는 약 10 내지 약 25개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 제2 폴리뉴클레오티드의 길이는 약 10 내지 약 20개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 제2 폴리뉴클레오티드의 길이는 약 15 내지 약 25개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 제2 폴리뉴클레오티드의 길이는 약 15 내지 약 30개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 경우에, 제2 폴리뉴클레오티드의 길이는 약 12 내지 약 30개의 뉴클레오티드 길이이다.
일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 제1 폴리뉴클레오티드 및 제2 폴리뉴클레오티드를 포함한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 추가로 평활 말단, 오버행, 또는 그의 조합을 포함한다. 일부 경우에, 평활 말단은 5' 평활 말단, 3' 평활 말단, 또는 그 둘 모두이다. 일부 경우에, 오버행은 5' 오버행, 3' 오버행, 또는 그 둘 모두이다. 일부 경우에, 오버행은 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개의 비염기쌍 형성 뉴클레오티드를 포함한다. 일부 경우에, 오버행은 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6개의 비염기쌍 형성 뉴클레오티드를 포함한다. 일부 경우에, 오버행은 1, 2, 3, 또는 4개의 비염기쌍 형성 뉴클레오티드를 포함한다. 일부 경우에, 오버행은 1개의 비염기쌍 형성 뉴클레오티드를 포함한다. 일부 경우에, 오버행은 2개의 비염기쌍 형성 뉴클레오티드를 포함한다. 일부 경우에, 오버행은 3개의 비염기쌍 형성 뉴클레오티드를 포함한다. 일부 경우에, 오버행은 4개의 비염기쌍 형성 뉴클레오티드를 포함한다.
일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자의 서열은 본원에 기술된 표적 서열과 적어도 40%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98%, 99%, 또는 99.5% 상보적이다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자의 서열은 본원에 기술된 표적 서열과 적어도 50% 상보적이다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자의 서열은 본원에 기술된 표적 서열과 적어도 60% 상보적이다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자의 서열은 본원에 기술된 표적 서열과 적어도 70% 상보적이다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자의 서열은 본원에 기술된 표적 서열과 적어도 80% 상보적이다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자의 서열은 본원에 기술된 표적 서열과 적어도 90% 상보적이다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자의 서열은 본원에 기술된 표적 서열과 적어도 95% 상보적이다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자의 서열은 본원에 기술된 표적 서열과 적어도 99% 상보적이다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자의 서열은 본원에 기술된 표적 서열과 100% 상보적이다.
일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자의 서열은 본원에 기술된 표적 서열에 대해 5개 이하의 미스매치를 가진다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자의 서열은 본원에 기술된 표적 서열에 대해 4개 이하의 미스매치를 가진다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자의 서열은 본원에 기술된 표적 서열에 대해 3개 이하의 미스매치를 가진다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자의 서열은 본원에 기술된 표적 서열에 대해 2개 이하의 미스매치를 가진다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자의 서열은 본원에 기술된 표적 서열에 대해 1개 이하의 미스매치를 가진다.
일부 실시양태에서, 본원에 기술된 표적 서열에 하이브리드화하는 폴리핵산 분자의 특이성은 표적 서열에 대한 폴리핵산 분자의 95%, 98%, 99%, 99.5% 또는 100% 서열 상보성이다. 일부 경우에, 하이브리드화는 고도로 엄격한 하이브리드화 조건이다.
일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 감소된 오프-표적 효과를 가진다. 일부 경우에, "오프-표적" 또는 "오프-표적 효과"는 주어진 표적에 대한 폴리핵산 중합체가 또 다른 mRNA 서열, DNA 서열 또는 세포성 단백질 또는 다른 모이어티와 직접 또는 간접적으로 상호작용함으로써 의도하지 않은 효과를 야기하는 임의의 경우를 지칭한다. 일부 경우에, "오프-표적 효과"는 다른 전사체 및 폴리핵산 분자의 센스 및/또는 안티센스 가닥 사이의 부분적 상동성 또는 상보성으로 인해 다른 전사체의 동시 분해가 존재할 때 일어난다.
일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 천연, 합성, 또는 인공 뉴클레오티드 유사체 또는 염기를 포함한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 DNA, RNA 및/또는 뉴클레오티드 유사체의 조합을 포함한다. 일부 경우에, 합성 또는 인공 뉴클레오티드 유사체 또는 염기는 리보스 모이어티, 포스페이트 모이어티, 뉴클레오시드 모이어티, 또는 그의 조합 중 하나 이상에서 변형을 포함한다.
일부 실시양태에서, 뉴클레오티드 유사체 또는 인공 뉴클레오티드 염기는 리보스 모이어티의 2' 하이드록실 기에 변형을 가지는 핵산을 포함한다. 일부 경우에, 변형은 H, OR, R, 할로, SH, SR, NH2, NHR, NR2, 또는 CN을 포함하고, 여기서, R은 알킬 모이어티이다. 예시적인 알킬 모이어티로는 할로겐, 황, 티올, 티오에테르, 티오에스테르, 아민(1급, 2급, 또는 3급), 아미드, 에테르, 에스테르, 알콜 및 산소를 포함하나, 이에 제한되지 않는다. 일부 경우에, 알킬 모이어티는 추가로 변형을 포함한다. 일부 경우에, 변형은 아조 기, 케토 기, 알데히드 기, 카복실 기, 니트로 기, 니트로소 기, 니트릴 기, 헤테로사이클(예컨대, 이미다졸, 하이드라지노 또는 하이드록실아미노) 기, 이소시아네이트 또는 시아네이트 기, 또는 황 함유 기(예컨대, 술폭시드, 술폰, 술피드, 및 디술피드)를 포함한다. 일부 경우에, 알킬 모이어티는 추가로 헤테로 치환을 추가로 포함한다. 일부 경우에, 헤테로사이클릭 기의 탄소는 질소, 산소 또는 황에 의해 치환된다. 일부 경우에, 헤테로사이클릭 치환은 모르폴리노, 이미다졸, 및 피롤리디노를 포함하나, 이에 제한되지 않는다.
일부 경우에, 2' 하이드록실 기에서의 변형은 2'-O-메틸 변형 또는 2'-O-메톡시에틸(2'-O-MOE) 변형이다. 일부 경우에, 2'-O-메틸 변형은 리보스 모이어티의 2' 하이드록실 기에 메틸 기를 부가하는 반면, 2'O-메톡시에틸 변형은 리보스 모이어티의 2' 하이드록실 기에 메톡시에틸 기를 부가한다. 아데노신 분자의 2'-O-메틸 변형 및 우리딘의 2'O-메톡시에틸 변형의 예시적인 화학적 구조가 하기에 도시되어 있다.
Figure pct00001
일부 경우에, 2' 하이드록실 기에서의 변형은 프로필 링커를 포함하는 연장된 아민 기가 아민 기를 2' 산소에 결합시키는 2'-O-아미노프로필 변형이다. 일부 경우에, 상기 변형은 당마다 아민 기으로부터 하나의 양전하를 도입하여 올리고뉴클레오티드 분자의 포스페이트 유래의 전체 음전하를 중화시킴으로써, 그의 양쪽성 이온성 특성에 기인하여 세포 흡수 특성을 개선시킨다. 2'-O-아미노프로필 뉴클레오시드 포스포라미다이트의 예시적인 화학 구조가 하기에 도시되어 있다.
Figure pct00002
일부 경우에, 2' 하이드록실 기에서의 변형은, 2' 탄소에 결합한 산소 분자가 메틸렌 기에 의해 4' 탄소에 연결되어 2'-C,4'-C-옥시-메틸렌 연결된 비사이클릭 리보뉴클레오티드 단량체를 형성하는 잠금 또는 가교 리보스 변형(예컨대, 잠금 핵산 또는 LNA)이다. LNA의 화학 구조의 예시적인 대표예는 하기에 도시되어 있다. 좌측에 제시된 표현은 LNA 단량체의 화학적 결합성을 강조한다. 우측에 제시된 표현은 LNA 단량체의 푸라노스 고리의 잠금 3'-엔도(3E) 형태를 강조한다.
Figure pct00003
일부 경우에, 2' 하이드록실 기에서의 변형은 당 형태를 C3'-엔도 당 주름잡힘(puckering) 형태로 잠그는, 예컨대, 예를 들어, 2'-4'-에틸렌-가교 핵산과 같은 에틸렌 핵산(ENA)을 포함한다. ENA는 LNA 또한 포함하는 변형된 핵산의 가교 핵산 부류의 일부이다. ENA 및 가교 핵산의 예시적인 화학 구조가 하기에 도시되어 있다.
Figure pct00004
일부 실시양태에서, 2' 하이드록실 기에서의 추가의 변형으로는 2'-데옥시, T-데옥시-2'-플루오로, 2'-O-아미노프로필(2'-O-AP), 2'-O-디메틸아미노에틸(2'-O-DMAOE), 2'-O-디메틸아미노프로필(2'-O-DMAP), T-O-디메틸아미노에틸옥시에틸(2'-O-DMAEOE), 또는 2'-O-N-메틸아세트아미도(2'-O-NMA)를 포함한다.
일부 실시양태에서, 뉴클레오티드 유사체는 변형된 염기, 예컨대, 제한하는 것은 아니지만, 5-프로피닐우리딘, 5-프로피닐시티딘, 6- 메틸아데닌, 6-메틸구아닌, N, N,-디메틸아데닌, 2-프로필아데닌, 2프로필구아닌, 2-아미노아데닌, 1-메틸이노신, 3-메틸우리딘, 5-메틸시티딘, 5-메틸우리딘 및 5번 위치에 변형을 가지는 다른 뉴클레오티드, 5-(2-아미노) 프로필 우리딘, 5-할로시티딘, 5-할로우리딘, 4-아세틸시티딘, 1-메틸아데노신, 2-메틸아데노신, 3-메틸시티딘, 6-메틸우리딘, 2- 메틸구아노신, 7-메틸구아노신, 2,2-디메틸구아노신, 5-메틸아미노에틸우리딘, 5-메틸옥시우리딘, 데아자뉴클레오티드 예컨대, 7-데아자-아데노신, 6-아조우리딘, 6-아조시티딘, 6-아조티미딘, 5-메틸-2-티오우리딘, 다른 티오 염기, 예컨대, 2-티오우리딘 및 4-티오우리딘 및 2-티오시티딘, 디하이드로우리딘, 슈도우리딘, 퀘우오신(queuosine), 아케오신(archaeosine), 나프틸 및 치환된 나프틸 기, 임의의 O- 및 N-알킬화 퓨린 및 피리미딘, 예컨대, N6-메틸아데노신, 5-메틸카보닐메틸우리딘, 우리딘 5-옥시아세트산, 피리딘-4-온, 또는 피리딘-2-온, 페닐 및 변형된 페닐 기, 예컨대, 아미노페놀 또는 2,4,6-트리메톡시 벤젠, G-클램프 뉴클레오티드로서 작용하는 변형된 시토신, 8-치환된 아데닌 및 구아닌, 5-치환된 우라실 및 티민, 아자피리미딘, 카복시하이드록시알킬 뉴클레오티드, 카복시알킬아미노알킬 뉴클레오티드, 및 알킬카보닐알킬화된 뉴클레오티드를 포함한다. 변형된 뉴클레오티드는 또한 당 모이어티에 대해 변형된 뉴클레오티드 뿐만 아니라, 리보실이 아닌 당 또는 유사체를 갖는 뉴클레오티드를 포함한다. 예를 들어, 당 모이어티는, 일부 경우에, 만노스, 아라비노스, 글루코피라노스, 갈락토피라노스, 4'-티오리보스, 및 다른 당, 헤테로사이클, 또는 카보사이클이거나, 또는 이에 기반하는 것이다. 뉴클레오티드라는 용어는 또한 당업계에 범용 염기로서 공지된 것을 포함한다. 예로서, 범용 염기는 3-니트로피롤, 5-니트로인돌, 또는 네불라린을 포함하나, 이에 제한되지 않는다.
일부 실시양태에서, 뉴클레오티드 유사체는 모르폴리노, 펩티드 핵산 (PNAs), 메틸포스포네이트 뉴클레오티드, 티올포스포네이트 뉴클레오티드, 2'-플루오로 N3-P5'-포스포라미다이트, 1',5'-안하이드로헥시톨 핵산(HNA: anhydrohexitol nucleic acid), 또는 그의 조합을 추가로 포함한다. 모르폴리노 또는 포스포로디아미데이트 모르폴리노 올리고(PMO)는 구조가 천연 핵산 구조를 모방하지만, 일반 당 및 포스페이트 구조에서 벗어나는 합성 분자를 포함한다. 일부 경우에, 5원 리보스 고리는 4개의 탄소, 1개의 질소, 및 1개의 산소를 함유하는 6원 모르폴리노 고리로 치환된다. 일부 경우에, 리보스 단량체는 포스페이트 기 대신, 포스포르디아미데이트 기에 의해 연결된다. 그러한 경우, 백본 변경은 모든 양전하 및 음전하를 제거하여, 모르폴리노를 하전된 올리고뉴클레오티드에 의해 사용된 것과 같은 세포 전달제의 도움없이 세포막을 통과할 수 있는 중성 분자로 만든다.
Figure pct00005
일부 실시양태에서, 펩티드 핵산(PNA)은 당 고리 또는 포스페이트 연결을 함유하지 않고, 염기는 올리고글리신 유사 분자에 의해 부착되고, 적절하게 이격되어, 백본 전하를 제거한다.
Figure pct00006
일부 실시양태에서, 하나 이상의 변형은 임의적으로 뉴클레오티드간 연결에서 발생한다. 일부 경우에, 변형된 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트, 포스포로디티오에이트, 메틸포스포네이트, 5'-알킬렌포스포네이트, 5'-메틸포스포네이트, 3'-알킬렌 포스포네이트, 보론트리플루오리데이트, 3'-5' 연결 또는 2'-5' 연결의 보라노 포스페이트 에스테르 및 셀레노포스페이트, 포스포트리에스테르, 티오노알킬포스포트리에스테르, 하이드로겐 포스포네이트 연결, 알킬 포스포네이트, 알킬포스포노티오에이트, 아릴포스포노티오에이트, 포스포로셀레노에이트, 포스포로디셀레노에이트, 포스피네이트, 포스포라미데이트, 3'-알킬포스포라미데이트, 아미노알킬포스포라미데이트, 티오노포스포라미데이트, 포스포로피페라지데이트, 포스포로아닐로티오에이트, 포스포로아닐리데이트, 케톤, 술폰, 술폰아미드, 카보네이트, 카바메이트, 메틸렌하이드라조, 메틸렌디메틸하이드라조, 포름아세탈, 티오포름아세탈, 옥심, 메틸렌이미노, 메틸렌메틸이미노, 티오아미데이트, 리보아세틸 기를 갖는 연결, 아미노에틸 글리신, 실릴 또는 실록산 연결, 예를 들어, 포화 또는 불포화되고/거나, 치환되고/거나, 헤테로원자를 함유하는 1 내지 10개의 탄소의 헤테로원자를 포함하거나, 또는 포함하지 않는, 알킬 또는 사이클로알킬 연결, 염기가 백본의 아자 질소에 직접적으로 또는 간접적으로 부착된 모르폴리노 구조, 아미드, 또는 폴리아미드를 갖는 연결, 및 그의 조합을 포함하나, 이에 제한되지 않는다. 포스포로티오에이트 안티센스 올리고뉴클레오티드(PS ASO)는 포스포로티오에이트 연결을 포함하는 안티센스 올리고뉴클레오티드이다. 예시적인 PS ASO는 하기에 도시되어 있다.
Figure pct00007
일부 경우에, 변형은 메틸 또는 티올 변형, 예컨대 메틸포스포네이트 또는 티올포스포네이트 변형이다. 예시적인 티올포스포네이트 뉴클레오티드(좌측) 및 메틸포스포네이트 뉴클레오티드(우측)가 하기에 도시되어 있다.
Figure pct00008
일부 경우에, 변형된 뉴클레오티드는 하기 도시된 2'-플루오로 N3-P5'-포스포라미다이트를 포함하나, 이에 제한되지 않는다:
Figure pct00009
일부 경우에, 변형된 뉴클레오티드는 하기 도시된 헥시톨 핵산(또는 1',5'-안하이드로헥시톨 핵산(HNA))을 포함하나, 이에 제한되지 않는다:
Figure pct00010
일부 실시양태에서, 하나 이상의 변형은 임의적으로 리보스 모이어티, 포스페이트 백본 및 뉴클레오시드의 변형, 또는 3' 또는 5' 말단에서 뉴클레오티드 유사체의 변형을 추가로 포함한다. 예를 들어, 3' 말단은 임의적으로 3' 양이온성 기를 포함하거나, 또는 3' 말단에 있는 뉴클레오시드를 3'-3' 결합을 이용하여 역위시킴으로써 3' 양이온성 기를 포함한다. 또 다른 대안에서, 3' 말단은 임의적으로 아미노알킬 기, 예컨대, 3' C5-아미노알킬 dT와 접합된다. 추가의 대안에서, 3' 말단은 임의적으로 무염기 부위, 예컨대, 무퓨린(apurinic) 또는 무피리미딘(apyrimidinic) 부위와 접합된다. 일부 경우에, 5' 말단은 아미노알킬 기, 예컨대, 5'-O-알킬아미노 치환기와 접합된다. 일부 경우에, 5' 말단은 무염기 부위, 예컨대, 무퓨린 또는 무피리미딘 부위와 접합된다.
일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 본원에 기술된 인공 뉴클레오티드 유사체 중 하나 이상을 포함한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 20, 25개 이상의 본원에 기술된 인공 뉴클레오티드 유사체를 포함한다. 일부 실시양태에서, 인공 뉴클레오티드 유사체는 2'-O-메틸, 2'-O-메톡시에틸(2'-O-MOE), 2'-O-아미노프로필, 2'-데옥시, T-데옥시-2'-플루오로, 2'-O-아미노프로필(2'-O-AP), 2'-O-디메틸아미노에틸(2'-O-DMAOE), 2'-O-디메틸아미노프로필(2'-O-DMAP), T-O-디메틸아미노에틸옥시에틸(2'-O-DMAEOE), 또는 2'-O-N-메틸아세트아미도(2'-O-NMA) 변형, LNA, ENA, PNA, HNA, 모르폴리노, 메틸포스포네이트 뉴클레오티드, 티올포스포네이트 뉴클레오티드, 2'-플루오로 N3-P5'-포스포라미다이트, 또는 그의 조합을 포함한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 20, 25개 이상의, 2'-O-메틸, 2'-O-메톡시에틸(2'-O-MOE), 2'-O-아미노프로필, 2'-데옥시, T-데옥시-2'-플루오로, 2'-O-아미노프로필(2'-O-AP), 2'-O-디메틸아미노에틸(2'-O-DMAOE), 2'-O-디메틸아미노프로필(2'-O-DMAP), T-O-디메틸아미노에틸옥시에틸(2'-O-DMAEOE), 또는 2'-O-N-메틸아세트아미도(2'-O-NMA) 변형, LNA, ENA, PNA, HNA, 모르폴리노, 메틸포스포네이트 뉴클레오티드, 티올포스포네이트 뉴클레오티드, 2'-플루오로 N3-P5'-포스포라미다이트, 또는 그의 조합으로부터 선택되는 인공 뉴클레오티드 유사체를 포함한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 20, 25개 이상의 2'-O-메틸 변형된 뉴클레오티드를 포함한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 20, 25개 이상의 2'-O-메톡시에틸(2'-O-MOE) 변형된 뉴클레오티드를 포함한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 20, 25개 이상의 티올포스포네이트 뉴클레오티드를 포함한다.
일부 경우에, 폴리핵산 분자는 약 5% 내지 약 100%의 변형, 약 10% 내지 약 100%의 변형, 약 20% 내지 약 100%의 변형, 약 30% 내지 약 100%의 변형, 약 40% 내지 약 100%의 변형, 약 50% 내지 약 100%의 변형, 약 60% 내지 약 100%의 변형, 약 70% 내지 약 100%의 변형, 약 80% 내지 약 100%의 변형, 및 약 90% 내지 약 100%의 변형 중 적어도 하나를 포함한다.
일부 경우에, 폴리핵산 분자는 약 10% 내지 약 90%의 변형, 약 20% 내지 약 90%의 변형, 약 30% 내지 약 90%의 변형, 약 40% 내지 약 90%의 변형, 약 50% 내지 약 90%의 변형, 약 60% 내지 약 90%의 변형, 약 70% 내지 약 90%의 변형, 및 약 80% 내지 약 100%의 변형 중 적어도 하나를 포함한다.
일부 경우에, 폴리핵산 분자는 약 10% 내지 약 80%의 변형, 약 20% 내지 약 80%의 변형, 약 30% 내지 약 80%의 변형, 약 40% 내지 약 80%의 변형, 약 50% 내지 약 80%의 변형, 약 60% 내지 약 80%의 변형, 및 약 70% 내지 약 80%의 변형 중 적어도 하나를 포함한다.
일부 경우에, 폴리핵산 분자는 약 10% 내지 약 70%의 변형, 약 20% 내지 약 70%의 변형, 약 30% 내지 약 70%의 변형, 약 40% 내지 약 70%의 변형, 약 50% 내지 약 70%의 변형, 및 약 60% 내지 약 70%의 변형 중 적어도 하나를 포함한다.
일부 경우에, 폴리핵산 분자는 약 10% 내지 약 60%의 변형, 약 20% 내지 약 60%의 변형, 약 30% 내지 약 60%의 변형, 약 40% 내지 약 60%의 변형, 및 약 50% 내지 약 60%의 변형 중 적어도 하나를 포함한다.
일부 경우에, 폴리핵산 분자는 약 10% 내지 약 50%의 변형, 약 20% 내지 약 50%의 변형, 약 30% 내지 약 50%의 변형, 및 약 40% 내지 약 50%의 변형 중 적어도 하나를 포함한다.
일부 경우에, 폴리핵산 분자는 약 10% 내지 약 40%의 변형, 약 20% 내지 약 40%의 변형, 및 약 30% 내지 약 40%의 변형 중 적어도 하나를 포함한다.
일부 경우에, 폴리핵산 분자는 약 10% 내지 약 30%의 변형, 및 약 20% 내지 약 30%의 변형 중 적어도 하나를 포함한다.
일부 경우에, 폴리핵산 분자는 약 10% 내지 약 20%의 변형을 포함한다.
일부 경우에, 폴리핵산 분자는 약 15% 내지 약 90%, 약 20% 내지 약 80%, 약 30% 내지 약 70%, 또는 약 40% 내지 약 60%의 변형을 포함한다.
추가 경우에, 폴리핵산 분자는 적어도 약 15%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 또는 99%의 변형을 포함한다.
일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 적어도 약 1, 약 2, 약 3, 약 4, 약 5, 약 6, 약 7, 약 8, 약 9, 약 10, 약 11, 약 12, 약 13, 약 14, 약 15, 약 16, 약 17, 약 18, 약 19, 약 20, 약 21, 약 22개 이상의 변형을 포함한다.
일부 경우에, 폴리핵산 분자는 적어도 약 1, 약 2, 약 3, 약 4, 약 5, 약 6, 약 7, 약 8, 약 9, 약 10, 약 11, 약 12, 약 13, 약 14, 약 15, 약 16, 약 17, 약 18, 약 19, 약 20, 약 21, 약 22개 이상의 변형된 뉴클레오티드를 포함한다.
일부 경우에, 폴리핵산 분자 중 약 5% 내지 약 100%는 본원에 기술된 인공 뉴클레오티드 유사체를 포함한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자 중 약 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% 또는 100%는 본원에 기술된 인공 뉴클레오티드 유사체를 포함한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자 중 약 5%는 본원에 기술된 인공 뉴클레오티드 유사체를 포함한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자 중 약 10%는 본원에 기술된 인공 뉴클레오티드 유사체를 포함한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자 중 약 15%는 본원에 기술된 인공 뉴클레오티드 유사체를 포함한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자 중 약 20%는 본원에 기술된 인공 뉴클레오티드 유사체를 포함한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자 중 약 25%는 본원에 기술된 인공 뉴클레오티드 유사체를 포함한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자 중 약 30%는 본원에 기술된 인공 뉴클레오티드 유사체를 포함한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자 중 약 35%는 본원에 기술된 인공 뉴클레오티드 유사체를 포함한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자 중 약 40%는 본원에 기술된 인공 뉴클레오티드 유사체를 포함한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자 중 약 45%는 본원에 기술된 인공 뉴클레오티드 유사체를 포함한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자 중 약 50%는 본원에 기술된 인공 뉴클레오티드 유사체를 포함한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자 중 약 55%는 본원에 기술된 인공 뉴클레오티드 유사체를 포함한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자 중 약 60%는 본원에 기술된 인공 뉴클레오티드 유사체를 포함한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자 중 약 65%는 본원에 기술된 인공 뉴클레오티드 유사체를 포함한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자 중 약 70%는 본원에 기술된 인공 뉴클레오티드 유사체를 포함한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자 중 약 75%는 본원에 기술된 인공 뉴클레오티드 유사체를 포함한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자 중 약 80%는 본원에 기술된 인공 뉴클레오티드 유사체를 포함한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자 중 약 85%는 본원에 기술된 인공 뉴클레오티드 유사체를 포함한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자 중 약 90%는 본원에 기술된 인공 뉴클레오티드 유사체를 포함한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자 중 약 95%는 본원에 기술된 인공 뉴클레오티드 유사체를 포함한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자 중 약 96%는 본원에 기술된 인공 뉴클레오티드 유사체를 포함한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자 중 약 97%는 본원에 기술된 인공 뉴클레오티드 유사체를 포함한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자 중 약 98%는 본원에 기술된 인공 뉴클레오티드 유사체를 포함한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자 중 약 99%는 본원에 기술된 인공 뉴클레오티드 유사체를 포함한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자 중 약 100%는 본원에 기술된 인공 뉴클레오티드 유사체를 포함한다. 일부 실시양태에서, 인공 뉴클레오티드 유사체는 2'-O-메틸, 2'-O-메톡시에틸(2'-O-MOE), 2'-O-아미노프로필, 2'-데옥시, T-데옥시-2'-플루오로, 2'-O-아미노프로필(2'-O-AP), 2'-O-디메틸아미노에틸(2'-O-DMAOE), 2'-O-디메틸아미노프로필(2'-O-DMAP), T-O-디메틸아미노에틸옥시에틸(2'-O-DMAEOE), 또는 2'-O-N-메틸아세트아미도(2'-O-NMA) 변형, LNA, ENA, PNA, HNA, 모르폴리노, 메틸포스포네이트 뉴클레오티드, 티올포스포네이트 뉴클레오티드, 2'-플루오로 N3-P5'-포스포라미다이트, 또는 그의 조합을 포함한다.
일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는, 변형이 본원에 기술된 인공 뉴클레오티드 유사체를 포함하는 것인 약 1 내지 약 25개의 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는, 변형이 본원에 기술된 인공 뉴클레오티드 유사체를 포함하는 것인 약 1개의 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는, 변형이 본원에 기술된 인공 뉴클레오티드 유사체를 포함하는 것인 약 2개의 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는, 변형이 본원에 기술된 인공 뉴클레오티드 유사체를 포함하는 것인 약 3개의 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는, 변형이 본원에 기술된 인공 뉴클레오티드 유사체를 포함하는 것인 약 4개의 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는, 변형이 본원에 기술된 인공 뉴클레오티드 유사체를 포함하는 것인 약 5개의 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는, 변형이 본원에 기술된 인공 뉴클레오티드 유사체를 포함하는 것인 약 6개의 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는, 변형이 본원에 기술된 인공 뉴클레오티드 유사체를 포함하는 것인 약 7개의 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는, 변형이 본원에 기술된 인공 뉴클레오티드 유사체를 포함하는 것인 약 8개의 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는, 변형이 본원에 기술된 인공 뉴클레오티드 유사체를 포함하는 것인 약 9개의 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는, 변형이 본원에 기술된 인공 뉴클레오티드 유사체를 포함하는 것인 약 10개의 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는, 변형이 본원에 기술된 인공 뉴클레오티드 유사체를 포함하는 것인 약 11개의 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는, 변형이 본원에 기술된 인공 뉴클레오티드 유사체를 포함하는 것인 약 12개의 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는, 변형이 본원에 기술된 인공 뉴클레오티드 유사체를 포함하는 것인 약 13개의 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는, 변형이 본원에 기술된 인공 뉴클레오티드 유사체를 포함하는 것인 약 14개의 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는, 변형이 본원에 기술된 인공 뉴클레오티드 유사체를 포함하는 것인 약 15개의 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는, 변형이 본원에 기술된 인공 뉴클레오티드 유사체를 포함하는 것인 약 16개의 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는, 변형이 본원에 기술된 인공 뉴클레오티드 유사체를 포함하는 것인 약 17개의 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는, 변형이 본원에 기술된 인공 뉴클레오티드 유사체를 포함하는 것인 약 18개의 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는, 변형이 본원에 기술된 인공 뉴클레오티드 유사체를 포함하는 것인 약 19개의 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는, 변형이 본원에 기술된 인공 뉴클레오티드 유사체를 포함하는 것인 약 20개의 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는, 변형이 본원에 기술된 인공 뉴클레오티드 유사체를 포함하는 것인 약 21개의 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는, 변형이 본원에 기술된 인공 뉴클레오티드 유사체를 포함하는 것인 약 22개의 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는, 변형이 본원에 기술된 인공 뉴클레오티드 유사체를 포함하는 것인 약 23개의 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는, 변형이 본원에 기술된 인공 뉴클레오티드 유사체를 포함하는 것인 약 24개의 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는, 변형이 본원에 기술된 인공 뉴클레오티드 유사체를 포함하는 것인 약 25개의 변형을 포함한다.
일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는, 한 폴리뉴클레오티드는 센스 가닥을 포함하고, 제2 폴리뉴클레오티드는 폴리핵산 분자의 안티센스 가닥을 포함하는 것인 별개의 두 폴리뉴클레오티드로부터 어셈블리된다. 다른 실시양태에서, 센스 가닥은, 일부 경우에, 폴리뉴클레오티드 링커 또는 비뉴클레오티드 링커인 링커 분자를 통해 안티센스 가닥에 연결된다.
일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 센스 가닥 및 안티센스 가닥을 포함하고, 여기서, 센스 가닥 중 피리미딘 뉴클레오티드는 2'-O-메틸피리미딘 뉴클레오티드를 포함하고, 센스 가닥 중 퓨린 뉴클레오티드는 2'-데옥시 퓨린 뉴클레오티드를 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 센스 가닥 및 안티센스 가닥을 포함하고, 여기서, 센스 가닥 중에 존재하는 피리미딘 뉴클레오티드는 2'-데옥시-2'-플루오로 피리미딘 뉴클레오티드를 포함하고, 센스 가닥 중 퓨린 뉴클레오티드는 2'-데옥시 퓨린 뉴클레오티드를 포함한다.
일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 센스 가닥 및 안티센스 가닥을 포함하고, 여기서, 상기 안티센스 가닥 중에 존재할 때, 피리미딘 뉴클레오티드는 2'-데옥시-2'-플루오로 피리미딘 뉴클레오티드이고, 상기 안티센스 가닥 중에 존재할 때, 퓨린 뉴클레오티드는 2'-O-메틸 퓨린 뉴클레오티드이다.
일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 센스 가닥 및 안티센스 가닥을 포함하고, 여기서, 상기 안티센스 가닥 중에 존재할 때, 피리미딘 뉴클레오티드는 2'-데옥시-2'-플루오로 피리미딘 뉴클레오티드이고, 상기 안티센스 가닥 중에 존재할 때, 퓨린 뉴클레오티드는 2'-데옥시-퓨린 뉴클레오티드를 포함한다.
일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 센스 가닥 및 안티센스 가닥을 포함하고, 여기서, 센스 가닥은 센스 가닥의 5' 말단, 3' 말단' 또는 5' 및 3' 말단 둘 모두에 말단 캡 모이어티를 포함한다. 다른 실시양태에서, 말단 캡 모이어티는 역위된 데옥시 무염기 모이어티이다.
일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 센스 가닥 및 안티센스 가닥을 포함하고, 여기서, 안티센스 가닥은 안티센스 가닥의 3' 말단에 포스페이트 백본 변형을 포함한다. 일부 경우에, 포스페이트 백본 변형은 포스포로티오에이트이다.
일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 센스 가닥 및 안티센스 가닥을 포함하고, 여기서, 안티센스 가닥은 안티센스 가닥의 3' 말단에 글리세릴 변형을 포함한다.
일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 센스 가닥 및 안티센스 가닥을 포함하고, 여기서, 센스 가닥은 하나 이상의, 예를 들어, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 이상의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결, 및/또는 하나 이상의(예컨대, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10개 이상의) 2'-데옥시, 2'-O-메틸, 2'-데옥시-2'-플루오로, 및/또는 약 하나 이상의(예컨대, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10개 이상의) 범용 염기 변형된 뉴클레오티드, 및 임의적으로 센스 가닥의 3' 말단, 5' 말단, 또는 3' 및 5' 말단 둘 모두에 말단 캡 분자를 포함하고; 여기서, 안티센스 가닥은 약 1 내지 약 10개 이상, 구체적으로, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 이상의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결, 및/또는 하나 이상의(예컨대, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10개 이상의) 2'-데옥시, 2'-O-메틸, 2'-데옥시-2'-플루오로, 및/또는 하나 이상의(예컨대, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10개 이상의) 범용 염기 변형된 뉴클레오티드, 및 임의적으로 안티센스 가닥의 3' 말단, 5' 말단, 또는 3' 및 5' 말단 둘 모두에 말단 캡 분자를 포함한다. 다른 실시양태에서, 센스 및/또는 안티센스 가닥의 하나 이상의, 예를 들어, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10개 이상의 피리미딘 뉴클레오티드는, 하나 이상의, 예를 들어, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10개 이상의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결, 및/또는 동일하거나, 상이한 가닥에 존재하는, 3' 말단, 5' 말단, 또는 3' 및 5' 말단 둘 모두의 말단 캡 분자와 함께, 또는 그의 부재하에서, 2'-데옥시, 2'-O-메틸 및/또는 2'-데옥시-2'-플루오로 뉴클레오티드로 화학적으로 변형된다.
일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 센스 가닥 및 안티센스 가닥을 포함하고, 여기서, 센스 가닥은 약 1 내지 약 25개, 예를 들어, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 이상의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결, 및/또는 하나 이상의(예컨대, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10개 이상의) 2'-데옥시, 2'-O-메틸, 2'-데옥시-2'-플루오로, 및/또는 하나 이상의(예컨대, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10개 이상의) 범용 염기 변형된 뉴클레오티드, 및 임의적으로 센스 가닥의 3' 말단, 5' 말단, 또는 3' 및 5' 말단 둘 모두에 말단 캡 분자를 포함하고; 여기서, 안티센스 가닥은 약 1 내지 약 25개 이상, 예를 들어, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 이상의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결, 및/또는 하나 이상의(예컨대, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10개 이상의) 2'-데옥시, 2'-O-메틸, 2'-데옥시-2'-플루오로, 및/또는 하나 이상의(예컨대, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10개 이상의) 범용 염기 변형된 뉴클레오티드, 및 임의적으로 안티센스 가닥의 3' 말단, 5' 말단, 또는 3' 및 5' 말단 둘 모두에 말단 캡 분자를 포함한다. 다른 실시양태에서, 센스 및/또는 안티센스 가닥의 하나 이상의, 예를 들어, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10개 이상의 피리미딘 뉴클레오티드는, 약 1 내지 약 25개 이상, 예를 들어, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 이상의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결, 및/또는 동일하거나, 상이한 가닥에 존재하는, 3' 말단, 5' 말단, 또는 3' 및 5' 말단 둘 모두의 말단 캡 분자와 함께, 또는 그의 부재하에서, 2'-데옥시, 2'-O-메틸 및/또는 2'-데옥시-2'-플루오로 뉴클레오티드로 화학적으로 변형된다.
일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 센스 가닥 및 안티센스 가닥을 포함하고, 여기서, 안티센스 가닥은 하나 이상의, 예를 들어, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 이상의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결, 및/또는 약 하나 이상의(예컨대, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10개 이상의) 2'-데옥시, 2'-O-메틸, 2'-데옥시-2'-플루오로, 및/또는 하나 이상의(예컨대, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10개 이상의) 범용 염기 변형된 뉴클레오티드, 및 임의적으로 센스 가닥의 3' 말단, 5' 말단, 또는 3' 및 5' 말단 둘 모두에 말단 캡 분자를 포함하고; 여기서, 안티센스 가닥은 약 1 내지 약 10개 이상, 구체적으로, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10개 이상의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결, 및/또는 하나 이상의(예컨대, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10개 이상의) 2'-데옥시, 2'-O-메틸, 2'-데옥시-2'-플루오로, 및/또는 하나 이상의(예컨대, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10개 이상의) 범용 염기 변형된 뉴클레오티드, 및 임의적으로 안티센스 가닥의 3' 말단, 5' 말단, 또는 3' 및 5' 말단 둘 모두에 말단 캡 분자를 포함한다. 다른 실시양태에서, 센스 및/또는 안티센스 가닥의 하나 이상의, 예를 들어, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 이상의 피리미딘 뉴클레오티드는, 하나 이상의, 예를 들어, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10개 이상의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결, 및/또는 동일하거나, 상이한 가닥에 존재하는, 3' 말단, 5' 말단, 또는 3' 및 5' 말단 둘 모두의 말단 캡 분자와 함께, 또는 그의 부재하에서, 2'-데옥시, 2'-O-메틸 및/또는 2'-데옥시-2'-플루오로 뉴클레오티드로 화학적으로 변형된다.
일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 센스 가닥 및 안티센스 가닥을 포함하고, 여기서, 안티센스 가닥은 약 1 내지 약 25개 이상, 예를 들어, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 이상의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결, 및/또는 하나 이상의(예컨대, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10개 이상의) 2'-데옥시, 2'-O-메틸, 2'-데옥시-2'-플루오로, 및/또는 하나 이상의(예컨대, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10개 이상의) 범용 염기 변형된 뉴클레오티드, 및 임의적으로 센스 가닥의 3' 말단, 5' 말단, 또는 3' 및 5' 말단 둘 모두에 말단 캡 분자를 포함하고; 여기서, 안티센스 가닥은 약 1 내지 약 25개 이상, 예를 들어, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 이상의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결, 및/또는 하나 이상의(예컨대, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10개 이상의) 2'-데옥시, 2'-O-메틸, 2'-데옥시-2'-플루오로, 및/또는 하나 이상의(예컨대, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10개 이상의) 범용 염기 변형된 뉴클레오티드, 및 임의적으로 안티센스 가닥의 3' 말단, 5' 말단, 또는 3' 및 5' 말단 둘 모두에 말단 캡 분자를 포함한다. 다른 실시양태에서, 센스 및/또는 안티센스 가닥의 하나 이상의, 예를 들어, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10개 이상의 피리미딘 뉴클레오티드는, 약 1 내지 5개, 예를 들어, 약 1, 2, 3, 4, 5개 이상의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결, 및/또는 동일하거나, 상이한 가닥에 존재하는, 3' 말단, 5' 말단, 또는 3' 및 5' 말단 둘 모두의 말단 캡 분자와 함께, 또는 그의 부재하에서, 2'-데옥시, 2'-O-메틸 및/또는 2'-데옥시-2'-플루오로 뉴클레오티드로 화학적으로 변형된다.
일부 실시양태에서, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 폴리핵산 분자의 각 가닥에서 약 1 내지 약 25개, 예를 들어, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 이상의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결을 가지는 화학적으로 변형된 짧은 간섭 핵산 분자이다.
또 다른 실시양태에서, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 2'-5' 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 경우에, 2'-5' 뉴클레오티드간 연결(들)은 한 서열 가닥 또는 그 둘 모두의 3' 말단, 5' 말단, 또는 3' 및 5' 말단 둘 모두에 존재한다. 추가 경우에, 2'-5' 뉴클레오티드간 연결(들)은 한 서열 가닥 또는 그 둘 모두 내의 다양한 다른 위치에 존재하고, 예를 들어, 폴리핵산 분자의 한 가닥 또는 그 둘 모두에서 피리미딘 뉴클레오티드의 모든 뉴클레오티드간 연결을 비롯한, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10개 이상의 뉴클레오티드간 연결은 2'-5' 뉴클레오티드간 연결을 포함하거나, 또는 폴리핵산 분자의 한 가닥 또는 그 둘 모두에서 퓨린 뉴클레오티드의 모든 뉴클레오티드간 연결을 비롯한, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10개 이상의 뉴클레오티드간 연결은 2'-5' 뉴클레오티드간 연결을 포함한다.
일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 세포 또는 재구성된 시험관내 시스템에서 RNAi 활성을 매개하는 단일 가닥 폴리핵산 분자이고, 여기서, 폴리핵산 분자는 표적 핵산 서열에 대하여 상보성을 가지는 단일 가닥 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 여기서, 폴리핵산에 존재하는 하나 이상의 피리미딘 뉴클레오티드는 2'-데옥시-2'-플루오로 피리미딘 뉴클레오티드이고(예컨대, 모든 피리미딘 뉴클레오티드는 2'-데옥시-2'-플루오로 피리미딘 뉴클레오티드이거나, 또는 대안적으로, 복수의 피리미딘 뉴클레오티드는 2'-데옥시-2'-플루오로 피리미딘 뉴클레오티드이다), 여기서, 폴리핵산에 존재하는 임의의 퓨린 뉴클레오티드는 2'-데옥시 퓨린 뉴클레오티드이고(예컨대, 모든 퓨린 뉴클레오티드는 2'-데옥시 퓨린 뉴클레오티드이거나, 또는 대안적으로, 복수의 퓨린 뉴클레오티드는 2'-데옥시 퓨린 뉴클레오티드이다), 말단 캡 변형은 임의적으로 안티센스 서열의 3' 말단, 5' 말단, 또는 3' 및 5' 말단 둘 모두에 존재하고, 폴리핵산 분자는 임의적으로 폴리핵산 분자의 3' 말단에 약 1 내지 약 4개의(예컨대, 약, 1, 2, 3, 또는 4개의) 말단 2'-데옥시뉴클레오티드를 추가로 포함하고, 여기서, 말단 뉴클레오티드는 하나 이상의 (예컨대, 약, 1, 2, 3, 또는 4개의) 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결을 추가로 포함하고, 여기서, 폴리핵산 분자는 임의적으로 말단 포스페이트 기, 예컨대, 5' 말단 포스페이트 기를 추가로 포함한다.
일부 경우에, 본원에 기술된 인공 뉴클레오티드 유사체 중 하나 이상의 것은 천연 폴리핵산 분자와 비교하여, 뉴클레아제, 예컨대, 예를 들어, 리보뉴클레아제, 예컨대, RN아제 H, 데옥시리보뉴클레아제, 예컨대, DN아제, 또는 엑소뉴클레아제, 예컨대, 5'-3' 엑소뉴클레아제 및 3'-5' 엑소뉴클레아제에 대해 내성을 띤다. 일부 경우에, 2'-O-메틸, 2'-O-메톡시에틸(2'-O-MOE), 2'-O-아미노프로필, 2'-데옥시, T-데옥시-2'-플루오로, 2'-O-아미노프로필(2'-O-AP), 2'-O-디메틸아미노에틸(2'-O-DMAOE), 2'-O-디메틸아미노프로필(2'-O-DMAP), T-O-디메틸아미노에틸옥시에틸(2'-O-DMAEOE), 또는 2'-O-N-메틸아세트아미도(2'-O-NMA) 변형, LNA, ENA, PNA, HNA, 모르폴리노, 메틸포스포네이트 뉴클레오티드, 티올포스포네이트 뉴클레오티드, 2'-플루오로 N3-P5'-포스포라미다이트, 또는 그의 조합을 포함하는 인공 뉴클레오티드 유사체는 뉴클레아제, 예컨대, 예를 들어, 리보뉴클레아제, 예컨대, RN아제 H, 데옥시리보뉴클레아제, 예컨대, DN아제, 또는 엑소뉴클레아제, 예컨대, 5'-3' 엑소뉴클레아제 및 3'-5' 엑소뉴클레아제에 대해 내성을 띤다. 일부 경우에, 2'-O-메틸 변형된 폴리핵산 분자는 뉴클레아제 내성(예컨대, RN아제 H, DN아제, 5'-3' 엑소뉴클레아제 또는 3'-5' 엑소뉴클레아제 내성)이다. 일부 경우에, 2'O-메톡시에틸(2'-O-MOE) 변형된 폴리핵산 분자는 뉴클레아제 내성(예컨대, RN아제 H, DN아제, 5'-3' 엑소뉴클레아제 또는 3'-5' 엑소뉴클레아제 내성)이다. 일부 경우에, 2'-O-아미노프로필 변형된 폴리핵산 분자는 뉴클레아제 내성(예컨대, RN아제 H, DN아제, 5'-3' 엑소뉴클레아제 또는 3'-5' 엑소뉴클레아제 내성)이다. 일부 경우에, 2'-데옥시 변형된 폴리핵산 분자는 뉴클레아제 내성(예컨대, RN아제 H, DN아제, 5'-3' 엑소뉴클레아제 또는 3'-5' 엑소뉴클레아제 내성)이다. 일부 경우에, T-데옥시-2'-플루오로 변형된 폴리핵산 분자는 뉴클레아제 내성(예컨대, RN아제 H, DN아제, 5'-3' 엑소뉴클레아제 또는 3'-5' 엑소뉴클레아제 내성)이다. 일부 경우에, 2'-O-아미노프로필(2'-O-AP) 변형된 폴리핵산 분자는 뉴클레아제 내성(예컨대, RN아제 H, DN아제, 5'-3' 엑소뉴클레아제 또는 3'-5' 엑소뉴클레아제 내성)이다. 일부 경우에, 2'-O-디메틸아미노에틸(2'-O-DMAOE) 변형된 폴리핵산 분자는 뉴클레아제 내성(예컨대, RN아제 H, DN아제, 5'-3' 엑소뉴클레아제 또는 3'-5' 엑소뉴클레아제 내성)이다. 일부 경우에, 2'-O-디메틸아미노프로필(2'-O-DMAP) 변형된 폴리핵산 분자는 뉴클레아제 내성(예컨대, RN아제 H, DN아제, 5'-3' 엑소뉴클레아제 또는 3'-5' 엑소뉴클레아제 내성)이다. 일부 경우에, T-O-디메틸아미노에틸옥시에틸(2'-O-DMAEOE) 변형된 폴리핵산 분자는 뉴클레아제 내성(예컨대, RN아제 H, DN아제, 5'-3' 엑소뉴클레아제 또는 3'-5' 엑소뉴클레아제 내성)이다. 일부 경우에, 2'-O-N-메틸아세트아미도(2'-O-NMA) 변형된 폴리핵산 분자는 뉴클레아제 내성(예컨대, RN아제 H, DN아제, 5'-3' 엑소뉴클레아제 또는 3'-5' 엑소뉴클레아제 내성)이다. 일부 경우에, LNA 변형된 폴리핵산 분자는 뉴클레아제 내성(예컨대, RN아제 H, DN아제, 5'-3' 엑소뉴클레아제 또는 3'-5' 엑소뉴클레아제 내성)이다. 일부 경우에, ENA 변형된 폴리핵산 분자는 뉴클레아제 내성(예컨대, RN아제 H, DN아제, 5'-3' 엑소뉴클레아제 또는 3'-5' 엑소뉴클레아제 내성)이다. 일부 경우에, HNA 변형된 폴리핵산 분자는 뉴클레아제 내성(예컨대, RN아제 H, DN아제, 5'-3' 엑소뉴클레아제 또는 3'-5' 엑소뉴클레아제 내성)이다. 일부 경우에, 모르폴리노s is 뉴클레아제 내성(예컨대, RN아제 H, DN아제, 5'-3' 엑소뉴클레아제 또는 3'-5' 엑소뉴클레아제 내성)이다. 일부 경우에, PNA 변형된 폴리핵산 분자는 뉴클레아제에 대하여 내성을 띤다(예컨대, RN아제 H, DN아제, 5'-3' 엑소뉴클레아제 또는 3'-5' 엑소뉴클레아제 내성). 일부 경우에, 메틸포스포네이트 뉴클레오티드 변형된 폴리핵산 분자는 뉴클레아제 내성(예컨대, RN아제 H, DN아제, 5'-3' 엑소뉴클레아제 또는 3'-5' 엑소뉴클레아제 내성)이다. 일부 경우에, 티올포스포네이트 뉴클레오티드 변형된 폴리핵산 분자는 뉴클레아제 내성(예컨대, RN아제 H, DN아제, 5'-3' 엑소뉴클레아제 또는 3'-5' 엑소뉴클레아제 내성)이다. 일부 경우에, 2'-플루오로 N3-P5'-포스포라미다이트를 포함하는 폴리핵산 분자는 뉴클레아제 내성(예컨대, RN아제 H, DN아제, 5'-3' 엑소뉴클레아제 또는 3'-5' 엑소뉴클레아제 내성)이다. 일부 경우에, 본원에 기술된 5' 접합체는 5'-3' 엑소뉴클레오용해성 절단을 억제시킨다. 일부 경우에, 본원에 기술된 3' 접합체는 3'-5' 엑소뉴클레오용해성 절단을 억제시킨다.
일부 실시양태에서, 본원에 기술된 인공 뉴클레오티드 유사체 중 하나 이상의 것은 등가의 천연 폴리핵산 분자와 비교하여 그의 mRNA 표적에 대하여 증가된 결합 친화성을 갖는다. 2'-O-메틸, 2'-O-메톡시에틸(2'-O-MOE), 2'-O-아미노프로필, 2'-데옥시, T-데옥시-2'-플루오로, 2'-O-아미노프로필(2'-0-AP), 2'-O-디메틸아미노에틸(2'-O-DMAOE), 2'-O-디메틸아미노프로필(2'-O-DMAP), T-O-디메틸아미노에틸옥시에틸(2'-O-DMAEOE), 또는 2'-O-N-메틸아세트아미도(2'-O-NMA) 변형, LNA, ENA, PNA, HNA, 모르폴리노, 메틸포스포네이트 뉴클레오티드, 티올포스포네이트 뉴클레오티드, 또는 2'-플루오로 N3-P5'-포스포라미다이트를 포함하는 인공 뉴클레오티드 유사체 중 하나 이상의 것은 등가의 천연 폴리핵산 분자와 비교하여 그의 mRNA 표적에 대하여 증가된 결합 친화성을 갖는다. 일부 경우에, 2'-O-메틸 변형된 폴리핵산 분자는 등가의 천연 폴리핵산 분자와 비교하여 그의 mRNA 표적에 대하여 증가된 결합 친화성을 갖는다. 일부 경우에, 2'-O-메톡시에틸(2'-O-MOE) 변형된 폴리핵산 분자는 등가의 천연 폴리핵산 분자와 비교하여 그의 mRNA 표적에 대하여 증가된 결합 친화성을 갖는다. 일부 경우에, 2'-O-아미노프로필 변형된 폴리핵산 분자는 등가의 천연 폴리핵산 분자와 비교하여 그의 mRNA 표적에 대하여 증가된 결합 친화성을 갖는다. 일부 경우에, 2'-데옥시 변형된 폴리핵산 분자는 등가의 천연 폴리핵산 분자와 비교하여 그의 mRNA 표적에 대하여 증가된 결합 친화성을 갖는다. 일부 경우에, T-데옥시-2'-플루오로 변형된 폴리핵산 분자는 등가의 천연 폴리핵산 분자와 비교하여 그의 mRNA 표적에 대하여 증가된 결합 친화성을 갖는다. 일부 경우에, 2'-O-아미노프로필(2'-O-AP) 변형된 폴리핵산 분자는 등가의 천연 폴리핵산 분자와 비교하여 그의 mRNA 표적에 대하여 증가된 결합 친화성을 갖는다. 일부 경우에, 2'-O-디메틸아미노에틸(2'-O-DMAOE) 변형된 폴리핵산 분자는 등가의 천연 폴리핵산 분자와 비교하여 그의 mRNA 표적에 대하여 증가된 결합 친화성을 갖는다. 일부 경우에, 2'-O-디메틸아미노프로필(2'-O-DMAP) 변형된 폴리핵산 분자는 등가의 천연 폴리핵산 분자와 비교하여 그의 mRNA 표적에 대하여 증가된 결합 친화성을 갖는다. 일부 경우에, T-O-디메틸아미노에틸옥시에틸(2'-O-DMAEOE) 변형된 폴리핵산 분자는 등가의 천연 폴리핵산 분자와 비교하여 그의 mRNA 표적에 대하여 증가된 결합 친화성을 갖는다. 일부 경우에, 2'-O-N-메틸아세트아미도(2'-O-NMA) 변형된 폴리핵산 분자는 등가의 천연 폴리핵산 분자와 비교하여 그의 mRNA 표적에 대하여 증가된 결합 친화성을 갖는다. 일부 경우에, LNA 변형된 폴리핵산 분자는 등가의 천연 폴리핵산 분자와 비교하여 그의 mRNA 표적에 대하여 증가된 결합 친화성을 갖는다. 일부 경우에, ENA 변형된 폴리핵산 분자는 등가의 천연 폴리핵산 분자와 비교하여 그의 mRNA 표적에 대하여 증가된 결합 친화성을 갖는다. 일부 경우에, PNA 변형된 폴리핵산 분자는 등가의 천연 폴리핵산 분자와 비교하여 그의 mRNA 표적에 대하여 증가된 결합 친화성을 갖는다. 일부 경우에, HNA 변형된 폴리핵산 분자는 등가의 천연 폴리핵산 분자와 비교하여 그의 mRNA 표적에 대하여 증가된 결합 친화성을 갖는다. 일부 경우에, 모르폴리노 변형된 폴리핵산 분자는 등가의 천연 폴리핵산 분자와 비교하여 그의 mRNA 표적에 대하여 증가된 결합 친화성을 갖는다. 일부 경우에, 메틸포스포네이트 뉴클레오티드 변형된 폴리핵산 분자는 등가의 천연 폴리핵산 분자와 비교하여 그의 mRNA 표적에 대하여 증가된 결합 친화성을 갖는다. 일부 경우에, 티올포스포네이트 뉴클레오티드 변형된 폴리핵산 분자는 등가의 천연 폴리핵산 분자와 비교하여 그의 mRNA 표적에 대하여 증가된 결합 친화성을 갖는다. 일부 경우에, 2'-플루오로 N3-P5'-포스포라미다이트를 포함하는 폴리핵산 분자는 등가의 천연 폴리핵산 분자와 비교하여 그의 mRNA 표적에 대하여 증가된 결합 친화성을 갖는다. 일부 경우에, 증가된 친화성은 더 낮은 Kd, 더 높은 용융 온도(Tm), 또는 그의 조합으로 예시된다.
일부 실시양태에서, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 키랄적으로 순수한(또는 입체 순수한) 폴리핵산 분자, 또는 단일 거울상이성질체를 포함하는 폴리핵산 분자이다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 L-뉴클레오티드를 포함한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 D-뉴클레오티드를 포함한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자 조성물은 30%, 25%, 20%, 15%, 10%, 5%, 4%, 3%, 2%, 1% 미만, 또는 그 미만의 그의 거울상이성질체를 포함한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자 조성물은 30%, 25%, 20%, 15%, 10%, 5%, 4%, 3%, 2%, 1% 미만, 또는 그 미만의 라세미 혼합물을 포함한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 미국 특허 공개 제2014/194610호 및 제2015/211006호; 및 PCT 공개 제WO2015107425호에 기술되어 있는 폴리핵산 분자이다.
일부 실시양태에서, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 압타머 접합 모이어티를 포함하도록 추가로 변형된다. 일부 경우에, 압타머 접합 모이어티는 DNA 압타머 접합 모이어티이다. 일부 경우에, 압타머 접합 모이어티는 특이적 세포 표면 표적을 인식하는 압타머 부분 및 순환 항체에 부착하기 위한 특이적 에피토프를 제시하는 부분을 포함하는 알파머(Alphamer)(Centauri Therapeutics)이다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 미국 특허 제8,604,184호, 제8,591,910호, 및 제7,850,975호에 기술된 바와 같이 압타머 접합 모이어티를 포함하도록 추가로 변형된다.
추가 실시양태에서, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 그의 안정성을 증가시키도록 변형된다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 RNA(예컨대, siRNA)이다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 그의 안정성을 증가시키도록 하기 기술된 변형 중 하나 이상의 것에 의해 변형된다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 예컨대, 2'-O-메틸, 2'-O-메톡시에틸(2'-O-MOE), 2'-O-아미노프로필, 2'-데옥시, T-데옥시-2'-플루오로, 2'-O-아미노프로필(2'-0-AP), 2'-O-디메틸아미노에틸(2'-O-DMAOE), 2'-O-디메틸아미노프로필(2'-O-DMAP), T-O-디메틸아미노에틸옥시에틸(2'-O-DMAEOE), 또는 2'-O-N-메틸아세트아미도(2'-O-NMA) 변형에 의해, 또는 잠금 또는 가교 리보스 형태(예컨대, LNA 또는 ENA)에 의해 2' 하이드록실 위치에서 변형된다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 2'-O-메틸 및/또는 2'-O-메톡시에틸 리보스에 의해 변형된다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 또한 그의 안정성을 증가시키기 위해 모르폴리노, PNA, HNA, 메틸포스포네이트 뉴클레오티드, 티올포스포네이트 뉴클레오티드, 및/또는 2'-플루오로 N3-P5'-포스포라미다이트를 포함한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 키랄적으로 순수한(또는 입체 순수한) 폴리핵산 분자이다. 일부 경우에, 키랄적으로 순수한(또는 입체 순수한) 폴리핵산 분자는 그의 안정성을 증가시키기 위해변형된다. 전달을 위해 안정성을 증가시키기 위한 RNA에 대한 적합한 변형은 당업자에게 자명할 것이다.
일부 실시양태에서, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 질환 또는 장애에 관여하는 유전자, 예컨대, 제한하는 것은 아니지만, IKBKAP , SMN2, MCAD, LMNA, DMPK, ZNF9, MAPT, FKTN, TDP-43, LDLR, CFTR, DMD , PAH, MSTN , 또는 K- Ras에 의해 코딩된 RNA의 발현을 조정하는 RNAi 활성을 갖는다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 IKBKAP , SMN2, MCAD, LMNA, DMPK, ZNF9, MAPT, FKTN, TDP-43, LDLR, CFTR, DMD , PAH, MSTN , 또는 K- Ras 중 적어도 하나의 발현을 하향조절하는 이중 가닥 siRNA 분자이고, 여기서, 이중 가닥 siRNA 분자의 상기 가닥 중 하나는 KBKAP , SMN2, MCAD, LMNA, DMPK, ZNF9, MAPT, FKTN, TDP-43, LDLR, CFTR, DMD , PAH, MSTN , 또는 K- Ras 중 적어도 하나, 또는 IKBKAP , SMN2, MCAD, LMNA, DMPK, ZNF9, MAPT, FKTN, TDP-43, LDLR, CFTR, DMD , PAH, MSTN , 또는 K- Ras 중 적어도 하나에 의해 코딩된 RNA, 또는 그의 일부의 뉴클레오티드 서열에 상보적인 뉴클레오티드 서열을 포함하고, 여기서, 이중 가닥 siRNA 분자의 제2 가닥은 KBKAP , SMN2, MCAD, LMNA, DMPK, ZNF9, MAPT, FKTN, TDP-43, LDLR, CFTR, DMD , PAH, MSTN , 또는 K- Ras 중 적어도 하나, 또는 IKBKAP , SMN2, MCAD, LMNA, DMPK, ZNF9, MAPT, FKTN, TDP-43, LDLR, CFTR, DMD , PAH, MSTN , 또는 K- Ras 중 적어도 하나에 의해 코딩된 RNA, 또는 그의 일부의 뉴클레오티드 서열과 실질적으로 유사한 뉴클레오티드 서열을 포함한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 IKBKAP , SMN2, MCAD, LMNA, DMPK, ZNF9, MAPT, FKTN, TDP-43, LDLR, CFTR, DMD , PAH, MSTN , 또는 K- Ras 중 적어도 하나의 발현을 하향조절하는 이중 가닥 siRNA 분자이며, 여기서, siRNA 분자의 각 가닥은 약 15 내지 25, 18 내지 24, 또는 19 내지 약 23개의 뉴클레오티드를 포함하고, 여기서, 각 가닥은 나머지 다른 한 가닥의 뉴클레오티드에 상보적인 적어도 약 14, 17, 또는 19개의 뉴클레오티드를 포함한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 IKBKAP , SMN2, MCAD, LMNA, DMPK, ZNF9, MAPT, FKTN, TDP-43, LDLR, CFTR, DMD , PAH, MSTN , 또는 K- Ras 중 적어도 하나의 발현을 하향조절하는 이중 가닥 siRNA 분자이며, 여기서, siRNA 분자의 각 가닥은 약 19 내지 약 23개의 뉴클레오티드를 포함하고, 여기서, 각 가닥은 나머지 다른 한 가닥의 뉴클레오티드에 상보적인 적어도 약 19개의 뉴클레오티드를 포함한다. 일부 경우에, RNAi 활성은 세포 내에서 발생한다. 다른 경우에, RNAi 활성은 재구성된 시험관내 시스템에서 발생한다.
일부 실시양태에서, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 근이영양증에 관여하는 유전자, 예컨대, 제한하는 것은 아니지만, DMD, DUX4, DYSF, EMD , 또는 LMNA에 의해 코딩된 RNA의 발현을 조정하는 RNAi 활성을 갖는다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD, DUX4, DYSF, EMD , 또는 LMNA 중 적어도 하나의 발현을 하향조절하는 이중 가닥 siRNA 분자이고, 여기서, 이중 가닥 siRNA 분자의 상기 가닥 중 하나는 DMD, DUX4, DYSF, EMD , 또는 LMNA 중 적어도 하나, 또는 DMD, DUX4, DYSF, EMD , 또는 LMNA 중 적어도 하나에 의해 코딩된 RNA, 또는 그의 일부의 뉴클레오티드 서열에 상보적인 뉴클레오티드 서열을 포함하고, 여기서, 이중 가닥 siRNA 분자의 제2 가닥은 DMD, DUX4, DYSF, EMD , 또는 LMNA 중 적어도 하나, 또는 DMD, DUX4, DYSF, EMD , 또는 LMNA 중 적어도 하나에 의해 코딩된 RNA, 또는 그의 일부의 뉴클레오티드 서열과 실질적으로 유사한 뉴클레오티드 서열을 포함한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD, DUX4, DYSF, EMD , 또는 LMNA 중 적어도 하나의 발현을 하향조절하는 이중 가닥 siRNA 분자이며, 여기서, siRNA 분자의 각 가닥은 약 15 내지 25, 18 내지 24, 또는 19 내지 약 23개의 뉴클레오티드를 포함하고, 여기서, 각 가닥은 나머지 다른 한 가닥의 뉴클레오티드에 상보적인 적어도 약 14, 17, 또는 19개의 뉴클레오티드를 포함한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD, DUX4, DYSF, EMD , 또는 LMNA 중 적어도 하나의 발현을 하향조절하는 이중 가닥 siRNA 분자이며, 여기서, siRNA 분자의 각 가닥은 약 19 내지 약 23개의 뉴클레오티드를 포함하고, 여기서, 각 가닥은 나머지 다른 한 가닥의 뉴클레오티드에 상보적인 적어도 약 19개의 뉴클레오티드를 포함한다. 일부 경우에, RNAi 활성은 세포 내에서 발생한다. 다른 경우에, RNAi 활성은 재구성된 시험관내 시스템에서 발생한다.
일부 실시양태에서, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD 유전자에 의해 코딩된 RNA의 발현을 조정하는 RNAi 활성을 갖는다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD의 발현을 하향조절하는 단일 가닥 siRNA 분자이고, 여기서, 단일 가닥 siRNA 분자는 DMD, 또는 DMD에 의해 코딩된 RNA, 또는 그의 일부의 뉴클레오티드 서열에 상보적인 뉴클레오티드 서열을 포함한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD의 발현을 하향조절하는 단일 가닥 siRNA 분자이고, 여기서, siRNA 분자는 약 15 내지 25, 18 내지 24, 또는 19 내지 약 23개의 뉴클레오티드를 포함한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 DMD의 발현을 하향조절하는 단일 가닥 siRNA 분자이고, 여기서, siRNA 분자는 약 19 내지 약 23개의 뉴클레오티드를 포함한다. 일부 경우에, RNAi 활성은 세포 내에서 발생한다. 다른 경우에, RNAi 활성은 재구성된 시험관내 시스템에서 발생한다.
일부 경우에, 폴리핵산 분자는 자기 상보적 센스 및 안티센스 영역을 포함하는 이중 가닥 폴리뉴클레오티드 분자이며, 여기서, 안티센스 영역은 표적 핵산 분자 또는 그의 일부 중의 뉴클레오티드 서열에 상보적인 뉴클레오티드 서열을 포함하고, 센스 영역은 표적 핵산 서열 또는 그의 일부에 상응하는 뉴클레오티드 서열을 가진다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 별개의 두 폴리뉴클레오티드로부터 어셈블리되고, 여기서, 한 가닥은 센스 가닥이고, 나머지 다른 하나는 안티센스 가닥이며, 여기서, 안티센스 및 센스 가닥은 자기 상보적이고(예컨대, 각 가닥은 나머지 다른 한 가닥 중의 뉴클레오티드 서열에 상보적인 뉴클레오티드 서열을 포함하고; 예컨대, 여기서, 안티센스 가닥 및 센스 가닥은 이중체 또는 이중 가닥 구조를 형성하고, 예를 들어, 여기서, 이중 가닥 영역은 약 19, 20, 21, 22, 23개 이상의 염기쌍이다); 안티센스 가닥은 표적 핵산 분자 또는 그의 일부 중의 뉴클레오티드 서열에 상보적인 뉴클레오티드 서열을 포함하고, 센스 가닥은 표적 핵산 서열 또는 그의 일부에 상응하는 뉴클레오티드 서열을 포함한다. 대안적으로, 폴리핵산 분자는 단일 올리고뉴클레오티드로부터 어셈블리되고, 여기서, 폴리핵산 분자의 자기 상보적 센스 및 안티센스 영역은 핵산 기반 또는 비핵산 기반 링커(들)에 의해 연결된다.
일부 경우에, 폴리핵산 분자는 자기 상보적 센스 및 안티센스 영역을 포함하는, 이중체, 비대칭 이중체, 헤어핀 또는 비대칭 헤어핀 2차 구조를 가지는 폴리뉴클레오티드이며, 여기서, 안티센스 영역은 별개의 표적 핵산 분자 또는 그의 일부 중의 뉴클레오티드 서열에 상보적인 뉴클레오티드 서열을 포함하고, 센스 영역은 표적 핵산 서열 또는 그의 일부에 상응하는 뉴클레오티드 서열을 가진다. 다른 경우에, 폴리핵산 분자는 2개 이상의 루프 구조, 및 자기 상보적 센스 및 안티센스 영역을 포함하는 줄기를 가지는 환형 단일 가닥 폴리뉴클레오티드이며, 여기서, 안티센스 영역은 표적 핵산 분자 또는 그의 일부 중의 뉴클레오티드 서열에 상보적인 뉴클레오티드 서열을 포함하고, 센스 영역은 표적 핵산 서열 또는 그의 일부에 상응하는 뉴클레오티드 서열을 가지고, 여기서, 환형 폴리뉴클레오티드는 생체내 또는 시험관내에서 프로세싱됨에 따라 RNAi를 매개할 수 있는 활성 폴리핵산 분자로 생성된다. 추가 경우에, 폴리핵산 분자는 또한 표적 핵산 분자 또는 그의 일부 중의 뉴클레오티드 서열에 상보적인 뉴클레오티드 서열을 가지는 단일 가닥 폴리뉴클레오티드를 포함하고(예를 들어, 상기 폴리핵산 분자는 표적 핵산 서열 또는 그의 일부에 상응하는 뉴클레오티드 서열이 폴리핵산 분자 내에 존재하는 것을 요구하지 않는다), 여기서, 단일 가닥 폴리뉴클레오티드는 말단 포스페이트 기, 예컨대, 5'-포스페이트(예를 들어, 문헌 [Martinez et al., 2002, Cell., 110, 563-574] 및 [Schwarz et al., 2002, Molecular Cell, 10, 537-568] 참조), 또는 5',3'-디포스페이트를 추가로 포함한다.
일부 경우에, 비대칭은 안티센스 영역, 뉴클레오티드 또는 비뉴클레오티드를 포함하는 루프 부분, 및 센스 영역이 안티센스 영역과 염기쌍을 형성하고, 루프와 이중체를 형성할 수 있을 정도로 충분히 상보적인 뉴클레오티드를 가지는 정도로 안티센스 영역보다 더 적은 개수의 뉴클레오티드를 포함하는 센스 영역을 선형 폴리핵산 분자이다. 예를 들어, 비대칭 헤어핀 폴리핵산 분자는 세포 또는 시험관내 시스템에서 RNAi를 매개하는 데 충분한 길이(예컨대, 약 19 내지 약 22개의 뉴클레오티드)를 가지는 안티센스 영역, 및 약 4 내지 약 8개의 뉴클레오티드를 포함하는 루프 영역, 및 안티센스 영역에 상보적인 약 3 내지 약 18개의 뉴클레오티드를 가지는 센스 영역을 포함한다. 일부 경우에, 비대칭 헤어핀 폴리핵산 분자는 또한 화학적으로 변형된 5'-포스페이트 기를 포함한다. 추가 경우에서, 비대칭 헤어핀 폴리핵산 분자의 루프 부분은 뉴클레오티드, 비뉴클레오티드, 링커 분자, 또는 접합체 분자를 포함한다.
일부 실시양태에서, 비대칭 이중체는 센스 영역 및 안티센스 영역을 포함하는 별개의 두 가닥을 가지는 폴리핵산 분자이며, 여기서, 센스 영역은, 센스 영역이 안티센스 영역과 염기쌍을 형성하고, 이중체를 형성할 수 있을 정도로 충분히 상보적인 뉴클레오티드를 가지는 정도로 안티센스 영역보다 더 적은 개수의 뉴클레오티드를 포함한다. 예를 들어, 비대칭 이중체 폴리핵산 분자는 세포 또는 시험관내 시스템에서 RNAi를 매개하는 데 충분한 길이(예컨대, 약 19 내지 약 22개의 뉴클레오티드)를 가지는 안티센스 영역, 및 안티센스 영역에 상보적인 약 3 내지 약 18개의 뉴클레오티드를 가지는 센스 영역을 포함한다.
일부 경우에, 범용 염기란, 그들 간의 구별 없이, 각각의 천연 DNA/RNA 염기와 염기쌍을 형성하는 뉴클레오티드 염기 유사체를 지칭한다. 범용 염기의 비제한적인 예로는 당업계에 공지된 바와 같이, C-페닐, C-나프틸 및 다른 방향족 유도체, 이노신, 아졸 카복스아미드, 및 니트로아졸 유도체, 예컨대, 3-니트로피롤, 4-니트로인돌, 5-니트로인돌, 및 6-니트로인돌을 포함한다(예를 들어, 문헌 [Loakes, 2001, 핵산 Research, 29, 2437-2447] 참조).
폴리핵산 분자 합성
일부 실시양태에서, 본원에 기술된 폴리핵산 분자는 당업계에 공지된 방법을 사용하여 화학적 합성 및/또는 효소적 라이게이션 반응을 사용하여 구성된다. 예를 들어, 폴리핵산 분자는 자연적으로 발생된 뉴클레오티드를 사용하거나, 또는 분자의 생물학적 안정성을 증가시키거나, 또는 폴리핵산 분자와 표적 핵산 사이에 형성되는 된 이중체의 물리적 안정성을 증가시키기 위해 디자인된 다양하게 변형된 뉴클레오티드를 사용하여 화학적으로 합성된다. 예시적인 방법은 미국 특허 제5,142,047호; 제5,185,444호; 제5,889,136호; 제6,008,400호; 및 제6,111,086호; PCT 공개 제WO2009099942호; 또는 유럽 공개 제1579015호에 기술된 것을 포함한다. 추가의 예시적인 방법은 문헌[Griffey et al., "2'-O-aminopropyl ribonucleotides: a zwitterionic modification that enhances the exonuclease resistance and biological activity of antisense oligonucleotides," J. Med . Chem. 39(26):5100-5109 (1997))]; [Obika, et al. "Synthesis of 2'-O,4'-C-methyleneuridine and -cytidine. Novel bicyclic nucleosides having a fixed C3, -endo sugar puckering". Tetrahedron Letters 38 (50): 8735 (1997)]; [Koizumi, M. "ENA oligonucleotides as therapeutics". Current opinion in molecular therapeutics 8 (2): 144-149 (2006)]; 및 [Abramova et al., "Novel oligonucleotide analogues based on morpholino nucleoside subunits-antisense technologies: new chemical possibilities," Indian Journal of Chemistry 48B:1721-1726 (2009)]에 기술된 것을 포함한다. 대안적으로, 폴리핵산 분자는 폴리핵산 분자가 안티센스 방향(즉, 삽입된 폴리핵산 분자로부터 전사된 RNA는 관심 표적 폴리핵산 분자에 대해 안티센스 방향으로 존재할 것이다)으로 서브클로닝된 발현 벡터를 사용하여 생물학적으로 제조된다.
일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는, 두 가닥 모두 단일의 인접한 올리고뉴클레오티드 단편, 또는 추후에 절단되어 개별 단편을 제공하는, 절단가능한 링커에 의해 이격되어 있는 가닥, 또는 이중체를 가수분해하고, 그의 정체를 허용하는 가닥으로서 합성이 되는 탠덤 합성 방법을 통해 합성된다.
일부 경우에, 폴리핵산 분자는 또한, 한 단편은 센스 영역을 포함하고, 제2 단편은 분자의 안티센스 영역을 포함하는 것인, 2개의 상이한 핵산 가닥 또는 단편으로부터 어셈블리된다.
예를 들어, 당, 염기 및 포스페이트 변형을 도입하기 위한 추가의 변형 방법은 (Eckstein et al.)의 국제 공개 PCT 제WO 92/07065호; [Perrault et al. Nature, 1990, 344, 565-568]; [Pieken et al. Science, 1991, 253, 314-317]; [Usman and Cedergren, Trends in Biochem . Sci ., 1992, 17, 334-339]; (Usman et al.)의 국제 공개 PCT 제WO 93/15187호; (Sproat)의 미국 특허 제5,334,711호 및 [Beigelman et al., 1995, J. Biol . Chem ., 270, 25702]; (Beigelman et al.)의 국제 PCT 공개 제WO 97/26270호; (Beigelman et al.)의 미국 특허 제5,716,824호; (Usman et al.)의 미국 특허 제5,627,053호; (Woolf et al.)의 국제 PCT 공개 제WO 98/13526호; (Thompson et al.)의 미국 시리얼 제60/082,404호(1998년 4월 20일 출원); [Karpeisky et al., 1998, Tetrahedron Lett ., 39, 1131]; [Earnshaw and Gait, 1998, Biopolymers (Nucleic Acid Sciences), 48, 39-55]; [Verma and Eckstein, 1998, Annu . Rev. Biochem ., 67, 99-134]; 및 [Burlina et al., 1997, Bioorg. Med . Chem ., 5, 1999-2010]을 포함한다. 상기 공개 문헌에는 촉매 작용 없이 당, 염기, 및/또는 포스페이트 변형 등을 핵산 분자 내로 도입하는 위치를 결정하는 일반적인 방법 및 전략법이 기술되어 있다.
일부 경우에, 포스포로티오에이트, 포스포로디티오에이트, 및/또는 5'-메틸포스포네이트 연결을 이용한 폴리핵산 분자 뉴클레오티드간 연결의 화학적 변형은 안정성은 개선시키지만, 과도한 변형은 때때로 독성을 유발하거나, 활성을 감소시킨다. 그러므로, 핵산 분자를 디자인할 때, 일부 경우에, 상기 뉴클레오티드간 연결의 양은 최소화된다. 상기 경우에, 이들 연결의 농도 감소는 독성을 저하시키고, 효능을 증가시키며, 상기 분자의 특이성을 더 높게 증가시킨다.
핵산-폴리펩티드 접합체
일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 관심 부위로의 전달을 위해 폴리펩티드 A에 추가로 접합된다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 폴리펩티드 A 및 임의적으로 중합체 모이어티에 접합된다.
일부 경우에, 적어도 하나의 폴리펩티드 A는 적어도 하나의 B에 접합된다. 일부 경우에, 적어도 하나의 폴리펩티드 A는 적어도 하나의 B에 접합되어 A-B 접합체를 형성한다. 일부 실시양태에서, 적어도 하나의 A는 B의 5' 말단, B의 3' 말단, B 상의 내부 부위, 또는 그의 임의 조합에 접합된다. 일부 경우에, 적어도 하나의 폴리펩티드 A는 적어도 2개의 B에 접합된다. 일부 경우에, 적어도 하나의 폴리펩티드 A는 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8개 이상의 B에 접합된다.
일부 실시양태에서, 적어도 하나의 폴리펩티드 A는 적어도 하나의 B의 한쪽 말단에 접합되는 반면, 적어도 하나의 C는 적어도 하나의 B의 반대쪽 말단에 접합됨으로써 A-B-C 접합체를 형성한다. 일부 경우에, 적어도 하나의 폴리펩티드 A는 적어도 하나의 B의 한쪽 말단에 접합되는 반면, 적어도 하나의 C는 적어도 하나의 B 상의 내부 부위에서 접합된다. 일부 경우에, 적어도 하나의 폴리펩티드 A는 적어도 하나의 C에 직접 접합된다. 일부 경우에, 적어도 하나의 B는 적어도 하나의 C를 통해 적어도 하나의 폴리펩티드 A에 간접적으로 접합되어 A-C-B 접합체를 형성한다.
일부 경우에, 적어도 하나의 B 및/또는 적어도 하나의 C, 및 임의적으로 적어도 하나의 D는 적어도 하나의 폴리펩티드 A에 접합된다. 일부 경우에, 적어도 하나의 B는 말단(예컨대, 5' 말단 또는 3' 말단)에서 적어도 하나의 폴리펩티드 A에 접합되거나, 또는 내부 부위를 통해 적어도 하나의 폴리펩티드 A에 접합된다. 일부 경우에, 적어도 하나의 C는 직접적으로, 또는 적어도 하나의 B를 통해 간접적으로 적어도 하나의 폴리펩티드 A에 접합된다. 적어도 하나의 B를 통해 간접적으로 접합되는 경우, 적어도 하나의 C는 B 상의 적어도 하나의 폴리펩티드 A와 동일한 말단에서, 적어도 하나의 폴리펩티드 A와 반대쪽 말단에서, 또는 독립적으로 내부 부위에서 접합된다. 일부 경우에, 적어도 하나의 추가 폴리펩티드 A가 적어도 하나의 폴리펩티드 A에, B에, 또는 C에 추가로 접합된다. 추가 경우에, 적어도 하나의 D는 임의적으로 적어도 하나의 폴리펩티드 A에, 적어도 하나의 B에, 또는 적어도 하나의 C에 직접적으로 또는 간접적으로 접합된다. 적어도 하나의 폴리펩티드 A에 직접적으로 접합되는 경우, 적어도 하나의 D는 또한 임의적으로 적어도 하나의 B에 접합되어 A-D-B 접합체를 형성하거나, 또는 임의적으로 적어도 하나의 B 및 적어도 하나의 C에 접합되어 A-D-B-C 접합체를 형성한다. 일부 경우에, 적어도 하나의 D는 적어도 하나의 폴리펩티드 A에 직접적으로 접합되고, 적어도 하나의 B 및 적어도 하나의 C에는 간접적으로 접합되어 D-A-B-C 접합체를 형성한다. 적어도 하나의 폴리펩티드 A에 간접적으로 접합되는 경우, 적어도 하나의 D는 또한 임의적으로 적어도 하나의 B에 접합되어 A-B-D 접합체를 형성하거나, 또는 임의적으로 적어도 하나의 B 및 적어도 하나의 C에 접합되어 A-B-D-C 접합체를 형성한다. 일부 경우에, 적어도 하나의 추가 D는 적어도 하나의 폴리펩티드 A에, B에, 또는 C에 추가로 접합된다.
일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 하기 도시되는 바와 같은 구성물을 포함한다:
Figure pct00011
일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 하기 도시되는 바와 같은 구성물을 포함한다:
Figure pct00012
일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 하기 도시되는 바와 같은 구성물을 포함한다:
Figure pct00013
일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 하기 도시되는 바와 같은 구성물을 포함한다:
Figure pct00014
일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 하기 도시되는 바와 같은 구성물을 포함한다:
Figure pct00015
일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 하기 도시되는 바와 같은 구성물을 포함한다:
Figure pct00016
일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 하기 도시되는 바와 같은 구성물을 포함한다:
Figure pct00017
일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 하기 도시되는 바와 같은 구성물을 포함한다:
Figure pct00018
일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 하기 도시되는 바와 같은 구성물을 포함한다:
Figure pct00019
일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 하기 도시되는 바와 같은 구성물을 포함한다:
Figure pct00020
일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 하기 도시되는 바와 같은 구성물을 포함한다:
Figure pct00021
일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 하기 도시되는 바와 같은 구성물을 포함한다:
Figure pct00022
상기 도시된 바와 같은,
Figure pct00023
는 단지 표현하기 위한 것이며, 인간화 항체 또는 그의 결합 단편, 키메라 항체 또는 그의 결합 단편, 단일클론 항체 또는 그의 결합 단편, 1가 Fab', 2가 Fab2, 단일 쇄 가변 단편(scFv), 디아바디, 미니바디, 나노바디, 단일 도메인 항체(sdAb), 또는 카멜리드 항체 또는 그의 결합 단편을 포함한다.
결합 모이어티
일부 실시양태에서, 결합 모이어티 A는 폴리펩티드이다. 일부 경우에, 폴리펩티드는 항체 또는 항체 그의 단편이다. 일부 경우에, 단편은 결합 단편이다. 일부 경우에, 항체 또는 그의 결합 단편은 인간화 항체 또는 그의 결합 단편, 뮤린 항체 또는 그의 결합 단편, 키메라 항체 또는 그의 결합 단편, 단일클론 항체 또는 그의 결합 단편, 1가 Fab', 2가 Fab2, F(ab)'3 단편, 단일 쇄 가변 단편(scFv), 비스-scFv, (scFv)2, 디아바디, 미니바디, 나노바디, 트리아바디, 테트라바디, 디술피드 안정화 Fv 단백질(dsFv: disulfide stabilized Fv), 단일 도메인 항체(sdAb), Ig NAR, 카멜리드 항체 또는 그의 결합 단편, 이중특이적 항체 또는 그의 결합 단편, 또는 그의 화학적으로 변형된 유도체를 포함한다.
일부 경우에, A는 항체 또는 그의 결합 단편이다. 일부 경우에, A는 인간화 항체 또는 그의 결합 단편, 뮤린 항체 또는 그의 결합 단편, 키메라 항체 또는 그의 결합 단편, 단일클론 항체 또는 그의 결합 단편, 1가 Fab', 2가 Fab2, F(ab)'3 단편, 단일 쇄 가변 단편(scFv), 비스-scFv, (scFv)2, 디아바디, 미니바디, 나노바디, 트리아바디, 테트라바디, 디술피드 안정화 Fv 단백질 ("dsFv"), 단일 도메인 항체(sdAb), Ig NAR, 카멜리드 항체 또는 그의 결합 단편, 이중특이적 항체 또는 그의 결합 단편, 또는 그의 화학적으로 변형된 유도체이다. 일부 경우에, A는 인간화 항체 또는 그의 결합 단편이다. 일부 경우에, A는 뮤린 항체 또는 그의 결합 단편이다. 일부 경우에, A는 키메라 항체 또는 그의 결합 단편이다. 일부 경우에, A는 단일클론 항체 또는 그의 결합 단편이다. 일부 경우에, A는 1가 Fab'이다. 일부 경우에, A는 2가 Fab2이다. 일부 경우에, A는 단일 쇄 가변 단편(scFv)이다.
일부 실시양태에서, 결합 모이어티 A는 이중특이적 항체 또는 그의 결합 단편이다. 일부 경우에, 이중특이적 항체는 삼작용성 항체 또는 이중특이적 미니항체이다. 일부 경우에, 이중특이적 항체는 삼작용성 항체이다. 일부 경우에, 삼작용성 항체는 2개의 상이한 항원에 대한 결합 부위를 포함하는 전장 단일클론 항체이다.
일부 경우에, 이중특이적 항체는 이중특이적 미니항체이다. 일부 경우에, 이중특이적 미니항체는 2가 Fab2, F(ab)'3 단편, 비스-scFv, (scFv)2, 디아바디, 미니바디, 트리아바디, 테트라바디 또는 이중특이적 T 세포 관여 항체(BiTE: bi-specific T-cell engager)를 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중특이적 T 세포 관여 항체는 2개의 scFv가 2개의 상이한 항원의 에피토프를 표적화하는 2개의 단일 쇄 가변 단편(scFv)을 함유하는 융합 단백질이다.
일부 실시양태에서, 결합 모이어티 A는 이중특이적 미니항체이다. 일부 경우에, A는 이중특이적 Fab2이다. 일부 경우에, A는 이중특이적 F(ab)'3 단편이다. 일부 경우에, A는 이중특이적 비스-scFv이다. 일부 경우에, A는 이중특이적(scFv)2이다. 일부 실시양태에서, A는 이중특이적 디아바디이다. 일부 실시양태에서, A는 이중특이적 미니바디이다. 일부 실시양태에서, A는 이중특이적 트리아바디이다. 다른 실시양태에서, A는 이중특이적 테트라바디이다. 다른 실시양태에서, A는 이중특이적 T 세포 관여 항체(BiTE)이다.
일부 실시양태에서, 결합 모이어티 A는 삼중특이적 항체이다. 일부 경우에, 삼중특이적 항체는 F(ab)'3 단편 또는 트리아바디를 포함한다. 일부 경우에, A는 삼중특이적 F(ab)'3 단편이다. 일부 경우에, A는 트리아바디이다. 일부 실시양태에서, A는 문헌 [Dimas, et al., "Development of a trispecific antibody designed to simultaneously and efficiently target three different antigens on tumor cells," Mol . Pharmaceutics, 12(9): 3490-3501 (2015)]에 기술된 바와 같은 삼중특이적 항체이다.
일부 실시양태에서, 결합 모이어티 A는 세포 표면 단백질을 인식하는 항체 또는 그의 결합 단편이다. 일부 경우에, 결합 모이어티 A는 근육 세포 상의 세포 표면 단백질을 인식하는 항체 또는 그의 결합 단편이다. 항체 또는 그의 결합 단편에 의해 인식되는 예시적인 세포 표면 단백질로는 Sca-1, CD34, Myo-D, 미오게닌, MRF4, NCAM, CD43, 및 CD95(Fas)를 포함하나, 이에 제한되지 않는다.
일부 경우에, 세포 표면 단백질은 분화 클러스터(CD: cluster of differentiation) 세포 표면 마커를 포함한다. 예시적인 CD 세포 표면 마커로는 CD1, CD2, CD3, CD4, CD5, CD6, CD7, CD8, CD9, CD10, CD11a, CD11b, CD11c, CD11d, CDw12, CD13, CD14, CD15, CD15s, CD16, CDw17, CD18, CD19, CD20, CD21, CD22, CD23, CD24, CD25, CD26, CD27, CD28, CD29, CD30, CD31, CD32, CD33, CD34, CD35, CD36, CD37, CD38, CD39, CD40, CD41, CD42, CD43, CD44, CD45, CD45RO, CD45RA, CD45RB, CD46, CD47, CD48, CD49a, CD49b, CD49c, CD49d, CD49e, CD49f, CD50, CD51, CD52, CD53, CD54, CD55, CD56, CD57, CD58, CD59, CDw60, CD61, CD62E, CD62L(L-셀렉틴), CD62P, CD63, CD64, CD65, CD66a, CD66b, CD66c, CD66d, CD66e, CD79(예컨대, CD79a, CD79b), CD90, CD95(Fas), CD103, CD104, CD125(IL5RA), CD134 (OX40), CD137(4-1BB), CD152(CTLA-4), CD221, CD274, CD279(PD-1), CD319(SLAMF7), CD326(EpCAM) 등을 포함하나, 이에 제한되지 않는다.
일부 경우에, 결합 모이어티 A는 CD 세포 표면 마커를 인식하는 항체 또는 그의 결합 단편이다. 일부 경우에, 결합 모이어티 A는 CD1, CD2, CD3, CD4, CD5, CD6, CD7, CD8, CD9, CD10, CD11a, CD11b, CD11c, CD11d, CDw12, CD13, CD14, CD15, CD15s, CD16, CDw17, CD18, CD19, CD20, CD21, CD22, CD23, CD24, CD25, CD26, CD27, CD28, CD29, CD30, CD31, CD32, CD33, CD34, CD35, CD36, CD37, CD38, CD39, CD40, CD41, CD42, CD43, CD44, CD45, CD45RO, CD45RA, CD45RB, CD46, CD47, CD48, CD49a, CD49b, CD49c, CD49d, CD49e, CD49f, CD50, CD51, CD52, CD53, CD54, CD55, CD56, CD57, CD58, CD59, CDw60, CD61, CD62E, CD62L(L-셀렉틴), CD62P, CD63, CD64, CD65, CD66a, CD66b, CD66c, CD66d, CD66e, CD79(예컨대, CD79a, CD79b), CD90, CD95(Fas), CD103, CD104, CD125(IL5RA), CD134(OX40), CD137(4-1BB), CD152(CTLA-4), CD221, CD274, CD279(PD-1), CD319(SLAMF7), CD326(EpCAM), 또는 그의 조합을 인식하는 항체 또는 그의 결합 단편이다.
일부 실시양태에서, 결합 모이어티 A는 비특이적으로 폴리핵산 분자(B)에 접합된다. 일부 경우에, 결합 모이어티 A는 비-부위 특이적인 방식으로 리신 잔기 또는 시스테인 잔기를 통해 폴리핵산 분자(B)에 접합된다. 일부 경우에, 결합 모이어티 A는 비-부위 특이적인 방식으로 리신 잔기를 통해 폴리핵산 분자(B)에 접합된다. 일부 경우에, 결합 모이어티 A는 비-부위 특이적인 방식으로 시스테인 잔기를 통해 폴리핵산 분자(B)에 접합된다.
일부 실시양태에서, 결합 모이어티 A는 부위 특이적인 방식으로 폴리핵산 분자(B)에 접합된다. 일부 경우에, 결합 모이어티 A는 부위 특이적인 방식으로 리신 잔기를 통해, 시스테인 잔기를 통해, 5' 말단에서, 3' 말단에서, 비천연 아미노산을 통해, 또는 효소 변형된 또는 효소 촉매화된 잔기를 통해 폴리핵산 분자(B)에 접합된다. 일부 경우에, 결합 모이어티 A는 부위 특이적인 방식으로 리신 잔기를 통해 폴리핵산 분자(B)에 접합된다. 일부 경우에, 결합 모이어티 A는 부위 특이적인 방식으로 시스테인 잔기를 통해 폴리핵산 분자(B)에 접합된다. 일부 경우에, 결합 모이어티 A는 부위 특이적인 방식으로 5' 말단에서 폴리핵산 분자(B)에 접합된다. 일부 경우에, 결합 모이어티 A는 부위 특이적인 방식으로 3' 말단에서 폴리핵산 분자(B)에 접합된다. 일부 경우에, 결합 모이어티 A는 부위 특이적인 방식으로 비천연 아미노산을 통해 폴리핵산 분자(B)에 접합된다. 일부 경우에, 결합 모이어티 A는 부위 특이적인 방식으로 효소 변형된 또는 효소 촉매화된 잔기를 통해 폴리핵산 분자(B)에 접합된다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 폴리핵산 분자(B)는 결합 모이어티 A에 접합된다. 일부 경우에, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16개 이상의 폴리핵산 분자가 하나의 결합 모이어티 A에 접합된다. 일부 경우에, 약 1개의 폴리핵산 분자가 하나의 결합 모이어티 A에 접합된다. 일부 경우에, 약 2개의 폴리핵산 분자가 하나의 결합 모이어티 A에 접합된다. 일부 경우에, 약 3개의 폴리핵산 분자가 하나의 결합 모이어티 A에 접합된다. 일부 경우에, 약 4개의 폴리핵산 분자가 하나의 결합 모이어티 A에 접합된다. 일부 경우에, 약 5개의 폴리핵산 분자가 하나의 결합 모이어티 A에 접합된다. 일부 경우에, 약 6개의 폴리핵산 분자가 하나의 결합 모이어티 A에 접합된다. 일부 경우에, 약 7개의 폴리핵산 분자가 하나의 결합 모이어티 A에 접합된다. 일부 경우에, 약 8개의 폴리핵산 분자가 하나의 결합 모이어티 A에 접합된다. 일부 경우에, 약 9개의 폴리핵산 분자가 하나의 결합 모이어티 A에 접합된다. 일부 경우에, 약 10개의 폴리핵산 분자가 하나의 결합 모이어티 A에 접합된다. 일부 경우에, 약 11개의 폴리핵산 분자가 하나의 결합 모이어티 A에 접합된다. 일부 경우에, 약 12개의 폴리핵산 분자가 하나의 결합 모이어티 A에 접합된다. 일부 경우에, 약 13개의 폴리핵산 분자가 하나의 결합 모이어티 A에 접합된다. 일부 경우에, 약 14개의 폴리핵산 분자가 하나의 결합 모이어티 A에 접합된다. 일부 경우에, 약 15개의 폴리핵산 분자가 하나의 결합 모이어티 A에 접합된다. 일부 경우에, 약 16개의 폴리핵산 분자가 하나의 결합 모이어티 A에 접합된다. 일부 경우에, 하나 이상의 폴리핵산 분자는 동일한 것이다. 다른 경우에, 하나 이상의 폴리핵산 분자는 상이한 것이다.
일부 실시양태에서, 결합 모이어티 A에 접합되는 폴리핵산 분자(B)의 개수가 비를 형성한다. 일부 경우에, 상기 비는 DAR(약물 대 항체: drug-to-antibody) 비로 지칭되고, 여기서, 본원에서 지칭되는 약물은 폴리핵산 분자(B)이다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A의 DAR 비는 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16 이상이다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A의 DAR 비는 약 1 이상이다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A의 DAR 비는 약 2 이상이다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A의 DAR 비는 약 3 이상이다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A의 DAR 비는 약 4 이상이다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A의 DAR 비는 약 5 이상이다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A의 DAR 비는 약 6 이상이다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A의 DAR 비는 약 7 이상이다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A의 DAR 비는 약 8 이상이다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A의 DAR 비는 약 9 이상이다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A의 DAR 비는 약 10 이상이다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A의 DAR 비는 약 11 이상이다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A의 DAR 비는 약 12 이상이다.
일부 경우에, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A의 DAR 비는 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 또는 16이다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A의 DAR 비는 약 1이다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A의 DAR 비는 약 2이다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A의 DAR 비는 약 3이다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A의 DAR 비는 약 4이다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A의 DAR 비는 약 5이다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A의 DAR 비는 약 6이다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A의 DAR 비는 약 7이다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A의 DAR 비는 약 8이다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A의 DAR 비는 약 9이다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A의 DAR 비는 약 10이다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A의 DAR 비는 약 11이다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A의 DAR 비는 약 12이다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A의 DAR 비는 약 13이다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A의 DAR 비는 약 14이다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A의 DAR 비는 약 15이다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A의 DAR 비는 약 16이다.
일부 경우에, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A의 DAR 비는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 또는 16이다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A의 DAR 비는 1이다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A의 DAR 비는 2이다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A의 DAR 비는 4이다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A의 DAR 비는 6이다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A의 DAR 비는 8이다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A의 DAR 비는 12이다.
일부 경우에, 폴리핵산 분자(B) 및 결합 모이어티 A를 포함하는 접합체는 결합 모이어티 A 없이, 폴리핵산 분자(B)를 포함하는 접합체와 비교하여 개선된 활성을 가진다. 일부 경우에, 개선된 활성은 생물학적으로 관련된 기능을 증진시키고, 예컨대, 안정성, 친화성, 결합, 기능적 활성, 및 질환 상태의 치료 또는 예방에서의 효능을 개선시킨다. 일부 경우에, 질환 상태는 유전자의 하나 이상이 돌연변이화된 엑손의 결과이다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자(B) 및 결합 모이어티 A를 포함하는 접합체는 결합 모이어티 A 없이, 폴리핵산 분자(B)를 포함하는 접합체와 비교하여 하나 이상이 돌연변이화된 엑손의 엑손 스키핑을 증가시킨다. 일부 경우에, 엑손 스키핑은 결합 모이어티 A 없이, 폴리핵산 분자(B)를 포함하는 접합체와 비교하여 폴리핵산 분자(B) 및 결합 모이어티 A를 포함하는 접합체에서 적어도 또는 약 5%, 10%, 20%, 25%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 또는 95% 초과만큼 증가된다.
일부 실시양태에서, 항체 또는 그의 결합 단편은 당업계에 공지된 종래 기술을 사용하여, 예를 들어, 단독으로 또는 조합하여 아미노산 결실, 삽입, 치환, 부가를 사용하여, 및/또는 재조합 및/또는 당업계에 공지된 임의의 다른 변형(예컨대 번역 후 변형 및 화학적 변형, 예컨대, 글리코실화 및 인산화)에 의해 추가로 변형된다. 일부 경우에, 변형은 Fc 수용체와의 상호작용을 조정하기 위한 변형을 추가로 포함한다. 일부 경우에, 하나 이상의 변형은, 예를 들어, Fc 도메인 및 FcRn 수용체 사이의 상호작용에 관여하는 아미노산 잔기를 개시하는, 국제 공개 제WO97/34631호에 기술된 것을 포함한다. 항체 또는 그의 결합 단편의 아미노산 서열의 기초를 이루는 핵산 서열에 상기 변형을 도입하는 방법은 당업자에게 널리 공지되어 있다.
일부 경우에, 항체 결합 단편은 그의 유도체를 추가로 포함하고, 적어도 하나의 CDR을 함유하는 폴리펩티드 서열을 포함한다.
일부 경우에, 본원에서 사용되는 바, "단일 쇄"라는 용어는 이중특이적 단일 쇄 구성물의 제1 및 제2 도메인이, 바람직하게는 단일 핵산 분자에 의해 코딩가능한 공-선형(co-linear) 아미노산 서열의 형태로, 공유 결합된 것을 의미한다.
일부 경우에, 이중특이적 단일 쇄 항체 구성물은 2개의 항체 유래의 결합 도메인을 포함하는 구성물에 관한 것이다. 상기 실시양태에서, 이중특이적 단일 쇄 항체 구성물은 탠덤 비-scFv 또는 디아바디이다. 일부 경우에, scFv는 링커 펩티드에 의해 연결된 VH 및 VL 도메인을 함유한다. 일부 경우에, 링커는 각각의 제1 및 제2 도메인이 서로 독립적으로 그의 차별적인 결합 특이성을 확실하게 유지할 수 있도록 하는 데 충분한 정도의 길이 및 서열을 가진다.
일부 실시양태에서, 본원에서 사용되는 바, ~에 결합 또는 ~와 상호작용이란, 적어도 2개의 항원-상호작용-부위의 서로 간의 결합/상호작용을 정의한다. 일부 경우에, 항원-상호작용-부위는 특정 항원 또는 항원의 특정 기와 특이적인 상호작용을 할 수 있는 능력을 나타내는 폴리펩티드의 모티프를 정의한다. 일부 경우에, 결합/상호작용은 또한 특이적 인식을 정의하는 것으로 이해된다. 상기 경우에, 특이적 인식이란, 항체 또는 그의 결합 단편이 각각의 표적 분자의 적어도 2개의 아미노산과 특이적으로 상호작용하고/거나, 그에 결합할 수 있다는 것을 지칭한다. 예를 들어, 특이적 인식은 항체 분자의 특이성, 또는 표적 분자의 특정 영역 간을 구별할 수 있는 그의 능력과 관련된다. 추가 경우에, 항원-상호작용-부위와 그의 특이적 항원과의 특이적 상호작용은, 예컨대, 항원의 형태 변화의 유도, 항원의 올리고머화 등에 기인하여 신호를 개시시킨다. 추가의 실시양태에서, 결합은 "열쇠-자물쇠-원리"의 특이성에 의해 예시된다. 따라서, 일부 경우에, 항원-상호작용-부위의 아미노산 서열에서의 특정 모티프 및 항원의 아미노산 서열은 이들의 1차, 2차 또는 3차 구조의 결과뿐만 아니라 상기 구조의 2차 변형의 결과로서 서로 결합한다. 상기 경우, 항원-상호작용-부위와 그의 특이적 항원과의 특이적 상호작용은 또한 부위의 항원에의 간단한 결합을 초래한다.
일부 경우에, 특이적 상호작용은 추가로 항체 또는 그의 결합 단편의 감소된 교차 반응성 또는 감소된 오프-표적 효과를 지칭한다. 예를 들어, 관심 폴리펩티드/단백질에 결합하지만, 임의의 다른 폴리펩티드에 결합하지 않거나, 또는 본질적으로 결합하지 않는 항체 또는 그의 결합 단편은 관심 폴리펩티드/단백질에 대해 특이적인 것으로 간주된다. 항원-상호작용-부위와 특이적 항원과의 특이적 상호작용의 예는 그의 수용체에 대한 리간드의 특이성, 예를 들어, 항체의 항원 결합 부위에 대한 항원 결정기(에피토프)의 상호작용을 포함한다.
접합 화학
일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자 B는 결합 모이어티에 접합된다. 일부 경우에, 결합 모이어티는 아미노산, 펩티드, 폴리펩티드, 단백질, 항체, 항원, 독소, 호르몬, 지질, 뉴클레오티드, 뉴클레오시드, 당, 탄수화물, 중합체, 예컨대, 폴리에틸렌 글리콜 및 폴리프로필렌 글리콜 뿐만 아니라, 이들 부류의 물질 모두의 유사체 또는 유도체를 포함한다. 결합 모이어티의 추가의 예로는 또한 스테로이드, 예컨대, 콜레스테롤, 인지질, 디아실글리세롤 및 트리아실글리세롤, 지방산, 탄화수소(예컨대, 포화되거나, 불포화되거나, 또는 치환을 함유), 효소 기질, 비오틴, 디곡시게닌, 및 다당류를 포함한다. 일부 경우에, 결합 모이어티는 항체 또는 그의 결합 단편이다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 중합체, 및 임의적으로 엔도솜 분해성 모이어티에 추가로 접합된다.
일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 화학적 라이게이션 프로세스에 의해 결합 모이어티에 접합된다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 천연 라이게이션에 의해 결합 모이어티에 접합된다. 일부 경우에, 접합은 문헌 [Dawson, et al. "Synthesis of proteins by native chemical ligation," Science 1994, 266, 776-779]; [Dawson, et al. "Modulation of Reactivity in Native Chemical Ligation through the Use of Thiol Additives," J. Am. Chem . Soc. 1997, 119, 4325-4329]; [Hackeng, et al. "Protein synthesis by native chemical ligation: Expanded scope by using straightforward methodology.," Proc . Natl . Acad . Sci . USA 1999, 96, 10068-10073]; 또는 [Wu, et al. "Building complex glycopeptides: Development of a cysteine-free native chemical ligation protocol," Angew . Chem. Int . Ed. 2006, 45, 4116-4125]에 기술된 바와 같다. 일부 경우에, 접합은 미국 특허 제8,936,910호에 기술된 바와 같다. 일부 실시양태에서, 폴리핵산 분자는 천연 라이게이션 화학을 통해 부위 특이적으로 또는 비특이적으로 결합 모이어티에 접합된다.
일부 경우에, 폴리핵산 분자는 "흔적없는(traceless)" 커플링 기술(Philochem)을 사용한 부위 지정 방법에 의해 결합 모이어티에 접합된다. 일부 경우에, "흔적없는" 커플링 기술은 이후에 알데히드 기를 함유하는 폴리핵산 분자와 접합되는 결합 모이어티 상의 N 말단 1,2-아미노티올 기를 사용한다(문헌 [Casi et al., "Site-specific traceless coupling of potent cytotoxic drugs to recombinant antibodies for pharmacodelivery," JACS 134(13): 5887-5892 (2012)] 참조).
일부 경우에, 폴리핵산 분자는 결합 모이어티 내로 도입된 비천연 아미노산을 이용한 부위 지정 방법에 의해 결합 모이어티에 접합된다. 일부 경우에, 비천연 아미노산은 p-아세틸페닐알라닌(pAcPhe)을 포함한다. 일부 경우에, pAcPhe의 케토 기는 알콕시-아민 유도체화된 접합 모이어티에 선택적으로 커플링되어 옥심 결합을 형성한다(문헌 [Axup et al., "Synthesis of site-specific antibody-drug conjugates using unnatural amino acids," PNAS 109(40): 16101-16106 (2012)] 참조).
일부 경우에, 폴리핵산 분자는 효소 촉매화 프로세스를 이용한 부위 지정 방법에 의해 결합 모이어티에 접합된다. 일부 경우에, 부위 지정 방법은 SMAR태그(SMARTag)™ 기술(Redwood)을 이용한다. 일부 경우에, SMAR태그™ 기술은 알데히드 태그의 존재하에 산화 프로세스를 통해 포르밀글리신 생성 효소(FGE: formylglycine-generating enzyme)에 의한 시스테인으로부터 포르밀글리신(FGly) 잔기의 생성 및 하이드라지노-픽테트-스펜글러(HIPS: hydrazino-Pictet-Spengler) 라이게이션을 통한 FGly의 알킬하이드라진-관능화 폴리핵산 분자에의 후속 접합을 포함한다(문헌 [Wu et al., "Site-specific chemical modification of recombinant proteins produced in mammalian cells by using the genetically encoded aldehyde tag," PNAS 106(9): 3000-3005 (2009)]; [Agarwal, et al., "A Pictet-Spengler ligation for protein chemical modification," PNAS 110(1): 46-51 (2013)] 참조).
일부 경우에, 효소 촉매화 프로세스는 미생물 트랜스글루타미나제(mTG: microbial transglutaminase)를 포함한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자는 미생물 트랜스글루타미나제 촉매화 프로세스를 이용하여 결합 모이어티에 접합된다. 일부 경우에, mTG는 인식 서열 내의 글루타민의 아미드 측쇄와 관능화 폴리핵산 분자의 1급 아민 사이의 공유 결합의 형성을 촉매화한다. 일부 경우에, mTG는 스트렙토마이세스 모바렌시스(Streptomyces mobarensis)로부터 생산된다(문헌 [Strop et al., "Location matters: site of conjugation modulates stability and pharmacokinetics of antibody drug conjugates," Chemistry and Biology 20(2) 161-167 (2013)] 참조).
일부 경우에, 폴리핵산 분자는 서열 특이적 트랜스펩티다제를 이용하는 PCT 공개 제WO2014/140317호에 기술된 방법에 의해 결합 모이어티에 접합된다.
일부 경우에, 폴리핵산 분자는 미국 특허 공개 제2015/0105539호 및 제2015/0105540호에 기술된 방법에 의해 결합 모이어티에 접합된다.
항체 또는 그의 결합 단편의 제조
일부 실시양태에서, 본원에 기술된 폴리펩티드(예컨대, 항체 및 그의 결합 단편)는 폴리펩티드(예컨대, 항체)의 합성에 유용한 것으로 당업계에 공지된 임의의 방법을 사용하여, 특히, 화학적 합성에 의해 또는 재조합 발현에 의해 제조되고, 바람직하게는 재조합 발현 기술에 의해 제조된다.
일부 경우에, 항체 또는 그의 결합 단편은 재조합 방식으로 발현되고, 항체 또는 그의 결합 단편을 코딩하는 핵산은 (예컨대, 문헌 [Kutmeier et al., 1994, BioTechniques 17:242]에 기술된 바와 같이) 화학적으로 합성된 올리고뉴클레오티드로부터 어셈블리되고, 이는 항체를 코딩하는 서열의 일부분을 함유하는 중첩 올리고뉴클레오티드의 합성, 상기 올리고뉴클레오티드의 어닐링 및 라이게이션, 및 라이게이션된 올리고뉴클레오티드의 PCR에 의한 증폭을 포함한다.
대안적으로, 항체를 코딩하는 핵산 분자는 서열의 3' 및 5' 말단에 하이브리드화 가능한 합성 프라이머를 사용한 PCR 증폭에 의해, 또는 특정 유전자 서열에 특이적인 올리고뉴클레오티드 프로브를 사용하여 클로닝함으로써 적합한 공급원(예컨대, 항체 cDNA 라이브러리, 또는 면역글로불린을 발현하는 임의의 조직 또는 세포로부터 생성된 cDNA 라이브러리)으로부터 임의적으로 생성된다.
일부 경우에, 항체 또는 그의 결합은 예컨대, 토끼와 같은 동물을 면역화시켜 다중클론 항체를 생성함으로써, 또는 더욱 바람직하게는, 예컨대, 문헌 [Kohler and Milstein (1975, Nature 256:495-497)]에 기술된 바와 같이, 또는 문헌 [Kozbor et al. (1983, Immunology Today 4:72)] 또는 [Cole et al. (1985 in Monoclonal Antibodies and Cancer Therapy, Alan R. Liss, Inc., pp. 77-96)]에 기술된 바와 같이, 또는 단일클론 항체를 생성함으로써 임의적으로 생성된다. 대안적으로, 항체의 적어도 Fab 부분을 코딩하는 클론은 임의적으로 (예컨대, 문헌 [Huse et al., 1989, Science 246:1275-1281]에 기술된 바와 같이) 특이적 항원에 결합하는 Fab 단편의 클론에 대해 Fab 발현 라이브러리를 스크리닝함으로써, 또는 항체 라이브러리를 스크리닝함으로써 (예컨대, 문헌 [Clackson et al., 1991, Nature 352:624]; [Hane et al., 1997 Proc . Natl . Acad . Sci . USA 94:4937] 참조) 수득된다.
일부 실시양태에서, 적절한 생물학적 활성의 인간 항체 분자로부터의 유전자와 함께 적절한 항원 특이성의 마우스 항체 분자로부터의 유전자를 스플라이싱함으로써 "키메라 항체"의 생산을 위해 개발된 기술(문헌 [Morrison et al., 1984, Proc. Natl . Acad . Sci . 81:851-855]; [Neuberger et al., 1984, Nature 312:604-608; Takeda et al., 1985, Nature 314:452-454])이 사용된다. 키메라 항체는 상이한 부분이 상이한 동물 종으로부터 유래된 분자, 예컨대, 뮤린 단일클론 항체로부터 유래된 가변 영역 및 인간 면역글로불린 불변 영역을 가지는 것, 예컨대, 인간화 항체이다.
일부 실시양태에서, 단일 쇄 항체 제조를 위한 것으로 기재된 기술(미국 특허 제4,694,778호; [Bird, 1988, Science 242:423-42]; [Huston et al., 1988, Proc. Natl . Acad . Sci . USA 85:5879-5883]; 및 [Ward et al., 1989, Nature 334:544-54])이 단일 쇄 항체를 제조를 위해 개조된다. 단일 쇄 항체는 아미노산 가교를 통해 Fv 영역의 중쇄 및 경쇄 단편을 연결하여 단일 쇄 폴리펩티드를 생성함으로써 형성된다. E. 콜라이(E. coli)에서 기능적 Fv 단편의 어셈블리를 위한 기술 또한 임의적으로 사용된다(문헌 [Skerra et al., 1988, Science 242:1038-1041]).
일부 실시양태에서, 항체의 뉴클레오티드 서열을 포함하는 발현 벡터 또는 항체의 뉴클레오티드 서열은 종래 기술(예컨대, 전기천공, 리포솜 형질감염, 및 인산칼슘 침전)에 의해 숙주 세포로 전달된 후, 이어서, 형질감염된 세포는 종래 기술에 의해 배양되어 항체를 생산한다. 구체적인 실시양태에서, 항체의 발현은 구성적, 유도성 또는 조직 특이적 프로모터에 의해 조절된다.
일부 실시양태에서, 다양한 숙주 발현 벡터 시스템이 본원에 기술된 항체 또는 그의 결합 단편을 발현시키는 데 이용된다. 상기 숙주 발현 시스템은 항체의 코딩 서열이 생산된 후, 이어서, 정제되는 비히클을 나타낼 뿐만 아니라, 적절한 뉴클레오티드 코딩 서열로 형질전환되거나, 형질감염되었을 때, 계내에서 항체 또는 그의 결합 단편을 발현하는 세포를 나타낸다. 이는 항체 또는 그의 결합 단편 코딩 서열을 함유하는 재조합 박테리오파지 DNA, 플라스미드 DNA 또는 코스미드 DNA 발현 벡터로 형질전환된 박테리아와 같은 미생물(예컨대, E. 콜라이 및 B. 섭틸리스B. subtilis)); 항체 또는 그의 결합 단편 코딩 서열을 함유하는 재조합 효모 발현 벡터로 형질전환된 효모(예컨대, 사카로마이세스 피치아(Saccharomyces Pichia)); 항체 또는 그의 결합 단편 코딩 서열을 함유하는 재조합 바이러스 발현 벡터로 감염된 곤충 세포 시스템(예컨대, 배큘로바이러스); 재조합 바이러스 발현 벡터(예컨대, 콜리플라워 모자이크 바이러스(CaMV: cauliflower mosaic virus) 및 담배 모자이크 바이러스(TMV: tobacco mosaic virus))로 감염되거나, 또는 항체 또는 그의 결합 단편 코딩 서열을 함유하는 재조합 플라스미드 발현 벡터(예컨대, Ti 플라스미드)로 형질전환된 식물 세포 시스템; 또는 포유동물 세포의 게놈(예컨대, 메탈로티오네인 프로모터) 또는 포유동물 바이러스(예컨대, 아데노바이러스 후기 프로모터; 백시니아 바이러스 7.5K 프로모터)로부터 유래된 프로모터를 함유하는 재조합 발현 구성물을 보유하는 포유동물 세포 시스템(예컨대, COS, CHO, BH, 293, 293T, 3T3 세포)을 포함하나, 이에 제한되지 않는다.
재조합 단백질의 장기간의 고수율 생산을 위해서는 안정적인 발현이 바람직하다. 일부 경우에, 항체를 안정적으로 발현하는 세포주는 임의적으로 조작된다. 바이러스 복제 기점을 함유하는 발현 벡터를 사용하기보다는, 숙주 세포를 적절한 발현 제어 요소(예컨대, 프로모터, 인핸서, 서열, 전사 종결인자, 폴리아데닐화 부위 등)에 의해 제어된 DNA, 및 선별 마커로 형질전환시킨다. 외래 DNA의 도입 후, 이어서, 조작된 세포를 농축된 배지에서 1-2일 동안 성장시킨 후, 이어서, 선별 배지로 옮겨 놓는다. 재조합 플라스미드 내의 선별 마커는 선별에 대해 내성을 부여하고, 세포가 플라스미드를 그의 염색체 내로 안정적으로 통합시키고, 성장하여 포커스를 형성하고, 결국 클로닝되어 세포주로 확장되도록 한다. 상기 방법은 항체 또는 그의 결합 단편을 발현하는 세포주를 조작하는 데 유리하게 사용될 수 있다.
일부 경우에, 단순 포진 바이러스 티미딘 키나제(문헌 [Wigler et al., 1977, Cell 11:223]), 히포크산틴-구아닌 포스포리보실트랜스퍼라제(문헌 [Szybalska & Szybalski, 192, Proc . Natl . Acad . Sci . USA 48:202]), 및 아데닌 포스포리보실트랜스퍼라제(문헌 [Lowy et al., 1980, Cell 22:817]) 유전자를 포함하나, 이에 제한되지 않는 다수의 선별 시스템이 사용되며, 이는 각각 tk-, hgprt- 또는 aprt- 세포에서 사용된다. 또한, 항대사물질 내성이 하기 유전자를 선별하기 위한 기초로서 사용된다: 메토트렉세이트에 대한 내성을 부여하는 dhfr(문헌 [Wigler et al., 1980, Proc . Natl . Acad . Sci . USA 77:357]; [O'Hare et al., 1981, Proc . Natl . Acad . Sci . USA 78:1527]); 마이코페놀산에 대한 내성을 부여하는 gpt(문헌 [Mulligan & Berg, 1981, Proc . Natl . Acad . Sci . USA 78:2072]); 아미노글리코시드 G-418에 대한 내성을 부여하는 neo(문헌 [Clinical Pharmacy 12:488-505]; [Wu and Wu, 1991, Biotherapy 3:87-95]; [Tolstoshev, 1993, Ann. Rev. Pharmacol . Toxicol . 32:573-596]; [Mulligan, 1993, Science 260:926-932]; 및 [Morgan and Anderson, 1993, Ann. Rev. Biochem . 62:191-217]; [May, 1993, TIB TECH 11(5):155-215]) 및 히그로마이신에 대한 내성을 부여하는 hygro(문헌 [Santerre et al., 1984, Gene 30:147]). 사용될 수 있는 재조합 DNA 기술의 분야에 일반적으로 공지된 방법은 문헌 [Ausubel et al. (eds., 1993, Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, NY]; [Kriegler, 1990, Gene Transfer and Expression, A Laboratory Manual, Stockton Press, NY]에; 및 [Chapters 12 and 13, Dracopoli et al. (eds), 1994, Current Protocols in Human Genetics, John Wiley & Sons, NY.]; [Colberre-Garapin et al., 1981, J. Mol . Biol. 150:1)]에 기술되어 있다.
일부 경우에, 항체의 발현 수준은 벡터 증폭에 의해 증가된다(리뷰를 위해, 문헌 [Bebbington and Hentschel, The use of vectors based on gene amplification for the expression of cloned genes in mammalian cells in DNA cloning, Vol. 3. (Academic Press, New York, 1987)] 참조). 항체를 발현하는 벡터 시스템 내의 마커가 증폭가능한 경우, 숙주 세포의 배양물에 존재하는 억제제의 수준의 증가는 마커 유전자의 카피수를 증가시킬 것이다. 증폭된 영역은 항체의 뉴클레오티드 서열과 연관이 있기 때문에, 항체의 생산 또한 증가하게 될 것이다(문헌 [Crouse et al., 1983, Mol. Cell Biol. 3:257]).
일부 경우에, 예를 들어, 크로마토그래피(예컨대, 이온 교환, 친화성, 특히 단백질 A 후 특이적 항원에 대한 친화성에 의한 것, 및 크기별 칼럼 크로마토그래피), 원심분리, 분별 용해도에 의해, 또는 단백질의 정제를 위한 임의의 다른 표준 기술에 의해 이루어지는 항체 또는 항체 접합체의 정제 또는 분석을 위한 것으로서 당업계에 공지된 임의의 방법이 사용된다. 예시적인 크로마토그래피 방법으로는 강한 음이온 교환 크로마토그래피, 소수성 상호작용 크로마토그래피, 크기 배제 크로마토그래피, 및 고속 단백질 액체 크로마토그래피를 포함하나, 이에 제한되지 않는다.
중합체 접합 모이어티
일부 실시양태에서, 중합체 모이어티 C는 본원에 기술된 폴리핵산 분자, 본원에 기술된 결합 모이어티, 또는 그의 조합으로 추가로 접합된다. 일부 경우에, 중합체 모이어티 C는 폴리핵산 분자에 접합된다. 일부 경우에, 중합체 모이어티 C는 결합 모이어티에 접합된다. 다른 경우에, 중합체 모이어티 C는 폴리핵산 분자-결합 모이어티 분자에 접합된다. 추가 경우에, 중합체 모이어티 C는 상기 도시된 바와 같이 접합된다.
일부 경우에, 중합체 모이어티 C는 2차원 또는 3차원으로 분지형 또는 비분지형 단량체로 이루어진 긴 쇄, 및/또는 단량체로 이루어진 교차 결합된 네트워크로 구성된, 천연 또는 합성 중합체이다. 일부 경우에, 중합체 모이어티 C는 다당류, 리그닌, 고무, 또는 폴리알킬렌 옥시드(예컨대, 폴리에틸렌 글리콜)를 포함한다. 일부 경우에, 적어도 하나의 중합체 모이어티 C는 알파-, 오메가-디하이드록실폴리에틸렌글리콜, 생분해성 락톤계 중합체, 예컨대, 폴리아크릴산, 폴리락티드산(PLA), 폴리(글리콜산)(PGA), 폴리프로필렌, 폴리스티렌, 폴리올레핀, 폴리아미드, 폴리시아노아크릴레이트, 폴리이미드, 폴리에틸렌테레프탈레이트(PET, PETG), 폴리에틸렌 테레프탈레이트(PETE), 폴리테트라메틸렌 글리콜(PTG), 또는 폴리우레탄뿐만 아니라, 그의 혼합물을 포함하나, 이에 제한되지 않는다. 본원에서 사용되는 바, 혼합물은 동일한 화합물 내에서 뿐만 아니라, 블록 공중합체와 관련하여 상이한 중합체의 사용을 지칭한다. 일부 경우에, 블록 공중합체는 중합체의 적어도 하나의 섹션이 또 다른 중합체의 단량체로부터 구축되는 중합체이다. 일부 경우에, 중합체 모이어티 C는 폴리알킬렌 옥시드를 포함한다. 일부 경우에, 중합체 모이어티 C는 PEG를 포함한다. 일부 경우에, 중합체 모이어티 C는 폴리에틸렌 이미드(PEI) 또는 하이드록시 에틸 전분(HES)을 포함한다.
일부 경우에, C는 PEG 모이어티이다. 일부 경우에, PEG 모이어티는 폴리핵산 분자의 5' 말단에서 접합되는 반면, 결합 모이어티는 폴리핵산 분자의 3' 말단에서 접합된다. 일부 경우에, PEG 모이어티는 폴리핵산 분자의 3' 말단에서 접합되는 반면, 결합 모이어티는 폴리핵산 분자의 5' 말단에서 접합된다. 일부 경우에, PEG 모이어티는 폴리핵산 분자의 내부 부위에 접합된다. 일부 경우에, PEG 모이어티, 결합 모이어티, 또는 그의 조합은 폴리핵산 분자의 내부 부위에 접합된다. 일부 경우에, 접합은 직접 접합이다. 일부 경우에, 접합은 천연 라이게이션을 통해 이루어진다.
일부 실시양태에서, 폴리알킬렌 옥시드(예컨대, PEG)는 다분산계 또는 단분산계 화합물이다. 일부 경우에, 다분산계 물질은 평균 중량(중량 평균) 크기 및 분산성을 특징으로 하는, 상이한 분자량의 물질의 분산 분포를 포함한다. 일부 경우에, 단분산계 PEG는 하나의 크기의 분자를 포함한다. 일부 실시양태에서, C는 다분산된 또는 단분산된 폴리알킬렌 옥시드(예컨대, PEG)이며, 명시된 분자량은 폴리알킬렌 옥시드, 예컨대, PEG 분자의 분자량의 평균을 나타낸다.
일부 실시양태에서, 폴리알킬렌 옥시드(예컨대, PEG)의 분자량은 약 200, 300, 400, 500, 600, 700, 800, 900, 1000, 1100, 1200, 1300, 1400, 1450, 1500, 1600, 1700, 1800, 1900, 2000, 2100, 2200, 2300, 2400, 2500, 2600, 2700, 2800, 2900, 3000, 3250, 3350, 3500, 3750, 4000, 4250, 4500, 4600, 4750, 5000, 5500, 6000, 6500, 7000, 7500, 8000, 10,000, 12,000, 20,000, 35,000, 40,000, 50,000, 60,000, 또는 100,000 Da이다.
일부 실시양태에서, C는 폴리알킬렌 옥시드(예컨대, PEG)이고, 그의 분자량은 약 200, 300, 400, 500, 600, 700, 800, 900, 1000, 1100, 1200, 1300, 1400, 1450, 1500, 1600, 1700, 1800, 1900, 2000, 2100, 2200, 2300, 2400, 2500, 2600, 2700, 2800, 2900, 3000, 3250, 3350, 3500, 3750, 4000, 4250, 4500, 4600, 4750, 5000, 5500, 6000, 6500, 7000, 7500, 8000, 10,000, 12,000, 20,000, 35,000, 40,000, 50,000, 60,000, 또는 100,000 Da이다. 일부 실시양태에서, C는PEG이고, 그의 분자량은 약 200, 300, 400, 500, 600, 700, 800, 900, 1000, 1100, 1200, 1300, 1400, 1450, 1500, 1600, 1700, 1800, 1900, 2000, 2100, 2200, 2300, 2400, 2500, 2600, 2700, 2800, 2900, 3000, 3250, 3350, 3500, 3750, 4000, 4250, 4500, 4600, 4750, 5000, 5500, 6000, 6500, 7000, 7500, 8000, 10,000, 12,000, 20,000, 35,000, 40,000, 50,000, 60,000, 또는 100,000 Da이다. 일부 경우에, C의 분자량은 약 200 Da이다. 일부 경우에, C의 분자량은 약 300 Da이다. 일부 경우에, C의 분자량은 약 400 Da이다. 일부 경우에, C의 분자량은 약 500 Da이다. 일부 경우에, C의 분자량은 약 600 Da이다. 일부 경우에, C의 분자량은 약 700 Da이다. 일부 경우에, C의 분자량은 약 800 Da이다. 일부 경우에, C의 분자량은 약 900 Da이다. 일부 경우에, C의 분자량은 약 1000 Da이다. 일부 경우에, C의 분자량은 약 1100 Da이다. 일부 경우에, C의 분자량은 약 1200 Da이다. 일부 경우에, C의 분자량은 약 1300 Da이다. 일부 경우에, C의 분자량은 약 1400 Da이다. 일부 경우에, C의 분자량은 약 1450 Da이다. 일부 경우에, C의 분자량은 약 1500 Da이다. 일부 경우에, C의 분자량은 약 1600 Da이다. 일부 경우에, C의 분자량은 약 1700 Da이다. 일부 경우에, C의 분자량은 약 1800 Da이다. 일부 경우에, C의 분자량은 약 1900 Da이다. 일부 경우에, C의 분자량은 약 2000 Da이다. 일부 경우에, C의 분자량은 약 2100 Da이다. 일부 경우에, C의 분자량은 약 2200 Da이다. 일부 경우에, C의 분자량은 약 2300 Da이다. 일부 경우에, C의 분자량은 약 2400 Da이다. 일부 경우에, C의 분자량은 약 2500 Da이다. 일부 경우에, C의 분자량은 약 2600 Da이다. 일부 경우에, C의 분자량은 약 2700 Da이다. 일부 경우에, C의 분자량은 약 2800 Da이다. 일부 경우에, C의 분자량은 약 2900 Da이다. 일부 경우에, C의 분자량은 약 3000 Da이다. 일부 경우에, C의 분자량은 약 3250 Da이다. 일부 경우에, C의 분자량은 약 3350 Da이다. 일부 경우에, C의 분자량은 약 3500 Da이다. 일부 경우에, C의 분자량은 약 3750 Da이다. 일부 경우에, C의 분자량은 약 4000 Da이다. 일부 경우에, C의 분자량은 약 4250 Da이다. 일부 경우에, C의 분자량은 약 4500 Da이다. 일부 경우에, C의 분자량은 약 4600 Da이다. 일부 경우에, C의 분자량은 약 4750 Da이다. 일부 경우에, C의 분자량은 약 5000 Da이다. 일부 경우에, C의 분자량은 약 5500 Da이다. 일부 경우에, C의 분자량은 약 6000 Da이다. 일부 경우에, C의 분자량은 약 6500 Da이다. 일부 경우에, C의 분자량은 약 7000 Da이다. 일부 경우에, C의 분자량은 약 7500 Da이다. 일부 경우에, C의 분자량은 약 8000 Da이다. 일부 경우에, C의 분자량은 약 10,000 Da이다. 일부 경우에, C의 분자량은 약 12,000 Da이다. 일부 경우에, C의 분자량은 약 20,000 Da이다. 일부 경우에, C의 분자량은 약 35,000 Da이다. 일부 경우에, C의 분자량은 약 40,000 Da이다. 일부 경우에, C의 분자량은 약 50,000 Da이다. 일부 경우에, C의 분자량은 약 60,000 Da이다. 일부 경우에, C의 분자량은 약 100,000 Da이다.
일부 실시양태에서, 폴리알킬렌 옥시드(예컨대, PEG)는 개별 에틸렌 옥시드 단위(예컨대, 4 내지 약 48개의 에틸렌 옥시드 단위)를 포함한다. 일부 경우에, 개별 에틸렌 옥시드 단위를 포함하는 폴리알킬렌 옥시드는 선형 쇄이다. 다른 경우에, 개별 에틸렌 옥시드 단위를 포함하는 폴리알킬렌 옥시드는 분지쇄이다.
일부 경우에, 중합체 모이어티 C는 개별 에틸렌 옥시드 단위를 포함하는 폴리알킬렌 옥시드(예컨대, PEG)이다. 일부 경우에, 중합체 모이어티 C는 약 4 내지 약 48개의 에틸렌 옥시드 단위를 포함한다. 일부 경우에, 중합체 모이어티 C는 약 4, 약 5, 약 6, 약 7, 약 8, 약 9, 약 10, 약 11, 약 12, 약 13, 약 14, 약 15, 약 16, 약 17, 약 18, 약 19, 약 20, 약 21, 약 22, 약 23, 약 24, 약 25, 약 26, 약 27, 약 28, 약 29, 약 30, 약 31, 약 32, 약 33, 약 34, 약 35, 약 36, 약 37, 약 38, 약 39, 약 40, 약 41, 약 42, 약 43, 약 44, 약 45, 약 46, 약 47, 또는 약 48개의 에틸렌 옥시드 단위를 포함한다.
일부 경우에, 중합체 모이어티 C는 예컨대, 약 4 내지 약 48 에틸렌 옥시드 단위를 포함하는 개별 PEG이다. 일부 경우에, 중합체 모이어티 C는 예컨대, 약 4, 약 5, 약 6, 약 7, 약 8, 약 9, 약 10, 약 11, 약 12, 약 13, 약 14, 약 15, 약 16, 약 17, 약 18, 약 19, 약 20, 약 21, 약 22, 약 23, 약 24, 약 25, 약 26, 약 27, 약 28, 약 29, 약 30, 약 31, 약 32, 약 33, 약 34, 약 35, 약 36, 약 37, 약 38, 약 39, 약 40, 약 41, 약 42, 약 43, 약 44, 약 45, 약 46, 약 47, 또는 약 48개의 에틸렌 옥시드 단위를 포함하는 개별 PEG이다. 일부 경우에, 중합체 모이어티 C는 예컨대, 약 4개의 에틸렌 옥시드 단위를 포함하는 개별 PEG이다. 일부 경우에, 중합체 모이어티 C는 예컨대, 약 5개의 에틸렌 옥시드 단위를 포함하는 개별 PEG이다. 일부 경우에, 중합체 모이어티 C는 예컨대, 약 6개의 에틸렌 옥시드 단위를 포함하는 개별 PEG이다. 일부 경우에, 중합체 모이어티 C는 예컨대, 약 7개의 에틸렌 옥시드 단위를 포함하는 개별 PEG이다. 일부 경우에, 중합체 모이어티 C는 예컨대, 약 8개의 에틸렌 옥시드 단위를 포함하는 개별 PEG이다. 일부 경우에, 중합체 모이어티 C는 예컨대, 약 9개의 에틸렌 옥시드 단위를 포함하는 개별 PEG이다. 일부 경우에, 중합체 모이어티 C는 예컨대, 약 10개의 에틸렌 옥시드 단위를 포함하는 개별 PEG이다. 일부 경우에, 중합체 모이어티 C는 예컨대, 약 11개의 에틸렌 옥시드 단위를 포함하는 개별 PEG이다. 일부 경우에, 중합체 모이어티 C는 예컨대, 약 12개의 에틸렌 옥시드 단위를 포함하는 개별 PEG이다. 일부 경우에, 중합체 모이어티 C는 예컨대, 약 13개의 에틸렌 옥시드 단위를 포함하는 개별 PEG이다. 일부 경우에, 중합체 모이어티 C는 예컨대, 약 14개의 에틸렌 옥시드 단위를 포함하는 개별 PEG이다. 일부 경우에, 중합체 모이어티 C는 예컨대, 약 15개의 에틸렌 옥시드 단위를 포함하는 개별 PEG이다. 일부 경우에, 중합체 모이어티 C는 예컨대, 약 16개의 에틸렌 옥시드 단위를 포함하는 개별 PEG이다. 일부 경우에, 중합체 모이어티 C는 예컨대, 약 17개의 에틸렌 옥시드 단위를 포함하는 개별 PEG이다. 일부 경우에, 중합체 모이어티 C는 예컨대, 약 18개의 에틸렌 옥시드 단위를 포함하는 개별 PEG이다. 일부 경우에, 중합체 모이어티 C는 예컨대, 약 19개의 에틸렌 옥시드 단위를 포함하는 개별 PEG이다. 일부 경우에, 중합체 모이어티 C는 예컨대, 약 20개의 에틸렌 옥시드 단위를 포함하는 개별 PEG이다. 일부 경우에, 중합체 모이어티 C는 예컨대, 약 21개의 에틸렌 옥시드 단위를 포함하는 개별 PEG이다. 일부 경우에, 중합체 모이어티 C는 예컨대, 약 22개의 에틸렌 옥시드 단위를 포함하는 개별 PEG이다. 일부 경우에, 중합체 모이어티 C는 예컨대, 약 23개의 에틸렌 옥시드 단위를 포함하는 개별 PEG이다. 일부 경우에, 중합체 모이어티 C는 예컨대, 약 24개의 에틸렌 옥시드 단위를 포함하는 개별 PEG이다. 일부 경우에, 중합체 모이어티 C는 예컨대, 약 25개의 에틸렌 옥시드 단위를 포함하는 개별 PEG이다. 일부 경우에, 중합체 모이어티 C는 예컨대, 약 26개의 에틸렌 옥시드 단위를 포함하는 개별 PEG이다. 일부 경우에, 중합체 모이어티 C는 예컨대, 약 27개의 에틸렌 옥시드 단위를 포함하는 개별 PEG이다. 일부 경우에, 중합체 모이어티 C는 예컨대, 약 28개의 에틸렌 옥시드 단위를 포함하는 개별 PEG이다. 일부 경우에, 중합체 모이어티 C는 예컨대, 약 29개의 에틸렌 옥시드 단위를 포함하는 개별 PEG이다. 일부 경우에, 중합체 모이어티 C는 예컨대, 약 30개의 에틸렌 옥시드 단위를 포함하는 개별 PEG이다. 일부 경우에, 중합체 모이어티 C는 예컨대, 약 31개의 에틸렌 옥시드 단위를 포함하는 개별 PEG이다. 일부 경우에, 중합체 모이어티 C는 예컨대, 약 32개의 에틸렌 옥시드 단위를 포함하는 개별 PEG이다. 일부 경우에, 중합체 모이어티 C는 예컨대, 약 33개의 에틸렌 옥시드 단위를 포함하는 개별 PEG이다. 일부 경우에, 중합체 모이어티 C는 예컨대, 약 34개의 에틸렌 옥시드 단위를 포함하는 개별 PEG이다. 일부 경우에, 중합체 모이어티 C는 예컨대, 약 35개의 에틸렌 옥시드 단위를 포함하는 개별 PEG이다. 일부 경우에, 중합체 모이어티 C는 예컨대, 약 36개의 에틸렌 옥시드 단위를 포함하는 개별 PEG이다. 일부 경우에, 중합체 모이어티 C는 예컨대, 약 37개의 에틸렌 옥시드 단위를 포함하는 개별 PEG이다. 일부 경우에, 중합체 모이어티 C는 예컨대, 약 38개의 에틸렌 옥시드 단위를 포함하는 개별 PEG이다. 일부 경우에, 중합체 모이어티 C는 예컨대, 약 39개의 에틸렌 옥시드 단위를 포함하는 개별 PEG이다. 일부 경우에, 중합체 모이어티 C는 예컨대, 약 40개의 에틸렌 옥시드 단위를 포함하는 개별 PEG이다. 일부 경우에, 중합체 모이어티 C는 예컨대, 약 41개의 에틸렌 옥시드 단위를 포함하는 개별 PEG이다. 일부 경우에, 중합체 모이어티 C는 예컨대, 약 42개의 에틸렌 옥시드 단위를 포함하는 개별 PEG이다. 일부 경우에, 중합체 모이어티 C는 예컨대, 약 43개의 에틸렌 옥시드 단위를 포함하는 개별 PEG이다. 일부 경우에, 중합체 모이어티 C는 예컨대, 약 44개의 에틸렌 옥시드 단위를 포함하는 개별 PEG이다. 일부 경우에, 중합체 모이어티 C는 예컨대, 약 45개의 에틸렌 옥시드 단위를 포함하는 개별 PEG이다. 일부 경우에, 중합체 모이어티 C는 예컨대, 약 46개의 에틸렌 옥시드 단위를 포함하는 개별 PEG이다. 일부 경우에, 중합체 모이어티 C는 예컨대, 약 47개의 에틸렌 옥시드 단위를 포함하는 개별 PEG이다. 일부 경우에, 중합체 모이어티 C는 예컨대, 약 48개의 에틸렌 옥시드 단위를 포함하는 개별 PEG이다.
일부 경우에, 중합체 모이어티 C는 dPEG®(Quanta Biodesign Ltd)이다.
일부 실시양태에서, 중합체 모이어티 C는 양이온성 뮤신산 기반 중합체(cMAP: cationic mucic acid-based polymer)를 포함한다. 일부 경우에, cMPA는 적어도 하나의 반복 서브유니트의 하나 이상의 서브유니트를 포함하며, 서브유니트 구조는 하기 화학식 (V)로 표현된다:
<화학식 (V)>
Figure pct00024
상기 식에서, m은 독립적으로 각 경우에 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10, 바람직하게는 4-6 또는 5이고; n은 독립적으로 각 경우에 1, 2, 3, 4, 또는 5이다. 일부 실시양태에서, m 및 n은, 예를 들어, 약 10이다.
일부 경우에, cMAP는 PEG 모이어티에 추가로 접합되어, cMAP-PEG 공중합체, mPEG-cMAP-PEGm 삼블록 중합체, 또는 cMAP-PEG-cMAP 삼블록 중합체를 생성한다. 일부 경우에, PEG 모이어티는 약 500 Da 내지 약 50,000 Da 범위이다. 일부 경우에, PEG 모이어티는 약 500 Da 내지 약 1,000 Da, 1,000 Da 초과 내지 약 5,000 Da, 5,000 Da 초과 내지 약 10,000 Da, 10,000 초과 내지 약 25,000 Da, 25,000 Da 초과 내지 약 50,000 Da, 또는 상기 범위 중 둘 이상의 임의의 조합이다.
일부 경우에, 중합체 모이어티 C는 cMAP-PEG 공중합체, mPEG-cMAP-PEGm 삼블록 중합체, 또는 cMAP-PEG-cMAP 삼블록 중합체이다. 일부 경우에, 중합체 모이어티 C는 cMAP-PEG 공중합체이다. 다른 경우에, 중합체 모이어티 C는 mPEG-cMAP-PEGm 삼블록 중합체이다. 추가 경우에, 중합체 모이어티 C는 cMAP-PEG-cMAP 삼블록 중합체이다.
일부 실시양태에서, 중합체 모이어티 C는 상기 도시된 바와 같이 폴리핵산 분자, 결합 모이어티, 및 임의적으로, 엔도솜 분해성 모이어티에 접합된다.
엔도솜 분해성 모이어티
일부 실시양태에서, 화학식 (I)의 분자: A-X-B-Y-C는 추가의 접합 모이어티를 추가로 포함한다. 일부 경우에, 추가의 접합 모이어티는 엔도솜 분해성 모이어티이다. 일부 경우에, 엔도솜 분해성 모이어티는 세포 구획 방출 성분, 예컨대, 당업계에 공지된 세포 구획 중 임의의 것, 예컨대, 엔도솜, 리소좀, 소포체(ER: endoplasmic reticulum), 골지체, 미세소관, 퍼옥시좀, 또는 세포를 포함하는 다른 소포체로부터 방출될 수 있는 화합물이다. 일부 경우에, 엔도솜 분해성 모이어티는 엔도솜 분해성 폴리펩티드, 엔도솜 분해성 중합체, 엔도솜 분해성 지질, 또는 엔도솜 분해성 소분자를 포함한다. 일부 경우에, 엔도솜 분해성 모이어티는 엔도솜 분해성 폴리펩티드를 포함한다. 다른 경우에, 엔도솜 분해성 모이어티는 엔도솜 분해성 중합체를 포함한다.
엔도솜 분해성 폴리펩티드
일부 실시양태에서, 화학식 (I)의 분자: A-X-B-Y-C는 엔도솜 분해성 폴리펩티드와 추가로 접합된다. 일부 경우에, 엔도솜 분해성 폴리펩티드는 pH 의존성 막 활성 펩티드이다. 일부 경우에, 엔도솜 분해성 폴리펩티드는 양친매성 폴리펩티드이다. 추가 경우에, 엔도솜 분해성 폴리펩티드는 펩티드모방체이다. 일부 경우에, 엔도솜 분해성 폴리펩티드는 INF, 멜리틴, 메우신, 또는 그의 그들 각각의 유도체를 포함한다. 일부 경우에, 엔도솜 분해성 폴리펩티드는 INF 또는 그의 유도체를 포함한다. 다른 경우에, 엔도솜 분해성 폴리펩티드는 멜리틴 또는 그의 유도체를 포함한다. 추가 경우에, 엔도솜 분해성 폴리펩티드는 메우신 또는 그의 유도체를 포함한다.
일부 경우에, INF7은 서열이 CGIFGEIEELIEEGLENLIDWGNA(서열 번호 1), 또는 GLFEAIEGFIENGWEGMIDGWYGC(서열 번호 2)를 포함하는 것인, 24개의 잔기 폴리펩티드이다. 일부 경우에, INF7 또는 그의 유도체는 GLFEAIEGFIENGWEGMIWDYGSGSCG(서열 번호 3), GLFEAIEGFIENGWEGMIDG WYG-(PEG)6-NH2(서열 번호 4), 또는 GLFEAIEGFIENGWEGMIWDYG-SGSC-K(GalNAc)2(서열 번호 5)의 서열을 포함한다.
일부 경우에, 멜리틴은 서열이 CLIGAILKVLATGLPTLISWIKNKRKQ(서열 번호 6), 또는 GIGAVLKVLTTGLPALISWIKRKRQQ(서열 번호 7)를 포함하는 것인, 26개의 잔기 폴리펩티드이다. 일부 경우에, 멜리틴은 미국 특허 제8,501,930호에 기술된 바와 같은 폴리펩티드 서열을 포함한다.
일부 경우에, 메우신은 전갈 메소부투스 에우페우스(Mesobuthus eupeus)의 독샘으로부터 유래된 항미생물 펩티드(AMP: antimicrobial peptide)이다. 일부 경우에, 메우신은 서열이 IFGAIAGLLKNIF-NH2(서열 번호 8)를 포함하는 메우신-13, 및 FFGHLFKLATKIIPSLFQ(서열 번호 9)를 포함하는 메우신-18을 포함한다.
일부 경우에, 엔도솜 분해성 폴리펩티드는 그의 서열이 INF7 또는 그의 유도체, 멜리틴 또는 그의 유도체, 또는 메우신 또는 그의 유도체와 적어도 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 또는 99%의 서열 동일성인 폴리펩티드를 포함한다. 일부 경우에, 엔도솜 분해성 모이어티는 INF7 또는 그의 유도체, 멜리틴 또는 그의 유도체, 또는 메우신 또는 그의 유도체를 포함한다.
일부 경우에, 엔도솜 분해성 모이어티는 INF7 또는 그의 유도체이다. 일부 경우에, 엔도솜 분해성 모이어티는 서열 번호 1-5와 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%의 서열 동일성을 가지는 폴리펩티드를 포함한다. 일부 경우에, 엔도솜 분해성 모이어티는 서열 번호 1과 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%의 서열 동일성을 가지는 폴리펩티드를 포함한다. 일부 경우에, 엔도솜 분해성 모이어티는 서열 번호 2-5와 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%의 서열 동일성을 가지는 폴리펩티드를 포함한다. 일부 경우에, 엔도솜 분해성 모이어티는 서열 번호 1을 포함한다. 일부 경우에, 엔도솜 분해성 모이어티는 서열 번호 2-5를 포함한다. 일부 경우에, 엔도솜 분해성 모이어티는 서열 번호 1로 구성된다. 일부 경우에, 엔도솜 분해성 모이어티는 서열 번호 2-5로 구성된다.
일부 경우에, 엔도솜 분해성 모이어티는 멜리틴 또는 그의 유도체이다. 일부 경우에, 엔도솜 분해성 모이어티는 서열 번호 6 또는 7과 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%의 서열 동일성을 가지는 폴리펩티드를 포함한다. 일부 경우에, 엔도솜 분해성 모이어티는 서열 번호 6과 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%의 서열 동일성을 가지는 폴리펩티드를 포함한다. 일부 경우에, 엔도솜 분해성 모이어티는 서열 번호 7과 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%의 서열 동일성을 가지는 폴리펩티드를 포함한다. 일부 경우에, 엔도솜 분해성 모이어티는 서열 번호 6을 포함한다. 일부 경우에, 엔도솜 분해성 모이어티는 서열 번호 7을 포함한다. 일부 경우에, 엔도솜 분해성 모이어티는 서열 번호 6으로 구성된다. 일부 경우에, 엔도솜 분해성 모이어티는 서열 번호 7로 구성된다.
일부 경우에, 엔도솜 분해성 모이어티는 메우신 또는 그의 유도체이다. 일부 경우에, 엔도솜 분해성 모이어티는 서열 번호 8 또는 9와 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%의 서열 동일성을 가지는 폴리펩티드를 포함한다. 일부 경우에, 엔도솜 분해성 모이어티는 서열 번호 8과 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%의 서열 동일성을 가지는 폴리펩티드를 포함한다. 일부 경우에, 엔도솜 분해성 모이어티는 서열 번호 9와 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%의 서열 동일성을 가지는 폴리펩티드를 포함한다. 일부 경우에, 엔도솜 분해성 모이어티는 서열 번호 8을 포함한다. 일부 경우에, 엔도솜 분해성 모이어티는 서열 번호 9를 포함한다. 일부 경우에, 엔도솜 분해성 모이어티는 서열 번호 8로 구성된다. 일부 경우에, 엔도솜 분해성 모이어티는 서열 번호 9로 구성된다.
일부 경우에, 엔도솜 분해성 모이어티는 하기 표 1에 제시된 바와 같은 서열을 포함한다.
Figure pct00025
Figure pct00026
일부 경우에, 엔도솜 분해성 모이어티는 예컨대, Bcl-2 및/또는 Bcl-xL과 같은 억제인자 표적의 길항작용을 통해 아폽토시스를 유도하는 Bak BH3 폴리펩티드를 포함한다. 일부 경우에, 엔도솜 분해성 모이어티는 문헌 [Albarran, et al., "Efficient intracellular delivery of a pro-apoptotic peptide with a pH-responsive carrier," Reactive & Functional Polymers 71: 261-265 (2011)]에 기술된 Bak BH3 폴리펩티드를 포함한다.
일부 경우에, 엔도솜 분해성 모이어티는 PCT 공개 제WO2013/166155호 또는 제WO2015/069587호에 기술된 바와 같은 폴리펩티드(예컨대, 세포 투과 폴리펩티드)를 포함한다.
링커
일부 실시양태에서, 본워에 기술된 링커는 절단가능한 링커 또는 비절단가능한 링커이다. 일부 경우에, 링커는 절단가능한 링커이다. 다른 경우에, 링커는 비절단가능한 링커이다.
일부 경우에, 링커는 비중합체성 링커이다. 비중합체성 링커란, 중합화 프로세스에 의해 생성되는 단량체의 반복 단위를 함유하지 않는 링커를 지칭한다. 예시적인 비중합체성 링커는 C1-C6 알킬 기(예컨대, C5, C4, C3, C2, 또는 C1 알킬 기), 동종이작용성 가교제, 이종이작용성 가교제, 펩티드 링커, 흔적없는(traceless) 링커, 자가 희생(self-immolative) 링커, 말레이미드 기반 링커, 또는 그의 조합을 포함하나, 이에 제한되지 않는다. 일부 경우에, 비중합체성 링커는 C1-C6 알킬 기(예컨대, C5, C4, C3, C2, 또는 C1 알킬 기), 동종이작용성 가교제, 이종이작용성 가교제, 펩티드 링커, 흔적없는 링커, 자가 희생 링커, 말레이미드 기반 링커, 또는 그의 조합을 포함한다. 추가 경우에, 비중합체성 링커는 2 초과의 동일한 유형의 링커, 예컨대, 2 초과의 동종이작용성 가교제, 또는 2 초과의 펩티드 링커를 포함하지 않는다. 추가 경우에, 비중합체성 링커는 임의적으로 하나 이상의 반응성 작용기를 포함한다.
일부 경우에, 비중합체성 링커는 상기 기술된 중합체를 포함하지 않는다. 일부 경우에, 비중합체성 링커는 중합체 모이어티 C에 의해 포함되는 중합체를 포함하지 않는다. 일부 경우에, 비중합체성 링커는 폴리알킬렌 옥시드(예컨대, PEG)를 포함하지 않는다. 일부 경우에, 비중합체성 링커는 PEG를 포함하지 않는다.
일부 경우에, 링커는 동종이작용성 링커를 포함한다. 예시적인 동종이작용성 링커는 로만트(Lomant's) 시약 디티오비스(숙신이미딜프로피오네이트) DSP, 3'3'-디티오비스(술포숙신이미딜 프로피오네이트(DTSSP), 디숙신이미딜 수베레이트(DSS), 비스(술포숙신이미딜)수베레이트(BS), 디숙신이미딜 타르트레이트(DST), 디술포숙신이미딜 타르트레이트(술포 DST), 에틸렌 글리코비스(숙신이미딜숙시네이트)(EGS), 디숙신이미딜 글루타레이트(DSG), N,N'-디숙신이미딜 카보네이트(DSC), 디메틸 아디피미데이트(DMA), 디메틸 피멜리미데이트(DMP), 디메틸 수베르이미데이트(DMS), 디메틸-3,3'-디티오비스프로피온이미데이트(DTBP), 1,4-디-3'-(2'-피리딜디티오)프로피온아미도)부탄(DPDPB), 비스말레이미도헥산(BMH), 아릴 할라이드 함유 화합물(DFDNB), 예컨대, 1,5-디플루오로-2,4-디니트로벤젠 또는 1,3-디플루오로-4,6-디니트로벤젠, 4,4'-디플루오로-3,3'-디니트로페닐술폰(DFDNPS), 비스-[β-(4-아지도살리실아미도)에틸]디술피드(BASED), 포름알데하이드, 글루타르알데히드, 1,4-부탄디올 디글리시딜 에테르, 아디프산 디하이드라지드, 카보하이드라지드, o-톨루이딘, 3,3'-디메틸벤지딘, 벤지딘, α,α'-p-디아미노디페닐, 디아이오도-p-크실렌 술폰산, N,N'-에틸렌-비스(아이오도아세트아미드), 또는 N,N'-헥사메틸렌-비스(아이오도아세트아미드)를 포함하나, 이에 제한되지 않는다.
일부 실시양태에서, 링커는 이종이작용성 링커를 포함한다. 예시적인 이종이작용성 링커는 아민 반응성 및 술프하이드릴 가교제, 예컨대, N-숙신이미딜 3-(2-피리딜디티오)프로피오네이트(sPDP), 장쇄 N-숙신이미딜 3-(2-피리딜디티오)프로피오네이트(LC-sPDP), 수용성 장쇄 N-숙신이미딜 3-(2-피리딜디티오) 프로피오네이트(술포-LC-sPDP), 숙신이미딜옥시카보닐-α-메틸-α-(2-피리딜디티오)톨루엔(sMPT), 술포숙신이미딜-6-[α-메틸-α-(2-피리딜디티오)톨루아미도]헥사노에이트(술포-LC-sMPT), 숙신이미딜-4-(N-말레이미도메틸)사이클로헥산-1-카복실레이트(sMCC), 술포숙신이미딜-4-(N-말레이미도메틸)사이클로헥산-1-카복실레이트(술포-sMCC), m-말레이미도벤조일-N-하이드록시숙신이미드 에스테르(MBs), m-말레이미도벤조일-N-하이드록시술포숙신이미드 에스테르(술포-MBs), N-숙신이미딜(4-아이오도아세틸)아미노벤조에이트(sIAB), 술포숙신이미딜(4-아이오도아세틸)아미노벤조에이트(술포-sIAB), 숙신이미딜-4-(p-말레이미도페닐)부티레이트(sMPB), 술포숙신이미딜-4-(p-말레이미도페닐)부티레이트(술포-sMPB), N-(γ-말레이미도부티릴옥시)숙신이미드 에스테르(GMBs), N-(γ-말레이미도부티릴옥시)술포숙신이미드 에스테르(술포-GMBs), 숙신이미딜 6-((아이오도아세틸)아미노)헥사노에이트(sIAX), 숙신이미딜 6-[6-(((아이오도아세틸)아미노)헥사노일)아미노]헥사노에이트(sIAXX), 숙신이미딜 4-(((아이오도아세틸)아미노)메틸)사이클로헥산-1-카복실레이트(sIAC), 숙신이미딜 6-((((4-아이오도아세틸)아미노)메틸)사이클로헥산-1-카보닐)아미노) 헥사노에이트(sIACX), p-니트로페닐 아이오도아세테이트(NPIA), 카보닐 반응성 및 술프하이드릴 반응성 가교제, 예컨대, 4-(4-N-말레이미도페닐)부티르산 하이드라지드(MPBH), 4-(N-말레이미도메틸)사이클로헥산-1-카복실-하이드라지드-8(M2C2H), 3-(2-피리딜디티오)프로피오닐 하이드라지드(PDPH), 아민 반응성 및 광반응성 가교제, 예컨대, N-하이드록시숙신이미딜-4-아지도살리실산(NHs-AsA), N-하이드록시술포숙신이미딜-4-아지도살리실산(술포-NHs-AsA), 술포숙신이미딜-(4-아지도살리실아미도)헥사노에이트(술포-NHs-LC-AsA), 술포숙신이미딜-2-(ρ-아지도살리실아미도)에틸-1,3'-디티오프로피오네이트(sAsD), N-하이드록시숙신이미딜-4-아지도벤조에이트(HsAB), N-하이드록시술포숙신이미딜-4-아지도벤조에이트(술포-HsAB), N-숙신이미딜-6-(4'-아지도-2'-니트로페닐아미노)헥사노에이트(sANPAH), 술포숙신이미딜-6-(4'-아지도-2'-니트로페닐아미노)헥사노에이트(술포-sANPAH), N-5-아지도-2-니트로벤조일옥시숙신이미드(ANB-NOs), 술포숙신이미딜-2-(m-아지도-o-니트로벤즈아미도)-에틸-1,3'-디티오프로피오네이트(sAND), N-숙신이미딜-4(4-아지도페닐)1,3'-디티오프로피오네이트(sADP), N-술포숙신이미딜(4-아지도페닐)-1,3'-디티오프로피오네이트(술포-sADP), 술포숙신이미딜 4-(ρ-아지도페닐)부티레이트(술포-sAPB), 술포숙신이미딜 2-(7-아지도-4-메틸쿠마린-3-아세트아미드)에틸-1,3'-디티오프로피오네이트(sAED), 술포숙신이미딜 7-아지도-4-메틸쿠마린-3-아세테이트(술포-sAMCA), ρ-니트로페닐 디아조피루베이트(ρNPDP), ρ-니트로페닐-2-디아조-3,3,3-트리플루오로프로피오네이트(PNPDTP), 술프하이드릴 반응성 및 광반응성 가교제, 예컨대, 1-(ρ-아지도살리실아미도)-4-(아이오도아세트아미도)부탄(AsIB), N-[4-(ρ-아지도살리실아미도)부틸]-3'-(2'-피리딜디티오)프로피온아미드(APDP), 벤조페논-4-아이오도아세트아미드, 벤조페논-4-말레이미드 카보닐 반응성 및 광반응성 가교제, 예컨대, ρ-아지도벤조일하이드라지드(ABH), 카복실레이트 반응성 및 광반응성 가교제, 예컨대, 4-(ρ-아지도살리실아미도)부틸아민(AsBA), 및 아르기닌 반응성 및 광반응성 가교제, 예컨대, ρ-아지도페닐 글리옥살(APG)을 포함하나, 이에 제한되지 않는다.
일부 경우에, 링커는 반응성 작용기를 포함한다. 일부 경우에, 반응성 작용기는 결합 모이어티에 존재하는 친전자성 기에 반응성인 친핵성 기를 포함한다. 예시적인 친전자성 기는 카보닐 기, 예컨대, 알데히드, 케톤, 카복실산, 에스테르, 아미드, 에논, 아실 할라이드 또는 산 무수물을 포함한다. 일부 실시양태에서, 반응성 작용기는 알데히드이다. 예시적인 친핵성 기는 하이드라지드, 옥심, 아미노, 하이드라진, 티오세미카바존, 하이드라진 카복실레이트, 및 아릴하이드라지드를 포함한다.
일부 실시양태에서, 링커는 말레이미드 기를 포함한다. 일부 경우에, 말레이미드 기는 또한 말레이미드 스페이서로도 지칭된다. 일부 경우에, 말레이미드 기는 카프로산을 추가로 포함하여, 말레이미도카프로일(mc)을 형성한다. 일부 경우에, 링커는 말레이미도카프로일(mc)을 포함한다. 일부 경우에, 링커는 말레이미도카프로일(mc)이다. 다른 경우에, 말레이미드 기는 말레이미도메틸 기, 예컨대, 상기 기술된 숙신이미딜-4-(N-말레이미도메틸)사이클로헥산-1-카복실레이트(sMCC) 또는 술포숙신이미딜-4-(N-말레이미도메틸)사이클로헥산-1-카복실레이트(술포-sMCC)를 포함한다.
일부 실시양태에서, 말레이미드 기는 자가 안정화 말레이미드이다. 일부 경우에, 자가 안정화 말레이미드는 디아미노프로피온산(DPR)을 사용하여 말레이미드에 인접한 염기성 아미노 기를 도입하여 티오숙신이미드 고리 가수분해의 분자내 촉매작용을 제공하고, 이에 의해 레트로-마이클(retro-Michael) 반응을 통한 제거 반응을 겪는 것으로부터 말레이미드를 제거한다. 일부 경우에, 자가 안정화 말레이미드는 문헌 [Lyon, et al., "Self-hydrolyzing maleimides improve the stability and pharmacological properties of antibody-drug conjugates," Nat. Biotechnol. 32(10):1059-1062 (2014)]에 기술된 말레이미드 기이다. 일부 경우에, 링커는 자가 안정화 말레이미드를 포함한다. 일부 경우에, 링커는 자가 안정화 말레이미드이다.
일부 실시양태에서, 링커는 펩티드 모이어티를 포함한다. 일부 경우에, 펩티드 모이어티는 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8개, 또는 그 초과의 아미노산 잔기를 포함한다. 일부 경우에, 펩티드 모이어티는 절단가능한 펩티드 모이어티(예컨대, 효소적으로 또는 화학적으로)이다. 일부 경우에, 펩티드 모이어티는 비절단가능한 펩티드 모이어티이다. 일부 경우에, 펩티드 모이어티는 Val-Cit(발린-시트룰린), Gly-Gly-Phe-Gly(서열 번호 973), Phe-Lys, Val-Lys, Gly-Phe-Lys, Phe-Phe-Lys, Ala-Lys, Val-Arg, Phe-Cit, Phe-Arg, Leu-Cit, Ile-Cit, Trp-Cit, Phe-Ala, Ala-Leu-Ala-Leu(서열 번호 974), 또는 Gly-Phe-Leu-Gly(서열 번호 975)를 포함한다. 일부 경우에, 링커는 펩티드 모이어티, 예컨대: Val-Cit(발린-시트룰린), Gly-Gly-Phe-Gly(서열 번호 973), Phe-Lys, Val-Lys, Gly-Phe-Lys, Phe-Phe-Lys, Ala-Lys, Val-Arg, Phe-Cit, Phe-Arg, Leu-Cit, Ile-Cit, Trp-Cit, Phe-Ala, Ala-Leu-Ala-Leu(서열 번호 974), 또는 Gly-Phe-Leu-Gly(서열 번호 975)를 포함한다. 일부 경우에, 링커는 Val-Cit를 포함한다. 일부 경우에, 링커는 Val-Cit이다.
일부 실시양태에서, 링커는 벤조산 기, 또는 그의 유도체를 포함한다. 일부 경우에, 벤조산 기 또는 그의 유도체는 파라아미노벤조산(PABA)을 포함한다. 일부 경우에, 벤조산 기 또는 그의 유도체는 감마-아미노부티르산(GABA)을 포함한다.
일부 실시양태에서, 링커는 말레이미드 기, 펩티드 모이어티, 및/또는 벤조산 기 중 하나 이상을 임의의 조합으로 포함한다. 일부 실시양태에서, 링커는 말레이미드 기, 펩티드 모이어티, 및/또는 벤조산 기의 조합을 포함한다. 일부 경우에, 말레이미드 기는 말레이미도카프로일(mc)이다. 일부 경우에, 펩티드 기는 val-cit이다. 일부 경우에, 벤조산 기는 PABA이다. 일부 경우에, 링커는 mc-val-cit 기를 포함한다. 일부 경우에, 링커는 val-cit-PABA 기를 포함한다. 추가 경우에, 링커는 mc-val-cit-PABA 기를 포함한다.
일부 실시양태에서, 링커는 자가 희생 링커 또는 자가 제거 링커이다. 일부 경우에, 링커는 자가 희생 링커이다. 다른 경우에, 링커는 자가 제거 링커(예컨대, 고리화 자가 제거 링커)이다. 일부 경우에, 링커는 미국 특허 제9,089,614호 또는 PCT 공개 제WO2015038426호에 기술된 링커를 포함한다.
일부 실시양태에서, 링커는 수지상 유형 링커이다. 일부 경우에, 수지상 유형 링커는 분지, 다작용성 링커 모이어티를 포함한다. 일부 경우에, 수지상 유형 링커는 폴리뉴클레오티드 B 대 결합 모이어티 A의 몰비를 증가시키는 데 사용된다. 일부 경우에, 수지상 유형 링커는 PAMAM 덴드리머를 포함한다.
일부 실시양태에서, 링커는 흔적없는 링커, 또는 절단 후 결합 모이어티 A, 폴리뉴클레오티드 B, 중합체 C, 또는 엔도솜 분해성 모이어티 D에 링커 모이어티(예컨대, 원자 또는 링커 기)를 남기지 않는 링커이다. 예시적인 흔적없는 링커로는 게르마늄 링커, 규소 링커, 황 링커, 셀레늄 링커, 질소 링커, 인 링커, 붕소 링커, 크롬 링커, 또는 페닐하이드라지드 링커를 포함하나, 이에 제한되지 않는다. 일부 경우에, 링커는 문헌 [Hejesen, et al., "A traceless aryl-triazene linker for DNA-directed chemistry," Org Biomol Chem 11(15): 2493-2497 (2013)]에 기술된 바와 같은 흔적없는 아릴-트리아젠 링커이다. 일부 경우에, 링커는 문헌 [Blaney, et al., "Traceless solid-phase organic synthesis," Chem . Rev. 102: 2607-2024 (2002)]에 기술된 바와 같은 흔적없는 링커이다. 일부 경우에, 링커는 미국 특허 제6,821,783호에 기술된 바와 같은 흔적없는 링커이다.
일부 경우에, 링커는 미국 특허 제6,884,869호; 제7,498,298호; 제8,288,352호; 제8,609,105호; 또는 제8,697,688호; 미국 특허 공개 제2014/0127239호; 제2013/028919호; 제2014/286970호; 제2013/0309256호; 제2015/037360호; 또는 제2014/0294851호; 또는 PCT 공개 제WO2015057699호; 제WO2014080251호; 제WO2014197854호; 제WO2014145090호; 또는 제WO2014177042호에 기술된 바와 같은 링커이다.
일부 실시양태에서, X, Y, 및 L은 독립적으로 결합 또는 링커이다. 일부 경우에, X, Y, 및 L은 독립적으로 결합이다. 일부 경우에, X, Y, 및 L은 독립적으로 링커이다.
일부 경우에, X는 결합 또는 링커, 예컨대, 비중합체성 링커이다. 일부 경우에, X는 결합이다. 일부 경우에, X는 비중합체성 링커이다. 일부 경우에, 비중합체성 링커는 C1-C6 알킬 기이다. 일부 경우에, X는 C1-C6 알킬 기, 예컨대, 예를 들어, C5, C4, C3, C2, 또는 C1 알킬 기이다. 일부 경우에, C1-C6 알킬 기는 비치환된 C1-C6 알킬 기이다. 비중합체성 링커와 관련하여, 및 특히, X와 관련하여 사용되는 바, 알킬이란, 최대 6개의 탄소 원자를 함유하는 포화 직쇄 또는 분지형 탄화수소 라디칼을 의미한다. 일부 경우에, X는 상기 기술된 동종이작용성 링커 또는 이종이작용성 링커를 포함한다. 일부 경우에, X는 이종이작용성 링커를 포함한다. 일부 경우에, X는 sMCC를 포함한다. 다른 경우에, X는 임의적으로 C1-C6 알킬 기에 적합된 이종이작용성 링커를 포함한다. 다른 경우에, X는 임의적으로 C1-C6 알킬 기에 적합된 sMCC를 포함한다. 추가 경우에, X는 중합체 모이어티 C에 의해 포함되는 중합체를 포함하지 않고, 예를 들면 X는 폴리알킬렌 옥시드(예컨대, PEG 분자)를 포함하지 않는다.
일부 경우에, Y는 결합 또는 링커, 예컨대, 비중합체성 링커이다. 일부 경우에, Y는 결합이다. 다른 경우에, Y는 비중합체성 링커이다. 일부 실시양태에서, Y는 C1-C6 알킬 기이다. 일부 경우에, Y는 상기 기술된 동종이작용성 링커 또는 이종이작용성 링커이다. 일부 경우에, Y는 상기 기술된 동종이작용성 링커이다. 일부 경우에, Y는 상기 기술된 이종이작용성 링커이다. 일부 경우에, Y는 상기 기술된 말레이미드 기, 예컨대, 말레이미도카프로일(mc) 또는 자가 안정화 말레이미드 기를 포함한다. 일부 경우에, Y는 펩티드 모이어티, 예컨대, Val-Cit를 포함한다. 일부 경우에, Y는 벤조산 기, 예컨대, PABA를 포함한다. 추가 경우에, Y는 말레이미드 기, 펩티드 모이어티, 및/또는 벤조산 기의 조합을 포함한다. 추가 경우에, Y는 mc 기를 포함한다. 추가 경우에, Y는 mc-val-cit 기를 포함한다. 추가 경우에, Y는 val-cit-PABA 기를 포함한다. 추가 경우에, Y는 mc-val-cit-PABA 기를 포함한다. 일부 경우에, Y는 중합체 모이어티 C에 의해 포함되는 중합체를 포함하지 않고, 예컨대, Y는 폴리알킬렌 옥시드(예컨대, PEG 분자)를 포함하지 않는다.
일부 경우에, L은 결합 또는 링커, 임의적으로 비중합체성 링커이다. 일부 경우에, L은 결합이다. 다른 경우에, L은 링커, 임의적으로 비중합체성 링커이다. 일부 실시양태에서, L은 C1-C6 알킬 기이다. 일부 경우에, L은 상기 기술된 동종이작용성 링커 또는 이종이작용성 링커이다. 일부 경우에, L은 상기 기술된 동종이작용성 링커이다. 일부 경우에, L은 상기 기술된 이종이작용성 링커이다. 일부 경우에, L은 상기 기술된 말레이미드 기, 예컨대, 말레이미도카프로일(mc) 또는 자가 안정화 말레이미드 기를 포함한다. 일부 경우에, L은 펩티드 모이어티, 예컨대, Val-Cit를 포함한다. 일부 경우에, L은 벤조산 기, 예컨대, PABA를 포함한다. 추가 경우에, L은 말레이미드 기, 펩티드 모이어티, 및/또는 벤조산 기의 조합을 포함한다. 추가 경우에, L은 mc 기를 포함한다. 추가 경우에, L은 mc-val-cit 기를 포함한다. 추가 경우에, L은 val-cit-PABA 기를 포함한다. 추가 경우에, L은 mc-val-cit-PABA 기를 포함한다. 일부 경우에, L은 임의적으로 비중합체성 링커일 때, 중합체 모이어티 C에 의해 포함되는 중합체를 포함하지 않고, 예컨대, L은 폴리알킬렌 옥시드(예컨대, PEG 분자)를 포함하지 않는다.
약학적 제제
일부 실시양태에서, 본원에 기술된 약학적 제제는 비경구(예컨대, 정맥내, 피하, 근육내), 경구, 비내, 협측, 직장, 또는 경피 투여 경로를 포함하나, 이에 제한되지 않는, 다수의 투여 경로에 의해 피험체에게 투여된다. 일부 경우에, 본원에 기술된 약학적 조성물은 비경구(예컨대, 정맥내, 피하, 근육내, 동맥내, 복강내, 경막내, 대뇌내, 뇌실내, 또는 두개내) 투여용으로 제제화된다. 다른 경우에, 본원에 기술된 약학적 조성물은 경구 투여용으로 제제화된다. 추가의 다른 경우에, 본원에 기술된 약학적 조성물은 비내 투여용으로 제제화된다.
일부 실시양태에서, 약학적 제제로는 수성 액체 분산제, 자가 유화 분산제, 고체 액제, 리포솜 분산제, 에어로졸, 고체 투여 형태, 분제, 즉시 방출 제제, 방출 제어형 제제, 빠른 용융 제제, 정제, 캡슐제, 환제, 지연 방출 제제, 연장 방출 제제, 맥동성 방출 제제, 다입자 제제(예컨대, 나노입자 제제), 및 혼합형 즉시 및 제어 방출 제제를 포함하나, 이에 제한되지 않는다.
일부 경우에, 약학적 제제는 다입자 제제를 포함한다. 일부 경우에, 약학적 제제는 나노입자 제제를 포함한다. 일부 경우에, 나노입자는 cMAP, 사이클로덱스트린, 또는 지질을 포함한다. 일부 경우에, 나노입자는 고체 지질 나노입자, 중합체성 나노입자, 자가 유화 나노입자, 리포솜, 마이크로에멀젼, 또는 미셀 액제를 포함한다. 추가의 예시적인 나노입자는 상자성 나노입자, 초상자성 나노입자, 금속 나노입자, 풀러린 유사 물질, 무기 나노튜브, 덴드리머(예컨대, 공유 결합된 금속 킬레이트를 가지는 것), 나노섬유, 나노혼(nanohorn), 나노오니온(nano-onion), 나노로드(nanorod), 나노로프(nanorope) 및 양자점을 포함하나, 이에 제한되지 않는다. 일부 경우에, 나노입자는 금속 나노입자, 예컨대, 스칸듐, 티탄, 바나듐, 크롬, 망간, 철, 코발트, 니켈, 구리, 아연, 이트륨, 지르코늄, 니오븀, 몰리브덴, 루테늄, 로듐, 팔라듐, 은, 카드뮴, 하프늄, 탄탈, 텅스텐, 레늄, 오스뮴, 이리듐, 백금, 금, 가돌리늄, 알루미늄, 갈륨, 인듐, 주석, 탈륨, 납, 비스무트, 마그네슘, 칼슘, 스트론튬, 바륨, 리튬, 나트륨, 칼륨, 붕소, 규소, 인, 게르마늄, 비소, 안티몬의 나노입자, 및 그의 조합, 합금 또는 산화물이다.
일부 경우에, 나노입자는 코어-셀 나노입자에서와 같이 코어 또는 코어 및 셀을 포함한다.
일부 경우에, 나노입자는 기능성 요소의 부착을 위한 분자(예컨대, 본원에 기술된 폴리핵산 분자 또는 결합 모이어티 중 하나 이상)로 추가로 코팅된다. 일부 경우에, 코팅은 콘드로이틴 술페이트, 덱스트란 술페이트, 카복시메틸 덱스트란, 알긴산, 펙틴, 카라기난, 푸코이단, 아가로펙틴, 포르피란, 카라야 검, 젤란 검, 산탄 검, 히알루론산, 글루코사민, 갈락토사민, 키틴(또는 키토산), 폴리글루탐산, 폴리아스파르트산, 리소자임, 사이토크롬 C, 리보뉴클레아제, 트립시노겐, 키모트립시노겐, α-키모트립신, 폴리리신, 폴리아르기닌, 히스톤, 프로타민, 오브 알부민, 또는 덱스트린, 또는 사이클로덱스트린을 포함한다. 일부 경우에, 나노입자는 그래핀 코팅된 나노입자를 포함한다.
일부 경우에, 나노입자는 약 500 nm, 400 nm, 300 nm, 200 nm, 또는 100 nm 중 적어도 하나의 치수를 가진다.
일부 경우에, 나노입자 제제는 상자성 나노입자, 초상자성 나노입자, 금속 나노입자, 풀러린 유사 물질, 무기 나노튜브, 덴드리머(예컨대, 공유결합된 금속 킬레이트를 가지는 것), 나노섬유, 나노혼, 나노오니언, 나노로드, 나노로프 또는 양자점을 포함한다. 일부 경우에, 본원에 기술된 폴리핵산 분자 또는 결합 모이어티는 나노입자에 직접적으로 또는 간접적으로 접합된다. 일부 경우에, 적어도 1, 5, 10, 15, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100개 이상의, 본원에 기술된 폴리핵산 분자 또는 결합 모이어티는 나노입자에 직접적으로 또는 간접적으로 접합된다.
일부 실시양태에서, 약학적 제제는 폴리핵산 분자를 세포 내로 전달하는, 전달 벡터, 예컨대, 재조합 벡터를 포함한다. 일부 경우에, 재조합 벡터는 DNA 플라스미드이다. 다른 경우에, 재조합 벡터는 바이러스 벡터이다. 예시적인 바이러스 벡터로는 아데노 연관 바이러스, 레트로바이러스, 아데노바이러스, 또는 알파바이러스로부터 유래된 벡터를 포함한다. 일부 경우에, 폴리핵산 분자를 발현할 수 있는 재조합 벡터는 표적 세포에서 안정적인 발현을 제공한다. 추가 경우에서, 폴리핵산 분자의 일시적인 발현을 제공하는 바이러스 벡터가 사용된다.
일부 실시양태에서, 약학적 제제는 본원에 기술된 조성물과의 상용성, 및 원하는 투여 형태의 방출 프로파일 특성에 기초하여 선택된 담체 또는 담체 물질을 포함한다. 예시적인 담체 물질로는 예컨대, 결합제, 현탁화제, 붕해제, 충전제, 계면활성제, 가용제, 안정제, 활택제, 습윤제, 희석제 등을 포함한다. 약학적으로 상용성 담체 물질로는 아카시아, 젤라틴, 콜로이드성 이산화규소, 칼슘 글리세로포스페이트, 락트산칼슘, 말토덱스트린, 글리세린, 규산 마그네슘, 폴리비닐피롤리돈(PVP), 콜레스테롤, 콜레스테롤 에스테르, 카제인산나트륨, 대두 레시틴, 타우로콜린산, 포스포티딜콜린, 염화나트륨, 인산삼칼슘, 인산이칼륨, 셀룰로스 및 셀룰로스 접합체, 당 나트륨 스테아로일 락틸레이트, 카라기난, 모노글리세리드, 디글리세리드, 전호화 전분 등을 포함하나, 이에 제한되지 않는다. 예컨대, 문헌 [Remington : The Science and Practice of Pharmacy, Nineteenth Ed (Easton, Pa.: Mack Publishing Company, 1995)]; [Hoover, John E., Remington's Pharmaceutical Sciences, Mack Publishing Co., Easton, Pennsylvania 1975]; [Liberman, H.A. and Lachman, L., Eds., Pharmaceutical Dosage Forms, Marcel Decker, New York, N.Y., 1980]; 및 [Pharmaceutical Dosage Forms and Drug Delivery Systems, Seventh Ed. (Lippincott Williams & Wilkins 1999)]를 참조한다.
일부 경우에, 약학적 제제는 예컨대, 아세트산, 붕산, 시트르산, 락트산, 인산 및 염산과 같은 산; 예컨대, 수산화나트륨, 인산나트륨, 붕산나트륨, 시트르산나트륨, 아세트산나트륨, 락트산나트륨 및 트리스-하이드록시메틸아미노메탄과 같은 염기; 및 시트레이트/덱스트로스, 중탄산나트륨 및 염화암모늄과 같은 완충제를 포함하는, pH 조절제 또는 완충화제를 추가로 포함한다. 상기 산, 염기 및 완충제는 조성물의 pH를 허용되는 범위로 유지하는 데 필요한 양으로 포함된다.
일부 경우에, 약학적 제제는 조성물의 오스몰 농도를 허용되는 범위로 조절하는 데 필요한 양으로 하나 이상의 염을 포함한다. 상기 염은 나트륨, 칼륨 또는 암모늄 양이온 및 클로라이드, 시트레이트, 아스코르베이트, 보레이트, 포스페이트, 비카보네이트, 술페이트, 티오술페이트 또는 비술파이트 음이온을 가지는 것을 포함하며; 적합한 염은 염화나트륨, 염화칼륨, 티오황산나트륨, 아황산수소나트륨 및 황산암모늄을 포함한다.
일부 경우에, 약학적 제제는 화합물을 안정화시키는 데 사용되는 희석제를 추가로 포함하는데, 이들은 더욱 안정한 환경을 제공할 수 있기 때문이다. 포스페이트 완충처리된 염 용액을 포함하나, 이에 제한되지 않는, (pH 제어 또는 유지도 또한 제공하는) 완충화된 용액 중에 용해된 염이 당업계에서 희석제로서 이용된다. 특정 경우에, 희석제는 조성물의 부피를 증가시켜 압축을 용이하게 하거나, 캡슐제 충전을 위해 균질한 블렌드에 충분한 부피를 생성한다. 상기 화합물로는 예컨대, 락토스, 전분, 만니톨, 소르비톨, 덱스트로스, 미정질 셀룰로스, 예컨대, 아비셀(Avicel)®; 이염기성 인산칼슘, 인산이칼슘 이수화물; 인산삼칼슘, 인산칼슘; 무수 락토스, 분무 건조된 락토스; 전호화 전분, 압축성 당, 예컨대, 디-팩(Di-Pac)®(Amstar); 만니톨, 하이드록시프로필메틸셀룰로스, 하이드록시프로필메틸셀룰로스 아세테이트 스테아레이트, 수크로스계 희석제, 정제 설탕; 일염기성 황산칼슘 일수화물, 황산칼슘 이수화물; 락트산칼슘 삼수화물, 덱스트레이트; 가수분해된 시리얼 고체, 아밀로스; 분말화된 셀룰로스, 탄산칼슘; 글리신, 카올린; 만니톨, 염화나트륨; 이노시톨, 벤토나이트 등을 포함한다.
일부 경우에, 약학적 제제는 물질의 파괴 또는 붕해를 촉진하는 붕해제 또는 붕해제를 포함한다. "붕해시키다"라는 용어는 위장관액과 접촉할 때 투여 형태의 용해 및 분산, 모두를 포함한다. 붕해제의 예로는 전분, 예컨대, 천연 전분, 예컨대, 옥수수 전분 또는 감자 전분, 전호화 전분, 예컨대, 내셔널 1551(National 1551) 또는 아미젤(Amijel)®, 또는 소듐 전분 글리콜레이트, 예컨대, 프로모겔(Promogel)® 또는 엑스플로탭(Explotab)®, 셀룰로스, 예컨대, 목제품, 메틸결정질 셀룰로스, 예컨대, 아비셀®, 아비셀® PH101, 아비셀® PH102, 아비셀® PH105, 엘세마(Elcema)® P100, 엠코셀(Emcocel)®, 비바셀(Vivacel)®, 밍 티아(Ming Tia)®, 및 솔카-플록(Solka-Floc)®, 메틸셀룰로스, 크로스카르멜로스, 또는 교차 결합된 셀룰로스, 예컨대, 교차 결합된 소듐 카복시메틸셀룰로스(Ac-Di-Sol®), 교차 결합된 카복시메틸셀룰로스, 또는 교차 결합된 크로스카르멜로스, 교차 결합된 전분, 예컨대, 소듐 전분 글리콜레이트, 교차 결합된 중합체, 예컨대, 크로스포비돈, 교차 결합된 폴리비닐피롤리돈, 알기네이트, 예컨대, 알긴산 또는 알긴산의 염, 예컨대, 알긴산나트륨, 클레이, 예컨대, 비검(Veegum)® HV(마그네슘 알루미늄 실리케이트), 검, 예컨대, 아가, 구아, 로커스트 빈, 카라야, 펙틴, 또는 트라가칸트, 소듐 전분 글리콜레이트, 벤토나이트, 천연 스폰지, 계면활성제, 수지, 예컨대, 양이온 교환 수지, 시트러스 펄프, 소듐 라우릴 술페이트, 전분과 조합된 소듐 라우릴 술페이트 등을 포함한다.
일부 경우에, 약학적 제제는 충전제, 예컨대, 락토스, 탄산칼슘, 인산칼슘, 이염기성 인산칼슘, 황산칼슘, 미정질 셀룰로스, 셀룰로스 분말, 덱스트로스, 덱스트레이트, 덱스트란, 전분, 전호화 전분, 수크로스, 자일리톨, 락티톨, 만니톨, 소르비톨, 염화나트륨, 폴리에틸렌 글리콜 등을 포함한다.
활택제 및 유동화제 또한 물질의 접착 또는 마찰을 방지, 감소 또는 억제시키기 위해 본원에 기술된 약학적 제제에 임의적으로 포함된다. 예시적인 활택제로는, 예컨대, 스테아르산, 수산화칼슘, 탈크, 소듐 스테아릴 푸마레이트, 탄화수소, 예컨대, 미네랄 오일, 또는 수소첨가된 식물성 오일, 예컨대, 수소첨가된 대두유(Sterotex®), 고급 지방산 및 그의 알칼리 금속 염 및 알칼리토 금속 염, 예컨대, 알루미늄, 칼슘, 마그네슘, 아연, 스테아르산, 스테아르산나트륨, 글리세롤, 탈크, 왁스, 스테아로웨트(Stearowet)®, 붕산, 벤조산나트륨, 아세트산나트륨, 염화나트륨, 류신, 폴리에틸렌 글리콜(예컨대, PEG-4000) 또는 메톡시폴리에틸렌 글리콜, 예컨대, 카보왁스(Carbowax)™, 올레산나트륨, 벤조산나트륨, 글리세릴 베헤네이트, 폴리에틸렌 글리콜, 마그네슘 또는 소듐 라우릴 술페이트, 콜로이드성 실리카, 예컨대, 실로이드(Syloid)™, 카브-O-실(Cab-O-Sil)®, 전분, 예컨대, 옥수수 전분, 실리콘 오일, 계면활성제 등을 포함한다.
가소제는 미세캡슐화 물질을 연화시키는 데 사용되는 화합물, 또는 그의 취성을 감소시키기 위한 필름 코팅제를 포함한다. 적합한 가소제는, 예컨대, 폴리에틸렌 글리콜, 예컨대, PEG 300, PEG 400, PEG 600, PEG 1450, PEG 3350, 및 PEG 800, 스테아르산, 프로필렌 글리콜, 올레산, 트리에틸 셀룰로스 및 트리아세틴을 포함한다. 가소제는 또한 분산제 또는 습윤제로서도 작용할 수 있다.
가용화제는 화합물, 예컨대, 트리아세틴, 트리에틸시트레이트, 에틸 올레에이트, 에틸 카프릴레이트, 소듐 라우릴 술페이트, 소듐 도큐세이트, 비타민 E TPGS, 디메틸아세트아미드, N-메틸피롤리돈, N-하이드록시에틸피롤리돈, 폴리비닐피롤리돈, 하이드록시프로필메틸 셀룰로스, 하이드록시프로필 사이클로덱스트린, 에탄올, n-부탄올, 이소프로필 알콜, 콜레스테롤, 담즙산염, 폴리에틸렌 글리콜 200-600, 글리코푸롤, 트랜스큐톨, 프로필렌 글리콜, 디메틸 이소소르비드 등을 포함한다.
안정화제는 화합물, 예컨대, 임의의 항산화제, 완충제, 산, 보존제 등을 포함한다.
현탁화제는 화합물, 예컨대, 폴리비닐피롤리돈, 예컨대, 폴리비닐피롤리돈, 예컨대, 폴리비닐피롤리돈 K12, 폴리비닐피롤리돈 K17, 폴리비닐피롤리돈 K25, 또는 폴리비닐피롤리돈 K30, 비닐 피롤리돈/비닐 아세테이트 공중합체(S630), 폴리에틸렌 글리콜(예컨대, 폴리에틸렌 글리콜의 분자량은 약 300 내지 약 6000, 또는 약 3350 내지 약 4000, 또는 약 7000 내지 약 5400), 소듐 카복시메틸셀룰로스, 메틸셀룰로스, 하이드록시프로필메틸셀룰로스, 하이드록시메틸셀룰로스 아세테이트 스테아레이트, 폴리소르베이트-80, 하이드록시에틸셀룰로스, 알긴산나트륨, 검, 예컨대, 예로서, 트라가칸트 검 및 아카시아 검, 구아 검, 산탄 검을 포함하는 산탄, 당, 셀룰로스 화합물, 예컨대, 예로서, 소듐 카복시메틸셀룰로스, 메틸셀룰로스, 소듐 카복시메틸셀룰로스, 하이드록시프로필메틸셀룰로스, 하이드록시에틸셀룰로스, 폴리소르베이트-80, 알긴산나트륨, 폴리에톡실화된 소르비탄 모노라우레이트, 폴리에톡실화된 소르비탄 모노라우레이트, 포비돈 등을 포함한다.
계면활성제는 화합물, 예컨대, 소듐 라우릴 술페이트, 소듐 도큐세이트, 트윈 60 또는 80, 트리아세틴, 비타민 E TPGS, 소르비탄 모노올레에이트, 폴리옥시에틸렌 소르비탄 모노올레에이트, 폴리소르베이트, 폴록사머, 담즙산염, 글리세릴 모노스테아레이트, 에틸렌 옥시드 및 프로필렌 옥시드의 공중합체, 예컨대, 플루로닉(Pluronic)®(BASF) 등과 같은 화합물을 포함한다. 추가의 계면활성제는 폴리옥시에틸렌 지방산 글리세리드 및 식물성 오일, 예컨대, 폴리옥시에틸렌(60) 수소첨가 피마자유; 및 폴리옥시에틸렌 알킬에테르 및 알킬페닐 에테르, 예컨대, 옥톡시놀 10, 옥톡시놀 40을 포함한다. 때때로, 계면활성제는 물리적 안정성을 증진시키기 위해 또는 다른 목적을 위해 포함된다.
점도 증진제는, 예컨대, 메틸 셀룰로스, 산탄 검, 카복시메틸 셀룰로스, 하이드록시프로필 셀룰로스, 하이드록시프로필메틸 셀룰로스, 하이드록시프로필메틸 셀룰로스 아세테이트 스테아레이트, 하이드록시프로필메틸 셀룰로스 프탈레이트, 카보머, 폴리비닐 알콜, 알기네이트, 아카시아, 키토산 및 그의 조합을 포함한다.
습윤제는 화합물, 예컨대, 올레산, 글리세릴 모노스테아레이트, 소르비탄 모노올레에이트, 소르비탄 모노라우레이트, 트리에탄올아민 올레에이트, 폴리옥시에틸렌 소르비탄 모노올레에이트, 폴리옥시에틸렌 소르비탄 모노라우레이트, 소듐 도큐세이트, 소듐 올레에이트, 소듐 라우릴 술페이트, 소듐 도큐세이트, 트리아세틴, 트윈 80, 비타민 E TPGS, 암모늄 염 등을 포함한다.
치료 요법
일부 실시양태에서, 본원에 기술된 약학적 조성물은 치료 적용을 위해 투여된다. 일부 실시양태에서, 약학적 조성물은 1일 1회, 1일 2회, 1일 3회 이상 투여된다. 약학적 조성물은 매일(daily), 매일(every day), 격일로, 주당 5일, 주 1회, 매 2주마다, 월 2주, 월 3주, 월 1회, 월 2회, 월 3회 이상 투여된다. 약학적 조성물은 적어도 1개월, 2개월, 3개월, 4개월, 5개월, 6개월, 7개월, 8개월, 9개월, 10개월, 11개월, 12개월, 18개월, 2년, 3년 이상 투여된다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 약학적 조성물은 동시에, 순차적으로, 또는 일정 시간 간격으로 투여된다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 약학적 조성물은 동시에 투여된다. 일부 경우에, 하나 이상의 약학적 조성물은 순차적으로 투여된다. 추가 경우에, 하나 이상의 약학적 조성물은 일정 시간 간격으로 투여된다(예컨대, 제1 약학적 조성물의 1차 투여는 1일째 수행되고, 이어서, 적어도 1, 2, 3, 4, 5일 이상의 간격을 두고, 그 이후, 적어도 제2 약학적 조성물의 투여가 진행된다).
일부 실시양태에서, 2개 이상의 상이한 약학적 조성물은 공동 투여된다. 일부 경우에, 2개 이상의 상이한 약학적 조성물은 동시에 공동 투여된다. 일부 경우에, 2개 이상의 상이한 약학적 조성물은 투여 사이에 간격을 두지 않고 순차적으로 공동 투여된다. 다른 경우에, 2개 이상의 상이한 약학적 조성물은 투여 사이에 약 0.5시간, 1시간, 2시간, 3시간, 12시간, 1일, 2일 이상의 간격을 두고 순차적으로 공동 투여된다.
환자의 상태가 의사의 재량으로 개선된 경우에, 조성물의 투여는 지속적으로 제공되며; 대안적으로, 투여되는 조성물의 용량은 일시적으로 감량되거나, 특정 시간 동안 일시적으로 중단된다(즉, "휴약기"). 일부 경우에, 휴약기 기간은 2일 내지 1년으로 다양하며, 단지 예로서, 2일, 3일, 4일, 5일, 6일, 7일, 10일, 12일, 15일, 20일, 28일, 35일, 50일, 70일, 100일, 120일, 150일, 180일, 200일, 250일, 280일, 300일, 320일, 350일, 또는 365일을 포함한다. 휴약기 동안의 용량 감소는 10%-100%이며, 단지 예로서, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100%를 포함한다.
일단 환자의 병태가 개선되었다면, 필요할 경우, 유지 용량이 투여된다. 이어서, 투여량 또는 투여 빈도, 또는 그 둘 모두는, 증상의 함수로서, 개선된 질환, 장애 또는 병태가 유지되는 수준으로 감소될 수 있다.
일부 실시양태에서, 상기 양에 상응하는 주어진 작용제의 양은 예컨대, 특정 화합물, 질환의 중증도, 치료를 필요로 하는 피험체 또는 호스트의 아이덴티티(예컨대, 체중)와 같은 인자에 따라 달라지지만, 그럼에도 불구하고, 예컨대, 투여되는 특정 작용제, 투여 경로, 및 치료되는 피험체 또는 호스트를 비롯한, 사례를 둘러싼 특정 환경에 따라 당업계에 공지된 방식으로 통상적으로 결정된다. 일부 경우에, 원하는 용량은 단일 용량으로서 간편하게 제공되거나, 또는 분할된 용량으로서 동시에(또는 짧은 시간 동안) 또는 적절한 간격을 두고, 예를 들어, 1일당 2, 3, 4개 이상의 하위용량으로 간편하게 제공된다.
개별 치료 요법에 대한 변수의 수가 많고, 이들 권장값으로부터의 상당한 이탈은 일반적이기 때문에, 상기 범위는 단지 제안하는 것에 불과하다. 상기 투여량은 사용된 화합물의 활성, 치료되는 질환 또는 병태, 투여 모드, 개별 피험체의 요구사항, 치료되는 질환 또는 병태의 중증도, 및 의사의 판단에 제한되지 않는, 다수의 변수에 따라 변경된다.
일부 실시양태에서, 상기 치료 요법의 독성 및 치료 효능은, LD50(집단의 50%에 대한 치사 용량) 및 ED50(집단의 50%에서 치료적으로 효과적인 용량) 측정을 포함하나, 이에 제한되지 않는, 세포 배양물 또는 실험 동물에서의 표준 약학적 절차에 의해 결정된다. 독성 효과와 치료 효과 사이의 용량비가 치료 지수이며, 이는 LD50과 ED50 간의 비율로서 표현된다. 높은 치료 지수를 나타내는 화합물이 바람직하다. 세포 배양물 검정법 및 동물 연구로부터 얻은 데이터는 인간에서 사용하기 위한 투여량의 범위를 정하는 데 사용된다. 상기 화합물의 투여량은 바람직하게는 최소 독성을 갖는 ED50을 포함하는 순환 농도 범위 내에 포함된다. 투여량은 사용된 투여 형태 및 이용된 투여 경로에 따라 상기 범위 내에서 달라진다.
키트 /제조 물품
특정 실시양태에서, 본원에서는 본원에 기술된 조성물 및 방법 중 하나 이상의 것과 함께 사용하기 위한 키트 및 제조 물품을 개시한다. 상기 키트는 예컨대, 바이알, 튜브 등과 같은 하나 이상의 용기를 수용하도록 구획화된 캐리어, 패키지, 또는 용기를 포함하며, 각각의 용기(들)는 본원에 기술된 방법에서 사용되는 개별 요소 중 하나를 포함한다. 적합한 용기는, 예를 들어, 병, 바이알, 시린지, 및 시험관을 포함한다. 한 실시양태에서, 용기는 예컨대, 유리 또는 플라스틱과 같은 다양한 물질로부터 형성된다.
본원에서 제공되는 제조 물품은 포장재를 함유한다. 약학적 포장재의 예로는 선택된 제제 및 의도된 투여 및 치료 모드에 적합한 블리스터 팩, 병, 튜브, 백, 용기, 병, 및 임의의 포장재를 포함하나, 이에 제한되지 않는다.
예를 들어, 용기(들)는 본원에 기술된 표적 핵산 분자를 포함한다. 상기 키트는 임의적으로 본원에 기술된 방법에서의 그의 용도와 관련된 식별 설명서 또는 라벨 또는 설명서를 포함한다.
키트는 전형적으로 내용물을 열거하는 라벨 및/또는 사용 설명서 및 사용 설명서가 있는 패키지 인서트를 포함한다. 설명서 세트도 또한 전형적으로 포함될 것이다.
한 실시양태에서, 라벨은 용기 상에 있거나, 또는 용기와 결합되어 있다. 한 실시양태에서, 라벨을 형성하는 글자, 숫자, 또는 다른 문자가 용기 자체에 부착되거나, 몰딩되거나, 또는 에칭될 때, 라벨은 용기 상에 있는 것이며; 라벨이, 예컨대 패키지 인서트로서, 용기 또한 보유하는 통 또는 캐리어 내에 존재할 때, 라벨은 용기와 결합되어 있는 것이다. 한 실시양태에서, 라벨은 내용물이 특정 치료 용도로 사용되어야 한다는 것을 지시하는 데 사용된다. 라벨은 또한 본원에 기술된 방법에서와 같이 내용물의 사용 지침을 나타낸다.
특정 실시양태에서, 약학적 조성물은 본원에 제공된 화합물을 함유하는 하나 이상의 단위 투여 형태를 함유하는 팩 또는 디스펜서 장치 내에 제공된다. 팩은, 예를 들어, 블리스터 팩과 같은 금속 또는 플라스틱 호일을 함유한다. 한 실시양태에서, 팩 또는 디스펜서 장치는 투여 설명서를 동반한다. 한 실시양태에서, 팩 또는 디스펜서는 또한 의약품의 제조, 사용, 또는 판매를 규제하는 정부 기관에 의해 규정된 형태로 용기와 결합된 안내문을 동반하며, 이 안내문은 인간 또는 동물 투여를 위한 약물 형태의 기관에 의한 승인을 반영한다. 상기 안내문은, 예를 들어, 처방 약물 또는 승인된 제품 인서트에 대해 미국 식품의약국( U.S. Food and Drug Administration)에 의해 승인받은 라벨링이다. 한 실시양태에서, 상용성 약학적 담체에서 제제화된 본원에 제공된 화합물을 함유하는 조성물 또한 제조되고, 적절한 용기에 배치되고, 지시되는 병태의 치료를 위한 것으로 라벨링된다.
특정 용어
달리 정의되지 않는 한, 본원에서 사용된 모든 기술 용어 및 과학 용어는 청구된 주제가 속하는 분야에서 통상의 기술을 가진 자에 의해 통상적으로 이해되는 것과 동일한 의미를 가진다. 상기의 일반적인 설명 및 하기의 상세한 설명은 단지 예시적이고, 설명적이며, 청구된 임의의 주제를 제한하는 것이 아님을 이해하여야 한다. 본 출원에서, 단수의 사용은 달리 구체적으로 언급되지 않는 한, 복수를 포함한다. 명세서 및 첨부된 청구범위에서 사용된 바와 같이, "하나"("a," "an") 및 "그"라는 단수 형태는 문맥상 달리 명확하게 언급되지 않는 한, 복수 지시대상을 포함한다는 것에 유의해야 한다. 본 출원에서, "또는"의 사용은 달리 언급되지 않는 한 "및/또는"을 의미한다. 추가로, "~을 포함하는"이라는 용어 뿐만 아니라, 예컨대, "포함하다(include)," "포함하다(includes)," 및 "포함된(included)"이라는 다른 형태의 사용은 제한하는 것이 아니다.
본원에서 사용되는 바, 범위 및 양은 "약" 특정 값 또는 범위로 표현될 수 있다. 약은 또한 정확한 양을 포함한다. 따라서, "약 5 ㎕"는 "약 5 ㎕" 및 또한 "5 ㎕"를 의미한다. 일반적으로, "약"이라는 용어는 실험 오차 범위 내에 있을 것으로 예측되는 양을 포함한다.
본원에서 사용된 섹션 표제는 단지 조직화 목적을 위한 것이며, 기술된 주제를 제한하는 것으로 해석되지 않아야 한다.
본원에서 사용되는 바, "개체(들)," "피험체(들)," 및 "환자(들)"라는 용어는 임의의 포유동물을 의미한다. 일부 실시양태에서, 포유동물은 인간인다. 일부 실시양태에서, 포유동물은 비인간이다. 상기 용어 중 그 어느 것도 보건 전문가(예컨대, 의사, 공인 간호사, 임상 간호사, 의료 보조자, 잡역부 또는 호스피스 직원)의 감독(예컨대, 지속적 또는 간헐적)을 특징으로 하는 상황을 요구하거나, 또는 이에 제한되지 않는다.
본원에서 사용되는 바, "DMD," "DMD 유전자," 및 그의 등가물은 단백질 디스트로핀을 코딩하는 DMD 유전자를 지칭한다. 추가로, "DMD," 및 "DMD 유전자"라는 용어는 상호교환적으로 사용되며, 상기 두 용어는 모두 디스트로핀 유전자를 지칭한다.
실시예
본 실시예는 단지 예시적인 목적으로 제공되며, 본원에서 제공되는 청구범위를 제한하고자 하는 것이 아니다.
실시예 1. 안티센스 올리고뉴클레오티드 서열 및 합성
포스포로디아미데이트 모르폴리노 올리고머(PMO), 포스포로티오에이트 안티센스 올리고뉴클레오티드(PS ASO), 및 안티센스 올리고뉴클레오티드(ASO)를 합성하였다.
PMO 서열은 5'GGCCAAACCTCGGCTTACCTGAAAT3' 1급 아민(서열 번호 28)이었고, 그의 말단 뉴클레오티드가 확장된 것은 도 1에서 볼 수 있다. PMO는 접합을 위해 분자의 3' 말단에 C3-NH2 접합 핸들을 함유한다. PMO를 표준 고체상 합성 프로토콜을 이용하여 고체상에서 완전히 어셈블리하고, HPLC 상에서 정제하였다.
PS ASO 서열은 아민 C6-GGCCAAACCUCGGCUUACCU(서열 번호 29)이었고, 그의 말단 뉴클레오티드가 확장된 것은 도 2a-2b에서 볼 수 있다. PS ASO의 구조는 100% 포스포로티오에이트 연결인 포스페이트 백본을 포함하였고, 리보스 당은 모두 2' 2'OMe 변형을 함유하였다. PS ASO는 또한 접합을 위해 분자의 5' 말단에 C6-NH2 접합 핸들을 함유하였다. PS ASO를 표준 고체상 포스포라미다이트 화학법을 이용하여 고체상에서 완전히 어셈블리하고, HPLC 상에서 정제하였다.
ASO를 표준 고체상 포스포라미다이트 화학법을 이용하여 고체상에서 완전히 어셈블리하고, HPLC 상에서 정제하였다. ASO는 접합을 위해 분자의 5' 말단에 C6-NH2 접합 핸들을 함유하였다.
실시예 2. DMD 엑손 스키핑 검출
분화된 C1C12 세포에서 DMD 엑손 23 스키핑을 측정하는 방법
마우스 근아세포 C2C12 세포를 24 웰 플레이트 중 0.5 mL 10% FBS RPMI 1640 배지에서 50,000-100,000/웰로 플레이팅하고, 5% CO2 하에 37℃에서 밤새도록 인큐베이션시켰다. 2일째, 세포를 분화 배지(2% 말 혈청 RPMI 1640 및 1 μM 인슐린)로 옮기고, 3-5일 동안 인큐베이션시켰다. 인큐베이션 후, 샘플을 첨가하고, 24시간 동안 인큐베이션시켰다. 샘플 처리 후, 1 mL의 신선한 배지(화합물 비포함)를 2일 더 매일 교체하였다. 처리 시작 후 72시간째, 세포를 수거하였다. 인비트랩 RNA 셀 HTS 96 키트(InviTrap RNA Cell HTS 96 Kit)(B-Bridge International #7061300400)를 이용하여 RNA를 단리시키고, 하이 캐퍼시티 cDNA 역전사 키트(High Capacity cDNA Reverse transcription Kit)(ThermoFisher #4368813)를 이용하여 역전사시켰다. 드림택TM PCR 마스터믹스(DreamTaqTM PCR Mastermix)(ThermoFisher #K1072)를 이용하여 PCR 반응을 수행하였다. 1차 PCR은 엑손 20(Ex20F 5'-CAGAATTCTGCCAATTGCTGAG)(서열 번호 30) 및 엑손 26(Ex26R 5'-TTCTTCAGCTTGTGTCATCC)(서열 번호 31)에서 프라이머를 사용하여 하기 표 2의 프로토콜을 이용함으로써 스키핑된 분자 및 언스키핑된 분자, 둘 모두를 증폭시켰다.
Figure pct00027
네스티드 PCR의 경우, 1차 PCR 반응물을 물로 100X 희석시키고, 네스티드 PCR 반응을 위해 5 ㎕를 사용하였다(총 반응 부피 50 ㎕). 네스티드 PCR은 엑손 20(Ex20F2: 5'- ACCCAGTCTACCACCCTATC)(서열 번호 32) 및 엑손 25(Ex25R: 5'- CTCTTTATCTTCTGCCCACCTT)(서열 번호 33)에서 프라이머를 사용하여 하기 표 3의 프로토콜을 이용함으로써 스키핑된 분자 및 언스키핑된 분자, 둘 모두를 증폭시켰다.
Figure pct00028
4% TAE 아가로스 겔을 사용하여 PCR 반응물을 분석하였다. 야생형(WT) DMD 생성물의 예상 크기는 788 염기쌍이었고, 스키핑된 DMD Δ23은 575 염기쌍이었다.
동물
모든 동물 연구는 USDA 동물 복지법(USDA Animal Welfare Act) 뿐만 아니라 "실험 동물의 관리 및 사용을 위한 가이드(Guide for the Care and Use of Laboratory Animals)"(문헌 [National Research Council publication, 8th Ed], 2011년 개정)에 개략적으로 설명된 규정을 준수하는, 엑스플로라 바이오랩스(Explora BioLabs)의 실험 동물 관리 및 사용 위원회(IACUC: Institutional Animal Care and Use Committee)에 따른 프로토콜에 따라 수행하였다. 모든 마우스를 찰스 리버 라보라토리즈(Charles River Laboratories) 또는 할란 라보라토리즈(Harlan Laboratories)로부터 입수하였다.
생체내 마우스 모델
WT CD-1 마우스(4-6주령)에 명시된 안티센스 접합체(ASC: 안티센스 접합체) 및 용량으로 정맥내(iv) 주사를 통해 투약하였다. "네이키드" PMO 또는 ASO를 명시된 용량으로 근육내 주사를 통해 투약하였다. 4, 7, 또는 14일 경과 후, 심장 및 비복근 근육 조직을 수거하고, 액체 질소에서 급냉시켰다. 트리졸(Trizol) 및 RN이지 플러스 96 키트(RNeasy Plus 96 Kit)(Qiagen, #74192)를 사용하여 RNA를 단리시키고, 하이 캐퍼시티 cDNA 역전사 키트(ThermoFisher #4368813)를 이용하여 역전사시켰다. 기술된 바와 같이 네스티드 PCR 반응을 수행하였다. 4%(또는 1%) TAE 아가로스 겔에서 PCR 반응물을 분석한 후, 밀도측정에 의해 정량화하였다.
처리된 마우스에서 엑손 23 스키핑을 확인하기 위해, DNA 단편을 4% 아가로스 겔로부터 단리시키고, 서열분석하였다.
스키핑된 DMD mRNA 카피수를 정량적으로 측정하기 위해, 스키핑된 DMD mRNA 및 WT DMD mRNA를 정량화할 수 있도록 qPCR 프라이머/프로브 세트를 디자인하였다(도 3). qPCR 정량화 표준을 디자인하고, 하기 표 4에 제시된 바와 같은 디자인된 PCR 프라이머를 이용하여 PCR을 통해 제조하였다. WT 및 DMD에 대한 qPCR을 위해, PCR 후, 733 염기쌍 단편을 아가로스 겔로부터 단리시켰다. 스키핑된 DMA에 대한 qPCR 표준을 위해, 네스티드 프라이머를 사용하였다.
qPCR 프라이머/프로브의 증폭 효율은 예상 효율의 10% 범위 내에 포함되는 것으로 측정되었다. 콴트스튜디오 7(QuantStudio 7) 및 택맨TM PCR 유니버셜 마스터믹스 II(TaqmanTM PCR Universal Mastermix II)(ThermoFisher #4440041)에서 제조사의 설명서에 따라 qPCR 반응을 수행하였다.
Figure pct00029
실시예 3: 접합체 합성
분석 및 정제 방법
하기 표 5-11에 따라 분석 및 정제 방법을 수행하였다.
Figure pct00030
Figure pct00031
Figure pct00032
Figure pct00033
Figure pct00034
Figure pct00035
Figure pct00036
항트랜스페린 수용체 항체
사용된 항마우스 트랜스페린 수용체 항체 또는 항CD71 mAb는 마우스 CD71 또는 마우스 트랜스페린 수용체 1(mTfR1: mouse transferrin receptor 1)에 결합하는 래트 IgG2a 서브부류 단일클론 항체였다. 항체는 바이오X셀(BioXcell)에 의해 생산되었고, 이는 상업적으로 이용가능하다(카탈로그 번호 BE0175).
항CD71 항체 모르폴리노 안티센스 올리고뉴클레오티드 접합체( 항CD71 mAb -PMO)
항CD71 mAb - PMO 접합
수 중 4 등가량의 트리스(2-카복시에틸)포스핀(TCEP)을 첨가하여 보레이트 완충제(25 mM 소듐 테트라보레이트, 25 mM NaCl, 1 mM 디에틸렌 트리아민 펜타아세트산, pH 8.0) 중의 항CD71 항체(10 mg/mL)를 환원시키고, 37℃에서 4시간 동안 인큐베이션시켰다. 4(N-말레이미도메틸)사이클로헥산카복실산 N-하이드록시숙신이미드 에스테르(SMCC)를, DMSO 중 포스포로디아미데이트 모르폴리노 올리고머(PMO)(50 mg/mL)를 DMSO 중 10 등가량의 SMCC(10 mg/mL)와 함께 1시간 동안 인큐베이션시킴으로써 PMO의 3' 말단 상의 1급 아민에 커플링시켰다. MWCO를 3 kDa의, 아미콘 울트라-15(Amicon Ultra-15) 원심분리 필터 유니트를 사용하여 한외여과에 의해 비접합 SMCC를 제거하였다. PMO-SMCC를 아세테이트 완충제(10 mM 아세트산나트륨, pH 6.0)로 3회에 걸쳐 세척하고, 바로 사용하였다. 환원된 항체를 2.25 등가량의 PMO-SMCC와 혼합하고, 4℃에서 밤새도록 인큐베이션시켰다. 이어서, 반응 혼합물의 pH를 7.5로 강하시키고, 8 등가량의 N-에틸말레이미드를 실온에서 30분 동안 혼합물에 첨가하여 비반응 시스테인을 켄칭시켰다. 소수성 상호작용 크로마토그래피(HIC) 방법 2에 의한 반응 혼합물 분석 결과, 비반응 항체 및 PMO와 함께 항체-PMO 접합체가 나타났다(도 4). 도 4는 제조된 항CD71 mAb-PMO 반응 혼합물의 크로마토그램을 HIC 방법 2를 이용하여 나타낸 것으로서, 유리 항체 피크(1), 유리 PMO(2), DAR 1(3), DAR 2(4), DAR 3(5), DAR > 3(6)을 보여주고 있다. "DAR"은 약물 대 항체의 비를 나타낸다. 괄호 안의 수치는 크로마토그램에서의 피크를 나타낸다.
정제
반응 혼합물을 HIC 방법 1을 이용하여 AKTA 익스플로러(Explorer) FPLC로 정제하였다. 약물 대 항체 비가 1(DAR 1) 및 2(DAR 2)인 접합체를 함유하는 분획을 조합하고, DAR이 2 초과인 접합체와는 따로, MWCO를 50 kDa의, 아미콘 울트라-15 원심분리 필터 유니트를 사용하여 농축시켰다. 농축된 접합체를 분석 전에 아미콘 울트라-15 원심분리 필터 유니트를 사용하여 PBS(pH 7.4)로 완충제를 교환하였다.
정제된 접합체 분석
단리된 접합체를 크기 배제 크로마토그래피(SEC) 및 HIC에 의해 특징 규명하였다. SEC 방법 1을 사용하여 고분자량 응집체 및 비접합 PMO는 존재하지 않는다는 것을 확인하였다(도 5a-5c). 도 5a는 제조된 항CD71 mAb의 크로마토그램을 SEC 방법 1을 사용하여 보여주는 것이다. 도 5b는 제조된 항CD71 mAb-PMO DAR 1,2의 크로마토그램을 SEC 방법 1을 사용하여 보여주는 것이다. 도 5c는 제조된 항CD71 mAb-PMO DAR 2 초과인 것의 크로마토그램을 SEC 방법 1을 사용하여 보여주는 것이다."DAR"은 약물 대 항체의 비를 나타낸다.
HIC 방법 2를 사용하여 분석적 HPLC에 의해 접합체의 순도를 사정하였다(도 6a-6c). 도 6a는 제조된 항CD71 mAb의 크로마토그램을 HIC 방법 2를 사용하여 보여주는 것이다. 도 6b는 제조된 정제된 항CD71 mAb-PMO DAR 1,2 접합체의 크로마토그램을 SHIC 방법 2를 사용하여 보여주는 것이다. 도 6c는 제조된 정제된 항CD71 mAb-PMO DAR >2 접합체의 크로마토그램을 HIC 방법 2를 사용하여 보여주는 것이다. 각 샘플의 260/280 nm UV 흡광도 비를 PMO 및 항체의 공지된 비의 표준 곡선과 비교하여 DAR을 확인하였다. DAR 1,2 샘플의 평균 DAR은 ~1.6인 반면, DAR 2 초과인 샘플의 평균 DAR은 ~3.7이었다. "DAR"은 약물 대 항체의 비를 나타낸다.
항CD71 Fab 모르폴리노 안티센스 올리고뉴클레오티드 접합체( 항CD71 Fab -PMO)
펩신에 의한 항체 분해
20 mM 아세테이트 완충제(pH 4.0) 중 항CD71 항체(5 mg/mL)를 고정화된 펩신과 함께 37℃에서 3시간 동안 인큐베이션시켰다. 수지를 제거하고, MWCO를 30 kDa의, 아미콘 울트라-15 원심분리 필터 유니트를 사용하여 반응 혼합물을 PBS(pH 7.4)로 세척하였다. 잔류물을 수집하고, 크기 배제 크로마토그래피(SEC) 방법 2를 사용하여 정제하여 F(ab')2 단편을 단리시켰다.
항CD71 ( Fab )- PMO 접합
수 중 10 등가량의 TCEP를 첨가하여 보레이트 완충제(pH 8.0) 중의 F(ab')2 단편(15 mg/mL)을 환원시키고, 37℃에서 2시간 동안 인큐베이션시켰다. SMCC를, DMSO 중 PMO(50 mg/mL)를 DMSO 중 10 등가량의 SMCC(10 mg/mL)와 함께 1시간 동안 인큐베이션시킴으로써 PMO의 3' 말단 상의 1급 아민에 부가시켰다. MWCO를 3 kDa의, 아미콘 울트라-15 원심분리 필터 유니트를 사용하여 한외여과에 의해 비접합 SMCC를 제거하였다. PMO-SMCC를 아세테이트 완충제(pH 6.0)로 3회에 걸쳐 세척하고, 바로 사용하였다. 환원된 F(ab') 단편(Fab)을 MWCO를 10 kDa의, 아미콘 울트라-15 원심분리 필터 유니트를 사용하여 보레이트 완충제(pH 8.0)로 완충제를 교환하고, 1.75 등가량의 PMO-SMCC를 첨가하고, 4℃에서 밤새도록 인큐베이션시켰다. 이어서, 반응 혼합물의 pH를 7.5로 강하시키고, 6 등가량의 N-에틸말레이미드를 실온에서 30분 동안 혼합물에 첨가하여 비반응 시스테인을 켄칭시켰다. 소수성 상호작용 크로마토그래피(HIC) 방법 3에 의한 반응 혼합물 분석 결과, 비반응 Fab와 함께 항CD71 (Fab)-PMO 접합체가 나타났다(도 7a). 도 7a는 항CD71 Fab-PMO의 FPLC 정제의 크로마토그램을 HIC 방법 3을 사용하여 보여주는 것이다.
정제
반응 혼합물을 HIC 방법 3을 이용하여 AKTA 익스플로러 FPLC로 정제하였다. DAR이 1, 2, 및 3인 접합체를 함유하는 분획을 조합하고, 따로 농축시켰다. 농축된 접합체를 분석 전에 MWCO를 10 kDa의, 아미콘 울트라-15 원심분리 필터 유니트를 이용하여 PBS(pH 7.4)로 완충제를 교환하였다.
정제된 접합체 분석
단리된 접합체를 SEC, 및 HIC에 의해 특징 규명하였다. SEC 방법 1을 사용하여 고분자량 응집체 및 비접합 PMO는 존재하지 않는다는 것을 확인하였다. 도 7b-7e 를 참조한다. 도 7b는 제조된 항CD71 Fab의 크로마토그램을 SEC 방법 1을 사용하여 보여주는 것이다. 도 7c는 제조된 항CD71 Fab-PMO DAR 1 접합체의 크로마토그램을 SEC 방법 1을 사용하여 보여주는 것이다. 도 7d는 제조된 항CD71 Fab-PMO DAR 2 접합체의 크로마토그램을 SEC 방법 1을 사용하여 보여주는 것이다. 도 7e는 제조된 항CD71 Fab-PMO DAR 3 접합체의 크로마토그램을 SEC 방법 1을 사용하여 보여주는 것이다. HIC 방법 4를 사용하여 분석적 HPLC에 의해 접합체의 순도를 사정하였다. 도 7f-7i 를 참조한다. 도 7f는 제조된 항CD71 Fab의 크로마토그램을 HIC 방법 4를 사용하여 보여주는 것이다. 도 7g는 제조된 항CD71 Fab-PMO DAR 1 접합체의 크로마토그램을 HIC 방법 4를 사용하여 보여주는 것이다. 도 7h는 제조된 항CD71 Fab-PMO DAR 2 접합체의 크로마토그램을 HIC 방법 4를 사용하여 보여주는 것이다. 도 7i는 제조된 항CD71 Fab-PMO DAR 3 접합체의 크로마토그램을 HIC 방법 4를 사용하여 보여주는 것이다. "DAR"은 약물 대 항체의 비를 나타낸다. 각 샘플의 260/280 nm UV 흡광도 비를 PMO 및 Fab의 공지된 비의 표준 곡선과 비교하여 DAR을 확인하였다.
항CD71 항체 포스포로티오에이트 안티센스 올리고뉴클레오티드 접합체( 항 CD71 mAb-PS ASO)
항CD71 mAb -PS ASO
수 중 4 등가량의 TCEP를 첨가하여 보레이트 완충제(pH 8.0) 중의 항CD71 항체(10 mg/mL)를 환원시키고, 37℃에서 4시간 동안 인큐베이션시켰다. 4(N-말레이미도메틸)사이클로헥산카복실산 N-하이드록시숙신이미드 에스테르(SMCC)를, 250 mM PB(pH 7.5) 및 DMSO의 1:1 혼합물 중 PS ASO(50 mg/mL)를 DMSO 중 10 등가량의 SMCC(10 mg/mL)와 함께 1시간 동안 인큐베이션시킴으로써 PS-ASO의 5' 말단 상의 1급 아민에 부가시켰다. MWCO를 3 kDa의, 아미콘 울트라-15 원심분리 필터 유니트를 사용하여 한외여과에 의해 비접합 SMCC를 제거하였다. PS ASO-SMCC를 아세테이트 완충제(pH 6.0)로 3회에 걸쳐 세척하고, 바로 사용하였다. 환원된 항체를 1.7 등가량의 PS ASO-SMCC와 혼합하고, 4℃에서 밤새도록 인큐베이션시켰다. 이어서, 반응 혼합물의 pH를 7.4로 강하시키고, 8 등가량의 N-에틸말레이미드를 실온에서 30분 동안 혼합물에 첨가하여 비반응 시스테인을 켄칭시켰다. 강한 음이온 교환 크로마토그래피(SAX) 방법 2에 의한 반응 혼합물 분석 결과, 비반응 항체 및 ASO와 함께 항체-PS ASO 접합체가 나타났다(도 8a). 도 8a는 제조된 항CD71 mAb-PS ASO 반응 혼합물의 크로마토그램을 SAX 방법 2를 이용하여 나타낸 것으로서, 유리 항체 피크(1), 유리 PS ASO(5), DAR 1(2), DAR 2(3), DAR > 2(4)를 보여주고 있다. "DAR"은 약물 대 항체의 비를 나타낸다. 괄호 안의 수치는 크로마토그램에서의 피크를 나타낸다.
정제
반응 혼합물을 SAX 방법 1을 이용하여 AKTA 익스플로러 FPLC로 정제하였다. 약물 대 항체 비(DAR)가 1, 2, 및 3인 접합체를 함유하는 분획을 조합하고, 따로 농축시키고, 분석 전에 MWCO를 50 kDa의, 아미콘 울트라-15 원심분리 필터 유니트를 사용하여 PBS(pH 7.4)로 완충제를 교환하였다.
정제된 접합체 분석
단리된 접합체를 크기 배제 크로마토그래피(SEC) 및 SAX에 의해 특징 규명하였다. 크기 배제 크로마토그래피 방법 1을 사용하여 고분자량 응집체 및 비접합 ASO는 존재하지 않는다는 것을 확인하였다. 도 8b-8e 를 참조한다. 도 8b는 제조된 항CD71 mAb의 크로마토그램을 SEC 방법 1을 사용하여 보여주는 것이다. 도 8c는 제조된 항CD71 mAb-PS ASO DAR 1 접합체의 크로마토그램을 SEC 방법 1을 사용하여 보여주는 것이다. 도 8d는 제조된 항CD71 mAb-PS ASO DAR 2 접합체의 크로마토그램을 SEC 방법 1을 사용하여 보여주는 것이다. 도 8e는 제조된 항CD71 mAb-PS ASO DAR 3 접합체의 크로마토그램을 SEC 방법 1을 사용하여 보여주는 것이다. SAX 방법 2를 사용하여 분석적 HPLC에 의해 접합체의 순도를 사정하였다. 도 8f-8h 를 참조한다. 도 8f는 제조된 항CD71 mAb-PS ASO DAR 1 접합체의 크로마토그램을 SAX 방법 2를 사용하여 보여주는 것이다. 도 8g는 제조된 항CD71 mAb-PS ASO DAR 2 접합체의 크로마토그램을 SAX 방법 2를 사용하여 보여주는 것이다. 도 8h는 제조된 항CD71 mAb-PS ASO DAR 3 접합체의 크로마토그램을 SAX 방법 2를 사용하여 보여주는 것이다. 각 샘플의 260/280 nm UV 흡광도 비를 ASO 및 항체의 공지된 비의 표준 곡선과 비교하여 약물 대 항체의 비(DAR)를 확인하였다.
실시예 4: 항CD71 mAb - PMO 접합체의 시험관내 활성
항CD71 mAb-PMO 접합체를 실시예 3에 기술된 바와 같이 제조하고, 특징 규명하였다. 접합체를 실시예 2와 유사한 방법을 사용하여 네스티드 PCR을 이용함으로써 시험관내 분화된 C2C12 세포에서의 엑손 스키핑을 매개할 수 있는 그의 능력에 대하여 사정하였다. 간략하면, "네이키드" 모르폴리노 ASO("PMO")의 효능을 관련 비히클 대조군과 함께, 다중 농도의 항CD71 mAb-PMO 접합체와 비교하였다. 대조군은 비히클("Veh"), 50 uM의 스크램블 모르폴리노("Scr50"), 및 항체 부재("Neg-Ab")를 포함하였다. 사용된 PMO의 농도는 50 uM, 1 uM, 및 0.02 uM을 포함하였다. 사용된 항CD71 mAB-PMO DAR 1,2의 농도는 200 nM, 20 nM, 및 2 nM을 포함한다. "DAR"은 약물 대 항체의 비를 나타낸다.
cDNA 합성 후, 2 라운드의 PCR 증폭(1차 및 네스티드 PCR)을 사용하여 엑손-스키핑을 검출하였다. 4% TAE 아가로스 겔에서 PCR 반응물을 분석하였다(도 9).
도 9를 참조하면, 항CD71 mAb-PMO 접합체는 분화된 C2C12 세포에서 및 "네이키드" PMO 대조군보다 더 낮은 농도에서 측정가능한 엑손 23 스키핑을 생성하였다. 야생형 생성물의 예상 크기는 788 염기쌍이었고, 스키핑된 DMD Δ23은 575 염기쌍이었다.
2차 실험은 항CD71 Fab-PMO 접합체 및 음성 대조군으로서 항EGFR로 표적화되는 PMO("Z-PMO")를 포함하였다(도 10). 사용된 PMO 농도는 10 uM 및 2 uM을 포함하였다. 사용된 항CD71 mAb-PMO 농도는 0.2 uM 및 0.04 uM을 포함하였다. 항CD71 mAb-PMO의 DAR은 2였다. Z-PMO는 0.2 uM 농도로 사용되었고, DAR은 2였다. 항CD71 Fab-PMO의 농도는 0.6 uM 및 0.12 uM을 포함하였다. 0.6 uM 및 0.12 uM의 항CD71 mAb-PMO에 대하여 DAR이 각각 1, 2, 및 3인 것을 검정하였다.
도 10을 참조하면, 트랜스페린 수용체, 항CD71 mAb-PMO, 및 항CD71 Fab-PMO 접합체를 이용한 수용체 매개 흡수는 C2C12 세포에서 및 "네이키드" PMO 대조군보다 더 낮은 농도에서 측정가능한 엑손 23 스키핑을 생성하였다. 시험된 농도의 Z-PMO로부터 측정가능한 엑손 23 스키핑은 없었고, 항CD71 접합체로부터 스키핑을 생성하였다.
실시예 5. 항CD71 - ASO mAb PS 접합체의 시험관내 활성
항CD71 mAb-PS ASO 접합체를 실시예 3에 기술된 바와 같이 제조하고, 특징 규명하였다. 접합체를 실시예 2와 유사한 방법을 사용하여 네스티드 PCR을 이용함으로써 시험관내 분화된 C2C12 세포에서의 엑손 스키핑을 매개할 수 있는 그의 능력에 대하여 사정하였다. 간략하면, "네이키드" 포스포로티오에이트 ASO(PS ASO)의 효능을 관련 비히클 대조군과 함께, 다중 농도의 항CD71 mAb-PS ASO 접합체와 비교하였다. cDNA 합성 후, 2 라운드의 PCR 증폭(1차 및 네스티드 PCR)을 수행하여 엑손-스키핑을 검출하였다. 4% TAE 아가로스 겔에서 PCR 반응물을 분석하였다(도 11). 도 11은 PMO, ASO, DAR1의 접합된 항CD71 mAb-ASO("ASC-DAR1"), DAR2의 접합된 항CD71 mAb-ASO("ASC-DAR2"), 및 DAR3의 접합된 항CD71 mAb-ASO("ASC-DAR3")의 아가로스 겔을 보여주는 것이다. "PMO" 및 "ASO"는 항체에 접합되지 않은, 유리 PMO 및 ASO를 지칭한다. "Veh"는 비히클 단독인 것을 지칭한다. 시험된 농도는 0.2, 1, 및 5 마이크로몰(μM)을 포함하였다.
도 11을 참조하면, 항CD71 mAb-PS ASO 접합체는 분화된 C2C12 세포에서 및 "네이키드" PS ASO 대조군보다 더 낮은 농도에서 측정가능한 엑손 23 스키핑을 생성하였다. 야생형 생성물의 예상 크기는 788 염기쌍이었고, 스키핑된 DMD Δ23은 575 염기쌍이었다.
실시예 6: 항CD71 mAb - PMO 접합체의 생체내 활성
항CD71 mAb-PMO 접합체를 실시예 3에 기술된 바와 같이 제조하고, 특징 규명하였다. 접합체 항CD71 mAb-PMO DAR1,2 항CD71 및 mAb-PMO DAR>2를 실시예 2와 유사한 방법을 사용하여 야생형 CD-1 마우스에서 엑손 스키핑을 매개할 수 있는 그의 능력에 대하여 사정하였다. "DAR"은 약물 대 항체의 비를 나타낸다.
mAb, 비히클 대조군, 및 안티센스 접합체(ASC)를 하기 표 12에 제공된 바와 같은 용량으로 마우스에 정맥내(iv) 주사를 통해 투약하였다. "DAR"은 약물 대 항체의 비를 나타낸다. "네이키드" PMO는 표 12에 제공된 바와 같은 용량으로 비복근 근육 내로 근육내 주사를 통해 투약하였다. 4, 7, 또는 14일 경과 후, 심장 및 비복근 근육 조직을 수거하고, 액체 질소에서 급냉시켰다. RNA를 단리시키고, 역전사시키고, 네스티드 PCR 반응을 수행하였다. 4% TAE 아가로스 겔에서 PCR 반응물을 분석한 후, 밀도측정에 의해 정량화하였다.
Figure pct00037
도 12a는 4, 7, 또는 14일 동안 항CD71 mAb-PMO DAR 1,2, 항CD71 mAb-PMO DAR>2, 항CD71 mAb, PMO, 및 비히클을 투여받은 마우스로부터의 비복근 근육 샘플의 겔 전기영동을 보여주는 것이다. 야생형 생성물의 예상 크기는 788 염기쌍이었고, 스키핑된 DMD Δ23은 575 염기쌍이었다. 항CD71 mAb-PMO DAR 1,2 및 항CD71 mAb-PMO DAR>2는 비복근 근육에서 및 "네이키드" PMO 대조군보다 더 낮은 농도에서 측정가능한 엑손 23 스키핑을 생성하였다. 겔 상의 밴드의 강도(도 12a)를 도 12b에 제시된 바와 같이 밀도측정에 의해 정량화하였다. 도 12c는 택맨 qPCR을 이용한 야생형 마우스 비복근 근육에서의 생체내 엑손 스키핑의 정량화를 보여주는 것이다.
도 13a는 4, 7, 또는 14일 동안 항CD71 mAb-PMO DAR 1,2, 항CD71 mAb-PMO DAR>2, 항CD71 mAb, PMO, 및 비히클을 투여받은 마우스로부터의 심장 샘플의 겔 전기영동을 보여주는 것이다. 야생형 생성물의 예상 크기는 788 염기쌍이었고, 스키핑된 DMD Δ23은 575 염기쌍이었다. 겔 상의 밴드의 강도(도 13a)를 도 13b에 제시된 바와 같이 밀도측정에 의해 정량화하였다. 비복근 근육 샘플과 유사한 결과를 수득하였다. 항CD71 mAb-PMO DAR 1,2 및 항CD71 mAb-PMO DAR>2는 비복근 근육에서 및 "네이키드" PMO 대조군보다 더 낮은 농도에서 측정가능한 엑손 23 스키핑을 생성하였다.
이어서, 4% 아가로스 겔로부터 DNA 단편을 단리시키고, 서열분석하였다. 서열분석 데이터를 통해 도 14에 제시된 바와 같은 스키핑된 생성물 및 야생형 생성물에서 올바른 서열을 확인하였다.
실시예 7. 안티센스 올리고뉴클레오티드 서열 및 합성
상이한 유전자 중의 상이한 엑손을 표적화하는 하기 표 13의 서열을 제조하였다.
Figure pct00038
실시예 8. 다중 조직에서의 CD71 mAb - PMO 접합체의 생체내 활성
CD71 mAb-PMO 접합체를 실시예 3에 기술된 바와 같이 제조하고, 특징 규명하였다. 접합체(DAR3+)를 생체내 야생형 CD-1 마우스에서 엑손 스키핑을 매개할 수 있는 그의 능력에 대하여 사정하였고, 전체 실험 세부 사항에 대해서는 실시예 2를 참조한다. 간략하면, 비히클 대조군 및 명시된 ASC를 명시된 용량으로 정맥내(iv) 주사를 통해 마우스에 투약하였으며, 도 7a를 참조한다. 7, 14 또는 28일 후, 횡격막, 심장 및 비복근 근육 조직을 수거하고, 액체 질소에서 급냉시켰다. RNA를 단리시키고, 역전사시키고, 적절한 프라이머/프로브 세트를 이용하여 실시예 2에 기술된 바와 같이 실시간 qPCR 및 네스티드 PCR 반응을 수행하였다. 1% TAE 아가로스 겔에서 PCR 반응물을 분석하였다.
야생형 CD-1 마우스에서 엑손 23 스키핑을 매개할 수 있는 CD71 mAb-PMO 접합체의 능력에 대하여 사정하기 위한 생체내 연구 디자인은 하기 표 14에 제시되어 있다.
Figure pct00039
도 15a, 도 15c, 및 도 15e를 참조하면, 택맨 qPCR을 이용하였을 때, 생체내 엑손 스키핑이 야생형 마우스의 비복근(도 15a), 횡격막(도 15c) 및 심장 근육(도 15e)에서 측정되었다. 도 15b, 도 15d, 및 도 15f를 참조하면, 네스티드 PCR을 이용하였을 때, CD71 mAb-PMO 접합체는 비복근(도 15b), 횡격막(도 15d), 및 심장 근육(도 15f)에서 측정가능한 엑손23 스키핑을 생성하였다. 야생형 생성물의 예상 크기는 788 bp였고, 스키핑된 DMD Δ23의 크기는 575 bp였다. 겔 상의 밴드의 강도를 밀도측정에 의해 정량화하였고, 데이터는 야생형 디스트로핀 대비 스키핑된 생성물(%)로서 제시되어 있다.
실시예 9. 마우스 MSTN 에 대한 CD71 mAb - PMO 접합체의 생체내 활성
마우스 마이오스타틴의 엑손 2를 표적화하는 CD71 mAb-PMO 접합체(서열 번호 46)를 실시예 3에 기술된 바와 같이 제조하고, 특징 규명하였다. 접합체(DAR1/2 및 DAR3+)를 실시예 2에 기술된 것과 유사한 방법을 사용하여 생체내 야생형 CD-1 마우스에서 엑손 스키핑을 매개할 수 있는 그의 능력에 대하여 사정하였다. 간략하면, 하기 표 15에 제시된 바와 같이, mAb, 비히클 대조군 및 명시된 ASC를 명시된 용량으로 정맥내(iv) 주사를 통해 투약하였다.
Figure pct00040
7, 14 또는 28일 후, 횡격막, 심장 및 비복근 근육 조직을 수거하고, 액체 질소에서 급냉시켰다. RNA를 단리시키고, 역전사시켰다. 정방향 프라이머(mMSTN-F1: 5' CCTGGAAACAGCTCCTAACATC)(서열 번호 50) 및 역방향 프라이머(mMSTN-R1: 5'CAGTCAAGCCCAAAGTCTCTC)(서열 번호 51)를 이용하여 PCR 반응을 수행하였다(핫 스타트: 95℃에서 2분, 95℃에서 45초 동안 변성, 56℃에서 30초 동안 프라이머 어닐링, 72℃에서 40초 동안 프라이머 신장, 35 사이클). 도 16a-16c에 제시된 바와 같이 1% TAE 아가로스 겔에서 PCR 반응물을 분석하였다. CD71 mAb-PMO 접합체는 마우스 횡격막(도 16a), 심장(도 16b) 및 비복근(도 16c) 근육 조직에서 측정가능한 엑손23 스키핑을 생성하였다. 야생형 생성물의 예상 크기는 622 bp였고, 스키핑된 MSTN Δ2는 248 bp였다.
실시예 10. PAH 유전자에 대한 ASGPR mAb - PMO 접합체의 시험관내 활성
마우스 PAH의 엑손 11을 표적화하는 ASGPR mAb-PMO(5'ATCCTCTTTGGTAACCTCACCTCAC)(서열 번호 47) 접합체를 실시예 3에 기술된 바와 같이 제조하고, 특징 규명하였다. 접합체를 PCR(정방향 프라이머 5'-CTAGTGCCCTTGTTTTCAGA-3'(서열 번호 52) 및 역방향 프라이머 5'-AGGATCTACCACTGATGGGT-3')(서열 번호 53))을 사용하여 시험관내 1차 마우스 간세포에서 마우스 PAH 유전자에서 엑손 11 스키핑을 매개할 수 있는 그의 능력에 대하여 사정하였다. 간략하면, ASGPR mAb-PAH PMO 접합체의 효능을 관련 비히클 대조군과 함께, 다중 농도의 ASGPR mAb-스크램블 PMO와 비교하였다. RNAiMAX 또한 접합체를 형질감염시키기 위해 양성 대조군으로서 사용하였다. 도 17에 제시된 바와 같이, 1% TAE 아가로스 겔에서 PCR 반응물을 분석하였다. 도 17의 겔로부터 알 수 있는 바와 같이, ASGPR mAb-PMO 접합체는 RNAiMAX 형질감염된 대조군과 유사하게, 측정가능한 엑손11 스키핑을 생성하였다. 야생형 생성물의 예상 크기는 703 bp였고, 스키핑된 PAH Δ11은 569 bp였다.
실시예 11. ASGPR mAb - PMO 접합체의 생체내 활성
마우스 PAH의 엑손 11을 표적화하는 ASGPR mAb-PMO(5'ATCCTCTTTGGTAACCTCACCTCAC)(서열 번호 47) 접합체를 실시예 3에 기술된 바와 같이 제조하고, 특징 규명하였다. 접합체(DAR1/2 및 DAR3+)를 실시예 2에 기술된 것과 유사한 방법을 사용하여 생체내 야생형 CD-1 마우스에서 엑손 스키핑을 매개할 수 있는 그의 능력에 대하여 사정하였다. 간략하면, 하기 표 16에 제시된 바와 같이, mAb, 비히클 대조군 및 명시된 ASC를 명시된 용량으로 정맥내(iv) 주사를 통해 투약하였다.
Figure pct00041
수거된 간 조직으로부터 RNA를 단리시키고, 역전사시켰다. 정방향 프라이머 5'-CTAGTGCCCTTGTTTTCAGA-3'(서열 번호 52) 및 역방향 프라이머 5'-AGGATCTACCACTGATGGGT-3'(서열 번호 53)을 이용한 PCR 반응물을 도 18에 제시된 바와 같이 1% TAE 아가로스 겔에서 분석하였다. 도 18의 겔로부터 알 수 있는 바와 같이, ASGPR mAb-PMO 접합체는 최대 2주째까지 마우스 간에서 측정가능한 엑손11 스키핑을 생성하였다. 야생형 생성물의 예상 크기는 703 bp였고, 스키핑된 PAH Δ11은 569 bp였다.
실시예 12. 서열
하기 표 17은 본원에 기술된 조성물 및 방법을 사용하여 DMD 유전자 중에 삽입, 결실, 중복, 또는 변경을 유도하는 예시적인 표적 서열을 예시한 것이다. 하기 표 18은 본원에 기술된 조성물 및 방법을 사용하여 DMD 유전자 중에 삽입, 결실, 중복, 또는 변경을 유도하는 예시적인 뉴클레오티드 서열을 예시한 것이다. 하기 표 19 및 표 20은 유전자 중 삽입, 결실, 중복, 또는 변경을 유도하기 위한 수개의 유전자 내의 예시적인 표적 서열을 예시한 것이다. 하기 표 21은 본원에 기술된 조성물 및 방법을 사용하여 DMD 유전자 중에 삽입, 결실, 중복, 또는 변경을 유도하는, DMD 유전자 중의 서열을 포함하는, 예시적인 서열을 예시한 것이다.
Figure pct00042
Figure pct00043
Figure pct00044
Figure pct00045
Figure pct00046
Figure pct00047
Figure pct00048
Figure pct00049
Figure pct00050
Figure pct00051
Figure pct00052
Figure pct00053
Figure pct00054
Figure pct00055
Figure pct00056
Figure pct00057
Figure pct00058
Figure pct00059
Figure pct00060
Figure pct00061
Figure pct00062
Figure pct00063
Figure pct00064
Figure pct00065
단계 1: 말레이미드 -PEG- NHS , 이어서, siRNA - DMD 접합체와의 항체 접합
항디스트로핀 항체를 1X 포스페이트 완충제(pH 7.4)로 교환하고, 5 mg/ml 농도가 될 때까지 보충한다. 상기 용액에 2 등가량의 SMCC 링커 또는 말레이미드-PEGxkDa-NHS(x = 1, 5, 10, 20)를 첨가하고, 실온에서 4시간 동안 회전시킨다. 50 kDa MWCO 아미콘 스핀 필터 및 PBS pH 7.4를 이용하여 스핀 여과하여 비반응 말레이미드-PEG를 제거한다. 항체-PEG-Mal 접합체를 수집하고, 반응 베쓸로 옮긴다. 표 13-17에 열거된 서열을 이용하여 다양한 siRNA 접합체를 합성한다. RT에서 siRNA-DMD 접합체(2 등가량)를 PBS 중 항체-PEG-말레이미드에 첨가하고, 밤새도록 회전시킨다. 반응 혼합물을 분석 SAX 칼럼 크로마토그래피에 의해 분석하고, 비반응 항체 및 siRNA와 함께 접합체가 관찰된다.
단계 2: 정제
조 반응 혼합물을 음이온 교환 크로마토그래피를 사용하여 AKTA 익스플로러 FPLC에 의해 정제한다. 항체-PEG-DMD 접합체를 함유하는 분획을 풀링하고, 농축시키고, PBS, pH 7.4로 완충제를 교환한다. siRNA 로딩에 기초하여 SMCC 링커, PEG1kDa, PEG5kDa 및 PEG10kDa을 가지는 항체 siRNA 접합체가 분리된다.
단계 3: 정제된 접합체 분석
단리된 접합체를 질량 분석법 또는 SDS-PAGE에 의해 특징 규명한다. 음이온 교환 크로마토그래피를 사용하여 분석적 HPLC에 의해 접합체의 순도를 사정한다.
본원에 기술된 예 및 실시양태는 단지 예시 목적인 것이며, 당업자에게 제안되는 다양한 수정 또는 변형은 본 출원의 정신 및 범위 및 첨부된 청구범위의 범주 내에 포함되어야 한다.
SEQUENCE LISTING <110> AVIDITY BIOSCIENCES LLC <120> NUCLEIC ACID-POLYPEPTIDE COMPOSITIONS AND METHODS OF INDUCING EXON SKIPPING <130> 45532-715.601 <140> <141> <150> 62/561,939 <151> 2017-09-22 <150> 62/443,514 <151> 2017-01-06 <160> 977 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 24 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 1 Cys Gly Ile Phe Gly Glu Ile Glu Glu Leu Ile Glu Glu Gly Leu Glu 1 5 10 15 Asn Leu Ile Asp Trp Gly Asn Ala 20 <210> 2 <211> 24 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 2 Gly Leu Phe Glu Ala Ile Glu Gly Phe Ile Glu Asn Gly Trp Glu Gly 1 5 10 15 Met Ile Asp Gly Trp Tyr Gly Cys 20 <210> 3 <211> 27 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 3 Gly Leu Phe Glu Ala Ile Glu Gly Phe Ile Glu Asn Gly Trp Glu Gly 1 5 10 15 Met Ile Trp Asp Tyr Gly Ser Gly Ser Cys Gly 20 25 <210> 4 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Sequence: Synthetic peptide <400> 21 Gly Leu Phe Gly Ala Ile Ala Gly Phe Ile Glu Asn Gly Trp Glu Gly 1 5 10 15 Met Ile Asp Gly Trp Tyr Gly 20 <210> 22 <211> 36 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 22 Gly Leu Phe Gly Ala Ile Ala Gly Phe Ile Glu Asn Gly Trp Glu Gly 1 5 10 15 Met Ile Asp Gly Arg Gln Ile Lys Ile Trp Phe Gln Asn Arg Arg Met 20 25 30 Lys Trp Lys Lys 35 <210> 23 <211> 26 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 23 Gly Leu Phe Gly Ala Ile Ala Gly Phe Ile Glu Asn Gly Trp Glu Gly 1 5 10 15 Met Ile Asp Gly Ser Ser Lys Lys Lys Lys 20 25 <210> 24 <211> 24 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 24 Gly Leu Phe Glu Ala Ile Ala Gly Phe Ile Glu Asn Gly Trp Glu Gly 1 5 10 15 Met Ile Asp Gly Gly Gly Tyr Cys 20 <210> 25 <211> 23 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> 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Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic probe <400> 36 ctctctgtac cttatcttag tgtt 24 <210> 37 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 37 tggaggagag actcgggaaa 20 <210> 38 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 38 ttgaagccat tttgttgctc ttt 23 <210> 39 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic probe <400> 39 acaggctctg caaagt 16 <210> 40 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 40 aacagatgac aactactgcc gaaa 24 <210> 41 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 41 ttggctctga tagggtggta gac 23 <210> 42 <211> 14 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic probe <400> 42 cttgttgaaa accc 14 <210> 43 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 43 tgagggtgtt aatgctgaaa gta 23 <210> 44 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 44 caccaactgg gaggaaagtt 20 <210> 45 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 45 ggccaaacct cggcttacct gaaat 25 <210> 46 <211> 28 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 46 agcccatctt ctcctggtcc tgggaagg 28 <210> 47 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 47 atcctctttg gtaacctcac ctcac 25 <210> 48 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 48 tcgtccacaa aatgattctg aatta 25 <210> 49 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 49 cggtgtgtgt atcattctct agtgt 25 <210> 50 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 50 cctggaaaca gctcctaaca tc 22 <210> 51 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 51 cagtcaagcc caaagtctct c 21 <210> 52 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 52 ctagtgccct tgttttcaga 20 <210> 53 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 53 aggatctacc actgatgggt 20 <210> 54 <211> 31 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 54 gccugagcug aucugcuggc aucuugcagu u 31 <210> 55 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uccaacuggg gacgccucug uuccaaaucc 30 <210> 61 <211> 24 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 61 gauagguggu aucaacaucu guaa 24 <210> 62 <211> 21 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 62 gauagguggu aucaacaucu g 21 <210> 63 <211> 25 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 63 gauagguggu aucaacaucu guaag 25 <210> 64 <211> 20 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 64 ggugguauca acaucuguaa 20 <210> 65 <211> 20 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 65 guaucaacau cuguaagcac 20 <210> 66 <211> 23 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 66 ugcauguucc agucguugug ugg 23 <210> 67 <211> 25 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 67 cacuauucca gucaaauagg ucugg 25 <210> 68 <211> 25 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 68 auuuaccaac cuucaggauc gagua 25 <210> 69 <211> 21 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 69 ggccuaaaac acauacacau a 21 <210> 70 <211> 20 <212> RNA <213> Canis sp. <400> 70 cauuuuugac cuacaugugg 20 <210> 71 <211> 20 <212> RNA <213> Canis sp. <400> 71 uuugaccuac auguggaaag 20 <210> 72 <211> 26 <212> RNA <213> Canis sp. 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24 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 164 ucuucagggu uuguauguga uucu 24 <210> 165 <211> 27 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 165 cugggcugaa uugucugaau aucacug 27 <210> 166 <211> 26 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 166 cuguuggcac augugauccc acugag 26 <210> 167 <211> 24 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 167 gucuauaccu guuggcacau guga 24 <210> 168 <211> 25 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 168 ugcuuucugu aauucaucug gaguu 25 <210> 169 <211> 26 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 169 ccuccuuucu ggcauagacc uuccac 26 <210> 170 <211> 25 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 170 ugugucaucc auucgugcau cucug 25 <210> 171 <211> 25 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 171 uuaaggccuc uugugcuaca ggugg 25 <210> 172 <211> 23 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 172 ggggcucuuc uuuagcucuc uga 23 <210> 173 <211> 22 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 173 gacuuccaaa gucuugcauu uc 22 <210> 174 <211> 24 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 174 gccaacaugc ccaaacuucc uaag 24 <210> 175 <211> 26 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 175 cagagauuuc cucagcuccg ccagga 26 <210> 176 <211> 21 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 176 cuuacaucua gcaccucaga g 21 <210> 177 <211> 25 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 177 uccgccaucu guuagggucu gugcc 25 <210> 178 <211> 25 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 178 auuuggguua uccucugaau gucgc 25 <210> 179 <211> 22 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 179 cauaccucuu cauguaguuc cc 22 <210> 180 <211> 26 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 180 cauuugagcu gcguccaccu ugucug 26 <210> 181 <211> 26 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 181 uccugggcag acuggaugcu cuguuc 26 <210> 182 <211> 23 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 182 uugccugggc uuccugaggc auu 23 <210> 183 <211> 24 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 183 uucugaaaua acauauaccu gugc 24 <210> 184 <211> 25 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 184 uaguuucuga aauaacauau accug 25 <210> 185 <211> 21 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 185 gacuugucaa aucagauugg a 21 <210> 186 <211> 24 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 186 guuucugaaa uaacauauac cugu 24 <210> 187 <211> 20 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 187 caccagaaau acauaccaca 20 <210> 188 <211> 20 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 188 caaugauuua gcugugacug 20 <210> 189 <211> 23 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 189 cgaaacuuca uggagacauc uug 23 <210> 190 <211> 25 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 190 cuuguagacg cugcucaaaa uuggc 25 <210> 191 <211> 20 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 191 caugcacaca ccuuugcucc 20 <210> 192 <211> 24 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 192 ucuguacaau cugacgucca gucu 24 <210> 193 <211> 27 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 193 gucuuuauca ccauuuccac uucagac 27 <210> 194 <211> 25 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 194 ccgucugcuu uuucuguaca aucug 25 <210> 195 <211> 22 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 195 uccauaucug uagcugccag cc 22 <210> 196 <211> 23 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 196 ccaggcaacu ucagaaucca aau 23 <210> 197 <211> 30 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 197 uuucuguuac cugaaaagaa uuauaaugaa 30 <210> 198 <211> 25 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 198 cauucauuuc cuuucgcauc uuacg 25 <210> 199 <211> 26 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 199 ugaucucuuu gucaauucca uaucug 26 <210> 200 <211> 30 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 200 uucagugaua uagguuuuac cuuuccccag 30 <210> 201 <211> 26 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 201 cuguagcugc cagccauucu gucaag 26 <210> 202 <211> 21 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 202 ucuucugcuc gggaggugac a 21 <210> 203 <211> 20 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 203 ccaguuacua uucagaagac 20 <210> 204 <211> 20 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 204 ucuucaggug caccuucugu 20 <210> 205 <211> 25 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 205 ugugaugugg uccacauucu gguca 25 <210> 206 <211> 20 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 206 ccauguguuu cugguauucc 20 <210> 207 <211> 25 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 207 cguguagagu ccaccuuugg gcgua 25 <210> 208 <211> 24 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 208 uacuaauuuc cugcaguggu cacc 24 <210> 209 <211> 24 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 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gucuguugga gg 22 <210> 282 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 282 cgtcgtgact gtctgttgga gg 22 <210> 283 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 283 ggcaucgucg cgggaggcug cuggagcg 28 <210> 284 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 284 ccgcgacaua ggacggagag cagagccc 28 <210> 285 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 285 actgtgaggg cgatcgctgc 20 <210> 286 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 286 acgatgagtg gcatagtcgc 20 <210> 287 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 287 ggcatcgtcg cgggaggctg 20 <210> 288 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 288 gggcatcgtc gcgggaggct 20 <210> 289 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 289 ggggcatcgt cgcgggaggc 20 <210> 290 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 290 aggggcatcg tcgcgggagg 20 <210> 291 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 291 gaggggcatc gtcgcgggag 20 <210> 292 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 292 tgaggggcat cgtcgcggga 20 <210> 293 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 293 ttgaggggca tcgtcgcggg 20 <210> 294 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 294 gttgaggggc atcgtcgcgg 20 <210> 295 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 295 cgttgagggg catcgtcgcg 20 <210> 296 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 296 acgttgaggg gcatcgtcgc 20 <210> 297 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 297 aacgttgagg ggcatcgtcg 20 <210> 298 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 298 taacgttgag gggcatcgtc 20 <210> 299 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 299 ctaacgttga ggggcatcgt 20 <210> 300 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 300 gctaacgttg aggggcatcg 20 <210> 301 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 301 agctaacgtt gaggggcatc 20 <210> 302 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 302 aagctaacgt tgaggggcat 20 <210> 303 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 303 gaagctaacg ttgaggggca 20 <210> 304 <211> 20 <212> DNA <213> Rattus sp. <400> 304 ctccgcaatg ctgaaaggtg 20 <210> 305 <211> 24 <212> RNA <213> Rattus sp. <400> 305 ggcgugccuc aaacauggug gcgg 24 <210> 306 <211> 27 <212> DNA <213> Rattus sp. <400> 306 ctgtgcttac cgggttttcc acctccc 27 <210> 307 <211> 25 <212> DNA <213> Rattus sp. <400> 307 atcgtcgtga ctgtctgttg gaggg 25 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cccctgcagc acgcgggt 18 <210> 320 <211> 37 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 320 gaggcagggc cggcaggacc ccctgcagca cgcgggt 37 <210> 321 <211> 20 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 321 ggcatcgtcg cgggaggctg 20 <210> 322 <211> 20 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 322 gggcatcgtc gcgggaggct 20 <210> 323 <211> 20 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 323 ggggcatcgt cgcgggaggc 20 <210> 324 <211> 20 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 324 aggggcatcg tcgcgggagg 20 <210> 325 <211> 20 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 325 gaggggcatc gtcgcgggag 20 <210> 326 <211> 20 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 326 tgaggggcat cgtcgcggga 20 <210> 327 <211> 20 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 327 ttgaggggca tcgtcgcggg 20 <210> 328 <211> 20 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 328 gttgaggggc atcgtcgcgg 20 <210> 329 <211> 20 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 329 cgttgagggg catcgtcgcg 20 <210> 330 <211> 20 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 330 acgttgaggg gcatcgtcgc 20 <210> 331 <211> 20 <212> DNA <213> Homo 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352 ctgcaggtaa aagcatatgg atcaa 25 <210> 353 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 353 atcgcctgca ggtaaaagca tatgg 25 <210> 354 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 354 gtcaaatcgc ctgcaggtaa aagca 25 <210> 355 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 355 gatctgtcaa atcgcctgca ggtaa 25 <210> 356 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 356 caacagatct gtcaaatcgc ctgca 25 <210> 357 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 357 tttctcaaca gatctgtcaa atcgc 25 <210> 358 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 358 ccatttctca acagatctgt caaat 25 <210> 359 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 359 ataatgaaaa cgccgccatt tctca 25 <210> 360 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 360 aaatatcttt atatcataat gaaaa 25 <210> 361 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 361 tgttagccac tgattaaata tcttt 25 <210> 362 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 362 aaactgttca gcttctgtta gccac 25 <210> 363 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 363 ttgtgtcttt ctgagaaact gttca 25 <210> 364 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 364 ccaattctca ggaatttgtg tcttt 25 <210> 365 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 365 gtatttagca tgttcccaat tctca 25 <210> 366 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 366 cttaagatac catttgtatt tagca 25 <210> 367 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 367 cttaccttaa gataccattt gtatt 25 <210> 368 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 368 aaagacttac cttaagatac cattt 25 <210> 369 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 369 aaatcaaaga cttaccttaa gatac 25 <210> 370 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 370 aaaacaaatc aaagacttac cttaa 25 <210> 371 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 371 tcgaaaaaac aaatcaaaga cttac 25 <210> 372 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 372 ctgtaagata ccaaaaaggc aaaac 25 <210> 373 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 373 cctgtaagat accaaaaagg caaaa 25 <210> 374 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 374 agttcctgta agataccaaa aaggc 25 <210> 375 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 375 gagttcctgt aagataccaa aaagg 25 <210> 376 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 376 cctggagttc ctgtaagata ccaaa 25 <210> 377 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 377 tcctggagtt cctgtaagat accaa 25 <210> 378 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 378 gccatcctgg agttcctgta agata 25 <210> 379 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 379 tgccatcctg gagttcctgt aagat 25 <210> 380 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 380 ccaatgccat cctggagttc ctgta 25 <210> 381 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 381 cccaatgcca tcctggagtt cctgt 25 <210> 382 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 382 gctgcccaat gccatcctgg agttc 25 <210> 383 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 383 cgctgcccaa tgccatcctg gagtt 25 <210> 384 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 384 aacagtttgc cgctgcccaa tgcca 25 <210> 385 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 385 ctgacaacag tttgccgctg cccaa 25 <210> 386 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 386 gttgcattca atgttctgac aacag 25 <210> 387 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 387 gctgaattat ttcttcccca gttgc 25 <210> 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caggcttccc aattt 25 <210> 394 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 394 aatttttcct gtagaatact ggcat 25 <210> 395 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 395 ctgtttgcag acctcctgcc accgc 25 <210> 396 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 396 agattcaggc ttcccaattt ttcct 25 <210> 397 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 397 ctcttttttc tgtctgacag ctgtt 25 <210> 398 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 398 acctcctgcc accgcagatt caggc 25 <210> 399 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 399 cctacctctt ttttctgtct gacag 25 <210> 400 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 400 gacagctgtt tgcagacctc ctgcc 25 <210> 401 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 401 gtcgccctac ctcttttttc tgtct 25 <210> 402 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 402 gatctgtcgc cctacctctt ttttc 25 <210> 403 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 403 tattagatct gtcgccctac ctctt 25 <210> 404 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 404 attcctatta gatctgtcgc cctac 25 <210> 405 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 405 agataccaaa aaggcaaaac 20 <210> 406 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 406 aagataccaa aaaggcaaaa 20 <210> 407 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 407 cctgtaagat accaaaaagg 20 <210> 408 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 408 gagttcctgt aagataccaa 20 <210> 409 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 409 tcctggagtt cctgtaagat 20 <210> 410 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 410 tgccatcctg gagttcctgt 20 <210> 411 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic 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Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 471 cttgacttgc tcaagctttt 20 <210> 472 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 472 attaccttga cttgctcaag 20 <210> 473 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 473 ataaaattac cttgacttgc 20 <210> 474 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 474 agaaaataaa attaccttga 20 <210> 475 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 475 atttgagaaa ataaaattac 20 <210> 476 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 476 gggggatttg agaaaataaa 20 <210> 477 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of 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25 <210> 501 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 501 acagacaaat gcaacaacgt 20 <210> 502 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 502 ctgaaacaga caaatgcaac 20 <210> 503 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 503 agtaactgaa acagacaaat 20 <210> 504 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 504 ccaccagtaa ctgaaacaga 20 <210> 505 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 505 ctcttccacc agtaactgaa 20 <210> 506 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 506 ggcaactctt ccaccagtaa 20 <210> 507 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<213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 602 gggaaaagaa cccatatagt 20 <210> 603 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 603 tcctggggaa aagaacccat 20 <210> 604 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 604 cagtttcctg gggaaaagaa 20 <210> 605 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 605 tatttcagtt tcctggggaa 20 <210> 606 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 606 actgctattt cagtttcctg 20 <210> 607 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 607 cttgaactgc tatttcagtt 20 <210> 608 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 608 tttagcttga actgctattt 20 <210> 609 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 609 ttccacatcc ggttgtttag 20 <210> 610 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 610 tttagacaaa atctcttcca 20 <210> 611 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 611 gtacaaatgc tgccctttag 20 <210> 612 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 612 ggctggtttt tccttgtaca 20 <210> 613 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 613 cttcactggc tgagtggctg 20 <210> 614 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> 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Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 620 tcctctttaa cagaaaagca tacac 25 <210> 621 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 621 ttcctcttta acagaaaagc ataca 25 <210> 622 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 622 taacttcctc tttaacagaa aagca 25 <210> 623 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 623 ctaacttcct ctttaacaga aaagc 25 <210> 624 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 624 tcttctaact tcctctttaa cagaa 25 <210> 625 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 625 atcttctaac ttcctcttta acaga 25 <210> 626 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 626 tcagatcttc taacttcctc tttaa 25 <210> 627 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 627 ctcagatctt ctaacttcct cttta 25 <210> 628 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 628 agagctcaga tcttctaact tcctc 25 <210> 629 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 629 cagagctcag atcttctaac ttcct 25 <210> 630 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 630 cactcagagc tcagatcttc tact 24 <210> 631 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 631 ccttccactc agagctcaga tcttc 25 <210> 632 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 632 gtaaacggtt taccgccttc cactc 25 <210> 633 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 633 ctttgccctc agctcttgaa gtaaa 25 <210> 634 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 634 ccctcagctc ttgaagtaaa cggtt 25 <210> 635 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 635 ccaggagcta ggtcaggctg ctttg 25 <210> 636 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 636 ggtcaggctg ctttgccctc agctc 25 <210> 637 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 637 aggctccaat agtggtcagt ccagg 25 <210> 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<213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 697 ccaactttta tcattttttc tcatac 26 <210> 698 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 698 atattttggg tttttgcaaa 20 <210> 699 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 699 aaaatatttt gggtttttgc 20 <210> 700 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 700 gagctaaaat attttgggtt 20 <210> 701 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 701 agtaggagct aaaatatttt 20 <210> 702 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 702 gtctgagtag gagctaaaat 20 <210> 703 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 703 taacagtctg agtaggagct 20 <210> 704 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 704 cagagtaaca gtctgagtag 20 <210> 705 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 705 cacaggttgt gtcaccagag 20 <210> 706 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 706 agtttcctta gtaaccacag 20 <210> 707 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 707 tagtttggag atggcagttt 20 <210> 708 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 708 ggaagatggc atttctagtt 20 <210> 709 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial 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Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 721 cattttttct cataccttct 20 <210> 722 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 722 tttatcattt tttctcatac 20 <210> 723 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 723 caacttttat cattttttct 20 <210> 724 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 724 ctgtaagaac aaatatccct tagta 25 <210> 725 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 725 tgcctgtaag aacaaatatc cctta 25 <210> 726 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 726 gttgcctgta agaacaaata tccct 25 <210> 727 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> 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Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 798 ctaaccttgg tttctgtgat tttct 25 <210> 799 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 799 tttcttttgg attgcatcta ctgta 25 <210> 800 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 800 tgatactaac cttggtttct gtgat 25 <210> 801 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 801 atctttgata ctaaccttgg tttct 25 <210> 802 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 802 aaggtatctt tgatactaac cttgg 25 <210> 803 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 803 ttaaaaaggt atctttgata ctaac 25 <210> 804 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial 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Claims (77)

  1. 질환 또는 장애를 치료하는 방법으로서,
    피험체에게 폴리핵산 분자 접합체를 투여함으로써 피험체에서 질환 또는 장애를 치료하는 단계를 포함하고;
    여기서, 폴리핵산 분자 접합체는 표적 세포 결합 모이어티 및 표적화된 pre-mRNA 특이적 스플라이스 조정 폴리핵산 모이어티를 포함하고;
    표적 세포 결합 모이어티는 표적화된 세포에 특이적으로 결합하고, 표적화된 pre-mRNA 특이적 스플라이스 조정 폴리핵산 모이어티는 표적화된 세포에서 표적화된 pre-mRNA 전사체의 삽입, 결실, 중복, 또는 변경을 유도하여 표적화된 pre-mRNA 전사체에서 스플라이싱 이벤트를 유도함으로써 mRNA 전사체를 생성하고;
    mRNA 전사체는 비처리 표적 세포에서의 동일한 단백질과 비교할 때 변형된 단백질을 코딩하는 것인 방법.
  2. 제1항에 있어서, 스플라이싱 이벤트가 엑손 스키핑인 방법.
  3. 제1항에 있어서, 스플라이싱 이벤트가 엑손 인클루전(exon inclusion)인 방법.
  4. 제1항에 있어서, 질환 또는 장애가 pre-mRNA 중 하나 이상의 돌연변이를 추가로 특징으로 하는 것인 방법.
  5. 제1항에 있어서, 질환 또는 장애가 신경근 질환, 유전 질환, 암, 유전병, 또는 심혈관 질환을 포함하는 것인 방법.
  6. 제5항에 있어서, 질환 또는 장애가 근이영양증인 방법.
  7. 제5항에 있어서, 질환 또는 장애가 듀시엔형 근이영양증인 방법.
  8. 제1항에 있어서, 스플라이싱 이벤트가 DMD 유전자의 엑손 8, 23, 35, 43, 44, 45, 50, 51, 52, 53, 또는 55의 것인 방법.
  9. 제1항에 있어서, 스플라이싱 이벤트가 DMD 유전자의 엑손 23의 것인 방법.
  10. 제1항에 있어서, 스플라이싱 이벤트가 PAH, MSTN , 또는 K- Ras 유전자의 엑손의 것인 방법.
  11. 제1항에 있어서, 폴리핵산 분자 접합체가 하기 화학식 (I)의 구조를 포함하는 것인 방법:
    <화학식 (I)>
    A-X-B
    상기 식에서,
    A는 결합 모이어티를 포함하고;
    B는 폴리뉴클레오티드로 구성되고;
    X는 결합 또는 제1 링커로 구성된다.
  12. 제1항에 있어서, 폴리핵산 분자 접합체가 하기 화학식 (II)의 구조를 포함하는 것인 방법:
    <화학식 (II)>
    A-X-B-Y-C
    상기 식에서,
    A는 결합 모이어티를 포함하고;
    B는 폴리뉴클레오티드로 구성되고;
    C는 중합체로 구성되고;
    X는 결합 또는 제1 링커로 구성되고;
    Y는 결합 또는 제2 링커로 구성된다.
  13. 제1항에 있어서, 폴리핵산 분자 접합체가 하기 화학식 (III)의 구조를 포함하는 것인 방법:
    <화학식 (III)>
    A-X-C-Y-B
    상기 식에서,
    A는 결합 모이어티를 포함하고;
    B는 폴리뉴클레오티드로 구성되고;
    C는 중합체로 구성되고;
    X는 결합 또는 제1 링커로 구성되고;
    Y는 결합 또는 제2 링커로 구성된다.
  14. 제1항에 있어서, 폴리핵산 분자 접합체가 적어도 하나의 2' 변형된 뉴클레오티드, 적어도 하나의 변형된 뉴클레오티드간 연결, 또는 적어도 하나의 역위된 무염기 모이어티를 임의적으로 포함하는 것인 방법.
  15. 제14항에 있어서, 적어도 하나의 2' 변형된 뉴클레오티드가 모르폴리노, 2'-O-메틸, 2'-O-메톡시에틸(2'-O-MOE), 2'-O-아미노프로필, 2'-데옥시, T-데옥시-2'-플루오로, 2'-O-아미노프로필(2'-O-AP), 2'-O-디메틸아미노에틸(2'-O-DMAOE), 2'-O-디메틸아미노프로필(2'-O-DMAP), T-O-디메틸아미노에틸옥시에틸(2'-O-DMAEOE), 또는 2'-O-N-메틸아세트아미도(2'-O-NMA) 변형된 뉴클레오티드를 포함하는 것인 방법.
  16. 제14항에 있어서, 적어도 하나의 2' 변형된 뉴클레오티드가 잠금 핵산(LNA), 에틸렌 핵산(ENA), 또는 펩티드 핵산(PNA)을 포함하는 것인 방법.
  17. 제14항에 있어서, 적어도 하나의 2' 변형된 뉴클레오티드가 모르폴리노를 포함하는 것인 방법.
  18. 제14항에 있어서, 적어도 하나의 역위된 염기 모이어티가 적어도 하나의 말단인 것인 방법.
  19. 제14항에 있어서, 적어도 하나의 변형된 뉴클레오티드간 연결이 포스포로티오에이트 연결 또는 포스포로디티오에이트 연결을 포함하는 것인 방법.
  20. 제1항에 있어서, 폴리핵산 분자가 적어도 약 10 내지 약 30개의 뉴클레오티드 길이를 포함하는 것인 방법.
  21. 제1항에 있어서, 폴리핵산 분자가 적어도 약 15%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 또는 99%의 변형을 포함하는 것인 방법.
  22. 제1항에 있어서, 폴리핵산 분자가 단일 가닥을 포함하는 것인 방법.
  23. 제1항에 있어서, 폴리핵산 분자가 2개 이상의 가닥을 포함하는 것인 방법.
  24. 제1항에 있어서, 폴리핵산 분자가 제1 폴리뉴클레오티드, 및 제1 폴리뉴클레오티드에 하이브리드화하여 이중 가닥 폴리핵산 분자를 형성하는 제2 폴리뉴클레오티드를 포함하는 것인 방법.
  25. 제24항에 있어서, 제2 폴리뉴클레오티드가 적어도 하나의 변형을 포함하는 것인 방법.
  26. 제24항에 있어서, 제1 폴리뉴클레오티드 및 제2 폴리뉴클레오티드가 RNA 분자를 포함하는 것인 방법.
  27. 제24항에 있어서, 제1 폴리뉴클레오티드 및 제2 폴리뉴클레오티드가 siRNA 분자를 포함하는 것인 방법.
  28. 제11항에 있어서, X가 결합인 방법.
  29. 제12항에 있어서, X 및 Y가 독립적으로 결합, 분해성 링커, 비분해성 링커, 절단가능한 링커, 또는 비중합체성 링커 기인 방법.
  30. 제13항에 있어서, X 및 Y가 독립적으로 결합, 분해성 링커, 비분해성 링커, 절단가능한 링커, 또는 비중합체성 링커 기인 방법.
  31. 제11항에 있어서, X가 C1-C6 알킬 기인 방법.
  32. 제12항에 있어서, X 또는 Y가 C1-C6 알킬 기인 방법.
  33. 제13항에 있어서, X 또는 Y가 C1-C6 알킬 기인 방법.
  34. 제11항에 있어서, 결합 모이어티가 항체 또는 그의 결합 단편인 방법.
  35. 제12항에 있어서, 결합 모이어티가 항체 또는 그의 결합 단편인 방법.
  36. 제13항에 있어서, 결합 모이어티가 항체 또는 그의 결합 단편인 방법.
  37. 제12항에 있어서, C가 폴리에틸렌 글리콜인 방법.
  38. 제13항에 있어서, C가 폴리에틸렌 글리콜인 방법.
  39. 제12항에 있어서, A-X가 B의 5' 말단에 접합되고, Y-C가 B의 3' 말단에 접합되는 것인 방법.
  40. 제12항에 있어서, Y-C가 B의 5' 말단에 접합되고, A-X가 B의 3' 말단에 접합되는 것인 방법.
  41. 제12항에 있어서, D를 추가로 포함하는 방법.
  42. 제41항에 있어서, D가 C에 또는 A에 접합되는 것인 방법.
  43. 제11항에 있어서, 적어도 제2 결합 모이어티 A를 추가로 포함하는 방법.
  44. 제12항에 있어서, 적어도 제2 결합 모이어티 A를 추가로 포함하는 방법.
  45. 제13항에 있어서, 적어도 제2 결합 모이어티 A를 추가로 포함하는 방법.
  46. 표적화된 pre-mRNA 전사체에서 스플라이싱 이벤트를 유도하는 방법으로서,
    a) 표적 세포를 폴리핵산 분자 접합체와 접촉시키는 단계로서, 여기서 폴리핵산 분자 접합체는 표적 세포 결합 모이어티 및 표적화된 pre-mRNA 스플라이스 조정 폴리핵산 모이어티를 포함하는 것인 단계;
    b) 표적화된 pre-mRNA 스플라이스 조정 폴리핵산 모이어티를 표적 세포 내의 표적화된 pre-mRNA 전사체에 하이브리드화하여 표적화된 pre-mRNA 전사체에서 스플라이싱 이벤트를 유도함으로써 mRNA 전사체를 생성하는 단계; 및
    c) 임의적으로, 표적 세포에서 단계 b)의 mRNA 전사체를 번역하여 단백질을 생성하는 단계
    를 포함하는 방법.
  47. 제46항에 있어서, 스플라이싱 이벤트가 엑손 스키핑인 방법.
  48. 제46항에 있어서, 스플라이싱 이벤트가 엑손 인클루전인 방법.
  49. 제46항에 있어서, 표적화된 pre-mRNA 전사체가 질환 또는 장애를 유도하는 것인 방법.
  50. 제49항에 있어서, 질환 또는 장애가 신경근 질환, 유전 질환, 암, 유전병, 또는 심혈관 질환을 포함하는 것인 방법.
  51. 제46항에 있어서, 폴리핵산 분자 접합체가 a) 하기 화학식 (I)의 구조를 포함하거나, b) 하기 화학식 (II)의 구조를 포함하거나, 또는 c) 하기 화학식 (III)의 구조를 포함하는 것인 방법:
    <화학식 (I)>
    A-X-B
    상기 식에서,
    A는 결합 모이어티를 포함하고,
    B는 폴리뉴클레오티드로 구성되고,
    X는 결합 또는 제1 링커로 구성되고;
    <화학식 (II)>
    A-X-B-Y-C
    상기 식에서,
    A는 결합 모이어티를 포함하고,
    B는 폴리뉴클레오티드로 구성되고,
    C는 중합체로 구성되고,
    X는 결합 또는 제1 링커로 구성되고,
    Y는 결합 또는 제2 링커로 구성되고;
    <화학식 (III)>
    A-X-C-Y-B
    상기 식에서,
    A는 결합 모이어티를 포함하고,
    B는 폴리뉴클레오티드로 구성되고,
    C는 중합체로 구성되고,
    X는 결합 또는 제1 링커로 구성되고,
    Y는 결합 또는 제2 링커로 구성된다.
  52. 제46항에 있어서, 폴리핵산 분자 접합체가 적어도 하나의 2' 변형된 뉴클레오티드, 적어도 하나의 변형된 뉴클레오티드간 연결, 또는 적어도 하나의 역위된 무염기 모이어티를 임의적으로 포함하는 것인 방법.
  53. 제52항에 있어서, 적어도 하나의 2' 변형된 뉴클레오티드가 모르폴리노, 2'-O-메틸, 2'-O-메톡시에틸(2'-O-MOE), 2'-O-아미노프로필, 2'-데옥시, T-데옥시-2'-플루오로, 2'-O-아미노프로필(2'-O-AP), 2'-O-디메틸아미노에틸(2'-O-DMAOE), 2'-O-디메틸아미노프로필(2'-O-DMAP), T-O-디메틸아미노에틸옥시에틸(2'-O-DMAEOE), 또는 2'-O-N-메틸아세트아미도(2'-O-NMA) 변형된 뉴클레오티드를 포함하는 것인 방법.
  54. 제52항에 있어서, 적어도 하나의 2' 변형된 뉴클레오티드가 잠금 핵산(LNA), 에틸렌 핵산(ENA), 펩티드 핵산(PNA)을 포함하는 것인 방법.
  55. 제52항에 있어서, 적어도 하나의 2' 변형된 뉴클레오티드가 모르폴리노를 포함하는 것인 방법.
  56. 제52항에 있어서, 적어도 하나의 역위된 염기 모이어티가 적어도 하나의 말단인 것인 방법.
  57. 제52항에 있어서, 적어도 하나의 변형된 뉴클레오티드간 연결이 포스포로티오에이트 연결 또는 포스포로디티오에이트 연결을 포함하는 것인 방법.
  58. 제46항 내지 제57항 중 어느 한 항에 있어서, 폴리핵산 분자가 적어도 약 10 내지 약 30개의 뉴클레오티드 길이를 포함하는 것인 방법.
  59. 제46항 내지 제58항 중 어느 한 항에 있어서, 폴리핵산 분자가 적어도 약 15%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 또는 99%의 변형을 포함하는 것인 방법.
  60. 제46항 내지 제59항 중 어느 한 항에 있어서, 폴리핵산 분자가 적어도 약 3, 약 4, 약 5, 약 6, 약 7, 약 8, 약 9, 약 10, 약 11, 약 12, 약 13, 약 14, 약 15, 약 16, 약 17, 약 18, 약 19, 약 20, 약 21, 약 22개 이상의 변형을 포함하는 것인 방법.
  61. 제46항 내지 제60항 중 어느 한 항에 있어서, X 및 Y가 독립적으로 결합, 분해성 링커, 비분해성 링커, 절단가능한 링커, 또는 비중합체성 링커 기를 포함하는 것인 방법.
  62. 제46항 내지 제61항 중 어느 한 항에 있어서, X가 결합인 방법.
  63. 제46항 내지 제61항 중 어느 한 항에 있어서, X가 C1-C6 알킬 기인 방법.
  64. 제46항 내지 제63항 중 어느 한 항에 있어서, Y가 C1-C6 알킬 기인 방법.
  65. 제46항 내지 제63항 중 어느 한 항에 있어서, X가, 임의적으로 C1-C6 알킬 기에 접합된, 동종이작용성 링커 또는 이종이작용성 링커인 방법.
  66. 제46항 내지 제63항 중 어느 한 항에 있어서, Y가 동종이작용성 링커 또는 이종이작용성 링커인 방법.
  67. 제46항 내지 제66항 중 어느 한 항에 있어서, 결합 모이어티가 항체 또는 그의 결합 단편인 방법.
  68. 제46항 내지 제67항 중 어느 한 항에 있어서, C가 폴리에틸렌 글리콜인 방법.
  69. 제46항 내지 제68항 중 어느 한 항에 있어서, A-X가 B의 5' 말단에 접합되고, Y-C가 B의 3' 말단에 접합되는 것인 방법.
  70. 제46항 내지 제69항 중 어느 한 항에 있어서, Y-C가 B의 5' 말단에 접합되고, A-X가 B의 3' 말단에 접합되는 것인 방법.
  71. 제46항 내지 제70항 중 어느 한 항에 있어서, A-X, Y-C 또는 그의 조합이 뉴클레오티드간 연결 기에 접합되는 것인 방법.
  72. 제46항 내지 제71항 중 어느 한 항에 있어서, D를 추가로 포함하는 방법.
  73. 제72항에 있어서, D가 C에 또는 A에 접합되는 것인 방법.
  74. 제46항 내지 제73항 중 어느 한 항에 있어서, 적어도 제2 결합 모이어티 A를 추가로 포함하는 방법.
  75. 표적 세포 결합 모이어티 및 표적화된 pre-mRNA 특이적 스플라이스 조정 폴리핵산 모이어티를 포함하는 폴리핵산 분자 접합체 조성물로서, 여기서 표적화된 pre-mRNA 특이적 스플라이스 조정 폴리핵산 모이어티는 서열 번호 54-972와 적어도 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%의 서열 동일성을 갖는 서열을 포함하는 것인 폴리핵산 분자 접합체 조성물.
  76. 제75항에 있어서, 폴리핵산 분자 접합체가 a) 하기 화학식 (I)의 구조를 포함하거나, b) 하기 화학식 (II)의 구조를 포함하거나, 또는 c) 하기 화학식 (III)의 구조를 포함하는 것인 조성물:
    <화학식 (I)>
    A-X-B
    상기 식에서,
    A는 결합 모이어티를 포함하고,
    B는 폴리뉴클레오티드로 구성되고,
    X는 결합 또는 제1 링커로 구성되고;
    <화학식 (II)>
    A-X-B-Y-C
    상기 식에서,
    A는 결합 모이어티를 포함하고,
    B는 폴리뉴클레오티드로 구성되고,
    C는 중합체로 구성되고,
    X는 결합 또는 제1 링커로 구성되고,
    Y는 결합 또는 제2 링커로 구성되고;
    <화학식 (III)>
    A-X-C-Y-B
    상기 식에서,
    A는 결합 모이어티를 포함하고,
    B는 폴리뉴클레오티드로 구성되고,
    C는 중합체로 구성되고,
    X는 결합 또는 제1 링커로 구성되고,
    Y는 결합 또는 제2 링커로 구성된다.
  77. 제75항 또는 제76항에 있어서, 약학적 조성물이 나노입자 제제로서 제제화되는 것인 조성물.
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