KR20190030661A

KR20190030661A - 동종이계 t 세포를 이용한 자가면역 질환을 치료하는 방법

Info

Publication number: KR20190030661A
Application number: KR1020187037500A
Authority: KR
Inventors: 라지브 칸나
Original assignee: 더 카운실 오브 더 퀸즐랜드 인스티튜트 오브 메디컬 리서치
Priority date: 2016-05-25
Filing date: 2017-05-25
Publication date: 2019-03-22
Also published as: PH12018502402A1; MX2018013959A; CL2018003284A1; US20220409662A1; EP3463399A1; AU2017271134A1; JP2022174151A; KR20230113817A; US20210220402A1; RU2018145500A3; CN109475578A; CA3024277A1; JP2019516751A; BR112018073136A2; SG11201809534UA; JP7136701B2; RU2018145500A; EP3463399A4; IL262989A; WO2017203368A1

Abstract

본 발명에서는 MHC 클래스 I 상에 제시된 엡스타인-바 바이러스(EBV) 펩타이드에 특이적으로 결합하는 T 세포 수용체를 발현하는 동종이계 세포독성 T 세포를 포함하는 조성물 및 상기 조성물로 자가면역 질환을 치료하는 방법을 제공한다.

Description

동종이계 T 세포를 이용한 자가면역 질환을 치료하는 방법

본 출원은 2016년 5월 25일자로 출원된 미국 가특허출원 제62/341,360호, 2016년 7월 7일자로 출원된 미국 가특허출원 제62/359,326호 및 2017년 4월 20일자로 출원된 미국 가특허출원 제62/487,814호를 우선권으로 주장하며, 이들 각각은 그 전체가 참고로서 포함된다.

다발성 경화증(MS) 및 전신성 자가면역 질환(SAD)과 같은 자가면역 질환 및 염증성 장질환(IBD)은 신체의 자가 조직에 대한 비정상적인 면역 반응으로 인하여 발생하는 병리학이다. MS는 신체의 자가 면역 세포에 의한, 신경 섬유를 둘러싸는 보호 지질 껍질인 미엘린의 분해가 특징이다. SAD는 류마티스 관절염(RA), 전신성 홍반 루푸스(SLE) 및 쇼그렌 증후군(SS)을 포함하는 다양한 징후을 갖는 결합 조직 질환의 군이다. IBD는 크론병, 셀리악병 및 궤양성 대장염을 포함하는 대장 및 소장의 염증성 병태의 군이다.

인간 헤르페스 바이러스 4라고도 또한 알려진, 엡스타인-바 바이러스(EBV)는 아주 흔한 헤르페스 바이러스이다. 최근에, EBV로의 노출이 MS, SAD 및 IBD를 포함하는 자가면역 질환의 발병을 하게 만들거나, 그렇지 않으면 역할을 할 수 있음이 밝혀졌다. 예를 들어, 최근의 연구는 MS로 진단받은 사람이 건강한 사람보다 신경 조직 내 응집된 B 세포에서 더 높은 수준의 EBV 관련 단백질을 나타낸다는 것이 밝혀졌다. EBV 감염된 B 세포의 증가 및/또는 이러한 세포의 결함성 제거반응은 개개인이 이러한 자가면역 질환에 걸리게 만들 수 있다는 가설을 세웠다.

발명의 요약

본원에서는 MHC 클래스 I 상에 제시된 EBV 펩타이드에 특이적으로 결합하는 T 세포 수용체를 발현하는 동종이계 세포독성 T 세포(CTL)를 대상체에 투여함을 포함하는 자가면역 질환(예컨대, MS, SAD 및/또는 IBD)을 치료하는 방법을 제공한다. 일부 실시양태에서, TCR이 제한하는 MHC 클래스 I은 대상체에 존재하는 HLA 대립 유전자에 의해 코딩된다. 일부 실시양태에서, 상기 방법은 세포 은행에서 동종이계 CTL을 선택하는 단계를 포함한다. 일부 실시양태에서, EBV 펩타이드는 LMP1 펩타이드 또는 이의 단편, LMP2A 펩타이드 또는 이의 단편, 및/또는 EBNA1 펩타이드 또는 이의 단편을 포함한다. 일부 실시양태에서, EBV 펩타이드는 표 1에 표시된 서열을 포함한다.

특정 양태에서, 본원에서는 MHC 클래스 I 상에 제시된 EBV 펩타이드에 특이적으로 결합하는 T 세포 수용체를 발현하는 동종이계 CTL을 생성시키는 단계, 및 그 후, 동종이계 CTL을 대상체에 투여하는 단계를 포함하는 자가면역 질환(예컨대, MS, SAD 및/또는 IBD)을 치료하는 방법을 제공한다. 일부 실시양태에서, 동종이계 CTL은 대상체에 투여하기 전에 세포 은행에 저장된다. 일부 실시양태에서, TCR이 제한하는 MHC 클래스 I은 대상체에 존재하는 HLA 대립 유전자에 의해 코딩된다. 일부 실시양태에서, 동종이계 CTL은, 동종이계 CTL(예컨대, PBMC 시료)을 포함하는 시료를, MHC 클래스 I(예컨대, 대상체에 존재하는 HLA 대립 유전자에 의해 코딩된 MHC 클래스 I) 상에 EBV 펩타이드를 제시하는 항원 제시 세포(APC)와 함께 항온처리함으로써 생산되어, 시료에서 펩타이드-특이적 CTL의 증식을 유도한다. 일부 실시양태에서, APC를, EBV 펩타이드를 코딩하는 핵산 작제물(예컨대, AdE1-LMPpoly)과 함께 항온처리함으로써 APC가 EBV 펩타이드를 제시하도록 유도함으로써, APC가 EBV 펩타이드를 제시하도록 된다. 일부 실시양태에서, APC는 B 세포, 항원-제시 T 세포, 수지상세포 또는 인공 항원 제시 세포(예컨대, K562 세포와 같은 CD80, CD83, 41BB-L 및/또는 CD86을 발현하는 세포주)일 수 있다. 일부 실시양태에서, EBV 펩타이드는 LMP1 펩타이드 또는 이의 단편, LMP2A 펩타이드 또는 이의 단편, 및/또는 EBNA1 펩타이드 또는 이의 단편을 포함한다. 일부 실시양태에서, EBV 펩타이드는 표 1에 표시된 서열을 포함한다.

일부 실시양태에서, CTL은 대상체에 투여하기 전에 대상체와의 적합성을 위해 선택된다(예컨대, 세포 은행에서 선택됨). 일부 실시양태에서, CTL은, 이들이 대상체와 공유된 HLA 대립 유전자를 통해 제한되는 경우(즉, CTL의 TCR이 대상체에 존재하는 HLA 대립 유전자에 의해 코딩된 MHC 클래스 I 단백질로 제한되는 경우), 선택된다. 일부 실시양태에서, CTL 및 대상체가 2개 이상(예컨대, 3개 이상, 4개 이상, 5개 이상, 6개 이상)의 HLA 대립 유전자를 공유하고, CTL이 공유된 HLA 대립 유전자를 통해 제한되는 경우, CTL이 선택된다. 일부 실시양태에서, 대상체에 투여된 CTL은 세포 은행(예컨대, CTL 은행)으로부터 선택된다.

도 1은 자극 후에 CD8⁺ 및 IFNg⁺인 생존가능한 림프구의 분율로 측정(만 위트니(Mann Whitney) p값 = 0.0002)된 바와 같이, MS 환자로부터 수득된 CTL 생산물에 비해 건강한(NMDP) 공여자로부터 수득된 CTL 생산물에서의 개선된 이펙터(effector) 기능을 나타낸다.

일반적인 사항

본원에서는 예를 들어 본원에 기재된 하나 이상의 EBV 에피토프를 인식하는 동종이계 CTL을 사용하여 대상체의 자가면역 장애(예컨대, MS, SAD 및/또는 IBD)를 치료하는 방법을 제공한다. 일부 실시양태에서, 상기 방법은 세포 은행에서 동종이계 CTL을 선택하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 상기 방법은 동종이계 CTL을 제조하는 단계를 추가로 포함한다.

정의

편의상, 본 명세서, 실시예 및 첨부된 청구항에 사용된 특정 용어는 여기에 수집된다.

본원에 사용된 관사 "a" 및 "an"은 하나 또는 하나 초과의(즉, 하나 이상의) 문법적 대상을 지칭한다. 예로, "하나의 요소"는 하나의 요소 또는 하나 초과의 요소를 의미한다.

본원에 사용된 용어 "투여하는"은 약학 약제 또는 조성물을 대상체에 제공하는 것을 의미하고, 전문 의료진 및 자가투여에 의해 투여하는 것을 포함하나, 이에 제한되지 않는다. 이러한 약제는 예컨대, 본원에 기재된 펩타이드, 본원에 제공된 항원제시세포 및/또는 본원에 제공된 CTL을 함유할 수 있다.

용어 "아미노산"은 아미노 작용기 및 산 작용기 둘 다를 포함하고 자연적으로-발생한 아미노산의 중합체에 포함될 수 있는, 자연적 또는 합성에 관계없이 모든 분자를 포함하도록 의도된다. 예시적인 아미노산은 자연적으로-발생한 아미노산; 이의 유사체, 유도체 및 동족체; 변형된 측쇄를 갖는 아미노산 유사체; 및 전술한 임의의 것의 모든 입체 이성질체를 포함한다.

용어 "결합하는" 또는 "상호작용하는"은 2개의 분자들 사이의, 예컨대, TCR과 펩타이드/MHC 사이의, 예컨대, 생리학적 조건 하에서 정전기, 소수성, 이온성 및/또는 수소결합 상호작용으로 인한 안정한 회합일 수 있는 회합을 지칭한다.

용어 "생물학적 시료", "조직 시료," 또는 단순히 "시료"는 각각 대상체의 조직으로부터 획득된 세포의 수집물을 지칭한다. 조직 시료의 공급원은 신선한, 동결된 및/또는 보존된 장기, 조직 시료, 생체 검사, 또는 흡입물로부터의 고형 조직; 혈액이나 임의의 혈액 성분, 혈청, 혈액; 뇌척수액, 양수, 복막액이나 간질액, 소변, 타액, 대변, 눈물과 같은 체액; 또는 대상체의 임신 또는 발달 중 임의의 시간의 세포일 수 있다.

본원에 사용된 용어 "사이토카인"은 세포의 기능에 영향을 미치고 면역, 염증 또는 조혈 반응에서 세포들 간의 상호 작용을 조절하는 분자인 임의의 분비된 폴리펩타이드를 지칭한다. 사이토카인은 어떤 세포가 그들을 생산하는지에 관계없이, 모노카인 및 림포카인을 포함하나, 이에 제한되지 않는다. 예를 들어, 모노카인은 일반적으로 대식세포 및/또는 단핵구와 같은 단핵 세포에 의해 생산되고 분비되는 것으로 알려져 있다. 그러나 많은 다른 세포는 또한 자연 살해 세포, 섬유아세포, 호염구, 호중구, 내피 세포, 뇌 성상교세포, 골수 기질 세포, 표피 각질형성세포 및 B-림프구와 같은 모노카인을 생산한다. 림프구는 일반적으로 림프구 세포에 의해 생산되는 것으로 알려져 있다. 사이토카인의 예는 인터루킨-1(IL-1), 인터루킨-2(IL-2), 인터루킨-6(IL-6), 인터루킨-8(IL-8), 종양 괴사 인자-알파(TNFα) 및 종양 괴사 인자 베타(TNFβ)를 포함하나, 이에 제한되지 않는다.

용어 "에피토프"는 항체 또는 TCR에 특이적으로 결합할 수 있는 단백질 결정기를 의미한다. 에피토프는 일반적으로 아미노산 또는 당 측쇄와 같은 분자의 화학적 활성 표면 그룹으로 구성된다. 특정 에피토프는 항체가 결합할 수 있는 아미노산의 특정 서열에 의해 정의될 수 있다.

본원에 사용된 어구 "약학적으로 허용가능한"은, 합리적인 유익/유해 비율(benefit/risk ratio)에 비례하여, 과도한 독성, 자극, 알레르기 반응 또는 다른 문제 또는 합병증 없이, 타당한 의학적 판단의 범위 내에서 인간 및 동물의 조직과 접촉하여 사용하기에 적합한 그의 약제, 화합물, 물질, 조성물 및/또는 투여 형태를 지칭한다.

본원에 사용된 어구 "약학적으로 허용가능한 담체"는, 하나의 장기나 신체의 일부로부터 다른 장기나 신체의 일부로 약제를 이동하거나 수송하는 것과 관련된, 액체나 고체 충전제, 희석제, 부형제, 또는 용매 캡슐화 물질과 같은 약학적으로 허용가능한 물질, 조성물 또는 비히클을 의미한다. 각각의 담체는 제형의 다른 성분과 상용성이고 환자에게 유해하지 않다는 의미에서 "허용가능한"이어야 한다. 약학적으로 허용가능한 담체로 작용할 수 있는 물질의 일부 예는 다음을 포함한다: (1) 락토스, 글루코스 및 수크로스와 같은 당; (2) 옥수수 전분 및 감자 전분과 같은 전분; (3) 소듐 카복시메틸 셀룰로스, 에틸 셀룰로오스 및 셀룰로스 아세테이트와 같은 셀룰로스 및 이의 유도체; (4) 분말화된 트라가칸트; (5) 맥아; (6) 젤라틴; (7) 활석; (8) 코코아 버터 및 좌약 왁스와 같은 부형제; (9) 땅콩유, 면실유, 홍화유, 참기름, 올리브유, 옥수수유 및 콩기름과 같은 오일; (10) 프로필렌 글리콜과 같은 글리콜; (11) 글리세린, 소르비톨, 만니톨 및 폴리에틸렌 글리콜과 같은 폴리올; (12) 에틸 올리에이트 및 에틸 라우레이트와 같은 에스테르; (13) 한천; (14) 수산화마그네슘 및 수산화알루미늄과 같은 완충제; (15) 알긴산; (16) 발열원이 없는 물; (17) 등장성 식염수; (18) 링거액; (19) 에틸 알콜; (20) pH 완충액; (21) 폴리에스테르, 폴리카보네이트 및/또는 폴리무수물; 및 (22) 약학 제형에 사용되는 다른 비독성 상용성 물질.

용어 "폴리뉴클레오타이드" 및 "핵산"은 상호교환적으로 사용된다. 이들은 데옥시리보뉴클레오타이드 또는 리보뉴클레오타이드 둘 중 하나인 임의의 길이의 중합체 형태의 뉴클레오타이드, 또는 이의 유사체를 지칭한다. 폴리뉴클레오타이드는 임의의 3차원 구조를 가질 수 있으며, 임의의 기능을 수행할 수 있다. 다음은 폴리뉴클레오타이드의 비-제한적 예이다: 유전자 또는 유전자 단편의 코딩 또는 비-코딩 영역, 연관 분석(linkage analysis)으로 정의된 좌위들(좌위), 엑손, 인트론, 메신저 RNA(mRNA), 전달 RNA, 리보솜 RNA, 리보자임, cDNA, 재조합 폴리뉴클레오타이드, 분지형 폴리뉴클레오타이드, 플라스미드, 벡터, 임의의 서열의 단리된 DNA, 임의의 서열의 단리된 RNA, 핵산 프로브 및 프라이머. 폴리뉴클레오타이드는 메틸화된 뉴클레오타이드 및 뉴클레오타이드 유사체와 같은 변형된 뉴클레오타이드를 포함할 수 있다. 존재하는 경우, 뉴클레오타이드 구조에 대한 변형은 중합체의 조립 전 또는 후에 부여될 수 있다. 폴리뉴클레오타이드는 예컨대, 표지화 성분과 접합시킴으로써, 추가 변형될 수 있다. 본원에 제공된 모든 핵산 서열에서, U 뉴클레오타이드는 T 뉴클레오타이드와 상호교환 가능하다.

본원에 사용된, 병태를 "예방하다"라는 치료법은, 질병 또는 병태가 발병하기 전에 통계 표본에 투여될 때, 치료되지 않은 대조군 표본에 비해 치료된 표본에서 질병이나 병태의 발생을 감소시키거나, 또는 치료되지 않은 대조군 표본에 비해 질병이나 병태의 하나 이상의 징후의 발병을 지연시키거나 중증도를 감소시키는 화합물을 지칭한다.

본원에 사용된 "특이적 결합"은 TCR이 MHC(예컨대, MHC 클래스 I 또는 MHC 클래스 II) 상에 제시된 펩타이드에 결합하는 능력을 지칭한다. 전형적으로, TCR은 적어도 약 10^-4M 이하의 K_D의 친화도로 펩타이드/MHC에 특이적으로 결합하고, 비특이적 및 무관한 펩타이드/MHC 복합체(예컨대, BSA 펩타이드 또는 카세인 펩타이드를 포함하는 것)에 대한 결합의 친화도보다 10배 이상, 100배 이상 또는 1000배 이상으로 낮은 친화도(K_D로 표시)를 갖는 예정된 항원/결합 파트너에 결합한다.

본원에 사용된 용어 "대상체"는 치료 또는 요법을 위해 선택된 인간 또는 인간 이외의 동물을 의미한다.

본원에 사용된 어구 "치료적 유효량(therapeutically effective amount)" 및 "유효량(effective amount)"은 임의의 의학적 치료에 적용가능한 합리적인 유익/유해 비율로 대상체의 세포의 적어도 부분 모집단에서 원하는 치료 효과를 생성시키는데 효과적인 약제량을 의미한다.

본원에 사용된 용어인 대상체의 질환을 "치료하는" 또는 질환을 갖는 대상체 또는 질환을 갖는 것으로 의심되는 대상체를 "치료하는"은 대상체를 약학 치료하여, 예컨대 본원에 기재된 CTL를 투여하여, 질환의 하나 이상의 징후가 악화되는 것으로부터 감소되거나, 또는 방지되는 것을 지칭한다.

용어 "벡터"는 핵산이 유기물, 세포 또는 세포 성분 사이에서 전파 및/또는 전이될 수 있는 수단을 지칭한다. 벡터는 자율적으로 복제 또는 숙주 세포의 염색체로 통합가능할 수 있거나 그렇지 않을 수 있는, 플라스미드, 바이러스, 박테리오파지, 프로-바이러스, 파지미드, 전이인자 및 인공 염색체 등을 포함한다.

펩타이드

특정 양태에서, 본원에서는 MHC 클래스 I 상에 제시된 EBV 에피토프를 포함하는 펩타이드에 특이적으로 결합하는 TCR을 발현하는 동종이계 CTL을 사용함으로써 자가면역 질병(예컨대, MS, SAD 및/또는 IBD)를 치료하는 방법을 제공한다. 일부 실시양태에서, 본원에서는, 예컨대, 본원에서 기재된 하나 이상의 EBV 에피토프를 제시하는 항원-제시 세포(APC)(예컨대, MHC 클래스 I 복합체 상에 EBV 에피토프를 포함하는 본원에 기재된 펩타이드를 제시하는 APC)와 함께, CTL을 포함하는 시료(즉, PBMC 시료)를 항온처리함으로써, 이러한 동종이계 CTL을 생성하는 방법을 제공한다.

일부 실시양태에서, 본원에 제공된 펩타이드는 임의의 EBV 바이러스 단백질의 서열(예컨대, 임의의 EBV 단백질의 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 또는 20개 이상의 인접 아미노산의 서열)을 포함한다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 펩타이드는 EBV 바이러스 단백질의 25, 20, 19, 18, 17, 16, 15, 14, 13, 12, 11 또는 10개 이하의 인접 아미노산을 포함한다.

일부 실시양태에서, 본원에 제공된 펩타이드는 LMP1의 서열(예컨대, LMP1의 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 또는 20개 이상의 인접 아미노산 서열)을 포함한다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 펩타이드는 LMP1의 25, 20, 19, 18, 17, 16, 15, 14, 13, 12, 11 또는 10개 이하의 인접 아미노산을 포함한다. 예시적인 LMP1 아미노산 서열은 하기에 제공된다(서열 번호 1):

일부 실시양태에서, 본원에 제공된 펩타이드는 LMP2A의 서열(예컨대, LMP2A의 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 또는 20개 이상의 인접 아미노산의 서열)을 포함한다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 펩타이드는 LMP2A의 25, 20, 19, 18, 17, 16, 15, 14, 13, 12, 11 또는 10개 이하의 인접 아미노산을 포함한다. 예시적인 LMP2A 아미노산 서열은 하기에 제공된다(서열 번호 2):

일부 실시양태에서, 본원에 제공된 펩타이드는 EBNA1의 서열(예컨대, EBNA1의 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 또는 20개 이상의 인접 아미노산의 서열)을 포함한다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 펩타이드는 EBNA1의 25, 20, 19, 18, 17, 16, 15, 14, 13, 12, 11 또는 10개 이하의 인접 아미노산을 포함한다. 예시적인 EBNA1 아미노산 서열은 하기에 제공된다(서열 번호 3):

일부 실시양태에서, 펩타이드는 표 1에 표시된 에피토프 서열을 포함한다.

[표 1] 예시적인 EBV 바이러스 단백질 에피토프

일부 실시양태에서, 본원에 제공된 펩타이드는 2개 이상의 EBV 에피토프를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 펩타이드는 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 또는 20개 이상의 EBV 에피토프를 포함한다. 예를 들어, 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 펩타이드는 링커(예컨대, 폴리펩타이드 링커)에 의해 연결된 2개 이상의 EBV 에피토프를 포함한다.

일부 실시양태에서, 펩타이드 서열은 1개 이상의(예컨대, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 또는 그 초과의) 보존적 서열 변형을 제외한 EBV 바이러스 단백질 서열을 포함한다. 본원에 사용된 용어 "보존적 서열 변형(conservative sequence modifications)"은 TCR과, MHC 상에 제시된 아미노산 서열을 함유하는 펩타이드 사이의 상호 작용에 유의적인 영향을 미치지 않거나 상기 상호작용을 바꾸지 않는 아미노산 변형을 지칭하는 것이다. 이러한 보존적 변형은 아미노산 치환, 첨가(예컨대, 펩타이드의 N 또는 C 말단에 아미노산의 첨가) 및 결실(예컨대, 펩타이드의 N 또는 C 말단으로부터 아미노산의 결실)을 포함한다. 보존적 아미노산 치환은 아미노산 잔기가 유사한 측쇄를 갖는 아미노산 잔기로 대체된 것이다. 유사한 측쇄를 갖는 아미노산 잔기의 부류는 당업계에 정의되어 있다. 이들 부류는 염기성 측쇄를 갖는 아미노산(예컨대, 라이신, 아르기닌, 히스티딘), 산성 측쇄를 갖는 아미노산(예컨대, 아스파르트산, 글루탐산), 비전하 극성 측쇄를 갖는 아미노산(예컨대, 글리신, 아스파라긴, 글루타민, 세린, 트레오닌, 티로신, 시스테인, 트립토판), 비극성 측쇄를 갖는 아미노산(예컨대, 알라닌, 발린, 류신, 이소류신, 프롤린, 페닐알라닌, 메티오닌), 베타-분지된 측쇄를 갖는 아미노산(예컨대, 트레오닌, 발린, 이소류신) 및 방향족 측쇄를 갖는 아미노산(예컨대, 티로신, 페닐알라닌, 트립토판, 히스티딘)을 포함한다. 따라서, 본원에 기재된 펩타이드의 하나 이상의 아미노산 잔기는 동일한 측쇄 부류로부터의 다른 아미노산 잔기로 대체될 수 있고, 바뀐 펩타이드는 당업계에 공지된 방법을 사용하여 TCR 결합의 보존에 대해 시험될 수 있다. 변형은 부위-특이적 변이 및 PCR-매개 변이와 같은 당업계에 공지된 표준 기술에 의해 항체로 도입될 수 있다.

일부 실시양태에서, 본원에 제공된 펩타이드는 EBV 바이러스 단백질 서열(예컨대, EBV 바이러스 단백질 단편의 서열)과 적어도 80%, 85%, 90%, 95% 또는 100% 동일한 서열을 포함한다. 두 아미노산 서열의 동일성 백분율을 측정하기 위해, 서열은 최적의 비교 목적을 위해 정렬된다(예컨대, 간격(gap)이 최적 정렬을 위해 제1 및 제2 아미노산 서열 중 하나 또는 둘 다에 도입될 수 있고, 비-동일 서열은 비교 목적으로 무시될 수 있다). 이후, 상응하는 아미노산 위치의 아미노산 잔기를 비교하였다. 제1 서열의 위치가 제2 서열의 상응하는 위치와 동일한 아미노산 잔기로 점유될 때, 분자들은 그 위치에서 동일하다. 두 서열 간의 동일성 백분율은 두 서열들의 최적 정렬을 위해 도입될 필요가 있는 각 간격의 갯수 및 각 간격의 길이를 고려하여, 서열에 의해 공유되는 동일한 위치의 수의 함수이다.

일부 실시양태에서, 펩타이드는 키메라 또는 융합(fusion) 펩타이드이다. 본원에 사용된 "키메라 펩타이드" 또는 "융합 펩타이드"는 자연적으로는 연결되지 않는 서열을 갖는 별개의 펩타이드에 연결되는, 본원에 제공된 서열을 갖는 펩타이드를 포함한다. 예를 들어, 별개의 펩타이드는 직접적으로 펩타이드 결합을 통해 또는 화학적 링커를 통해 간접적으로 본원에 제공된 펩타이드의 N-말단 또는 C-말단에 융합될 수 있다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 펩타이드는 별개의 EBV 에피토프를 포함하는 또 다른 펩타이드에 연결된다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 펩타이드는 다른 바이러스 및/또는 감염성 질환으로부터의 에피토프를 포함하는 펩타이드에 연결된다.

본원에 제공된 키메라 또는 융합 펩타이드는 표준 재조합 DNA 기술에 의해 제조될 수 있다. 예를 들어, 상이한 펩타이드 서열을 코딩하는 DNA 단편은, 종래의 기술에 따라, 예컨대 결찰(ligation)을 위한 블런트-단부(blunt-end) 또는 스태거-단부(stagger-end) 말단(termini), 적절한 말단을 제공하기 위한 제한효소 절단(digestion), 적절하게 접착성 단부의 필링-인(filling-in), 바람직하지 않은 연결을 피하기 위한 알칼라인 포스파타아제 처리, 및 효소적 결찰을 사용함으로써, 프레임 내에서 함께 결찰될 수 있다. 또 다른 실시양태에서, 융합 유전자는 자동화된 DNA 합성기를 포함하는 종래의 기술에 의해 합성될 수 있다. 대안으로, 유전자 단편의 PCR 증폭은 후속적으로 어닐링되고 재증폭되어 키메라 유전자 서열을 생성할 수 있는 2개의 연속적인 유전자 단편 사이에 상보적인 오버행(overhang)을 유발하는 앵커 프라이머를 사용하여 수행될 수 있다(예컨대, Current Protocols in Molecular Biology, Ausubel et al., eds., John Wiley & Sons: 1992 참조). 게다가, 이미 융합 모이어티를 코딩하는 많은 발현 벡터가 상업적으로 이용가능하다.

본원에 제공된 펩타이드는 표준 단백질 정제 기술을 사용하여 적절한 정제 방식에 의해 세포 또는 조직 공급원으로부터 분리될 수 있고/있거나, 재조합 DNA 기술에 의해 제조될 수 있고/있거나, 표준 펩타이드 합성 기술을 사용하여 화학적으로 합성될 수 있다. 본원에 기재된 펩타이드는 본 발명의 펩타이드(들)을 코딩하는 뉴클레오타이드의 발현에 의해 원핵 또는 진핵 숙주 세포에서 생산될 수 있다. 대안으로, 이러한 펩타이드는 화학적 방법에 의해 합성될 수 있다. 재조합 숙주 내 이형 펩타이드의 발현, 펩타이드의 화학적 합성, 및 인 비트로 번역(translation)의 방법이 당업계에 공지되어 있으며, 추가로 Maniatis et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual (1989), 2nd Ed., Cold Spring Harbor, N. Y.; Berger and Kimmel, Methods in Enzymology, Volume 152, Guide to Molecular Cloning Techniques (1987), Academic Press, Inc., San Diego, Calif.; Merrifield, J. (1969) J. Am. Chem. Soc. 91:501; Chaiken I. M. (1981) CRC Crit. Rev. Biochem. 11:255; Kaiser et al. (1989) Science 243:187; Merrifield, B. (1986) Science 232:342; Kent, S. B. H. (1988) Annu. Rev. Biochem. 57:957; 및 Offord, R. E. (1980) Semisynthetic Proteins, Wiley Publishing에 기재되어 있으며, 이들은 본원에 참고로 인용된다.

특정 양태에서, 본원에서는 본원에 기재된 펩타이드를 코딩하는 핵산 분자를 제공한다. 일부 실시양태에서, 핵산 분자는 벡터이다. 일부 실시양태에서, 핵산 분자는 본원에 기재된 핵산 분자를 포함하는, 아데노바이러스 기반 발현 벡터와 같은 바이러스 벡터이다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 벡터는 본원에 제공된 다수의 에피토프(예컨대, 폴리에피토프로서)를 코딩한다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 벡터는 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 또는 20개 이상의 본원에 제공된 에피토프(예컨대, 표 1에 제공된 에피토프)를 코딩한다.

일부 실시양태에서, 벡터는 AdE1-LMPpoly이다. AdE1-LMPpoly 벡터는 Gly-Ala 반복-결실된 EBNA1 서열에 접합된, LMP1 및 LMP2로부터의 한정된 CTL 에피토프의 폴리에피토프를 코딩한다. AdE1-LMPpoly 벡터는 예컨대, Smith et al., Cancer Research 72:1116 (2012); Duraiswamy et al., Cancer Research 64:1483-9 (2004); 및 Smith et al., J. Immunol 117:4897-906에 기재되어 있으며, 이들 각각은 본원에 참고로 인용된다.

본원에 사용된 용어 "벡터"는 이것이 연결되어 있는 또 다른 핵산을 수송할 수 있는 핵산 분자를 지칭한다. 벡터의 하나의 유형은 "플라스미드"인데, 이는 추가 DNA 절편이 결찰될 수 있는 원형 이중-가닥 DNA 루프를 지칭한다. 벡터의 또 다른 유형은 바이러스 벡터인데, 여기서 추가 DNA 절편은 바이러스 게놈에 결찰될 수 있다. 특정 벡터(예컨대, 박테리아 복제 원점을 갖는 박테리아 벡터, 에피솜 포유류 벡터)는 그들이 도입되는 숙주 세포에서 자가 복제(autonomous replication) 가능하다. 다른 벡터(예컨대, 비-에피솜 포유류 벡터)는 숙주 세포 내로 도입시 숙주 세포의 게놈에 통합되어 숙주 게놈과 함께 복제될 수 있다. 또한, 특정 벡터는 유전자의 발현을 지시할 수 있다. 이러한 벡터는 본원에서 "재조합 발현 벡터"(또는 단순히, "발현 벡터")로 지칭된다. 일부 실시양태에서, 본원에서는 발현 벡터에 하나 이상의 조절 서열(예컨대, 프로모터)에 작동 가능하게 연결된 핵산을 제공한다. 일부 실시양태에서, 세포는 본원에 제공된 핵산을 전사하여, 본원에 기재된 펩타이드를 발현한다. 핵산 분자는 세포 게놈에 통합될 수 있거나, 염색체 외부에 있을 수 있다.

일부 실시양태에서, 본원에서는 본원에 기재된 핵산(예컨대, 본원에 기재된 펩타이드를 코딩하는 핵산)을 함유하는 세포를 제공한다. 세포는 예컨대, 원핵 생물, 진핵 생물, 포유류, 조류, 설치류 및/또는 인간일 수 있다. 일부 실시양태에서, 세포는 포유류 세포이다. 일부 실시양태에서, 세포는 APC(예컨대, 항원-제시 T 세포, 수지상세포, B 세포 또는 aK562 세포)이다. 본 발명의 방법에서, 본원에 기재된 핵산은 예컨대, 전달 비히클 없이 핵산으로서, 전달 시약과 함께, 세포에 투여될 수 있다. 일부 실시양태에서, 당업계에 공지된 임의의 핵산 전달 방법은 본원에 기재된 방법에 사용될 수 있다. 적합한 전달 시약은 예컨대, Mirus Transit TKO 친유성 시약; 리포펙틴(lipofectin); 리포펙타민(lipofectamine); 셀펙틴(cellfectin); 폴리양이온(예컨대, 폴리라이신), 아테로콜라겐, 나노플렉스(nanoplexes) 및 리포좀을 포함하나, 이에 제한되지 않는다. 본원에 기재된 방법의 일부 실시양태에서, 리포좀은 세포 또는 대상체에 핵산을 전달하기 위해 사용된다. 본원에 기재된 방법에서 사용하기에 적합한 리포좀은 일반적으로 중성 또는 음으로 하전된 인지질 및 콜레스테롤과 같은 스테롤을 포함하는 표준 비히클-형성 지질로부터 형성될 수 있다. 지질의 선택은 일반적으로 원하는 리포솜 크기 및 혈류 내 리포좀의 반감기와 같은 인자의 고려에 의해 좌우된다. 예컨대, 다양한 방법이 Szoka et al. (1980), Ann. Rev. Biophys. Bioeng. 9:467; 및 미국특허 제4,235,871호, 제4,501,728호, 제4,837,028호, 및 제5,019,369호에 개시된 것과 같은 리포좀 제조에 대해 공지되어 있으며, 이들의 전체 개시 내용은 본원에 참고로 인용된다.

동종이계 CTL

본원에서는 MHC 클래스 I 상에 제시된 EBV 펩타이드에 특이적으로 결합하는 T 세포 수용체를 발현하는 동종이계 CTL을 대상체에 투여함으로써 자가면역 질환(예컨대, MS, SAD, IBD)을 치료하는 방법을 제공한다. 일부 실시양태에서, CTL은 세포 은행에서 유래된다. 일부 실시양태에서, MHC는 MHC 클래스 I이다. 일부 실시양태에서, MHC 클래스 II는 HLA-DMA, HLA-DOA, HLA-DPA, HLA-DQA 또는 HLA-DRA인 α쇄 폴리펩타이드를 갖는다. 일부 실시양태에서, MHC 클래스 II는 HLA-DMB, HLA-DOB, HLA-DPB, HLA-DQB 또는 HLA-DRB인 β쇄 폴리펩타이드를 갖는다. 일부 실시양태에서, CTL은 대상체에게 투여되기 전에 세포 라이브러리 또는 은행에 저장된다.

일부 실시양태에서, 본원에서는 본원에 기술된 펩타이드(예컨대, LMP1, LMP2A 또는 EBNA1 에피토프 서열을 포함하는 펩타이드)를 제시하는 APC를 제공한다. 일부 실시양태에서, APC는 B 세포, 항원 제시 T 세포, 수지상세포 또는 인공 항원-제시 세포(예컨대, aK562 세포)이다.

공정에서 사용하기 위한 수지상세포는 환자 시료로부터 PBMC를 획득하여 이들을 플라스틱에 부착시킴으로써 제조될 수 있다. 일반적으로, 단핵구 집단은 달라붙고, 모든 다른 세포는 씻겨져 나갈 수 있다. 이후, 부착 집단은 IL-4 및 GM-CSF로 분화하여, 단핵구 유래 수지상세포를 생성한다. 이 세포는 (수지상세포의 표면에서 중요한 동시-자극 분자를 상향 조절하는) IL-1β, IL-6, PGE-1 및 TNF-α의 첨가에 의해 성숙될 수 있고, 이후, 본원에 제공된 하나 이상의 펩타이드로 형질도입된다.

일부 실시양태에서, APC는 aK562 세포와 같은 인공 항원-제시 세포이다. 일부 실시양태에서, 인공 항원 제시 세포는 CD80, CD83, 41BB-L 및/또는 CD86을 발현하도록 조작된다. K562 세포를 포함하는 예시적인 인공 항원-제시 세포는 미국특허 공개공보 제2003/0147869호에 개시되어 있으며, 이는 본원에 참고로서 포함된다.

특정 양태에서, 본원에서는 APC를, EBV 에피토프를 포함하는 펩타이드 및/또는 EBV 에피토프를 코딩하는 핵산과 접촉시키는 단계를 포함하는, 본원에 기재된 하나 이상의 EBV 에피토프를 제시하는 APC를 생성시키는 방법을 제공한다. 일부 실시양태에서, APC는 광조사된다(irradiate). 일부 실시양태에서, APC는 본원에 기재된 펩타이드(예컨대, LMP1, LMP2A 또는 EBNA1 에피토프 서열을 포함하는 펩타이드)를 제시한다. 본원에 기재된 펩타이드를 제시하는 세포는 당업계에 공지된 표준 기술에 의해 제조될 수 있다. 예를 들어, 세포가 펩타이드 흡수를 촉진하도록 펄스화(pulsing)될 수 있다. 일부 실시양태에서, 세포는 본원에 제공된 펩타이드를 코딩하는 핵산으로 형질감염된다. 본원에서는 본원에 기재된 펩타이드와 함께 세포를 펄스화하는 단계를 포함하는, 항원 제시 세포(APC)를 제조하는 방법을 제공한다. 항원 제시 세포를 제조하는 것의 예시적인 예는 WO2013088114에서 찾아볼 수 있으며, 이들 내용 전체가 본원에 포함된다.

일부 실시양태에서, 본원에서는 MHC 상에 제시된 본원에 기재된 펩타이드를 인식하는 TCR(예컨대, αβ TCR 또는 γδTCR)을 발현하는 T 세포(예컨대, CD4 T 세포 및/또는 CD8 T 세포)를 제공한다. 일부 실시양태에서, T 세포는 MHC 클래스 I 상에 제시된 본원에 기재된 펩타이드를 인식하는 TCR을 발현하는 CD8 T 세포(CTL)이다. 일부 실시양태에서, T 세포는 MHC 클래스 II 상에 제시된 본원에 기재된 펩타이드를 인식하는 CD4 T 세포(헬퍼 T 세포)이다.

일부 실시양태에서, 본원에서는 본원에 기재된 하나 이상의 EBV 에피토프를 인식하는 T 세포(예컨대, CTL)를 생성, 활성화 및/또는 이들의 증식을 유도하는 방법을 제공한다. 일부 실시양태에서, CTL을 포함하는 시료(즉, PBMC 시료)는 본원에 제공된 APC(예컨대, MHC 클래스 I 복합체 상에 EBV 에피토프를 포함하는 펩타이드를 제시하는 APC)와 함께 배양 하에 항온처리된다. 일부 실시양태에서, APC는 T 세포가 수득된 대상체에서 자가 유래된다. 일부 실시양태에서, APC는 T 세포가 수득된 대상체에서 자가 유래되지 않는다. 일부 실시양태에서, T 세포를 함유하는 시료는 본원에 제공된 APC와 함께 2회 이상 항온처리된다. 일부 실시양태에서, T 세포는 하나 이상의 사이토카인의 존재 하에 APC와 함께 항온처리된다. 일부 실시양태에서, 사이토카인은 IL-4, IL-7 및/또는 IL-15이다. APC를 사용하여 T 세포의 증식을 유도하는 예시적인 방법은 예컨대, 미국특허 공개공보 제2015/0017723호에서 제공되며, 이는 본원에 참고로서 포함된다.

일부 실시양태에서, 본원에서는 유효량의 조성물을 대상체에 투여함으로써 대상체의 자가면역 질환을 치료 및/또는 예방하기 위해 사용되는, 본원에 제공된 T 세포 및/또는 APC를 포함하는 조성물(예컨대, 치료용 조성물)을 제공한다. 일부 양태에서, 본원에서는 조성물(예컨대, 약학 조성물, 동종이계 CTL을 포함하는 그러한 조성물)을 사용하여 자가면역 질병을 치료하는 방법을 제공한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 본원에 제공된 다수의(예컨대, 2개 이상의) CTL의 조합을 포함한다.

치료 방법

일부 실시양태에서, 본원에서는 본원에 제공된 동종이계 CTL을 대상체에게 투여함으로써 대상체의 자가면역 질환을 치료하는 방법을 제공한다. 일부 실시양태에서, 동종이계 CTL은 세포 은행(예컨대, 에피토프-특이적 CTL의 미리-발생된 제3자 공여자 유래 은행)으로부터 선택된다.

일부 실시양태에서, 본원에 제공된 방법은 임의의 자가면역 질환을 치료하기 위해 사용될 수 있다. 자가면역 질환의 예로는, 예를 들어 사구체 신염, 관절염, 확장성 심근병증과 같은 질환, 궤양성 대장염, 쇼그렌 증후군, 크론병, 전신성 홍반, 만성 류마티스 관절염, 소아류마티스 관절염, 스틸병(Still's diease), 다발성 경화증, 건선, 알레르기성 접촉피부염, 다발성근염, 피부비후증, 결절성 동맥 주위염, 류마티스 열, 심상성 백반증(vitiligo vulgaris), 베체트병, 하시모토병, 애디슨병, 피부근염, 중증근무력증, 라이터증후군, 그레이브스 병, 유해한 빈혈, 불임병, 천포창, 자가면역성 혈소판 감소성 자반증, 자가면역성 용혈성 빈혈, 활동성 만성 간염, 애디슨병, 항인지질항체 증후군, 아토피성 알러지, 자가면역성 위축성 위염, 자가면역성 염산 결핍증, 셀리악병, 쿠싱 증후군, 피부근염, 원판상 홍반성 루푸스, 굿파스쳐 증후군, 하시모토병, 특발성 부신 위축, 특발성 혈소판 감소증, 인슐린-의존성 당뇨병, 이튼-람베르트 증후군, 루포이드 간염, 림프구 감소증, 혼합 결합 조직병, 유사천포창, 심상성 천포창, 악성빈혈, 수정체 포도막염, 결절성 다발동맥염, 다선성 자가증후군(polyglandular autosyndrome), 일차성 담즙성 간경화증, 원발 경화성 담관염, 레이노병, 재발성 다발 연골염, 슈미트 증후군(Schmidt's syndrome), 제한된 피부경화증(또는 크레스트 증후군), 교감성 안염, 전신성 홍반성 루푸스, 타까야수 동맥염, 측두 동맥염, 갑상선 중독증, B형 인슐린 저항성, 제1형 당뇨병, 궤양성 대장염 및 베게너 육아종증을 포함한다.

일부 실시양태에서, 본원에 제공된 방법은 MS를 치료하기 위해 사용된다. 일부 실시양태에서, MS는 재발 완화형 MS, 2차 진행성 MS, 1차 진행성 MS 또는 점진적 재발성 MS이다.

일부 실시양태에서, 본원에 제공된 방법은 SAD를 치료하기 위해 사용된다. 예를 들어, 특정 실시양태에서, 본원에 제공된 방법은 류마티스 관절염, 전신성 홍반성 루푸스 및/또는 쇼그렌 증후군을 치료하기 위해 사용된다.

일부 실시양태에서, 본원에 제공된 방법은 IBD를 치료하기 위해 사용된다. 예를 들어, 특정 실시양태에서, 본원에 제공된 방법은 크론병(국부 장 질환, 예컨대, 불활성 및 활성 형태), 셀리악병(예컨대, 불활성 또는 활성 형태) 및/또는 궤양성 대장염(예컨대, 불활성 및 활성 형태)을 치료하기 위해 사용된다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 방법은 과민성 대장 증후군, 미세 대장염, 림프구-형질세포성 장염, 만성소화장애, 교원성 대장염, 림프구성 대장염, 호산성 장염, 불확정 대장염, 감염성 대장염(바이러스성, 세균성 또는 원충성, 예컨대 아메바성 대장염)(예컨대, 클로스트리디움 디피실 대장염(clostridium dificile colitis)), 위막성 대장염(괴사성 대장염), 허혈 염증성 장 질환, 베체트병, 사르코이드증, 피부경화증, IBD-관련 형성이상(dysplasia), 형성이상(dysplasia) 관련 종괴 또는 병변, 및/또는 원발 경화성 담관염을 치료하기 위해 사용된다.

본원에 제공된 약학 조성물 내의 활성 성분의 실제 투여량 수준은, 환자에게 유독하지 않으면서, 특정 환자에 대해 소망하는 치료 반응, 조성물 및 투여 방식을 달성하기에 효과적인 활성 성분의 양을 얻기 위해 변할 수 있다.

선택된 투여량 수준은 사용된 특정 약제의 활성, 투여 경로, 투여 시간, 사용된 특정 화합물의 배출이나 대사 속도, 치료 기간, 사용된 특정 화합물과 조합하여 사용되는 다른 약물, 화합물 및/또는 물질, 치료받는 환자의 나이, 성별, 체중, 병태, 일반적인 건강 및 이전 병력, 및 의학 분야에서 잘 알려진 유사한 요인을 포함하는 다양한 요인에 좌우될 것이다.

일부 실시양태에서, 상기 방법은 세포 은행(예컨대, 에피토프 특이적 CTL의 미리-발생된 제3자 공여자 유래 은행)으로부터 동종이계 CTL을 선택하는 단계를 포함한다. 일부 실시양태에서, CTL은 대상체에 존재하는 HLA 대립 유전자에 의해 코딩되는 MHC 클래스 I로 제한된 TCR을 발현하기 때문에, 상기 CTL이 선택된다. 일부 실시양태에서, CTL 및 대상체가 2개 이상(예컨대, 3개 이상, 4개 이상, 5개 이상, 6개 이상)의 HLA 대립 유전자를 공유하고 CTL이 공유된 HLA 대립 유전자로 제한되는 경우, 상기 CTL이 선택된다. 일부 실시양태에서, 상기 방법은 미리 발생된 제3자-공여자-유래된 에피토프-특이적 T 세포(즉, 동종이계 T 세포)의 TCR 레파토리를 유세포 분석기로 테스트하는 단계를 포함한다. 일부 실시양태에서, 에피토프-특이적 T 세포는 테트라머 어세이, ELISA 어세이, 웨스턴 블랏 어세이, 형광 현미경 어세이, 에드만 분해 어세이 및/또는 질량 분석법(예컨대, 단백질 시퀀싱)을 사용하여 검출된다. 일부 실시양태에서, TCR 레퍼토리는 핵산 프로브, 핵산 증폭 어세이 및/또는 시퀀싱 어세이를 사용하여 분석된다.

실시예

실시예 1: 에피토프 특이적 CTL의 제3 공여자 유래된 은행의 생성.

에피토프 특이적 CTL의 제3자 공여자 유래된 은행은, 충분한 규모, 환자 HLA 매칭 능력의 폭, 및 표적-제한된 활성을 갖는 CTL 집단을 생성하기 위해, 공여자 림프구 물질의 표적화된 동정을 통해 생성된다. 공여자 물질의 동정은 다음 자료로부터 산출된 공여자/물질 유전학적 주석 또는 결과적인 생성물의 품질 특성의 임의의 조합에 의해 용이해진다:

(a) 공여자 HLA 대립 유전자 - 특이적 HLA 대립 유전자가, 자극성 펩타이드 서열에 함유된 동족 에피토프 및/또는 표적 환자 집단을 가장 광범위하게 포괄하는 능력에 기초하여, 우선 순위가 매겨지고 CTL 생성을 위한 입력 물질로서 특이적으로 채취될 수 있다.

(b) 공여자 물질의 테스트 분취량이 CTL 자극 프로토콜에 따라 효과적인 세포독성능을 확장 및/또는 생산하는 능력.

(c) 세포 독성 연구에 의해 지시된 바와 같이, 또는 표적 세포에서의 탈과립, 사이토카인 방출, 신호 분석 또는 세포 사멸의 다른 마커에 의해 지시된 바와 같은 반응의 기능적 특징화를 통한 자극된 공여 물질의 에피토프/HLA 제한, 및/또는 CTL 구획의 에피토프-특이적 자극.

(d) 동시-자극 분자, 고갈 마커(exhaustion marker), 분화 마커 및/또는 다른 결과적인 생성물 특성의 발현과 관련된 테스트 분취량에서의 CTL 생성물의 결과적인 표현형 프로파일.

병행하는 또는 순차적인 자극, 및 생성물을 포함하는 CTL의 생성 후, 각각의 CTL 배치(batch) 또는 롯트(lot)는 HLA 제한 특이성 및 효력에 대해 특성화되고 주석 처리(annotation)된다. 그 후, 특성화된 롯트는 이후에 재활성화가 가능하도록 생존 가능하게 저온 보존된다. 별개의 HLA 대립 유전자 발현을 갖는 별개의 공여자 물질로부터 생성된 여러가지의 롯트의 누적된 저온 보존은, 저온 보존된 "은행"에 HLA 제한된 활성의 폭의 다양성을 가져온다. 은행의 내용물은 향후 환자의 특성에 맞게 선택 및 매칭될 준비가 되어 있어서, 각 환자의 특성에 맞는 특성을 갖는, 즉시 이용 가능한 요법을 제공하기 위해 특이적 롯트가 검색되고 재활성화될 수 있다.

실시예 2: 에피토프 특이적 CTL의 은행으로부터 유래된 제3자 공여자 세포주로부터 CTL의 선택.

은행화된 생성물에 대한 환자-특이적 요청은, 환자의 유전적 또는 질환 배경과 함께 중요 특성들의 정렬되고 우선 순위화된 통합화를 통해 달성될 수 있다. 이러한 계층적인 고려사항들의 순서는 이러한 입력물을 통합화하고 매칭 롯트(matching lot)를 출력하도록 설계된 알고리즘의 사용을 통해 달성될 수 있다. 이 알고리즘은 HLA 제한에 기반하거나, 또는 많은 롯트가 사용가능한 경우에는, 각각 적절하게 가중치를 부여하고 추가 롯트 및/또는 환자-특이적 특성 및 주석을 포함하는 일련의 추가 입력치와 조합하여 HLA 제한에 대한 매칭에 기반할 수 있어, 가장 효과적인 환자-특이적 롯트 또는 부반응에 대한 가능성을 가장 완화시키는 것을 선택할 수 있다. 아래는 이러한 요청 알고리즘에 대한 예시적인 포맷을 제공한다.

대상체를 위해 동종이계 제3자 EBV-CTL은 사용가능한 EBV-CTL 세포주 라이브러리로부터 선택된다. 다음 단계는 대상체에 사용될 세포주(들)를 동정하는 과정을 개괄적으로 설명한다:

1) 환자와 세포주를 매칭시키기 위해서는, 대상체의 1개 이상의 HLA 유전자좌 또는 우선적으로 대상체의 EBV+ B 세포 구획이, 공지된 경우에는, 주어진 CTL 세포주의 HLA 제한과 매칭되면서, 세포주와 환자가 고-해상도로 2개 이상의 HLA 유전자좌를 공유해야 한다.

2) 적절한 세포 투여량의 존재를 동정하기 위해서, 최소 X사이클에서 Y CTL/kg의 실제 체중 당 투여량을 투여하기 위해서 선택된 세포주로부터 충분한 세포주의 존재(사이클(X) 당 n 투여량, X 사이클= nX 총 투여량; 따라서, 이용가능한 최소 투여량은 nXY x 10⁶CTL/kg 실제 체중 이상이어야한다). 최소 투여량은 환자 또는 질환 특성에 따라 달라질 수 있다.

3) 이전에 논의된 표준에 따라 단지 하나의 세포주만이 동정된다면, 그 세포주가 사용되어야하며 더 이상의 선택 기준이 부과되지 않는다. 그러나, 일부 경우에는, 주어진 대상체에 대한 HLA 매칭(1) 및 최소 투여량 요건(2)을 충족시키는 CTL 라이브러리에 하나 초과의 세포주가 존재할 수 있다. 이들 CTL 세포주 중에서 일부는, 물질 공여자의 유전자형에서 제한하는 또는 정의된 추가의 HLA 대립 유전자 특성을 가질 수 있는데, 이는 임상적으로 또는 간접적 수준의 증거를 통해, 감소된 효능 또는 관련된 부반응의 증가로 정의되는 것과 같이, 감소된 임상적 결과와 관련될 수 있다. 이러한 경우라면, 이 추가 HLA 대립 유전자가 결핍된 세포주가 선택된다.

추가적으로, 이전에 환자에게 투여된 세포주 및 그 결과로 발생했던 반응을 기록한다. 이 세포주 반응 데이터는 다음과 같이 (1)과 (2)의 요청을 충족시키는 CTL 세포주 옵션 중에서 선택하기 위해 사용된다:

3a) 치료된 4명 이상의 환자 중 이전의 반응률이 구체화된 컷-오프(cut-off)보다 더 큰 세포주 중에서, 라이브러리에서의 이용가능한 가장 많은 현존하는 세포 투여량이 선택된다. 공여자 출발 물질이 후속적 배치에 사용되고 첫 번째 배치에 대해 동일한 HLA 제한이 얻어진 경우, 동일한 HLA 제한을 공유하는 후속 배치에 대한 반응률은 유사하게 효과적이라고 가정될 수 있다.

3b) (3a)의 기준을 충족시키는 세포주가 없다면, (1)과 (2)의 요건을 충족시키는 세포주 중에서, 가장 높은 반응률 및 하나 이상의 이전의 반응을 갖는 세포주가 선택된다.

3c) 이전의 반응률을 갖는 세포주가 없다면, 이전에 HLA 제한이 보여졌던 세포주 중에서 선택하여 반응을 이끌어 내고, HLA 제한에 의해 어떤 세포주가 가장 높은 이전의 반응을 갖는 대상체(또는 대상체의 질환)와 공유되는지를 우선 순위화한다.

3d) 마지막으로, 이전의 요건을 충족시키지 못하면, 알려진 부적절한 반응을 갖거나 또는 증가된 유병률을 갖는 HLA 제한, 또는 감소된 임상적 결과와 잠재적 관련성을 피하는 세포주가 선택된다.

1차 진행성 MS(PPMS), 2차 진행성 MS(SPMS) 또는 재발-완화형 MS(RRMS) 환자로 진단받은 임의의 환자는, 환자의 HLA 대립 유전자와 매치하는 HLA 제한을 갖는 이용가능한 세포주가 있는 한, EBV-CTL로 치료될 수 있다.

실시예 3: 제3자 공여자 유래된 CTL을 사용한 MS의 치료

재발 완화형, 1차 진행성 및 2차 진행성 MS를 앓는 환자는, EBNA1, LMP1 및 LMP2 항원을 제시하는 B 세포 및 혈장세포에 대해 세포독성을 나타내는 제3자 동종이계 표적된 EBV-CTL로 치료된다. 환자는 2 x 10⁷ 세포/m²의 투여량으로 표적된 EBV-CTL의 투여를 4회 받으며 2주 간격으로(즉, 1, 15, 29 및 43일에) 정맥 내에 투여한다. 환자는 재발의 경우에 대해, 연속적 가돌리늄(Gadolinium) 조영증강된 뇌 MRI 및 연속적 요추 천자로 평가되어, 뇌척수액 IgG 수치와 올리고클론 띠의 발생빈도를 측정한다. 확장형 장애 척도 점수(EDSS)는 장애의 진행을 특징화하기 위해 부여된다. 수반되는 투약과 부반응은 치료의 안전성 프로파일을 특징화하기 위해 수집된다. 다음은 치료 효능의 지표이다:

1) 유사한 환자 집단의 과거 대조군과 비교했을 때, RRMS 환자의 월별 방문시 MRI 영상에서 관찰된 것처럼, 새로운 가돌리늄 조영증강 병변이 유의하게 감소함.

2) 유사한 환자 집단의 과거 대조군과 비교했을 때, 월별 방문시 연간 임상 재발률이 유의하게 감소함.

3) 1차 진행성 MS(PPMS), 2차 진행성 MS(SPMS) 및 재발 완화형 MS(RRMS) 환자에서의 바닥선과 비교했을 때 CSF IgG 수준이 유의하게 감소함.

4) 1차 진행성, 2차 진행성 및 재발 완화형 MS 환자의 30%가 바닥선에 존재했던 올리고클론 띠를 해결한다.

5) 1차 진행성 MS(PPMS), 2차 진행성 MS(SPMS) 및 재발 완화형 MS(RRMS) 환자에서 6개월 및 12개월 째 EDSS 점수가 약간 내지 중간정도로 개선됨.

6) RRMS의 50%, PPMS의 30% 및 SPMS 환자의 25%에서 운동 강도에서의 유의한 개선 발생.

7) 65%를 나타내는 과거 대조군과 비교하여, RRMS 환자의 80%가 1년 째에 질병 활동의 임의의 증거도 보이지 않음.

실시예 4: 제3자 공여자 유래된 CTL(ATA188)을 사용한 MS의 치료

재발 완화형, 1차 진행성 및 2차 진행성 MS를 앓는 환자는 제3자 공여자 유래된 CTL의 입양 전이로 치료된다. 동종이계 잠재성-2 EBV 표적화된 세포독성 T 림프구(동종이계 EBV CTL) 또는 ATA188은, 잠재성 막 단백질 1(LMP1), LMP2 및 EBNA1을 포함하는 EBV 단백질 항원에 특이적인 것으로서, HLA-매치되고 인 비트로-확대된 항원 특이적 T 세포이다. ATA188은 건강한 EBV 혈청양성 공여자의 말초 혈액 단핵 세포(PBMC)에서 생산된다. 이러한 공여 세포의 일부는 면역요법을 위한 T 세포가 되며 일부는 T 세포를 자극하기 위해 사용되는 항원 제시 세포(APC)이다. APC는 폴리펩타이드 단백질 및 끝이 잘린 EBNA1 단백질(AdE1-LMPpoly)을 발현하는 전이유전자를 코딩하는 신규한, 재조합된, 복제-결핍 아데노바이러스로 형질도입된다. 폴리에피토프 단백질은 LMP1 및 LMP2로부터의 다중 HLA 클래스 I-제한된 CD8+ T 세포 에피토프를 "구슬 꿰인 실"과 같이 포함한다. 끝이 잘린 EBNA1 단백질은, 이 단백질의 번역 및 내인성 과정을 방해하고 CD8+ 및 CD4+ T 세포 에피토프를 유지하는, 글리신-알라닌 반복 서열을 제외한다. 전임상 및 임상 연구는, 이러한 LMP 및 EBNA1 발현 APC는 인터루킨-2(IL-2)의 존재 하에 사람 공여자로부터 항원 특이적 T 세포의 빠른 확장을 유도하는데 매우 효과적이라는 것을 밝혔다. 생성된 세포 생성물인 ATA188은 저온 보존되며, 세포독성 잠재력을 갖는 HLA-제한인 것으로, 및 아데노바이러스 감염성이 없는 것으로 확인되었다.

프로토콜 및 투약

환자는 15일의 치료 기간으로 구성된 각 사이클로 2회 사이클의 치료를 받는다(1일, 8일[± 2일], 및 15일[± 2일]에, 대략 7일 간격으로, 3회 주입). 사이클 1의 제3 주입 후에, 대상체는 대략 매주 방문하면서 20일 관찰 기간에 들어가고, 사이클 2의 제3 주입 후에, 대상체는 11개월(매 28 ± 5일) 방문과 함께 후속 관찰 기간(follow-up period)에 들어간다. 이와 함께, 대상체는 ATA188의 제1 투여 후 1년 이상 동안 관찰된다.

제1 코호트는 5×10⁶세포의 투여량으로 치료한 후, (각각 제2, 제3 및 제4 코호트에서) 1×10⁷, 2.0×10⁷ 및 4.0×10⁷의 투여량으로 치료하였다. 1 내지 4의 코호트에서, 치료는 대상체들에 대해 시차를 두어서, 제1과 제2 대상체 및 제2와 제3 대상체의 치료 사이에 8일의 휴지기를 둔다(예컨대, 임의의 투여량 제한 독성이 관찰되지 않으면, 제2 대상체에 대한 치료는 제1 대상체가 이들의 8일차 주입을 받은 다음 날 시작될 수 있다. 투여량 제한 독성(DLT)은 ATA188의 투여와 적어도 관련이 있을 것으로 간주되는 독성이다. 일단 제3 대상체가 등록되면, 코호트의 나머지도 등록된다. 코호트의 6명의 대상체 모두에 대해 사이클 1의 1일차 제1 투여 후처음 35일(즉, 35일 DLT 평가 기간) 동안 DLT가 발생하지 않으면, 하나의 코호트에서 다음 코호트까지 투여량 단계적 확대(dose escalation)가 일어날 것이다. 6명 중 1명의 대상체가 35일 평가 기간 내에 DLT를 겪는다면, 추가 3명의 대상체는 그 투여량 코호트에 등록될 것이다. 추가 3명의 대상체 중에서 임의의 DLT도 관찰되지 않는다면(35일 평가 기간 내에), 다음 투여량 코호트에 투여량 단계적 확대가 진행될 것이다. 한 코호트 내의 9명 대상체 중 2명 이상의 대상체가 35일 평가 윈도우 내에 DLT를 겪으면, 그 투여량 수치는 최대 내성 용량(MTD)으로 간주될 것이다. MTD는 6명의 대상체 중 1명 미만이 DLT를 갖는 경우에 연구된 가장 많은 투여량이다. 모든 투여량이 6명 중 1명 미만인 경우, MTD는 연구된 최고 투여량이다. 또한, 이전 투여량 수치는 RP2D로 간주될 것이다. RP2D는, 등록 연구원과 후원자의 의료 모니터에 의해 제1의 35일 동안 16.6% 미만의 대상체의 DLT 발생 정도와 함께, 투여량 단계적 확대(즉, 코호트 1 내지 4) 동안 수집된 모든 안전성, 효능 및 바이오마커 데이터의 평가에 기반하여 2상에 대해 선택된 ATA188 투여량이다. 최저 투여량 코호트(코호트 1)의 9명의 대상체 중 2명 이상이 35일의 평가 윈도우 내에 DLT를 겪으면, 후원자의 의료 모니터 및 등록 연구원과 협의하여 더 낮은 투여량/일정이 탐구될 수 있다.

투여량 단계적 확대는, 코호트 내 모든 대상체가 35일 DLT 평가 기간을 완료한 후에 치료 유발 부반응(TEAE), 임상 실험실 데이타, 활력 징후 및 심전도(ECG)를 포함한 신체 검사 결과를 포함한 안전성 평가에 기반한다.

투여량 단계적 확대(즉, 코호트 5)은 RP2D에서 대상체들 사이의 시차/중단없이 수행한다.

환자는 재발 사건 및 뇌 자기 공명 영상(MRI) 스캔 상의 가돌리늄(Gd)-조영증강된 및 신규 또는 확대된 T2 병변의 갯수의 바닥선으로부터의 변화가 평가된다. ATA188은 2개 이상의 인간 백혈구 항원(HLA) 대립 유전자와, ATA188 및 대상체 사이에 공유되는 1개 이상의 HLA-제한 대립 유전자를 매칭시키는 것에 기초하여 각 대상에 대해 선택된다. 확장 장애 척도 점수(EDSS)는 질환 및 장애의 진행을 특징화하기 위해 부여된다. 수반되는 투약과 부반응은 치료의 안전성 프로파일을 특징화하기 위해 수집된다.

결과 측정/연구 평가:

다음은 치료 효능의 지표이다:

1) 뇌 MRI 스캔에서 Gd-조영증강된 및 신규 또는 확대된 T2 병변의 갯수의 바닥선으로부터의 변화.

2) 연간 임상 재발률의 감소.

3) 1차 진행성 MS(PPMS), 2차 진행성 MS(SPMS) 및 재발 완화형 MS(RRMS) 환자에서의 EDSS 점수의 약간 내지 중간 정도의 개선.

환자는 순환하는 EBV-특이적 T 세포의 빈도, 지속성 및 확대에 대해 및 효능 및 안전성 판정점(endpoint)과 세포 동역학의 연관성을 보여주기 위해서 평가하였다. 또한, 연구 참여자에서 임의의 수의 판정점이 평가될 수 있다. 예를 들어, EBV-데옥시리보핵산(DNA)의 변화, 비타민 D3의 변화, 뉴로필라민트의 변화, MRI 자기장 전달 비율(MTR)의 변화, 임상 결과 평가의 변화(예컨대, 다발성 경화증 충격도 29(MSS) 점수, 피로 중증도(FSS) 점수, 시력(VA) 및 다발성 경화증 기능 구성(MSFC) 점수)), 및 면역 글로불린 G(IgG) 지수의 변화(혈청 및 대뇌척수 액(CSF)에서 IgG의 정량 및 올리고클론 띠(OCB) 분석 포함)은 T 세포의 투여 이전에 제1 측정을 수행하고, 연구 중 또는 후에 추가 측정을 수행함으로써 측정될 수 있다.

연구 집단:

RRMS을 앓는 42명 이하의 대상체 및 최근의 질환 활성을 갖는 SPMS의 6명의 대상체는 6개 내지 10개의 연구 사이트에 등록될 것이다. 연구에서 임의의 DLT도 발생하지 않으면, 총 36명의 대상체가 등록될 것이다(RRMS 30 명, SPMS 6명).

다음은 연구에 관련된 환자에 대한 포함/제외 기준이다. 다음이 모두 만족되는 경우, 대상체는 이 연구에 참여할 수 있는 자격이 있다고 간주한다:

1. MS의 병력, 다음 기준 중 하나를 충족:

- MS의 진단을 위한 2010 개정된 McDonald 기준에 정의된 것과 같은 RRMS

또는

- SPMS는 등록하기에 적어도 1년 전에 진단받고 사전 동의를 제공한 해의 전년도에 재발 병력이 없다

2. 양성 EBV 혈청 검사

3. 적절한 부분 HLA-매치된 및 제한된 ATA188의 유용성

4. 18 내지 45세의 남성 및 여성

5. 3.0 내지 6.5의 EDSS 점수

6. 서면 사전 동의를 제공할 의지와 능력

다음 기준 중 하나라도 충족되면, 대상체는 연구에 참여할 자격이 없다:

1. 감염, 프로토콜 준수 제한 또는 대상체를 허용할 수 없는 위험에 노출시키는 것과 같은, 동시에 발생하는 제어되지 않거나 해결되지 않은 질병

2. 인간 면역 결핍 바이러스(HIV)에 대한 양성 혈청 검사 및/또는 핵산 검사(NAT)

3. 활성 B형 간염 바이러스(HBV) 감염 또는 HBV에 대한 캐리어 상태를 나타내는 혈청 검사 및/또는 NAT (참고: 이전이지만 해결된 감염을 나타내는 HBV에 대한 양성 혈청 검사는 제외 기준이 아님)

4. 활성 C형 간염 바이러스(HCV) 감염을 나타내는 혈청 검사 및/또는 NAT

5. 매독 또는 인간 T 세포 림프구 바이러스 I/II(HTLV)에 대한 양성 혈청 검사

6. 유의한 비-악성 질환(예컨대, 심각한 심장 또는 호흡기 기능 장애)

7. 제어되지 않는 정신병, 제어되지 않는 우울증 또는 자살 위험, 물질 의존성 또는 이 시험에 참여할 수있는 능력을 손상시킬 수 있는 임의의 다른 정신의학적 상태

8. 전혈 수, 신장 기능 또는 간 기능의 임상적으로 유의한 이상 :

a. 총 빌리루빈(TBILI)은 정상 상한치(ULN; 대상체가 길버트 병을 기재하지 않은 경우)의 1.5배 초과, 아스파테이트 아미노전이효소(AST) 또는 알라닌 아미노전이효소(ALT)는 ULN의 3.0배 초과를 포함하는 상승된 간 기능 검사.

b. 크레아티닌은 ULN의 1.5배 초과이고 평가된 크레아티닌 청소율(콕크로프트-가울트 방정식을 사용)은 60mL/min 미만인 대상체

c. 10g/dL 미만의 헤모글로빈; 100×10⁹/L 미만의 혈소판; 1.5×10⁹/L 미만의 절대 호중구 수

9. 알레르기 또는 임의이 금속 단편이나 이물질(예컨대, 동맥류 클립(들), 심박 조율기, 전자장치 이식물, 션트(shunt))을 포함하는, 강한 정전기, 펄스 기울기 장에 반응하는 임의의 물체와 같은, MRI 및/또는 Gd에 대한 금기 사항

10. 12개월 이내에 5% 이상의 재발 가능성을 갖는, 성공적으로 치료된 비-흑색종 피부암 또는 자궁경부의 상피내암종을 제외한 이전의 암

11. 다음과 같은 면역 조절 요법(코르티코스테로이드의 짧은 치료 제외):

a. B 세포 고갈성 작용제에 의한 임의의 사전 치료

b. 알렘투주맙에 의한 임의의 사전 치료

c. 사전 동의를 제공한지 4주 이내에 글라티라머 아세테이트 또는 IFNβ에 의한 치료

d. 사전 동의를 제공한지 4주 이내에 디메틸 푸마레이트에 의한 치료

e. 사전 동의를 제공한지 2개월 이내에 핑골리모드에 의한 치료

f. 사전 동의를 제공한지 6개월 이내에 나탈리주맙, 메토트렉세이트, 아자치오프린 또는 사이클로스포린에 의한 치료

g. 환자가 콜레스티라민의 가속된 청소율을 완료하지 못한 경우, 사전 동의를 제공한 후 12개월 이내에 테리플루노마이드에 의한 치료

h. 사전 동의를 제공한지 12개월 이내에, 또는 연구자가 이러한 치료에서 잔류 면역 억제가 있다고 결정한, 미톡산트론, 사이클로포스파마이드, 클라드리빈, 리투시맵 또는 다른 면역 억제제에 의한 치료, 또는 세포독성 요법(스테로이드 제외)

12. 사전 동의를 제공하기 전 4주 이내에 항흉선세포 글로불린 또는 유사한 항-T 세포 항체 요법.

13. ATA188로 치료를 받는 동안 및 마지막 투여 후 3개월 동안에, 예를 들어 임플란트, 주사제, 복합 경구 피임약, 일부 자궁 내 피임 장치, 성적 금욕 또는 정관 절제된 파트너와 같은, 매우 효과적인 피임법(즉, 일관되고 정확하게 사용되는 경우, 임신율이 연간 1 % 미만인 결과)을 사용하기를 꺼리는 잠재적인 가임기 여성.

또는

ATA188로 치료를 받는 동안 및 마지막 투여 후 3개월 동안에 매우 효과적인 피임 수단을 사용하기를 꺼리고/꺼리거나 정자 기증을 자제하는 것을 꺼리는 잠재적 가임기 여성 파트너가 있는 남성

14. 모유 수유중인 여성.

15. 임신.

16. 연구 절차를 준수하기 불가능함.

17. EBV T 세포 요법으로 사전 치료.

연구에 활용된 통계 방법

분석 집단

연구에 등록되고 임의의 연구 생성물을 받는 모든 대상체는 효능 및 안전성 집단에 포함된다. 효능 집단은 주요 효능 분석 및 소질, 인구 통계학 및 바닥선 질병 특성에 대한 모든 분석을 위한 것일 것이다.

대상체가 DLT 분석을 위해 평가가능한 것으로 간주되기 위해, 대상체는 35일 DLT 평가 윈도우 동안 DLT를 갖거나, 또는 35일 DLT 평가를 완료해야만 한다.

효능 분석

효능 판정점에 대한 기술 통계(descriptive statistics)가 제공되며, 또한, 지속적 효능 판정점은 회귀 방법을 사용하여 분석될 것이다.

안전성 분석

안전성 평가에는 모든 관련된 및 관련없는 AE가 포함될 것이다. 모든 AE는 국제의약용어(Medical Dictionary for Regulatory Activities)를 사용하여 매핑될 것이며 CTCAE 버전 4.03에 따라 등급이 매겨진다. AE는, AE가 보고된 대상체의 수와 백분율, 심각하지 않은 사람 대 심각한 사람, 및 연구자가 보고한 관계(관련이 없거나 아마도 관련이 있거나, 관련이 있는)로 요약된다. 기술 통계는 AE 유형 및 빈도를 요약하기 위해 사용될 것이다.

실시예 5: 건강한 공여자로부터의 CTL은 개선된 이펙터 기능을 나타냄

말초 혈액 단핵 세포(PBMC)는 건강한 EBV 혈청 양성 공여자(NMDP Donor) 또는 MS 환자로부터 수득하였다. 이들 공여자 세포 시료의 각각 일부는 확대된 CTL의 공급원으로서 사용하였고, 일부는 CTL을 자극하기 위해 사용되는 항원 제시 세포(APC)의 공급원으로서 사용하였다. APC는 폴리펩타이드 단백질 및 끝이 잘린 EBNA1 단백질(AdE1-LMPpoly)을 발현하는 전이 유전자를 코딩하는 재조합된 복제-결함 아데노바이러스로 형질도입시켰다. 폴리에피토프 단백질은 LMP1 및 LMP2의 다중 HLA 클래스 I-제한된 CD8⁺ T 세포 에피토프를 "구슬 꿰인 실"과 같이 포함하였다. 끝이 잘린 EBNA1 단백질은 이 단백질의 번역 및 내인성 과정을 방해하고 CD8+ 및 CD4+ T 세포 에피토프를 유지하는, 글리신-알라닌 반복 서열을 제외한다. 공여자 세포 시료의 CTL 부분은 준비된 APC와 함께 공동-배양되어, EBV 에피토프에 특이적인 시료 내 CTL을 확대시키고 자극시켰다. CTL 포함 생성물의 자극 및 생성 후에, CTL 배치(batch)는 FAC에 의해 이펙터 기능에 대해 테스트되었다. 도 1에서 보여지는 바와 같이, 건강한 공여자로부터 생성된 CTL 생성물은, MS 환자에서 생성된 CTL 생성물에 비해 인터페론 γ(IFNg) 발현 및 CD8⁺인 생존가능한 림프구의 백분율이 유의하게 높다(검정 p 값 0.0002). 이 데이터는, MS 환자가 동종이계 이식을 위한 CTL의 공급원으로 사용될 때와 비교하여, 건강한 공여자가 동종 이식을 위한 CTL의 공급원으로 사용될 때, 더 높은 분율의 이펙터 CD8 T 세포 및 기능성 IFNg⁺ CTL과 함께 더욱 견고한 CTL 생성물이 생성된다는 것을 나타낸다.

본원에 언급된 모든 간행물, 특허, 특허 출원 및 서열 부여 번호는, 각각의 개별적인 간행물, 특허 또는 특허 출원이 구체적으로 및 개별적으로 참고로 인용되도록 지시된 것과 같이, 그 전체가 본원에 참고로 인용된다. 모순이 되는 경우, 임의의 정의를 포함하는 본 명세서가 우선할 것이다.

당업자는 일상적인 실험만을 사용하여 본원에 기재된 본 발명의 특정 실시양태에 대한 많은 등가물을 인식할 수 있거나 또는 확인할 수 있다. 이러한 등가물은 하기 청구 범위에 포함되는 것으로 의도된다.

SEQUENCE LISTING <110> THE COUNCIL OF THE QUEENSLAND INSTITUTE OF MEDICAL RESEARCH <120> METHODS OF TREATING AUTOIMMUNE DISEASE USING ALLOGENEIC T CELLS <130> QAH-00925 <140> <141> <150> PCT/IB2017/000805 <151> 2017-05-25 <150> 62/487,814 <151> 2017-04-20 <150> 62/359,326 <151> 2016-07-07 <150> 62/341,360 <151> 2016-05-25 <160> 26 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 376 <212> PRT <213> Epstein-Barr virus <400> 1 Met Asp Leu Asp Leu Glu Arg Gly Pro Pro Gly Pro Arg Arg Pro Pro 1 5 10 15 Arg Gly Pro Pro Leu Ser Ser Tyr Ile Ala Leu Ala Leu Leu Leu Leu 20 25 30 Leu Leu Ala Leu Leu Phe Trp Leu Tyr Ile Ile Met Ser Asn Trp Thr 35 40 45 Gly Gly Ala Leu Leu Val Leu Tyr Ala Phe Ala Leu Met Leu Val Ile 50 55 60 Ile Ile Leu Ile Ile Phe Ile Phe Arg Arg Asp Leu Leu Cys Pro Leu 65 70 75 80 Gly Ala Leu Cys Leu Leu Leu Leu Met Ile Thr Leu Leu Leu Ile Ala 85 90 95 Leu Trp Asn Leu His Gly Gln Ala Leu Tyr Leu Gly Ile Val Leu Phe 100 105 110 Ile Phe Gly Cys Leu Leu Val Leu Gly Ile Trp Val Tyr Phe Leu Glu 115 120 125 Ile Leu Trp Arg Leu Gly Ala Thr Ile Trp Gln Leu Leu Ala Phe Phe 130 135 140 Leu Ala Phe Phe Leu Asp Ile Leu Leu Leu Ile Ile Ala Leu Tyr Leu 145 150 155 160 Gln Gln Asn Trp Trp Thr Leu Leu Val Asp Leu Leu Trp Leu Leu Leu 165 170 175 Phe Leu Ala Ile Leu Ile Trp Met Tyr Tyr His Gly Gln Arg His Ser 180 185 190 Asp Glu His His His Asp Asp Ser Leu Pro His Pro Gln Gln Ala Thr 195 200 205 Asp Asp Ser Ser Asn His Ser Asp Ser Asn Ser Asn Glu Gly Arg His 210 215 220 His Leu Leu Val Ser Gly Ala Gly Asp Ala Pro Pro Leu Cys Ser Gln 225 230 235 240 Asn Leu Gly Ala Pro Gly Gly Gly Pro Asp Asn Gly Pro Gln Asp Pro 245 250 255 Asp Asn Thr Asp Asp Asn Gly Pro Gln Asp Pro Asp Asn Thr Asp Asp 260 265 270 Asn Gly Pro His Asp Pro Leu Pro Gln Asp Pro Asp Asn Thr Asp Asp 275 280 285 Asn Gly Pro Gln Asp Pro Asp Asn Thr Asp Asp Asn Gly Pro His Asp 290 295 300 Pro Leu Pro His Asn Pro Ser Asp Ser Ala Gly Asn Asp Gly Gly Pro 305 310 315 320 Pro Asn Leu Thr Glu Glu Val Glu Asn Lys Gly Gly Asp Arg Gly Pro 325 330 335 Pro Ser Met Thr Asp Gly Gly Gly Gly Asp Pro His Leu Pro Thr Leu 340 345 350 Leu Leu Gly Thr Ser Gly Ser Gly Gly Asp Asp Asp Asp Pro His Gly 355 360 365 Pro Val Gln Leu Ser Tyr Tyr Asp 370 375 <210> 2 <211> 497 <212> PRT <213> Epstein-Barr virus <400> 2 Met Gly Ser Leu Glu Met Val Pro Met Gly Ala Gly Pro Pro Ser Pro 1 5 10 15 Gly Gly Asp Pro Asp Gly Asp Asp Gly Gly Asn Asn Ser Gln Tyr Pro 20 25 30 Ser Ala Ser Gly Ser Asp Gly Asn Thr Pro Thr Pro Pro Asn Asp Glu 35 40 45 Glu Arg Glu Ser Asn Glu Glu Pro Pro Pro Pro Tyr Glu Asp Leu Asp 50 55 60 Trp Gly Asn Gly Asp Arg His Ser Asp Tyr Gln Pro Leu Gly Asn Gln 65 70 75 80 Asp Pro Ser Leu Tyr Leu Gly Leu Gln His Asp Gly Asn Asp Gly Leu 85 90 95 Pro Pro Pro Pro Tyr Ser Pro Arg Asp Asp Ser Ser Gln His Ile Tyr 100 105 110 Glu Glu Ala Gly Arg Gly Ser Met Asn Pro Val Cys Leu Pro Val Ile 115 120 125 Val Ala Pro Tyr Leu Phe Trp Leu Ala Ala Ile Ala Ala Ser Cys Phe 130 135 140 Thr Ala Ser Val Ser Thr Val Val Thr Ala Thr Gly Leu Ala Leu Ser 145 150 155 160 Leu Leu Leu Leu Ala Ala Val Ala Ser Ser Tyr Ala Ala Ala Gln Arg 165 170 175 Lys Leu Leu Thr Pro Val Thr Val Leu Thr Ala Val Val Thr Phe Phe 180 185 190 Ala Ile Cys Leu Thr Trp Arg Ile Glu Asp Pro Pro Phe Asn Ser Leu 195 200 205 Leu Phe Ala Leu Leu Ala Ala Ala Gly Gly Leu Gln Gly Ile Tyr Val 210 215 220 Leu Val Met Leu Val Leu Leu Ile Leu Ala Tyr Arg Arg Arg Trp Arg 225 230 235 240 Arg Leu Thr Val Cys Gly Gly Ile Met Phe Leu Ala Cys Val Leu Val 245 250 255 Leu Ile Val Asp Ala Val Leu Gln Leu Ser Pro Leu Leu Gly Ala Val 260 265 270 Thr Val Val Ser Met Thr Leu Leu Leu Leu Ala Phe Val Leu Trp Leu 275 280 285 Ser Ser Pro Gly Gly Leu Gly Thr Leu Gly Ala Ala Leu Leu Thr Leu 290 295 300 Ala Ala Ala Leu Ala Leu Leu Ala Ser Leu Ile Leu Gly Thr Leu Asn 305 310 315 320 Leu Thr Thr Met Phe Leu Leu Met Leu Leu Trp Thr Leu Val Val Leu 325 330 335 Leu Ile Cys Ser Ser Cys Ser Ser Cys Pro Leu Thr Lys Ile Leu Leu 340 345 350 Ala Arg Leu Phe Leu Tyr Ala Leu Ala Leu Leu Leu Leu Ala Ser Ala 355 360 365 Leu Ile Ala Gly Gly Ser Ile Leu Gln Thr Asn Phe Lys Ser Leu Ser 370 375 380 Ser Thr Glu Phe Ile Pro Asn Leu Phe Cys Met Leu Leu Leu Ile Val 385 390 395 400 Ala Gly Ile Leu Phe Ile Leu Ala Ile Leu Thr Glu Trp Gly Ser Gly 405 410 415 Asn Arg Thr Tyr Gly Pro Val Phe Met Cys Leu Gly Gly Leu Leu Thr 420 425 430 Met Val Ala Gly Ala Val Trp Leu Thr Val Met Thr Asn Thr Leu Leu 435 440 445 Ser Ala Trp Ile Leu Thr Ala Gly Phe Leu Ile Phe Leu Ile Gly Phe 450 455 460 Ala Leu Phe Gly Val Ile Arg Cys Cys Arg Tyr Cys Cys Tyr Tyr Cys 465 470 475 480 Leu Thr Leu Glu Ser Glu Glu Arg Pro Pro Thr Pro Tyr Arg Asn Thr 485 490 495 Val <210> 3 <211> 238 <212> PRT <213> Epstein-Barr virus <400> 3 Pro Phe Phe His Pro Val Gly Glu Ala Asp Tyr Phe Glu Tyr Leu Gln 1 5 10 15 Glu Gly Gly Pro Asp Gly Glu Pro Asp Val Pro Pro Gly Ala Ile Glu 20 25 30 Gln Gly Pro Ala Asp Asp Pro Gly Glu Gly Pro Ser Thr Gly Pro Arg 35 40 45 Gly Gln Gly Asp Gly Gly Arg Arg Lys Lys Gly Gly Trp Phe Gly Lys 50 55 60 His Arg Gly Gln Gly Gly Ser Asn Pro Lys Phe Glu Asn Ile Ala Glu 65 70 75 80 Gly Leu Arg Val Leu Leu Ala Arg Ser His Val Glu Arg Thr Thr Glu 85 90 95 Glu Gly Thr Trp Val Ala Gly Val Phe Val Tyr Gly Gly Ser Lys Thr 100 105 110 Ser Leu Tyr Asn Leu Arg Arg Gly Thr Ala Leu Ala Ile Pro Gln Cys 115 120 125 Arg Leu Thr Pro Leu Ser Arg Leu Pro Phe Gly Met Ala Pro Gly Pro 130 135 140 Gly Pro Gln Pro Gly Pro Leu Arg Glu Ser Ile Val Cys Tyr Phe Met 145 150 155 160 Val Phe Leu Gln Thr His Ile Phe Ala Glu Val Leu Lys Asp Ala Ile 165 170 175 Lys Asp Leu Val Met Thr Lys Pro Ala Pro Thr Cys Asn Ile Lys Val 180 185 190 Thr Val Cys Ser Phe Asp Asp Gly Val Asp Leu Pro Pro Trp Phe Pro 195 200 205 Pro Met Val Glu Gly Ala Ala Ala Glu Gly Asp Asp Gly Asp Asp Gly 210 215 220 Asp Glu Gly Gly Asp Gly Asp Glu Gly Glu Glu Gly Gln Glu 225 230 235 <210> 4 <211> 9 <212> PRT <213> Epstein-Barr virus <400> 4 Cys Leu Gly Gly Leu Leu Thr Met Val 1 5 <210> 5 <211> 9 <212> PRT <213> Epstein-Barr virus <400> 5 Phe Leu Tyr Ala Leu Ala Leu Leu Leu 1 5 <210> 6 <211> 9 <212> PRT <213> Epstein-Barr virus <400> 6 Tyr Leu Gln Gln Asn Trp Trp Thr Leu 1 5 <210> 7 <211> 9 <212> PRT <213> Epstein-Barr virus <400> 7 Tyr Leu Leu Glu Met Leu Trp Arg Leu 1 5 <210> 8 <211> 9 <212> PRT <213> Epstein-Barr virus <400> 8 Ala Leu Leu Val Leu Tyr Ser Phe Ala 1 5 <210> 9 <211> 9 <212> PRT <213> Epstein-Barr virus <400> 9 Leu Leu Ser Ala Trp Ile Leu Thr Ala 1 5 <210> 10 <211> 9 <212> PRT <213> Epstein-Barr virus <400> 10 Leu Thr Ala Gly Phe Leu Ile Phe Leu 1 5 <210> 11 <211> 11 <212> PRT <213> Epstein-Barr virus <400> 11 Ser Ser Cys Ser Ser Cys Pro Leu Ser Lys Ile 1 5 10 <210> 12 <211> 8 <212> PRT <213> Epstein-Barr virus <400> 12 Pro Tyr Leu Phe Trp Leu Ala Ala 1 5 <210> 13 <211> 9 <212> PRT <213> Epstein-Barr virus <400> 13 Thr Tyr Gly Pro Val Phe Met Cys Leu 1 5 <210> 14 <211> 10 <212> PRT <213> Epstein-Barr virus <400> 14 Val Met Ser Asn Thr Leu Leu Ser Ala Trp 1 5 10 <210> 15 <211> 8 <212> PRT <213> Epstein-Barr virus <400> 15 Cys Pro Leu Ser Lys Ile Leu Leu 1 5 <210> 16 <211> 9 <212> PRT <213> Epstein-Barr virus <400> 16 Arg Arg Arg Trp Arg Arg Leu Thr Val 1 5 <210> 17 <211> 9 <212> PRT <213> Epstein-Barr virus <400> 17 Ile Glu Asp Pro Pro Phe Asn Ser Leu 1 5 <210> 18 <211> 9 <212> PRT <213> Epstein-Barr virus <400> 18 Ile Ala Leu Tyr Leu Gln Gln Asn Trp 1 5 <210> 19 <211> 9 <212> PRT <213> Epstein-Barr virus <400> 19 Met Ser Asn Thr Leu Leu Ser Ala Trp 1 5 <210> 20 <211> 9 <212> PRT <213> Epstein-Barr virus <400> 20 Val Leu Lys Asp Ala Ile Lys Asp Leu 1 5 <210> 21 <211> 9 <212> PRT <213> Epstein-Barr virus <400> 21 Arg Pro Gln Lys Arg Pro Ser Cys Ile 1 5 <210> 22 <211> 9 <212> PRT <213> Epstein-Barr virus <400> 22 Ile Pro Gln Cys Arg Leu Thr Pro Leu 1 5 <210> 23 <211> 9 <212> PRT <213> Epstein-Barr virus <400> 23 Tyr Asn Leu Arg Arg Gly Thr Ala Leu 1 5 <210> 24 <211> 11 <212> PRT <213> Epstein-Barr virus <400> 24 His Pro Val Gly Glu Ala Asp Tyr Phe Glu Tyr 1 5 10 <210> 25 <211> 9 <212> PRT <213> Epstein-Barr virus <400> 25 Leu Ser Arg Leu Pro Phe Gly Met Ala 1 5 <210> 26 <211> 10 <212> PRT <213> Epstein-Barr virus <400> 26 Phe Val Tyr Gly Gly Ser Lys Thr Ser Leu 1 5 10

Claims

MHC 클래스 I 상에 제시된 EBV 펩타이드에 특이적으로 결합하는 T 세포 수용체를 발현하는 동종이계 세포독성 T 세포(CTL)를 대상체에 투여함을 포함하는, 대상체의 자가면역 질환을 치료 또는 예방하는 방법.
제1항에 있어서, MHC 클래스 I이 대상체에 존재하는 HLA 대립 유전자에 의해 코딩되는 방법.
제1항 또는 제2항에 있어서, 자가면역 질환이 다발성 경화증(MS)인 방법.
제1항 또는 제2항에 있어서, 자가면역 질환이 류마티스 관절염(RA)인 방법.
제1항 내지 제4항 중 어느 한 항에 있어서, 동종이계 CTL이 세포 은행으로부터 수득되는 방법.
(a) MHC 클래스 I 상에 제시된 EBV 펩타이드에 특이적으로 결합하는 T 세포 수용체를 발현하는 동종이계 세포독성 T 세포(CTL)를 세포 은행으로부터 선택하는 단계; 및
(b) 동종이계 CTL을 대상체에 투여하는 단계
를 포함하는 대상체의 자가면역 질환을 치료 또는 예방하는 방법.
제6항에 있어서, MHC 클래스 I이 대상체에 존재하는 HLA 대립 유전자에 의해 코딩되는 방법.
제6항 또는 제7항에 있어서, 자가면역 질환이 다발성 경화증(MS) 또는 류마티스성 관절염(RA)인 방법.
(a) 동종이계 세포독성 T 세포(CTL)를 포함하는 시료를 EBV 펩타이드를 제시하는 항원-제시 세포(APC)와 함께 항온처리함으로써, 시료에서 펩타이드 특이적 T 세포의 증식을 유도하는 단계; 및
(b) 펩타이드 특이적 동종이계 CTL을 대상체에 투여하는 단계
를 포함하는 대상체의 자가면역 질환을 치료 또는 예방하는 방법.
제9항에 있어서, MHC 클래스 I이 대상체에 존재하는 HLA 대립 유전자에 의해 코딩되는 방법.
a) 항원-제시 세포(APC)를 EBV 펩타이드를 코딩하는 핵산 작제물(nucleic acid construct)과 함께 항온처리함으로써, APC가 EBV 펩타이드를 제시하도록 유도하는 단계;
b) 동종이계 CTL을 포함하는 시료를 상기 항원-제시 세포(APC)와 함께 항온처리하여 펩타이드 특이적 CTL 증식을 유도함으로써 CTL의 증식을 유도하는 단계; 및
c) 상기 펩타이드 특이적 동종이계 CTL을 대상체에 투여하는 단계
를 포함하는, 대상체의 자가면역 질환을 치료 또는 예방하는 방법.
제11항에 있어서, MHC 클래스 I이 대상체에 존재하는 HLA 대립 유전자에 의해 코딩되는 방법.
제11항 또는 제12항에 있어서, 핵산 작제물이 바이러스 벡터인 방법.
제13항에 있어서, 바이러스 벡터가 AdE1-LMPpoly인 방법.
제9항 내지 제14항 중 어느 한 항에 있어서, 동종이계 CTL이 대상체에 투여되기 전에 세포 은행에 저장되는 방법.
제9항 내지 제15항 중 어느 한 항에 있어서, 자가면역 질환이 다발성 경화증(MS)인 방법.
제9항 내지 제15항에 중 어느 한 항에 있어서, 자가면역 질환이 류마티스 관절염(RA)인 방법.
제9항 내지 제17항 중 어느 한 항에 있어서, 단계 (a)에서 시료가 하나 이상의 사이토킨과 함께 항온처리되는 방법.
제9항 내지 제18항 중 어느 한 항에 있어서, APC가 B 세포를 포함하는 방법.
제9항 내지 제19항 중 어느 한 항에 있어서, APC가 항원-제시 T 세포를 포함하는 방법.
제9항 내지 제20항 중 어느 한 항에 있어서, APC가 수지상세포를 포함하는 방법.
제9항 내지 제21항 중 어느 한 항에 있어서, APC가 인공 항원-제시 세포를 포함하는 방법.
제22항에 있어서, 인공 항원-제시 세포가 aK562 세포인 방법.
제9항 내지 제23항 중 어느 한 항에 있어서, 시료가 말초 혈액 단핵구 (PBMC)를 포함하는 방법.
제1항 내지 제24항 중 어느 한 항에 있어서, EBV 펩타이드가 LMP1 펩타이드 또는 이의 단편을 포함하는 방법.
제1항 내지 제24항 중 어느 한 항에 있어서, EBV 펩타이드가 LMP2A 펩타이드 또는 이의 단편을 포함하는 방법.
제1항 내지 제24항 중 어느 한 항에 있어서, EBV 펩타이드가 EBNA1 펩타이드 또는 이의 단편을 포함하는 방법.