CN109475578A - 使用同种异体t细胞治疗自身免疫疾病的方法 - Google Patents
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Abstract
本文提供包括表达T细胞受体的同种异体细胞毒性T细胞的组合物以及用该组合物治疗自身免疫疾病的方法,所述T细胞受体与I类MHC上呈递的EB病毒(EBV)肽特异性结合。
Description
相关申请
本申请要求于2016年5月25日提交的美国临时专利申请序列号62/341,360、于2016年7月7日提交的美国临时专利申请序列号62/359,326、以及于2017年4月20日提交的美国临时专利申请序列号62/487,814的优先权的权益,其中的每个通过引用被整体并入。
背景
自身免疫疾病(如多发性硬化(MS)和系统性自身免疫疾病(SAD)、以及炎性肠病(IBD))是由针对身体自身组织的异常免疫应答引起的病理。MS的特征在于由身体自身的免疫细胞降解髓鞘(一种围绕神经纤维的保护性脂质壳)。SAD是具有多种症状的一组结缔组织疾病,包含类风湿性关节炎(RA)、系统性红斑狼疮(SLE)和斯耶格伦综合征(SS)。IBD是结肠和小肠的一组炎性病况,所述IBD包含克罗恩氏病、乳糜泻和溃疡性结肠炎(ulcerativecolitis)。
EB病毒(EBV)(也称为人疱疹病毒4)是一种普遍存在的疱疹病毒。最近,已经表明,暴露于EBV可以在自身免疫疾病(包含MS、SAD和IBD)的发病机理中易感染或以另外的方式发挥作用。例如,最近的研究已经表明,相比于健康个体,被诊断患有MS的个体在神经组织中聚集的B细胞中显示出更高水平的EBV相关蛋白。据推测,EBV感染的B细胞的增加和/或这样的细胞的有缺陷的消除可能使个体易患这样的自身免疫疾病。
概述
本文提供用于治疗自身免疫疾病(例如,MS、SAD和/或IBD)的方法,所述方法包括向受试者施用表达T细胞受体的同种异体细胞毒性T细胞(CTL),所述T细胞受体与I类MHC上呈递的EBV肽特异性结合。在一些实施方案中,限制TCR的I类MHC由存在于受试者中的HLA等位基因编码。在一些实施方案中,方法包括从细胞库中选择同种异体CTL。在一些实施方案中,EBV肽包括LMP1肽或LMP1肽的片段、LMP2A肽或LMP2A肽的片段、和/或EBNA1肽或EBNA1肽的片段。在一些实施方案中,EBV肽包括表1中列出的序列。
在某些方面,本文提供治疗自身免疫疾病(例如,MS、SAD和/或IBD)的方法,所述方法包括生成表达与I类MHC上呈递的EBV肽特异性结合的T细胞受体的同种异体CTL,以及然后向受试者施用同种异体CTL。在一些实施方案中,在施用至受试者之前,将同种异体CTL储存在细胞库中。在一些实施方案中,限制TCR的I类MHC由存在于受试者中的HLA等位基因编码。在一些实施方案中,通过将包括同种异体CTL的样品(例如,PBMC样品)与呈递I类MHC(例如,由存在于受试者中的HLA等位基因编码的I类MHC)上的EBV肽的抗原呈递细胞(APC)孵育,从而诱导样品中肽特异性CTL的增殖,来生成同种异体CTL。在一些实施方案中,通过将APC与编码EBV肽的核酸构建体(例如,AdE1-LMPpoly)孵育,从而诱导APC呈递EBV肽,来使APC呈递EBV肽。在一些实施方案中,APC可以是B细胞、抗原呈递T细胞、树突状细胞或人工抗原呈递细胞(例如,表达CD80、CD83、41BB-L和/或CD86的细胞系(如aK562细胞))。在一些实施方案中,EBV肽包括LMP1肽或LMP1肽的片段、LMP2A肽或LMP2A肽的片段、和/或EBNA1肽或EBNA1肽的片段。在一些实施方案中,EBV肽包括表1中列出的序列。
在一些实施方案中,在施用至受试者之前,针对与受试者的相容性来选择CTL(例如,从细胞库选择)。在一些实施方案中,如果CTL通过与受试者共有的HLA等位基因被限制(即,CLT的TCR受限制于由存在于受试者中的HLA等位基因编码的I类MHC蛋白),则选择CTL。在一些实施方案中,如果CTL和受试者共有至少2个(例如,至少3个、至少4个、至少5个、至少6个)HLA等位基因,并且CTL通过共有的HLA等位基因被限制,则选择CTL。在一些实施方案中,施用至受试者的CTL选自细胞库(例如,CTL库)。
附图的简要说明
图1示出,相比于从MS患者获得的CTL产物,从健康(NMDP)供体获得的CTL产物中改进的效应子功能,如通过刺激后CD8+和IFNg+的活淋巴细胞的级分所测量的(曼-惠特尼(Mann Whitney)p值=0.0002)。
详细说明
综述
本文提供使用识别例如本文所描述的EBV表位中的一个或更多个的同种异体CTL,在受试者中治疗自身免疫紊乱(例如,MS、SAD和/或IBD)的方法。在一些实施方案中,方法还包括从细胞库中选择同种异体CTL。在一些实施方案中,方法还包括制造同种异体CTL。
定义
为了方便起见,此处收集了说明书、实施例和所附权利要求中采用的某些术语。
本文中使用冠词“一(a)”和“一(an)”指所述冠词的一个或多于一个(即,至少一个)语法对象。举例来说,“一要素”意指一个要素或多于一个要素。
如本文所使用的,术语“施用”意指向受试者提供药剂或药物组合物,并且包含(但不限于)由医疗技术人员施用和自我施用。这样的药剂可以含有例如本文所描述的肽、本文提供的抗原呈递细胞和/或本文提供的CTL。
术语“氨基酸”旨在包括包含氨基官能性和酸官能性两者、并且能够被包含在天然存在的氨基酸的聚合物中的全部分子(无论是天然的还是合成的)。示例性氨基酸包含天然存在的氨基酸;其类似物、衍生物和同源物;具有变体侧链的氨基酸类似物;以及前述中任何一种的全部立体异构体。
术语“结合”或“相互作用”指由于例如生理条件下的静电相互作用、疏水相互作用、离子相互作用和/或氢键相互作用而在两个分子之间(例如,TCR与肽/MHC之间)的缔合(其可以是稳定的缔合)。
术语“生物样品”、“组织样品”或简单地“样品”各自指从受试者的组织获得的细胞的集合。组织样品的来源可以是如来自新鲜、冷冻和/或保存的器官、组织样品、活组织检查、或抽出物的实体组织;血液或任何血液成分、血清、血液;体液,如脑脊液、羊水、腹膜液或间质液、尿液、唾液、粪便、眼泪;或来自受试者的妊娠或发育的任何时间的细胞。
如本文所使用的,术语“细胞因子”指影响细胞功能,并且是调控免疫应答、炎症应答或造血反应中细胞之间的相互作用的分子的任何分泌的多肽。细胞因子包含(但不限于)单核因子和淋巴因子,无论哪种细胞产生其。例如,单核因子通常被称为由单核细胞(如巨噬细胞和/或单核细胞)产生和分泌。然而,许多其他细胞也产生单核因子,如天然杀伤细胞、成纤维细胞、嗜碱性粒细胞、嗜中性粒细胞、内皮细胞、脑星形细胞、骨髓基质细胞、表皮角质形成细胞和B淋巴细胞。淋巴因子通常被称为由淋巴细胞产生。细胞因子的实例包含(但不限于)白细胞介素-1(IL-1)、白细胞介素-2(IL-2)、白细胞介素-6(IL-6)、白细胞介素-8(IL-8)、肿瘤坏死因子α(TNFα)和肿瘤坏死因子β(TNFβ)。
术语“表位”意为能够与抗体或TCR特异性结合的蛋白决定簇。表位通常由分子的化学活性表面基团(如氨基酸或糖侧链)组成。某些表位可以由抗体能够结合的特定氨基酸序列限定。
如本文所使用的,短语“药学上可接受的”指在合理的医学判断范围内适合于与人类和动物的组织接触,而没有过度毒性、刺激、过敏反应或其他问题或并发症,与合理的利益/风险比相称的那些药剂、化合物、材料、组合物和/或剂量。
如本文所使用的,短语“药学上可接受的载体”意为药学上可接受的材料、组合物或运载体(vehicle)(如液体或固体填充剂、稀释剂、赋形剂、或溶剂包封材料),其涉及将药剂从器官、或身体的一部分携带或转运至另一器官、或身体的一部分。每种载体在与制剂的其他成分相容并且对患者无害的意义上必须是“可接受的”。可以用作药学上可接受的载体的材料的一些实例包含:(1)糖(如乳糖、葡萄糖和蔗糖);(2)淀粉(如玉米淀粉和马铃薯淀粉);(3)纤维素及其衍生物(如羧甲基纤维素钠、乙基纤维素和乙酸纤维素);(4)粉状黄芪胶;(5)麦芽;(6)明胶;(7)滑石;(8)赋形剂(如可可脂和栓剂蜡);(9)油类(如花生油、棉籽油、红花子油、麻油、橄榄油、玉米油和大豆油);(10)二醇类(如丙二醇);(11)多元醇(如甘油、山梨糖醇、甘露糖醇和聚乙二醇);(12)酯类(如油酸乙酯和十二烷酸乙酯);(13)琼脂;(14)缓冲剂(如氢氧化镁和氢氧化铝);(15)藻酸;(16)无热原水;(17)等渗盐水;(18)林格溶液;(19)乙醇;(20)pH缓冲溶液;(21)聚酯、聚碳酸酯和/或聚酸酐;以及(22)药物制剂中采用的其他无毒相容物质。
术语“多核苷酸”和“核酸”可互换地被使用。它们指任何长度的核苷酸的聚合体形式,脱氧核糖核苷酸、核糖核苷酸或其类似物。多核苷酸可以具有任何三维结构,并且可以执行任何功能。以下是多核苷酸的非限制性实例:基因或基因片段的编码或非编码区、由连锁分析确定的基因座(loci)(基因座(locus))、外显子、内含子、信使RNA(mRNA)、转移RNA、核糖体RNA、核糖酶、cDNA、重组多核苷酸、支化多核苷酸、质粒、运载体、任何序列的分离的DNA、任何序列的分离的RNA、核酸探针和引物。多核苷酸可以包括经修饰的核苷酸,如甲基化的核苷酸和核苷酸类似物。如果存在的话,对核苷酸结构的修饰可以在聚合物的组装之前或之后被赋予。多核苷酸可以被进一步修饰,如通过与标记组件偶联。在本文提供的全部核酸序列中,U核苷酸与T核苷酸是可互换的。
如本文所使用的,“预防”病况的治疗剂指化合物,当在紊乱或病况的发作之前被施用至统计样品时,相对于未经处理的对照样品,所述化合物降低经处理的样品中的紊乱或病况的发生,或相对于未经处理的对照样品,所述化合物延迟紊乱或病况的一种或更多种症状的发作或降低紊乱或病况的一种或更多种症状的严重性。
如本文所使用的,“特异性结合”指TCR与MHC(例如,I类MHC或II类MHC)上呈递的肽结合的能力。通常,TCR以至少约10-4M或更小的KD的亲和力与其肽/MHC特异性结合,并且以比其对于与非特异性和无关的肽/MHC复合物(例如,包括BSA肽或酪蛋白肽的肽/MHC复合物)结合的亲和力小至少10倍、小至少100倍、或小至少1000倍的亲和力(如由KD表示的)与预定抗原/结合配偶体结合。
如本文所使用的,术语“受试者”意为被选择用于治疗或疗法的人类或非人类动物。
如本文所使用的,短语“治疗有效量”和“有效量”意为以适用于任何医学治疗的合理的利益/风险比在受试者中的至少一个细胞亚群中对于产生期望的治疗效果有效的药剂的量。
如本文所使用的,在受试者中“治疗”疾病或“治疗”患有或被怀疑患有疾病的受试者指使受试者经受药物治疗(例如,施用本文所描述的CTL),使得疾病的至少一种症状被减轻或防止恶化。
术语“运载体”指工具(means),通过所述工具,核酸可以在生物体、细胞或细胞组分之间繁殖和/或转移。运载体包含质粒、病毒、噬菌体、前病毒、噬菌粒、转位子和人工染色体等,其可能或可能不能够自主复制或整合到宿主细胞的染色体中。
肽
在某些方面,本文提供使用表达TCR的同种异体CTL治疗自身免疫紊乱(例如,MS、SAD和/或IBD)的方法,所述TCR与I类MHC上呈递的包括EBV表位的肽特异性地结合。在一些实施方案中,本文提供例如通过将包括CTL的样品(即,PBMC样品)与呈递本文所描述的EBV表位中的一种或更多种的抗原呈递细胞(APC)(例如,呈递I类MHC复合体上的包括EBV表位的本文所描述的肽的APC)孵育,来生成这样的同种异体CTL的方法。
在一些实施方案中,本文提供的肽包括任何EBV病毒蛋白的序列(例如,任何EBV蛋白的至少5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个邻接的氨基酸的序列)。在一些实施方案中,本文提供的肽包括EBV病毒蛋白的不超过25、20、19、18、17、16、15、14、13、12、11或10个邻接的氨基酸。
在一些实施方案中,本文提供的肽包括LMP1的序列(例如,LMP1的至少5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个邻接的氨基酸的序列)。在一些实施方案中,本文提供的肽包括LMP1的不超过25、20、19、18、17、16、15、14、13、12、11或10个连续氨基酸。下文提供示例性LMP1氨基酸序列(SEQ ID NO:1):
在一些实施方案中,本文提供的肽包括LMP2A的序列(例如,LMP2A的至少5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个邻接的氨基酸的序列)。在一些实施方案中,本文提供的肽包括LMP2A的不超过25、20、19、18、17、16、15、14、13、12、11或10个邻接的氨基酸。下文提供示例性LMP2A氨基酸序列(SEQ ID NO:2):
在一些实施方案中,本文提供的肽包括EBNA1的序列(例如,EBNA1的至少5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个邻接的氨基酸的序列)。在一些实施方案中,本文提供的肽包括EBNA1的不超过25、20、19、18、17、16、15、14、13、12、11或10个邻接的氨基酸。下文提供示例性EBNA1氨基酸序列(SEQ ID NO:3):
在一些实施方案中,肽包括表1中列出的表位的序列。
表1:示例性EBV病毒蛋白表位
在一些实施方案中,本文提供的肽包括EBV表位中的两个或更多个。在一些实施方案中,本文提供的肽包括至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个EBV表位。例如,在一些实施方案中,本文提供的肽包括通过连接体(例如,多肽连接体)连接的EBV表位中的两个或更多个。
在一些实施方案中,除一个或更多个(例如,1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多个)保守序列修饰之外,肽的序列包括EBV病毒蛋白序列。如本文所使用的,术语“保守序列修饰”旨在指不显著地影响或改变TCR与MHC上呈递的含有氨基酸序列的肽之间的相互作用的氨基酸修饰。这样的保守修饰包含氨基酸置换、添加(例如,向肽的N末端或C末端添加氨基酸)和缺失(例如,从肽的N末端或C末端缺失氨基酸)。保守氨基酸置换是其中氨基酸残基被具有相似侧链的氨基酸残基替代的氨基酸置换。本领域中已经定义了具有相似侧链的氨基酸残基家族。这些家族包含具有碱性侧链的氨基酸(例如,赖氨酸、精氨酸、组氨酸)、具有酸性侧链的氨基酸(例如,天门冬氨酸、谷氨酸)、具有不带电荷的极性侧链的氨基酸(例如,甘氨酸、天冬酰胺、谷氨酰胺、丝氨酸、苏氨酸、酪氨酸、半胱氨酸、色氨酸)、具有非极性侧链的氨基酸(例如,丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、脯氨酸、苯丙氨酸、甲硫氨酸)、具有β-支化侧链的氨基酸(例如,苏氨酸、缬氨酸、异亮氨酸)和具有芳香族侧链的氨基酸(例如,酪氨酸、苯丙氨酸、色氨酸、组氨酸)。因此,本文所描述的肽的一个或更多个氨基酸残基可以被来自相同侧链家族的其他氨基酸残基替代,并且可以使用本领域已知的方法测试改变的肽的TCR结合的保留。可以通过本领域已知的标准技术(如定点诱变和PCR介导的诱变)将修饰引入抗体。
在一些实施方案中,本文提供的肽包括与EBV病毒蛋白质序列(例如,EBV病毒蛋白的片段的序列)至少80%、85%、90%、95%或100%一致的序列。为了测定两个氨基酸序列的百分比一致性,序列被比对以用于最优比较目的(例如,可以在第一氨基酸序列和第二氨基酸序列中的一个或两个中引入空位以用于最优比对,并且可以忽略非一致序列以用于比较目的)。然后比较相应氨基酸位置处的氨基酸残基。当第一序列中的位置被与第二序列中的相应位置相同的氨基酸残基占据时,则分子在该位置处是一致的。考虑到空位的数量和每个空位的长度(其需要被引入以用于两个序列的最优比对),两个序列之间的百分比一致性是序列共有的一致位置的数量的函数。
在一些实施方案中,肽是嵌合肽或融合肽。如本文所使用的,“嵌合肽”或“融合肽”包括具有连接至不同的肽(具有本文提供的序列的肽在自然界中不连接至所述不同的肽的序列)的本文提供的序列的肽。例如,不同的肽可以通过肽键直接地融合至本文提供的肽的N-末端或C-末端或通过化学连接体间接地融合至本文提供的肽的N-末端或C-末端。在一些实施方案中,本文提供的肽被连接至包括不同EBV表位的另一肽。在一些实施方案中,本文提供的肽被连接至包括来自其他病毒和/或感染性疾病的表位的肽。
可以通过标准重组DNA技术产生本文提供的嵌合肽或融合肽。例如,根据常规技术,例如,通过采用平端末端或交错端末端以用于连接、限制酶消化以提供适当的末端、酌情补平粘性端、碱性磷酸酶处理以避免不期望的连接、以及酶促连接,将编码不同肽序列的DNA片段在框内连接在一起。在另一个实施方案中,可以通过常规技术(包含自动DNA合成仪)合成融合基因。可替代地,可以使用锚定引物进行基因片段的PCR扩增,所述锚定引物在两个连续基因片段之间产生互补突出端,其随后可以退火并且再扩增以生成嵌合基因序列(参见,例如,Current Protocols in Molecular Biology,Ausubel et al.,eds.,JohnWiley&Sons:1992)。此外,许多表达运载体是商业可获得的,所述表达运载体已经编码融合部分。
本文提供的肽可以使用标准蛋白质纯化技术通过适当的纯化方案从细胞来源或组织来源分离,并且可以通过重组DNA技术产生,和/或可以使用标准肽合成技术以化学方法合成。可以通过编码本发明的一种或多种肽的核苷酸的表达,在原核宿主细胞或真核宿主细胞中产生本文所描述的肽。可替代地,可以通过化学方法合成这样的肽。用于在重组宿主中表达异源肽的方法、肽的化学合成的方法和体外翻译的方法是本领域公知的,并且被进一步在Maniatis et al.,Molecular Cloning:A Laboratory Manual(1989),2nd Ed.,Cold Spring Harbor,N.Y.;Berger and Kimmel,Methods in Enzymology,Volume 152,Guide to Molecular Cloning Techniques(1987),Academic Press,Inc.,San Diego,Calif.;Merrifield,J.(1969)J.Am.Chem.Soc.91:501;Chaiken I.M.(1981)CRCCrit.Rev.Biochem.11:255;Kaiser et al.(1989)Science 243:187;Merrifield,B.(1986)Science 232:342;Kent,S.B.H.(1988)Annu.Rev.Biochem.57:957;以及Offord,R.E.(1980)Semisynthetic Proteins,Wiley Publishing中描述,其通过引用被并入本文。
在某些方面,本文提供编码本文所描述的肽的核酸分子。在一些实施方案中,核酸分子是运载体。在一些实施方案中,核酸分子是病毒运载体(如基于腺病毒的表达运载体),所述病毒运载体包括本文所描述的核酸分子。在一些实施方案中,本文提供的载体(vector)编码本文提供的多个表位(例如,如多表位)。在一些实施方案中,本文提供的载体(vector)编码本文提供的至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个表位(例如,表1中提供的表位)。
在一些实施方案中,运载体是AdE1-LMPpoly。AdE1-LMPpoly运载体编码来自LMP1和LMP2的限定的CTL表位的多表位,所述LMP1和LMP2被融合至Gly-Ala重复缺失的EBNA1序列。AdE1-LMPpoly运载体描述于,例如,Smith et al.,Cancer Research 72:1116(2012);Duraiswamy et al.,Cancer Research 64:1483-9(2004);以及Smith et al.,J.Immunol117:4897-906中,其中的每个特此通过引用被并入。
如本文所使用的,术语“运载体”指能够转运已经与其连接的另一核酸的核酸分子。一种类型的运载体是“质粒”,其指环状双链DNA环,附加的DNA区段可以连接至所述环状双链DNA环中。另一种类型的运载体是病毒运载体,其中附加的DNA区段可以连接至病毒基因组中。某些运载体能够在其被引入的宿主细胞中自主复制(例如,具有细菌复制起点的细菌运载体、游离型哺乳动物运载体)。其他运载体(例如,非游离型哺乳动物运载体)在被引入宿主细胞时可以被整合到宿主细胞的基因组中,并且从而与宿主基因组一起被复制。此外,某些运载体能够指导基因的表达。这样的运载体在本文中被称为“重组表达运载体”(或简单地“表达运载体”)。在一些实施方案中,本文提供被可操作地连接至表达运载体中的一个或更多个调控序列(例如,启动子)的核酸。在一些实施方案中,细胞转录本文提供的核酸,并且从而表达本文所描述的肽。核酸分子可以被整合到细胞的基因组中,或其可以在染色体外。
在一些实施方案中,本文提供含有本文所描述的核酸(例如,编码本文所描述的肽的核酸)的细胞。细胞可以是,例如,原核的、真核的、哺乳动物的、禽的、鼠的和/或人的。在一些实施方案中,细胞是哺乳动物细胞。在一些实施方案中,细胞是APC(例如,抗原呈递T细胞、树突状细胞、B细胞或aK562细胞)。在本发明的方法中,本文所描述的核酸可以例如以核酸无需递送运载体(vehicle)被施用至细胞、与递送试剂组合被施用至细胞。在一些实施方案中,本领域已知的任何核酸递送方法可以被用于本文所描述的方法中。合适的递送试剂包含(但不限于)例如,Mirus Transit TKO亲脂性试剂;转化脂(lipofectin);阳离子脂质体(lipofectamine);细胞转染剂(cellfectin);聚阳离子(例如,聚赖氨酸)、缺端胶原、纳米颗粒系统(nanoplexe)和脂质体。在本文所描述的方法的一些实施方案中,脂质体被用于将核酸递送至细胞或受试者。适合于在本文所描述的方法中使用的脂质体可以由标准囊泡形成脂类形成,所述标准囊泡形成脂类通常包含中性的或带负电的磷脂和甾醇(如胆甾醇)。通常由考虑因素(如期望的脂质体尺寸和脂质体在血流中的半衰期)来指导脂类的选择。已知用于制备脂质体的各种各样的方法,例如,如Szoka et al.(1980),Ann.Rev.Biophys.Bioeng.9:467;和美国专利号4,235,871、4,501,728、4,837,028和5,019,369中所描述的,其全部公开内容通过引用被并入本文。
同种异体CTL
本文提供通过向受试者施用表达与I类MHC上呈递的EBV肽特异性结合的T细胞受体的同种异体CTL,来治疗自身免疫疾病(例如,MS、SAD、IBD)的方法。在一些实施方案中,CTL来自细胞库。在一些实施方案中,MHC是I类MHC。在一些实施方案中,II类MHC具有α链多肽,所述α链多肽为HLA-DMA、HLA-DOA、HLA-DPA、HLA-DQA或HLA-DRA。在一些实施方案中,II类MHC具有β链多肽,所述β链多肽为HLA-DMB、HLA-DOB、HLA-DPB、HLA-DQB或HLA-DRB。在一些实施方案中,在CTL被施用至受试者之前,其被储存在细胞信息库或细胞库中。
在一些实施方案中,本文提供呈递本文中所描述的肽(例如,包括LMP1、LMP2A或EBNA1表位序列的肽)的APC。在一些实施方案中,APC是B细胞、抗原呈递T细胞、树突状细胞、或人工抗原呈递细胞(例如,aK562细胞)。
可以通过从患者样品中取出PBMC并且将其粘附至塑料来制备用于在过程中使用的树突状细胞。通常,单核细胞群体粘着,并且全部其他细胞可以被清洗掉。然后用IL-4和GM-CSF分化粘附的群体以产生单核细胞来源的树突状细胞。这些细胞可以通过添加IL-1β、IL-6、PGE-1和TNF-α(其上调树突状细胞的表面上的重要的共刺激分子)来成熟化,并且然后用本文提供的肽中的一种或更多种转导。
在一些实施方案中,APC是人工抗原呈递细胞(如aK562细胞)。在一些实施方案中,将人工抗原呈递细胞工程化以表达CD80、CD83、41BB-L和/或CD86。示例性人工抗原呈递细胞(包含aK562细胞)描述于美国专利公布号2003/0147869中,其特此通过引用并入。
在某些方面,本文提供生成呈递本文所描述的EBV表位中的一种或更多种的APC的方法,所述方法包括使APC与包括EBV表位的肽和/或与编码EBV表位的核酸接触。在一些实施方案中,APC被照射。在一些实施方案中,APC呈递本文所描述的肽(例如,包括LMP1、LMP2A或EBNA1表位序列的肽)。可以通过本领域已知的标准技术来产生呈递本文所描述的肽的细胞。例如,细胞可以被施以脉冲以促进肽摄取。在一些实施方案中,用编码本文提供的肽的核酸转染细胞。本文提供产生抗原呈递细胞(APC)的方法,所述方法包括用本文所描述的肽对细胞施以脉冲。产生抗原呈递细胞的示例性实例可以在WO2013088114(其特此被整体并入)中找到。
在一些实施方案中,本文提供T细胞(例如,CD4T细胞和/或CD8T细胞),所述T细胞(例如,CD4T细胞和/或CD8T细胞)表达识别MHC上呈递的本文所描述的肽的TCR(例如,αβTCR或γδTCR)。在一些实施方案中,T细胞是CD8T细胞(CTL),所述CD8 T细胞(CTL)表达识别I类MHC上呈递的本文所描述的肽的TCR。在一些实施方案中,T细胞是CD4 T细胞(辅助性T细胞),所述CD4T细胞(辅助性T细胞)识别II类MHC上呈递的本文所描述的肽。
在一些实施方案中,本文提供生成T细胞(例如,CTL)、激活T细胞(例如,CTL)和/或诱导T细胞(例如,CTL)的增殖的方法,所述T细胞(例如,CTL)识别本文所描述的EBV表位中的一种或更多种。在一些实施方案中,将包括CTL的样品(即,PBMC样品)在培养基中与本文提供的APC(例如,呈递I类MHC复合物上的包括EBV表位的肽的APC)孵育。在一些实施方案中,APC对于从其获得T细胞的受试者是自体的。在一些实施方案中,APC对于从其获得T细胞的受试者不是自体的。在一些实施方案中,将含有T细胞的样品与本文提供的APC孵育2次或更多次。在一些实施方案中,在存在至少一种细胞因子的情况下将T细胞与APC孵育。在一些实施方案中,细胞因子是IL-4、IL-7和/或IL-15。例如,美国专利公布号2015/0017723(其特此通过引用被并入)中提供用于使用APC诱导T细胞增殖的示例性方法。
在一些实施方案中,本文提供包括本文提供的T细胞和/或APC的组合物(例如,治疗组合物),所述组合物被用于通过向受试者施用有效量的组合物来在受试者中治疗和/或预防自身免疫疾病。在一些方面,本文提供使用组合物(例如,药物组合物,包括同种异体CTL的这样的组合物)治疗自身免疫紊乱的方法。在一些实施方案中,组合物包含本文提供的多种(例如,两种或更多种)CTL的组合。
治疗方法
在一些实施方案中,本文提供通过向受试者施用本文提供的同种异体CTL来在受试者中治疗自身免疫紊乱的方法。在一些实施方案中,同种异体CTL选自细胞库(例如,预生成的第三方供体来源的表位特异性CTL库)。
在一些实施方案中,本文提供的方法可以被用于治疗任何自身免疫疾病。自身免疫疾病的实例包含,例如,肾小球性肾炎、关节炎、扩张性心肌病样疾病、溃疡性结肠炎(ulceous colitis)、斯耶格伦综合征、克罗恩病、系统性狼疮、慢性类风湿性关节炎、青少年类风湿性关节炎、斯蒂尔病、多发性硬化、银屑病、变应性接触性皮炎、多肌炎、厚皮、结节性动脉周围炎、风湿热、寻常性白斑、贝赫切特病、桥本病、艾迪生病、皮肌炎、重症肌无力、赖特综合征、格雷夫斯病、恶性贫血(anaemia perniciosa)、不育病、天疱疮、自身免疫性血小板减少性紫癜、自身免疫性溶血性贫血、慢性活动性肝炎、艾迪生氏病、抗磷脂综合征、特应性变态反应、自身免疫性萎缩性胃炎、胃酸缺乏自身免疫(achlorhydra autoimmune)、乳糜泻、库欣综合征、皮肌炎、盘状红斑狼疮、古德帕斯彻综合征、桥本甲状腺炎、特发性肾上腺萎缩、特发性血小板减少、胰岛素依赖性糖尿病、兰-伊综合征、狼疮样肝炎、淋巴细胞减少症、混合性结蒂组织病、类天疱疮、寻常天疱疮、恶性贫血、晶状体源性葡萄膜炎(phacogenic uveitis)、结节性多动脉炎、多腺体自体综合征(polyglandularautosyndromes)、原发性胆汁性肝硬化、原发性硬化性胆管炎、雷诺综合征、复发性多软骨炎、施密特综合征、局限性硬皮病(或crest综合征)、交感性眼炎、系统性红斑狼疮、高安动脉炎、颞动脉炎、甲状腺毒症、b型胰岛素抵抗、I型糖尿病、溃疡性结肠炎(ulcerativecolitis)和韦格纳肉芽肿病。
在一些实施方案中,本文提供的方法被用于治疗MS。在一些实施方案中,MS是复发缓解型MS、继发进展型MS、原发进展型MS或进展复发型MS。
在一些实施方案中,本文提供的方法被用于治疗SAD。例如,在某些实施方案中,本文提供的方法被用于治疗类风湿性关节炎、系统性红斑狼疮和/或斯耶格伦综合征。
在一些实施方案中,本文提供的方法被用于治疗IBD。例如,在某些实施方案中,本文提供的方法被用于治疗克罗恩氏病(局部肠病(例如,非活动性形式和活动性形式))、乳糜泻(例如,非活动性形式和活动性形式)和/或溃疡性结肠炎(例如,非活动性形式和活动性形式)。在一些实施方案中,本文提供的方法被用于治疗肠易激综合征、显微镜下结肠炎、淋巴细胞-浆细胞性肠炎、腹腔疾病、胶原性结肠炎、淋巴细胞性结肠炎、嗜酸性小肠结肠炎、未定型结肠炎、感染性结肠炎(病毒、细菌或原生动物,例如阿米巴性结肠炎)(例如,艰难梭状芽孢杆菌结肠炎)、假膜性结肠炎(坏死性结肠炎)、缺血性炎性肠病、贝赫切特病、结节病、硬皮病、IBD相关性发育异常、发育异常相关性肿块或病变、和/或原发性硬化性胆管炎。
本文提供的药物组合物中的活性成分的实际剂量水平可以变化,以便获得活性成分的量,所述活性成分的量对实现特定患者、组合物和施用模式的期望的治疗响应是有效的,而对患者没有毒性。
所选择的剂量水平将取决于各种各样的因素,所述因素包含所采用的特定药剂的活性、施用途径、施用时间、正在被采用的特定化合物的排泄或代谢的速率、治疗的持续时间、与所采用的特定化合物组合使用的其他药物、化合物和/或材料、正在被治疗的患者的年龄、性别、体重、病况、总体健康状况和先前的病史,以及医学领域中众所周知的类似因素。
在一些实施方案中,方法包含从细胞库(例如,预生成的第三方供体来源的表位特异性CTL库)中选择同种异体CTL。在一些实施方案中,选择CTL,因为其表达受限制于I类MHC的TCR,所述I类MHC由存在于受试者中的HLA等位基因编码。在一些实施方案中,如果CTL和受试者共有至少2个(例如,至少3个、至少4个、至少5个、至少6个)HLA等位基因,并且CTL通过共有的HLA等位基因被限制,则选择CTL。在一些实施方案中,方法包括用流式细胞术测试预生成的第三方供体来源的表位特异性T细胞(即,同种异体T细胞)的TCR库。在一些实施方案中,使用四聚体测定、ELISA测定、免疫印迹测定、荧光显微术测定、埃德曼降解法测定和/或质谱法测定(例如,蛋白质测序)检测表位特异性T细胞。在一些实施方案中,使用核酸探针、核酸扩增测定和/或测序测定分析TCR库。
实施例
实施例1:生成第三方供体来源的表位特异性CTL库。
通过靶向鉴别供体淋巴细胞材料以便生成具有足够的规模、患者HLA匹配能力的广泛性和靶限制活性的CTL群体,来生成第三方供体来源的表位特异性CTL库。通过供体/材料遗传注释或由下列材料产生的所得产品质量特征的任何组合,来便利供体材料的鉴别:
(a)供体HLA等位基因-基于覆盖最广泛的靶向患者群体和/或刺激肽序列中含有的同源表位的能力,特异性HLA等位基因可以被优先化并且被特异性地收集作为CTL生成的输入材料。
(b)在CTL刺激方案后,供体材料的测试等分试样扩增和/或产生有效细胞毒性能力的能力。
(c)如由细胞毒性研究表明的经刺激的供体材料的表位/HLA限制,或通过由脱粒、细胞因子释放、信号传导测定、或靶细胞中凋亡的其他标志物和/或CTL区室的表位特异性刺激所表明的应答的功能表征。
(d)如与共刺激分子、耗竭标志物、分化标志物和/或其他所得产物特征的表达有关的测试等分试样中CTL产物的所得的表型谱。
在平行或顺序刺激和生成包括产物的CTL后,每个CTL批次(batch)或批(lot)被表征并且被注释HLA限制特异性和效力。然后,可行地冷冻保存经表征的批,以允许在稍后的日期复苏。由具有不同HLA等位基因表达的不同供体材料生成的多个批次的累积冷冻保存造成遍及冷冻保存的“库”中HLA限制活性的广泛多样性。然后,准备好库的内容物以在将来的日期选择并且与患者的特征匹配,使得为了提供具有适合于每个患者的特征的特征的易于获得的疗法的目的,可以恢复和复苏特定的批。
实施例2:从来源于表位特异性CTL的库的第三方供体细胞系中选择CTL。
通过材料特征与患者的遗传背景或疾病背景的有序的且优先的整合,可以完成入库产物的患者特异性要求。通过使用被设计以集成这些输入并且输出匹配批的算法,可以完成这样的一系列分层考虑。这种算法可以基于HLA限制,或,当多个批可用时,通过HLA限制与一系列附加的输入(每个输入被适当加权)的组合相匹配,并且包含附加的批和/或患者特异性特征和注释以选择最有效的患者特异性批,或最大程度地减轻不良事件可能性的批。下文提供这样的要求算法的示例性格式。
从可用的EBV-CTL细胞系的信息库中针对受试者选择同种异体第三方EBV-CTL。下列步骤概述了鉴别待用于受试者的一个或多个细胞系的过程:
1)为了使细胞系与患者匹配,细胞系和患者必须以高分辨率共有≥2个HLA基因座,其中受试者的至少1个HLA基因座或优先受试者的EBV+B细胞区室(如果已知的话)与给定CTL细胞系的HLA限制相匹配。
2)为了查明充足的细胞剂量的存在,存在来自所选择的细胞系的足够的细胞以每剂量Y CTL/kg实际体重以最小X个周期施用(每周期(X)n剂量,X周期=总计nX剂量;因此,可用的最小剂量必须为至少nXY×106CTL/kg实际体重)。最小剂量可以根据患者特征或疾病特征而变化。
3)如果根据先前讨论的标准仅鉴别一个细胞系,则应当使用该细胞系,并且不施加进一步的选择标准。然而,在一些情况下,CTL信息库中可能存在多于一个满足给定受试者的HLA匹配(1)和最小剂量要求(2)的细胞系。在那些CTL细胞系中,一些可能具有限制或被限定在材料供体的基因型中的附加的HLA等位基因特征,所述附加的HLA等位基因特征可以临床上或通过间接水平的证据与减小的临床表现相关,如通过减小的功效或与不良事件增加的关联所限定的。如果情况是这样的,则将选择细胞系以缺乏这种附加的HLA等位基因。
此外,记录先前已经施用至患者的细胞系和所得的应答。这些细胞系应答数据被用于在满足如下(1)和(2)的要求的CTL细胞系选择中选择:
3a)在其中在至少4个经治疗的患者中先前的应答速度已经大于特定截止点的细胞系中,则选择信息库中可用的最大现有细胞剂量。如果供体起始材料被用于随后批次,并且获得与第一批次相同的HLA限制,则可以假定共有相同HLA限制的随后批次的应答速度是同样有效的。
3b)如果没有符合(3a)中的标准的细胞系,则在满足(1)和(2)的要求的细胞系中,选择具有最高应答速度和至少一个先前应答的细胞系。
3c)如果没有具有先前应答速度的细胞系,则在先前已经显示出HLA限制的细胞系中选择以引发应答,优先考虑与受试者(或受试者的疾病)共有的HLA限制的哪个细胞系具有最高的应答速度。
3d)最后,如果不能满足先前的要求,则选择避免HLA限制的细胞系,所述细胞系具有已知的不充足应答或具有增加的患病率或与减小的临床表现的潜在关联。
可以用EBV-CTL治疗任何被诊断患有原发进展型MS(PPMS)、继发进展型MS(SPMS)、或复发缓解型MS(RRMS)的患者,只要存在具有与患者上的HLA等位基因相匹配的HLA限制的可用的细胞系。
实施例3:使用第三方供体来源的CTL治疗MS
用第三方同种异体靶向EBV-CTL治疗患有复发缓解型MS、原发进展型MS和继发进展型MS的患者,所述第三方同种异体靶向EBV-CTL展现出针对呈递EBNA1抗原、LMP1抗原和LMP2抗原的B细胞和浆细胞的细胞毒性。患者接受以2×10^7个细胞/m2的剂量的靶向EBV-CTL的四次施用,所述靶向EBV-CTL以Q2周间隔(即,在第1天、第15天、第29天和第43天)静脉内施用。评估患者的复发事件、连续钆增强脑MRI和连续腰椎穿刺,以测量脑脊液IgG水平和寡克隆带的发生率。施用扩展残疾状况量表(Expanded Disability Status Scale)(EDSS),以表征残疾的进展。收集附随的药物治疗和不良事件,以表征治疗的安全性。下列是治疗效果的指标:
1)当与类似患者群体中的历史对照相比时,RRMS患者中如在每月就诊时在MRI成像中所观察到的新的钆增强病变的显著减少。
2)当与类似患者群体中的历史对照相比时,每月就诊时的年化临床复发率的显著减少。
3)当与原发进展型MS(PPMS)患者、继发进展型MS(SPMS)患者和复发缓解型MS(RRMS)患者中的基线相比时,CSF IgG水平的显著降低。
4)原发进展型MS患者、继发进展型MS患者和复发缓解型MS患者中的百分之三十解决已经在基线处存在的寡克隆带。
5)在原发进展型MS(PPMS)患者、继发进展型MS(SPMS)患者和复发缓解型MS(RRMS)患者中,在6个月和12个月时的EDSS评分的轻度至中度改进。
6)在50%的RRMS患者、30%的PPMS患者和25%的SPMS患者中,运动强度发生显著改进。
7)相比于显示出65%的历史对照,80%的RRMS患者在1年时没有显示出疾病活动性的迹象。
实施例4:使用第三方供体来源的CTL(ATA188)治疗MS
用第三方供体来源的CTL的过继转移治疗患有复发缓解型MS、原发进展型MS和继发进展型MS的患者。同种异体潜伏-2EBV靶向细胞毒性T淋巴细胞(同种异体L2 EBVCTL)或ATA188是HLA匹配的、体外扩增的、对EBV蛋白抗原(包含潜伏膜蛋白1(LMP1)、LMP2和EBNA1)特异性的抗原特异性T细胞。ATA188由健康EBV血清反应阳性供体的外周血单核细胞(PBMC)产生。这些供体细胞的一部分成为用于免疫疗法的T细胞,并且一部分是用于刺激T细胞的抗原呈递细胞(APC)。用新颖的重组复制缺陷型腺病毒转导APC,所述腺病毒编码表达多肽蛋白和截短型EBNA1蛋白(AdE1-LMPpoly)的转基因。多表位蛋白包含来自LMP1和LMP2的多个HLA I类限制性CD8+T细胞表位作为“磁珠链(string of beads)”。截短型EBNA1蛋白排除甘氨酸-丙氨酸重复序列,所述甘氨酸-丙氨酸重复序列干扰此蛋白质的翻译和内源性加工并且保持CD8+和CD4+ T细胞表位。临床前研究和临床研究已经表明,这些表达LMP和EBNA1的APC在存在白细胞介素-2(IL-2)的情况下诱导来自人供体的抗原特异性T细胞的快速扩增方面是高度有效的。所得的细胞产物ATA188被冷冻保存,并且被验证为HLA限制有细胞毒性潜力并且没有腺病毒感染性。
方案和给药
患者接受2个周期的治疗,其中每个周期由15天的治疗期(其中在第1天、第8天[±2天]和第15天[±2天]进行3次输注,每次间隔大约7天给予)组成。在第1周期的第三次输注之后,受试者进入20天的观察期(其中大约每周一次就诊),并且在第2周期的第三次输注之后,受试者进入随访期(其中11个每月一次(每28±5天)的就诊)。在第一剂量的ATA188之后,受试者总共被观察至少1年。
以5×106个细胞的剂量处理第一群组,随后是1×107、2.0×107和4.0×107的剂量(分别在第2群组、第3群组和第4群组中)。在第1群组至第4群组内,针对受试者的治疗是交错的,其中在第一受试者与第二受试者和第二受试者与第三受试者的治疗之间暂停8天(例如,如果没有观察到剂量限制性毒性,则第二受试者的治疗可以在第一受试者接受其第8天的输注第二天开始)。剂量限制性毒性或DLT是一种被认为至少可能与ATA188的施用有关的毒性。一旦第三受试者被招募,则群组的剩余部分被招募。如果群组中的全部6个受试者在第1周期第1天的第一剂量之后的前35天期间(即,35天的DLT评估窗口)没有出现DLT,则将出现从一个群组至下一个群组的剂量递增。如果六个受试者中的一个受试者在35天评估窗口内经历DLT,则附加的3个受试者将被招募到该剂量群组中。如果在附加的3个受试者中未观察到DLT(在35天的评估窗口内),则将继续进行至下一个剂量群组的剂量递增。如果群组内的9个受试者中的2个或更多个在35天的评估窗口内经历DLT,则该剂量水平将被认为是最大耐受剂量(MTD)。MTD是所研究的最高剂量,在所述最高剂量下,6个受试者中<1个具有DLT。如果全部剂量具有6个中<1个,则MTD是所研究的最高剂量。此外,先前的剂量水平将被认为是RP2D。RP2D是基于在给药的前35天期间在具有<16.6%的受试者DLT发生率的剂量递增(即,第1群组-第4群组)过程中由招募研究者和赞助商的医学监查员收集的全部安全性、功效和生物标志物数据的评价针对第2阶段选择的ATA188剂量。如果最低剂量群组(群组1)内的9个受试者中的2个或更多个在35天评估窗口内经历DLT,则经与赞助者的医学监查员和招募研究者协商,可以探寻较低剂量/时间表。
剂量递增将基于群组中的全部受试者已经完成35天的DLT评估窗口之后的安全性评估,所述安全性评估包含治疗中出现的不良事件(reatment-emergent adverse event)(TEAE)、临床实验数据、体格检查结果(包含生命体征)以及心电图(ECG)。
剂量扩张(即,第5群组)将在RP2D处进行,而在受试者之间没有治疗的交错/暂停。
评估患者的复发事件和根据颅脑磁共振成像(MRI)扫描在钆(Gd)增强且新出现的或扩大的T2病变的数量方面从基线的变化。基于使至少2个人白细胞抗原(HLA)等位基因和ATA188与受试者之间共有的至少1个HLA限制性等位基因相匹配,针对每个受试者选择ATA188。施用扩展残疾状况量表(EDSS),以表征疾病和残疾的进展。收集附随的药物治疗和不良事件,以表征治疗的安全性。
结果测量指标/研究评估
下列是治疗功效的指标:
1)根据颅脑MRI扫描在Gd增强且新出现的或扩大的T2病变的数量方面从基线的变化。
2)年化临床复发率的减少。
3)原发进展型MS(PPMS)患者、继发进展型MS(SPMS)患者和复发缓解型MS(RRMS)患者的EDSS评分的轻度至中度改进。
评价患者的循环EBV特异性T细胞的频率、持久性和扩增,并且将细胞动力学与功效和安全性终点相关联。此外,可以在研究参加者中评价任何数量的终点。例如,可以通过在施用T细胞之前进行第一测量并且在研究期间或研究之后进行附加的测量来测量EBV-脱氧核糖核酸(DNA)的变化、维生素D3的变化、神经微丝的变化、MRI磁场转换比(MTR)的变化、临床结果评估的变化(例如,多发性硬化症影响量表29(MSIS)评分、疲劳严重度量表(FSS)评分、视敏度(VA)和多发性硬化功能综合(MSFC)评分)、以及免疫球蛋白G(IgG)指数的变化(包含血清和脑脊液(CSF)中IgG和寡克隆带(OCB)分析的定量)。
研究群体:
多达42个患有RRMS的受试者和6个患有具有近期疾病活动性的SPMS的患者将在6至10个研究地点招募。如果研究中未出现DLT,则将招募总共36个受试者(30个患有RRMS,并且6个患有SPMS)。
下列是参与研究的患者的纳入/排除标准。如果满足下列全部,则受试者将被认为有资格参加本研究:
1.MS史,满足下列标准之一:
-RRMS,如由2010年修订的McDonald MS诊断标准定义的
或
-在招募之前至少1年诊断SPMS,在提供知情同意之前一年内没有复发史
2.阳性EBV血清学
3.适当的部分HLA匹配和HLA限制性ATA188的可用性
4.18至45岁的男性和女性
5.3.0至6.5的EDSS评分
6.愿意并且能够提供书面知情同意书。
如果满足下列标准中的任何一个,则受试者将无资格参加研究:
1.并存的严重不受控制的或未解决的医学病况(如感染),从而限制方案依从性或使受试者暴露于不可接受的风险
2.人免疫缺陷病毒(HIV)的阳性血清学和/或核酸检测(NAT)
3.表明活动性乙型肝炎病毒(HBV)感染或HBV的携带者状态的血清学和/或NAT(注意:表明先前的但经清除的HBV感染的HBV的阳性血清学不是排除标准)
4.表明活动性丙型肝炎病毒(HCV)感染的血清学和/或NAT
5.梅毒或人T细胞淋巴细胞病毒I/II(HTLV)的阳性血清学
6.显著非恶性疾病(例如,严重的心功能障碍或呼吸功能障碍)
7.不受控制的精神病、不受控制的抑郁或自杀风险、药物依赖性、或任何其他可能损害参与此试验的能力的精神病学病况
8.全血计数、肾功能或肝功能的临床显著异常:
a.升高的肝功能测试,包含总胆红素(TBILI)>1.5×正常上限(ULN;除非受试者已经记载吉尔伯病)、天冬氨酸转氨酶(AST)或丙氨酸转氨酶(ALT)>3.0×ULN。
b.具有>1.5×ULN的肌酸酐以及<60mL/min的肌酸酐清除率两者的受试者(使用Cockcroft-Gault方程)
c.血红蛋白<10g/dL;血小板<100×109/L;中性粒细胞绝对计数<1.5×109/L
9.对MRI和/或Gd的任何禁忌证(如过敏)或任何对强静磁场、脉冲梯度场反应的物体(包含任何金属碎片或异物(例如,一个或多个动脉瘤夹、起搏器、电子植入物、分流))
10.12个月内复发的可能性≥5%的既往癌症(除成功治疗的非黑素瘤皮肤癌或宫颈原位癌之外)
11.免疫调节疗法(除短期皮质类固醇之外),如下:
a.任何用B细胞耗竭剂的先前治疗
b.任何用阿仑单抗(alemtuzumab)的先前治疗
c.在提供知情同意的4周内用醋酸格拉替雷(glatiramer acetate)或IFNβ的治疗
d.在提供知情同意的4周内用富马酸二甲酯的治疗
e.在提供知情同意的2个月内用芬戈莫德(fingolimod)的治疗
f.在提供知情同意的6个月内用那他珠单抗(natalizumab)、甲氨蝶呤、硫唑嘌呤或环孢菌素的治疗
g.除非患者已经用消胆胺完成加速清除,否则在提供知情同意的12个月内用特立氟胺(teriflunomide)的治疗
h.在提供知情同意的12个月内用米托蒽醌、环磷酰胺、克拉屈滨(cladribine)、利妥昔单抗或任何其他免疫抑制剂或细胞毒性疗法(除类固醇之外)的治疗,或
由研究者确定从这些治疗中得到残留免疫抑制
12.在提供知情同意之前,抗胸腺细胞球蛋白或类似的抗T细胞抗体疗法≤4周。
13.在经历用ATA188治疗时和最后剂量之后3个月内,不愿意使用高效的避孕方法(即,当始终且正确地使用时,造成每年妊娠率小于1%的避孕方法)(例如,植入物、注射物、复方口服避孕药、一些宫内避孕器、禁欲或伴侣切除输精管)的有生育能力的女性。
或
在经历用ATA188治疗时和最后剂量之后3个月内,不愿意使用高效避孕措施和/或不愿意避免捐献精子的具有有生育能力的女性伴侣的男性
14.母乳喂养的妇女。
15.妊娠。
16.无法遵守研究程序。
17.用EBV T细胞疗法的先前治疗。
研究中利用的统计学方法
分析群体
研究中招募的并且接受任何研究产品的全部受试者将被纳入功效群体和安全性群体。功效群体将用于主要功效分析,以及素因、人口统计学和基线疾病特征的全部分析。
为了使受试者被认为对于DLT的分析是可评价的,受试者应当已经在35天的DLT评估窗口期间具有DLT或已经完成35天的DLT评估。
功效分析
将为功效终点提供描述性统计,并且此外,将使用回归方法分析连续的功效终点。
安全性分析
安全性评估将包含全部有关AE和无关AE。将使用国际医学用语词典(MedicalDictionary for Regulatory Activities)映射全部AE,并且根据CTCAE版本4.03进行分级。将通过报告AE的受试者的数量和百分比、严重与非严重、以及研究者报告的关系(无关、可能有关、有关)来概括AE。描述性统计将用于概括AE类型和频率。
实施例5:来自健康供体的CTL显示出改进的效应子功能
从健康EBV血清反应阳性供体(NMDP供体)或MS患者获得外周血单核细胞(PBMC)。这些供体细胞样品中的每个的一部分被用作扩增的CTL的来源,并且一部分被用作用于刺激CTL的抗原呈递细胞(APC)的来源。用编码表达多肽蛋白和截短型EBNA1蛋白(AdE1-LMPpoly)的转基因的重组复制缺陷型腺病毒转导APC。多表位蛋白包含来自LMP1和LMP2的多个HLA I类限制性CD8+T细胞表位作为“磁珠链”。截短型EBNA1蛋白排除甘氨酸-丙氨酸重复序列,所述甘氨酸-丙氨酸重复序列干扰此蛋白的翻译和内源性加工并且保持CD8+和CD4+ T细胞表位。将供体细胞样品的CTL部分与制备的APC共培养,以扩增和刺激对EBV表位特异性的样品中的CTL。在刺激和生成包括CTL的产物后,通过FAC测试CTL批次的效应子功能。如图1中所示,相比于从MS患者生成的CTL产物(0.0002的曼-惠特尼p值),从健康供体生成的CTL产物具有显著更高百分比的表达干扰素γ(IFNg)和CD8+的活淋巴细胞。这些数据表明,相比于当将MS患者用作同种异体转移的CTL来源,当将健康供体用作同种异体转移的CTL来源时,生成具有更高分数的效应CD8T细胞和功能性IFNg+CTL的更稳健的CTL产物。
本文提到的全部出版物、专利、专利申请和序列登录号通过引用被整体并入,犹如每个单独的出版物、专利或专利申请被具体地和单独地表明通过引用被并入。在冲突的情况下,本申请(包含本文中的任何定义)将受约束。
本领域技术人员将认识到或能够使用仅仅常规实验来确定本文中描述的本发明的具体的实施方案的许多等同物。这样的等同物旨在由以下权利要求涵盖。
Claims (27)
1.一种在受试者中治疗或预防自身免疫疾病的方法,所述方法包括向所述受试者施用表达T细胞受体的同种异体细胞毒性T细胞(CTL),所述T细胞受体与I类MHC上呈递的EBV肽特异性结合。
2.如权利要求1所述的方法,其中所述I类MHC由存在于所述受试者中的HLA等位基因编码。
3.如权利要求1或2所述的方法,其中所述自身免疫疾病是多发性硬化(MS)。
4.如权利要求1或2所述的方法,其中所述自身免疫疾病是类风湿性关节炎(RA)。
5.如权利要求1至4中任一项所述的方法,其中所述同种异体CTL从细胞库获得。
6.一种在受试者中治疗或预防自身免疫疾病的方法,所述方法包括:
a)从细胞库中选择表达T细胞受体的同种异体细胞毒性T细胞(CTL),所述T细胞受体与I类MHC上呈递的EBV肽特异性结合;
b)向所述受试者施用所述同种异体CTL。
7.如权利要求6所述的方法,其中所述I类MHC由存在于所述受试者中的HLA等位基因编码。
8.如权利要求6或7所述的方法,其中所述自身免疫疾病是多发性硬化(MS)或类风湿性关节炎(RA)。
9.一种在受试者中治疗或预防自身免疫疾病的方法,所述方法包括:
a)将包括同种异体细胞毒性T细胞(CTL)的样品与呈递EBV肽的抗原呈递细胞(APC)孵育,从而诱导所述样品中肽特异性T细胞的增殖;
b)向所述受试者施用肽特异性同种异体CTL。
10.如权利要求9所述的方法,其中所述I类MHC由存在于所述受试者中的HLA等位基因编码。
11.一种在受试者中治疗或预防自身免疫疾病的方法,所述方法包括:
a)将抗原呈递细胞(APC)与编码EBV肽的核酸构建体孵育,从而诱导APC呈递EBV肽;
b)通过将包括同种异体CTL的样品与所述抗原呈递细胞(APC)孵育来诱导肽特异性CTL增殖,从而诱导CTL增殖;以及
c)向所述受试者施用肽特异性同种异体CTL。
12.如权利要求11所述的方法,其中I类MHC由存在于所述受试者中的HLA等位基因编码。
13.如权利要求11或12所述的方法,其中所述核酸构建体是病毒运载体。
14.如权利要求13所述的方法,其中所述病毒运载体是AdE1-LMPpoly。
15.如权利要求9-14中任一项所述的方法,其中在施用至所述受试者之前,所述同种异体CTL储存在细胞库中。
16.如权利要求9至15中任一项所述的方法,其中所述自身免疫疾病是多发性硬化(MS)。
17.如权利要求9至15中任一项所述的方法,其中所述自身免疫疾病是类风湿性关节炎(RA)。
18.如权利要求9至17中任一项所述的方法,其中在步骤(a)中,将所述样品与一种或更多种细胞因子孵育。
19.如权利要求9至18中任一项所述的方法,其中所述APC包括B细胞。
20.如权利要求9至19中任一项所述的方法,其中所述APC包括抗原呈递T细胞。
21.如权利要求9至20中任一项所述的方法,其中所述APC包括树突状细胞。
22.如权利要求9至21中任一项所述的方法,其中所述APC包括人工抗原呈递细胞。
23.如权利要求22所述的方法,其中所述人工抗原呈递细胞是aK562细胞。
24.如权利要求9至23中任一项所述的方法,其中所述样品包括外周血单核细胞(PBMC)。
25.如权利要求1至24中任一项所述的方法,其中所述EBV肽包括LMP1肽或所述LMP1肽的片段。
26.如权利要求1至24中任一项所述的方法,其中所述EBV肽包括LMP2A肽或所述LMP2A肽的片段。
27.如权利要求1至24中任一项所述的方法,其中所述EBV肽包括EBNA1肽或所述EBNA1肽的片段。
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