KR20190005858A - 어레이 방법 및 그의 용도 - Google Patents
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Abstract
본 발명은 췌장암-관련 질환 상태를 진단 또는 결정하는 방법으로서, (a) 테스트될 개체로부터 시료를 제공하는 단계; 및 (b) 표 A에 정의된 군으로부터 선택된 하나 이상의 바이오마커의 테스트 시료에서의 존재 및/또는 양을 측정함으로써 테스트 시료의 바이오마커 서명을 결정하는 단계로서, 표 A에 정의된 군으로부터 선택된 하나 이상의 바이오마커의 테스트 시료에서의 존재 및/또는 양이 개체에서 췌장암-관련 질환을 나타내는, 단계를 포함하거나 이로 구성되는 방법; 이에 사용하는 어레이들 및 키트들과 함께 췌장암-관련 질환 상태를 결정하는 용도들 및 방법들, 그리고 췌장암을 치료하는 방법들을 제공한다.
Description
본 발명은 췌장암-관련 질환 상태 (초기 췌장암 존재, 췌장암 병기 및/또는 췌장암 존재)를 결정하는 방법들, 뿐만 아니라 이러한 방법들에 사용하는 어레이들 및 키트들을 제공한다.
췌장관 샘암 (PDAC)은 5년 생존율이 3 내지 4 %인 가장 치명적인 암들 중 하나이다. 이러한 불량한 예후 판단의 핵심 동인은 초기 단계에서 환자를 진단할 수 없는 현재의 무능력이다. 데이타는 종양이 개시로부터 전이 능력을 획득에 이르기까지 5년 이상이 소요되는 점을 지지하고(Yachida et al., 2010) 진단 시점에, 환자는 이미 말기 질환으로 발전되었고, 대략 15%의 환자만이 절제가능한 종양을 갖는다 (Conlon et al., 1996; Sohn et al., 2000). 큰 절제된 종양을 드러낸 이들 환자의 5년 생존은 단지 10 내지 20%이다 (Conlon et al., 1996; Sohn et al., 2000). 그러나, 종양 ≤ 20 mm (I기 내지 II기)가 절제될 수 있는 경우라면 5년 생존율은 30 내지 60%로 증가된다 (Furukawa et al., 1996; Shimizu et al., 2005). 늦은 진단 (III기 내기 IV기)은 조기 진단을 위한 마커의 부족과 조합된 비특이적 임상 증상으로 인하고, 이는 본 연구가 겨냥하는 것이다. 흥미롭게도, 연구는 췌장 종양이 무증상 병기의 임상적 진단 이전에 6개월 먼저 절개가능할 수 있음을 제시한다 (Gangi et al., 2004; Pelaez-Luna et al., 2007).
지금까지 PDAC, CA19-9에 대해 가장 잘 평가된 마커는 여러 다른 적응증에서의 상승된 수준뿐만 아니라 유전형 루이스 a-b-를 갖는 환자 (인구의 5%)에서 완전한 부재와 함께 불량한 특이성이 문제이다. 결론적으로, 췌장암 스크리닝을 위해 CA19-9의 사용은 권장되지 않는다 (Locker et al., 2006). 요즘은, 최근 연구 발견이 엑솜 및 뉴클레오좀 둘 다가 췌장암과 연관된 정보를 포함하는 점을 밝혔지만, 다른 단일 바이오마커가 정확하게 PDAC를 진단하는 것은 전혀 관찰되지 못하였다 (Bauden et al., 2015; Melo et al., 2015). 그러나, 개선된 민감성 및 특이성을 갖는 바이오마커 및 바이오마커 패널을 제공할 필요성은 있다.
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따라서, 본 발명의 제 1 관점은 췌장암-관련 질환 상태를 진단하거나 결정하는 방법으로서,
(a) 테스트될 개체로부터 시료를 제공하는 단계; 및
(b) 표 A에 정의된 군으로부터 선택된 하나 이상의 바이오마커의 테스트 시료에서의 존재 및/또는 양을 측정함으로써 테스트 시료의 바이오마커 서명을 결정하는 단계;를 포함하거나 이로 구성되고,
표 A에 정의된 군으로부터 선택된 하나 이상의 바이오마커의 테스트 시료에서의 존재 및/또는 양이 개체에서 췌장암-관련 질환을 나타내는, 방법을 제공한다.
따라서, 일 구현예에서, 상기 방법은 테스트 시료의 바이오마커 서명을 결정하는 단계를 포함하고, 이는 상기 시료가 획득된 개체에 대해 진단에 이를 수 있게 한다.
"췌장암-관련 질환 상태"는 췌장암 자체의 존재, 췌장암 병기 및/또는 관내 유두상 점액성 신생물 (하기 참조)과 같은 관련된 병변의 존재를 포함한다. 상세하게, 본 발명자들은 췌장관 샘암 (PDAC)의 존재 및/또는 병기를 포함한다.
상세한 구현예에서, 본 발명의 방법은
(i) 초기 췌장암의 진단 및/또는 병기 결정; 및/또는
(ii) 췌장암의 진단 및/또는 병기 결정 (예로, 초기 또는 말기):을 허용한다.
"바이오마커"는 췌장암의 진단 및/또는 예후 판단에 유용한 정보를 제공할 수 있는 자연-발생 생물학적 분자 또는 그의 구성성분 또는 단편을 의미한다. 따라서, 표 A의 맥락에서, 바이오마커는 자연-발생 단백질 또는 그의 폴리펩티드 단편 또는 탄수화물 분체 (또는 루이스 x 및 시아릴 루이스 x의 경우 탄수화물 분체 자체)일 수 있다. 대안적으로, 바이오마커는 단백질 또는 그의 일부를 암호화하는 mRNA, cDNA 또는 순환하는 종양 DNA 분자와 같은 핵산 분자일 수 있다.
"진단"은 개체에서 질환 상태의 존재 또는 부재를 결정하는 것을 의미하거나 포함한다 (예로, 개체가 초기 췌장암 또는 췌장암 (초기 또는 말기)에 걸렸는지 여부를 결정하는 것).
"병기 결정"은 췌장암의 병기를 결정하는 것, 예를 들어 췌장암이 I기, II기, III기 또는 IV기 (예로, I기, I-II기, III-IV기 또는 I-IV기)인지 여부를 결정하는 것을 의미하거나 포함한다.
"초기 췌장암"은 I기 및/또는 II기 췌장암을 포함하거나 이로 구성된 췌장암을 포함하거나 의미한다.
대안적으로 또는 추가적으로, "초기 췌장암"은 AJCC (American Joint Committee on Cancer) TNM 시스템에 의해 결정된 바 I기 및/또는 II기 췌장암을 포함하거나 의미한다 (예로, 본 명세서에서 참고문헌으로 통합되는, http://www.cancer.org/cancer/pancreaticcancer/detailedguide/pancreatic-cancer-staging 및 AJCC Cancer Staging Manual (7th ed.), 2011, Edge et al., Springer 참조).
TNM 암 병기결정 시스템은 3가지 핵심 정보를 기초로 한다:
* T는 주요 (원발성) 종양의 크기 및 췌장 외부와 인근 장기 내에 자랐는지 여부를 기술한다.
* N은 인근 (부위) 림프절로의 확산을 기술한다.
* M은 암이 신체의 다른 기관으로 전이 (확산)했는지 여부를 지시한다. (췌장암 확산의 가장 공통적인 부위는 간, 폐 및 복막 - 소화 기관 주변의 공간이다.)
T, N 또는 M 뒤에 숫자 또는 글자를 나타내어 이들 요인 각각에 대한 세부사항을 제공한다.
T 카테고리
TX: 주요 종양은 평가될 수 없다.
T0: 원발성 종양의 증거 없음.
Tis: 제자리 암종 (종양이 췌장관 세포의 최상층에 국한됨). (현 단계에서는 췌장 종양은 거의 발견되지 않음.)
T1: 암이 아직 췌장 내에 있으며 직경 2 센티미터 (cm) (약 3/4 인치) 이하이다.
T2: 암이 아직 췌장 내에 있지만 직경 2 cm 이상이다.
T3: 암이 췌장 외부에서 인근의 주변 조직으로 자랐지만 주요 혈관 또는 신경 내에는 아니다.
T4: 암이 췌장을 넘어 인근의 큰 혈관 또는 신경 내에 자랐다.
N 카테고리
NX: 인근의 (부위) 림프절이 평가될 수 없다.
N0: 암이 인근의 림프절로 확산되지 않았다.
N1: 암이 인근의 림프절로 확산되었다.
M 카테고리
M0: 암이 원거리 림프절 (췌장 근처의 림프절이 아님)로 또는 간, 폐, 뇌 등과 같은 먼 기관로 확간되지 않았다.
M1: 암이 원거리 림프절로 또는 원거리 기관으로 확산되었다.
췌장암의 병기 분류
일단 T, N 및 M 카테고리가 결정되면 이 정보가 조합되어 0, I, II, III 또는 IV (때로 문자가 따라옴)의 전반적 병기를 할당한다. 이 과정을 병기 분류라고 부른다.
병기 0 (Tis, N0, M0): 종양은 췌장관 세포의 최상층에 국한되고, 더 깊은 조직을 침범하지 않는다. 췌장 외부로 퍼지지 않았다. 이들 종양은 때로 제자리 췌장암 또는 췌장 상피내 신생물 III (PanIn III)라고 지칭된다.
병기 IA (T1, N0, M0): 종양은 췌장에 국한되고, 직경 2 cm 이하이다 (T1). 이것은 인근의 림프절 (N0) 또는 원거리 부위 (M0)로 퍼지지 않았다.
병기 IB (T2, N0, M0): 종양은 췌장에 국한되고, 직경 2 cm 초과이다 (T2). 이것은 인근의 림프절 (N0) 또는 원거리 부위 (M0)로 퍼지지 않았다.
병기 IIA (T3, N0, M0): 종양이 췌장 외부에서 자라고 있지만 주요 혈관 또는 신경 내로는 아니다 (T3). 이것은 인근의 림프절 (N0) 또는 원거리 부위 (M0)로 퍼지지 않았다.
병기 IIB (T1-3, N1, M0): 암이 췌장에 국한되거나 췌장 외부에서 자라고 있지만 주요 혈관 또는 신경 내로는 아니다 (T1 내지 T3). 이것은 인근의 림프절 (N1)로 퍼졌지만, 원거리 부위 (M0)로는 아니다.
병기 III (T4, 임의의 N, M0): 종양이 췌장 외부에서 인근 혈관 또는 신경 내로 자라고 있다 (T4). 이것은 인근의 림프절 (임의의 N)까지 확산되거나 확산되지 않았을 수 있다. 원거리 부위 (M0)로 퍼지지 않았다.
병기 IV (임의의 T, 임의의 N, M1): 암이 원거리 부위로 확산되었다 (M1).
대안적으로 또는 추가적으로, "초기 췌장암"은 무증상 췌장암을 포함하거나 또는 의미한다. 췌장암의 공통적인 증상으로는 황달 (췌장 두부의 종양의 경우), 복통, 체중 감소, 지방설사 및 신생 당뇨가 있다. 예를 들어, 췌장암은 증상 (예로, 공통적인 증상)이 관찰되거나 관찰가능하기 적어도 1주일 전에, 예를 들어 증상이 관찰되거나 관찰가능하기 적어도 ≥ 2주, ≥ 3주, ≥ 4주, ≥ 5주, ≥ 6주, ≥ 7주, ≥ 8주, ≥ 3개월, ≥ 4개월, ≥ 5개월, ≥ 6개월, ≥ 7개월, ≥ 8개월, ≥ 9개월, ≥ 10개월, ≥ 11개월, ≥ 12개월, ≥ 18개월, ≥ 2년, ≥ 3년, ≥ 4년 또는 ≥ 5년 전에 나타날 수 있다.
대안적으로 및/또는 추가적으로, "초기 췌장암"은 통상적인 임상적 방법에 의해 진단되는 크기 및/또는 발달 단계가 불충분한 췌장암을 포함한다.
대안적으로 또는 추가적으로, "초기 췌장암"은 통상적인 임상적 방법에 의해 췌장암이 진단되거나 진단가능하기 적어도 1주일 전에, 예를 들어 통상적인 임상적 방법에 의해 췌장암이 진단되거나 진단가능하기 적어도 ≥ 2주, ≥ 3주, ≥ 4주, ≥ 5주, ≥ 6주, ≥ 7주, ≥ 8주, ≥ 3개월, ≥ 4개월, ≥ 5개월, ≥ 6개월, ≥ 7개월, ≥ 8개월, ≥ 9개월, ≥ 10개월, ≥ 11개월, ≥ 12개월, ≥ 18개월, ≥ 2년, ≥ 3년, ≥ 4년 또는 ≥ 5년 전에 존재하는 췌장암을 포함하거나 의미한다.
그러나, 임상적 췌장암 진단을 위한 현재의 최선의 관행은 당업자에게 잘 알려져 있을 것이고, 상세한 리뷰를 위해 본 명세서에서 참고문헌으로 통합되는 Ducreux et al., 2015, 'Cancer of the pancreas: ESMO Clinical Practice Guidelines for diagnosis, treatment and follow-up' Annals of Oncology, 26 (Supplement 5): v56-v68 참조하고,
https://annonc.oxfordjournals.org/content/26/suppl_5/v56.full.pdf+html에서 입수할 수 있다.
대안적으로 또는 추가적으로, "통상적인 임상적 진단" 등 (예로, "통상적인 임상적 방법으로 진단 되는")은 (예로, 복부, 가능하게는 국소 림프절의) CT 스캔, 초음파, 내시경 초음파, 생검 (조직병리학) 및/또는 신체 검사를 포함한다. 일 구현예에서, "통상적인 임상적 진단" 등은 본 명세서에서 참고문헌으로 통합되는 Ducreux et al., 2015, 'Cancer of the pancreas: ESMO Clinical Practice Guidelines for diagnosis, treatment and follow-up' Annals of Oncology, 26 (Supplement 5): v56-v68에 기재된 췌장암 진단 절차를 포함한다.
대안적으로 또는 추가적으로, "통상적인 임상적 진단" 등은 (혈액, 혈청, 간질액, 림프액, 소변, 점액, 타액, 가래, 땀과 같은) 체액 및/또는 조직에 존재하는 분자 바이오마커의 사용을 포함하거나 배제할 수 있다.
대안적으로 또는 추가적으로, "초기 췌장암"은 절제가능한 췌장암을 포함하거나 의미한다.
"절제가능한 췌장암"은 췌장암이 수술로 제거될 수 있는 (및/또는 이로 고려되는) (예로, 절제가능한) 종양을 포함하거나 의미한다.
대안적으로 또는 추가적으로, 본 발명자들은 췌장에 제한되는 (예로, 췌장을 넘어 확장되지 않고/거나 전이되지 않았던) 췌장암을 포함한다.
대안적으로 또는 추가적으로, "초기 췌장암"은 모든 차원에서 30 mm 이하의 종양 (예로, 본 구현예에서 초기 췌장암 환자는 임의의 차원에서 30 mm 초과의 췌장암 종양을 포함하지 않음), 예를 들어 모든 차원에서 29 mm, 28 mm, 27 mm, 26 mm, 25 mm, 24 mm, 22 mm, 21 mm, 20 mm, 19 mm, 18 mm, 17 mm, 16 mm, 15 mm, 14 mm, 13 mm, 12 mm, 11 mm, 10 mm, 9 mm, 8 mm, 7 mm, 6 mm, 5 mm, 4 mm, 3 mm, 2 mm, 1 mm 이하 또는 0.1 mm의 종양을 포함하는 췌장암을 포함한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 모든 차원에서 30 mm 이하의 췌장암 종양은 일차원에서 적어도 2 mm이다. 대안적으로 또는 추가적으로, 모든 차원에서 30 mm 이하의 췌장암 종양은 모든 차원에서 적어도 2 mm이다.
대안적으로 또는 추가적으로, "I기의 췌장암"은 AJCC 병기 IA 및/또는 IB를 포함하거나 의미한다.
대안적으로 또는 추가적으로, "II기의 췌장암"은 AJCC 병기 IIA 및/또는 IIB를 포함하거나 의미한다.
대안적으로 또는 추가적으로, "말기 췌장암"은 병기 III 및/또는 병기 IV의 췌장암을 포함하거나 이로부터 구성된 췌장암을 포함하거나 의미한다.
대안적으로 또는 추가적으로, "III기 췌장암"은 AJCC 병기 III를 포함하거나 의미한다.
대안적으로 또는 추가적으로, "IV기 췌장암"은 AJCC 병기 IV를 포함하거나 의미한다.
"췌장암"의 췌장암-관련 질환 상태는 임의의 병기의 췌장암을 포함하거나 이로 구성된 췌장암을 포함한다.
"테스트될 시료", "테스트 시료" 또는 "대조군 시료"는 개체으로부터 획득되거나 유래된 조직 또는 체액 시료를 포함한다. 바람직하게, 테스트될 시료는 포유동물로부터 제공된다. 포유동물은 임의의 가축 또는 사육동물일 수 있다. 바람직하게, 포유동물은 래트, 마우스, 기니아피그, 고양이, 개, 말 또는 영장류이다. 가장 바람직하게, 포유동물은 인간이다.
바람직하게, 시료는 혈액 (분획화되거나 미분획화된), 혈장, 혈장 세포, 혈청, 조직 세포를 포함하거나 이로 구성되는 세포, 조직 또는 체액 시료 (또는 그의 유도체)이거나, 세포 또는 조직 시료부터 유래한 단백질 또는 핵산이 동등하게 바람직하다. 바람직하게, 테스트 시료 및 대조군 시료는 동일한 종으로부터 유래한다. 바람직하게는, 테스트 시료 및 대조군 시료는 연령, 성별 및/또는 생활 양식을 위해 매칭된다.
대안적인 또는 추가적인 구현예에서, 조직 시료는 췌장 조직이다. 대안적인 또는 추가적인 구현예에서, 세포 시료는 췌장 세포의 시료이다.
대안적으로 또는 추가적으로, 췌장암은 당업자에게 공지된 통상적인 임상적 방법을 사용하여 진단될 수 있다. 예를 들어, 본 명세서에서 참고문헌으로 통합되는 Ducreux et al., 2015, 'Cancer of the pancreas: ESMO Clinical Practice Guidelines for diagnosis, treatment and follow-up' Annals of Oncology, 26 (Supplement 5): v56-v68 및/또는 Freelove & Walling, 2006, 'Pancreatic Cancer: Diagnosis and Management' American Family Physician, 73(3):485-492에 기술된 이들 방법 참조.
따라서, 췌장암은 다음으로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 방법을 사용하여 진단될 수 있다: 컴퓨터화 단층촬영법 (바람직하게는 이중상 나선형 컴퓨터화 단층 촬영); 복부관통 초음파검사; 내시경 초음파검사 유도된 미세-바늘 흡인술; 내시경 역행 담관췌장 조영술; 양전자 방출 단층촬영법; 자기공명 영상촬영법; 신체 검사; 및 생검.
대안적으로 및/또는 추가적으로, 췌장암은 췌장암의 진단을 위한 바이오마커의 검출을 사용하여 진단될 수 있다. 예를 들어, 췌장암은 국제특허출원 제 WO 2008/117067 A9호; 제 WO 2012/120288 A2호; 및 제 WO 2015/067969 A2호로 이루어진 군에서 기술된 하나 이상의 바이오마커 또는 진단적 방법으로 진단될 수 있다.
대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 표 A에 나열된 1개 이상의 바이오마커, 예를 들어 표 A에 나열된 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 84 또는 85개의 바이오마커의 존재 및/또는 이의 양을 측정하는 단계를 포함하거나 이로 구성된다.
대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 CHP-1의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 배제한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 MAPKK2의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 배제한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 MAPKK 6의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 제외한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 R-PTP-O의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 제외한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 UBP7의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 배제한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 Apo-A1의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 배제한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 BTK의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 배제한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 C1q의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 배제한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 C5의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 배제한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 CDK-2의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 배제한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 IgM의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 배제한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 IL-11의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 배제한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 IL-12의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 배제한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 IL-6의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 배제한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 JAK3의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 배제한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 MAPK8의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 배제한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 MCP-1의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 배제한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 MUC-1의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 배제한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 프로퍼딘의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 배제한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 VEGF의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 배제한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 GRIP-2의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 배제한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 MAPK9의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 배제한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 PKB 감마의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 배제한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 PRD14의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 배제한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 R-PTP-에타의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 배제한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 TopBP1의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 배제한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 C3의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 배제한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 CD40L의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 배제한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 EGFR의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 배제한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 HADH2의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 배제한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 ICAM-1의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 배제한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 IL-13의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 배제한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 IL-18의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 배제한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 미오메신-2의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 배제한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 P85A의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 배제한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 RANTES의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 배제한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 TGF-b1의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 배제한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 IL-4의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 배제한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 CIMS (13)의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 배제한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 GNAI3의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 배제한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 HsMAD2의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 배제한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 h스핀들리의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 배제한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 R-PTP-카파의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 배제한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 STAT1의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 배제한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 ATP-5B의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 배제한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 C4의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 배제한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 CHX10의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 배제한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 인자 B의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 배제한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 Her2/ErbB-2의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 배제한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 IL-1b의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 배제한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 IL-7의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 배제한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 루이스 X의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 배제한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 MCP-3의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 배제한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 시아릴 루이스 X의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 배제한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 TBC1D9의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 배제한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 TNFRSF3의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 배제한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 AGAP-2의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 배제한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 C1-INH의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 배제한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 C1s의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 배제한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 GLP-1 R의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 배제한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 IL-2의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 배제한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 KSYK의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 배제한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 MAPK1의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 배제한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 TENS4의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 배제한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 FASN의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 배제한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 IL-10의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 배제한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 IL-3의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 배제한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 IL-8의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 배제한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 STAP2의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 배제한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 CT17의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 배제한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 디곡신의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 배제한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 HsHec1의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 배제한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 PAR-6B의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 배제한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 PGAM5의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 배제한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 IFN-γ의 발현을 측정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나, 배제한다.
대안적으로 또는 추가적으로, 췌장암-관련 질환 상태는 초기 췌장암이다.
대안적으로 또는 추가적으로, 상기 방법은 I기 또는 II기 췌장암의 진단 및/또는 병기 결정 (예로, 췌장암을 I기 또는 II기로서 반드시 결정할 필요 없이 진단하고/거나 특성화하는 것)을 위한 것이다. 대안적으로 또는 추가적으로, 단계 기 췌장b)는 다음에 나열된 1개 이상의 바이오마커의 존재 및/또는 양을 측정하는 단계를 포함하거나 이로 구성된다:
표 A (I), 예를 들어 표 A (I)에 나열된 적어도 2, 3, 4 또는 5개의 바이오마커;
표 A (III), 예를 들어 표 A (III)에 나열된 적어도 2, 3, 4, 5 또는 6개의 바이오마커;
표 A (V), 예를 들어 표 A (V)에 나열된 적어도 2, 3, 4, 5 또는 6개의 바이오마커; 및
표 A (XI), 예를 들어 표 A (XI)에 나열된 적어도 2 또는 3개의 바이오마커.
대안적으로 또는 추가적으로, 단계 기 췌장b)는 다음에 나열된 1개 이상의 바이오마커의 존재 및/또는 양을 측정하는 단계를 포함하거나 이로 구성된다:
표 A (II), 예를 들어 표 A (II)에 나열된 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14 15 또는 16개의 바이오마커;
표 A (IV), 예를 들어 표 A (IV)에 나열된 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 또는 12개의 바이오마커;
표 A (VI), 예를 들어 표 A (VI)에 나열된 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12 또는 13개의 바이오마커; 및
표 A (XII), 예를 들어 표 A (XII)에 나열된 적어도 2, 3, 4, 5 또는 6개의 바이오마커.
대안적으로 또는 추가적으로, 상기 방법은 I기 췌장암의 진단 및/또는 병기 결정 (예로, I기로서 췌장암을 진단하고/거나 췌장암을 특성화하는 것)을 위한 것이다.
대안적으로 또는 추가적으로, 단계 기 췌장b)는 다음에 나열된 1개 이상의 바이오마커의 존재 및/또는 양을 측정하는 단계를 포함하거나 이로 구성된다:
표 A (I), 예를 들어 표 A (I)에 나열된 적어도 2, 3, 4 또는 5개의 바이오마커;
표 A (III), 예를 들어 표 A (III)에 나열된 적어도 2, 3, 4, 5 또는 6개의 바이오마커;
표 A (VII).
대안적으로 또는 추가적으로, 단계 기 췌장b)는 다음에 나열된 1개 이상의 바이오마커의 존재 및/또는 양을 측정하는 단계를 포함하거나 이로 구성된다:
표 A (II), 예를 들어 표 A (II)에 나열된 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15 또는 16개의 바이오마커;
표 A (IV), 예를 들어 표 A (IV)에 나열된 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 또는 12개의 바이오마커; 및
표 A (VIII), 예를 들어 표 A (VIII)에 나열된 적어도 2, 3, 4, 5 또는 6개의 바이오마커.
대안적으로 또는 추가적으로, 상기 방법은 II기 췌장암의 진단 및/또는 병기 결정을 위한 것이다.
대안적으로 또는 추가적으로, 단계 기 췌장b)는 다음에 나열된 1개 이상의 바이오마커의 존재 및/또는 양을 측정하는 단계를 포함하거나 이로 구성된다:
표 A (I), 예를 들어 표 A (I)에 나열된 적어도 2, 3, 4 또는 5개의 바이오마커;
표 A (V), 예를 들어 표 A (V)에 나열된 적어도 2, 3, 4, 5 또는 6개의 바이오마커;
표 A (IX).
대안적으로 또는 추가적으로, 단계 기 췌장b)는 다음에 나열된 1개 이상의 바이오마커의 존재 및/또는 양을 측정하는 단계를 포함하거나 이로 구성된다:
표 A (II), 예를 들어 표 A (II)에 나열된 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15 또는 16개의 바이오마커;
표 A (VI), 예를 들어 표 A (VI)에 나열된 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12 또는 13개의 바이오마커; 및
표 A (X), 예를 들어 표 A (X)에 나열된 적어도 2, 3 또는 4 개의 바이오마커.
대안적으로 또는 추가적으로, 상기 방법은 III기 또는 IV기 췌장암을 진단하거나 특성화하는 (예로, 췌장암을 III기 또는 IV기로서 진단하고/거나 특성화하는) 방법으로서, 상기에 정의된 바와 같이 I기 또는 II기 췌장암을 진단하거나 특성화하는 하나 이상의 바이오마커의 존재 또는 양을 측정하는 단계 및 상기에 정의된 바와 같이 I기 내지 IV기 췌장암을 진단하거나 특성화하는 하나 이상의 바이오마커의 존재 또는 양을 측정하는 단계를 포함하거나 이로 구성되는, 방법이다. 대안적으로 또는 추가적으로, 'I기 또는 II기' 바이오마커 중 하나 이상은 'I기 내지 IV기' 바이오마커' 중 하나 이상과 상이하다. 대안적으로 또는 추가적으로, 'I기 또는 II기' 바이오마커 모두는 'I기 내지 IV기' 바이오마커' 중 하나 이상과 상이하다.
대안적으로 또는 추가적으로, 췌장암-관련 질환 상태는 췌장암이다 (예로, 상기 방법은 췌장암의 존재를 진단하기 한 것이다).
대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 CHP-1, MAPKK 2, UBP7, PRD14, STAT1, AGAP-2, PGAM5, LUM, PTPRO 및 USP07로 이루어진 군으로부터 선택된 1개 이상의 바이오마커, 예를 들어 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 10개의 이들 바이오마커의 존재 및/또는 양을 측정하는 단계를 포함하거나 이로 구성된다.
대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 Apo-A1, BTK, C1q, C5, CDK-2, IgM, IL-11, IL-12, IL-6, JAK3, MAPK8, MCP-1, MUC-1, 프로퍼딘, VEGF, C3, ICAM-1, IL-13, ATP-5B, C4, Her2/ErB-2, IL-7, IL-3, IL-8, GM-CSF, IL-9, LDL 및 ORP3로 이루어진 군으로부터 선택된 1개 이상의 바이오마커, 예를 들어 이들 바이오마커 중 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28 또는 29개의 존재 및/또는 양을 측정하는 단계를 포함하거나 이로 구성된다.
대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 도 4에 나열된 하나 이상의 바이오마커, 예를 들어 도 4에 나열된 바이오마커 중 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30 또는 31개를 측정하는 단계를 포함한다.
대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 표 A에 나열된 모든 바이오마커의 존재 및/또는 양을 측정하는 단계를 포함한다:
대안적으로 또는 추가적으로, 상기 방법은 다음 단계를 더 포함하거나 이로 구성된다:
(c) 다음으로부터 하나 이상의 대조군 시료를 제공하는 단계,
(i) 췌장암에 걸리지 않은 개체 및/또는
(ii) 상기 시료가 해당 테스트 시료와 다른 병기인 췌장암에 걸린 개체;
(d) 단계 (b)에서 측정된 하나 이상의 바이오마커의 대조군 시료에서 존재 및/또는 양을 측정함으로써 하나 이상의 대조군 시료의 바이오마커 서명을 결정하는 단계로서, 상기 췌장암-관련 질환 상태는 단계 (b)에서 측정된 하나 이상의 바이오마커의 테스트 시료에서의 존재 및/또는 양이 단계 (d)에서 측정된 하나 이상의 바이오마커의 대조군 시료에서의 존재 및/또는 양과 상이한 경우에 확인되는, 단계.
"대조군 시료에서 존재 및/또는 양과 상이한"은 테스트 시료에서 하나 이상의 바이오마커의 존재 및/또는 양이 하나 이상의 대조군 시료에서 해당 존재 및/또는 양 (또는 이를 나타내는 선결정된 기준값)과 상이한 것을 의미하거나 포함한다. 바람직하게는, 테스트 시료에서 존재 및/또는 양은 하나 이상의 대조군 시료 (예로, 음성 대조군)의 적어도 ±5%, 예를 들어, 적어도 ±6%, ±7%, ±8%, ±9%, ±10%, ±11%, ±12%, ±13%, ±14%, ±15%, ±16%, ±17%, ±18%, ±19%, ±20%, ±21%, ±22%, ±23%, ±24%, ±25%, ±26%, ±27%, ±28%, ±29%, ±30%, ±31%, ±32%, ±33%, ±34%, ±35%, ±36%, ±37%, ±38%, ±39%, ±40%, ±41%, ±42%, ±43%, ±44%, ±45%, ±41%, ±42%, ±43%, ±44%, ±55%, ±60%, ±65%, ±66%, ±67%, ±68%, ±69%, ±70%, ±71%, ±72%, ±73%, ±74%, ±75%, ±76%, ±77%, ±78%, ±79%, ±80%, ±81%, ±82%, ±83%, ±84%, ±85%, ±86%, ±87%, ±88%, ±89%, ±90%, ±91%, ±92%, ±93%, ±94%, ±95%, ±96%, ±97%, ±98%, ±99%, ±100%, ±125%, ±150%, ±175%, ±200%, ±225%, ±250%, ±275%, ±300%, ±350%, ±400%, ±500% 또는 적어도 ±1000%로 하나 이상의 대조군 시료에서 존재 또는 양 (또는 대조군 시료의 평균)과 상이하다.
대안적으로 또는 추가적으로, 테스트 시료에서 존재 또는 양은 대조군 시료에서 평균 존재 또는 양으로부터의 적어도 >1 표준 편차, 예를 들어 대조군 시료에서 평균 존재 또는 양으로부터의 ≥ 1.5, ≥ 2, ≥ 3, ≥ 4, ≥ 5, ≥ 6, ≥ 7, ≥ 8, ≥ 9, ≥ 10, ≥ 11, ≥ 12, ≥ 13, ≥ 14 또는 ≥ 15 표준 편차로 대조군 시료에서 평균 존재 또는 양과 상이하다. 임의의 적합한 수단이 표준 편차를 결정하는 데 사용될 수 있지만 (예로, 직접, 제곱의 합, 웰포드), 일 실시예에서 표준 편차는 직접적인 방법을 사용하여 결정된다 (예로, [시료의 제곱에서 시료의 수로 나눈 평균을 뺀 합계]의 제곱근).
대안적으로 또는 추가적으로, "대조군 시료에서 존재 및/또는 양이 상이한"은 테스트 시료에서 존재 또는 양이 통계적으로 유의한 방식으로 대조군 시료에서 양과 상관 관계가 없음을 의미하거나 포함한다. "통계적으로 유의한 방식으로 대조군 시료에서 양과 상관 관계가 없는"은 테스트 시료의 존재 또는 양이 p 값 > 0.001, 예를 들어 >0.002, >0.003, >0.004, >0.005, >0.01, >0.02, >0.03, >0.04, >0.05, >0.06, >0.07, >0.08, >0.09 또는 >0.1로 대조군 시료의 존재 또는 양과 상관 관계가 있음을 의미하거나 포함한다. z-테스트, t- 테스트, 스튜던트 t- 테스트, f- 테스트, 만-휘트니 U 테스트, 윌 콕슨 서명된-순위 테스트 및 피어슨의 카이-제곱 테스트를 포함하는, 당업자에게 알려진 p 값을 결정하는 임의의 적절한 수단이 사용될 수 있다.
대안적으로 또는 추가적으로, 상기 방법은 다음 단계를 더 포함하거나 이로 구성된다:
다음으로부터 하나 이상의 대조군 시료를 제공하는 단계,
(e) 췌장암에 걸린 개체 (예로, 양성 대조군) 및/또는
(f) 췌장암에 걸린 개체로서, 시료가 테스트 시료과 동일한 병기인 개체;
상기 단계 (b)에서 측정된 하나 이상의 바이오마커의 대조군 시료에서 존재 및/또는 양을 측정함으로써 대조군 시료의 바이오마커 서명를 결정하는 단계로서, 상기 췌장암-관련 질환 상태는 단계 (b)에서 측정된 하나 이상의 바이오마커의 테스트 시료에서의 존재 및/또는 양이 상기 단계 (f)에서 측정된 하나 이상의 바이오마커의 대조군 시료에서 존재 및/또는 양에 상응하는 경우에 확인되는, 단계.
"대조군 시료에서 존재 및/또는 양에 상응하는"은 상기 존재 및/또는 양이 양성 대조군 시료의 해당 존재 및/또는 양과 동일하거나; 하나 이상의 음성 대조군 시료 (또는 이를 나타내는 선결정된 기준값)보다 하나 이상의 양성 대조군 시료의 해당 존재 및/또는 양과 더 가까운 것은 의미하거나 포함한다. 바람직하게, 상기 존재 및/또는 양은 하나 이상의 대조군 시료 (또는 대조군 시료의 평균)의 해당 존재 및/또는 양의 ±40% 이내, 예를 들어 하나 이상의 대조군 시료 (예로, 양성 대조군 시료)의 ±39%, ±38%, ±37%, ±36%, ±35%, ±34%, ±33%, ±32%, ±31%, ±30%, ±29%, ±28%, ±27%, ±26%, ±25%, ±24%, ±23%, ±22%, ±21%, ±20%, ±19%, ±18%, ±17%, ±16%, ±15%, ±14%, ±13%, ±12%, ±11%, ±10%, ±9%, ±8%, ±7%, ±6%, ±5%, ±4%, ±3%, ±2%, ±1%, ±0.05% 또는 0% 이내이다.
대≤≤안적으로 또는 추가적으로, 테스트 시료에서 존재 또는 양의 차이는, 상이한 및 상응하는 바이오마커 발현에 대한 표준 편차 범위가 겹치지 않으면 (예로, 인접하지만 겹치지 않음) 대조군 시료에서의 평균 존재 또는 양으로부터의 표준 편차 ≤5, 예를 들어 대조군 시료에서 평균 존재 또는 양으로부터의 표준 편차 ≤4.5, ≤4, ≤3.5, ≤3, ≤2.5, ≤2, ≤1.5, ≤1.4, ≤1.3, ≤1.2, ≤1.1, ≤1, ≤0.9, ≤0.8, ≤0.7, ≤0.6, ≤0.5, ≤0.4, ≤0.3, ≤0.2, ≤0.1 또는 0이다.
대안적으로 또는 추가적으로, "대조군 시료에서 존재 및/또는 양에 상응하는"은 테스트 시료에서 존재 또는 양이 통계적으로 유의한 방식으로 대조군 시료에서 양과 상관 관계가 있음을 의미하거나 포함한다. "통계적으로 유의한 방식으로 대조군 시료의 양과 상관 관계가 있는"은 테스트 시료에서 존재 또는 양이 p 값 ≤0.05, 예를 들어 ≤0.04, ≤0.03, ≤0.02, ≤0.01, ≤0.005, ≤0.004, ≤0.003, ≤0.002, ≤0.001, ≤0.0005 또는 ≤0.0001로 대조군 시료의 해당 존재 또는 양과 상관 관계가 있음을 의미하거나 포함한다.
바이오마커의 차별적인 발현 (상향-조절 또는 하향-조절) 또는 그의 결여는 당업자에게 공지된 임의의 적합한 수단에 의해 결정될 수 있다. 차별적인 발현은 적어도 0.05 미만의 p값 (p = <0.05), 예를 들어 적어도 <0.04, <0.03, <0.02, <0.01, <0.009, <0.005, <0.001, <0.0001, <0.00001 또는 적어도 <0.000001로 결정된다. 대안적으로 또는 추가적으로, 차별적인 발현은 서포트 벡터 머신 (SVM)을 사용하여 결정된다. 대안적으로 또는 추가적으로, SVM은 하기에 기술된 SVM이다. 가장 바람직하게는, SVM은 하기 표 5에 기술된 SVM이거나 SVM으로부터 유래된다.
차별적인 발현은 단일 바이오마커 또는 조합으로 (예로, 바이오마커 서명으로서) 고려되는 복수의 바이오마커와 관련될 수 있는 것으로 당업자는 이해할 것이다. 따라서, p값은 단일 바이오마커 또는 바이오마커 군과 연관될 수 있다. 따라서, 개별적으로 고려될 때 차별적인 발현의 0.05 초과의 p값을 갖는 단백질은 그럼에도 불구하고 그의 발현 수준이 하나 이상의 다른 바이오마커와 조합으로 고려될 때 본 발명에 따른 바이오마커로서 여전히 유용할 수 있다.
첨부된 실시예에서 예시된 바와 같이, 조직, 혈액, 혈청 또는 혈장 테스트 시료에서 특정 단백질의 발현은 개체에서 췌장암을 지시할 수 있다. 예를 들어, 단일한 테스트 시료에서 특정 혈청 단백질의 상대적 발현은 개체에서 췌장암의 존재를 지시할 수 있다.
대안적 또는 추가적인 구현예에서, 단계 (b)에서 측정된 하나 이상의 바이오마커의 테스트 시료에서 존재 및/또는 양은 단계 (d) 및/또는 (f)에서 측정을 예시하는 선결정된 기준값에 대하여 비교된다.
대안적으로 또는 추가적으로, 하나 이상의 대조군 시료를 얻은 개체는 시료를 얻은 시점에서 비-암성 췌장 질환 또는 병태, 예를 들어 급성 췌장염, 만성 췌장염 및 자가면역 췌장염 및 췌장의 관내 유두상 점액 신생물 (IPMN)에 걸리지 않았다.
대안적으로 또는 추가적으로, 하나 이상의 대조군 시료를 얻은 개체는 시료를 얻은 시점에서 임의의 췌장 질환 또는 병태에 걸리지 않았다.
대안적으로 또는 추가적으로 췌장암에 걸리지 않은 개체는 시료를 얻은 시점에 임의의 질환 또는 병태에 걸리지 않았다.
대안적으로 또는 추가적으로, 췌장암에 걸리지 않은 개체는 건강한 개체이다.
대안적으로 또는 추가적으로, 췌장암에 걸린 하나 이상의 개체는 샘암종 (예로, 췌장관 샘암종 또는 관상 유두상 췌장 샘암종), 췌장 육종, 악성 장액 낭샘종, 샘편평상피 암종, 반지세포 암종, 간세포 암종, 콜로이드 암종, 미분화 암종 및 파골세포-유사 거대 세포를 갖는 미분화 암종으로 이루어진 군으로부터 선택된 췌장암에 걸린다.
대안적으로 또는 추가적으로, 췌장암은 췌장 샘암종 (예로, 췌장관 샘암종)이다.
대안적으로 또는 추가적으로, 췌장암에 걸린 하나 이상의 개체는 샘암종 (예로, 췌장관 샘암종 또는 관상 유두상 췌장 샘암종), 췌장 육종, 악성 장액 낭샘종, 샘편평상피 암종, 반지세포 암종, 간세포 암종, 콜로이드 암종, 미분화 암종 및 파골세포-유사 거대 세포를 갖는 미분화 암종으로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 췌장암에 걸리지 않는다.
대안적으로 또는 추가적으로, 상기 방법이 반복된다.
대안적으로 또는 추가적으로, 상기 방법은 반복되고, 단계 (a)에서, 테스트될 시료는 이전의 방법 반복과 다른 시간대에 채취된다.
대안적으로 또는 추가적으로, 상기 방법은 사용된 이전의 테스트 시료 (들)과 상이한 시간대에 채취된 테스트 시료를 사용하여 반복된다.
대안적으로 또는 추가적으로, 상기 방법은 사용된 이전의 테스트 시료 (들)에 대해 1일 내지 104 주 사이 동안, 예를 들어 1주 내지 100주, 1주 내지 90주, 1주 내지 80주, 1주 내지 70주, 1주 내지 60주, 1주 내지 50주, 1주 내지 40주, 1주 내지 30주, 1주 내지 20주, 1주 내지 10주, 1주 내지 9주, 1주 내지 8주, 1주 내지 7주, 1주 내지 6주, 1주 내지 5주, 1주 내지 4주, 1주 내지 3주 또는 1주 내지 2주 사이 동안 채취된 테스트 시료를 사용하여 반복된다.
대안적으로 또는 추가적으로, 상기 방법은 1일, 2일, 3일, 4일, 5일, 6일, 7일, 10일, 2주, 3 주, 4주, 5주, 6주, 7주, 8주, 9주, 10주, 15주, 20주, 25주, 30주, 35주, 40주, 45주, 50주, 55주, 60주, 65주, 70주, 75주, 80주, 85주, 90주, 95주, 100주, 104주, 105주, 110주, 115주, 120주, 125주 및 130주로 이루어진 군으로부터 선택된 모든 기간 동안에 채취된 테스트 시료를 사용하여 반복된다.
대안적으로 또는 추가적으로, 상기 방법은 적어도 1회, 예를 들어 2회, 3회, 4회, 5회, 6회, 7회, 8회, 9회, 10회, 11회, 12회, 13회, 14회, 15회, 16회, 17회, 18회, 19회, 20회, 21회, 22회, 23회, 24회 또는 25회 반복된다.
대안적으로 또는 추가적으로, 상기 방법은 연속적으로 반복된다.
대안적으로 또는 추가적으로, 상기 방법은 췌장암이 본 발명의 방법 및/또는 통상적인 임상적 방법을 사용하여 개체에서 진단되고/거나 병기 결정될 때까지 반복된다.
대안적으로 또는 추가적으로, 각각의 반복은 동일한 개체로부터 채취한 테스트 시료를 사용한다.
대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)는 하나 이상의 바이오마커 (들)의 단백질 또는 폴리 펩티드의 발현을 측정하는 단계를 포함한다.
대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b), (d) 및/또는 단계 (f)는 표 A에 나열된 바이오마커에 결합 할 수 있는 하나 이상의 제 1 결합제를 사용하여 수행된다. 제 1 결합제는 하나의 단백질 바이오마커에 대한 특이성을 갖는 단일한 종 또는 각각이 상이한 단백질 바이오마커에 대한 특이성을 갖는 복수의 상이한 종을 포함하거나 이로 구성될 수 있는 것으로 당업자에 의해 이해될 것이다.
적합한 결합제 (결합 분자라고도 역시 지칭됨)는 하기 논의된 바와 같이 주어진 모티프에 결합하는 능력에 기초하여 라이브러리로부터 선택될 수 있다.
적어도 하나의 유형의 결합제, 더욱 전형적으로 유형 모두는 항체 또는 이의 항원-결합 단편 또는 이의 변형체를 포함하거나 이로 구성될 수 있다.
항체의 생산 및 사용 방법은 당해 기술분야에 잘 알려져 있다. 예를 들어 (본 명세서에서 개시 내용이 참고문헌으로 통합되는) Antibodies: A Laboratory Manual, 1988, Harlow & Lane, Cold Spring Harbor Press, ISBN-13: 978-0879693145, Using Antibodies: A Laboratory Manual, 1998, Harlow & Lane, Cold Spring Harbor Press, ISBN-13: 978-0879695446 및 Making and Using Antibodies: A Practical Handbook, 2006, Howard & Kaser, CRC Press, ISBN-13: 978-0849335280 참조.
따라서, 단편은 하나 이상의 중쇄 가변 (VH) 또는 경쇄 가변 (VL) 도메인을 포함할 수 있다. 예를 들어, 용어 항체 단편은 Fab-유사 분자 (Better et al (1988) Science 240 , 1041); Fv 분자 (Skerra et al (1988) Science 240, 1038); VH 및 VL 파트너 도메인이 가요성 올리고펩티드를 통해 연결된 단일 사슬 Fv (ScFv) 분자 (Bird et al (1988) Science 242, 423; Huston et al (1988) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85 , 5879) 및 단리된 V 도메인을 포함하는 단일 도메인 항체 (dAb) (Ward et al (1989) Nature 341 , 544)를 포함한다.
용어 "항체 변형체"는 임의의 합성 항체, 재조합 항체 또는, 이에 제한되는 것은 아니지만 면역글로불린 경쇄 및/또는 중쇄 가변 및/또는 불변 영역의 파지-디스플레이에 의해 생산된 단일 사슬 항체 분자와 같은 항체 하이브리드 또는 당업자에게 공지된 면역 검정 형식으로 항원에 결합할 수 있는 다른 면역상호작용 분자를 포함한다.
항체 단편의 특이적 결합 부위를 보유하는 항체 단편의 합성과 관련된 기법에 대한 일반적인 리뷰는 Winter & Milstein (1991) Nature 349 , 293-299에서 찾을 것이다.
항체 라이브러리 (Clackson et al, 1991, Nature 352, 624-628; Marks et al, 1991, J Mol Biol 222(3): 581-97), 펩티드 라이브러리 (Smith 1985, Science 228(4705): 1315-7), 발현된 cDNA 라이브러리 (Santi et al (2000) J Mol Biol 296(2): 497-508), 친화체와 같은 항체 구조틀이 아닌 다른 스캐폴드 상의 라이브러리 (Gunneriusson et al, 1999, Appl Environ Microbiol 65(9): 4134-40) 또는 앱타머를 기초로 한 라이브러리 (Kenan et al, 1999, Methods Mol Biol 118, 217-31)가 주어진 모티브에 특이적인 결합 분자가 본 발명의 방법에서 사용되기 위해 선택되는 출처로서 사용될 수 있다.
분자적 라이브러리는 원핵 (Clackson et al, 1991, op. cit.; Marks et al, 1991, op. cit.) 또는 진핵 세포(Kieke et al, 1999, Proc Natl Acad Sci USA, 96(10):5651-6)에서 생체내 발현될 수 있거나, 세포의 관여 없이 시험관내 발현될 수 있다 (Hanes & Pluckthun, 1997, Proc Natl Acad Sci USA 94(10):4937-42; He & Taussig, 1997, Nucleic Acids Res 25(24):5132-4; Nemoto et al, 1997, FEBS Lett, 414(2): 405-8).
단백질 기반의 라이브러리가 사용되는 경우에, 종종 잠재적인 결합 분자의 라이브러리를 암호화하는 유전자는 바이러스 내에 포장되고, 잠재적인 결합 분자는 바이러스의 표면에 전시된다 (Clackson et al, 1991, op. cit.; Marks et al, 1991, op. cit; Smith, 1985, op. cit.).
현재 가장 공통적으로 사용되는 이러한 시스템은 이의 표면에 항체 단편을 전시하는 필라멘트성 박테리오파지이고, 상기 항체 단편은 박테리오파지의 소수 코트 단백질과 융합으로서 발현된다 (Clackson et al, 1991, op. cit.; Marks et al, 1991, op. cit). 그러나, 다른 바이러스 (유럽 특허 제EP39578호), 박테리아 (Gunneriusson et al, 1999, op. cit.; Daugherty et al, 1998, Protein Eng 11(9):825-32; Daugherty et al, 1999, Protein Eng 12(7):613-21) 및 효모 (Shusta et al, 1999, J Mol Biol 292(5):949-56)를 사용한 다른 디스플레이를 위한 시스템도 역시 사용되어 왔다.
또한, 디스플레이 시스템은 소위 리보솜 디스플레이 시스템 (Hanes & Pluckthun, 1997, op. cit.; He & Taussig, 1997, op. cit.; Nemoto et al. 1997, op. cit.)에서 암호화 mRNA에 폴리펩티드 산물의 연결 또는 대안적으로 암호화 DNA에 폴리펩티드 산물의 연결 (미국 특허 제 5,856,090호 및 국제특허출원 제 WO 98/37186호 참조)를 사용하여 개발되어 왔다.
잠재적인 결합 분자가 라이브러리로부터 선택될 때, 정의된 모티프를 갖는 하나 또는 수 개의 선별인자 펩티드가 보통 사용된다. 펩티드에서 유연성을 감소시키거나, 하전된, 극성 또는 소수성 측쇄가 결합 분자와의 상호 작용을 허용하는 구조를 제공하는 아미노산 잔기는 선별인자 펩티드를 위한 모티브의 설계에 사용될 수 있다.
예를 들어,
(i) 프롤린은 알파 탄소뿐만 아니라 질소에 결합되기 때문에 펩티드 구조를 안정화시킬 수 있고;
(ii) 페닐알라닌, 티로신 및 트립토판은 방향족 측쇄를 가지며 매우 소수성인 반면, 류신 및 이소류신은 지방족 측쇄를 가지며 역시 소수성이고;
(iii) 리신, 아르기닌 및 히스티딘은 염기성 측쇄를 가지고 중성 pH에서 양전하를 띠는 반면 아스파 테이트와 글루타메이트는 산성 측쇄를 가지고 중성 pH에서는 음전하를 띨 것이고;
(iv) 아스파라긴 및 글루타민은 중성 pH에서 중성이지만 수소 결합에 참여할 수 있는 아미드기를 함유하고;
(v) 세린, 트레오닌 및 티로신 측쇄는 수소 결합에 참여할 수있는 히드록실기를 함유한다.
전형적으로, 결합제의 선택은 결합 분자의 유형에 상응하는 스폿에 대한 결합을 분석하도록 어레이 기술학 및 시스템의 사용이 관여할 수 있다.
대안적 또는 추가적인 구현예에서, 제 1 결합제(들)은 표면 (예로, 멀티웰 플레이트 또는 어레이) 상에 고정화된다.
항체의 가변 중쇄 (VH) 및 가변 경쇄 (VL) 도메인은 항원 인식에 관여하며, 이는 초기 프로테아제 소화 실험에 의해 최초로 인식된 사실이다. 추가의 검증은 설치류 항체의 "인간화"에 의해 확인되었다. 설치류 기원의 가변 도메인은 인간 기원의 불변 도메인에 융합될 수 있고, 결과로 얻은 항체가 설치류 모 항체의 항원 특이성을 보유한다 (Morrison et al (1984) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 81, 6851-6855).
항원 특이성이 가변 도메인에 의해 부여되고 불변 도메인과는 독립적인 사실은 모두 하나 이상의 가변 도메인을 함유하는 항체 단편의 박테리아 발현이 관여하는 실험으로부터 알려져 있다. 예를 들어, 용어 항체 단편은 Fab-유사 분자 (Better et al (1988) Science 240, 1041); Fv 분자 (Skerra et al (1988) Science 240, 1038); VH 및 VL 파트너 도메인이 가요성 올리고펩티드를 통해 연결된 단일 사슬 Fv (ScFv) 분자 (Bird et al (1988) Science 242, 423; Huston et al (1988) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85, 5879) 및 단리된 V 도메인을 포함하는 단일 도메인 항체 (dAb) (Ward et al (1989) Nature 341, 544)를 포함한다. 항체 단편의 특이적 결합 부위를 보유하는 항체 단편의 합성과 관련된 기법에 대한 일반적인 리뷰는 Winter & Milstein (1991) Nature 349 , 293-299에서 찾을 것이다.
"ScFv 분자"는 VH 및 VL 파트너 도메인이 가요성 올리고펩티드를 통해 연결된 분자를 의미한다.
전체 항체가 아닌 항체 단편을 사용하여 얻는 장점은 몇 배이다. 단편의 크기가 작아지면 고형 조직의 더 나은 침투와 같은 개선된 약리학적 성질을 유도할 수 있다. 보체 결합과 같은 전체 항체의 효과기 기능은 제거된다. Fab, Fv, ScFv 및 dAb 항체 단편은 모두 대장균에서 발현되고, 이로부터 분비될 수 있어 다량의 상기 단편의 용이한 생산을 허용한다.
전체 항체 및 F(ab')2 단편은 "2가"이다. "2가"는 상기 항체 및 F(ab')2 단편이 2개의 항원 결합 부위를 갖는 것을 의미한다. 대조적으로, Fab, Fv, ScFv 및 dAb 단편은 단지 1개의 항원 결합 부위를 갖는 1가이다.
항체는 단일클론성 또는 다중클론성일 수 있다. 적합한 단일클론 항체는 공지된 기법, 예를 들어 본 명세서에서 둘 다가 참고문헌으로 통합되는 "Monoclonal Antibodies: A manual of techniques H Zola (CRC Press, 1988) 및 "Monoclonal Hybridoma Antibodies: Techniques and applications", J G R Hurrell (CRC Press, 1982)에 개시된 기법에 의해 제조될 수 있다.
대안적으로 또는 추가적으로, 제 1 결합제는 항체 또는 이의 항원-결합 단편을 포함하거나 이로 구성된다.
대안적으로 또는 추가적으로, 항체 또는 이의 항원-결합 단편은 재조합 항체 또는 이의 항원-결합 단편이다.
대안적으로 또는 추가적으로, 항체 또는 그의 항원-결합 단편은 scFv; Fab; 면역글로불린 분자의 결합 도메인으로 이루어진 군으로부터 선택된다.
대안적으로 또는 추가적으로, 항체 또는 항원-결합 단편은 표 8에 정의된 해당 바이오마커에 대한 항체와 함께 표 A에 특정된 바이오마커에 결합을 경쟁할 수 있다.
본 명세서에서 정의된 바와 같은 항체 분자 (또는 필요한 바이오마커에 대한 결합 특이성을 보유하는, 상기 항체 또는 항원-결합 단편의 변형체, 융합 또는 유도체, 또는 상기 변형체 또는 이의 유도체의 융합)와 함께 표 A에 특정된 바이오마커에 결합을 "경쟁할 수 있는"은 테스트된 항체 또는 항원 결합 단편이 본 명세서에서 정의된 바와 같은 항체 분자의 결합을 적어도 부분적으로 저해하거나 달리 방해할 수 있음을 의미한다.
예를 들어, 항체 또는 항원-결합 단편은 본 명세서에서 정의된 항체 분자의 결합을 적어도 10%, 예를 들어 적어도 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 35% 또는 심지어 100%로 저해할 수 있다.
경쟁적 결합은 ELISA (본 명세서에서 기술된 바와 같음) 및/또는 SPR (첨부된 실시예에서 기술된 바와 같음)과 같은 당업자에게 공지된 방법에 의해 결정될 수 있다.
대안적으로 또는 추가적으로, 항체 또는 항원-결합 단편은 표 8에 정의된 항체 또는 이의 항원-결합 단편 또는 이의 변형체이다.
대안적으로 또는 추가적으로, 항체 또는 항원-결합 단편은 표 8에 특정된 VH 및 VL 도메인 또는 이의 변형체를 포함한다.
본 발명의 항체 또는 항원-결합 단편의 '변형체'는 보존적인 또는 비-보존적인 삽입, 결실 및 치환을 포함한다. 상세하게, 본 발명자들은 이러한 변형이 항체 또는 항원-결합 단편의 활성을 실질적으로 변경하지 않는 항체 또는 항원-결합 단편의 서열의 변형체를 포함한다. 상세하게, 본 발명자들은 이러한 변화가 표 8에 특정된 각각의 바이오마커에 대한 결합 특이성을 실질적으로 변경하지 않는 항체 또는 항원-결합 단편의 변형체를 포함한다.
폴리펩티드 변형체는 본 명세서에서 정의된 바와 같은 본 발명의 항체 또는 항원-결합 단편의 하나 이상의 아미노산 서열과 적어도 70% 동일성 - 예를 들어, 본 명세서에서 정의된 바와 같은 본 발명의 항체 또는 항원-결합 단편의 하나 이상의 아미노산 서열과 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98% 또는 적어도 99% 동일성을 가지는 아미노산 서열을 가질 수 있다.
2개의 폴리펩티드 간의 서열 동일성 백분율은 적절한 컴퓨터 프로그램, 예를 들어 위스콘신대학교의 유전학 계산학 그룹 (University of Wisconsin Genetic Computing Group)의 GAP 프로그램을 사용하여 결정될 수 있으며, 서열이 최적으로 정렬된 폴리펩티드와 대비하여 동일성 백분율이 계산되는 것으로 이해될 것이다.
대안적으로, 정렬은 클러스탈 W 프로그램을 사용하여 (본 명세서에서 참고문헌으로 통합되는Thompson et al., 1994, Nucl. Acid Res. 22: 4673-4680에 기술된 바와 같이) 수행될 수 있다.
사용된 매개변수는 다음과 같을 수 있다:
- 신속한 페어와이즈 정렬 매개변수: K-튜플 (단어) 크기; 1, 창 크기; 5, 갭 페널티; 3, 최상단 대각선의 수; 5. 채점 방법: x 백분율.
- 다중 정렬 매개변수: 갭 오픈 페널티; 10, 갭 연장 페널티; 0.05.
- 점수 매트릭스: BLOSUM.
대안적으로, BESTFIT 프로그램이 로칼 서열 정렬을 결정하는데 사용될 수 있다.
항체는 CDR (예로, 1, 2, 3, 4, 5 또는 6개 CDR)을 표 8에 정의된 하나 이상의 항체와 공유할 수 있다.
CDR은 당해 기술분야에 공지된 임의의 적합한 방법을 사용하여 정의될 수 있다. 공통적으로 사용되는 방법은 파라톰 (Kunik, Ashkenazi and Ofran, 2012, 'Paratome: an online tool for systematic identification of antigen-binding regions in antibodies based on sequence or structure' Nucl. Acids Res., 40:W521-W524; http://www.ofranlab.org/paratome/), 카밧 (Wu and Kabat, 1970, 'An analysis of the sequences of the variable regions of Bence Jones proteins and myeloma light chains and their implications for antibody complementarity.' J. Exp. Med., 132:211-250), 초티아 (Chothia and Lesk, 1987 'Canonical structures for the hypervariable regions of immunoglobulins' J. Mol. Biol., 196:901-917; Chothia et al., 1989 'Conformations of immunoglobulin hypervariable regions' Nature, 342:877-883) 및 IMGT (Lefranc et al., 2003 'IMGT unique numbering for immunoglobulin and T cell receptor variable domains and Ig superfamily V-like domains. Dev. Comp. Immunol., 27:55-77; Lefranc et al., 2005 'IMGT unique numbering for immunoglobulin and T cell receptor constant domains and Ig superfamily C-like domains' Dev. Comp. Immunol., 29:185-203; http://www.imgt.org)를 포함한다. 예를 들어, 사용된 방법은 IMGT 방법일 수 있다.
대안적으로 또는 추가적으로, 제 1 결합제는 표면 (예로, 멀티웰 플레이트 또는 어레이) 상에 고정화된다.
대안적으로 또는 추가적으로, 테스트 시료에서 하나 이상의 바이오마커는 검출가능한 분체로 표지된다.
대안적으로 또는 추가적으로, 대조군 시료 (들)에서 하나 이상의 바이오마커는 검출가능한 분체로 표지된다.
"검출가능한 분체"는 분체가 검출될 수 있고, 분체의 상대적인 양 및/또는 위치 (예를 들어, 어레이 상의 위치)가 결정되는 것의 의미를 포함한다.
적합한 검출가능한 분체는 당해 기술분야에 잘 알려져 있다.
따라서, 검출가능한 분체는 특정 조건에 노출될 때 검출될 수있는 형광성 및/또는 발광성 및/또는 화학발광성 분체일 수 있다. 예를 들어, 형광성 분체는 형광성 분체의 여기를 유발하기 위해 특정 파장 및 강도에서 방사선 (예로, 빛)에 노출될 필요가 있으며, 이로써 검출될 수있는 특정 파장에서 검출가능한 형광을 방출할 수 있다.
대안적으로, 검출가능한 분체는 (바람직하게는 검출 불가능한) 기질을 시각화 및/또는 검출될 수 있는 검출가능한 산물로 전환시킬 수 있는 효소일 수 있다. 적합한 효소의 예는 예를 들어 ELISA 검정법과 관련하여 하기에 더 자세하게 논의된다.
대안적으로, 검출가능한 분체는 영상화에 유용한 방사성 원자일 수 있다. 적합한 방사성 원자는 섬광측정법 연구를 위한 99mTc와 123I를 포함한다. 다른 바로 검출가능한 분체는,예를 들어 123I, 131I, 111In, 19F, 13C, 15N, 17O, 가돌리늄, 망간 또는 철과 같은 영상화 (MRI)를 스핀 표지를 포함할 수 있다. 명백하게, (예를 들어, 본 명세서에 기술된 테스트 시료 및/또는 대조군 시료에서 하나 이상의 바이오마커 또는 선택된 단백질을 검출하는데 사용하기 위한 항체 분자와 같은) 검출될 제제는 검출가능한 분체가 바로 검출될 수 있도록 적절한 원자 동위원소를 충분히 가져야 한다.
방사성 또는 기타 표지는 공지된 방식으로 본 발명의 제제 (예로, 본 발명의 방법의 시료에 존재하는 단백질 및/또는 본 발명의 결합제) 내에 도입될 수 있다. 예를 들어, 결합 분체가 폴리펩티드인 경우, 이것은 생합성될 수 있거나, 예를 들어 수소 대신에 불소-19가 관여하는 적합한 아미노산 전구체를 사용하는 화학적 아미노산 합성에 의해 합성될 수 있다. 99mTc, 123I, 186Rh, 188Rh 및 111In와 같은 표지는, 예를 들어 결합 분체에서 시스테인 잔기를 통해 부착될 수 있다. 이트륨-90은 리신 잔기를 통해 부착될 수 있다. 이오도젠 방법 (Fraker et al (1978) Biochem. Biophys. Res. Comm. 80, 49-57)이 123I를 도입하는 데 사용될 수 있다. 참고문헌 ("Monoclonal Antibodies in Immunoscintigraphy", J-F Chatal, CRC Press, 1989)이 다른 방법을 자세하게 기술한다. 다른 검출가능한 분체 (효소적, 형광성, 발광성, 화학발광성 또는 방사성 분체와 같음)를 단백질에 결합시키는 방법은 당해 기술분야에 잘 알려져있다.
바람직하게는, 대조군 시료 (들)에서 하나 이상의 바이오마커가 검출가능한 분체로 표지된다. 검출가능한 분체는 형광성 분체; 발광성 분체; 화학발광성 분체; 방사성 분체; 효소적 분체로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있다. 그러나, 검출가능한 분체는 바이오틴인 것이 바람직하다.
대안적으로 또는 추가적으로, 검출가능한 분체는 형광성 분체; 발광성 분체; 화학발광성 분체; 방사성 분체; 효소적 분체로 이루어진 군으로부터 선택된다.
대안적으로 또는 추가적으로, 검출가능한 분체는 바이오틴이다.
대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b), (d) 및/또는 단계 (f)는 하나 이상의 바이오마커에 결합 할 수 있는 제 2 결합제를 포함하는 검정법을 사용하여 수행되며, 제 2 결합제는 검출가능한 분체를 포함한다.
대안적으로 또는 추가적으로, 제 2 결합제는 항체 또는 이의 항원-결합 단편을 포함하거나 이로 구성된다.
대안적으로 또는 추가적으로, 항체 또는 이의 항원-결합 단편은 재조합 항체 또는 이의 항원-결합 단편이다.
대안적으로 또는 추가적으로, 항체 또는 그의 항원-결합 단편은 scFv; Fab; 면역글로불린 분자의 결합 도메인으로부터 선택된다.
대안적으로 또는 추가적으로, 검출가능한 분체는 형광성 분체; 발광성 분체; 화학발광성 분체; 방사성 분체; 효소적 분체로 이루어진 군으로부터 선택된다.
대안적으로 또는 추가적으로, 검출 가능한 분체는 형광성 분체 (예를 들어, 알렉사 플루오르 염료, 예로 알렉사647)이다.
대안적으로 또는 추가적으로, 검출 방법은 ELISA (효소결합 면역흡착 검정법)를 포함하거나 이로부터 구성된다.
혈청 또는 혈장 단백질을 검출하기 위한 바람직한 검정법은 단일클론 항체 및/또는 다중클론 항체를 사용하는 샌드위치 검정법을 포함하는, 효소결합 면역흡착 검정법 (ELISA), 방사성면역 검정법 (RIA), 면역방사선측정 검정법 (IRMA) 및 면역효소적 검정법 (IEMA)을 포함한다. 예시적인 샌드위치 검정법은 데이비드 등에 의해 미국 특허 제 4,376,110호 및 제 4,486,530호에 기술되어 있다. 슬라이드 상의 세포의 항체 염색은 당업자에게 잘 알려진 바와 같이, 세포학 실험실 진단 테스트에서 잘 알려진 방법에 사용될 수 있다.
전형적으로, 상기 검정법은 보통 고체상 검정법에서 착색된 반응 산물을 제공하는 효소의 사용이 전형적으로 관여하는 ELISA (효소결합 면역흡착 검정법)이다. 양고추냉이 퍼옥시다제 및 포스파타제와 같은 효소가 널리 사용되어 왔다. 포스파타제 반응을 증폭시키는 방식은 NADP를 기질로 사용하여 이제 제 2 효소 시스템의 조효소로 작용하는 NAD를 생성하는 것이다. 대장균으로부터의 피로포스파타제는 효소가 조직에 존재하지 않고 안정하며 좋은 반응 색상을 제공하기 때문에 우수한 컨쥬게이트를 제공한다. 루시퍼라제와 같은 효소를 기초로 한 화학발광 시스템도 역시 사용될 수 있다.
ELISA 방법은 당해 기술분야에 잘 알려져 있으며, 예를 들어 ELISA 지침서 (Methods in Molecular Biology, 2000, Crowther, Humana Press, ISBN-13: 978-0896037281) 참조 (개시 내용이 참고문헌으로 통합됨).
비타민 바이오틴과의 컨쥬게이션은, 우수한 특이성 및 친화성으로 이에 결합하는 효소-결합된 아비딘 또는 스트렙타비딘과의 반응에 의해 바로 검출될 수 있기 때문에 빈번하게 사용된다.
대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b), (d) 및/또는 단계 (f)는 어레이를 사용하여 수행된다.
어레이 자체는 당해 기술분야에 잘 알려져있다. 전형적으로, 이들은 고체 지지체의 표면 상에 형성된, 각각이 유한 영역을 갖는, 이격된 (예로, 개별) 영역 ("스폿")을 갖는 선형 또는 2차원 구조로 형성된다. 어레이는 또한 각각의 비드가 분자적 코드 또는 색상 코드로 식별되거나 연속적 유동으로 식별될 수 있는 비드 구조일 수 있다. 분석은 시료가 용액으로부터 분자 클래스를 흡착하는 일련의 스폿을 통과하여 순차적으로 수행될 수 있다. 고체 지지체는 전형적으로 유리 또는 중합체이고, 가장 공통적으로 사용되는 중합체는 셀룰로스, 폴리아크릴아미드, 나일론, 폴리스티렌, 폴리비닐클로라이드 또는 폴리프로필렌이다. 고체 지지체는 튜브, 비드, 디스크, 실리콘 칩, 마이크로플레이트, 폴리비닐리덴 디플루오라이드 (PVDF) 막, 니트로셀룰로스 막, 나일론 막, 다른 다공성 막, 비-다공성 막 (예로, 무엇보다도 플라스틱, 중합체, 퍼스펙스, 실리콘), 다수의 중합체 핀 또는 다수의 미세적정 웰, 또는 단백질, 폴리뉴클레오티드 및 다른 적합한 분자를 고정하고/거나 면역검정법을 수행하기에 적합한 임의의 다른 표면일 수 있다. 결합 공정은 당해 기술분야에 잘 공지되어 있고, 일반적으로 단백질 분자, 폴리뉴클레오타이드 등을 고체 지지체에 공유 결합 또는 물리적 흡착시키는 교차-결합으로 구성된다. 접촉식 또는 비-접촉식 프린팅, 마스킹 또는 포토리소그래피와 같은 잘 알려진 기술을 사용하여 각각의 스폿의 위치를 정의할 수 있다. 리뷰를 위해 Jenkins, R.E., Pennington, S.R., 2001, Proteomics, 2,13-29 및 Lal et al., 2002, Drug Discov Today 15; 7(18 Suppl): S143-9 참조.
전형적으로 어레이는 마이크로어레이이다. "마이크로어레이"는 적어도 약 100/cm2, 바람직하게는 적어도 약 1000/cm2의 개별 영역의 밀도를 갖는 영역의 어레이의 의미를 포함한다. 마이크로어레이의 영역은 약 10 내지 250 ㎛ 사이 범위의 전형적인 치수, 예로 반경을 가지며, 어레이의 다른 영역으로부터 거의 동일한 거리만큼 분리되어 있다. 상기 어레이는 또한 마이크로어레이 또는 나노어레이일 수 있다.
일단 적합한 결합 분자 (상기 논의됨)가 확인되고 단리되면, 당업자는 분자생물학 분야에 잘 공지 된 방법을 사용하여 어레이를 제조할 수 있다.
대안적으로 또는 추가적으로, 상기 어레이는 비드-기반의 어레이이다.
대안적으로 또는 추가적으로, 어레이는 표면-기반의 어레이이다.
대안적으로 또는 추가적으로, 어레이는 매크로어레이, 마이크로어레이; 나노어레이로 이루어진 군으로부터 선택된다.
대안적으로 또는 추가적으로, 상기 방법은
(i) 시료에 존재하는 바이오마커를 바이오틴으로 표지하는 단계;
(ii) 상기 바이오틴- 표지된 단백질을 이의 표면 상의 개별 위치에 고정화된 다수의 scFv를 포함하는 어레이와 접촉시키는 단계로서, 상기 scFv는 표 A의 하나 이상의 단백질에 대한 특이성을 갖는, 단계;
(iii) 상기 고정화된 scFv를 형광성 염료를 포함하는 스트렙타비딘 컨쥬게이트와 접촉시키는 단계; 및
(iv) 상기 어레이 표면 상의 개별 위치에서 염료의 존재를 검출하는 단계로서, 상기 어레이 표면 상의 염료의 발현이 시료에서 표 III로부터의 바이오마커의 발현을 나타내는, 단계:를 포함한다.
대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b), (d) 및 / 또는 (f)는 하나 이상의 바이오마커를 암호화하는 핵산 분자의 발현을 측정하는 단계를 포함한다.
대안적으로 또는 추가적으로, 핵산 분자는 cDNA 분자 또는 mRNA 분자이다.
대안적으로 또는 추가적으로, 핵산 분자는 mRNA 분자이다.
대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b), (d) 및/또는 (f)에서의 하나 이상의 바이오마커의 발현을 측정하는 단계는 서던 하이브리드화, 노던 하이브리드화, 중합효소 연쇄반응 (PCR), 역전사효소 PCR (RT-PCR), 정량적 실시간 PCR (qRT-PCR), 나노어레이, 마이크로어레이, 매크로어레이, 자가방사선측정법 및 제자리 하이브리드화로 이루어진 군으로부터 선택된 방법을 사용하여 수행된다.
대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b)에서 하나 이상의 바이오마커 (들)의 발현 측정은 DNA 마이크로어레이를 사용하여 결정된다.
대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (b), (d) 및/또는 (f)에서의 하나 이상의 바이오마커의 발현 측정은 각각 개별적으로 표 A에서 확인된 하나의 바이오마커를 암호화하는 핵산 분자에 선택적으로 결합할 수 있는 하나 이상의 결합 분체를 사용하여 수행된다.
대안적으로 또는 추가적으로, 하나 이상의 결합 분체는 각각 핵산 분자를 포함하거나 이로 구성된다.
대안적으로 또는 추가적으로, 하나 이상의 결합 분체는 각각 DNA, RNA, PNA, LNA, GNA, TNA 또는 PMO를 포함하거나 이로 구성된다.
대안적으로 또는 추가적으로, 하나 이상의 결합 분체는 각각 DNA를 포함하거나 이로 구성된다.
대안적으로 또는 추가적으로, 하나 이상의 결합 분체는 길이가 5 내지 100개의 뉴클레오타이드이다.
대안적으로 또는 추가적으로, 하나 이상의 핵산 분자는 길이가 15 내지 35개 뉴클레오타이드이다.
대안적으로 또는 추가적으로, 결합 분체는 검출가능한 잔기를 포함한다.
대안적으로 또는 추가적으로, 검출가능한 분체는 형광성 분체; 발광성 분체; 화학발광성 분체; 방사성 분체 (예로, 방사성 원자); 효소적 분체로 이루어진 군으로부터 선택된다.
대안적으로 또는 추가적으로, 검출가능한 분체는 방사성 원자를 포함하거나 이로 구성된다.
대안적으로 또는 추가적으로, 방사성 원자는 테크네튬-99m, 요오드-123, 요오드-125, 요오드-131, 인듐-111, 불소-19, 탄소-13, 질소-15, 산소-17, 인듐-32, 황-35, 중수소, 삼중 수소, 레늄-186, 레늄-188 및 이트륨-90으로 이루어진 군으로부터 선택된다.
대안적으로 또는 추가적으로, 결합 분체의 검출가능한 분체는 형광성 분체이다.
대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (a), (c) 및/또는 (e)에서 제공된 시료는 미분획된 혈액, 혈장, 혈청, 조직액, 췌장 조직, 우유, 담즙 및 소변으로 이루어진 군으로부터 선택된다.
대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (a), (c) 및/또는 (e)에서 제공된 시료는 미분획된 혈액, 혈장 및 혈청으로 이루어진 군으로부터 선택된다.
대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (a), (c) 및/또는 (e)에서 제공된 시료는 혈청이다.
대안적으로 또는 추가적으로, ROC AUC 값에 의해 결정된 방법의 예측 정확성은 적어도 0.50, 예를 들어 적어도 0.55, 0.60, 0.65, 0.70, 0.75, 0.80, 0.85, 0.90, 0.95, 0.96, 0.97, 0.98 또는 적어도 0.99이다.
대안적으로 또는 추가적으로, ROC AUC 값에 의해 결정된 방법의 예측 정확성은 적어도 0.70이다.
전형적으로, 진단은 http://cran.r-project.org/web/packages/e1071/index.html (예로, e1071 1.5-24)로부터 입수가능한 것과 같은 서포트 벡터 머신 (SVM)을 사용하여 수행된다. 그러나, 임의의 다른 적절한 수단이 또한 사용될 수 있다.
서포터 벡터 머신 (SVM)은 분류 및 회귀에 사용되는 관련 감독된 학습 방법의 세트이다. SVM 훈련 알고리즘은 두 가지 범주 중 하나에 속하는 것으로 표시된 일련의 학습 예제가 주어지면 새로운 예제가 한 범주에 속하는지 아니면 다른 범주에 속하는지 예측하는 모델을 작성한다. 직관적으로, SVM 모델은 공간의 점으로 예제를 나타낸 것이고, 별도 카테고리의 예제가 가능한 넓은 분명한 갭에 의해 나뉘어져 있도록 맵핑된다. 다음으로 새로운 예제가 해당 동일한 공간에 맵핑되고, 갭이 속하는 측에 기초하는 카테고리에 속할 것으로 예측된다.
보다 공식적으로, 서포트 벡터 머신은 분류, 회귀 또는 기타 작업에 사용될 수 있는 고밀도 또는 무한 차원 공간에서 초평면 또는 초평면 집합을 제작한다. 직관적으로, 임의의 클래스의 가장 가까운 훈련 데이터 포인트 (소위 기능적 마진)와의 거리가 가장 먼 초평면에 의해 좋은 분리가 달성되는데, 일반적으로 마진이 더 클수록 분류 기준의 일반화 오차가 더 작기 때문이다. SVM에 관한 추가 정보를 위해 예를 들어 Burges, 1998, Data Mining and Knowledge Discovery, 2: 121-167 참조.
본 발명의 대안적 또는 추가적인 구현예에서, SVM은 기지의 질환 상태를 가진 개체 (예를 들어, 췌장암을 가진 것으로 알려진 개체, 급성 염증성 췌장염을 가진 것으로 알려진 개체, 만성 췌장염을 가진 것으로 알려진 개체 또는 건강한 것으로 알려진 개체)로부터의 바이오마커 프로파일을 사용하여 본 발명의 방법을 수행하기 이전에 '훈련된다'. 이러한 훈련 시료를 실행하여, SVM은 췌장암과 관련된 바이오마커 프로파일을 학습할 수 있다. 일단 훈련 과정이 완료되면, SVM은 다음으로 테스트된 바이오마커 시료가 췌장암을 가진 개체로부터 나오는지 여부를 알 수 있다.
그러나, 이 교육 과정은 SVM을 필요한 훈련 매개변수로 미리 프로그램화하여 우회할 수 있다. 예를 들어, 진단은 표 A에 나열된 바이오마커의 일부 또는 전부의 측정에 기초하여, 표 5에 상술된 SVM 알고리즘을 사용하여 기지된 SVM 매개변수에 따라 수행될 수 있다.
적합한 SVM 매개변수가 적절한 데이터 선별 (예로, 기지의 췌장암 상태를 가진 개체로부터의 바이오마커 측정)로 SVM 머신을 훈련시킴으로써 표 A에 나열된 바이오마커의 임의의 조합에 대해 결정될 수 있음을 당업자는 이해할 것이다. 대안적으로, 실시예 및 도면의 데이터는 당해 기술분야에 공지된 임의의 다른 적합한 통계적 방법에 따라 특정한 췌장암-관련 질환 상태를 결정하는데 사용될 수 있다.
바람직하게는, 본 발명의 방법은 적어도 60%의 정확성, 예를 들어 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 정확성을 가진다.
바람직하게는, 본 발명의 방법은 적어도 60%의 민감성, 예를 들어 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 민감성을 가진다.
바람직하게는, 본 발명의 방법은 적어도 60%의 특이성, 예를 들어 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 특이성을 가진다.
"정확성"은 방법의 정확한 결과의 비율을 의미하며, "민감성"은 정확하게 양성으로서 분류된 모든 PaC 양성 시료의 비율을 의미하고, "특이성"은 정확하게 음성으로서 분류된 모든 PaC 음성 시료의 비율을 의미한다.
신호 강도는 당업자에게 공지된 임의의 적합한 수단을 사용하여 정량화될 수 있다. 선택적으로 또는 추가적으로, 신호 강도는 ScanArray Express 소프트웨어 버전 4.0을 사용하여 정량화된다. 신호 강도 데이터는 (예로, 기술적 변화를 조정하기 위해) 정상화될 수 있다. 정상화는 당업자에게 공지된 임의의 적합한 방법을 사용하여 수행될 수 있다. 대안적으로 또는 추가적으로, 데이타는 경험적 Bayes 알고리즘 ComBat (Johnson et al ., 2007)을 사용하여 정상화된다.
대안적으로 또는 추가적으로 테스트될 개체(들)는 유전자형으로 루이스 a-b-이다.
테스트된 개체(들)은 임의의 인종이 될 수 있다. 대안적으로 또는 추가적으로, 테스트된 개체(들)은 백인 및/또는 중국인 (예로, 한족)이다.
대안적으로 또는 추가적으로, 단계 (a), (c) 및/또는 (e)에서 제공된 시료 (들)은 췌장암의 치료 (예로, 절제, 화학 요법, 방사선 요법) 전에 제공된다.
대안적으로 또는 추가적으로, 테스트되는 개체 (들)는 만성 췌장염, 유전성 췌장관 샘암종 및 퓨츠-예거 (Peutz-Jeghers) 증후군으로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 병태를 앓고 있다.
대안적 또는 추가적인 구현예에서, 췌장암은 샘암종, 샘편평상피 암종, 반지세포 암종, 간세포 암종, 콜로이드 암종, 미분화 암종 및 파골세포-유사 거대 세포를 갖는 미분화 암종으로 이루어진 군으로부터 선택된다. 바람직하게, 췌장암은 췌장 샘암종이다. 보다 바람직하게, 췌장암은 외분비 췌장암으로도 역시 알려진 췌장관 샘암종이다.
대안적으로 또는 추가적으로, 상기 방법은 본 발명의 췌장암-관련 질환 상태의 존재 또는 부재를 결정하는 활발한 단계를 포함한다.
대안적으로 또는 추가적으로, 개체가 췌장암으로 진단되는 경우에, 상기 방법은
(g) 상기 개체에게 췌장암 요법을 제공하는 단계:를 포함한다.
따라서, 본 발명의 관련 관점은 다음의 단계를 포함하는 췌장암을 갖는 개체의 치료 방법을 제공한다:
(a) 본 발명의 제 1관점에 따른 방법을 사용하여 췌장암을 가진 것으로 개체를 진단하는 단계; 및
(b) 이와 같이 진단된 상기 개체를 췌장암 요법으로 치료하는 단계 (예를 들어, 본 명세서에서 개시 내용이 참고문헌으로 통합되는 Thota et al., 2014, Oncology 28(1): 70-4).
대안적으로 또는 추가적으로, 췌장암 요법은 수술, 화학 요법, 면역 요법, 화학면역 요법 및 열화학 요법으로 이루어진 군으로부터 선택된다.
대안적 또는 추가적인 구현예에서, 췌장암 요법은 수술, 화학 요법, 면역 요법, 화학면역 요법 및 열화학 요법 (예로, AC 화학 요법; 카세시타빈 및 도세탁셀 화학 요법 (탁소테르 ®); CMF 화학 요법; 사이클로포스파미드; EC 화학 요법; ECF 화학 요법; E-CMF 화학 요법 (Epi-CMF); 에리불린 (할라벤 ®); FEC 화학 요법; FEC-T 화학 요법; 플루오로우라실 (5FU); 젬카르보 화학 요법; 젬시타빈 (젬자르 ®); 젬시타빈 및 시스플라틴 화학 요법 (GemCis 또는 GemCisplat); GemTaxol 화학 요법; 이다루비신 (자베도스 ®); 리포좀성 독소루비신 (DaunoXome ®); 미토마이신 (미토마이신 C 교와 ®); 미토잔트론; MM 화학 요법; MMM 화학 요법; 파크리탁셀 (택솔 ®); TAC 화학 요법; 탁소테르 및 사이클로포스파미드 (TC) 화학 요법; 빈블라스틴 (벨베 ®); 빈크리스틴 (온코빈 ®); 빈데신 (엘디신 ®); 및 비노렐빈 (나벨빈®))으로 이루어진 군으로부터 선택된다.
따라서 본 발명은 췌장암을 치료하는 데 사용하는 항신생물제를 포함하며, 용량 섭생은 본 발명의 제 1 관점의 방법의 결과에 기초하여 결정된다.
본 발명은 췌장암의 치료에서 항신생물제의 용도를 포함하며, 용량 섭생은 본 발명의 제 1 관점의 방법의 결과에 기초하여 결정된다.
본 발명은 췌장암의 치료를 위한 약제의 제조에서 항신생물제의 용도를 포함하며, 용량 섭생은 본 발명의 제 1 관점의 방법의 결과에 기초하여 결정된다.
본 발명은 충분한 양의 항신생물제를 제공하는 단계를 포함하는 췌장암을 치료하는 방법을 포함하며, 췌장암을 치료하는 데 충분한 항신생물제의 양은 본 발명의 제 1 관점의 방법의 결과에 기초하여 결정된다.
일 구현예에서, 항신생물제는 알킬화제 (ATC 코드 L01a), 항대사물 (ATC 코드 L01b), 식물 알칼로이드 또는 기타 천연 산물 (ATC 코드 L01c), 세포독성 항생제 또는 관련 물질 (ATC 코드 L01d) 또는 또 다른 항신생물제 (ATC 코드 L01x)를 포함하거나 이로 구성된다.
따라서, 일 구현예에서, 항신생물제는 질소 머스타드 유사체 (예를 들어, 사이클로포스파미드, 클로르암부실, 멜팔란, 클로르메틴, 이포스파미드, 트로포스파미드, 프레드니무스틴 또는 벤다무스틴), 알킬 설포네이트 (예를 들어, 부설판, 트레오설판 또는 만노설판), 에틸렌 이민 (예를 들어, 티오테아, 트리아지쿠온 또는 카보쿠온), 니트로소우레아 (예를 들어, 카무스틴, 로부스틴, 세무스틴, 스트렙토조신, 포테무스틴, 니무스틴 또는 라니무스틴), 에폭사이드 (예를 들어, 에토글루시드), 또는 또 다른 알킬화제 (ATB 코드 L01ax, 예를 들어 미토브로니톨, 피포 브로만, 테모졸로미드 또는 다카바진)로 이루어진 군으로부터 선택되는 알킬화제를 포함하거나 이로 구성된다.
또 다른 구현예에서, 항신생물제는 엽산 유사체 (예를 들어, 메토트렉세이트, 랄티트렉세스, 페 메트렉세드 또는 프랄라트렉세이트), 퓨린 유사체 (예를 들어, 머캅토퓨린, 티오구아닌, 클라드리 빈, 플루다라빈, 클로파라빈 또는 네라라빈) 또는 피리미딘 유사체 (예를 들어, 시타라빈, 플루오르우라실 (5-FU), 테라푸르, 카모푸르, 젬시타빈, 카페시타빈, 아자시티딘 또는 데시타빈)로 이루어진 군으로부터 선택되는 항대사물을 포함하거나 이로 구성된다.
보다 추가의 구현예에서, 항신생물제는 빈카 알칼로이드 또는 빈카 알칼로이드 유사체 (예를 들어, 빈블라스틴, 빈크리스틴, 빈데신, 비노렐빈 또는 빈플루닌), 포도필로톡신 유도체 (예를 들어, 에토포사이드 또는 테니포사이드), 콜히친 유도체 (예를 들어, 데메콜히친), 탁산 (예를 들어, 파클리탁셀, 도세탁셀 또는 파클리탁셀 폴리글루멕스) 또는 또 다른 식물 알칼로이드 또는 천연 산물 (ATC 코드 L01cx, 예를 들어 트라벡테딘)로 이루어진 군으로부터 선택되는식물 알칼로이드 또는 다른 천연 산물을 포함하거나 이로 구성된다.
일 구현예에서, 항신생물제는 액티노마이신 (예를 들어, 닥티노마이신), 안트라사이클린 또는 관련 물질 (예를 들어, 독소루비신, 다우노루 비신, 에피루비신, 아크라루비신, 조루비신, 이다루 비신, 미토잔트론, 피라루비신, 발루비신, 암루비신 또는 피잔트론) 또는 또 다른 것 (ATC 코드 L01dc, 예를 들어 블레오마이신, 플리카마이신, 미토마이신 또는 이자베필론)로 이루어진 군으로부터 선택되는 세포독성 항생제 또는 관련 물질을 포함하거나 이로 구성된다.
추가의 구현예에서, 항신생물제는 백금 화합물 (예를 들어, 시스플라틴, 카보플라틴, 옥살리플라틴, 사트라플라틴 또는 폴리플라틸렌), 메틸히드라진 (예를 들어, 프로카바진), 단일클론 항체 (예를 들어, 에드레콜로마브, 리투시마브, 트라스투주마브, 알렘투주마브, 젬투주마브, 세투주마브, 베박시주마브, 파니투무마브, 사투마조마브 또는 오파투무마브), 광동력/방사선 요법에 사용되는 민감화제 (예를 들어, 포르피머 나트륨, 메틸 아미노레불리네이트, 아미노레불린산, 테모포린 또는 에파프록시랄) 또는 단백질 키나아제 저해제 (예를 들어, 이마티닙, 제피티닙, 에르로티닙, 수니티닙, 소라페닙, 다사티닙, 라파티닙, 닐로티닙, 템시로리무스, 파조파닙, 반데타닙, 아파티닙, 마시티닙 또는 토세라닙)로 이루어진 군으로부터 선택되는 또 다른 항신생물제를 포함하거나 이로 구성된다.
보다 추가의 구현예에서, 항신생물제는 암사크린, 아스파라긴 효소, 알트레타민, 히드록시 카바 미드, 로니다민, 펜토스타틴, 밀테포신, 마소프로콜, 에스트라무스틴, 트레티노인, 미토구아존, 토포테칸, 티아조푸린, 이리노테칸 (캄프토사), 아리트레티노인, 미토탄, 페가스파르가제, 벡사로텐, 비소 트리옥사이드, 데니루킨 디프티톡스, 보르테조니브, 셀레콕시브, 아나그레리드, 오브리머센, 시티마젠 세라데노벡, 보리노스탯, 로미데프신, 오마세타진 메페숙시네이트, 에리불린 또는 엽산으로 이루어진 군으로부터 선택되는 또 다른 항신생물제를 포함하거나 이로 구성된다.
일 구현예에서, 항신생물제는 하나 이상의 항신생물제, 예를 들어 본 명세서에서 정의된 하나 이상의 항신생물제의 조합을 포함하거나 이로부터 구성된다. 췌장암의 치료에 사용되는 복합 요법의 일 예는 다음 네 가지 약물로 만들어진 폴피리녹스 (FOLFIRINOX)이다:
* FOL - 엽산 (류코보린);
* F - 플루오로우라실 (5-FU);
* IRIN - 이리노테칸 (캄프토사); 및
* OX - 옥살리플라틴 (엘록사틴).
따라서, 본 발명의 제 2 관점은 본 발명의 제 1 관점에서 정의된 바와 같은 하나 이상의 결합제를 포함하는, 개체에서 췌장암-관련 질환 상태를 진단하거나 결정하기 위한 어레이를 제공한다.
대안적으로 또는 추가적으로, 상기 하나 이상의 결합제는 표 A에 정의된 모든 단백질에 결합할 수 있다.
본 발명의 제 3 관점은 개체에서 췌장암 관련 질환 상태를 결정하기 위한 바이오마커로서 표 A에 정의된 군으로부터 선택된 하나 이상의 바이오마커의 용도를 제공한다.
대안적으로 또는 추가적으로, 표 A에 정의된 모든 단백질은 개체에서 췌장암-관련 질환 상태를 결정하기 위한 마커로서 사용된다.
본 발명의 제 4 관점은 개체에서 췌장암 관련 질환 상태를 결정하기 위한 본 발명의 제 1 관점에서 정의된 바와 같은 하나 이상의 결합 분체의 용도를 제공한다.
대안적으로 또는 추가적으로, 표 A에 정의된 모든 단백질의 바이오마커가 사용된다.
본 발명의 제 5 관점은 개체에서 췌장암-관련 질환 상태를 진단하거나 결정하기 위한 키트로서,
(a) 본 발명의 제 1 관점에서 정의된 바와 같은 하나 이상의 결합제 또는 본 발명의 제 2 관점에 따른 어레이;
(b) (예로, 본 발명의 제 1 관점에서) 상기 정의된 바와 같은 방법을 수행하기 위한 지침:을 포함하는, 키트를 제공한다.
본 발명의 제 6 관점은 개체에서 췌장암을 치료하는 방법으로서,
(a) 본 발명의 임의의 제 1 관점에서 정의된 방법에 따라 췌장암 관련 질환 상태를 결정하는 단계; 및
(b) 상기 개체에게 췌장암 요법을 제공하는 단계:를 포함하는, 방법을 제공한다.
대안적으로 또는 추가적으로, 췌장암 요법은 수술 (예로, 절제술), 화학 요법, 면역 요법, 화학면역 요법 및 열화학 요법으로 이루어진 군으로부터 선택된다.
본 발명의 제 8 관점은, 예를 들어 단계 (c)의 발현 데이터 (및 후속적 발현 측정 단계)를 해석하고, 이로써 췌장암-관련 질환 상태를 진단하거나 결정하기 위해 본 발명의 방법을 작동하기 위한 컴퓨터 프로그램을 제공한다. 컴퓨터 프로그램은 프로그램화된 SVM일 수 있다. 컴퓨터 프로그램은 당업자에게 공지된 적합한 컴퓨터- 판독가능한 매체 상에 기록될 수 있다. 적합한 컴퓨터 판독가능한 매체는 콤팩트 디스크 (CD-ROM, DVD, 블루 레이 등), 플로피 디스크, 플래시 메모리 드라이브, ROM 또는 하드디스크 드라이브를 포함할 수 있다. 컴퓨터 프로그램은 컴퓨터 프로그램을 실행하기에 적합한 컴퓨터 상에 설치될 수 있다.
본 발명의 소정의 구현예를 구현하는 바람직한 비-제한적인 실시예가 하기 표 및 도면을 참조하여 이제 기술될 것이다:
도 1 췌장암 (PDAC) 대비 정상 대조군 (NC)의 구별.
(A) PDAC (회색) 및 NC (검정색)의 주요 성분 분석 (PCA). 데이타는 ANOVA를 사용하여 q <0.1로 필터링되었다; (B) (A)에서의 데이타와 동시화된 PCA 좌표에서 필터링 후에도 남아있는 11개의 항체에 해당하는 상대적 단백질 수준. 회색 = 상향-조절된 수준, 검정색 = PDAC 및 NC의 하향-조절된 수준; (C) 필터링되지 않은 데이터 (모든 항체의 필터링되지 않은 데이터를 사용함)에 기초한 PDAC 대비 NC의 LOO (하나씩-제거) 교차 검증을 사용한 서포트 벡터 머신 분석법 (SVM)으로부터의 0.88의 AUC를 갖는 ROC 곡선.
도 2 PDAC에 대한 혈장 단백질 서명의 확인.
훈련 세트 및 테스트 세트는 각각의 군 (PDAC 및 NC)으로부터의 시료의 2/3을 훈련 세트로, 나머지 1/3은 테스트 세트로 무작위한 선별에 의해 생성되었다. 훈련 세트는 NC와 PDAC를 구별하기 위한 압축된 서명을 정의하는 데 사용되었다. (A) 변수의 필터링은 훈련 세트에서 항체의 SVM-기반 단계별 후방 제거에 의해 수행되었다. 각각의 반복 단계에서 분류의 쿨백-리블러 (KL) 오차가 결정되고 좌표화되었다. 분류 오차가 최소값에 도달했을 때 제거 과정에 남은 항체는 훈련 세트에서 새로운 모델을 제작하기 위한 고유한 서명으로 사용되었다. (B) 훈련 세트의 서명 모델로부터 얻어진ROC 곡선은 "고정되고" 이전에 미관찰된 테스트 세트 시료에 직접 적용되었다. (C) 이 절차는 무작위로 생성 된 10개의 훈련 세트 및 테스트 세트에서 총 10회 반복되었다. 각각의 해당하는 테스트 세트에서 고정된 바이오마커 서명 모델에 의해 생성된 ROC 곡선 (AUC 값) 아래의 영역이 좌표화되었다. (D) 후방 제거 (BE) 과정의 전반적인 순위 (개방된 원)로부터 유래된 항체 점수는 T-테스트 (W) 테스트 순위 (채워진 원)에 기초한 점수와 비교되었다.
도 3 PDAC 병기 대비 대조군의 구별.
A) PDAC 병기에 따라 분류된 환자와 NC와 비교하는, 필터링되지 않은 데이터 (모든 항체)를 사용한 SVM 분석으로부터의 AUC-값. B) 1개 이상의 PDAC 병기 대비 NC에서 윌콕슨 p <0.05로의 항체. PDAC 대비 NC에서 "UP" = 상향-조절, "DOWN" = 하향-조절, 흰색 = 유의한 차이 없음.
도 4 혈청에서 원발성 종양 위치의 차별화 및 이전의 연구와 비교 ( Gerdtsson 2015).
PANKRAS II (Parker et al., 2011, Porta et al., 1999) 연구를 위해 스페인의 5개 상이한 지역에서 수집된 156명의 PDAC 환자로부터의 혈청 (Gerdtsson et al., 2016, Mol Oncol.10(8):1305-16). "UP" = 상향-조절, "DOWN" = 두부 대비 대퇴 종양에서 하향-조절, N/A = 연구에 포함되지 않은 항체.
도 5 이전 집단과의 비교.
A) 3가지 연구의 세부사항이 비교됨. B) (i) 병기 III-IV PDAC의 백인 집단 대비 대조군, (ii) 만성 췌장염 환자 대비 대조군 및 현재, (iii) 병기 PDAC의 중국인 집단 대비 대조군에서 분석된 겹치는 마커들로부터 유래된 벤다이어그램 . 비교 목적으로, III기 + IV기 시료만이 현재의 집단에 포함되었다. 숫자는 유의하게 (윌콕슨 p <0.05) 차별적으로 발현된 마커를 표시한다. [1] Wingren C, Sandstrom A, Segersvard R, Carlsson A, Andersson R, Lohr M, Borrebaeck CA. 췌장암과 관련된 혈청 바이오마커 서명의 확인. Cancer Res. 2012; 72: 2481-90; [2] 재조합 항체 마이크로어레이를 사용한 췌장염의 혈청 프로테옴 프로파일화는 질환-관련 바이오마커 서명을 드러냈다. Proteomics Clin Appl. 2012; 6: 486-96.
도 1 췌장암 (PDAC) 대비 정상 대조군 (NC)의 구별.
(A) PDAC (회색) 및 NC (검정색)의 주요 성분 분석 (PCA). 데이타는 ANOVA를 사용하여 q <0.1로 필터링되었다; (B) (A)에서의 데이타와 동시화된 PCA 좌표에서 필터링 후에도 남아있는 11개의 항체에 해당하는 상대적 단백질 수준. 회색 = 상향-조절된 수준, 검정색 = PDAC 및 NC의 하향-조절된 수준; (C) 필터링되지 않은 데이터 (모든 항체의 필터링되지 않은 데이터를 사용함)에 기초한 PDAC 대비 NC의 LOO (하나씩-제거) 교차 검증을 사용한 서포트 벡터 머신 분석법 (SVM)으로부터의 0.88의 AUC를 갖는 ROC 곡선.
도 2 PDAC에 대한 혈장 단백질 서명의 확인.
훈련 세트 및 테스트 세트는 각각의 군 (PDAC 및 NC)으로부터의 시료의 2/3을 훈련 세트로, 나머지 1/3은 테스트 세트로 무작위한 선별에 의해 생성되었다. 훈련 세트는 NC와 PDAC를 구별하기 위한 압축된 서명을 정의하는 데 사용되었다. (A) 변수의 필터링은 훈련 세트에서 항체의 SVM-기반 단계별 후방 제거에 의해 수행되었다. 각각의 반복 단계에서 분류의 쿨백-리블러 (KL) 오차가 결정되고 좌표화되었다. 분류 오차가 최소값에 도달했을 때 제거 과정에 남은 항체는 훈련 세트에서 새로운 모델을 제작하기 위한 고유한 서명으로 사용되었다. (B) 훈련 세트의 서명 모델로부터 얻어진ROC 곡선은 "고정되고" 이전에 미관찰된 테스트 세트 시료에 직접 적용되었다. (C) 이 절차는 무작위로 생성 된 10개의 훈련 세트 및 테스트 세트에서 총 10회 반복되었다. 각각의 해당하는 테스트 세트에서 고정된 바이오마커 서명 모델에 의해 생성된 ROC 곡선 (AUC 값) 아래의 영역이 좌표화되었다. (D) 후방 제거 (BE) 과정의 전반적인 순위 (개방된 원)로부터 유래된 항체 점수는 T-테스트 (W) 테스트 순위 (채워진 원)에 기초한 점수와 비교되었다.
도 3 PDAC 병기 대비 대조군의 구별.
A) PDAC 병기에 따라 분류된 환자와 NC와 비교하는, 필터링되지 않은 데이터 (모든 항체)를 사용한 SVM 분석으로부터의 AUC-값. B) 1개 이상의 PDAC 병기 대비 NC에서 윌콕슨 p <0.05로의 항체. PDAC 대비 NC에서 "UP" = 상향-조절, "DOWN" = 하향-조절, 흰색 = 유의한 차이 없음.
도 4 혈청에서 원발성 종양 위치의 차별화 및 이전의 연구와 비교 ( Gerdtsson 2015).
PANKRAS II (Parker et al., 2011, Porta et al., 1999) 연구를 위해 스페인의 5개 상이한 지역에서 수집된 156명의 PDAC 환자로부터의 혈청 (Gerdtsson et al., 2016, Mol Oncol.10(8):1305-16). "UP" = 상향-조절, "DOWN" = 두부 대비 대퇴 종양에서 하향-조절, N/A = 연구에 포함되지 않은 항체.
도 5 이전 집단과의 비교.
A) 3가지 연구의 세부사항이 비교됨. B) (i) 병기 III-IV PDAC의 백인 집단 대비 대조군, (ii) 만성 췌장염 환자 대비 대조군 및 현재, (iii) 병기 PDAC의 중국인 집단 대비 대조군에서 분석된 겹치는 마커들로부터 유래된 벤다이어그램 . 비교 목적으로, III기 + IV기 시료만이 현재의 집단에 포함되었다. 숫자는 유의하게 (윌콕슨 p <0.05) 차별적으로 발현된 마커를 표시한다. [1] Wingren C, Sandstrom A, Segersvard R, Carlsson A, Andersson R, Lohr M, Borrebaeck CA. 췌장암과 관련된 혈청 바이오마커 서명의 확인. Cancer Res. 2012; 72: 2481-90; [2] 재조합 항체 마이크로어레이를 사용한 췌장염의 혈청 프로테옴 프로파일화는 질환-관련 바이오마커 서명을 드러냈다. Proteomics Clin Appl. 2012; 6: 486-96.
실시예
요약
이 연구에서는 재조합 항체 마이크로어레이 플랫폼을 사용하여 췌장암 환자와 정상 대조군 개체로부터의 213개의 혈장 시료를 분석하였다. 집단은 질환 병기, 예로 절제가능한 질환 (I / II기), 국소적 진행 (III기) 및 전이성 질환 (IV기)에 따라 계층화되었다. SVM 분석은 모든 PDAC 병기가 대조군과 구별될 수 있음을 보여주었다. 이것은 처음으로 I / II기 PDAC 종양을 가진 환자가 혈장 단백질 서명에 기초하여 높은 정확성으로 대조군과 구별될 수 있는 것이고, 이는 조기 진단의 가능성과 외과적으로 절제가능한 종양의 증가율을 지시한다.
소개
췌장관 샘암 (PDAC)은 5년 생존율이 3 내지 4 %인 가장 치명적인 암들 중 하나이다. 이러한 불량한 예후 판단의 핵심 동인은 초기 단계에서 환자를 진단할 수 없는 현재의 무능력이다. 데이타는 종양이 개시로부터 전이 능력을 획득에 이르기까지 5년 이상이 소요되는 점을 지지하고(Yachida et al., 2010) 진단 시점에, 환자는 종종 말기 질환으로 발전되었고, 대략 15%의 환자만이 절제가능한 종양을 갖는다 (Conlon et al., 1996; Sohn et al., 2000). 큰 절제된 종양을 나타낸 이들 환자의 5년 생존은 단지 10 내지 20%이다 (Conlon et al., 1996; Sohn et al., 2000). 그러나, 종양 ≤ 20 mm (I기 내지 II기)가 절제될 수 있는 경우라면 5년 생존은 30 내지 60%로 증가된다 (Furukawa et al., 1996; Shimizu et al., 2005). 늦은 진단 (III기 내기 IV기)은 조기 진단을 위한 마커의 부족과 조합된 비특이적 임상 증상으로 인하고, 이는 본 연구가 겨냥하는 것이다. 흥미롭게도, 연구는 췌장 종양이 무증상 병기의 임상적 진단 이전에 6개월 먼저 조기에 절개가능할 수 있음을 제시한다 (Gangi et al., 2004; Pelaez-Luna et al., 2007).
지금까지 PDAC, CA19-9에 대해 가장 잘 평가된 마커는 여러 다른 적응증에서의 상승된 수준뿐만 아니라 유전형 루이스 a-b-를 갖는 환자 (인구의 5%)에서 완전한 부재와 함께 불량한 특이성이 문제이다. 결론적으로, 췌장암 스크리닝을 위한 CA19-9의 사용은 권장되지 않는다 (Locker et al., 2006). 요즘은, 최근 연구 발견이 엑솜 및 뉴클레오좀 둘 다가 췌장암과 연관된 정보를 포함하는 점을 밝혔지만, 다른 단일 바이오마커가 정확하게 PDAC를 진단하는 것은 전혀 관찰되지 못하였다 (Bauden et al., 2015; Melo et al., 2015). 그러나, 암 진단학 분야는 요즘 마커의 수득이 민감성 및 특이성을 증가시켰기 때문에 마커의 패널 방향으로 이동하고 있다 (Brand et al., 2011; Bunger et al., 2011).
염증은 종양 진행의 결정적인 요소인 것으로 여겨지고(Coussens and Werb, 2002), 면역조절성 혈장 프로테옴이 결론적으로 잠재적인 암 바이오마커의 출처일 수 있다.
이전의 연구는 또한 면역조절성 단백질의 증가된 수 (N = 20 내지 25)가 매우 질환-특이적인 서명을 생성하여, 질환에 대한 전신적 반응을 반영할 것이라고도 밝혀왔다 (Carlsson et al., 2011b; Ingvarsson et al., 2008; Wingren et al., 2012). 그러나, 면역조절성 프로테옴의 분석은 (i) 혈장 단백질이 광대한 동적인 농도 범위를 나타내고; (II) 암 마커가 가장 낮게 풍부한 단백질들 중에서 발견될 가능성이 더 높고 (Haab et al., 2005; Surinova et al., 2011); (iii) 낮게 풍부한 마커의 혈장 수준에서 질환-관련 변화가 작아 적절한 통계학에 유의한 수의 시료들을 요구할 것으로 예상되는 점과 같은(Alonzo et al., 2002) 여러 문제와 연관된다.
이러한 문제를 해결하기 위해, 본 발명자들은 본 연구에서 민감한 항체 마이크로어레이 플랫폼을 사용하여 췌장암 I 내지 IV기를 갖는 중국인 환자로부터의 213개 혈장 시료 및 정상 대조군을 분석하였다. 이 연구의 목적은 대조군 시료를 병기 I 내지 IV와 비교함으로써 병기 관련 PDAC 마커를 확인하는 것이 었으며, 결과는 간단한 혈액 시료의 정보 내용이 심지어 더 초기의 질환 병기를 충분히 발견할 수 있는 개념을 뒷받침하고 있다. 결과적으로, 상세하게 만성 췌장염, 유전성 PDAC, 퓨츠-예거 증후군 환자와 같은 고위험 환자의 유익을 위해 PDAC의 조기 진단이 가능하다.
재료 및 방법
혈장 시료
이러한 사후적 연구는 천진의대 암연구소 및 병원 윤리위원회 (TMUCIH)의 승인을 받았다. 사전 동의 후에, 혈액은 TMUCIH에서 수집되었고, 혈장이 분리되어 -80°C에서 보관되었다 2012년 1월 1일부터 2013년 12월 13일까지 수집된 총 213개의 혈장 시료를 사용하였다 (표 1). 등록된 PDAC 환자(N = 118)는 모두 중국인 한족이었고, TMUCIH에서 치료 받았다. 혈액 수집 시점에서 화학 요법이나 방사선 요법을 받았던 환자는 없었다. 모든 PDAC 시료는 숙련된 병리학자들에 의해 세포학 검증되었다. 환자는 다음의 예외와 함께 췌장관 샘암종으로 진단되었다: 악성 장액 낭샘종 (N = 1), 췌장 육종 (N = 2), 유두상 췌장관 샘암종 (N = 1). 5명의 환자는 간 전이를 가진 PDAC로 진단받았다. 진단 당시 종양의 병기 및 크기, 그리고 췌장 내의 종양 위치에 관한 데이터는 임상병리학에 기초하였다 . 병기 결정은 미국 암협회의 지침 (표 1)에 따라 수행되었으며 절제 정도는 R0로 분류되었다. 정상 대조군 (NC) 시료 (N = 95)는 TMUCIH에서 자신의 일상적인 신체 검사에서 천진의 건강한 주민으로부터 수집되었고, PDAC 환자와 유전적으로 관련이 없었다 (표 1). 시료 ID는 라벨링 시 재코딩되고 무작위화되었으며, 시료 주석 및 임상 데이터는 모든 향후 실험 절차에서 운영자에게 고지되지 않았다. 모든 시료는 이전에 최적화된 프로토콜을 사용하여, 하나의 단일한 시점에 라벨링되었다 (Wingren et al., 2012).
항체 마이크로어레이의 생성
항체 마이크로어레이는 이전에 기술된 바와 같이 대장균에서 생산된, 인-하우스 설계된 파지 디스플레이 항체 라이브러리로부터 선별되고 생성된 350개 인간 재조합 scFv 항체를 포함하였고 (Pauly et al., 2014), 14개 어레이/슬라이드 및 3개 반복 스폿/어레이로 슬라이드 상에 프린트되었다. 이 연구에 사용된 모든 슬라이드는 한 번에 프린트되어 중국의 TMUCIH로 배송되었으며 프린팅 후 4주 이내에 분석에 사용되었다.
항체 마이크로어레이 분석
10개의 슬라이드 (140개의 개별 서브어레이)가 무작위화된 시료 순서로 하루에 처리되었다. 간략하게, 어레이를 PBSMT로 차단하고, PBST로 세척하고, 실온에서 2시간 동안 바이오틴화된 혈장 시료과 함께 배양하였다. 미결합된 단백질을 세척해내고, 결합된 단백질은 1 mg /㎖ 알렉사 플루오르647 스트렙타비딘을 (RT에서 1시간) 사용하여 검출하였다. 과량의 시약을 세척하고, 슬라이드를 건조시키고, 즉시 635 nm 내지 532 nm의 여기 레이저를 사용하여 10 mm 해상도에서 LuxScan 10K 마이크로어레이 스캐너 (CapitalBio)로 스캔하였다.
데이터 획득, 품질 관리 및 사전-처리
신호 강도는 고정된-서클 옵션이 있는 스캔어레이 익스프레스 소프트웨어 버전 4.0 (PerkinElmer Life and Analytical Sciences)을 사용하여 환자 ID 및 임상 데이터가 고지되지 않은 두 명의 훈련된 분석가 (ASG 및 MN)에 의해 정량되었다. 각각의 마이크로어레이를 위해, 마이크로어레이 프린팅으로부터의 알렉사 플루오르555 신호를 사용하여 그리드를 배치하고, 결합된 단백질의 상대적인 수준에 해당하는 알렉사 플루오르647 신호를 정량화하는 데 사용하였다. 11개의 시료 (10명의 PDAC, 1명의 NC)는 높은 배경 및/또는 낮은 전반적인 신호로 인해 화질이 좋지 않아 정량화되지 않았다. 정량화된 어레이의 경우, 각 스폿의 스폿 포화도, 평균 강도 및 신호 대 잡음비를 평가하였다. 14개의 항체는 (i) 중간 신호 강도가 배경 (평균 PBS 신호) +2 표준 편차 (n = 8)로서 정의된 컷오프 한계 미만이었고, (ii) 50% 이상의 시료 (n = 1)에서 설정된 가장 낮은 스캐너 강도에서 포화된 신호, 및 (iii) 부적절한 항체 프린팅 (n = 5) 때문에 배제되었다. 남아있는 202개 시료 및 336개 항체에 기초하여, 데이터 집합이 국소적 배경 차감 후의 평균 스폿 세기를 사용하여 조립되었다. 임의의 사본 CV가 평균값에서 15%를 초과하지 않는 한, 각 데이터 점수는 3개의 사본 스폿의 평균을 나타냈고, 상기 경우에는 폐기되어 나머지 2개 사본의 평균이 대신 사용되었다. 사본의 평균 CV는 7.9% (± 4.1%)였다. 15%의 컷오프 CV를 적용하여, 데이터 값의 79%가 3개의 사본 모두로부터 계산되었고, 나머지 21%는 2개의 사본으로부터 계산되었다. 또한, 황달이 있는 환자 (n = 27)와 황달이 없는 환자 (n = 81)를 비교하여 빌리루빈 수준이 항체 마이크로어레이 분석에서 교한 요인인지 여부를 분석하였다. 유사하게, 성별이 교란 요인인지 여부를 평가하기 위해 성별-조정된 데이터 집합이 생성되었다. 로깅된 데이타는 기술적인 변화를 조정하기 위해 경험적인 Bayes 알고리즘 ComBat (Johnson et al., 2007)을 사용하여 정상화되었고, 이후에각각의 어레이로부터의 데이타의 선형의 스케일링으로 시료 배경 수준에서 변화가 조정되었다. 스케일링 팩터는 모든 시료에 걸쳐 가장 낮은 표준 편차를 갖는 20%의 항체에 기초하고, 모든 어레이에 걸쳐 평균 합계로 각 배열 상의 이들 항체의 강도의 합계로 나누어 계산되었다 (Carlsson et al., 2008; Ingvarsson et al., 2008).
데이터 분석
시료 및 변수 분포는 기본 성분 분석 기초한 프로그램 (Qlucore, Lund, Sweden)을 사용하여 분석되고 시각화되었다. ANOVA는 초기 데이터 필터링에 적용되었다. 개별적 마커의 성능은 윌콕슨 또는 스튜던트 t-테스트, 잘못 발견률 제어를 위한 벤자미니 호크버그 절차 및 배수 변화를 사용하여 평가되었다. 서로 다른 하위군의 분리는 서포트 벡터 머신 (SVM)을 사용하여 평가되었으며, 제약 조건의 비용이 1로 설정된 선형 커널을 적용하였다. 하나씩-제외 교차 검증 절차를 사용하여 두 군을 구별하는 모델을 제작하였다.
과도한 해석을 최소화하고 데이터 집합의 견고성을 나타내도록 무작위적으로 훈련 세트 및 테스트 세트로 나누었고, SVM 기반의 후방 제거 알고리즘이 훈련 세트에 적용되었다. 결과적으로, 바이오마커 서명이 각 하위군의 총 시료의 2/3을 구성하는 데이타의 훈련 세트에서 생성되었고, 나머지 1/3의 시료를 포함하는 테스트 세트에서 평가되었다. 훈련 세트에서, 필터링이 SVM 기반의 후방 제거 알고리즘을 사용하여 이전에 기술된 바와 같이 수행되었고 (Carlsson et al., 2011a),결과로 얻은 항체 서명에 기초한 모델이 해당하는 테스트 세트에서 테스트되었다. 이 목적을 위해 10개의 상이한 쌍의 훈련 및 테스트 세트가 사용되었고, 각 항체가 10개의 훈련 세트에서 중간 제거 순서에 해당하는 제거 점수를 얻는 컨센서스 목록을 만들었다. 성능은 수신기 작동 특징 (ROC) 곡선을 사용하여 평가되었으며, 곡선 아래 면적 (AUC) 값으로 보고되었다. 민감성 및 특이성의 최대 합계에 해당하는 SVM 결정값 임계에 대해 각 테스트 세트의 각 서명의 민감성 및 특이성인 양성 및 음성 예측값이 기록되었다.
결과
사례와 대조군 간의 차이 및 췌장암과 관련된 혈장 단백질 서명의 확인
처음에, 본 발명자들은 PDAC 사례가 PCA, q-값 필터링 및 하나씩-제거 교차 검증으로 SVM 분석을 사용하여 정상 대조군과 구별될 수 있음을 보여준다. 기본 성분 분석은 PDAC와 NC 시료의 적당한 구별을 나타냈고 (도 1a), q-값 0.1의 컷오프를 갖는 차별적인 분석은 PDAC 대비 NC에서 유의하게 상이한 발현 수준을 나타내는 11개 항체의 결과를 가져왔다 (도 1b). 이들 중 3개는 아포지질단백질 A1 (Apo-A1)을 표적으로 하였고, NC와 비교하여 PDAC에서 감소된 단백질 수준을 보여주었다. 프로퍼딘, C1q, C3, IgM 및 IL-8은 또한 PDAC에서 감소된 수준을 보였던 반면, VEGF, MAPK-8 및 CHP-1은 암 군에서 상승하였다. 또한, 모두 336개 항체로부터의 데이터를 사용하여 하나씩-제외 교차 검증을 실시한 SVM은 PDAC와 NC가 0.88의 AUC 값 (p-값 = 6.4 x 10-21, 도 1c)으로 분리되었던 점을 밝혔다. 주목할 점은, 황달이 있는 환자가 유의하게 황달이 없는 환자는 구별되지 않고, 고빌리루빈 혈증이 교란 요인이 아닌 점을 보여주었다 (데이터 미표시). 성별-조정된 데이터 집합에서 유의한 (윌콕슨 p <0.05) 마커의 비교는 성별이 교란 인자가 아님을 보여주었다 (표 4).
필터링되지 않은 데이터 (AUC 0.88)를 사용하여 PDAC 및 NC 간의 높은 수준의 차별화가 압축된 PDAC 관련 단백질 서명을 식별하기 위한 심층 데이터 필터링을 유발하였다. 모델을 데이터에 지나치게 맞추지 않으려고, 시료를 먼저 항체 서명 모델을 생성하기 위한 훈련 세트로 분리한 다음 별도의 테스트 세트 상에서 평가하였다. 훈련 세트에서, 항체는 SVM-기반 후방 제거를 사용하여 여과되고, 분류에서 쿨백-리블러 (KL) 오차는 제거된 항체의 수에 대해 좌표화되었다. 도 2a는 제 1 훈련 세트에서 제거 과정을 도시하고, 최종 24개 항체 서명에 해당하는 구별된 최소의 오차가 313회 반복 후에 관찰되었다. 이 서명을 기초로 하여, SVM 모델이 훈련 세트로 제작되었고, 0.87의 AUC 값을 생성하는 별도의 테스트 세트에서 평가되었다 (도 2b). 데이터 세트의 견고성을 테스트하기 위해 이 제거 절차를 총 10개의 상이한 무작위로 생성된 훈련 및 테스트 세트 쌍에서 반복하여, 암 대비 대조군의 최적의 분리를 위해 식별되는 10개의 서명을 생성하였다. 서명 길이는 17 내지 29개의 항체 (중앙값 23.5)이었다. 테스트 세트의 AUC 값은 0.77 내지 0.87의 범위이었고, 평균 0.83 이었다 (그림 2C). 민감성 및 특이성은 각각 평균값 0.77 (0.56 내지 0.94 범위) 및 0.86 (0.55 내지 0.97 범위)이었고, 상응하는 평균 양성 예측값 0.86 (0.71 내지 0.97 범위) 및 평균 음성 예측값 0.77 (0.64 내지 0.89 범위)을 가졌다.
각각의 항체는 제거의 역 순서에 기초하여 채점되었고, 번호 1은 제거될 최종 항체이고, 10개의 순차적 제거 라운드로부터 중간 제거 점수의 순서로 순위가 매겨졌다. 표 2는 p- 및 q- 값, p-값 순위 및 PDAC 대비 NC의 배수 변화를 사용하여 25개의 가장 높은 순위의 항체를 나열하고 있다. 중간 제거 점수가 각각 1과 2인 상위 2개 항체 프로퍼딘 및 VEGF는 9/10 (프로퍼딘)에서 마지막으로 제거된 항체이고, 8/10 (VEGF) 훈련 세트에서는 두 번째 마지막으로 제거된 항체이었다. 상위 25개의 항체가 다함께 20가지 상이한 특이성을 나타내었다.
후방 제거 절차는 개별 항체에 기초한 1차원 데이터 분리를 고려하지 않고 최적의 항체 조합을 확인하기 위해 설계되었으며, 표 2에 제시된 컨센서스 서명은 후방 제거 순위에만 기초한다. 주목할 점은 상위 2개 항체가 p-값과 q-값을 기초로 가장 높은 두 개 순위이었다. 실제로, 5개의 가장 높은 순위의 항체 모두는 PDAC 대비 NC (p <4.47E-06 및 q <5.00E-04)에 대해 유의한 p- 및 q-값을 나타냈다. 컨센서스 서명 항체에 대한 후방 제거 순위 (BE-점수) 및 t-테스트 순위 (W- 점수)를 도 2d로 다함께 좌표화하였다. W-점수는 상위 5개 항체 이후에 BE-점수에서 이탈하기 시작하고, 다음으로 상관 관계를 상실하였다. 따라서, 5개의 가장 높은 순위의 항체 (프로퍼딘, VEGF, IL-8, C3 및 CHP-1)는 후방 제거 절차 및 단일변수 차별화 벌현 분석 둘 다에 의해 지시된 바와 같이, 컨센서스 서명의 매우 안정한 점수를 만든다. 그러나 현재의 데이터는 유사한 접근법으로 분석한 이전 데이터 세트와의 일관성을 유지하기 위해 PDAC 및 NC를 구별하는 민감성 및 상세하게 특이성의 견지에서 임상적으로 적절한 수준의 정확성에 도달하도록 서명 코아 부분이 정규의 마커로 보완될 필요가 있는 것을 보여준다.
췌장암의 I 내지 IV기 간의 구별
다른 질환 병기 간의 구별는 비-침습적 단계에서 췌장암을 진단할 수 있는 능력과 관련되기 때문에 매우 흥미롭다. 조기 진단을 위해 확인된 마커의 유의성을 평가하려는 시도로, 질환 병기에 따라 PDAC 시료를 계층화하였다. 하나씩-제거 교차 검증을 시행한 SVM은 모든 PDAC 병기가 NC와 분리되었고, 병기가 진행됨에 따라 분류 정확성이 증가하는 것으로 나타났으며 AUC 값은 각각 0.71, 0.86, 0.90 및 0.93으로 I, II, III, 및 IV기로부터 NC를 구별시켰다 (도 3a). 단계별 하위군의 구성은 I기에서 n = 11 내지 III기에서 n = 34의 범위를 갖는 더 작은 표본수를 생성하였다. 증가된 통계학적 능력을 위해, 초기 국한된 질환 (I기/II기)과 후기 침습성 질환 (III기/IV기)으로 분류가 수행되었다. 이들 군은 AUC 값이 0.80 (초기 단계) 및 0.96 (후기 단계)를 갖는 NC와 구별되었다.
도 3b는 NC와 비교할 때 적어도 하나의 병기군에서 유의한 (윌콕슨 p <0.05) 차별적인 단백질 수준을 전시하는 모든 항체를 나타낸다. 기술된 5가지 코아 후보 마커 (프로퍼딘, VEGF, IL-8, C3 및 CHP-1) 중 프러퍼딘은 모든 병기에서 하향-조절되었고, CHP-1은 모든 병기에서 상향-조절되었으며 IL-8은 III기/IV기에서만 하향-조절되었다.
이전의 병기 III/IV 백인 PDAC 환자의 혈청 마커에 관한 연구에서 C5가 후방 제거 필터링 분석에서 가장 두드러진 마커로서 선정되었던 반면, 현재 연구는 동일한 항체를 14번째로 선정하였던 점은 주목할만하다 (표 2) . 그러나, 병기-특이적 분석을 수행하였을 때 C5는 이전 연구와 일관된 후기 병기 질환에서만 상승 되는 것이 명백하였다 (Wingren 외. 2012 . 주목할 점은 병기-특이적 분석은 여러 초기 마커 후보 단백질, 예로 I/II기 질환에서 이미 측정가능한 BKT, CDK2, MAPK-8, AGAP-2, IL-13, IL-6, PTPRO, USP-7, MUC-1의 상승된 수준 및 Apo-A1 및 C1q의 감소된 수준을 지적하였다.
종양 위치와 관련된 마커
시료는 또한 췌장의 원발성 종양 위치에 의해 분류되었고, 췌장 두부에 위치한 종양으로부터의 혈장을 췌장의 체부 및/또는 말단에 위치한 종양과 비교하였다. 다른 위치 (경부 = 4, 경부 + 체부 = 1, 두부 + 말단 = 1)에 종양을 갖는 시료는 이 분석에서 제외되었다. 윌콕슨 p <0.05의 컷오프를 적용한 결과는 37개의 항체가 두부 대비 체부/말단에서 유의하게 상이한 수준의 강도를 보였다 (도 4). 두부 (n = 63) 대비 체부/말단 (n = 39) 위치한 종양의 AUC는 0.64 (p = 5.4e-3)이었다. SVM 분석에서 실험군이 명확하게 분리되지는 않았지만, 37개의 유의한 항체는 표본 형식 (혈장 / 혈장), 인종 (백인 / 아시아 인종), 공정 기술 (검정 프로토콜 및 장비) 및 데이터 처리 (정성화 과정)에 대한 차이에도 불구하고, 초기 연구에서 확인된 항체와 현저하게 잘 겹쳤다 (도 4) (Gerdtsson, 2015). 이전 연구와 상관 관계가 없는 유일한 단백질은, 혈장에서 상승하지만 두부 대비 체부/말단 국소적 종양에서는 혈청에서 감소된 것으로 밝혀진 C3이었다. 주목할 점은 두부 및 체부/말단 국소적 종양 간에 구별시키는 단백질 (도 4)은 또한 PDAC 대비 NC (표 2)를 대한 단백질 서명과도 구별되게 상이하였다.
백인과 중국인 인구집단에서 유래된 마커들 간의 상관 관계
본 발명자들은 다음으로 말기 PDAC 백인 집단에서 이전에 확인된 혈청 단백질 서명을 갖는 중국인 췌장암 개체에서 혈장 단백질 서명의 일치를 평가하였고, 건강한 대조군뿐만 아니라 췌장염을 갖는 환자와 비교하여 분석하였다 (Wingren et al., 2012). 주목할 점은, 항체 마이크로어레이 내용이 두 연구의 상관 관계 측정을 어렵게 만드는 이전의 연구 이후에 유의하게 확장되었다. 이전의 연구에는 현재 사용된 항체의 36%만이 포함되어 있었고, 예를 들어 코아 마커 CHP-1은 포함되지 않았다. 그러나, 다른 4가지 코아 서명 단백질 (프로퍼딘, VEGF, IL-8 및 C3)은 모두 이전에 발표된 혈청 PDAC 서명의 일부였다. 핵심 패널에 추가하여, 두 연구 (표 2)에서 25개의 가장 높은 순위의 항체를 비교할 때 두 인종 집단 간의 분명한 중첩이 있었으며, 혈액 기반 프로테오믹스 분석이 표본 기증자 (백인 / 아시아 인) 또는 표본 형식 (혈청 / 혈장)의 유전적 구성에 의해 덜 영향을 받는 것을 보여준다.
이전의 백인 집단에서, 또한 PDAC가 대조군 및 췌장염에서 모두 차별화될 수있는 것으로 나타났다 (Wingren et al., 2012) 본 발명자의 아시아 집단이 만성 췌장염 시료를 포함하지 않았기 때문에, 본 발명자들은 대신에 이번 연구 및 이전의 연구에 존재하는 유의한 (윌콕슨 P <0.05) 마커를 비교하였다 (Sandstrom et al., 2012; Wingren et al., 2012). 5가지의 마커 (C3, C5, IL-12, IL-8, 프로퍼딘)는 혈청 및 혈장 PDAC 시료뿐만 아니라 췌장염 시료에서도 공통적으로 발현되었다. 이 중첩에도 불구하고, PDAC-관련 단백질은 만성 췌장염과 비교하여 주목할만큼 상이하였다. 또한, 현재 및 이전의 연구는 마커의 하위 집합이 염증성 또는 관련되지 않은 적응증과 겹치는지 여부에 관계없이, 가장 명확한 정확성을 전달할 복합화된 서명에서 마커의 조합임을 입증하였다.
논의
두 가지 상보적인 전략은 혈장 마커 서명의 확인을 위해 초기에 사용되었고, (i) 검정법에서 각 항체에 대한 복수-테스트화 교정된 q-값을 생성하는 단일변수 차별화 발현 분석, 및 (ii) 마커의 최적의 조합을 찾도록 설계된 후방 제거 접근법이 사례 및 집단을 구별하는 정규의 정보로 기여한다 (Carlsson et al., 2011a). 두 가지 전략은 프로퍼딘, VEGF, IL-8, C3 및 CHP-1의 5가지 단백질의 견고한 코아 서명를 확인하는 결과를 가져왔다. 프로퍼딘 또는 보체인자 P는 두 가지 독립적인 연구에서 혈청 (Wingren et al., 2012) 및 혈장 (Gerdtsson et al, 미발표 관찰) 둘 다에서 강하게 하향-조절되는 것으로서 이전에 확인되었지만, 우리의 최선의 지식으로 별개로 존재하고, 이전에 PDAC와 연관되지 않았다. 대조적으로, 종양 성장의 혈관신생-의존성과 관련된 VEGF는 PDAC를 포함한 많은 암에서 기지의 상향조절되는 마커이다 (Itakura et al., 1997). 질량 분광분석법에 의해 특이성이 입증된 VEGF 항체도 역시 이전의 연구에서 PDAC에서 유의하게 상승된 VEGF 수준을 보여주었다 (Gerdtsson, 2015; Wingren et al., 2012). 또한, IL-8 및 보체인자 C3은 이전에 말기 췌장암과 연관된 것으로 관찰되었다 (Chen et al., 2013; Shaw et al., 2014; Wingren et al., 2012). 대조적으로, CHP-1, 칼시뉴린 상동단백질-1은 이전에 측정되지 않았으며 우리는 PDAC와의 연관성이 이 연구에서 새로운 것이라고 믿는다. CHP-1은 칼슘2+ 결합 패밀리의 일부이며, 다수의 세포내 구획에 국한되어 널리 발현되는 단백질이다. 세포막을 교차하여 트래피킹에 관여하는 것과는 별도로, 다능성일 수 있는 이 단백질의 기능은 대부분 알려져 있지 않다 (Jimenez-Vidal et al., 2010).
결과는 가장 높은 가능한 민감성 및 특이성을 달성하기 위해 코아 서명이 추가적인 단백질로 보충될 필요가 있음을 보여주었다. 본 명세서에서 약 23개의 마커가 PDAC 대비 NC의 최적의 구별을 제공하는 것으로 나타났다. 5개의 단백질 코아에 추가하여, 관심있는 여러 마커들이 확인되었다. Apo-A1은 모두 3개의 Apo-A1-특이적 항체 (q-값 0.003 내지 0.02)에 의해 나타난 바와 같이 가장 차별적으로 발현된 단백질 중 하나이었다. PDAC 환자로부터부터의 혈장에서 유의한 하향-조절은 이전에 관찰되었다 (Honda et al., 2012) (Gerdtsson et al, 미발표된 관찰). Apo-A1은 혈장에서 고밀도 지질단백질 (HDL)의 주성분이며 HDL의 감소된 수준은 심혈관 건강 상태의 악화와 관련이 있다. 따라서 본 연구에서 관찰된 감소된 Apo-A1 수준은 PDAC의 흡연 및 비만과의 연관성을 반영할 수 있다. 또 다른 강력하게 하향-조절되는 마커는 우리의 이전의 연구에 따라 보체인자 C1q이었다 (Wingren et al., 2012). Apo-A1과 C1q 둘 다가 단일변수 분석에 기초한 최고 마커 중 하나였더라도, 후방 제거 분석에서 유래된 컨센서스 서명에는 포함되지 않았으며, 이는 조합된 서명의 성능만을 고려한 것이고 개별 마커는 여기에 고려되지 않는 점이 주목할만하다. 대조적으로, MAPK-8은 둘 다의 접근법에서 높은 점수의 마커로서 확인되었다. 여러 세포적 과정과 신호전달 경로에 관여하는 세린/트레오닌 단백질 키나제인 MAPK-8은 다중 매개변수 검정법으로 이전에 분석되지 않았으며 차후의 연구에서 PDAC의 구별 능력과 역할이 검증될 필요가 다. 주목할 점은, 시료 하위군이 연령이 잘 매칭되었더라도 PDAC 및 NC군은 성별 분포가 왜곡되었다. PDAC와 NC의 분류 기준이 성별의 편향에 영향을 받는지 조사하기 위해 추가적인 Combat 정상화에 의해 성별 조정된 데이터 집합을 만들었다. 결과는 성별 조정된 데이터 집합에서 PDAC 대비 NC의 유의한 항체 목록이 고유의 데이터 집합과 매우 유사한 것을 분명히 보여주었다. 또한, SVM 기반의 분석은 남성 대비 여성이 PDAC 대비 NC와 비교하여 제대로 분리되지 않았 음도 역시 보여주었으며, 성별이 PDAC 대비 NC 분류기준의 교란 요인이 아님을 다시 보여준다.
우리의 최선의 지식으로는 이것이 혈장에서 병기-특이적 PDAC 마커를 확인한 최초의 프로테오믹스 연구이다. 조기 진단이 크게 PDAC 환자의 수명을 유의하게 증가시키기 때문에 (Furukawa et al., 1996; Shimizu et al., 2005), 정의된 I/II기와 관련된 마커는 임상적으로 적절한 테스트를 설계할 때 특히 중요하다. PDAC 병기에 따라 PDAC 대비 NC의 구별성이 증가하더라도, 정상 개체로부터 I / II기 환자를 여전히 구별할 수 있었다. 결과는 마이크로어레이 분석으로부터의 모든 데이터를 사용하여 작성되었지만 고능력의 서명에 압축될 수 있었다. AGAP-2, BTK, CDK-2, IL-13, IL-6, MUC-1, PTPRO, USP-7을 포함한 여러 단백질은 국소적으로 국한된 초기 암에서 특이적으로 상승되는 것으로 나타났다. 이들 중 네 가지, AGAP-2, CDK-2, PTPRO 및 USP7은 이전에 마이크로어레이 분석으로 측정되지 않았다. CDK-2 또는 사이클린-의존성 키나아제 2는 세포 주기를 조절하는 데 관여하고, CDK의 비정상적 활성화는 PDAC를 포함하는 많은 암의 잘 알려진 표식이다 (Feldmann et al., 2011). 나머지 새로운 마커는 이전에 PDAC와 특이적으로 연관되지 않았고, 이전에 확인되었던 PDAC 마커(Ingvarsson et al., 2008; Wingren et al., 2012)는 PDAC 사례의 90%에서 과다발현되는 MUC-1 (Winter et al., 2012), 사이토카인 IL-6 (Bellone et al., 2006) 및 IL-13 (Gabitass et al., 2011), 뿐만 아니라 티로신 키나제 BTK를 포함한다.
이번 연구의 초점은 실제로 병기-특이적 혈장 단백질의 확인과 절제가능한 췌장암과 전이된 질환 간을 구별하는 능력이었다. 그러나, 암 대비 췌장염의 감별 진단은 때로 어렵고, 상세하게 췌장의 염증에 초점을 맞춘 최근 연구에서 해독된 쟁점은 급성, 만성 및 자가면역성 췌장염과 정상 대조군을 명확히 구분하는 단백질 신호가 확인될 수 있음을 보여주었다 (Sandstrom et al., 2012). 중요하게, 염증 관련 단백질 서명은 또한 본 연구에서 I, II, III, IV기 연관된 마커 서명와 상이하였다. 이들 연구들은 췌장암 환자 및 상이한 췌장의 염증성 적응증을 갖는 환자, 뿐만 아니라 건강한 개체를 포함하는 대조군의 조합 간을 구별하는 서명을 확인하는 이전의 연구에 의해 추가로 지되었다(Wingren et al., 2012).
췌장에서 위치으로 인한 종양의 생물학적 다양성은 이미 입증되었다 (Ling et al., 2013). 췌장의 체부 및 말단에서 종양은 췌장 두부 (PDAC의 77%)에서 종양보다 희소하다 (Lau et al., 2010). 예로, 혈액 공급과 림프관 및 정맥 역류의 차이로 인해 황달이 적고 통증이 더 크며 알부민과 CEA 수준이 높고 CA19-9 수준이 더 낮아지는 체부 및 말단 종양과의 질환 표현에 차이가 있다 (Eyigor et al., 2010; Watanabe et al., 2004). 체부 및 말단 종양은 말기에 두부 종양보다 더 자주 발견되고, 전이 속도가 더 빠르다. 생물학적 차이가 다른 치료 효율을 초래할 수 있으므로 (Wu et al., 2007), 종양 위치를 구별할 수 있는 마커는 임상적으로 적절할 것이고, 개인화된 치료 전략을 도울 수 있다. 그러나, 유전자 수준에서 차이는 거의 발견되지 않았고, 돌연변이, 결실들 및 증폭들의 전반적인 숫자 또는 K-ras 점 돌연변이에서 유의한 변화도 전혀 없었다 (Ling et al., 2013). 본 발명에서 37개의 항체는 두부 및 체부/말단 종양 간의 단백질 발현 수준 차이를 나타내는 마커를 확인했으며, 이 발현 양상은 이전의 연구와 현저한 상관 관계가 있었다. 결론적으로, 이들 결과는 초기 질환 단계에서 체부/말단 및 두부 종양을 구별하는 혈액 단백질 바이오마커 서명의 향후 개발에 고무적이다.
인종 유전적 다양성은 잘 기술되어 있고, 환경적 요인에 추가하여 예로 세계의 다른 지역에서 암의 발생과 진행과 결합된다 (Gupta et al., 2014; Rastogi et al., 2004). 정반대로, 본 발명자들은 본원에서 아시아인 및 백인 출신의 PDAC 환자가 유사한 질환-관련 단백질 서명을 발현하는 것을 보여준다. 생물학적 이질성은 실제로 유전적 바이오마커에 대한 검색 장애물인 반면 (Gupta et al., 2014), 우리의 연구 결과는 유전적 돌연변이와 비교하여 전체 단백질 수준의 다양성이 적기 때문에 단백체 바이오마커가 더 견고하고 서로 다른 인종들 간에 전달가능할 수 있음을 가리킨다.
요약하면, 본 발명자들은 췌장암의 조기 진단에 중점을 둔 테스트를 위한 선결요건인, 절제가능한 췌장암 (I / II기)뿐만 아니라 국소적 진행성 (III기) 및 원거리 전이성 (IV 기) 질환이 처음으로 정확하게 구별될 수 있음을 밝혔다. 또한, 본 발명자들은 췌장에서 다른 종양 위치와 관련된 혈장 단백질 마커를 확인할 수 있는 정보를 제공한다.
SEQUENCE LISTING
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<213> Artificial Sequence
<220>
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<220>
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<223> Any amino acid
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Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Gly Asp Tyr
20 25 30
Ala Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Ser Ile Ser Ser Arg Gly Ser Tyr Ile Tyr Phe Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Lys Lys Lys Thr Gly Tyr Tyr Gly Leu Asp Ala Trp Gly Gln Gly
100 105 110
Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly
115 120 125
Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Ala
130 135 140
Ser Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Thr Gly Ser Ser
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Ser Xaa Ile Gly Ala Gly Tyr Asp Val His Trp Tyr Gln Gln Leu Pro
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Gly Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Gly Asn Ser Asn Arg Pro
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Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Gly Arg Tyr
20 25 30
Thr Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Ser Ile Ser Ser Ser Ser Ser Tyr Ile Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
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65 70 75 80
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Ala Arg His Phe Phe Glu Ser Ser Gly Gly Tyr Phe Asp Tyr Trp Gly
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Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro
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Ser Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Xaa Ala Asp Tyr Tyr
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Cys Ala Ala Trp Asp Asp Ser Leu Asn Gly Trp Val Phe Gly Gly Xaa
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Xaa Lys Leu Thr Val Leu Gly Glu Gln Lys Leu Ile Ser Xaa Xaa Xaa
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Leu Ser Gly Xaa Ala Ala
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1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
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Ala Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Ala Ile Ser Gly Ser Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
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Ala Arg Gly Gly Ala Arg Tyr Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val
100 105 110
Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly
115 120 125
Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Ala Ser Gly Thr
130 135 140
Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Ser Gly Ser Ser Ser Asn Ile
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Gly Ser Asn Thr Val Asn Trp Tyr Gln Gln Leu Pro Gly Thr Ala Pro
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Lys Leu Leu Ile Tyr Asp Asn Asn Lys Arg Pro Ser Gly Val Pro Asp
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Arg Phe Ser Gly Ser Lys Ser Gly Thr Ser Ala Ser Leu Ala Ile Ser
195 200 205
Gly Leu Arg Ser Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Gln Ser Tyr Asp
210 215 220
Asn Ile Leu Arg Gly Val Val Phe Gly Gly Gly Thr Lys Leu Thr Val
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Leu Xaa Glu Gln Lys Leu Ile Ser Glu Xaa Asp Leu Ser Gly Ser Ala
245 250 255
Ala
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Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
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Ala Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
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Ser Ala Ile Ser Gly Arg Gly Glu Tyr Thr Tyr Tyr Ala Gly Ser Val
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Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
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Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
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Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly
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Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Ala Ser Gly Thr
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Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Thr Gly Ser Ser Ser Asn Ile
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Gly Ala Gly Tyr Gly Val Gln Trp Tyr Gln Gln Leu Pro Gly Thr Ala
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<223> Any amino acid
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Trp Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
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Ser Ser Leu His Gly Gly Gly Asp Thr Phe Tyr Thr Asp Ser Val Lys
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Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr Leu
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<220>
<221> VARIANT
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<223> Any amino acids
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Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
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Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asp Tyr
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Gly Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
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Ser Gly Ile Ser Trp Asn Gly Gly Lys Thr His Tyr Val Asp Ser Val
50 55 60
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65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
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Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu
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Ser Cys Ser Gly Ser Ser Ser Asn Ile Gly Ser Asn Thr Ile Asn Trp
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Gly Thr Ser Ala Ser Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Glu
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Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
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Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
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Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
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Ala Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Ser Ile Ser Ser Arg Ser Asn Tyr Ile Tyr Tyr Ser Asp Ser Val
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Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
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Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly
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Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Ala Ser Gly Thr
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Gly Ala Asn Pro Val Ser Trp Tyr Gln Gln Leu Pro Gly Thr Ala Pro
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Gly Leu Arg Ser Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Gln Ser Tyr Asp
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Leu Xaa Glu Gln Lys Leu Ile Ser Glu Xaa Xaa Leu Ser Gly Ser Ala
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Ala
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Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
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Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
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Ala Arg Asn Phe Arg Phe Phe Asp Lys Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val
100 105 110
Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly
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Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Ala Ser Gly Thr
130 135 140
Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Ser Gly Gly Ser Ser Asn Ile
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Gly Ala Asn Pro Val Ser Trp Tyr Gln Gln Leu Pro Gly Thr Ala Pro
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Lys Leu Leu Ile Tyr Gly Asn Ser Asn Arg Pro Ser Gly Val Pro Asp
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Arg Phe Ser Gly Ser Lys Ser Gly Thr Ser Ala Ser Leu Ala Ile Ser
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Gly Leu Arg Ser Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Gln Ser Tyr Asp
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Ser Ser Leu Ser Gly Ser Val Phe Gly Gly Xaa Thr Lys Leu Thr Val
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<222> 220
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<220>
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<220>
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<220>
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<220>
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<223> Any amino acid
<220>
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<222> 293
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 295..297
<223> Any amino acids
<400> 14
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
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Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
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Gly Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
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Ser Gly Ile Asn Trp Asn Gly Gly Ser Thr Gly Tyr Ala Asp Ser Val
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<210> 15
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<213> Artificial Sequence
<220>
<223> IL-6 (2) scFv antibody
<220>
<221> VARIANT
<222> 238
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 248
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 254
<223> Any amino acid
<400> 15
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
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Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asn Tyr
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<220>
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<222> 262..263
<223> Any amino acids
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Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
20 25 30
Gly Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Gly Ile Thr Trp Asn Ser Gly Ser Ile Gly Tyr Val Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
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Ala Arg Gly Pro Ser Val Ala Ala Arg Arg Ile Gly Arg His Trp Tyr
100 105 110
Asn Trp Phe Asp Pro Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser
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Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln
130 135 140
Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Ala Ser Gly Thr Pro Gly Gln Arg
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Val Thr Ile Ser Cys Ser Gly Ser Ser Ser Asn Ile Gly Ser Asn Ser
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Val Tyr Trp Tyr Gln Gln Leu Pro Gly Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile
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Tyr Asp Asn Asn Lys Arg Pro Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly
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Ser Lys Ser Gly Thr Ser Ala Ser Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser
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Glu Xaa Xaa Ala Asp Tyr Tyr Cys Gln Ser Tyr Asp Ser Ser Leu Ser
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Gly Ser Val Phe Gly Gly Xaa Xaa Lys Leu Xaa Val Leu Gly Glu Gln
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Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asp Tyr
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Asn Ile His Trp Val Arg Gln Pro Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
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Ser Gly Val Ser Trp Asn Gly Ser Arg Thr His Tyr Ala Asp Ser Val
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Lys Gly Gln Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
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Ala Arg Asp Pro Ala Met Val Arg Gly Val Val Leu Pro Asn Tyr Tyr
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Gly Leu Asp Val Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly
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Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser
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Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Ala Ser Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val
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Thr Ile Ser Cys Thr Gly Ser Ser Ser Asn Ile Gly Ala Gly Tyr Asp
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Val His Trp Tyr Gln Gln Leu Pro Gly Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile
180 185 190
Tyr Gly His Ser Asn Arg Pro Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly
195 200 205
Ser Lys Ser Gly Thr Ser Ala Ser Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser
210 215 220
Glu Xaa Xaa Ala Asp Tyr Tyr Cys Gln Ser Tyr Asp Ser Ser Leu Ser
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Tyr Pro Val Phe Gly Gly Xaa Thr Lys Leu Thr Val Leu Gly Glu Gln
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<223> Any amino acids
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Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Asp Asp Tyr
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Gly Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
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Ser Leu Ile Ser Trp Asp Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
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Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly
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Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Ala Ala
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Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
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Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
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Glu Met Asn Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
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Ser Ser Ile Ser Ser Ser Ser Ser Tyr Ile Phe Tyr Ala Asp Ser Met
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Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln
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Gly Gly Xaa Thr Lys Leu Thr Val Leu Xaa Glu Gln Lys Leu Ile Ser
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Xaa Xaa Xaa Leu Ser Gly Ser Ala Ala
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<223> Any amino acid
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Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
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Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
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Ala Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
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Ser Ser Ile Ser Ser Ser Ser Ser Tyr Ile Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
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Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln
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Gly Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
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Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
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Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser
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Ala Ser Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Ser Gly Ser
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Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
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Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
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Gly Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
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Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly
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Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser
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Ala Ser Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Ser Gly Ser
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Gly Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Asp Asn Asn Lys Arg Pro Ser
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Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Lys Ser Gly Thr Ser Ala Ser
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Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys
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Gln Ser Tyr Asp Ser Ser Leu Gly Gly Trp Val Phe Gly Gly Xaa Thr
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Lys Leu Thr Val Leu Gly Glu Gln Lys Leu Ile Ser Glu Xaa Asp Leu
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Ser Gly Ser Ala Ala
260
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<223> IL-10 (1) scFv antibody
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<220>
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<222> 239
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 253..254
<223> Any amino acids
<400> 23
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Arg Ser Tyr
20 25 30
Val Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Ala Ile Ser Gly Ser Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
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Ala Arg Gly Lys Gly Arg Trp Ala Phe Asp Ile Trp Gly Gln Gly Thr
100 105 110
Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser
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Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Ala Ser
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Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Thr Gly Ser Ser Ser
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Asn Val Gly Ala Gly Tyr Asp Val His Trp Tyr Gln Gln Leu Pro Gly
165 170 175
Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Arg Asn Asn Gln Arg Pro Ser Gly
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Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Lys Ser Gly Thr Ser Ala Ser Leu
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Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Xaa Asp Xaa Ala Asp Tyr Tyr Cys Ala
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Ala Trp Asp Asp Ser Leu Ser Ala His Val Val Phe Gly Gly Xaa Thr
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Lys Leu Thr Val Leu Gly Glu Gln Lys Leu Ile Ser Xaa Xaa Asp Leu
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Ser Gly Ser Ala Ala
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<213> Artificial Sequence
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<220>
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<223> Any amino acid
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Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Arg Ser Tyr
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Val Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
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Ser Ala Ile Ser Gly Ser Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
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Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
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Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
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Ala Arg Gly Lys Gly Arg Trp Ala Phe Asp Ile Trp Gly Gln Gly Thr
100 105 110
Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser
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Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Ala Ser
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Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Thr Gly Ser Ser Ser
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165 170 175
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Ala Trp Asp Asp Ser Leu Ser Ala His Val Val Phe Gly Gly Xaa Thr
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<223> IL-10 (3) scFv antibody
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<221> VARIANT
<222> 218
<223> Any amino acid
<220>
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<220>
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<222> 245
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<220>
<221> VARIANT
<222> 253..254
<223> Any amino acids
<400> 25
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
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Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
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Ala Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
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Gly Ser Ala Ala
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<210> 26
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<213> Artificial Sequence
<220>
<223> IL-11 (1) scFv antibody
<220>
<221> VARIANT
<222> 231
<223> Any amino acid
<220>
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<222> 240
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 254
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 256
<223> Any amino acid
<400> 26
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asn Phe
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Gly Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
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Leu Ser Gly Ser Ala Ala
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<223> IL-11 (2) scFv antibody
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<222> 260..261
<223> Any amino acids
<400> 27
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
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Gly Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
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Ser Gly Thr Ser Ala Ser Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp
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Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Ala Ala Trp Asp Asp Ser Leu Asn Ala Trp
225 230 235 240
Val Phe Gly Gly Xaa Thr Lys Leu Thr Val Leu Gly Glu Gln Lys Leu
245 250 255
Ile Ser Glu Xaa Xaa Leu Ser Gly Ser Ala Ala
260 265
<210> 28
<211> 263
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> IL-11 (3) scFv antibody
<220>
<221> VARIANT
<222> 241
<223> Any amino acid
<400> 28
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asp Tyr
20 25 30
Tyr Met Ser Trp Ile Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ala Tyr Ile Ser Gly Ile Ser Gly Tyr Thr Asn Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Arg Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Lys Ser Lys Asp Trp Val Asn Gly Gly Glu Met Asp Val Trp Gly
100 105 110
Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly
115 120 125
Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro
130 135 140
Ser Ala Ser Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Thr Gly
145 150 155 160
Ser Ser Ser Asn Ile Gly Ala Gly Tyr Val Val His Trp Tyr Gln Gln
165 170 175
Leu Pro Gly Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Ser Asn Asn Gln Arg
180 185 190
Pro Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Lys Ser Gly Thr Ser
195 200 205
Ala Ser Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Glu Ala Asp Tyr
210 215 220
Tyr Cys Ala Ala Trp Asp Asp Ser Leu Arg Gly Trp Val Phe Gly Gly
225 230 235 240
Xaa Thr Lys Leu Thr Val Leu Gly Glu Gln Lys Leu Ile Ser Glu Glu
245 250 255
Asp Leu Ser Gly Ser Ala Ala
260
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<211> 256
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> IL-12 (1) scFv antibody
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<221> VARIANT
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<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
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<223> Any amino acid
<400> 29
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
20 25 30
Ser Met Asn Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Ala Ile Gly Thr Gly Gly Gly Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val Lys
50 55 60
Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr Leu
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Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys Ala
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Arg Ala Phe Arg Ala Phe Asp Ile Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr
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115 120 125
Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Ala Ser Gly Thr Pro
130 135 140
Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Ser Gly Ser Arg Ser Asn Ile Gly
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Asn Asn Phe Val Ser Trp Tyr Gln Gln Leu Pro Gly Thr Ala Pro Lys
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Leu Leu Ile Tyr Gly Asn Ser Asn Arg Pro Ser Gly Val Pro Asp Arg
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Phe Ser Gly Ser Lys Ser Gly Thr Ser Ala Ser Leu Ala Ile Ser Gly
195 200 205
Leu Arg Ser Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Ala Ala Trp Asp Asp
210 215 220
Ser Leu Ser Gly Pro Val Phe Gly Gly Xaa Thr Lys Leu Thr Val Leu
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Gly Glu Gln Lys Leu Ile Ser Glu Xaa Asp Leu Ser Gly Ser Ala Ala
245 250 255
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<213> Artificial Sequence
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<223> IL-12 (2) scFv antibody
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<223> Any amino acids
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1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asp Tyr
20 25 30
Tyr Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
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Ser Gly Val Ser Trp Asn Gly Ser Arg Thr His Tyr Ala Asp Ser Val
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100 105 110
Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly
115 120 125
Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser
130 135 140
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Ser Ser Asn Ile Gly Ala Gly Tyr Asp Val His Trp Tyr Gln Gln Leu
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Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Lys Ser Gly Thr Ser Ala
195 200 205
Ser Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr
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Cys Ala Ala Trp Asp Asp Arg Val Asn Gly Arg Val Phe Gly Gly Gly
225 230 235 240
Thr Lys Leu Thr Val Leu Gly Glu Gln Lys Leu Ile Ser Glu Xaa Xaa
245 250 255
Leu Ser Gly Ser Ala Ala
260
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<212> PRT
<213> Artificial Sequence
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<223> IL-13 (1) scFv antibody
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Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
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Ser Met Asn Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
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Ser Ser Ile Ser Ser Gly Ser Ser Tyr Ile Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
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Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro
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Gly Ser Ser Ser Asn Ile Gly Ser Asn Thr Val Asn Trp Tyr Gln Gln
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Pro Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Lys Ser Gly Thr Ser
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Tyr Cys Glu Thr Trp Gly Gln
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Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
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Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
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Ser Met Asn Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
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Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro
130 135 140
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Gly Ser Ser Ser Asn Ile Gly Ser Asn Thr Val Asn Trp Tyr Gln Gln
165 170 175
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Pro Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Lys Ser Gly Thr Ser
195 200 205
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Ser Gly Ser Ala Xaa Ala His His His His His His Ser Xaa Arg Xaa
260 265 270
Pro Ile Xaa Xaa Ile Val Ser Xaa Ile Thr Ile His Xaa Xaa Ser Phe
275 280 285
Xaa Asn Val Val Thr Gly Lys Xaa Xaa Ala Leu Pro Xaa Xaa Xaa Ala
290 295 300
Leu Gln His Ile Pro Xaa Xaa Xaa Ala Xaa Xaa Xaa Xaa
305 310 315
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<212> PRT
<213> Artificial Sequence
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<223> IL-13 (3) scFv antibody
<220>
<221> VARIANT
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<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 254
<223> Any amino acid
<400> 33
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
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Ser Met Asn Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Ser Ile Ser Ser Gly Ser Ser Tyr Ile Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
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65 70 75 80
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115 120 125
Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro
130 135 140
Pro Ser Ala Ser Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Ser
145 150 155 160
Gly Ser Ser Ser Asn Ile Gly Ser Asn Thr Val Asn Trp Tyr Gln Gln
165 170 175
Leu Pro Gly Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Ser Asn Asn Gln Arg
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Pro Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Lys Ser Gly Thr Ser
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Tyr Cys Glu Thr Trp Asp Ser Asn Thr Gln Ile Phe Gly Gly Xaa Thr
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<220>
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<220>
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<220>
<221> VARIANT
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<223> Any amino acid
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Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Asn
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Glu Met Ser Trp Ile Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Ser Ile Ser Gly Ser Gly Gly Phe Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
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65 70 75 80
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100 105 110
Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly
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Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser
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Ser Ser Asn Ile Gly Ala Gly Tyr Asp Val His Trp Tyr Gln Gln Leu
165 170 175
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Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Xaa Ser Gly Thr Ser Ala
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Ser Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr
210 215 220
Cys Ala Ala Trp Asp Asp Ser Leu Ser Val Pro Met Phe Gly Gly Xaa
225 230 235 240
Thr Lys Leu Thr Val Leu Gly Glu Gln Lys Leu Ile Ser Glu Xaa Asp
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Leu Ser Gly Ser Ala Ala
260
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<213> Artificial Sequence
<220>
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<220>
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<220>
<221> VARIANT
<222> 206
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 222
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 243
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 252
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 258..259
<223> Any amino acids
<400> 35
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
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Ser Met Asn Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
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Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln
130 135 140
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195 200 205
Thr Ser Ala Ser Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Xaa Glu Ala
210 215 220
Asp Tyr Tyr Cys Gln Ser Tyr Asp Gly Ser Leu Ser Gly Ser Val Phe
225 230 235 240
Gly Gly Xaa Thr Lys Leu Thr Val Leu Gly Glu Xaa Lys Leu Ile Ser
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<220>
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<220>
<221> VARIANT
<222> 238
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 242
<223> Any amino acid
<400> 36
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
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Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Thr Tyr
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Leu Xaa Val Leu Gly Glu Gln Lys Leu Ile Ser Glu Glu Asp Leu Ser
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Gly Ser Ala Ala
260
<210> 37
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<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> TGF-beta1 (2) scFv antibody
<220>
<221> VARIANT
<222> 241
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 252
<223> Any amino acid
<400> 37
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Gly Asp Tyr
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Ala Met Ser Trp Phe Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
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Ser Gly Val Ser Trp Asn Gly Ser Arg Thr His Tyr Ala Asp Ser Val
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100 105 110
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Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Ala Ser Gly
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245 250 255
Ser Ala Ala
<210> 38
<211> 267
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> TGF-beta1 (3) scFv antibody
<220>
<221> VARIANT
<222> 225
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 245
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 259..261
<223> Any amino acids
<400> 38
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asp Tyr
20 25 30
Tyr Ile Gly Trp Ile Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
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85 90 95
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100 105 110
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115 120 125
Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu
130 135 140
Thr Gln Pro Pro Ser Ala Ser Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile
145 150 155 160
Ser Cys Thr Gly Ser Ser Ser Asn Ile Gly Ala Asn Tyr Asp Val His
165 170 175
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180 185 190
Asn Asn Gln Arg Pro Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Lys
195 200 205
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<213> Artificial Sequence
<220>
<223> TNF-alpha (1) scFv antibody
<220>
<221> VARIANT
<222> 191
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 200
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 237
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 244
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 251..252
<223> Any amino acids
<400> 39
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Asp Asp Tyr
20 25 30
Gly Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ala Val Ile Ser Tyr Asp Gly Ser Asn Lys Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Thr Arg His Leu Gly Ser Ala Met Gly Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Leu
100 105 110
Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly
115 120 125
Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Ala Ser Gly
130 135 140
Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Thr Gly Ser Ser Ser Asn
145 150 155 160
Ile Gly Ala Gly Tyr Asp Val His Trp Tyr Gln Gln Leu Pro Gly Thr
165 170 175
Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Gly Asn Ser Asn Arg Pro Ser Xaa Val
180 185 190
Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Xaa Ser Gly Thr Ser Ala Ser Leu Ala
195 200 205
Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Gln Ser
210 215 220
Tyr Asp Ser Ser Leu Ser Gly Trp Val Phe Gly Gly Xaa Thr Lys Leu
225 230 235 240
Thr Val Leu Xaa Glu Gln Lys Leu Ile Ser Xaa Xaa Asp Leu Ser Gly
245 250 255
Ser Ala Ala
<210> 40
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<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> TNF-alpha (2) scFv antibody
<220>
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<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
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<220>
<221> VARIANT
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<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 254..255
<223> Any amino acids
<400> 40
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
20 25 30
Gly Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Ala Ile Ser Gly Ser Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
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85 90 95
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100 105 110
Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly
115 120 125
Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser
130 135 140
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145 150 155 160
Ser Ser Asn Ile Gly Ser Asn Thr Val Thr Trp Tyr Gln Gln Leu Pro
165 170 175
Gly Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Gly Asn Thr Asn Arg Leu Ser
180 185 190
Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Lys Ser Gly Thr Ser Ala Ser
195 200 205
Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys
210 215 220
Glu Ala Trp Asp Asp Lys Leu Phe Gly Pro Val Phe Gly Gly Xaa Thr
225 230 235 240
Xaa Leu Thr Val Leu Xaa Glu Gln Lys Leu Ile Ser Glu Xaa Xaa Leu
245 250 255
Ser Gly Ser Ala Ala
260
<210> 41
<211> 261
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
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<220>
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<220>
<221> VARIANT
<222> 248
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 253..255
<223> Any amino acids
<400> 41
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
20 25 30
Trp Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Gly Val Asn Trp Asn Gly Ser Arg Thr His Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Ser Ile Arg Ala Asn Tyr Tyr Tyr Gly Met Asp Val Trp Gly Gln
100 105 110
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115 120 125
Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser
130 135 140
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145 150 155 160
Ser Ser Asn Ile Gly Ser His Pro Val Asn Trp Tyr Gln Gln Leu Pro
165 170 175
Gly Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Gly Asn Ser Asn Arg Pro Ser
180 185 190
Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Lys Ser Gly Thr Ser Ala Ser
195 200 205
Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys
210 215 220
Ala Ala Trp Asp Ala Ser Leu Ser Gly Trp Val Phe Gly Gly Gly Xaa
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Ser Gly Ser Ala Ala
260
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<220>
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<220>
<221> VARIANT
<222> 254..255
<223> Any amino acids
<400> 42
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
20 25 30
Gly Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
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100 105 110
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165 170 175
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210 215 220
Ala Trp Asp Asp Ser Leu Ile Gly Leu Val Val Phe Gly Gly Xaa Thr
225 230 235 240
Lys Leu Thr Val Leu Gly Glu Gln Lys Leu Ile Ser Glu Xaa Xaa Leu
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Ser Gly Ser Ala Ala
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Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
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Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys
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Leu Xaa Val Leu Gly Glu Gln Lys Leu Ile Ser Xaa Glu Asp Leu Ser
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<220>
<221> VARIANT
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<220>
<221> VARIANT
<222> 253..254
<223> Any amino acids
<400> 44
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Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
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Ala Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
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65 70 75 80
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100 105 110
Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly
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Ser Asn Ile Gly Ala Gly Tyr Asp Val His Trp Tyr Gln Gln Leu Pro
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Gly Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Asn Asp Asn Gln Arg Pro Ser
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Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Lys Ser Gly Thr Ser Ala Ser
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Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Xaa Ala Asp Tyr Tyr Cys
210 215 220
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225 230 235 240
Leu Thr Val Leu Gly Glu Xaa Lys Leu Ile Ser Glu Xaa Xaa Leu Ser
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Gly Ser Ala Ala
260
<210> 45
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<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> TNF-beta (1) scFv antibody
<220>
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<220>
<221> VARIANT
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<220>
<221> VARIANT
<222> 228
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 239
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 253..254
<223> Any amino acids
<400> 45
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Phe
20 25 30
Ala Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Ala Ile Ser Gly Ser Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
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100 105 110
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115 120 125
Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro
130 135 140
Ser Ala Ser Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Ser Gly
145 150 155 160
Ser Thr Ser Asn Ile Gly Asn Ser His Val Tyr Trp Tyr Gln Gln Leu
165 170 175
Pro Gly Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Gly Asn Ser Asn Arg Pro
180 185 190
Ser Xaa Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Xaa Ser Gly Thr Ser Ala
195 200 205
Ser Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr
210 215 220
Cys Ser Ser Xaa Ala Gly Ser Asn Asn Leu Val Phe Gly Gly Xaa Thr
225 230 235 240
Lys Leu Thr Val Leu Gly Glu Gln Lys Leu Ile Ser Xaa Xaa Asp Leu
245 250 255
Ser Gly Ser Ala Ala
260
<210> 46
<211> 258
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> TNF-beta (2) scFv antibody
<220>
<221> VARIANT
<222> 236
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 243
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 250..252
<223> Any amino acids
<400> 46
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
20 25 30
Ala Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Ala Ile Ser Gly Ser Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Ser Pro Tyr Tyr Gly Met Asp Val Trp Gly Gln Gly Thr Leu
100 105 110
Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly
115 120 125
Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Ala Ser Gly
130 135 140
Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Thr Gly Ser Ser Ser Asn
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Ile Gly Ala Gly Tyr Asp Val His Trp Tyr Gln Gln Leu Pro Gly Thr
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Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Lys Ser Gly Thr Ser Ala Ser Leu Ala
195 200 205
Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Ser Ser
210 215 220
Tyr Gly Gly Arg Asp Asn Val Val Phe Gly Gly Xaa Thr Lys Leu Thr
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Val Leu Xaa Glu Gln Lys Leu Ile Ser Xaa Xaa Xaa Leu Ser Gly Ser
245 250 255
Ala Ala
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<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> IL-1ra (1) scFv antibody
<220>
<221> VARIANT
<222> 240
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 244
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 247
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 254
<223> Any amino acid
<400> 47
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Asp Thr His
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Trp Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
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Ser Ala Ile Ser Gly Ser Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
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Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
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Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
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Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser
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Ser Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr
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Thr Lys Leu Xaa Val Leu Xaa Glu Gln Lys Leu Ile Ser Xaa Glu Asp
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Leu Ser Gly Ser Ala Ala
260
<210> 48
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<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> IL-1ra (2) scFv antibody
<220>
<221> VARIANT
<222> 217
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 227
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 237
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 251..254
<223> Any amino acids
<400> 48
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Lys Tyr
20 25 30
Ala Met Thr Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Ala Ile Ser Gly Ser Gly Gly Asn Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
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Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser
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195 200 205
Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Xaa Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys
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225 230 235 240
Thr Val Leu Gly Glu Gln Lys Leu Ile Ser Xaa Xaa Xaa Xaa Ser Gly
245 250 255
Ser Ala Ala
<210> 49
<211> 263
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> IL-1ra (3) scFv antibody
<220>
<221> VARIANT
<222> 241..242
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 245
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 248
<223> Any amino acid
<400> 49
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Val Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
20 25 30
Ser Met Asn Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ala Gly Ile Gly Gly Arg Gly Ala Thr Thr Tyr Tyr Val Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Leu Arg Val Val Pro Ala Ala Arg Phe Asp Tyr Trp Gly Gln
100 105 110
Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly
115 120 125
Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser
130 135 140
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145 150 155 160
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165 170 175
Gly Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Gly Asn Ser Asn Arg Pro Ser
180 185 190
Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Lys Ser Gly Thr Ser Ala Ser
195 200 205
Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys
210 215 220
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Asp Leu Ser Gly Ser Ala Ala
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<213> Artificial Sequence
<220>
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<220>
<221> VARIANT
<222> 241
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 256
<223> Any amino acid
<400> 50
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asn His
20 25 30
Ala Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Gly Val Ser Trp Asn Gly Ser Arg Thr His Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
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Ala Arg Ala Ala Leu Val Gln Gly Val Lys His Ala Phe Glu Ile Trp
100 105 110
Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly
115 120 125
Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro
130 135 140
Pro Ser Ala Ser Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Ser
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Gly Ser Ser Ser Asn Ile Gly Ser Asn Thr Val Asn Trp Tyr Gln Gln
165 170 175
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Tyr Cys Ala Ser Trp Asp Asp Arg Leu Ser Gly Leu Val Phe Gly Gly
225 230 235 240
Xaa Thr Lys Leu Thr Val Leu Gly Glu Gln Lys Leu Ile Ser Glu Xaa
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Asp Leu Ser Gly Ser Ala Ala
260
<210> 51
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<213> Artificial Sequence
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<222> 241
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
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<223> Any amino acid
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1 5 10 15
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35 40 45
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100 105 110
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Asp Leu Ser Gly Ser Ala Ala
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115 120 125
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130 135 140
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<223> Any amino acid
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Gly Ser Ser Ser Asn Ile Gly Asn Asn Ala Val Asn Trp Tyr Gln Gln
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Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Ala Ser
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<223> IL-1beta (1) scFv antibody
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<223> Any amino acid
<220>
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<220>
<221> VARIANT
<222> 254..255
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<400> 57
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
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Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
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Ala Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
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65 70 75 80
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100 105 110
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Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Ala
130 135 140
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<213> Artificial Sequence
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<223> IL-1beta (2) scFv antibody
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<222> 247
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
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<220>
<221> VARIANT
<222> 252
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 261
<223> Any amino acid
<400> 58
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
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Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Arg Tyr
20 25 30
Val Met Thr Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
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Ser Leu Ile Ser Gly Gly Gly Ser Ala Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Met
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<213> Artificial Sequence
<220>
<223> IL-1beta (3) scFv antibody
<220>
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<222> 242
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 249
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 257..258
<223> Any amino acids
<400> 59
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
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Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
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Thr Gly Ser Ser Ser Asn Ile Gly Ala Gly Tyr Asp Leu His Trp Tyr
165 170 175
Gln Gln Leu Pro Gly Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Arg Asn Asn
180 185 190
Gln Arg Pro Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Lys Ser Gly
195 200 205
Thr Ser Ala Ser Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Glu Ala
210 215 220
Asp Tyr Tyr Cys Ser Ser Tyr Val Asp Asn Asn Asn Leu Val Phe Gly
225 230 235 240
Gly Xaa Thr Lys Leu Thr Val Leu Xaa Glu Gln Lys Leu Ile Ser Glu
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260
<210> 60
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<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Eotaxin (1) scFv antibody
<220>
<221> VARIANT
<222> 206
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 243
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 257..258
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 262
<223> Any amino acid
<400> 60
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
20 25 30
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35 40 45
Ser Gly Val Ser Trp Asn Gly Ser Arg Thr His Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
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65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Val Lys Gly Lys Gly Thr Ile Ala Met Pro Gly Arg Ala Arg Val Gly
100 105 110
Trp Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly
115 120 125
Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr
130 135 140
Gln Pro Pro Ser Ala Ser Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser
145 150 155 160
Cys Ser Gly Ser Ser Ser Asn Ile Gly Asn Asn Ala Val Asn Trp Tyr
165 170 175
Gln Gln Leu Pro Gly Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Ala Asn Ser
180 185 190
Asn Arg Pro Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Xaa Ser Gly
195 200 205
Thr Ser Ala Ser Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Glu Ala
210 215 220
Asp Tyr Tyr Cys Ala Ala Trp Asp Asp Ser Leu Ser Gly Pro Val Phe
225 230 235 240
Gly Gly Xaa Thr Lys Leu Thr Val Leu Gly Glu Gln Lys Leu Ile Ser
245 250 255
Xaa Xaa Asp Leu Ser Xaa Ser Ala Ala
260 265
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<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Eotaxin (2) scFv antibody
<220>
<221> VARIANT
<222> 199
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<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
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<220>
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<220>
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<222> 299
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<221> VARIANT
<222> 301..303
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 311..312
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 314..316
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 318..322
<223> Any amino acids
<400> 61
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ala Tyr
20 25 30
Trp Met Thr Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Val Ile Tyr Ser Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val Lys
50 55 60
Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr Leu
65 70 75 80
Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys Ala
85 90 95
Arg Gln Thr Gln Gln Glu Tyr Phe Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Leu
100 105 110
Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly
115 120 125
Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Ala Ser Gly
130 135 140
Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Phe Gly Ser Asn Ser Asn
145 150 155 160
Ile Gly Ser Ser Thr Val Asn Trp Tyr Gln Gln Leu Pro Gly Thr Ala
165 170 175
Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Asp Asn Asp Lys Arg Pro Ser Gly Val Pro
180 185 190
Asp Arg Phe Ser Gly Ser Xaa Ser Gly Thr Ser Ala Ser Leu Ala Ile
195 200 205
Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Ala Ala Trp
210 215 220
Asp Asp Ser Leu Asn Gly Pro Val Phe Gly Gly Xaa Thr Lys Leu Thr
225 230 235 240
Val Leu Gly Glu Gln Lys Leu Ile Ser Xaa Xaa Xaa Leu Ser Gly Ser
245 250 255
Xaa Ala Ala His His His His His His Ser Pro Arg Xaa Pro Ile Arg
260 265 270
Pro Ile Val Ser Xaa Xaa Thr Ile His Trp Pro Ser Phe Tyr Asn Val
275 280 285
Xaa Thr Gly Lys Xaa Xaa Xaa Leu Pro Asn Xaa Ile Xaa Xaa Xaa His
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Ile Pro Leu Ser Pro Ala Xaa Xaa Ile Xaa Xaa Xaa Pro Xaa Xaa Xaa
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Xaa Xaa
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<212> PRT
<213> Artificial Sequence
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<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 239
<223> Any amino acid
<400> 62
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Arg Gly Tyr
20 25 30
Ala Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Gly Val Ser Trp Asn Gly Ser Arg Thr His Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Ala Pro Ala Val Ala Gly Trp Phe Asp Pro Trp Gly Gln Gly
100 105 110
Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly
115 120 125
Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Ala
130 135 140
Ser Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Ser Gly Ser Ser
145 150 155 160
Ser Asn Ile Gly Ser His Thr Val Asn Trp Tyr Gln Gln Leu Pro Gly
165 170 175
Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Arg Asn Asn Gln Arg Pro Ser Gly
180 185 190
Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Lys Ser Gly Thr Ser Ala Ser Leu
195 200 205
Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Xaa Ala Asp Tyr Tyr Cys Ala
210 215 220
Ala Trp Asp Asp Ser Leu Ser Gly Arg Val Xaa Gly Gly Gly Xaa Lys
225 230 235 240
Leu Thr Val Leu Gly Glu Gln Lys Leu Ile Ser Glu Glu Asp Leu Ser
245 250 255
Gly Ser Ala Ala
260
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<212> PRT
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<223> Any amino acids
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Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
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Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
20 25 30
Gly Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ala Val Ile Ser Asn Asp Gly Thr Lys Lys Asp Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
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Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro
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Ser Ala Ser Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Thr Gly
145 150 155 160
Ser Ser Ser Asn Ile Gly Ala Gly Ser Asp Val His Trp Tyr Gln Gln
165 170 175
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Ser Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Lys Ser Gly Thr Ser
195 200 205
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210 215 220
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Xaa Thr Lys Leu Thr Val Leu Gly Glu Gln Lys Leu Ile Ser Glu Xaa
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Xaa Leu Ser Gly Ser Ala Ala
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Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
20 25 30
Ala Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Ala Ile Ser Gly Ser Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Asp Asn Asp Tyr Ser Ser Asp Thr Phe Asp Tyr Trp Gly Gln
100 105 110
Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly
115 120 125
Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser
130 135 140
Ala Phe Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Ser Gly Ser
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Ser Ser Asn Ile Gly Ser Asp Tyr Val Tyr Trp Tyr Gln Gln Leu Pro
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Gly Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Ser Asp Asn Gln Arg Pro
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Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asn Tyr
20 25 30
Gly Met Asn Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Gly Val Ser Trp Asn Gly Ser Arg Thr His Tyr Val Asp Ser Val
50 55 60
Lys Arg Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Pro Arg Leu Arg Ser His Asn Tyr Tyr Gly Met Asp Val Trp
100 105 110
Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly
115 120 125
Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro
130 135 140
Pro Ser Ala Ser Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Ser
145 150 155 160
Gly Ser Ser Phe Lys Ser Gly Lys Asn Tyr Val Ser Trp Tyr Gln Gln
165 170 175
Leu Pro Gly Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Arg Asn Asn Gln Arg
180 185 190
Pro Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Lys Ser Gly Thr Ser
195 200 205
Ala Ser Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Glu Ala Asp Tyr
210 215 220
Tyr Cys Ala Ala Trp Asp Val Arg Val Lys Gly Val Ile Phe Gly Gly
225 230 235 240
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Asp Leu Ser Gly Ser Ala Ala
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<220>
<221> VARIANT
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<220>
<221> VARIANT
<222> 251..252
<223> Any amino acids
<400> 66
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
20 25 30
Ala Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Gly Val Ser Trp Asn Gly Ser Arg Thr His Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Gly Gly His Gln Gln Leu Gly Gln Trp Gly Gln Gly Thr Leu
100 105 110
Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly
115 120 125
Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Ala Ser Gly
130 135 140
Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Ser Gly Ser Ser Ser Asn
145 150 155 160
Ile Gly Asn Asn Tyr Val Ser Trp Tyr Gln Gln Leu Pro Gly Thr Ala
165 170 175
Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Arg Asp Ser Arg Arg Pro Ser Gly Val Pro
180 185 190
Asp Arg Phe Ser Gly Ser Lys Ser Gly Thr Ser Ala Ser Leu Ala Ile
195 200 205
Ser Gly Leu Arg Ser Glu Xaa Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Ala Ala Trp
210 215 220
Asp Asp Ser Leu Lys Gly Trp Leu Phe Gly Gly Xaa Thr Lys Leu Thr
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Val Leu Xaa Glu Gln Lys Leu Ile Ser Glu Xaa Xaa Leu Ser Gly Ser
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Ala Ala
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<223> Any amino acid
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Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
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Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
20 25 30
Ala Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
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Ser Tyr Ile Ser Ser Ser Ser Ser Tyr Thr Asn Tyr Ala Asp Ser Val
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Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
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Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
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100 105 110
Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly
115 120 125
Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser
130 135 140
Ala Ser Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Ser Gly Ser
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Ser Ser Asn Ile Gly Arg Asn Thr Val Asn Trp Tyr Gln Gln Leu Pro
165 170 175
Gly Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Gly Asn Ser Asn Arg Arg Ser
180 185 190
Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Lys Ser Gly Thr Ser Ala Ser
195 200 205
Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys
210 215 220
Ala Ala Trp Asp Asp Ser Leu Ser Gly Val Val Phe Gly Gly Xaa Thr
225 230 235 240
Lys Leu Thr Val Leu Xaa Glu Gln Lys Leu Ile Ser Glu Xaa Asp Leu
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Ser Gly Ser Ala Ala
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<220>
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<223> Any amino acid
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Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asn Tyr
20 25 30
Gly Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
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Ala Val Ile Ser Tyr Asp Gly Ser Asn Lys Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
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Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly
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Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser
130 135 140
Ala Ser Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Ser Gly Ser
145 150 155 160
Ser Ser Asn Ile Gly Thr Asn Pro Val Asn Trp Tyr Gln Gln Leu Pro
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Gly Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Asp Asn Asn Lys Arg Pro Ser
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Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Lys Ser Gly Thr Ser Ala Ser
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Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Xaa Ala Asp Tyr Tyr Cys
210 215 220
Ala Ala Trp Asp Asp Ser Leu Ser Gly Val Val Phe Gly Gly Xaa Thr
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Lys Leu Thr Val Leu Gly Glu Gln Lys Leu Ile Ser Xaa Glu Asp Leu
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Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
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Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Thr Tyr
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Gly Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
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Ser Gly Val Ser Trp Asn Gly Ser Arg Thr His Tyr Val Asn Ser Val
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Lys Arg Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
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Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
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Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser
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Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln
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Ser Ala Ser Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Xaa Ala Asp
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Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
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Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Leu Ser Ser Asn
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Tyr Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
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Ser Gly Ile Ser Ala Ser Gly His Ser Thr His Tyr Ala Asp Ser Gly
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Lys Ala Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
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Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
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<213> Artificial Sequence
<220>
<223> MCP-3 (3) scFv antibody
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<221> VARIANT
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<223> Any amino acid
<220>
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<222> 238..239
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 254..255
<223> Any amino acids
<400> 71
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ile Tyr
20 25 30
Trp Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ala Tyr Ile Gly Gly Ile Ser Asn Thr Val Ser Tyr Ser Asp Ser Val
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Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
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Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly
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Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro
130 135 140
Pro Ser Ala Ser Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Ser
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Gly Ser Ser Ser Asn Ile Gly Thr Asn Ser Val Phe Trp Tyr Gln Gln
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Leu Pro Gly Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Gly Asn Asn Asn Arg
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Pro Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Lys Ser Gly Thr Ser
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Ala Ser Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Xaa Ala Asp Tyr
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Tyr Cys Met Ile Trp His Ser Ser Ala Ser Val Phe Gly Xaa Xaa Thr
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Lys Leu Thr Val Leu Gly Glu Gln Lys Leu Ile Ser Glu Xaa Xaa Leu
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Ser Gly Ser Ala Ala
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<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> beta-galactosidase scFv antibody
<220>
<221> VARIANT
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<223> Any amino acid
<220>
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<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 243
<223> Any amino acid
<400> 72
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
20 25 30
Ala Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ala Val Ile Ala Tyr Asp Gly Ile Asn Glu Tyr Tyr Gly Asp Ser Val
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Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
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100 105 110
Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser
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Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Ala Ser
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Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Ser Gly Ser Ser Ser
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Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Asp Asn His Lys Arg Pro Ser Gly Val
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Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Xaa Ser Gly Thr Ser Ala Ser Leu Ala
195 200 205
Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Ala Ala
210 215 220
Trp Asp Asp Asn Ser Trp Val Phe Gly Gly Xaa Thr Lys Leu Thr Val
225 230 235 240
Leu Gly Xaa Tyr Lys Asp Asp Asp Asp Lys Ala Ala
245 250
<210> 73
<211> 305
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Angiomotin (1) scFv antibody
<220>
<221> VARIANT
<222> 201
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 218
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 238
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 248
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 261..262
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 267..268
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 281
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 292
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 294..295
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 298
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 300..302
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 304..305
<223> Any amino acids
<400> 73
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asp His
20 25 30
Tyr Met Asp Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Gly Val Ser Trp Asn Gly Ser Arg Thr His Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Asp Thr Trp Ala Tyr Gly Ala Phe Asp Ile Trp Gly Gln Gly
100 105 110
Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly
115 120 125
Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Ala
130 135 140
Ser Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Ser Gly Ser Asn
145 150 155 160
Ser Asn Ile Gly Arg Asn Thr Val Asn Trp Tyr Gln Gln Leu Pro Gly
165 170 175
Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Arg Asp Asn Gln Arg Pro Ser Gly
180 185 190
Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Xaa Ser Gly Thr Pro Ala Ser Leu
195 200 205
Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Xaa Ala Asp Tyr Tyr Cys Ala
210 215 220
Ala Trp Asp Val Ser Leu Asn Gly Trp Val Phe Gly Gly Xaa Thr Lys
225 230 235 240
Leu Thr Val Leu Gly Asp Tyr Xaa Asp His Asp Gly Asp Tyr Lys Asp
245 250 255
His Asp Ile Asp Xaa Xaa Asp Asp Asp Asp Xaa Xaa Ala Ala His His
260 265 270
His His His His Ser Pro Arg Trp Xaa Ile Arg Pro Ile Val Ser Arg
275 280 285
Ile Thr Ile Xaa Trp Xaa Xaa Phe Tyr Xaa Val Xaa Xaa Xaa Lys Xaa
290 295 300
Xaa
305
<210> 74
<211> 320
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Angiomotin (2) scFv antibody
<220>
<221> VARIANT
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<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
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<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
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<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 268
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<221> VARIANT
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<220>
<221> VARIANT
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<220>
<221> VARIANT
<222> 287
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 289
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 292..294
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 298..299
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 304..309
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 311..312
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 315..317
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 319..320
<223> Any amino acids
<400> 74
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Asn Asp Tyr
20 25 30
Tyr Met Thr Trp Ile Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Tyr Ile Ser Ser Ser Gly Ser Thr Ile Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Glu Arg Leu Pro Asp Val Phe Asp Val Trp Gly Gln Gly Thr
100 105 110
Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser
115 120 125
Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Ala Ser
130 135 140
Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Ser Gly Ser Gly Ser
145 150 155 160
Asn Ile Gly Thr Asn Ser Val Ser Trp Tyr Gln Gln Leu Pro Gly Thr
165 170 175
Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Phe Asp Asp Leu Leu Pro Ser Gly Val
180 185 190
Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Lys Ser Gly Thr Ser Ala Ser Leu Ala
195 200 205
Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Ala Ala
210 215 220
Trp Asp Asp Ser Leu Ser Gly Val Val Phe Gly Gly Xaa Thr Lys Leu
225 230 235 240
Thr Val Leu Gly Xaa Tyr Lys Asp His Asp Gly Asp Tyr Lys Asp His
245 250 255
Asp Ile Asp Tyr Lys Asp Asp Asp Xaa Lys Ala Xaa Ala His His His
260 265 270
His His His Ser Pro Arg Xaa Xaa Xaa Arg Xaa Ile Val Ser Xaa Ile
275 280 285
Xaa Ile His Xaa Xaa Xaa Phe Tyr Asn Xaa Xaa Thr Gly Lys Thr Xaa
290 295 300
Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Ile Xaa Xaa Ala Ala Xaa Xaa Xaa Phe Xaa Xaa
305 310 315 320
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<211> 256
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
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<220>
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<223> Any amino acid
<220>
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<220>
<221> VARIANT
<222> 251
<223> Any amino acid
<400> 75
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Gly Asp Phe
20 25 30
Ala Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ala Asn Ile Lys Gln Asp Gly Ser Val Lys Tyr Tyr Val Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Phe Leu Ala Gly Phe Tyr Tyr Gly Met Asp Val Trp Gly Gln
100 105 110
Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly
115 120 125
Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser
130 135 140
Ala Ser Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Ser Gly Ser
145 150 155 160
Asp Ser Asn Ile Gly Gly Asn Thr Val Asn Trp Tyr Gln Gln Leu Pro
165 170 175
Gly Met Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Tyr Asp Asp Leu Leu Pro Ser
180 185 190
Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Lys Ser Gly Thr Ser Ala Ser
195 200 205
Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys
210 215 220
Ala Ala Tyr Asp Asp Thr Met Asn Gly Trp Gly Phe Gly Gly Xaa Thr
225 230 235 240
Lys Leu Thr Val Leu Gly Xaa Tyr Lys Asp Xaa Asp Asp Lys Ala Ala
245 250 255
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<211> 261
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Integrin alpha-10 scFv antibody
<220>
<221> VARIANT
<222> 239
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 254
<223> Any amino acid
<400> 76
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Thr Tyr
20 25 30
Asn Met Asn Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Thr Ile Ser Gly Ser Gly Gly Arg Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Asp Arg Val Ala Thr Leu Asp Ala Phe Asp Ile Trp Gly Gln
100 105 110
Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly
115 120 125
Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser
130 135 140
Ala Ser Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Ser Gly Ser
145 150 155 160
Ser Ser Asn Ile Gly Ser Asn Ser Val Ser Trp Tyr Gln Gln Leu Pro
165 170 175
Gly Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Ser Asn Asn Gln Arg Pro Ser
180 185 190
Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Lys Ser Gly Thr Ser Ala Ser
195 200 205
Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys
210 215 220
Ala Ala Trp Asp Asp Ser Leu Ser Gly Val Val Phe Gly Gly Xaa Thr
225 230 235 240
Lys Leu Thr Val Leu Gly Glu Gln Lys Leu Ile Ser Glu Xaa Asp Leu
245 250 255
Ser Gly Ser Ala Ala
260
<210> 77
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<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Integrin alpha-11 scFv antibody
<220>
<221> VARIANT
<222> 202
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 232
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 240
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 247
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 255..256
<223> Any amino acids
<400> 77
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Arg Arg Asp
20 25 30
Trp Met Ser Trp Val Arg Gln Val Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Val Ile Ser Gly Ser Asp Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Ser Tyr Ser Pro Leu Gly Asn Trp Phe Asp Ser Trp Gly Gln Gly
100 105 110
Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly
115 120 125
Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Ala
130 135 140
Ser Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Thr Gly Ser Ser
145 150 155 160
Ser Asn Ile Gly Ala Gly Tyr Asp Val His Trp Tyr Gln Gln Leu Pro
165 170 175
Gly Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Ser Asp Thr Tyr Arg Pro Ser
180 185 190
Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Xaa Ser Gly Thr Ser Ala Ser
195 200 205
Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys
210 215 220
Gln Ser Tyr Asp Ser Ser Leu Xaa Gly Phe Val Val Phe Gly Gly Xaa
225 230 235 240
Thr Lys Leu Thr Val Leu Xaa Glu Gln Lys Leu Ile Ser Glu Xaa Xaa
245 250 255
Leu Ser Gly Ser Ala Ala
260
<210> 78
<211> 257
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> IgM (1) scFv antibody
<220>
<221> VARIANT
<222> 235
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 239
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 249..251
<223> Any amino acids
<400> 78
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asp Tyr
20 25 30
Tyr Met Ser Trp Ile Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Ala Ile Gly Ser Gly Pro Tyr Tyr Ala His Ser Val Arg Asp Arg
50 55 60
Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr Leu Gln Met
65 70 75 80
Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys Ala Arg Gly
85 90 95
Gly Val Glu Ala Ser Phe Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr
100 105 110
Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly
115 120 125
Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Ala Ser Gly Thr Pro
130 135 140
Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Thr Gly Ser Ser Ser Asn Ile Gly
145 150 155 160
Ala Gly Tyr Asp Val His Trp Tyr Gln Gln Leu Pro Gly Thr Ala Pro
165 170 175
Lys Leu Leu Ile Tyr Gly Asn Thr Asn Arg Pro Ser Gly Val Pro Asn
180 185 190
Arg Phe Ser Gly Ser Lys Ser Gly Thr Ser Ala Ser Leu Ala Ile Ser
195 200 205
Gly Leu Arg Ser Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Gln Ser Tyr Asp
210 215 220
Asn Asp Leu Ser Gly Trp Val Phe Gly Gly Xaa Thr Lys Leu Xaa Val
225 230 235 240
Leu Gly Glu Gln Lys Leu Ile Ser Xaa Xaa Xaa Leu Ser Gly Ser Ala
245 250 255
Ala
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<211> 261
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> LDL (1) scFv antibody
<220>
<221> VARIANT
<222> 254..255
<223> Any amino acids
<400> 79
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asp Tyr
20 25 30
Tyr Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Gly Val Ser Trp Asn Gly Ser Arg Thr His Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Ala Ala Arg Tyr Ser Tyr Tyr Tyr Tyr Gly Met Asp Val Trp
100 105 110
Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly
115 120 125
Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro
130 135 140
Pro Ser Ala Ser Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Ser
145 150 155 160
Gly Ser Ser Ser Asn Ile Gly Asn Asn Ala Val Asn Trp Tyr Gln Gln
165 170 175
Leu Pro Gly Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Gly Asn Asp Arg Arg
180 185 190
Pro Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Lys Ser Gly Thr Ser
195 200 205
Ala Ser Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Glu Ala Asp Tyr
210 215 220
Tyr Cys Gln Thr Trp Gly Thr Gly Arg Gly Val Phe Gly Gly Gly Thr
225 230 235 240
Lys Leu Thr Val Leu Gly Glu Gln Lys Leu Ile Ser Glu Xaa Xaa Leu
245 250 255
Ser Gly Ser Ala Ala
260
<210> 80
<211> 275
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> LDL (2) scFv antibody
<220>
<221> VARIANT
<222> 198
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 207
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 224
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 244
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 251..252
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 261
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 270..271
<223> Any amino acids
<400> 80
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asn Ala
20 25 30
Trp Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Ser Ile Ser Thr Ser Ser Asn Tyr Ile Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
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Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
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Ala Arg Val Lys Lys Tyr Ser Ser Gly Trp Tyr Ser Asn Tyr Ala Phe
100 105 110
Asp Ile Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly
115 120 125
Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu
130 135 140
Thr Gln Pro Pro Ser Ala Ser Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile
145 150 155 160
Ser Cys Ser Gly Ser Ser Ser Ser Ile Gly Asn Asn Phe Val Ser Trp
165 170 175
Tyr Gln Gln Leu Pro Gly Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Asp Asn
180 185 190
Asn Lys Arg Pro Ser Xaa Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Xaa Ser
195 200 205
Gly Thr Ser Ala Ser Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Xaa
210 215 220
Ala Asp Tyr Tyr Cys Ala Ala Trp Asp Asp Ser Leu Asn Gly Trp Val
225 230 235 240
Phe Gly Gly Xaa Thr Lys Leu Thr Val Leu Xaa Xaa Tyr Lys Asp His
245 250 255
Asp Gly Asp Tyr Xaa Asp His Asp Ile Asp Tyr Lys Asp Xaa Xaa Asp
260 265 270
Lys Ala Ala
275
<210> 81
<211> 262
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> PSA scFv antibody
<220>
<221> VARIANT
<222> 207
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 245
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 257..258
<223> Any amino acids
<400> 81
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Arg Ser Tyr
20 25 30
Glu Met Asn Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ala Val Ile Gly Gly Asn Gly Val Asp Thr Asp Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Val Arg Glu Glu Val Asp Phe Trp Ser Gly Tyr Tyr Ser Tyr Gly Met
100 105 110
Asp Val Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly
115 120 125
Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu
130 135 140
Thr Gln Pro Pro Ser Ala Ser Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile
145 150 155 160
Ser Cys Ser Gly Ser Ser Ser Asn Ile Gly Asp Asn Phe Val Ser Trp
165 170 175
Tyr Gln Gln Leu Pro Gly Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Arg Thr
180 185 190
Asn Gly Arg Pro Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Xaa Ser
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Gly Thr Ser Ala Ser Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Glu
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Val Phe Gly Gly Xaa Thr Lys Leu Thr Val Leu Gly Asp Tyr Lys Asp
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Xaa Xaa Asp Lys Ala Ala
260
<210> 82
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<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Lewis x (1) scFv antibody
<220>
<221> VARIANT
<222> 238
<223> Any amino acid
<400> 82
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asn Tyr
20 25 30
Trp Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ala Asn Ile Lys Glu Asp Gly Ser Glu Lys Tyr Tyr Val Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Glu Gly Glu Thr Ser Phe Gly Leu Asp Val Trp Gly Gln Gly
100 105 110
Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly
115 120 125
Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Ala
130 135 140
Ser Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Ser Gly Ser Ser
145 150 155 160
Ser Asn Ile Gly Ser Asn Thr Val Asn Trp Tyr Gln Gln Leu Pro Gly
165 170 175
Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Ser Asn Asn Gln Arg Pro Ser Gly
180 185 190
Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Lys Ser Gly Thr Ser Ala Ser Leu
195 200 205
Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Ala
210 215 220
Ser Trp Asp Asp Ser Leu Ser Gly Trp Val Phe Gly Gly Xaa Thr Lys
225 230 235 240
Leu Thr Val Leu Gly Asp Tyr Lys Asp Asp Asp Asp Lys Ala Ala
245 250 255
<210> 83
<211> 258
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Lewis x (2) scFv antibody
<220>
<221> VARIANT
<222> 219
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 241
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 249
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 253..254
<223> Any amino acids
<400> 83
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Arg Tyr
20 25 30
Trp Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ala Asn Ile Lys Pro Asp Gly Ser Glu Gln Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Glu Gly Leu Ser Ser Gly Trp Ser Tyr Gly Met Asp Val Trp
100 105 110
Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly
115 120 125
Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro
130 135 140
Pro Ser Ala Ser Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Ser
145 150 155 160
Gly Ser Asn Ser Asn Ile Gly Ser Asn Thr Val Asn Trp Tyr Gln Gln
165 170 175
Leu Pro Gly Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Thr Asn Ile Asn Arg
180 185 190
Pro Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Lys Ser Gly Thr Ser
195 200 205
Ala Ser Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Xaa Asp Glu Ala Asp Tyr
210 215 220
Tyr Cys Ala Thr Trp Asp Asp Ser Leu Ser Gly Trp Val Phe Gly Gly
225 230 235 240
Xaa Thr Lys Leu Thr Val Leu Gly Xaa Tyr Lys Asp Xaa Xaa Asp Lys
245 250 255
Ala Ala
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<211> 258
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Lewis y scFv antibody
<220>
<221> VARIANT
<222> 220
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
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<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
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<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 252
<223> Any amino acid
<400> 84
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Ser Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
20 25 30
Thr Leu His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Tyr Val
35 40 45
Ser Ala Ile Ser Ser Asn Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Ser Asp Val Tyr Gly Asp Tyr Pro Arg Gly Leu Asp Tyr Trp Gly
100 105 110
Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly
115 120 125
Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro
130 135 140
Ser Ala Ser Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Ser Gly
145 150 155 160
Thr Thr Ser Asn Ile Gly Ser Asn Tyr Val His Trp Tyr Gln Gln Leu
165 170 175
Pro Gly Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Gly Asn Asn Asn Arg Pro
180 185 190
Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Lys Ser Gly Thr Ser Ala
195 200 205
Ser Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Xaa Ala Asp Tyr Tyr
210 215 220
Cys Gln Ser Tyr Asp Arg Ser Leu Gly Gly Leu Arg Val Phe Gly Gly
225 230 235 240
Xaa Thr Lys Leu Thr Val Leu Xaa Asp Tyr Lys Xaa Asp Asp Asp Lys
245 250 255
Ala Ala
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<211> 294
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<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Sialle x scFv antibody
<220>
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<220>
<221> VARIANT
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<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 252
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 258
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 265..272
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 274..291
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 293..294
<223> Any amino acids
<400> 85
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Leu Ser Ser Tyr
20 25 30
Ala Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Ser Ile Ser Ser Gly Asn Ser Tyr Ile Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Gly Arg Gly Arg Gly Gly Gly Phe Glu Leu Trp Gly Gln Gly
100 105 110
Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly
115 120 125
Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Ala
130 135 140
Ser Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Ser Gly Ser Ser
145 150 155 160
Ser Asn Ile Gly Thr Tyr Thr Val Asn Trp Tyr Gln Gln Leu Pro Gly
165 170 175
Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Ser Asn Asn Gln Arg Pro Ser Gly
180 185 190
Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Lys Ser Gly Thr Ser Ala Ser Leu
195 200 205
Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Xaa Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Ser
210 215 220
Ser Asn Ala Gly Ile Asp Asn Ile Leu Phe Gly Gly Xaa Thr Lys Leu
225 230 235 240
Thr Val Leu Gly Glu Gln Lys Leu Ile Ser Glu Xaa Asp Leu Ser Gly
245 250 255
Ser Xaa Ala Ala His His His His Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa
260 265 270
Ile Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa
275 280 285
Xaa Xaa Xaa Leu Xaa Xaa
290
<210> 86
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<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> TM peptide scFv antibody
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<221> VARIANT
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<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 188
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 196..197
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
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<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 233
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
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<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
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<220>
<221> VARIANT
<222> 255..257
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<220>
<221> VARIANT
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<223> Any amino acid
<400> 86
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
20 25 30
Gly Phe His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Leu Ile Ser Trp Asp Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Gly Thr Trp Phe Asp Pro Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr
100 105 110
Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly
115 120 125
Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Ala Ser Gly Thr Pro
130 135 140
Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Ser Gly Ser Ser Ser Xaa Ile Gly
145 150 155 160
Asn Asn Ala Val Asn Trp Tyr Gln Gln Leu Pro Gly Thr Ala Pro Lys
165 170 175
Leu Leu Ile Tyr Arg Asn Asn Gln Arg Pro Ser Xaa Val Pro Asp Arg
180 185 190
Phe Ser Gly Xaa Xaa Ser Gly Thr Ser Ala Ser Leu Ala Ile Xaa Gly
195 200 205
Leu Arg Ser Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Ala Ala Trp Asp Asp
210 215 220
Ser Leu Ser Trp Val Phe Gly Gly Xaa Thr Lys Leu Thr Val Leu Gly
225 230 235 240
Asp Xaa Xaa Thr Met Xaa Val Ile Ile Lys Ile Met Thr Ser Xaa Xaa
245 250 255
Xaa Met Thr Met Xaa Arg Arg Pro
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<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Procathepsin W scFv antibody
<220>
<221> VARIANT
<222> 200
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 237
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 245
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 248
<223> Any amino acid
<400> 87
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
20 25 30
Ala Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Ser Met Ser Ala Ser Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Asp Arg Gly Ser Tyr Gly Met Asp Val Trp Gly Gln Gly Thr
100 105 110
Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser
115 120 125
Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Ala Ser
130 135 140
Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Ser Gly Ser Thr Ser
145 150 155 160
Asn Ile Gly Ser Tyr Ala Val Asn Trp Tyr Gln Gln Leu Pro Gly Thr
165 170 175
Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Gly Asn Asn Asn Arg Pro Ser Gly Val
180 185 190
Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Xaa Ser Gly Thr Ser Ala Ser Leu Ala
195 200 205
Ile Ser Gly Pro Arg Ser Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Ala Ala
210 215 220
Trp Asp Asp Ser Leu Asn Gly Gly Val Phe Gly Gly Xaa Thr Lys Leu
225 230 235 240
Thr Val Leu Gly Xaa Tyr Lys Xaa Asp Asp Asp Lys Ala Ala
245 250
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<211> 188
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> BTK (1) scFv antibody
<220>
<221> VARIANT
<222> 166
<223> Any amino acid
<400> 88
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asn Tyr
20 25 30
Ala Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Gly Ile Asn Trp Asn Gly Gly Ser Thr Gly Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Lys His Leu Lys Arg Tyr Ser Gly Ser Ser Tyr Leu Phe Asp Tyr
100 105 110
Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser
115 120 125
Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln
130 135 140
Pro Pro Ser Ala Ser Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys
145 150 155 160
Ser Gly Ser Ser Ser Xaa Ile Gly Ser Asn Tyr Val Tyr Trp Tyr Gln
165 170 175
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<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Digoxin scFv antibody
<220>
<221> VARIANT
<222> 236
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 250..252
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 255
<223> Any amino acid
<400> 89
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
20 25 30
Ala Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ala Val Ile Trp His Asp Gly Ser Ser Lys Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Ala Thr Gly Asp Gly Phe Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Leu
100 105 110
Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly
115 120 125
Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Ala Ser Gly
130 135 140
Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Ser Gly Ser Ser Ser Asn
145 150 155 160
Ile Gly Ser Asn Tyr Val Tyr Trp Tyr Gln Gln Leu Pro Gly Thr Ala
165 170 175
Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Arg Asn Asn Gln Arg Pro Ser Gly Val Pro
180 185 190
Asp Arg Phe Ser Gly Ser Lys Ser Gly Thr Ser Ala Ser Leu Ala Ile
195 200 205
Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Ala Ala Trp
210 215 220
Asp Asp Ser Leu Asn Gly Val Val Phe Gly Gly Xaa Thr Lys Leu Thr
225 230 235 240
Val Leu Gly Glu Gln Lys Leu Ile Ser Xaa Xaa Xaa Leu Ser Xaa Ser
245 250 255
Ala Ala
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<211> 262
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> GLP-1 R scFv antibody
<220>
<221> VARIANT
<222> 245
<223> Any amino acid
<400> 90
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Arg Ser Tyr
20 25 30
Gly Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Gly Leu Ser Trp Asn Ser Ala Gly Thr Gly Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Lys Glu Met Gly Asn Asn Trp Asp His Ile Asp Tyr Trp Gly Gln
100 105 110
Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly
115 120 125
Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser
130 135 140
Ala Ser Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Thr Gly Ser
145 150 155 160
Ser Ser Asn Ile Gly Ala Gly Tyr Asp Val His Trp Tyr Gln Gln Leu
165 170 175
Pro Gly Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Gly Asn Ser Asn Arg Pro
180 185 190
Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Lys Ser Gly Thr Ser Ala
195 200 205
Ser Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr
210 215 220
Cys Ala Ala Trp Asp Asp Gly Leu Ser Gly Pro Val Phe Gly Gly Gly
225 230 235 240
Thr Lys Leu Thr Xaa Leu Gly Glu Gln Lys Leu Ile Ser Glu Glu Asp
245 250 255
Leu Ser Gly Ser Ala Ala
260
<210> 91
<211> 260
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> GLP-1 scFv antibody
<220>
<221> VARIANT
<222> 238
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 245
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 252
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 254
<223> Any amino acid
<400> 91
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Asn Ser Tyr
20 25 30
Gly Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Ala Ile Ser Gly Ser Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Glu Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Ser Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Val Thr Arg Asn Ala Val Phe Gly Phe Asp Val Trp Gly Gln Gly Thr
100 105 110
Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser
115 120 125
Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Ala Ser
130 135 140
Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Thr Gly Ser Ser Ser
145 150 155 160
Asn Ile Gly Ala Gly Phe Asp Val His Trp Tyr Gln Gln Leu Pro Gly
165 170 175
Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Asp Asn Asn Lys Arg Pro Ser Gly
180 185 190
Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Lys Ser Gly Thr Ser Ala Ser Leu
195 200 205
Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Gln
210 215 220
Ser Phe Asp Ser Ser Leu Ser Gly Val Val Phe Gly Gly Xaa Thr Lys
225 230 235 240
Leu Thr Val Leu Xaa Glu Gln Lys Leu Ile Ser Xaa Glu Xaa Leu Ser
245 250 255
Gly Ser Ala Ala
260
<210> 92
<211> 320
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> C1q scFv antibody
<220>
<221> VARIANT
<222> 197
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 223
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 244
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 259..260
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 267..268
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 283
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 286
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 289..290
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 295..300
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 302..303
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 306..307
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 309..311
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 313
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 315..320
<223> Any amino acids
<400> 92
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Asp Asp Tyr
20 25 30
Gly Met Ser Trp Val Arg Gln Val Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Ala Ile Ser Gly Ser Gly Ala Thr Thr Phe Tyr Ala His Ser Val
50 55 60
Gln Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Gly Gly Arg Gly Tyr Asp Trp Pro Ser Gly Ala Phe Asp Ile
100 105 110
Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser
115 120 125
Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln
130 135 140
Pro Pro Ser Ala Ser Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys
145 150 155 160
Thr Gly Ser Ser Ser Asn Ile Gly Ala Gly Tyr Asp Val His Trp Tyr
165 170 175
Gln Gln Leu Pro Gly Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Glu Asn Asn
180 185 190
Lys Arg Pro Ser Xaa Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Lys Ser Gly
195 200 205
Thr Ser Ala Ser Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Xaa Ala
210 215 220
Asp Tyr Tyr Cys Ala Ala Trp Asp Asp Ser Val Asn Gly Tyr Val Val
225 230 235 240
Phe Gly Gly Xaa Thr Lys Leu Thr Val Leu Gly Glu Gln Lys Leu Ile
245 250 255
Ser Glu Xaa Xaa Leu Ser Gly Ser Ala Ala Xaa Xaa His His His His
260 265 270
His Ser Pro Arg Trp Pro Ile Arg Pro Ile Xaa Ser Arg Xaa Thr Ile
275 280 285
Xaa Xaa Pro Ser Phe Tyr Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Thr Xaa Xaa Leu
290 295 300
Pro Xaa Xaa Ile Xaa Xaa Xaa His Xaa Pro Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa
305 310 315 320
<210> 93
<211> 262
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> C1s scFv antibody
<220>
<221> VARIANT
<222> 202
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 240..241
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 247
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 250
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 254..256
<223> Any amino acids
<400> 93
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
20 25 30
Ala Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Gly Val Ser Trp Asn Gly Ser Arg Thr His Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg His Met Lys Ala Ala Ala Tyr Val Phe Glu Ile Trp Gly Gln
100 105 110
Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly
115 120 125
Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser
130 135 140
Ala Ser Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Ser Gly Ser
145 150 155 160
Ser Ser Asn Ile Gly Ser Thr Ala Val Asn Trp Tyr Gln Gln Leu Pro
165 170 175
Gly Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Ser Asn Asn Lys Arg Pro Ser
180 185 190
Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Xaa Ser Gly Thr Ser Ala Ser
195 200 205
Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys
210 215 220
Ala Ala Trp Asp Asp Arg Leu Asn Gly Asn Val Leu Phe Gly Gly Xaa
225 230 235 240
Xaa Lys Leu Thr Val Leu Xaa Glu Gln Xaa Leu Ile Ser Xaa Xaa Xaa
245 250 255
Leu Ser Gly Ser Ala Ala
260
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<220>
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<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 253..255
<223> Any amino acids
<400> 94
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
20 25 30
Ala Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Ser Val Thr Gly Ser Gly Gly Gly Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
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65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
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Ala Arg Tyr Arg Trp Phe Gly Asn Asp Ala Phe Asp Ile Trp Gly Gln
100 105 110
Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly
115 120 125
Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser
130 135 140
Ala Ser Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Ser Gly Ser
145 150 155 160
Ala Ser Asn Leu Gly Met His Phe Val Ser Trp Tyr Gln Gln Leu Pro
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Gly Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Gly Asn Ser Asn Arg Pro Ser
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Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Lys Ser Gly Thr Ser Ala Ser
195 200 205
Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys
210 215 220
Ala Ala Trp Asp Asp Thr Leu Asn Ile Trp Val Phe Gly Gly Xaa Thr
225 230 235 240
Lys Leu Thr Val Leu Gly Glu Gln Lys Leu Ile Ser Xaa Xaa Xaa Leu
245 250 255
Ser Gly Ser Ala Ala
260
<210> 95
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<212> PRT
<213> Artificial Sequence
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<223> Any amino acid
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Arg Met Ile Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
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Ser Ser Ile Ser Gly Ser Asn Thr Tyr Ile His Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Arg Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
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Ser Ser Ser Asn Ile Gly Lys His Pro Val Asn Trp Tyr Gln Gln Leu
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Ser Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Xaa Ala Asp Tyr Tyr
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Asp Leu Ser Gly Ser Ala Ala
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<223> Any amino acids
<400> 96
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Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
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<220>
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Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro
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Ser Ala Ser Leu Ala Ile Xaa Gly Leu Arg Ser Glu Asp Xaa Ala Asp
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Gly Xaa Xaa Lys Leu Thr Val Leu Xaa Glu Gln Lys Leu Ile Ser Glu
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Xaa Xaa Leu Ser Gly Ser Xaa Ala
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<220>
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<220>
<221> VARIANT
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<400> 99
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
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Ser Leu Xaa Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asp Tyr
20 25 30
Tyr Met Ser Trp Ile Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
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100 105 110
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115 120 125
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130 135 140
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145 150 155 160
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180 185 190
Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Lys Ser Gly Thr Ser Ala Ser
195 200 205
Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Xaa Xaa Ala Asp Tyr Tyr Cys
210 215 220
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225 230 235 240
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Ser Xaa Ser Ala Ala
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Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Xaa Ala Asp Tyr Tyr Cys
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<220>
<221> VARIANT
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Ser Gly Trp Val Phe Gly Gly Xaa Thr Lys Leu Thr Val Leu Xaa Glu
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Gln Lys Leu Ile Ser Xaa Glu Asp Leu Ser Gly Ser Ala Ala
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<212> PRT
<213> Artificial Sequence
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<220>
<221> VARIANT
<222> 3
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<220>
<221> VARIANT
<222> 214..215
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 225
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 237
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 241
<223> Any amino acid
<400> 103
Glu Val Xaa Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
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Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
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Gly Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
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65 70 75 80
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130 135 140
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165 170 175
Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Ser Asp Asn Gln Arg Pro Ser Gly Val Pro
180 185 190
Asp Arg Phe Ser Gly Ser Lys Ser Gly Thr Ser Ala Ser Leu Ala Ile
195 200 205
Ser Gly Leu Arg Ser Xaa Xaa Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Ala Ala Trp
210 215 220
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225 230 235 240
Xaa Val Leu Gly Glu Gln Lys Leu Ile Ser Glu Glu Asp Leu Ser Gly
245 250 255
Ser Ala Ala
<210> 104
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<213> Artificial Sequence
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<221> VARIANT
<222> 204
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 220..221
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 241
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 245
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 255..257
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 260
<223> Any amino acid
<400> 104
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Arg Tyr
20 25 30
Gly Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ala Val Ile Ser Tyr Asp Gly Ser Asn Lys Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg His Gly Tyr Gly Asp Ser Arg Ser Ala Phe Asp Ile Trp Gly
100 105 110
Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly
115 120 125
Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro
130 135 140
Ser Ala Ser Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Thr Gly
145 150 155 160
Ser Ser Ser Asn Ile Gly Ala Gly Tyr Asp Val His Trp Tyr Gln Gln
165 170 175
Leu Pro Gly Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Arg Asn Asn Gln Arg
180 185 190
Pro Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Xaa Ser Gly Thr Ser
195 200 205
Ala Ser Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Xaa Xaa Ala Asp Tyr
210 215 220
Tyr Cys Gln Ser Tyr Asp Ser Ser Leu Ser Arg Trp Val Phe Gly Gly
225 230 235 240
Xaa Thr Lys Leu Xaa Val Leu Gly Glu Gln Lys Leu Ile Ser Xaa Xaa
245 250 255
Xaa Leu Ser Xaa Ser Ala Ala
260
<210> 105
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<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> IL-1a (3) scFv antibody
<220>
<221> VARIANT
<222> 169
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 199
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 208
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 227
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 233
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 239
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 244
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 258..260
<223> Any amino acids
<400> 105
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
20 25 30
Ser Met Asn Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Tyr Ile Ser Ser Ser Ser Ser Tyr Thr Asn Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Ser Val Thr Arg Arg Ala Gly Tyr Tyr Tyr Tyr Tyr Ser Gly
100 105 110
Met Asp Val Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly
115 120 125
Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val
130 135 140
Leu Thr Gln Pro Pro Ser Ala Ser Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr
145 150 155 160
Ile Ser Cys Ser Gly Ser Ser Ser Xaa Ile Gly Ser Asn Thr Val Asn
165 170 175
Trp Tyr Gln Gln Leu Pro Gly Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Arg
180 185 190
Asn Asn Gln Arg Pro Ser Xaa Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Xaa
195 200 205
Ser Gly Thr Ser Ala Ser Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp
210 215 220
Glu Ala Xaa Tyr Tyr Cys Ser Ser Xaa Ala Gly Ser Asn Ser Xaa Val
225 230 235 240
Phe Gly Gly Xaa Thr Lys Leu Thr Val Leu Gly Glu Gln Lys Leu Ile
245 250 255
Ser Xaa Xaa Xaa Leu Ser Gly Ser Ala Ala
260 265
<210> 106
<211> 260
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> IL-6 (3) scFv antibody
<220>
<221> VARIANT
<222> 219
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 238
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 253..254
<223> Any amino acids
<400> 106
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asn Tyr
20 25 30
Gly Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Ser Ile Thr Ser Ser Gly Asp Gly Thr Tyr Phe Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Ala Gly Gly Ile Ala Ala Ala Tyr Ala Phe Asp Ile Trp Gly
100 105 110
Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly
115 120 125
Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro
130 135 140
Ser Ala Ser Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Ser Gly
145 150 155 160
Ser Ser Ser Asn Val Gly Ser Asn Tyr Val Tyr Trp Tyr Gln Gln Leu
165 170 175
Pro Gly Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Asp Asn Asn Lys Arg Pro
180 185 190
Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Lys Ser Gly Thr Ser Ala
195 200 205
Ser Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Xaa Glu Ala Asp Tyr Tyr
210 215 220
Cys Gln Ser Tyr Asp Ser Ser Arg Trp Val Phe Gly Gly Xaa Thr Lys
225 230 235 240
Leu Thr Val Leu Gly Glu Gln Lys Leu Ile Ser Glu Xaa Xaa Leu Ser
245 250 255
Gly Ser Ala Ala
260
<210> 107
<211> 319
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> IL-6 (4) scFv antibody
<220>
<221> VARIANT
<222> 145
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 214
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 240
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 247
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 254..255
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 262
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 270
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 274..275
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 282
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 287..288
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 292
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 298
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 300..301
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 306..308
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 311
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 314..317
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 319
<223> Any amino acid
<400> 107
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Asn
20 25 30
Tyr Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Ser Ile Ser Ser Ser Ser Thr Ile Tyr Tyr Ala Asp Ser Val Lys
50 55 60
Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr Leu
65 70 75 80
Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys Ala
85 90 95
Arg Gln Pro Ala Ser Gly Thr Tyr Asp Ala Phe Asp Ile Trp Gly Gln
100 105 110
Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly
115 120 125
Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser
130 135 140
Xaa Ser Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Thr Gly Ser
145 150 155 160
Ser Ser Asn Ile Gly Ala Gly Tyr Asp Val His Trp Tyr Gln Gln Leu
165 170 175
Pro Gly Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Tyr Asp Asp Leu Leu Pro
180 185 190
Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Lys Ser Gly Thr Ser Ala
195 200 205
Ser Leu Ala Ile Ser Xaa Leu Arg Ser Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr
210 215 220
Cys Ala Val Trp Asp Asp Ser Leu Ser Gly Trp Val Phe Gly Gly Xaa
225 230 235 240
Thr Lys Leu Thr Val Leu Xaa Glu Gln Lys Leu Ile Ser Xaa Xaa Asp
245 250 255
Leu Ser Gly Ser Ala Xaa Ala His His His His His His Xaa Ser Pro
260 265 270
Arg Xaa Xaa Ile Arg Pro Ile Val Ser Xaa Ile Thr Ile His Xaa Xaa
275 280 285
Val Val Leu Xaa Arg Arg Asp Trp Glu Xaa Pro Xaa Xaa Thr Gln Leu
290 295 300
Asn Xaa Xaa Xaa Ala His Xaa Pro Phe Xaa Xaa Xaa Xaa Asn Xaa
305 310 315
<210> 108
<211> 259
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> IL-8 (3) scFv antibody
<220>
<221> VARIANT
<222> 4
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 215
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 237
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 252..253
<223> Any amino acids
<400> 108
Glu Val Gln Xaa Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Asp Asp Tyr
20 25 30
Gly Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Leu Ile Ser Trp Asp Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Asp Asp Leu Tyr Gly Met Asp Val Trp Gly Gln Gly Thr Leu
100 105 110
Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly
115 120 125
Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Ala Ser Gly
130 135 140
Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Thr Gly Ser Ser Ser Asn
145 150 155 160
Ile Gly Ala Gly Tyr Asp Val His Trp Tyr Gln Gln Leu Pro Gly Thr
165 170 175
Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Asp Asn Asn Lys Arg Pro Ser Gly Val
180 185 190
Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Lys Ser Gly Thr Ser Ala Ser Leu Ala
195 200 205
Ile Ser Gly Leu Arg Ser Xaa Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Ala Ala
210 215 220
Trp Asp Asp Ser Leu Ser Gly Trp Val Phe Gly Gly Xaa Thr Lys Leu
225 230 235 240
Thr Val Leu Gly Glu Gln Lys Leu Ile Ser Glu Xaa Xaa Leu Ser Gly
245 250 255
Ser Ala Ala
<210> 109
<211> 261
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> MCP-4 (3) scFv antibody
<220>
<221> VARIANT
<222> 218
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 239
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 243
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 246
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 254..255
<223> Any amino acids
<400> 109
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
20 25 30
Gly Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Gly Ile Ser Trp Asn Gly Gly Lys Thr His Tyr Val Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Gln Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Gly Gly Tyr Ser Ser Gly Trp Ala Phe Asp Tyr Trp Gly Gln
100 105 110
Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly
115 120 125
Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser
130 135 140
Ala Ser Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Ser Gly Arg
145 150 155 160
Ser Ser Asn Ile Glu Ser Asn Thr Val Asn Trp Tyr Gln Gln Leu Pro
165 170 175
Gly Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Gly Asn Ser Asn Arg Pro Ser
180 185 190
Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Lys Ser Gly Thr Ser Ala Ser
195 200 205
Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Xaa Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys
210 215 220
Ala Ala Trp Asp Asp Arg Leu Asn Ala Val Val Phe Gly Gly Xaa Thr
225 230 235 240
Lys Leu Xaa Val Leu Xaa Glu Gln Lys Leu Ile Ser Glu Xaa Xaa Leu
245 250 255
Ser Gly Ser Ala Ala
260
<210> 110
<211> 313
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Properdin scFv antibody
<220>
<221> VARIANT
<222> 222
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 228
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 244
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 247
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 262
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 273..274
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 287..288
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 290..294
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 298..300
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 302
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 304..309
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 313
<223> Any amino acid
<400> 110
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Asn
20 25 30
Tyr Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Ala Ile Ser Gly Ser Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Lys Gly Gly Ser Gly Trp Tyr Asp Tyr Phe Asp Tyr Trp Gly Gln
100 105 110
Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly
115 120 125
Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser
130 135 140
Ala Ser Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Thr Gly Ser
145 150 155 160
Ser Ser Asn Ile Gly Ala Gly Tyr Asp Val His Trp Tyr Gln Gln Leu
165 170 175
Pro Gly Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Arg Asn Asn Gln Arg Pro
180 185 190
Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Lys Ser Gly Thr Ser Ala
195 200 205
Ser Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Glu Ala Xaa Tyr Tyr
210 215 220
Cys Ala Ala Xaa Asp Asp Gly Leu Asn Ser Pro Val Phe Gly Gly Gly
225 230 235 240
Thr Lys Leu Xaa Val Leu Xaa Glu Gln Lys Leu Ile Ser Glu Glu Asp
245 250 255
Leu Ser Gly Ser Ala Xaa Ala His His His His His His Ser Pro Arg
260 265 270
Xaa Xaa Ile Arg Pro Ile Val Ser Arg Ile Thr Ile His Trp Xaa Xaa
275 280 285
Phe Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Gly Lys Thr Xaa Xaa Xaa Pro Xaa Leu Xaa
290 295 300
Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Pro Pro Phe Xaa
305 310
<210> 111
<211> 255
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> TNF-beta (3) scFv antibody
<220>
<221> VARIANT
<222> 213
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 233
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 248
<223> Any amino acid
<400> 111
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asp Tyr
20 25 30
Tyr Met Ser Trp Ile Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Gly Leu Ser Gly Ser Ala Gly Arg Thr His Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Arg Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Met Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Ser Ser Leu Phe Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val
100 105 110
Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly
115 120 125
Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Ala Ser Gly Thr Pro Gly
130 135 140
Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Ser Gly Ser Ser Ser Asn Ile Gly Ser
145 150 155 160
Asn Tyr Val Tyr Trp Tyr Gln Gln Leu Pro Gly Thr Ala Pro Lys Leu
165 170 175
Leu Ile Tyr Ser Asn Asn Gln Arg Pro Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe
180 185 190
Ser Gly Ser Lys Ser Gly Thr Ser Ala Ser Leu Ala Ile Ser Gly Leu
195 200 205
Arg Ser Glu Asp Xaa Ala Asp Tyr Tyr Cys Ala Ala Trp Asp Asp Ser
210 215 220
Leu Asn Ala Val Val Phe Gly Gly Xaa Thr Lys Leu Thr Val Leu Gly
225 230 235 240
Glu Gln Lys Leu Ile Ser Glu Xaa Asp Leu Ser Gly Ser Ala Ala
245 250 255
<210> 112
<211> 262
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> TNF-beta (4) scFv antibody
<220>
<221> VARIANT
<222> 240
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 254..256
<223> Any amino acids
<400> 112
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asp Tyr
20 25 30
Tyr Met Asn Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Gly Ile Asn Trp Asn Ser Asp Asp Ile Asp Tyr Val Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Met Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Ile Asp Ser Arg Tyr Ser Ser Gly Trp Ser Phe Glu Tyr Trp Gly
100 105 110
Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly
115 120 125
Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro
130 135 140
Ser Ala Ser Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Ser Gly
145 150 155 160
Ser Thr Ser Asn Ile Gly Asn Ser His Val Tyr Trp Tyr Gln Gln Leu
165 170 175
Pro Gly Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Ser Asn Asn Gln Arg Pro
180 185 190
Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Lys Ser Gly Thr Ser Ala
195 200 205
Ser Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr
210 215 220
Cys Gln Ser Tyr Asp Ser Ser Leu Ser Gly Val Val Phe Gly Gly Xaa
225 230 235 240
Thr Lys Leu Thr Val Leu Gly Glu Gln Lys Leu Ile Ser Xaa Xaa Xaa
245 250 255
Leu Ser Gly Ser Ala Ala
260
<210> 113
<211> 304
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> VEGF (3) scFv antibody
<220>
<221> VARIANT
<222> 192
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 201
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 218
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 241
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 244
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 247
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 254..256
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 261
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 273
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 281
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 283
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 288
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 293..296
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 298..300
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 302
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 304
<223> Any amino acid
<400> 113
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
20 25 30
Glu Met Asn Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Gly Ile Ser Gly Ser Gly Gly Phe Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Met Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Glu Gly Tyr Gln Asp Ala Phe Asp Ile Trp Gly Gln Gly Thr
100 105 110
Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser
115 120 125
Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Ala Ser
130 135 140
Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Thr Gly Ser Ser Ser
145 150 155 160
Asn Ile Gly Ala Gly Tyr Asp Val His Trp Tyr Gln Gln Leu Pro Gly
165 170 175
Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Ser Asn Asn Gln Arg Pro Ser Xaa
180 185 190
Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Xaa Ser Gly Thr Ser Ala Ser Leu
195 200 205
Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Xaa Ala Asp Tyr Tyr Cys Ala
210 215 220
Ala Trp Asp Asp Ser Leu Ser Gly Pro Pro Trp Val Phe Gly Gly Gly
225 230 235 240
Xaa Lys Leu Xaa Val Leu Xaa Glu Gln Lys Leu Ile Ser Xaa Xaa Xaa
245 250 255
Leu Ser Gly Ser Xaa Ala Ala His His His His His His Ser Pro Arg
260 265 270
Xaa Pro Ile Arg Pro Ile Val Ser Xaa Ile Xaa Ile His Trp Pro Xaa
275 280 285
Phe Tyr Asn Val Xaa Xaa Xaa Xaa Thr Xaa Xaa Xaa Pro Xaa Leu Xaa
290 295 300
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<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> VEGF (4) scFv antibody
<220>
<221> VARIANT
<222> 30..32
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 34
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
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<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 54..55
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
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<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
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<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 202
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 219
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 232..233
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 239
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 253..255
<223> Any amino acids
<400> 114
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Xaa Xaa Xaa
20 25 30
Tyr Xaa Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Xaa Ile Ser Trp Xaa Xaa Gly Ser Ile Gly Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Asn Tyr Phe Asp Tyr Trp Gly Gln
100 105 110
Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly
115 120 125
Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser
130 135 140
Ala Ser Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Ser Gly Ser
145 150 155 160
Asn Ser Asn Ile Gly Gly Asn Phe Val Tyr Trp Tyr Gln Gln Leu Pro
165 170 175
Gly Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Glu Asn Ser Lys Arg Pro Ser
180 185 190
Xaa Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Xaa Ser Gly Thr Ser Ala Ser
195 200 205
Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Xaa Ala Asp Tyr Tyr Cys
210 215 220
Ala Ala Trp Asp Asp Ser Leu Xaa Xaa Val Val Phe Gly Gly Xaa Thr
225 230 235 240
Lys Leu Thr Val Leu Gly Glu Gln Lys Leu Ile Ser Xaa Xaa Xaa Leu
245 250 255
Ser Gly Ser Ala Ala
260
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<213> Artificial Sequence
<220>
<223> IL-4 (3) scFv antibody
<220>
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<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
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<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 253
<223> Any amino acid
<400> 115
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asn Ala
20 25 30
Trp Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Ala Ile Ser Gly Ser Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Ala Ile Ala Ala Arg Pro Phe Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr
100 105 110
Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser
115 120 125
Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Ala Ser
130 135 140
Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Thr Gly Ala Thr Ser
145 150 155 160
Asn Ile Gly Ala Gly Tyr Asp Ile His Trp Tyr Gln Gln Leu Pro Gly
165 170 175
Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Ser Thr Asn Asn Arg Pro Ser Gly
180 185 190
Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Lys Ser Gly Thr Ser Ala Ser Leu
195 200 205
Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Xaa Ala Asp Tyr Tyr Cys Ala
210 215 220
Ala Trp Asp Asp Ser Leu Asn Gly Pro Val Phe Gly Gly Xaa Xaa Lys
225 230 235 240
Leu Thr Val Leu Gly Glu Gln Lys Leu Ile Ser Glu Xaa Asp Leu Ser
245 250 255
Gly Ser Ala Ala
260
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<220>
<221> VARIANT
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<223> Any amino acid
<400> 116
Glu Val Xaa Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asn Tyr
20 25 30
Trp Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ala Leu Ile Ser Phe Asp Gly Ser Asn Lys Tyr Tyr Ala Asp Ser Ala
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Val Leu Ala Gln Gln Arg Met Asp Val Trp Gly Gln Gly Thr
100 105 110
Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser
115 120 125
Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Ala Ser
130 135 140
Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Ser Gly Ser Ser Ser
145 150 155 160
Asn Ile Gly Ser Asn Thr Val Asn Trp Tyr Gln Gln Leu Pro Gly Thr
165 170 175
Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Gly Asn Asn Asn Arg Pro Ser Gly Val
180 185 190
Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Xaa Ser Gly Thr Ser Ala Ser Leu Ala
195 200 205
Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp
210 215
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<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CD40 (2) scFv antibody
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Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ala Tyr
20 25 30
Trp Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Gly Ile Ser Gly Gly Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Met Thr Pro Trp Tyr Tyr Gly Met Asp Val Trp Gly Gln Gly
100 105 110
Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly
115 120 125
Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Met Leu Thr Gln Pro Pro Ser Ala
130 135 140
Ser Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Ser Gly Ser Thr
145 150 155 160
Ser
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<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CD40 (3) scFv antibody
<220>
<221> VARIANT
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<223> Any amino acids
<400> 118
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Thr Tyr
20 25 30
Gly Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Leu
35 40 45
Ser Tyr Ile Ser Gly Gly Ser Ser Tyr Ile Phe Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Arg Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Glu Asn Ala Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
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Ala Arg Ile Leu Arg Gly Gly Ser Gly Met Asp Leu Trp Gly Gln Gly
100 105 110
Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly
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Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Xaa Xaa
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Ser Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys
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<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CD40 (4) scFv antibody
<220>
<221> VARIANT
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<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 232
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 239..240
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 246..247
<223> Any amino acids
<400> 119
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Thr Tyr
20 25 30
Gly Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Leu
35 40 45
Ser Tyr Ile Ser Gly Gly Ser Ser Tyr Ile Phe Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Arg Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Glu Asn Ala Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Ile Leu Arg Gly Gly Ser Gly Met Asp Leu Trp Gly Gln Gly
100 105 110
Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly
115 120 125
Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Ala
130 135 140
Ser Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Thr Gly Ser Ser
145 150 155 160
Ser Asn Ile Gly Ala Gly Tyr Asp Val Tyr Trp Tyr Gln Gln Leu Pro
165 170 175
Gly Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Gly Asn Ile Asn Arg Pro Ser
180 185 190
Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Lys Ser Gly Thr Ser Ala Ser
195 200 205
Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Xaa Ala Asp Tyr Tyr Cys
210 215 220
Ala Ala Trp Asp Asp Ser Leu Xaa Gly Leu Val Phe Gly Gly Xaa Xaa
225 230 235 240
Lys Leu Thr Val Leu Xaa Xaa Tyr Lys Asp Asp Asp Asp Lys Ala Ala
245 250 255
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<211> 267
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CT17 scFv antibody
<220>
<221> VARIANT
<222> 228
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 250
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 257
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 262
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 264
<223> Any amino acid
<400> 120
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Ser
20 25 30
Ala Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Ala Ile Ser Gly Ser Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Val Lys Gly Arg Val Thr Ile Phe Gly Val Val Ile Asn Ser
100 105 110
Asn Tyr Gly Met Asp Val Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser
115 120 125
Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser
130 135 140
Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Ala Ser Gly Thr Pro Gly Gln
145 150 155 160
Arg Val Thr Ile Ser Cys Ser Gly Ser Ile Ser Ser Ile Gly Ser Asn
165 170 175
Ala Val Ser Trp Tyr Gln Gln Leu Pro Gly Thr Ala Pro Lys Leu Leu
180 185 190
Ile Tyr Gly Asn Ser Asn Arg Pro Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser
195 200 205
Gly Ser Lys Ser Gly Thr Ser Ala Ser Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg
210 215 220
Ser Glu Asp Xaa Ala Asp Tyr Tyr Cys Ala Ala Trp Asp Asp Ser Leu
225 230 235 240
Asn Gly His Asp Val Val Phe Gly Gly Xaa Thr Lys Leu Thr Val Leu
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Xaa Asp Tyr Lys Asp Xaa Asp Xaa Lys Ala Ala
260 265
<210> 121
<211> 265
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> IgM (3) scFv antibody
<220>
<221> VARIANT
<222> 168
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 198
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 206..207
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 217
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 222
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 224
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 232..233
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 243
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 257..258
<223> Any amino acids
<400> 121
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
20 25 30
Ala Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Gly Ile Ser Trp Asn Ser Gly Ser Ile Gly Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Gly Asp Tyr Ser Ser Ser Pro Gly Gly Tyr Tyr Tyr Tyr Met
100 105 110
Asp Val Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly
115 120 125
Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu
130 135 140
Thr Gln Pro Pro Ser Ala Ser Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile
145 150 155 160
Ser Cys Ser Gly Ser Ser Ser Xaa Ile Gly Ser Asn Thr Val Asn Trp
165 170 175
Tyr Gln Gln Leu Pro Gly Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Gly Asn
180 185 190
Ser Asn Arg Pro Ser Xaa Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Xaa Xaa Ser
195 200 205
Gly Thr Ser Ala Ser Leu Ala Ile Xaa Gly Leu Arg Ser Xaa Asp Xaa
210 215 220
Ala Asp Tyr Tyr Cys Ser Ser Xaa Xaa Ser Thr Asn Thr Val Ile Phe
225 230 235 240
Gly Gly Xaa Thr Lys Leu Thr Val Leu Gly Glu Gln Lys Leu Ile Ser
245 250 255
Xaa Xaa Asp Leu Ser Gly Ser Ala Ala
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<210> 122
<211> 262
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> IgM (4) scFv antibody
<220>
<221> VARIANT
<222> 193
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 202
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 240
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 244
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 254..255
<223> Any amino acids
<400> 122
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Asn
20 25 30
Glu Met Ser Trp Ile Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Ala Ile Tyr Ser Gly Gly Gly Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val Lys
50 55 60
Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr Leu
65 70 75 80
Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys Ala
85 90 95
Arg Val Asn Asp Tyr Gly Asp Asn Val Tyr Phe Asp His Trp Gly Gln
100 105 110
Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly
115 120 125
Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser
130 135 140
Ala Ser Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Ser Gly Ser
145 150 155 160
Ser Ser Asn Ile Gly Asn Asn Tyr Val Ser Trp Tyr Gln Gln Leu Pro
165 170 175
Gly Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Glu Asn Asn Lys Arg Pro Ser
180 185 190
Xaa Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Xaa Ser Gly Thr Ser Ala Ser
195 200 205
Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys
210 215 220
Ala Ala Trp Asp Asp Ser Leu Ser Val Tyr Val Val Phe Gly Gly Xaa
225 230 235 240
Thr Lys Leu Xaa Val Leu Gly Glu Gln Lys Leu Ile Ser Xaa Xaa Asp
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Leu Ser Gly Ser Ala Ala
260
<210> 123
<211> 261
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> IgM (5) scFv antibody
<220>
<221> VARIANT
<222> 193
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 202
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 239
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 246
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 253
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 255
<223> Any amino acid
<400> 123
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Gly Ser Tyr
20 25 30
Glu Met Asn Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Val Ile Tyr Ser Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val Glu
50 55 60
Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr Leu
65 70 75 80
Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys Ala
85 90 95
Arg Asp Thr Asn Pro Tyr Tyr Tyr Tyr Gly Met Asp Val Trp Gly Gln
100 105 110
Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly
115 120 125
Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser
130 135 140
Ala Ser Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Ser Gly Ser
145 150 155 160
Ser Ser Asn Ile Gly Asn Asn Ala Val Asn Trp Tyr Gln Gln Leu Pro
165 170 175
Gly Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Arg Asn Asn Gln Arg Pro Ser
180 185 190
Xaa Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Xaa Ser Gly Thr Ser Ala Ser
195 200 205
Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys
210 215 220
Gln Ser Tyr Asp Ser Ser Leu Asn Gly Gln Val Phe Gly Gly Xaa Thr
225 230 235 240
Lys Leu Thr Val Leu Xaa Glu Gln Lys Leu Ile Ser Xaa Glu Xaa Leu
245 250 255
Ser Gly Ser Ala Ala
260
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<220>
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<222> 199
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<222> 216
<223> Any amino acid
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<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 244
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 251..252
<223> Any amino acids
<400> 124
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
20 25 30
Ala Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Ala Ile Ser Gly Ser Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Asp Gly Leu Leu Pro Leu Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Leu
100 105 110
Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly
115 120 125
Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Ala Ser Gly
130 135 140
Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Ser Gly Gly Ser Ser Asn
145 150 155 160
Ile Gly Gly Asn Ala Val Asn Trp Tyr Gln Gln Leu Pro Gly Thr Ala
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Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Glu Asn Asn Lys Arg Pro Ser Xaa Val Pro
180 185 190
Asp Arg Phe Ser Gly Ser Xaa Ser Gly Thr Ser Ala Ser Leu Ala Ile
195 200 205
Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Xaa Ala Asp Tyr Tyr Cys Ser Ser Tyr
210 215 220
Ala Val Ser Asn Asn Phe Glu Val Leu Phe Gly Gly Xaa Thr Lys Leu
225 230 235 240
Thr Val Leu Xaa Glu Gln Lys Leu Ile Ser Xaa Xaa Asp Leu Ser Gly
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Ser Ala Ala
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<223> Any amino acids
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Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asn Ala
20 25 30
Trp Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
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50 55 60
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65 70 75 80
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100 105 110
Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly
115 120 125
Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Ala Ser Gly
130 135 140
Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Thr Gly Ser Ser Ser Xaa
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Ile Gly Ala Gly Tyr Asp Val His Trp Tyr Gln Gln Leu Pro Gly Thr
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Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Gln Ser
210 215 220
Tyr Asp Ser Ser Leu Ser Ala Trp Leu Phe Gly Gly Xaa Thr Lys Leu
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Thr Val Leu Gly Glu Gln Lys Leu Ile Ser Xaa Xaa Asp Leu Ser Gly
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260 265 270
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His Pro Xaa Xaa
305
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Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
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Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asp Tyr
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Tyr Met Ser Trp Ile Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
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Ser Ala Ile Gly Ser Gly Pro Tyr Tyr Ala His Ser Val Arg Asp Arg
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Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys Ala Arg Gly
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Gly Val Glu Ala Ser Phe Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr
100 105 110
Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly
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Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Thr Gly Ser Ser Ser Asn Ile Gly
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Ala Gly Tyr Asp Val His Trp Tyr Gln Gln Leu Pro Gly Thr Ala Pro
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Gly Leu Arg Ser Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Gln Ser Tyr Asp
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Asn Asp Leu Ser Gly Trp Val Phe Gly Gly Xaa Thr Lys Leu Thr Val
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Leu Gly Glu Gln Lys Leu Ile Ser Glu Glu Xaa Leu Ser Gly Ser Ala
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Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Lys Asn Tyr
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Trp Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
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Ser Asp Ile Ser Gly Gly Gly Gly Thr Thr Tyr Ile Ala Asp Ser Val
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Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
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Ala Arg Ile His Ser Gly Ser Tyr Tyr Phe Asp Tyr Trp Gly Gln Gly
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Gly Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Lys Asn Asn Gln Arg Pro Ser
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Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Lys Ser Gly Thr Ser Ala Ser
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Leu Ala Ile Xaa Gly Leu Arg Ser Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys
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Ala
225
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<223> Any amino acids
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<223> Any amino acid
<220>
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<223> Any amino acid
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<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
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<223> Any amino acids
<400> 128
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Lys Asn Tyr
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Trp Met Ser Trp Val Arg Gln Thr Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
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Ser Asp Ile Ser Gly Gly Gly Gly Thr Thr Tyr Ile Ala Asp Ser Val
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Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
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Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Lys Ser Gly Thr Ser Ala Ser
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Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Xaa Ala Asp Tyr Tyr Cys
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Ala Ala Trp Asp Asp Ser Leu Asn Gly Pro Val Phe Gly Gly Xaa Xaa
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<220>
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<223> Any amino acid
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Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Lys Asn Tyr
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Trp Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Asp Ile Ser Gly Gly Gly Gly Thr Thr Tyr Ile Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Ile His Ser Gly Ser Tyr Tyr Phe Asp Tyr Trp Gly Gln Gly
100 105 110
Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Val Gly Gly Gly
115 120 125
Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Ala
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Ser Gly Thr Ser Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Thr Gly Ser Ser
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Ser Asn Ile Gly Ala Gly Tyr Asp Val His Trp Tyr Gln Gln Leu Pro
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Gly Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Lys Asn Asn Gln Arg Pro Ser
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Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Xaa Ser Gly Thr Ser Ala Ser
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Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys
210 215 220
Ala Ala Xaa Asp Asp Ser Leu Asn Gly Pro Val Phe Gly Gly Xaa Thr
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Lys Leu Thr Val Leu Gly Asp Tyr Lys Asp His Asp Gly Asp Tyr Xaa
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<223> Any amino acid
<220>
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<223> Any amino acid
<220>
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<222> 239
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<220>
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<222> 246
<223> Any amino acid
<220>
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<220>
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<223> Any amino acid
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Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Lys Asn Tyr
20 25 30
Trp Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Asp Ile Ser Gly Gly Gly Gly Thr Thr Tyr Ile Ala Asp Ser Val
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Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
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Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
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100 105 110
Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly
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Ser Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Thr Gly Ser Ser
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Ser Asn Ile Gly Ala Asp Tyr Asp Val His Trp Tyr Gln Gln Leu Pro
165 170 175
Gly Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Lys Asn Asn Gln Arg Pro Ser
180 185 190
Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Lys Ser Gly Thr Ser Ala Ser
195 200 205
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<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> MUC-1 (6) scFv antibody
<220>
<221> VARIANT
<222> 239..240
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 246
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 249
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 264..265
<223> Any amino acids
<400> 131
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Lys Asn Tyr
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Trp Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
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Ser Asp Ile Ser Gly Gly Gly Gly Thr Thr Tyr Ile Ala Asp Ser Val
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Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Ala
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Ser Asn Ile Gly Ala Gly Tyr Asp Val His Trp Tyr Gln Gln Leu Pro
165 170 175
Gly Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Lys Asn Asn Gln Arg Pro Ser
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Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Arg Ser Gly Thr Ser Ala Ser
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Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys
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Ala Ala Trp Asp Asp Ser Leu Asn Gly Pro Val Phe Gly Gly Xaa Xaa
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Lys Leu Thr Val Leu Xaa Asp Tyr Xaa Asp His Asp Gly Asp Tyr Lys
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Asp His Asp Ile Asp Tyr Lys Xaa Xaa Asp Asp Lys Ala Ala
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<213> Artificial Sequence
<220>
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<400> 132
Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Ala Ser Gly Thr Pro Gly Gln
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Gln
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<220>
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<223> Any amino acid
<220>
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<222> 222
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Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
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145 150 155 160
Gly Ser Ser Ser Asn Ile Gly Ser Asp Tyr Gly Val Gln Trp Tyr Gln
165 170 175
Gln Leu Pro Gly Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Ser Asn Asn Gln
180 185 190
Arg Pro Ser Xaa Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Lys Ser Gly Thr
195 200 205
Ser Ala Ser Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Xaa Ala Asp
210 215 220
Tyr Tyr Cys Ala Ala Trp Asp Asp Ser Leu Ser Gly Pro Val Phe Gly
225 230 235 240
Gly Xaa
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<213> Artificial Sequence
<220>
<223> MCP-1 (8) scFv antibody
<220>
<221> VARIANT
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<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
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<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 221
<223> Any amino acid
<400> 136
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Gly Asp Tyr
20 25 30
Ala Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ala Val Ile Ser Tyr Asp Gly Ser Asn Lys Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Asp Pro Asp Pro Ser Gly Thr Asp Ala Phe Asp Phe Trp Gly
100 105 110
Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly
115 120 125
Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro
130 135 140
Ser Ala Ser Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Ser Gly
145 150 155 160
Ser Ser Ser Asn Ile Gly Ala Gly Tyr Asp Val His Trp Tyr Gln Gln
165 170 175
Leu Pro Gly Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Gly Asn Ser Asn Arg
180 185 190
Pro Ser Xaa Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Xaa Ser Gly Thr Ser
195 200 205
Ala Ser Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Xaa Ala Asp Tyr
210 215 220
Tyr Cys Ala Ala Trp Asp Asp Ser Leu Ser Ala Trp Ala Phe Gly Gly
225 230 235 240
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<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> MCP-1 (9) scFv antibody
<220>
<221> VARIANT
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<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
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<223> Any amino acid
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Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
20 25 30
Glu Met Asn Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Ala Ile Ser Gly Pro Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Asp Leu Ser Asp Tyr Gly Asp Phe Asp Tyr Trp Gly Gln Gly
100 105 110
Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly
115 120 125
Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Ala
130 135 140
Ser Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Thr Gly Ser Ser
145 150 155 160
Ser Asn Ile Gly Ala Gly Tyr Asp Ala His Trp Tyr Gln Gln Leu Pro
165 170 175
Gly Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Asp Asn Asn Lys Arg Pro Xaa
180 185 190
Xaa Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Xaa Ser Gly Thr Ser Ala Ser
195 200 205
Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys
210 215 220
Ala Thr Trp Asp Asp Ser Leu Arg Gly Trp Val Phe Gly
225 230 235
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<220>
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<220>
<221> VARIANT
<222> 260..261
<223> Any amino acids
<400> 138
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
20 25 30
Ala Met Asn Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Gly Leu Ile Ser Tyr Asp Gly Arg Thr Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Ser Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
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100 105 110
Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly
115 120 125
Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Ala Ser Gly
130 135 140
Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Thr Gly Ser Ser Ser Asn
145 150 155 160
Ile Gly Ala Gly Tyr Asp Val His Trp Tyr Gln Gln Leu Pro Gly Thr
165 170 175
Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Gly Asn Thr Asn Arg Pro Ser Xaa Val
180 185 190
Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Xaa Ser Gly Thr Ser Ala Ser Leu Ala
195 200 205
Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Ala Ala
210 215 220
Trp Asp Asp Ser Leu Tyr Gly Trp Val Phe Gly Gly Xaa Thr Lys Leu
225 230 235 240
Thr Val Leu Gly Asp Tyr Xaa Asp His Asp Gly Asp Tyr Xaa Asp His
245 250 255
Asp Ile Asp Xaa Xaa Asp Asp Asp Asp Lys Ala Ala
260 265
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<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Cystatin C (2) scFv antibody
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Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
20 25 30
Ser Met Asn Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ala Phe Ile Ser Tyr Asp Gly Ser Asn Lys Tyr Tyr Val Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Asp Gly Val Pro Ala Val Pro Phe Asp Tyr Trp Gly Gln Gly
100 105 110
Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly
115 120 125
Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Ala
130 135 140
Ser Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Ser Gly Ser Ser
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Ser Asn Ile Gly Ala Gly Tyr Asp Val His Trp Tyr Gln Gln Leu Pro
165 170 175
Gly Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Ser Asn Asn Gln Arg Pro Ser
180 185 190
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<223> Cystatin C (3) scFv antibody
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Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asn Tyr
20 25 30
Ala Met Thr Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ala Asp Ile Ser His Asp Gly Phe His Lys Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Arg Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Tyr Gly Arg Val Leu Pro Tyr Tyr Tyr Tyr Tyr Gly Met Asp
100 105 110
Val Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly
115 120 125
Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr
130 135 140
Gln Pro Pro Ser Ala Ser Gly Thr Pro Arg Gln Arg Val Thr Ile Ser
145 150 155 160
Cys Thr Gly Ser Ser Ser Xaa Ile Gly Ala Gly Tyr Asp Val His Trp
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Tyr Gln Gln Leu Pro Gly Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Gly Asn
180 185 190
Ser Asn Arg Pro
195
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<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Cystatin C (4) scFv antibody
<220>
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<220>
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<223> Any amino acid
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<221> VARIANT
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<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
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<223> Any amino acid
<400> 141
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
20 25 30
Ala Met Asn Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Gly Leu Ile Ser Tyr Asp Gly Arg Thr Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Ser Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Thr Thr Thr Gly Thr Thr Leu Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Leu
100 105 110
Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly
115 120 125
Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Ala Ser Gly
130 135 140
Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Thr Gly Ser Ser Ser Asn
145 150 155 160
Ile Gly Ala Gly Tyr Asp Val His Trp Tyr Gln Gln Leu Pro Gly Thr
165 170 175
Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Gly Asn Thr Asn Arg Pro Ser Xaa Val
180 185 190
Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Xaa Ser Gly Thr Ser Xaa Ser Leu Ala
195 200 205
Ile Ser Gly Leu Arg Ser Xaa Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Ala Ala
210 215 220
Trp Asp Asp Ser Leu Tyr Gly Trp Val Phe Gly Gly
225 230 235
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<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Apo-A1 (1) scFv antibody
<400> 142
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asn Asn
20 25 30
Gly Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Ala Ile Ser Ala Ser Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Thr His Gly Gly Ser Ser Tyr Asp Ala Phe Asp Ile Trp Gly Gln
100 105 110
Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly
115 120 125
Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser
130 135 140
Ala Ser Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Thr Gly Ser
145 150 155 160
Ser Ser Asn Ile Gly Ala Gly Tyr Val Val His Trp Tyr Gln Gln Leu
165 170 175
Pro Gly Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Gly
180 185
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<211> 196
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Apo-A1 (2) scFv antibody
<220>
<221> VARIANT
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<400> 143
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Arg Asp Tyr
20 25 30
Tyr Met Ser Trp Ile Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ala Val Thr Ser Tyr Asp Gly Ser Lys Lys Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Lys Asp Tyr Ala Asp Asp Ser Ile Ala Ala Pro Ala Phe Asp Ile
100 105 110
Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser
115 120 125
Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln
130 135 140
Pro Pro Ser Ala Ser Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys
145 150 155 160
Thr Gly Ser Ser Ser Xaa Ile Gly Ala Gly Tyr Asp Val His Trp Tyr
165 170 175
Gln Gln Leu Pro Gly Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Gly Asn Ser
180 185 190
Asn Arg Pro Ser
195
<210> 144
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<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Apo-A1 (3) scFv antibody
<220>
<221> VARIANT
<222> 3..4
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 221
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 225
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 249..250
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 252
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
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<220>
<221> VARIANT
<222> 269..271
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 273
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 283..285
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 288..290
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<220>
<221> VARIANT
<222> 292..293
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 297..304
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 307..315
<223> Any amino acids
<400> 144
Glu Val Xaa Xaa Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Arg Asp Tyr
20 25 30
Tyr Met Ser Trp Ile Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ala Val Thr Ser Tyr Asp Gly Ser Lys Lys Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Lys Asp Tyr Ala Asp Asp Ser Ile Ala Ala Pro Ala Phe Asp Ile
100 105 110
Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser
115 120 125
Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln
130 135 140
Pro Pro Ser Ala Ser Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys
145 150 155 160
Thr Gly Ser Ser Ser Asn Ile Gly Ala Gly Tyr Asp Val His Trp Tyr
165 170 175
Gln Gln Leu Pro Gly Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Gly Asn Ser
180 185 190
Asn Arg Pro Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Lys Ser Gly
195 200 205
Thr Ser Ala Ser Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Xaa Asp Glu Ala
210 215 220
Xaa Tyr Tyr Cys Gln Ser Tyr Asp Ser Ser Leu Ser Val Val Phe Gly
225 230 235 240
Gly Gly Thr Lys Leu Thr Val Leu Xaa Xaa Tyr Xaa Asp His Asp Gly
245 250 255
Asp Tyr Lys Asp His Asp Ile Asp Tyr Xaa Asp Asp Xaa Xaa Xaa Ala
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Xaa Ala His His His His His His Ser Pro Xaa Xaa Xaa Ile Arg Xaa
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Xaa Xaa Ser Xaa Xaa Thr Ile His Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa
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Asp Trp Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa
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<210> 145
<211> 271
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Factor B (2) scFv antibody
<220>
<221> VARIANT
<222> 240
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 250
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 263
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 268
<223> Any amino acid
<400> 145
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
20 25 30
Ser Met Asn Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
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Ala Val Ile Ser Tyr Asp Gly Arg Phe Ile Tyr Tyr Ser Asp Ser Val
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65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
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100 105 110
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Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Ala
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Ser Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Thr Gly Ser Ser
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195 200 205
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210 215 220
Ala Ala Trp Asp Asp Arg Leu Asn Gly Arg Val Val Phe Gly Gly Xaa
225 230 235 240
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245 250 255
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260 265 270
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<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Factor B (3) scFv antibody
<220>
<221> VARIANT
<222> 160
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 190
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 199
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 209
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 216
<223> Any amino acid
<400> 146
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
20 25 30
Ser Met Asn Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ala Val Ile Ser Tyr Asp Gly Ser Asn Gln Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Arg Gly Arg Phe Thr Ile Ser Lys Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Glu Trp His Tyr Ser Leu Asp Val Trp Gly Gln Gly Thr Leu
100 105 110
Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly
115 120 125
Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Ala Ser Gly
130 135 140
Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Ser Gly Ser Ser Ser Xaa
145 150 155 160
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165 170 175
Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Arg Asn Asn Gln Arg Pro Ser Xaa Val Pro
180 185 190
Asp Arg Phe Ser Gly Ser Xaa Ser Gly Thr Ser Ala Ser Leu Ala Ile
195 200 205
Xaa Gly Leu Arg Ser Glu Asp Xaa Ala Asp Tyr Tyr Cys Ala Ala Trp
210 215 220
Asp Asp
225
<210> 147
<211> 323
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Factor B (4) scFv antibody
<220>
<221> VARIANT
<222> 191..192
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 201
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 206
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 227
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 229
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<220>
<221> VARIANT
<222> 238
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<220>
<221> VARIANT
<222> 240
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<221> VARIANT
<222> 245
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<220>
<221> VARIANT
<222> 247..248
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 252..253
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 260
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 262
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<220>
<221> VARIANT
<222> 264
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 266..269
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 288
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 290
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 292
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 294..295
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 298
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 300..303
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 305..316
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 318..323
<223> Any amino acids
<400> 147
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Lys His
20 25 30
Ser Met Asn Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ala Thr Val Ser Tyr Asp Gly Asn Tyr Lys Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Glu Gly Tyr Tyr Tyr Tyr Gly Met Asp Val Trp Gly Gln Gly
100 105 110
Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly
115 120 125
Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Ala
130 135 140
Ser Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Thr Gly Ser Ser
145 150 155 160
Ser Asn Ile Gly Asn Asn Ala Val Asn Trp Tyr Gln Gln Leu Pro Gly
165 170 175
Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Asn Asn Asn Gln Arg Pro Xaa Xaa
180 185 190
Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Xaa Ser Gly Thr Ser Xaa Ser Leu
195 200 205
Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Gln
210 215 220
Pro Tyr Xaa Asp Xaa Leu Ser Ser Val Val Phe Gly Gly Xaa Thr Xaa
225 230 235 240
Leu Thr Val Leu Xaa Asp Xaa Xaa Asp His Asp Xaa Xaa Tyr Lys Asp
245 250 255
His Asp Ile Xaa Tyr Xaa Asp Xaa Asp Xaa Xaa Xaa Xaa Ala His His
260 265 270
His His His His Ser Pro Arg Trp Pro Ile Arg Pro Ile Val Ser Xaa
275 280 285
Ile Xaa Ile Xaa Trp Xaa Xaa Val Leu Xaa Arg Xaa Xaa Xaa Xaa Asn
290 295 300
Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa His Xaa Xaa Xaa
305 310 315 320
Xaa Xaa Xaa
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<211> 272
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> C1 inh. (2) scFv antibody
<220>
<221> VARIANT
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<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
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<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
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<220>
<221> VARIANT
<222> 251
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<220>
<221> VARIANT
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<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 270
<223> Any amino acid
<400> 148
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asn Ala
20 25 30
Trp Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Ala Ile Ser Gly Ser Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Asn Arg Gly Asn Trp Gly Thr Tyr Tyr Phe Asp Tyr Trp Gly
100 105 110
Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly
115 120 125
Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro
130 135 140
Ser Ala Ser Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Ser Gly
145 150 155 160
Ser Ser Ser Asn Ile Gly Ser Asn Tyr Val Ser Trp Tyr Gln Gln Leu
165 170 175
Pro Gly Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Gly Ser Ser Asn Arg Pro
180 185 190
Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Xaa Ser Gly Thr Ser Ala
195 200 205
Ser Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr
210 215 220
Cys Gln Ser Tyr Asp Ser Ser Leu Ser Asp His Val Val Phe Gly Gly
225 230 235 240
Xaa Thr Lys Leu Thr Val Leu Xaa Asp Tyr Xaa Asp His Asp Gly Asp
245 250 255
Tyr Lys Asp His Asp Ile Asp Xaa Xaa Asp Asp Asp Asp Xaa Ala Ala
260 265 270
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<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> C1 inh. (3) scFv antibody
<220>
<221> VARIANT
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<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
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<220>
<221> VARIANT
<222> 203
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<220>
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<222> 220
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 241
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 251
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<220>
<221> VARIANT
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<220>
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<222> 264..265
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 268..270
<223> Any amino acids
<400> 149
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asn Ala
20 25 30
Trp Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Ala Ile Ser Gly Ser Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Asn Arg Gly Asn Trp Gly Thr Tyr Tyr Phe Asp Tyr Trp Gly
100 105 110
Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly
115 120 125
Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro
130 135 140
Ser Ala Ser Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Ser Gly
145 150 155 160
Ser Ser Ser Xaa Ile Gly Ser Asn Tyr Val Ser Trp Tyr Gln Gln Leu
165 170 175
Pro Gly Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Gly Ser Ser Asn Arg Pro
180 185 190
Ser Xaa Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Xaa Ser Gly Thr Ser Ala
195 200 205
Ser Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Xaa Ala Asp Tyr Tyr
210 215 220
Cys Gln Ser Tyr Asp Ser Ser Leu Ser Asp His Val Val Phe Gly Gly
225 230 235 240
Xaa Thr Lys Leu Thr Val Leu Gly Asp Tyr Xaa Asp His Asp Gly Asp
245 250 255
Tyr Lys Asp His Asp Xaa Asp Xaa Xaa Asp Asp Xaa Xaa Xaa Ala Ala
260 265 270
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<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> C1 inh. (4) scFv antibody
<220>
<221> VARIANT
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<220>
<221> VARIANT
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<220>
<221> VARIANT
<222> 202..203
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
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<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 241
<223> Any amino acid
<400> 150
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asn Ala
20 25 30
Trp Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Ala Ile Ser Gly Ser Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Asn Arg Gly Asn Trp Gly Thr Tyr Tyr Phe Asp Tyr Trp Gly
100 105 110
Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly
115 120 125
Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro
130 135 140
Ser Ala Ser Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Ser Gly
145 150 155 160
Ser Ser Ser Xaa Ile Gly Ser Asn Tyr Val Ser Trp Tyr Gln Gln Leu
165 170 175
Pro Gly Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Gly Ser Ser Asn Arg Pro
180 185 190
Ser Xaa Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Xaa Xaa Ser Gly Thr Ser Ala
195 200 205
Ser Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr
210 215 220
Cys Gln Ser Tyr Asp Ser Ser Leu Ser Xaa His Val Val Phe Gly Gly
225 230 235 240
Xaa Thr Lys Leu Thr Val Leu
245
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<213> Artificial Sequence
<220>
<223> C5 (3) scFv antibody
<220>
<221> VARIANT
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<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
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<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 239
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 243
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 255
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 260..261
<223> Any amino acids
<400> 151
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
20 25 30
Gly Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Tyr Ile Ser Ser Ser Gly Ser Thr Ile Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Leu Thr Leu Gly Gly Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser
100 105 110
Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser
115 120 125
Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Ala Ser Gly Thr Pro Gly Gln
130 135 140
Arg Val Thr Ile Ser Cys Ser Gly Ser Ser Ser Asn Ile Gly Ser Asn
145 150 155 160
Thr Val Asn Trp Tyr Gln Gln Leu Pro Gly Thr Ala Pro Lys Leu Leu
165 170 175
Ile Tyr Ser Asn Asn Gln Arg Pro Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser
180 185 190
Gly Ser Lys Ser Gly Thr Ser Ala Ser Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg
195 200 205
Ser Xaa Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Gln Ser Tyr Asp Ser Ser Leu
210 215 220
Ser Gly Trp Val Phe Gly Gly Xaa Thr Lys Leu Thr Val Leu Xaa Asp
225 230 235 240
Tyr Lys Xaa His Asp Gly Asp Tyr Lys Asp His Asp Ile Asp Xaa Lys
245 250 255
Asp Asp Asp Xaa Xaa Ala Ala
260
<210> 152
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<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> C4 (2) scFv antibody
<220>
<221> VARIANT
<222> 207
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 212
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 224
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 237
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 244..246
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 249
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 254..256
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 261..266
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 271..275
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
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<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 279
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 281..283
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 289..290
<223> Any amino acids
<400> 152
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asp Tyr
20 25 30
Tyr Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Gly Val Ser Trp Asn Gly Ser Arg Thr His Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Gly Tyr Gly Ser Gly Ser Arg Ala Thr Gly Tyr Asn Trp Phe Ala
100 105 110
Pro Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly
115 120 125
Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr
130 135 140
Gln Pro Pro Ser Ala Ser Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser
145 150 155 160
Cys Thr Gly Ser Ser Ser Asn Ile Gly Ala Gly Tyr Asp Val His Trp
165 170 175
Tyr Gln Gln Leu Pro Gly Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Arg Asn
180 185 190
Asn Gln Arg Pro Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Xaa Ser
195 200 205
Gly Thr Ser Xaa Ser Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Xaa
210 215 220
Ala Asp Tyr Tyr Cys Gln Ser Tyr Asp Ser Ser Leu Xaa Gly Pro Tyr
225 230 235 240
Trp Val Phe Xaa Xaa Xaa Asn Gln Xaa Asp Gly Pro Arg Xaa Xaa Xaa
245 250 255
Lys Thr Met Thr Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Asp Ile Asp Tyr Xaa Xaa
260 265 270
Xaa Xaa Xaa Gln Xaa Arg Xaa Ala Xaa Xaa Xaa His His His Ser Pro
275 280 285
Xaa Xaa Pro
290
<210> 153
<211> 303
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> C4 (3) scFv antibody
<220>
<221> VARIANT
<222> 161
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 184
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 191
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 200
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 210
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 237
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 247
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 254
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 260..261
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 265
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 268
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 276..277
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 284
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 287..288
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 292..294
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 296..301
<223> Any amino acids
<400> 153
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
20 25 30
Ala Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Ala Ile Ser Gly Ser Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Gly Trp Ser Thr Ser Ser Phe Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr
100 105 110
Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser
115 120 125
Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Ala Ser
130 135 140
Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Ser Gly Ser Ser Ser
145 150 155 160
Xaa Ile Gly Asn His Tyr Val Ser Trp Tyr Gln Gln Leu Pro Gly Thr
165 170 175
Ala Thr Lys Leu Leu Ile Tyr Xaa Asp Asp Leu Leu Pro Ser Xaa Val
180 185 190
Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Xaa Ser Gly Thr Ser Ala Ser Leu Ala
195 200 205
Ile Xaa Gly Leu Arg Ser Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Ala Ala
210 215 220
Trp Asp Asp Arg Ser Gly Gln Val Leu Phe Gly Gly Xaa Thr Lys Leu
225 230 235 240
Thr Val Leu Gly Asp Tyr Xaa Asp His Asp Gly Asp Tyr Xaa Asp His
245 250 255
Asp Ile Asp Xaa Xaa Asp Asp Asp Xaa Lys Ala Xaa Ala His His His
260 265 270
His His His Xaa Xaa Arg Trp Pro Ile Arg Pro Xaa Val Ser Xaa Xaa
275 280 285
Thr Ile His Xaa Xaa Xaa Phe Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Lys Thr
290 295 300
<210> 154
<211> 317
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> C4 (4) scFv antibody
<220>
<221> VARIANT
<222> 160
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 198..199
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 236
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 240
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 246
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 248..249
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 259
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 262..265
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 267
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 270
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 277
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 279..280
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 285..286
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 289..292
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 294
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 298
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 301..302
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 304
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 306..315
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 317
<223> Any amino acid
<400> 154
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
20 25 30
Ser Met Asn Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Gly Ile Ser Gly Ser Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Lys His Ser Gly Tyr Gly Phe Asp Ile Trp Gly Gln Gly Thr Leu
100 105 110
Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly
115 120 125
Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Ala Ser Gly
130 135 140
Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Ser Gly Gly Ala Ser Xaa
145 150 155 160
Leu Gly Met His Phe Val Ser Trp Tyr Gln Gln Leu Pro Gly Thr Ala
165 170 175
Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Tyr Asp Asp Leu Leu Pro Ser Gly Val Pro
180 185 190
Asp Arg Phe Ser Gly Xaa Xaa Ser Gly Thr Ser Ala Ser Leu Ala Ile
195 200 205
Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Ala Ala Trp
210 215 220
Asp Asp Ser Leu Asn Gly Trp Val Phe Gly Gly Xaa Thr Lys Leu Xaa
225 230 235 240
Val Leu Gly Asp Tyr Xaa Asp Xaa Xaa Gly Asp Tyr Lys Asp His Asp
245 250 255
Ile Asp Xaa Lys Asp Xaa Xaa Xaa Xaa Ala Xaa Ala His Xaa His His
260 265 270
His His Ser Pro Xaa Trp Xaa Xaa Arg Pro Ile Val Xaa Xaa Ile Thr
275 280 285
Xaa Xaa Xaa Xaa Val Xaa Leu Gln Arg Xaa Asp Trp Xaa Xaa Pro Xaa
290 295 300
Val Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Pro Xaa
305 310 315
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Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
20 25 30
Ala Met Asn Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ala Asn Ile Asn Gln Asp Gly Ser Thr Lys Phe Tyr Val Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
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100 105 110
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Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val
130 135 140
Leu Thr Gln Pro Pro Ser Ala Ser Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr
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Ile Ser Cys Ser Gly Ser Ser Ser Asn Ile Gly Ser Asn Tyr Val Tyr
165 170 175
Trp Tyr Gln Gln Leu Pro Gly Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Arg
180 185 190
Asn Asp Gln Arg Pro Ser Xaa Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Xaa
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Ser Gly Thr Ser Ala Ser Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Xaa Asp
210 215 220
Xaa Ala Asp Tyr Tyr Cys Ser Ser Tyr Ala Gly Asn Asn Asn Leu Val
225 230 235 240
Phe Gly Gly Xaa Thr Lys Leu Thr Val Leu Gly Asp Tyr Xaa Asp His
245 250 255
Asp Gly Asp Tyr Lys Asp His Asp Ile Asp Tyr Xaa Asp Xaa Asp Xaa
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Xaa Ala Ala
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Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asp His
20 25 30
Tyr Met Asp Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
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50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
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Ala Arg Pro Ser Ile Thr Ala Ala Gly Ser Glu Asp Ala Phe Asp Leu
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Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser
115 120 125
Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln
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Ser Gly Ser Ser Ser Asn Ile Gly Ser Asn Tyr Val Tyr Trp Tyr Gln
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Ser Ala Ser Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Xaa Asp Gly Ala Asp
210 215 220
Tyr Tyr Cys Gln Ser Tyr Asp Ser Ser Leu Ser Gly Trp Val Phe Gly
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Gly Xaa Thr Lys Leu Thr Val Leu Gly Xaa Tyr Xaa Asp His Asp Gly
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Asp Tyr Lys Asp Xaa Asp Ile Asp Tyr Lys Asp Asp Xaa Xaa Lys Ala
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Ala
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Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asn Tyr
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Trp Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
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Ala Met Asn Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
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Leu Thr Gln Pro Pro Ser Ala Ser Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr
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Ile Ser Cys Ser Gly Ser Ser Ser Asn Ile Gly Ser Asn Tyr Val Tyr
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Xaa Ala Asp Tyr Tyr Cys Ser Ser Tyr Ala Gly Asn Asn Asn Leu Val
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Asp Gly Asp Tyr Lys Asp His Asp Ile Asp Xaa Xaa Asp Xaa Asp Xaa
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Xaa Ala Ala
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180 185 190
Xaa Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Xaa Xaa Ser Gly Thr Ser Xaa Ser
195 200 205
Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Xaa Ala Asp Tyr Tyr Cys
210 215 220
Ala Xaa Trp Asp Asp Ser Leu Asn
225 230
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<213> Artificial Sequence
<220>
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<220>
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<223> Any amino acid
<220>
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<222> 191
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<220>
<221> VARIANT
<222> 199..200
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 217
<223> Any amino acid
<400> 165
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
20 25 30
Ala Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ala Val Ile Ser Tyr Asp Gly Ser Lys Thr Tyr His Ala Asp Ser Val
50 55 60
Glu Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg His Leu Arg Pro Tyr Tyr Phe Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr
100 105 110
Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser
115 120 125
Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Ala Ser
130 135 140
Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Ser Gly Ser Ser Ser
145 150 155 160
Xaa Ile Gly Ser Asn Thr Val Asn Trp Tyr Gln Gln Leu Pro Gly Thr
165 170 175
Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Gly Asn Ser Asn Arg Pro Ser Xaa Val
180 185 190
Pro Asp Arg Phe Ser Gly Xaa Xaa Ser Gly Thr Ser Ala Ser Leu Ala
195 200 205
Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Xaa Ala Asp Tyr Tyr Cys Ser Ala
210 215 220
Trp Asp Asp Arg Leu Arg Gly Arg Val Phe Gly Gly
225 230 235
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<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> ATP-5B (2) scFv antibody
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Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
20 25 30
Gly Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Leu Ile Ser Ser Ala Ser Ser Tyr Ile Tyr His Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Ala Gly Arg Val Cys Thr Asn Gly Val Cys His Thr Thr Phe
100 105 110
Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly
115 120 125
Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu
130 135 140
Thr Gln Pro Pro Ser Ala Ser Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile
145 150 155 160
Ser Cys Ser Gly Asp Arg Ser Asn Ile Gly Ser Asn Thr Val Asn Trp
165 170 175
Tyr Gln Gln Leu Pro Gly Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Gly Asn
180 185 190
Ser Asn Arg Pro Ser Gly Val Pro Xaa Arg Phe Ser Gly Ser Xaa Ser
195 200 205
Gly Thr Ser Xaa Ser Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Glu
210 215 220
Ala Asp Tyr Tyr Cys Gln Ser Tyr Asp Ser Ser Leu Ser Ala Val Val
225 230 235 240
Phe Gly Gly Xaa Thr Lys Leu Thr Val Leu Gly Asp Tyr Xaa Xaa His
245 250 255
Asp Xaa Xaa Tyr Lys Asp His Asp Ile Asp Tyr Xaa Xaa Asp Xaa Asp
260 265 270
Xaa Ala Xaa Ala His Xaa His His His His Ser Pro Arg Xaa Xaa Xaa
275 280 285
Xaa Pro Ile Val Ser Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa
290 295 300
Xaa Xaa Xaa Leu Xaa Lys Xaa Xaa Xaa Xaa Pro Thr Xaa Xaa Xaa Xaa
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Xaa Xaa Xaa Xaa
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<220>
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Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Thr Tyr
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Ala Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Ser Ile Ser Ser Thr Ser Thr Tyr Ile His Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Val Ser Ser Trp Tyr Ser Ala Phe Asp Ile Trp Gly Gln Gly
100 105 110
Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly
115 120 125
Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Ala
130 135 140
Ser Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Thr Gly Ser Ser
145 150 155 160
Ser Asn Ile Gly Asn Asn Ala Val Asn Trp Tyr Gln Gln Leu Pro Gly
165 170 175
Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Ser Asn Asn Gln Arg Pro Ser Xaa
180 185 190
Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Xaa Ser Gly Thr Ser Ala Ser Leu
195 200 205
Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Xaa Ala Asp Tyr Tyr Cys Gln
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Ser Tyr Asp Ser Ser Leu Ser Gly Val Ile Phe Gly Gly Xaa Thr Lys
225 230 235 240
Leu Xaa Val Leu Xaa Asp Tyr Xaa Asp His Asp Gly Asp Tyr Xaa Asp
245 250 255
His Asp Ile Asp Xaa Xaa Xaa Asp Asp Asp Lys Ala Ala
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<220>
<221> VARIANT
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1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asp Phe
20 25 30
Trp Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Ser Ile Ser Gly Gly Gly Gly Thr Ala Phe Tyr Val Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Leu Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Met Thr Asp Leu Glu Ser Gly Asp Ala Phe Asp Ile Trp Gly
100 105 110
Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly
115 120 125
Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro
130 135 140
Ser Ala Ser Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Ser Gly
145 150 155 160
Ser Ser Ser Asn Ile Gly Ser Asn Tyr Val Asn Trp Tyr Gln Gln Leu
165 170 175
Pro Gly Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Asn Asp Asn Val Arg Pro
180 185 190
Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Xaa Ser Gly Thr Ser Ala
195 200 205
Ser Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Xaa Ala Asp Tyr Tyr
210 215 220
Cys Gln Xaa Trp Gly Thr Gly Val Phe Gly Gly Xaa Thr Lys Leu Thr
225 230 235 240
Val Leu Xaa Asp Tyr Xaa Asp His Asp Gly Asp Xaa Xaa Asp His Asp
245 250 255
Ile Asp Xaa Lys Asp Xaa Asp Xaa Lys Ala Ala
260 265
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Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
20 25 30
Ser Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ala Val Ile Ser Tyr Asp Gly Ser Asn Lys Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Asp Arg Thr Arg Gly Ser Thr Ala Leu Asp Ile Trp Gly Gln
100 105 110
Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly
115 120 125
Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser
130 135 140
Ala Ser Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Ser Gly Ser
145 150 155 160
Ser Ser Tyr Ile Gly Ser Asn Tyr Val Tyr Trp Tyr Gln Gln Leu Pro
165 170 175
Gly Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Arg Asn Asn Gln Arg Pro Xaa
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Xaa Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Xaa Xaa Ser Gly Thr Ser Ala Ser
195 200 205
Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys
210 215 220
Ala Ala Trp Asp Asp Ser Leu Ser Gly Trp Val Phe Gly Gly Xaa Thr
225 230 235 240
Lys Leu Thr Val Leu Gly Asp
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<220>
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<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 206
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 212..213
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 234
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 244
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 248
<223> Any amino acid
<400> 170
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asp Tyr
20 25 30
Tyr Met Thr Trp Ile Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Asp Ile Ser Trp Asn Gly Ser Arg Thr His Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ser Ser His Leu Val Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser
100 105 110
Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser
115 120 125
Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Ala Ser Gly Thr Pro Gly Gln
130 135 140
Arg Val Thr Ile Ser Cys Thr Gly Ser Ser Ser Asn Ile Gly Ala Gly
145 150 155 160
Tyr Asp Val His Trp Tyr Gln Gln Leu Pro Gly Thr Ala Pro Lys Leu
165 170 175
Leu Ile Tyr Asp Asn Asn Lys Arg Pro Ser Xaa Val Pro Asp Arg Phe
180 185 190
Ser Gly Ser Xaa Ser Gly Thr Ser Ala Ser Leu Ala Ile Xaa Gly Leu
195 200 205
Arg Ser Glu Xaa Xaa Ala Asp Tyr Tyr Cys Gln Thr Tyr Asp Ser Ser
210 215 220
Leu Ser Gly Ser Val Val Phe Gly Gly Xaa Thr Lys Leu Thr Val Leu
225 230 235 240
Gly Asp Tyr Xaa Asp His Asp Xaa Asp Tyr
245 250
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<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> UPF3B (2) scFv antibody
<220>
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<220>
<221> VARIANT
<222> 197
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 206
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 221
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 243
<223> Any amino acid
<400> 171
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
20 25 30
Ala Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Tyr Ile Ser Ser Ser Ser Ser Tyr Ala Asn Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
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Ala Arg Leu Gly Val Tyr Ser Gly Thr Tyr Leu Phe Ala Phe Asp Ile
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Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser
115 120 125
Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln
130 135 140
Pro Pro Ser Ala Ser Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys
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Thr Gly Ser Ser Ser Xaa Ile Gly Ala Gly Tyr Asp Val His Trp Tyr
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Gln Gln Leu Pro Gly Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Gly Asn Ser
180 185 190
Asn Arg Pro Ser Xaa Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Xaa Ser Gly
195 200 205
Thr Ser Ala Ser Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Xaa Asp Glu Ala
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Asp Tyr Tyr Cys Gln Ser Arg Asp Ser Ser Leu Ser Gly Trp Val Phe
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Gly Gly Xaa Thr Lys Leu Thr Val Leu Gly Asp
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<220>
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<222> 201
<223> Any amino acid
<220>
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<223> Any amino acid
<220>
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<222> 245
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<220>
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<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 281
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 285..286
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 288..289
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 293..296
<223> Any amino acids
<220>
<221> VARIANT
<222> 298..300
<223> Any amino acids
<400> 173
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asp Tyr
20 25 30
Tyr Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Gly Val Ser Trp Asn Gly Ser Arg Thr His Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Val Ala Tyr Asp Ile Asp Ala Phe Asp Met Trp Gly Gln Gly
100 105 110
Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly
115 120 125
Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Ala
130 135 140
Ser Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Ser Gly Ser Phe
145 150 155 160
Ser Asn Ile Gly Ser Asn Tyr Val Tyr Trp Tyr Gln Gln Leu Pro Gly
165 170 175
Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Glu Asn Asn Lys Arg Pro Ser Gly
180 185 190
Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Xaa Ser Gly Thr Ser Ala Ser Leu
195 200 205
Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Ala
210 215 220
Ala Trp Asp Asp Ser Leu Asn Gly Pro Met Phe Gly Gly Xaa Thr Lys
225 230 235 240
Leu Thr Val Leu Xaa Asp Tyr Lys Asp His Asp Gly Asp Tyr Lys Asp
245 250 255
His Asp Ile Asp Tyr Lys Asp Asp Xaa Xaa Xaa Xaa Ala Ala His His
260 265 270
His His His His Ser Pro Arg Trp Xaa Ile Arg Pro Xaa Xaa Ser Xaa
275 280 285
Xaa Thr Ile His Xaa Xaa Xaa Xaa Leu Xaa Xaa Xaa Asp
290 295 300
<210> 174
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<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Apo-A4 (3) scFv antibody
<220>
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<222> 196
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 213
<223> Any amino acid
<400> 174
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
20 25 30
Ser Met Asn Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
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100 105 110
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130 135 140
Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Ser Gly Ser Arg Ser Asn Ile Gly Ser
145 150 155 160
Asn His Val Phe Trp Tyr Gln Gln Leu Pro Gly Thr Ala Pro Lys Leu
165 170 175
Leu Ile Tyr Glu Asn Asn Lys Arg Pro Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe
180 185 190
Ser Gly Ser Xaa Ser Gly Thr Ser Ala Ser Leu Ala Ile Ser Gly Leu
195 200 205
Arg Ser Glu Asp Xaa Ala Asp Tyr Tyr Cys Ala Ala Trp Asp Asp Ser
210 215 220
Leu Ser Gly Trp Val Phe Gly Gly
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Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asn Ala
20 25 30
Trp Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Phe Ile Ser Ser Ser Ser Ser Tyr Ile Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Val Asn Leu Val Gly Cys Thr Asn Gly Val Cys Asn Gly His
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Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly
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Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu
130 135 140
Thr Gln Pro Pro Ser Ala Ser Gly Thr Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile
145 150 155 160
Ser Cys Ser Gly Ser Ser Ser Xaa Ile Gly Ser Asn Thr Val Asn Trp
165 170 175
Tyr Gln Gln Leu Pro Gly Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Asp Asn
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<223> Any amino acid
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1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Gly Asp Tyr
20 25 30
Ala Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Ala Ile Ser Gly Ser Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
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65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
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100 105 110
Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly
115 120 125
Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Ala Ser Gly Thr
130 135 140
Pro Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Ser Gly Ser Ser Ser Xaa Ile
145 150 155 160
Gly Asn Asn His Val Ser Trp Tyr Gln Gln Leu Pro Gly Thr Ala Pro
165 170 175
Lys Leu Leu Ile Tyr Gly Asn Ser Asn Arg Pro Ser Xaa Val Pro Asp
180 185 190
Arg Phe Ser Gly Ser Xaa Ser Gly Thr Ser Ala Ser Leu Ala Ile Ser
195 200 205
Gly Leu Arg Ser Glu Asp Xaa Ala Asp Tyr Tyr Cys Ala Ala Trp Asp
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Asn Ser Leu Lys Val Trp Met Phe Gly Gly
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Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Asn
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Tyr Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
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Xaa Xaa Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Xaa Xaa Ser Gly Thr Ser Xaa
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Ser Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Xaa Ala Asp Tyr Tyr
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225 230 235
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Ala Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
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Ala Val Ile Ser Tyr Asp Gly Ser Asn Lys Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
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Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Ala Ser Gly Thr Pro
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Gly Gln Arg Val Thr Ile Ser Cys Ser Gly Ser Ser Ser Xaa Ile Gly
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Gly
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Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asp His
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Tyr Met Asp Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
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Gln Lys Leu Ile Ser Glu Xaa Asp Leu Ser Gly Ser Ala Ala
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Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
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Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
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Ala Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
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Ser Ala Ile Ser Gly Ser Gly Gly Arg Thr Tyr Tyr Thr Asp Ser Val
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Arg Asp Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
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Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
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Ala Arg Asp Leu Met Pro Val Cys Gln Tyr Cys Tyr Gly Met Asp Val
100 105 110
Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser
115 120 125
Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ser Val Leu Thr Gln
130 135 140
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Thr Gly Ser Ser Ser Asn Ile Gly Ala Gly Tyr Asp Val His Trp Tyr
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Gln Gln Leu Pro Gly Thr Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Ser Asn Asn
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Gln Arg Pro Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Xaa Ser Gly
195 200 205
Thr Ser Ala Ser Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg Ser Glu Asp Glu Ala
210 215 220
Asp Tyr Xaa Cys Gln Ser Tyr Asp Ser Ser Leu Asn Lys Asp Val Val
225 230 235 240
Phe Gly Gly Xaa Thr Lys Leu Thr Val Leu Gly Glu Gln Lys Leu Ile
245 250 255
Ser Xaa Xaa Asp Leu Ser Gly Ser Ala Xaa Ala His His His His His
260 265 270
His Ser Pro Arg Xaa Pro Ile Arg Pro Ile Val Ser Arg Xaa Thr Ile
275 280 285
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Thr Xaa Leu Xaa Xaa Xaa Ala Xaa Xaa Pro Pro Phe Xaa Xaa Xaa Xaa
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Xaa
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Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Gly Ser Ser
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Tyr Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
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Ser Ser Ile Ser Ser Gly Gly Ser Tyr Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
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Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
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Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly
115 120 125
Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser
130 135 140
Ser Leu Ser Ala Ser Val Gly Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala
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Ser Gln Ser Ile Ser Ser Tyr Leu Asn Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly
165 170 175
Lys Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Ala Ala Ser Ser Leu Gln Ser Gly
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Gln Val Ser Ser Trp Leu Ser Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Leu Glu
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Ile Lys Arg Leu Gly Asp Tyr Lys Asp His Asp Gly Asp Tyr Lys Asp
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His Asp Ile Asp Tyr Lys Asp Asp Asp Asp Lys Ala Ala Ala His His
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<223> PKB gamma (2) scFv antibody
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Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
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Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Tyr Ser
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Gly Met Gly Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
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Ser Tyr Ile Ser Ser Gly Ser Tyr Tyr Thr Gly Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
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Ala Arg Tyr Ser Gly Trp Arg His Gly Phe Asp Tyr Trp Gly Gln Gly
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Ser Gly Gly Gly Gly Ser Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser
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Leu Ser Ala Ser Val Gly Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser
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Gln Ser Ile Ser Ser Tyr Leu Asn Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys
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Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Ala Ala Ser Ser Leu Gln Ser Gly Val
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Pro Ser Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr
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Ala Thr Val Ser Pro Ser Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Leu Glu Ile
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Lys Arg Leu Gly Asp Tyr Lys Asp His Asp Gly Asp Tyr Lys Asp His
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Asp Ile Asp Tyr Lys Asp Asp Asp Asp Lys Ala Ala Ala His His His
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Tyr Met Gly Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
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Gly Gly Gly Gly Ser Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu
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Asp Ile Asp Tyr Lys Asp Asp Asp Asp Lys Ala Ala Ala His His His
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His His His
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100 105 110
Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly
115 120 125
Gly Gly Ser Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Ala
130 135 140
Ser Val Gly Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln Ser Ile
145 150 155 160
Ser Ser Tyr Leu Asn Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys
165 170 175
Leu Leu Ile Tyr Ala Ala Ser Ser Leu Gln Ser Gly Val Pro Ser Arg
180 185 190
Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser
195 200 205
Leu Gln Pro Glu Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln Thr Trp Tyr
210 215 220
Leu Pro Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Leu Glu Ile Lys Arg Leu Gly
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Asp Tyr Lys Asp His Asp Gly Asp Tyr Lys Asp His Asp Ile Asp Tyr
245 250 255
Lys Asp Asp Asp Asp Lys Ala Ala Ala His His His His His His
260 265 270
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65 70 75 80
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165 170 175
Leu Leu Ile Tyr Ala Ala Ser Ser Leu Gln Ser Gly Val Pro Ser Arg
180 185 190
Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser
195 200 205
Leu Gln Pro Glu Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln Ser Gly Ala
210 215 220
Val Pro Pro Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Leu Glu Ile Lys Arg Leu
225 230 235 240
Gly Asp Tyr Lys Asp His Asp Gly Asp Tyr Lys Asp His Asp Ile Asp
245 250 255
Tyr Lys Asp Asp Asp Asp Lys Ala Ala Ala His His His His His His
260 265 270
<210> 186
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Lys Asp His Asp Ile Asp Tyr Lys Asp Asp Asp Asp Lys Ala Ala Ala
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<223> STAT1 (1) scFv antibody
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1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Gly Tyr Tyr
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Gly Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
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Ser Gly Ile Tyr Gly Ser Tyr Tyr Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg His Ser Trp Asp Tyr Tyr Phe Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr
100 105 110
Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser
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Gly Gly Gly Gly Ser Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu
130 135 140
Ser Ala Ser Val Gly Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln
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Ser Ile Ser Ser Tyr Leu Asn Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala
165 170 175
Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Ala Ala Ser Ser Leu Gln Ser Gly Val Pro
180 185 190
Ser Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile
195 200 205
Ser Ser Leu Gln Pro Glu Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln Tyr
210 215 220
His Tyr Gly Tyr Gly Ser Pro Tyr Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Leu
225 230 235 240
Glu Ile Lys Arg Leu Gly Asp Tyr Lys Asp His Asp Gly Asp Tyr Lys
245 250 255
Asp His Asp Ile Asp Tyr Lys Asp Asp Asp Asp Lys Ala Ala Ala His
260 265 270
His His His His His
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<213> Artificial Sequence
<220>
<223> STAT1 (2) scFv antibody
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Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Tyr Ser
20 25 30
Ser Met Tyr Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Ser Ile Ser Ser Tyr Gly His Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
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100 105 110
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Ser Gly Gly Gly Gly Ser Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser
130 135 140
Leu Ser Ala Ser Val Gly Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser
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195 200 205
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210 215 220
Thr Trp His Pro Tyr Pro Ser Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Leu Glu
225 230 235 240
Ile Lys Arg Leu Gly Asp Tyr Lys Asp His Asp Gly Asp Tyr Lys Asp
245 250 255
His Asp Ile Asp Tyr Lys Asp Asp Asp Asp Lys Ala Ala Ala His His
260 265 270
His His His His
275
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<213> Artificial Sequence
<220>
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1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Gly Tyr
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Ser Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
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210 215 220
Tyr Cys Gln Gln Trp Tyr Tyr Trp Val Pro Pro Thr Phe Gly Gln Gly
225 230 235 240
Thr Lys Leu Glu Ile Lys Arg Leu Gly Asp Tyr Lys Asp His Asp Gly
245 250 255
Asp Tyr Lys Asp His Asp Ile Asp Tyr Lys Asp Asp Asp Asp Lys Ala
260 265 270
Ala Ala His His His His His His
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<223> Any amino acid
<400> 241
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
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Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Tyr Ser Ser
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Gly Met Tyr Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
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Ser Ala Ser Val Gly Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln
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<223> Any amino acids
<400> 242
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
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Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
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Ala Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
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Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Ala Ala Ser Ser
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Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro Glu Asp Phe Ala Thr
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Tyr Tyr Cys Gln Gln Ala Gly Tyr His Pro Leu Thr Phe Gly Gln Gly
225 230 235 240
Thr Lys Leu Glu Ile Lys Arg Leu Xaa Asp Tyr Lys Asp His Asp Xaa
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Xaa Xaa Xaa
305
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<223> Any amino acids
<400> 244
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
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Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Gly Ser Ser
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Ser Ala Ser Val Gly Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln
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Ser Ser Leu Gln Pro Glu Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln Ala
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<220>
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<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> 265
<223> Any amino acid
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Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
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Arg Leu Xaa Asp Tyr Lys Asp His Asp Gly Asp Tyr Lys Asp His Asp
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<223> UBC9 (1) scFv antibody
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Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Gly Tyr Gly
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<223> UBC9 (2) scFv antibody
<400> 247
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Tyr Cys Gln Gln Ser Trp Ser Pro His Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys
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<210> 248
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<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> UBC9 (3) scFv antibody
<400> 248
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Ser Gly Gly Gly Gly Ser Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser
130 135 140
Leu Ser Ala Ser Val Gly Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser
145 150 155 160
Gln Ser Ile Ser Ser Tyr Leu Asn Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys
165 170 175
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195 200 205
Ile Ser Ser Leu Gln Pro Glu Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln
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Ser Gly Val Ser Pro Tyr Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Leu Glu Ile
225 230 235 240
Lys Arg Leu Gly Asp Tyr Lys Asp His Asp Gly Asp Tyr Lys Asp His
245 250 255
Asp Ile Asp Tyr Lys Asp Asp Asp Asp Lys Ala Ala Ala His His His
260 265 270
His His His
275
<210> 249
<211> 277
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> UBE2C (1) scFv antibody
<400> 249
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165 170 175
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Glu Ile Lys Arg Leu Gly Asp Tyr Lys Asp His Asp Gly Asp Tyr Lys
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Asp His Asp Ile Asp Tyr Lys Asp Asp Asp Asp Lys Ala Ala Ala His
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His His His His His
275
<210> 250
<211> 273
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
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Ser Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
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Ser Ser Ile Ser Gly Tyr Ser Tyr Gly Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
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Ala Arg Trp His His Pro Tyr Tyr Phe Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr
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Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser
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Gly Gly Gly Gly Ser Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu
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Ser Ala Ser Val Gly Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln
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Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Ala Ala Ser Ser Leu Gln Ser Gly Val Pro
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Asp Tyr Lys Asp Asp Asp Asp Lys Ala Ala Ala His His His His His
260 265 270
His
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275
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Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser
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Ser Leu Ser Ala Ser Val Gly Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala
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Glu Ile Lys Arg Leu Gly Asp Tyr Lys Asp His Asp Gly Asp Tyr Lys
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<223> AGAP-2 (4) scFv antibody
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Ala Ser Val Gly Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln Ser
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115 120 125
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130 135 140
Ala Ser Val Gly Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln Ser
145 150 155 160
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165 170 175
Lys Leu Leu Ile Tyr Ala Ala Ser Ser Leu Gln Ser Gly Val Pro Ser
180 185 190
Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser
195 200 205
Ser Leu Gln Pro Glu Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln Tyr Gly
210 215 220
Ser Ser Leu Pro Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Leu Glu Ile Lys Arg
225 230 235 240
Leu Gly Asp Tyr Lys Asp His Asp Gly Asp Tyr Lys Asp His Asp Ile
245 250 255
Asp Tyr Lys Asp Asp Asp Asp Lys Ala Ala Ala His His His His His
260 265 270
His
<210> 263
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<213> Artificial Sequence
<220>
<223> MAPK-9 (4) scFv antibody
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Leu Gly Asp Tyr Lys Asp His Asp Gly Asp Tyr Lys Asp His Asp Ile
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260 265 270
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Ala Arg Tyr Gly Pro Gly Ser Val Phe Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr
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Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser
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Gly Gly Gly Gly Ser Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu
130 135 140
Ser Ala Ser Val Gly Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln
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Ser Ile Ser Ser Tyr Leu Asn Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala
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Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Ala Ala Ser Ser Leu Gln Ser Gly Val Pro
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Ser Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile
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Glu Ile Lys Arg Leu Gly Asp Tyr Lys Asp His Asp Gly Asp Tyr Lys
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Asp His Asp Ile Asp Tyr Lys Asp Asp Asp Asp Lys Ala Ala Ala His
260 265 270
His His His His His
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100 105 110
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115 120 125
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Ser Ala Ser Val Gly Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln
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Tyr Trp Tyr Leu His Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Leu Glu Ile Lys
225 230 235 240
Arg Leu Gly Asp Tyr Lys Asp His Asp Gly Asp Tyr Lys Asp His Asp
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260 265 270
His His
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Gly Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
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Ser Met Gly Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
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Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly
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Ser Gly Gly Gly Gly Ser Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser
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Leu Ser Ala Ser Val Gly Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser
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Gln Ser Ile Ser Ser Tyr Leu Asn Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys
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Arg Leu Gly Asp Tyr Lys Asp His Asp Gly Asp Tyr Lys Asp His Asp
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Ile Asp Tyr Lys Asp Asp Asp Asp Lys Ala Ala Ala His His His His
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Glu Ile Lys Arg Leu Gly Asp Tyr Lys Asp His Asp Gly Asp Tyr Lys
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Asp His Asp Ile Asp Tyr Lys Asp Asp Asp Asp Lys Ala Ala Ala His
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His His His His His
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Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
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115 120 125
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130 135 140
Ser Ala Ser Val Gly Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln
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Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr Leu
65 70 75 80
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85 90 95
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100 105 110
Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly
115 120 125
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130 135 140
Gly Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln Ser Ile Ser Ser
145 150 155 160
Tyr Leu Asn Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu
165 170 175
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180 185 190
Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln
195 200 205
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210 215 220
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65 70 75 80
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Gly Gly Gly Gly Ser Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu
130 135 140
Ser Ala Ser Val Gly Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln
145 150 155 160
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165 170 175
Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Ala Ala Ser Ser Leu Gln Ser Gly Val Pro
180 185 190
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195 200 205
Ser Ser Leu Gln Pro Glu Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln Ser
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260 265 270
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Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Gly Ser Tyr
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Ser Met Tyr Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
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50 55 60
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65 70 75 80
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130 135 140
Val Gly Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln Ser Ile Ser
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Leu Ile Tyr Ala Ala Ser Ser Leu Gln Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe
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Gly Gly Gly Ser Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser
130 135 140
Ala Ser Val Gly Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln Ser
145 150 155 160
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Lys Leu Leu Ile Tyr Ala Ala Ser Ser Leu Gln Ser Gly Val Pro Ser
180 185 190
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195 200 205
Ser Leu Gln Pro Glu Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln Gly Ser
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Tyr Ala Tyr Leu Ser Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Leu Glu Ile Lys
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Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
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Ser Ser Leu Ser Ala Ser Val Gly Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg
145 150 155 160
Ala Ser Gln Ser Ile Ser Ser Tyr Leu Asn Trp Tyr Gln Gln Lys Pro
165 170 175
Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Ala Ala Ser Ser Leu Gln Ser
180 185 190
Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr
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Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro Glu Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys
210 215 220
Gln Gln Val Asn Tyr Ser Ser Ser Tyr Pro Phe Thr Phe Gly Gln Gly
225 230 235 240
Thr Lys Leu Glu Ile Lys Arg Leu Gly Asp Tyr Lys Asp His Asp Gly
245 250 255
Asp Tyr Lys Asp His Asp Ile Asp Tyr Lys Asp Asp Asp Asp Lys Ala
260 265 270
Ala Ala His His His His His His
275 280
Claims (90)
- 다음의 단계를 포함하거나 이로 구성되는 췌장암-관련 질환 상태를 진단하거나 결정하는 방법:
(a) 테스트될 개체로부터 시료를 제공하는 단계; 및
(b) 표 A에 정의된 군으로부터 선택된 하나 이상의 바이오마커의 테스트 시료에서의 존재 및/또는 양을 측정함으로써 테스트 시료의 바이오마커 서명을 결정하는 단계로서,
표 A에 정의된 군으로부터 선택된 하나 이상의 바이오마커의 테스트 시료에서의 존재 및/또는 양이 개체에서 췌장암-관련 질환을 나타내는, 단계. - 제 1항에 있어서,
상기 췌장암-관련 질환 상태는 다음으로 이루어진 군으로부터 선택되는, 방법:
(i) 초기 췌장암의 진단 및/또는 병기결정; 및
(ii) 췌장암의 진단 및/또는 병기결정. - 제 1항 또는 제 2항에 있어서,
상기 단계 (b)는 표 A에 나열된 1개 이상의 바이오마커, 예를 들어 상기 표 A에 나열된 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 84 또는 85개의 바이오마커의 존재 및/또는 양을 측정하는 단계를 포함하거나 이로 구성되는, 방법. - 제 1항 또는 제 3항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 췌장암-관련 질환 상태는 초기 췌장암인, 방법. - 제 4항에 있어서,
상기 방법은 I기 또는 II기 췌장암의 진단을 위한 것인, 방법. - 제 5항에 있어서,
상기 단계 (b)는 다음에 나열된 1개 이상의 바이오마커의 존재 및/또는 양을 측정하는 단계를 포함하거나 이로 구성되는 방법:
(i) 표 A (I), 예를 들어 상기 표 A (I)에 나열된 적어도 2, 3, 4 또는 5개의 바이오마커;
(ii) 표 A (III), 예를 들어 상기 표 A (III)에 나열된 적어도 2, 3, 4, 5 또는 6개의 바이오마커;
(iii) 표 A (V), 예를 들어 상기 표 A (V)에 나열된 적어도 2, 3, 4, 5 또는 6개의 바이오마커; 및
(iv) 표 A (XI), 예를 들어 상기 표 A (XI)에 나열된 적어도 2 또는 3개의 바이오마커. - 제 5항 또는 제 6항에 있어서,
상기 단계 (b)는 다음에 나열된 1개 이상의 바이오마커의 존재 및/또는 양을 측정하는 단계를 포함하거나 이로 구성되는 방법:
(i) 표 A (II), 예를 들어 상기 표 A (II)에 나열된 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15 또는 16개의 바이오마커;
(ii) 표 A (IV), 예를 들어 상기 표 A (IV)에 나열된 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 또는 12개의 바이오마커;
(iii) 표 A (VI), 예를 들어 상기 표 A (VI)에 나열된 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12 또는 13개의 바이오마커; 및
(iv) 표 A (XII), 예를 들어 상기 표 A (XII)에 나열된 적어도 2, 3, 4, 5 또는 6개의 바이오마커. - 제 4항에 있어서,
상기 방법은 I기 췌장암의 진단을 위한 것인, 방법. - 제 8항에 있어서,
상기 단계 (b)는 다음에 나열된 1개 이상의 바이오마커의 존재 및/또는 양을 측정하는 단계를 포함하거나 이로 구성되는 방법:
(i) 표 A (I), 예를 들어 상기 표 A (I)에 나열된 적어도 2, 3, 4 또는 5개의 바이오마커;
(ii) 표 A (III), 예를 들어 상기 표 A (III)에 나열된 적어도 2, 3, 4, 5 또는 6개의 바이오마커; 및
(iii) 표 A (VII). - 제 8항 또는 제 9항에 있어서,
상기 단계 (b)는 다음의 나열된 1개 이상의 바이오마커의 존재 및/또는 양을 측정하는 단계를 포함하거나 이로 구성되는 방법:
(i) 표 A (II), 예를 들어 상기 표 A (II)에 나열된 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15 또는 16개의 바이오마커;
(ii) 표 A (IV), 예를 들어 상기 표 A (IV)에 나열된 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 또는 12개의 바이오마커; 및
(iii) 표 A (VIII), 예를 들어 상기 표 A (VIII)에 나열된 적어도 2, 3, 4, 5 또는 6개의 바이오마커. - 제 4항에 있어서,
상기 방법은 II기 췌장암의 진단을 위한 것인 방법. - 제 11항에 있어서,
상기 단계 (b)는 다음에 나열된 1개 이상의 바이오마커의 존재 및/또는 양을 측정하는 단계를 포함하거나 이로 구성되는 방법:
(iv) 표 A (I), 예를 들어 상기 표 A (I)에 나열된 적어도 2, 3, 4 또는 5개의 바이오마커;
(v) 표 A (V), 예를 들어 상기 표 A (V)에 나열된 적어도 2, 3, 4, 5 또는 6개의 바이오마커;
(vi) 표 A (IX). - 제 11항 또는 제 12항에 있어서,
상기 단계 (b)가 다음에 나열된 1개 이상의 바이오마커의 존재 및/또는 양을 측정하는 단계를 포함하거나 이로 구성되는 방법:
(iv) 표 A (II), 예를 들어 상기 표 A (II)에 나열된 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15 또는 16개의 바이오마커;
(v) 표 A (VI), 예를 들어 상기 표 A (VI)에 나열된 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12 또는 13개의 바이오마커; 및
(vi) 표 A (X), 예를 들어 상기 표 A (X)에 나열된 적어도 2, 3 또는 4 개의 바이오마커. - 제 1항 내지 제 13항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 췌장암-관련 질환 상태는 췌장암인 방법. - 제 14항에 있어서,
상기 단계 (b)는 CHP-1, MAPKK 2, UBP7, PRD14, STAT1, AGAP-2, PGAM5, LUM, PTPRO 및 USP07로 이루어진 군으로부터 선택된 1개 이상의 바이오마커, 예를 들어 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 10개의 이들 바이오마커의 존재 및/또는 양을 측정하는 단계를 포함하거나 이로 구성되는, 방법. - 제 14항 또는 제 15항에 있어서,
상기 단계 (b)는 Apo-A1, BTK, C1q, C5, CDK-2, IgM, IL-11, IL-12, IL-6, JAK3, MAPK8, MCP-1, MUC-1, 프로퍼딘, VEGF, C3, ICAM-1, IL-13, ATP-5B, C4, Her2/ErB-2, IL-7, IL-3, IL-8, GM-CSF, IL-9, LDL 및 ORP3로 이루어진 군으로부터 선택된 1개 이상의 바이오마커, 예를 들어 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28 또는 29개의 이들 바이오마커의 존재 및/또는 양을 측정하는 단계를 포함하거나 이로 구성되는, 방법. - 제 1항 내지 제 16항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 단계 (b)는 상기 표 A에 나열된 모든 바이오마커의 존재 및/또는 양을 측정하는 단계를 포함하는, 방법. - 제 1항 내지 제 17항 중 어느 한 항에 있어서, 다음의 단계를 추가로 포함하거나 이로 구성되는, 방법:
(c) 다음으로부터 하나 이상의 대조군 시료를 제공하는 단계,
i. 췌장암에 걸리지 않은 개체 및/또는
ii. 상기 테스트 시료와 상이한 병기를 갖는 췌장암에 걸린 개체;
(d) 상기 단계 (b)에서 측정된 하나 이상의 바이오마커의 상기 대조군 시료에서의 존재 및/또는 양을 측정함으로써 상기 하나 이상의 대조군 시료의 바이오마커 서명을 결정하는 단계로서,
상기 단계 (b)에서 측정된 하나 이상의 바이오마커의 테스트 시료에서의 존재 및/또는 양이 상기 대조군 시료에서 상기 하나 이상의 바이오마커의 존재 및/또는 양과 상이한 경우에 상기 췌장암-관련 질환 상태가 확인되는, 단계. - 제 1항 내지 제 18항 중 어느 한 항에 있어서, 다음의 단계를 추가로 포함하거나 이로 구성되는, 방법:
(e) 다음으로부터 하나 이상의 대조군 시료를 제공하는 단계,
i. 췌장암에 걸린 개체 (예로, 양성 대조군) 및/또는
ii. 상기 테스트 시료와 동일한 병기를 갖는 췌장암에 걸린 개체;
(f) 상기 단계 (b)에서 측정된 하나 이상의 바이오마커의 대조군 시료에서 존재 및/또는 양을 측정함으로써 대조군 시료의 바이오마커 서명을 결정하는 단계로서,
상기 췌장암-관련 질환 상태는 상기 단계 (b)에서 측정된 하나 이상의 바이오마커의 테스트 시료에서의 존재 및/또는 양이 상기 단계 (f)에서 측정된 하나 이상의 바이오마커의 대조군 시료에서의 존재 및/또는 양에 상응하는 경우에 확인되는, 단계. - 제 18항 또는 제 19항에 있어서,
상기 하나 이상의 대조군 시료를 얻은 개체는 상기 시료를 얻은 시점에서 비-암성 췌장 질환 또는 병태, 예를 들어 급성 췌장염, 만성 췌장염 및 자가면역 췌장염 및 상기 췌장의 관내 유두상 점액 신생물 (IPMN)에 걸리지 않았던, 방법. - 제 18항 내지 제 20항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 하나 이상의 대조군 시료를 얻은 개체는 상기 시료를 얻은 시점에서 임의의 췌장 질환 또는 병태에 걸리지 않았던, 방법. - 제 18항에 있어서,
상기 췌장암에 걸리지 않은 개체는 상기 시료를 얻은 시점에서 임의의 질환 또는 병태에 걸리지 않았던, 방법. - 제 18항에 있어서,
상기 췌장암에 걸리지 않은 개체는 건강한 개체인, 방법. - 제 18항 내지 제 23항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 췌장암에 걸린 하나 이상의 개체는 샘암종 (예로, 췌장관 샘암종 또는 관상 유두상 췌장 샘암종), 췌장 육종, 악성 장액 낭샘종, 샘편평상피 암종, 반지세포 암종, 간세포 암종, 콜로이드 암종, 미분화 암종 및 파골세포-유사 거대세포를 갖는 미분화 암종으로 이루어진 군으로부터 선택된 췌장암에 걸린, 방법. - 제 1항 내지 제 24항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 췌장암은 췌장 샘암종 (예로, 췌장관 샘암종)인, 방법. - 제 1항 내지 제 25항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 방법은 반복되는, 방법. - 제 1항 내지 제 26항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 방법은 반복되고, 상기 단계 (a)에서 테스트될 시료는 이전의 방법 반복과 다른 시간대에 채취되는, 방법. - 제 26항 또는 제 27항에 있어서,
상기 방법은 상기 이전에 사용된 테스트 시료(들)과 상이한 시간대에 채취된 테스트 시료를 사용하여 반복되는, 방법. - 제 27항 또는 제 28항에 있어서,
상기 방법은 상기 이전에 사용된 테스트 시료(들)에 대해 1일 내지 104주 사이 동안, 예를 들어 1주 내지 100주, 1주 내지 90주, 1주 내지 80주, 1주 내지 70주, 1주 내지 60주, 1주 내지 50주, 1주 내지 40주, 1주 내지 30주, 1주 내지 20주, 1주 내지 10주, 1주 내지 9주, 1주 내지 8주, 1주 내지 7주, 1주 내지 6주, 1주 내지 5주, 1주 내지 4주, 1주 내지 3주 또는 1주 내지 2주 사이 동안 채취된 테스트 시료를 사용하여 반복되는, 방법. - 제 27항 또는 제 28항에 있어서,
상기 방법은 1일, 2일, 3일, 4일, 5일, 6일, 7일, 10일, 2주, 3주, 4주, 5주, 6주, 7주, 8주, 9주, 10주, 15주, 20주, 25주, 30주, 35주, 40주, 45주, 50주, 55주, 60주, 65주, 70주, 75주, 80주, 85주, 90주, 95주, 100주, 104주, 105주, 110주, 115주, 120주, 125주 및 130주로 이루어진 군으로부터 선택된 모든 기간 동안에 채취된 테스트 시료를 사용하여 반복되는, 방법. - 제 26항 내지 제 30항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 방법은 적어도 1회, 예를 들어 2회, 3회, 4회, 5회, 6회, 7회, 8회, 9회, 10회, 11회, 12회, 13회, 14회, 15회, 16회, 17회, 18회, 19회, 20회, 21회, 22회, 23회, 24회 또는 25회 반복되는, 방법. - 제 26항 내지 제 30항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 방법은 연속적으로 반복되는, 방법. - 제 26항 내지 제 30항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 방법은 췌장암이 통상적인 임상적 방법을 사용하여 상기 개체에서 진단될 때까지 반복되는, 방법. - 제 26항 내지 제 30항 중 어느 한 항에 있어서,
각각의 반복은 상기 동일한 개체로부터 채취한 테스트 시료를 사용하는, 방법. - 제 1항 내지 제 34항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 단계 (b)는 상기 하나 이상의 바이오마커(들)의 단백질 또는 폴리 펩티드의 발현을 측정하는 단계를 포함하는, 방법. - 제 1항 내지 제 35항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 단계 (b), (d) 및/또는 단계 (f)는 표 A에 나열된 바이오마커에 결합 할 수 있는 하나 이상의 제 1 결합제를 사용하여 수행되는, 방법. - 제 36항에 있어서,
상기 제 1 결합제는 항체 또는 이의 항원-결합 단편을 포함하거나 이로 구성되는, 방법. - 제 37 항에 있어서,
상기 항체 또는 이의 항원-결합 단편은 재조합 항체 또는 이의 항원-결합 단편인, 방법. - 제 37 항 또는 제 38 항에 있어서,
상기 항체 또는 이의 항원-결합 단편은 scFv; Fab; 면역글로불린 분자의 결합 도메인으로 이루어진 군으로부터 선택되는, 방법. - 제 36항 내지 제 39항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 제 1 결합제는 표면 상에 고정화되는, 방법. - 제 36항 내지 제 40항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 테스트 시료에서 상기 하나 이상의 바이오마커는 검출가능한 분체로 표지되는, 방법. - 제 36항 내지 제 41항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 대조군 시료(들)에서 상기 하나 이상의 바이오마커는 검출가능한 분체로 표지되는, 방법. - 제 41항 또는 제 42항에 있어서,
상기 검출가능한 분체는 형광성 분체; 발광성 분체; 화학발광성 분체; 방사성 분체; 효소적 분체로 이루어진 군으로부터 선택되는, 방법. - 제 41항 또는 제 42항에 있어서,
상기 검출가능한 분체는 바이오틴인, 방법. - 제 36항 내지 제 44항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 단계 (b), (d) 및/또는 단계 (f)는 상기 하나 이상의 바이오마커에 결합할 수 있는 제 2 결합제를 포함하는 검정법을 사용하여 수행되고, 상기 제 2 결합제는 검출가능한 분체를 포함하는, 방법. - 제 45항에 있어서,
상기 제 2 결합제는 항체 또는 이의 항원-결합 단편을 포함하거나 이로 구성되는, 방법. - 제 46항에 있어서,
상기 항체 또는 이의 항원-결합 단편은 재조합 항체 또는 이의 항원-결합 단편인, 방법. - 제 46 항 또는 제 47 항에 있어서,
상기 항체 또는 이의 항원-결합 단편은 scFv; Fab; 면역글로불린 분자의 결합 도메인으로 이루어진 군으로부터 선택되는, 방법. - 제 46항 내지 제 48항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 검출가능한 분체는 형광성 분체; 발광성 분체; 화학발광성 분체; 방사성 분체; 효소적 분체로 이루어진 군으로부터 선택되는, 방법. - 제 49항에 있어서,
상기 검출 가능한 분체는 형광성 분체 (예를 들어, 알렉사 플루오르 염료, 예로 알렉사647)인, 방법. - 제 1항 내지 제 50항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 방법은 ELISA (효소결합 면역흡착 검정법)을 포함하거나 이로 구성되는, 방법. - 제 1항 내지 제 51항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 단계 (b), (d) 및/또는 단계 (f)는 어레이를 사용하여 수행되는, 방법. - 제 52항에 있어서,
상기 어레이는 비드-기반 어레이인, 방법. - 제 53항에 있어서,
상기 어레이는 표면-기반 어레이인, 방법. - 제 52항 내지 제 54항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 어레이는 마이크로어레이; 마이크로어레이; 나노어레이로 이루어진 군으로부터 선택되는, 방법. - 제 1항 내지 제 55항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 방법은 다음의 단계를 포함하는, 방법:
(i) 상기 시료에 존재하는 바이오마커를 바이오틴으로 표지하는 단계;
(ii) 상기 바이오틴-표지된 단백질을 이의 표면 상의 개별 위치에 고정화된 다수의 scFv를 포함하는 어레이와 접촉시키는 단계로서, 상기 scFv는 표 A의 하나 이상의 단백질에 대한 특이성을 갖는, 단계;
(iii) 상기 고정화된 scFv를 형광성 염료를 포함한 스트렙타비딘 컨쥬게이트와 접촉시키는 단계; 및
(iv) 상기 어레이 표면 상의 개별 위치에서 상기 염료의 존재를 검출하는 단계로서,
상기 어레이 표면 상의 상기 염료의 발현이 상기 시료에서 상기 표 III로부터의 바이오마커의 발현을 나타내는, 단계. - 제 1항 내지 제 34항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 단계 (b), (d) 및 / 또는 (f)는 상기 하나 이상의 바이오마커를 암호화하는 핵산 분자의 발현을 측정하는 단계를 포함하는, 방법. - 제 57항에 있어서,
상기 핵산 분자는 cDNA 분자 또는 mRNA 분자인, 방법. - 제 58항에 있어서,
상기 핵산 분자가 mRNA 분자인, 방법. - 제 57항 내지 제 59항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 단계 (b), (d) 및/또는 (f)에서의 상기 하나 이상의 바이오마커(들)의 발현을 측정하는 단계는 서던 하이브리드화, 노던 하이브리드화, 중합효소 연쇄반응 (PCR), 역전사효소 PCR (RT-PCR), 정량적 실시간 PCR (qRT-PCR), 나노어레이, 마이크로어레이, 매크로어레이, 자가방사선측정법 및 제자리 하이브리드화로 이루어진 군으로부터 선택된 방법을 사용하여 수행되는, 방법. - 제 57항 내지 제 60항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 단계 (b)에서 상기 하나 이상의 바이오마커(들)의 발현 측정은 DNA 마이크로어레이를 사용하여 결정되는, 방법. - 제 57항 내지 제 61항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 단계 (b), (d) 및/또는 (f)에서의 상기 하나 이상의 바이오마커의 발현 측정은 각각 개별적으로 상기 표 A에서 확인된 하나의 바이오마커를 암호화하는 핵산 분자에 선택적으로 결합할 수 있는 하나 이상의 결합 분체를 사용하여 수행되는, 방법. - 제 62항에 있어서,
상기 하나 이상의 결합 분체는 각각 핵산 분자를 포함하거나 이로 구성되는, 방법. - 제 63항에 있어서,
상기 하나 이상의 결합 분체는 각각 DNA, RNA, PNA, LNA, GNA, TNA 또는 PMO를 포함하거나 이로 구성되는, 방법. - 제 63항 또는 제 64항에 있어서,
상기 하나 이상의 결합 분체는 각각 DNA를 포함하거나 이로 구성되는, 방법. - 제 63항 내지 제 65항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 하나 이상의 결합 분체는 길이가 5 내지 100개의 뉴클레오타이드인, 방법. - 제 63항 내지 제 65항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 하나 이상의 결합 분체는 길이가 15 내지 35개의 뉴클레오타이드인, 방법. - 제 63항 내지 제 67항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 결합 분체는 검출가능한 분체를 포함하는, 방법. - 제 68항에 있어서,
상기 검출가능한 분체는 형광성 분체; 발광성 분체; 화학발광성 분체; 방사성 분체 (예로, 방사성 원자); 또는 효소적 분체로 이루어진 군으로부터 선택되는, 방법. - 제 69항에 있어서,
상기 검출가능한 분체는 방사성 원자를 포함하거나 이로 구성되는, 방법. - 제 70항에 있어서,
상기 방사성 원자는 테크네튬-99m, 요오드-123, 요오드-125, 요오드-131, 인듐-111, 불소-19, 탄소-13, 질소-15, 산소-17, 인듐-32, 황-35, 중수소, 삼중 수소, 레늄-186, 레늄-188 및 이트륨-90으로 이루어진 군으로부터 선택되는, 방법. - 제 69항에 있어서,
상기 검출가능한 분체는 형광성 분체인, 방법. - 제 1항 내지 제 72항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 단계 (a), (c) 및/또는 (e)에서 제공된 상기 시료는 미분획된 혈액, 혈장, 혈청, 조직액, 췌장 조직, 우유, 담즙 및 소변으로 이루어진 군으로부터 선택되는, 방법. - 제 73항에 있어서,
상기 단계 (a), (c) 및/또는 (e)에서 제공된 상기 시료는 미분획된 혈액, 혈장 및 혈청으로 이루어진 군으로부터 선택되는, 방법. - 제 73항 또는 제 74항에 있어서,
상기 단계 (a), (c) 및/또는 (e)에서 제공된 상기 시료는 혈청인, 방법. - 제 1항 내지 제 75항 중 어느 한 항에 있어서,
ROC AUC 값에 의해 결정된 상기 방법의 예측 정확성은 적어도 0.50, 예를 들어 적어도 0.55, 0.60, 0.65, 0.70, 0.75, 0.80, 0.85, 0.90, 0.95, 0.96, 0.97, 0.98 또는 적어도 0.99인, 방법. - 제 76항에 있어서,
ROC AUC 값에 의해 결정된 상기 방법의 예측 정확성은 적어도 0.70인, 방법. - 제 1항 내지 제 77항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 개체가 췌장암으로 진단되는 경우에 다음의 단계를 포함하는, 방법:
(g) 상기 개체에게 췌장암 요법을 제공하는 단계. - 제 78항에 있어서,
상기 췌장암 요법은 수술, 화학 요법, 면역 요법, 화학면역 요법 및 열화학 요법으로 이루어진 군으로부터 선택되는, 방법. - 제 36항 내지 제 51항 및 제 64항 내지 제 72항 중 어느 한 항에 정의된 하나 이상의 결합제를 포함하는, 개체에서 췌장암의 존재를 결정하기 위한 어레이.
- 제 80항에 있어서,
상기 하나 이상의 결합제는 상기 표 A에 정의된 모든 단백질에 결합할 수 있는, 방법. - 개체에서 췌장암의 존재를 결정하기 위한 바이오마커로서의 상기 표 A에 정의된 군으로부터 선택된 하나 이상의 바이오마커의 용도.
- 제 82항에 있어서,
상기 표 A에 정의된 모든 단백질은 개체에서 췌장암-관련 질환 상태를 결정하기 위한 진단적 마커로서 사용되는, 용도. - 제 36항 내지 제 51항 및 제 64항 내지 제 72항 중 어느 한 항에 정의된 하나 이상의 결합제의 개체에서 췌장암의 존재를 결정하기 위한 용도.
- 제 84항에 있어서,
상기 표 A에 정의된 모든 단백질에 대한 바이오마커가 사용되는, 용도. - 다음을 포함하는 췌장암의 존재를 측정하기 위한 키트:
A) 제 36항 내지 제 51항 및 제 64항 내지 제 72항 중 어느 한 항에 정의된 하나 이상의 결합제 또는 제 80항 또는 제 81항에 따른 어레이; 및
B) 제 1항 내지 제 79항 중 어느 한 항에 정의된 방법을 수행하기 위한 지침. - 다음의 단계를 포함하는, 개체에서 췌장암을 치료하는 방법:
(a) 제 1항 내지 제 79항 중 어느 한 항에 정의된 방법에 따라 췌장암을 진단하는 단계; 및
(b) 상기 개체에게 췌장암 요법을 제공하는 단계. - 제 87항에 있어서,
상기 췌장암 요법은 수술 (예로, 절제), 화학 요법, 면역 요법, 화학면역 요법 및 열화학 요법으로 이루어진 군으로부터 선택되는, 방법. - 본원에서 기술된 바와 같이 실질적으로 개체에서 췌장암의 존재를 결정하기 위한 방법 또는 용도.
- 본원에서 기술된 바와 같이 실질적으로 개체에서 췌장암의 존재를 결정하기 위한 어레이 또는 키트.
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