KR20170044574A - Rna 올리고뉴클레오티드를 포함하는 췌장암 치료용 약학 조성물 - Google Patents

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이장현
민지연
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Abstract

본 발명은 특정 서열 및 구조를 갖는 RNA 올리고뉴클레오티드를 포함하는 췌장암 치료용 약학 조성물에 관한 것으로, 구체적으로, 본 발명에 따른 특정 서열과 나선형 굽힘 구조를 갖는 RNA 올리고뉴클레오티드를 세포주에 처리하면 ISG56의 발현을 증가시키고 췌장암 세포의 세포사멸을 유도하므로, 상기 RNA 올리고뉴클레오티드를 포함하는 조성물은 췌장암 치료에 유용하게 사용될 수 있다.

Description

RNA 올리고뉴클레오티드를 포함하는 췌장암 치료용 약학 조성물{PHARMACEUTICAL COMPOSITION FOR TREATMENT OF PANCREATIC CANCER COMPRISING RNA OLIGONUCLEOTIDE}
본 발명은 특정 서열 및 구조를 갖는 RNA 올리고뉴클레오티드를 포함하는 췌장암 치료용 약학 조성물에 관한 것이다.
췌장암은 다른 암에 비해 발생 빈도는 낮으나, 기간별 암환자 사망율이 가장 높은 것으로 알려져 있다. 췌장암은 조기 진단이 어려운 암으로 주변 장기나 림프절로 쉽게 전이되는 특징이 있어, 이로 인한 사망률이 계속 증가하고 있다.
췌장암의 치료를 위해서는 화학요법과 방사선요법이 사용되고 있다. 췌장암 치료를 위해 가장 많이 사용되는 항암제인 젬시타빈(gemcitabine)은 옥살레이트(oxalate)나 5-FU(5-fluorouracil) 등의 다른 약물과 함께 병용하여 사용되고 있으나, 췌장암 환자의 유의적인 생존율 증가에는 큰 영향을 미치지 못하고 있다.
한편, 최근 RNA 올리고뉴클레오티드를 사용하여 다양한 질환의 치료에 사용하고자 하는 연구가 진행되고 있다. 미국 특허공개 제2012/0288476호는 5'-말단에 포스페이트기(phosphate group)가 결합되고, 캡(cap)이 없는 상태의 올리고뉴클레오티드가 1형 인터페론, 인터루킨-18, 인터루킨-1β 등의 발현을 증가시킬 수 있음을 개시하고 있다.
또한, 미국 특허공개 제2012/0121551호는 4개의 뉴클레오티드로 구성된 RNA가 인터페론-α의 활성을 유도하여 면역반응을 촉진함을 개시하고 있다.
상기 공개된 RNA들은 모두 5'-말단에 트리포스페이트를 포함한다는 공통점이 있다. 이와 같이 RNA가 이의 5'-말단에 캡이 존재하지 않고, 트리포스페이트를 포함하면 세포 내의 RIG-I(retinoic acid-inducible gene I) 단백질과 결합하여 인터페론의 발현을 활성화시키는 것이 알려져 있다.
인터페론은 핵이 존재하는 대부분의 세포로부터 유래하는 당단백질이다. 제 1형 인터페론 유전자 클러스터(cluster)의 인터페론-α 및 인터페론-β 유전자가 종양 세포에서 결실되어 있음이 보고된 이후, 인터페론이 종양의 성장에 중요한 인자로 알려져, 재조합 인터페론-β는 1980년대부터 항암제로 사용되어 왔다(Jun Yoshida et al., Cancer Sci., 2004, Vol.95, No.11, 858-865).
미국 특허공개 제2012/0288476호 미국 특허공개 제2012/0121551호
Jun Yoshida et al., Cancer Sci., 2004, Vol.95, No.11, 858-865
본 발명자들은 췌장암의 치료에 사용가능한 물질을 연구하던 중, 기존에 알려진 바와 달리, 5'-말단에 트리포스페이트가 없어도 특정 서열 및 구조를 갖는 RNA 올리고뉴클레오티드가 인터페론-β에 의해 발현되는 인터페론 활성인자 56(interferon stimulated gene 56; ISG56)의 발현을 증가시키고, 췌장암 세포의 세포사멸(apoptosis)을 유도하는 것을 확인함으로써 본 발명을 완성하였다.
따라서, 본 발명의 목적은 특정 서열 및 구조를 갖는 RNA 올리고뉴클레오티드를 포함하는 췌장암 치료용 약학 조성물을 제공하는 것이다.
상기 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은 RNA 올리고뉴클레오티드를 유효성분으로 함유하는 췌장암 치료용 약학 조성물로서, 상기 RNA 올리고뉴클레오티드가 서열번호 1로 표시되는 염기서열(5'-N1GUAGAN2N3-3')과 서열번호 2로 표시되는 염기서열(5'-N4N5UUUGCN6-3')이 서로 상보적으로 결합하여 이중가닥을 형성하고, 상기 이중가닥이 나선형 굽힘(helical bend) 구조를 가지며, 상기 서열번호 1로 표시되는 염기서열의 3'-말단과 서열번호 2로 표시되는 염기서열의 5'-말단이 루프(loop)로 연결되어 헤어핀(hairpin) 구조를 갖고, 상기 서열번호 1로 표시되는 염기서열이 이의 5'-말단에 하이드록시기(OH)를 갖는, 췌장암 치료용 약학 조성물을 제공한다.
본 발명에 따른 특정 서열과 나선형 굽힘 구조를 갖는 RNA 올리고뉴클레오티드를 세포주에 처리하면 ISG56의 발현을 증가시키고 췌장암 세포의 세포사멸을 유도하므로, 상기 RNA 올리고뉴클레오티드를 포함하는 조성물은 췌장암 치료에 유용하게 사용될 수 있다.
도 1은 본 발명의 일실시예에 따라 제조된 RNA 올리고뉴클레오티드들의 서열 및 구조를 나타내는 도면이다.
도 2는 본 발명의 일실시예에 따라 제조된 RNA 올리고뉴클레오티드인 5'-OH-iav 또는 5'-PPP-iav의 구조를 확인한 도면이다.
도 3은 본 발명의 일실시예에 따라 제조된 RNA 올리고뉴클레오티드인 5'-OH-Bend-GC-8bp-PS에 의한 ISG56의 발현 증가를 확인한 그래프이다.
도 4는 본 발명의 일실시예에 따라 제조된 RNA 올리고뉴클레오티드인 5'-OH-Long_Bend에 의한 ISG56의 발현 증가를 확인한 그래프이다.
도 5는 본 발명의 일실시예에 따라 제조된 RNA 올리고뉴클레오티드인 5'-OH-Bend-GC-8bp-PS와 5'-OH-Long_Bend에 의한 췌장암 세포주(Panc02)의 세포사멸 유도효과를 FACS를 이용하여 확인한 그래프이다.
도 6은 본 발명의 일실시예에 따라 제조된 RNA 올리고뉴클레오티드인 5'-OH-Bend-GC-8bp-PS와 5'-OH-Long_Bend에 의한 정상 세포주(HEK293)의 세포사멸 유도효과를 FACS를 이용하여 확인한 그래프이다.
이하, 본 발명을 상세히 설명한다.
본 발명은 RNA 올리고뉴클레오티드를 유효성분으로 함유하는 췌장암 치료용 약학 조성물로서, 상기 RNA 올리고뉴클레오티드가 서열번호 1로 표시되는 염기서열(5'-N1GUAGAN2N3-3')과 서열번호 2로 표시되는 염기서열(5'-N4N5UUUGCN6-3')이 서로 상보적으로 결합하여 이중가닥을 형성하고, 상기 이중가닥이 나선형 굽힘(helical bend) 구조를 가지며, 상기 서열번호 1로 표시되는 염기서열의 3'-말단과 서열번호 2로 표시되는 염기서열의 5'-말단이 루프(loop)로 연결되어 헤어핀(hairpin) 구조를 갖고, 상기 서열번호 1로 표시되는 염기서열이 이의 5'-말단에 하이드록시기(OH)를 갖는, 췌장암 치료용 약학 조성물을 제공한다.
본 발명에 따른 RNA 올리고뉴클레오티드는 8 내지 100개, 8 내지 50개, 8 내지 30개, 8 내지 20개, 10 내지 100개, 10 내지 50개, 10 내지 30개, 20 내지 500개, 20 내지 300개, 10 내지 200개, 10 내지 100개, 20 내지 100개, 20 내지 90개 또는 20 내지 50개의 염기를 가질 수 있다.
상기 RNA 올리고뉴클레오티드를 구성하는 서열번호 1 또는 서열번호 2로 표시되는 염기서열에서 N1 내지 N6은 A, G, C 및 U로 구성된 군으로부터 선택된 어느 하나일 수 있고, 구체적으로는 G 또는 C일 수 있다. 본 발명에 따른 일실시예에서, 상기 서열번호 1로 표시되는 염기서열에서 N1은 G, N2는 C, 그리고 N3는 G일 수 있고(서열번호 3에 해당), 서열번호 2로 표시되는 염기서열에서 N4는 C, N5는 G, 그리고 N6은 C일 수 있다(서열번호 4에 해당).
또한, 본 발명에 따른 RNA 올리고뉴클레오티드는 서열번호 1로 표시되는 염기서열의 네 번째 염기(A)와 서열번호 2로 표시되는 염기서열의 다섯 번째 염기(U) 사이에서 나선형 굽힘(helical bend) 구조를 형성하는 것을 특징으로 한다.
본 발명에 따른 일실시예에서, 나선형 굽힘 구조는, 서열번호 1로 표시되는 염기서열의 세 번째 염기(U) 및 다섯 번째 염기(G)가 서열번호 2로 표시되는 염기서열의 각각 여섯 번째 염기(G) 및 네 번째 염기(U)와 각각 워블 염기쌍일 때 서열번호 1로 표시되는 염기서열의 네 번째 염기(A)와 서열번호 2로 표시되는 염기서열의 다섯 번째 염기(U)에서 형성된다.
상기 나선형 굽힘 구조는 이중가닥 RNA가 이루는 평면을 기준으로 10 내지 90도, 구체적으로는, 30 내지 70도, 더욱 구체적으로는 40 내지 50도로 구부러진 형태를 갖는다.
상기 헤어핀 RNA 구조에서 루프는 적어도 4개의 염기로 이루어질 수 있고, 예를 들어, 4 내지 80개, 4 내지 75개, 4 내지 70개, 4 내지 65개, 4 내지 60개, 4 내지 55개, 4 내지 50개, 4 내지 45개, 4 내지 40개, 4 내지 35개, 4 내지 30개, 4 내지 25개, 4 내지 20개, 4 내지 15개 또는 4 내지 10개의 염기로 이루어질 수 있다. 본 발명에 따른 일실시예에서 상기 루프는 4개 또는 73개의 염기로 이루어질 수 있다. 본 발명에 따른 일실시예에서, 상기 루프를 구성하는 4개의 염기 서열은 UUCG이다.
또한, 상기 루프에서 이를 구성하는 일부의 염기서열이 서로 상보적인 경우 왓슨-크릭 염기쌍을 형성하여 스템(stem) 구조를 가질 수 있다. 상기 스템 구조는 A 및 U 사이에 왓슨-크릭 염기쌍이 형성된 AU 모티프(motif)를 포함할 수 있다.
상기 AU 모티프는 10 내지 50개, 15 내지 40개, 20 내지 35개, 25 내지 30개의 AU 염기쌍으로 이루어질 수 있다. 본 발명에 따른 일실시예에서, 상기 AU 모티프는 26개의 연속된 AU 염기쌍으로 이루어질 수 있다.
본 발명에 따른 일실시예에서, 상기 헤어핀 RNA 구조를 갖는 올리고뉴클레오티드는 서열번호 7 또는 서열번호 8로 표시되는 염기서열일 수 있다.
본 발명에 따른 RNA 올리고뉴클레오티드는 엔도뉴클레아제(endonuclease)에 의한 분해를 억제하고 생체 내 안정성 향상을 위해, 상기 RNA 올리고뉴클레오티드를 형성하는 포스포다이에스테르 결합(phosphodiester bond) 중 적어도 하나 이상이 포스포로티오에이트(phosphorothioate) 결합, 보라노포스페이트(boranophosphate) 결합 및 메틸포스포네이트(methylphosphonate) 결합으로 구성된 군으로부터 선택된 하나 이상의 결합으로 변형될 수 있다. 본 발명에 따른 구체적인 일실시예에서 상기 변형은 적어도 하나 이상의 포스포로티오에이트 결합이다.
본 발명자들은 헤어핀 RNA 구조를 갖는 RNA 올리고뉴클레오티드를 제조하여(도 1), 그 중 5'-OH-iav 또는 5'-PPP-iav가 나선형 굽힘 구조를 갖고(도 2), 상기 나선형 굽힘 구조를 갖는 RNA 올리고뉴클레오티드가 ISG56의 발현을 증가시키는 것을 확인하였다(도 3 및 4).
또한, 상기 나선형 굽힘 구조를 갖는 RNA 올리고뉴클레오티드가 췌장암 세포주의 세포사멸을 유도하는 것을 확인하였다(도 5 및 6).
따라서, 본 발명에 따른 나선형 굽힘 구조를 갖는 RNA 올리고뉴클레오티드는 ISG56의 발현을 증가시키고 췌장암 세포의 세포사멸을 유도하므로, 상기 RNA 올리고뉴클레오티드를 포함하는 조성물은 췌장암 치료에 유용하게 사용될 수 있다.
일례로, 본 발명에 따른 췌장암 치료용 약학 조성물은 조성물 전체 중량에 대하여 유효성분인 본 발명에 따른 RNA 올리고뉴클레오티드를 10 내지 95 중량%로 포함할 수 있다. 또한, 본 발명의 약학 조성물은 상기 유효성분 외에 추가로 동일 또는 유사한 기능을 나타내는 유효성분을 1종 이상 추가로 함유할 수 있다.
본 발명의 약학 조성물은 투여를 위해 상기 기재한 유효성분 이외에 추가로 약학적으로 허용가능한 담체를 1종 이상 포함할 수 있다.
본 발명에 따른 약학 조성물의 투여량은 질환의 종류, 질환의 중증도, 조성물에 함유된 유효 성분 및 다른 성분의 종류 및 함량, 제형의 종류 및 환자의 연령, 체중, 일반 건강 상태, 성별 및 식이, 투여 시간, 투여 경로, 치료기간 및 동시 사용되는 약물을 비롯한 다양한 인자에 따라 조절될 수 있다. 그러나, 바람직한 효과를 위해서, 본 발명에 따른 약학 조성물에 포함되는 RNA 올리고뉴클레오티드의 유효량은 세포 내 농도가 1 내지 1,000 nM, 구체적으로는 100 내지 500 nM이 되도록 한다. 이때 투여는 하루에 한번 투여할 수 있고, 수회에 나누어 투여할 수도 있다.
또한, 본 발명의 약학 조성물은 당업계에 공지된 다양한 방법으로 개체에 투여될 수 있다. 상기 투여 경로는 투여 방법, 체액의 부피, 점성도 등을 고려하여 통상의 기술자가 적절히 선택할 수 있다.
이하, 본 발명을 실시예에 의해 상세히 설명한다. 단, 하기 실시예는 본 발명을 예시하기 위한 것일 뿐, 본 발명이 하기 실시예로 한정되는 것은 아니다.
실시예 1. RNA 올리고뉴클레오티드(oligonucleotide)의 제조
인터페론-β 또는 ISG56의 발현을 증가시킬 수 있는 RNA 올리고뉴클레오티드를 제작하였다.
먼저, 서열번호 5로 표시되는 염기서열로 구성되고 5'-말단에 트리포스페이트를 갖는 RNA 올리고뉴클레오티드는 당업계에 공지된 기술을 이용하여 제작하였다. 반면, 서열번호 5 내지 8로 표시되는 염기서열로 구성되고 5'-말단에 하이드록시기를 갖거나, 포스포다이에스테르 결합이 포스포로티오에이트 결합으로 치환된 RNA 올리고뉴클레오티드는 인테그레이티드 DNA 테크놀로지(Integrated DNA Technologies) 또는 다르마콘(Dharmacon)에 주문제작하였다.
이에 따라, 도 1에 나타난 바와 같이, 서열번호 5로 표시되는 염기서열로 구성되고, 5'-말단에 하이드록시기 또는 트리포스페이트를 갖는 5'-OH-iav 및 5'-PPP-iav RNA 올리고뉴클레오티드를 제조하였다. 또한, 서열번호 6으로 표시되는 염기서열로 구성되고, 5'-말단에 하이드록시기를 갖는 5'-OH-Cont-GC-8bp RNA 올리고뉴클레오티드를 제작하였다. 또한, 서열번호 7로 표시되는 염기서열로 구성되고, 5'-말단에 하이드록시기를 가지며, RNA 올리고뉴클레오티드를 형성하는 포스포다이에스테르 결합이 포스포로티오에이트 결합으로 치환된 5'-OH-Bend-GC-8bp-PS RNA 올리고뉴클레오티드를 제조하였다. 나아가, 서열번호 8로 표시되는 염기서열로 구성되고, 이의 5'-말단에 하이드록시기를 갖는 5'-OH-Long_Bend RNA 올리고뉴클레오티드를 제조하였다.
실시예 2. RNA 올리고뉴클레오티드의 구조 확인
상기 실시예 1에서 제조된 5'-OH-iav 및 5'-PPP-iav RNA 올리고뉴클레오티드의 구조를 확인하기 위하여 다음과 같은 실험을 수행하였다.
먼저, 상기 실시예 1에서 제작된 RNA 올리고뉴클레오티드를 10 mM 인산나트륨(pH 6.5), 0.01 mM EDTA, 10 (v/v)% D2O를 포함하는 완충액에 용해시켜 샘플을 제조하여 당업계에 공지된 방법으로 다양한 분광실험을 하였다. 이때, 2차원 NOE 분광실험(NOESY)은 400, 600 및 800 ㎒의 핵자기공명(NMR) 분광기(Bruker, USA)로 100 및 200 ㎳의 믹싱시간에서 하였다. 또한, 278 K의 온도에서 1H-15H HSQC(heteronuclear single quantum coherence) 분광실험, 125 ㎳ 믹싱시간에서 DQF-COSY(double quantum filtered correlated) 및 TOCSY(homonuclear total correlation) 분광실험, 30 ㎳ 믹싱시간에서 1H-31P HETCOR(heteronuclear correlation) 및 1H-31P Hetero-TOCSY 분광실험, 및 80, 150 및 250 ㎳ 믹싱시간에서 NOESY 분광실험을 하였다. 그 외에도, 1H-13C CT-HSQC, HCCH-COSY, 2D HCCH-relayed COSY, 2D HCCH-TOCSY 및 3D HCCH-TOCSY 분광실험들을 하였다.
NMR 분광실험 결과, 상기 RNA 올리고뉴클레오티드의 염기 수소들과, H1', H2', H3', H4', H5'/H5''들의 NMR 피크들을 정하였다. NOESY 분광실험으로부터 약 563개의 NOE 거리 규정값(distance constraints)들을 구하였고, 거리 규정 값들은 거리에 따라 3 내지 4개의 그룹들(예컨대, 1.8 내지 3.4 Å, 1.8 내지 5.0 Å 및 3.8 내지 7.0 Å, 또는 1.8 내지 3.4 Å, 2.5 내지 4.5 Å, 3.5 내지 6.0 Å 및 4.0 내지 7.0Å)로 분류하였다. 비 왓슨-크릭 결합들에 대해서는 수소결합 제한을 두지 않았다. DQF-COSY에서 얻은 3JH1' , H2' 값으로 δ 이면각(dihedral angle)을 구하였고, 모든 χ 이면각은 -158±15도로 고정하였다. 다른 이면각(예컨대, α, β, γ, ε, ζ)은 RNA의 A형 나선 구조로 제한하였다. 벌지(bulge) 부분은 몇몇 β 및 ε 이면각을 제외하고, 다른 이면각들은 제한하지 않았다. 잔류 쌍극 결합(residual dipolar coupling) 값들을 ±1 ㎐의 정확도로 민감성이 증가된 HSQC 실험으로 측정하였다. 또한, 특이값 분해(singular value decomposition)를 통해 얼라인먼트 텐서(alignment tensor)를 분석한 결과, -8.0 ㎐의 비등방성(anisotropy) 값과 0.32의 롬빅시티(rhombicity) 값을 얻었다. 모든 구조의 계산은 X-PLOR 3.1 및 CNS로 하였다. 100개의 구조를 거리 규정 값에 따라 생성하여 3,000 K에서 10 ㎰ 동안 시뮬레이션 후, 50 ㎰ 동안 300 K에서 식히는 담금질 기법(simulated annealing)을 수행하였다. 거리 힘 상수(distance force constant)는 50 ㎉/mol/Å로 유지하였고, 이면각 상수는 20 ㎉/mol/Å에서 400 ㎉/mol/Å로 변화시켰다. 제일 낮은 에너지 상태의 구조들은 300 K에서 20 ㎰로 정제하였고, 마지막 5 ㎰는 제한된 에너지 최소화(restrained energy minimization)를 하였다. 이로부터 얻어진 총 220개의 구조들은 22개의 잔류 쌍극 결합 규정 값들을 추가하여 정제하였고, 이때 잔류 쌍극 결합의 힘 상수 값은 3.0 ㎉/mol을 유지하였다. 최종적으로 32개의 구조를 얻었으며, 이를 Insight II(Biosym Technologies, USA) 및 CURVES 5.2 소프트웨어로 분석하였다.
그 결과 도 2에 나타난 바와 같이, 5'-PPP-iav 및 5'-OH-iav RNA 올리고뉴클레오티드는 나선형 굽힘 구조를 형성하고 있었다. 이와 같은 나선형 굽힘 구조는 5'-PPP-iav 및 5'-OH-iav를 구성하는 서열 중, 5'-GUAGA-3' 및 5'-UUUGC-3'의 서열로 구성된 두 개의 단일 가닥이 비 왓슨-크릭 결합을 통해 이중가닥을 형성하며 생성되는 구조로 확인되었다. 따라서, 상기 5'-GUAGA-3' 및 5'-UUUGC-3'의 서열을 포함하는 본 발명의 RNA 올리고뉴클레오티드인 5'-OH-Bend-GC-8bp-PS 및 5'-OH-Long_Bend RNA 올리고뉴클레오티드도 나선형 굽힘 구조를 형성하는 것을 알 수 있다.
실험예 1. 5'-OH-Bend- GC -8bp-PS에 의한 ISG56 의 발현 증가 확인
본 발명에서 제작된 굽힘 구조를 갖는 RNA 올리고뉴클레오티드 중, 포스포로티오에이트 결합으로 연결된 RNA 올리고뉴클레오티드(5'-OH-Bend-GC-8bp-PS)가 인터페론-β 발현 증가 활성이 있는지 여부를 확인하기 위하여, 인터페론-β의 발현에 의해 유도되는 ISG56의 발현 변화를 확인하였다.
1.1. 세포주의 준비
먼저, 100 ㎜ 조직배양 플레이트에 3×106개의 HEK293T 세포(ATCC, USA)를 10% 소태아혈청(fetal bovine serum; FBS, Gibco, 미국)이 포함된 DMEM(Dulbecco's modified Eagle's medium) 배지 7 ㎖에 분주하고, 이를 37℃, 5% CO2의 조건에서 24시간 동안 배양하여 세포주를 준비하였다.
1.2. RNA 올리고뉴클레오티드의 처리
상기 실험예 1.1.에서 준비한 세포주에 상기 5'-OH-Bend-GC-8bp-PS RNA 올리고뉴클레오티드를 처리하였다.
먼저, 상기 배양된 세포에 트립신-EDTA(Gibco, 미국)를 처리하여 세포들을 떼어내고, 이를 계수하여 6-웰(well) 플레이트에 1×103개가 되도록 분주하였다. 그 후, 이를 37℃, 5% CO2의 조건에서 42시간 동안 배양하고, 배지를 제거한 뒤, FBS가 포함되지 않은 400 ㎕ OPTI-MEM(Gibco, 미국) 및 RNA 올리고뉴클레오티드를 처리하였다.
RNA 올리고뉴클레오티드의 처리는, 1 μM의 5'-OH-Cont-GC-8bp 및 5'-OH-Bend-GC-8bp-PS 각각에 4 ㎕의 리포펙타민 LTX(Invitrogen, 미국), 및 1.6 ㎕의 플러스-시약(Invitrogen, 미국)을 혼합하여, 이를 200 ㎕씩 세포에 처리하였다. 그 후, 상기 세포를 다시 37℃, 5% CO2의 조건에서 4시간 동안 배양하였고, 이때, 양성대조군으로는 RIG-I 리간드로 알려진 폴리(I:C)[poly(I:C)]를, 음성대조군으로는 배지만 처리하였다. 4시간 후, 배지를 제거하고, 10% FBS를 포함하는 2 ㎖의 DMEM 배지를 넣어 37℃, 5% CO2의 조건에서 2시간을 더 배양하였다.
1.3. ISG56 의 발현 확인
상기 서술한 바와 같이 RNA 올리고뉴클레오티드를 처리한 세포에서 ISG56의 발현을 확인하기 위하여 다음과 같은 방법으로 RNA를 분리하였다.
먼저, 배지를 제거하고 500 ㎕의 TRI-시약(Ambion, 미국)으로 세포를 회수한 뒤, 모아진 세포에 클로로포름을 넣어 RNA 층을 분리하였다. 여기에 이소프로판올을 첨가하여 펠렛(pellet)을 만든 뒤, 상기 펠렛을 75% 에탄올로 세척하고 건조시킨 뒤, 멸균된 증류수에 녹였다. 이렇게 분리된 RNA에 DNase(Promega, 미국)를 첨가하여 30분 동안 상온에서 처리하여 오염된 DNA를 제거하였고, 정지용액(stop solution)으로 이를 불활성화하였다. 그 후, 슈퍼스크립트 III 역전사효소(Invitrogen, 미국)를 이용하여 50℃에서 1시간 동안 반응시켜 RNA로부터 cDNA를 합성하였다.
이렇게 합성된 cDNA를 주형으로 실시간 PCR(real-time PCR)을 수행하였다. 구체적으로, 실시간 PCR은 h-tag DNA 중합효소(solgent, 대한민국), dNTP, 염화테트라에틸암모늄(tetraethylammonium chloride), 에바그린 염료(evagreen dye, Biotium, USA), 및 표적 유전자인 인터페론-β 및 대조 유전자인 GAPDH를 위한 프라이머를 혼합하여 수행하였다. 실시간 PCR은 95℃에서 15분 동안 고정한 후, 95℃ 20초, 60℃ 40초, 및 72℃ 20초를 1회로 총 40회를 반복하였다. 이때, ISG56 및 GAPDH를 표적으로 하는 프라이머를 하기 표 1에 나타내었다.
서열번호 이름 서열
서열번호 9 ISG56 forward 5'-gcctccttgggttcgtctacaa-3'
서열번호 10 ISG56 reverse 5'-tcaaagtcagcagccagtctca-3'
서열번호 11 GAPDH forward 5'-gcattgccctcaacgaccac-3'
서열번호 12 GAPDH reverse 5'-gaggccatgtgggccatgag-3'
그 결과, ISG56의 발현 변화를 도 3에 그래프로 나타내었다.
도 3에 나타난 바와 같이, 5'-말단에 하이드록시기를 갖고 나선형 굽힘 구조가 있는 5'-OH-Bend-GC-8bp-PS RNA 올리고뉴클레오티드는 ISG56의 발현을 유의미한 수준으로 증가시켰음을 확인하였다.
실험예 2. 5'-OH-Long_Bend에 의한 ISG56 의 발현 확인
본 발명에서 제작된 굽힘 구조를 갖는 RNA 올리고뉴클레오티드 중, 긴 길이의 헤어핀 RNA 올리고뉴클레오티드(5'-OH-Long_Bend)가 인터페론-β 발현 증가 활성이 있는지 여부를 확인하기 위하여, ISG56의 발현 변화를 확인하였다.
모든 실험은 상기 실험예 1과 동일하게 수행되었다. 단, 음성 대조군은 배지만 처리하였고, 양성 대조군으로는 5'-PPP-iav를 처리하였다. 실험군으로는 5'-OH-Long_Bend RNA 올리고뉴클레오티드를 처리하였다.
그 결과, ISG56의 발현 변화를 도 4에 그래프로 나타내었다.
도 4에 나타난 바와 같이, 5'-말단에 하이드록시기를 갖고 나선형 굽힘 구조가 있으며, 긴 길이의 헤어핀을 갖는 5'-OH-Long_Bend RNA 올리고뉴클레오티드가 ISG56의 발현을 증가시켰음을 확인하였다.
실험예 3. 5'-OH-Bend- GC -8bp-PS 및 5'-OH-Long_Bend RNA 올리고뉴클레오티드의 췌장암 세포의 세포사멸 유도 효과 확인
3.1. 세포주의 준비 및 RNA 올리고뉴클레오티드의 처리
먼저, 24-웰 플레이트에 1×105개의 Panc02 세포주(Prof. Dr. med. Christiane Bruns, Universitatsklinikum Magdeburg) 또는 HEK293 세포주(ATCC, 미국)를 DMEM 배지 300 ㎕에 분주하였다. 이때, Panc02 세포주를 배양하기 위한 DMEM 배지는 50배 희석시킨 2× 비타민(Gibco, 미국)과 2× NEAA(non-essential amino acid solution; Sigma, 미국)가 포함된 것을 사용하였다.
RNA 올리고뉴클레오티드의 처리는, 먼저 1 ㎍/㎖의 5'-OH-Bend-GC-8bp-PS 또는 5'-OH-Long_Bend RNA 올리고뉴클레오티드를 각각 40 ㎕의 OPTI-MEM에 첨가하여 혼합하였다. 한편, 1 ㎕의 리포펙타민 LTX 및 0.6 ㎕의 플러스 시약을 혼합하고, 이를 40 ㎕의 OPTI-MEM에 첨가하여 혼합하였다. 이들을 상온에서 5분간 반응시키고, 1:1로 섞은 뒤, 상온에서 20분 동안 반응시켜, RNA 올리고뉴클레오티드 및 리포펙타민이 서로 결합체를 이룰 수 있도록 하였다.
그 후, 상기 반응물을 Panc02 세포에 첨가하고, 37℃, 5% CO2 조건에서 24시간 동안 세포주를 배양하였다. 이때, 양성 대조군으로는 폴리(I:C)를, 음성 대조군으로는 배지만 처리하거나, 5'-OH-Cont-GC-8bp RNA 올리고뉴클레오티드를 처리하였다.
3.2. FACS (fluorescence-activated cell sorting)를 이용한 세포사멸 확인
실시예 3.1.에서 배양한 세포주를 회수한 뒤, 차가운 DPBS(WELGENE, 미국)와 1× 결합 완충액(10 mM HEPES, 140 mM NaCl, 2.5 mM CaCl2)으로 세척하였다. 상기 세포에 FITC가 결합된 Annexin V(Biolegend, 미국)와 7-아미노액티노아미신 D(7-AAD, BD Bioscience, 미국)가 포함된 100 ㎕의 1×결합 완충액을 첨가하여 15분 동안 염색하였다. 염색 후, 세포들의 염색된 정도를 LSRFortessa flow cytometry(BD Bioscience, 미국)로 측정하였고 그 결과는 FlowJo 소프트웨어(Treestar, 미국)를 이용하여 분석하였다. 그 결과, 세포사멸에 의해 사멸한 Panc02 세포주의 비율을 도 5에, HEK293 세포주의 비율을 도 6에 나타내었다.
도 5에 나타난 바와 같이, 5'-말단에 하이드록시기를 갖고 굽힘 구조가 있는 5'-OH-Bend-GC-8bp-PS 및 5'-OH-Long_Bend RNA 올리고뉴클레오티드가 유의미한 수준으로 췌장암 세포주의 사멸을 유도하였다. 반면, 도 6에 나타난 바와 같이, 상기 RNA 올리고뉴클레오티드가 유의미한 수준으로 정상 세포의 사멸을 유도하지는 않았다.
결론적으로, 상기 결과로부터 5'-OH-Bend-GC-8bp-PS 또는 5'-OH-Long_Bend RNA 올리고뉴클레오티드는 췌장암 세포만을 선택적으로 사멸시키는 것을 확인하였다.
<110> Korea Advanced Institute of Science and Technology <120> PHARMACEUTICAL COMPOSITION FOR TREATMENT OF PANCREATIC CANCER COMPRISING RNA OLIGONUCLEOTIDE <130> FPD201605-0013 <150> KR 2015-0144306 <151> 2015-10-15 <160> 12 <170> KoPatentIn 3.0 <210> 1 <211> 8 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RNA oligonucleotide <400> 1 nguagann 8 <210> 2 <211> 8 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RNA oligonucleotide <400> 2 nnuuugcn 8 <210> 3 <211> 8 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RNA oligonucleotide <400> 3 gguagacg 8 <210> 4 <211> 8 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RNA oligonucleotide <400> 4 cguuugcc 8 <210> 5 <211> 33 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> iav RNA oligonucleotide <400> 5 gaguagaaac aaggcuucgg ccugcuuuug cuc 33 <210> 6 <211> 20 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Cont-GC-8bp RNA oligonucleotide <400> 6 ggcagacguu cgcgucugcc 20 <210> 7 <211> 20 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Bend-GC-8bp-PS RNA oligonucleotide <400> 7 gguagacguu cgcguuugcc 20 <210> 8 <211> 89 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Long_Bend RNA oligonucleotide <400> 8 gguagacgaa accagauaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaauaauuuu uuuuuuuuuu 60 uuuuuuuuuu uuaucugguu ucguuugcc 89 <210> 9 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> ISG56 forward primer <400> 9 gcctccttgg gttcgtctac aa 22 <210> 10 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> ISG56 reverse primer <400> 10 tcaaagtcag cagccagtct ca 22 <210> 11 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> GAPDH forward primer <400> 11 gcattgccct caacgaccac 20 <210> 12 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> GAPDH reverse primer <400> 12 gaggccatgt gggccatgag 20

Claims (10)

  1. RNA 올리고뉴클레오티드를 유효성분으로 함유하는 췌장암 치료용 약학 조성물로서, 상기 RNA 올리고뉴클레오티드가 서열번호 1로 표시되는 염기서열(5'-N1GUAGAN2N3-3')과 서열번호 2로 표시되는 염기서열(5'-N4N5UUUGCN6-3')이 서로 상보적으로 결합하여 이중가닥을 형성하고, 상기 이중가닥이 나선형 굽힘(helical bend) 구조를 가지며, 상기 서열번호 1로 표시되는 염기서열의 3'-말단과 서열번호 2로 표시되는 염기서열의 5'-말단이 루프(loop)로 연결되어 헤어핀(hairpin) 구조를 갖고, 상기 서열번호 1로 표시되는 염기서열이 이의 5'-말단에 하이드록시기(OH)를 갖는, 췌장암 치료용 약학 조성물.
  2. 제1항에 있어서, 상기 서열번호 1 또는 서열번호 2로 표시되는 염기서열에서 N1 내지 N6는 G 또는 C인 것을 특징으로 하는, 췌장암 치료용 약학 조성물.
  3. 제2항에 있어서, 상기 서열번호 1로 표시되는 염기서열에서 N1은 G, N2는 C, N3는 G이고(서열번호 3에 해당), 상기 서열번호 2로 표시되는 염기서열에서 N4는 C, N5는 G, N6는 C(서열번호 4에 해당)인 것을 특징으로 하는, 췌장암 치료용 약학 조성물.
  4. 제1항에 있어서, 상기 루프가 적어도 4개의 염기로 이루어진 것을 특징으로 하는, 췌장암 치료용 약학 조성물.
  5. 제4항에 있어서, 상기 루프가 UUCG 염기로 이루어진 것을 특징으로 하는, 췌장암 치료용 약학 조성물.
  6. 제1항에 있어서, 상기 루프가 4개 내지 80개의 염기로 이루어진 것을 특징으로 하는, 췌장암 치료용 약학 조성물.
  7. 제6항에 있어서, 상기 루프가 왓슨-크릭 염기쌍을 형성하여 스템(stem) 구조를 갖고, 상기 스템 구조가 AU 염기쌍으로 이루어진 AU 모티프(motif)를 포함하는 것을 특징으로 하는, 췌장암 치료용 약학 조성물.
  8. 제7항에 있어서, 상기 AU 모티프가 10 내지 50개의 AU 염기쌍으로 이루어진 것을 특징으로 하는, 췌장암 치료용 약학 조성물.
  9. 제1항에 있어서, 상기 RNA 올리고뉴클레오티드가 서열번호 7 또는 8로 표시되는 염기서열인 것을 특징으로 하는, 췌장암 치료용 약학 조성물.
  10. 제1항 내지 제9항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 RNA 올리고뉴클레오티드가 이를 형성하는 포스포다이에스테르 결합 중 적어도 하나 이상이 포스포로티오에이트 결합, 보라노포스페이트 결합 및 메틸포스포네이트 결합으로 구성된 군으로부터 선택된 하나 이상의 결합으로 변형된 것을 특징으로 하는, 췌장암 치료용 약학 조성물.
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