KR20140089003A

KR20140089003A - 대장암 특이적 폴리뉴클레오티드 및 이의 용도

Info

Publication number: KR20140089003A
Application number: KR1020120158533A
Authority: KR
Inventors: 하일호; 이성훈; 김철홍; 이인숙; 정지은
Original assignee: 주식회사 메드팩토
Priority date: 2012-12-31
Filing date: 2012-12-31
Publication date: 2014-07-14
Also published as: WO2014104851A1

Abstract

일 양상에 따른 대장암 특이적 폴리뉴클레오티드, 이를 포함하는 조성물, 키트 및 이를 이용한 유전자 융합을 검출하는 방법에 따르면, 대장암을 정확도가 우수하고 편리하게 암을 진단하는데 이용할 수 있다.

Description

대장암 특이적 폴리뉴클레오티드 및 이의 용도{A colon cancer specific polynucleotide and use thereof}

대장암 특이적 폴리뉴클레오티드, 이를 포함하는 조성물, 키트 및 이를 이용한 유전자 융합을 검출하는 방법에 관한 것이다.

암 세포는 정상 세포와 다른 생물학적 특성을 갖는다. 정상 세포는 약 50회의 세포 주기를 반복하거나 DNA에 손상을 입으면 세포사멸(apoptosis)가 일어난다. 반면에, 암 세포는 염색체가 변형되고, 세포사멸이 일어나지 않으며, 접촉 저해(contact inhibition) 없이 계속 분열되는 특성을 갖는다. 또한, 암세포는 신생혈관형성(angiogenesis)를 유도하여 혈액 공급을 통해 암이 전이되기도 한다.

이러한 암 세포와 정상 세포의 차이는 세포뿐만 아니라 유전자 수준에서도 나타나며, 대부분의 암 세포에서 염색체 이상(chromosomal aberration)이 발견된다. 특히 사람의 신생세포(neoplasm)에는 약 45,000개의 염색체 이상이 존재하는 것으로 보고되었다. 대부분의 암 유전자 변이는 염색체 전좌(chromosomal translocation)에 의해 일어나며, 이는 서로 다른 유전자가 융합되어 발현되는 융합 유전자(fusion gene)의 발생을 야기시킨다.

유전자의 변이는 암을 예측하고 진단하는데 유용한 정보로 사용될 수 있다. 전립선암의 바이오마커인 TMPRSS/ERG 융합 유전자는 암의 예후와 진단에 사용 가능하다는 보고가 있고, PAX/FOXO1 융합 유전자는 횡문근육종(rhabdomyosarcoma)의 예후를 예측할 수 있다는 보고가 있다. 그러나, 정상 세포에서는 발견되지 않고 대장암 세포에 특이적인 융합 유전자에 대해서는 알려진 바가 적다.

따라서, 대장암 세포를 검출할 수 있는 바이오마커로서 융합 유전자 및 이를 이용한 대장암 진단 방법이 여전히 요구되고 있다.

대장암 특이적 폴리뉴클레오티드를 제공한다.

대장암 특이적 폴리뉴클레오티드에 의해 코딩되는 폴리펩티드를 제공한다.

대장암 특이적 폴리뉴클레오티드를 포함하는 조성물을 제공한다.

대장암 진단용 조성물을 제공한다.

대장암 특이적 폴리뉴클레오티드를 포함하는 키트를 제공한다.

대장암 진단용 키트를 제공한다.

대장암 특이적 유전자 융합을 검출하는 방법을 제공한다.

일 양상은 CCDC85C 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편과 CCNK 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편이 연결된 폴리뉴클레오티드, 또는 상기 연결된 폴리뉴클레오티드의 연결 부위에 인접된 2 nt를 포함하고 상기 연결된 폴리뉴클레오티드로부터 선택된 연속 뉴클레오티드를 포함하는 폴리뉴클레오티드;

GPRC6A 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편과 FAM162B 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편이 연결된 폴리뉴클레오티드, 또는 상기 연결된 폴리뉴클레오티드의 연결 부위에 인접된 2 nt를 포함하고 상기 연결된 폴리뉴클레오티드로부터 선택된 연속 뉴클레오티드를 포함하는 폴리뉴클레오티드;

AC011997.1 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편과 COL28A1 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편이 연결된 폴리뉴클레오티드, 또는 상기 연결된 폴리뉴클레오티드의 연결 부위에 인접된 2 nt를 포함하고 상기 연결된 폴리뉴클레오티드로부터 선택된 연속 뉴클레오티드를 포함하는 폴리뉴클레오티드;

DUX4L3 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편과 PPP3CA 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편이 연결된 폴리뉴클레오티드, 또는 상기 연결된 폴리뉴클레오티드의 연결 부위에 인접된 2 nt를 포함하고 상기 연결된 폴리뉴클레오티드로부터 선택된 연속 뉴클레오티드를 포함하는 폴리뉴클레오티드;

C1orf99 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편과 AL672183.2 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편이 연결된 폴리뉴클레오티드, 또는 상기 연결된 폴리뉴클레오티드의 연결 부위에 인접된 2 nt를 포함하고 상기 연결된 폴리뉴클레오티드로부터 선택된 연속 뉴클레오티드를 포함하는 폴리뉴클레오티드;

IGSF9B 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편과 RP11-259P6.1 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편이 연결된 폴리뉴클레오티드, 또는 상기 연결된 폴리뉴클레오티드의 연결 부위에 인접된 2 nt를 포함하고 상기 연결된 폴리뉴클레오티드로부터 선택된 연속 뉴클레오티드를 포함하는 폴리뉴클레오티드;

SLC6A16 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편과 AC011450.1 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편이 연결된 폴리뉴클레오티드, 또는 상기 연결된 폴리뉴클레오티드의 연결 부위에 인접된 2 nt를 포함하고 상기 연결된 폴리뉴클레오티드로부터 선택된 연속 뉴클레오티드를 포함하는 폴리뉴클레오티드;

MALT1 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편과 PARD6G 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편이 연결된 폴리뉴클레오티드, 또는 상기 연결된 폴리뉴클레오티드의 연결 부위에 인접된 2 nt를 포함하고 상기 연결된 폴리뉴클레오티드로부터 선택된 연속 뉴클레오티드를 포함하는 폴리뉴클레오티드;

BOLA2 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편과 SMG1 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편이 연결된 폴리뉴클레오티드, 또는 상기 연결된 폴리뉴클레오티드의 연결 부위에 인접된 2 nt를 포함하고 상기 연결된 폴리뉴클레오티드로부터 선택된 연속 뉴클레오티드를 포함하는 폴리뉴클레오티드;

FASLG 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편과 AL672183.2 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편이 연결된 폴리뉴클레오티드, 또는 상기 연결된 폴리뉴클레오티드의 연결 부위에 인접된 2 nt를 포함하고 상기 연결된 폴리뉴클레오티드로부터 선택된 연속 뉴클레오티드를 포함하는 폴리뉴클레오티드;

CTB-35F21.1 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편과 PSD2 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편이 연결된 폴리뉴클레오티드, 또는 상기 연결된 폴리뉴클레오티드의 연결 부위에 인접된 2 nt를 포함하고 상기 연결된 폴리뉴클레오티드로부터 선택된 연속 뉴클레오티드를 포함하는 폴리뉴클레오티드;

RP11-511I2.2 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편과 FOXD2 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편이 연결된 폴리뉴클레오티드, 또는 상기 연결된 폴리뉴클레오티드의 연결 부위에 인접된 2 nt를 포함하고 상기 연결된 폴리뉴클레오티드로부터 선택된 연속 뉴클레오티드를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 및

GRIP1 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편과 RP11-123O10.4 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편이 연결된 폴리뉴클레오티드, 또는 상기 연결된 폴리뉴클레오티드의 연결 부위에 인접된 2 nt를 포함하고 상기 연결된 폴리뉴클레오티드로부터 선택된 연속 뉴클레오티드를 포함하는 폴리뉴클레오티드로 이루어지는 군으로부터 선택되는 대장암 특이적 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 제공한다.

상기 CCDC85C(coiled-coil domain containing 85C) 단백질은 예를 들면 Genbank Accession No. NP_001137467.1의 아미노산 서열을 갖는 것일 수 있다. CCDC85C 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드는 예를 들면 Genbank Accession No. NM_001144995.1의 뉴클레오티드 서열을 갖는 것일 수 있다.

상기 CCNK(Cyclin-K) 단백질은 예를 들면 Genbank Accession No. NP_001092872.1의 아미노산 서열을 갖는 것일 수 있다. CCNK 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드는 예를 들면 Genbank Accession No. NM_001099402.1의 뉴클레오티드 서열을 갖는 것일 수 있다.

상기 GPRC6A(G-protein coupled receptor family C group 6 member A) 단백질은 예를 들면 Genbank Accession No. NP_683766.2의 아미노산 서열을 갖는 것일 수 있다. GPRC6A 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드는 예를 들면 Genbank Accession No. NM_148963.2의 뉴클레오티드 서열을 갖는 것일 수 있다.

상기 FAM162B 단백질은 예를 들면 Genbank Accession No. NP_001078949.1의 아미노산 서열을 갖는 것일 수 있다. FAM162B 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드는 예를 들면 Genbank Accession No. NM_001085480.2의 뉴클레오티드 서열을 갖는 것일 수 있다.

상기 AC011997.1 단백질은 예를 들면 Genbank Accession No. AC011997.1의 폴리뉴클레오티드로부터 코딩되는 단백질일 수 있다.

상기 COL28A1(Collagen, type XXVIII, alpha 1) 단백질은 예를 들면 Genbank Accession No. NP_001032852.2의 아미노산 서열을 갖는 것일 수 있다. COL28A1 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드는 예를 들면 Genbank Accession No. NM_001037763.2의 뉴클레오티드 서열을 갖는 것일 수 있다.

상기 DUX4L3(double homeobox protein 4-like protein 3) 단백질은 예를 들면 Genbank Accession No. NP_001157939의 아미노산 서열을 갖는 것일 수 있다. DUX4L3 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드는 예를 들면 Genbank Accession No. NM_001164467.1의 뉴클레오티드 서열을 갖는 것일 수 있다.

상기 PPP3CA(Protein phosphatase 3, catalytic subunit, alpha isozyme) 단백질은 예를 들면 Genbank Accession No. NP_000935.1의 아미노산 서열을 갖는 것일 수 있다. PPP3CA 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드는 예를 들면 Genbank Accession No. NM_000944.4의 뉴클레오티드 서열을 갖는 것일 수 있다.

상기 C1orf99(Chromosome 1 open reading frame 99) 단백질은 예를 들면 Genbank Accession No. AAH40856.1의 아미노산 서열을 갖는 것일 수 있다. C1orf99 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드는 예를 들면 Genbank Accession No. BC040856.1의 뉴클레오티드 서열을 갖는 것일 수 있다.

상기 AL672183.2 단백질은 예를 들면 Genbank Accession No. AL672183.2의 폴리뉴클레오티드로부터 코딩되는 단백질일 수 있다.

상기 IGSF9B(immunoglobulin superfamily member 9B) 단백질은 단백질은 예를 들면 Genbank Accession No. NP_055802.1의 아미노산 서열을 갖는 것일 수 있다. IGSF9B 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드는 예를 들면 Genbank Accession No. NM_014987.1의 뉴클레오티드 서열을 갖는 것일 수 있다.

상기 RP11-259P6.1 단백질은 예를 들면 Ensembl protein ID ENSP00000457160의 아미노산 서열을 갖는 것일 수 있다. RP11-259P6.1 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드는 예를 들면 Ensembl transcript ID ENST00000564347의 뉴클레오티드 서열을 갖는 것일 수 있다.

상기 SLC6A16 단백질은 예를 들면 Genbank Accession No. AAH34948.1의 아미노산 서열을 갖는 것일 수 있다. SLC6A16 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드는 예를 들면 Genbank Accession No. BC034948.1의 뉴클레오티드 서열을 갖는 것일 수 있다.

상기 AC011450.1 단백질은 예를 들면 Genbank Accession No. AC011450.1의 폴리뉴클레오티드로부터 코딩되는 단백질일 수 있다.

상기 MALT1(Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1) 단백질은 예를 들면 Genbank Accession No. NP_006776.1의 아미노산 서열을 갖는 것일 수 있다. MALT1 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드는 예를 들면 Genbank Accession No. NM_006785.2의 뉴클레오티드 서열을 갖는 것일 수 있다.

상기 PARD6G(partitioning defective 6 homolog gamma) 단백질은 예를 들면 Genbank Accession No. NP_115899.1의 아미노산 서열을 갖는 것일 수 있다. PARD6G 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드는 예를 들면 Genbank Accession No. NM_032510.3의 뉴클레오티드 서열을 갖는 것일 수 있다.

상기 BOLA2(bolA-like protein 2) 단백질은 예를 들면 Genbank Accession No. NP_001034271.1의 아미노산 서열을 갖는 것일 수 있다. BOLA2 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드는 예를 들면 Genbank Accession No. NM_001039182.1의 뉴클레오티드 서열을 갖는 것일 수 있다.

상기 SMG1(Serine/threonine-protein kinase) 단백질은 예를 들면 Genbank Accession No. NP_055907.3의 아미노산 서열을 갖는 것일 수 있다. SMG1 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드는 예를 들면 Genbank Accession No. NM_015092.4의 뉴클레오티드 서열을 갖는 것일 수 있다.

상기 FASLG(Fas ligand) 단백질은 예를 들면 Genbank Accession No. NP_000630.1의 아미노산 서열을 갖는 것일 수 있다. FASLG 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드는 예를 들면 Genbank Accession No. NM_000639.1의 뉴클레오티드 서열을 갖는 것일 수 있다.

상기 CTB-35F21.1 단백질은 예를 들면 Ensembl transcript ID ENST00000515296의 폴리뉴클레오티드로부터 코딩되는 단백질일 수 있다.

상기 PSD2(PH and SEC7 domain-containing protein 2) 단백질은 예를 들면 Genbank Accession No. NP_115665.1의 아미노산 서열을 갖는 것일 수 있다. PSD2 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드는 예를 들면 Genbank Accession No. NM_032289.2의 뉴클레오티드 서열을 갖는 것일 수 있다.

상기 RP11-511I2.2 단백질은 예를 들면 Ensembl transcript ID ENST00000420876의 폴리뉴클레오티드로부터 코딩되는 단백질일 수 있다.

상기 FOXD2(forkhead box protein D2) 단백질은 예를 들면 Genbank Accession No. NP_004465.3의 아미노산 서열을 갖는 것일 수 있다. FOXD2 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드는 예를 들면 Genbank Accession No. NM_004474.3의 뉴클레오티드 서열을 갖는 것일 수 있다.

상기 GRIP1(glutamate receptor-interacting protein 1) 단백질은 예를 들면 Genbank Accession No. NP_001171545.1의 아미노산 서열을 갖는 것일 수 있다. GRIP1 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드는 예를 들면 Genbank Accession No. NM_001178074.1의 뉴클레오티드 서열을 갖는 것일 수 있다.

상기 RP11-123O10.4 단백질은 예를 들면 Ensembl transcript ID ENST00000535721의 폴리뉴클레오티드로부터 코딩되는 단백질일 수 있다.

상기 용어 "연결 부위(linking site)"는 상이한 폴리뉴클레오티드들이 연결된 위치를 말한다. 용어 "연결 부위"는 용어 "접합 부위(juction site)"와 상호교환적으로 사용할 수 있다. 연결 부위는 예를 들면 염색체 전좌(chromosomal translocation)에 의해 생성될 수 있다. 연결 부위는 예를 들면 전좌에 의해 유전자 융합이 발생하는 경우 유전자들 사이에 연결된 부분일 수 있다. 연결 부위에 인접한 뉴클레오티드는 서로 다른 폴리뉴클레오티드로부터 유래된 것일 수 있다.

상기 폴리뉴클레오티드는 예를 들면 CCDC85C 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편이 CCNK 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편의 5' 방향에 위치하는 폴리뉴클레오티드;

GPRC6A 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편이 FAM162B 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편의 5' 방향에 위치하는 폴리뉴클레오티드;

AC011997.1 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편이 COL28A1단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편의 5' 방향에 위치하는 폴리뉴클레오티드;

DUX4L3 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편이 PPP3CA 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편의 5' 방향 또는 3' 방향에 위치하는 폴리뉴클레오티드;

C1orf99 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편이 AL672183.2 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편의 5' 방향에 위치하는 폴리뉴클레오티드;

IGSF9B 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편이 RP11-259P6.1 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편의 5' 방향에 위치하는 폴리뉴클레오티드;

SLC6A16 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편이 AC011450.1 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편의 5' 방향에 위치하는 폴리뉴클레오티드;

MALT1 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편이 PARD6G 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편의 5' 방향에 위치하는 폴리뉴클레오티드;

BOLA2 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편이 SMG1 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편의 5' 방향에 위치하는 폴리뉴클레오티드;

FASLG 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편이 AL672183.2 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편의 5' 방향에 위치하는 폴리뉴클레오티드;

CTB-35F21.1 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편이 PSD2 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편의 5' 방향에 위치하는 폴리뉴클레오티드;

RP11-511I2.2 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편이 FOXD2 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편의 5' 방향에 위치하는 폴리뉴클레오티드; 및

GRIP1 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편이 RP11-123O10.4 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편의 5' 방향에 위치하는 폴리뉴클레오티드로 이루어지는 군으로부터 선택되는 것인 폴리뉴클레오티드일 수 있다.

상기 연결된 폴리뉴클레오티드의 연결 부위에 인접된 2 nt를 포함하고 상기 연결된 폴리뉴클레오티드로부터 선택된 연속 뉴클레오티드를 포함하는 폴리뉴클레오티드는 예를 들면 8 nt 이상의 길이를 갖는 것일 수 있다. 예를 들면, 상기 폴리뉴클레오티드의 길이는 8 nt 내지 100 nt, 10 nt 내지 90 nt, 20 nt 내지 80 nt, 30 nt 내지 70 nt, 또는 40 nt 내지 60 nt일 수 있다.

상기 폴리뉴클레오티드는 예를 들면 서열 번호 1 내지 18의 이루어지는 군으로부터 선택되는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편을 포함할 수 있다.

상기 폴리뉴클레오티드는 DNA 또는 RNA일 수 있다. 상기 DNA는 예를 들면 게놈 DNA 또는 상보적 DNA(complementary DNA; cDNA)일 수 있다. 상기 RNA는 예를 들면 mRNA일 수 있다.

일 양상은 서열 번호 1, 2, 3, 11, 12, 13 및 14의 폴리뉴클레오티드로 이루어지는 군으로부터 선택되는 폴리뉴클레오티드에 의해 코딩되는 폴리펩티드를 제공한다.

상기 폴리뉴클레오티드는 전술한 바와 같다.

일 양상은 일 양상에 따른 폴리뉴클레오티드를 포함하는 조성물을 제공한다.

상기 폴리뉴클레오티드는 전술한 바와 같다.

상기 조성물은 대장암을 진단하는데 사용하기 위한 조성물일 수 있다. 상기 연결 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드는 대장암 특이적 폴리뉴클레오티드일 수 있으므로, 상기 조성물은 대장암 진단을 위해 사용될 수 있다.

상기 폴리뉴클레오티드는 예를 들면 프라이머(primer) 또는 프로브(probe)일 수 있다. 상기 프라이머는 증폭용 프라이머일 수 있다. 상기 프라이머는 적합한 온도에서 적합한 버퍼 내에서 적합한 조건(예를 들면, 4종의 다른 뉴클레오시드 트리포스페이트 및 중합 반응 효소)에서 주형-지시 DNA 합성의 개시점으로 작용할 수 있는 단일 가닥의 올리고뉴클레오티드를 의미한다. 상기 프라이머는 길이가 2 nt 내지 50 nt, 3 nt 내지 45 nt, 4 nt 내지 40 nt, 5 nt 내지 35 nt, 6 nt 내지 30 nt, 7 nt 내지 25 nt, 또는 8 nt 내지 20 nt일 수 있다. 상기 프로브는 특정 폴리뉴클레오티드 서열에 혼성화될 수 있는 데옥시리보뉴클레오티드 및/또는 리보뉴클레오티드를 포함하는 자연 또는 변형된 단량체(monomer) 또는 결합을 갖는 선형의 올리고머(oligomer)를 의미한다. 예를 들어, 상기 프로브는 혼성화의 효율을 높일 수 있도록 단일 가닥일 수 있다. 상기 프라이머는 길이가 5 nt 내지 100 nt, 10 nt 내지 90 nt, 15 nt 내지 80 nt, 20 nt 내지 70 nt, 25 nt 내지 60 nt, 30 nt 내지 50 nt, 또는 35 nt 내지 40 nt일 수 있다. 상기 프라이머 또는 프로브는 상기 폴리뉴클레오티드의 연결 부위 또는 이의 상보적 부위를 포함하는 것일 수 있다. 상기 프라이머 또는 프로브는 검출가능한 표지를 포함할 수 있다. 상기 검출가능한 표지는 예를 들면 형광물질 또는 방사성 물질일 수 있다. 상기 형광 물질은 예를 들면 형광 공여체 및 형광 수용체의 FRET(Forter Resonance Energy Transfer)쌍일 수 있다.

상기 조성물은 핵산을 증폭하는데 필요한 성분 또는 핵산을 검출하는데 필요한 성분을 모두 포함하는 혼합물일 수 있다. 상기 조성물은 "마스터 믹스 (master mix)" 또는 "프리 믹스(pre mix)"로 지칭되기도 한다. 예를 들면, 상기 조성물은 핵산 폴리머라제, 그의 활성에 필요한 완충액, 보조인자, 및/또는 기질을 더 포함할 수 있다. 상기 핵산 폴리머라제는 DNA 폴리머라제, RNA 폴리머라제, 역전사 효소(reverse transcriptase) 및 이들의 조합일 수 있다. 역전사(reverse transcription)란 RNA를 주형으로 하여 RNA 서열에 상보적인 DNA 가닥을 합성하는 것일 수 있다. 상기 핵산 폴리머라제는 가닥 치환 활성을 갖는 것일 수 있다. 예를 들면, 레트로바이러스, 예를 들면, HIV, MMLV, 및 AMV로부터 유래된 하나 이상의 역전사 효소일 수 있다. 상기 핵산 폴리머라제는 3'-> 5' 엑소뉴클레아제 활성(exonuclease activity)을 갖지 않는 것일 수 있다. 상기 조성물은 역전사 또는 PCR 증폭에 필요한 물질을 포함하는 것일 수 있다. 예를 들면, 상기 조성물은 혼성화에 필요한 완충액을 더 포함할 수 있다.

일 양상은 일 양상에 따른 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드에 혼성화하고 상기 연결 부위로부터 5' 또는 3' 방향의 연속 뉴클레오티드 서열을 포함하는 것인 제1 프라이머를 포함하는 대장암 진단용 조성물을 제공한다.

상기 폴리뉴클레오티드 및 연결 부위는 전술한 바와 같다.

상기 용어 "프라이머 (primer)"는 적합한 온도에서 적합한 버퍼 내에서 적합한 조건(예를 들면, 4종의 다른 뉴클레오시드 트리포스페이트 및 중합 반응 효소)에서 주형-지시 DNA 합성의 개시점으로 작용할 수 있는 단일 가닥의 올리고뉴클레오티드를 의미한다. 상기 프라이머는 길이가 2 nt 내지 50 nt, 3 nt 내지 45 nt, 4 nt 내지 40 nt, 5 nt 내지 35 nt, 6 nt 내지 30 nt, 7 nt 내지 25 nt, 또는 8 nt 내지 20 nt일 수 있다. 상기 프라이머는 예를 들면 서열번호 19, 20, 25, 26, 31, 32, 37, 38, 43, 44, 49, 50, 55, 56, 63, 64, 69, 70, 75, 76, 81, 82, 87, 88, 93, 94, 99, 및 100으로 이루어지는 군으로부터 선택되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 단편을 포함하는 것일 수 있다.

상기 조성물은 상기 제1 프라이머가 혼성화하는 폴리뉴클레오티드의 상보적 폴리뉴클레오티드에 혼성화하고 상기 제1 프라이머가 혼성화하는 폴리뉴클레오티드로부터 5' 또는 3' 방향에서 혼성화하는 제2 프라이머를 더 포함할 수 있다. 상기 제1 프라이머 및 제2 프라이머로 이루어지는 프라이머 세트에 의해 상기 연결 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드가 증폭될 수 있다. 상기 연결 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드는 대장암 특이적 폴리뉴클레오티드일 수 있으므로, 상기 조성물은 대장암 진단을 위해 사용될 수 있다.

상기 조성물은 연결 부위를 포함한 폴리뉴클레오티드를 증폭하는데 필요한 성분 또는 연결 부위를 포함한 폴리뉴클레오티드를 검출하는데 필요한 성분을 모두 포함하는 혼합물일 수 있다. 상기 증폭은 예를 들면, DNA 증폭 또는 RNA 증폭일 수 있다. 증폭 방법은 열순환(termal cycling)을 필요로 하는 것 또는 등온 (isothermal)에서 수행되는 것일 수 있다. 상기 증폭방법은 폴리머라제 연쇄 반응 (polymerase chain reaction: PCR), 핵산 서열-기초 증폭(nucleic acid sequence-based amplification: NASBA), 리가제 연쇄 반응(ligase chain reaction: LCR), 가닥 치환 증폭(strand displacement amplificaton: SDA), 롤링 서클 증폭(rolling circle amplification: RCA) 등을 포함할 수 있다. 증폭 방법은 또한, RNA 증폭 방법을 포함할 수 있다. 예를 들면, 역전사(reverse transcription: RT) 또는 역전사-PCR을 포함할 수 있다. 증폭이란 표적 핵산 서열 또는 그에 상보적인 서열의 카피 수를 증가시키는 것일 수 있다. "PCR"은 중합효소를 이용하여 표적 핵산에 특이적으로 결합하는 프라이머 쌍으로부터 표적 핵산을 증폭하는 방법일 수 있다. 상기 조성물은 "마스터 믹스(master mix)" 또는 "프리 믹스(pre mix)"로 지칭되기도 한다. 예를 들면, 상기 조성물은 핵산 폴리머라제, 그의 활성에 필요한 완충액, 보조인자, 및/또는 기질을 더 포함할 수 있다. 상기 핵산 폴리머라제는 DNA 폴리머라제, RNA 폴리머라제, 역전사 효소(reverse transcriptase) 및 이들의 조합일 수 있다. 역전사(reverse transcription)란 RNA를 주형으로 하여 RNA 서열에 상보적인 DNA 가닥을 합성하는 것일 수 있다. 상기 핵산 폴리머라제는 가닥 치환 활성을 갖는 것일 수 있다. 예를 들면, 레트로바이러스, 예를 들면, HIV, MMLV, 및 AMV로부터 유래된 하나 이상의 역전사 효소일 수 있다. 상기 핵산 폴리머라제는 3'-> 5' 엑소뉴클레아제 활성(exonuclease activity)을 갖지 않는 것일 수 있다. 상기 조성물은 역전사 또는 PCR 증폭에 필요한 물질을 포함하는 것일 수 있다.

일 양상은 서열 번호 1, 2, 3, 11, 12, 13 및 14의 폴리뉴클레오티드로 이루어지는 군으로부터 선택되는 폴리뉴클레오티드에 의해 코딩되는 폴리펩티드에 특이적으로 결합하는 항체를 포함하는 대장암 진단용 조성물을 제공한다.

상기 항체는 상기 폴리뉴클레오티드의 연결 부위에 인접한 폴리뉴클레오티드에 의해 코딩되는 폴리펩티드에 특이적으로 결합하는 것일 수 있다.

일 양상은 일 양상에 따른 폴리뉴클레오티드를 포함하는 키트를 제공한다.

상기 폴리뉴클레오티드는 전술한 바와 같다.

일 양상은 일양상에 따른 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드에 혼성화하고 상기 연결 부위로부터 5' 또는 3' 방향의 연속 뉴클레오티드 서열을 포함하는 것인 제1 프라이머를 포함하는 대장암 진단용 키트를 제공한다.

상기 폴리뉴클레오티드, 연결 부위 및 프라이머는 전술한 바와 같다.

상기 키트는 상기 제1 프라이머가 혼성화하는 폴리뉴클레오티드의 상보적 폴리뉴클레오티드에 혼성화하고 상기 제1 프라이머가 혼성화하는 폴리뉴클레오티드로부터 5' 또는 3' 방향에서 혼성화하는 제2 프라이머를 더 포함할 수 있다. 상기 제1 프라이머 및 제2 프라이머로 이루어지는 프라이머 세트에 의해 상기 연결 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드가 증폭될 수 있다. 상기 연결 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드는 대장암 특이적 폴리뉴클레오티드일 수 있으므로, 상기 키트는 대장암 진단을 위해 사용될 수 있다.

상기 키트는 연결 부위를 포함한 폴리뉴클레오티드를 증폭하는데 필요한 성분 또는 연결 부위를 포함한 폴리뉴클레오티드를 검출하는데 필요한 성분을 모두 포함하는 혼합물일 수 있다. 상기 증폭은 예를 들면, DNA 증폭 또는 RNA 증폭일 수 있다. 증폭 방법은 열순환(termal cycling)을 필요로 하는 것 또는 등온 (isothermal)에서 수행되는 것일 수 있다. 상기 증폭방법은 폴리머라제 연쇄 반응(polymerase chain reaction: PCR), 핵산 서열-기초 증폭(nucleic acid sequence-based amplification: NASBA), 리가제 연쇄 반응(ligase chain reaction: LCR), 가닥 치환 증폭(strand displacement amplificaton: SDA), 롤링 서클 증폭(rolling circle amplification: RCA) 등을 포함할 수 있다. 증폭 방법은 또한, RNA 증폭 방법을 포함할 수 있다. 예를 들면, 역전사(reverse transcription: RT) 또는 역전사-PCR을 포함할 수 있다. 증폭이란 표적 핵산 서열 또는 그에 상보적인 서열의 카피 수를 증가시키는 것일 수 있다. "PCR"은 중합효소를 이용하여 표적 핵산에 특이적으로 결합하는 프라이머 쌍으로부터 표적 핵산을 증폭하는 방법일 수 있다. 예를 들면, 상기 키트는 핵산 폴리머라제, 그의 활성에 필요한 완충액, 보조인자, 및/또는 기질을 더 포함할 수 있다. 상기 핵산 폴리머라제는 DNA 폴리머라제, RNA 폴리머라제, 역전사 효소(reverse transcriptase) 및 이들의 조합일 수 있다. 역전사(reverse transcription)란 RNA를 주형으로 하여 RNA 서열에 상보적인 DNA 가닥을 합성하는 것일 수 있다. 상기 핵산 폴리머라제는 가닥 치환 활성을 갖는 것일 수 있다. 예를 들면, 레트로바이러스, 예를 들면, HIV, MMLV, 및 AMV로부터 유래된 하나 이상의 역전사 효소일 수 있다. 상기 핵산 폴리머라제는 3'-> 5' 엑소뉴클레아제 활성(exonuclease activity)을 갖지 않는 것일 수 있다. 상기 키트는 역전사 또는 PCR 증폭에 필요한 물질을 포함하는 것일 수 있다. 또한, 상기 키트는 표적 핵산을 증폭하기 위하여 사용하기 위한 설명서를 더 포함할 수 있다.

일 양상은 서열 번호 1, 2, 3, 11, 12, 13 및 14의 폴리뉴클레오티드로 이루어지는 군으로부터 선택되는 폴리뉴클레오티드에 의해 코딩되는 폴리펩티드에 특이적으로 결합하는 항체를 포함하는 대장암 진단용 키트를 제공한다.

일 양상은 시료로부터 핵산을 분리하는 단계; 및 분리된 핵산으로부터 대장암 특이적 유전자 융합의 존재 또는 부재를 검출하는 단계를 포함하는 대장암 특이적 유전자 융합을 검출하는 방법으로서, 상기 검출하는 단계는 청구항 1의 폴리뉴클레오티드의 존재 또는 부재를 검출하는 단계를 포함하는 것인 방법을 제공한다.

상기 방법은 시료로부터 핵산을 분리하는 단계를 포함한다.

상기 시료는 조직, 세포, 소변, 점액, 타액, 눈물, 혈액, 혈장, 혈청, 객담, 척수액, 흉수, 유두 흡인물, 림프액, 기도액, 장액, 비뇨생식관액, 모유, 림프계 체액, 정액, 뇌척수액, 기관계내 체액, 복수, 낭성 종양 체액, 양수액 또는 이들의 조합일 수 있다.

상기 핵산은 DNA, RNA 또는 이들의 조합일 수 있다. 상기 DNA는 예를 들면 게놈 DNA 또는 상보적 DNA(complementary DNA; cDNA)일 수 있다. 상기 RNA는 예를 들면 mRNA일 수 있다.

상기 시료로부터 핵산을 분리하는 것은 당업자에게 알려진 방법으로 분리할 수 있다.

상기 방법은 분리된 핵산으로부터 대장암 특이적 유전자 융합의 존재 또는 부재를 검출하는 단계를 포함한다.

상기 검출하는 단계는 일 양상에 따른 폴리뉴클레오티드의 존재 또는 부재를 검출하는 단계를 포함할 수 있다.

상기 폴리뉴클레오티드는 전술한 바와 같다.

상기 검출하는 단계는 예를 들면 폴리머라제 연쇄 반응(polymerase chain reaction: PCR), 핵산 서열-기초 증폭(nucleic acid sequence-based amplification: NASBA), 리가제 연쇄 반응(ligase chain reaction: LCR), 가닥 치환 증폭(strand displacement amplification: SDA), 롤링 서클 증폭(rolling circle amplification: RCA), 역전사-중합효소 연쇄 반응(reverse transcription-polymerase chain reaction; RT-PCR), 서던 블로팅, 노던 블로팅, 마이크로어레이 또는 이들의 조합을 수행하는 단계를 포함할 수 있다. 상기 검출은 예를 들면 전술된 프라이머를 사용하여 폴리머라제 연쇄 반응(polymerase chain reaction: PCR), 핵산 서열-기초 증폭(nucleic acid sequence-based amplification: NASBA), 리가제 연쇄 반응(ligase chain reaction: LCR), 가닥 치환 증폭(strand displacement amplification: SDA), 롤링 서클 증폭(rolling circle amplification: RCA), 또는 역전사-중합효소 연쇄 반응(reverse transcription-polymerase chain reaction; RT-PCR)를 수행하는 것일 수 있다. 상기 검출은 예를 들면 전술된 프로브를 사용하여 서던 블로팅, 노던 블로팅, 또는 마이크로어레이를 수행하는 것일 수 있다.

상기 유전자 융합을 검출하는 것은 일 양상에 따른 폴리뉴클레오티드가 존재하는지 여부를 검출하는 것일 수 있다. 상기 폴리뉴클레오티드는 대장암 특이적 폴리뉴클레오티드일 수 있으므로, 상기 방법을 사용하여 대장암을 진단할 수 있다.

도 1은 일 구체예에 따른 융합 유전자를 검출하는 방법에 대한 모식도이다.
도 2a는 분리된 총 RNA를 전기영동한 결과를 나타내고, 도 2b는 분리된 총 RNA를 18S rRNA 프라이머 세트를 사용하여 PCR한 결과를 나타낸다.
도 3은 KY-203 세포주, 또는 KY-221 세포주 유래 cDNA를 주형으로 RT-PCR을 수행한 결과를 나타낸다.
도 4는 KY-203 세포주, KY-222 세포주 또는 KY-225 세포주 유래 게놈 DNA를 주형으로 PCR을 수행한 결과를 나타낸다.
도 5는 HEK 293T, KY-202 내지 KY-225 세포주, 또는 KY-221 세포주 유래 cDNA를 주형으로 RT-PCR을 수행한 결과를 나타낸다.

이하 실시예를 통하여 보다 상세하게 설명한다. 그러나, 이들 실시예는 예시적으로 설명하기 위한 것으로 본 발명의 범위가 이들 실시예에 한정되는 것은 아니다.

실시예 1. 융합 유전자를 검출하기 위한 프라이머 세트의 제작

대장암 세포에서 RNA를 추출하고 추출된 RNA을 시퀀싱하였다. 얻어진 염기 서열을 topat 프로그램을 사용하여 hg19 reference genome에 맵핑하고, 그 결과를 defuse 프로그램을 사용하여 융합 유전자를 예측하였다. 예측된 서열을 아래의 표 1에 나타내었다.

대장암 세포의 융합 유전자의 서열

융합 유전자	A	B	세포주	염기 서열 (연결 부위: /)
융합 유전자 1	CCDC85C	CCNK	LS 174T	5'-AGCCACACGTCGGTCCCTGGACGACTTGTCGGCGCCGCCGCACCACCGCAGCATCCCCAACGGCCTGCACGATCCCTCATCCACCTACATCAGGCAACTGGAGAGCAAAGTGAGGCTGCTGGAGGGTGACAAGCTCCTCGCA/CAGAATAAAGACACTCTCCAAAAGCTCCATGCTGAGAGAAAGAAAGAAAGAAAAAAACAACAACAACGAAGGATCTCATCTAGAGACCACTGTTAGAAATAAGTCATTTGTAACCTGGATCAGAGACAGCAGAT-3' (서열 번호 1)
융합 유전자 2	GPRC6A	FAM162B	SNU-1684	5'-AAATGCTCCAAGGAATGCAGTCCTGGGCAAATGAAGAAAACTACAAGAAGTCAACACATCTGTTGCTATGAATGTCAGAACTGTCCTGAAAATCATTACACTAATCAGACA/GGGGAGATTCACCGAGTCCCCACGCAGCGCAGGCCTTCGCAGTTCGACAAGAAAATCCTGCTGTGGACAGGGCGTTTCAAATCGATGGAGGAGATCCCGCCTCGGATCCCGCCAGAAATGATAGACACCGCAAGAAACAAAGCTCGAGTGAAAGCTTGTTACATAATGATTGGA-3' (서열 번호 2)
융합 유전자 3	AC011997.1	COL28A1	SNU-70	5'-GGGCAATGGCGGGCGCCCCTCCCCCAGCCTCGCTGCCGCCTTGCAGTTTGATCTCAGACTGCTGTGCTAGCAATCAGCGAGACTCCGTGGGCGTAGGACCCTCCGAGCCAGGG/GGATATAGGACCTGTGGGACCCCAAGGACCAATGGGTATCCCTGGAATCGGGAGTCAAGGGGAACAGGGAATCCAAGGTCCTATTGGTCCACCTGGTCCACAAGGGCCCGCAGGACAGGGCTTACCTGGT-3' (서열 번호 3)
융합 유전자 4-1	DUX4L3	PPP3CA	SW620	5'-TCAGGGCTGCATGTGGCACAGCTGTGGGGAGGATGGATTGGAATGACTCAAGGAAACTGGCCTCCAGAACCCAAAGGAAAATAAAAGTGTCAGAAGATTTGAGGAGAAACATCTGGAAGCAAGAACAATTAACTTCGTGTTTTCAG/ATGGAGTCTCACTCTATTGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCGTGATCTCAGCTCACTGCAACCTCGGCCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTTCCTCCTCTGCCTCCCGAATAGTTGGGACTACAGGTGCGGGCCACCACACCTGGCTAATTTTTGTATGTTTAGTACAGACGGGGTTTCACCATATTGG-3' (서열 번호 4)
융합 유전자 4-2	DUX4L3	PPP3CA	SW620	5'-ATTCTCATCCTTCCACTGAGTCCGCTGAAGGGATTTATGTGCACAACCACCATGTGTCTTCTAGGTGCTGGCCCACCACCACACATCACAGGCTGATTTCCACAGGCTTCTTCCTAGGGGCCTCGTGATCTGAGGGGTGGTGCCTACTTCCACTG/AAAACACGAAGTTAATTGTTCTTGCTTCCAGATGTTTCTCCTCAAATCTTCTGACACTTTTATTTTCCTTTGGGTTCTGGAGGCCAGTTTCCTTGAGTCATTCCAATCCATCCTCCCCACAGCTGTGCCACATGCAGCCCTGACAGGAAAGAGA-3' (서열 번호 5)
융합 유전자 5	C1orf99	AL672183.2	LS 174T	5'-CTTCCTCTTCACCCACTAAAACCCTGTTTTACTCACGGTTCAAATTGTTTGGCAGCCTGAATTTTCATGGCCATGGGACAAAGAACCCCGTCTTTAGCTGAATTAAGGAAAAGTTCTGCAACATTTTTGACGTGCAACTTGGGGGCTCAAGCGGAGAAGCG/AAGCAGAGCCCCTGGAAAACTCACATATGTGTCAACAATAGTCCTTGATGCCCCTGTAACAAAACTTGAGCAAGGCCTGGTGATGAAGAGATACAAGATTGTCACCCAAGGATTTGATTATACCTCTGTTGAAAGTTAATGCACACTCAACCG-3' (서열 번호 6)
융합 유전자 6	IGSF9B	RP11-259P6.1	SW480	5'-AAGCTGCAGAGAGACAGACCAGCTCCCGCGACCAGCCCGCCTGAGAGAGCACTCTCTAAACTGTAGCAGCTGGTATTCCAGCTATCTGGGCAGTGTTGTCGAGACAAGCCTCTCCTCAGCTCAAT/AGAACACTTCCACCTGCACCCGGGAACGCTGCTGCGCCTGAGAGGCTGGAGGCTCTGAAATACCAACGGATAAAGAAGCCCAAAAAGTCATCCAAGGGCTCTTCGAAGTCAAAGAAACGATCCGACGATTCTGCCTCCCAGACTCAGCAGCTTCCCAACTCTCAGG-3' (서열 번호 7)
융합 유전자 7	SLC6A16	AC011450.1	HCT 116	5'-GACTTCCTGGGACACTGTCAGAAATCACTGTGCCAGTCCATGAGGTGTTTGCCAGCAAGGATGTCGAAGGCTGGGCCTCTGTCTTCATCTCACACAGACTCTCTGGGGCAGCTCCCGCTTCTGCAAGGGAGGGTTCATCTTCCTGAGGAGA/CATAAAGTCCAAAATGCTTTATGTAAGTCCAAGGATAATTCTCAGCTTCCTGCAGCCAGTGAGTGAAGGGAGAAAGAGTAAGGATTATGGAGGACATTTCAGGCTGAGTCTAGAAATGGGCTGTGTCCCTTCTGCACCCATTCCATTGGCCCAAGACCAGTCACATGGCCTCAACTTCACTGCAAGGAGAC-3' (서열 번호 8)
융합 유전자 8	MALT1	PARD6G	SNU-1684	5'-TCGTGGAAAAACAAATTTTCCAAAACAAAAAAGTCTATTAGAGAAGTGGCATTGGTTTTCATTTTGAAGATCTCTTTAATGTCTTGGCTTAATCACAGAGCTGGATTCGTTTATGTGCTTCTGCATTCAGTCTGTCGCACTATTACAGGTCACAGAACGCTGGAAACTGCAGTGTCCACTC/AGTTCCACAGGCTGTACAGGAAGCATGGCTGAGAGGCCTCAGGAAACTTACAATTATGGCAGAAGGCGAAGGAGACGCAAGCACGCCCTCACAATGGCGGAGCAGTAGAAAGAAGAAAGGGAGAGGTGCCACA-3' (서열 번호 9)
융합 유전자 8	MALT1	PARD6G	LS 174T	5'-ACTTTCGTGGAAAAACAAATTTTCCAAAACAAAAAAGTCTATTAGAGAAGTGGCATTGGTTTTCATTTTGAAGATCTCTTTAATGTCTTGGCTTAATCACAGAGCTGGATTCGTTTATGTGCTTCTGCATTCAGTCTGTCGCACTATTACAGGTCACAGAACGCTGGAAACTGCAGTGTCCACTC/AGTTCCACAGGCTGTACAGGAAGCATGGCTGAGAGGCCTCAGGAAACTTACAATTATGGCAGAAGGCGAAGGAGACGCAAGCACGCCCTCACAATGGCGGAGCAGTAGAAAGAAGAAAGGGAGAGGT-3' (서열 번호 10)
융합 유전자 9	BOLA2	SMG1	SW620	5'-TGGAGGCGGAGCATGTGGAGGTGGAGGACACGACCCTCAACCGTTGCTCCTGTAGCTTCCGAGTCCTGGTGGTGTCGGCCAAGTTCGAGGGGAAACCGCTGCTTCAGAGACACAG/CTTGGATCCTAGCATGACTATACATTGTGACATGGTCATTACATATGGATTAGACCAACTGGAGAATTGCCAGACTTGTGGTACCGATTATATCATCTCAGTCTTGAATTTACTCACGCTGATTGTTGAACAGATAAATACGAAACTGCCATCATCATTTGTAGAAAAACTGTTTATACCATCATCTAAACTACTATTC-3' (서열 번호 11)
융합 유전자 9	BOLA2	SMG1	SNU-70	5'-CTGGAGGCGGAGCATGTGGAGGTGGAGGACACGACCCTCAACCGTTGCTCCTGTAGCTTCCGAGTCCTGGTGGTGTCGGCCAAGTTCGAGGGGAAACCGCTGCTTCAGAGACACAG/CTTGGATCCTAGCATGACTATACATTGTGACATGGTCATTACATATGGATTAGACCAACTGGAGAATTGCCAGACTTGTGGTACCGATTATATCATCTCAGTCTTGAATTTACTCACGCTGATTGTTGAACAGATAAATACGAAACTGCCATCATCATTTGTAGAAAAACTGTTTATACCATCATCTAAACTACTATTCTTGCG-3' (서열 번호 12)
융합 유전자 9	BOLA2	SMG1	LS 174T	5'-TGGAGGCGGAGCATGTGGAGGTGGAGGACACGACCCTCAACCGTTGCTCCTGTAGCTTCCGAGTCCTGGTGGTGTCGGCCAAGTTCGAGGGGAAACCGCTGCTTCAGAGACACAG/CTTGGATCCTAGCATGACTATACATTGTGACATGGTCATTACATATGGATTAGACCAACTGGAGAATTGCCAGACTTGTGGTACCGATTATATCATCTCAGTCTTGAATTTACTCACGCTGATTGTTGAACAGATAAATACGAAACTGCCATCATCATTTGTAGAAAAACTGTTTATACCATCATCTAA-3' (서열 번호 13)
융합 유전자 9	BOLA2	SMG1	HCT 116	5'-CGCCGAATACCTCCGCGAGAAGCTGCAGCGGGACCTGGAGGCGGAGCATGTGGAGGTGGAGGACACGACCCTCAACCGTTGCTCCTGTAGCTTCCGAGTCCTGGTGGTGTCGGCCAAGTTCGAGGGGAAACCGCTGCTTCAGAGACACAG/CTTGGATCCTAGCATGACTATACATTGTGACATGGTCATTACATATGGATTAGACCAACTGGAGAATTGCCAGACTTGTGGTACCGATTATATCATCTCAGTCTTGAATTTACTCACGCTGATTGTTGAACAGATAAATACGAAACTGCCATCATCATTTGTAGAAAAACTGTTTATACCATCATCTAAACTACTATTCTTG-3'(서열 번호 14)
융합 유전자 10	FASLG	AL672183.2	SW620	5'-GATCACAAGGCCACCCTTCTTATACTTCACTCCAGAAAGCAGGACAATTCCATAGGTGTCTTCCCATTCCAGAGGCATGGACCTTGAGTTGGACTTGCCTGTTAAATGGGCCACTTTCCTCAGCTCCTTTTTTTCAGGGGGTGGACTGGGGTGGCCTATTTGCTTCTCCAAAGATGATGCTGTGTGCATCTGGCTGGTAGACTCTCGGAGTTCTGCCAGCTCCTTCTGTAGGTGGAAGAGCTGAAACATCCCCAGGCCCAAT/CCTGCTCTTTCTTTGCCGGCTTTAGAAACTCGCCCCCATCAGCACTGCGGAGGTTAACCTTTGCATCTTGCCATCCACCTCTGATCTGCCCTTCCCCTAACAGGGCCTG-3' (서열 번호 15)
융합 유전자 11	CTB-35F21.1	PSD2	SW620	5'-GTCTCCTGAGCCCACTCCCCAGCACACGGCCGAAACTCAGAGCTCCTCACCTGTTCCAGCTTCACACTGCTTTGTGGAAATGCATCACGTAAGAAGTGCTTTTCGCCTCCCGCCATGATTCTGAGGTCTCCCCAGCCATGTGGAACTG/TCTAGAGGAGTCCCAGGAGCAGCCAGGACAGGCGGAAGCAGTGGCTGCCATGGAGGAGGACAAGCTCTTATCTGCAGTGCCTGAGGAAGGCGATGCCACCCGTGACCCCGGTCCAGAGCCTGAAGAGGAGCCAGGGGTCCGGAATGGGATGGCCAGTGAGGGCCTGAACAGCAGCCTCTGCAGC-3' (서열 번호 16)
융합 유전자 12	RP11-511I2.2	FOXD2	SNU-1684	5'-TCAACAAATGCTCACTGAGCCGTGCCCCTCTGCAGCCTATCATAGGGTCCAAGGAGGAATTGCTTCCATTCCGCTGGGGAGGCAGGCATGGAGCAGGAGCATGTGATCCAGTCTCTGGGTACGGTCAGGCCAGAGGTGCCAGCAGGCCTTTTGCCT/CTCCCAGGCCCAAGGCTGCGGGCGCCAAGTTCGCTCCTGGTGATCACTCGAATGCGTCTCCCCTCGGGCTGGAAGCCGTGCGGGCTCGGGTGGGCGCCGGCGGGCCGCGCTGGGGCGGCGTGGGTCCCGGCGTCTCAGCCTCG-3' (서열 번호 17)
융합 유전자 13	GRIP1	RP11-123O10.4	LoVo	5'-TCAATTCCTCCCGATACCGTCAGACCCAGGGTAGTGCCTTCCTTCTTCATCAGCTCGACGACTGTGGAGCCCTTGAATTCCTCTGGGATGCTCTGTCTCCTCACAGCCAACGCTCCATCAGGCGGCTTTGTCTGGCTGGCGGATTTAGTGTAGGGACTCTCAT/CTCTCTCCTGCTCCTCTGCCTGCAAGCAGATAGGGATATTCTTCTTCCAGCCGGGCATGGTGTCGCTCCCTGCGCTCGCTGTCGGGCTCGCTCTTTCTCGCTGGCTCTCTTTCTCCGGGGCTCTCCGCGCCTCCTCGCTCGTCCTCTAGGGCAGCCGCGCCGGGGCTGTTCAGCGGGGCTGGGGCGCCGA-3' (서열 번호 18)

상기 표 1에서 세포주는 차의과학대학교 차암연구소(CHA Cancer Institute, CHA University)로부터 얻었다.

상기 표 1에서 "/"는 연결 부위를 나타내고, "A"는 연결 부위를 기준으로 5' 방향에 위치하는 유전자를 나타내고, "B"는 연결 부위를 기준으로 3' 방향에 위치하는 유전자를 나타내낸다.

도 1에 나타난 바와 같이, 대장암 세포주에서 상기 융합 유전자(fusion gene)의 발현을 확인하기 위해 각 융합 유전자마다 한 쌍의 내부 프라이머(internal primer)를 제작하였다. 내부 프라이머는 두 유전자가 연결된 부분(junction site)를 포함하여 증폭된 산물의 크기가 약 200 bp 내지 약 300 bp가 되도록 제작하였다. 그리고 내부 프라이머가 문제없이 작용하는지를 확인하기 위해, 각 내부 프라이머와 짝을 이뤄 정상세포에서도 증폭이 되는 확인용 프라이머(checking primer)를 300 bp내지 400 bp가 증폭되도록 제작하였다. 프라이머는 Primer3 프로그램 (http://frodo.wi.mit.edu/primer3)을 사용하여 제작하였으며, 코스모진텍(Seoul, Korea)에 합성을 의뢰하였다.

제작된 프라이머 세트의 서열을 표 2 내지 6에 나타내었다.

상기 표 2 내지 표 6에서 "/"는 연결 부위를 나타내고, "A"는 연결 부위를 기준으로 5' 방향에 위치하는 유전자를 나타내고, "B"는 연결 부위를 기준으로 3' 방향에 위치하는 유전자를 나타내낸다.

실시예 2. 융합 유전자를 검출하기 위한 프라이머 세트 및 주형 DNA 의 검증

Trizol 시약 (Life technologies)를 사용하여 10 종의 대장암 세포주(표 7)로부터 총 RNA를 추출하였다.

번호	조직의 기원	KCLB 번호	세포주
KY-202	결장	10227	SW620; SW-620
KY-203	결장	10228	SW480; SW-480
KY-208	결장, 직장	70	SNU-70
KY-213	결장, 상행 결장	1684	SNU-1684
KY-215	결장, 직장	1411	SNU-1411
KY-221	결장	10188	LS 174T
KY-222	결장, 맹장	22158	LS 1034
KY-223	결장	10229	LoVo
KY-224	결장	30038	HT-29
KY-225	결장, 결장직장	10247	HCT 116

분리된 RNA의 농도가 800 ng/㎕이상, 순도(A260/A280)가 1.8 내지 2.0인 경우만 선별하였다. Pre-Cast RNA check kit (고마바이오텍)으로 18S rRNA와 28S rRNA의 두 밴드를 확인하고 하기와 같이 cDNA를 합성하였다. 5 ㎍의 총 RNA에 3 ㎕의 PN6 (100 ng/㎕, 코스모진텍)과 1㎕의 10 mM dNTP (Invitrogen)를 혼합하고, 65℃에서 5분 동안 인큐베이션시켰다. 이 반응물에 50 유닛의 역전사 효소 (Invitrogen)와 10 ㎕의 5X first-strand buffer, 1 ㎕의 0.1M DTT (Invitrogen), 40 유닛의 RNase out (Invitrogen)을 첨가하고, 42℃에서 1시간 동안 인큐베이션시켜 cDNA를 합성하였다. 이후 90℃에서 5 분간 가열하고 식혀서 역전사 반응을 정지시켰다.

RT-PCR에 사용될 주형 cDNA를 검증하기 위해 추출된 총 RNA를 전기영동하였다. 또한, 18S rRNA 프라이머 세트(정방향: 5'-CCCAACTTCTTAGAGGGACAAGT-3', 역방향: 5'-TAGTCAAGTTCGACCGTCTTCTC-3')로 PCR을 수행하고 전기영동으로 확인하였다. 도 2a에 나타난 바와 같이 대장암 세포주로부터 총 RNA가 잘 추출되었고, 도 2b에 나타난 바와 같이 cDNA 합성이 잘 되었음을 확인하였다.

내부 프라이머의 검증을 위해 내부 정방향 프라이머와 확인용 역방향 프라이머의 세트, 또는 내부 역방향 프라어머와 확인용 정방향 프라이머 세트를 사용하여 RT-PCR 또는 PCR을 수행하였다.

원래의 유전자가 ORF인 경우는 cDNA를 주형으로 하여 RT-PCR을 수행하였다. RT-PCR을 수행한 결과를 도 3 및 표 8에 나타내었다. 도 3a는 KY-203 세포주 유래 cDNA를 주형으로 55℃에서 35 사이클의 RT-PCR을 수행한 결과를 나타내고, 도 3b는 KY-221 세포주 유래 cDNA를 주형으로 55℃에서 35 사이클의 RT-PCR을 수행한 결과를 나타내고, 도 3c는 KY-221 세포주 유래 cDNA를 주형으로 50℃에서 35 사이클의 RT-PCR을 수행한 결과를 나타낸다.

레인 번호	프라이머 세트 (정방향 프라이머-역방향 프라이머)	증폭 산물의 크기(bp)	세포주 KY-203	세포주 KY-221
1	F1-A	345	O	O
2	F2-A	306	X	O
3	F2-B	138	X	X
4	F3-B	351	X	X
5	F4-1-A	252	O	X
6	F4-1-B	245	O	X
7	F4-2-A	239	O	O
8	F5-A	400	O	O
9	F6-A	205	O	X
10	F7-A	132	O	X
11	F9-A	143	O	O
12	F9-B	312	O	O
13	F10-A	215	O	X
14	F11-B	92	X	X
15	F12-B	319	O	X
16	F13-A	262	X	X

원래의 유전자가 게놈 DNA에 있는 경우는 게놈 DNA를 주형으로 PCR을 수행하였다. PCR을 수행한 결과를 도 4, 표 9 및 표 10에 나타내었다. 도 4a 및 표 9는 KY-203 세포주 유래 게놈 DNA를 주형으로 56℃에서 35 사이클의 PCR을 수행한 결과를 나타낸다. 도 4b는 KY-203 세포주 유래 게놈 DNA를 주형으로 55℃에서 35 사이클의 PCR을 수행한 결과 및 KY-222 세포주 유래 게놈 DNA를 주형으로 55℃에서 35 사이클의 PCR을 수행한 결과를 나타내고, 도 4c는 KY-222 세포주 유래 게놈 DNA를 주형으로 55℃에서 35 사이클의 PCR을 수행한 결과 및 KY-225 세포주 유래 게놈 DNA를 주형으로 55℃에서 35 사이클의 PCR을 수행한 결과를 나타낸다. 표 10은 도 4b 및 도 4c의 결과를 나타낸다.

도 4, 표 9 및 표 10에 나타난 바와 같이, 그 결과 융합 유전자 1, 4-1, 4-2, 5, 6, 7, 8, 10, 및 12는 증폭되어 프라이머에 이상이 없음을 확인하였다 (O; 증폭됨, X; 증폭 안됨). 융합 유전자 2, 3, 6, 11, 및 13은 확인용 프라이머 세트에 의해서는 증폭되지 않았지만, 내부 프라이머 세트에 의해서는 증폭되어 내부 프라이머에는 이상이 없음을 확인하였다.

프라이머 세트 (정방향 프라이머-역방향 프라이머)	증폭 산물의 크기(bp)	세포주 KY-203
F1-B	356	O
F3-A	320	O
F4-2B	399	O

레인 번호	프라이머 세트 (정방향 프라이머-역방향 프라이머)	증폭 산물의 크기(bp)	세포주 KY-203	세포주 KY-222	세포주 KY-225
1	F5-B	328	O	O	O
2	F6-B	165	X	X	X
3	F6-B2	187	X	X	X
4	F7-B	394	O	O	O
5	F8-A	217	O	O	O
6	F8-B	325	O	O	O
7	F10-B	388	O	O	O
8	F11-A	375	X	X	X
9	F12-A	315	O	O	O
10	F13-B	283	X	X	X

실시예 3. 융합 유전자의 발현 확인 및 염기 서열 분석

3-1. 융합 유전자의 발현 확인

표 7의 10 종의 대장암 세포주에서 RT-PCR을 수행하여, 융합 유전자의 발현 여부를 확인하였다. RT-PCR 혼합물 조성은 1 ug의 cDNA, 10 ㎕의 Hotstar Taq kit (QIAGEN), 10 pmol의 프라이머쌍, 멸균수이고, 20 ㎕의 총 부피로 반응시켰다. 대장암 세포에 대한 대조군으로 HEK293T 세포의 cDNA를 사용하였다. PCR 장비는 T100 Thermal Cycler (Bio-rad)를 사용하였고, RT-PCR 조건은 94℃에서 5분 동안 인큐베이션시킨 후, 94℃ 20초, Tm 값 20초, 72℃ 20초를 1 사이클로 증폭하였다. 표 11에 나타난 바와 같이, 프라이머 종류에 따라 Tm 값과 cycle 수를 다르게 하였다.

융합 유전자	Tm 값(℃)	사이클 횟수	산물의 크기(bp)
융합 유전자 1	55	40	204
융합 유전자 2	53	45	223
융합 유전자 3	54	40	156
융합 유전자 4-1	53	45	221
융합 유전자 4-2	54	40	242
융합 유전자 5	55	40	200
융합 유전자 6	56	35	229
융합 유전자 7	55	40	255
융합 유전자 8	53	45	218
융합 유전자 9	58	35	202
융합 유전자 10	55	30	371
융합 유전자 11	53	45	200
융합 유전자 12	55	40	161
융합 유전자 13	54	40	245

이후 72℃에서 7분간 반응시키고 10℃로 식혀서 반응을 종료하였다. 증폭된 PCR산물은 1.5% 아가로즈겔에 전기영동하여 확인하였다.

도 5a 내지 도 5n에 나타난 바와 같이, 융합 유전자가 하나 이상의 대장암 세포주에서 발현되었고, 융합 유전자 12를 제외한 다른 융합 유전자는 실시예 1의 RNA 염기 서열 분석의 결과와 동일하게 발현됨을 확인하였다 (M: 100bp ladder, HEK: HEK 293T 세포, 202 내지 225: 대장암 세포주, NC: 음성 대조군).

3-2. 대장암 세포주에서 발현된 융합 유전자의 염기 서열 분석

RT-PCR로 확인된 밴드의 염기 서열을 확인하기 위해 PCR purification kit(QIAGEN)과 Gel extraction kit(QIAGEN)으로 밴드를 정제하여 코스모진텍(Korea)에 의뢰하였다. 분석된 결과는 NCBI의 bl2seq(http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi) 프로그램에서 융합 유전자의 서열과 비교 분석하여 일치하는지, 변이가 생겼는지를 확인하였다.

실시예 1의 RNA 염기 서열 분석 결과와 실시예 3-1의 RT-PCR 및 발현된 융합 유전자의 염기 서열 분석 결과를 표 12 및 표 13에 나타내었다 (O; 증폭됨, X; 증폭 안됨).

분석 결과 융합 유전자 1, 2, 6, 7, 8, 10, 11, 및 13은 실시예 1의 RNA 염기 서열 분석 결과와 실시예 3의 RT-PCR 및 발현된 융합 유전자의 염기 서열 분석 결과가 일치하는 것을 확인하였다. 그리고 융합 유전자 3, 4-1, 4-2, 5, 및 9에서 RNA 시퀀싱 결과와 RT-PCR의 결과는 일치하였으나 시퀀싱 결과에서 점 돌연변이(point mutation)가 발견되었다. 이 경우는 대립유전자(allele)라고 예상되었다. 융합 유전자 12의 경우는 KY-214 세포주에서 RNA 시퀀싱 되었지만 세포주를 확보하지 못해 확인이 불가능하였다. 따라서, 총 13종의 융합 유전자가 대장암세포에서 실제 발현되는 것을 확인할 수 있었다.

<110> THERAGEN ETEX CO., LTD <120> A colon cancer specific polynucleotide and use thereof <130> PN099625 <160> 104 <170> KopatentIn 2.0 <210> 1 <211> 276 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> A fusion gene of CCDC85C and CCNK <400> 1 agccacacgt cggtccctgg acgacttgtc ggcgccgccg caccaccgca gcatccccaa 60 cggcctgcac gatccctcat ccacctacat caggcaactg gagagcaaag tgaggctgct 120 ggagggtgac aagctcctcg cacagaataa agacactctc caaaagctcc atgctgagag 180 aaagaaagaa agaaaaaaac aacaacaacg aaggatctca tctagagacc actgttagaa 240 ataagtcatt tgtaacctgg atcagagaca gcagat 276 <210> 2 <211> 285 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> A fusion gene of GPRC6A and FAM162B <400> 2 aaatgctcca aggaatgcag tcctgggcaa atgaagaaaa ctacaagaag tcaacacatc 60 tgttgctatg aatgtcagaa ctgtcctgaa aatcattaca ctaatcagac aggggagatt 120 caccgagtcc ccacgcagcg caggccttcg cagttcgaca agaaaatcct gctgtggaca 180 gggcgtttca aatcgatgga ggagatcccg cctcggatcc cgccagaaat gatagacacc 240 gcaagaaaca aagctcgagt gaaagcttgt tacataatga ttgga 285 <210> 3 <211> 243 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> A fusion gene of AC011997.1 and COL28A1 <400> 3 gggcaatggc gggcgcccct cccccagcct cgctgccgcc ttgcagtttg atctcagact 60 gctgtgctag caatcagcga gactccgtgg gcgtaggacc ctccgagcca gggggatata 120 ggacctgtgg gaccccaagg accaatgggt atccctggaa tcgggagtca aggggaacag 180 ggaatccaag gtcctattgg tccacctggt ccacaagggc ccgcaggaca gggcttacct 240 ggt 243 <210> 4 <211> 332 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> A fusion gene of DUX4L3 and PPP3CA <400> 4 tcagggctgc atgtggcaca gctgtgggga ggatggattg gaatgactca aggaaactgg 60 cctccagaac ccaaaggaaa ataaaagtgt cagaagattt gaggagaaac atctggaagc 120 aagaacaatt aacttcgtgt tttcagatgg agtctcactc tattgcccag gctggagtgc 180 aatggcgtga tctcagctca ctgcaacctc ggcctcccgg gttcaagcga ttcttcctcc 240 tctgcctccc gaatagttgg gactacaggt gcgggccacc acacctggct aatttttgta 300 tgtttagtac agacggggtt tcaccatatt gg 332 <210> 5 <211> 309 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> A fusion gene of PPP3CA and DUX4L3 <400> 5 attctcatcc ttccactgag tccgctgaag ggatttatgt gcacaaccac catgtgtctt 60 ctaggtgctg gcccaccacc acacatcaca ggctgatttc cacaggcttc ttcctagggg 120 cctcgtgatc tgaggggtgg tgcctacttc cactgaaaac acgaagttaa ttgttcttgc 180 ttccagatgt ttctcctcaa atcttctgac acttttattt tcctttgggt tctggaggcc 240 agtttccttg agtcattcca atccatcctc cccacagctg tgccacatgc agccctgaca 300 ggaaagaga 309 <210> 6 <211> 314 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> A fusion gene of C1orf99 and AL672183.2 <400> 6 cttcctcttc acccactaaa accctgtttt actcacggtt caaattgttt ggcagcctga 60 attttcatgg ccatgggaca aagaaccccg tctttagctg aattaaggaa aagttctgca 120 acatttttga cgtgcaactt gggggctcaa gcggagaagc gaagcagagc ccctggaaaa 180 ctcacatatg tgtcaacaat agtccttgat gcccctgtaa caaaacttga gcaaggcctg 240 gtgatgaaga gatacaagat tgtcacccaa ggatttgatt atacctctgt tgaaagttaa 300 tgcacactca accg 314 <210> 7 <211> 291 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> A fusion gene of IGSF9B and RP11-259P6.1 <400> 7 aagctgcaga gagacagacc agctcccgcg accagcccgc ctgagagagc actctctaaa 60 ctgtagcagc tggtattcca gctatctggg cagtgttgtc gagacaagcc tctcctcagc 120 tcaatagaac acttccacct gcacccggga acgctgctgc gcctgagagg ctggaggctc 180 tgaaatacca acggataaag aagcccaaaa agtcatccaa gggctcttcg aagtcaaaga 240 aacgatccga cgattctgcc tcccagactc agcagcttcc caactctcag g 291 <210> 8 <211> 342 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> A fusion gene of SLC6A16 and AC011450.1 <400> 8 gacttcctgg gacactgtca gaaatcactg tgccagtcca tgaggtgttt gccagcaagg 60 atgtcgaagg ctgggcctct gtcttcatct cacacagact ctctggggca gctcccgctt 120 ctgcaaggga gggttcatct tcctgaggag acataaagtc caaaatgctt tatgtaagtc 180 caaggataat tctcagcttc ctgcagccag tgagtgaagg gagaaagagt aaggattatg 240 gaggacattt caggctgagt ctagaaatgg gctgtgtccc ttctgcaccc attccattgg 300 cccaagacca gtcacatggc ctcaacttca ctgcaaggag ac 342 <210> 9 <211> 314 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> A fusion gene of MALT1 and PARD6G <400> 9 tcgtggaaaa acaaattttc caaaacaaaa aagtctatta gagaagtggc attggttttc 60 attttgaaga tctctttaat gtcttggctt aatcacagag ctggattcgt ttatgtgctt 120 ctgcattcag tctgtcgcac tattacaggt cacagaacgc tggaaactgc agtgtccact 180 cagttccaca ggctgtacag gaagcatggc tgagaggcct caggaaactt acaattatgg 240 cagaaggcga aggagacgca agcacgccct cacaatggcg gagcagtaga aagaagaaag 300 ggagaggtgc caca 314 <210> 10 <211> 312 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> A fusion gene of MALT1 and PARD6G <400> 10 actttcgtgg aaaaacaaat tttccaaaac aaaaaagtct attagagaag tggcattggt 60 tttcattttg aagatctctt taatgtcttg gcttaatcac agagctggat tcgtttatgt 120 gcttctgcat tcagtctgtc gcactattac aggtcacaga acgctggaaa ctgcagtgtc 180 cactcagttc cacaggctgt acaggaagca tggctgagag gcctcaggaa acttacaatt 240 atggcagaag gcgaaggaga cgcaagcacg ccctcacaat ggcggagcag tagaaagaag 300 aaagggagag gt 312 <210> 11 <211> 314 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> A fusion gene of BOLA2 and SMG1 <400> 11 tggaggcgga gcatgtggag gtggaggaca cgaccctcaa ccgttgctcc tgtagcttcc 60 gagtcctggt ggtgtcggcc aagttcgagg ggaaaccgct gcttcagaga cacagcttgg 120 atcctagcat gactatacat tgtgacatgg tcattacata tggattagac caactggaga 180 attgccagac ttgtggtacc gattatatca tctcagtctt gaatttactc acgctgattg 240 ttgaacagat aaatacgaaa ctgccatcat catttgtaga aaaactgttt ataccatcat 300 ctaaactact attc 314 <210> 12 <211> 320 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> A fusion gene of BOLA2 and SMG1 <400> 12 ctggaggcgg agcatgtgga ggtggaggac acgaccctca accgttgctc ctgtagcttc 60 cgagtcctgg tggtgtcggc caagttcgag gggaaaccgc tgcttcagag acacagcttg 120 gatcctagca tgactataca ttgtgacatg gtcattacat atggattaga ccaactggag 180 aattgccaga cttgtggtac cgattatatc atctcagtct tgaatttact cacgctgatt 240 gttgaacaga taaatacgaa actgccatca tcatttgtag aaaaactgtt tataccatca 300 tctaaactac tattcttgcg 320 <210> 13 <211> 304 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> A fusion gene of BOLA2 and SMG1 <400> 13 tggaggcgga gcatgtggag gtggaggaca cgaccctcaa ccgttgctcc tgtagcttcc 60 gagtcctggt ggtgtcggcc aagttcgagg ggaaaccgct gcttcagaga cacagcttgg 120 atcctagcat gactatacat tgtgacatgg tcattacata tggattagac caactggaga 180 attgccagac ttgtggtacc gattatatca tctcagtctt gaatttactc acgctgattg 240 ttgaacagat aaatacgaaa ctgccatcat catttgtaga aaaactgttt ataccatcat 300 ctaa 304 <210> 14 <211> 352 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> A fusion gene of BOLA2 and SMG1 <400> 14 cgccgaatac ctccgcgaga agctgcagcg ggacctggag gcggagcatg tggaggtgga 60 ggacacgacc ctcaaccgtt gctcctgtag cttccgagtc ctggtggtgt cggccaagtt 120 cgaggggaaa ccgctgcttc agagacacag cttggatcct agcatgacta tacattgtga 180 catggtcatt acatatggat tagaccaact ggagaattgc cagacttgtg gtaccgatta 240 tatcatctca gtcttgaatt tactcacgct gattgttgaa cagataaata cgaaactgcc 300 atcatcattt gtagaaaaac tgtttatacc atcatctaaa ctactattct tg 352 <210> 15 <211> 371 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> A fusion gene of FASLG and AL672183.2 <400> 15 gatcacaagg ccacccttct tatacttcac tccagaaagc aggacaattc cataggtgtc 60 ttcccattcc agaggcatgg accttgagtt ggacttgcct gttaaatggg ccactttcct 120 cagctccttt ttttcagggg gtggactggg gtggcctatt tgcttctcca aagatgatgc 180 tgtgtgcatc tggctggtag actctcggag ttctgccagc tccttctgta ggtggaagag 240 ctgaaacatc cccaggccca atcctgctct ttctttgccg gctttagaaa ctcgccccca 300 tcagcactgc ggaggttaac ctttgcatct tgccatccac ctctgatctg cccttcccct 360 aacagggcct g 371 <210> 16 <211> 332 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> A fusion gene of CTB-35F21.1 and PSD2 <400> 16 gtctcctgag cccactcccc agcacacggc cgaaactcag agctcctcac ctgttccagc 60 ttcacactgc tttgtggaaa tgcatcacgt aagaagtgct tttcgcctcc cgccatgatt 120 ctgaggtctc cccagccatg tggaactgtc tagaggagtc ccaggagcag ccaggacagg 180 cggaagcagt ggctgccatg gaggaggaca agctcttatc tgcagtgcct gaggaaggcg 240 atgccacccg tgaccccggt ccagagcctg aagaggagcc aggggtccgg aatgggatgg 300 ccagtgaggg cctgaacagc agcctctgca gc 332 <210> 17 <211> 299 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> A fusion gene of RP11-511I2.2 and FOXD2 <400> 17 tcaacaaatg ctcactgagc cgtgcccctc tgcagcctat catagggtcc aaggaggaat 60 tgcttccatt ccgctgggga ggcaggcatg gagcaggagc atgtgatcca gtctctgggt 120 acggtcaggc cagaggtgcc agcaggcctt ttgcctctcc caggcccaag gctgcgggcg 180 ccaagttcgc tcctggtgat cactcgaatg cgtctcccct cgggctggaa gccgtgcggg 240 ctcgggtggg cgccggcggg ccgcgctggg gcggcgtggg tcccggcgtc tcagcctcg 299 <210> 18 <211> 353 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> A fusion gene of GRIP1 and RP11-123O10.4 <400> 18 tcaattcctc ccgataccgt cagacccagg gtagtgcctt ccttcttcat cagctcgacg 60 actgtggagc ccttgaattc ctctgggatg ctctgtctcc tcacagccaa cgctccatca 120 ggcggctttg tctggctggc ggatttagtg tagggactct catctctctc ctgctcctct 180 gcctgcaagc agatagggat attcttcttc cagccgggca tggtgtcgct ccctgcgctc 240 gctgtcgggc tcgctctttc tcgctggctc tctttctccg gggctctccg cgcctcctcg 300 ctcgtcctct agggcagccg cgccggggct gttcagcggg gctggggcgc cga 353 <210> 19 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Forward primer <400> 19 atccctcatc cacctacatc 20 <210> 20 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Reverse primer <400> 20 gctgtctctg atccaggtta c 21 <210> 21 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Forward primer <400> 21 atccctcatc cacctacatc 20 <210> 22 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Reverse primer <400> 22 ttctcactca ggtcctcctc 20 <210> 23 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Forward primer <400> 23 catctcttcc atccagcac 19 <210> 24 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Reverse primer <400> 24 gctgtctctg atccaggtta c 21 <210> 25 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Forward primer <400> 25 agtcctgggc aaatgaag 18 <210> 26 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Reverse primer <400> 26 gcggtgtcta tcatttctgg 20 <210> 27 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Forward primer <400> 27 agtcctgggc aaatgaag 18 <210> 28 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Reverse primer <400> 28 cccggatgat ttcacaac 18 <210> 29 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Forward primer <400> 29 aaggtcacgg gagattcac 19 <210> 30 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Reverse primer <400> 30 gcggtgtcta tcatttctgg 20 <210> 31 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Forward primer <400> 31 ttgatctcag actgctgtgc 20 <210> 32 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Reverse primer <400> 32 ggaccaatag gaccttgga 19 <210> 33 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Forward primer <400> 33 ttgatctcag actgctgtgc 20 <210> 34 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Reverse primer <400> 34 ccatctgagg tactgggttc 20 <210> 35 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Forward primer <400> 35 tggtccttat ggttctccag 20 <210> 36 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Reverse primer <400> 36 ggaccaatag gaccttgga 19 <210> 37 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Forward primer <400> 37 ggaggatgga ttggaatgac 20 <210> 38 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Reverse primer <400> 38 gaggcagagg aggaagaatc 20 <210> 39 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Forward primer <400> 39 ggaggatgga ttggaatgac 20 <210> 40 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Reverse primer <400> 40 gcacataggt ccagcttctc 20 <210> 41 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Forward primer <400> 41 aacttcctac ccttgggttc 20 <210> 42 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Reverse primer <400> 42 gaggcagagg aggaagaatc 20 <210> 43 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Forward primer <400> 43 ctcatccttc cactgagtcc 20 <210> 44 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Reverse primer <400> 44 aaactggcct ccagaacc 18 <210> 45 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Forward primer <400> 45 ctcatccttc cactgagtcc 20 <210> 46 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Reverse primer <400> 46 cttgaggaag ccagaagatg 20 <210> 47 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Forward primer <400> 47 ctgatacttt ggggaaccag 20 <210> 48 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Reverse primer <400> 48 aaactggcct ccagaacc 18 <210> 49 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Forward primer <400> 49 ccctgtttta ctcacggttc 20 <210> 50 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Reverse primer <400> 50 gttacagggg catcaaggac 20 <210> 51 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Forward primer <400> 51 ccctgtttta ctcacggttc 20 <210> 52 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Reverse primer <400> 52 tgactgtggg aggagattc 19 <210> 53 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Forward primer <400> 53 gccactgtgg tagggtaaac 20 <210> 54 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Reverse primer <400> 54 gttacagggg catcaaggac 20 <210> 55 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Forward primer <400> 55 aagctgcaga gagacagacc 20 <210> 56 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Reverse primer <400> 56 gaagagccct tggatgact 19 <210> 57 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Forward primer <400> 57 aagctgcaga gagacagacc 20 <210> 58 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Reverse primer <400> 58 ctgtccagga agcaatgg 18 <210> 59 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Forward primer <400> 59 actccagacg ttcagcctac 20 <210> 60 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Reverse primer <400> 60 gaagagccct tggatgact 19 <210> 61 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Forward primer <400> 61 ggttgtcctt tccagaacac 20 <210> 62 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Reverse primer <400> 62 gaagagccct tggatgact 19 <210> 63 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Forward primer <400> 63 agaaatcact gtgccagtcc 20 <210> 64 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Reverse primer <400> 64 actcagcctg aaatgtcctc 20 <210> 65 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Forward primer <400> 65 agaaatcact gtgccagtcc 20 <210> 66 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Reverse primer <400> 66 tctcctcagg aagatgaacc 20 <210> 67 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Forward primer <400> 67 gacagggtct cactatgttg c 21 <210> 68 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Reverse primer <400> 68 actcagcctg aaatgtcctc 20 <210> 69 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Forward primer <400> 69 tcacagagct ggattcgt 18 <210> 70 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Reverse primer <400> 70 ggcacctctc cctttcttc 19 <210> 71 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Forward primer <400> 71 tcacagagct ggattcgt 18 <210> 72 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Reverse primer <400> 72 atggttctaa gtggggtctg 20 <210> 73 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Forward primer <400> 73 ccaaggcact tgaaaatgta 20 <210> 74 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Reverse primer <400> 74 ggcacctctc cctttcttc 19 <210> 75 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Forward primer <400> 75 tcaaccgttg ctcctgtag 19 <210> 76 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Reverse primer <400> 76 tgttcaacaa tcagcgtgag 20 <210> 77 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Forward primer <400> 77 tcaaccgttg ctcctgtag 19 <210> 78 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Reverse primer <400> 78 cagggttttc tgttcaaagg 20 <210> 79 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Forward primer <400> 79 tactgtggtg aggagcattg 20 <210> 80 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Reverse primer <400> 80 tgttcaacaa tcagcgtgag 20 <210> 81 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Forward primer <400> 81 aagcaggaca attccatagg 20 <210> 82 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Reverse primer <400> 82 gaagggcaga tcagaggtg 19 <210> 83 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Forward primer <400> 83 aagcaggaca attccatagg 20 <210> 84 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Reverse primer <400> 84 ggatgtttca gctcttccac 20 <210> 85 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Forward primer <400> 85 tgaacctcag gtaggagacc 20 <210> 86 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Reverse primer <400> 86 gaagggcaga tcagaggtg 19 <210> 87 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Forward primer <400> 87 gaaactcaga gctcctcacc 20 <210> 88 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Reverse primer <400> 88 tcaggcactg cagataagag 20 <210> 89 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Forward primer <400> 89 gaaactcaga gctcctcacc 20 <210> 90 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Reverse primer <400> 90 tgaatgtacc attcccagtg 20 <210> 91 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Forward primer <400> 91 gtctagagga gtcccaggag 20 <210> 92 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Reverse primer <400> 92 tcaggcactg cagataagag 20 <210> 93 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Forward primer <400> 93 catagggtcc aaggaggaat 20 <210> 94 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Reverse primer <400> 94 atcaccagga gcgaacttg 19 <210> 95 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Forward primer <400> 95 catagggtcc aaggaggaat 20 <210> 96 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Reverse primer <400> 96 gcaaatgaaa acccagagag 20 <210> 97 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Forward primer <400> 97 gaggggaggg agaaattaag 20 <210> 98 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Reverse primer <400> 98 atcaccagga gcgaacttg 19 <210> 99 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Forward primer <400> 99 ccttccttct tcatcagctc 20 <210> 100 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Reverse primer <400> 100 aagagagcca gcgagaaag 19 <210> 101 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Forward primer <400> 101 ccttccttct tcatcagctc 20 <210> 102 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Reverse primer <400> 102 gaattcatat gctgctgctg 20 <210> 103 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Forward primer <400> 103 tgaatcagag ttcgcaagac 20 <210> 104 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Reverse primer <400> 104 aagagagcca gcgagaaag 19

Claims

CCDC85C 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편과 CCNK 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편이 연결된 폴리뉴클레오티드, 또는 상기 연결된 폴리뉴클레오티드의 연결 부위에 인접된 2 nt를 포함하고 상기 연결된 폴리뉴클레오티드로부터 선택된 연속 뉴클레오티드를 포함하는 폴리뉴클레오티드;
GPRC6A 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편과 FAM162B 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편이 연결된 폴리뉴클레오티드, 또는 상기 연결된 폴리뉴클레오티드의 연결 부위에 인접된 2 nt를 포함하고 상기 연결된 폴리뉴클레오티드로부터 선택된 연속 뉴클레오티드를 포함하는 폴리뉴클레오티드;
AC011997.1 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편과 COL28A1 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편이 연결된 폴리뉴클레오티드, 또는 상기 연결된 폴리뉴클레오티드의 연결 부위에 인접된 2 nt를 포함하고 상기 연결된 폴리뉴클레오티드로부터 선택된 연속 뉴클레오티드를 포함하는 폴리뉴클레오티드;
DUX4L3 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편과 PPP3CA 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편이 연결된 폴리뉴클레오티드, 또는 상기 연결된 폴리뉴클레오티드의 연결 부위에 인접된 2 nt를 포함하고 상기 연결된 폴리뉴클레오티드로부터 선택된 연속 뉴클레오티드를 포함하는 폴리뉴클레오티드;
C1orf99 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편과 AL672183.2 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편이 연결된 폴리뉴클레오티드, 또는 상기 연결된 폴리뉴클레오티드의 연결 부위에 인접된 2 nt를 포함하고 상기 연결된 폴리뉴클레오티드로부터 선택된 연속 뉴클레오티드를 포함하는 폴리뉴클레오티드;
IGSF9B 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편과 RP11-259P6.1 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편이 연결된 폴리뉴클레오티드, 또는 상기 연결된 폴리뉴클레오티드의 연결 부위에 인접된 2 nt를 포함하고 상기 연결된 폴리뉴클레오티드로부터 선택된 연속 뉴클레오티드를 포함하는 폴리뉴클레오티드;
SLC6A16 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편과 AC011450.1 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편이 연결된 폴리뉴클레오티드, 또는 상기 연결된 폴리뉴클레오티드의 연결 부위에 인접된 2 nt를 포함하고 상기 연결된 폴리뉴클레오티드로부터 선택된 연속 뉴클레오티드를 포함하는 폴리뉴클레오티드;
MALT1 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편과 PARD6G 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편이 연결된 폴리뉴클레오티드, 또는 상기 연결된 폴리뉴클레오티드의 연결 부위에 인접된 2 nt를 포함하고 상기 연결된 폴리뉴클레오티드로부터 선택된 연속 뉴클레오티드를 포함하는 폴리뉴클레오티드;
BOLA2 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편과 SMG1 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편이 연결된 폴리뉴클레오티드, 또는 상기 연결된 폴리뉴클레오티드의 연결 부위에 인접된 2 nt를 포함하고 상기 연결된 폴리뉴클레오티드로부터 선택된 연속 뉴클레오티드를 포함하는 폴리뉴클레오티드;
FASLG 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편과 AL672183.2 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편이 연결된 폴리뉴클레오티드, 또는 상기 연결된 폴리뉴클레오티드의 연결 부위에 인접된 2 nt를 포함하고 상기 연결된 폴리뉴클레오티드로부터 선택된 연속 뉴클레오티드를 포함하는 폴리뉴클레오티드;
CTB-35F21.1 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편과 PSD2 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편이 연결된 폴리뉴클레오티드, 또는 상기 연결된 폴리뉴클레오티드의 연결 부위에 인접된 2 nt를 포함하고 상기 연결된 폴리뉴클레오티드로부터 선택된 연속 뉴클레오티드를 포함하는 폴리뉴클레오티드;
RP11-511I2.2 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편과 FOXD2 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편이 연결된 폴리뉴클레오티드, 또는 상기 연결된 폴리뉴클레오티드의 연결 부위에 인접된 2 nt를 포함하고 상기 연결된 폴리뉴클레오티드로부터 선택된 연속 뉴클레오티드를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 및
GRIP1 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편과 RP11-123O10.4 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편이 연결된 폴리뉴클레오티드, 또는 상기 연결된 폴리뉴클레오티드의 연결 부위에 인접된 2 nt를 포함하고 상기 연결된 폴리뉴클레오티드로부터 선택된 연속 뉴클레오티드를 포함하는 폴리뉴클레오티드로 이루어지는 군으로부터 선택되는 대장암 특이적 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적인 폴리뉴클레오티드. (유전자의 이름을 확인하여 주십시요)
청구항 1에 있어서, 상기 폴리뉴클레오티드는
CCDC85C 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편이 CCNK 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편의 5' 방향에 위치하는 폴리뉴클레오티드;
GPRC6A 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편이 FAM162B 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편의 5' 방향에 위치하는 폴리뉴클레오티드;
AC011997.1 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편이 COL28A1단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편의 5' 방향에 위치하는 폴리뉴클레오티드;
DUX4L3 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편이 PPP3CA 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편의 5' 방향 또는 3' 방향에 위치하는 폴리뉴클레오티드;
C1orf99 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편이 AL672183.2 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편의 5' 방향에 위치하는 폴리뉴클레오티드;
IGSF9B 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편이 RP11-259P6.1 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편의 5' 방향에 위치하는 폴리뉴클레오티드;
SLC6A16 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편이 AC011450.1 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편의 5' 방향에 위치하는 폴리뉴클레오티드;
MALT1 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편이 PARD6G 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편의 5' 방향에 위치하는 폴리뉴클레오티드;
BOLA2 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편이 SMG1 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편의 5' 방향에 위치하는 폴리뉴클레오티드;
FASLG 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편이 AL672183.2 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편의 5' 방향에 위치하는 폴리뉴클레오티드;
CTB-35F21.1 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편이 PSD2 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편의 5' 방향에 위치하는 폴리뉴클레오티드;
RP11-511I2.2 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편이 FOXD2 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편의 5' 방향에 위치하는 폴리뉴클레오티드; 및
GRIP1 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편이 RP11-123O10.4 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편의 5' 방향에 위치하는 폴리뉴클레오티드로 이루어지는 군으로부터 선택되는 것인 폴리뉴클레오티드.
청구항 1에 있어서, 상기 연결된 폴리뉴클레오티드의 연결 부위에 인접된 2 nt를 포함하고 상기 연결된 폴리뉴클레오티드로부터 선택된 연속 뉴클레오티드를 포함하는 폴리뉴클레오티드는 8 nt 이상의 길이를 갖는 것인 폴리뉴클레오티드.
청구항 1에 있어서, 서열 번호 1 내지 18의 폴리뉴클레오티드로 이루어지는 군으로부터 선택되는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 것인 폴리뉴클레오티드.
청구항 1에 있어서, 상기 폴리뉴클레오티드는 DNA 또는 RNA인 것인 폴리뉴클레오티드.
서열 번호 1, 2, 3, 11, 12, 13 및 14의 폴리뉴클레오티드로 이루어지는 군으로부터 선택되는 폴리뉴클레오티드에 의해 코딩되는 폴리펩티드.
청구항 1의 폴리뉴클레오티드를 포함하는 조성물.
청구항 7에 있어서, 대장암을 진단하는데 사용하기 위한 조성물.
청구항 7에 있어서, 상기 폴리뉴클레오티드는 프라이머 또는 프로브인 것인 조성물.
청구항 1의 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드에 혼성화하고 상기 연결 부위로부터 5' 또는 3' 방향의 연속 뉴클레오티드 서열을 포함하는 것인 제1 프라이머를 포함하는 대장암 진단용 조성물.
청구항 10에 있어서, 상기 제1 프라이머가 혼성화하는 폴리뉴클레오티드의 상보적 폴리뉴클레오티드에 혼성화하고 상기 제1 프라이머가 혼성화하는 폴리뉴클레오티드로부터 5' 또는 3' 방향에서 혼성화하는 제2 프라이머를 더 포함하는 것인 대장암 진단용 조성물.
청구항 10에 있어서, 상기 제1 프라이머는 서열 번호 19, 20, 25, 26, 31, 32, 37, 38, 43, 44, 49, 50, 55, 56, 63, 64, 69, 70, 75, 76, 81, 82, 87, 88, 93, 94, 99, 및 100의 폴리뉴클레오티드로 이루어지는 군으로부터 선택되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 단편을 포함하는 것인 조성물.
서열 번호 1, 2, 3, 11, 12, 13 및 14의 폴리뉴클레오티드로 이루어지는 군으로부터 선택되는 폴리뉴클레오티드에 의해 코딩되는 폴리펩티드에 특이적으로 결합하는 항체를 포함하는 대장암 진단용 조성물.
청구항 1의 폴리뉴클레오티드를 포함하는 키트.
청구항 1의 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드에 혼성화하고 상기 연결 부위로부터 5' 또는 3' 방향의 연속 뉴클레오티드 서열을 포함하는 것인 제1 프라이머를 포함하는 대장암 진단용 키트.
서열 번호 1, 2, 3, 11, 12, 13 및 14의 폴리뉴클레오티드로 이루어지는 군으로부터 선택되는 폴리뉴클레오티드에 의해 코딩되는 폴리펩티드에 특이적으로 결합하는 항체를 포함하는 대장암 진단용 키트.
시료로부터 핵산을 분리하는 단계; 및
분리된 핵산으로부터 대장암 특이적 유전자 융합의 존재 또는 부재를 검출하는 단계를 포함하는 대장암 특이적 유전자 융합을 검출하는 방법으로서, 상기 검출하는 단계는 청구항 1의 폴리뉴클레오티드의 존재 또는 부재를 검출하는 단계를 포함하는 것인 방법.
청구항 17에 있어서, 상기 시료는 조직, 세포, 소변, 점액, 타액, 눈물, 혈액, 혈장, 혈청, 객담, 척수액, 흉수, 유두 흡인물, 림프액, 기도액, 장액, 비뇨생식관액, 모유, 림프계 체액, 정액, 뇌척수액, 기관계내 체액, 복수, 낭성 종양 체액, 양수액 또는 이들의 조합인 것인 방법.
청구항 17에 있어서, 상기 핵산은 DNA, RNA 또는 이들의 조합인 것인 방법
청구항 17에 있어서, 상기 대장암 특이적 유전자 융합의 존재 또는 부재를 검출하는 단계는 폴리머라제 연쇄 반응 (polymerase chain reaction: PCR), 핵산 서열-기초 증폭(nucleic acid sequence-based amplification: NASBA), 리가제 연쇄 반응(ligase chain reaction: LCR), 가닥 치환 증폭(strand displacement amplification: SDA), 롤링 서클 증폭(rolling circle amplification: RCA), 역전사-중합효소 연쇄 반응(reverse transcription-polymerase chain reaction; RT-PCR), 서던 블로팅, 노던 블로팅, 마이크로어레이 또는 이들의 조합을 수행하는 단계를 포함하는 것인 방법.