KR20120123426A - 베바시주맙 병용 치료법을 위한 종양 조직 기본 바이오마커 - Google Patents

베바시주맙 병용 치료법을 위한 종양 조직 기본 바이오마커 Download PDF

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Abstract

본 발명은 위장관암, 특히 전이성 대장암(mCRC)으로 진단된 환자에서의 대조군 수준에 대해 VEGFA, HER2 및 뉴로필린 중 하나 이상의 발현 수준을 측정함으로써 화학치료 요법과 함께 베바시주맙(아바스틴(등록상표))으로 치료하여 위장관암, 특히 전이성 대장암(mCRC)을 앓고 있는 환자의 무진행 생존율을 개선하기 위한 방법을 제공한다. 본 발명은 또한 위장관암, 특히 전이성 대장암(mCRC)으로 진단된 환자에서의 대조군 수준에 대해 VEGFA, HER2 및 뉴로필린 중 하나 이상의 발현 수준을 측정함으로써 화학치료 요법과 병용되는 베바시주맙(아바스틴(등록상표))에 대한 환자의 민감성 또는 반응성을 평가하는 방법을 제공한다.

Description

베바시주맙 병용 치료법을 위한 종양 조직 기본 바이오마커{TUMOR TISSUE BASED BIOMARKERS FOR BEVACIZUMAB COMBINATION THERAPIES}
본 발명은 위장관암, 특히 전이성 대장암(metastatic colorectal cancer, mCRC)으로 진단된 환자에서의 대조군 수준에 대해 VEGFA, HER2 및 뉴로필린(neuropilin) 중 하나 이상의 발현 수준을 측정함으로써 화학치료 요법과 함께 베바시주맙(bevacizumab)(아바스틴(Avastin, 등록상표))으로 치료하여 위장관암, 특히 전이성 대장암(mCRC)을 앓고 있는 환자의 무진행 생존율(progression-free survival)을 개선하기 위한 방법을 제공한다. 본 발명은 또한 위장관암, 특히 전이성 대장암(mCRC)으로 진단된 환자에서의 대조군 수준에 대해 VEGFA, HER2 및 뉴로필린 중 하나 이상의 발현 수준을 측정함으로써 화학치료 요법과 병용되는 베바시주맙(아바스틴(등록상표))에 대한 환자의 민감성 또는 반응성을 평가하는 방법을 제공한다.
혈관신생(angiogenesis)은 암 발생에 필수적으로, 1차 종양 크기 및 성장을 조절할 뿐 아니라 침윤 및 전이 가능성에 영향을 미친다. 따라서, 혈관신생 과정을 매개하는 메카니즘이 유도 항암 치료법에 잠재적 표적으로 연구되어 왔다. 혈관신생 조절인자에 대한 연구 초기에, 혈관 내피 성장 인자(vascular endothelial growth factor, VEGF) 신호전달 경로가 여러 암 유형에서 혈관신생 활성을 우선적으로 조절하는 것으로 밝혀졌으며, 상기 경로를 다양한 시점에서 조절하기 위한 여러 치료제들이 개발되었다. 이들 치료법은, 특히 베바시주맙, 수니티닙, 소라페닙 및 바탈라닙을 포함한다. 임상에서 혈관신생 억제제의 사용은 성공적으로 나타났지만, 모든 환자가 혈관신생 억제제 치료법에 반응하거나, 또는 충분히 반응하지 못한 것은 아니다. 상기 불완전한 반응의 근본적인 메카니즘(들)은 알려지지 않았다. 그러므로, 항-혈관신생 암 치료법에 민감하거나 반응성인 환자 부분군의 확인에 대한 요구가 증가하고 있다.
많은 혈관신생 억제제가 알려져 있지만, 가장 두드러진 혈관신생 억제제는 베바시주맙(Bevacizumab)(아바스틴(등록상표))이다. 베바시주맙은 VEGF(혈관 내피 성장 인자)에 특이적으로 결합하고 그의 생물학적 효과를 차단하는 재조합 인간화 단클론성 IgG1 항체이다. VEGF는 종양 성장 및 전이, 즉, 종양의 신체 다른 부위로의 확산에 필요한 필수 과정인 종양 혈관신생의 핵심 동인이다. 아바스틴(등록상표)은 유럽에서, 총괄하여 매년 250만명 이상의 사망을 야기하는 4가지 일반적 유형의 암: 대장암, 유방암, 비-소세포 폐암(NSCLC) 및 신장암의 후기 단계의 치료에 승인되었다. 미국에서는, 아바스틴(등록상표)이 FDA에 의해 승인된 최초의 항-혈관신생 치료법이었으며, 현재 5가지 종양 유형: 대장암, 비-소세포 폐암, 유방암, 뇌암(교모세포종) 및 신장암(신세포암)의 치료에 승인된다. 지금까지 50만명 이상의 환자들이 아바스틴으로 치료받았으며, 450회 이상의 임상 시험하에 종합적인 임상 프로그램이 다양한 환경(예를 들면, 후기 또는 초기 단계 질환)에서 여러 암 유형(대장암, 유방암, 비-소세포 폐암, 뇌암, 위암, 난소암 및 전립선암 포함)의 치료에 아바스틴의 추가의 사용을 연구중이다. 중요하게, 아바스틴(등록상표)은 광범위한 화학치료법 및 다른 항암 치료와 병용될 때 효능을 나타내어, 병행-치료제(co-therapeutic)로서 가능성을 나타내었다. 제 3 상(Phase-III) 연구는 베바시주맙을 표준 화학치료 요법과 병용하여 유리한 효과를 나타내었음을 발표하였다(예를 들면, 문헌 [Saltz et al., J. Clin. Oncol., 26:2013-2019 (2008); Yang et al., Clin. Cancer Res., 14:5893-5899 (2008); Hurwitz et al., N. Engl. J. Med., 350:2335-2342 (2004)]). 그러나, 혈관신생 억제제의 선행 연구들에서와 같이, 이들 제 3 상 연구의 일부는 일부의 환자들이 화학치료 요법에 베바시주맙(아바스틴(등록상표))의 추가에 대해 불완전한 반응을 경험함을 밝혔다.
따라서, 혈관신생 억제제, 특히 베바시주맙(아바스틴(등록상표))을 포함하는 병용 요법에 반응하거나 또는 반응하기 쉬운 환자들을 결정하는 방법에 대한 요구가 존재한다. 따라서, 본 발명의 기초가 되는 기술적 문제는, 화학치료 요법, 예를 들면, 옥살리플라틴-계 억제제에 혈관신생 억제제, 특히 베바시주맙(아바스틴(등록상표))의 추가로부터 이익을 얻을 수 있는, 위장관암, 특히 mCRC를 앓고 있거나 이에 걸리기 쉬운 환자(들)의 확인을 위한 방법 및 수단의 제공이다.
상기 기술적 문제는 특허청구범위에 특징지어진 태양들을 제공함으로써 해결된다.
따라서, 본 발명은, 옥살리플라틴-계 화학치료법과 같은 화학치료 요법과 함께 혈관신생 억제제, 예를 들면, 베바시주맙(아바스틴(등록상표))에 대한 민감성 또는 반응성과 관련있는, 위장관암, 특히 전이성 대장암(mCRC)의 바이오마커의 확인 및 선별에 관한 것이다. 이와 관련하여, 본 발명은 표준 화학치료법에 혈관신생 억제제, 예를 들면, 베바시주맙(아바스틴(등록상표))의 추가에 대해 민감하거나 반응성인 환자들을 확인하기 위해, 위장관암, 특히 mCRC로 진단된 환자에서 설정된 대조군에 대해, VEGFA, HER2 및 뉴로필린 중 하나 이상의 종양 특이성 발현 프로필(들)의 사용에 관한 것이다. 본 발명은 또한 위장관암, 특히 전이성 대장암으로 진단된 환자에서 대조군(들)에 대한 VEGFA, HER2 및 뉴로필린 중 하나 이상의 종양 특이성 발현 수준(들)을 측정함으로써, 표준 화학치료법, 예를 들면, 옥살리플라틴-계 화학치료법에 혈관신생 억제제, 예를 들면, 베바시주맙(아바스틴(등록상표))의 추가에 의해, 위장관암, 특히 mCRC를 앓고 있는 완자의 무진행 생존율을 개선하기 위한 방법에 관한 것이다. 본원에 기술된 방법에 따른 VEGFA, HER2 및 뉴로필린 중 하나 이상의 발현 수준의 측정에 대한 대안으로 또는 그에 더하여, 위장관암, 특히 mCRC로 진단된 환자에서 설정된 대조군 수준(들)에 대한 종양 샘플내 혈관 수를, 표준 화학치료법에 혈관신생 억제제, 예를 들면, 베바시주맙(아바스틴(등록상표))의 추가에 대해 민감하거나 반응성인 환자의 지표로서의 바이오마커로서 측정할 수 있다. 본 발명은 또한, 본 발명의 방법에 따라 측정되고 정의된, 혈관신생 억제제, 특히 베바시주맙(아바스틴(등록상표))에 민감하거나 반응성인 환자의 확인을 위한 키트 및 조성물을 제공한다.
도 1은 베바시주맙에 대한 진행 또는 사망까지의 시간 대 종양 세포 바이오마커 부분군에 따른 대조군의 포레스트 플롯(forest plot)이다.
도 2는 뉴로필린(도 2a), HER2(도 2b) 및 VEGFA(도 2c)에 대한 진행 또는 사망까지의 시간(중간 컷오프)과 종양 바이오마커 데이터의 상관관계를 나타낸 것이다. 각 도면에서, 흑색 실선: 위약(F/F+P/X/X+P) 및 중간값을 이상의 바이오마커 발현(BA); 긴-파선(회색): 베바시주맙(BV) 치료(F+BV/X+BV) 및 중간값 이상의 바이오마커 발현(BA); 중간-파선: 베바시주맙 치료(F+BV/X+BV) 및 중간값 미만의 바이오마커 발현(BB); 짧은-파선: 위약(F/F+P/X/X+P) 및 중간값 미만의 바이오마커 발현(BB).
도 3은 베바시주맙에 대한 진행 또는 사망까지의 시간 대 내피 바이오마커 부분군에 따른 사망 시간의 포레스트 플롯이다.
도 4는 CD31에 대한 진행 또는 사망까지의 시간(중간 컷오프)과 내피 바이오마커 데이터의 상관관계를 나타낸 것이다; CD31>중간값(도 4a), CD31>제2 삼분위수(도 4b). 각 도면에서, 회색 실선(x-축 상에서 약 610 일에 종료; 우측 상단 직사각형에서 팩트(Fact) = 1): 베바시주맙 치료 및 CD31의 낮은 발현; 회색 파선(우측 상단 직사각형에서 팩트 = 1): 베바시주맙 치료 및 CD31의 높은 발현; 흑색 실선(x-축 상에서 약 85일에 종료; 우측 상단 직사각형에서 팩트 = 0): 위약 및 CD31의 낮은 발현; 흑색 파선(y-축 상에 약 0.14의 생존 가능성에서 수평유지; 우측 상단 직사각형에서 팩트 = 0): 위약 및 CD31의 높은 발현.
도 5는 높고 낮은 미세혈관 밀도를 갖는 대표적 환자에서 종양 및 내피 세포의 IHC 염색 결과이다. Nv: 혈관수; W: 혈관 부피.
도 6은 VEGFA의 전형적 아미노산 서열(서열번호: 1)이다.
도 7은 HER2의 전형적 아미노산 서열(서열번호: 2)이다.
도 8은 NRP-1의 전형적 아미노산 서열(서열번호: 3)이다.
그러므로, 본 발명은, 하기 단계 (a) 및 (b)를 포함하는, 화학치료 요법에 베바시주맙을 추가함으로써, 위장관암, 특히 mCRC를 앓고 있는 환자의 화학치료 요법의 치료 효과를 개선하는 방법을 제공한다:
(a) VEGFA, HER2 및 뉴로필린 중 하나 이상의 발현 수준을 측정하는 단계; 및
(b) 위장관암, 특히 mCRC로 진단된 환자에서 측정된 대조군 수준에 비해 증가된 수준의 VEGFA, 및/또는 감소된 수준의 HER2 및/또는 뉴로필린을 갖는 환자에게 화학치료 요법과 함께 베바시주맙을 투여하는 단계.
본 발명은, 하기 단계 (a) 내지 (c)를 포함하는, 화학치료 요법에 베바시주맙을 추가함으로써, 위장관암, 특히 mCRC를 앓고 있는 환자의 화학치료 요법의 치료 효과를 개선하는 방법에 관한 것이다:
(a) 상기 환자로부터 샘플을 수득하는 단계;
(b) VEGFA, HER2 및 뉴로필린 중 하나 이상의 발현 수준을 측정하는 단계; 및
(c) 위장관암, 특히 mCRC로 진단된 환자에서 측정된 대조군 수준에 비해 증가된 수준의 VEGFA, 및/또는 감소된 수준의 HER2 및/또는 뉴로필린을 갖는 환자에게 화학치료 요법과 함께 베바시주맙을 투여하는 단계.
그러므로, 본 발명은, 하기 단계 (a) 및 (b)를 포함하는, 화학치료 요법에 베바시주맙을 추가함으로써, 위장관암, 특히 mCRC를 앓고 있는 환자의 무진행 생존율을 개선하는 방법을 제공한다:
(a) VEGFA, HER2 및 뉴로필린 중 하나 이상의 발현 수준을 측정하는 단계; 및
(b) 위장관암, 특히 mCRC로 진단된 환자에서 측정된 대조군 수준에 비해 증가된 수준의 VEGFA, 및/또는 감소된 수준의 HER2 및/또는 뉴로필린을 갖는 환자에게 화학치료 요법과 함께 베바시주맙을 투여하는 단계.
그러므로, 본 발명은, 하기 단계 (a) 내지 (c)를 포함하는, 화학치료 요법에 베바시주맙을 추가함으로써, 위장관암, 특히 mCRC를 앓고 있는 환자의 무진행 생존율을 개선하는 방법을 제공한다:
(a) 상기 환자로부터 샘플을 수득하는 단계;
(b) VEGFA, HER2 및 뉴로필린 중 하나 이상의 발현 수준을 측정하는 단계; 및
(c) 위장관암, 특히 mCRC로 진단된 환자에서 측정된 대조군 수준에 비해 증가된 수준의 VEGFA, 및/또는 감소된 수준의 HER2 및/또는 뉴로필린을 갖는 환자에게 화학치료 요법과 함께 베바시주맙을 투여하는 단계.
대안적 태양에서, 본 발명은,
(a) 위장관암, 특히 mCRC를 앓고 있는 것으로 의심되거나 상기 암에 걸리기 쉬운 환자로부터 샘플을 수득하는 단계; 및
(b) VEGFA, HER2 및 뉴로필린 중 하나 이상의 발현 수준을 측정하는 단계를 포함하는, 화학치료 요법에 베바시주맙의 추가에 대해 반응하거나 또는 민감한 환자의 확인을 위한 시험관내 방법에 관한 것으로, 이때, 위장관암, 특히 mCRC로 진단된 환자에서 측정된 대조군 수준에 비해 증가된 수준의 VEGFA, 및/또는 감소된 수준의 HER2 및/또는 뉴로필린은 상기 요법에 베바시주맙의 추가에 대한 환자의 민감성을 나타낸다.
본원에 기술된 방법에 따른 VEGFA, HER2 및 뉴로필린 중 하나 이상의 발현 수준의 측정에 대한 대안으로 또는 그에 더하여, 위장관암, 특히 mCRC로 진단된 환자에서 설정된 대조군 수준(들)에 대한 종양 샘플내 혈관 수를, 표준 화학치료법에 혈관신생 억제제, 예를 들면, 베바시주맙(아바스틴(등록상표))의 추가에 민감하거나 반응성인 환자의 지표로서의 바이오마커로서 측정할 수 있다. 그러므로, 본 발명의 방법은 상기 샘플내 혈관수의 측정을 포함하며, 여기서 상기 혈관수 측정은, 예를 들면, 조직 생검물 및/또는 조직 절제물과 같은 고체 조직 샘플에서, 숙련된 전문가에 의해 인지된 바와 같이 가능하거나 또는 가능할 것으로 예상된다. 혈관수 측정은 본원에 기술된 임의의 방법에 의해 또는 상기 측정에 대해 당해 분야에 공지된 바와 같이 수행될 수 있다. 혈관수 측정을 위한 예시적인 방법은 하나 이상의 내피 세포 마커에 대해 특이적인 하나 이상의 항체를 사용함으로써 내피 세포에 대한 마커의 검출이다. 바람직한 태양에서, 내피 세포에 대한 바이오마커는 종양 세포에 의해 발현되지 않는다. 혈관 구조는 내피 세포로부터 이루어지기 때문에, 하나 이상의 내피 세포 마커는 종양 (세포들)로부터 혈관 구조를 구별하여, 혈관수가 용이하게 측정되게 한다. 숙련된 전문가, 예를 들어, 병리학자는 내피 세포의 검출/구별(특히, 종양 세포에 대해)에 적합한 항체, 및 상기 항체의 검출 방법 및 이어지는 샘플의 분석법 둘 다를 용이하게 결정할 수 있을 것이다. 본 발명의 방법에 따른 샘플의 분석은 당해 분야에 공지된 바와 같이 숙련된 전문가, 예를 들면, 병리학자에 의해 수행되는 바와 같이 수동적일 수 있거나, 또는, 예를 들면, 조직 생검물 또는 절제물에서 혈관수 측정 또는 기타 분석을 위해, 병리 영상의 처리 및 분석을 위해 디자인된 상업적으로 시판하는 소프트웨어를 사용하여 자동화될 수 있다(예를 들면, 미락스 스캔(MIRAX SCAN), 칼 제이스 아게(Carl Zeiss AG), 독일 제나).
본 발명의 방법에 따른 혈관수의 측정에 사용하기 위한 내피 세포 마커로서 인지된 대표적인 항원은 CD31이다. 항원 CD31은, 예를 들면, 제품번호 M0823으로 다코(Dako) A/S(덴마크 글로스트럽)에서 시판하는 항체 클론 JC70A에 의해 인식되며, 그 사용이 본 발명의 방법에 포함된다. 따라서, 본 발명은, (1) 상기 환자에서 화학치료 요법에 베바시주맙의 추가에 대한 상기 환자의 민감성 또는 반응성의 지표로서, 또는 (2) 상기 환자의 무진행 생존율을 개선하기 위한 방법의 일부로서 환자 샘플에서 CD31의 종양 특이성 발현 수준 또는 발현 패턴의 측정을 포함하며, 이때 상기 환자는 위장관암, 특히 mCRC를 앓고 있거나 또는 앓고 있을 것으로 예상된다. CD31은 내피 세포를 염색시키고, 보다 큰 혈관수는 보다 큰 내피 세포수와 상관되므로, 샘플중 혈관수는 또한 종양 특이성 CD31 발현 수준과 직접 관련된다. 따라서, 본 발명은 환자에서 종양 특이성 혈관수 및/또는 종양 특이성 CD31 발현 수준을 측정하고, 위장관암, 특히 mCRC로 진단된 환자에서 측정된 대조군 수준에 비해 증가된 혈관수(및/또는 증가된 CD31 발현)을 갖는 환자에게 화학치료 요법과 함께 베바시주맙을 투여하는 것을 포함하는, 위장관암을 앓고 있는 환자의 무진행 생존율을 개선하기 위한 방법을 포함한다. 유사하게, 본 발명은 환자에서 종양 특이성 혈관수 및/또는 종양 특이성 CD31 발현 수준을 측정하는 것을 포함하는, 화학치료 요법에 베바시주맙의 추가에 대해 반응성이거나 또는 민감한 환자의 확인을 위한 시험관내 방법을 포함하며, 이때, 위장관암, 특히 mCRC로 진단된 환자에서 측정된 대조군 수준에 비해 상기 환자로부터의 종양 샘플내 증가된 혈관수(및/또는 증가된 CD31 발현)은 상기 요법에 베바시주맙의 추가에 대한 환자의 민감성을 나타낸다.
따라서, 본 발명은, 놀랍게도, 위장관암, 특히 mCRC로 진단된 환자에서 측정된 대조군 수준에 대한, 해당 환자에서 VEGFA, HER2 및 뉴로필린 중 하나 이상의 종양 특이성 발현 수준이 화학치료 요법과 함께 혈관신생 억제제를 투여받은 상기 환자에서의 치료 효과와 상관됨을 밝혔다는 점에서 확인된 기술적 문제를 해결한다. 특히, VEGFA, HER2 및/또는 뉴로필린의 종양 특이성 발현 수준의 변화는 놀랍게도 옥살리플라틴-계 화학치료 요법에 베바시주맙(아바스틴(등록상표))의 추가에 대한 위장관암 환자의 개선된 무진행 생존율의 마커/예측변수로서 확인되었다. 화학치료 요법에 베바시주맙(아바스틴(등록상표))의 추가에 대해 반응 또는 민감성을 나타내는 환자는, 전이성 위장관암으로 진단된 환자로부터 수득된 샘플에서 설정된 대조군 수준에 비해 VEGFA의 증가된 발현, 뉴로필린의 감소된 발현 및 HER2의 감소된 발현 중 하나 이상을 갖는 것으로 확인되었다. 또한, 본원에 기술된 바와 같은 VEGGA, HER2 및/또는 뉴로필린 중 하나 이상의 변형된 발현 이외에, 위장관암, 특히 mCRC로 진단된 환자에서 설정된 대조군 수준에 비해 해당 환자에 대한 종양 특이성 혈관수의 증가(이것은 하나 이상의 내피 세포 마커, 예를 들면, CD31의 종양 특이성 발현 수준과 관련된다)는 놀랍게도 (1) 개선된 무진행 생존율에 대한 마커/예측변수의 하나로서, 및/또는 (2) 화학치료 요법과 함께 혈관신생 억제제를 투여받은 위장관암 환자에서 치료 효과와 관련되는 마커/예측변수로서 확인되었다. 용어 "마커" 및 "예측변수(predictor)"는 상호교환적으로 사용될 수 있으며, 본원에 기술된 바와 같은 VEGFA, HER2 및/또는 뉴로필린 중 하나 이상의 발현 수준을 말한다. VEGFA, HER2 및/또는 뉴로필린 중 하나 이상의 발현 수준 이외에, 본 발명은 또한 본원에 기술된 방법에 따라 종양 특이성 혈관수 및/또는 내피 세포 마커, 예를 들면, CD31의 종양 특이성 발현 수준을 기술하기 위해 용어 "마커" 및 "예측변수"의 사용을 포함한다. 본 발명은 또한 VEGFA, HER2 및 뉴로필린의 종양 특이성 발현 수준 중 임의의 2개 이상과, 종양 특이성 혈관 수의 조합을 기술하기 위해 용어 "마커" 및 "예측변수"의 사용을 포함한다.
본 발명의 맥락에서, "VEGFA"는 도 6에 나타낸 서열번호: 1로 예시되는 혈관 내피 성장 인자 단백질 A를 말한다. 용어 "VEGFA"는 서열번호: 1의 아미노산 서열을 갖는 단백질 및 그의 동족체 및 이소형(isoform)을 포함한다. 용어 "VEGFA"는 또한 VEGFA의 공지되어 있는 이소형, 예를 들면, 스플라이스 이소형, 예를 들어, VEGF121, VEGF145, VEGF165, VEGF189 및 VEGF206 뿐 아니라 그의 변이체, 동족체 및 이소형을 포함한다. 본 발명의 맥락에서, 용어 "VEGFA"는 또한 서열번호: 1의 아미노산 서열에 대해, 또는 그의 변이체 및/또는 동족체의 아미노산 서열에 대해 85% 이상, 90% 이상 또는 95% 이상의 상동성을 갖는 단백질, 및 상기 서열들의 단편들을 포함하나, 단, 변이체 단백질(이소형 포함), 상동성 단백질 및/또는 단편들은 하나 이상의 VEGFA 특이성 항체, 예를 들면, 압캄 인코포레이티드(Abcam Inc.)(미국 매사추세츠주 캠브리지)에서 시판하는 항체 클론 SP28에 의해 인식된다.
본 발명의 맥락에서, "HER2"는 도 7에 나타낸 서열번호: 2의 아미노산 서열로 예시되는, 상피 성장 인자 수용체 부류에 속하는, c-erbB2, ErbB2 또는 Neu로도 알려져 있는 I형 막통과(transmembrane) 단백질을 말한다. 본 발명의 맥락에서, 용어 "HER2"는 또한 HER2의 동족체, 변이체 및 이소형(스플라이스 이소형 포함)을 포함한다. 용어 "HER2"는 또한 서열번호: 2의 아미노산 서열에 대해, 또는 하나 이상의 HER2 동족체, 변이체 및 이소형의 서열에 대해 85% 이상, 90% 이상 또는 95% 이상의 상동성을 갖는 단백질, 및 상기 서열들의 단편들을 포함하나, 단, 변이체 단백질(이소형 포함), 상동성 단백질 및/또는 단편들은 다코 A/S(덴마크 글로스트럽)에서 시판하는 허셉테스트(Herceptest, 등록상표)로 제공되는 바와 같은 하나 이상의 HER2 특이성 항체에 의해 인식된다. 상기 허셉테스트(등록상표)에서 HER2 특이성 항체는 인간 HER2 단백질의 합성 C-말단 세포질내 단편(키홀 림펫(keyhole limpet) 헤모시아닌에 커플링된 면역원)에 대해 유도된 친화도 정제된 토끼 항체이다. 상업적으로 시판하며 본 발명의 방법에 따라 사용하기에 적합한 또 다른 대표적인 항-HER2 항체로는 다음이 포함되나, 이로 한정되지는 않는다: 벤타나 메디칼 시스템즈(Ventana Medical Systems) S.A.(프랑스 일키르히)에서 시판하는 클론 4B5; 노보카스트라/레이카(Novocastra/Leica) GmbH(독일 웨츨러)에서 시판하는 클론 CB11, 5A2, 10A7 및 CBE1 중 하나 이상; 터모 피셔 사이언티픽(Thermo Fisher Scientific)(미국 캘리포니아주 프리몬트)에서 시판하는 클론 SP3; 및 인비트로겐(Invitrogen, 등록상표)(미국 캘리포니아주 칼즈배드)에서 시판하는 클론 TAB250.
본 발명의 맥락에서, "뉴로필린"은 NRP-1으로도 알려져 있으며 도 8에 나타낸 서열번호: 3의 아미노산 서열로 예시되는 I형 막 단백질인 뉴로필린-1 단백질을 말한다. 본원에서 사용된 바와 같이, "뉴로필린"은 또한 당해 분야에 공지된 바와 같이 NRP-1에 대해 약 44% 상동성을 공유하는 뉴로필린-2/NRP-2를 말할 수도 있다. 본 발명의 맥락에서, 용어 "뉴로필린"은 또한 NRP-1 및/또는 NRP-2의 동족체, 변이체 및 이소형을 포함한다. 용어 "뉴로필린"은 또한 서열번호: 1의 아미노산 서열에 대해 또는 NRP-1 및/또는 NRP-2 동족체, 변이체 및 이소형(스플라이스 이소형 포함) 중 하나 이상의 서열에 대해 85% 이상, 90% 이상 또는 95% 이상의 상동성을 갖는 단백질, 및 상기 서열들의 단편을 포함하나, 단, 변이체 단백질(이소형 포함), 상동성 단백질 및/또는 단편들은 하나 이상의 NRP-1 및/또는 NRP-2 특이성 항체, 예를 들면, 알엔디 시스템즈, 인코포레이티드(R&D Systems, Inc.)(미국 미네소타주 미네아폴리스)에서 시판하는 클론 446915에 의해 인식된다.
VEGFA, HER2 및 뉴로필린 중 하나 이상의 종양 특이성 발현 수준의 측정에 대한 대안으로서 또는 그에 더하여, 본 발명은 또한 본원에 기술된 방법에 사용하기 위한 바이오마커 중 하나로서 혈관수의 측정을 포함한다. 당해 분야에 공지되고 본원에 기술된 바와 같이, 환자 샘플, 예를 들면, 종양 조직을 포함하는 샘플내의 혈관수는, 예를 들면, 하나 이상의 내피 세포 마커, 예를 들면, CD31을 검출하는 면역조직화학 방법에 의해 평가될 수 있다. CD31은 종양 샘플내 혈관수의 측정에 적합한 내피 세포 마커로서 인지되고 있으며, 통상적으로 제품번호 M0823의 클론 JC70A로서 다코 A/S(덴마크 글로스트럽)에서 시판하는 항-CD31 항체와 같은 특이성 항체를 사용하여 탐지된다. VEGFA, HER2 및 뉴로필린 중 하나 이상의 종양 특이성 발현 수준의 측정에 대한 대안으로 또는 그에 더하여, 본 발명은 또한 혈관수의 측정, 내피 세포의 검출 및/또는 본원에 기술된 방법에 따른 내피 세포 마커의 발현 수준의 검출을 위한, 다코 A/S 항체 클론 JC70A(제품번호 M0823)의 사용을 포함한다.
따라서, 본 발명은 본원에 기술된 바와 같은 아미노산 서열을 포함하는(이로 한정되지는 않는다) 단백질의 발현 수준의 측정을 포함한다. 이와 관련하여, 본 발명은 VEGFA, HER2 및 뉴로필린 중 하나 이상의 동족체, 변이체 및 이소형의 검출을 포함하며; 상기 이소형 또는 변이체는 특히 대립형질 변이체 또는 스플라이스 변이체를 포함할 수 있다. 예를 들면, 서열번호: 1, 서열번호: 2 또는 서열번호: 3의 아미노산 서열 또는 그의 단편에 대해 적어도 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%의 서열 동일성을 갖는, 본원에 기술된 바와 같은 VEGFA, HER2 및 뉴로필린 중 하나 이상에 상동성인 단백질, 또는 그의 단편의 검출도 또한 포함된다. 대안적으로 또는 추가로, 본 발명은, 서열번호: 1, 서열번호: 2 또는 서열번호: 3을 암호화하는 핵산 서열 또는 그의 단편, 변이체 또는 이소형에 대해 적어도 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 이상 동일한 핵산 서열에 의해 암호화된 단백질 또는 그의 단편의 발현 수준의 검출을 포함한다. 이와 관련하여, 용어 "변이체"는 VEGFA, HER2 및/또는 뉴로필린 아미노산 서열, 또는 상기 아미노산 서열을 암호화하는 핵산 서열이, 돌연변이, 예를 들면, 결실, 부가, 치환, 역위 등에 의해, 서열번호: 1, 서열번호: 2 또는 서열번호: 3에 의해 확인되고/되거나 상기 확인된 진뱅크(GenBank) 승인 번호하에 이용가능한 별개의 서열과 상이함을 의미한다. 또한, 용어 "동족체"는 서열번호: 1, 서열번호: 2 또는 서열번호: 3으로 나타낸 바와 같은 폴리펩티드 중 하나 이상 또는 그의 단편(들)에 대해 60% 이상, 보다 바람직하게는 80% 이상, 가장 바람직하게는 90% 이상의 서열 동일성을 갖는 분자를 말한다.
본 발명은 또한 환자 샘플에서 혈관수의 측정을 포함하며, 상기 혈관수는 당해 분야에 공지된 바와 같은 내피 세포의 하나 또는 마커의 종양 특이성 발현, 예를 들면, CD31의 종양 특이성 발현 수준과 관련된다. 이와 관련하여, 본 발명은 하나 이상의 내피 세포 마커 또는 그의 변이체의 동족체, 변이체 및 이소형의 검출을 포함하며, 특히 내피 세포 마커의 대립형질 변이체 또는 스플라이스 변이체를 포함할 수 있다. 예를 들면, 내피 세포에 대해 공지된 마커의 아미노산 서열 또는 그의 단편, 예를 들면, CD31 또는 그의 단편에 대해 적어도 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%의 서열 동일성을 갖는, 당해 분야에 공지된 바와 같은 하나 이상의 내피 세포 마커에 대해 상동성인 단백질의 검출도 또한 포함된다. 대안적으로 또는 추가적으로, 본 발명은 또한 내피 세포 마커, 예를 들면, CD31을 암호화하는 핵산 서열 또는 그의 단편, 변이체 또는 이소형에 대해 적어도 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 이상 동일한 핵산 서열에 의해 암호화된 단백질 또는 그의 단편의 발현 수준의 검출을 또한 포함한다.
아미노산 또는 핵산 서열이 본원에 기술된 바와 같은 아미노산 또는 핵산 서열에 대해 특정한 정도의 동일성을 갖는지 여부를 측정하기 위해, 숙련된 전문가라면 수동적으로든 또는 당해 분야에 공지되어 있거나 본원에 기술된 컴퓨터 프로그램을 사용하여, 당해 분야에 공지되어 있는 수단 및 방법, 예를 들면, 정렬(alignment)을 이용할 수 있다.
본 발명에 따라서, 2개 이상의 아미노산 또는 핵산 서열의 맥락에서 용어 "동일한" 또는 "동일성 퍼센트"는, 비교창에 걸쳐, 또는 당해 분야에 공지된 바와 같은 서열 비교 알고리즘을 사용하여 또는 수동 정렬 및 육안 검사에 의해 측정된 바와 같은 지정 영역에 걸쳐 최대 대응성에 대해 비교하고 정렬할 때, 동일하거나 또는 특정 비율의 동일한(예를 들면, 서열번호: 1, 서열번호: 2 또는 서열번호: 3의 아미노산 서열, 또는 내피 세포, 예를 들어, CD31에 대해 공지된 마커의 아미노산 서열과 60% 또는 65% 동일성, 바람직하게는 70 내지 95% 동일성, 보다 바람직하게는 95% 이상의 동일성) 아미노산 잔기 또는 뉴클레오티드를 갖는 2개 이상의 서열 또는 아서열(subsequence)을 말한다. 예를 들면, 60% 내지 95% 이상의 서열 동일성을 갖는 서열은 실질적으로 동일한 것으로 간주한다. 상기 정의는 또한 시험 서열의 보체에도 적용된다. 바람직하게, 기술된 동일성은 적어도 약 15 내지 25개의 아미노산 또는 뉴클레오티드 길이의 영역에 걸쳐, 보다 바람직하게는 약 50 내지 100개 아미노산 또는 뉴클레오티드 길이의 영역에 걸쳐 존재한다. 당해 분야의 기술을 가진 자라면, 예를 들어, 당해 분야에 공지된 바와 같은 CLUSTALW 컴퓨터 프로그램[Thompson Nucl. Acids Res. 2, 4673-4680 (1994)] 또는 FASTDB[Brutlag Comp. App. Biosci. 6, 237-245 (1990)]를 기초로 하는 바와 같은 알고리즘을 이용하여 서열들 사이/중에서 동일성 퍼센트를 결정하는 방법을 인지할 것이다.
FASTDB 알고리즘은 전형적으로 그 계산에서 서열중 내부 비-매칭 결실 또는 부가, 즉, 갭(gap)을 고려하지 않지만, 이것은 동일성%의 과대평가를 방지하기 위해 수동적으로 보정될 수 있다. 그러나, CLUSTALW는 서열 갭을 그의 동일성 계산에 고려한다. 상기 분야에 기술을 가진 자에게 BLAST(Basic Local Alignment Search Tool) 및 BALST 2.0 알고리즘[Altschul, Nucl. Acids Res. 25:3389-3402 (1997); Altschul, J. Mol. Evol. 36:290-300 (1993); Altschul, J. Mol. Biol. 215:403-410 (1990)]도 또한 이용가능하다. 핵산 서열용 BLASTN 프로그램은 디폴트(default)로서 11의 단어 길이(W), 10의 기대값(E), M=5, N=4, 및 두 가닥의 비교를 이용한다. 아미노산 서열의 경우, BLASTP 프로그램은 디폴트로서 3의 단어 길이(W) 및 10의 기대값(E)을 이용한다. BLOSUM62 스코어 행렬(scoring matrix)[Henikoff, PNAS 89:10915 (1989)]는 50의 정렬값(B), 10의 기대값(E), M=5, N=4 및 두 가닥의 비교를 이용한다.
전술한 바와 같은 BLAST 알고리즘은 서열 유사성을 결정하기 위한 아미노산 및 뉴클레오티드 서열 둘 다의 정렬을 제공한다. 정렬의 국소적 특성으로 인해, BLAST는 정확한 매치를 측정하거나 또는 유사한 서열을 확인하는데 특히 유용하다. BLAST 알고리즘 출력데이터의 기본 단위는 하이-스코어링 분절 쌍(High-scoring Segment Pair, HSP)이다. HSP는 그 정렬이 국소적으로 최대이고 그에 대한 정렬 스코어가 사용자에 의해 설정된 임계치 또는 컷오프 스코어를 충족하거나 초과하는, 임의적이지만 동일한 길이를 갖는 2개의 서열 단편으로 이루어진다. BLAST 접근방법은 쿼리(query) 서열과 데이터베이스 서열 사이에 HSP를 찾고, 발견된 임의의 매치의 통계적 유의도를 평가하고, 유의도의 사용자-선택 임계치를 충족시키는 매치만을 기록하는 것이다. 파라미터 E는 데이터베이스 서열 매치를 기록하기 위한 통계적 유의성 임계치를 설정한다. E는 전체 데이터 베이스 검색의 맥락에서 HSP(또는 HSP 세트)의 기회 발생의 예상된 빈도의 상한계로서 해석된다. 그 매치가 E를 충족시키는 임의의 데이터베이스 서열을 프로그램 출력데이터에 기록한다.
BLAST를 이용하는 유사한 컴퓨터 기술을 사용하여 진뱅크(GenBank) 또는 EMBL과 같은 단백질 또는 뉴클레오티드 데이터베이스 내의 동일하거나 관련된 분자를 검색할 수 있다. 상기 분석은 다중 막-기본 하이브리드화보다 훨씬 빠르다. 또한, 컴퓨터 검색의 감도는 임의의 특정한 매치가 정확한 매치 또는 유사한 매치로 분류되는지 여부를 결정하기 위해 변형될 수 있다. 검색의 기본은 하기와 같이 정의되는 곱 스코어(product score)이며, 두 서열 사이의 유사성 정도 및 서열 매치의 길이 둘 다가 고려된다: [서열 동일성 % x 최대 BLAST 스코어 %]/100. 예를 들면, 40의 곱 스코어의 경우, 매치는 1 내지 2% 오차내에서 정확할 것이며, 70의 곱 스코어의 경우, 매치는 정확할 것이다. 유사한 분자들은 통상적으로 15 내지 40의 곱 스코어를 나타내는 것들을 선택함으로써 확인되지만, 더 낮은 스코어도 관련 분자를 확인할 수 있다. 서열 정렬을 제공할 수 있는 프로그램에 대한 또 다른 예는 당해 분야에 공지되어 있는 바와 같이, CLUSTALW 컴퓨터 프로그램[Thompson, Nucl. Acids Res. 2:4673-4680 (1994)] 또는 FASTDB[Brutlag, Comp. App. Biosci. 6:237-245 (1990)]이다.
VEGFA, HER2 및/또는 뉴로필린의 종양 특이성 발현 수준은, 화학치료 요법에 베바시주맙의 추가에 대한 환자의 민감성을 예상하기 위해, 개별적 마커로서 별개로, 또는 발현 프로필로서 2개 이상의 군으로 고려될 수 있다. 그러므로, 본 발명의 방법은 하나 이상의 마커의 발현 수준을 기준으로 한 발현 프로필의 측정을 포함한다. 본원에 기술된 방법에 따른 VEGFA, HER2 및 뉴로필린 중 하나 이상의 발현 수준의 측정에 대한 대안으로서 또는 그에 더하여, 위장관암, 특히 mCRC로 진단된 환자에서 설정된 대조군 수준(들)에 대한 종양 샘플내 혈관수도 또한 표준 화학치료법에 혈관신생 억제제, 예를 들면, 베바시주맙(아바스틴(등록상표))의 부가에 대해 민감하거나 반응하는 환자의 지표로서 하나 이상의 바이오마커(들)로 사용될 수 있다.
본 발명에 따르면, 놀랍게도 NO1966 집단에서 보다 우수한 베바시주맙 치료 효과가 종양 세포 상에서 높은 CD31 발현(높은 혈관수), 보다 높은 VEGFA 발현, 보다 낮은 뉴로필린 발현 및 보다 낮은 HER2 발현과 관련된 것으로 밝혀졌다.
마커 VEGFA, HER2 및 뉴로필린 중 하나 이상의 발현 수준은 환자 샘플중 특정 단백질 수준의 측정에 적합한, 당해 분야에 공지되어 있는 임의의 방법에 의해 평가될 수 있으며, 바람직하게는 VEGFA, HER2, 뉴로필린 및/또는 CD31 중 하나 이상에 특이적인 항체를 사용하는 면역조직화학("IHC") 방법에 의해 측정한다. 상기 방법은 공지되어 있고 통상적으로 당해 분야에서 시행되며, 상응하는 상업적 항체 및/또는 키트가 용이하게 이용가능하다. 예를 들면, VEGFA, HER2, 뉴로필린 및 CD31에 대한 상업적으로 시판하는 항체/시험 키트는 압캄 인코포레이티드(미국 매사추세츠주 캠브리지)에서 클론 SP28로, 다코 A/S(덴마크 글로스트럽)에서 허셉테스트(등록상표)로, R&D 시스템즈, 인코포레이티드(미국 미네소타주 미네아폴리스)에서 클론 446915로, 및 다코 A/S(덴마크 글로스트럽)에서 클론 JC70A로 각각 수득할 수 있다. 바람직하게, 본 발명의 마커/지표 단백질의 발현 수준은 항체 또는 키트 제조사의 시약 및/또는 프로토콜 권고사항을 이용하여 평가한다. 숙련된 자라면 또한 VEGFA, HER2 및 뉴로필린 중 하나 이상의 발현 수준을 IHC 방법에 의해 측정하기 위한 또 다른 수단을 인지할 것이다. 그러므로, 본 발명의 하나 이상의 마커/표지의 발현 수준은 과도한 부담없이 당해 분야에 숙련된 자에 의해 통상적으로 재현가능하게 측정될 수 있다. 그러나, 정확하고 재현가능한 결과를 보장하기 위해, 본 발명은 또한 시험 절차의 확인을 보장할 수 있는 전문화된 실험실에서 환자 샘플의 시험을 포함한다.
바람직하게, VEGFA, HER2 및 뉴로필린 중 하나 이상의 발현 수준은 암 세포를 함유하거나 함유하는 것으로 추측되는 생물학적 샘플에서 평가된다. 샘플은 위장관암, 특히 mCRC를 앓고 있거나, 앓고 있는 것으로 의심되거나 또는 그로 진단된 환자로부터 수득된 위장 조직 절제물, 위장 조직 생검물 또는 전이성 병변일 수 있다. 바람직하게, 샘플은 대장 조직 샘플, 대장 종양의 절제물 또는 생검물, 알고 있거나 의심되는 전이성 위장관암 병변 또는 박편, 또는 순환기 암세포, 예를 들면, 위장관암 세포를 포함하는 것으로 알려지거나 의심되는 혈액 샘플, 예를 들면, 말초혈 샘플이다. 상기 샘플은 암세포, 즉, 종양 세포, 및 비-암성 세포 둘 다를 포함할 수 있으며, 바람직한 태양에서는 암성 및 비-암성 세포를 둘 다 포함한다. 샘플중 혈관수의 측정을 포함하는 본 발명의 양태들에서, 상기 샘플은 암/종양 세포 및 내피 세포인 비-암성 세포 둘 다를 포함한다. 숙련된 전문가, 예를 들어, 병리학자는 비-암, 예를 들어, 내피 세포로부터 암 세포를 용이하게 인지할 수 있을 뿐 아니라, 예를 들면, 내피 세포 마커, 예를 들어, CD31의 검출용 샘플을 염색함으로써 샘플내 혈관수를 측정할 수 있다. 혈관수의 직접 측정에 대한 대안으로 또는 추가로, 하나 이상의 내피 세포 마커, 예를 들면, CD31의 발현 수준도 또한 측정될 수 있는데, 상기 수준은 혈관수와 관련된다. 조직 절제물, 생검물 및 체액, 예를 들면, 암/종양 세포를 포함하는 혈액 샘플을 포함하는 생물학적 샘플을 수득하는 방법은 당해 분야에 공지되어 있다.
본 발명의 맥락에서, 베바시주맙이 당해 분야에 공지된 바와 같은 표준 화학치료 요법의 일부로 투여되는 하나 이상의 화학치료제 이외에 또는 그와 병행치료법 또는 병행치료제로 투여된다. 상기 화학치료제의 예로는 5-플루오로우라실, 류코보린, 이리노테칸, 겜시타빈-엘로티닙, 카페시타빈 및 백금계 화학치료제, 예를 들면, 파클리탁셀, 카보플라틴 및 옥살리플라틴이 포함된다. 이리노테칸, 5-플루오로우라실 및 류코보린과 함께 표준 화학치료 요법 치료의 한 예는 또한 IFL로 지칭된다. 첨부된 실시예에 나타낸 바와 같이, 옥살리플라틴-계 화학치료 요법에 베바시주맙의 추가는 VEFGA, HER2, 뉴로필린 및 CD31 중 하나 이상의 발현 수준에 따라 규정되고 선택된 환자 및/또는 환자 집단에서 무진행 생존율의 증가를 달성하였다.
따라서, 베바시주맙은 옥살리플라틴-계 화학치료 요법과 병용될 수 있다. 옥살리플라틴계 화학치료 요법의 예로는 폴폭스(FOLFOX)4 요법(예를 들면, 문헌 [de Gramont et al., J. Clin. Oncol. 18:2938-2947 (2000)] 참조)으로 알려진 옥살리플라틴, 류코보린 및 5-플루오로우라실의 병용, 및 젤록스(XELOX) 요법(예를 들면, 문헌 [Cassidy et al., J. Clin. Oncol. 22:2084-2091 (2004)] 참조)으로 알려진 옥살리플라틴 및 카페시타빈의 병용이 포함된다. 따라서, 본 발명의 특정 양태에서, 본 발명의 방법에 따라 확인된 환자를 폴폭스4 또는 젤록스 요법과 함께 베바시주맙으로 치료한다. 통상적인 투여 방식은 일정 시간에 걸쳐 볼루스(bolus) 용량으로 또는 주입으로 비경구 투여, 예를 들면, 10 분, 20 분, 30 분, 40 분, 50 분, 60 분, 75 분, 90 분, 105 분, 120 분, 3 시간, 4 시간, 5 시간 또는 6 시간동안 총 일일 용량의 투여를 포함한다. 예를 들면, 7.5 mg/kg의 베바시주맙(아바스틴(등록상표))을 대장암을 갖는 환자에게 젤록스 요법의 일부로서 3 주마다 30 내지 90 분에 걸친 정맥내 주입으로서, 또는 폴폭스4 요법의 일부로서 2 주마다 2 시간에 걸친 정맥내 주입으로서 5 mg/kg의 투여량으로 투여할 수 있다(예를 들면, 문헌 [Saltz et al., J. Clin. Oncol. 26:2013-2019 (2008)] 참조). 숙련된 자라면 특정 환자 및 화학치료 요법에 의해 결정된 바와 같이 베바시주맙의 또 다른 투여 방식이 본 발명에 포함되며, 특정한 투여 방식 및 치료 투여량이 당해 분야에 공지된 방법에 따라 치료 의사에 의해 가장 잘 결정됨을 인지할 것이다.
본 발명의 방법에 따라 선택된 환자는 화학치료 요법과 함께 베바시주맙으로 치료되며, 하나 이상의 추가의 항암 치료법으로 더 치료될 수 있다. 특정 양태에서, 하나 이상의 추가의 함암 치료법은 방사선이다.
바람직한 태양에서, 임의의 다른 화학치료 요법 또는 치료법, 예를 들면, 암 치료 또는 그 증상의 관리 또는 개선을 위한 치료법을 시작하기 전에 환자로부터 수득된 샘플을 수거한다. 그러므로, 바람직한 태양에서, 샘플은 화학치료제의 투여 또는 화학치료 요법의 시작 전에 수거된다.
본 발명은 또한 VEGFA, HER2 및 뉴로필린 중 하나 이상의 발현 수준의 측정에 적합한 올리고뉴클레오티드 또는 폴리펩티드를 포함하는 진단 조성물 또는 키트에 관한 것이다. 본원에 기술된 바와 같은 VEGFA, HER2 및 뉴로필린 중 하나 이상의 발현 수준의 측정에 적합한 올리고뉴클레오티드 또는 폴리펩티드에 대한 대안으로 또는 추가로, 본 발명의 키트 또는 진단 조성물은 또한 본원에 기술된 바와 같은 혈관수 측정 수단으로서 내피 세포 마커, 예를 들면, CD31의 측정 및/또는 검출을 위한 올리고뉴클레오티드 또는 폴리펩티드를 포함할 수 있다. 본원에서 상술한 바와 같이, DNA, RNA, 또는 DNA 및 RNA 프로브의 혼합물과 같은 올리고뉴클레오티드가 마커/지표 단백질의 mRNA 수준을 검출하는데 사용될 수 있는 반면, 폴리펩티드는 특정 단백질-단백질 상호작용에 의해 마커/지표 단백질의 단백질 수준을 직접 검출하는데 사용될 수 있다. 본 발명의 바람직한 양태에서, VEGFA, HER2 및 뉴로필린(및/또는 하나 이상의 내피 세포 마커, 예를 들면, CD31) 중 하나 이상의 발현 수준용 프로브로서 포함되고 본원에 기술된 키트 또는 진단 조성물에 포함되는 폴리펩티드는 상기 단백질들에 특이적이거나, 또는 그의 동족체 및/또는 절두체(truncation)에 특이적인 항체이다.
따라서, 본 발명의 또 다른 태양으로, 본 발명은 VEGFA, HER2 및 뉴로필린(및/또는 하나 이상의 내피 세포 마커, 예를 들면, CD31) 중 하나 이상의 발현 수준을 측정할 수 있는 올리고뉴클레오티드 또는 폴리펩티드를 포함하는, 본원에 기술된 방법을 수행하기에 유용한 키트를 제공한다. 바람직하게, 상기 올리고뉴클레오티드는 본원에 기술된 하나 이상의 마커/지표를 암호화하는 mRNA에 특이적인 프라이머 및/또는 프로브를 포함하며, 폴리펩티드는 마커/지표 단백질과 특이적 상호작용을 할 수 있는 단백질, 예를 들면, 마커/지표 특이적 항체 또는 항체 단편을 포함한다.
또 다른 태양에서, 본 발명은 하기 (a) 내지 (c) 단계를 포함하는, 위장관암, 특히 mCRC를 앓고 있는 환자의 무진행 생존율을 개선하기 위한 베바시주맙의 용도를 제공한다:
(a) 상기 환자로부터 샘플을 수득하는 단계;
(b) VEGFA, HER2 및 뉴로필린 중 하나 이상의 발현 수준을 측정하는 단계; 및
(c) 위장관암, 특히 mCRC를 앓고 있는 환자에서 측정된 대조군 수준에 비해 증가된 수준의 VEGFA 및/또는 CD31, 및/또는 감소된 수준의 HER2 및/또는 뉴로필린을 갖는 환자에게 화학치료 요법과 함께 베바시주맙을 투여하는 단계.
첨부된 실시예에 나타낸 바와 같이, 본 발명은 놀랍게도 위장관암, 특히 mCRC로 진단된 환자에서 측정된 대조군 수준에 비해, 해당 환자에서 VEGFA, HER2 및 뉴로필린 중 하나 이상의 발현 수준이 옥살리플라틴-계 화학치료 요법과 함께 베바시주맙을 투여받은 상기 환자에서의 치료 효과와 관련됨을 밝힐 수 있었다는 점에서 확인된 기술적 문제를 해결한다. 본 발명의 맥락에서, 위장관암, 특히 mCRC로 진단된 환자에서 측정된 대조군 수준에 비해 보다 높은 종양 특이성 혈관수가 또한 옥살리플라틴-계 화학치료 요법과 함께 베바시주맙을 투여받은 환자에서의 치료 효과와 관련되는 것으로 또한 입증되었다.
본 발명의 맥락에서 "에 대해 반응성인"이란 어구는 위장관암, 특히 mCRC를 앓고 있거나, 앓고 있는 것으로 의심되거나, 또는 상기 암에 걸리기 쉬운 대상/환자가 베바시주맙의 추가를 포함하는 화학치료 요법에 대해 반응을 나타내는 것을 의미한다. 숙련된 자라면 본 발명의 방법에 따라 베바시주맙으로 치료된 사람이 반응을 나타내는지 여부를 용이하게 결정할 수 있을 것이다. 예를 들면, 반응은 감소된 위장관암 고통, 예를 들면, 감소되고/되거나 중단된 종양 성장, 종양 크기의 감소, 및/또는 위장관암의 하나 이상의 증상, 예를 들면, 위장관 출혈, 통증, 빈혈의 개선에 의해 반영될 수 있다. 바람직하게, 상기 반응은 위장관암의 전이성 전환 또는 mCRC의 징후의 감소되거나 경감된 징후, 예를 들면, 전이물 형성 방지 또는 전이물의 수 또는 크기의 감소에 의해 반영될 수 있다.
본 발명의 맥락에서 "에 대해 민감한"이란 어구는 위장관암, 특히 mCRC를 앓고 있거나, 앓고 있는 것으로 의심되거나, 또는 상기 암에 걸리기 쉬운 대상/환자가 화학치료 요법과 함께 베바시주맙에 의한 치료에 대해 어떻게 해서든 양성 반응을 나타내는 것을 의미한다. 환자의 상기 반응은 전술한 바와 같은 "반응성인" 환자에 비해 덜 현저할 수 있다. 예를 들면, 상기 환자는 종양 성장 또는 전이 지표에서의 감소는 측정할 수 없지만, 질환과 관련된 고통을 덜 경험할 수 있고/있거나, 화학치료 요법과 병용된 베바시주맙에 대한 환자의 반응은 단지 일시적인 것일 수 있다, 즉, 종양 및/또는 전이물(들)의 성장이 단지 일시적으로 감소되거나 중단될 수 있다.
본 발명에 따른 "앓고 있는 환자"란 어구는 위장관암, 특히 mCRC의 임상 징후를 나타내는 환자를 말한다. 위장관암의 맥락에서 "의심되는" 또는 "걸리기 쉬운"이란 어구는, 예를 들면, 가능한 유전학적 소인, 위험하고/하거나 발암성 화합물에 사전노출 또는 돌발적 노출, 또는 발암성 신체적 위험, 예를 들면, 방사선에 노출됨을 근거로 한, 환자에서의 징후 질환을 말한다.
본 발명의 맥락에서 "무진행 생존율"이란 어구는 그 동안 치료 의사 또는 연구자의 평가에 따라 환자의 질환이 더 악화되지 않는, 즉, 진행되지 않는 치료 동안 및 후의 시간 길이를 말한다. 숙련된 자가 인지하듯이, 환자의 무진행 생존율은, 환자가 유사한 상황에 있는 환자의 대조군의 평균 무진행 생존 시간과 비교할 때 질환이 진행하지 않는 보다 긴 시간을 경험하는 경우 개선되거나 향상된다.
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "투여" 또는 "투여하는"은 치료용 항체의 투여에 대해 당해 분야에 공지되어 있는 임의의 적합한 수단에 의해, 상기 치료 또는 의료 개입이 필요한 환자에게 혈관신생 억제제, 예를 들면, 베바시주맙(아바스틴(등록상표)), 및/또는 혈관신생 억제제, 예를 들어, 베바시주맙(아바스틴(등록상표))을 포함하는 약학 조성물/치료 요법의 투여를 의미한다. 비제한적 투여 경로로는 경구, 정맥내, 복강내, 피하, 근육내, 국소, 피내, 비강내 또는 기관지내 투여(예를 들면, 흡입에 의해 수행되는 바와 같은)가 포함된다. 본 발명에 있어서 비경구 투여, 예를 들면, 정맥내 투여가 특히 바람직하다. 대장암의 치료를 위한 베바시주맙(아바스틴(등록상표))과 관련하여, EMEA에 따른 바람직한 투여량은 2주에 한번씩 주어지는 5 mg/kg 또는 10 mg/kg 체중, 또는 3주에 한번씩 주어지는 7.5 mg/kg 또는 15 mg/kg 체중이다[세부사항에 대해서는 http://www.ema.europa.eu/ docs/en_GB/document_library/EPAR_-_Product_Information/human/000582/WC5000292 71.pdf(2페이지 하단 참조; 이전 http://www.emea.europa.eu/humandocs/PDFs/EP AR/avastin/emea-combined-h582en.pdf에서 이용가능)을 참조하시오].
용어 "항체"는 본원에서 가장 광의로 사용되며, 바람직한 생물 활성을 나타내는, 특히 VEGFA, HER2, 뉴로필린 및 CD31 중 하나 이상에 특이적으로 결합하는, 단클론성 및 다클론성 항체, 다중특이성 항체(예, 이중특이성 항체), 키메라성 항체, CDR 그래프트 항체, 인간화 항체, 카멜화(camelized) 항체, 단쇄 항체 및 항체 단편 및 단편 구조물, 예를 들면, F(ab')2 단편, Fab-단편, Fv-단편, 단쇄 Fv-단편(scFv), 이중특이성 scFv, 다이아바디(diabody), 단일 영역 항체(dAb) 및 미니바디(minibody), 또는 그의 동족체, 변이체, 단편 및/또는 이소형을 포함하나, 이로 한정되지는 않는다.
본원에서 사용된 바와 같이, "화학치료제"는 항암 치료 효과를 제공할 수 있는 임의의 활성 약제를 포함하며, 특히 암 또는 종양 세포와 간섭할 수 있는 화학 약제 또는 생물 약제일 수 있다. 바람직한 활성 약제는 악성 세포의 발생, 성숙 또는 증식을 억제 또는 방지하는 항-종양제(화학독성제 또는 화학조절제(chemostatic))로 작용하는 것들이다. 화학치료제의 비제한 예로는 다음이 포함된다: 알킬화제, 예를 들면, 질소 머스타드(예를 들면, 메클로레타민, 사이클로포스파미드, 이포스파미드, 멜팔란 및 클로람부실), 니트로소우레아(예를 들면, 카무스틴(BCNU), 로무스틴(CCNU) 및 세무스틴(메틸-CCNU)), 에틸렌이민/메틸멜라민(예를 들면, 트라이에틸렌멜라민(TEM), 트라이에틸렌, 티오포스포라미드(티오테파), 헥사메틸멜라민(HMM, 알트레타민)), 알킬 설포네이트(예를 들면, 부설판), 및 트라이아진(예를 들면, 다카바진(DTIC)); 항-대사물질, 예를 들면, 폴산 유사체(예를 들면, 메토트렉세이트, 트라이메트렉세이트), 피리미딘 유사체, (예를 들면, 5-플루오로우라실, 플루오로데옥시우리딘, 겜시타빈, 시토신 아라비노사이드(AraC, 시타라빈), 5-아자시티딘, 2,2'-다이플루오로데옥시시티딘), 및 퓨린 유사체(예를 들면, 6-머캅토퓨린, 6-티오구아닌, 아자티오프린, 2'-데옥시코포마이신(펜토스타틴), 에리트로하이드록시노닐아데닌(EHNA), 플루다라빈 포스페이트 및 2-클로로데옥시아데노신(클라드리빈, 2-CdA)); 천연 생성물로부터 개발된 항유사분열 약물(예를 들면, 파클리탁셀, 빈카 알칼로이드(예, 빈블라스틴(VLB), 빈크리스틴 및 비노렐빈), 탁소테어, 에스트라무스틴 및 에스트라무스틴 포스페이트), 에피포도필로톡신(예, 에토포시드, 테니포시드), 항생물질(예를 들면, 액티노마이신 D, 다우노마이신(루비도마이신), 독소루비신, 미토잔트론, 이다루비신, 블레오마이신, 플리카마이신(미트라마이신), 미토마이신C, 액티노마이신), 효소(예를 들면, L-아스파라기나제), 및 생물 반응 조절제(예를 들면, 인터페론-알파, IL-2, G-CSF, GM-CSF); 백금 배위 착체(예를 들면, 시스플라틴, 카보플라틴), 안트라센다이온(예를 들면, 미토잔트론), 치환된 우레아(즉, 하이드록시우레아), 메틸하이드라진 유도체(예를 들면, N-메틸하이드라진(MIH), 프로카바진), 부신피질 억제제(예를 들면, 미토테인(o,p'-DDD), 아미노글루테티미드)를 포함하여 다양한(miscellaneous) 약제; 부신피질스테로이드 길항물질(예를 들면, 프레드니손 및 등가물, 덱사메타손, 아미노글루테티미드), 프로게스틴(예를 들면, 하이드록시프로게스테론 카프로에이트, 메드록시프로게스테론 아세테이트, 메게스트롤 아세테이트), 에스트로겐(예를 들면, 다이에틸스틸베스트롤, 에티닐 에스트라다이올 및 그의 등가물)을 포함하여 호르몬 및 길항물질; 항에스트로겐(예를 들면, 타목시펜), 안드로겐(예를 들면, 테스토스테론 프로피오네이트, 플루옥시메스테론 및 그의 등가물), 항안드로겐(예를 들면, 플루타미드, 고나도트로핀-방출 호르몬 유사체, 류프롤리드) 및 비-스테로이드성 항안드로겐(예를 들면, 플루타미드).
본 발명의 맥락에서, 아미노산 서열과 관련하여 "상동성"은 본원에 제공된 서열번호들에 의해 정의된 서열의 전체 길이에 대해 80% 이상의 서열 동일성, 특히 85% 이상의 동일성, 바람직하게는 90% 이상, 보다 더 바람직하게는 95% 이상의 동일성을 말하는 것으로 이해된다. 본 발명의 맥락에서, 숙련된 자라면 상동성은 상이한 집단 및 종족에서 마커/지표 단백질의 또 다른 대립형질 변이체(들)을 포함함을 이해할 것이다.
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "폴리펩티드"는 아미노산 잔기가 공유 펩티드 결합에 의해 연결된, 일정 길이의 아미노산 쇄를 포함하는 펩티드, 단백질, 올리고펩티드 또는 폴리펩티드에 관한 것이다. 그러나, 아미노산(들) 및/또는 펩티드 결합(들)이 기능성 유사체, 예를 들면, 20개 유전자-암호화된 아미노산 중 하나, 예를 들면, 셀레노시스테인 이외의 다른 아미노산 잔기로 치환된, 상기 단백질/폴리펩티드의 펩티드유사체(peptidomimetic)도 또한 본 발명에 포함된다. 펩티드, 올리고펩티드 및 단백질은 폴리펩티드로 칭할 수 있다. 용어 폴리펩티드 및 단백질은 본원에서 상호교환적으로 사용된다. 용어 폴리펩티드는 또한 폴리펩티드의 변형, 예를 들면, 글리코실화, 아세틸화, 포스포릴화 등을 말하며, 이들을 배제하지 않는다. 상기 변형은 기본 텍스트 및 보다 상술된 모노그래프에 뿐 아니라 방대한 연구 문헌에 잘 기술되어 있다.
본원에서 사용된 바와 같은 용어 "치료하는" 및 "치료"는 질환의 중증도의 개선, 호전, 감소, 또는 질환의 시간 과정 또는 그의 임의의 파라미터 또는 증상에서의 감소를 말한다. 바람직하게, 상기 환자는 인간 환자이며, 치료될 질환은 위장관암, 특히 mCRC이다. 상기 환자의 "평가하는" 또는 "평가"라는 용어는 VEGFA, HER2, 뉴로필린 및 CD31을 포함하여 본원에 기술된 하나 이상의 마커/지표 단백질의 발현 수준을 측정하고/하거나, 전이성 대장암으로 진단된 환자에서 설정된 대조군 수준에 대한 상기 마커/지표 단백질의 발현 수준을 기준으로 상기 환자를 선별하는 방법에 관한 것이다.
전술한 방법 이외에, 본 발명은 또한 VEGFA, HER2 및 뉴로필린 중 하나 이상의 발현 수준을 평가하기 위한 또 다른 면역조직화학 방법, 예를 들면, 웨스턴 블로팅(Western blotting) 및 ELISA-기본 검출을 포함한다. 혈관수의 측정을 위한 대안적 또는 추가적 방법에 하나 이상의 내피 세포 마커, 예를 들어, CD31의 종양 특이성 발현 수준의 측정을 포함하여 유사한 방법을 사용할 수 있다. 당해 분야에서 인지되듯이, 본 발명의 마커/지표 단백질의 발현 수준은 또한 노던 블로팅(Nothern blotting), 실시간 PCR 및 RT PCR과 같이, 당해 분야에 공지된 임의의 적합한 방법에 의해 mRNA 수준에서 평가될 수 있다. 면역조직화학- 및 mRNA-기본 검출 방법 및 시스템은 당해 분야에 공지되어 있으며, 표준 교재, 예를 들면, 로트스페이치(Lottspeich)[Bioanalytik, Spektrum Akademisher Verlag(1998)] 또는 샘브룩 및 러셀(Sambrook and Russell)[Molecular Cloning: A Laboratory Manual, CSH Press, Cold Spring Harbor, NY, U.S.A. (2001)]로부터 추론될 수 있다. 기술된 방법은 전이성 대장암으로 진단된 집단에서 설정된 대조군 수준에 대한 환자 또는 환자 군에서의 VEGFA, HER2, 뉴로필린 및/또는 CD31의 발현 수준을 측정하는데 특히 유용하다.
VEGFA, HER2 및 뉴로필린(및/또는 하나 이상의 내피 세포 마커, 예를 들면, CD31) 중 하나 이상의 발현 수준은 또한 면역응집억제(immunoagglutination), 면역침전(예를 들면, 면역확산, 면역전기영동, 면역 고정), 웨스턴 블로팅 기술(예를 들면, (동일반응계내) 면역조직화학, (동일반응계내) 면역세포화학, 친화크로마토그래피, 효소 면역분석) 등의 이점을 취함으로써 단백질 수준에 대해 측정될 수 있다. 용액중 정제된 폴리펩티드의 양은 또한 물리적 방법, 예를 들면, 광도측정에 의해 측정될 수 있다. 혼합물중 특정 폴리펩티드를 정량화하는 방법은 통상적으로, 예를 들면, 항체의 특이적 결합을 필요로 한다. 항체의 특이성을 이용하는 특이적 검출 및 정량화 방법은, 예를 들면, 면역조직화학(동일반응계내)을 포함한다. 예를 들면, 세포 또는 조직내 본 발명의 마커/지표 단백질의 농도/양은 효소 결합 면역흡착 분석(ELISA)에 의해 측정될 수 있다. 또는, 웨스턴 블롯 분석 또는 면역조직화학 염색을 수행할 수 있다. 웨스턴 블로팅은 전기영동에 의한 단백질 혼합물의 분리와 항체를 사용한 특이적 검출을 결합시킨다. 전기영동은 2D 전기영동과 같이 다차원성일 수 있다. 통상적으로, 폴리펩티드는 한 차원으로 그의 겉보기 분자량 및 다른 방향으로 그의 등전점에 의해 2D 전기영동으로 분리된다.
상기 언급한 바와 같이, 본 발명에 따른 마커/지표 단백질의 발현 수준은 또한 VEGFA, HER2 및/또는 뉴로필린(및/또는, 본원에 기술된 바와 같은 혈관수의 측정을 위해서는 하나 이상의 내피 세포 마커, 예를 들면, CD31)을 암호화하는 상응하는 유전자(들)의 감소된 발현으로 반영될 수 있다. 그러므로, 번역전 유전자 산물(예를 들면, 접합, 비접합 또는 부분 접합 mRNA)의 정량적 평가가 상응하는 유전자(들)의 발현을 평가하기 위해 수행될 수 있다. 당해 분야에 숙련된 자라면 상기와 관련하여 사용될 표준 방법을 인지하거나 또는 표준 교재(예를 들면, 상기 인용한 샘브룩 등의 문헌(2001))로부터 이들 방법을 추론할 수 있다. 예를 들면, VEGFA, HER2 및 뉴로필린(및/또는, 본원에 기술된 바와 같은 혈관수의 측정을 위해서는 하나 이상의 내피 세포 마커, 예를 들어, CD31) 중 하나 이상을 암호화하는 mRNA의 각각의 농도/양에 대한 정량적 데이터는 노던 블롯, 실시간 PCR 등에 의해 수득될 수 있다.
본 발명의 또 다른 양태에서, 본 발명의 키트는 본 발명의 방법을 수행하기 위해 유리하게 사용될 수 있으며, 특히, 다양한 용도에, 예를 들면, 진단 분야에서 또는 연구 도구로서 사용될 수 있다. 본 발명 키트의 부품들은 개별적으로 바이알에, 또는 용기 또는 다중용기 단위에 함께 포장될 수 있다. 키트의 제조는 바람직하게는 당해 분야에 숙련된 자에게 공지되어 있는 표준 절차를 따른다. 키트 또는 진단 조성물은, 예를 들면, 본원에 기술된 면역조직화학 기술을 사용하는 본 발명의 본원에 기술된 방법에 따라서, VEGFA, HER2 및 뉴로필린(및/또는, 본원에 기술된 바와 같은 혈관수의 측정을 위해서는 하나 이상의 내피 세포 마커, 예를 들면, CD31) 중 하나 이상의 발현 수준의 검출을 위해 사용될 수 있다.
베바시주맙의 사용으로 예시되었지만, 본 발명은 표준 화학치료 요법과 함께 사용하기 위해 당해 분야에 공지된 바와 같은 다른 혈관신생 억제제의 사용을 포함한다. 본원에서 사용된 바와 같은 용어 "혈관신생 억제제"는 혈관신생(예를 들면, 혈관을 형성하는 과정)을 변형시키는 모든 약제를 말하며, 혈관의 형성을 차단하고/하거나 혈관의 성장을 중단 또는 지연시키는 약제를 포함한다. 혈관신생 억제제의 비제한 예로는, 베바시주맙 이외에, 페가프타닙, 서니티닙, 소라페닙 및 바탈라닙이 포함된다. 바람직하게, 본 발명의 방법에 따라 사용하기 위한 혈관신생 억제제는 베바시주맙이다. 본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "베바시주맙"은 미국, 유럽 및 일본으로 이루어진 국가 군에서 선택된 나라 또는 영토에서 동일 또는 유사생물(biosimilar) 의약품으로서 판매 허가를 받기 위해 필요한 필요조건들을 충족시키는, 모든 상응하는 항-VEGF 항체 또는 항-VEGF 항체 단편을 포함한다.
본원에 기술된 검출 방법에 사용하기 위해, 숙련된 자는 본 발명에 포함되는 폴리펩티드 또는 올리고뉴클레오티드를 표지화하는 능력을 갖는다. 당해 분야에서 통상적으로 실행되듯이, IHC 방법에 사용하기 위한 mRNA 수준 및/또는 항체 또는 항체 단편을 검출하는데 사용하기 위한 하이브리드화 프로브는 당해 분야에 공지된 표준 방법에 따라 표지화되고 가시화될 수 있으며, 통상적으로 사용되는 시스템의 비제한 예로는 방사성표지, 효소 표지, 형광성 태그, 비오틴-아비딘 복합체, 화학발광 등의 사용이 포함된다.
당해 분야에 숙련된 자, 예를 들면, 주치의는 본원에서 선택되고 규정된 환자/환자군에게 화학치료 요법과 함께 베바시주맙을 용이하게 투여할 수 있다. 특정 맥락에서, 주치의는 그/그녀의 전문적 경험에 따라 베바시주맙 및 화학치료 요법에 대한 투여 계획을 수정, 변화 또는 개선할 수 있다. 그러므로, 본 발명의 특정 양태에서, 화학치료 요법과 함께 베바시주맙을 사용하여 위장관암을 앓고 있거나 앓고 있는 것으로 의심되는 환자의 치료 또는 무진행 생존율을 개선하기 위한 방법이 제공되는데, 이때 상기 환자/환자군은 전이성 대장암으로 진단된 환자에서 설정된 대조군 수준에 비해 증가된 VEGFA 발현 수준, 감소된 뉴로필린 발현 수준 및 감소된 HER2 발현 수준 중 하나 이상을 나타내는 생물 샘플(특히 위 조직 절제물, 위 조직 생검물 또는 전이성 병변)의 평가에서 규정된다. 본 발명은 또한 위장관암, 특히 mCRC를 앓고 있거나 앓고 있는 것으로 의심되는 환자의 치료를 위한 약학 조성물의 제조에 있어 베바시주맙의 용도를 제공하며, 이때 환자는 본원에 개시된 단백질 마커/지표 상태(즉, 전이성 대장암으로 진단된 환자에서 설정된 대조군 수준에 비해 증가된 VEGFA 발현 수준, 감소된 뉴로필린 발현 수준 및 감소된 HER2 발현 수준 중 하나 이상)에 의해 선택되거나 규정된다. 본 발명은 또한 본원에 기술된 바와 같은 마커로서 VEGFA, 뉴로필린 및/또는 HER2의 사용에 대안적으로 또는 그에 더하여, 종양 특이성 혈관수(예를 들면, 하나 이상의 내피 세포 마커, 예를 들어, CD31의 증가된 수준을 특징으로 할 수 있는)의 측정을 포함하며, 이때 상기 혈관수(및/또는 하나 이상의 내피 세포 마커의 발현 수준)의 증가는 화학치료 요법에 베바시주맙의 추가에 대해 민감하거나 반응성인 환자를 나타내거나, 또는 본원에 기술된 방법이 유도되는 환자 집단에 대해 선택적이다.
본 발명을 하기의 비-제한 실시예에 의해 더 예시한다.
실시예 1
전이성 대장암의 치료를 위한 1차 옥살리플라틴-화학치료 요법 젤록스 및 폴폭스4에 베바시주맙을 추가한 결과를 비교하는 무작위 제 3 상 연구(NO16966 연구, 문헌 [Saltz et al., J. Clin. Oncol. 26:2013-2019 (2008)("Saltz"); and Hurwitz et al., N. Engl. J. Med. 350:2335-2342 (2004)("Hurwitz")] 참조)에 참여한 환자로부터 조직 샘플을 수거하였다. 혈관신생 및 종양형성과 관련된 바이오마커에 대한 연구로부터 전체 환자 집단에서 측정된 대조군 수준에 대한 4개 바이오마커의 발현 수준이 개선된 치료 파라미터와 관련된 것으로 드러났다. 특히, 전체 환자 집단에서 측정된 대조군 수준에 비해 증가된 VEGFA 발현 수준, 증가된 CD31 발현 수준, 감소된 HER2 발현 수준 및 감소된 뉴로필린 발현 수준 중 하나 이상을 나타내는 환자는 젤록스 또는 폴폭스4 요법에 베바시주맙의 추가에 대해 연장된 무진행 생존율을 나타내었다.
환자 및 면역조직화학 방법
총 1401 명의 환자가 NO169966 연구에 참여하였으며, 상기 참가자중 247 명으로부터의 종양 샘플이 바이오마커 분석에 이용가능하였다. 바이오마커 분석에서 247명 환자의 기준 특징들을 표 1에 나타내었으며, 상기 특징들은 일반적으로 전체 연구 집단의 특징과 유사하였다(상기 "Saltz" 문헌 참조).
기준 특징: 바이오마커 집단(n = 247)
폴폭스4/젤록스 + 위약 폴폭스4/젤록스 + 베바시주맙
특징 (n=157) (n=90)
중위 연령, 세(범위) 60(29-84) 58.5(18-78)
남성/여성, n(%) 97(62)/60(38) 46(51)/44(49)
ECOG 성능 상태, n(%)
0 80(51) 59(66)
1 77(49) 30(33)
2 0 1(1)
1차 종양 부위, n(%)
결장 110(70) 63(70)
직장 31(20) 16(18)
대장 16(10) 11(12)
진단시 종양 상태, n(%)
국소 영역성 71(45) 27(30)
전이성 86(55) 63(70)
알칼리성 포스파타제, (%)
정상 39 38
이상 61 62
ECOG: 동부 협력 종양학 군(Eastern Cooperative Oncology Group).
면역조직화학 분석은 포르말린-고정 파라핀-함침 조직 샘플의 5 ㎛ 박편 상에서 수행하였다. 파라핀제거 및 재탈수 후에, 벤치마크(Benchmark)-XT(벤타나(Ventana), 미국 애리조나주 투손)에서 PT 모듈 또는 CC1 완충제중에서 95 ℃에서 30 분간 시트레이트(pH 6.0) 완충제를 사용하여 항원 검색을 수행하였다.
표 2는 알고 있는 종양형성 및 혈관신생 활성을 기준으로 면역조직화학 분석을 위해 선택된 7개의 마커를 제공한다.
IHC 분석에 사용된 IHC 마커 및 항체
표적 세포 유형 염색 클론 판매사 희석율 항체
CD31 내피 막 JC70A 다코 1/400` 마우스 mAb
VEGF-A 종양 세포질 SP28 압캄 사전희석 토끼 mAb
VEGFR-1 종양 및 내피 막 및 세포질 Y103 압캄 1/30 토끼 mAb
VEGFR-2 종양 및 내피 막 55B11 셀 시그널링
테크놀로지		 1/100 토끼 mAb
뉴로필린 종양 세포질 446915 R&D 시스템즈 1/75 마우스 mAb
EGFR 종양 막 2-18C9 다코
HER2 종양 막 허셉테스트 다코
박편들을 자동염색장치(Autostainer) 또는 벤치마크-XT 상에서 염색하고(VEGFR-1에 대해), 1차 항체를 1 시간동안 배양하였다. 1차 항체의 결합은 엔비젼(Envision) 시스템(다코, 덴마크 글로스트럽) 또는 울트라뷰(Ultraview)(벤타나, 미국 애리조나주 투손)를 사용하여 가시화하였다. 모든 박편들을 메이어(Mayer) 헤마톡실린으로 대비염색하였다.
정확성, 특이성, 선형성 및 정밀성(재현성 및 반복성)을 나타내는 타당성확인 보고서(validation report)가 각각의 IHC 분석을 위해 이용가능하다. 외부 대조군 슬라이드 및 내부 대조군 요소들의 염색이 입증되었다.
통계적 분석
바이오마커의 전체적 분포는 종양 마커에 대한 H-스코어를 이용하여 기술하였다. 시험한 마커의 수는 제한되었으며, 각각은 생물학적 이유에 의해 뒷받침되었으며; 중복 시험에 대해 공식적인 보정은 없었다. 단백질 발현 수준에 대해 선험적 컷오프를 이용하였다: 중간값(미만, 초과) 및 삼분위수(저, 중, 고).
치료 효과는 바이오마커 수준에 의해 규정된 환자들의 부분군에서 평가하였다. PFS를 1차 종료점으로 선택하였으며, 1차 묘사 분석은 부분군 분석을 이용하여 수행하였다. 바이오마커 상호작용(중간 컷오프)에 의한 치료 시험은 또한 2차 분석을 제공하였다.
결과
종양 마커
샘플 집단내에서 선택된 IHC 마커의 종양 세포 관련 발현을 표 3에 나타내었다.
대장 종양 세포 샘플 상에서 IHC 마커의 발현
염색 강도 = 0을 갖는 세포, n(%)
기준 바이오마커 환자 수 모든 세포
(100%)		 무세포
(0%)		 일부 세포
(>0 내지 <100%)
VEGF-A 241 4(2) 2(<1) 235(98)
VEGFR-2 240 240(100) 0 0
HER2 237 158(67) 1(<1) 78(33)
EGFR 240 88(37) 0 152(63)
뉴로필린 244 20(8) 1(<1) 223(91)
VEGFR-1(막) 230 223(97) 0 7(3)
VEGFR-1(세포질) 230 9(4) 5(2) 216(94)
유일하게 샘플내 종양 세포에 관해, VEGFR-2에 대한 염색을 나타내는 샘플은 없었지만; VEGFR-2는 내피 세포 상에서 발현되었다. 종양 세포 막 상에서는 VEGFR-1 염색이 거의 관찰되지 않았지만; 상기 단백질에 대한 양성 염색이 세포질에서 관찰되었다. 여리 샘플이 또한 종양 세포 상에서 EGFR 및 HER2의 발현의 결여를 나타내었다: 샘플의 37%가 EGFR에 대한 염색을 나타내지 않았고, 샘플의 67%는 HER2에 대한 염색을 나타내지 않았다.
종양 세포 바이오마커 부분군에 의한 진행 또는 사망까지의 시간의 포레스트 플롯을 도 1에 나타내었다. 위험 비에 따르면, 모든 환자 부분군은 베바시주맙 치료로부터 이익을 얻었다; 그러나, 보다 높은 상대적 수준의 VEFGA 및/또는 낮은 뉴로필린 수준을 갖는 종양 세포를 지닌 환자가 증가된 이점을 보인 반면, HER2 양성 종양을 갖는 환자는 감소된 이점을 보였다.
상기 부분군에 대한 진행 또는 사망까지의 시간에 대한 카플란-메이어(Kaplan-Meier) 곡선을 도 2에 나타내었다.
내피 마커
샘플 집단내 선택된 IHC 마커의 내피 세포 관련 발현을 표 4에 나타내었다.
내피 세포 바이오마커 IHC 데이터: 요약 통계
CD31VN VEGFR-1VN/CD31VN VEGFR-2VN/CD31VN
위약 베바시주맙 위약 베바시주맙 위약 베바시주맙
환자수 152 90 143 86 150 89
평균
(SD)		 72.51
(23.31)		 70.2
(19.98)		 0.06
(0.05)		 0.06
(0.06)		 0.47
(0.37)		 0.44
(0.27)
변동 계수 0.32 0.28 0.82 0.98 0.79 0.62
중간값
(범위)		 70.86
(17.17-169.67)		 71.04
(9.88-119.01)		 0.04
(0-0.21)		 0.04
(0-0.29)		 0.41
(0.01-3.39)		 0.4
(0.05-1.33)
25번째
사분위수		 58.26 58.27 0.02 0.02 0.25 0.26
75번째
사분위수		 84.07 85.43 0.08 0.08 0.63 0.57
내피 VEGFR-1 염색은 내피 VEGFR-2 염색보다 낮았다.
내피 바이오마커 부분군에 의한 진행 또는 사망까지의 시간의 포레스트 플롯을 도 3에 나타내었다. CD31 부분군에 대한 진행 또는 사망까지의 시간에 대한 카플란-메이어 곡선은 도 4a-4b에 나타내었다. 보다 큰 혈관수와 관련있는 높은 CD31의 발현을 나타내는 종양을 갖는 환자가 베바시주맙 치료로부터 증가된 이점을 나타내었다.
도 5는 높고 낮은 미세혈관 밀도를 갖는 샘플들에서 종양 및 내피 세포의 염색의 IHC 샘플의 대표적인 영상을 나타낸다.
상기에 제공된 데이터는 플로리다주 올란도에서 열린 2010 ASCO 위장관암 심포지움(2010년 1월 22일 - 24일)에서 초록 제 374 호로 제시되었다.
SEQUENCE LISTING <110> F. Hoffmann-La Roche AG <120> Tumor tissue based biomarkers for bevacizumab combination therapies <130> Case 26192 <140> PCT/EP2011/050564 <141> 2011-01-18 <150> EP 10151109.5 <151> 2010-01-19 <160> 3 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 232 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 1 Met Asn Phe Leu Leu Ser Trp Val His Trp Ser Leu Ala Leu Leu Leu 1 5 10 15 Tyr Leu His His Ala Lys Trp Ser Gln Ala Ala Pro Met Ala Glu Gly 20 25 30 Gly Gly Gln Asn His His Glu Val Val Lys Phe Met Asp Val Tyr Gln 35 40 45 Arg Ser Tyr Cys His Pro Ile Glu Thr Leu Val Asp Ile Phe Gln Glu 50 55 60 Tyr Pro Asp Glu Ile Glu Tyr Ile Phe Lys Pro Ser Cys Val Pro Leu 65 70 75 80 Met Arg Cys Gly Gly Cys Cys Asn Asp Glu Gly Leu Glu Cys Val Pro 85 90 95 Thr Glu Glu Ser Asn Ile Thr Met Gln Ile Met Arg Ile Lys Pro His 100 105 110 Gln Gly Gln His Ile Gly Glu Met Ser Phe Leu Gln His Asn Lys Cys 115 120 125 Glu Cys Arg Pro Lys Lys Asp Arg Ala Arg Gln Glu Lys Lys Ser Val 130 135 140 Arg Gly Lys Gly Lys Gly Gln Lys Arg Lys Arg Lys Lys Ser Arg Tyr 145 150 155 160 Lys Ser Trp Ser Val Tyr Val Gly Ala Arg Cys Cys Leu Met Pro Trp 165 170 175 Ser Leu Pro Gly Pro His Pro Cys Gly Pro Cys Ser Glu Arg Arg Lys 180 185 190 His Leu Phe Val Gln Asp Pro Gln Thr Cys Lys Cys Ser Cys Lys Asn 195 200 205 Thr Asp Ser Arg Cys Lys Ala Arg Gln Leu Glu Leu Asn Glu Arg Thr 210 215 220 Cys Arg Cys Asp Lys Pro Arg Arg 225 230 <210> 2 <211> 1255 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 2 Met Glu Leu Ala Ala Leu Cys Arg Trp Gly Leu Leu Leu Ala Leu Leu 1 5 10 15 Pro Pro Gly Ala Ala Ser Thr Gln Val Cys Thr Gly Thr Asp Met Lys 20 25 30 Leu Arg Leu Pro Ala Ser Pro Glu Thr His Leu Asp Met Leu Arg His 35 40 45 Leu Tyr Gln Gly Cys Gln Val Val Gln Gly Asn Leu Glu Leu Thr Tyr 50 55 60 Leu Pro Thr Asn Ala Ser Leu Ser Phe Leu Gln Asp Ile Gln Glu Val 65 70 75 80 Gln Gly Tyr Val Leu Ile Ala His Asn Gln Val Arg Gln Val Pro Leu 85 90 95 Gln Arg Leu Arg Ile Val Arg Gly Thr Gln Leu Phe Glu Asp Asn Tyr 100 105 110 Ala Leu Ala Val Leu Asp Asn Gly Asp Pro Leu Asn Asn Thr Thr Pro 115 120 125 Val Thr Gly Ala Ser Pro Gly Gly Leu Arg Glu Leu Gln Leu Arg Ser 130 135 140 Leu Thr Glu Ile Leu Lys Gly Gly Val Leu Ile Gln Arg Asn Pro Gln 145 150 155 160 Leu Cys Tyr Gln Asp Thr Ile Leu Trp Lys Asp Ile Phe His Lys Asn 165 170 175 Asn Gln Leu Ala Leu Thr Leu Ile Asp Thr Asn Arg Ser Arg Ala Cys 180 185 190 His Pro Cys Ser Pro Met Cys Lys Gly Ser Arg Cys Trp Gly Glu Ser 195 200 205 Ser Glu Asp Cys Gln Ser Leu Thr Arg Thr Val Cys Ala Gly Gly Cys 210 215 220 Ala Arg Cys Lys Gly Pro Leu Pro Thr Asp Cys Cys His Glu Gln Cys 225 230 235 240 Ala Ala Gly Cys Thr Gly Pro Lys His Ser Asp Cys Leu Ala Cys Leu 245 250 255 His Phe Asn His Ser Gly Ile Cys Glu Leu His Cys Pro Ala Leu Val 260 265 270 Thr Tyr Asn Thr Asp Thr Phe Glu Ser Met Pro Asn Pro Glu Gly Arg 275 280 285 Tyr Thr Phe Gly Ala Ser Cys Val Thr Ala Cys Pro Tyr Asn Tyr Leu 290 295 300 Ser Thr Asp Val Gly Ser Cys Thr Leu Val Cys Pro Leu His Asn Gln 305 310 315 320 Glu Val Thr Ala Glu Asp Gly Thr Gln Arg Cys Glu Lys Cys Ser Lys 325 330 335 Pro Cys Ala Arg Val Cys Tyr Gly Leu Gly Met Glu His Leu Arg Glu 340 345 350 Val Arg Ala Val Thr Ser Ala Asn Ile Gln Glu Phe Ala Gly Cys Lys 355 360 365 Lys Ile Phe Gly Ser Leu Ala Phe Leu Pro Glu Ser Phe Asp Gly Asp 370 375 380 Pro Ala Ser Asn Thr Ala Pro Leu Gln Pro Glu Gln Leu Gln Val Phe 385 390 395 400 Glu Thr Leu Glu Glu Ile Thr Gly Tyr Leu Tyr Ile Ser Ala Trp Pro 405 410 415 Asp Ser Leu Pro Asp Leu Ser Val Phe Gln Asn Leu Gln Val Ile Arg 420 425 430 Gly Arg Ile Leu His Asn Gly Ala Tyr Ser Leu Thr Leu Gln Gly Leu 435 440 445 Gly Ile Ser Trp Leu Gly Leu Arg Ser Leu Arg Glu Leu Gly Ser Gly 450 455 460 Leu Ala Leu Ile His His Asn Thr His Leu Cys Phe Val His Thr Val 465 470 475 480 Pro Trp Asp Gln Leu Phe Arg Asn Pro His Gln Ala Leu Leu His Thr 485 490 495 Ala Asn Arg Pro Glu Asp Glu Cys Val Gly Glu Gly Leu Ala Cys His 500 505 510 Gln Leu Cys Ala Arg Gly His Cys Trp Gly Pro Gly Pro Thr Gln Cys 515 520 525 Val Asn Cys Ser Gln Phe Leu Arg Gly Gln Glu Cys Val Glu Glu Cys 530 535 540 Arg Val Leu Gln Gly Leu Pro Arg Glu Tyr Val Asn Ala Arg His Cys 545 550 555 560 Leu Pro Cys His Pro Glu Cys Gln Pro Gln Asn Gly Ser Val Thr Cys 565 570 575 Phe Gly Pro Glu Ala Asp Gln Cys Val Ala Cys Ala His Tyr Lys Asp 580 585 590 Pro Pro Phe Cys Val Ala Arg Cys Pro Ser Gly Val Lys Pro Asp Leu 595 600 605 Ser Tyr Met Pro Ile Trp Lys Phe Pro Asp Glu Glu Gly Ala Cys Gln 610 615 620 Pro Cys Pro Ile Asn Cys Thr His Ser Cys Val Asp Leu Asp Asp Lys 625 630 635 640 Gly Cys Pro Ala Glu Gln Arg Ala Ser Pro Leu Thr Ser Ile Ile Ser 645 650 655 Ala Val Val Gly Ile Leu Leu Val Val Val Leu Gly Val Val Phe Gly 660 665 670 Ile Leu Ile Lys Arg Arg Gln Gln Lys Ile Arg Lys Tyr Thr Met Arg 675 680 685 Arg Leu Leu Gln Glu Thr Glu Leu Val Glu Pro Leu Thr Pro Ser Gly 690 695 700 Ala Met Pro Asn Gln Ala Gln Met Arg Ile Leu Lys Glu Thr Glu Leu 705 710 715 720 Arg Lys Val Lys Val Leu Gly Ser Gly Ala Phe Gly Thr Val Tyr Lys 725 730 735 Gly Ile Trp Ile Pro Asp Gly Glu Asn Val Lys Ile Pro Val Ala Ile 740 745 750 Lys Val Leu Arg Glu Asn Thr Ser Pro Lys Ala Asn Lys Glu Ile Leu 755 760 765 Asp Glu Ala Tyr Val Met Ala Gly Val Gly Ser Pro Tyr Val Ser Arg 770 775 780 Leu Leu Gly Ile Cys Leu Thr Ser Thr Val Gln Leu Val Thr Gln Leu 785 790 795 800 Met Pro Tyr Gly Cys Leu Leu Asp His Val Arg Glu Asn Arg Gly Arg 805 810 815 Leu Gly Ser Gln Asp Leu Leu Asn Trp Cys Met Gln Ile Ala Lys Gly 820 825 830 Met Ser Tyr Leu Glu Asp Val Arg Leu Val His Arg Asp Leu Ala Ala 835 840 845 Arg Asn Val Leu Val Lys Ser Pro Asn His Val Lys Ile Thr Asp Phe 850 855 860 Gly Leu Ala Arg Leu Leu Asp Ile Asp Glu Thr Glu Tyr His Ala Asp 865 870 875 880 Gly Gly Lys Val Pro Ile Lys Trp Met Ala Leu Glu Ser Ile Leu Arg 885 890 895 Arg Arg Phe Thr His Gln Ser Asp Val Trp Ser Tyr Gly Val Thr Val 900 905 910 Trp Glu Leu Met Thr Phe Gly Ala Lys Pro Tyr Asp Gly Ile Pro Ala 915 920 925 Arg Glu Ile Pro Asp Leu Leu Glu Lys Gly Glu Arg Leu Pro Gln Pro 930 935 940 Pro Ile Cys Thr Ile Asp Val Tyr Met Ile Met Val Lys Cys Trp Met 945 950 955 960 Ile Asp Ser Glu Cys Arg Pro Arg Phe Arg Glu Leu Val Ser Glu Phe 965 970 975 Ser Arg Met Ala Arg Asp Pro Gln Arg Phe Val Val Ile Gln Asn Glu 980 985 990 Asp Leu Gly Pro Ala Ser Pro Leu Asp Ser Thr Phe Tyr Arg Ser Leu 995 1000 1005 Leu Glu Asp Asp Asp Met Gly Asp Leu Val Asp Ala Glu Glu Tyr 1010 1015 1020 Leu Val Pro Gln Gln Gly Phe Phe Cys Pro Asp Pro Ala Pro Gly 1025 1030 1035 Ala Gly Gly Met Val His His Arg His Arg Ser Ser Ser Thr Arg 1040 1045 1050 Ser Gly Gly Gly Asp Leu Thr Leu Gly Leu Glu Pro Ser Glu Glu 1055 1060 1065 Glu Ala Pro Arg Ser Pro Leu Ala Pro Ser Glu Gly Ala Gly Ser 1070 1075 1080 Asp Val Phe Asp Gly Asp Leu Gly Met Gly Ala Ala Lys Gly Leu 1085 1090 1095 Gln Ser Leu Pro Thr His Asp Pro Ser Pro Leu Gln Arg Tyr Ser 1100 1105 1110 Glu Asp Pro Thr Val Pro Leu Pro Ser Glu Thr Asp Gly Tyr Val 1115 1120 1125 Ala Pro Leu Thr Cys Ser Pro Gln Pro Glu Tyr Val Asn Gln Pro 1130 1135 1140 Asp Val Arg Pro Gln Pro Pro Ser Pro Arg Glu Gly Pro Leu Pro 1145 1150 1155 Ala Ala Arg Pro Ala Gly Ala Thr Leu Glu Arg Pro Lys Thr Leu 1160 1165 1170 Ser Pro Gly Lys Asn Gly Val Val Lys Asp Val Phe Ala Phe Gly 1175 1180 1185 Gly Ala Val Glu Asn Pro Glu Tyr Leu Thr Pro Gln Gly Gly Ala 1190 1195 1200 Ala Pro Gln Pro His Pro Pro Pro Ala Phe Ser Pro Ala Phe Asp 1205 1210 1215 Asn Leu Tyr Tyr Trp Asp Gln Asp Pro Pro Glu Arg Gly Ala Pro 1220 1225 1230 Pro Ser Thr Phe Lys Gly Thr Pro Thr Ala Glu Asn Pro Glu Tyr 1235 1240 1245 Leu Gly Leu Asp Val Pro Val 1250 1255 <210> 3 <211> 923 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 3 Met Glu Arg Gly Leu Pro Leu Leu Cys Ala Val Leu Ala Leu Val Leu 1 5 10 15 Ala Pro Ala Gly Ala Phe Arg Asn Asp Lys Cys Gly Asp Thr Ile Lys 20 25 30 Ile Glu Ser Pro Gly Tyr Leu Thr Ser Pro Gly Tyr Pro His Ser Tyr 35 40 45 His Pro Ser Glu Lys Cys Glu Trp Leu Ile Gln Ala Pro Asp Pro Tyr 50 55 60 Gln Arg Ile Met Ile Asn Phe Asn Pro His Phe Asp Leu Glu Asp Arg 65 70 75 80 Asp Cys Lys Tyr Asp Tyr Val Glu Val Phe Asp Gly Glu Asn Glu Asn 85 90 95 Gly His Phe Arg Gly Lys Phe Cys Gly Lys Ile Ala Pro Pro Pro Val 100 105 110 Val Ser Ser Gly Pro Phe Leu Phe Ile Lys Phe Val Ser Asp Tyr Glu 115 120 125 Thr His Gly Ala Gly Phe Ser Ile Arg Tyr Glu Ile Phe Lys Arg Gly 130 135 140 Pro Glu Cys Ser Gln Asn Tyr Thr Thr Pro Ser Gly Val Ile Lys Ser 145 150 155 160 Pro Gly Phe Pro Glu Lys Tyr Pro Asn Ser Leu Glu Cys Thr Tyr Ile 165 170 175 Val Phe Val Pro Lys Met Ser Glu Ile Ile Leu Glu Phe Glu Ser Phe 180 185 190 Asp Leu Glu Pro Asp Ser Asn Pro Pro Gly Gly Met Phe Cys Arg Tyr 195 200 205 Asp Arg Leu Glu Ile Trp Asp Gly Phe Pro Asp Val Gly Pro His Ile 210 215 220 Gly Arg Tyr Cys Gly Gln Lys Thr Pro Gly Arg Ile Arg Ser Ser Ser 225 230 235 240 Gly Ile Leu Ser Met Val Phe Tyr Thr Asp Ser Ala Ile Ala Lys Glu 245 250 255 Gly Phe Ser Ala Asn Tyr Ser Val Leu Gln Ser Ser Val Ser Glu Asp 260 265 270 Phe Lys Cys Met Glu Ala Leu Gly Met Glu Ser Gly Glu Ile His Ser 275 280 285 Asp Gln Ile Thr Ala Ser Ser Gln Tyr Ser Thr Asn Trp Ser Ala Glu 290 295 300 Arg Ser Arg 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Lys Ile Gly Tyr Ser Asn Asn Gly Ser Asp Trp Lys Met 515 520 525 Ile Met Asp Asp Ser Lys Arg Lys Ala Lys Ser Phe Glu Gly Asn Asn 530 535 540 Asn Tyr Asp Thr Pro Glu Leu Arg Thr Phe Pro Ala Leu Ser Thr Arg 545 550 555 560 Phe Ile Arg Ile Tyr Pro Glu Arg Ala Thr His Gly Gly Leu Gly Leu 565 570 575 Arg Met Glu Leu Leu Gly Cys Glu Val Glu Ala Pro Thr Ala Gly Pro 580 585 590 Thr Thr Pro Asn Gly Asn Leu Val Asp Glu Cys Asp Asp Asp Gln Ala 595 600 605 Asn Cys His Ser Gly Thr Gly Asp Asp Phe Gln Leu Thr Gly Gly Thr 610 615 620 Thr Val Leu Ala Thr Glu Lys Pro Thr Val Ile Asp Ser Thr Ile Gln 625 630 635 640 Ser Glu Phe Pro Thr Tyr Gly Phe Asn Cys Glu Phe Gly Trp Gly Ser 645 650 655 His Lys Thr Phe Cys His Trp Glu His Asp Asn His Val Gln Leu Lys 660 665 670 Trp Ser Val Leu Thr Ser Lys Thr Gly Pro Ile Gln Asp His Thr Gly 675 680 685 Asp Gly Asn Phe Ile Tyr Ser Gln Ala Asp Glu Asn Gln Lys Gly Lys 690 695 700 Val Ala Arg Leu Val Ser Pro Val Val Tyr Ser Gln Asn Ser Ala His 705 710 715 720 Cys Met Thr Phe Trp Tyr His Met Ser Gly Ser His Val Gly Thr Leu 725 730 735 Arg Val Lys Leu Arg Tyr Gln Lys Pro Glu Glu Tyr Asp Gln Leu Val 740 745 750 Trp Met Ala Ile Gly His Gln Gly Asp His Trp Lys Glu Gly Arg Val 755 760 765 Leu Leu His Lys Ser Leu Lys Leu Tyr Gln Val Ile Phe Glu Gly Glu 770 775 780 Ile Gly Lys Gly Asn Leu Gly Gly Ile Ala Val Asp Asp Ile Ser Ile 785 790 795 800 Asn Asn His Ile Ser Gln Glu Asp Cys Ala Lys Pro Ala Asp Leu Asp 805 810 815 Lys Lys Asn Pro Glu Ile Lys Ile Asp Glu Thr Gly Ser Thr Pro Gly 820 825 830 Tyr Glu Gly Glu Gly Glu Gly Asp Lys Asn Ile Ser Arg Lys Pro Gly 835 840 845 Asn Val Leu Lys Thr Leu Asp Pro Ile Leu Ile Thr Ile Ile Ala Met 850 855 860 Ser Ala Leu Gly Val Leu Leu Gly Ala Val Cys Gly Val Val Leu Tyr 865 870 875 880 Cys Ala Cys Trp His Asn Gly Met Ser Glu Arg Asn Leu Ser Ala Leu 885 890 895 Glu Asn Tyr Asn Phe Glu Leu Val Asp Gly Val Lys Leu Lys Lys Asp 900 905 910 Lys Leu Asn Thr Gln Ser Thr Tyr Ser Glu Ala 915 920

Claims (19)

  1. 하기 단계 (a) 내지 (c)를 포함하는, 화학치료 요법에 베바시주맙(bevacizumab)을 추가함으로써 위장관암을 앓고 있는 환자의 무진행 생존율을 개선하는 방법:
    (a) 상기 환자로부터 샘플을 수득하는 단계;
    (b) VEGFA, HER2 및 뉴로필린 중 하나 이상의 발현 수준을 측정하는 단계; 및
    (c) 전이성 대장암으로 진단된 환자에서 측정된 대조군 수준에 비해 증가된 수준의 VEGFA, 및/또는 감소된 수준의 HER2 및/또는 뉴로필린을 갖는 환자에게 화학치료 요법과 함께 베바시주맙을 투여하는 단계.
  2. 하기 단계 (a) 및 (b)를 포함하는, 화학치료 요법에 베바시주맙 치료의 추가에 대해 반응하거나 또는 민감한 환자를 확인하기 위한 시험관내 방법으로서, 전이성 대장암을 앓고 있는 환자에서 측정된 대조군 수준에 비해 증가된 수준의 VEGFA 및/또는 CD31, 및/또는 감소된 수준의 HER2 및/또는 뉴로필린이 상기 요법에 베바시주맙의 추가에 대한 환자의 민감성을 나타내는 방법:
    (a) 위장관암을 앓고 있는 것으로 의심되거나 또는 위장관암에 걸리기 쉬운 환자로부터 샘플을 수득하는 단계; 및
    (b) VEGFA, HER2 및 뉴로필린 중 하나 이상의 발현 수준을 측정하는 단계.
  3. 청구항 1 또는 청구항 2에 있어서,
    VEGFA의 단백질 발현 수준을 검출하는 방법.
  4. 청구항 1 내지 청구항 3 중 어느 한 항에 있어서,
    HER2의 단백질 발현 수준을 검출하는 방법.
  5. 청구항 1 내지 청구항 4 중 어느 한 항에 있어서,
    뉴로필린의 단백질 발현 수준을 검출하는 방법.
  6. 청구항 3 내지 청구항 5 중 어느 한 항에 있어서,
    단백질 발현 수준이 면역조직화학 방법(IHC)에 의해 검출되는 방법.
  7. 청구항 1 내지 청구항 6 중 어느 한 항에 있어서,
    샘플이 위 조직 절제물, 위 조직 생검물 또는 전이성 병변으로 이루어진 군에서 선택되는 방법.
  8. 청구항 1 내지 청구항 7 중 어느 한 항에 있어서,
    화학치료 요법이 옥살리플라틴-계 화학치료 요법인 방법.
  9. 청구항 8에 있어서,
    옥살리플라틴-계 화학치료 요법이 카페시타빈과 병용되는 옥살리플라틴의 요법, 또는 류코보린 및 5-플루오로우라실과 병용되는 옥살리플라틴의 요법인 방법.
  10. 청구항 9에 있어서,
    카페시타빈과 병용되는 옥살리플라틴의 요법이 젤록스(XELOX) 요법인 방법.
  11. 청구항 9에 있어서,
    류코보린 및 5-플루오로우라실과 병용되는 옥살리플라틴의 요법이 폴폭스(FOLFOX)4 요법인 방법.
  12. 청구항 1 내지 청구항 11 중 어느 한 항에 있어서,
    환자가 하나 이상의 항암 치료법과 병행치료되는 방법.
  13. 청구항 12에 있어서,
    항암 치료법이 방사선인 방법.
  14. 청구항 1 내지 청구항 13 중 어느 한 항에 있어서,
    샘플이 수술전보조(neoadjuvant) 또는 보조 치료법 이전에 수득되는 방법.
  15. VEGFA, HER2 및 뉴로필린 중 하나 이상의 발현 수준을 측정할 수 있는 올리고뉴클레오티드 또는 폴리펩티드를 포함하는, 청구항 1 내지 청구항 14 중 어느 한 항의 방법을 수행하는데 유용한 키트.
  16. 청구항 1 내지 청구항 14 중 어느 한 항에서 VEGFA, HER2 및 뉴로필린 중 하나 이상의 발현 수준을 측정하기 위한 올리고뉴클레오티드 또는 폴리펩티드의 용도.
  17. 청구항 15 또는 청구항 16에 있어서,
    VEGFA, HER2 및 뉴로필린 중 하나 이상의 발현 수준을 측정할 수 있는 폴리펩티드를 포함하고, 상기 폴리펩티드가 면역조직화학 방법에 사용하기에 적합하고/하거나 VEGFA, HER2 또는 뉴로필린에 특이적인 항체인, 키트 또는 용도.
  18. 하기 단계 (a) 내지 (c)를 포함하는, 위장관암을 앓고 있는 환자의 무진행 생존율을 개선하기 위한 베바시주맙의 용도:
    (a) 상기 환자로부터 샘플을 수득하는 단계;
    (b) VEGFA, HER2 및 뉴로필린 중 하나 이상의 발현 수준을 측정하는 단계; 및
    (c) 전이성 대장암으로 진단된 환자에서 측정된 대조군 수준에 비해 증가된 수준의 VEGFA, 및/또는 감소된 수준의 HER2 및/또는 뉴로필린을 갖는 환자에게 화학치료 요법과 함께 베바시주맙을 투여하는 단계.
  19. 본원에서 전술한 바와 같은 본 발명.
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