KR20030043721A

KR20030043721A - 암 관련 유전자

Info

Publication number: KR20030043721A
Application number: KR1020020073765A
Authority: KR
Inventors: 시노자와다카오; 아메드카지모킴; 시타라요시노리; 구와노히로유키; 다케노시타세이이치
Original assignee: 구도우 노리오
Priority date: 2001-11-26
Filing date: 2002-11-26
Publication date: 2003-06-02
Also published as: JP2003159074A; CN1421532A; EP1314787A2; CA2408471A1; EP1314787A3; US20030149534A1

Abstract

본 발명은, (1) 개체에서 유래한 시료를 수득하는 단계; (2) 상기 (1)의 시료에서 미드카인(midkine) 유전자의 다형에 대해 해석하는 단계; 및 (3) 상기 (2)에서 결정된 다형으로부터 암 발병의 위험률을 예측하는 단계를 포함하는, 개체에서 암 발병의 위험률을 예측하는 방법에 관한 것이다.

Description

암 관련 유전자{GENE ASSOCIATED WITH CANCER}

본 발명은 암 발병에 관련된 유전자 및 이 유전자형으로부터 암 발병의 위험률을 예측하는 방법에 관한 것이다.

본원은 2001년 11월 26일자로 출원된 일본 특허원 제 2001-359503 호의 우선권을 기초로 하고, 이 특허원으로부터의 우선권을 주장한다. 상기 특허원은 본원에 참고로 인용된다.

미드카인은 염기성 아미노산과 시스테인을 다량 포함하는 헤파린 결합성 단백질이다. 그 기능은 태아기의 세포 분화, 세포 조성 작용 및 신경 세포의 성장 등이다. 이러한 기능은 생명 활동에 중요한 역할을 한다. 그러나, 한편으로는, 성인에서의 MK 유전자의 발현은 일시적이고 또한 부분적이다.

최근, MK 유전자와 암의 관계가 밝혀졌는데, 예를 들어 윌름 종양(Wilm's tumor), 대장암, 위암, 폐암 및 식도암 등의 암 조직에서의 MK 유전자의 발현율이 정상 조직에서의 발현율에 비해 열몇배나 높은 것으로 나타났다(문헌[Cancer Res.,53, 1281-1285, 1993] 참조). 또한, 단축형 MK mRNA(truncated MK mRNA, 즉 tMK mRNA)가 암 조직에서 발현되는 것도 보고되었다(문헌[Biochem. Biophys. Res. Commun.,219, 256-260, 1996] 및 아리도메(K. Aridome) 등의 문헌[Br. J. Cancer,78, 472-477, 1998] 참조). 또한, MK 유전자의 발현빈도를 해석함으로써 암을 진단하는 방법도 제안되었다(일본 특허원 공개공보 제 1994-113898 호 참조). 그러나, MK 유전자와 그의 변이와의 관계는 아직도 분명하게 밝혀져 있지 않다.

이러한 상황을 감안하여, 본 발명은 MK 유전자에 있어서 암과 관련된 변이 부위와, 이 변이 부위의 유전자형으로부터 암 발병의 위험률을 예측하는 방법을 제공하는 것을 목적으로 한다.

도 1은 미드카인(midkine; 이하, MK로도 지칭함) 유전자의 유전자 지도를 나타내는 약도이다.

도 2는 본 발명에 따른 예측 방법의 일례를 나타내는 공정 계통도이다.

도 3은 본 발명에 따른 예측 장치의 일례를 나타내는 블록 선도이다.

도 4는 본 발명에 따른 예측 방법의 또 다른 일례를 나타내는 공정 계통도이다.

도 5는 본 발명에 따른 예측 방법에서 사용되는 표의 예를 나타내는 도면이다.

도 6은 암 관련 다형의 유전자형을 해석하기 위해 실시한 전기영동의 결과를 모식적으로 나타내는 도면이다.

도 7은 MK 전구(pre) mRNA의 인트론 3 영역의 2차 구조(즉, 스템-루프(stem-loop) 구조)를 나타내는 도면이다.

본 발명은 본 발명자들이 미드카인 유전자의 인트론 3의 62번 위치, 즉 MK 유전자상의 808번 위치에 존재하는 다형의 유전자형이 암 발병과 관련되어 있음을 발견한 것을 기초하여 이루어졌다.

상기 발견에 기초하여, 본 발명자들은 상기 목적을 달성하기 위해 예의 연구를 거듭한 결과, 다음과 같은 수단을 찾아내었다. 즉,

(1) 개체에서 유래한 시료를 수득하는 단계;

(2) 상기 (1)의 시료에서 미드카인 유전자의 다형에 대해 해석하는 단계; 및

(3) 상기 (2)에서 결정된 다형으로부터 암 발병의 위험률을 예측하는 단계

를 포함하는, 개체에서 암 발병의 위험률을 예측하는 방법이다.

1. 암 관련 유전자

이전에 본 발명자들은 MK 유전자에서의 변이의 존재 및 그의 유전자형을 밝혀 이미 보고하였다(아메드(Ahmed, K. M.), 시타라(Shitara, Y.), 구와노(Kuwano H.), 다케노시타(Takenoshita, S.), 우치누로(Uchinuro, K.) 및 시노자와(Shinozawa T.)의 문헌[Genetic variations of the midkine(MK) gene inhuman sporadic colorectal and gastric cancers,International journal of molecular medicine,6: 281-287, 2000] 참조).

이번에 본 발명자들은 암환자에서의 해당 변이 부위의 유전자형과 건강한 사람에서의 해당 변이 부위의 유전자형을 비교해석했다. 이에 따라, 상기 변이 유전자와 암 발병이 연관성이 있음을 밝혔다. 즉, MK 유전자의 인트론 3의 62번 위치에 존재하는 변이가 암 발병과 관련이 있음을 처음으로 발견하였다.

도 1에 MK 유전자를 모식적으로 나타내었다(도 1). 암 발병에 관련되는 변이는 인트론 3(도 1에서는 「Int.3」으로 기재함)에 존재한다. 이 변이 부위는 인트론 3중에서 엑손 3(도 1에서는 「Ex.1」로 기재함)으로부터 세어 62번째에 존재한다. 또한, 이 부위는 전사 개시부위를 +1로 하는 통상의 표기에 따르면 808번 위치에 존재한다. 본 명세서에서는 본 발명에 따른 암 관련 변이 부위를「MK808」이라 칭한다.

MK808의 변이 부위에 존재할 수 있는 유전자형은 구아닌(이하, G 또는 g라고 기재함)과 티민(이하, T 또는 t라고 기재함)이다. 야생형에서는 이 대립 유전자의 유전자형이 모두 G인, 즉 G/G 동형접합체(이하, G/G 또는 G/G형이라고도 기재함)이다. 변이형에서는 어느 하나의 대립 유전자의 유전자형이 T인, 즉 G/T 이형접합체(이하, G/T 또는 G/T형이라고도 기재함)인 경우와, 다른 하나의 대립 유전자의 유전자형도 T인, 즉 T/T 이형접합체(이하, T/T 또는 T/T형이라고도 기재함)인 경우가 있다. MK808의 유전자형이 G/T 또는 T/T인 경우, G/G의 경우에 비해 암이 발병하기 쉽다.

또한, MK808의 유전자형이 G/T 이형접합체 또는 T/T 동형접합체인 경우에는 야생형의 경우에 비해 MK 유전자 전구 mRNA의 스템-루프 구조가 불안정해짐을 생각할 수 있다. 이러한 2차 구조의 불안정화 결과로, 단축형 MK mRNA가 발생한다고 생각된다. 따라서, 단축형 MK mRNA가 발생할 것으로 예측되는 경우, 이와 같이 예측되지 않는 경우에 비해 암이 발병하기 쉽다고 생각된다.

구체적으로는 이러한 단축형 MK mRNA가 발생할 것으로 예측되는 경우란 이하와 같은 경우이다. MK808을 포함하는 MK 유전자의 임의의 유전자 좌위 또는 영역(예컨대, 인트론 2, 엑손 3 및 인트론 3)에서의 대립 유전자에 있어서, 야생형 이외의 유전자형이 관찰되는 경우이다. 또한, 야생형 이외의 유전자형이 관찰되는 경우란, 예컨대 어떠한 변이가 발생한 경우 등이다.

2. 용어

여기에서 사용되는 「암 관련 유전자」란 암 발병의 위험률을 좌우하는 유전자이다. 즉, 상기 유전자의 유전자형에 의해 암 발병의 위험률이 좌우된다. 여기에서 사용하는 「유전자형」이란 용어는 주목되는 유전자 좌위에서의 대립 유전자의 존재 상태를 나타낸다.

여기에서 사용되는 「MK808」이란 용어는 상술한 바와 같이 본 발명에 따른 암 관련 유전자를 지칭하는 것으로서, 이러한 변이, 즉 다형을 나타낸다. 여기에서 사용되는 「다형」 및 「다형 유전자」란 용어는 하나의 유전자 좌위를 차지하는 복수종의 대립 유전자군, 또는 이러한 대립 유전자군에 속하는 개개의 대립 유전자를 지칭한다. 또한, MK808은 1염기 치환이기 때문에, 일반적으로는 단일 뉴클레오티드 다형성(SNP)으로도 지칭되는 변이이다.

여기에서 사용되는 「암 발병의 위험률」이란 용어는 대상인 개체에 있어서, 암이 발병할 위험성의 정도를 나타낸다. 따라서, 발병 위험률이 높은 경우에는 그 개체는 암 질환을 갖기 쉽다.

여기에서 사용되는 「암」이란 용어는 각종 악성 신생물, 즉 암종 및 육종을 총괄적으로 나타낸다. 예컨대, 대장암, 위암, 식도암, 후두암, 설암, 폐암, 간암, 췌장암, 방광암, 전립선암, 유방암 및 자궁암 등이다. 특히, MK808 또는 인트론 2, 엑손 3 및 인트론 3에 있어서의 변이와 대장암 발병과의 연관성은 다른 암과의 연관성보다도 높은 경향이 있다.

3. 암 발병의 위험률을 예측하는 방법

본 발명에 따르면, 상술한 발견을 이용함으로써 암 발병의 위험률을 예측할 수 있다. 이러한 암 발병의 위험률을 예측하는 방법은 본 발명의 범위내에 있다.

도 2를 사용하여, 본 발명에 따른 암 발병의 위험률을 예측하는 방법의 일례로서 대장암의 경우에 대해서 설명한다. 이하의 조작은 모두 실시자의 손에 의해 수동으로 실시된다.

실시자는 상기 예측 대상인 개체로부터 혈액 시료 등의 시료를 채취하여 예측을 개시한다. 단계 2a에서는 채취된 시료를 필요에 따라 정제 및 추출 등으로 처리하며, 그 후, 이 시료에서의 MK808의 유전자형이 결정된다. 그다음 단계 2b로 진행한다.

단계 2b에서는 단계 2a에서 결정된 MK808의 유전자형이 G/T 또는 T/T인지,또는 G/G인지가 판정된다. 이 판정 결과, 유전자형이 G/T 또는 T/T이면 단계 2c로 진행하고, G/G이면 단계 2d로 진행한다.

단계 2c에서는, 단계 2b의 판정 결과로부터 상기 개체가 대장암 발병의 위험성이 높다고 예측하며, 모든 예측 공정을 종료한다.

단계 2d에서는, 단계 2b의 판정 결과로부터 상기 개체가 대장암 발병의 위험성이 높지 않다고 예측하며, 모든 예측 공정을 종료한다.

본 발명에서 사용될 수 있는 상기 다형의 유전자형을 결정하는 수단은 그 자체로 공지된 임의의 수단을 사용하여 실시할 수 있다. 예컨대, 대상인 개체에서 얻은 시료로부터 원하는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 핵산을 제조하여 유전자형을 결정할 수 있다.

본 발명의 방법의 대상인 「개체」는 인간, 개, 고양이, 소, 염소, 돼지, 양 및 원숭이를 포함하는 임의의 포유동물일 수 있지만, 인간, 특히 일본인이 가장 바람직한 개체이다.

여기에서 사용되는 「시료」란, 생물 개체로부터 채취한 혈액, 혈청, 림프액, 조직, 모발 및 귀지 등의 생물 시료를 말한다. 또한, 「시료」는 필요에 따라 생물 시료를 균질화 및 추출 등의 필요한 임의의 전처리를 실시하여 얻은 시료일 수 있다. 이러한 전처리는 대상이 되는 생물 시료에 따라 당업자에 의해 선택될 수 있을 것이다.

시료로부터 제조되는 핵산은 DNA로부터 제조할 수 있다. 예컨대, 대상으로부터 게놈 DNA 시료를 준비하는 수단으로서, 대상에서 얻은 말초혈 중의 백혈구,단핵구, 림프구 및 과립구 등의 혈구 세포에서 페놀클로로포름법, 염석법 또는 시판되는 키트(kit) 등을 사용하여 DNA를 추출하는 방법 등의 일반적으로 사용되는 모든 수단을 사용하여 실시할 수 있다.

폴리뉴클레오티드의 양이 적을 때에는 필요에 따라 폴리뉴클레오티드를 증폭시키는 조작을 실시할 수 있다. 증폭 조작은, 예컨대 DNA 중합효소 등의 효소를 사용한 중합효소 연쇄반응(이하, PCR이라 약칭함)에 의해 실시할 수 있다.

필요에 따라, 추출 조작 및/또는 증폭 조작을 실시한 후에, MK808의 유전자형을 결정한다.

유전자형을 결정하는 수단으로는 클로닝을 실시한 후에 서열 분석을 실시할 수 있으며, 직접 서열 분석법, SSCP법, 올리고뉴클레오티드 하이브리드 형성법 및 특이적 프라이머법 등의 일반적으로 사용되는 모든 수단을 사용할 수 있다. 유전자형을 결정하는 더욱 바람직한 방법으로는 제한효소를 사용하여 실시하는 PCR-RFLP(제한효소 절편 길이 다형성)법, PCR-SSP(특이 서열 프라이머)법, 도트 플롯법과 PCR을 조합한 PCR-SS0(서열 특이적 올리고뉴클레오티드)법 및 PCR-SSCP법 등의 기타 주지의 방법을 사용할 수 있다. 그러나, 이들로 한정되는 것은 아니다.

상기와 같은 방법에 의해 MK808의 유전자형을 결정하고, 그 결과를 기초로 하여 대장암 발병의 위험성을 예측할 수 있다.

또한 상기 MK808의 유전자형을 결정함과 동시에, 기타 자체 공지된 암 관련 유전자의 유전자형을 결정하고, 이들 결과로부터 종합적으로 암 발병의 위험성을 예측할 수 있다. 이러한 방법도 본 발명의 범위내에 있다. 이러한 방법의 경우에서도 결정된 이들의 유전자형을 기초로, 예컨대 이들의 유전자형과 암 발병의 위험률을 대응시킨 정보를 나타내는 표를 검색함으로써, 대응하는 암 발병의 위험률을 추출하고, 이에 따라 암 발병의 위험률을 예측할 수 있다.

상술한 바와 같이, MK808의 유전자형에 의해 대장암의 발병이 좌우된다. 즉, MK808의 유전자형에 기초하여, 개체에서의 대장암 발병의 위험률을 높은 확률로 예측할 수 있다. 그러나, 암의 발병은 MK808의 유전자형에만 유일하게 관련되는 것이 아니라, 다른 유전적 요인이나 다양한 환경적 요인과의 복합적 요인에 의해 그 발병이 좌우될 것이다. 따라서, 상기 암 관련 유전자에 관한 정보 외에 다른 유전적 요인의 정보를 가미하여 예측할 수도 있다. 이러한 정보는 예컨대 다른 암 관련 유전자에 관한 정보나, 환경적 요인, 예컨대 연령, 음식물 섭취 경향 및 기호품 등에 관한 정보일 수 있다. 이와 같은 방법의 경우에서도 마찬가지로 이들 요인과 암 발병의 위험률을 대응시킨 정보를 나타내는 표를 사용할 수 있다. 이와 같은 예측 방법도 본 발명의 범위내에 포함된다.

또한, 상술한 본 발명에 따른 방법은 원하는 경우에 따라 본원발명의 범위를 벗어나지 않는 범위내에서 변경할 수 있다.

또한, 상술한 바와 같은 본 발명에 따른 방법은 컴퓨터를 사용하여 해석하는 것도 가능하다.

즉, 본 발명은,

(1) 작업자가, 개체에서 유래한 시료를 사용하여 결정한 MK808의 유전자형을 컴퓨터에 입력하는 단계;

(2) 상기 (1)에서 입력된 유전자형에 대해서, 미리 컴퓨터의 기억수단에 기억되어 있는 유전자형과 대장암 발병의 위험률을 대응시킨 표에 따라 컴퓨터가 암 발병의 위험률을 예측하는 단계;

(3) 상기 (2)에서 수득된 예측 결과를 컴퓨터가 작업자에게 표시하는 단계

를 포함하는, 컴퓨터를 사용하여 개체에서 대장암 발병의 위험률을 예측하는 방법도 제공한다.

이러한 방법은, 예컨대 아래와 같이 실시할 수 있다.

도 3에 본 발명의 방법을 실시하기 위한 장치의 한 양태의 구성도를 나타낸다. 여기에서 처리수단(4)은 입력수단(2), 표시수단(3) 및 기억수단(5)에 접속되어 있다. 도 3에 도시한 바와 같이, 본 양태인 컴퓨터(1)는 작업자가 컴퓨터(1)에 데이터를 입력하기 위한 입력수단(2), 다양한 정보를 표시하는 표시수단(3), 상기 컴퓨터를 제어하거나 다양한 처리를 하기 위한 연산처리장치 또는 중앙처리장치(CPU) 등의 처리수단(4), 및 프로그램 및 표 등을 기억하는 기억수단(5)을 적어도 구비한다. 입력수단(2)은, 예컨대 키보드 및 마우스 등일 수 있다.

컴퓨터를 사용하여 개체에서 암 발병의 위험률을 예측하는 방법의 예를 도 4를 사용하여 이하에 설명한다.

여기에서 처리수단(4)은 상기 컴퓨터의 각부를 총괄하여 제어하는 주 제어부 이며, 기억부에 기억되는 예측 프로그램을 실행하여 암 발병의 위험률을 예측한다.

단계 4a에서 작업자가 예측 대상인 개체에서 유래한 MK808의 유전자형의 정보를 입력수단(2)으로부터 입력하면, 입력된 정보는 기억수단(5)에 기록되어 단계 4b로 이행한다. 여기에서, 입력되는 유전자형의 정보는 구체적인 유전자형이더라도 생(生)데이터일 수 있으며, 목적으로 하는 유전자형의 정보를 나타내는 임의의 정보일 수 있다.

단계 4b에서는 기록된 정보로부터, 기억수단(5)에 미리 기억되어 있는 유전자형과 대장암 발병의 위험률을 대응시킨 하기 표 1(도 5)을 처리수단(4)이 판독 검출함으로써, 대응하는 대장암 발병의 위험률을 추출하여 단계 4c로 이행한다.

단계 4c에서는 처리수단(4)이 단계 4b에서 결정한 결과로부터 대장암 발병의 위험률을 판정한다. 즉, MK808의 유전자형이 G/T 또는 T/T이면 단계 4d로 이행한다고 판정하고, MK808의 유전자형이 G/G이면 단계 4e로 이행한다고 판정한다.

단계 4d에서는 처리수단(4)이 단계 4c의 결과로부터 상기 개체가 대장암에 걸릴 가능성이 높다고 예측하며, 단계 4f로 이행한다.

단계 4f에서는 처리수단(4)이 단계 4d에서 예측한 결과를 표시수단(3)에 표시하고/하거나 기억수단(5)에 기록하며, 모든 예측 공정을 종료한다. 여기에서의 표시는 미리 기억수단(5)에 기억되어 있는 대장암 발병의 위험률을 나타내는 화상으로서 출력될 수도 있다. 또한, 필요에 따라 단계 4f에서 단계 4a로 이행하는 바와 같은 루프를 설정할 수 있다.

단계 4e에서는 처리수단(4)이 단계 4c의 결과로부터 상기 개체가 대장암에 걸릴 가능성이 높지 않다고 예측하며, 단계 4g로 이행한다.

단계 4g에서는 처리수단(4)이 단계 4e에서 예측한 결과를 표시수단(3)에 표시하고/하거나 기억수단(5)에 기록하며, 모든 예측 공정을 종료한다. 여기에서의 표시는 미리 기억수단(5)에 기억되어 있는 대장암 발병의 위험률을 나타내는 화상으로서 출력될 수도 있다. 또한, 필요에 따라 단계 4g에서 단계 4a로 이행하는 바와 같은 루프를 설정할 수 있다.

여기에서 사용되는 「표」란 유전자형과 암 발병의 위험률을 대응시킨 정보이다. 예컨대, 하기 표 1을 간략한 표로써 나타낸 예를 도 5에 나타낸다. 여기에서 사용되는 표는 유전자형과 암 발병의 위험률을 대응시킨 것일 수 있다. 즉, 유전자형과 암 발병의 위험률의 상관 관계를 실질적으로 나타낼 수 있는 표기이면 되고, 예컨대 「0」,「×」 및 「△」나 간략화된 수치에 따른 등급(예컨대 1, 2, 3, 4 및 5 등)일 수도 있다.

또한, 상술한 방법에서는 MK808만을 결정하여 정보로서 입력하여 예측하고 있지만, MK808의 정보에 더하여 그 자체로 공지된 다른 암 관련 유전자 및/또는 환경 인자와 암 발병의 위험률을 고려하여, 해당 정보로서 입력하여 예측할 수도 있다. 이 경우, 입력하는 정보에 따라 사용하는 표의 정보를 변경할 수 있다.

또한, 상술한 본 발명에 따른 방법은 원하는 경우에 따라서 본 발명의 범위를 벗어나지 않는 범위내에서 변경될 수 있다.

또한, 상술한 컴퓨터를 사용하여 개체에서 암 발병의 위험률을 예측하는 방법을 실행하기 위한 프로그램도 본 발명의 범위내에 있다. 이러한 프로그램은, 예컨대 개체에서 대장암 발병의 위험성을 예측하기 위해 컴퓨터를 하기 (1) 내지 (3)의 수단들로서 기능시키기 위한 프로그램이다:

(1) 개체에서 유래한 시료를 사용하여 결정된 MK808의 유전자형의 정보를 기록해 두기 위한 데이터 기록수단;

(2) 상기 (1)에서 기록된 유전자형으로부터, 미리 컴퓨터에 기억되어 있는 유전자형과 대장암 발병의 위험률을 대응시킨 표에 따라 대장암 발병의 위험률을 예측하는 수단; 및

(3) 상기 (2)에서 얻어진 예측 결과를 출력하는 출력수단.

또한 상기 프로그램은 개체에서 대장암 발병의 위험률을 예측하기 위해 컴퓨터를, 상기 개체에서 유래한 시료를 사용하여 결정된 MK808의 유전자형의 정보를 입력하는 입력수단으로서 기능시킬 수도 있다. 또한, 이러한 프로그램은 그 자체로 공지된 임의의 기억 매체에 기억되어 제공될 수 있다.

또한, 본 발명의 범위내에는,

(1) 유전자형과 대장암 발병의 위험률을 대응시킨 표를 기억하는 기억수단;

(2) 피검 대상인 개체에서 유래한 시료를 사용하여 결정된 MK808의 유전자형의 정보를 입력하는 입력수단;

(3) 상기 입력수단을 통해 입력된 유전자형과, 상기 기억수단이 기억하는 표에 따라 대장암 발병의 위험률을 예측하는 예측수단; 및

(4) 상기 예측수단의 예측 결과를 표시하는 표시수단을 구비함을 특징으로 하는, 개체에서 대장암 발병의 위험률을 예측하는 예측 장치도 포함된다.

또한, 본 발명은,

(1) 개체에서 유래한 시료를 사용하여 결정된 MK808의 유전자형의 정보를 컴퓨터의데이터 기록수단에 기록하는 단계;

(2) 상기 (1)에서 기록된 유전자형으로부터, 미리 컴퓨터에 기억되어 있는 유전자형과 대장암 발병의 위험률을 대응시킨 표에 따라 대장암 발병의 위험률을 예측하는 단계; 및

(3) 상기 (2)에서 수득된 예측 결과를 출력하는 단계

상술한 바와 같이, 단축형 MK mRNA가 발생할 것으로 예측될 경우, 이와 같이 예측되지 않는 경우에 비해 대상은 암 질환을 갖기 쉽다고 생각된다. 상술한 방법에서는 미드카인 유전자의 다형 부위로서 MK808을 사용한 예를 나타내었는데, 상술한 바와 같이, MK 유전자의 다른 부위 및 영역에 있어서의 변이를 검출함으로써, 마찬가지로 암 발병의 위험률을 예측할 수 있다. 이 경우, 상술한 방법의 암 발병 위험률의 예측 방법 및 컴퓨터를 사용하여 개체에서 암 발병의 위험률을 예측하는 방법에서 결정하는 다형의 유전자형은, 예컨대 MK의 mRNA가 단축형으로 되는 것이 예측되는지의 여부일 수 있다. 또한, 변이를 검출하는 수단은 그 자체로 공지된 임의의 방법에 따라 실시할 수 있다.

4. 암 발병의 위험률을 예측하기 위한 폴리뉴클레오티드

또한, 본 발명은 암 발병의 위험률을 예측하기 위해 사용가능한 폴리뉴클레오티드도 제공한다.

본 명세서에서 사용하는 「폴리뉴클레오티드」란 용어는 편의적으로 폴리뉴클레오티드 및 올리고뉴클레오티드 등을 총괄한 의미로 사용된다. 또한, 여기에서 「폴리뉴클레오티드」란 2개 이상의 뉴클레오티드가 인산 에스테르 결합에 의해 결합되어 이루어진 물질을 의미한다. 뉴클레오티드에는 디옥시리보뉴클레오티드 및 리보뉴클레오티드가 포함되지만, 이들로 한정되지는 않는다. 또한, 본 발명의 한 양태인 폴리뉴클레오티드는 인간으로부터 단리한 MK 유전자이거나, 이에 기초하여 얻은 DNA 및 RNA 등일 수 있다. 또한, 본 발명에 있어서「폴리뉴클레오티드」란 펩티드 핵산, 모르폴리노 핵산, 메틸포스포네이트 핵산, S-올리고 핵산 등의 인공합성 핵산도 지칭하는 것으로 간주된다.

폴리뉴클레오티드는 원하는 서열을 갖도록 합성할 수 있고, 또한 생체 시료로부터 제조할 수도 있다. 생체 시료로부터 제조하는 경우에는, 개체로부터 시료를 채취한 후, 이 시료로부터 폴리뉴클레오티드를 추출하는 통상적인 조작을 실시할 수 있다. 생체 성분으로부터 폴리뉴클레오티드를 추출하는 방법으로는, 예컨대 페놀 추출, 에탄올 침전 외에 임의의 추출 방법을 사용할 수 있다.

예컨대, 본 발명에 따라 제공되는 MK808을 검출하기 위한 폴리뉴클레오티드는 개체에서 유래한 시료에서 폴리뉴클레오티드의 염기 서열을 결정하기 위한 핵산 프로브(probe)나 프라이머로 사용할 수 있다.

예컨대, 핵산 프로브는 DNA 마이크로어레이(microarray)(일반적으로는 DNA 칩(chip)이라고도 지칭함)의 기본체에 포함된 상태로 사용될 수 있다. 본 발명에 따른 폴리뉴클레오티드를 핵산 프로브로 포함하는 DNA 마이크로어레이도 본 발명의 범위내에 있다.

예컨대, 본 발명에 따라 사용할 수 있는 DNA 마이크로어레이는 표적이 되는 핵산을 검출 및/또는 분석하기 위한 핵산을 프로브로 포함하는 장치이다. 이와 같은 DNA 마이크로어레이는 핵산 프로브와 검출 대상인 핵산과의 하이브리드 형성법을 이용하여 목적으로 하는 핵산의 검출 등의 해석을 수행한다. 이러한 DNA 마이크로어레이는 그 자체로 공지된 방법에 따라 제조할 수 있다.

본 발명에 따라 제공되는 폴리뉴클레오티드는 MK808의 변이를 검출 또는 해석하기 위한 폴리뉴클레오티드일 수 있다.

예컨대, 본 발명의 폴리뉴클레오티드는 이하의 (a) 내지 (e)로 구성된 군에서 선택된 폴리펩티드, 또는 이하의 (a) 내지 (e)를 포함하는 폴리뉴클레오티드일 수 있다.

(a) 서열번호: 1 및 서열번호: 2로 표시되는 폴리뉴클레오티드.

(b) 서열번호: 3 및 서열번호: 4로 표시되는 폴리뉴클레오티드.

이들 염기 서열은 상기 MK808의 유전자형이 통상적으로 검출되는 G 또는 T가 아니라, A 및 C인 서열이다. 이들 서열은 개체에서 유래한 시료의 폴리뉴클레오티드의 염기 서열을 결정하기 위한 프로브로서 바람직하게 이용될 수 있다. 예컨대, SNP 부위의 유전자형을 해석할 때에 얻어진 결과의 신뢰성을 높이는데 유용하다.

(c) 상기 (a) 및 (b)로 표시되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 암 관련 유전자인 MK808을 제외한 1개 또는 수개의 뉴클레오티드가 결실, 치환 또는 부가된 수식 폴리뉴클레오티드.

(d) MK808 부위를 포함하는 MK 유전자의 일부 단편인 폴리뉴클레오티드.

예컨대, 이러한 단편은 약 10개의 뉴클레오티드 내지 약 500개의 뉴클레오티드일 수 있다. 바람직하게는, 약 10개의 뉴클레오티드 내지 약 100개의 뉴클레오티드이며, 핵산 프로브로 사용할 경우에는 약 10개의 뉴클레오티드 내지 약 30개의 뉴클레오티드인 것이 보다 바람직하다.

(e) 상기 (a) 내지 (d)에 기재된 폴리뉴클레오티드의 상보 서열.

또한, 상기 폴리뉴클레오티드를 포함하는 소위 DNA 마이크로어레이도 본 발명의 범위내에 있다. 여기에서 사용하는 「DNA 마이크로어레이」란 용어는 일반적으로 DNA 마이크로어레이로 칭해지는 장치 및 DNA 칩이라 칭해지는 장치도 포함하는 총괄적인 단어로 사용한다.

본 발명의 한 양태로 제공되는 DNA 마이크로어레이는 일반적으로는 유전자의 해석 등에 사용할 수 있는 장치이다. 본 발명의 한 양태에 따른 DNA 마이크로어레이의 기본적인 구조는 기판에 MK808의 변이를 검출하기 위한 폴리뉴클레오티드가 핵산 프로브로서 구비되는 것을 특징으로 한다. 또한, 이러한 DNA 마이크로어레이는 그 자체로 공지된 임의의 방법에 의해 제조할 수 있다.

예컨대, 본 발명에 따른 프라이머로 사용될 수 있는 폴리뉴클레오티드는 MK808 유전자의 변이를 검출 또는 해석하기 위한 폴리뉴클레오티드를 증폭시키기 위해 사용되는 폴리뉴클레오티드일 수 있다. 이러한 프라이머의 예는 서열번호: 5, 서열번호: 6, 서열번호: 7, 서열번호: 8, 서열번호: 9 및 서열번호: 10으로 표시되는 서열을 갖는 폴리뉴클레오티드일 수 있다.

이하에서, 실시예를 통해 본 발명을 더욱 상세히 설명한다.

실시예

1. MK 유전자의 다형의 해석

(1) 대상

암환자군으로서, 군마대학 부속병원에서 치료를 받고 있는 암환자(대장암 98명, 위암 60명, 유방암 37명, 폐암 32명 및 식도암 51명)를 대상으로 하였다. 대조군인 정상인은 군마대학 직원 및 대학생으로 구성된 86명을 이용하였다. 상기 암환자 및 정상인은 모두 일본인이다.

(2) 게놈 DNA의 추출

우선, 각 군의 개체로부터 채취한 시료로부터 게놈 DNA를 추출했다.

암환자의 경우, 군마대학 부속병원에서 실시된 외과적 수술에 의해, 상기 암환자로부터 절제된 종양 조직을 시료로 사용하였다. 또한, 종양 조직은 종양 전체에서 보아 중심 부분에 상당하는 부분이며, 동시에 분명히 종양이라 판정받은 부분 및 종양 주변에서 분명히 종양이 아니라고 판정받은 부분을 사용하였다. 채취한 조직 시료는 절제후 바로 액체 질소중에서 동결시켰고, -80℃에서 보존하였다.

동결보존해 둔 조직을 도데실 황산 나트륨(이하, SDS라 기재함) 및 프로테나제 K(와코우 쥰야쿠(和光純藥)사 제조)로 처리한 후, 페놀클로로포름 추출 및 에탄올 침전을 수행함으로써 DNA를 추출했다.

정상인으로부터는 시료로서 혈액을 채취하여 사용하였다. 게놈 DNA는 채취한 말초혈로부터, QIAamp 블러드 키트(QIAamp Blood kit, 등록상표)(독일 힐덴 소재의 퀴아진(Qiagen)사 제조)를 사용하여 사용 안내서에 따라 정제하였다.

(3) MK 유전자의 PCR 증폭

상기 (2)에서 추출한 게놈 DNA를 서열번호: 5 내지 서열번호: 8을 프라이머로 사용하여 PCR에 의해 증폭시켰다. PCR에 의한 증폭은 이하의 방법으로 실시하였다. 상기 (2)에서 얻은 50 ng의 정제 게놈 DNA를, 0.2 μM의 프라이머, 0.2 mM의 dNTP, 10 mM의 Tris-HCl(25℃에서 pH 8.8), 1.5 mM의 MgCl₂, 0.5 U의 Taq DNA 중합효소(사와디사 제조), 1O%의 디메틸설폭사이드(DMSO, 와코우 쥰야쿠사 제조)(프라이머에 의존함) 및 0.1 μL의 [α³²P] dCTP(약 3,000 Ci/mmol, 10 mCi/mL, 아머샴(Amersham)사 제조)를 포함하는 최종 용량 10 μL의 반응액 중에서 실시하였다. PCR 반응은 DNA 서멀 사이클러(thermal cycler)(피이 어플라이드 바이오시스템즈(PE Applied Biosystems)사 제조)에서, 95℃에서 1분, 60 내지 66℃에서 40초 및 70℃에서 50초로 35 사이클로 실시하였다.

(4) 단일 가닥 DNA 고차구조의 다형의 해석

상기 (3)에서 증폭시킨 PCR 산물을 85%의 포름아미드 중에서 94℃에서 5분간의 열변성을 실시한 후, 수냉시켜 전기영동에 걸었다. 전기영동을 5% 또는 10%의 글리세롤을 포함하는 5%의 폴리아크릴아미드겔을 사용하여 25 W 또는 40 W 정출력으로 온도 12℃의 조건하에서 3시간 또는 4시간 실시하였다. 전기영동 후, 겔을 진공건조시켜 코닥(Kodak) XAR 필름에서 실온에서 하룻밤 노출시킴으로써 분리 DNA의 방사선 사진을 찍었다.

(5) DNA 염기 서열의 해석

이동도가 다른 DNA 단편을 건조겔로부터 잘라내고 센스(sense) 프라이머 및 안티센스(antisense) 프라이머(각각 서열번호: 9 및 서열번호: 10으로 기재함)를 사용하여 다시 상기 (3)과 동일한 조건하에서 35 사이클의 PCR 증폭을 실시하였다. 수득된 PCR 산물은 357 염기쌍 단편(이하, bp라 기재함)이다. 다음에 이것을 인비트로진(invitrogen)사가 제조한 TA 클로닝 키트를 사용하여 벡터에 끼워넣고, 시마즈 제작소(島津製作所)가 제조한 DNA 시퀀서(sequencer)(DSQ 1000형)를 사용하여 DNA 염기 서열을 결정했다.

또한, G/G형 및 G/T형의 염기 서열을 해석하는 간편한 방법으로서, 제한효소 AvaII(미국 소재의 뉴 잉글랜드 바이오랩(New England BioLab))에 의한 절단 방법과, 1.5% 아가로즈 겔 중에서의 전기영동 방법을 실시하였다. 원하는 MK808은 이 제한효소 절단 서열(5'-GGACC-3')에 있다. G에서 T로의 변이에 의해, 상기 절단 서열은 절단되지 않는 서열(5'-GTACC-3')로 변한다. 따라서, 이하의 결과에 나타낸 바와 같이 이 다형의 유전자형을 판정할 수가 있었다.

2. 결과

상기 1의 (5)의 결과에서 수득된 전기영동의 결과를 모식적으로 도 6에 나타내었다(도 6). 도 6에서 레인 1은 G/T형의 대장암 환자와 정상인 등, 레인 2는 G/G형의 대장암 환자와 정상인 등, 레인 3은 염기 길이 표준물질, 레인 4는 AvaII 미처리된 G/G형 또는 G/T형 대장암 환자와 정상인 등에 관한 결과이다.

MK808의 유전자형이 G/G인 경우에는, 상기 1의 (5)의 PCR에 의해 얻어진 PCR 산물에서 대립 유전자 이중 가닥 DNA중 어느 한쪽 가닥에서 유래한 것에도 제한효소 AvaII의 인식 부위가 존재한다. 따라서, MK808의 유전자형이 G/G인 경우, 260 bp와 97 bp의 2개의 밴드(band)가 검출되었다. 한편, MK808의 유전자형이 G/T 이형접합체인 경우에는, 대립 유전자 이중 가닥 DNA중 한쪽 가닥에서 유래한 PCR 산물에는 제한효소 AvaII의 인식 부위가 존재하지 않는다. 따라서, MK808의 유전자형이 G/T인 경우, 260 bp와 97 bp의 2개의 밴드에 더하여 357 bp 밴드도 검출되었다.

모든 암환자 및 정상인에 대해서 상술한 바와 같이 해석한 결과를 하기 표 1에 나타낸다:

정상인 대조군 및 암환자군에서의 2개의 유전자형(G/G 및 G/T)의 분포
시료의 출처(명수: n)	유전자형^a(%)	P값^b(대상/암)
시료의 출처(명수: n)	G/G	P값^b(대상/암)	G/T
정상인 대조군(n=86)	84(97.7)	2(2.3)
남성(n=40)	38(95.0)	2(5.0)
여성(n=46)	46(100)	0
암환자군(n=286)
대장암(n=98)	87(88.8)	11(11.2)	0.017
위암(n=60)	59(98.4)	1(1.6)	n.s.
식도암(n=59)	56(95.0)	3(5.0)	n.s.
폐암(n=32)	31(96.9)	1(3.1)	n.s.
유방암(n=37)	37(100)	0	n.s.
a: T/T형의 유전자형은 어떠한 암환자 또는 정상인에서도 관찰되지 않았다.b: 통계해석은 피셔의 직접 확률 계산법(Fisher's exact probability test)에 따라 실시하였다.n.s.는 「유의차 없음」의 약어이다.

표 1에 정상인 및 암환자의 각 유전자형의 G/G 및 G/T의 분포와 그 비율을 나타내었다. G/T형의 비율은 정상인에서는 2.3%(86명중 2명)이었다. 암환자에 있어서는 대장암에서 11.2%(98명중 11명), 위암에서 1.6%(60명중 1명), 식도암에서5.0%(59명중 3명), 폐암에서 3.1%(32명중 1명), 유방암에서는 0%(37명중 0명)이었다. 이 결과로부터, 정상인보다도 대장암 환자에서 G/T형이 고빈도로 나타남을 알 수 있다. 또한, 이들 결과를 피셔의 직접 확률 계산법에 의해 통계학적으로 해석한 결과, 대장암과 대조군 사이에 유의차를 얻을 수 있었다(P=0.017). 또한, G/T형을 갖는 시료(20명)중, 대장암 환자는 11명(55%)이었음에 비해 정상인에서는 2명(10%)이었다. 이 결과로부터, 대장암과 MK808의 유전자형 G/T와의 사이에는 유의적인 연관성이 있음이 분명해졌다. 또한, 다른 암에서도 G/T형을 갖는 환자가 0 내지 15%로 그 수치에 차이는 있지만, 정상인에 비교하여 일반적으로 많은 경향을 보였다. 이상의 결과로부터, MK808에 있어서의 유전자형 G/T와 대장암을 중심으로 하는 암과의 연관성이 시사되었다.

3. 고찰

근년, 많은 연구에 의해 성장 인자가 정상 조직의 증식을 촉진할 뿐 아니라, 악성 전이를 유도한다는 것이 증명되고 있다(아론손(Aaronson, S. A.)의 문헌[Science,254: 1146-1153, 1991] 참조). 성장 인자의 과발현은 많은 인간 종양에서 보여지며, 이 현상은 종종 발암의 원인이라 간주된다(아론손의 문헌[Science,254: 1146-1153, 1991] 참조). MK 유전자의 발현량의 상승은 많은 인간 암에서 관찰되고 있다(아리도메, 쓰쓰이(Tsutsui, J.), 다카오(Takao, S.), 구도마쓰(Kdomatsu, K.), 오자와(Ozawa, M.), 아이코우(Aikou, T.) 및 무라마쓰(Muramatsu, T.)의 문헌[Jpn. J. Cancer Res.,86: 655-669, 1995] 참조). 또한, 정상 세포에서는 보이지 않는 엑손 3의 결손을 갖는 단축형의 MK mRNA도 암세포에서 발견되고 있다(가나메(Kaname, T.) 및 가도마쓰(Kadomatsu, K.)의 문헌[Biochem. Biophys. Res. Commun.,219: 256-260, 1996] 참조). 그러나, 종양 발생에 있어서의 MK의 생물학적인 기능은 확실하게는 해명되지 않았다.

MK 유전자의 유전자 다형은 PCR-SSCP와 DNA 서열 분석에 의해 본 발명자들이 동정하여 이미 보고하였다(아메드, 시타라, 구와노, 다케노시타, 우치누로 및 시노자와의 문헌[Int. J. Mol.,6: 281-287, 2000] 참조). 이번에 본 발명자들은 MK 유전자 다형과 암 발병의 위험률과의 연관성을 처음으로 밝혔다. 또한 본 발명자들은 상술한 실시예와 동일한 방법에 의해 MK808의 유전자형의 G/T와 대장암과의 연관성을 증명하기 위한 추가의 시험을, 86명의 정상인, 98명의 대장암, 60명의 위암, 59명의 식도암, 32명의 폐암 및 37명의 유방암에서 얻은 DNA에 대해 실시하였다. 그 결과를 피셔의 직접 확률 계산법에 의해 통계학적으로 분석한 결과, P<0.017의 확률로 G/T 다형과 대장암과의 연관성을 증명했다.

몇 개의 중요한 유전자의 연구가 인트론 영역의 다형의 중요성을 뒷받침한다. hHSH2의 인트론 12에 있어서의 단일 뉴클레오티드 다형은 결장암의 높은 위험률과 관련되어 있음이 보고되어 있다(게슬(Gessl, C.), 플라쉬케(Plaschke, J.), 피스토리우스(Pistorius, S.), 한(Hahn, M.), 프랭크(Frank, S.), 함플(Hampl, M.), 고르겐스(Gorgens, H.), 코흐(Koch, R.), 새게(Saege, H. D.) 및 샤커트(Schackert, H. K.)의 문헌[Eur. J. Cancer,33: 1869-1874, 1997] 참조). 마브리도우(Mavridou D.) 등은 TP53의 인트론 6에 있어서의 61번 뉴클레오티드에 위치하는 다형(G에서 A로의 변이)이 난소암의 높은 위험률과 관련된다고 보고하였다(마브리도우, 고르날(Gornall, R.), 캠프벨(Campbell, I. G.) 및 에클레스(Eccles, D. M.)의 문헌[Br. J. Cancer,77: 676-677, 1998] 참조). 엑손에 있어서의 변이와는 달리, 통상적으로 이들 인트론의 변이는 그 유전자의 이상 발현을 발생시키지 않는 것이다. 그러나, 암의 위험률에 있어서의 이들의 영향은 다른 감수성 유전자와의 연쇄에 의해 기인될 가능성도 있다(게슬, 플라쉬케, 피스토리우스, 한, 프랭크, 함플, 고르겐스, 코흐, 새게 및 샤커트의 문헌[Eur. J. Cancer,33: 1869-1874, 1997] 참조). 또한, mRNA의 이상한 스플라이싱(splicing)을 유도하여 변이 mRNA를 야기할 가능성도 있다(스기모토(Sugimoto, K. M.), 도요시마(Toyoshima, H.), 사카이(Sakai, R.), 미야가와(Miyagawa, K.), 하기와라(Hagiwara, K.), 이시카와(Ishikawa, F.), 다카쿠(Takaku, F.), 야자키(Yazaki, Y.), 및 히라이(Hirai, H.)의 문헌[Blood,79: 2378-2383, 1992] 참조).

여기에서 보고한 바와 같이 본 연구에서 본 발명자들은 G/T의 이형접합체의 다형이 대장암의 높은 위험률과 유의적인 관련이 있음을 발견하였다. 이것은 이 다형이 대장암의 발병 원인에 기여할 가능성을 시사하는 것이다. 이 다형은 MK 유전자의 엑손 3과 인트론 3의 영역에서의 유일한 유전자적 변이였다(아메드, 시타라, 구와노, 다케노시타, 우치누로 및 시노자와의 문헌[Int. J. Mol.,6: 281-287, 2000] 참조). 이하와 같이 상기 다형이 MK 전구 mRNA의 이상 스플라이싱의 원인인 것 같다.

야생형의 MK 전구 mRNA에 있어서 추정되는 스템-루프 구조는 인트론 3의 다형을 포함하여 형성되어 있다(도 7). 자유 에너지는 △G=-21.9 Kcal/mol이다. 이 스템에서의 인트론 3의 62번(즉, MK808)에서 G에서 T로의 변이는 이 위치에 존재하는 염기쌍의 상호작용을 혼란시킴으로써 상기 스템-루프 구조를 불안정화시킬(△G= -21.9 Kcal/mol로부터 △G= -14.7 Kcal/mol로 저하시킴) 가능성이 있다. 상기 G/T 다형을 포함하는 2차 구조의 불안정화로 인해 MK 전구 mRNA의 스플라이싱 이상이 야기됨으로써, tMK mRNA 및 tMK 단백질의 생성이 초래된다. 이에 따라, MK 기능에 상기 다형이 영향을 미치는 메카니즘을 설명할 수 있을 것이다. 여기에서, 상기 자유 에너지는 유전자 정보처리 소프트웨어 「진틱스-윈(Genetyx-Win)(버전 3.1)」에 의해 결정했다.

당업자는 한층 더한 이익 및 변경을 용이하게 생각해낼 수 있을 것이다. 따라서, 그 보다 넓은 범위의 측면에서의 본 발명은 여기에 나타내면서 기재된 상세하고 대표적인 양태에 의해 한정되는 것이 아니다. 따라서, 첨부된 특허청구범위 및 이들 등가물에 의해 한정되는 바와 같은 전반적인 발명의 사상의 정신 및 범위에서 벗어나지 않는 한, 다양한 변경이 이루어질 수 있다.

본 발명에 의해, 암에 관련된 변이 부위와, 이 변이 부위의 유전자형에 따라 암 발병의 위험률을 예측하는 방법을 제공할 수 있다.

Claims

(1) 개체에서 유래한 시료를 수득하는 단계;

(2) 상기 (1)의 시료에서 미드카인(midkine) 유전자의 다형에 대해 해석하는 단계; 및

(3) 상기 (2)에서 결정된 다형으로부터 암 발병의 위험률을 예측하는 단계

를 포함하는, 개체에서 암 발병의 위험률을 예측하는 방법.
제 1 항에 있어서,

(2)에 기재된 미드카인 유전자의 다형에 대해 해석하는 단계가 상기 다형의 유전자형을 결정함으로써 이루어짐을 특징으로 하는, 개체에서 암 발병의 위험률을 예측하는 방법.
제 1 항에 있어서,

미드카인 유전자의 다형이 인트론 2, 엑손 3 및 인트론 3에 존재하는 다형임을 특징으로 하는, 개체에서 암 발병의 위험률을 예측하는 방법.
제 2 항에 있어서,

미드카인 유전자의 다형이 인트론 2, 엑손 3 및 인트론 3에 존재하는 다형임을 특징으로 하는, 개체에서 암 발병의 위험률을 예측하는 방법.
제 2 항에 있어서,

미드카인 유전자의 다형이 야생형과는 다른 경우에, 개체가 암 질환을 가질 가능성이 높다고 예측하는, 개체에서 암 발병의 위험률을 예측하는 방법.
제 1 항에 있어서,

미드카인 유전자의 mRNA가 단축형(truncated form)이라고 예측되는 경우에, 개체가 암 질환을 가질 가능성이 높다고 예측하는, 개체에서 암 발병의 위험률을 예측하는 방법.
제 3 항에 있어서,

미드카인 유전자의 mRNA가 단축형이라고 예측되는 경우에, 개체가 암 질환을 가질 가능성이 높다고 예측하는, 개체에서 암 발병의 위험률을 예측하는 방법.
제 4 항에 있어서,

미드카인 유전자의 mRNA가 단축형이라고 예측되는 경우에, 개체가 암 질환을 가질 가능성이 높다고 예측하는, 개체에서 암 발병의 위험률을 예측하는 방법.
제 1 항에 있어서,

미드카인 유전자의 다형이 MK808이고 그의 유전자형이 G/T 이형접합체 또는 T/T 동형접합체인 경우에, 개체가 암 질환을 가질 가능성이 높다고 예측하는, 개체에서 암 발병의 위험률을 예측하는 방법.
제 1 항 내지 제 10 항중 어느 한 항에 있어서,

암이 대장암임을 특징으로 하는 방법.
(1) 개체에서 유래한 시료를 사용하여 결정된 미드카인 유전자의 유전자형의 정보를 컴퓨터의 데이터 기록수단에 기록하는 단계;

(2) 상기 (1)에서 기록된 유전자형으로부터, 미리 컴퓨터에 기억되어 있는 유전자형과 암 발병의 위험률을 대응시킨 표에 따라 암 발병의 위험률을 도출하는 단계; 및

(3) 상기 (2)에서 수득된 예측 결과를 출력하는 단계

를 포함하는, 컴퓨터를 사용하여 개체에서 암 발병의 위험률을 예측하는 방법.
(1) 작업자가, 개체에서 유래한 시료를 사용하여 결정된 미드카인 유전자의 유전자형을 컴퓨터에 입력하는 단계;

(2) 상기 (1)에서 입력된 유전자형에 대해서, 미리 컴퓨터의 기억수단에 기억되어 있는 유전자형과 암 발병의 위험률을 대응시킨 표에 따라 컴퓨터가 암 발병의 위험률을 도출하는 단계; 및

(3) 상기 (2)에서 수득된 예측 결과를 컴퓨터가 작업자에게 표시하는 단계

를 포함하는, 컴퓨터를 사용하여 개체에서 암 발병의 위험률을 예측하는 방법.
개체에서 암 발병의 위험성을 예측하기 위해, 컴퓨터를 하기 (1) 내지 (3)의 수단들로서 기능시키기 위한 프로그램:

(1) 개체에서 유래한 시료를 사용하여 결정된 미드카인 유전자의 유전자형의 정보를 기록하는 수단;

(2) 상기 (1)에서 기록된 유전자형으로부터, 미리 컴퓨터에 기억되어 있는 유전자형과 암 발병의 위험률을 대응시킨 표에 따라 암 발병의 위험률을 도출하는 수단; 및

(3) 상기 (2)에서 수득된 예측 결과를 출력하는 수단.
(1) 유전자형과 암 발병의 위험률을 대응시킨 표를 기억하는 기억수단;

(2) 피검 대상인 개체에서 유래한 시료를 사용하여 결정된 MK808의 유전자형의 정보를 입력하는 입력수단;

(3) 상기 입력수단을 통해 입력된 유전자형과, 상기 기억수단이 기억하는 표에 따라 암 발병의 위험률을 도출하는 예측수단; 및

(4) 상기 예측수단의 예측 결과를 표시하는 표시수단

을 구비함을 특징으로 하는, 개체에서 암 발병의 위험률을 예측하는 예측 장치.
하기 (a) 내지 (d)의 폴리뉴클레오티드로 구성된 군에서 선택된 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 MK808의 유전자형을 결정하기 위한 핵산 프로브(probe)로서 포함하는 DNA 마이크로어레이(microarray):

(a) 서열번호: 1, 서열번호: 2, 서열번호: 3 및 서열번호: 4로 구성된 군에서 선택된 폴리뉴클레오티드;

(b) 상기 (a)에 표시된 폴리뉴클레오티드에 있어서, 암 관련 유전자인 MK808을 제외한 1개 또는 수개의 뉴클레오티드가 결실, 치환 또는 부가된 수식 폴리뉴클레오티드;

(c) MK808 부위를 포함하는 MK 유전자의 일부 단편인 폴리뉴클레오티드; 및

(d) 상기 (a) 내지 (d)에 기재된 폴리뉴클레오티드의 상보 서열.