KR20020063072A

KR20020063072A - 피시알에 의한 파필로마 바이러스의 검출용 키트 및 그검출방법

Info

Publication number: KR20020063072A
Application number: KR1020010003811A
Authority: KR
Inventors: 이경옥; 권오중
Original assignee: (주)네오딘
Priority date: 2001-01-26
Filing date: 2001-01-26
Publication date: 2002-08-01

Abstract

본 발명은 간편하고 신속하며 개량된 특이도와 민감도를 갖는 바이러스 핵산을 검출하는데 사용되는 키트 및 상기의 키트를 이용한 바이러스 핵산을 검출하는 방법에 관한 것으로, 더욱 상세하게는 약산성이온교환수지를 포함하는 DNA 추출액 및 증류수, 완충액, dNTP, HPV 16 프라이머, HPV 18 프라이머, β-글로빈 프라이머 및TaqDNA 중합효소와 우라실 DNA 글리코시레이즈 혼합효소액을 포함하는 피시알 마스터혼합액을 포함하는 HPV 검출용 키트 및 그 키트를 이용한 HPV 검출방법에 관한 발명이다.

Description

피시알에 의한 파필로마 바이러스의 검출용 키트 및 그 검출방법{Kit for detecting HPV by PCR and detection method thereof}

본 발명은 핵산증폭방법을 사용하여 샘플내의 특정한 핵산을 검출하는 방법에 관한 발명으로, 더욱 상세하게는 PCR방법을 사용하여 HPV 바이러스를 검출하는데 사용되는 키트 및 그 검출방법에 관한 것이다.

일반적으로 바이러스 감염증을 진단하는 방법으로는 크게 두 가지로 나눌 수 있다. 첫 째는 바이러스의 펩타이드에 대한 항체를 측정하는 면역효소 측정법 (Enzyme Immuno Assay: EIA)이며, 두 번째로는 균의 항원이나 핵산을 직접 검출하는 방법으로서 배양법이나 유전자진단법 등이 있다. 면역효소측정법은 질병의 초기단계에서 혈중 바이러스의 량이 작을 경우 검출하기 어려우며, 또한 항체의 검출 자체가 감염을 의미하는 것은 아니므로 정확한 진단을 위해서는 확진 검사가 필요하다. 한편 바이러스배양법은 가장 고전적으로 사용되어 오고 있는 검사방법이나, 시간이 오래 걸리고, 숙련된 기술이 요구된다. 최근에 대두되고 있는 유전자 진단방법은 바이러스의 핵산을 직접 검출할 수 있으므로 확진 검사로서 매우 의의가 크다. 여러 가지 유전자진단방법이 소개되고 있으며, 그 중 PCR 방법은 C형 간염바이러스, 결핵균, 에이즈 바이러스 등과 같은 바이러스 감염증 질환의 진단에 활용이 증가하고 있다. PCR을 이용한 바이러스 핵산 검출의 주된 관심은 환자의 샘플에 특정 유전자 돌연변이나 병원균이 존재하는 가에 초점이 맞추어져 있다. 이 방법을 이용하면 미량의 핵산을 수백만 배로 증폭하여 검출할 수 있으므로, 기존의 배양법에 비하여 신속하고 간편하게 검사할 수 있다.

한편 PCR 기술의 발전은 핵산의 검출에 필요한 검출한계를 크게 낮추는데 기여하였지만, 여전히 핵산농도가 특히 낮은 경우에는 큰 문제가 되고, 또 PCR의 효율이 반응기기마다 다르게 나타날 수 있어서 이러한 효율의 차이가 결과의 차이를 이끄는 경우도 있어서 알려진 방법으로 얻어진 정량데이터의 재생성이 불충분한 것은 사실이다. PCR의 정성방법을 개선하기 위하여 길리란드는 샘플과 동시에 증폭되는 일련의 희석된 내부의 표준물질을 사용하여 샘플의 카피수를 표준희석시리즈의 카피수와 비교하여 정량하는 경쟁적 PCR방법을 개발하였고(PNAS 87:2725(1990)), 또 적은 양의 PCR 생성물의 개량된 검출방법으로 형광체가 표지된 프라이머와 자동 레이져 형광 DNA 분석기를 이용한 방법이 포르세르 등에 의해서 개발되었다(BioTechniques 13(1992), 106).

일반적으로 사람에게 질병을 일으키는 바이러스는 매우 많이 존재한다. 그 중 파필로마바이러스[Human papilloma virus(HPV)]는 피부, 상기도, 폐, 식도, 외음항문부, 자궁질, 경부 등 다양한 장기에서 감염증을 보이는 데, 임상적으로 가장 중요한 것은 HPV의 피부감염와 자궁경부감염으로 대별할 수 있다. 최근 자궁경부암의 중요한 원인중의 하나가 HPV감염이라는 것이 밝혀지면서 많은 연구와 함께 임상적 관심을 모으고 있다. HPV와 자궁경부암의 연관성에 관한 연구에는 HPV가 자궁경부암의 발암인자로서 HPV 유전자로부터 표현된 단백질이 숙주세포의 유전자를 활성화시켜 악성 표현형을 유도한다는 의견과, HPV의 유전자가 숙주염색체의 암유전자 부위에 삽입되어 이것의 조절작용에 영향을 미치므로 암유전자를 활성화시킨다는견해가 있다. HPV는 Parvo바이러스과로 분류되는 직경이 약 45-55 nm정도되는 DNA바이러스이며 현재 약 60여 종의 HPV 유전자형이 보고되어 있다. 여기서 각 HPV의 유전자형은 표준 프로토콜에 따른 액상에서 알려진 종과 50% 이하의 DNA 교차접합성을 가지는 것을 의미한다. 이들 중 HPV 6, 11, 16, 18, 31, 33, 35, 45, 56 등이 사람의 여성 생식기의 질환과 관련이 있다고 알려져 있다. 자궁경부병변과 HPV와의 상관성을 볼 때, HPV type 6, 11은 저위험군으로 분류되며 주로 양성 콘딜롬과 경증 자궁경부 이형성에서 바이러스 입자로 발견되는 반면 type 16, 18은 고위험군으로 자궁경부암 및 진행성 경향이 높은 자궁경부 상피내 종양에서 높은 빈도를 보이고 있다. 따라서 최근 자궁경부암의 위험인자를 측정하기 위한 HPV 16, 18 type 검사의 임상적 활용이 증가하고 있다.

HPV를 검출하는 방법으로는 세포 배양이 있으나, 방법이 까다롭고 시간이 오래 걸리므로 임상실험실에서 적용하기는 어렵다. 또한, 혈청학적인 측정 방법으로 HPV에 대한 항체를 증명하는 경우도 있으나 HPV형에 대한 특이성을 구분하기 어려우므로 임상 진단용으로는 적당치 않다. 최근에는 HPV에 특이한 DNA probe를 이용한 hybridization법이 사용되고 있으나 자궁경부의 병변 정도에 따라 HPV DNA양의 차이가 크기 때문에 감도와 특이성이 다소 떨어지며 실험시간이 길게 소요된다. 최근 HPV의 임상진단을 위하여 유전자진단방법중 특이도와 민감도가 높은 PCR방법에 대한 관심이 높아지고 있다. 일반적으로 PCR을 이용하여 HPV 16과 HPV 18을 검출하기 위해서는, HPV 16과 HPV 18 각각의 유전자형에 특이한 프라이머를 사용하여 PCR을 두 번 시행해야 한다. 대부분 연구소 및 병원의 임상 검사실에서는 HPV PCR검사를 하기 위하여 논문 등을 참조하고, 각자의 방법대로 변형시켜 피시알 반응을 위한 온도조건, 완충액 등을 만들어 실험하고 있으나, 실험의 정확성 및 재현성의 저하, 빈번한 오염 등으로 인하여 정확한 측정에 어려움을 겪고 있다. 이러할 경우 시간과 노력이 많이 들기 때문에, 본 발명자들은 하나의 반응기에서 HPV 16번과 HPV 18번을 동시에 실시하는 일명 multiplex PCR 기법을 이용하여 신속하고 간편한 PCR법을 개발하였다. 그리고 PCR 대조군으로는 사람의 베타-글로빈 유전자의 프라이머를 사용하였으며, 한 개의 튜브에서 HPV 16, 18, 그리고 베타글로빈을 동시에 증폭시키므로서, 일반 검사실에서 HPV 16, 18형 항원을 쉽게 검출할 수 있게 만든 진단 키트이다. 구성물로는 DNA추출시약과, HPV 16/18 E6 영역에서 염기서열이 잘 보존된 부분에서 피시알 반응을 위한 프라이머, 피시알 반응을 확인하는 베타글로빈 프라이머, 그리고TaqDNA 중합효소를 비롯하여 피시알 반응을 실시하는데 필요한 각종 요소가 적절하게 배합된 효소액, 피시알 완충액 등으로 되어 있다. 본 진단키트는 한 반응기에서 PCR을 시행하므로 경제적이면서도 기존의 방법에 비해 간편하며 빠른 방법으로 HPV PCR검사를 실시할 수 있다.

본 발명은 상기한 문제점을 해결하고, 상기의 필요성에 의하여 안출된 것으로서, 본 발명의 목적은 간편하고 신속하며 개량된 특이도와 민감도를 갖는 바이러스 핵산을 검출하는데 사용되는 키트를 제공하는 것이다.

본 발명의 다른 목적은 상기의 키트를 이용한 바이러스 핵산을 검출하는 방법을 제공하는 것이다.

도 1은 HPV16 PCR 산물 사이즈 226 bp, HPV18 PCR 산물 사이즈 293 bp 및 β-글로빈 PCR 산물 사이즈 394 bp를 확인한 사진.

도 2는 본 발명인 키트의 특이도를 나타낸 사진. 도 2에서 레인 1은 Phage 174 DNA/HaeIII 분자량 마커, 레인 2는 음성 대조군, 레인 3은 HPV 16 ATCC 45113, 레인 4는 HPV 18 ATCC 45152, 레인 5는 HPV 6 ATCC 2206, 레인 6은 HPV 11 ATCC 45151, 레인 7은 HPV 31 ATCC 65446, 레인 8은 HPV 35 ATCC 40330, 레인 9는 Herpes 바이러스 type I ATCC VR260를 나타낸다.

도 3은 본 발명의 키트의 민감도를 나타내는 사진. 도 3에서 a는 HPV 16의 결과이고, b는 HPV 18의 결과이며, 사진에서 각각 레인 1은 Phage 174 DNA/HaeIII 분자량 마커, 레인 2는 1 ng, 레인 3은 100 pg, 레인 4는 10 pg, 레인 5는 1 pg, 레인 6은 100 fg, 레인 7은 10 fg, 레인 8은 1 fg, 레인 9는 0.1 fg의 DNA를 나타낸다.

도 4는 타사의 키트와 본 발명 키트를 비교한 사진. M은 사이즈 마커, 왼쪽의 1에서 5레인은 본 발명의 키트이고, 오른쪽의 1에서 5 레인은 타사의 키트를 사용한 것.

상기한 목적을 달성하기 위하여 본 발명은 약산성이온교환수지를 포함하는 DNA 추출액 및 증류수, 완충액, dNTP, HPV 16 프라이머, HPV 18 프라이머, β-글로빈 프라이머,TaqDNA 중합효소와 우라실 DNA 글리코시레이즈 혼합효소액을 포함하는 피시알 마스터혼합액을 포함하는 HPV 검출용 키트를 제공한다.

본 발명에서 상기 HPV 16 프라이머 세트는 서열목록 1 및 2에 기재된 염기서열이고, 상기 HPV 18 프라이머 세트는 서열목록 3 및 4에 기재된 염기서열이며, 상기 β-글로빈 프라이머는 서열목록 5 및 6에 기재된 염기서열을 갖는 것이 바람직하다.

또 본 발명은 샘플에 본 발명의 DNA 추출시약 및 피시알 마스터혼합액을 처리한 후 피시알을 수행하는 단계 및 상기 HPV 존재를 젤을 통하여 확인하는 단계를 포함하는 HPV의 검출방법을 제공한다.

본 발명에서 사용된 프라이머선택 부위는 HPV 16/18 E6 유전자 영역이고, 특이 프라이머 염기배열은 표 1과 같다.

[표 1] HPV 특이 프라이머 염기배열

프라이머	염기배열 (HPV E6)
HPV16	Forward	TCG ATG TAT GTC TTG TTG CAG
HPV16	Reverse	AGG TTA CAA TAT TGT AAT GGG C
HPV18	Forward	CAA CAT AGC TGG GCA CTA TAG
HPV18	Reverse	CAT ACA CAA CAT TGT GTG ACG
β-globin	Forward	AGG GTT GGC CAA TCT ACT CC
β-globin	Reverse	CAA AGA ACC TCT GGG TCC AA

이하, 비한정적인 실시 예를 통하여 본 발명을 더욱 상세하게 설명한다.

실시예: 키트 구성성분의 제조

1) 피시알 마스터혼합액의 제조

HPV PCR 용액 15 ㎕ 당 키트에 포함된 효소액 0.5 ㎕씩 혼합하여 PCR 마스터 혼합액을 만들고, 1 검체당 15.5 ㎕를 사용하였다. 제조 방법은 멸균 3차 증류수 9.6 ㎕, 10배 완충액 2 ㎕ (15 mM MgCl_2,200 mM (NH₄)₂SO_4,725 mM Tris-HCl, pH 9.0, 0.1% Tween 20), 2 mM dNTP(dATP, dGTP, dCTP, dUTP) 1 ㎕, 10 pmol HPV 16 프라이머 0.7 ㎕, 10 pmol HPV 18 프라이머 1.0 ㎕, 10 pmol β-globin 프라이머 0.7 ㎕,TaqDNA 중합효소/Uracil DNA glycosylase 혼합액 0.5 ㎕ (5 U Taq 0.1 ㎕, 1 U UDG 0.1 ㎕,Taqdilution buffer 0.3 ㎕)를 혼합하여 제조하였다.

2) DNA 추출액의 제조

DNA 추출액은 5% Chelex 100 Resin (Bio-Rad)을 사용하였다. 제조방법은 멸균 3차 증류수 950 ㎕에 Chelex 100 Resin 50 ㎎을 혼합한 후 멸균 3차 증류수 넣어 1 ㎖로 만들었다.

3)TaqDNA 중합효소 희석 버퍼의 제조

Taq중합효소 희석 버퍼는 20 mM Tris-HCl (pH 8.0), 100 mM NaCl, 0.1 mM EDTA, 1 mM DTT, 0.5% Tween 20, 0.5% NP40, 50% Glycerol을 섞어서 제조하였다.

4) 기타

양성대조액으로는 HPV16/18 양성 DNA를 사용하였으며, 미네랄오일은 시판되는 것을 사용하였다(Sigma 사).

실험예 1: 본 키트를 통한 HPV의 검출

본 키트로 사용할 수 있는 검체는 여성의 질 분비물, 소변 등이며, 검체의 채취는 감염이 의심되는 부위의 가검물을 cyto-brush, 면봉 등으로 채취하여 멸균된 saline이나 PBS buffer에 넣어 냉장 보관하고 소변이나 기타 분비액은 멸균된 tube에 담아 보관한다.

(1) DNA의 추출

1.5 ㎖ tube에 침전물을 넣은 후 PBS로 2회 세척한 다음, DNA 추출액 50 ㎕를 넣은 후 100℃에서 20분간 가열한 후 3-5 분간 15,000 rpm에서 원심 분리한 다음, 분리된 상층액 4.5 ㎕를 PCR반응에 사용하였다.

(2) 피시알 마스터 혼합액의 제조 및 반응

HPV PCR 용액 15㎕ 당 효소액 0.5 ㎕씩 혼합하여 필요한 만큼의 HPV PCR 마스터혼합액을 제조하였다(표 2 참조). 다음으로 PCR 마스터 혼합액 15.5 ㎕를 각각의 PCR tube에 분주하고, 검체에서 추출한 DNA 4.5 ㎕를 잘 섞은 후, 상층에 미네랄 오일 한 방울 정도 떨어뜨린 후 PCR 기계에 넣어 반응시켰다(표 3 참조).

[표 2] HPV16/18 PCR 마스터 혼합액 (unit : ㎕)
용액량	검체수 1	검체수 3	검체수 5
HPV16/18 PCR 혼합액	15.0	45.0	75.0
HPV16/18 PCR Enzyme	0.5	1.5	2.5
Total	15.5	46.5	77.5

[표 3] HPV16/18 PCR 조건
Temperature / Time	Cycles
95℃ / 5.0 min	1 cycle
94℃ / 30 sec60℃ / 30 sec72℃ / 30 sec	35 cycles
72℃ / 5.0 min	1 cycle

(3) PCR 결과의 확인

2% agarose gel을 준비한 후, PCR product를 100-150 volt에서 전기영동한 다음, UV transilluminator에서 HPV16 PCR product size 226 bp, HPV18 PCR product size 293 bp 및 β-globin PCR product size 394 bp를 확인하였다(도 1 참조).

HPV16/18 유전자 (226/293 bp)와 β-globin 유전자가 동시에 증폭되거나 또는 HPV16/18 유전자 (226/293 bp)만 증폭이 일어나는 경우는 HPV 16/18 양성이고, β-globin 유전자 (394 bp) 증폭만 일어나는 경우는 HPV 음성이며, HPV16/18 유전자와 β-globin 유전자가 모두 나타나지 않는 경우에는 피시알 반응이 제대로 되지 않았거나, DNA가 제대로 추출되지 않은 경우이므로 처음부터 다시 검사를 해야 한다.

실험예 2: 본 발명의 HPV 16, 18 PCR 키트 효과 입증실험

(1) 특이도

본 발명의 HPV 16,18 PCR 키트의 특이도를 보기 위하여 HPV 16, 18을 포함하여 다른 HPV 유전자형으로 PCR을 실시하였다. 모든 DNA는 1 ng을 이용하였고, 실험방법은 실험예 1에 준하여 실험하였으며, 결과는 도 2에 사진으로 나타내었다. 도 2에서 레인 1은 Phage 174 DNA/HaeIII 분자량 마커, 레인 2는 음성 대조군, 레인 3은 HPV 16 ATCC 45113, 레인 4는 HPV 18 ATCC 45152, 레인 5는 HPV 6 ATCC 2206, 레인 6은 HPV 11 ATCC 45151, 레인 7은 HPV 31 ATCC 65446, 레인 8은 HPV 35 ATCC 40330, 레인 9는 Herpes 바이러스 type I ATCC VR260를 나타낸다. 도 2에서 알 수 있는 바와 같이, HPV 16, 18 type 에서만 PCR 양성을 나타내었고 다른 종류의 HPV 바이러스에서는 양성을 나타내지 않았다.

(2) 민감도

HPV 16 ATCC 45113 과 HPV 18 ATCC 45152 strain에서 HPV DNA를 순수분리하였다. 다음으로 HPV 16, HPV 18 각각 1 ng농도의 PCR 혼합액을 만들고, 이것을 10 배씩 계대희석하여 0.1 fg의 농도까지 만든 후 본 키트를 이용하여 PCR을 실시하고 민감도를 측정하였다. 실험방법은 실험예 1에 준하여 실험하였고, 결과를 도 3의 A와 B에 사진으로 나타내었다. 도 3에서 A는 HPV 16의 결과이고, B는 HPV 18의 결과이며, 사진에서 각각 레인 1은 Phage 174 DNA/HaeIII 분자량 마커, 레인 2는 1 ng, 레인 3은 100 pg, 레인 4는 10 pg, 레인 5는 1 pg, 레인 6은 100 fg, 레인 7은 10 fg, 레인 8은 1 fg, 레인 9는 0.1 fg의 DNA를 나타낸다.

도 3에서 알 수 있는 바와 같이, HPV 16 PCR은 10 pg의 HPV DNA 튜브까지 PCR 양성을 나타내었고(도 3의 A 참조), HPV 18 PCR은 1 pg의 HPV DNA 튜브까지 PCR 양성을 나타내었다(도 3의 B 참조).

(3) 재현성

HPV 16, 18 양성 대조군 5개와 음성 대조군 5개로 PCR 키트를 이용하여 일내재현성 (Within-Day)과 일간재현성 (Between-Day)실험을 하였다. 방법은 5 일간 두명의 연구원이 각 1회씩 PCR을 실시하였다.

실험방법은 실험예 1에 준하여 실험하였으며, 결과는 표 4와 5에 나타내었다. 즉, HPV 16 PCR 양성 대조군과 음성 대조군 모두에서 100%의 재현성을 나타내었고(표 4 참조), HPV 18 PCR 양성 대조군과 음성 대조군 모두에서 100%의재현성을 나타내었다(표 5 참조).

[표 4] HPV PCR 16 유전자 PCR 재현성 시험

		1 일	2 일	3 일	4 일	5 일
Positive 대조군 1	1회실험 (A)	양성	양성	양성	양성	양성
Positive 대조군 1	2회실험 (B)	양성	양성	양성	양성	양성
Positive 대조군 2	1회실험 (A)	양성	양성	양성	양성	양성
Positive 대조군 2	2회실험 (B)	양성	양성	양성	양성	양성
Positive 대조군 3	1회실험 (A)	양성	양성	양성	양성	양성
Positive 대조군 3	2회실험 (B)	양성	양성	양성	양성	양성
Positive 대조군 4	1회실험 (A)	양성	양성	양성	양성	양성
Positive 대조군 4	2회실험 (B)	양성	양성	양성	양성	양성
Positive 대조군 5	1회실험 (A)	양성	양성	양성	양성	양성
Positive 대조군 5	2회실험 (B)	양성	양성	양성	양성	양성
Negative 대조군 1	1회실험 (A)	음성	음성	음성	음성	음성
Negative 대조군 1	2회실험 (B)	음성	음성	음성	음성	음성
Negative 대조군 2	1회실험 (A)	음성	음성	음성	음성	음성
Negative 대조군 2	2회실험 (B)	음성	음성	음성	음성	음성
Negative 대조군 3	1회실험 (A)	음성	음성	음성	음성	음성
Negative 대조군 3	2회실험 (B)	음성	음성	음성	음성	음성
Negative 대조군 4	1회실험 (A)	음성	음성	음성	음성	음성
Negative 대조군 4	2회실험 (B)	음성	음성	음성	음성	음성
Negative 대조군 5	1회실험 (A)	음성	음성	음성	음성	음성
Negative 대조군 5	2회실험 (B)	음성	음성	음성	음성	음성

[표 5] HPV PCR 18 유전자의 재현성 시험

(4) 임상적유용성 검사

본 발명의 HPV 16,18 PCR 키트의 임상적 유용성을 보기 위하여 현재까지 HPV 진단의 표준방법인 면역조직염색법(DAKO Co., Denmark)과 비교하여 실험하였다. 검체로는 질도말 slide를 면역조직염색법에 사용하였으며, 동일한 검체로 DNA를 추출하여 PCR에 사용하였다. 면역조직 염색법으로 실험하여 HPV 16 양성으로 판정된 검체 12 개와 음성으로 판정된 검체 8개로 HPV 16 PCR검사를 실시하였다. 또한 HPV 18 양성으로 판정된 검체 9 개와 음성으로 판정된 검체 6개로 HPV 18 PCR검사을 실시하였다.

실험방법은 본 발명의 HPV PCR 검사는 실험예 1에 준하여 실험하였고, HPV 면역조직염색검사는 그 키트 설명서에 준하여 실험하였으며, 그 결과를 표 6과 7에 나타내었다. 면역조직검사는 검체에서 분리한 세포를 유리슬라이드에 얇게 도말하고, 고정한 다음 HPV 16, 18에 특이한 항체를 붙이고 발색제를 붙인 항체를 가하여 반응시킨 다음, 수세한 후 현미경으로 검경한다.

표 6과 7에서 알 수 있는 바와 같이, 두가지 방법으로 검사를 실시하였을 때 일치하지 않은 경우는 2 예로써, 면역조직염색검사에서 각각 HPV 16, 18 음성이 나오고 PCR 검사법으로 양성이 나온 예였다. 이 검체를 염기배열분석을 실시하였을 때 본 발명의 PCR 키트의 결과와 동일한 결과를 나타내었다.

[표 6] HPV 16의 임상적 유용성 결과

	HPV 16 면역조직염색검사
	+	-
본 발명의 HPV 16 PCR	+	12 A	B 1
	-	0 C	D 7
	+/-
	Total	12	8

표 6에서

1) 일치도 (Agreement)는= 95%이고,

2) 민감도 (Sensitivity)는= 100%,

3) 특이도 (Specificity)는= 87.5 %,

4) Positive predictive value는= 92.3 %,

5) Negative predictive value는=100 %이다.

[표 7] HPV 18의 임상적 유용성 결과

		HPV 18 면역조직염색검사
		+	-
본 발명의 HPV 18 PCR	+	9 A	B 1
	-	0 C	D 5
	+/-
	Total	9	6

표 7에서

1) 일치도 (Agreement)는= 93.3%이고,

2) 민감도 (Sensitivity)는= 100%,

3) 특이도 (Specificity)는= 83.3 %,

4) Positive predictive value는= 90 %,

5) Negative predictive value는=100 %이다.

(5) 타사 제품과의 비교

다음은 본 발명의 PCR 키트와 국내에 시판중인 타사의 제품과 비교한 결과를 표 8에 나타내었다.

[표 8] 타사와의 비교

내 용	본 발명의 HPV PCR 키트	타사 HPV PCR 키트
핵산 추출시약	키트 내에 전용 핵산 추출시약이 포함되어 있어 원가가 저렴하고 편리함	키트 내에 핵산추출시약이 포함되어 있지 않아 별도로 구매하여 사용해야 하므로 원가가 상승되며 불편함
민감도	HPV 16 PCR : 10 pg (10^-11g) DNAHPV 18 PCR : 1 pg (10^-12g) DNA까지 측정가능	민감도에 대한 뚜렷한 언급이 없음
키트 구성	프라이머와 PCR 혼합액이 한 키트내에 들어 있고 별도로 프라이머의 농도를 희석할 필요없이 사용방법이 간단함	프라이머와 PCR 혼합액을 따로 구입해야 하므로 불편하고, 사용할 때마다 프라이머의 농도를 필요량 만큼 희석하여야 하므로 키트의 낭비도 심하고 불편함.
실험시간	DNA추출시간 : 20 분PCR반응시간 : 1시간 30분전기영동시간 : 20분총 소요시간 2 시간 10 분	DNA추출시간 : 1시간PCR반응 : 2시간 40분전기영동시간 : 20분총 소요시간 : 4시간
실험결과	PCR로 증폭된 HPV band가 깨끗함	PCR로 증폭한 결과 여러개의 non specific multi band가 출현함
Internal 대조군	키트의 프라이며 혼합액 내에 beta-글로빈 프라이머가 internal 대조군로 동시에 들어 있어 결과의 판단이 용이함	키트 내에 internal 대조군이 없음

상기와 같은 구성을 갖는 본 발명의 키트는 DNA 추출시약과, HPV DNA 추출의 정확성을 보기 위한 베타글로빈 대조군이 키트내에 포함되어 있어 매우편리하다. 또한 타 검출키트에 비해 경제성이 높을 뿐 아니라 50% 이상 향상된 신속성과 1에서 10pg의 뛰어난 민감도 및 정확성을 가지고 있어서 HPV의 감염진단에 유용하게 사용할 수 있다.

Claims

a) 약산성이온교환수지를 포함하는 DNA 추출액; 및

b) 증류수, 완충액, dNTP, HPV 16 프라이머, HPV 18 프라이머, β-글로빈 프라이머,TaqDNA 중합효소와 우라실 DNA 글리코시레이즈 혼합효소액을 포함하는 피시알 마스터혼합액을 포함하는 HPV 검출용 키트.
제 1항에 있어서,

상기 HPV 16 프라이머 세트는 서열목록 1 및 2에 기재된 염기서열이고, 상기 HPV 18 프라이머 세트는 서열목록 3 및 4에 기재된 염기서열이며, 상기 β-글로빈 프라이머는 서열목록 5 및 6에 기재된 염기서열을 갖는 것을 특징으로 하는 HPV 검출용 키트.
a) 샘플에 제 1항의 DNA 추출시약 및 피시알 마스터혼합액을 처리한 후 피시알을 수행하는 단계; 및

b) HPV 존재를 젤을 통하여 확인하는 단계를 포함하는 HPV의 검출방법.