KR102448654B1 - Pdcd6 유전자의 단형성 또는 다형성 소위성을 이용한 dna 타이핑 키트 및 암 진단용 키트 - Google Patents

Pdcd6 유전자의 단형성 또는 다형성 소위성을 이용한 dna 타이핑 키트 및 암 진단용 키트 Download PDF

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Abstract

본 발명은 PDCD6 유전자의 단형성 또는 다형성 소위성과 이를 이용한 DNA 타이핑 키트 및 상기 유전자 관련 질병의 진단키트에 관한 것으로, 보다 상세하게는 개인 식별 마커로 사용할 수 있는, PDCD6 유전자 내의 다형성 소위성, 상기 다형성 소위성 검출용 프라이머 세트, 상기 프라이머 세트를 이용한 DNA 타이핑 키트 및 PDCD6 유전자 관련 질병의 진단키트에 관한 것이다.
본 발명의 PDCD6 TR 영역은 멘델리안 유전에 따라 감수분열을 통해 전달되므로, 이를 DNA 타이핑함으로써 개체의 친자 확인, 혈연 확인 또는 법의학적 감정에 효과적으로 사용할 수 있으며, 단형성 PDCD6-MS1, PDCD6-MS2 및 다형성 PDCD6-MS3 영역을 증폭하여 일반대립형질과 희귀대립형질로 구성된 유전형질을 가진 개체 수 빈도를 정상인과 비교함으로써 방광암과 전립선암에 대한 감수성을 진단할 수 있다.

Description

PDCD6 유전자의 단형성 또는 다형성 소위성을 이용한 DNA 타이핑 키트 및 암 진단용 키트 {DNA Typing Kits and Diagnostic Kits for Detecting Cancer using Minisatellites of PDCD6 Gene}
본 발명은 PDCD6 유전자의 단형성 또는 다형성 소위성 (minisatellite, MS)에 관한 것으로, 보다 자세하게는 PDCD6 유전자 내의 단형성 또는 다형성 소위성, 이를 검출하기 위한 프라이머 세트, 상기 프라이머 세트를 이용한 DNA 타이핑 키트 및 암 진단용 키트에 관한 것이다.
PDCD6 (Programmed Cell Death 6) 는 세포자살을 유발하는 인자로 작용한다. 종양 괴사 인자(Tumor Necrosis Factor) 가 수용체와 결합하게 되면 세포막과 융합하여 세포질 안으로 들어와서 다양한 인자와 결합을 하면 칼슘에 의해 활성화된 PDCD6 Alix와 결합하여 caspase8을 활성화 시켜 세포자살을 유도하게 된다.
다양한 반복서열 중 연쇄반복(tandem repeat, TR) 서열은 인간의 유전체에서 10% 이상을 차지하고 있으며, 여기에 속하는 다형성 소위성(minisatellite, MS)은 길이가 주로 10~100 bp의 반복단위로 구성되며, 반복 횟수에 따라 길이가 수 백 bp에서 약 20 kb 이상까지 매우 다양하다. 이 반복서열은 주로 유전자 조절영역과 인트론 부분에 존재하여 유전자 발현에 영향을 미친다. 이러한 영역에서의 변이는 많은 질병과 높은 연관성을 가지며, 유전자 발현의 조절에 중요한 역할을 하여 진단 마커로 사용이 가능하다. 이 외에도 친자확인이나 법의학 마커로의 사용도 가능하다. 따라서, PDCD6 유전자 내의 TR 분석 및 다형성 확인을 통해 암과의 관련성에 대한 연구가 가능하다.
이에 본 발명자들은 단형성 또는 다형성 소위성(minisatellite, MS)을 이용한 암 진단용 키트를 개발하고자 예의 노력한 결과, PDCD6의 인트론 영역에 존재하는 단형성 또는 다형성 소위성이 멘델리안 유전에 따라 감수분열을 통해 전달되고, 그 중 PDCD6-MS1, PDCD6-MS2 단형성 및 PDCD6-MS3 다형성 영역은 대립형질의 길이에 따른 암과의 관련성을 확인하여 개인 식별 마커로서 이용 가능함을 확인하여, 본 발명을 완성하였다.
본 발명의 목적은 서열번호 10의 염기서열을 포함하는 PDCD6 유전자의 개인 식별 단형성 또는 다형성 소위성(polymorphic minisatellites) 마커를 제공하는 것이다.
본 발명의 다른 목적은 서열번호 4 및 5로 이루어진 프라이머 세트, 서열번호 6 및 7로 이루어진 프라이머 세트 및 서열번호 8 및 9로 이루어진 프라이머 세트로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상인 것인, PDCD6-MS1, PDCD6-MS2 및 PDCD6-MS3로 이루어진 단형성 또는 다형성 소위성 검출용 프라이머 세트를 제공하는 것이다.
본 발명의 또 다른 목적은 상기 프라이머 세트를 포함하는, PDCD6-MS1, PDCD6-MS2 및 PDCD6-MS3로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 단형성 또는 다형성 소위성의 검출을 위한 DNA 타이핑 키트를 제공하는 것이다.
본 발명의 또 다른 목적은 (a) 검체로부터 추출된 게놈 DNA를 주형으로 하고, 상기 키트를 사용하여 DNA 중합효소 연쇄 반응(PCR)을 수행하는 단계; 및 (b) 상기 PCR 산물을 전기영동으로 분리하여 PDCD6-MS1, PDCD6-MS2 및 PDCD6-MS3 로 이루어진 군에서 선택된 1종의 단형성 또는 다형성을 동정하는 단계를 포함하는 DNA 타이핑(typing) 방법을 제공하는 것이다.
본 발명의 또 다른 목적은 상기의 프라이머 세트를 포함하는 암의 진단용 조성물을 제공하는 것이다.
본 발명의 또 다른 목적은 상기의 암의 진단용 조성물을 포함하는 암 진단용 키트를 제공하는 것이다.
본 발명의 또 다른 목적은 (a) 검체로부터 분리된 게놈 DNA를 주형으로 하고, 상기 키트를 이용하여 PCR을 수행하는 단계; (b) 상기 PCR 산물을 전기영동으로 분리, 동정하여 PDCD6-MS1, PDCD6-MS2 및 PDCD6-MS3 로 이루어진 군에서 선택된 1종의 단형성 또는 다형성의 대립형질의 길이를 분석하는 단계; 및 (c) 희귀대립형질 및 일반대립형질로 구성된 유전형질 판단으로, 암의 발생에 대한 감수성을 판단하는 단계;를 포함하는 암의 감수성 진단을 위한 정보 제공 방법을 제공하는 것이다.
따라서 본 발명은, 서열번호 10의 염기서열을 포함하는 PDCD6 유전자의 개인 식별 단형성 또는 다형성 소위성(polymorphic minisatellites) 마커를 제공한다.
또한 본 발명은, 서열번호 4 및 5로 이루어진 프라이머 세트, 서열번호 6 및 7로 이루어진 프라이머 세트 및 서열번호 8 및 9로 이루어진 프라이머 세트로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상인 것인, PDCD6-MS1, PDCD6-MS2 및 PDCD6-MS3로 이루어진 단형성 또는 다형성 소위성 검출용 프라이머 세트를 제공한다.
또한 본 발명은, 상기 프라이머 세트를 포함하는, PDCD6-MS1, PDCD6-MS2 및 PDCD6-MS3로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 단형성 또는 다형성 소위성의 검출을 위한 DNA 타이핑 키트를 제공한다.
또한 본 발명은, (a) 검체로부터 추출된 게놈 DNA를 주형으로 하고, 상기 키트를 사용하여 DNA 중합효소 연쇄 반응(PCR)을 수행하는 단계; 및 (b) 상기 PCR 산물을 전기영동으로 분리하여 PDCD6-MS1, PDCD6-MS2 및 PDCD6-MS3 로 이루어진 군에서 선택된 1종의 단형성 또는 다형성을 동정하는 단계를 포함하는 DNA 타이핑(typing) 방법을 제공한다.
또한 본 발명은 상기의 프라이머 세트를 포함하는 암의 진단용 조성물을 제공한다.
또한 본 발명은 상기의 암의 진단용 조성물을 포함하는 암 진단용 키트를 제공한다.
또한 본 발명은 (a) 검체로부터 분리된 게놈 DNA를 주형으로 하고, 상기 의 키트를 이용하여 PCR을 수행하는 단계; (b) 상기 PCR 산물을 전기영동으로 분리, 동정하여 PDCD6-MS1, PDCD6-MS2 및 PDCD6-MS3 로 이루어진 군에서 선택된 1종의 단형성 또는 다형성의 대립형질의 길이를 분석하는 단계; 및 (c) 희귀대립형질 및 일반대립형질로 구성된 유전형질 판단으로, 암의 발생에 대한 감수성을 판단하는 단계;를 포함하는 암의 감수성 진단을 위한 정보 제공 방법을 제공한다.
본 발명에 따른 PDCD6 유전자 내의 단형성 또는 다형성 소위성은 멘델리안 유전에 따라 감수분열을 통해 전달되므로, 이를 DNA 타이핑함으로써, PDCD6-MS1 및 PDCD6-MS2에서는 개체의 친자 확인, 혈연 확인 또는 법의학적 감정에 효과적으로 사용할 수 있으며, PDCD6-MS3에서는 정상인과 암 환자 그룹간의 다형성 분석을 통해 방광암과 전립선암에 대한 감수성을 진단할 수 있다. 또한 이를 이용하여, 질병이 발생하기 전에 검사자의 질병발생 가능성을 예측할 수 있고, 이를 선진적 방법의 예방의학에 이용할 수 있으며, 각 유전형질의 차이에 따른 적절한 의약품의 선택에도 중요한 자료가 될 수 있다.
도 1은 인간 5번 염색체 말단에 위치하는 PDCD6 유전자의 위치 및 방향을 나타내는 개략도이다. (A)는 5번 염색체의 밴드 구조를 NCBI 웹사이트의 MAP Viewer에 의해 분석한 결과이다. (B)는 5p15.33 염색체상의 PDCD6 유전자를 도식한 그림이다.
도 2는 PDCD6 유전자의 구조 및 유전자 내의 소위성(minisatellite, MS)의 위치를 보여주는 개략도이다. 엑손(exon)은 검은색 선으로 표시하였고, Tandem Repeats Finder Program에 의해 검출된 소위성(minisatellite)의 위치를 별표(*)로 표시하였다.
도 3은 PDCD6-MS1의 단형성 소위성(monomorphism)을 보여주는 전기영동 사진이다.
도 4는 PDCD6-MS2의 단형성 소위성(monomorphism)을 보여주는 전기영동 사진이다.
도 5는 암과 관련 없는 남성 대조군에서 PDCD6-MS3의 다형성 소위성(polymorphism)을 보여주는 전기영동 사진이다.
도 6은 방광암 환자군에서 PDCD6-MS3의 다형성 소위성(polymorphism)을 보여주는 전기영동 사진이다.
도 7은 전립선암 환자군에서 PDCD6-MS3의 다형성 소위성(polymorphism)을 보여주는 전기영동 사진이다.
도 8은 PDCD6- MS3 영역이 부모와 자손 간에 있어서 유전적으로 전달되는 것을 보여주는 전기영동 사진이다. 첫 번째, 마지막 레인은 사이즈 마커이다. 1은 할아버지, 2는 할머니를 의미하고, 3은 아버지, 4는 어머니를 의미하며, 자손의 DNA 샘플은 5, 6 및 7로 나타내었다.
이하 첨부된 도면을 참조하여 본 발명의 실시예들을 상세히 설명한다. 이하의 설명에 있어, 당업자에게 주지 저명한 기술에 대해서는 그 상세한 설명을 생략할 수 있다. 또한, 본 발명을 설명함에 있어서, 관련된 공지 기능 또는 구성에 대한 구체적인 설명이 본 발명의 요지를 불필요하게 흐릴 수 있다고 판단되는 경우에는 그 상세한 설명을 생략할 수 있다. 또한, 본 명세서에서 사용되는 용어(terminology)들은 본 발명의 바람직한 실시예를 적절히 표현하기 위해 사용된 용어들로서, 이는 사용자, 운용자의 의도 또는 본 발명이 속하는 분야의 관례 등에 따라 달라질 수 있다.
따라서 본 용어들에 대한 정의는 본 명세서 전반에 걸친 내용을 토대로 내려져야 할 것이다. 명세서 전체에서, 어떤 부분이 어떤 구성요소를 "포함"한다고 할 때, 이는 특별히 반대되는 기재가 없는 한 다른 구성요소를 제외하는 것이 아니라 다른 구성 요소를 더 포함할 수 있는 것을 의미한다.
본 발명은, 서열번호 10의 염기서열을 포함하는 PDCD6 유전자(NC_000005.10:271646-314974_Annotation release 109)의 개인 식별 단형성 또는 다형성 소위성(polymorphic minisatellites) 마커를 제공한다.
본 발명에서 용어, "소위성(minisatellite)"은 약 10~100 bp개의 뉴클레오티드로 이루어진 기본 단위가 동일한 방식으로 수차례 반복되어 있는 서열을 의미하며, 이러한 구조를 "연쇄반복서열(tandem repeat sequences) "이라고 부른다.
본 발명에서 용어, "다형성(polymorphism)"이란 하나의 유전자 좌위(locus)에 두 가지 이상의 대립유전자(allele)가 존재하는 경우를 의미한다.
본 발명에서 용어, "다형성 소위성(polymorphic minisatellites)"이란 연쇄반복 서열에 해당하는 소위성이 모든 사람에서 2개 이상의 대립형질(allele)을 가지고 사람마다 다르게 나타나는 다형성을 갖는 것을 의미한다.
본 발명에서 용어 "대립유전자(allele)"는 상동염색체의 동일한 유전자 좌위(locus) 위에 존재하는 한 유전자의 여러 타입을 말한다.
상기 단형성 또는 다형성 소위성은, 서열번호 1의 염기서열로 표시되는 단형성 소위성 PDCD6-MS1 (PDCD6-minisatallite1), 서열번호 2의 염기서열로 표시되는 단형성 소위성 PDCD6-MS2 (PDCD6-minisatallite2) 및 서열번호 3의 염기서열로 표시되는 다형성 소위성 PDCD6-MS3 (CPDCD6-minisatallite3)으로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상인 것이며, 개인 식별 단형성 또는 다형성 소위성(polymorphic minisatellites)이다.
상기 단형성 또는 다형성 소위성은, 인트론(intron) 2번 영역에서 연쇄 반복(tandem repeat)을 나타내는 것인, 개인 식별 단형성 또는 다형성 소위성(polymorphic minisatellites)이다.
본 발명자들은 개인 식별 마커로 이용할 수 있는 단형성 또는 다형성 소위성 규명을 위하여, 먼저 상기와 같은 특징을 갖는 PDCD6 유전자에 초점을 맞추어 이의 유전자 구조적 특징을 BLAST를 이용하여 분석하였으며, 그 결과 PDCD6 유전자 내에 인트론 2번 영역에서, 3개의 소위성이 존재함을 최초로 규명하면서 이를 "PDCD6-MS1", "PDCD6-MS2" 및 "PDCD6-MS3"로 명명하였다. 또한, 본 발명자들은 상기 단형성 또는 다형성 소위성은 멘델리안 유전에 따라 감수분열을 통해 전달되는 것을 확인하였다(실시예 1 및 실시예 2).
도 1 및 도 2는 인간 5번 염색체의 밴드 구조를 NCBI 웹사이트의 MAP Viewer에 의해 분석한 결과로, 5p15.33 염색체상의 PDCD6 유전자(NC_000005.10:271646-314974_Annotation release 109)를 도식한 그림과 PDCD6 유전자의 구조 및 유전자 내의 소위성(minisatellite, MS)의 위치를 보여주고 있다. 엑손(exon)은 검은색 선으로 표시하였고, Tandem Repeats Finder Program에 의해 검출된 소위성(minisatellite)의 위치를 별표(*)로 표시하였다.
PDCD6 유전자의 구조적 특징을 생물정보학적 프로그램을 이용하여 분석한 결과, PDCD6는 약 43 kb 크기이며, 6개 엑손으로 이루어져 있었고, 연쇄반복 영역의 위치는 유전자 내의 2번 인트론(intron) 영역에 3개 존재하였다.
또한, 본 발명은 서열번호 4 및 5로 이루어진 프라이머 세트, 서열번호 6 및 7로 이루어진 프라이머 세트 및 서열번호 8 및 9로 이루어진 프라이머 세트로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상인 것인, PDCD6-MS1, PDCD6-MS2 및 PDCD6-MS3로 이루어진 단형성 또는 다형성 소위성 검출용 프라이머 세트를 제공한다.
따라서, 상기 서열번호 4 및 5는 단형성 소위성 PDCD6-MS1을 증폭하고;
상기 서열번호 6 및 7은 단형성 소위성 PDCD6-MS2를 증폭하고;
상기 서열번호 8 및 9는 다형성 소위성 PDCD6-MS3를 증폭하는 프라이머 세트이다.
본 발명에서 상기 "프라이머"는 카피하려는 핵산 가닥에 상보적인 단일 가닥 올리고뉴클레오티드 서열을 말하며, 프라이머 연장 산물의 합성을 위한 개시점으로서 작용할 수 있다. 프라이머의 적절한 길이는 사용 목적에 따라 달라질 수 있으나, 일반적으로 15 내지 30개의 염기로 구성된다. 프라이머 서열은 주형과 완전하게 상보적일 필요는 없으나, 주형과 혼성화할 정도로 충분히 상보적이어야 한다.
본 발명에 있어서, 프라이머로서 이용된 올리고뉴클레오티드는 또한 뉴클레오티드 유사체(analogue), 예를 들면, 포스포로티오에이트(phosphorothioate), 알킬포스포로티오에이트 또는 펩티드 핵산(peptide nucleic acid)을 포함할 수 있거나 또는 삽입 물질(intercalating agent)을 포함할 수 있으며, 본 발명의 목적상 단형성 또는 다형성 소위성 PDCD6-MS1, PDCD6-MS2 및 PDCD6-MS3를 특이적으로 검출 또는 진단할 수 있도록 고안된 정방향과 역방향의 프라이머이다.
본 발명의 프라이머 세트는 포스포르아미다이트 고체 지지체 방법, 또는 기타 널리 공지된 방법을 사용하여 화학적으로 합성할 수 있다. 이러한 핵산 서열은 또한 당해 분야에 공지된 많은 수단을 이용하여 변형시킬 수 있다. 상기 변형의 비-제한적인 예로는 메틸화, 캡화, 천연 뉴클레오타이드 하나 이상의 동족체로의 치환, 및 뉴클레오타이드 간의 변형, 예를 들면, 하전되지 않은 연결체(예: 메틸 포스포네이트, 포스포트리에스테르, 포스포로아미데이트, 카바메이트 등) 또는 하전된 연결체(예: 포스포로티오에이트, 포스포로디티오에이트 등)로의변형이 있다.
또한 본 발명은 상기의, 프라이머 세트를 포함하는, PDCD6-MS1, PDCD6-MS2 및 PDCD6-MS3로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 단형성 또는 다형성 소위성의 검출을 위한 DNA 타이핑 키트를 제공한다.
본 발명에서 사용하는 용어 "DNA 타이핑"은, DNA 시료를 이용하여, 특히 연쇄반복(tandem repeats) 염기서열의 반복 수 차이를 이용하여 동종 내 개체 간을 구분하는 기술을 의미한다.
상기 키트에는 서열번호 4 및 5로 이루어진 프라이머 세트, 서열번호 6 및 7로 이루어진 프라이머 세트 및 서열번호 8 및 9로 이루어진 프라이머 세트뿐만 아니라, 분석 방법에 적합한 한 종류 또는 그 이상의 다른 구성 성분 조성물, 용액 또는 장치가 포함될 수 있다.
또한, 본 발명은 (a) 검체로부터 추출된 게놈 DNA를 주형으로 하고, 상기 키트를 사용하여 DNA 중합효소 연쇄 반응(PCR)을 수행하는 단계; 및
(b) 상기 PCR 산물을 전기영동으로 분리하여 PDCD6-MS1, PDCD6-MS2 및 PDCD6-MS3 로 이루어진 군에서 선택된 1종의 단형성 또는 다형성을 동정하는 단계를 포함하는 DNA 타이핑(typing) 방법을 제공한다.
본 발명의 DNA 타이핑 방법에서 단계 (a)는 검체로부터 추출된 게놈 DNA를 주형으로 하여, 상기 프라이머 세트를 이용하여 PCR을 수행함으로써 표적 서열(서열번호 1의 단형성 소위성 PDCD6-MS1, 서열번호 2의 단형성 소위성 PDCD6-MS2, 서열번호 3의 다형성 소위성 PDCD6-MS3)을 증폭하는 단계이다.
상기 검체는 피검자의 검사를 위한 시료로서, 세포, 조직(생검 샘플 등), 혈액, 머리카락, 타액, 표피, 정액, 질 채취물, 분리된 세포, 조직샘플, 비듬 및 유골로 구성된 군으로부터 선택된 1종 이상이나, 이에 제한되지 않는다.
본 발명의 DNA 타이핑 방법에서 단계 (b)는 상기와 같은 과정을 거쳐 수득한 PCR 증폭 산물을 전기영동으로 분리하여 서열번호 1, 서열번호 2 및 서열번호 3의 단형성 또는 다형성 소위성 PDCD6-MS1, PDCD6-MS2 및 PDCD6-MS3 을 검출하는 단계이다.
PCR 증폭 산물의 식별을 용이하게 하기 위하여, PCR 증폭 산물의 경우 방사성동위원소 또는 형광으로 표지할 수 있다. 표지는 프라이머의 5' 말단에 형광물질이나 동위원소를 부착하여 얻을 수 있고 혹은 PCR 후 3' 말단에 터미날 뉴클레오티딜 트랜스퍼라제(terminal deoxynucleotidyl transferase)의 반응을 이용하여 첨가할 수도 있다. 표지하지 않는 경우에는 전기영동 후 은염색(silver staining)하여 절편을 확인할 수 있다.
전기영동으로 분리한 PCR 증폭 산물은 본 발명의 단형성 또는 다형성 소위성 PDCD6-MS1, PDCD6-MS2 및 PDCD6-MS3 검출을 위해 PCR에 의해 증폭된 DNA 절편의 길이를 측정하는 전기영동 검사나 증폭된 단편의 질량을 측정하는 질량측정기(mass spectrometer)를 이용하는 방법, 보합(hybridization)에 의한 염기서열의 차이를 측정하는 방법 및 염기서열을 직접 결정하는 방법을 이용할 수 있다. 상기 보합을 측정하는 검사의 범주에는 DNA 칩과 같이 특성이 미리 알려진 표준 DNA를 기질의 표면에 부착시킨 후 검체의 DNA와 반응시켜 검체 DNA의 특성을 알아내는 DNA 배열(array) 등이 포함될 수 있다.
한편, 본 발명의 단형성 또는 다형성 소위성 PDCD6-MS1, PDCD6-MS2 및 PDCD6-MS3 검출을 위해 검체의 DNA에 부착된 표지를 감지하는 장치나 혹은 DNA 절편을 감지할 수 있도록 처리할 수 있다. 이때 바람직한 탐지 방법으로는 방사성동위원소로 표지된 DNA는 자가방사기록법(autoradiography)과 섬광계수법(scintillation counting methods)이 있으며, 형광으로 표지된 경우에는 어플라이드 바이오시스템즈사의 ABI 자동염기분석기나 히타치사(Hitachi)의 FMBIO와 같은 형광을 감지할 수 있는 장치를 사용하고 아무런 표지가 되지 않은 경우에는 은염색법이 있다.
DNA 샘플의 PCR 분석은 게놈 DNA 100 ng을 주형으로 PDCD6-MS1, PDCD6-MS2 및 PDCD6-MS3는 Coregen taq DNA polymerase, Coregen 10X buffer를 사용하여 수행하였다. 사이클의 조건은 PDCD6-MS1 과 PDCD6-MS2의 경우 94℃에서 5분 동안 1회 열처리한 후, 94℃에서 45초 및 62℃에서 30초, 72℃에서 2분의 30 사이클을 수행한 다음, 마지막 신장 단계는 72℃에서 7분간 연장하였다. PDCD6-MS3의 경우 94℃에서 5분 동안 1회 열처리한 후, 94℃에서 45초, 64.4℃에서 1분 30초 및 72℃에서 2분의 30 사이클을 수행한 다음, 마지막 신장 단계는 72℃에서 7분간 연장하였다.
또한 상기 DNA타이핑 방법은 개체의 친자 확인, 혈연 확인 또는 법의학적 감정에 사용되는 것을 특징으로 하는 방법일 수 있다.
또한 본 발명은 상기의 프라이머 세트를 포함하는 암의 진단용 조성물을 제공한다.
또한 본 발명은 상기의 암의 진단용 조성물을 포함하는 암 진단용 키트를 제공한다.
상기 암은 유방암, 방광암, 전립선암, 뇌척수종양, 두경부암, 폐암, 흉선종, 중피종, 식도암, 위암, 대장암, 간암, 췌장암, 담도암, 신장암, 전립선암, 고환암, 생식세포종, 난소암, 자궁 경부암, 자궁 내막암, 림프종, 급성 백혈병, 만성 백혈병, 다발성 골수종, 육종, 악성 흑색종 및 피부암으로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상이나, 바람직하게는 유방암 및/또는 방광암이나, 이에 제한되지 않는다.
상기 키트에는 서열번호 4 및 5, 서열번호 6 및 7, 서열번호 8 및 9로 표시되는 염기서열로 이루어진 프라이머 세트 뿐 만 아니라, 분석 방법에 적합한 한 종류 또는 그 이상의 다른 구성 성분 조성물, 용액 또는 장치가 포함될 수 있다.
예를 들어, 본 발명의 키트는 PCR을 수행하기 위해 필요한 필수 요소를 포함하는 키트일 수 있다. PCR 키트는, 상기 프라이머 세트 외에도 테스트 튜브 또는 다른 적절한 컨테이너, 반응 완충액 (pH 및 마그네슘 농도는 다양), 데옥시뉴클레오타이드 (dNTPs), Taq-폴리머라아제 및 역전사효소와 같은 효소, DNase, RNAse 억제제, DEPC-수 (DEPC-water) 및 멸균수 등을 포함할 수 있다.
또한, 상기 키트는 안내서를 포함할 수 있다. 안내서는 키트 사용법, 예를 들면, PCR 완충액 제조 방법, 제시되는 반응 조건 등을 설명하는 인쇄물이다. 안내서는 팜플렛 또는 전단지 형태의 안내 책자, 키트에 부착된 라벨, 및 키트를 포함하는 패키지의 표면상에 설명을 포함할 수 있다. 또한, 안내서는 인터넷과 같이 전기 매체를 통해 공개되거나 제공되는 정보를 포함할 수 있다.
또한 본 발명은 (a) 검체로부터 분리된 게놈 DNA를 주형으로 하고, 상기의 암 진단용 키트를 이용하여 PCR을 수행하는 단계;
(b) 상기 PCR 산물을 전기영동으로 분리, 동정하여 PDCD6-MS1, PDCD6-MS2 및 PDCD6-MS3로 이루어진 군에서 선택된 1종의 단형성 또는 다형성의 대립형질의 길이를 분석하는 단계; 및
(c) 희귀대립형질 및 일반대립형질로 구성된 유전형질 판단으로, 암의 발생에 대한 감수성을 판단하는 단계;
를 포함하는 암의 감수성 진단을 위한 정보 제공 방법을 제공한다.
상기 단형성 또는 다형성 소위성 PDCD6-MS1, PDCD6-MS2 및 PDCD6-MS3이 희귀대립형질 및 일반대립형질로 구성된 유전형질을 가지는 경우, 암 발생에 대한 감수성이 높은 것으로 판단하는 단계를 더 포함할 수 있으나, 이에 제한되지는 않는다.
상기 암은 유방암, 방광암, 전립선암, 뇌척수종양, 두경부암, 폐암, 흉선종, 중피종, 식도암, 위암, 대장암, 간암, 췌장암, 담도암, 신장암, 전립선암, 고환암, 생식세포종, 난소암, 자궁 경부암, 자궁 내막암, 림프종, 급성 백혈병, 만성 백혈병, 다발성 골수종, 육종, 악성 흑색종 및 피부암으로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상이나, 바람직하게는 유방암 및/또는 방광암이나, 이에 제한되지 않는다.
본 발명의 PDCD6-MS3은 방광암에 대한 높은 연관성을 나타내고 있다. 특히 PDCD6-MS3 영역의 희귀 대립 형질을 가지는 경우 방광암에 대한 감수성이 높게 나타나며 P=0.047로 통계적으로 유의한 값을 가진다. 9번 대립형질과 6번 희귀 대립형질로 구성된 유전형질을 가진 경우 방광암에 대한 감수성이 높게 나타나며 P=0.031로 통계학적으로 유의한 값을 가진다(실시예 3).
또한 본 발명의 PDCD6-MS3는 전립선암에 대해서도 높은 연관성을 나타내고 있다. 특히 PDCD6-MS3 영역의 희귀 대립 형질을 가지는 경우 전립선암에 대한 감수성이 높게 나타나며 P=0.036으로 통계적으로 유의한 값을 가진다(실시예 4).
이하, 실시 예를 통해 본 발명을 자세히 설명하도록 한다. 하기 실시예는 오로지 본 발명을 보다 구체적으로 설명하기 위한 것으로서, 본 발명의 요지에 따라 본 발명의 범위가 이들 실시 예에 의해 제한되지 않는다는 것은 본 발명이 속하는 기술 분야에서 통상의 지식을 가진 자에게 있어서 자명할 것이다.
실시예 1: PDCD6 유전자의 구조적 분석 및 소위성(minisatellite, MS)의 다형성(polymorphism) 분석
PDCD6(서열번호 10, NC_000005.10:271646-314974_Annotation release 109) 유전자의 구조적 특징을 BLAST를 이용하여 분석하였다. 표 1에서 보여주는 색인(indices)의 위치번호는 NC_000005.10 REGION 내에서 분석한 결과를 보여준 것이다. 이 영역 내에 존재하는 엑손(exon) 및 인트론(intron) 영역을 조사하고, 각 영역에 존재하는 연쇄반복(tandem repeats, TR)의 위치를 결정한 다음, 반복되는 서열 크기가 10~100bp 정도의 소위성(minisatellite, MS)의 위치를 분석하였다.
그 결과, PDCD6는 약 43 kb 크기이며 6개 엑손으로 이루어져 있고, 연쇄반복 영역의 위치는 표 1에 나타난 바와 같이, 2번 인트론 영역에 3개 존재한다.
PDCD6 유전자 내에 존재하는 3개의 소위성(minisatellite, MS, 표 1)의 다형성 소위성을 PCR을 이용하여 분석하였다. 분석 결과, 3개의 소위성의 염기서열은 하기 표 2와 같으며, PCR분석에 사용된 프라이머의 염기서열은 하기 표 3과 같다.
PDCD6 유전자 내에 존재하는 연쇄반복(tandem repeat, TR)
서열번호 소위성
(minisatellite)
색인
(indices)
위치 반복 크기
(repeat size)
대표 복사수
(copy no.)
서열번호 1 PDCD6-MS1 9982-12822 Int2 46 60.3
서열번호 2 PDCD6-MS2 13498-15119 Int2 47 34.3
서열번호 3 PDCD6-MS3 21573-22382 Int2 90 9.0
서열번호 서열
서열번호 1 GTTCTAGTTTGAGGGTCTGCAGCTGAAGACTCAGGGAGGAGCTGAT
서열번호 2 GGGGGAGCTGATGTTCCAGTTTGAGGGCCGTGCAGCTGGAGACCCAG
서열번호 3 ACAGGAAGAGCAGATCAAGAAGACGGGAACAGCACGAGGCACTGGGAGCTGCAAACGCCCGCGATACTGTCAGAGACGGAGAAAGGTATG
다형성 소위성(polymorphisms) 검출에 사용되는 프라이머
다형성 소위성 프라이머 서열번호 염기서열
PDCD6-MS1 PDCD6-MS1 F 서열번호 4 TGGTGGGTCGTAGAGCTGGA
PDCD6-MS1 R 서열번호 5 CGCTGGGTCTCAAACTGCAT
PDCD6-MS2 PDCD6-MS2 F 서열번호 6 GCCCTTAACCTGGAACAGTTTG
PDCD6-MS2 R 서열번호 7 TTTGAACCGCAGGACCATCT
PDCD6-MS3 PDCD6-MS3 F 서열번호 8 CAGCACTAAGACATGCCCTGAA
PDCD6-MS3 R 서열번호 9 TGTTCTCCATTTAGGCCTGTGA
100명의 성인 남성과 여성의 혈액으로부터 추출한 게놈 DNA를 이용하여 PDCD6 유전자 내에 존재하는 3개의 TR의 대립형질 양상을 PCR을 사용하여 비교하였다.
게놈 DNA를 표준 PCR 조건(50 mM Tris-HCl (pH 9.0), 50 mM MgCl2, 0.2 mM dTTP, 0.2 mM dCTP, 0.2 mM dGTP 및 0.2 mM dATP, 최종 부피 30 ㎕)에서 PDCD6-MS1은 서열번호 4와 5의 프라이머, PDCD6-MS2는 서열번호 6과 7 의 프라이머, PDCD6-MS3은 서열번호 8과 9의 프라이머를 사용하여 증폭하였다.
DNA 샘플의 PCR 분석은 게놈 DNA 100 ng을 주형으로 PDCD6-MS1, MS2 및 MS3는 Coregen taq DNA polyerase, Coregen 10X buffer를 사용하여 수행하였다. 사이클의 조건은 PDCD6-MS1 과 PDCD6-MS2의 경우 94℃에서 5분 동안 1회 열처리한 후, 94℃에서 45초 및 62℃에서 30초, 72℃에서 2분의 30 사이클을 수행한 다음, 마지막 신장 단계는 72℃에서 7분간 연장하였다. PDCD6-MS3의 경우 94℃에서 5분 동안 1회 열처리한 후, 94℃에서 45초, 64.4℃에서 1분 30초 및 72℃에서 2분의 30 사이클을 수행한 다음, 마지막 신장 단계는 72℃에서 7분간 연장하였다.
상기 PCR 산물을 PDCD6-MS1, MS2의 경우, 0.8% SeaKem LE 아가로스젤에 주입하고, PDCD6-MS3는 1.5% SeaKem LE 아가로스젤에 주입한 후 TAE 버퍼에서 전기영동(1볼트/㎝)에 의해 분석하였다. 그 결과, MS1, MS2 영역은 단형성을 나타내었으며 MS3 영역은 다형성을 나타내었기 때문에 개인 식별 마커로 사용이 가능하다.
그 결과, MS1, MS2 영역은 단형성 소위성을 나타내었기 때문에 암과 관련 없는 대조군 100개 개체수를 분석하여 실시하였다. MS3 영역은 다형성 소위성을 나타내었기 때문에 개체수를 늘려 추가적인 분석을 실시하였다(표 4~6). 이때 N은 대립형질의 수로, 사람마다 2개의 대립형질을 가지므로 샘플수의 두 배가 된다.
(1) PDCD6-MS1 (minisatellite 1)
암과 관련 없는 대조군 100명을 조사한 결과, 약 2,992 bp 크기의 1개의 대립형질이 확인되었으며, 이는 46 bp의 반복단위가 62번 반복된 것으로 나타나 단형성 소위성이 확인되었다 (표 4, 도 3). 도 3은 PDCD6-MS1의 단형성 소위성을 나타낸 것으로, 암과 관련 없는 대조군에서 한 가지 패턴의 밴드가 나왔다.
PDCD6-MS1의 단형성 소위성 분석
반복단위×반복수 N=100 ** 횟수(frequency)
46×62 100 1
** "횟수(frequency)= 각 N값/전체 N값"으로 계산되며, 그 값이 0.01 미만인 경우 희귀 다형성 소위성에 해당함.
(2) PDCD6-MS2 (minisatellite 2)
암과 관련 없는 대조군 100명을 조사한 결과, 약 1,735 bp 크기의 1개의 대립형질이 확인되었으며, 이는 47 bp의 반복단위가 35번 반복된 것으로 나타나 단형성 소위성이 확인되었다 (표 5, 도 4). 도 4은 PDCD6-MS2의 단형성 소위성을 나타낸 것으로, 암과 관련 없는 대조군에서 한 가지 패턴의 밴드가 나왔다.
PDCD6-MS2의 단형성 소위성 분석
반복단위×반복수 N=100 **횟수(frequency)
47×35 100 1
** "횟수(frequency)= 각 N값/전체 N값"으로 계산되며, 그 값이 0.01 미만인 경우 희귀 다형성 소위성에 해당함.
(3) PDCD6-MS3 (minisatellite 3)
암과 관련 없는 남성 대조군 413명을 조사한 결과, 약 622 bp, 약 712 bp, 약 802 bp, 약 892 bp, 약 982 bp, 약 1072 bp 크기의 6개의 대립형질이 확인되었으며, 이는 90 bp의 반복단위가 6번, 7번, 8번, 9번, 10번, 및 11번 반복된 것으로 나타나 다형성 소위성이 확인되었다(표 6, 도 5). 도 5는 다형성 소위성을 나타낸 것으로, 암과 관련 없는 남성 대조군에서 11가지 패턴의 다양한 밴드가 나왔다.
PDCD6-MS3의 다형성 소위성 분석
반복단위×반복수 N=826 **횟수(frequency)
90×6 2 0.002
90×7 43 0.052
90×8 5 0.006
90×9 724 0.877
90×10 5 0.006
90×11 47 0.057
** "횟수(frequency)= 각 N값/전체 N값"으로 계산되며, 그 값이 0.01 미만인 경우 희귀 다형성 소위성에 해당함.
실시예 2: 감수분열을 통한 다형성 소위성(minisatellite, MS)의 유전적 전달 측정
자손의 DNA는 아버지와 어머니로부터 정확히 50%씩 물려받아 형성된다. 따라서 자손의 DNA에는 아버지의 DNA 패턴의 반을, 그리고 어머니의 DNA 패턴의 반을 가지게 되므로, 친자 관계규명 유전자 검사에는 아버지/어머니의 DNA 패턴이 자손에게도 같은 DNA 패턴으로 나타내는가를 조사하게 된다. 그러므로 이러한 영역은 감수분열을 통해 재조합이 일어나지 않는 안정적인 영역을 포함하여야 한다.
본 발명에서는 조부모, 부모, 자손의 혈액으로부터 게놈 DNA를 추출하여 상기 실시 예 1과 같은 방법으로 PCR을 수행함으로써, PDCD6-MS1, PDCD6-MS2 및 PDCD6-MS3의 대립형질 양상을 확인하였다.
그 결과, 모든 영역이 부모와 자손 간에 감수분열을 통해 유전적으로 정확히 전달되는 것을 확인할 수 있었다(도 8). 이는 PDCD6 유전자 내의 소위성이 멘델의 법칙에 의해 유전되며 친자 확인 또는 법의학적 감정에 효율적인 마커로 사용할 수 있다는 것을 나타내고, 이러한 DNA 타이핑 마커(DNA typing marker)를 이용하여 가족에서의 동일 질환 발생 여부를 예측할 수 있다는 것을 의미한다.
실시예 3: PDCD6 다형성 소위성(minisatellite, MS)의 방광암과의 연관성 측정
본 발명에서는 PDCD6 유전자의 TR 영역의 유전자 발현에 미치는 영향을 조사하기 위하여, 정상인과 방광암 환자의 게놈 DNA를 추출하여 상기 실시 예 1과 같은 방법으로 PCR을 수행함으로써 정상인과 방광암 환자간의 일배체형 패턴(haplotype pattern)을 비교 분석하였다.
(1) PDCD6-MS3 (minisatellite 3)
PDCD6-MS3 부위에 대하여 암과 관련 없는 대조군 413명 및 방광암 환자 267명을 분석하였다. 방광암 환자의 분석 결과에서는 약 622 bp, 약 712 bp, 약 802 bp, 약 892 bp, 약 982 bp, 약 1072 bp 크기의 6개의 대립형질이 확인되었으며, 이는 90bp의 반복단위가 6번, 7번, 8번, 9번, 10번, 11번 반복된 것으로 나타나 다형성 소위성이 확인되었다(표 7, 도 6).
PDCD6-MS3의 방광암 특이적 다형성 소위성 분석
대조군 방광암 환자
반복단위×반복수 N=826 횟수(frequency) N=534 횟수(frequency)
90×6 2 0.002 5 0.009
90×7 43 0.052 30 0.056
90×8 5 0.006 6 0.011
90×9 724 0.876 462 0.865
90×10 5 0.006 7 0.013
90×11 47 0.056 24 0.044
(2) PDCD6-MS3 영역의 방광암과의 연관성 측정
PDCD6-MS3의 총 6개의 대립형질을 빈도에 따라 일반대립형질(Common allele; 출현빈도가 1% 이상일 경우)과 희귀대립형질(Rare allele; 출현빈도가 1% 미만일 경우)로 나누어 비교하였다. 표 7에 나타난 바와 같이 TR7, TR9, TR11은 일반대립형질로 나뉘어지고, TR6, TR8, TR10은 희귀대립형질로 나뉘어질 수 있다. 그 결과 표 8에 나타난 바와 같이, PDCD6-MS3의 경우 방광암 환자에서 TR6/TR9 패턴이 암과 관련 없는 대조군에서보다 증가하는 경향을 확인하였다. 즉, PDCD6-MS3의 6번 희귀대립형질과 9번 일반대립형질로 구성된 유전형질을 가지는 경우 방광암에 대한 감수성이 높으며 통계학적으로 유의한 값을 나타내었다.(P=0.031) (표8).
또한 PDCD6-MS3의 희귀대립형질과 일반대립형질로 구성된 유전형질을 가지는 경우 방광암에 대한 감수성이 높으며 통계학적으로 유의한 값을 나타내었다 (OR=2.14, 95% CI: 0.99-4.59, P=0.047) (표 9).
상기와 같은 결과는 PDCD6-MS3가 방광암에 대한 감수성을 조사하는 중요한 마커로서, 예측진단에 중요한 자료로 사용될 수 있음을 의미한다,
Figure 112020114745132-pat00001
Figure 112020114745132-pat00002
실시예 4: PDCD6 -MS3 영역의 전립선암과의 연관성 측정
다음으로는 PDCD6-MS3과 전립선암과의 연관성을 측정하기 위해 상기 실시 예 1과 같은 방법으로 PCR을 수행함으로써 정상인과 전립선암 환자간의 일배체형 패턴(haplotype pattern)을 비교하였다(표 10).
PDCD6-MS3의 전립선암 특이적 다형성 소위성 분석
대조군 전립선암 환자
반복단위×반복수 N=826 횟수(frequency) N=662 횟수(frequency)
90×6 2 0.002 3 0.005
90×7 43 0.052 52 0.079
90×8 5 0.006 7 0.010
90×9 724 0.876 570 0.861
90×10 5 0.006 10 0.015
90×11 47 0.056 20 0.030
(1) PDCD6-MS3 영역의 전립선암과의 연관성 측정
PDCD6-MS3의 총 6개의 대립형질을 빈도에 따라 일반대립형질(Common allele; 출현빈도가 1% 이상일 경우)과 희귀대립형질(Rare allele; 출현빈도가 1% 미만일 경우)로 나누어 비교하였다. 표5에 나타난 바와 같이 TR7, TR9, TR11은 일반대립형질로 나뉘어지고, TR6, TR8, TR10은 희귀대립형질로 나뉘어질 수 있다. PDCD6-MS3의 경우 전립선암 환자에서 TR6/TR9 패턴이 암과 관련 없는 대조군에서보다 증가하는 경향을 확인하였다. 즉, PDCD6-MS3의 6번 희귀대립형질과 9번 일반대립형질로 구성된 유전형질을 가지는 경우 방광암에 대한 감수성이 높은 경향을 보인다.(P=0.053) (표 11).
또한 PDCD6-MS3의 경우 전립선암 환자에서 일반대립형질/희귀대립형질 패턴 가진 경우 암과 관련 없는 대조군에서보다 증가하는 경향을 확인하였다. 즉, PDCD6-MS3의 희귀대립형질과 일반대립형질로 구성된 유전형질을 가지는 경우 전립선암에 대한 감수성이 약 2.15배 정도 증가하며 통계학적으로 유의한 값을 나타내었다.(OR=2.15, 95% CI: 1.03-4.46, P=0.036) (표 12 및 도7)
상기와 같은 결과는 PDCD6-MS3가 전립선암에 대한 감수성을 조사하는 중요한 마커로서, 예측진단에 중요한 자료로 사용될 수 있음을 의미한다.
암과 관련 없는 대조군과 전립선암 환자간의 PDCD6-MS3의 유전형질 패턴비교
반복단위
×반복수
대조군 전립선암
환자
OR (95% CI) P
N=413 (%) N=331 (%)
6/7 1 (0.24) 0   0.3741
6/9 0 3 (0.91)   0.053
6/11 1 (0.24) 0   0.3741
7/7 2 (0.48) 2 (0.60) 1.25 (0.17-8.91) 0.825
7/9 35(8.47) 43 (12.99) 1.53 (0.96-2.45) 0.073
7/10 0 2 (0.60)   0.115
7/11 3 (0.72) 3 (0.91) 1.25 (0.25-6.22) 0.787
8/9 4 (0.96) 7 (2.11) 2.18 (0.63-7.52) 0.205
8/11 1 (0.24) 0   0.3741
9/9 321 (77.7) 247 (74.62) 0.96 (0.77-1.20) 0.717
9/10 5 (1.21) 8 (2.42) 2.00 (0.65-6.16) 0.22
9/11 38 (9.20) 15 (4.53) 0.48 (0.26-0.89) 0.017
11/11 2 (0.48) 1 (0.30) 0.62 (0.06-6.91) 0.698
* Statistically significant (P < 0.05)
암과 관련 없는 대조군과 전립선암 환자간의 PDCD6-MS3의 희귀대립형질 패턴비교
C/C C/R OR (95% CI) P
대조군 401 12 2.15 (1.03-4.46) 0.036*
전립선암 환자 311 20
* Statistically significant (P < 0.05)
C: Common alleles, R: Rare alleles
<110> Dong-A University Research Foundation For Industry-Academy Cooperation <120> DNA Typing Kits and Diagnostic Kits for Detecting Cancer using Minisatellites of PDCD6 Gene <130> PN2010-490 <160> 10 <170> KoPatentIn 3.0 <210> 1 <211> 46 <212> DNA <213> Unknown <220> <223> PDCD6-MS1 <400> 1 gttctagttt gagggtctgc agctgaagac tcagggagga gctgat 46 <210> 2 <211> 47 <212> DNA <213> Unknown <220> <223> PDCD6-MS2 <400> 2 gggggagctg atgttccagt ttgagggccg tgcagctgga gacccag 47 <210> 3 <211> 90 <212> DNA <213> Unknown <220> <223> PDCD6-MS3 <400> 3 acaggaagag cagatcaaga agacgggaac agcacgaggc actgggagct gcaaacgccc 60 gcgatactgt cagagacgga gaaaggtatg 90 <210> 4 <211> 20 <212> DNA <213> Unknown <220> <223> PDCD6-MS1 primer F <400> 4 tggtgggtcg tagagctgga 20 <210> 5 <211> 20 <212> DNA <213> Unknown <220> <223> PDCD6-MS1 primer R <400> 5 cgctgggtct caaactgcat 20 <210> 6 <211> 22 <212> DNA <213> Unknown <220> <223> PDCD6-MS2 primer F <400> 6 gcccttaacc tggaacagtt tg 22 <210> 7 <211> 20 <212> DNA <213> Unknown <220> <223> PDCD6-MS2 primer R <400> 7 tttgaaccgc aggaccatct 20 <210> 8 <211> 22 <212> DNA <213> Unknown <220> <223> PDCD6-MS3 primer F <400> 8 cagcactaag acatgccctg aa 22 <210> 9 <211> 22 <212> DNA <213> Unknown <220> <223> PDCD6-MS3 primer R <400> 9 tgttctccat ttaggcctgt ga 22 <210> 10 <211> 43329 <212> DNA <213> Unknown <220> <223> Homo sapiens chromosome 5, GRCh38.p12 Primary Assembly (PDCD6) <400> 10 agaggcggaa gcggagtcgg cctgagaggt ctctcgtcgc tgcaggcgcc tcagcccagc 60 cgcgtgcctt ggcccatggc cgcctactct taccgccccg gccctggggc cggccctggg 120 cctgctgcag gcgcggcgct gccggaccag agcttcctgt ggaacgtttt ccagaggtgc 180 ggcctggcac cgcccgggca cctcccgcct ccgccgcggc ggccccgacc cctgtcccga 240 ctcccccgac caaccccgtt ccctgccggt tctactgcgg cctcctccgt cccctgtcgg 300 gtcccccgcg gccccctccc gtcccctgcc gccgcccccg acccctgccc cagccgacgc 360 ggccgccccc gtcccctggc gggtcccccg cggtctcccc cgtccgctgc ccggtctcct 420 ggggccgccc ctgcctcctg cccggtccct gtcctgtgcg tcgggccctt cccaagatgc 480 agagtgcgcc actgcagacc 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gctcactaca acctccgcat ctggggttca 5580 agcgattctc ctgcctcagc ctcctgagta gctgggacta caggtgccca ccaccacgcc 5640 cagctaattt tttgtatttt tttttttttt ttttttttga ggcagagtct ctgtcgccta 5700 ggctggagtg cggtggcact atcttggctc actgcaagct ccgcctcctg ggttcatgcc 5760 attctcctgc ctcagcctcc cgagtagctg ggactacagg cacccgccac catgcctggc 5820 taattttttg tctttttagt agagacgggg tttcaccgtg tcagccagga tggtctcgat 5880 cttatgacct catgatccac ccgcctcagc ctcccaaagt gctgggatta caggcgtgag 5940 ccaccacgcc cagcaatttt ttgtattttt agtacagaca gggtttcacc atgttagcta 6000 ggatggtctt gatctcctga cctcttgatc tgcccacctc agcctcccaa agtgctggga 6060 ttacgggcgt gagccagggg gccaacatgg tgaaacccta tctctactaa aaatacaaaa 6120 ttagccggga atggtggtgc gcgcctataa tcccagctac tcgggaggct gaggcgtgag 6180 aatcacttga acctgggagg cagaggttgc agtgagctga gatagcgcca ctgcactcca 6240 gcctgggggg cagtgagact ccatctcaaa aaaaaaaaaa aaaaagaata gaataaccct 6300 tgtttaggtg ttaacaaaat ccaggccaga caaatctaaa ctttaatctc atacccagtt 6360 cctagatgag tcccttctcc agctcaggtt 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ggctggggac atgggagggg ctagggatgc 7260 aagctttcct gagttcccac agttctctgc ccctctcctg tctcacgggg tgtgggccac 7320 ctgtggcttg cggttgtttc gcgccaagct aatatcttgt tcttcccaac agagaggccc 7380 gttgaggctt ctctgtcctc catggggaac agcattggcc taaacctgca gacaccattg 7440 caaagggaag tcagctcagg caaacccgct ggtgaagaag aattccagtg tggggacaca 7500 gagactgaca tttcttgcca tgggtgattt aattttgggc ctcagttttt cattcccccc 7560 taagagtatg acgcagccgc atccttgcca gggccggagg gagggtggat ggacttatag 7620 gtgttgcttg tggctgggtg acttgcttct gccaacgaga ttttcacaga cacggcacaa 7680 gcagaagcct ggaatgtgtg gcactgccag gcctgccctc ttaggctctt gattttcccc 7740 acgagatatg cgtgccccag ggaacggcgg ctctggctgt ggaatgagag gcgtgtggag 7800 caggcatggt tcccaccctc agcctagagt caaggccaga ctagatcagc ctaagcccag 7860 ccacgccacg ggtgcagcag tgaagagcaa atgccaactg tccatgacag tgactttcaa 7920 aggggcgtgt catgtgcctc atcccagcaa cagggaaggc atttctctat cagtcagttg 7980 gtaaatgatt attgacaatg tgtgggaagg tggagttatt tgagtagatt tggcctctat 8040 tctcatggag cttcctttct agaggggaag 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taagccaggg cagaggggtg gggagggctg 8940 ggccaggcac cagagtggag accacaggcc agggcagagg gcagggctgt gagggcactg 9000 taggctgtgg atgggagctg gcatttaaga ggggagtcca tagaccaggg cagagggcag 9060 ggctgtgagg gcactgtagg ctgtggatgg gagctggcat ttaagagggg agtccataga 9120 ccagggcaga gggcagggcc gtgctgggca ctttgggctg tggatgggag ctggcattta 9180 agaggggaga ccatagacca gggtagaggg cagggccgtg ctgggcactt tgggctgtgg 9240 atgggagctg gcatttatgc tcaagtgatg ggaatatgtt aaaagatttt aaggagggga 9300 gtaacagttg ggattaatgt gtattctggg aatctcaaca aagtaaattc atagttcgaa 9360 ttttcataag acttctgcac aggcagagag aaataagatc gcatctacag ctgtgtggtg 9420 attttcttta aaaatactac taagttttta aacgtgattt caaatggtgt gtttctgttt 9480 cacattggac ataagtagat tgcaaggcta atggaaagta gaaaagttaa ctcatgaaca 9540 taaaagagac atcgatttga aaacaaaaca tttattcatt tacttctgct gcagttttct 9600 tgactgctga atttcgtaag aagggattgg tcagggaggg tcttggggct gaagacctgg 9660 agaggagctg gtgctatcgc tgttcaaatc tgaaggtggt ggagatggag ccttggggag 9720 gagccggtgc tgccttttaa gtctatgaga 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ggagaggagc tgatgttcta atttaagggt ggtgcagcgg 10620 aaaaatcggg ggggggggag ctgatgttgt tcgcgttgag ggtctttcag ctggagactc 10680 ggggaggagc tgatgttcta gattgagggt catggagttg gaggcctgga gaggagctga 10740 tgttgtagtt tgagcatctt gccagctgca aacccggaga gaagctgatg tagtttgagg 10800 gtcttgcagc tgcagaccca gagaggaact gatgttctag attgaggatc atgcagctga 10860 agactctggg aggagctgat gttctaactt gagggtcatg cagctgaaga ctcggggagg 10920 agctgatgtt ctagtttgag ggtcttgcag ctgcagacct ggagaggagc tgatgttcta 10980 gattgagggt cgcacagctg aagacttggg gagtagctga tgttgtttgc attgagtctt 11040 tcagttggag actcagggag gagctgatgt tctagattta gggtcatgga actggagacc 11100 tggagagaag ctgatgttct agtttgaggg tcttgctgct gcagacccgg agaggagctg 11160 atgttctagt ttgaggatct tgcagctgca gacgtggaga agagctgatc ttctagtttg 11220 agggtcgtgc agctgaagtc tcggggatga gctgaggttc tagtttgagg gtcgtgcagc 11280 agaagactcg gggaggagct gaggttctag tttgagggtc gtgcacctgg agaactggac 11340 aggagctgat gttctagatt gagcatcgta cagctgaaga cttggggagg agcttatgtt 11400 gttcactttg 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tcaggctcaa gcgatcctca cgcctcggac ccccaaagtg ctgggatcac aggcgagagt 42180 caccatgctg gcctgaatct tcagggtatt ttacggttga agtgtcactt acttaaccat 42240 ccctgtttca ggagtgtagg tggtcaccct gtctctgccg ctgacctggc ctggaccctc 42300 ggctgtgaga gggaggggtg ggctgggctg gaggaacctg aagccctcgt gatgtcacaa 42360 gcccatctgg ctgggcatcc cctgcgctgc acatgcccca ggtggccccc acagcagagg 42420 cgagccactg gagggtggag ggcttccacg ggacggtctt cagggggaga aggaagggcc 42480 caggccccca ggagactcag gagaccagag cctggggtca ggggctcagc caggggctca 42540 gccagggctg gatgtccgga gccagccccg cagccctgtg ttcttcgttc ttcgcactcc 42600 caccgtccgt gtgaacagct ccagccccac ctgcgcctcc ctgtgctggg ctccatcagg 42660 gagcccagaa gacgtgtgtg cttctgaaat tgggtcccta catgcctttg tcccagtgca 42720 ccttgctcct tccatttact atcgagattt aaatgcctgt tttctcccca gaggttgacg 42780 gatatattca gacgttacga cacggatcag gacggctgga ttcaggtgtc gtacgaacag 42840 tacctgtcca tggtcttcag tatcgtatga ccctggcctc tcgtgaagag cagcacaaca 42900 tggaaagagc caaaatgtca cagttcctat ctgtgaggga atggagcaca ggtgcagtta 42960 gatgctgttc ttcctttaga ttttgtcacg tggggaccca gctgtacata tgtggataag 43020 ctgattaatg gttttgcaac tgtaatagta gctgtatcgt tctaatgcag acattggatt 43080 tggtgactgt ctcattgtgc catgaggtaa atgtaatgtt tcaggcattc tgcttgcaaa 43140 aaaatctatc atgtgctttt ctagatgtct ctggttctat agtgcaaatg cttttattag 43200 ccaataggaa ttttaaaata acatggaact tacacaaaag gcttttcatg tgccttactt 43260 ttttaaaaag gagtttattg tattcattgg aatatgtgac gtaagcaata aagggaatgt 43320 tagacgtgt 43329

Claims (15)

  1. 서열번호 10의 염기서열을 포함하는 PDCD6 유전자의 개인 식별 단형성 또는 다형성 소위성(polymorphic minisatellites) 마커 조성물로서,
    상기 단형성 또는 다형성 소위성은, 인트론(intron) 2번 영역에서 연쇄 반복(tandem repeat)을 나타내는 것이며, 서열번호 1의 염기서열로 이루어진 단형성 소위성 PDCD6-MS1 (PDCD6-minisatallite1); 서열번호 2의 염기서열로 이루어진 단형성 소위성 PDCD6-MS2 (PDCD6-minisatallite2); 및 서열번호 3의 염기서열로 이루어진 다형성 소위성 PDCD6-MS3 (CPDCD6-minisatallite3);으로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상인 것인, 마커 조성물.
  2. 삭제
  3. 삭제
  4. 서열번호 4 및 5로 이루어진 프라이머 세트, 서열번호 6 및 7로 이루어진 프라이머 세트 및 서열번호 8 및 9로 이루어진 프라이머 세트로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상인 것인, PDCD6-MS1, PDCD6-MS2 및 PDCD6-MS3로 이루어진 단형성 또는 다형성 소위성 검출용 프라이머 세트.
  5. 제 4항에 있어서, 상기 서열번호 4 및 5는 단형성 소위성 PDCD6-MS1을 증폭하고;
    상기 서열번호 6 및 7은 단형성 소위성 PDCD6-MS2를 증폭하고;
    상기 서열번호 8 및 9는 다형성 소위성 PDCD6-MS3를 증폭하는 프라이머 세트.
  6. 제 4항의 프라이머 세트를 포함하는, PDCD6-MS1, PDCD6-MS2 및 PDCD6-MS3로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 단형성 또는 다형성 소위성의 검출을 위한 DNA 타이핑 키트.
  7. (a) 검체로부터 추출된 게놈 DNA를 주형으로 하고, 제6항의 키트를 사용하여 DNA 중합효소 연쇄 반응(PCR)을 수행하는 단계; 및
    (b) 상기 PCR 산물을 전기영동으로 분리하여 PDCD6-MS1, PDCD6-MS2 및 PDCD6-MS3 로 이루어진 군에서 선택된 1종의 단형성 또는 다형성을 동정하는 단계를 포함하는 DNA 타이핑(typing) 방법.
  8. 제 7항에 있어서,
    상기 검체는 혈액, 머리카락, 타액, 표피, 정액, 질 채취물, 분리된 세포, 조직샘플, 비듬 및 유골로 구성된 군으로부터 선택된 1종 이상인 것인 방법.
  9. 제7항에 있어서, 상기 DNA 타이핑 방법은 개체의 친자 확인, 혈연 확인 또는 법의학적 감정에 사용되는 것을 특징으로 하는 방법.
  10. 서열번호 8 및 9로 이루어진 프라이머 세트를 포함하는 방광암 또는 전립선암의 진단용 조성물로서,
    상기 서열번호 8 및 9로 이루어진 프라이머 세트는 다형성 소위성 PDCD6-MS3를 증폭하는 것인, 조성물.
  11. 삭제
  12. 제 10항의 조성물을 포함하는 방광암 또는 전립선암 진단용 키트.
  13. (a) 검체로부터 분리된 게놈 DNA를 주형으로 하고, 제 12항의 키트를 이용하여 PCR을 수행하는 단계;
    (b) 상기 PCR 산물을 전기영동으로 분리, 동정하여 PDCD6-MS3 다형성의 대립형질의 길이를 분석하는 단계; 및
    (c) 희귀대립형질 및 일반대립형질로 구성된 유전형질 판단으로, 방광암 또는 전립선암의 발생에 대한 감수성을 판단하는 단계;를 포함하는 방광암 또는 전립선암의 감수성 진단을 위한 정보 제공 방법.
  14. 삭제
  15. 제 13항에 있어서, 희귀대립형질 및 일반대립형질로 구성된 유전형질을 가지는 경우, 방광암 또는 전립선암 발생에 대한 감수성이 높은 것으로 판단하는 단계를 더 포함하는 것인, 정보 제공 방법.
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