KR102427771B1

KR102427771B1 - 개에서의 비결핵 항산균의 감염 진단을 위한 숙주 바이오마커 및 이의 이용

Info

Publication number: KR102427771B1
Application number: KR1020200157049A
Authority: KR
Inventors: 유한상; 김수지
Original assignee: 서울대학교 산학협력단
Priority date: 2019-11-20
Filing date: 2020-11-20
Publication date: 2022-08-03
Also published as: KR20210062584A

Abstract

본 발명은 개에서의 비결핵 항산균, 구체적으로 마이코박테리움 아비움 아종 호미니스수이스(Mycobacterium avium subsp. hominissuis)의 감염 진단을 위한 숙주 바이오마커 및 이의 이용에 관한 것으로, 본 발명에 따른 바이오마커는 개에서의 마이코박테리움 아비움 아종 호미니스수이스(Mycobacterium avium subsp. hominissuis)의 감염 진단에 효과적인 바, 개를 위한 마이코박테리움 아비움 아종 호미니스수이스 감염 진단용 키트 등으로 활용될 수 있다.

Description

개에서의 비결핵 항산균의 감염 진단을 위한 숙주 바이오마커 및 이의 이용{Host biomarkers for diagnosis of nontuberculous mycobacteria infection in dogs and their uses}

본 발명은 개에서의 비결핵 항산균, 구체적으로 마이코박테리움 아비움 아종 호미니스수이스(Mycobacterium avium subsp. hominissuis)의 감염 진단을 위한 5종의 숙주 바이오마커인 IL-6(interleukin 6), IL-17A(interleukin 17A), CSF3(colony stimulating factor 3), F3(coagulation factor 3) 및 CXCL8(C-X-C Motif Chemokine Ligand 8) 유전자 또는 이로부터 발현되는 단백질의 수준을 측정하는 제제를 포함하는 마이코박테리움 아비움 아종 호미니수이스 감염 진단용 조성물 또는 이를 포함하는 키트와, 상기 조성물 또는 키트를 이용한 비결핵 항산균(nontuberculous mycobacteria, NTM) 감염의 진단을 위한 정보제공 방법에 관한 것이다.

마이코박테리움 아비움 아종 호미니스수이스(Mycobacterium avium subsp. hominissuis)는 비결핵 항산균(nontuberculous mycobacteria, NTM)에 속하는 균으로 전세계적으로 NTM 폐질환의 가장 흔한 원인균인 마이코박테리움 아비움 콤플렉스(Mycobacterium avium complex, MAC)이다. NTM 폐질환은 토양이나 하천, 상수도 등에 존재하는 균이 공기를 통해 호흡기에 감염되어 발생하는 것으로 여겨지는데, NTM 폐질환을 일으키는 원인균의 분포는 국가에 따라 다양하다. 특히, 미국과 일본에서는 사람에서 NTM 폐질환의 가장 흔한 원인균으로 MAC가 60-80%를 차지하고 있으며, 국내에서도 50-60%를 차지하고 있다. 근래에는 사람 외에도 여러 포유동물에서 감염이 확인되고 있으며, 특히, 국내·외에서 개에서의 감염이 보고가 증가하고 있지만, 부검을 통한 원인체 검출만이 이루어지고 있을 뿐, 현재까지 감염된 생존 개체에서의 마이코박테리움 아비움 아종 호미니스수이스 감염에 대한 진단 기법이 확립된 것은 없다.

한편, 바이오마커는 정상 혹은 병적인 상태에서 생체내의 변화를 알아낼 수 있는 지표로 핵산, 단백질, 대사물질 등이 이용되며 질병의 진단 및 예후를 판단하는데 적용되고 있다. 그러나, 개에서의 마이코박테리움 아비움 아종 호미니스수이스의 감염 진단을 위한 바이오마커의 발굴에 관한 연구는 전무한 상태로 이를 이용한 진단 기법 개발이 필요한 실정이다.

이러한 배경 하에, 본 발명자들은 개에서 마이코박테리움 아비움 아종 호미니스수이스의 감염을 진단하기 위한 후보 바이오마커를 개발하고자 예의 노력한 결과, 감염이 의심되는 개에서 감염 여부를 조기 진단할 수 있는 유전자들을 발굴하여 본 발명을 완성하였다.

본 발명의 하나의 목적은 개체로부터 분리된 시료에서 IL-6(interleukin 6), IL-17A(interleukin 17A), CSF3(colony stimulating factor 3), F3(coagulation factor 3) 및 CXCL8(C-X-C Motif Chemokine Ligand 8)로 이루어지는 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상의 유전자의 mRNA 또는 이로부터 발현되는 단백질의 수준을 측정하는 제제를 포함하는, 비결핵 항산균(nontuberculous mycobacteria, NTM) 감염의 진단용 조성물을 제공하는 것이다.

본 발명의 다른 하나의 목적은 상기 진단용 조성물을 포함하는 NTM 감염 진단용 키트를 제공하는 것이다.

본 발명의 또 하나의 목적은 (a) NTM 감염이 의심되는 개체로부터 분리된 시료에서, IL-6, IL-17A, CSF3, F3 및 CXCL8(C-X-C Motif Chemokine Ligand 8)로 이루어지는 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상의 유전자의 mRNA 또는 이로부터 발현되는 단백질의 수준을 측정하는 단계; 및 (b) 상기 측정된 수준을 정상 개체로부터 분리된 시료에서 측정된 수준과 비교하는 단계를 포함하는 NTM 감염의 진단을 위한 정보를 제공하는 방법을 제공하는 것이다.

이를 구체적으로 설명하면 다음과 같다. 한편, 본 발명에서 개시된 각각의 설명 및 실시 형태는 각각의 다른 설명 및 실시 형태에도 적용될 수 있다. 즉, 본 발명에서 개시된 다양한 요소들의 모든 조합이 본 발명의 범주에 속한다. 또한, 하기 기술된 구체적인 서술에 의하여 본 발명의 범주가 제한된다고 볼 수 없다.

상기 목적을 달성하기 위한 본 발명의 하나의 양태는 개체로부터 분리된 시료에서 IL-6(interleukin 6), IL-17A(interleukin 17A), CSF3(colony stimulating factor 3), F3(coagulation factor 3) 및 CXCL8(C-X-C Motif Chemokine Ligand 8)로 이루어지는 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상의 유전자의 mRNA 또는 이로부터 발현되는 단백질의 수준을 측정하는 제제를 포함하는, 비결핵 항산균(nontuberculous mycobacteria, NTM) 감염의 진단용 조성물을 제공한다.

본 발명에서 용어, "개체"는 NTM 감염을 진단하거나 NTM 감염의 예후를 예측하고자 하는 대상을 의미한다. 상기 개체는 사람을 비롯하여, 개, 말, 소, 쥐, 염소, 토끼 등의 NTM 감염이 발병될 수 있는 동물이라면 제한 없이 포함될 수 있다. 상기 NTM 감염은 NTM 감염으로 인해 발생할 수 있는 질환도 포함할 수 있으며, 상기 질환은 폐질환, 림프절염, 피부 질환, 파종성 질환 등일 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.

본 발명의 목적상, 상기 개체는 개일 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.

본 발명에서 용어, "비결핵 항산균(nontuberculous mycobacteria, NTM)"은 폐질환, 림프절염, 피부 질환, 파종성 질환 등을 일으키는 균으로, 이 중 흔하게 발견되는 MAC(Mycobacterium avium complex)은 인간을 함께 감염시키기 때문에 일반적으로 함께 그룹화되는 마이코박테리움 인트라셀룰레(Mycobacterium intracellulare) 및 마이코박테리움 아비움(Mycobacterium avium)을 포함하는 마이코박테리아 그룹으로 알려져 있으며, 이외에도 마이코박테리움 칸사시(Mycobacterium kansasii), 마이코박테리움 말묀스(Mycobacterium malmoense), 마이코박테리움 제노피(Mycobacterium xenopi), 마이코박테리움 아비움 아종 호미니스수이스(Mycobacterium avium subsp. hominissuis) 등이 알려져 있다.

특히, 상기 MAC은 마이코박테리움 아비움- 인트라셀룰레(Mycobacterium avium-intracellulare) 감염 또는 MAC(Mycobacterium avium complex) 감염으로 명명되는 질환을 유발하는 것으로 알려져 있다.

본 발명에 있어서, 상기 비결핵 항산균은 MAC에 속하는 마이코박테리움 인트라셀룰레, 마이코박테리움 아비움, 마이코박테리움 칸사시, 마이코박테리움 말묀스, 마이코박테리움 제노피, 마이코박테리움 아비움 아종 호미니스수이스일 수 있고, 구체적으로 마이코박테리움 아비움 아종 호미니스수이스일 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.

본 발명에 있어서, 상기 IL-6(interleukin 6), IL-17A(interleukin 17A), CSF3(colony stimulating factor 3), F3(coagulation factor 3) 및 CXCL8 유전자는 숙주 바이오마커로써, 구체적으로, 상기 IL-6 유전자는 서열번호 1의 염기서열을, 상기 IL-17A 유전자는 서열번호 2의 염기서열을, 상기 CSF3 유전자는 서열번호 3의 염기서열을, 상기 F3 유전자는 서열번호 4의 염기서열, 상기 CXCL8 유전자는 서열번호 5를 포함할 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.

상기 IL-6, IL-17A, CSF3, F3 및 CXCL8유전자의 구체적인 염기서열 및 상기 유전자로부터 발현되는 단백질 정보는 NCBI 및 발표된 논문에 공지되어 있으며, 이는 표 1에 나타낸 바와 같다.

본 발명의 상기 숙주 바이오마커 유전자들의 mRNA는 상기 서열번호 1 내지 5의 염기서열뿐만 아니라, 상기 서열번호 1 내지 5의 염기서열과 80% 이상, 구체적으로는 90% 이상, 보다 구체적으로는 95% 이상, 더욱 구체적으로는 98% 이상, 가장 구체적으로는 99% 이상의 상동성을 나타내는 염기서열을 포함할 수 있으며, 실질적으로 상기 각 유전자와 동일하거나 상응하는 효능을 나타내는 염기서열이라면 제한없이 포함할 수 있다. 또한 이러한 상동성을 갖는 염기서열이라면, 일부 서열이 결실, 변형, 치환 또는 부가된 염기서열도 본 발명의 범위 내에 포함됨은 자명하다.

본 발명에서 용어, "상동성"은 두 개의 폴리뉴클레오티드 또는 폴리펩타이드 모이티 사이의 동일성의 퍼센트를 말한다. 하나의 모이티로부터 다른 하나의 모이티까지의 서열 간 상동성은 알려진 당해 기술에 의해 결정될 수 있다. 예를 들면, 상동성은 서열정보를 정렬하고 용이하게 입수 가능한 컴퓨터 프로그램을 이용하여 두 개의 폴리뉴클레오티드 분자 또는 두 개의 폴리펩티드 분자 간의 서열 정보를 직접 정렬하여 결정될 수 있다. 상기 컴퓨터 프로그램은 BLAST(NCBI), CLC Main Workbench(CLC bio), MegAlignTM(DNASTAR Inc) 등일 수 있으나, 상동성을 결정할 수 있는 프로그램이라면 제한 없이 이용할 수 있다. 또한, 폴리뉴클레오티드 간 상동성은 상동 영역 간의 안정된 이중가닥을 이루는 조건하에서 폴리뉴클레오티드를 혼성화한 후, 단일-가닥-특이적 뉴클레아제로 분해시켜 분해된 단편의 크기를 결정함으로써 결정할 수 있으나 이에 제한되는 것은 아니다.

본 발명의 일실시예에서 마이코박테리움 아비움 아종 호미니스수이스 감염 개체에서 유의적으로 발현량이 증가하는 숙주 바이오마커 유전자를 동정하였으며, 상기 숙주 바이오마커 유전자는 이의 mRNA 또는 이로부터 발현되는 단백질의 수준을 측정하여, NTM, 특히, 마이코박테리움 아비움 아종 호미니스수이스 감염의 진단에 효과적으로 활용할 수 있다.

본 발명의 용어, "mRNA의 수준을 측정하는 제제"는 시료에 포함된 본 발명의 숙주 바이오마커 유전자의 발현 여부를 확인하기 위하여, 상기 유전자로부터 전사된 mRNA의 수준을 측정하는 방법에 사용되는 제제를 의미한다. 구체적으로 상기 제제는 RT-PCR, 정량 실시간 PCR(quantified real time PCR), 경쟁적 RT-PCR(Competitive RT-PCR), 실시간 RT-PCR(real time quantitative RT-PCR), RNase 보호 분석법(RPA; RNase protection assay), 노던 블럿팅(Northern blotting), DNA 칩 분석법 등의 방법에 사용되는 표적 유전자에 특이적으로 결합할 수 있는 프라이머 또는 프로브를 포함할 수 있으나, 특별히 이에 제한되지는 않는다.

상기 "프라이머"는 짧은 자유 3말단 수화기(free 3' hydroxyl group)를 가지는 핵산 서열로 상보적인 템플레이트(template)와 염기쌍(base pair)을 형성할 수 있고 템플레이트 가닥 복사를 위한 시작 지점으로 기능을 하는 짧은 핵산 서열을 의미한다. 프라이머는 적절한 완충용액 및 온도에서 중합반응(즉, DNA 폴리머레이즈 또는 역전사효소)을 위한 시약 및 상이한 4가지 뉴클레오사이드 트리포스페이트의 존재하에서 DNA 합성이 개시될 수 있다.

구체적으로, 상기 프라이머는 IL-6의 발현 여부를 확인하는 경우에는 서열번호 6 및 서열번호 7의 프라이머, IL-17A의 발현 여부를 확인하는 경우에는 서열번호 8 및 서열번호 9의 프라이머, CSF3의 발현 여부를 확인하는 경우에는 서열번호 10 및 서열번호 11의 프라이머, F3의 발현 여부를 확인하는 경우에는 서열번호 12 및 서열번호 13의 프라이머, CXCL8의 발현 여부를 확인하는 경우에는 서열번호 22 및 서열번호 23의 프라이머를 사용할 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.

상기 "프로브"는 상기 유전자와 상보적으로 결합할 수 있는 프로브가 될 수 있고, 상기 각 유전자와 상보적으로 결합할 수 있는 한, 상기 프로브의 뉴클레오티드 서열은 제한되지 않는다.

본 발명의 용어, "단백질의 수준을 측정하는 제제"는 시료에 포함된 본 발명의 숙주 바이오마커 유전자에 의해 코딩되는 단백질의 발현 수준을 측정하는 방법에 사용되는 제제를 의미한다. 구체적으로, 상기 단백질의 수준을 측정하는 제제는 상기 단백질에 특이적인 항체, 또는 앱타머를 포함할 수 있다. 구체적으로 상기 제제는 웨스턴 블럿(western blotting), ELISA(enzyme linked immunosorbent assay), 방사선면역분석(RIA: Radioimmunoassay), 방사 면역 확산법(radioimmunodiffusion), 오우크테로니(Ouchterlony) 면역 확산법, 로케트 면역전기영동(rocket immunoelectrophoresis), 면역조직화학염색법(immunohistochemical staining), 면역침전 분석법(Immunoprecipitation Assay), 보체 고정 분석법(Complement Fixation Assay), 면역형광법(immunofluorescence), 면역크로마토그래피법(immunochromatography), FACS(fluorescenceactivated cell sorter analysis) 및 단백질 칩 분석법(protein chip technology assay) 등의 방법에 사용되는 항체를 포함할 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.

상기 "항체"는 단백질 또는 펩티드 분자의 항원성 부위에 특이적으로 결합할 수 있는 단백질성 분자를 의미한다. 이러한 항체는, 각 유전자를 통상적인 방법에 따라 발현벡터에 클로닝하여 상기 마커 유전자에 의해 코딩되는 단백질을 얻고, 얻어진 단백질로부터 통상적인 방법에 의해 제조될 수 있다. 상기 항체의 형태는 특별히 제한되지 않으며 폴리클로날 항체, 모노클로날 항체 또는 항원 결합성을 갖는 것이면 그것의 일부도 본 발명의 항체에 포함되고 모든 면역 글로불린 항체가 포함 될 수 있다. 아울러, 상기 항체는 2개의 전체 길이의 경쇄 및 2개의 전체 길이의 중쇄를 가지는 완전한 형태뿐만 아니라 항체 분자의 기능적인 단편을 포함한다. 항체 분자의 기능적인 단편이란 적어도 항원 결합 기능을 보유하고 있는 단편을 의미하며 Fab, F(ab'), F(ab') 2 및 Fv 등이 될 수 있다.

상기 "앱타머"는 단일 가닥 올리고 뉴클레오티드를 의미하는 것으로, 소정의 표적 분자에 대한 결합 활성을 갖는 핵산 분자를 말한다. 상기 앱타머는 그 염기 서열에 따라 다양한 3차원 구조를 가질 수 있으며, 항원-항체 반응과 같이 특정 물질에 대하여 높은 친화력을 가질 수 있다. 앱타머는 소정의 표적 분자에 결합함으로써 소정의 표적 분자의 활성을 저해할 수 있다. 상기 앱타머는 RNA, DNA, 변형된(modified) 핵산 또는 이들의 혼합물일 수 있으며, 그 형태가 직쇄상 또는 환상(環狀)일 수 있으나 이들에 한정되지 아니한다. 본 발명의 앱타머는 상기 숙주 바이오마커 유전자에 의해 코딩되는 단백질에 대하여 사용될 수 있다. 상기 단백질에 결합 활성을 갖는 앱타머는 당해 기술 분야에서 통상의 지식을 가진 자가 공지의 방법에 따라 쉽게 제작할 수 있다.

본 발명의 용어, "진단"은 특정 질병 또는 질환에 대한 개체의 감수성(susceptibility)을 판정하는 것, 개체가 특정 질병 또는 질환을 현재 가지고 있는지 여부를 판정하는 것 또는 치료 효능에 대한 정보를 제공하기 위해 개체의 상태를 모니터링 하는 것을 포함한다.

본 발명의 목적상, 상기 진단은 NTM, 구체적으로 마이코박테리움 아비움 아종 호미니스수이스 감염의 여부를 확인하는 것일 수 있다.

본 발명의 다른 하나의 양태는 본 발명의 진단용 조성물을 포함하는 NTM 감염 진단용 키트를 제공한다.

상기 진단용 조성물, 및 NTM 감염은 전술한 바와 같다.

본 발명의 키트는 NTM 감염을 진단하기 위하여, IL-6, IL-17A, CSF3, F3및 CXCL8로 이루어지는 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상의 유전자의 mRNA 또는 이로부터 발현되는 단백질의 발현 수준을 측정하기 위한 용도로 사용될 수 있다.

본 발명의 키트는 RT-PCR(Reverse transcription polymerase chain reaction) 키트, DNA 칩 키트, ELISA(Enzymelinked immunosorbent assay) 키트, 단백질 칩 키트, 래피드(rapid) 키트 또는 MRM(Multiple reaction monitoring) 키트일 수 있으며, 당업계에서 통상적으로 사용되는 키트라면 제한 없이 사용할 수 있다.

본 발명의 또 다른 하나의 양태는 (a) NTM 감염이 의심되는 개체로부터 분리된 시료에서, IL-6, IL-17A, CSF3, F3및 CXCL8로 이루어지는 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상의 유전자의 mRNA 또는 이로부터 발현되는 단백질의 수준을 측정하는 단계; 및 (b) 상기 측정된 수준을 정상 개체로부터 분리된 시료에서 측정된 수준과 비교하는 단계를 포함하는 NTM 감염의 진단을 위한 정보를 제공하는 방법을 제공한다.

상기 유전자, 및 NTM 감염은 전술한 바와 같다.

상기 개체는 NTM 감염을 진단하거나 NTM 감염의 예후를 예측하고자 하는 대상을 의미하며, 상기 개체는 사람을 비롯하여, 개, 말, 소, 쥐, 염소, 토끼 등의 NTM 감염이 발병될 수 있는 동물이라면 제한 없이 포함될 수 있다.

본 발명에서 용어, "시료"는 NTM 감염이 의심되는 개체로부터 분리된 조직, 세포, 전혈, 혈청, 혈장 외에도, 타액, 객담, 뇌척수액 또는 뇨와 같은 시료 등을 포함하며, 구체적으로 전혈을 의미할 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.

본 발명의 용어, "정상 개체"는 NTM 감염으로 진단되지 않은 개체를 의미하며, 정상 개체로부터 분리된 시료와 NTM 감염의 진단 또는 예후를 예측하고자 하는 개체로부터 분리된 시료에서 상기 유전자의 mRNA 또는 이로부터 발현되는 단백질의 발현 수준을 측정하고, 비교함으로써, NTM 감염이 의심되는 개체의 NTM 감염 여부 또는 예후를 정확하게 예측할 수 있다.

본 발명에 있어서, 용어, "mRNA 발현수준 측정"이란 NTM 감염의 진단 또는 예후를 예측하기 위하여 생물학적 시료에서 본 발명의 숙주 바이오마커 유전자인, IL-6, IL-17A, CSF3, F3 및 CXCL8로 이루어지는 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상의 유전자의 mRNA 존재 여부와 발현 정도를 확인하는 과정으로 mRNA의 양을 측정함으로써 알 수 있다. 이를 위한 분석 방법으로는 역전사효소 중합효소반응(RT-PCR), 경쟁적 역전사효소 중합효소반응(competitive RT-PCR), 실시간 역전사효소 중합효소반응(real time quantitative RT-PCR), RNase 보호 분석법(RNase protection method), 노던 블랏팅(Northern blotting), DNA칩 분석법(DNA chip technology assay) 등이 있다.

본 발명에 있어서, 용어, "단백질 발현수준 측정"이란 NTM 감염의 진단 또는 예후를 예측하기 위하여 생물학적 시료에서의 본 발명의 숙주 바이오마커 유전자인, IL-6, IL-17A, CSF3, F3및 CXCL8로 이루어지는 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상의 유전자에 의해 코딩된 단백질의 존재 여부와 발현 정도를 확인하는 과정으로, 상기 유전자에 의해 코딩된 단백질에 대하여 특이적으로 결합하는 항체를 이용하여 단백질의 양을 확인할 수 있다. 이를 위한 분석 방법으로는 웨스턴 블랏(western blotting), ELISA(enzyme linked immunosorbent assay), 방사선면역분석(RIA: radioimmunoassay), 방사 면역 확산법(radial immunodiffusion), 오우크테로니 면역 확산법(Ouchterlony immunodiffusion), 로케트 면역전기영동(rocket immunoelectrophoresis), 면역조직화학염색법(immunohistochemical staining), 면역침전분석법(immunoprecipitation assay), 보체 고정 분석법(complement Fixation Assay), 면역형광법(immunofluorescence), 면역크로마토그래피법(immunochromatography), FACS 분석법(fluorescenceactivated cell sorter analysis) 및 단백질 칩 분석법(protein chip technology assay) 등이 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.

본 발명의 NTM 감염의 진단을 위한 정보를 제공하는 방법은, NTM 감염이 의심되는 개체로부터 분리된 시료에서, IL-6, IL-17A, CSF3, F3및 CXCL8로 이루어지는 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상의 유전자의 mRNA 또는 이로부터 발현되는 단백질의 수준을 측정한 결과, 정상 개체로부터 분리된 시료에서 측정되는 수준보다 유의적으로 높은 경우, NTM, 특히, 마이코박테리움 아비움 아종 호미니스수이스의 감염 위험이 높거나, 그 예후가 나쁘다고 판정될 수 있다.

본 발명에 따른 바이오마커는 개에서의 비결핵 항산균, 구체적으로 마이코박테리움 아비움 아종 호미니스수이스(Mycobacterium avium subsp. hominissuis)의 감염 진단에 효과적인 바, 개를 위한 마이코박테리움 아비움 아종 호미니스수이스 감염 진단용 키트 등으로 활용될 수 있다.

도 1은 6, 12, 24 시간 감염에서 공통적으로 특이적인 발현 양상을 보인 유전자들의 네트워크 분석 결과이다.
도 2는 공통적으로 발현된 유전자들의 발현 변화값이다.
도 3은 공통 유전자 네트워크 분석 결과 선별된 바이오마커 후보 유전자들의 실제 발현량이다.

이하, 본 발명의 이해를 돕기 위하여 실시예를 들어 상세하게 설명하기로 한다. 다만 하기의 실시예는 본 발명의 내용을 예시하는 것일 뿐 본 발명의 범위가 하기 실시예에 한정되는 것은 아니다. 본 발명의 실시예는 당업계에서 평균적인 지식을 가진 자에게 본 발명을 보다 완전하게 설명하기 위해 제공되는 것이다.

실시예 1. 바이오마커 후보 유전자 선별

마이코박테리움 아비움 아종 호미니스수이스(Mycobacterium avium subsp. hominissuis) 감염을 조기 진단하기 위해, 감염시 발현되는 특이 유전자를 발굴하기 위하여 개의 말초 혈액 단핵세포(Canine peripheral blood mononuclear cells)를 마이코박테리움 아비움 104로 감염시키고, RNA-시퀀싱 기법을 통해 유전자들의 특이적인 발현을 확인하였다.

구체적으로, 공혈견의 전혈에서 튜브(leucoseptube)를 이용하여 말초 혈액 단핵세포를 분리하였으며, 분리된 말초 혈액 단핵세포를 마이코박테리움 아비움 104로 6, 12, 24 시간 동안 감염시켜 RNeasy 미니 키트로 총 RNA를 추출하였다. 그 중 mRNA를 이용하여, 3' mRNA-시퀀싱 라이브러리 프렙 키트(QuantSeq3' mRNA-Seq Library Prep Kit)를 통해 라이브러리를 구축하고Illumina 사의 NextSeq 500으로 QuantSeq3'mRNA-seq하였다.

차등 발현 유전자(Differentially expressed genes; DEG)들 중 비감염군에 대비하여 발현 변화값이 5배(|Fold change|≥5) 이상 차이가 나는 유전자들을 Ingenuity pathway analysis(IPA)를 이용하여 그룹별로 비교 분석하고, 0, 2, 6, 12, 24 시간 동안의 감염에서 공통적으로 특이적인 발현이 확인된 유전자들을 IPA의 Venn diagram 분석을 통해 확인하였으며, 공통으로 특이적인 발현이 확인된 유전자들 중 IPA의 네트워크 분석을 통해 유의적으로 연결되는 유전자들을 확인하였다.

그 결과, 네트워크 분석을 통해 선별된 유의적인 유전자들의 연결은 도 1과 같았다. 상기 유의적인 연결이 확인된 유전자들의 발현 변화값(Fold Change)는 도 2와 같았다.

상기 선별된 유전자들 중 발현 변화값이 100배(|Fold change|≥100) 이상 차이 나는 유전자들을 바이오마커 후보 유전자로 선별하였다. 선별된 유전자들은 CSF3(colony stimulating factor 3), F3(coagulation factor 3), HBEGF(Heparin Binding EGF Like Growth Factor), IL17A(interleukin 17A), IL6(interleukin 6), TPGS2(Tubulin Polyglutamylase Complex Subunit 2), SELENOP(Selenoprotein P), SUCNR1(Succinate Receptor 1), 및 CXCL8(C-X-C Motif Chemokine Ligand 8)이다.

실시예 2. 바이오마커 유전자 선정

각 시간별 총 RNA를 추출하여 정제한 후 Quantitect 역전사 키트(Quantitect reverse transcription kit)를 이용하여 cDNA 을 합성하였다. 이후 실시간 역전사 중합효소반응(real time quantitative RT-PCR)기법을 이용하여, 네트워크 분석을 통해 선별한 8종의 유전자(CSF3, F3, HBEGF, IL17A, IL6, TPGS2, SELENOP, SUCNR1 및 CXCL8)를 대상으로 0, 2, 6, 12, 24시간에서 측정된 유전자의 발현수준과 비감염군에서 측정된 유전자의 발현수준을 비교하여, 각 감염군에서 비감염군의 대비 발현수준이 구별되는 유전자를 선별하였다(도3). 이때, 내부 대조군으로는 GAPDH를 사용하였다. RT-PCR의 조건은 95℃에서 3분, 95℃에서 3초 동안 45회 반복 및 60℃에서 30초로 수행하였다.

상기 RT-PCR에서 사용된 프라이머는 하기 표 1과 같다.

Gene symbol	Forward sequence (5'→3')	Reverse sequence (5'→3')	Accession number
IL-6	TGGCTACTGCTTTCCCTACC(서열번호 6)	TTGAAGTGGCATCATCCTTG(서열번호 7)	-
IL-17A	GCTCCCCAGAGCAGACTTT(서열번호 8)	AAGAACCCTAATGAGTTTAGTCAGAAA(서열번호 9)	-
CSF3	TTCCTGGAGCTGGCATATCG(서열번호 10)	CAAGAGTGCAGGGCTCCTTT(서열번호 11)	XM022423955.1
F3	GCACCAGCCACGAGAAAGGTAT(서열번호 12)	GCTCCAAGGGCACCTTCTTTA(서열번호 13)	NM001024640.1
HBEGF	GACTCTCCCACCGAATCCAC(서열번호 14)	TGGCTTGGAGGAGAAAGCAG(서열번호 15)	XM005617276.3
PTGS2	GAGCACGCCTCGGGAACT(서열번호 16)	TCGCCGTAGAATCCTGTTCG(서열번호 17)	NM001003354.1
SELENOP	CCCAGCAATGTGGAGAAGCCT(서열번호 18)	GGCTTGAAGAAGAGCAACCAC(서열번호 19)	NM001115118.1
SUCNR1	TTTGTTGTGGGAGTCTTTGGGA(서열번호 20)	GCATGGGAAGGGTGCACAAA(서열번호 21)	XM022408748.1
CXCL8	GACTTCCAAGCTGGCTGTTG (서열번호 22)	GGGCCACTGTCAATCACTCT (서열번호 23)	NM001003200.1

그 결과인 비감염군 대비 각 시간별 감염군에서 상기 유전자들의 발현수준 변화값은 표 2에 나타내었으며, 하기 표 2와 도 3의 결과를 종합하여 각 시간별 감염군을 분석한 결과, 하기 표 2와 같이 대조군에 비해 감염군에서 8개의 유전자(IL-6, IL-17A, CSF3, F3, SUCNR1, PTGS2, HBEGF및 CXCL8)가 발현이 증가하였고1개의 유전자(SELENOP)가 발현이 감소하였다. 상기 발현이 증가한 유전자 중 7개(IL-6, IL-17A, CSF3, F3, SUCNR1, HBEGF 및 CXCL8)는 통계적으로 유의한 차이를 나타내었으며, 상기 발현이 감소한 유전자(SELENOP)도 통계적으로 유의한 차이를 나타냄을 확인하였다.

상기 발현량에서 통계적으로 유의한 차이를 나타낸 8개 유전자(IL-6, IL-17A, CSF3, F3, SUCNR1, HBEGF, SELENOP 및 CXCL8) 중 마이코박테리움 아비움 아종 호미니스수이스에 특이적인 바이오마커를 발굴하기 위해, 상기 8개 유전자의 발현 수준을 대조군 대비 10배를 기준으로 하여 마이코박테리움 아비움 아종 호미니스수이스 감염 진단용 바이오마커를 최종 선별하였다.

이에 따라 최종적으로 마이코박테리움 아비움 아종 호미니스수이스 감염 진단용 바이오마커인 IL-6, IL-17A, CSF3, F3 및 CXCL8 유전자 5종을 선정하였다.

유전자	감염 시간	대조군			감염군
유전자	감염 시간	1	2	3	1	2	3
CSF3	0 h	0.60	1.31	1.28	0.45	0.86	0.72
	2 h	0.99	1.15	1.11	1.74	1.65	1.74
	6 h	1.44	0.98	1.42	5.30	6.48	6.85
	12 h	1.33	1.33	1.09	14.09	16.99	20.21
	24 h	1.86	2.01	2.76	29.38	26.48	23.86
HBEGF	0 h	0.86	1.74	0.67	0.97	1.60	1.20
	2 h	0.68	1.00	0.55	1.20	1.00	0.78
	6 h	0.78	0.73	0.92	1.86	2.31	2.61
	12 h	1.75	1.75	1.86	3.50	2.96	3.29
	24 h	2.00	2.34	2.05	2.94	2.08	3.67
SELENOP	0 h	1.06	1.10	0.85	0.93	1.87	1.57
	2 h	0.82	1.78	1.13	1.59	1.42	1.02
	6 h	1.25	1.18	2.13	2.22	2.50	3.20
	12 h	2.50	2.50	2.41	3.53	2.27	2.60
	24 h	3.58	4.14	3.73	2.38	2.41	2.89
IL6	0 h	1.39	0.95	0.76	0.82	0.89	0.85
	2 h	1.80	0.68	0.85	28.38	29.38	27.60
	6 h	0.95	1.09	1.27	281.44	287.35	248.43
	12 h	2.12	5.88	1.38	47.07	40.97	45.46
	24 h	2.74	0.82	0.92	1.71	2.15	2.21
F3	0 h	1.04	1.02	0.94	0.77	0.89	1.05
	2 h	0.89	0.92	1.05	4.16	3.91	4.46
	6 h	0.83	0.89	0.78	33.75	26.66	32.82
	12 h	1.00	1.00	0.53	46.42	55.20	75.93
	24 h	0.99	1.45	1.52	307.97	190.90	241.63
PTGS2	0 h	1.05	1.17	0.82	1.41	1.16	1.45
	2 h	1.28	2.44	1.48	1.87	1.31	0.43
	6 h	0.92	1.45	1.81	4.78	1.28	4.49
	12 h	2.39	2.39	1.00	2.46	3.65	3.65
	24 h	0.86	0.72	0.70	1.49	2.54	4.02
SUCNR1	0 h	1.05	1.04	0.92	0.65	0.69	0.80
	2 h	0.75	1.08	0.73	1.36	1.39	1.47
	6 h	0.70	0.61	0.63	3.80	3.99	4.58
	12 h	0.82	0.82	1.15	3.47	3.55	4.02
	24 h	1.42	1.39	1.80	3.55	3.15	3.33
IL17A	0 h	0.97	1.02	1.01	1.14	0.93	0.88
	2 h	0.88	0.75	0.95	9.71	10.93	11.79
	6 h	0.56	0.62	0.65	32.67	40.22	41.64
	12 h	2.17	7.01	0.93	74.54	71.01	74.54
	24 h	5.06	1.28	2.77	37.01	44.32	59.71

상기 실시예를 통해 발굴된 유전자들은 개에서 마이코박테리움 아비움 아종 호미니스수이스 감염을 조기 진단할 수 있는 진단 물질로 유용하게 사용될 수 있다.

이상의 설명으로부터, 본 발명이 속하는 기술 분야의 당업자는 본 발명이 그 기술적 사상이나 필수적 특징을 변경하지 않고서 다른 구체적인 형태로 실시될 수 있다는 것을 이해할 수 있을 것이다. 이와 관련하여, 이상에서 기술한 실시예들은 모든 면에서 예시적인 것이며 한정적인 것이 아닌 것으로 이해해야만 한다. 본 발명의 범위는 상기 상세한 설명보다는 후술하는 특허 청구범위의 의미 및 범위 그리고 그 등가 개념으로부터 도출되는 모든 변경 또는 변형된 형태가 본 발명의 범위에 포함되는 것으로 해석되어야 한다.

<110> Seoul National University R&DB Foundation <120> Host biomarkers for diagnosis of nontuberculous mycobacteria infection in dogs and their uses <130> KPA191534-KR-P1 <150> KR 10-2019-0149858 <151> 2019-11-20 <160> 23 <170> KoPatentIn 3.0 <210> 1 <211> 1104 <212> DNA <213> Unknown <220> <223> IL-6 <400> 1 gccctcgagc ccaccaggaa cgaaagagag ctccatctgc cctccaggac cccagctatg 60 aactccctct ccacaagcgc cttctccctg gggctgctcc tggtgatggc tactgctttc 120 cctaccccgg gacccctggc aggagattcc aaggatgatg ccacttcaaa tagtctacca 180 ctcacctctg caaacaaagt ggaagaactg attaagtaca tcctcggcaa aatctctgca 240 ctgagaaagg agatgtgtga caagtttaac aagtgtgaag acagcaaaga ggcactggca 300 gaaaataacc tacatcttcc caaactggag ggaaaagatg gatgcttcca atctgggttc 360 aatcaggaga cctgcttgac aagaatcact accggtcttg tggagtttca gctacacctg 420 aatatcctcc agaacaacta tgagggtgat aaggaaaatg tcaagtctgt gcacatgagt 480 accaagatcc tggtccagat gctaaagagc aaggtaaaga atcaggatga agtgaccact 540 cctgacccaa ccacagacgc cagcctgcag gctatcttgc agtcgcagga tgagtgcgtg 600 aagcacacaa caattcacct catcctgcgg agtctggagg atttcctgca gttcagtctg 660 agggctgttc ggataatgta gcctgggcat ctaagattgc tgtagttcat gggcattcct 720 ttctccagtc agaaacctgt gcagtgggca caaaacttat gttgttctct gtgaggaact 780 aaaagtatga gcgttaggac actattttaa ttatttttaa tttattgata tttaaatatg 840 tgatatggag ttaatttata taagtaatag atatttatat tttttatgaa gtgccacttg 900 aaatatttta tgtattcatt ttgaaaaagt taacgtaaaa tgctatgcgg cttgaatatc 960 ctcgatgttt cggagccagg tcatttcttg gaatgtgtag gtttacctca aatacatggc 1020 taacttatgc atatttttaa aagaaatatt tatactgtgt ttatataatg tttaaattgt 1080 ttttatacca ataaacacct tttt 1104 <210> 2 <211> 1212 <212> DNA <213> Unknown <220> <223> IL-17A <400> 2 agaaactaca atgactctgg tgacaacttc atccatgttc cagtcactgc tactgcttct 60 gagcctggtg gctatcataa aggcaggaat agcattccca caaaatccag gatgccgaaa 120 tactgaggac aagaactttc ctcagcatgt gaaggtcaat ctaaatatcc ttaaccggaa 180 tacgaactcc agaaggccct cagattacta caaccgatct acctcacctt ggaatctgca 240 ccgcaatgag gaccctgaga gatacccctc tgtgatctgg gaggcgaagt gccgccactt 300 gggctgtgtc aataatgaag ggaacataaa ctaccacatg aactccgtcc ccatccagca 360 agagatcctg gttctgcgaa gggagtcgca gcactgcccc cactccttcc ggctagagaa 420 gatgctggtg gctgtgggct gcacctgtgt cacccctatt gttcgccatg tggcttaaga 480 gcttctgatc taatcccagc tccccagagc agactttctg ggaaagtaga cccagcccca 540 tttctgacta aactcattag ggttcttaaa ctagttcatc caattgaagt ttcagaggta 600 acacttttgt gcagagataa aatctgaatg agccttccct ctccccaaag atgaaagttt 660 tcactgagta ccactttgct ttttattgtg cttttctaag ggctttaagt tatttatgta 720 tttaatagac cctgagataa cttgggggcc aaagtttcca ttttaatgaa ttacatgcct 780 tattttgtac ttttttaaga ccagattcca gacttgataa ttttattatt taacaggtaa 840 aatctctatt tatatgaact atttatggat ctatttatat ttcttaggtc tttatagaaa 900 ggtgaaagag tgtgattatc tgttctgcct agggaaatcc tacagagaat tcaatggcgg 960 gttgaaaatt tctgaggttt gtattacaca tttgataaag gattcttttt ctctttgtgc 1020 tttacaagtg gatgacatgg ctattaaaaa atgaactaaa gactaaacct agtttcatat 1080 ttattaattt tgtaaattgt tgaggtttca caagagagat ggcaagttta actgctctgt 1140 taaaccctca taataaaaaa attttgtaat aaagtttgga aagaaaaaaa aaaaaaaaaa 1200 aaaaaaaaaa aa 1212 <210> 3 <211> 1664 <212> DNA <213> Unknown <220> <223> CSF3 <400> 3 gcccagagcc ccatgaagct gaccgccctg cagctgctgc tgtggcacag cgcactctgg 60 atggtgcaag aagccgcccc cctgggccct accggccccc tgccccagag cttcctgctc 120 aagtgcctag agcaaatgag gaaggtccag gctgatggca cggcgctgca ggagacgctg 180 gtgagccagt gtgccaccca ccagctgtgc catcctgagg agttggtgct gctcgggcac 240 gctctgggca tcccccagcc tcccctgagc agctgctcca gccaggccct gcagctgatg 300 ggctgcctgc gtcaactcca cagcggcctc ttcctctacc agggcctcct gcaggccctg 360 gcagggatat cccccgagtt agcgcccacc ttggacacac tgcagctgga caccaccgac 420 tttgccatca acatctggca gcagatggaa gatctaggaa tggcccccgc cgtgccacct 480 acccagggca ccatgccagc cttcacctcg gccttccagc gccgggcagg aggtgtcctg 540 gtggcctcca acctgcagag cttcctggag ctggcatatc gcgctctgcg ccactttgcc 600 aaaccctgag caaaaccctc cccagccagt gtatttatct ttatttaata tttatgttta 660 tttaaatcta atatttaaag atgaggacaa acagaaagga gccctgcact cttgggtcct 720 tcctgccgtc tctgagtttc attgtcctgc ttttgcaggg agaaaagccc ctgtcttcct 780 gtcccctgga cggggaggta gataggtaaa taccaagtat tgattcctgt gactgctccc 840 tggcctggct ctgtggtggg cactgggtag aatcccagtg acccccttac cccaagggta 900 cccaccttga ggcccatgga agcatcagga agtcttccag gtgggagaca aaacaaccct 960 gtttaatatt taaacagcag tgttccccta ctgggtgccc ccccactctg gcctcaccag 1020 cttggcttgc acgtgccagg tgggctgtct cgcttctcct cacgtcccct tccccacagg 1080 catcaaaccc ggcagaggca gccaaagtgg ggaggcttga ccctggggtc ccacgaatgt 1140 gctggggaat ctagttttta agacgttttc gggaatattt tgacttccag ttatggggag 1200 cctcggcatc actctctcct ctttctcgat gccctatggc aacaatgaca agatcctgac 1260 acctgcccca ctctcaccag ggtcaggatt ctgacccttc aagggctggc cagcgggtca 1320 tgtgttggcc ctactgaggg ggactggaag tggggaggga aagatggggg ggttatgtga 1380 cacgtgagag gaacacgcag ctcttcatcc tccacctctg cccgtacctt ctcactgtag 1440 ccaaacttgg tgataataaa gtattttgtt tgtctccagt aaatgtcctt cctccttctt 1500 gggtccagct ggtgcccagc cagaggctgg gaggcgggga gttgaatggt ggtggaagcc 1560 aagagggagg gaaagagggg gtgcaggagg ccatcctcta gctcatcaac gttcatgctt 1620 ttagcaggga tttctcttgt agggacgctg ggcaggtgcc aggc 1664 <210> 4 <211> 1813 <212> DNA <213> Unknown <220> <223> F3 <400> 4 agcccgacct ccgcaggcct cggggcgcga cgccgtcctg ccagcgagcg agcgagcgcc 60 cgccgggcca tgaagacccg cgcccgcccc cgggggccgc gcgccgaggc tgccgccgct 120 cggctgctcc tgctcgcctg ggccctcctg caggtggccg gggcctcagg cactgcagat 180 gtagtcgtag catataattt aacttggaaa tcaactaatt tcaagacaat tttggagtgg 240 gaacccaaac ccatcaatca tgtctacact gttcagataa gccctagact aggaaattgg 300 aaaagcaaat gcttctacac cacagacacg gagtgtgacc tcaccgatga aattgtgaat 360 gacgtgcatc agacatacca ggcacgggtc ttttcctacc cagctgatgc cactgactac 420 tctggggagc ctccatttac aaactcccca gagttcatac cttacataga gacaaagctt 480 ggacagccaa caattcagag tttcaaacaa gttggcacag aactgaatgt gatcgtacaa 540 gatgcacgca ctttggtcaa ggtgaacggc acatttctaa gcctccggga tgttttcggc 600 aaggacttaa gttacacact ttattactgg aaagcttcaa gtacaggaaa gaaaacagcc 660 aagacaaaca ctaatgagtt tttgattgat gtggatgaag gacaaaacta ctgtttcagt 720 gttcaagcag ggattccatc acggaaagct aaccaaaaga gtccagaaag tcccattgag 780 tgcaccagcc acgagaaagg tatgttcaga gaaatgttcc tcgtcattgg aattgtggtg 840 ctcgtggtca tcatcttcac catcatcctg tctgtgtctc tgtacaagtg caggaaggtg 900 cgagcaaggc aaagcgggaa ggagagcacc ccactcaatg ctgcataaag aaggtgccct 960 tggagctgcc aactgcgaca aagtttatgt tgcactgtga ccaagaactt tttagagaat 1020 agaatatata gaaacacaaa tgagtatttt ggagcccgga gacagcttgg gctcacagaa 1080 agctctttat gggacctgtt ctcatgatta gcattctggt ttcggcagca gcattagaca 1140 ctttggaatg taatgaacgt acaacccagt ccaagttttt aaaatttcta ttttaacact 1200 atggtacttt ttgcacatac catgttttag aatgtatatt ctgcacccca aatgaaacca 1260 ggttgtctaa tcaaaaacaa atgaacaaaa ggtttaagaa atcctgggta ggtgtttgga 1320 aaacttttga ggtgacttca aatcatgtgg gagagtaaaa tggaaattgg gtggactctt 1380 ctaacatata acattgtttt gtgatatatg gtatttaggt tcttcttttt tgagttcttt 1440 tggaggttca aaacaattgg caaactttga atgtgttcaa tgcagaagac ttctgttttg 1500 aggcacattt cctaaagtgc cttacagttt agcactttaa ctgactcaga tgctgtggat 1560 taagcacttg acagctaact ctatttttat aagactacta tacacacacc atatagaggt 1620 gatgatttac ggtactacaa gcttttatgg tccatattgt atatatttat ataattttat 1680 aaaaggtttt atacgtgggg attttctatt tatagaagta atattgttct gtttgtatat 1740 attgagataa tttatttaat atacttttat atataaataa aggtgactgg gaattgtaaa 1800 aaaaaaaaaa aaa 1813 <210> 5 <211> 1437 <212> DNA <213> Unknown <220> <223> CXCL8 <400> 5 gtaaacatga cttccaagct ggctgttgct ctcttggcag cttttgtcct ttctgcagct 60 ctctgtgaag ctgcagttct gtcaagagtc agttcagaac ttcgatgcca gtgtataaaa 120 acacactcca cacctttcca tcccaaatat attaaagaac tgagagtgat tgacagtggc 180 ccacattgtg aaaactcaga aatcattgta aagcttttca atggaaatga ggtgtgcctg 240 gaccccaagg aaaaatgggt acaaaaggtt gtgcagatat ttctaaagaa ggctgagaaa 300 caagatccgt gaaacaacaa acacattctc tgtggtttcc aagaattcct caggaaagat 360 gccaatgaga cttcaaaaaa atctatttca gtacttcatg tcccgtgtag acctggtgta 420 ggattgccag ataaaaatac agtatgccca gttagatttg aatattaagt aaaacaatga 480 atagtttttt tctaaagtct catatatgtt gccctattca atgtctaggc acacttacat 540 taaacatatt attcattgtt tgctgtaaat tcaaatgtag ctggaaatcc tggatatatt 600 ttgttgttgt tacatctttc cacctcacct acaggccagg atgcatgagt cccttttcaa 660 ccttgccttg gtctcttctt tattcctcaa ctggagaaaa ggtatcagca agcatcctac 720 ctcacagaaa tatgaggaca tatggaagca ctttaacttt ttctcatgtt gtctaaatta 780 tgttcaagtg aaacttgttt gcctatttat tatttatgta tttatttaag aaacaaatat 840 gggaatatct gtgcataaat ttggaaaaat aggaaaggaa gcattgttga taagttagta 900 taatgatggt agtgaattta tatttatttt ggtatttagt gatgttatat taaagaacta 960 ttttgttttt ttttttttaa agaactattt tgaacaaggt tgctagattt agcaaaatta 1020 aaaatgagat actcatttaa ttttgatttc aaacaataat tttttattat attattattt 1080 atctgaaatt tcaattgaac cgcaatccta cttttgatac tcctagtctt gtctattcac 1140 tgacagcctt gttcaatgct gggttgaatg atcataaccc tgagttagaa ttgtttctcc 1200 aaagagcaaa aactcgacaa gcaatattaa tgaagtaatt tcttgccagt taaaatttgt 1260 atatttataa tatacaaaat agattcctta taattttact tattgtgttc ttaaacactg 1320 acttttttac tttaagatgc ttttatatgt ttcccaagag attttttttt cctcctattt 1380 ttgatgctat ggaaataaaa atgtaaaata tttaaaataa aacttattgt caaagtc 1437 <210> 6 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> IL-6_F <400> 6 tggctactgc tttccctacc 20 <210> 7 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> IL-6_R <400> 7 ttgaagtggc atcatccttg 20 <210> 8 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> IL-17A_F <400> 8 gctccccaga gcagacttt 19 <210> 9 <211> 27 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> IL-17A_R <400> 9 aagaacccta atgagtttag tcagaaa 27 <210> 10 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CSF3_F <400> 10 ttcctggagc tggcatatcg 20 <210> 11 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CSF3_R <400> 11 caagagtgca gggctccttt 20 <210> 12 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> F3_F <400> 12 gcaccagcca cgagaaaggt at 22 <210> 13 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> F3_R <400> 13 gctccaaggg caccttcttt a 21 <210> 14 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> HBEGF_F <400> 14 gactctccca ccgaatccac 20 <210> 15 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> HBEGF_R <400> 15 tggcttggag gagaaagcag 20 <210> 16 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> PTGS2_F <400> 16 gagcacgcct cgggaact 18 <210> 17 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> PTGS2_R <400> 17 tcgccgtaga atcctgttcg 20 <210> 18 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> SELENOP_F <400> 18 cccagcaatg tggagaagcc t 21 <210> 19 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> SELENOP_R <400> 19 ggcttgaaga agagcaacca c 21 <210> 20 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> SUCNR1_F <400> 20 tttgttgtgg gagtctttgg ga 22 <210> 21 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> SUCNR1_R <400> 21 gcatgggaag ggtgcacaaa 20 <210> 22 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CXCL8_F <400> 22 gacttccaag ctggctgttg 20 <210> 23 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CXCL8_R <400> 23 gggccactgt caatcactct 20

Claims

비결핵 항산균(nontuberculous mycobacteria, NTM) 감염이 의심되는 개로부터 분리된 시료에서 IL-6(interleukin 6), IL-17A(interleukin 17A), CSF3(colony stimulating factor 3), F3(coagulation factor 3) 및 CXCL8(C-X-C Motif Chemokine Ligand 8)로 이루어지는 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상의 유전자의 mRNA 또는 이로부터 발현되는 단백질의 수준을 측정하는 제제를 포함하는, 비결핵 항산균(nontuberculous mycobacteria, NTM) 감염 여부 진단용 조성물로서,
상기 비결핵 항산균 감염은 마이코박테리움 아비움 아종 호미니스수이스(Mycobacterium avium subsp. hominissuis) 감염인 것인, 조성물.
제1항에 있어서, 상기 IL-6 유전자는 서열번호 1의 염기서열을 포함하는 것인, 조성물.
제1항에 있어서, 상기 IL-17A 유전자는 서열번호 2의 염기서열을 포함하는 것인, 조성물.
제1항에 있어서, 상기 CSF3유전자는 서열번호 3의 염기서열을 포함하는 것인, 조성물.
제1항에 있어서, 상기 F3유전자는 서열번호 4의 염기서열을 포함하는 것인, 조성물.
제1항에 있어서, 상기 CXCL8유전자는 서열번호 5의 염기서열을 포함하는 것인, 조성물.
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제1항의 비결핵 항산균 감염 여부 진단용 조성물을 포함하는 비결핵 항산균 감염 여부 진단용 키트.
(a) 비결핵 항산균 감염이 의심되는 개로부터 분리된 시료에서, IL-6, IL-17A, CSF3, F3및 CXCL8로 이루어지는 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상의 유전자의 mRNA 또는 이로부터 발현되는 단백질의 수준을 측정하는 단계; 및
(b) 상기 측정된 수준을 정상 개체로부터 분리된 시료에서 측정된 수준과 비교하는 단계를 포함하는 NTM 감염 여부 진단을 위한 정보를 제공하는 방법으로서,
상기 비결핵 항산균 감염은 마이코박테리움 아비움 아종 호미니스수이스(Mycobacterium avium subsp. hominissuis) 감염인 것인, 방법.
제10항에 있어서, 상기 NTM 감염이 의심되는 개체로부터 분리된 시료에서 IL-6, IL-17A, CSF3, F3및 CXCL8로 이루어지는 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상의 유전자의 mRNA 또는 이로부터 발현되는 단백질의 수준이 정상 개체로부터 분리된 시료보다 높을 경우, NTM 감염으로 진단하는 것인, 방법.